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T C 152.36 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0790063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5754;QD=40.6292;RBI=0.123897;REFB=-0.0141979;REVB=-0.0954378;RO=1;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100543;STB=0.555473;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.00330671;OID=.;OPOS=897564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:4:10:0:1:4:10:0:1 chr1 900972 . T G 651.0 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5023;QD=62.0001;RBI=0.0461949;REFB=0;REVB=-0.0382741;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000801406;OID=.;OPOS=900972;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr1 901023 . T C 583.89 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0517396;FXX=0.0681663;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2532;QD=56.9651;RBI=0.0598316;REFB=-0.115793;REVB=0.0300473;RO=2;SAF=14;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623593;STB=0.533316;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0088787;OID=.;OPOS=901023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:41:2:2:39:39:0.95122:25:14:2:0:25:14:2:0 chr1 906272 . A C 143.02 PASS AF=0.533333;AO=13;DP=28;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0684284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.65;QD=19.0689;RBI=0.0686536;REFB=-0.0317864;REVB=0.00555598;RO=14;SAF=0;SAR=13;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.778114;STB=0.624811;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0253512;OID=.;OPOS=906272;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:30:14:14:13:16:0.533333:13:0:2:12:15:1:2:12 chr1 907758 . AGGG AGGA,AG 243.24 PASS AF=0.26087,0.73913;AO=5,3;DP=21;FAO=6,17;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8;FSAR=6,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.091478,0.778165;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=123.047,17.7981;QD=42.3024;RBI=0.105112,0.778238;REFB=0,0;REVB=-0.051771,-0.0106871;RO=5;SAF=0,0;SAR=5,3;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.812479,-0.794084;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.025516,0.0223448;OID=.,.;OPOS=907761,907759;OREF=G,GG;OALT=A,-;OMAPALT=AGGA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.26087,0.73913:5,3:21:6,17:23:0:0,8:6,9:0:0:31:5:0,0:5,3:5:0 chr1 909238 . G C 375.53 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.033;QD=55.6336;RBI=0.0286366;REFB=0;REVB=0.0243201;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162908;OID=.;OPOS=909238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr1 909309 . T C 127.98 PASS AF=0.375;AO=14;DP=39;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00332614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.379;QD=12.7979;RBI=0.00332924;REFB=-0.0208204;REVB=-0.000143732;RO=23;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132719;STB=0.550952;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0409116;OID=.;OPOS=909309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:23:25:14:15:0.375:9:5:11:12:9:6:12:13 chr1 909363 . A C 59.16 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.00365615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.035;QD=5.25876;RBI=0.024595;REFB=-0.00871942;REVB=-0.0243217;RO=33;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101048;STB=0.591644;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0365678;OID=.;OPOS=909363;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:33:36:9:9:0.2:5:4:12:21:5:4:12:24 chr1 909768 . A G 1655.92 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.02;QD=60.2154;RBI=0.0203345;REFB=0;REVB=-0.0167388;RO=0;SAF=49;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.56602e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.67282e-06;OID=.;OPOS=909768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:109:110:1:60:49:0:0:61:49:0:0 chr1 911595 . A G 1208.04 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0815018;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8686;QD=61.1666;RBI=0.0910421;REFB=0;REVB=-0.0405725;RO=0;SAF=24;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343872;OID=.;OPOS=911595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:55:24:0:0:55:24:0:0 chr1 914333 . C G 510.7 PASS AF=0.923077;AO=35;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0333099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.593;QD=52.3792;RBI=0.0423352;REFB=-0.13701;REVB=0.0261288;RO=0;SAF=5;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.615312;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000890725;OID=.;OPOS=914333;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:39:39:0:3:35:36:0.923077:30:5:0:0:31:5:3:0 chr1 914852 . G C 86.25 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=0.0130128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4471;QD=11.1292;RBI=0.061233;REFB=-0.00380095;REVB=-0.0598343;RO=19;SAF=8;SAR=3;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170731;STB=0.609583;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00458281;OID=.;OPOS=914852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:31:31:19:20:11:11:0.354839:3:8:16:3:3:8:17:3 chr1 914876 . T C 501.58 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00650586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.759;QD=59.0096;RBI=0.00717603;REFB=0;REVB=-0.00302807;RO=0;SAF=25;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.79821e-06;OID=.;OPOS=914876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:8:25:0:0:9:25:0:0 chr1 914940 . T C 115.12 PASS AF=0.321429;AO=13;DP=50;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0156175;FXX=0.0666556;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8769;QD=8.22277;RBI=0.018358;REFB=-0.0353009;REVB=-0.00964941;RO=36;SAF=0;SAR=13;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.77259;STB=0.676879;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0896802;OID=.;OPOS=914940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:56:36:38:13:18:0.321429:13:0:18:18:13:5:20:18 chr1 915227 . A G 263.03 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00241174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.608;QD=47.8243;RBI=0.0235153;REFB=-0.0367899;REVB=0.0233913;RO=1;SAF=17;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263952;STB=0.514272;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00120632;OID=.;OPOS=915227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:4:17:1:0:4:17:1:0 chr1 915264 . G A 177.46 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0242136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.856;QD=21.5107;RBI=0.0320459;REFB=-0.0313997;REVB=0.0209915;RO=15;SAF=14;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292813;STB=0.666464;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0281185;OID=.;OPOS=915264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:4:14:7:8:4:14:7:8 chr1 916499 . G A 350.36 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=31;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00904429;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0775;QD=25.4805;RBI=0.0895198;REFB=-0.0332304;REVB=0.0890618;RO=20;SAF=31;SAR=3;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311142;STB=0.668942;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0217667;OID=.;OPOS=916499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:20:21:34:34:0.618182:3:31:14:6:3:31:15:6 chr1 916549 . A G 537.91 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9014;QD=59.7677;RBI=0.0478504;REFB=0;REVB=-0.0318674;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.73944e-05;OID=.;OPOS=916549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr1 948921 . T C 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4679;QD=57.1999;RBI=0.0469029;REFB=0;REVB=-0.0366219;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00112357;OID=.;OPOS=948921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr1 949654 . A G 613.33 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6573;QD=61.3334;RBI=0.0287466;REFB=0;REVB=0.0145094;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.21922e-05;OID=.;OPOS=949654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr1 981931 . A G 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00729488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.073;QD=54.5156;RBI=0.017502;REFB=0;REVB=-0.0159093;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181883;OID=.;OPOS=981931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr1 982994 . T C 627.8 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0876484;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.2128;QD=57.0728;RBI=0.102387;REFB=-0.045179;REVB=-0.0529231;RO=1;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015915;STB=0.510045;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.000335164;OID=.;OPOS=982994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:1:2:42:42:0.954545:29:13:0:1:29:13:1:1 chr1 984302 . T C 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0838802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.906;QD=59.5018;RBI=0.0883148;REFB=0;REVB=0.0276335;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.55536e-05;OID=.;OPOS=984302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr1 986443 . C T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.917;QD=54.5176;RBI=0.0435144;REFB=0;REVB=0.0303023;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000532394;OID=.;OPOS=986443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr1 987200 . C T 746.89 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.116;QD=63.5647;RBI=0.020961;REFB=0;REVB=0.0143214;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139119;OID=.;OPOS=987200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr1 990280 . C T 879.96 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574694;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2903;QD=57.7021;RBI=0.0594316;REFB=0;REVB=0.0151451;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517486;OID=.;OPOS=990280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:59:61:1:28:31:0:0:29:32:0:0 chr1 990806 . G A 343.86 PASS AF=0.928571;AO=24;DP=29;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0806979;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.356;QD=49.1232;RBI=0.0887615;REFB=0.0143198;REVB=0.0369656;RO=0;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515911;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.000210529;OID=.;OPOS=990806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:28:0:2:24:26:0.928571:6:18:0:0:8:18:1:1 chr1 1026707 . C A 1062.15 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00558046;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.675;QD=59.8396;RBI=0.013925;REFB=0;REVB=0.0127579;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18712e-05;OID=.;OPOS=1026707;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr1 1078138 . G A 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0120718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.27;QD=13.5759;RBI=0.012464;REFB=-0.0308986;REVB=-0.00310215;RO=19;SAF=10;SAR=3;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.498711;STB=0.790267;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0287682;OID=.;OPOS=1078138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:3:10:5:14:3:10:5:14 chr1 1115605 . G A 180.06 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00403377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.256;QD=11.0807;RBI=0.00796257;REFB=-0.0111606;REVB=0.00686521;RO=41;SAF=10;SAR=13;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857117;STB=0.542359;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0224012;OID=.;OPOS=1115605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:42:23:23:0.353846:13:10:21:20:13:10:21:21 chr1 1139565 . G A 273.88 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00650674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.747;QD=17.6694;RBI=0.0201583;REFB=-0.00404454;REVB=0.0190793;RO=32;SAF=8;SAR=22;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368914;STB=0.707175;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00632833;OID=.;OPOS=1139565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:22:8:21:11:22:8:21:11 chr1 1153113 . G A 316.61 PASS AF=0.55;AO=30;DP=58;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0372632;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4735;QD=21.1074;RBI=0.0405818;REFB=-0.0547108;REVB=0.0160729;RO=27;SAF=11;SAR=19;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308547;STB=0.542383;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.064627;OID=.;OPOS=1153113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:27:27:30:33:0.55:19:11:9:18:19:14:9:18 chr1 1156131 . T A,C 315.33 PASS AF=0.125,0.875;AO=3,21;DP=24;FAO=3,21;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=1,6;FSAR=2,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306572,0.0421127;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=209.58,98.581;QD=52.5555;RBI=0.0326254,0.070486;REFB=0,0;REVB=-0.0111606,-0.0565225;RO=0;SAF=1,6;SAR=2,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0714681,-0.0108636;OID=.,.;OPOS=1156131,1156131;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:24:24:0:0:3,21:3,21:0.125,0.875:2,15:1,6:0:0:2,15:1,6:0:0 chr1 1158562 . AACACA AACA,AACACG 114.79 PASS AF=0.48,0.04;AO=11,2;DP=26;FAO=12,1;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=11,0;FSAR=1,1;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0396418,-0.00900104;FXX=0.0740466;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=74.4662,137.325;QD=18.3667;RBI=0.0528764,0.0693014;REFB=-0.0273318,-0.0457044;REVB=-0.034992,-0.0687144;RO=9;SAF=10,1;SAR=1,1;SRF=8;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0454536,-0.467969;STB=0.610894,0.995392;STBP=0.504,0.089;TYPE=del,snp;VARB=0.0366802,0.0676202;OID=.,.;OPOS=1158563,1158567;OREF=AC,A;OALT=-,G;OMAPALT=AACA,AACACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.48,0.04:11,2:26:12,1:25:12:11,0:1,1:10:2:99:9:10,1:1,1:8:1 chr1 1158631 . A G 747.03 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.515;QD=63.5775;RBI=0.0369292;REFB=0;REVB=0.00474395;RO=0;SAF=34;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.60717e-05;OID=.;OPOS=1158631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:13:34:0:0:13:34:0:0 chr1 1169381 . C T 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00785708;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.276;QD=18.3009;RBI=0.00788333;REFB=-0.0116303;REVB=-0.000642722;RO=23;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144846;STB=0.508227;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0117912;OID=.;OPOS=1169381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:9:11:13:10:9:11:13:10 chr1 1178245 . C T 346.07 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.000111886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9222;QD=24.7192;RBI=0.0103306;REFB=0.00392807;REVB=0.01033;RO=22;SAF=19;SAR=15;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170906;STB=0.593696;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00200635;OID=.;OPOS=1178245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:22:34:34:0.607143:15:19:7:15:15:19:7:15 chr1 1178482 . A G 183.06 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.00143459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.611;QD=13.3133;RBI=0.0374188;REFB=-0.0107977;REVB=-0.0373913;RO=33;SAF=8;SAR=14;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700725;STB=0.54011;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0144446;OID=.;OPOS=1178482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:14:8:10:23:14:8:10:23 chr1 1178925 . G A 394.43 PASS AF=0.559322;AO=31;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0524723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.1178;QD=26.7409;RBI=0.0581758;REFB=-0.00853624;REVB=0.0251213;RO=16;SAF=14;SAR=17;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883056;STB=0.553667;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0165271;OID=.;OPOS=1178925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:16:18:31:33:0.559322:17:14:5:11:17:16:6:12 chr1 1220954 . G A 480.8 PASS AF=0.4;AO=54;DP=136;FAO=54;FDP=135;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=0.0223479;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3008;QD=14.2459;RBI=0.0784317;REFB=-0.0159023;REVB=0.0751805;RO=78;SAF=30;SAR=24;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181174;STB=0.514945;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0338992;OID=.;OPOS=1220954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:78:81:54:54:0.4:24:30:42:36:24:30:43:38 chr1 1223385 . G C 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0416183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.39;QD=11.8306;RBI=0.0458992;REFB=-0.00410959;REVB=-0.019356;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.463924;STB=0.768379;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00991166;OID=.;OPOS=1223385;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:4:7:3:15:4:7:3:15 chr1 1226292 . G A 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0360876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.283;QD=10.3903;RBI=0.0366208;REFB=-0.0163598;REVB=-0.00622608;RO=11;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312896;STB=0.69701;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0230692;OID=.;OPOS=1226292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:1:6:7:4:1:6:7:4 chr1 1226348 . C G 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0248444;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=190.118;QD=32.822;RBI=0.0275355;REFB=-0.0963197;REVB=0.0118726;RO=1;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126211;STB=0.571265;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00960605;OID=.;OPOS=1226348;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:3:6:0:1:3:6:0:1 chr1 1226889 . G A 84.69 PASS AF=0.314286;AO=10;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=0.00162002;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.6325;QD=9.67865;RBI=0.0713653;REFB=-0.00388971;REVB=-0.0713469;RO=24;SAF=8;SAR=2;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629791;STB=0.517825;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0170434;OID=.;OPOS=1226889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:35:35:24:24:10:11:0.314286:2:8:20:4:2:9:20:4 chr1 1234762 . AG A 58.51 PASS AF=0.44;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00739602;FXX=0.0740466;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.5539;QD=9.36213;RBI=0.0416932;REFB=-0.061582;REVB=-0.0410319;RO=12;SAF=1;SAR=10;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295893;STB=0.655393;STBP=0.34;TYPE=del;VARB=0.0699898;OID=.;OPOS=1234763;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44:11:27:11:25:14:1:10:3:11:58:12:1:10:3:9 chr1 1242468 . G A 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0195873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.72;QD=16.3859;RBI=0.0372263;REFB=-0.00988772;REVB=0.0316565;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14199;STB=0.583142;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00492613;OID=.;OPOS=1242468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:3:6:4:4:3:6:4:4 chr1 1246004 . A G 795.36 PASS AF=1;AO=39;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00913783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.115;QD=63.629;RBI=0.0345545;REFB=0;REVB=0.0333243;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237321;OID=.;OPOS=1246004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:39:50:1:12:27:0:0:17:33:0:0 chr1 1246005 . T G 40.08 PASS AF=0.14;AO=6;DP=49;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=-0.0188648;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=75.5218;QD=3.20617;RBI=0.0315418;REFB=-0.0187558;REVB=0.0252786;RO=43;SAF=2;SAR=4;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436349;STB=0.828404;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0292905;OID=.;OPOS=1246005;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:50:43:43:6:7:0.14:4:2:31:12:5:2:31:12 chr1 1254255 . G A 41.8 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0251667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.066;QD=15.2006;RBI=0.0256382;REFB=-0.120324;REVB=-0.00489431;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248791;STB=0.526224;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0291144;OID=.;OPOS=1254255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:11:11:4:5:6:6:0.545455:5:1:0:4:5:1:1:4 chr1 1254436 . A G 289.29 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0125017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.024;QD=13.9415;RBI=0.0141792;REFB=-0.0138051;REVB=-0.00669;RO=48;SAF=11;SAR=22;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202508;STB=0.616594;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0272593;OID=.;OPOS=1254436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:50:33:33:0.39759:22:11:25:23:22:11:26:24 chr1 1254443 . G A 319.2 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0174128;FXX=0.0235266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.629;QD=15.3831;RBI=0.0262381;REFB=-0.0191511;REVB=0.0196274;RO=47;SAF=14;SAR=21;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488893;STB=0.534633;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0215785;OID=.;OPOS=1254443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:47:48:35:35:0.421687:21:14:21:26:21:14:22:26 chr1 1258629 . G C 33.48 PASS AF=0.09;AO=9;DP=100;FAO=9;FDP=100;FR=.;FRO=91;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=35;FSRR=56;FWDB=-0.0538453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9907;QD=1.33929;RBI=0.0657633;REFB=-0.0037968;REVB=0.0377557;RO=86;SAF=7;SAR=2;SRF=35;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412732;STB=0.827919;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0790751;OID=.;OPOS=1258629;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:100:100:86:91:9:9:0.09:2:7:35:51:2:7:35:56 chr1 1262966 . C T 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0581469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8345;QD=13.6301;RBI=0.0585752;REFB=0.0348001;REVB=0.00707078;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295251;STB=0.676948;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0214442;OID=.;OPOS=1262966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:6:2:5:4:6:2:5:4 chr1 1263144 . G A 165.1 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=-0.0219691;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.078;QD=14.0513;RBI=0.0240786;REFB=-0.0268924;REVB=0.00985593;RO=29;SAF=4;SAR=14;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239403;STB=0.513874;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0396104;OID=.;OPOS=1263144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:14:4:6:23:14:4:6:23 chr1 1268171 . CGT GTC 31.15 PASS AF=0.315789;AO=5;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0267425;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=45.4327;QD=6.55722;RBI=0.0268653;REFB=-0.0478486;REVB=-0.00256581;RO=12;SAF=5;SAR=0;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.756567;STB=0.783281;STBP=0.142;TYPE=mnp;VARB=0.195075;OID=.;OPOS=1268171;OREF=CGT;OALT=GTC;OMAPALT=GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:19:19:12:13:5:6:0.315789:0:5:4:8:1:5:6:7 chr1 1269554 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.648;QD=61.3364;RBI=0.0479242;REFB=0;REVB=0.0432719;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203701;OID=.;OPOS=1269554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr1 1271750 . C T 32.27 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00302084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.906;QD=16.1353;RBI=0.0609636;REFB=0.00153008;REVB=0.0608887;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2842;STB=0.666107;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0011796;OID=.;OPOS=1271750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:3:0:2:3:3:0 chr1 1273116 . A G 351.07 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00507015;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5519;QD=15.2639;RBI=0.0274723;REFB=0.0107479;REVB=-0.0270004;RO=52;SAF=10;SAR=28;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265951;STB=0.663251;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.015873;OID=.;OPOS=1273116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:52:54:38:38:0.413043:28:10:26:26:28:10:28:26 chr1 1277533 . T C 997.03 PASS AF=0.946667;AO=69;DP=74;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0272374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.0943;QD=53.1748;RBI=0.0274366;REFB=0.0289813;REVB=-0.00330014;RO=4;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449579;STB=0.523803;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.000593316;OID=.;OPOS=1277533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:74:75:4:4:69:71:0.946667:40:29:0:4:40:31:0:4 chr1 1310074 . C G 675.09 PASS AF=1;AO=27;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0682059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.99;QD=62.7989;RBI=0.0897856;REFB=0;REVB=0.0583901;RO=1;SAF=16;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281787;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00059366;OID=.;OPOS=1310074;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:1:0:27:43:1:11:16:1:0:22:21:0:0 chr1 1361633 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0810338;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.714;QD=42.1817;RBI=0.0856334;REFB=0;REVB=0.0276874;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110064;OID=.;OPOS=1361633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr1 1361641 . C T 115.93 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0608287;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=105.826;QD=42.1565;RBI=0.0611564;REFB=0;REVB=-0.00632242;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000743443;OID=.;OPOS=1361641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr1 1376214 . C G 482.24 PASS AF=1;AO=25;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.283;QD=58.4529;RBI=0.0666024;REFB=0;REVB=0.0628101;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222389;OID=.;OPOS=1376214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:25:33:1:14:11:0:0:21:12:0:0 chr1 1376567 . A G 632.89 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.355;QD=61.7453;RBI=0.0698047;REFB=0;REVB=0.0482455;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173009;OID=.;OPOS=1376567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:28:12:0:0:28:13:0:0 chr1 1378173 . G A 191.17 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.624;QD=47.793;RBI=0.123619;REFB=0;REVB=-0.0188568;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000666565;OID=.;OPOS=1378173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr1 1387764 . G A 436.16 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00435012;FXX=0.0105252;HRUN=4;LEN=1;MLLD=153.711;QD=18.5599;RBI=0.0126557;REFB=-0.00465875;REVB=0.0118846;RO=49;SAF=25;SAR=19;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553603;STB=0.525918;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00178429;OID=.;OPOS=1387764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:49:50:44:44:0.468085:19:25:25:24:19:25:26:24 chr1 1390875 . C T 165.04 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=24;FWDB=0.0167543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.19;QD=14.0455;RBI=0.0245946;REFB=-0.0105024;REVB=-0.0180052;RO=28;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344524;STB=0.70194;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0254483;OID=.;OPOS=1390875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:29:18:18:0.382979:9:9:5:23:9:9:5:24 chr1 1396238 . G T 280.55 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0182783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9192;QD=29.5316;RBI=0.0532467;REFB=-0.0400144;REVB=0.0500112;RO=13;SAF=15;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394779;STB=0.521722;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0183236;OID=.;OPOS=1396238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:10:15:7:6:10:15:7:6 chr1 1418004 . T C 137.83 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.00521567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7867;QD=10.0237;RBI=0.0412745;REFB=0.00812598;REVB=-0.0409437;RO=37;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141844;STB=0.583245;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.0135776;OID=.;OPOS=1418004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:10:8:12:25:10:8:12:25 chr1 1421531 . C A 76.68 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00605915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.002;QD=12.7796;RBI=0.0279966;REFB=0.0172207;REVB=-0.0273331;RO=14;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505935;STB=0.7994;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.0255436;OID=.;OPOS=1421531;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:2:8:4:10:2:8:4:10 chr1 1421991 . G A 60.05 PASS AF=0.875;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0124855;FXX=0.110988;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.846;QD=30.0242;RBI=0.0413421;REFB=0.0515776;REVB=0.0394117;RO=1;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2842;STB=0.666107;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0011197;OID=.;OPOS=1421991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:9:8:1:1:7:7:0.875:1:6:0:1:1:6:0:1 chr1 1423267 . A G 215.87 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0200223;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.493;QD=21.0609;RBI=0.0344973;REFB=-0.0256479;REVB=-0.0280922;RO=19;SAF=14;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329041;STB=0.53568;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.02805;OID=.;OPOS=1423267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:20:21:21:0.512195:7:14:12:7:7:14:12:8 chr1 1425700 . T C 189.08 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0407284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.867;QD=21.0089;RBI=0.0423331;REFB=0.00145624;REVB=0.011545;RO=16;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720853;STB=0.553879;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.00165446;OID=.;OPOS=1425700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:17:19:19:0.527778:10:9:9:7:10:9:10:7 chr1 1451380 . T C 382.74 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0544641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5043;QD=52.7917;RBI=0.0588289;REFB=-0.0339563;REVB=-0.0222374;RO=1;SAF=16;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281787;STB=0.514276;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00710892;OID=.;OPOS=1451380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:29:1:1:27:28:0.965517:11:16:1:0:11:17:1:0 chr1 1458255 . T G 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0601558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2599;QD=39.3177;RBI=0.0623089;REFB=-0.0830959;REVB=-0.016238;RO=1;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533084;STB=0.529367;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.013076;OID=.;OPOS=1458255;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:8:5:0:1:8:5:0:1 chr1 1458954 . C T 167.6 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00360583;FXX=0.124922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.914;QD=47.8845;RBI=0.0233524;REFB=0;REVB=-0.0230724;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398537;OID=.;OPOS=1458954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:16:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr1 1479333 . A G 298.09 PASS AF=0.958333;AO=13;DP=25;FAO=23;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00352768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.399;QD=49.6815;RBI=0.096323;REFB=0.0703246;REVB=0.0962584;RO=1;SAF=7;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603742;STB=0.533304;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.000593889;OID=.;OPOS=1479333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:25:24:1:1:13:23:0.958333:6:7:1:0:16:7:1:0 chr1 1510801 . C T 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9395;QD=57.6774;RBI=0.0314537;REFB=0;REVB=0.0165606;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317782;OID=.;OPOS=1510801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr1 1511104 . G C 109.04 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0574075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3279;QD=36.3474;RBI=0.0752674;REFB=0.044139;REVB=-0.0486781;RO=1;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994753;STB=0.555452;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.0116593;OID=.;OPOS=1511104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:7:4:1:0:7:4:1:0 chr1 1558792 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.751;QD=40.7627;RBI=0.0409605;REFB=0;REVB=-0.015293;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000565933;OID=.;OPOS=1558792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr1 1560982 . G T 637.43 PASS AF=0.563636;AO=56;DP=104;FAO=62;FDP=110;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0673457;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.329;QD=23.1793;RBI=0.0673857;REFB=-0.042185;REVB=0.00232324;RO=45;SAF=24;SAR=32;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131392;STB=0.522438;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0315652;OID=.;OPOS=1560982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:110:45:48:56:62:0.563636:32:24:20:25:33:29:20:28 chr1 1562437 . C G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3086;QD=59.0177;RBI=0.0278442;REFB=0;REVB=0.0258366;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00052532;OID=.;OPOS=1562437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr1 1562536 . G A 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00225803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.72;QD=58.1379;RBI=0.071089;REFB=0;REVB=0.0710532;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338817;OID=.;OPOS=1562536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr1 1588670 . G A 205.93 PASS AF=0.252101;AO=30;DP=122;FAO=30;FDP=119;FR=.;FRO=89;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=52;FWDB=-0.0287777;FXX=0.0479962;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.36;QD=6.92215;RBI=0.0416329;REFB=-0.00630801;REVB=-0.0300856;RO=80;SAF=16;SAR=14;SRF=31;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176861;STB=0.587262;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0236511;OID=.;OPOS=1588670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:119:80:89:30:30:0.252101:14:16:31:49:14:16:37:52 chr1 1588717 . G A 261.11 PASS AF=0.251613;AO=38;DP=155;FAO=39;FDP=155;FR=.;FRO=116;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=53;FSRR=63;FWDB=-0.000749172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.838;QD=6.73837;RBI=0.00842011;REFB=-0.000983262;REVB=0.00838672;RO=116;SAF=20;SAR=18;SRF=53;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865808;STB=0.5608;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00273987;OID=.;OPOS=1588717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:116:116:38:39:0.251613:18:20:53:63:18:21:53:63 chr1 1588737 . C T 227.08 PASS AF=0.234483;AO=34;DP=145;FAO=34;FDP=145;FR=.;FRO=111;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=50;FSRR=61;FWDB=-0.00222189;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.216;QD=6.26426;RBI=0.0126085;REFB=-0.0108831;REVB=-0.0124112;RO=111;SAF=17;SAR=17;SRF=50;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623557;STB=0.537909;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0102664;OID=.;OPOS=1588737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:111:111:34:34:0.234483:17:17:50:61:17:17:50:61 chr1 1588743 . A T 158.68 PASS AF=0.195652;AO=27;DP=138;FAO=27;FDP=138;FR=.;FRO=111;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=51;FSRR=60;FWDB=0.00712715;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.183;QD=4.5994;RBI=0.011764;REFB=-0.00492562;REVB=0.00935928;RO=111;SAF=15;SAR=12;SRF=51;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122025;STB=0.576867;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.025047;OID=.;OPOS=1588743;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:111:111:27:27:0.195652:12:15:51:60:12:15:51:60 chr1 1588744 . AGCG A 151.77 PASS AF=0.192593;AO=26;DP=139;FAO=26;FDP=135;FR=.;FRO=109;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=50;FSRR=59;FWDB=-0.00334259;FXX=0.0287749;HRUN=1;LEN=3;MLLD=283.305;QD=4.4969;RBI=0.00469266;REFB=-0.00042348;REVB=0.00329366;RO=106;SAF=14;SAR=12;SRF=50;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848164;STB=0.564083;STBP=0.477;TYPE=del;VARB=0.00326804;OID=.;OPOS=1588745;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.192593:26:139:26:135:109:14:12:50:59:99:106:14:12:50:56 chr1 1599888 . A G 218.57 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0142642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5444;QD=31.2248;RBI=0.0421336;REFB=0.00664355;REVB=-0.0396456;RO=8;SAF=13;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148599;STB=0.582005;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00227185;OID=.;OPOS=1599888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:8:8:20:20:0.714286:7:13:3:5:7:13:3:5 chr1 1647814 . T C 350.04 PASS AF=0.260417;AO=50;DP=192;FAO=50;FDP=192;FR=.;FRO=142;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=73;FSRR=69;FWDB=0.00960097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.073;QD=7.29258;RBI=0.0103378;REFB=-0.00265453;REVB=0.00383292;RO=141;SAF=29;SAR=21;SRF=73;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780293;STB=0.549223;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00957252;OID=.;OPOS=1647814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:141:142:50:50:0.260417:21:29:73:68:21:29:73:69 chr1 1647871 . T C 464.42 PASS AF=0.324324;AO=59;DP=183;FAO=60;FDP=185;FR=.;FRO=125;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=61;FSRR=64;FWDB=-0.0018483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0836;QD=10.0415;RBI=0.00312888;REFB=-0.0170631;REVB=0.00252461;RO=121;SAF=26;SAR=33;SRF=58;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454366;STB=0.53722;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0453776;OID=.;OPOS=1647871;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:185:121:125:59:60:0.324324:33:26:58:63:34:26:61:64 chr1 1647893 . C CTTTCTT 250.1 PASS AF=0.262411;AO=26;DP=150;FAO=37;FDP=141;FR=.;FRO=104;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=61;FWDB=-0.00626105;FXX=0.0208319;HRUN=3;LEN=6;MLLD=169.205;QD=7.095;RBI=0.0288644;REFB=-0.014109;REVB=-0.0281772;RO=101;SAF=6;SAR=20;SRF=42;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265954;STB=0.527126;STBP=0.697;TYPE=ins;VARB=0.0396985;OID=.;OPOS=1647894;OREF=-;OALT=TTTCTT;OMAPALT=CTTTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.262411:26:150:37:141:104:14:23:43:61:99:101:6:20:42:59 chr1 1650787 . T C 195.75 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=3;FWDB=-0.0126778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.255;QD=17.7952;RBI=0.0303263;REFB=-0.0033555;REVB=0.0275492;RO=24;SAF=11;SAR=9;SRF=21;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332791;STB=0.68556;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00411503;OID=.;OPOS=1650787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:9:11:21:3:9:11:21:3 chr1 1650801 . T C 175.67 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.00149209;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.061;QD=13.778;RBI=0.0195832;REFB=-0.0144503;REVB=0.0195263;RO=29;SAF=11;SAR=9;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186296;STB=0.599906;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0185043;OID=.;OPOS=1650801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:31:20:20:0.392157:9:11:21:8:9:11:22:9 chr1 1650807 . T C 215.85 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0145469;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.7085;QD=15.1472;RBI=0.0650733;REFB=-0.0223727;REVB=-0.0634265;RO=28;SAF=19;SAR=6;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276637;STB=0.648652;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0166149;OID=.;OPOS=1650807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:32:25:25:0.438596:6:19:14:14:6:19:17:15 chr1 1650832 . A G 313.14 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.00132278;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.645;QD=16.7005;RBI=0.00988441;REFB=-0.00994111;REVB=0.0097955;RO=39;SAF=20;SAR=14;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048449;STB=0.54224;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0100565;OID=.;OPOS=1650832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:39:41:34:34:0.453333:14:20:21:18:14:20:21:20 chr1 1650845 . G A 505.9 PASS AF=0.545455;AO=47;DP=87;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0253087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.299;QD=22.9957;RBI=0.0303769;REFB=0.00117105;REVB=-0.0167995;RO=36;SAF=23;SAR=24;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522904;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000559518;OID=.;OPOS=1650845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:36:40:47:48:0.545455:24:23:20:16:24:24:20:20 chr1 1666175 . C T 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00530562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.758;QD=18.6447;RBI=0.00565593;REFB=-0.0217976;REVB=-0.00195957;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973626;STB=0.555477;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0188318;OID=.;OPOS=1666175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:7:7:8:5:7:7:8:5 chr1 1684472 . C T 73.05 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0201408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.384;QD=9.13081;RBI=0.0623022;REFB=-0.00472315;REVB=-0.0589569;RO=19;SAF=8;SAR=2;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340715;STB=0.705428;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0127588;OID=.;OPOS=1684472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:19:22:10:10:0.3125:2:8:10:9:2:8:12:10 chr1 1823922 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.095;QD=51.9162;RBI=0.042916;REFB=0;REVB=0.034813;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134121;OID=.;OPOS=1823922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr1 1846765 . G A 232.44 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0052679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.41;QD=12.5644;RBI=0.0194324;REFB=-0.0102282;REVB=0.0187048;RO=46;SAF=13;SAR=15;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085557;STB=0.549098;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0198462;OID=.;OPOS=1846765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:15:13:25:21:15:13:25:21 chr1 1847979 . T C 346.21 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0415053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7354;QD=32.2058;RBI=0.0428937;REFB=-0.0433829;REVB=0.0108248;RO=14;SAF=13;SAR=16;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11549;STB=0.563156;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0117868;OID=.;OPOS=1847979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:14:29:29:0.674419:16:13:9:5:16:13:9:5 chr1 1849529 . A G 236.08 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0499183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8684;QD=19.2716;RBI=0.0500932;REFB=-0.0475314;REVB=-0.00418226;RO=25;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00160681;STB=0.508889;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.017207;OID=.;OPOS=1849529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:26:23:23:0.469388:11:12:13:12:11:12:14:12 chr1 1849530 . T C 256.43 PASS AF=0.5;AO=25;DP=49;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.022645;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.706;QD=21.3692;RBI=0.0480244;REFB=-0.0352864;REVB=0.0423502;RO=23;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330838;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0116028;OID=.;OPOS=1849530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:23:24:25:24:0.5:11:14:12:11:11:13:13:11 chr1 1849744 . G A 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0127017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.054;QD=12.8686;RBI=0.0503269;REFB=-0.00986049;REVB=0.0486977;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565967;STB=0.533274;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0198359;OID=.;OPOS=1849744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:4:7:11:5:4:7:11:5 chr1 1854109 . A G 579.83 PASS AF=0.975;AO=40;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00680226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.543;QD=57.9832;RBI=0.022986;REFB=0.0178457;REVB=-0.0219565;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.511622;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00176005;OID=.;OPOS=1854109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:40:39:0.975:18:22:0:0:18:21:1:0 chr1 1854546 . C T 129.13 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0833375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4377;QD=21.5214;RBI=0.0840737;REFB=-0.0314421;REVB=0.0111018;RO=10;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175524;STB=0.59985;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0267779;OID=.;OPOS=1854546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:10:4:5:5:10:4:5:5 chr1 1855319 . C T 310.35 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0784834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8923;QD=28.87;RBI=0.0842059;REFB=-0.015121;REVB=0.0305121;RO=16;SAF=15;SAR=12;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0047523;STB=0.502616;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0101468;OID=.;OPOS=1855319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:27:27:0.627907:12:15:9:7:12:15:9:7 chr1 1859176 . T C 154.76 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0360157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1697;QD=22.9268;RBI=0.036047;REFB=0.072218;REVB=-0.00150098;RO=11;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180541;STB=0.601858;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.0523106;OID=.;OPOS=1859176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:11:5:6:5:11:5:6:5 chr1 1861582 . C T 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00683891;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.051;QD=13.8994;RBI=0.0217352;REFB=-0.0197203;REVB=-0.0206312;RO=34;SAF=12;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301668;STB=0.517227;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0239434;OID=.;OPOS=1861582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:12:12:16:18:12:12:16:18 chr1 1873514 . A G 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00465556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3759;QD=57.1993;RBI=0.0840389;REFB=0;REVB=0.0839098;RO=0;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000942132;OID=.;OPOS=1873514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:7:23:0:0:7:23:0:0 chr1 1873525 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0744324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9601;QD=57.2021;RBI=0.0806311;REFB=0;REVB=-0.0310031;RO=0;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00218168;OID=.;OPOS=1873525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:7:23:0:0:7:23:0:0 chr1 1875858 . CA GG 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.029253;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=181.197;QD=10.0752;RBI=0.0306326;REFB=-0.00474382;REVB=-0.00908963;RO=14;SAF=1;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.527668;STB=0.828027;STBP=0.035;TYPE=mnp;VARB=0.00483628;OID=.;OPOS=1875858;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:7:1:8:6:7:1:8:6 chr1 1887019 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.202;QD=48.7373;RBI=0.0592628;REFB=0;REVB=0.0575266;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160197;OID=.;OPOS=1887019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr1 1916890 . C T 227.48 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0122501;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.521;QD=19.781;RBI=0.0143657;REFB=-0.0193922;REVB=0.00750386;RO=24;SAF=16;SAR=6;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337033;STB=0.691178;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0200728;OID=.;OPOS=1916890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:6:16:9:15:6:16:9:15 chr1 1957037 . T C 151.17 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0507247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.737;QD=20.1562;RBI=0.0509155;REFB=-0.00443759;REVB=-0.00440344;RO=14;SAF=5;SAR=11;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041916;STB=0.523779;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00424537;OID=.;OPOS=1957037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:11:5:5:9:11:5:5:9 chr1 1987993 . T C 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.415;QD=53.2725;RBI=0.0179752;REFB=0;REVB=0.00989048;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.29744e-05;OID=.;OPOS=1987993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr1 1991014 . A G 448.36 PASS AF=0.470588;AO=48;DP=102;FAO=48;FDP=102;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=-0.000432125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.292;QD=17.5826;RBI=0.0147737;REFB=-0.0181985;REVB=-0.0147674;RO=54;SAF=24;SAR=24;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176784;STB=0.598;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0217123;OID=.;OPOS=1991014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:54:54:48:48:0.470588:24:24:17:37:24:24:17:37 chr1 2005740 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0593732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.108;QD=45.8058;RBI=0.0595807;REFB=0;REVB=-0.0049677;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00109737;OID=.;OPOS=2005740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr1 2144982 . G T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.078342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.006;QD=58.1412;RBI=0.105775;REFB=0;REVB=0.0710691;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105929;OID=.;OPOS=2144982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr1 2145524 . G A 251.0 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=33;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0253337;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.736;QD=27.8883;RBI=0.0263773;REFB=-0.0177422;REVB=0.00734614;RO=8;SAF=10;SAR=10;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195207;STB=0.558205;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0121997;OID=.;OPOS=2145524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:33:36:8:12:20:24:0.666667:10:10:1:7:14:10:3:9 chr1 2340200 . T C 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0902097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6329;QD=18.248;RBI=0.153564;REFB=-0.0151026;REVB=-0.124274;RO=12;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248839;STB=0.514264;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0062258;OID=.;OPOS=2340200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:9:4:4:8:9:4:4:8 chr1 2399119 . A G 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0137002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.915;QD=12.4555;RBI=0.0151361;REFB=-0.00249613;REVB=-0.00643494;RO=33;SAF=6;SAR=15;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287184;STB=0.659183;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00408458;OID=.;OPOS=2399119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:33:34:21:21:0.381818:15:6:18:15:15:6:18:16 chr1 2430617 . C T 314.48 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0049248;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.739;QD=19.6548;RBI=0.013666;REFB=-0.0112218;REVB=-0.0127478;RO=29;SAF=23;SAR=10;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222985;STB=0.641346;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00746169;OID=.;OPOS=2430617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:29:31:33:33:0.515625:10:23:13:16:10:23:13:18 chr1 2433900 . C T 52.29 PASS AF=0.411765;AO=6;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0381201;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=122.194;QD=12.3038;RBI=0.0381348;REFB=-0.00631925;REVB=0.00106033;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280783;STB=0.689164;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00332309;OID=.;OPOS=2433900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:17:17:6:9:6:7:0.411765:3:3:1:5:3:4:2:7 chr1 2441358 . T C 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00767721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.436;QD=12.7388;RBI=0.0206308;REFB=-0.0149851;REVB=-0.0191492;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763832;STB=0.545344;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0208372;OID=.;OPOS=2441358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:5:3:3:7:5:3:3:7 chr1 2444414 . G A 463.91 PASS AF=0.412698;AO=52;DP=126;FAO=52;FDP=126;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=0.0102668;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.713;QD=14.7273;RBI=0.0420183;REFB=-0.0317546;REVB=0.0407447;RO=74;SAF=30;SAR=22;SRF=38;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669309;STB=0.537686;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0329927;OID=.;OPOS=2444414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:74:74:52:52:0.412698:22:30:38:36:22:30:38:36 chr1 2452569 . T C 920.17 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0426003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5662;QD=55.7678;RBI=0.0429605;REFB=-0.117038;REVB=-0.00555153;RO=2;SAF=29;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00270456;STB=0.50704;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00285426;OID=.;OPOS=2452569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:66:2:1:64:65:0.984848:35:29:1:1:35:30:0:1 chr1 2488153 . A G 751.71 PASS AF=0.403756;AO=86;DP=213;FAO=86;FDP=213;FR=.;FRO=127;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=66;FSRR=61;FWDB=-0.00908825;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.556;QD=14.1165;RBI=0.00965474;REFB=-0.00661935;REVB=-0.0032585;RO=126;SAF=37;SAR=49;SRF=66;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995345;STB=0.553569;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00678755;OID=.;OPOS=2488153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:126:127:86:86:0.403756:49:37:66:60:49:37:66:61 chr1 2490942 . C A 135.63 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0343894;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7982;QD=16.4404;RBI=0.0646523;REFB=-0.0069561;REVB=0.0547475;RO=18;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577205;STB=0.533288;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0045367;OID=.;OPOS=2490942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:18:18:15:15:0.454545:5:10:11:7:5:10:11:7 chr1 2491205 . C T 401.53 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00867999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.794;QD=21.4151;RBI=0.0284792;REFB=-0.0184232;REVB=-0.0271242;RO=34;SAF=23;SAR=17;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112906;STB=0.511972;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0191806;OID=.;OPOS=2491205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:35:40:40:0.533333:17:23:20:14:17:23:21:14 chr1 2535613 . C A 92.98 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=-0.0057132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.402;QD=9.53621;RBI=0.0404206;REFB=-0.0127733;REVB=0.0400148;RO=27;SAF=8;SAR=4;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211008;STB=0.62482;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.027744;OID=.;OPOS=2535613;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:4:8:22:5:4:8:22:5 chr1 2541269 . A G 149.05 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0144623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9712;QD=18.6312;RBI=0.0535523;REFB=-0.049374;REVB=-0.0515625;RO=15;SAF=2;SAR=14;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358705;STB=0.6997;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0485503;OID=.;OPOS=2541269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:16:16:16:0.5:14:2:6:9:14:2:6:10 chr1 2560838 . AGC AG,CAG 69.08 PASS AF=0.736842,0;AO=8,2;DP=20;FAO=14,0;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=13,0;FSAR=1,0;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.122067,-0.0226582;FXX=0.049975;HRUN=7,1;LEN=1,3;MLLD=9.26078,13.0228;QD=14.5436;RBI=0.124111,0.0504839;REFB=-0.139166,-0.0717273;REVB=-0.0224327,-0.0451135;RO=8;SAF=7,2;SAR=1,0;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.194344,0.519945;STB=0.708704,0.5;STBP=0.07,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.106652,0;OID=.,.;OPOS=2560840,2560838;OREF=C,AGC;OALT=-,CAG;OMAPALT=AG,CAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:20:19:8:5:8,2:14,0:0.736842,0:1,0:7,2:6:2:1,0:13,0:3:2 chr1 2560882 . G A 86.48 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00162441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.676;QD=12.3541;RBI=0.0253166;REFB=-0.00105436;REVB=-0.0252644;RO=16;SAF=10;SAR=1;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391243;STB=0.768609;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00729537;OID=.;OPOS=2560882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:28:16:17:11:11:0.392857:1:10:11:5:1:10:11:6 chr1 2560903 . T G 164.69 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=39;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0071434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.516;QD=15.6842;RBI=0.0298039;REFB=-0.0229075;REVB=-0.0289351;RO=23;SAF=12;SAR=3;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202117;STB=0.666455;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0258578;OID=.;OPOS=2560903;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:42:23:24:15:18:0.428571:3:12:15:8:3:15:15:9 chr1 2573103 . G A 309.91 PASS AF=0.5;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0230261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.862;QD=18.7826;RBI=0.0234926;REFB=-0.0231428;REVB=-0.00465832;RO=31;SAF=22;SAR=11;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515749;STB=0.516844;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0359032;OID=.;OPOS=2573103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:31:33:33:33:0.5:11:22:19:12:11:22:21:12 chr1 2573199 . A G 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.144;QD=57.1049;RBI=0.0307374;REFB=0;REVB=0.0174234;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.01096e-05;OID=.;OPOS=2573199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:33:22:0:0:33:22:0:0 chr1 2938265 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00407941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.459;QD=10.0339;RBI=0.00619351;REFB=0.000919472;REVB=-0.00466025;RO=7;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378245;STB=0.7397;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.00216818;OID=.;OPOS=2938265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:1:4:3:4:1:4:3:4 chr1 2938697 . T G 137.88 PASS AF=0.306452;AO=18;DP=61;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.009538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.673;QD=8.8956;RBI=0.0195118;REFB=-0.0247087;REVB=-0.0170216;RO=43;SAF=10;SAR=8;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160045;STB=0.574247;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0483528;OID=.;OPOS=2938697;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:43:43:18:19:0.306452:8:10:18:25:9:10:18:25 chr1 2939409 . G T 154.24 PASS AF=0.472222;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00308607;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=58.1822;QD=17.138;RBI=0.00980412;REFB=-0.018051;REVB=-0.00930575;RO=19;SAF=4;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19014;STB=0.575553;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0263321;OID=.;OPOS=2939409;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:19:19:16:17:0.472222:12:4:8:11:12:5:8:11 chr1 2980793 . T C 190.92 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0716984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.17;QD=11.5707;RBI=0.0730154;REFB=0.00506458;REVB=0.0138053;RO=42;SAF=5;SAR=19;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383413;STB=0.724374;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0074418;OID=.;OPOS=2980793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:19:5:22:20:19:5:22:20 chr1 2980834 . G A 108.61 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0101133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.047;QD=13.5766;RBI=0.0103988;REFB=-0.00168127;REVB=0.00241978;RO=19;SAF=1;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.567282;STB=0.844402;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00282321;OID=.;OPOS=2980834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:12:1:9:10:12:1:9:10 chr1 2984087 . C A 66.84 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00900822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.85;QD=12.7322;RBI=0.00997759;REFB=-0.0156595;REVB=0.00429002;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13278;STB=0.578773;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0676141;OID=.;OPOS=2984087;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:5:7:4:5:5:7 chr1 3301721 . C T 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0185317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.059;QD=14.1696;RBI=0.0477682;REFB=-0.0281073;REVB=0.0440269;RO=12;SAF=8;SAR=2;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510055;STB=0.799399;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0380994;OID=.;OPOS=3301721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:2:8:3:9:2:8:3:9 chr1 3312914 . T G 126.76 PASS AF=0.608696;AO=12;DP=21;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0243292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.057;QD=22.0455;RBI=0.0416908;REFB=-0.0165559;REVB=0.0338557;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209806;STB=0.608548;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.006587;OID=.;OPOS=3312914;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:21:23:9:9:12:14:0.608696:6:6:2:7:7:7:2:7 chr1 3328358 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0913166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.967;QD=37.4885;RBI=0.0913582;REFB=0;REVB=-0.00275792;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00225597;OID=.;OPOS=3328358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr1 3353890 . A G 1289.86 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485353;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.962;QD=62.1622;RBI=0.0528021;REFB=0;REVB=0.0207939;RO=0;SAF=46;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262158;OID=.;OPOS=3353890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:82:83:1:36:46:0:0:36:47:0:0 chr1 3353949 . A G 896.42 PASS AF=0.942029;AO=64;DP=68;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0316119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.777;QD=51.9661;RBI=0.0317003;REFB=0.00147066;REVB=-0.00236582;RO=4;SAF=34;SAR=30;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00347829;STB=0.502241;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.000140588;OID=.;OPOS=3353949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:68:69:4:4:64:65:0.942029:30:34:2:2:30:35:2:2 chr1 3354595 . T C 1006.57 PASS AF=0.879518;AO=73;DP=83;FAO=73;FDP=83;FR=.;FRO=10;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0210367;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.997;QD=48.5094;RBI=0.0213757;REFB=-0.174984;REVB=-0.00379172;RO=2;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248804;STB=0.547425;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00449397;OID=.;OPOS=3354595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:83:83:2:10:73:73:0.879518:37:36:0:2:37:36:1:9 chr1 3354615 . T C 983.46 PASS AF=0.958904;AO=68;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.000535648;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.785;QD=53.888;RBI=0.00733547;REFB=-0.0244592;REVB=0.00731589;RO=4;SAF=23;SAR=45;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473872;STB=0.513738;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000624434;OID=.;OPOS=3354615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:73:73:4:3:68:70:0.958904:45:23:3:1:45:25:2:1 chr1 3380057 . G A 430.92 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=35;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00763969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.133;QD=17.5884;RBI=0.0152566;REFB=0.00334705;REVB=-0.013206;RO=53;SAF=35;SAR=9;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258527;STB=0.653365;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0107097;OID=.;OPOS=3380057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:54:44:44:0.44898:9:35:31:22:9:35:31:23 chr1 3383898 . A G 920.01 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.593;QD=58.4132;RBI=0.0306148;REFB=0;REVB=-0.00213609;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3991e-05;OID=.;OPOS=3383898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr1 3389727 . C T 150.69 PASS AF=0.425;AO=16;DP=39;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0218902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.917;QD=15.0687;RBI=0.0301875;REFB=-0.00810548;REVB=0.0207872;RO=22;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529377;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0105596;OID=.;OPOS=3389727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:22:23:16:17:0.425:8:8:11:11:9:8:12:11 chr1 3394456 . T C 908.84 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186525;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.509;QD=58.6351;RBI=0.0238215;REFB=0;REVB=0.0148171;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123155;OID=.;OPOS=3394456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:25:36:0:0:26:36:0:0 chr1 3395039 . G A 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0125049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.932;QD=22.632;RBI=0.0203918;REFB=-0.026175;REVB=0.0161076;RO=8;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801912;STB=0.545384;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0199149;OID=.;OPOS=3395039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:5:8:4:4:5:8:4:4 chr1 3418427 . GGCCCCCCCA GCCCCCCA,GGCCCCACGA,GGCCCCCCA,GGCCCCCCAC,GGGCCCCCCA 326.34 PASS AF=0.0151515,0.121212,0.848485,0.0151515,0;AO=14,3,10,9,9;DP=75;FAO=1,8,56,1,0;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8,17,0,0;FSAR=1,0,39,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.879683,-0.195029,-0.802761,-0.435395,0.037492;FXX=0;HRUN=5,7,7,7,7;LEN=2,3,1,2,1;MLLD=7.12223,134.161,6.37211,9.95168,2.90909;QD=19.7781;RBI=0.915722,0.200166,0.805969,0.462612,0.181567;REFB=0.104592,0.0221159,-0.0158265,-0.0228416,-0.125045;REVB=-0.254372,-0.0450546,-0.0718387,-0.156337,0.177654;RO=5;SAF=2,3,2,0,0;SAR=12,0,8,9,9;SRF=0;SRR=5;SSEN=0.375,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.156761,0.794084,0.21313,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=del,mnp,del,mnp,snp;VARB=-0.304362,0.297054,-0.170118,0.115666,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=3418428,3418433,3418429,3418435,3418429;OREF=GC,CCC,C,CA,C;OALT=-,ACG,-,AC,G;OMAPALT=GCCCCCCA,GGCCCCACGA,GGCCCCCCA,GGCCCCCCAC,GGGCCCCCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0151515,0.121212,0.848485,0.0151515,0:14,3,10,9,9:75:1,8,56,1,0:66:0:0,8,17,0,0:1,0,39,1,0:0:0:36:5:2,3,2,0,0:12,0,8,9,9:0:5 chr1 3428160 . T G 902.69 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1534;QD=58.2382;RBI=0.0155445;REFB=0;REVB=0.00139485;RO=0;SAF=44;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.94656e-05;OID=.;OPOS=3428160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:18:44:0:0:18:44:0:0 chr1 3428608 . G A 1068.4 PASS AF=1;AO=45;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00595886;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.426;QD=59.3558;RBI=0.119553;REFB=0;REVB=0.119405;RO=0;SAF=40;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000852087;OID=.;OPOS=3428608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:45:72:1:5:40:0:0:30:42:0:0 chr1 3496479 . T C 345.05 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435781;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.256;QD=55.2082;RBI=0.0437372;REFB=0;REVB=0.0037268;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00057163;OID=.;OPOS=3496479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr1 3511934 . A G 423.68 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.139;QD=56.4903;RBI=0.0327598;REFB=0;REVB=0.0136045;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226678;OID=.;OPOS=3511934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:14:15:0:0:14:16:0:0 chr1 3548136 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.005;QD=56.1915;RBI=0.0653196;REFB=0;REVB=0.0239093;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363192;OID=.;OPOS=3548136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr1 3607520 . G A 2237.65 PASS AF=0.993056;AO=142;DP=144;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00486887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.038;QD=62.157;RBI=0.0522988;REFB=-0.183621;REVB=0.0520717;RO=2;SAF=64;SAR=78;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00131436;STB=0.503875;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00089382;OID=.;OPOS=3607520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:144:144:2:1:142:143:0.993056:78:64:1:1:79:64:1:0 chr1 3638674 . C T 128.85 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00295272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.106;QD=12.5704;RBI=0.0102536;REFB=-0.0215527;REVB=-0.00981926;RO=26;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109202;STB=0.56427;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0431388;OID=.;OPOS=3638674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:9:6:13:13:9:6:13:13 chr1 3644715 . C T 179.69 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00751357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.458;QD=15.6255;RBI=0.0117551;REFB=-0.0106682;REVB=0.00904044;RO=26;SAF=13;SAR=6;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118019;STB=0.559429;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0196637;OID=.;OPOS=3644715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:27:19:19:0.413043:6:13:15:11:6:13:16:11 chr1 3644754 . T C 223.31 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0151975;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.667;QD=18.2293;RBI=0.0182909;REFB=-0.023814;REVB=-0.0101781;RO=26;SAF=12;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435255;STB=0.514912;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0315172;OID=.;OPOS=3644754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:26:27:22:22:0.44898:10:12:13:13:10:12:14:13 chr1 3649403 . G A 367.52 PASS AF=0.544118;AO=36;DP=67;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.017122;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.332;QD=21.619;RBI=0.0400647;REFB=-0.06686;REVB=0.0362218;RO=31;SAF=18;SAR=18;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674531;STB=0.542834;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0553546;OID=.;OPOS=3649403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:31:31:36:37:0.544118:18:18:18:13:19:18:18:13 chr1 3659742 . C T 340.23 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00480132;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.745;QD=20.6197;RBI=0.0051067;REFB=-0.0176631;REVB=0.00173945;RO=31;SAF=21;SAR=14;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127164;STB=0.570511;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.017416;OID=.;OPOS=3659742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:31:31:35:35:0.530303:14:21:14:17:14:21:14:17 chr1 3669201 . A G 313.08 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0256487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.051;QD=16.9233;RBI=0.0341473;REFB=-0.0164591;REVB=0.0225429;RO=40;SAF=19;SAR=15;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158332;STB=0.50888;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0194939;OID=.;OPOS=3669201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:15:19:23:17:15:19:23:17 chr1 3669205 . C G 313.07 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0643654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0391;QD=16.9229;RBI=0.0740357;REFB=-0.0011879;REVB=0.0365839;RO=40;SAF=19;SAR=15;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158332;STB=0.50888;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00247332;OID=.;OPOS=3669205;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:15:19:23:17:15:19:23:17 chr1 3677933 . T C 108.76 PASS AF=0.262295;AO=16;DP=61;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=35;FWDB=-0.032695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.85;QD=7.13199;RBI=0.0337843;REFB=-0.00895777;REVB=-0.00850952;RO=43;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417419;STB=0.73948;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0396296;OID=.;OPOS=3677933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:45:16:16:0.262295:7:9:9:34:7:9:10:35 chr1 3743319 . G A 112.46 PASS AF=0.291667;AO=13;DP=47;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00319554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.519;QD=9.37164;RBI=0.00342591;REFB=-0.012939;REVB=-0.00123506;RO=33;SAF=7;SAR=6;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117568;STB=0.555478;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0338374;OID=.;OPOS=3743319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:33:34:13:14:0.291667:6:7:21:12:6:8:22:12 chr1 3745924 . G A 346.47 PASS AF=0.378378;AO=42;DP=111;FAO=42;FDP=111;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=51;FWDB=-0.0155005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0942;QD=12.4853;RBI=0.0250244;REFB=-0.00633837;REVB=0.0196457;RO=69;SAF=19;SAR=23;SRF=18;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217987;STB=0.622897;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0177915;OID=.;OPOS=3745924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:69:69:42:42:0.378378:23:19:18:51:23:19:18:51 chr1 3753136 . A T 458.03 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=83;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0084308;FXX=0.0240935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.138;QD=22.6189;RBI=0.0097463;REFB=-0.0269367;REVB=0.00488998;RO=36;SAF=30;SAR=14;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159763;STB=0.595623;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0300491;OID=.;OPOS=3753136;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:36:37:44:44:0.54321:14:30:18:18:14:30:18:19 chr1 3755675 . T C 311.09 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0803382;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.549;QD=21.8312;RBI=0.0834944;REFB=-0.0240677;REVB=-0.0227396;RO=25;SAF=18;SAR=14;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065842;STB=0.536401;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0232123;OID=.;OPOS=3755675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:25:25:32:32:0.561404:14:18:12:13:14:18:12:13 chr1 3759784 . A G 351.1 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0128085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.129;QD=18.0052;RBI=0.0134683;REFB=-0.0177953;REVB=-0.00416383;RO=41;SAF=27;SAR=10;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249723;STB=0.640318;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0284399;OID=.;OPOS=3759784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:41:37:37:0.474359:10:27:20:21:10:27:20:21 chr1 3761479 . C T 291.23 PASS AF=0.450704;AO=31;DP=69;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0196044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.025;QD=16.4075;RBI=0.0285923;REFB=-0.0100522;REVB=-0.0208131;RO=38;SAF=15;SAR=16;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166169;STB=0.589759;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0113395;OID=.;OPOS=3761479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:38:39:31:32:0.450704:16:15:12:26:17:15:12:27 chr1 3786245 . G A 357.15 PASS AF=0.4;AO=42;DP=108;FAO=42;FDP=105;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.0267096;FXX=0.0277752;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9592;QD=13.6059;RBI=0.0395862;REFB=-0.0094437;REVB=0.0292176;RO=65;SAF=23;SAR=19;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157021;STB=0.598966;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0183409;OID=.;OPOS=3786245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:105:65:63:42:42:0.4:19:23:26:39:19:23:24:39 chr1 3800242 . A G 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00688723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.487;QD=10.3791;RBI=0.0184055;REFB=-0.0175361;REVB=0.0170683;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589112;STB=0.535635;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0184762;OID=.;OPOS=3800242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:5:4:8:8:5:4:8:8 chr1 3807258 . G C 389.41 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0209798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3336;QD=18.9958;RBI=0.0340021;REFB=-0.0159733;REVB=-0.026758;RO=42;SAF=22;SAR=18;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133077;STB=0.573992;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0157881;OID=.;OPOS=3807258;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:18:22:17:25:18:22:17:25 chr1 3807450 . C A 57.4 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0193092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.845;QD=12.7549;RBI=0.027181;REFB=-0.00719132;REVB=-0.0191301;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594079;STB=0.535622;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0109877;OID=.;OPOS=3807450;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:6:2:3:7:6:2:3:7 chr1 4772053 . T C 176.63 PASS AF=0.4;AO=21;DP=51;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.112868;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.3249;QD=14.1303;RBI=0.114129;REFB=-0.00716009;REVB=-0.0169184;RO=26;SAF=11;SAR=10;SRF=3;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397757;STB=0.684659;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00810164;OID=.;OPOS=4772053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:26:30:21:20:0.4:10:11:3:23:9:11:7:23 chr1 4772717 . G A 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0097206;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.846;QD=19.9928;RBI=0.0289952;REFB=-0.00786721;REVB=0.0273173;RO=23;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1473;STB=0.583256;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0102759;OID=.;OPOS=4772717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:14:8:12:11:14:8:12:11 chr1 5926507 . T C 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00523148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.429;QD=14.6568;RBI=0.0256194;REFB=-0.0176097;REVB=-0.0250796;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861396;STB=0.550186;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.017937;OID=.;OPOS=5926507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:8:5:8:9:8:5:8:9 chr1 5937168 . G A 1513.64 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489952;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9233;QD=63.732;RBI=0.0830807;REFB=0;REVB=0.067096;RO=0;SAF=56;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000697417;OID=.;OPOS=5937168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:39:56:0:0:39:56:0:0 chr1 5948677 . G A 545.22 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0358524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.967;QD=57.3912;RBI=0.0363231;REFB=-0.0655577;REVB=0.00582814;RO=1;SAF=13;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346573;STB=0.518508;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00391984;OID=.;OPOS=5948677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:24:13:1:0:24:13:1:0 chr1 6007194 . C A 372.22 PASS AF=0.642857;AO=33;DP=54;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0430751;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.428;QD=26.5871;RBI=0.0432733;REFB=-0.0146682;REVB=-0.00413732;RO=21;SAF=11;SAR=22;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209573;STB=0.593947;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00742753;OID=.;OPOS=6007194;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:21:20:33:36:0.642857:22:11:13:8:22:14:13:7 chr1 6149053 . C T 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0195683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.277;QD=13.3141;RBI=0.0223741;REFB=-0.0250779;REVB=0.0108483;RO=33;SAF=11;SAR=11;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142791;STB=0.581746;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0241175;OID=.;OPOS=6149053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:11:11:21:12:11:11:21:12 chr1 6149122 . G A 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0172762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.053;QD=20.2742;RBI=0.0325701;REFB=-0.028197;REVB=0.0276106;RO=24;SAF=17;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278088;STB=0.657696;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0136942;OID=.;OPOS=6149122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:6:17:11:13:6:17:11:13 chr1 6157434 . C T 275.87 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0163987;FXX=0.0229859;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1673;QD=12.9822;RBI=0.018316;REFB=0.00703592;REVB=-0.00815829;RO=55;SAF=15;SAR=17;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00439272;STB=0.513624;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.0118073;OID=.;OPOS=6157434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:55:53:32:32:0.376471:17:15:26:29:17:15:26:27 chr1 6158562 . A G 976.01 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0117234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5453;QD=57.4124;RBI=0.0117238;REFB=-0.0900551;REVB=0.000101759;RO=1;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133089;STB=0.50704;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00116252;OID=.;OPOS=6158562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:67:68:1:1:66:67:0.985294:35:31:0:1:35:32:0:1 chr1 6162054 . T C 159.9 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0731326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.723;QD=45.6854;RBI=0.0895825;REFB=0;REVB=-0.0517363;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00536274;OID=.;OPOS=6162054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr1 6162407 . A G 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0257427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.033;QD=16.9316;RBI=0.0278214;REFB=-0.0129228;REVB=0.0105521;RO=12;SAF=1;SAR=11;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.53363;STB=0.818475;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0115947;OID=.;OPOS=6162407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:11:1:6:6:11:1:6:6 chr1 6184092 . A G 626.02 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00200347;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.184;QD=61.0749;RBI=0.00200817;REFB=0;REVB=0.000137227;RO=0;SAF=34;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156607;OID=.;OPOS=6184092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:38:41:1:4:34:0:0:5:36:0:0 chr1 6196869 . A G 243.24 PASS AF=0.4375;AO=27;DP=63;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0250609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9578;QD=15.2024;RBI=0.0273067;REFB=-0.00287857;REVB=0.0108445;RO=36;SAF=5;SAR=22;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376339;STB=0.720531;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0119921;OID=.;OPOS=6196869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:36:36:27:28:0.4375:22:5:18:18:23:5:18:18 chr1 6270039 . G T 417.11 PASS AF=0.717391;AO=33;DP=47;FAO=33;FDP=46;FR=.;FRO=13;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00111746;FXX=0.0212721;HRUN=6;LEN=1;MLLD=262.509;QD=36.27;RBI=0.00570972;REFB=-0.0440771;REVB=0.0055993;RO=13;SAF=24;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159613;STB=0.5871;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0113966;OID=.;OPOS=6270039;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:13:13:33:33:0.717391:9:24:6:7:9:24:6:7 chr1 6308914 . T TC 44.61 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=33;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0871832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.6902;QD=5.94748;RBI=0.0872679;REFB=-0.058174;REVB=0.00384493;RO=23;SAF=2;SAR=7;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482003;STB=0.886509;STBP=0.004;TYPE=ins;VARB=0.0493335;OID=.;OPOS=6308915;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:9:33:10:30:20:1:9:13:7:44:23:2:7:15:8 chr1 6313938 . C T 720.12 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.863;QD=56.4796;RBI=0.0337764;REFB=0;REVB=0.0266204;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426075;OID=.;OPOS=6313938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:25:25:0:0:26:25:0:0 chr1 6314822 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00037308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7086;QD=60.9783;RBI=0.0478418;REFB=0;REVB=0.0478404;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000435476;OID=.;OPOS=6314822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr1 6473294 . A G 90.44 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=-0.0512979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6592;QD=8.03954;RBI=0.0795461;REFB=-0.00702043;REVB=-0.0607957;RO=33;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394971;STB=0.73651;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0202016;OID=.;OPOS=6473294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:5:7:8:25:5:7:8:25 chr1 6501044 . C G 222.96 PASS AF=0.472727;AO=24;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0249082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.983;QD=16.2153;RBI=0.043665;REFB=-0.00752137;REVB=0.0358638;RO=31;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799999;STB=0.58327;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.012453;OID=.;OPOS=6501044;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:29:24:26:0.472727:12:12:18:13:14:12:18:11 chr1 6592800 . T C 237.13 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0373807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0547;QD=19.761;RBI=0.0374232;REFB=-0.0059444;REVB=0.00178158;RO=25;SAF=8;SAR=15;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128056;STB=0.572454;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00385367;OID=.;OPOS=6592800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:15:8:12:13:15:8:12:13 chr1 6614535 . G A 149.39 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261178;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9816;QD=45.9653;RBI=0.137528;REFB=0;REVB=0.135025;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00731661;OID=.;OPOS=6614535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr1 6635231 . A G 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00201013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6513;QD=48.732;RBI=0.0218798;REFB=0;REVB=0.0217873;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000892041;OID=.;OPOS=6635231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr1 6646959 . GCCTGCCTTC G 236.79 PASS AF=0.757576;AO=25;DP=31;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.00400713;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=9;MLLD=297.259;QD=28.7022;RBI=0.0330132;REFB=-0.0360677;REVB=0.0327691;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.58673;STBP=0.106;TYPE=del;VARB=0.0107488;OID=.;OPOS=6646960;OREF=CCTGCCTTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.757576:25:31:25:33:8:13:12:7:1:37:0:13:12:0:0 chr1 6659505 . G A 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.00262888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.481;QD=7.76204;RBI=0.0310672;REFB=-0.0108657;REVB=-0.0309557;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.445571;STB=0.773411;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0183024;OID=.;OPOS=6659505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:2:4:3:10:2:4:3:10 chr1 6693097 . A G 263.41 PASS AF=0.531915;AO=24;DP=46;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00608241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0714;QD=22.4179;RBI=0.00659361;REFB=-0.0120693;REVB=-0.00254557;RO=22;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116647;STB=0.572824;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0172452;OID=.;OPOS=6693097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:22:22:24:25:0.531915:12:12:14:8:13:12:14:8 chr1 6695244 . A G 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8712;QD=52.6082;RBI=0.0386072;REFB=0;REVB=-0.0297042;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139551;OID=.;OPOS=6695244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr1 6704635 . A G 475.6 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.766;QD=57.6486;RBI=0.0117413;REFB=0;REVB=-0.0022088;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144028;OID=.;OPOS=6704635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:14:18:0:0:14:19:0:0 chr1 6711146 . T C 152.99 PASS AF=0.435897;AO=16;DP=40;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00209338;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.995;QD=15.6913;RBI=0.0240113;REFB=-0.0176628;REVB=0.0239199;RO=20;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171002;STB=0.610978;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0277165;OID=.;OPOS=6711146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:20:22:16:17:0.435897:6:10:9:11:6:11:10:12 chr1 7723534 . G A 137.99 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0275767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.527;QD=19.033;RBI=0.0285875;REFB=-0.0459368;REVB=0.00753472;RO=14;SAF=3;SAR=12;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.505435;STB=0.788339;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0206308;OID=.;OPOS=7723534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:12:3:11:3:12:3:11:3 chr1 7811014 . G A 841.22 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.286;QD=57.0321;RBI=0.0519072;REFB=0;REVB=0.0401172;RO=0;SAF=16;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.22487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.91067e-05;OID=.;OPOS=7811014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:59:0:0:54:59:1:38:16:0:0:40:19:0:0 chr1 7870048 . T C 171.99 PASS AF=0.310811;AO=23;DP=74;FAO=23;FDP=74;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0112822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6302;QD=9.29686;RBI=0.0117053;REFB=0.00698851;REVB=0.00311866;RO=51;SAF=13;SAR=10;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191629;STB=0.511313;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=-0.0164316;OID=.;OPOS=7870048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:51:51:23:23:0.310811:10:13:28:23:10:13:28:23 chr1 7887248 . G A 708.72 PASS AF=0.959184;AO=46;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0220428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.85;QD=57.8546;RBI=0.0302847;REFB=0.0519765;REVB=0.0207672;RO=2;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408345;STB=0.520824;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00220962;OID=.;OPOS=7887248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:46:47:0.959184:22:24:0:2:23:24:0:2 chr1 7887493 . T C 651.22 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00212991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.128;QD=62.0207;RBI=0.0667195;REFB=0;REVB=0.0666855;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000450605;OID=.;OPOS=7887493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:21:20:0:0:21:21:0:0 chr1 7887605 . G A 101.49 PASS AF=0.6;AO=10;DP=19;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0293388;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.732;QD=20.2969;RBI=0.0311381;REFB=-0.0101436;REVB=0.0104315;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172877;STB=0.620483;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00416737;OID=.;OPOS=7887605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:19:20:8:8:10:12:0.6:4:6:3:5:4:8:3:5 chr1 7889941 . C T 330.96 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=11;FWDB=0.0278937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.079;QD=16.1441;RBI=0.0291761;REFB=-0.00856651;REVB=0.00855488;RO=45;SAF=25;SAR=11;SRF=34;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737207;STB=0.54543;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0117905;OID=.;OPOS=7889941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:46:36:36:0.439024:11:25:34:11:11:25:35:11 chr1 7890053 . G A 74.13 PASS AF=0.6;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0437053;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4629;QD=19.7687;RBI=0.0510481;REFB=-0.0238466;REVB=0.0263773;RO=6;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267143;STB=0.649737;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.011781;OID=.;OPOS=7890053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:16:15:6:6:9:9:0.6:7:2:0:6:7:2:0:6 chr1 7890055 . T A 83.57 PASS AF=0.625;AO=9;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.04307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1481;QD=20.8932;RBI=0.0511699;REFB=-0.0248724;REVB=0.0276284;RO=6;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267143;STB=0.636145;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00804229;OID=.;OPOS=7890055;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:9:10:0.625:7:2:0:6:8:2:0:6 chr1 7890063 . CA TG 32.33 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0301223;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=2;MLLD=116.404;QD=11.756;RBI=0.0316198;REFB=0.0013689;REVB=0.00961543;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331615;STB=0.713717;STBP=0.786;TYPE=mnp;VARB=0.00193293;OID=.;OPOS=7890063;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:12:11:5:6:5:5:0.454545:4:1:0:5:4:1:0:6 chr1 7906476 . G T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3522;QD=51.9161;RBI=0.0374511;REFB=0;REVB=-0.0239725;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116597;OID=.;OPOS=7906476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr1 7909737 . C T 253.59 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0613907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9688;QD=17.4891;RBI=0.0702416;REFB=-0.0153673;REVB=-0.034133;RO=30;SAF=7;SAR=21;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421135;STB=0.73667;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0157043;OID=.;OPOS=7909737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:21:7:21:9:21:7:21:9 chr1 7913430 . G A 155.88 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00504619;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6478;QD=10.9389;RBI=0.0251142;REFB=-0.0172747;REVB=-0.024602;RO=37;SAF=10;SAR=10;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750837;STB=0.543816;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0213867;OID=.;OPOS=7913430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:10:10:21:16:10:10:21:16 chr1 7990367 . G A 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0256307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3423;QD=12.7814;RBI=0.0623449;REFB=-0.0130974;REVB=0.0568327;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290505;STB=0.517207;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.017423;OID=.;OPOS=7990367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:6:4:6:8:6:4:6:8 chr1 8031054 . G A 289.41 PASS AF=0.516667;AO=29;DP=58;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0117827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.072;QD=19.2937;RBI=0.0636192;REFB=-0.0211091;REVB=0.0625186;RO=28;SAF=19;SAR=10;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119322;STB=0.512812;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0215365;OID=.;OPOS=8031054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:28:29:29:31:0.516667:10:19:18:10:11:20:18:11 chr1 8042970 . G T 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0186235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.517;QD=15.5714;RBI=0.0198847;REFB=-8.32369e-05;REVB=0.00696899;RO=12;SAF=2;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275208;STB=0.662823;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00110163;OID=.;OPOS=8042970;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:9:2:5:7:9:2:5:7 chr1 8352240 . C T 133.22 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.017853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.683;QD=15.6733;RBI=0.0208857;REFB=-0.0320059;REVB=-0.010839;RO=19;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14369;STB=0.583219;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0536187;OID=.;OPOS=8352240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:10:5:9:10:10:5:9:10 chr1 8390888 . G A 585.71 PASS AF=0.569892;AO=52;DP=93;FAO=53;FDP=93;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0125727;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.513;QD=25.1919;RBI=0.0217423;REFB=-0.0187062;REVB=0.0177386;RO=41;SAF=29;SAR=23;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954993;STB=0.54182;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.012177;OID=.;OPOS=8390888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:40:52:53:0.569892:23:29:18:23:24:29:18:22 chr1 8412935 . C T 1385.32 PASS AF=0.98913;AO=82;DP=83;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0209571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.379;QD=60.2314;RBI=0.0240011;REFB=-0.149808;REVB=0.0116984;RO=0;SAF=24;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503875;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00076505;OID=.;OPOS=8412935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:92:0:1:82:91:0.98913:58:24:0:0:64:27:0:1 chr1 8412989 . A G 1190.46 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.775;QD=61.0492;RBI=0.0206365;REFB=0;REVB=0.0113842;RO=0;SAF=23;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11101e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.61044e-06;OID=.;OPOS=8412989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:55:23:0:0:55:23:0:0 chr1 8928124 . G GT 332.05 PASS AF=1;AO=5;DP=48;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337329;FXX=0.312435;HRUN=0;LEN=1;MLLD=157.827;QD=40.2488;RBI=0.115733;REFB=0;REVB=-0.110708;RO=43;SAF=4;SAR=1;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376028;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00272426;OID=.;OPOS=8928125;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:5:48:33:33:0:23:10:0:0:3:43:4:1:20:23 chr1 8928125 . G T 652.33 PASS AF=0.916667;AO=44;DP=48;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0232851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.457;QD=54.3604;RBI=0.0277197;REFB=-0.195264;REVB=0.0150395;RO=4;SAF=20;SAR=24;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085146;STB=0.545434;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00255199;OID=.;OPOS=8928125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:48:48:4:4:44:44:0.916667:24:20:4:0:24:20:4:0 chr1 9009406 . C T 211.73 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0163364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.749;QD=19.6959;RBI=0.0182484;REFB=-0.0183453;REVB=0.00813182;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021567;STB=0.512183;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0219185;OID=.;OPOS=9009406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:10:11:11:11:10:11:11:11 chr1 9009444 . A C 557.05 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.749;QD=60.2219;RBI=0.0231671;REFB=0;REVB=0.00177308;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152423;OID=.;OPOS=9009444;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr1 9009451 . G C 236.44 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00559705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.778;QD=26.2709;RBI=0.0417649;REFB=-0.0103443;REVB=0.0413881;RO=14;SAF=9;SAR=13;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649535;STB=0.536049;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00723228;OID=.;OPOS=9009451;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:13:9:7:7:13:9:7:7 chr1 9009470 . G C 184.79 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0268003;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.48;QD=26.399;RBI=0.0268158;REFB=-0.0170955;REVB=-0.000909428;RO=10;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735028;STB=0.540937;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00814303;OID=.;OPOS=9009470;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:11:7:5:5:11:7:5:5 chr1 9011537 . G A 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.013031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.526;QD=10.2401;RBI=0.0315444;REFB=-0.023137;REVB=-0.0287271;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285136;STB=0.517207;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0216497;OID=.;OPOS=9011537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:5:5:10:9:5:5:10:9 chr1 9011586 . T G 690.63 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00452595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.323;QD=62.7844;RBI=0.0701674;REFB=0;REVB=0.0700213;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462927;OID=.;OPOS=9011586;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:44:0:0:41:44:1:17:24:0:0:20:24:0:0 chr1 9011627 . G A 368.77 PASS AF=0.648148;AO=35;DP=54;FAO=35;FDP=54;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0525643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1447;QD=27.316;RBI=0.0525967;REFB=-0.0505353;REVB=0.00184393;RO=19;SAF=18;SAR=17;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127564;STB=0.569581;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0324198;OID=.;OPOS=9011627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:19:19:35:35:0.648148:17:18:6:13:17:18:6:13 chr1 9011722 . G T 345.8 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000431183;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.509;QD=55.3273;RBI=0.0119632;REFB=0;REVB=0.0119554;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95967e-05;OID=.;OPOS=9011722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr1 9034421 . G A 174.35 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0271006;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=224.966;QD=11.6233;RBI=0.0289433;REFB=-0.00627571;REVB=-0.0101622;RO=36;SAF=11;SAR=11;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895976;STB=0.566607;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00936152;OID=.;OPOS=9034421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:38:22:22:0.366667:11:11:21:15:11:11:23:15 chr1 9039704 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.757;QD=35.5759;RBI=0.0773906;REFB=0;REVB=-0.0709316;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00088167;OID=.;OPOS=9039704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr1 9074861 . C T 196.84 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0113177;FXX=0.0588062;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.571;QD=24.6048;RBI=0.0593922;REFB=-0.0363864;REVB=-0.0583039;RO=13;SAF=14;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329985;STB=0.68511;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0175224;OID=.;OPOS=9074861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:13:13:19:19:0.59375:5:14:4:9:5:14:4:9 chr1 9099951 . C G 300.24 PASS AF=0.458333;AO=32;DP=71;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.00281703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.642;QD=16.6801;RBI=0.0166932;REFB=-0.0341129;REVB=-0.0164538;RO=39;SAF=16;SAR=16;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21401;STB=0.625346;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.039769;OID=.;OPOS=9099951;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:39:39:32:33:0.458333:16:16:11:28:16:17:11:28 chr1 9307033 . G A 113.03 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00660134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5043;QD=17.3884;RBI=0.0669139;REFB=-0.0505424;REVB=0.0665875;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0544354;OID=.;OPOS=9307033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:5:8:8:5:5:8:8:5 chr1 9307129 . C A 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00280729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.063;QD=12.0511;RBI=0.00282975;REFB=-0.00451285;REVB=0.000355823;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278721;STB=0.666296;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00382904;OID=.;OPOS=9307129;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:6:3:8:5:6:3:8:5 chr1 9307138 . T C 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00419282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6525;QD=12.0513;RBI=0.00878683;REFB=-0.0302089;REVB=-0.00772196;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278721;STB=0.666296;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0391812;OID=.;OPOS=9307138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:6:3:8:5:6:3:8:5 chr1 9323910 . G A 382.75 PASS AF=1;AO=25;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548151;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.704;QD=54.678;RBI=0.0728555;REFB=0;REVB=0.0479921;RO=0;SAF=1;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167876;OID=.;OPOS=9323910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:25:28:1:24:1:0:0:26:2:0:0 chr1 9324213 . C T 279.68 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0496274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.5402;QD=14.1608;RBI=0.0616803;REFB=-0.0203459;REVB=0.0366276;RO=47;SAF=14;SAR=18;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355354;STB=0.520181;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0266861;OID=.;OPOS=9324213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:18:14:19:28:18:14:19:28 chr1 9324571 . T C 145.15 PASS AF=0.421053;AO=15;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0151546;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.469;QD=15.279;RBI=0.0159702;REFB=-0.0026717;REVB=-0.00503827;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172185;STB=0.588126;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00722657;OID=.;OPOS=9324571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:22:15:16:0.421053:9:6:12:9:9:7:13:9 chr1 9324670 . A G 220.09 PASS AF=0.421875;AO=25;DP=63;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0095302;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.866;QD=13.7557;RBI=0.0155734;REFB=-0.0254856;REVB=0.0123169;RO=37;SAF=6;SAR=19;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175313;STB=0.554335;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0520907;OID=.;OPOS=9324670;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:37:37:25:27:0.421875:19:6:14:23:19:8:14:23 chr1 9427842 . A G 189.18 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0345939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.075;QD=13.0469;RBI=0.0345949;REFB=-0.00450935;REVB=-0.00026356;RO=35;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1275;STB=0.573072;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00733525;OID=.;OPOS=9427842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:11:12:14:21:11:12:14:21 chr1 9427869 . G A 241.75 PASS AF=0.482143;AO=26;DP=55;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0298902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.871;QD=17.2676;RBI=0.0316067;REFB=-0.0157519;REVB=0.0102741;RO=28;SAF=14;SAR=12;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166084;STB=0.607765;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0220944;OID=.;OPOS=9427869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:28:29:26:27:0.482143:12:14:10:18:12:15:10:19 chr1 9428476 . GCCCC GCCCG,GCCC 37.84 PASS AF=0.0392157,0.313725;AO=3,11;DP=48;FAO=2,16;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=2,14;FSAR=0,2;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.077235,-0.0805877;FXX=0.0192271;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=142.53,12.5039;QD=2.96768;RBI=0.0773026,0.0810427;REFB=-0.0050171,-0.12187;REVB=-0.00323216,0.00857531;RO=28;SAF=3,9;SAR=0,2;SRF=6;SRR=22;SSEN=0,0.466667;SSEP=0,0;SSSB=0.702328,0.63415;STB=0.996306,0.869996;STBP=0.053,0;TYPE=snp,del;VARB=0.104814,0.0850948;OID=.,.;OPOS=9428480,9428477;OREF=C,C;OALT=G,-;OMAPALT=GCCCG,GCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0392157,0.313725:3,11:48:2,16:51:33:2,14:0,2:11:22:29:28:3,9:0,2:6:22 chr1 9670834 . C T 1337.21 PASS AF=0.946809;AO=89;DP=94;FAO=89;FDP=94;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=49;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0470093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.2902;QD=56.9026;RBI=0.047883;REFB=-0.128839;REVB=0.00910486;RO=3;SAF=40;SAR=49;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342205;STB=0.529405;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0106677;OID=.;OPOS=9670834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:94:94:3:5:89:89:0.946809:49:40:3:0:49:40:5:0 chr1 9788894 . AAGTT A 48.24 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00784678;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=287.039;QD=12.8638;RBI=0.00785274;REFB=0.00881127;REVB=0.000305967;RO=6;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183303;STB=0.624625;STBP=0.406;TYPE=del;VARB=-0.00969591;OID=.;OPOS=9788895;OREF=AGTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:7:14:7:15:8:5:2:4:4:47:6:5:2:3:3 chr1 9888202 . C T 726.7 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.037993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4982;QD=55.8999;RBI=0.0449936;REFB=0;REVB=0.0241032;RO=0;SAF=36;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1247e-05;OID=.;OPOS=9888202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:15:36:0:0:15:37:0:0 chr1 9910357 . AT TC 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0089549;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=219.41;QD=20.8929;RBI=0.04123;REFB=-0.0105493;REVB=0.0402458;RO=6;SAF=7;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251221;STB=0.644436;STBP=0.176;TYPE=mnp;VARB=0.00371765;OID=.;OPOS=9910357;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:3:7:2:4:3:7:2:4 chr1 10218439 . T C 785.66 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00136483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.903;QD=64.1353;RBI=0.0182356;REFB=0;REVB=-0.0181844;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111751;OID=.;OPOS=10218439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr1 10318652 . C G 1396.91 PASS AF=0.978495;AO=90;DP=94;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00306417;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.551;QD=60.082;RBI=0.0121587;REFB=0.00252322;REVB=0.0117662;RO=2;SAF=38;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178795;STB=0.509432;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.00017999;OID=.;OPOS=10318652;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:94:93:2:2:90:91:0.978495:52:38:0:2:52:39:0:2 chr1 10339209 . CAT CAC,C 1158.53 PASS AF=0.0512821,0.948718;AO=4,68;DP=77;FAO=4,74;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=2,32;FSAR=2,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112371,0.0134028;FXX=0.0487745;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=73.1531,226.33;QD=59.4116;RBI=0.0655719,0.0179686;REFB=0,0;REVB=0.0646019,0.0119681;RO=0;SAF=2,29;SAR=2,39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0412564,0.00412979;OID=.,.;OPOS=10339211,10339210;OREF=T,AT;OALT=C,-;OMAPALT=CAC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0512821,0.948718:4,68:77:4,74:78:0:2,32:2,42:0:0:12:0:2,29:2,39:0:0 chr1 10366692 . C G 728.62 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.314;QD=56.0477;RBI=0.0449829;REFB=0;REVB=0.0431795;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118788;OID=.;OPOS=10366692;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:23:27:0:0:24:28:0:0 chr1 10435324 . C A 806.88 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247703;FXX=0.0344768;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.92;QD=57.6346;RBI=0.0322314;REFB=0;REVB=0.0206227;RO=0;SAF=44;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.234e-05;OID=.;OPOS=10435324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:56:0:0:56:56:1:12:44:0:0:12:44:0:0 chr1 10460485 . T C 460.51 PASS AF=0.944444;AO=32;DP=35;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.025942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.889;QD=51.1679;RBI=0.0311574;REFB=-0.101083;REVB=0.0172568;RO=2;SAF=13;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106312;STB=0.524985;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00287264;OID=.;OPOS=10460485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:35:36:2:2:32:34:0.944444:19:13:1:1:19:15:0:2 chr1 10473196 . C T 527.66 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00632729;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.432;QD=60.3041;RBI=0.00992089;REFB=0;REVB=0.00764131;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.7795e-05;OID=.;OPOS=10473196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr1 10490539 . G C 104.68 PASS AF=0.342105;AO=12;DP=37;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=-0.00323881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0841;QD=11.0186;RBI=0.0309592;REFB=-0.0200443;REVB=0.0307893;RO=25;SAF=10;SAR=2;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632777;STB=0.553868;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0413737;OID=.;OPOS=10490539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:25:25:12:13:0.342105:2:10:20:5:2:11:20:5 chr1 10490550 . G C 121.96 PASS AF=0.301887;AO=14;DP=51;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=5;FWDB=-0.00788338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.402;QD=9.20446;RBI=0.0442755;REFB=-0.0134471;REVB=-0.043568;RO=35;SAF=12;SAR=2;SRF=31;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0737435;STB=0.515769;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0524696;OID=.;OPOS=10490550;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:35:37:14:16:0.301887:2:12:31:4:2:14:32:5 chr1 10511544 . C T 130.63 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0139975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.942;QD=12.7447;RBI=0.0184367;REFB=-0.0264209;REVB=-0.0119992;RO=25;SAF=10;SAR=5;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160884;STB=0.518494;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0485963;OID=.;OPOS=10511544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:26:15:15:0.365854:5:10:17:8:5:10:18:8 chr1 10511589 . T C 176.71 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.0116961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.338;QD=13.3369;RBI=0.0321802;REFB=-0.0103455;REVB=-0.0299795;RO=31;SAF=11;SAR=10;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231862;STB=0.619202;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.02071;OID=.;OPOS=10511589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:31:32:21:21:0.396226:10:11:23:8:10:11:23:9 chr1 10705110 . G A 666.05 PASS AF=0.610526;AO=58;DP=96;FAO=58;FDP=95;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0147926;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.4;QD=28.0444;RBI=0.0450361;REFB=-0.0183425;REVB=0.0425374;RO=37;SAF=17;SAR=41;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232163;STB=0.626767;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0107677;OID=.;OPOS=10705110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:37:37:58:58:0.610526:41:17:22:15:41:17:22:15 chr1 10708028 . G A 31.0 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00617981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.048;QD=12.4004;RBI=0.00617981;REFB=-0.051109;REVB=0;RO=5;SAF=5;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0503163;OID=.;OPOS=10708028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:0:5:5:0:0:5:5:0 chr1 10708142 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0548318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1541;QD=33.4278;RBI=0.0870529;REFB=0;REVB=-0.0676142;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0130553;OID=.;OPOS=10708142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr1 10709441 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.005;QD=43.4862;RBI=0.0648213;REFB=0;REVB=0.0332486;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298174;OID=.;OPOS=10709441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr1 10713305 . G T 37.4 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0107919;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.8067;QD=8.8007;RBI=0.0933923;REFB=-0.0168009;REVB=0.0927667;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165502;STB=0.605667;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0464816;OID=.;OPOS=10713305;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:5:1:3:8:5:1:3:8 chr1 10713765 . T C 57.31 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.124837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9939;QD=32.7499;RBI=0.125616;REFB=0;REVB=0.0139648;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00495352;OID=.;OPOS=10713765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:6:7:1:3:3:0:0:4:3:0:0 chr1 10725498 . G A 135.89 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0026685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5827;QD=17.5346;RBI=0.0100044;REFB=-0.00863347;REVB=0.00964196;RO=14;SAF=3;SAR=12;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363432;STB=0.716101;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00573851;OID=.;OPOS=10725498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:16:15:15:0.483871:12:3:8:6:12:3:9:7 chr1 11008341 . G A 192.69 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0178511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.647;QD=16.0579;RBI=0.0251262;REFB=-0.0115594;REVB=-0.0176823;RO=27;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12016;STB=0.579752;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0154919;OID=.;OPOS=11008341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:27:28:20:20:0.416667:8:12:13:14:8:12:13:15 chr1 11008497 . G C 408.52 PASS AF=0.449438;AO=30;DP=88;FAO=40;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.119036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.536;QD=18.3602;RBI=0.120049;REFB=-0.0156149;REVB=0.0155654;RO=45;SAF=10;SAR=20;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0764036;STB=0.54506;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0142401;OID=.;OPOS=11008497;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:45:46:30:40:0.449438:20:10:18:27:21:19:18:28 chr1 11008695 . T C 115.37 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00297998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.251;QD=8.2405;RBI=0.0206375;REFB=-0.018418;REVB=-0.0204212;RO=39;SAF=10;SAR=6;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277777;STB=0.657702;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0436633;OID=.;OPOS=11008695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:40:16:16:0.285714:6:10:15:24:6:10:16:24 chr1 11014118 . C T 309.52 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0540935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6913;QD=21.3461;RBI=0.061005;REFB=-0.0279483;REVB=0.0282047;RO=25;SAF=18;SAR=14;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340708;STB=0.528243;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0227136;OID=.;OPOS=11014118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:26:32:32:0.551724:14:18:13:12:14:18:13:13 chr1 11015165 . A G 492.68 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=113;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=-0.00455552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.836;QD=17.44;RBI=0.007693;REFB=-0.00352995;REVB=0.00619915;RO=60;SAF=23;SAR=30;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168528;STB=0.509366;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00435787;OID=.;OPOS=11015165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:60:60:53:53:0.469027:30:23:25:35:30:23:25:35 chr1 11087524 . G A 696.03 PASS AF=0.962264;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0475686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.614;QD=52.5308;RBI=0.052722;REFB=-0.02359;REVB=0.022734;RO=1;SAF=35;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132627;STB=0.513508;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00118063;OID=.;OPOS=11087524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:53:1:2:50:51:0.962264:15:35:1:0:15:36:2:0 chr1 11090916 . C A 411.56 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.127;QD=56.767;RBI=0.0486545;REFB=0;REVB=-0.0279232;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96858e-05;OID=.;OPOS=11090916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:12:16:0:0:12:17:0:0 chr1 11132217 . G A 657.57 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00475712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.397;QD=59.7789;RBI=0.0052446;REFB=0.0424414;REVB=-0.00220809;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511622;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000294787;OID=.;OPOS=11132217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:44:0:1:43:43:0.977273:21:22:0:0:21:22:0:1 chr1 11137586 . C CA 161.42 PASS AF=0.520833;AO=23;DP=49;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0999691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.2907;QD=13.4517;RBI=0.109296;REFB=-0.00476987;REVB=0.0441789;RO=25;SAF=9;SAR=14;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111201;STB=0.571374;STBP=0.346;TYPE=ins;VARB=0.013668;OID=.;OPOS=11137587;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.520833:23:49:25:48:23:10:15:6:17:99:25:9:14:7:18 chr1 11141187 . C G 218.32 PASS AF=0.863636;AO=20;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00174982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1195;QD=39.6939;RBI=0.00255312;REFB=-0.0278421;REVB=-0.00185918;RO=2;SAF=8;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102025;STB=0.588141;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0243491;OID=.;OPOS=11141187;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:22:2:3:20:19:0.863636:12:8:2:0:12:7:3:0 chr1 11205058 . C T 289.33 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5023;QD=52.6052;RBI=0.122522;REFB=0;REVB=-0.0106655;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00259349;OID=.;OPOS=11205058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr1 11288758 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00394239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.725;QD=59.8387;RBI=0.0136688;REFB=0;REVB=0.0130879;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51192e-05;OID=.;OPOS=11288758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr1 11294256 . GC G 33.61 PASS AF=0.296296;AO=9;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.162365;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.704;QD=4.97894;RBI=0.164541;REFB=-0.0101651;REVB=0.0266721;RO=18;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=13;SSEN=0.410714;SSEP=0;SSSB=-0.0819986;STB=0.709513;STBP=0.234;TYPE=del;VARB=0.00890153;OID=.;OPOS=11294257;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.296296:9:27:8:27:19:1:7:6:13:33:18:2:7:5:13 chr1 11301714 . A G 1178.98 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.997;QD=60.4603;RBI=0.0355702;REFB=0;REVB=-0.01464;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413944;OID=.;OPOS=11301714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:42:35:0:0:42:36:0:0 chr1 11576206 . C T 187.38 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.0241148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.214;QD=14.6967;RBI=0.0241347;REFB=-0.00555945;REVB=0.000977889;RO=30;SAF=12;SAR=9;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213751;STB=0.621197;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00955608;OID=.;OPOS=11576206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:9:12:23:7:9:12:23:7 chr1 11579470 . G A 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00160049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.168;QD=21.3768;RBI=0.00256825;REFB=-0.017296;REVB=0.00200856;RO=22;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965742;STB=0.554216;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0173258;OID=.;OPOS=11579470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:10:13:10:12:10:13:10:12 chr1 11579504 . G C 206.67 PASS AF=0.4375;AO=22;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0418284;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7133;QD=17.2223;RBI=0.0497909;REFB=-0.00175985;REVB=-0.0270095;RO=25;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131765;STB=0.585719;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000512556;OID=.;OPOS=11579504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:27:22:21:0.4375:11:11:16:9:11:10:17:10 chr1 11589911 . G A 163.19 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=70;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00879438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.649;QD=9.32505;RBI=0.0127518;REFB=-0.00785432;REVB=0.00923407;RO=48;SAF=8;SAR=14;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161701;STB=0.595656;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0176926;OID=.;OPOS=11589911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:48:48:22:22:0.314286:14:8:24:24:14:8:24:24 chr1 11710561 . T G 754.5 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.129;QD=56.9434;RBI=0.027618;REFB=0;REVB=0.0244553;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.81949e-05;OID=.;OPOS=11710561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:25:27:0:0:26:27:0:0 chr1 11772491 . C A 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0132763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1981;QD=16.1187;RBI=0.0166085;REFB=0.0225874;REVB=0.00997902;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261872;STB=0.515126;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.0256658;OID=.;OPOS=11772491;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:8:4:4:9:8:4:4:9 chr1 11810765 . T A 823.8 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416386;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.09;QD=55.8509;RBI=0.0574199;REFB=0;REVB=0.0395382;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00095937;OID=.;OPOS=11810765;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:59:0:0:54:59:1:27:27:0:0:30:29:0:0 chr1 11826630 . C T 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0112666;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=218.2;QD=34.666;RBI=0.0167432;REFB=-0.0607223;REVB=0.0123853;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545364;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000785152;OID=.;OPOS=11826630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:0:1:10:10:0.909091:5:5:0:0:5:5:0:1 chr1 11827304 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0017963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.372;QD=35.5759;RBI=0.00344532;REFB=0;REVB=0.00293999;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10407e-05;OID=.;OPOS=11827304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr1 11828238 . G A 160.25 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.814;QD=45.7857;RBI=0.0363627;REFB=0;REVB=-0.0206516;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.86055e-05;OID=.;OPOS=11828238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr1 11828319 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.682;QD=55.6561;RBI=0.0664062;REFB=0;REVB=0.0303528;RO=0;SAF=3;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258996;OID=.;OPOS=11828319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:24:3:0:0:24:3:0:0 chr1 11831615 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.313;QD=53.911;RBI=0.0364803;REFB=0;REVB=-0.0114132;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000405393;OID=.;OPOS=11831615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr1 11832311 . G C 323.28 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0604602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2145;QD=47.8932;RBI=0.0774116;REFB=-0.14755;REVB=0.0483438;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.538431;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0114434;OID=.;OPOS=11832311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:0:2:25:25:0.925926:12:13:0:0:12:13:0:2 chr1 11836628 . T C,G 770.8 PASS AF=0.959184,0.0408163;AO=47,2;DP=49;FAO=47,2;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22,1;FSAR=25,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279992,0.0288068;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=214.031,171.241;QD=62.9225;RBI=0.0416826,0.040726;REFB=0,0;REVB=0.0308786,0.0287885;RO=0;SAF=22,1;SAR=25,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00192673,0.0538887;OID=.,.;OPOS=11836628,11836628;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:49:49:0:0:47,2:47,2:0.959184,0.0408163:25,1:22,1:0:0:25,1:22,1:0:0 chr1 11836682 . C T 527.15 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0734801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.879;QD=58.5726;RBI=0.0757761;REFB=0;REVB=0.018512;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000638192;OID=.;OPOS=11836682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:19:16:0:0:19:17:0:0 chr1 11838848 . G T 726.64 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521279;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.35;QD=56.9913;RBI=0.0553068;REFB=0;REVB=0.0184803;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291745;OID=.;OPOS=11838848;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr1 11839966 . G A 618.67 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000870171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.88;QD=58.9212;RBI=0.0387466;REFB=-0.052489;REVB=0.0387368;RO=1;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208513;STB=0.511106;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0163915;OID=.;OPOS=11839966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:22:19:0:1:22:19:0:1 chr1 11839998 . T C 459.81 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0093492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.81;QD=57.4758;RBI=0.026119;REFB=0;REVB=-0.0243884;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.72521e-06;OID=.;OPOS=11839998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:16:15:0:0:17:15:0:0 chr1 11844330 . C T 1090.73 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0125833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.829;QD=57.4068;RBI=0.0130091;REFB=-0.099199;REVB=0.00330095;RO=2;SAF=25;SAR=49;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189179;STB=0.509997;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00107135;OID=.;OPOS=11844330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:49:25:0:2:49:25:0:2 chr1 11849447 . A G 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00990092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.427;QD=60.2278;RBI=0.0120052;REFB=0;REVB=0.00678944;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24837e-05;OID=.;OPOS=11849447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr1 11854457 . G A 785.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3974;QD=64.1507;RBI=0.0185711;REFB=0;REVB=-0.0104522;RO=0;SAF=11;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61841e-05;OID=.;OPOS=11854457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:38:11:0:0:38:11:0:0 chr1 11856378 . G A 376.89 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0169053;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7019;QD=18.3848;RBI=0.0203832;REFB=-0.00467351;REVB=-0.0113879;RO=43;SAF=15;SAR=24;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334137;STB=0.518654;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00515163;OID=.;OPOS=11856378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:43:43:39:39:0.47561:24:15:18:25:24:15:18:25 chr1 11884554 . GA G,GG 333.17 PASS AF=0.12,0.88;AO=3,22;DP=25;FAO=3,22;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=3,14;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00445622,0.00409791;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=240.794,256.067;QD=53.3073;RBI=0.0139936,0.0122531;REFB=0,0;REVB=0.0132651,0.0115475;RO=0;SAF=3,14;SAR=0,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00784893,-0.00111534;OID=.,.;OPOS=11884555,11884555;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.12,0.88:3,22:25:3,22:25:0:3,14:0,8:0:0:10:0:3,14:0,8:0:0 chr1 11888529 . TA AT,T 35.04 PASS AF=0.0222222,0.244444;AO=2,11;DP=44;FAO=1,11;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=1,5;FSAR=0,6;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0176816,0.0236978;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=2,1;MLLD=26.8824,8.98385;QD=3.11475;RBI=0.0965433,0.0632657;REFB=-0.0404752,-0.0803538;REVB=0.0949103,0.0586597;RO=28;SAF=2,4;SAR=0,7;SRF=7;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0.466667;SSSB=0.608688,0.152523;STB=0.993598,0.616824;STBP=0.157,0.407;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0664667,0.0940633;OID=.,.;OPOS=11888529,11888530;OREF=TA,A;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:33:44:45:28:33:2,11:1,11:0.0222222,0.244444:0,7:2,4:7:21:0,6:1,5:10:23 chr1 12010443 . G A 413.56 PASS AF=0.529412;AO=19;DP=83;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=34;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00996621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.829;QD=19.4618;RBI=0.024292;REFB=-0.0190367;REVB=-0.0221534;RO=15;SAF=14;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184605;STB=0.615426;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0216408;OID=.;OPOS=12010443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:15:40:19:45:0.529412:5:14:8:7:11:34:22:18 chr1 12024235 . C T 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0115589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3885;QD=9.10995;RBI=0.0289858;REFB=0.00626694;REVB=0.0265813;RO=16;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135949;STB=0.583131;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.00943561;OID=.;OPOS=12024235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:4:4:10:6:4:4:10:6 chr1 12082926 . A G 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00702154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.248;QD=12.7375;RBI=0.0471532;REFB=-0.0245283;REVB=-0.0466275;RO=28;SAF=6;SAR=10;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249201;STB=0.645887;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0470136;OID=.;OPOS=12082926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:10:6:17:11:10:6:17:11 chr1 12164437 . C T 374.23 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0228157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.416;QD=18.0351;RBI=0.0389838;REFB=-0.0133237;REVB=0.0316098;RO=43;SAF=18;SAR=21;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253018;STB=0.508376;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0109039;OID=.;OPOS=12164437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:44:39:39:0.46988:21:18:21:22:21:18:21:23 chr1 12175729 . C T 575.39 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.965;QD=60.5675;RBI=0.0378828;REFB=0;REVB=0.0240416;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129706;OID=.;OPOS=12175729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr1 12186058 . A G 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00121916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.927;QD=13.8996;RBI=0.0255077;REFB=-0.0365218;REVB=-0.0254785;RO=33;SAF=10;SAR=14;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130998;STB=0.566418;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0347408;OID=.;OPOS=12186058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:34:24:24:0.413793:14:10:18:15:14:10:18:16 chr1 12382669 . C T 421.37 PASS AF=0.672414;AO=39;DP=58;FAO=39;FDP=58;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0322955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.243;QD=29.0599;RBI=0.033777;REFB=-0.0321792;REVB=0.00989383;RO=18;SAF=20;SAR=19;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155121;STB=0.573675;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00883765;OID=.;OPOS=12382669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:18:19:39:39:0.672414:19:20:14:4:19:20:14:5 chr1 12401868 . A C 765.96 PASS AF=1;AO=41;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.116;QD=63.8303;RBI=0.0655785;REFB=0;REVB=0.0545593;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297521;OID=.;OPOS=12401868;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:41:48:1:25:16:0:0:29:19:0:0 chr1 12429611 . C T 251.14 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0459813;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.806;QD=14.5586;RBI=0.0462089;REFB=-0.0263287;REVB=-0.0045812;RO=38;SAF=9;SAR=20;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346309;STB=0.707824;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0340311;OID=.;OPOS=12429611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:38:40:29:29:0.42029:20:9:25:13:20:9:27:13 chr1 12638964 . T C 228.12 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0319266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2431;QD=21.7259;RBI=0.0372199;REFB=-0.0348886;REVB=-0.0191315;RO=20;SAF=4;SAR=18;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296114;STB=0.668398;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0245111;OID=.;OPOS=12638964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:18:4:9:11:18:4:9:11 chr1 12776344 . A T 1529.4 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5005;QD=63.7252;RBI=0.0289158;REFB=0;REVB=0.0106457;RO=0;SAF=46;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013893;OID=.;OPOS=12776344;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:49:46:0:0:50:46:0:0 chr1 12779560 . T C 887.93 PASS AF=0.984127;AO=57;DP=59;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00517618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.029;QD=56.3768;RBI=0.0194332;REFB=-0.0467965;REVB=0.0187312;RO=1;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016546;STB=0.507934;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000446212;OID=.;OPOS=12779560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:63:1:1:57:62:0.984127:28:29:0:1:31:31:0:1 chr1 12779618 . T C 1041.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.037;QD=59.5224;RBI=0.0285903;REFB=0;REVB=0.00520879;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86132e-05;OID=.;OPOS=12779618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:67:70:1:41:26:0:0:41:29:0:0 chr1 12785492 . CTG C,CT,CTT 556.38 PASS AF=0,0.605263,0.394737;AO=4,15,18;DP=38;FAO=0,23,15;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10,4;FSAR=0,13,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193997,-0.0190572,-0.018543;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=155.253,163.622,162.539;QD=58.5664;RBI=0.0265778,0.0190972,0.0210707;REFB=0,0,0;REVB=-0.0181667,-0.00123499,0.0100066;RO=0;SAF=0,6,7;SAR=4,9,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00737627,-0.0114096,0.017126;OID=.,.,.;OPOS=12785493,12785494,12785494;OREF=TG,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=C,CT,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.605263,0.394737:4,15,18:38:0,23,15:38:0:0,10,4:0,13,11:0:0:43:0:0,6,7:4,9,11:0:0 chr1 12799736 . C T 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.916;QD=60.8834;RBI=0.0385022;REFB=0;REVB=0.00869995;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122711;OID=.;OPOS=12799736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:47:30:0:0:47:30:0:0 chr1 12820870 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00688714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.62;QD=55.0978;RBI=0.0350218;REFB=0;REVB=0.0343379;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134737;OID=.;OPOS=12820870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr1 12835868 . T C 1032.2 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.193;QD=58.9827;RBI=0.0379921;REFB=0;REVB=0.0353804;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.40233e-05;OID=.;OPOS=12835868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:68:70:1:39:29:0:0:41:29:0:0 chr1 12837634 . T A 1663.9 PASS AF=0.982456;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0251321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4855;QD=58.3824;RBI=0.0472636;REFB=0.0452239;REVB=-0.0400278;RO=2;SAF=47;SAR=65;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00274591;STB=0.501446;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.00486712;OID=.;OPOS=12837634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:114:2:2:112:112:0.982456:65:47:1:1:65:47:1:1 chr1 12853403 . A C 62.24 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.122227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.829;QD=35.5639;RBI=0.130067;REFB=0;REVB=0.0444738;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0142138;OID=.;OPOS=12853403;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr1 12854428 . C T 483.73 PASS AF=0.897436;AO=34;DP=38;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00453432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.876;QD=49.6129;RBI=0.0272917;REFB=0.028646;REVB=0.0269124;RO=4;SAF=18;SAR=16;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00578303;STB=0.504422;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=-0.00263083;OID=.;OPOS=12854428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:38:39:4:4:34:35:0.897436:16:18:2:2:16:19:2:2 chr1 12854544 . T C 214.25 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00321843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.592;QD=45.1048;RBI=0.00645483;REFB=-0.105896;REVB=-0.00559523;RO=1;SAF=10;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437188;STB=0.523783;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00193844;OID=.;OPOS=12854544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:8:10:1:0:8:10:1:0 chr1 12855835 . C G 230.27 PASS AF=0.95;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.134772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2273;QD=46.0545;RBI=0.139098;REFB=0.0104861;REVB=-0.0344211;RO=1;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399301;STB=0.521716;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00266859;OID=.;OPOS=12855835;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:20:1:1:18:19:0.95:11:7:0:1:11:8:0:1 chr1 12855844 . GG AC,GC 250.04 PASS AF=0.15,0.85;AO=3,17;DP=20;FAO=3,17;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=1,7;FSAR=2,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0576764,-0.0830018;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=52.7618,89.6978;QD=50.0072;RBI=0.0593698,0.0830314;REFB=0,0;REVB=0.0140787,0.00221586;RO=0;SAF=1,7;SAR=2,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0558222,-0.0102734;OID=.,.;OPOS=12855844,12855845;OREF=GG,G;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:20:20:0:0:3,17:3,17:0.15,0.85:2,10:1,7:0:0:2,10:1,7:0:0 chr1 12855878 . A C 192.81 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0158002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.905;QD=40.5911;RBI=0.0280329;REFB=-0.0542926;REVB=0.0231559;RO=2;SAF=5;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151605;STB=0.583231;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0146129;OID=.;OPOS=12855878;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:2:2:17:17:0.894737:12:5:2:0:12:5:2:0 chr1 12856010 . C G 159.59 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=0.0255611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2724;QD=18.2392;RBI=0.0613407;REFB=-0.00513701;REVB=0.0557612;RO=18;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242757;STB=0.636222;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0155215;OID=.;OPOS=12856010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:7:10:15:3:7:10:15:3 chr1 12856106 . A G 43.4 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0138712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.354;QD=5.78655;RBI=0.015287;REFB=-0.0180757;REVB=0.00642513;RO=23;SAF=1;SAR=6;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.481938;STB=0.820058;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0367906;OID=.;OPOS=12856106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:6:1:12:11:6:1:12:11 chr1 12856111 . C T 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0279557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.28;QD=7.32775;RBI=0.0300674;REFB=-0.0188353;REVB=-0.0110694;RO=21;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137469;STB=0.585998;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0520819;OID=.;OPOS=12856111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:4:4:8:13:4:4:8:13 chr1 12887549 . T C 1062.26 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.070369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2318;QD=59.8454;RBI=0.0760213;REFB=0;REVB=-0.0287653;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000946335;OID=.;OPOS=12887549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:30:41:0:0:30:41:0:0 chr1 12888601 . G C,GC 165.73 PASS AF=0.0869565,0.782609;AO=2,13;DP=24;FAO=2,18;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=2,11;FSAR=0,7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0172523,0.0686059;FXX=0.0416493;HRUN=1,3;LEN=1,1;MLLD=179.665,19.7347;QD=28.8231;RBI=0.0327633,0.0795873;REFB=-0.00525081,-0.10461;REVB=-0.027853,-0.0403407;RO=9;SAF=2,6;SAR=0,7;SRF=7;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.502622,-0.225945;STB=0.991947,0.508371;STBP=0.367,0.911;TYPE=snp,ins;VARB=0.161204,0.0957956;OID=.,.;OPOS=12888601,12888602;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:12:24:23:9:3:2,13:2,18:0.0869565,0.782609:0,7:2,6:7:2:0,7:2,11:2:1 chr1 12907379 . T C 236.99 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.00955257;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.708;QD=13.3513;RBI=0.0170978;REFB=-0.00321698;REVB=0.0141803;RO=41;SAF=19;SAR=9;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236656;STB=0.518758;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00422503;OID=.;OPOS=12907379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:43:28:28:0.394366:9:19:27:14:9:19:28:15 chr1 12907396 . C G 134.26 PASS AF=0.273973;AO=20;DP=73;FAO=20;FDP=73;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.029043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.099;QD=7.35667;RBI=0.0449992;REFB=-0.0161611;REVB=-0.034372;RO=49;SAF=17;SAR=3;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345687;STB=0.734862;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0241042;OID=.;OPOS=12907396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:49:53:20:20:0.273973:3:17:31:18:3:17:32:21 chr1 12907449 . C G 238.94 PASS AF=0.381579;AO=26;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=-0.0039352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.812;QD=12.5758;RBI=0.0535209;REFB=-0.0185599;REVB=0.0533761;RO=42;SAF=18;SAR=8;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00230654;STB=0.509065;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.02896;OID=.;OPOS=12907449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:47:26:29:0.381579:8:18:29:13:9:20:33:14 chr1 12907496 . T C 188.85 PASS AF=0.367347;AO=17;DP=51;FAO=18;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.011582;FXX=0.039208;HRUN=5;LEN=1;MLLD=185.737;QD=15.4161;RBI=0.0164444;REFB=-0.0473611;REVB=-0.0116738;RO=19;SAF=16;SAR=1;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371589;STB=0.767336;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0300234;OID=.;OPOS=12907496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:19:25:17:18:0.367347:1:16:15:4:1:17:19:6 chr1 12907507 . CT TC 133.45 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.0373814;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=50.5863;QD=11.1208;RBI=0.0730018;REFB=-0.0306138;REVB=0.0627049;RO=29;SAF=15;SAR=1;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467214;STB=0.775398;STBP=0.059;TYPE=mnp;VARB=0.0911346;OID=.;OPOS=12907507;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:32:16:16:0.333333:1:15:21:8:1:15:24:8 chr1 12907524 . C T 55.09 PASS AF=0.225;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=6;FWDB=-0.0312141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8328;QD=5.50899;RBI=0.031245;REFB=-0.00648433;REVB=-0.00138832;RO=30;SAF=5;SAR=4;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323359;STB=0.705519;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0126953;OID=.;OPOS=12907524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:39:40:30:31:9:9:0.225:4:5:24:6:4:5:25:6 chr1 12907533 . T C 93.69 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00406592;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=210.227;QD=10.1288;RBI=0.0101672;REFB=-0.000359043;REVB=-0.00931883;RO=23;SAF=11;SAR=1;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.503103;STB=0.82245;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00626415;OID=.;OPOS=12907533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:35:37:23:25:12:12:0.324324:1:11:14:9:1:11:15:10 chr1 12907633 . G A 124.94 PASS AF=0.276923;AO=18;DP=65;FAO=18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00666553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.2359;QD=7.68865;RBI=0.0147851;REFB=-0.00304935;REVB=-0.0131974;RO=47;SAF=7;SAR=11;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22023;STB=0.63268;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0227026;OID=.;OPOS=12907633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:47:47:18:18:0.276923:11:7:27:20:11:7:27:20 chr1 12907762 . T C 168.37 PASS AF=0.181287;AO=31;DP=171;FAO=31;FDP=171;FR=.;FRO=140;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=77;FSRR=63;FWDB=-0.0109656;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.521;QD=3.93839;RBI=0.0266353;REFB=-0.00424722;REVB=-0.0242733;RO=138;SAF=8;SAR=23;SRF=76;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375956;STB=0.739535;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0285424;OID=.;OPOS=12907762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:138:140:31:31:0.181287:23:8:76:62:23:8:77:63 chr1 12907777 . T C 652.64 PASS AF=0.412429;AO=73;DP=177;FAO=73;FDP=177;FR=.;FRO=104;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=58;FSRR=46;FWDB=-0.0101856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7194;QD=14.749;RBI=0.0330756;REFB=-0.00627301;REVB=0.0314682;RO=102;SAF=31;SAR=42;SRF=58;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149483;STB=0.578079;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00640526;OID=.;OPOS=12907777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:102:104:73:73:0.412429:42:31:58:44:42:31:58:46 chr1 12907781 . T C 162.99 PASS AF=0.171271;AO=31;DP=180;FAO=31;FDP=181;FR=.;FRO=150;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=73;FSRR=77;FWDB=0.00271604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.9;QD=3.60199;RBI=0.025123;REFB=-0.00141197;REVB=-0.0249758;RO=149;SAF=17;SAR=14;SRF=73;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075;STB=0.551089;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00524374;OID=.;OPOS=12907781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:181:149:150:31:31:0.171271:14:17:73:76:14:17:73:77 chr1 12907798 . A C 191.62 PASS AF=0.191011;AO=34;DP=177;FAO=34;FDP=178;FR=.;FRO=144;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=68;FSRR=76;FWDB=-0.0226241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.727;QD=4.3061;RBI=0.0253332;REFB=-0.00654669;REVB=-0.0113984;RO=143;SAF=18;SAR=16;SRF=68;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689875;STB=0.546147;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0302233;OID=.;OPOS=12907798;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:178:143:144:34:34:0.191011:16:18:68:75:16:18:68:76 chr1 12907800 . A G 30.3 PASS AF=0.0666667;AO=12;DP=181;FAO=12;FDP=180;FR=.;FRO=168;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=77;FSRR=91;FWDB=-0.0208739;FXX=0.00552456;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8612;QD=0.673329;RBI=0.0314877;REFB=-0.0040424;REVB=-0.0235744;RO=162;SAF=10;SAR=2;SRF=73;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405749;STB=0.841835;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0585214;OID=.;OPOS=12907800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:181:180:162:168:12:12:0.0666667:2:10:73:89:2:10:77:91 chr1 12907802 . CC TT 200.5 PASS AF=0.195531;AO=35;DP=179;FAO=35;FDP=179;FR=.;FRO=144;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=68;FSRR=76;FWDB=-0.0191508;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=188.697;QD=4.4804;RBI=0.0197497;REFB=-0.00346656;REVB=-0.00482661;RO=143;SAF=19;SAR=16;SRF=68;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861122;STB=0.556656;STBP=0.443;TYPE=mnp;VARB=0.0148032;OID=.;OPOS=12907802;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:143:144:35:35:0.195531:16:19:68:75:16:19:68:76 chr1 12907837 . C T 324.78 PASS AF=0.264045;AO=47;DP=178;FAO=47;FDP=178;FR=.;FRO=131;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=62;FSRR=69;FWDB=-0.00995435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.908;QD=7.29841;RBI=0.0163084;REFB=-0.0110098;REVB=-0.0129181;RO=130;SAF=25;SAR=22;SRF=61;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773614;STB=0.543071;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0359678;OID=.;OPOS=12907837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:130:131:47:47:0.264045:22:25:61:69:22:25:62:69 chr1 12907843 . T G 30.66 PASS AF=0.0666667;AO=12;DP=180;FAO=12;FDP=180;FR=.;FRO=168;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=90;FSRR=78;FWDB=-0.00740437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.291;QD=0.681295;RBI=0.0471485;REFB=-0.00544679;REVB=-0.0465635;RO=167;SAF=3;SAR=9;SRF=90;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305508;STB=0.761866;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0459848;OID=.;OPOS=12907843;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:180:180:167:168:12:12:0.0666667:9:3:90:77:9:3:90:78 chr1 12907885 . T C 625.86 PASS AF=0.382979;AO=72;DP=188;FAO=72;FDP=188;FR=.;FRO=116;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=57;FSRR=59;FWDB=0.0102436;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.124;QD=13.3162;RBI=0.0127366;REFB=-0.00969173;REVB=-0.00756895;RO=116;SAF=41;SAR=31;SRF=57;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857148;STB=0.548441;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0120836;OID=.;OPOS=12907885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:116:116:72:72:0.382979:31:41:57:59:31:41:57:59 chr1 12918891 . A C 137.63 PASS AF=0.211538;AO=22;DP=104;FAO=22;FDP=104;FR=.;FRO=82;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.000242107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.561;QD=5.29346;RBI=0.0459359;REFB=-0.0065825;REVB=-0.0459353;RO=82;SAF=14;SAR=8;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232275;STB=0.645086;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.039503;OID=.;OPOS=12918891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:82:82:22:22:0.211538:8:14:37:45:8:14:37:45 chr1 12919064 . T G 295.14 PASS AF=0.33913;AO=34;DP=110;FAO=39;FDP=115;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=55;FWDB=0.0318679;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.549;QD=10.2658;RBI=0.0330495;REFB=-0.0156822;REVB=-0.00875814;RO=74;SAF=16;SAR=18;SRF=19;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260063;STB=0.640384;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0361556;OID=.;OPOS=12919064;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:115:74:76:34:39:0.33913:18:16:19:55:20:19:21:55 chr1 12919111 . G A 120.25 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=71;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=37;FWDB=-0.0148692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8723;QD=6.77443;RBI=0.0430449;REFB=0.00958928;REVB=0.0403952;RO=52;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298074;STB=0.683706;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.0272376;OID=.;OPOS=12919111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:52:53:18:18:0.253521:8:10:16:36:8:10:16:37 chr1 12919872 . T G 124.19 PASS AF=0.188034;AO=21;DP=116;FAO=22;FDP=117;FR=.;FRO=95;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=61;FWDB=-0.00637585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5259;QD=4.24569;RBI=0.00793371;REFB=-0.00351642;REVB=-0.00472147;RO=95;SAF=12;SAR=9;SRF=34;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267604;STB=0.682517;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0119783;OID=.;OPOS=12919872;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:95:95:21:22:0.188034:9:12:34:61:9:13:34:61 chr1 12919891 . G T 104.6 PASS AF=0.174312;AO=19;DP=110;FAO=19;FDP=109;FR=.;FRO=90;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=60;FWDB=-0.0205494;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.345;QD=3.83837;RBI=0.0284441;REFB=-0.00264282;REVB=-0.0196669;RO=81;SAF=10;SAR=9;SRF=28;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228914;STB=0.656991;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0133284;OID=.;OPOS=12919891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:81:90:19:19:0.174312:9:10:28:53:9:10:30:60 chr1 12919934 . A G 158.89 PASS AF=0.23301;AO=24;DP=103;FAO=24;FDP=103;FR=.;FRO=79;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=49;FWDB=-0.00226168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7322;QD=6.17044;RBI=0.0162385;REFB=0.00715663;REVB=0.0160802;RO=79;SAF=12;SAR=12;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151062;STB=0.592159;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.0272345;OID=.;OPOS=12919934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:79:79:24:24:0.23301:12:12:30:49:12:12:30:49 chr1 12921127 . A G 87.68 PASS AF=0.192308;AO=15;DP=78;FAO=15;FDP=78;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.00808786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.674;QD=4.49628;RBI=0.0117898;REFB=0.00594513;REVB=0.0085782;RO=63;SAF=9;SAR=6;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569893;STB=0.536793;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=-0.0210792;OID=.;OPOS=12921127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:78:78:63:63:15:15:0.192308:6:9:35:28:6:9:35:28 chr1 13001312 . C G 560.82 PASS AF=0.547368;AO=51;DP=94;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.00747562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.377;QD=23.6133;RBI=0.0198494;REFB=-0.0154039;REVB=-0.0183879;RO=43;SAF=33;SAR=18;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173364;STB=0.512861;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0144807;OID=.;OPOS=13001312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:43:43:51:52:0.547368:18:33:27:16:18:34:27:16 chr1 13052789 . G A 1023.67 PASS AF=0.622378;AO=89;DP=143;FAO=89;FDP=143;FR=.;FRO=54;FSAF=66;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0101113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2719;QD=28.6342;RBI=0.0443369;REFB=-0.0342507;REVB=-0.0431686;RO=51;SAF=66;SAR=23;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140342;STB=0.591796;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0210877;OID=.;OPOS=13052789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:51:54:89:89:0.622378:23:66:29:22:23:66:29:25 chr1 13052871 . C T 1950.26 PASS AF=0.707965;AO=157;DP=223;FAO=160;FDP=226;FR=.;FRO=66;FSAF=98;FSAR=62;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.0170313;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.228;QD=34.518;RBI=0.0173135;REFB=-0.0251333;REVB=0.003113;RO=66;SAF=97;SAR=60;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419319;STB=0.520432;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00953163;OID=.;OPOS=13052871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:226:66:66:157:160:0.707965:60:97:36:30:62:98:36:30 chr1 13052907 . T C 3250.09 PASS AF=0.990654;AO=203;DP=208;FAO=212;FDP=214;FR=.;FRO=2;FSAF=121;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0199696;FXX=0.00925883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.754;QD=60.7494;RBI=0.0207013;REFB=-0.0745754;REVB=0.00545518;RO=1;SAF=114;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00532186;STB=0.505434;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00103541;OID=.;OPOS=13052907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:208:214:1:2:203:212:0.990654:89:114:0:1:91:121:0:2 chr1 13183248 . TC AA 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0147976;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=200.461;QD=11.6342;RBI=0.0329691;REFB=-0.0238978;REVB=0.0294617;RO=16;SAF=8;SAR=2;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230172;STB=0.63969;STBP=0.336;TYPE=mnp;VARB=0.0300573;OID=.;OPOS=13183248;OREF=TC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:2:8:10:6:2:8:10:6 chr1 13183439 . T C 2241.28 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140344;FXX=0.013985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.85;QD=63.5825;RBI=0.0187745;REFB=0;REVB=0.0124707;RO=0;SAF=67;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203242;OID=.;OPOS=13183439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:141:0:0:138:141:1:71:67:0:0:71:70:0:0 chr1 13183472 . G A 189.06 PASS AF=0.203947;AO=31;DP=152;FAO=31;FDP=152;FR=.;FRO=121;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=62;FSRR=59;FWDB=0.0239778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2134;QD=4.97523;RBI=0.0490065;REFB=0.00411831;REVB=0.04274;RO=121;SAF=18;SAR=13;SRF=62;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876252;STB=0.554759;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.0180312;OID=.;OPOS=13183472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:121:121:31:31:0.203947:13:18:62:59:13:18:62:59 chr1 13183511 . T C 330.9 PASS AF=0.336;AO=40;DP=123;FAO=42;FDP=125;FR=.;FRO=83;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=51;FSRR=32;FWDB=0.0115006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.927;QD=10.5887;RBI=0.0194881;REFB=-0.0126842;REVB=-0.0157329;RO=82;SAF=19;SAR=21;SRF=51;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169868;STB=0.575965;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0194191;OID=.;OPOS=13183511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:82:83:40:42:0.336:21:19:51:31:21:21:51:32 chr1 13183528 . A C 196.05 PASS AF=0.261261;AO=29;DP=109;FAO=29;FDP=111;FR=.;FRO=82;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=49;FSRR=33;FWDB=-0.0166058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.226;QD=7.06482;RBI=0.0212229;REFB=-0.00705544;REVB=-0.0132159;RO=80;SAF=14;SAR=15;SRF=49;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158782;STB=0.584359;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0222229;OID=.;OPOS=13183528;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:80:82:29:29:0.261261:15:14:49:31:15:14:49:33 chr1 13183530 . A G 32.53 PASS AF=0.0841121;AO=9;DP=107;FAO=9;FDP=107;FR=.;FRO=98;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=56;FSRR=42;FWDB=-0.0264661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.705;QD=1.21623;RBI=0.0275239;REFB=0.000861046;REVB=-0.00755727;RO=94;SAF=4;SAR=5;SRF=52;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122867;STB=0.614507;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.0138727;OID=.;OPOS=13183530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:107:107:94:98:9:9:0.0841121:5:4:52:42:5:4:56:42 chr1 13183532 . CC TT 178.66 PASS AF=0.252427;AO=26;DP=103;FAO=26;FDP=103;FR=.;FRO=77;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=46;FSRR=31;FWDB=-0.0103001;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=171.174;QD=6.93804;RBI=0.0109583;REFB=-0.0051097;REVB=0.00374067;RO=77;SAF=12;SAR=14;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166827;STB=0.600516;STBP=0.243;TYPE=mnp;VARB=0.0134561;OID=.;OPOS=13183532;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:77:77:26:26:0.252427:14:12:46:31:14:12:46:31 chr1 13183567 . C T 62.98 PASS AF=0.155844;AO=12;DP=77;FAO=12;FDP=77;FR=.;FRO=65;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=-0.0304148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.958;QD=3.27145;RBI=0.0307692;REFB=-0.00434365;REVB=-0.0046562;RO=64;SAF=3;SAR=9;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431149;STB=0.790959;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0286724;OID=.;OPOS=13183567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:77:77:64:65:12:12:0.155844:9:3:39:25:9:3:40:25 chr1 13183573 . G T 75.81 PASS AF=0.206897;AO=12;DP=58;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00720064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.003;QD=5.22802;RBI=0.0187532;REFB=-0.0109504;REVB=-0.0173157;RO=46;SAF=5;SAR=7;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155702;STB=0.599835;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0281656;OID=.;OPOS=13183573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:58:58:46:46:12:12:0.206897:7:5:25:21:7:5:25:21 chr1 13448283 . A G 243.3 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202182;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1441;QD=51.2209;RBI=0.0531242;REFB=0;REVB=0.0491264;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010725;OID=.;OPOS=13448283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr1 13448351 . T C 149.39 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577899;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.345;QD=45.9646;RBI=0.0579966;REFB=0;REVB=0.00489244;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00190001;OID=.;OPOS=13448351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr1 13474934 . G A 32.44 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0474653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.4546;QD=16.2215;RBI=0.0641037;REFB=-0.0400751;REVB=0.0430852;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116878;STB=0.57112;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0338171;OID=.;OPOS=13474934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:4:1:1:2:4:1:1:2 chr1 13474951 . C G 37.78 PASS AF=0.375;AO=5;DP=14;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.023386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.318;QD=9.44613;RBI=0.0300498;REFB=-0.0104504;REVB=-0.0188702;RO=9;SAF=0;SAR=5;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.663036;STB=0.583088;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0144169;OID=.;OPOS=13474951;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:14:16:9:10:5:6:0.375:5:0:1:8:5:1:1:9 chr1 13474974 . G A 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0102375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.453;QD=18.6448;RBI=0.0186394;REFB=0.00430215;REVB=0.0155762;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228752;STB=0.629457;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.00230191;OID=.;OPOS=13474974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:7:7:3:10:7:7:3:10 chr1 13695787 . C G 195.27 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0033619;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.693;QD=48.8167;RBI=0.0119768;REFB=0;REVB=0.0114953;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95185e-05;OID=.;OPOS=13695787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr1 13695816 . G A 464.14 PASS AF=1;AO=26;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00651328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.712;QD=58.0181;RBI=0.0375349;REFB=0;REVB=0.0369654;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134747;OID=.;OPOS=13695816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:26:32:1:10:16:0:0:16:16:0:0 chr1 13802325 . T C 173.74 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0267186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.975;QD=12.8693;RBI=0.0303448;REFB=-0.0211378;REVB=-0.0143847;RO=33;SAF=9;SAR=12;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601501;STB=0.534726;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0269419;OID=.;OPOS=13802325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:33:21:21:0.388889:12:9:16:17:12:9:16:17 chr1 13802437 . G A 341.93 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0326037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.661;QD=21.7099;RBI=0.0409083;REFB=-0.0192847;REVB=0.0247081;RO=28;SAF=15;SAR=20;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226889;STB=0.624931;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00952953;OID=.;OPOS=13802437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:20:15:20:8:20:15:20:8 chr1 13910417 . C T 654.16 PASS AF=0.909091;AO=50;DP=56;FAO=50;FDP=55;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0118857;FXX=0.017854;HRUN=7;LEN=1;MLLD=172.387;QD=47.5749;RBI=0.0158424;REFB=-0.114216;REVB=0.0104743;RO=3;SAF=11;SAR=39;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663397;STB=0.547623;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.000923483;OID=.;OPOS=13910417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:56:55:3:5:50:50:0.909091:39:11:2:1:39:11:3:2 chr1 13940864 . C G 1283.35 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00235125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.053;QD=61.8481;RBI=0.0111441;REFB=0;REVB=0.0108933;RO=0;SAF=33;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08261e-05;OID=.;OPOS=13940864;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:50:33:0:0:50:33:0:0 chr1 13944235 . AC ACTT,TT 644.44 PASS AF=0.930233,0.0697674;AO=36,3;DP=43;FAO=40,3;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25,3;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000922176,-0.011253;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,2;MLLD=40.9787,156.011;QD=59.9481;RBI=0.0513169,0.0119173;REFB=0,0;REVB=0.0513087,-0.0039233;RO=0;SAF=23,3;SAR=13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.21415e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.00528567,0.0262605;OID=.,.;OPOS=13944237,13944235;OREF=-,AC;OALT=TT,TT;OMAPALT=ACTT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:43:43:0:0:36,3:40,3:0.930233,0.0697674:13,0:23,3:0:0:15,0:25,3:0:0 chr1 13944293 . CCTTT C 36.86 PASS AF=0.209302;AO=8;DP=48;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.002412;FXX=0.0850883;HRUN=2;LEN=4;MLLD=249.523;QD=3.42854;RBI=0.00312952;REFB=-0.00200058;REVB=0.00199403;RO=33;SAF=5;SAR=3;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619515;STB=0.566514;STBP=0.662;TYPE=del;VARB=0.0071865;OID=.;OPOS=13944294;OREF=CTTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.209302:8:48:9:43:34:6:3:20:14:36:33:5:3:19:14 chr1 14105139 . T A 199.46 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=26;FWDB=-0.0361269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.886;QD=15.6438;RBI=0.037569;REFB=-0.063094;REVB=0.0103092;RO=29;SAF=1;SAR=21;SRF=3;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240299;STB=0.641062;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0509759;OID=.;OPOS=14105139;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:21:1:3:26:21:1:3:26 chr1 14105298 . G A 93.31 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.060788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9376;QD=19.645;RBI=0.060801;REFB=0.0195907;REVB=-0.00125734;RO=8;SAF=1;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383323;STB=0.726749;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.0173774;OID=.;OPOS=14105298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:10:1:3:5:10:1:3:5 chr1 14106394 . A ACTC 217.88 PASS AF=0.478261;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0175899;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=3;MLLD=161.624;QD=18.9463;RBI=0.0250927;REFB=-0.00319528;REVB=0.0178953;RO=25;SAF=15;SAR=6;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039283;STB=0.538426;STBP=0.643;TYPE=ins;VARB=0.00562346;OID=.;OPOS=14106395;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=ACTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261:21:47:22:46:24:16:6:16:8:99:25:15:6:17:8 chr1 14109114 . A G 417.96 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.033576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7931;QD=19.903;RBI=0.0452197;REFB=0.00138045;REVB=-0.0302899;RO=41;SAF=21;SAR=21;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543354;STB=0.535697;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=-0.00297729;OID=.;OPOS=14109114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:42:42:42:0.5:21:21:23:18:21:21:24:18 chr1 14143003 . A G 1515.41 PASS AF=1;AO=94;DP=97;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158516;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.087;QD=63.8068;RBI=0.0190739;REFB=0;REVB=0.0106086;RO=0;SAF=27;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6995e-05;OID=.;OPOS=14143003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:95:0:0:94:95:1:67:27:0:0:67:28:0:0 chr1 14149622 . T C 518.18 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.356;QD=59.22;RBI=0.0331479;REFB=0;REVB=0.0284344;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133197;OID=.;OPOS=14149622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:17:16:0:0:18:17:0:0 chr1 14150709 . C T 1903.44 PASS AF=0.984252;AO=124;DP=126;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0169777;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.815;QD=59.9509;RBI=0.0270382;REFB=0.00309825;REVB=0.0210433;RO=2;SAF=50;SAR=74;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126669;STB=0.506578;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=1.96802e-05;OID=.;OPOS=14150709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:126:127:2:2:124:125:0.984252:74:50:0:2:75:50:0:2 chr1 14150714 . G A 1653.91 PASS AF=0.966102;AO=114;DP=118;FAO=114;FDP=118;FR=.;FRO=4;FSAF=49;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0393088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4701;QD=56.0648;RBI=0.0857048;REFB=-0.128398;REVB=0.0761585;RO=3;SAF=49;SAR=65;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214091;STB=0.514923;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.017151;OID=.;OPOS=14150714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:118:118:3:4:114:114:0.966102:65:49:0:3:65:49:0:4 chr1 14150740 . G T 1557.63 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00658872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.301;QD=58.7785;RBI=0.0277119;REFB=-0.116183;REVB=0.0269173;RO=0;SAF=48;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279422;OID=.;OPOS=14150740;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:106:106:0:0:105:106:1:57:48:0:0:58:48:0:0 chr1 14150992 . T C,G 1110.62 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=67,6;DP=73;FAO=72,4;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=23,3;FSAR=49,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0068921,0.000606293;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=192.791,142.687;QD=58.4539;RBI=0.0521762,0.0417574;REFB=0,0;REVB=0.051719,0.041753;RO=0;SAF=20,5;SAR=47,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00331786,0.051374;OID=.,.;OPOS=14150992,14150992;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:73:76:0:0:67,6:72,4:0.947368,0.0526316:47,1:20,5:0:0:49,1:23,3:0:0 chr1 14220186 . A G 454.88 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.000614194;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.867;QD=22.4634;RBI=0.0122407;REFB=-0.0180168;REVB=0.0122253;RO=36;SAF=27;SAR=17;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494004;STB=0.534638;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0141029;OID=.;OPOS=14220186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:36:37:44:44:0.54321:17:27:20:16:17:27:20:17 chr1 14450771 . G A 182.69 PASS AF=0.315789;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.0229161;FXX=0.0129853;HRUN=5;LEN=1;MLLD=187.841;QD=9.61513;RBI=0.0364711;REFB=-0.0136648;REVB=-0.0283724;RO=49;SAF=5;SAR=19;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253031;STB=0.650546;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0215108;OID=.;OPOS=14450771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:49:52:24:24:0.315789:19:5:19:30:19:5:20:32 chr1 14506944 . C A 291.07 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.00434687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.32;QD=26.4613;RBI=0.00794305;REFB=0.000928635;REVB=-0.00664806;RO=18;SAF=11;SAR=15;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257637;STB=0.642018;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00073197;OID=.;OPOS=14506944;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:15:11:14:4:15:11:14:4 chr1 15438990 . G A 855.49 PASS AF=0.969231;AO=61;DP=66;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0460905;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9424;QD=52.6455;RBI=0.0817043;REFB=-0.220781;REVB=0.067463;RO=4;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471381;STB=0.512191;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00889389;OID=.;OPOS=15438990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:66:65:4:2:61:63:0.969231:38:23:0:4:40:23:0:2 chr1 15490865 . T A 323.02 PASS AF=0.387097;AO=36;DP=95;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.00585908;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.881;QD=13.8933;RBI=0.0118217;REFB=-0.0208141;REVB=0.0102676;RO=58;SAF=18;SAR=18;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05596;STB=0.526867;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0281174;OID=.;OPOS=15490865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:58:57:36:36:0.387097:18:18:26:32:18:18:26:31 chr1 15495110 . A G 410.27 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00227989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.197;QD=18.234;RBI=0.010798;REFB=-0.00604672;REVB=0.0105546;RO=48;SAF=18;SAR=24;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127929;STB=0.571395;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00841453;OID=.;OPOS=15495110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:48:42:42:0.466667:24:18:27:21:24:18:27:21 chr1 15497727 . T C 483.25 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.588;QD=58.5761;RBI=0.0328812;REFB=0;REVB=0.0250576;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270906;OID=.;OPOS=15497727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr1 15541607 . T C 755.93 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00762337;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.204;QD=57.0515;RBI=0.0270548;REFB=0;REVB=0.0259585;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.27412e-05;OID=.;OPOS=15541607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:21:31:0:0:22:31:0:0 chr1 15599021 . C T 193.03 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.059845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7951;QD=24.9065;RBI=0.0601556;REFB=-0.0414758;REVB=0.00610592;RO=12;SAF=7;SAR=12;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910107;STB=0.55051;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0299244;OID=.;OPOS=15599021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:12:7:3:9:12:7:3:9 chr1 15623214 . A G 130.66 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.000209687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.145;QD=13.7531;RBI=0.00712286;REFB=-0.00613029;REVB=-0.00711977;RO=23;SAF=5;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244146;STB=0.642664;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0077607;OID=.;OPOS=15623214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:10:5:13:10:10:5:13:10 chr1 15627776 . G A 87.43 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0978292;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7653;QD=10.9287;RBI=0.0985517;REFB=0.00362074;REVB=0.0119115;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332878;STB=0.695819;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00769183;OID=.;OPOS=15627776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:33:32:21:21:11:11:0.34375:5:6:5:16:5:6:5:16 chr1 15714831 . C T 57.06 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0662646;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.6;QD=28.5295;RBI=0.0683422;REFB=0.0913742;REVB=0.016723;RO=1;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124421;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.0144472;OID=.;OPOS=15714831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:4:3:1:0:4:3:1:0 chr1 15723843 . G A 291.13 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0130274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.172;QD=14.3767;RBI=0.0130334;REFB=-0.0139094;REVB=0.000394969;RO=48;SAF=15;SAR=18;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908;STB=0.551538;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0153187;OID=.;OPOS=15723843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:33:33:0.407407:18:15:26:22:18:15:26:22 chr1 15754484 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.495;QD=58.4197;RBI=0.0406098;REFB=0;REVB=0.0252745;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.61449e-06;OID=.;OPOS=15754484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:27:36:0:0:27:36:0:0 chr1 15788269 . A C 442.93 PASS AF=0.636364;AO=39;DP=63;FAO=42;FDP=66;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0253155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0318;QD=26.8444;RBI=0.0276421;REFB=0.0121573;REVB=0.0111;RO=24;SAF=12;SAR=27;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176387;STB=0.603813;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00893342;OID=.;OPOS=15788269;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:24:24:39:42:0.636364:27:12:13:11:30:12:13:11 chr1 15788630 . G A 142.6 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.0262694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.744;QD=8.26648;RBI=0.0377749;REFB=-0.00549142;REVB=-0.0271451;RO=49;SAF=14;SAR=6;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904866;STB=0.554399;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0170168;OID=.;OPOS=15788630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:49:49:20:20:0.289855:6:14:31:18:6:14:31:18 chr1 15788693 . C T 145.03 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0220965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.356;QD=8.78942;RBI=0.0227118;REFB=-0.00268769;REVB=0.00525104;RO=42;SAF=12;SAR=8;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889874;STB=0.540332;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00897098;OID=.;OPOS=15788693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:46:20:20:0.30303:8:12:22:20:8:12:25:21 chr1 15789297 . A C 205.17 PASS AF=0.45098;AO=22;DP=49;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.031832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.951;QD=16.0915;RBI=0.0425192;REFB=-0.0167265;REVB=-0.0281888;RO=26;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08007;STB=0.531489;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.023083;OID=.;OPOS=15789297;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:26:28:22:23:0.45098:10:12:12:14:11:12:13:15 chr1 15808198 . C T 837.11 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0560822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.747;QD=55.8072;RBI=0.060126;REFB=0.0733895;REVB=-0.0216776;RO=1;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149779;STB=0.507934;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000716134;OID=.;OPOS=15808198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:31:28:0:1:31:28:0:1 chr1 15808767 . G A 786.59 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00174084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.492;QD=64.2114;RBI=0.0477428;REFB=0;REVB=0.047711;RO=0;SAF=37;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48577e-05;OID=.;OPOS=15808767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:11:37:0:0:12:37:0:0 chr1 15808872 . G A 1026.41 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.456;QD=59.5022;RBI=0.0407764;REFB=0;REVB=0.0187964;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114664;OID=.;OPOS=15808872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:32:36:0:0:32:37:0:0 chr1 15809876 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.076;QD=53.2757;RBI=0.0353343;REFB=0;REVB=0.0133546;RO=0;SAF=2;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222313;OID=.;OPOS=15809876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:21:2:0:0:21:2:0:0 chr1 15812432 . A G 1034.87 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0016457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.288;QD=59.1354;RBI=0.0228659;REFB=0;REVB=0.0228066;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142206;OID=.;OPOS=15812432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:31:38:0:0:31:39:0:0 chr1 15832543 . T C 754.46 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00537997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.472;QD=56.9403;RBI=0.018719;REFB=0;REVB=0.0179292;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.91263e-05;OID=.;OPOS=15832543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:23:28:0:0:23:30:0:0 chr1 15844615 . A G 1339.14 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.621;QD=62.2854;RBI=0.027283;REFB=0;REVB=0.019334;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.56399e-05;OID=.;OPOS=15844615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:84:86:1:44:40:0:0:45:41:0:0 chr1 15850613 . G A 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0347119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.8298;QD=30.7903;RBI=0.0993345;REFB=-0.0949987;REVB=-0.0930722;RO=1;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174483;STB=0.599732;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00956515;OID=.;OPOS=15850613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:2:6:0:1:2:6:0:1 chr1 15909850 . C G 503.39 PASS AF=0.9;AO=36;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0294164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.5904;QD=50.3387;RBI=0.0320958;REFB=-0.0152644;REVB=0.012838;RO=3;SAF=16;SAR=20;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161911;STB=0.519763;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0010742;OID=.;OPOS=15909850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:40:40:3:4:36:36:0.9:20:16:1:2:20:16:1:3 chr1 16096934 . C T 229.12 PASS AF=0.95;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0985577;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=36.5334;QD=45.8249;RBI=0.0987486;REFB=-0.118347;REVB=0.00613789;RO=1;SAF=13;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340316;STB=0.517223;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0133108;OID=.;OPOS=16096934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:19:20:1:1:18:19:0.95:5:13:1:0:5:14:1:0 chr1 16256007 . T C 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0566622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.522;QD=16.8988;RBI=0.0571686;REFB=-0.00791827;REVB=0.00759205;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453193;STB=0.526263;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00338384;OID=.;OPOS=16256007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:5:5:4:5:5:5:4:5 chr1 16258927 . GA G 41.23 PASS AF=0.6;AO=7;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0505627;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.6776;QD=10.9958;RBI=0.0746206;REFB=-0.108066;REVB=0.0548785;RO=6;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364235;STB=0.533262;STBP=0.817;TYPE=del;VARB=0.0985113;OID=.;OPOS=16258928;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:7:15:9:15:6:2:7:1:5:27:6:1:6:1:5 chr1 16259813 . A G 137.87 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00371079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0275;QD=19.0167;RBI=0.0217592;REFB=0.0225378;REVB=0.0214405;RO=14;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148555;STB=0.584364;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.0232701;OID=.;OPOS=16259813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:7:8:5:9:7:8:5:9 chr1 16272250 . A G 130.91 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00853863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.861;QD=22.7664;RBI=0.0233119;REFB=-0.0358377;REVB=-0.0216918;RO=8;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775029;STB=0.559359;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0155999;OID=.;OPOS=16272250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:22:23:8:9:14:14:0.608696:9:5:2:6:9:5:2:7 chr1 16330816 . C T 188.06 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.000535825;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.652;QD=14.75;RBI=0.0134923;REFB=-0.0226904;REVB=-0.0134817;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119288;STB=0.505613;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0269766;OID=.;OPOS=16330816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:28:30:21:21:0.411765:10:11:15:13:10:11:16:14 chr1 16332571 . C T 74.36 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.111104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2423;QD=10.623;RBI=0.120138;REFB=0.0171956;REVB=-0.0457065;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218469;STB=0.606938;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=-0.0294535;OID=.;OPOS=16332571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:17:18:10:10:0.357143:5:5:5:12:5:5:6:12 chr1 16341649 . C T 912.18 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0348089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.542;QD=55.2838;RBI=0.0663761;REFB=-0.157124;REVB=0.0565166;RO=1;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185161;STB=0.503475;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.000547979;OID=.;OPOS=16341649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:1:2:64:64:0.969697:25:39:0:1:25:39:1:1 chr1 16341733 . T C 938.28 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0118641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.304;QD=56.8652;RBI=0.0234439;REFB=0.0799721;REVB=-0.0202203;RO=0;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.000164458;OID=.;OPOS=16341733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:66:0:1:64:65:0.984848:36:28:0:0:36:29:1:0 chr1 16342237 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.208;QD=57.2025;RBI=0.0320989;REFB=0;REVB=0.0053025;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223226;OID=.;OPOS=16342237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:23:7:0:0:23:7:0:0 chr1 16344360 . A G 2709.23 PASS AF=1;AO=163;DP=168;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.899;QD=61.2256;RBI=0.0648398;REFB=0;REVB=0.0596507;RO=0;SAF=85;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108933;OID=.;OPOS=16344360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:168:177:0:0:163:177:1:78:85:0:0:85:92:0:0 chr1 16344402 . G A 2497.08 PASS AF=0.993976;AO=161;DP=164;FAO=165;FDP=166;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.187672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2115;QD=60.1705;RBI=0.192641;REFB=-0.0229815;REVB=0.0434727;RO=3;SAF=69;SAR=92;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202343;STB=0.503401;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00520321;OID=.;OPOS=16344402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:164:166:3:1:161:165:0.993976:92:69:3:0:92:73:1:0 chr1 16344494 . G A 893.84 PASS AF=0.969231;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.051489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9809;QD=55.0054;RBI=0.166467;REFB=0.0136681;REVB=0.158304;RO=2;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235969;STB=0.512191;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00151458;OID=.;OPOS=16344494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:65:2:2:62:63:0.969231:39:23:0:2:40:23:0:2 chr1 16344625 . C G 1328.45 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00612007;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.745;QD=61.0781;RBI=0.0105179;REFB=-0.0105264;REVB=0.00855398;RO=1;SAF=62;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00758154;STB=0.503999;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000477786;OID=.;OPOS=16344625;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:24:62:1:0:24:62:1:0 chr1 16344664 . G A 390.87 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=15;FWDB=-0.00690487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.514;QD=16.6328;RBI=0.0296244;REFB=-0.0199211;REVB=0.0288084;RO=53;SAF=23;SAR=18;SRF=38;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163395;STB=0.591234;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0329157;OID=.;OPOS=16344664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:53:53:41:41:0.43617:18:23:38:15:18:23:38:15 chr1 16344683 . C T 568.31 PASS AF=0.571429;AO=52;DP=91;FAO=52;FDP=91;FR=.;FRO=39;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0191569;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.113;QD=24.9804;RBI=0.0208078;REFB=-0.0361941;REVB=0.00812269;RO=39;SAF=36;SAR=16;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903854;STB=0.549599;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0294922;OID=.;OPOS=16344683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:39:39:52:52:0.571429:16:36:23:16:16:36:23:16 chr1 16345735 . C T 176.23 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0204922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.285;QD=20.7327;RBI=0.0277715;REFB=-0.010298;REVB=-0.0187437;RO=16;SAF=15;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403992;STB=0.731415;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00941108;OID=.;OPOS=16345735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:3:15:7:9:3:15:7:9 chr1 16351274 . CA CG,GG 842.5 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=53,4;DP=60;FAO=56,4;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32,4;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247207,-0.0104881;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=157.793,192.653;QD=56.167;RBI=0.0326768,0.0495777;REFB=0,0;REVB=-0.0213696,-0.0484556;RO=0;SAF=32,4;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.81969e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000187513,0.0157647;OID=.,.;OPOS=16351275,16351274;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:60:60:0:0:53,4:56,4:0.933333,0.0666667:21,0:32,4:0:0:24,0:32,4:0:0 chr1 16356501 . G A 340.61 PASS AF=1;AO=23;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.272;QD=54.4979;RBI=0.109308;REFB=0;REVB=0.011671;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00300336;OID=.;OPOS=16356501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:23:25:1:10:13:0:0:11:14:0:0 chr1 16358932 . T C 341.16 PASS AF=1;AO=22;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.931;QD=54.5849;RBI=0.0505641;REFB=0;REVB=0.0432165;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370333;OID=.;OPOS=16358932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:22:25:1:10:12:0:0:11:14:0:0 chr1 16361916 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0079275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.081;QD=39.2053;RBI=0.0280087;REFB=0;REVB=0.0268634;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126432;OID=.;OPOS=16361916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr1 16371067 . G T 185.13 PASS AF=0.383333;AO=22;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.000568707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.418;QD=12.3421;RBI=0.00914233;REFB=-0.018918;REVB=0.00912462;RO=37;SAF=3;SAR=19;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369388;STB=0.724713;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0325543;OID=.;OPOS=16371067;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:22:23:0.383333:19:3:14:23:20:3:14:23 chr1 16373124 . A G 742.89 PASS AF=1;AO=46;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.322;QD=57.1452;RBI=0.0729111;REFB=0;REVB=0.03224;RO=0;SAF=13;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236949;OID=.;OPOS=16373124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:46:52:1:33:13:0:0:33:19:0:0 chr1 16374533 . G C 869.81 PASS AF=0.901408;AO=64;DP=71;FAO=64;FDP=71;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=47;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00258804;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.649;QD=49.0034;RBI=0.0050272;REFB=0.00426626;REVB=0.00430985;RO=5;SAF=17;SAR=47;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891478;STB=0.569824;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.000110902;OID=.;OPOS=16374533;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:71:71:5:7:64:64:0.901408:47:17:4:1:47:17:6:1 chr1 16374994 . C T 182.84 PASS AF=0.941176;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0096319;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=228.319;QD=43.0201;RBI=0.0160011;REFB=-0.0342116;REVB=0.0127774;RO=1;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100543;STB=0.538413;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0027652;OID=.;OPOS=16374994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:17:1:1:14:16:0.941176:4:10:0:1:6:10:0:1 chr1 16375063 . CA GC 110.39 PASS AF=0.923077;AO=10;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.254957;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=89.1597;QD=33.9671;RBI=0.272598;REFB=-0.155922;REVB=0.0964706;RO=1;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990155;STB=0.545378;STBP=0.331;TYPE=mnp;VARB=0.0512161;OID=.;OPOS=16375063;OREF=CA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:10:12:0.923077:4:6:0:1:5:7:0:1 chr1 16376191 . C T 389.88 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00449713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6041;QD=55.6971;RBI=0.0347221;REFB=0;REVB=0.0344296;RO=0;SAF=26;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00059591;OID=.;OPOS=16376191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:1:26:0:0:2:26:0:0 chr1 16376319 . T C 944.52 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.042917;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2719;QD=57.2436;RBI=0.0461205;REFB=-0.0238545;REVB=0.0168888;RO=1;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014995;STB=0.507934;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00114843;OID=.;OPOS=16376319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:66:1:1:65:65:0.984848:31:34:0:1:31:34:0:1 chr1 16380196 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00390425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.806;QD=56.9568;RBI=0.00436072;REFB=0;REVB=-0.00194235;RO=0;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73161e-06;OID=.;OPOS=16380196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:17:35:0:0:17:35:0:0 chr1 16380243 . A G 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00785264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.027;QD=57.8245;RBI=0.0522564;REFB=0.0199344;REVB=-0.051663;RO=1;SAF=26;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176841;STB=0.509429;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.000205934;OID=.;OPOS=16380243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:12:26:1:0:12:26:1:0 chr1 16380248 . TCCCC TCCC,TCCCT 492.95 PASS AF=0.0277778,0.972222;AO=4,30;DP=36;FAO=1,35;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=1,24;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199578,0.0524955;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=18.2438,36.7494;QD=54.7725;RBI=0.119095,0.054738;REFB=0,0;REVB=-0.117411,-0.0155073;RO=0;SAF=4,19;SAR=0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0468383,0.000890069;OID=.,.;OPOS=16380249,16380252;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=TCCC,TCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0277778,0.972222:4,30:36:1,35:36:0:1,24:0,11:0:0:4:0:4,19:0,11:0:0 chr1 16381977 . GCCC GCCG,GCC 33.09 PASS AF=0,0.347826;AO=2,7;DP=24;FAO=0,8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=0,2;FSAR=0,6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.155794,-0.0822848;FXX=0.0416493;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=35.6406,13.7123;QD=5.75545;RBI=0.156227,0.105279;REFB=-0.0260145,-0.121239;REVB=0.0116216,0.0656719;RO=12;SAF=2,1;SAR=0,6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0,0.286966;SSEP=0,0;SSSB=0.561268,-0.439197;STB=0.5,0.697155;STBP=1,0.208;TYPE=snp,del;VARB=0,0.197766;OID=.,.;OPOS=16381980,16381978;OREF=C,C;OALT=G,-;OMAPALT=GCCG,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.347826:2,7:24:0,8:23:15:0,2:0,6:8:7:33:12:2,1:0,6:6:6 chr1 16383682 . G C 55.92 PASS AF=0.146667;AO=11;DP=75;FAO=11;FDP=75;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.00651534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1875;QD=2.98236;RBI=0.0393931;REFB=-0.0151166;REVB=0.0388505;RO=62;SAF=9;SAR=2;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350777;STB=0.749501;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0944781;OID=.;OPOS=16383682;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:75:75:62:64:11:11:0.146667:2:9:35:27:2:9:36:28 chr1 16383742 . C G 589.08 PASS AF=0.484375;AO=58;DP=126;FAO=62;FDP=128;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.032066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8826;QD=18.4087;RBI=0.0359652;REFB=-0.0207851;REVB=-0.0162871;RO=68;SAF=30;SAR=28;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261311;STB=0.539494;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0276226;OID=.;OPOS=16383742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:68:66:58:62:0.484375:28:30:37:31:32:30:37:29 chr1 16385175 . G A 115.36 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0115005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.237;QD=30.7637;RBI=0.0676425;REFB=-0.0049425;REVB=0.0666576;RO=3;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308588;STB=0.517213;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00209132;OID=.;OPOS=16385175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:7:5:1:2:7:5:1:2 chr1 16386008 . T C 218.92 PASS AF=1;AO=13;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0676414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.8103;QD=48.6494;RBI=0.150322;REFB=0;REVB=0.134243;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00775312;OID=.;OPOS=16386008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:13:18:1:8:5:0:0:12:6:0:0 chr1 16386416 . G A 167.7 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0723715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.065;QD=41.9241;RBI=0.093047;REFB=-0.041646;REVB=0.0584817;RO=1;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100822;STB=0.555478;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0044398;OID=.;OPOS=16386416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:16:16:1:1:15:15:0.9375:4:11:0:1:4:11:0:1 chr1 16386447 . G C 152.29 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00531074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1624;QD=40.6096;RBI=0.0952547;REFB=-0.0693493;REVB=0.0951066;RO=1;SAF=9;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478651;STB=0.526279;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.025471;OID=.;OPOS=16386447;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:5:9:1:0:5:9:1:0 chr1 16386495 . C T 98.6 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.078743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.35;QD=39.4391;RBI=0.13192;REFB=0;REVB=-0.105841;RO=1;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125393;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160306;OID=.;OPOS=16386495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:1:0:8:10:1:5:3:1:0:5:5:0:0 chr1 16388646 . T C 671.81 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00600554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.136;QD=52.6913;RBI=0.0066459;REFB=0.0391668;REVB=0.00284631;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519992;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.000427662;OID=.;OPOS=16388646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:0:2:49:49:0.960784:24:25:0:0:24:25:0:2 chr1 16532803 . G A 65.59 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0142865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5271;QD=11.4068;RBI=0.0148095;REFB=-0.015361;REVB=-0.0039007;RO=14;SAF=8;SAR=1;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.665143;STB=0.896344;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0277349;OID=.;OPOS=16532803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:1:8:3:11:1:8:3:11 chr1 16532848 . A G 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0150954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6841;QD=15.5728;RBI=0.0480604;REFB=-0.0437027;REVB=-0.0456282;RO=12;SAF=10;SAR=1;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.61366;STB=0.864614;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0374863;OID=.;OPOS=16532848;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:1:10:4:8:1:10:4:8 chr1 16533022 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4992;QD=40.7623;RBI=0.0364931;REFB=0;REVB=0.0364931;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00215652;OID=.;OPOS=16533022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:10:0:0:0:10:0:0:0 chr1 16534646 . C G 359.53 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=-0.0465256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6158;QD=15.1379;RBI=0.0567058;REFB=-0.0101726;REVB=-0.0324178;RO=54;SAF=22;SAR=17;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178785;STB=0.610078;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0165576;OID=.;OPOS=16534646;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:56:39:39:0.410526:17:22:21:33:17:22:21:35 chr1 16641899 . C T 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0235992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.814;QD=18.1541;RBI=0.0262081;REFB=-0.00976514;REVB=0.0113991;RO=25;SAF=3;SAR=18;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420081;STB=0.74353;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00848376;OID=.;OPOS=16641899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:18:3:12:13:18:3:12:13 chr1 16723084 . G A 269.32 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00375744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5931;QD=13.9906;RBI=0.0155113;REFB=-9.75081e-05;REVB=-0.0150493;RO=45;SAF=7;SAR=24;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220911;STB=0.622321;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.000230412;OID=.;OPOS=16723084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:46:31:31:0.402597:24:7:18:27:24:7:18:28 chr1 16731510 . C G 392.43 PASS AF=0.649123;AO=37;DP=58;FAO=37;FDP=57;FR=.;FRO=20;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0165906;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.971;QD=27.5391;RBI=0.0182928;REFB=-0.0198057;REVB=0.00770582;RO=20;SAF=25;SAR=12;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186837;STB=0.510199;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0120297;OID=.;OPOS=16731510;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:20:20:37:37:0.649123:12:25:13:7:12:25:13:7 chr1 16858909 . G C 1007.69 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.718;QD=59.2757;RBI=0.0185072;REFB=0;REVB=0.014325;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07168e-06;OID=.;OPOS=16858909;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:30:37:0:0:30:38:0:0 chr1 16860633 . G A 47.08 PASS AF=0.0970149;AO=13;DP=135;FAO=13;FDP=134;FR=.;FRO=121;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=70;FSRR=51;FWDB=0.0181416;FXX=0.00740686;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.5211;QD=1.40538;RBI=0.0258029;REFB=-0.00621236;REVB=-0.0183487;RO=120;SAF=4;SAR=9;SRF=70;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317944;STB=0.734756;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0572699;OID=.;OPOS=16860633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:135:134:120:121:13:13:0.0970149:9:4:70:50:9:4:70:51 chr1 16860652 . A C 174.62 PASS AF=0.19863;AO=29;DP=147;FAO=29;FDP=146;FR=.;FRO=117;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=69;FSRR=48;FWDB=-0.00292998;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0794;QD=4.78413;RBI=0.0218982;REFB=-0.0137204;REVB=0.0217013;RO=116;SAF=12;SAR=17;SRF=68;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217125;STB=0.638294;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0488753;OID=.;OPOS=16860652;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:116:117:29:29:0.19863:17:12:68:48:17:12:69:48 chr1 16860705 . C T 69.77 PASS AF=0.125;AO=15;DP=127;FAO=16;FDP=128;FR=.;FRO=112;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=63;FSRR=49;FWDB=0.0601504;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4603;QD=2.18028;RBI=0.0610754;REFB=0.000235981;REVB=-0.0105892;RO=111;SAF=5;SAR=10;SRF=62;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272631;STB=0.660724;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=1.64831e-05;OID=.;OPOS=16860705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:127:128:111:112:15:16:0.125:10:5:62:49:10:6:63:49 chr1 16861772 . A G 464.86 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.00322678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.117;QD=22.1361;RBI=0.0209268;REFB=-0.00149113;REVB=-0.0206766;RO=39;SAF=15;SAR=30;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282714;STB=0.65593;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00178132;OID=.;OPOS=16861772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:39:39:45:45:0.535714:30:15:26:13:30:15:26:13 chr1 16861804 . G A 150.8 PASS AF=0.25;AO=21;DP=87;FAO=22;FDP=88;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0431874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.869;QD=6.85468;RBI=0.0431975;REFB=-0.0124164;REVB=-0.000934745;RO=66;SAF=7;SAR=14;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175174;STB=0.619453;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.045921;OID=.;OPOS=16861804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:66:66:21:22:0.25:14:7:31:35:15:7:31:35 chr1 16861847 . A T 304.5 PASS AF=0.33913;AO=39;DP=115;FAO=39;FDP=115;FR=.;FRO=76;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=-0.00782761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.042;QD=10.5912;RBI=0.0125862;REFB=-0.02127;REVB=-0.00985608;RO=76;SAF=15;SAR=24;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121905;STB=0.507039;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0353856;OID=.;OPOS=16861847;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:76:76:39:39:0.33913:24:15:30:46:24:15:30:46 chr1 16861849 . A G 294.08 PASS AF=0.333333;AO=38;DP=115;FAO=38;FDP=114;FR=.;FRO=76;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=46;FWDB=-0.00970029;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.911;QD=10.3186;RBI=0.0186367;REFB=-0.0136947;REVB=-0.0159132;RO=76;SAF=14;SAR=24;SRF=30;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032204;STB=0.518654;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0478845;OID=.;OPOS=16861849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:76:76:38:38:0.333333:24:14:30:46:24:14:30:46 chr1 16862296 . G C 63.34 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0500664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3647;QD=8.73719;RBI=0.0512059;REFB=0.0116329;REVB=0.0107425;RO=18;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353661;STB=0.710662;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.0271285;OID=.;OPOS=16862296;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:29:18:20:9:9:0.310345:3:6:6:12:3:6:7:13 chr1 16862340 . G A 47.8 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=35;FWDB=-0.0388545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.714;QD=3.67681;RBI=0.0480108;REFB=-0.00212191;REVB=-0.0282022;RO=44;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.600937;STB=0.880307;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0155978;OID=.;OPOS=16862340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:44:44:8:8:0.153846:2:6:9:35:2:6:9:35 chr1 16862454 . T G 587.8 PASS AF=0.439716;AO=62;DP=141;FAO=62;FDP=141;FR=.;FRO=79;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=48;FSRR=31;FWDB=-0.00892392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.265;QD=16.6752;RBI=0.0303779;REFB=-0.00925717;REVB=0.0290376;RO=75;SAF=38;SAR=24;SRF=45;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133191;STB=0.503128;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0358934;OID=.;OPOS=16862454;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:75:79:62:62:0.439716:24:38:45:30:24:38:48:31 chr1 16862461 . T A 580.61 PASS AF=0.444444;AO=60;DP=141;FAO=60;FDP=135;FR=.;FRO=75;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=46;FSRR=29;FWDB=-0.00577029;FXX=0.0559401;HRUN=6;LEN=1;MLLD=187.112;QD=17.2031;RBI=0.00596658;REFB=-0.0156676;REVB=0.00151784;RO=51;SAF=39;SAR=21;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557043;STB=0.522081;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00816279;OID=.;OPOS=16862461;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:135:51:75:60:60:0.444444:21:39:30:21:21:39:46:29 chr1 16862472 . G C 39.8 PASS AF=0.0792683;AO=13;DP=164;FAO=13;FDP=164;FR=.;FRO=151;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=87;FSRR=64;FWDB=-0.0151822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9396;QD=0.970679;RBI=0.0311725;REFB=-0.00304583;REVB=-0.0272255;RO=151;SAF=12;SAR=1;SRF=87;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.445638;STB=0.886682;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0352107;OID=.;OPOS=16862472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:164:164:151:151:13:13:0.0792683:1:12:87:64:1:12:87:64 chr1 16862502 . A G 1551.17 PASS AF=0.596567;AO=138;DP=231;FAO=139;FDP=233;FR=.;FRO=94;FSAF=73;FSAR=66;FSRF=72;FSRR=22;FWDB=0.00541566;FXX=0.00851028;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5975;QD=26.6296;RBI=0.0341089;REFB=-0.0116165;REVB=-0.0336762;RO=92;SAF=73;SAR=65;SRF=71;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182885;STB=0.598336;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00757665;OID=.;OPOS=16862502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:233:92:94:138:139:0.596567:65:73:71:21:66:73:72:22 chr1 16862566 . G A 31.28 PASS AF=0.0586081;AO=16;DP=271;FAO=16;FDP=273;FR=.;FRO=257;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=149;FSRR=108;FWDB=-0.0153242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.414;QD=0.458286;RBI=0.0583955;REFB=-0.00282714;REVB=-0.0563489;RO=255;SAF=9;SAR=7;SRF=149;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230913;STB=0.51656;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0431658;OID=.;OPOS=16862566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:271:273:255:257:16:16:0.0586081:7:9:149:106:7:9:149:108 chr1 16863304 . T C 33.71 PASS AF=0.1;AO=8;DP=80;FAO=8;FDP=80;FR=.;FRO=72;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=0.00804239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.765;QD=1.68559;RBI=0.0180308;REFB=-0.00293;REVB=-0.0161378;RO=72;SAF=3;SAR=5;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.88552e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0220076;OID=.;OPOS=16863304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:80:80:72:72:8:8:0.1:5:3:27:45:5:3:27:45 chr1 16863314 . A G 45.37 PASS AF=0.0898876;AO=8;DP=90;FAO=8;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=78;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=50;FWDB=-0.00120125;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.889;QD=2.03919;RBI=0.00454595;REFB=-0.000368651;REVB=-0.00438437;RO=77;SAF=5;SAR=3;SRF=28;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293972;STB=0.727513;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0168275;OID=.;OPOS=16863314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:90:89:77:78:8:8:0.0898876:3:5:28:49:3:5:28:50 chr1 16863328 . T G 82.58 PASS AF=0.166667;AO=15;DP=88;FAO=15;FDP=90;FR=.;FRO=75;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=50;FWDB=-0.0304301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.992;QD=3.67005;RBI=0.0323603;REFB=-0.00512302;REVB=-0.0110091;RO=73;SAF=5;SAR=10;SRF=23;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261902;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0308453;OID=.;OPOS=16863328;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:88:90:73:75:15:15:0.166667:10:5:23:50:10:5:25:50 chr1 16863352 . C T 86.07 PASS AF=0.185185;AO=15;DP=81;FAO=15;FDP=81;FR=.;FRO=66;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=46;FWDB=0.0152769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8058;QD=4.25057;RBI=0.0249968;REFB=-0.0171618;REVB=-0.0197853;RO=65;SAF=5;SAR=10;SRF=19;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597608;STB=0.528265;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0486132;OID=.;OPOS=16863352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:81:81:65:66:15:15:0.185185:10:5:19:46:10:5:20:46 chr1 16874206 . A C 130.43 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1709;QD=43.4779;RBI=0.0305708;REFB=0;REVB=-0.000138255;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017424;OID=.;OPOS=16874206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr1 16890441 . C T 317.04 PASS AF=0.315385;AO=41;DP=132;FAO=41;FDP=130;FR=.;FRO=89;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=-0.0221687;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.565;QD=9.75518;RBI=0.0221803;REFB=-0.00403347;REVB=0.000716287;RO=90;SAF=17;SAR=24;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10151;STB=0.562753;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00763582;OID=.;OPOS=16890441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:130:90:89:41:41:0.315385:24:17:45:45:24:17:45:44 chr1 16890484 . G C 375.65 PASS AF=0.264151;AO=54;DP=210;FAO=56;FDP=212;FR=.;FRO=156;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=75;FSRR=81;FWDB=-0.0146572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1828;QD=7.08767;RBI=0.0177211;REFB=-0.00572337;REVB=-0.0099602;RO=156;SAF=23;SAR=31;SRF=75;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689813;STB=0.552235;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0127945;OID=.;OPOS=16890484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:212:156:156:54:56:0.264151:31:23:75:81:33:23:75:81 chr1 16890598 . T A 769.41 PASS AF=0.540741;AO=73;DP=136;FAO=73;FDP=135;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.034752;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.608;QD=22.7973;RBI=0.0347621;REFB=-0.00546995;REVB=0.000840818;RO=62;SAF=31;SAR=42;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367338;STB=0.527587;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00417397;OID=.;OPOS=16890598;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:62:62:73:73:0.540741:42:31:29:33:42:31:30:32 chr1 16890602 . T G 72.98 PASS AF=0.12782;AO=16;DP=132;FAO=17;FDP=133;FR=.;FRO=116;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=52;FSRR=64;FWDB=-0.00760631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.607;QD=2.19503;RBI=0.01023;REFB=-0.00282106;REVB=-0.00684078;RO=115;SAF=9;SAR=7;SRF=51;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146069;STB=0.570341;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0175764;OID=.;OPOS=16890602;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:132:133:115:116:16:17:0.12782:7:9:51:64:8:9:52:64 chr1 16890639 . C T 372.51 PASS AF=0.5;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0200791;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.426;QD=19.6058;RBI=0.0237804;REFB=-0.00790351;REVB=-0.0127412;RO=36;SAF=12;SAR=26;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28854;STB=0.672635;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.011411;OID=.;OPOS=16890639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:38:38:38:0.5:26:12:23:13:26:12:25:13 chr1 16890671 . TG CA 205.88 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00491512;FXX=0.0681663;HRUN=1;LEN=2;MLLD=208.679;QD=20.0862;RBI=0.00803844;REFB=-0.0157246;REVB=0.00636068;RO=20;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224193;STB=0.638681;STBP=0.112;TYPE=mnp;VARB=0.015378;OID=.;OPOS=16890671;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:21:20:20:0.487805:13:7:12:8:13:7:13:8 chr1 16893701 . G A 117.28 PASS AF=0.116279;AO=30;DP=258;FAO=30;FDP=258;FR=.;FRO=228;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=118;FSRR=110;FWDB=-0.0196468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.385;QD=1.81824;RBI=0.0216768;REFB=-0.00413957;REVB=-0.0091589;RO=227;SAF=11;SAR=19;SRF=117;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185615;STB=0.633244;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0214976;OID=.;OPOS=16893701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:258:227:228:30:30:0.116279:19:11:117:110:19:11:118:110 chr1 16893721 . A C 153.68 PASS AF=0.127586;AO=37;DP=290;FAO=37;FDP=290;FR=.;FRO=253;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=127;FSRR=126;FWDB=0.0013222;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.208;QD=2.11976;RBI=0.007177;REFB=0.000697062;REVB=-0.00705415;RO=252;SAF=20;SAR=17;SRF=126;SRR=126;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513681;STB=0.533663;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.00553043;OID=.;OPOS=16893721;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:290:252:253:37:37:0.127586:17:20:126:126:17:20:127:126 chr1 16893841 . C T 57.3 PASS AF=0.0963855;AO=15;DP=164;FAO=16;FDP=166;FR=.;FRO=150;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=77;FSRR=73;FWDB=-0.00455424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.445;QD=1.38076;RBI=0.00845483;REFB=-0.0059522;REVB=-0.00712342;RO=146;SAF=7;SAR=8;SRF=73;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392078;STB=0.512033;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0413077;OID=.;OPOS=16893841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:164:166:146:150:15:16:0.0963855:8:7:73:73:8:8:77:73 chr1 16901668 . T C 60.67 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.01366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6608;QD=6.22257;RBI=0.0154166;REFB=-0.00346448;REVB=-0.00714678;RO=30;SAF=3;SAR=6;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.453797;STB=0.780724;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00775068;OID=.;OPOS=16901668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:30:30:9:9:0.230769:6:3:22:8:6:3:22:8 chr1 16907303 . C T 226.23 PASS AF=0.117083;AO=61;DP=520;FAO=61;FDP=521;FR=.;FRO=460;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=238;FSRR=222;FWDB=-0.02446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.863;QD=1.73687;RBI=0.0299533;REFB=-0.000347403;REVB=-0.017289;RO=457;SAF=38;SAR=23;SRF=235;SRR=222;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138515;STB=0.594553;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00189301;OID=.;OPOS=16907303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:520:521:457:460:61:61:0.117083:23:38:235:222:23:38:238:222 chr1 16907328 . G T 1240.66 PASS AF=0.367246;AO=148;DP=403;FAO=148;FDP=403;FR=.;FRO=255;FSAF=65;FSAR=83;FSRF=111;FSRR=144;FWDB=0.000529555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.028;QD=12.3143;RBI=0.00770419;REFB=-0.000540842;REVB=-0.00768597;RO=252;SAF=65;SAR=83;SRF=108;SRR=144;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120564;STB=0.502503;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.000792296;OID=.;OPOS=16907328;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:403:403:252:255:148:148:0.367246:83:65:108:144:83:65:111:144 chr1 16909052 . C T 1495.93 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.055;QD=59.2446;RBI=0.0334632;REFB=0;REVB=0.0301268;RO=0;SAF=49;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93683e-05;OID=.;OPOS=16909052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:101:0:0:95:101:1:46:49:0:0:46:55:0:0 chr1 16909100 . G C 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00320699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.262;QD=6.52656;RBI=0.00395813;REFB=-0.011415;REVB=-0.00231991;RO=20;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826548;STB=0.553039;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0239351;OID=.;OPOS=16909100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:4:3:10:10:4:3:10:10 chr1 16913584 . A C 120.54 PASS AF=0.194175;AO=20;DP=106;FAO=20;FDP=103;FR=.;FRO=83;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.000634973;FXX=0.0282992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1284;QD=4.68107;RBI=0.0354296;REFB=0.00730236;REVB=0.0354239;RO=83;SAF=12;SAR=8;SRF=43;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104806;STB=0.566862;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.0431855;OID=.;OPOS=16913584;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:103:83:83:20:20:0.194175:8:12:43:40:8:12:43:40 chr1 16913612 . G A 129.11 PASS AF=0.2;AO=22;DP=110;FAO=22;FDP=110;FR=.;FRO=88;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=0.00597913;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8209;QD=4.69475;RBI=0.0222929;REFB=-0.00101144;REVB=0.0214761;RO=84;SAF=13;SAR=9;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100588;STB=0.564215;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0128536;OID=.;OPOS=16913612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:84:88:22:22:0.2:9:13:43:41:9:13:45:43 chr1 16914252 . C T 67.27 PASS AF=0.0994764;AO=19;DP=191;FAO=19;FDP=191;FR=.;FRO=172;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=110;FSRR=62;FWDB=-0.034889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5593;QD=1.40883;RBI=0.0467551;REFB=-0.00459477;REVB=0.0311256;RO=172;SAF=12;SAR=7;SRF=110;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103197;STB=0.507721;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0404365;OID=.;OPOS=16914252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:191:191:172:172:19:19:0.0994764:7:12:110:62:7:12:110:62 chr1 16915357 . C T 141.51 PASS AF=0.421053;AO=15;DP=37;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.0171391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.976;QD=14.896;RBI=0.0314057;REFB=-0.0168845;REVB=0.0263167;RO=21;SAF=11;SAR=4;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104278;STB=0.594156;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0251245;OID=.;OPOS=16915357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:21:22:15:16:0.421053:4:11:17:4:5:11:18:4 chr1 16918498 . G A 230.68 PASS AF=0.19598;AO=38;DP=199;FAO=39;FDP=199;FR=.;FRO=160;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=71;FSRR=89;FWDB=-0.000583853;FXX=0.00499975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.644;QD=4.63676;RBI=0.00758185;REFB=-0.00334363;REVB=-0.00755934;RO=159;SAF=27;SAR=11;SRF=71;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338378;STB=0.719867;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0156336;OID=.;OPOS=16918498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:159:160:38:39:0.19598:11:27:71:88:11:28:71:89 chr1 16918502 . A G 669.45 PASS AF=0.397906;AO=66;DP=183;FAO=76;FDP=191;FR=.;FRO=115;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=47;FSRR=68;FWDB=0.0127074;FXX=0.00520806;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.66;QD=14.02;RBI=0.0280797;REFB=-0.0142609;REVB=0.0250398;RO=115;SAF=46;SAR=20;SRF=47;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325305;STB=0.617673;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0243735;OID=.;OPOS=16918502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:191:115:115:66:76:0.397906:20:46:47:68:30:46:47:68 chr1 17004770 . G T 535.26 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00521711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.9;QD=59.473;RBI=0.00603037;REFB=0;REVB=-0.00302442;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.74335e-05;OID=.;OPOS=17004770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr1 17022952 . C A 538.41 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6936;QD=59.8235;RBI=0.111079;REFB=0;REVB=0.109235;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124052;OID=.;OPOS=17022952;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr1 17022988 . G A 50.36 PASS AF=0.140845;AO=10;DP=72;FAO=10;FDP=71;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.00383329;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9739;QD=2.83743;RBI=0.101085;REFB=-0.00967974;REVB=0.101012;RO=60;SAF=8;SAR=2;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299355;STB=0.722094;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0165848;OID=.;OPOS=17022988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:72:71:60:61:10:10:0.140845:2:8:35:25:2:8:35:26 chr1 17023110 . G A 158.17 PASS AF=0.237113;AO=23;DP=95;FAO=23;FDP=97;FR=.;FRO=74;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.0634785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1545;QD=6.52239;RBI=0.0645651;REFB=-0.00440142;REVB=0.0117956;RO=72;SAF=1;SAR=22;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.684951;STB=0.93363;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.026091;OID=.;OPOS=17023110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:72:74:23:23:0.237113:22:1:36:36:22:1:37:37 chr1 17023143 . C T 391.6 PASS AF=0.603175;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.000690479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.379;QD=24.8638;RBI=0.00507726;REFB=-0.0225091;REVB=-0.00503009;RO=24;SAF=16;SAR=22;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335987;STB=0.52503;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0180681;OID=.;OPOS=17023143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:24:25:38:38:0.603175:22:16:9:15:22:16:9:16 chr1 17023182 . C G 772.6 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00725787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.042;QD=61.8077;RBI=0.0082271;REFB=0.0476181;REVB=-0.00387407;RO=1;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015953;STB=0.508471;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00298277;OID=.;OPOS=17023182;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:29:20:0:1:29:20:0:1 chr1 17023376 . C T 640.35 PASS AF=0.575758;AO=56;DP=99;FAO=57;FDP=99;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.00144082;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.664;QD=25.8725;RBI=0.0565687;REFB=-0.0353244;REVB=0.0565503;RO=41;SAF=17;SAR=39;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554934;STB=0.531239;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0237241;OID=.;OPOS=17023376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:41:42:56:57:0.575758:39:17:15:26:39:18:16:26 chr1 17023403 . GT AT,TG 165.88 PASS AF=0.267442,0;AO=22,5;DP=86;FAO=23,0;FDP=86;FR=.;FRO=63;FSAF=7,0;FSAR=16,0;FSRF=16;FSRR=47;FWDB=-0.0191897,-0.023567;FXX=0.0114929;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=68.844,88.1509;QD=7.71512;RBI=0.0313348,0.0902429;REFB=-0.00427229,-0.0137733;REVB=-0.0247714,-0.0871113;RO=54;SAF=7,0;SAR=15,5;SRF=16;SRR=38;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.030491,-0.496141;STB=0.54508,0.5;STBP=0.659,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0160881,0.180587;OID=.,.;OPOS=17023403,17023403;OREF=G,GT;OALT=A,TG;OMAPALT=AT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:54:63:22,5:23,0:0.267442,0:15,5:7,0:16:38:16,0:7,0:16:47 chr1 17026087 . G A 240.79 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=0.00287275;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.311;QD=27.5188;RBI=0.211802;REFB=-0.00203293;REVB=0.211782;RO=12;SAF=17;SAR=5;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143382;STB=0.586974;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00248782;OID=.;OPOS=17026087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:12:13:22:22:0.628571:5:17:11:1:5:17:12:1 chr1 17029257 . T C 118.27 PASS AF=0.176;AO=20;DP=123;FAO=22;FDP=125;FR=.;FRO=103;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=80;FWDB=0.0161896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1123;QD=3.78462;RBI=0.0418445;REFB=-0.00753973;REVB=-0.0385858;RO=103;SAF=10;SAR=10;SRF=23;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370291;STB=0.755065;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0380223;OID=.;OPOS=17029257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:103:103:20:22:0.176:10:10:23:80:10:12:23:80 chr1 17029462 . A G 49.59 PASS AF=0.13253;AO=10;DP=75;FAO=11;FDP=83;FR=.;FRO=72;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=-0.0937613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.6111;QD=2.39009;RBI=0.161038;REFB=-0.00715689;REVB=-0.130927;RO=65;SAF=9;SAR=1;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.470483;STB=0.861766;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0316959;OID=.;OPOS=17029462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:75:83:65:72:10:11:0.13253:1:9:37:28:1:10:41:31 chr1 17033805 . C T 644.86 PASS AF=0.451613;AO=69;DP=155;FAO=70;FDP=155;FR=.;FRO=85;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=-0.00100423;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.412;QD=16.6415;RBI=0.0172895;REFB=-0.0243258;REVB=0.0172603;RO=82;SAF=36;SAR=33;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145485;STB=0.521235;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0305348;OID=.;OPOS=17033805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:82:85:69:70:0.451613:33:36:44:38:34:36:47:38 chr1 17033854 . C T 477.06 PASS AF=0.45614;AO=52;DP=114;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.00110087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.268;QD=16.7388;RBI=0.00485745;REFB=-0.0390058;REVB=-0.00473106;RO=62;SAF=20;SAR=32;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130739;STB=0.572974;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0327442;OID=.;OPOS=17033854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:62:62:52:52:0.45614:32:20:32:30:32:20:32:30 chr1 17034455 . CGCGCGCGT C 50.39 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00238408;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=8;MLLD=257.336;QD=4.47953;RBI=0.00261516;REFB=-0.00744233;REVB=0.00107481;RO=38;SAF=5;SAR=3;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582436;STB=0.549008;STBP=0.812;TYPE=del;VARB=0.0283568;OID=.;OPOS=17034456;OREF=GCGCGCGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.177778:8:47:8:45:37:5:3:21:16:50:38:5:3:22:16 chr1 17046456 . T C 405.92 PASS AF=0.408696;AO=47;DP=116;FAO=47;FDP=115;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.00138504;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5771;QD=14.1188;RBI=0.0557605;REFB=-0.00433801;REVB=-0.0557433;RO=68;SAF=20;SAR=27;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940069;STB=0.55305;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00933817;OID=.;OPOS=17046456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:68:68:47:47:0.408696:27:20:35:33:27:20:35:33 chr1 17052136 . GTTTTTT GTTTTT,GTTTTTG,TGTTTTT 147.95 PASS AF=0.136891,0.0510441,0.0185615;AO=99,24,16;DP=449;FAO=59,22,8;FDP=431;FR=.;FRO=342;FSAF=22,0,0;FSAR=37,22,8;FSRF=224;FSRR=118;FWDB=0.0352882,-0.0191752,-0.000377002;FXX=0.0630421;HRUN=6,6,2;LEN=1,1,2;MLLD=10.5056,24.951,240.56;QD=1.37306;RBI=0.197248,0.0884036,0.062202;REFB=-0.119554,-0.0687545,-0.00578981;REVB=-0.194066,-0.086299,-0.0622008;RO=263;SAF=26,0,0;SAR=73,24,16;SRF=207;SRR=56;SSEN=0,0,0;SSEP=0.454545,0,0;SSSB=-0.587767,-0.756368,-0.696584;STB=0.727392,0.99965,0.9991;STBP=0,0,0;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.05786,0.146445,0.0612794;OID=.,.,.;OPOS=17052137,17052142,17052136;OREF=T,T,GT;OALT=-,G,TG;OMAPALT=GTTTTT,GTTTTTG,TGTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:449:431:263:342:99,24,16:59,22,8:0.136891,0.0510441,0.0185615:73,24,16:26,0,0:207:56:37,22,8:22,0,0:224:118 chr1 17053766 . G A 666.84 PASS AF=0.708861;AO=55;DP=77;FAO=56;FDP=79;FR=.;FRO=23;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0284822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.688;QD=33.7641;RBI=0.0339066;REFB=-0.052572;REVB=0.0183962;RO=21;SAF=31;SAR=24;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697208;STB=0.552708;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0121766;OID=.;OPOS=17053766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:21:23:55:56:0.708861:24:31:9:12:24:32:9:14 chr1 17053769 . G A 168.41 PASS AF=0.291139;AO=23;DP=79;FAO=23;FDP=79;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0109757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.826;QD=8.52687;RBI=0.0317178;REFB=-0.0124712;REVB=-0.0297583;RO=56;SAF=12;SAR=11;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0046275;STB=0.502754;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0321425;OID=.;OPOS=17053769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:56:56:23:23:0.291139:11:12:29:27:11:12:29:27 chr1 17053782 . C G 493.74 PASS AF=0.666667;AO=41;DP=83;FAO=42;FDP=63;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00316599;FXX=0.24997;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7587;QD=31.3484;RBI=0.0643345;REFB=-0.00555618;REVB=-0.0642566;RO=21;SAF=19;SAR=22;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672327;STB=0.531707;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00216128;OID=.;OPOS=17053782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:63:21:21:41:42:0.666667:22:19:12:9:22:20:12:9 chr1 17053809 . C T 103.64 PASS AF=0.204819;AO=17;DP=83;FAO=17;FDP=83;FR=.;FRO=66;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.0257177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9241;QD=4.9949;RBI=0.0590921;REFB=-0.011244;REVB=-0.0532022;RO=66;SAF=3;SAR=14;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39287;STB=0.754571;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0405438;OID=.;OPOS=17053809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:66:66:17:17:0.204819:14:3:30:36:14:3:30:36 chr1 17053826 . C T 106.22 PASS AF=0.217949;AO=17;DP=78;FAO=17;FDP=78;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.00747992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.378;QD=5.44738;RBI=0.0221331;REFB=-0.00656766;REVB=-0.0208308;RO=61;SAF=7;SAR=10;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669522;STB=0.541816;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0229756;OID=.;OPOS=17053826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:61:61:17:17:0.217949:10:7:22:39:10:7:22:39 chr1 17053834 . A AC 45.98 PASS AF=0.185185;AO=14;DP=81;FAO=15;FDP=81;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=46;FWDB=-0.00946201;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=300.945;QD=2.27082;RBI=0.00954876;REFB=-0.00567846;REVB=-0.00128418;RO=66;SAF=8;SAR=6;SRF=20;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332538;STB=0.728706;STBP=0.077;TYPE=ins;VARB=0.02121;OID=.;OPOS=17053835;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.185185:14:81:15:81:66:9:6:20:46:45:66:8:6:20:46 chr1 17053861 . C T 445.66 PASS AF=0.557143;AO=35;DP=72;FAO=39;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0277893;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.084;QD=25.4661;RBI=0.030175;REFB=-0.00229624;REVB=0.0117596;RO=28;SAF=13;SAR=22;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123555;STB=0.532883;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00357692;OID=.;OPOS=17053861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:28:27:35:39:0.557143:22:13:10:18:23:16:9:18 chr1 17084510 . G A 92.63 PASS AF=0.181818;AO=16;DP=89;FAO=16;FDP=88;FR=.;FRO=72;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=0.00794459;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8361;QD=4.21029;RBI=0.0651738;REFB=0.0051016;REVB=0.0646878;RO=73;SAF=8;SAR=8;SRF=44;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130162;STB=0.579449;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.0230545;OID=.;OPOS=17084510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:89:88:73:72:16:16:0.181818:8:8:44:29:8:8:43:29 chr1 17084968 . G C 181.8 PASS AF=0.297619;AO=21;DP=80;FAO=25;FDP=84;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.00309088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.205;QD=8.65701;RBI=0.0039469;REFB=-0.0154636;REVB=-0.00245449;RO=58;SAF=9;SAR=12;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0030506;STB=0.555511;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0384662;OID=.;OPOS=17084968;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:84:58:59:21:25:0.297619:12:9:25:33:12:13:26:33 chr1 17085412 . C T 122.43 PASS AF=0.137056;AO=27;DP=197;FAO=27;FDP=197;FR=.;FRO=170;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=58;FSRR=112;FWDB=0.0220349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.125;QD=2.48579;RBI=0.0229416;REFB=-0.00746077;REVB=-0.0063859;RO=166;SAF=7;SAR=20;SRF=57;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125516;STB=0.584466;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0409395;OID=.;OPOS=17085412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:166:170:27:27:0.137056:20:7:57:109:20:7:58:112 chr1 17085427 . T C 127.45 PASS AF=0.137255;AO=28;DP=204;FAO=28;FDP=204;FR=.;FRO=176;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=61;FSRR=115;FWDB=-0.00677467;FXX=0.0144921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.563;QD=2.49896;RBI=0.00708805;REFB=-0.0045206;REVB=-0.00208433;RO=171;SAF=8;SAR=20;SRF=60;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948001;STB=0.56093;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.028544;OID=.;OPOS=17085427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:204:171:176:28:28:0.137255:20:8:60:111:20:8:61:115 chr1 17085502 . T C 255.15 PASS AF=0.369048;AO=30;DP=82;FAO=31;FDP=84;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.0665485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.777;QD=12.1499;RBI=0.0695514;REFB=-0.012046;REVB=-0.0202161;RO=50;SAF=10;SAR=20;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322119;STB=0.515368;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.01879;OID=.;OPOS=17085502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:50:53:30:31:0.369048:20:10:18:32:20:11:20:33 chr1 17085834 . G T 170.85 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00332431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.345;QD=17.0854;RBI=0.00747623;REFB=-0.0243166;REVB=0.00669649;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129221;STB=0.586981;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0276463;OID=.;OPOS=17085834;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:18:18:0.45:11:7:11:10:11:7:12:10 chr1 17086941 . C T 42.71 PASS AF=0.121622;AO=9;DP=74;FAO=9;FDP=74;FR=.;FRO=65;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.00334099;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.822;QD=2.30853;RBI=0.0460077;REFB=-0.00277332;REVB=-0.0458862;RO=65;SAF=3;SAR=6;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664935;STB=0.548908;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0198657;OID=.;OPOS=17086941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:74:74:65:65:9:9:0.121622:6:3:25:40:6:3:25:40 chr1 17087262 . C T 91.35 PASS AF=0.177778;AO=16;DP=90;FAO=16;FDP=90;FR=.;FRO=74;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=52;FWDB=0.0479469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1315;QD=4.0598;RBI=0.0919797;REFB=0.00980122;REVB=0.0784943;RO=74;SAF=4;SAR=12;SRF=22;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747435;STB=0.549232;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=-0.0378424;OID=.;OPOS=17087262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:90:90:74:74:16:16:0.177778:12:4:22:52:12:4:22:52 chr1 17087364 . AC A,AG 1135.77 PASS AF=0.116883,0.883117;AO=9,57;DP=77;FAO=9,68;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=2,39;FSAR=7,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0619975,-0.0144669;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=79.2214,98.6977;QD=59.001;RBI=0.0701442,0.0408001;REFB=0,0;REVB=0.0328105,0.0381491;RO=0;SAF=3,38;SAR=6,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0110383,-0.00444478;OID=.,.;OPOS=17087365,17087365;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.116883,0.883117:9,57:77:9,68:77:0:2,39:7,29:0:0:26:0:3,38:6,19:0:0 chr1 17087465 . G A 295.33 PASS AF=0.312;AO=39;DP=125;FAO=39;FDP=125;FR=.;FRO=86;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=48;FSRR=38;FWDB=-0.0136651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.923;QD=9.45065;RBI=0.0137226;REFB=-0.0222443;REVB=-0.00125565;RO=86;SAF=18;SAR=21;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113574;STB=0.566143;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0467937;OID=.;OPOS=17087465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:86:86:39:39:0.312:21:18:48:38:21:18:48:38 chr1 17087521 . G A 31.29 PASS AF=0.0763359;AO=10;DP=125;FAO=10;FDP=131;FR=.;FRO=121;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=57;FSRR=64;FWDB=-0.0542418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.857;QD=0.955438;RBI=0.0758641;REFB=-0.0053799;REVB=-0.0530395;RO=115;SAF=2;SAR=8;SRF=54;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313881;STB=0.765674;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0632118;OID=.;OPOS=17087521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:125:131:115:121:10:10:0.0763359:8:2:54:61:8:2:57:64 chr1 17087541 . GGTGCT G 32.46 PASS AF=0.132743;AO=15;DP=122;FAO=15;FDP=113;FR=.;FRO=98;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=62;FWDB=-0.0103598;FXX=0.0341851;HRUN=2;LEN=5;MLLD=242.433;QD=1.1491;RBI=0.0298831;REFB=-0.00183122;REVB=-0.0280299;RO=95;SAF=4;SAR=11;SRF=32;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102716;STB=0.60095;STBP=0.448;TYPE=del;VARB=0.0116728;OID=.;OPOS=17087542;OREF=GTGCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.132743:15:122:15:113:98:4:11:36:62:32:95:4:11:32:63 chr1 17087582 . G A 127.41 PASS AF=0.196429;AO=22;DP=112;FAO=22;FDP=112;FR=.;FRO=90;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=57;FWDB=-0.00284292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.756;QD=4.55019;RBI=0.0161556;REFB=-0.00055567;REVB=0.0159035;RO=90;SAF=3;SAR=19;SRF=33;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379854;STB=0.749732;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00221608;OID=.;OPOS=17087582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:90:90:22:22:0.196429:19:3:33:57:19:3:33:57 chr1 17186685 . T C 331.69 PASS AF=0.336;AO=42;DP=125;FAO=42;FDP=125;FR=.;FRO=83;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=49;FSRR=34;FWDB=0.027153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6739;QD=10.6141;RBI=0.0583201;REFB=-0.0130889;REVB=0.0516135;RO=83;SAF=12;SAR=30;SRF=49;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353553;STB=0.70429;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.022641;OID=.;OPOS=17186685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:83:83:42:42:0.336:30:12:49:34:30:12:49:34 chr1 17186719 . T G 579.64 PASS AF=0.415094;AO=65;DP=158;FAO=66;FDP=159;FR=.;FRO=93;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=52;FSRR=41;FWDB=-0.00157911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2529;QD=14.5821;RBI=0.0427645;REFB=-0.00444365;REVB=0.0427353;RO=93;SAF=21;SAR=44;SRF=52;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253677;STB=0.645211;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00686544;OID=.;OPOS=17186719;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:93:93:65:66:0.415094:44:21:52:41:45:21:52:41 chr1 17197563 . G T 35.44 PASS AF=0.0862069;AO=10;DP=116;FAO=10;FDP=116;FR=.;FRO=106;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=53;FSRR=53;FWDB=-0.0453986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7841;QD=1.22193;RBI=0.0659029;REFB=-0.000358278;REVB=-0.0477719;RO=105;SAF=5;SAR=5;SRF=52;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0054211;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000790194;OID=.;OPOS=17197563;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:116:116:105:106:10:10:0.0862069:5:5:52:53:5:5:53:53 chr1 17197609 . T C 30.6 PASS AF=0.0746269;AO=10;DP=134;FAO=10;FDP=134;FR=.;FRO=124;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=61;FSRR=63;FWDB=0.00884019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.818;QD=0.913487;RBI=0.0181705;REFB=-0.0014619;REVB=0.0158751;RO=122;SAF=8;SAR=2;SRF=60;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342631;STB=0.789684;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0165512;OID=.;OPOS=17197609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:134:134:122:124:10:10:0.0746269:2:8:60:62:2:8:61:63 chr1 17197615 . C A 37.4 PASS AF=0.0852713;AO=11;DP=130;FAO=11;FDP=129;FR=.;FRO=118;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=61;FSRR=57;FWDB=-0.00766467;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.982;QD=1.15962;RBI=0.00965178;REFB=-0.00289362;REVB=-0.00586598;RO=116;SAF=9;SAR=2;SRF=60;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357153;STB=0.790801;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0244516;OID=.;OPOS=17197615;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:130:129:116:118:11:11:0.0852713:2:9:60:56:2:9:61:57 chr1 17197619 . A G 49.81 PASS AF=0.101562;AO=13;DP=130;FAO=13;FDP=128;FR=.;FRO=115;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=57;FSRR=58;FWDB=-0.00819141;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.93;QD=1.55641;RBI=0.00907208;REFB=-0.000991377;REVB=0.00389914;RO=113;SAF=9;SAR=4;SRF=55;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246321;STB=0.678554;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00636147;OID=.;OPOS=17197619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:130:128:113:115:13:13:0.101562:4:9:55:58:4:9:57:58 chr1 17199074 . T C 138.68 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0354306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3814;QD=19.8118;RBI=0.0354316;REFB=-0.0514332;REVB=0.000267071;RO=13;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983209;STB=0.555485;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0236561;OID=.;OPOS=17199074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:5:10:10:3:5:10:10:3 chr1 17199076 . T A 142.62 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0299978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.689;QD=22.8194;RBI=0.0459065;REFB=-0.0239464;REVB=0.0347497;RO=9;SAF=10;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515131;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.00800465;OID=.;OPOS=17199076;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:25:9:10:15:15:0.6:5:10:6:3:5:10:7:3 chr1 17200217 . G A 133.96 PASS AF=0.138889;AO=30;DP=209;FAO=30;FDP=216;FR=.;FRO=186;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=107;FSRR=79;FWDB=-0.0186933;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.5994;QD=2.48076;RBI=0.0595677;REFB=-0.00521513;REVB=0.0565586;RO=179;SAF=17;SAR=13;SRF=103;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113866;STB=0.507552;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0199835;OID=.;OPOS=17200217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:216:179:186:30:30:0.138889:13:17:103:76:13:17:107:79 chr1 17200270 . T G 1841.99 PASS AF=0.51895;AO=177;DP=344;FAO=178;FDP=343;FR=.;FRO=165;FSAF=81;FSAR=97;FSRF=105;FSRR=60;FWDB=0.00620793;FXX=0.00290689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0653;QD=21.481;RBI=0.0521996;REFB=-0.0372291;REVB=0.0518291;RO=166;SAF=81;SAR=96;SRF=105;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154011;STB=0.58655;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0330311;OID=.;OPOS=17200270;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:344:343:166:165:177:178:0.51895:96:81:105:61:97:81:105:60 chr1 17200289 . C T 2071.6 PASS AF=0.530504;AO=175;DP=347;FAO=200;FDP=377;FR=.;FRO=177;FSAF=90;FSAR=110;FSRF=105;FSRR=72;FWDB=-0.0524868;FXX=0.00264543;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.5894;QD=21.9799;RBI=0.142745;REFB=-0.0608085;REVB=0.132745;RO=172;SAF=90;SAR=85;SRF=102;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715656;STB=0.567004;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0554386;OID=.;OPOS=17200289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:347:377:172:177:175:200:0.530504:85:90:102:70:110:90:105:72 chr1 17250836 . A G 74.21 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=29;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0040327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.363;QD=9.89408;RBI=0.0576207;REFB=-0.0304262;REVB=-0.0574794;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172769;STB=0.63132;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0754253;OID=.;OPOS=17250836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:30:20:20:9:10:0.333333:4:5:8:12:4:6:8:12 chr1 17264920 . C T 31.82 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.076271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2454;QD=2.4957;RBI=0.0833377;REFB=-0.00893193;REVB=-0.0335844;RO=45;SAF=4;SAR=2;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255114;STB=0.691682;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0395355;OID=.;OPOS=17264920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:45:45:6:6:0.117647:2:4:20:25:2:4:20:25 chr1 17295679 . T C 375.98 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.005278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.327;QD=55.7005;RBI=0.0142039;REFB=0;REVB=0.0131868;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91865e-05;OID=.;OPOS=17295679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:11:15:0:0:12:15:0:0 chr1 17296361 . C G 254.21 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0100528;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.766;QD=15.1765;RBI=0.0162979;REFB=-0.0254414;REVB=-0.0128282;RO=38;SAF=9;SAR=20;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122162;STB=0.584866;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0317005;OID=.;OPOS=17296361;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:38:38:29:29:0.432836:20:9:16:22:20:9:17:21 chr1 17301780 . A G 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00489482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.921;QD=14.1692;RBI=0.081304;REFB=-0.0233286;REVB=-0.0811565;RO=12;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120736;STB=0.57128;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0262629;OID=.;OPOS=17301780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:3:7:7:5:3:7:7:5 chr1 17312743 . C T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.132871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9332;QD=11.0918;RBI=0.135292;REFB=-0.0477348;REVB=0.0254784;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621951;STB=0.538311;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0192381;OID=.;OPOS=17312743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:2:4:3:2:2:4 chr1 17313343 . G A 74.66 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.000220243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.548;QD=10.6663;RBI=0.0550932;REFB=-0.00713423;REVB=0.0550927;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487512;STB=0.529352;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.01309;OID=.;OPOS=17313343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:6:4:8:10:6:4:8:10 chr1 17313654 . C T 45.54 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0497759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.632;QD=26.025;RBI=0.0549075;REFB=-0.0194029;REVB=0.0231773;RO=1;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789211;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00863592;OID=.;OPOS=17313654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:5:1:0:1:5:1:0:1 chr1 17314702 . C T 400.78 PASS AF=0.633333;AO=38;DP=61;FAO=38;FDP=60;FR=.;FRO=22;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00412797;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.934;QD=26.7189;RBI=0.0125857;REFB=-0.0214001;REVB=0.0118895;RO=22;SAF=24;SAR=14;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092209;STB=0.550432;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0105365;OID=.;OPOS=17314702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:22:22:38:38:0.633333:14:24:11:11:14:24:11:11 chr1 17314942 . G A 270.03 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0391869;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7556;QD=27.6949;RBI=0.0392093;REFB=-0.00427448;REVB=0.00132592;RO=15;SAF=12;SAR=12;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162678;STB=0.589671;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0042707;OID=.;OPOS=17314942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:39:15:15:24:24:0.615385:12:12:4:11:12:12:4:11 chr1 17319011 . G A 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0325657;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.466;QD=9.7602;RBI=0.0346431;REFB=-0.00790883;REVB=0.0118162;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196632;STB=0.618737;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0105557;OID=.;OPOS=17319011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:9:3:3:4:9:3 chr1 17380497 . G T 2107.29 PASS AF=0.978417;AO=135;DP=142;FAO=136;FDP=139;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0704721;FXX=0.0211253;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.665;QD=60.6414;RBI=0.072914;REFB=0.000215544;REVB=0.0187121;RO=3;SAF=57;SAR=78;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179296;STB=0.509433;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-2.43455e-05;OID=.;OPOS=17380497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:142:139:3:3:135:136:0.978417:78:57:0:3:78:58:0:3 chr1 17394613 . T C 856.11 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00734439;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.064;QD=58.0415;RBI=0.0482748;REFB=0;REVB=0.0477129;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114479;OID=.;OPOS=17394613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:58:59:1:25:33:0:0:26:33:0:0 chr1 17394623 . C T 834.36 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2645;QD=57.5422;RBI=0.049926;REFB=0;REVB=0.023548;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397911;OID=.;OPOS=17394623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:27:31:0:0:27:31:0:0 chr1 17395480 . G A 197.7 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0233074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.767;QD=14.6446;RBI=0.0278878;REFB=-0.0196826;REVB=0.0153133;RO=31;SAF=13;SAR=10;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492149;STB=0.528029;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0193585;OID=.;OPOS=17395480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:10:13:19:12:10:13:19:12 chr1 17395521 . G A 604.45 PASS AF=0.573171;AO=46;DP=84;FAO=47;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00870081;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.406;QD=29.4852;RBI=0.0794291;REFB=-0.026583;REVB=0.0789512;RO=20;SAF=32;SAR=14;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179907;STB=0.605458;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0153213;OID=.;OPOS=17395521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:20:24:46:47:0.573171:14:32:8:12:14:33:10:14 chr1 17396703 . T C 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.019828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.998;QD=8.69106;RBI=0.0216573;REFB=-0.00408336;REVB=0.00871125;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424152;STB=0.526249;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0133741;OID=.;OPOS=17396703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:3:5:10:7:3:5:10:7 chr1 17402255 . C T 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0424285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.943;QD=14.657;RBI=0.0427367;REFB=-0.0155914;REVB=0.00512309;RO=17;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00884949;STB=0.505147;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0185778;OID=.;OPOS=17402255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:7:6:8:9:7:6:8:9 chr1 17405809 . G A 165.06 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0124802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.941;QD=14.0473;RBI=0.025971;REFB=-0.0154436;REVB=0.0227758;RO=29;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536154;STB=0.531215;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0247626;OID=.;OPOS=17405809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:12:6:11:18:12:6:11:18 chr1 17413121 . A C 150.21 PASS AF=0.447368;AO=14;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0100211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.591;QD=15.8117;RBI=0.0194472;REFB=-0.0345379;REVB=-0.0166664;RO=13;SAF=3;SAR=11;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10776;STB=0.576662;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0386227;OID=.;OPOS=17413121;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:21:14:17:0.447368:11:3:4:9:13:4:3:18 chr1 17419024 . G A 105.08 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0238591;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6101;QD=10.7777;RBI=0.0391283;REFB=-0.00808423;REVB=0.0310123;RO=26;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255481;STB=0.650946;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0199905;OID=.;OPOS=17419024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:26:26:13:13:0.333333:6:7:8:18:6:7:8:18 chr1 17575645 . A C 225.48 PASS AF=0.578947;AO=21;DP=37;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0627269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0832;QD=23.7344;RBI=0.128688;REFB=-0.0241739;REVB=0.112365;RO=16;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235885;STB=0.63624;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0173375;OID=.;OPOS=17575645;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:16:16:21:22:0.578947:13:8:11:5:14:8:11:5 chr1 17586134 . A G 437.8 PASS AF=0.4375;AO=49;DP=112;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=-0.00946426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.213;QD=15.6357;RBI=0.0184296;REFB=-0.0174024;REVB=-0.0158139;RO=63;SAF=21;SAR=28;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082608;STB=0.546156;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0207641;OID=.;OPOS=17586134;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:63:63:49:49:0.4375:28:21:22:41:28:21:22:41 chr1 17593316 . G A 209.52 PASS AF=0.403226;AO=24;DP=64;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.00642388;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.142;QD=13.5177;RBI=0.0232953;REFB=-0.0432545;REVB=0.022392;RO=37;SAF=7;SAR=17;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408138;STB=0.531856;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0451267;OID=.;OPOS=17593316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:37:37:24:25:0.403226:17:7:12:25:18:7:12:25 chr1 17604437 . C T 219.36 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0112043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.61;QD=17.9066;RBI=0.0198469;REFB=-0.0073635;REVB=0.0163818;RO=27;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16847;STB=0.595503;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0119672;OID=.;OPOS=17604437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:10:12:10:17:10:12:10:17 chr1 17609448 . G T 529.8 PASS AF=0.537634;AO=49;DP=94;FAO=50;FDP=93;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0147854;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9749;QD=22.7871;RBI=0.0181868;REFB=-0.0178334;REVB=-0.0105901;RO=44;SAF=24;SAR=25;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302839;STB=0.526871;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0479758;OID=.;OPOS=17609448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:44:43:49:50:0.537634:25:24:20:24:25:25:19:24 chr1 17657534 . G A 136.7 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.000808605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4898;QD=10.9362;RBI=0.0220235;REFB=-0.00132353;REVB=-0.0220086;RO=34;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00892191;STB=0.505312;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00265596;OID=.;OPOS=17657534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:10:6:13:21:10:6:13:21 chr1 17657616 . T C 164.4 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0186395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.582;QD=13.6997;RBI=0.018736;REFB=-0.0137932;REVB=-0.00189925;RO=29;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275788;STB=0.507273;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0212587;OID=.;OPOS=17657616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:30:18:18:0.375:11:7:12:17:11:7:12:18 chr1 17660499 . G C 112.96 PASS AF=0.291667;AO=12;DP=45;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0615763;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.523;QD=9.4137;RBI=0.0615816;REFB=0.00183309;REVB=-0.00081235;RO=25;SAF=1;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.513017;STB=0.866015;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00562957;OID=.;OPOS=17660499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:25:34:12:14:0.291667:11:1:10:15:13:1:15:19 chr1 17661128 . A C 51.73 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0223626;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.942;QD=12.9319;RBI=0.0315064;REFB=0.00731688;REVB=0.0221939;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263271;STB=0.6599;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.000246386;OID=.;OPOS=17661128;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:16:16:9:9:7:7:0.4375:2:5:4:5:2:5:4:5 chr1 17662639 . T C 97.91 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=-0.0928671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4419;QD=7.1208;RBI=0.112324;REFB=-0.0115388;REVB=-0.0631847;RO=41;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28607;STB=0.67251;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0230977;OID=.;OPOS=17662639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:41:41:14:14:0.254545:7:7:11:30:7:7:11:30 chr1 17662662 . T C 124.23 PASS AF=0.3;AO=17;DP=58;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=0.00824461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7191;QD=8.28168;RBI=0.0503267;REFB=-3.21716e-05;REVB=-0.0496468;RO=41;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278487;STB=0.651015;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.000104933;OID=.;OPOS=17662662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:41:42:17:18:0.3:9:8:10:31:10:8:10:32 chr1 17674537 . C A 354.43 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.00688746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7622;QD=21.4805;RBI=0.0245254;REFB=-0.00722213;REVB=-0.0235385;RO=30;SAF=25;SAR=11;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383581;STB=0.521158;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00764415;OID=.;OPOS=17674537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:11:25:22:8:11:25:22:8 chr1 17718671 . AG A 520.33 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.7212;QD=44.2831;RBI=0.185194;REFB=0;REVB=0.150269;RO=1;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0.445205;SSEP=0;SSSB=0.0159327;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00693615;OID=.;OPOS=17718672;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:45:47:47:47:0:17:30:0:0:10:1:16:29:0:1 chr1 17733267 . ATGT A 344.79 PASS AF=0.422222;AO=34;DP=94;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=-0.0046456;FXX=0.0425487;HRUN=1;LEN=3;MLLD=169.644;QD=15.3239;RBI=0.022827;REFB=-0.00240323;REVB=0.0223493;RO=49;SAF=12;SAR=22;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544343;STB=0.55379;STBP=0.444;TYPE=del;VARB=0.00323481;OID=.;OPOS=17733268;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.422222:34:94:38:90:52:15:23:16:36:99:49:12:22:15:34 chr1 17739586 . G A 382.08 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.0105249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8277;QD=19.8484;RBI=0.0439174;REFB=-0.00729126;REVB=0.0426376;RO=38;SAF=16;SAR=23;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038756;STB=0.521487;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00784637;OID=.;OPOS=17739586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:23:16:14:24:23:16:14:24 chr1 17907108 . T G 417.89 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=83;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0108099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.937;QD=20.1394;RBI=0.0422277;REFB=-0.0248561;REVB=-0.0408206;RO=40;SAF=16;SAR=26;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172713;STB=0.601803;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0347698;OID=.;OPOS=17907108;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:41:42:42:0.506024:26:16:23:17:26:16:24:17 chr1 17958863 . G A 281.94 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0238268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.921;QD=14.6459;RBI=0.0402125;REFB=-0.0137585;REVB=0.0323934;RO=45;SAF=19;SAR=13;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00668381;STB=0.503789;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0257915;OID=.;OPOS=17958863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:13:19:27:18:13:19:27:18 chr1 17981184 . A C 98.35 PASS AF=0.325;AO=12;DP=39;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00778941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7107;QD=9.83501;RBI=0.0161605;REFB=-0.0083485;REVB=0.0141594;RO=27;SAF=9;SAR=3;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116593;STB=0.58809;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0178379;OID=.;OPOS=17981184;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:39:40:27:27:12:13:0.325:3:9:18:9:3:10:18:9 chr1 17982559 . G A 341.91 PASS AF=0.413043;AO=37;DP=92;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.0228346;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.117;QD=14.8658;RBI=0.0264303;REFB=-0.00536384;REVB=0.0133095;RO=53;SAF=13;SAR=24;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911278;STB=0.546738;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0125548;OID=.;OPOS=17982559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:54:37:38:0.413043:24:13:23:30:24:14:24:30 chr1 17991052 . T C 285.49 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.738;QD=51.9067;RBI=0.0701333;REFB=0;REVB=0.0690416;RO=0;SAF=17;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331999;OID=.;OPOS=17991052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:4:17:0:0:4:18:0:0 chr1 18023365 . C T 315.02 PASS AF=0.583333;AO=27;DP=47;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00987068;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.616;QD=26.2519;RBI=0.0127817;REFB=-0.00369447;REVB=-0.00812042;RO=18;SAF=22;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156793;STB=0.630697;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00488926;OID=.;OPOS=18023365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:18:20:27:28:0.583333:5:22:12:6:5:23:12:8 chr1 18023509 . T C 160.44 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0214016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.017;QD=18.3359;RBI=0.0641756;REFB=-0.0374189;REVB=-0.0605018;RO=16;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10988;STB=0.542324;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0495264;OID=.;OPOS=18023509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:18:16:17:0.485714:8:8:6:10:9:8:7:11 chr1 18023690 . A G 112.11 PASS AF=0.4;AO=12;DP=34;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0328839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.943;QD=12.8123;RBI=0.0399246;REFB=-0.0162375;REVB=-0.0226412;RO=19;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401846;STB=0.565939;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.04337;OID=.;OPOS=18023690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:19:21:12:14:0.4:4:8:12:7:4:10:13:8 chr1 18149510 . G T 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0419225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.532;QD=5.00557;RBI=0.0420391;REFB=-0.00621242;REVB=0.00312851;RO=22;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148013;STB=0.599658;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0174477;OID=.;OPOS=18149510;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:2:4:12:10:2:4:12:10 chr1 18149566 . C A 745.6 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.098;QD=63.4554;RBI=0.0551349;REFB=0;REVB=0.0442352;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019425;OID=.;OPOS=18149566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr1 18692139 . C T 176.0 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.0585404;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1784;QD=10.0574;RBI=0.0626257;REFB=-0.0185586;REVB=-0.0222488;RO=47;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185679;STB=0.607951;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0317231;OID=.;OPOS=18692139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:47:47:23:23:0.328571:12:11:15:32:12:11:15:32 chr1 18704742 . T C 390.43 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00534357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.984;QD=19.0455;RBI=0.00716032;REFB=-0.0178181;REVB=-0.00476617;RO=41;SAF=20;SAR=20;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555199;STB=0.536567;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0168407;OID=.;OPOS=18704742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:42:40:40:0.487805:20:20:23:18:20:20:24:18 chr1 18807897 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305389;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=305.702;QD=35.5759;RBI=0.0330544;REFB=0;REVB=-0.0126478;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141741;OID=.;OPOS=18807897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr1 18807953 . C A 62.69 PASS AF=0.666667;AO=7;DP=11;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.024981;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=208.441;QD=20.8976;RBI=0.0257915;REFB=-0.020429;REVB=-0.00641485;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448465;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00792934;OID=.;OPOS=18807953;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:11:12:4:4:7:8:0.666667:4:3:2:2:4:4:2:2 chr1 18808292 . C A 237.11 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0802315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.166;QD=49.9183;RBI=0.0805572;REFB=0;REVB=0.00723609;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210636;OID=.;OPOS=18808292;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:11:7:0:0:11:8:0:0 chr1 18808465 . T A 715.99 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169782;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.81;QD=57.279;RBI=0.0321415;REFB=0;REVB=0.0272913;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213821;OID=.;OPOS=18808465;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr1 18808526 . A C 801.22 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.142;QD=57.2301;RBI=0.0341322;REFB=0;REVB=-0.0279476;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.05563e-05;OID=.;OPOS=18808526;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:20:36:0:0:20:36:0:0 chr1 18808711 . G C 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0166627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.691;QD=16.9316;RBI=0.0356643;REFB=-0.0110558;REVB=-0.0315324;RO=12;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842475;STB=0.54831;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0141645;OID=.;OPOS=18808711;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:8:4:3:9:8:4:3:9 chr1 18809896 . A T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.457;QD=53.9109;RBI=0.0300136;REFB=0;REVB=0.0027313;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153047;OID=.;OPOS=18809896;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr1 18809916 . G A 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0857446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0117;QD=19.9275;RBI=0.0996531;REFB=-0.0309263;REVB=0.0507799;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125311;STB=0.571312;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0295339;OID=.;OPOS=18809916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:6:6:3:6:6:6:3:6 chr1 18810344 . G T 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.184;QD=57.2007;RBI=0.0696255;REFB=0;REVB=0.0406762;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361546;OID=.;OPOS=18810344;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr1 18810484 . G A 135.67 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0698122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.968;QD=23.5939;RBI=0.127603;REFB=-0.0918559;REVB=0.106812;RO=7;SAF=6;SAR=9;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016877;STB=0.535666;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0514881;OID=.;OPOS=18810484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:22:23:7:8:15:15:0.652174:9:6:3:4:9:6:4:4 chr1 18810486 . A C 119.8 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0105976;FXX=0.0434594;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.582;QD=21.781;RBI=0.0153455;REFB=-0.0202583;REVB=-0.0110985;RO=9;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125599;STB=0.571317;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.00532504;OID=.;OPOS=18810486;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:23:22:9:9:13:13:0.590909:8:5:5:4:8:5:5:4 chr1 18811668 . T C 114.58 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.725;QD=41.6664;RBI=0.0457817;REFB=0;REVB=0.0263863;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.22005e-05;OID=.;OPOS=18811668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:6:4:0:0:7:4:0:0 chr1 18812176 . G A 171.8 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0133285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.045;QD=11.0837;RBI=0.0139923;REFB=-0.0018752;REVB=-0.00425883;RO=39;SAF=9;SAR=13;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00132538;STB=0.510564;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0031933;OID=.;OPOS=18812176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:40:22:22:0.354839:13:9:16:23:13:9:17:23 chr1 18812316 . C T 123.79 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00598944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.784;QD=8.68719;RBI=0.00633213;REFB=0.00623228;REVB=0.00205486;RO=40;SAF=6;SAR=11;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258722;STB=0.654849;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.00606298;OID=.;OPOS=18812316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:40:17:17:0.298246:11:6:23:17:11:6:23:17 chr1 19018405 . G A 352.6 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0254862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8078;QD=21.0507;RBI=0.0507365;REFB=0.00326195;REVB=0.0438708;RO=31;SAF=16;SAR=20;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087025;STB=0.548146;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.00337519;OID=.;OPOS=19018405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:20:16:17:14:20:16:17:14 chr1 19018432 . A C 242.08 PASS AF=0.534884;AO=22;DP=42;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0112094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.573;QD=22.5191;RBI=0.0171968;REFB=-0.0382191;REVB=-0.0130414;RO=20;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120482;STB=0.553706;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0343089;OID=.;OPOS=19018432;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:20:20:22:23:0.534884:13:9:11:9:13:10:11:9 chr1 19166294 . G A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00202579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.774;QD=10.6346;RBI=0.00555929;REFB=-0.0131603;REVB=0.00517705;RO=13;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376558;STB=0.736129;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0158521;OID=.;OPOS=19166294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:7:1:5:8:7:1:5:8 chr1 19181151 . G A 82.06 PASS AF=0.5625;AO=8;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0157205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.07;QD=20.5144;RBI=0.0887104;REFB=-0.0406327;REVB=0.0873064;RO=6;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861157;STB=0.533262;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0413177;OID=.;OPOS=19181151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:16:16:6:6:8:9:0.5625:2:6:5:1:2:7:5:1 chr1 19186129 . G C 985.95 PASS AF=0.898734;AO=71;DP=79;FAO=71;FDP=79;FR=.;FRO=8;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0101896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.763;QD=49.9214;RBI=0.0116009;REFB=-0.124618;REVB=-0.0055455;RO=3;SAF=26;SAR=45;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514857;STB=0.566648;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0031374;OID=.;OPOS=19186129;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:79:79:3:8:71:71:0.898734:45:26:3:0:45:26:8:0 chr1 19201956 . A G 161.44 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0386954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2293;QD=18.9934;RBI=0.0429755;REFB=-0.0367972;REVB=-0.0186964;RO=17;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258665;STB=0.646886;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0444092;OID=.;OPOS=19201956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:11:6:11:6:11:6:11:6 chr1 19202896 . G A 84.34 PASS AF=0.34375;AO=10;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.00375335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.134;QD=10.5421;RBI=0.00879775;REFB=-0.0140942;REVB=0.00795694;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240468;STB=0.646821;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0169277;OID=.;OPOS=19202896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:18:21:10:11:0.34375:5:5:13:5:5:6:16:5 chr1 19202917 . T C 75.6 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0693429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.852;QD=11.6305;RBI=0.0694172;REFB=-0.0119885;REVB=0.00321108;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246387;STB=0.643818;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0142886;OID=.;OPOS=19202917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:4:6:13:3:4:6:13:3 chr1 19202926 . T C 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0314168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.449;QD=8.69133;RBI=0.0324593;REFB=-0.00410962;REVB=-0.00816044;RO=16;SAF=5;SAR=3;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238253;STB=0.654846;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0121892;OID=.;OPOS=19202926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:16:17:8:8:0.32:3:5:13:3:3:5:14:3 chr1 19203997 . C G 326.96 PASS AF=0.350427;AO=41;DP=117;FAO=41;FDP=117;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=50;FSRR=26;FWDB=0.00611228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.589;QD=11.1781;RBI=0.0108583;REFB=-0.0175843;REVB=-0.0089746;RO=76;SAF=23;SAR=18;SRF=50;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113419;STB=0.564888;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0301256;OID=.;OPOS=19203997;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:76:76:41:41:0.350427:18:23:50:26:18:23:50:26 chr1 19238473 . A T 137.84 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0351005;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.323;QD=17.2303;RBI=0.0353633;REFB=-0.0208852;REVB=-0.00430374;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197718;STB=0.594918;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0104347;OID=.;OPOS=19238473;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:16:17:15:15:0.46875:7:8:5:11:7:8:6:11 chr1 19401405 . G A 60.46 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.011215;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.859;QD=5.89825;RBI=0.023105;REFB=-0.0174049;REVB=-0.0202006;RO=24;SAF=6;SAR=2;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118735;STB=0.675589;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0387811;OID=.;OPOS=19401405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:42:41:24:31:8:8:0.195122:2:6:16:8:2:6:17:14 chr1 19411129 . A G 260.52 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.00926644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0299;QD=14.4731;RBI=0.021462;REFB=0.00648632;REVB=-0.0193585;RO=42;SAF=12;SAR=18;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12648;STB=0.571383;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=-0.0121746;OID=.;OPOS=19411129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:18:12:12:30:18:12:12:30 chr1 19413261 . T A 191.37 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00647566;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.234;QD=13.4295;RBI=0.0116229;REFB=-0.0133996;REVB=0.00965182;RO=35;SAF=15;SAR=8;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264773;STB=0.659953;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0137006;OID=.;OPOS=19413261;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:35:34:23:23:0.403509:8:15:14:21:8:15:13:21 chr1 19415304 . C T 312.41 PASS AF=0.52381;AO=32;DP=62;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0321254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0389;QD=19.8356;RBI=0.0353298;REFB=-0.0370538;REVB=0.0147021;RO=30;SAF=14;SAR=18;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00368192;STB=0.510198;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0301336;OID=.;OPOS=19415304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:30:30:32:33:0.52381:18:14:13:17:18:15:13:17 chr1 19426178 . A G 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0106674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.662;QD=14.6494;RBI=0.0145766;REFB=-0.00402286;REVB=-0.00993395;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120243;STB=0.570033;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00758823;OID=.;OPOS=19426178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:9:5:9:10:9:5:9:10 chr1 19433449 . A G 165.16 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00850252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.435;QD=12.4649;RBI=0.0174391;REFB=-0.00228326;REVB=-0.0152259;RO=33;SAF=11;SAR=9;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00492397;STB=0.502854;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00472248;OID=.;OPOS=19433449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:9:11:18:15:9:11:18:15 chr1 19447843 . C G 283.71 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.104914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6975;QD=23.1599;RBI=0.109403;REFB=-0.0234659;REVB=-0.0310186;RO=23;SAF=13;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548666;STB=0.530589;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.017166;OID=.;OPOS=19447843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:13:13:10:13:13:13:10:13 chr1 19510394 . A G 140.69 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0191732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.137;QD=13.0878;RBI=0.0291443;REFB=-0.00860646;REVB=-0.0219494;RO=26;SAF=12;SAR=4;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773425;STB=0.565132;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0147471;OID=.;OPOS=19510394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:26:27:16:16:0.372093:4:12:18:8:4:12:18:9 chr1 19565344 . C G 138.28 PASS AF=0.516129;AO=13;DP=29;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0311754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5691;QD=17.8419;RBI=0.0358843;REFB=0.0128211;REVB=0.01777;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722219;STB=0.548327;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.00446593;OID=.;OPOS=19565344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:31:13:15:13:16:0.516129:8:5:4:9:8:8:6:9 chr1 19584406 . C T 653.0 PASS AF=0.596154;AO=46;DP=107;FAO=62;FDP=104;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0107562;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.793;QD=25.1155;RBI=0.0114799;REFB=-0.0568245;REVB=0.00401149;RO=24;SAF=27;SAR=19;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108476;STB=0.538074;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0350098;OID=.;OPOS=19584406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:104:24:38:46:62:0.596154:19:27:10:14:33:29:14:24 chr1 19595137 . C T 727.47 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8042;QD=63.2582;RBI=0.0213159;REFB=0;REVB=0.0135528;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352129;OID=.;OPOS=19595137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr1 19596124 . C T 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00921349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9018;QD=59.3218;RBI=0.0185256;REFB=0;REVB=-0.016072;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.59732e-05;OID=.;OPOS=19596124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:43:25:0:0:43:25:0:0 chr1 19596156 . G T 919.71 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00991179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8304;QD=58.3944;RBI=0.0253199;REFB=0;REVB=0.0232992;RO=0;SAF=20;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138873;OID=.;OPOS=19596156;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:43:20:0:0:43:20:0:0 chr1 19597420 . G T 46.75 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0116022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.465;QD=10.3896;RBI=0.01952;REFB=-0.029421;REVB=0.0156978;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239788;STB=0.660622;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0433735;OID=.;OPOS=19597420;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:10:11:7:7:0.388889:4:3:2:8:4:3:2:9 chr1 19609254 . T C 712.12 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00518354;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.954;QD=63.2998;RBI=0.0453132;REFB=0;REVB=0.0450157;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.84826e-05;OID=.;OPOS=19609254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr1 19611241 . T C 768.21 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000147398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4061;QD=56.9041;RBI=0.0565894;REFB=0;REVB=-0.0565892;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000551289;OID=.;OPOS=19611241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr1 19612477 . C T 219.35 PASS AF=0.5;AO=21;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0730003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5255;QD=19.941;RBI=0.0826459;REFB=-0.0118475;REVB=0.0387467;RO=22;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611111;STB=0.545414;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0240068;OID=.;OPOS=19612477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:21:22:0.5:11:10:9:13:11:11:9:13 chr1 19621380 . T C 258.36 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00701315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.929;QD=13.9656;RBI=0.00799212;REFB=-0.0100747;REVB=0.00383271;RO=44;SAF=15;SAR=15;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237306;STB=0.513505;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00923366;OID=.;OPOS=19621380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:15:15:23:21:15:15:23:21 chr1 19652063 . G A 221.02 PASS AF=0.740741;AO=20;DP=27;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0031603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5561;QD=32.7441;RBI=0.0404018;REFB=-0.0405959;REVB=0.040278;RO=7;SAF=7;SAR=13;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337054;STB=0.5185;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0136309;OID=.;OPOS=19652063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:27:27:7:7:20:20:0.740741:13:7:2:5:13:7:2:5 chr1 19726907 . A T 182.98 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.00656932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.502;QD=17.4269;RBI=0.0304199;REFB=-0.0033731;REVB=-0.0297021;RO=23;SAF=12;SAR=7;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344997;STB=0.695458;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00571246;OID=.;OPOS=19726907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:7:12:6:17:7:12:6:17 chr1 19750909 . G T 352.89 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=54;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00870328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.444;QD=26.1398;RBI=0.0102825;REFB=-0.0201929;REVB=0.00547572;RO=20;SAF=16;SAR=18;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199255;STB=0.510911;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0125067;OID=.;OPOS=19750909;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:20:34:34:0.62963:18:16:10:10:18:16:10:10 chr1 19751063 . C T 99.31 PASS AF=0.387097;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0249308;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.381;QD=12.8142;RBI=0.0252865;REFB=-0.0100608;REVB=0.00422651;RO=19;SAF=2;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259998;STB=0.671314;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0161587;OID=.;OPOS=19751063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:19:19:11:12:0.387097:9:2:7:12:10:2:7:12 chr1 19953118 . G T 809.81 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457315;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7994;QD=56.8285;RBI=0.0611043;REFB=-0.0698949;REVB=0.0405261;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167448;OID=.;OPOS=19953118;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:58:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr1 19992513 . C T 323.99 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00306488;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.503;QD=18.5138;RBI=0.00626865;REFB=-0.0350093;REVB=0.00546832;RO=34;SAF=15;SAR=19;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053125;STB=0.530439;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0396527;OID=.;OPOS=19992513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:34:36:34:34:0.485714:19:15:17:17:19:15:18:18 chr1 20009737 . G A 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0225814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.796;QD=14.6657;RBI=0.029814;REFB=-0.0153597;REVB=0.0194667;RO=21;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125611;STB=0.572936;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0260622;OID=.;OPOS=20009737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:6:9:10:11:6:9:10:11 chr1 20020993 . A G 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6222;QD=63.2856;RBI=0.0473451;REFB=0;REVB=-0.0373174;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.34058e-05;OID=.;OPOS=20020993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr1 20141528 . C T 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0467499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.817;QD=20.2682;RBI=0.0470035;REFB=-0.0249054;REVB=-0.00487626;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236234;STB=0.61787;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0106947;OID=.;OPOS=20141528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:21:21:21:0.5:11:10:15:5:11:10:15:6 chr1 20304962 . C G 238.32 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0242184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.095;QD=20.2828;RBI=0.0256973;REFB=0.00117135;REVB=0.008592;RO=24;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595413;STB=0.533553;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.000804543;OID=.;OPOS=20304962;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:13:10:12:12:13:10:12:12 chr1 20411332 . C T 561.31 PASS AF=0.398773;AO=64;DP=161;FAO=65;FDP=163;FR=.;FRO=98;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=66;FWDB=0.00523481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.092;QD=13.7743;RBI=0.00974754;REFB=-0.0145179;REVB=-0.00822261;RO=95;SAF=24;SAR=40;SRF=31;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561159;STB=0.537514;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0211929;OID=.;OPOS=20411332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:163:95:98:64:65:0.398773:40:24:31:64:40:25:32:66 chr1 20442054 . T C 803.58 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0312843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.494;QD=55.4192;RBI=0.083016;REFB=-0.0366497;REVB=0.0768957;RO=1;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140785;STB=0.50746;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000365403;OID=.;OPOS=20442054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:33:24:0:1:33:24:0:1 chr1 20490518 . T C 339.97 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.022267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.212;QD=29.5628;RBI=0.0387936;REFB=0.00792757;REVB=-0.0317667;RO=16;SAF=14;SAR=15;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111753;STB=0.504501;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.0041065;OID=.;OPOS=20490518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:17:29:29:0.630435:15:14:8:8:15:14:8:9 chr1 20639336 . C T 57.45 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.112924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.051;QD=12.0953;RBI=0.112953;REFB=-0.018358;REVB=0.00256377;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166061;STB=0.599747;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0186709;OID=.;OPOS=20639336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:19:19:11:11:8:8:0.421053:5:3:6:5:5:3:6:5 chr1 20880905 . A G 123.45 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0174752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.567;QD=16.4595;RBI=0.0174794;REFB=-0.0170226;REVB=0.000384676;RO=16;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390876;STB=0.69976;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0232505;OID=.;OPOS=20880905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:16:16:13:14:0.466667:6:7:2:14:7:7:2:14 chr1 20881309 . T A 285.96 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00219733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.826;QD=21.9969;RBI=0.0110863;REFB=0.00599735;REVB=0.0108664;RO=23;SAF=12;SAR=17;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185603;STB=0.510281;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.00515642;OID=.;OPOS=20881309;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:17:12:9:14:17:12:9:14 chr1 20972048 . G A 575.7 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6235;QD=60.5997;RBI=0.0229802;REFB=0;REVB=0.0166384;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.244e-06;OID=.;OPOS=20972048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr1 20972111 . G A 221.49 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.000873543;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.176;QD=14.2899;RBI=0.025501;REFB=-0.00732339;REVB=-0.025486;RO=33;SAF=17;SAR=9;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229738;STB=0.623954;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00768552;OID=.;OPOS=20972111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:33:36:26:26:0.419355:9:17:14:19:9:17:16:20 chr1 20977000 . A C 114.04 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0178436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.108;QD=18.2467;RBI=0.0199194;REFB=-0.00452989;REVB=0.00885362;RO=12;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281085;STB=0.516104;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0128509;OID=.;OPOS=20977000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:5:8:7:5:5:8:7:5 chr1 20987873 . G C 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.118;QD=58.1385;RBI=0.0554485;REFB=0;REVB=-0.00454934;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000450467;OID=.;OPOS=20987873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr1 20992819 . G C 221.42 PASS AF=0.6;AO=20;DP=33;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00390645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0313;QD=25.3046;RBI=0.0415364;REFB=-0.0391169;REVB=0.0413522;RO=13;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469859;STB=0.5;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0278122;OID=.;OPOS=20992819;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:13:14:20:21:0.6:11:9:5:8:12:9:6:8 chr1 21011346 . A G 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.458;QD=62.3484;RBI=0.0477597;REFB=0;REVB=0.0458856;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370379;OID=.;OPOS=21011346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr1 21011622 . C CGACA 50.92 PASS AF=0.5;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.000306788;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=4;MLLD=257.7;QD=14.548;RBI=0.00772565;REFB=-0.0294165;REVB=0.00771956;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.018595;OID=.;OPOS=21011623;OREF=-;OALT=GACA;OMAPALT=CGACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:7:15:7:14:7:4:3:4:3:47:7:4:3:4:3 chr1 21031042 . T C 485.12 PASS AF=0.522222;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0275713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9928;QD=21.5607;RBI=0.033701;REFB=-0.015613;REVB=0.0193799;RO=40;SAF=24;SAR=23;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116932;STB=0.556164;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0130685;OID=.;OPOS=21031042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:40:43:47:47:0.522222:23:24:26:14:23:24:27:16 chr1 21042094 . G A 366.82 PASS AF=0.411765;AO=42;DP=101;FAO=42;FDP=102;FR=.;FRO=60;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.027291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6453;QD=14.385;RBI=0.0272923;REFB=-0.0272612;REVB=-0.000268517;RO=58;SAF=23;SAR=19;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668429;STB=0.528103;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0307018;OID=.;OPOS=21042094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:58:60:42:42:0.411765:19:23:28:30:19:23:30:30 chr1 21050958 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00442227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.724;QD=56.9569;RBI=0.0564703;REFB=0;REVB=0.0562968;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144983;OID=.;OPOS=21050958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chr1 21167404 . A G,T 788.69 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=53,3;DP=56;FAO=54,2;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=29,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023122,-0.0420134;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=267.202,22.7163;QD=56.3348;RBI=0.0323033,0.0782686;REFB=0,0;REVB=-0.0225583,-0.0660367;RO=0;SAF=25,0;SAR=28,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000213221,0.0386625;OID=.,.;OPOS=21167404,21167404;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:56:56:0:0:53,3:54,2:0.964286,0.0357143:28,3:25,0:0:0:29,2:25,0:0:0 chr1 21325360 . C A 45.38 PASS AF=0.304348;AO=6;DP=22;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00437679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.366;QD=7.89183;RBI=0.00686817;REFB=-0.00843436;REVB=-0.00529297;RO=13;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375164;STB=0.695633;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0138914;OID=.;OPOS=21325360;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:23:13:16:6:7:0.304348:1:5:7:6:2:5:7:9 chr1 21795388 . A G 135.0 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0122644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.697;QD=16.8746;RBI=0.0124644;REFB=-0.00125945;REVB=-0.00222426;RO=16;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316095;STB=0.666444;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00167996;OID=.;OPOS=21795388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:17:15:15:0.46875:10:5:11:5:10:5:11:6 chr1 21808159 . G A 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0375647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4634;QD=11.0196;RBI=0.0376696;REFB=-0.0161709;REVB=-0.00280911;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912889;STB=0.555379;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0174441;OID=.;OPOS=21808159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:6:2:2:4:6:2 chr1 21809750 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0666882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3862;QD=33.428;RBI=0.0868448;REFB=0;REVB=-0.05563;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106043;OID=.;OPOS=21809750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr1 21889635 . T C 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0586804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6616;QD=53.9053;RBI=0.0593211;REFB=0;REVB=-0.008695;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000815331;OID=.;OPOS=21889635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr1 21894735 . T C 184.84 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00697324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.076;QD=18.4841;RBI=0.0413573;REFB=-0.0195482;REVB=0.0407652;RO=21;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844457;STB=0.547777;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0210983;OID=.;OPOS=21894735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:12:7:6:15:12:7:6:15 chr1 21900171 . A G 319.67 PASS AF=0.423529;AO=33;DP=83;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.00221198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.943;QD=15.0432;RBI=0.0140655;REFB=-0.0182914;REVB=-0.0138905;RO=46;SAF=15;SAR=18;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112211;STB=0.572994;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0183324;OID=.;OPOS=21900171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:46:49:33:36:0.423529:18:15:16:30:19:17:17:32 chr1 21904267 . A G 440.54 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0160311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3092;QD=17.4473;RBI=0.0255678;REFB=-0.0118649;REVB=-0.0199177;RO=53;SAF=32;SAR=15;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100473;STB=0.562675;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.019371;OID=.;OPOS=21904267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:53:54:47:47:0.465347:15:32:31:22:15:32:31:23 chr1 21926063 . C T 963.32 PASS AF=0.560976;AO=92;DP=166;FAO=92;FDP=164;FR=.;FRO=72;FSAF=62;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=0.0750501;FXX=0.017963;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3517;QD=23.4956;RBI=0.0772264;REFB=-0.013574;REVB=0.0182041;RO=70;SAF=62;SAR=30;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214784;STB=0.623732;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0125413;OID=.;OPOS=21926063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:164:70:72:92:92:0.560976:30:62:29:41:30:62:29:43 chr1 21935433 . G T 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0147951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.25;QD=20.5465;RBI=0.0149015;REFB=-0.00898009;REVB=-0.00177785;RO=22;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166386;STB=0.59314;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.013578;OID=.;OPOS=21935433;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:12:10:6:16:12:10:6:16 chr1 21940555 . C T 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0359864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8194;QD=11.4398;RBI=0.0373004;REFB=-0.0296562;REVB=-0.00981345;RO=14;SAF=7;SAR=2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172341;STB=0.604686;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0574297;OID=.;OPOS=21940555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:2:7:9:5:2:7:9:5 chr1 21943820 . G A 196.31 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=0.0212691;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.753;QD=12.6654;RBI=0.0680946;REFB=0.00194477;REVB=0.0646877;RO=38;SAF=17;SAR=7;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00283079;STB=0.501627;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.0020552;OID=.;OPOS=21943820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:38:38:24:24:0.387097:7:17:27:11:7:17:27:11 chr1 22141030 . C T 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.025775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.727;QD=20.8919;RBI=0.0261982;REFB=-0.0174878;REVB=-0.00469037;RO=6;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256073;STB=0.514676;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.014225;OID=.;OPOS=22141030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:7:3:2:4:7:3:2:4 chr1 22149935 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.086;QD=62.3507;RBI=0.0219393;REFB=0;REVB=0.00322362;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00267e-05;OID=.;OPOS=22149935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr1 22150795 . C T 217.34 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0183989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2848;QD=22.8781;RBI=0.0290816;REFB=0.00342669;REVB=0.0225215;RO=17;SAF=14;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685444;STB=0.538424;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.0035476;OID=.;OPOS=22150795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:7:14:10:7:7:14:10:7 chr1 22165523 . C T 97.8 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0096682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.858;QD=13.4903;RBI=0.0584004;REFB=-0.00371174;REVB=-0.0575946;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228527;STB=0.618844;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0118841;OID=.;OPOS=22165523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:16:17:12:12:0.413793:8:4:9:7:8:4:9:8 chr1 22191454 . G A 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0761521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.88;QD=53.2755;RBI=0.105492;REFB=0;REVB=0.0730024;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141395;OID=.;OPOS=22191454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr1 22206649 . T C 521.88 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00704486;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3262;QD=54.9352;RBI=0.0679325;REFB=-0.0650834;REVB=-0.0675662;RO=1;SAF=15;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301788;STB=0.504502;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0112804;OID=.;OPOS=22206649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:1:2:36:36:0.947368:21:15:1:0:21:15:1:1 chr1 22206942 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.844;QD=57.1775;RBI=0.0518321;REFB=0;REVB=0.0428341;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132417;OID=.;OPOS=22206942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr1 22207235 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0588073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.039;QD=47.8223;RBI=0.0590735;REFB=0;REVB=0.00560221;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00061181;OID=.;OPOS=22207235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr1 22214127 . A G 231.09 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00712116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3418;QD=16.5067;RBI=0.128255;REFB=-0.0331519;REVB=-0.128057;RO=29;SAF=12;SAR=14;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125;STB=0.50276;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.024835;OID=.;OPOS=22214127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:29:30:26:26:0.464286:14:12:13:16:14:12:14:16 chr1 22216574 . C A 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00895747;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.152;QD=19.3695;RBI=0.023529;REFB=-0.0216519;REVB=0.0217572;RO=15;SAF=4;SAR=12;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018692;STB=0.510625;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0181508;OID=.;OPOS=22216574;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:12:4:4:11:12:4:4:11 chr1 22216604 . C G 64.73 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.114539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9012;QD=10.7886;RBI=0.114541;REFB=0.0386242;REVB=0.000587035;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354947;STB=0.713944;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.0205753;OID=.;OPOS=22216604;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:24:24:14:15:9:9:0.375:6:3:1:13:6:3:1:14 chr1 22217108 . G A 675.24 PASS AF=0.896552;AO=52;DP=59;FAO=52;FDP=58;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.038952;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3065;QD=46.5683;RBI=0.0515392;REFB=-0.0419121;REVB=0.0337495;RO=6;SAF=13;SAR=39;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02183;STB=0.511359;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00754275;OID=.;OPOS=22217108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:59:58:6:6:52:52:0.896552:39:13:1:5:39:13:2:4 chr1 22304428 . CC GT 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000298946;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=195.631;QD=37.4885;RBI=0.0973765;REFB=0;REVB=0.0973761;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00150462;OID=.;OPOS=22304428;OREF=CC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr1 22304431 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257716;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.787;QD=37.4885;RBI=0.0393917;REFB=0;REVB=-0.0297915;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000782717;OID=.;OPOS=22304431;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr1 22307340 . C T 164.45 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00756544;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9646;QD=46.9849;RBI=0.0215391;REFB=0;REVB=-0.0201667;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000539157;OID=.;OPOS=22307340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr1 22307358 . C G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2841;QD=48.737;RBI=0.0169332;REFB=0;REVB=-0.0114302;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73938e-05;OID=.;OPOS=22307358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr1 22307538 . C T 723.77 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0167115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.01;QD=59.083;RBI=0.0180318;REFB=-0.144465;REVB=-0.00677286;RO=1;SAF=28;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016502;STB=0.504049;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.000918714;OID=.;OPOS=22307538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:1:2:47:47:0.959184:19:28:1:0:19:28:1:1 chr1 22310190 . T C 166.26 PASS AF=0.4;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.011595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8957;QD=14.7789;RBI=0.0946127;REFB=-0.0336067;REVB=-0.0938995;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00460525;STB=0.511615;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0359118;OID=.;OPOS=22310190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:26:27:18:18:0.4:7:11:16:10:7:11:16:11 chr1 22310262 . G C 838.19 PASS AF=0.938462;AO=60;DP=64;FAO=61;FDP=65;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.047984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3044;QD=51.5811;RBI=0.0480037;REFB=0.0464935;REVB=0.00137587;RO=4;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554194;STB=0.528562;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.0276925;OID=.;OPOS=22310262;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:64:65:4:4:60:61:0.938462:32:28:0:4:33:28:0:4 chr1 22310725 . G C 671.95 PASS AF=0.981132;AO=47;DP=50;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.010213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6123;QD=50.7133;RBI=0.0774515;REFB=0.00861347;REVB=0.0767752;RO=2;SAF=25;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00245737;STB=0.50943;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0125104;OID=.;OPOS=22310725;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:50:53:2:1:47:52:0.981132:22:25:1:1:26:26:1:0 chr1 22310824 . T C 817.43 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.866;QD=57.3632;RBI=0.0347695;REFB=0;REVB=0.00909296;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.83329e-05;OID=.;OPOS=22310824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr1 22313161 . T C 471.81 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0211163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.062;QD=55.5068;RBI=0.0304025;REFB=-0.0977979;REVB=0.0218728;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.517231;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00136903;OID=.;OPOS=22313161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:19:14:0:0:19:14:1:0 chr1 22314015 . GA G,GG 198.3 PASS AF=0.894737,0;AO=9,7;DP=19;FAO=17,0;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=10,0;FSAR=7,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0785959,-0.0829945;FXX=0.049975;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=213.935,207.444;QD=41.7471;RBI=0.0909272,0.0920988;REFB=0.0348213,0.040058;REVB=0.0457213,0.0399261;RO=2;SAF=3,7;SAR=6,0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.219794,0;STB=0.545402,0.5;STBP=0.298,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00350684,0;OID=.,.;OPOS=22314016,22314016;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.894737,0:9,7:19:17,0:19:2:10,0:7,0:2:0:10:2:3,7:6,0:2:0 chr1 22315738 . C T 30.23 PASS AF=0.3125;AO=6;DP=17;FAO=5;FDP=16;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00667759;FXX=0.0587889;HRUN=7;LEN=1;MLLD=169.205;QD=7.5585;RBI=0.0111281;REFB=-0.0160888;REVB=0.00890194;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539613;STB=0.657928;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0440585;OID=.;OPOS=22315738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:17:16:9:11:6:5:0.3125:3:3:5:4:3:2:7:4 chr1 22324705 . T C 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.426;QD=61.6827;RBI=0.0466758;REFB=0;REVB=0.0278585;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.47505e-05;OID=.;OPOS=22324705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr1 22328228 . C G 307.11 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.00385829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6351;QD=16.1635;RBI=0.0207493;REFB=-0.0383006;REVB=0.0203874;RO=42;SAF=9;SAR=25;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185072;STB=0.604773;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.042172;OID=.;OPOS=22328228;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:25:9:18:24:25:9:18:24 chr1 22329062 . CC GT 41.9 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00248374;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=222.648;QD=4.19042;RBI=0.00353259;REFB=-0.0006763;REVB=0.00251202;RO=19;SAF=6;SAR=1;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216099;STB=0.815013;STBP=0.106;TYPE=mnp;VARB=0.00328208;OID=.;OPOS=22329062;OREF=CC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:19:33:7:7:0.175:1:6:14:5:1:6:17:16 chr1 22332008 . T C 81.65 PASS AF=0.191781;AO=14;DP=72;FAO=14;FDP=73;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0104323;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.453;QD=4.47378;RBI=0.0199661;REFB=-0.000388885;REVB=0.0170239;RO=57;SAF=9;SAR=5;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21155;STB=0.636347;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0013045;OID=.;OPOS=22332008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:72:73:57:59:14:14:0.191781:5:9:27:30:5:9:28:31 chr1 22332241 . A G 30.59 PASS AF=0.079646;AO=8;DP=112;FAO=9;FDP=113;FR=.;FRO=104;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=68;FWDB=-0.000844989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.617;QD=1.08299;RBI=0.017927;REFB=-0.000904075;REVB=-0.0179071;RO=103;SAF=3;SAR=5;SRF=36;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296857;STB=0.513128;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0102109;OID=.;OPOS=22332241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:112:113:103:104:8:9:0.079646:5:3:36:67:6:3:36:68 chr1 22332245 . G C 32.55 PASS AF=0.0841121;AO=9;DP=107;FAO=9;FDP=107;FR=.;FRO=98;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=62;FWDB=0.00346876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.456;QD=1.21667;RBI=0.00427998;REFB=-0.00203734;REVB=0.00250717;RO=97;SAF=3;SAR=6;SRF=35;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339691;STB=0.534169;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0123683;OID=.;OPOS=22332245;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:107:107:97:98:9:9:0.0841121:6:3:35:62:6:3:36:62 chr1 22332248 . G C 36.28 PASS AF=0.0877193;AO=10;DP=114;FAO=10;FDP=114;FR=.;FRO=104;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=63;FWDB=0.00223976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.664;QD=1.27283;RBI=0.0204546;REFB=0.0021806;REVB=-0.0203316;RO=100;SAF=4;SAR=6;SRF=40;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30573e-08;STB=0.505484;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=-0.0290066;OID=.;OPOS=22332248;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:114:114:100:104:10:10:0.0877193:6:4:40:60:6:4:41:63 chr1 22336277 . C G 767.84 PASS AF=0.919355;AO=57;DP=63;FAO=57;FDP=62;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0368754;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1027;QD=49.538;RBI=0.0369223;REFB=0.0118201;REVB=0.00185988;RO=5;SAF=21;SAR=36;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0051376;STB=0.502731;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.00813128;OID=.;OPOS=22336277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:63:62:5:5:57:57:0.919355:36:21:2:3:36:21:2:3 chr1 22336305 . C T 146.86 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.021491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.366;QD=11.2968;RBI=0.0215702;REFB=-0.0277362;REVB=0.00184619;RO=34;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370184;STB=0.521715;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0323204;OID=.;OPOS=22336305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:10:8:14:20:10:8:14:20 chr1 22336308 . G A 169.2 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0185816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.323;QD=13.015;RBI=0.0210909;REFB=-0.0261111;REVB=0.00997765;RO=32;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410768;STB=0.523786;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0387947;OID=.;OPOS=22336308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:12:8:14:18:12:8:14:18 chr1 22835677 . A G 421.76 PASS AF=0.462366;AO=42;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0114228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.512;QD=18.1404;RBI=0.0202943;REFB=-0.0177633;REVB=0.0167743;RO=50;SAF=13;SAR=29;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11873;STB=0.570755;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0203472;OID=.;OPOS=22835677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:50:42:43:0.462366:29:13:21:29:30:13:21:29 chr1 22846709 . G A 686.81 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=49;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0244957;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.768;QD=58.4519;RBI=0.0418043;REFB=-0.201222;REVB=0.0338756;RO=2;SAF=25;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00449187;STB=0.502391;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00300425;OID=.;OPOS=22846709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:47:2:2:45:45:0.957447:20:25:1:1:20:25:1:1 chr1 22852715 . G C 332.52 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0267667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5324;QD=26.6014;RBI=0.0269492;REFB=-0.00120911;REVB=0.00313148;RO=21;SAF=15;SAR=14;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103328;STB=0.557045;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00230611;OID=.;OPOS=22852715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:14:15:8:13:14:15:8:13 chr1 22903102 . C T 92.47 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=38;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00693865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.9654;QD=9.48381;RBI=0.012793;REFB=-0.0658727;REVB=-0.0107479;RO=24;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139316;STB=0.576354;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.127414;OID=.;OPOS=22903102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:38:39:24:26:12:13:0.333333:6:6:9:15:6:7:11:15 chr1 22915753 . T C 37.2 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0265735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.497;QD=7.08652;RBI=0.0780075;REFB=-0.0248313;REVB=-0.0733419;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414775;STB=0.52373;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.060868;OID=.;OPOS=22915753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:21:13:15:6:6:0.285714:3:3:7:6:3:3:7:8 chr1 22965438 . A G 1649.06 PASS AF=1;AO=94;DP=102;FAO=110;FDP=110;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0713058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.588;QD=59.9659;RBI=0.0728676;REFB=0;REVB=0.0150057;RO=0;SAF=31;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102872;OID=.;OPOS=22965438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:110:0:0:94:110:1:63:31:0:0:65:45:0:0 chr1 22970642 . C T 1664.99 PASS AF=0.868613;AO=119;DP=139;FAO=119;FDP=137;FR=.;FRO=18;FSAF=54;FSAR=65;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0173263;FXX=0.0143875;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.2746;QD=48.6129;RBI=0.0301582;REFB=0.0010328;REVB=0.0246843;RO=13;SAF=54;SAR=65;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275301;STB=0.508612;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.000181398;OID=.;OPOS=22970642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:139:137:13:18:119:119:0.868613:65:54:4:9:65:54:7:11 chr1 22970643 . G T 31.48 PASS AF=0.0791367;AO=11;DP=139;FAO=11;FDP=139;FR=.;FRO=128;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=60;FSRR=68;FWDB=0.0130692;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.7465;QD=0.905789;RBI=0.0142748;REFB=-0.0185448;REVB=-0.00574158;RO=128;SAF=2;SAR=9;SRF=60;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336096;STB=0.783162;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.15113;OID=.;OPOS=22970643;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:139:139:128:128:11:11:0.0791367:9:2:60:68:9:2:60:68 chr1 23101688 . T G 1064.89 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00443025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2806;QD=58.3503;RBI=0.0343327;REFB=-0.071796;REVB=0.0340457;RO=1;SAF=29;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160259;STB=0.508194;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00089649;OID=.;OPOS=23101688;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:71:72:0.986301:42:29:1:0:42:30:1:0 chr1 23219493 . T C 601.1 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00639913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3109;QD=58.6439;RBI=0.0582781;REFB=0.0250305;REVB=0.0579257;RO=1;SAF=22;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208425;STB=0.511106;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.0207704;OID=.;OPOS=23219493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:18:22:1:0:18:22:1:0 chr1 23241601 . C T 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0324457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.629;QD=16.3859;RBI=0.032799;REFB=-0.0225248;REVB=-0.00480143;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238988;STB=0.639683;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0122522;OID=.;OPOS=23241601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:3:6:3:5:3:6:3:5 chr1 23385826 . CTT C 284.85 PASS AF=0.457447;AO=42;DP=97;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.00709612;FXX=0.0408122;HRUN=2;LEN=2;MLLD=216.695;QD=12.1211;RBI=0.0110578;REFB=-0.0030245;REVB=-0.00848062;RO=51;SAF=23;SAR=19;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945536;STB=0.558113;STBP=0.331;TYPE=del;VARB=0.00408105;OID=.;OPOS=23385827;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.457447:42:97:43:94:51:24:19:23:28:99:51:23:19:23:28 chr1 23413027 . T C 631.52 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00231801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.914;QD=61.6115;RBI=0.00624631;REFB=0;REVB=-0.00580027;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.23646e-05;OID=.;OPOS=23413027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:17:23:0:0:18:23:0:0 chr1 23415438 . G A 448.16 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0218115;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.045;QD=23.281;RBI=0.0311843;REFB=-0.0225515;REVB=0.0222871;RO=34;SAF=18;SAR=25;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662781;STB=0.536464;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0179184;OID=.;OPOS=23415438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:34:34:43:43:0.558442:25:18:17:17:25:18:17:17 chr1 23418153 . C T 1175.83 PASS AF=0.987342;AO=79;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0137366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4499;QD=59.5355;RBI=0.028189;REFB=-0.0195818;REVB=-0.0246156;RO=0;SAF=27;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00183791;OID=.;OPOS=23418153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:0:1:79:78:0.987342:52:27:0:0:51:27:0:1 chr1 23419261 . G A 354.88 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5926;QD=54.5964;RBI=0.132734;REFB=0;REVB=0.0179709;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0038799;OID=.;OPOS=23419261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:19:6:0:0:19:7:0:0 chr1 23419374 . G T 1009.93 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00250853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.226;QD=58.5465;RBI=0.0492278;REFB=0;REVB=-0.0491639;RO=1;SAF=44;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106223;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00031385;OID=.;OPOS=23419374;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:69:1:0:68:69:1:24:44:1:0:24:45:0:0 chr1 23419383 . C T 965.27 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00051388;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.72;QD=55.9578;RBI=0.0913554;REFB=0.0246609;REVB=-0.091354;RO=2;SAF=44;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209962;STB=0.511108;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.000741381;OID=.;OPOS=23419383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:69:2:2:67:67:0.971014:23:44:2:0:23:44:2:0 chr1 23419855 . T C 397.05 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10387;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1164;QD=56.7212;RBI=0.109323;REFB=0;REVB=0.034096;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015747;OID=.;OPOS=23419855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr1 23664998 . G A 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0231535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8112;QD=15.1713;RBI=0.0262479;REFB=0.0229554;REVB=-0.012364;RO=24;SAF=11;SAR=6;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698045;STB=0.540147;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.0286316;OID=.;OPOS=23664998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:6:11:17:7:6:11:17:7 chr1 23688933 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00754192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.523;QD=55.6558;RBI=0.0354553;REFB=0;REVB=0.0346439;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157449;OID=.;OPOS=23688933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr1 23696152 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.182;QD=50.4132;RBI=0.0262492;REFB=0;REVB=0.0133388;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196595;OID=.;OPOS=23696152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr1 23710805 . A G 446.39 PASS AF=0.941176;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0393142;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.26;QD=52.5165;RBI=0.0475767;REFB=0.0170959;REVB=0.0267943;RO=2;SAF=10;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227043;STB=0.510115;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00025929;OID=.;OPOS=23710805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:33:34:2:2:31:32:0.941176:21:10:1:1:21:11:1:1 chr1 23833599 . A AT 46.23 PASS AF=0.40678;AO=17;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.114657;FXX=0.0327815;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.59789;QD=3.1339;RBI=0.255955;REFB=-0.0249159;REVB=0.228838;RO=33;SAF=9;SAR=8;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498251;STB=0.566752;STBP=0.416;TYPE=ins;VARB=0.0142379;OID=.;OPOS=23833600;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40678:17:59:24:59:35:13:11:15:20:46:33:9:8:16:17 chr1 23833611 . G T 330.53 PASS AF=0.548387;AO=33;DP=61;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00871268;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=212.579;QD=21.3246;RBI=0.00910447;REFB=0.00373178;REVB=0.00264206;RO=27;SAF=14;SAR=19;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0472299;STB=0.526753;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.00226545;OID=.;OPOS=23833611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:27:28:33:34:0.548387:19:14:13:14:19:15:14:14 chr1 23835794 . A G 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0121108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.531;QD=15.6508;RBI=0.0121108;REFB=-0.0131865;REVB=1.82393e-05;RO=21;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156131;STB=0.589368;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0159791;OID=.;OPOS=23835794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:9:7:6:15:9:7:6:15 chr1 23836364 . A G 57.34 PASS AF=0.444444;AO=7;DP=17;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00413272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5122;QD=12.7422;RBI=0.0126757;REFB=-0.00450852;REVB=0.0119831;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164676;STB=0.555418;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.000938602;OID=.;OPOS=23836364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:18:10:10:7:8:0.444444:3:4:4:6:4:4:4:6 chr1 23847464 . C A 503.79 PASS AF=0.630137;AO=44;DP=74;FAO=46;FDP=73;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0036717;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.621;QD=27.605;RBI=0.00424844;REFB=-0.012118;REVB=-0.00213725;RO=27;SAF=20;SAR=24;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860022;STB=0.54626;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00504682;OID=.;OPOS=23847464;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:27:27:44:46:0.630137:24:20:9:18:25:21:9:18 chr1 23884780 . T C 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00692195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.77;QD=24.3903;RBI=0.0140607;REFB=-0.0217204;REVB=0.0122389;RO=13;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469859;STB=0.50892;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0148263;OID=.;OPOS=23884780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:14:20:20:0.588235:9:11:8:5:9:11:8:6 chr1 23885498 . T C 957.87 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254312;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.224;QD=58.9457;RBI=0.0264532;REFB=0;REVB=0.00728215;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.0073e-05;OID=.;OPOS=23885498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:64:65:1:28:36:0:0:28:37:0:0 chr1 23885599 . T C 98.39 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=26;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0608437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6619;QD=14.5756;RBI=0.067031;REFB=-0.0275661;REVB=0.0281282;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542807;STB=0.555464;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0632423;OID=.;OPOS=23885599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:26:27:15:15:11:12:0.444444:6:5:6:9:6:6:6:9 chr1 24018277 . C G 965.27 PASS AF=0.971429;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00152425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9875;QD=55.1583;RBI=0.0284118;REFB=-0.124448;REVB=0.0283709;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.500843;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00305672;OID=.;OPOS=24018277;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:70:0:2:67:68:0.971429:35:32:0:0:36:32:1:1 chr1 24083494 . C T 544.1 PASS AF=0.734375;AO=47;DP=64;FAO=47;FDP=64;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=39;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0554983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8089;QD=34.0063;RBI=0.0556514;REFB=-0.019521;REVB=0.00412452;RO=17;SAF=8;SAR=39;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181685;STB=0.598725;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00794113;OID=.;OPOS=24083494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:17:17:47:47:0.734375:39:8:7:10:39:8:7:10 chr1 24121601 . C T 38.99 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.00751488;FXX=0.0555247;HRUN=7;LEN=1;MLLD=199.961;QD=9.17361;RBI=0.00763627;REFB=-0.00732183;REVB=0.00135619;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447794;STB=0.764069;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0136345;OID=.;OPOS=24121601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:18:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:1:10:3:3:1:10 chr1 24130856 . G A 410.45 PASS AF=0.546667;AO=27;DP=76;FAO=41;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0656942;FXX=0.0131562;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.282;QD=21.8906;RBI=0.0662232;REFB=-0.0183393;REVB=-0.00835322;RO=23;SAF=0;SAR=27;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.839604;STB=0.575848;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0518159;OID=.;OPOS=24130856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:23:34:27:41:0.546667:27:0:8:15:28:13:16:18 chr1 24134721 . T C 334.52 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0211556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0796;QD=27.308;RBI=0.0380547;REFB=0.00099636;REVB=-0.0316323;RO=19;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974148;STB=0.540862;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.00179389;OID=.;OPOS=24134721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:20:29:29:0.591837:13:16:13:6:13:16:13:7 chr1 24180962 . T C 423.47 PASS AF=0.472527;AO=42;DP=90;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0195353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.292;QD=18.6142;RBI=0.0278832;REFB=-0.00720584;REVB=0.0198957;RO=48;SAF=14;SAR=28;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280476;STB=0.659697;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0118957;OID=.;OPOS=24180962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:48:48:42:43:0.472527:28:14:30:18:29:14:30:18 chr1 24201162 . G A 285.79 PASS AF=0.553191;AO=24;DP=45;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00366222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.535;QD=24.3228;RBI=0.010457;REFB=-0.0531709;REVB=0.0097947;RO=21;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596409;STB=0.51484;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0507336;OID=.;OPOS=24201162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:21:21:24:26:0.553191:12:12:12:9:12:14:12:9 chr1 24288404 . A G 157.71 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0389797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.378;QD=11.2648;RBI=0.0515263;REFB=0.00682239;REVB=0.0336979;RO=36;SAF=9;SAR=11;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246454;STB=0.514374;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.00988435;OID=.;OPOS=24288404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:11:9:17:19:11:9:17:19 chr1 24288432 . C T 859.11 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00925273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.164;QD=54.5468;RBI=0.0315431;REFB=-0.031012;REVB=0.0301555;RO=2;SAF=29;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314423;STB=0.516661;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00175343;OID=.;OPOS=24288432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:32:29:2:0:32:29:2:0 chr1 24392600 . G A 253.7 PASS AF=0.375;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0434285;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.709;QD=12.6847;RBI=0.0440107;REFB=-0.0345365;REVB=0.00713489;RO=50;SAF=16;SAR=14;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797293;STB=0.545727;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0537066;OID=.;OPOS=24392600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:50:50:30:30:0.375:14:16:23:27:14:16:23:27 chr1 24392671 . T C 210.14 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0150095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7546;QD=11.839;RBI=0.0169197;REFB=-0.0120044;REVB=-0.00780957;RO=44;SAF=12;SAR=14;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00767361;STB=0.510909;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0200852;OID=.;OPOS=24392671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:44:45:26:26:0.366197:14:12:20:24:14:12:20:25 chr1 24393563 . C T 712.62 PASS AF=0.534884;AO=69;DP=130;FAO=69;FDP=129;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=0.0118275;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.275;QD=22.0969;RBI=0.0231943;REFB=-0.0145886;REVB=-0.0199521;RO=60;SAF=24;SAR=45;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135503;STB=0.574446;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0175491;OID=.;OPOS=24393563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:60:60:69:69:0.534884:45:24:30:30:45:24:30:30 chr1 24394811 . A G 138.53 PASS AF=0.625;AO=13;DP=22;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0279634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.728;QD=23.0879;RBI=0.0279636;REFB=0.00630187;REVB=0.000118462;RO=9;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203205;STB=0.574487;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.00129137;OID=.;OPOS=24394811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:22:24:9:9:13:15:0.625:8:5:6:3:8:7:6:3 chr1 24406647 . G A 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.0389775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.078;QD=16.9929;RBI=0.0389789;REFB=-0.00361907;REVB=-0.000331862;RO=30;SAF=6;SAR=21;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577251;STB=0.532584;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00320367;OID=.;OPOS=24406647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:27:27:0.473684:21:6:8:22:21:6:8:22 chr1 24409165 . C T 650.23 PASS AF=0.52381;AO=59;DP=118;FAO=66;FDP=126;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=48;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=0.106299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.348;QD=20.6421;RBI=0.106335;REFB=-0.0172315;REVB=-0.00272888;RO=56;SAF=11;SAR=48;SRF=18;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171537;STB=0.5352;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.01433;OID=.;OPOS=24409165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:126:56:60:59:66:0.52381:48:11:18:38:48:18:20:40 chr1 24409191 . C T 443.32 PASS AF=0.449541;AO=49;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=14;FSRR=46;FWDB=-0.108982;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.2415;QD=16.2685;RBI=0.109092;REFB=-0.0158347;REVB=-0.00489258;RO=59;SAF=12;SAR=37;SRF=13;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331641;STB=0.508679;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0185927;OID=.;OPOS=24409191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:59:60:49:49:0.449541:37:12:13:46:37:12:14:46 chr1 24413159 . T C 75.78 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00551821;FXX=0.0605877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.74;QD=9.77868;RBI=0.01428;REFB=-0.022741;REVB=-0.0131707;RO=21;SAF=9;SAR=1;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450474;STB=0.785697;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0426172;OID=.;OPOS=24413159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:33:31:21:21:10:10:0.322581:1:9:13:8:1:9:13:8 chr1 24416058 . GT G,GC,GG 521.1 PASS AF=0.236842,0.657895,0.105263;AO=5,24,5;DP=41;FAO=9,25,4;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=5,17,0;FSAR=4,8,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0769017,0.08016,-0.0277839;FXX=0.0731529;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=51.6732,58.9158,40.2804;QD=54.8527;RBI=0.0948167,0.100991,0.0450333;REFB=0,0,0;REVB=0.0554648,0.0614299,0.0354408;RO=0;SAF=2,17,0;SAR=3,7,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0235028,-0.00492085,0.0608809;OID=.,.,.;OPOS=24416059,24416059,24416059;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=G,GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.236842,0.657895,0.105263:5,24,5:41:9,25,4:38:0:5,17,0:4,8,4:0:0:24:0:2,17,0:3,7,5:0:0 chr1 24416070 . G C 87.75 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0428272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.364;QD=6.88264;RBI=0.0430629;REFB=-0.0138989;REVB=-0.00449909;RO=33;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092208;STB=0.534825;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0305914;OID=.;OPOS=24416070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:48:51:33:39:12:12:0.235294:7:5:14:19:7:5:18:21 chr1 24416133 . C T 286.79 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0301751;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.803;QD=20.4848;RBI=0.0317066;REFB=-0.0175154;REVB=-0.00973498;RO=25;SAF=12;SAR=18;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10513;STB=0.564844;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0269126;OID=.;OPOS=24416133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:25:26:30:30:0.535714:18:12:7:18:18:12:7:19 chr1 24434539 . G C 258.56 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0524715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4083;QD=16.6813;RBI=0.0849131;REFB=-0.0367431;REVB=-0.0667606;RO=32;SAF=7;SAR=22;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185878;STB=0.616736;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.038473;OID=.;OPOS=24434539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:32:33:29:29:0.467742:22:7:13:19:22:7:14:19 chr1 24447468 . G C 904.23 PASS AF=0.955882;AO=63;DP=67;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0137667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.0398;QD=53.19;RBI=0.0963285;REFB=-0.217676;REVB=0.0953396;RO=4;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554497;STB=0.52112;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00576787;OID=.;OPOS=24447468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:67:68:4:3:63:65:0.955882:32:31:0:4:34:31:0:3 chr1 24465113 . C T 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000258895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.546;QD=59.5011;RBI=0.0219628;REFB=0;REVB=0.0219613;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93976e-05;OID=.;OPOS=24465113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr1 24496085 . G A 273.54 PASS AF=0.543478;AO=27;DP=47;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0302818;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.837;QD=23.7862;RBI=0.0303447;REFB=-0.0437238;REVB=0.00195229;RO=20;SAF=20;SAR=7;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355158;STB=0.683393;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0240907;OID=.;OPOS=24496085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:20:21:27:25:0.543478:7:20:6:14:7:18:7:14 chr1 24680915 . C T 567.38 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7815;QD=59.7239;RBI=0.117969;REFB=0;REVB=0.115477;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00362423;OID=.;OPOS=24680915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:35:38:1:15:20:0:0:17:21:0:0 chr1 24706113 . G A 1472.55 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0212;QD=63.3355;RBI=0.0214625;REFB=0;REVB=0.0100433;RO=0;SAF=38;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.9087e-05;OID=.;OPOS=24706113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:55:38:0:0:55:38:0:0 chr1 24706269 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.706;QD=56.9566;RBI=0.015713;REFB=0;REVB=0.00538067;RO=0;SAF=14;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.5592e-05;OID=.;OPOS=24706269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:37:14:0:0:37:15:0:0 chr1 24706292 . T C 652.0 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.528;QD=62.0949;RBI=0.0421286;REFB=0;REVB=0.0123213;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120526;OID=.;OPOS=24706292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:29:12:0:0:30:12:0:0 chr1 24718075 . T C 789.03 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.789;QD=55.3706;RBI=0.049124;REFB=0;REVB=0.025159;RO=1;SAF=28;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165303;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00671001;OID=.;OPOS=24718075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:57:1:0:53:57:1:25:28:1:0:27:30:0:0 chr1 24782710 . C T 590.02 PASS AF=0.446043;AO=61;DP=138;FAO=62;FDP=139;FR=.;FRO=77;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=47;FSRR=30;FWDB=-0.0172715;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.068;QD=16.9789;RBI=0.0192343;REFB=-0.00749492;REVB=-0.00846471;RO=73;SAF=22;SAR=39;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225234;STB=0.641815;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00787931;OID=.;OPOS=24782710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:73:77:61:62:0.446043:39:22:43:30:40:22:47:30 chr1 24785393 . C T 739.25 PASS AF=0.932203;AO=55;DP=59;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0244378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1494;QD=50.1189;RBI=0.029426;REFB=-0.0895512;REVB=0.0163915;RO=3;SAF=29;SAR=26;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189173;STB=0.501853;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0138356;OID=.;OPOS=24785393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:59:59:3:4:55:55:0.932203:26:29:1:2:26:29:2:2 chr1 24859617 . G A 465.08 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.467;QD=58.1345;RBI=0.0546327;REFB=0;REVB=0.0527063;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198451;OID=.;OPOS=24859617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr1 24859665 . G A 520.31 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.253;QD=59.4636;RBI=0.0401926;REFB=0;REVB=-0.00246961;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50674e-05;OID=.;OPOS=24859665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr1 24861704 . G A 214.24 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00806238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.452;QD=45.1025;RBI=0.0363622;REFB=0.0571959;REVB=0.0354571;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529379;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00100836;OID=.;OPOS=24861704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:18:18:0.947368:10:8:0:0:10:8:1:0 chr1 25291010 . A T 246.08 PASS AF=0.402778;AO=28;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0251967;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.006;QD=13.671;RBI=0.044332;REFB=-0.0130983;REVB=-0.0364754;RO=43;SAF=10;SAR=18;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691082;STB=0.524606;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0180507;OID=.;OPOS=25291010;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:28:29:0.402778:18:10:18:25:18:11:18:25 chr1 25634143 . T C 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00613179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.418;QD=12.7371;RBI=0.0339814;REFB=-0.0197574;REVB=0.0334236;RO=27;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697015;STB=0.532217;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0359297;OID=.;OPOS=25634143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:28:16:16:0.363636:11:5:10:17:11:5:10:18 chr1 26131654 . G A 976.19 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00886647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3268;QD=57.4228;RBI=0.0362798;REFB=-0.0914822;REVB=0.0351796;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000747482;OID=.;OPOS=26131654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:31:36:0:0:31:36:1:0 chr1 26138262 . T C 333.97 PASS AF=1;AO=19;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.23543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5538;QD=53.4358;RBI=0.237876;REFB=0;REVB=0.0340263;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0140174;OID=.;OPOS=26138262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:19:25:1:16:3:0:0:17:8:0:0 chr1 26140573 . C A 627.11 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0383724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.396;QD=58.3362;RBI=0.0389523;REFB=-0.0797855;REVB=-0.00669591;RO=1;SAF=16;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284198;STB=0.514279;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0110877;OID=.;OPOS=26140573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:1:1:41:42:0.976744:25:16:1:0:25:17:1:0 chr1 26144674 . G A 186.28 PASS AF=0.452381;AO=18;DP=43;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00266816;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8993;QD=17.7411;RBI=0.0107165;REFB=-0.0174731;REVB=-0.0103791;RO=23;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149685;STB=0.562433;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0139624;OID=.;OPOS=26144674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:23:23:18:19:0.452381:12:6:11:12:12:7:11:12 chr1 26158498 . T C 267.09 PASS AF=0.528302;AO=27;DP=52;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0141724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.668;QD=20.1578;RBI=0.0162876;REFB=-0.0164943;REVB=0.0080266;RO=25;SAF=12;SAR=15;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11026;STB=0.553036;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0111724;OID=.;OPOS=26158498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:25:25:27:28:0.528302:15:12:8:17:16:12:8:17 chr1 26158962 . A G 523.77 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000762329;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.428;QD=59.8599;RBI=0.0445108;REFB=0;REVB=0.0445042;RO=0;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185521;OID=.;OPOS=26158962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:26:9:0:0:26:9:0:0 chr1 26290745 . G C 501.85 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.535;QD=59.0415;RBI=0.0303962;REFB=0;REVB=0.0265707;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86049e-05;OID=.;OPOS=26290745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:14:18:0:0:16:18:0:0 chr1 26357656 . C A 778.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00102571;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.599;QD=56.6188;RBI=0.00939084;REFB=0;REVB=0.00933466;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517991;OID=.;OPOS=26357656;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:29:25:0:0:30:25:0:0 chr1 26378002 . C T 393.07 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.258;QD=56.1532;RBI=0.0199644;REFB=0;REVB=0.00125755;RO=0;SAF=22;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.25415e-05;OID=.;OPOS=26378002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:6:22:0:0:6:22:0:0 chr1 26488947 . C T 166.07 PASS AF=0.418605;AO=16;DP=40;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0314772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4396;QD=15.4483;RBI=0.0328308;REFB=-0.0354402;REVB=-0.00932997;RO=24;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662823;STB=0.517789;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0483868;OID=.;OPOS=26488947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:24:25:16:18:0.418605:9:7:9:15:11:7:9:16 chr1 26496651 . T C 31.58 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.092312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.497;QD=14.0368;RBI=0.0925059;REFB=-0.00868309;REVB=0.00598593;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251123;STB=0.651584;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00672036;OID=.;OPOS=26496651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:1:3:2:3:1:3 chr1 26511139 . G A 35.89 PASS AF=0.25;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0314613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.694;QD=5.98118;RBI=0.0322999;REFB=-0.0157636;REVB=-0.00731218;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257618;STB=0.628134;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0109;OID=.;OPOS=26511139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:24:16:18:6:6:0.25:4:2:9:7:4:2:9:9 chr1 26517267 . A G 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0597369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8315;QD=55.6498;RBI=0.0610543;REFB=0;REVB=-0.0126146;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00170857;OID=.;OPOS=26517267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr1 26517794 . A G 1246.1 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.551;QD=61.536;RBI=0.0416817;REFB=0;REVB=0.0317989;RO=0;SAF=48;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43581e-05;OID=.;OPOS=26517794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:78:81:1:30:48:0:0:31:50:0:0 chr1 26517890 . TC CT,TT 776.01 PASS AF=0.0535714,0.946429;AO=2,52;DP=56;FAO=3,53;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27;FSAR=3,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050138,0.0796845;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=76.1212,114.643;QD=55.4296;RBI=0.0506873,0.0798066;REFB=0,0;REVB=-0.00744198,-0.00441157;RO=0;SAF=0,26;SAR=2,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0271564,0.000300619;OID=.,.;OPOS=26517890,26517891;OREF=TC,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:56:56:0:0:2,52:3,53:0.0535714,0.946429:2,26:0,26:0:0:3,26:0,27:0:0 chr1 26526439 . A G 488.81 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520227;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.19;QD=59.2496;RBI=0.0600884;REFB=0;REVB=0.0300708;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412417;OID=.;OPOS=26526439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:31:33:1:16:15:0:0:17:16:0:0 chr1 26609259 . C T 62.87 PASS AF=0.473684;AO=8;DP=18;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00952151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9953;QD=13.2365;RBI=0.0114045;REFB=-0.0117405;REVB=0.00627727;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341689;STB=0.717431;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0451018;OID=.;OPOS=26609259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:18:19:10:10:8:9:0.473684:6:2:6:4:7:2:6:4 chr1 26610891 . A C 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0282238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.36;QD=12.873;RBI=0.0421325;REFB=-0.00294186;REVB=-0.031282;RO=32;SAF=4;SAR=15;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434945;STB=0.754642;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00650446;OID=.;OPOS=26610891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:15:4:19:13:15:4:19:13 chr1 26627478 . T C 64.32 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0171426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.161;QD=23.3878;RBI=0.0183487;REFB=-0.0103511;REVB=0.00654267;RO=3;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212058;STB=0.512165;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0123363;OID=.;OPOS=26627478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:5:3:1:2:5:3:1:2 chr1 26646726 . A G 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00333043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5142;QD=13.4415;RBI=0.0489183;REFB=-0.00943879;REVB=0.0488048;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00872281;STB=0.505144;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0143137;OID=.;OPOS=26646726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:3:7:9:4:3:7:9:4 chr1 26646730 . A G 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00189117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.797;QD=13.4417;RBI=0.00202751;REFB=-0.0357773;REVB=-0.000730936;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00872281;STB=0.505144;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.033328;OID=.;OPOS=26646730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:3:7:9:4:3:7:9:4 chr1 26648551 . G C 275.62 PASS AF=0.705882;AO=24;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00222387;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.171;QD=32.4256;RBI=0.0122895;REFB=-0.0187976;REVB=0.0120866;RO=9;SAF=6;SAR=18;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181574;STB=0.589207;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0074015;OID=.;OPOS=26648551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:9:10:24:24:0.705882:18:6:5:4:18:6:5:5 chr1 26663362 . C T 77.42 PASS AF=0.588235;AO=9;DP=16;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00214498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.557;QD=18.2169;RBI=0.0573892;REFB=-0.0238369;REVB=0.0573491;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121106;STB=0.529353;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0217516;OID=.;OPOS=26663362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:17:7:7:9:10:0.588235:4:5:4:3:5:5:4:3 chr1 26664968 . C T 223.04 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0261576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.315;QD=18.9818;RBI=0.0264072;REFB=-0.00770204;REVB=0.00362211;RO=25;SAF=6;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178422;STB=0.601672;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00718646;OID=.;OPOS=26664968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:16:6:11:14:16:6:11:14 chr1 26672074 . T C 244.73 PASS AF=0.575;AO=22;DP=38;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0295468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.001;QD=24.4727;RBI=0.032682;REFB=-0.0437766;REVB=0.0139677;RO=16;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116966;STB=0.540446;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0290887;OID=.;OPOS=26672074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:16:17:22:23:0.575:13:9:9:7:13:10:9:8 chr1 26691174 . C A 596.12 PASS AF=0.857143;AO=42;DP=49;FAO=42;FDP=49;FR=.;FRO=7;FSAF=34;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00584998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4024;QD=48.6632;RBI=0.0274054;REFB=-0.0418415;REVB=0.0267737;RO=7;SAF=34;SAR=8;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240054;STB=0.629561;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0202741;OID=.;OPOS=26691174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:7:7:42:42:0.857143:8:34:1:6:8:34:1:6 chr1 26694245 . T C 76.22 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0410357;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.608;QD=10.8879;RBI=0.0417284;REFB=-0.00885856;REVB=0.00757153;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222825;STB=0.63354;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0102759;OID=.;OPOS=26694245;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:29:28:18:18:10:10:0.357143:6:4:11:7:6:4:11:7 chr1 26694260 . T C 107.41 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.000562113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4847;QD=12.6364;RBI=0.0106584;REFB=0.0221769;REVB=0.0106436;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142088;STB=0.596268;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.0268785;OID=.;OPOS=26694260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:20:21:13:13:0.382353:7:6:12:8:7:6:13:8 chr1 26700795 . T C 843.15 PASS AF=1;AO=48;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367281;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.481;QD=57.1627;RBI=0.037559;REFB=0;REVB=-0.00785633;RO=0;SAF=12;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000657891;OID=.;OPOS=26700795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:48:59:1:36:12:0:0:42:17:0:0 chr1 26755919 . A G 394.18 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0129687;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.625;QD=50.8622;RBI=0.0255106;REFB=-0.189642;REVB=0.0219683;RO=2;SAF=24;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372625;STB=0.519987;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00113212;OID=.;OPOS=26755919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:31:31:2:2:29:29:0.935484:5:24:2:0:5:24:2:0 chr1 26786627 . G A 99.95 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0390635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.092;QD=15.377;RBI=0.0399872;REFB=-0.022146;REVB=0.00854495;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428589;STB=0.524957;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0166591;OID=.;OPOS=26786627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:9:3:4:10:9:3:4:10 chr1 26879376 . T C 83.8 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.0782913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.155;QD=10.1571;RBI=0.078297;REFB=0.0120762;REVB=-0.000944859;RO=21;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763541;STB=0.554364;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=-0.0180682;OID=.;OPOS=26879376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:21:22:11:11:0.333333:9:2:3:18:9:2:3:19 chr1 26879920 . T C 352.64 PASS AF=1;AO=24;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.12;QD=54.2525;RBI=0.0382293;REFB=0;REVB=0.0301639;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35389e-05;OID=.;OPOS=26879920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:24:26:1:16:8:0:0:17:9:0:0 chr1 26883511 . A C 197.05 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00508765;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.21;QD=18.7666;RBI=0.0156332;REFB=-0.0145235;REVB=-0.0147821;RO=22;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216397;STB=0.62252;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0176289;OID=.;OPOS=26883511;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:22:22:20:20:0.47619:8:12:8:14:8:12:8:14 chr1 26885323 . TG T 172.66 PASS AF=0.771429;AO=19;DP=35;FAO=27;FDP=35;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.291847;FXX=0.0277701;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.6105;QD=19.7322;RBI=0.294427;REFB=-0.145831;REVB=0.0388939;RO=14;SAF=2;SAR=17;SRF=8;SRR=6;SSEN=0.404762;SSEP=0;SSSB=-0.500346;STB=0.51063;STBP=0.869;TYPE=del;VARB=0.152071;OID=.;OPOS=26885324;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.771429:19:35:27:35:8:9:18:3:5:26:14:2:17:8:6 chr1 26887255 . C T 300.43 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.012439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.161;QD=19.0748;RBI=0.0130393;REFB=-0.0168703;REVB=-0.00391075;RO=30;SAF=14;SAR=18;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140777;STB=0.585746;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.022082;OID=.;OPOS=26887255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:31:32:32:0.507937:18:14:18:12:18:14:19:12 chr1 26887592 . T C 111.41 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00841742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.552;QD=15.9161;RBI=0.00842108;REFB=-0.0164469;REVB=0.00024822;RO=13;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212182;STB=0.627703;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0275932;OID=.;OPOS=26887592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:15:13:13:0.464286:9:4:7:6:9:4:8:7 chr1 26900735 . C G 163.61 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0129876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8834;QD=20.4507;RBI=0.0346584;REFB=-0.0206723;REVB=0.0321329;RO=15;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315986;STB=0.67903;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0118486;OID=.;OPOS=26900735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:12:5:10:5:12:5:10:5 chr1 26901319 . G A 206.06 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0232828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2661;QD=16.8215;RBI=0.0237822;REFB=-0.011772;REVB=0.00484817;RO=26;SAF=6;SAR=15;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22527;STB=0.652023;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0187753;OID=.;OPOS=26901319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:28:21:21:0.428571:15:6:13:13:15:6:15:13 chr1 27210721 . T C 501.43 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.214;QD=58.9922;RBI=0.0407374;REFB=0;REVB=0.0112082;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91203e-05;OID=.;OPOS=27210721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:16:17:0:0:17:17:0:0 chr1 27426796 . T C 538.4 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0031404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1368;QD=59.8217;RBI=0.0338912;REFB=0;REVB=-0.0337454;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000490006;OID=.;OPOS=27426796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr1 27427041 . T C 304.04 PASS AF=0.96;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0194597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2227;QD=48.6464;RBI=0.0797822;REFB=0.00486487;REVB=-0.0773726;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.52379;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00182958;OID=.;OPOS=27427041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:25:0:1:23:24:0.96:14:9:0:0:14:10:1:0 chr1 27432575 . AC A 30.3 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0256039;FXX=0.0370233;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.5037;QD=4.66205;RBI=0.0284937;REFB=-0.0637816;REVB=-0.0125033;RO=17;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=14;SSEN=0.555556;SSEP=0;SSSB=0.589543;STB=0.847835;STBP=0.025;TYPE=del;VARB=0.112557;OID=.;OPOS=27432576;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346154:9:27:9:26:17:7:2:3:14:30:17:7:2:3:14 chr1 27480757 . A G 240.18 PASS AF=0.5;AO=24;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0244347;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4476;QD=19.2143;RBI=0.0260739;REFB=-0.0487525;REVB=-0.00909899;RO=25;SAF=11;SAR=13;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199227;STB=0.599287;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0456589;OID=.;OPOS=27480757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:24:25:0.5:13:11:17:8:13:12:17:8 chr1 27676118 . GC G,GG 46.09 PASS AF=0.318182,0.0909091;AO=7,2;DP=22;FAO=7,2;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4,1;FSAR=3,1;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0503857,-0.0318962;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=12.7725,19.2624;QD=8.38076;RBI=0.0680496,0.0646578;REFB=-0.12758,-0.0542359;REVB=-0.0457387,0.0562428;RO=11;SAF=4,1;SAR=3,1;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0671836,-0.142187;STB=0.529329,0.599045;STBP=0.845,0.772;TYPE=del,snp;VARB=0.166633,-0.0374658;OID=.,.;OPOS=27676119,27676119;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182,0.0909091:7,2:22:7,2:22:13:4,1:3,1:8:5:33:11:4,1:3,1:7:4 chr1 27676925 . G A 228.34 PASS AF=0.448276;AO=22;DP=56;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.000653805;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.673;QD=15.7477;RBI=0.00636159;REFB=-0.0135395;REVB=-0.0063279;RO=34;SAF=7;SAR=15;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230788;STB=0.605397;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.018996;OID=.;OPOS=27676925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:34:32:22:26:0.448276:15:7:18:16:17:9:17:15 chr1 27679797 . A G 145.08 PASS AF=0.283784;AO=20;DP=73;FAO=21;FDP=74;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=46;FSRR=7;FWDB=0.0177756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2659;QD=7.8424;RBI=0.0448227;REFB=0.00204313;REVB=-0.0411473;RO=53;SAF=17;SAR=3;SRF=46;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441664;STB=0.516114;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=-0.00417199;OID=.;OPOS=27679797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:53:53:20:21:0.283784:3:17:46:7:3:18:46:7 chr1 27679954 . GGGC AGGC,GGCG 150.05 PASS AF=0.681818,0;AO=14,2;DP=23;FAO=15,0;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=4,0;FSAR=11,0;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0415985,0.150752;FXX=0.0434594;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=211.671,22.5437;QD=27.2817;RBI=0.043413,0.150922;REFB=-0.0291572,0.00117078;REVB=0.01242,0.00717546;RO=3;SAF=4,0;SAR=10,2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0183949,-0.599865;STB=0.552779,0.5;STBP=0.586,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.012709,0;OID=.,.;OPOS=27679954,27679956;OREF=G,GC;OALT=A,CG;OMAPALT=AGGC,GGCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:23:22:3:7:14,2:15,0:0.681818,0:10,2:4,0:1:2:11,0:4,0:1:6 chr1 27680292 . A G 165.22 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0286944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8071;QD=12.4694;RBI=0.0345761;REFB=0.0102369;REVB=-0.0192909;RO=32;SAF=13;SAR=7;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164631;STB=0.587337;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.0213774;OID=.;OPOS=27680292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:33:20:20:0.377358:7:13:16:16:7:13:17:16 chr1 27688633 . G A 436.52 PASS AF=0.825;AO=33;DP=40;FAO=33;FDP=40;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.017912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.858;QD=43.6517;RBI=0.0527445;REFB=-0.249202;REVB=0.04961;RO=4;SAF=16;SAR=17;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473726;STB=0.515142;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00463662;OID=.;OPOS=27688633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:40:40:4:7:33:33:0.825:17:16:1:3:17:16:4:3 chr1 27709020 . T C 209.28 PASS AF=0.409836;AO=24;DP=60;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0250558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.505;QD=13.7233;RBI=0.0255856;REFB=-0.0210709;REVB=-0.0051796;RO=36;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130213;STB=0.584027;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0352171;OID=.;OPOS=27709020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:36:36:24:25:0.409836:11:13:15:21:11:14:15:21 chr1 27875824 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8654;QD=33.4264;RBI=0.0597153;REFB=0;REVB=0.0543631;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00291607;OID=.;OPOS=27875824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr1 27876444 . C T 163.68 PASS AF=0.309859;AO=22;DP=71;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=41;FWDB=0.0217954;FXX=0.013887;HRUN=6;LEN=1;MLLD=248.211;QD=9.22114;RBI=0.0229292;REFB=-0.00180789;REVB=-0.00712103;RO=43;SAF=7;SAR=15;SRF=6;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265232;STB=0.635228;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00565923;OID=.;OPOS=27876444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:43:49:22:22:0.309859:15:7:6:37:15:7:8:41 chr1 27876482 . C A 773.82 PASS AF=0.934426;AO=57;DP=62;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0132344;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.229;QD=50.7423;RBI=0.0170642;REFB=-0.106033;REVB=0.010772;RO=4;SAF=13;SAR=44;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463072;STB=0.524633;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00152615;OID=.;OPOS=27876482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:62:61:4:4:57:57:0.934426:44:13:2:2:44:13:2:2 chr1 27878033 . G A 183.07 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.00928548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.877;QD=17.4355;RBI=0.0227184;REFB=-0.0487121;REVB=-0.0207342;RO=22;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147987;STB=0.592501;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0505194;OID=.;OPOS=27878033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:23:19:19:0.452381:11:8:6:16:11:8:6:17 chr1 28060574 . A G 391.24 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.023;QD=55.8917;RBI=0.0288591;REFB=0;REVB=0.0260926;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231739;OID=.;OPOS=28060574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:12:15:0:0:12:16:0:0 chr1 28149924 . A T 796.37 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0690335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.178;QD=63.7093;RBI=0.0804296;REFB=0;REVB=0.041271;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155853;OID=.;OPOS=28149924;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:19:29:0:0:20:30:0:0 chr1 28173614 . C G 483.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0650051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2045;QD=58.5826;RBI=0.0652881;REFB=0;REVB=0.00607195;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00051064;OID=.;OPOS=28173614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr1 28209305 . A G 669.17 PASS AF=0.977778;AO=41;DP=43;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00578185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.525;QD=59.4818;RBI=0.0152824;REFB=-0.0186503;REVB=0.0141464;RO=1;SAF=18;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253524;STB=0.513507;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00029907;OID=.;OPOS=28209305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:45:1:1:41:44:0.977778:23:18:1:0:26:18:1:0 chr1 28209362 . T C 296.28 PASS AF=0.958333;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0293669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0018;QD=49.3798;RBI=0.0371624;REFB=0.114941;REVB=-0.0227734;RO=1;SAF=7;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615001;STB=0.533304;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.00387011;OID=.;OPOS=28209362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:24:1:1:22:23:0.958333:15:7:1:0:16:7:1:0 chr1 28209366 . A G 239.32 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9243;QD=50.3823;RBI=0.0886181;REFB=0;REVB=-0.0866999;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00215373;OID=.;OPOS=28209366;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:14:4:0:0:14:5:0:0 chr1 28268835 . A C 462.94 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0298222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4715;QD=52.9073;RBI=0.137286;REFB=0.0366771;REVB=-0.134007;RO=2;SAF=14;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825435;STB=0.504422;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.0141174;OID=.;OPOS=28268835;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:19:14:1:1:19:14:1:1 chr1 28422847 . C T 496.83 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0429963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0152;QD=55.2034;RBI=0.115047;REFB=-0.163364;REVB=0.106711;RO=1;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183382;STB=0.509429;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.00896547;OID=.;OPOS=28422847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:36:1:1:34:35:0.972222:25:9:0:1:26:9:0:1 chr1 28476862 . G T 227.95 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0106898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1991;QD=21.7097;RBI=0.0498898;REFB=-0.0430069;REVB=0.0487311;RO=20;SAF=8;SAR=14;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595207;STB=0.533304;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0211485;OID=.;OPOS=28476862;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:14:8:6:14:14:8:6:14 chr1 28586397 . G A 87.7 PASS AF=0.44;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0686083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.8691;QD=14.0322;RBI=0.0756354;REFB=-0.0722193;REVB=-0.0318372;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343697;STB=0.555457;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.07864;OID=.;OPOS=28586397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:23:25:12:14:11:11:0.44:5:6:7:5:5:6:9:5 chr1 28599898 . G A 225.49 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0129034;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8677;QD=26.5278;RBI=0.0349445;REFB=-0.0683835;REVB=0.032475;RO=13;SAF=10;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634418;STB=0.535178;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0424602;OID=.;OPOS=28599898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:11:10:5:8:11:10:5:8 chr1 28638859 . A T 1201.51 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0363943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.509;QD=58.61;RBI=0.0539417;REFB=-0.127613;REVB=0.0398141;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.511625;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.000355648;OID=.;OPOS=28638859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:82:82:0:2:80:80:0.97561:42:38:0:0:42:38:0:2 chr1 29189483 . C T 110.42 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.163682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6316;QD=14.7224;RBI=0.169459;REFB=0.0141169;REVB=-0.0438701;RO=14;SAF=3;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278084;STB=0.717877;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.017278;OID=.;OPOS=29189483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:17:13:13:0.433333:10:3:7:7:10:3:10:7 chr1 29189597 . C T 761.5 PASS AF=0.98;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0351105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.025;QD=60.9197;RBI=0.0373419;REFB=0.00243727;REVB=0.0127149;RO=1;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208969;STB=0.511107;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00078322;OID=.;OPOS=29189597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:50:1:1:47:49:0.98:22:25:0:1:22:27:0:1 chr1 29443524 . T C 337.18 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00278791;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=237.287;QD=24.9762;RBI=0.0333755;REFB=-0.00383329;REVB=0.0332589;RO=21;SAF=22;SAR=11;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373664;STB=0.520535;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00221267;OID=.;OPOS=29443524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:21:33:33:0.611111:11:22:13:8:11:22:13:8 chr1 29446332 . AT AA,A 77.54 PASS AF=0.05,0.483333;AO=3,26;DP=62;FAO=3,29;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=3,12;FSAR=0,17;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0827998,0.0677376;FXX=0.0322529;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=13.3464,6.51189;QD=5.16961;RBI=0.0828926,0.0713665;REFB=-0.0784207,-0.132702;REVB=-0.00392059,-0.0224675;RO=17;SAF=3,11;SAR=0,15;SRF=9;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.599987,-0.0768245;STB=0.997002,0.510631;STBP=0.047,0.888;TYPE=snp,del;VARB=0.0664877,0.0977925;OID=.,.;OPOS=29446333,29446333;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.05,0.483333:3,26:62:3,29:60:28:3,12:0,17:11:17:65:17:3,11:0,15:9:8 chr1 29446811 . A G 191.18 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0014079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3479;QD=16.994;RBI=0.00540001;REFB=-0.0180784;REVB=0.00521325;RO=21;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075896;STB=0.57568;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0656373;OID=.;OPOS=29446811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:21:25:20:20:0.444444:13:7:9:12:13:7:12:13 chr1 29475648 . T G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00264519;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.071;QD=53.2772;RBI=0.0342725;REFB=0;REVB=0.0341703;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108786;OID=.;OPOS=29475648;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr1 29522674 . C T 135.06 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0172553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.627;QD=18.6286;RBI=0.0544409;REFB=-0.00438935;REVB=-0.051634;RO=13;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238067;STB=0.512803;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00371341;OID=.;OPOS=29522674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:14:15:15:0.517241:10:5:4:9:10:5:5:9 chr1 29529699 . T C 614.13 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122177;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5774;QD=61.4128;RBI=0.020273;REFB=0;REVB=0.0161778;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102371;OID=.;OPOS=29529699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr1 29542637 . A G 845.47 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00400518;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.186;QD=54.5465;RBI=0.00596149;REFB=-0.0887386;REVB=0.00441565;RO=2;SAF=25;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362622;STB=0.519224;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00613818;OID=.;OPOS=29542637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:63:62:2:2:60:60:0.967742:35:25:2:0:35:25:2:0 chr1 29611281 . C T 323.84 PASS AF=0.4;AO=36;DP=90;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0122151;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.396;QD=14.3927;RBI=0.0126216;REFB=-0.0111247;REVB=0.00317758;RO=53;SAF=14;SAR=22;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108998;STB=0.55693;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0154168;OID=.;OPOS=29611281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:54:36:36:0.4:22:14:26:27:22:14:26:28 chr1 29630455 . C T 693.0 PASS AF=0.928571;AO=52;DP=56;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0318926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.544;QD=49.5;RBI=0.0487473;REFB=-0.143186;REVB=0.0368668;RO=2;SAF=30;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030369;STB=0.505616;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.000860238;OID=.;OPOS=29630455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:56:56:2:4:52:52:0.928571:22:30:2:0:22:30:2:2 chr1 29631909 . A G 765.84 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4306;QD=63.8197;RBI=0.0261753;REFB=0;REVB=0.00275588;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155998;OID=.;OPOS=29631909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr1 31188901 . A G 218.9 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0230049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.291;QD=11.6747;RBI=0.0231335;REFB=-0.00711228;REVB=-0.00243553;RO=48;SAF=16;SAR=11;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807486;STB=0.546699;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0153383;OID=.;OPOS=31188901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:48:27:27:0.36:11:16:25:23:11:16:25:23 chr1 31215364 . T C 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0114771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.109;QD=16.4266;RBI=0.0282328;REFB=-0.0499226;REVB=-0.0257947;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933525;STB=0.554352;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0382674;OID=.;OPOS=31215364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:8:3:4:7:8:3:4:7 chr1 31346057 . A G 139.4 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0123075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0207;QD=21.4453;RBI=0.0733654;REFB=0.000571083;REVB=-0.0723257;RO=10;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237195;STB=0.505148;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=-0.00159235;OID=.;OPOS=31346057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:26:26:10:11:15:15:0.576923:8:7:5:5:8:7:5:6 chr1 31347320 . G A 206.33 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00567777;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8568;QD=12.6973;RBI=0.0590496;REFB=-0.0327235;REVB=0.058776;RO=38;SAF=14;SAR=11;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199543;STB=0.597484;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0311559;OID=.;OPOS=31347320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:38:40:25:25:0.384615:11:14:14:24:11:14:16:24 chr1 31351485 . C A 194.06 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.012589;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.012;QD=16.8743;RBI=0.0319895;REFB=-0.00491159;REVB=0.0294083;RO=26;SAF=12;SAR=8;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975156;STB=0.555502;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00442082;OID=.;OPOS=31351485;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:8:12:18:8:8:12:18:8 chr1 31445932 . C A,G 717.32 PASS AF=0.0961538,0.903846;AO=5,45;DP=50;FAO=5,47;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=3,26;FSAR=2,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105225,0.0211605;FXX=0.0188644;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=101.233,70.3803;QD=55.1782;RBI=0.0108723,0.0493829;REFB=0,0;REVB=0.00273576,0.0446196;RO=0;SAF=3,25;SAR=2,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.09779e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.085722,-0.00786651;OID=.,.;OPOS=31445932,31445932;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:22:50:52:0:0:5,45:5,47:0.0961538,0.903846:2,20:3,25:0:0:2,21:3,26:0:0 chr1 31653733 . T C 93.77 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0175602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.769;QD=10.4188;RBI=0.0176447;REFB=-0.011376;REVB=-0.0017251;RO=23;SAF=4;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211998;STB=0.615187;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0196597;OID=.;OPOS=31653733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:36:36:23:24:12:12:0.333333:8:4:12:11:8:4:12:12 chr1 31732788 . CCGC TCGC,TTCG 404.78 PASS AF=0.493976,0;AO=32,3;DP=83;FAO=41,0;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=25,0;FSAR=16,0;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0111377,0.0212682;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,4;MLLD=103.756,106.989;QD=19.5076;RBI=0.0119065,0.0315178;REFB=-0.0100749,-0.00199953;REVB=0.00420919,-0.0232602;RO=39;SAF=25,0;SAR=7,3;SRF=26;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.146986,-0.593105;STB=0.504948,0.5;STBP=0.926,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0115544,0;OID=.,.;OPOS=31732788,31732788;OREF=C,CCGC;OALT=T,TTCG;OMAPALT=TCGC,TTCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:42:32,3:41,0:0.493976,0:7,3:25,0:26:13:16,0:25,0:26:16 chr1 31733830 . T C 246.27 PASS AF=0.55814;AO=22;DP=40;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0290333;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.601;QD=22.9091;RBI=0.0301482;REFB=-0.0346625;REVB=0.00812275;RO=18;SAF=13;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744335;STB=0.545416;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0292293;OID=.;OPOS=31733830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:18:19:22:24:0.55814:9:13:9:9:9:15:10:9 chr1 31733926 . A G 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0103185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.821;QD=23.0939;RBI=0.0380276;REFB=-0.00168757;REVB=0.0366009;RO=12;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661604;STB=0.537146;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00177513;OID=.;OPOS=31733926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:7:10:6:6:7:10:6:6 chr1 31740706 . A G 38.13 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.038205;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.874;QD=8.02764;RBI=0.0564053;REFB=-0.00780296;REVB=0.0414963;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210359;STB=0.631171;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0436741;OID=.;OPOS=31740706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:20:19:13:13:6:6:0.315789:3:3:9:4:3:3:9:4 chr1 31837196 . G T 684.42 PASS AF=0.470968;AO=70;DP=152;FAO=73;FDP=155;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=41;FSRF=50;FSRR=32;FWDB=-0.00102199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.445;QD=17.6624;RBI=0.0127381;REFB=-0.012419;REVB=-0.0126971;RO=81;SAF=29;SAR=41;SRF=49;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1834;STB=0.590007;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0135195;OID=.;OPOS=31837196;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:155:81:82:70:73:0.470968:41:29:49:32:41:32:50:32 chr1 31882730 . G A 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.000840344;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=151.125;QD=19.1805;RBI=0.0274829;REFB=-0.0147881;REVB=-0.02747;RO=10;SAF=10;SAR=3;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301655;STB=0.599866;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0148382;OID=.;OPOS=31882730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:10:11:13:13:0.541667:3:10:10:0:3:10:10:1 chr1 31883295 . T C 738.1 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0279805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5612;QD=54.6743;RBI=0.0344172;REFB=0.0291426;REVB=0.0200409;RO=1;SAF=15;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122398;STB=0.506491;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.00566129;OID=.;OPOS=31883295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:38:15:0:1:38:15:0:1 chr1 31898234 . T C 313.6 PASS AF=0.56;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.029718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0541;QD=25.0876;RBI=0.040431;REFB=-0.00431365;REVB=-0.0274136;RO=20;SAF=14;SAR=14;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113153;STB=0.539972;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00537856;OID=.;OPOS=31898234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:20:22:28:28:0.56:14:14:7:13:14:14:9:13 chr1 31905889 . A ACAG 198.0 PASS AF=0.324675;AO=24;DP=86;FAO=25;FDP=77;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0475349;FXX=0.0493766;HRUN=1;LEN=3;MLLD=192.728;QD=10.2859;RBI=0.0475362;REFB=-0.0429653;REVB=-0.000342423;RO=52;SAF=10;SAR=14;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141534;STB=0.593675;STBP=0.243;TYPE=ins;VARB=0.0836242;OID=.;OPOS=31905890;OREF=-;OALT=CAG;OMAPALT=ACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.324675:24:86:25:77:52:10:15:28:24:99:52:10:14:28:24 chr1 31907457 . A G 785.34 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.517;QD=64.1094;RBI=0.0447833;REFB=0;REVB=0.0230321;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275585;OID=.;OPOS=31907457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:18:30:0:0:19:30:0:0 chr1 31970447 . G A 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0148972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5107;QD=16.8228;RBI=0.0322249;REFB=-0.00351982;REVB=-0.0285748;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935942;STB=0.55539;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.004816;OID=.;OPOS=31970447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:5:2:2:3:5:2:2:3 chr1 31970513 . C T 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0253681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.156;QD=24.0301;RBI=0.0607067;REFB=0.00664661;REVB=0.0551522;RO=9;SAF=10;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156502;STB=0.588114;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00191107;OID=.;OPOS=31970513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:5:10:4:5:5:10:4:5 chr1 31973122 . GTGGAGTCTGTC G 198.2 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0145494;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=11;MLLD=313.904;QD=25.5737;RBI=0.0145904;REFB=-0.0380874;REVB=0.00109388;RO=10;SAF=6;SAR=13;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589397;STB=0.543679;STBP=0.58;TYPE=del;VARB=0.0195593;OID=.;OPOS=31973123;OREF=TGGAGTCTGTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.612903:19:31:19:31:12:6:13:5:7:98:10:6:13:4:6 chr1 31973138 . T C 225.33 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00628517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.881;QD=27.3131;RBI=0.0241088;REFB=-0.0302185;REVB=0.0232752;RO=11;SAF=7;SAR=14;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819794;STB=0.533301;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00738972;OID=.;OPOS=31973138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:11:12:21:21:0.636364:14:7:5:6:14:7:5:7 chr1 31973348 . A C 186.03 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=0.0235204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.95;QD=12.4021;RBI=0.0257894;REFB=-0.0236412;REVB=0.0105773;RO=36;SAF=14;SAR=9;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394029;STB=0.728592;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0179788;OID=.;OPOS=31973348;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:37:23:23:0.383333:9:14:8:28:9:14:8:29 chr1 31973409 . G A 219.56 PASS AF=0.412698;AO=25;DP=61;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.00263966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.369;QD=13.9404;RBI=0.0166202;REFB=-0.0143892;REVB=-0.0164093;RO=36;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221053;STB=0.624005;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0123359;OID=.;OPOS=31973409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:36:37:25:26:0.412698:12:13:11:25:12:14:12:25 chr1 31973440 . G A 225.41 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00154791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.301;QD=20.4918;RBI=0.00544457;REFB=-0.0108995;REVB=0.00521989;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103559;STB=0.545414;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00533981;OID=.;OPOS=31973440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:22:22:21:22:0.5:10:11:9:13:11:11:9:13 chr1 32089201 . G A 343.33 PASS AF=0.514286;AO=35;DP=69;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.00134076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.039;QD=19.619;RBI=0.00466145;REFB=-0.0246907;REVB=0.00446447;RO=34;SAF=17;SAR=18;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118394;STB=0.558462;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0217502;OID=.;OPOS=32089201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:34:34:35:36:0.514286:18:17:12:22:19:17:12:22 chr1 32119590 . G T 158.59 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0382834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.559;QD=17.1447;RBI=0.0385628;REFB=-0.00498993;REVB=0.00463433;RO=20;SAF=6;SAR=11;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111048;STB=0.563106;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00698416;OID=.;OPOS=32119590;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:11:6:5:15:11:6:5:15 chr1 32127953 . G A 310.29 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205555;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.506;QD=53.9641;RBI=0.0376504;REFB=0;REVB=0.0315439;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253491;OID=.;OPOS=32127953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:15:7:0:0:15:8:0:0 chr1 32148571 . A G 371.4 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.892;QD=55.0229;RBI=0.014447;REFB=0;REVB=0.00687665;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.22464e-05;OID=.;OPOS=32148571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:12:14:0:0:13:14:0:0 chr1 32158374 . T C 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=1;FWDB=-0.0113584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.126;QD=11.8306;RBI=0.0130461;REFB=-0.00115519;REVB=0.00641778;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380446;STB=0.732529;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00548763;OID=.;OPOS=32158374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:16:18:11:11:0.37931:4:7:15:1:4:7:17:1 chr1 32279629 . G A 1683.12 PASS AF=0.982609;AO=91;DP=116;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.047224;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.136;QD=58.5433;RBI=0.0479559;REFB=-0.00424213;REVB=0.00834624;RO=0;SAF=52;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511626;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.000208624;OID=.;OPOS=32279629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:115:0:2:91:113:0.982609:39:52:0:0:42:71:0:2 chr1 32280610 . T C 1507.9 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00778725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.527;QD=63.4903;RBI=0.00885874;REFB=0;REVB=-0.00422327;RO=0;SAF=48;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62087e-05;OID=.;OPOS=32280610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:94:95:1:46:48:0:0:47:48:0:0 chr1 32557486 . A G 227.09 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0218201;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5406;QD=17.1387;RBI=0.0218233;REFB=-0.0518455;REVB=0.000370738;RO=27;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328889;STB=0.527251;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.045222;OID=.;OPOS=32557486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:27:28:25:25:0.471698:13:12:12:15:13:12:12:16 chr1 32672908 . T G 97.88 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00394885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.347;QD=13.5006;RBI=0.0346438;REFB=-0.00505231;REVB=-0.034418;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293607;STB=0.517213;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00815127;OID=.;OPOS=32672908;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:6:6:9:8:6:6:9:8 chr1 32672932 . G A 204.5 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0306617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3631;QD=22.7226;RBI=0.0538446;REFB=0.00455052;REVB=0.0442617;RO=16;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111828;STB=0.562439;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.00634998;OID=.;OPOS=32672932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:11:9:5:11:11:9:5:11 chr1 32682860 . GT G 35.51 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0247411;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.6478;QD=6.17606;RBI=0.0762199;REFB=-0.132168;REVB=-0.0720926;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0.350604;SSEP=0;SSSB=-0.13422;STB=0.562357;STBP=0.677;TYPE=del;VARB=0.155841;OID=.;OPOS=32682861;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304:9:23:9:23:14:3:6:6:8:35:13:3:6:6:7 chr1 32694819 . A G 195.78 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0573631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4905;QD=25.2613;RBI=0.0574057;REFB=0.0176694;REVB=-0.00221214;RO=12;SAF=7;SAR=12;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910107;STB=0.55051;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.013271;OID=.;OPOS=32694819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:12:7:3:9:12:7:3:9 chr1 32706791 . G T 234.42 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.0174532;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.548;QD=24.0432;RBI=0.0272935;REFB=-0.0232072;REVB=0.0209839;RO=17;SAF=15;SAR=7;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135513;STB=0.575007;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.012875;OID=.;OPOS=32706791;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:17:17:22:22:0.564103:7:15:14:3:7:15:14:3 chr1 32713199 . A G 107.37 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0313733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8512;QD=12.6318;RBI=0.0384175;REFB=0.00945674;REVB=-0.0221726;RO=21;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154159;STB=0.509077;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.0137423;OID=.;OPOS=32713199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:7:6:10:11:7:6:10:11 chr1 32829281 . G A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=-0.0130382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.109;QD=12.3289;RBI=0.0131278;REFB=-0.0337667;REVB=0.0015309;RO=17;SAF=9;SAR=2;SRF=16;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261434;STB=0.649141;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0442966;OID=.;OPOS=32829281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:2:9:16:1:2:9:16:1 chr1 32849512 . C T 516.67 PASS AF=0.470085;AO=55;DP=118;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=-0.00105846;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.105;QD=17.664;RBI=0.0175272;REFB=-0.0189005;REVB=-0.0174952;RO=62;SAF=30;SAR=25;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165253;STB=0.591647;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0216368;OID=.;OPOS=32849512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:62:62:55:55:0.470085:25:30:23:39:25:30:23:39 chr1 33065947 . G C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.137;QD=58.1413;RBI=0.0324693;REFB=0;REVB=0.0260239;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034333;OID=.;OPOS=33065947;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr1 33133968 . T C 445.79 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0112742;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=250.193;QD=52.4453;RBI=0.0147302;REFB=-0.181102;REVB=-0.00948006;RO=2;SAF=17;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00343954;STB=0.501844;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00106314;OID=.;OPOS=33133968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:15:17:1:1:15:17:1:1 chr1 33160878 . C T 347.88 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0107682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.682;QD=51.5372;RBI=0.0190721;REFB=-0.14419;REVB=0.0157414;RO=1;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403563;STB=0.521722;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000634038;OID=.;OPOS=33160878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:11:15:0:1:11:15:0:1 chr1 33161212 . T C 740.26 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9431;QD=55.8685;RBI=0.0572891;REFB=0;REVB=0.0555408;RO=0;SAF=34;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384432;OID=.;OPOS=33161212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:51:53:1:17:34:0:0:19:34:0:0 chr1 33235626 . G A 100.73 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0135642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.134;QD=16.116;RBI=0.0369732;REFB=-0.0195047;REVB=0.0343952;RO=13;SAF=9;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066069;STB=0.538395;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0576653;OID=.;OPOS=33235626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:3:9:9:4:3:9:9:4 chr1 33328165 . G A 1635.96 PASS AF=0.990991;AO=109;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00480494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.357;QD=58.9536;RBI=0.0120485;REFB=-0.0301419;REVB=0.011049;RO=1;SAF=56;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0088725;STB=0.504586;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=5.20877e-05;OID=.;OPOS=33328165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:109:110:0.990991:53:56:0:1:54:56:0:1 chr1 33475721 . G C 41.61 PASS AF=0.116883;AO=9;DP=81;FAO=9;FDP=77;FR=.;FRO=68;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=-0.0424836;FXX=0.0609682;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4492;QD=2.16139;RBI=0.0479933;REFB=-0.00193111;REVB=0.022327;RO=67;SAF=4;SAR=5;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110782;STB=0.587201;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0129357;OID=.;OPOS=33475721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:81:77:67:68:9:9:0.116883:5:4:36:31:5:4:37:31 chr1 33475750 . A G 50.55 PASS AF=0.120879;AO=12;DP=91;FAO=11;FDP=91;FR=.;FRO=80;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=36;FWDB=-0.0126748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.662;QD=2.22196;RBI=0.0156833;REFB=-0.0062273;REVB=-0.00923668;RO=78;SAF=4;SAR=8;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27995;STB=0.661129;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0346045;OID=.;OPOS=33475750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:91:91:78:80:12:11:0.120879:8:4:44:34:7:4:44:36 chr1 33475767 . G A 80.79 PASS AF=0.157895;AO=15;DP=95;FAO=15;FDP=95;FR=.;FRO=80;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=-0.00879415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.279;QD=3.40153;RBI=0.00908869;REFB=-0.0057074;REVB=0.00229502;RO=80;SAF=4;SAR=11;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327907;STB=0.720499;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0319316;OID=.;OPOS=33475767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:95:95:80:80:15:15:0.157895:11:4:42:38:11:4:42:38 chr1 33502357 . C T 33.11 PASS AF=0.0814815;AO=11;DP=135;FAO=11;FDP=135;FR=.;FRO=124;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=66;FSRR=58;FWDB=-0.00403095;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.983;QD=0.980991;RBI=0.0040364;REFB=-0.00255419;REVB=0.000209694;RO=122;SAF=4;SAR=7;SRF=65;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190022;STB=0.653058;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0245784;OID=.;OPOS=33502357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:135:135:122:124:11:11:0.0814815:7:4:65:57:7:4:66:58 chr1 33502376 . G A 39.95 PASS AF=0.0851064;AO=12;DP=141;FAO=12;FDP=141;FR=.;FRO=129;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=64;FSRR=65;FWDB=0.00362681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.383;QD=1.13342;RBI=0.00544675;REFB=-0.000157892;REVB=0.00406366;RO=128;SAF=3;SAR=9;SRF=63;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282476;STB=0.730516;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00217506;OID=.;OPOS=33502376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:141:141:128:129:12:12:0.0851064:9:3:63:65:9:3:64:65 chr1 33646950 . A G 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.335;QD=44.6873;RBI=0.0514632;REFB=0;REVB=-0.0504396;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000743454;OID=.;OPOS=33646950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr1 33789588 . T C 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0253611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.826;QD=34.6655;RBI=0.0320883;REFB=-0.119067;REVB=0.019659;RO=1;SAF=7;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596689;STB=0.533268;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00792849;OID=.;OPOS=33789588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:3:7:1:0:3:7:1:0 chr1 33802351 . C T 157.86 PASS AF=0.414634;AO=16;DP=40;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0245563;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8428;QD=15.4006;RBI=0.0311811;REFB=-0.0407218;REVB=-0.0192158;RO=24;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154947;STB=0.601295;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0557322;OID=.;OPOS=33802351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:24:24:16:17:0.414634:12:4:9:15:13:4:9:15 chr1 33820033 . C T 107.79 PASS AF=0.571429;AO=11;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0215337;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.535;QD=20.5312;RBI=0.059547;REFB=-0.053442;REVB=0.0555171;RO=9;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232556;STB=0.615215;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0204903;OID=.;OPOS=33820033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:21:21:9:9:11:12:0.571429:4:7:8:1:4:8:8:1 chr1 33832864 . CA C,CG 958.91 PASS AF=0.0149254,0.985075;AO=16,56;DP=73;FAO=1,66;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=1,28;FSAR=0,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00294533,0.00221468;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=199.657,208.704;QD=57.2484;RBI=0.0421106,0.0786352;REFB=0,0;REVB=0.0420075,0.078604;RO=0;SAF=2,26;SAR=14,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.29784e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0521009,0.00132695;OID=.,.;OPOS=33832865,33832865;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0149254,0.985075:16,56:73:1,66:67:0:1,28:0,38:0:0:4:0:2,26:14,30:0:0 chr1 33957130 . C A 47.5 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.066688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3136;QD=11.176;RBI=0.0677652;REFB=-0.0248613;REVB=-0.0120347;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135151;STB=0.689101;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0530436;OID=.;OPOS=33957130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:10:7:7:0.411765:2:5:4:3:2:5:4:6 chr1 33957152 . T G 398.5 PASS AF=1;AO=21;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0378673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.65;QD=54.965;RBI=0.0869875;REFB=0;REVB=0.0783128;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112602;OID=.;OPOS=33957152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:21:29:1:8:13:0:0:16:13:0:0 chr1 33960062 . A G 601.11 PASS AF=0.97561;AO=41;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0118565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.586;QD=58.6451;RBI=0.0199238;REFB=-0.0260788;REVB=0.0160119;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509429;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00974561;OID=.;OPOS=33960062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:41:40:0.97561:27:14:0:0:26:14:0:1 chr1 33961722 . C T 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0964154;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.7066;QD=55.6524;RBI=0.0966414;REFB=0;REVB=0.00660532;RO=0;SAF=4;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00232379;OID=.;OPOS=33961722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:23:4:0:0:23:4:0:0 chr1 33981769 . C T 149.0 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.014085;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.216;QD=17.5294;RBI=0.0200036;REFB=-0.00289086;REVB=-0.014204;RO=17;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187276;STB=0.591128;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0070225;OID=.;OPOS=33981769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:17:18:16:16:0.470588:9:7:11:6:9:7:11:7 chr1 33998687 . C T 481.7 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00430568;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.464;QD=22.9383;RBI=0.010524;REFB=-0.0225807;REVB=0.00960285;RO=38;SAF=16;SAR=30;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174329;STB=0.59609;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0251132;OID=.;OPOS=33998687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:38:38:46:46:0.547619:30:16:21:17:30:16:21:17 chr1 34038214 . T C 820.13 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0597254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6675;QD=55.6018;RBI=0.0648102;REFB=-0.00237099;REVB=0.0251643;RO=1;SAF=25;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184944;STB=0.509801;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00032698;OID=.;OPOS=34038214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:33:25:1:0:33:25:1:0 chr1 34090679 . T C 496.27 PASS AF=0.473684;AO=51;DP=111;FAO=54;FDP=114;FR=.;FRO=60;FSAF=44;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=16;FWDB=-0.0307598;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.797;QD=17.4131;RBI=0.0335966;REFB=-0.023294;REVB=-0.0135117;RO=56;SAF=42;SAR=9;SRF=41;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132733;STB=0.565192;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0288362;OID=.;OPOS=34090679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:114:56:60:51:54:0.473684:9:42:41:15:10:44:44:16 chr1 34238283 . T C 356.11 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0187335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2105;QD=24.5593;RBI=0.0284211;REFB=-0.0477329;REVB=-0.0213733;RO=21;SAF=17;SAR=18;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719888;STB=0.520225;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0438023;OID=.;OPOS=34238283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:21:23:35:35:0.603448:18:17:8:13:18:17:10:13 chr1 34270498 . G A 1158.27 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214347;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.465;QD=60.9615;RBI=0.022271;REFB=0;REVB=0.00604571;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99428e-05;OID=.;OPOS=34270498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:39:37:0:0:39:37:0:0 chr1 34285342 . G A 1209.31 PASS AF=0.943182;AO=80;DP=84;FAO=83;FDP=88;FR=.;FRO=5;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0531382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0757;QD=54.9686;RBI=0.0620748;REFB=-0.0331151;REVB=0.0320876;RO=3;SAF=41;SAR=39;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105507;STB=0.50534;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.011744;OID=.;OPOS=34285342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:84:88:3:5:80:83:0.943182:39:41:2:1:42:41:2:3 chr1 34285381 . C T 998.59 PASS AF=0.985714;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0119192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.665;QD=57.0623;RBI=0.0256111;REFB=-0.101371;REVB=0.0226686;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.507461;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000750637;OID=.;OPOS=34285381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:70:0:1:67:69:0.985714:32:35:0:0:33:36:0:1 chr1 34329897 . T C 737.11 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00996609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.757;QD=62.7331;RBI=0.0148625;REFB=0;REVB=0.0110259;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0004137;OID=.;OPOS=34329897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:32:14:0:0:32:15:0:0 chr1 34330067 . A C 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.222;QD=53.9324;RBI=0.0261571;REFB=-0.0509703;REVB=0.0230027;RO=1;SAF=15;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300657;STB=0.516118;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000321913;OID=.;OPOS=34330067;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:15:15:1:0:15:15:1:0 chr1 34578613 . A G 122.75 PASS AF=0.394737;AO=14;DP=37;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0104206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.166;QD=12.9208;RBI=0.0310797;REFB=-0.00838126;REVB=0.0292807;RO=22;SAF=1;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.628631;STB=0.808663;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0379206;OID=.;OPOS=34578613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:22:23:14:15:0.394737:13:1:12:10:13:2:13:10 chr1 35184033 . C T 323.86 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00867872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.625;QD=53.9763;RBI=0.0096237;REFB=0;REVB=-0.00415879;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02988e-05;OID=.;OPOS=35184033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:11:12:0:0:12:12:0:0 chr1 35223913 . A C 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00453596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.025;QD=18.0507;RBI=0.00470144;REFB=-0.0315306;REVB=-0.00123637;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0162078;OID=.;OPOS=35223913;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:5:5:4:4:5:5:4:4 chr1 35227362 . C G 150.24 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.000240174;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=36.1922;QD=22.2579;RBI=0.0164922;REFB=-0.0561584;REVB=0.0164904;RO=10;SAF=9;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178529;STB=0.580545;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0407831;OID=.;OPOS=35227362;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:26:27:10:11:16:16:0.592593:7:9:3:7:7:9:4:7 chr1 35227673 . A G 471.58 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0616856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.593;QD=23.5792;RBI=0.0619511;REFB=-0.0164364;REVB=-0.00573018;RO=35;SAF=10;SAR=35;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298934;STB=0.665493;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00844342;OID=.;OPOS=35227673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:35:45:45:0.5625:35:10:19:16:35:10:19:16 chr1 35251229 . G A 123.97 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00931794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.3937;QD=17.0993;RBI=0.0501301;REFB=-0.0234014;REVB=0.0492565;RO=15;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103377;STB=0.559499;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0262503;OID=.;OPOS=35251229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:5:9:8:7:5:9:8:7 chr1 35259946 . G A 498.91 PASS AF=0.566265;AO=47;DP=83;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00144786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.596;QD=24.044;RBI=0.0114093;REFB=-0.0217568;REVB=0.011317;RO=36;SAF=21;SAR=26;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860576;STB=0.547208;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0141769;OID=.;OPOS=35259946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:36:36:47:47:0.566265:26:21:20:16:26:21:20:16 chr1 35259961 . A G 543.08 PASS AF=0.581395;AO=50;DP=86;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0283965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4915;QD=25.2594;RBI=0.0414504;REFB=-1.17099e-05;REVB=-0.0301956;RO=36;SAF=24;SAR=26;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100089;STB=0.554709;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.000659412;OID=.;OPOS=35259961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:36:36:50:50:0.581395:26:24:22:14:26:24:22:14 chr1 35260769 . C T 88.09 PASS AF=0.44;AO=9;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00808002;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=291.903;QD=14.0949;RBI=0.00910168;REFB=-0.000263176;REVB=0.00418972;RO=7;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240193;STB=0.63887;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00033931;OID=.;OPOS=35260769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:7:14:9:11:0.44:5:4:1:6:6:5:3:11 chr1 35260929 . G A 223.74 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00367507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=295.927;QD=12.7851;RBI=0.00368421;REFB=-0.0134195;REVB=-0.000259273;RO=43;SAF=7;SAR=20;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196148;STB=0.613407;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.019126;OID=.;OPOS=35260929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:43:27:27:0.385714:20:7:18:25:20:7:18:25 chr1 35261166 . G A 85.67 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.019915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.142;QD=11.8161;RBI=0.0205976;REFB=-0.0308006;REVB=0.00525883;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201747;STB=0.620033;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0475328;OID=.;OPOS=35261166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:7:4:10:8:7:4:10:8 chr1 35562965 . G A 501.49 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0265077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.082;QD=58.9993;RBI=0.0290491;REFB=0;REVB=0.0118823;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.26881e-05;OID=.;OPOS=35562965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr1 35563206 . C G 362.02 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584904;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.766;QD=55.696;RBI=0.058564;REFB=0;REVB=-0.00293515;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300582;OID=.;OPOS=35563206;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:20:6:0:0:20:6:0:0 chr1 35579522 . CA C 41.15 PASS AF=0.368421;AO=6;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.087966;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=19.4298;QD=8.66321;RBI=0.111571;REFB=0.00804918;REVB=0.0686294;RO=12;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.469147;STB=0.812575;STBP=0.067;TYPE=del;VARB=-0.0184289;OID=.;OPOS=35579523;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:6:19:7:19:12:6:1:5:7:41:12:5:1:5:7 chr1 35757843 . A T 572.2 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0473426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5832;QD=55.8239;RBI=0.0486462;REFB=-0.131718;REVB=-0.0111862;RO=1;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199479;STB=0.520823;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0202744;OID=.;OPOS=35757843;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:1:2:39:39:0.95122:23:16:0:1:23:16:0:2 chr1 35852852 . C T 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00358474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.757;QD=9.4916;RBI=0.0301111;REFB=-0.00421308;REVB=-0.029897;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180374;STB=0.609518;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0127128;OID=.;OPOS=35852852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:5:4:11:7:5:4:11:7 chr1 35900615 . A G 868.23 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.116;QD=57.8824;RBI=0.037505;REFB=0;REVB=0.0204916;RO=0;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222472;OID=.;OPOS=35900615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:39:21:0:0:39:21:0:0 chr1 35917363 . AC A,CA 34.53 PASS AF=0.205128,0.025641;AO=8,2;DP=39;FAO=8,1;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=7,1;FSAR=1,0;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0793182,-0.0319556;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=14.5671,30.9433;QD=3.54204;RBI=0.0856696,0.0374686;REFB=-0.0464643,-0.0343258;REVB=0.0323713,0.0195638;RO=26;SAF=7,2;SAR=1,0;SRF=9;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.606151,0.554046;STB=0.885151,0.99236;STBP=0.031,0.244;TYPE=del,mnp;VARB=0.0645282,0.0711631;OID=.,.;OPOS=35917364,35917363;OREF=C,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:39:39:26:30:8,2:8,1:0.205128,0.025641:1,0:7,2:9:17:1,0:7,1:11:19 chr1 35919979 . A G 189.06 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0247109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.803;QD=21.0069;RBI=0.0358325;REFB=0.00351101;REVB=-0.0259488;RO=17;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422077;STB=0.523784;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.00267916;OID=.;OPOS=35919979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:8:11:9:8:8:11:9:8 chr1 36031342 . T A 75.03 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.861;QD=37.5173;RBI=0.0156147;REFB=0;REVB=0.0156147;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.87332e-05;OID=.;OPOS=36031342;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr1 36225948 . T C 1143.21 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329417;FXX=0.0259707;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0287;QD=60.971;RBI=0.0334242;REFB=0;REVB=0.00565869;RO=0;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264707;OID=.;OPOS=36225948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:30:45:0:0:30:45:0:0 chr1 36359669 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.386;QD=62.0219;RBI=0.0289332;REFB=0;REVB=-0.0155569;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.96657e-05;OID=.;OPOS=36359669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr1 36550658 . C T 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0121476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.33;QD=16.119;RBI=0.0207266;REFB=-0.0247177;REVB=0.0167937;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244233;STB=0.639785;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0326142;OID=.;OPOS=36550658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:6:6:3:10:6:6:3:10 chr1 36553673 . A G 468.86 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659257;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.964;QD=58.6073;RBI=0.0754106;REFB=0;REVB=0.0366137;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236277;OID=.;OPOS=36553673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr1 36556867 . C T 75.25 PASS AF=0.434783;AO=8;DP=22;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0223837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.659;QD=13.0863;RBI=0.0951027;REFB=-0.0048819;REVB=0.092431;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168369;STB=0.641907;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0113882;OID=.;OPOS=36556867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:22:23:13:13:8:10:0.434783:5:3:7:6:7:3:7:6 chr1 36557619 . G A 643.9 PASS AF=0.537815;AO=63;DP=118;FAO=64;FDP=119;FR=.;FRO=55;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.0265833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.871;QD=21.6437;RBI=0.0294011;REFB=-0.0156375;REVB=0.01256;RO=55;SAF=37;SAR=26;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111454;STB=0.510394;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0120729;OID=.;OPOS=36557619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:55:55:63:64:0.537815:26:37:33:22:27:37:33:22 chr1 36559030 . C G 244.37 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0126675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.755;QD=17.4547;RBI=0.0154371;REFB=-0.0111153;REVB=-0.00882255;RO=29;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626766;STB=0.535167;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00557487;OID=.;OPOS=36559030;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:14:13:12:17:14:13:12:17 chr1 36563797 . C T 109.36 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137797;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.8832;QD=39.7686;RBI=0.0137797;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=10;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00315321;OID=.;OPOS=36563797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:0:10:0:0:0:11:0:0 chr1 36565739 . C T 223.51 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00132259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0657;QD=26.295;RBI=0.0141878;REFB=-0.0455329;REVB=0.014126;RO=13;SAF=12;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762441;STB=0.542332;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0437672;OID=.;OPOS=36565739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:9:12:6:7:9:12:6:7 chr1 36636763 . GC G 41.36 PASS AF=0.5;AO=14;DP=34;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.122953;FXX=0.0588062;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.52507;QD=5.17041;RBI=0.194095;REFB=-0.133788;REVB=0.150184;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307492;STB=0.642704;STBP=0.188;TYPE=del;VARB=0.167708;OID=.;OPOS=36636764;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:14:34:16:32:16:6:10:2:14:40:16:6:8:2:14 chr1 36642420 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.066797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.955;QD=52.6128;RBI=0.070276;REFB=0;REVB=0.0218375;RO=0;SAF=2;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000450626;OID=.;OPOS=36642420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:20:2:0:0:20:2:0:0 chr1 36643685 . C A 111.24 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=3.8989e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6837;QD=15.8909;RBI=0.00324429;REFB=-0.0474938;REVB=0.00324406;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417614;STB=0.710954;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0331266;OID=.;OPOS=36643685;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:14:15:13:13:0.464286:7:6:13:1:7:6:13:2 chr1 36643783 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112035;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=245.978;QD=33.4285;RBI=0.0258846;REFB=0;REVB=0.0233343;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.24168e-05;OID=.;OPOS=36643783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr1 36752433 . C T 325.84 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00607184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.095;QD=52.1345;RBI=0.0280391;REFB=0;REVB=0.0273738;RO=0;SAF=20;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120917;OID=.;OPOS=36752433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:4:20:0:0:5:20:0:0 chr1 36773405 . T G 1527.82 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.868;QD=59.3327;RBI=0.0682626;REFB=0;REVB=0.0570546;RO=0;SAF=70;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63519e-05;OID=.;OPOS=36773405;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:99:103:0:0:99:103:1:29:70:0:0:31:72:0:0 chr1 36807481 . C T 163.99 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.0282827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7683;QD=13.387;RBI=0.0282939;REFB=-0.000723876;REVB=0.000794393;RO=31;SAF=11;SAR=7;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156668;STB=0.590477;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.000668409;OID=.;OPOS=36807481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:7:11:23:8:7:11:23:8 chr1 36888462 . A G 189.68 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0277055;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7457;QD=13.0814;RBI=0.0377497;REFB=-0.000284889;REVB=0.0256407;RO=34;SAF=15;SAR=8;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063106;STB=0.522594;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00145724;OID=.;OPOS=36888462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:34:35:23:23:0.396552:8:15:24:10:8:15:24:11 chr1 36889005 . G A 521.11 PASS AF=0.6;AO=48;DP=80;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0409661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.166;QD=26.0557;RBI=0.041645;REFB=-0.0136664;REVB=0.00748903;RO=32;SAF=23;SAR=25;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767385;STB=0.541868;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0126908;OID=.;OPOS=36889005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:32:32:48:48:0.6:25:23:12:20:25:23:12:20 chr1 36893968 . A G 293.23 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00754316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.233;QD=22.9982;RBI=0.0130771;REFB=0.00987508;REVB=0.0106823;RO=22;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672487;STB=0.537165;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.00996451;OID=.;OPOS=36893968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:13:16:14:8:13:16:14:8 chr1 36926853 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0171609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.523;QD=12.0157;RBI=0.0175089;REFB=-0.0482374;REVB=0.0034737;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210115;STB=0.624638;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0635819;OID=.;OPOS=36926853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:1:6:4:2:1:6 chr1 36927733 . G A 629.99 PASS AF=0.942308;AO=46;DP=49;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0292453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7033;QD=48.4605;RBI=0.0527983;REFB=-0.164414;REVB=0.0439587;RO=3;SAF=28;SAR=18;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00700306;STB=0.50331;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0268506;OID=.;OPOS=36927733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:49:52:3:3:46:49:0.942308:18:28:2:1:19:30:2:1 chr1 36937059 . A G 267.48 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.00138404;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.449;QD=15.5062;RBI=0.0102706;REFB=-0.0203567;REVB=-0.0101769;RO=39;SAF=16;SAR=14;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173223;STB=0.597638;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0185756;OID=.;OPOS=36937059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:39:39:30:30:0.434783:14:16:14:25:14:16:14:25 chr1 36937065 . A G 274.16 PASS AF=0.43662;AO=30;DP=70;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.000821031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.772;QD=15.4454;RBI=0.0112059;REFB=-0.0127556;REVB=-0.0111758;RO=39;SAF=16;SAR=14;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173223;STB=0.610344;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0124147;OID=.;OPOS=36937065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:39:40:30:31:0.43662:14:16:14:25:14:17:14:26 chr1 38006359 . A G 483.86 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000507277;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.719;QD=58.6498;RBI=0.0369227;REFB=0;REVB=-0.0369192;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000325566;OID=.;OPOS=38006359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:19:13:0:0:19:14:0:0 chr1 38019747 . C T 78.91 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0415864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.998;QD=28.693;RBI=0.105399;REFB=-0.0967345;REVB=0.0968478;RO=2;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990128;STB=0.555441;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00883792;OID=.;OPOS=38019747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:8:1:0:2:8:1:0:2 chr1 38077409 . G C 32.98 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.275529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.3846;QD=18.8483;RBI=0.275529;REFB=-0.307329;REVB=0;RO=0;SAF=5;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.192932;OID=.;OPOS=38077409;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:7:7:0:2:5:5:0.714286:0:5:0:0:0:5:2:0 chr1 38077411 . CG TT 38.55 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00442127;FXX=0.142653;HRUN=2;LEN=2;MLLD=123.859;QD=25.6971;RBI=0.00442127;REFB=-0.0575426;REVB=0;RO=1;SAF=5;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0117155;OID=.;OPOS=38077411;OREF=CG;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:7:6:1:1:5:5:0.833333:0:5:1:0:0:5:1:0 chr1 38077420 . A ACC,C 73.93 PASS AF=0.25,0.75;AO=2,6;DP=8;FAO=2,6;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2,6;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00780292,-0.0735756;FXX=0;HRUN=0,2;LEN=2,1;MLLD=215.698,71.5149;QD=36.9658;RBI=0.00780292,0.0735756;REFB=0,0;REVB=0,0;RO=0;SAF=2,6;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0223563,-0.0574277;OID=.,.;OPOS=38077421,38077420;OREF=-,A;OALT=CC,C;OMAPALT=ACC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:8:8:0:0:2,6:2,6:0.25,0.75:0,0:2,6:0:0:0,0:2,6:0:0 chr1 38095243 . G A 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0150959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4118;QD=7.83583;RBI=0.107738;REFB=-0.0237274;REVB=0.106675;RO=16;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248764;STB=0.657425;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0652671;OID=.;OPOS=38095243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:5:2:8:8:5:2:8:8 chr1 38148765 . A G 1438.01 PASS AF=0.99;AO=96;DP=98;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0680647;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7971;QD=57.5203;RBI=0.0723606;REFB=0.033272;REVB=0.0245611;RO=1;SAF=41;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114259;STB=0.506023;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00199174;OID=.;OPOS=38148765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:100:1:1:96:99:0.99:55:41:1:0:58:41:1:0 chr1 38173983 . TTTC CTTT,T,TT 671.25 PASS AF=0,1,0;AO=2,32,8;DP=42;FAO=0,44,0;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29,0;FSAR=0,15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00856357,0.00461786,0.00629671;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=4,3,2;MLLD=48.2956,195.843,189.202;QD=61.0225;RBI=0.0721413,0.0427201,0.0450655;REFB=0,0,0;REVB=-0.0716313,-0.0424698,-0.0446234;RO=0;SAF=2,23,3;SAR=0,9,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.02243e-08,-4.46938e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,del;VARB=0,-0.00162285,-0.00157634;OID=.,.,.;OPOS=38173983,38173984,38173985;OREF=TTTC,TTC,TC;OALT=CTTT,-,-;OMAPALT=CTTT,T,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:42:44:0:0:2,32,8:0,44,0:0,1,0:0,9,5:2,23,3:0:0:0,15,0:0,29,0:0:0 chr1 38185169 . G A 220.81 PASS AF=0.409091;AO=26;DP=63;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00382681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.1217;QD=13.3822;RBI=0.0117351;REFB=-0.0211203;REVB=-0.0110936;RO=37;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869578;STB=0.542246;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0324394;OID=.;OPOS=38185169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:37:39:26:27:0.409091:14:12:14:23:14:13:16:23 chr1 38266725 . AACTG A 242.21 PASS AF=0.463415;AO=36;DP=84;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=0.00692127;FXX=0.03529;HRUN=2;LEN=4;MLLD=271.875;QD=11.815;RBI=0.00694513;REFB=-0.0133607;REVB=0.000575194;RO=39;SAF=23;SAR=13;SRF=29;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109746;STB=0.543753;STBP=0.492;TYPE=del;VARB=0.0145625;OID=.;OPOS=38266726;OREF=ACTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.463415:36:84:38:82:44:23:15:30:14:99:39:23:13:29:10 chr1 38327935 . CAG C 437.69 PASS AF=0.52381;AO=42;DP=84;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.00361046;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=2;MLLD=178.234;QD=20.8425;RBI=0.020969;REFB=-0.00433908;REVB=0.0206559;RO=40;SAF=18;SAR=24;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193249;STB=0.602324;STBP=0.045;TYPE=del;VARB=0.00670678;OID=.;OPOS=38327936;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52381:42:84:44:84:40:18:26:25:15:99:40:18:24:26:14 chr1 38327982 . G T 366.64 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0741654;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.178;QD=18.5638;RBI=0.0755165;REFB=-0.0438196;REVB=0.0142211;RO=41;SAF=15;SAR=23;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042644;STB=0.523797;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.063888;OID=.;OPOS=38327982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:41:41:38:38:0.481013:23:15:18:23:23:15:18:23 chr1 38338795 . A G 255.89 PASS AF=0.521739;AO=23;DP=45;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0413187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.384;QD=22.251;RBI=0.0430115;REFB=0.00326212;REVB=0.0119477;RO=21;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114911;STB=0.540407;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.00549231;OID=.;OPOS=38338795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:21:22:23:24:0.521739:14:9:11:10:14:10:11:11 chr1 38423853 . G C 1129.01 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.822;QD=60.2141;RBI=0.0282446;REFB=0;REVB=0.00630953;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372416;OID=.;OPOS=38423853;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:32:42:0:0:33:42:0:0 chr1 38442547 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0918;QD=50.4127;RBI=0.0892168;REFB=0;REVB=-0.0797505;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111075;OID=.;OPOS=38442547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:9:9:0:0:9:10:0:0 chr1 38450367 . A G 591.54 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0824982;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.3301;QD=59.1536;RBI=0.0826018;REFB=0;REVB=0.00413497;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00361589;OID=.;OPOS=38450367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:38:40:0:0:36:40:1:19:17:0:0:20:20:0:0 chr1 38462898 . T A 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00249008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.291;QD=26.0298;RBI=0.00249008;REFB=-0.102448;REVB=0;RO=1;SAF=6;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111347;OID=.;OPOS=38462898;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:0:6:1:0:0:6:1:0 chr1 38462905 . C G 74.79 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0744736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.1253;QD=37.3943;RBI=0.184244;REFB=0;REVB=0.168522;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00741716;OID=.;OPOS=38462905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr1 38463504 . C T 857.27 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00581317;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0284;QD=58.1201;RBI=0.00753403;REFB=0;REVB=0.00479257;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.73244e-05;OID=.;OPOS=38463504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr1 38862336 . T A 161.49 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0904478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3056;QD=18.9988;RBI=0.113448;REFB=-0.0436504;REVB=-0.0684817;RO=16;SAF=5;SAR=12;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465313;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0400547;OID=.;OPOS=38862336;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:17:17:17:0.5:12:5:4:12:12:5:5:12 chr1 39330399 . G A 109.55 PASS AF=0.419355;AO=12;DP=30;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0243025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.497;QD=14.1352;RBI=0.0243078;REFB=-0.00999956;REVB=-0.000508354;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304347;STB=0.688722;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0200536;OID=.;OPOS=39330399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:18:18:12:13:0.419355:5:7:5:13:5:8:5:13 chr1 39339449 . C T 389.05 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.011266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.132;QD=18.7493;RBI=0.0275533;REFB=-0.0133729;REVB=-0.0251447;RO=43;SAF=26;SAR=14;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134656;STB=0.575183;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00942999;OID=.;OPOS=39339449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:14:26:22:21:14:26:22:21 chr1 39340282 . C T 377.45 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=-0.0503148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.778;QD=16.2345;RBI=0.0507277;REFB=-0.00964831;REVB=-0.00645927;RO=53;SAF=15;SAR=25;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301815;STB=0.669209;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0121986;OID=.;OPOS=39340282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:53:40:40:0.430108:25:15:36:17:25:15:36:17 chr1 39340862 . A G 114.71 PASS AF=0.318182;AO=13;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0493502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2125;QD=10.4278;RBI=0.0503404;REFB=-0.0170778;REVB=-0.00993557;RO=30;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158696;STB=0.568086;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.056897;OID=.;OPOS=39340862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:13:14:0.318182:6:7:12:18:7:7:12:18 chr1 39352083 . T G 160.72 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=0.0233772;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.534;QD=11.9049;RBI=0.0249719;REFB=-0.0165898;REVB=-0.00878078;RO=31;SAF=11;SAR=9;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21113;STB=0.640259;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0377309;OID=.;OPOS=39352083;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:34:20:20:0.37037:9:11:23:8:9:11:26:8 chr1 39352271 . G T 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0325511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.667;QD=21.1726;RBI=0.0387433;REFB=-0.0222919;REVB=-0.0210111;RO=8;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879115;STB=0.549917;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0215535;OID=.;OPOS=39352271;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:6:6:5:3:6:6:5:3 chr1 39748921 . G A 305.28 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.089424;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5407;QD=25.9816;RBI=0.0894643;REFB=0.0188199;REVB=-0.0026822;RO=20;SAF=9;SAR=18;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741787;STB=0.540954;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.011928;OID=.;OPOS=39748921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:20:20:27:27:0.574468:18:9:5:15:18:9:5:15 chr1 39797055 . A G 797.32 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00903984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6975;QD=63.7855;RBI=0.00920125;REFB=0;REVB=0.00171588;RO=0;SAF=13;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.32377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95232e-05;OID=.;OPOS=39797055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:37:13:0:0:37:13:0:0 chr1 39801815 . A C 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0150963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.4212;QD=16.3853;RBI=0.0331536;REFB=-0.00855578;REVB=-0.0295172;RO=8;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123876;STB=0.571284;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00374674;OID=.;OPOS=39801815;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:2:7:7:1:2:7:7:1 chr1 39806610 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.957;QD=57.2023;RBI=0.0390848;REFB=0;REVB=0.00841462;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016643;OID=.;OPOS=39806610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr1 39812822 . C A 492.23 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00395569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.281;QD=51.8134;RBI=0.00564836;REFB=-0.132251;REVB=0.00403194;RO=3;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057205;STB=0.530595;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00575805;OID=.;OPOS=39812822;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:3:3:35:35:0.921053:23:12:0:3:23:12:0:3 chr1 39835817 . A G 84.73 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0396559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2029;QD=10.9329;RBI=0.0541955;REFB=0.0143432;REVB=-0.0369399;RO=20;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261699;STB=0.657925;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.020145;OID=.;OPOS=39835817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:8:3:10:10:8:3:10:10 chr1 39847730 . G A 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00111211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.131;QD=20.4561;RBI=0.0313575;REFB=-0.00951287;REVB=0.0313377;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00326109;STB=0.501843;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0099423;OID=.;OPOS=39847730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:9:8:7:8:9:8:7:8 chr1 39881040 . G C 38.14 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0179845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4562;QD=10.1711;RBI=0.0278847;REFB=-0.023491;REVB=0.0213099;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912889;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0549506;OID=.;OPOS=39881040;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:8:9:6:6:0.4:4:2:2:6:4:2:3:6 chr1 39881468 . T A 921.76 PASS AF=0.538922;AO=90;DP=167;FAO=90;FDP=167;FR=.;FRO=77;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=-0.00913053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.188;QD=22.078;RBI=0.00972492;REFB=-0.0199203;REVB=-0.00334774;RO=77;SAF=44;SAR=46;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729906;STB=0.539869;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0180858;OID=.;OPOS=39881468;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:77:77:90:90:0.538922:46:44:31:46:46:44:31:46 chr1 39908506 . G A 119.41 PASS AF=0.296296;AO=15;DP=53;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0254844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.883;QD=8.84487;RBI=0.0260999;REFB=-0.00871492;REVB=-0.00563476;RO=38;SAF=4;SAR=11;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233903;STB=0.601858;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0200985;OID=.;OPOS=39908506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:38:38:15:16:0.296296:11:4:17:21:11:5:17:21 chr1 39914363 . G C 235.92 PASS AF=0.474576;AO=26;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0125688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2935;QD=15.9947;RBI=0.0140243;REFB=-0.0319882;REVB=0.00622149;RO=31;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00961627;STB=0.512306;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0305845;OID=.;OPOS=39914363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:26:28:0.474576:12:14:17:14:12:16:17:14 chr1 39988145 . T C 41.77 PASS AF=0.0895522;AO=12;DP=134;FAO=12;FDP=134;FR=.;FRO=122;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=47;FSRR=75;FWDB=-0.047449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.745;QD=1.24684;RBI=0.0474728;REFB=-0.00247904;REVB=-0.00150193;RO=119;SAF=5;SAR=7;SRF=46;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364813;STB=0.529667;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.035188;OID=.;OPOS=39988145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:134:134:119:122:12:12:0.0895522:7:5:46:73:7:5:47:75 chr1 40098328 . T C 364.77 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217299;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.869;QD=56.1178;RBI=0.0218585;REFB=0;REVB=0.00236718;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000914807;OID=.;OPOS=40098328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:20:6:0:0:20:6:0:0 chr1 40126820 . G A 159.74 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.024817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.026;QD=11.6173;RBI=0.0275365;REFB=-0.00976255;REVB=0.011932;RO=35;SAF=7;SAR=13;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586578;STB=0.534212;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0137036;OID=.;OPOS=40126820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:13:7:14:21:13:7:14:21 chr1 40129066 . G A 364.93 PASS AF=0.697674;AO=30;DP=43;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00336711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.296;QD=33.9475;RBI=0.00348563;REFB=0.00144558;REVB=-0.000901214;RO=12;SAF=12;SAR=18;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00908167;STB=0.519218;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.000468153;OID=.;OPOS=40129066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:12:13:30:30:0.697674:18:12:5:7:18:12:6:7 chr1 40147817 . C A 170.55 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00939552;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9984;QD=23.5235;RBI=0.00978553;REFB=-0.00814328;REVB=-0.00273511;RO=12;SAF=4;SAR=13;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231299;STB=0.630901;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00606822;OID=.;OPOS=40147817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:29:29:12:12:17:17:0.586207:13:4:6:6:13:4:6:6 chr1 40148382 . G A 408.34 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0130527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1877;QD=20.4169;RBI=0.0221912;REFB=-0.0253187;REVB=0.0179465;RO=36;SAF=13;SAR=28;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189391;STB=0.614136;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0158841;OID=.;OPOS=40148382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:36:39:41:41:0.5125:28:13:19:17:28:13:21:18 chr1 40149642 . G T 482.6 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=0.00549222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.288;QD=23.2578;RBI=0.0101169;REFB=-0.0270545;REVB=-0.00849635;RO=37;SAF=25;SAR=21;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867701;STB=0.547611;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0196673;OID=.;OPOS=40149642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:37:46:46:0.554217:21:25:24:13:21:25:24:13 chr1 40150156 . G A 281.39 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.00884729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4897;QD=17.0542;RBI=0.0435663;REFB=-0.0204472;REVB=0.0426585;RO=34;SAF=10;SAR=21;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328599;STB=0.677305;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0323595;OID=.;OPOS=40150156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:35:31:31:0.469697:21:10:23:11:21:10:23:12 chr1 40226103 . G A 111.43 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0159588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.153;QD=15.9189;RBI=0.0163558;REFB=-0.0194968;REVB=-0.00358174;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127637;STB=0.573658;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.016359;OID=.;OPOS=40226103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:7:6:9:6:7:6:9:6 chr1 40230385 . G A 37.05 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0356908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.547;QD=8.23252;RBI=0.0522419;REFB=-0.0330918;REVB=0.0381495;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194949;STB=0.635977;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0513849;OID=.;OPOS=40230385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:11:12:6:6:0.333333:2:4:9:2:2:4:10:2 chr1 40236074 . A C 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00713667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.154;QD=18.7669;RBI=0.105153;REFB=-0.037995;REVB=-0.104911;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28674;STB=0.66617;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0156686;OID=.;OPOS=40236074;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:3:3:3:0:3:3:3:0 chr1 40310221 . G A 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0155564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.886;QD=11.1978;RBI=0.036057;REFB=0.0061822;REVB=0.0325285;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148529;STB=0.588093;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.00914265;OID=.;OPOS=40310221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:6:6:8:14:6:6:8:14 chr1 40349131 . G A 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.048682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.018;QD=8.73795;RBI=0.0490011;REFB=-0.0262229;REVB=-0.00558358;RO=20;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807426;STB=0.549886;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0517721;OID=.;OPOS=40349131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:6:3:8:12:6:3:8:12 chr1 40363054 . G C 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6091;QD=60.2276;RBI=0.0619919;REFB=0;REVB=0.0401875;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126743;OID=.;OPOS=40363054;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr1 40533266 . T G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00633956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.229;QD=51.1835;RBI=0.00682029;REFB=0;REVB=-0.00251521;RO=0;SAF=3;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0584e-05;OID=.;OPOS=40533266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:17:3:0:0:17:3:0:0 chr1 40533287 . T G 180.73 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9387;QD=48.1945;RBI=0.0186622;REFB=0;REVB=0.0186622;RO=0;SAF=0;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116179;OID=.;OPOS=40533287;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:15:0:0:0:15:0:0:0 chr1 40533315 . T G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.049;QD=45.8058;RBI=0.0420858;REFB=0;REVB=-0.0420858;RO=0;SAF=0;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000818716;OID=.;OPOS=40533315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:14:0:0:0:14:0:0:0 chr1 40533320 . T G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.867;QD=45.8068;RBI=0.0027472;REFB=0;REVB=-0.0027472;RO=0;SAF=0;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.30178e-05;OID=.;OPOS=40533320;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:14:0:0:0:14:0:0:0 chr1 40533326 . T G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.526;QD=46.8479;RBI=0.0397564;REFB=0;REVB=0.0157375;RO=0;SAF=1;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150061;OID=.;OPOS=40533326;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:14:1:0:0:14:1:0:0 chr1 40533347 . T G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.353;QD=43.4861;RBI=0.0437622;REFB=0;REVB=0.0229824;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000666101;OID=.;OPOS=40533347;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr1 40773123 . G C 340.48 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0042294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.545;QD=18.159;RBI=0.0181074;REFB=0.000251893;REVB=0.0176065;RO=39;SAF=16;SAR=20;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181493;STB=0.601118;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.000320463;OID=.;OPOS=40773123;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:20:16:25:14:20:16:25:14 chr1 40773149 . T C 314.8 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00272448;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.289;QD=19.3721;RBI=0.00332139;REFB=-0.0323468;REVB=-0.00189969;RO=33;SAF=19;SAR=14;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162371;STB=0.598089;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0229567;OID=.;OPOS=40773149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:33:32:33:33:0.507692:14:19:13:20:14:19:12:20 chr1 40776752 . C A 177.41 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00206154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.346;QD=21.5046;RBI=0.0270226;REFB=-0.0206443;REVB=0.0269439;RO=15;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364952;STB=0.520525;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0203058;OID=.;OPOS=40776752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:8:10:9:6:8:10:9:6 chr1 40777800 . T G 76.28 PASS AF=0.4;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0159341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2264;QD=12.2054;RBI=0.0251823;REFB=0.018278;REVB=-0.0195;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212892;STB=0.639742;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.0445932;OID=.;OPOS=40777800;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:25:14:15:10:10:0.4:5:5:4:10:5:5:4:11 chr1 40840353 . A G 103.77 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=-0.0790952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.6636;QD=10.124;RBI=0.0943807;REFB=-0.0186799;REVB=-0.0514943;RO=27;SAF=2;SAR=11;SRF=4;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124525;STB=0.530985;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0344034;OID=.;OPOS=40840353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:27:28:13:13:0.317073:11:2:4:23:11:2:5:23 chr1 40881041 . C G 1247.81 PASS AF=0.901961;AO=92;DP=102;FAO=92;FDP=102;FR=.;FRO=10;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0282891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3403;QD=48.9337;RBI=0.132679;REFB=-0.0874507;REVB=0.129628;RO=9;SAF=47;SAR=45;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111839;STB=0.510867;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0181079;OID=.;OPOS=40881041;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:102:102:9:10:92:92:0.901961:45:47:4:5:45:47:4:6 chr1 40923019 . G A 144.07 PASS AF=0.4;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0263927;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.15;QD=14.4072;RBI=0.0286845;REFB=-0.00279968;REVB=0.011235;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172774;STB=0.537688;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00561904;OID=.;OPOS=40923019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:22:24:16:16:0.4:9:7:10:12:9:7:12:12 chr1 40980731 . G T 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0166297;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.286;QD=18.7442;RBI=0.016773;REFB=-0.0254865;REVB=-0.00218768;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346644;STB=0.699489;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0106301;OID=.;OPOS=40980731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:4:3:4:0:4:3:4:0 chr1 40981845 . T C 123.04 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0057992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.242;QD=16.4047;RBI=0.0195737;REFB=-0.00360594;REVB=0.0186948;RO=14;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204512;STB=0.591261;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00350674;OID=.;OPOS=40981845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:16:14:14:0.466667:10:4:7:7:10:4:7:9 chr1 41013015 . C T 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00869913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.538;QD=13.6607;RBI=0.0120215;REFB=-0.0031156;REVB=-0.00829714;RO=21;SAF=5;SAR=9;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35504;STB=0.705605;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00322605;OID=.;OPOS=41013015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:9:5:15:6:9:5:15:6 chr1 41204569 . C T 888.56 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00224063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.726;QD=56.4166;RBI=0.00224391;REFB=-0.0189501;REVB=-0.000121138;RO=1;SAF=32;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145261;STB=0.50769;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=8.46219e-05;OID=.;OPOS=41204569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:30:32:1:0:30:32:1:0 chr1 41285087 . T C 1543.96 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.602;QD=63.6684;RBI=0.0530667;REFB=0;REVB=0.0488907;RO=0;SAF=56;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012276;OID=.;OPOS=41285087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:97:0:0:94:97:1:38:56:0:0:39:58:0:0 chr1 41285585 . G A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.828;QD=58.9626;RBI=0.0438383;REFB=0;REVB=0.0360698;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233206;OID=.;OPOS=41285585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr1 41285591 . A G 754.25 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0785;QD=56.9248;RBI=0.0368903;REFB=0;REVB=-0.031708;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108595;OID=.;OPOS=41285591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr1 41292377 . G A 206.95 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0187239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6783;QD=17.2459;RBI=0.0575483;REFB=0.0298061;REVB=0.0544171;RO=27;SAF=6;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245586;STB=0.640885;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.0355923;OID=.;OPOS=41292377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:15:6:14:13:15:6:14:13 chr1 41463092 . C G 191.62 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00819622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.745;QD=15.6428;RBI=0.0338505;REFB=-0.0103519;REVB=-0.0328432;RO=29;SAF=11;SAR=8;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451536;STB=0.512808;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0173302;OID=.;OPOS=41463092;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:19:20:0.408163:8:11:18:11:8:12:18:11 chr1 41485902 . C G 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00265283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.265;QD=12.0151;RBI=0.0749679;REFB=-0.0238168;REVB=-0.0749209;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631528;STB=0.538334;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0288967;OID=.;OPOS=41485902;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:4:3:3:3:4:3 chr1 41486245 . C T 181.94 PASS AF=0.383333;AO=22;DP=59;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.018711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.692;QD=12.1295;RBI=0.0248458;REFB=-0.0255516;REVB=-0.0163467;RO=35;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24348;STB=0.660886;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0505046;OID=.;OPOS=41486245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:35:37:22:23:0.383333:10:12:11:24:10:13:11:26 chr1 41976017 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0722011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.031;QD=51.9164;RBI=0.0750647;REFB=0;REVB=0.0205355;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000323125;OID=.;OPOS=41976017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr1 41978566 . T G 1359.43 PASS AF=1;AO=80;DP=83;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=35.0812;QD=60.419;RBI=0.13191;REFB=0;REVB=0.0539706;RO=0;SAF=34;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132004;OID=.;OPOS=41978566;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:90:0:0:80:90:1:46:34:0:0:49:41:0:0 chr1 41978825 . C G 829.24 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.302;QD=57.189;RBI=0.0536237;REFB=0;REVB=0.0457663;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.04576e-05;OID=.;OPOS=41978825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:31:26:0:0:32:26:0:0 chr1 42048745 . T C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1013;QD=56.7049;RBI=0.0650404;REFB=0;REVB=0.0348437;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177649;OID=.;OPOS=42048745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr1 42049032 . G A 1999.18 PASS AF=1;AO=128;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050795;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7184;QD=61.5131;RBI=0.0623302;REFB=0;REVB=0.0361237;RO=0;SAF=73;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292556;OID=.;OPOS=42049032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:128:130:1:55:73:0:0:55:75:0:0 chr1 42049140 . C G 1448.27 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=102;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0480158;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.399;QD=57.3572;RBI=0.0525472;REFB=-0.0979066;REVB=0.021347;RO=1;SAF=50;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939286;STB=0.509802;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.000455619;OID=.;OPOS=42049140;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:102:101:1:2:99:99:0.980198:49:50:1:0:49:50:2:0 chr1 42049719 . C A 60.28 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.0484897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3334;QD=6.02765;RBI=0.0484901;REFB=0.0121029;REVB=-0.000207854;RO=30;SAF=4;SAR=5;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224317;STB=0.651856;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.0350595;OID=.;OPOS=42049719;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:30:31:9:9:0.225:5:4:19:11:5:4:20:11 chr1 42050366 . C T 390.65 PASS AF=0.653061;AO=32;DP=50;FAO=32;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0173352;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.13;QD=31.8902;RBI=0.045157;REFB=-0.0496182;REVB=-0.041697;RO=17;SAF=19;SAR=13;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353074;STB=0.519296;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0240303;OID=.;OPOS=42050366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:17:17:32:32:0.653061:13:19:11:6:13:19:11:6 chr1 42630364 . G A 377.04 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0638902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1836;QD=18.8522;RBI=0.063932;REFB=0.00828398;REVB=0.00231317;RO=41;SAF=19;SAR=20;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000575833;STB=0.500321;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=-0.0077408;OID=.;OPOS=42630364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:20:19:20:21:20:19:20:21 chr1 42693597 . A G 1377.5 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.255;QD=62.6138;RBI=0.0337346;REFB=0;REVB=-0.0282638;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.35249e-05;OID=.;OPOS=42693597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:43:45:0:0:43:45:0:0 chr1 42898843 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00990836;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.932;QD=58.1421;RBI=0.0144958;REFB=0;REVB=-0.0105808;RO=0;SAF=28;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.58691e-06;OID=.;OPOS=42898843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:4:28:0:0:4:28:0:0 chr1 42915727 . C G 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0352401;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.932;QD=54.4812;RBI=0.0360814;REFB=-0.0571684;REVB=0.00774617;RO=1;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300873;STB=0.516119;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.000427632;OID=.;OPOS=42915727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:15:16:0:1:15:16:0:1 chr1 42925688 . T G 715.5 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279438;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1024;QD=57.2399;RBI=0.0348185;REFB=0;REVB=0.020772;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000617637;OID=.;OPOS=42925688;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr1 43034740 . T C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3412;QD=55.0964;RBI=0.0298208;REFB=0;REVB=-0.0104308;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374718;OID=.;OPOS=43034740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr1 43042703 . C T 675.01 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00757563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.251;QD=60.0013;RBI=0.0614699;REFB=-0.0314737;REVB=-0.0610012;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.512815;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00120522;OID=.;OPOS=43042703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:0:1:43:44:0.977778:25:18:0:0:25:19:1:0 chr1 43047057 . A G 474.84 PASS AF=0.918919;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0448551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.618;QD=51.3341;RBI=0.0482998;REFB=-0.164897;REVB=0.0179132;RO=2;SAF=17;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513506;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00237875;OID=.;OPOS=43047057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:37:37:2:3:34:34:0.918919:17:17:1:1:17:17:2:1 chr1 43108188 . G A 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00136363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.609;QD=12.737;RBI=0.0013654;REFB=-0.0017692;REVB=6.96307e-05;RO=28;SAF=6;SAR=10;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138288;STB=0.581292;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00242544;OID=.;OPOS=43108188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:10:6:14:14:10:6:14:14 chr1 43119855 . A C 315.66 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00831041;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=216.725;QD=17.5365;RBI=0.0210784;REFB=-0.00901259;REVB=0.019371;RO=36;SAF=19;SAR=15;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15556;STB=0.599457;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00924293;OID=.;OPOS=43119855;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:38:34:34:0.472222:15:19:14:22:15:19:14:24 chr1 43131653 . G A 293.76 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.00138306;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2156;QD=14.1571;RBI=0.00170193;REFB=-0.0192721;REVB=-0.000991829;RO=49;SAF=17;SAR=16;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377857;STB=0.52707;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0351688;OID=.;OPOS=43131653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:49:50:33:33:0.39759:16:17:27:22:16:17:28:22 chr1 43212111 . C T 126.91 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0234779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.476;QD=19.5251;RBI=0.0248857;REFB=-0.0121676;REVB=0.00825134;RO=12;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250716;STB=0.642653;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0131479;OID=.;OPOS=43212111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:9:5:8:4:9:5:8:4 chr1 43212424 . C CG 316.25 PASS AF=0.950617;AO=13;DP=116;FAO=77;FDP=81;FR=.;FRO=4;FSAF=57;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.01772;FXX=0.263612;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.42729;QD=15.6172;RBI=0.0732161;REFB=-0.0546014;REVB=0.0710394;RO=101;SAF=11;SAR=2;SRF=54;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40737;STB=0.515197;STBP=0.295;TYPE=ins;VARB=0.0130643;OID=.;OPOS=43212425;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.950617:13:116:77:81:4:57:20:2:2:4:101:11:2:54:47 chr1 43212430 . GA G,GC,GG 1538.35 PASS AF=0.0818182,0.0272727,0.890909;AO=26,6,78;DP=113;FAO=9,3,98;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=5,2,62;FSAR=4,1,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105801,0.157385,0.107446;FXX=0.0265463;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=35.6194,23.0303,41.9508;QD=55.9399;RBI=0.106162,0.158292,0.108682;REFB=0,0,0;REVB=0.00875153,0.0169188,0.0163399;RO=2;SAF=18,2,48;SAR=8,4,30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0488675,-0.284202,-0.0193133;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0277038,0.0533998,0.00604084;OID=.,.,.;OPOS=43212431,43212431,43212431;OREF=A,A,A;OALT=-,C,G;OMAPALT=G,GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0818182,0.0272727,0.890909:26,6,78:113:9,3,98:110:0:5,2,62:4,1,36:0:0:13:2:18,2,48:8,4,30:2:0 chr1 43215571 . A G 831.84 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.861;QD=56.3959;RBI=0.0532667;REFB=0;REVB=0.0521049;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403536;OID=.;OPOS=43215571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:24:34:0:0:25:34:0:0 chr1 43217997 . G C 157.65 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=8.05843e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.441;QD=12.127;RBI=0.00758071;REFB=0.00511638;REVB=-0.00758028;RO=32;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164237;STB=0.517727;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.00679201;OID=.;OPOS=43217997;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:32:33:19:19:0.365385:11:8:13:19:11:8:13:20 chr1 43296118 . G A 144.52 PASS AF=0.625;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.00464065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.553;QD=24.0865;RBI=0.0280119;REFB=-0.03828;REVB=0.0276248;RO=8;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288641;STB=0.677196;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0159723;OID=.;OPOS=43296118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:23:24:8:9:15:15:0.625:9:6:7:1:9:6:8:1 chr1 43309842 . G C 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.33;QD=57.1054;RBI=0.0176978;REFB=0;REVB=0.011856;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.32821e-06;OID=.;OPOS=43309842;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr1 43457145 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0133;QD=37.4877;RBI=0.0462748;REFB=0;REVB=-0.0450048;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00296699;OID=.;OPOS=43457145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr1 43457170 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.047345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.388;QD=37.4885;RBI=0.04899;REFB=0;REVB=0.0125887;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000318606;OID=.;OPOS=43457170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr1 43610910 . T G 186.75 PASS AF=0.5;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00343194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.298;QD=19.6575;RBI=0.0370938;REFB=-0.00109542;REVB=-0.0369347;RO=18;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704129;STB=0.552431;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00112031;OID=.;OPOS=43610910;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:18:19:19:19:0.5:9:10:8:10:9:10:8:11 chr1 43637549 . A G 112.32 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0316487;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8288;QD=7.7462;RBI=0.0610997;REFB=-0.0268635;REVB=-0.0522641;RO=42;SAF=11;SAR=5;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231351;STB=0.641074;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0303997;OID=.;OPOS=43637549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:42:42:16:16:0.275862:5:11:21:21:5:11:21:21 chr1 43649336 . T C 512.2 PASS AF=0.509615;AO=53;DP=104;FAO=53;FDP=104;FR=.;FRO=51;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.0135127;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0261;QD=19.6999;RBI=0.0240449;REFB=0.0176944;REVB=-0.0198888;RO=51;SAF=35;SAR=18;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509842;STB=0.528186;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.0387337;OID=.;OPOS=43649336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:51:51:53:53:0.509615:18:35:31:20:18:35:31:20 chr1 43649393 . T C 558.22 PASS AF=0.5625;AO=50;DP=98;FAO=54;FDP=96;FR=.;FRO=42;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.044395;FXX=0.0495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.813;QD=23.2593;RBI=0.044402;REFB=-0.0402345;REVB=0.000785571;RO=46;SAF=30;SAR=20;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477543;STB=0.507279;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0435231;OID=.;OPOS=43649393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:46:42:50:54:0.5625:20:30:30:16:21:33:25:17 chr1 43649508 . A G 238.94 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00474018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4272;QD=16.1991;RBI=0.00944561;REFB=-0.0270531;REVB=-0.00817008;RO=30;SAF=8;SAR=19;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174763;STB=0.602679;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0297076;OID=.;OPOS=43649508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:30:32:27:27:0.457627:19:8:14:16:19:8:15:17 chr1 43652442 . G C 430.84 PASS AF=0.511628;AO=41;DP=83;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00585306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.225;QD=20.0389;RBI=0.00983044;REFB=-0.00815795;REVB=0.00789805;RO=42;SAF=9;SAR=32;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395979;STB=0.678487;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0143475;OID=.;OPOS=43652442;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:42:42:41:44:0.511628:32:9:26:16:32:12:26:16 chr1 43662106 . G C 131.76 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.000705787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.541;QD=15.971;RBI=0.00396018;REFB=-0.00415342;REVB=-0.00389678;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214209;STB=0.605134;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00677108;OID=.;OPOS=43662106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:14:15:0.454545:8:6:4:14:9:6:4:14 chr1 43675467 . G A 225.94 PASS AF=0.5;AO=21;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00117895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4207;QD=20.5396;RBI=0.0542193;REFB=-0.0385563;REVB=0.0542065;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148248;STB=0.572306;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0393926;OID=.;OPOS=43675467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:21:22:0.5:12:9:6:16:13:9:6:16 chr1 43699970 . G A 334.53 PASS AF=0.45;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.00904099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.532;QD=16.7266;RBI=0.00931124;REFB=-0.0179024;REVB=-0.00222703;RO=43;SAF=23;SAR=13;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215754;STB=0.615428;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0180232;OID=.;OPOS=43699970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:43:44:36:36:0.45:13:23:18:25:13:23:19:25 chr1 43771016 . TA T 171.73 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.114013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=26.6554;QD=45.7943;RBI=0.122084;REFB=0;REVB=0.0436504;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00569757;OID=.;OPOS=43771017;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:15:15:15:0:8:7:0:0:4:0:8:6:0:0 chr1 43779564 . T C 993.88 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151058;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.631;QD=59.3361;RBI=0.0484332;REFB=0;REVB=0.0460173;RO=0;SAF=21;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81775e-05;OID=.;OPOS=43779564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:68:67:1:47:21:0:0:46:21:0:0 chr1 43888908 . G A 52.82 PASS AF=0.296296;AO=6;DP=28;FAO=8;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00947473;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9348;QD=7.82495;RBI=0.0172596;REFB=-0.0088333;REVB=0.0144264;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210359;STB=0.64185;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0193601;OID=.;OPOS=43888908;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:28:27:13:19:6:8:0.296296:3:3:4:9:3:5:8:11 chr1 44035352 . C T 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00756945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.654;QD=13.3359;RBI=0.00903712;REFB=-0.016017;REVB=0.0049369;RO=24;SAF=4;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343714;STB=0.70185;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0390239;OID=.;OPOS=44035352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:11:4:14:10:11:4:14:10 chr1 44058265 . C A 683.87 PASS AF=0.912281;AO=52;DP=57;FAO=52;FDP=57;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0172066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.26;QD=47.9911;RBI=0.0454249;REFB=-0.180502;REVB=0.0420399;RO=4;SAF=26;SAR=26;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335578;STB=0.508769;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0076179;OID=.;OPOS=44058265;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:57:57:4:5:52:52:0.912281:26:26:1:3:26:26:2:3 chr1 44063508 . C T 373.01 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0378752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.566;QD=17.7622;RBI=0.0378922;REFB=-0.0225216;REVB=-0.00113794;RO=45;SAF=22;SAR=17;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0724519;STB=0.54052;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0331977;OID=.;OPOS=44063508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:17:22:22:23:17:22:22:23 chr1 44071221 . G A 440.77 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00909193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5759;QD=56.8731;RBI=0.0933973;REFB=0;REVB=0.0929537;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000883407;OID=.;OPOS=44071221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr1 44072018 . C T 1259.96 PASS AF=0.924731;AO=89;DP=93;FAO=86;FDP=93;FR=.;FRO=7;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0146435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8341;QD=54.192;RBI=0.0146478;REFB=-0.102845;REVB=0.000354351;RO=4;SAF=51;SAR=38;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014757;STB=0.512758;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0142993;OID=.;OPOS=44072018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:93:93:4:7:89:86:0.924731:38:51:3:1:35:51:3:4 chr1 44072066 . C T 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219773;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.844;QD=59.8559;RBI=0.0241823;REFB=0;REVB=0.0100887;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.32936e-05;OID=.;OPOS=44072066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:33:38:0:0:33:38:0:0 chr1 44083507 . T C,G 778.33 PASS AF=0.981818,0.0181818;AO=53,2;DP=55;FAO=54,1;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27,1;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127749,0.00042892;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=114.353,121.627;QD=56.6058;RBI=0.056688,0.00617132;REFB=0,0;REVB=0.0552298,0.0061564;RO=0;SAF=27,1;SAR=26,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000881979,0.155027;OID=.,.;OPOS=44083507,44083507;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:55:55:0:0:53,2:54,1:0.981818,0.0181818:26,1:27,1:0:0:27,0:27,1:0:0 chr1 44083519 . G A 850.02 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1218;QD=57.6283;RBI=0.040938;REFB=0;REVB=0.0213322;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000639391;OID=.;OPOS=44083519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr1 44084739 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.601;QD=45.8067;RBI=0.0766565;REFB=0;REVB=0.0596153;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00314192;OID=.;OPOS=44084739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr1 44086831 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.893;QD=51.9156;RBI=0.0405591;REFB=0;REVB=-0.000468671;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166127;OID=.;OPOS=44086831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr1 44137257 . C A 694.12 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.27;QD=61.6994;RBI=0.0381124;REFB=0;REVB=0.0191351;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248451;OID=.;OPOS=44137257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:19:24:0:0:20:25:0:0 chr1 44170117 . A G 32.11 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.0456434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.873;QD=2.5689;RBI=0.0467143;REFB=-0.00783335;REVB=0.00994512;RO=43;SAF=1;SAR=5;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211501;STB=0.681125;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0415187;OID=.;OPOS=44170117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:43:44:6:6:0.12:5:1:13:30:5:1:14:30 chr1 44395786 . C T 428.17 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.831;QD=57.0896;RBI=0.0516264;REFB=0;REVB=0.0191431;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000584985;OID=.;OPOS=44395786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:14:15:0:0:14:16:0:0 chr1 44401384 . A G 785.6 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.52;QD=64.1305;RBI=0.0473392;REFB=0;REVB=0.0259975;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247675;OID=.;OPOS=44401384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:21:28:0:0:21:28:0:0 chr1 44415415 . C T 556.54 PASS AF=0.928571;AO=38;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0150355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.639;QD=53.0037;RBI=0.0228474;REFB=-0.220057;REVB=0.0172028;RO=2;SAF=13;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163159;STB=0.523548;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00466099;OID=.;OPOS=44415415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:42:42:2:3:38:39:0.928571:25:13:1:1:25:14:2:1 chr1 44433073 . G A 207.6 PASS AF=0.588235;AO=19;DP=33;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0895525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.084;QD=24.4232;RBI=0.0897804;REFB=-0.0185049;REVB=0.00639239;RO=14;SAF=6;SAR=13;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946752;STB=0.534775;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0105473;OID=.;OPOS=44433073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:14:14:19:20:0.588235:13:6:6:8:13:7:6:8 chr1 44457305 . G A 681.42 PASS AF=0.961538;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0194273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9363;QD=52.4168;RBI=0.0202873;REFB=-0.0643652;REVB=-0.00584425;RO=2;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408723;STB=0.520825;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.000938372;OID=.;OPOS=44457305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:52:2:2:49:50:0.961538:22:27:0:2:23:27:0:2 chr1 44595113 . G C 139.02 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0495589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.173;QD=12.0886;RBI=0.0499499;REFB=-0.051112;REVB=-0.00623803;RO=28;SAF=8;SAR=8;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387096;STB=0.543424;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0662538;OID=.;OPOS=44595113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:28:30:16:16:0.347826:8:8:15:13:8:8:17:13 chr1 44595410 . A G 101.17 PASS AF=0.371429;AO=12;DP=36;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0272432;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2046;QD=11.5618;RBI=0.028469;REFB=0.00182773;REVB=-0.00826414;RO=22;SAF=10;SAR=2;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234139;STB=0.655353;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=3.37452e-05;OID=.;OPOS=44595410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:22:22:12:13:0.371429:2:10:15:7:2:11:15:7 chr1 44595426 . G A 104.23 PASS AF=0.325;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.01247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.448;QD=10.4227;RBI=0.038899;REFB=0.00115348;REVB=-0.0368461;RO=25;SAF=9;SAR=4;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653752;STB=0.54775;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=-0.00295938;OID=.;OPOS=44595426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:25:27:13:13:0.325:4:9:16:9:4:9:17:10 chr1 44596379 . CCAA C 97.58 PASS AF=0.30303;AO=19;DP=64;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=-0.00324819;FXX=0.0294074;HRUN=2;LEN=3;MLLD=229.288;QD=5.91375;RBI=0.00900245;REFB=-0.00979441;REVB=0.00839603;RO=32;SAF=8;SAR=11;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152096;STB=0.684039;STBP=0.051;TYPE=del;VARB=0.0204583;OID=.;OPOS=44596380;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.30303:19:64:20:66:46:8:12:31:15:97:32:8:11:18:14 chr1 44680719 . G C 104.85 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00821657;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9062;QD=9.75299;RBI=0.0158579;REFB=0.0102822;REVB=0.0135632;RO=30;SAF=5;SAR=8;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134818;STB=0.581691;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.0253555;OID=.;OPOS=44680719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:30:30:13:13:0.302326:8:5:15:15:8:5:15:15 chr1 44750583 . CA C 42.51 PASS AF=0.484848;AO=10;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.266064;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.71063;QD=5.15214;RBI=0.27618;REFB=-0.0660955;REVB=-0.0740615;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26404;STB=0.513497;STBP=0.872;TYPE=del;VARB=0.110286;OID=.;OPOS=44750584;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.484848:10:33:16:33:17:7:9:7:10:39:15:6:4:5:10 chr1 44788397 . CA C,CT 400.08 PASS AF=0.137931,0.862069;AO=4,24;DP=29;FAO=4,25;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=4,14;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00880285,0.00432712;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=145.878,167.75;QD=55.1839;RBI=0.0305578,0.056415;REFB=0,0;REVB=-0.0292625,-0.0562488;RO=0;SAF=4,13;SAR=0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00148726,-0.00127157;OID=.,.;OPOS=44788398,44788398;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.137931,0.862069:4,24:29:4,25:29:0:4,14:0,11:0:0:18:0:4,13:0,11:0:0 chr1 45187511 . T C 599.43 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00490558;FXX=0.0232504;HRUN=5;LEN=1;MLLD=214.755;QD=57.0885;RBI=0.00920983;REFB=-0.112148;REVB=0.00779463;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.512814;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000599088;OID=.;OPOS=45187511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:0:1:40:41:0.97619:18:22:0:0:19:22:0:1 chr1 45196754 . A G 43.83 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0724495;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=94.7907;QD=6.04517;RBI=0.0736166;REFB=-0.00448536;REVB=0.0130563;RO=21;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233142;STB=0.6696;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0735798;OID=.;OPOS=45196754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:21:22:7:7:0.241379:2:5:11:10:2:5:11:11 chr1 45196770 . A G 279.02 PASS AF=0.851852;AO=23;DP=27;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00901765;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.036;QD=41.3369;RBI=0.0110104;REFB=-0.0296493;REVB=0.00631742;RO=2;SAF=13;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978817;STB=0.546885;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.000818359;OID=.;OPOS=45196770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:27:27:2:4:23:23:0.851852:10:13:1:1:10:13:1:3 chr1 45196813 . T C 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00696161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.5496;QD=13.4414;RBI=0.0117788;REFB=-0.00365876;REVB=-0.00950139;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917417;STB=0.554343;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00349372;OID=.;OPOS=45196813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:7:3:5:8:7:3:5:8 chr1 45196837 . G C 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0380767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.639;QD=9.19978;RBI=0.0471117;REFB=-0.0183389;REVB=-0.0277431;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118161;STB=0.57355;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0305629;OID=.;OPOS=45196837;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:5:2:5:8:5:2:5:8 chr1 45218895 . A T 183.82 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0098333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0143;QD=17.9337;RBI=0.0603812;REFB=-0.0064694;REVB=-0.0595751;RO=21;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231388;STB=0.642708;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00401771;OID=.;OPOS=45218895;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:22:19:19:0.463415:7:12:8:13:7:12:8:14 chr1 45224925 . C T 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0349501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.675;QD=11.8306;RBI=0.0353426;REFB=-0.0241266;REVB=0.00525273;RO=18;SAF=2;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334483;STB=0.702709;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0404739;OID=.;OPOS=45224925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:9:2:8:10:9:2:8:10 chr1 45224998 . A C 137.62 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0414578;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.848;QD=17.7569;RBI=0.0422403;REFB=0.000520839;REVB=0.00809265;RO=16;SAF=4;SAR=11;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965766;STB=0.554844;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.000971847;OID=.;OPOS=45224998;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:16:16:15:15:0.483871:11:4:3:13:11:4:3:13 chr1 45226084 . G A 225.22 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0370375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.96;QD=15.2689;RBI=0.0370456;REFB=-0.0171343;REVB=-0.00077272;RO=32;SAF=13;SAR=13;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183653;STB=0.610089;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.016423;OID=.;OPOS=45226084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:33:26:26:0.440678:13:13:10:22:13:13:10:23 chr1 45244051 . T TG 166.9 PASS AF=0.615385;AO=20;DP=51;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.140476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=10.4886;QD=12.8381;RBI=0.14048;REFB=-0.0565147;REVB=0.00115945;RO=28;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194119;STB=0.519219;STBP=0.747;TYPE=ins;VARB=0.0851165;OID=.;OPOS=45244052;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.615385:20:51:32:52:20:16:16:9:11:43:28:11:9:10:18 chr1 45270024 . G C 124.11 PASS AF=0.256757;AO=19;DP=75;FAO=19;FDP=74;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=0.00265661;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8821;QD=6.70876;RBI=0.0281285;REFB=0.0019726;REVB=0.0280028;RO=56;SAF=9;SAR=10;SRF=39;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27282;STB=0.659033;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.0372511;OID=.;OPOS=45270024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:56:55:19:19:0.256757:10:9:39:17:10:9:38:17 chr1 45285648 . C T 176.86 PASS AF=0.533333;AO=14;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.03208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.38;QD=23.5815;RBI=0.0323329;REFB=-0.0143876;REVB=0.00403626;RO=11;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00546547;STB=0.545815;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0124926;OID=.;OPOS=45285648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:11:12:14:16:0.533333:9:5:4:7:9:7:4:8 chr1 45292866 . G A 89.76 PASS AF=0.44;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0162225;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8854;QD=14.3612;RBI=0.0199872;REFB=0.0161453;REVB=0.0116756;RO=14;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415147;STB=0.742424;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.0179041;OID=.;OPOS=45292866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:26:25:14:14:11:11:0.44:3:8:4:10:3:8:4:10 chr1 45293752 . T C 223.2 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0501959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2111;QD=26.2588;RBI=0.051534;REFB=-0.0349161;REVB=0.0116673;RO=13;SAF=7;SAR=14;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201538;STB=0.612135;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0162888;OID=.;OPOS=45293752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:14:7:8:5:14:7:8:5 chr1 45444038 . G A 371.53 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.00645764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2128;QD=20.0826;RBI=0.00647084;REFB=0.0107831;REVB=-0.0004131;RO=35;SAF=13;SAR=25;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000722252;STB=0.504752;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.0113055;OID=.;OPOS=45444038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:36:38:38:0.513514:25:13:12:23:25:13:12:24 chr1 45469586 . G A 71.45 PASS AF=0.6;AO=8;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0244354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.537;QD=19.0522;RBI=0.0536674;REFB=-0.0294416;REVB=0.0477817;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946669;STB=0.571265;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0249374;OID=.;OPOS=45469586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:8:9:0.6:3:5:3:3:3:6:3:3 chr1 45474008 . T C 416.02 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.00844879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.451;QD=16.476;RBI=0.0254781;REFB=-0.0118705;REVB=0.0240364;RO=55;SAF=18;SAR=27;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161435;STB=0.585619;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0141543;OID=.;OPOS=45474008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:56:45:45:0.445545:27:18:31:24:27:18:31:25 chr1 45476570 . C T 258.2 PASS AF=0.410959;AO=28;DP=71;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.00705537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2916;QD=14.1478;RBI=0.00989461;REFB=-0.000572507;REVB=-0.00693722;RO=42;SAF=14;SAR=14;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100203;STB=0.561603;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00105041;OID=.;OPOS=45476570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:42:43:28:30:0.410959:14:14:17:25:15:15:17:26 chr1 45479709 . A G 145.15 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0121868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.685;QD=8.79688;RBI=0.0152018;REFB=-0.00908436;REVB=-0.00908716;RO=45;SAF=8;SAR=12;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230347;STB=0.628616;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0170611;OID=.;OPOS=45479709;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:46:20:20:0.30303:12:8:27:18:12:8:27:19 chr1 45479772 . G T 327.81 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.0525137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9647;QD=20.4879;RBI=0.0587232;REFB=-0.0029373;REVB=0.0262816;RO=30;SAF=19;SAR=15;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27066;STB=0.649198;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00351214;OID=.;OPOS=45479772;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:15:19:7:23:15:19:7:23 chr1 45671966 . A G 46.91 PASS AF=0.75;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00390767;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.341;QD=23.4533;RBI=0.0098402;REFB=-0.0333016;REVB=-0.00903104;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941184;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00387597;OID=.;OPOS=45671966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:9:8:3:2:6:6:0.75:3:3:1:2:3:3:1:1 chr1 45793371 . TGGGC TGG,TGGC 1497.22 PASS AF=0,1;AO=46,95;DP=153;FAO=0,158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=0,124;FSAR=0,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0456384,-0.0847153;FXX=0.0124992;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=183.49,14.7918;QD=37.9042;RBI=0.048238,0.13448;REFB=0.00988381,0.00189089;REVB=-0.0156218,0.104442;RO=5;SAF=40,82;SAR=6,13;SRF=0;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0.336364,0.336364;SSSB=0.272565,0.151844;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.0146758;OID=.,.;OPOS=45793374,45793372;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGG,TGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:46,95:153:0,158:158:0:0,124:0,34:0:0:26:5:40,82:6,13:0:5 chr1 45797505 . C G 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0386019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.61;QD=18.9664;RBI=0.0546123;REFB=-0.0218965;REVB=-0.0386315;RO=25;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678115;STB=0.538426;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0271373;OID=.;OPOS=45797505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:9:13:13:12:9:13:13:12 chr1 45805566 . G C 535.42 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0919108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.229;QD=59.4906;RBI=0.0923105;REFB=0;REVB=0.0085811;RO=0;SAF=7;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122699;OID=.;OPOS=45805566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:32:36:1:25:7:0:0:27:9:0:0 chr1 45810091 . A G 87.44 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00384126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.736;QD=13.4516;RBI=0.018279;REFB=-0.0052056;REVB=-0.0178708;RO=14;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358948;STB=0.695286;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00791019;OID=.;OPOS=45810091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:26:14:15:11:11:0.423077:3:8:5:9:3:8:6:9 chr1 45810923 . G A 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.000199761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.683;QD=15.2624;RBI=0.0466245;REFB=0.0135212;REVB=-0.0466241;RO=16;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144291;STB=0.582665;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.0199143;OID=.;OPOS=45810923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:4:9:13:3:4:9:13:3 chr1 45962137 . T C 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00546516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.699;QD=22.3408;RBI=0.0208135;REFB=-0.0275021;REVB=0.0200832;RO=14;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261824;STB=0.51469;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0286126;OID=.;OPOS=45962137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:11:7:5:9:11:7:5:9 chr1 45973928 . G A 130.38 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0412186;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.009;QD=19.315;RBI=0.0416427;REFB=-0.0338828;REVB=0.0059277;RO=13;SAF=1;SAR=13;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416223;STB=0.746662;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.031904;OID=.;OPOS=45973928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:13:13:14:14:0.518519:13:1:4:9:13:1:4:9 chr1 46073489 . G A 259.57 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0350172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6009;QD=31.4633;RBI=0.0375569;REFB=-0.0153551;REVB=0.0135763;RO=10;SAF=11;SAR=12;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176691;STB=0.596777;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00389138;OID=.;OPOS=46073489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:10:10:23:23:0.69697:12:11:8:2:12:11:8:2 chr1 46078854 . A G 67.45 PASS AF=0.5;AO=8;DP=17;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0104138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.184;QD=14.9878;RBI=0.0140901;REFB=-0.040116;REVB=0.00949119;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337293;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0200376;OID=.;OPOS=46078854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:17:18:9:9:8:9:0.5:6:2:2:7:7:2:2:7 chr1 46078884 . C T 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.00207264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.144;QD=16.4269;RBI=0.0044492;REFB=-0.00764894;REVB=0.00393694;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105136;STB=0.560337;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0109957;OID=.;OPOS=46078884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:8:3:2:9:8:3:2:9 chr1 46086077 . C T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0138207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.053;QD=16.1988;RBI=0.0193392;REFB=0.00968335;REVB=0.0135275;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496916;STB=0.798796;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.00647571;OID=.;OPOS=46086077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:4:1:3:0:4:1:3:0 chr1 46087577 . G A 335.81 PASS AF=0.5;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0151156;FXX=0.0277739;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.581;QD=19.1889;RBI=0.0235513;REFB=-0.0210412;REVB=0.0180605;RO=33;SAF=24;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13376;STB=0.592538;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0219738;OID=.;OPOS=46087577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:33:35:35:35:0.5:11:24:18:15:11:24:18:17 chr1 46094027 . A G 221.76 PASS AF=0.440678;AO=24;DP=57;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.069304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1646;QD=15.0343;RBI=0.0710064;REFB=0.00325139;REVB=-0.0154554;RO=33;SAF=10;SAR=14;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701368;STB=0.513079;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.00393839;OID=.;OPOS=46094027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:33:33:24:26:0.440678:14:10:16:17:14:12:16:17 chr1 46095272 . T C 105.15 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0234025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1895;QD=11.0686;RBI=0.0479255;REFB=-0.00647192;REVB=0.0418232;RO=25;SAF=8;SAR=5;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178135;STB=0.510622;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0154375;OID=.;OPOS=46095272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:5:8:15:10:5:8:15:10 chr1 46159001 . G A 181.37 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0342362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2472;QD=16.4883;RBI=0.0343982;REFB=-0.0161747;REVB=-0.00333451;RO=24;SAF=11;SAR=8;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894443;STB=0.535943;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0141043;OID=.;OPOS=46159001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:25:19:19:0.431818:8:11:16:8:8:11:16:9 chr1 46195375 . T C 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00312298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.266;QD=15.6538;RBI=0.0119789;REFB=-0.0129803;REVB=-0.0115647;RO=32;SAF=15;SAR=11;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165583;STB=0.593596;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0150337;OID=.;OPOS=46195375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:11:15:13:19:11:15:13:19 chr1 46379518 . A G 1055.11 PASS AF=0.961039;AO=73;DP=77;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0281954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7825;QD=54.8107;RBI=0.0396695;REFB=-0.0728612;REVB=-0.0279049;RO=4;SAF=25;SAR=48;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437098;STB=0.513365;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00589501;OID=.;OPOS=46379518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:77:77:4:3:73:74:0.961039:48:25:3:1:48:26:2:1 chr1 46476587 . T G 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0839196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5787;QD=62.668;RBI=0.0839355;REFB=0;REVB=0.00163702;RO=0;SAF=5;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000547039;OID=.;OPOS=46476587;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:39:5:0:0:39:5:0:0 chr1 46493460 . T G 476.93 PASS AF=0.427419;AO=53;DP=123;FAO=53;FDP=124;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.0418296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8352;QD=15.3847;RBI=0.0468568;REFB=0.015591;REVB=0.0211151;RO=70;SAF=22;SAR=31;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872378;STB=0.545185;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.0175511;OID=.;OPOS=46493460;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:70:71:53:53:0.427419:31:22:35:35:31:22:35:36 chr1 46496709 . A G 358.53 PASS AF=0.5625;AO=35;DP=63;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0537988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6476;QD=22.4079;RBI=0.0624277;REFB=-0.0225964;REVB=0.0316687;RO=28;SAF=14;SAR=21;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13916;STB=0.58094;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0167159;OID=.;OPOS=46496709;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:28:28:35:36:0.5625:21:14:16:12:22:14:16:12 chr1 46498375 . A G 391.02 PASS AF=0.649123;AO=36;DP=55;FAO=37;FDP=57;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00817093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4745;QD=27.44;RBI=0.0370243;REFB=-0.0450001;REVB=-0.0361114;RO=18;SAF=19;SAR=17;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0847665;STB=0.557207;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0213997;OID=.;OPOS=46498375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:18:20:36:37:0.649123:17:19:7:11:18:19:7:13 chr1 46500744 . G C 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00667296;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=233.606;QD=16.4178;RBI=0.00944285;REFB=-0.0107275;REVB=-0.00668125;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510947;STB=0.52937;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0096248;OID=.;OPOS=46500744;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:8:6:6:10:8:6:6:10 chr1 46521517 . G A 112.62 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00901445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.893;QD=9.19353;RBI=0.0104672;REFB=-0.017232;REVB=0.00532002;RO=35;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199373;STB=0.620521;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0325672;OID=.;OPOS=46521517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:14:14:0.285714:6:8:14:21:6:8:14:21 chr1 46521559 . A T 90.77 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=-0.0080802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.204;QD=8.06811;RBI=0.0118361;REFB=0.000987884;REVB=0.00864885;RO=33;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.553599;STB=0.83122;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00169333;OID=.;OPOS=46521559;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:3:9:8:25:3:9:8:25 chr1 46546377 . T C 240.02 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00639158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.4925;QD=14.3294;RBI=0.0163893;REFB=0.00454261;REVB=-0.0150916;RO=39;SAF=18;SAR=10;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238958;STB=0.635877;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00653304;OID=.;OPOS=46546377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:10:18:16:23:10:18:16:23 chr1 46655158 . T C 972.85 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.18;QD=58.9609;RBI=0.0252361;REFB=0;REVB=0.0225624;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0497e-05;OID=.;OPOS=46655158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr1 46658910 . G A 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0209098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.6945;QD=12.7295;RBI=0.0209098;REFB=-0.00698335;REVB=4.51598e-05;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110103;STB=0.565077;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00422477;OID=.;OPOS=46658910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:8:4:4:5:8:4 chr1 46660295 . T C 100.95 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0326673;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.545;QD=14.9552;RBI=0.0348793;REFB=-0.0521114;REVB=-0.0122235;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152525;STB=0.588097;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0290022;OID=.;OPOS=46660295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:15:15:12:12:0.444444:7:5:4:11:7:5:4:11 chr1 46807597 . G A 457.92 PASS AF=0.614286;AO=43;DP=70;FAO=43;FDP=70;FR=.;FRO=27;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0215144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.7;QD=26.1667;RBI=0.0216923;REFB=-0.00388376;REVB=0.00277197;RO=27;SAF=30;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193424;STB=0.606009;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00367973;OID=.;OPOS=46807597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:27:27:43:43:0.614286:13:30:12:15:13:30:12:15 chr1 46810530 . A G 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0224097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8644;QD=18.6444;RBI=0.0245034;REFB=0.0110533;REVB=0.00991064;RO=13;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282102;STB=0.516106;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.0108236;OID=.;OPOS=46810530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:6:8:7:6:6:8:7:6 chr1 46870761 . C A 286.79 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0269873;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.193;QD=31.0048;RBI=0.0271061;REFB=-0.0151174;REVB=0.00253465;RO=12;SAF=9;SAR=16;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871275;STB=0.547906;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0063154;OID=.;OPOS=46870761;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:12:12:25:25:0.675676:16:9:6:6:16:9:6:6 chr1 46871986 . T C 683.31 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9514;QD=62.1188;RBI=0.0573999;REFB=0;REVB=0.0157919;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0008112;OID=.;OPOS=46871986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr1 46976717 . C T 626.26 PASS AF=0.57732;AO=56;DP=97;FAO=56;FDP=97;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0249663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.861;QD=25.8251;RBI=0.0262052;REFB=-0.00659124;REVB=0.00796231;RO=41;SAF=26;SAR=30;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559458;STB=0.530571;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00345076;OID=.;OPOS=46976717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:41:41:56:56:0.57732:30:26:22:19:30:26:22:19 chr1 46978497 . C T 437.53 PASS AF=0.457143;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=14;FSRR=43;FWDB=-0.00793943;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=172.44;QD=16.6676;RBI=0.0082961;REFB=-0.00630312;REVB=-0.00240641;RO=56;SAF=13;SAR=35;SRF=13;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485972;STB=0.517604;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00583169;OID=.;OPOS=46978497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:56:57:48:48:0.457143:35:13:13:43:35:13:14:43 chr1 47013311 . C T 372.22 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0183365;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.257;QD=30.385;RBI=0.0216563;REFB=-0.020684;REVB=0.0115225;RO=17;SAF=12;SAR=19;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056016;STB=0.521964;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0236116;OID=.;OPOS=47013311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:17:18:31:31:0.632653:19:12:8:9:19:12:8:10 chr1 47013364 . T C 349.95 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.059;QD=53.8385;RBI=0.0453906;REFB=0;REVB=0.0437629;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000567801;OID=.;OPOS=47013364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:24:26:1:13:11:0:0:13:13:0:0 chr1 47059934 . T C 1125.68 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00777814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7412;QD=57.7273;RBI=0.0175244;REFB=-0.0102368;REVB=0.0157037;RO=2;SAF=28;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326006;STB=0.517237;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.000789622;OID=.;OPOS=47059934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:48:28:2:0:48:28:2:0 chr1 47078637 . T C 374.84 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.000322716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.853;QD=18.285;RBI=0.00420386;REFB=-0.0135236;REVB=0.00419146;RO=43;SAF=22;SAR=17;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277904;STB=0.515508;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0149228;OID=.;OPOS=47078637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:39:39:0.47561:17:22:23:20:17:22:23:20 chr1 47080679 . G A 249.71 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0150822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6955;QD=26.2847;RBI=0.0219746;REFB=-0.016259;REVB=-0.0159815;RO=15;SAF=7;SAR=16;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128295;STB=0.571364;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00658375;OID=.;OPOS=47080679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:16:7:7:8:16:7:7:8 chr1 47101015 . C A 308.35 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.00840756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.341;QD=15.8126;RBI=0.0141224;REFB=-0.0125477;REVB=-0.0113471;RO=44;SAF=12;SAR=22;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281604;STB=0.65859;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0136146;OID=.;OPOS=47101015;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:22:12:28:16:22:12:28:16 chr1 47131319 . A T 380.79 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00401562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.065;QD=19.5275;RBI=0.0053169;REFB=-0.0200742;REVB=-0.00348486;RO=38;SAF=13;SAR=26;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133031;STB=0.568771;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0168981;OID=.;OPOS=47131319;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:39:39:39:0.5:26:13:18:20:26:13:18:21 chr1 47138819 . T G 265.8 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.744;QD=50.6294;RBI=0.0167707;REFB=0;REVB=-0.00516153;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00486713;OID=.;OPOS=47138819;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:12:8:0:0:12:9:0:0 chr1 47139103 . C T 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00956472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.784;QD=13.4556;RBI=0.0127515;REFB=0.00345355;REVB=0.00843315;RO=15;SAF=2;SAR=9;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206621;STB=0.623511;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.00468602;OID=.;OPOS=47139103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:9:2:5:10:9:2:5:10 chr1 47154166 . C G 499.24 PASS AF=0.516129;AO=47;DP=93;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0143696;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.76;QD=21.4728;RBI=0.0175127;REFB=0.00314138;REVB=-0.0100106;RO=45;SAF=20;SAR=27;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435372;STB=0.519472;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-0.00272653;OID=.;OPOS=47154166;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:45:45:47:48:0.516129:27:20:17:28:28:20:17:28 chr1 47279175 . C T 662.81 PASS AF=0.489655;AO=60;DP=134;FAO=71;FDP=145;FR=.;FRO=74;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=0.00116649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.37;QD=18.2845;RBI=0.0953667;REFB=-0.0186142;REVB=0.0953595;RO=67;SAF=34;SAR=26;SRF=44;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884978;STB=0.55179;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0202087;OID=.;OPOS=47279175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:145:67:74:60:71:0.489655:26:34:44:23:36:35:44:30 chr1 47280746 . GAT G 270.7 PASS AF=0.517857;AO=27;DP=54;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00839361;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=2;MLLD=279.501;QD=19.3359;RBI=0.0190992;REFB=-0.0188732;REVB=0.017156;RO=27;SAF=15;SAR=12;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131749;STB=0.552789;STBP=0.442;TYPE=del;VARB=0.0200886;OID=.;OPOS=47280747;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.517857:27:54:29:56:27:15:14:11:16:99:27:15:12:11:16 chr1 47280859 . G A 590.81 PASS AF=0.541284;AO=58;DP=110;FAO=59;FDP=109;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0063739;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.93;QD=21.681;RBI=0.0374076;REFB=-0.0116631;REVB=-0.0368606;RO=50;SAF=29;SAR=29;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503887;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00953481;OID=.;OPOS=47280859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:50:50:58:59:0.541284:29:29:25:25:29:30:25:25 chr1 47280884 . C T 596.75 PASS AF=0.530973;AO=60;DP=113;FAO=60;FDP=113;FR=.;FRO=53;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.00147001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.268;QD=21.1238;RBI=0.01787;REFB=-0.000189681;REVB=0.0178094;RO=53;SAF=31;SAR=29;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222811;STB=0.512241;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.000460305;OID=.;OPOS=47280884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:53:53:60:60:0.530973:29:31:26:27:29:31:26:27 chr1 47282772 . C T 234.91 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0209947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.422;QD=18.7925;RBI=0.0239569;REFB=-0.0284195;REVB=-0.0115394;RO=27;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19179;STB=0.608601;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0364294;OID=.;OPOS=47282772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:14:9:16:11:14:9:16:11 chr1 47395973 . G A 150.37 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00502628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2822;QD=12.275;RBI=0.0073234;REFB=-0.0139045;REVB=0.00532623;RO=32;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107528;STB=0.563034;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0246337;OID=.;OPOS=47395973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:9:8:12:20:9:8:12:20 chr1 47398496 . A G 363.75 PASS AF=0.376068;AO=44;DP=116;FAO=44;FDP=117;FR=.;FRO=73;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=-0.0920856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1031;QD=12.4359;RBI=0.0926693;REFB=-0.00932847;REVB=0.0103846;RO=72;SAF=26;SAR=18;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203547;STB=0.611361;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0140784;OID=.;OPOS=47398496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:72:73:44:44:0.376068:18:26:29:43:18:26:30:43 chr1 47399967 . G A 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0252819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7908;QD=28.1411;RBI=0.0260241;REFB=0.0326428;REVB=0.0061707;RO=7;SAF=8;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.039064;STB=0.521712;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.0108489;OID=.;OPOS=47399967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:8:8:3:4:8:8:3:4 chr1 47571902 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0044648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.176;QD=56.1914;RBI=0.00635587;REFB=0;REVB=0.00452357;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09393e-05;OID=.;OPOS=47571902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr1 47571905 . C T 338.39 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0065219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.6483;QD=48.3421;RBI=0.0342288;REFB=-0.101546;REVB=0.0336018;RO=2;SAF=15;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010414;STB=0.505614;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0110509;OID=.;OPOS=47571905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:11:15:1:1:11:15:1:1 chr1 47607281 . C T 493.7 PASS AF=0.534091;AO=47;DP=88;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00368092;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.584;QD=22.4408;RBI=0.0124642;REFB=-0.00332529;REVB=0.0119083;RO=41;SAF=27;SAR=20;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114851;STB=0.563292;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00251287;OID=.;OPOS=47607281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:41:41:47:47:0.534091:20:27:18:23:20:27:18:23 chr1 47607785 . G A 151.19 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00500494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.471;QD=20.1586;RBI=0.0191828;REFB=-0.0250123;REVB=0.0185183;RO=14;SAF=11;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166101;STB=0.594472;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0271078;OID=.;OPOS=47607785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:5:11:7:7:5:11:7:7 chr1 47607851 . A T 632.74 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.755;QD=61.7311;RBI=0.0275037;REFB=0;REVB=-0.00437081;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48783e-05;OID=.;OPOS=47607851;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:14:26:0:0:14:27:0:0 chr1 47608983 . G T 65.3 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0119089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8061;QD=10.8826;RBI=0.012537;REFB=-0.0351621;REVB=0.00391866;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271745;STB=0.659885;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.042284;OID=.;OPOS=47608983;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:5:4:3:12:5:4:3:12 chr1 47609489 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0074244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.782;QD=57.5452;RBI=0.0363105;REFB=0;REVB=-0.0355434;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153122;OID=.;OPOS=47609489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr1 47610065 . A C 391.38 PASS AF=0.603175;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00457356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1989;QD=24.8492;RBI=0.0245924;REFB=-0.00738928;REVB=0.0241634;RO=24;SAF=11;SAR=27;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225201;STB=0.617501;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0168134;OID=.;OPOS=47610065;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:24:25:38:38:0.603175:27:11:14:10:27:11:14:11 chr1 47610293 . C T 239.11 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.04168;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5907;QD=18.0461;RBI=0.0436433;REFB=0.00350414;REVB=0.0129428;RO=24;SAF=7;SAR=19;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147697;STB=0.582557;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00225322;OID=.;OPOS=47610293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:24:27:26:26:0.490566:19:7:10:14:19:7:11:16 chr1 47611598 . T C 546.67 PASS AF=0.460938;AO=58;DP=129;FAO=59;FDP=128;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.0241825;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7486;QD=17.0835;RBI=0.0241828;REFB=-0.0076061;REVB=-0.000112702;RO=69;SAF=25;SAR=33;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025213;STB=0.519152;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00927754;OID=.;OPOS=47611598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:69:69:58:59:0.460938:33:25:28:41:33:26:28:41 chr1 47614434 . C T 131.65 PASS AF=0.5;AO=14;DP=29;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00724438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.372;QD=17.5528;RBI=0.0252298;REFB=-0.020726;REVB=0.0241674;RO=15;SAF=2;SAR=12;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188477;STB=0.548951;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0295796;OID=.;OPOS=47614434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:15:15:14:15:0.5:12:2:4:11:12:3:4:11 chr1 47685455 . T C 82.03 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0660373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.6793;QD=36.4558;RBI=0.111331;REFB=0;REVB=-0.0896302;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0113447;OID=.;OPOS=47685455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:6:2:0:0:6:3:0:0 chr1 47717189 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.395;QD=59.0187;RBI=0.0126103;REFB=0;REVB=0.00456885;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14384e-05;OID=.;OPOS=47717189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr1 47834209 . G T 532.22 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4376;QD=59.135;RBI=0.0548689;REFB=0;REVB=0.035833;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000747577;OID=.;OPOS=47834209;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:23:12:0:0:24:12:0:0 chr1 47842431 . G A 754.96 PASS AF=0.965517;AO=52;DP=54;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0084333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.486;QD=52.0666;RBI=0.0479898;REFB=-0.0651862;REVB=-0.047243;RO=2;SAF=39;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022938;STB=0.507957;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0310313;OID=.;OPOS=47842431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:58:2:2:52:56:0.965517:13:39:1:1:17:39:1:1 chr1 47842665 . TAAAA TAAA,TAAAT,TTAAA 822.39 PASS AF=0.0277778,0.0277778,0.944444;AO=12,10,39;DP=70;FAO=2,2,68;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,39;FSAR=2,0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0845193,-0.156259,0.152879;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,1;MLLD=13.7701,7.36737,18.2774;QD=45.6884;RBI=0.135239,0.165609,0.153919;REFB=0,0,0;REVB=-0.105575,-0.0548592,-0.0178641;RO=3;SAF=8,10,15;SAR=4,0,24;SRF=3;SRR=0;SSEN=0.325513,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.142306,0,-0.0849488;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0219427,-0.067331,0.0333893;OID=.,.,.;OPOS=47842666,47842669,47842666;OREF=A,A,A;OALT=-,T,T;OMAPALT=TAAA,TAAAT,TTAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0277778,0.0277778,0.944444:12,10,39:70:2,2,68:72:0:0,2,39:2,0,29:0:0:6:3:8,10,15:4,0,24:3:0 chr1 47883019 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.967;QD=50.4135;RBI=0.0432035;REFB=0;REVB=0.00628591;RO=0;SAF=1;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131967;OID=.;OPOS=47883019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:18:1:0:0:18:1:0:0 chr1 47906338 . G A 1790.05 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00859661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.244;QD=60.6798;RBI=0.0193401;REFB=0;REVB=0.0173245;RO=1;SAF=42;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00637504;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24526e-05;OID=.;OPOS=47906338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:118:1:0:116:118:1:74:42:0:1:76:42:0:0 chr1 48694594 . G A 463.57 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000377758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.111;QD=52.9792;RBI=0.0237102;REFB=-0.107615;REVB=0.0237071;RO=1;SAF=21;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217319;STB=0.522714;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000999493;OID=.;OPOS=48694594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:1:2:33:33:0.942857:12:21:1:0:12:21:2:0 chr1 48697226 . T C 759.77 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.526;QD=56.2793;RBI=0.0335416;REFB=0;REVB=0.00649803;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239274;OID=.;OPOS=48697226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:21:32:0:0:21:33:0:0 chr1 48697733 . T G 1310.85 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00578176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.329;QD=61.6872;RBI=0.0157723;REFB=0;REVB=0.0146744;RO=0;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79401e-06;OID=.;OPOS=48697733;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:39:45:0:0:39:46:0:0 chr1 48697781 . C T 1065.77 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.843;QD=59.2096;RBI=0.0443589;REFB=0;REVB=0.00959739;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1693e-05;OID=.;OPOS=48697781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:72:0:0:67:72:1:35:32:0:0:37:35:0:0 chr1 48713100 . C A 1970.84 PASS AF=1;AO=127;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.726;QD=62.0736;RBI=0.067533;REFB=0;REVB=0.0229685;RO=0;SAF=70;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243;OID=.;OPOS=48713100;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:127:127:1:57:70:0:0:57:70:0:0 chr1 48764419 . C T 243.72 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=30;FWDB=0.0222906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.853;QD=15.2325;RBI=0.0318442;REFB=-0.00851634;REVB=-0.0227417;RO=36;SAF=6;SAR=22;SRF=6;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0740285;STB=0.541638;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0145532;OID=.;OPOS=48764419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:22:6:6:30:22:6:6:30 chr1 49224584 . G T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.597;QD=37.4885;RBI=0.0370684;REFB=0;REVB=0.0234476;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000730368;OID=.;OPOS=49224584;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr1 49511424 . A G 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00629875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1945;QD=58.5869;RBI=0.0230824;REFB=0;REVB=-0.0222064;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000354399;OID=.;OPOS=49511424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:11:22:0:0:11:22:0:0 chr1 50661411 . C T 620.61 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0370557;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=92.2346;QD=55.165;RBI=0.040619;REFB=-0.0870461;REVB=0.0166366;RO=2;SAF=8;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415335;STB=0.515144;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00157141;OID=.;OPOS=50661411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:2:3:42:42:0.933333:34:8:1:1:34:8:1:2 chr1 50666515 . C T 1014.68 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=75;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0152183;FXX=0.038956;HRUN=6;LEN=1;MLLD=48.358;QD=54.8477;RBI=0.0608379;REFB=-0.0535297;REVB=0.0589038;RO=4;SAF=40;SAR=31;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191495;STB=0.503708;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00120244;OID=.;OPOS=50666515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:75:74:4:3:71:71:0.959459:31:40:3:1:30:41:2:1 chr1 50884366 . T C 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.021582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5921;QD=9.91645;RBI=0.0259313;REFB=0.00294156;REVB=-0.0143753;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239435;STB=0.642574;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.0103525;OID=.;OPOS=50884366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:4:5:13:4:4:5:13:4 chr1 51611435 . ATTTTTTC ATTTTTC,ATTTTTCA 39.49 PASS AF=0.236364,0.0181818;AO=13,2;DP=56;FAO=13,1;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=5,0;FSAR=8,1;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.00428551,-0.0268656;FXX=0.017854;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=10.117,227.528;QD=2.87234;RBI=0.0425332,0.0268994;REFB=-0.0952332,0.000322676;REVB=0.0423167,0.00134692;RO=38;SAF=6,0;SAR=7,2;SRF=12;SRR=26;SSEN=0.386364,0;SSEP=0,0;SSSB=0.181548,-0.353842;STB=0.515128,0.987444;STBP=0.899,0.483;TYPE=del,mnp;VARB=0.0985095,0.123926;OID=.,.;OPOS=51611436,51611441;OREF=T,TC;OALT=-,CA;OMAPALT=ATTTTTC,ATTTTTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.236364,0.0181818:13,2:56:13,1:55:41:5,0:8,1:15:26:39:38:6,0:7,2:12:26 chr1 51826921 . T C 364.39 PASS AF=0.414894;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=94;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.000290071;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.501;QD=15.5059;RBI=0.0329041;REFB=-0.0196991;REVB=0.0329028;RO=55;SAF=15;SAR=24;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938416;STB=0.553092;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0325461;OID=.;OPOS=51826921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:55:55:39:39:0.414894:24:15:26:29:24:15:26:29 chr1 51873951 . G A 1327.69 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165553;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.345;QD=62.4794;RBI=0.0204308;REFB=0;REVB=0.0119725;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.67394e-05;OID=.;OPOS=51873951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:85:0:0:85:85:1:43:42:0:0:43:42:0:0 chr1 51912760 . T G 157.7 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0366683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.812;QD=11.2642;RBI=0.0387354;REFB=-0.00344048;REVB=0.0124845;RO=35;SAF=7;SAR=13;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184;STB=0.61667;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00491854;OID=.;OPOS=51912760;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:36:20:20:0.357143:13:7:18:17:13:7:19:17 chr1 52264064 . A G 155.48 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0041073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1822;QD=15.1686;RBI=0.0117909;REFB=0.00379476;REVB=0.0110524;RO=24;SAF=4;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337983;STB=0.696913;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00503536;OID=.;OPOS=52264064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:13:4:13:11:13:4:13:11 chr1 52266242 . G A 213.35 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0215252;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.051;QD=18.9648;RBI=0.0251116;REFB=-0.0159384;REVB=-0.0129328;RO=24;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753841;STB=0.542816;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0255299;OID=.;OPOS=52266242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:13:8:11:13:13:8:11:13 chr1 52266350 . C T 82.31 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0546086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4066;QD=19.3677;RBI=0.0564226;REFB=0.00630535;REVB=-0.0141917;RO=6;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066985;STB=0.571284;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.00476378;OID=.;OPOS=52266350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:6:7:10:10:0.588235:6:4:3:3:6:4:4:3 chr1 52290984 . T G 310.4 PASS AF=0.411765;AO=33;DP=83;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=0.0575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1964;QD=14.6068;RBI=0.0633965;REFB=-0.00514019;REVB=0.0266995;RO=49;SAF=15;SAR=18;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160795;STB=0.609961;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00904668;OID=.;OPOS=52290984;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:49:50:33:35:0.411765:18:15:15:34:18:17:15:35 chr1 52306063 . ATCT A 105.91 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658534;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=3;MLLD=144.969;QD=42.3662;RBI=0.098778;REFB=0;REVB=0.0736236;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00406599;OID=.;OPOS=52306064;OREF=TCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:9:10:10:0:8:2:0:0:4:0:6:2:0:0 chr1 52489185 . A G 133.92 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0252805;FXX=0.0270197;HRUN=5;LEN=1;MLLD=95.0074;QD=14.8795;RBI=0.0801889;REFB=0.00128542;REVB=0.0760996;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263259;STB=0.651978;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00484436;OID=.;OPOS=52489185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:21:21:15:15:0.416667:9:6:14:7:9:6:14:7 chr1 52498137 . T TG 568.49 PASS AF=1;AO=48;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.9767;QD=42.1103;RBI=0.0732212;REFB=0;REVB=0.0702836;RO=6;SAF=28;SAR=20;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540735;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00334951;OID=.;OPOS=52498138;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:54:54:54:0:33:21:0:0:11:6:28:20:5:1 chr1 52498370 . C T 753.42 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0198305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6034;QD=61.5034;RBI=0.0199971;REFB=-0.0550513;REVB=0.00257575;RO=0;SAF=37;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14038e-08;STB=0.506664;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00141852;OID=.;OPOS=52498370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:11:37:0:0:11:37:1:0 chr1 52498861 . A T 507.74 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00693073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2302;QD=56.4152;RBI=0.0187949;REFB=-0.115437;REVB=0.0174703;RO=1;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283378;STB=0.515143;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00799961;OID=.;OPOS=52498861;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:16:19:0:1:16:19:0:1 chr1 52518164 . A G 1044.32 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9607;QD=59.6757;RBI=0.0624652;REFB=0;REVB=0.0593991;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000592658;OID=.;OPOS=52518164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:28:42:0:0:28:42:0:0 chr1 52851608 . G A 758.1 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0383361;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3141;QD=55.1347;RBI=0.044719;REFB=-0.137416;REVB=0.0230245;RO=1;SAF=18;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254582;STB=0.513508;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00161335;OID=.;OPOS=52851608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:36:18:1:0:36:18:1:0 chr1 52881071 . C A 80.13 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0668394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.65;QD=7.81716;RBI=0.115378;REFB=-0.0251127;REVB=-0.0940461;RO=30;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00385343;STB=0.502388;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0564929;OID=.;OPOS=52881071;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:7:4:11:19:7:4:11:19 chr1 52882406 . A G 1611.73 PASS AF=0.981982;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0187697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.813;QD=58.0805;RBI=0.0206012;REFB=-0.0262668;REVB=-0.00849176;RO=2;SAF=38;SAR=71;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00568822;STB=0.502997;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00106294;OID=.;OPOS=52882406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:111:2:2:109:109:0.981982:71:38:1:1:71:38:1:1 chr1 52882969 . CA C,CG 673.84 PASS AF=0.0227273,0.977273;AO=6,37;DP=45;FAO=1,43;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=1,22;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400169,0.0111899;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=99.2061,221.538;QD=61.2582;RBI=0.0422352,0.0150261;REFB=0,0;REVB=-0.0135078,-0.0100284;RO=0;SAF=1,20;SAR=5,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.18042e-08,-3.71161e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0297249,3.02703e-05;OID=.,.;OPOS=52882970,52882970;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0227273,0.977273:6,37:45:1,43:44:0:1,22:0,21:0:0:5:0:1,20:5,17:0:0 chr1 52882971 . T G 41.61 PASS AF=0.159091;AO=5;DP=43;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0121035;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=73.2775;QD=3.78238;RBI=0.0541553;REFB=0.0200071;REVB=0.0527855;RO=38;SAF=1;SAR=4;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398716;STB=0.731835;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.0121655;OID=.;OPOS=52882971;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:44:38:37:5:7:0.159091:4:1:21:17:5:2:21:16 chr1 53099279 . C T 239.14 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00900932;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.322;QD=26.5716;RBI=0.0287622;REFB=-0.0278154;REVB=0.0273148;RO=14;SAF=17;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17764;STB=0.599262;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0211505;OID=.;OPOS=53099279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:14:14:22:22:0.611111:5:17:8:6:5:17:8:6 chr1 53250650 . G A 1555.91 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8814;QD=62.2365;RBI=0.0946337;REFB=0;REVB=0.0848794;RO=2;SAF=47;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182351;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131231;OID=.;OPOS=53250650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:100:100:2:0:98:100:1:51:47:0:2:53:47:0:0 chr1 53372138 . A G 161.22 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00448717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2911;QD=18.9667;RBI=0.0417811;REFB=0.00207762;REVB=-0.0415395;RO=17;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060353;STB=0.534371;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.00645192;OID=.;OPOS=53372138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:12:5:6:11:12:5:6:11 chr1 53380922 . T G 329.65 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0039058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.526;QD=50.7152;RBI=0.0441296;REFB=-0.00952778;REVB=0.0439564;RO=2;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770585;STB=0.519984;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000525662;OID=.;OPOS=53380922;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:2:1:24:25:0.961538:11:13:0:2:12:13:0:1 chr1 53535478 . G A 303.84 PASS AF=0.96;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0425706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.729;QD=48.6139;RBI=0.0598858;REFB=-0.0489524;REVB=0.0421195;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519983;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00388503;OID=.;OPOS=53535478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:24:25:0:1:23:24:0.96:12:11:0:0:12:12:1:0 chr1 53537266 . G A 659.87 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.055381;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.515;QD=59.9878;RBI=0.0559352;REFB=-0.000415621;REVB=0.00785469;RO=1;SAF=17;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268199;STB=0.514279;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000153163;OID=.;OPOS=53537266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:44:1:1:43:43:0.977273:26:17:1:0:26:17:1:0 chr1 53544439 . G A 195.34 PASS AF=0.5;AO=14;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0258302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.451;QD=18.6041;RBI=0.0287637;REFB=-0.0403831;REVB=0.0126552;RO=20;SAF=3;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28183;STB=0.549248;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0560346;OID=.;OPOS=53544439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:21:14:21:0.5:11:3:9:11:13:8:10:11 chr1 53544513 . C T 118.86 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0716932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3416;QD=13.2069;RBI=0.0757848;REFB=0.00678369;REVB=0.0245646;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700618;STB=0.540926;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.00474178;OID=.;OPOS=53544513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:6:8:14:8:6:8:14:8 chr1 53544597 . T C 274.53 PASS AF=0.577778;AO=24;DP=44;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00995811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.216;QD=24.4026;RBI=0.0144163;REFB=-0.0301214;REVB=0.0104243;RO=19;SAF=9;SAR=15;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243928;STB=0.609054;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0184521;OID=.;OPOS=53544597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:19:19:24:26:0.577778:15:9:13:6:15:11:13:6 chr1 53547800 . A G 66.52 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0283051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.503;QD=26.6063;RBI=0.0283051;REFB=-0.0826447;REVB=0;RO=2;SAF=8;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0157603;OID=.;OPOS=53547800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:0:8:2:0:0:8:2:0 chr1 53553702 . A G 854.43 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0218438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.162;QD=56.0284;RBI=0.0222947;REFB=-0.109172;REVB=-0.00446126;RO=1;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014981;STB=0.507934;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00090354;OID=.;OPOS=53553702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:31:29:0:1:31:29:0:1 chr1 53553754 . T C 221.98 PASS AF=0.391304;AO=26;DP=68;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0152613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.71;QD=12.8686;RBI=0.0167732;REFB=-0.0187785;REVB=0.00695943;RO=42;SAF=12;SAR=14;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193436;STB=0.618962;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0322981;OID=.;OPOS=53553754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:42:42:26:27:0.391304:14:12:27:15:15:12:27:15 chr1 53558270 . A G 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6447;QD=54.5141;RBI=0.0417473;REFB=0;REVB=0.0396457;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132416;OID=.;OPOS=53558270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr1 53600078 . A G 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0104013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.171;QD=23.4324;RBI=0.0373725;REFB=0.00817302;REVB=-0.0358959;RO=20;SAF=14;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688524;STB=0.538429;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.00510827;OID=.;OPOS=53600078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:10:14:10:10:10:14:10:10 chr1 53676401 . T G 151.1 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0151168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.372;QD=20.8415;RBI=0.016095;REFB=-0.00515196;REVB=-0.0055256;RO=13;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152971;STB=0.586102;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00319689;OID=.;OPOS=53676401;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:8:8:9:4:8:8:9:4 chr1 53676448 . G A 245.61 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0396988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.801;QD=23.9623;RBI=0.0405834;REFB=-0.0185014;REVB=0.00842696;RO=18;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707973;STB=0.539412;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0217366;OID=.;OPOS=53676448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:11:12:11:7:11:12:11:7 chr1 53676492 . AT A 33.49 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0863345;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.8742;QD=3.52486;RBI=0.0904273;REFB=-0.0950544;REVB=0.0268971;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067199;STB=0.519057;STBP=0.869;TYPE=del;VARB=0.124525;OID=.;OPOS=53676493;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:14:38:14:38:24:6:8:11:13:33:19:5:9:8:11 chr1 53684524 . GC G,GG 207.99 PASS AF=1,0;AO=8,9;DP=17;FAO=17,0;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385672,-0.0489561;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=253.96,248.127;QD=48.9389;RBI=0.0387679,0.0491308;REFB=0,0;REVB=0.00394022,-0.00413932;RO=0;SAF=2,6;SAR=6,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.58669e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000613066,0;OID=.,.;OPOS=53684525,53684525;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:8,9:17:17,0:17:0:8,0:9,0:0:0:4:0:2,6:6,3:0:0 chr1 53716416 . G A 1163.18 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00567436;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.418;QD=60.4249;RBI=0.0682758;REFB=0;REVB=0.0680396;RO=0;SAF=47;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257922;OID=.;OPOS=53716416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:75:77:1:28:47:0:0:30:47:0:0 chr1 53732315 . G T 200.95 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00478248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.308;QD=11.8203;RBI=0.00571106;REFB=-0.0103312;REVB=0.00312154;RO=43;SAF=6;SAR=19;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202278;STB=0.618003;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0150563;OID=.;OPOS=53732315;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:43:25:25:0.367647:19:6:17:26:19:6:17:26 chr1 53792651 . A C 389.89 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0590367;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5952;QD=23.9935;RBI=0.0602927;REFB=-0.0223216;REVB=-0.0122425;RO=27;SAF=19;SAR=19;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700368;STB=0.538441;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0140072;OID=.;OPOS=53792651;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:27:27:38:38:0.584615:19:19:11:16:19:19:11:16 chr1 53995515 . G A 393.48 PASS AF=0.549296;AO=33;DP=71;FAO=39;FDP=71;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=27;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0335486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.0347;QD=22.1677;RBI=0.167336;REFB=-0.0323982;REVB=0.163939;RO=10;SAF=22;SAR=11;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162031;STB=0.516845;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0376212;OID=.;OPOS=53995515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:10:27:33:39:0.549296:11:22:7:3:13:26:17:10 chr1 54359922 . C T 707.93 PASS AF=0.55;AO=55;DP=115;FAO=66;FDP=120;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00131939;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.404;QD=23.5978;RBI=0.056336;REFB=-0.0503644;REVB=0.0563206;RO=47;SAF=31;SAR=24;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00924509;STB=0.519414;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0392681;OID=.;OPOS=54359922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:120:47:51:55:66:0.55:24:31:27:20:34:32:27:24 chr1 54571318 . CG CTTTTG,GT,TG 158.03 PASS AF=0.142857,0,0.857143;AO=2,2,10;DP=14;FAO=2,0,12;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0,3;FSAR=0,0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.021873,-0.0157638,0.0594591;FXX=0;HRUN=0,1,1;LEN=4,2,1;MLLD=66.8867,136.819,144.361;QD=45.1525;RBI=0.063817,0.0166435,0.0609853;REFB=0,0,0;REVB=0.0599515,0.00533936,0.0135584;RO=0;SAF=2,0,3;SAR=0,2,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,mnp,snp;VARB=0.0202685,0,0.000864198;OID=.,.,.;OPOS=54571319,54571318,54571318;OREF=-,CG,C;OALT=TTTT,GT,T;OMAPALT=CTTTTG,GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:10:14:14:0:0:2,2,10:2,0,12:0.142857,0,0.857143:0,2,7:2,0,3:0:0:0,0,9:2,0,3:0:0 chr1 54605318 . T TGC 333.47 PASS AF=1;AO=6;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517615;FXX=0.0384468;HRUN=8;LEN=2;MLLD=248.448;QD=53.3552;RBI=0.0531312;REFB=0;REVB=-0.0119866;RO=19;SAF=6;SAR=0;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.698216;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00519864;OID=.;OPOS=54605319;OREF=-;OALT=GC;OMAPALT=TGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:26:25:25:0:18:7:0:0:4:19:6:0:11:8 chr1 54605319 . G GC 136.49 PASS AF=0.73913;AO=10;DP=25;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0020073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.96;QD=23.7369;RBI=0.239666;REFB=-0.0271804;REVB=-0.239658;RO=15;SAF=9;SAR=1;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.501154;STB=0.607029;STBP=0.134;TYPE=ins;VARB=0.0150336;OID=.;OPOS=54605320;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.73913:10:25:17:23:6:11:6:6:0:33:15:9:1:8:7 chr1 54605320 . G C 54.05 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=1;FWDB=-0.0253419;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=167.171;QD=8.31533;RBI=0.0283952;REFB=-0.005883;REVB=0.0128091;RO=17;SAF=1;SAR=7;SRF=16;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.751286;STB=0.93957;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0202482;OID=.;OPOS=54605320;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:26:17:18:8:8:0.307692:7:1:16:1:7:1:17:1 chr1 54606804 . C T 350.16 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0209287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.386;QD=51.876;RBI=0.0282467;REFB=-0.159574;REVB=0.0189702;RO=1;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371368;STB=0.519985;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00177748;OID=.;OPOS=54606804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:27:27:1:1:26:26:0.962963:12:14:0:1:12:14:0:1 chr1 54607051 . A G 358.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=2.90755e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.431;QD=55.0945;RBI=0.0121199;REFB=0;REVB=0.0121198;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.07814e-05;OID=.;OPOS=54607051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr1 54637167 . T C,G 417.76 PASS AF=0.9,0.1;AO=27,3;DP=30;FAO=27,3;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=11,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00725087,-0.0441382;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=107.468,34.9172;QD=55.7013;RBI=0.0141242,0.0611847;REFB=0,0;REVB=0.012121,-0.0423721;RO=0;SAF=16,0;SAR=11,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.5146e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00144589,0.163279;OID=.,.;OPOS=54637167,54637167;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:30:30:0:0:27,3:27,3:0.9,0.1:11,3:16,0:0:0:11,3:16,0:0:0 chr1 54637417 . G A 1119.86 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113072;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.9491;QD=60.533;RBI=0.0346;REFB=0;REVB=0.0327002;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.43423e-05;OID=.;OPOS=54637417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:30:44:0:0:30:44:0:0 chr1 54637697 . A G 857.09 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271541;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.99;QD=58.1081;RBI=0.0358753;REFB=0;REVB=0.0234455;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65388e-05;OID=.;OPOS=54637697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:59:0:0:59:59:1:35:24:0:0:35:24:0:0 chr1 54637915 . C T 43.48 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.15246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2847;QD=28.9873;RBI=0.153852;REFB=0;REVB=0.0206488;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0201359;OID=.;OPOS=54637915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:5:6:1:3:2:0:0:3:3:0:0 chr1 54683856 . C G 1689.11 PASS AF=0.991453;AO=108;DP=111;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0783148;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.0653;QD=57.7473;RBI=0.124494;REFB=-0.123864;REVB=0.0967762;RO=2;SAF=71;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131826;STB=0.503401;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00267041;OID=.;OPOS=54683856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:111:117:2:1:108:116:0.991453:37:71:2:0:43:73:1:0 chr1 54683924 . C T 586.76 PASS AF=0.595506;AO=53;DP=89;FAO=53;FDP=89;FR=.;FRO=36;FSAF=39;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.000520623;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.468;QD=26.3712;RBI=0.018041;REFB=-0.00894785;REVB=-0.0180335;RO=34;SAF=39;SAR=14;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237248;STB=0.62139;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0224546;OID=.;OPOS=54683924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:34:36:53:53:0.595506:14:39:15:19:14:39:17:19 chr1 54683925 . G A 272.33 PASS AF=0.359551;AO=32;DP=89;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=16;FWDB=0.000163834;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.521;QD=12.2396;RBI=0.0473268;REFB=-0.00289695;REVB=0.0473265;RO=57;SAF=15;SAR=17;SRF=41;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277199;STB=0.657822;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0069737;OID=.;OPOS=54683925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:57:57:32:32:0.359551:17:15:41:16:17:15:41:16 chr1 54686374 . T C 638.54 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000490243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8019;QD=59.3987;RBI=0.0556429;REFB=0.044671;REVB=-0.0556407;RO=1;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347354;STB=0.51851;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00246481;OID=.;OPOS=54686374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:13:29:0:1:13:29:0:1 chr1 54686413 . C G 242.96 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00347251;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.285;QD=22.6005;RBI=0.00412002;REFB=-0.0158817;REVB=0.00221724;RO=18;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00772773;STB=0.516515;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0125161;OID=.;OPOS=54686413;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:20:23:23:0.534884:10:13:10:8:10:13:12:8 chr1 54686464 . C T 224.92 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0593169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0439;QD=19.9925;RBI=0.06501;REFB=0.00607328;REVB=0.0266046;RO=23;SAF=5;SAR=17;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304655;STB=0.673488;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00516171;OID=.;OPOS=54686464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:17:5:12:11:17:5:12:11 chr1 54690954 . T C 229.01 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0301416;FXX=0.096743;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.7486;QD=32.7149;RBI=0.0301435;REFB=-0.0335537;REVB=-0.000342111;RO=8;SAF=3;SAR=17;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259657;STB=0.514272;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0340419;OID=.;OPOS=54690954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:30:28:8:8:20:20:0.714286:17:3:1:7:17:3:1:7 chr1 54703768 . G A 565.69 PASS AF=0.479675;AO=59;DP=123;FAO=59;FDP=123;FR=.;FRO=64;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=0.000611875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.642;QD=18.3965;RBI=0.0101811;REFB=-0.0128826;REVB=0.0101626;RO=64;SAF=36;SAR=23;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000783721;STB=0.500434;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0159777;OID=.;OPOS=54703768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:64:64:59:59:0.479675:23:36:39:25:23:36:39:25 chr1 54704563 . G A 39.26 PASS AF=0.75;AO=4;DP=6;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0145466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0871;QD=19.6305;RBI=0.138474;REFB=-0.126694;REVB=0.137707;RO=2;SAF=3;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161039;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0378891;OID=.;OPOS=54704563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:6:8:2:2:4:6:0.75:1:3:1:1:3:3:1:1 chr1 54704567 . A G 93.35 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.346;QD=37.3399;RBI=0.0222172;REFB=0;REVB=0.0144935;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193533;OID=.;OPOS=54704567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:9:10:1:4:5:0:0:5:5:0:0 chr1 55118566 . C G 806.84 PASS AF=1;AO=36;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.056;QD=64.5474;RBI=0.0915026;REFB=0;REVB=0.0700825;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442585;OID=.;OPOS=55118566;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:36:50:1:16:20:0:0:21:29:0:0 chr1 55119144 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0056128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.845;QD=58.1408;RBI=0.0278019;REFB=0;REVB=0.0272294;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176834;OID=.;OPOS=55119144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr1 55119289 . G C 523.85 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00466549;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1352;QD=59.8687;RBI=0.0150713;REFB=0;REVB=0.014331;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000675677;OID=.;OPOS=55119289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:25:9:0:0:26:9:0:0 chr1 55119545 . GA CG,G,GG 776.15 PASS AF=0,0.127273,0.872727;AO=2,8,41;DP=51;FAO=0,7,48;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6,19;FSAR=0,1,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0851463,0.0973523,0.102595;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=110.61,178.761,195.195;QD=56.4475;RBI=0.0903595,0.0981949,0.104217;REFB=0,0,0;REVB=0.0302482,0.0128361,0.0183153;RO=0;SAF=2,5,14;SAR=0,3,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0558244,-0.019142,0.00585603;OID=.,.,.;OPOS=55119545,55119546,55119546;OREF=GA,A,A;OALT=CG,-,G;OMAPALT=CG,G,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:18:51:55:0:0:2,8,41:0,7,48:0,0.127273,0.872727:0,3,27:2,5,14:0:0:0,1,29:0,6,19:0:0 chr1 55139741 . A G 1532.23 PASS AF=0.989796;AO=95;DP=97;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00684545;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.077;QD=62.5402;RBI=0.01753;REFB=-0.0557519;REVB=0.0161382;RO=1;SAF=42;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886354;STB=0.504672;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000119353;OID=.;OPOS=55139741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:98:1:1:95:97:0.989796:53:42:0:1:53:44:0:1 chr1 55144419 . C T 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0272556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.229;QD=9.84388;RBI=0.0326113;REFB=-0.0167014;REVB=-0.017906;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0365326;OID=.;OPOS=55144419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:6:4:8:12:6:4:8:12 chr1 55167773 . T A 548.27 PASS AF=0.545455;AO=52;DP=98;FAO=54;FDP=99;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00653187;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7338;QD=22.1525;RBI=0.0347423;REFB=-0.0369169;REVB=0.0341228;RO=44;SAF=26;SAR=26;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379015;STB=0.525243;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0348054;OID=.;OPOS=55167773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:44:45:52:54:0.545455:26:26:24:20:27:27:25:20 chr1 55182300 . T A 201.6 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0268961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3134;QD=12.0358;RBI=0.0354416;REFB=-0.010537;REVB=0.0230805;RO=41;SAF=16;SAR=9;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193359;STB=0.604793;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0202379;OID=.;OPOS=55182300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:42:25:25:0.373134:9:16:19:22:9:16:20:22 chr1 55224131 . T C 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0144749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.0061;QD=18.4437;RBI=0.0935918;REFB=0.00231339;REVB=-0.0924656;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967735;STB=0.555457;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.00821018;OID=.;OPOS=55224131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:5:6:6:3:5:6:6:3 chr1 55224751 . C A 118.94 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0284048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.8358;QD=15.3466;RBI=0.0425458;REFB=0.0156441;REVB=-0.0316751;RO=16;SAF=4;SAR=10;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203882;STB=0.578211;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.0177298;OID=.;OPOS=55224751;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:16:17:14:14:0.451613:10:4:2:14:10:4:3:14 chr1 55248074 . A G 247.34 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0371822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.683;QD=13.741;RBI=0.0395897;REFB=-0.00820065;REVB=-0.0135953;RO=42;SAF=7;SAR=22;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148504;STB=0.595924;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0129722;OID=.;OPOS=55248074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:43:29:29:0.402778:22:7:15:27:22:7:16:27 chr1 55250479 . C T 250.48 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00304875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.025;QD=20.0384;RBI=0.0233702;REFB=-0.0267345;REVB=0.0231705;RO=26;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00297501;STB=0.501676;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.028981;OID=.;OPOS=55250479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:13:11:12:14:13:11:12:14 chr1 55251689 . T C 993.8 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00398241;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.52;QD=59.3313;RBI=0.0445885;REFB=0;REVB=0.0444103;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.49606e-05;OID=.;OPOS=55251689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:66:67:1:33:33:0:0:34:33:0:0 chr1 55273580 . G T 923.24 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00519655;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.33;QD=58.6186;RBI=0.00563402;REFB=0;REVB=-0.00217671;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.22526e-06;OID=.;OPOS=55273580;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:24:39:0:0:24:39:0:0 chr1 55277599 . T C 538.5 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.369;QD=59.8336;RBI=0.0825673;REFB=0;REVB=-0.0790832;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00163551;OID=.;OPOS=55277599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr1 55319902 . A G 786.82 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0299363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.416;QD=55.2151;RBI=0.0351739;REFB=-0.113808;REVB=-0.0184667;RO=1;SAF=22;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020948;STB=0.511107;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00373756;OID=.;OPOS=55319902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:34:22:1:0:34:22:1:0 chr1 55446697 . G A 193.08 PASS AF=0.59375;AO=17;DP=31;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0174816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5803;QD=24.1348;RBI=0.0244809;REFB=-0.0261304;REVB=0.0171379;RO=13;SAF=13;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144736;STB=0.594606;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0231254;OID=.;OPOS=55446697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:13:13:17:19:0.59375:4:13:8:5:4:15:8:5 chr1 55457710 . G A 233.5 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.00897616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.029;QD=15.0643;RBI=0.011011;REFB=-0.00867214;REVB=-0.00637737;RO=35;SAF=5;SAR=22;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146752;STB=0.584003;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0100849;OID=.;OPOS=55457710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:22:5:10:25:22:5:10:25 chr1 55505587 . CGG CGC,CG 72.21 PASS AF=0.103448,0.344828;AO=3,10;DP=30;FAO=3,10;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=0,2;FSAR=3,8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0730342,-0.0795857;FXX=0.0333222;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=221.852,16.0287;QD=9.96061;RBI=0.0938821,0.0795867;REFB=-0.00722771,-0.124435;REVB=-0.0589902,0.000404301;RO=15;SAF=0,2;SAR=3,8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0.364706;SSSB=-0.656613,-0.430131;STB=0.996852,0.773622;STBP=0.032,0.044;TYPE=snp,del;VARB=0.0810806,0.0559701;OID=.,.;OPOS=55505589,55505588;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CGC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.103448,0.344828:3,10:30:3,10:29:16:0,2:3,8:10:6:51:15:0,2:3,8:9:6 chr1 55523033 . A G 1275.5 PASS AF=0.965909;AO=85;DP=88;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0209981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5201;QD=57.9771;RBI=0.0392171;REFB=-0.0557065;REVB=-0.0331219;RO=3;SAF=43;SAR=42;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319052;STB=0.51685;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00889945;OID=.;OPOS=55523033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:88:88:3:3:85:85:0.965909:42:43:3:0:42:43:3:0 chr1 55524197 . A G 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.841;QD=62.02;RBI=0.0655796;REFB=0;REVB=-0.0613155;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000163877;OID=.;OPOS=55524197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr1 55524237 . GT AC,AT 724.86 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=4,48;DP=52;FAO=4,48;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25;FSAR=4,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00801026,0.0240719;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=133.772,126.027;QD=55.7584;RBI=0.0312391,0.0543166;REFB=0,0;REVB=0.0301947,0.0486912;RO=0;SAF=0,25;SAR=4,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0191617,0.000136189;OID=.,.;OPOS=55524237,55524237;OREF=GT,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:52:52:0:0:4,48:4,48:0.0769231,0.923077:4,23:0,25:0:0:4,23:0,25:0:0 chr1 55529187 . G A 894.15 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0324408;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.171;QD=55.0244;RBI=0.0328051;REFB=-0.0417405;REVB=0.00487509;RO=2;SAF=31;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294914;STB=0.51562;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.000998602;OID=.;OPOS=55529187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:32:31:2:0:32:31:2:0 chr1 55541174 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.573;QD=61.6837;RBI=0.0336363;REFB=0;REVB=0.0230419;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242434;OID=.;OPOS=55541174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr1 55638075 . G A 911.56 PASS AF=0.969697;AO=63;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0239997;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.943;QD=55.2461;RBI=0.0249741;REFB=-0.0755057;REVB=-0.00690786;RO=0;SAF=42;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50588;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00373958;OID=.;OPOS=55638075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:0:2:63:64:0.969697:21:42:0:0:21:43:1:1 chr1 55842312 . G C 261.77 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.00154342;FXX=0.0425441;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.758;QD=23.2681;RBI=0.016445;REFB=0.00268466;REVB=-0.0163725;RO=21;SAF=16;SAR=8;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929322;STB=0.551683;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00215843;OID=.;OPOS=55842312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:8:16:16:5:8:16:16:5 chr1 55864258 . C T 727.19 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0707913;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8564;QD=57.0341;RBI=0.0711983;REFB=0;REVB=-0.00760218;RO=0;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5765e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000304357;OID=.;OPOS=55864258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:35:16:0:0:35:16:0:0 chr1 56961756 . A G 165.51 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00217288;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.0235;QD=14.0858;RBI=0.0209073;REFB=-0.0187928;REVB=-0.0207941;RO=28;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169044;STB=0.50239;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0454729;OID=.;OPOS=56961756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:28:29:18:18:0.382979:8:10:16:12:8:10:16:13 chr1 56961955 . T C 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0106656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.49;QD=17.3255;RBI=0.0120899;REFB=0.00091203;REVB=-0.00569299;RO=25;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974454;STB=0.555501;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.00106502;OID=.;OPOS=56961955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:10:10:15:10:10:10:15:10 chr1 57002627 . C T 322.31 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00684655;FXX=0.0277739;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.455;QD=18.4177;RBI=0.033144;REFB=-0.00293997;REVB=-0.0324292;RO=36;SAF=20;SAR=14;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824093;STB=0.546048;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00246014;OID=.;OPOS=57002627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:36:36:34:34:0.485714:14:20:18:18:14:20:18:18 chr1 57180867 . A G 771.0 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0423836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.71;QD=55.0716;RBI=0.0466549;REFB=0.00215359;REVB=0.0195014;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.507934;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000105748;OID=.;OPOS=57180867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:56:0:1:54:55:0.982143:31:23:0:0:31:24:0:1 chr1 57221548 . C CT 372.16 PASS AF=1;AO=6;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0677976;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.194;QD=37.2155;RBI=0.0870161;REFB=0;REVB=0.0545463;RO=33;SAF=2;SAR=4;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183294;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0028247;OID=.;OPOS=57221549;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:39:40:40:0:18:22:0:0:7:33:2:4:16:17 chr1 57340727 . C A 1616.43 PASS AF=0.990909;AO=106;DP=107;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0346902;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.983;QD=58.7792;RBI=0.0454258;REFB=-0.00555356;REVB=0.0293273;RO=1;SAF=58;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978482;STB=0.504853;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000190298;OID=.;OPOS=57340727;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:110:1:1:106:109:0.990909:48:58:0:1:51:58:0:1 chr1 57422484 . C T 909.72 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00630405;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.321;QD=56.8574;RBI=0.030595;REFB=-0.140165;REVB=0.0299385;RO=1;SAF=34;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136873;STB=0.507244;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000444591;OID=.;OPOS=57422484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:64:1:1:63:63:0.984375:29:34:1:0:29:34:1:0 chr1 58971831 . G A 296.72 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00486746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.251;QD=15.617;RBI=0.00560413;REFB=-0.00445277;REVB=0.00277742;RO=42;SAF=17;SAR=16;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323183;STB=0.524366;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00526202;OID=.;OPOS=58971831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:43:33:33:0.434211:16:17:23:19:16:17:24:19 chr1 59031326 . T A 367.17 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0248858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.758;QD=19.0737;RBI=0.0249118;REFB=-0.0358274;REVB=0.00113722;RO=39;SAF=21;SAR=17;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581938;STB=0.532342;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.037667;OID=.;OPOS=59031326;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:39:38:38:0.493506:17:21:24:15:17:21:24:15 chr1 59031475 . T A 253.94 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0575299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.958;QD=21.6115;RBI=0.0575458;REFB=0.00652215;REVB=-0.0013486;RO=21;SAF=13;SAR=11;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106358;STB=0.576792;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00278911;OID=.;OPOS=59031475;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:23:24:24:0.510638:11:13:14:7:11:13:16:7 chr1 59142713 . T C 555.92 PASS AF=0.487395;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.00876562;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.899;QD=18.6864;RBI=0.00988752;REFB=-0.00278857;REVB=0.00457461;RO=57;SAF=18;SAR=40;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190711;STB=0.591907;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00252094;OID=.;OPOS=59142713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:57:61:58:58:0.487395:40:18:29:28:40:18:29:32 chr1 59147926 . T C 410.45 PASS AF=0.57971;AO=40;DP=69;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00348476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.746;QD=23.7941;RBI=0.0774282;REFB=-0.0114686;REVB=0.0773498;RO=29;SAF=24;SAR=16;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649671;STB=0.535696;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00909496;OID=.;OPOS=59147926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:29:29:40:40:0.57971:16:24:15:14:16:24:15:14 chr1 59160885 . A G 191.49 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0313309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0684;QD=22.528;RBI=0.068848;REFB=0.00787537;REVB=0.061306;RO=15;SAF=7;SAR=12;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885021;STB=0.549438;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=-0.00300871;OID=.;OPOS=59160885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:12:7:4:11:12:7:4:11 chr1 59213743 . G A 74.65 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00245014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.378;QD=10.6644;RBI=0.00531936;REFB=-0.0145605;REVB=-0.00472148;RO=18;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222825;STB=0.63354;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0319333;OID=.;OPOS=59213743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:4:6:7:11:4:6:7:11 chr1 59213756 . AG A,GA 58.14 PASS AF=0.387097,0;AO=9,3;DP=29;FAO=12,0;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=1,0;FSAR=11,0;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0687453,-0.0387365;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=14.5251,148.207;QD=7.50199;RBI=0.240381,0.0784601;REFB=-0.0795549,0.000575485;REVB=-0.230341,-0.068231;RO=17;SAF=1,0;SAR=8,3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0.372299,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.606259,-0.666655;STB=0.873443,0.5;STBP=0.005,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0684862,0.141821;OID=.,.;OPOS=59213757,59213756;OREF=G,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:31:17:19:9,3:12,0:0.387097,0:8,3:1,0:11:6:11,0:1,0:11:8 chr1 59248813 . G C 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.556;QD=37.483;RBI=0.0855552;REFB=0;REVB=0.0773407;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181682;OID=.;OPOS=59248813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr1 59249031 . T G 1935.39 PASS AF=1;AO=121;DP=123;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033848;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.742;QD=61.9324;RBI=0.0591586;REFB=0;REVB=0.0485186;RO=0;SAF=69;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.10998e-05;OID=.;OPOS=59249031;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:125:0:0:121:125:1:52:69:0:0:54:71:0:0 chr1 59249347 . G C 2206.68 PASS AF=0.972789;AO=142;DP=147;FAO=143;FDP=147;FR=.;FRO=4;FSAF=76;FSAR=67;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0271034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.809;QD=60.0456;RBI=0.0272226;REFB=-0.0766631;REVB=-0.00254524;RO=4;SAF=76;SAR=66;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011248;STB=0.505974;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00122064;OID=.;OPOS=59249347;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:147:147:4:4:142:143:0.972789:66:76:3:1:67:76:3:1 chr1 59364918 . G A 236.83 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00314567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.955;QD=19.7357;RBI=0.0292494;REFB=-0.0429654;REVB=0.0290798;RO=24;SAF=3;SAR=20;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339705;STB=0.689459;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.025194;OID=.;OPOS=59364918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:25:23:23:0.479167:20:3:9:15:20:3:9:16 chr1 59787350 . T G 236.6 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00666864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.849;QD=15.773;RBI=0.0289112;REFB=-0.000552453;REVB=0.0281316;RO=33;SAF=11;SAR=16;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135051;STB=0.576341;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00152434;OID=.;OPOS=59787350;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:16:11:18:15:16:11:18:15 chr1 59844471 . G A 1903.46 PASS AF=0.984252;AO=125;DP=127;FAO=125;FDP=127;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.017199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.805;QD=59.9515;RBI=0.0201544;REFB=0.012497;REVB=0.010507;RO=1;SAF=68;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0069365;STB=0.500698;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.000163206;OID=.;OPOS=59844471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:127:127:1:2:125:125:0.984252:57:68:1:0:57:68:1:1 chr1 60466814 . T C 685.76 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.122033;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8814;QD=62.3418;RBI=0.12245;REFB=0;REVB=0.0100895;RO=0;SAF=13;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00110967;OID=.;OPOS=60466814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:30:13:0:0:31:13:0:0 chr1 60474375 . C T 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0111711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.205;QD=20.4856;RBI=0.0191102;REFB=0.0209142;REVB=-0.0155051;RO=11;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910022;STB=0.55165;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.0132275;OID=.;OPOS=60474375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:6:8:5:6:6:8:5:6 chr1 60505783 . G C 52.67 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00305244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.658;QD=7.0227;RBI=0.00794047;REFB=-0.00667437;REVB=-0.00733033;RO=22;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34426;STB=0.713796;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0268998;OID=.;OPOS=60505783;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:3:5:7:15:3:5:7:15 chr1 60506744 . G A 153.44 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=59;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0640836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0133;QD=9.74204;RBI=0.0972373;REFB=-0.0208532;REVB=-0.0731328;RO=39;SAF=10;SAR=10;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101256;STB=0.563193;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0472617;OID=.;OPOS=60506744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:63:39:42:20:21:0.333333:10:10:23:16:11:10:24:18 chr1 61869783 . G A 363.23 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.0302161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9805;QD=18.1613;RBI=0.0350015;REFB=-0.00865749;REVB=0.0176661;RO=42;SAF=26;SAR=12;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683632;STB=0.503815;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0098378;OID=.;OPOS=61869783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:12:26:29:13:12:26:29:13 chr1 62232031 . C T 1766.98 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420751;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.269;QD=60.4096;RBI=0.0478029;REFB=0;REVB=0.0226893;RO=0;SAF=47;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98725e-05;OID=.;OPOS=62232031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:117:117:0:0:116:117:1:69:47:0:0:70:47:0:0 chr1 62261168 . A G 1526.09 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00314201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.781;QD=62.2893;RBI=0.0243091;REFB=-0.0719054;REVB=0.0241052;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000421337;OID=.;OPOS=62261168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:0:1:97:97:0.989796:50:47:0:0:50:47:1:0 chr1 62318192 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0879793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.694;QD=47.8216;RBI=0.0880393;REFB=0;REVB=-0.00324899;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00118104;OID=.;OPOS=62318192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr1 62330080 . T G 594.76 PASS AF=0.901961;AO=46;DP=52;FAO=46;FDP=51;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.010752;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.415;QD=46.6478;RBI=0.0369063;REFB=-0.124197;REVB=0.0353054;RO=4;SAF=26;SAR=20;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477655;STB=0.5164;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00390472;OID=.;OPOS=62330080;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:52:51:4:5:46:46:0.901961:20:26:1:3:20:26:2:3 chr1 62380270 . C T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4138;QD=49.5975;RBI=0.0136028;REFB=0;REVB=-0.0136028;RO=0;SAF=0;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000323892;OID=.;OPOS=62380270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:18:0:0:0:18:0:0:0 chr1 62380298 . G A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.001;QD=11.9197;RBI=0.00724724;REFB=-0.0217356;REVB=-0.00724724;RO=9;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0214203;OID=.;OPOS=62380298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:7:0:0:9:7:0:0:9 chr1 62579823 . G A 1038.05 PASS AF=0.986301;AO=68;DP=69;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0262676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1835;QD=56.8796;RBI=0.0945918;REFB=-0.126793;REVB=0.0908714;RO=1;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126038;STB=0.506022;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00621833;OID=.;OPOS=62579823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:73:1:1:68:72:0.986301:37:31:0:1:41:31:0:1 chr1 62579907 . C T 937.22 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.792;QD=58.5765;RBI=0.0417484;REFB=0;REVB=0.0381393;RO=0;SAF=22;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55263e-05;OID=.;OPOS=62579907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:41:22:0:0:41:23:0:0 chr1 62603421 . C T 1882.88 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272239;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.25;QD=61.7337;RBI=0.0334539;REFB=0;REVB=-0.0194428;RO=0;SAF=54;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59474e-05;OID=.;OPOS=62603421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:120:122:1:66:54:0:0:66:56:0:0 chr1 62603544 . C T 870.17 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0722696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4074;QD=56.1402;RBI=0.0782221;REFB=-0.0981723;REVB=0.0299299;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00179303;OID=.;OPOS=62603544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:33:28:0:0:33:28:0:1 chr1 62644118 . A G 557.06 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8031;QD=60.2223;RBI=0.0125575;REFB=0;REVB=0.00462945;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.85463e-05;OID=.;OPOS=62644118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr1 62672546 . G A 172.21 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.000355664;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=302.224;QD=26.4935;RBI=0.00402563;REFB=0.000459897;REVB=0.00400989;RO=9;SAF=4;SAR=13;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235576;STB=0.632264;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.000157349;OID=.;OPOS=62672546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:13:4:5:4:13:4:5:4 chr1 62673037 . T C 86.67 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=-0.0135843;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.63;QD=6.79751;RBI=0.0213367;REFB=-0.00835564;REVB=-0.0164536;RO=38;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329241;STB=0.705597;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0354706;OID=.;OPOS=62673037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:51:51:38:39:12:12:0.235294:6:6:9:29:6:6:9:30 chr1 62673225 . G A 212.42 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0158366;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2624;QD=19.3107;RBI=0.0369436;REFB=0.00364182;REVB=-0.0333771;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606693;STB=0.543583;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.00867588;OID=.;OPOS=62673225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:22:23:21:21:0.477273:12:9:8:14:12:9:8:15 chr1 62675709 . T C 71.81 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0312841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3613;QD=8.7041;RBI=0.0334459;REFB=-0.0116452;REVB=0.0118293;RO=22;SAF=1;SAR=9;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337888;STB=0.707349;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0865939;OID=.;OPOS=62675709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:33:33:22:23:10:10:0.30303:9:1:6:16:9:1:6:17 chr1 62675892 . A G 188.64 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00363382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1846;QD=20.9601;RBI=0.0316709;REFB=0.00830906;REVB=-0.0314617;RO=16;SAF=5;SAR=14;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217628;STB=0.640366;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00870422;OID=.;OPOS=62675892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:17:19:19:0.527778:14:5:8:8:14:5:9:8 chr1 62676091 . C A 99.28 PASS AF=0.444444;AO=13;DP=26;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00213191;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.7099;QD=14.7085;RBI=0.0362556;REFB=0.00698731;REVB=0.0361929;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722219;STB=0.588097;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.0178604;OID=.;OPOS=62676091;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:13:15:13:12:0.444444:5:8:9:4:5:7:11:4 chr1 62713224 . C G 1756.04 PASS AF=0.983193;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=66;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0121618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.229;QD=59.0264;RBI=0.013772;REFB=-0.12442;REVB=0.00646212;RO=2;SAF=66;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182576;STB=0.509614;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00026613;OID=.;OPOS=62713224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:119:2:2:117:117:0.983193:51:66:0:2:51:66:0:2 chr1 62713246 . G A 490.79 PASS AF=0.469027;AO=53;DP=112;FAO=53;FDP=113;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0299688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0259;QD=17.3732;RBI=0.0356218;REFB=-0.0192804;REVB=0.0192556;RO=59;SAF=31;SAR=22;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735159;STB=0.536828;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0299522;OID=.;OPOS=62713246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:59:60:53:53:0.469027:22:31:30:29:22:31:31:29 chr1 62728784 . A G 423.78 PASS AF=0.525;AO=42;DP=80;FAO=42;FDP=80;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0608896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9251;QD=21.1889;RBI=0.0950708;REFB=-0.0152281;REVB=-0.0730132;RO=37;SAF=9;SAR=33;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301552;STB=0.663707;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0119581;OID=.;OPOS=62728784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:37:38:42:42:0.525:33:9:19:18:33:9:19:19 chr1 62728838 . T C 420.4 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.00348897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6092;QD=16.4861;RBI=0.0123496;REFB=-0.0317434;REVB=-0.0118465;RO=54;SAF=11;SAR=35;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196346;STB=0.624305;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0268223;OID=.;OPOS=62728838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:54:56:46:46:0.45098:35:11:22:32:35:11:24:32 chr1 62728861 . T C 376.67 PASS AF=0.417476;AO=43;DP=99;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.00656188;FXX=0.0190458;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.677;QD=14.6278;RBI=0.0357849;REFB=-0.00892753;REVB=-0.0351781;RO=56;SAF=10;SAR=33;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287952;STB=0.649048;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0153371;OID=.;OPOS=62728861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:103:56:60:43:43:0.417476:33:10:27:29:33:10:27:33 chr1 62728918 . G A 282.56 PASS AF=0.410256;AO=31;DP=75;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0143082;FXX=0.0126566;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.769;QD=14.4904;RBI=0.0180782;REFB=-0.00912354;REVB=0.0110497;RO=44;SAF=7;SAR=24;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229246;STB=0.640929;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0234072;OID=.;OPOS=62728918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:78:44:46:31:32:0.410256:24:7:18:26:25:7:19:27 chr1 62738904 . T C 515.82 PASS AF=0.5;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=-0.00406715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.313;QD=19.1045;RBI=0.0125703;REFB=-0.0352534;REVB=0.0118941;RO=51;SAF=16;SAR=38;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182335;STB=0.521801;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0377318;OID=.;OPOS=62738904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:51:54:54:54:0.5:38:16:16:35:38:16:18:36 chr1 62739198 . G A 118.45 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0401895;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8908;QD=20.5991;RBI=0.101217;REFB=0.00785541;REVB=0.0928962;RO=10;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156207;STB=0.588109;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.000125513;OID=.;OPOS=62739198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:24:23:10:10:13:13:0.565217:5:8:8:2:5:8:8:2 chr1 62740065 . A G 199.53 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0139325;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.345;QD=31.9256;RBI=0.0179332;REFB=-0.0249093;REVB=0.0112909;RO=7;SAF=6;SAR=12;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113625;STB=0.562434;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00919727;OID=.;OPOS=62740065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:25:25:7:7:18:18:0.72:12:6:1:6:12:6:1:6 chr1 62740446 . T C 221.79 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0279012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2398;QD=24.643;RBI=0.0369953;REFB=-0.0352404;REVB=0.0242935;RO=14;SAF=4;SAR=17;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33585;STB=0.679808;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0317174;OID=.;OPOS=62740446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:15:21:21:0.583333:17:4:8:6:17:4:8:7 chr1 62740449 . T C 235.21 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0314437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.947;QD=25.4285;RBI=0.0347148;REFB=-0.0159801;REVB=0.014711;RO=15;SAF=4;SAR=18;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371317;STB=0.708877;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00672481;OID=.;OPOS=62740449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:18:4:9:6:18:4:9:6 chr1 63881552 . C T 88.85 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=23;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00569339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.233;QD=14.8078;RBI=0.00605093;REFB=-0.0147686;REVB=0.00204915;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185395;STB=0.581253;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0219441;OID=.;OPOS=63881552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:24:13:13:10:11:0.458333:5:5:9:4:5:6:9:4 chr1 63991267 . T C 243.79 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-8.16177e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7661;QD=15.2371;RBI=0.00997465;REFB=-0.021811;REVB=-0.00997431;RO=36;SAF=14;SAR=14;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275947;STB=0.515614;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0245269;OID=.;OPOS=63991267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:14:14:19:17:14:14:19:17 chr1 64015217 . G A 140.84 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00397861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9924;QD=13.1012;RBI=0.00439288;REFB=0.000850405;REVB=0.00186227;RO=26;SAF=6;SAR=10;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252144;STB=0.656951;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00276691;OID=.;OPOS=64015217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:26:27:16:16:0.372093:10:6:16:10:10:6:17:10 chr1 64097432 . C T 405.53 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0379871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.219;QD=22.5296;RBI=0.0438222;REFB=-0.0180882;REVB=0.0218485;RO=32;SAF=16;SAR=24;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181493;STB=0.59995;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0125497;OID=.;OPOS=64097432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:40:40:0.555556:24:16:20:12:24:16:20:12 chr1 64515379 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.545;QD=62.3504;RBI=0.129386;REFB=0;REVB=0.128761;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000939805;OID=.;OPOS=64515379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:17:23:0:0:19:24:0:0 chr1 64608329 . G T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.943;QD=52.6119;RBI=0.0476047;REFB=0;REVB=0.027779;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287487;OID=.;OPOS=64608329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr1 64608778 . A G 631.52 PASS AF=0.474074;AO=53;DP=135;FAO=64;FDP=135;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.0246092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5617;QD=18.7118;RBI=0.0251134;REFB=-0.0302822;REVB=-0.00500665;RO=66;SAF=16;SAR=37;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210527;STB=0.541533;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0368017;OID=.;OPOS=64608778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:66:68:53:64:0.474074:37:16:33:33:38:26:33:35 chr1 64624842 . A G 304.06 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.00661216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.315;QD=19.9381;RBI=0.0291447;REFB=-0.0107096;REVB=-0.0283847;RO=29;SAF=6;SAR=26;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152634;STB=0.585527;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0105806;OID=.;OPOS=64624842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:26:6:9:20:26:6:9:20 chr1 64643277 . C T 435.86 PASS AF=0.630769;AO=41;DP=65;FAO=41;FDP=65;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0193892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.399;QD=26.8223;RBI=0.0236868;REFB=0.000719787;REVB=-0.013606;RO=24;SAF=23;SAR=18;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416254;STB=0.522716;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.000407327;OID=.;OPOS=64643277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:24:24:41:41:0.630769:18:23:12:12:18:23:12:12 chr1 65016349 . A T 512.12 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0431234;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.358;QD=56.9026;RBI=0.0500497;REFB=-0.0549265;REVB=0.0254036;RO=1;SAF=15;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301623;STB=0.51612;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000751964;OID=.;OPOS=65016349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:36:1:1:35:35:0.972222:20:15:1:0:20:15:1:0 chr1 65113568 . T C 1946.16 PASS AF=1;AO=124;DP=126;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246083;FXX=0.0310053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7733;QD=62.2771;RBI=0.0466936;REFB=0;REVB=0.0396828;RO=0;SAF=57;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.08834e-05;OID=.;OPOS=65113568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:125:0:0:124:125:1:67:57:0:0:68:57:0:0 chr1 65158724 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.917;QD=57.0007;RBI=0.0132407;REFB=0;REVB=0.00836386;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.42081e-06;OID=.;OPOS=65158724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr1 65310489 . T C,G 742.13 PASS AF=0.962264,0.0377358;AO=51,2;DP=53;FAO=51,2;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=30,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135189,-0.00055381;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=116.647,123.457;QD=56.0099;RBI=0.0364829,0.0283621;REFB=0,0;REVB=0.0338857,0.0283567;RO=0;SAF=21,0;SAR=30,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=8.97166e-05,0.0785481;OID=.,.;OPOS=65310489,65310489;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:53:53:0:0:51,2:51,2:0.962264,0.0377358:30,2:21,0:0:0:30,2:21,0:0:0 chr1 65523519 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.059041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8841;QD=53.9092;RBI=0.0608117;REFB=0;REVB=0.0145678;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146001;OID=.;OPOS=65523519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr1 65591719 . GCC G,GC 221.31 PASS AF=0,1;AO=2,17;DP=19;FAO=0,19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283491,-0.0516131;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=9.15227,22.9054;QD=46.5907;RBI=0.119803,0.217181;REFB=0,0;REVB=-0.1164,-0.210959;RO=0;SAF=0,10;SAR=2,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.374101,0.374101;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.0147381;OID=.,.;OPOS=65591720,65591720;OREF=CC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:2,17:19:0,19:19:0:0,10:0,9:0:0:4:0:0,10:2,7:0:0 chr1 65690461 . G A,T 1319.9 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=82,4;DP=87;FAO=84,4;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43,4;FSAR=41,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289934,0.0138383;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=150.201,112.369;QD=59.9953;RBI=0.0291055,0.0219707;REFB=-0.0596578,-0.0315857;REVB=0.00255233,0.0170651;RO=0;SAF=42,4;SAR=40,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00167628,0.0387999;OID=.,.;OPOS=65690461,65690461;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:87:88:0:0:82,4:84,4:0.954545,0.0454545:40,0:42,4:0:0:41,0:43,4:0:0 chr1 65818115 . ATGCACTATCCATTG A 217.61 PASS AF=0.466667;AO=20;DP=50;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.0237389;FXX=0.09998;HRUN=1;LEN=14;MLLD=500.888;QD=19.3433;RBI=0.0252166;REFB=-0.00349797;REVB=-0.00850555;RO=19;SAF=6;SAR=14;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386236;STB=0.578878;STBP=0.357;TYPE=del;VARB=0.0047521;OID=.;OPOS=65818116;OREF=TGCACTATCCATTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:20:50:21:45:24:7:14:5:19:99:19:6:14:5:14 chr1 65818133 . C T 216.04 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.0016075;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.75;QD=16.6187;RBI=0.0119087;REFB=-0.0211168;REVB=-0.0117997;RO=27;SAF=10;SAR=14;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157253;STB=0.595164;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0173735;OID=.;OPOS=65818133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:28:24:24:0.461538:14:10:7:20:14:10:7:21 chr1 65858151 . C T 308.39 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0153407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.569;QD=18.4114;RBI=0.0393216;REFB=-0.0156312;REVB=-0.0362056;RO=34;SAF=18;SAR=15;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681293;STB=0.53802;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.016202;OID=.;OPOS=65858151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:15:18:16:18:15:18:16:18 chr1 65860660 . T C 408.8 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0204056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0731;QD=17.9694;RBI=0.0222965;REFB=-0.00031815;REVB=0.00898582;RO=49;SAF=26;SAR=16;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203656;STB=0.613797;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.000279609;OID=.;OPOS=65860660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:16:26:20:29:16:26:20:29 chr1 65860687 . A C 400.75 PASS AF=0.488095;AO=40;DP=83;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00848581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.423;QD=19.0831;RBI=0.0183758;REFB=-0.0059876;REVB=0.0162991;RO=43;SAF=23;SAR=17;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166229;STB=0.59683;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00646642;OID=.;OPOS=65860687;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:43:43:40:41:0.488095:17:23:17:26:17:24:17:26 chr1 65867519 . G A 410.12 PASS AF=0.59375;AO=32;DP=65;FAO=38;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.0339734;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.26;QD=25.6325;RBI=0.034076;REFB=-0.0297221;REVB=0.00264258;RO=24;SAF=10;SAR=22;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140304;STB=0.587743;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0173259;OID=.;OPOS=65867519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:24:24:32:38:0.59375:22:10:4:20:24:14:4:20 chr1 65886398 . T C 230.76 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=-0.103625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.441;QD=12.307;RBI=0.105043;REFB=-0.0148019;REVB=-0.0172029;RO=45;SAF=13;SAR=15;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21946;STB=0.620174;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0488876;OID=.;OPOS=65886398;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:45:47:28:28:0.373333:15:13:12:33:15:13:13:34 chr1 65886448 . T C 353.88 PASS AF=0.396226;AO=41;DP=105;FAO=42;FDP=106;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=-0.00363135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7877;QD=13.3541;RBI=0.0779284;REFB=-0.000620599;REVB=-0.0778437;RO=64;SAF=19;SAR=22;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113632;STB=0.55726;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.000345758;OID=.;OPOS=65886448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:64:64:41:42:0.396226:22:19:23:41:23:19:23:41 chr1 66036441 . A G 111.23 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0228887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.2052;QD=15.8899;RBI=0.0275372;REFB=-0.00256514;REVB=-0.0153102;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139734;STB=0.580879;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.004441;OID=.;OPOS=66036441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:5:8:7:8:5:8:7:8 chr1 66058513 . A G 1115.1 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259994;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.498;QD=59.4719;RBI=0.0264535;REFB=0;REVB=-0.00488055;RO=0;SAF=23;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.51353e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103947;OID=.;OPOS=66058513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:73:75:1:50:23:0:0:52:23:0:0 chr1 66067109 . T C 273.91 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0260388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.228;QD=17.6716;RBI=0.0278293;REFB=-0.0182482;REVB=0.0098209;RO=31;SAF=18;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778746;STB=0.552596;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0227967;OID=.;OPOS=66067109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:32:30:30:0.483871:12:18:16:15:12:18:16:16 chr1 66102257 . G A 179.9 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0138404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.61;QD=23.2132;RBI=0.01851;REFB=-0.00189679;REVB=-0.0122907;RO=13;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287626;STB=0.516111;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0015069;OID=.;OPOS=66102257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:9:9:7:6:9:9:7:6 chr1 67094171 . G A 200.19 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0093145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1976;QD=11.776;RBI=0.0484359;REFB=-0.00976359;REVB=-0.0475319;RO=43;SAF=9;SAR=16;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242249;STB=0.639888;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0161594;OID=.;OPOS=67094171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:43:25:25:0.367647:16:9:25:18:16:9:25:18 chr1 67109335 . A G 176.19 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0299675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7709;QD=20.7279;RBI=0.031418;REFB=0.0138769;REVB=0.00943622;RO=16;SAF=4;SAR=14;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101231;STB=0.557455;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=-0.0167455;OID=.;OPOS=67109335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:14:4:5:11:14:4:5:11 chr1 67185083 . A C 324.92 PASS AF=0.409091;AO=34;DP=85;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=0.101384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.9681;QD=14.7689;RBI=0.111128;REFB=-0.00647642;REVB=0.0455071;RO=51;SAF=12;SAR=22;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697589;STB=0.547727;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00992052;OID=.;OPOS=67185083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:51:52:34:36:0.409091:22:12:15:36:23:13:15:37 chr1 67236097 . A T 349.15 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00762115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9876;QD=25.3926;RBI=0.0118746;REFB=-0.0151889;REVB=0.00910625;RO=21;SAF=23;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807319;STB=0.544352;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00786279;OID=.;OPOS=67236097;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:21:34:34:0.618182:11:23:12:9:11:23:12:9 chr1 67242087 . G A 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0471894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.835;QD=18.9979;RBI=0.0511008;REFB=-0.0170265;REVB=0.0196076;RO=30;SAF=8;SAR=23;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211196;STB=0.6185;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0177132;OID=.;OPOS=67242087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:23:8:14:16:23:8:14:16 chr1 67266756 . T A 689.24 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2426;QD=62.6583;RBI=0.0316407;REFB=0;REVB=0.0281008;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00039419;OID=.;OPOS=67266756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr1 67288045 . C T 262.7 PASS AF=0.378049;AO=30;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=38;FSRR=13;FWDB=-0.00411596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.373;QD=12.8147;RBI=0.00976781;REFB=-0.0123958;REVB=0.00885827;RO=45;SAF=16;SAR=14;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192045;STB=0.626451;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0176793;OID=.;OPOS=67288045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:51:30:31:0.378049:14:16:32:13:14:17:38:13 chr1 67313249 . G A 1054.8 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.647;QD=59.4254;RBI=0.0406601;REFB=0;REVB=0.0339728;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114446;OID=.;OPOS=67313249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:71:0:0:67:71:1:30:37:0:0:32:39:0:0 chr1 67390416 . G C 990.59 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00893293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.378;QD=59.1396;RBI=0.0315012;REFB=0;REVB=0.0302081;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94359e-06;OID=.;OPOS=67390416;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr1 67390468 . C G 923.45 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00760399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.53;QD=56.8278;RBI=0.0109055;REFB=-0.0653705;REVB=0.0078173;RO=0;SAF=20;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512191;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.000165645;OID=.;OPOS=67390468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:44:20:0:0:44:20:1:0 chr1 67558739 . C T 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000303767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0831;QD=50.4104;RBI=0.0373671;REFB=0;REVB=-0.0373659;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00118344;OID=.;OPOS=67558739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr1 67560956 . C T 1510.82 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0633213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.967;QD=63.6136;RBI=0.064168;REFB=0;REVB=-0.0103893;RO=0;SAF=43;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.81477e-05;OID=.;OPOS=67560956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:52:43:0:0:52:43:0:0 chr1 67568351 . C T 575.77 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.692;QD=60.6077;RBI=0.0275697;REFB=0;REVB=0.0104749;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214973;OID=.;OPOS=67568351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:12:25:0:0:12:26:0:0 chr1 67579386 . A G 545.25 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0378749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0602;QD=57.3949;RBI=0.0549124;REFB=-0.0822384;REVB=0.03976;RO=1;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183679;STB=0.509799;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00246041;OID=.;OPOS=67579386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:25:12:0:1:25:12:0:1 chr1 67633812 . G T 144.03 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0173961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.018;QD=15.161;RBI=0.0182023;REFB=-0.0110921;REVB=0.00535699;RO=22;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290181;STB=0.516758;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0140911;OID=.;OPOS=67633812;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:7:9:13:9:7:9:13:9 chr1 67685387 . T C 289.7 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00312934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.023;QD=52.6719;RBI=0.0251228;REFB=0;REVB=0.0249272;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162617;OID=.;OPOS=67685387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:8:13:0:0:9:13:0:0 chr1 67733321 . G A 121.84 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0072367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.436;QD=16.2456;RBI=0.0169573;REFB=-0.00548711;REVB=-0.0153356;RO=16;SAF=3;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233108;STB=0.646828;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00695159;OID=.;OPOS=67733321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:16:16:13:14:0.466667:10:3:7:9:11:3:7:9 chr1 67733346 . G A 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00801964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.123;QD=56.0116;RBI=0.00882942;REFB=0.170257;REVB=-0.00369379;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511621;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00144521;OID=.;OPOS=67733346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:21:13:0:0:21:13:0:1 chr1 67795319 . T C 499.9 PASS AF=0.509804;AO=51;DP=101;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0133352;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.547;QD=19.604;RBI=0.0134061;REFB=-0.0147988;REVB=0.00137712;RO=48;SAF=20;SAR=31;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158687;STB=0.502391;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0134215;OID=.;OPOS=67795319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:48:50:51:52:0.509804:31:20:18:30:32:20:19:31 chr1 68006815 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.803;QD=51.1846;RBI=0.0507022;REFB=0;REVB=0.0474919;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362244;OID=.;OPOS=68006815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr1 68462247 . A G 397.21 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000963672;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.432;QD=56.7441;RBI=0.00523592;REFB=0;REVB=-0.00514647;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.1461e-05;OID=.;OPOS=68462247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr1 68591253 . C T 93.89 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0205761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.118;QD=10.1506;RBI=0.0217183;REFB=-0.00893914;REVB=-0.0069503;RO=24;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481035;STB=0.511609;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0240704;OID=.;OPOS=68591253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:36:37:24:25:12:12:0.324324:7:5:9:15:7:5:10:15 chr1 68614320 . G A 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.00675447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.576;QD=18.7949;RBI=0.0213693;REFB=-0.0128523;REVB=0.0202738;RO=27;SAF=10;SAR=13;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252346;STB=0.642131;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0243646;OID=.;OPOS=68614320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:13:10:19:8:13:10:19:8 chr1 68903942 . C T 1419.12 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0331427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5343;QD=61.7009;RBI=0.0416711;REFB=-0.0970653;REVB=-0.0252595;RO=1;SAF=32;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00796745;STB=0.504201;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.000241808;OID=.;OPOS=68903942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:59:32:0:1:59:32:0:1 chr1 68942433 . A G 472.88 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0146096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5021;QD=23.6442;RBI=0.0146797;REFB=-0.00855781;REVB=0.0014333;RO=33;SAF=23;SAR=22;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436214;STB=0.511106;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00832072;OID=.;OPOS=68942433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:33:35:45:45:0.5625:22:23:15:18:22:23:17:18 chr1 70034370 . C CCAGCCGCGTG 33.59 PASS AF=0.185185;AO=4;DP=40;FAO=5;FDP=27;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0451451;FXX=0.270197;HRUN=3;LEN=10;MLLD=338.404;QD=4.97643;RBI=0.0452407;REFB=-0.00140784;REVB=-0.0029388;RO=35;SAF=1;SAR=3;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264696;STB=0.665927;STBP=0.545;TYPE=ins;VARB=0.00442476;OID=.;OPOS=70034371;OREF=-;OALT=CAGCCGCGTG;OMAPALT=CCAGCCGCGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.185185:4:40:5:27:22:1:4:8:14:33:35:1:3:17:18 chr1 70034372 . G A 71.37 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00130676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1365;QD=7.71566;RBI=0.00158104;REFB=-0.00815371;REVB=-0.00088999;RO=27;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305017;STB=0.687152;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.033939;OID=.;OPOS=70034372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:4:6:9:18:4:6:9:18 chr1 70345344 . A G 937.54 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5511;QD=58.5961;RBI=0.0157853;REFB=0;REVB=-0.00262273;RO=0;SAF=21;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71796e-05;OID=.;OPOS=70345344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:42:21:0:0:42:22:0:0 chr1 70611347 . A G 704.93 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00671737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.966;QD=62.6604;RBI=0.0591077;REFB=0;REVB=0.0587248;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155498;OID=.;OPOS=70611347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:45:0:0:41:45:1:18:23:0:0:22:23:0:0 chr1 70904800 . G T 210.28 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0136322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3796;QD=15.576;RBI=0.0147774;REFB=-0.0142852;REVB=0.00570392;RO=30;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652725;STB=0.537006;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0197844;OID=.;OPOS=70904800;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:12:12:13:17:12:12:13:17 chr1 71331498 . A G 352.0 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=32;FAO=26;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0176512;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.299;QD=52.1474;RBI=0.168536;REFB=-0.209915;REVB=0.167609;RO=1;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487725;STB=0.523791;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00692585;OID=.;OPOS=71331498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:32:27:1:1:25:26:0.962963:9:16:0:1:10:16:0:1 chr1 71419499 . C T 789.4 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00622519;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.165;QD=64.4407;RBI=0.0614753;REFB=0;REVB=0.0611593;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123444;OID=.;OPOS=71419499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:47:49:1:22:25:0:0:24:25:0:0 chr1 71512402 . T TC 41.75 PASS AF=0.270833;AO=10;DP=49;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.206971;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.8597;QD=3.47902;RBI=0.207283;REFB=-0.0753908;REVB=0.0113843;RO=36;SAF=1;SAR=9;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.508488;STB=0.782285;STBP=0.03;TYPE=ins;VARB=0.166145;OID=.;OPOS=71512403;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.270833:10:49:13:48:35:2:11:17:18:41:36:1:9:16:20 chr1 72058552 . G A 850.59 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5215;QD=57.6668;RBI=0.0851326;REFB=0;REVB=-0.071659;RO=0;SAF=41;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49224e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000293841;OID=.;OPOS=72058552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:18:41:0:0:18:41:0:0 chr1 74492524 . A G 253.39 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0652188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.867;QD=12.83;RBI=0.0672203;REFB=0.00726768;REVB=-0.0162812;RO=48;SAF=11;SAR=19;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19043;STB=0.603364;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00726872;OID=.;OPOS=74492524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:48:49:30:30:0.379747:19:11:26:22:19:11:26:23 chr1 74506942 . G A 142.96 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0475641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.557;QD=10.7894;RBI=0.0483314;REFB=0.000468444;REVB=0.00857815;RO=35;SAF=8;SAR=10;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204393;STB=0.619706;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.00104502;OID=.;OPOS=74506942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:10:8:22:13:10:8:22:13 chr1 74507315 . C T 202.76 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0158911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8771;QD=16.897;RBI=0.0174937;REFB=0.00192363;REVB=0.00731449;RO=27;SAF=6;SAR=15;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174079;STB=0.5999;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.00163317;OID=.;OPOS=74507315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:15:6:12:15:15:6:12:15 chr1 74575182 . C T 828.11 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.584;QD=57.1113;RBI=0.024738;REFB=0;REVB=0.0105128;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90825e-05;OID=.;OPOS=74575182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:58:0:0:55:58:1:22:33:0:0:24:34:0:0 chr1 74648408 . C T 243.79 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0246597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8496;QD=15.2366;RBI=0.0262909;REFB=0.0117328;REVB=-0.00911642;RO=35;SAF=7;SAR=21;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175486;STB=0.594268;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.0357938;OID=.;OPOS=74648408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:36:28:28:0.4375:21:7:14:21:21:7:14:22 chr1 74670172 . A G 198.01 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00837136;FXX=0.0136968;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.879;QD=11.0003;RBI=0.00851692;REFB=-0.0118022;REVB=-0.00156784;RO=45;SAF=10;SAR=15;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100147;STB=0.559274;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0164294;OID=.;OPOS=74670172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:45:47:25:25:0.347222:15:10:22:23:15:10:23:24 chr1 74937828 . C T 270.68 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00370964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.962;QD=16.9176;RBI=0.00668043;REFB=-0.0113058;REVB=0.00555578;RO=33;SAF=13;SAR=17;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187889;STB=0.597043;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0127479;OID=.;OPOS=74937828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:33:34:30:30:0.46875:17:13:21:12:17:13:21:13 chr1 74941210 . C T 254.54 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=37;FWDB=-0.0124846;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.719;QD=12.888;RBI=0.0168606;REFB=-0.00402559;REVB=-0.0113319;RO=49;SAF=11;SAR=19;SRF=12;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149611;STB=0.584943;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00543425;OID=.;OPOS=74941210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:49:30:30:0.379747:19:11:12:37:19:11:12:37 chr1 74941293 . G A,T 681.66 PASS AF=0.977273,0.0227273;AO=39,2;DP=41;FAO=43,1;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=22,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120329,0.00237141;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=123.91,83.365;QD=61.9694;RBI=0.120348,0.00567503;REFB=0,0;REVB=0.00211123,0.00515581;RO=0;SAF=17,1;SAR=22,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000152128,-0.0830092;OID=.,.;OPOS=74941293,74941293;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:41:44:0:0:39,2:43,1:0.977273,0.0227273:22,1:17,1:0:0:22,1:21,0:0:0 chr1 74946373 . C T 284.85 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.00744086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.501;QD=15.3975;RBI=0.0148407;REFB=-0.0125695;REVB=0.0128406;RO=42;SAF=10;SAR=22;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509308;STB=0.528828;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0258624;OID=.;OPOS=74946373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:22:10:15:27:22:10:15:27 chr1 75035240 . C T 830.42 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.819;QD=57.2702;RBI=0.0120337;REFB=0;REVB=0.00615183;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.97555e-05;OID=.;OPOS=75035240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:56:58:1:29:27:0:0:30:28:0:0 chr1 75036812 . C T 888.53 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0013409;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.371;QD=58.264;RBI=0.03139;REFB=0;REVB=0.0313613;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.15924e-05;OID=.;OPOS=75036812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:26:35:0:0:26:35:0:0 chr1 75037845 . A G 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7402;QD=60.975;RBI=0.0297477;REFB=0;REVB=-0.020594;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000495834;OID=.;OPOS=75037845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr1 75038228 . A C 1048.09 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00410261;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.976;QD=58.2275;RBI=0.00813781;REFB=-0.0693627;REVB=-0.00702798;RO=1;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141139;STB=0.507461;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000167889;OID=.;OPOS=75038228;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:33:38:0:1:33:38:0:1 chr1 75175886 . T C 179.14 PASS AF=0.487179;AO=18;DP=37;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.000967555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.029;QD=18.3734;RBI=0.0180018;REFB=-0.0140691;REVB=0.0179758;RO=19;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214181;STB=0.61588;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0193217;OID=.;OPOS=75175886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:19:20:18:19:0.487179:8:10:6:13:8:11:7:13 chr1 75190452 . C T 210.61 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0311063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.438;QD=19.1461;RBI=0.0670221;REFB=-0.00333698;REVB=-0.0593664;RO=23;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518517;STB=0.529383;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.010518;OID=.;OPOS=75190452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:8:13:13:10:8:13:13:10 chr1 75214441 . A G 93.41 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0126037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.273;QD=19.6644;RBI=0.0200353;REFB=-0.0207606;REVB=0.0155743;RO=8;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212942;STB=0.512173;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.010424;OID=.;OPOS=75214441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:19:19:8:8:11:11:0.578947:3:8:6:2:3:8:6:2 chr1 75229986 . C T 255.69 PASS AF=0.336957;AO=31;DP=92;FAO=31;FDP=92;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.00799151;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.792;QD=11.117;RBI=0.0131581;REFB=-0.00898904;REVB=-0.0104533;RO=61;SAF=16;SAR=15;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661435;STB=0.538329;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0174915;OID=.;OPOS=75229986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:61:61:31:31:0.336957:15:16:35:26:15:16:35:26 chr1 75672376 . A G 1831.3 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.493;QD=61.0434;RBI=0.0442353;REFB=0;REVB=-0.00487669;RO=0;SAF=59;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67589e-05;OID=.;OPOS=75672376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:119:120:1:60:59:0:0:60:60:0:0 chr1 75681511 . T C 867.94 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3954;QD=57.8629;RBI=0.0469202;REFB=0;REVB=0.00769545;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401234;OID=.;OPOS=75681511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:36:23:0:0:37:23:0:0 chr1 75708664 . TAAAAAT TAAAA,TAAAAA,TAAAAT,TAAAATT,TTAAAAT 122.01 PASS AF=0.265306,0.122449,0.0204082,0,0;AO=8,6,9,3,3;DP=52;FAO=13,6,1,0,0;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=11,3,1,0,0;FSAR=2,3,0,0,0;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.124315,-0.0815766,-0.163179,-0.0391542,-0.187058;FXX=0.019996;HRUN=5,5,5,5,5;LEN=2,1,1,1,1;MLLD=20.3469,12.8734,11.1104,16.0964,19.731;QD=9.96001;RBI=0.125405,0.0816545,0.166796,0.043992,0.194209;REFB=-0.0202699,0.0139721,-0.0522714,-0.0338303,-0.0251616;REVB=-0.0164979,0.00356453,-0.0345463,-0.0200562,-0.052216;RO=19;SAF=6,3,6,3,2;SAR=2,3,3,0,1;SRF=4;SRR=15;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.557043,0.35024,0.474619,0.727768,0.486981;STB=0.879479,0.713703,0.994708,0.5,0.5;STBP=0.002,0.327,0.154,1,1;TYPE=del,del,del,snp,snp;VARB=0.0468268,0.00465235,-0.109324,0,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=75708669,75708670,75708665,75708669,75708665;OREF=AT,T,A,A,A;OALT=-,-,-,T,T;OMAPALT=TAAAA,TAAAAA,TAAAAT,TAAAATT,TTAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.265306,0.122449,0.0204082,0,0:8,6,9,3,3:52:13,6,1,0,0:49:29:11,3,1,0,0:2,3,0,0,0:7:22:77:19:6,3,6,3,2:2,3,3,0,1:4:15 chr1 75716925 . C T 1090.85 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.21507;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0629;QD=59.7728;RBI=0.216164;REFB=0;REVB=0.0217147;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010233;OID=.;OPOS=75716925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:30:43:0:0:30:43:0:0 chr1 76257892 . A T 1008.39 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00301864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.644;QD=59.317;RBI=0.0507605;REFB=0;REVB=-0.0506707;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109903;OID=.;OPOS=76257892;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:32:36:0:0:32:36:0:0 chr1 76344705 . T C 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.293;QD=63.5805;RBI=0.0298126;REFB=0;REVB=0.00829905;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.11858e-05;OID=.;OPOS=76344705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr1 76344711 . A T 802.19 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.923;QD=64.1755;RBI=0.0550145;REFB=0;REVB=-0.0124232;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205213;OID=.;OPOS=76344711;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:19:30:0:0:19:31:0:0 chr1 76397972 . C T 74.95 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9677;QD=37.4764;RBI=0.0248426;REFB=0;REVB=-0.0159794;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.78576e-05;OID=.;OPOS=76397972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr1 77555481 . C T 117.06 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0201512;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.583;QD=10.405;RBI=0.0250218;REFB=-0.0158392;REVB=-0.014833;RO=29;SAF=11;SAR=4;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103869;STB=0.553882;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0342636;OID=.;OPOS=77555481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:29:30:15:15:0.333333:4:11:19:10:4:11:20:10 chr1 77558057 . G C 99.2 PASS AF=0.4;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.000470456;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.841;QD=13.2273;RBI=0.03667;REFB=-0.032004;REVB=0.036667;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566036;STB=0.533278;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0257763;OID=.;OPOS=77558057;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:18:18:12:12:0.4:6:6:8:10:6:6:8:10 chr1 77634948 . G A 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00561586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.715;QD=58.2389;RBI=0.0163255;REFB=0;REVB=-0.0153292;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.41902e-05;OID=.;OPOS=77634948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:24:38:0:0:24:38:0:0 chr1 77763542 . GC AC,CA 789.19 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=50,2;DP=55;FAO=54,2;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32,2;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00364928,0.00495188;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=151.853,119.629;QD=56.3709;RBI=0.0118356,0.00845331;REFB=0,0;REVB=0.0112589,0.00685108;RO=0;SAF=30,2;SAR=20,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000469014,0.0993119;OID=.,.;OPOS=77763542,77763542;OREF=G,GC;OALT=A,CA;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:55:56:0:0:50,2:54,2:0.964286,0.0357143:20,0:30,2:0:0:22,0:32,2:0:0 chr1 78024284 . T C 453.71 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00291311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.705;QD=54.9956;RBI=0.00940212;REFB=-0.0559336;REVB=0.00893945;RO=1;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373149;STB=0.519987;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000316418;OID=.;OPOS=78024284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:12:20:0:1:12:20:0:1 chr1 78024343 . CTC CTCTAT,TAT 615.6 PASS AF=0.895833,0.0416667;AO=39,2;DP=49;FAO=43,2;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=25,2;FSAR=18,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.010633,-0.005721;FXX=0.020404;HRUN=1,1;LEN=3,3;MLLD=169.644,137.109;QD=51.2996;RBI=0.0137659,0.031663;REFB=-0.0815373,-0.0910334;REVB=-0.00874298,-0.0311419;RO=6;SAF=21,2;SAR=18,0;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.116714,0;STB=0.528289,0.5;STBP=0.183,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0027569,0.0519196;OID=.,.;OPOS=78024346,78024343;OREF=-,CTC;OALT=TAT,TAT;OMAPALT=CTCTAT,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:49:48:6:3:39,2:43,2:0.895833,0.0416667:18,0:21,2:6:0:18,0:25,2:3:0 chr1 78111153 . A G 96.98 PASS AF=0.282609;AO=12;DP=45;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00674181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.347;QD=8.43293;RBI=0.0508056;REFB=-0.00439603;REVB=-0.0503563;RO=31;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210724;STB=0.644528;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00595085;OID=.;OPOS=78111153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:45:46:31:33:12:13:0.282609:6:6:10:21:6:7:11:22 chr1 78162073 . A G 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00964592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6586;QD=20.0173;RBI=0.0255444;REFB=-0.00875618;REVB=0.0236532;RO=17;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731248;STB=0.541355;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00805207;OID=.;OPOS=78162073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:8:10:8:9:8:10:8:9 chr1 78178968 . TAAAAAAAT TAAAAAAA,TAAAAAAAA,TAAAAAAT 54.28 PASS AF=0.15625,0.125,0;AO=5,3,4;DP=35;FAO=5,4,0;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=4,4,0;FSAR=1,0,0;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0132577,0.0187326,-0.16907;FXX=0.0588062;HRUN=1,1,7;LEN=1,1,1;MLLD=202.001,204.481,10.3585;QD=6.7846;RBI=0.0141077,0.0190228,0.184818;REFB=-0.00470526,-0.00439878,-0.0471203;REVB=0.00482289,0.00331001,0.0746532;RO=15;SAF=4,3,4;SAR=1,0,0;SRF=9;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.267058,0.589173,0.643696;STB=0.720344,0.996864,0.5;STBP=0.344,0.065,1;TYPE=del,snp,del;VARB=0.0282996,0.0241331,0.035035;OID=.,.,.;OPOS=78178976,78178976,78178969;OREF=T,T,A;OALT=-,A,-;OMAPALT=TAAAAAAA,TAAAAAAAA,TAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.15625,0.125,0:5,3,4:35:5,4,0:32:23:4,4,0:1,0,0:13:10:22:15:4,3,4:1,0,0:9:6 chr1 78201745 . G T 416.07 PASS AF=0.531646;AO=41;DP=77;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0543728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.52;QD=21.067;RBI=0.0608213;REFB=-0.0202011;REVB=-0.0272549;RO=35;SAF=15;SAR=26;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553925;STB=0.52524;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0196514;OID=.;OPOS=78201745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:35:37:41:42:0.531646:26:15:15:20:26:16:16:21 chr1 78279543 . A G 318.4 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.019092;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.176;QD=18.1943;RBI=0.0240634;REFB=-0.0190325;REVB=-0.0146472;RO=36;SAF=21;SAR=13;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594932;STB=0.533255;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0185249;OID=.;OPOS=78279543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:13:21:20:16:13:21:20:16 chr1 78392446 . G A 182.75 PASS AF=0.59375;AO=18;DP=31;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0202072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.483;QD=22.8437;RBI=0.0249208;REFB=-0.0105039;REVB=-0.0145848;RO=13;SAF=12;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423907;STB=0.507035;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00708561;OID=.;OPOS=78392446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:13:13:18:19:0.59375:6:12:8:5:7:12:8:5 chr1 78560583 . G A 1230.85 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161203;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.346;QD=61.5424;RBI=0.0519484;REFB=0;REVB=0.049384;RO=0;SAF=51;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51863e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.63439e-05;OID=.;OPOS=78560583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:29:51:0:0:29:51:0:0 chr1 78585086 . T C 169.7 PASS AF=0.418605;AO=17;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0152523;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.847;QD=15.7857;RBI=0.0333568;REFB=-0.0296333;REVB=0.0296655;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550525;STB=0.526287;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0442949;OID=.;OPOS=78585086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:25:17:18:0.418605:9:8:10:14:10:8:10:15 chr1 79093818 . A G 726.88 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00178715;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.529;QD=57.0105;RBI=0.00760887;REFB=0;REVB=0.00739601;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31199e-05;OID=.;OPOS=79093818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr1 79094081 . T A 463.73 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.010647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.647;QD=52.9973;RBI=0.0186988;REFB=-0.175855;REVB=0.0153716;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.522714;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00113747;OID=.;OPOS=79094081;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:0:2:33:33:0.942857:21:12:0:0:21:12:0:2 chr1 79095526 . G A 404.22 PASS AF=0.506173;AO=40;DP=80;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00572477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.38;QD=19.9617;RBI=0.0108421;REFB=-0.0179364;REVB=0.00920748;RO=39;SAF=21;SAR=19;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124475;STB=0.567114;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0295752;OID=.;OPOS=79095526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:39:40:40:41:0.506173:19:21:15:24:19:22:16:24 chr1 79095535 . ATTTTTC ATTTTC,ATTTTCT 73.71 PASS AF=0.240964,0.0361446;AO=35,5;DP=83;FAO=20,3;FDP=83;FR=.;FRO=60;FSAF=5,3;FSAR=15,0;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.116974,-0.0730299;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=9.95848,130.851;QD=3.55235;RBI=0.138408,0.0765054;REFB=-0.154416,-0.0184138;REVB=-0.0739848,-0.0227971;RO=40;SAF=18,5;SAR=17,0;SRF=18;SRR=22;SSEN=0.316667,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0611477,0.632675;STB=0.730533,0.996215;STBP=0.021,0.096;TYPE=del,mnp;VARB=0.163591,0.159481;OID=.,.;OPOS=79095536,79095540;OREF=T,TC;OALT=-,CT;OMAPALT=ATTTTC,ATTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.240964,0.0361446:35,5:83:20,3:83:60:5,3:15,0:33:27:61:40:18,5:17,0:18:22 chr1 79095581 . T C 350.85 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0527614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.416;QD=17.9923;RBI=0.052933;REFB=-0.0297121;REVB=0.00425839;RO=40;SAF=16;SAR=21;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634061;STB=0.542196;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0360598;OID=.;OPOS=79095581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:40:41:37:37:0.474359:21:16:20:20:21:16:21:20 chr1 79102726 . C T 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0210953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.63;QD=14.6539;RBI=0.0216118;REFB=0.00421387;REVB=0.00469645;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00477438;OID=.;OPOS=79102726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:3:5:5:3:3:5:5:3 chr1 79115905 . T C 180.07 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.042068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3297;QD=11.0815;RBI=0.0848884;REFB=-0.0186677;REVB=0.0737314;RO=41;SAF=13;SAR=10;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504425;STB=0.519819;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0213026;OID=.;OPOS=79115905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:42:23:23:0.353846:10:13:25:16:10:13:25:17 chr1 79128570 . G GT 485.71 PASS AF=0.507246;AO=66;DP=145;FAO=70;FDP=138;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0162215;FXX=0.028167;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.89;QD=14.0786;RBI=0.037543;REFB=-0.028883;REVB=-0.0338577;RO=75;SAF=24;SAR=42;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128861;STB=0.558263;STBP=0.19;TYPE=ins;VARB=0.0291928;OID=.;OPOS=79128571;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.507246:66:145:70:138:68:26:44:33:35:99:75:24:42:37:38 chr1 79357360 . G C 535.27 PASS AF=0.518868;AO=56;DP=106;FAO=55;FDP=106;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0342039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6924;QD=20.1989;RBI=0.0356572;REFB=-0.0193572;REVB=0.0100762;RO=50;SAF=19;SAR=37;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162407;STB=0.582913;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0177501;OID=.;OPOS=79357360;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:50:51:56:55:0.518868:37:19:26:24:36:19:26:25 chr1 79392756 . C A 120.87 PASS AF=0.4375;AO=13;DP=31;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0214071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.849;QD=15.109;RBI=0.0308002;REFB=-0.0280732;REVB=0.0221448;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00967959;STB=0.555478;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0347246;OID=.;OPOS=79392756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:16:18:13:14:0.4375:5:8:10:6:6:8:12:6 chr1 82421596 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.366;QD=58.5878;RBI=0.0409639;REFB=0;REVB=0.0250832;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145723;OID=.;OPOS=82421596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:10:23:0:0:10:23:0:0 chr1 82457662 . G A 805.18 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.943;QD=64.4143;RBI=0.0380685;REFB=0;REVB=0.000194352;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.91066e-05;OID=.;OPOS=82457662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:28:21:0:0:29:21:0:0 chr1 84335412 . C T 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.000566013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.141;QD=21.9722;RBI=0.00894948;REFB=0.00500449;REVB=0.00893157;RO=21;SAF=13;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116308;STB=0.565161;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.00484402;OID=.;OPOS=84335412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:10:13:9:12:10:13:9:12 chr1 84376849 . G A 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00706346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.619;QD=15.1719;RBI=0.027339;REFB=-0.00889867;REVB=-0.0264107;RO=24;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718897;STB=0.541498;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0106377;OID=.;OPOS=84376849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:8:9:11:13:8:9:11:13 chr1 84640691 . T G 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207429;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.107;QD=56.1882;RBI=0.0424145;REFB=0;REVB=0.0369963;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121452;OID=.;OPOS=84640691;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr1 84810815 . A G 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0833053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.205;QD=58.1382;RBI=0.0833342;REFB=0;REVB=0.00219376;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280813;OID=.;OPOS=84810815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr1 84853957 . A T 858.92 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0219307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.153;QD=54.5345;RBI=0.0555879;REFB=-0.0231094;REVB=0.051079;RO=2;SAF=33;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00247062;STB=0.501309;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00635077;OID=.;OPOS=84853957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:28:33:1:1:28:33:1:1 chr1 84864256 . G C 220.07 PASS AF=0.48;AO=23;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.000262854;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.254;QD=17.6053;RBI=0.00501114;REFB=-0.00918066;REVB=0.00500424;RO=23;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778015;STB=0.538819;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0188421;OID=.;OPOS=84864256;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:26:23:24:0.48:12:11:9:14:13:11:10:16 chr1 84880380 . T C 181.37 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0617076;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9691;QD=15.771;RBI=0.0657194;REFB=0.00650048;REVB=0.0226101;RO=27;SAF=2;SAR=17;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341259;STB=0.702217;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.0041788;OID=.;OPOS=84880380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:27:27:19:19:0.413043:17:2:8:19:17:2:8:19 chr1 84944989 . A G 185.81 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00662264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.026;QD=19.0577;RBI=0.0261564;REFB=-0.0152076;REVB=0.0253041;RO=20;SAF=6;SAR=13;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351908;STB=0.519979;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0243678;OID=.;OPOS=84944989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:13:6:7:13:13:6:7:13 chr1 85009894 . A G 257.6 PASS AF=0.444444;AO=26;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00941313;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=171.106;QD=16.3553;RBI=0.0198411;REFB=-0.0199531;REVB=-0.017466;RO=23;SAF=10;SAR=16;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189249;STB=0.619635;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0194867;OID=.;OPOS=85009894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:23:32:26:28:0.444444:16:10:14:9:16:12:21:11 chr1 85016177 . A G 233.41 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00602438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.846;QD=12.7895;RBI=0.010951;REFB=-0.00184875;REVB=-0.00914506;RO=45;SAF=17;SAR=11;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105203;STB=0.560396;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00315573;OID=.;OPOS=85016177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:28:28:0.383562:11:17:23:22:11:17:23:22 chr1 85031630 . G A 830.36 PASS AF=0.454545;AO=83;DP=183;FAO=85;FDP=187;FR=.;FRO=102;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=60;FSRR=42;FWDB=-0.00245135;FXX=0.0209413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.205;QD=17.7618;RBI=0.00723056;REFB=-0.0174464;REVB=0.00680235;RO=99;SAF=37;SAR=46;SRF=59;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146507;STB=0.576597;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0242136;OID=.;OPOS=85031630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:187:99:102:83:85:0.454545:46:37:59:40:47:38:60:42 chr1 85039955 . G A 147.33 PASS AF=0.375;AO=15;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0284424;FXX=0.0943218;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.546;QD=12.2776;RBI=0.0308247;REFB=-0.0251368;REVB=0.0118825;RO=32;SAF=3;SAR=12;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318763;STB=0.613898;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0311901;OID=.;OPOS=85039955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:30:15:18:0.375:12:3:14:18:14:4:11:19 chr1 85113203 . T C 819.85 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00250111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9764;QD=55.5828;RBI=0.0308831;REFB=-0.0814384;REVB=-0.0307817;RO=1;SAF=38;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229992;STB=0.512191;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000935067;OID=.;OPOS=85113203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:20:38:0:1:20:38:0:1 chr1 85113229 . A G 737.67 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0187658;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.542;QD=61.4723;RBI=0.0234619;REFB=-0.0531284;REVB=0.014082;RO=1;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025408;STB=0.513508;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00058364;OID=.;OPOS=85113229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:48:1:1:47:47:0.979167:18:29:0:1:18:29:0:1 chr1 85121255 . A G 1679.51 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294882;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.77;QD=60.5228;RBI=0.0304328;REFB=0;REVB=0.00752329;RO=0;SAF=40;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.69294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91399e-05;OID=.;OPOS=85121255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:71:40:0:0:71:40:0:0 chr1 85488030 . G A 428.97 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1963;QD=57.1958;RBI=0.0534073;REFB=0;REVB=-0.0429848;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157606;OID=.;OPOS=85488030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:22:8:0:0:22:8:0:0 chr1 85537706 . T C 212.16 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.0693635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.308;QD=12.2991;RBI=0.071887;REFB=-0.00125452;REVB=-0.0188798;RO=43;SAF=14;SAR=12;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228591;STB=0.630674;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00324069;OID=.;OPOS=85537706;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:12:14:14:29:12:14:14:29 chr1 85559452 . A G 1434.32 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0406712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5486;QD=63.0472;RBI=0.0421897;REFB=0;REVB=0.0112169;RO=0;SAF=60;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393874;OID=.;OPOS=85559452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:31:60:0:0:31:60:0:0 chr1 85594466 . G A 329.97 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0375732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.732;QD=50.765;RBI=0.0406794;REFB=-0.000898004;REVB=0.0155908;RO=1;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487725;STB=0.526294;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000373122;OID=.;OPOS=85594466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:9:16:0:1:9:16:0:1 chr1 85599563 . A C 482.88 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0926321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.768;QD=58.5314;RBI=0.0934603;REFB=0;REVB=0.0124142;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449344;OID=.;OPOS=85599563;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:24:8:0:0:25:8:0:0 chr1 85624549 . C T 1116.94 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00206618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.157;QD=60.3753;RBI=0.0140617;REFB=0;REVB=0.0139091;RO=0;SAF=27;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30559e-05;OID=.;OPOS=85624549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:47:27:0:0:47:27:0:0 chr1 85624864 . G A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.478;QD=59.4357;RBI=0.0382504;REFB=0;REVB=0.0216865;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014461;OID=.;OPOS=85624864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chr1 85648620 . C T 914.42 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00815918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.862;QD=58.0582;RBI=0.0131446;REFB=0;REVB=0.0103057;RO=0;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.549e-05;OID=.;OPOS=85648620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:41:21:0:0:41:22:0:0 chr1 85666156 . T G 198.02 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.000886029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.64;QD=11.1561;RBI=0.0117569;REFB=-0.00533233;REVB=-0.0117234;RO=46;SAF=12;SAR=13;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223269;STB=0.512955;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0119288;OID=.;OPOS=85666156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:46:46:25:25:0.352113:13:12:23:23:13:12:23:23 chr1 85724328 . C T 603.23 PASS AF=0.55;AO=55;DP=100;FAO=55;FDP=100;FR=.;FRO=45;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.01294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4;QD=24.1292;RBI=0.0132478;REFB=-0.0143783;REVB=-0.00283898;RO=44;SAF=37;SAR=18;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18612;STB=0.598116;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.012963;OID=.;OPOS=85724328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:44:45:55:55:0.55:18:37:20:24:18:37:21:24 chr1 85741968 . G C 138.27 PASS AF=0.576923;AO=14;DP=25;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0038524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.299;QD=21.2728;RBI=0.0189789;REFB=-0.0355562;REVB=0.0185838;RO=11;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126338;STB=0.557303;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0231106;OID=.;OPOS=85741968;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:26:11:11:14:15:0.576923:8:6:3:8:9:6:3:8 chr1 86202016 . C T 1249.84 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00476449;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.731;QD=61.7206;RBI=0.00703018;REFB=0;REVB=0.00516944;RO=0;SAF=43;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121416;OID=.;OPOS=86202016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:38:43:0:0:38:43:0:0 chr1 86202102 . C A 312.78 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0400273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.38;QD=21.9494;RBI=0.0403494;REFB=-0.0136236;REVB=0.00508867;RO=24;SAF=12;SAR=20;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341376;STB=0.529935;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00757864;OID=.;OPOS=86202102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:24:25:32:32:0.561404:20:12:10:14:20:12:11:14 chr1 86375654 . C G 1072.03 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.182;QD=59.557;RBI=0.0275966;REFB=0;REVB=0.0134713;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13242e-05;OID=.;OPOS=86375654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:33:37:0:0:33:39:0:0 chr1 86487913 . TC AA,TA 721.67 PASS AF=0.0576923,0.942308;AO=4,41;DP=50;FAO=3,49;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=2,8;FSAR=1,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445026,0.0855358;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=170.599,200.446;QD=55.5132;RBI=0.0445523,0.0855393;REFB=0,0;REVB=0.00210222,0.000768577;RO=0;SAF=3,5;SAR=1,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,3.52432e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0399588,0.00136718;OID=.,.;OPOS=86487913,86487914;OREF=TC,C;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:50:52:0:0:4,41:3,49:0.0576923,0.942308:1,36:3,5:0:0:1,41:2,8:0:0 chr1 86487981 . G A 920.15 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.809;QD=58.4219;RBI=0.0290702;REFB=0;REVB=0.0136349;RO=0;SAF=12;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.10888e-05;OID=.;OPOS=86487981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:50:12:0:0:51:12:0:0 chr1 86487992 . A AACAG 498.15 PASS AF=0.767857;AO=41;DP=57;FAO=43;FDP=56;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.00707706;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=4;MLLD=254.621;QD=35.5822;RBI=0.00712497;REFB=0.00987943;REVB=0.000824826;RO=13;SAF=8;SAR=33;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299307;STB=0.519888;STBP=0.681;TYPE=ins;VARB=-0.00395209;OID=.;OPOS=86487993;OREF=-;OALT=ACAG;OMAPALT=AACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.767857:41:57:43:56:13:9:34:2:11:86:13:8:33:2:11 chr1 86512536 . C T 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.686;QD=42.1787;RBI=0.0189253;REFB=0;REVB=0.00611207;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323229;OID=.;OPOS=86512536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr1 86557967 . G A 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0164192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.244;QD=9.49533;RBI=0.0276233;REFB=-0.00667706;REVB=-0.0222139;RO=23;SAF=4;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270184;STB=0.649215;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00847832;OID=.;OPOS=86557967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:23:24:11:11:0.314286:7:4:14:9:7:4:14:10 chr1 86590915 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.041;QD=57.6796;RBI=0.014605;REFB=0;REVB=0.00801438;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.36189e-05;OID=.;OPOS=86590915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:23:8:0:0:23:8:0:0 chr1 86591837 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00137599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.067;QD=48.7371;RBI=0.0144454;REFB=0;REVB=-0.0143798;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166299;OID=.;OPOS=86591837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr1 86818572 . T C 267.49 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0127409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.18;QD=20.1876;RBI=0.0190796;REFB=-0.0146166;REVB=0.0142022;RO=24;SAF=14;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345638;STB=0.509427;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0126229;OID=.;OPOS=86818572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:25:28:28:0.528302:14:14:13:11:14:14:13:12 chr1 86820267 . C T 544.88 PASS AF=0.536842;AO=51;DP=95;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0171677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.452;QD=22.9421;RBI=0.0363984;REFB=-0.0217108;REVB=-0.0320954;RO=43;SAF=18;SAR=33;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381093;STB=0.516772;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0155472;OID=.;OPOS=86820267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:43:44:51:51:0.536842:33:18:17:26:33:18:17:27 chr1 86838158 . C T 1233.75 PASS AF=0.468864;AO=130;DP=273;FAO=128;FDP=273;FR=.;FRO=145;FSAF=86;FSAR=42;FSRF=88;FSRR=57;FWDB=0.00341412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.747;QD=18.0769;RBI=0.0107289;REFB=-0.00177632;REVB=-0.0101712;RO=141;SAF=86;SAR=44;SRF=86;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533464;STB=0.538105;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00206844;OID=.;OPOS=86838158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:273:273:141:145:130:128:0.468864:44:86:86:55:42:86:88:57 chr1 86852621 . A G 780.88 PASS AF=0.544118;AO=74;DP=135;FAO=74;FDP=136;FR=.;FRO=62;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.00424782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.668;QD=22.967;RBI=0.00454325;REFB=-0.044312;REVB=-0.00161157;RO=60;SAF=45;SAR=29;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021173;STB=0.520656;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0310346;OID=.;OPOS=86852621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:60:62:74:74:0.544118:29:45:35:25:29:45:35:27 chr1 86900332 . T C 287.66 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0288575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7767;QD=13.3794;RBI=0.0292922;REFB=-0.0162427;REVB=0.00502761;RO=48;SAF=12;SAR=21;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124872;STB=0.557487;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0227527;OID=.;OPOS=86900332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:53:33:33:0.383721:21:12:23:25:21:12:24:29 chr1 86900372 . C G 336.85 PASS AF=0.473684;AO=35;DP=75;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0153722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.128;QD=17.7291;RBI=0.0156614;REFB=-0.00804842;REVB=-0.00299569;RO=40;SAF=15;SAR=20;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00347295;STB=0.504502;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00928488;OID=.;OPOS=86900372;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:40:40:35:36:0.473684:20:15:17:23:21:15:17:23 chr1 86913265 . C T 213.94 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=81;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.00542709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6386;QD=10.5648;RBI=0.0263399;REFB=-0.00627523;REVB=-0.0257747;RO=53;SAF=16;SAR=11;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11705;STB=0.562396;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0185041;OID=.;OPOS=86913265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:53:54:27:27:0.333333:11:16:26:27:11:16:27:27 chr1 86920904 . A G 554.53 PASS AF=0.586207;AO=50;DP=88;FAO=51;FDP=87;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00468211;FXX=0.0224694;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.053;QD=25.4958;RBI=0.00539043;REFB=-0.009872;REVB=0.00267106;RO=34;SAF=29;SAR=21;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125097;STB=0.55161;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00735242;OID=.;OPOS=86920904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:34:36:50:51:0.586207:21:29:14:20:22:29:16:20 chr1 86939130 . C T 682.34 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000887819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.595;QD=62.0306;RBI=0.0115825;REFB=0;REVB=0.0115485;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.89414e-05;OID=.;OPOS=86939130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:44:0:0:41:44:1:26:15:0:0:26:18:0:0 chr1 86947975 . A T 354.55 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.014763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8183;QD=16.3011;RBI=0.0235524;REFB=0.0134374;REVB=0.0183512;RO=49;SAF=26;SAR=12;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185241;STB=0.604594;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0171419;OID=.;OPOS=86947975;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:49:38:38:0.436782:12:26:25:24:12:26:25:24 chr1 86952324 . A G 399.12 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.0285791;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.876;QD=14.5136;RBI=0.040379;REFB=-0.00437463;REVB=0.0285253;RO=60;SAF=21;SAR=25;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406922;STB=0.538877;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0111753;OID=.;OPOS=86952324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:60:64:46:46:0.418182:25:21:25:35:25:21:25:39 chr1 86959173 . T C 2368.76 PASS AF=1;AO=153;DP=155;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.351;QD=61.1293;RBI=0.0152366;REFB=0;REVB=-0.00403567;RO=0;SAF=76;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.6042e-06;OID=.;OPOS=86959173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:155:0:0:153:155:1:77:76:0:0:79:76:0:0 chr1 86965419 . T C 670.91 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.139;QD=62.4102;RBI=0.0617769;REFB=0;REVB=0.0603111;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371523;OID=.;OPOS=86965419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:20:22:0:0:21:22:0:0 chr1 87045895 . ATCCTACACCTAC A 50.0 PASS AO=35;DP=65;LEN=12;RO=30;SAF=19;SAR=23;SRF=11;SRR=12;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=87045896;OREF=TCCTACACCTAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:65:30:35:23:19:11:12 chr1 87045896 . TCCTACA T,TCCTACT 727.28 PASS AF=0.765957,0.234043;AO=33,15;DP=50;FAO=36,11;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22,4;FSAR=14,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0016489,-0.000243455;FXX=0.040808;HRUN=2,1;LEN=6,1;MLLD=201.698,127.95;QD=61.8965;RBI=0.0315621,0.00284664;REFB=0,0;REVB=0.031519,-0.00283621;RO=1;SAF=19,7;SAR=14,8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0322,0.0536101;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0118685,0.0246844;OID=.,.;OPOS=87045897,87045902;OREF=CCTACA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TCCTACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.765957,0.234043:33,15:50:36,11:47:0:22,4:14,7:0:0:92:1:19,7:14,8:0:1 chr1 87045929 . T TACTCCT 50.0 PASS AO=36;DP=65;LEN=6;RO=29;SAF=19;SAR=23;SRF=11;SRR=12;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=87045929;OREF=-;OALT=TACTCC;OMAPALT=TACTCCT GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:65:29:36:23:19:11:12 chr1 87101375 . C G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00867615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.452;QD=51.9154;RBI=0.0275823;REFB=0;REVB=0.0261822;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164853;OID=.;OPOS=87101375;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr1 87101649 . T C 760.73 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.000543308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9138;QD=51.5747;RBI=0.0250613;REFB=-0.0795932;REVB=0.0250554;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521731;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00280625;OID=.;OPOS=87101649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:59:0:3:56:56:0.949153:23:33:0:0:23:33:3:0 chr1 87208953 . T A 327.33 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.00141426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.008;QD=18.9753;RBI=0.00677524;REFB=-0.0187399;REVB=-0.00662599;RO=34;SAF=26;SAR=9;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339218;STB=0.689541;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0233874;OID=.;OPOS=87208953;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:9:26:13:21:9:26:13:21 chr1 87599697 . G A 801.29 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00172799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8991;QD=57.2353;RBI=0.0187688;REFB=0;REVB=0.0186891;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117052;OID=.;OPOS=87599697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:24:31:0:0:24:32:0:0 chr1 89322982 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.013;QD=63.5829;RBI=0.023496;REFB=0;REVB=0.00526315;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.79947e-05;OID=.;OPOS=89322982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr1 89426902 . G A 769.4 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0096333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.194;QD=56.9925;RBI=0.0129071;REFB=0;REVB=0.00859029;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.53784e-06;OID=.;OPOS=89426902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr1 89518623 . C T 212.43 PASS AF=0.313953;AO=27;DP=88;FAO=27;FDP=86;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.00269201;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.052;QD=9.88066;RBI=0.0127371;REFB=-0.00722782;REVB=-0.0124494;RO=59;SAF=11;SAR=16;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157637;STB=0.592524;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0150927;OID=.;OPOS=89518623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:59:59:27:27:0.313953:16:11:32:27:16:11:32:27 chr1 89521841 . G C 393.45 PASS AF=0.431373;AO=44;DP=102;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.00233315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.066;QD=15.4293;RBI=0.00278875;REFB=-0.0173682;REVB=-0.00152759;RO=58;SAF=26;SAR=18;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0049156;STB=0.502761;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0200545;OID=.;OPOS=89521841;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:58:58:44:44:0.431373:18:26:34:24:18:26:34:24 chr1 89522646 . G C 269.31 PASS AF=0.351648;AO=32;DP=91;FAO=32;FDP=91;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.00103267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.865;QD=11.8376;RBI=0.00768542;REFB=-0.0168655;REVB=-0.00761573;RO=57;SAF=15;SAR=17;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833933;STB=0.547606;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0246627;OID=.;OPOS=89522646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:57:59:32:32:0.351648:17:15:31:26:17:15:32:27 chr1 89579941 . T C 429.82 PASS AF=0.456311;AO=47;DP=103;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0103326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.033;QD=16.692;RBI=0.0324189;REFB=-0.00859438;REVB=-0.0307282;RO=56;SAF=13;SAR=34;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150065;STB=0.584211;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0133932;OID=.;OPOS=89579941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:56:56:47:47:0.456311:34:13:23:33:34:13:23:33 chr1 89582690 . G C 548.04 PASS AF=0.54;AO=54;DP=101;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.004776;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.685;QD=21.9217;RBI=0.00672369;REFB=-0.0226006;REVB=-0.00473263;RO=45;SAF=32;SAR=22;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21282;STB=0.611724;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0152558;OID=.;OPOS=89582690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:45:46:54:54:0.54:22:32:15:30:22:32:16:30 chr1 89582702 . A G 379.69 PASS AF=0.401786;AO=44;DP=110;FAO=45;FDP=112;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=-0.0308111;FXX=0.00884877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6235;QD=13.5605;RBI=0.0344574;REFB=-0.00484902;REVB=-0.0154269;RO=66;SAF=14;SAR=30;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277988;STB=0.657351;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00840412;OID=.;OPOS=89582702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:66:67:44:45:0.401786:30:14:38:28:31:14:38:29 chr1 89630472 . G T 115.29 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00291137;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.461;QD=10.2484;RBI=0.0490793;REFB=-0.01794;REVB=-0.0489928;RO=31;SAF=11;SAR=3;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.4615;STB=0.777733;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0273849;OID=.;OPOS=89630472;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:31:31:14:14:0.311111:3:11:12:19:3:11:12:19 chr1 89637578 . G A 476.13 PASS AF=0.474747;AO=46;DP=98;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.010664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.754;QD=19.2376;RBI=0.0107541;REFB=-0.00335312;REVB=-0.00138895;RO=52;SAF=24;SAR=22;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755286;STB=0.546956;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00394486;OID=.;OPOS=89637578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:52:52:46:47:0.474747:22:24:23:29:22:25:23:29 chr1 89844035 . T C 472.7 PASS AF=0.485437;AO=50;DP=103;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0181178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.768;QD=18.3573;RBI=0.0272214;REFB=-0.00406646;REVB=-0.0203163;RO=52;SAF=25;SAR=25;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353677;STB=0.524262;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00317504;OID=.;OPOS=89844035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:52:53:50:50:0.485437:25:25:24:28:25:25:24:29 chr1 89847372 . G T 544.82 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498417;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.629;QD=58.899;RBI=0.0571284;REFB=0;REVB=0.0279189;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029646;OID=.;OPOS=89847372;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:36:37:1:13:23:0:0:14:23:0:0 chr1 89847411 . C T 508.87 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.154894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3786;QD=56.5413;RBI=0.162184;REFB=0;REVB=0.0480786;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00958363;OID=.;OPOS=89847411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:36:0:0:30:36:1:17:13:0:0:18:18:0:0 chr1 89847413 . C T 34.64 PASS AF=0.189189;AO=6;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.115698;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.9161;QD=3.74486;RBI=0.127344;REFB=-0.0248741;REVB=0.0532016;RO=31;SAF=5;SAR=1;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.485332;STB=0.862619;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.152994;OID=.;OPOS=89847413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:37:37:31:30:6:7:0.189189:1:5:13:18:1:6:12:18 chr1 89847444 . A G 449.88 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000459415;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9601;QD=58.0492;RBI=0.015431;REFB=0;REVB=0.0154242;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08685e-05;OID=.;OPOS=89847444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr1 89849268 . T C 141.33 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.00913937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.397;QD=21.7426;RBI=0.0297708;REFB=0.00772037;REVB=-0.0283332;RO=11;SAF=9;SAR=6;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305574;STB=0.671425;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00618876;OID=.;OPOS=89849268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:6:9:2:9:6:9:2:9 chr1 89849742 . A T 438.95 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.597;QD=56.6387;RBI=0.0493082;REFB=0;REVB=0.0428328;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275507;OID=.;OPOS=89849742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:31:0:0:28:31:1:17:11:0:0:19:12:0:0 chr1 90049040 . A G 509.05 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.005613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.439;QD=19.3924;RBI=0.00855153;REFB=-0.0118461;REVB=-0.00645158;RO=52;SAF=33;SAR=20;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784438;STB=0.543397;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00994452;OID=.;OPOS=90049040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:52:52:53:53:0.504762:20:33:28:24:20:33:28:24 chr1 90171835 . CG GT,TG 757.35 PASS AF=0.0185185,0.981481;AO=2,49;DP=53;FAO=1,53;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=1,38;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0259904,-0.0101943;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=35.5722,73.6042;QD=56.0996;RBI=0.0266893,0.0858207;REFB=0,0;REVB=-0.00606764,-0.085213;RO=0;SAF=2,35;SAR=0,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.22152e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00434516,-0.00131528;OID=.,.;OPOS=90171835,90171835;OREF=CG,C;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:53:54:0:0:2,49:1,53:0.0185185,0.981481:0,14:2,35:0:0:0,15:1,38:0:0 chr1 90178743 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00788108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9896;QD=53.2769;RBI=0.0891602;REFB=0;REVB=-0.0888112;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00202309;OID=.;OPOS=90178743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr1 90486412 . T G 1438.36 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00820675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.987;QD=61.8648;RBI=0.0382703;REFB=0.00174539;REVB=0.03738;RO=0;SAF=55;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504503;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=4.18253e-05;OID=.;OPOS=90486412;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:0:1:92:92:0.989247:37:55:0:0:37:55:1:0 chr1 90493026 . G A 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0704401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.475;QD=48.733;RBI=0.0735124;REFB=0;REVB=0.0210301;RO=0;SAF=1;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00332979;OID=.;OPOS=90493026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:16:1:0:0:16:1:0:0 chr1 91728053 . G A 811.84 PASS AF=0.966667;AO=59;DP=61;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0102365;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.392;QD=54.1223;RBI=0.0152241;REFB=-0.0394795;REVB=-0.0112689;RO=2;SAF=32;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285773;STB=0.51562;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.000278632;OID=.;OPOS=91728053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:60:2:2:59:58:0.966667:27:32:2:0:27:31:2:0 chr1 91781413 . T G 1442.59 PASS AF=0.989362;AO=90;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0854242;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.789;QD=61.387;RBI=0.0897527;REFB=-0.0553893;REVB=0.0275363;RO=2;SAF=39;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0027948;STB=0.506023;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000711561;OID=.;OPOS=91781413;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:2:1:90:93:0.989362:51:39:1:1:52:41:1:0 chr1 91817174 . G T 359.46 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00882866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9113;QD=19.9701;RBI=0.0116149;REFB=-0.00953249;REVB=0.00754723;RO=34;SAF=27;SAR=10;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221631;STB=0.618253;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00942385;OID=.;OPOS=91817174;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:35:37:37:0.513889:10:27:17:17:10:27:18:17 chr1 91844045 . GA G 92.97 PASS AF=0.375;AO=39;DP=124;FAO=45;FDP=120;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=0.104448;FXX=0.0322555;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.87437;QD=3.09886;RBI=0.105173;REFB=-0.0835788;REVB=0.012333;RO=62;SAF=15;SAR=24;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569944;STB=0.505701;STBP=0.925;TYPE=del;VARB=0.0723916;OID=.;OPOS=91844046;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:39:124:45:120:75:19:26:31:44:92:62:15:24:27:35 chr1 91851253 . T C 431.2 PASS AF=0.939394;AO=32;DP=34;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0149196;FXX=0.0294031;HRUN=5;LEN=1;MLLD=289.807;QD=52.2662;RBI=0.0206036;REFB=-0.0503194;REVB=0.0142097;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.524984;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000268925;OID=.;OPOS=91851253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:33:0:2:32:31:0.939394:20:12:0:0:19:12:0:2 chr1 91853111 . A C 1363.54 PASS AF=0.933333;AO=94;DP=103;FAO=98;FDP=105;FR=.;FRO=7;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.041326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.579;QD=51.9443;RBI=0.0452252;REFB=-0.00437339;REVB=0.0183708;RO=6;SAF=44;SAR=50;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415175;STB=0.52586;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.000514987;OID=.;OPOS=91853111;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:103:105:6:7:94:98:0.933333:50:44:5:1:52:46:6:1 chr1 91859795 . T C 1053.96 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0673935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3909;QD=56.9709;RBI=0.0893844;REFB=-0.0816437;REVB=0.058717;RO=1;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119732;STB=0.501133;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00314191;OID=.;OPOS=91859795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:1:2:72:72:0.972973:39:33:0:1:39:33:1:1 chr1 91870410 . G C 2403.54 PASS AF=0.993711;AO=158;DP=159;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0563081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.719;QD=60.4663;RBI=0.0665787;REFB=-0.189677;REVB=0.0355263;RO=0;SAF=74;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39465e-08;STB=0.502958;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000407435;OID=.;OPOS=91870410;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:159:159:0:1:158:158:0.993711:84:74:0:0:84:74:0:1 chr1 91980446 . C CG 921.87 PASS AF=1;AO=7;DP=69;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0793887;FXX=0.0714184;HRUN=0;LEN=1;MLLD=219.052;QD=56.7306;RBI=0.0801384;REFB=0;REVB=0.0109362;RO=59;SAF=6;SAR=1;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33752;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=9.70677e-05;OID=.;OPOS=91980447;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:69:65:65:0:42:23:0:0:5:59:6:1:36:23 chr1 91980447 . A G 834.22 PASS AF=0.911765;AO=60;DP=68;FAO=62;FDP=68;FR=.;FRO=6;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00358352;FXX=0.0422476;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.671;QD=49.0715;RBI=0.00861845;REFB=-0.114603;REVB=0.00783811;RO=6;SAF=37;SAR=23;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706238;STB=0.537488;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00135761;OID=.;OPOS=91980447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:68:68:6:6:60:62:0.911765:23:37:6:0:25:37:6:0 chr1 91985828 . A G 331.45 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0160836;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.342;QD=18.6734;RBI=0.03613;REFB=-0.0164959;REVB=0.0323527;RO=36;SAF=14;SAR=21;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915631;STB=0.55087;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0146984;OID=.;OPOS=91985828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:36:36:35:35:0.492958:21:14:11:25:21:14:11:25 chr1 92108899 . C T 386.51 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.023;QD=55.2163;RBI=0.0256636;REFB=0;REVB=-0.0108784;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00322426;OID=.;OPOS=92108899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:15:12:0:0:16:12:0:0 chr1 92174260 . A G 968.38 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.329;QD=58.6896;RBI=0.0106156;REFB=0;REVB=0.0024295;RO=0;SAF=21;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75769e-05;OID=.;OPOS=92174260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:44:21:0:0:44:22:0:0 chr1 92185657 . C T 301.51 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.00702102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.289;QD=16.7503;RBI=0.0158026;REFB=0.00672945;REVB=-0.0141572;RO=39;SAF=11;SAR=22;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156551;STB=0.58818;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.0063754;OID=.;OPOS=92185657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:22:11:19:20:22:11:19:20 chr1 92262874 . T C 1015.5 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.826;QD=58.8696;RBI=0.0446037;REFB=0;REVB=0.0227107;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09474e-05;OID=.;OPOS=92262874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:66:69:1:30:36:0:0:30:39:0:0 chr1 92295565 . C T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00304996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.724;QD=14.6517;RBI=0.0167689;REFB=-0.0514562;REVB=-0.0164892;RO=5;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120202;STB=0.571205;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0279693;OID=.;OPOS=92295565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:4:2:1:4:4:2:1:4 chr1 92327045 . G A 99.94 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00366881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6906;QD=15.3751;RBI=0.00555312;REFB=0.0331168;REVB=-0.00416857;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199941;STB=0.615202;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.0369302;OID=.;OPOS=92327045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:6:6:4:10:6:6:4:10 chr1 92428495 . C A 382.93 PASS AF=0.42268;AO=40;DP=96;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.0121975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.783;QD=15.7908;RBI=0.012262;REFB=-0.00904188;REVB=0.0012554;RO=56;SAF=23;SAR=17;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00377161;STB=0.506132;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0123262;OID=.;OPOS=92428495;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:56:56:40:41:0.42268:17:23:32:24:18:23:32:24 chr1 92442695 . A C 490.77 PASS AF=0.471698;AO=40;DP=107;FAO=50;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0125085;FXX=0.00934492;HRUN=5;LEN=1;MLLD=128.345;QD=18.5196;RBI=0.0269239;REFB=-0.0476707;REVB=-0.0238419;RO=38;SAF=21;SAR=19;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219951;STB=0.509087;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0259455;OID=.;OPOS=92442695;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:38:52:40:50:0.471698:19:21:19:19:27:23:23:29 chr1 92457843 . C T 228.08 PASS AF=0.35;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.000691177;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.855;QD=11.4042;RBI=0.00369244;REFB=-0.00610632;REVB=0.00362717;RO=52;SAF=13;SAR=15;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830982;STB=0.548094;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0106983;OID=.;OPOS=92457843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:52:52:28:28:0.35:15:13:28:24:15:13:28:24 chr1 92646021 . G A 427.25 PASS AF=1;AO=24;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.151;QD=56.9661;RBI=0.0487273;REFB=0;REVB=0.0207534;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000583283;OID=.;OPOS=92646021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:24:30:1:13:11:0:0:14:16:0:0 chr1 92647223 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.058;QD=53.2764;RBI=0.0337842;REFB=0;REVB=0.0156184;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144197;OID=.;OPOS=92647223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr1 92647532 . C A 707.71 PASS AF=1;AO=43;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00718221;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.439;QD=62.9078;RBI=0.0132468;REFB=0;REVB=-0.0111308;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133228;OID=.;OPOS=92647532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:43:45:1:28:15:0:0:28:17:0:0 chr1 92711153 . T A 257.93 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0150518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.947;QD=19.1056;RBI=0.0247622;REFB=-0.0142259;REVB=-0.0196623;RO=17;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285365;STB=0.583388;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00659906;OID=.;OPOS=92711153;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:17:26:27:27:0.5:16:11:14:3:16:11:15:11 chr1 92889408 . C T 409.42 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.556;QD=56.471;RBI=0.0649206;REFB=0;REVB=0.00401867;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486405;OID=.;OPOS=92889408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:19:9:0:0:20:9:0:0 chr1 92946479 . G A 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0296;QD=45.803;RBI=0.0591076;REFB=0;REVB=0.0438329;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00388708;OID=.;OPOS=92946479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr1 92974595 . G A 1403.08 PASS AF=0.958333;AO=92;DP=96;FAO=92;FDP=96;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0121781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.275;QD=58.4615;RBI=0.0152807;REFB=-0.0666356;REVB=0.00922999;RO=4;SAF=51;SAR=41;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00433678;STB=0.50229;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.000877886;OID=.;OPOS=92974595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:96:96:4:4:92:92:0.958333:41:51:2:2:41:51:2:2 chr1 92979124 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.49;QD=42.1825;RBI=0.0420345;REFB=0;REVB=-0.0360598;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00189221;OID=.;OPOS=92979124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr1 92979354 . A G 685.58 PASS AF=0.98;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0192308;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.175;QD=54.8467;RBI=0.0208949;REFB=0.0281969;REVB=-0.00817137;RO=1;SAF=8;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113432;STB=0.506022;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.000469941;OID=.;OPOS=92979354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:50:1:1:49:49:0.98:41:8:0:1:41:8:0:1 chr1 93089823 . T C 745.24 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0424252;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5605;QD=53.2316;RBI=0.0596558;REFB=-0.0235676;REVB=0.0419395;RO=2;SAF=28;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0012472;STB=0.500662;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000869757;OID=.;OPOS=93089823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:56:2:2:54:54:0.964286:26:28:1:1:26:28:1:1 chr1 93160902 . T C 160.19 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.748;QD=45.7672;RBI=0.0513605;REFB=0;REVB=0.0384368;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000911866;OID=.;OPOS=93160902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr1 93306317 . G A 1099.05 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7108;QD=60.2218;RBI=0.0609517;REFB=0;REVB=0.0451436;RO=0;SAF=39;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261311;OID=.;OPOS=93306317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:70:73:1:31:39:0:0:31:42:0:0 chr1 93307908 . T A 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00301434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.933;QD=62.9819;RBI=0.00393567;REFB=0;REVB=0.00253046;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.06498e-06;OID=.;OPOS=93307908;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr1 93311708 . G A 317.36 PASS AF=0.443038;AO=34;DP=78;FAO=35;FDP=79;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0182973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3761;QD=16.0689;RBI=0.0187065;REFB=-0.0188232;REVB=0.00389123;RO=44;SAF=19;SAR=15;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591667;STB=0.523934;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0176818;OID=.;OPOS=93311708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:44:44:34:35:0.443038:15:19:22:22:16:19:22:22 chr1 93440474 . T C 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0182037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.546;QD=25.2874;RBI=0.0220372;REFB=-0.0333164;REVB=0.0124203;RO=9;SAF=11;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154841;STB=0.50866;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0129719;OID=.;OPOS=93440474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:5:11:6:3:5:11:6:3 chr1 93580581 . G C 986.94 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123808;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.134;QD=58.9216;RBI=0.0414376;REFB=0;REVB=0.0395448;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101674;OID=.;OPOS=93580581;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:31:34:0:0:33:34:0:0 chr1 93581024 . T C 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0344622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.404;QD=46.0582;RBI=0.0347973;REFB=-0.0915523;REVB=0.00481734;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.518499;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00186316;OID=.;OPOS=93581024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:0:1:19:19:0.95:6:13:0:0:6:13:1:0 chr1 93603177 . T C 40.78 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0153293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.664;QD=3.54637;RBI=0.0353871;REFB=0.000394362;REVB=0.0318945;RO=39;SAF=4;SAR=3;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087614;STB=0.561121;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.00122758;OID=.;OPOS=93603177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:39:39:7:7:0.152174:3:4:25:14:3:4:25:14 chr1 93603183 . C CAT,T 665.15 PASS AF=0.704545,0.295455;AO=29,13;DP=48;FAO=31,13;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22,7;FSAR=9,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308344,-0.0500869;FXX=0.083316;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=100.977,44.1239;QD=60.468;RBI=0.0570682,0.162044;REFB=0,0;REVB=-0.048021,-0.154108;RO=4;SAF=20,7;SAR=9,6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0487277,0.0162773;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0113312,0.0129282;OID=.,.;OPOS=93603184,93603183;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:48:44:4:0:29,13:31,13:0.704545,0.295455:9,6:20,7:2:2:9,6:22,7:0:0 chr1 93617546 . T C 586.91 PASS AF=0.952381;AO=39;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0502333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.0042;QD=55.8962;RBI=0.100857;REFB=-0.0852038;REVB=0.0874567;RO=1;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208334;STB=0.520823;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00850204;OID=.;OPOS=93617546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:42:42:1:2:39:40:0.952381:22:17:0:1:23:17:0:2 chr1 93620393 . G A,T 376.23 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=24,2;DP=26;FAO=26,2;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7,1;FSAR=19,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127711,-0.0079796;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=154.397,110.358;QD=53.7477;RBI=0.0149534,0.015248;REFB=0,0;REVB=0.00777831,0.0129934;RO=0;SAF=5,1;SAR=19,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00421254,0.028523;OID=.,.;OPOS=93620393,93620393;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:26:28:0:0:24,2:26,2:0.928571,0.0714286:19,1:5,1:0:0:19,1:7,1:0:0 chr1 93646207 . T C 101.87 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00477332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6613;QD=40.7492;RBI=0.0255369;REFB=0;REVB=-0.0250868;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00120911;OID=.;OPOS=93646207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr1 93672723 . A C 766.7 PASS AF=1;AO=43;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000756019;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=100.184;QD=61.3359;RBI=0.0361409;REFB=0;REVB=0.036133;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170054;OID=.;OPOS=93672723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:50:50:0:0:43:50:1:22:21:0:0:29:21:0:0 chr1 93851295 . T C 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.47;QD=62.9816;RBI=0.0148253;REFB=0;REVB=0.0106352;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.85142e-05;OID=.;OPOS=93851295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr1 94341267 . A G 220.07 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00582094;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.528;QD=16.0051;RBI=0.0102811;REFB=-0.0164211;REVB=-0.00847448;RO=29;SAF=8;SAR=17;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267818;STB=0.508299;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0200232;OID=.;OPOS=94341267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:29:30:25:25:0.454545:17:8:10:19:17:8:10:20 chr1 94342564 . C A 249.86 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00770467;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.735;QD=16.6575;RBI=0.0144654;REFB=-0.0167892;REVB=-0.0122428;RO=31;SAF=12;SAR=16;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823848;STB=0.538434;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0330116;OID=.;OPOS=94342564;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:32:28:28:0.466667:16:12:16:15:16:12:16:16 chr1 94343023 . A G 340.68 PASS AF=0.480519;AO=36;DP=76;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.00205192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.041;QD=17.6977;RBI=0.0133788;REFB=-0.00727774;REVB=-0.0132205;RO=40;SAF=21;SAR=15;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125998;STB=0.561148;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0142792;OID=.;OPOS=94343023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:40:40:36:37:0.480519:15:21:18:22:16:21:18:22 chr1 94343233 . T C 411.52 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=-0.00267126;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.132;QD=18.4951;RBI=0.00305769;REFB=-0.0133498;REVB=0.00148791;RO=47;SAF=25;SAR=17;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641856;STB=0.535718;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0140851;OID=.;OPOS=94343233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:47:42:42:0.47191:17:25:31:16:17:25:31:16 chr1 94344716 . C T 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0336911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.961;QD=15.6194;RBI=0.0354203;REFB=-0.0320855;REVB=0.0109321;RO=25;SAF=4;SAR=14;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260866;STB=0.651989;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0475111;OID=.;OPOS=94344716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:14:4:11:14:14:4:11:14 chr1 94471075 . A G 726.29 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00782511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.246;QD=63.1559;RBI=0.00813234;REFB=0;REVB=-0.00221416;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125233;OID=.;OPOS=94471075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr1 94473845 . T C 209.59 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=28;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0693911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.8;QD=27.9448;RBI=0.0779892;REFB=-0.0141308;REVB=0.0355976;RO=9;SAF=12;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269678;STB=0.64985;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00582497;OID=.;OPOS=94473845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:28:30:9:10:18:20:0.666667:6:12:2:7:7:13:2:8 chr1 94473864 . C T 128.16 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0128554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.272;QD=17.0884;RBI=0.0159381;REFB=-0.0513335;REVB=-0.00942142;RO=13;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281696;STB=0.663556;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0188878;OID=.;OPOS=94473864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:30:13:15:14:15:0.5:6:8:3:10:7:8:3:12 chr1 94474328 . T C 219.0 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00485084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.432;QD=23.6751;RBI=0.00494289;REFB=-0.0273767;REVB=-0.000949478;RO=16;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558936;STB=0.53122;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00992714;OID=.;OPOS=94474328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:12:9:8:8:12:9:8:8 chr1 94476203 . CT C 466.5 PASS AF=0.628571;AO=42;DP=71;FAO=44;FDP=70;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00134678;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2712;QD=26.6571;RBI=0.00523786;REFB=-0.016555;REVB=-0.00506175;RO=25;SAF=25;SAR=17;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803149;STB=0.534467;STBP=0.497;TYPE=del;VARB=0.0205502;OID=.;OPOS=94476204;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.628571:42:71:44:70:26:26:18:13:13:99:25:25:17:12:13 chr1 94476388 . C G 128.28 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0201012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.012;QD=12.2166;RBI=0.0228114;REFB=-0.0120595;REVB=-0.0107843;RO=27;SAF=3;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316197;STB=0.689375;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.015535;OID=.;OPOS=94476388;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:12:3:12:15:12:3:12:15 chr1 94578548 . T C 542.46 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.993;QD=58.6441;RBI=0.125445;REFB=0;REVB=0.0500859;RO=0;SAF=5;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010852;OID=.;OPOS=94578548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:34:37:1:29:5:0:0:31:6:0:0 chr1 94639337 . A G 220.76 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00660747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.915;QD=49.0574;RBI=0.0181873;REFB=0;REVB=0.0169445;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.85373e-05;OID=.;OPOS=94639337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr1 94639447 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.178;QD=35.5758;RBI=0.0126812;REFB=0;REVB=0.00145761;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000216554;OID=.;OPOS=94639447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr1 94645418 . CTTTTTTG CTTTTTG,CTTTTTGT,CTTTTTTGT 84.92 PASS AF=0.37931,0.0344828,0.172414;AO=11,3,3;DP=30;FAO=11,1,5;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=4,0,4;FSAR=7,1,1;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.100578,-0.0829241,-0.0513976;FXX=0.0333222;HRUN=6,6,1;LEN=1,2,1;MLLD=10.0107,21.0119,21.6385;QD=11.7127;RBI=0.123434,0.111728,0.201918;REFB=-0.0955233,-0.0430017,0.0151049;REVB=0.0715543,-0.0748777,-0.195266;RO=11;SAF=5,1,3;SAR=6,2,0;SRF=3;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.161818,0.0774686,0.71899;STB=0.51721,0.98645,0.816957;STBP=0.857,0.516,0.12;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0.118108,0.0472232,-0.0160339;OID=.,.,.;OPOS=94645419,94645424,94645426;OREF=T,TG,-;OALT=-,GT,T;OMAPALT=CTTTTTG,CTTTTTGT,CTTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931,0.0344828,0.172414:11,3,3:30:11,1,5:29:12:4,0,4:7,1,1:4:8:48:11:5,1,3:6,2,0:3:8 chr1 94921305 . T TG 184.47 PASS AF=0.390805;AO=34;DP=92;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=-0.0796125;FXX=0.0333296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.6035;QD=8.48116;RBI=0.0856319;REFB=-0.015948;REVB=0.0315385;RO=54;SAF=20;SAR=14;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287799;STB=0.658673;STBP=0.025;TYPE=ins;VARB=0.0123695;OID=.;OPOS=94921306;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.390805:34:92:34:87:53:20:14:17:36:99:54:20:14:17:37 chr1 94924146 . CT C 59.61 PASS AF=0.6;AO=10;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.100947;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=10.1987;QD=11.9212;RBI=0.189006;REFB=-0.0881707;REVB=0.159791;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373874;STB=0.571306;STBP=0.456;TYPE=del;VARB=0.105041;OID=.;OPOS=94924147;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:10:20:12:20:8:4:8:4:4:32:9:4:6:4:5 chr1 94930345 . G A 131.67 PASS AF=0.344828;AO=18;DP=55;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0424806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.132;QD=9.08037;RBI=0.0664453;REFB=-0.0327915;REVB=0.0510919;RO=37;SAF=7;SAR=11;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143232;STB=0.60132;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0674491;OID=.;OPOS=94930345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:37:38:18:20:0.344828:11:7:19:18:13:7:19:19 chr1 95001600 . A C 758.03 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00473229;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.01;QD=57.2098;RBI=0.0183231;REFB=0;REVB=0.0177014;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160073;OID=.;OPOS=95001600;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr1 95330372 . G A 864.89 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198305;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.826;QD=57.659;RBI=0.0283675;REFB=0;REVB=0.0202847;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83736e-05;OID=.;OPOS=95330372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:31:28:0:0:32:28:0:0 chr1 95363054 . T C 506.85 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0135925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.566;QD=23.0387;RBI=0.0293446;REFB=-0.013838;REVB=-0.0260067;RO=40;SAF=31;SAR=17;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062595;STB=0.534468;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0135456;OID=.;OPOS=95363054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:40:48:48:0.545455:17:31:23:17:17:31:23:17 chr1 95709821 . T C 323.45 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9837;QD=53.9076;RBI=0.0459774;REFB=0;REVB=0.0431307;RO=0;SAF=19;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102527;OID=.;OPOS=95709821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:4:19:0:0:4:20:0:0 chr1 95709939 . T G 1277.26 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257124;FXX=0.0348797;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.991;QD=61.5549;RBI=0.0259547;REFB=0;REVB=0.00353813;RO=0;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104966;OID=.;OPOS=95709939;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:81:83:1:37:44:0:0:37:46:0:0 chr1 97189091 . G A 576.47 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00570563;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6037;QD=56.2407;RBI=0.00785535;REFB=0.027791;REVB=0.00539929;RO=1;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323034;STB=0.507439;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.00782478;OID=.;OPOS=97189091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:41:1:2:39:39:0.95122:14:25:0:1:14:25:1:1 chr1 97272456 . A G 849.65 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00161718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.772;QD=53.1029;RBI=0.0103679;REFB=-0.0261554;REVB=0.010241;RO=3;SAF=23;SAR=38;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270391;STB=0.514343;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000107138;OID=.;OPOS=97272456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:64:3:3:61:61:0.953125:38:23:2:1:38:23:2:1 chr1 97981395 . T C 364.28 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00411145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.612;QD=21.1179;RBI=0.00413431;REFB=-0.000196524;REVB=0.000434167;RO=31;SAF=12;SAR=25;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194315;STB=0.601603;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.000263752;OID=.;OPOS=97981395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:32:37:37:0.536232:25:12:17:14:25:12:17:15 chr1 98015237 . G A 145.57 PASS AF=0.247312;AO=19;DP=90;FAO=23;FDP=93;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=48;FWDB=-0.0166225;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.874;QD=6.26096;RBI=0.0195422;REFB=-0.0167716;REVB=-0.0102758;RO=67;SAF=5;SAR=14;SRF=21;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766301;STB=0.508764;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0424985;OID=.;OPOS=98015237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:93:67:70:19:23:0.247312:14:5:21:46:16:7:22:48 chr1 98348885 . G A 868.25 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.859;QD=57.8833;RBI=0.0331321;REFB=0;REVB=0.0296614;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131901;OID=.;OPOS=98348885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr1 99127392 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0719016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3917;QD=52.612;RBI=0.107707;REFB=0;REVB=0.0801931;RO=0;SAF=18;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230802;OID=.;OPOS=99127392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:4:18:0:0:4:18:0:0 chr1 99225627 . G A 1389.48 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.973;QD=62.4485;RBI=0.0204408;REFB=0;REVB=-0.0075612;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101251;OID=.;OPOS=99225627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:87:89:1:44:43:0:0:46:43:0:0 chr1 100174670 . C T 210.62 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0130838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.842;QD=19.1476;RBI=0.0191144;REFB=0.00436441;REVB=0.0139347;RO=22;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626175;STB=0.523787;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.00771941;OID=.;OPOS=100174670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:23:21:21:0.477273:11:10:12:10:11:10:12:11 chr1 100203648 . C T 369.5 PASS AF=0.416667;AO=37;DP=93;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.00379967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4557;QD=15.3958;RBI=0.0225145;REFB=-0.0196556;REVB=0.0221916;RO=55;SAF=25;SAR=12;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16587;STB=0.580569;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0218789;OID=.;OPOS=100203648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:55:56:37:40:0.416667:12:25:29:26:14:26:29:27 chr1 100203693 . G A 513.02 PASS AF=0.470588;AO=53;DP=117;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0232088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.365;QD=17.2443;RBI=0.0279616;REFB=-0.0272006;REVB=0.015595;RO=64;SAF=27;SAR=26;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0060738;STB=0.505255;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0312428;OID=.;OPOS=100203693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:64:63:53:56:0.470588:26:27:33:31:27:29:32:31 chr1 100335977 . A G 390.4 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00427589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.957;QD=19.0439;RBI=0.004291;REFB=-0.0107428;REVB=0.000359819;RO=42;SAF=12;SAR=28;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22007;STB=0.622973;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0115521;OID=.;OPOS=100335977;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:28:12:22:20:28:12:22:20 chr1 100336361 . C T 814.24 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.616;QD=57.1396;RBI=0.0123159;REFB=0;REVB=0.00701914;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.109e-05;OID=.;OPOS=100336361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:27:29:0:0:28:29:0:0 chr1 100340787 . G A 84.33 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0843262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8736;QD=10.5415;RBI=0.0901859;REFB=-0.027791;REVB=-0.0319779;RO=21;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226644;STB=0.636116;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0287796;OID=.;OPOS=100340787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:4:7:9:12:4:7:9:12 chr1 100547994 . T C 989.52 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0274743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.993;QD=54.9732;RBI=0.0318468;REFB=-0.159603;REVB=0.0161052;RO=1;SAF=32;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145434;STB=0.508486;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0012949;OID=.;OPOS=100547994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:72:72:1:3:69:69:0.958333:37:32:1:0:37:32:2:1 chr1 100575933 . G A 1026.14 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00304493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5388;QD=59.4863;RBI=0.0331454;REFB=0;REVB=0.0330053;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184845;OID=.;OPOS=100575933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:34:35:0:0:34:35:0:0 chr1 100598866 . GC AT 909.68 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00786845;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=2;MLLD=249.362;QD=58.6889;RBI=0.0217704;REFB=0;REVB=0.0202987;RO=0;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.52108e-05;OID=.;OPOS=100598866;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:61:62:1:40:21:0:0:40:22:0:0 chr1 100671865 . TTA T,TAA,TT 55.22 PASS AF=0.866667,0,0;AO=4,5,4;DP=25;FAO=13,0,0;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=10,0,0;FSAR=3,0,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0868466,0.38977,-0.456478;FXX=0.166574;HRUN=6,6,13;LEN=2,1,1;MLLD=7.79443,5.71583,2.51016;QD=14.7243;RBI=0.171859,0.51592,0.608566;REFB=0.103602,0.00320637,0.0776792;REVB=0.148301,-0.338012,0.402468;RO=10;SAF=3,4,4;SAR=1,1,0;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0.431373,0,0;SSSB=0.282644,0.347085,0.694591;STB=0.545388,0.5,0.5;STBP=0.603,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=0.00150371,-0.054701,0.202555;OID=.,.,.;OPOS=100671866,100671866,100671867;OREF=TA,T,A;OALT=-,A,-;OMAPALT=T,TAA,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.866667,0,0:4,5,4:25:13,0,0:15:2:10,0,0:3,0,0:2:0:8:10:3,4,4:1,1,0:5:5 chr1 100672060 . T C 1767.44 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.028;QD=60.9462;RBI=0.0462411;REFB=0;REVB=0.0375268;RO=0;SAF=51;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34162e-05;OID=.;OPOS=100672060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:64:51:0:0:64:52:0:0 chr1 100757144 . T G 41.66 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0139252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.552;QD=4.16586;RBI=0.0178055;REFB=-0.0152024;REVB=-0.0110961;RO=33;SAF=1;SAR=6;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47343;STB=0.829763;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0484464;OID=.;OPOS=100757144;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:33:33:7:7:0.175:6:1:17:16:6:1:17:16 chr1 101005855 . T C 871.29 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.003962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.883;QD=56.2119;RBI=0.0142348;REFB=0.113379;REVB=0.0136723;RO=1;SAF=35;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132969;STB=0.50704;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.0016651;OID=.;OPOS=101005855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:26:35:1:0:26:35:1:0 chr1 101006577 . A G 688.53 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7413;QD=62.5935;RBI=0.0512971;REFB=0;REVB=-0.0171134;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263497;OID=.;OPOS=101006577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr1 101007055 . C T 760.07 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.833;QD=56.3015;RBI=0.0467728;REFB=0;REVB=-0.00450197;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000725822;OID=.;OPOS=101007055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:35:18:0:0:36:18:0:0 chr1 101203827 . G A 402.78 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=0.000808409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.065;QD=19.1798;RBI=0.0106732;REFB=-0.00903966;REVB=0.0106426;RO=42;SAF=24;SAR=17;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775211;STB=0.547698;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00780561;OID=.;OPOS=101203827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:43:41:41:0.488095:17:24:28:14:17:24:29:14 chr1 101440878 . TTA T,TTT 117.95 PASS AF=0.606061,0;AO=9,8;DP=48;FAO=20,0;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=5,0;FSAR=15,0;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00750048,0.115052;FXX=0.108079;HRUN=8,7;LEN=2,1;MLLD=11.5978,5.69964;QD=14.2966;RBI=0.220525,0.15328;REFB=0.00472769,-0.0940615;REVB=0.220398,-0.101281;RO=18;SAF=0,0;SAR=9,8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.771283,-0.757888;STB=0.529382,0.5;STBP=0.743,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0270665,0.0464003;OID=.,.;OPOS=101440879,101440880;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.606061,0:9,8:48:20,0:33:13:5,0:15,0:4:9:56:18:0,0:9,8:9:9 chr1 102325412 . C T 238.2 PASS AF=0.41791;AO=27;DP=66;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0105598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.973;QD=14.2207;RBI=0.0112579;REFB=-0.0318726;REVB=-0.00390276;RO=38;SAF=21;SAR=6;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347723;STB=0.712066;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0296274;OID=.;OPOS=102325412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:38:39:27:28:0.41791:6:21:18:20:6:22:18:21 chr1 103352451 . A G 300.48 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0279377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.704;QD=19.0778;RBI=0.0292891;REFB=0.00391071;REVB=0.00879402;RO=31;SAF=12;SAR=20;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501445;STB=0.52788;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.00313959;OID=.;OPOS=103352451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:20:12:10:21:20:12:10:21 chr1 103354115 . T C 310.68 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0164575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0897;QD=16.3516;RBI=0.0451196;REFB=0.0164901;REVB=-0.042011;RO=42;SAF=22;SAR=12;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149878;STB=0.58449;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.0201747;OID=.;OPOS=103354115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:12:22:21:21:12:22:21:21 chr1 103354138 . A G 463.16 PASS AF=0.54878;AO=44;DP=81;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00216797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.354;QD=22.5933;RBI=0.0290827;REFB=-0.0163377;REVB=0.0290018;RO=36;SAF=22;SAR=22;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681544;STB=0.537735;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0191642;OID=.;OPOS=103354138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:36:37:44:45:0.54878:22:22:21:15:22:23:22:15 chr1 103354428 . A G 284.61 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0328453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.041;QD=17.7878;RBI=0.035457;REFB=-0.0201615;REVB=0.0133562;RO=33;SAF=15;SAR=16;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000901156;STB=0.500504;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0267082;OID=.;OPOS=103354428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:16:15:16:17:16:15:16:17 chr1 103379918 . G A 282.25 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0412156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1275;QD=22.5798;RBI=0.0491355;REFB=0.0180795;REVB=0.0267501;RO=24;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668278;STB=0.537354;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.0161962;OID=.;OPOS=103379918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:15:11:12:12:15:11:12:12 chr1 103444679 . T G 777.92 PASS AF=0.880597;AO=59;DP=67;FAO=59;FDP=67;FR=.;FRO=8;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.01973;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.696;QD=46.4428;RBI=0.0205348;REFB=-0.0344601;REVB=0.0056923;RO=8;SAF=28;SAR=31;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789606;STB=0.542013;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.000655174;OID=.;OPOS=103444679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:67:67:8:8:59:59:0.880597:31:28:1:7:31:28:1:7 chr1 103471456 . CCAT C 648.95 PASS AF=0.532967;AO=109;DP=222;FAO=97;FDP=182;FR=.;FRO=85;FSAF=8;FSAR=89;FSRF=30;FSRR=55;FWDB=-0.0453851;FXX=0.416653;HRUN=2;LEN=3;MLLD=196.339;QD=14.2625;RBI=0.045807;REFB=-0.0181846;REVB=-0.00620283;RO=4;SAF=62;SAR=47;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296406;STB=0.745854;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0173176;OID=.;OPOS=103471457;OREF=CAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.532967:109:222:97:182:85:8:89:30:55:99:4:62:47:4:0 chr1 104234137 . G A 65.63 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0360936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.187;QD=11.4143;RBI=0.0842467;REFB=-0.0211446;REVB=-0.0761233;RO=14;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868934;STB=0.552509;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0284013;OID=.;OPOS=104234137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:2:7:10:4:2:7:10:4 chr1 107599918 . C T 404.02 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=70;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0153327;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=60.0158;QD=22.1381;RBI=0.0455304;REFB=0.00253959;REVB=-0.0428711;RO=30;SAF=22;SAR=18;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395593;STB=0.502074;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=-0.000369974;OID=.;OPOS=107599918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:30:33:40:40:0.547945:18:22:18:12:18:22:18:15 chr1 107979396 . A C 2297.07 PASS AF=0.987097;AO=152;DP=155;FAO=153;FDP=155;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0127248;FXX=0.012738;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.415;QD=59.2792;RBI=0.0333338;REFB=0.0519321;REVB=0.0308094;RO=2;SAF=74;SAR=78;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120394;STB=0.506249;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-2.93869e-05;OID=.;OPOS=107979396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:155:155:2:2:152:153:0.987097:78:74:0:2:79:74:0:2 chr1 108113526 . C G 55.55 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.229444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7845;QD=31.7416;RBI=0.246051;REFB=0;REVB=-0.0888608;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0156034;OID=.;OPOS=108113526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:3:3:0:0:3:4:0:0 chr1 108113856 . G A 137.73 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0370734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6942;QD=11.4771;RBI=0.053448;REFB=-0.033843;REVB=-0.0385;RO=31;SAF=6;SAR=10;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518407;STB=0.52195;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0372864;OID=.;OPOS=108113856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:31:32:16:16:0.333333:10:6:13:18:10:6:13:19 chr1 108113865 . G A 119.53 PASS AF=0.348837;AO=13;DP=42;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0212158;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.678;QD=11.1191;RBI=0.0378598;REFB=-0.00436735;REVB=-0.0313569;RO=28;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00984234;STB=0.542315;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00555773;OID=.;OPOS=108113865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:28:28:13:15:0.348837:8:5:11:17:10:5:11:17 chr1 108115145 . T C 1299.67 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.217;QD=61.1608;RBI=0.106511;REFB=0;REVB=0.105439;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000700108;OID=.;OPOS=108115145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:85:0:0:79:85:1:45:34:0:0:51:34:0:0 chr1 108313258 . C T 217.9 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0421197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5545;QD=13.8351;RBI=0.042165;REFB=-0.0250229;REVB=0.0019538;RO=36;SAF=11;SAR=15;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359531;STB=0.510657;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0127014;OID=.;OPOS=108313258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:37:26:26:0.412698:15:11:14:22:15:11:15:22 chr1 109010230 . G A 139.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0147428;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0384;QD=12.1714;RBI=0.0180875;REFB=-0.00756499;REVB=-0.0104789;RO=29;SAF=3;SAR=13;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269879;STB=0.654459;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0210132;OID=.;OPOS=109010230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:30:16:16:0.347826:13:3:11:18:13:3:11:19 chr1 109173710 . G A 253.49 PASS AF=0.510638;AO=23;DP=46;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0506677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3888;QD=21.5735;RBI=0.0808512;REFB=-0.0236475;REVB=-0.0630055;RO=23;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395617;STB=0.533186;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0147745;OID=.;OPOS=109173710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:23:23:23:24:0.510638:13:10:9:14:13:11:9:14 chr1 109256135 . T C 179.65 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0329061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.476;QD=15.6217;RBI=0.0329992;REFB=-0.022767;REVB=0.0024779;RO=27;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243285;STB=0.514004;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0267583;OID=.;OPOS=109256135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:11:8:12:15:11:8:12:15 chr1 109265029 . G T 1311.8 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0120318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.7514;QD=59.6273;RBI=0.0162428;REFB=-0.157296;REVB=0.0109117;RO=2;SAF=43;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215241;STB=0.511361;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00288297;OID=.;OPOS=109265029;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:2:2:86:86:0.977273:43:43:2:0:43:43:2:0 chr1 109351501 . A G 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0067963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.672;QD=62.6702;RBI=0.0394106;REFB=0;REVB=0.0388202;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.40263e-05;OID=.;OPOS=109351501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr1 109363232 . T C 126.21 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00335905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.0674;QD=10.9743;RBI=0.00727777;REFB=-0.0051447;REVB=0.00645622;RO=31;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271915;STB=0.660811;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0149295;OID=.;OPOS=109363232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:6:9:11:20:6:9:11:20 chr1 109394564 . T C 197.81 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0230568;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.709;QD=10.9894;RBI=0.0230639;REFB=-0.0196561;REVB=0.000573349;RO=46;SAF=10;SAR=15;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101339;STB=0.502888;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0309708;OID=.;OPOS=109394564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:46:47:25:25:0.347222:15:10:18:28:15:10:19:28 chr1 109395105 . C T 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0026745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.552;QD=19.7626;RBI=0.00929735;REFB=-0.0279482;REVB=-0.00890437;RO=25;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035428;STB=0.519983;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0282091;OID=.;OPOS=109395105;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:11:12:14:11:11:12:14:11 chr1 109465165 . ACTT A 348.59 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0138244;FXX=0.0645092;HRUN=1;LEN=3;MLLD=235.897;QD=16.0272;RBI=0.0139906;REFB=-0.00599293;REVB=0.00214982;RO=40;SAF=24;SAR=13;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732157;STB=0.565779;STBP=0.336;TYPE=del;VARB=0.0129485;OID=.;OPOS=109465166;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425287:37:89:37:87:50:24:13:27:23:99:40:24:13:23:17 chr1 109472773 . G A 1542.12 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0496292;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1945;QD=58.193;RBI=0.0708912;REFB=-0.103436;REVB=0.0506212;RO=0;SAF=43;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99311e-08;STB=0.503999;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00147235;OID=.;OPOS=109472773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:0:1:104:105:0.990566:61:43:0:0:62:43:0:1 chr1 109486196 . A G 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0020696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.177;QD=13.8494;RBI=0.00300055;REFB=-0.00966974;REVB=0.00217257;RO=25;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865243;STB=0.550395;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0141634;OID=.;OPOS=109486196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:7:9:12:13:7:9:12:13 chr1 109486238 . CTTA CTA,CTT 31.08 PASS AF=0,0.333333;AO=3,7;DP=22;FAO=0,7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=0,3;FSAR=0,4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.386103,0.164837;FXX=0.0454339;HRUN=2,4;LEN=1,1;MLLD=18.5343,13.2778;QD=5.92046;RBI=0.394633,0.172133;REFB=-0.0503069,-0.0108514;REVB=-0.0816045,-0.0495855;RO=9;SAF=3,3;SAR=0,4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0.395349;SSEP=0,0;SSSB=0.703681,0.0922775;STB=0.5,0.594327;STBP=1,0.568;TYPE=del,del;VARB=0.0273486,0.0152133;OID=.,.;OPOS=109486239,109486241;OREF=T,A;OALT=-,-;OMAPALT=CTA,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.333333:3,7:22:0,7:21:14:0,3:0,4:8:6:31:9:3,3:0,4:3:6 chr1 109656946 . T C 621.14 PASS AF=0.559633;AO=61;DP=109;FAO=61;FDP=109;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=46;FSRF=12;FSRR=36;FWDB=-0.0295271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.52;QD=22.7941;RBI=0.0310574;REFB=-0.0308044;REVB=0.0096287;RO=46;SAF=15;SAR=46;SRF=11;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0072121;STB=0.502426;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0207856;OID=.;OPOS=109656946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:46:48:61:61:0.559633:46:15:11:35:46:15:12:36 chr1 109704618 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.988;QD=44.6898;RBI=0.0287413;REFB=0;REVB=-0.0189529;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69301e-05;OID=.;OPOS=109704618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr1 109735298 . T C 805.15 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.605;QD=64.4116;RBI=0.0261533;REFB=0;REVB=0.00899404;RO=0;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52367e-05;OID=.;OPOS=109735298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:21:29:0:0:21:29:0:0 chr1 109735416 . A C 647.25 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.593;QD=61.6425;RBI=0.0432197;REFB=0;REVB=0.0141197;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.63041e-05;OID=.;OPOS=109735416;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:39:42:1:22:17:0:0:24:18:0:0 chr1 109737063 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.987;QD=51.1845;RBI=0.0704114;REFB=0;REVB=0.0531207;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0005892;OID=.;OPOS=109737063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr1 109737090 . G A 340.39 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.845;QD=54.4616;RBI=0.0281958;REFB=0;REVB=0.0224282;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357273;OID=.;OPOS=109737090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:14:10:0:0:15:10:0:0 chr1 109737132 . T C 417.97 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0226193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.329;QD=53.9317;RBI=0.0286543;REFB=-0.0990391;REVB=0.0175909;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.518506;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00975376;OID=.;OPOS=109737132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:17:13:0:0:17:13:1:0 chr1 109737172 . C T 464.86 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.387;QD=58.1071;RBI=0.0366813;REFB=0;REVB=0.0257679;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130954;OID=.;OPOS=109737172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:18:12:0:0:20:12:0:0 chr1 109742485 . G A 719.99 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0316226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.644;QD=54.3391;RBI=0.0392201;REFB=0.0145643;REVB=0.0231998;RO=0;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.62909e-08;STB=0.507244;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=6.1235e-05;OID=.;OPOS=109742485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:51:52:0.981132:18:33:0:0:18:34:1:0 chr1 109745618 . T C 1237.81 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3203;QD=61.1265;RBI=0.0274394;REFB=0;REVB=0.0167312;RO=0;SAF=29;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191154;OID=.;OPOS=109745618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:81:0:0:79:81:1:50:29:0:0:51:30:0:0 chr1 109771063 . T C 786.3 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00244581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.952;QD=55.1787;RBI=0.0881083;REFB=-0.0893536;REVB=0.0880743;RO=1;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192354;STB=0.5098;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000437946;OID=.;OPOS=109771063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:55:56:0.982456:24:31:0:1:25:31:0:1 chr1 109773544 . C CG,G 31.15 PASS AF=0.122807,0;AO=17,9;DP=115;FAO=14,0;FDP=114;FR=.;FRO=100;FSAF=2,0;FSAR=12,0;FSRF=64;FSRR=36;FWDB=-0.00951279,-0.00260657;FXX=0.0086949;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=24.1719,43.0871;QD=1.09285;RBI=0.0968219,0.131653;REFB=-0.0595768,-0.019173;REVB=-0.0963535,-0.131628;RO=86;SAF=2,0;SAR=15,9;SRF=63;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.683912,-0.722577;STB=0.891402,0.5;STBP=0.003,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.165754,0;OID=.,.;OPOS=109773545,109773544;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:115:114:86:100:17,9:14,0:0.122807,0:15,9:2,0:63:23:12,0:2,0:64:36 chr1 109794252 . T C 708.19 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.937;QD=61.5818;RBI=0.0259839;REFB=0;REVB=0.0178708;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000695216;OID=.;OPOS=109794252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:25:20:0:0:25:21:0:0 chr1 109795608 . T C 160.27 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0745046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.266;QD=45.7903;RBI=0.0959541;REFB=0;REVB=-0.060467;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00581371;OID=.;OPOS=109795608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr1 109807099 . G A 282.97 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.00303421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.706;QD=14.8932;RBI=0.0383722;REFB=-0.0188667;REVB=-0.038252;RO=44;SAF=17;SAR=15;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17038;STB=0.596189;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0122037;OID=.;OPOS=109807099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:15:17:16:28:15:17:16:28 chr1 109810544 . C A 610.47 PASS AF=0.529915;AO=58;DP=113;FAO=62;FDP=117;FR=.;FRO=55;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.0434469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.758;QD=20.8708;RBI=0.0434619;REFB=-0.0331142;REVB=-0.00114412;RO=55;SAF=38;SAR=20;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244429;STB=0.608805;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0300524;OID=.;OPOS=109810544;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:117:55:55:58:62:0.529915:20:38:21:34:24:38:21:34 chr1 109816176 . A C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.683;QD=42.1826;RBI=0.0164094;REFB=0;REVB=-0.00251429;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.78885e-05;OID=.;OPOS=109816176;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr1 109818263 . G A 1026.34 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.873;QD=59.4981;RBI=0.0255028;REFB=0;REVB=0.00454259;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31694e-05;OID=.;OPOS=109818263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:29:40:0:0:29:40:0:0 chr1 109825360 . C T 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.86;QD=51.9122;RBI=0.0613549;REFB=0;REVB=0.0539974;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000576564;OID=.;OPOS=109825360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr1 109836835 . A G 138.75 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0200261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.562;QD=16.3229;RBI=0.0209436;REFB=-0.016086;REVB=-0.00613115;RO=18;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607709;STB=0.556384;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0154813;OID=.;OPOS=109836835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:15:16:0.470588:10:5:5:13:10:6:5:13 chr1 109836842 . C G 160.48 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00116673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6438;QD=18.3409;RBI=0.109079;REFB=0.00639493;REVB=-0.109073;RO=16;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079858;STB=0.555916;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.00588301;OID=.;OPOS=109836842;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:18:17:17:0.485714:12:5:6:10:12:5:7:11 chr1 109838918 . C T 806.37 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0204121;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2016;QD=55.612;RBI=0.0467826;REFB=-0.0929383;REVB=0.0420946;RO=1;SAF=28;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165422;STB=0.508472;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00181894;OID=.;OPOS=109838918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:56:57:0.982759:28:28:1:0:28:29:1:0 chr1 109839433 . A G 1472.5 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00133749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.244;QD=63.3333;RBI=0.0197924;REFB=0;REVB=0.0197471;RO=0;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27211e-05;OID=.;OPOS=109839433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:50:43:0:0:50:43:0:0 chr1 109856306 . G A 201.13 PASS AF=0.317073;AO=26;DP=82;FAO=26;FDP=82;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.0346573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8779;QD=9.81117;RBI=0.0364182;REFB=0.00144025;REVB=-0.0111873;RO=54;SAF=5;SAR=21;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24;STB=0.648021;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=-0.00410699;OID=.;OPOS=109856306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:54:56:26:26:0.317073:21:5:19:35:21:5:20:36 chr1 109856384 . CAA C 515.7 PASS AF=1;AO=35;DP=41;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00823563;FXX=0.0212721;HRUN=6;LEN=2;MLLD=25.1075;QD=44.843;RBI=0.0355376;REFB=0;REVB=-0.0345701;RO=0;SAF=6;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61498e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000806537;OID=.;OPOS=109856385;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:41:46:46:0:9:37:0:0:10:0:6:29:0:0 chr1 109884775 . T G 1206.86 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00448576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1344;QD=61.1066;RBI=0.0286275;REFB=0;REVB=0.0282738;RO=0;SAF=31;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277217;OID=.;OPOS=109884775;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:48:31:0:0:48:31:0:0 chr1 109888483 . C T 49.56 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0776982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0768;QD=15.2504;RBI=0.0781105;REFB=-0.0569012;REVB=-0.00801422;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183473;STB=0.60839;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0425002;OID=.;OPOS=109888483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:2:4:3:4:2:4 chr1 109897103 . A G 1207.41 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0094058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.5541;QD=60.3703;RBI=0.0362551;REFB=0;REVB=0.0350137;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015803;OID=.;OPOS=109897103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:80:0:0:79:80:1:41:38:0:0:42:38:0:0 chr1 110086451 . G A 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0513057;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=131.865;QD=36.3485;RBI=0.051993;REFB=0.0297409;REVB=0.00842648;RO=1;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473806;STB=0.526269;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.000136363;OID=.;OPOS=110086451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:9:2:0:1:9:2:0:1 chr1 110087405 . T C 457.36 PASS AF=0.942857;AO=32;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0126969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.639;QD=52.2701;RBI=0.0695208;REFB=-0.0725226;REVB=0.0683515;RO=1;SAF=15;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301077;STB=0.531231;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00153703;OID=.;OPOS=110087405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:1:2:32:33:0.942857:17:15:1:0:18:15:2:0 chr1 110134210 . TA T 628.43 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00485277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.0877;QD=47.4284;RBI=0.0309939;REFB=0;REVB=-0.0306116;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000799526;OID=.;OPOS=110134211;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:51:52:53:53:0:27:26:0:0:11:0:25:26:0:0 chr1 110151395 . G T 1553.9 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122188;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.925;QD=64.0785;RBI=0.0247746;REFB=0;REVB=-0.0215518;RO=0;SAF=32;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58913e-06;OID=.;OPOS=110151395;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:64:32:0:0:64:33:0:0 chr1 110162918 . T C,G 994.85 PASS AF=0.970588,0.0294118;AO=64,3;DP=68;FAO=66,2;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=16,1;FSAR=50,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0854911,-0.0213474;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=103.498,133.437;QD=58.5207;RBI=0.0905986,0.0215389;REFB=0,0;REVB=0.0299897,-0.00286597;RO=1;SAF=15,2;SAR=49,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00954358,0.266641;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=1.93434e-05,0.128827;OID=.,.;OPOS=110162918,110162918;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:68:68:1:0:64,3:66,2:0.970588,0.0294118:49,1:15,2:0:1:50,1:16,1:0:0 chr1 110163879 . G A 1717.48 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100362;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.372;QD=60.7956;RBI=0.108328;REFB=0;REVB=0.0407714;RO=0;SAF=63;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61771e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220064;OID=.;OPOS=110163879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:113:0:0:109:113:1:46:63:0:0:47:66:0:0 chr1 110170896 . T C 740.79 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0372932;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.244;QD=56.984;RBI=0.060968;REFB=0;REVB=0.0482319;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14189e-05;OID=.;OPOS=110170896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr1 110201699 . T C 1105.3 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0235796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.4616;QD=57.4181;RBI=0.0890297;REFB=-0.0316537;REVB=-0.0858504;RO=2;SAF=48;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00744549;STB=0.503936;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00303273;OID=.;OPOS=110201699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:77:77:2:2:75:75:0.974026:27:48:1:1:27:48:1:1 chr1 110201809 . G T 1017.07 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0217835;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.617;QD=57.2996;RBI=0.04181;REFB=-0.0624847;REVB=-0.0356869;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505745;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.000465325;OID=.;OPOS=110201809;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:69:70:0.985915:43:26:0:0:43:27:0:1 chr1 110201812 . A G 1057.76 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.754;QD=58.7644;RBI=0.054609;REFB=0;REVB=0.0314399;RO=1;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108712;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029233;OID=.;OPOS=110201812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:72:72:1:0:71:72:1:43:28:0:1:44:28:0:0 chr1 110210780 . C G 73.27 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0650034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.118;QD=36.6342;RBI=0.103515;REFB=0;REVB=0.08056;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0037281;OID=.;OPOS=110210780;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:5:2:0:0:6:2:0:0 chr1 110233147 . C T 832.66 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0184389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.883;QD=52.8674;RBI=0.0196034;REFB=-0.0621014;REVB=-0.00665598;RO=2;SAF=32;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0020369;STB=0.506381;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.000761503;OID=.;OPOS=110233147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:63:2:3:60:60:0.952381:28:32:1:1:28:32:2:1 chr1 110257814 . G C 198.41 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0219084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5595;QD=11.3377;RBI=0.0223573;REFB=-0.0171251;REVB=0.00445777;RO=45;SAF=15;SAR=10;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025846;STB=0.514958;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0290212;OID=.;OPOS=110257814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:45:25:25:0.357143:10:15:28:17:10:15:28:17 chr1 110279701 . C T 446.78 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.479;QD=57.6497;RBI=0.0858283;REFB=0;REVB=-0.0761025;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000192405;OID=.;OPOS=110279701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr1 110282972 . G T 358.93 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.130096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.38;QD=49.5074;RBI=0.131245;REFB=-0.182638;REVB=0.0173345;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538433;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00297801;OID=.;OPOS=110282972;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:29:29:0:2:27:27:0.931034:15:12:0:0:15:12:2:0 chr1 110295772 . T C 211.2 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00143689;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.003;QD=49.6943;RBI=0.0416094;REFB=0;REVB=0.0415846;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198721;OID=.;OPOS=110295772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr1 110300441 . G A 651.17 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00802762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.258;QD=62.0159;RBI=0.0104778;REFB=0;REVB=0.00673357;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.75584e-06;OID=.;OPOS=110300441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr1 110300504 . A G 849.27 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00431548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.576;QD=57.5777;RBI=0.0470171;REFB=0;REVB=-0.0468187;RO=0;SAF=39;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000502536;OID=.;OPOS=110300504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:20:39:0:0:20:39:0:0 chr1 110466338 . C A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0196121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.147;QD=10.6346;RBI=0.021779;REFB=-0.00118513;REVB=-0.00947062;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242792;STB=0.646696;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00131902;OID=.;OPOS=110466338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:3:5:5:8:3:5:5:8 chr1 110466466 . T C 348.17 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0461359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3272;QD=53.5645;RBI=0.063833;REFB=0;REVB=-0.0441149;RO=0;SAF=5;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00370423;OID=.;OPOS=110466466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:20:5:0:0:20:6:0:0 chr1 110466555 . G A 302.39 PASS AF=0.410256;AO=31;DP=81;FAO=32;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00928553;FXX=0.0487745;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.531;QD=15.5072;RBI=0.00976561;REFB=-0.00437718;REVB=0.00302425;RO=39;SAF=13;SAR=18;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00924021;STB=0.54192;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00726111;OID=.;OPOS=110466555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:78:39:44:31:32:0.410256:18:13:16:23:19:13:21:23 chr1 110466709 . T C 2888.2 PASS AF=0.965347;AO=194;DP=201;FAO=195;FDP=202;FR=.;FRO=7;FSAF=91;FSAR=104;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0220926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8429;QD=57.192;RBI=0.0278592;REFB=-0.0295477;REVB=-0.0169721;RO=7;SAF=91;SAR=103;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217281;STB=0.511287;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0074102;OID=.;OPOS=110466709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:201:202:7:7:194:195:0.965347:103:91:1:6:104:91:1:6 chr1 110466810 . C A 620.45 PASS AF=0.525424;AO=62;DP=119;FAO=62;FDP=118;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00871064;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4988;QD=21.0321;RBI=0.00985809;REFB=-0.00470965;REVB=0.00461593;RO=55;SAF=25;SAR=37;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092173;STB=0.546834;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00451638;OID=.;OPOS=110466810;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:55:56:62:62:0.525424:37:25:28:27:37:25:28:28 chr1 110467745 . A G 754.34 PASS AF=1;AO=51;DP=55;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00337088;FXX=0.0535619;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.933;QD=56.931;RBI=0.00372624;REFB=0;REVB=0.00158809;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123812;OID=.;OPOS=110467745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:53:0:0:51:53:1:26:25:0:0:28:25:0:0 chr1 110740790 . C T 674.01 PASS AF=0.62766;AO=55;DP=90;FAO=59;FDP=94;FR=.;FRO=35;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0422929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2605;QD=28.6814;RBI=0.0730517;REFB=-0.00553832;REVB=0.0595639;RO=35;SAF=38;SAR=17;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509329;STB=0.513358;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00315449;OID=.;OPOS=110740790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:94:35:35:55:59:0.62766:17:38:22:13:20:39:22:13 chr1 110884840 . AG AA,A 731.6 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=2,45;DP=53;FAO=3,54;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=1,24;FSAR=2,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107467,0.239505;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=7.84345,22.6431;QD=51.3403;RBI=0.260002,0.289047;REFB=0,0;REVB=0.236753,0.161819;RO=4;SAF=1,21;SAR=1,24;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0.285418;SSSB=-0.237547,-0.043402;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.0651209,0.0158319;OID=.,.;OPOS=110884841,110884841;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0526316,0.947368:2,45:53:3,54:57:0:1,24:2,30:0:0:8:4:1,21:1,24:3:1 chr1 111060669 . T C 274.71 PASS AF=0.483871;AO=19;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0340386;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.371;QD=17.7232;RBI=0.0359649;REFB=-0.0117051;REVB=0.0116122;RO=30;SAF=4;SAR=15;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128538;STB=0.580593;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0140564;OID=.;OPOS=111060669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:32:19:30:0.483871:15:4:9:21:15:15:11:21 chr1 111061011 . C A 222.05 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.000738281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.434;QD=14.5604;RBI=0.0357473;REFB=-0.0133892;REVB=0.0357397;RO=35;SAF=11;SAR=15;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121109;STB=0.568847;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00844395;OID=.;OPOS=111061011;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:15:11:19:16:15:11:19:16 chr1 111061062 . T C 246.32 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0067517;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=328.438;QD=13.4968;RBI=0.0140903;REFB=-0.000805715;REVB=-0.0123673;RO=42;SAF=13;SAR=16;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151764;STB=0.585308;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00112554;OID=.;OPOS=111061062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:44:29:29:0.39726:16:13:25:17:16:13:26:18 chr1 111441829 . C T 424.79 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0607644;FXX=0.03529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7165;QD=20.7216;RBI=0.0987531;REFB=0.0382708;REVB=-0.0778451;RO=43;SAF=14;SAR=28;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14954;STB=0.561373;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.0395278;OID=.;OPOS=111441829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:82:43:40:42:42:0.512195:28:14:21:22:28:14:18:22 chr1 111584463 . G GT 174.13 PASS AF=0.426667;AO=30;DP=78;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.017995;FXX=0.0384566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.0712;QD=9.28671;RBI=0.0221625;REFB=-0.0205326;REVB=0.0129366;RO=46;SAF=13;SAR=17;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116748;STB=0.555892;STBP=0.431;TYPE=ins;VARB=0.0208342;OID=.;OPOS=111584464;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.426667:30:78:32:75:43:14:18:23:20:99:46:13:17:25:21 chr1 111584509 . G A 348.82 PASS AF=0.413043;AO=37;DP=91;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0223289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3096;QD=15.166;RBI=0.0263045;REFB=-0.0181559;REVB=0.013905;RO=54;SAF=16;SAR=21;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268103;STB=0.523825;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0230171;OID=.;OPOS=111584509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:54:54:37:38:0.413043:21:16:22:32:21:17:22:32 chr1 111783982 . C A 439.88 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.025538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.019;QD=22.2724;RBI=0.0512419;REFB=-0.0124117;REVB=-0.0444245;RO=36;SAF=19;SAR=24;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206605;STB=0.613545;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00797598;OID=.;OPOS=111783982;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:36:36:43:43:0.544304:24:19:25:11:24:19:25:11 chr1 111783996 . A G 1157.65 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0146964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.481;QD=59.3665;RBI=0.0223453;REFB=-0.0871195;REVB=0.0168323;RO=1;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133285;STB=0.50704;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-1.0466e-05;OID=.;OPOS=111783996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:1:1:76:77:0.987179:35:41:0:1:35:42:0:1 chr1 111833488 . C CCT 2149.2 PASS AF=0.985612;AO=131;DP=143;FAO=137;FDP=139;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=80;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0153847;FXX=0.0479419;HRUN=2;LEN=2;MLLD=273.302;QD=61.8476;RBI=0.0234177;REFB=0.0105886;REVB=0.017655;RO=3;SAF=53;SAR=78;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115408;STB=0.508619;STBP=0.12;TYPE=ins;VARB=0.000320023;OID=.;OPOS=111833489;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.985612:131:143:137:139:2:57:80:2:0:4:3:53:78:2:1 chr1 111833517 . G A 2142.83 PASS AF=0.978873;AO=135;DP=139;FAO=139;FDP=142;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0216144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8579;QD=60.3613;RBI=0.0504737;REFB=0.0457406;REVB=0.0456116;RO=2;SAF=58;SAR=77;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012186;STB=0.50909;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.000425699;OID=.;OPOS=111833517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:139:142:2:3:135:139:0.978873:77:58:0:2:81:58:0:3 chr1 111857154 . T C 258.75 PASS AF=0.352273;AO=31;DP=88;FAO=31;FDP=88;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.00542902;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.173;QD=11.7612;RBI=0.0133506;REFB=-0.000720674;REVB=0.0121969;RO=57;SAF=16;SAR=15;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126117;STB=0.572635;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00195846;OID=.;OPOS=111857154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:57:57:31:31:0.352273:15:16:23:34:15:16:23:34 chr1 111858444 . C T 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0215455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.065;QD=11.6672;RBI=0.0264323;REFB=-0.00302724;REVB=-0.0153121;RO=26;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324566;STB=0.68941;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00495549;OID=.;OPOS=111858444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:6:8:7:19:6:8:7:19 chr1 111861841 . A G 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0202865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.031;QD=21.0652;RBI=0.0242432;REFB=-0.0310981;REVB=0.0132737;RO=23;SAF=13;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130581;STB=0.582691;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0298861;OID=.;OPOS=111861841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:24:24:24:0.5:11:13:9:14:11:13:9:15 chr1 111861974 . T C 431.35 PASS AF=0.61194;AO=41;DP=67;FAO=41;FDP=67;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0061047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.163;QD=25.7525;RBI=0.00642352;REFB=-0.0142818;REVB=-0.00199857;RO=26;SAF=24;SAR=17;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00616228;STB=0.503369;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00829525;OID=.;OPOS=111861974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:26:26:41:41:0.61194:17:24:15:11:17:24:15:11 chr1 111862952 . T G 232.93 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0808757;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3056;QD=14.7894;RBI=0.0922248;REFB=-0.00997926;REVB=-0.044323;RO=34;SAF=14;SAR=13;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107437;STB=0.505296;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0144725;OID=.;OPOS=111862952;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:36:27:27:0.428571:13:14:18:16:13:14:19:17 chr1 111957097 . C G 146.32 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0229046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8102;QD=16.7225;RBI=0.037703;REFB=-0.0076062;REVB=0.0299482;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842285;STB=0.548326;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00858337;OID=.;OPOS=111957097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:7:9:9:10:7:9:9:10 chr1 111957245 . G A 331.91 PASS AF=0.538462;AO=34;DP=63;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0263877;FXX=0.0151492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.0777;QD=20.4253;RBI=0.0368113;REFB=-0.0319046;REVB=-0.0256664;RO=29;SAF=9;SAR=25;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234914;STB=0.62832;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0249692;OID=.;OPOS=111957245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:29:30:34:35:0.538462:25:9:15:14:26:9:15:15 chr1 111957517 . T C 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0129228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.057;QD=19.7024;RBI=0.0201777;REFB=-0.0229359;REVB=0.0154965;RO=16;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383959;STB=0.521714;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0252745;OID=.;OPOS=111957517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:6:11:11:5:6:11:11:5 chr1 111957563 . C T 35.59 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00492728;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.737;QD=5.47506;RBI=0.0445617;REFB=-0.00877187;REVB=-0.0442885;RO=19;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295833;STB=0.688931;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0275689;OID=.;OPOS=111957563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:26:19:20:6:6:0.230769:1:5:12:7:1:5:13:7 chr1 111957570 . G C 53.73 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.010294;FXX=0.0312402;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.339;QD=6.93337;RBI=0.0202345;REFB=-0.00740931;REVB=-0.0174204;RO=23;SAF=6;SAR=2;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329763;STB=0.711313;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0387568;OID=.;OPOS=111957570;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:32:31:23:23:8:8:0.258065:2:6:11:12:2:6:11:12 chr1 111957583 . A G 51.44 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00928406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.821;QD=5.71558;RBI=0.0255626;REFB=0.00156147;REVB=-0.0238171;RO=28;SAF=6;SAR=2;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275222;STB=0.681336;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=-0.01641;OID=.;OPOS=111957583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:28:28:8:8:0.222222:2:6:15:13:2:6:15:13 chr1 111957592 . A G 102.69 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00484678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.811;QD=9.33498;RBI=0.00854641;REFB=-0.000376718;REVB=-0.00703917;RO=30;SAF=11;SAR=2;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.484442;STB=0.806438;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00090664;OID=.;OPOS=111957592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:31:13:13:0.295455:2:11:14:16:2:11:14:17 chr1 111957693 . A G 286.88 PASS AF=0.346535;AO=35;DP=101;FAO=35;FDP=101;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.0255745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1669;QD=11.3615;RBI=0.0356152;REFB=0.000236528;REVB=-0.0247868;RO=65;SAF=24;SAR=11;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227273;STB=0.636712;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00027802;OID=.;OPOS=111957693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:65:66:35:35:0.346535:11:24:32:33:11:24:32:34 chr1 111966291 . C T 214.78 PASS AF=0.438596;AO=24;DP=56;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00275996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.578;QD=15.0724;RBI=0.0205441;REFB=0.00237436;REVB=0.0203578;RO=32;SAF=16;SAR=8;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143905;STB=0.589669;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.00209376;OID=.;OPOS=111966291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:32:32:24:25:0.438596:8:16:17:15:8:17:17:15 chr1 112029193 . A G 723.56 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.02171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.4;QD=54.608;RBI=0.0287162;REFB=0.0390973;REVB=-0.0187961;RO=1;SAF=19;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241356;STB=0.512816;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.000407452;OID=.;OPOS=112029193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:1:1:51:52:0.981132:32:19:1:0:33:19:1:0 chr1 112033285 . G C 811.66 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8302;QD=55.9766;RBI=0.0112161;REFB=0;REVB=0.00123327;RO=1;SAF=16;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113664;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000845771;OID=.;OPOS=112033285;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:58:1:0:57:58:1:41:16:0:1:42:16:0:0 chr1 112042632 . A G 1025.81 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0161384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2245;QD=55.4494;RBI=0.0389849;REFB=-0.0954335;REVB=0.0354876;RO=3;SAF=48;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296137;STB=0.515681;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0135426;OID=.;OPOS=112042632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:74:74:3:3:71:71:0.959459:23:48:1:2:23:48:1:2 chr1 112042727 . T C 365.6 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0288272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.262;QD=18.7489;RBI=0.0333698;REFB=-0.0071872;REVB=0.0168089;RO=40;SAF=19;SAR=19;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230072;STB=0.512814;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00576102;OID=.;OPOS=112042727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:19:19:19:21:19:19:19:21 chr1 112251902 . C T 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0112048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.076;QD=17.7534;RBI=0.0112239;REFB=-0.00565803;REVB=0.000652889;RO=27;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00136784;STB=0.50077;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00610474;OID=.;OPOS=112251902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:13:12:13:14:13:12:13:14 chr1 112269872 . G A 182.33 PASS AF=0.62069;AO=17;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.000299754;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.386;QD=25.1492;RBI=0.025992;REFB=-0.0272007;REVB=0.0259902;RO=12;SAF=9;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143851;STB=0.572439;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0106334;OID=.;OPOS=112269872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:29:29:12:11:17:18:0.62069:8:9:4:8:8:10:4:7 chr1 112308953 . T C 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0204581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.929;QD=26.8489;RBI=0.0205436;REFB=-0.00841895;REVB=-0.00187181;RO=7;SAF=11;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276867;STB=0.65541;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00507426;OID=.;OPOS=112308953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:4:11:2:5:4:11:2:5 chr1 112308972 . G A 138.93 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0299516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.791;QD=19.847;RBI=0.0299632;REFB=-0.0119622;REVB=0.000835037;RO=13;SAF=11;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303438;STB=0.673226;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00734908;OID=.;OPOS=112308972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:4:11:5:8:4:11:5:8 chr1 112524974 . C T 211.06 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.00161005;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.995;QD=11.8909;RBI=0.00739226;REFB=-0.00764482;REVB=0.00721479;RO=41;SAF=10;SAR=16;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334685;STB=0.510243;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0163814;OID=.;OPOS=112524974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:41:45:26:26:0.366197:16:10:17:24:16:10:18:27 chr1 112539061 . A G 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0117119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.383;QD=18.7112;RBI=0.029583;REFB=-0.00042429;REVB=-0.0271659;RO=19;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126213;STB=0.571785;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=4.51537e-05;OID=.;OPOS=112539061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:7:11:9:10:7:11:9:10 chr1 112999227 . G A 669.8 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0725015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7554;QD=62.3071;RBI=0.0951666;REFB=0;REVB=-0.0616458;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00209057;OID=.;OPOS=112999227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr1 113000565 . AA GA,GG 745.48 PASS AF=0.946429,0.0357143;AO=52,2;DP=56;FAO=53,2;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=26,0;FSAR=27,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0555062,0.032646;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=147.254,58.7283;QD=53.2489;RBI=0.0567423,0.0353875;REFB=-0.0304057,-0.0751983;REVB=-0.0117793,-0.0136568;RO=1;SAF=26,0;SAR=26,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0177719,0;STB=0.509087,0.5;STBP=0.527,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-8.3762e-05,0.0832098;OID=.,.;OPOS=113000565,113000565;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:56:56:1:1:52,2:53,2:0.946429,0.0357143:26,2:26,0:0:1:27,2:26,0:0:1 chr1 113000946 . GGTCA G 410.82 PASS AF=0.906977;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0275197;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=258.58;QD=38.216;RBI=0.0345678;REFB=-0.0483149;REVB=0.0209189;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.543456;STBP=0.091;TYPE=del;VARB=0.00441854;OID=.;OPOS=113000947;OREF=GTCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.906977:37:37:39:43:4:21:18:4:0:10:0:20:17:0:0 chr1 113192067 . A G 101.9 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00925574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.08;QD=8.86109;RBI=0.00935025;REFB=-0.0206984;REVB=0.00132606;RO=33;SAF=7;SAR=6;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098293;STB=0.559908;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0271435;OID=.;OPOS=113192067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:6:7:15:18:6:7:15:18 chr1 113255389 . C T 885.33 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00252711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.349;QD=58.0545;RBI=0.0129558;REFB=0;REVB=0.0127069;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23927e-06;OID=.;OPOS=113255389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:25:36:0:0:25:36:0:0 chr1 113456546 . A T 2331.62 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00954129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1828;QD=63.88;RBI=0.0126218;REFB=0;REVB=0.00826277;RO=0;SAF=80;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40775e-05;OID=.;OPOS=113456546;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:66:80:0:0:66:80:0:0 chr1 113657092 . A C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.18936e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.989;QD=47.8224;RBI=0.0259137;REFB=0;REVB=-0.0259137;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103513;OID=.;OPOS=113657092;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr1 114240319 . T TA 131.53 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00643904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.3581;QD=11.1944;RBI=0.0455195;REFB=-0.0402657;REVB=-0.0450618;RO=30;SAF=6;SAR=15;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168692;STB=0.62901;STBP=0.127;TYPE=ins;VARB=0.0451873;OID=.;OPOS=114240320;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.446809:21:51:21:47:26:6:15:13:13:99:30:6:15:13:17 chr1 114301256 . TAA ATA,TA,T 268.36 PASS AF=0,0.582418,0.230769;AO=5,25,20;DP=89;FAO=0,53,21;FDP=91;FR=.;FRO=17;FSAF=0,32,7;FSAR=0,21,14;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.11639,0.262385,0.13147;FXX=0.0319115;HRUN=1,8,8;LEN=2,1,2;MLLD=11.8449,5.83785,10.1634;QD=11.7959;RBI=0.162893,0.27169,0.13526;REFB=0.0434115,0.0152274,0.0106242;REVB=-0.113963,-0.0704956,-0.0317912;RO=26;SAF=0,20,4;SAR=5,5,16;SRF=17;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.716549,0.179821,-0.470236;STB=0.5,0.533321,0.565973;STBP=1,0.344,0.371;TYPE=mnp,del,del;VARB=0.0475361,0.0166264,0.0525821;OID=.,.,.;OPOS=114301256,114301257,114301257;OREF=TA,A,AA;OALT=AT,-,-;OMAPALT=ATA,TA,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:22:89:91:26:17:5,25,20:0,53,21:0,0.582418,0.230769:5,5,16:0,20,4:17:9:0,21,14:0,32,7:8:9 chr1 114301335 . C T 534.72 PASS AF=0.388889;AO=63;DP=162;FAO=63;FDP=162;FR=.;FRO=99;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=52;FSRR=47;FWDB=0.00832574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.828;QD=13.2029;RBI=0.00864017;REFB=-0.015391;REVB=-0.00230965;RO=97;SAF=34;SAR=29;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150186;STB=0.508859;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0262838;OID=.;OPOS=114301335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:97:99:63:63:0.388889:29:34:51:46:29:34:52:47 chr1 114377568 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.674;QD=49.5992;RBI=0.0213891;REFB=0;REVB=0.0130655;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280848;OID=.;OPOS=114377568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr1 114424601 . C T 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6009;QD=56.1874;RBI=0.0608297;REFB=0;REVB=0.0577979;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000938383;OID=.;OPOS=114424601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr1 114443899 . G A 308.34 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0381136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.317;QD=15.8123;RBI=0.043309;REFB=-0.0258739;REVB=-0.0205675;RO=42;SAF=23;SAR=11;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876974;STB=0.566462;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0316279;OID=.;OPOS=114443899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:44:34:34:0.435897:11:23:25:17:11:23:25:19 chr1 114448389 . C T 748.44 PASS AF=0.51049;AO=73;DP=143;FAO=73;FDP=143;FR=.;FRO=70;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=0.0281503;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.155;QD=20.9354;RBI=0.0281523;REFB=-0.013586;REVB=-0.000338447;RO=69;SAF=37;SAR=36;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090243;STB=0.552663;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0116788;OID=.;OPOS=114448389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:69:70:73:73:0.51049:36:37:42:27:36:37:43:27 chr1 114449662 . T C 506.03 PASS AF=0.443548;AO=55;DP=123;FAO=55;FDP=124;FR=.;FRO=69;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=0.00885843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.377;QD=16.3235;RBI=0.0107942;REFB=0.000200528;REVB=0.00616793;RO=68;SAF=28;SAR=27;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526695;STB=0.533243;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.00025973;OID=.;OPOS=114449662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:68:69:55:55:0.443548:27:28:31:37:27:28:31:38 chr1 114505000 . G A 266.22 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0142603;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3031;QD=15.6597;RBI=0.0361505;REFB=-0.00228589;REVB=-0.033219;RO=38;SAF=17;SAR=13;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118009;STB=0.566622;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00213524;OID=.;OPOS=114505000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:13:17:17:21:13:17:17:21 chr1 114515717 . G A 40.81 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0130954;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.193;QD=12.5574;RBI=0.0143666;REFB=-0.0242632;REVB=0.00590825;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538334;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0216134;OID=.;OPOS=114515717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:14:13:6:7:6:6:0.461538:3:3:3:3:3:3:4:3 chr1 114523869 . T C 212.53 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0307206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.699;QD=20.2409;RBI=0.0391051;REFB=-0.0320819;REVB=0.0241962;RO=20;SAF=7;SAR=14;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161307;STB=0.52629;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0175029;OID=.;OPOS=114523869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:21:21:21:0.5:14:7:7:13:14:7:8:13 chr1 114632115 . TAAAAAA AAAAAAT,TAAAAA,TTAAAAA 125.2 PASS AF=0.0188679,0.622642,0.0566038;AO=2,12,8;DP=48;FAO=1,33,3;FDP=53;FR=.;FRO=16;FSAF=1,7,0;FSAR=0,26,3;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.142948,0.0547372,0.118613;FXX=0.036357;HRUN=6,7,7;LEN=7,1,1;MLLD=209.626,7.54691,7.48672;QD=9.44933;RBI=0.14471,0.156032,0.119285;REFB=0.0134529,4.88656e-05,-0.0911511;REVB=-0.0225134,-0.146116,-0.0126376;RO=15;SAF=2,0,0;SAR=0,12,8;SRF=4;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.650927,-0.778699,-0.727743;STB=0.994159,0.518105,0.994761;STBP=0.142,0.769,0.246;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0524402,-0.000552305,0.129903;OID=.,.,.;OPOS=114632115,114632116,114632116;OREF=TAAAAAA,A,A;OALT=AAAAAAT,-,T;OMAPALT=AAAAAAT,TAAAAA,TTAAAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:43:48:53:15:16:2,12,8:1,33,3:0.0188679,0.622642,0.0566038:0,12,8:2,0,0:4:11:0,26,3:1,7,0:4:12 chr1 114948281 . A G 1226.58 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=86;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0340011;FXX=0.0348797;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.799;QD=59.1122;RBI=0.0395239;REFB=-0.0454087;REVB=0.020151;RO=2;SAF=46;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00315386;STB=0.501666;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00124141;OID=.;OPOS=114948281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:83:2:2:81:81:0.975904:35:46:1:1:35:46:1:1 chr1 115119392 . T C 137.84 PASS AF=0.517241;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00481797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.605;QD=19.0126;RBI=0.00808651;REFB=-0.0184589;REVB=0.00649452;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1854;STB=0.616284;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00929948;OID=.;OPOS=115119392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:14:14:14:15:0.517241:6:8:5:9:6:9:5:9 chr1 115430251 . GA G,GG 69.95 PASS AF=0.275862,0.0689655;AO=19,4;DP=59;FAO=16,4;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=9,1;FSAR=7,3;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.104356,-0.00811461;FXX=0.0169463;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=9.58843,26.4958;QD=4.82383;RBI=0.172907,0.0957298;REFB=-0.0825737,-0.0545696;REVB=0.137865,0.0953852;RO=32;SAF=13,1;SAR=6,3;SRF=13;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.301553,-0.189641;STB=0.562422,0.711399;STBP=0.571,0.407;TYPE=del,snp;VARB=0.108934,0.113396;OID=.,.;OPOS=115430252,115430252;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275862,0.0689655:19,4:59:16,4:58:38:9,1:7,3:18:20:49:32:13,1:6,3:13:19 chr1 115537933 . A G 179.53 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0500021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2319;QD=15.611;RBI=0.0500456;REFB=-0.0293712;REVB=0.00208574;RO=26;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973853;STB=0.546713;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0458064;OID=.;OPOS=115537933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:27:19:19:0.413043:12:7:12:14:12:7:12:15 chr1 115576023 . A G 1437.83 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00503967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2227;QD=61.8423;RBI=0.0138471;REFB=-0.0307705;REVB=0.0128975;RO=1;SAF=50;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938661;STB=0.504853;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00249639;OID=.;OPOS=115576023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:91:92:0.989247:41:50:1:0:41:51:1:0 chr1 115590998 . T C 807.23 PASS AF=0.529801;AO=80;DP=151;FAO=80;FDP=151;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.0233317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0078;QD=21.3836;RBI=0.0361919;REFB=-0.0166781;REVB=0.0276674;RO=71;SAF=33;SAR=47;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13016;STB=0.571339;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0192323;OID=.;OPOS=115590998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:71:71:80:80:0.529801:47:33:40:31:47:33:40:31 chr1 115591058 . T C 780.98 PASS AF=0.439153;AO=80;DP=189;FAO=83;FDP=189;FR=.;FRO=106;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=32;FSRR=74;FWDB=-0.00744684;FXX=0.0156242;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.484;QD=16.5287;RBI=0.0191682;REFB=-0.0106422;REVB=0.0176625;RO=107;SAF=30;SAR=50;SRF=33;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745237;STB=0.536914;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.012696;OID=.;OPOS=115591058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:107:106:80:83:0.439153:50:30:33:74:53:30:32:74 chr1 115604798 . C T 384.6 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.000946128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.94;QD=23.3089;RBI=0.0130245;REFB=-0.0216032;REVB=0.0129901;RO=28;SAF=20;SAR=18;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14707;STB=0.580604;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0210931;OID=.;OPOS=115604798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:38:38:0.575758:18:20:20:8:18:20:20:8 chr1 116149152 . G A 1712.36 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0019467;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.622;QD=60.6147;RBI=0.0330442;REFB=0;REVB=0.0329868;RO=0;SAF=59;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29304e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3962e-05;OID=.;OPOS=116149152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:54:59:0:0:54:59:0:0 chr1 116234313 . A G 125.84 PASS AF=0.28125;AO=18;DP=64;FAO=18;FDP=64;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.00790619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.664;QD=7.86484;RBI=0.00849155;REFB=0.00177193;REVB=0.00309815;RO=45;SAF=6;SAR=12;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577759;STB=0.528703;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.00538675;OID=.;OPOS=116234313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:45:46:18:18:0.28125:12:6:17:28:12:6:17:29 chr1 116234505 . A G 220.26 PASS AF=0.446429;AO=23;DP=54;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.011855;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.062;QD=15.733;RBI=0.0119056;REFB=-0.0344815;REVB=0.00109746;RO=31;SAF=8;SAR=15;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354018;STB=0.687789;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.065008;OID=.;OPOS=116234505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:31:31:23:25:0.446429:15:8:22:9:16:9:22:9 chr1 116239633 . T G 591.15 PASS AF=0.556701;AO=54;DP=97;FAO=54;FDP=97;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00124733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6622;QD=24.3771;RBI=0.0538484;REFB=-0.0207931;REVB=0.053834;RO=43;SAF=18;SAR=36;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752746;STB=0.541338;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.017707;OID=.;OPOS=116239633;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:43:43:54:54:0.556701:36:18:18:25:36:18:18:25 chr1 116260532 . A T 269.55 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0214579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.978;QD=22.4628;RBI=0.0222518;REFB=-0.00466993;REVB=0.00589076;RO=23;SAF=8;SAR=17;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14598;STB=0.581914;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00478788;OID=.;OPOS=116260532;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:17:8:11:12:17:8:11:12 chr1 116310937 . C T 150.22 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=-0.0394633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2138;QD=9.85049;RBI=0.0719863;REFB=-0.0154005;REVB=-0.0602053;RO=41;SAF=10;SAR=10;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297399;STB=0.671979;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0286026;OID=.;OPOS=116310937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:20:20:0.327869:10:10:31:10:10:10:31:10 chr1 116310967 . T C 820.18 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0223767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.276;QD=55.6053;RBI=0.0228067;REFB=0.028745;REVB=0.00440779;RO=1;SAF=35;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132888;STB=0.50704;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00070848;OID=.;OPOS=116310967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:23:35:1:0:23:35:1:0 chr1 116382318 . A G 307.34 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0231558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.6033;QD=19.8285;RBI=0.025842;REFB=-0.037381;REVB=-0.0114724;RO=28;SAF=19;SAR=14;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00366745;STB=0.511459;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0339706;OID=.;OPOS=116382318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:29:33:33:0.532258:14:19:16:12:14:19:16:13 chr1 116382511 . A T 651.08 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.811;QD=60.5654;RBI=0.0255745;REFB=0;REVB=-0.000208941;RO=1;SAF=11;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149055;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000982867;OID=.;OPOS=116382511;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:1:0:42:43:1:31:11:0:1:32:11:0:0 chr1 116382778 . T C 961.75 PASS AF=1;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232328;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2294;QD=59.1844;RBI=0.0377727;REFB=0;REVB=0.0297828;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00254799;OID=.;OPOS=116382778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr1 116383300 . T C 149.21 PASS AF=0.933333;AO=11;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.08227;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.9992;QD=39.7885;RBI=0.0848818;REFB=-0.172039;REVB=-0.0208938;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523776;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0144842;OID=.;OPOS=116383300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:15:15:0:1:11:14:0.933333:4:7:0:0:4:10:1:0 chr1 116384090 . G A 458.29 PASS AF=0.586667;AO=34;DP=76;FAO=44;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0343333;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.939;QD=24.4419;RBI=0.0380178;REFB=-0.0208055;REVB=0.0163271;RO=32;SAF=18;SAR=16;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565566;STB=0.504378;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0233278;OID=.;OPOS=116384090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:32:31:34:44:0.586667:16:18:19:13:18:26:18:13 chr1 116384773 . A G 219.21 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00230521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3094;QD=13.9178;RBI=0.00799858;REFB=0.00302115;REVB=-0.00765919;RO=37;SAF=17;SAR=9;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177884;STB=0.60169;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.00847526;OID=.;OPOS=116384773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:9:17:18:19:9:17:18:19 chr1 116385051 . C A 339.97 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00391515;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.745;QD=29.5625;RBI=0.00956929;REFB=-0.00426376;REVB=0.00873172;RO=17;SAF=8;SAR=21;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192054;STB=0.606035;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00249457;OID=.;OPOS=116385051;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:21:8:9:8:21:8:9:8 chr1 116385309 . C A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0468682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8104;QD=11.2557;RBI=0.0854853;REFB=-0.0276132;REVB=-0.071492;RO=12;SAF=7;SAR=1;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319996;STB=0.699399;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0435288;OID=.;OPOS=116385309;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:1:7:8:4:1:7:8:4 chr1 116386139 . G A 1874.22 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.638;QD=60.4589;RBI=0.0559929;REFB=0;REVB=0.0539735;RO=0;SAF=60;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108068;OID=.;OPOS=116386139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:124:0:0:117:124:1:57:60:0:0:64:60:0:0 chr1 116386244 . C T 717.18 PASS AF=0.487179;AO=75;DP=156;FAO=76;FDP=156;FR=.;FRO=80;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=0.00112498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.01;QD=18.3893;RBI=0.00559733;REFB=-0.00278721;REVB=0.00548311;RO=80;SAF=32;SAR=43;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808443;STB=0.553727;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00324583;OID=.;OPOS=116386244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:80:80:75:76:0.487179:43:32:41:39:44:32:42:38 chr1 116534852 . C T 1995.65 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=131;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0323205;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.43;QD=61.4046;RBI=0.0507281;REFB=-0.100658;REVB=0.039099;RO=0;SAF=46;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502994;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000233602;OID=.;OPOS=116534852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:130:0:1:129:129:0.992308:83:46:0:0:83:46:0:1 chr1 116569530 . G C 1854.45 PASS AF=1;AO=119;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00600668;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8132;QD=60.8015;RBI=0.0182064;REFB=-0.0491695;REVB=0.017187;RO=0;SAF=53;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.00457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139298;OID=.;OPOS=116569530;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:122:122:0:0:119:122:1:66:53:0:0:68:54:0:0 chr1 116610388 . A G 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5623;QD=61.6823;RBI=0.0249307;REFB=0;REVB=0.0222959;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282279;OID=.;OPOS=116610388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr1 116769830 . A C 218.5 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0304776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1299;QD=31.2148;RBI=0.031672;REFB=0.00588942;REVB=-0.00861576;RO=8;SAF=5;SAR=15;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.0114806;OID=.;OPOS=116769830;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:8:8:20:20:0.714286:15:5:2:6:15:5:2:6 chr1 117102649 . C T 111.43 PASS AF=0.482759;AO=12;DP=27;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0121343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1285;QD=15.3694;RBI=0.034484;REFB=-0.0712733;REVB=0.0322785;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13274;STB=0.62119;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0187542;OID=.;OPOS=117102649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:29:14:15:12:14:0.482759:6:6:9:5:8:6:10:5 chr1 117122130 . T C 791.2 PASS AF=0.893939;AO=59;DP=68;FAO=59;FDP=66;FR=.;FRO=7;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.00752983;FXX=0.0294074;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.443;QD=47.9516;RBI=0.0195943;REFB=-0.0279066;REVB=-0.0180898;RO=7;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128811;STB=0.568604;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000935711;OID=.;OPOS=117122130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:68:66:7:7:59:59:0.893939:22:37:0:7:22:37:0:7 chr1 117142583 . T A 32.7 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00391379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.797;QD=2.84349;RBI=0.0196872;REFB=0.000181576;REVB=-0.0192943;RO=40;SAF=4;SAR=2;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279013;STB=0.70357;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.00200724;OID=.;OPOS=117142583;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:40:40:6:6:0.130435:2:4:17:23:2:4:17:23 chr1 117142613 . C T 53.21 PASS AF=0.160714;AO=9;DP=56;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0851285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9332;QD=3.80054;RBI=0.0865791;REFB=0.00594875;REVB=0.0157818;RO=46;SAF=7;SAR=2;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457142;STB=0.800886;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.0353121;OID=.;OPOS=117142613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:56:46:47:9:9:0.160714:2:7:18:28:2:7:19:28 chr1 117142641 . G A 81.23 PASS AF=0.168539;AO=15;DP=89;FAO=15;FDP=89;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.0106693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.795;QD=3.65089;RBI=0.0538128;REFB=-0.00609274;REVB=-0.0527445;RO=70;SAF=7;SAR=8;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597681;STB=0.550008;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0414468;OID=.;OPOS=117142641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:89:89:70:74:15:15:0.168539:8:7:36:34:8:7:39:35 chr1 117142700 . C A 182.2 PASS AF=0.243478;AO=28;DP=116;FAO=28;FDP=115;FR=.;FRO=87;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=-0.00869419;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.272;QD=6.33728;RBI=0.0350112;REFB=-0.00862934;REVB=0.0339145;RO=85;SAF=13;SAR=15;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516396;STB=0.522697;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0287879;OID=.;OPOS=117142700;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:85:87:28:28:0.243478:15:13:43:42:15:13:43:44 chr1 117142736 . A G 235.08 PASS AF=0.301887;AO=32;DP=106;FAO=32;FDP=106;FR=.;FRO=74;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.0241547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.657;QD=8.87086;RBI=0.0325038;REFB=-0.00194071;REVB=-0.0217497;RO=74;SAF=15;SAR=17;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085085;STB=0.549969;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00647942;OID=.;OPOS=117142736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:74:74:32:32:0.301887:17:15:40:34:17:15:40:34 chr1 117142789 . G A 30.08 PASS AF=0.0860215;AO=8;DP=93;FAO=8;FDP=93;FR=.;FRO=85;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=-0.0388839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.812;QD=1.29355;RBI=0.0393464;REFB=-0.00188652;REVB=0.00601511;RO=84;SAF=4;SAR=4;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505363;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0237119;OID=.;OPOS=117142789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:93:93:84:85:8:8:0.0860215:4:4:42:42:4:4:42:43 chr1 117142855 . C T 106.74 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.135254;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.6766;QD=8.05584;RBI=0.135255;REFB=-0.0191807;REVB=-0.000506668;RO=26;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00352433;STB=0.660976;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0472476;OID=.;OPOS=117142855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:26:38:15:15:0.283019:11:4:7:19:11:4:18:20 chr1 117142868 . CA TG 60.52 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0164941;FXX=0.041658;HRUN=3;LEN=2;MLLD=185.728;QD=5.26226;RBI=0.0165752;REFB=-0.00698048;REVB=0.001637;RO=37;SAF=1;SAR=8;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.493112;STB=0.836351;STBP=0.042;TYPE=mnp;VARB=0.0217687;OID=.;OPOS=117142868;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:48:46:37:37:9:9:0.195652:8:1:17:20:8:1:17:20 chr1 117146504 . G A 39.75 PASS AF=0.111111;AO=9;DP=81;FAO=9;FDP=81;FR=.;FRO=72;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=48;FWDB=0.0127247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.378;QD=1.96315;RBI=0.0134957;REFB=-0.00110395;REVB=0.00449599;RO=72;SAF=7;SAR=2;SRF=24;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.493282;STB=0.848866;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0114888;OID=.;OPOS=117146504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:81:81:72:72:9:9:0.111111:2:7:24:48:2:7:24:48 chr1 117150928 . C T 234.84 PASS AF=0.457627;AO=26;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0427762;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.219;QD=15.9211;RBI=0.0458517;REFB=-0.0272574;REVB=0.0165098;RO=33;SAF=8;SAR=18;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126884;STB=0.543177;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0331204;OID=.;OPOS=117150928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:32:26:27:0.457627:18:8:14:19:18:9:13:19 chr1 117150933 . G A 229.4 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0149219;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.596;QD=15.8206;RBI=0.0171571;REFB=-0.0125295;REVB=-0.00846783;RO=31;SAF=9;SAR=17;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919762;STB=0.517378;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0153382;OID=.;OPOS=117150933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:31:32:26:26:0.448276:17:9:11:20:17:9:12:20 chr1 117156459 . C T 199.76 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0611258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0807;QD=13.543;RBI=0.0645557;REFB=0.00594576;REVB=-0.0207626;RO=34;SAF=16;SAR=8;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178525;STB=0.611669;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00784239;OID=.;OPOS=117156459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:34:35:24:24:0.40678:8:16:17:17:8:16:17:18 chr1 117156490 . T C 180.45 PASS AF=0.307692;AO=24;DP=74;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0333674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.055;QD=9.25402;RBI=0.0495953;REFB=-0.00725274;REVB=-0.036692;RO=50;SAF=17;SAR=7;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208941;STB=0.628064;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0431795;OID=.;OPOS=117156490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:78:50:54:24:24:0.307692:7:17:27:23:7:17:29:25 chr1 117156584 . TG CA 56.81 PASS AF=0.146667;AO=10;DP=73;FAO=11;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0210979;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=177.232;QD=3.02976;RBI=0.0718365;REFB=-0.0143626;REVB=-0.0686685;RO=43;SAF=4;SAR=6;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3297;STB=0.59187;STBP=0.524;TYPE=mnp;VARB=0.0756112;OID=.;OPOS=117156584;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:73:75:43:64:10:11:0.146667:6:4:29:14:7:4:30:34 chr1 117156600 . T C 41.32 PASS AF=0.115385;AO=9;DP=77;FAO=9;FDP=78;FR=.;FRO=69;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.016119;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.301;QD=2.11915;RBI=0.0354462;REFB=-0.00332228;REVB=-0.0315691;RO=68;SAF=3;SAR=6;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217303;STB=0.654825;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0385448;OID=.;OPOS=117156600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:77:78:68:69:9:9:0.115385:6:3:35:33:6:3:35:34 chr1 117307204 . A G 57.19 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=60;FAO=10;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0219007;FXX=0.0333278;HRUN=6;LEN=1;MLLD=24.2949;QD=3.94399;RBI=0.0576417;REFB=-0.079006;REVB=0.0533191;RO=35;SAF=9;SAR=1;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.681781;STB=0.9231;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.14317;OID=.;OPOS=117307204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:60:58:35:44:10:10:0.172414:1:9:10:25:1:9:14:30 chr1 117487710 . AT GA 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182297;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=216.713;QD=51.1844;RBI=0.0185032;REFB=0;REVB=0.0031697;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000123382;OID=.;OPOS=117487710;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr1 117503940 . G A 224.9 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00446722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.464;QD=13.0376;RBI=0.00826377;REFB=-0.0119162;REVB=0.00695226;RO=40;SAF=12;SAR=15;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135875;STB=0.562655;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0196648;OID=.;OPOS=117503940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:40:42:27:27:0.391304:15:12:23:17:15:12:23:19 chr1 117529458 . G A 528.06 PASS AF=0.519231;AO=54;DP=104;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0149165;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.905;QD=20.3099;RBI=0.0218889;REFB=-0.0170815;REVB=0.0160194;RO=50;SAF=33;SAR=21;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101655;STB=0.505603;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0160082;OID=.;OPOS=117529458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:50:50:54:54:0.519231:21:33:30:20:21:33:30:20 chr1 117530273 . A G 94.35 PASS AF=0.4;AO=10;DP=28;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0793079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.335;QD=12.5806;RBI=0.0825236;REFB=-0.000360724;REVB=-0.0228123;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165991;STB=0.533278;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00459814;OID=.;OPOS=117530273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:28:30:18:18:10:12:0.4:6:4:10:8:6:6:10:8 chr1 117559726 . A G 708.06 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00515167;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.206;QD=59.0049;RBI=0.0141068;REFB=-0.0817525;REVB=-0.0131325;RO=2;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469419;STB=0.524989;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00294482;OID=.;OPOS=117559726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:48:2:2:46:46:0.958333:19:27:0:2:19:27:0:2 chr1 117560818 . A G 129.21 PASS AF=0.583333;AO=13;DP=23;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00753853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3395;QD=21.5342;RBI=0.00804875;REFB=-0.0484257;REVB=-0.00282011;RO=10;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125864;STB=0.555478;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0248662;OID=.;OPOS=117560818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:24:10:10:13:14:0.583333:6:7:7:3:6:8:7:3 chr1 117568200 . G A 339.77 PASS AF=0.576271;AO=32;DP=57;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=30;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.000541704;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.499;QD=23.0353;RBI=0.0626543;REFB=-0.0216472;REVB=-0.0626519;RO=24;SAF=28;SAR=4;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233939;STB=0.632093;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0163664;OID=.;OPOS=117568200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:24:25:32:34:0.576271:4:28:17:7:4:30:18:7 chr1 117602960 . C A 323.89 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.0433155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5362;QD=18.5082;RBI=0.0434066;REFB=-0.0225724;REVB=-0.00281053;RO=34;SAF=13;SAR=21;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145911;STB=0.576646;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0214313;OID=.;OPOS=117602960;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:34:35:34:35:0.5:21:13:8:26:21:14:9:26 chr1 117603156 . G T 343.22 PASS AF=0.426966;AO=37;DP=88;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=0.072081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.241;QD=15.4255;RBI=0.0721399;REFB=-0.0126558;REVB=0.00291614;RO=51;SAF=7;SAR=30;SRF=16;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179606;STB=0.5806;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0169891;OID=.;OPOS=117603156;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:51:51:37:38:0.426966:30:7:16:35:30:8:16:35 chr1 117617705 . A G 132.62 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00481954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1962;QD=15.1569;RBI=0.0429787;REFB=0.00783139;REVB=-0.0427076;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117085;STB=0.56748;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.0119286;OID=.;OPOS=117617705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:7:8:13:7:7:8:13:7 chr1 117618067 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0669101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.912;QD=12.0156;RBI=0.0684454;REFB=-0.0290881;REVB=-0.0144153;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160904;STB=0.599629;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0160821;OID=.;OPOS=117618067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:5:1:2:5:5:1:2:5 chr1 117656088 . A G 265.26 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0352447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7119;QD=17.9839;RBI=0.0352447;REFB=-0.0462212;REVB=1.89206e-05;RO=30;SAF=9;SAR=20;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910966;STB=0.551145;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0295467;OID=.;OPOS=117656088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:20:9:12:18:20:9:12:18 chr1 117659292 . C T 128.06 PASS AF=0.246753;AO=19;DP=74;FAO=19;FDP=77;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=44;FWDB=-0.015963;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.381;QD=6.65259;RBI=0.0438347;REFB=-0.0107712;REVB=-0.0408248;RO=55;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243898;STB=0.608593;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0300707;OID=.;OPOS=117659292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:55:58:19:19:0.246753:12:7:11:44:12:7:14:44 chr1 117715026 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.253;QD=58.5878;RBI=0.011097;REFB=0;REVB=0.00125109;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35988e-05;OID=.;OPOS=117715026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr1 117785931 . G A 103.76 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00733286;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.482;QD=8.83078;RBI=0.0255693;REFB=0.0100898;REVB=0.0244952;RO=30;SAF=9;SAR=4;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764952;STB=0.582602;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.0234521;OID=.;OPOS=117785931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:30:34:13:13:0.276596:4:9:19:11:4:9:20:14 chr1 117785979 . T C 647.84 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00440413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2567;QD=61.699;RBI=0.0502602;REFB=0;REVB=0.0500668;RO=0;SAF=28;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482062;OID=.;OPOS=117785979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:14:28:0:0:14:28:0:0 chr1 118166853 . C A 75.03 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0119073;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.56;QD=10.0038;RBI=0.0457942;REFB=0.00424719;REVB=-0.044219;RO=19;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288731;STB=0.666296;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.0316812;OID=.;OPOS=118166853;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:30:30:19:20:10:10:0.333333:8:2:8:11:8:2:8:12 chr1 118166877 . C T 234.95 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0184443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.885;QD=18.7958;RBI=0.0221648;REFB=-0.0122577;REVB=-0.0122918;RO=27;SAF=8;SAR=15;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09777;STB=0.555506;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00674066;OID=.;OPOS=118166877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:15:8:12:15:15:8:12:15 chr1 118167199 . A G 343.22 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00995411;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.313;QD=18.8068;RBI=0.0116066;REFB=-0.00158369;REVB=0.00596893;RO=34;SAF=16;SAR=20;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230792;STB=0.535149;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00214127;OID=.;OPOS=118167199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:37:36:36:0.493151:20:16:16:18:20:16:19:18 chr1 118167653 . C T 83.27 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00377485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.861;QD=9.79656;RBI=0.0226433;REFB=-0.00826866;REVB=-0.0223264;RO=22;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100164;STB=0.574334;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0161374;OID=.;OPOS=118167653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:34:22:23:11:11:0.323529:5:6:10:12:5:6:10:13 chr1 118167874 . G A 302.77 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.00111364;FXX=0.0136968;HRUN=6;LEN=1;MLLD=86.8177;QD=16.8206;RBI=0.00990902;REFB=-0.0143505;REVB=0.00984624;RO=36;SAF=11;SAR=22;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569125;STB=0.515454;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0341513;OID=.;OPOS=118167874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:36:39:33:33:0.458333:22:11:14:22:22:11:14:25 chr1 118495626 . A G 185.65 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.0116613;FXX=0.0266631;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.183;QD=10.1723;RBI=0.0223529;REFB=-0.00366546;REVB=-0.01907;RO=47;SAF=8;SAR=16;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035609;STB=0.525231;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0115443;OID=.;OPOS=118495626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:49:24:24:0.328767:16:8:17:30:16:8:18:31 chr1 118530796 . C T 1029.95 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000677333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.796;QD=58.0255;RBI=0.00276463;REFB=-0.0508883;REVB=0.00268037;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00138597;OID=.;OPOS=118530796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:0:1:70:70:0.985915:39:31:0:0:39:31:1:0 chr1 118537074 . A G 2127.25 PASS AF=0.992806;AO=123;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=72;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00760883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.433;QD=61.2158;RBI=0.0185486;REFB=-0.0316804;REVB=0.0169162;RO=1;SAF=67;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840822;STB=0.503759;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00142527;OID=.;OPOS=118537074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:1:1:123:138:0.992806:56:67:0:1:66:72:0:1 chr1 118565937 . G T 77.58 PASS AF=0.163043;AO=14;DP=91;FAO=15;FDP=92;FR=.;FRO=77;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=-0.0279538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.046;QD=3.37287;RBI=0.0284003;REFB=-0.0064985;REVB=-0.00501598;RO=75;SAF=8;SAR=6;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147027;STB=0.56557;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0337478;OID=.;OPOS=118565937;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:91:92:75:77:14:15:0.163043:6:8:34:41:7:8:35:42 chr1 118624123 . C T 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.354;QD=56.9553;RBI=0.0179963;REFB=0;REVB=0.0130648;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68889e-06;OID=.;OPOS=118624123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr1 118629599 . G A 826.25 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0131936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.645;QD=54.1806;RBI=0.0389305;REFB=-0.194631;REVB=0.0366267;RO=1;SAF=30;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154685;STB=0.500278;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00137453;OID=.;OPOS=118629599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:61:61:1:2:59:59:0.967213:29:30:1:0:29:30:1:1 chr1 118644430 . A G,T 982.69 PASS AF=0.985075,0.0149254;AO=64,3;DP=67;FAO=66,1;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36,0;FSAR=30,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179956,-0.0424264;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=60.2086,91.9796;QD=58.668;RBI=0.019002,0.0460105;REFB=0,0;REVB=-0.00610216,-0.0178036;RO=0;SAF=34,2;SAR=30,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0103069,0.0408024;OID=.,.;OPOS=118644430,118644430;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:67:67:0:0:64,3:66,1:0.985075,0.0149254:30,1:34,2:0:0:30,1:36,0:0:0 chr1 118657952 . C T 1252.38 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00351981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.894;QD=58.9354;RBI=0.012198;REFB=-0.0790913;REVB=0.0116792;RO=1;SAF=27;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172162;STB=0.509089;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.000473298;OID=.;OPOS=118657952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:85:1:1:83:84:0.988235:56:27:1:0:57:27:1:0 chr1 118807059 . T C 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.208;QD=62.3499;RBI=0.025639;REFB=0;REVB=0.0227582;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94672e-05;OID=.;OPOS=118807059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr1 119923724 . T C 305.54 PASS AF=0.342105;AO=39;DP=114;FAO=39;FDP=114;FR=.;FRO=75;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=-0.00597168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.095;QD=10.7206;RBI=0.00829291;REFB=-0.00601497;REVB=0.00575424;RO=75;SAF=21;SAR=18;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363521;STB=0.520963;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0115844;OID=.;OPOS=119923724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:75:75:39:39:0.342105:18:21:38:37:18:21:38:37 chr1 120057158 . C T 955.14 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.751;QD=58.7776;RBI=0.0369679;REFB=0;REVB=0.00584384;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.07091e-05;OID=.;OPOS=120057158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:33:31:0:0:34:31:0:0 chr1 120057246 . C A 344.22 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0522201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9714;QD=52.9571;RBI=0.071666;REFB=0;REVB=-0.0490823;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0014621;OID=.;OPOS=120057246;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:15:10:0:0:15:11:0:0 chr1 120164738 . C T 1351.13 PASS AF=0.978723;AO=87;DP=92;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0244523;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.6954;QD=57.4948;RBI=0.0656742;REFB=-0.095215;REVB=0.0609523;RO=4;SAF=38;SAR=49;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0053401;STB=0.509802;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00501938;OID=.;OPOS=120164738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:92:94:4:2:87:92:0.978723:49:38:2:2:50:42:0:2 chr1 120166681 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.429;QD=55.0986;RBI=0.0209724;REFB=0;REVB=0.0150417;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189255;OID=.;OPOS=120166681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr1 120285546 . G A 2241.12 PASS AF=0.993007;AO=140;DP=142;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0060512;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.54;QD=62.6886;RBI=0.0135352;REFB=-0.0501502;REVB=0.0121073;RO=1;SAF=65;SAR=75;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725878;STB=0.503703;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000339102;OID=.;OPOS=120285546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:142:143:1:1:140:142:0.993007:75:65:1:0:75:67:1:0 chr1 120291724 . G A 593.98 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.436;QD=60.9205;RBI=0.078023;REFB=0;REVB=0.0645054;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000677354;OID=.;OPOS=120291724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:18:20:0:0:19:20:0:0 chr1 120378678 . C T 1477.97 PASS AF=0.971429;AO=102;DP=105;FAO=102;FDP=105;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00191851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9931;QD=56.3036;RBI=0.0122953;REFB=-0.0523365;REVB=-0.0121447;RO=3;SAF=58;SAR=44;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03125;STB=0.51648;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.010367;OID=.;OPOS=120378678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:105:105:3:3:102:102:0.971429:44:58:0:3:44:58:0:3 chr1 120384205 . A G 882.82 PASS AF=0.969231;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0273807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9378;QD=54.3271;RBI=0.0556588;REFB=-0.018636;REVB=-0.0484582;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.518513;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00366113;OID=.;OPOS=120384205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:65:0:2:62:63:0.969231:26:36:0:0:26:37:0:2 chr1 120387120 . G A 358.05 PASS AF=0.397959;AO=38;DP=97;FAO=39;FDP=98;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=42;FWDB=0.0558315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5574;QD=14.6145;RBI=0.0607235;REFB=0.000615206;REVB=0.0238784;RO=59;SAF=12;SAR=26;SRF=17;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347873;STB=0.513959;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=9.11081e-05;OID=.;OPOS=120387120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:59:59:38:39:0.397959:26:12:17:42:27:12:17:42 chr1 120437718 . G A 193.01 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00192409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8313;QD=24.9048;RBI=0.00739342;REFB=-0.0199284;REVB=-0.00713866;RO=12;SAF=15;SAR=4;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400472;STB=0.522364;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0135824;OID=.;OPOS=120437718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:4:15:9:3:4:15:9:3 chr1 120455441 . A G 260.55 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.00441237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.087;QD=18.9487;RBI=0.0427384;REFB=-0.00283406;REVB=0.04251;RO=26;SAF=18;SAR=10;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12411;STB=0.575171;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00455182;OID=.;OPOS=120455441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:26:27:28:28:0.509091:10:18:20:6:10:18:21:6 chr1 120457501 . C T 129.34 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0217329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0423;QD=12.9341;RBI=0.0419309;REFB=0.00448581;REVB=0.0358591;RO=25;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204991;STB=0.6189;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.00499303;OID=.;OPOS=120457501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:8:7:7:18:8:7:7:18 chr1 120458924 . G A 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00346495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.556;QD=20.7545;RBI=0.041443;REFB=-0.0245386;REVB=0.0412979;RO=12;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552471;STB=0.531209;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0152026;OID=.;OPOS=120458924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:6:9:8:4:6:9:8:4 chr1 120539331 . C T 564.31 PASS AF=0.475806;AO=59;DP=124;FAO=59;FDP=124;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.0211646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.064;QD=18.2035;RBI=0.021177;REFB=-0.0173434;REVB=0.000727293;RO=65;SAF=32;SAR=27;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040386;STB=0.522381;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0185837;OID=.;OPOS=120539331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:65:65:59:59:0.475806:27:32:38:27:27:32:38:27 chr1 120611554 . TT CG 43.14 PASS AF=0.227273;AO=5;DP=22;FAO=5;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0150381;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=264.035;QD=7.84327;RBI=0.0363051;REFB=-0.00880025;REVB=-0.0330441;RO=15;SAF=3;SAR=2;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763349;STB=0.550814;STBP=0.723;TYPE=mnp;VARB=0.0377532;OID=.;OPOS=120611554;OREF=TT;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:22:22:15:15:5:5:0.227273:2:3:8:7:2:3:8:7 chr1 121116688 . A G 187.84 PASS AF=0.26;AO=26;DP=101;FAO=26;FDP=100;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=0.0285978;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3044;QD=7.51348;RBI=0.0467012;REFB=-0.0134971;REVB=0.0369211;RO=69;SAF=16;SAR=10;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15038;STB=0.615296;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0213641;OID=.;OPOS=121116688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:69:74:26:26:0.26:10:16:34:35:10:16:34:40 chr1 121116733 . A G 199.63 PASS AF=0.268519;AO=29;DP=108;FAO=29;FDP=108;FR=.;FRO=79;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=0.0412067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.71;QD=7.39378;RBI=0.0412732;REFB=0.00026318;REVB=0.00234211;RO=79;SAF=12;SAR=17;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128886;STB=0.577141;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.000597083;OID=.;OPOS=121116733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:79:79:29:29:0.268519:17:12:41:38:17:12:41:38 chr1 121306665 . C A 175.04 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=0.0125058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.381;QD=13.7288;RBI=0.0183104;REFB=0.0314338;REVB=-0.0133744;RO=29;SAF=4;SAR=16;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459193;STB=0.506167;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=-0.0563447;OID=.;OPOS=121306665;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:29:31:20:20:0.392157:16:4:5:24:16:4:6:25 chr1 142667306 . C T 74.56 PASS AF=0.692308;AO=8;DP=12;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.106253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.374;QD=22.9401;RBI=0.107687;REFB=-0.00963627;REVB=-0.0175205;RO=4;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141787;STB=0.512168;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00340008;OID=.;OPOS=142667306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:13:4:4:8:9:0.692308:7:1:1:3:7:2:1:3 chr1 144014051 . G A 211.39 PASS AF=0.28;AO=28;DP=100;FAO=28;FDP=100;FR=.;FRO=72;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=0.0110374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5961;QD=8.45569;RBI=0.0137332;REFB=-0.00176835;REVB=0.00817171;RO=71;SAF=11;SAR=17;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188269;STB=0.61656;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0027801;OID=.;OPOS=144014051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:71:72:28:28:0.28:17:11:39:32:17:11:40:32 chr1 144014068 . T C 484.64 PASS AF=0.582278;AO=46;DP=79;FAO=46;FDP=79;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0245724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.173;QD=24.5385;RBI=0.0303782;REFB=-0.0319298;REVB=0.0178615;RO=33;SAF=18;SAR=28;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209448;STB=0.614659;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0181362;OID=.;OPOS=144014068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:33:33:46:46:0.582278:28:18:22:11:28:18:22:11 chr1 144534038 . A G 204.24 PASS AF=0.2125;AO=34;DP=160;FAO=34;FDP=160;FR=.;FRO=126;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=71;FSRR=55;FWDB=-0.0206344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.484;QD=5.10594;RBI=0.0246468;REFB=-0.00326582;REVB=-0.0134792;RO=124;SAF=17;SAR=17;SRF=70;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821396;STB=0.549971;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0233726;OID=.;OPOS=144534038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:124:126:34:34:0.2125:17:17:70:54:17:17:71:55 chr1 144534045 . T C 1300.48 PASS AF=0.662722;AO=112;DP=168;FAO=112;FDP=169;FR=.;FRO=57;FSAF=68;FSAR=44;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.000301309;FXX=0.0174408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.298;QD=30.7806;RBI=0.0611276;REFB=-0.0247185;REVB=0.0611268;RO=56;SAF=68;SAR=44;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572063;STB=0.534258;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0114646;OID=.;OPOS=144534045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:169:56:57:112:112:0.662722:44:68:29:27:44:68:29:28 chr1 144534076 . G A 333.58 PASS AF=0.218107;AO=53;DP=248;FAO=53;FDP=243;FR=.;FRO=190;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=110;FSRR=80;FWDB=0.00119886;FXX=0.0201605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.02;QD=5.49106;RBI=0.0160019;REFB=-0.00130527;REVB=0.0159569;RO=184;SAF=29;SAR=24;SRF=110;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657733;STB=0.52518;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0036771;OID=.;OPOS=144534076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:243:184:190:53:53:0.218107:24:29:110:74:24:29:110:80 chr1 144534082 . TC CT,TT 2869.71 PASS AF=0.17803,0.674242;AO=47,167;DP=267;FAO=47,178;FDP=264;FR=.;FRO=39;FSAF=33,95;FSAR=14,83;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0033387,-0.0146913;FXX=0.0112355;HRUN=4,2;LEN=2,1;MLLD=199.149,55.787;QD=43.4805;RBI=0.032259,0.014841;REFB=-0.00680323,-0.00381144;REVB=-0.0320857,0.00210254;RO=36;SAF=33,91;SAR=14,76;SRF=15;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.240004,0.0430709;STB=0.640211,0.522219;STBP=0.005,0.152;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0119204,0.0206088;OID=.,.;OPOS=144534082,144534083;OREF=TC,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:267:264:36:39:47,167:47,178:0.17803,0.674242:14,76:33,91:15:21:14,83:33,95:16:23 chr1 144534084 . C G 80.76 PASS AF=0.102941;AO=21;DP=269;FAO=28;FDP=272;FR=.;FRO=244;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=132;FSRR=112;FWDB=-0.0086443;FXX=0.0180499;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.978;QD=1.18758;RBI=0.0306903;REFB=-0.00109103;REVB=-0.0294478;RO=238;SAF=8;SAR=13;SRF=129;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18369;STB=0.631336;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.153668;OID=.;OPOS=144534084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:269:272:238:244:21:28:0.102941:13:8:129:109:17:11:132:112 chr1 144534092 . G A 2822.44 PASS AF=0.722397;AO=228;DP=318;FAO=229;FDP=317;FR=.;FRO=88;FSAF=120;FSAR=109;FSRF=44;FSRR=44;FWDB=0.006772;FXX=0.00314456;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.163;QD=35.6143;RBI=0.00678696;REFB=-0.0161582;REVB=0.000450446;RO=72;SAF=119;SAR=109;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00892991;STB=0.506678;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0136722;OID=.;OPOS=144534092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:317:72:88:228:229:0.722397:109:119:39:33:109:120:44:44 chr1 144534096 . T C 2958.14 PASS AF=0.716867;AO=239;DP=334;FAO=238;FDP=332;FR=.;FRO=94;FSAF=126;FSAR=112;FSRF=47;FSRR=47;FWDB=-0.00325544;FXX=0.00598784;HRUN=5;LEN=1;MLLD=236.439;QD=35.6402;RBI=0.00484686;REFB=-0.0156361;REVB=0.00359085;RO=82;SAF=126;SAR=113;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00135082;STB=0.508347;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00762811;OID=.;OPOS=144534096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:334:332:82:94:239:238:0.716867:113:126:43:39:112:126:47:47 chr1 144534186 . TCG T 368.32 PASS AF=0.16895;AO=66;DP=450;FAO=74;FDP=438;FR=.;FRO=364;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=158;FSRR=206;FWDB=-0.00663278;FXX=0.0223209;HRUN=1;LEN=2;MLLD=177.087;QD=3.36365;RBI=0.023536;REFB=-0.00492784;REVB=-0.022582;RO=334;SAF=34;SAR=32;SRF=153;SRR=181;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739528;STB=0.576818;STBP=0.138;TYPE=del;VARB=0.0279169;OID=.;OPOS=144534187;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.16895:66:450:74:438:364:39:35:158:206:99:334:34:32:153:181 chr1 144618144 . A G 377.68 PASS AF=0.213793;AO=62;DP=290;FAO=62;FDP=290;FR=.;FRO=228;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=98;FSRR=130;FWDB=-0.0111388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.213;QD=5.20934;RBI=0.019904;REFB=-0.00535434;REVB=0.0164953;RO=226;SAF=22;SAR=40;SRF=98;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10571;STB=0.56204;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0133883;OID=.;OPOS=144618144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:290:290:226:228:62:62:0.213793:40:22:98:128:40:22:98:130 chr1 144619346 . G A 840.0 PASS AF=0.529851;AO=60;DP=134;FAO=71;FDP=134;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0110547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.583;QD=25.0747;RBI=0.035391;REFB=-0.0279677;REVB=0.0336202;RO=53;SAF=33;SAR=27;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138485;STB=0.504495;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0291519;OID=.;OPOS=144619346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:53:55:60:71:0.529851:27:33:30:23:33:38:30:25 chr1 144621555 . A G 35.02 PASS AF=0.0947368;AO=9;DP=95;FAO=9;FDP=95;FR=.;FRO=86;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=50;FWDB=-0.00701527;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.186;QD=1.47463;RBI=0.0529845;REFB=-0.00357641;REVB=-0.052518;RO=73;SAF=2;SAR=7;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232838;STB=0.699521;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.135508;OID=.;OPOS=144621555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:95:95:73:86:9:9:0.0947368:7:2:29:44:7:2:36:50 chr1 144621587 . AG GT 68.4 PASS AF=0.12931;AO=15;DP=118;FAO=15;FDP=116;FR=.;FRO=101;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=56;FWDB=-0.00977877;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=2;MLLD=232.112;QD=2.35853;RBI=0.01702;REFB=-0.00520818;REVB=-0.0139304;RO=98;SAF=1;SAR=14;SRF=45;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.557192;STB=0.901336;STBP=0.003;TYPE=mnp;VARB=0.0245049;OID=.;OPOS=144621587;OREF=AG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:118:116:98:101:15:15:0.12931:14:1:45:53:14:1:45:56 chr1 144621642 . AG GA 134.36 PASS AF=0.21;AO=21;DP=102;FAO=21;FDP=100;FR=.;FRO=79;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.00556137;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=2;MLLD=151.522;QD=5.37429;RBI=0.0157885;REFB=-0.00220747;REVB=-0.0147766;RO=79;SAF=15;SAR=6;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341463;STB=0.714082;STBP=0.022;TYPE=mnp;VARB=0.0122289;OID=.;OPOS=144621642;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:100:79:79:21:21:0.21:6:15:35:44:6:15:35:44 chr1 144811836 . G A 239.35 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.983;QD=50.3905;RBI=0.0482121;REFB=0;REVB=0.0468041;RO=0;SAF=16;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191255;OID=.;OPOS=144811836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:3:16:0:0:3:16:0:0 chr1 144811924 . T G 2010.38 PASS AF=0.992366;AO=128;DP=130;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0226145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2061;QD=61.3858;RBI=0.022786;REFB=0.00316805;REVB=-0.00278995;RO=0;SAF=73;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=4.723e-05;OID=.;OPOS=144811924;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:131:0:1:128:130:0.992366:55:73:0:0:55:75:0:1 chr1 144852390 . C T 96.3 PASS AF=0.202532;AO=16;DP=79;FAO=16;FDP=79;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.0074343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.099;QD=4.8758;RBI=0.0184515;REFB=-0.000825227;REVB=0.0168876;RO=63;SAF=7;SAR=9;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166382;STB=0.605504;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00424454;OID=.;OPOS=144852390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:79:79:63:63:16:16:0.202532:9:7:36:27:9:7:36:27 chr1 144852476 . TG CA,CG 187.99 PASS AF=0.132353,0.235294;AO=9,16;DP=68;FAO=9,16;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=5,9;FSAR=4,7;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0138084,0.0052852;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=136.105,87.2734;QD=11.0583;RBI=0.0139244,0.0074057;REFB=-0.00936511,-0.00615346;REVB=-0.00179398,0.00518758;RO=42;SAF=5,9;SAR=4,7;SRF=17;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.1833,0.186414;STB=0.629974,0.619896;STBP=0.452,0.27;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0167029,0.0107636;OID=.,.;OPOS=144852476,144852476;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:68:68:42:43:9,16:9,16:0.132353,0.235294:4,7:5,9:17:25:4,7:5,9:17:26 chr1 144852508 . AAACAT A,AAAAAT 50.39 PASS AF=0.12963,0.037037;AO=7,2;DP=54;FAO=7,2;FDP=54;FR=.;FRO=45;FSAF=4,1;FSAR=3,1;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.00221846,-0.000687236;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=5,1;MLLD=222.68,170.586;QD=3.73259;RBI=0.00967444,0.00619255;REFB=0.00059632,-0.000544117;REVB=-0.00941665,-0.0061543;RO=41;SAF=4,1;SAR=3,1;SRF=13;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.303667,0.158089;STB=0.697907,0.658152;STBP=0.313,0.73;TYPE=del,snp;VARB=-0.00721022,0.0649995;OID=.,.;OPOS=144852509,144852511;OREF=AACAT,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.12963,0.037037:7,2:54:7,2:54:45:4,1:3,1:15:30:39:41:4,1:3,1:13:28 chr1 144852518 . C T 37.41 PASS AF=0.125;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.0506632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3679;QD=2.6721;RBI=0.0513848;REFB=0.0082015;REVB=0.00858111;RO=46;SAF=4;SAR=3;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318201;STB=0.705364;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.0494506;OID=.;OPOS=144852518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:56:56:46:49:7:7:0.125:3:4:14:32:3:4:16:33 chr1 144852522 . C T 38.0 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.00922162;FXX=0.0357079;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.808;QD=2.81499;RBI=0.0403899;REFB=-0.00585491;REVB=-0.0393231;RO=47;SAF=4;SAR=3;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29948;STB=0.710134;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0209624;OID=.;OPOS=144852522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:54:47:47:7:7:0.12963:3:4:15:32:3:4:15:32 chr1 144854180 . T C 429.54 PASS AF=0.230241;AO=67;DP=291;FAO=67;FDP=291;FR=.;FRO=224;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=104;FSRR=120;FWDB=-0.0208852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.8021;QD=5.90427;RBI=0.0210014;REFB=-0.0107117;REVB=-0.00220633;RO=223;SAF=35;SAR=32;SRF=104;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711736;STB=0.544622;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0356512;OID=.;OPOS=144854180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:291:223:224:67:67:0.230241:32:35:104:119:32:35:104:120 chr1 144854528 . A G 381.16 PASS AF=0.330986;AO=47;DP=138;FAO=47;FDP=142;FR=.;FRO=95;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=55;FSRR=40;FWDB=-0.00713655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.22;QD=10.7368;RBI=0.0339458;REFB=-0.00222377;REVB=0.0331872;RO=91;SAF=24;SAR=23;SRF=51;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057221;STB=0.54579;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0109237;OID=.;OPOS=144854528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:142:91:95:47:47:0.330986:23:24:51:40:23:24:55:40 chr1 144854537 . T C 397.38 PASS AF=0.322981;AO=52;DP=159;FAO=52;FDP=161;FR=.;FRO=109;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=62;FSRR=47;FWDB=-0.0100035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.73;QD=9.87284;RBI=0.0207764;REFB=-0.0142026;REVB=-0.0182095;RO=107;SAF=26;SAR=26;SRF=61;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817981;STB=0.546566;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0401314;OID=.;OPOS=144854537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:161:107:109:52:52:0.322981:26:26:61:46:26:26:62:47 chr1 144854564 . G A 162.16 PASS AF=0.15493;AO=34;DP=213;FAO=33;FDP=213;FR=.;FRO=180;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=96;FSRR=84;FWDB=-0.0111659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.601;QD=3.0453;RBI=0.0155915;REFB=-0.00336818;REVB=0.010882;RO=177;SAF=20;SAR=14;SRF=93;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081558;STB=0.536268;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0184082;OID=.;OPOS=144854564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:177:180:34:33:0.15493:14:20:93:84:14:19:96:84 chr1 144854581 . T C 216.64 PASS AF=0.173729;AO=41;DP=236;FAO=41;FDP=236;FR=.;FRO=195;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=101;FSRR=94;FWDB=0.0385451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.129;QD=3.67191;RBI=0.0520414;REFB=-0.00648328;REVB=-0.0349654;RO=195;SAF=23;SAR=18;SRF=101;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557801;STB=0.535756;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0264538;OID=.;OPOS=144854581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:236:236:195:195:41:41:0.173729:18:23:101:94:18:23:101:94 chr1 144854594 . G T 235.66 PASS AF=0.179592;AO=44;DP=245;FAO=44;FDP=245;FR=.;FRO=201;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=104;FSRR=97;FWDB=-0.0231588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.728;QD=3.8475;RBI=0.0324634;REFB=-0.0203739;REVB=-0.0227495;RO=201;SAF=22;SAR=22;SRF=104;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224703;STB=0.514279;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0702757;OID=.;OPOS=144854594;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:245:201:201:44:44:0.179592:22:22:104:97:22:22:104:97 chr1 144854597 . TC CC,CT 1163.51 PASS AF=0.627193,0;AO=74,81;DP=232;FAO=143,0;FDP=228;FR=.;FRO=85;FSAF=79,0;FSAR=64,0;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=0.0325327,-0.0275431;FXX=0.0731678;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=93.0226,112.626;QD=20.4124;RBI=0.0327215,0.041802;REFB=-0.0733606,-0.0249674;REVB=-0.00351029,-0.031445;RO=73;SAF=37,42;SAR=37,39;SRF=37;SRR=36;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00617688,0.0100988;STB=0.508666,0.5;STBP=0.756,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0696089,0;OID=.,.;OPOS=144854597,144854597;OREF=T,TC;OALT=C,CT;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:228:73:85:74,81:143,0:0.627193,0:37,39:37,42:37:36:64,0:79,0:45:40 chr1 144855782 . C T 71.96 PASS AF=0.173333;AO=13;DP=75;FAO=13;FDP=75;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.066586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.922;QD=3.83795;RBI=0.0735728;REFB=-0.0137421;REVB=-0.0312931;RO=62;SAF=8;SAR=5;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105724;STB=0.570121;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0716061;OID=.;OPOS=144855782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:75:75:62:62:13:13:0.173333:5:8:33:29:5:8:33:29 chr1 144855812 . T C 141.82 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0165372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.909;QD=9.61491;RBI=0.0170606;REFB=0.00152238;REVB=-0.00419327;RO=38;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178053;STB=0.585019;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.00294703;OID=.;OPOS=144855812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:40:19:19:0.322034:9:10:14:24:9:10:16:24 chr1 144865850 . G T 896.72 PASS AF=0.399194;AO=100;DP=248;FAO=99;FDP=248;FR=.;FRO=149;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=69;FSRR=80;FWDB=-0.0258885;FXX=0.0040159;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.457;QD=14.4631;RBI=0.0263211;REFB=-0.000521652;REVB=0.00475272;RO=148;SAF=52;SAR=48;SRF=68;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643956;STB=0.531244;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.000624812;OID=.;OPOS=144865850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:248:248:148:149:100:99:0.399194:48:52:68:80:48:51:69:80 chr1 144866643 . G A 329.68 PASS AF=0.356522;AO=40;DP=114;FAO=41;FDP=115;FR=.;FRO=74;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=-0.000940291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.689;QD=11.4671;RBI=0.0324976;REFB=-0.0186945;REVB=0.032484;RO=74;SAF=20;SAR=20;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610675;STB=0.526974;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0269569;OID=.;OPOS=144866643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:74:74:40:41:0.356522:20:20:33:41:21:20:33:41 chr1 144866662 . T C 638.62 PASS AF=0.5625;AO=62;DP=111;FAO=63;FDP=112;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0101536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.5554;QD=22.8077;RBI=0.0313414;REFB=-0.027591;REVB=-0.0296511;RO=49;SAF=31;SAR=31;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411633;STB=0.525771;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0207448;OID=.;OPOS=144866662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:49:49:62:63:0.5625:31:31:22:27:31:32:22:27 chr1 144868170 . C T 335.76 PASS AF=0.393617;AO=36;DP=94;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=44;FWDB=-0.00903504;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.45;QD=14.2876;RBI=0.0133432;REFB=-0.00848936;REVB=0.00981883;RO=56;SAF=9;SAR=27;SRF=13;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258782;STB=0.533416;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0209672;OID=.;OPOS=144868170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:56:57:36:37:0.393617:27:9:13:43:27:10:13:44 chr1 144871738 . C A 149.26 PASS AF=0.223301;AO=23;DP=102;FAO=23;FDP=103;FR=.;FRO=80;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=50;FWDB=0.01168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.519;QD=5.79641;RBI=0.0224355;REFB=-0.00891365;REVB=-0.0191555;RO=79;SAF=8;SAR=15;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432252;STB=0.522916;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0492853;OID=.;OPOS=144871738;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:79:80:23:23:0.223301:15:8:30:49:15:8:30:50 chr1 144871755 . A T 128.35 PASS AF=0.215054;AO=20;DP=93;FAO=20;FDP=93;FR=.;FRO=73;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=47;FWDB=-0.0023949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0872;QD=5.52027;RBI=0.0214913;REFB=-0.0103555;REVB=-0.0213575;RO=71;SAF=4;SAR=16;SRF=25;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238023;STB=0.655565;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0567102;OID=.;OPOS=144871755;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:71:73:20:20:0.215054:16:4:25:46:16:4:26:47 chr1 144871782 . A G 188.01 PASS AF=0.301205;AO=22;DP=81;FAO=25;FDP=83;FR=.;FRO=58;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=44;FWDB=-0.034433;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.297;QD=9.06092;RBI=0.0364101;REFB=-0.0149399;REVB=-0.0118351;RO=57;SAF=3;SAR=19;SRF=13;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190003;STB=0.653701;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0336833;OID=.;OPOS=144871782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:57:58:22:25:0.301205:19:3:13:44:22:3:14:44 chr1 144873887 . C T 595.08 PASS AF=0.334821;AO=76;DP=225;FAO=75;FDP=224;FR=.;FRO=149;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=103;FSRR=46;FWDB=-0.00402563;FXX=0.00444425;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3837;QD=10.6264;RBI=0.00967679;REFB=-0.0105025;REVB=0.00879969;RO=146;SAF=46;SAR=30;SRF=102;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116137;STB=0.556027;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00995092;OID=.;OPOS=144873887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:224:146:149:76:75:0.334821:30:46:102:44:29:46:103:46 chr1 144874760 . T C 351.65 PASS AF=0.364407;AO=43;DP=119;FAO=43;FDP=118;FR=.;FRO=75;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0125222;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.495;QD=11.9204;RBI=0.0268897;REFB=-0.00903323;REVB=-0.023796;RO=75;SAF=20;SAR=23;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00173143;STB=0.50099;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0200828;OID=.;OPOS=144874760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:75:75:43:43:0.364407:23:20:35:40:23:20:35:40 chr1 144874815 . T C 101.2 PASS AF=0.171429;AO=19;DP=106;FAO=18;FDP=105;FR=.;FRO=87;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=-0.016356;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.624;QD=3.85505;RBI=0.0256827;REFB=-0.0112537;REVB=-0.019801;RO=85;SAF=10;SAR=9;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258834;STB=0.504757;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.043353;OID=.;OPOS=144874815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:85:87:19:18:0.171429:9:10:43:42:9:9:44:43 chr1 144877176 . C T 431.36 PASS AF=0.337423;AO=55;DP=162;FAO=55;FDP=163;FR=.;FRO=108;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=58;FSRR=50;FWDB=0.00849969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.702;QD=10.5854;RBI=0.030908;REFB=-0.000668866;REVB=-0.0297163;RO=104;SAF=20;SAR=35;SRF=57;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212107;STB=0.61621;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00183854;OID=.;OPOS=144877176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:104:108:55:55:0.337423:35:20:57:47:35:20:58:50 chr1 144879090 . T C 170.99 PASS AF=0.28;AO=16;DP=77;FAO=21;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.0295724;FXX=0.0259707;HRUN=6;LEN=1;MLLD=251.521;QD=9.11919;RBI=0.0299196;REFB=-0.00713247;REVB=0.0045449;RO=37;SAF=7;SAR=9;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119611;STB=0.572695;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.012586;OID=.;OPOS=144879090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:37:50:16:21:0.28:9:7:20:17:11:10:29:21 chr1 144879264 . A G 1636.95 PASS AF=0.808642;AO=117;DP=154;FAO=131;FDP=162;FR=.;FRO=31;FSAF=63;FSAR=68;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0123212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.765;QD=40.4186;RBI=0.0385117;REFB=-0.0519159;REVB=0.0364875;RO=30;SAF=57;SAR=60;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304848;STB=0.512915;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0158828;OID=.;OPOS=144879264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:162:30:31:117:131:0.808642:60:57:17:13:68:63:17:14 chr1 144879339 . C T 204.88 PASS AF=0.189474;AO=35;DP=189;FAO=36;FDP=190;FR=.;FRO=154;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=63;FSRR=91;FWDB=0.0107413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.407;QD=4.31328;RBI=0.0242978;REFB=-0.00398547;REVB=-0.0217947;RO=154;SAF=16;SAR=19;SRF=63;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627685;STB=0.551594;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0186696;OID=.;OPOS=144879339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:190:154:154:35:36:0.189474:19:16:63:91:19:17:63:91 chr1 144879375 . T C 343.94 PASS AF=0.312057;AO=44;DP=141;FAO=44;FDP=141;FR=.;FRO=97;FSAF=8;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=56;FWDB=-0.0903118;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8319;QD=9.75724;RBI=0.0903189;REFB=-0.0104031;REVB=0.00113079;RO=97;SAF=8;SAR=36;SRF=41;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347064;STB=0.705495;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.018486;OID=.;OPOS=144879375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:97:97:44:44:0.312057:36:8:41:56:36:8:41:56 chr1 144880832 . T C 139.73 PASS AF=0.213592;AO=22;DP=103;FAO=22;FDP=103;FR=.;FRO=81;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=44;FWDB=-0.0223513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.713;QD=5.42647;RBI=0.0282337;REFB=-0.00704047;REVB=-0.0172501;RO=81;SAF=17;SAR=5;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406419;STB=0.754975;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0529017;OID=.;OPOS=144880832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:81:81:22:22:0.213592:5:17:37:44:5:17:37:44 chr1 144880864 . T A 202.11 PASS AF=0.313253;AO=25;DP=85;FAO=26;FDP=83;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.0274384;FXX=0.0235266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.829;QD=9.74017;RBI=0.0360236;REFB=-0.00583438;REVB=-0.0233417;RO=57;SAF=10;SAR=15;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286988;STB=0.67613;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.016083;OID=.;OPOS=144880864;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:57:57:25:26:0.313253:15:10:37:20:16:10:37:20 chr1 144882581 . A G 693.65 PASS AF=0.39604;AO=79;DP=199;FAO=80;FDP=202;FR=.;FRO=122;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=52;FSRR=70;FWDB=0.00382072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9999;QD=13.7356;RBI=0.0234582;REFB=-0.0125196;REVB=-0.023145;RO=120;SAF=41;SAR=38;SRF=51;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100576;STB=0.551988;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0179744;OID=.;OPOS=144882581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:202:120:122:79:80:0.39604:38:41:51:69:39:41:52:70 chr1 144882823 . C T 318.07 PASS AF=0.283951;AO=43;DP=159;FAO=46;FDP=162;FR=.;FRO=116;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=81;FWDB=-0.0254872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.61;QD=7.85352;RBI=0.026219;REFB=-0.0138589;REVB=-0.00615103;RO=113;SAF=17;SAR=26;SRF=35;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113405;STB=0.55356;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0332435;OID=.;OPOS=144882823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:162:113:116:43:46:0.283951:26:17:35:78:29:17:35:81 chr1 144886197 . A T 544.64 PASS AF=0.415493;AO=59;DP=143;FAO=59;FDP=142;FR=.;FRO=83;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=33;FSRR=50;FWDB=-0.0232597;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.797;QD=15.3421;RBI=0.0233931;REFB=-0.0117807;REVB=-0.00249516;RO=83;SAF=25;SAR=34;SRF=33;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280032;STB=0.515712;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0205965;OID=.;OPOS=144886197;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:83:83:59:59:0.415493:34:25:33:50:34:25:33:50 chr1 144892089 . G T 146.05 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.013787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1166;QD=8.98743;RBI=0.0667533;REFB=-0.000383753;REVB=-0.065314;RO=44;SAF=10;SAR=10;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263612;STB=0.507685;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.00192482;OID=.;OPOS=144892089;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:45:20:20:0.307692:10:10:23:21:10:10:23:22 chr1 144892149 . G A 172.32 PASS AF=0.324324;AO=22;DP=74;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0211477;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.938;QD=9.31473;RBI=0.0319257;REFB=-0.0123749;REVB=-0.023917;RO=45;SAF=10;SAR=12;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116609;STB=0.501133;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0163047;OID=.;OPOS=144892149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:45:50:22:24:0.324324:12:10:20:25:13:11:23:27 chr1 144903087 . G A 454.81 PASS AF=0.494505;AO=45;DP=91;FAO=45;FDP=91;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0123011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.983;QD=19.9916;RBI=0.0123092;REFB=-0.0190272;REVB=-0.000448042;RO=46;SAF=19;SAR=26;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110972;STB=0.561583;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0238686;OID=.;OPOS=144903087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:46:45:45:0.494505:26:19:25:21:26:19:25:21 chr1 144909956 . G A 208.9 PASS AF=0.281553;AO=28;DP=101;FAO=29;FDP=103;FR=.;FRO=74;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=50;FWDB=-0.00555506;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.237;QD=8.11245;RBI=0.00715227;REFB=-0.0334606;REVB=-0.00450513;RO=72;SAF=9;SAR=19;SRF=22;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222349;STB=0.51162;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0471242;OID=.;OPOS=144909956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:72:74:28:29:0.281553:19:9:22:50:20:9:24:50 chr1 144912153 . A G 2717.29 PASS AF=0.988889;AO=171;DP=173;FAO=178;FDP=180;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=100;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00107513;FXX=0.0109884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.827;QD=60.3842;RBI=0.0279787;REFB=-0.036693;REVB=0.0279581;RO=1;SAF=76;SAR=95;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00498405;STB=0.500697;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.000699548;OID=.;OPOS=144912153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:173:180:1:2:171:178:0.988889:95:76:0:1:100:78:1:1 chr1 144912233 . C T 446.04 PASS AF=0.366197;AO=52;DP=142;FAO=52;FDP=142;FR=.;FRO=90;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=61;FWDB=-0.000545125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.973;QD=12.5644;RBI=0.000632264;REFB=0.00154177;REVB=0.000320308;RO=90;SAF=22;SAR=30;SRF=29;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117787;STB=0.566793;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.00303818;OID=.;OPOS=144912233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:90:90:52:52:0.366197:30:22:29:61:30:22:29:61 chr1 144915561 . G A 858.95 PASS AF=0.395062;AO=96;DP=244;FAO=96;FDP=243;FR=.;FRO=147;FSAF=37;FSAR=59;FSRF=72;FSRR=75;FWDB=-0.0120828;FXX=0.00409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.518;QD=14.1392;RBI=0.0228567;REFB=-0.00954112;REVB=0.0194019;RO=144;SAF=37;SAR=59;SRF=71;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117634;STB=0.564654;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0133042;OID=.;OPOS=144915561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:243:144:147:96:96:0.395062:59:37:71:73:59:37:72:75 chr1 144915624 . G A 527.42 PASS AF=0.4;AO=57;DP=150;FAO=62;FDP=155;FR=.;FRO=93;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=44;FSRR=49;FWDB=0.0133426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.643;QD=13.6108;RBI=0.0134085;REFB=-0.0261766;REVB=-0.00132764;RO=93;SAF=22;SAR=35;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978324;STB=0.56349;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0366626;OID=.;OPOS=144915624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:155:93:93:57:62:0.4:35:22:44:49:39:23:44:49 chr1 144916676 . C T 233.46 PASS AF=0.205263;AO=39;DP=190;FAO=39;FDP=190;FR=.;FRO=151;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=62;FSRR=89;FWDB=-0.0384233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.564;QD=4.91485;RBI=0.0471878;REFB=-0.00485457;REVB=-0.0273924;RO=150;SAF=20;SAR=19;SRF=61;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135885;STB=0.580917;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0231025;OID=.;OPOS=144916676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:150:151:39:39:0.205263:19:20:61:89:19:20:62:89 chr1 144916748 . C G 372.31 PASS AF=0.415094;AO=43;DP=106;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=43;FWDB=0.0399905;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2315;QD=14.0493;RBI=0.0411043;REFB=-0.0136148;REVB=0.00950367;RO=61;SAF=17;SAR=26;SRF=19;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935063;STB=0.563493;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0220904;OID=.;OPOS=144916748;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:61:62:43:44:0.415094:26:17:19:42:26:18:19:43 chr1 144917546 . A G 601.53 PASS AF=0.443662;AO=63;DP=142;FAO=63;FDP=142;FR=.;FRO=79;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=0.00150367;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6926;QD=16.9444;RBI=0.021033;REFB=0.000336355;REVB=-0.0209792;RO=79;SAF=35;SAR=28;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745759;STB=0.541588;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=-0.00194772;OID=.;OPOS=144917546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:79:79:63:63:0.443662:28:35:38:41:28:35:38:41 chr1 144917827 . CA C 67.49 PASS AF=0.190083;AO=23;DP=121;FAO=23;FDP=121;FR=.;FRO=98;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=48;FSRR=50;FWDB=-0.0858255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.8783;QD=2.23106;RBI=0.0924769;REFB=0.0141299;REVB=0.0344377;RO=97;SAF=8;SAR=15;SRF=48;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189985;STB=0.617543;STBP=0.22;TYPE=del;VARB=-0.052341;OID=.;OPOS=144917828;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.190083:23:121:23:121:98:8:15:48:50:67:97:8:15:48:49 chr1 144917841 . T C 433.6 PASS AF=0.356643;AO=51;DP=143;FAO=51;FDP=143;FR=.;FRO=92;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=0.00295557;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.645;QD=12.1286;RBI=0.0111979;REFB=-0.0203478;REVB=0.0108008;RO=92;SAF=26;SAR=25;SRF=39;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966015;STB=0.555139;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0324253;OID=.;OPOS=144917841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:92:92:51:51:0.356643:25:26:39:53:25:26:39:53 chr1 144918957 . T A 289.44 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=36;FWDB=-0.0136675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.148;QD=13.9491;RBI=0.0202929;REFB=0.00395872;REVB=0.0150001;RO=50;SAF=13;SAR=20;SRF=14;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131018;STB=0.57409;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00632698;OID=.;OPOS=144918957;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:33:33:0.39759:20:13:14:36:20:13:14:36 chr1 144922523 . C T 64.17 PASS AF=0.112676;AO=16;DP=141;FAO=16;FDP=142;FR=.;FRO=126;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=60;FSRR=66;FWDB=-0.00335197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.39;QD=1.80755;RBI=0.0388082;REFB=-0.00217525;REVB=-0.0386631;RO=125;SAF=7;SAR=9;SRF=60;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521758;STB=0.534531;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0302797;OID=.;OPOS=144922523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:141:142:125:126:16:16:0.112676:9:7:60:65:9:7:60:66 chr1 144922583 . G A 204.38 PASS AF=0.242188;AO=30;DP=128;FAO=31;FDP=128;FR=.;FRO=97;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=54;FWDB=0.0263862;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3743;QD=6.38677;RBI=0.0376585;REFB=-0.00821554;REVB=-0.0268687;RO=94;SAF=11;SAR=19;SRF=40;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768745;STB=0.543959;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0290841;OID=.;OPOS=144922583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:94:97:30:31:0.242188:19:11:40:54:19:12:43:54 chr1 144930596 . C A 549.56 PASS AF=0.377907;AO=62;DP=174;FAO=65;FDP=172;FR=.,HEALED;FRO=107;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=68;FSRR=39;FWDB=-0.0225282;FXX=0.0171419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.633;QD=12.7804;RBI=0.02506;REFB=-0.0103055;REVB=-0.0109765;RO=83;SAF=28;SAR=34;SRF=67;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357751;STB=0.625315;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0181533;OID=.;OPOS=144930596;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:172:83:107:62:65:0.377907:34:28:67:16:37:28:68:39 chr1 144930940 . T C 246.46 PASS AF=0.295652;AO=34;DP=116;FAO=34;FDP=115;FR=.;FRO=81;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=-0.0133428;FXX=0.00861995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.46;QD=8.5726;RBI=0.0133919;REFB=0.0160024;REVB=0.00114504;RO=82;SAF=18;SAR=16;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00603945;STB=0.501026;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=-0.0390168;OID=.;OPOS=144930940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:82:81:34:34:0.295652:16:18:43:39:16:18:43:38 chr1 144931087 . T C 117.85 PASS AF=0.154362;AO=23;DP=150;FAO=23;FDP=149;FR=.;FRO=126;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=54;FSRR=72;FWDB=0.0172087;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1998;QD=3.1638;RBI=0.0216769;REFB=-0.00301977;REVB=0.0131814;RO=126;SAF=10;SAR=13;SRF=54;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00804949;STB=0.505346;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0220737;OID=.;OPOS=144931087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:126:126:23:23:0.154362:13:10:54:72:13:10:54:72 chr1 144931330 . C T 308.91 PASS AF=0.325203;AO=40;DP=123;FAO=40;FDP=123;FR=.;FRO=83;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=-0.0105686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.474;QD=10.046;RBI=0.0256773;REFB=-0.00957611;REVB=0.0234014;RO=83;SAF=24;SAR=16;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110803;STB=0.564324;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0195443;OID=.;OPOS=144931330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:83:83:40:40:0.325203:16:24:42:41:16:24:42:41 chr1 144931392 . G A 288.76 PASS AF=0.314516;AO=38;DP=124;FAO=39;FDP=124;FR=.;FRO=85;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=0.00626977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1695;QD=9.31471;RBI=0.0175904;REFB=0.000715691;REVB=0.0164351;RO=84;SAF=22;SAR=16;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107665;STB=0.574005;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.000668264;OID=.;OPOS=144931392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:84:85:38:39:0.314516:16:22:41:43:16:23:41:44 chr1 144931461 . A T 74.65 PASS AF=0.155556;AO=14;DP=90;FAO=14;FDP=90;FR=.;FRO=76;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.01379;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.717;QD=3.31776;RBI=0.0154975;REFB=-0.00547933;REVB=-0.00707161;RO=75;SAF=8;SAR=6;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147027;STB=0.603627;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0170522;OID=.;OPOS=144931461;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:90:90:75:76:14:14:0.155556:6:8:34:41:6:8:34:42 chr1 144952207 . C T 36.53 PASS AF=0.0839695;AO=11;DP=131;FAO=11;FDP=131;FR=.;FRO=120;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=77;FSRR=43;FWDB=0.00684513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.8512;QD=1.11536;RBI=0.068084;REFB=-0.00486389;REVB=-0.067739;RO=118;SAF=7;SAR=4;SRF=76;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00952983;STB=0.505254;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0611659;OID=.;OPOS=144952207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:131:131:118:120:11:11:0.0839695:4:7:76:42:4:7:77:43 chr1 144952220 . C T 225.64 PASS AF=0.259843;AO=33;DP=127;FAO=33;FDP=127;FR=.;FRO=94;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=61;FSRR=33;FWDB=-0.00972392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.531;QD=7.10667;RBI=0.0111085;REFB=-0.010848;REVB=-0.00537072;RO=94;SAF=19;SAR=14;SRF=61;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944628;STB=0.55635;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0287107;OID=.;OPOS=144952220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:94:94:33:33:0.259843:14:19:61:33:14:19:61:33 chr1 144994658 . C A 609.99 PASS AF=0.393258;AO=70;DP=178;FAO=70;FDP=178;FR=.;FRO=108;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=52;FSRR=56;FWDB=0.0171651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.383;QD=13.7076;RBI=0.0173774;REFB=-0.0179972;REVB=0.00270832;RO=107;SAF=43;SAR=27;SRF=52;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139859;STB=0.581815;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0319815;OID=.;OPOS=144994658;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:107:108:70:70:0.393258:27:43:52:55:27:43:52:56 chr1 145014103 . G C 135.32 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0124614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.256;QD=8.32737;RBI=0.0147222;REFB=-0.0149949;REVB=0.00783944;RO=45;SAF=7;SAR=12;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316799;STB=0.693557;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0362492;OID=.;OPOS=145014103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:45:46:19:19:0.292308:12:7:29:16:12:7:30:16 chr1 145014210 . G A 90.68 PASS AF=0.269231;AO=11;DP=53;FAO=14;FDP=52;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=38;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0184676;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=26.5632;QD=6.97551;RBI=0.111166;REFB=-0.0243385;REVB=-0.109621;RO=21;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177334;STB=0.596022;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0530989;OID=.;OPOS=145014210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:53:52:21:38:11:14:0.269231:4:7:10:11:7:7:14:24 chr1 145014263 . C T 400.58 PASS AF=0.519481;AO=37;DP=74;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0096633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4634;QD=20.8092;RBI=0.0807487;REFB=-0.0647887;REVB=0.0801684;RO=36;SAF=16;SAR=21;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910105;STB=0.538443;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0642946;OID=.;OPOS=145014263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:36:37:37:40:0.519481:21:16:12:24:24:16:12:25 chr1 145018023 . G T 224.86 PASS AF=0.394366;AO=27;DP=68;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.0049119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9769;QD=12.6683;RBI=0.0189779;REFB=-0.022778;REVB=0.0183312;RO=40;SAF=7;SAR=20;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848235;STB=0.528825;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0848099;OID=.;OPOS=145018023;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:40:43:27:28:0.394366:20:7:13:27:20:8:14:29 chr1 145038952 . C T 327.42 PASS AF=0.289308;AO=45;DP=156;FAO=46;FDP=159;FR=.;FRO=113;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=44;FSRR=69;FWDB=-0.00286081;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.678;QD=8.23703;RBI=0.00398095;REFB=-0.00815892;REVB=-0.00276835;RO=110;SAF=12;SAR=33;SRF=43;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172126;STB=0.58649;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0166678;OID=.;OPOS=145038952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:159:110:113:45:46:0.289308:33:12:43:67:33:13:44:69 chr1 145039562 . C T 377.25 PASS AF=0.384615;AO=45;DP=117;FAO=45;FDP=117;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=0.0746215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.056;QD=12.8975;RBI=0.0776859;REFB=-0.0278683;REVB=-0.0216042;RO=72;SAF=22;SAR=23;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721578;STB=0.540953;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0332799;OID=.;OPOS=145039562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:72:72:45:45:0.384615:23:22:40:32:23:22:40:32 chr1 145074975 . G A 46.33 PASS AF=0.0833333;AO=15;DP=181;FAO=15;FDP=180;FR=.;FRO=165;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=77;FSRR=88;FWDB=-0.0103316;FXX=0.00552456;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.082;QD=1.02955;RBI=0.0111764;REFB=-0.000326381;REVB=0.00426257;RO=165;SAF=6;SAR=9;SRF=77;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773159;STB=0.561993;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00392192;OID=.;OPOS=145074975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:181:180:165:165:15:15:0.0833333:9:6:77:88:9:6:77:88 chr1 145075683 . C T 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.019953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.082;QD=16.5359;RBI=0.0287512;REFB=-0.0441108;REVB=-0.0207005;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106479;STB=0.560909;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0465778;OID=.;OPOS=145075683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:9:9:9:14:9:9:9:14 chr1 145075854 . G C 115.09 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0168992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.282;QD=19.181;RBI=0.0289075;REFB=-0.0279526;REVB=0.0234534;RO=11;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201895;STB=0.615207;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0219746;OID=.;OPOS=145075854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:24:24:11:11:13:13:0.541667:8:5:7:4:8:5:7:4 chr1 145103947 . T C 328.89 PASS AF=0.239437;AO=51;DP=213;FAO=51;FDP=213;FR=.;FRO=162;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=88;FSRR=74;FWDB=-0.0207043;FXX=0.00930189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.582;QD=6.17629;RBI=0.0292434;REFB=-0.00468546;REVB=-0.020652;RO=156;SAF=32;SAR=19;SRF=85;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10694;STB=0.566184;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0122339;OID=.;OPOS=145103947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:156:162:51:51:0.239437:19:32:85:71:19:32:88:74 chr1 145109549 . G T 197.11 PASS AF=0.103627;AO=59;DP=580;FAO=60;FDP=579;FR=.;FRO=519;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=234;FSRR=285;FWDB=-0.0146332;FXX=0.00172411;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.926;QD=1.36175;RBI=0.0160557;REFB=0.000337904;REVB=0.00660737;RO=515;SAF=32;SAR=27;SRF=233;SRR=282;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110549;STB=0.588146;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00559982;OID=.;OPOS=145109549;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:580:579:515:519:59:60:0.103627:27:32:233:282:27:33:234:285 chr1 145109583 . C A 2264.25 PASS AF=0.404762;AO=248;DP=626;FAO=255;FDP=630;FR=.;FRO=375;FSAF=118;FSAR=137;FSRF=159;FSRR=216;FWDB=0.00206631;FXX=0.00630905;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1107;QD=14.3762;RBI=0.055046;REFB=0.00162996;REVB=0.0550072;RO=369;SAF=114;SAR=134;SRF=159;SRR=210;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311399;STB=0.52327;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00270547;OID=.;OPOS=145109583;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:626:630:369:375:248:255:0.404762:134:114:159:210:137:118:159:216 chr1 145109661 . G A 458.98 PASS AF=0.186937;AO=82;DP=443;FAO=83;FDP=444;FR=.;FRO=361;FSAF=25;FSAR=58;FSRF=136;FSRR=225;FWDB=-0.0104999;FXX=0.0044842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.85;QD=4.13492;RBI=0.0122214;REFB=-0.00353024;REVB=0.00625417;RO=357;SAF=24;SAR=58;SRF=132;SRR=225;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112693;STB=0.568922;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0132793;OID=.;OPOS=145109661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:443:444:357:361:82:83:0.186937:58:24:132:225:58:25:136:225 chr1 145112414 . T C 82.18 PASS AF=0.112299;AO=21;DP=188;FAO=21;FDP=187;FR=.;FRO=166;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=90;FSRR=76;FWDB=0.0409647;FXX=0.00531887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.189;QD=1.7579;RBI=0.0412909;REFB=-0.00300523;REVB=0.00518002;RO=164;SAF=10;SAR=11;SRF=90;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893517;STB=0.558321;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0238052;OID=.;OPOS=145112414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:188:187:164:166:21:21:0.112299:11:10:90:74:11:10:90:76 chr1 145112420 . C T 207.69 PASS AF=0.195652;AO=36;DP=183;FAO=36;FDP=184;FR=.;FRO=148;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=75;FSRR=73;FWDB=0.0284203;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5851;QD=4.51495;RBI=0.0412486;REFB=-0.00776877;REVB=-0.0298953;RO=143;SAF=20;SAR=16;SRF=71;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756745;STB=0.539372;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0504332;OID=.;OPOS=145112420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:143:148:36:36:0.195652:16:20:71:72:16:20:75:73 chr1 145112428 . C T 82.33 PASS AF=0.113514;AO=21;DP=184;FAO=21;FDP=185;FR=.;FRO=164;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=86;FSRR=78;FWDB=-0.0216267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6903;QD=1.78016;RBI=0.0240931;REFB=-0.0031083;REVB=-0.0106189;RO=163;SAF=9;SAR=12;SRF=85;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114292;STB=0.584535;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0268646;OID=.;OPOS=145112428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:184:185:163:164:21:21:0.113514:12:9:85:78:12:9:86:78 chr1 145112485 . C T 108.73 PASS AF=0.14375;AO=23;DP=161;FAO=23;FDP=160;FR=.;FRO=137;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=66;FSRR=71;FWDB=-0.00133952;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5079;QD=2.71824;RBI=0.0083091;REFB=-0.00118548;REVB=-0.00820041;RO=136;SAF=10;SAR=13;SRF=66;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643247;STB=0.540446;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0123085;OID=.;OPOS=145112485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:136:137:23:23:0.14375:13:10:66:70:13:10:66:71 chr1 145115810 . A G 1366.96 PASS AF=0.383133;AO=159;DP=415;FAO=159;FDP=415;FR=.;FRO=256;FSAF=59;FSAR=100;FSRF=126;FSRR=130;FWDB=0.00473881;FXX=0.00240379;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.774;QD=13.1755;RBI=0.00709556;REFB=-0.00676536;REVB=-0.00528116;RO=251;SAF=59;SAR=100;SRF=124;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137697;STB=0.576853;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0110424;OID=.;OPOS=145115810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:415:415:251:256:159:159:0.383133:100:59:124:127:100:59:126:130 chr1 145115820 . T C 609.81 PASS AF=0.233577;AO=96;DP=412;FAO=96;FDP=411;FR=.;FRO=315;FSAF=32;FSAR=64;FSRF=153;FSRR=162;FWDB=-0.0226437;FXX=0.00242713;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.517;QD=5.9349;RBI=0.0227847;REFB=-0.000528813;REVB=-0.00253082;RO=314;SAF=33;SAR=63;SRF=152;SRR=162;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183664;STB=0.62078;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0022288;OID=.;OPOS=145115820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:412:411:314:315:96:96:0.233577:63:33:152:162:64:32:153:162 chr1 145116147 . T TA 116.17 PASS AF=0.205607;AO=34;DP=214;FAO=44;FDP=214;FR=.;FRO=170;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=106;FSRR=64;FWDB=0.0590018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.8201;QD=2.17135;RBI=0.0671196;REFB=0.0190227;REVB=-0.0319973;RO=173;SAF=22;SAR=12;SRF=108;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315797;STB=0.551343;STBP=0.464;TYPE=ins;VARB=-0.0806722;OID=.;OPOS=145116148;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.205607:34:214:44:214:170:30:14:106:64:99:173:22:12:108:65 chr1 145116192 . TG T 53.05 PASS AF=0.164251;AO=36;DP=212;FAO=34;FDP=207;FR=.;FRO=173;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=99;FSRR=74;FWDB=0.0419975;FXX=0.0281677;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.0738;QD=1.0252;RBI=0.097186;REFB=0.0111292;REVB=-0.0876432;RO=160;SAF=15;SAR=21;SRF=94;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216963;STB=0.560351;STBP=0.472;TYPE=del;VARB=-0.118144;OID=.;OPOS=145116193;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.164251:36:212:34:207:173:17:17:99:74:53:160:15:21:94:66 chr1 145116310 . TG GT,TT 364.54 PASS AF=0.103448,0.586207;AO=4,23;DP=55;FAO=6,34;FDP=58;FR=.;FRO=18;FSAF=2,28;FSAR=4,6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0067284,0.0202361;FXX=0.0169463;HRUN=11,1;LEN=2,1;MLLD=27.1461,170.581;QD=25.1408;RBI=0.0282969,0.0218134;REFB=0.0603045,-0.00730766;REVB=0.0274853,0.00814404;RO=21;SAF=2,18;SAR=2,5;SRF=15;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.254429,0.0806656;STB=0.736115,0.58328;STBP=0.227,0.17;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0139235,0.0182765;OID=.,.;OPOS=145116310,145116311;OREF=TG,G;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:55:58:21:18:4,23:6,34:0.103448,0.586207:2,5:2,18:15:6:4,6:2,28:12:6 chr1 145116319 . G T 90.94 PASS AF=0.352941;AO=3;DP=31;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0222442;FXX=0.128172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.242;QD=10.6993;RBI=0.031885;REFB=-0.0129105;REVB=0.0228441;RO=25;SAF=3;SAR=0;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.506164;STB=0.545382;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0129105;OID=.;OPOS=145116319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:31:34:25:22:3:12:0.352941:0:3:17:8:4:8:16:6 chr1 145116326 . TG GT,TGT,TT 360.16 PASS AF=0.0487805,0.268293,0.634146;AO=2,4,14;DP=32;FAO=2,11,26;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=2,7,12;FSAR=0,4,14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00822211,0.110825,0.00949149;FXX=0.0238039;HRUN=7,8,1;LEN=2,1,1;MLLD=18.6311,5.24935,126.37;QD=35.1373;RBI=0.181764,0.793046,0.0592276;REFB=0.15036,0.120687,-0.0345659;REVB=0.181578,0.785264,0.0584621;RO=4;SAF=2,3,8;SAR=0,1,6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.623114,0.223593,0.0289969;STB=0.5,0.562391,0.538432;STBP=1,0.464,0.286;TYPE=mnp,ins,snp;VARB=-0.0462692,-0.264785,0.0200434;OID=.,.,.;OPOS=145116326,145116328,145116327;OREF=TG,-,G;OALT=GT,T,T;OMAPALT=GT,TGT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:41:32:41:4:2:2,4,14:2,11,26:0.0487805,0.268293,0.634146:0,1,6:2,3,8:2:2:0,4,14:2,7,12:2:0 chr1 145273302 . A G 253.9 PASS AF=0.24375;AO=39;DP=159;FAO=39;FDP=160;FR=.;FRO=121;FSAF=6;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=118;FWDB=0.0324698;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0892;QD=6.3475;RBI=0.0411372;REFB=-0.00952446;REVB=-0.0252583;RO=119;SAF=6;SAR=33;SRF=3;SRR=116;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.449962;STB=0.753046;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0239574;OID=.;OPOS=145273302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:160:119:121:39:39:0.24375:33:6:3:116:33:6:3:118 chr1 145273345 . T C 436.38 PASS AF=0.286385;AO=59;DP=212;FAO=61;FDP=213;FR=.;FRO=152;FSAF=6;FSAR=55;FSRF=4;FSRR=148;FWDB=0.016085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5975;QD=8.19498;RBI=0.0202618;REFB=-0.00910458;REVB=0.0123212;RO=151;SAF=6;SAR=53;SRF=4;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347614;STB=0.688873;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0225153;OID=.;OPOS=145273345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:213:151:152:59:61:0.286385:53:6:4:147:55:6:4:148 chr1 145273431 . A G 425.7 PASS AF=0.268722;AO=61;DP=228;FAO=61;FDP=227;FR=.;FRO=166;FSAF=14;FSAR=47;FSRF=43;FSRR=123;FWDB=-0.0685718;FXX=0.00438577;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2961;QD=7.50134;RBI=0.0734163;REFB=-0.0147354;REVB=-0.0262272;RO=167;SAF=14;SAR=47;SRF=43;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04727;STB=0.529541;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0225422;OID=.;OPOS=145273431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:227:167:166:61:61:0.268722:47:14:43:124:47:14:43:123 chr1 145277430 . T C 107.61 PASS AF=0.173913;AO=20;DP=115;FAO=20;FDP=115;FR=.;FRO=95;FSAF=19;FSAR=1;FSRF=43;FSRR=52;FWDB=-0.0122283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.027;QD=3.74297;RBI=0.0585591;REFB=-0.00435158;REVB=0.0572681;RO=94;SAF=19;SAR=1;SRF=43;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.666617;STB=0.94153;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.035094;OID=.;OPOS=145277430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:94:95:20:20:0.173913:1:19:43:51:1:19:43:52 chr1 145277457 . A G 96.71 PASS AF=0.159664;AO=19;DP=117;FAO=19;FDP=119;FR=.;FRO=100;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=45;FSRR=55;FWDB=-0.0178645;FXX=0.0165276;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.497;QD=3.25064;RBI=0.110804;REFB=-0.00107395;REVB=-0.109355;RO=98;SAF=18;SAR=1;SRF=44;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.658419;STB=0.940688;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00604303;OID=.;OPOS=145277457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:117:119:98:100:19:19:0.159664:1:18:44:54:1:18:45:55 chr1 145281408 . C T 336.98 PASS AF=0.215385;AO=56;DP=260;FAO=56;FDP=260;FR=.;FRO=204;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=116;FSRR=88;FWDB=-0.018234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.94;QD=5.18436;RBI=0.0233049;REFB=-0.00872929;REVB=-0.0145135;RO=204;SAF=26;SAR=30;SRF=116;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133079;STB=0.581303;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0342567;OID=.;OPOS=145281408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:204:204:56:56:0.215385:30:26:116:88:30:26:116:88 chr1 145281543 . C T 394.12 PASS AF=0.237903;AO=59;DP=247;FAO=59;FDP=248;FR=.;FRO=189;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=81;FSRR=108;FWDB=-0.0146948;FXX=0.0040159;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.671;QD=6.35684;RBI=0.0174102;REFB=-0.012237;REVB=-0.00933686;RO=187;SAF=26;SAR=33;SRF=81;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00965528;STB=0.509376;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0344826;OID=.;OPOS=145281543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:247:248:187:189:59:59:0.237903:33:26:81:106:33:26:81:108 chr1 145281613 . C A 188.14 PASS AF=0.196429;AO=33;DP=168;FAO=33;FDP=168;FR=.;FRO=135;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=53;FSRR=82;FWDB=0.00739214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0854;QD=4.47948;RBI=0.0105199;REFB=-0.0023659;REVB=0.00748496;RO=135;SAF=8;SAR=25;SRF=53;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220218;STB=0.640396;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0063329;OID=.;OPOS=145281613;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:135:135:33:33:0.196429:25:8:53:82:25:8:53:82 chr1 145281633 . C A 178.31 PASS AF=0.189349;AO=32;DP=169;FAO=32;FDP=169;FR=.;FRO=137;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=58;FSRR=79;FWDB=-0.0477696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.701;QD=4.22038;RBI=0.0487812;REFB=-0.0107601;REVB=-0.00988262;RO=137;SAF=7;SAR=25;SRF=58;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295751;STB=0.690478;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0412363;OID=.;OPOS=145281633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:137:137:32:32:0.189349:25:7:58:79:25:7:58:79 chr1 145290409 . G A 115.39 PASS AF=0.121339;AO=28;DP=239;FAO=29;FDP=239;FR=.;FRO=210;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=92;FSRR=118;FWDB=-0.00971191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.14;QD=1.93124;RBI=0.00977732;REFB=-7.28416e-05;REVB=-0.00112909;RO=206;SAF=15;SAR=13;SRF=92;SRR=114;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111096;STB=0.59879;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000581892;OID=.;OPOS=145290409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:206:210:28:29:0.121339:13:15:92:114:13:16:92:118 chr1 145290498 . T G 67.12 PASS AF=0.104651;AO=18;DP=170;FAO=18;FDP=172;FR=.;FRO=154;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=69;FSRR=85;FWDB=0.0374208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.501;QD=1.56096;RBI=0.0377509;REFB=-0.00429284;REVB=0.00498191;RO=152;SAF=8;SAR=10;SRF=69;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116389;STB=0.503264;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0318194;OID=.;OPOS=145290498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:170:172:152:154:18:18:0.104651:10:8:69:83:10:8:69:85 chr1 145293425 . C A 104.57 PASS AF=0.121951;AO=25;DP=205;FAO=25;FDP=205;FR=.;FRO=180;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=104;FSRR=76;FWDB=0.00564968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.972;QD=2.04037;RBI=0.0159808;REFB=0.00147732;REVB=0.0149489;RO=176;SAF=7;SAR=18;SRF=103;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372169;STB=0.752066;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00889299;OID=.;OPOS=145293425;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:176:180:25:25:0.121951:18:7:103:73:18:7:104:76 chr1 145293490 . G C 195.18 PASS AF=0.112245;AO=55;DP=489;FAO=55;FDP=490;FR=.;FRO=435;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=238;FSRR=197;FWDB=-0.0224448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5423;QD=1.59329;RBI=0.0388985;REFB=-0.00299392;REVB=-0.0317699;RO=428;SAF=29;SAR=26;SRF=237;SRR=191;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033399;STB=0.517706;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0293883;OID=.;OPOS=145293490;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:489:490:428:435:55:55:0.112245:26:29:237:191:26:29:238:197 chr1 145293498 . G C 226.53 PASS AF=0.122661;AO=59;DP=482;FAO=59;FDP=481;FR=.;FRO=422;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=231;FSRR=191;FWDB=-0.00382417;FXX=0.00619822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.463;QD=1.88381;RBI=0.00384821;REFB=-0.00563584;REVB=0.000429473;RO=409;SAF=30;SAR=29;SRF=222;SRR=187;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437451;STB=0.534183;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0446991;OID=.;OPOS=145293498;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:482:481:409:422:59:59:0.122661:29:30:222:187:29:30:231:191 chr1 145293510 . C G 237.31 PASS AF=0.127119;AO=60;DP=468;FAO=60;FDP=472;FR=.;FRO=412;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=223;FSRR=189;FWDB=-0.0370938;FXX=0.00421932;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3657;QD=2.01107;RBI=0.0371313;REFB=-0.00493724;REVB=0.00166835;RO=407;SAF=30;SAR=30;SRF=219;SRR=188;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485992;STB=0.536005;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0401074;OID=.;OPOS=145293510;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:468:472:407:412:60:60:0.127119:30:30:219:188:30:30:223:189 chr1 145293515 . A G 185.5 PASS AF=0.112335;AO=50;DP=453;FAO=51;FDP=454;FR=.;FRO=403;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=221;FSRR=182;FWDB=-0.0167333;FXX=0.00219775;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.77;QD=1.63437;RBI=0.025179;REFB=-0.0040039;REVB=-0.0188143;RO=395;SAF=18;SAR=32;SRF=216;SRR=179;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231244;STB=0.65378;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0343829;OID=.;OPOS=145293515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:453:454:395:403:50:51:0.112335:32:18:216:179:32:19:221:182 chr1 145293566 . G A 474.11 PASS AF=0.221574;AO=76;DP=343;FAO=76;FDP=343;FR=.;FRO=267;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=142;FSRR=125;FWDB=-0.00935817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.469;QD=5.52902;RBI=0.013685;REFB=-0.00799509;REVB=0.00998521;RO=265;SAF=42;SAR=34;SRF=141;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264943;STB=0.516309;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0256482;OID=.;OPOS=145293566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:343:343:265:267:76:76:0.221574:34:42:141:124:34:42:142:125 chr1 145296372 . A G 468.7 PASS AF=0.944444;AO=31;DP=33;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0696514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.86;QD=52.0776;RBI=0.0719012;REFB=-0.0868503;REVB=0.0178455;RO=2;SAF=13;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664988;STB=0.533314;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00118714;OID=.;OPOS=145296372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:36:2:2:31:34:0.944444:18:13:2:0:20:14:2:0 chr1 145296478 . G T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.99;QD=39.2068;RBI=0.0551981;REFB=0;REVB=-0.0116793;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000732198;OID=.;OPOS=145296478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr1 145311083 . A C 1971.18 PASS AF=0.545723;AO=167;DP=322;FAO=185;FDP=339;FR=.;FRO=154;FSAF=116;FSAR=69;FSRF=109;FSRR=45;FWDB=0.00688227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.307;QD=23.2588;RBI=0.0309173;REFB=-0.0262428;REVB=0.0301416;RO=151;SAF=114;SAR=53;SRF=108;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332019;STB=0.540015;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0210914;OID=.;OPOS=145311083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:322:339:151:154:167:185:0.545723:53:114:108:43:69:116:109:45 chr1 145311110 . G C 555.46 PASS AF=0.249249;AO=82;DP=333;FAO=83;FDP=333;FR=.;FRO=250;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=171;FSRR=79;FWDB=-0.00163381;FXX=0.00299392;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.411;QD=6.6722;RBI=0.00638006;REFB=-0.0133327;REVB=0.00616732;RO=244;SAF=48;SAR=34;SRF=166;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127075;STB=0.574616;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0335454;OID=.;OPOS=145311110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:333:333:244:250:82:83:0.249249:34:48:166:78:34:49:171:79 chr1 145311828 . C G 230.66 PASS AF=0.95;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0514508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.212;QD=46.1325;RBI=0.0568987;REFB=0.0322762;REVB=-0.0242957;RO=1;SAF=7;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611153;STB=0.529381;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=-0.000439975;OID=.;OPOS=145311828;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:20:1:1:18:19:0.95:11:7:1:0:11:8:1:0 chr1 145368461 . A C 674.48 PASS AF=0.453416;AO=73;DP=159;FAO=73;FDP=161;FR=.;FRO=88;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=52;FSRR=36;FWDB=0.00210229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.978;QD=16.7573;RBI=0.0197884;REFB=-0.0171716;REVB=-0.0196764;RO=86;SAF=39;SAR=34;SRF=52;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693644;STB=0.531242;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0211223;OID=.;OPOS=145368461;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:161:86:88:73:73:0.453416:34:39:52:34:34:39:52:36 chr1 145368518 . C T 67.87 PASS AF=0.092511;AO=21;DP=232;FAO=21;FDP=227;FR=.;FRO=206;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=111;FSRR=95;FWDB=-0.0335281;FXX=0.0299133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0792;QD=1.19594;RBI=0.0460985;REFB=-0.00207306;REVB=-0.0316375;RO=206;SAF=9;SAR=12;SRF=114;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147247;STB=0.599158;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0208835;OID=.;OPOS=145368518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:232:227:206:206:21:21:0.092511:12:9:114:92:12:9:111:95 chr1 145397942 . A T 472.33 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0496412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.151;QD=55.5682;RBI=0.0497283;REFB=-0.120851;REVB=0.00294128;RO=1;SAF=1;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143836;STB=0.507688;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-9.45328e-05;OID=.;OPOS=145397942;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:32:1:0:1:32:1:0:1 chr1 145397947 . A G 481.69 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.115;QD=58.3864;RBI=0.0205984;REFB=0;REVB=-0.00714163;RO=0;SAF=1;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120989;OID=.;OPOS=145397947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:32:1:0:0:32:1:0:0 chr1 145399229 . C T 323.44 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00254092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.849;QD=53.9064;RBI=0.027037;REFB=0;REVB=0.0269173;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128821;OID=.;OPOS=145399229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:12:11:0:0:12:12:0:0 chr1 145442254 . G C 1121.12 PASS AF=1;AO=61;DP=80;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=51;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0636423;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8002;QD=58.2398;RBI=0.0655611;REFB=-0.0637856;REVB=0.0157454;RO=1;SAF=37;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125883;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00816912;OID=.;OPOS=145442254;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:80:77:1:0:61:77:1:24:37:1:0:26:51:0:0 chr1 145474968 . A G 71.37 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0477686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.396;QD=7.71583;RBI=0.0490528;REFB=0.000203062;REVB=0.0111507;RO=27;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152902;STB=0.596804;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00033687;OID=.;OPOS=145474968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:8:2:8:19:8:2:8:19 chr1 145532549 . T C 936.81 PASS AF=0.930556;AO=67;DP=72;FAO=67;FDP=72;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0196507;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=207.688;QD=52.045;RBI=0.019814;REFB=-0.0645435;REVB=-0.00253866;RO=5;SAF=34;SAR=33;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402387;STB=0.521336;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00471862;OID=.;OPOS=145532549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:72:72:5:5:67:67:0.930556:33:34:1:4:33:34:1:4 chr1 145561594 . C T 246.82 PASS AF=0.952381;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0164812;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.72;QD=47.0137;RBI=0.0214667;REFB=-0.0429775;REVB=0.0137546;RO=1;SAF=12;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368096;STB=0.5185;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.000377217;OID=.;OPOS=145561594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:20:21:1:1:19:20:0.952381:7:12:1:0:7:13:1:0 chr1 145562881 . T C 1244.02 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=86;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000179021;FXX=0.0232531;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.401;QD=59.239;RBI=0.0015576;REFB=0.0868484;REVB=0.00154728;RO=2;SAF=27;SAR=55;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337867;STB=0.517853;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00116614;OID=.;OPOS=145562881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:84:2:2:82:82:0.97619:55:27:2:0:55:27:2:0 chr1 145586309 . C T 1850.15 PASS AF=0.99187;AO=121;DP=122;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00601134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.405;QD=60.1673;RBI=0.0273266;REFB=0.0236554;REVB=0.0266572;RO=1;SAF=71;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664428;STB=0.503448;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.000121183;OID=.;OPOS=145586309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:123:1:1:121:122:0.99187:50:71:1:0:50:72:1:0 chr1 145586403 . G T 2036.46 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129281;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.685;QD=62.1818;RBI=0.0213989;REFB=0;REVB=0.0170521;RO=0;SAF=47;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21653e-05;OID=.;OPOS=145586403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:0:0:129:131:1:82:47:0:0:82:49:0:0 chr1 146395447 . A G 281.61 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00631536;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.259;QD=14.2589;RBI=0.0114437;REFB=-0.0215561;REVB=-0.00954335;RO=47;SAF=19;SAR=13;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154037;STB=0.587574;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0259332;OID=.;OPOS=146395447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:47:47:32:32:0.405063:13:19:21:26:13:19:21:26 chr1 146494510 . T C 566.14 PASS AF=0.607143;AO=51;DP=85;FAO=51;FDP=84;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0594252;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.991;QD=26.9589;RBI=0.0638522;REFB=-0.0297596;REVB=0.0233613;RO=33;SAF=25;SAR=26;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157671;STB=0.585722;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0241299;OID=.;OPOS=146494510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:33:33:51:51:0.607143:26:25:9:24:26:25:9:24 chr1 146551375 . G T 357.95 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0102465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.512;QD=22.372;RBI=0.0174408;REFB=-0.0355692;REVB=-0.0141135;RO=27;SAF=27;SAR=9;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148961;STB=0.594284;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0134448;OID=.;OPOS=146551375;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:28:36:36:0.5625:9:27:16:11:9:27:16:12 chr1 146556236 . G A 224.89 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0144912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.64;QD=19.9902;RBI=0.0145702;REFB=0.00586384;REVB=-0.00151595;RO=22;SAF=13;SAR=9;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421225;STB=0.53274;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.00627936;OID=.;OPOS=146556236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:23:22:22:0.488889:9:13:14:8:9:13:15:8 chr1 146626922 . T C 85.53 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0204808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2746;QD=6.00194;RBI=0.0266213;REFB=-0.00981146;REVB=-0.0170067;RO=44;SAF=2;SAR=11;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404608;STB=0.761917;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0256866;OID=.;OPOS=146626922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:57:57:44:44:13:13:0.22807:11:2:19:25:11:2:19:25 chr1 146650058 . T C 198.63 PASS AF=0.329114;AO=25;DP=78;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0816021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0717;QD=10.0574;RBI=0.0836315;REFB=0.00136885;REVB=0.0183116;RO=53;SAF=8;SAR=17;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119462;STB=0.549492;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.00074096;OID=.;OPOS=146650058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:53:53:25:26:0.329114:17:8:22:31:17:9:22:31 chr1 146672906 . C T 1748.2 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=118;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00627387;FXX=0.025208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.871;QD=60.2827;RBI=0.00970442;REFB=-0.0307238;REVB=-0.00740367;RO=1;SAF=48;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0070355;STB=0.503703;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000536416;OID=.;OPOS=146672906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:116:1:1:115:115:0.991379:67:48:0:1:67:48:0:1 chr1 146714392 . G C,T 558.67 PASS AF=0.2,0.775;AO=8,31;DP=40;FAO=8,31;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=1,20;FSAR=7,11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.01145,0.00327257;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=85.874,143.186;QD=55.8665;RBI=0.0125949,0.0845246;REFB=0.0953925,-0.13132;REVB=0.00524677,0.0844612;RO=0;SAF=1,20;SAR=7,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.78849e-08,0;STB=0.533253,0.521725;STBP=0.649,0.275;TYPE=snp,snp;VARB=0.0599636,0.000267293;OID=.,.;OPOS=146714392,146714392;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:51:40:40:0:1:8,31:8,31:0.2,0.775:7,11:1,20:0:0:7,11:1,20:0:1 chr1 146728162 . T A,TA 739.19 PASS AF=0,1;AO=2,52;DP=57;FAO=0,57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=0,32;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015415,-0.067359;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=254.509,22.7189;QD=51.8733;RBI=0.0241912,0.155349;REFB=0,0;REVB=-0.0186439,-0.139986;RO=0;SAF=0,30;SAR=2,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.00657294;OID=.,.;OPOS=146728162,146728163;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:57:57:0:0:2,52:0,57:0,1:2,22:0,30:0:0:0,25:0,32:0:0 chr1 146736092 . C T 290.67 PASS AF=0.516667;AO=28;DP=57;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00350199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.147;QD=19.3778;RBI=0.0242916;REFB=-0.0316117;REVB=-0.0240378;RO=29;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048118;STB=0.547795;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0319699;OID=.;OPOS=146736092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:29:29:28:31:0.516667:15:13:15:14:18:13:15:14 chr1 146740502 . C G 800.94 PASS AF=0.623932;AO=73;DP=117;FAO=73;FDP=117;FR=.;FRO=44;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00353595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.427;QD=27.3826;RBI=0.00844157;REFB=-0.0135181;REVB=-0.00766532;RO=44;SAF=47;SAR=26;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105068;STB=0.557021;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00952401;OID=.;OPOS=146740502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:44:44:73:73:0.623932:26:47:22:22:26:47:22:22 chr1 146751782 . A C 1896.19 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00768722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.426;QD=61.6648;RBI=0.0374208;REFB=0;REVB=0.0366227;RO=0;SAF=66;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9945e-05;OID=.;OPOS=146751782;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:57:66:0:0:57:66:0:0 chr1 146767149 . G T 1943.96 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.922;QD=61.2271;RBI=0.0174502;REFB=0;REVB=0.00200337;RO=1;SAF=66;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0071454;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.30555e-05;OID=.;OPOS=146767149;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:127:127:1:0:126:127:1:60:66:1:0:60:67:0:0 chr1 147121977 . C T 1617.28 PASS AF=0.990909;AO=108;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0111931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6251;QD=58.8101;RBI=0.0445075;REFB=-0.134935;REVB=0.0430771;RO=0;SAF=58;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.61453e-08;STB=0.50495;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000861194;OID=.;OPOS=147121977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:0:1:108:109:0.990909:50:58:0:0:50:59:0:1 chr1 147229299 . G A 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0348776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3196;QD=8.25543;RBI=0.0669783;REFB=-0.00891933;REVB=-0.0571808;RO=12;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469147;STB=0.798934;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0198086;OID=.;OPOS=147229299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:5:1:7:5:5:1:7:5 chr1 147415585 . T C 53.12 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00415845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.925;QD=7.32755;RBI=0.0359981;REFB=-0.00389952;REVB=0.0357572;RO=21;SAF=6;SAR=2;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175349;STB=0.611945;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0316444;OID=.;OPOS=147415585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:2:6:13:8:2:6:13:8 chr1 147415611 . TG TC,T 52.21 PASS AF=0,0.464286;AO=3,7;DP=28;FAO=0,13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=0,12;FSAR=0,1;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00189796,0.0204288;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=130.674,15.6946;QD=7.45909;RBI=0.00526857,0.022887;REFB=-0.0101374,-0.112599;REVB=-0.00491483,0.0103188;RO=15;SAF=3,6;SAR=0,1;SRF=5;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.682659,0.570552;STB=0.5,0.885214;STBP=1,0.002;TYPE=snp,del;VARB=0.0393734,0.163971;OID=.,.;OPOS=147415612,147415612;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=TC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.464286:3,7:28:0,13:28:15:0,12:0,1:5:10:49:15:3,6:0,1:5:10 chr1 147719046 . G C 101.36 PASS AF=0.1375;AO=22;DP=160;FAO=22;FDP=160;FR=.;FRO=138;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=73;FSRR=65;FWDB=0.0301494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4377;QD=2.53409;RBI=0.0377887;REFB=-0.00329974;REVB=0.0227815;RO=138;SAF=11;SAR=11;SRF=73;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365816;STB=0.524977;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0238385;OID=.;OPOS=147719046;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:138:138:22:22:0.1375:11:11:73:65:11:11:73:65 chr1 147735828 . C T 669.92 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0372502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5214;QD=62.3179;RBI=0.0450272;REFB=0;REVB=-0.0252958;RO=1;SAF=17;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268094;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000891653;OID=.;OPOS=147735828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:1:0:42:43:1:25:17:1:0:25:18:0:0 chr1 147781062 . A G 455.19 PASS AF=0.597222;AO=43;DP=71;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0165373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.193;QD=25.2882;RBI=0.0261436;REFB=-0.0371035;REVB=-0.0202485;RO=27;SAF=21;SAR=22;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00486782;STB=0.516163;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0160603;OID=.;OPOS=147781062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:27:29:43:43:0.597222:22:21:13:14:22:21:13:16 chr1 147806874 . G C 386.73 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0071638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.921;QD=20.9043;RBI=0.0115307;REFB=-0.0157811;REVB=-0.0090353;RO=35;SAF=18;SAR=21;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117915;STB=0.565184;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0137522;OID=.;OPOS=147806874;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:21:18:21:14:21:18:21:14 chr1 147806880 . T C 1062.39 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4597;QD=59.8528;RBI=0.013882;REFB=0;REVB=0.00804659;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.4228e-05;OID=.;OPOS=147806880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr1 147825770 . C T 126.27 PASS AF=0.3;AO=17;DP=59;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00145801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.921;QD=8.41803;RBI=0.00300657;REFB=-0.00582025;REVB=0.00262939;RO=42;SAF=9;SAR=8;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628373;STB=0.516648;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0197235;OID=.;OPOS=147825770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:42:42:17:18:0.3:8:9:20:22:9:9:20:22 chr1 148000850 . A G 191.4 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0306207;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.8931;QD=17.3997;RBI=0.0323373;REFB=0.0611594;REVB=-0.0103959;RO=23;SAF=15;SAR=5;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203023;STB=0.631438;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.0351321;OID=.;OPOS=148000850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:23:24:20:20:0.454545:5:15:13:10:5:15:13:11 chr1 148000879 . C G 182.88 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00226776;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.014;QD=16.2561;RBI=0.0172394;REFB=-0.0195567;REVB=-0.0170895;RO=25;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137654;STB=0.568003;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0216321;OID=.;OPOS=148000879;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:25:26:19:19:0.422222:8:11:11:14:8:11:12:14 chr1 148009349 . A G 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.011736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8473;QD=10.1733;RBI=0.113167;REFB=0.00700236;REVB=0.112557;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129519;STB=0.578703;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.00435502;OID=.;OPOS=148009349;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:2:4:7:2:2:4:7:2 chr1 148009510 . G A 82.2 PASS AF=0.216667;AO=13;DP=60;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0504708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.844;QD=5.48002;RBI=0.0518689;REFB=-0.00527975;REVB=-0.0119615;RO=46;SAF=7;SAR=6;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473508;STB=0.521817;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0104562;OID=.;OPOS=148009510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:60:60:46:47:13:13:0.216667:6:7:23:23:6:7:24:23 chr1 148017578 . C T 79.4 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0310387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2026;QD=15.8802;RBI=0.120375;REFB=0.00437463;REVB=-0.116304;RO=10;SAF=1;SAR=9;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319145;STB=0.691833;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.0238948;OID=.;OPOS=148017578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:9:1:3:7:9:1:3:7 chr1 148022991 . G A 48.22 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0345007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.065;QD=12.8598;RBI=0.04322;REFB=-0.0150787;REVB=-0.026032;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280299;STB=0.666221;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0240522;OID=.;OPOS=148022991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:4:3:6:2:4:3:6:2 chr1 149155848 . C T 1499.79 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00473459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.603;QD=61.847;RBI=0.0122024;REFB=-0.0554976;REVB=0.0112464;RO=1;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998174;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000789438;OID=.;OPOS=149155848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:95:97:1:0:94:97:1:47:47:0:1:50:47:0:0 chr1 149211947 . C G 65.87 PASS AF=0.169014;AO=12;DP=71;FAO=12;FDP=71;FR=.;FRO=59;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.0426472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.345;QD=3.71109;RBI=0.0469152;REFB=-0.00386628;REVB=-0.0195514;RO=59;SAF=3;SAR=9;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433096;STB=0.784786;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0198749;OID=.;OPOS=149211947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:71:71:59:59:12:12:0.169014:9:3:36:23:9:3:36:23 chr1 149211962 . T C 99.57 PASS AF=0.182796;AO=17;DP=91;FAO=17;FDP=93;FR=.;FRO=76;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=-0.0107122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.845;QD=4.28254;RBI=0.0142482;REFB=-0.0133685;REVB=-0.00939472;RO=74;SAF=6;SAR=11;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282831;STB=0.680486;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0249668;OID=.;OPOS=149211962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:74:76:17:17:0.182796:11:6:43:31:11:6:44:32 chr1 149211967 . G A 113.62 PASS AF=0.186275;AO=19;DP=99;FAO=19;FDP=102;FR=.;FRO=83;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=-0.0196696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.343;QD=4.45569;RBI=0.0273685;REFB=-0.00702702;REVB=-0.0190301;RO=77;SAF=7;SAR=12;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222264;STB=0.649487;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0136677;OID=.;OPOS=149211967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:77:83:19:19:0.186275:12:7:42:35:12:7:46:37 chr1 149211975 . C A 172.46 PASS AF=0.222222;AO=28;DP=126;FAO=28;FDP=126;FR=.;FRO=98;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=54;FSRR=44;FWDB=0.00420161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9543;QD=5.47498;RBI=0.0147799;REFB=0.0107293;REVB=-0.0141701;RO=98;SAF=14;SAR=14;SRF=54;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644108;STB=0.539654;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.0343945;OID=.;OPOS=149211975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:98:98:28:28:0.222222:14:14:54:44:14:14:54:44 chr1 149211992 . G A 246.46 PASS AF=0.243421;AO=37;DP=153;FAO=37;FDP=152;FR=.;FRO=115;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=56;FSRR=59;FWDB=-0.0282703;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.494;QD=6.4857;RBI=0.0341062;REFB=-0.00593089;REVB=-0.0190793;RO=104;SAF=20;SAR=17;SRF=55;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145054;STB=0.540519;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0187392;OID=.;OPOS=149211992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:104:115:37:37:0.243421:17:20:55:49:17:20:56:59 chr1 149211998 . T G 244.55 PASS AF=0.238994;AO=38;DP=160;FAO=38;FDP=159;FR=.;FRO=121;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=60;FSRR=61;FWDB=-0.0224913;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.105;QD=6.15231;RBI=0.0270429;REFB=-0.0110891;REVB=-0.0150153;RO=119;SAF=21;SAR=17;SRF=59;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713669;STB=0.543261;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0310233;OID=.;OPOS=149211998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:119:121:38:38:0.238994:17:21:59:60:17:21:60:61 chr1 149224148 . G A 76.99 PASS AF=0.141593;AO=15;DP=112;FAO=16;FDP=113;FR=.;FRO=97;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=50;FSRR=47;FWDB=0.00545695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.203;QD=2.72546;RBI=0.00807828;REFB=-0.00416262;REVB=0.00595653;RO=97;SAF=12;SAR=3;SRF=50;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372022;STB=0.711353;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0270181;OID=.;OPOS=149224148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:112:113:97:97:15:16:0.141593:3:12:50:47:4:12:50:47 chr1 149224185 . C A 303.64 PASS AF=0.285714;AO=24;DP=92;FAO=24;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0413505;FXX=0.0869471;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.007;QD=14.459;RBI=0.0430269;REFB=-0.00705352;REVB=0.0118932;RO=37;SAF=9;SAR=15;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156474;STB=0.503814;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.00579035;OID=.;OPOS=149224185;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:84:37:46:24:24:0.285714:15:9:9:28:15:9:17:29 chr1 149286406 . T C 60.16 PASS AF=0.132353;AO=13;DP=131;FAO=18;FDP=136;FR=.;FRO=118;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=77;FWDB=-0.0243945;FXX=0.0215812;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0776;QD=1.76928;RBI=0.0243995;REFB=-0.00900908;REVB=-0.00049087;RO=118;SAF=3;SAR=10;SRF=42;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173288;STB=0.513646;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0886416;OID=.;OPOS=149286406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:131:136:118:118:13:18:0.132353:10:3:42:76:12:6:41:77 chr1 149286469 . C G 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.00258239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.639;QD=13.0887;RBI=0.011672;REFB=-0.0101579;REVB=0.0113828;RO=27;SAF=3;SAR=13;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165503;STB=0.598192;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0148627;OID=.;OPOS=149286469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:13:3:8:19:13:3:8:19 chr1 149287392 . T G 660.51 PASS AF=0.461039;AO=71;DP=155;FAO=71;FDP=154;FR=.;FRO=83;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=-0.0245244;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.865;QD=17.1562;RBI=0.0253352;REFB=-0.0074;REVB=-0.00635799;RO=82;SAF=38;SAR=33;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223064;STB=0.509269;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00910243;OID=.;OPOS=149287392;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:82:83:71:71:0.461039:33:38:42:40:33:38:43:40 chr1 149294658 . G A 483.75 PASS AF=0.320513;AO=43;DP=158;FAO=50;FDP=156;FR=.,HEALED;FRO=96;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=54;FWDB=0.0215961;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.261;QD=12.4038;RBI=0.0217404;REFB=-0.00762003;REVB=-0.00250079;RO=96;SAF=24;SAR=19;SRF=42;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142263;STB=0.619952;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0211373;OID=.;OPOS=149294658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:156:96:96:43:50:0.320513:19:24:42:54:19:31:42:54 chr1 149294693 . G C 415.7 PASS AF=0.342105;AO=48;DP=151;FAO=52;FDP=152;FR=.;FRO=100;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=62;FWDB=0.0232825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.244;QD=10.9396;RBI=0.0266446;REFB=-0.0116567;REVB=-0.012956;RO=97;SAF=30;SAR=18;SRF=35;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299907;STB=0.664533;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0268211;OID=.;OPOS=149294693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:97:100:48:52:0.342105:18:30:35:62:19:33:38:62 chr1 149298554 . C A 66.79 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0468627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.1633;QD=9.89541;RBI=0.0496504;REFB=-0.0248621;REVB=0.0164028;RO=17;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191932;STB=0.705928;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0437206;OID=.;OPOS=149298554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:27:27:17:18:10:9:0.333333:3:7:9:8:2:7:9:9 chr1 149298562 . GC AT 53.5 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00994762;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=186.233;QD=7.64242;RBI=0.0878028;REFB=-0.0104411;REVB=-0.0872375;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801251;STB=0.590679;STBP=0.552;TYPE=mnp;VARB=0.0132022;OID=.;OPOS=149298562;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:18:20:8:8:0.285714:3:5:10:8:3:5:10:10 chr1 149298603 . G A 58.95 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0140425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.817;QD=5.12574;RBI=0.0510378;REFB=-0.00874674;REVB=-0.0490679;RO=37;SAF=5;SAR=4;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149158;STB=0.597872;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0167321;OID=.;OPOS=149298603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:37:37:9:9:0.195652:4:5:16:21:4:5:16:21 chr1 149334339 . G C 800.03 PASS AF=0.328025;AO=103;DP=315;FAO=103;FDP=314;FR=.;FRO=211;FSAF=40;FSAR=63;FSRF=88;FSRR=123;FWDB=0.0195244;FXX=0.00632891;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.472;QD=10.1915;RBI=0.0198869;REFB=-0.00481089;REVB=-0.00377966;RO=209;SAF=40;SAR=63;SRF=87;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340304;STB=0.52012;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00978904;OID=.;OPOS=149334339;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:314:209:211:103:103:0.328025:63:40:87:122:63:40:88:123 chr1 149514196 . G C 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0255192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.562;QD=30.5926;RBI=0.0256472;REFB=-0.00439145;REVB=-0.00255858;RO=2;SAF=1;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24836;STB=0.642514;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00152348;OID=.;OPOS=149514196;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:9:1:1:1:9:1:1:1 chr1 149664423 . A G 459.87 PASS AF=0.485714;AO=47;DP=101;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.0513563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2721;QD=17.5187;RBI=0.0587506;REFB=-0.00602574;REVB=-0.0285335;RO=53;SAF=27;SAR=20;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186133;STB=0.611068;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00960536;OID=.;OPOS=149664423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:105:53:54:47:51:0.485714:20:27:20:33:21:30:20:34 chr1 149676401 . A G 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.00380498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.542;QD=18.6422;RBI=0.00383079;REFB=-0.0100598;REVB=-0.000443988;RO=24;SAF=7;SAR=14;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448931;STB=0.5254;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00876381;OID=.;OPOS=149676401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:14:7:7:17:14:7:7:17 chr1 149680227 . A G 437.81 PASS AF=0.941176;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0144062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.562;QD=51.5069;RBI=0.0147924;REFB=-0.0559141;REVB=-0.00335783;RO=2;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845287;STB=0.545425;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.000849497;OID=.;OPOS=149680227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:34:2:2:31:32:0.941176:10:21:0:2:10:22:0:2 chr1 149684085 . T C 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4861;QD=10.1721;RBI=0.0949648;REFB=-0.00340081;REVB=-0.0949648;RO=9;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00410484;OID=.;OPOS=149684085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:6:0:0:9:6:0:0:9 chr1 149684119 . TA T,TT 355.78 PASS AF=1,0;AO=24,2;DP=26;FAO=26,0;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268417,0.00334432;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=292.982,276.872;QD=54.736;RBI=0.0294747,0.0129722;REFB=0,0;REVB=-0.0121772,-0.0125337;RO=0;SAF=4,1;SAR=20,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.83186e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=3.64271e-05,0.0118615;OID=.,.;OPOS=149684120,149684120;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:24,2:26:26,0:26:0:5,0:21,0:0:0:4:0:4,1:20,1:0:0 chr1 149684166 . G A 62.38 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.00196292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8036;QD=7.79811;RBI=0.0935721;REFB=-0.0119732;REVB=-0.0935515;RO=23;SAF=1;SAR=8;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293941;STB=0.690841;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0221477;OID=.;OPOS=149684166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:8:1:6:17:8:1:6:17 chr1 149684169 . G A 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0143195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.224;QD=7.79846;RBI=0.0228744;REFB=-0.0131284;REVB=-0.0178379;RO=23;SAF=1;SAR=8;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293941;STB=0.690841;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.037656;OID=.;OPOS=149684169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:8:1:6:17:8:1:6:17 chr1 149684171 . A T 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0192584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.445;QD=7.79857;RBI=0.0235589;REFB=-0.0269135;REVB=0.0135697;RO=23;SAF=1;SAR=8;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293941;STB=0.690841;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0289734;OID=.;OPOS=149684171;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:8:1:6:17:8:1:6:17 chr1 149711815 . G A 74.94 PASS AF=0.128788;AO=17;DP=133;FAO=17;FDP=132;FR=.;FRO=115;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=57;FSRR=58;FWDB=-0.0121401;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.07;QD=2.27102;RBI=0.0124024;REFB=-0.00141014;REVB=-0.00253721;RO=112;SAF=9;SAR=8;SRF=55;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477829;STB=0.529377;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0235064;OID=.;OPOS=149711815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:133:132:112:115:17:17:0.128788:8:9:55:57:8:9:57:58 chr1 149711845 . C A 67.97 PASS AF=0.133333;AO=14;DP=105;FAO=14;FDP=105;FR=.;FRO=91;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=49;FWDB=-0.0265273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1022;QD=2.58931;RBI=0.0265277;REFB=-0.00177706;REVB=-0.000149199;RO=91;SAF=8;SAR=6;SRF=42;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135586;STB=0.594461;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00712133;OID=.;OPOS=149711845;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:105:105:91:91:14:14:0.133333:6:8:42:49:6:8:42:49 chr1 149906413 . T C 307.45 PASS AF=0.376344;AO=35;DP=93;FAO=35;FDP=93;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.0196651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.465;QD=13.2237;RBI=0.0249181;REFB=-0.00635717;REVB=0.0153034;RO=58;SAF=18;SAR=17;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147021;STB=0.583797;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00753626;OID=.;OPOS=149906413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:58:58:35:35:0.376344:17:18:22:36:17:18:22:36 chr1 149914204 . CTTTTTTTC CTTTTTT,CTTTTTTAC,CTTTTTTC 151.79 PASS AF=0,0,0.614286;AO=13,3,20;DP=73;FAO=0,0,43;FDP=70;FR=.;FRO=27;FSAF=0,0,20;FSAR=0,0,23;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.132065,-0.0202857,0.0305027;FXX=0.0410903;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=18.2179,104.324,8.07463;QD=8.67377;RBI=0.137289,0.0204817,0.198363;REFB=0.0380297,-0.00584525,-0.063524;REVB=-0.0375096,-0.00282623,0.196003;RO=25;SAF=9,1,9;SAR=4,2,11;SRF=15;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.112573,-0.277399,-0.145177;STB=0.5,0.5,0.549049;STBP=1,1,0.327;TYPE=del,snp,del;VARB=0,0,0.0997017;OID=.,.,.;OPOS=149914211,149914211,149914205;OREF=TC,T,T;OALT=-,A,-;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTAC,CTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.614286:13,3,20:73:0,0,43:70:27:0,0,20:0,0,23:16:11:88:25:9,1,9:4,2,11:15:10 chr1 149914683 . G A 230.47 PASS AF=1;AO=14;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.179444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=29.8337;QD=48.5203;RBI=0.198095;REFB=0;REVB=0.0839146;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0125914;OID=.;OPOS=149914683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:14:19:1:10:4:0:0:12:7:0:0 chr1 149915896 . T C 186.84 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00888984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9053;QD=19.6677;RBI=0.0206337;REFB=0.00814608;REVB=0.0186204;RO=19;SAF=4;SAR=15;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127057;STB=0.572437;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.0118578;OID=.;OPOS=149915896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:15:4:6:13:15:4:6:13 chr1 150199051 . T C 278.2 PASS AF=0.388889;AO=12;DP=39;FAO=14;FDP=36;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=11;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00344515;FXX=0.099975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7354;QD=30.9106;RBI=0.102882;REFB=-0.0752539;REVB=-0.102824;RO=10;SAF=11;SAR=1;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353535;STB=0.711936;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0612572;OID=.;OPOS=150199051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:36:10:11:12:14:0.388889:1:11:7:3:1:13:8:3 chr1 150199057 . C T 56.38 PASS AF=0.225;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0353193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9278;QD=5.6377;RBI=0.0364687;REFB=-0.0363172;REVB=0.00908404;RO=29;SAF=8;SAR=1;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317197;STB=0.726653;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.1584;OID=.;OPOS=150199057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:39:40:29:31:9:9:0.225:1:8:21:8:1:8:22:9 chr1 150199123 . G T 70.42 PASS AF=0.416667;AO=9;DP=23;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0218388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4214;QD=11.7367;RBI=0.0231669;REFB=-0.0732225;REVB=-0.0077313;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19924;STB=0.639072;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0659004;OID=.;OPOS=150199123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:23:24:14:14:9:10:0.416667:4:5:5:9:4:6:5:9 chr1 150278741 . G GTC,GTTC 61.9 PASS AF=0.421053,0.0526316;AO=6,2;DP=20;FAO=8,1;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=7,1;FSAR=1,0;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0192779,0.0101035;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=244.597,244.018;QD=13.0308;RBI=0.019278,0.0101482;REFB=-0.0210766,-0.0209037;REVB=5.74145e-05,-0.000951661;RO=10;SAF=5,2;SAR=1,0;SRF=7;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.195996,0.513477;STB=0.583101,0.983977;STBP=0.695,0.548;TYPE=ins,ins;VARB=0.0178091,0.0407512;OID=.,.;OPOS=150278742,150278742;OREF=-,-;OALT=TC,TTC;OMAPALT=GTC,GTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053,0.0526316:6,2:20:8,1:19:10:7,1:1,0:8:2:54:10:5,2:1,0:7:3 chr1 150483355 . C T 330.09 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00075474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.384;QD=18.3381;RBI=0.0122816;REFB=-0.0126147;REVB=0.0122584;RO=37;SAF=15;SAR=20;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103444;STB=0.557736;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0156339;OID=.;OPOS=150483355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:20:15:20:17:20:15:20:17 chr1 150484987 . G A 272.69 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=32;FWDB=0.0218328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.154;QD=14.9418;RBI=0.0218385;REFB=-0.00563388;REVB=-0.000498642;RO=42;SAF=12;SAR=19;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167706;STB=0.594119;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00630829;OID=.;OPOS=150484987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:19:12:10:32:19:12:10:32 chr1 150526044 . G C 93.27 PASS AF=0.241379;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.00150845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6561;QD=6.43264;RBI=0.0162761;REFB=0.0128856;REVB=-0.016206;RO=44;SAF=5;SAR=9;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380643;STB=0.732258;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.0406692;OID=.;OPOS=150526044;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:58:44:44:14:14:0.241379:9:5:30:14:9:5:30:14 chr1 150526406 . C T 89.55 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0794892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3598;QD=15.5736;RBI=0.0811242;REFB=-0.016101;REVB=0.0162051;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268832;STB=0.65597;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0223583;OID=.;OPOS=150526406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:7:4:8:4:7:4:8:4 chr1 150531008 . T C 317.88 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0153667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.111;QD=23.1186;RBI=0.0247272;REFB=-0.0411706;REVB=0.0193726;RO=23;SAF=12;SAR=20;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114737;STB=0.56334;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00801094;OID=.;OPOS=150531008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:20:12:12:11:20:12:12:11 chr1 150531049 . CG AC,CA 771.73 PASS AF=0.0181818,0.981818;AO=3,32;DP=55;FAO=1,54;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=1,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00768377,0.0211048;FXX=0;HRUN=6,1;LEN=2,1;MLLD=49.5731,67.6869;QD=56.1259;RBI=0.00852296,0.114584;REFB=0,0;REVB=-0.00368787,0.112623;RO=0;SAF=0,16;SAR=3,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0800148,0.000266716;OID=.,.;OPOS=150531049,150531050;OREF=CG,G;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:55:55:0:0:3,32:1,54:0.0181818,0.981818:3,16:0,16:0:0:1,33:0,21:0:0 chr1 150531170 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.489;QD=59.4355;RBI=0.0273097;REFB=0;REVB=0.00298609;RO=0;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116995;OID=.;OPOS=150531170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:26:9:0:0:26:9:0:0 chr1 150547747 . G A 60.02 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0208004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9211;QD=5.85539;RBI=0.0386926;REFB=-0.0106101;REVB=-0.032626;RO=28;SAF=5;SAR=4;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237657;STB=0.505482;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0485182;OID=.;OPOS=150547747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:28:32:9:9:0.219512:4:5:15:13:4:5:18:14 chr1 150548887 . C CCTAT,T 101.44 PASS AF=1,0;AO=6,4;DP=10;FAO=10,0;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00509758,0.00238791;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=4,1;MLLD=319.811,138.891;QD=40.5776;RBI=0.00999926,0.00361077;REFB=0,0;REVB=0.00860232,0.00270841;RO=0;SAF=5,2;SAR=1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=1.46708e-05,0;OID=.,.;OPOS=150548888,150548887;OREF=-,C;OALT=CTAT,T;OMAPALT=CCTAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:6,4:10,0:1,0:1,2:5,2:0:0:3,0:7,0:0:0 chr1 150597890 . G A 81.27 PASS AF=0.275;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0378688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.271;QD=8.127;RBI=0.0435019;REFB=-0.000671396;REVB=-0.0214095;RO=28;SAF=4;SAR=7;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121025;STB=0.588621;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00126374;OID=.;OPOS=150597890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:40:28:29:11:11:0.275:7:4:13:15:7:4:14:15 chr1 150679033 . G A 365.7 PASS AF=0.487179;AO=38;DP=78;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=-0.0281501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6002;QD=18.7536;RBI=0.0356567;REFB=-0.0330778;REVB=-0.0218853;RO=40;SAF=24;SAR=14;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691992;STB=0.538442;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.030053;OID=.;OPOS=150679033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:40:38:38:0.487179:14:24:28:12:14:24:28:12 chr1 150727539 . G A 283.72 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0026904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1072;QD=23.1605;RBI=0.0592993;REFB=0.02776;REVB=-0.0592382;RO=23;SAF=18;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192889;STB=0.608022;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.0269793;OID=.;OPOS=150727539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:8:18:11:12:8:18:11:12 chr1 150771703 . T C 1453.46 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00489223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.829;QD=63.194;RBI=0.00772152;REFB=0;REVB=-0.00597394;RO=0;SAF=55;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.31075e-07;OID=.;OPOS=150771703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:91:92:1:36:55:0:0:37:55:0:0 chr1 150779755 . C T 2316.75 PASS AF=0.993506;AO=153;DP=154;FAO=153;FDP=154;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.018126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1995;QD=60.1752;RBI=0.0277325;REFB=0.025934;REVB=-0.0209891;RO=0;SAF=76;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60413e-08;STB=0.503225;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00138127;OID=.;OPOS=150779755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:154:154:0:1:153:153:0.993506:77:76:0:0:77:76:0:1 chr1 150782797 . C T 128.83 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0257199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9101;QD=12.5689;RBI=0.0501707;REFB=0.0199146;REVB=0.0430765;RO=25;SAF=6;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17037;STB=0.611502;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.0336332;OID=.;OPOS=150782797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:26:15:15:0.365854:9:6:14:11:9:6:15:11 chr1 150808889 . C G 362.89 PASS AF=0.475;AO=36;DP=79;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00193648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.012;QD=18.1443;RBI=0.00905073;REFB=-0.0142465;REVB=0.00884114;RO=41;SAF=25;SAR=11;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209462;STB=0.603319;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0174619;OID=.;OPOS=150808889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:41:42:36:38:0.475:11:25:20:21:12:26:21:21 chr1 150940357 . GC TT 144.26 PASS AF=0.625;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0253928;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=2;MLLD=151.706;QD=24.044;RBI=0.0467623;REFB=-0.0115337;REVB=0.0392672;RO=9;SAF=8;SAR=7;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206195;STB=0.615236;STBP=0.158;TYPE=mnp;VARB=0.00511192;OID=.;OPOS=150940357;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:25:24:9:9:15:15:0.625:7:8:2:7:7:8:2:7 chr1 150960350 . A C 556.16 PASS AF=0.547368;AO=51;DP=95;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.00364979;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.309;QD=23.4174;RBI=0.00598408;REFB=-0.0376483;REVB=0.00474217;RO=44;SAF=27;SAR=24;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909932;STB=0.551705;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0277481;OID=.;OPOS=150960350;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:44:43:51:52:0.547368:24:27:28:16:24:28:28:15 chr1 150969567 . A G 801.59 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.432;QD=57.2561;RBI=0.0339547;REFB=0;REVB=0.0202096;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104243;OID=.;OPOS=150969567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:32:23:0:0:33:23:0:0 chr1 150969992 . T C 464.82 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.431;QD=58.1028;RBI=0.0799996;REFB=0;REVB=0.0793253;RO=0;SAF=24;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023856;OID=.;OPOS=150969992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:29:32:1:5:24:0:0:8:24:0:0 chr1 150970577 . G T 692.79 PASS AF=1;AO=38;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659661;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.5936;QD=61.5812;RBI=0.107302;REFB=0;REVB=0.0846294;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201141;OID=.;OPOS=150970577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:38:45:1:13:25:0:0:15:30:0:0 chr1 150975108 . T C 642.32 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00873138;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.1797;QD=59.7509;RBI=0.0221719;REFB=-0.0647652;REVB=-0.0203803;RO=1;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268094;STB=0.514279;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00155117;OID=.;OPOS=150975108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:43:1:1:42:42:0.976744:17:25:0:1:17:25:0:1 chr1 150995236 . G A 88.07 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.279;QD=39.1425;RBI=0.0655003;REFB=0;REVB=0.0311078;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000908893;OID=.;OPOS=150995236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr1 150999737 . A G 212.38 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0256255;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.8143;QD=16.0284;RBI=0.0261158;REFB=-0.021938;REVB=0.00503703;RO=28;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10211;STB=0.565984;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0163881;OID=.;OPOS=150999737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:29:24:24:0.45283:12:12:17:11:12:12:18:11 chr1 151006537 . G A 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00888087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.029;QD=13.4549;RBI=0.0099621;REFB=-0.0152708;REVB=0.00451371;RO=15;SAF=2;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496106;STB=0.793558;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0292142;OID=.;OPOS=151006537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:9:2:10:5:9:2:10:5 chr1 151006539 . C A 345.78 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0253596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.316;QD=51.2269;RBI=0.0366263;REFB=-0.172824;REVB=0.0264268;RO=1;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320266;STB=0.517228;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00720084;OID=.;OPOS=151006539;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:27:27:1:1:26:26:0.962963:14:12:0:1:14:12:0:1 chr1 151019180 . A G 738.08 PASS AF=0.918033;AO=56;DP=61;FAO=56;FDP=61;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0240054;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.0096;QD=48.3985;RBI=0.0323255;REFB=-0.210284;REVB=0.021649;RO=5;SAF=25;SAR=31;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385977;STB=0.520516;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0130736;OID=.;OPOS=151019180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:61:61:5:5:56:56:0.918033:31:25:1:4:31:25:1:4 chr1 151040435 . G A 938.15 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-8.96206e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.088;QD=57.7324;RBI=0.000100861;REFB=0;REVB=4.6271e-05;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282104;OID=.;OPOS=151040435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:61:65:1:32:29:0:0:33:32:0:0 chr1 151104950 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.787;QD=50.4133;RBI=0.0799456;REFB=0;REVB=0.0786772;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506755;OID=.;OPOS=151104950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr1 151108137 . TC CG,GC 724.16 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=2,48;DP=50;FAO=2,50;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=2,24;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00993482,-0.0671717;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=161.8,42.7998;QD=55.7043;RBI=0.0111157,0.0874013;REFB=0,0;REVB=0.00498585,-0.0559192;RO=0;SAF=2,23;SAR=0,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.111914,-0.00184685;OID=.,.;OPOS=151108137,151108137;OREF=TC,T;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:50:52:0:0:2,48:2,50:0.0384615,0.961538:0,25:2,23:0:0:0,26:2,24:0:0 chr1 151209063 . C T 993.69 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0198048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.192;QD=57.6054;RBI=0.0587599;REFB=-0.143066;REVB=-0.0553217;RO=1;SAF=40;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116708;STB=0.506171;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00058236;OID=.;OPOS=151209063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:28:40:1:0:28:40:1:0 chr1 151237367 . A G 349.46 PASS AF=0.725;AO=28;DP=39;FAO=29;FDP=40;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.108057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3391;QD=34.9462;RBI=0.109599;REFB=0.00937721;REVB=-0.018317;RO=11;SAF=15;SAR=13;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088787;STB=0.54214;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.00615557;OID=.;OPOS=151237367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:40:11:11:28:29:0.725:13:15:4:7:14:15:4:7 chr1 151239051 . T C 769.86 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.577;QD=57.0264;RBI=0.0350607;REFB=0;REVB=0.0070532;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.28998e-05;OID=.;OPOS=151239051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:33:20:0:0:34:20:0:0 chr1 151254041 . T C 751.72 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.043088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.004;QD=56.7334;RBI=0.0461505;REFB=0;REVB=0.0165316;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.78052e-05;OID=.;OPOS=151254041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:30:22:0:0:31:22:0:0 chr1 151273144 . G C 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0168547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.809;QD=24.3901;RBI=0.0172849;REFB=0.000759484;REVB=-0.00383222;RO=14;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527047;STB=0.529382;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.000377475;OID=.;OPOS=151273144;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:10:10:6:8:10:10:6:8 chr1 151288172 . G A 487.74 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.04151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.882;QD=55.742;RBI=0.0681791;REFB=-0.0861681;REVB=0.0540861;RO=1;SAF=7;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017006;STB=0.509086;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.000614634;OID=.;OPOS=151288172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:27:7:0:1:27:7:0:1 chr1 151288391 . A G 767.28 PASS AF=0.965517;AO=55;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0215303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.159;QD=52.916;RBI=0.0399114;REFB=-0.141884;REVB=0.033606;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.500616;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00254991;OID=.;OPOS=151288391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:0:2:55:56:0.965517:29:26:0:0:29:27:1:1 chr1 151316161 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0069277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.333;QD=47.8223;RBI=0.0346401;REFB=0;REVB=0.0339402;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131855;OID=.;OPOS=151316161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr1 151372138 . G A 208.29 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=-0.00580245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.632;QD=11.4133;RBI=0.0064256;REFB=-0.00423934;REVB=0.00276042;RO=47;SAF=11;SAR=15;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173468;STB=0.599484;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00470295;OID=.;OPOS=151372138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:15:11:13:34:15:11:13:34 chr1 151374025 . T C 380.25 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00290541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.341;QD=24.9345;RBI=0.00680264;REFB=-0.00538615;REVB=0.00615098;RO=23;SAF=20;SAR=17;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132295;STB=0.500446;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00377229;OID=.;OPOS=151374025;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:24:37:37:0.606557:17:20:12:11:17:20:13:11 chr1 151666826 . CTTTTTTTTTTT CTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTC,TCTTTTTTTTTT 152.58 PASS AF=0,0.826923,0.173077,0;AO=11,13,7,3;DP=54;FAO=0,43,9,0;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24,1,0;FSAR=0,19,8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301846,-0.0535658,0.0130412,-0.138048;FXX=0.0370302;HRUN=11,11,11,1;LEN=2,1,1,2;MLLD=6.55269,4.1766,16.6377,17.91;QD=11.7372;RBI=0.131837,0.275287,0.0711261,0.188637;REFB=0.174737,0.222327,0.120072,0.138506;REVB=0.128336,0.270025,0.0699204,0.128557;RO=13;SAF=8,6,1,3;SAR=3,7,6,0;SRF=6;SRR=7;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.264456,0,-0.413297,0.64472;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,del,snp,mnp;VARB=-0.0161631,0.0177406,-0.0219174,0;OID=.,.,.,.;OPOS=151666827,151666827,151666837,151666826;OREF=TT,T,T,CT;OALT=-,-,C,TC;OMAPALT=CTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTT,CTTTTTTTTTTC,TCTTTTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:39:54:52:13:0:11,13,7,3:0,43,9,0:0,0.826923,0.173077,0:3,7,6,0:8,6,1,3:6:7:0,19,8,0:0,24,1,0:0:0 chr1 151675414 . A G 288.92 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0329084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0923;QD=46.2274;RBI=0.0942644;REFB=0.001934;REVB=-0.0883336;RO=2;SAF=11;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00321753;STB=0.501741;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.00206557;OID=.;OPOS=151675414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:12:11:1:1:12:11:1:1 chr1 151686983 . T A 172.59 PASS AF=0.324324;AO=20;DP=68;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.0210471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.0964;QD=9.32908;RBI=0.0267255;REFB=-0.0199284;REVB=-0.0164703;RO=48;SAF=9;SAR=11;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204979;STB=0.60793;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0573443;OID=.;OPOS=151686983;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:74:48:50:20:24:0.324324:11:9:30:18:13:11:31:19 chr1 151740666 . T C 1560.87 PASS AF=0.972727;AO=101;DP=106;FAO=107;FDP=110;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=60;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0679965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3781;QD=56.7589;RBI=0.0699491;REFB=-0.0613431;REVB=0.0164119;RO=5;SAF=42;SAR=59;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035099;STB=0.515461;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00445178;OID=.;OPOS=151740666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:106:110:5:3:101:107:0.972727:59:42:4:1:60:47:3:0 chr1 151746235 . C T 320.89 PASS AF=0.387097;AO=35;DP=93;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.0361015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2711;QD=13.8016;RBI=0.0405771;REFB=-0.00405942;REVB=0.0185251;RO=57;SAF=19;SAR=16;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590076;STB=0.542421;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00826925;OID=.;OPOS=151746235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:57:57:35:36:0.387097:16:19:34:23:17:19:34:23 chr1 151747970 . A G 577.91 PASS AF=0.557895;AO=53;DP=95;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.0508183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2588;QD=24.3331;RBI=0.0593624;REFB=-0.00722932;REVB=-0.0306821;RO=41;SAF=26;SAR=27;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366191;STB=0.514689;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00574143;OID=.;OPOS=151747970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:41:42:53:53:0.557895:27:26:22:19:27:26:22:20 chr1 151803449 . G T 1864.45 PASS AF=0.599291;AO=167;DP=284;FAO=169;FDP=282;FR=.;FRO=113;FSAF=95;FSAR=74;FSRF=65;FSRR=48;FWDB=0.000287881;FXX=0.00704201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1798;QD=26.4461;RBI=0.0156594;REFB=-0.029275;REVB=-0.0156568;RO=113;SAF=95;SAR=72;SRF=65;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00484301;STB=0.505334;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.028345;OID=.;OPOS=151803449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:284:282:113:113:167:169:0.599291:72:95:65:48:74:95:65:48 chr1 151814234 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0455936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.672;QD=57.6804;RBI=0.0492032;REFB=0;REVB=0.0184983;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000256461;OID=.;OPOS=151814234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr1 151820298 . G C 1112.91 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00107384;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2107;QD=60.1573;RBI=0.0259384;REFB=0;REVB=0.0259162;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229197;OID=.;OPOS=151820298;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:36:37:0:0:37:37:0:0 chr1 151820324 . T C 1188.52 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9034;QD=60.9496;RBI=0.087331;REFB=0;REVB=0.0645009;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000478342;OID=.;OPOS=151820324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:78:0:0:69:78:1:35:34:0:0:39:39:0:0 chr1 151825991 . G T 676.79 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0049552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.995;QD=57.5996;RBI=0.0246822;REFB=-0.0622167;REVB=0.0241797;RO=1;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268394;STB=0.505514;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.000515781;OID=.;OPOS=151825991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:1:2:45:45:0.957447:17:28:0:1:17:28:1:1 chr1 151845569 . A G 1434.38 PASS AF=1;AO=64;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.095;QD=63.0496;RBI=0.0452505;REFB=0;REVB=0.0418665;RO=0;SAF=61;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126966;OID=.;OPOS=151845569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:64:91:1:3:61:0:0:30:61:0:0 chr1 151845650 . G C 851.61 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.968;QD=57.736;RBI=0.0686733;REFB=0;REVB=0.0345574;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530739;OID=.;OPOS=151845650;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:34:24:0:0:35:24:0:0 chr1 151862661 . G A 101.88 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00989284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5837;QD=40.7531;RBI=0.0753155;REFB=0;REVB=0.074663;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00570898;OID=.;OPOS=151862661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:1:9:0:0:1:9:0:0 chr1 151867560 . G A 1231.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023437;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.338;QD=61.5756;RBI=0.0240514;REFB=0;REVB=0.00540153;RO=0;SAF=48;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284385;OID=.;OPOS=151867560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:32:48:0:0:32:48:0:0 chr1 152009353 . TC CT,T,TT 44.02 PASS AF=0.03125,0.1875,0.0625;AO=2,5,3;DP=28;FAO=1,6,2;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=1,5,2;FSAR=0,1,0;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0408208,0.0838182,0.097319;FXX=0.0302939;HRUN=4,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=76.6712,25.0789,31.5333;QD=5.50309;RBI=0.0591999,0.0933826,0.0988571;REFB=-0.00481734,-0.0421013,-0.0421618;REVB=-0.0428753,-0.0411682,-0.0173709;RO=16;SAF=2,0,2;SAR=0,5,1;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.534299,-0.701891,0.184637;STB=0.991782,0.841583,0.995628;STBP=0.254,0.106,0.101;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.150777,0.229849,0.176152;OID=.,.,.;OPOS=152009353,152009354,152009354;OREF=TC,C,C;OALT=CT,-,T;OMAPALT=CT,T,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:26:28:32:16:23:2,5,3:1,6,2:0.03125,0.1875,0.0625:0,5,1:2,0,2:8:8:0,1,0:1,5,2:9:14 chr1 152058192 . G A 213.86 PASS AF=0.282828;AO=28;DP=99;FAO=28;FDP=99;FR=.;FRO=71;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.0246247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.162;QD=8.64097;RBI=0.0246313;REFB=-0.00719927;REVB=0.000569567;RO=70;SAF=13;SAR=15;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429995;STB=0.530664;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0256699;OID=.;OPOS=152058192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:70:71:28:28:0.282828:15:13:35:35:15:13:36:35 chr1 152079989 . T G 195.25 PASS AF=0.285714;AO=26;DP=91;FAO=26;FDP=91;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.00198377;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.86;QD=8.58249;RBI=0.0103955;REFB=-0.00976454;REVB=-0.0102045;RO=65;SAF=11;SAR=15;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120195;STB=0.571494;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0244228;OID=.;OPOS=152079989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:65:65:26:26:0.285714:15:11:34:31:15:11:34:31 chr1 152081921 . G C 206.89 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00543851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.654;QD=13.1357;RBI=0.0215562;REFB=-0.0149141;REVB=-0.0208589;RO=38;SAF=11;SAR=14;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357629;STB=0.520496;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0372339;OID=.;OPOS=152081921;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:14:11:18:20:14:11:18:20 chr1 152082300 . TC T,TT 44.87 PASS AF=0.222222,0.166667;AO=4,3;DP=18;FAO=4,3;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3,2;FSAR=1,1;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0314966,0.0260123;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=205.658,212.369;QD=9.97157;RBI=0.0329463,0.0294027;REFB=-0.0593641,-0.0463149;REVB=-0.00966557,-0.0137069;RO=11;SAF=3,2;SAR=1,1;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.241825,0.136146;STB=0.665779,0.599316;STBP=0.499,0.693;TYPE=del,snp;VARB=0.0804429,0.0698153;OID=.,.;OPOS=152082301,152082301;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222,0.166667:4,3:18:4,3:18:11:3,2:1,1:6:5:22:11:3,2:1,1:6:5 chr1 152085505 . A C 1396.22 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.406;QD=62.7513;RBI=0.084804;REFB=0;REVB=0.0708741;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283226;OID=.;OPOS=152085505;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:46:43:0:0:46:43:0:0 chr1 152129087 . T C 74.2 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0534714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.215;QD=5.60023;RBI=0.0715647;REFB=-0.0257301;REVB=-0.0475639;RO=42;SAF=3;SAR=8;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236087;STB=0.65398;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0891186;OID=.;OPOS=152129087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:53:53:42:42:11:11:0.207547:8:3:19:23:8:3:19:23 chr1 152185750 . G A 648.87 PASS AF=0.666667;AO=56;DP=85;FAO=56;FDP=84;FR=.;FRO=28;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.044778;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2324;QD=30.8985;RBI=0.0448203;REFB=-0.063189;REVB=-0.00194615;RO=26;SAF=37;SAR=19;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776986;STB=0.532486;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0255096;OID=.;OPOS=152185750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:26:28:56:56:0.666667:19:37:14:12:19:37:16:12 chr1 152185762 . C G 179.04 PASS AF=0.303797;AO=24;DP=79;FAO=24;FDP=79;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=-0.0160279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9271;QD=9.06536;RBI=0.0203024;REFB=-0.0139947;REVB=0.0124616;RO=55;SAF=14;SAR=10;SRF=38;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13468;STB=0.579002;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0441388;OID=.;OPOS=152185762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:55:55:24:24:0.303797:10:14:38:17:10:14:38:17 chr1 152185768 . T G 132.03 PASS AF=0.275362;AO=19;DP=69;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0106512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.696;QD=7.65394;RBI=0.0337216;REFB=-0.00366232;REVB=-0.0319953;RO=49;SAF=9;SAR=10;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189662;STB=0.619215;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0138021;OID=.;OPOS=152185768;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:49:50:19:19:0.275362:10:9:31:18:10:9:32:18 chr1 152185774 . A G 115.7 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=64;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.00218144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.905;QD=7.23157;RBI=0.0145639;REFB=-0.00301274;REVB=-0.0143996;RO=46;SAF=8;SAR=9;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165352;STB=0.591136;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00956952;OID=.;OPOS=152185774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:46:47:17:17:0.265625:9:8:28:18:9:8:28:19 chr1 152185780 . G A 112.46 PASS AF=0.25;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=0.0416215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1615;QD=6.6152;RBI=0.0448864;REFB=-0.0233414;REVB=0.0168059;RO=49;SAF=8;SAR=9;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271056;STB=0.644892;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0148152;OID=.;OPOS=152185780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:49:51:17:17:0.25:9:8:34:15:9:8:34:17 chr1 152185790 . T C 71.86 PASS AF=0.193548;AO=12;DP=62;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0353855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.892;QD=4.63621;RBI=0.0407685;REFB=-0.00626313;REVB=-0.020247;RO=49;SAF=5;SAR=7;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238752;STB=0.644505;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0499312;OID=.;OPOS=152185790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:62:62:49:50:12:12:0.193548:7:5:30:19:7:5:30:20 chr1 152185792 . G A 52.56 PASS AF=0.149254;AO=10;DP=67;FAO=10;FDP=67;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.00530138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.261;QD=3.13772;RBI=0.0294836;REFB=-0.00620237;REVB=-0.0290031;RO=57;SAF=4;SAR=6;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237968;STB=0.66248;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0756742;OID=.;OPOS=152185792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:67:67:57:57:10:10:0.149254:6:4:34:23:6:4:34:23 chr1 152185796 . A G 39.24 PASS AF=0.121212;AO=8;DP=66;FAO=8;FDP=66;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0150753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3529;QD=2.3782;RBI=0.0231563;REFB=-0.00428144;REVB=-0.017577;RO=54;SAF=4;SAR=4;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134813;STB=0.575573;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0354216;OID=.;OPOS=152185796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:66:66:54:58:8:8:0.121212:4:4:33:21:4:4:34:24 chr1 152186141 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.131131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2525;QD=23.2182;RBI=0.151595;REFB=-0.10515;REVB=-0.0760639;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121807;STB=0.571154;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0351316;OID=.;OPOS=152186141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:0:1:3:2:0:1 chr1 152188109 . T A 164.52 PASS AF=0.270588;AO=23;DP=85;FAO=23;FDP=85;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.00903566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.735;QD=7.74222;RBI=0.0372836;REFB=-0.0106386;REVB=-0.0361721;RO=62;SAF=13;SAR=10;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987599;STB=0.559374;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0375213;OID=.;OPOS=152188109;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:62:62:23:23:0.270588:10:13:30:32:10:13:30:32 chr1 152188413 . C T 39.95 PASS AF=0.0851064;AO=12;DP=141;FAO=12;FDP=141;FR=.;FRO=129;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=60;FSRR=69;FWDB=-0.0178282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.672;QD=1.13326;RBI=0.018078;REFB=-0.000794081;REVB=0.00299525;RO=129;SAF=5;SAR=7;SRF=60;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559174;STB=0.544835;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00810077;OID=.;OPOS=152188413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:141:141:129:129:12:12:0.0851064:7:5:60:69:7:5:60:69 chr1 152188463 . G A 61.02 PASS AF=0.0942408;AO=18;DP=191;FAO=18;FDP=191;FR=.;FRO=173;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=100;FSRR=73;FWDB=-0.0397417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3661;QD=1.27789;RBI=0.0502541;REFB=0.000537746;REVB=0.0307582;RO=173;SAF=7;SAR=11;SRF=100;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2215;STB=0.666678;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00577099;OID=.;OPOS=152188463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:191:191:173:173:18:18:0.0942408:11:7:100:73:11:7:100:73 chr1 152190945 . C T 324.92 PASS AF=0.311111;AO=41;DP=133;FAO=42;FDP=135;FR=.;FRO=93;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=-0.00162722;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.676;QD=9.62712;RBI=0.0109675;REFB=-0.0158954;REVB=-0.0108461;RO=92;SAF=34;SAR=7;SRF=40;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500263;STB=0.745639;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0290914;OID=.;OPOS=152190945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:92:93:41:42:0.311111:7:34:40:52:9:33:42:51 chr1 152191578 . G A 122.38 PASS AF=0.208333;AO=19;DP=95;FAO=20;FDP=96;FR=.;FRO=76;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=45;FWDB=0.00529371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1359;QD=5.09897;RBI=0.0241774;REFB=-0.00910637;REVB=0.0235908;RO=76;SAF=10;SAR=9;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148945;STB=0.572845;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0379436;OID=.;OPOS=152191578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:76:76:19:20:0.208333:9:10:31:45:10:10:31:45 chr1 152191709 . C G 634.91 PASS AF=0.705128;AO=54;DP=77;FAO=55;FDP=78;FR=.;FRO=23;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0144422;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.835;QD=32.5597;RBI=0.0146993;REFB=-0.0145531;REVB=-0.00273697;RO=23;SAF=25;SAR=29;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00850441;STB=0.501636;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0067441;OID=.;OPOS=152191709;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:23:23:54:55:0.705128:29:25:11:12:29:26:11:12 chr1 152191879 . G A 516.84 PASS AF=0.686567;AO=46;DP=67;FAO=46;FDP=67;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0341558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0761;QD=30.8562;RBI=0.0358355;REFB=0.00637076;REVB=0.0108425;RO=21;SAF=23;SAR=23;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688928;STB=0.537297;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.00240739;OID=.;OPOS=152191879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:21:21:46:46:0.686567:23:23:13:8:23:23:13:8 chr1 152192098 . AA GG 194.49 PASS AF=0.265306;AO=26;DP=98;FAO=26;FDP=98;FR=.;FRO=72;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-4.34216e-05;FXX=0.019998;HRUN=4;LEN=2;MLLD=156.699;QD=7.93815;RBI=0.00522483;REFB=-0.00764597;REVB=-0.00522465;RO=71;SAF=8;SAR=18;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185731;STB=0.608022;STBP=0.227;TYPE=mnp;VARB=0.0160952;OID=.;OPOS=152192098;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:71:72:26:26:0.265306:18:8:32:39:18:8:32:40 chr1 152192102 . TC CA,CC 48.65 PASS AF=0,0.116279;AO=22,9;DP=106;FAO=0,10;FDP=86;FR=.;FRO=76;FSAF=0,5;FSAR=0,5;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=-0.0197459,-0.0242251;FXX=0.203685;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=104.791,99.6081;QD=2.26258;RBI=0.0197759,0.0332588;REFB=-0.000850388,-0.00237368;REVB=0.00108725,-0.022788;RO=71;SAF=7,5;SAR=15,4;SRF=33;SRR=38;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.190725,0.10754;STB=0.5,0.54642;STBP=1,0.789;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0222288;OID=.,.;OPOS=152192102,152192102;OREF=TC,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:49:106:86:71:76:22,9:0,10:0,0.116279:15,4:7,5:33:38:0,5:0,5:34:42 chr1 152192114 . C T 366.23 PASS AF=0.315068;AO=46;DP=146;FAO=46;FDP=146;FR=.;FRO=100;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=38;FSRR=62;FWDB=-0.0200401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.465;QD=10.0338;RBI=0.022988;REFB=-0.00412864;REVB=-0.0112625;RO=97;SAF=22;SAR=24;SRF=36;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12691;STB=0.567798;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00945961;OID=.;OPOS=152192114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:97:100:46:46:0.315068:24:22:36:61:24:22:38:62 chr1 152192163 . G T 661.83 PASS AF=0.40884;AO=74;DP=181;FAO=74;FDP=181;FR=.;FRO=107;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=57;FSRR=50;FWDB=0.00967839;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7651;QD=14.6261;RBI=0.0290347;REFB=-0.0275352;REVB=0.0273741;RO=107;SAF=31;SAR=43;SRF=57;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120374;STB=0.567553;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0634489;OID=.;OPOS=152192163;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:107:107:74:74:0.40884:43:31:57:50:43:31:57:50 chr1 152192219 . G C 626.59 PASS AF=0.365385;AO=76;DP=208;FAO=76;FDP=208;FR=.;FRO=132;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=62;FSRR=70;FWDB=0.0232541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.55;QD=12.0499;RBI=0.0251585;REFB=-0.0278126;REVB=-0.00960197;RO=131;SAF=32;SAR=44;SRF=62;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590794;STB=0.531338;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0340979;OID=.;OPOS=152192219;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:131:132:76:76:0.365385:44:32:62:69:44:32:62:70 chr1 152192259 . T C 355.48 PASS AF=0.234043;AO=55;DP=235;FAO=55;FDP=235;FR=.;FRO=180;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=92;FSRR=88;FWDB=-0.0110284;FXX=0.00423711;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.497;QD=6.05068;RBI=0.0156735;REFB=-0.00191541;REVB=0.011137;RO=178;SAF=22;SAR=33;SRF=90;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134541;STB=0.585585;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00729173;OID=.;OPOS=152192259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:235:178:180:55:55:0.234043:33:22:90:88:33:22:92:88 chr1 152192293 . C T 1013.43 PASS AF=0.541899;AO=97;DP=179;FAO=97;FDP=179;FR=.;FRO=82;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=0.0323075;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.083;QD=22.6465;RBI=0.037343;REFB=-0.0178022;REVB=0.0187276;RO=82;SAF=45;SAR=52;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201071;STB=0.51098;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0140183;OID=.;OPOS=152192293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:82:82:97:97:0.541899:52:45:40:42:52:45:40:42 chr1 152192555 . T C 113.1 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0211029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.384;QD=9.62511;RBI=0.0211707;REFB=-0.0244014;REVB=-0.00169245;RO=32;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21883;STB=0.638115;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0356383;OID=.;OPOS=152192555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:33:14:14:0.297872:7:7:10:22:7:7:10:23 chr1 152192631 . C T 306.57 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0187411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.543;QD=27.2506;RBI=0.0211149;REFB=0.00777879;REVB=-0.00972671;RO=18;SAF=9;SAR=18;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873676;STB=0.54835;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.00655981;OID=.;OPOS=152192631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:18:9:8:10:18:9:8:10 chr1 152192687 . T C 852.09 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.16;QD=57.7689;RBI=0.0454447;REFB=0;REVB=0.0398112;RO=0;SAF=17;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165109;OID=.;OPOS=152192687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:57:59:1:40:17:0:0:40:19:0:0 chr1 152192825 . C T 318.91 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00141042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1056;QD=20.9119;RBI=0.00586729;REFB=-0.0137354;REVB=0.00569524;RO=27;SAF=19;SAR=14;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452127;STB=0.514802;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0142663;OID=.;OPOS=152192825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:27:28:33:33:0.540984:14:19:17:10:14:19:17:11 chr1 152192978 . T C 1537.97 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0276602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.004;QD=61.5187;RBI=0.0516877;REFB=-0.0708652;REVB=-0.0436638;RO=2;SAF=46;SAR=52;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201729;STB=0.510636;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.000403682;OID=.;OPOS=152192978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:98:98:0.98:52:46:2:0:52:46:2:0 chr1 152193052 . A G 1283.39 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00284202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.515;QD=61.85;RBI=0.0226247;REFB=0;REVB=-0.0224455;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.61821e-05;OID=.;OPOS=152193052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:44:39:0:0:44:39:0:0 chr1 152193121 . G T 344.57 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.000327711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.206;QD=19.1428;RBI=0.0576523;REFB=-0.0151851;REVB=0.0576514;RO=33;SAF=23;SAR=13;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111403;STB=0.585939;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0152609;OID=.;OPOS=152193121;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:36:36:36:0.5:13:23:17:16:13:23:17:19 chr1 152193286 . G T 272.76 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00195607;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.954;QD=20.9815;RBI=0.00457888;REFB=-0.0120733;REVB=-0.00414004;RO=23;SAF=10;SAR=18;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670451;STB=0.52939;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00992585;OID=.;OPOS=152193286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:24:28:28:0.538462:18:10:10:13:18:10:10:14 chr1 152193291 . G T 257.35 PASS AF=0.5;AO=27;DP=55;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.026566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.47;QD=18.3821;RBI=0.0266056;REFB=-0.0199434;REVB=-0.00144978;RO=27;SAF=9;SAR=18;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14047;STB=0.55641;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0160959;OID=.;OPOS=152193291;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:27:28:27:28:0.5:18:9:13:14:18:10:13:15 chr1 152193333 . C T 197.14 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0161894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.734;QD=10.952;RBI=0.0280741;REFB=-0.015181;REVB=-0.022936;RO=47;SAF=16;SAR=9;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218327;STB=0.626997;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0237909;OID=.;OPOS=152193333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:47:25:25:0.347222:9:16:21:26:9:16:21:26 chr1 152193544 . A G 484.72 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0195741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.262;QD=22.5452;RBI=0.036016;REFB=-0.0173328;REVB=0.0302325;RO=38;SAF=20;SAR=27;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00372793;STB=0.504798;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0149738;OID=.;OPOS=152193544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:39:47:47:0.546512:27:20:16:22:27:20:17:22 chr1 152193547 . G A 1339.77 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.481;QD=62.3147;RBI=0.0301027;REFB=0;REVB=0.0280321;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68009e-05;OID=.;OPOS=152193547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:49:37:0:0:49:37:0:0 chr1 152193741 . G A 265.58 PASS AF=0.292683;AO=36;DP=125;FAO=36;FDP=123;FR=.;FRO=87;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=52;FWDB=-0.0354921;FXX=0.0238076;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7342;QD=8.63683;RBI=0.0355381;REFB=-0.00822937;REVB=0.00180736;RO=77;SAF=14;SAR=22;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167827;STB=0.509928;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0265876;OID=.;OPOS=152193741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:123:77:87:36:36:0.292683:22:14:31:46:22:14:35:52 chr1 152276149 . C T 365.33 PASS AF=0.321918;AO=46;DP=144;FAO=47;FDP=146;FR=.;FRO=99;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=65;FSRR=34;FWDB=-0.0242219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.994;QD=10.0089;RBI=0.0512165;REFB=-0.0142562;REVB=-0.0451269;RO=93;SAF=18;SAR=28;SRF=65;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345488;STB=0.679679;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0520528;OID=.;OPOS=152276149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:146:93:99:46:47:0.321918:28:18:65:28:29:18:65:34 chr1 152276671 . C T 77.8 PASS AF=0.142857;AO=15;DP=105;FAO=15;FDP=105;FR=.;FRO=90;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=63;FSRR=27;FWDB=-0.0169702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.148;QD=2.96371;RBI=0.0178208;REFB=-0.00389026;REVB=-0.00543985;RO=90;SAF=10;SAR=5;SRF=63;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482051;STB=0.532804;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0598202;OID=.;OPOS=152276671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:105:105:90:90:15:15:0.142857:5:10:63:27:5:10:63:27 chr1 152276772 . C A 566.09 PASS AF=0.408805;AO=65;DP=159;FAO=65;FDP=159;FR=.;FRO=94;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=55;FSRR=39;FWDB=-0.0173091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.609;QD=14.2412;RBI=0.0490381;REFB=-0.0334698;REVB=0.0458817;RO=93;SAF=31;SAR=34;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108454;STB=0.563698;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0474627;OID=.;OPOS=152276772;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:93:94:65:65:0.408805:34:31:54:39:34:31:55:39 chr1 152276871 . A G 180.49 PASS AF=0.274725;AO=24;DP=90;FAO=25;FDP=91;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=46;FSRR=20;FWDB=-0.0613424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.915;QD=7.93379;RBI=0.0642987;REFB=-0.00224879;REVB=-0.0192725;RO=65;SAF=10;SAR=14;SRF=45;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327236;STB=0.705733;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00261117;OID=.;OPOS=152276871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:65:66:24:25:0.274725:14:10:45:20:15:10:46:20 chr1 152276889 . A G 176.69 PASS AF=0.285714;AO=24;DP=85;FAO=24;FDP=84;FR=.;FRO=60;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=19;FWDB=2.40644e-06;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.473;QD=8.41383;RBI=0.0103904;REFB=0.00248307;REVB=-0.0103904;RO=56;SAF=12;SAR=12;SRF=39;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234806;STB=0.630851;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.00451589;OID=.;OPOS=152276889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:56:60:24:24:0.285714:12:12:39:17:12:12:41:19 chr1 152277055 . C G 156.63 PASS AF=0.275;AO=22;DP=80;FAO=22;FDP=80;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=0.017984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.283;QD=7.83146;RBI=0.020474;REFB=-0.018845;REVB=-0.00978561;RO=58;SAF=12;SAR=10;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157895;STB=0.59451;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0310903;OID=.;OPOS=152277055;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:58:58:22:22:0.275:10:12:24:34:10:12:24:34 chr1 152277168 . A G 452.39 PASS AF=0.356688;AO=56;DP=157;FAO=56;FDP=157;FR=.;FRO=101;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=62;FWDB=0.00413405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.212;QD=11.5259;RBI=0.00531016;REFB=-0.0306826;REVB=0.00333278;RO=97;SAF=27;SAR=29;SRF=38;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101403;STB=0.562092;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0476287;OID=.;OPOS=152277168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:97:101:56:56:0.356688:29:27:38:59:29:27:39:62 chr1 152277345 . C T 258.65 PASS AF=0.32;AO=32;DP=99;FAO=32;FDP=100;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.0394104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9773;QD=10.3459;RBI=0.040483;REFB=-0.00673973;REVB=0.00925682;RO=67;SAF=17;SAR=15;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062233;STB=0.53123;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0151985;OID=.;OPOS=152277345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:67:68:32:32:0.32:15:17:32:35:15:17:33:35 chr1 152277396 . T C 227.2 PASS AF=0.358974;AO=27;DP=76;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.00465645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8261;QD=11.6511;RBI=0.0413267;REFB=-0.0109528;REVB=-0.0410636;RO=49;SAF=18;SAR=9;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24626;STB=0.655671;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0183986;OID=.;OPOS=152277396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:49:50:27:28:0.358974:9:18:22:27:9:19:22:28 chr1 152277717 . C A 101.14 PASS AF=0.195402;AO=15;DP=85;FAO=17;FDP=87;FR=.;FRO=70;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.00877878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.962;QD=4.65013;RBI=0.0172149;REFB=-0.0129561;REVB=-0.0148084;RO=70;SAF=7;SAR=8;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418878;STB=0.523653;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0516536;OID=.;OPOS=152277717;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:70:70:15:17:0.195402:8:7:35:35:8:9:35:35 chr1 152278555 . T C 76.43 PASS AF=0.366667;AO=10;DP=29;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.05955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5781;QD=10.1913;RBI=0.0600634;REFB=-0.0340216;REVB=-0.00783591;RO=19;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200623;STB=0.572193;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0801939;OID=.;OPOS=152278555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:29:30:19:19:10:11:0.366667:3:7:10:9:4:7:10:9 chr1 152278689 . C A 892.25 PASS AF=0.554054;AO=77;DP=143;FAO=82;FDP=148;FR=.;FRO=66;FSAF=49;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=25;FWDB=0.00689488;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.644;QD=24.1149;RBI=0.0154257;REFB=-0.0263612;REVB=0.013799;RO=65;SAF=46;SAR=31;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292112;STB=0.511009;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0249586;OID=.;OPOS=152278689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:148:65:66:77:82:0.554054:31:46:41:24:33:49:41:25 chr1 152278814 . C T 56.89 PASS AF=0.111111;AO=14;DP=126;FAO=14;FDP=126;FR=.;FRO=112;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=62;FSRR=50;FWDB=-0.0890486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.116;QD=1.80607;RBI=0.089084;REFB=-0.00524628;REVB=-0.0025128;RO=110;SAF=5;SAR=9;SRF=60;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226736;STB=0.671253;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.034659;OID=.;OPOS=152278814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:126:126:110:112:14:14:0.111111:9:5:60:50:9:5:62:50 chr1 152278856 . T G 115.37 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.00667713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.06;QD=8.24055;RBI=0.016004;REFB=-0.0132092;REVB=-0.0145446;RO=40;SAF=12;SAR=4;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142305;STB=0.586841;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0360379;OID=.;OPOS=152278856;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:40:40:16:16:0.285714:4:12:26:14:4:12:26:14 chr1 152279019 . G A 121.28 PASS AF=0.218391;AO=19;DP=87;FAO=19;FDP=87;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=-0.00134304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.995;QD=5.57591;RBI=0.0151924;REFB=-0.00151543;REVB=-0.0151329;RO=67;SAF=8;SAR=11;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235023;STB=0.639242;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00907305;OID=.;OPOS=152279019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:67:68:19:19:0.218391:11:8:41:26:11:8:41:27 chr1 152279729 . C T 516.39 PASS AF=0.375758;AO=61;DP=164;FAO=62;FDP=165;FR=.;FRO=103;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=54;FSRR=49;FWDB=0.0147243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.23;QD=12.5185;RBI=0.0194148;REFB=-0.0241338;REVB=-0.0126542;RO=100;SAF=37;SAR=24;SRF=51;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107832;STB=0.546165;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0401909;OID=.;OPOS=152279729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:100:103:61:62:0.375758:24:37:51:49:25:37:54:49 chr1 152279841 . G C 329.11 PASS AF=0.328125;AO=42;DP=128;FAO=42;FDP=128;FR=.;FRO=86;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=-0.00343849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.771;QD=10.2847;RBI=0.011112;REFB=-0.00643716;REVB=0.0105666;RO=86;SAF=27;SAR=15;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116694;STB=0.567724;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0129786;OID=.;OPOS=152279841;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:86:86:42:42:0.328125:15:27:47:39:15:27:47:39 chr1 152279920 . A G 250.79 PASS AF=0.313131;AO=31;DP=99;FAO=31;FDP=99;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=45;FWDB=-0.0149581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.642;QD=10.133;RBI=0.0151142;REFB=-0.00870849;REVB=-0.00216655;RO=68;SAF=7;SAR=24;SRF=23;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166302;STB=0.598435;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0244413;OID=.;OPOS=152279920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:68:68:31:31:0.313131:24:7:23:45:24:7:23:45 chr1 152280032 . T C 433.33 PASS AF=0.341615;AO=55;DP=162;FAO=55;FDP=161;FR=.;FRO=106;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=54;FSRR=52;FWDB=-0.0323349;FXX=0.00617246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6563;QD=10.7659;RBI=0.0682513;REFB=-0.0275864;REVB=-0.0601058;RO=105;SAF=31;SAR=24;SRF=53;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677618;STB=0.535929;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0703818;OID=.;OPOS=152280032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:105:106:55:55:0.341615:24:31:53:52:24:31:54:52 chr1 152280170 . C G 242.19 PASS AF=0.31068;AO=32;DP=103;FAO=32;FDP=103;FR=.;FRO=71;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.0310841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9369;QD=9.40528;RBI=0.0313998;REFB=-0.00134648;REVB=-0.00444175;RO=67;SAF=9;SAR=23;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159305;STB=0.618617;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00230468;OID=.;OPOS=152280170;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:67:71:32:32:0.31068:23:9:27:40:23:9:31:40 chr1 152280759 . A G 56.57 PASS AF=0.100671;AO=15;DP=149;FAO=15;FDP=149;FR=.;FRO=134;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=67;FSRR=67;FWDB=-0.00526896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.872;QD=1.51863;RBI=0.0224488;REFB=-0.00356467;REVB=-0.0218217;RO=131;SAF=7;SAR=8;SRF=66;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445381;STB=0.529951;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0269802;OID=.;OPOS=152280759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:149:149:131:134:15:15:0.100671:8:7:66:65:8:7:67:67 chr1 152280782 . A G 509.03 PASS AF=0.490909;AO=53;DP=110;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.0126391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5835;QD=18.51;RBI=0.0137758;REFB=-0.00945536;REVB=-0.00547972;RO=55;SAF=21;SAR=32;SRF=36;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23509;STB=0.628209;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0120424;OID=.;OPOS=152280782;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:55:56:53:54:0.490909:32:21:36:19:33:21:36:20 chr1 152280788 . T G 98.59 PASS AF=0.170455;AO=14;DP=91;FAO=15;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=70;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.054341;FXX=0.0329634;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.22;QD=4.48152;RBI=0.0547856;REFB=-0.0114598;REVB=-0.00696553;RO=53;SAF=5;SAR=9;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145905;STB=0.638708;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0315214;OID=.;OPOS=152280788;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:91:88:53:70:14:15:0.170455:9:5:25:28:9:6:40:30 chr1 152280864 . A G 194.91 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00323746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.73;QD=17.3255;RBI=0.0178811;REFB=-0.0195069;REVB=-0.0175856;RO=25;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13024;STB=0.57396;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0206253;OID=.;OPOS=152280864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:20:20:0.444444:11:9:8:17:11:9:8:17 chr1 152280900 . T G 57.0 PASS AF=0.166667;AO=10;DP=60;FAO=10;FDP=60;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=-0.00227246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6986;QD=3.80022;RBI=0.0256957;REFB=0.000879653;REVB=0.025595;RO=50;SAF=4;SAR=6;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792909;STB=0.553089;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.00331217;OID=.;OPOS=152280900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:60:60:50:50:10:10:0.166667:6:4:17:33:6:4:17:33 chr1 152281007 . AA GG 264.96 PASS AF=0.239766;AO=41;DP=167;FAO=41;FDP=171;FR=.;FRO=130;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=62;FSRR=68;FWDB=-0.00825996;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=121.375;QD=6.19795;RBI=0.0416572;REFB=-0.00695911;REVB=-0.0408301;RO=124;SAF=22;SAR=19;SRF=60;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065845;STB=0.545277;STBP=0.516;TYPE=mnp;VARB=0.0244337;OID=.;OPOS=152281007;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:171:124:130:41:41:0.239766:19:22:60:64:19:22:62:68 chr1 152281039 . G A 478.35 PASS AF=0.299539;AO=64;DP=217;FAO=65;FDP=217;FR=.;FRO=152;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=83;FSRR=69;FWDB=0.00285458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.909;QD=8.81752;RBI=0.0410849;REFB=-0.0103457;REVB=0.0409856;RO=151;SAF=35;SAR=29;SRF=83;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00339848;STB=0.505352;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0316817;OID=.;OPOS=152281039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:151:152:64:65:0.299539:29:35:83:68:30:35:83:69 chr1 152281228 . C G 177.27 PASS AF=0.247706;AO=27;DP=109;FAO=27;FDP=109;FR=.;FRO=82;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=50;FSRR=32;FWDB=0.0359852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5431;QD=6.50547;RBI=0.0366667;REFB=-0.012492;REVB=-0.00703655;RO=79;SAF=17;SAR=10;SRF=47;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451337;STB=0.515884;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0659494;OID=.;OPOS=152281228;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:79:82:27:27:0.247706:10:17:47:32:10:17:50:32 chr1 152281290 . A G 101.24 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=-0.00368525;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.628;QD=7.64038;RBI=0.00455827;REFB=-0.0213964;REVB=0.00268268;RO=38;SAF=7;SAR=7;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32254;STB=0.679022;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.037034;OID=.;OPOS=152281290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:38:39:14:14:0.264151:7:7:29:9:7:7:29:10 chr1 152281304 . A C 52.58 PASS AF=0.1875;AO=8;DP=47;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=-0.0485334;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.553;QD=4.38181;RBI=0.0509269;REFB=-0.00689928;REVB=-0.0154292;RO=38;SAF=4;SAR=4;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336375;STB=0.682588;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0239803;OID=.;OPOS=152281304;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:47:48:38:39:8:9:0.1875:4:4:29:9:4:5:30:9 chr1 152281479 . G T 807.23 PASS AF=0.513333;AO=77;DP=150;FAO=77;FDP=150;FR=.;FRO=73;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-0.00173869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3137;QD=21.5261;RBI=0.050695;REFB=-0.0123434;REVB=0.0506651;RO=71;SAF=42;SAR=35;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158225;STB=0.507954;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0150287;OID=.;OPOS=152281479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:71:73:77:77:0.513333:35:42:40:31:35:42:41:32 chr1 152281690 . C T 643.94 PASS AF=0.361111;AO=78;DP=218;FAO=78;FDP=216;FR=.;FRO=138;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=67;FSRR=71;FWDB=-0.0123869;FXX=0.00917389;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.303;QD=11.9248;RBI=0.0185402;REFB=-0.0180542;REVB=-0.0137951;RO=135;SAF=40;SAR=38;SRF=65;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350015;STB=0.517442;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0335011;OID=.;OPOS=152281690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:216:135:138:78:78:0.361111:38:40:65:70:38:40:67:71 chr1 152281948 . G A 94.25 PASS AF=0.186047;AO=16;DP=89;FAO=16;FDP=86;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.00674442;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.619;QD=4.38357;RBI=0.0268968;REFB=-0.0105971;REVB=-0.0260374;RO=70;SAF=7;SAR=9;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787594;STB=0.550956;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.038473;OID=.;OPOS=152281948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:89:86:70:70:16:16:0.186047:9:7:35:35:9:7:35:35 chr1 152282267 . G A 161.39 PASS AF=0.297297;AO=22;DP=74;FAO=22;FDP=74;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0289495;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.679;QD=8.72377;RBI=0.0315145;REFB=-0.0145528;REVB=0.0124534;RO=51;SAF=9;SAR=13;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965168;STB=0.564457;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0520887;OID=.;OPOS=152282267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:51:52:22:22:0.297297:13:9:25:26:13:9:26:26 chr1 152282311 . C T 144.93 PASS AF=0.346154;AO=19;DP=53;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0411222;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7879;QD=11.1484;RBI=0.0893883;REFB=-0.0146272;REVB=-0.0793677;RO=33;SAF=5;SAR=14;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19911;STB=0.599398;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0646095;OID=.;OPOS=152282311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:33:34:19:18:0.346154:14:5:14:19:13:5:14:20 chr1 152282917 . G T 353.03 PASS AF=0.37069;AO=43;DP=116;FAO=43;FDP=116;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=0.00728898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.017;QD=12.1734;RBI=0.00761835;REFB=-0.00745296;REVB=0.00221587;RO=73;SAF=19;SAR=24;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719173;STB=0.541044;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0147226;OID=.;OPOS=152282917;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:73:73:43:43:0.37069:24:19:37:36:24:19:37:36 chr1 152283236 . T C 41.35 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.01497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.188;QD=3.93836;RBI=0.0158541;REFB=-0.000323507;REVB=0.00522019;RO=35;SAF=1;SAR=6;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.558129;STB=0.877977;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00467049;OID=.;OPOS=152283236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:35:35:7:7:0.166667:6:1:22:13:6:1:22:13 chr1 152283283 . C T 101.87 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0326867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.619;QD=8.85863;RBI=0.0566211;REFB=-0.00351333;REVB=-0.0462334;RO=32;SAF=3;SAR=10;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482799;STB=0.783887;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0201478;OID=.;OPOS=152283283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:33:13:13:0.282609:10:3:21:11:10:3:21:12 chr1 152283862 . G C 225.51 PASS AF=0.29;AO=29;DP=100;FAO=29;FDP=100;FR=.;FRO=71;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=29;FWDB=-0.0238671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.461;QD=9.0205;RBI=0.0240639;REFB=-0.0182317;REVB=0.0030711;RO=69;SAF=16;SAR=13;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515728;STB=0.528732;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0338744;OID=.;OPOS=152283862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:69:71:29:29:0.29:13:16:41:28:13:16:42:29 chr1 152283975 . A G 59.69 PASS AF=0.122642;AO=13;DP=107;FAO=13;FDP=106;FR=.;FRO=93;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=0.0040055;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.012;QD=2.25231;RBI=0.0305026;REFB=-0.0102612;REVB=-0.0302384;RO=93;SAF=8;SAR=5;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135576;STB=0.597214;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0732892;OID=.;OPOS=152283975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:107:106:93:93:13:13:0.122642:5:8:47:46:5:8:47:46 chr1 152284010 . T G 45.23 PASS AF=0.102804;AO=11;DP=107;FAO=11;FDP=107;FR=.;FRO=96;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=55;FWDB=-0.0339152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.561;QD=1.69079;RBI=0.0368937;REFB=-0.00524488;REVB=0.0145225;RO=95;SAF=5;SAR=6;SRF=40;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403864;STB=0.524912;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0448106;OID=.;OPOS=152284010;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:107:107:95:96:11:11:0.102804:6:5:40:55:6:5:41:55 chr1 152284854 . A G 277.34 PASS AF=0.281481;AO=38;DP=131;FAO=38;FDP=135;FR=.;FRO=97;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=56;FSRR=41;FWDB=0.0045402;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.218;QD=8.21751;RBI=0.00745362;REFB=-0.00962554;REVB=-0.00591126;RO=91;SAF=11;SAR=27;SRF=53;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352502;STB=0.70736;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0195177;OID=.;OPOS=152284854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:135:91:97:38:38:0.281481:27:11:53:38:27:11:56:41 chr1 152285099 . C T 169.51 PASS AF=0.323944;AO=21;DP=70;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0040717;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.082;QD=9.54975;RBI=0.0129727;REFB=-0.0125301;REVB=0.0123172;RO=49;SAF=12;SAR=9;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725721;STB=0.544296;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0276005;OID=.;OPOS=152285099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:49:48:21:23:0.323944:9:12:25:24:10:13:24:24 chr1 152285807 . G T 341.44 PASS AF=0.529412;AO=31;DP=63;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.012503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.983;QD=20.0845;RBI=0.0131545;REFB=-0.0235514;REVB=0.00408841;RO=32;SAF=19;SAR=12;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268764;STB=0.625536;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0195049;OID=.;OPOS=152285807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:68:32:32:31:36:0.529412:12:19:10:22:15:21:10:22 chr1 152285930 . G A 593.85 PASS AF=0.37037;AO=69;DP=189;FAO=70;FDP=189;FR=.;FRO=119;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=73;FSRR=46;FWDB=-0.00505748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.643;QD=12.5682;RBI=0.0071007;REFB=-0.00218233;REVB=-0.00498416;RO=118;SAF=31;SAR=38;SRF=72;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1775;STB=0.597457;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00263191;OID=.;OPOS=152285930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:189:118:119:69:70:0.37037:38:31:72:46:38:32:73:46 chr1 152286002 . T C 354.66 PASS AF=0.34375;AO=44;DP=128;FAO=44;FDP=128;FR=.;FRO=84;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=61;FSRR=23;FWDB=0.0057863;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1632;QD=11.083;RBI=0.0113929;REFB=-0.0217907;REVB=-0.00981417;RO=84;SAF=30;SAR=14;SRF=61;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600081;STB=0.534381;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0513051;OID=.;OPOS=152286002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:84:84:44:44:0.34375:14:30:61:23:14:30:61:23 chr1 152286032 . C T 361.84 PASS AF=0.335821;AO=45;DP=134;FAO=45;FDP=134;FR=.;FRO=89;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=51;FWDB=-0.0145059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.664;QD=10.8012;RBI=0.016729;REFB=-0.022556;REVB=-0.00833305;RO=89;SAF=28;SAR=17;SRF=38;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224157;STB=0.629156;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0413235;OID=.;OPOS=152286032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:89:89:45:45:0.335821:17:28:38:51:17:28:38:51 chr1 152286367 . C A 324.41 PASS AF=0.4;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0099998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.308;QD=14.4182;RBI=0.0157622;REFB=-0.0145799;REVB=0.012184;RO=53;SAF=17;SAR=19;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00055174;STB=0.505566;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0233071;OID=.;OPOS=152286367;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:53:54:36:36:0.4:19:17:25:28:19:17:26:28 chr1 152323132 . G T 1170.48 PASS AF=0.687943;AO=92;DP=141;FAO=97;FDP=141;FR=.;FRO=44;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00126472;FXX=0.0275843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.471;QD=33.2051;RBI=0.00129041;REFB=-0.0165697;REVB=0.000256228;RO=41;SAF=42;SAR=50;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320857;STB=0.511298;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00830309;OID=.;OPOS=152323132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:41:44:92:97:0.687943:50:42:21:20:52:45:22:22 chr1 152325732 . G A 777.24 PASS AF=0.727273;AO=62;DP=84;FAO=64;FDP=88;FR=.;FRO=24;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.011532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.431;QD=35.329;RBI=0.0123584;REFB=0.00395873;REVB=0.00444313;RO=22;SAF=32;SAR=30;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521386;STB=0.51136;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.00102824;OID=.;OPOS=152325732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:88:22:24:62:64:0.727273:30:32:9:13:32:32:11:13 chr1 152326843 . C T 729.59 PASS AF=0.632653;AO=62;DP=98;FAO=62;FDP=98;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0216283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.549;QD=29.7793;RBI=0.0407862;REFB=-0.00237748;REVB=-0.0345793;RO=36;SAF=29;SAR=33;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158619;STB=0.508601;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00168181;OID=.;OPOS=152326843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:36:36:62:62:0.632653:33:29:16:20:33:29:16:20 chr1 152327469 . C T 138.12 PASS AF=0.298507;AO=19;DP=66;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.0308974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9752;QD=8.24591;RBI=0.0455569;REFB=-0.0356129;REVB=-0.0334781;RO=47;SAF=7;SAR=12;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361787;STB=0.544261;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0572647;OID=.;OPOS=152327469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:47:47:19:20:0.298507:12:7:16:31:12:8:16:31 chr1 152327502 . A G 39.1 PASS AF=0.125;AO=6;DP=61;FAO=8;FDP=64;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0114526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.389;QD=2.44398;RBI=0.0268922;REFB=-0.0110216;REVB=-0.0243316;RO=55;SAF=2;SAR=4;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591602;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.065917;OID=.;OPOS=152327502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:61:64:55:56:6:8:0.125:4:2:21:34:5:3:21:35 chr1 152327667 . C T 43.66 PASS AF=0.126761;AO=9;DP=71;FAO=9;FDP=71;FR=.;FRO=62;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=-0.0218695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.843;QD=2.45944;RBI=0.0244242;REFB=-0.00151938;REVB=-0.0108749;RO=62;SAF=1;SAR=8;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542747;STB=0.890781;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0127616;OID=.;OPOS=152327667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:71:71:62:62:9:9:0.126761:8:1:35:27:8:1:35:27 chr1 152328411 . A G 179.84 PASS AF=0.392857;AO=21;DP=57;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.00649647;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.305;QD=12.846;RBI=0.0154176;REFB=-0.0157825;REVB=-0.0139821;RO=34;SAF=5;SAR=16;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464584;STB=0.772479;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0225367;OID=.;OPOS=152328411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:34:34:21:22:0.392857:16:5:23:11:17:5:23:11 chr1 152329435 . C T 385.46 PASS AF=0.627119;AO=36;DP=58;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0093166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.623;QD=26.1326;RBI=0.0106666;REFB=0.00210269;REVB=-0.00519404;RO=21;SAF=24;SAR=12;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51652;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.00120062;OID=.;OPOS=152329435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:21:22:36:37:0.627119:12:24:14:7:12:25:14:8 chr1 152331240 . G A 854.51 PASS AF=0.649573;AO=73;DP=114;FAO=76;FDP=117;FR=.;FRO=41;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0131802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.438;QD=29.214;RBI=0.020283;REFB=-0.0378451;REVB=0.015417;RO=41;SAF=37;SAR=36;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522565;STB=0.529907;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0126497;OID=.;OPOS=152331240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:117:41:41:73:76:0.649573:36:37:24:17:38:38:24:17 chr1 152382120 . C T 464.46 PASS AF=0.641791;AO=43;DP=67;FAO=43;FDP=67;FR=.;FRO=24;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0332369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1389;QD=27.7289;RBI=0.0334671;REFB=-0.0335371;REVB=-0.00391838;RO=24;SAF=26;SAR=17;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146071;STB=0.507956;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0332197;OID=.;OPOS=152382120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:24:24:43:43:0.641791:17:26:14:10:17:26:14:10 chr1 152484129 . G A 871.24 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249493;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.198;QD=58.0828;RBI=0.0267088;REFB=0;REVB=0.0095335;RO=0;SAF=3;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7702e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24334e-05;OID=.;OPOS=152484129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:57:3:0:0:57:3:0:0 chr1 152487979 . C T 342.98 PASS AF=1;AO=25;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.804;QD=50.8117;RBI=0.150518;REFB=0;REVB=0.106433;RO=2;SAF=8;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102655;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00419136;OID=.;OPOS=152487979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:27:27:2:0:25:27:1:17:8:2:0:17:10:0:0 chr1 152488063 . C T 1084.25 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0208399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8496;QD=58.6079;RBI=0.0353881;REFB=0.0102701;REVB=0.028601;RO=1;SAF=42;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150135;STB=0.507934;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=8.90075e-05;OID=.;OPOS=152488063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:31:42:0:1:31:42:0:1 chr1 152488428 . T C 1389.69 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4221;QD=61.7639;RBI=0.0836364;REFB=0;REVB=0.0755318;RO=0;SAF=34;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.68294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00068311;OID=.;OPOS=152488428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:88:90:1:54:34:0:0:55:35:0:0 chr1 152552285 . C A 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.0200267;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=69.6839;QD=10.5419;RBI=0.0207045;REFB=-0.00200425;REVB=-0.00525411;RO=21;SAF=10;SAR=1;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239904;STB=0.649023;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00874891;OID=.;OPOS=152552285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:1:10:17:4:1:10:17:4 chr1 152659471 . T G 134.89 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=-0.0116546;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.055;QD=9.63494;RBI=0.0159687;REFB=-0.0201952;REVB=-0.0109165;RO=35;SAF=5;SAR=13;SRF=6;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163842;STB=0.559833;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0269067;OID=.;OPOS=152659471;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:38:18:18:0.321429:13:5:6:29:13:5:8:30 chr1 152671913 . C G 65.3 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.094423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.025;QD=10.8839;RBI=0.0946876;REFB=-0.00174208;REVB=-0.00707303;RO=15;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633357;STB=0.538373;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0113698;OID=.;OPOS=152671913;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:7:2:4:11:7:2:4:11 chr1 152681680 . C CAGCTCTGGGGCTGCTGT,CAGCTCTGGGGGCTGCTGT 46.08 PASS AF=0.111111,0.277778;AO=3,2;DP=18;FAO=2,5;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=0,2;FSAR=2,3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0634023,-0.0479141;FXX=0.0526039;HRUN=1,1;LEN=17,18;MLLD=289.789,287.398;QD=10.2405;RBI=0.0635288,0.0479695;REFB=-0.0174677,-0.0173059;REVB=0.00400686,0.00230482;RO=11;SAF=0,0;SAR=3,2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.686823,-0.622114;STB=0.995406,0.657928;STBP=0.081,0.458;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0258958,0.0554463;OID=.,.;OPOS=152681681,152681681;OREF=-,-;OALT=AGCTCTGGGGCTGCTGT,AGCTCTGGGGGCTGCTGT;OMAPALT=CAGCTCTGGGGCTGCTGT,CAGCTCTGGGGGCTGCTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.111111,0.277778:3,2:18:2,5:18:11:0,2:2,3:7:4:28:11:0,0:3,2:7:4 chr1 152692512 . G A 199.4 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0252176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5344;QD=15.639;RBI=0.0267104;REFB=0.0105312;REVB=0.00880439;RO=29;SAF=16;SAR=6;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459778;STB=0.526291;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=-0.0111413;OID=.;OPOS=152692512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:6:16:20:9:6:16:20:9 chr1 152732174 . T C 657.77 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00106099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.373;QD=59.7968;RBI=0.0150816;REFB=-0.0352518;REVB=0.0150442;RO=1;SAF=31;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149113;STB=0.507933;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.000386488;OID=.;OPOS=152732174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:12:31:1:0:12:31:1:0 chr1 152732436 . G C 453.96 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00286838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.38;QD=55.0255;RBI=0.0597302;REFB=-0.113885;REVB=0.0596613;RO=1;SAF=15;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300873;STB=0.516119;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0011558;OID=.;OPOS=152732436;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:31:32:0.969697:16:15:1:0:17:15:1:0 chr1 152732567 . G A 1006.64 PASS AF=1;AO=67;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00549512;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.152;QD=57.5225;RBI=0.044548;REFB=-0.0762039;REVB=0.0442078;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00062592;OID=.;OPOS=152732567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:70:70:0:0:67:70:1:42:25:0:0:44:26:0:0 chr1 152733301 . T A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.393;QD=48.7369;RBI=0.0562221;REFB=0;REVB=0.0337156;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013595;OID=.;OPOS=152733301;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr1 152733376 . C G 403.22 PASS AF=0.6;AO=39;DP=65;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=32;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=0.0187317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.143;QD=24.8132;RBI=0.0188098;REFB=-0.035472;REVB=0.00171247;RO=26;SAF=32;SAR=7;SRF=22;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325531;STB=0.517799;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.024042;OID=.;OPOS=152733376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:26:26:39:39:0.6:7:32:22:4:7:32:22:4 chr1 152734390 . C T 1585.27 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.79;QD=59.8213;RBI=0.0263411;REFB=0;REVB=0.0145769;RO=0;SAF=53;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75377e-05;OID=.;OPOS=152734390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:106:0:0:103:106:1:50:53:0:0:52:54:0:0 chr1 152759950 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0057515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.138;QD=39.2068;RBI=0.0155459;REFB=0;REVB=-0.0144429;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.52322e-05;OID=.;OPOS=152759950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr1 152760352 . T A 1047.86 PASS AF=0.531915;AO=100;DP=188;FAO=100;FDP=188;FR=.;FRO=88;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=-0.00292317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.231;QD=22.2949;RBI=0.0332394;REFB=-0.0250188;REVB=0.0331106;RO=88;SAF=49;SAR=51;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401378;STB=0.521939;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0200119;OID=.;OPOS=152760352;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:88:88:100:100:0.531915:51:49:39:49:51:49:39:49 chr1 152760543 . G GT,T 358.77 PASS AF=0.808824,0.0147059;AO=42,3;DP=84;FAO=55,1;FDP=68;FR=.;FRO=12;FSAF=23,0;FSAR=32,1;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.227005,-0.0179297;FXX=0.0422476;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=10.4587,231.25;QD=21.1041;RBI=0.231676,0.019079;REFB=0.0627148,-0.0132473;REVB=-0.0462862,-0.00652188;RO=36;SAF=16,0;SAR=26,3;SRF=20;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.148585,-0.545782;STB=0.500279,0.987929;STBP=1,0.502;TYPE=ins,snp;VARB=0.0352671,0.0685538;OID=.,.;OPOS=152760544,152760543;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:84:68:36:12:42,3:55,1:0.808824,0.0147059:26,3:16,0:20:16:32,1:23,0:5:7 chr1 152760558 . G T 49.74 PASS AF=0.136986;AO=10;DP=73;FAO=10;FDP=73;FR=.;FRO=63;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.00754709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.01;QD=2.72547;RBI=0.00760592;REFB=-0.00358668;REVB=-0.000944184;RO=63;SAF=1;SAR=9;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.446207;STB=0.831948;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0321351;OID=.;OPOS=152760558;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:73:73:63:63:10:10:0.136986:9:1:25:38:9:1:25:38 chr1 152760628 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00441527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=304.889;QD=57.0008;RBI=0.00742419;REFB=0;REVB=0.00596858;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.2753e-05;OID=.;OPOS=152760628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr1 152760642 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.211;QD=64.4154;RBI=0.0299225;REFB=0;REVB=-0.0159832;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.61343e-05;OID=.;OPOS=152760642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:24:25:0:0:24:26:0:0 chr1 152760644 . C T 805.19 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.212;QD=64.4153;RBI=0.0199106;REFB=0;REVB=-0.00566971;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29398e-05;OID=.;OPOS=152760644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:24:25:0:0:24:26:0:0 chr1 152760647 . C A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00987635;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.775;QD=57.1772;RBI=0.0423104;REFB=0;REVB=0.0411416;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104439;OID=.;OPOS=152760647;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr1 152760651 . C T 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.99;QD=57.1766;RBI=0.0328618;REFB=0;REVB=0.0297632;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015525;OID=.;OPOS=152760651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr1 152770521 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2295;QD=35.5758;RBI=0.0973451;REFB=0;REVB=0.0898568;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00450603;OID=.;OPOS=152770521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr1 152770533 . G A 41.12 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.178103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7136;QD=16.4495;RBI=0.180437;REFB=-0.0620863;REVB=-0.0289299;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168827;STB=0.599679;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0927738;OID=.;OPOS=152770533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:1:3:3:3:1:3 chr1 152770589 . A G 520.02 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.25;QD=59.4312;RBI=0.0381025;REFB=0;REVB=0.00603684;RO=0;SAF=28;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200646;OID=.;OPOS=152770589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:7:28:0:0:7:28:0:0 chr1 152771205 . C CA 182.65 PASS AF=1;AO=5;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=7.86396;QD=22.1393;RBI=0.150903;REFB=0.00751818;REVB=0.0825227;RO=27;SAF=3;SAR=2;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180032;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0292094;OID=.;OPOS=152771206;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:33:33:33:0:16:17:0:0:4:27:3:2:12:15 chr1 152771207 . C A 351.95 PASS AF=0.818182;AO=25;DP=33;FAO=27;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.109755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=37.5279;QD=42.66;RBI=0.159816;REFB=-0.157991;REVB=0.116168;RO=5;SAF=12;SAR=13;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098039;STB=0.571376;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0372593;OID=.;OPOS=152771207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:33:33:5:4:25:27:0.818182:13:12:4:1:15:12:4:0 chr1 152771293 . A G 473.47 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016033;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.703;QD=59.1836;RBI=0.0471704;REFB=0;REVB=0.044362;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412389;OID=.;OPOS=152771293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr1 152771360 . A T 704.89 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0148617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3671;QD=58.7404;RBI=0.0148618;REFB=-0.0511265;REVB=6.06214e-05;RO=2;SAF=21;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0034276;STB=0.501824;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00120314;OID=.;OPOS=152771360;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:48:48:2:2:46:46:0.958333:25:21:1:1:25:21:1:1 chr1 152777908 . C T 123.13 PASS AF=1;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221579;FXX=0.153728;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4147;QD=44.774;RBI=0.0314421;REFB=0;REVB=0.0223076;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105513;OID=.;OPOS=152777908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:13:11:0:0:11:11:1:1:10:0:0:1:10:0:0 chr1 152882610 . A G 178.56 PASS AF=0.772727;AO=16;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0316668;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.577;QD=32.4645;RBI=0.0329357;REFB=-0.012004;REVB=0.00905378;RO=6;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18245;STB=0.58056;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00210662;OID=.;OPOS=152882610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:6:5:16:17:0.772727:12:4:0:6:13:4:0:5 chr1 152883608 . G A 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0842647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.442;QD=14.0424;RBI=0.0950796;REFB=-0.0278182;REVB=0.0440409;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341697;STB=0.699373;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0375092;OID=.;OPOS=152883608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:0:4:3:2:0:4 chr1 152884111 . G A 296.24 PASS AF=0.52459;AO=31;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0473312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.4801;QD=19.4257;RBI=0.0475738;REFB=-0.0359611;REVB=-0.00479901;RO=28;SAF=16;SAR=15;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167405;STB=0.509778;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0389591;OID=.;OPOS=152884111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:29:31:32:0.52459:15:16:15:13:15:17:16:13 chr1 152884246 . GA TG 141.25 PASS AF=0.652174;AO=14;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0764968;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=226.598;QD=24.5649;RBI=0.0769116;REFB=-0.00684082;REVB=0.00797749;RO=7;SAF=5;SAR=9;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146136;STB=0.555484;STBP=0.517;TYPE=mnp;VARB=0.00554521;OID=.;OPOS=152884246;OREF=GA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:7:8:14:15:0.652174:9:5:1:6:9:6:2:6 chr1 152944594 . C T 796.32 PASS AF=0.637168;AO=72;DP=114;FAO=72;FDP=113;FR=.;FRO=41;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0196726;FXX=0.0341851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.092;QD=28.1883;RBI=0.034108;REFB=-0.0118369;REVB=0.027863;RO=41;SAF=45;SAR=27;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144352;STB=0.578209;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00494231;OID=.;OPOS=152944594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:41:41:72:72:0.637168:27:45:17:24:27:45:17:24 chr1 152957832 . C A 115.29 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00167213;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.6024;QD=19.2157;RBI=0.0167106;REFB=-0.0256326;REVB=-0.0166268;RO=11;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271432;STB=0.655383;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0184916;OID=.;OPOS=152957832;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:24:24:11:11:13:13:0.541667:9:4:7:4:9:4:7:4 chr1 152957887 . G A 97.36 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0114597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.439;QD=12.1694;RBI=0.029858;REFB=-0.0200706;REVB=-0.0275713;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272843;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0397559;OID=.;OPOS=152957887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:32:32:19:20:12:12:0.375:6:6:10:9:6:6:10:10 chr1 152958238 . A G 720.01 PASS AF=0.648936;AO=62;DP=94;FAO=61;FDP=94;FR=.;FRO=33;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00283751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1534;QD=30.6389;RBI=0.00768133;REFB=-0.0373387;REVB=-0.00713802;RO=32;SAF=28;SAR=34;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306323;STB=0.525642;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0203512;OID=.;OPOS=152958238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:32:33:62:61:0.648936:34:28:16:16:34:27:17:16 chr1 152958267 . T C 384.07 PASS AF=0.616667;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0429982;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4364;QD=25.6049;RBI=0.0489;REFB=-0.0288277;REVB=-0.0232888;RO=23;SAF=18;SAR=19;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055064;STB=0.530137;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0163459;OID=.;OPOS=152958267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:23:23:37:37:0.616667:19:18:13:10:19:18:13:10 chr1 152975495 . G A 270.51 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=0.00727789;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3094;QD=22.5421;RBI=0.0097397;REFB=0.00232787;REVB=0.00647256;RO=23;SAF=13;SAR=12;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268484;STB=0.648541;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00205819;OID=.;OPOS=152975495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:23:23:25:25:0.520833:12:13:19:4:12:13:19:4 chr1 152975715 . C T 112.79 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00305652;FXX=0.0951928;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3283;QD=23.7461;RBI=0.0480569;REFB=-0.0260647;REVB=0.0479596;RO=7;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303269;STB=0.517212;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0232963;OID=.;OPOS=152975715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:21:19:7:7:12:12:0.631579:9:3:2:5:9:3:2:5 chr1 152975763 . C A 42.22 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0271778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.732;QD=18.7665;RBI=0.063571;REFB=-0.0258153;REVB=0.0574686;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194334;STB=0.614989;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0111315;OID=.;OPOS=152975763;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:4:2:2:1:4:2:2:1 chr1 152975829 . A G 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00669414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8751;QD=9.10953;RBI=0.0346418;REFB=-0.0107201;REVB=-0.0339889;RO=16;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291729;STB=0.681336;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0408524;OID=.;OPOS=152975829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:2:6:8:8:2:6:8:8 chr1 152975941 . C G 346.51 PASS AF=0.583333;AO=34;DP=59;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0302266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.65;QD=23.1004;RBI=0.0394608;REFB=-0.0167676;REVB=0.0253675;RO=24;SAF=16;SAR=18;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177689;STB=0.608226;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.018016;OID=.;OPOS=152975941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:24:25:34:35:0.583333:18:16:17:7:19:16:18:7 chr1 152976108 . C T 246.18 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.014719;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.486;QD=23.4459;RBI=0.0582178;REFB=-0.0194417;REVB=0.0563264;RO=19;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00371334;STB=0.502073;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0146521;OID=.;OPOS=152976108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:19:19:23:23:0.547619:12:11:9:10:12:11:9:10 chr1 152976114 . G C 340.52 PASS AF=0.617021;AO=30;DP=48;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00275869;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.808;QD=28.9806;RBI=0.042002;REFB=-0.100061;REVB=-0.0419113;RO=16;SAF=14;SAR=16;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212131;STB=0.506603;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0167598;OID=.;OPOS=152976114;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:16:18:30:29:0.617021:16:14:8:8:15:14:9:9 chr1 152976306 . T G 455.99 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0332756;FXX=0.0266631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.014;QD=24.9855;RBI=0.0356101;REFB=-0.0251881;REVB=-0.0126813;RO=30;SAF=13;SAR=30;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23658;STB=0.630018;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0212302;OID=.;OPOS=152976306;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:30:30:43:43:0.589041:30:13:18:12:30:13:18:12 chr1 153004848 . T C 76.43 PASS AF=0.37931;AO=8;DP=27;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0560083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0923;QD=10.542;RBI=0.0799498;REFB=-0.0364423;REVB=0.0570529;RO=18;SAF=7;SAR=1;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274862;STB=0.588609;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.106556;OID=.;OPOS=153004848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:27:29:18:18:8:11:0.37931:1:7:13:5:2:9:13:5 chr1 153004853 . C T 91.01 PASS AF=0.478261;AO=10;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00636763;FXX=0.0416493;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.72;QD=15.828;RBI=0.00654462;REFB=-0.0418543;REVB=0.00151174;RO=11;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19417;STB=0.538389;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0454496;OID=.;OPOS=153004853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:23:23:11:12:10:11:0.478261:2:8:7:4:3:8:8:4 chr1 153004983 . C T 39.63 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0514579;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.32;QD=13.2083;RBI=0.0652194;REFB=-0.0299799;REVB=0.0400707;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207272;STB=0.587932;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0278006;OID=.;OPOS=153004983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:5:6:6:6:0.5:2:4:2:3:2:4:3:3 chr1 153005156 . C T 207.74 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0439334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.283;QD=17.6803;RBI=0.0477438;REFB=0.00473244;REVB=0.0186902;RO=25;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975156;STB=0.567502;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.00239789;OID=.;OPOS=153005156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:26:21:21:0.446809:13:8:12:13:13:8:13:13 chr1 153012765 . T C 30.95 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0269955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1153;QD=12.381;RBI=0.0269955;REFB=-0.0209855;REVB=0;RO=5;SAF=5;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0995789;OID=.;OPOS=153012765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:0:5:5:0:0:5:5:0 chr1 153277423 . C T 1499.15 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00594834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4102;QD=58.7901;RBI=0.0274411;REFB=0;REVB=0.0267886;RO=1;SAF=57;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106601;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000687;OID=.;OPOS=153277423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:102:102:1:0:101:102:1:44:57:0:1:45:57:0:0 chr1 153314153 . C A 1124.78 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00881014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.748;QD=57.6812;RBI=0.0178946;REFB=-0.0251822;REVB=0.0155755;RO=2;SAF=36;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00127989;STB=0.500676;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000342092;OID=.;OPOS=153314153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:40:36:1:1:40:36:1:1 chr1 153315579 . A G 1515.54 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0128015;FXX=0.0202;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.309;QD=62.4965;RBI=0.0220903;REFB=-0.0568374;REVB=-0.0180029;RO=1;SAF=43;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886434;STB=0.504672;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=4.90783e-05;OID=.;OPOS=153315579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:97:1:1:96:96:0.989691:53:43:0:1:53:43:0:1 chr1 153320334 . T C 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0104463;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=305.944;QD=47.8145;RBI=0.0180633;REFB=-0.0294647;REVB=0.0147363;RO=1;SAF=8;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542216;STB=0.529383;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00148712;OID=.;OPOS=153320334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:13:8:1:0:13:8:1:0 chr1 153320372 . T G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7746;QD=53.9109;RBI=0.0411178;REFB=0;REVB=0.0149418;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000325658;OID=.;OPOS=153320372;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr1 153431406 . C G 2160.23 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.21;QD=63.0725;RBI=0.067625;REFB=0;REVB=-0.0583113;RO=0;SAF=72;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.9792e-05;OID=.;OPOS=153431406;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:135:137:0:0:134:137:1:62:72:0:0:63:74:0:0 chr1 153509890 . T C 320.02 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0224711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.7284;QD=23.7052;RBI=0.0512284;REFB=-0.0246562;REVB=0.0460369;RO=21;SAF=9;SAR=23;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12294;STB=0.581064;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0171084;OID=.;OPOS=153509890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:21:22:32:32:0.592593:23:9:9:12:23:9:10:12 chr1 153509895 . G A 321.06 PASS AF=0.608696;AO=27;DP=45;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0194825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.015;QD=27.918;RBI=0.0199247;REFB=-0.00684079;REVB=0.00417417;RO=18;SAF=7;SAR=20;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201182;STB=0.615296;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0039029;OID=.;OPOS=153509895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:18:18:27:28:0.608696:20:7:9:9:21:7:9:9 chr1 153588278 . AG A,AA 1434.95 PASS AF=0.0108696,0.98913;AO=15,77;DP=93;FAO=1,91;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=1,51;FSAR=0,40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00663192,0.00508778;FXX=0.0107515;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=209.839,223.512;QD=62.3891;RBI=0.109796,0.0902342;REFB=0,0;REVB=0.109596,0.0900907;RO=0;SAF=5,47;SAR=10,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00576369,0.0023785;OID=.,.;OPOS=153588279,153588279;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0108696,0.98913:15,77:93:1,91:92:0:1,51:0,40:0:0:4:0:5,47:10,30:0:0 chr1 153604029 . C T 727.98 PASS AF=1;AO=43;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.210934;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.709;QD=51.9985;RBI=0.220422;REFB=0;REVB=0.0639744;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0149207;OID=.;OPOS=153604029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:43:56:1:27:16:0:0:27:29:0:0 chr1 153676713 . C A 254.79 PASS AF=0.364706;AO=30;DP=83;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.00613292;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.468;QD=11.9901;RBI=0.011068;REFB=-0.00854055;REVB=0.00921344;RO=53;SAF=20;SAR=10;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317267;STB=0.682422;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0217;OID=.;OPOS=153676713;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:53:54:30:31:0.364706:10:20:20:33:10:21:21:33 chr1 153743234 . T C 207.84 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0215516;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.167;QD=17.6886;RBI=0.0216732;REFB=-0.0173495;REVB=-0.00229243;RO=26;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362158;STB=0.520588;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0387073;OID=.;OPOS=153743234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:13:8:9:17:13:8:9:17 chr1 153910202 . G A 124.1 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0181641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.456;QD=9.92769;RBI=0.0284328;REFB=0.00167662;REVB=0.0218744;RO=35;SAF=4;SAR=11;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44061;STB=0.76316;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.0074974;OID=.;OPOS=153910202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:11:4:23:12:11:4:23:12 chr1 153913770 . A G 954.37 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1503;QD=58.7305;RBI=0.0790429;REFB=0;REVB=0.0731115;RO=0;SAF=44;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105778;OID=.;OPOS=153913770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:21:44:0:0:21:44:0:0 chr1 153991430 . T C 727.84 PASS AF=0.709302;AO=58;DP=84;FAO=61;FDP=86;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00313283;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.28;QD=33.8531;RBI=0.0152467;REFB=-0.00412203;REVB=0.0149213;RO=26;SAF=24;SAR=34;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280551;STB=0.504086;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00104011;OID=.;OPOS=153991430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:26:25:58:61:0.709302:34:24:12:14:35:26:11:14 chr1 154034065 . TGGG TGG,TGGT 39.98 PASS AF=0.24,0.12;AO=4,4;DP=24;FAO=6,3;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3,0;FSAR=3,3;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=-0.0431381,-0.0208733;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=22.8515,75.8013;QD=6.39629;RBI=0.0677343,0.037018;REFB=-0.0444856,-0.0199541;REVB=0.0522211,-0.0305719;RO=15;SAF=2,0;SAR=2,4;SRF=15;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.365439,0;SSSB=-0.685068,-0.854467;STB=0.817548,0.998592;STBP=0.302,0.001;TYPE=del,snp;VARB=0.0956519,0.080789;OID=.,.;OPOS=154034066,154034068;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TGG,TGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.24,0.12:4,4:24:6,3:25:16:3,0:3,3:15:1:23:15:2,0:2,4:15:0 chr1 154089438 . T C 644.34 PASS AF=0.579439;AO=62;DP=107;FAO=62;FDP=107;FR=.;FRO=45;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.000289134;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9314;QD=24.0876;RBI=0.0269549;REFB=0.0167773;REVB=0.0269533;RO=43;SAF=40;SAR=22;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140895;STB=0.500329;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.00807977;OID=.;OPOS=154089438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:43:45:62:62:0.579439:22:40:27:16:22:40:29:16 chr1 154091208 . G A 237.59 PASS AF=0.269841;AO=34;DP=127;FAO=34;FDP=126;FR=.;FRO=92;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=0.0339551;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.345;QD=7.54253;RBI=0.0380336;REFB=-0.0156825;REVB=-0.017135;RO=91;SAF=14;SAR=20;SRF=39;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210984;STB=0.517231;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0532673;OID=.;OPOS=154091208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:91:92:34:34:0.269841:20:14:39:52:20:14:40:52 chr1 154108387 . G A,T 1232.35 PASS AF=0.929412,0.0588235;AO=76,5;DP=83;FAO=79,5;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=30,3;FSAR=49,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0231086,-0.0285968;FXX=0.0116266;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=145.581,35.8583;QD=57.9929;RBI=0.0241758,0.0340235;REFB=-0.0879498,-0.0848386;REVB=-0.00710377,-0.0184342;RO=0;SAF=30,3;SAR=46,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.505049,0.599598;STBP=0.521,0.517;TYPE=snp,snp;VARB=0.000937046,-0.0190686;OID=.,.;OPOS=154108387,154108387;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:83:85:0:1:76,5:79,5:0.929412,0.0588235:46,2:30,3:0:0:49,2:30,3:0:1 chr1 154178121 . GA AG,G 38.78 PASS AF=0,0.197183;AO=10,13;DP=74;FAO=0,14;FDP=71;FR=.;FRO=57;FSAF=0,5;FSAR=0,9;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=0.0715769,0.0885294;FXX=0.0405351;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=27.1955,15.2969;QD=2.18503;RBI=0.165647,0.219157;REFB=-0.0400329,-0.0652275;REVB=-0.149385,-0.20048;RO=50;SAF=0,5;SAR=10,8;SRF=35;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0.305512;SSSB=-0.772726,-0.378161;STB=0.5,0.710701;STBP=1,0.083;TYPE=mnp,del;VARB=0.0467752,0.14393;OID=.,.;OPOS=154178121,154178122;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:74:71:50:57:10,13:0,14:0,0.197183:10,8:0,5:35:15:0,9:0,5:36:21 chr1 154310048 . C G 1731.26 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.429;QD=60.746;RBI=0.0212755;REFB=0;REVB=0.00716823;RO=0;SAF=49;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.94646e-05;OID=.;OPOS=154310048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:65:49:0:0:65:49:0:0 chr1 154317153 . C T 854.04 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0516595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.84;QD=56.0028;RBI=0.0617776;REFB=0.0239917;REVB=0.0338786;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.506847;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=9.09492e-05;OID=.;OPOS=154317153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:24:36:0:0:24:36:1:0 chr1 154426970 . A C 182.11 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0135094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.801;QD=16.9404;RBI=0.0176595;REFB=-0.00490663;REVB=-0.0113734;RO=24;SAF=13;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190258;STB=0.609256;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00798439;OID=.;OPOS=154426970;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:6:13:12:12:6:13:12:12 chr1 154437896 . T C 1034.34 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00152743;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.243;QD=59.9617;RBI=0.0113663;REFB=0;REVB=0.0112632;RO=0;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273454;OID=.;OPOS=154437896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:68:69:1:35:33:0:0:35:34:0:0 chr1 154438474 . T C 308.16 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0533198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2336;QD=20.892;RBI=0.0707126;REFB=0.00473627;REVB=0.0464463;RO=27;SAF=19;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124337;STB=0.568941;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=-0.00210487;OID=.;OPOS=154438474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:13:19:12:15:13:19:12:15 chr1 154438880 . T C 898.24 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9705;QD=57.9507;RBI=0.0713858;REFB=0;REVB=0.0571694;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420407;OID=.;OPOS=154438880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:39:23:0:0:39:23:0:0 chr1 154474131 . C G 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0184643;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.477;QD=56.4877;RBI=0.022203;REFB=0.115547;REVB=0.0123305;RO=1;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301623;STB=0.51612;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.0011928;OID=.;OPOS=154474131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:15:20:0:1:15:20:0:1 chr1 154516571 . T C 1093.16 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.127;QD=59.8992;RBI=0.021786;REFB=0;REVB=0.00377871;RO=0;SAF=18;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33789e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.183e-05;OID=.;OPOS=154516571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:54:18:0:0:54:19:0:0 chr1 154556663 . G A 315.57 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0613602;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.661;QD=24.2743;RBI=0.0673157;REFB=-0.0230384;REVB=0.0276828;RO=21;SAF=18;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112106;STB=0.561758;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0173083;OID=.;OPOS=154556663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:13:18:9:12:13:18:9:12 chr1 154561925 . C T 155.38 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.051023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.674;QD=15.1585;RBI=0.0510372;REFB=0.00229611;REVB=0.00120161;RO=24;SAF=3;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389944;STB=0.728864;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.00207078;OID=.;OPOS=154561925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:14:3:12:12:14:3:12:12 chr1 154573967 . T C 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=-0.0158199;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.209;QD=13.2308;RBI=0.0225119;REFB=-0.0111719;REVB=-0.0160161;RO=29;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185953;STB=0.60703;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0163896;OID=.;OPOS=154573967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:11:6:6:23:11:6:6:23 chr1 154574820 . T C 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.003099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.481;QD=58.5994;RBI=0.0249647;REFB=0;REVB=0.0247716;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27092e-05;OID=.;OPOS=154574820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:26:38:0:0:26:38:0:0 chr1 154575040 . C T 801.46 PASS AF=0.797468;AO=62;DP=78;FAO=63;FDP=79;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=51;FSRF=16;FSRR=0;FWDB=-0.174526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.498;QD=40.5804;RBI=0.17658;REFB=-0.0790302;REVB=0.0268569;RO=7;SAF=12;SAR=50;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211029;STB=0.699929;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00924888;OID=.;OPOS=154575040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:78:79:7:16:62:63:0.797468:50:12:7:0:51:12:16:0 chr1 154600372 . A G 159.66 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00109125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.438;QD=45.6172;RBI=0.00648668;REFB=0;REVB=-0.00639423;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55568e-05;OID=.;OPOS=154600372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:12:1:0:0:13:1:0:0 chr1 154744852 . A G 363.95 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299235;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.98;QD=55.9925;RBI=0.029928;REFB=0;REVB=0.000518073;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185272;OID=.;OPOS=154744852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:17:8:0:0:18:8:0:0 chr1 154917314 . G A 1537.41 PASS AF=1;AO=96;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.36;QD=62.1177;RBI=0.0265375;REFB=-0.0692761;REVB=0.00950284;RO=2;SAF=53;SAR=43;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215433;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035104;OID=.;OPOS=154917314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:99:99:2:0:96:99:1:43:53:0:2:46:53:0:0 chr1 154919080 . C T 589.8 PASS AF=0.884615;AO=46;DP=52;FAO=46;FDP=52;FR=.;FRO=6;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00622249;FXX=0.0188644;HRUN=5;LEN=1;MLLD=98.814;QD=45.3693;RBI=0.0326911;REFB=-0.143447;REVB=0.0320934;RO=6;SAF=30;SAR=16;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111187;STB=0.559476;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0018404;OID=.;OPOS=154919080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:6:6:46:46:0.884615:16:30:1:5:16:30:1:5 chr1 154987526 . C T 246.52 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0548779;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7759;QD=46.956;RBI=0.080354;REFB=-0.0960857;REVB=0.0586957;RO=1;SAF=9;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484648;STB=0.526289;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0110482;OID=.;OPOS=154987526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:11:9:1:0:11:9:1:0 chr1 154988957 . A G 244.59 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.696;QD=51.4936;RBI=0.00540056;REFB=0;REVB=-0.00540056;RO=0;SAF=0;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000820202;OID=.;OPOS=154988957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:19:0:0:0:19:0:0:0 chr1 155006091 . A G 758.82 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00193005;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.374;QD=53.2506;RBI=0.013171;REFB=0.00142529;REVB=0.0130289;RO=1;SAF=30;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154549;STB=0.516123;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.000129517;OID=.;OPOS=155006091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:1:2:55:55:0.964912:25:30:1:0:25:30:2:0 chr1 155006999 . C T 547.83 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7505;QD=59.2252;RBI=0.0648754;REFB=0;REVB=0.0491441;RO=1;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239852;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00301593;OID=.;OPOS=155006999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:1:0:35:37:1:19:16:0:1:20:17:0:0 chr1 155019710 . A C 1191.83 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.237;QD=60.3456;RBI=0.0438511;REFB=0;REVB=-0.00578345;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158415;OID=.;OPOS=155019710;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:79:0:0:75:79:1:40:35:0:0:41:38:0:0 chr1 155026942 . A C 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0827454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.725;QD=59.8344;RBI=0.0846676;REFB=0;REVB=0.0179385;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486676;OID=.;OPOS=155026942;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr1 155033250 . C G 197.61 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0088986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5558;QD=18.8198;RBI=0.00972144;REFB=0.0156315;REVB=-0.00391424;RO=22;SAF=7;SAR=13;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0808571;STB=0.545655;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.0181193;OID=.;OPOS=155033250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:13:7:6:16:13:7:6:16 chr1 155033317 . T C 349.83 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.439;QD=53.8195;RBI=0.041687;REFB=0;REVB=-0.00927548;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174993;OID=.;OPOS=155033317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:24:26:1:17:7:0:0:18:8:0:0 chr1 155059851 . A G 643.74 PASS AF=0.962264;AO=48;DP=54;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0300803;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.904;QD=48.5842;RBI=0.0386774;REFB=-0.086015;REVB=0.024313;RO=5;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108919;STB=0.521731;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00298384;OID=.;OPOS=155059851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:53:5:2:48:51:0.962264:19:29:0:5:22:29:0:2 chr1 155106697 . G A 766.06 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.931;QD=63.838;RBI=0.0138914;REFB=0;REVB=0.00395352;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37225e-05;OID=.;OPOS=155106697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr1 155149718 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.027333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.876;QD=60.2297;RBI=0.0325684;REFB=0;REVB=0.0177089;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.36636e-05;OID=.;OPOS=155149718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr1 155162067 . C T 223.34 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.859;QD=49.6313;RBI=0.0364377;REFB=0;REVB=0.0228852;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302157;OID=.;OPOS=155162067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:6:11:0:0:6:12:0:0 chr1 155178782 . A T 393.07 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.141774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.848;QD=56.153;RBI=0.143055;REFB=0;REVB=0.0190986;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00236637;OID=.;OPOS=155178782;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr1 155186729 . T C 2253.1 PASS AF=1;AO=146;DP=147;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00655973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9511;QD=59.6849;RBI=0.00970877;REFB=0;REVB=-0.00715752;RO=1;SAF=62;SAR=84;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760883;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000847269;OID=.;OPOS=155186729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:147:151:1:0:146:151:1:84:62:1:0:87:64:0:0 chr1 155186742 . G A 2206.83 PASS AF=1;AO=139;DP=140;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00177686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.188;QD=62.1643;RBI=0.0823354;REFB=-0.0827076;REVB=0.0823163;RO=1;SAF=59;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0059064;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517017;OID=.;OPOS=155186742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:140:142:1:0:139:142:1:80:59:0:1:83:59:0:0 chr1 155217436 . GGA ATT 289.28 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048055;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=171.075;QD=52.5963;RBI=0.090367;REFB=0;REVB=0.0765304;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000523333;OID=.;OPOS=155217436;OREF=GGA;OALT=ATT;OMAPALT=ATT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:9:12:0:0:9:13:0:0 chr1 155221332 . A G 37.66 PASS AF=0.152542;AO=11;DP=54;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0539674;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2201;QD=2.5529;RBI=0.0971625;REFB=-0.00953486;REVB=-0.0807965;RO=38;SAF=10;SAR=1;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.735743;STB=0.909523;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0829746;OID=.;OPOS=155221332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:54:59:38:50:11:9:0.152542:1:10:8:30:1:8:18:32 chr1 155230131 . C T 492.42 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0206693;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=243.314;QD=56.2761;RBI=0.0242517;REFB=-0.0498327;REVB=0.0126856;RO=1;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301451;STB=0.51612;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000135763;OID=.;OPOS=155230131;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:35:35:1:1:34:34:0.971429:15:19:0:1:15:19:0:1 chr1 155247518 . G A 107.77 PASS AF=0.419355;AO=12;DP=30;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00326561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8576;QD=13.9054;RBI=0.0655544;REFB=-0.0151219;REVB=0.065473;RO=18;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282827;STB=0.630343;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0242471;OID=.;OPOS=155247518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:18:18:12:13:0.419355:4:8:7:11:5:8:7:11 chr1 155258752 . G A 785.07 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00182605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.72;QD=57.0958;RBI=0.029142;REFB=0;REVB=0.0290847;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012948;OID=.;OPOS=155258752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:20:35:0:0:20:35:0:0 chr1 155258756 . C T 739.06 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000974169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.831;QD=54.7455;RBI=0.00804331;REFB=0.0740189;REVB=0.0079841;RO=1;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241485;STB=0.512816;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.000617584;OID=.;OPOS=155258756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:19:34:0:1:19:34:0:1 chr1 155260383 . G T 398.14 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402756;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.318;QD=56.8773;RBI=0.0402841;REFB=0;REVB=0.000825726;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147339;OID=.;OPOS=155260383;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr1 155294274 . A G 92.45 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.156162;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.426;QD=41.0884;RBI=0.158613;REFB=0;REVB=0.0277777;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00320802;OID=.;OPOS=155294274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr1 155306142 . G A 34.57 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.126763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.71;QD=5.5312;RBI=0.126764;REFB=-0.0575521;REVB=0.000463766;RO=19;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216569;STB=0.63957;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0882033;OID=.;OPOS=155306142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:25:25:19:19:6:6:0.24:3:3:13:6:3:3:13:6 chr1 155306151 . T C 37.92 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0309481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.9339;QD=9.47973;RBI=0.0327425;REFB=-0.104994;REVB=-0.0106905;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374671;STB=0.768453;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.105331;OID=.;OPOS=155306151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:8:10:6:6:0.375:4:2:6:2:4:2:8:2 chr1 155408558 . C T 567.84 PASS AF=0.731343;AO=46;DP=65;FAO=49;FDP=67;FR=.;FRO=18;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00341898;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.402;QD=33.9009;RBI=0.00617276;REFB=-0.000900929;REVB=0.00513941;RO=18;SAF=22;SAR=24;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759037;STB=0.53684;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.000386302;OID=.;OPOS=155408558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:18:18:46:49:0.731343:24:22:6:12:26:23:6:12 chr1 155408635 . T C 1007.52 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8217;QD=59.2659;RBI=0.113233;REFB=0;REVB=0.10837;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144521;OID=.;OPOS=155408635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:41:27:0:0:41:27:0:0 chr1 155581311 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00131707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.541;QD=50.4135;RBI=0.00768225;REFB=0;REVB=-0.00756851;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.1285e-05;OID=.;OPOS=155581311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr1 155583937 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.818;QD=33.4285;RBI=0.0318601;REFB=0;REVB=0.0318601;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407374;OID=.;OPOS=155583937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr1 155658085 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.141;QD=56.1916;RBI=0.0109466;REFB=0;REVB=0.004113;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.75293e-05;OID=.;OPOS=155658085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr1 155735012 . T C 670.17 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0138076;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.973;QD=58.2755;RBI=0.0414484;REFB=-0.0748052;REVB=0.0390809;RO=2;SAF=20;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446823;STB=0.523799;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00743607;OID=.;OPOS=155735012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:46:2:2:44:44:0.956522:24:20:2:0:24:20:2:0 chr1 155735901 . C T 190.92 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00653875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.275;QD=11.5708;RBI=0.038967;REFB=-0.00389278;REVB=-0.0384145;RO=41;SAF=12;SAR=12;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013302;STB=0.515139;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00729129;OID=.;OPOS=155735901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:42:24:24:0.363636:12:12:21:20:12:12:22:20 chr1 155755097 . G A 958.37 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7785;QD=57.216;RBI=0.0335464;REFB=0;REVB=-0.00142254;RO=2;SAF=28;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325479;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161849;OID=.;OPOS=155755097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:2:0:65:67:1:37:28:2:0:37:30:0:0 chr1 155837865 . G C 493.75 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0441842;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0047;QD=56.4281;RBI=0.0485075;REFB=-0.171826;REVB=-0.0200182;RO=1;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252651;STB=0.513506;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00478265;OID=.;OPOS=155837865;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:35:1:1:34:34:0.971429:18:16:0:1:18:16:0:1 chr1 155838267 . T C 690.11 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.044;QD=62.7369;RBI=0.0374083;REFB=0;REVB=0.0328913;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30125e-05;OID=.;OPOS=155838267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:28:15:0:0:29:15:0:0 chr1 155880573 . C G 875.25 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.869;QD=57.3934;RBI=0.0402387;REFB=0;REVB=0.0346178;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26466e-05;OID=.;OPOS=155880573;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:28:32:0:0:29:32:0:0 chr1 155904177 . T C 1787.28 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00336179;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0645;QD=61.1035;RBI=0.018145;REFB=0;REVB=0.0178309;RO=0;SAF=67;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.05206e-06;OID=.;OPOS=155904177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:117:0:0:117:117:1:50:67:0:0:50:67:0:0 chr1 155912486 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6935;QD=52.6124;RBI=0.0335004;REFB=0;REVB=0.0296781;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000647094;OID=.;OPOS=155912486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr1 156144971 . G A 199.61 PASS AF=0.446809;AO=19;DP=49;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0121671;FXX=0.040808;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.539;QD=16.9878;RBI=0.013092;REFB=-0.0317662;REVB=-0.00483335;RO=26;SAF=6;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195552;STB=0.567502;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.030771;OID=.;OPOS=156144971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:47:26:26:19:21:0.446809:13:6:13:13:13:8:13:13 chr1 156202173 . A G 673.69 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417464;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.397;QD=62.6693;RBI=0.0688612;REFB=0;REVB=0.0547641;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408453;OID=.;OPOS=156202173;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr1 156206121 . G A 792.09 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00822643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.518;QD=63.3668;RBI=0.0476761;REFB=0;REVB=0.046961;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362931;OID=.;OPOS=156206121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:21:28:0:0:22:28:0:0 chr1 156213921 . C T 75.2 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0509203;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.079;QD=9.11473;RBI=0.0572685;REFB=-0.00382757;REVB=0.0262069;RO=23;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174147;STB=0.605858;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0418729;OID=.;OPOS=156213921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:33:33:23:23:10:10:0.30303:5:5:8:15:5:5:8:15 chr1 156215899 . G A 464.2 PASS AF=0.327778;AO=59;DP=180;FAO=59;FDP=180;FR=.;FRO=121;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=78;FSRR=43;FWDB=-0.00370136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.139;QD=10.3155;RBI=0.00376596;REFB=-0.00807678;REVB=-0.000694556;RO=120;SAF=34;SAR=25;SRF=77;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792512;STB=0.547715;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0185503;OID=.;OPOS=156215899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:120:121:59:59:0.327778:25:34:77:43:25:34:78:43 chr1 156220056 . T C 46.11 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.030597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2181;QD=9.22265;RBI=0.0932584;REFB=-0.0348692;REVB=-0.0880963;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115383;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0504676;OID=.;OPOS=156220056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:20:20:13:13:7:7:0.35:4:3:7:6:4:3:7:6 chr1 156278968 . T G 412.69 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0106938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.586;QD=21.4383;RBI=0.016674;REFB=-0.00930554;REVB=-0.0127932;RO=36;SAF=24;SAR=17;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967478;STB=0.553465;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00521091;OID=.;OPOS=156278968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:36:36:41:41:0.532468:17:24:17:19:17:24:17:19 chr1 156347131 . G A 112.32 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0223391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.898;QD=7.74614;RBI=0.0239113;REFB=-0.00965649;REVB=0.00852739;RO=42;SAF=9;SAR=7;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108343;STB=0.506571;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0222262;OID=.;OPOS=156347131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:42:42:16:16:0.275862:7:9:24:18:7:9:24:18 chr1 156347834 . T A 1304.27 PASS AF=0.586538;AO=121;DP=209;FAO=122;FDP=208;FR=.;FRO=86;FSAF=48;FSAR=74;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=0.0329895;FXX=0.00952336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9619;QD=25.0822;RBI=0.0989531;REFB=-0.0439258;REVB=0.0932921;RO=85;SAF=48;SAR=73;SRF=40;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579507;STB=0.530634;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0385803;OID=.;OPOS=156347834;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:208:85:86:121:122:0.586538:73:48:40:45:74:48:40:46 chr1 156351699 . G A 903.18 PASS AF=0.6;AO=80;DP=133;FAO=81;FDP=135;FR=.;FRO=54;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0192694;FXX=0.0073524;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.38;QD=26.7609;RBI=0.0382425;REFB=-0.0510596;REVB=0.033033;RO=51;SAF=41;SAR=39;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862868;STB=0.539464;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0296802;OID=.;OPOS=156351699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:51:54:80:81:0.6:39:41:20:31:40:41:22:32 chr1 156354367 . A G 267.45 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0195371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.183;QD=16.2093;RBI=0.024831;REFB=-0.0290863;REVB=-0.0153259;RO=36;SAF=8;SAR=22;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168047;STB=0.595227;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0335278;OID=.;OPOS=156354367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:22:8:15:21:22:8:15:21 chr1 156437165 . GAAAAAGA GAAAACGA,GAAAAGA,GAAAAGAC 70.91 PASS AF=0,0.298701,0.038961;AO=3,21,3;DP=81;FAO=0,23,3;FDP=77;FR=.;FRO=51;FSAF=0,2,0;FSAR=0,21,3;FSRF=7;FSRR=44;FWDB=-0.114054,-0.129897,0.00165872;FXX=0.0722804;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,3;MLLD=35.9386,9.80897,67.8868;QD=3.68356;RBI=0.118598,0.131879,0.0364423;REFB=-0.0383904,-0.161527,-0.0188963;REVB=-0.0325137,-0.0227809,-0.0364045;RO=38;SAF=0,3,0;SAR=3,18,3;SRF=6;SRR=32;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.398245,-0.0328641,-0.398245;STB=0.5,0.592385,0.994245;STBP=1,0.484,0.34;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.168283,0.0303303;OID=.,.,.;OPOS=156437170,156437166,156437170;OREF=A,A,AGA;OALT=C,-,GAC;OMAPALT=GAAAACGA,GAAAAGA,GAAAAGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.298701,0.038961:3,21,3:81:0,23,3:77:51:0,2,0:0,21,3:7:44:61:38:0,3,0:3,18,3:6:32 chr1 156446903 . T C 283.69 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.00757145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.472;QD=29.8623;RBI=0.00801278;REFB=-0.00200707;REVB=-0.00262254;RO=13;SAF=7;SAR=18;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359605;STB=0.698114;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000160225;OID=.;OPOS=156446903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:18:7:11:2:18:7:11:2 chr1 156450719 . G A 78.36 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0335602;FXX=0.039984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.202;QD=13.0595;RBI=0.0345904;REFB=-0.0319855;REVB=0.00837881;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212892;STB=0.624765;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.023673;OID=.;OPOS=156450719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:25:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:4:10:5:5:4:10 chr1 156450740 . G A 142.68 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0429504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.19;QD=22.8287;RBI=0.0445054;REFB=0.000478165;REVB=0.0116614;RO=10;SAF=4;SAR=11;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189223;STB=0.60721;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.000170748;OID=.;OPOS=156450740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:11:4:5:5:11:4:5:5 chr1 156526387 . C G 2033.95 PASS AF=0.992424;AO=130;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0125597;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1981;QD=61.635;RBI=0.0798928;REFB=0.0142707;REVB=-0.0788994;RO=1;SAF=77;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613268;STB=0.503184;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.000514266;OID=.;OPOS=156526387;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:1:1:130:131:0.992424:53:77:1:0:53:78:1:0 chr1 156526444 . T C 1005.5 PASS AF=0.985915;AO=64;DP=66;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.011968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.301;QD=56.6481;RBI=0.0380176;REFB=-0.0860897;REVB=0.0360847;RO=1;SAF=40;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011663;STB=0.505616;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000394481;OID=.;OPOS=156526444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:71:1:1:64:70:0.985915:24:40:1:0:26:44:1:0 chr1 156532977 . T C 582.24 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0130044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5607;QD=58.2237;RBI=0.0347495;REFB=0.0312821;REVB=-0.0322244;RO=1;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346908;STB=0.518509;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.00202729;OID=.;OPOS=156532977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:13:26:0:1:13:26:0:1 chr1 156536221 . G C 1159.95 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00785665;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.225;QD=59.4844;RBI=0.032735;REFB=-0.052573;REVB=-0.0317782;RO=1;SAF=40;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011684;STB=0.506023;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00010694;OID=.;OPOS=156536221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:76:77:0.987179:36:40:1:0:36:41:1:0 chr1 156536251 . T C 1421.21 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00418887;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.906;QD=63.1647;RBI=0.0176446;REFB=0;REVB=0.0171401;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.0936e-05;OID=.;OPOS=156536251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:46:43:0:0:47:43:0:0 chr1 156556321 . G A 450.23 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132493;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.3006;QD=58.0943;RBI=0.032472;REFB=0;REVB=-0.029646;RO=0;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129134;OID=.;OPOS=156556321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:8:23:0:0:8:23:0:0 chr1 156561651 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.685;QD=33.4276;RBI=0.110273;REFB=0;REVB=0.109602;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145706;OID=.;OPOS=156561651;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr1 156563375 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368214;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=258.964;QD=51.1844;RBI=0.0403665;REFB=0;REVB=0.016542;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100675;OID=.;OPOS=156563375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr1 156563726 . A C 2667.87 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0083845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2824;QD=62.0434;RBI=0.00858929;REFB=0;REVB=-0.00186439;RO=0;SAF=91;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.65264e-05;OID=.;OPOS=156563726;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:171:172:0:0:171:172:1:80:91:0:0:81:91:0:0 chr1 156563813 . G A 1779.96 PASS AF=1;AO=98;DP=119;FAO=118;FDP=118;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=63;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0796979;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.274;QD=60.3375;RBI=0.0812481;REFB=0;REVB=0.0157952;RO=0;SAF=46;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316409;OID=.;OPOS=156563813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:118:0:0:98:118:1:52:46:0:0:55:63:0:0 chr1 156563852 . C T 1492.45 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00294698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.948;QD=58.5274;RBI=0.0145232;REFB=0.0367983;REVB=0.0142211;RO=1;SAF=47;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998653;STB=0.505262;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.000143381;OID=.;OPOS=156563852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:100:101:0.990196:53:47:1:0:54:47:1:0 chr1 156564922 . C T 759.34 PASS AF=0.965517;AO=55;DP=59;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0175898;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.681;QD=52.3686;RBI=0.0185689;REFB=-0.0604103;REVB=0.00595;RO=3;SAF=23;SAR=32;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247465;STB=0.502512;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.00359918;OID=.;OPOS=156564922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:59:58:3:2:55:56:0.965517:32:23:2:1:32:24:1:1 chr1 156565049 . A AAC 418.45 PASS AF=1;AO=25;DP=35;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000753604;FXX=0.121175;HRUN=4;LEN=2;MLLD=252.674;QD=57.7177;RBI=0.00582184;REFB=0;REVB=0.00577286;RO=7;SAF=12;SAR=13;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207065;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.4649e-05;OID=.;OPOS=156565050;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:35:29:29:0:16:13:0:0:3:7:12:13:3:4 chr1 156595447 . G A 676.28 PASS AF=0.854839;AO=54;DP=63;FAO=53;FDP=62;FR=.;FRO=9;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0123493;FXX=0.0158705;HRUN=6;LEN=1;MLLD=216.839;QD=43.6312;RBI=0.0204556;REFB=-0.0464066;REVB=0.0163072;RO=9;SAF=38;SAR=16;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801184;STB=0.542203;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.000497964;OID=.;OPOS=156595447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:63:62:9:9:54:53:0.854839:16:38:4:5:16:37:4:5 chr1 156622252 . G A 128.73 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0386538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8753;QD=12.5585;RBI=0.0389057;REFB=-0.0215887;REVB=-0.0044198;RO=25;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065827;STB=0.518494;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0364998;OID=.;OPOS=156622252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:26:15:15:0.365854:10:5:7:18:10:5:8:18 chr1 156639753 . G A 390.56 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00347619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=293.395;QD=53.8698;RBI=0.0161018;REFB=0;REVB=0.015722;RO=1;SAF=15;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300185;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124542;OID=.;OPOS=156639753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:29:29:1:0:28:29:1:13:15:1:0:13:16:0:0 chr1 156640156 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037882;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.82;QD=42.1826;RBI=0.0456819;REFB=0;REVB=0.0255302;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276624;OID=.;OPOS=156640156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr1 156640678 . G A 914.96 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.5009;QD=56.3049;RBI=0.0442104;REFB=0;REVB=0.0153902;RO=1;SAF=3;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00835381;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000541784;OID=.;OPOS=156640678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:65:1:0:59:65:1:56:3:0:1:62:3:0:0 chr1 156705593 . G C 1587.52 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.532;QD=64.142;RBI=0.0652283;REFB=0;REVB=0.0159353;RO=0;SAF=40;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06474e-05;OID=.;OPOS=156705593;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:99:0:0:95:99:1:55:40:0:0:56:43:0:0 chr1 156713512 . C T 734.17 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0868802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7431;QD=61.1812;RBI=0.0871687;REFB=-0.030992;REVB=0.0070865;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.512815;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00174144;OID=.;OPOS=156713512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:0:1:46:47:0.979167:18:28:0:0:19:28:0:1 chr1 156737969 . C T 270.73 PASS AF=0.543478;AO=21;DP=42;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.102867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.156;QD=23.5414;RBI=0.164022;REFB=-0.0114758;REVB=0.127756;RO=21;SAF=5;SAR=16;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560203;STB=0.527755;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0187517;OID=.;OPOS=156737969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:46:21:21:21:25:0.543478:16:5:6:15:19:6:6:15 chr1 156752048 . C G 691.14 PASS AF=0.978261;AO=43;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00406366;FXX=0.041658;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.23;QD=60.0989;RBI=0.0619267;REFB=0.0126338;REVB=0.0617933;RO=1;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253725;STB=0.512815;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00433423;OID=.;OPOS=156752048;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:43:45:0.978261:18:25:0:1:19:26:0:1 chr1 156760887 . C A 258.26 PASS AF=0.320755;AO=34;DP=106;FAO=34;FDP=106;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=43;FWDB=-0.00378399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.703;QD=9.74572;RBI=0.0182177;REFB=-0.0149257;REVB=-0.0178204;RO=71;SAF=26;SAR=8;SRF=28;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435889;STB=0.750699;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0263988;OID=.;OPOS=156760887;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:71:72:34:34:0.320755:8:26:28:43:8:26:29:43 chr1 156784982 . T C 692.35 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0809077;FXX=0.0555453;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.604;QD=54.3019;RBI=0.083838;REFB=0.000973443;REVB=0.021972;RO=1;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136468;STB=0.507243;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00112154;OID=.;OPOS=156784982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:34:16:0:1:34:16:0:1 chr1 156785617 . G A 991.2 PASS AF=0.933333;AO=70;DP=75;FAO=70;FDP=75;FR=.;FRO=5;FSAF=50;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0749794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.78;QD=52.8639;RBI=0.077032;REFB=-0.0647066;REVB=0.0176641;RO=3;SAF=50;SAR=20;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657908;STB=0.540529;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00180087;OID=.;OPOS=156785617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:75:75:3:5:70:70:0.933333:20:50:0:3:20:50:1:4 chr1 156815440 . GTTTTC AGTTTC,GTTT,GTTTC 42.8 PASS AF=0,0,0.369565;AO=2,5,9;DP=47;FAO=0,0,17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=0,0,12;FSAR=0,0,5;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.10429,-0.0734716,-0.289057;FXX=0.0212721;HRUN=1,4,4;LEN=2,2,1;MLLD=19.7581,73.6552,12.0563;QD=3.72181;RBI=0.118484,0.0836564,0.289092;REFB=-0.0550797,0.00064629,-0.0992359;REVB=0.0562324,-0.040004,0.00445096;RO=23;SAF=2,4,5;SAR=0,1,4;SRF=7;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.352,0.352;SSSB=0.592955,0.535882,0.286424;STB=0.5,0.5,0.70564;STBP=1,1,0.039;TYPE=mnp,del,del;VARB=0,0,0.0641262;OID=.,.,.;OPOS=156815440,156815444,156815441;OREF=GT,TC,T;OALT=AG,-,-;OMAPALT=AGTTTC,GTTT,GTTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:44:47:46:23:29:2,5,9:0,0,17:0,0,0.369565:0,1,4:2,4,5:7:16:0,0,5:0,0,12:11:18 chr1 156846233 . G A 877.62 PASS AF=0.721154;AO=74;DP=103;FAO=75;FDP=104;FR=.;FRO=29;FSAF=49;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00563892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.704;QD=33.7547;RBI=0.0190333;REFB=-0.00712485;REVB=0.0181788;RO=29;SAF=49;SAR=25;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00408844;STB=0.500566;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00176284;OID=.;OPOS=156846233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:29:29:74:75:0.721154:25:49:19:10:26:49:19:10 chr1 156873727 . G A 837.92 PASS AF=0.612903;AO=76;DP=125;FAO=76;FDP=124;FR=.;FRO=48;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0176131;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.291;QD=27.0298;RBI=0.0760655;REFB=-0.0430926;REVB=0.0739982;RO=48;SAF=42;SAR=34;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525734;STB=0.52849;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0208097;OID=.;OPOS=156873727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:48:48:76:76:0.612903:34:42:30:18:34:42:30:18 chr1 156877457 . T C 723.79 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0302305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0896;QD=54.6256;RBI=0.0327573;REFB=-0.0254125;REVB=0.0126157;RO=1;SAF=18;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254452;STB=0.513508;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0047478;OID=.;OPOS=156877457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:34:18:1:0:34:18:1:0 chr1 156877797 . C A 210.36 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0420487;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1987;QD=18.2918;RBI=0.0421131;REFB=0.0062565;REVB=0.002328;RO=25;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111266;STB=0.506323;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.0117901;OID=.;OPOS=156877797;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:9:12:14:11:9:12:14:11 chr1 156878531 . T C 258.63 PASS AF=0.625;AO=22;DP=37;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00516847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6178;QD=25.8633;RBI=0.0909936;REFB=-0.00358607;REVB=-0.0908467;RO=13;SAF=16;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899249;STB=0.603823;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0172593;OID=.;OPOS=156878531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:40:13:15:22:25:0.625:6:16:8:5:6:19:8:7 chr1 156878737 . T C 227.22 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0311663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.192;QD=28.4027;RBI=0.0330482;REFB=-0.031954;REVB=-0.010993;RO=11;SAF=14;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140189;STB=0.577701;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0201553;OID=.;OPOS=156878737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:7:14:5:6:7:14:5:6 chr1 156879580 . C T 356.11 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=47;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00374741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.482;QD=30.307;RBI=0.00377113;REFB=-0.0181589;REVB=-0.000422309;RO=15;SAF=12;SAR=18;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427303;STB=0.517845;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00922391;OID=.;OPOS=156879580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:15:17:30:30:0.638298:18:12:5:10:18:12:6:11 chr1 156882996 . G C 302.31 PASS AF=0.642857;AO=26;DP=40;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00295764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2337;QD=28.7913;RBI=0.0374885;REFB=-0.0928799;REVB=-0.0373717;RO=14;SAF=14;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699087;STB=0.531891;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0303973;OID=.;OPOS=156882996;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:14:15:26:27:0.642857:12:14:6:8:12:15:7:8 chr1 156883215 . C A 592.63 PASS AF=0.555556;AO=52;DP=94;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0614305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8011;QD=23.9444;RBI=0.0732924;REFB=-0.0486818;REVB=0.0399759;RO=42;SAF=26;SAR=26;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514134;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0381875;OID=.;OPOS=156883215;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:99:42:44:52:55:0.555556:26:26:21:21:27:28:21:23 chr1 156883493 . G A 275.01 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00118594;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.084;QD=15.2783;RBI=0.016947;REFB=-0.015384;REVB=-0.0169055;RO=40;SAF=9;SAR=22;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200915;STB=0.622356;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0239475;OID=.;OPOS=156883493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:40:41:31:31:0.430556:22:9:19:21:22:9:20:21 chr1 156883546 . A G 233.4 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0181344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.456;QD=12.7893;RBI=0.0183113;REFB=-0.000101709;REVB=-0.00253905;RO=45;SAF=7;SAR=21;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347706;STB=0.700579;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00011968;OID=.;OPOS=156883546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:28:28:0.383562:21:7:25:20:21:7:25:20 chr1 156884584 . C T 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0353367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.745;QD=17.6171;RBI=0.0354801;REFB=-0.00820072;REVB=0.00318687;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193697;STB=0.608959;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00687079;OID=.;OPOS=156884584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:13:11:18:9:13:11:18:9 chr1 156890672 . T C 1118.66 PASS AF=0.484979;AO=111;DP=233;FAO=113;FDP=233;FR=.;FRO=120;FSAF=70;FSAR=43;FSRF=64;FSRR=56;FWDB=0.00326848;FXX=0.00851028;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1902;QD=19.2045;RBI=0.0393596;REFB=-0.00212187;REVB=-0.0392236;RO=119;SAF=68;SAR=43;SRF=63;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805927;STB=0.546005;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0011708;OID=.;OPOS=156890672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:119:120:111:113:0.484979:43:68:63:56:43:70:64:56 chr1 156902222 . G A 374.82 PASS AF=0.631579;AO=36;DP=57;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0180204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.248;QD=26.3033;RBI=0.0182199;REFB=-0.0235695;REVB=0.00268842;RO=21;SAF=17;SAR=19;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162204;STB=0.588529;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0100384;OID=.;OPOS=156902222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:21:36:36:0.631579:19:17:15:6:19:17:15:6 chr1 156902259 . G A 1054.0 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0484087;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5098;QD=58.5556;RBI=0.0586855;REFB=-0.140897;REVB=0.0331751;RO=1;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137051;STB=0.507244;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00231936;OID=.;OPOS=156902259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:34:37:0:1:34:37:0:1 chr1 156902281 . T G 426.8 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00675814;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.98;QD=22.7628;RBI=0.0102439;REFB=-0.0339593;REVB=0.00769841;RO=33;SAF=21;SAR=21;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606097;STB=0.533318;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0134219;OID=.;OPOS=156902281;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:33:33:42:42:0.56:21:21:19:14:21:21:19:14 chr1 156904644 . A G 590.66 PASS AF=0.602273;AO=53;DP=88;FAO=53;FDP=88;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0320641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.39;QD=26.8481;RBI=0.033594;REFB=0.0192497;REVB=0.0100227;RO=35;SAF=25;SAR=28;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116213;STB=0.563235;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.0132517;OID=.;OPOS=156904644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:35:35:53:53:0.602273:28:25:11:24:28:25:11:24 chr1 156904818 . G A 659.86 PASS AF=0.566372;AO=64;DP=113;FAO=64;FDP=113;FR=.;FRO=49;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=11;FWDB=0.0211207;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.993;QD=23.3577;RBI=0.0549617;REFB=0.00147414;REVB=0.0507415;RO=48;SAF=38;SAR=26;SRF=37;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149099;STB=0.584245;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.000428369;OID=.;OPOS=156904818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:48:49:64:64:0.566372:26:38:37:11:26:38:38:11 chr1 156907081 . T C 414.8 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000815424;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.245;QD=57.2135;RBI=0.0403372;REFB=0;REVB=0.040329;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.80219e-05;OID=.;OPOS=156907081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr1 156907115 . T C 81.83 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0443624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.0928;QD=9.35145;RBI=0.0724513;REFB=-0.0271486;REVB=-0.0572815;RO=23;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171006;STB=0.615182;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.059402;OID=.;OPOS=156907115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:34:35:23:24:11:11:0.314286:5:6:9:14:5:6:9:15 chr1 156909695 . G A 544.8 PASS AF=0.536842;AO=51;DP=95;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.00395048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.442;QD=22.9391;RBI=0.00557301;REFB=-0.0110737;REVB=0.00393092;RO=41;SAF=18;SAR=33;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267894;STB=0.64218;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0119138;OID=.;OPOS=156909695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:41:44:51:51:0.536842:33:18:28:13:33:18:29:15 chr1 156939067 . G A 543.33 PASS AF=0.581395;AO=50;DP=86;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.00343536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2256;QD=25.2713;RBI=0.0388604;REFB=-0.00834035;REVB=-0.0387082;RO=36;SAF=22;SAR=28;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617964;STB=0.533764;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00540974;OID=.;OPOS=156939067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:36:36:50:50:0.581395:28:22:13:23:28:22:13:23 chr1 156939769 . AAG A,AAA 42.07 PASS AF=0.152542,0;AO=10,4;DP=60;FAO=9,0;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=2,0;FSAR=7,0;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=-0.0658238,0.0359573;FXX=0;HRUN=6,4;LEN=2,1;MLLD=30.7829,26.1446;QD=2.85239;RBI=0.257496,0.0457252;REFB=-0.0326881,-0.0128508;REVB=-0.24894,0.0282466;RO=46;SAF=3,0;SAR=7,4;SRF=34;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.504991,-0.670585;STB=0.85414,0.5;STBP=0.036,1;TYPE=del,snp;VARB=0.124707,0;OID=.,.;OPOS=156939770,156939771;OREF=AG,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.152542,0:10,4:60:9,0:59:50:2,0:7,0:35:15:42:46:3,0:7,4:34:12 chr1 157069154 . A G 136.27 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0481727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8952;QD=8.51677;RBI=0.0567157;REFB=0.00713351;REVB=-0.0299343;RO=43;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593005;STB=0.547896;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.033896;OID=.;OPOS=157069154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:45:19:19:0.296875:11:8:16:27:11:8:16:29 chr1 157069261 . A C 100.73 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0236031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.564;QD=16.1165;RBI=0.0627007;REFB=-0.0532991;REVB=-0.0580885;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244233;STB=0.639785;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0305418;OID=.;OPOS=157069261;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:6:6:3:10:6:6:3:10 chr1 157095470 . A G 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.481;QD=57.5441;RBI=0.0475776;REFB=0;REVB=0.0460218;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186613;OID=.;OPOS=157095470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:38:20:0:0:38:20:0:0 chr1 157508882 . C T 456.23 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267142;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0821;QD=58.8686;RBI=0.0786003;REFB=0;REVB=0.0739213;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166522;OID=.;OPOS=157508882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr1 157509025 . C T 1139.39 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00369694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.781;QD=59.1891;RBI=0.0120702;REFB=-0.095878;REVB=0.0114901;RO=1;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114027;STB=0.506023;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-3.25234e-05;OID=.;OPOS=157509025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:41:35:0:1:41:35:0:1 chr1 157514091 . C T 742.62 PASS AF=0.717647;AO=60;DP=84;FAO=61;FDP=85;FR=.;FRO=24;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00988386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7097;QD=34.9466;RBI=0.0604961;REFB=0.00525292;REVB=-0.0596832;RO=23;SAF=38;SAR=22;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106554;STB=0.548281;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00226612;OID=.;OPOS=157514091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:23:24:60:61:0.717647:22:38:10:13:23:38:11:13 chr1 157514097 . A G 1368.5 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0296727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.421;QD=60.1538;RBI=0.0308373;REFB=-0.120296;REVB=-0.00839435;RO=1;SAF=48;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977167;STB=0.510202;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00226999;OID=.;OPOS=157514097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:91:91:1:2:89:89:0.978022:41:48:1:0:41:48:2:0 chr1 157517127 . C T 347.33 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0007348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.194;QD=19.5679;RBI=0.00721799;REFB=-0.0105764;REVB=0.00718049;RO=34;SAF=22;SAR=14;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00602288;STB=0.509086;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0107936;OID=.;OPOS=157517127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:34:35:36:36:0.507042:14:22:21:13:14:22:22:13 chr1 157557701 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.197;QD=45.8062;RBI=0.022781;REFB=0;REVB=-0.0154658;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000448424;OID=.;OPOS=157557701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr1 157567750 . GA G,GG 299.7 PASS AF=0.0434783,0.956522;AO=3,19;DP=22;FAO=1,22;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=1,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182056,-0.0362896;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=93.0534,111.947;QD=52.1221;RBI=0.125728,0.121265;REFB=0,0;REVB=0.124403,0.115707;RO=0;SAF=0,10;SAR=3,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.33753e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.038384,-0.00436499;OID=.,.;OPOS=157567751,157567751;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0434783,0.956522:3,19:22:1,22:23:0:0,10:1,12:0:0:7:0:0,10:3,9:0:0 chr1 157768000 . G C 692.87 PASS AF=0.662921;AO=58;DP=88;FAO=59;FDP=89;FR=.;FRO=30;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0271849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.761;QD=31.1403;RBI=0.0380324;REFB=-0.0316698;REVB=0.0265979;RO=30;SAF=36;SAR=22;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121149;STB=0.560945;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0164293;OID=.;OPOS=157768000;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:30:30:58:59:0.662921:22:36:13:17:23:36:13:17 chr1 157771880 . C T 126.72 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=-0.0274063;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.426;QD=9.2163;RBI=0.0274476;REFB=-0.0155226;REVB=-0.00150467;RO=39;SAF=4;SAR=13;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716777;STB=0.52598;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0288973;OID=.;OPOS=157771880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:39:38:17:17:0.309091:13:4:11:28:13:4:10:28 chr1 157802979 . C T 105.49 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0311949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.336;QD=8.11429;RBI=0.0435906;REFB=-0.0016659;REVB=0.030447;RO=38;SAF=10;SAR=4;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266902;STB=0.664496;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00423322;OID=.;OPOS=157802979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:38:38:14:14:0.269231:4:10:19:19:4:10:19:19 chr1 158066834 . A G 382.06 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4838;QD=54.5804;RBI=0.011552;REFB=0;REVB=0.00402695;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00959827;OID=.;OPOS=158066834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:19:8:0:0:20:8:0:0 chr1 158224904 . C T 179.92 PASS AF=0.389831;AO=22;DP=57;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=0.0129404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8148;QD=12.1977;RBI=0.0396206;REFB=-0.00501331;REVB=-0.0374478;RO=35;SAF=16;SAR=6;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211648;STB=0.508663;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0203912;OID=.;OPOS=158224904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:35:36:22:23:0.389831:6:16:26:9:6:17:27:9 chr1 158225019 . C G 329.78 PASS AF=0.4;AO=36;DP=85;FAO=38;FDP=95;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.0159895;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.7968;QD=13.8855;RBI=0.0200444;REFB=-0.00388124;REVB=0.0120877;RO=49;SAF=19;SAR=17;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00290207;STB=0.526747;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00515834;OID=.;OPOS=158225019;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:95:49:57:36:38:0.4:17:19:26:23:17:21:34:23 chr1 158301161 . C T 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0243053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.34;QD=18.4438;RBI=0.0246962;REFB=0.0186736;REVB=0.00437691;RO=9;SAF=7;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666662;STB=0.53839;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.012987;OID=.;OPOS=158301161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:4:7:5:4:4:7:5:4 chr1 158324425 . A G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.165;QD=57.1775;RBI=0.0395499;REFB=0;REVB=-0.00411399;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13123e-05;OID=.;OPOS=158324425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr1 158368315 . G A 81.51 PASS AF=0.555556;AO=9;DP=17;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0226171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3449;QD=18.1124;RBI=0.063615;REFB=0.00296896;REVB=0.0594587;RO=8;SAF=8;SAR=1;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349937;STB=0.605828;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.00161388;OID=.;OPOS=158368315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:18:8:8:9:10:0.555556:1:8:5:3:2:8:5:3 chr1 158368541 . A G 515.24 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.242;QD=57.2488;RBI=0.0508868;REFB=-0.042498;REVB=-0.0191137;RO=1;SAF=20;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022817;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245222;OID=.;OPOS=158368541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:36:36:1:0:35:36:1:15:20:1:0:15:21:0:0 chr1 158368846 . T C 681.24 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00994273;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.8049;QD=60.5549;RBI=0.0115812;REFB=-0.126895;REVB=-0.00593859;RO=1;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170841;STB=0.509087;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00262395;OID=.;OPOS=158368846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:45:1:1:44:44:0.977778:27:17:0:1:27:17:0:1 chr1 158368964 . C T 127.56 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0201261;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.905;QD=17.5942;RBI=0.0394682;REFB=-0.038991;REVB=-0.0339511;RO=15;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162948;STB=0.593772;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0460316;OID=.;OPOS=158368964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:15:15:14:14:0.482759:5:9:7:8:5:9:7:8 chr1 158368974 . A G 144.52 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0120733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6313;QD=18.6473;RBI=0.0420841;REFB=-0.0415206;REVB=0.040315;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283782;STB=0.516109;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0557469;OID=.;OPOS=158368974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:8:8:7:8:8:8:7:8 chr1 158369064 . A G 258.9 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00355058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.64;QD=24.084;RBI=0.018155;REFB=-0.00669564;REVB=-0.0178044;RO=19;SAF=7;SAR=17;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228767;STB=0.51275;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0152899;OID=.;OPOS=158369064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:17:7:6:13:17:7:6:13 chr1 158390252 . T G 1275.26 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.596;QD=61.4582;RBI=0.0182543;REFB=0;REVB=0.0144887;RO=0;SAF=29;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68481e-06;OID=.;OPOS=158390252;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:54:29:0:0:54:29:0:0 chr1 158390501 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.158;QD=49.5992;RBI=0.0407044;REFB=0;REVB=0.0320563;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014579;OID=.;OPOS=158390501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:14:3:0:0:15:3:0:0 chr1 158436299 . T C 616.91 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00887729;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.241;QD=61.6914;RBI=0.0578763;REFB=0;REVB=0.0571914;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94498e-05;OID=.;OPOS=158436299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr1 158450238 . G A 773.26 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00473361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.925;QD=63.1231;RBI=0.0156489;REFB=0;REVB=-0.0149158;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.71075e-05;OID=.;OPOS=158450238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr1 158450314 . A G 289.5 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.010169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0671;QD=46.3193;RBI=0.0675274;REFB=-0.00360843;REVB=-0.0667573;RO=2;SAF=11;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076973;STB=0.541631;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00295089;OID=.;OPOS=158450314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:12:11:2:0:12:11:2:0 chr1 158450382 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000517916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.406;QD=56.7066;RBI=0.0286074;REFB=0;REVB=0.0286027;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116998;OID=.;OPOS=158450382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr1 158533140 . A G 636.55 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.037027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4535;QD=59.2137;RBI=0.0698354;REFB=0.167807;REVB=-0.0592114;RO=1;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024064;STB=0.512814;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00643985;OID=.;OPOS=158533140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:19:23:0:1:19:23:0:1 chr1 158533224 . A G 394.47 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1391;QD=54.4094;RBI=0.0168197;REFB=0;REVB=-0.00960186;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103887;OID=.;OPOS=158533224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:17:11:0:0:18:11:0:0 chr1 158549264 . G A 793.42 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.557;QD=56.6729;RBI=0.0132546;REFB=0;REVB=0.0131917;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311943;OID=.;OPOS=158549264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:29:26:0:0:29:27:0:0 chr1 158549420 . C T 712.05 PASS AF=0.9;AO=54;DP=61;FAO=54;FDP=60;FR=.;FRO=6;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0228637;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6323;QD=47.47;RBI=0.0291977;REFB=-0.118461;REVB=-0.0181592;RO=1;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165343;STB=0.548369;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0143466;OID=.;OPOS=158549420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:61:60:1:6:54:54:0.9:28:26:0:1:28:26:0:6 chr1 158549492 . C T 657.77 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0184789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.074;QD=59.7968;RBI=0.0231048;REFB=0.0385328;REVB=0.0138695;RO=1;SAF=8;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132325;STB=0.507039;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-8.56184e-05;OID=.;OPOS=158549492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:35:8:0:1:35:8:0:1 chr1 158549511 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.975;QD=60.6103;RBI=0.0247748;REFB=0;REVB=-0.00049436;RO=0;SAF=4;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.74933e-05;OID=.;OPOS=158549511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:34:4:0:0:34:4:0:0 chr1 158576989 . G A 169.16 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0109509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.661;QD=12.0825;RBI=0.0197572;REFB=-0.026537;REVB=0.0164446;RO=35;SAF=13;SAR=8;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146005;STB=0.584693;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0385281;OID=.;OPOS=158576989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:8:13:17:18:8:13:17:18 chr1 158582646 . T C 1120.61 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118566;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.556;QD=60.5737;RBI=0.0122561;REFB=0;REVB=-0.00310397;RO=1;SAF=42;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111301;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34478e-05;OID=.;OPOS=158582646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:1:0:73:74:1:31:42:1:0:31:43:0:0 chr1 158584091 . A G 416.39 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.304;QD=55.5188;RBI=0.0432705;REFB=0;REVB=0.0180486;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274916;OID=.;OPOS=158584091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:17:12:0:0:18:12:0:0 chr1 158587390 . C T 837.33 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0218421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.738;QD=55.8221;RBI=0.0255533;REFB=-0.100056;REVB=-0.0132625;RO=1;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171544;STB=0.509088;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.000544426;OID=.;OPOS=158587390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:27:32:0:1:27:32:0:1 chr1 158587858 . G A 513.33 PASS AF=0.972973;AO=34;DP=35;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0220507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5109;QD=55.495;RBI=0.0452697;REFB=-0.089286;REVB=0.0395362;RO=1;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283217;STB=0.514278;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00747624;OID=.;OPOS=158587858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:35:37:1:1:34:36:0.972973:16:18:0:1:17:19:0:1 chr1 158592935 . G A 296.74 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00644909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.202;QD=49.4572;RBI=0.0402212;REFB=-0.154152;REVB=0.0397008;RO=1;SAF=5;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838249;STB=0.545413;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00209822;OID=.;OPOS=158592935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:23:23:0.958333:18:5:1:0:18:5:1:0 chr1 158597507 . G C 837.71 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.163;QD=56.7938;RBI=0.0120208;REFB=0;REVB=0.00125532;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105686;OID=.;OPOS=158597507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:59:0:0:55:59:1:37:18:0:0:38:21:0:0 chr1 158606449 . G T 919.65 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037763;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.582;QD=58.3904;RBI=0.0480599;REFB=0;REVB=-0.0297274;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60186e-05;OID=.;OPOS=158606449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:25:38:0:0:25:38:0:0 chr1 158612236 . A G 3133.12 PASS AF=0.990338;AO=205;DP=209;FAO=205;FDP=207;FR=.;FRO=2;FSAF=92;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0229725;FXX=0.00956892;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.37;QD=60.5435;RBI=0.0395613;REFB=-0.183513;REVB=0.0322081;RO=1;SAF=92;SAR=113;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00419693;STB=0.504386;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00141238;OID=.;OPOS=158612236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:209:207:1:2:205:205:0.990338:113:92:0:1:113:92:0:2 chr1 158619728 . A C 1243.15 PASS AF=0.94382;AO=58;DP=89;FAO=84;FDP=89;FR=.;FRO=5;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0284385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.406;QD=55.8718;RBI=0.0320785;REFB=-0.0234037;REVB=0.0148418;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503631;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00202881;OID=.;OPOS=158619728;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:89:89:0:5:58:84:0.94382:22:36:0:0:45:39:2:3 chr1 158647495 . A T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00685373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.461;QD=60.9778;RBI=0.00687683;REFB=0;REVB=0.000563161;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.04263e-05;OID=.;OPOS=158647495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr1 158647522 . A G 162.95 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0058421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5302;QD=13.036;RBI=0.00584699;REFB=-0.00528838;REVB=-0.000239134;RO=32;SAF=15;SAR=3;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337567;STB=0.701498;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00845034;OID=.;OPOS=158647522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:3:15:19:13:3:15:19:13 chr1 158655035 . CG C,CA 692.04 PASS AF=0.155556,0.844444;AO=8,37;DP=45;FAO=7,38;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=7,18;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0741572,0.0746064;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=94.6657,115.332;QD=61.5148;RBI=0.0741734,0.0790926;REFB=0,0;REVB=0.0015509,-0.026259;RO=0;SAF=8,17;SAR=0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.71161e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0243815,0.00532871;OID=.,.;OPOS=158655036,158655036;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.155556,0.844444:8,37:45:7,38:45:0:7,18:0,20:0:0:29:0:8,17:0,20:0:0 chr1 158656281 . T C 1000.34 PASS AF=0.971831;AO=68;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00969125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.67;QD=56.3572;RBI=0.0212543;REFB=-0.00362763;REVB=0.0189162;RO=1;SAF=46;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101658;STB=0.510635;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=2.0736e-05;OID=.;OPOS=158656281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:1:2:68:69:0.971831:22:46:1:0:23:46:2:0 chr1 158735595 . C T 267.85 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00273554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.701;QD=16.2333;RBI=0.0092746;REFB=-0.000490491;REVB=0.008862;RO=35;SAF=19;SAR=11;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275049;STB=0.647197;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.000834102;OID=.;OPOS=158735595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:36:30:30:0.454545:11:19:12:23:11:19:13:23 chr1 158735691 . T C 199.71 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00168034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2111;QD=13.5396;RBI=0.00168117;REFB=-0.00376031;REVB=-5.2956e-05;RO=35;SAF=12;SAR=12;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044417;STB=0.525403;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00648991;OID=.;OPOS=158735691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:12:12:16:19:12:12:16:19 chr1 158735740 . A G 244.04 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0155159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4734;QD=18.7725;RBI=0.076247;REFB=0.0146444;REVB=-0.0746516;RO=26;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685819;STB=0.538432;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.0184653;OID=.;OPOS=158735740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:14:12:14:12:14:12:14:12 chr1 158735892 . A G 182.97 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.000162063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.779;QD=17.426;RBI=0.0177374;REFB=-0.00337575;REVB=-0.0177367;RO=23;SAF=4;SAR=15;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342129;STB=0.697447;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00177048;OID=.;OPOS=158735892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:15:4:12:11:15:4:12:11 chr1 158736215 . G A 755.02 PASS AF=0.979592;AO=42;DP=44;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.123717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1131;QD=61.6341;RBI=0.123921;REFB=-0.00247532;REVB=-0.00709498;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.507243;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00132594;OID=.;OPOS=158736215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:49:0:1:42:48:0.979592:13:29:0:0:14:34:1:0 chr1 158813819 . A G 556.88 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00577662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.02;QD=60.2026;RBI=0.00756061;REFB=0;REVB=-0.00487785;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00929e-06;OID=.;OPOS=158813819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:16:20:0:0:17:20:0:0 chr1 158990247 . A G 187.77 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0149658;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.557;QD=14.1714;RBI=0.0193739;REFB=-0.0219577;REVB=0.0123034;RO=31;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363894;STB=0.520814;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0319657;OID=.;OPOS=158990247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:31:31:22:22:0.415094:12:10:13:18:12:10:13:18 chr1 159002377 . C A 218.04 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.017766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2305;QD=15.5742;RBI=0.0286755;REFB=-0.0247088;REVB=0.0225089;RO=31;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00378517;STB=0.502144;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0263267;OID=.;OPOS=159002377;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:13:12:15:16:13:12:15:16 chr1 159002389 . T A 216.04 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0180785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.877;QD=15.1605;RBI=0.0224869;REFB=-0.00944517;REVB=-0.0133728;RO=32;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111469;STB=0.506324;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0097955;OID=.;OPOS=159002389;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:13:12:15:17:13:12:15:17 chr1 159169641 . T C 432.34 PASS AF=0.888889;AO=32;DP=36;FAO=32;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0375738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.362;QD=48.038;RBI=0.0376616;REFB=-0.0483267;REVB=-0.00257079;RO=3;SAF=13;SAR=19;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120913;STB=0.518105;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0110265;OID=.;OPOS=159169641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:36:36:3:4:32:32:0.888889:19:13:1:2:19:13:1:3 chr1 159283494 . T C 210.53 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0160939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7197;QD=19.1392;RBI=0.0335819;REFB=-0.0382685;REVB=-0.0294742;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021567;STB=0.523787;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0336618;OID=.;OPOS=159283494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:23:21:21:0.477273:10:11:11:11:10:11:11:12 chr1 159283746 . T C 118.6 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0418871;FXX=0.062487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.602;QD=10.5422;RBI=0.0418935;REFB=-0.00622162;REVB=0.000732516;RO=33;SAF=3;SAR=11;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317026;STB=0.668936;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0135327;OID=.;OPOS=159283746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:45:33:31:14:14:0.311111:11:3:15:18:11:3:13:18 chr1 159409734 . G T 723.73 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0336;QD=56.7634;RBI=0.054921;REFB=0;REVB=-0.0497991;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000975522;OID=.;OPOS=159409734;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr1 159558258 . A G 708.66 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00313338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.233;QD=62.9921;RBI=0.00962287;REFB=0;REVB=0.00909844;RO=0;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27264e-05;OID=.;OPOS=159558258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:14:30:0:0:15:30:0:0 chr1 159802683 . G A 592.13 PASS AF=0.546296;AO=59;DP=108;FAO=59;FDP=108;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0182545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.639;QD=21.9307;RBI=0.0221395;REFB=-0.00752661;REVB=0.0125271;RO=49;SAF=22;SAR=37;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134072;STB=0.573618;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00811541;OID=.;OPOS=159802683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:49:49:59:59:0.546296:37:22:26:23:37:22:26:23 chr1 159824967 . G C 727.76 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00844986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.359;QD=63.2837;RBI=0.0525828;REFB=0;REVB=0.0518994;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243822;OID=.;OPOS=159824967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr1 159890121 . G A 271.87 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0125559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.545;QD=19.4195;RBI=0.014426;REFB=-0.0257607;REVB=-0.00710333;RO=27;SAF=21;SAR=8;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13222;STB=0.574047;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0213692;OID=.;OPOS=159890121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:8:21:16:11:8:21:16:11 chr1 159897559 . G T 660.07 PASS AF=0.566372;AO=64;DP=113;FAO=64;FDP=113;FR=.;FRO=49;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.00940179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.069;QD=23.3653;RBI=0.00945141;REFB=-0.0220232;REVB=0.000967241;RO=49;SAF=25;SAR=39;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480358;STB=0.526262;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0162803;OID=.;OPOS=159897559;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:49:49:64:64:0.566372:39:25:22:27:39:25:22:27 chr1 159912899 . C T 33.49 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0535198;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.017;QD=19.1365;RBI=0.0536043;REFB=-0.0155804;REVB=0.00300756;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491618;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00503939;OID=.;OPOS=159912899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:1:1:2:3:1:1 chr1 159923111 . T G 754.36 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00550353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.813;QD=56.9331;RBI=0.0178778;REFB=0;REVB=0.0170096;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125748;OID=.;OPOS=159923111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:35:18:0:0:35:18:0:0 chr1 160062472 . C T 45.65 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.0975654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2945;QD=8.69463;RBI=0.129336;REFB=0.00843927;REVB=0.0849039;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.428566;STB=0.760687;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.00430453;OID=.;OPOS=160062472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:13:14:7:7:0.333333:4:3:1:12:4:3:1:13 chr1 160062727 . A G 427.0 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0158632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.321;QD=21.8972;RBI=0.0372724;REFB=-0.0233244;REVB=-0.0337282;RO=36;SAF=21;SAR=21;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464776;STB=0.525629;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0235076;OID=.;OPOS=160062727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:21:21:20:16:21:21:20:16 chr1 160124875 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.162;QD=51.9157;RBI=0.0232628;REFB=0;REVB=-0.00261438;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180676;OID=.;OPOS=160124875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr1 160133955 . G A 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0111645;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.946;QD=18.6372;RBI=0.012378;REFB=-0.00412399;REVB=0.00534498;RO=16;SAF=11;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619456;STB=0.535353;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00339985;OID=.;OPOS=160133955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:5:11:10:6:5:11:10:6 chr1 160134205 . C T 336.78 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=0.000276116;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.906;QD=17.0524;RBI=0.015555;REFB=-0.0138594;REVB=-0.0155525;RO=43;SAF=16;SAR=20;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118886;STB=0.566438;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0183673;OID=.;OPOS=160134205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:43:43:36:36:0.455696:20:16:14:29:20:16:14:29 chr1 160141196 . C T 1365.93 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1929;QD=61.3903;RBI=0.069472;REFB=0;REVB=0.0364415;RO=0;SAF=20;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000617731;OID=.;OPOS=160141196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:89:0:0:82:89:1:62:20:0:0:66:23:0:0 chr1 160585554 . C G 556.87 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00927488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.773;QD=60.2024;RBI=0.0937496;REFB=0;REVB=0.0932897;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042135;OID=.;OPOS=160585554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:18:18:0:0:19:18:0:0 chr1 160650913 . A G 275.05 PASS AF=0.92;AO=22;DP=24;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00418711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9349;QD=44.0074;RBI=0.0512839;REFB=-0.0841392;REVB=0.0511127;RO=1;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542958;STB=0.509083;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00221719;OID=.;OPOS=160650913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:25:1:2:22:23:0.92:8:14:0:1:9:14:1:1 chr1 160793442 . A G 335.38 PASS AF=0.548387;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=62;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0196817;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2557;QD=21.6372;RBI=0.0375511;REFB=-0.0156152;REVB=-0.0319799;RO=26;SAF=13;SAR=21;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155037;STB=0.586654;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0112077;OID=.;OPOS=160793442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:28:34:34:0.548387:21:13:15:11:21:13:16:12 chr1 160793560 . A G 306.57 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0164591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.106;QD=27.2506;RBI=0.0175842;REFB=-0.0294174;REVB=0.00618895;RO=18;SAF=15;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405033;STB=0.522371;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.017642;OID=.;OPOS=160793560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:12:15:9:9:12:15:9:9 chr1 160793962 . G C 290.07 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00394864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.995;QD=16.5752;RBI=0.0188724;REFB=-0.00256459;REVB=0.0184547;RO=38;SAF=11;SAR=21;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157453;STB=0.588728;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00363387;OID=.;OPOS=160793962;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:21:11:19:19:21:11:19:19 chr1 160851826 . A T 491.27 PASS AF=0.490741;AO=50;DP=107;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0336662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9793;QD=18.1951;RBI=0.037449;REFB=-0.0608389;REVB=-0.0164015;RO=55;SAF=21;SAR=29;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331968;STB=0.500881;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0375208;OID=.;OPOS=160851826;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:55:55:50:53:0.490741:29:21:25:30:29:24:25:30 chr1 160851894 . G A 340.64 PASS AF=0.48;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=0.00598791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.669;QD=18.1674;RBI=0.00619507;REFB=-0.0224355;REVB=-0.00158866;RO=38;SAF=17;SAR=19;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17133;STB=0.600248;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0353479;OID=.;OPOS=160851894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:38:39:36:36:0.48:19:17:11:27:19:17:11:28 chr1 160920966 . C T 313.24 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.0203313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.861;QD=19.5772;RBI=0.0203313;REFB=-0.0181016;REVB=4.42766e-06;RO=31;SAF=10;SAR=23;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354101;STB=0.69685;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0114361;OID=.;OPOS=160920966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:31:33:33:0.515625:23:10:22:9:23:10:22:9 chr1 160971146 . A G 137.79 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.00128174;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.0978;QD=17.2239;RBI=0.0460272;REFB=-0.0179948;REVB=-0.0460093;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365643;STB=0.71403;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0188584;OID=.;OPOS=160971146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:17:17:14:15:0.46875:6:8:3:14:6:9:3:14 chr1 160990875 . TC CA 167.47 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0207793;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=106.279;QD=15.2243;RBI=0.0263384;REFB=-0.00385481;REVB=0.0161843;RO=25;SAF=5;SAR=13;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334268;STB=0.703378;STBP=0.044;TYPE=mnp;VARB=0.00576981;OID=.;OPOS=160990875;OREF=TC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:26:18:18:0.409091:13:5:15:10:13:5:16:10 chr1 160990878 . C T 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00358552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.86;QD=15.1962;RBI=0.0075757;REFB=-0.0129445;REVB=-0.00667347;RO=26;SAF=5;SAR=13;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351631;STB=0.703378;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0146101;OID=.;OPOS=160990878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:13:5:16:10:13:5:16:10 chr1 161009096 . G A 45.39 PASS AF=0.857143;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.271229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.414;QD=25.9343;RBI=0.272168;REFB=-0.00153183;REVB=0.0225875;RO=0;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.000591699;OID=.;OPOS=161009096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:7:0:1:5:6:0.857143:5:0:0:0:5:1:0:1 chr1 161068835 . CA C,CC 271.94 PASS AF=0.457627,0.0677966;AO=11,17;DP=54;FAO=27,4;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=14,3;FSAR=13,1;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0277925,0.0126313;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=88.8459,93.3197;QD=18.4363;RBI=0.0559764,0.0377258;REFB=-0.0515482,-0.0212884;REVB=-0.0485894,-0.0355484;RO=25;SAF=5,12;SAR=6,5;SRF=13;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0744983,0.205907;STB=0.52757,0.748754;STBP=0.689,0.416;TYPE=del,snp;VARB=0.0196306,0.058361;OID=.,.;OPOS=161068836,161068836;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.457627,0.0677966:11,17:54:27,4:59:28:14,3:13,1:13:15:99:25:5,12:6,5:13:12 chr1 161141432 . C G 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.057064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.114;QD=16.8997;RBI=0.0576866;REFB=0.0270603;REVB=0.00845254;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130908;STB=0.576311;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.011888;OID=.;OPOS=161141432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:7:3:4:5:7:3:4:5 chr1 161160460 . T A,TCA 42.86 PASS AF=0.133333,0.266667;AO=2,4;DP=21;FAO=2,4;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1,1;FSAR=1,3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0155116,0.00131844;FXX=0.166574;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=77.3452,101.882;QD=11.4289;RBI=0.0256295,0.0225174;REFB=-0.0624491,-0.0413288;REVB=-0.0204025,-0.0224788;RO=13;SAF=1,1;SAR=1,3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0390695,-0.252798;STB=0.545006,0.718863;STBP=0.903,0.324;TYPE=snp,ins;VARB=0.0658955,0.0794309;OID=.,.;OPOS=161160460,161160461;OREF=T,-;OALT=A,CA;OMAPALT=A,TCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:28:21:15:13:9:2,4:2,4:0.133333,0.266667:1,3:1,1:6:7:1,3:1,1:5:4 chr1 161163036 . CTGG C,CCGG,CGG 348.07 PASS AF=0,0,1;AO=3,17,3;DP=26;FAO=0,0,27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,19;FSAR=0,0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190108,-0.0110866,0.0219679;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=3,1,1;MLLD=105.393,127.391,137.239;QD=51.5662;RBI=0.271445,0.047191,0.0474248;REFB=0,0,0;REVB=-0.270779,-0.0458703,-0.04203;RO=0;SAF=0,15,3;SAR=3,2,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,4.95117e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=0,-0.0160882,0.000169762;OID=.,.,.;OPOS=161163037,161163037,161163037;OREF=TGG,T,T;OALT=-,C,-;OMAPALT=C,CCGG,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 3/3:0,0,1:3,17,3:26:0,0,27:27:0:0,0,19:0,0,8:0:0:4:0:0,15,3:3,2,0:0:0 chr1 161168004 . C T 187.35 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=5;FWDB=0.0322466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.283;QD=14.6945;RBI=0.0389913;REFB=-0.00773182;REVB=0.0219199;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=25;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366787;STB=0.706256;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0137173;OID=.;OPOS=161168004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:11:10:25:5:11:10:25:5 chr1 161183516 . C T 822.76 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.027114;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=317.358;QD=55.7805;RBI=0.0271462;REFB=-0.16164;REVB=-0.00132252;RO=1;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177973;STB=0.509431;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000271843;OID=.;OPOS=161183516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:59:1:1:58:58:0.983051:26:32:0:1:26:32:0:1 chr1 161202605 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.051;QD=51.9163;RBI=0.0492391;REFB=0;REVB=0.0479832;RO=0;SAF=17;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189207;OID=.;OPOS=161202605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:4:17:0:0:4:17:0:0 chr1 161390656 . G A 535.94 PASS AF=0.555556;AO=50;DP=90;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.02264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5534;QD=23.8196;RBI=0.0231365;REFB=-0.0153689;REVB=-0.00476755;RO=40;SAF=21;SAR=29;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185028;STB=0.60146;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0116178;OID=.;OPOS=161390656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:40:40:50:50:0.555556:29:21:26:14:29:21:26:14 chr1 161479745 . A G 473.13 PASS AF=0.444444;AO=51;DP=116;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.00530981;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.673;QD=16.1753;RBI=0.0116863;REFB=-0.0146471;REVB=0.0104104;RO=60;SAF=31;SAR=20;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154437;STB=0.600224;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0150124;OID=.;OPOS=161479745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:60:65:51:52:0.444444:20:31:27:33:21:31:27:38 chr1 161493715 . A C 251.9 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=37;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0254675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.633;QD=27.2328;RBI=0.0289928;REFB=-0.0107561;REVB=0.013856;RO=14;SAF=10;SAR=13;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15755;STB=0.586725;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00646869;OID=.;OPOS=161493715;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:14:23:23:0.621622:13:10:3:11:13:10:3:11 chr1 161495477 . A T 401.57 PASS AF=0.660714;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=56;FR=.;FRO=19;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0446747;FXX=0.0508388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1262;QD=28.6837;RBI=0.0527506;REFB=-0.019364;REVB=0.0280498;RO=18;SAF=22;SAR=15;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103178;STB=0.505492;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.017863;OID=.;OPOS=161495477;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:56:18:19:37:37:0.660714:15:22:11:7:15:22:11:8 chr1 161495571 . G T 49.98 PASS AF=0.380952;AO=7;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0783278;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.824;QD=9.52031;RBI=0.078544;REFB=-0.0330272;REVB=-0.00582391;RO=13;SAF=0;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.736829;STB=0.736129;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0311686;OID=.;OPOS=161495571;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:21:21:13:13:7:8:0.380952:7:0:5:8:7:1:5:8 chr1 161495885 . T C 206.82 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210657;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.981;QD=48.6637;RBI=0.0216092;REFB=0;REVB=0.00481637;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000335385;OID=.;OPOS=161495885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr1 161496530 . C G 208.81 PASS AF=0.321429;AO=26;DP=83;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.000571834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.277;QD=9.94312;RBI=0.00304619;REFB=-0.00395785;REVB=-0.00299204;RO=56;SAF=14;SAR=12;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106728;STB=0.542222;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00905706;OID=.;OPOS=161496530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:56:57:26:27:0.321429:12:14:25:31:13:14:26:31 chr1 161501904 . A T 359.36 PASS AF=0.423913;AO=36;DP=89;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.010092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.675;QD=15.6241;RBI=0.0258526;REFB=0.00259463;REVB=0.0238015;RO=53;SAF=18;SAR=18;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109105;STB=0.566948;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00390868;OID=.;OPOS=161501904;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:92:53:53:36:39:0.423913:18:18:32:21:20:19:32:21 chr1 161518336 . C T 57.27 PASS AF=0.0816327;AO=19;DP=248;FAO=20;FDP=245;FR=.;FRO=225;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=126;FSRR=99;FWDB=-0.00989361;FXX=0.0160636;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.532;QD=0.935032;RBI=0.0348627;REFB=-0.00188043;REVB=-0.0334294;RO=228;SAF=7;SAR=12;SRF=126;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206037;STB=0.68784;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0535235;OID=.;OPOS=161518336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:248:245:228:225:19:20:0.0816327:12:7:126:102:13:7:126:99 chr1 161561151 . G A 90.79 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00590022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8164;QD=8.07064;RBI=0.0156066;REFB=0.00657785;REVB=0.0144483;RO=33;SAF=3;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330077;STB=0.705524;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.0265913;OID=.;OPOS=161561151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:9:3:17:16:9:3:17:16 chr1 161565408 . T C 36.49 PASS AF=0.24;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.00433643;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6763;QD=5.83862;RBI=0.00452244;REFB=0.0172906;REVB=-0.00128371;RO=19;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.602509;STB=0.881274;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.0474539;OID=.;OPOS=161565408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:26:25:19:19:6:6:0.24:1:5:5:14:1:5:5:14 chr1 161565479 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130812;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.085;QD=53.2767;RBI=0.0204243;REFB=0;REVB=0.0156854;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166;OID=.;OPOS=161565479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr1 161565705 . A G 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00959537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9641;QD=21.8386;RBI=0.0926864;REFB=0.0301483;REVB=0.0921884;RO=2;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215133;STB=0.624607;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00333822;OID=.;OPOS=161565705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:3:3:0:2:3:3:0:2 chr1 161574654 . G A 389.92 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0106255;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=179.513;QD=16.4177;RBI=0.0113233;REFB=-0.00951836;REVB=0.00391376;RO=53;SAF=16;SAR=25;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455198;STB=0.521101;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00920053;OID=.;OPOS=161574654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:53:54:41:41:0.431579:25:16:23:30:25:16:23:31 chr1 161591548 . C T 87.46 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=23;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00151517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.892;QD=14.577;RBI=0.0173018;REFB=-0.00542039;REVB=0.0172353;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11072;STB=0.586311;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00325488;OID=.;OPOS=161591548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:23:24:13:13:10:11:0.458333:5:5:8:5:6:5:8:5 chr1 161599693 . T C 335.41 PASS AF=0.794118;AO=27;DP=33;FAO=27;FDP=34;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0332566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0004;QD=39.4605;RBI=0.0546646;REFB=-0.109615;REVB=0.0433845;RO=6;SAF=9;SAR=18;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17616;STB=0.612159;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0266839;OID=.;OPOS=161599693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:33:34:6:7:27:27:0.794118:18:9:5:1:18:9:6:1 chr1 161600995 . C T 79.15 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0013881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.254;QD=6.73595;RBI=0.00145962;REFB=-0.0239203;REVB=-0.000451298;RO=36;SAF=4;SAR=7;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199465;STB=0.626228;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0593814;OID=.;OPOS=161600995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:36:36:11:11:0.234043:7:4:19:17:7:4:19:17 chr1 161643269 . C T 100.73 PASS AF=0.48;AO=11;DP=23;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.00173007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.917;QD=16.1175;RBI=0.00569808;REFB=-0.0195892;REVB=0.00542908;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35749;STB=0.679738;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0131778;OID=.;OPOS=161643269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:23:25:12:13:11:12:0.48:6:5:1:11:6:6:2:11 chr1 161680258 . G A 1417.92 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220957;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3901;QD=63.0188;RBI=0.0321428;REFB=0;REVB=0.0233439;RO=0;SAF=67;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037432;OID=.;OPOS=161680258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:22:67:0:0:23:67:0:0 chr1 161683136 . G A 746.97 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.35;QD=63.5721;RBI=0.0612272;REFB=0;REVB=0.0414428;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212472;OID=.;OPOS=161683136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:31:16:0:0:31:16:0:0 chr1 161695639 . GC TC,TT 218.25 PASS AF=0.833333,0.166667;AO=15,3;DP=18;FAO=15,3;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10,3;FSAR=5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00719268,0.0163481;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=144.04,105.774;QD=48.4995;RBI=0.0116564,0.0253804;REFB=0,0;REVB=-0.00917264,-0.0194141;RO=0;SAF=10,3;SAR=5,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000923388,0.0104415;OID=.,.;OPOS=161695639,161695639;OREF=G,GC;OALT=T,TT;OMAPALT=TC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:18:18:0:0:15,3:15,3:0.833333,0.166667:5,0:10,3:0:0:5,0:10,3:0:0 chr1 161696088 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.998;QD=35.5759;RBI=0.027471;REFB=0;REVB=-0.0254692;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120164;OID=.;OPOS=161696088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr1 161696782 . G C 50.13 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0089;QD=33.4207;RBI=0.102254;REFB=0;REVB=0.0209868;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0113716;OID=.;OPOS=161696782;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr1 161721707 . C T 227.69 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00236987;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.658;QD=20.6994;RBI=0.0188939;REFB=-0.0451222;REVB=-0.0187447;RO=22;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421225;STB=0.523686;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0313956;OID=.;OPOS=161721707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:22:22:22:22:0.5:13:9:8:14:13:9:8:14 chr1 161751741 . A G 144.72 PASS AF=0.358491;AO=16;DP=52;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.0937266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.032;QD=10.9219;RBI=0.0938503;REFB=-0.0153345;REVB=0.00481709;RO=34;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209444;STB=0.665204;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.033273;OID=.;OPOS=161751741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:34:34:16:19:0.358491:9:7:9:25:9:10:9:25 chr1 161823011 . T A 289.62 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.883;QD=52.6578;RBI=0.0364859;REFB=0;REVB=0.0246012;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147094;OID=.;OPOS=161823011;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr1 161928327 . A G 1453.15 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.01;QD=63.1804;RBI=0.0329136;REFB=0;REVB=-0.0215735;RO=0;SAF=49;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56486e-06;OID=.;OPOS=161928327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:42:49:0:0:42:50:0:0 chr1 161953401 . C T 286.81 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00455442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5348;QD=24.4093;RBI=0.0324156;REFB=0.0101539;REVB=0.032094;RO=21;SAF=19;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264687;STB=0.647994;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00877371;OID=.;OPOS=161953401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:7:19:9:12:7:19:9:12 chr1 162313735 . C G,T 587.48 PASS AF=0.025641,0.974359;AO=2,37;DP=39;FAO=1,38;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=1,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0577035,0.00937974;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=68.7426,120.372;QD=60.2541;RBI=0.058887,0.0848629;REFB=0,0;REVB=-0.0117469,0.0843429;RO=0;SAF=0,13;SAR=2,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0690332,0.00104507;OID=.,.;OPOS=162313735,162313735;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:39:39:0:0:2,37:1,38:0.025641,0.974359:2,24:0,13:0:0:1,25:0,13:0:0 chr1 162335256 . C T 700.71 PASS AF=0.474359;AO=74;DP=158;FAO=74;FDP=156;FR=.;FRO=82;FSAF=21;FSAR=53;FSRF=22;FSRR=60;FWDB=-0.00431135;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7718;QD=17.9668;RBI=0.00456039;REFB=-0.0322096;REVB=0.00148642;RO=81;SAF=21;SAR=53;SRF=21;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289342;STB=0.5101;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.029335;OID=.;OPOS=162335256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:156:81:82:74:74:0.474359:53:21:21:60:53:21:22:60 chr1 162344069 . G A 352.88 PASS AF=0.426966;AO=37;DP=88;FAO=38;FDP=89;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0113009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.245;QD=15.8599;RBI=0.0161418;REFB=-0.0125295;REVB=-0.0115259;RO=50;SAF=19;SAR=18;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115447;STB=0.561766;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0207823;OID=.;OPOS=162344069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:50:51:37:38:0.426966:18:19:20:30:19:19:20:31 chr1 162345091 . G A 1548.86 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=108;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0385286;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.147;QD=57.9012;RBI=0.0870453;REFB=-0.0963087;REVB=0.0780541;RO=0;SAF=67;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00999e-08;STB=0.506172;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00212312;OID=.;OPOS=162345091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:107:0:1:106:106:0.990654:39:67:0:0:40:66:0:1 chr1 162354803 . G C 607.81 PASS AF=0.521368;AO=61;DP=118;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0268741;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.103;QD=20.7797;RBI=0.0484606;REFB=-0.0215317;REVB=-0.0403263;RO=56;SAF=23;SAR=38;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156315;STB=0.58609;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.023416;OID=.;OPOS=162354803;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:56:56:61:61:0.521368:38:23:31:25:38:23:31:25 chr1 162367103 . G T 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.00499927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.45;QD=12.3948;RBI=0.00605107;REFB=-0.00453345;REVB=-0.0034092;RO=24;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787639;STB=0.546155;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0066072;OID=.;OPOS=162367103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:9:5:7:17:9:5:7:17 chr1 162467014 . C G 1211.49 PASS AF=0.953488;AO=81;DP=85;FAO=82;FDP=86;FR=.;FRO=4;FSAF=55;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.026403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.996;QD=56.3482;RBI=0.030584;REFB=-0.023965;REVB=0.0154357;RO=4;SAF=54;SAR=27;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410782;STB=0.521816;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.000621521;OID=.;OPOS=162467014;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:85:86:4:4:81:82:0.953488:27:54:1:3:27:55:1:3 chr1 162493009 . C T 579.03 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00575123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.417;QD=59.3873;RBI=0.0318414;REFB=0;REVB=0.0313177;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000687191;OID=.;OPOS=162493009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:22:16:0:0:23:16:0:0 chr1 162737116 . C G 378.72 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=-0.0122192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4854;QD=21.9546;RBI=0.0260209;REFB=-0.0178935;REVB=-0.0229734;RO=31;SAF=9;SAR=29;SRF=6;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503186;STB=0.527673;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0144614;OID=.;OPOS=162737116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:29:9:6:25:29:9:6:25 chr1 162740327 . T C 1013.24 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-3.4797e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4493;QD=58.7386;RBI=0.0373347;REFB=0;REVB=0.0373347;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114688;OID=.;OPOS=162740327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:41:28:0:0:41:28:0:0 chr1 162765475 . G C 261.0 PASS AF=0.954545;AO=19;DP=20;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0807917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9904;QD=47.4543;RBI=0.0986769;REFB=-0.100288;REVB=0.0566554;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519981;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00438131;OID=.;OPOS=162765475;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:22:0:1:19:21:0.954545:7:12:0:0:9:12:1:0 chr1 164529120 . G A 263.0 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00926553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.888;QD=47.8179;RBI=0.0126704;REFB=-0.104541;REVB=0.00864235;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.555499;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.000478558;OID=.;OPOS=164529120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:0:1:21:21:0.954545:17:4:0:0:17:4:1:0 chr1 164608825 . G A 1124.18 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00613556;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.532;QD=60.7663;RBI=0.0199184;REFB=0;REVB=0.0189499;RO=0;SAF=24;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000602281;OID=.;OPOS=164608825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:50:24:0:0:50:24:0:0 chr1 165173216 . A G 963.79 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0096013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4739;QD=55.8719;RBI=0.0257535;REFB=-0.0585209;REVB=0.0238968;RO=2;SAF=34;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000408629;STB=0.500216;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00240077;OID=.;OPOS=165173216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:2:2:67:67:0.971014:33:34:1:1:33:34:1:1 chr1 165218792 . G A 255.67 PASS AF=0.521739;AO=23;DP=45;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0268593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5687;QD=22.2319;RBI=0.0679977;REFB=0.00774253;REVB=0.0624681;RO=22;SAF=10;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174487;STB=0.518503;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.00469179;OID=.;OPOS=165218792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:22:22:23:24:0.521739:13:10:10:12:14:10:10:12 chr1 165377552 . G A 318.14 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0293262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5747;QD=20.8617;RBI=0.0319418;REFB=0.0218407;REVB=0.0126591;RO=27;SAF=10;SAR=23;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287648;STB=0.509912;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.0249152;OID=.;OPOS=165377552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:27:28:33:33:0.540984:23:10:9:18:23:10:9:19 chr1 165398115 . T C 323.99 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0066258;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.151;QD=23.9994;RBI=0.0131752;REFB=-0.0126972;REVB=-0.0113879;RO=22;SAF=17;SAR=15;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044455;STB=0.52446;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00826089;OID=.;OPOS=165398115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:22:22:32:32:0.592593:15:17:13:9:15:17:13:9 chr1 165533005 . C A 120.4 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0224028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.203;QD=24.0805;RBI=0.0239785;REFB=-0.026603;REVB=0.00854898;RO=7;SAF=6;SAR=7;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203985;STB=0.614009;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.01728;OID=.;OPOS=165533005;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:7:6:1:6:7:6:1:6 chr1 165601466 . G A 993.89 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00309878;FXX=0.0147037;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.508;QD=59.3368;RBI=0.00805321;REFB=0;REVB=-0.00743316;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.34558e-06;OID=.;OPOS=165601466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr1 165624799 . G T 134.24 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=26;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00026443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1121;QD=19.1764;RBI=0.00852153;REFB=-0.0208662;REVB=0.00851742;RO=10;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531474;STB=0.56863;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0299346;OID=.;OPOS=165624799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:28:10:13:14:15:0.535714:6:8:5:5:7:8:5:8 chr1 165630698 . A G 563.45 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3412;QD=59.3101;RBI=0.0632099;REFB=0;REVB=0.0174827;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142699;OID=.;OPOS=165630698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:22:15:0:0:23:15:0:0 chr1 165652273 . A G 734.26 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3859;QD=62.4903;RBI=0.0415397;REFB=0;REVB=-0.0399952;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134024;OID=.;OPOS=165652273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:23:23:0:0:24:23:0:0 chr1 165737704 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0079087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.557;QD=53.2772;RBI=0.00940384;REFB=0;REVB=0.00508769;RO=0;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.16718e-06;OID=.;OPOS=165737704;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:6:17:0:0:6:17:0:0 chr1 166818566 . A G 251.08 PASS AF=0.509804;AO=25;DP=50;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00161175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.067;QD=19.6924;RBI=0.00262155;REFB=-0.0279586;REVB=-0.00206755;RO=24;SAF=19;SAR=6;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104383;STB=0.530702;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0259154;OID=.;OPOS=166818566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:24:25:25:26:0.509804:6:19:16:8:7:19:17:8 chr1 166822566 . A G 302.95 PASS AF=0.553571;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0665642;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.173;QD=21.6396;RBI=0.0665657;REFB=0.00183724;REVB=0.00045435;RO=25;SAF=12;SAR=19;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231575;STB=0.512812;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.000836713;OID=.;OPOS=166822566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:25:25:31:31:0.553571:19:12:9:16:19:12:9:16 chr1 166826655 . C T 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.00184623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.072;QD=14.6497;RBI=0.0430816;REFB=-0.00826572;REVB=0.043042;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346233;STB=0.696732;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0257305;OID=.;OPOS=166826655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:7:7:16:3:7:7:16:3 chr1 166826773 . C T 224.49 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0534564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.237;QD=17.6071;RBI=0.0561366;REFB=-0.00694647;REVB=-0.0171388;RO=27;SAF=16;SAR=8;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384253;STB=0.521721;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.00882716;OID=.;OPOS=166826773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:8:16:17:10:8:16:17:10 chr1 166958601 . T C 512.97 PASS AF=0.490909;AO=54;DP=110;FAO=54;FDP=110;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.00936544;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5098;QD=18.6533;RBI=0.0186162;REFB=-0.0144099;REVB=0.0160889;RO=56;SAF=32;SAR=22;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036841;STB=0.520408;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0118647;OID=.;OPOS=166958601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:56:56:54:54:0.490909:22:32:31:25:22:32:31:25 chr1 166958710 . T G 487.86 PASS AF=0.481481;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.0329101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.48;QD=18.0688;RBI=0.0359582;REFB=-0.031373;REVB=-0.0144885;RO=55;SAF=24;SAR=28;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104222;STB=0.510725;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0306446;OID=.;OPOS=166958710;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:56:52:52:0.481481:28:24:26:29:28:24:27:29 chr1 167095163 . G C 1250.53 PASS AF=0.965517;AO=82;DP=85;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00674549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.4408;QD=57.4958;RBI=0.0534127;REFB=-0.1259;REVB=0.0529851;RO=3;SAF=34;SAR=48;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00559847;STB=0.502558;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00160997;OID=.;OPOS=167095163;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:87:3:3:82:84:0.965517:48:34:1:2:50:34:1:2 chr1 167095765 . G A 617.57 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00726182;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.923;QD=61.7569;RBI=0.0173745;REFB=0;REVB=0.0157841;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000548917;OID=.;OPOS=167095765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr1 167095881 . G A 916.89 PASS AF=0.970588;AO=64;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.071385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.451;QD=53.9345;RBI=0.0990704;REFB=-0.213889;REVB=0.0686959;RO=3;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341134;STB=0.504321;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00193086;OID=.;OPOS=167095881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:68:68:3:2:64:66:0.970588:40:24:0:3:42:24:1:1 chr1 167097739 . C A 101.88 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0017391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.62;QD=40.7516;RBI=0.0120318;REFB=0;REVB=0.0119055;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166916;OID=.;OPOS=167097739;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr1 167408565 . G T 236.29 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0205756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.825;QD=17.5028;RBI=0.0233855;REFB=-0.0200669;REVB=0.0111144;RO=28;SAF=21;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311273;STB=0.677267;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.021324;OID=.;OPOS=167408565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:5:21:15:13:5:21:15:13 chr1 167510996 . G A 538.54 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00733068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.478;QD=59.8375;RBI=0.0938497;REFB=0;REVB=0.0935629;RO=0;SAF=25;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000713693;OID=.;OPOS=167510996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:10:25:0:0:10:26:0:0 chr1 167817639 . A G 691.58 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128718;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.705;QD=62.8707;RBI=0.0138315;REFB=0;REVB=-0.00506225;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.88378e-05;OID=.;OPOS=167817639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:31:13:0:0:31:13:0:0 chr1 167825485 . T C 617.78 PASS AF=0.584158;AO=58;DP=98;FAO=59;FDP=101;FR=.;FRO=42;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.00516521;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.692;QD=24.4664;RBI=0.0152321;REFB=-0.018898;REVB=0.0143296;RO=38;SAF=32;SAR=26;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949747;STB=0.534762;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0109703;OID=.;OPOS=167825485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:38:42:58:59:0.584158:26:32:16:22:26:33:20:22 chr1 167849414 . A G 283.59 PASS AF=0.462687;AO=30;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0129466;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.796;QD=16.9304;RBI=0.0157623;REFB=-0.0263044;REVB=-0.00899085;RO=36;SAF=14;SAR=16;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761794;STB=0.534225;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.019943;OID=.;OPOS=167849414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:30:31:0.462687:16:14:14:22:17:14:14:22 chr1 167906239 . A C 1084.64 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0112539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.559;QD=57.8473;RBI=0.0294475;REFB=0.0565539;REVB=0.0272122;RO=1;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133231;STB=0.50704;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.000565655;OID=.;OPOS=167906239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:73:74:0.986667:35:38:0:1:35:39:0:1 chr1 168511284 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.512;QD=46.848;RBI=0.0554977;REFB=0;REVB=-0.0182198;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364602;OID=.;OPOS=168511284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr1 168513129 . C T 1315.68 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.474;QD=61.9142;RBI=0.0606406;REFB=0;REVB=0.0595169;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.50834e-05;OID=.;OPOS=168513129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:85:0:0:79:85:1:36:43:0:0:40:45:0:0 chr1 168545949 . G A 285.25 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.000759213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.692;QD=15.4187;RBI=0.00766935;REFB=-0.0157457;REVB=0.00763168;RO=42;SAF=7;SAR=25;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386546;STB=0.720113;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0152005;OID=.;OPOS=168545949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:25:7:24:18:25:7:24:18 chr1 169101935 . C T 155.7 PASS AF=0.318182;AO=20;DP=65;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.0187007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1563;QD=9.43646;RBI=0.0278669;REFB=-0.0220214;REVB=-0.0206604;RO=43;SAF=7;SAR=13;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620166;STB=0.517225;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0376465;OID=.;OPOS=169101935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:43:45:20:21:0.318182:13:7:13:30:14:7:14:31 chr1 169272451 . A T 1039.37 PASS AF=0.935897;AO=73;DP=78;FAO=73;FDP=78;FR=.;FRO=5;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0469425;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=92.9593;QD=53.3012;RBI=0.0479861;REFB=-0.0790845;REVB=0.00995315;RO=4;SAF=41;SAR=32;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439393;STB=0.51557;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00115347;OID=.;OPOS=169272451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:78:78:4:5:73:73:0.935897:32:41:4:0:32:41:4:1 chr1 169272453 . G A 1170.17 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6632;QD=60.7883;RBI=0.0222347;REFB=0;REVB=0.0062284;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.82091e-05;OID=.;OPOS=169272453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:33:42:0:0:33:44:0:0 chr1 169345868 . A G 775.37 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.042134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0087;QD=53.4741;RBI=0.0467105;REFB=0.0104416;REVB=-0.0201641;RO=2;SAF=26;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348923;STB=0.518512;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.00203122;OID=.;OPOS=169345868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:30:26:2:0:30:26:2:0 chr1 169366516 . G A 2366.01 PASS AF=0.993289;AO=107;DP=150;FAO=148;FDP=149;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=68;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0484784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.806;QD=63.517;RBI=0.0597272;REFB=-0.0378031;REVB=0.0348882;RO=1;SAF=46;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00771784;STB=0.503105;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000589039;OID=.;OPOS=169366516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:150:149:1:1:107:148:0.993289:61:46:0:1:80:68:0:1 chr1 169391135 . G A 335.66 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00269974;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.893;QD=15.7957;RBI=0.0222711;REFB=-0.00282696;REVB=-0.0221068;RO=45;SAF=27;SAR=9;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222114;STB=0.620618;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00241215;OID=.;OPOS=169391135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:49:36:36:0.423529:9:27:25:20:9:27:28:21 chr1 169391154 . A G 1525.74 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123682;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.255;QD=59.8331;RBI=0.01262;REFB=0;REVB=0.00250825;RO=0;SAF=69;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.59797e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.35098e-06;OID=.;OPOS=169391154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:33:69:0:0:33:69:0:0 chr1 169435027 . C T 693.92 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5467;QD=61.6814;RBI=0.0272389;REFB=0;REVB=0.0190582;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380995;OID=.;OPOS=169435027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:25:19:0:0:26:19:0:0 chr1 169510139 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00954681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.781;QD=57.2026;RBI=0.0391572;REFB=0;REVB=0.0379756;RO=0;SAF=27;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115332;OID=.;OPOS=169510139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:3:27:0:0:3:27:0:0 chr1 169510386 . TGGGGA TGGG,TGGGA 101.95 PASS AF=0.6,0;AO=8,4;DP=25;FAO=15,0;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=1,0;FSAR=14,0;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0467197,0.0447037;FXX=0.0384468;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=26.9947,15.6149;QD=16.3112;RBI=0.164873,0.11787;REFB=-0.0905067,-0.0664791;REVB=0.158115,0.109064;RO=12;SAF=0,0;SAR=8,4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.786876,-0.707566;STB=0.844227,0.5;STBP=0.002,1;TYPE=del,del;VARB=0.0927147,0;OID=.,.;OPOS=169510390,169510387;OREF=GA,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGG,TGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6,0:8,4:25:15,0:25:10:1,0:14,0:6:4:61:12:0,0:8,4:7:5 chr1 169512296 . T C 140.63 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0408982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0568;QD=13.0822;RBI=0.068325;REFB=0.007561;REVB=0.0547324;RO=26;SAF=4;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25178;STB=0.639812;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.0114082;OID=.;OPOS=169512296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:27:16:16:0.372093:12:4:12:14:12:4:12:15 chr1 169519049 . T C 857.63 PASS AF=0.939394;AO=62;DP=66;FAO=62;FDP=66;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00614111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.791;QD=51.9777;RBI=0.023321;REFB=-0.0343778;REVB=0.022498;RO=2;SAF=32;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000952072;STB=0.514197;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00148241;OID=.;OPOS=169519049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:66:66:2:4:62:62:0.939394:30:32:1:1:30:32:3:1 chr1 169519112 . C T 1568.54 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00479515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.788;QD=64.0221;RBI=0.0117336;REFB=0;REVB=0.0107091;RO=0;SAF=50;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36835e-06;OID=.;OPOS=169519112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:98:0:0:96:98:1:46:50:0:0:46:52:0:0 chr1 169529826 . C A 1943.94 PASS AF=0.984848;AO=109;DP=132;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0108233;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.534;QD=58.9074;RBI=0.0113304;REFB=-0.124773;REVB=0.00335178;RO=0;SAF=60;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.56602e-08;STB=0.508473;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000435561;OID=.;OPOS=169529826;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:132:132:0:2:109:130:0.984848:49:60:0:0:58:72:0:2 chr1 169529973 . C T 1486.56 PASS AF=0.990291;AO=100;DP=106;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0101588;FXX=0.0373797;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.421;QD=57.7303;RBI=0.0201701;REFB=0.0493426;REVB=0.017425;RO=1;SAF=39;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120078;STB=0.506023;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-9.5858e-05;OID=.;OPOS=169529973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:106:103:1:1:100:102:0.990291:61:39:1:0:61:41:1:0 chr1 169555466 . C T 122.16 PASS AF=0.309091;AO=16;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=-0.00298306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.641;QD=8.88451;RBI=0.0343191;REFB=0.0061571;REVB=-0.0341892;RO=37;SAF=11;SAR=5;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987713;STB=0.570653;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.0116243;OID=.;OPOS=169555466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:38:16:17:0.309091:5:11:28:9:6:11:28:10 chr1 169562904 . C T 596.95 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034659;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.05;QD=61.2258;RBI=0.0347259;REFB=0;REVB=-0.00215391;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41342e-05;OID=.;OPOS=169562904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:38:39:1:19:19:0:0:20:19:0:0 chr1 169566313 . C T 1637.54 PASS AF=0.990991;AO=108;DP=109;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0202818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.113;QD=59.0104;RBI=0.0231264;REFB=-0.065267;REVB=0.0111121;RO=1;SAF=48;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978608;STB=0.50495;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000115581;OID=.;OPOS=169566313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:111:1:1:108:110:0.990991:60:48:1:0:60:50:1:0 chr1 169580885 . C T 286.84 PASS AF=0.6;AO=24;DP=44;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00830952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.548;QD=25.4965;RBI=0.0384198;REFB=-0.0203554;REVB=0.0375104;RO=17;SAF=6;SAR=18;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194403;STB=0.61241;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0144184;OID=.;OPOS=169580885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:17:18:24:27:0.6:18:6:8:9:21:6:8:10 chr1 169599293 . GA G 59.46 PASS AF=0.487179;AO=16;DP=41;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.111853;FXX=0.0487686;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.4642;QD=6.09831;RBI=0.293774;REFB=-0.0997735;REVB=0.271647;RO=17;SAF=14;SAR=2;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.475184;STB=0.677214;STBP=0.048;TYPE=del;VARB=0.142643;OID=.;OPOS=169599294;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.487179:16:41:19:39:20:15:4:10:10:55:17:14:2:8:9 chr1 169702705 . G A 70.71 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0197883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8436;QD=7.25224;RBI=0.025049;REFB=-0.0123137;REVB=-0.0153581;RO=29;SAF=4;SAR=6;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17891;STB=0.612022;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0384702;OID=.;OPOS=169702705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:6:4:16:13:6:4:16:13 chr1 169762807 . T G 80.26 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0158456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.492;QD=16.897;RBI=0.0400428;REFB=-0.00561771;REVB=-0.0367742;RO=9;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252049;STB=0.648318;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00341479;OID=.;OPOS=169762807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:2:8:5:4:2:8:5:4 chr1 169768033 . T C 255.88 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00262964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6275;QD=51.1754;RBI=0.114037;REFB=0;REVB=0.114006;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181648;OID=.;OPOS=169768033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr1 169768080 . C A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00507021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.937;QD=52.6132;RBI=0.0077399;REFB=0;REVB=0.005848;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.63928e-05;OID=.;OPOS=169768080;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr1 169821135 . C T 72.67 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0404053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.324;QD=8.80894;RBI=0.040582;REFB=-0.00275985;REVB=0.00378288;RO=23;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165793;STB=0.602435;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0133693;OID=.;OPOS=169821135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:7:3:10:13:7:3:10:13 chr1 169823718 . T C 1079.81 PASS AF=0.9375;AO=75;DP=80;FAO=75;FDP=80;FR=.;FRO=5;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00452569;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=104.43;QD=53.9905;RBI=0.0162661;REFB=-0.086957;REVB=0.0156238;RO=4;SAF=35;SAR=40;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208508;STB=0.516774;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00137312;OID=.;OPOS=169823718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:80:80:4:5:75:75:0.9375:40:35:1:3:40:35:1:4 chr1 169927228 . T TG 685.33 PASS AF=1;AO=54;DP=62;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.7611;QD=45.6889;RBI=0.216351;REFB=0;REVB=0.190515;RO=7;SAF=44;SAR=10;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125523;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00647299;OID=.;OPOS=169927229;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:62:60:60:0:45:15:0:0:12:7:44:10:3:4 chr1 170135669 . C T 306.14 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.000491442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.012;QD=15.3071;RBI=0.00854919;REFB=-0.0208329;REVB=0.00853505;RO=46;SAF=16;SAR=18;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117969;STB=0.566579;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0399973;OID=.;OPOS=170135669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:18:16:27:19:18:16:27:19 chr1 170135760 . T C 724.76 PASS AF=0.534351;AO=70;DP=130;FAO=70;FDP=131;FR=.;FRO=61;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.00907691;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.328;QD=22.13;RBI=0.0258695;REFB=-0.0121722;REVB=0.0242248;RO=59;SAF=42;SAR=28;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350924;STB=0.528294;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00842149;OID=.;OPOS=170135760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:59:61:70:70:0.534351:28:42:33:26:28:42:33:28 chr1 170135765 . T C 660.34 PASS AF=0.503817;AO=66;DP=131;FAO=66;FDP=131;FR=.;FRO=65;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0252594;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9656;QD=20.1631;RBI=0.0471599;REFB=0.0158289;REVB=-0.0398249;RO=63;SAF=39;SAR=27;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607585;STB=0.534362;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.0161044;OID=.;OPOS=170135765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:63:65:66:66:0.503817:27:39:33:30:27:39:34:31 chr1 170501385 . A C 287.76 PASS AF=1;AO=18;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0638857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.433;QD=52.3202;RBI=0.0893267;REFB=0;REVB=0.0624329;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000965258;OID=.;OPOS=170501385;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:18:22:1:11:7:0:0:14:8:0:0 chr1 170521376 . G A 319.6 PASS AF=0.607843;AO=28;DP=47;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0228113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.849;QD=25.0665;RBI=0.0392199;REFB=-0.056691;REVB=0.0319037;RO=19;SAF=17;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175445;STB=0.603491;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0391133;OID=.;OPOS=170521376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:51:19:20:28:31:0.607843:11:17:7:12:12:19:7:13 chr1 170705685 . CTATATATATA CA,C 403.81 PASS AF=0,0.649123;AO=7,28;DP=51;FAO=0,37;FDP=57;FR=.;FRO=20;FSAF=0,12;FSAR=0,25;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.0257578,0.0439009;FXX=0.208304;HRUN=1,1;LEN=9,10;MLLD=212.739,258.715;QD=28.3378;RBI=0.0467445,0.066201;REFB=-0.0345057,-0.0398719;REVB=0.0390075,0.0495508;RO=0;SAF=0,16;SAR=7,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.667848;STBP=1,0.001;TYPE=del,del;VARB=0,0.00922799;OID=.,.;OPOS=170705686,170705686;OREF=TATATATAT,TATATATATA;OALT=-,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.649123:7,28:51:0,37:57:20:0,12:0,25:16:4:99:0:0,16:7,12:0:0 chr1 170916646 . G T 107.42 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0176598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.575;QD=7.81258;RBI=0.0220503;REFB=0.0018543;REVB=0.0132041;RO=38;SAF=9;SAR=6;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179757;STB=0.608551;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.0067184;OID=.;OPOS=170916646;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:38:40:15:15:0.272727:6:9:17:21:6:9:18:22 chr1 170928671 . T C 345.97 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0257108;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1744;QD=16.8764;RBI=0.0296546;REFB=-0.0277489;REVB=-0.0147765;RO=45;SAF=16;SAR=21;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101858;STB=0.505713;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0368909;OID=.;OPOS=170928671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:21:16:19:26:21:16:19:26 chr1 171080080 . G A 648.52 PASS AF=0.606383;AO=57;DP=94;FAO=57;FDP=94;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0076255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.643;QD=27.5967;RBI=0.00805197;REFB=-0.0212502;REVB=0.00258573;RO=37;SAF=25;SAR=32;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152766;STB=0.508318;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0159503;OID=.;OPOS=171080080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:37:37:57:57:0.606383:32:25:17:20:32:25:17:20 chr1 171112490 . C T 98.2 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00957283;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.639;QD=12.6707;RBI=0.0257965;REFB=0.0068595;REVB=-0.0239545;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136949;STB=0.580514;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.00942983;OID=.;OPOS=171112490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:32:31:19:19:12:12:0.387097:6:6:7:12:6:6:7:12 chr1 171154959 . A G 644.97 PASS AF=0.528926;AO=64;DP=121;FAO=64;FDP=121;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.0220728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.841;QD=21.3215;RBI=0.0291065;REFB=-0.0215277;REVB=-0.0189731;RO=57;SAF=23;SAR=41;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245574;STB=0.513494;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0181928;OID=.;OPOS=171154959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:57:57:64:64:0.528926:41:23:22:35:41:23:22:35 chr1 171168584 . CA TG 249.73 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.000931587;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=347.468;QD=18.4984;RBI=0.011689;REFB=0.00297941;REVB=-0.0116518;RO=27;SAF=12;SAR=15;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131749;STB=0.573716;STBP=0.3;TYPE=mnp;VARB=-0.00276793;OID=.;OPOS=171168584;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:15:12:16:11:15:12:16:11 chr1 171461787 . G A 313.92 PASS AF=0.96;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0307723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.877;QD=50.2269;RBI=0.0308663;REFB=-0.177046;REVB=-0.00240758;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516116;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00297359;OID=.;OPOS=171461787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:25:0:1:24:24:0.96:9:15:0:0:9:15:1:0 chr1 171509327 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0711842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.827;QD=43.4852;RBI=0.0953332;REFB=0;REVB=-0.0634131;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00256947;OID=.;OPOS=171509327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr1 171511039 . C G 417.91 PASS AF=0.885714;AO=31;DP=36;FAO=31;FDP=35;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0223679;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3797;QD=47.7607;RBI=0.0288994;REFB=0.0146441;REVB=-0.018299;RO=5;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149597;STB=0.566623;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.0158117;OID=.;OPOS=171511039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:36:35:5:4:31:31:0.885714:13:18:0:5:13:18:0:4 chr1 171514731 . C A,G 352.9 PASS AF=0.115385,0.884615;AO=3,23;DP=27;FAO=3,23;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=3,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0755411,0.0193078;FXX=0.0370233;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=37.8398,215.84;QD=54.292;RBI=0.0796552,0.0262209;REFB=0,0;REVB=0.0252684,0.017741;RO=0;SAF=0,14;SAR=3,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.84921e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.017255,-0.00102156;OID=.,.;OPOS=171514731,171514731;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:27:26:0:0:3,23:3,23:0.115385,0.884615:3,9:0,14:0:0:3,9:0,14:0:0 chr1 171526570 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0023711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.648;QD=48.7373;RBI=0.00895626;REFB=0;REVB=0.00863669;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.31427e-05;OID=.;OPOS=171526570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr1 171556165 . G C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.691;QD=57.2026;RBI=0.0325669;REFB=0;REVB=-0.00196285;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011013;OID=.;OPOS=171556165;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr1 171558516 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.612;QD=57.2026;RBI=0.0452856;REFB=0;REVB=0.0413414;RO=0;SAF=22;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175602;OID=.;OPOS=171558516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:8:22:0:0:8:22:0:0 chr1 171621525 . C T 190.58 PASS AF=0.558824;AO=18;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0127602;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.766;QD=22.4214;RBI=0.01407;REFB=-0.0271462;REVB=0.00592812;RO=16;SAF=5;SAR=13;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255949;STB=0.602537;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0283688;OID=.;OPOS=171621525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:15:18:19:0.558824:13:5:9:7:13:6:8:7 chr1 171751236 . T C 840.46 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1233;QD=56.9804;RBI=0.0576853;REFB=0;REVB=0.0181896;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00055103;OID=.;OPOS=171751236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:31:27:0:0:31:28:0:0 chr1 171753039 . A G 661.59 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.58;QD=61.5435;RBI=0.0419504;REFB=0;REVB=0.0398079;RO=0;SAF=34;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67012e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000802688;OID=.;OPOS=171753039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:8:34:0:0:8:35:0:0 chr1 171755170 . G A 351.47 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.984;QD=52.0702;RBI=0.0622149;REFB=-0.0835605;REVB=0.0593017;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00358802;OID=.;OPOS=171755170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:25:27:0:0:24:27:1:14:10:0:0:15:12:0:0 chr1 171810960 . A G 545.23 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0668305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.972;QD=57.3923;RBI=0.0671282;REFB=-0.00610848;REVB=-0.00631543;RO=1;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164365;STB=0.508767;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.000477505;OID=.;OPOS=171810960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:28:9:0:1:28:9:0:1 chr1 172157585 . C A 209.97 PASS AF=0.466667;AO=20;DP=44;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00843338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.231;QD=18.6641;RBI=0.0215576;REFB=-0.0355917;REVB=0.0198396;RO=22;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0939744;STB=0.560452;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0385025;OID=.;OPOS=172157585;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:22:24:20:21:0.466667:12:8:11:11:12:9:13:11 chr1 172356437 . A G 692.39 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6112;QD=61.546;RBI=0.0321851;REFB=0;REVB=-0.0130569;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000664316;OID=.;OPOS=172356437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr1 172381076 . T C 79.42 PASS AF=0.206349;AO=13;DP=63;FAO=13;FDP=63;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0216392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.381;QD=5.04226;RBI=0.078909;REFB=-0.00490212;REVB=0.075884;RO=50;SAF=8;SAR=5;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199764;STB=0.512801;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0237704;OID=.;OPOS=172381076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:63:63:50:50:13:13:0.206349:5:8:30:20:5:8:30:20 chr1 172410967 . G A 662.26 PASS AF=0.9;AO=45;DP=50;FAO=45;FDP=50;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.068165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5386;QD=52.9804;RBI=0.0720821;REFB=-0.0129321;REVB=-0.0234383;RO=5;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918465;STB=0.548998;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00199721;OID=.;OPOS=172410967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:50:50:5:5:45:45:0.9:23:22:0:5:23:22:0:5 chr1 172412995 . T C 447.09 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0876095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.618;QD=54.1932;RBI=0.0961188;REFB=0.00965882;REVB=-0.0395397;RO=1;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282674;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00648742;OID=.;OPOS=172412995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:31:32:0.969697:16:15:0:1:17:15:0:1 chr1 172434812 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0064428;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.138;QD=57.6807;RBI=0.0132754;REFB=0;REVB=0.0116072;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03385e-05;OID=.;OPOS=172434812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr1 172437592 . G A 1518.83 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.124;QD=61.9933;RBI=0.0352971;REFB=0;REVB=0.00217384;RO=0;SAF=52;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118863;OID=.;OPOS=172437592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:98:0:0:91:98:1:39:52:0:0:44:54:0:0 chr1 172502479 . T C 583.9 PASS AF=0.430556;AO=62;DP=144;FAO=62;FDP=144;FR=.;FRO=82;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=-0.0357457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9277;QD=16.2193;RBI=0.0717411;REFB=0.0246395;REVB=-0.0622016;RO=80;SAF=23;SAR=39;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959868;STB=0.547737;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.039684;OID=.;OPOS=172502479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:80:82:62:62:0.430556:39:23:37:43:39:23:37:45 chr1 172628368 . TCCCCA TCCCAC 34.68 PASS AF=0.130435;AO=4;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0242867;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=47.5266;QD=3.01522;RBI=0.0329066;REFB=-0.030163;REVB=0.0222036;RO=27;SAF=4;SAR=0;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.624832;STB=0.790619;STBP=0.215;TYPE=mnp;VARB=0.20968;OID=.;OPOS=172628372;OREF=CA;OALT=AC;OMAPALT=TCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.130435:4:46:6:46:38:5:1:20:18:24:27:4:0:13:14 chr1 173457017 . C T 1238.34 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0018701;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.068;QD=61.9169;RBI=0.0196442;REFB=0;REVB=0.019555;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000357387;OID=.;OPOS=173457017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:38:42:0:0:38:42:0:0 chr1 173474429 . T C 185.57 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0244166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1562;QD=13.7457;RBI=0.0305806;REFB=0.00710182;REVB=-0.018412;RO=31;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934718;STB=0.560445;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.0122213;OID=.;OPOS=173474429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:31:32:22:22:0.407407:13:9:10:21:13:9:10:22 chr1 173516871 . G C 312.09 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0190815;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.966;QD=24.9669;RBI=0.0209726;REFB=-0.0131703;REVB=0.00870312;RO=20;SAF=18;SAR=12;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381517;STB=0.520995;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00693945;OID=.;OPOS=173516871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:12:18:13:7:12:18:13:7 chr1 173516903 . A G 362.26 PASS AF=0.653846;AO=34;DP=52;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00293796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.387;QD=27.8661;RBI=0.0216641;REFB=-0.0357842;REVB=-0.021464;RO=18;SAF=21;SAR=13;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331764;STB=0.518105;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0260607;OID=.;OPOS=173516903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:18:18:34:34:0.653846:13:21:12:6:13:21:12:6 chr1 173878832 . TT CC,CT 751.54 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=2,46;DP=48;FAO=2,46;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=1,29;FSAR=1,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0336712,-0.00498318;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=166.498,53.4868;QD=62.628;RBI=0.0382236,0.0612552;REFB=0,0;REVB=-0.0180913,-0.0610522;RO=0;SAF=1,29;SAR=1,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00636405,-0.00422418;OID=.,.;OPOS=173878832,173878832;OREF=TT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:48:48:0:0:2,46:2,46:0.0416667,0.958333:1,17:1,29:0:0:1,17:1,29:0:0 chr1 173878862 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.386;QD=63.8715;RBI=0.0318236;REFB=0;REVB=0.0245583;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.38214e-05;OID=.;OPOS=173878862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr1 173903737 . G A 156.06 PASS AF=0.35;AO=20;DP=59;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0108384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3007;QD=10.404;RBI=0.015721;REFB=0.00185563;REVB=-0.0113877;RO=39;SAF=6;SAR=14;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223114;STB=0.640885;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.00100806;OID=.;OPOS=173903737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:39:39:20:21:0.35:14:6:19:20:15:6:19:20 chr1 173934153 . T C 402.67 PASS AF=0.6;AO=39;DP=64;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0264171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0768;QD=24.7796;RBI=0.0278497;REFB=-0.0132556;REVB=-0.0088172;RO=25;SAF=12;SAR=27;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105529;STB=0.568385;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0113123;OID=.;OPOS=173934153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:25:26:39:39:0.6:27:12:11:14:27:12:12:14 chr1 173934163 . A C 153.43 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.0239661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4942;QD=9.89849;RBI=0.06625;REFB=-0.010052;REVB=-0.0617631;RO=40;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278824;STB=0.650854;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0265691;OID=.;OPOS=173934163;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:41:21:21:0.33871:10:11:11:29:10:11:12:29 chr1 174959108 . G A 225.21 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00277818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.368;QD=15.2683;RBI=0.00718298;REFB=-0.0170364;REVB=0.00662396;RO=32;SAF=15;SAR=11;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105935;STB=0.568575;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0290663;OID=.;OPOS=174959108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:32:33:26:26:0.440678:11:15:15:17:11:15:15:18 chr1 175046789 . A G 181.66 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00724906;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8437;QD=16.1474;RBI=0.0231386;REFB=-0.0097763;REVB=0.0219738;RO=25;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137654;STB=0.589649;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00226121;OID=.;OPOS=175046789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:25:26:19:19:0.422222:11:8:14:11:11:8:15:11 chr1 175049379 . G A 251.54 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.027742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0001;QD=14.7967;RBI=0.0289782;REFB=-0.0222283;REVB=0.00837371;RO=37;SAF=21;SAR=8;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439498;STB=0.735575;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0560108;OID=.;OPOS=175049379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:39:29:29:0.426471:8:21:10:27:8:21:12:27 chr1 175054548 . C T 250.1 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.019415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.6957;QD=19.6154;RBI=0.0236918;REFB=-0.0202025;REVB=0.0135779;RO=24;SAF=9;SAR=17;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122157;STB=0.514275;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0165383;OID=.;OPOS=175054548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:24:25:26:26:0.509804:17:9:8:16:17:9:8:17 chr1 175087884 . CA TG 1512.44 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206272;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=152.529;QD=59.8985;RBI=0.0275008;REFB=0;REVB=0.0181883;RO=0;SAF=36;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=7.51397e-05;OID=.;OPOS=175087884;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:64:36:0:0:65:36:0:0 chr1 175092674 . C T 560.93 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271556;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.058;QD=60.6405;RBI=0.0440728;REFB=0;REVB=0.0347128;RO=0;SAF=27;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.20809e-05;OID=.;OPOS=175092674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:10:27:0:0:10:27:0:0 chr1 175092707 . C T 232.21 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0131036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.068;QD=23.8163;RBI=0.0406354;REFB=-0.00976452;REVB=0.0384647;RO=17;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161305;STB=0.589665;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0116991;OID=.;OPOS=175092707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:11:11:12:5:11:11:12:5 chr1 175113578 . T C 1558.4 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203111;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.833;QD=59.9385;RBI=0.0245604;REFB=0;REVB=0.0138084;RO=0;SAF=51;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161003;OID=.;OPOS=175113578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:104:0:0:104:104:1:53:51:0:0:53:51:0:0 chr1 175129946 . C T 653.94 PASS AF=0.678571;AO=13;DP=71;FAO=57;FDP=84;FR=.;FRO=27;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0662756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.893;QD=31.14;RBI=0.080704;REFB=-0.058323;REVB=0.046051;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.532543;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0332727;OID=.;OPOS=175129946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:84:0:27:13:57:0.678571:10:3:0:0:28:29:11:16 chr1 175292548 . C T 80.56 PASS AF=0.154639;AO=15;DP=99;FAO=15;FDP=97;FR=.;FRO=82;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=-0.0395531;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4216;QD=3.32196;RBI=0.0398481;REFB=-0.00786251;REVB=-0.00483957;RO=82;SAF=7;SAR=8;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011253;STB=0.507576;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0256875;OID=.;OPOS=175292548;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:99:97:82:82:15:15:0.154639:8:7:39:43:8:7:39:43 chr1 175299301 . T C 82.63 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0519583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8162;QD=9.18078;RBI=0.0545095;REFB=0.0116761;REVB=-0.0164808;RO=25;SAF=2;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423874;STB=0.762192;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.0430433;OID=.;OPOS=175299301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:9:2:13:12:9:2:13:12 chr1 175324651 . A G 318.03 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=84;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00791167;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.187;QD=15.3267;RBI=0.0125871;REFB=-0.0122479;REVB=-0.00978987;RO=48;SAF=25;SAR=10;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128662;STB=0.573079;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0171513;OID=.;OPOS=175324651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:48:48:35:35:0.421687:10:25:29:19:10:25:29:19 chr1 175348723 . C T 1459.56 PASS AF=0.959596;AO=95;DP=99;FAO=95;FDP=99;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0211363;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.3114;QD=58.9721;RBI=0.0376215;REFB=0.0077885;REVB=-0.0311229;RO=2;SAF=43;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00186795;STB=0.512093;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.00112695;OID=.;OPOS=175348723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:99:99:2:4:95:95:0.959596:52:43:1:1:52:43:3:1 chr1 175355391 . A G 1209.05 PASS AF=0.987654;AO=78;DP=79;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0254722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5919;QD=59.7062;RBI=0.0280971;REFB=0.0112315;REVB=0.011858;RO=1;SAF=37;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126212;STB=0.506492;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.000398297;OID=.;OPOS=175355391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:81:1:1:78:80:0.987654:41:37:1:0:42:38:1:0 chr1 175375469 . C A 528.51 PASS AF=0.526316;AO=50;DP=95;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=35;FSAR=15;FSRF=39;FSRR=6;FWDB=-0.0060936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.165;QD=22.253;RBI=0.00857058;REFB=-0.00193399;REVB=-0.00602685;RO=45;SAF=35;SAR=15;SRF=39;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186307;STB=0.60159;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00211149;OID=.;OPOS=175375469;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:45:45:50:50:0.526316:15:35:39:6:15:35:39:6 chr1 175375683 . T C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.431;QD=57.7119;RBI=0.0174432;REFB=0;REVB=0.0118671;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33856e-05;OID=.;OPOS=175375683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr1 175375802 . T C 834.4 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00511568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.123;QD=57.5446;RBI=0.0378488;REFB=0;REVB=0.0375015;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.03749e-05;OID=.;OPOS=175375802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:20:36:0:0:21:37:0:0 chr1 176103053 . TACAC TAC,TACAG 693.31 PASS AF=0.959184,0.0408163;AO=47,2;DP=51;FAO=47,2;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24,2;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00271993,0.0175425;FXX=0.039208;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=246.241,97.3305;QD=56.5971;RBI=0.0121488,0.0253766;REFB=0,0;REVB=-0.0118405,-0.0183366;RO=0;SAF=24,2;SAR=23,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000332035,7.00125e-05;OID=.,.;OPOS=176103054,176103057;OREF=AC,C;OALT=-,G;OMAPALT=TAC,TACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.959184,0.0408163:47,2:51:47,2:49:0:24,2:23,0:0:0:8:0:24,2:23,0:0:0 chr1 176118219 . G A 79.57 PASS AF=0.5;AO=9;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0312202;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.486;QD=15.9135;RBI=0.0313696;REFB=-0.0111962;REVB=0.00305725;RO=10;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.50325;STB=0.739926;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0204709;OID=.;OPOS=176118219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:20:20:10:10:9:10:0.5:7:2:8:2:7:3:8:2 chr1 176563860 . C T 254.95 PASS AF=0.55814;AO=23;DP=42;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0150227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2333;QD=23.7166;RBI=0.0787603;REFB=-0.0352756;REVB=0.0773143;RO=18;SAF=9;SAR=14;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25697;STB=0.657015;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0307778;OID=.;OPOS=176563860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:18:19:23:24:0.55814:14:9:13:5:15:9:14:5 chr1 176863836 . G C 354.22 PASS AF=0.931034;AO=26;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0683481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2158;QD=48.8576;RBI=0.0714442;REFB=-0.167885;REVB=0.0208042;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.535688;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0106006;OID=.;OPOS=176863836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:29:29:0:2:26:27:0.931034:13:13:0:0:13:14:0:2 chr1 176863867 . T C 471.52 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0123746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7304;QD=55.4727;RBI=0.0781018;REFB=-0.061728;REVB=0.0771152;RO=1;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239571;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00286092;OID=.;OPOS=176863867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:19:14:0:1:19:14:0:1 chr1 176903324 . G A 386.83 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00271387;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9702;QD=23.444;RBI=0.00298602;REFB=-0.0176171;REVB=0.00124549;RO=28;SAF=18;SAR=20;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00727231;STB=0.503998;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00883324;OID=.;OPOS=176903324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:38:38:0.575758:20:18:13:15:20:18:13:15 chr1 177908852 . C T 837.07 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00295776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.789;QD=55.8043;RBI=0.00769451;REFB=-0.0516333;REVB=0.00710331;RO=1;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165531;STB=0.508769;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00106874;OID=.;OPOS=177908852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:28:31:0:1:28:31:0:1 chr1 177915474 . A C 535.84 PASS AF=0.948718;AO=35;DP=38;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0187366;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=98.5056;QD=54.958;RBI=0.0196181;REFB=-0.217848;REVB=0.00581434;RO=1;SAF=25;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444824;STB=0.512309;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00233852;OID=.;OPOS=177915474;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:38:39:1:2:35:37:0.948718:10:25:0:1:11:26:1:1 chr1 177929554 . C T 502.05 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.098;QD=59.0648;RBI=0.0301197;REFB=0;REVB=-0.0234087;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.31067e-05;OID=.;OPOS=177929554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:32:34:1:16:16:0:0:16:18:0:0 chr1 177929987 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.684;QD=58.0608;RBI=0.0262531;REFB=0;REVB=0.00961731;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163171;OID=.;OPOS=177929987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr1 177935050 . T A 218.04 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0103706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.463;QD=15.5746;RBI=0.0158285;REFB=-0.00388834;REVB=0.011958;RO=30;SAF=8;SAR=17;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214684;STB=0.631393;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00469827;OID=.;OPOS=177935050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:31:25:25:0.446429:17:8:16:14:17:8:17:14 chr1 178483231 . G A 359.36 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-6.72849e-05;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.141;QD=19.6908;RBI=0.0377894;REFB=-0.00967014;REVB=0.0377893;RO=36;SAF=8;SAR=29;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108286;STB=0.560494;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00802961;OID=.;OPOS=178483231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:36:36:37:37:0.506849:29:8:11:25:29:8:11:25 chr1 178489978 . T G 359.8 PASS AF=0.528571;AO=36;DP=69;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0062055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.334;QD=20.56;RBI=0.0146296;REFB=-0.0161444;REVB=-0.0132483;RO=32;SAF=22;SAR=14;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700368;STB=0.523797;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0184339;OID=.;OPOS=178489978;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:32:33:36:37:0.528571:14:22:17:15:15:22:18:15 chr1 178492447 . T A 115.37 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0213419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.695;QD=8.24047;RBI=0.0213419;REFB=-0.0186818;REVB=-6.89323e-07;RO=40;SAF=6;SAR=10;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121072;STB=0.573301;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0434042;OID=.;OPOS=178492447;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:40:40:16:16:0.285714:10:6:19:21:10:6:19:21 chr1 178514165 . C T 76.42 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0205221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.395;QD=25.4718;RBI=0.0223732;REFB=-0.120642;REVB=0.00891083;RO=3;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496942;STB=0.528239;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0304883;OID=.;OPOS=178514165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:5:4:1:2:5:4:1:2 chr1 178514622 . C T 320.73 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00738682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.0264;QD=21.3821;RBI=0.0179758;REFB=-0.00556767;REVB=-0.0163879;RO=27;SAF=17;SAR=16;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00274028;STB=0.501516;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00396445;OID=.;OPOS=178514622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:16:17:14:13:16:17:14:13 chr1 178514655 . T C 335.85 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00565836;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.672;QD=19.4695;RBI=0.00567246;REFB=0.00693179;REVB=-0.000399693;RO=32;SAF=18;SAR=17;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391721;STB=0.507038;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.00897827;OID=.;OPOS=178514655;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:32:34:35:35:0.507246:17:18:15:17:17:18:17:17 chr1 178820159 . C A 269.42 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0154028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2402;QD=18.907;RBI=0.0352174;REFB=-0.0234955;REVB=-0.0316705;RO=27;SAF=21;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166239;STB=0.586529;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0101956;OID=.;OPOS=178820159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:28:29:29:0.508772:8:21:15:12:8:21:16:12 chr1 178858759 . G A 381.62 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0412516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8528;QD=19.57;RBI=0.0446198;REFB=0.00446528;REVB=0.017007;RO=36;SAF=20;SAR=19;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370966;STB=0.512831;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.00356569;OID=.;OPOS=178858759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:39:39:39:0.5:19:20:20:16:19:20:21:18 chr1 179065125 . C T 71.98 PASS AF=0.384615;AO=9;DP=25;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=-0.0326843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.6539;QD=11.0738;RBI=0.0457779;REFB=-0.033516;REVB=0.0320523;RO=15;SAF=6;SAR=3;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373462;STB=0.736505;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0612326;OID=.;OPOS=179065125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:25:26:15:16:9:10:0.384615:3:6:14:1:4:6:15:1 chr1 179068851 . A G 88.67 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0236013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.9301;QD=14.7786;RBI=0.0238033;REFB=0.00800519;REVB=-0.00309466;RO=13;SAF=10;SAR=1;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.633793;STB=0.87642;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0284108;OID=.;OPOS=179068851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:1:10:4:9:1:10:4:9 chr1 179072728 . T C 447.58 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00541387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.434;QD=21.0624;RBI=0.0118868;REFB=-0.00291106;REVB=0.0105824;RO=41;SAF=14;SAR=30;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221518;STB=0.622838;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00305985;OID=.;OPOS=179072728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:41:44:44:0.517647:30:14:23:18:30:14:23:18 chr1 179310262 . C T 278.63 PASS AF=0.462687;AO=30;DP=66;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.00162923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8268;QD=16.6348;RBI=0.0225231;REFB=0.0152986;REVB=-0.0224641;RO=35;SAF=18;SAR=12;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24293;STB=0.647634;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.0148116;OID=.;OPOS=179310262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:35:36:30:31:0.462687:12:18:12:23:12:19:12:24 chr1 179312752 . C T 786.8 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0194009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.233;QD=55.2141;RBI=0.0235944;REFB=-0.0715434;REVB=0.0134276;RO=1;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136677;STB=0.507244;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000257348;OID=.;OPOS=179312752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:34:22:0:1:34:22:0:1 chr1 179319541 . C G,T 813.6 PASS AF=0.901639,0.0819672;AO=54,5;DP=61;FAO=55,5;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=20,0;FSAR=35,5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0455827,0.00660862;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=92.9227,98.787;QD=53.3507;RBI=0.050949,0.0105855;REFB=-0.0145963,-0.021298;REVB=0.0227599,-0.00826917;RO=1;SAF=19,0;SAR=35,5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0132766,0;STB=0.50704,0.5;STBP=0.521,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000415072,0.0701757;OID=.,.;OPOS=179319541,179319541;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:61:61:1:1:54,5:55,5:0.901639,0.0819672:35,5:19,0:0:1:35,5:20,0:0:1 chr1 179320578 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.285;QD=57.8849;RBI=0.0561709;REFB=0;REVB=0.0405789;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286003;OID=.;OPOS=179320578;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:35:25:0:0:35:25:0:0 chr1 179347832 . T C 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0268503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.026;QD=55.5195;RBI=0.0343678;REFB=0.00433746;REVB=-0.0214523;RO=1;SAF=20;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227903;STB=0.512188;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.000285285;OID=.;OPOS=179347832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:13:20:1:0:13:20:1:0 chr1 179452275 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1085;QD=57.8844;RBI=0.0222188;REFB=0;REVB=-0.00706346;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.78365e-05;OID=.;OPOS=179452275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:25:35:0:0:25:35:0:0 chr1 179462056 . T G 174.09 PASS AF=0.44186;AO=18;DP=42;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.034677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.552;QD=16.1943;RBI=0.0363391;REFB=-0.0112316;REVB=0.0108646;RO=23;SAF=3;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340341;STB=0.697745;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0218291;OID=.;OPOS=179462056;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:23:24:18:19:0.44186:15:3:10:13:16:3:10:14 chr1 179520151 . C T 994.24 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00142372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.725;QD=57.6372;RBI=0.00946116;REFB=-0.0999832;REVB=0.00935343;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000571034;OID=.;OPOS=179520151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:0:1:68:68:0.985507:37:31:0:0:37:31:0:1 chr1 179604864 . C T 1302.03 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.707;QD=62.0015;RBI=0.0316443;REFB=0;REVB=0.0284176;RO=0;SAF=44;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.58498e-05;OID=.;OPOS=179604864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:40:44:0:0:40:44:0:0 chr1 179609589 . G T 1041.38 PASS AF=0.972973;AO=69;DP=73;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0180612;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.206;QD=56.2911;RBI=0.020412;REFB=0.0526794;REVB=0.00951023;RO=2;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219783;STB=0.511361;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.000249692;OID=.;OPOS=179609589;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:74:2:2:69:72:0.972973:42:27:0:2:43:29:0:2 chr1 179852074 . TG CG,CT 456.31 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=29,2;DP=32;FAO=30,2;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=20,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194285,-0.0193697;FXX=0.0302939;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=113.12,129.814;QD=57.039;RBI=0.0195207,0.0194309;REFB=0,0;REVB=-0.0018948,0.00154094;RO=0;SAF=10,0;SAR=19,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000368277,0.0115356;OID=.,.;OPOS=179852074,179852074;OREF=T,TG;OALT=C,CT;OMAPALT=CG,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:32:32:0:0:29,2:30,2:0.9375,0.0625:19,2:10,0:0:0:20,2:10,0:0:0 chr1 179858444 . G A 1634.24 PASS AF=1;AO=105;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238823;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.928;QD=60.5272;RBI=0.023883;REFB=0;REVB=-0.000179636;RO=0;SAF=58;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00058042;OID=.;OPOS=179858444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:105:108:1:47:58:0:0:48:60:0:0 chr1 179876988 . C G 921.63 PASS AF=0.916667;AO=66;DP=75;FAO=66;FDP=72;FR=.;FRO=6;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0045814;FXX=0.0399947;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.884;QD=51.2015;RBI=0.0100484;REFB=0.0109997;REVB=0.00894319;RO=5;SAF=39;SAR=27;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288729;STB=0.521046;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.000489094;OID=.;OPOS=179876988;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:75:72:5:6:66:66:0.916667:27:39:4:1:27:39:5:1 chr1 179887125 . G A 695.54 PASS AF=0.962264;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0198457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5235;QD=52.4936;RBI=0.0198482;REFB=-0.102396;REVB=-0.000316946;RO=1;SAF=18;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254311;STB=0.526305;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00172595;OID=.;OPOS=179887125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:53:1:2:50:51:0.962264:32:18:1:0:33:18:2:0 chr1 179972374 . CAAAA CAAA,CAAAT,TCAAA 62.22 PASS AF=0.258065,0.0645161,0;AO=3,2,4;DP=30;FAO=8,2,0;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=2,0,0;FSAR=6,2,0;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00942864,0.00481675,0.0141505;FXX=0;HRUN=4,4,1;LEN=1,1,2;MLLD=19.4851,57.4443,26.8165;QD=8.02886;RBI=0.111866,0.0305098,0.0715109;REFB=-0.0253729,0.0101049,-0.0277194;REVB=-0.111468,-0.0301272,-0.0700969;RO=19;SAF=2,0,0;SAR=1,2,4;SRF=14;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0921868,-0.636236,-0.738328;STB=0.808833,0.996535,0.5;STBP=0.053,0.053,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.041337,0.119606,0;OID=.,.,.;OPOS=179972375,179972378,179972374;OREF=A,A,CA;OALT=-,T,TC;OMAPALT=CAAA,CAAAT,TCAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:31:19:21:3,2,4:8,2,0:0.258065,0.0645161,0:1,2,4:2,0,0:14:5:6,2,0:2,0,0:15:6 chr1 179989742 . G C 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00217932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.908;QD=12.0156;RBI=0.00407218;REFB=-0.0274532;REVB=-0.00343994;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191087;STB=0.61502;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0200237;OID=.;OPOS=179989742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:5:2:3:3:5:2 chr1 180010911 . A G 261.8 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0447947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2921;QD=17.1671;RBI=0.0474949;REFB=-0.0150859;REVB=-0.0157858;RO=32;SAF=14;SAR=15;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101351;STB=0.55678;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0174652;OID=.;OPOS=180010911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:15:14:12:20:15:14:12:20 chr1 180145088 . A G 1097.74 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5892;QD=60.1501;RBI=0.0280932;REFB=0;REVB=-0.0171368;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67929e-05;OID=.;OPOS=180145088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:37:36:0:0:37:36:0:0 chr1 180159654 . C T 348.8 PASS AF=0.536232;AO=36;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0390537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3852;QD=20.2205;RBI=0.0419731;REFB=-0.0302604;REVB=0.0153801;RO=33;SAF=10;SAR=26;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117061;STB=0.541644;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0139467;OID=.;OPOS=180159654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:32:36:37:0.536232:26:10:13:20:26:11:12:20 chr1 180159657 . C T 326.54 PASS AF=0.507246;AO=34;DP=67;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00291056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.292;QD=18.93;RBI=0.010477;REFB=-0.02736;REVB=0.0100646;RO=32;SAF=10;SAR=24;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508024;STB=0.574829;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0250012;OID=.;OPOS=180159657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:32:34:34:35:0.507246:24:10:11:21:26:9:13:21 chr1 180167440 . A G 300.65 PASS AF=0.516129;AO=31;DP=61;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0732055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3731;QD=19.3968;RBI=0.091606;REFB=-0.0246407;REVB=-0.0550691;RO=29;SAF=16;SAR=15;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178237;STB=0.594942;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0271347;OID=.;OPOS=180167440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:29:30:31:32:0.516129:15:16:9:20:15:17:10:20 chr1 180243524 . A G 1358.32 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.94;QD=62.4513;RBI=0.0555417;REFB=0;REVB=-0.0115236;RO=0;SAF=48;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36015e-05;OID=.;OPOS=180243524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:39:48:0:0:39:48:0:0 chr1 180854067 . A G 1031.05 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00167623;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.647;QD=59.7711;RBI=0.0177662;REFB=0;REVB=0.0176869;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107453;OID=.;OPOS=180854067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:39:29:0:0:40:29:0:0 chr1 180885430 . T C 702.22 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.812;QD=62.4197;RBI=0.0399796;REFB=0;REVB=0.0248162;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172907;OID=.;OPOS=180885430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:43:45:1:22:21:0:0:23:22:0:0 chr1 180897569 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00811929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.016;QD=55.0982;RBI=0.0545105;REFB=0;REVB=0.0539024;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156279;OID=.;OPOS=180897569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr1 180904457 . G A 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00215999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.845;QD=18.767;RBI=0.0530739;REFB=-0.0363145;REVB=0.0530299;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0162644;OID=.;OPOS=180904457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:2:4:2:1:2:4:2:1 chr1 180905694 . C T 84.71 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.134392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=36.4143;QD=22.5884;RBI=0.191363;REFB=-0.103339;REVB=0.136229;RO=5;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11821;STB=0.567431;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0743462;OID=.;OPOS=180905694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:15:15:5:5:10:10:0.666667:6:4:3:2:6:4:3:2 chr1 180913597 . A G 392.91 PASS AF=1;AO=24;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043006;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.252;QD=56.1296;RBI=0.065085;REFB=0;REVB=0.0488522;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00283535;OID=.;OPOS=180913597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:24:28:1:16:8:0:0:19:9:0:0 chr1 180944532 . T TAA,TAAA 497.11 PASS AF=0.913043,0.0652174;AO=35,6;DP=47;FAO=42,3;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=18,2;FSAR=24,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0250122,0.0160268;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,3;MLLD=33.2424,25.6473;QD=43.2267;RBI=0.0251436,0.0161525;REFB=-0.00949713,-0.00766958;REVB=0.00256688,0.00201117;RO=2;SAF=15,3;SAR=20,3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0583611,-0.215133;STB=0.513507,0.59939;STBP=0.303,0.681;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00793439,0.0114983;OID=.,.;OPOS=180944533,180944533;OREF=-,-;OALT=AA,AAA;OMAPALT=TAA,TAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.913043,0.0652174:35,6:47:42,3:46:1:18,2:24,1:1:0:4:2:15,3:20,3:2:0 chr1 180953853 . A G 351.63 PASS AF=1;AO=25;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261992;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2623;QD=54.097;RBI=0.0435419;REFB=0;REVB=0.0347778;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176571;OID=.;OPOS=180953853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:25:26:1:9:16:0:0:9:17:0:0 chr1 181018236 . A G 349.71 PASS AF=0.8;AO=28;DP=35;FAO=28;FDP=35;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.03577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6101;QD=39.9664;RBI=0.0428662;REFB=-0.0503;REVB=0.0236223;RO=7;SAF=17;SAR=11;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041846;STB=0.522662;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0137807;OID=.;OPOS=181018236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:7:7:28:28:0.8:11:17:5:2:11:17:5:2 chr1 181024404 . G A 414.85 PASS AF=0.717391;AO=33;DP=46;FAO=33;FDP=46;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0524195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.477;QD=36.0737;RBI=0.053079;REFB=-0.03257;REVB=0.00834122;RO=13;SAF=18;SAR=15;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123151;STB=0.566889;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0189358;OID=.;OPOS=181024404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:13:13:33:33:0.717391:15:18:4:9:15:18:4:9 chr1 181391978 . G A 490.66 PASS AF=0.803922;AO=41;DP=52;FAO=41;FDP=51;FR=.;FRO=10;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00534083;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6832;QD=38.4832;RBI=0.00703932;REFB=-0.0732789;REVB=0.00458558;RO=10;SAF=28;SAR=13;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151141;STB=0.581475;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0238785;OID=.;OPOS=181391978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:52:51:10:10:41:41:0.803922:13:28:3:7:13:28:3:7 chr1 181752923 . AAGCTT A 50.0 PASS AO=46;DP=64;LEN=5;RO=18;SAF=26;SAR=25;SRF=6;SRR=7;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=181752924;OREF=AGCTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:64:18:46:25:26:6:7 chr1 182356399 . A G 528.11 PASS AF=0.863636;AO=37;DP=43;FAO=38;FDP=44;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0308599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7193;QD=48.0101;RBI=0.031957;REFB=-0.0721511;REVB=-0.00830144;RO=6;SAF=20;SAR=17;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330862;STB=0.519221;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00947728;OID=.;OPOS=182356399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:43:44:6:6:37:38:0.863636:17:20:4:2:18:20:4:2 chr1 182369078 . G A 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00663206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.811;QD=17.542;RBI=0.0142524;REFB=-0.0104434;REVB=-0.0126154;RO=16;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158066;STB=0.590784;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0091311;OID=.;OPOS=182369078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:5:10:8:8:5:10:8:8 chr1 182369233 . A G 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00407722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.482;QD=14.0964;RBI=0.0387384;REFB=-0.0204971;REVB=0.0385232;RO=14;SAF=10;SAR=1;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351885;STB=0.713795;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0176969;OID=.;OPOS=182369233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:1:10:10:4:1:10:10:4 chr1 182496829 . A G 710.24 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0226236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8894;QD=54.6342;RBI=0.0301066;REFB=-0.0664642;REVB=0.019864;RO=1;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154392;STB=0.508194;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00165191;OID=.;OPOS=182496829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:30:21:0:1:30:21:0:1 chr1 182551337 . A C 769.82 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.643;QD=57.0239;RBI=0.01958;REFB=0;REVB=0.000138833;RO=0;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63747e-05;OID=.;OPOS=182551337;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:36:17:0:0:37:17:0:0 chr1 182554557 . C T 751.58 PASS AF=0.673267;AO=61;DP=95;FAO=68;FDP=101;FR=.;FRO=33;FSAF=46;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.016132;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.994;QD=29.7657;RBI=0.0310892;REFB=-0.0226416;REVB=0.0265763;RO=33;SAF=45;SAR=16;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03348;STB=0.50769;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00939838;OID=.;OPOS=182554557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:101:33:33:61:68:0.673267:16:45:23:10:22:46:23:10 chr1 182568204 . G C 723.43 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.77;QD=56.7395;RBI=0.0221858;REFB=0;REVB=0.0168967;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55284e-05;OID=.;OPOS=182568204;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:48:51:1:26:22:0:0:26:25:0:0 chr1 182569626 . T C 721.17 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0233319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8089;QD=60.0971;RBI=0.0257976;REFB=-0.0168018;REVB=0.0110062;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.512815;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00345263;OID=.;OPOS=182569626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:0:1:46:47:0.979167:28:18:0:0:28:19:1:0 chr1 182640864 . T C 30.0 PASS AF=0.107143;AO=6;DP=56;FAO=6;FDP=56;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0245325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2638;QD=2.14288;RBI=0.0391898;REFB=-0.000245385;REVB=-0.0305614;RO=50;SAF=4;SAR=2;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277558;STB=0.711968;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00298122;OID=.;OPOS=182640864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:56:56:50:50:6:6:0.107143:2:4:21:29:2:4:21:29 chr1 182778367 . G A 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0709312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.829;QD=43.4834;RBI=0.0714292;REFB=0;REVB=0.00842036;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000559495;OID=.;OPOS=182778367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr1 182812476 . TA T 40.35 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.265771;FXX=0.0312402;HRUN=6;LEN=1;MLLD=17.2483;QD=5.20619;RBI=0.267989;REFB=-0.00206615;REVB=-0.034402;RO=19;SAF=1;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.571027;STB=0.867341;STBP=0.02;TYPE=del;VARB=0.0289992;OID=.;OPOS=182812477;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.290323:9:32:9:31:22:1:8:13:9:40:19:1:8:11:8 chr1 182850727 . T A,C 510.78 PASS AF=0.0540541,0.918919;AO=3,33;DP=37;FAO=2,34;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=1,11;FSAR=1,23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0764776,-0.0359104;FXX=0.0263089;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=129.016,54.6704;QD=55.2199;RBI=0.0817518,0.0560146;REFB=0.00484192,0.0114834;REVB=-0.0288885,0.0429893;RO=1;SAF=2,11;SAR=1,22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.266641,0.0207674;STB=0.665164,0.510632;STBP=0.662,0.618;TYPE=snp,snp;VARB=0.069866,0.00320845;OID=.,.;OPOS=182850727,182850727;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:37:37:1:1:3,33:2,34:0.0540541,0.918919:1,22:2,11:0:1:1,23:1,11:0:1 chr1 182993025 . C T 490.14 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=0.0545136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4375;QD=20.0058;RBI=0.0593045;REFB=-0.0106766;REVB=0.0233516;RO=46;SAF=31;SAR=17;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148171;STB=0.507933;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0150923;OID=.;OPOS=182993025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:46:50:48:48:0.489796:17:31:29:17:17:31:33:17 chr1 183072590 . T C 376.4 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=-0.0034476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7883;QD=18.5877;RBI=0.0124233;REFB=-0.0272888;REVB=-0.0119353;RO=41;SAF=15;SAR=24;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142606;STB=0.569324;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0374841;OID=.;OPOS=183072590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:42:39:39:0.481481:24:15:10:31:24:15:11:31 chr1 183085755 . A G 187.0 PASS AF=0.277778;AO=25;DP=90;FAO=25;FDP=90;FR=.;FRO=65;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=0.0373045;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6619;QD=8.31094;RBI=0.0406764;REFB=-0.00506466;REVB=-0.0162154;RO=62;SAF=15;SAR=10;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177304;STB=0.589214;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0261524;OID=.;OPOS=183085755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:62:65:25:25:0.277778:10:15:28:34:10:15:31:34 chr1 183086757 . A C 437.35 PASS AF=0.457143;AO=47;DP=104;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.0127572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.821;QD=16.661;RBI=0.019661;REFB=-0.00274074;REVB=-0.0149602;RO=57;SAF=30;SAR=17;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247433;STB=0.641405;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00266209;OID=.;OPOS=183086757;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:57:57:47:48:0.457143:17:30:22:35:17:31:22:35 chr1 183093875 . T C 376.52 PASS AF=0.405405;AO=42;DP=110;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=40;FWDB=0.0167803;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.082;QD=13.5682;RBI=0.030485;REFB=-0.0105604;REVB=0.025451;RO=65;SAF=10;SAR=32;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18981;STB=0.626804;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0150762;OID=.;OPOS=183093875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:65:66:42:45:0.405405:32:10:25:40:35:10:26:40 chr1 183094547 . T C 452.15 PASS AF=0.536585;AO=44;DP=82;FAO=44;FDP=82;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0107928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.573;QD=22.0562;RBI=0.0124577;REFB=-0.0193132;REVB=0.00622167;RO=38;SAF=22;SAR=22;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0175324;OID=.;OPOS=183094547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:38:38:44:44:0.536585:22:22:19:19:22:22:19:19 chr1 183105705 . G A 169.19 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00196267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.695;QD=13.0148;RBI=0.0131939;REFB=-0.000647401;REVB=-0.0130471;RO=30;SAF=13;SAR=7;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559353;STB=0.557084;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000753871;OID=.;OPOS=183105705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:32:20:20:0.384615:7:13:18:12:7:13:18:14 chr1 183112041 . G C 275.2 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0141163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4667;QD=13.1047;RBI=0.0158869;REFB=-0.0157849;REVB=0.00728848;RO=50;SAF=18;SAR=14;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234521;STB=0.620162;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0230119;OID=.;OPOS=183112041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:50:52:32:32:0.380952:14:18:17:33:14:18:19:33 chr1 183112412 . A G 283.44 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=70;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.0236174;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5797;QD=16.673;RBI=0.0429482;REFB=0.00342936;REVB=0.0358714;RO=36;SAF=14;SAR=17;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610021;STB=0.540515;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.0014832;OID=.;OPOS=183112412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:36:37:31:31:0.455882:17:14:14:22:17:14:14:23 chr1 183112505 . T C 359.66 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=14;FWDB=0.0216735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.977;QD=17.3329;RBI=0.0222693;REFB=-0.00115925;REVB=0.00511645;RO=45;SAF=15;SAR=23;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279305;STB=0.655841;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00146302;OID=.;OPOS=183112505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:23:15:31:14:23:15:31:14 chr1 183112566 . T C 432.48 PASS AF=0.552632;AO=38;DP=74;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=0.012098;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.766;QD=22.762;RBI=0.0138493;REFB=-0.00131036;REVB=0.00674092;RO=36;SAF=16;SAR=22;SRF=28;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305615;STB=0.646992;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.000878943;OID=.;OPOS=183112566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:36:34:38:42:0.552632:22:16:28:8:24:18:26:8 chr1 183112764 . A G 241.25 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00250112;FXX=0.0217344;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.547;QD=21.4442;RBI=0.00375434;REFB=-0.0185132;REVB=0.00279991;RO=17;SAF=8;SAR=15;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188887;STB=0.578024;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0170882;OID=.;OPOS=183112764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:17:22:23:23:0.511111:15:8:10:7:15:8:11:11 chr1 183114634 . G A 218.96 PASS AF=0.36;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=0.00263991;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.192;QD=11.678;RBI=0.038487;REFB=-0.0154105;REVB=-0.0383964;RO=47;SAF=10;SAR=17;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881857;STB=0.555516;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0222383;OID=.;OPOS=183114634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:47:48:27:27:0.36:17:10:14:33:17:10:14:34 chr1 183184616 . C T 33.88 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0166423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.127;QD=3.76495;RBI=0.0258614;REFB=-0.00295171;REVB=0.019795;RO=30;SAF=3;SAR=3;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794293;STB=0.555373;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0139467;OID=.;OPOS=183184616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:30:30:6:6:0.166667:3:3:17:13:3:3:17:13 chr1 183187603 . C T 1098.56 PASS AF=0.524038;AO=106;DP=204;FAO=109;FDP=208;FR=.;FRO=99;FSAF=41;FSAR=68;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=0.0117062;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.007;QD=21.1262;RBI=0.016033;REFB=-0.0121404;REVB=0.0109554;RO=98;SAF=40;SAR=66;SRF=46;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838594;STB=0.543892;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0139077;OID=.;OPOS=183187603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:208:98:99:106:109:0.524038:66:40:46:52:68:41:46:53 chr1 183192304 . T G 323.59 PASS AF=0.568966;AO=32;DP=57;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0178266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5959;QD=22.3167;RBI=0.0372554;REFB=-7.13608e-05;REVB=-0.0327135;RO=25;SAF=23;SAR=9;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742446;STB=0.545426;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-8.05786e-05;OID=.;OPOS=183192304;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:25:25:32:33:0.568966:9:23:16:9:9:24:16:9 chr1 183201970 . G C 183.88 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00610793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.908;QD=17.9396;RBI=0.00615118;REFB=0.00496798;REVB=0.000728116;RO=22;SAF=5;SAR=14;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160545;STB=0.592042;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.0058931;OID=.;OPOS=183201970;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:14:5:9:13:14:5:9:13 chr1 183206573 . G A 99.64 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00823133;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.994;QD=12.8561;RBI=0.0241306;REFB=-0.0170936;REVB=-0.0226833;RO=20;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23251;STB=0.622014;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0297551;OID=.;OPOS=183206573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:31:20:19:12:12:0.387097:4:8:9:11:4:8:9:10 chr1 183212548 . T G 114.02 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0662028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7651;QD=18.2435;RBI=0.0697319;REFB=-0.0100656;REVB=-0.0219028;RO=12;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240907;STB=0.638489;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0292584;OID=.;OPOS=183212548;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:4:9:5:7:4:9:5:7 chr1 183486859 . G A 1767.62 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.16;QD=60.9523;RBI=0.0143145;REFB=0;REVB=0.000852317;RO=0;SAF=66;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18089e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23005e-05;OID=.;OPOS=183486859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:50:66:0:0:50:66:0:0 chr1 183516241 . C T 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.00988009;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.747;QD=14.2416;RBI=0.019886;REFB=-0.00141908;REVB=0.017258;RO=31;SAF=14;SAR=8;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460323;STB=0.526292;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00205279;OID=.;OPOS=183516241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:8:14:21:10:8:14:21:10 chr1 183536358 . G A 69.61 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0358039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5406;QD=16.3778;RBI=0.0400307;REFB=-0.0334726;REVB=0.0179037;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955156;STB=0.58423;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.058748;OID=.;OPOS=183536358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:7:8:9:9:0.529412:4:5:3:4:4:5:3:5 chr1 183542387 . T C 180.37 PASS AF=0.307692;AO=24;DP=78;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0452495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6507;QD=9.24994;RBI=0.0453656;REFB=-0.0103606;REVB=0.00324296;RO=54;SAF=8;SAR=16;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242352;STB=0.643357;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.022917;OID=.;OPOS=183542387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:54:54:24:24:0.307692:16:8:29:25:16:8:29:25 chr1 184020945 . G A 910.83 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.812;QD=56.9269;RBI=0.201295;REFB=-0.114049;REVB=0.195151;RO=0;SAF=45;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18913e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00268831;OID=.;OPOS=184020945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:64:64:0:0:63:64:1:18:45:0:0:19:45:0:0 chr1 184023529 . A C 1436.95 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135736;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.175;QD=63.1626;RBI=0.0255536;REFB=0;REVB=0.0216506;RO=0;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.22539e-05;OID=.;OPOS=184023529;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:50:41:0:0:50:41:0:0 chr1 184660205 . T A 158.54 PASS AF=0.362069;AO=20;DP=56;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=30;FWDB=-0.00918222;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.907;QD=10.9335;RBI=0.00987013;REFB=-0.00293575;REVB=-0.00362028;RO=34;SAF=5;SAR=15;SRF=6;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114415;STB=0.580575;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00485693;OID=.;OPOS=184660205;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:34:37:20:21:0.362069:15:5:6:28:15:6:7:30 chr1 184662181 . C T 227.77 PASS AF=0.472727;AO=24;DP=53;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.00249637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.255;QD=16.5652;RBI=0.0116163;REFB=-0.00386157;REVB=0.0113449;RO=29;SAF=15;SAR=9;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105652;STB=0.581438;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00699925;OID=.;OPOS=184662181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:29:29:24:26:0.472727:9:15:21:8:11:15:21:8 chr1 184663537 . A C 169.12 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0360178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.183;QD=16.1062;RBI=0.0363608;REFB=-0.00869134;REVB=-0.00498198;RO=23;SAF=4;SAR=14;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158021;STB=0.610605;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0316838;OID=.;OPOS=184663537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:24:18:18:0.428571:14:4:8:15:14:4:9:15 chr1 184663581 . T C 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.050304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8398;QD=18.4436;RBI=0.050786;REFB=-0.0106499;REVB=0.00698048;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512816;STB=0.52936;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0103205;OID=.;OPOS=184663581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:8:3:2:7:8:3:2:7 chr1 184675814 . G A 308.39 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0123733;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.933;QD=15.6146;RBI=0.028335;REFB=-0.0012697;REVB=-0.0254907;RO=45;SAF=19;SAR=15;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025976;STB=0.514664;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00151515;OID=.;OPOS=184675814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:45:45:34:34:0.43038:15:19:24:21:15:19:24:21 chr1 184677464 . G A 397.48 PASS AF=0.672727;AO=36;DP=54;FAO=37;FDP=55;FR=.;FRO=18;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0285769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4459;QD=28.9076;RBI=0.0307992;REFB=-0.0267448;REVB=0.0114872;RO=18;SAF=25;SAR=11;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200639;STB=0.599527;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0119848;OID=.;OPOS=184677464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:18:18:36:37:0.672727:11:25:7:11:12:25:7:11 chr1 184706212 . GT G 151.06 PASS AF=0.480769;AO=22;DP=50;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0248773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.8169;QD=11.6202;RBI=0.123399;REFB=-0.000551753;REVB=-0.120865;RO=27;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00168751;STB=0.537837;STBP=0.615;TYPE=del;VARB=-0.00954006;OID=.;OPOS=184706213;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.480769:22:50:25:52:27:12:13:11:16:99:27:9:13:11:16 chr1 184764067 . C CG,G 605.34 PASS AF=0.139535,0.860465;AO=8,32;DP=44;FAO=6,37;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=6,13;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0812353,0.0631936;FXX=0;HRUN=0,3;LEN=1,1;MLLD=153.204,151.49;QD=56.3107;RBI=0.0812825,0.0632631;REFB=0,0;REVB=-0.00276905,-0.00296616;RO=4;SAF=8,10;SAR=0,22;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.791634,-0.0442176;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0106393,0.00428553;OID=.,.;OPOS=184764068,184764067;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:44:43:4:0:8,32:6,37:0.139535,0.860465:0,22:8,10:2:2:0,24:6,13:0:0 chr1 184777177 . C A 443.75 PASS AF=0.573333;AO=38;DP=70;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0503587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.321;QD=23.6665;RBI=0.0507093;REFB=-0.0573001;REVB=0.00595238;RO=32;SAF=17;SAR=21;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696035;STB=0.508376;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0388529;OID=.;OPOS=184777177;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:75:32:32:38:43:0.573333:21:17:17:15:21:22:17:15 chr1 184787800 . G C 253.61 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0124016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=312.949;QD=17.4901;RBI=0.0125091;REFB=-0.0120956;REVB=0.00163602;RO=30;SAF=16;SAR=12;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588617;STB=0.532972;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0178842;OID=.;OPOS=184787800;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:12:16:19:11:12:16:19:11 chr1 184801065 . T C 182.43 PASS AF=0.407407;AO=20;DP=52;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0750828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4055;QD=13.5134;RBI=0.12838;REFB=-0.0226672;REVB=0.104135;RO=32;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288674;STB=0.50724;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0404463;OID=.;OPOS=184801065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:32:32:20:22:0.407407:13:7:12:20:14:8:12:20 chr1 185260203 . G C 404.38 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0109781;FXX=0.0289813;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.949;QD=24.1418;RBI=0.0110217;REFB=0.010512;REVB=-0.000979544;RO=28;SAF=13;SAR=26;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16244;STB=0.589426;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.00220578;OID=.;OPOS=185260203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:28:39:39:0.58209:26:13:15:13:26:13:15:13 chr1 185268919 . T C 420.78 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00384636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.428;QD=20.5258;RBI=0.0131906;REFB=-0.0117012;REVB=0.0126173;RO=40;SAF=19;SAR=23;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421158;STB=0.523326;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0137982;OID=.;OPOS=185268919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:42:42:0.512195:23:19:20:20:23:19:20:20 chr1 185270156 . G A 685.65 PASS AF=0.527132;AO=67;DP=128;FAO=68;FDP=129;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=-0.0154736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.171;QD=21.2606;RBI=0.0158231;REFB=-0.0255927;REVB=0.00330697;RO=60;SAF=31;SAR=36;SRF=39;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160181;STB=0.586081;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0192692;OID=.;OPOS=185270156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:60:61:67:68:0.527132:36:31:39:21:37:31:39:22 chr1 186026474 . T C 1767.48 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1275;QD=60.9475;RBI=0.0671419;REFB=0;REVB=0.0658049;RO=0;SAF=53;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222118;OID=.;OPOS=186026474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:63:53:0:0:63:53:0:0 chr1 186031041 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.66;QD=56.1915;RBI=0.0412274;REFB=0;REVB=0.00470612;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249075;OID=.;OPOS=186031041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr1 186050417 . A G 1607.13 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.678;QD=64.2852;RBI=0.0341532;REFB=0;REVB=-0.0191976;RO=0;SAF=41;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.33513e-05;OID=.;OPOS=186050417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:59:41:0:0:59:41:0:0 chr1 186052065 . CA C,CC 917.65 PASS AF=0.967914,0.0320856;AO=85,19;DP=183;FAO=181,6;FDP=187;FR=.;FRO=0;FSAF=91,5;FSAR=90,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.213036,0.166045;FXX=0.0310865;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=6.78426,16.2063;QD=19.6289;RBI=0.450179,0.299319;REFB=0,0;REVB=0.396581,0.249041;RO=58;SAF=51,8;SAR=34,11;SRF=27;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.102224,-0.0553382;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00671022,-0.0253676;OID=.,.;OPOS=186052066,186052066;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.967914,0.0320856:85,19:183:181,6:187:0:91,5:90,1:0:0:10:58:51,8:34,11:27:31 chr1 186101539 . A G 753.48 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.012904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.697;QD=61.5084;RBI=0.0274834;REFB=-0.0860072;REVB=0.0242657;RO=1;SAF=16;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284913;STB=0.515145;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.000662538;OID=.;OPOS=186101539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:32:16:1:0:32:16:1:0 chr1 186326757 . TA T 110.96 PASS AF=0.833333;AO=11;DP=18;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0332012;FXX=0.0526039;HRUN=5;LEN=1;MLLD=16.3045;QD=24.6583;RBI=0.0612112;REFB=-0.0652479;REVB=0.0514246;RO=5;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306644;STB=0.533289;STBP=0.611;TYPE=del;VARB=0.0283659;OID=.;OPOS=186326758;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:11:18:15:18:3:7:8:2:1:13:5:3:8:4:1 chr1 186641795 . C CATT 49.62 PASS AF=0.411765;AO=6;DP=20;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.05954;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=3;MLLD=195.535;QD=11.6764;RBI=0.0623369;REFB=-0.0264895;REVB=0.0184632;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177981;STB=0.642496;STBP=0.417;TYPE=ins;VARB=0.0372875;OID=.;OPOS=186641796;OREF=-;OALT=ATT;OMAPALT=CATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:6:20:7:17:10:4:3:8:2:49:12:3:3:8:4 chr1 186643853 . C T 399.14 PASS AF=0.673469;AO=32;DP=48;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0200998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4167;QD=32.5827;RBI=0.0278007;REFB=-0.052387;REVB=0.0192061;RO=16;SAF=13;SAR=19;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198419;STB=0.50649;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0286835;OID=.;OPOS=186643853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:16:16:32:33:0.673469:19:13:6:10:20:13:6:10 chr1 186839879 . AAG A 800.96 PASS AF=1;AO=62;DP=90;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0612299;FXX=0.266637;HRUN=2;LEN=2;MLLD=220.937;QD=48.5431;RBI=0.0621447;REFB=0;REVB=-0.0106234;RO=0;SAF=19;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.32015e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000151129;OID=.;OPOS=186839880;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:62:90:66:66:0:22:44:0:0:14:0:19:43:0:0 chr1 186946912 . G A 1511.74 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101838;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1435;QD=59.8709;RBI=0.0675029;REFB=0;REVB=-0.0667303;RO=0;SAF=40;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000483297;OID=.;OPOS=186946912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:60:40:0:0:61:40:0:0 chr1 187610537 . AC GG 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00758812;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=314.089;QD=63.872;RBI=0.00760447;REFB=0;REVB=-0.000498457;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.78631e-06;OID=.;OPOS=187610537;OREF=AC;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:16:32:0:0:16:32:0:0 chr1 187610852 . A C 446.98 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.603;QD=57.6752;RBI=0.0206626;REFB=0;REVB=0.0176271;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.00347e-05;OID=.;OPOS=187610852;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr1 192781172 . C G 766.47 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00829545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.949;QD=63.8723;RBI=0.0100466;REFB=0;REVB=0.00566734;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31452e-05;OID=.;OPOS=192781172;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:27:20:0:0:27:21:0:0 chr1 192844886 . G A 192.76 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0525903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.64;QD=40.5818;RBI=0.0665337;REFB=-0.00979501;REVB=-0.0407553;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.549942;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00740373;OID=.;OPOS=192844886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:0:2:17:17:0.894737:9:8:0:0:9:8:0:2 chr1 193701055 . G C 1138.53 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216861;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.546;QD=60.7218;RBI=0.0217891;REFB=0;REVB=-0.00211627;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7686e-05;OID=.;OPOS=193701055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:42:33:0:0:42:33:0:0 chr1 193701480 . G A 721.47 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00831625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.963;QD=54.4506;RBI=0.00876651;REFB=-0.0353485;REVB=0.0027734;RO=1;SAF=25;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184631;STB=0.50943;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=3.38681e-05;OID=.;OPOS=193701480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:1:1:51:52:0.981132:26:25:1:0:26:26:1:0 chr1 193701489 . C T 720.02 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5704;QD=56.4722;RBI=0.0631805;REFB=0;REVB=0.0611749;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000974227;OID=.;OPOS=193701489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:26:24:0:0:26:25:0:0 chr1 194457292 . T C 1287.39 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0157329;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.92;QD=60.5829;RBI=0.0297253;REFB=-0.087039;REVB=0.0252205;RO=0;SAF=55;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508473;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.000263032;OID=.;OPOS=194457292;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:0:1:84:84:0.988235:29:55:0:0:29:55:0:1 chr1 196227526 . A G 1602.71 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00587591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.269;QD=64.1083;RBI=0.0216271;REFB=0;REVB=-0.0208136;RO=0;SAF=46;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.27873e-05;OID=.;OPOS=196227526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:100:0:0:98:100:1:52:46:0:0:53:47:0:0 chr1 196309523 . C T 642.24 PASS AF=0.485075;AO=65;DP=133;FAO=65;FDP=134;FR=.;FRO=69;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.00545186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.959;QD=19.1712;RBI=0.00684412;REFB=0.00297417;REVB=0.00413754;RO=68;SAF=35;SAR=30;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220589;STB=0.516124;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.00320555;OID=.;OPOS=196309523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:68:69:65:65:0.485075:30:35:35:33:30:35:35:34 chr1 196392172 . A T 80.26 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00277177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.844;QD=16.8973;RBI=0.0815927;REFB=-0.00199884;REVB=0.0815456;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318185;STB=0.518481;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00405439;OID=.;OPOS=196392172;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:3:7:6:3:3:7:6:3 chr1 196642233 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0414357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1662;QD=59.8388;RBI=0.065248;REFB=0;REVB=0.0504022;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151769;OID=.;OPOS=196642233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr1 196654324 . A C 1204.51 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0080486;FXX=0.0243873;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.7827;QD=60.2257;RBI=0.0135803;REFB=0;REVB=-0.0109383;RO=1;SAF=35;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133348;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148937;OID=.;OPOS=196654324;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:80:1:0:80:80:1:45:35:1:0:44:36:0:0 chr1 196659237 . C T 1358.17 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2593;QD=62.4446;RBI=0.0295039;REFB=0;REVB=0.00838414;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120188;OID=.;OPOS=196659237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:43:44:0:0:43:44:0:0 chr1 196682947 . G A 197.42 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0137292;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4932;QD=14.6238;RBI=0.0192778;REFB=0.00953112;REVB=-0.013533;RO=27;SAF=17;SAR=6;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302085;STB=0.643111;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0138198;OID=.;OPOS=196682947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:27:31:23:23:0.425926:6:17:12:15:6:17:16:15 chr1 196695661 . G T 368.33 PASS AF=0.535211;AO=36;DP=70;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0401843;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.552;QD=20.7508;RBI=0.0401914;REFB=-0.00536634;REVB=0.000756238;RO=32;SAF=20;SAR=16;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100261;STB=0.545633;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00448028;OID=.;OPOS=196695661;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:32:33:36:38:0.535211:16:20:14:18:17:21:15:18 chr1 196706049 . G A 255.76 PASS AF=0.384615;AO=31;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.016569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4421;QD=13.1156;RBI=0.0312785;REFB=0.00375248;REVB=-0.0265294;RO=47;SAF=8;SAR=23;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180097;STB=0.634872;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00856139;OID=.;OPOS=196706049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:48:31:30:0.384615:23:8:19:28:23:7:20:28 chr1 196706645 . A G 213.52 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0702634;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3517;QD=16.1148;RBI=0.0728411;REFB=0.00135992;REVB=0.0192061;RO=29;SAF=9;SAR=15;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172815;STB=0.598003;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.00450614;OID=.;OPOS=196706645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:29:29:24:24:0.45283:15:9:16:13:15:9:16:13 chr1 196712586 . C T 491.86 PASS AF=0.398551;AO=55;DP=139;FAO=55;FDP=138;FR=.;FRO=83;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=0.0172753;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3242;QD=14.2567;RBI=0.0218338;REFB=0.00602411;REVB=-0.013352;RO=84;SAF=25;SAR=30;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994086;STB=0.559768;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.01068;OID=.;OPOS=196712586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:84:83:55:55:0.398551:30:25:46:38:30:25:46:37 chr1 196749097 . C T 422.43 PASS AF=0.443396;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=37;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0167864;FXX=0.0185168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.579;QD=15.941;RBI=0.016851;REFB=-0.0103645;REVB=0.00147386;RO=58;SAF=37;SAR=10;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344885;STB=0.699953;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0123609;OID=.;OPOS=196749097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:58:59:47:47:0.443396:10:37:28:30:10:37:28:31 chr1 196757392 . C A,T 731.53 PASS AF=0.0192308,0.980769;AO=2,50;DP=52;FAO=1,51;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=1,31;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240736,0.0232251;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=161.179,226.277;QD=56.2712;RBI=0.0241959,0.023992;REFB=0,0;REVB=-0.00242978,0.0060177;RO=0;SAF=2,30;SAR=0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00430659,7.08171e-05;OID=.,.;OPOS=196757392,196757392;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:52:52:0:0:2,50:1,51:0.0192308,0.980769:0,20:2,30:0:0:0,20:1,31:0:0 chr1 196757912 . T C 506.22 PASS AF=0.594937;AO=47;DP=79;FAO=47;FDP=79;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00881881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.408;QD=25.6314;RBI=0.0129481;REFB=-0.0101796;REVB=0.00948064;RO=32;SAF=25;SAR=22;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227904;STB=0.512454;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00643711;OID=.;OPOS=196757912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:32:32:47:47:0.594937:22:25:18:14:22:25:18:14 chr1 196797238 . C T 134.0 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142759;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6985;QD=44.6674;RBI=0.0466692;REFB=0;REVB=0.0444321;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00365939;OID=.;OPOS=196797238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr1 196797244 . C G 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0755074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5501;QD=44.6861;RBI=0.0923513;REFB=0;REVB=0.0531733;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00618672;OID=.;OPOS=196797244;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr1 196799746 . C G 458.43 PASS AF=0.5;AO=43;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0464705;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2062;QD=20.3748;RBI=0.046907;REFB=-0.0124911;REVB=0.0063841;RO=44;SAF=16;SAR=27;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826125;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0131861;OID=.;OPOS=196799746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:45:43:45:0.5:27:16:16:28:28:17:17:28 chr1 196801042 . G T 3115.66 PASS AF=0.985646;AO=205;DP=211;FAO=206;FDP=209;FR=.;FRO=3;FSAF=107;FSAR=99;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.000677771;FXX=0.00947822;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.034;QD=59.6298;RBI=0.00689696;REFB=-0.0446707;REVB=0.00686358;RO=3;SAF=107;SAR=98;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143556;STB=0.502674;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.000173213;OID=.;OPOS=196801042;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:211:209:3:3:205:206:0.985646:98:107:0:3:99:107:1:2 chr1 196801078 . A T 606.69 PASS AF=0.380435;AO=70;DP=184;FAO=70;FDP=184;FR=.;FRO=114;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=58;FSRR=56;FWDB=-0.0172053;FXX=0.00540511;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.646;QD=13.189;RBI=0.0196608;REFB=-0.000124503;REVB=-0.00951442;RO=114;SAF=36;SAR=34;SRF=58;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00604367;STB=0.503417;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.000118584;OID=.;OPOS=196801078;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:184:114:114:70:70:0.380435:34:36:58:56:34:36:58:56 chr1 196874356 . G T 1984.19 PASS AF=0.970588;AO=128;DP=135;FAO=132;FDP=136;FR=.;FRO=4;FSAF=67;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0176724;FXX=0.00729874;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.585;QD=58.3584;RBI=0.0264629;REFB=-0.049077;REVB=0.019697;RO=4;SAF=64;SAR=64;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143857;STB=0.507575;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.000359494;OID=.;OPOS=196874356;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:135:136:4:4:128:132:0.970588:64:64:1:3:65:67:1:3 chr1 196876458 . A G 420.74 PASS AF=0.421053;AO=48;DP=114;FAO=48;FDP=114;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.00722392;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.181;QD=14.763;RBI=0.00723155;REFB=-0.00619441;REVB=-0.000332274;RO=65;SAF=29;SAR=19;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531204;STB=0.526066;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0151548;OID=.;OPOS=196876458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:65:66:48:48:0.421053:19:29:36:29:19:29:37:29 chr1 196918739 . G A 243.09 PASS AF=0.257143;AO=35;DP=139;FAO=36;FDP=140;FR=.;FRO=104;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=53;FSRR=51;FWDB=-0.00992754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.12;QD=6.94542;RBI=0.0249172;REFB=-0.00727407;REVB=-0.0228541;RO=102;SAF=15;SAR=20;SRF=52;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100968;STB=0.548463;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0206186;OID=.;OPOS=196918739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:102:104:35:36:0.257143:20:15:52:50:20:16:53:51 chr1 196920060 . AAATT A 143.12 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=79;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=-0.00339249;FXX=0.0499937;HRUN=3;LEN=4;MLLD=269.048;QD=7.53255;RBI=0.0106842;REFB=-0.0121289;REVB=0.0101313;RO=49;SAF=10;SAR=16;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35843;STB=0.698887;STBP=0.017;TYPE=del;VARB=0.0289436;OID=.;OPOS=196920061;OREF=AATT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342105:26:79:26:76:50:10:16:35:15:99:49:10:16:35:14 chr1 196920148 . C T 315.55 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00655989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.557;QD=25.2441;RBI=0.00887429;REFB=-0.0223421;REVB=0.0059767;RO=22;SAF=22;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237633;STB=0.632989;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.01128;OID=.;OPOS=196920148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:6:22:12:10:6:22:12:10 chr1 196963213 . G A 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0717273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8348;QD=16.172;RBI=0.079581;REFB=0.00777474;REVB=0.0344721;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119416;STB=0.549939;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.0187904;OID=.;OPOS=196963213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:20:16:16:0.444444:7:9:13:6:7:9:13:7 chr1 197009798 . A G 318.58 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0464815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6706;QD=26.5483;RBI=0.0505109;REFB=0.0369589;REVB=-0.0197691;RO=18;SAF=16;SAR=12;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0288863;STB=0.533719;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-0.0223966;OID=.;OPOS=197009798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:20:28:28:0.583333:12:16:11:7:12:16:13:7 chr1 197019858 . A C 432.48 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=0.0027227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.182;QD=17.8342;RBI=0.00430132;REFB=-0.00986345;REVB=-0.00332991;RO=53;SAF=28;SAR=16;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340052;STB=0.519029;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0128834;OID=.;OPOS=197019858;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:53:44:44:0.453608:16:28:32:21:16:28:32:21 chr1 197026225 . T G 448.86 PASS AF=0.446429;AO=49;DP=111;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=20;FWDB=0.00543428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.808;QD=16.0309;RBI=0.011074;REFB=-0.00518574;REVB=0.00964897;RO=60;SAF=23;SAR=26;SRF=40;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193161;STB=0.608469;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0053184;OID=.;OPOS=197026225;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:60:62:49:50:0.446429:26:23:40:20:26:24:42:20 chr1 197030201 . T C 313.34 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0204845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.793;QD=50.1337;RBI=0.032871;REFB=-0.00422147;REVB=0.0257077;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521721;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000367464;OID=.;OPOS=197030201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:13:11:0:0:13:11:1:0 chr1 197031021 . C T 401.74 PASS AF=0.422018;AO=46;DP=109;FAO=46;FDP=109;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=0.0219108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.81;QD=14.7429;RBI=0.0219769;REFB=0.00104615;REVB=0.00170301;RO=62;SAF=21;SAR=25;SRF=21;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123089;STB=0.563159;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00143377;OID=.;OPOS=197031021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:62:63:46:46:0.422018:25:21:21:41:25:21:22:41 chr1 197070215 . A G 648.41 PASS AF=0.457516;AO=70;DP=154;FAO=70;FDP=153;FR=.;FRO=83;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=29;FSRR=54;FWDB=0.0322274;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1687;QD=16.9518;RBI=0.0489156;REFB=-0.00820384;REVB=0.0367985;RO=82;SAF=23;SAR=47;SRF=29;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027311;STB=0.512688;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.011035;OID=.;OPOS=197070215;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:82:83:70:70:0.457516:47:23:29:53:47:23:29:54 chr1 197070423 . GA G 60.7 PASS AF=0.481481;AO=11;DP=28;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.212553;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.3634;QD=8.99202;RBI=0.212564;REFB=-0.0657718;REVB=0.00217598;RO=14;SAF=10;SAR=1;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.650881;STB=0.891201;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=0.027255;OID=.;OPOS=197070424;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.481481:11:28:13:27:14:12:1:4:10:60:14:10:1:4:10 chr1 197070594 . A G 175.16 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0267085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.145;QD=20.0177;RBI=0.0279271;REFB=-0.0051161;REVB=-0.00815971;RO=17;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221765;STB=0.624866;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00475052;OID=.;OPOS=197070594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:8:10:5:12:8:10:5:12 chr1 197070776 . C T 76.7 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.000546669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.889;QD=12.7826;RBI=0.00241293;REFB=0.0184839;REVB=0.00235019;RO=14;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275052;STB=0.663456;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.0184528;OID=.;OPOS=197070776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:3:7:6:8:3:7:6:8 chr1 197070815 . T C 365.7 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00731605;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.413;QD=56.2614;RBI=0.0295997;REFB=0;REVB=0.0286813;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.50606e-05;OID=.;OPOS=197070815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr1 197070901 . A G 758.91 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00430299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.61;QD=53.2571;RBI=0.0163699;REFB=-0.120136;REVB=0.0157942;RO=2;SAF=39;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166193;STB=0.508823;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00435455;OID=.;OPOS=197070901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:16:39:1:1:16:39:1:1 chr1 197072560 . A G 141.31 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0119463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.823;QD=13.4582;RBI=0.0133458;REFB=-0.0125567;REVB=0.00594965;RO=26;SAF=12;SAR=4;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25178;STB=0.64845;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0289742;OID=.;OPOS=197072560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:4:12:14:12:4:12:14:12 chr1 197072802 . G A 197.53 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00172944;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.828;QD=23.943;RBI=0.0173349;REFB=-0.00866437;REVB=-0.0172484;RO=12;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262914;STB=0.645418;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0125837;OID=.;OPOS=197072802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:33:12:14:19:19:0.575758:12:7:9:3:12:7:10:4 chr1 197073318 . G A 142.47 PASS AF=0.6;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0041026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1425;QD=22.7951;RBI=0.0330493;REFB=-0.0228321;REVB=-0.0327936;RO=9;SAF=4;SAR=11;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139671;STB=0.60721;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0114878;OID=.;OPOS=197073318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:25:9:10:15:15:0.6:11:4:4:5:11:4:5:5 chr1 197091537 . A T 435.84 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00618252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.149;QD=54.4797;RBI=0.00951607;REFB=-0.101744;REVB=-0.00723408;RO=1;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227606;STB=0.512187;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00154816;OID=.;OPOS=197091537;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:20:11:0:1:20:11:0:1 chr1 197112375 . G T 190.92 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0193363;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.481;QD=14.6864;RBI=0.0226473;REFB=-0.00493337;REVB=0.0117901;RO=29;SAF=6;SAR=16;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263074;STB=0.6615;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00528363;OID=.;OPOS=197112375;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:29:30:22:22:0.423077:16:6:15:14:16:6:16:14 chr1 197112477 . C T 125.67 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00606162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.701;QD=10.9282;RBI=0.0817964;REFB=-0.00784212;REVB=-0.0815715;RO=30;SAF=7;SAR=8;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11177;STB=0.576268;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0102558;OID=.;OPOS=197112477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:31:15:15:0.326087:8:7:17:13:8:7:18:13 chr1 197112533 . G A 199.36 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.109144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.737;QD=27.4981;RBI=0.109911;REFB=-0.0235268;REVB=0.0129645;RO=10;SAF=10;SAR=9;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460427;STB=0.525521;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0125217;OID=.;OPOS=197112533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:9:10:6:4:9:10:6:4 chr1 197112538 . T G 53.84 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0287461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.907;QD=7.97595;RBI=0.0288226;REFB=-0.00784746;REVB=-0.00209814;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200918;STB=0.607206;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0145228;OID=.;OPOS=197112538;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:18:19:8:8:0.296296:3:5:8:10:3:5:9:10 chr1 197127023 . CTT CTC,CT 71.46 PASS AF=0.0869565,0.478261;AO=2,10;DP=25;FAO=2,11;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=0,10;FSAR=2,1;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0172304,0.014034;FXX=0.079968;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=186.788,15.5133;QD=12.4277;RBI=0.0192384,0.105417;REFB=0.00238475,-0.0428859;REVB=0.00855745,0.104479;RO=10;SAF=0,10;SAR=2,0;SRF=2;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.487131,0.833326;STB=0.99171,0.881581;STBP=0.396,0.001;TYPE=snp,del;VARB=-0.0066831,0.0793511;OID=.,.;OPOS=197127025,197127024;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CTC,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0869565,0.478261:2,10:25:2,11:23:10:0,10:2,1:2:8:58:10:0,10:2,0:2:8 chr1 197127491 . A C 290.14 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0157103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.789;QD=14.1533;RBI=0.0219857;REFB=-0.00155188;REVB=-0.0153804;RO=49;SAF=19;SAR=14;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195754;STB=0.611045;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00433463;OID=.;OPOS=197127491;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:33:33:0.402439:14:19:19:30:14:19:19:30 chr1 197128726 . G A 300.13 PASS AF=0.507937;AO=33;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00334115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1857;QD=19.0556;RBI=0.019432;REFB=-0.019779;REVB=0.0191426;RO=29;SAF=11;SAR=22;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134266;STB=0.556697;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0232014;OID=.;OPOS=197128726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:31:33:32:0.507937:22:11:14:15:21:11:14:17 chr1 197168625 . C A 173.9 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00960196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.598;QD=11.5931;RBI=0.0314873;REFB=-0.0176198;REVB=-0.0299876;RO=38;SAF=10;SAR=12;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210136;STB=0.512184;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0289464;OID=.;OPOS=197168625;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:12:10:18:20:12:10:18:20 chr1 197383079 . A G 805.97 PASS AF=0.515723;AO=81;DP=158;FAO=82;FDP=159;FR=.;FRO=77;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=29;FSRR=48;FWDB=0.0126498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0863;QD=20.276;RBI=0.013054;REFB=0.00326504;REVB=-0.00322289;RO=75;SAF=36;SAR=45;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0636329;STB=0.530899;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.0049261;OID=.;OPOS=197383079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:75:77:81:82:0.515723:45:36:28:47:46:36:29:48 chr1 197390368 . A G 1022.4 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029418;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.103;QD=59.2695;RBI=0.0294252;REFB=0;REVB=-0.000653863;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107794;OID=.;OPOS=197390368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:68:69:1:37:31:0:0:38:31:0:0 chr1 197396761 . G A 147.18 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.00723437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4454;QD=17.3152;RBI=0.0356025;REFB=-0.010394;REVB=-0.0348597;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259586;STB=0.646891;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0105517;OID=.;OPOS=197396761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:8:8:14:4:8:8:14:4 chr1 197404622 . AC A 44.57 PASS AF=0.538462;AO=6;DP=15;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0549384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9574;QD=13.7138;RBI=0.0557285;REFB=-0.0207639;REVB=0.00935055;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374671;STB=0.60839;STBP=0.454;TYPE=del;VARB=0.0144912;OID=.;OPOS=197404623;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:6:15:7:13:6:3:4:4:2:30:8:2:4:6:2 chr1 197643277 . T A 352.3 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0334725;FXX=0.0243873;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.503;QD=17.6151;RBI=0.0351724;REFB=-0.0243133;REVB=0.0108021;RO=42;SAF=11;SAR=26;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292781;STB=0.670289;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0120816;OID=.;OPOS=197643277;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:42:43:37:37:0.4625:26:11:25:17:26:11:26:17 chr1 197742171 . C T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0602724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.648;QD=58.1416;RBI=0.0615888;REFB=0;REVB=-0.0126658;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000208007;OID=.;OPOS=197742171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr1 197896728 . T C 391.51 PASS AF=0.603175;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00402441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.058;QD=24.8575;RBI=0.0252415;REFB=-0.00709398;REVB=0.0249186;RO=25;SAF=20;SAR=18;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335499;STB=0.518385;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00452468;OID=.;OPOS=197896728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:25:38:38:0.603175:18:20:12:13:18:20:12:13 chr1 199977636 . C A 884.72 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.129;QD=57.0785;RBI=0.0635037;REFB=0;REVB=0.0164372;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251033;OID=.;OPOS=199977636;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:62:0:0:56:62:1:27:29:0:0:29:33:0:0 chr1 199977724 . G T 588.9 PASS AF=0.952381;AO=38;DP=43;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0517227;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1928;QD=56.0853;RBI=0.0592286;REFB=-0.0882979;REVB=0.0288581;RO=2;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550239;STB=0.526303;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00961642;OID=.;OPOS=199977724;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:43:42:2:2:38:40:0.952381:16:22:0:2:18:22:0:2 chr1 200143281 . C T 167.55 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00436917;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.122;QD=11.3591;RBI=0.00454899;REFB=0.000900007;REVB=0.00126638;RO=37;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237897;STB=0.628453;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.00163653;OID=.;OPOS=200143281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:59:37:38:21:21:0.355932:9:12:13:24:9:12:14:24 chr1 200182834 . A G 272.77 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=0.0250889;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0164;QD=14.7444;RBI=0.0328869;REFB=-0.00102874;REVB=0.0212624;RO=44;SAF=20;SAR=11;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287889;STB=0.657339;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00340727;OID=.;OPOS=200182834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:44:43:31:31:0.418919:11:20:16:28:11:20:16:27 chr1 200183398 . C A 254.44 PASS AF=0.509091;AO=26;DP=53;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00561076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.444;QD=18.5049;RBI=0.00566902;REFB=-0.0141406;REVB=-0.000810617;RO=27;SAF=16;SAR=10;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189368;STB=0.617329;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0133992;OID=.;OPOS=200183398;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:27:27:26:28:0.509091:10:16:11:16:10:18:11:16 chr1 200311868 . C G 126.45 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=-0.0285395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4221;QD=9.03224;RBI=0.0311141;REFB=-0.00395948;REVB=-0.0123929;RO=38;SAF=7;SAR=10;SRF=30;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423669;STB=0.735351;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.030414;OID=.;OPOS=200311868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:39:17:17:0.303571:10:7:30:8:10:7:30:9 chr1 200534248 . C T 180.82 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00694113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.707;QD=13.9091;RBI=0.0126912;REFB=-0.0162745;REVB=0.0106248;RO=31;SAF=12;SAR=9;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221655;STB=0.62691;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0233684;OID=.;OPOS=200534248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:9:12:11:20:9:12:11:20 chr1 200558363 . T C 556.78 PASS AF=0.560976;AO=45;DP=82;FAO=46;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.00725042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.369;QD=27.1598;RBI=0.0148685;REFB=-0.0334418;REVB=-0.012981;RO=25;SAF=24;SAR=21;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151491;STB=0.551949;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0249406;OID=.;OPOS=200558363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:25:28:45:46:0.560976:21:24:19:6:21:25:19:9 chr1 200618238 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.046;QD=58.7813;RBI=0.0522286;REFB=0;REVB=0.0329175;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104398;OID=.;OPOS=200618238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr1 200776641 . C T 374.56 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0145459;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.026;QD=20.5241;RBI=0.0262837;REFB=-0.0251521;REVB=-0.0218918;RO=35;SAF=16;SAR=22;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444088;STB=0.524577;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0500746;OID=.;OPOS=200776641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:35:35:38:38:0.520548:22:16:13:22:22:16:13:22 chr1 200880702 . C T 257.27 PASS AF=0.676471;AO=17;DP=33;FAO=23;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.052843;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.575;QD=30.2674;RBI=0.0532871;REFB=-0.108834;REVB=-0.00686572;RO=6;SAF=9;SAR=8;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170133;STB=0.567507;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0270095;OID=.;OPOS=200880702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:33:34:6:11:17:23:0.676471:8:9:1:5:8:15:5:6 chr1 200940189 . C T 348.82 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.00349205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5107;QD=17.441;RBI=0.0343678;REFB=-0.00546743;REVB=-0.0341899;RO=42;SAF=18;SAR=19;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123765;STB=0.574299;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0112586;OID=.;OPOS=200940189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:43:37:37:0.4625:19:18:15:27:19:18:15:28 chr1 200945910 . G A 566.24 PASS AF=0.55914;AO=52;DP=93;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0100035;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.383;QD=24.3545;RBI=0.0106655;REFB=0.00410839;REVB=-0.003699;RO=41;SAF=23;SAR=29;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368831;STB=0.520226;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.00404296;OID=.;OPOS=200945910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:41:41:52:52:0.55914:29:23:20:21:29:23:20:21 chr1 200956288 . A G 132.78 PASS AF=0.279412;AO=19;DP=68;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00393248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.064;QD=7.81038;RBI=0.0406626;REFB=-0.012289;REVB=-0.040472;RO=49;SAF=11;SAR=8;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20218;STB=0.621249;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0207863;OID=.;OPOS=200956288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:49:49:19:19:0.279412:8:11:20:29:8:11:20:29 chr1 200957691 . G C 78.87 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0300701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.04;QD=28.6783;RBI=0.0762115;REFB=-0.0278083;REVB=0.0700284;RO=2;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176689;STB=0.599781;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00567087;OID=.;OPOS=200957691;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:5:4:2:0:5:4:2:0 chr1 200959302 . G A 179.05 PASS AF=0.580645;AO=17;DP=30;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00883642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.511;QD=23.1028;RBI=0.0263298;REFB=-0.0367457;REVB=0.0248027;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188707;STB=0.612784;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.009878;OID=.;OPOS=200959302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:13:13:17:18:0.580645:8:9:10:3:9:9:10:3 chr1 200959305 . G A 74.65 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0353788;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.678;QD=9.63247;RBI=0.0395057;REFB=-0.0188638;REVB=0.0175796;RO=20;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230451;STB=0.627321;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0849886;OID=.;OPOS=200959305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:32:31:20:21:10:10:0.322581:3:7:10:10:3:7:11:10 chr1 200971353 . A G 142.95 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0421096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1433;QD=10.7884;RBI=0.0451538;REFB=-0.040523;REVB=-0.0162986;RO=34;SAF=6;SAR=12;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123364;STB=0.51427;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.062503;OID=.;OPOS=200971353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:35:18:18:0.339623:12:6:11:23:12:6:11:24 chr1 201009027 . C T 240.87 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0151484;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.408;QD=16.6114;RBI=0.0156691;REFB=-0.0104252;REVB=0.00400555;RO=31;SAF=13;SAR=14;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591833;STB=0.533309;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0117017;OID=.;OPOS=201009027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:31:31:27:27:0.465517:14:13:13:18:14:13:13:18 chr1 201060865 . G A 668.35 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0011927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.39;QD=62.1722;RBI=0.020578;REFB=0;REVB=0.0205434;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000209495;OID=.;OPOS=201060865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr1 201112981 . A G 613.24 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1314;QD=61.3237;RBI=0.0264596;REFB=0;REVB=0.00575211;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481847;OID=.;OPOS=201112981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr1 201115822 . A G 344.25 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.071782;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0434;QD=21.5154;RBI=0.0727594;REFB=-0.0140252;REVB=-0.0118861;RO=30;SAF=26;SAR=9;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792805;STB=0.54947;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0102931;OID=.;OPOS=201115822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:30:29:35:35:0.546875:9:26:20:10:9:26:19:10 chr1 201122947 . T G 784.11 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7879;QD=62.7289;RBI=0.0320407;REFB=0;REVB=0.0184501;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118179;OID=.;OPOS=201122947;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:28:21:0:0:28:22:0:0 chr1 201166383 . G A 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6299;QD=57.5443;RBI=0.0520346;REFB=0;REVB=0.0501632;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377106;OID=.;OPOS=201166383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr1 201166435 . T C 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.725;QD=62.9805;RBI=0.0285417;REFB=0;REVB=-0.0193649;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.71324e-06;OID=.;OPOS=201166435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr1 201168499 . G A 162.95 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00708616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.789;QD=13.0357;RBI=0.00887353;REFB=-0.00820195;REVB=-0.00534096;RO=32;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128634;STB=0.575138;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0151534;OID=.;OPOS=201168499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:8:10:14:18:8:10:14:18 chr1 201175227 . C A 854.08 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00333712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8213;QD=56.0054;RBI=0.0436692;REFB=-0.0286315;REVB=0.0435415;RO=1;SAF=42;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111061;STB=0.50588;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00108422;OID=.;OPOS=201175227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:18:42:1:0:18:42:1:0 chr1 201175715 . G T 666.7 PASS AF=0.956522;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00938466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.859;QD=57.9737;RBI=0.0598481;REFB=-0.0710327;REVB=0.0591077;RO=2;SAF=17;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052086;STB=0.527765;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00291082;OID=.;OPOS=201175715;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:46:2:2:43:44:0.956522:26:17:2:0:27:17:2:0 chr1 201176018 . A G 167.44 PASS AF=0.9375;AO=16;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.035968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3397;QD=41.8604;RBI=0.0495628;REFB=0.0425354;REVB=-0.0340995;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.519974;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.018926;OID=.;OPOS=201176018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:0:1:16:15:0.9375:13:3:0:0:12:3:0:1 chr1 201181223 . A G 727.04 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.802;QD=63.2209;RBI=0.0440263;REFB=0;REVB=0.00756112;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014102;OID=.;OPOS=201181223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:23:22:0:0:23:23:0:0 chr1 201181994 . A G 613.55 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.782;QD=61.3552;RBI=0.0251134;REFB=0;REVB=0.0015689;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.52859e-05;OID=.;OPOS=201181994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr1 201187764 . T C 851.35 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00457081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.256;QD=57.7188;RBI=0.0362115;REFB=0;REVB=0.0359219;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.40605e-05;OID=.;OPOS=201187764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:28:30:0:0:29:30:0:0 chr1 201195119 . C T 558.1 PASS AF=0.518182;AO=57;DP=111;FAO=57;FDP=110;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.021069;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.311;QD=20.2944;RBI=0.0347403;REFB=-0.0148697;REVB=0.0276222;RO=53;SAF=22;SAR=35;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175306;STB=0.596621;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0185229;OID=.;OPOS=201195119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:53:53:57:57:0.518182:35:22:31:22:35:22:31:22 chr1 201285759 . A G 837.22 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00498762;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.842;QD=55.8146;RBI=0.0088436;REFB=-0.147192;REVB=0.00730294;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.509431;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000531368;OID=.;OPOS=201285759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:0:1:59:59:0.983333:33:26:0:0:33:26:1:0 chr1 201289488 . G A 916.95 PASS AF=0.532544;AO=90;DP=169;FAO=90;FDP=169;FR=.;FRO=79;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=0.0313547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.455;QD=21.703;RBI=0.0347939;REFB=-0.0416203;REVB=-0.0150829;RO=78;SAF=52;SAR=38;SRF=35;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110122;STB=0.563262;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0392806;OID=.;OPOS=201289488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:78:79:90:90:0.532544:38:52:35:43:38:52:35:44 chr1 201299263 . A G 1472.48 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.927;QD=63.3326;RBI=0.0370813;REFB=0;REVB=0.00866598;RO=0;SAF=51;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8776e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013328;OID=.;OPOS=201299263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:42:51:0:0:42:51:0:0 chr1 201331554 . T G 229.64 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0796246;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2401;QD=28.7053;RBI=0.0826825;REFB=-0.0363986;REVB=-0.0222783;RO=11;SAF=4;SAR=17;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154536;STB=0.586118;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0164402;OID=.;OPOS=201331554;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:32:32:11:11:21:21:0.65625:17:4:4:7:17:4:4:7 chr1 201334382 . G A 192.99 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0210701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5984;QD=16.4244;RBI=0.03619;REFB=0.0074453;REVB=-0.0294239;RO=26;SAF=11;SAR=9;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269621;STB=0.524813;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.010163;OID=.;OPOS=201334382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:27:20:20:0.425532:9:11:15:11:9:11:16:11 chr1 201341175 . CAGAAG C 179.31 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00203876;FXX=0.0922935;HRUN=1;LEN=5;MLLD=201.385;QD=12.1565;RBI=0.0376348;REFB=-0.0173451;REVB=0.0375796;RO=28;SAF=15;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154193;STB=0.643745;STBP=0.095;TYPE=del;VARB=0.0310583;OID=.;OPOS=201341176;OREF=AGAAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.372881:22:60:22:59:37:15:7:17:20:99:28:15:7:15:13 chr1 201386916 . C T 167.19 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=9.1982e-05;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.678;QD=14.5385;RBI=0.0134352;REFB=-0.000593092;REVB=-0.0134349;RO=27;SAF=6;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122911;STB=0.562429;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000895801;OID=.;OPOS=201386916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:27:28:18:18:0.391304:12:6:12:15:12:6:12:16 chr1 201860626 . A G 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.104437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.979;QD=14.7013;RBI=0.105039;REFB=-0.0163189;REVB=0.0112307;RO=15;SAF=3;SAR=9;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208684;STB=0.512175;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0182889;OID=.;OPOS=201860626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:9:3:4:11:9:3:4:11 chr1 201861016 . C G 262.1 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00365088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.374;QD=25.5703;RBI=0.00948804;REFB=-0.0056018;REVB=0.00875751;RO=15;SAF=8;SAR=16;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532652;STB=0.509083;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0045216;OID=.;OPOS=201861016;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:17:24:24:0.585366:16:8:4:11:16:8:6:11 chr1 201865763 . A G 138.34 PASS AF=0.457143;AO=14;DP=34;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0461739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.2909;QD=15.8105;RBI=0.0466233;REFB=-0.0470189;REVB=0.00645793;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173577;STB=0.598397;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0657431;OID=.;OPOS=201865763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:19:19:14:16:0.457143:8:6:5:14:9:7:5:14 chr1 201869257 . G A 167.17 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0186425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.649;QD=15.1976;RBI=0.0253041;REFB=-0.0191388;REVB=0.01711;RO=23;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131851;STB=0.544221;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0235044;OID=.;OPOS=201869257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:26:18:18:0.409091:11:7:12:11:11:7:12:14 chr1 201952574 . T C 334.42 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.00171;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.182;QD=19.3866;RBI=0.0214826;REFB=0.000678237;REVB=-0.0214144;RO=34;SAF=13;SAR=22;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046102;STB=0.525592;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=-0.000717526;OID=.;OPOS=201952574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:22:13:11:23:22:13:11:23 chr1 201969082 . G A 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0341625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.501;QD=11.7418;RBI=0.0343233;REFB=-0.0131775;REVB=0.00331877;RO=35;SAF=8;SAR=13;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535415;STB=0.52362;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0231239;OID=.;OPOS=201969082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:36:21:21:0.368421:13:8:15:20:13:8:15:21 chr1 201970562 . T C 1920.47 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=127;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000643774;FXX=0.0078734;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.84;QD=60.9672;RBI=0.00108007;REFB=0.0750783;REVB=-0.000867246;RO=1;SAF=58;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00703919;STB=0.503703;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=7.943e-05;OID=.;OPOS=201970562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:126:1:1:125:125:0.992063:67:58:0:1:67:58:0:1 chr1 201981218 . C G 241.12 PASS AF=0.5;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0165317;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.083;QD=20.9669;RBI=0.0167595;REFB=-0.00813527;REVB=0.00275365;RO=24;SAF=3;SAR=20;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196037;STB=0.58386;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00656356;OID=.;OPOS=201981218;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:24:23:23:23:0.5:20:3:6:18:20:3:5:18 chr1 201981862 . T C 42.7 PASS AF=0.269231;AO=3;DP=27;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00149824;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.201;QD=6.56988;RBI=0.00262104;REFB=-0.0137313;REVB=-0.00215061;RO=12;SAF=1;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267894;STB=0.744008;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0151557;OID=.;OPOS=201981862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:27:26:12:19:3:7:0.269231:2:1:7:5:5:2:12:7 chr1 202092332 . C G 41.02 PASS AF=0.466667;AO=6;DP=14;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0470855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=31.5811;QD=10.9378;RBI=0.101096;REFB=-0.0428555;REVB=-0.0894617;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247224;STB=0.615099;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.032574;OID=.;OPOS=202092332;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:14:15:8:8:6:7:0.466667:2:4:7:1:2:5:7:1 chr1 202092360 . G A 250.8 PASS AF=1;AO=17;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.259;QD=50.1604;RBI=0.0551455;REFB=0;REVB=-0.031834;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00048579;OID=.;OPOS=202092360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:17:20:1:4:13:0:0:4:16:0:0 chr1 202092415 . A G 459.97 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000966082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.556;QD=55.7533;RBI=0.0546299;REFB=0;REVB=0.0546213;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010226;OID=.;OPOS=202092415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:33:0:0:28:33:1:13:15:0:0:16:17:0:0 chr1 202092580 . T C 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.992;QD=57.3849;RBI=0.0541765;REFB=0;REVB=0.0489173;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017625;OID=.;OPOS=202092580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr1 202104616 . T A 314.75 PASS AF=0.432099;AO=33;DP=79;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0313963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1747;QD=15.5433;RBI=0.0440521;REFB=-0.0138631;REVB=0.0309008;RO=46;SAF=18;SAR=15;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046859;STB=0.524402;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0142524;OID=.;OPOS=202104616;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:46:46:33:35:0.432099:15:18:23:23:16:19:23:23 chr1 202119546 . C G 169.51 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00626768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.656;QD=16.5376;RBI=0.0284054;REFB=-0.0194528;REVB=-0.0277053;RO=23;SAF=5;SAR=13;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173098;STB=0.599883;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0251851;OID=.;OPOS=202119546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:13:5:10:13:13:5:10:13 chr1 202130671 . G A 65.49 PASS AF=0.375;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=0.0790934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.276;QD=10.9156;RBI=0.0791422;REFB=-0.0130153;REVB=0.00277936;RO=14;SAF=7;SAR=2;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.63616;STB=0.874374;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0186552;OID=.;OPOS=202130671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:24:14:15:9:9:0.375:2:7:1:13:2:7:1:14 chr1 202155543 . A C 413.0 PASS AF=0.403361;AO=43;DP=114;FAO=48;FDP=119;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.0458046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.111;QD=13.8822;RBI=0.0504093;REFB=-0.0264201;REVB=0.0210484;RO=71;SAF=12;SAR=31;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251908;STB=0.585932;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0371998;OID=.;OPOS=202155543;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:119:71:71:43:48:0.403361:31:12:35:36:31:17:35:36 chr1 202156628 . A C 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0147207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.105;QD=15.1012;RBI=0.0199916;REFB=-0.0121832;REVB=-0.0135265;RO=30;SAF=5;SAR=19;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269956;STB=0.648819;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.019202;OID=.;OPOS=202156628;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:31:24:24:0.436364:19:5:13:17:19:5:13:18 chr1 202183308 . C G,T 840.69 PASS AF=0.0666667,0.933333;AO=5,51;DP=56;FAO=4,56;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=4,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0777913,0.0621993;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=33.2954,141.347;QD=56.046;RBI=0.0787176,0.0935423;REFB=0,0;REVB=-0.0120402,0.0698671;RO=0;SAF=1,21;SAR=4,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0925921,0.000763762;OID=.,.;OPOS=202183308,202183308;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:56:60:0:0:5,51:4,56:0.0666667,0.933333:4,30:1,21:0:0:4,33:0,23:0:0 chr1 202200812 . A G 243.94 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0640388;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2476;QD=51.3556;RBI=0.0731784;REFB=0;REVB=-0.0354133;RO=0;SAF=2;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100314;OID=.;OPOS=202200812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:17:2:0:0:17:2:0:0 chr1 202276494 . C T 454.63 PASS AF=0.435897;AO=51;DP=117;FAO=51;FDP=117;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=-0.0488698;FXX=0.00847386;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.804;QD=15.543;RBI=0.0538373;REFB=-0.0106588;REVB=0.0225875;RO=64;SAF=31;SAR=20;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179937;STB=0.501054;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0119455;OID=.;OPOS=202276494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:64:66:51:51:0.435897:20:31:40:24:20:31:40:26 chr1 202287206 . T C 510.01 PASS AF=0.551724;AO=39;DP=87;FAO=48;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00354062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.921;QD=23.4488;RBI=0.00402916;REFB=-0.0284224;REVB=-0.00192305;RO=36;SAF=18;SAR=21;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574403;STB=0.560521;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0195087;OID=.;OPOS=202287206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:36:38:39:48:0.551724:21:18:19:17:28:20:21:17 chr1 202287537 . G A 226.13 PASS AF=0.677419;AO=20;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0184819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.653;QD=29.1777;RBI=0.13925;REFB=-0.037146;REVB=0.138018;RO=11;SAF=11;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118873;STB=0.539839;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0177296;OID=.;OPOS=202287537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:11:10:20:21:0.677419:9:11:4:7:10:11:4:6 chr1 202304868 . T C 370.68 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00542374;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.756;QD=25.1308;RBI=0.038913;REFB=-0.0109389;REVB=0.0385332;RO=23;SAF=20;SAR=16;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552439;STB=0.530286;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00685977;OID=.;OPOS=202304868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:23:23:36:36:0.610169:16:20:11:12:16:20:11:12 chr1 202531741 . C T 377.76 PASS AF=0.430108;AO=38;DP=91;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00836979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.586;QD=16.2477;RBI=0.0160338;REFB=-0.00754279;REVB=0.0136758;RO=53;SAF=26;SAR=12;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171846;STB=0.572844;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00936783;OID=.;OPOS=202531741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:53:53:38:40:0.430108:12:26:28:25:14:26:28:25 chr1 202565948 . G A 372.8 PASS AF=0.413462;AO=41;DP=104;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=0.0349422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0812;QD=14.3385;RBI=0.0462874;REFB=-0.0143109;REVB=0.0303572;RO=61;SAF=20;SAR=21;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130999;STB=0.507606;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0105989;OID=.;OPOS=202565948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:61:61:41:43:0.413462:21:20:29:32:22:21:29:32 chr1 202574784 . G A 157.59 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0451661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.043;QD=11.2563;RBI=0.0471539;REFB=-0.00106826;REVB=0.0135469;RO=36;SAF=12;SAR=8;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141633;STB=0.582651;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00316545;OID=.;OPOS=202574784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:8:12:17:19:8:12:17:19 chr1 202705455 . G C 405.23 PASS AF=0.442105;AO=42;DP=95;FAO=42;FDP=95;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=0.0543194;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.7758;QD=17.0625;RBI=0.0606256;REFB=-0.0103485;REVB=0.0269235;RO=52;SAF=27;SAR=15;SRF=35;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328589;STB=0.510703;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0120843;OID=.;OPOS=202705455;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:52:53:42:42:0.442105:15:27:35:17:15:27:35:18 chr1 202715284 . G A 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00912684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.93;QD=7.25959;RBI=0.0314943;REFB=0.00435978;REVB=-0.0301429;RO=29;SAF=5;SAR=5;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613067;STB=0.538385;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.015797;OID=.;OPOS=202715284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:5:5:13:16:5:5:13:16 chr1 202718202 . G A 210.59 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0430495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1758;QD=19.1445;RBI=0.0484707;REFB=0.00638023;REVB=-0.0222745;RO=22;SAF=14;SAR=7;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276113;STB=0.646013;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.0135923;OID=.;OPOS=202718202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:23:21:21:0.477273:7:14:8:14:7:14:9:14 chr1 202733238 . C T 158.45 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.047165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.89;QD=17.1297;RBI=0.0482355;REFB=-0.0280783;REVB=-0.0101058;RO=20;SAF=4;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238057;STB=0.63756;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0246124;OID=.;OPOS=202733238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:13:4:9:11:13:4:9:11 chr1 202794729 . T C 335.95 PASS AF=0.514706;AO=31;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0196805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0325;QD=19.7618;RBI=0.0228062;REFB=-0.0283019;REVB=-0.0115239;RO=27;SAF=17;SAR=14;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562489;STB=0.556853;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0215609;OID=.;OPOS=202794729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:27:33:31:35:0.514706:14:17:13:14:14:21:16:17 chr1 202794787 . T C 360.12 PASS AF=0.443182;AO=38;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.00834554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.338;QD=16.3689;RBI=0.00901701;REFB=-0.0301461;REVB=0.00341447;RO=49;SAF=17;SAR=21;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123795;STB=0.575208;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0214282;OID=.;OPOS=202794787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:49:38:39:0.443182:21:17:28:21:22:17:28:21 chr1 202795849 . G A 301.77 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0118683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.049;QD=25.1477;RBI=0.0146311;REFB=-7.64806e-05;REVB=0.00855633;RO=21;SAF=15;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252462;STB=0.514008;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.000126492;OID=.;OPOS=202795849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:12:15:11:10:12:15:11:10 chr1 202861342 . A G 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.076;QD=64.4146;RBI=0.033579;REFB=0;REVB=0.0229505;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014208;OID=.;OPOS=202861342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr1 202884063 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00738821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.635;QD=54.5168;RBI=0.026138;REFB=0;REVB=-0.0250721;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012091;OID=.;OPOS=202884063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr1 202888947 . T C 696.35 PASS AF=0.962264;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0167877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.391;QD=52.5549;RBI=0.0374905;REFB=0.0104677;REVB=0.0335217;RO=1;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209158;STB=0.501866;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=2.34736e-05;OID=.;OPOS=202888947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:53:1:2:50:51:0.962264:22:28:0:1:23:28:1:1 chr1 202932154 . G A 367.42 PASS AF=0.46988;AO=38;DP=82;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.00112822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.426;QD=17.7068;RBI=0.00332016;REFB=-0.0177744;REVB=0.0031226;RO=43;SAF=25;SAR=13;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782794;STB=0.540962;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0174145;OID=.;OPOS=202932154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:43:44:38:39:0.46988:13:25:25:18:14:25:25:19 chr1 202935911 . T C 301.92 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0218039;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.452;QD=24.6466;RBI=0.0223514;REFB=-0.0106029;REVB=0.00491683;RO=22;SAF=16;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761434;STB=0.542341;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0120643;OID=.;OPOS=202935911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:22:22:27:27:0.55102:11:16:11:11:11:16:11:11 chr1 203004367 . C T 705.22 PASS AF=0.425414;AO=76;DP=181;FAO=77;FDP=181;FR=.;FRO=104;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=49;FSRR=55;FWDB=0.0393207;FXX=0.0109284;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.532;QD=15.5849;RBI=0.0396118;REFB=-0.0253196;REVB=0.00479358;RO=102;SAF=39;SAR=37;SRF=48;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436479;STB=0.520293;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0345192;OID=.;OPOS=203004367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:102:104:76:77:0.425414:37:39:48:54:38:39:49:55 chr1 203008174 . G C 589.81 PASS AF=1;AO=34;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00964399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.833;QD=60.4928;RBI=0.0222363;REFB=0;REVB=0.0200362;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126389;OID=.;OPOS=203008174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:34:39:1:19:15:0:0:22:17:0:0 chr1 203008286 . C G 230.12 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0813257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.234;QD=14.3827;RBI=0.0819949;REFB=-0.0224279;REVB=-0.0104545;RO=35;SAF=16;SAR=11;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00764988;STB=0.501198;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0274441;OID=.;OPOS=203008286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:37:27:27:0.421875:11:16:21:14:11:16:22:15 chr1 203025583 . G A 70.2 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0512922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.6836;QD=10.3996;RBI=0.0583635;REFB=-0.0330512;REVB=0.0278462;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522173;STB=0.531188;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0549011;OID=.;OPOS=203025583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:27:27:17:17:10:10:0.37037:6:4:6:11:6:4:6:11 chr1 203040816 . G C 317.01 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00425091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.229;QD=17.8595;RBI=0.00441597;REFB=-0.0334619;REVB=0.00119605;RO=37;SAF=21;SAR=13;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744585;STB=0.541678;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0343045;OID=.;OPOS=203040816;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:13:21:20:17:13:21:20:17 chr1 203053768 . T C 249.53 PASS AF=0.414286;AO=28;DP=69;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=0.000338944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.733;QD=14.2589;RBI=0.00911102;REFB=-0.0157777;REVB=-0.00910471;RO=41;SAF=19;SAR=9;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00521302;STB=0.518179;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0262416;OID=.;OPOS=203053768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:41:41:28:29:0.414286:9:19:28:13:10:19:28:13 chr1 203135840 . CT C 244.58 PASS AF=0.533333;AO=46;DP=89;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0190932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.7901;QD=10.8703;RBI=0.0227684;REFB=0.0212673;REVB=0.0124035;RO=41;SAF=18;SAR=28;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105506;STB=0.571398;STBP=0.167;TYPE=del;VARB=-0.0125285;OID=.;OPOS=203135841;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333:46:89:48:90:42:18:30:22:20:99:41:18:28:21:20 chr1 203140671 . G A 406.4 PASS AF=0.5;AO=40;DP=81;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.000195734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.159;QD=19.8244;RBI=0.0310937;REFB=0.0170415;REVB=0.031093;RO=36;SAF=26;SAR=14;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036112;STB=0.552404;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.0180143;OID=.;OPOS=203140671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:36:41:40:41:0.5:14:26:22:14:14:27:23:18 chr1 203144833 . G A 65.27 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0277656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7612;QD=10.878;RBI=0.0314447;REFB=-0.0257472;REVB=0.0147594;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212338;STB=0.62828;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0478165;OID=.;OPOS=203144833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:6:3:8:7:6:3:8:7 chr1 203148633 . A G 483.27 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.3;QD=58.5785;RBI=0.0323072;REFB=0;REVB=0.00874534;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414858;OID=.;OPOS=203148633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr1 203152801 . T C 261.39 PASS AF=0.5;AO=28;DP=57;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0164415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.334;QD=18.0265;RBI=0.0189798;REFB=-0.0035145;REVB=0.00948205;RO=28;SAF=9;SAR=19;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169759;STB=0.593481;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00899491;OID=.;OPOS=203152801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:28:29:28:29:0.5:19:9:14:14:20:9:14:15 chr1 203186950 . C CAGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT 71.23 PASS AF=0.30303;AO=6;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0111429;FXX=0;HRUN=1;LEN=24;MLLD=544.732;QD=8.63366;RBI=0.0155485;REFB=-0.0092334;REVB=0.010844;RO=23;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222785;STB=0.741662;STBP=0.148;TYPE=ins;VARB=0.0102884;OID=.;OPOS=203186951;OREF=-;OALT=AGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT;OMAPALT=CAGACCATGGCCCCGCCCAGTCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.30303:6:33:10:33:23:1:9:7:16:71:23:1:5:7:16 chr1 203309880 . G A 405.52 PASS AF=0.5;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=0.00538403;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=208.154;QD=19.7817;RBI=0.00712033;REFB=-0.0154149;REVB=-0.00465954;RO=20;SAF=22;SAR=19;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100037;STB=0.599469;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0139628;OID=.;OPOS=203309880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:20:41:41:41:0.5:19:22:14:6:19:22:30:11 chr1 203309966 . G C 899.79 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0887156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.0375;QD=58.0507;RBI=0.107811;REFB=0;REVB=-0.0612605;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284892;OID=.;OPOS=203309966;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:27:33:0:0:27:35:0:0 chr1 203317162 . C T 37.77 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0122933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.024;QD=9.44306;RBI=0.0217987;REFB=-0.0168731;REVB=-0.0180015;RO=10;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267756;STB=0.666111;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0240743;OID=.;OPOS=203317162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:2:4:4:6:2:4:4:6 chr1 203458278 . C G 213.52 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=1;FWDB=-0.0412986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4304;QD=16.1147;RBI=0.0443487;REFB=0.00579827;REVB=-0.0161627;RO=29;SAF=20;SAR=4;SRF=28;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286555;STB=0.657436;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.00861073;OID=.;OPOS=203458278;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:4:20:28:1:4:20:28:1 chr1 203652444 . A G 905.68 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00828321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.864;QD=56.6053;RBI=0.0183542;REFB=0.0267725;REVB=0.0163788;RO=1;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122662;STB=0.506491;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00043083;OID=.;OPOS=203652444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:38:25:0:1:38:25:0:1 chr1 203667409 . T C 1119.72 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018226;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.2201;QD=60.5254;RBI=0.0286618;REFB=0;REVB=-0.0221204;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.14143e-05;OID=.;OPOS=203667409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr1 203681085 . T C 185.08 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0109344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7696;QD=19.4824;RBI=0.0120112;REFB=0.00848736;REVB=0.00497063;RO=19;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973127;STB=0.554857;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.0122114;OID=.;OPOS=203681085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:11:8:6:13:11:8:6:13 chr1 203712996 . T C 384.15 PASS AF=0.45977;AO=40;DP=87;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.0350044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.481;QD=17.662;RBI=0.038042;REFB=-0.0023586;REVB=0.0148959;RO=47;SAF=19;SAR=21;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110587;STB=0.561709;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00164624;OID=.;OPOS=203712996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:47:40:40:0.45977:21:19:17:30:21:19:17:30 chr1 203713133 . G A 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00478135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.97;QD=17.6897;RBI=0.019468;REFB=-0.0223198;REVB=-0.0188718;RO=25;SAF=6;SAR=15;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344284;STB=0.687317;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0192998;OID=.;OPOS=203713133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:26:21:21:0.446809:15:6:16:9:15:6:16:10 chr1 203768328 . T C 1249.78 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0082552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9767;QD=60.2302;RBI=0.03222;REFB=-0.0348519;REVB=-0.0311446;RO=1;SAF=39;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119881;STB=0.506328;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00454516;OID=.;OPOS=203768328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:43:39:1:0:43:39:1:0 chr1 203769532 . G A 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.642;QD=56.1905;RBI=0.0258859;REFB=0;REVB=0.0187643;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229069;OID=.;OPOS=203769532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr1 203787700 . T C 731.76 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227298;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.096;QD=56.289;RBI=0.0243735;REFB=0;REVB=-0.00879907;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180215;OID=.;OPOS=203787700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:24:27:0:0:25:27:0:0 chr1 204110334 . A G 375.85 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2339;QD=55.6816;RBI=0.0447488;REFB=0;REVB=0.00429264;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114158;OID=.;OPOS=204110334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:11:15:0:0:11:16:0:0 chr1 204230581 . G A 1154.04 PASS AF=0.912088;AO=80;DP=90;FAO=83;FDP=91;FR=.;FRO=8;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0346758;FXX=0.0108684;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.048;QD=50.7269;RBI=0.0409324;REFB=-0.149272;REVB=0.0217498;RO=9;SAF=36;SAR=44;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415403;STB=0.513661;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00387414;OID=.;OPOS=204230581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:90:91:9:8:80:83:0.912088:44:36:6:3:44:39:5:3 chr1 204237416 . C T 1486.26 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246272;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.132;QD=60.0509;RBI=0.0290725;REFB=0;REVB=0.0154503;RO=0;SAF=32;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112885;OID=.;OPOS=204237416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:99:0:0:97:99:1:65:32:0:0:67:32:0:0 chr1 204242838 . A C 848.75 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.857;QD=57.542;RBI=0.0429893;REFB=0;REVB=0.0321147;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40058e-05;OID=.;OPOS=204242838;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:59:0:0:54:59:1:21:33:0:0:26:33:0:0 chr1 204379617 . T C 1659.61 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00309813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.362;QD=60.3495;RBI=0.00927059;REFB=0;REVB=0.00873759;RO=0;SAF=50;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49535e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47319e-06;OID=.;OPOS=204379617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:60:50:0:0:60:50:0:0 chr1 204403659 . A G 746.99 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9108;QD=63.5737;RBI=0.0404182;REFB=0;REVB=-0.0298392;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000677955;OID=.;OPOS=204403659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr1 204425028 . G A 716.6 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202693;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.737;QD=57.328;RBI=0.0644964;REFB=0;REVB=0.0612286;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372942;OID=.;OPOS=204425028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr1 204436066 . G A 134.13 PASS AF=0.361702;AO=15;DP=46;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=0.0406448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4604;QD=11.4149;RBI=0.0515903;REFB=-0.0282371;REVB=0.0317735;RO=28;SAF=11;SAR=4;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263558;STB=0.521448;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0500153;OID=.;OPOS=204436066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:28:30:15:17:0.361702:4:11:20:8:5:12:22:8 chr1 204438334 . C T 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0278201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.2;QD=14.6538;RBI=0.0601645;REFB=-0.0345186;REVB=-0.0533461;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0170668;OID=.;OPOS=204438334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:5:3:3:5:5:3:3:5 chr1 204438643 . G T 150.07 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0148676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.646;QD=19.3638;RBI=0.015168;REFB=-0.0115452;REVB=-0.00300379;RO=15;SAF=11;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304761;STB=0.67325;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0218169;OID=.;OPOS=204438643;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:5:11:5:10:5:11:5:10 chr1 204501383 . C T 267.74 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0228225;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.646;QD=27.46;RBI=0.0269971;REFB=-0.000226366;REVB=0.0144213;RO=15;SAF=13;SAR=11;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144045;STB=0.579552;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=-5.55053e-05;OID=.;OPOS=204501383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:15:15:24:24:0.615385:11:13:5:10:11:13:5:10 chr1 204531623 . C T 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0259125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.125;QD=19.1086;RBI=0.0388084;REFB=0.00825698;REVB=0.02889;RO=6;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.58021;STB=0.84124;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00184369;OID=.;OPOS=204531623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:8:1:5:1:8:1:5:1 chr1 204587240 . G A 235.81 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0101648;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.443;QD=15.4628;RBI=0.033729;REFB=-0.0125452;REVB=0.0321609;RO=34;SAF=10;SAR=17;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729927;STB=0.54137;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0187145;OID=.;OPOS=204587240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:34:34:27:27:0.442623:17:10:15:19:17:10:15:19 chr1 204590044 . G A 264.06 PASS AF=0.461538;AO=29;DP=64;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0119447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.285;QD=16.25;RBI=0.0139606;REFB=-0.0115274;REVB=-0.00722656;RO=35;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641952;STB=0.52565;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0249472;OID=.;OPOS=204590044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:35:35:29:30:0.461538:13:16:17:18:14:16:17:18 chr1 204591237 . A G 195.84 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00583725;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.194;QD=15.3599;RBI=0.00584307;REFB=-0.0172155;REVB=-0.000260672;RO=29;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00630218;STB=0.503594;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0274575;OID=.;OPOS=204591237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:29:29:22:22:0.431373:10:12:16:13:10:12:16:13 chr1 204943947 . C A 207.76 PASS AF=0.45098;AO=22;DP=50;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.0393522;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.686;QD=16.2949;RBI=0.0473049;REFB=-0.0241753;REVB=-0.0262518;RO=28;SAF=12;SAR=10;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321393;STB=0.666536;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.027477;OID=.;OPOS=204943947;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:28:28:22:23:0.45098:10:12:6:22:11:12:6:22 chr1 204948108 . G A 402.15 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00555932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.864;QD=21.7376;RBI=0.0504847;REFB=-0.0157774;REVB=0.0501777;RO=34;SAF=27;SAR=13;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203653;STB=0.612708;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0079704;OID=.;OPOS=204948108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:13:27:15:19:13:27:15:19 chr1 204966428 . C G 254.49 PASS AF=0.69697;AO=18;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.290588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6235;QD=30.8468;RBI=0.292524;REFB=-0.0616146;REVB=0.0335987;RO=10;SAF=4;SAR=14;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209076;STB=0.562448;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0285053;OID=.;OPOS=204966428;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:10:10:18:23:0.69697:14:4:2:8:14:9:2:8 chr1 204966690 . G A 975.88 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-9.7314e-05;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.97;QD=59.1442;RBI=0.0109831;REFB=0;REVB=0.0109827;RO=0;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249504;OID=.;OPOS=204966690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:24:42:0:0:24:42:0:0 chr1 204970302 . T C 309.21 PASS AF=0.5;AO=30;DP=63;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0184615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.668;QD=18.7399;RBI=0.019048;REFB=-0.015497;REVB=-0.00469058;RO=32;SAF=20;SAR=10;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244669;STB=0.622148;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0243775;OID=.;OPOS=204970302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:66:32:33:30:33:0.5:10:20:13:19:12:21:13:20 chr1 204978533 . A G 144.51 PASS AF=0.432432;AO=15;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0215628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.852;QD=15.6223;RBI=0.0330954;REFB=-0.0228045;REVB=-0.0251068;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820866;STB=0.513497;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.030525;OID=.;OPOS=204978533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:21:15:16:0.432432:7:8:9:11:8:8:10:11 chr1 205027737 . G A 432.37 PASS AF=0.457143;AO=45;DP=102;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.011576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.773;QD=16.4713;RBI=0.0131236;REFB=-0.0211221;REVB=0.00618269;RO=57;SAF=23;SAR=22;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198223;STB=0.50476;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0244012;OID=.;OPOS=205027737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:105:57:57:45:48:0.457143:22:23:28:29:24:24:28:29 chr1 205031116 . C T 1399.67 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0507914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2567;QD=61.524;RBI=0.0595057;REFB=-0.0279747;REVB=-0.0310025;RO=1;SAF=44;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106505;STB=0.505617;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00068632;OID=.;OPOS=205031116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:46:44:1:0:46:44:1:0 chr1 205041158 . C T 888.07 PASS AF=0.558442;AO=86;DP=154;FAO=86;FDP=154;FR=.;FRO=68;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.0054566;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.073;QD=23.0669;RBI=0.0204326;REFB=-0.04957;REVB=0.0196906;RO=68;SAF=44;SAR=42;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332143;STB=0.518112;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0304643;OID=.;OPOS=205041158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:68:68:86:86:0.558442:42:44:32:36:42:44:32:36 chr1 205052939 . G A 538.41 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00791224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.46;QD=59.8235;RBI=0.0262815;REFB=0;REVB=0.0250622;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.82712e-05;OID=.;OPOS=205052939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr1 205053219 . C T 888.78 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0105982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.142;QD=56.4305;RBI=0.0150229;REFB=-0.118031;REVB=0.0106473;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509801;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=2.81628e-06;OID=.;OPOS=205053219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:25:37:0:0:25:37:0:1 chr1 205056844 . T TTA 121.44 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0316399;FXX=0.0666222;HRUN=5;LEN=2;MLLD=279.013;QD=34.6966;RBI=0.0385845;REFB=-0.0146445;REVB=0.0220834;RO=3;SAF=9;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128918;STB=0.549921;STBP=0.612;TYPE=ins;VARB=0.00254008;OID=.;OPOS=205056845;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:12:15:12:14:2:9:3:2:0:10:3:9:3:3:0 chr1 205113595 . AG CA 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0255586;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=224.892;QD=23.598;RBI=0.0269679;REFB=-0.0228504;REVB=0.00860358;RO=21;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00950496;STB=0.505296;STBP=0.951;TYPE=mnp;VARB=0.0183183;OID=.;OPOS=205113595;OREF=AG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:11:14:12:9:11:14:12:9 chr1 205129319 . G A 214.89 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0274393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.2199;QD=21.4885;RBI=0.0290494;REFB=-0.0274223;REVB=-0.00953693;RO=19;SAF=6;SAR=15;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176923;STB=0.5999;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0138509;OID=.;OPOS=205129319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:15:6:9:10:15:6:9:10 chr1 205130413 . A G 805.08 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.551;QD=64.4066;RBI=0.0577994;REFB=0;REVB=-0.0503778;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.18465e-05;OID=.;OPOS=205130413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr1 205275421 . A G 1012.03 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362691;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.525;QD=59.5314;RBI=0.0398918;REFB=0;REVB=0.0166105;RO=0;SAF=21;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102527;OID=.;OPOS=205275421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:46:21:0:0:46:22:0:0 chr1 205306590 . G A 476.93 PASS AF=0.584416;AO=45;DP=77;FAO=45;FDP=77;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0182323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.044;QD=24.7753;RBI=0.0200324;REFB=-0.0242814;REVB=0.00829938;RO=32;SAF=13;SAR=32;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076475;STB=0.541986;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0148986;OID=.;OPOS=205306590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:32:32:45:45:0.584416:32:13:12:20:32:13:12:20 chr1 205353492 . A C 249.28 PASS AF=0.509804;AO=23;DP=48;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0169369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.269;QD=19.551;RBI=0.0181236;REFB=-0.0135093;REVB=0.00645027;RO=25;SAF=12;SAR=11;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185455;STB=0.58817;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0162811;OID=.;OPOS=205353492;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:51:25:25:23:26:0.509804:11:12:8:17:13:13:8:17 chr1 205492756 . A G 44.88 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00974355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.899;QD=6.1899;RBI=0.0304499;REFB=-0.00486386;REVB=-0.0288489;RO=20;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195617;STB=0.621021;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0114977;OID=.;OPOS=205492756;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:28:29:20:22:7:7:0.241379:4:3:12:8:4:3:13:9 chr1 205498843 . G T 219.44 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0174343;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.8818;QD=17.5554;RBI=0.0174408;REFB=0.0179499;REVB=-0.000476432;RO=28;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905762;STB=0.551613;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.0226003;OID=.;OPOS=205498843;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:13:9:14:14:13:9:14:14 chr1 205501843 . A G 280.88 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=20;FWDB=0.000764955;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.39;QD=22.4702;RBI=0.0453497;REFB=-0.0258418;REVB=-0.0453433;RO=22;SAF=6;SAR=22;SRF=2;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161956;STB=0.588729;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0307061;OID=.;OPOS=205501843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:22:6:2:20:22:6:2:20 chr1 205570406 . T A 673.09 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0292432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.34;QD=59.8302;RBI=0.0353135;REFB=-0.124456;REVB=-0.019796;RO=1;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028453;STB=0.515145;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00190427;OID=.;OPOS=205570406;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:16:28:0:1:16:28:0:1 chr1 205588637 . C T 223.18 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.566;QD=49.596;RBI=0.0247784;REFB=0;REVB=0.0187084;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157639;OID=.;OPOS=205588637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:7:10:0:0:8:10:0:0 chr1 205589574 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00187693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.762;QD=51.9158;RBI=0.0361255;REFB=0;REVB=0.0360767;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000951266;OID=.;OPOS=205589574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr1 205626995 . C G 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7635;QD=44.6854;RBI=0.027577;REFB=0;REVB=0.0190392;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.366e-05;OID=.;OPOS=205626995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr1 205627101 . ACC AC,A 249.72 PASS AF=1,0;AO=21,7;DP=30;FAO=31,0;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.120468,-0.0684371;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=11.2854,7.77448;QD=32.2224;RBI=0.192928,0.105728;REFB=0,0;REVB=-0.150694,-0.0805906;RO=1;SAF=14,5;SAR=7,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0614156,0.173072;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00812355,0;OID=.,.;OPOS=205627102,205627102;OREF=C,CC;OALT=-,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:21,7:30:31,0:31:0:20,0:11,0:0:0:5:1:14,5:7,2:0:1 chr1 205738166 . T C 175.08 PASS AF=1;AO=12;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.063;QD=46.6876;RBI=0.0562897;REFB=0;REVB=0.051805;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487273;OID=.;OPOS=205738166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:12:15:1:8:4:0:0:10:5:0:0 chr1 205779231 . G A 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0300412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.62;QD=15.577;RBI=0.0301896;REFB=-0.0137281;REVB=-0.00298903;RO=30;SAF=16;SAR=8;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202595;STB=0.615286;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0135246;OID=.;OPOS=205779231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:8:16:14:16:8:16:14:16 chr1 205811828 . A T 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00346661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2188;QD=15.5773;RBI=0.0217461;REFB=-0.0209916;REVB=-0.0214681;RO=30;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0160143;OID=.;OPOS=205811828;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:12:12:15:15:12:12:15:15 chr1 205814497 . T C 277.51 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.00840291;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.52;QD=18.5007;RBI=0.0234858;REFB=-0.0167081;REVB=0.0219311;RO=29;SAF=9;SAR=21;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291528;STB=0.671116;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0151785;OID=.;OPOS=205814497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:30:30:30:0.5:21:9:18:11:21:9:19:11 chr1 205817018 . T C 128.87 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0269442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5993;QD=21.4776;RBI=0.0353158;REFB=-0.0498035;REVB=-0.0228301;RO=10;SAF=8;SAR=6;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338607;STB=0.689409;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0217987;OID=.;OPOS=205817018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:6:8:1:9:6:8:1:9 chr1 205819039 . C T 154.37 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00817993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0277;QD=14.3603;RBI=0.0515942;REFB=-0.0113415;REVB=0.0509416;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125103;STB=0.507034;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0148668;OID=.;OPOS=205819039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:26:17:17:0.395349:7:10:15:10:7:10:15:11 chr1 205819104 . G A 327.51 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00589902;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.689;QD=20.4691;RBI=0.0107027;REFB=-0.018001;REVB=0.00893022;RO=29;SAF=13;SAR=21;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198735;STB=0.602717;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0141695;OID=.;OPOS=205819104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:29:30:34:34:0.53125:21:13:18:11:21:13:18:12 chr1 206516261 . C T 272.71 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=35;FWDB=0.0181985;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7234;QD=13.8083;RBI=0.0221952;REFB=-0.0146265;REVB=0.012706;RO=47;SAF=10;SAR=21;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570603;STB=0.53689;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0422873;OID=.;OPOS=206516261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:47:48:31:31:0.392405:21:10:13:34:21:10:13:35 chr1 206566195 . C T 74.25 PASS AF=0.123188;AO=16;DP=137;FAO=17;FDP=138;FR=.;FRO=121;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=86;FWDB=0.0285655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4725;QD=2.15207;RBI=0.0286193;REFB=-0.000494552;REVB=0.00175437;RO=121;SAF=1;SAR=15;SRF=35;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432581;STB=0.84901;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00890083;OID=.;OPOS=206566195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:137:138:121:121:16:17:0.123188:15:1:35:86:16:1:35:86 chr1 206566904 . T C 397.72 PASS AF=0.38843;AO=44;DP=117;FAO=47;FDP=121;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.0363569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.328;QD=13.1479;RBI=0.0373211;REFB=-0.0327516;REVB=-0.00842838;RO=72;SAF=27;SAR=17;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12621;STB=0.559375;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0412679;OID=.;OPOS=206566904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:121:72:74:44:47:0.38843:17:27:36:36:19:28:37:37 chr1 206603535 . G A 118.77 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0202333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.897;QD=13.1967;RBI=0.0215655;REFB=-0.00839594;REVB=0.0074622;RO=22;SAF=9;SAR=5;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00734615;STB=0.504304;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0155309;OID=.;OPOS=206603535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:5:9:14:8:5:9:14:8 chr1 206626607 . G A 254.09 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0104395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5435;QD=17.8311;RBI=0.0151329;REFB=-0.009845;REVB=-0.0109554;RO=28;SAF=16;SAR=12;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659301;STB=0.525755;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0299407;OID=.;OPOS=206626607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:29:28:28:0.491228:12:16:18:10:12:16:18:11 chr1 206635570 . C T 302.56 PASS AF=0.353535;AO=33;DP=97;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=-0.00526692;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=238.722;QD=12.2247;RBI=0.00737492;REFB=-0.010006;REVB=-0.00516227;RO=63;SAF=20;SAR=13;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268677;STB=0.634487;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0198353;OID=.;OPOS=206635570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:63:64:33:35:0.353535:13:20:23:40:15:20:23:41 chr1 206637395 . C T 123.72 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0147333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.545;QD=17.0652;RBI=0.0312466;REFB=0.0118947;REVB=0.027555;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347727;STB=0.519971;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.0145585;OID=.;OPOS=206637395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:8:6:7:8:8:6:7:8 chr1 206647742 . A G 1080.07 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00734139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1121;QD=60.0038;RBI=0.075731;REFB=0;REVB=-0.0753743;RO=0;SAF=28;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000655803;OID=.;OPOS=206647742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:44:28:0:0:44:28:0:0 chr1 206647787 . T C 1190.42 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000819657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.878;QD=61.0474;RBI=0.0481656;REFB=0;REVB=0.0481586;RO=0;SAF=29;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.92199e-05;OID=.;OPOS=206647787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:47:29:0:0:49:29:0:0 chr1 206651107 . G A 731.15 PASS AF=0.963636;AO=54;DP=57;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0287783;FXX=0.0350816;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.641;QD=53.1744;RBI=0.0896305;REFB=-0.120397;REVB=0.0848849;RO=1;SAF=35;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132766;STB=0.51428;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0005493;OID=.;OPOS=206651107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:55:1:2:54:53:0.963636:19:35:1:0:19:34:2:0 chr1 206665052 . C T 326.34 PASS AF=0.75;AO=27;DP=36;FAO=27;FDP=36;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0203625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.014;QD=36.2595;RBI=0.0241448;REFB=0.0261994;REVB=-0.0129747;RO=8;SAF=8;SAR=19;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389148;STB=0.542824;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.00344303;OID=.;OPOS=206665052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:8:9:27:27:0.75:19:8:3:5:19:8:4:5 chr1 206665837 . G A 207.8 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00750428;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.624;QD=17.6854;RBI=0.0077851;REFB=-0.00210476;REVB=0.00207207;RO=26;SAF=9;SAR=12;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699397;STB=0.539839;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00164527;OID=.;OPOS=206665837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:12:9:13:13:12:9:13:13 chr1 206665896 . C G 202.01 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0107722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.969;QD=21.2644;RBI=0.0184184;REFB=-0.0249588;REVB=0.0149398;RO=18;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976358;STB=0.505489;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0193547;OID=.;OPOS=206665896;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:12:8:7:11:12:8:7:11 chr1 206669465 . C T 311.3 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.00352779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2234;QD=19.157;RBI=0.0134745;REFB=-0.0105307;REVB=-0.0130045;RO=31;SAF=25;SAR=8;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199466;STB=0.505047;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0118704;OID=.;OPOS=206669465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:32:33:33:0.507692:8:25:24:7:8:25:24:8 chr1 206757857 . C A 888.76 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0138959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5653;QD=55.5474;RBI=0.0210326;REFB=-0.149231;REVB=0.0157885;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.506847;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00384506;OID=.;OPOS=206757857;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:62:63:0.984375:35:27:0:0:36:27:0:1 chr1 206758077 . T A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.694;QD=33.4285;RBI=0.0189653;REFB=0;REVB=0.0189653;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351774;OID=.;OPOS=206758077;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr1 206773659 . A G 948.91 PASS AF=1;AO=30;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.323;QD=58.3944;RBI=0.144949;REFB=0;REVB=0.136319;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132978;OID=.;OPOS=206773659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:30:65:1:17:13:0:0:24:41:0:0 chr1 207015957 . T C 539.46 PASS AF=0.525773;AO=51;DP=97;FAO=51;FDP=97;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.0101036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2008;QD=22.2457;RBI=0.0152816;REFB=0.0137281;REVB=0.0114649;RO=46;SAF=20;SAR=31;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222389;STB=0.622442;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0116929;OID=.;OPOS=207015957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:46:46:51:51:0.525773:31:20:30:16:31:20:30:16 chr1 207110936 . T C 197.46 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.012709;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.024;QD=14.6268;RBI=0.0150955;REFB=-0.0178617;REVB=-0.00814591;RO=31;SAF=10;SAR=13;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146121;STB=0.583261;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0174435;OID=.;OPOS=207110936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:31:31:23:23:0.425926:13:10:18:13:13:10:18:13 chr1 207132345 . A G 95.63 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0181839;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.605;QD=11.5913;RBI=0.071527;REFB=-0.00529897;REVB=-0.069177;RO=21;SAF=2;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35202;STB=0.713877;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0198273;OID=.;OPOS=207132345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:10:2:9:12:10:2:9:12 chr1 207140440 . C T 136.7 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0100617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.615;QD=10.9363;RBI=0.0112832;REFB=-0.0145623;REVB=-0.00510609;RO=34;SAF=6;SAR=10;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241349;STB=0.643387;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0242175;OID=.;OPOS=207140440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:10:6:20:14:10:6:20:14 chr1 207143422 . A G 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00432635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.056;QD=12.0146;RBI=0.027304;REFB=0.00150694;REVB=-0.0269591;RO=34;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127809;STB=0.574002;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.00694102;OID=.;OPOS=207143422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:10:10:13:21:10:10:13:21 chr1 207195779 . A G 162.02 PASS AF=0.9375;AO=14;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0818216;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0124;QD=40.5042;RBI=0.106429;REFB=0.00422978;REVB=0.068061;RO=2;SAF=9;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347762;STB=0.526281;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.000289649;OID=.;OPOS=207195779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:2:1:14:15:0.9375:5:9:1:1:6:9:1:0 chr1 207217359 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.307;QD=42.1825;RBI=0.0266329;REFB=0;REVB=0.0189299;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000552977;OID=.;OPOS=207217359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr1 207220800 . C A 233.68 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0407272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0162;QD=24.5974;RBI=0.0539101;REFB=0.00593404;REVB=-0.0353212;RO=16;SAF=12;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128295;STB=0.571364;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00729092;OID=.;OPOS=207220800;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:10:12:6:10:10:12:6:10 chr1 207221612 . C T 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0185644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.055;QD=16.4176;RBI=0.0384467;REFB=0.0103695;REVB=-0.0336676;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239999;STB=0.63619;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.0160394;OID=.;OPOS=207221612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:6:8:13:3:6:8:13:3 chr1 207263829 . A G 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00155688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.088;QD=14.2622;RBI=0.0135951;REFB=-0.00616945;REVB=-0.0135057;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861018;STB=0.549938;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0125764;OID=.;OPOS=207263829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:8:8:14:10:8:8:14:10 chr1 207297680 . T C 370.45 PASS AF=0.666667;AO=33;DP=51;FAO=34;FDP=51;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00312063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.519;QD=29.0552;RBI=0.0142336;REFB=0.0132007;REVB=-0.0138873;RO=17;SAF=18;SAR=15;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467377;STB=0.529599;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00810831;OID=.;OPOS=207297680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:17:17:33:34:0.666667:15:18:8:9:15:19:8:9 chr1 207653395 . C A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0045325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.348;QD=64.153;RBI=0.0148252;REFB=0;REVB=0.0141154;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49215e-05;OID=.;OPOS=207653395;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:31:18:0:0:31:18:0:0 chr1 207679307 . A G 2343.72 PASS AF=0.981132;AO=156;DP=161;FAO=156;FDP=159;FR=.;FRO=3;FSAF=86;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0101956;FXX=0.0124216;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.453;QD=58.9614;RBI=0.0463741;REFB=-0.00410535;REVB=0.0452394;RO=3;SAF=86;SAR=70;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00418657;STB=0.502201;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=9.8883e-05;OID=.;OPOS=207679307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:161:159:3:3:156:156:0.981132:70:86:2:1:70:86:2:1 chr1 207760773 . C T 1098.71 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.107;QD=60.2031;RBI=0.0290063;REFB=0;REVB=-0.00145902;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7889e-05;OID=.;OPOS=207760773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:42:31:0:0:42:31:0:0 chr1 207782916 . A T 1026.82 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00353644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8261;QD=58.6754;RBI=0.0205476;REFB=0;REVB=0.0202409;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000710516;OID=.;OPOS=207782916;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:70:0:0:65:70:1:32:33:0:0:37:33:0:0 chr1 207795320 . A G 1631.47 PASS AF=0.982301;AO=107;DP=109;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00216469;FXX=0.0173898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6307;QD=57.7511;RBI=0.0622561;REFB=-0.0850761;REVB=0.0622185;RO=2;SAF=57;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00114381;STB=0.500239;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00139572;OID=.;OPOS=207795320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:109:113:2:2:107:111:0.982301:50:57:1:1:54:57:1:1 chr1 207812791 . A G 424.18 PASS AF=0.472527;AO=43;DP=91;FAO=43;FDP=91;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00650618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.191;QD=18.6451;RBI=0.00907431;REFB=-0.011317;REVB=0.00632556;RO=47;SAF=19;SAR=24;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448689;STB=0.53085;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0150038;OID=.;OPOS=207812791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:47:48:43:43:0.472527:24:19:23:24:24:19:24:24 chr1 207851611 . A G 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.688;QD=59.323;RBI=0.0367209;REFB=0;REVB=0.0347795;RO=0;SAF=45;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.85728e-05;OID=.;OPOS=207851611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:23:45:0:0:23:45:0:0 chr1 207857254 . A G 364.54 PASS AF=0.398148;AO=42;DP=108;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=0.0303142;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3293;QD=13.5016;RBI=0.035021;REFB=-0.022497;REVB=0.0175362;RO=65;SAF=22;SAR=20;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13211;STB=0.580622;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0422924;OID=.;OPOS=207857254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:65:65:42:43:0.398148:20:22:26:39:20:23:26:39 chr1 207875116 . GAGA G 191.74 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.00171082;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=3;MLLD=261.707;QD=28.4054;RBI=0.00894738;REFB=-0.0237795;REVB=0.00878229;RO=7;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173455;STB=0.534847;STBP=0.772;TYPE=del;VARB=0.0131035;OID=.;OPOS=207875117;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:18:28:18:27:9:3:15:1:8:66:7:3:15:0:7 chr1 207881557 . A G 582.03 PASS AF=0.418919;AO=62;DP=149;FAO=62;FDP=148;FR=.;FRO=86;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=46;FSRR=40;FWDB=0.0149237;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.125;QD=15.7305;RBI=0.0160489;REFB=-0.010608;REVB=-0.00590326;RO=86;SAF=23;SAR=39;SRF=46;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172602;STB=0.596907;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0223364;OID=.;OPOS=207881557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:86:86:62:62:0.418919:39:23:46:40:39:23:46:40 chr1 207884105 . C A 1497.76 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0810128;FXX=0.0208312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8641;QD=63.7344;RBI=0.0813517;REFB=0;REVB=-0.00741716;RO=0;SAF=40;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000579602;OID=.;OPOS=207884105;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:94:0:0:94:94:1:54:40:0:0:54:40:0:0 chr1 207884107 . G A 1495.48 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00304204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.134;QD=62.3117;RBI=0.0140249;REFB=-0.0553087;REVB=0.0136911;RO=1;SAF=40;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117059;STB=0.506023;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000143635;OID=.;OPOS=207884107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:1:1:94:95:0.989583:54:40:1:0:54:41:1:0 chr1 207885881 . C T 359.19 PASS AF=0.387387;AO=43;DP=111;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.0119771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.23;QD=12.9439;RBI=0.0144843;REFB=-0.00397374;REVB=-0.0081451;RO=68;SAF=18;SAR=25;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166427;STB=0.594449;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0119398;OID=.;OPOS=207885881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:68:68:43:43:0.387387:25:18:39:29:25:18:39:29 chr1 207886150 . C T 529.5 PASS AF=0.402778;AO=58;DP=146;FAO=58;FDP=144;FR=.;FRO=86;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=45;FWDB=-0.0105746;FXX=0.0136977;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.392;QD=14.7084;RBI=0.0193443;REFB=-0.0236093;REVB=-0.0161981;RO=84;SAF=30;SAR=28;SRF=40;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431397;STB=0.524166;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0303898;OID=.;OPOS=207886150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:144:84:86:58:58:0.402778:28:30:40:44:28:30:41:45 chr1 207888739 . G T 406.3 PASS AF=0.340278;AO=49;DP=145;FAO=49;FDP=144;FR=.;FRO=95;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=60;FWDB=0.000922008;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.652;QD=11.2862;RBI=0.00837625;REFB=0.0040638;REVB=-0.00832535;RO=95;SAF=21;SAR=28;SRF=35;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714311;STB=0.540967;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.00830622;OID=.;OPOS=207888739;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:144:95:95:49:49:0.340278:28:21:35:60:28:21:35:60 chr1 207890866 . T C 404.04 PASS AF=0.376923;AO=47;DP=127;FAO=49;FDP=130;FR=.;FRO=81;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=-0.0462351;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9661;QD=12.4318;RBI=0.051196;REFB=0.0046115;REVB=-0.021985;RO=80;SAF=25;SAR=22;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340345;STB=0.510063;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.0124495;OID=.;OPOS=207890866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:130:80:81:47:49:0.376923:22:25:45:35:21:28:45:36 chr1 207941191 . G T 768.68 PASS AF=1;AO=38;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.415;QD=55.9041;RBI=0.0401186;REFB=0;REVB=0.0200047;RO=0;SAF=12;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00576601;OID=.;OPOS=207941191;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:38:55:1:26:12:0:0:31:24:0:0 chr1 208199100 . T A 395.66 PASS AF=0.533333;AO=36;DP=71;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0703184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.771;QD=21.1018;RBI=0.0703685;REFB=-0.0139825;REVB=0.00265552;RO=35;SAF=16;SAR=20;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401221;STB=0.511972;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0122463;OID=.;OPOS=208199100;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:75:35:35:36:40:0.533333:20:16:14:21:23:17:14:21 chr1 208199999 . T C 50.32 PASS AF=0.210526;AO=9;DP=34;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00735275;FXX=0.0256345;HRUN=17;LEN=1;MLLD=108.939;QD=5.29703;RBI=0.0564494;REFB=-0.00529182;REVB=-0.0559685;RO=24;SAF=4;SAR=5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112516;STB=0.599748;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0218383;OID=.;OPOS=208199999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:34:38:24:30:9:8:0.210526:5:4:13:11:5:3:15:15 chr1 208207839 . G A 319.37 PASS AF=0.583333;AO=27;DP=47;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.012241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.626;QD=26.6137;RBI=0.0518842;REFB=-0.0384468;REVB=0.0504196;RO=20;SAF=7;SAR=20;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00930401;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.025838;OID=.;OPOS=208207839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:20:20:27:28:0.583333:20:7:5:15:21:7:5:15 chr1 208390086 . G C 257.78 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.033853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.385;QD=23.4347;RBI=0.0339829;REFB=-0.0198197;REVB=0.00296885;RO=20;SAF=4;SAR=20;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35294;STB=0.699809;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.012176;OID=.;OPOS=208390086;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:20:4:10:10:20:4:10:10 chr1 208390155 . C T 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.0124006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.212;QD=6.01597;RBI=0.0124161;REFB=-0.0014036;REVB=-0.000620221;RO=22;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254577;STB=0.657176;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00363605;OID=.;OPOS=208390155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:5:2:3:19:5:2:3:19 chr1 208390162 . T C 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0227964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.623;QD=5.44272;RBI=0.0272215;REFB=-0.0074812;REVB=-0.0148774;RO=20;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28283;STB=0.676956;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0258758;OID=.;OPOS=208390162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:4:2:3:17:4:2:3:17 chr1 208391254 . C T 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00955816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.749;QD=19.1798;RBI=0.0159625;REFB=-0.000450437;REVB=0.0127844;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211474;STB=0.620075;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00153438;OID=.;OPOS=208391254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:6:7:3:8:6:7:3:8 chr1 209785206 . G A 87.75 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0375127;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.053;QD=23.4002;RBI=0.0941683;REFB=-0.0175869;REVB=-0.086374;RO=5;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.484288;STB=0.777201;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00273176;OID=.;OPOS=209785206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:16:15:5:5:10:10:0.666667:2:8:0:5:2:8:0:5 chr1 209788703 . T C 199.89 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=-0.0555223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.628;QD=13.5519;RBI=0.0780505;REFB=-0.00668355;REVB=-0.0548557;RO=34;SAF=12;SAR=12;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151376;STB=0.593145;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0144385;OID=.;OPOS=209788703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:35:24:24:0.40678:12:12:22:12:12:12:23:12 chr1 209799253 . A G 207.1 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.362;QD=48.7299;RBI=0.0630033;REFB=0;REVB=-0.0069036;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101963;OID=.;OPOS=209799253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr1 209800230 . C T 1260.26 PASS AF=0.944444;AO=83;DP=88;FAO=85;FDP=90;FR=.;FRO=5;FSAF=51;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00365963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.657;QD=56.0117;RBI=0.0212102;REFB=-0.0299833;REVB=0.020892;RO=5;SAF=51;SAR=32;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684514;STB=0.534238;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.000394705;OID=.;OPOS=209800230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:88:90:5:5:83:85:0.944444:32:51:0:5:34:51:0:5 chr1 209801518 . C CT 344.65 PASS AF=1;AO=4;DP=37;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0683414;FXX=0.0856898;HRUN=0;LEN=1;MLLD=82.1695;QD=43.0809;RBI=0.110868;REFB=0;REVB=-0.0872987;RO=33;SAF=0;SAR=4;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.516942;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00521402;OID=.;OPOS=209801519;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:37:32:32:0:7:25:0:0:3:33:0:4:9:24 chr1 209801519 . C T 401.55 PASS AF=0.815789;AO=30;DP=38;FAO=31;FDP=38;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0377175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.666;QD=42.2687;RBI=0.04043;REFB=-0.0844596;REVB=0.0145594;RO=7;SAF=7;SAR=23;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251924;STB=0.515503;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00466909;OID=.;OPOS=209801519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:38:38:7:7:30:31:0.815789:23:7:2:5:24:7:2:5 chr1 209807972 . G A 124.16 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00657454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.257;QD=27.5917;RBI=0.0106911;REFB=-0.0445968;REVB=-0.00843057;RO=5;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181061;STB=0.599866;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0226057;OID=.;OPOS=209807972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:10:3:0:5:10:3:0:5 chr1 209823354 . G A 357.79 PASS AF=0.447059;AO=37;DP=84;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00840822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7452;QD=16.837;RBI=0.0121095;REFB=-0.0111319;REVB=-0.00871446;RO=47;SAF=9;SAR=28;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315865;STB=0.68225;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.012963;OID=.;OPOS=209823354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:47:47:37:38:0.447059:28:9:25:22:29:9:25:22 chr1 209849399 . AG A 417.59 PASS AF=1;AO=31;DP=33;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126086;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.919;QD=55.6782;RBI=0.144433;REFB=0;REVB=0.143882;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00120896;OID=.;OPOS=209849400;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:33:30:30:0:18:12:0:0:4:0:20:11:0:0 chr1 209849406 . T G 538.38 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000801901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.024;QD=59.8202;RBI=0.056826;REFB=0;REVB=0.0568204;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170265;OID=.;OPOS=209849406;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr1 209933540 . A G 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00686653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.139;QD=19.4667;RBI=0.0244696;REFB=0.00405021;REVB=-0.0234864;RO=24;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803666;STB=0.545413;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.0061145;OID=.;OPOS=209933540;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:10:12:11:13:10:12:11:13 chr1 209936466 . A G 107.35 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00341676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.329;QD=12.6296;RBI=0.0259797;REFB=-0.0173066;REVB=0.025754;RO=21;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213434;STB=0.624816;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0283014;OID=.;OPOS=209936466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:7:6:14:7:7:6:14:7 chr1 209936673 . C G 129.61 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0227372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1295;QD=9.60052;RBI=0.0298403;REFB=0.00294849;REVB=0.0193253;RO=36;SAF=13;SAR=4;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271243;STB=0.673853;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0122786;OID=.;OPOS=209936673;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:37:17:17:0.314815:4:13:20:16:4:13:20:17 chr1 209936914 . C T 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00765179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0585;QD=60.9764;RBI=0.0105432;REFB=0;REVB=0.00725316;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.18347e-06;OID=.;OPOS=209936914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:28:11:0:0:28:11:0:0 chr1 209950760 . C G 780.66 PASS AF=0.482143;AO=80;DP=168;FAO=81;FDP=168;FR=.;FRO=87;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=0.0164599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.705;QD=18.5872;RBI=0.0190793;REFB=-0.0239466;REVB=0.00964847;RO=86;SAF=31;SAR=49;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640962;STB=0.535323;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0261204;OID=.;OPOS=209950760;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:168:86:87:80:81:0.482143:49:31:39:47:50:31:39:48 chr1 210004199 . C G 105.63 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0221279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.989;QD=7.54501;RBI=0.0241704;REFB=0.00118056;REVB=0.00972456;RO=39;SAF=5;SAR=10;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663782;STB=0.545393;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.00341852;OID=.;OPOS=210004199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:41:15:15:0.267857:10:5:15:24:10:5:16:25 chr1 210006603 . C T 318.4 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.000998139;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.883;QD=18.1942;RBI=0.00234499;REFB=-0.0122798;REVB=0.00212195;RO=36;SAF=18;SAR=16;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05001;STB=0.527902;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0110821;OID=.;OPOS=210006603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:36:34:34:0.485714:16:18:21:15:16:18:21:15 chr1 210335028 . T C 48.78 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0127059;FXX=0.0454339;HRUN=7;LEN=1;MLLD=92.562;QD=9.29211;RBI=0.0238869;REFB=-0.00843876;REVB=-0.0202273;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272725;STB=0.639616;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0148377;OID=.;OPOS=210335028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:20:21:13:14:7:7:0.333333:3:4:4:9:3:4:5:9 chr1 210335066 . G A 236.24 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.00318135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.631;QD=17.4996;RBI=0.0107068;REFB=-0.00697097;REVB=-0.0102232;RO=28;SAF=12;SAR=14;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23619;STB=0.631487;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0152774;OID=.;OPOS=210335066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:14:12:6:22:14:12:6:22 chr1 210336584 . CTAAT C 105.2 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00652856;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=4;MLLD=260.076;QD=10.2636;RBI=0.0222394;REFB=-0.000193998;REVB=0.0212595;RO=22;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0767043;STB=0.580028;STBP=0.518;TYPE=del;VARB=0.000496514;OID=.;OPOS=210336585;OREF=TAAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.317073:13:42:13:41:28:8:5:14:14:99:22:8:5:12:10 chr1 210337043 . A G 369.55 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0995163;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.229;QD=52.7925;RBI=0.100373;REFB=-0.140994;REVB=0.0130891;RO=1;SAF=16;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281787;STB=0.51514;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00357391;OID=.;OPOS=210337043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:28:1:1:27:27:0.964286:11:16:1:0:11:16:1:0 chr1 210407031 . G T 221.96 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00347803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.217;QD=25.3667;RBI=0.0361649;REFB=-0.0543552;REVB=0.0359972;RO=14;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171335;STB=0.509528;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0426774;OID=.;OPOS=210407031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:10:11:7:7:10:11:7:7 chr1 210547505 . C G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00842404;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.72;QD=58.7816;RBI=0.0237911;REFB=0;REVB=0.0222498;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1884e-05;OID=.;OPOS=210547505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:31:34:0:0:31:34:0:0 chr1 210547517 . C T 337.44 PASS AF=0.521739;AO=34;DP=68;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0120837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2331;QD=19.5618;RBI=0.0550852;REFB=-0.00559851;REVB=0.0537435;RO=32;SAF=19;SAR=15;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788144;STB=0.54836;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0027511;OID=.;OPOS=210547517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:32:33:34:36:0.521739:15:19:15:17:16:20:15:18 chr1 210547610 . GT G 229.06 PASS AF=0.3625;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0194331;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.372;QD=11.4528;RBI=0.020055;REFB=-0.00510928;REVB=-0.00495545;RO=50;SAF=12;SAR=17;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160397;STB=0.586147;STBP=0.269;TYPE=del;VARB=0.00655378;OID=.;OPOS=210547611;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3625:29:82:29:80:51:12:17:28:23:99:50:12:17:28:22 chr1 210577873 . G C 1135.17 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00545832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.284;QD=60.5422;RBI=0.026695;REFB=0;REVB=-0.026131;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.04314e-05;OID=.;OPOS=210577873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:45:30:0:0:45:30:0:0 chr1 210577884 . G A 344.55 PASS AF=0.5;AO=36;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0133867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.136;QD=19.1419;RBI=0.0134891;REFB=-0.00915081;REVB=0.00165899;RO=36;SAF=10;SAR=26;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169877;STB=0.595015;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00879393;OID=.;OPOS=210577884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:36:36:36:0.5:26:10:16:20:26:10:16:20 chr1 210796908 . C T 404.17 PASS AF=0.4375;AO=41;DP=95;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0195046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.082;QD=16.8405;RBI=0.0203342;REFB=0.000481207;REVB=-0.0057491;RO=53;SAF=22;SAR=19;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273212;STB=0.516459;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.00117376;OID=.;OPOS=210796908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:53:54:41:42:0.4375:19:22:27:26:19:23:28:26 chr1 210796973 . A G 323.6 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00576953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.147;QD=16.8102;RBI=0.0122192;REFB=-0.00788309;REVB=-0.0107713;RO=42;SAF=18;SAR=17;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789874;STB=0.544279;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00955617;OID=.;OPOS=210796973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:17:18:25:17:17:18:25:17 chr1 211447625 . G A 1244.63 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00938256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7178;QD=61.4633;RBI=0.0183529;REFB=0;REVB=-0.0157733;RO=0;SAF=37;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.98686e-05;OID=.;OPOS=211447625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:44:37:0:0:44:37:0:0 chr1 211836192 . GAAA GAA,GAAC 141.03 PASS AF=0.461538,0.538462;AO=7,2;DP=22;FAO=12,14;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=2,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0651049,-0.00498291;FXX=0;HRUN=11,11;LEN=1,1;MLLD=4.98859,121.31;QD=21.6965;RBI=0.0679396,0.0572981;REFB=0.0785711,0.0292929;REVB=0.0194199,0.057081;RO=1;SAF=7,0;SAR=0,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.697199;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.233746,0.0637887;OID=.,.;OPOS=211836193,211836195;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=GAA,GAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.461538,0.538462:7,2:22:12,14:26:0:10,0:2,14:0:0:74:1:7,0:0,2:1:0 chr1 211836789 . T C 217.61 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00119953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.581;QD=22.9064;RBI=0.00709562;REFB=-0.016717;REVB=0.0069935;RO=17;SAF=16;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117033;STB=0.56585;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0151004;OID=.;OPOS=211836789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:5:16:11:6:5:16:11:6 chr1 211840498 . T C 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00490873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.04;QD=16.7279;RBI=0.00638086;REFB=-0.000163628;REVB=-0.00407673;RO=19;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1459;STB=0.583835;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.000165677;OID=.;OPOS=211840498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:6:10:9:10:6:10:9:10 chr1 211846876 . A G 152.77 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00275835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5882;QD=13.5795;RBI=0.0159658;REFB=-0.0131669;REVB=0.0157258;RO=28;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313996;STB=0.518303;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0200388;OID=.;OPOS=211846876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:8:9:14:14:8:9:14:14 chr1 211918764 . T C 239.48 PASS AF=0.777778;AO=21;DP=27;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0437233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.88;QD=35.4783;RBI=0.0456216;REFB=0.0417745;REVB=0.0130234;RO=6;SAF=12;SAR=9;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970921;STB=0.553141;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-0.00782936;OID=.;OPOS=211918764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:6:6:21:21:0.777778:9:12:2:4:9:12:2:4 chr1 211922603 . G A 1020.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.541;QD=59.158;RBI=0.0227395;REFB=0;REVB=-0.0117349;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04873e-05;OID=.;OPOS=211922603;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:33:35:0:0:34:35:0:0 chr1 212273639 . C T 801.1 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017485;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.333;QD=57.2215;RBI=0.0175017;REFB=0;REVB=0.000764623;RO=0;SAF=40;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.64158e-05;OID=.;OPOS=212273639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:15:40:0:0:15:41:0:0 chr1 212274413 . A C 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0276616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.798;QD=55.5196;RBI=0.0277235;REFB=0.0280889;REVB=-0.00185227;RO=1;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239571;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00135647;OID=.;OPOS=212274413;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:19:14:0:1:19:14:0:1 chr1 212276276 . A G 176.92 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.030454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.732;QD=14.7437;RBI=0.0313541;REFB=-0.0153425;REVB=-0.0074588;RO=29;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454997;STB=0.526288;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0247554;OID=.;OPOS=212276276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:9:10:14:15:9:10:14:15 chr1 212515613 . C T 85.24 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0491069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3351;QD=11.3653;RBI=0.049984;REFB=-0.000434309;REVB=-0.00932269;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22826;STB=0.636116;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.000750814;OID=.;OPOS=212515613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:4:7:8:11:4:7:8:11 chr1 212526288 . C T 298.0 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0115877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.237;QD=20.9125;RBI=0.0170199;REFB=-0.0197699;REVB=-0.012466;RO=26;SAF=15;SAR=16;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183974;STB=0.510198;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0174906;OID=.;OPOS=212526288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:16:15:12:14:16:15:12:14 chr1 212534377 . T A 133.34 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0223145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.253;QD=15.6869;RBI=0.037836;REFB=-0.0208733;REVB=-0.0305553;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320951;STB=0.518494;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.015525;OID=.;OPOS=212534377;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:6:9:12:7:6:9:12:7 chr1 212560325 . A AG 237.6 PASS AF=1;AO=3;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=14.9177;QD=36.5535;RBI=0.0603478;REFB=0;REVB=-0.054877;RO=23;SAF=2;SAR=1;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288733;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000713366;OID=.;OPOS=212560326;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:26:26:26:0:11:15:0:0:5:23:2:1:9:14 chr1 212560327 . A G 365.58 PASS AF=1;AO=26;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240374;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2103;QD=54.1604;RBI=0.048355;REFB=0;REVB=-0.0419573;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0054354;OID=.;OPOS=212560327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:26:27:1:15:11:0:0:15:12:0:0 chr1 212798601 . C A 111.45 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0145301;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.527;QD=14.8599;RBI=0.0147037;REFB=-0.00490475;REVB=0.0022528;RO=18;SAF=10;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248656;STB=0.658418;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00983214;OID=.;OPOS=212798601;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:18:17:13:13:0.433333:3:10:10:8:3:10:9:8 chr1 212799870 . A G 1005.96 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0663;QD=59.1744;RBI=0.0495869;REFB=0;REVB=-0.0459423;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000637241;OID=.;OPOS=212799870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:35:32:0:0:35:33:0:0 chr1 212799949 . C T 209.24 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00422033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.452;QD=13.7207;RBI=0.037226;REFB=-0.0179981;REVB=-0.036986;RO=36;SAF=13;SAR=12;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00804803;STB=0.504596;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0247165;OID=.;OPOS=212799949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:12:13:19:17:12:13:19:17 chr1 212900487 . A G 652.24 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0262117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.532;QD=59.2948;RBI=0.0272863;REFB=-0.0556841;REVB=0.00758219;RO=1;SAF=26;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177147;STB=0.50943;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00190402;OID=.;OPOS=212900487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:42:43:0.977273:16:26:1:0:17:26:1:0 chr1 212902901 . G A 333.63 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0156575;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.178;QD=18.5349;RBI=0.0229351;REFB=-0.0243563;REVB=-0.016759;RO=36;SAF=22;SAR=13;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194618;STB=0.602195;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.019542;OID=.;OPOS=212902901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:36:37:35:35:0.486111:13:22:15:21:13:22:16:21 chr1 212911836 . T C 396.88 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00866481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.399;QD=23.346;RBI=0.0269318;REFB=-0.010962;REVB=0.0254999;RO=28;SAF=18;SAR=21;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0805368;STB=0.535451;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0087257;OID=.;OPOS=212911836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:28:29:39:39:0.573529:21:18:10:18:21:18:11:18 chr1 212965095 . G A 291.35 PASS AF=0.5625;AO=25;DP=46;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0209541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.85;QD=24.2791;RBI=0.0236835;REFB=-0.0204809;REVB=0.0110379;RO=21;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163068;STB=0.51203;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0233515;OID=.;OPOS=212965095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:21:21:25:27:0.5625:15:10:8:13:16:11:8:13 chr1 212965284 . C G 632.28 PASS AF=0.358108;AO=47;DP=149;FAO=53;FDP=148;FR=.,HEALED;FRO=79;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=47;FSRR=32;FWDB=-0.0136173;FXX=0.0133324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.842;QD=17.0887;RBI=0.0153781;REFB=-0.0263183;REVB=0.00714541;RO=78;SAF=37;SAR=10;SRF=47;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249357;STB=0.583436;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0400264;OID=.;OPOS=212965284;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:78:79:47:53:0.358108:10:37:47:31:15:38:47:32 chr1 213009469 . A G 144.81 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0311644;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.905;QD=14.8526;RBI=0.0320602;REFB=-0.00482724;REVB=0.00752561;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291795;STB=0.666481;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0083639;OID=.;OPOS=213009469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:23:23:16:16:0.410256:8:8:5:18:8:8:5:18 chr1 213031948 . G C 47.52 PASS AF=0.315789;AO=5;DP=21;FAO=6;FDP=19;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0115966;FXX=0.0951928;HRUN=4;LEN=1;MLLD=23.8292;QD=10.0039;RBI=0.0473386;REFB=-0.0114764;REVB=-0.0458962;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523731;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.104834;OID=.;OPOS=213031948;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:21:19:5:10:5:6:0.315789:4:1:1:4:4:2:3:7 chr1 213068404 . T C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0161551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8375;QD=11.0189;RBI=0.0554867;REFB=-0.00320499;REVB=0.0530828;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247224;STB=0.646649;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00570039;OID=.;OPOS=213068404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:1:7:4:2:1:7 chr1 213068595 . C T 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00682803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.565;QD=26.6386;RBI=0.0104464;REFB=-0.0568321;REVB=-0.00790602;RO=7;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153563;STB=0.610967;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0103258;OID=.;OPOS=213068595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:7:8:16:16:0.666667:11:5:4:3:11:5:5:3 chr1 214492286 . G A 182.27 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0626152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3249;QD=11.5724;RBI=0.0628786;REFB=-0.0096664;REVB=0.00574885;RO=40;SAF=3;SAR=20;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354988;STB=0.711078;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0149374;OID=.;OPOS=214492286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:20:3:14:26:20:3:14:26 chr1 214510115 . T G 72.67 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.048993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0012;QD=8.80854;RBI=0.0511261;REFB=-0.0154492;REVB=0.014614;RO=23;SAF=6;SAR=4;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902872;STB=0.555443;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0513734;OID=.;OPOS=214510115;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:4:6:12:11:4:6:12:11 chr1 214537946 . G A 381.0 PASS AF=0.43956;AO=39;DP=88;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.00609554;FXX=0.0108684;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.75;QD=16.7471;RBI=0.00903135;REFB=-0.0256311;REVB=0.00666405;RO=49;SAF=20;SAR=19;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00259533;STB=0.505492;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0289143;OID=.;OPOS=214537946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:49:51:39:40:0.43956:19:20:25:24:20:20:25:26 chr1 214542819 . T C 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0119269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8448;QD=8.69118;RBI=0.012462;REFB=-0.0192075;REVB=-0.00361265;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175566;STB=0.606499;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0672776;OID=.;OPOS=214542819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:3:5:13:4:3:5:13:4 chr1 214564340 . T C 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0262169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.985;QD=10.4292;RBI=0.0262262;REFB=-0.0168926;REVB=-0.000697922;RO=30;SAF=4;SAR=10;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357277;STB=0.71398;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0328131;OID=.;OPOS=214564340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:10:4:18:12:10:4:18:12 chr1 214571251 . A C 78.44 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0200865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8043;QD=14.9402;RBI=0.0270217;REFB=-0.0251214;REVB=-0.0180751;RO=10;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916023;STB=0.51996;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0281159;OID=.;OPOS=214571251;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:11:10:10:0.47619:4:6:7:3:4:6:7:4 chr1 214826196 . G A 223.4 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00838737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.729;QD=49.6437;RBI=0.0111175;REFB=0;REVB=0.00729733;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.66877e-06;OID=.;OPOS=214826196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:9:8:0:0:10:8:0:0 chr1 214830617 . A G 164.67 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284515;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.428;QD=47.0496;RBI=0.0335791;REFB=0;REVB=-0.0178344;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00192263;OID=.;OPOS=214830617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr1 214837110 . C G 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.173;QD=51.1787;RBI=0.014145;REFB=0;REVB=0.00542594;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114875;OID=.;OPOS=214837110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr1 215793834 . G A 221.86 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.012561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.141;QD=18.4884;RBI=0.0194048;REFB=0.00429673;REVB=-0.0147908;RO=26;SAF=17;SAR=5;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363974;STB=0.708131;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00611412;OID=.;OPOS=215793834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:5:17:11:15:5:17:11:15 chr1 215793935 . C A 180.19 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00785284;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7521;QD=15.6683;RBI=0.0164198;REFB=0.0015687;REVB=-0.0144202;RO=27;SAF=15;SAR=4;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41769;STB=0.742303;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0269734;OID=.;OPOS=215793935;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:4:15:11:16:4:15:11:16 chr1 215848062 . C T 135.19 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.00662547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8284;QD=8.31905;RBI=0.00778985;REFB=-0.0074955;REVB=0.00409694;RO=45;SAF=9;SAR=10;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122125;STB=0.564449;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0353361;OID=.;OPOS=215848062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:45:46:19:19:0.292308:10:9:26:19:10:9:26:20 chr1 215848091 . TA AT,TAT 34.11 PASS AF=0.0576923,0.115385;AO=5,10;DP=52;FAO=3,6;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=2,1;FSAR=1,5;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0733019,-0.0618233;FXX=0;HRUN=3,0;LEN=2,1;MLLD=108.556,103.242;QD=2.62402;RBI=0.0752909,0.0630538;REFB=-0.00455145,-0.00499072;REVB=-0.0171917,-0.0123958;RO=37;SAF=4,4;SAR=1,6;SRF=15;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.43657,-0.0068405;STB=0.684503,0.788431;STBP=0.577,0.194;TYPE=mnp,ins;VARB=0.173384,0.170722;OID=.,.;OPOS=215848091,215848093;OREF=TA,-;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,TAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:18:52:52:37:43:5,10:3,6:0.0576923,0.115385:1,6:4,4:15:22:1,5:2,1:20:23 chr1 215848463 . C T 120.35 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0177128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.609;QD=26.7443;RBI=0.0193325;REFB=0.013275;REVB=0.0077459;RO=3;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468493;STB=0.512173;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00161363;OID=.;OPOS=215848463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:18:18:3:4:11:11:0.611111:6:5:1:2:6:5:2:2 chr1 215848587 . T C 188.96 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00371004;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.747;QD=19.8906;RBI=0.0192238;REFB=-0.008426;REVB=0.0188624;RO=19;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.011109;OID=.;OPOS=215848587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:19:19:19:19:0.5:7:12:12:7:7:12:12:7 chr1 215848641 . T C 185.6 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00402771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1031;QD=13.7478;RBI=0.0371338;REFB=0.0100292;REVB=-0.0369147;RO=32;SAF=17;SAR=5;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153192;STB=0.588658;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.0163204;OID=.;OPOS=215848641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:5:17:21:11:5:17:21:11 chr1 215914826 . T C 106.77 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0630029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.319;QD=12.2021;RBI=0.0638378;REFB=-0.00757861;REVB=0.0102906;RO=21;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235942;STB=0.627703;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0253605;OID=.;OPOS=215914826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:22:13:13:0.371429:4:9:10:11:4:9:11:11 chr1 215916563 . G A 256.36 PASS AF=0.491228;AO=29;DP=58;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=-0.0237848;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.594;QD=17.9899;RBI=0.0337207;REFB=-0.0195351;REVB=-0.0239033;RO=29;SAF=9;SAR=20;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417426;STB=0.748622;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0336025;OID=.;OPOS=215916563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:29:29:29:28:0.491228:20:9:23:6:20:8:23:6 chr1 215960167 . T G 1403.28 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.445;QD=62.3679;RBI=0.0297898;REFB=0;REVB=0.00813894;RO=0;SAF=32;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.30358e-05;OID=.;OPOS=215960167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:89:90:1:57:32:0:0:58:32:0:0 chr1 216172380 . A G 139.29 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0124942;FXX=0.176436;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.873;QD=13.2657;RBI=0.0320643;REFB=-0.0141812;REVB=0.0295299;RO=26;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772636;STB=0.533289;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0182494;OID=.;OPOS=216172380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:42:26:27:15:15:0.357143:7:8:12:14:7:8:13:14 chr1 216219781 . A G 1475.68 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00810636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1469;QD=62.1341;RBI=0.0201093;REFB=0.0160412;REVB=0.018403;RO=1;SAF=50;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106543;STB=0.505617;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.000129861;OID=.;OPOS=216219781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:44:50:0:1:44:50:0:1 chr1 216348764 . C T 1302.13 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0683338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5876;QD=62.0061;RBI=0.0731502;REFB=0;REVB=-0.0261047;RO=0;SAF=31;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000736495;OID=.;OPOS=216348764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:53:31:0:0:53:31:0:0 chr1 216592003 . T C 1147.62 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.152;QD=59.6168;RBI=0.0232705;REFB=0;REVB=0.0189406;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112212;OID=.;OPOS=216592003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:77:0:0:73:77:1:44:29:0:0:45:32:0:0 chr1 216595306 . C T 1249.42 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00121664;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.016;QD=61.6998;RBI=0.00381074;REFB=0;REVB=-0.0036113;RO=0;SAF=49;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.15666e-06;OID=.;OPOS=216595306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:32:49:0:0:32:49:0:0 chr1 216678553 . T A 90.76 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00475913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.62;QD=8.06712;RBI=0.0331685;REFB=0.000861187;REVB=-0.0328253;RO=33;SAF=7;SAR=5;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457167;STB=0.528254;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.00304544;OID=.;OPOS=216678553;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:5:7:18:15:5:7:18:15 chr1 216692669 . C T 289.72 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.0124257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.792;QD=18.9978;RBI=0.0158007;REFB=-0.00476455;REVB=-0.00976043;RO=30;SAF=6;SAR=25;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539243;STB=0.530159;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00482885;OID=.;OPOS=216692669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:25:6:7:23:25:6:7:23 chr1 217480756 . G A 304.68 PASS AF=0.402299;AO=32;DP=84;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0175348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.257;QD=14.0083;RBI=0.0198955;REFB=-0.0181625;REVB=0.00940011;RO=52;SAF=13;SAR=19;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463429;STB=0.503874;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0245453;OID=.;OPOS=217480756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:87:52:52:32:35:0.402299:19:13:19:33:22:13:19:33 chr1 217804325 . G A 744.54 PASS AF=0.5;AO=76;DP=149;FAO=76;FDP=152;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=48;FSRR=28;FWDB=0.0305394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.338;QD=19.5931;RBI=0.0309419;REFB=-0.0155223;REVB=-0.00497456;RO=73;SAF=26;SAR=50;SRF=47;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270385;STB=0.645911;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00736339;OID=.;OPOS=217804325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:152:73:76:76:76:0.5:50:26:47:26:50:26:48:28 chr1 217856622 . A G 302.98 PASS AF=0.409639;AO=33;DP=82;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.000925064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9888;QD=14.6016;RBI=0.00688302;REFB=-0.0260983;REVB=-0.00682058;RO=49;SAF=19;SAR=14;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133206;STB=0.582338;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.029477;OID=.;OPOS=217856622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:49:49:33:34:0.409639:14:19:22:27:14:20:22:27 chr1 217856626 . G A 510.6 PASS AF=0.55814;AO=47;DP=85;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00428113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.012;QD=23.7486;RBI=0.00544589;REFB=-0.0342897;REVB=-0.00336595;RO=38;SAF=22;SAR=25;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687124;STB=0.532416;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0245511;OID=.;OPOS=217856626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:38:38:47:48:0.55814:25:22:21:17:25:23:21:17 chr1 217915324 . C T 140.16 PASS AF=0.444444;AO=15;DP=35;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0139189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.256;QD=15.5735;RBI=0.0333545;REFB=-0.042762;REVB=-0.0303115;RO=20;SAF=2;SAR=13;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.56212;STB=0.83287;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0403673;OID=.;OPOS=217915324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:20:20:15:16:0.444444:13:2:13:7:14:2:13:7 chr1 217947738 . G A 1338.94 PASS AF=0.988636;AO=85;DP=86;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00899089;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.675;QD=60.8611;RBI=0.0350949;REFB=0.00912588;REVB=0.0339237;RO=1;SAF=49;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957058;STB=0.505049;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-8.07209e-05;OID=.;OPOS=217947738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:88:1:1:85:87:0.988636:36:49:1:0:38:49:1:0 chr1 218478411 . G C 156.17 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.002505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.902;QD=15.6173;RBI=0.00854359;REFB=-0.0121806;REVB=-0.00816811;RO=23;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113674;STB=0.565144;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.010321;OID=.;OPOS=218478411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:10:7:7:16:10:7:7:16 chr1 218509829 . C G 144.24 PASS AF=0.3125;AO=19;DP=63;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0234818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3127;QD=9.01475;RBI=0.0235903;REFB=-0.0247613;REVB=-0.0022598;RO=44;SAF=10;SAR=9;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493596;STB=0.512646;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0470737;OID=.;OPOS=218509829;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:44:44:19:20:0.3125:9:10:25:19:9:11:25:19 chr1 218683528 . A G 276.04 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.010929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.398;QD=13.303;RBI=0.0265799;REFB=-0.0125523;REVB=0.0242291;RO=51;SAF=18;SAR=14;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989378;STB=0.556526;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0248071;OID=.;OPOS=218683528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:51:32:32:0.385542:14:18:24:27:14:18:24:27 chr1 219383866 . G GC 444.43 PASS AF=1;AO=7;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0839408;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=180.068;QD=55.5533;RBI=0.102794;REFB=0;REVB=0.0593338;RO=25;SAF=1;SAR=6;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.679303;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00321082;OID=.;OPOS=219383867;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:32:32:32:0:21:11:0:0:4:25:1:6:20:5 chr1 219383867 . T C 300.41 PASS AF=0.78125;AO=25;DP=32;FAO=25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00889583;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.398;QD=37.5507;RBI=0.0995906;REFB=-0.141426;REVB=-0.0991925;RO=7;SAF=20;SAR=5;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321866;STB=0.676766;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00138758;OID=.;OPOS=219383867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:32:32:7:7:25:25:0.78125:5:20:1:6:5:20:1:6 chr1 219383905 . A G 640.97 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.575;QD=61.0448;RBI=0.0163013;REFB=0;REVB=0.0115804;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.44623e-05;OID=.;OPOS=219383905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:16:25:0:0:17:25:0:0 chr1 220136115 . A G 202.86 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0508167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6152;QD=12.2948;RBI=0.0509112;REFB=-0.0111013;REVB=0.00310065;RO=39;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602254;STB=0.547227;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0132459;OID=.;OPOS=220136115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:41:25:25:0.378788:14:11:15:24:14:11:15:26 chr1 220197625 . G T 321.56 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.0275013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8267;QD=13.9808;RBI=0.0374932;REFB=-0.00518542;REVB=-0.0254836;RO=55;SAF=24;SAR=12;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301758;STB=0.666574;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0118588;OID=.;OPOS=220197625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:56:36:36:0.391304:12:24:21:34:12:24:22:34 chr1 220231180 . CT C 77.24 PASS AF=0.268293;AO=10;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0229257;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.65;QD=7.53561;RBI=0.0308966;REFB=-0.00487834;REVB=-0.0207126;RO=28;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121216;STB=0.605857;STBP=0.422;TYPE=del;VARB=0.0182219;OID=.;OPOS=220231181;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.268293:10:41:11:41:30:3:8:12:18:77:28:3:7:11:17 chr1 220239448 . T C 711.82 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.064581;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=135.454;QD=59.318;RBI=0.070615;REFB=-0.157813;REVB=0.0285618;RO=2;SAF=24;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00170451;STB=0.511106;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00194874;OID=.;OPOS=220239448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:2:1:46:47:0.979167:22:24:1:1:22:25:0:1 chr1 220267581 . G T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0236148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.112;QD=10.1734;RBI=0.027;REFB=-0.00585206;REVB=0.0130897;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27543;STB=0.666172;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00224411;OID=.;OPOS=220267581;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:7:2:3:3:7:2 chr1 220316300 . T C 174.35 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00571045;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.869;QD=11.6231;RBI=0.0174473;REFB=0.00149328;REVB=-0.0164863;RO=38;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960451;STB=0.555506;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.00271795;OID=.;OPOS=220316300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:12:10:14:24:12:10:14:24 chr1 220330672 . C T 107.09 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.00253119;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.188;QD=7.78851;RBI=0.0441262;REFB=-0.0190477;REVB=-0.0440536;RO=40;SAF=7;SAR=8;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080593;STB=0.548955;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0770452;OID=.;OPOS=220330672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:40:40:15:15:0.272727:8:7:16:24:8:7:16:24 chr1 220331205 . C G 460.61 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=-0.00630448;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4605;QD=20.9366;RBI=0.0306152;REFB=0.00162031;REVB=0.029959;RO=42;SAF=15;SAR=30;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476841;STB=0.517234;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.00138392;OID=.;OPOS=220331205;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:43:45:45:0.511364:30:15:12:30:30:15:13:30 chr1 220578892 . AAACACACACACACACACACACACACACAC AAACACACACACACACACACACACACA,AACACACACACACACACACACACACAC 98.74 PASS AF=0.7,0.3;AO=4,2;DP=12;FAO=7,3;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0;FSAR=0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224924,0.0131504;FXX=0.166528;HRUN=1,3;LEN=3,3;MLLD=138.772,126.941;QD=39.4969;RBI=0.0225096,0.0195905;REFB=0,0;REVB=0.000879195,-0.0145209;RO=0;SAF=4,0;SAR=0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.000162541,-0.000826463;OID=.,.;OPOS=220578919,220578893;OREF=CAC,AAC;OALT=-,-;OMAPALT=AAACACACACACACACACACACACACA,AACACACACACACACACACACACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.7,0.3:4,2:12:7,3:10:0:7,0:0,3:0:0:17:0:4,0:0,2:0:0 chr1 220607685 . G A 123.66 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0207169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6262;QD=13.7399;RBI=0.0781171;REFB=0.00118459;REVB=-0.07532;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320951;STB=0.541123;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.00736197;OID=.;OPOS=220607685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:21:15:15:0.416667:9:6:7:12:9:6:7:14 chr1 220745153 . C T 107.39 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00829354;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3786;QD=11.0148;RBI=0.0113763;REFB=-0.00921531;REVB=-0.00778705;RO=25;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150854;STB=0.578191;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0181672;OID=.;OPOS=220745153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:26:13:13:0.333333:5:8:12:13:5:8:13:13 chr1 220935081 . G A 226.41 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0284061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.014;QD=17.0875;RBI=0.029028;REFB=-0.00769217;REVB=0.00597684;RO=28;SAF=17;SAR=8;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243007;STB=0.637387;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0122141;OID=.;OPOS=220935081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:8:17:12:16:8:17:12:16 chr1 220970028 . A C,G 1050.56 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=6,66;DP=72;FAO=6,66;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=6,25;FSAR=0,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133373,0.0145184;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.63,53.5009;QD=58.3645;RBI=0.0133742,0.0163326;REFB=0,0;REVB=0.000992926,0.00748132;RO=0;SAF=6,25;SAR=0,41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.04816e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.167462,-0.00517991;OID=.,.;OPOS=220970028,220970028;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:72:72:0:0:6,66:6,66:0.0833333,0.916667:0,41:6,25:0:0:0,41:6,25:0:0 chr1 221053545 . T C 207.79 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.808;QD=48.8908;RBI=0.115711;REFB=0;REVB=0.01309;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00085177;OID=.;OPOS=221053545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:14:17:1:12:2:0:0:12:5:0:0 chr1 221509332 . G A 257.92 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0157553;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.153;QD=15.8719;RBI=0.0185607;REFB=-0.0245866;REVB=0.00981168;RO=38;SAF=17;SAR=12;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473255;STB=0.530366;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0334526;OID=.;OPOS=221509332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:38:36:29:29:0.446154:12:17:24:14:12:17:23:13 chr1 222649341 . A C 154.19 PASS AF=1;AO=10;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.7973;QD=44.0546;RBI=0.200331;REFB=0;REVB=0.194883;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0119752;OID=.;OPOS=222649341;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:10:14:1:7:3:0:0:11:3:0:0 chr1 222713503 . C G 902.68 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.418;QD=58.2373;RBI=0.0668587;REFB=0;REVB=0.0651322;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97528e-05;OID=.;OPOS=222713503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:35:25:0:0:36:26:0:0 chr1 222713631 . G C 637.04 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101013;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1036;QD=62.1499;RBI=0.023533;REFB=0;REVB=0.0212548;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000806404;OID=.;OPOS=222713631;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:15:26:0:0:15:26:0:0 chr1 222717132 . C T 321.42 PASS AF=0.568966;AO=32;DP=57;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00606144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.949;QD=22.1667;RBI=0.0218396;REFB=-0.0288221;REVB=0.0209816;RO=25;SAF=17;SAR=15;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549885;STB=0.523795;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0350819;OID=.;OPOS=222717132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:25:25:32:33:0.568966:15:17:15:10:15:18:15:10 chr1 222721288 . C T 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0500472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.592;QD=13.9588;RBI=0.0500546;REFB=-0.00910757;REVB=-0.000857672;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235769;STB=0.639615;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0149393;OID=.;OPOS=222721288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:3:4:2:5:3:4:2:5 chr1 222798106 . G A 620.95 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144091;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.878;QD=62.095;RBI=0.0251773;REFB=0;REVB=0.0206464;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325377;OID=.;OPOS=222798106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr1 222801940 . G A 182.87 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0422259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9968;QD=17.4159;RBI=0.0729106;REFB=-0.0280523;REVB=-0.0594385;RO=23;SAF=7;SAR=12;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675636;STB=0.538422;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0347659;OID=.;OPOS=222801940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:12:7:7:16:12:7:7:16 chr1 222802006 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.945;QD=54.5167;RBI=0.073255;REFB=0;REVB=0.049322;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000877759;OID=.;OPOS=222802006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:19:6:0:0:19:6:0:0 chr1 222802376 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00693121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.986;QD=50.4135;RBI=0.0163374;REFB=0;REVB=0.0147942;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52814e-05;OID=.;OPOS=222802376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr1 222802926 . CGA AGA,TAG,TGA 249.69 PASS AF=0.1,0.1,0.8;AO=3,3,6;DP=20;FAO=2,2,16;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2,2,8;FSAR=0,0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148745,-0.0216533,0.0175074;FXX=0.0475964;HRUN=1,1,1;LEN=1,3,1;MLLD=24.5723,84.2058,109.318;QD=49.9371;RBI=0.0697636,0.0216669,0.0364872;REFB=0,0,0;REVB=-0.0681594,-0.000768051,0.0320126;RO=0;SAF=3,3,3;SAR=0,0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,mnp,snp;VARB=0.0869743,0.0794204,0.00181731;OID=.,.,.;OPOS=222802926,222802926,222802926;OREF=C,CGA,C;OALT=A,TAG,T;OMAPALT=AGA,TAG,TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:10:20:20:0:0:3,3,6:2,2,16:0.1,0.1,0.8:0,0,3:3,3,3:0:0:0,0,8:2,2,8:0:0 chr1 222803204 . A G 402.72 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.538;QD=55.5475;RBI=0.035872;REFB=0;REVB=0.0320069;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000624425;OID=.;OPOS=222803204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:14:14:0:0:14:15:0:0 chr1 222825403 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0864908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9837;QD=54.5169;RBI=0.0944085;REFB=0;REVB=0.0378458;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000786933;OID=.;OPOS=222825403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr1 222833601 . T C 1114.75 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00585502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3956;QD=60.2569;RBI=0.0178974;REFB=0;REVB=0.0169126;RO=0;SAF=27;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74291e-05;OID=.;OPOS=222833601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:46:27:0:0:46:28:0:0 chr1 222838216 . C T 255.37 PASS AF=1;AO=12;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279399;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.055;QD=51.0743;RBI=0.0636991;REFB=0;REVB=0.0572445;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000821364;OID=.;OPOS=222838216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:12:20:1:4:8:0:0:9:11:0:0 chr1 222919895 . T G 791.8 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00646019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.647;QD=53.6811;RBI=0.0331627;REFB=-0.0219176;REVB=0.0325274;RO=2;SAF=29;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00116172;STB=0.500297;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.000944116;OID=.;OPOS=222919895;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:56:57:0.966102:27:29:1:1:28:29:1:1 chr1 222923351 . A G 1078.98 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2555;QD=59.9436;RBI=0.0437952;REFB=0;REVB=-0.031466;RO=0;SAF=23;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000511746;OID=.;OPOS=222923351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:48:23:0:0:49:23:0:0 chr1 223085251 . T A 112.0 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0119607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4669;QD=8.45296;RBI=0.0121864;REFB=-0.0122847;REVB=0.00233426;RO=37;SAF=6;SAR=9;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039278;STB=0.515604;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0282423;OID=.;OPOS=223085251;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:38:15:15:0.283019:9:6:16:21:9:6:16:22 chr1 223177214 . C T 97.78 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0341354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9543;QD=13.4871;RBI=0.0493062;REFB=0.00275307;REVB=-0.0355791;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955706;STB=0.567462;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.00427739;OID=.;OPOS=223177214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:16:17:12:12:0.413793:4:8:12:4:4:8:13:4 chr1 223177574 . A G 398.69 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0555536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.77;QD=18.3306;RBI=0.0612964;REFB=-0.00860023;REVB=-0.0259045;RO=46;SAF=18;SAR=23;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675144;STB=0.537604;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00858474;OID=.;OPOS=223177574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:23:18:17:29:23:18:17:29 chr1 223283910 . A G 828.21 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0111327;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.62;QD=54.3089;RBI=0.0191413;REFB=-0.0087995;REVB=-0.0155708;RO=2;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349148;STB=0.518512;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=8.45824e-05;OID=.;OPOS=223283910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:61:2:2:59:59:0.967213:26:33:0:2:26:33:0:2 chr1 223284599 . T C 154.34 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.000297146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.002;QD=10.6442;RBI=0.014364;REFB=-0.0157835;REVB=0.0143609;RO=38;SAF=6;SAR=14;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544366;STB=0.531967;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0274398;OID=.;OPOS=223284599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:14:6:13:25:14:6:13:25 chr1 223394146 . CT CTA,TA 103.02 PASS AF=0.407407,0.0740741;AO=11,2;DP=27;FAO=11,2;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=2,2;FSAR=9,0;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0676491,-0.0240943;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=28.254,116.928;QD=15.2618;RBI=0.0704898,0.0350286;REFB=0.0134079,0.0130219;REVB=0.0198091,-0.0254257;RO=14;SAF=2,2;SAR=9,0;SRF=8;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.419926,0.521257;STB=0.7495,0.993802;STBP=0.049,0.187;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0192957,-0.0416362;OID=.,.;OPOS=223394148,223394146;OREF=-,CT;OALT=A,TA;OMAPALT=CTA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:14:14:11,2:11,2:0.407407,0.0740741:9,0:2,2:8:6:9,0:2,2:8:6 chr1 223394228 . T C 192.89 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.011372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3766;QD=23.3803;RBI=0.0239662;REFB=0.0144779;REVB=-0.0210963;RO=14;SAF=5;SAR=14;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871601;STB=0.548966;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.0117645;OID=.;OPOS=223394228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:14:5:5:9:14:5:5:9 chr1 223396838 . G T 125.26 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=7;FWDB=0.00684269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8363;QD=10.4387;RBI=0.0406322;REFB=0.0100856;REVB=0.0400519;RO=31;SAF=4;SAR=11;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.532442;STB=0.820536;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0177344;OID=.;OPOS=223396838;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:33:15:15:0.3125:11:4:24:7:11:4:26:7 chr1 223715248 . GT G 171.07 PASS AF=0.491525;AO=25;DP=58;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.154731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.3069;QD=11.5979;RBI=0.155513;REFB=0.00955252;REVB=0.0155795;RO=32;SAF=12;SAR=13;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167996;STB=0.626368;STBP=0.07;TYPE=del;VARB=0.00114668;OID=.;OPOS=223715249;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.491525:25:58:29:59:30:15:14:8:22:99:32:12:13:10:22 chr1 223717484 . G A 499.01 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8283;QD=58.7072;RBI=0.0304211;REFB=0;REVB=0.0217618;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426758;OID=.;OPOS=223717484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:21:12:0:0:21:13:0:0 chr1 223718651 . G A 146.77 PASS AF=0.36;AO=12;DP=53;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0116773;FXX=0.0565931;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.189;QD=11.7417;RBI=0.0119668;REFB=-0.00703659;REVB=0.00261621;RO=29;SAF=3;SAR=9;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175811;STB=0.524859;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0179277;OID=.;OPOS=223718651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:50:29:32:12:18:0.36:9:3:11:18:10:8:13:19 chr1 223718670 . G A 154.94 PASS AF=0.36;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00703223;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.075;QD=12.3954;RBI=0.00724951;REFB=-0.0105782;REVB=0.00176157;RO=32;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550325;STB=0.532222;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0212817;OID=.;OPOS=223718670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:32:32:18:18:0.36:11:7:14:18:11:7:14:18 chr1 223722780 . G A 310.68 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00666566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.142;QD=23.4479;RBI=0.00898577;REFB=-0.0342857;REVB=-0.00602602;RO=20;SAF=22;SAR=9;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00833344;STB=0.535793;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0173488;OID=.;OPOS=223722780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:20:22:31:31:0.584906:9:22:14:6:9:22:14:8 chr1 223813586 . G T 264.77 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.000207904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0611;QD=20.7663;RBI=0.00295151;REFB=-0.0164998;REVB=0.00294418;RO=24;SAF=12;SAR=15;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118468;STB=0.506603;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0163368;OID=.;OPOS=223813586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:15:12:11:13:15:12:11:13 chr1 223877789 . T C 923.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320487;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1586;QD=58.6102;RBI=0.0326149;REFB=0;REVB=-0.00605089;RO=0;SAF=18;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18913e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268348;OID=.;OPOS=223877789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:45:18:0:0:45:18:0:0 chr1 223900408 . C G 728.78 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2129;QD=57.1592;RBI=0.0464781;REFB=0;REVB=0.0447619;RO=0;SAF=36;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356074;OID=.;OPOS=223900408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:15:36:0:0:15:36:0:0 chr1 223900544 . A G 223.02 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.00112473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.14;QD=18.9804;RBI=0.0039104;REFB=-0.0203415;REVB=0.00374516;RO=25;SAF=14;SAR=8;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326599;STB=0.68405;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0187866;OID=.;OPOS=223900544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:8:14:7:18:8:14:7:18 chr1 223905532 . G A 76.4 PASS AF=0.75;AO=8;DP=11;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0153399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.7189;QD=25.4656;RBI=0.0290427;REFB=-0.0274744;REVB=-0.024661;RO=3;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790568;STB=0.528239;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0107489;OID=.;OPOS=223905532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:12:3:3:8:9:0.75:4:4:2:1:4:5:2:1 chr1 223934720 . G A 273.37 PASS AF=0.476923;AO=30;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00447709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7113;QD=16.8225;RBI=0.00995556;REFB=-0.0263563;REVB=-0.00889206;RO=34;SAF=12;SAR=18;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962479;STB=0.542686;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0229497;OID=.;OPOS=223934720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:30:31:0.476923:18:12:17:17:18:13:17:17 chr1 223947081 . A G 197.55 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.042539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0865;QD=18.8143;RBI=0.0462215;REFB=-0.0161036;REVB=0.0180792;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0256202;OID=.;OPOS=223947081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:10:10:11:11:10:10:11:11 chr1 223951841 . T C 340.51 PASS AF=0.586207;AO=33;DP=57;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.00966533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.438;QD=23.4833;RBI=0.0175094;REFB=-0.00931945;REVB=0.0146;RO=24;SAF=18;SAR=15;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160719;STB=0.581715;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0107041;OID=.;OPOS=223951841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:24:24:33:34:0.586207:15:18:18:6:15:19:18:6 chr1 223954080 . A C 195.18 PASS AF=0.421053;AO=23;DP=56;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0285864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1937;QD=13.6969;RBI=0.0286609;REFB=-0.028286;REVB=-0.00206526;RO=33;SAF=8;SAR=15;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165412;STB=0.526045;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0515105;OID=.;OPOS=223954080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:33:33:23:24:0.421053:15:8:11:22:15:9:11:22 chr1 223962817 . C A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0182384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1889;QD=10.0751;RBI=0.0184373;REFB=-0.0407811;REVB=0.00270061;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343095;STB=0.706044;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0241303;OID=.;OPOS=223962817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:5:3:10:4:5:3:10:4 chr1 223967953 . C T 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0101107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.481;QD=9.25823;RBI=0.0245138;REFB=-0.00952986;REVB=-0.0223316;RO=28;SAF=6;SAR=6;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822896;STB=0.549917;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0188878;OID=.;OPOS=223967953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:6:6:16:12:6:6:16:12 chr1 223976846 . G A 333.57 PASS AF=0.630435;AO=28;DP=45;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00893413;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.297;QD=29.0064;RBI=0.008991;REFB=-0.00720615;REVB=-0.00100969;RO=17;SAF=15;SAR=13;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773327;STB=0.54816;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00403908;OID=.;OPOS=223976846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:17:17:28:29:0.630435:13:15:11:6:14:15:11:6 chr1 224346959 . G A 236.73 PASS AF=0.482143;AO=24;DP=57;FAO=27;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0291077;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.913;QD=16.9095;RBI=0.0342825;REFB=-0.0320786;REVB=-0.0181117;RO=23;SAF=17;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140411;STB=0.617195;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0127055;OID=.;OPOS=224346959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:23:29:24:27:0.482143:7:17:13:10:9:18:13:16 chr1 224492746 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00991402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6515;QD=56.1914;RBI=0.0203626;REFB=0;REVB=-0.0177861;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111451;OID=.;OPOS=224492746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr1 224495852 . C T 1708.6 PASS AF=1;AO=111;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0484562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9243;QD=59.9508;RBI=0.0703721;REFB=0;REVB=-0.0510317;RO=0;SAF=55;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001866;OID=.;OPOS=224495852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:111:114:1:56:55:0:0:59:55:0:0 chr1 224505570 . T A,TAA 599.92 PASS AF=0.097561,0.902439;AO=4,32;DP=46;FAO=4,37;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=4,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164786,-0.0618817;FXX=0.0888691;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=161.188,39.4066;QD=58.529;RBI=0.0225876,0.0772153;REFB=0,0;REVB=0.0154485,0.0461829;RO=5;SAF=0,11;SAR=4,21;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.700982,-0.0155535;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0468542,-0.00127536;OID=.,.;OPOS=224505570,224505571;OREF=T,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,TAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:46:41:5:0:4,32:4,37:0.097561,0.902439:4,21:0,11:2:3:4,24:0,13:0:0 chr1 224517842 . C T 386.66 PASS AF=0.935484;AO=27;DP=29;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0331503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1083;QD=49.8918;RBI=0.0370541;REFB=-0.0464118;REVB=0.0165549;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.514129;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0109064;OID=.;OPOS=224517842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:31:0:2:27:29:0.935484:19:8:0:0:20:9:1:1 chr1 224575373 . G A 842.95 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00408547;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.842;QD=56.1969;RBI=0.0554723;REFB=-0.111112;REVB=0.0553217;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000701907;OID=.;OPOS=224575373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:62:60:0:1:59:59:0.983333:36:23:0:0:36:23:0:1 chr1 225230608 . C T 670.06 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00378637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.726;QD=62.3316;RBI=0.0478576;REFB=0;REVB=0.0477076;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233134;OID=.;OPOS=225230608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr1 225266966 . C G 801.84 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1647;QD=64.1475;RBI=0.0504259;REFB=0;REVB=-0.0227576;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270223;OID=.;OPOS=225266966;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:22:27:0:0:23:27:0:0 chr1 225268343 . A G 139.45 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.170296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2066;QD=42.9073;RBI=0.171303;REFB=0;REVB=-0.0185412;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00756424;OID=.;OPOS=225268343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:10:2:0:0:10:3:0:0 chr1 225268346 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6818;QD=43.4856;RBI=0.0616245;REFB=0;REVB=0.0581415;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173162;OID=.;OPOS=225268346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr1 225270409 . A T 481.97 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00269221;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=186.63;QD=53.5519;RBI=0.0139543;REFB=-0.181783;REVB=0.0136921;RO=1;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267062;STB=0.527761;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0011682;OID=.;OPOS=225270409;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:36:36:1:2:34:34:0.944444:17:17:0:1:17:17:0:2 chr1 225273248 . G T 608.82 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.551;QD=59.397;RBI=0.0378278;REFB=0;REVB=0.0274757;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117224;OID=.;OPOS=225273248;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:41:0:0:36:41:1:12:24:0:0:15:26:0:0 chr1 225454386 . T C 139.49 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0465143;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.751;QD=11.8713;RBI=0.0482878;REFB=-0.0349467;REVB=0.0129665;RO=30;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280622;STB=0.654261;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0457684;OID=.;OPOS=225454386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:31:16:16:0.340426:6:10:11:19:6:10:12:19 chr1 225490866 . TAA TA,TAT 49.74 PASS AF=0.141414,0.0505051;AO=13,5;DP=100;FAO=14,5;FDP=99;FR=.;FRO=80;FSAF=3,0;FSAR=11,5;FSRF=55;FSRR=25;FWDB=0.106421,0.00972172;FXX=0.009999;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.3723,192.774;QD=2.0098;RBI=0.130168,0.0298983;REFB=-0.0421634,-0.00339009;REVB=-0.0749552,-0.0282736;RO=70;SAF=4,0;SAR=9,5;SRF=47;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.431457,-0.613651;STB=0.854805,0.998591;STBP=0.008,0.003;TYPE=del,snp;VARB=-0.0138652,0.0951619;OID=.,.;OPOS=225490867,225490868;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TA,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.141414,0.0505051:13,5:100:14,5:99:80:3,0:11,5:55:25:27:70:4,0:9,5:47:23 chr1 225528183 . C A 719.37 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.168;QD=62.5541;RBI=0.0278004;REFB=0;REVB=0.0232713;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93069e-05;OID=.;OPOS=225528183;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:25:18:0:0:26:20:0:0 chr1 225533684 . A G 948.98 PASS AF=0.918919;AO=68;DP=74;FAO=68;FDP=74;FR=.;FRO=6;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00832152;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.642;QD=51.2963;RBI=0.0154663;REFB=-0.130507;REVB=0.0130368;RO=6;SAF=42;SAR=26;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189343;STB=0.510047;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00150137;OID=.;OPOS=225533684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:74:74:6:6:68:68:0.918919:26:42:3:3:26:42:3:3 chr1 225533931 . A G 101.17 PASS AF=0.48;AO=11;DP=24;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.064222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8195;QD=16.1873;RBI=0.0653305;REFB=0.0131142;REVB=-0.0119835;RO=13;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195771;STB=0.627678;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.0153742;OID=.;OPOS=225533931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:13:13:11:12:0.48:3:8:7:6:3:9:7:6 chr1 225534219 . T C 790.08 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145485;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.977;QD=56.4344;RBI=0.0838736;REFB=0;REVB=0.0826022;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115668;OID=.;OPOS=225534219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:27:28:0:0:27:29:0:0 chr1 225534348 . G A 530.78 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.651;QD=58.9752;RBI=0.0268599;REFB=0;REVB=0.0225599;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125828;OID=.;OPOS=225534348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:19:16:0:0:19:17:0:0 chr1 225555512 . C T 235.94 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00207468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.3782;QD=19.26;RBI=0.0240142;REFB=0.00548736;REVB=0.0239244;RO=26;SAF=15;SAR=8;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00172967;STB=0.500978;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=-0.00893432;OID=.;OPOS=225555512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:8:15:17:9:8:15:17:9 chr1 225555602 . T G 464.71 PASS AF=0.56962;AO=43;DP=79;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0115176;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.453;QD=23.5295;RBI=0.0206336;REFB=-0.0365301;REVB=0.0171198;RO=33;SAF=21;SAR=22;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928843;STB=0.552165;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00834584;OID=.;OPOS=225555602;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:33:34:43:45:0.56962:22:21:20:13:24:21:20:14 chr1 225555617 . A G 295.6 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00151642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.208;QD=15.3561;RBI=0.0101912;REFB=-0.00644784;REVB=-0.0100778;RO=44;SAF=22;SAR=11;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220557;STB=0.624923;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0079143;OID=.;OPOS=225555617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:11:22:20:24:11:22:20:24 chr1 225565015 . T C 768.23 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0718777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5252;QD=61.4586;RBI=0.0739625;REFB=0.0500226;REVB=0.0174371;RO=1;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149366;STB=0.507689;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.0106133;OID=.;OPOS=225565015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:1:1:48:49:0.98:31:17:0:1:32:17:0:1 chr1 225565073 . C T 715.52 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00149551;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.775;QD=57.2412;RBI=0.0377492;REFB=0;REVB=0.0377196;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14909e-05;OID=.;OPOS=225565073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr1 225569241 . T G 1303.49 PASS AF=0.977011;AO=84;DP=90;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00512629;FXX=0.0333296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.249;QD=59.9307;RBI=0.0160011;REFB=-0.165467;REVB=0.0151577;RO=1;SAF=40;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116948;STB=0.500678;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.000364916;OID=.;OPOS=225569241;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:87:1:2:84:85:0.977011:44:40:1:0:45:40:1:1 chr1 225594525 . A G 204.19 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0321038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.079;QD=12.5658;RBI=0.0323717;REFB=-0.00376255;REVB=-0.00415655;RO=40;SAF=11;SAR=14;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117506;STB=0.567514;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00549354;OID=.;OPOS=225594525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:14:11:22:18:14:11:22:18 chr1 225601647 . C T 317.55 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.271;QD=52.925;RBI=0.0659942;REFB=0;REVB=0.0522904;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182004;OID=.;OPOS=225601647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:9:13:0:0:10:14:0:0 chr1 225607144 . C T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.457;QD=58.1415;RBI=0.0224752;REFB=0;REVB=-0.00899842;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27938e-05;OID=.;OPOS=225607144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr1 225609884 . A G 1529.75 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00485433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.296;QD=59.4078;RBI=0.0127736;REFB=0;REVB=0.0118152;RO=0;SAF=38;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.66457e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.51144e-05;OID=.;OPOS=225609884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:98:103:0:0:97:103:1:59:38:0:0:63:40:0:0 chr1 225611661 . C T 1511.67 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334489;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.471;QD=63.6493;RBI=0.0346052;REFB=0;REVB=0.00887077;RO=0;SAF=42;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265705;OID=.;OPOS=225611661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:95:0:0:91:95:1:49:42:0:0:50:45:0:0 chr1 225682560 . G A 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2766;QD=49.5965;RBI=0.0351131;REFB=0;REVB=0.00474952;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000692571;OID=.;OPOS=225682560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr1 226019653 . G A 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0129291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.512;QD=14.7015;RBI=0.0145803;REFB=0.00681858;REVB=0.00673962;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111711;STB=0.565108;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.00725087;OID=.;OPOS=226019653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:7:5:8:7:7:5:8:7 chr1 226026406 . A G 159.7 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.030907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.739;QD=30.419;RBI=0.0366557;REFB=-0.0178131;REVB=-0.0197079;RO=5;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403402;STB=0.726905;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00456276;OID=.;OPOS=226026406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:21:21:5:5:13:13:0.619048:3:10:0:5:3:10:0:5 chr1 226040404 . C T 648.56 PASS AF=0.606383;AO=57;DP=94;FAO=57;FDP=94;FR=.;FRO=37;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00207111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9142;QD=27.5983;RBI=0.0551607;REFB=-0.00127414;REVB=0.0551218;RO=36;SAF=33;SAR=24;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370765;STB=0.515423;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.000947948;OID=.;OPOS=226040404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:36:37:57:57:0.606383:24:33:19:17:24:33:20:17 chr1 226044690 . TG T 31.53 PASS AF=0.4;AO=4;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0841714;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.943;QD=8.40709;RBI=0.115516;REFB=-0.111288;REVB=-0.0791152;RO=8;SAF=2;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260267;STB=0.695017;STBP=0.255;TYPE=del;VARB=0.11376;OID=.;OPOS=226044691;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:4:15:6:15:9:2:4:6:3:31:8:2:2:6:2 chr1 226074563 . T G 172.04 PASS AF=0.5;AO=17;DP=35;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.035812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5106;QD=19.1151;RBI=0.0724697;REFB=-0.0330127;REVB=-0.0630028;RO=18;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138146;STB=0.588134;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0404231;OID=.;OPOS=226074563;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:18:18:17:18:0.5:6:11:9:9:6:12:9:9 chr1 226108200 . C T 125.2 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0827238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4318;QD=10.4333;RBI=0.0837025;REFB=0.0164084;REVB=0.0127623;RO=33;SAF=12;SAR=3;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337794;STB=0.70558;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.0304134;OID=.;OPOS=226108200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:3:12:18:15:3:12:18:15 chr1 226555302 . A G 430.17 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=76;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0309257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5567;QD=22.6405;RBI=0.0428092;REFB=-0.0162162;REVB=-0.0296012;RO=34;SAF=20;SAR=22;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285562;STB=0.515716;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0170019;OID=.;OPOS=226555302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:34:34:42:42:0.552632:22:20:15:19:22:20:15:19 chr1 226570840 . T C 80.33 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=-0.023607;FXX=0.020404;HRUN=6;LEN=1;MLLD=215.328;QD=6.69416;RBI=0.0243635;REFB=-0.00231534;REVB=-0.00602436;RO=37;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170458;STB=0.605886;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0107562;OID=.;OPOS=226570840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:48:48:37:37:11:11:0.229167:7:4:9:28:7:4:9:28 chr1 226573364 . A G 65.79 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00485024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.794;QD=11.4426;RBI=0.0221295;REFB=-0.00939383;REVB=0.0215914;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244315;STB=0.646728;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0186362;OID=.;OPOS=226573364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:6:3:8:6:6:3:8:6 chr1 226589958 . G A 103.49 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0227114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.234;QD=9.85636;RBI=0.0227269;REFB=0.000993626;REVB=-0.000839247;RO=28;SAF=2;SAR=11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389171;STB=0.752978;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.0024716;OID=.;OPOS=226589958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:29:13:13:0.309524:11:2:12:16:11:2:13:16 chr1 226819833 . A G 71.62 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0286357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.274;QD=19.0996;RBI=0.0858027;REFB=-0.0113731;REVB=0.0808833;RO=6;SAF=1;SAR=8;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088444;STB=0.551599;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0112338;OID=.;OPOS=226819833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:8:1:1:5:8:1:1:5 chr1 226829769 . G A 30.01 PASS AF=0.107143;AO=6;DP=56;FAO=6;FDP=56;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0406112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8991;QD=2.1439;RBI=0.0426809;REFB=0.000179617;REVB=-0.0131297;RO=50;SAF=4;SAR=2;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256402;STB=0.697035;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.000322769;OID=.;OPOS=226829769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:56:56:50:50:6:6:0.107143:2:4:22:28:2:4:22:28 chr1 226923264 . G A 507.59 PASS AF=0.947368;AO=31;DP=34;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.115624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.9316;QD=53.43;RBI=0.118013;REFB=-0.0326803;REVB=0.0236242;RO=3;SAF=17;SAR=14;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196407;STB=0.504502;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00477081;OID=.;OPOS=226923264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:38:3:2:31:36:0.947368:14:17:2:1:15:21:1:1 chr1 226923505 . G T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.243;QD=60.9786;RBI=0.030349;REFB=0;REVB=0.0204933;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.78701e-05;OID=.;OPOS=226923505;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr1 226923938 . A C 839.75 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=61;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00932936;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.486;QD=55.9835;RBI=0.0114001;REFB=-0.0712397;REVB=-0.00655179;RO=1;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154654;STB=0.508194;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00305443;OID=.;OPOS=226923938;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:60:1:1:58:59:0.983333:30:28:0:1:30:29:0:1 chr1 226924241 . C A 194.04 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0462483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.945;QD=16.8726;RBI=0.0560011;REFB=-0.0195547;REVB=0.0315788;RO=26;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114232;STB=0.565153;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0335645;OID=.;OPOS=226924241;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:10:10:10:16:10:10:10:16 chr1 226924875 . ACTGCCGCTG A 85.53 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0265762;FXX=0.153728;HRUN=1;LEN=9;MLLD=221.28;QD=31.1015;RBI=0.0555083;REFB=-0.0331787;REVB=0.0487328;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.562371;STBP=0.644;TYPE=del;VARB=0.010261;OID=.;OPOS=226924876;OREF=CTGCCGCTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.818182:9:10:9:11:2:7:2:2:0:11:0:7:2:0:0 chr1 227069677 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00627792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.245;QD=55.6559;RBI=0.02258;REFB=0;REVB=0.0216897;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17047e-05;OID=.;OPOS=227069677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr1 227069737 . C T 142.84 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.296;QD=40.8118;RBI=0.0661884;REFB=-0.0586938;REVB=0.0156925;RO=1;SAF=5;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821523;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00387023;OID=.;OPOS=227069737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:14:14:1:0:13:14:1:8:5:1:0:8:6:0:0 chr1 227071525 . C T 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.969;QD=57.1769;RBI=0.0204912;REFB=0;REVB=-0.0129899;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000193153;OID=.;OPOS=227071525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:32:19:0:0:32:19:0:0 chr1 227178948 . G A 463.2 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00353565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9745;QD=52.9373;RBI=0.0137552;REFB=-0.0771771;REVB=-0.0132931;RO=2;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424416;STB=0.522714;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0048719;OID=.;OPOS=227178948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:21:12:0:2:21:12:0:2 chr1 227182032 . AG A,AA 420.75 PASS AF=0.125,0.84375;AO=6,25;DP=32;FAO=4,27;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=1,23;FSAR=3,4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00517715,0.0104469;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=160.004,176.386;QD=52.5937;RBI=0.021847,0.0172209;REFB=-0.0545458,-0.0405842;REVB=0.0212247,0.0136903;RO=1;SAF=3,21;SAR=3,4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.123249,0.102546;STB=0.571096,0.555511;STBP=0.672,0.093;TYPE=del,snp;VARB=-0.00529415,0.00499709;OID=.,.;OPOS=227182033,227182033;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.125,0.84375:6,25:32:4,27:32:1:1,23:3,4:0:1:12:1:3,21:3,4:0:1 chr1 227182575 . A G 834.39 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00567208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.999;QD=57.5439;RBI=0.0236388;REFB=0;REVB=0.0229482;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158446;OID=.;OPOS=227182575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr1 227216662 . T C 866.79 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0158686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2269;QD=53.3408;RBI=0.0159341;REFB=-0.0225444;REVB=-0.00144346;RO=3;SAF=38;SAR=24;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358246;STB=0.518981;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.000909253;OID=.;OPOS=227216662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:65:3:3:62:62:0.953846:24:38:3:0:24:38:3:0 chr1 227216775 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00354679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.491;QD=61.6839;RBI=0.0160119;REFB=0;REVB=0.0156141;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45301e-05;OID=.;OPOS=227216775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr1 227504794 . T C 913.57 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00844968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.32;QD=58.0046;RBI=0.0117078;REFB=0;REVB=-0.00810408;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.21767e-05;OID=.;OPOS=227504794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:60:63:1:27:33:0:0:29:34:0:0 chr1 227681475 . T C 269.99 PASS AF=0.347826;AO=32;DP=91;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.00518479;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.654;QD=11.7389;RBI=0.0521105;REFB=-0.0130756;REVB=0.0518519;RO=54;SAF=14;SAR=18;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687699;STB=0.573125;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0245957;OID=.;OPOS=227681475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:54:60:32:32:0.347826:18:14:27:27:18:14:33:27 chr1 227935762 . G A 334.31 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00946736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4187;QD=27.2903;RBI=0.0203234;REFB=0.000604369;REVB=0.0179836;RO=20;SAF=19;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834064;STB=0.54611;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.000131708;OID=.;OPOS=227935762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:10:19:11:9:10:19:11:9 chr1 228033197 . A G 330.78 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00623717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4353;QD=25.4443;RBI=0.00941176;REFB=-0.0554319;REVB=0.00704832;RO=18;SAF=21;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03247;STB=0.523607;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.03699;OID=.;OPOS=228033197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:18:20:32:32:0.615385:11:21:11:7:11:21:12:8 chr1 228347352 . A G 159.22 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.9;QD=45.4924;RBI=0.0326335;REFB=0;REVB=0.00128091;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00028588;OID=.;OPOS=228347352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr1 228352160 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.664;QD=46.8476;RBI=0.036128;REFB=0;REVB=0.032168;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248945;OID=.;OPOS=228352160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr1 228399482 . C G 722.68 PASS AF=0.96;AO=46;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0075048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.282;QD=57.814;RBI=0.051327;REFB=-0.00760704;REVB=0.0507753;RO=2;SAF=32;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625285;STB=0.50746;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.000793938;OID=.;OPOS=228399482;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:46:48:0.96:14:32:0:2:16:32:1:1 chr1 228399766 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00956504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.982;QD=53.2772;RBI=0.0321707;REFB=0;REVB=0.0307159;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123021;OID=.;OPOS=228399766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr1 228402047 . A G 1526.5 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00694611;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0817;QD=59.8628;RBI=0.0374631;REFB=0;REVB=-0.0368135;RO=0;SAF=69;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.59797e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103966;OID=.;OPOS=228402047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:33:69:0:0:33:69:0:0 chr1 228402121 . A G 1346.38 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0842528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.816;QD=61.9025;RBI=0.0846363;REFB=0;REVB=-0.00804801;RO=0;SAF=59;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00019916;OID=.;OPOS=228402121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:27:59:0:0:28:59:0:0 chr1 228433217 . A G 199.91 PASS AF=0.526316;AO=19;DP=37;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00609182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.747;QD=21.0429;RBI=0.0443784;REFB=-0.0177497;REVB=-0.0439583;RO=18;SAF=4;SAR=15;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142836;STB=0.58814;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0139063;OID=.;OPOS=228433217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:18:18:19:20:0.526316:15:4:6:12:16:4:6:12 chr1 228444565 . T A 528.91 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.481;QD=58.7679;RBI=0.0555471;REFB=0;REVB=0.049585;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000621757;OID=.;OPOS=228444565;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:33:36:1:14:19:0:0:17:19:0:0 chr1 228461129 . A G 136.88 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00932962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9637;QD=18.2504;RBI=0.0241973;REFB=-0.014407;REVB=-0.0223264;RO=15;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11811;STB=0.567477;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0180899;OID=.;OPOS=228461129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:9:6:8:7:9:6:8:7 chr1 228464248 . T G 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0114296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.924;QD=9.47556;RBI=0.0120342;REFB=-0.00701285;REVB=-0.00376648;RO=21;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257359;STB=0.657393;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.012338;OID=.;OPOS=228464248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:3:7:10:11:3:7:10:11 chr1 228464276 . T C 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00995484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.042;QD=7.96559;RBI=0.0546902;REFB=-0.0179895;REVB=-0.0537766;RO=25;SAF=7;SAR=3;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26155;STB=0.675777;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.033247;OID=.;OPOS=228464276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:36:25:26:10:10:0.277778:3:7:12:13:3:7:12:14 chr1 228467711 . G A 448.37 PASS AF=0.442478;AO=49;DP=110;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0376421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.283;QD=15.8714;RBI=0.0381524;REFB=-0.0381802;REVB=-0.0062192;RO=59;SAF=14;SAR=35;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203146;STB=0.612294;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0277281;OID=.;OPOS=228467711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:113:59:63:49:50:0.442478:35:14:28:31:36:14:29:34 chr1 228468244 . G A 84.34 PASS AF=0.34375;AO=10;DP=31;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.028824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0208;QD=10.5427;RBI=0.0348428;REFB=-0.00300063;REVB=0.0195754;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856821;STB=0.545372;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0129183;OID=.;OPOS=228468244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:32:19:21:10:11:0.34375:5:5:11:8:6:5:11:10 chr1 228468483 . G A 99.69 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0628244;FXX=0.09995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.009;QD=22.154;RBI=0.0634184;REFB=-0.0534087;REVB=-0.00865954;RO=5;SAF=7;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134614;STB=0.636115;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0342877;OID=.;OPOS=228468483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:19:18:5:7:11:11:0.611111:4:7:2:3:4:7:2:5 chr1 228469870 . C T 377.04 PASS AF=0.654545;AO=35;DP=55;FAO=36;FDP=55;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.103402;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.46;QD=27.4209;RBI=0.103741;REFB=-0.0289826;REVB=0.00837028;RO=18;SAF=18;SAR=17;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181359;STB=0.590723;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0268506;OID=.;OPOS=228469870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:18:19:35:36:0.654545:17:18:4:14:17:19:5:14 chr1 228469903 . AG TT 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0247935;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=200.816;QD=22.5346;RBI=0.0248431;REFB=-0.0132887;REVB=-0.00156822;RO=15;SAF=9;SAR=10;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275822;STB=0.652853;STBP=0.075;TYPE=mnp;VARB=0.0101251;OID=.;OPOS=228469903;OREF=AG;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:10:9:2:13:10:9:2:13 chr1 228476366 . GA TT 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0243245;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=153.263;QD=14.6525;RBI=0.0243245;REFB=-0.0219317;REVB=0;RO=5;SAF=6;SAR=0;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0238713;OID=.;OPOS=228476366;OREF=GA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:0:6:5:0:0:6:5:0 chr1 228476414 . G A 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0172465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.736;QD=21.1719;RBI=0.070127;REFB=-0.0221665;REVB=0.0679732;RO=8;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126759;STB=0.571319;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0174128;OID=.;OPOS=228476414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:3:9:7:1:3:9:7:1 chr1 228480282 . A G 346.42 PASS AF=0.659091;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0134013;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.717;QD=31.4927;RBI=0.0136123;REFB=-0.0224232;REVB=0.00238743;RO=15;SAF=14;SAR=15;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11413;STB=0.562457;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00810075;OID=.;OPOS=228480282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:15:15:29:29:0.659091:15:14:10:5:15:14:10:5 chr1 228494696 . G A 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0140858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.205;QD=18.3008;RBI=0.0340406;REFB=-0.0427667;REVB=0.0309895;RO=23;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108155;STB=0.561424;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0344139;OID=.;OPOS=228494696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:11:9:13:10:11:9:13:10 chr1 228503677 . A G 145.54 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0261114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.164;QD=16.1709;RBI=0.0318308;REFB=-0.0193378;REVB=-0.0182043;RO=20;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222029;STB=0.628859;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0403753;OID=.;OPOS=228503677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:12:4:9:11:12:4:9:11 chr1 228504472 . T C 123.97 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0312158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8278;QD=17.0996;RBI=0.0318485;REFB=-0.0180918;REVB=-0.00631714;RO=15;SAF=13;SAR=1;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510127;STB=0.804735;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.015816;OID=.;OPOS=228504472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:1:13:9:6:1:13:9:6 chr1 228505204 . G A 185.4 PASS AF=0.377049;AO=22;DP=60;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00332851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.0162;QD=12.1576;RBI=0.0770605;REFB=-0.0377074;REVB=0.0769886;RO=36;SAF=11;SAR=11;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895976;STB=0.519297;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0517685;OID=.;OPOS=228505204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:36:38:22:23:0.377049:11:11:21:15:11:12:21:17 chr1 228505668 . C G 115.67 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00325235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.89;QD=11.016;RBI=0.0553719;REFB=-0.0167906;REVB=-0.0552763;RO=28;SAF=12;SAR=2;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47057;STB=0.786419;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0210193;OID=.;OPOS=228505668;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:2:12:14:14:2:12:14:14 chr1 228505727 . C T 82.91 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0356124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.794;QD=9.47535;RBI=0.0365009;REFB=0.0021539;REVB=-0.00800442;RO=24;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243405;STB=0.644926;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00740619;OID=.;OPOS=228505727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:35:35:24:24:11:11:0.314286:6:5:6:18:6:5:6:18 chr1 228505750 . C T 143.98 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=38;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0611702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9068;QD=14.7676;RBI=0.0623713;REFB=-0.0202929;REVB=0.0121813;RO=23;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269326;STB=0.666481;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0498423;OID=.;OPOS=228505750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:23:15:16:0.410256:8:7:5:18:8:8:5:18 chr1 228509427 . A G 192.0 PASS AF=0.423077;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0233597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2202;QD=14.769;RBI=0.030373;REFB=-0.0485119;REVB=-0.0194125;RO=29;SAF=9;SAR=12;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902056;STB=0.526292;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0641864;OID=.;OPOS=228509427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:29:30:21:22:0.423077:12:9:15:14:12:10:15:15 chr1 228526665 . T C 553.16 PASS AF=0.467742;AO=57;DP=126;FAO=58;FDP=124;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.0100014;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.18;QD=17.8438;RBI=0.0176657;REFB=-0.0452147;REVB=-0.014562;RO=64;SAF=31;SAR=26;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330065;STB=0.522134;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0447937;OID=.;OPOS=228526665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:124:64:66:57:58:0.467742:26:31:37:27:27:31:38:28 chr1 228528563 . C G 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0207871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.005;QD=15.1601;RBI=0.0280693;REFB=-0.0411244;REVB=0.0188621;RO=22;SAF=6;SAR=10;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341963;STB=0.695972;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0253324;OID=.;OPOS=228528563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:10:6:16:6:10:6:16:6 chr1 228547694 . AGGGGA ACCGGA,AGGGA,AGGGAG 120.84 PASS AF=0.0869565,0.913043,0;AO=2,8,2;DP=23;FAO=2,21,0;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=2,6,0;FSAR=0,15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433073,0.150587,-0.114894;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,2;MLLD=52.7167,9.63744,159.829;QD=21.0158;RBI=0.0490937,0.23681,0.115064;REFB=-0.0723849,-0.0749562,-0.0362482;REVB=0.0231228,0.182764,0.00624414;RO=7;SAF=2,3,2;SAR=0,5,0;SRF=1;SRR=6;SSEN=0,0.289256,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.732272,0.211985,0.732272;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=-0.0130021,0.0554872,0;OID=.,.,.;OPOS=228547695,228547695,228547698;OREF=GG,G,GA;OALT=CC,-,AG;OMAPALT=ACCGGA,AGGGA,AGGGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0869565,0.913043,0:2,8,2:23:2,21,0:23:0:2,6,0:0,15,0:0:0:8:7:2,3,2:0,5,0:1:6 chr1 228547901 . C T 289.41 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0156941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.392;QD=25.7251;RBI=0.0280709;REFB=-0.0439285;REVB=0.0232738;RO=19;SAF=15;SAR=11;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197063;STB=0.609054;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0175397;OID=.;OPOS=228547901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:11:15:6:13:11:15:6:13 chr1 228548197 . G A 66.28 PASS AF=0.409091;AO=6;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00108578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.969;QD=12.0515;RBI=0.00401507;REFB=-0.0128194;REVB=-0.00386547;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510181;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0198969;OID=.;OPOS=228548197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:12:13:6:9:0.409091:3:3:6:6:4:5:7:6 chr1 228550426 . C T 603.67 PASS AF=0.555556;AO=60;DP=106;FAO=60;FDP=108;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=37;FWDB=0.00334901;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=64.4071;QD=22.3581;RBI=0.00902946;REFB=-0.0355234;REVB=-0.00838542;RO=46;SAF=28;SAR=32;SRF=11;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184619;STB=0.607513;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0172671;OID=.;OPOS=228550426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:46:48:60:60:0.555556:32:28:11:35:32:28:11:37 chr1 228559994 . C T 834.11 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.159;QD=57.5246;RBI=0.0548758;REFB=0;REVB=0.0459345;RO=0;SAF=20;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356367;OID=.;OPOS=228559994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:38:20:0:0:38:20:0:0 chr1 228560139 . A G 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.827;QD=50.4106;RBI=0.0183906;REFB=0;REVB=0.0119577;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214522;OID=.;OPOS=228560139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr1 228560700 . T C 2681.22 PASS AF=1;AO=170;DP=171;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214888;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6161;QD=62.3538;RBI=0.0413799;REFB=0;REVB=-0.0353628;RO=0;SAF=73;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000136398;OID=.;OPOS=228560700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:171:172:0:0:170:172:1:97:73:0:0:98:74:0:0 chr1 228564884 . G A 230.39 PASS AF=0.522727;AO=22;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0172315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2645;QD=20.9441;RBI=0.0436775;REFB=-0.0492191;REVB=0.0401348;RO=22;SAF=8;SAR=14;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529387;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0290792;OID=.;OPOS=228564884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:21:22:23:0.522727:14:8:8:14:14:9:7:14 chr1 228602660 . G C 349.23 PASS AF=0.521739;AO=35;DP=68;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0150066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.611;QD=20.2453;RBI=0.0168307;REFB=-0.0114225;REVB=-0.0076208;RO=32;SAF=21;SAR=14;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218797;STB=0.604259;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0106628;OID=.;OPOS=228602660;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:32:33:35:36:0.521739:14:21:11:21:15:21:12:21 chr1 228612838 . G T 150.1 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0129607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.969;QD=19.3682;RBI=0.016838;REFB=0.00869647;REVB=0.0107488;RO=15;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137855;STB=0.578216;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.0065992;OID=.;OPOS=228612838;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:9:7:9:6:9:7:9:6 chr1 228699477 . T C 320.46 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.046424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6771;QD=27.2733;RBI=0.0476823;REFB=-0.0196664;REVB=-0.010882;RO=19;SAF=14;SAR=14;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192606;STB=0.510631;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0224224;OID=.;OPOS=228699477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:14:14:9:10:14:14:9:10 chr1 228743499 . C A 976.46 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644716;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8319;QD=59.1791;RBI=0.064473;REFB=0;REVB=0.000424427;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390266;OID=.;OPOS=228743499;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr1 229460246 . A T 533.22 PASS AF=0.574713;AO=47;DP=83;FAO=50;FDP=87;FR=.;FRO=37;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0313692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.599;QD=24.516;RBI=0.0313864;REFB=-0.0162492;REVB=0.00103957;RO=36;SAF=32;SAR=15;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131528;STB=0.556499;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0118813;OID=.;OPOS=229460246;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:87:36:37:47:50:0.574713:15:32:19:17:18:32:19:18 chr1 229461024 . C T 298.79 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.000200991;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.837;QD=15.5217;RBI=0.00232915;REFB=0.00124338;REVB=-0.00232047;RO=41;SAF=14;SAR=19;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157949;STB=0.569358;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00409804;OID=.;OPOS=229461024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:44:33:33:0.428571:19:14:24:17:19:14:24:20 chr1 229622162 . A G 205.43 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.081875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3852;QD=16.7694;RBI=0.0821461;REFB=-0.0215205;REVB=-0.00666791;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478369;STB=0.527318;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0343288;OID=.;OPOS=229622162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:10:11:16:12:10:11:16:12 chr1 229623338 . T C 102.11 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0249146;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.529;QD=8.50908;RBI=0.0421279;REFB=0.00695792;REVB=-0.0339709;RO=36;SAF=9;SAR=4;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351726;STB=0.529366;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.0192012;OID=.;OPOS=229623338;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:36:35:13:13:0.270833:4:9:24:12:4:9:23:12 chr1 229631734 . T C 308.36 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0385083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5609;QD=18.4095;RBI=0.063191;REFB=-0.0192691;REVB=0.050102;RO=34;SAF=13;SAR=20;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984634;STB=0.555008;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0274287;OID=.;OPOS=229631734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:20:13:17:17:20:13:17:17 chr1 229635521 . A G 350.88 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0142568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5684;QD=20.6398;RBI=0.0167863;REFB=-0.015559;REVB=-0.00886134;RO=32;SAF=14;SAR=22;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988367;STB=0.554548;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0197852;OID=.;OPOS=229635521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:22:14:9:23:22:14:9:23 chr1 229652698 . G T 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0216061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.472;QD=8.73845;RBI=0.0227352;REFB=-0.0112892;REVB=-0.00707568;RO=20;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.471366;STB=0.788843;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0168681;OID=.;OPOS=229652698;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:2:7:7:13:2:7:7:13 chr1 229663064 . GAGGAA G 239.54 PASS AF=0.869565;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0316329;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=5;MLLD=231.918;QD=41.6599;RBI=0.0327393;REFB=-0.0579943;REVB=0.00843921;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.548341;STBP=0.325;TYPE=del;VARB=0.0117964;OID=.;OPOS=229663065;OREF=AGGAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.869565:20:23:20:23:3:6:14:0:3:14:0:6:14:0:0 chr1 229683264 . G A 308.0 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00954842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.179;QD=24.1571;RBI=0.0135843;REFB=-0.0272089;REVB=0.0096623;RO=21;SAF=14;SAR=16;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286157;STB=0.515779;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0217557;OID=.;OPOS=229683264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:16:14:9:12:16:14:9:12 chr1 229730452 . G A 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0286684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.754;QD=16.8981;RBI=0.0670885;REFB=-0.0327091;REVB=0.0606547;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318185;STB=0.518481;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0364667;OID=.;OPOS=229730452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:7:3:3:6:7:3:3:6 chr1 229738170 . T G 201.18 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0110613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.63;QD=12.1929;RBI=0.0111153;REFB=-0.00968518;REVB=0.00109351;RO=40;SAF=8;SAR=17;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00612853;STB=0.50209;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0132236;OID=.;OPOS=229738170;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:41:25:25:0.378788:17:8:13:27:17:8:13:28 chr1 229738235 . C CA 763.82 PASS AF=1;AO=6;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0740534;FXX=0.0175408;HRUN=0;LEN=1;MLLD=87.6478;QD=54.5586;RBI=0.0759656;REFB=0;REVB=-0.0169371;RO=48;SAF=3;SAR=3;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481195;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.98362e-05;OID=.;OPOS=229738236;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:57:56:56:0:26:30:0:0:4:48:3:3:22:26 chr1 229738236 . G A 625.32 PASS AF=0.890909;AO=48;DP=55;FAO=49;FDP=55;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00134531;FXX=0.0350816;HRUN=6;LEN=1;MLLD=103.554;QD=45.4777;RBI=0.0212338;REFB=-0.0335013;REVB=0.0211912;RO=6;SAF=22;SAR=26;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00872485;STB=0.503349;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.000200918;OID=.;OPOS=229738236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:55:55:6:6:48:49:0.890909:26:22:3:3:26:23:3:3 chr1 229750036 . C T 351.03 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00402037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.861;QD=18.7217;RBI=0.0119936;REFB=-0.0158704;REVB=-0.0112997;RO=38;SAF=17;SAR=20;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108398;STB=0.560312;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0144688;OID=.;OPOS=229750036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:20:17:22:16:20:17:22:16 chr1 229772693 . T G 30.51 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0557812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.884;QD=13.5581;RBI=0.0559458;REFB=-0.0336565;REVB=-0.00428789;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436878;STB=0.665923;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0361592;OID=.;OPOS=229772693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:8:9:3:4:5:5:0.555556:3:2:1:2:4:1:2:2 chr1 229790048 . A G 2152.85 PASS AF=0.992857;AO=138;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0137704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6808;QD=61.5101;RBI=0.0521634;REFB=-0.0149932;REVB=-0.050313;RO=2;SAF=70;SAR=68;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133883;STB=0.503496;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-9.12854e-05;OID=.;OPOS=229790048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:140:140:2:1:138:139:0.992857:68:70:2:0:68:71:1:0 chr1 230384937 . T C 93.72 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00289936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.718;QD=10.1319;RBI=0.0226252;REFB=-0.00948342;REVB=0.0224387;RO=25;SAF=4;SAR=8;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336519;STB=0.701429;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0297002;OID=.;OPOS=230384937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:8:4:16:9:8:4:16:9 chr1 230417557 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00744742;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=267.91;QD=44.6898;RBI=0.0528509;REFB=0;REVB=0.0523236;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423729;OID=.;OPOS=230417557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:2:11:0:0:2:11:0:0 chr1 230417560 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.5402;QD=44.6898;RBI=0.0178692;REFB=0;REVB=0.00225814;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000682601;OID=.;OPOS=230417560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:2:11:0:0:2:11:0:0 chr1 230814431 . A G 76.07 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.000512725;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.343;QD=10.8669;RBI=0.00724142;REFB=-0.013444;REVB=-0.00722324;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0329103;OID=.;OPOS=230814431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:29:28:18:18:10:10:0.357143:5:5:9:9:5:5:9:9 chr1 230829139 . A G 473.1 PASS AF=1;AO=32;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7467;QD=54.0682;RBI=0.202507;REFB=0;REVB=0.195143;RO=3;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682009;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0127883;OID=.;OPOS=230829139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:35:35:3:0:32:35:1:19:13:0:3:22:13:0:0 chr1 230841687 . T C,G 1249.78 PASS AF=0.951807,0.0481928;AO=78,4;DP=82;FAO=79,4;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43,0;FSAR=36,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0041661,-0.0399255;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=74.84,10.9479;QD=60.2304;RBI=0.0706882,0.0541465;REFB=0,0;REVB=-0.0705653,-0.036576;RO=0;SAF=42,1;SAR=36,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.43944e-08,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00265602,0.0775342;OID=.,.;OPOS=230841687,230841687;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:82:83:0:0:78,4:79,4:0.951807,0.0481928:36,3:42,1:0:0:36,4:43,0:0:0 chr1 230845794 . A G 681.61 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0219168;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.005;QD=54.529;RBI=0.0243633;REFB=-0.0196439;REVB=-0.0106407;RO=1;SAF=29;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015953;STB=0.508471;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000989041;OID=.;OPOS=230845794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:20:29:1:0:20:29:1:0 chr1 230895348 . CT TG 39.4 PASS AF=0.123077;AO=8;DP=65;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0422475;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=45.0259;QD=2.42463;RBI=0.0587083;REFB=-0.013125;REVB=-0.0407653;RO=55;SAF=7;SAR=1;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.520947;STB=0.883832;STBP=0.039;TYPE=mnp;VARB=0.112351;OID=.;OPOS=230895348;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:65:65:55:57:8:8:0.123077:1:7:24:31:1:7:24:33 chr1 230974609 . C T 699.21 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00110695;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.696;QD=63.5641;RBI=0.0225815;REFB=0;REVB=0.0225543;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171154;OID=.;OPOS=230974609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:15:29:0:0:15:29:0:0 chr1 231057247 . A T 421.49 PASS AF=0.482759;AO=41;DP=90;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0287615;FXX=0.0744602;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4064;QD=19.3789;RBI=0.0301271;REFB=-0.00854698;REVB=0.00896756;RO=41;SAF=21;SAR=20;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131607;STB=0.586467;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0118155;OID=.;OPOS=231057247;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:87:41:45:41:42:0.482759:20:21:15:26:20:22:16:29 chr1 231353589 . A G 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0126317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.288;QD=13.6609;RBI=0.0265828;REFB=-0.00830862;REVB=-0.0233899;RO=21;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240764;STB=0.639808;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0173272;OID=.;OPOS=231353589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:8:6:14:7:8:6:14:7 chr1 231355912 . G T 177.48 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0449832;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=38.0251;QD=10.5956;RBI=0.0473405;REFB=-0.0053982;REVB=-0.0147525;RO=39;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221455;STB=0.629993;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00986458;OID=.;OPOS=231355912;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:67:39:44:23:23:0.343284:10:13:14:25:10:13:16:28 chr1 231355918 . CG GG,GT 170.31 PASS AF=0.05,0.366667;AO=2,21;DP=57;FAO=3,22;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=1,14;FSAR=2,8;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0587499,0.0395536;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=227.756,245.602;QD=11.3537;RBI=0.0639152,0.0476561;REFB=-0.0195238,-0.017319;REVB=0.0251715,0.0265823;RO=32;SAF=2,11;SAR=0,10;SRF=10;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.54874,0.220718;STB=0.509738,0.675857;STBP=0.951,0.046;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0412704,0.0486259;OID=.,.;OPOS=231355918,231355918;OREF=C,CG;OALT=G,GT;OMAPALT=GG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:57:60:32:35:2,21:3,22:0.05,0.366667:0,10:2,11:10:22:2,8:1,14:12:23 chr1 231357102 . G C 184.39 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=-0.00416508;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=282.337;QD=10.1036;RBI=0.00582894;REFB=-0.000213121;REVB=-0.00407782;RO=48;SAF=9;SAR=15;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780468;STB=0.550521;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.000292339;OID=.;OPOS=231357102;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:48:49:24:24:0.328767:15:9:15:33:15:9:15:34 chr1 231401902 . G A 425.33 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00150336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.608;QD=21.5356;RBI=0.0135135;REFB=-0.0139592;REVB=-0.0134297;RO=37;SAF=25;SAR=17;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937125;STB=0.551784;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0086532;OID=.;OPOS=231401902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:42:42:0.531646:17:25:18:19:17:25:18:19 chr1 231480431 . TTA T,TTAA,TTT 128.4 PASS AF=0.324324,0,0;AO=14,10,4;DP=76;FAO=24,0,0;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=9,0,0;FSAR=15,0,0;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.203526,-0.350845,0.132591;FXX=0.0133316;HRUN=6,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=19.9692,9.62102,15.1065;QD=6.94051;RBI=0.226938,0.358236,0.13449;REFB=-0.0491505,0.033453,0.0193836;REVB=0.100389,-0.0723926,-0.0225237;RO=37;SAF=5,9,0;SAR=9,1,4;SRF=20;SRR=17;SSEN=0,0,0;SSEP=0.368071,0,0;SSSB=-0.218676,0.519269,-0.595257;STB=0.649877,0.5,0.5;STBP=0.083,1,1;TYPE=del,ins,snp;VARB=0.138437,-0.0108063,0;OID=.,.,.;OPOS=231480432,231480433,231480433;OREF=TA,-,A;OALT=-,A,T;OMAPALT=T,TTAA,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.324324,0,0:14,10,4:76:24,0,0:74:50:9,0,0:15,0,0:30:20:99:37:5,9,0:9,1,4:20:17 chr1 231488524 . C T 137.59 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0403636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2028;QD=9.02231;RBI=0.0433709;REFB=0.00115752;REVB=-0.0158688;RO=41;SAF=12;SAR=7;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274287;STB=0.668746;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00190834;OID=.;OPOS=231488524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:42:19:19:0.311475:7:12:16:25:7:12:16:26 chr1 231830295 . G A 295.6 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.021925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.391;QD=15.3557;RBI=0.0222958;REFB=-0.0255051;REVB=-0.00404954;RO=43;SAF=25;SAR=8;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132956;STB=0.585882;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0429894;OID=.;OPOS=231830295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:43:44:33:33:0.428571:8:25:28:15:8:25:28:16 chr1 232534957 . T C 1191.84 PASS AF=0.94186;AO=78;DP=82;FAO=81;FDP=86;FR=.;FRO=5;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0264743;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.371;QD=55.4343;RBI=0.0468387;REFB=-0.136707;REVB=0.038639;RO=4;SAF=38;SAR=40;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218966;STB=0.516404;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00702558;OID=.;OPOS=232534957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:82:86:4:5:78:81:0.94186:40:38:1:3:42:39:1:4 chr1 232539219 . C T 976.41 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00538721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.03;QD=57.4361;RBI=0.0383381;REFB=-0.0488675;REVB=0.0379577;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.000592807;OID=.;OPOS=232539219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:37:30:0:0:37:30:0:1 chr1 232574921 . T C 282.05 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.046026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5091;QD=22.5643;RBI=0.0528689;REFB=0.00194974;REVB=-0.026014;RO=24;SAF=12;SAR=14;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389078;STB=0.521722;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.00202153;OID=.;OPOS=232574921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:14:12:10:14:14:12:10:14 chr1 232581376 . G A 350.51 PASS AF=0.5;AO=36;DP=73;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0298454;FXX=0.0263123;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.4874;QD=18.9464;RBI=0.0323769;REFB=-0.0498244;REVB=0.0125506;RO=32;SAF=13;SAR=23;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149092;STB=0.570951;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0392919;OID=.;OPOS=232581376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:32:37:36:37:0.5:23:13:17:15:24:13:18:19 chr1 232650750 . A G 462.15 PASS AF=0.555556;AO=44;DP=79;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00570951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.172;QD=22.8222;RBI=0.023829;REFB=-0.00888555;REVB=-0.0231349;RO=35;SAF=19;SAR=25;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439296;STB=0.51246;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00777053;OID=.;OPOS=232650750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:35:36:44:45:0.555556:25:19:17:18:25:20:17:19 chr1 232650867 . C T 275.22 PASS AF=0.577778;AO=21;DP=41;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0111584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.196;QD=24.4637;RBI=0.0262382;REFB=-0.0488373;REVB=-0.0237472;RO=18;SAF=12;SAR=9;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129843;STB=0.57061;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0387941;OID=.;OPOS=232650867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:45:18:19:21:26:0.577778:9:12:13:5:11:15:14:5 chr1 232944569 . C T 631.82 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.511;QD=61.6405;RBI=0.0202525;REFB=0;REVB=-0.0027301;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66129e-05;OID=.;OPOS=232944569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:39:41:1:16:23:0:0:17:24:0:0 chr1 232967889 . T C 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.166;QD=59.8348;RBI=0.0382143;REFB=0;REVB=0.0192239;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.05159e-05;OID=.;OPOS=232967889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:25:11:0:0:25:11:0:0 chr1 233086456 . T C 61.28 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0162821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.22;QD=6.80893;RBI=0.0170278;REFB=-0.0363291;REVB=-0.0049839;RO=27;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130762;STB=0.58264;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0486164;OID=.;OPOS=233086456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:4:5:12:15:4:5:12:15 chr1 233086483 . GCC G,GC 174.91 PASS AF=0,1;AO=3,20;DP=30;FAO=0,30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0384791,-0.0805765;FXX=0.0322477;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=10.2163,8.63685;QD=23.3213;RBI=0.105855,0.203869;REFB=-0.0383698,-0.0237009;REVB=0.0986134,0.18727;RO=3;SAF=3,8;SAR=0,12;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.712642,0.0166773;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.013344,0.00769486;OID=.,.;OPOS=233086484,233086484;OREF=CC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:3,20:30:0,30:30:0:0,14:0,16:0:0:3:3:3,8:0,12:1:2 chr1 233120192 . G A 104.75 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.138296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.612;QD=11.0261;RBI=0.139586;REFB=-0.00250976;REVB=0.0189279;RO=25;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632438;STB=0.537756;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00755769;OID=.;OPOS=233120192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:8:5:11:14:8:5:11:14 chr1 233121791 . G A 89.13 PASS AF=0.5;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0428849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1237;QD=16.2064;RBI=0.0429918;REFB=-0.0640767;REVB=-0.00302923;RO=9;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576918;STB=0.603574;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0242765;OID=.;OPOS=233121791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:21:22:9:11:11:11:0.5:8:3:3:6:8:3:5:6 chr1 233134086 . C T 352.45 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.000516049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.135;QD=18.309;RBI=0.00107777;REFB=-0.00192043;REVB=0.000946194;RO=40;SAF=24;SAR=13;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120863;STB=0.56759;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00298043;OID=.;OPOS=233134086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:40:40:37:37:0.480519:13:24:21:19:13:24:21:19 chr1 233759918 . T C 770.75 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0322158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.226;QD=55.0534;RBI=0.032225;REFB=-0.134916;REVB=-0.000768189;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.508471;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000359256;OID=.;OPOS=233759918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:29:26:0:0:29:26:0:1 chr1 233785786 . A C 1414.84 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.825;QD=62.8819;RBI=0.0358183;REFB=0;REVB=0.0228327;RO=0;SAF=40;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.21981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.28767e-06;OID=.;OPOS=233785786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:50:40:0:0:50:40:0:0 chr1 234041422 . G C 198.35 PASS AF=0.352113;AO=24;DP=72;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.00459253;FXX=0.0273935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2233;QD=11.1745;RBI=0.0316474;REFB=-0.00953756;REVB=0.0313124;RO=47;SAF=11;SAR=13;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352851;STB=0.52498;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0140653;OID=.;OPOS=234041422;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:47:46:24:25:0.352113:13:11:23:24:14:11:22:24 chr1 234452356 . C T 144.71 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0103201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.7794;QD=15.6446;RBI=0.0196416;REFB=-0.0142867;REVB=0.0167119;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282106;STB=0.662054;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0185158;OID=.;OPOS=234452356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:10:6:14:7:10:6:14:7 chr1 234569192 . T C 785.8 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.848;QD=64.1472;RBI=0.0117547;REFB=0;REVB=-0.00601256;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13549e-05;OID=.;OPOS=234569192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:19:30:0:0:19:30:0:0 chr1 234573025 . T C 358.1 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.3626;QD=55.0915;RBI=0.0179272;REFB=0;REVB=0.00834401;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000131366;OID=.;OPOS=234573025;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr1 234606998 . A G 89.52 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.049105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.103;QD=15.569;RBI=0.0512006;REFB=0.00270309;REVB=-0.0144983;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343697;STB=0.519964;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.00172966;OID=.;OPOS=234606998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:5:6:7:5:5:6:7:5 chr1 235040004 . G A 242.38 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.014132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.628;QD=29.3789;RBI=0.0142017;REFB=-0.0424573;REVB=-0.00140522;RO=11;SAF=14;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582042;STB=0.532134;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0138985;OID=.;OPOS=235040004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:11:11:22:22:0.666667:8:14:6:5:8:14:6:5 chr1 235040045 . A G 312.07 PASS AF=0.642857;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0195831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9993;QD=29.7209;RBI=0.0341162;REFB=0.0143744;REVB=-0.027936;RO=15;SAF=14;SAR=13;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531219;STB=0.529182;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.0130121;OID=.;OPOS=235040045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:15:27:27:0.642857:13:14:9:6:13:14:9:6 chr1 235331731 . T TTA 51.39 PASS AF=0.25;AO=7;DP=41;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0229625;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=22.5891;QD=5.70979;RBI=0.0873367;REFB=-0.079421;REVB=-0.084264;RO=32;SAF=7;SAR=0;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.680593;STB=0.834964;STBP=0.042;TYPE=ins;VARB=0.184484;OID=.;OPOS=235331732;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:7:41:9:36:27:8:1:14:13:51:32:7:0:18:14 chr1 235652513 . T C 711.29 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0697473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8322;QD=52.6878;RBI=0.0726965;REFB=0.010141;REVB=0.0204964;RO=2;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392057;STB=0.520825;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00329469;OID=.;OPOS=235652513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:23:29:0:2:23:29:0:2 chr1 235705001 . G T 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00879792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.46;QD=56.9559;RBI=0.0133546;REFB=0;REVB=-0.0100469;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.30587e-05;OID=.;OPOS=235705001;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr1 235715523 . A G 754.38 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1385;QD=56.9345;RBI=0.0242561;REFB=0;REVB=-0.00829867;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.50528e-05;OID=.;OPOS=235715523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr1 235894199 . G A 248.81 PASS AF=0.31;AO=30;DP=97;FAO=31;FDP=100;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.0196518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.61;QD=9.95256;RBI=0.0206729;REFB=-0.0112229;REVB=-0.00641694;RO=67;SAF=14;SAR=16;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758684;STB=0.53209;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0139388;OID=.;OPOS=235894199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:100:67:69:30:31:0.31:16:14:27:40:17:14:28:41 chr1 236139141 . A T 46.96 PASS AF=0.636364;AO=5;DP=10;FAO=7;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.168019;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=20.9658;QD=17.0766;RBI=0.175668;REFB=-0.0684276;REVB=-0.0512714;RO=3;SAF=0;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.73361;STB=0.516083;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0565777;OID=.;OPOS=236139141;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:10:11:3:4:5:7:0.636364:5:0:1:2:5:2:1:3 chr1 236141174 . T C 376.77 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0113389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.225;QD=18.6058;RBI=0.0114121;REFB=-0.0230883;REVB=0.00129062;RO=42;SAF=18;SAR=21;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309348;STB=0.517233;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0201356;OID=.;OPOS=236141174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:21:18:18:24:21:18:18:24 chr1 236144951 . A G 453.98 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=72;FAO=42;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.297168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4159;QD=25.2212;RBI=0.297844;REFB=0.0258297;REVB=-0.0200434;RO=25;SAF=8;SAR=20;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34127;STB=0.591507;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.0130533;OID=.;OPOS=236144951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:25:29:28:42:0.583333:20:8:17:8:21:21:21:8 chr1 236175327 . C A 323.18 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00857695;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.814;QD=27.5043;RBI=0.0093342;REFB=-0.0177189;REVB=0.00368283;RO=19;SAF=8;SAR=20;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155368;STB=0.586142;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00980175;OID=.;OPOS=236175327;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:19:28:28:0.595745:20:8:9:10:20:8:9:10 chr1 236175339 . T C 660.4 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00640672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.167;QD=61.4327;RBI=0.0172102;REFB=0;REVB=0.0159733;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.65397e-05;OID=.;OPOS=236175339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:28:14:0:0:29:14:0:0 chr1 236208773 . C T 117.87 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.000748995;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.072;QD=10.7158;RBI=0.00816545;REFB=-0.00562204;REVB=-0.00813102;RO=30;SAF=10;SAR=4;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184367;STB=0.611343;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0101178;OID=.;OPOS=236208773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:4:10:17:13:4:10:17:13 chr1 236381825 . G C 689.13 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000797992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2251;QD=62.648;RBI=0.095035;REFB=0;REVB=0.0950317;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139287;OID=.;OPOS=236381825;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr1 236415347 . T C 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00123979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.053;QD=47.814;RBI=0.0241292;REFB=-0.0908652;REVB=0.0240974;RO=1;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485363;STB=0.526291;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00124375;OID=.;OPOS=236415347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:9:12:0:1:9:12:0:1 chr1 236557771 . G A 717.33 PASS AF=0.947368;AO=53;DP=56;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0224578;FXX=0.0172384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.724;QD=50.3391;RBI=0.0537069;REFB=-0.159479;REVB=0.0487861;RO=3;SAF=16;SAR=37;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804927;STB=0.542841;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00179277;OID=.;OPOS=236557771;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:56:57:3:3:53:54:0.947368:37:16:3:0:38:16:3:0 chr1 236700807 . T A 77.28 PASS AF=0.215686;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=-0.000457857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.355;QD=6.06094;RBI=0.00336313;REFB=-0.00944222;REVB=-0.00333182;RO=40;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30394;STB=0.687449;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0364391;OID=.;OPOS=236700807;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:51:51:40:40:11:11:0.215686:6:5:9:31:6:5:9:31 chr1 236700823 . T C 87.15 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=35;FWDB=0.0058745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.627;QD=6.22521;RBI=0.0203843;REFB=-0.00501759;REVB=-0.0195195;RO=41;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386304;STB=0.719736;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0207465;OID=.;OPOS=236700823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:41:43:13:13:0.232143:7:6:7:34:7:6:8:35 chr1 236700857 . C T 90.68 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=33;FWDB=0.00129289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.033;QD=6.71708;RBI=0.0442613;REFB=-0.0151844;REVB=-0.0442424;RO=40;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261614;STB=0.663221;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.026133;OID=.;OPOS=236700857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:40:41:13:13:0.240741:8:5:8:32:8:5:8:33 chr1 236702209 . CA CG,TG 922.67 PASS AF=0.507692,0.492308;AO=33,32;DP=66;FAO=33,32;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=16,10;FSAR=17,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0095824,0.00477307;FXX=0.0151492;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=83.959,183.138;QD=56.7796;RBI=0.0263907,0.00707225;REFB=0,0;REVB=-0.0245896,0.00521866;RO=0;SAF=16,10;SAR=17,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.60901e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000381131,0.00723609;OID=.,.;OPOS=236702210,236702209;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:66:65:0:0:33,32:33,32:0.507692,0.492308:17,22:16,10:0:0:17,22:16,10:0:0 chr1 236702374 . G A 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.00590458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0423;QD=10.1405;RBI=0.0399195;REFB=0.00729352;REVB=0.0394804;RO=27;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108855;STB=0.573663;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.00448056;OID=.;OPOS=236702374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:28:13:13:0.317073:8:5:8:19:8:5:8:20 chr1 236706278 . G T 296.63 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0127944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4731;QD=28.9393;RBI=0.013336;REFB=0.00551515;REVB=0.00376191;RO=13;SAF=18;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104419;STB=0.564802;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.0020335;OID=.;OPOS=236706278;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:13:15:26:26:0.634146:8:18:7:6:8:18:8:7 chr1 236706300 . T A 284.95 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0176839;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.26;QD=29.2258;RBI=0.0219767;REFB=-0.00501284;REVB=-0.0130482;RO=14;SAF=19;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203391;STB=0.612806;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00589375;OID=.;OPOS=236706300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:14:14:25:25:0.641026:6:19:7:7:6:19:7:7 chr1 236706780 . C T 1089.03 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.692;QD=59.6727;RBI=0.036724;REFB=0;REVB=-0.0334447;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131919;OID=.;OPOS=236706780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:32:40:0:0:32:41:0:0 chr1 236706862 . G C 1279.37 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00397962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0231;QD=59.5058;RBI=0.0468691;REFB=-0.160848;REVB=0.0466999;RO=2;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236689;STB=0.506171;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00748911;OID=.;OPOS=236706862;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:2:1:84:85:0.988372:39:45:0:2:40:45:0:1 chr1 236711323 . T C 239.58 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=80;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.00788495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.682;QD=11.8311;RBI=0.0195357;REFB=-0.00920499;REVB=0.0178738;RO=51;SAF=18;SAR=11;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146681;STB=0.59112;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.018452;OID=.;OPOS=236711323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:51:52:29:29:0.358025:11:18:25:26:11:18:25:27 chr1 236714064 . A C 157.95 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0348115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.7776;QD=16.6265;RBI=0.0381635;REFB=-0.0147126;REVB=0.0156402;RO=19;SAF=14;SAR=3;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387982;STB=0.752359;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00749094;OID=.;OPOS=236714064;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:21:17:17:0.447368:3:14:9:10:3:14:9:12 chr1 236716959 . C T 781.64 PASS AF=0.513699;AO=75;DP=146;FAO=75;FDP=146;FR=.;FRO=71;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.00452349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.048;QD=21.4148;RBI=0.010008;REFB=-0.00960659;REVB=0.00892741;RO=71;SAF=37;SAR=38;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370393;STB=0.520352;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.01008;OID=.;OPOS=236716959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:71:71:75:75:0.513699:38:37:38:33:38:37:38:33 chr1 236717926 . T C 259.86 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0210468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8916;QD=16.7649;RBI=0.0291347;REFB=-0.00565812;REVB=-0.020146;RO=32;SAF=14;SAR=15;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424109;STB=0.51504;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00635928;OID=.;OPOS=236717926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:33:29:29:0.467742:15:14:14:18:15:14:15:18 chr1 236718620 . T C 223.1 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0266444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7673;QD=16.5255;RBI=0.0688292;REFB=0.0124483;REVB=0.0634628;RO=28;SAF=11;SAR=14;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565471;STB=0.52315;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00806203;OID=.;OPOS=236718620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:29:25:25:0.462963:14:11:14:14:14:11:14:15 chr1 236719135 . T C 340.69 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0985523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4937;QD=54.5109;RBI=0.113135;REFB=0;REVB=-0.0555607;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00393389;OID=.;OPOS=236719135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr1 236721610 . G A 728.23 PASS AF=1;AO=48;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00711466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9762;QD=57.1162;RBI=0.0443501;REFB=0;REVB=0.0437757;RO=3;SAF=26;SAR=22;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231269;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000483629;OID=.;OPOS=236721610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:3:0:48:51:1:22:26:1:2:24:27:0:0 chr1 236721660 . T C 1101.99 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0297103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.991;QD=58.7727;RBI=0.0399488;REFB=-0.0356906;REVB=0.0267059;RO=1;SAF=38;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122856;STB=0.506492;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00101432;OID=.;OPOS=236721660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:75:1:1:73:74:0.986667:35:38:1:0:36:38:1:0 chr1 236721731 . TG CA,CG 1084.3 PASS AF=0.0405405,0.959459;AO=3,70;DP=77;FAO=3,71;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30;FSAR=3,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00756646,0.0126723;FXX=0.038956;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=37.4535,54.3173;QD=58.6108;RBI=0.0407157,0.0578226;REFB=0.0466704,-0.037735;REVB=0.0400064,0.0564169;RO=0;SAF=0,29;SAR=3,41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.020513,0.00261753;OID=.,.;OPOS=236721731,236721731;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:77:74:0:0:3,70:3,71:0.0405405,0.959459:3,41:0,29:0:0:3,41:0,30:0:0 chr1 236723074 . G C 322.33 PASS AF=0.363636;AO=40;DP=110;FAO=40;FDP=110;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=0.00523125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.978;QD=11.7211;RBI=0.00601677;REFB=-0.0171951;REVB=0.00297248;RO=69;SAF=17;SAR=23;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123229;STB=0.566056;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0362797;OID=.;OPOS=236723074;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:69:70:40:40:0.363636:23:17:37:32:23:17:37:33 chr1 236723108 . C T 308.29 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=92;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0060279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.691;QD=13.404;RBI=0.0119928;REFB=-0.0259659;REVB=-0.0103678;RO=56;SAF=15;SAR=20;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134612;STB=0.571388;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0295478;OID=.;OPOS=236723108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:57:35:35:0.380435:20:15:31:25:20:15:31:26 chr1 236724504 . G A 205.42 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000408201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.321;QD=48.3349;RBI=0.0442454;REFB=0;REVB=0.0442435;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000421911;OID=.;OPOS=236724504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:15:17:1:6:9:0:0:8:9:0:0 chr1 236732427 . G A 110.08 PASS AF=0.433333;AO=12;DP=29;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0346198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.899;QD=14.6769;RBI=0.0352917;REFB=-0.00330448;REVB=0.00685365;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339089;STB=0.676358;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00709859;OID=.;OPOS=236732427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:16:17:12:13:0.433333:4:8:5:11:5:8:5:12 chr1 236737983 . A G 370.48 PASS AF=0.4;AO=40;DP=99;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=-0.00978685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.756;QD=14.8192;RBI=0.0537222;REFB=-0.0152458;REVB=-0.0528232;RO=57;SAF=15;SAR=25;SRF=38;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297405;STB=0.661686;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0352401;OID=.;OPOS=236737983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:57:60:40:40:0.4:25:15:38:19:25:15:39:21 chr1 236744712 . C A 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0524823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.063;QD=24.2931;RBI=0.0563227;REFB=-0.0147624;REVB=0.0204416;RO=12;SAF=11;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169745;STB=0.609007;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00539575;OID=.;OPOS=236744712;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:12:13:19:19:0.59375:8:11:4:8:8:11:4:9 chr1 236746443 . C T 806.38 PASS AF=0.936508;AO=59;DP=63;FAO=59;FDP=63;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0334903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.031;QD=51.1988;RBI=0.0336133;REFB=-0.0868495;REVB=-0.00287364;RO=4;SAF=21;SAR=38;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138734;STB=0.507363;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00903102;OID=.;OPOS=236746443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:63:63:4:4:59:59:0.936508:38:21:1:3:38:21:1:3 chr1 236748433 . G A 342.2 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00793589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.133;QD=18.4974;RBI=0.0249186;REFB=-0.0344493;REVB=-0.0236212;RO=38;SAF=21;SAR=15;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00414868;STB=0.502313;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0357753;OID=.;OPOS=236748433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:15:21:22:16:15:21:22:16 chr1 236748505 . T C 406.83 PASS AF=0.837838;AO=30;DP=38;FAO=31;FDP=37;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.033814;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.134;QD=43.981;RBI=0.0375462;REFB=-0.0446218;REVB=0.0163196;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.578898;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0119304;OID=.;OPOS=236748505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:38:37:0:6:30:31:0.837838:15:15:0:0:15:16:6:0 chr1 236749626 . C T 187.38 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0196369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3988;QD=14.6968;RBI=0.0271181;REFB=-0.0409195;REVB=0.0187026;RO=30;SAF=9;SAR=12;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273168;STB=0.655598;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0383579;OID=.;OPOS=236749626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:12:9:21:9:12:9:21:9 chr1 236749649 . T C 289.42 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.014712;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9891;QD=22.6996;RBI=0.0355532;REFB=-0.0373914;REVB=-0.0323665;RO=21;SAF=21;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245337;STB=0.64747;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.010463;OID=.;OPOS=236749649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:22:29:29:0.568627:8:21:9:12:8:21:9:13 chr1 236749730 . C T 212.75 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.0902673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9022;QD=20.2619;RBI=0.0908006;REFB=-0.0142465;REVB=-0.00982701;RO=21;SAF=7;SAR=14;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369709;STB=0.707502;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.010069;OID=.;OPOS=236749730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:14:7:16:5:14:7:16:5 chr1 236755836 . G GT 178.02 PASS AF=1;AO=2;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127508;FXX=0.0526039;HRUN=0;LEN=1;MLLD=52.1763;QD=39.5593;RBI=0.127575;REFB=0;REVB=-0.00412767;RO=17;SAF=1;SAR=1;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291305;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000242994;OID=.;OPOS=236755837;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:19:18:18:0:8:10:0:0:3:17:1:1:8:9 chr1 236755837 . C T 214.16 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.063019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6956;QD=45.0853;RBI=0.0632921;REFB=0.116705;REVB=-0.00587299;RO=1;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483018;STB=0.526287;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.00486148;OID=.;OPOS=236755837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:9:9:0:1:9:9:0:1 chr1 236758887 . T C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.738;QD=59.8394;RBI=0.044074;REFB=0;REVB=0.0397932;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86884e-05;OID=.;OPOS=236758887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr1 236767330 . A G 902.27 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.298;QD=58.2112;RBI=0.0171889;REFB=0;REVB=-0.0119577;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11327e-06;OID=.;OPOS=236767330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:29:33:0:0:29:33:0:0 chr1 236882303 . T C 961.74 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0126494;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.093;QD=57.4174;RBI=0.0338973;REFB=-0.0962034;REVB=0.0314486;RO=1;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149975;STB=0.507934;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000444843;OID=.;OPOS=236882303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:67:1:1:66:66:0.985075:31:35:0:1:31:35:0:1 chr1 236883421 . C T 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00386583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.19;QD=57.3854;RBI=0.0154654;REFB=0;REVB=-0.0149744;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.15949e-05;OID=.;OPOS=236883421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr1 236899899 . TC T 74.69 PASS AF=0.30137;AO=22;DP=73;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.022893;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=15.2949;QD=4.09285;RBI=0.0327821;REFB=-0.00354679;REVB=-0.0234644;RO=47;SAF=11;SAR=11;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368827;STB=0.565697;STBP=0.487;TYPE=del;VARB=-0.00667269;OID=.;OPOS=236899900;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.30137:22:73:22:73:51:10:12:28:23:74:47:11:11:25:22 chr1 236958937 . C T 135.93 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.00174831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6745;QD=17.5392;RBI=0.00888942;REFB=0.011287;REVB=0.0087158;RO=15;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675673;STB=0.549936;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.0165323;OID=.;OPOS=236958937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:16:15:15:0.483871:5:10:11:4:5:10:12:4 chr1 236971998 . C T 249.97 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00537332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.164;QD=12.0466;RBI=0.0311333;REFB=-0.00613879;REVB=-0.0306661;RO=53;SAF=11;SAR=19;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181697;STB=0.604827;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.012439;OID=.;OPOS=236971998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:53:30:30:0.361446:19:11:28:25:19:11:28:25 chr1 237048500 . A G 222.76 PASS AF=0.511628;AO=20;DP=42;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00201761;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.384;QD=20.722;RBI=0.0331806;REFB=-0.000572933;REVB=0.0331192;RO=21;SAF=4;SAR=16;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382535;STB=0.727042;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00278247;OID=.;OPOS=237048500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:21:21:20:22:0.511628:16:4:12:9:18:4:12:9 chr1 237058828 . C T 54.99 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0951207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.05;QD=9.56417;RBI=0.0970945;REFB=-0.000521162;REVB=-0.0194777;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185755;STB=0.615076;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.00209772;OID=.;OPOS=237058828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:15:15:8:8:0.347826:6:2:6:9:6:2:6:9 chr1 237061056 . A C 130.95 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.00108708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8361;QD=16.3687;RBI=0.0162171;REFB=-0.0216465;REVB=-0.0161806;RO=16;SAF=2;SAR=12;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348256;STB=0.518494;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0277549;OID=.;OPOS=237061056;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:16:17:14:15:0.46875:12:2:2:14:13:2:2:15 chr1 237066853 . C T 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0128483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.147;QD=16.7278;RBI=0.0562349;REFB=-0.00851725;REVB=-0.0547475;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181939;STB=0.604112;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00751185;OID=.;OPOS=237066853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:9:7:12:7:9:7:12:7 chr1 237433625 . C T 709.5 PASS AF=0.530769;AO=69;DP=130;FAO=69;FDP=130;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=0.00676536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.913;QD=21.8307;RBI=0.0236587;REFB=-0.0163738;REVB=-0.0226708;RO=61;SAF=23;SAR=46;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260141;STB=0.514282;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0176876;OID=.;OPOS=237433625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:61:61:69:69:0.530769:46:23:22:39:46:23:22:39 chr1 237433824 . G A 69.72 PASS AF=0.184615;AO=12;DP=66;FAO=12;FDP=65;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.030018;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.106;QD=4.29074;RBI=0.10291;REFB=-0.00552102;REVB=-0.0984342;RO=52;SAF=4;SAR=8;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319213;STB=0.712533;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0405756;OID=.;OPOS=237433824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:66:65:52:53:12:12:0.184615:8:4:31:21:8:4:32:21 chr1 237617757 . C T 168.44 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0325744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.561;QD=10.3657;RBI=0.0331069;REFB=-0.00163469;REVB=-0.00591403;RO=43;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122602;STB=0.571366;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00538372;OID=.;OPOS=237617757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:43:22:22:0.338462:12:10:15:28:12:10:15:28 chr1 237634431 . A G 492.22 PASS AF=0.54023;AO=47;DP=87;FAO=47;FDP=87;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0464811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1666;QD=22.6307;RBI=0.0474262;REFB=-0.00488685;REVB=0.0094209;RO=38;SAF=18;SAR=29;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119383;STB=0.578231;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00276769;OID=.;OPOS=237634431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:38:40:47:47:0.54023:29:18:20:18:29:18:22:18 chr1 237711797 . A G 1008.2 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6366;QD=59.3059;RBI=0.0437294;REFB=0;REVB=0.0320895;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391693;OID=.;OPOS=237711797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr1 237766753 . A G 724.17 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0312173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.148;QD=54.6547;RBI=0.0571151;REFB=-0.0242531;REVB=-0.047829;RO=1;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192209;STB=0.5102;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=2.65589e-05;OID=.;OPOS=237766753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:24:28:0:1:24:28:0:1 chr1 237801770 . T C 1572.46 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.981;QD=59.9032;RBI=0.0502894;REFB=0;REVB=0.0286226;RO=0;SAF=28;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85902e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132111;OID=.;OPOS=237801770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:77:28:0:0:77:28:0:0 chr1 237814783 . C T 689.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6027;QD=62.6674;RBI=0.0653087;REFB=0;REVB=0.0627044;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000674867;OID=.;OPOS=237814783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr1 237863718 . TT GC,GT 786.2 PASS AF=0.0535714,0.946429;AO=3,53;DP=56;FAO=3,53;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22;FSAR=3,31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114602,-0.0158182;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=59.7926,124.659;QD=56.1569;RBI=0.0254951,0.0289256;REFB=0,0;REVB=-0.0227741,-0.0242172;RO=0;SAF=0,22;SAR=3,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.76368e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00573777,-3.70282e-05;OID=.,.;OPOS=237863718,237863718;OREF=TT,T;OALT=GC,G;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:56:56:0:0:3,53:3,53:0.0535714,0.946429:3,31:0,22:0:0:3,31:0,22:0:0 chr1 237872218 . C T 132.17 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00280481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.319;QD=14.686;RBI=0.00772034;REFB=-0.00829823;REVB=-0.00719282;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121036;STB=0.599867;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00915962;OID=.;OPOS=237872218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:21:15:15:0.416667:6:9:8:9:6:9:9:12 chr1 237881770 . C T 1610.14 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00804487;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.717;QD=60.1921;RBI=0.0101359;REFB=0;REVB=0.0061658;RO=0;SAF=53;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290739;OID=.;OPOS=237881770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:106:107:1:53:53:0:0:54:53:0:0 chr1 237890437 . C A,T 1260.76 PASS AF=0.0361446,0.963855;AO=3,79;DP=82;FAO=3,80;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=0,43;FSAR=3,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00744107,-0.00180281;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=17.24,124.912;QD=60.7593;RBI=0.0186321,0.00714423;REFB=0,0;REVB=-0.0170817,-0.00691303;RO=0;SAF=0,43;SAR=3,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.044275,-0.00115568;OID=.,.;OPOS=237890437,237890437;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:82:83:0:0:3,79:3,80:0.0361446,0.963855:3,36:0,43:0:0:3,37:0,43:0:0 chr1 237997087 . A G 199.21 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0317645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.868;QD=15.6242;RBI=0.0392035;REFB=-0.0376221;REVB=0.0229768;RO=29;SAF=9;SAR=13;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00483884;STB=0.50276;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0243033;OID=.;OPOS=237997087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:13:9:12:17:13:9:12:17 chr1 238050801 . G A 216.32 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0410146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.833;QD=22.1869;RBI=0.0556369;REFB=-0.0103913;REVB=0.0375934;RO=18;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196107;STB=0.510992;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0113344;OID=.;OPOS=238050801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:10:11:9:9:10:11:9:9 chr1 238107035 . C G 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00946039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.251;QD=17.56;RBI=0.0352315;REFB=-0.00810954;REVB=-0.0339376;RO=21;SAF=6;SAR=12;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271402;STB=0.654999;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00975735;OID=.;OPOS=238107035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:12:6:13:8:12:6:13:8 chr1 238114860 . G A 138.25 PASS AF=0.327273;AO=17;DP=54;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0175784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.967;QD=10.0544;RBI=0.0192216;REFB=-0.00489413;REVB=-0.00777606;RO=37;SAF=7;SAR=10;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.086976;STB=0.566935;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0154143;OID=.;OPOS=238114860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:37:37:17:18:0.327273:10:7:18:19:11:7:18:19 chr1 238114934 . G A 128.43 PASS AF=0.256757;AO=19;DP=74;FAO=19;FDP=74;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.00737051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.969;QD=6.94225;RBI=0.0343523;REFB=0.00474386;REVB=-0.0335523;RO=54;SAF=10;SAR=9;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130821;STB=0.500713;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0127382;OID=.;OPOS=238114934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:54:55:19:19:0.256757:9:10:29:25:9:10:29:26 chr1 238114936 . A G 108.5 PASS AF=0.22973;AO=19;DP=74;FAO=17;FDP=74;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.00433492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.568;QD=5.86466;RBI=0.00795991;REFB=0.000639158;REVB=-0.00667598;RO=49;SAF=10;SAR=9;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00515461;STB=0.556194;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.00172154;OID=.;OPOS=238114936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:49:57:19:17:0.22973:9:10:26:23:9:8:31:26 chr1 240073226 . C T 798.93 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.744;QD=57.0663;RBI=0.0453956;REFB=0;REVB=0.0199111;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.26544e-05;OID=.;OPOS=240073226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:32:23:0:0:33:23:0:0 chr1 240073619 . G A 130.41 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.854;QD=43.4713;RBI=0.115924;REFB=0;REVB=0.103836;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00866229;OID=.;OPOS=240073619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr1 240074981 . A G 287.55 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00445576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3431;QD=52.2817;RBI=0.0404615;REFB=0;REVB=0.0402154;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000603353;OID=.;OPOS=240074981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:9:11:0:0:10:12:0:0 chr1 240075760 . C T 330.86 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=52;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00137103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0219;QD=25.4508;RBI=0.00858156;REFB=0.0012962;REVB=-0.00847133;RO=20;SAF=21;SAR=11;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800152;STB=0.544013;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.000729324;OID=.;OPOS=240075760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:20:20:32:32:0.615385:11:21:11:9:11:21:11:9 chr1 240076975 . G A 303.76 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.6021;QD=50.6272;RBI=0.0913146;REFB=0;REVB=0.0823201;RO=1;SAF=7;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615783;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00470385;OID=.;OPOS=240076975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:24:24:1:0:23:24:1:16:7:1:0:16:8:0:0 chr1 240077023 . A G 354.47 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0039638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.08;QD=54.5332;RBI=0.0377417;REFB=0;REVB=0.037533;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289264;OID=.;OPOS=240077023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr1 240077275 . CCA C,CCAA 30.79 PASS AF=0.190476,0;AO=10,11;DP=67;FAO=12,0;FDP=63;FR=.;FRO=51;FSAF=9,0;FSAR=3,0;FSRF=8;FSRR=43;FWDB=-0.243285,0.421797;FXX=0.0454477;HRUN=4,6;LEN=2,1;MLLD=22.9524,8.74415;QD=1.95502;RBI=0.256067,0.521575;REFB=-0.0168932,0.00171309;REVB=0.0798937,-0.306803;RO=34;SAF=8,0;SAR=2,11;SRF=3;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.728705,-0.674794;STB=0.889906,0.5;STBP=0.025,1;TYPE=del,ins;VARB=0.0896585,0.00688716;OID=.,.;OPOS=240077276,240077277;OREF=CA,-;OALT=-,A;OMAPALT=C,CCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.190476,0:10,11:67:12,0:63:51:9,0:3,0:8:43:30:34:8,0:2,11:3:31 chr1 240341268 . A G 350.01 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0320604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8903;QD=18.1824;RBI=0.0342721;REFB=0.0088718;REVB=0.0121125;RO=39;SAF=15;SAR=22;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529363;STB=0.523797;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=-0.0112187;OID=.;OPOS=240341268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:40:37:37:0.480519:22:15:18:21:22:15:18:22 chr1 240492734 . G A 1434.17 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.671;QD=63.0403;RBI=0.0211773;REFB=0;REVB=0.00805294;RO=0;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.81265e-05;OID=.;OPOS=240492734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:90:91:1:45:45:0:0:45:46:0:0 chr1 240497265 . A C 1494.96 PASS AF=0.971698;AO=103;DP=106;FAO=103;FDP=106;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0182307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.551;QD=56.4136;RBI=0.0199263;REFB=0.0106168;REVB=-0.00804346;RO=3;SAF=38;SAR=65;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170735;STB=0.509004;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.000254477;OID=.;OPOS=240497265;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:106:106:3:3:103:103:0.971698:65:38:2:1:65:38:2:1 chr1 240939104 . G A 319.06 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0114337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3763;QD=26.046;RBI=0.0133005;REFB=0.00869102;REVB=-0.00679504;RO=21;SAF=14;SAR=14;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184196;STB=0.510197;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.0115469;OID=.;OPOS=240939104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:21:21:28:28:0.571429:14:14:11:10:14:14:11:10 chr1 240939152 . A G 228.32 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.016807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.089;QD=21.7448;RBI=0.0200775;REFB=-0.0637678;REVB=0.0109832;RO=20;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469145;STB=0.526292;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0538043;OID=.;OPOS=240939152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:12:10:8:12:12:10:8:12 chr1 241712134 . C T 529.92 PASS AF=0.445312;AO=57;DP=128;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=0.00202763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.534;QD=16.56;RBI=0.00302958;REFB=-0.00106238;REVB=0.00225102;RO=70;SAF=35;SAR=22;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211162;STB=0.613995;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00143327;OID=.;OPOS=241712134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:70:71:57:57:0.445312:22:35:28:42:22:35:29:42 chr1 241713040 . G A 42.65 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00465459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.049;QD=5.01823;RBI=0.00486623;REFB=0.00585038;REVB=0.00141948;RO=27;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721704;STB=0.547693;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.0192081;OID=.;OPOS=241713040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:27:27:7:7:0.205882:4:3:10:17:4:3:10:17 chr1 241755348 . C T 354.93 PASS AF=0.396226;AO=41;DP=105;FAO=42;FDP=106;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.00250712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.022;QD=13.3934;RBI=0.0254446;REFB=-0.00998482;REVB=0.0253208;RO=63;SAF=19;SAR=22;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981189;STB=0.551947;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0139571;OID=.;OPOS=241755348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:63:64:41:42:0.396226:22:19:35:28:22:20:36:28 chr1 241907817 . T C 724.93 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00682627;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.808;QD=56.8573;RBI=0.0101289;REFB=0;REVB=-0.00748308;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.74759e-06;OID=.;OPOS=241907817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr1 242030151 . A G 239.41 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00899547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.1;QD=50.4026;RBI=0.0764063;REFB=0;REVB=0.0758749;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000626359;OID=.;OPOS=242030151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr1 242042545 . A G 729.19 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.518;QD=62.0585;RBI=0.0244295;REFB=0;REVB=0.0179823;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000739781;OID=.;OPOS=242042545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:31:14:0:0:32:15:0:0 chr1 242045275 . C T 1734.31 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00659996;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.294;QD=60.8528;RBI=0.00732294;REFB=0;REVB=0.00317269;RO=0;SAF=45;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62784e-05;OID=.;OPOS=242045275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:114:0:0:114:114:1:69:45:0:0:69:45:0:0 chr1 242053042 . A G 561.76 PASS AF=0.928571;AO=38;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0368908;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.763;QD=53.5012;RBI=0.038919;REFB=0.0506538;REVB=0.0124;RO=3;SAF=18;SAR=20;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192739;STB=0.510997;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.00065306;OID=.;OPOS=242053042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:42:42:3:3:38:39:0.928571:20:18:1:2:20:19:1:2 chr1 242222754 . A G 1233.42 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00271037;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.047;QD=61.6711;RBI=0.0135676;REFB=0;REVB=0.0132941;RO=0;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172984;OID=.;OPOS=242222754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:44:36:0:0:44:36:0:0 chr1 242287832 . A G 174.62 PASS AF=0.275862;AO=24;DP=87;FAO=24;FDP=87;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=0.0103019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.913;QD=8.02838;RBI=0.0103417;REFB=-0.0101345;REVB=0.000907409;RO=61;SAF=9;SAR=15;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185013;STB=0.520107;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0242323;OID=.;OPOS=242287832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:61:63:24:24:0.275862:15:9:22:39:15:9:22:41 chr1 243328887 . G T 109.07 PASS AF=0.232877;AO=17;DP=73;FAO=17;FDP=73;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0132106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.061;QD=5.97665;RBI=0.0181195;REFB=0.000395757;REVB=0.0124015;RO=55;SAF=9;SAR=8;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250751;STB=0.508875;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.0169678;OID=.;OPOS=243328887;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:55:56:17:17:0.232877:8:9:28:27:8:9:29:27 chr1 243329049 . G A 369.11 PASS AF=0.389381;AO=44;DP=113;FAO=44;FDP=113;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.00602187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.348;QD=13.0657;RBI=0.00809892;REFB=-0.00715197;REVB=0.00541568;RO=58;SAF=20;SAR=24;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115441;STB=0.549817;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0102584;OID=.;OPOS=243329049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:58:69:44:44:0.389381:24:20:33:25:24:20:37:32 chr1 243329075 . T C 202.85 PASS AF=0.27451;AO=28;DP=97;FAO=28;FDP=102;FR=.;FRO=74;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=0.00294589;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.3658;QD=7.9548;RBI=0.0307816;REFB=-0.0140957;REVB=-0.0306403;RO=69;SAF=14;SAR=14;SRF=39;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783091;STB=0.548985;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0345686;OID=.;OPOS=243329075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:102:69:74:28:28:0.27451:14:14:39:30:14:14:42:32 chr1 243579112 . G A 195.87 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0620503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8024;QD=25.274;RBI=0.0713387;REFB=0.0171283;REVB=0.035199;RO=12;SAF=5;SAR=14;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127426;STB=0.57135;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.00750866;OID=.;OPOS=243579112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:14:5:5:7:14:5:5:7 chr1 244219563 . A G 481.63 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0100047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.411;QD=53.5147;RBI=0.0119481;REFB=-0.0359558;REVB=-0.00653164;RO=1;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406014;STB=0.511105;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.000391044;OID=.;OPOS=244219563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:1:2:34:34:0.944444:11:23:0:1:11:23:1:1 chr1 244267433 . T C 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.01226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2726;QD=14.3338;RBI=0.0788431;REFB=0.0195041;REVB=-0.077884;RO=10;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196839;STB=0.617362;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.0292679;OID=.;OPOS=244267433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:2:7:6:4:2:7:6:4 chr1 244723989 . C A 304.34 PASS AF=0.362745;AO=37;DP=101;FAO=37;FDP=102;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.0129222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3607;QD=11.9347;RBI=0.0569281;REFB=0.0155487;REVB=-0.0554421;RO=64;SAF=17;SAR=20;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113585;STB=0.559925;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=-0.0280456;OID=.;OPOS=244723989;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:64:65:37:37:0.362745:20:17:36:28:20:17:36:29 chr1 244773784 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.629;QD=48.7361;RBI=0.0223792;REFB=0;REVB=0.0185897;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153036;OID=.;OPOS=244773784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr1 244773803 . T C 202.15 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.526;QD=47.5659;RBI=0.0273225;REFB=0;REVB=-0.0162703;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112405;OID=.;OPOS=244773803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr1 245027349 . C T 155.5 PASS AF=0.414634;AO=18;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=22;FWDB=-0.0544657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4551;QD=15.1707;RBI=0.0546448;REFB=0.0117871;REVB=0.00442002;RO=23;SAF=1;SAR=17;SRF=2;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125283;STB=0.558064;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=-0.0230151;OID=.;OPOS=245027349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:24:18:17:0.414634:17:1:2:21:16:1:2:22 chr1 245245378 . T C 167.81 PASS AF=0.418605;AO=17;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00368195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.638;QD=15.6101;RBI=0.00619004;REFB=-0.0115604;REVB=0.00497593;RO=25;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732477;STB=0.558076;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0136558;OID=.;OPOS=245245378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:17:18:0.418605:8:9:15:10:9:9:15:10 chr1 245245402 . C T 192.16 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0197992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.181;QD=16.0135;RBI=0.0232634;REFB=0.00231474;REVB=-0.0122139;RO=26;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873898;STB=0.54995;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.00457919;OID=.;OPOS=245245402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:28:20:20:0.416667:11:9:14:12:11:9:15:13 chr1 245297243 . G A 215.05 PASS AF=0.525;AO=20;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00650508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9345;QD=21.5051;RBI=0.0208703;REFB=1.61583e-05;REVB=-0.0198306;RO=20;SAF=13;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477426;STB=0.54541;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.000208732;OID=.;OPOS=245297243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:19:20:21:0.525:7:13:12:8:7:14:11:8 chr1 245703990 . G T 1495.32 PASS AF=1;AO=82;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.774;QD=62.9607;RBI=0.0186931;REFB=0;REVB=0.00737223;RO=0;SAF=36;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14462e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167044;OID=.;OPOS=245703990;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:82:95:1:46:36:0:0:50:45:0:0 chr1 245849000 . C T 158.65 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00751378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.534;QD=17.1512;RBI=0.00964322;REFB=-0.0418239;REVB=0.0060444;RO=19;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106788;STB=0.574991;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0303488;OID=.;OPOS=245849000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:17:17:0.459459:10:7:10:9:10:7:11:9 chr1 245850095 . C T 50.46 PASS AF=0.7;AO=6;DP=11;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0220947;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.299;QD=20.1854;RBI=0.0534937;REFB=-0.0104213;REVB=0.0487175;RO=2;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772509;STB=0.517191;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00608283;OID=.;OPOS=245850095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:11:10:2:3:6:7:0.7:4:2:1:1:5:2:1:2 chr1 245861571 . C T 246.84 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0449609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.018;QD=31.8502;RBI=0.0450886;REFB=-0.0263291;REVB=0.00339128;RO=9;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223606;STB=0.621524;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0136958;OID=.;OPOS=245861571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:9:9:22:22:0.709677:14:8:0:9:14:8:0:9 chr1 246670481 . C G 3108.31 PASS AF=0.994924;AO=195;DP=197;FAO=196;FDP=197;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0423169;FXX=0.0100497;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4016;QD=63.1129;RBI=0.0546366;REFB=0.0508588;REVB=0.0345606;RO=0;SAF=86;SAR=109;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502283;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000101625;OID=.;OPOS=246670481;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:197:197:0:1:195:196:0.994924:109:86:0:0:109:87:0:1 chr1 246714587 . G A 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00336956;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.344;QD=13.5054;RBI=0.0470607;REFB=-0.0116106;REVB=-0.0469399;RO=16;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147216;STB=0.612045;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0143609;OID=.;OPOS=246714587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:16:17:12:12:0.413793:3:9:10:6:3:9:10:7 chr1 246720798 . G A 393.28 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0770594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.515;QD=56.1821;RBI=0.0843968;REFB=0;REVB=-0.0344191;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000811392;OID=.;OPOS=246720798;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr1 246755124 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0455778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0565;QD=51.1838;RBI=0.0455781;REFB=0;REVB=-0.000179201;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00119264;OID=.;OPOS=246755124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr1 246829616 . T C 1432.87 PASS AF=0.978947;AO=92;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0142533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.153;QD=60.3314;RBI=0.0145134;REFB=-0.0837758;REVB=0.00273531;RO=1;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998003;STB=0.510202;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.000177222;OID=.;OPOS=246829616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:1:2:92:93:0.978947:47:45:0:1:48:45:0:2 chr1 246922390 . A G 265.48 PASS AF=0.392405;AO=29;DP=77;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00625941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.273;QD=13.4422;RBI=0.0114444;REFB=-0.0199861;REVB=0.00958089;RO=48;SAF=14;SAR=15;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00390446;STB=0.50286;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0230584;OID=.;OPOS=246922390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:48:48:29:31:0.392405:15:14:23:25:16:15:23:25 chr1 246939513 . G A 402.59 PASS AF=0.655172;AO=38;DP=58;FAO=38;FDP=58;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.012581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7842;QD=27.7649;RBI=0.0610345;REFB=-0.0469534;REVB=0.0597237;RO=19;SAF=11;SAR=27;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195211;STB=0.599945;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0269466;OID=.;OPOS=246939513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:19:20:38:38:0.655172:27:11:11:8:27:11:11:9 chr1 246939856 . G A 306.08 PASS AF=0.453333;AO=33;DP=74;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.00265961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5153;QD=16.3243;RBI=0.0419173;REFB=0.0078019;REVB=0.0418328;RO=39;SAF=17;SAR=16;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100986;STB=0.546639;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.0103735;OID=.;OPOS=246939856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:39:41:33:34:0.453333:16:17:16:23:17:17:17:24 chr1 246942159 . G A 361.63 PASS AF=0.625;AO=35;DP=56;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=-0.00720766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.714;QD=25.8309;RBI=0.0244191;REFB=-0.0116752;REVB=-0.0233312;RO=21;SAF=20;SAR=15;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207564;STB=0.612844;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.013829;OID=.;OPOS=246942159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:21:35:35:0.625:15:20:18:3:15:20:18:3 chr1 246942171 . G A 189.27 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00694497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7959;QD=13.0534;RBI=0.0521201;REFB=0.0229805;REVB=0.0516553;RO=35;SAF=20;SAR=3;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39771;STB=0.734098;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.0301688;OID=.;OPOS=246942171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:35:23:23:0.396552:3:20:21:14:3:20:21:14 chr1 247006051 . G C 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0293869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2393;QD=13.4858;RBI=0.0294205;REFB=0.00275391;REVB=-0.00140721;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342062;STB=0.698535;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00950736;OID=.;OPOS=247006051;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:2:9:4:5:2:9 chr1 247048834 . T C 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00733439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.559;QD=21.5107;RBI=0.00738242;REFB=0.0285964;REVB=-0.000840713;RO=19;SAF=13;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169149;STB=0.595089;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.0167333;OID=.;OPOS=247048834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:8:13:8:11:8:13:8:11 chr1 247150740 . T C 478.6 PASS AF=0.945946;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0188284;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.8385;QD=51.7408;RBI=0.0399066;REFB=-0.166879;REVB=0.0351856;RO=2;SAF=17;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500772;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0254882;OID=.;OPOS=247150740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:36:37:2:2:34:35:0.945946:17:17:1:1:18:17:1:1 chr1 247162658 . C T 583.95 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.515;QD=59.8923;RBI=0.0222477;REFB=0;REVB=0.015182;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420152;OID=.;OPOS=247162658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:21:17:0:0:22:17:0:0 chr1 247263704 . A G 202.84 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0140488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.8867;QD=20.8036;RBI=0.0295995;REFB=0.00101639;REVB=-0.0260531;RO=17;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810706;STB=0.54043;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.0142404;OID=.;OPOS=247263704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:17:19:20:20:0.512821:9:11:11:6:9:11:12:7 chr1 247419509 . T C 388.66 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00102043;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.579;QD=53.6087;RBI=0.00838748;REFB=-0.0215473;REVB=-0.00832518;RO=1;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265944;STB=0.514276;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00602988;OID=.;OPOS=247419509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:17:11:0:1:17:11:0:1 chr1 247419664 . C T 123.16 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0214192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.894;QD=37.8941;RBI=0.0231763;REFB=-0.043546;REVB=-0.00885208;RO=1;SAF=6;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069361;STB=0.538398;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00139973;OID=.;OPOS=247419664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:6:6:1:0:6:6:1:0 chr1 247420421 . C T 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0313638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.105;QD=13.2051;RBI=0.0335225;REFB=-0.00200845;REVB=0.0118351;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396745;STB=0.736113;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00693372;OID=.;OPOS=247420421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:5:1:4:2:5:1 chr1 247587531 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0871613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.27;QD=56.7066;RBI=0.0905171;REFB=0;REVB=0.0244183;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374898;OID=.;OPOS=247587531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr1 247614617 . C T 594.28 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8484;QD=60.9519;RBI=0.0582478;REFB=0;REVB=0.00167354;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000675518;OID=.;OPOS=247614617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr1 247614693 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.123;QD=51.1845;RBI=0.0233128;REFB=0;REVB=0.0133381;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322536;OID=.;OPOS=247614693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr1 247615252 . G A 1167.51 PASS AF=1;AO=71;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298396;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.158;QD=60.6496;RBI=0.0317108;REFB=0;REVB=0.0107318;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464523;OID=.;OPOS=247615252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:71:77:1:35:36:0:0:39:38:0:0 chr1 247615261 . GA G 966.45 PASS AF=1;AO=78;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546885;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.772;QD=47.1438;RBI=0.112221;REFB=0;REVB=-0.0979932;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000641043;OID=.;OPOS=247615262;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:78:81:82:82:0:37:45:0:0:18:0:35:43:0:0 chr1 247695612 . G A 743.59 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0240603;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.537;QD=59.4875;RBI=0.026678;REFB=0.00591366;REVB=0.0115248;RO=1;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019199;STB=0.519992;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.000106811;OID=.;OPOS=247695612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:1:2:48:48:0.96:24:24:0:1:24:24:0:2 chr1 247695756 . T C 557.09 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4173;QD=60.2255;RBI=0.0435627;REFB=0;REVB=0.0235611;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393559;OID=.;OPOS=247695756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:26:11:0:0:26:11:0:0 chr1 247752019 . G C 753.9 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0143;QD=56.8979;RBI=0.0281988;REFB=0;REVB=0.00524126;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236092;OID=.;OPOS=247752019;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr1 247769592 . C T 693.57 PASS AF=0.9;AO=43;DP=50;FAO=45;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.021577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3468;QD=55.4855;RBI=0.0243527;REFB=-0.142549;REVB=0.0112911;RO=2;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468927;STB=0.536569;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00368519;OID=.;OPOS=247769592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:50:50:2:3:43:45:0.9:19:24:0:2:19:26:0:3 chr1 247835674 . G A 400.53 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.0358839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.755;QD=21.3615;RBI=0.0359528;REFB=0.00171772;REVB=0.0022239;RO=35;SAF=15;SAR=25;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109809;STB=0.560411;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00208631;OID=.;OPOS=247835674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:25:15:9:26:25:15:9:26 chr1 247835908 . T A 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00581767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.663;QD=12.7374;RBI=0.0211424;REFB=0.00112493;REVB=0.0203263;RO=27;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305623;STB=0.686592;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.00174201;OID=.;OPOS=247835908;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:28:16:16:0.363636:6:10:9:18:6:10:9:19 chr1 247835950 . T C 314.35 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0224057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5918;QD=30.668;RBI=0.0316293;REFB=-0.0544357;REVB=0.0223248;RO=13;SAF=8;SAR=19;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205095;STB=0.627086;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0256934;OID=.;OPOS=247835950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:13:14:27:27:0.658537:19:8:8:5:19:8:9:5 chr1 247836008 . G A 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.039293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.742;QD=16.7278;RBI=0.0393233;REFB=0.000730611;REVB=-0.0015444;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27835;STB=0.658351;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.000672278;OID=.;OPOS=247836008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:7:9:5:14:7:9:5:14 chr1 247836207 . T A 314.99 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0284524;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=289.19;QD=19.999;RBI=0.0287467;REFB=-0.0237181;REVB=-0.00410333;RO=29;SAF=7;SAR=26;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277429;STB=0.66578;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0187564;OID=.;OPOS=247836207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:30:33:33:0.52381:26:7:14:15:26:7:15:15 chr1 247875415 . A G 314.58 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00662651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0189;QD=22.4699;RBI=0.00665223;REFB=-0.00816355;REVB=-0.000584383;RO=24;SAF=12;SAR=20;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348569;STB=0.519219;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0061766;OID=.;OPOS=247875415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:20:12:8:16:20:12:8:16 chr1 247875608 . C G 267.9 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.00912017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.628;QD=16.2364;RBI=0.00983242;REFB=-0.0118252;REVB=0.00367409;RO=36;SAF=9;SAR=21;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259474;STB=0.514589;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0162005;OID=.;OPOS=247875608;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:21:9:10:26:21:9:10:26 chr1 247875689 . A G 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0101968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.025;QD=18.1535;RBI=0.0482498;REFB=0.00264754;REVB=-0.04716;RO=25;SAF=4;SAR=17;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12523;STB=0.571792;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=-0.00864167;OID=.;OPOS=247875689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:17:4:7:18:17:4:7:18 chr1 247921100 . T G 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0113767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.388;QD=13.6309;RBI=0.0147114;REFB=-0.0098973;REVB=-0.00932716;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117469;STB=0.523751;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00684772;OID=.;OPOS=247921100;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:9:8:8:0.470588:3:5:6:2:3:5:6:3 chr1 247921352 . C T 379.55 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508976;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.779;QD=56.2295;RBI=0.086819;REFB=0;REVB=0.0703347;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000953593;OID=.;OPOS=247921352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr1 247921716 . AC A,AA 734.73 PASS AF=0.0212766,0.978723;AO=8,40;DP=48;FAO=1,46;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=1,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265216,0.0255734;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=344.785,356.608;QD=62.5298;RBI=0.0273888,0.0265449;REFB=0,0;REVB=0.00683723,0.00711565;RO=0;SAF=3,10;SAR=5,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0254886,0.000512171;OID=.,.;OPOS=247921717,247921717;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0212766,0.978723:8,40:48:1,46:47:0:0,13:1,33:0:0:5:0:3,10:5,30:0:0 chr1 247921888 . C T 537.83 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.083371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4382;QD=59.7587;RBI=0.0954168;REFB=0;REVB=-0.0464075;RO=0;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446939;OID=.;OPOS=247921888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:26:9:0:0:26:10:0:0 chr1 247978319 . A G 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000388667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.887;QD=60.0302;RBI=0.0261601;REFB=0;REVB=0.0261572;RO=0;SAF=28;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66075e-05;OID=.;OPOS=247978319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:44:28:0:0:44:28:0:0 chr1 248004614 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.143;QD=46.8476;RBI=0.0691446;REFB=0;REVB=-0.0594347;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00026378;OID=.;OPOS=248004614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr1 248004687 . C G 188.59 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.103;QD=47.1465;RBI=0.111634;REFB=0;REVB=0.106383;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000987514;OID=.;OPOS=248004687;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:4:11:0:0:5:11:0:0 chr1 248004775 . C T 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.932;QD=48.7308;RBI=0.0538532;REFB=0;REVB=0.0182559;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000592421;OID=.;OPOS=248004775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr1 248004848 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4931;QD=37.4885;RBI=0.056263;REFB=0;REVB=0.0518062;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00467448;OID=.;OPOS=248004848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr1 248004877 . C T 84.49 PASS AF=1;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0636044;FXX=0.1998;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.803;QD=42.2473;RBI=0.0969881;REFB=0;REVB=0.07322;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152027;OID=.;OPOS=248004877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:10:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr1 248004884 . T C 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00246792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3117;QD=40.7596;RBI=0.0588325;REFB=0;REVB=0.0587807;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155654;OID=.;OPOS=248004884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr1 248005213 . G C 366.65 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00460139;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.368;QD=50.5728;RBI=0.0522554;REFB=-0.151558;REVB=0.0520524;RO=2;SAF=14;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061895;STB=0.533309;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00203608;OID=.;OPOS=248005213;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:29:2:2:27:27:0.931034:13:14:2:0:13:14:2:0 chr1 248023966 . C T 183.53 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.000954702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9704;QD=11.8404;RBI=0.0202031;REFB=0.000610081;REVB=-0.0201805;RO=39;SAF=11;SAR=12;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182307;STB=0.510539;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=-0.00185436;OID=.;OPOS=248023966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:12:11:18:21:12:11:18:21 chr1 248028032 . G A 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.00989421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.759;QD=9.44385;RBI=0.0148143;REFB=-0.0117582;REVB=-0.0110258;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422407;STB=0.749373;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0107661;OID=.;OPOS=248028032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:1:9:3:3:1:9 chr1 248028219 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000885542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=309.506;QD=42.1826;RBI=0.0218003;REFB=0;REVB=0.0217823;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010629;OID=.;OPOS=248028219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr1 248039451 . C T 272.46 PASS AF=0.727273;AO=23;DP=33;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.000103166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.339;QD=33.0259;RBI=0.00440678;REFB=0.0128832;REVB=0.00440557;RO=9;SAF=10;SAR=13;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00503491;STB=0.507766;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.00240068;OID=.;OPOS=248039451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:9:9:23:24:0.727273:13:10:4:5:14:10:4:5 chr1 248039713 . A G 707.36 PASS AF=0.979167;AO=44;DP=46;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.086397;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2695;QD=58.9465;RBI=0.0879473;REFB=0.070402;REVB=0.0164403;RO=1;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184224;STB=0.5098;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00444745;OID=.;OPOS=248039713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:48:1:1:44:47:0.979167:25:19:0:1:25:22:0:1 chr1 248039788 . CTAA ACTA,CTA,CTAT 191.98 PASS AF=0,0.730769,0.269231;AO=3,4,4;DP=26;FAO=0,19,7;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11,0;FSAR=0,8,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.311492,0.680787,0.0935497;FXX=0;HRUN=1,4,4;LEN=3,1,1;MLLD=11.9957,9.5218,118.235;QD=29.5352;RBI=0.31887,0.680992,0.0951564;REFB=-0.0507802,-0.0120214,-0.0883288;REVB=0.068195,-0.0166969,-0.0174126;RO=10;SAF=0,2,0;SAR=3,2,4;SRF=9;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.78742,-0.464453,-0.80368;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,-0.0405627,0.218477;OID=.,.,.;OPOS=248039788,248039790,248039791;OREF=CTA,A,A;OALT=ACT,-,T;OMAPALT=ACTA,CTA,CTAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:41:26:26:10:0:3,4,4:0,19,7:0,0.730769,0.269231:3,2,4:0,2,0:9:1:0,8,7:0,11,0:0:0 chr1 248059423 . C T 346.78 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0486055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.002;QD=22.3733;RBI=0.0486063;REFB=-0.00476618;REVB=-0.000282233;RO=27;SAF=20;SAR=15;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127618;STB=0.507038;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00332101;OID=.;OPOS=248059423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:27:27:35:35:0.564516:15:20:15:12:15:20:15:12 chr1 248059456 . G A 473.21 PASS AF=0.56962;AO=45;DP=79;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.0111538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.356;QD=23.9599;RBI=0.0482047;REFB=0.00546062;REVB=0.0468965;RO=34;SAF=22;SAR=23;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193087;STB=0.605557;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00460893;OID=.;OPOS=248059456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:34:34:45:45:0.56962:23:22:25:9:23:22:25:9 chr1 248059476 . A C 563.12 PASS AF=0.553191;AO=52;DP=94;FAO=52;FDP=94;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0331143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.2365;QD=23.9625;RBI=0.033364;REFB=-0.0375267;REVB=0.00407428;RO=41;SAF=23;SAR=29;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15338;STB=0.578553;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0215665;OID=.;OPOS=248059476;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:41:42:52:52:0.553191:29:23:26:15:29:23:26:16 chr1 248059703 . T A 235.22 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=6.05053e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.075;QD=25.4294;RBI=0.0184435;REFB=-0.0476686;REVB=0.0184434;RO=13;SAF=16;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200612;STB=0.645022;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0157605;OID=.;OPOS=248059703;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:15:22:22:0.594595:6:16:6:7:6:16:6:9 chr1 248059712 . T C 150.13 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0209549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.677;QD=19.3713;RBI=0.0220614;REFB=-0.0140033;REVB=-0.00689891;RO=15;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225385;STB=0.512804;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0115645;OID=.;OPOS=248059712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:6:10:9:6:6:10:9:6 chr1 248059856 . T C 316.61 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.033053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7763;QD=17.8373;RBI=0.0346105;REFB=0.0102853;REVB=-0.0102658;RO=37;SAF=15;SAR=19;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142339;STB=0.579508;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.0121586;OID=.;OPOS=248059856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:19:15:22:15:19:15:22:15 chr1 248060029 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.199;QD=48.7373;RBI=0.0339039;REFB=0;REVB=0.00710947;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269089;OID=.;OPOS=248060029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr1 248060037 . G A 110.68 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0742548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.62;QD=26.0419;RBI=0.0744036;REFB=-0.0164016;REVB=-0.00470241;RO=5;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522328;STB=0.529363;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.016043;OID=.;OPOS=248060037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:6:6:3:2:6:6:3:2 chr1 248060279 . C T 45.34 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00153174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1301;QD=8.24418;RBI=0.0566633;REFB=-0.0212694;REVB=0.0566426;RO=15;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255737;STB=0.657802;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0425466;OID=.;OPOS=248060279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:3:4:5:10:3:4:5:10 chr1 248060380 . C G 137.83 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.0136435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1032;QD=11.7299;RBI=0.0190949;REFB=-0.0111041;REVB=-0.0133593;RO=29;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28791;STB=0.659395;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0296307;OID=.;OPOS=248060380;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:31:16:16:0.340426:8:8:7:22:8:8:8:23 chr1 248084434 . G A 148.08 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0239612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.199;QD=9.40168;RBI=0.0240311;REFB=-0.00520769;REVB=0.00183106;RO=43;SAF=13;SAR=7;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276929;STB=0.516391;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00864555;OID=.;OPOS=248084434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:43:20:20:0.31746:7:13:27:16:7:13:27:16 chr1 248084464 . T C 702.93 PASS AF=0.929825;AO=52;DP=56;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0109286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.626;QD=49.3286;RBI=0.0164132;REFB=-0.0197443;REVB=-0.0122457;RO=4;SAF=36;SAR=16;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00912386;STB=0.504332;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00303534;OID=.;OPOS=248084464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:56:57:4:4:52:53:0.929825:16:36:3:1:16:37:3:1 chr1 248085108 . C T 215.1 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0267449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0415;QD=21.5098;RBI=0.0287515;REFB=0.0152609;REVB=0.0105527;RO=19;SAF=13;SAR=8;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253645;STB=0.642219;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00754754;OID=.;OPOS=248085108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:8:13:6:13:8:13:6:13 chr1 248085124 . G A 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00403723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.924;QD=19.7621;RBI=0.0448062;REFB=0.00958137;REVB=-0.044624;RO=25;SAF=8;SAR=15;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235256;STB=0.63291;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.0217488;OID=.;OPOS=248085124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:15:8:15:10:15:8:15:10 chr1 248085149 . C G 251.17 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0209823;FXX=0.0461467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7008;QD=16.2043;RBI=0.0823822;REFB=-0.0362377;REVB=0.0796653;RO=33;SAF=14;SAR=14;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436236;STB=0.516118;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0429307;OID=.;OPOS=248085149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:62:33:34:28:28:0.451613:14:14:18:15:14:14:18:16 chr1 248112627 . T C 321.73 PASS AF=0.375;AO=39;DP=104;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.0209304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.304;QD=12.3742;RBI=0.0247133;REFB=-0.0163931;REVB=-0.0131403;RO=64;SAF=19;SAR=20;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714064;STB=0.535326;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0331159;OID=.;OPOS=248112627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:64:65:39:39:0.375:20:19:27:37:20:19:28:37 chr1 248112745 . G T 495.92 PASS AF=0.754386;AO=43;DP=57;FAO=43;FDP=57;FR=.;FRO=14;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0168446;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.748;QD=34.8016;RBI=0.0171901;REFB=-0.0138482;REVB=-0.00342929;RO=14;SAF=22;SAR=21;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926201;STB=0.549895;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00301597;OID=.;OPOS=248112745;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:57:57:14:14:43:43:0.754386:21:22:10:4:21:22:10:4 chr1 248112754 . T C 66.17 PASS AF=0.192308;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=52;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00179122;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=134.027;QD=5.09023;RBI=0.00847408;REFB=-0.00471081;REVB=-0.0082826;RO=41;SAF=8;SAR=2;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354111;STB=0.745234;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0152182;OID=.;OPOS=248112754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:51:52:41:42:10:10:0.192308:2:8:22:19:2:8:22:20 chr1 248112762 . TG CA 501.11 PASS AF=0.77551;AO=37;DP=50;FAO=38;FDP=49;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0015517;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=2;MLLD=219.418;QD=40.9066;RBI=0.00179771;REFB=0.0327029;REVB=-0.000907735;RO=11;SAF=18;SAR=19;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101979;STB=0.550994;STBP=0.203;TYPE=mnp;VARB=-0.00381189;OID=.;OPOS=248112762;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:50:49:11:11:37:38:0.77551:19:18:8:3:19:19:8:3 chr1 248112771 . C T 518.41 PASS AF=0.78;AO=37;DP=48;FAO=39;FDP=50;FR=.;FRO=11;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0112021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.853;QD=41.4727;RBI=0.0170764;REFB=-0.0157356;REVB=0.0128886;RO=9;SAF=19;SAR=18;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557453;STB=0.527221;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00435313;OID=.;OPOS=248112771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:50:9:11:37:39:0.78:18:19:6:3:19:20:7:4 chr1 248112809 . A G 727.76 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0411656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.973;QD=63.2837;RBI=0.0416314;REFB=0;REVB=-0.00621016;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000279122;OID=.;OPOS=248112809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr1 248112836 . A G 519.63 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4514;QD=59.3866;RBI=0.0512705;REFB=0;REVB=0.00535791;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000527826;OID=.;OPOS=248112836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr1 248113026 . T A 492.19 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0371235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.111;QD=51.8098;RBI=0.0388035;REFB=-0.0425665;REVB=0.0112941;RO=3;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509855;STB=0.527258;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00553267;OID=.;OPOS=248113026;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:3:3:35:35:0.921053:26:9:0:3:26:9:0:3 chr1 248113040 . A G 593.5 PASS AF=0.911111;AO=39;DP=44;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0188437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2931;QD=52.7553;RBI=0.0264658;REFB=-0.00706809;REVB=-0.0185838;RO=4;SAF=10;SAR=29;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604073;STB=0.532243;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.000477771;OID=.;OPOS=248113040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:44:45:4:4:39:41:0.911111:29:10:0:4:29:12:0:4 chr1 248128929 . G A 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.011242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.956;QD=17.3778;RBI=0.0124416;REFB=-0.0319688;REVB=-0.00533036;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278546;STB=0.516099;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0320302;OID=.;OPOS=248128929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:8:3:3:7:8:3:3:7 chr1 248129240 . G A 606.53 PASS AF=0.555556;AO=55;DP=99;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=40;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=10;FWDB=-0.0223196;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9072;QD=24.5064;RBI=0.0309526;REFB=-0.0103328;REVB=0.0214454;RO=44;SAF=40;SAR=15;SRF=34;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476497;STB=0.526057;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00419364;OID=.;OPOS=248129240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:44:44:55:55:0.555556:15:40:34:10:15:40:34:10 chr1 248202344 . G C 235.22 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.106484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.274;QD=25.4296;RBI=0.106492;REFB=-0.023598;REVB=0.00129831;RO=15;SAF=5;SAR=17;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102626;STB=0.557322;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0191132;OID=.;OPOS=248202344;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:17:5:5:10:17:5:5:10 chr1 248224099 . T C 264.17 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00158266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.55;QD=15.3142;RBI=0.0311537;REFB=-0.0246162;REVB=0.0311135;RO=38;SAF=14;SAR=16;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125348;STB=0.576421;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0231883;OID=.;OPOS=248224099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:38:39:30:30:0.434783:16:14:13:25:16:14:13:26 chr1 248224216 . C T 564.37 PASS AF=0.607143;AO=51;DP=84;FAO=51;FDP=84;FR=.;FRO=33;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0373079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4945;QD=26.8749;RBI=0.052681;REFB=-0.00180902;REVB=-0.0371941;RO=33;SAF=30;SAR=21;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132903;STB=0.507244;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.000318101;OID=.;OPOS=248224216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:33:33:51:51:0.607143:21:30:20:13:21:30:20:13 chr1 248224294 . C T 458.11 PASS AF=0.511364;AO=44;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=10;FWDB=0.0118824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.548;QD=20.8233;RBI=0.0123828;REFB=-0.00119913;REVB=-0.00348473;RO=44;SAF=26;SAR=18;SRF=33;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153767;STB=0.597826;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.000850465;OID=.;OPOS=248224294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:44:43:44:45:0.511364:18:26:33:11:19:26:33:10 chr1 248224398 . A G 126.61 PASS AF=0.206186;AO=20;DP=97;FAO=20;FDP=97;FR=.;FRO=77;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=51;FSRR=26;FWDB=-0.0286965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.213;QD=5.22084;RBI=0.0434523;REFB=-0.00646824;REVB=-0.0326284;RO=76;SAF=8;SAR=12;SRF=50;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31674;STB=0.699422;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0415228;OID=.;OPOS=248224398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:76:77:20:20:0.206186:12:8:50:26:12:8:51:26 chr1 248224569 . G T 34.37 PASS AF=0.102564;AO=8;DP=78;FAO=8;FDP=78;FR=.;FRO=70;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=49;FSRR=21;FWDB=-0.0834215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.154;QD=1.76268;RBI=0.0896562;REFB=-0.00413574;REVB=-0.0328496;RO=70;SAF=4;SAR=4;SRF=49;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243534;STB=0.679097;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0406256;OID=.;OPOS=248224569;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:78:78:70:70:8:8:0.102564:4:4:49:21:4:4:49:21 chr1 248224595 . C T 39.77 PASS AF=0.111111;AO=9;DP=81;FAO=9;FDP=81;FR=.;FRO=72;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=51;FSRR=21;FWDB=-0.0241858;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.455;QD=1.96372;RBI=0.0279243;REFB=-0.00488536;REVB=0.0139575;RO=66;SAF=5;SAR=4;SRF=44;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140656;STB=0.725174;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0481558;OID=.;OPOS=248224595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:81:81:66:72:9:9:0.111111:4:5:44:22:5:4:51:21 chr1 248224754 . T C 69.63 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.0132164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.173;QD=16.3834;RBI=0.0746156;REFB=-0.0192249;REVB=-0.0734358;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.501055;STB=0.785185;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00925893;OID=.;OPOS=248224754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:3:6:0:8:3:6:0:8 chr1 248262834 . C T 262.85 PASS AF=0.33;AO=32;DP=100;FAO=33;FDP=100;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=0.031999;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2295;QD=10.5142;RBI=0.042533;REFB=-0.0151435;REVB=0.0280201;RO=65;SAF=17;SAR=15;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080151;STB=0.565126;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.036787;OID=.;OPOS=248262834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:65:67:32:33:0.33:15:17:39:26:16:17:41:26 chr1 248264018 . C T 546.11 PASS AF=0.542553;AO=51;DP=94;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00579817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.565;QD=23.2389;RBI=0.0121596;REFB=-0.0228884;REVB=-0.0106882;RO=41;SAF=30;SAR=21;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428957;STB=0.524958;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0186991;OID=.;OPOS=248264018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:41:43:51:51:0.542553:21:30:22:19:21:30:23:20 chr1 248285441 . G T 207.93 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0167802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.53;QD=13.4145;RBI=0.0169033;REFB=-0.0050802;REVB=0.00203591;RO=37;SAF=9;SAR=16;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218148;STB=0.624899;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00877441;OID=.;OPOS=248285441;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:16:9:21:16:16:9:21:16 chr1 248285487 . A G 331.95 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.00705509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.177;QD=16.1925;RBI=0.0144388;REFB=-0.0197279;REVB=0.0125978;RO=46;SAF=18;SAR=18;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108486;STB=0.560942;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0209272;OID=.;OPOS=248285487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:46:36:36:0.439024:18:18:28:18:18:18:28:18 chr1 248309363 . T A 262.46 PASS AF=0.71875;AO=23;DP=32;FAO=23;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00123183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4808;QD=32.8072;RBI=0.00547904;REFB=0.0201006;REVB=-0.00533877;RO=9;SAF=14;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283851;STB=0.515567;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.0330444;OID=.;OPOS=248309363;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:9:9:23:23:0.71875:9:14:5:4:9:14:5:4 chr1 248343543 . C T 1472.71 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0318955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5099;QD=57.1926;RBI=0.108984;REFB=-0.156142;REVB=0.104212;RO=2;SAF=42;SAR=59;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158093;STB=0.508332;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00683598;OID=.;OPOS=248343543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:2:2:101:101:0.980583:59:42:0:2:59:42:0:2 chr1 248343945 . C G 1933.22 PASS AF=1;AO=124;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0079;QD=61.863;RBI=0.0349583;REFB=0;REVB=0.0333156;RO=0;SAF=50;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120689;OID=.;OPOS=248343945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:124:125:1:74:50:0:0:74:51:0:0 chr1 248343990 . T C 1682.64 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314032;FXX=0.00892777;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.089;QD=60.6357;RBI=0.0474177;REFB=0;REVB=0.0355285;RO=0;SAF=49;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42986e-05;OID=.;OPOS=248343990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:110:111:1:61:49:0:0:62:49:0:0 chr1 248366702 . G A 1689.17 PASS AF=0.991228;AO=108;DP=110;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00534297;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.483;QD=59.269;RBI=0.0372886;REFB=-0.0728076;REVB=0.0369038;RO=1;SAF=54;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870927;STB=0.504586;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000671015;OID=.;OPOS=248366702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:114:1:1:108:113:0.991228:54:54:1:0:59:54:1:0 chr1 248402757 . AC A,AT 711.03 PASS AF=0.0784314,0.921569;AO=10,35;DP=50;FAO=4,47;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=3,19;FSAR=1,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00862332,-0.00324901;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=136.618,141.345;QD=55.7673;RBI=0.0420189,0.0211098;REFB=0,0;REVB=0.0411245,0.0208583;RO=0;SAF=8,14;SAR=2,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.27896e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00774308,0.0124472;OID=.,.;OPOS=248402758,248402758;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0784314,0.921569:10,35:50:4,47:51:0:3,19:1,28:0:0:11:0:8,14:2,21:0:0 chr1 248436611 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00605922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.588;QD=54.5175;RBI=0.0280776;REFB=0;REVB=0.027416;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238202;OID=.;OPOS=248436611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr1 248436616 . A G 340.13 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.417;QD=54.4214;RBI=0.0300092;REFB=0;REVB=0.0217711;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202768;OID=.;OPOS=248436616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr1 248436805 . T G 207.46 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.49;QD=48.8143;RBI=0.0784841;REFB=0;REVB=0.0721775;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482391;OID=.;OPOS=248436805;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:12:4:0:0:13:4:0:0 chr1 248457979 . C A 1108.76 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00829495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.946;QD=57.5977;RBI=0.0390438;REFB=-0.0599741;REVB=0.0381525;RO=1;SAF=39;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119781;STB=0.50052;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00293167;OID=.;OPOS=248457979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:1:2:75:75:0.974026:36:39:1:0:36:39:1:1 chr1 248458676 . T C 731.59 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374537;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.635;QD=63.6165;RBI=0.0631854;REFB=0;REVB=0.0508883;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000173369;OID=.;OPOS=248458676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr1 248458689 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134463;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.121;QD=58.0611;RBI=0.0153364;REFB=0;REVB=0.00737586;RO=0;SAF=19;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03549e-05;OID=.;OPOS=248458689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:42:19:0:0:42:19:0:0 chr1 248458717 . C G 1120.63 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00616638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1276;QD=58.9805;RBI=0.00826746;REFB=0.00825516;REVB=0.00550696;RO=0;SAF=22;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.00109691;OID=.;OPOS=248458717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:75:75:0.986842:53:22:0:0:53:22:0:1 chr1 248487300 . C T 2289.7 PASS AF=1;AO=144;DP=146;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00963596;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.698;QD=61.0587;RBI=0.0672426;REFB=0;REVB=0.0665486;RO=0;SAF=56;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109502;OID=.;OPOS=248487300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:146:150:0:0:144:150:1:88:56:0:0:93:57:0:0 chr1 248487338 . C A 2301.39 PASS AF=0.993548;AO=151;DP=153;FAO=154;FDP=155;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00568796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.127;QD=59.3907;RBI=0.0183919;REFB=-0.0683524;REVB=0.0174903;RO=2;SAF=56;SAR=95;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00990815;STB=0.502538;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00167976;OID=.;OPOS=248487338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:153:155:2:1:151:154:0.993548:95:56:0:2:98:56:0:1 chr1 248487638 . A G 2103.86 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014173;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.383;QD=62.3367;RBI=0.0231129;REFB=0;REVB=0.0182574;RO=0;SAF=59;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.58273e-05;OID=.;OPOS=248487638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:135:0:0:133:135:1:74:59:0:0:76:59:0:0 chr1 248487768 . A G 722.72 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0557506;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.3493;QD=58.9973;RBI=0.0980018;REFB=-0.0122575;REVB=-0.0805991;RO=2;SAF=35;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072129;STB=0.538445;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00115044;OID=.;OPOS=248487768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:12:35:0:2:12:35:0:2 chr1 248512094 . C T 1453.48 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.459;QD=63.1946;RBI=0.0191069;REFB=0;REVB=-0.00603349;RO=0;SAF=51;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99529e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13708e-05;OID=.;OPOS=248512094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:41:51:0:0:41:51:0:0 chr1 248512637 . C T 1292.86 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.019076;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.873;QD=60.8406;RBI=0.0293853;REFB=-0.0595914;REVB=0.0223518;RO=0;SAF=49;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000267858;OID=.;OPOS=248512637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:85:0:1:84:84:0.988235:35:49:0:0:35:49:1:0 chr1 248512749 . G A 709.44 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0232536;FXX=0.0370302;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.432;QD=54.572;RBI=0.0289553;REFB=0.102962;REVB=0.0172534;RO=1;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015962;STB=0.508471;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000378305;OID=.;OPOS=248512749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:52:1:1:51:51:0.980769:29:22:0:1:29:22:0:1 chr1 248512767 . G T 710.88 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567118;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3713;QD=61.8157;RBI=0.0605701;REFB=0;REVB=-0.0212721;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170457;OID=.;OPOS=248512767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:45:46:1:27:18:0:0:27:19:0:0 chr1 248525100 . G A 37.08 PASS AF=0.0901639;AO=11;DP=122;FAO=11;FDP=122;FR=.;FRO=111;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=73;FSRR=38;FWDB=0.0524981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.029;QD=1.21576;RBI=0.0533874;REFB=0.00184183;REVB=0.00970371;RO=108;SAF=6;SAR=5;SRF=73;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160538;STB=0.604722;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.0141826;OID=.;OPOS=248525100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:122:122:108:111:11:11:0.0901639:5:6:73:35:5:6:73:38 chr1 248525135 . G A 52.13 PASS AF=0.0992908;AO=14;DP=141;FAO=14;FDP=141;FR=.;FRO=127;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=81;FSRR=46;FWDB=-0.0671377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.386;QD=1.47873;RBI=0.0786134;REFB=-0.00266514;REVB=-0.0408975;RO=120;SAF=7;SAR=7;SRF=75;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152447;STB=0.623947;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0362931;OID=.;OPOS=248525135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:141:141:120:127:14:14:0.0992908:7:7:75:45:7:7:81:46 chr1 248525138 . C T 45.57 PASS AF=0.0915493;AO=13;DP=142;FAO=13;FDP=142;FR=.;FRO=129;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=81;FSRR=48;FWDB=-0.0120759;FXX=0.00699252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.124;QD=1.28354;RBI=0.0287021;REFB=-0.00698168;REVB=-0.0260381;RO=128;SAF=7;SAR=6;SRF=80;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104237;STB=0.582659;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0495237;OID=.;OPOS=248525138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:142:142:128:129:13:13:0.0915493:6:7:80:48:6:7:81:48 chr1 248525638 . CA C,CT,TC 1196.2 PASS AF=0.975904,0,0;AO=75,3,3;DP=85;FAO=81,0,0;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=50,0,0;FSAR=31,0,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.000738995,0.00829646,0.00730649;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=117.143,94.9585,94.3027;QD=57.6481;RBI=0.0239433,0.0284934,0.019416;REFB=-0.108515,-0.0541097,-0.0991986;REVB=0.0239319,0.0272588,0.0179888;RO=2;SAF=46,1,2;SAR=29,2,1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.00586059,-0.111102,0.111102;STB=0.502986,0.5,0.5;STBP=0.796,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.00143825,0,0;OID=.,.,.;OPOS=248525639,248525639,248525638;OREF=A,A,CA;OALT=-,T,TC;OMAPALT=C,CT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:83:2:2:75,3,3:81,0,0:0.975904,0,0:29,2,1:46,1,2:1:1:31,0,0:50,0,0:1:1 chr1 248550970 . A G 728.98 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.794;QD=57.1745;RBI=0.0317455;REFB=0;REVB=0.0291819;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165587;OID=.;OPOS=248550970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:19:31:0:0:20:31:0:0 chr1 248550976 . T G 765.86 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.429;QD=56.7304;RBI=0.0526;REFB=0;REVB=0.0306099;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216255;OID=.;OPOS=248550976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:21:31:0:0:21:33:0:0 chr1 248551203 . T C 356.59 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0878708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3615;QD=54.8592;RBI=0.099838;REFB=0;REVB=0.0473955;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00190328;OID=.;OPOS=248551203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:9:16:0:0:9:17:0:0 chr1 248551560 . C T 841.59 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0207287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9182;QD=54.2964;RBI=0.0487476;REFB=-0.0448744;REVB=0.0441209;RO=1;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136794;STB=0.514281;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00300411;OID=.;OPOS=248551560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:62:1:2:60:60:0.967742:34:26:0:1:34:26:0:2 chr1 248551636 . T G 1643.6 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0289446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.782;QD=59.2287;RBI=0.0295847;REFB=-0.109169;REVB=0.00612091;RO=1;SAF=53;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825611;STB=0.504347;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=3.91021e-05;OID=.;OPOS=248551636;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:57:53:0:1:57:53:0:1 chr1 248616401 . G A 289.85 PASS AF=0.201646;AO=48;DP=242;FAO=49;FDP=243;FR=.;FRO=194;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=91;FSRR=103;FWDB=-0.00165598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.379;QD=4.77121;RBI=0.00257718;REFB=-0.00281795;REVB=-0.00197473;RO=188;SAF=26;SAR=22;SRF=87;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101077;STB=0.549;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.011939;OID=.;OPOS=248616401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:243:188:194:48:49:0.201646:22:26:87:101:23:26:91:103 chr1 248616408 . C T 288.5 PASS AF=0.202479;AO=49;DP=242;FAO=49;FDP=242;FR=.;FRO=193;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=92;FSRR=101;FWDB=0.0197475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7142;QD=4.76852;RBI=0.0272307;REFB=-0.000188812;REVB=-0.0187495;RO=192;SAF=26;SAR=23;SRF=92;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660277;STB=0.542926;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00133194;OID=.;OPOS=248616408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:192:193:49:49:0.202479:23:26:92:100:23:26:92:101 chr1 248637046 . G A 70.2 PASS AF=0.45;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0297858;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.075;QD=14.0397;RBI=0.0359929;REFB=-0.0245328;REVB=0.0202063;RO=11;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370366;STB=0.726652;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0244785;OID=.;OPOS=248637046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:21:20:11:11:9:9:0.45:8:1:4:7:8:1:4:7 chr1 248637362 . C T 101.92 PASS AF=0.235294;AO=16;DP=68;FAO=16;FDP=68;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0281133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6954;QD=5.99557;RBI=0.0293535;REFB=-0.00475042;REVB=-0.00844211;RO=52;SAF=12;SAR=4;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323672;STB=0.702859;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0241607;OID=.;OPOS=248637362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:52:52:16:16:0.235294:4:12:26:26:4:12:26:26 chr1 248637416 . GC CT 152.29 PASS AF=0.226415;AO=24;DP=107;FAO=24;FDP=106;FR=.;FRO=82;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=-0.00806407;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=2;MLLD=193.11;QD=5.74689;RBI=0.0364405;REFB=-0.0104411;REVB=-0.035537;RO=81;SAF=17;SAR=7;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276881;STB=0.667614;STBP=0.069;TYPE=mnp;VARB=0.0251192;OID=.;OPOS=248637416;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:81:82:24:24:0.226415:7:17:40:41:7:17:41:41 chr1 248637543 . C T 324.77 PASS AF=0.291391;AO=44;DP=152;FAO=44;FDP=151;FR=.;FRO=107;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=83;FSRR=24;FWDB=-0.00500466;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.723;QD=8.60312;RBI=0.0197925;REFB=-0.0163461;REVB=0.0191494;RO=107;SAF=25;SAR=19;SRF=83;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271433;STB=0.656159;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.032226;OID=.;OPOS=248637543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:151:107:107:44:44:0.291391:19:25:83:24:19:25:83:24 chr1 248652011 . A T 44.23 PASS AF=0.192308;AO=5;DP=26;FAO=5;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0147552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.734;QD=6.80491;RBI=0.0161408;REFB=-0.0335462;REVB=-0.00654288;RO=15;SAF=3;SAR=2;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763349;STB=0.620213;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0834936;OID=.;OPOS=248652011;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:26:26:15:18:5:5:0.192308:2:3:8:7:2:3:8:10 chr1 248685253 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00315038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.332;QD=57.177;RBI=0.0216262;REFB=0;REVB=0.0213955;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91135e-05;OID=.;OPOS=248685253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:19:32:0:0:19:32:0:0 chr1 248722777 . T A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0600443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7962;QD=12.0156;RBI=0.0606525;REFB=0.0284936;REVB=0.00856794;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631528;STB=0.538334;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.0273186;OID=.;OPOS=248722777;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:4:3:3:3:4:3 chr1 248737329 . C T 233.24 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0111498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9119;QD=12.7804;RBI=0.0228297;REFB=-0.0147056;REVB=0.0199218;RO=45;SAF=4;SAR=24;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304592;STB=0.678422;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0306735;OID=.;OPOS=248737329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:28:28:0.383562:24:4:15:30:24:4:15:30 chr1 248737343 . C T 132.51 PASS AF=0.232558;AO=20;DP=85;FAO=20;FDP=86;FR=.;FRO=66;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=51;FWDB=0.0153884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.202;QD=6.16333;RBI=0.0261106;REFB=-0.0197443;REVB=-0.021094;RO=65;SAF=5;SAR=15;SRF=15;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032555;STB=0.523786;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0497922;OID=.;OPOS=248737343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:65:66:20:20:0.232558:15:5:15:50:15:5:15:51 chr1 248737348 . G A 150.5 PASS AF=0.241758;AO=22;DP=90;FAO=22;FDP=91;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=54;FWDB=-0.0379969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0484;QD=6.61525;RBI=0.0390296;REFB=-0.00288552;REVB=0.00891848;RO=68;SAF=7;SAR=15;SRF=15;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150681;STB=0.594019;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0066052;OID=.;OPOS=248737348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:68:69:22:22:0.241758:15:7:15:53:15:7:15:54 chr1 248737454 . A G 95.4 PASS AF=0.166667;AO=17;DP=102;FAO=17;FDP=102;FR=.;FRO=85;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=0.0249536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.021;QD=3.74129;RBI=0.0304931;REFB=-0.00701349;REVB=-0.0175256;RO=85;SAF=2;SAR=15;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.440686;STB=0.803151;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0220362;OID=.;OPOS=248737454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:102:102:85:85:17:17:0.166667:15:2:34:51:15:2:34:51 chr1 248737595 . A G 51.36 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.0325882;FXX=0.111049;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.829;QD=12.8395;RBI=0.0372801;REFB=-0.0192857;REVB=0.0181057;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41721;STB=0.736402;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0189637;OID=.;OPOS=248737595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:18:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:0:9:5:2:0:9 chr1 248789504 . T C 473.03 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0184865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.184;QD=55.6511;RBI=0.0195834;REFB=-0.199776;REVB=-0.00646212;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511104;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00204305;OID=.;OPOS=248789504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:34:34:0:1:33:33:0.970588:11:22:0:0:11:22:1:0 chr1 248790075 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.266;QD=51.1845;RBI=0.0472785;REFB=0;REVB=0.0434835;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234968;OID=.;OPOS=248790075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr1 248801592 . C T 471.66 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0643538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.96;QD=55.4898;RBI=0.0645904;REFB=-0.154021;REVB=0.00552419;RO=1;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0444293;STB=0.523795;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0038114;OID=.;OPOS=248801592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:10:23:0:1:10:23:0:1 chr1 248801602 . T TCA 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315744;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=312.632;QD=58.1421;RBI=0.0586019;REFB=0;REVB=0.0493684;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000155824;OID=.;OPOS=248801603;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=TCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:32:32:32:0:21:11:0:0:4:0:21:11:0:0 chr1 248801610 . GC AT 451.01 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277832;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=2;MLLD=157.523;QD=58.1943;RBI=0.0563514;REFB=0;REVB=0.0490262;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000281071;OID=.;OPOS=248801610;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr1 248801633 . A G 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0529543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.393;QD=54.481;RBI=0.0529604;REFB=-0.0696455;REVB=0.000801338;RO=1;SAF=20;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227606;STB=0.512187;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00173852;OID=.;OPOS=248801633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:11:20:1:0:11:20:1:0 chr1 248801944 . TCAGCACG T 59.74 PASS AF=0.571429;AO=7;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0527559;FXX=0;HRUN=1;LEN=7;MLLD=283.553;QD=17.0696;RBI=0.0558599;REFB=-0.0279099;REVB=0.0183616;RO=6;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364235;STB=0.549882;STBP=0.798;TYPE=del;VARB=0.0280438;OID=.;OPOS=248801945;OREF=CAGCACG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.571429:7:14:8:14:6:2:6:1:5:38:6:1:6:1:5 chr1 248814052 . T A 375.01 PASS AF=0.852941;AO=29;DP=34;FAO=29;FDP=34;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0137077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.077;QD=44.1183;RBI=0.0340122;REFB=-0.0100287;REVB=0.0311276;RO=5;SAF=11;SAR=18;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00597113;STB=0.503224;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0020094;OID=.;OPOS=248814052;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:34:34:5:5:29:29:0.852941:18:11:2:3:18:11:2:3 chr1 248814080 . A C 409.54 PASS AF=0.861111;AO=31;DP=36;FAO=31;FDP=36;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0187481;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.504;QD=45.5047;RBI=0.0192153;REFB=-0.0443993;REVB=0.00421147;RO=5;SAF=12;SAR=19;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00349979;STB=0.501886;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.00238978;OID=.;OPOS=248814080;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:36:36:5:5:31:31:0.861111:19:12:2:3:19:12:2:3 chr1 248814126 . G A 327.41 PASS AF=0.83871;AO=26;DP=31;FAO=26;FDP=31;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0391583;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.822;QD=42.2466;RBI=0.0396889;REFB=0.0790179;REVB=0.0064683;RO=5;SAF=11;SAR=15;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00704132;STB=0.503814;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=-0.00277034;OID=.;OPOS=248814126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:31:31:5:5:26:26:0.83871:15:11:2:3:15:11:2:3 chr1 248845097 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00301938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.075;QD=42.1817;RBI=0.0329196;REFB=0;REVB=0.0327808;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000548336;OID=.;OPOS=248845097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr1 248845411 . G A 815.44 PASS AF=0.951613;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.04492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.039;QD=52.6093;RBI=0.0453512;REFB=0.0281457;REVB=0.00623926;RO=3;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034082;STB=0.518066;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.00113049;OID=.;OPOS=248845411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:62:62:3:3:59:59:0.951613:40:19:0:3:40:19:0:3 chr1 248845458 . C T 817.99 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00259193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5442;QD=56.413;RBI=0.0415657;REFB=0;REVB=0.0414849;RO=0;SAF=18;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000296741;OID=.;OPOS=248845458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:58:0:0:57:58:1:39:18:0:0:40:18:0:0 chr1 248845471 . T C 740.33 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.561;QD=63.0064;RBI=0.0435528;REFB=0;REVB=0.0372847;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256864;OID=.;OPOS=248845471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:30:16:0:0:31:16:0:0 chr1 248845499 . A G 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0607864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.4;QD=61.334;RBI=0.0630491;REFB=0;REVB=0.0167392;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000682251;OID=.;OPOS=248845499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:27:13:0:0:27:13:0:0 chr1 249168516 . A G 753.36 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0287652;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5439;QD=54.7895;RBI=0.0483625;REFB=0.027006;REVB=-0.0388779;RO=1;SAF=18;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254518;STB=0.512816;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.000816194;OID=.;OPOS=249168516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:1:1:53:54:0.981818:35:18:1:0:35:19:1:0 chr2 45521 . T G 125.7 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0358292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.624;QD=10.6982;RBI=0.0358842;REFB=-0.0102146;REVB=-0.0019855;RO=32;SAF=8;SAR=7;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334829;STB=0.519973;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0164084;OID=.;OPOS=45521;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:7:8:18:14:7:8:18:14 chr2 224919 . A G 791.58 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00502339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.624;QD=56.5411;RBI=0.0137255;REFB=0;REVB=0.0127732;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144089;OID=.;OPOS=224919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:54:56:1:25:29:0:0:25:31:0:0 chr2 242793 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6343;QD=45.8066;RBI=0.0552911;REFB=0;REVB=0.0513877;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00329678;OID=.;OPOS=242793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:6:7:0:0:7:7:0:0 chr2 264019 . C A 532.26 PASS AF=1;AO=34;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.264032;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.367;QD=56.0273;RBI=0.264835;REFB=0;REVB=0.020602;RO=2;SAF=10;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846904;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110499;OID=.;OPOS=264019;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:37:38:2:0:34:38:1:24:10:2:0:25:13:0:0 chr2 272203 . C T 2382.42 PASS AF=1;AO=155;DP=155;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349806;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9595;QD=60.6985;RBI=0.0386712;REFB=0;REVB=-0.0164871;RO=0;SAF=69;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303344;OID=.;OPOS=272203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:157:0:0:155:157:1:86:69:0:0:86:71:0:0 chr2 277003 . A G 1230.79 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0496866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.579;QD=60.0385;RBI=0.0520435;REFB=-0.0180714;REVB=0.0154844;RO=1;SAF=49;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150268;STB=0.507935;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000139285;OID=.;OPOS=277003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:82:1:1:80:81:0.987805:31:49:0:1:31:50:0:1 chr2 676177 . C G 206.63 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0154091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.559;QD=13.1196;RBI=0.0198428;REFB=-0.0145521;REVB=0.0125018;RO=38;SAF=9;SAR=16;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151639;STB=0.587085;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0173563;OID=.;OPOS=676177;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:16:9:19:19:16:9:19:19 chr2 1079320 . C T 186.4 PASS AF=0.257426;AO=26;DP=101;FAO=26;FDP=101;FR=.;FRO=75;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=-0.0250408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9847;QD=7.38217;RBI=0.028048;REFB=-0.00519151;REVB=0.0126352;RO=75;SAF=12;SAR=14;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227823;STB=0.513751;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0151727;OID=.;OPOS=1079320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:75:75:26:26:0.257426:14:12:36:39:14:12:36:39 chr2 1099076 . TA CT,TC 115.82 PASS AF=0,0.295082;AO=4,16;DP=65;FAO=0,18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=0,11;FSAR=0,7;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.00516856,0.00914008;FXX=0.227819;HRUN=11,1;LEN=2,1;MLLD=108.93,93.2776;QD=7.59459;RBI=0.0189544,0.0279627;REFB=-0.00137206,-0.000236364;REVB=-0.0182361,-0.0264268;RO=29;SAF=2,8;SAR=2,8;SRF=24;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.41673,-0.36848;STB=0.5,0.584405;STBP=1,0.447;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.00360463;OID=.,.;OPOS=1099076,1099077;OREF=TA,A;OALT=CT,C;OMAPALT=CT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:65:61:29:43:4,16:0,18:0,0.295082:2,8:2,8:24:5:0,7:0,11:31:12 chr2 1320143 . C T 600.01 PASS AF=0.586957;AO=53;DP=92;FAO=54;FDP=92;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.00105825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6081;QD=26.0874;RBI=0.00994037;REFB=-0.0197824;REVB=-0.00988388;RO=36;SAF=31;SAR=22;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415454;STB=0.535761;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0145585;OID=.;OPOS=1320143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:36:38:53:54:0.586957:22:31:23:13:23:31:25:13 chr2 1497803 . C T 211.0 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0540064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.104;QD=12.057;RBI=0.055025;REFB=-0.02428;REVB=-0.0105387;RO=43;SAF=8;SAR=18;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509483;STB=0.539968;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.037982;OID=.;OPOS=1497803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:44:26:26:0.371429:18:8:15:28:18:8:16:28 chr2 1499899 . C T 317.93 PASS AF=0.426829;AO=35;DP=82;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0121963;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.824;QD=15.5088;RBI=0.0137579;REFB=0.00269389;REVB=0.00636623;RO=47;SAF=11;SAR=24;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779828;STB=0.544149;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00421433;OID=.;OPOS=1499899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:47:47:35:35:0.426829:24:11:18:29:24:11:18:29 chr2 1499927 . A C 349.9 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.00056524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.217;QD=17.7162;RBI=0.00436353;REFB=-0.0177559;REVB=-0.00432676;RO=42;SAF=12;SAR=25;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042644;STB=0.523797;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0211518;OID=.;OPOS=1499927;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:25:12:12:30:25:12:12:30 chr2 1520676 . T C 134.65 PASS AF=0.279412;AO=19;DP=69;FAO=19;FDP=68;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0194469;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0128;QD=7.92083;RBI=0.0515308;REFB=-0.0204225;REVB=-0.0477204;RO=47;SAF=14;SAR=5;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435019;STB=0.758772;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0465451;OID=.;OPOS=1520676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:47:49:19:19:0.279412:5:14:17:30:5:14:18:31 chr2 1544617 . G A 171.26 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.00633897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.346;QD=12.4556;RBI=0.0112468;REFB=-0.0108887;REVB=0.00929022;RO=32;SAF=6;SAR=15;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715477;STB=0.527923;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.011083;OID=.;OPOS=1544617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:32:34:21:21:0.381818:15:6:11:21:15:6:11:23 chr2 1637648 . T C 619.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276621;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.703;QD=60.4391;RBI=0.0294136;REFB=0;REVB=0.00999823;RO=0;SAF=32;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.64961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144448;OID=.;OPOS=1637648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:7:32:0:0:7:34:0:0 chr2 1647171 . T C 839.08 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00541711;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.32;QD=57.8677;RBI=0.0167018;REFB=0;REVB=0.0157989;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168025;OID=.;OPOS=1647171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:23:35:0:0:23:35:0:0 chr2 1652822 . T G 1417.59 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00812184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.765;QD=61.6342;RBI=0.0137048;REFB=-0.0274167;REVB=0.0110389;RO=1;SAF=55;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854135;STB=0.504503;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=4.83526e-05;OID=.;OPOS=1652822;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:36:55:1:0:36:55:1:0 chr2 1664654 . A G 1756.22 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00290087;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.519;QD=61.0859;RBI=0.0492584;REFB=0;REVB=0.0491729;RO=0;SAF=56;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178448;OID=.;OPOS=1664654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:0:0:114:115:1:58:56:0:0:59:56:0:0 chr2 1842968 . T C 1358.09 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304259;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.549;QD=62.441;RBI=0.0307683;REFB=0;REVB=-0.00457711;RO=0;SAF=30;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101516;OID=.;OPOS=1842968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:87:0:0:84:87:1:54:30:0:0:54:33:0:0 chr2 1926437 . G T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140991;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.67;QD=60.6091;RBI=0.014766;REFB=0;REVB=-0.00438735;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.33605e-05;OID=.;OPOS=1926437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr2 1946914 . A G 579.59 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310787;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.912;QD=61.0091;RBI=0.0382689;REFB=0;REVB=0.0223299;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.68282e-05;OID=.;OPOS=1946914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:15:22:0:0:15:23:0:0 chr2 1946968 . C T 853.91 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0504362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.896;QD=55.9938;RBI=0.064616;REFB=-0.106125;REVB=0.0403909;RO=1;SAF=34;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136794;STB=0.507244;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00731823;OID=.;OPOS=1946968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:26:34:1:0:26:34:1:0 chr2 3212704 . C A 198.56 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0253462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.214;QD=44.124;RBI=0.0365356;REFB=-0.0732534;REVB=0.0263139;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523782;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00146613;OID=.;OPOS=3212704;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:18:18:0:1:17:17:0.944444:10:7:0:0:10:7:0:1 chr2 3356995 . G A 605.14 PASS AF=0.521368;AO=61;DP=117;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.0406129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2854;QD=20.6884;RBI=0.0471187;REFB=-0.00101278;REVB=0.0238906;RO=55;SAF=34;SAR=27;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053536;STB=0.524264;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00180679;OID=.;OPOS=3356995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:55:56:61:61:0.521368:27:34:34:21:27:34:34:22 chr2 3392075 . T C 58.78 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0504897;FXX=0.0526039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.197;QD=13.0625;RBI=0.0508162;REFB=-0.0224244;REVB=0.00575127;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258322;STB=0.655832;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0393294;OID=.;OPOS=3392075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:19:18:10:10:8:8:0.444444:6:2:5:5:6:2:5:5 chr2 3392513 . TT CA,TC 157.34 PASS AF=0.46875,0.0625;AO=15,2;DP=32;FAO=15,2;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=2,1;FSAR=13,1;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00971854,-0.000882869;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=146.595,105.683;QD=19.6669;RBI=0.0116295,0.0047962;REFB=-8.73139e-05,-0.0151979;REVB=-0.00638713,0.00471424;RO=15;SAF=2,1;SAR=13,1;SRF=5;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.281248,0.173623;STB=0.663976,0.645722;STBP=0.171,0.71;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00125422,0.0578204;OID=.,.;OPOS=3392513,3392514;OREF=TT,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:15,2:15,2:0.46875,0.0625:13,1:2,1:5:10:13,1:2,1:5:10 chr2 3425514 . G C 560.23 PASS AF=0.593023;AO=51;DP=86;FAO=51;FDP=86;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.0325627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.891;QD=26.0574;RBI=0.032954;REFB=0.0133527;REVB=-0.00506352;RO=34;SAF=29;SAR=22;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220008;STB=0.624728;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0109942;OID=.;OPOS=3425514;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:34:35:51:51:0.593023:22:29:9:25:22:29:9:26 chr2 3481531 . T C 385.35 PASS AF=0.666667;AO=36;DP=54;FAO=36;FDP=54;FR=.;FRO=18;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0623289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7005;QD=28.5443;RBI=0.0682614;REFB=-0.0113432;REVB=0.0278339;RO=18;SAF=23;SAR=13;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182935;STB=0.509972;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00756016;OID=.;OPOS=3481531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:18:18:36:36:0.666667:13:23:11:7:13:23:11:7 chr2 3488502 . A G 622.83 PASS AF=0.595745;AO=55;DP=93;FAO=56;FDP=94;FR=.;FRO=38;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0131446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.726;QD=26.5035;RBI=0.040132;REFB=-0.0328851;REVB=0.0379183;RO=38;SAF=32;SAR=23;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00220736;STB=0.503105;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0184751;OID=.;OPOS=3488502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:38:38:55:56:0.595745:23:32:22:16:24:32:22:16 chr2 3504619 . G A 417.06 PASS AF=0.655738;AO=35;DP=62;FAO=40;FDP=61;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00958433;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5657;QD=27.3483;RBI=0.00997842;REFB=-0.0295507;REVB=-0.00277663;RO=11;SAF=14;SAR=21;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102912;STB=0.501257;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00363896;OID=.;OPOS=3504619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:11:21:35:40:0.655738:21:14:2:9:23:17:9:12 chr2 3504687 . A G 460.54 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00523387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.902;QD=23.924;RBI=0.00584175;REFB=-0.0123389;REVB=-0.00259473;RO=32;SAF=17;SAR=27;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409452;STB=0.530373;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00829256;OID=.;OPOS=3504687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:32:33:44:44:0.571429:27:17:14:18:27:17:15:18 chr2 3605468 . A G 174.03 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0256062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.968;QD=19.337;RBI=0.0295844;REFB=-0.0111093;REVB=0.0148175;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194029;STB=0.609637;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00765355;OID=.;OPOS=3605468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:10:8:12:6:10:8:12:6 chr2 3652616 . G C 886.65 PASS AF=0.551282;AO=82;DP=152;FAO=86;FDP=156;FR=.;FRO=70;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=45;FSRR=25;FWDB=0.0201335;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.36;QD=22.7345;RBI=0.0220301;REFB=-0.0351907;REVB=0.00894243;RO=70;SAF=43;SAR=39;SRF=45;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100644;STB=0.564088;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0232444;OID=.;OPOS=3652616;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:156:70:70:82:86:0.551282:39:43:45:25:43:43:45:25 chr2 3653844 . T C 401.47 PASS AF=0.644068;AO=36;DP=57;FAO=38;FDP=59;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0173283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.931;QD=27.2183;RBI=0.0226419;REFB=-0.0462363;REVB=0.0145735;RO=21;SAF=13;SAR=23;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114391;STB=0.547093;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0256973;OID=.;OPOS=3653844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:21:21:36:38:0.644068:23:13:11:10:23:15:11:10 chr2 3673648 . G A 259.16 PASS AF=0.615385;AO=21;DP=37;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0167928;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.161;QD=26.5799;RBI=0.0312824;REFB=0.00149284;REVB=0.026393;RO=14;SAF=14;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191005;STB=0.506602;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.000347675;OID=.;OPOS=3673648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:14:15:21:24:0.615385:7:14:9:5:10:14:9:6 chr2 3688880 . T C 210.58 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.00339797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1505;QD=19.1433;RBI=0.0129973;REFB=-0.0327706;REVB=0.0125452;RO=23;SAF=9;SAR=12;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207598;STB=0.616337;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.036279;OID=.;OPOS=3688880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:12:9:5:18:12:9:5:18 chr2 3721729 . A G 906.07 PASS AF=0.634921;AO=79;DP=127;FAO=80;FDP=126;FR=.;FRO=46;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.0356824;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.33;QD=28.7643;RBI=0.0404751;REFB=-0.0235489;REVB=0.019105;RO=46;SAF=39;SAR=40;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107751;STB=0.559961;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0138485;OID=.;OPOS=3721729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:46:46:79:80:0.634921:40:39:30:16:41:39:30:16 chr2 3749151 . GGAAGAAGAAGC GGAAGAAGAAG,GGAAGAAGC 136.65 PASS AF=0.037037,0.296296;AO=11,22;DP=82;FAO=3,24;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=0,7;FSAR=3,17;FSRF=38;FSRR=16;FWDB=-0.0680357,-0.0114052;FXX=0.0121936;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=24.2153,211.239;QD=6.74824;RBI=0.302881,0.0122554;REFB=-0.0415017,-0.00260145;REVB=-0.29514,-0.00448491;RO=43;SAF=1,7;SAR=10,15;SRF=34;SRR=9;SSEN=0.455837,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.736952,-0.498441;STB=0.997785,0.767867;STBP=0.008,0.006;TYPE=del,del;VARB=0.0899231,0.00887598;OID=.,.;OPOS=3749162,3749152;OREF=C,GAA;OALT=-,-;OMAPALT=GGAAGAAGAAG,GGAAGAAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.037037,0.296296:11,22:82:3,24:81:54:0,7:3,17:38:16:99:43:1,7:10,15:34:9 chr2 3800383 . C T 1246.08 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.648;QD=61.5346;RBI=0.0332877;REFB=0;REVB=-0.0155861;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44722e-05;OID=.;OPOS=3800383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:46:35:0:0:46:35:0:0 chr2 3826387 . T C 728.95 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9693;QD=57.1721;RBI=0.0916;REFB=0;REVB=0.0903112;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000851426;OID=.;OPOS=3826387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:25:25:0:0:25:26:0:0 chr2 5838030 . G A 171.27 PASS AF=0.418605;AO=17;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00686088;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.599;QD=15.9325;RBI=0.0136825;REFB=-0.0154317;REVB=0.011838;RO=25;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944675;STB=0.56659;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.016097;OID=.;OPOS=5838030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:17:18:0.418605:11:6:11:14:12:6:11:14 chr2 5839686 . A G 308.12 PASS AF=0.542373;AO=31;DP=58;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0260558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4505;QD=20.8895;RBI=0.0340312;REFB=-0.0092196;REVB=0.021891;RO=27;SAF=19;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112633;STB=0.552174;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0128882;OID=.;OPOS=5839686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:27:27:31:32:0.542373:12:19:13:14:13:19:13:14 chr2 7018021 . G A 677.73 PASS AF=0.608247;AO=59;DP=97;FAO=59;FDP=97;FR=.;FRO=38;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.0312061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.497;QD=27.9477;RBI=0.0459842;REFB=-0.0170056;REVB=0.0337746;RO=37;SAF=38;SAR=21;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0460301;STB=0.517315;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00792933;OID=.;OPOS=7018021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:37:38:59:59:0.608247:21:38:26:11:21:38:26:12 chr2 7137067 . A G 2224.35 PASS AF=0.979452;AO=143;DP=148;FAO=143;FDP=146;FR=.;FRO=3;FSAF=88;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0131636;FXX=0.0201329;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.99;QD=60.941;RBI=0.017772;REFB=-0.0230052;REVB=-0.0119399;RO=2;SAF=88;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00319395;STB=0.506103;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=4.78294e-05;OID=.;OPOS=7137067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:148:146:2:3:143:143:0.979452:55:88:1:1:55:88:1:2 chr2 7154632 . T C 1396.1 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.762;QD=62.7462;RBI=0.024934;REFB=0;REVB=0.0208292;RO=0;SAF=36;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39949e-05;OID=.;OPOS=7154632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:52:36:0:0:52:37:0:0 chr2 7208422 . T C 452.2 PASS AF=1;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258776;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.09;QD=58.3486;RBI=0.0725943;REFB=0;REVB=0.0678253;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273524;OID=.;OPOS=7208422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:30:31:1:15:15:0:0:15:16:0:0 chr2 8871342 . C A 166.56 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00210996;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.803;QD=13.5971;RBI=0.00228505;REFB=0.0022122;REVB=-0.000877223;RO=30;SAF=14;SAR=4;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193345;STB=0.606808;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-0.00348744;OID=.;OPOS=8871342;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:30:31:18:18:0.367347:4:14:19:11:4:14:20:11 chr2 9491017 . C T 1618.01 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0529838;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8018;QD=59.9263;RBI=0.0678625;REFB=0;REVB=0.0424032;RO=0;SAF=60;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71637e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115215;OID=.;OPOS=9491017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:107:108:1:47:60:0:0:48:60:0:0 chr2 9541459 . C T 301.47 PASS AF=0.561404;AO=31;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00704458;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.142;QD=21.1556;RBI=0.0109787;REFB=7.52516e-06;REVB=-0.00842049;RO=25;SAF=12;SAR=19;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231575;STB=0.521178;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.000155803;OID=.;OPOS=9541459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:31:32:0.561404:19:12:9:16:19:13:9:16 chr2 9880827 . A G 429.86 PASS AF=0.457143;AO=46;DP=103;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0124951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6954;QD=16.3756;RBI=0.0145012;REFB=-0.021693;REVB=0.00735919;RO=55;SAF=13;SAR=33;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221984;STB=0.632936;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.023878;OID=.;OPOS=9880827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:55:57:46:48:0.457143:33:13:27:28:35:13:28:29 chr2 9880897 . G A 458.76 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=78;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0127602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.792;QD=23.5263;RBI=0.0201441;REFB=-0.00872806;REVB=0.0155872;RO=33;SAF=11;SAR=33;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137744;STB=0.585896;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00687209;OID=.;OPOS=9880897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:33:34:44:44:0.564103:33:11:13:20:33:11:14:20 chr2 9983686 . G T 791.32 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0294379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.523;QD=53.6486;RBI=0.0311724;REFB=-0.0840402;REVB=0.0102532;RO=2;SAF=4;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017468;STB=0.509256;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00154642;OID=.;OPOS=9983686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:53:4:0:2:53:4:0:2 chr2 9983716 . A C 766.09 PASS AF=1;AO=43;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00237542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.229;QD=63.8411;RBI=0.0281642;REFB=0;REVB=0.0280639;RO=0;SAF=3;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223737;OID=.;OPOS=9983716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:43:48:1:40:3:0:0:45:3:0:0 chr2 10045013 . A AT 850.99 PASS AF=1;AO=23;DP=136;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.17229;FXX=0.229613;HRUN=0;LEN=1;MLLD=27.3095;QD=32.7305;RBI=0.176454;REFB=-0.120923;REVB=0.0381071;RO=101;SAF=19;SAR=4;SRF=55;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400988;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0505758;OID=.;OPOS=10045014;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:136:104:104:0:56:48:0:0:5:101:19:4:55:46 chr2 10045014 . C A,T 1923.77 PASS AF=0.229008,0.770992;AO=24,99;DP=125;FAO=30,101;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=21,54;FSAR=9,47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00657513,0.00284475;FXX=0.036762;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=124.125,69.4141;QD=58.741;RBI=0.0252874,0.0148558;REFB=0,0;REVB=0.0244176,0.0145809;RO=0;SAF=20,54;SAR=4,45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.83186e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0499486,-0.00532979;OID=.,.;OPOS=10045014,10045014;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:125:131:0:0:24,99:30,101:0.229008,0.770992:4,45:20,54:0:0:9,47:21,54:0:0 chr2 10045015 . A T 39.59 PASS AF=0.0839161;AO=10;DP=141;FAO=12;FDP=143;FR=.;FRO=131;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=75;FSRR=56;FWDB=-0.00893672;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=104.102;QD=1.10741;RBI=0.014174;REFB=-0.00246627;REVB=-0.0110017;RO=131;SAF=4;SAR=6;SRF=75;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184646;STB=0.639775;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0107377;OID=.;OPOS=10045015;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:141:143:131:131:10:12:0.0839161:6:4:75:56:7:5:75:56 chr2 10045024 . G A 2318.69 PASS AF=0.993289;AO=145;DP=147;FAO=148;FDP=149;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0352974;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.524;QD=62.2468;RBI=0.0401645;REFB=-0.0866285;REVB=0.0191644;RO=2;SAF=81;SAR=64;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146271;STB=0.503759;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=7.85031e-05;OID=.;OPOS=10045024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:147:149:2:1:145:148:0.993289:64:81:0:2:66:82:0:1 chr2 10050947 . T C 396.2 PASS AF=0.292308;AO=48;DP=190;FAO=57;FDP=195;FR=.;FRO=138;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=68;FSRR=70;FWDB=0.0254697;FXX=0.0101518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.729;QD=8.12713;RBI=0.0275728;REFB=-0.0128836;REVB=-0.0105619;RO=123;SAF=16;SAR=32;SRF=62;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213884;STB=0.563958;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0371434;OID=.;OPOS=10050947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:195:123:138:48:57:0.292308:32:16:62:61:34:23:68:70 chr2 10050960 . A G 350.13 PASS AF=0.26178;AO=50;DP=191;FAO=50;FDP=191;FR=.;FRO=141;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=64;FSRR=77;FWDB=0.00828606;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=68.0375;QD=7.33257;RBI=0.00939628;REFB=-0.000970314;REVB=-0.00443072;RO=132;SAF=22;SAR=28;SRF=64;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553811;STB=0.510382;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00441717;OID=.;OPOS=10050960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:132:141:50:50:0.26178:28:22:64:68:28:22:64:77 chr2 10053412 . C T 262.85 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=15;FWDB=-0.0645526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8062;QD=12.6673;RBI=0.0895252;REFB=-0.00262716;REVB=0.0620301;RO=52;SAF=9;SAR=22;SRF=37;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442952;STB=0.752262;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00293982;OID=.;OPOS=10053412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:52:52:31:31:0.373494:22:9:37:15:22:9:37:15 chr2 10059770 . G T 179.01 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0100855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9458;QD=12.5621;RBI=0.0330469;REFB=0.00768695;REVB=0.0314703;RO=35;SAF=13;SAR=9;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418689;STB=0.524105;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.00525142;OID=.;OPOS=10059770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:9:13:22:13:9:13:22:13 chr2 10059844 . C T 211.74 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00700175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.963;QD=19.6971;RBI=0.0139663;REFB=0.00848797;REVB=0.0120844;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626175;STB=0.535365;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=-0.00347309;OID=.;OPOS=10059844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:10:11:10:12:10:11:10:12 chr2 10094992 . A G 150.37 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0812717;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.603;QD=12.5305;RBI=0.0859545;REFB=-0.0140041;REVB=-0.0279838;RO=31;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150164;STB=0.588131;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0397963;OID=.;OPOS=10094992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:31:31:17:17:0.354167:7:10:14:17:7:10:14:17 chr2 10188649 . A T 690.55 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.515;QD=62.7769;RBI=0.0298594;REFB=0;REVB=0.00913336;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.88207e-05;OID=.;OPOS=10188649;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:44:0:0:41:44:1:18:23:0:0:18:26:0:0 chr2 10262920 . T G 92.45 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0091008;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.169;QD=8.60001;RBI=0.0243458;REFB=-0.00971914;REVB=-0.0225808;RO=30;SAF=5;SAR=7;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978479;STB=0.548937;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0409689;OID=.;OPOS=10262920;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:44:43:30:31:12:12:0.27907:7:5:15:15:7:5:15:16 chr2 10563233 . G A 102.72 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0155514;FXX=0.062461;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.9029;QD=27.3927;RBI=0.018685;REFB=-0.0949546;REVB=0.0103577;RO=5;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144298;STB=0.555457;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0109971;OID=.;OPOS=10563233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:16:15:5:4:11:11:0.733333:6:5:1:4:6:5:1:3 chr2 10595578 . T C 1655.72 PASS AF=0.616034;AO=144;DP=235;FAO=146;FDP=237;FR=.;FRO=91;FSAF=61;FSAR=85;FSRF=47;FSRR=44;FWDB=-0.0179331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4041;QD=27.9446;RBI=0.0323463;REFB=0.011545;REVB=-0.0269201;RO=89;SAF=60;SAR=84;SRF=46;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719627;STB=0.538443;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00931502;OID=.;OPOS=10595578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:235:237:89:91:144:146:0.616034:84:60:46:43:85:61:47:44 chr2 10712278 . C T 1632.12 PASS AF=1;AO=109;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00091121;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1701;QD=59.3498;RBI=0.0523664;REFB=-0.0914244;REVB=0.0523585;RO=1;SAF=70;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120152;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107346;OID=.;OPOS=10712278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:111:110:1:0:109:110:1:39:70:0:1:40:70:0:0 chr2 10784491 . A G 803.24 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0433439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8131;QD=55.396;RBI=0.100998;REFB=-0.11153;REVB=0.0912241;RO=1;SAF=19;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241716;STB=0.512816;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0102364;OID=.;OPOS=10784491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:38:19:1:0:38:19:1:0 chr2 10808776 . C A,CAA 2004.01 PASS AF=0.0232558,0.976744;AO=11,122;DP=141;FAO=3,126;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=0,76;FSAR=3,50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0747534,0.0145056;FXX=0.0719373;HRUN=1,0;LEN=1,2;MLLD=37.2177,140.238;QD=62.1397;RBI=0.0748147,0.0265842;REFB=0,0;REVB=-0.00302794,0.022278;RO=5;SAF=7,73;SAR=4,49;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.134614,0.015364;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.000513715,0.000969437;OID=.,.;OPOS=10808776,10808777;OREF=C,-;OALT=A,AA;OMAPALT=A,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:141:129:5:0:11,122:3,126:0.0232558,0.976744:4,49:7,73:2:3:3,50:0,76:0:0 chr2 10928906 . T C 127.87 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0194765;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.809;QD=18.9432;RBI=0.0392169;REFB=-0.0348317;REVB=-0.0340386;RO=13;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461491;STB=0.526279;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0130363;OID=.;OPOS=10928906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:13:13:14:14:0.518519:9:5:4:9:9:5:4:9 chr2 10930903 . T C 468.14 PASS AF=0.60274;AO=43;DP=72;FAO=44;FDP=73;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00824495;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.355;QD=25.6517;RBI=0.0129488;REFB=-0.0282198;REVB=-0.00998458;RO=28;SAF=18;SAR=25;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459404;STB=0.521369;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0195392;OID=.;OPOS=10930903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:28:29:43:44:0.60274:25:18:10:18:25:19:11:18 chr2 10933249 . C T 214.82 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0208714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3177;QD=21.4817;RBI=0.0209385;REFB=0.00532935;REVB=-0.00167524;RO=19;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918802;STB=0.55151;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.00417138;OID=.;OPOS=10933249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:11:10:7:12:11:10:7:12 chr2 10942687 . C T 504.84 PASS AF=0.539326;AO=47;DP=88;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0228732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2184;QD=22.6896;RBI=0.03468;REFB=-0.00296184;REVB=-0.0260676;RO=41;SAF=28;SAR=19;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513123;STB=0.521979;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00355756;OID=.;OPOS=10942687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:41:41:47:48:0.539326:19:28:22:19:20:28:22:19 chr2 11053020 . A G 613.18 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00983945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.623;QD=61.3177;RBI=0.0201708;REFB=0;REVB=0.0176081;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220485;OID=.;OPOS=11053020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr2 11264830 . G A 2223.77 PASS AF=0.986111;AO=142;DP=144;FAO=142;FDP=144;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0504912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4824;QD=61.7714;RBI=0.0548186;REFB=-0.0642092;REVB=0.0213475;RO=2;SAF=54;SAR=88;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106837;STB=0.505617;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00537398;OID=.;OPOS=11264830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:144:144:2:2:142:142:0.986111:88:54:0:2:88:54:0:2 chr2 11323276 . T C 353.05 PASS AF=0.288235;AO=49;DP=170;FAO=49;FDP=170;FR=.;FRO=121;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=61;FSRR=60;FWDB=-0.0353685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.684;QD=8.30694;RBI=0.0407126;REFB=-0.0148833;REVB=0.0201639;RO=121;SAF=18;SAR=31;SRF=61;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168617;STB=0.599176;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0364969;OID=.;OPOS=11323276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:121:121:49:49:0.288235:31:18:61:60:31:18:61:60 chr2 11334384 . T G 176.24 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=24;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0535726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.493;QD=29.3734;RBI=0.0535853;REFB=-0.0265621;REVB=0.0011636;RO=7;SAF=10;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159073;STB=0.588131;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0162318;OID=.;OPOS=11334384;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:7:7:17:17:0.708333:7:10:2:5:7:10:2:5 chr2 11374200 . C G 427.86 PASS AF=0.307692;AO=56;DP=183;FAO=56;FDP=182;FR=.;FRO=126;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=57;FSRR=69;FWDB=-0.00684205;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8646;QD=9.40349;RBI=0.0226019;REFB=-0.00172112;REVB=-0.0215414;RO=119;SAF=18;SAR=38;SRF=52;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145643;STB=0.596698;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0032921;OID=.;OPOS=11374200;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:119:126:56:56:0.307692:38:18:52:67:38:18:57:69 chr2 11696806 . C T 612.42 PASS AF=0.560748;AO=60;DP=107;FAO=60;FDP=107;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0137835;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.594;QD=22.8944;RBI=0.0137932;REFB=-0.0177828;REVB=0.000517533;RO=47;SAF=28;SAR=32;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353534;STB=0.519344;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0236987;OID=.;OPOS=11696806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:47:47:60:60:0.560748:32:28:24:23:32:28:24:23 chr2 11706693 . T C 878.79 PASS AF=0.602941;AO=77;DP=131;FAO=82;FDP=136;FR=.;FRO=54;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0197332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1955;QD=25.8468;RBI=0.0224707;REFB=-0.0165293;REVB=-0.0107487;RO=53;SAF=35;SAR=42;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00129721;STB=0.507579;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0208596;OID=.;OPOS=11706693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:136:53:54:77:82:0.602941:42:35:24:29:44:38:24:30 chr2 11725049 . T C 400.2 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0217577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.694;QD=53.3598;RBI=0.028999;REFB=-0.00693906;REVB=0.0191714;RO=0;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.53331;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.000871882;OID=.;OPOS=11725049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:22:7:0:0:22:7:1:0 chr2 11727507 . G A 1227.05 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2242;QD=61.3526;RBI=0.0290843;REFB=0;REVB=0.0265479;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287039;OID=.;OPOS=11727507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:37:43:0:0:37:43:0:0 chr2 11733134 . C G 298.0 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00132805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7852;QD=29.7996;RBI=0.0299274;REFB=-0.000916161;REVB=-0.0298979;RO=13;SAF=16;SAR=10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516116;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.000447208;OID=.;OPOS=11733134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:14:26:26:0.65:10:16:8:5:10:16:8:6 chr2 11738091 . T C 447.86 PASS AF=1;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327785;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.8;QD=55.9822;RBI=0.0432118;REFB=-0.0503688;REVB=0.0281572;RO=1;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207404;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00228757;OID=.;OPOS=11738091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:33:32:1:0:31:32:1:22:9:0:1:23:9:0:0 chr2 11752635 . T C 1603.74 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0445784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7891;QD=58.8528;RBI=0.0451255;REFB=-0.0588916;REVB=0.00700568;RO=1;SAF=39;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120145;STB=0.506328;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.000679941;OID=.;OPOS=11752635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:69:39:1:0:69:39:1:0 chr2 11817812 . G C 1034.58 PASS AF=0.798077;AO=83;DP=104;FAO=83;FDP=104;FR=.;FRO=21;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00693772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6648;QD=39.7917;RBI=0.00928936;REFB=-0.0754286;REVB=-0.0061774;RO=21;SAF=47;SAR=36;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345329;STB=0.518418;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0144863;OID=.;OPOS=11817812;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:21:21:83:83:0.798077:36:47:10:11:36:47:10:11 chr2 11853913 . G A 246.06 PASS AF=0.340909;AO=30;DP=87;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.00338077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0066;QD=11.1844;RBI=0.00343389;REFB=-0.00631625;REVB=-0.000601681;RO=52;SAF=12;SAR=18;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00440887;STB=0.521113;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0195363;OID=.;OPOS=11853913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:52:58:30:30:0.340909:18:12:21:31:18:12:25:33 chr2 11965541 . A G 540.76 PASS AF=0.55;AO=52;DP=105;FAO=55;FDP=100;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.013133;FXX=0.0476145;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.3172;QD=21.6304;RBI=0.01355;REFB=0.00667177;REVB=0.00333594;RO=29;SAF=14;SAR=38;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255318;STB=0.638295;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00821495;OID=.;OPOS=11965541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:100:29:45:52:55:0.55:38:14:18:11:39:16:26:19 chr2 12877501 . G A,GA 2028.04 PASS AF=0.0583942,0.934307;AO=8,125;DP=138;FAO=8,128;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=6,70;FSAR=2,58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00615104,0.0218331;FXX=0;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=62.3709,82.21;QD=59.2127;RBI=0.0173334,0.0233584;REFB=-0.134159,-0.0188041;REVB=0.0162053,0.00830249;RO=3;SAF=6,69;SAR=2,56;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.226465,0.00982884;STB=0.599732,0.504273;STBP=0.245,0.313;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0363625,0.00191382;OID=.,.;OPOS=12877501,12877502;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:138:137:3:1:8,125:8,128:0.0583942,0.934307:2,56:6,69:1:2:2,58:6,70:0:1 chr2 12882822 . ATC A 2044.65 PASS AF=1;AO=124;DP=134;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00720972;FXX=0.0437924;HRUN=1;LEN=2;MLLD=319.096;QD=62.4321;RBI=0.00819428;REFB=0;REVB=0.00389438;RO=0;SAF=50;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-3.46946e-05;OID=.;OPOS=12882823;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:124:134:131:131:0:55:76:0:0:11:0:50:74:0:0 chr2 15307434 . T C 89.77 PASS AF=0.202703;AO=14;DP=73;FAO=15;FDP=74;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.016875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.167;QD=4.85256;RBI=0.0296673;REFB=-0.00441672;REVB=0.0244005;RO=59;SAF=4;SAR=10;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246735;STB=0.616663;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0280721;OID=.;OPOS=15307434;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:73:74:59:59:14:15:0.202703:10:4:28:31:10:5:28:31 chr2 15470848 . C T 762.21 PASS AF=0.579365;AO=71;DP=127;FAO=73;FDP=126;FR=.;FRO=53;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=15;FWDB=-0.00208051;FXX=0.023254;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8208;QD=24.1971;RBI=0.0557012;REFB=-0.024091;REVB=0.0556623;RO=50;SAF=47;SAR=24;SRF=38;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085897;STB=0.534194;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0159889;OID=.;OPOS=15470848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:50:53:71:73:0.579365:24:47:38:12:26:47:38:15 chr2 15533779 . G A 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.003111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9244;QD=7.32768;RBI=0.0335811;REFB=0.00352976;REVB=-0.0334366;RO=21;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328417;STB=0.708546;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.0148165;OID=.;OPOS=15533779;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:2:6:10:11:2:6:10:11 chr2 15601441 . C T 337.22 PASS AF=0.347107;AO=43;DP=121;FAO=42;FDP=121;FR=.;FRO=79;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=0.0336571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.875;QD=11.1479;RBI=0.0345744;REFB=-0.0034439;REVB=-0.00791117;RO=77;SAF=15;SAR=28;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797989;STB=0.533401;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00522761;OID=.;OPOS=15601441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:77:79:43:42:0.347107:28:15:32:45:27:15:32:47 chr2 15607842 . T C 299.48 PASS AF=0.32;AO=39;DP=122;FAO=40;FDP=125;FR=.;FRO=85;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=-0.00718993;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.7903;QD=9.58347;RBI=0.044479;REFB=-0.0199956;REVB=0.0438941;RO=83;SAF=16;SAR=23;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281951;STB=0.515267;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0501888;OID=.;OPOS=15607842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:125:83:85:39:40:0.32:23:16:36:47:23:17:38:47 chr2 15614404 . T C 293.86 PASS AF=0.395349;AO=33;DP=85;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0207514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.562;QD=13.668;RBI=0.0210886;REFB=-0.0290198;REVB=0.00375606;RO=52;SAF=17;SAR=16;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09855;STB=0.546484;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0471372;OID=.;OPOS=15614404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:52:52:33:34:0.395349:16:17:22:30:17:17:22:30 chr2 15615910 . A G 144.66 PASS AF=0.247059;AO=20;DP=86;FAO=21;FDP=85;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.00469781;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.612;QD=6.80756;RBI=0.0066718;REFB=-0.0127545;REVB=-0.00473745;RO=63;SAF=4;SAR=16;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290779;STB=0.635622;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0248891;OID=.;OPOS=15615910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:63:64:20:21:0.247059:16:4:25:38:16:5:25:39 chr2 15618339 . G A 187.93 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00459755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.163;QD=20.3167;RBI=0.00892698;REFB=-0.0266071;REVB=-0.00765203;RO=17;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11164;STB=0.544333;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0213713;OID=.;OPOS=15618339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:18:19:19:0.513514:8:11:12:5:8:11:12:6 chr2 15674686 . T C 580.81 PASS AF=0.373626;AO=68;DP=183;FAO=68;FDP=182;FR=.;FRO=114;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=69;FSRR=45;FWDB=0.00152004;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.651;QD=12.765;RBI=0.00988721;REFB=0.000220078;REVB=-0.00976967;RO=112;SAF=39;SAR=29;SRF=68;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380324;STB=0.520433;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-0.000310806;OID=.;OPOS=15674686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:112:114:68:68:0.373626:29:39:68:44:29:39:69:45 chr2 15735648 . T C 386.32 PASS AF=0.386555;AO=46;DP=119;FAO=46;FDP=119;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.00134052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.293;QD=12.9855;RBI=0.00596876;REFB=-0.00822553;REVB=0.00581627;RO=73;SAF=25;SAR=21;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986175;STB=0.555936;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0125696;OID=.;OPOS=15735648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:73:73:46:46:0.386555:21:25:33:40:21:25:33:40 chr2 15747393 . C T 1542.22 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101762;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.173;QD=62.9476;RBI=0.0104619;REFB=-0.0861937;REVB=-0.00242829;RO=0;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000461117;OID=.;OPOS=15747393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:98:98:0:0:97:98:1:53:44:0:0:54:44:0:0 chr2 15840522 . G T 401.68 PASS AF=0.644068;AO=38;DP=59;FAO=38;FDP=59;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0148877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.605;QD=27.2324;RBI=0.0149464;REFB=-0.0314831;REVB=0.00132418;RO=21;SAF=21;SAR=17;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012414;STB=0.506772;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0205459;OID=.;OPOS=15840522;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:21:21:38:38:0.644068:17:21:12:9:17:21:12:9 chr2 15840623 . A G 351.5 PASS AF=0.388889;AO=42;DP=108;FAO=42;FDP=108;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.00893445;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.67;QD=13.0186;RBI=0.00912215;REFB=-0.00255928;REVB=0.001841;RO=65;SAF=15;SAR=27;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149502;STB=0.581005;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00441403;OID=.;OPOS=15840623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:65:66:42:42:0.388889:27:15:32:33:27:15:32:34 chr2 15840645 . T C 631.21 PASS AF=0.574074;AO=61;DP=107;FAO=62;FDP=108;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.0220031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6483;QD=23.378;RBI=0.0353446;REFB=-0.0230708;REVB=0.0276606;RO=45;SAF=26;SAR=35;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567322;STB=0.531588;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0300762;OID=.;OPOS=15840645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:45:46:61:62:0.574074:35:26:16:29:36:26:16:30 chr2 16090820 . T C 35.55 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00388998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7159;QD=5.68781;RBI=0.0380928;REFB=0.00426525;REVB=-0.0378937;RO=19;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303651;STB=0.519934;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=-0.00598595;OID=.;OPOS=16090820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:3:3:10:9:3:3:10:9 chr2 17696573 . C T 602.68 PASS AF=0.330435;AO=76;DP=228;FAO=76;FDP=230;FR=.;FRO=154;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=79;FSRR=75;FWDB=-0.0128556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.952;QD=10.4813;RBI=0.017937;REFB=-0.00511694;REVB=-0.0125089;RO=152;SAF=41;SAR=35;SRF=77;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383321;STB=0.517791;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0119308;OID=.;OPOS=17696573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:230:152:154:76:76:0.330435:35:41:77:75:35:41:79:75 chr2 17698678 . A G 468.11 PASS AF=0.360248;AO=57;DP=159;FAO=58;FDP=161;FR=.;FRO=103;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=52;FSRR=51;FWDB=0.00350186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.1;QD=11.6299;RBI=0.015365;REFB=-0.0139372;REVB=-0.0149606;RO=102;SAF=24;SAR=33;SRF=51;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895002;STB=0.547495;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0201258;OID=.;OPOS=17698678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:161:102:103:57:58:0.360248:33:24:51:51:33:25:52:51 chr2 17942775 . T A 1106.12 PASS AF=1;AO=71;DP=75;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0578734;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0109;QD=60.6092;RBI=0.0678119;REFB=0;REVB=0.0353431;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.28306e-05;OID=.;OPOS=17942775;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:73:0:0:71:73:1:34:37:0:0:36:37:0:0 chr2 17954027 . G A 1300.52 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2696;QD=61.9295;RBI=0.0651394;REFB=0;REVB=-0.0594369;RO=0;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99643e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000565234;OID=.;OPOS=17954027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:47:37:0:0:47:37:0:0 chr2 17954421 . C G 1510.81 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282772;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9115;QD=59.8342;RBI=0.0888936;REFB=0;REVB=0.0842762;RO=0;SAF=38;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174469;OID=.;OPOS=17954421;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:101:0:0:101:101:1:63:38:0:0:63:38:0:0 chr2 17962450 . A G 1126.57 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0166116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8606;QD=57.7728;RBI=0.0254845;REFB=0.0896532;REVB=-0.0193266;RO=2;SAF=42;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219995;STB=0.511625;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.0094434;OID=.;OPOS=17962450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:34:42:2:0:34:42:2:0 chr2 17962518 . C A,T 666.6 PASS AF=0.0681818,0.931818;AO=2,41;DP=43;FAO=3,41;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=3,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00384167,-0.00040715;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=114.066,115.799;QD=60.5996;RBI=0.00844806,0.0236498;REFB=0,0;REVB=0.00752405,-0.0236463;RO=0;SAF=0,20;SAR=2,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.02085e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0631131,-0.00113465;OID=.,.;OPOS=17962518,17962518;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:43:44:0:0:2,41:3,41:0.0681818,0.931818:2,21:0,20:0:0:3,21:0,20:0:0 chr2 18112473 . G A 2305.47 PASS AF=0.993243;AO=131;DP=133;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0192146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6319;QD=62.3099;RBI=0.1104;REFB=-0.0477152;REVB=0.108715;RO=1;SAF=49;SAR=82;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00576132;STB=0.50259;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000728406;OID=.;OPOS=18112473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:133:148:1:1:131:147:0.993243:82:49:0:1:96:51:0:1 chr2 18113623 . A C,G 533.89 PASS AF=0.0526316,0.921053;AO=2,35;DP=38;FAO=2,35;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=2,12;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0286655,0.0162936;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=106.696,74.7657;QD=56.1984;RBI=0.0316049,0.0168283;REFB=-0.161721,-0.111591;REVB=-0.0133102,0.00420864;RO=0;SAF=2,12;SAR=0,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.993266,0.510632;STBP=0.227,0.614;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0399332,0.0170833;OID=.,.;OPOS=18113623,18113623;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:38:38:0:1:2,35:2,35:0.0526316,0.921053:0,23:2,12:0:0:0,23:2,12:0:1 chr2 18113789 . G A 285.44 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.0159434;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.927;QD=17.5658;RBI=0.0167066;REFB=-0.00593886;REVB=0.00499186;RO=36;SAF=12;SAR=19;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213502;STB=0.634492;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00635585;OID=.;OPOS=18113789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:36:34:31:31:0.476923:19:12:22:14:19:12:22:12 chr2 20101487 . G A 638.25 PASS AF=0.629213;AO=55;DP=89;FAO=56;FDP=89;FR=.;FRO=33;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0224959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.987;QD=28.6856;RBI=0.0318358;REFB=-0.027928;REVB=0.0225266;RO=33;SAF=28;SAR=27;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251027;STB=0.516848;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0125763;OID=.;OPOS=20101487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:33:33:55:56:0.629213:27:28:18:15:28:28:18:15 chr2 20133221 . C T 75.82 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0254712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.76;QD=5.83256;RBI=0.0257746;REFB=-0.0169747;REVB=-0.00394296;RO=40;SAF=5;SAR=6;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14653;STB=0.583184;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0291316;OID=.;OPOS=20133221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:40:41:11:11:0.211538:6:5:23:17:6:5:23:18 chr2 20135283 . T C 920.4 PASS AF=0.677966;AO=78;DP=117;FAO=80;FDP=118;FR=.;FRO=38;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0186967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0313;QD=31.2001;RBI=0.0187929;REFB=0.0183281;REVB=-0.0018995;RO=38;SAF=36;SAR=42;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234661;STB=0.516208;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.0172858;OID=.;OPOS=20135283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:38:38:78:80:0.677966:42:36:19:19:44:36:19:19 chr2 20205680 . C T 482.15 PASS AF=0.560976;AO=46;DP=82;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0239168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8358;QD=23.5195;RBI=0.0650189;REFB=-0.0336505;REVB=0.0604602;RO=35;SAF=27;SAR=19;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125744;STB=0.51414;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0353751;OID=.;OPOS=20205680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:35:36:46:46:0.560976:19:27:20:15:19:27:20:16 chr2 20205848 . G A 525.33 PASS AF=0.762712;AO=45;DP=59;FAO=45;FDP=59;FR=.;FRO=14;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0119639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.474;QD=35.6157;RBI=0.0121676;REFB=-0.00628735;REVB=-0.00221691;RO=14;SAF=25;SAR=20;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056239;STB=0.530289;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00253323;OID=.;OPOS=20205848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:59:59:14:14:45:45:0.762712:20:25:6:8:20:25:6:8 chr2 20375110 . G A 220.94 PASS AF=0.740741;AO=20;DP=27;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00355761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.144;QD=32.7312;RBI=0.00389058;REFB=-0.0239586;REVB=-0.00157481;RO=7;SAF=15;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249802;STB=0.638149;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00588818;OID=.;OPOS=20375110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:7:7:20:20:0.740741:5:15:2:5:5:15:2:5 chr2 20375332 . A G 212.27 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0165805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.819;QD=27.3898;RBI=0.0175082;REFB=0.000850788;REVB=-0.00562337;RO=11;SAF=3;SAR=17;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290049;STB=0.663225;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.000644877;OID=.;OPOS=20375332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:17:3:5:6:17:3:5:6 chr2 20403794 . A T 672.49 PASS AF=1;AO=20;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281672;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5742;QD=61.1358;RBI=0.0377677;REFB=0;REVB=0.0251597;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188237;OID=.;OPOS=20403794;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:20:44:1:5:15:0:0:28:16:0:0 chr2 20403949 . C T 323.07 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0583979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0982;QD=25.3385;RBI=0.0880004;REFB=-0.0186126;REVB=0.0658312;RO=20;SAF=12;SAR=19;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153633;STB=0.58456;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0150793;OID=.;OPOS=20403949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:19:12:12:8:19:12:12:8 chr2 20403998 . G A 263.9 PASS AF=0.581395;AO=24;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00092039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7239;QD=24.5491;RBI=0.0397375;REFB=-0.0207702;REVB=0.0397269;RO=19;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123375;STB=0.584546;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0216552;OID=.;OPOS=20403998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:18:24:25:0.581395:15:9:10:9:16:9:10:8 chr2 20448561 . A G 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0419276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2074;QD=8.89955;RBI=0.0432869;REFB=0.0280891;REVB=0.0107622;RO=26;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489767;STB=0.530064;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.0646673;OID=.;OPOS=20448561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:8:3:8:18:8:3:8:18 chr2 20601461 . C T 254.06 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0181171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.659;QD=28.2289;RBI=0.0182041;REFB=-0.0115954;REVB=-0.0017775;RO=12;SAF=12;SAR=11;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013527;STB=0.52172;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00580849;OID=.;OPOS=20601461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:12:13:23:23:0.638889:11:12:6:6:11:12:6:7 chr2 20648211 . G T 225.06 PASS AF=1;AO=16;DP=20;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344062;FXX=0.09995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.433;QD=50.0128;RBI=0.0804998;REFB=0;REVB=0.0727766;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139721;OID=.;OPOS=20648211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:20:18:0:0:16:18:1:7:9:0:0:8:10:0:0 chr2 20680664 . C CA 341.2 PASS AF=1;AO=4;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112391;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=198.43;QD=48.7432;RBI=0.11779;REFB=0;REVB=-0.0352512;RO=24;SAF=3;SAR=1;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112636;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00239186;OID=.;OPOS=20680665;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:28:28:28:0:19:9:0:0:4:24:3:1:16:8 chr2 20680665 . C A 345.03 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0150456;FXX=0.0357015;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.008;QD=51.1159;RBI=0.0511156;REFB=-0.115192;REVB=0.0488511;RO=1;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545422;STB=0.529389;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00092473;OID=.;OPOS=20680665;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:28:27:1:1:26:26:0.962963:8:18:0:1:8:18:0:1 chr2 20680693 . G A 330.43 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0218497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9182;QD=50.8349;RBI=0.0315443;REFB=-0.0253686;REVB=0.0227516;RO=1;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054487;STB=0.529388;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00273043;OID=.;OPOS=20680693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:8:17:0:1:8:17:0:1 chr2 20798006 . CT C 736.92 PASS AF=0.355102;AO=85;DP=250;FAO=87;FDP=245;FR=.;FRO=158;FSAF=51;FSAR=36;FSRF=79;FSRR=79;FWDB=0.00726264;FXX=0.0199992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.71;QD=12.0314;RBI=0.0134535;REFB=0.000150551;REVB=0.0113248;RO=158;SAF=50;SAR=35;SRF=79;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101706;STB=0.556175;STBP=0.197;TYPE=del;VARB=-0.000558127;OID=.;OPOS=20798007;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.355102:85:250:87:245:158:51:36:79:79:99:158:50:35:79:79 chr2 20818454 . T A 573.55 PASS AF=0.975;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0227498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.184;QD=57.3548;RBI=0.0232872;REFB=0.0987459;REVB=0.00497394;RO=1;SAF=27;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170418;STB=0.508767;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.000454306;OID=.;OPOS=20818454;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:1:1:38:39:0.975:11:27:1:0:11:28:1:0 chr2 20818458 . G A 525.08 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0148642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.457;QD=56.7649;RBI=0.0369209;REFB=0.03344;REVB=-0.0337965;RO=1;SAF=26;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445069;STB=0.523796;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.000264696;OID=.;OPOS=20818458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:10:26:0:1:10:26:0:1 chr2 20823724 . T C,G 424.09 PASS AF=0.966667,0.0333333;AO=26,4;DP=30;FAO=29,1;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=6,1;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186398,0.00534105;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=161.72,126.415;QD=56.545;RBI=0.0668387,0.0468917;REFB=0,0;REVB=0.064187,0.0465865;RO=0;SAF=6,1;SAR=20,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.14057e-08,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000845504,0.0542349;OID=.,.;OPOS=20823724,20823724;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:30:30:0:0:26,4:29,1:0.966667,0.0333333:20,3:6,1:0:0:23,0:6,1:0:0 chr2 20824559 . C T 1179.15 PASS AF=1;AO=62;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559088;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.5904;QD=58.9573;RBI=0.0567198;REFB=0;REVB=-0.00955738;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013611;OID=.;OPOS=20824559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:80:0:0:62:80:1:32:30:0:0:36:44:0:0 chr2 20838318 . G A 1565.59 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.786;QD=59.079;RBI=0.0247117;REFB=0;REVB=0.00388862;RO=0;SAF=57;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000694481;OID=.;OPOS=20838318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:106:0:0:100:106:1:43:57:0:0:45:61:0:0 chr2 20885321 . C A 372.42 PASS AF=0.527778;AO=35;DP=69;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.0672617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.679;QD=20.6899;RBI=0.0690178;REFB=-0.0232585;REVB=0.0154699;RO=31;SAF=22;SAR=13;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449528;STB=0.509799;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0193517;OID=.;OPOS=20885321;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:31:34:35:38:0.527778:13:22:21:10:13:25:23:11 chr2 21225281 . C T 644.23 PASS AF=0.72973;AO=54;DP=74;FAO=54;FDP=74;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-8.20224e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.959;QD=34.8232;RBI=0.00462471;REFB=-0.023202;REVB=-0.00462398;RO=20;SAF=21;SAR=33;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182227;STB=0.598151;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00701484;OID=.;OPOS=21225281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:20:20:54:54:0.72973:33:21:15:5:33:21:15:5 chr2 21225713 . A G 120.03 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-9.40808e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8827;QD=9.41391;RBI=0.022718;REFB=-0.0051148;REVB=0.0227178;RO=36;SAF=9;SAR=6;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135818;STB=0.508186;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0178502;OID=.;OPOS=21225713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:36:15:15:0.294118:6:9:22:14:6:9:22:14 chr2 21231524 . G A 161.35 PASS AF=0.30137;AO=22;DP=73;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0214543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.873;QD=8.84129;RBI=0.0222533;REFB=-0.010973;REVB=-0.00590964;RO=51;SAF=8;SAR=14;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598543;STB=0.535587;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0243387;OID=.;OPOS=21231524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:51:51:22:22:0.30137:14:8:21:30:14:8:21:30 chr2 21232803 . T C 594.48 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.188;QD=60.9724;RBI=0.0303338;REFB=0;REVB=0.00558834;RO=0;SAF=10;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173208;OID=.;OPOS=21232803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:29:10:0:0:29:10:0:0 chr2 21235475 . T C 1870.14 PASS AF=1;AO=121;DP=124;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180206;FXX=0.0241916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.458;QD=61.8227;RBI=0.0624193;REFB=0;REVB=0.0597614;RO=0;SAF=58;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.74998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112458;OID=.;OPOS=21235475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:121:0:0:121:121:1:63:58:0:0:63:58:0:0 chr2 21237786 . T G 308.17 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0531535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8483;QD=15.8035;RBI=0.066433;REFB=-0.00708482;REVB=-0.0398503;RO=44;SAF=21;SAR=13;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120384;STB=0.567966;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0101097;OID=.;OPOS=21237786;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:13:21:22:22:13:21:22:22 chr2 21250914 . G A 785.45 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00892537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.099;QD=57.1234;RBI=0.0263015;REFB=0;REVB=-0.0247408;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.98833e-05;OID=.;OPOS=21250914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:32:22:0:0:32:23:0:0 chr2 21252534 . G A 590.12 PASS AF=0.619048;AO=52;DP=87;FAO=52;FDP=84;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.00630986;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8989;QD=28.1009;RBI=0.0108375;REFB=-0.00733848;REVB=0.00881124;RO=30;SAF=24;SAR=28;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115243;STB=0.56202;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00480797;OID=.;OPOS=21252534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:84:30:32:52:52:0.619048:28:24:19:11:28:24:20:12 chr2 21260084 . G A 697.29 PASS AF=0.368889;AO=83;DP=223;FAO=83;FDP=225;FR=.;FRO=142;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=61;FSRR=81;FWDB=-0.00954169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.97;QD=12.3963;RBI=0.0101727;REFB=-0.0175573;REVB=-0.00352691;RO=140;SAF=43;SAR=40;SRF=60;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990994;STB=0.555685;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0307661;OID=.;OPOS=21260084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:225:140:142:83:83:0.368889:40:43:60:80:40:43:61:81 chr2 21360583 . A G 451.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0087385;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.322;QD=58.3214;RBI=0.011972;REFB=0;REVB=0.00818331;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129206;OID=.;OPOS=21360583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr2 23865260 . T C 2438.69 PASS AF=1;AO=159;DP=159;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.154;QD=61.3508;RBI=0.0396537;REFB=0;REVB=0.027259;RO=0;SAF=88;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37756e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95653e-05;OID=.;OPOS=23865260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:159:0:0:159:159:1:71:88:0:0:71:88:0:0 chr2 23865908 . G C 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00247578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.585;QD=7.76188;RBI=0.0210291;REFB=0.00830104;REVB=-0.0208828;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603259;STB=0.538331;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.0179193;OID=.;OPOS=23865908;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:2:4:8:5:2:4:8:5 chr2 23919375 . C T 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0675591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.053;QD=58.0609;RBI=0.0686832;REFB=0;REVB=0.0123755;RO=0;SAF=13;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145238;OID=.;OPOS=23919375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:48:13:0:0:48:13:0:0 chr2 23926659 . T C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00648636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.365;QD=57.7118;RBI=0.0157976;REFB=0;REVB=-0.0144045;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102359;OID=.;OPOS=23926659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:21:38:0:0:21:38:0:0 chr2 23973799 . T C 293.35 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0365508;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6311;QD=21.7295;RBI=0.0493167;REFB=-0.0267019;REVB=-0.0331085;RO=24;SAF=8;SAR=22;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658186;STB=0.53656;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0230264;OID=.;OPOS=23973799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:24:24:30:30:0.555556:22:8:8:16:22:8:8:16 chr2 24055058 . G C 651.13 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000893814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6534;QD=62.012;RBI=0.00761998;REFB=0;REVB=0.00756738;RO=0;SAF=31;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.28316e-05;OID=.;OPOS=24055058;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:11:31:0:0:11:31:0:0 chr2 24108652 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.063;QD=57.1062;RBI=0.039713;REFB=0;REVB=0.0345408;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015;OID=.;OPOS=24108652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr2 24181159 . G T 122.23 PASS AF=0.298246;AO=16;DP=56;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0212078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.244;QD=8.57782;RBI=0.0212839;REFB=-0.0133687;REVB=0.00179823;RO=39;SAF=13;SAR=3;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.54814;STB=0.782809;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0366732;OID=.;OPOS=24181159;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:39:40:16:17:0.298246:3:13:13:26:4:13:14:26 chr2 24199905 . G A 359.65 PASS AF=0.403846;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.0158237;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9967;QD=13.8325;RBI=0.0227406;REFB=-0.0226495;REVB=-0.0163323;RO=61;SAF=22;SAR=20;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101973;STB=0.562015;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.027029;OID=.;OPOS=24199905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:61:62:42:42:0.403846:20:22:26:35:20:22:26:36 chr2 24223086 . G A 224.01 PASS AF=0.333333;AO=28;DP=84;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.0115231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.332;QD=10.6672;RBI=0.0116139;REFB=-0.00491237;REVB=0.00144934;RO=56;SAF=16;SAR=12;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822381;STB=0.547911;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0101997;OID=.;OPOS=24223086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:56:56:28:28:0.333333:12:16:28:28:12:16:28:28 chr2 24223572 . ATTTTTTT ATTTTTT,ATTTTTTA,TATTTTTT 151.42 PASS AF=0.357542,0.0391061,0.0167598;AO=47,11,19;DP=189;FAO=64,7,3;FDP=179;FR=.;FRO=105;FSAF=32,6,1;FSAR=32,1,2;FSRF=51;FSRR=54;FWDB=-0.0429919,-0.0233539,0.00418362;FXX=0.0578917;HRUN=7,7,1;LEN=1,1,2;MLLD=7.07826,16.5253,23.9192;QD=3.3836;RBI=0.0801024,0.0274271,0.09657;REFB=-0.0882472,-0.0533054,-0.0294696;REVB=0.0675877,-0.0143819,-0.0964793;RO=83;SAF=24,10,2;SAR=23,1,17;SRF=41;SRR=42;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0186136,0.527712,-0.547307;STB=0.508873,0.851695,0.648995;STBP=0.853,0.081,0.671;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0822127,0.057778,0.0304165;OID=.,.,.;OPOS=24223573,24223579,24223572;OREF=T,T,AT;OALT=-,A,TA;OMAPALT=ATTTTTT,ATTTTTTA,TATTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:189:179:83:105:47,11,19:64,7,3:0.357542,0.0391061,0.0167598:23,1,17:24,10,2:41:42:32,1,2:32,6,1:51:54 chr2 24256071 . T C 152.89 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0217748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5273;QD=13.5905;RBI=0.0316764;REFB=-0.0256046;REVB=0.0230056;RO=27;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455323;STB=0.512181;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0333516;OID=.;OPOS=24256071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:28:17:17:0.377778:10:7:10:17:10:7:11:17 chr2 24369674 . C T 210.6 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0151845;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.47;QD=13.8097;RBI=0.0331984;REFB=0.00687169;REVB=-0.0295223;RO=36;SAF=12;SAR=13;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163677;STB=0.593148;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.0204657;OID=.;OPOS=24369674;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:36:36:25:25:0.409836:13:12:23:13:13:12:23:13 chr2 24384424 . T C 194.89 PASS AF=0.633333;AO=17;DP=28;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.101346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.0793;QD=25.9858;RBI=0.107554;REFB=-0.0462919;REVB=0.0360124;RO=11;SAF=14;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106309;STB=0.532959;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0263714;OID=.;OPOS=24384424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:28:30:11:11:17:19:0.633333:3:14:8:3:4:15:8:3 chr2 24387178 . G GC 175.05 PASS AF=0.553191;AO=23;DP=48;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0379003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.3182;QD=14.8976;RBI=0.0550495;REFB=0.0186271;REVB=0.0399251;RO=25;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115482;STB=0.51063;STBP=0.865;TYPE=ins;VARB=-0.0107574;OID=.;OPOS=24387179;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.553191:23:48:26:47:21:13:13:10:11:99:25:10:13:14:11 chr2 24390517 . G A 888.86 PASS AF=0.565517;AO=81;DP=146;FAO=82;FDP=145;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.0180212;FXX=0.00684885;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.289;QD=24.5204;RBI=0.0229709;REFB=-0.00691022;REVB=0.0142442;RO=62;SAF=32;SAR=49;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465149;STB=0.525872;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00694984;OID=.;OPOS=24390517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:145:62:63:81:82:0.565517:49:32:28:34:49:33:29:34 chr2 24402127 . C CAA 131.6 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00598633;FXX=0.039984;HRUN=0;LEN=2;MLLD=235.041;QD=21.9327;RBI=0.0123199;REFB=-0.0179411;REVB=0.0107677;RO=10;SAF=6;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984057;STB=0.555478;STBP=0.573;TYPE=ins;VARB=0.012233;OID=.;OPOS=24402128;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.583333:14:24:14:24:10:6:8:3:7:78:10:6:8:3:7 chr2 24439048 . A G 158.05 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0479122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9618;QD=9.87802;RBI=0.0700487;REFB=0.00217343;REVB=0.0511004;RO=43;SAF=6;SAR=15;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318511;STB=0.68789;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00630037;OID=.;OPOS=24439048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:43:21:21:0.328125:15:6:24:19:15:6:24:19 chr2 24524958 . C T 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0097991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.659;QD=7.95413;RBI=0.0112186;REFB=-0.0016504;REVB=-0.00546206;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141447;STB=0.571247;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00437985;OID=.;OPOS=24524958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:27:18:19:8:8:0.296296:5:3:9:9:5:3:9:10 chr2 24587571 . A G 1497.95 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.565;QD=59.3249;RBI=0.0467312;REFB=0;REVB=-0.0267874;RO=0;SAF=32;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51582e-05;OID=.;OPOS=24587571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:101:0:0:98:101:1:66:32:0:0:68:33:0:0 chr2 24899185 . C G 574.41 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0382538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0723;QD=58.9141;RBI=0.0620217;REFB=0;REVB=0.0488194;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000879904;OID=.;OPOS=24899185;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:36:39:1:16:20:0:0:18:21:0:0 chr2 24899204 . A G 575.15 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000784161;FXX=0.0454442;HRUN=4;LEN=1;MLLD=85.1729;QD=54.7766;RBI=0.00078473;REFB=-0.0428491;REVB=2.98922e-05;RO=3;SAF=21;SAR=18;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027504;STB=0.514698;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00381203;OID=.;OPOS=24899204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:42:3:3:39:39:0.928571:18:21:1:2:18:21:1:2 chr2 24905927 . G C 597.04 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0955528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.321;QD=59.7035;RBI=0.0982258;REFB=0;REVB=-0.0227589;RO=0;SAF=6;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108512;OID=.;OPOS=24905927;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:33:6:0:0:33:7:0:0 chr2 24974945 . T G 1008.46 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.427;QD=59.3211;RBI=0.0389226;REFB=0;REVB=0.00650939;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161024;OID=.;OPOS=24974945;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr2 25046090 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.693;QD=53.2772;RBI=0.0361604;REFB=0;REVB=0.00255695;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013582;OID=.;OPOS=25046090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr2 25047408 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.173;QD=55.6559;RBI=0.0445292;REFB=0;REVB=0.00579881;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028627;OID=.;OPOS=25047408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr2 25050977 . T C 724.12 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0182471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.593;QD=54.6509;RBI=0.0255798;REFB=-0.117622;REVB=0.0179267;RO=1;SAF=31;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149535;STB=0.507933;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00493342;OID=.;OPOS=25050977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:21:31:1:0:21:31:1:0 chr2 25064193 . G A 1448.32 PASS AF=0.979381;AO=93;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0351493;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.12;QD=59.7247;RBI=0.0453097;REFB=-0.146669;REVB=0.0285919;RO=3;SAF=47;SAR=46;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101859;STB=0.510414;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00125596;OID=.;OPOS=25064193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:97:3:2:93:95:0.979381:46:47:1:2:47:48:0:2 chr2 25194741 . G A 3124.82 PASS AF=0.981043;AO=204;DP=209;FAO=207;FDP=211;FR=.;FRO=4;FSAF=111;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0263229;FXX=0.00938923;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.978;QD=59.2382;RBI=0.0516879;REFB=-0.0138798;REVB=0.0444831;RO=3;SAF=108;SAR=96;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146496;STB=0.510203;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.000227039;OID=.;OPOS=25194741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:209:211:3:4:204:207:0.981043:96:108:0:3:96:111:0:4 chr2 25314186 . T C 1231.32 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0253614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.228;QD=60.0646;RBI=0.0807677;REFB=0.0623356;REVB=-0.0766826;RO=1;SAF=55;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178613;STB=0.509432;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.000677502;OID=.;OPOS=25314186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:26:55:0:1:26:55:0:1 chr2 25359422 . G A 599.82 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0417027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4058;QD=59.9821;RBI=0.0442349;REFB=0;REVB=-0.0147516;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000362967;OID=.;OPOS=25359422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:17:22:0:0:18:22:0:0 chr2 25377176 . T C 802.8 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229619;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.721;QD=57.3432;RBI=0.0776246;REFB=0;REVB=0.0741507;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186997;OID=.;OPOS=25377176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr2 25469502 . C T 3285.98 PASS AF=0.973214;AO=216;DP=224;FAO=218;FDP=224;FR=.;FRO=6;FSAF=116;FSAR=102;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0197469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.146;QD=58.6781;RBI=0.0288843;REFB=-0.0290631;REVB=0.0210798;RO=4;SAF=114;SAR=102;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00964328;STB=0.505342;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.000360184;OID=.;OPOS=25469502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:224:224:4:6:216:218:0.973214:102:114:1:3:102:116:2:4 chr2 26149968 . C T 793.47 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00723709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.485;QD=56.6766;RBI=0.0168804;REFB=0;REVB=0.0152504;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206751;OID=.;OPOS=26149968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:22:33:0:0:23:33:0:0 chr2 26321526 . T C 1066.32 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00169927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.358;QD=58.4283;RBI=0.0103204;REFB=-0.059805;REVB=0.0101795;RO=0;SAF=25;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=3.92826e-05;OID=.;OPOS=26321526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:47:25:0:0:47:25:0:1 chr2 26358110 . G C 483.06 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00290297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4741;QD=58.553;RBI=0.0224123;REFB=0;REVB=-0.0222235;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000381527;OID=.;OPOS=26358110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr2 26399213 . GG CA,GA 2313.41 PASS AF=0.0375,0.95;AO=7,121;DP=164;FAO=6,152;FDP=160;FR=.;FRO=2;FSAF=0,82;FSAR=6,70;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00226019,0.0170674;FXX=0.0243888;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=137.322,191.451;QD=57.8352;RBI=0.0667963,0.0619535;REFB=-0.0272911,-0.054524;REVB=0.0667581,0.0595562;RO=0;SAF=0,77;SAR=7,44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.997484,0.506023;STBP=0.009,0.243;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00210269,0.0031126;OID=.,.;OPOS=26399213,26399214;OREF=GG,G;OALT=CA,A;OMAPALT=CA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:164:160:0:2:7,121:6,152:0.0375,0.95:7,44:0,77:0:0:6,70:0,82:2:0 chr2 26410204 . G A 280.19 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0725512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.628;QD=16.981;RBI=0.0742009;REFB=-0.0251188;REVB=-0.0155595;RO=32;SAF=7;SAR=24;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28964;STB=0.690133;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0528101;OID=.;OPOS=26410204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:35:31:31:0.469697:24:7:16:16:24:7:19:16 chr2 26507076 . A T 429.19 PASS AF=0.602941;AO=41;DP=68;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00913334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.812;QD=25.2463;RBI=0.0447011;REFB=0.00221049;REVB=-0.0437581;RO=27;SAF=21;SAR=20;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031496;STB=0.517233;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.00158493;OID=.;OPOS=26507076;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:27:27:41:41:0.602941:20:21:15:12:20:21:15:12 chr2 26534801 . G A 368.8 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0281733;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.38;QD=52.6852;RBI=0.0431717;REFB=-0.0305843;REVB=0.0327118;RO=1;SAF=14;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320562;STB=0.517229;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000563777;OID=.;OPOS=26534801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:28:28:1:1:27:27:0.964286:13:14:1:0:13:14:1:0 chr2 26536694 . C T 249.79 PASS AF=0.5;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.016057;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.39;QD=18.5026;RBI=0.0197567;REFB=-0.0174304;REVB=-0.0115108;RO=26;SAF=9;SAR=18;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120425;STB=0.578887;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0113794;OID=.;OPOS=26536694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:26:27:27:27:0.5:18:9:12:14:18:9:13:14 chr2 26590084 . T G 518.34 PASS AF=0.407143;AO=57;DP=141;FAO=57;FDP=140;FR=.;FRO=83;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=36;FSRR=47;FWDB=0.0490625;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2025;QD=14.8098;RBI=0.0519877;REFB=-0.000975569;REVB=0.0171926;RO=83;SAF=20;SAR=37;SRF=36;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925737;STB=0.55222;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00106528;OID=.;OPOS=26590084;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:83:83:57:57:0.407143:37:20:36:47:37:20:36:47 chr2 26606154 . T C 398.85 PASS AF=0.42;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.015907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.486;QD=15.9542;RBI=0.0159235;REFB=-0.00440722;REVB=0.000723625;RO=57;SAF=18;SAR=24;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646661;STB=0.541767;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00902748;OID=.;OPOS=26606154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:57:58:42:42:0.42:24:18:28:29:24:18:29:29 chr2 26607992 . T C 2099.34 PASS AF=0.945946;AO=135;DP=147;FAO=140;FDP=148;FR=.;FRO=8;FSAF=54;FSAR=86;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.000717376;FXX=0.00671096;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.2028;QD=56.739;RBI=0.00444984;REFB=-0.0963511;REVB=0.00439163;RO=9;SAF=52;SAR=83;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00649921;STB=0.500611;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00481924;OID=.;OPOS=26607992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:147:148:9:8:135:140:0.945946:83:52:3:6:86:54:3:5 chr2 26609306 . G C 1301.93 PASS AF=0.52521;AO=125;DP=238;FAO=125;FDP=238;FR=.;FRO=113;FSAF=65;FSAR=60;FSRF=56;FSRR=57;FWDB=-0.00716989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.615;QD=21.8811;RBI=0.00727851;REFB=-0.039405;REVB=-0.00125276;RO=113;SAF=65;SAR=60;SRF=56;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212313;STB=0.511603;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0273997;OID=.;OPOS=26609306;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:238:113:113:125:125:0.52521:60:65:56:57:60:65:56:57 chr2 26613056 . C T 1650.98 PASS AF=1;AO=108;DP=111;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130977;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0141;QD=60.0355;RBI=0.0445107;REFB=0;REVB=-0.04254;RO=0;SAF=32;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000242477;OID=.;OPOS=26613056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:110:0:0:108:110:1:76:32:0:0:76:34:0:0 chr2 26613329 . A G 703.15 PASS AF=0.50365;AO=69;DP=137;FAO=69;FDP=137;FR=.;FRO=68;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=0.0352306;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6506;QD=20.5298;RBI=0.0366971;REFB=0.000106286;REVB=0.0102703;RO=66;SAF=30;SAR=39;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00416436;STB=0.503225;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.0002579;OID=.;OPOS=26613329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:66:68:69:69:0.50365:39:30:29:37:39:30:30:38 chr2 26614583 . T TA,TAA 549.18 PASS AF=1,0;AO=78,15;DP=135;FAO=119,0;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=39,0;FSAR=80,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.213866,-0.111587;FXX=0.00833264;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=7.03522,8.20815;QD=18.4599;RBI=0.228554,0.118913;REFB=0.0684204,0.0633582;REVB=-0.0806122,-0.0410924;RO=31;SAF=21,5;SAR=57,10;SRF=20;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.223889,-0.34452;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00159584,-0.152762;OID=.,.;OPOS=26614584,26614584;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=TA,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:78,15:135:119,0:119:0:39,0:80,0:0:0:7:31:21,5:57,10:20:11 chr2 26647277 . T G 198.09 PASS AF=0.413793;AO=23;DP=57;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.00687092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.397;QD=13.6615;RBI=0.0263655;REFB=-0.0107613;REVB=0.0254545;RO=34;SAF=8;SAR=15;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334233;STB=0.69647;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0188503;OID=.;OPOS=26647277;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:34:34:23:24:0.413793:15:8:23:11:16:8:23:11 chr2 26667130 . A G 392.46 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.01597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.223;QD=18.0442;RBI=0.0191805;REFB=0.0093212;REVB=0.0106232;RO=46;SAF=23;SAR=18;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078669;STB=0.543897;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.0107907;OID=.;OPOS=26667130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:18:23:22:24:18:23:22:24 chr2 26667615 . T C 1333.48 PASS AF=0.928571;AO=89;DP=99;FAO=91;FDP=98;FR=.;FRO=7;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00599932;FXX=0.0101;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.3282;QD=54.4278;RBI=0.00600685;REFB=-0.171403;REVB=-0.000300815;RO=4;SAF=46;SAR=43;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021733;STB=0.505493;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00573288;OID=.;OPOS=26667615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:99:98:4:7:89:91:0.928571:43:46:1:3:45:46:3:4 chr2 26676322 . A G 1267.89 PASS AF=0.955056;AO=85;DP=89;FAO=85;FDP=89;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0290678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.923;QD=56.9839;RBI=0.0295454;REFB=-0.0672939;REVB=-0.00529056;RO=4;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378524;STB=0.519995;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0302705;OID=.;OPOS=26676322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:89:89:4:4:85:85:0.955056:48:37:0:4:48:37:0:4 chr2 26676395 . G T 255.34 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0583285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.997;QD=15.7133;RBI=0.0585536;REFB=-0.0170083;REVB=0.00512884;RO=35;SAF=12;SAR=17;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0429289;STB=0.517379;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0261309;OID=.;OPOS=26676395;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:36:29:29:0.446154:17:12:16:19:17:12:16:20 chr2 26693967 . C T 322.25 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0206277;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.933;QD=28.0216;RBI=0.0209515;REFB=-0.0102166;REVB=0.00366932;RO=17;SAF=13;SAR=15;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12489;STB=0.578648;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00604933;OID=.;OPOS=26693967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:18:28:28:0.608696:15:13:11:6:15:13:12:6 chr2 26699126 . C G 1883.67 PASS AF=0.991935;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=75;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0175693;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.685;QD=60.7635;RBI=0.0519115;REFB=-0.127277;REVB=0.048848;RO=0;SAF=75;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503311;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000792066;OID=.;OPOS=26699126;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:125:124:0:1:123:123:0.991935:48:75:0:0:48:75:1:0 chr2 26699855 . G C 1011.63 PASS AF=0.972603;AO=67;DP=69;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0124137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.085;QD=55.4315;RBI=0.0324008;REFB=-0.0157196;REVB=0.0299284;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516124;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00174293;OID=.;OPOS=26699855;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:73:0:2:67:71:0.972603:29:38:0:0:30:41:0:2 chr2 26700700 . G A 1848.37 PASS AF=0.983871;AO=122;DP=124;FAO=122;FDP=124;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0032555;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.474;QD=59.6248;RBI=0.024359;REFB=-0.0876836;REVB=0.0241405;RO=1;SAF=62;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00785219;STB=0.508195;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.000116004;OID=.;OPOS=26700700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:124:1:2:122:122:0.983871:60:62:0:1:60:62:0:2 chr2 26739423 . T C 243.31 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0224154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.895;QD=12.8055;RBI=0.0239815;REFB=-0.0171742;REVB=-0.00852445;RO=47;SAF=17;SAR=12;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105305;STB=0.560398;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0203874;OID=.;OPOS=26739423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:47:29:29:0.381579:12:17:23:24:12:17:23:24 chr2 26798893 . A T 573.76 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0517909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7755;QD=55.9761;RBI=0.0557729;REFB=-0.140478;REVB=-0.0206959;RO=2;SAF=24;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111001;STB=0.505926;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0188098;OID=.;OPOS=26798893;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:41:41:2:2:39:39:0.95122:15:24:1:1:15:24:1:1 chr2 26799031 . G A 210.95 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00339253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4324;QD=46.8769;RBI=0.127968;REFB=0;REVB=0.127923;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00668349;OID=.;OPOS=26799031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:10:7:0:0:11:7:0:0 chr2 26804218 . G A 2622.8 PASS AF=0.98895;AO=165;DP=169;FAO=179;FDP=181;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=97;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0151992;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3861;QD=57.9625;RBI=0.0272804;REFB=-0.0214684;REVB=0.0226541;RO=3;SAF=76;SAR=89;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00435256;STB=0.500466;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00211925;OID=.;OPOS=26804218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:169:181:3:2:165:179:0.98895:89:76:1:2:97:82:1:1 chr2 26804219 . T A 39.46 PASS AF=0.0752688;AO=14;DP=186;FAO=14;FDP=186;FR=.;FRO=172;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=77;FSRR=95;FWDB=-0.0467962;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1556;QD=0.848565;RBI=0.0485595;REFB=-0.0310061;REVB=-0.0129669;RO=172;SAF=7;SAR=7;SRF=77;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058433;STB=0.548319;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0559858;OID=.;OPOS=26804219;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:186:186:172:172:14:14:0.0752688:7:7:77:95:7:7:77:95 chr2 26804247 . T C 1125.7 PASS AF=0.570652;AO=103;DP=183;FAO=105;FDP=184;FR=.;FRO=79;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=27;FSRR=52;FWDB=0.00362372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.7769;QD=24.4718;RBI=0.0287452;REFB=-0.0217735;REVB=-0.0285159;RO=79;SAF=45;SAR=58;SRF=27;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780461;STB=0.542433;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.015662;OID=.;OPOS=26804247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:184:79:79:103:105:0.570652:58:45:27:52:59:46:27:52 chr2 26951449 . G A 306.31 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219243;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.234;QD=53.2718;RBI=0.0249691;REFB=0;REVB=-0.0119491;RO=0;SAF=20;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02282e-05;OID=.;OPOS=26951449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:3:20:0:0:3:20:0:0 chr2 26951643 . GC CG 196.91 PASS AF=0.46;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0389588;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=2;MLLD=65.0214;QD=15.7531;RBI=0.0401924;REFB=-0.0180905;REVB=0.0098814;RO=23;SAF=1;SAR=22;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.581681;STB=0.845727;STBP=0.006;TYPE=mnp;VARB=0.103695;OID=.;OPOS=26951643;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:23:27:23:23:0.46:22:1:8:15:22:1:9:18 chr2 27169842 . C A 854.17 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133088;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.486;QD=57.9096;RBI=0.134876;REFB=0;REVB=0.0218882;RO=0;SAF=18;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000527541;OID=.;OPOS=27169842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:57:59:1:39:18:0:0:40:19:0:0 chr2 27246285 . C T 1282.0 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472131;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.864;QD=61.0474;RBI=0.0498332;REFB=0;REVB=0.0159458;RO=0;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170772;OID=.;OPOS=27246285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:82:84:1:37:45:0:0:37:47:0:0 chr2 27261329 . A G 675.51 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00476022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.614;QD=61.41;RBI=0.0290776;REFB=0;REVB=0.0286854;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23461e-05;OID=.;OPOS=27261329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:20:22:0:0:21:23:0:0 chr2 27290525 . A G 1673.38 PASS AF=1;AO=111;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8627;QD=59.7634;RBI=0.048531;REFB=0;REVB=-0.0237225;RO=0;SAF=58;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32653e-05;OID=.;OPOS=27290525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:111:112:1:53:58:0:0:54:58:0:0 chr2 27303755 . A G 481.05 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0684298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.519;QD=58.3093;RBI=0.0770513;REFB=0;REVB=0.0354156;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329689;OID=.;OPOS=27303755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr2 27305583 . C T 263.39 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00719228;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.943;QD=24.5014;RBI=0.0107564;REFB=-0.0341304;REVB=0.00799821;RO=18;SAF=12;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428114;STB=0.511618;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0167088;OID=.;OPOS=27305583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:19:24:24:0.55814:12:12:8:10:12:12:9:10 chr2 27324036 . G A 748.55 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0121888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.962;QD=51.6241;RBI=0.0293825;REFB=-0.0376856;REVB=0.0267351;RO=1;SAF=37;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254644;STB=0.538447;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00148953;OID=.;OPOS=27324036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:1:3:55:55:0.948276:18:37:0:1:18:37:0:3 chr2 27324724 . G C 343.12 PASS AF=0.931034;AO=26;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0139197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.781;QD=47.3271;RBI=0.0153659;REFB=-0.0348925;REVB=-0.00650792;RO=1;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320266;STB=0.531227;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00127684;OID=.;OPOS=27324724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:1:2:26:27:0.931034:14:12:0:1:15:12:0:2 chr2 27324751 . G T 288.78 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.067;QD=52.5055;RBI=0.0520855;REFB=0;REVB=-0.0345733;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52115e-05;OID=.;OPOS=27324751;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr2 27351948 . T G 1098.65 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00119468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.75;QD=60.2003;RBI=0.0176601;REFB=0;REVB=0.0176196;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5737e-05;OID=.;OPOS=27351948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:42:30:0:0:42:31:0:0 chr2 27360534 . G A 222.55 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0118531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.564;QD=18.9408;RBI=0.0388997;REFB=-0.0284478;REVB=0.0370499;RO=25;SAF=15;SAR=7;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270212;STB=0.653323;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0314951;OID=.;OPOS=27360534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:7:15:10:15:7:15:10:15 chr2 27361222 . G A 284.12 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=75;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0129897;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.304;QD=15.1533;RBI=0.0217665;REFB=-0.0151604;REVB=-0.0174657;RO=43;SAF=17;SAR=15;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274131;STB=0.515497;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0187108;OID=.;OPOS=27361222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:43:32:32:0.426667:15:17:24:19:15:17:24:19 chr2 27424636 . G A 1195.8 PASS AF=0.952941;AO=81;DP=85;FAO=81;FDP=85;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.134104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2792;QD=56.2729;RBI=0.135535;REFB=-0.0919465;REVB=0.019648;RO=3;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350356;STB=0.524384;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0244536;OID=.;OPOS=27424636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:85:85:3:4:81:81:0.952941:39:42:0:3:39:42:0:4 chr2 27428295 . A G 1502.86 PASS AF=0.981132;AO=98;DP=101;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00901353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3468;QD=56.7116;RBI=0.0119853;REFB=-0.0774199;REVB=0.00789956;RO=2;SAF=54;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172414;STB=0.508195;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0050275;OID=.;OPOS=27428295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:101:106:2:2:98:104:0.981132:44:54:2:0:44:60:2:0 chr2 27435250 . A G 1125.69 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00575153;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.527;QD=60.0369;RBI=0.0661232;REFB=0;REVB=0.0658726;RO=0;SAF=52;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169587;OID=.;OPOS=27435250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:75:0:0:70:75:1:18:52:0:0:22:53:0:0 chr2 27440784 . C CT 563.42 PASS AF=1;AO=5;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309544;FXX=0.019996;HRUN=0;LEN=1;MLLD=97.6908;QD=45.9934;RBI=0.0331357;REFB=0;REVB=0.0118237;RO=44;SAF=0;SAR=5;SRF=39;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.802006;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0060415;OID=.;OPOS=27440785;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:50:49:49:0:38:11:0:0:4:44:0:5:39:5 chr2 27440785 . C T 501.89 PASS AF=0.792453;AO=41;DP=53;FAO=42;FDP=53;FR=.;FRO=11;FSAF=38;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0440716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.737;QD=37.8788;RBI=0.050145;REFB=-0.0888166;REVB=0.023921;RO=10;SAF=37;SAR=4;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474495;STB=0.773092;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00605332;OID=.;OPOS=27440785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:53:53:10:11:41:42:0.792453:4:37:1:9:4:38:1:10 chr2 27466368 . C T 121.68 PASS AF=0.26087;AO=18;DP=69;FAO=18;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0110944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.218;QD=7.05392;RBI=0.020753;REFB=-0.00776946;REVB=-0.0175385;RO=48;SAF=15;SAR=3;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388572;STB=0.762387;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0361178;OID=.;OPOS=27466368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:51:18:18:0.26087:3:15:27:21:3:15:27:24 chr2 27730940 . T C 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0137317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.061;QD=18.2489;RBI=0.0276016;REFB=-0.0337448;REVB=-0.0239435;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170674;STB=0.597414;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0206257;OID=.;OPOS=27730940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:6:7:4:8:6:7:4:8 chr2 27801403 . C G 273.66 PASS AF=0.568182;AO=24;DP=43;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0119902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2506;QD=24.878;RBI=0.0415222;REFB=-0.0328745;REVB=-0.0397534;RO=19;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164374;STB=0.577919;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0269034;OID=.;OPOS=27801403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:19:19:24:25:0.568182:15:9:11:8:15:10:11:8 chr2 27801418 . C A 269.11 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00647597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.276;QD=29.0929;RBI=0.00940574;REFB=-0.0401369;REVB=0.00682127;RO=13;SAF=9;SAR=15;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578094;STB=0.531888;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0239044;OID=.;OPOS=27801418;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:15:9:6:7:15:9:6:7 chr2 27801493 . T C 357.91 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00369072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2239;QD=31.1222;RBI=0.00407311;REFB=-0.0282489;REVB=0.00172303;RO=15;SAF=9;SAR=21;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156932;STB=0.577616;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0071715;OID=.;OPOS=27801493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:16:30:30:0.652174:21:9:8:7:21:9:8:8 chr2 27801759 . A G 277.44 PASS AF=0.657895;AO=24;DP=37;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0276359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.778;QD=29.2043;RBI=0.0297172;REFB=-0.00132893;REVB=0.0109255;RO=13;SAF=12;SAR=12;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172113;STB=0.585921;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00142502;OID=.;OPOS=27801759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:13:13:24:25:0.657895:12:12:3:10:13:12:3:10 chr2 27803593 . G T 83.4 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0200674;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9777;QD=9.01581;RBI=0.0201427;REFB=0.000945642;REVB=-0.0017396;RO=26;SAF=1;SAR=10;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.541785;STB=0.843402;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00634796;OID=.;OPOS=27803593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:37:37:26:26:11:11:0.297297:10:1:12:14:10:1:12:14 chr2 27838058 . C A 370.3 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00685609;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.9;QD=20.0162;RBI=0.007205;REFB=-0.0246991;REVB=0.00221496;RO=35;SAF=13;SAR=25;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250775;STB=0.645547;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0169777;OID=.;OPOS=27838058;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:35:36:38:38:0.513514:25:13:22:13:25:13:23:13 chr2 27873415 . G A 273.4 PASS AF=0.336538;AO=34;DP=103;FAO=35;FDP=104;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.0273511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.132;QD=10.5154;RBI=0.0284795;REFB=-0.0236951;REVB=0.00793709;RO=69;SAF=15;SAR=19;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748718;STB=0.504199;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0371731;OID=.;OPOS=27873415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:69:69:34:35:0.336538:19:15:30:39:20:15:30:39 chr2 27887034 . C A 311.32 PASS AF=0.368932;AO=39;DP=104;FAO=38;FDP=103;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=44;FSRR=21;FWDB=-0.00658251;FXX=0.00961446;HRUN=6;LEN=1;MLLD=255.064;QD=12.0902;RBI=0.0072219;REFB=-0.00388798;REVB=0.00297094;RO=64;SAF=22;SAR=17;SRF=43;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122023;STB=0.564673;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00618809;OID=.;OPOS=27887034;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:64:65:39:38:0.368932:17:22:43:21:16:22:44:21 chr2 28634776 . A G 460.09 PASS AF=0.339181;AO=58;DP=171;FAO=58;FDP=171;FR=.;FRO=113;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=56;FSRR=57;FWDB=-0.000677664;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.526;QD=10.7623;RBI=0.0355825;REFB=-0.0135929;REVB=-0.0355761;RO=111;SAF=23;SAR=35;SRF=56;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125222;STB=0.566459;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0313493;OID=.;OPOS=28634776;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:111:113:58:58:0.339181:35:23:56:55:35:23:56:57 chr2 28634790 . G A 469.28 PASS AF=0.343023;AO=59;DP=172;FAO=59;FDP=172;FR=.;FRO=113;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=49;FSRR=64;FWDB=-0.0201706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.166;QD=10.9136;RBI=0.0203091;REFB=-0.0133072;REVB=0.00236757;RO=113;SAF=19;SAR=40;SRF=49;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137621;STB=0.579189;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0314345;OID=.;OPOS=28634790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:113:113:59:59:0.343023:40:19:49:64:40:19:49:64 chr2 28635674 . G A 833.32 PASS AF=0.705882;AO=72;DP=104;FAO=72;FDP=102;FR=.;FRO=30;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=5;FWDB=0.0111465;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.273;QD=32.6792;RBI=0.0172011;REFB=-0.012945;REVB=0.0131008;RO=30;SAF=40;SAR=32;SRF=25;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157195;STB=0.584247;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00709898;OID=.;OPOS=28635674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:30:30:72:72:0.705882:32:40:25:5:32:40:25:5 chr2 28635740 . T C 105.35 PASS AF=0.185567;AO=18;DP=97;FAO=18;FDP=97;FR=.;FRO=79;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=40;FWDB=-0.0666426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4118;QD=4.34417;RBI=0.070839;REFB=-0.0087739;REVB=-0.0240191;RO=78;SAF=7;SAR=11;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125521;STB=0.58623;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0376558;OID=.;OPOS=28635740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:78:79:18:18:0.185567:11:7:38:40:11:7:39:40 chr2 28761981 . G C 318.64 PASS AF=0.453333;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=75;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.00578791;FXX=0.0384566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.497;QD=16.9943;RBI=0.0117722;REFB=-0.0115448;REVB=0.0102511;RO=40;SAF=20;SAR=14;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203673;STB=0.620085;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00973952;OID=.;OPOS=28761981;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:40:41:34:34:0.453333:14:20:15:25:14:20:15:26 chr2 28824793 . C G 175.62 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00126724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.695;QD=46.8314;RBI=0.0315015;REFB=0;REVB=0.031476;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000622324;OID=.;OPOS=28824793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr2 28854958 . C T 955.43 PASS AF=0.587097;AO=90;DP=156;FAO=91;FDP=155;FR=.;FRO=64;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=0.00328549;FXX=0.012738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.142;QD=24.6563;RBI=0.0141915;REFB=-0.018299;REVB=-0.0138059;RO=62;SAF=53;SAR=37;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163723;STB=0.579259;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0140014;OID=.;OPOS=28854958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:155:62:64:90:91:0.587097:37:53:23:39:38:53:25:39 chr2 28865760 . T C 748.67 PASS AF=0.663366;AO=66;DP=99;FAO=67;FDP=101;FR=.;FRO=34;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0106154;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.769;QD=29.6504;RBI=0.0231834;REFB=-0.0284671;REVB=0.0206102;RO=33;SAF=42;SAR=24;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020072;STB=0.519384;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0183408;OID=.;OPOS=28865760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:33:34:66:67:0.663366:24:42:20:13:24:43:20:14 chr2 29001691 . A G 438.06 PASS AF=0.56;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0174652;FXX=0.0384566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6961;QD=23.363;RBI=0.0282756;REFB=-0.0208011;REVB=-0.0222368;RO=32;SAF=23;SAR=19;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13521;STB=0.56733;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0189381;OID=.;OPOS=29001691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:75:32:33:42:42:0.56:19:23:12:20:19:23:13:20 chr2 29022959 . T C 667.72 PASS AF=0.605769;AO=63;DP=104;FAO=63;FDP=104;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0270186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3874;QD=25.6814;RBI=0.047195;REFB=-0.0379917;REVB=-0.0386958;RO=41;SAF=26;SAR=37;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00144657;STB=0.500787;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0248883;OID=.;OPOS=29022959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:41:41:63:63:0.605769:37:26:17:24:37:26:17:24 chr2 29092679 . T C 80.31 PASS AF=0.209677;AO=13;DP=61;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.013173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.677;QD=5.18104;RBI=0.0528582;REFB=-0.00811674;REVB=-0.0511904;RO=48;SAF=7;SAR=6;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17531;STB=0.617473;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0141455;OID=.;OPOS=29092679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:61:62:48:49:13:13:0.209677:6:7:19:29:6:7:19:30 chr2 29092850 . G T 409.84 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0153292;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.678;QD=20.7512;RBI=0.0178868;REFB=-0.0231058;REVB=0.00921702;RO=38;SAF=20;SAR=21;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124757;STB=0.568932;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0228925;OID=.;OPOS=29092850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:21:20:24:14:21:20:24:14 chr2 29129418 . A G 159.93 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=32;FWDB=-0.00861733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8563;QD=10.3178;RBI=0.0190283;REFB=-0.0321567;REVB=-0.0169652;RO=40;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145974;STB=0.589665;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.042404;OID=.;OPOS=29129418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:41:21:21:0.33871:14:7:9:31:14:7:9:32 chr2 29135468 . C G 265.16 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.0153925;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.471;QD=15.3714;RBI=0.0195015;REFB=-0.00682865;REVB=0.0119742;RO=40;SAF=13;SAR=17;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167878;STB=0.589068;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00832142;OID=.;OPOS=29135468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:40:39:30:30:0.434783:17:13:11:29:17:13:11:28 chr2 29170623 . G T 176.65 PASS AF=0.179775;AO=30;DP=176;FAO=32;FDP=178;FR=.;FRO=146;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=91;FSRR=55;FWDB=-0.00332045;FXX=0.0111105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.053;QD=3.96966;RBI=0.0226948;REFB=-0.0131003;REVB=0.0224506;RO=138;SAF=16;SAR=14;SRF=90;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156817;STB=0.576466;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0602571;OID=.;OPOS=29170623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:178:138:146:30:32:0.179775:14:16:90:48:15:17:91:55 chr2 29222070 . G A 469.14 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483042;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.168;QD=58.6422;RBI=0.048501;REFB=0;REVB=-0.00436478;RO=0;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172894;OID=.;OPOS=29222070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:7:23:0:0:8:24:0:0 chr2 29226498 . G A,C 715.13 PASS AF=0.93617,0.0638298;AO=43,3;DP=47;FAO=44,3;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=10,3;FSAR=34,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102846,0.0275137;FXX=0.020829;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=59.6476,62.3882;QD=60.8619;RBI=0.102937,0.0358783;REFB=0,0;REVB=0.00432139,-0.0230271;RO=0;SAF=10,3;SAR=33,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000486959,0.159834;OID=.,.;OPOS=29226498,29226498;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:47:47:0:0:43,3:44,3:0.93617,0.0638298:33,0:10,3:0:0:34,0:10,3:0:0 chr2 29226512 . A G 669.93 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.066;QD=62.3192;RBI=0.0227413;REFB=0;REVB=0.0132102;RO=0;SAF=8;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67012e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14809e-05;OID=.;OPOS=29226512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:34:8:0:0:34:9:0:0 chr2 29246044 . T C 1051.39 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0402331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.406;QD=57.6103;RBI=0.0579966;REFB=-0.0715603;REVB=0.0417721;RO=1;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129528;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106155;OID=.;OPOS=29246044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:72:73:1:0:70:73:1:36:34:0:1:38:35:0:0 chr2 29268375 . A C 983.06 PASS AF=0.910256;AO=70;DP=78;FAO=71;FDP=78;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00498657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.0095;QD=50.4133;RBI=0.0236445;REFB=-0.00635727;REVB=0.0231127;RO=1;SAF=12;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00808387;STB=0.504201;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00175856;OID=.;OPOS=29268375;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:78:78:1:7:70:71:0.910256:58:12:0:1:59:12:1:6 chr2 29274704 . C T 1320.51 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.723;QD=62.1417;RBI=0.0179182;REFB=0;REVB=0.0125662;RO=0;SAF=36;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33987e-05;OID=.;OPOS=29274704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:49:36:0:0:49:36:0:0 chr2 29274720 . A G 1187.15 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0214384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.74;QD=59.3573;RBI=0.0302815;REFB=0.00447439;REVB=-0.0213861;RO=1;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108815;STB=0.505617;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000128599;OID=.;OPOS=29274720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:80:1:1:78:79:0.9875:43:35:0:1:44:35:0:1 chr2 29286509 . T C 441.1 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=101;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0630745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4741;QD=17.4694;RBI=0.063389;REFB=-0.000122096;REVB=-0.00630653;RO=54;SAF=21;SAR=26;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866173;STB=0.548271;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.000892615;OID=.;OPOS=29286509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:54:47:47:0.465347:26:21:29:25:26:21:29:25 chr2 29287926 . C CGCT 96.14 PASS AF=0.315789;AO=11;DP=45;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0287192;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=3;MLLD=207.724;QD=10.1199;RBI=0.0334652;REFB=-0.0359847;REVB=0.0171794;RO=31;SAF=4;SAR=7;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108081;STB=0.583194;STBP=0.518;TYPE=ins;VARB=0.0720635;OID=.;OPOS=29287927;OREF=-;OALT=GCT;OMAPALT=CGCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789:11:45:12:38:26:5:7:14:12:96:31:4:7:14:17 chr2 29294629 . C T 311.97 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=0.00141674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.212;QD=14.0212;RBI=0.0127779;REFB=-0.00609878;REVB=-0.0126991;RO=51;SAF=28;SAR=7;SRF=36;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137874;STB=0.596213;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0129841;OID=.;OPOS=29294629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:51:54:35:35:0.393258:7:28:36:15:7:28:37:17 chr2 29294754 . G C 248.14 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0223878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.696;QD=13.9795;RBI=0.0224462;REFB=0.000863058;REVB=-0.00161698;RO=42;SAF=17;SAR=12;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00968843;STB=0.505513;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=-0.00487244;OID=.;OPOS=29294754;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:12:17:25:17:12:17:25:17 chr2 29295016 . A G 83.39 PASS AF=0.194444;AO=14;DP=74;FAO=14;FDP=72;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=0.011159;FXX=0.0526247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.654;QD=4.63288;RBI=0.018729;REFB=-0.00795861;REVB=-0.0150417;RO=56;SAF=5;SAR=9;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73852e-08;STB=0.504304;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.028812;OID=.;OPOS=29295016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:74:72:56:58:14:14:0.194444:9:5:20:36:9:5:21:37 chr2 29295676 . G A 291.02 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0451486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0199;QD=14.1961;RBI=0.0462815;REFB=-0.0167688;REVB=-0.0101775;RO=48;SAF=13;SAR=20;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155213;STB=0.594296;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0315762;OID=.;OPOS=29295676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:48:49:33:33:0.402439:20:13:26:22:20:13:27:22 chr2 29296870 . C T 237.7 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00513624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4905;QD=18.6429;RBI=0.00651576;REFB=0.00752298;REVB=0.00400926;RO=26;SAF=15;SAR=10;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126906;STB=0.571371;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.017482;OID=.;OPOS=29296870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:10:15:12:14:10:15:12:14 chr2 29297068 . C T 160.02 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.000742098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.601;QD=17.7794;RBI=0.0102742;REFB=0.00187261;REVB=-0.0102473;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460992;STB=0.526285;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.00214277;OID=.;OPOS=29297068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:9:8:8:11:9:8:8:11 chr2 29352870 . G A 157.2 PASS AF=0.310811;AO=22;DP=73;FAO=23;FDP=74;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0069918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6219;QD=8.4971;RBI=0.00761628;REFB=-0.0318872;REVB=0.00302034;RO=48;SAF=9;SAR=13;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00907587;STB=0.50239;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.040297;OID=.;OPOS=29352870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:48:51:22:23:0.310811:13:9:20:28:13:10:22:29 chr2 29356669 . A G 265.17 PASS AF=0.321101;AO=35;DP=109;FAO=35;FDP=109;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=-0.00759263;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.148;QD=9.73096;RBI=0.0107482;REFB=-0.0066387;REVB=0.00760762;RO=72;SAF=16;SAR=19;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148391;STB=0.501583;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0133518;OID=.;OPOS=29356669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:72:74:35:35:0.321101:19:16:32:40:19:16:34:40 chr2 29416025 . C CATTG 839.42 PASS AF=0.505952;AO=73;DP=173;FAO=85;FDP=168;FR=.;FRO=83;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=30;FSRR=53;FWDB=-0.00499298;FXX=0.0289001;HRUN=1;LEN=4;MLLD=257.207;QD=19.9862;RBI=0.0110984;REFB=0.000901869;REVB=-0.0099118;RO=83;SAF=30;SAR=43;SRF=31;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374556;STB=0.537457;STBP=0.341;TYPE=ins;VARB=-0.00102255;OID=.;OPOS=29416026;OREF=-;OALT=ATTG;OMAPALT=CATTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.505952:73:173:85:168:83:37:48:30:53:99:83:30:43:31:52 chr2 29416366 . G C 607.37 PASS AF=0.572816;AO=58;DP=102;FAO=59;FDP=103;FR=.;FRO=44;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.05464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0572;QD=23.5872;RBI=0.0685427;REFB=-0.0198405;REVB=-0.0413833;RO=44;SAF=39;SAR=19;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181165;STB=0.601363;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0125347;OID=.;OPOS=29416366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:44:44:58:59:0.572816:19:39:20:24:19:40:20:24 chr2 29416481 . T C 681.78 PASS AF=0.59292;AO=63;DP=110;FAO=67;FDP=113;FR=.;FRO=46;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0322173;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.6698;QD=24.1338;RBI=0.0360081;REFB=-0.0464417;REVB=0.016082;RO=46;SAF=29;SAR=34;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00295446;STB=0.523526;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0343363;OID=.;OPOS=29416481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:113:46:46:63:67:0.59292:34:29:21:25:34:33:20:26 chr2 29416572 . T C 737.43 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00731167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.559;QD=54.6243;RBI=0.0252712;REFB=0.137705;REVB=0.0241903;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.507689;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000106619;OID=.;OPOS=29416572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:0:1:53:53:0.981481:32:21:0:0:32:21:0:1 chr2 29430942 . GTC G 395.61 PASS AF=0.557143;AO=37;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00587729;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=2;MLLD=261.265;QD=22.6062;RBI=0.0213109;REFB=-0.00999422;REVB=-0.0204845;RO=30;SAF=16;SAR=21;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281571;STB=0.50706;STBP=0.918;TYPE=del;VARB=0.00716655;OID=.;OPOS=29430943;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.557143:37:70:39:70:31:17:22:14:17:99:30:16:21:14:16 chr2 29444076 . G T 515.6 PASS AF=0.585366;AO=47;DP=81;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0277193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.011;QD=25.1511;RBI=0.0277417;REFB=-0.00179623;REVB=0.0011147;RO=34;SAF=14;SAR=33;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00344495;STB=0.508925;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00139667;OID=.;OPOS=29444076;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:34:34:47:48:0.585366:33:14:10:24:33:15:10:24 chr2 29444095 . C T 431.84 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.018043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.09;QD=23.0316;RBI=0.0195976;REFB=-0.0152033;REVB=-0.00764945;RO=32;SAF=11;SAR=31;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500204;STB=0.52288;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0160241;OID=.;OPOS=29444095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:32:33:42:42:0.56:31:11:10:22:31:11:10:23 chr2 29445458 . G T 107.67 PASS AF=0.48;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0129721;FXX=0.107105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.773;QD=17.2267;RBI=0.0566827;REFB=-0.0432369;REVB=0.0551784;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297828;STB=0.517213;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.060665;OID=.;OPOS=29445458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:25:13:13:12:12:0.48:5:7:8:5:5:7:8:5 chr2 29519923 . G A 372.21 PASS AF=0.645833;AO=31;DP=48;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0133473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.724;QD=31.0176;RBI=0.0136436;REFB=-0.0267494;REVB=0.00282816;RO=17;SAF=18;SAR=13;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720515;STB=0.539484;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.013027;OID=.;OPOS=29519923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:17:17:31:31:0.645833:13:18:8:9:13:18:8:9 chr2 29543663 . T C 1721.65 PASS AF=0.982906;AO=114;DP=117;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0133852;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.499;QD=58.8599;RBI=0.0520247;REFB=0.0204869;REVB=-0.0502733;RO=2;SAF=60;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172597;STB=0.509089;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.000645065;OID=.;OPOS=29543663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:117:2:2:114:115:0.982906:54:60:0:2:54:61:0:2 chr2 29903931 . T A 370.1 PASS AF=0.731707;AO=30;DP=41;FAO=30;FDP=41;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00326135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5435;QD=36.1076;RBI=0.107674;REFB=0.00971503;REVB=0.107625;RO=11;SAF=17;SAR=13;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557954;STB=0.530357;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00134324;OID=.;OPOS=29903931;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:11:11:30:30:0.731707:13:17:5:6:13:17:5:6 chr2 29940529 . A T 346.07 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00885478;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.711;QD=26.6207;RBI=0.0143467;REFB=-0.0185714;REVB=-0.011288;RO=19;SAF=10;SAR=23;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198354;STB=0.609011;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0125168;OID=.;OPOS=29940529;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:19:19:33:33:0.634615:23:10:11:8:23:10:11:8 chr2 30381505 . T C 342.77 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=98;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0232402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4753;QD=13.9905;RBI=0.0429279;REFB=0.0076033;REVB=0.0360929;RO=59;SAF=26;SAR=12;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107122;STB=0.56785;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00701643;OID=.;OPOS=30381505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:59:60:38:38:0.387755:12:26:35:24:12:26:35:25 chr2 30381520 . G A 32.84 PASS AF=0.0849057;AO=9;DP=106;FAO=9;FDP=106;FR=.;FRO=97;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=61;FSRR=36;FWDB=0.00362976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.593;QD=1.23919;RBI=0.00992923;REFB=-5.98723e-06;REVB=0.00924199;RO=97;SAF=8;SAR=1;SRF=61;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356789;STB=0.81014;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.000189427;OID=.;OPOS=30381520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:106:106:97:97:9:9:0.0849057:1:8:61:36:1:8:61:36 chr2 30976058 . C T 724.04 PASS AF=0.65;AO=65;DP=100;FAO=65;FDP=100;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=49;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0354482;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5971;QD=28.9617;RBI=0.0419079;REFB=-0.0087093;REVB=-0.022354;RO=35;SAF=16;SAR=49;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243833;STB=0.632668;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0042313;OID=.;OPOS=30976058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:35:35:65:65:0.65:49:16:20:15:49:16:20:15 chr2 30980940 . C T 313.19 PASS AF=0.742857;AO=26;DP=36;FAO=26;FDP=35;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.00832081;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.414;QD=35.7934;RBI=0.0855142;REFB=-0.00522338;REVB=0.0851084;RO=9;SAF=9;SAR=17;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12822;STB=0.56957;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0021263;OID=.;OPOS=30980940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:36:35:9:9:26:26:0.742857:17:9:1:8:17:9:1:8 chr2 31178818 . C T 649.08 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.668;QD=61.8171;RBI=0.0401189;REFB=0;REVB=0.0309951;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158934;OID=.;OPOS=31178818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:22:19:0:0:23:19:0:0 chr2 31360886 . A G 165.18 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00220452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.89;QD=12.4667;RBI=0.00801318;REFB=-0.007098;REVB=-0.00770397;RO=33;SAF=13;SAR=7;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212961;STB=0.623675;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0281975;OID=.;OPOS=31360886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:7:13:15:18:7:13:15:18 chr2 31414807 . C G 1193.08 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00724614;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7355;QD=61.1835;RBI=0.0380308;REFB=0;REVB=-0.0373341;RO=0;SAF=53;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00050386;OID=.;OPOS=31414807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:25:53:0:0:25:53:0:0 chr2 31490716 . C G 699.06 PASS AF=0.670455;AO=59;DP=87;FAO=59;FDP=88;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0817149;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7244;QD=31.7755;RBI=0.0822948;REFB=-0.000902138;REVB=-0.00975277;RO=28;SAF=24;SAR=35;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994917;STB=0.55987;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00139302;OID=.;OPOS=31490716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:28:29:59:59:0.670455:35:24:16:12:35:24:17:12 chr2 31571786 . A G 915.53 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280457;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.945;QD=58.1286;RBI=0.0281717;REFB=0;REVB=-0.0026614;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000673221;OID=.;OPOS=31571786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:30:32:0:0:30:33:0:0 chr2 31805880 . A AG 208.1 PASS AF=1;AO=18;DP=22;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.186303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.5741;QD=41.6199;RBI=0.186368;REFB=0;REVB=0.00489532;RO=4;SAF=7;SAR=11;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490304;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0171583;OID=.;OPOS=31805881;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:22:20:20:0:7:13:0:0:4:4:7:11:1:3 chr2 32342508 . A T 5494.01 PASS AF=0.986301;AO=354;DP=361;FAO=360;FDP=365;FR=.;FRO=5;FSAF=155;FSAR=205;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0391298;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7648;QD=60.2084;RBI=0.052541;REFB=-0.115357;REVB=0.035063;RO=7;SAF=152;SAR=202;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04075e-05;STB=0.502365;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00234975;OID=.;OPOS=32342508;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:361:365:7:5:354:360:0.986301:202:152:3:4:205:155:3:2 chr2 32667182 . G C 1267.61 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104962;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.811;QD=61.8344;RBI=0.0296662;REFB=0;REVB=0.0277473;RO=0;SAF=30;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71365e-05;OID=.;OPOS=32667182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:52:30:0:0:52:30:0:0 chr2 32843292 . TTTA T,TT,TTTT 276.78 PASS AF=0.758621,0,0.103448;AO=4,4,12;DP=29;FAO=22,0,3;FDP=29;FR=.;FRO=4;FSAF=10,0,0;FSAR=12,0,3;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.095755,-0.098376,-0.0990219;FXX=0.0937207;HRUN=4,4,1;LEN=3,2,1;MLLD=145.103,145.965,145.82;QD=38.1772;RBI=0.104653,0.107201,0.104386;REFB=-0.137524,-0.123303,-0.0877436;REVB=0.0422282,0.0425942,0.0330316;RO=4;SAF=0,2,6;SAR=4,2,6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.418587,0.224255;STB=0.571366,0.5,0.5;STBP=0.143,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00387733,0.0159083,0.0692825;OID=.,.,.;OPOS=32843293,32843294,32843295;OREF=TTA,TA,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.758621,0,0.103448:4,4,12:29:22,0,3:29:4:10,0,0:12,0,3:0:4:27:4:0,2,6:4,2,6:0:4 chr2 32855615 . A G 821.85 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0528872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4457;QD=55.7189;RBI=0.0653146;REFB=-0.0545143;REVB=0.0383267;RO=1;SAF=24;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192485;STB=0.510201;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00218809;OID=.;OPOS=32855615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:1:1:58:58:0.983051:34:24:1:0:34:24:1:0 chr2 32983480 . G A 2259.69 PASS AF=1;AO=98;DP=152;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465312;FXX=0.0263141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.792;QD=61.0726;RBI=0.0522062;REFB=0;REVB=0.0236713;RO=0;SAF=27;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.45664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.17726e-05;OID=.;OPOS=32983480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:152:148:0:0:98:148:1:71:27:0:0:71:77:0:0 chr2 33412077 . G A 289.98 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.0187268;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.705;QD=16.11;RBI=0.01986;REFB=-0.0047397;REVB=0.00661243;RO=40;SAF=16;SAR=16;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198206;STB=0.611045;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00627611;OID=.;OPOS=33412077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:40:40:32:32:0.444444:16:16:12:28:16:16:12:28 chr2 33447202 . C T 92.65 PASS AF=0.245283;AO=12;DP=52;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00899435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.602;QD=6.99229;RBI=0.0245533;REFB=0.00790647;REVB=0.0228466;RO=39;SAF=7;SAR=5;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863448;STB=0.510188;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.0261725;OID=.;OPOS=33447202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:52:53:39:40:12:13:0.245283:5:7:20:19:6:7:21:19 chr2 33488419 . G A 1206.9 PASS AF=0.7;AO=98;DP=141;FAO=98;FDP=140;FR=.;FRO=42;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00225069;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.065;QD=34.4829;RBI=0.0208229;REFB=-0.0154675;REVB=0.0207009;RO=41;SAF=49;SAR=49;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469506;STB=0.521424;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0078583;OID=.;OPOS=33488419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:41:42:98:98:0.7:49:49:24:17:49:49:24:18 chr2 33510916 . G T 1644.44 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00543458;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3664;QD=60.3465;RBI=0.0638195;REFB=0;REVB=-0.0635877;RO=0;SAF=50;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000401042;OID=.;OPOS=33510916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:108:109:1:58:50:0:0:58:51:0:0 chr2 33540248 . G A 1592.43 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000528396;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0181;QD=60.0918;RBI=0.0173691;REFB=0;REVB=0.0173611;RO=0;SAF=61;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126117;OID=.;OPOS=33540248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:45:61:0:0:45:61:0:0 chr2 33557974 . A G 732.25 PASS AF=0.947368;AO=53;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0386682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.012;QD=51.3856;RBI=0.0467611;REFB=-0.0397721;REVB=0.0262939;RO=3;SAF=30;SAR=23;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103374;STB=0.504988;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.000615461;OID=.;OPOS=33557974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:57:57:3:3:53:54:0.947368:23:30:2:1:23:31:2:1 chr2 33585796 . T C 2648.59 PASS AF=1;AO=170;DP=172;FAO=174;FDP=174;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215352;FXX=0.0169482;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5579;QD=60.8871;RBI=0.0288087;REFB=0;REVB=0.0191357;RO=0;SAF=90;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.86729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139552;OID=.;OPOS=33585796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:172:174:0:0:170:174:1:80:90:0:0:82:92:0:0 chr2 33764286 . T C 760.22 PASS AF=0.614035;AO=70;DP=114;FAO=70;FDP=114;FR=.;FRO=44;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.00533759;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7587;QD=26.6745;RBI=0.0271236;REFB=-0.00737902;REVB=-0.0265933;RO=43;SAF=38;SAR=32;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151528;STB=0.577457;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0040992;OID=.;OPOS=33764286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:43:44:70:70:0.614035:32:38:14:29:32:38:15:29 chr2 33952413 . T C 468.71 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107846;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5251;QD=58.5883;RBI=0.0110805;REFB=0;REVB=-0.00254383;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152481;OID=.;OPOS=33952413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:20:11:0:0:21:11:0:0 chr2 33952456 . C G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282507;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.054;QD=55.0987;RBI=0.030535;REFB=0;REVB=0.011588;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131474;OID=.;OPOS=33952456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr2 33952621 . G A 207.45 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.017653;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.144;QD=16.9347;RBI=0.0306382;REFB=-0.0349629;REVB=0.0250414;RO=28;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111726;STB=0.563578;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0341778;OID=.;OPOS=33952621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:28:28:21:21:0.428571:12:9:9:19:12:9:9:19 chr2 36704144 . C T 838.74 PASS AF=0.592308;AO=77;DP=130;FAO=77;FDP=130;FR=.;FRO=53;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.00430014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.936;QD=25.8073;RBI=0.0464683;REFB=-0.0105232;REVB=-0.0462689;RO=51;SAF=36;SAR=41;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041224;STB=0.521524;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00731982;OID=.;OPOS=36704144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:51:53:77:77:0.592308:41:36:21:30:41:36:22:31 chr2 36756288 . T C 1979.8 PASS AF=0.963235;AO=131;DP=136;FAO=131;FDP=136;FR=.;FRO=5;FSAF=49;FSAR=82;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0567633;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.587;QD=58.2294;RBI=0.0607127;REFB=-0.117161;REVB=0.0215398;RO=2;SAF=49;SAR=82;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00383939;STB=0.501018;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.000568161;OID=.;OPOS=36756288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:136:136:2:5:131:131:0.963235:82:49:1:1:82:49:2:3 chr2 36776555 . G T 740.25 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.221;QD=63.0002;RBI=0.0255031;REFB=0;REVB=0.0132919;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132257;OID=.;OPOS=36776555;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:45:47:1:28:17:0:0:29:18:0:0 chr2 36779297 . T C 373.62 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00824635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.597;QD=23.722;RBI=0.0257298;REFB=-0.0210381;REVB=-0.0243726;RO=25;SAF=24;SAR=13;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159059;STB=0.59622;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.01345;OID=.;OPOS=36779297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:25:26:37:37:0.587302:13:24:11:14:13:24:11:15 chr2 36781401 . T C 851.04 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4688;QD=57.6977;RBI=0.0497622;REFB=0;REVB=0.0480711;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049677;OID=.;OPOS=36781401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr2 36782886 . G A 815.34 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.178;QD=57.2165;RBI=0.0388434;REFB=0;REVB=0.0218862;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249646;OID=.;OPOS=36782886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:33:22:0:0:35:22:0:0 chr2 36808732 . T G 644.47 PASS AF=0.925926;AO=37;DP=50;FAO=50;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0691476;FXX=0.0181785;HRUN=5;LEN=1;MLLD=84.6924;QD=47.7383;RBI=0.0698536;REFB=-0.101868;REVB=0.00990574;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.501639;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.00251179;OID=.;OPOS=36808732;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:50:54:0:3:37:50:0.925926:21:16:0:0:32:18:1:2 chr2 37094945 . A AG,G 437.56 PASS AF=0.0967742,0.903226;AO=4,26;DP=31;FAO=3,28;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=2,16;FSAR=1,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00269175,0.00415439;FXX=0;HRUN=0,6;LEN=1,1;MLLD=138.037,147.104;QD=56.4594;RBI=0.00646498,0.0126178;REFB=0,0;REVB=0.00587797,0.0119143;RO=0;SAF=3,15;SAR=1,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0139675,-0.00470268;OID=.,.;OPOS=37094946,37094945;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:31:31:0:0:4,26:3,28:0.0967742,0.903226:1,11:3,15:0:0:1,12:2,16:0:0 chr2 37227797 . C G 389.54 PASS AF=0.434343;AO=40;DP=96;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0289279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8414;QD=15.7391;RBI=0.0289678;REFB=-0.0382689;REVB=-0.00152014;RO=56;SAF=31;SAR=9;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431046;STB=0.716198;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0316533;OID=.;OPOS=37227797;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:99:56:56:40:43:0.434343:9:31:21:35:11:32:21:35 chr2 37306343 . G A 2982.92 PASS AF=1;AO=184;DP=184;FAO=189;FDP=189;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=104;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.747;QD=63.1306;RBI=0.0144956;REFB=0;REVB=0.00905023;RO=0;SAF=83;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28465e-05;OID=.;OPOS=37306343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:184:189:0:0:184:189:1:101:83:0:0:104:85:0:0 chr2 37317869 . C T 1377.49 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.7;QD=62.613;RBI=0.0331071;REFB=0;REVB=-0.02756;RO=0;SAF=39;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.22848e-05;OID=.;OPOS=37317869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:49:39:0:0:49:39:0:0 chr2 37406644 . A G 1090.8 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195473;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.824;QD=59.7699;RBI=0.0219163;REFB=0;REVB=0.00991082;RO=0;SAF=47;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310765;OID=.;OPOS=37406644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:25:47:0:0:25:48:0:0 chr2 37406679 . GC G,GA,GG 993.99 PASS AF=0,0.0724638,0.927536;AO=10,5,53;DP=69;FAO=0,5,64;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3,40;FSAR=0,2,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174327,0.0164319,0.0171611;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=186.102,176.895,207.172;QD=57.6224;RBI=0.0199915,0.0568497,0.0195305;REFB=0,0,0;REVB=-0.00978579,0.0544232,-0.00932388;RO=0;SAF=7,3,33;SAR=3,2,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-3.88914e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0,0.00184263,0.000273599;OID=.,.,.;OPOS=37406680,37406680,37406680;OREF=C,C,C;OALT=-,A,G;OMAPALT=G,GA,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0724638,0.927536:10,5,53:69:0,5,64:69:0:0,3,40:0,2,24:0:0:16:0:7,3,33:3,2,20:0:0 chr2 37406681 . A G 57.79 PASS AF=0.15942;AO=10;DP=68;FAO=11;FDP=69;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.0113234;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=51.8141;QD=3.35004;RBI=0.0502469;REFB=-0.0135348;REVB=-0.0489544;RO=57;SAF=7;SAR=3;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938389;STB=0.514098;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.164504;OID=.;OPOS=37406681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:68:69:57:58:10:11:0.15942:3:7:36:21:4:7:36:22 chr2 37456032 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00517194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.135;QD=40.7623;RBI=0.0357855;REFB=0;REVB=0.0354098;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000492825;OID=.;OPOS=37456032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr2 37458668 . G A 395.82 PASS AF=0.420561;AO=44;DP=108;FAO=45;FDP=107;FR=.,HEALED;FRO=61;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=0.000835302;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9139;QD=14.7969;RBI=0.00472901;REFB=-0.019361;REVB=0.00465465;RO=45;SAF=22;SAR=22;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101194;STB=0.564549;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0306495;OID=.;OPOS=37458668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:45:61:44:45:0.420561:22:22:23:22:23:22:23:38 chr2 37477794 . C A 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00471265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.491;QD=55.6502;RBI=0.0191335;REFB=0;REVB=0.0185441;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131093;OID=.;OPOS=37477794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr2 37494591 . A G 232.94 PASS AF=0.55;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0141663;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.713;QD=23.2935;RBI=0.0142077;REFB=7.31585e-06;REVB=0.00108439;RO=18;SAF=7;SAR=15;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243875;STB=0.636665;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-6.15435e-05;OID=.;OPOS=37494591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:18:18:22:22:0.55:15:7:11:7:15:7:11:7 chr2 37505105 . T G 313.6 PASS AF=0.308271;AO=41;DP=133;FAO=41;FDP=133;FR=.;FRO=92;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=44;FWDB=0.00423101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0732;QD=9.43142;RBI=0.00964743;REFB=-0.0103736;REVB=-0.00867015;RO=89;SAF=22;SAR=19;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100376;STB=0.510304;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0208768;OID=.;OPOS=37505105;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:89:92:41:41:0.308271:19:22:47:42:19:22:48:44 chr2 37506939 . A G 304.07 PASS AF=0.336207;AO=38;DP=116;FAO=39;FDP=116;FR=.;FRO=77;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.0204416;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.645;QD=10.4851;RBI=0.0241636;REFB=-0.00566682;REVB=0.0128848;RO=77;SAF=19;SAR=19;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225109;STB=0.521421;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0100502;OID=.;OPOS=37506939;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:77:77:38:39:0.336207:19:19:37:40:19:20:37:40 chr2 37579937 . C T 318.01 PASS AF=0.376238;AO=38;DP=101;FAO=38;FDP=101;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.0169055;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9165;QD=12.5944;RBI=0.0178993;REFB=-0.010556;REVB=-0.00588101;RO=63;SAF=22;SAR=16;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840796;STB=0.5048;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0193712;OID=.;OPOS=37579937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:63:63:38:38:0.376238:16:22:36:27:16:22:36:27 chr2 37579971 . C T 384.09 PASS AF=0.368;AO=46;DP=126;FAO=46;FDP=125;FR=.;FRO=79;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=49;FSRR=30;FWDB=0.00529183;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.004;QD=12.2909;RBI=0.00616434;REFB=0.00484914;REVB=-0.00316159;RO=78;SAF=30;SAR=16;SRF=49;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288215;STB=0.521927;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00834024;OID=.;OPOS=37579971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:78:79:46:46:0.368:16:30:49:29:16:30:49:30 chr2 37599963 . A C 78.95 PASS AF=0.22;AO=11;DP=53;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.0111232;FXX=0.0740604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.299;QD=6.31575;RBI=0.015915;REFB=-0.00941736;REVB=-0.0113825;RO=37;SAF=2;SAR=9;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379994;STB=0.7495;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0229277;OID=.;OPOS=37599963;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:53:50:37:39:11:11:0.22:9:2:17:20:9:2:18:21 chr2 37872508 . G A 267.24 PASS AF=0.336842;AO=31;DP=94;FAO=32;FDP=95;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=-0.0696628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.888;QD=11.252;RBI=0.071984;REFB=0.00556394;REVB=-0.0181328;RO=59;SAF=14;SAR=17;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911552;STB=0.538438;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.0102687;OID=.;OPOS=37872508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:59:63:31:32:0.336842:17:14:22:37:18:14:24:39 chr2 38179134 . G A 770.63 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0314365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.604;QD=55.0447;RBI=0.0315751;REFB=0.137014;REVB=-0.00295495;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.50704;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.00140862;OID=.;OPOS=38179134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:20:35:0:0:20:35:1:0 chr2 38298150 . A G 209.29 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=0.0124429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.158;QD=11.6271;RBI=0.0172116;REFB=-0.0175119;REVB=-0.0118918;RO=46;SAF=13;SAR=13;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168943;STB=0.59715;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0299961;OID=.;OPOS=38298150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:13:13:16:30:13:13:16:30 chr2 38298203 . C G 193.02 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00459672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0718;QD=13.7869;RBI=0.0313395;REFB=-0.00112342;REVB=0.0310005;RO=33;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11387;STB=0.565161;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00302476;OID=.;OPOS=38298203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:10:13:15:18:10:13:15:18 chr2 38916970 . A T 208.31 PASS AF=0.256198;AO=31;DP=121;FAO=31;FDP=121;FR=.;FRO=90;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=-0.00815733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.387;QD=6.88623;RBI=0.0106084;REFB=-0.0086944;REVB=-0.006782;RO=89;SAF=16;SAR=15;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545202;STB=0.536718;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0237268;OID=.;OPOS=38916970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:89:90:31:31:0.256198:15:16:42:47:15:16:42:48 chr2 39008949 . G A 105.06 PASS AF=0.246154;AO=16;DP=65;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.0291565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.355;QD=6.46523;RBI=0.0294267;REFB=0.00913474;REVB=-0.00397831;RO=48;SAF=5;SAR=11;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290503;STB=0.51218;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.023783;OID=.;OPOS=39008949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:48:49:16:16:0.246154:11:5:16:32:11:5:16:33 chr2 39025555 . G A 211.72 PASS AF=0.321429;AO=27;DP=84;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.058832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.076;QD=10.0819;RBI=0.0588334;REFB=-0.00536074;REVB=-0.000409014;RO=56;SAF=15;SAR=12;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608461;STB=0.540511;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00713133;OID=.;OPOS=39025555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:56:57:27:27:0.321429:12:15:34:22:12:15:35:22 chr2 39050141 . A C 272.44 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00562232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.425;QD=51.8936;RBI=0.0382402;REFB=0;REVB=0.0378246;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173478;OID=.;OPOS=39050141;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr2 39082343 . AT AC,GC 1481.99 PASS AF=0.957895,0.0421053;AO=90,4;DP=96;FAO=91,4;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=34,0;FSAR=57,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00697326,-0.0295226;FXX=0.0104156;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=130.037,72.24;QD=62.3997;RBI=0.0135584,0.0329028;REFB=0,0;REVB=0.0116277,-0.0145262;RO=0;SAF=34,0;SAR=56,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.483e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000817248,0.0188796;OID=.,.;OPOS=39082344,39082343;OREF=T,AT;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:96:95:0:0:90,4:91,4:0.957895,0.0421053:56,4:34,0:0:0:57,4:34,0:0:0 chr2 39209426 . A G 79.73 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379082;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.253;QD=39.8659;RBI=0.0380929;REFB=0;REVB=0.0037459;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00514491;OID=.;OPOS=39209426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr2 39212566 . T TG 43.68 PASS AF=0.368421;AO=3;DP=26;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0251742;FXX=0.136302;HRUN=0;LEN=1;MLLD=271.191;QD=9.19483;RBI=0.0329067;REFB=-0.0126884;REVB=0.0211922;RO=23;SAF=3;SAR=0;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.740314;STB=0.599747;STBP=0.651;TYPE=ins;VARB=0.0175915;OID=.;OPOS=39212567;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:3:26:7:19:12:2:5:2:10:43:23:3:0:4:19 chr2 39212637 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0413477;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.617;QD=37.4885;RBI=0.04135;REFB=0;REVB=-0.000435967;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00038555;OID=.;OPOS=39212637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr2 39414818 . TA T 75.59 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0162667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.5685;QD=5.12446;RBI=0.108482;REFB=0.00787286;REVB=-0.107255;RO=37;SAF=11;SAR=7;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126199;STB=0.560906;STBP=0.545;TYPE=del;VARB=-0.0329734;OID=.;OPOS=39414819;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.305085:18:58:18:59:41:12:6:24:17:75:37:11:7:23:14 chr2 39477170 . T C 443.17 PASS AF=0.7;AO=35;DP=50;FAO=35;FDP=50;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0105727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.916;QD=35.4534;RBI=0.0214238;REFB=-0.0233462;REVB=0.0186332;RO=15;SAF=17;SAR=18;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996576;STB=0.554131;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0109315;OID=.;OPOS=39477170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:15:15:35:35:0.7:18:17:10:5:18:17:10:5 chr2 39507417 . T A 133.46 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.011122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.141;QD=15.7015;RBI=0.0132325;REFB=-0.0197002;REVB=0.00716924;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310618;STB=0.676712;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0190813;OID=.;OPOS=39507417;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:7:8:4:15:7:8:4:15 chr2 39519910 . T C 297.58 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.0338081;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0343;QD=13.226;RBI=0.0363692;REFB=0.0198439;REVB=-0.0134062;RO=57;SAF=16;SAR=18;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158754;STB=0.515103;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.0338646;OID=.;OPOS=39519910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:57:56:34:34:0.377778:18:16:26:31:18:16:25:31 chr2 39526947 . T C 1302.37 PASS AF=0.38601;AO=149;DP=386;FAO=149;FDP=386;FR=.;FRO=237;FSAF=62;FSAR=87;FSRF=102;FSRR=135;FWDB=0.00645072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.125;QD=13.4961;RBI=0.00677594;REFB=-0.0118649;REVB=-0.00207403;RO=236;SAF=62;SAR=87;SRF=102;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180141;STB=0.508988;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0189641;OID=.;OPOS=39526947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:386:386:236:237:149:149:0.38601:87:62:102:134:87:62:102:135 chr2 39583446 . A G 647.59 PASS AF=0.696203;AO=55;DP=79;FAO=55;FDP=79;FR=.;FRO=24;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.00898397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1214;QD=32.7894;RBI=0.0216399;REFB=0.00399224;REVB=0.0196868;RO=24;SAF=31;SAR=24;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197941;STB=0.606698;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00171397;OID=.;OPOS=39583446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:24:24:55:55:0.696203:24:31:5:19:24:31:5:19 chr2 40403104 . A G 389.9 PASS AF=0.679245;AO=36;DP=53;FAO=36;FDP=53;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0123449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.166;QD=29.4264;RBI=0.0123673;REFB=-0.0050923;REVB=-0.000743437;RO=17;SAF=19;SAR=17;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035809;STB=0.519483;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00331353;OID=.;OPOS=40403104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:17:17:36:36:0.679245:17:19:10:7:17:19:10:7 chr2 42396722 . A G 90.62 PASS AF=0.215385;AO=13;DP=67;FAO=14;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=48;FSRR=2;FWDB=-0.0389695;FXX=0.0298463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.877;QD=5.57648;RBI=0.0509181;REFB=-0.0264676;REVB=-0.0327724;RO=39;SAF=10;SAR=3;SRF=37;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414424;STB=0.762721;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0935175;OID=.;OPOS=42396722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:67:65:39:50:13:14:0.215385:3:10:37:2:3:11:48:2 chr2 42508018 . C T 124.21 PASS AF=0.234568;AO=19;DP=81;FAO=19;FDP=81;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.0097605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3634;QD=6.13396;RBI=0.055046;REFB=-0.0125309;REVB=-0.0541737;RO=61;SAF=10;SAR=9;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163868;STB=0.605563;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0495039;OID=.;OPOS=42508018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:61:62:19:19:0.234568:9:10:24:37:9:10:24:38 chr2 42510018 . A G 1509.5 PASS AF=0.964286;AO=103;DP=109;FAO=108;FDP=112;FR=.;FRO=4;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0642702;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.0295;QD=53.9109;RBI=0.0914523;REFB=-0.01795;REVB=-0.0650604;RO=4;SAF=55;SAR=48;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379086;STB=0.519227;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.000625951;OID=.;OPOS=42510018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:109:112:4:4:103:108:0.964286:48:55:0:4:50:58:0:4 chr2 42515388 . A G 603.56 PASS AF=0.646341;AO=53;DP=82;FAO=53;FDP=82;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00443007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.154;QD=29.4417;RBI=0.00475225;REFB=-0.00754191;REVB=0.00171999;RO=28;SAF=25;SAR=28;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00474104;STB=0.503921;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00399991;OID=.;OPOS=42515388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:28:29:53:53:0.646341:28:25:13:15:28:25:14:15 chr2 42515437 . A G 295.86 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0199242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5426;QD=22.3291;RBI=0.0377608;REFB=0.00224998;REVB=0.0320766;RO=22;SAF=16;SAR=14;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255786;STB=0.523914;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.0013527;OID=.;OPOS=42515437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:23:30:30:0.566038:14:16:11:11:14:16:11:12 chr2 42559444 . C T 644.88 PASS AF=0.6875;AO=55;DP=80;FAO=55;FDP=80;FR=.;FRO=25;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=4;FWDB=-0.0101191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.85;QD=32.2438;RBI=0.0263447;REFB=-0.0122589;REVB=-0.0243238;RO=25;SAF=31;SAR=24;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166829;STB=0.589761;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00771139;OID=.;OPOS=42559444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:25:25:55:55:0.6875:24:31:21:4:24:31:21:4 chr2 42560975 . A G 257.93 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0158602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5016;QD=18.4237;RBI=0.0392182;REFB=-0.0185115;REVB=0.0358681;RO=28;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0209319;OID=.;OPOS=42560975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:13:15:15:13:13:15:15:13 chr2 42577803 . T TAAATACACAC 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0312726;FXX=0;HRUN=2;LEN=10;MLLD=329.985;QD=7.12518;RBI=0.0333971;REFB=-0.00130332;REVB=-0.0117214;RO=18;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309661;STB=0.697101;STBP=0.218;TYPE=ins;VARB=0.00292926;OID=.;OPOS=42577804;OREF=-;OALT=AAATACACAC;OMAPALT=TAAATACACAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28:7:25:7:25:18:2:5:10:8:44:18:2:5:10:8 chr2 42588195 . T C 717.8 PASS AF=0.643564;AO=65;DP=100;FAO=65;FDP=101;FR=.;FRO=36;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0971696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.803;QD=28.4277;RBI=0.105795;REFB=0.0362404;REVB=-0.0418396;RO=35;SAF=33;SAR=32;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783436;STB=0.546827;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.0402596;OID=.;OPOS=42588195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:35:36:65:65:0.643564:32:33:22:13:32:33:23:13 chr2 42990101 . G C 167.37 PASS AF=0.270588;AO=23;DP=87;FAO=23;FDP=85;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.0107839;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.516;QD=7.87611;RBI=0.0111685;REFB=-0.00665594;REVB=-0.00290563;RO=63;SAF=17;SAR=6;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245386;STB=0.630969;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.024943;OID=.;OPOS=42990101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:63:62:23:23:0.270588:6:17:35:28:6:17:36:26 chr2 42990336 . T G 105.64 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0245744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.113;QD=7.54582;RBI=0.0346492;REFB=-0.0154635;REVB=-0.0244268;RO=40;SAF=5;SAR=10;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204081;STB=0.633964;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0390214;OID=.;OPOS=42990336;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:40:41:15:15:0.267857:10:5:20:20:10:5:21:20 chr2 42990522 . C T 218.78 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=0.0467159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.027;QD=11.6685;RBI=0.0469078;REFB=-0.0140928;REVB=-0.00423815;RO=48;SAF=13;SAR=14;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256983;STB=0.51484;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0632647;OID=.;OPOS=42990522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:48:27:27:0.36:14:13:22:26:14:13:22:26 chr2 43015704 . T A 223.11 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0188979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1469;QD=16.5264;RBI=0.0279788;REFB=-0.00464175;REVB=0.0206321;RO=28;SAF=3;SAR=22;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421048;STB=0.755118;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.01773;OID=.;OPOS=43015704;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:29:25:25:0.462963:22:3:12:16:22:3:13:16 chr2 43015719 . T C 191.6 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00120038;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.74;QD=14.7387;RBI=0.0208451;REFB=-0.00982626;REVB=-0.0208105;RO=30;SAF=3;SAR=19;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406593;STB=0.737608;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0128161;OID=.;OPOS=43015719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:19:3:13:17:19:3:13:17 chr2 43015757 . G A 166.42 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00185624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.188;QD=14.7928;RBI=0.0377182;REFB=-0.00469773;REVB=-0.0376725;RO=26;SAF=2;SAR=16;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45458;STB=0.782835;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0201416;OID=.;OPOS=43015757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:27:18:18:0.4:16:2:11:15:16:2:12:15 chr2 43450850 . CA AA,C 197.37 PASS AF=0.0120482,0.481928;AO=3,30;DP=75;FAO=1,40;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=0,20;FSAR=1,20;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=8.61752e-05,0.0344808;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=226.207,10.0789;QD=9.51177;RBI=0.00456859,0.04751;REFB=0.00703889,-0.119338;REVB=-0.00456778,-0.0326844;RO=39;SAF=1,19;SAR=2,11;SRF=17;SRR=22;SSEN=0,0.383117;SSEP=0,0;SSSB=-0.103834,0.199356;STB=0.989066,0.524378;STBP=0.466,0.673;TYPE=snp,del;VARB=0.215198,0.132415;OID=.,.;OPOS=43450850,43450851;OREF=C,A;OALT=A,-;OMAPALT=AA,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:75:83:39:42:3,30:1,40:0.0120482,0.481928:2,11:1,19:17:22:1,20:0,20:19:23 chr2 43625184 . T A 1193.95 PASS AF=0.586022;AO=108;DP=184;FAO=109;FDP=186;FR=.;FRO=77;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=26;FSRR=51;FWDB=-0.00861921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.929;QD=25.6764;RBI=0.00930245;REFB=-0.0064159;REVB=-0.00349925;RO=76;SAF=52;SAR=56;SRF=25;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117028;STB=0.558129;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.004417;OID=.;OPOS=43625184;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:186:76:77:108:109:0.586022:56:52:25:51:57:52:26:51 chr2 43635506 . T C 262.84 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0297439;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.239;QD=19.1159;RBI=0.0298803;REFB=-0.0209211;REVB=0.00285212;RO=27;SAF=12;SAR=16;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867803;STB=0.548353;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0229041;OID=.;OPOS=43635506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:16:12:9:18:16:12:9:18 chr2 43793899 . G A 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0316942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7384;QD=9.7601;RBI=0.0739485;REFB=-0.0240711;REVB=-0.0668122;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29761;STB=0.676997;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0274168;OID=.;OPOS=43793899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:2:10:4:3:2:10 chr2 43902511 . G C 298.27 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0129188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7723;QD=23.8615;RBI=0.0304589;REFB=0.00437354;REVB=-0.0275836;RO=23;SAF=11;SAR=16;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131256;STB=0.57308;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00630404;OID=.;OPOS=43902511;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:16:11:13:10:16:11:13:10 chr2 43903066 . A G 419.17 PASS AF=0.703704;AO=38;DP=54;FAO=38;FDP=54;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00775121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.676;QD=31.0494;RBI=0.0290616;REFB=-0.000457173;REVB=0.0280089;RO=16;SAF=20;SAR=18;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143918;STB=0.507808;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.000391714;OID=.;OPOS=43903066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:16:16:38:38:0.703704:18:20:8:8:18:20:8:8 chr2 43903354 . T C 1122.11 PASS AF=0.544041;AO=105;DP=193;FAO=105;FDP=193;FR=.;FRO=88;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=-0.00928564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.452;QD=23.2562;RBI=0.0109455;REFB=-0.0118285;REVB=-0.00579495;RO=88;SAF=46;SAR=59;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0993808;STB=0.554227;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00883146;OID=.;OPOS=43903354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:88:88:105:105:0.544041:59:46:49:39:59:46:49:39 chr2 44053564 . A G 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0115654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.235;QD=14.904;RBI=0.0117109;REFB=-0.00497734;REVB=-0.0018403;RO=32;SAF=9;SAR=17;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631405;STB=0.557332;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00608282;OID=.;OPOS=44053564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:34:26:26:0.433333:17:9:13:19:17:9:15:19 chr2 44066174 . T G 470.31 PASS AF=0.811321;AO=24;DP=36;FAO=43;FDP=53;FR=.;FRO=10;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.147571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=33.3209;QD=35.4947;RBI=0.147881;REFB=-0.0722466;REVB=-0.00956794;RO=9;SAF=15;SAR=9;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832305;STB=0.505514;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0688405;OID=.;OPOS=44066174;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:36:53:9:10:24:43:0.811321:9:15:7:2:14:29:7:3 chr2 44071743 . A G 480.5 PASS AF=0.567901;AO=45;DP=81;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0288658;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.808;QD=23.7286;RBI=0.0299329;REFB=-0.0163964;REVB=-0.00792128;RO=35;SAF=18;SAR=27;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723731;STB=0.535454;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.017216;OID=.;OPOS=44071743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:35:35:45:46:0.567901:27:18:11:24:28:18:11:24 chr2 44099433 . C A 950.89 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00927982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.083;QD=58.516;RBI=0.0251635;REFB=0;REVB=0.0233899;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162057;OID=.;OPOS=44099433;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:38:26:0:0:38:27:0:0 chr2 44101537 . AC A,AT 1847.0 PASS AF=0.0227273,0.977273;AO=24,96;DP=132;FAO=3,129;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=2,69;FSAR=1,60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416941,0.0576753;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=28.1421,33.6393;QD=55.9698;RBI=0.0583694,0.0997313;REFB=0,0;REVB=-0.0408484,-0.0813627;RO=1;SAF=20,46;SAR=4,50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0226226,-0.010198;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.080526,0.0361162;OID=.,.;OPOS=44101538,44101538;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0227273,0.977273:24,96:132:3,129:132:0:2,69:1,60:0:0:4:1:20,46:4,50:1:0 chr2 44102491 . C T 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0168392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.431;QD=13.336;RBI=0.0169309;REFB=-0.0332279;REVB=0.00176058;RO=24;SAF=3;SAR=12;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135386;STB=0.507926;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0466451;OID=.;OPOS=44102491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:12:3:5:19:12:3:5:19 chr2 44104925 . T C 930.24 PASS AF=0.970149;AO=59;DP=62;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0677891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3559;QD=55.5368;RBI=0.0845002;REFB=-0.131347;REVB=0.0504473;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513509;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00191794;OID=.;OPOS=44104925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:67:0:2:59:65:0.970149:35:24:0:0:36:29:0:2 chr2 44201376 . T C 788.85 PASS AF=0.651376;AO=71;DP=110;FAO=71;FDP=109;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00429969;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.408;QD=28.9488;RBI=0.00441765;REFB=-0.0206612;REVB=0.00101405;RO=38;SAF=26;SAR=45;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019703;STB=0.510653;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.012734;OID=.;OPOS=44201376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:38:38:71:71:0.651376:45:26:15:23:45:26:15:23 chr2 44461103 . C G 494.14 PASS AF=0.652174;AO=45;DP=69;FAO=45;FDP=69;FR=.;FRO=24;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0143078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.077;QD=28.6459;RBI=0.0146561;REFB=0.00252581;REVB=-0.00317614;RO=23;SAF=26;SAR=19;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143161;STB=0.584795;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00171177;OID=.;OPOS=44461103;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:23:24:45:45:0.652174:19:26:8:15:19:26:8:16 chr2 44502788 . A C 792.72 PASS AF=0.587302;AO=74;DP=123;FAO=74;FDP=126;FR=.;FRO=52;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=40;FWDB=-0.00606304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.795;QD=25.1658;RBI=0.00730655;REFB=-0.0113967;REVB=-0.00407741;RO=49;SAF=40;SAR=34;SRF=10;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243992;STB=0.626025;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0154627;OID=.;OPOS=44502788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:126:49:52:74:74:0.587302:34:40:10:39:34:40:12:40 chr2 44547574 . G A 404.76 PASS AF=0.555556;AO=39;DP=71;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0163079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.263;QD=22.4864;RBI=0.0202028;REFB=-0.00885458;REVB=-0.0119249;RO=32;SAF=18;SAR=21;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09778;STB=0.558795;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00561108;OID=.;OPOS=44547574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:32:32:39:40:0.555556:21:18:11:21:21:19:11:21 chr2 45149003 . C T 124.15 PASS AF=0.314815;AO=16;DP=53;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00609777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.396;QD=9.19594;RBI=0.017391;REFB=-0.00319749;REVB=0.0162869;RO=37;SAF=5;SAR=11;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511942;STB=0.545399;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0068279;OID=.;OPOS=45149003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:37:37:16:17:0.314815:11:5:13:24:12:5:13:24 chr2 45149373 . G T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0847447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.838;QD=14.0438;RBI=0.0899315;REFB=-0.0527622;REVB=-0.0301002;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165639;STB=0.651584;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0196943;OID=.;OPOS=45149373;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:3:4:5:5:0.555556:3:2:2:1:3:2:3:1 chr2 45171842 . A G 747.08 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.761;QD=63.5815;RBI=0.0521405;REFB=0;REVB=0.0491821;RO=0;SAF=30;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145887;OID=.;OPOS=45171842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:16:30:0:0:16:31:0:0 chr2 45640334 . T C 665.56 PASS AF=0.455696;AO=71;DP=158;FAO=72;FDP=158;FR=.;FRO=86;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=46;FSRR=40;FWDB=0.00594579;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.873;QD=16.8497;RBI=0.00674557;REFB=-0.00440281;REVB=-0.00318596;RO=77;SAF=31;SAR=40;SRF=46;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150557;STB=0.549282;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00461702;OID=.;OPOS=45640334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:77:86:71:72:0.455696:40:31:46:31:40:32:46:40 chr2 45640374 . C A 434.01 PASS AF=0.386364;AO=50;DP=133;FAO=51;FDP=132;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=0.0144123;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5558;QD=13.1517;RBI=0.021983;REFB=-0.0355638;REVB=0.0165994;RO=81;SAF=32;SAR=18;SRF=32;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265299;STB=0.634455;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.038475;OID=.;OPOS=45640374;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:81:81:50:51:0.386364:18:32:32:49:19:32:33:48 chr2 45645512 . C T 326.54 PASS AF=0.37037;AO=39;DP=106;FAO=40;FDP=108;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.00467409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.695;QD=12.0941;RBI=0.00796193;REFB=0.000567835;REVB=0.00644556;RO=67;SAF=23;SAR=16;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590618;STB=0.545432;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.000954721;OID=.;OPOS=45645512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:67:68:39:40:0.37037:16:23:36:31:16:24:36:32 chr2 45796468 . C G 45.33 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0108144;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.187;QD=6.97403;RBI=0.0114145;REFB=-0.00626638;REVB=0.00365236;RO=18;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413192;STB=0.7597;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0172747;OID=.;OPOS=45796468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:27:26:18:19:7:7:0.269231:6:1:8:10:6:1:8:11 chr2 45796479 . C T 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0165172;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.824;QD=7.95474;RBI=0.0251849;REFB=-0.0226167;REVB=-0.0190122;RO=19;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21811;STB=0.637927;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0470312;OID=.;OPOS=45796479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:6:2:8:11:6:2:8:11 chr2 45796481 . G A 193.89 PASS AF=0.703704;AO=18;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00102759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.015;QD=28.7246;RBI=0.0175418;REFB=-0.0331719;REVB=0.0175117;RO=8;SAF=7;SAR=11;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829872;STB=0.552791;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.00975983;OID=.;OPOS=45796481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:27:27:8:8:18:19:0.703704:11:7:2:6:11:8:2:6 chr2 46313481 . C T 234.41 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00393527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.86;QD=13.0228;RBI=0.0133014;REFB=-0.0162052;REVB=0.012706;RO=42;SAF=13;SAR=15;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625247;STB=0.521853;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0226589;OID=.;OPOS=46313481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:44:28:28:0.388889:15:13:22:20:15:13:22:22 chr2 46707851 . G A 194.35 PASS AF=0.633333;AO=17;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0928398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.86;QD=25.914;RBI=0.0957972;REFB=-0.0427867;REVB=-0.0236195;RO=12;SAF=5;SAR=12;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399495;STB=0.576395;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0559325;OID=.;OPOS=46707851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:12:11:17:19:0.633333:12:5:3:9:12:7:2:9 chr2 46707884 . AA GG 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=199.635;QD=18.7442;RBI=0.00436445;REFB=-0.0161959;REVB=-0.00436445;RO=4;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00636747;OID=.;OPOS=46707884;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:7:0:0:4:7:0:0:4 chr2 46799852 . G T 343.2 PASS AF=0.365217;AO=42;DP=114;FAO=42;FDP=115;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=46;FSRR=27;FWDB=-0.046725;FXX=0.0170926;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7119;QD=11.9375;RBI=0.0926032;REFB=-0.00488641;REVB=-0.0799507;RO=71;SAF=27;SAR=15;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108093;STB=0.508744;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00369182;OID=.;OPOS=46799852;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:71:73:42:42:0.365217:15:27:45:26:15:27:46:27 chr2 46986182 . T G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0106723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.706;QD=14.0438;RBI=0.0664706;REFB=-0.0112765;REVB=-0.0656082;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118169;STB=0.571155;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0136423;OID=.;OPOS=46986182;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:3:1:2:3:3:1 chr2 47045309 . C T 179.58 PASS AF=0.463415;AO=18;DP=40;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0662733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5978;QD=17.5202;RBI=0.0795626;REFB=-0.00560168;REVB=0.0440234;RO=22;SAF=8;SAR=10;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267886;STB=0.634384;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.013594;OID=.;OPOS=47045309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:22:22:18:19:0.463415:10:8:16:6:10:9:16:6 chr2 47129927 . G C 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0258371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4217;QD=11.9535;RBI=0.0572722;REFB=0.0352747;REVB=0.0511131;RO=11;SAF=7;SAR=1;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110679;STB=0.567382;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.0372216;OID=.;OPOS=47129927;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:1:7:9:2:1:7:9:2 chr2 47129944 . G A 101.77 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.02697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.033;QD=16.9613;RBI=0.0296188;REFB=-0.0315151;REVB=-0.012243;RO=12;SAF=11;SAR=1;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188202;STB=0.610894;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0223081;OID=.;OPOS=47129944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:24:24:12:12:12:12:0.5:1:11:10:2:1:11:10:2 chr2 47133055 . T C 516.4 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00345099;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.927;QD=24.5904;RBI=0.0132506;REFB=-0.0155571;REVB=0.0127933;RO=35;SAF=22;SAR=26;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651345;STB=0.541649;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0124796;OID=.;OPOS=47133055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:35:36:48:48:0.571429:26:22:19:16:26:22:20:16 chr2 47168774 . C G 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00598142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.458;QD=7.04802;RBI=0.0145826;REFB=-0.0162357;REVB=-0.0132994;RO=21;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275046;STB=0.685043;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0581802;OID=.;OPOS=47168774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:21:22:8:8:0.266667:3:5:8:13:3:5:8:14 chr2 47201797 . A T 290.46 PASS AF=0.360656;AO=40;DP=111;FAO=44;FDP=122;FR=.;FRO=78;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=-0.0286468;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=28.7868;QD=9.52319;RBI=0.0683726;REFB=-0.0158609;REVB=-0.062082;RO=71;SAF=12;SAR=28;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228188;STB=0.65693;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0570973;OID=.;OPOS=47201797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:122:71:78:40:44:0.360656:28:12:35:36:32:12:39:39 chr2 47251469 . G C 167.05 PASS AF=0.283951;AO=23;DP=81;FAO=23;FDP=81;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0744819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6397;QD=8.24943;RBI=0.0841786;REFB=-0.0103042;REVB=-0.0392235;RO=56;SAF=15;SAR=8;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205816;STB=0.611808;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.029133;OID=.;OPOS=47251469;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:56:58:23:23:0.283951:8:15:27:29:8:15:29:29 chr2 47273567 . TG T 37.15 PASS AF=0.232143;AO=15;DP=57;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.0203194;FXX=0.0175408;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.3796;QD=2.65324;RBI=0.0468954;REFB=-0.036029;REVB=-0.0422647;RO=37;SAF=2;SAR=13;SRF=15;SRR=22;SSEN=0.344444;SSEP=0;SSSB=-0.415559;STB=0.766976;STBP=0.051;TYPE=del;VARB=0.0685015;OID=.;OPOS=47273568;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.232143:15:57:13:56:43:2:11:19:24:37:37:2:13:15:22 chr2 47274443 . G T 79.96 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00641015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.065;QD=7.26906;RBI=0.010702;REFB=-0.000525391;REVB=0.00856989;RO=33;SAF=8;SAR=3;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421788;STB=0.761451;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00253769;OID=.;OPOS=47274443;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:44:44:33:33:11:11:0.25:3:8:12:21:3:8:12:21 chr2 47301029 . A C,G 744.25 PASS AF=0.0377358,0.962264;AO=2,51;DP=53;FAO=2,51;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=1,25;FSAR=1,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00704816,0.00914853;FXX=0.0185151;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=38.5304,158.523;QD=56.1695;RBI=0.0551698,0.00942199;REFB=0,0;REVB=-0.0547178,-0.00225352;RO=0;SAF=1,25;SAR=1,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.94283e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.071653,-2.10976e-05;OID=.,.;OPOS=47301029,47301029;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:53:53:0:0:2,51:2,51:0.0377358,0.962264:1,26:1,25:0:0:1,26:1,25:0:0 chr2 47301624 . T C,TTGGGGCCTC 673.61 PASS AF=0.0963855,0.626506;AO=13,44;DP=88;FAO=8,52;FDP=83;FR=.;FRO=23;FSAF=7,32;FSAR=1,20;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0044444,-0.0193596;FXX=0.0348797;HRUN=3,3;LEN=1,9;MLLD=154.572,173.406;QD=32.4632;RBI=0.0160131,0.0198073;REFB=-0.0127146,-0.0228403;REVB=-0.015384,-0.00418753;RO=25;SAF=10,29;SAR=3,15;SRF=14;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.265113,0.0713943;STB=0.792955,0.516123;STBP=0.109,0.679;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00291951,0.00971251;OID=.,.;OPOS=47301624,47301625;OREF=T,-;OALT=C,TGGGGCCTC;OMAPALT=C,TTGGGGCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:88:83:25:23:13,44:8,52:0.0963855,0.626506:3,15:10,29:14:11:1,20:7,32:13:10 chr2 47596853 . C CG 141.54 PASS AF=0.488889;AO=21;DP=48;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00980026;FXX=0.062487;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.9746;QD=12.5811;RBI=0.067216;REFB=0.0335991;REVB=0.0664977;RO=25;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497351;STB=0.534382;STBP=0.67;TYPE=ins;VARB=-0.0395525;OID=.;OPOS=47596854;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488889:21:48:22:45:23:10:12:12:11:99:25:9:12:12:13 chr2 47601106 . T C 270.77 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0127385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1322;QD=16.9228;RBI=0.017668;REFB=0.0093005;REVB=0.0122428;RO=34;SAF=16;SAR=14;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869814;STB=0.548824;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.0111545;OID=.;OPOS=47601106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:14:16:15:19:14:16:15:19 chr2 47604176 . C T 111.57 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0382528;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4036;QD=14.3961;RBI=0.0591559;REFB=-0.00064187;REVB=-0.0451236;RO=18;SAF=3;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396217;STB=0.73261;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00246623;OID=.;OPOS=47604176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:10:3:11:7:10:3:11:7 chr2 47739551 . A G 270.96 PASS AF=0.359551;AO=32;DP=89;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0336288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.123;QD=12.1778;RBI=0.0381721;REFB=-0.0123642;REVB=-0.0180614;RO=54;SAF=12;SAR=20;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11978;STB=0.57632;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0234612;OID=.;OPOS=47739551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:54:57:32:32:0.359551:20:12:26:28:20:12:28:29 chr2 48010488 . G A 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0167851;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=315.843;QD=5.44272;RBI=0.0239005;REFB=-0.0082215;REVB=-0.0170145;RO=20;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362124;STB=0.523733;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0256671;OID=.;OPOS=48010488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:5:1:3:17:5:1:3:17 chr2 48030692 . T A 430.61 PASS AF=0.358108;AO=50;DP=137;FAO=53;FDP=148;FR=.;FRO=95;FSAF=12;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=64;FWDB=-0.0286518;FXX=0.0133324;HRUN=7;LEN=1;MLLD=83.5171;QD=11.6382;RBI=0.0287028;REFB=-0.0345559;REVB=0.00170918;RO=86;SAF=12;SAR=38;SRF=29;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134891;STB=0.583162;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0406437;OID=.;OPOS=48030692;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:148:86:95:50:53:0.358108:38:12:29:57:41:12:31:64 chr2 48602252 . C T 836.81 PASS AF=0.695238;AO=73;DP=105;FAO=73;FDP=105;FR=.;FRO=32;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00284997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.569;QD=31.8784;RBI=0.00831279;REFB=-0.034523;REVB=0.00780899;RO=32;SAF=28;SAR=45;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156707;STB=0.584392;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0141634;OID=.;OPOS=48602252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:32:32:73:73:0.695238:45:28:21:11:45:28:21:11 chr2 48756682 . C G 2271.54 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0718284;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6805;QD=63.5397;RBI=0.124617;REFB=0;REVB=0.101834;RO=0;SAF=60;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67788e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000883421;OID=.;OPOS=48756682;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:135:143:0:0:135:143:1:75:60:0:0:83:60:0:0 chr2 48807796 . A C 347.95 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00354018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.755;QD=51.5481;RBI=0.0564734;REFB=-0.139526;REVB=0.0563623;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518504;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00208305;OID=.;OPOS=48807796;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:13:13:0:0:13:13:0:1 chr2 48807976 . T C 502.39 PASS AF=0.880952;AO=35;DP=40;FAO=37;FDP=42;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.056016;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=81.295;QD=47.8471;RBI=0.0571095;REFB=-0.0540929;REVB=0.0111221;RO=5;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103604;STB=0.555526;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00697645;OID=.;OPOS=48807976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:40:42:5:5:35:37:0.880952:20:15:0:5:20:17:0:5 chr2 48808152 . G C 288.33 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.551;QD=52.4228;RBI=0.0490816;REFB=0;REVB=-0.0446451;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000420267;OID=.;OPOS=48808152;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:10:11:0:0:10:12:0:0 chr2 48808594 . C T 761.42 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0156361;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.667;QD=53.4326;RBI=0.0178189;REFB=-0.0796649;REVB=-0.00854537;RO=2;SAF=32;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285525;STB=0.515146;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00103532;OID=.;OPOS=48808594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:57:2:2:55:55:0.964912:23:32:2:0:23:32:2:0 chr2 48808882 . T A 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.42;QD=57.8836;RBI=0.0172103;REFB=0;REVB=0.00683381;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.69628e-05;OID=.;OPOS=48808882;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:22:38:0:0:22:38:0:0 chr2 48808898 . C T 915.78 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00212041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.867;QD=58.1448;RBI=0.0289452;REFB=0;REVB=-0.0288674;RO=0;SAF=42;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.29317e-05;OID=.;OPOS=48808898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:61:63:1:19:42:0:0:21:42:0:0 chr2 48809593 . G T 1377.66 PASS AF=0.967742;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00641883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.09;QD=59.2543;RBI=0.0291842;REFB=-0.0978525;REVB=0.0284696;RO=3;SAF=48;SAR=42;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00818754;STB=0.504322;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.000389891;OID=.;OPOS=48809593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:93:93:3:3:90:90:0.967742:42:48:2:1:42:48:2:1 chr2 48898798 . T A 2206.54 PASS AF=0.986014;AO=141;DP=145;FAO=141;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0115495;FXX=0.0137922;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5862;QD=61.7215;RBI=0.0304498;REFB=0.0433343;REVB=-0.0281745;RO=2;SAF=63;SAR=78;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00143042;STB=0.500752;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.00108256;OID=.;OPOS=48898798;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:145:143:2:2:141:141:0.986014:78:63:1:1:78:63:1:1 chr2 48915871 . A G 389.85 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0274083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6202;QD=21.6581;RBI=0.0618475;REFB=-0.0149015;REVB=0.0554427;RO=33;SAF=19;SAR=20;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776686;STB=0.542835;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0150689;OID=.;OPOS=48915871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:20:19:13:20:20:19:13:20 chr2 48921375 . T C 383.22 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0183663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.338;QD=22.8788;RBI=0.0215863;REFB=-0.0169047;REVB=0.0113423;RO=28;SAF=25;SAR=13;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427823;STB=0.533714;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0133994;OID=.;OPOS=48921375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:29:38:38:0.567164:13:25:17:11:13:25:17:12 chr2 48960032 . G A 37.14 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00509588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.711;QD=8.25262;RBI=0.00756899;REFB=-0.00438508;REVB=0.00559656;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469701;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0524722;OID=.;OPOS=48960032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:11:12:6:6:0.333333:3:3:5:6:3:3:6:6 chr2 48982690 . C T 156.14 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0623635;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.382;QD=14.8706;RBI=0.0669904;REFB=-0.0147376;REVB=0.0244643;RO=24;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836578;STB=0.532126;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0227565;OID=.;OPOS=48982690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:24:25:17:17:0.404762:10:7:8:16:10:7:9:16 chr2 49189921 . C T 659.18 PASS AF=0.640449;AO=57;DP=89;FAO=57;FDP=89;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0100261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.278;QD=29.6258;RBI=0.0148058;REFB=-0.0238024;REVB=0.0108944;RO=32;SAF=26;SAR=31;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292036;STB=0.515842;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0135304;OID=.;OPOS=49189921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:32:32:57:57:0.640449:31:26:16:16:31:26:16:16 chr2 49191041 . C T 195.84 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00253837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9202;QD=25.2697;RBI=0.00715451;REFB=0.0105897;REVB=-0.00668907;RO=12;SAF=13;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25187;STB=0.640693;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.0121295;OID=.;OPOS=49191041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:6:13:4:8:6:13:4:8 chr2 50148972 . C T 84.75 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00647792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.458;QD=10.9356;RBI=0.0103101;REFB=-0.00527829;REVB=-0.00802087;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120689;STB=0.558174;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0121611;OID=.;OPOS=50148972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:19:20:11:11:0.354839:4:7:10:9:4:7:11:9 chr2 50201110 . A G 770.06 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00264423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5509;QD=55.0043;RBI=0.03472;REFB=-0.0330152;REVB=0.0346192;RO=1;SAF=29;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159783;STB=0.508471;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0125111;OID=.;OPOS=50201110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:26:29:1:0:26:29:1:0 chr2 50850686 . G A 224.87 PASS AF=0.278261;AO=32;DP=116;FAO=32;FDP=115;FR=.;FRO=83;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.0236617;FXX=0.0170926;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.258;QD=7.82169;RBI=0.0247111;REFB=-0.00703736;REVB=-0.00712471;RO=82;SAF=11;SAR=21;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165504;STB=0.59484;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0219874;OID=.;OPOS=50850686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:82:83:32:32:0.278261:21:11:39:43:21:11:39:44 chr2 53955850 . C T 505.24 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.16;QD=57.7421;RBI=0.0403608;REFB=0;REVB=0.0117213;RO=1;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239715;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178247;OID=.;OPOS=53955850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:1:0:34:35:1:19:15:0:1:20:15:0:0 chr2 54035447 . A G 1222.69 PASS AF=0.987805;AO=79;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0184586;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6974;QD=59.6434;RBI=0.0199285;REFB=-0.119879;REVB=0.00751185;RO=1;SAF=42;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111386;STB=0.505746;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000842171;OID=.;OPOS=54035447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:82:82:1:1:79:81:0.987805:37:42:1:0:38:43:1:0 chr2 54115904 . A G 194.28 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00123006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.774;QD=12.3351;RBI=0.0355016;REFB=-0.0141473;REVB=-0.0354803;RO=39;SAF=15;SAR=9;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961823;STB=0.555509;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.026278;OID=.;OPOS=54115904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:9:15:21:18:9:15:21:18 chr2 54120025 . A T 1058.6 PASS AF=0.627586;AO=91;DP=145;FAO=91;FDP=145;FR=.;FRO=54;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.00448797;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.118;QD=29.2028;RBI=0.0203799;REFB=-0.015737;REVB=-0.0198796;RO=52;SAF=48;SAR=43;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702017;STB=0.54462;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00726618;OID=.;OPOS=54120025;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:52:54:91:91:0.627586:43:48:22:30:43:48:22:32 chr2 54120820 . G A 166.41 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0380275;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1836;QD=14.1624;RBI=0.0386651;REFB=-0.0145519;REVB=-0.00699301;RO=29;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182975;STB=0.510626;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00991956;OID=.;OPOS=54120820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:29:29:18:18:0.382979:9:9:14:15:9:9:14:15 chr2 54125495 . T C 171.36 PASS AF=0.396226;AO=19;DP=52;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00648505;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.273;QD=12.9328;RBI=0.0099011;REFB=-0.0117776;REVB=-0.00748171;RO=14;SAF=5;SAR=14;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20463;STB=0.519462;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0199703;OID=.;OPOS=54125495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:14:32:19:21:0.396226:14:5:7:7:15:6:10:22 chr2 54127041 . C T 630.81 PASS AF=0.525;AO=63;DP=120;FAO=63;FDP=120;FR=.;FRO=57;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0216145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5497;QD=21.027;RBI=0.0269208;REFB=-0.0037019;REVB=-0.0160482;RO=55;SAF=39;SAR=24;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807517;STB=0.545664;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0054672;OID=.;OPOS=54127041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:55:57:63:63:0.525:24:39:29:26:24:39:30:27 chr2 54133744 . T C 251.42 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00524256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.027;QD=20.524;RBI=0.0372719;REFB=-0.0355266;REVB=0.0369014;RO=25;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167601;STB=0.509426;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0364608;OID=.;OPOS=54133744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:13:11:11:14:13:11:11:14 chr2 54144448 . T C 1863.66 PASS AF=0.556962;AO=176;DP=316;FAO=176;FDP=316;FR=.;FRO=140;FSAF=58;FSAR=118;FSRF=51;FSRR=89;FWDB=0.013919;FXX=0.00315447;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.558;QD=23.5906;RBI=0.0287368;REFB=-0.0242671;REVB=0.0251409;RO=137;SAF=58;SAR=118;SRF=51;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383867;STB=0.517209;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0188104;OID=.;OPOS=54144448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:316:316:137:140:176:176:0.556962:118:58:51:86:118:58:51:89 chr2 54482989 . C T 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.025666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.799;QD=11.5974;RBI=0.0315044;REFB=-0.0272672;REVB=0.0182698;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064554;STB=0.538397;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0509351;OID=.;OPOS=54482989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:5:7:11:10:5:7:11:10 chr2 54494448 . G A 783.62 PASS AF=0.615385;AO=72;DP=116;FAO=72;FDP=117;FR=.;FRO=45;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=36;FSRR=9;FWDB=-0.00861555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.806;QD=26.7904;RBI=0.00862614;REFB=-0.00528874;REVB=-0.000427222;RO=44;SAF=32;SAR=40;SRF=36;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257474;STB=0.634293;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00348104;OID=.;OPOS=54494448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:44:45:72:72:0.615385:40:32:36:8:40:32:36:9 chr2 54557360 . A G 155.93 PASS AF=0.283784;AO=21;DP=76;FAO=21;FDP=74;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.000921211;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.246;QD=8.42855;RBI=0.00933151;REFB=-0.0153552;REVB=-0.00928593;RO=52;SAF=11;SAR=10;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968612;STB=0.550658;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0414209;OID=.;OPOS=54557360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:74:52:53:21:21:0.283784:10:11:23:29:10:11:24:29 chr2 54587596 . C T 636.36 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00525778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5898;QD=59.1961;RBI=0.0477841;REFB=-0.131151;REVB=0.0474939;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515144;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00444079;OID=.;OPOS=54587596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:43:0:1:42:42:0.976744:26:16:0:0:26:16:1:0 chr2 54587659 . G C 164.89 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0192833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.376;QD=21.2759;RBI=0.0324591;REFB=-0.0251799;REVB=-0.0261103;RO=13;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522387;STB=0.545401;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0090591;OID=.;OPOS=54587659;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:13:14:17:17:0.548387:9:8:7:6:9:8:8:6 chr2 54756740 . C T 227.22 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0135492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.023;QD=28.4021;RBI=0.0145157;REFB=-0.0268912;REVB=-0.00520823;RO=11;SAF=12;SAR=9;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238583;STB=0.631458;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0295354;OID=.;OPOS=54756740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:9:12:2:9:9:12:2:9 chr2 54858664 . C T 374.84 PASS AF=0.631579;AO=36;DP=57;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0231319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.175;QD=26.3045;RBI=0.0326358;REFB=0.00191368;REVB=0.0230219;RO=21;SAF=20;SAR=16;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215842;STB=0.511804;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.00122266;OID=.;OPOS=54858664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:21:36:36:0.631579:16:20:11:10:16:20:11:10 chr2 55040426 . A G,T 1802.28 PASS AF=0.950413,0.0495868;AO=113,7;DP=121;FAO=115,6;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=62,0;FSAR=53,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244,0.0241889;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=83.1106,126.202;QD=59.5794;RBI=0.0470103,0.0243811;REFB=0,0;REVB=0.0401822,0.00305553;RO=1;SAF=62,0;SAR=51,7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0092192,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00153442,0.0204175;OID=.,.;OPOS=55040426,55040426;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:121:121:1:0:113,7:115,6:0.950413,0.0495868:51,7:62,0:0:1:53,6:62,0:0:0 chr2 55091029 . C T 197.82 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=29;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0424606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.947;QD=26.3755;RBI=0.0622662;REFB=-0.064973;REVB=0.0455431;RO=10;SAF=6;SAR=12;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471805;STB=0.538422;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0193624;OID=.;OPOS=55091029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:30:10:10:18:20:0.666667:12:6:4:6:14:6:4:6 chr2 55186394 . A C 836.26 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260028;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.398;QD=57.6732;RBI=0.0282805;REFB=0;REVB=0.0111196;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.61648e-05;OID=.;OPOS=55186394;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:34:24:0:0:34:24:0:0 chr2 55404794 . G A 1120.27 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017589;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.291;QD=60.5551;RBI=0.0176151;REFB=0;REVB=-0.000959787;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.67452e-05;OID=.;OPOS=55404794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:43:31:0:0:43:31:0:0 chr2 55407754 . C T 1293.99 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0522076;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.907;QD=60.8935;RBI=0.0761464;REFB=0;REVB=0.0554314;RO=0;SAF=53;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411428;OID=.;OPOS=55407754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:84:85:0:0:83:85:1:30:53:0:0:30:55:0:0 chr2 55470115 . C T 740.37 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3035;QD=56.9517;RBI=0.0257244;REFB=0;REVB=-0.00727598;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164609;OID=.;OPOS=55470115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr2 55490819 . G T 945.37 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000492081;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6428;QD=57.2954;RBI=0.0376549;REFB=-0.123058;REVB=0.0376517;RO=0;SAF=46;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.91737e-08;STB=0.512817;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00214522;OID=.;OPOS=55490819;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:67:66:0:1:65:65:0.984848:19:46:0:0:19:46:0:1 chr2 55516723 . C T 739.12 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00183154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.5;QD=54.7495;RBI=0.0324277;REFB=-0.153768;REVB=-0.0323759;RO=1;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159663;STB=0.508194;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0011069;OID=.;OPOS=55516723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:52:53:0.981481:29:23:0:1:30:23:0:1 chr2 55522422 . A G 2217.51 PASS AF=0.97931;AO=142;DP=144;FAO=142;FDP=145;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00470329;FXX=0.00684885;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.332;QD=61.1728;RBI=0.00863382;REFB=-0.126293;REVB=0.0072403;RO=2;SAF=64;SAR=78;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120352;STB=0.502453;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00167263;OID=.;OPOS=55522422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:144:145:2:3:142:142:0.97931:78:64:0:2:78:64:1:2 chr2 55764627 . G A 173.92 PASS AF=0.222222;AO=29;DP=126;FAO=28;FDP=126;FR=.;FRO=98;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=53;FSRR=45;FWDB=-0.00625436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3176;QD=5.52134;RBI=0.0163632;REFB=0.00199912;REVB=-0.0151208;RO=97;SAF=22;SAR=7;SRF=53;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292047;STB=0.713575;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00860774;OID=.;OPOS=55764627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:97:98:29:28:0.222222:7:22:53:44:6:22:53:45 chr2 55771161 . A G 664.83 PASS AF=0.613861;AO=62;DP=102;FAO=62;FDP=101;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0593273;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8298;QD=26.3297;RBI=0.059475;REFB=-0.00227653;REVB=-0.00418921;RO=38;SAF=26;SAR=36;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075485;STB=0.544896;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00244173;OID=.;OPOS=55771161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:38:39:62:62:0.613861:36:26:12:26:36:26:12:27 chr2 55805440 . T C 746.12 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1854;QD=63.4994;RBI=0.0467342;REFB=0;REVB=0.00734345;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000501958;OID=.;OPOS=55805440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:32:15:0:0:32:15:0:0 chr2 55806543 . C CT,CTT,T 125.64 PASS AF=1,0,0;AO=11,5,2;DP=25;FAO=26,0,0;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0,0;FSAR=9,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00389034,0.0031993,0.00346653;FXX=0;HRUN=8,8,1;LEN=1,2,1;MLLD=7.35256,8.51667,195.454;QD=19.3288;RBI=0.0791688,0.0439399,0.0158971;REFB=0.00438508,0.00609484,-0.0166101;REVB=0.0790731,0.0438233,-0.0155145;RO=5;SAF=8,3,2;SAR=3,2,0;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0520717,-0.179553,0.544828;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=-0.0303167,-0.0158736,0;OID=.,.,.;OPOS=55806544,55806544,55806543;OREF=-,-,C;OALT=T,TT,T;OMAPALT=CT,CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:26:5:0:11,5,2:26,0,0:1,0,0:3,2,0:8,3,2:4:1:9,0,0:17,0,0:0:0 chr2 56411817 . C T 50.13 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621336;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.233;QD=33.4231;RBI=0.0784843;REFB=0;REVB=0.0479499;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134709;OID=.;OPOS=56411817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr2 58388696 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00478268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.516;QD=59.0187;RBI=0.0311493;REFB=0;REVB=0.0307799;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111782;OID=.;OPOS=58388696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr2 60614572 . G A 252.1 PASS AF=0.758621;AO=22;DP=29;FAO=22;FDP=29;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00647497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.265;QD=34.773;RBI=0.0125542;REFB=-0.0246516;REVB=-0.0107556;RO=7;SAF=8;SAR=14;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219428;STB=0.620143;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00283453;OID=.;OPOS=60614572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:7:7:22:22:0.758621:14:8:6:1:14:8:6:1 chr2 60614577 . A G 257.8 PASS AF=0.814815;AO=21;DP=26;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0430105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.125;QD=38.1922;RBI=0.04336;REFB=0.000637244;REVB=0.0054942;RO=5;SAF=8;SAR=13;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15004;STB=0.583256;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.000259529;OID=.;OPOS=60614577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:26:27:5:5:21:22:0.814815:13:8:4:1:14:8:4:1 chr2 60685756 . T TA,TTA 53.3 PASS AF=0.0185185,0.185185;AO=7,8;DP=61;FAO=1,10;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=0,4;FSAR=1,6;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.26245,-0.154344;FXX=0.0357079;HRUN=6,5;LEN=1,2;MLLD=10.2299,19.179;QD=3.94834;RBI=0.263241,0.187905;REFB=-0.0311924,-0.0346415;REVB=0.020387,-0.107173;RO=41;SAF=4,3;SAR=3,5;SRF=19;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.128978,-0.109715;STB=0.988874,0.534813;STBP=0.484,0.819;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0527801,0.131314;OID=.,.;OPOS=60685757,60685757;OREF=-,-;OALT=A,TA;OMAPALT=TA,TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0185185,0.185185:7,8:61:1,10:54:43:0,4:1,6:19:24:47:41:4,3:3,5:19:22 chr2 60687238 . GT G 33.46 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.212126;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.2017;QD=5.57701;RBI=0.2366;REFB=0.028967;REVB=0.104795;RO=14;SAF=0;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.692291;STB=0.699399;STBP=0.253;TYPE=del;VARB=0.00806177;OID=.;OPOS=60687239;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:6:24:8:24:16:1:7:5:11:33:14:0:6:4:10 chr2 60687959 . A G 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00982941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.526;QD=58.4191;RBI=0.00988898;REFB=0;REVB=0.00108386;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.82493e-05;OID=.;OPOS=60687959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr2 60867976 . C T 706.21 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0974;QD=62.7742;RBI=0.0726205;REFB=0;REVB=0.0583452;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109592;OID=.;OPOS=60867976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr2 60983586 . C G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3956;QD=39.2044;RBI=0.055734;REFB=0;REVB=-0.0304294;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100682;OID=.;OPOS=60983586;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr2 61009909 . C T 94.26 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00977979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.51;QD=20.9461;RBI=0.0136424;REFB=-0.0230191;REVB=-0.0095116;RO=7;SAF=2;SAR=9;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108456;STB=0.562378;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00945307;OID=.;OPOS=61009909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:9:2:2:5:9:2:2:5 chr2 61022435 . A T 244.02 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00195603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.142;QD=18.7708;RBI=0.00500336;REFB=-0.00913712;REVB=-0.00460516;RO=25;SAF=8;SAR=18;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524178;STB=0.54359;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0121147;OID=.;OPOS=61022435;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:26:26:26:0.5:18:8:9:16:18:8:10:16 chr2 61175312 . T C 532.18 PASS AF=0.590361;AO=49;DP=83;FAO=49;FDP=83;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=40;FSRF=4;FSRR=30;FWDB=0.0277085;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.521;QD=25.647;RBI=0.0294623;REFB=-0.00836833;REVB=0.0100133;RO=34;SAF=9;SAR=40;SRF=4;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879675;STB=0.547808;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00565987;OID=.;OPOS=61175312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:34:34:49:49:0.590361:40:9:4:30:40:9:4:30 chr2 61182204 . TAAA AAAT,TAA 43.44 PASS AF=0.0967742,0.225806;AO=4,4;DP=28;FAO=3,7;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=3,5;FSAR=0,2;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0791306,-0.00100521;FXX=0;HRUN=2,4;LEN=4,1;MLLD=136.147,11.6992;QD=5.60533;RBI=0.0820113,0.00226239;REFB=-0.00655311,-0.10153;REVB=-0.0215451,-0.00202681;RO=18;SAF=4,2;SAR=0,2;SRF=7;SRR=11;SSEN=0,0.30013;SSEP=0,0;SSSB=0.69403,0.127477;STB=0.996955,0.741906;STBP=0.032,0.174;TYPE=mnp,del;VARB=0.214512,0.199039;OID=.,.;OPOS=61182204,61182205;OREF=TAAA,A;OALT=AAAT,-;OMAPALT=AAAT,TAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:22:28:31:18:21:4,4:3,7:0.0967742,0.225806:0,2:4,2:7:11:0,2:3,5:8:13 chr2 61315632 . ATTTTTG ATTTTG,ATTTTGT 128.38 PASS AF=0.427083,0;AO=33,5;DP=102;FAO=41,0;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=23,0;FSAR=18,0;FSRF=16;FSRR=39;FWDB=-0.122615,-0.0757593;FXX=0.0588178;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=7.81912,14.2324;QD=5.34913;RBI=0.158056,0.0961869;REFB=-0.10088,-0.036656;REVB=0.0997372,-0.0592659;RO=45;SAF=20,1;SAR=13,4;SRF=14;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.294161,-0.156765;STB=0.651197,0.5;STBP=0.01,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.114736,0.0394451;OID=.,.;OPOS=61315633,61315637;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=ATTTTG,ATTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.427083,0:33,5:102:41,0:96:55:23,0:18,0:16:39:99:45:20,1:13,4:14:31 chr2 61450454 . A G 947.23 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0310329;FXX=0.0294074;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.7001;QD=57.4078;RBI=0.0317411;REFB=0.0572476;REVB=-0.00666738;RO=1;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133067;STB=0.50704;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000829485;OID=.;OPOS=61450454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:66:1:1:65:65:0.984848:35:30:0:1:35:30:0:1 chr2 61522123 . T C 1175.12 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0177;QD=60.2624;RBI=0.0586309;REFB=0;REVB=0.0115525;RO=0;SAF=49;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000820154;OID=.;OPOS=61522123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:27:49:0:0:27:51:0:0 chr2 61541818 . T C 385.27 PASS AF=0.416667;AO=41;DP=105;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.0134478;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.765;QD=14.2693;RBI=0.0202483;REFB=-0.0242521;REVB=0.0151376;RO=64;SAF=22;SAR=19;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280297;STB=0.525957;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0341077;OID=.;OPOS=61541818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:108:64:63:41:45:0.416667:19:22:36:28:22:23:35:28 chr2 61575308 . A G 1320.72 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.057;QD=62.1515;RBI=0.0437612;REFB=0;REVB=-0.0186439;RO=0;SAF=48;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12625e-05;OID=.;OPOS=61575308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:37:48:0:0:37:48:0:0 chr2 61647901 . A G 556.1 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0747029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.23;QD=57.0356;RBI=0.079935;REFB=-0.0609949;REVB=0.0284444;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.51612;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00451243;OID=.;OPOS=61647901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:37:38:0.974359:15:22:0:0:15:23:0:1 chr2 62066927 . A G 1457.35 PASS AF=0.99;AO=98;DP=101;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0372607;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0563;QD=58.2942;RBI=0.0437322;REFB=-0.115592;REVB=0.0228942;RO=1;SAF=42;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011159;STB=0.505881;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0011816;OID=.;OPOS=62066927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:100:1:1:98:99:0.99:56:42:1:0:57:42:1:0 chr2 62081012 . A C 1441.09 PASS AF=1;AO=90;DP=93;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025233;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.365;QD=63.3444;RBI=0.0398435;REFB=0;REVB=0.030835;RO=0;SAF=43;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.66172e-05;OID=.;OPOS=62081012;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:91:0:0:90:91:1:47:43:0:0:48:43:0:0 chr2 62718333 . C T 110.88 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00785219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.267;QD=14.7846;RBI=0.0084189;REFB=-0.0183778;REVB=-0.00303659;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249568;STB=0.603905;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0253326;OID=.;OPOS=62718333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:30:15:17:13:13:0.433333:7:6:11:4:7:6:11:6 chr2 62729674 . T C 1545.22 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0153755;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.935;QD=58.3103;RBI=0.0620063;REFB=-0.0790449;REVB=0.0600697;RO=0;SAF=52;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000620668;OID=.;OPOS=62729674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:106:0:1:104:105:0.990566:52:52:0:0:53:52:0:1 chr2 62733253 . C T 1213.61 PASS AF=0.460145;AO=126;DP=278;FAO=127;FDP=276;FR=.;FRO=149;FSAF=57;FSAR=70;FSRF=57;FSRR=92;FWDB=0.0185521;FXX=0.0107523;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.062;QD=17.5886;RBI=0.0191567;REFB=-0.0175037;REVB=0.00477461;RO=148;SAF=56;SAR=70;SRF=57;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591794;STB=0.536418;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.029948;OID=.;OPOS=62733253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:276:148:149:126:127:0.460145:70:56:57:91:70:57:57:92 chr2 62738931 . G C 1154.5 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177415;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2675;QD=59.9739;RBI=0.0334705;REFB=0;REVB=0.0283816;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475417;OID=.;OPOS=62738931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:44:31:0:0:46:31:0:0 chr2 63170921 . C G 141.02 PASS AF=0.457143;AO=14;DP=33;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0196509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.465;QD=16.1169;RBI=0.0196646;REFB=-0.021404;REVB=-0.000732837;RO=19;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120243;STB=0.555485;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0231507;OID=.;OPOS=63170921;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:19:19:14:16:0.457143:5:9:10:9:6:10:10:9 chr2 63849491 . T C 1677.04 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.373;QD=60.4337;RBI=0.0311569;REFB=0;REVB=0.0271904;RO=0;SAF=54;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19271e-05;OID=.;OPOS=63849491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:110:111:1:56:54:0:0:57:54:0:0 chr2 64069732 . G A 405.67 PASS AF=0.911765;AO=26;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=3;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0237572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.102;QD=47.7254;RBI=0.0261425;REFB=-0.123086;REVB=0.0109099;RO=0;SAF=3;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.525408;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00138148;OID=.;OPOS=64069732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:34:34:0:3:26:31:0.911765:23:3:0:0:28:3:0:3 chr2 64327544 . G T 817.7 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00313766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.248;QD=57.3828;RBI=0.0511694;REFB=0;REVB=-0.0510731;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152287;OID=.;OPOS=64327544;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr2 64327592 . T C 986.53 PASS AF=0.985507;AO=66;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.010496;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5928;QD=57.1903;RBI=0.0627326;REFB=-0.174807;REVB=0.0618483;RO=1;SAF=29;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160134;STB=0.507934;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00921333;OID=.;OPOS=64327592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:66:68:0.985507:37:29:1:0:37:31:1:0 chr2 64779509 . G A 165.32 PASS AF=0.53125;AO=14;DP=30;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00603091;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.562;QD=20.6649;RBI=0.0067322;REFB=-0.0187996;REVB=0.00299178;RO=15;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269488;STB=0.621681;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0162607;OID=.;OPOS=64779509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:32:15:15:14:17:0.53125:6:8:4:11:8:9:4:11 chr2 64796817 . A C 165.94 PASS AF=0.221311;AO=27;DP=122;FAO=27;FDP=122;FR=.;FRO=95;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=54;FSRR=41;FWDB=-0.0144158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8238;QD=5.44077;RBI=0.0161413;REFB=-0.013661;REVB=-0.00726141;RO=93;SAF=15;SAR=12;SRF=53;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183165;STB=0.510159;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.049553;OID=.;OPOS=64796817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:93:95:27:27:0.221311:12:15:53:40:12:15:54:41 chr2 64858885 . C T 331.13 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.036414;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.198;QD=15.768;RBI=0.0372338;REFB=-0.00400684;REVB=-0.00777057;RO=47;SAF=17;SAR=19;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00417053;STB=0.503977;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00573134;OID=.;OPOS=64858885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:47:48:36:36:0.428571:19:17:22:25:19:17:23:25 chr2 64861275 . TAAAAAT TAAAA,TAAAAT 250.56 PASS AF=0.777778,0;AO=16,5;DP=38;FAO=35,0;FDP=45;FR=.;FRO=10;FSAF=10,0;FSAR=25,0;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0139468,0.0913478;FXX=0.0425441;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=23.8026,12.5854;QD=22.2717;RBI=0.0791508,0.0959351;REFB=-0.0779996,-0.0965809;REVB=0.0779124,-0.0293108;RO=10;SAF=1,1;SAR=15,4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.638906,-0.504079;STB=0.602775,0.5;STBP=0.024,1;TYPE=del,del;VARB=0.0332226,0;OID=.,.;OPOS=64861280,64861276;OREF=AT,A;OALT=-,-;OMAPALT=TAAAA,TAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.777778,0:16,5:38:35,0:45:10:10,0:25,0:7:3:43:10:1,1:15,4:7:3 chr2 65044680 . C T 828.03 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000445969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.962;QD=57.1055;RBI=0.011876;REFB=0;REVB=0.0118676;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32923e-05;OID=.;OPOS=65044680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:37:20:0:0:37:21:0:0 chr2 65311555 . C T 837.26 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262453;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.546;QD=57.7419;RBI=0.0264118;REFB=0;REVB=0.00296109;RO=0;SAF=19;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.92437e-05;OID=.;OPOS=65311555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:39:19:0:0:39:19:0:0 chr2 65495887 . G A 2083.55 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00901254;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.65;QD=62.6632;RBI=0.0369558;REFB=0;REVB=0.03584;RO=0;SAF=64;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8643e-05;OID=.;OPOS=65495887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:132:133:1:68:64:0:0:69:64:0:0 chr2 65496018 . C G,T 1210.37 PASS AF=0.963415,0.0243902;AO=78,3;DP=82;FAO=79,2;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=36,0;FSAR=43,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00434562,-0.0107892;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=153.206,112.969;QD=59.0426;RBI=0.00479286,0.0121131;REFB=0.00773754,0.00146061;REVB=0.00202165,0.00550637;RO=0;SAF=35,1;SAR=43,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=6.91087e-08,0;STB=0.506848,0.993266;STBP=0.323,0.232;TYPE=snp,snp;VARB=0.000232186,0.00793873;OID=.,.;OPOS=65496018,65496018;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:82:82:0:1:78,3:79,2:0.963415,0.0243902:43,2:35,1:0:0:43,2:36,0:1:0 chr2 65496144 . A G 1525.92 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=100;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0105312;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6518;QD=62.9244;RBI=0.0144412;REFB=-0.0711995;REVB=0.00988133;RO=0;SAF=54;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504586;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000731748;OID=.;OPOS=65496144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:97:0:1:95:96:0.989691:41:54:0:0:42:54:1:0 chr2 65496187 . G A 1264.7 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00280747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.212;QD=61.6926;RBI=0.0137745;REFB=0;REVB=0.0134854;RO=0;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.24559e-05;OID=.;OPOS=65496187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:35:47:0:0:35:47:0:0 chr2 65497571 . C A 556.63 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0661471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.414;QD=60.1765;RBI=0.066299;REFB=0;REVB=0.00448572;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153494;OID=.;OPOS=65497571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:25:12:0:0:25:12:0:0 chr2 65540905 . C G 777.47 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.693;QD=56.543;RBI=0.0240905;REFB=0;REVB=-0.00135493;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.98618e-05;OID=.;OPOS=65540905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:53:55:1:30:23:0:0:30:25:0:0 chr2 65561392 . C T 537.4 PASS AF=1;AO=31;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00864778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.667;QD=59.711;RBI=0.0392601;REFB=0;REVB=0.0382958;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281491;OID=.;OPOS=65561392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:31:36:1:21:10:0:0:26:10:0:0 chr2 66736111 . T A 377.03 PASS AF=0.407407;AO=44;DP=108;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.00896315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.77;QD=13.9639;RBI=0.00997277;REFB=-0.0198055;REVB=0.00437244;RO=64;SAF=24;SAR=20;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314368;STB=0.517758;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0298447;OID=.;OPOS=66736111;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:64:64:44:44:0.407407:20:24:33:31:20:24:33:31 chr2 67630980 . G A 169.41 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0464735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6151;QD=16.528;RBI=0.0477184;REFB=-0.0078793;REVB=-0.0108285;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182845;STB=0.591298;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0173023;OID=.;OPOS=67630980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:8:10:8:14:8:10:9:14 chr2 67631831 . G A 30.9 PASS AF=0.357143;AO=5;DP=15;FAO=5;FDP=14;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00167171;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.156;QD=8.82757;RBI=0.0778893;REFB=-0.0253571;REVB=0.0778714;RO=8;SAF=3;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160905;STB=0.624553;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0334823;OID=.;OPOS=67631831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:15:14:8:9:5:5:0.357143:2:3:6:2:2:3:7:2 chr2 67632125 . C T 155.67 PASS AF=0.271605;AO=22;DP=80;FAO=22;FDP=81;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=-0.0199224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.597;QD=7.68753;RBI=0.0286241;REFB=-0.00143227;REVB=-0.0205533;RO=58;SAF=13;SAR=9;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270928;STB=0.66616;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00261712;OID=.;OPOS=67632125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:58:59:22:22:0.271605:9:13:21:37:9:13:21:38 chr2 68385097 . A G 340.79 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0926211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7561;QD=54.5262;RBI=0.0926639;REFB=0;REVB=0.00281776;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000984326;OID=.;OPOS=68385097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:18:6:0:0:18:7:0:0 chr2 68388823 . A G 1395.89 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4799;QD=62.7368;RBI=0.0156053;REFB=0;REVB=-0.00673064;RO=0;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.15437e-05;OID=.;OPOS=68388823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:50:39:0:0:50:39:0:0 chr2 68407926 . A G,T 598.26 PASS AF=0.95,0.05;AO=38,2;DP=40;FAO=38,2;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=22,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659675,0.0369336;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=94.839,59.0557;QD=59.8261;RBI=0.0677179,0.0384684;REFB=0,0;REVB=-0.0152972,-0.0107576;RO=0;SAF=16,0;SAR=22,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00098851,0.155777;OID=.,.;OPOS=68407926,68407926;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:40:40:0:0:38,2:38,2:0.95,0.05:22,2:16,0:0:0:22,2:16,0:0:0 chr2 68415767 . G A 1190.45 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.535;QD=61.0487;RBI=0.0315921;REFB=0;REVB=-0.00265388;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.79552e-05;OID=.;OPOS=68415767;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:40:38:0:0:40:38:0:0 chr2 68511584 . A G 111.89 PASS AF=0.325581;AO=11;DP=40;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0028486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.493;QD=10.4086;RBI=0.0103695;REFB=-0.0254821;REVB=0.00997053;RO=29;SAF=3;SAR=8;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14317;STB=0.638786;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0619209;OID=.;OPOS=68511584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:29:29:11:14:0.325581:8:3:11:18:11:3:11:18 chr2 68546374 . T C 702.0 PASS AF=0.567797;AO=65;DP=116;FAO=67;FDP=118;FR=.;FRO=51;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0157913;FXX=0.00840265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.785;QD=23.7966;RBI=0.0168277;REFB=-0.00671045;REVB=0.00581451;RO=48;SAF=38;SAR=27;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00102703;STB=0.52137;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00539214;OID=.;OPOS=68546374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:48:51:65:67:0.567797:27:38:28:20:27:40:28:23 chr2 68546449 . G A 677.74 PASS AF=0.602041;AO=59;DP=98;FAO=59;FDP=98;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0117634;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.253;QD=27.6629;RBI=0.0127282;REFB=-0.0198822;REVB=0.00486098;RO=39;SAF=22;SAR=37;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289462;STB=0.515769;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00430436;OID=.;OPOS=68546449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:39:39:59:59:0.602041:37:22:16:23:37:22:16:23 chr2 68607947 . G T 909.88 PASS AF=0.984375;AO=61;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00516138;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.752;QD=56.8672;RBI=0.0061442;REFB=-0.104465;REVB=0.00333337;RO=1;SAF=19;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241918;STB=0.512191;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.000262626;OID=.;OPOS=68607947;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:1:1:61:63:0.984375:42:19:1:0:43:20:1:0 chr2 68622914 . G A 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.702;QD=63.583;RBI=0.0253862;REFB=0;REVB=0.0122321;RO=0;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.22447e-05;OID=.;OPOS=68622914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:33:14:0:0:33:14:0:0 chr2 68882468 . T C 208.55 PASS AF=0.384615;AO=23;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0323372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.296;QD=12.8337;RBI=0.0324442;REFB=-0.0239024;REVB=-0.00263294;RO=33;SAF=11;SAR=12;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162212;STB=0.535552;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0207535;OID=.;OPOS=68882468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:39:23:25:0.384615:12:11:21:12:13:12:21:18 chr2 68882661 . A G 73.07 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.000585747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.197;QD=9.13392;RBI=0.00534484;REFB=-0.000750952;REVB=0.00531265;RO=21;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186954;STB=0.593569;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.003109;OID=.;OPOS=68882661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:32:21:22:10:10:0.3125:5:5:7:14:5:5:8:14 chr2 69093312 . A G 384.92 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0084304;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.884;QD=22.9804;RBI=0.0213251;REFB=-0.00599243;REVB=-0.0195879;RO=29;SAF=25;SAR=13;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591562;STB=0.532486;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00726548;OID=.;OPOS=69093312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:29:29:38:38:0.567164:13:25:21:8:13:25:21:8 chr2 69204629 . T C 195.94 PASS AF=0.261261;AO=29;DP=111;FAO=29;FDP=111;FR=.;FRO=82;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=50;FSRR=32;FWDB=0.0085773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.184;QD=7.06092;RBI=0.0316109;REFB=-0.00319246;REVB=-0.0304249;RO=82;SAF=15;SAR=14;SRF=50;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114845;STB=0.568704;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0160472;OID=.;OPOS=69204629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:82:82:29:29:0.261261:14:15:50:32:14:15:50:32 chr2 69204671 . A T 275.32 PASS AF=0.277372;AO=38;DP=137;FAO=38;FDP=137;FR=.;FRO=99;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=58;FSRR=41;FWDB=-0.0175856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.13;QD=8.03862;RBI=0.0192668;REFB=-0.0133385;REVB=-0.00787114;RO=98;SAF=17;SAR=21;SRF=57;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162332;STB=0.599036;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.032826;OID=.;OPOS=69204671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:98:99:38:38:0.277372:21:17:57:41:21:17:58:41 chr2 69240651 . G A 232.85 PASS AF=0.75;AO=19;DP=26;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0346911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.746;QD=33.2642;RBI=0.0599267;REFB=-0.0473281;REVB=0.0488645;RO=7;SAF=13;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171198;STB=0.525523;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0147968;OID=.;OPOS=69240651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:26:28:7:7:19:21:0.75:6:13:5:2:8:13:5:2 chr2 69300243 . G A 229.61 PASS AF=0.29703;AO=30;DP=101;FAO=30;FDP=101;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=0.0107263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.377;QD=9.0933;RBI=0.0323494;REFB=0.00145181;REVB=0.0305194;RO=70;SAF=15;SAR=15;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119142;STB=0.574209;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.0025525;OID=.;OPOS=69300243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:70:71:30:30:0.29703:15:15:28:42:15:15:28:43 chr2 69362161 . C T 531.06 PASS AF=0.290984;AO=71;DP=244;FAO=71;FDP=244;FR=.;FRO=173;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=83;FSRR=90;FWDB=-0.00426982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.254;QD=8.70583;RBI=0.0236046;REFB=-0.00862406;REVB=-0.0232152;RO=171;SAF=40;SAR=31;SRF=81;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108669;STB=0.559327;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0193963;OID=.;OPOS=69362161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:244:171:173:71:71:0.290984:31:40:81:90:31:40:83:90 chr2 69565603 . T C 39.02 PASS AF=0.108434;AO=8;DP=82;FAO=9;FDP=83;FR=.;FRO=74;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=-0.00693184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.989;QD=1.8806;RBI=0.0266732;REFB=-0.00573137;REVB=-0.0257567;RO=73;SAF=0;SAR=8;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.643361;STB=0.89498;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.107498;OID=.;OPOS=69565603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:82:83:73:74:8:9:0.108434:8:0:41:32:8:1:42:32 chr2 69698158 . G A,T 797.13 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=53,3;DP=56;FAO=54,3;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32,3;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00579641,-0.00146691;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=131.95,48.4117;QD=55.939;RBI=0.00733868,0.0068184;REFB=0,0;REVB=-0.00450087,-0.00665873;RO=0;SAF=32,3;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.81969e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00268711,0.0223234;OID=.,.;OPOS=69698158,69698158;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:56:57:0:0:53,3:54,3:0.947368,0.0526316:21,0:32,3:0:0:22,0:32,3:0:0 chr2 69702628 . C T 1320.32 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000979743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.387;QD=62.1329;RBI=0.0326522;REFB=0;REVB=0.0326375;RO=0;SAF=38;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.1454e-05;OID=.;OPOS=69702628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:47:38:0:0:47:38:0:0 chr2 69741609 . C T 256.0 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.894;QD=51.2001;RBI=0.0644829;REFB=0;REVB=0.0586702;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231537;OID=.;OPOS=69741609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:7:12:0:0:8:12:0:0 chr2 69741753 . CTGTTGTTGT CTGTTGT,CTGTTGTTGC 738.2 PASS AF=0.792453,0.207547;AO=31,16;DP=53;FAO=42,11;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22,11;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156199,0.0452072;FXX=0.0185151;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=94.794,50.8116;QD=55.7135;RBI=0.0761179,0.0610956;REFB=0,0;REVB=0.074498,-0.0410972;RO=0;SAF=16,16;SAR=15,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00839869,0.00359163;OID=.,.;OPOS=69741754,69741762;OREF=TGT,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTGTTGT,CTGTTGTTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.792453,0.207547:31,16:53:42,11:53:0:22,11:20,0:0:0:91:0:16,16:15,0:0:0 chr2 69741854 . T G 905.96 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0334701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.983;QD=56.6223;RBI=0.0391367;REFB=0.0465025;REVB=0.0202839;RO=1;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119558;STB=0.506327;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-7.60315e-05;OID=.;OPOS=69741854;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:39:24:0:1:39:24:0:1 chr2 70015180 . GC G,GT 458.4 PASS AF=0.09375,0.90625;AO=4,28;DP=33;FAO=3,29;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=3,14;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189675,0.0211191;FXX=0.0302939;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=219.68,243.006;QD=57.3003;RBI=0.01994,0.0286432;REFB=0,0;REVB=0.00615141,0.0193499;RO=0;SAF=4,13;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0107776,0.000527502;OID=.,.;OPOS=70015181,70015181;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.09375,0.90625:4,28:33:3,29:32:0:3,14:0,15:0:0:10:0:4,13:0,15:0:0 chr2 70162534 . T G 1116.38 PASS AF=0.962025;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0470642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.807;QD=56.5255;RBI=0.0624192;REFB=-0.155039;REVB=0.0410015;RO=3;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034173;STB=0.518068;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00594241;OID=.;OPOS=70162534;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:79:79:3:3:76:76:0.962025:40:36:0:3:40:36:0:3 chr2 70182805 . T C 976.34 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0250795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.772;QD=57.4316;RBI=0.0357305;REFB=-0.0128387;REVB=0.0254497;RO=1;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108646;STB=0.505745;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00020996;OID=.;OPOS=70182805;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:43:24:0:1:43:24:0:1 chr2 70188676 . T C 306.29 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1167;QD=53.2681;RBI=0.0339896;REFB=0;REVB=0.024362;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77847e-06;OID=.;OPOS=70188676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr2 70191360 . C T 1145.3 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0194744;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.794;QD=57.9901;RBI=0.0286044;REFB=-0.118878;REVB=0.0209514;RO=2;SAF=46;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029553;STB=0.515621;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.000392518;OID=.;OPOS=70191360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:79:79:2:2:77:77:0.974684:31:46:0:2:31:46:0:2 chr2 70524577 . G A 462.23 PASS AF=0.871795;AO=34;DP=39;FAO=34;FDP=39;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.000902119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1982;QD=47.4084;RBI=0.0268856;REFB=-0.0427162;REVB=-0.0268704;RO=5;SAF=15;SAR=19;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132879;STB=0.571387;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0124327;OID=.;OPOS=70524577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:39:39:5:5:34:34:0.871795:19:15:5:0:19:15:5:0 chr2 70528827 . G A 115.98 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.217;QD=42.1733;RBI=0.0437486;REFB=0;REVB=-0.0412615;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224297;OID=.;OPOS=70528827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr2 70674582 . A T 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0217362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.222;QD=19.3688;RBI=0.029012;REFB=0.00818392;REVB=0.0192155;RO=7;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.473371;STB=0.768743;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.00307334;OID=.;OPOS=70674582;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:3:7:0:7:3:7:0:7 chr2 71004492 . T C 43.9 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00927928;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.7687;QD=6.50425;RBI=0.00952386;REFB=0.00473305;REVB=-0.00214451;RO=20;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195617;STB=0.624653;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.011616;OID=.;OPOS=71004492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:27:27:20:20:7:7:0.259259:3:4:8:12:3:4:8:12 chr2 71004494 . A T 46.99 PASS AF=0.28;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.000479183;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.695;QD=7.51837;RBI=0.0119871;REFB=-0.00478102;REVB=0.0119776;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147359;STB=0.590651;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0113474;OID=.;OPOS=71004494;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:27:25:16:18:7:7:0.28:3:4:7:9:3:4:8:10 chr2 71012604 . G A 2170.21 PASS AF=0.992857;AO=138;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0210859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0003;QD=62.006;RBI=0.0338261;REFB=-0.0427795;REVB=-0.0264497;RO=0;SAF=69;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503597;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000400283;OID=.;OPOS=71012604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:140:0:1:138:139:0.992857:69:69:0:0:69:70:0:1 chr2 71012734 . C G 563.95 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171192;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8087;QD=60.9674;RBI=0.0258974;REFB=0;REVB=0.0194322;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00308963;OID=.;OPOS=71012734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr2 71043461 . C T 185.76 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0104453;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.513;QD=17.6911;RBI=0.0178734;REFB=-0.0210322;REVB=-0.0145036;RO=22;SAF=6;SAR=13;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00260317;STB=0.507281;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0145261;OID=.;OPOS=71043461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:22:23:19:19:0.452381:13:6:7:15:13:6:7:16 chr2 71044211 . C T 88.97 PASS AF=0.24;AO=12;DP=50;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0135341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1737;QD=7.11763;RBI=0.0135569;REFB=-0.00071782;REVB=-0.000785223;RO=38;SAF=6;SAR=6;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063785;STB=0.539934;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00253052;OID=.;OPOS=71044211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:50:50:38:38:12:12:0.24:6:6:21:17:6:6:21:17 chr2 71058835 . A G 1767.41 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00160044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0528;QD=60.9452;RBI=0.0581768;REFB=0;REVB=-0.0581548;RO=0;SAF=59;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184916;OID=.;OPOS=71058835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:57:59:0:0:57:59:0:0 chr2 71062648 . G A 694.41 PASS AF=0.558333;AO=67;DP=119;FAO=67;FDP=120;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=18;FWDB=-0.0149425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.363;QD=23.1469;RBI=0.0157655;REFB=-0.0370728;REVB=-0.00502734;RO=51;SAF=28;SAR=39;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195423;STB=0.606186;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.018583;OID=.;OPOS=71062648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:51:53:67:67:0.558333:39:28:34:17:39:28:35:18 chr2 71062833 . G GC 808.45 PASS AF=1;AO=66;DP=77;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305105;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.9778;QD=43.6998;RBI=0.106526;REFB=0;REVB=0.102063;RO=8;SAF=28;SAR=38;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414954;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00424736;OID=.;OPOS=71062834;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:66:77:74:74:0:33:41:0:0:15:8:28:38:5:3 chr2 71160222 . C G 588.75 PASS AF=0.55102;AO=54;DP=98;FAO=54;FDP=98;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0346526;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.0834;QD=24.0307;RBI=0.0439949;REFB=-0.0100311;REVB=-0.0271063;RO=41;SAF=25;SAR=29;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000358015;STB=0.503801;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00682644;OID=.;OPOS=71160222;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:41:44:54:54:0.55102:29:25:19:22:29:25:20:24 chr2 71163086 . T C 133.24 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.00824382;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0382;QD=15.2279;RBI=0.0307362;REFB=-0.0455644;REVB=0.0296101;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366125;STB=0.713515;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0679973;OID=.;OPOS=71163086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:16:20:15:15:0.428571:8:7:14:2:8:7:17:3 chr2 71163111 . T C 107.43 PASS AF=0.280702;AO=11;DP=52;FAO=16;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0195807;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.704;QD=7.53881;RBI=0.024447;REFB=-0.00924901;REVB=-0.0146374;RO=23;SAF=6;SAR=5;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227193;STB=0.6139;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.04096;OID=.;OPOS=71163111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:57:23:41:11:16:0.280702:5:6:17:6:8:8:27:14 chr2 71163173 . C T 442.95 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0248674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.969;QD=20.1342;RBI=0.032828;REFB=-0.0243008;REVB=0.0214309;RO=43;SAF=29;SAR=15;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138801;STB=0.572335;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0180536;OID=.;OPOS=71163173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:44:44:44:0.5:15:29:22:21:15:29:23:21 chr2 71190384 . C T 117.7 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0555053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.232;QD=12.3898;RBI=0.0939619;REFB=-0.0137106;REVB=-0.0758155;RO=24;SAF=13;SAR=1;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.630754;STB=0.882837;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0356345;OID=.;OPOS=71190384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:1:13:11:13:1:13:11:13 chr2 71273543 . C T 1071.18 PASS AF=0.535354;AO=105;DP=203;FAO=106;FDP=198;FR=.;FRO=92;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=32;FSRR=60;FWDB=0.0126822;FXX=0.0294103;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.203;QD=21.6399;RBI=0.0181124;REFB=-0.0329286;REVB=0.0129315;RO=89;SAF=49;SAR=56;SRF=32;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911462;STB=0.553903;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0286531;OID=.;OPOS=71273543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:198:89:92:105:106:0.535354:56:49:32:57:57:49:32:60 chr2 71305456 . C T 785.19 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.326;QD=57.1048;RBI=0.0350254;REFB=0;REVB=0.00899799;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05852e-05;OID=.;OPOS=71305456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:23:31:0:0:23:32:0:0 chr2 71360144 . A C 2007.8 PASS AF=0.919463;AO=133;DP=148;FAO=137;FDP=149;FR=.;FRO=12;FSAF=65;FSAR=72;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0146272;FXX=0.00666622;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.008;QD=53.9006;RBI=0.0241097;REFB=-0.0392136;REVB=0.0191656;RO=12;SAF=63;SAR=70;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0352429;STB=0.518155;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00139517;OID=.;OPOS=71360144;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:148:149:12:12:133:137:0.919463:70:63:3:9:72:65:3:9 chr2 71360625 . G T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.32;QD=51.1846;RBI=0.0274994;REFB=0;REVB=0.0147679;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002626;OID=.;OPOS=71360625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr2 71365676 . G A 1116.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.81;QD=60.3756;RBI=0.0181979;REFB=0;REVB=0.00850278;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.34043e-05;OID=.;OPOS=71365676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:43:31:0:0:43:31:0:0 chr2 71376999 . G A 239.34 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00612041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.914;QD=50.3874;RBI=0.0129153;REFB=0;REVB=-0.011373;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.48912e-05;OID=.;OPOS=71376999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:19:0:0:17:19:1:11:6:0:0:12:7:0:0 chr2 71415479 . T C 428.92 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0730628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3025;QD=57.19;RBI=0.0793516;REFB=0;REVB=-0.0309598;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00196252;OID=.;OPOS=71415479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr2 71417065 . G T 892.65 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00132729;FXX=0.031741;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.396;QD=58.5343;RBI=0.010337;REFB=0;REVB=-0.0102514;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122393;OID=.;OPOS=71417065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:27:34:0:0:27:34:0:0 chr2 71615571 . C T 1006.67 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8889;QD=59.2158;RBI=0.0429921;REFB=0;REVB=0.0166654;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292885;OID=.;OPOS=71615571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:37:30:0:0:37:31:0:0 chr2 71633275 . T C 1446.96 PASS AF=0.625;AO=129;DP=208;FAO=130;FDP=208;FR=.;FRO=78;FSAF=73;FSAR=57;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.00661788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.982;QD=27.8261;RBI=0.0119267;REFB=-0.0164594;REVB=0.00992214;RO=78;SAF=72;SAR=57;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229334;STB=0.513621;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0101746;OID=.;OPOS=71633275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:78:78:129:130:0.625:57:72:41:37:57:73:41:37 chr2 71633389 . C T 829.9 PASS AF=0.654867;AO=75;DP=114;FAO=74;FDP=113;FR=.;FRO=39;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.00382316;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.088;QD=29.3771;RBI=0.0182712;REFB=-0.0156555;REVB=-0.0178668;RO=39;SAF=33;SAR=42;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524776;STB=0.530564;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00696656;OID=.;OPOS=71633389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:39:39:75:74:0.654867:42:33:14:25:41:33:14:25 chr2 71649966 . A G 215.62 PASS AF=0.3375;AO=27;DP=81;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0036491;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.642;QD=10.781;RBI=0.00365787;REFB=-0.0107118;REVB=-0.000253199;RO=53;SAF=10;SAR=17;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181769;STB=0.605924;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0175298;OID=.;OPOS=71649966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:53:53:27:27:0.3375:17:10:28:25:17:10:28:25 chr2 71654175 . G A 366.53 PASS AF=0.291429;AO=50;DP=175;FAO=51;FDP=175;FR=.;FRO=124;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=79;FWDB=-0.0302006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.945;QD=8.37776;RBI=0.0302007;REFB=-0.00883176;REVB=-3.19503e-05;RO=123;SAF=22;SAR=28;SRF=45;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926681;STB=0.550108;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0206886;OID=.;OPOS=71654175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:123:124:50:51:0.291429:28:22:45:78:29:22:45:79 chr2 71838597 . C A 205.79 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=75;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.000509849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.452;QD=10.831;RBI=0.000665196;REFB=-0.0114809;REVB=-0.000427247;RO=49;SAF=14;SAR=12;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374391;STB=0.527586;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0207682;OID=.;OPOS=71838597;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:49:50:26:26:0.342105:12:14:28:21:12:14:29:21 chr2 72356745 . T TG 279.94 PASS AF=0.716981;AO=11;DP=57;FAO=38;FDP=53;FR=.;FRO=15;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0519533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.5577;QD=21.1276;RBI=0.0825768;REFB=-0.000851815;REVB=0.0641855;RO=46;SAF=1;SAR=10;SRF=35;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.719786;STB=0.559075;STBP=0.217;TYPE=ins;VARB=0.00792645;OID=.;OPOS=72356746;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.716981:11:57:38:53:15:23:15:12:3:57:46:1:10:35:11 chr2 72356747 . A G 190.79 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.034056;FXX=0.0181785;HRUN=8;LEN=1;MLLD=28.9176;QD=14.1323;RBI=0.0555708;REFB=-0.0645122;REVB=-0.0439125;RO=25;SAF=20;SAR=4;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426858;STB=0.746037;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0440217;OID=.;OPOS=72356747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:54:25:30:24:24:0.444444:4:20:11:14:4:20:14:16 chr2 72692272 . A AAG 875.19 PASS AF=0.96875;AO=58;DP=65;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00188178;FXX=0.0447694;HRUN=2;LEN=2;MLLD=227.859;QD=54.6993;RBI=0.0403873;REFB=-0.0753222;REVB=0.0403435;RO=4;SAF=30;SAR=28;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00209625;STB=0.516124;STBP=0.265;TYPE=ins;VARB=0.00231429;OID=.;OPOS=72692273;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.96875:58:65:62:64:2:30:32:2:0:6:4:30:28:2:2 chr2 73184189 . T C 449.77 PASS AF=0.581081;AO=43;DP=74;FAO=43;FDP=74;FR=.;FRO=31;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0533253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3608;QD=24.3117;RBI=0.0544249;REFB=-0.00927167;REVB=-0.010885;RO=29;SAF=29;SAR=14;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125033;STB=0.557665;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00740239;OID=.;OPOS=73184189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:29:31:43:43:0.581081:14:29:15:14:14:29:17:14 chr2 73226090 . G A 837.05 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00503619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.471;QD=55.803;RBI=0.038522;REFB=-0.101815;REVB=-0.0381913;RO=1;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209618;STB=0.511107;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00146746;OID=.;OPOS=73226090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:22:37:0:1:22:37:0:1 chr2 73316540 . A T 101.35 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0896719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.866;QD=40.5398;RBI=0.0975696;REFB=0;REVB=-0.0384549;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000905813;OID=.;OPOS=73316540;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:9:10:1:6:3:0:0:7:3:0:0 chr2 73461483 . C A 349.51 PASS AF=0.404255;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0120491;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7509;QD=14.8726;RBI=0.0156525;REFB=-0.016254;REVB=-0.00999103;RO=55;SAF=14;SAR=24;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548383;STB=0.526676;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0340373;OID=.;OPOS=73461483;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:55:56:38:38:0.404255:24:14:23:32:24:14:23:33 chr2 73475048 . A G 553.19 PASS AF=0.617284;AO=50;DP=81;FAO=50;FDP=81;FR=.;FRO=31;FSAF=39;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0290418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.519;QD=27.3178;RBI=0.0311146;REFB=0.00914353;REVB=0.0111666;RO=31;SAF=39;SAR=11;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687152;STB=0.537545;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.0053078;OID=.;OPOS=73475048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:31:31:50:50:0.617284:11:39:22:9:11:39:22:9 chr2 73478461 . A T 237.75 PASS AF=0.294643;AO=33;DP=111;FAO=33;FDP=112;FR=.;FRO=79;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=0.0283436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.738;QD=8.4909;RBI=0.0283439;REFB=-0.00438763;REVB=0.000141948;RO=76;SAF=11;SAR=22;SRF=31;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954671;STB=0.545426;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00986104;OID=.;OPOS=73478461;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:76:79:33:33:0.294643:22:11:31:45:22:11:31:48 chr2 73490412 . A G 102.22 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.0262006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5179;QD=9.08589;RBI=0.0340737;REFB=0.00185634;REVB=-0.0217841;RO=31;SAF=2;SAR=11;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189894;STB=0.639965;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00770954;OID=.;OPOS=73490412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:32:13:13:0.288889:11:2:8:23:11:2:9:23 chr2 73492614 . A T 136.02 PASS AF=0.421053;AO=15;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00932123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.261;QD=14.3174;RBI=0.0119994;REFB=-0.023867;REVB=-0.00755651;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155071;STB=0.605137;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0272217;OID=.;OPOS=73492614;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:15:16:0.421053:7:8:15:7:8:8:15:7 chr2 73492676 . T C,TC 34.12 PASS AF=0,0.347826;AO=2,6;DP=24;FAO=0,8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=0,1;FSAR=0,7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0320241,-0.0596331;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=212.065,18.4415;QD=5.93311;RBI=0.0376028,0.0672041;REFB=-0.00755941,-0.0808478;REVB=-0.0197086,-0.0309885;RO=16;SAF=0,1;SAR=2,5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.534299,-0.416902;STB=0.5,0.787884;STBP=1,0.088;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.18054;OID=.,.;OPOS=73492676,73492677;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:24:23:16:15:2,6:0,8:0,0.347826:2,5:0,1:8:8:0,7:0,1:7:8 chr2 73518867 . G A 663.82 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.687;QD=61.7504;RBI=0.0864717;REFB=0;REVB=0.0839717;RO=0;SAF=11;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443888;OID=.;OPOS=73518867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:29:11:0:0:32:11:0:0 chr2 73675227 . T TCTC 439.07 PASS AF=0.347826;AO=52;DP=172;FAO=56;FDP=161;FR=.;FRO=105;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=49;FSRR=56;FWDB=-0.00160002;FXX=0.024241;HRUN=1;LEN=3;MLLD=257.698;QD=10.9087;RBI=0.00161178;REFB=-0.0137274;REVB=0.000194365;RO=115;SAF=14;SAR=38;SRF=57;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286357;STB=0.628579;STBP=0.026;TYPE=ins;VARB=0.0361554;OID=.;OPOS=73675228;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826:52:172:56:161:105:16:40:49:56:99:115:14:38:57:58 chr2 73675844 . C T 36.57 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0111147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.1;QD=7.31429;RBI=0.0141307;REFB=-0.0130484;REVB=-0.00872588;RO=14;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275858;STB=0.681124;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.043929;OID=.;OPOS=73675844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:1:5:9:5:1:5:9:5 chr2 73716810 . G A 365.81 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.029576;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9411;QD=23.9878;RBI=0.034155;REFB=-0.0316616;REVB=0.0170828;RO=25;SAF=17;SAR=19;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18374;STB=0.600668;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0157568;OID=.;OPOS=73716810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:25:25:36:36:0.590164:19:17:18:7:19:17:18:7 chr2 73717103 . G C 245.2 PASS AF=0.807692;AO=21;DP=27;FAO=21;FDP=26;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00828785;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.674;QD=37.7231;RBI=0.0112312;REFB=-0.0333869;REVB=-0.00757972;RO=6;SAF=9;SAR=12;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397226;STB=0.545412;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00989173;OID=.;OPOS=73717103;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:27:26:6:5:21:21:0.807692:12:9:2:4:12:9:1:4 chr2 73927931 . A G 604.96 PASS AF=0.555556;AO=54;DP=98;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.0380485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.162;QD=24.4428;RBI=0.0389694;REFB=-0.0280952;REVB=0.00842163;RO=43;SAF=15;SAR=39;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0689987;STB=0.536899;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0213062;OID=.;OPOS=73927931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:43:44:54:55:0.555556:39:15:15:28:40:15:15:29 chr2 73928098 . C G 589.22 PASS AF=0.689189;AO=51;DP=72;FAO=51;FDP=74;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00718021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.653;QD=31.8496;RBI=0.0191237;REFB=-0.0610465;REVB=0.0177246;RO=19;SAF=20;SAR=31;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693225;STB=0.52897;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0235382;OID=.;OPOS=73928098;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:19:23:51:51:0.689189:31:20:5:14:31:20:7:16 chr2 73928366 . G C 80.92 PASS AF=0.555556;AO=8;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.100023;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.9098;QD=17.9816;RBI=0.131547;REFB=0.000712576;REVB=0.0854399;RO=7;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368767;STB=0.66637;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0141025;OID=.;OPOS=73928366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:7:8:8:10:0.555556:3:5:1:6:5:5:1:7 chr2 73957124 . A G 693.47 PASS AF=0.9375;AO=44;DP=48;FAO=45;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00807645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.364;QD=57.7891;RBI=0.0286314;REFB=-0.00994315;REVB=-0.0274687;RO=2;SAF=28;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119777;STB=0.506677;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00131861;OID=.;OPOS=73957124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:2:2:44:45:0.9375:16:28:1:1:16:29:1:1 chr2 74007136 . T C 1568.36 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.077511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.512;QD=64.0147;RBI=0.0776032;REFB=0;REVB=0.00378217;RO=0;SAF=42;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.09437e-05;OID=.;OPOS=74007136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:98:0:0:96:98:1:54:42:0:0:55:43:0:0 chr2 74135797 . T C 122.61 PASS AF=0.298246;AO=16;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00390299;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.062;QD=8.60445;RBI=0.0210154;REFB=-0.016364;REVB=0.0206497;RO=41;SAF=8;SAR=8;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0724738;STB=0.514506;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.039962;OID=.;OPOS=74135797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:40:16:17:0.298246:8:8:23:18:8:9:22:18 chr2 74135898 . A G 150.96 PASS AF=0.354167;AO=16;DP=47;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0075281;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.852;QD=12.5803;RBI=0.00756735;REFB=-0.0159239;REVB=0.000769754;RO=31;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206245;STB=0.505045;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.014202;OID=.;OPOS=74135898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:31:31:16:17:0.354167:9:7:13:18:10:7:13:18 chr2 74185876 . A T 129.61 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00171752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.65;QD=9.60054;RBI=0.0065658;REFB=-0.00983093;REVB=-0.00633718;RO=37;SAF=8;SAR=9;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803301;STB=0.54777;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0199371;OID=.;OPOS=74185876;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:37:37:17:17:0.314815:9:8:20:17:9:8:20:17 chr2 74300717 . T C 149.59 PASS AF=0.346939;AO=16;DP=48;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00429804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5212;QD=12.2117;RBI=0.0101914;REFB=0.0082202;REVB=-0.00924075;RO=32;SAF=10;SAR=6;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731445;STB=0.517221;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.0182688;OID=.;OPOS=74300717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:32:32:16:17:0.346939:6:10:18:14:7:10:18:14 chr2 74334462 . G A 719.04 PASS AF=0.40201;AO=78;DP=198;FAO=80;FDP=199;FR=.;FRO=119;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=77;FSRR=42;FWDB=-0.0060063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.279;QD=14.4531;RBI=0.0302813;REFB=-0.0135621;REVB=-0.0296797;RO=115;SAF=39;SAR=39;SRF=75;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162073;STB=0.587918;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0247688;OID=.;OPOS=74334462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:199:115:119:78:80:0.40201:39:39:75:40:40:40:77:42 chr2 74362090 . A G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.857;QD=47.821;RBI=0.0187441;REFB=0;REVB=-0.0128102;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.41726e-06;OID=.;OPOS=74362090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr2 74362459 . T TAGC 298.15 PASS AF=0.857143;AO=22;DP=31;FAO=24;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00900495;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=3;MLLD=254.405;QD=42.5928;RBI=0.0382383;REFB=-0.0728815;REVB=0.0371628;RO=6;SAF=8;SAR=14;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123419;STB=0.518852;STBP=0.663;TYPE=ins;VARB=0.0106058;OID=.;OPOS=74362460;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=TAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:22:31:24:28:4:9:15:2:2:20:6:8:14:4:2 chr2 74594011 . T G 90.83 PASS AF=0.230769;AO=13;DP=62;FAO=15;FDP=65;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00818901;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4791;QD=5.58948;RBI=0.0796412;REFB=-0.0156482;REVB=-0.0792191;RO=49;SAF=9;SAR=4;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255553;STB=0.645636;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0520187;OID=.;OPOS=74594011;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:62:65:49:50:13:15:0.230769:4:9:24:25:5:10:24:26 chr2 74641624 . G C 822.72 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249427;FXX=0.0338926;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6484;QD=57.735;RBI=0.0291813;REFB=0;REVB=-0.0151463;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022197;OID=.;OPOS=74641624;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:58:57:1:32:26:0:0:31:26:0:0 chr2 74682512 . C T 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.738;QD=56.9372;RBI=0.0342843;REFB=0;REVB=-0.00141987;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.8216e-05;OID=.;OPOS=74682512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr2 74687548 . CCT C,CC,CCA,CCC 676.21 PASS AF=0,0.839286,0.125,0;AO=8,18,12,16;DP=58;FAO=0,47,7,0;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=0,21,7,0;FSAR=0,26,0,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.109319,0.142891,-0.01307,0.144744;FXX=0;HRUN=7,1,1,1;LEN=2,1,1,1;MLLD=122.761,125.275,27.3068,122.586;QD=48.301;RBI=0.109718,0.143372,0.03116,0.145357;REFB=-0.231526,-0.226889,-0.172963,-0.195918;REVB=-0.00934782,-0.011742,-0.0282864,-0.0133364;RO=2;SAF=7,4,12,3;SAR=1,14,0,13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.110633,-0.181817,0,-0.225438;STB=0.5,0.522718,0.5,0.5;STBP=1,0.164,1,1;TYPE=del,del,snp,snp;VARB=-0.00962501,0.00481828,0.179895,-0.0266671;OID=.,.,.,.;OPOS=74687549,74687550,74687550,74687550;OREF=CT,T,T,T;OALT=-,-,A,C;OMAPALT=C,CC,CCA,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.839286,0.125,0:8,18,12,16:58:0,47,7,0:56:2:0,21,7,0:0,26,0,0:2:0:33:2:7,4,12,3:1,14,0,13:2:0 chr2 74690039 . G A 3312.83 PASS AF=0.900763;AO=228;DP=270;FAO=236;FDP=262;FR=.;FRO=26;FSAF=118;FSAR=118;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0289534;FXX=0.0296285;HRUN=7;LEN=1;MLLD=241.377;QD=50.5776;RBI=0.0291597;REFB=-0.0451097;REVB=-0.00346266;RO=16;SAF=107;SAR=121;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00397928;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000703535;OID=.;OPOS=74690039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:270:262:16:26:228:236:0.900763:121:107:7:9:118:118:13:13 chr2 74690378 . C T 727.37 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00951284;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9919;QD=57.0486;RBI=0.0111625;REFB=0;REVB=-0.00584016;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000663368;OID=.;OPOS=74690378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:30:20:0:0:31:20:0:0 chr2 74699778 . C A 636.05 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.078296;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.881;QD=62.0537;RBI=0.0783955;REFB=0;REVB=0.00394955;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334541;OID=.;OPOS=74699778;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:23:17:0:0:23:18:0:0 chr2 74710491 . C T 771.88 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0261137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.948;QD=55.1342;RBI=0.0433141;REFB=-0.108075;REVB=0.034557;RO=1;SAF=19;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241604;STB=0.512816;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.000574831;OID=.;OPOS=74710491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:56:1:1:55:55:0.982143:36:19:1:0:36:19:1:0 chr2 74719530 . CCG CCC,CC,C 280.8 PASS AF=0,0,0.903226;AO=3,6,11;DP=33;FAO=0,0,28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=0,0,12;FSAR=0,0,16;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0953318,0.244933,0.174135;FXX=0.0312402;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,2;MLLD=7.82333,10.6703,19.2282;QD=36.2325;RBI=0.235042,0.245351,0.287629;REFB=-0.0142626,-0.193174,-0.210666;REVB=-0.21484,0.0143133,0.228926;RO=11;SAF=0,0,6;SAR=3,6,5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.71899,-0.78856,-0.161818;STB=0.5,0.5,0.523348;STBP=1,1,0.495;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.0151362,0.0611444;OID=.,.,.;OPOS=74719532,74719532,74719531;OREF=G,G,CG;OALT=C,-,-;OMAPALT=CCC,CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.903226:3,6,11:33:0,0,28:31:3:0,0,12:0,0,16:2:1:13:11:0,0,6:3,6,5:8:3 chr2 74725144 . T C 452.08 PASS AF=0.969697;AO=29;DP=31;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0273568;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3609;QD=54.797;RBI=0.0318514;REFB=-0.0242912;REVB=0.0163131;RO=1;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03211;STB=0.515142;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00619034;OID=.;OPOS=74725144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:33:1:1:29:32:0.969697:14:15:0:1:16:16:0:1 chr2 74725178 . G A 472.4 PASS AF=0.918919;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0397789;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.169;QD=51.0697;RBI=0.0444901;REFB=-0.0999127;REVB=-0.019925;RO=2;SAF=18;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00306052;STB=0.518448;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00794868;OID=.;OPOS=74725178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:36:37:2:3:34:34:0.918919:16:18:1:1:15:19:1:2 chr2 74746322 . A T 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00496995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.351;QD=57.1758;RBI=0.040109;REFB=0;REVB=-0.0397999;RO=0;SAF=9;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112485;OID=.;OPOS=74746322;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:42:9:0:0:42:9:0:0 chr2 74752157 . G A 64.19 PASS AF=0.136842;AO=13;DP=95;FAO=13;FDP=95;FR=.;FRO=82;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=41;FWDB=0.00986864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2153;QD=2.70276;RBI=0.0172884;REFB=-0.00460506;REVB=-0.0141951;RO=82;SAF=8;SAR=5;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143626;STB=0.600171;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.021761;OID=.;OPOS=74752157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:95:95:82:82:13:13:0.136842:5:8:41:41:5:8:41:41 chr2 74754635 . CAAAAC CAAAC,CAAACA 46.08 PASS AF=0.37931,0;AO=5,5;DP=31;FAO=11,0;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=8,0;FSAR=3,0;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.143677,-0.260486;FXX=0.0644953;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=11.4449,81.3074;QD=6.3557;RBI=0.229493,0.261158;REFB=-0.138598,-0.00837045;REVB=0.178953,0.0187259;RO=10;SAF=5,5;SAR=0,0;SRF=7;SRR=3;SSEN=0.304584,0;SSEP=0,0;SSSB=0.687706,0.687706;STB=0.545369,0.5;STBP=0.776,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.168824,0;OID=.,.;OPOS=74754636,74754639;OREF=A,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=CAAAC,CAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37931,0:5,5:31:11,0:29:18:8,0:3,0:12:6:46:10:5,5:0,0:7:3 chr2 74756176 . G C 182.87 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0121839;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.722;QD=43.0288;RBI=0.0328644;REFB=-0.102494;REVB=0.0305225;RO=1;SAF=7;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608641;STB=0.533291;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00108248;OID=.;OPOS=74756176;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:9:7:1:0:9:7:1:0 chr2 74761539 . T A 1223.81 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.158;QD=61.1906;RBI=0.0620179;REFB=0;REVB=0.0506757;RO=0;SAF=37;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172828;OID=.;OPOS=74761539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:41:37:0:0:43:37:0:0 chr2 75101454 . T C 190.9 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0216102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.049;QD=11.5699;RBI=0.0251498;REFB=-0.00548919;REVB=0.0128652;RO=42;SAF=11;SAR=13;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149593;STB=0.586395;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0101451;OID=.;OPOS=75101454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:13:11:25:17:13:11:25:17 chr2 75113657 . C T 422.41 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.145;QD=56.3212;RBI=0.04311;REFB=0;REVB=-0.0266904;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.25744e-05;OID=.;OPOS=75113657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:11:18:0:0:11:19:0:0 chr2 75113789 . C G 424.27 PASS AF=0.585714;AO=42;DP=70;FAO=41;FDP=70;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0452819;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.7797;QD=24.2438;RBI=0.0577145;REFB=0.0283483;REVB=0.0357842;RO=28;SAF=12;SAR=30;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148079;STB=0.602357;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.0156944;OID=.;OPOS=75113789;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:28:29:42:41:0.585714:30:12:13:15:30:11:14:15 chr2 75115108 . A G 678.06 PASS AF=0.637363;AO=58;DP=93;FAO=58;FDP=91;FR=.;FRO=33;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.014368;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.016;QD=29.805;RBI=0.0278112;REFB=-0.017373;REVB=-0.0238123;RO=32;SAF=36;SAR=22;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183433;STB=0.594437;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0130514;OID=.;OPOS=75115108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:32:33:58:58:0.637363:22:36:11:21:22:36:12:21 chr2 75116527 . G A 384.84 PASS AF=0.358779;AO=46;DP=130;FAO=47;FDP=131;FR=.;FRO=84;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=0.0664177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4632;QD=11.7508;RBI=0.0671201;REFB=-0.00837903;REVB=0.00968495;RO=84;SAF=23;SAR=23;SRF=45;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402786;STB=0.516091;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0162476;OID=.;OPOS=75116527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:84:84:46:47:0.358779:23:23:45:39:23:24:45:39 chr2 75118737 . C T 800.68 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3924;QD=64.0542;RBI=0.0334968;REFB=0;REVB=-0.00895785;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298085;OID=.;OPOS=75118737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:28:21:0:0:29:21:0:0 chr2 75124037 . C T 1031.14 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000824834;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9871;QD=59.7762;RBI=0.0103414;REFB=0;REVB=0.0103085;RO=0;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000708788;OID=.;OPOS=75124037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:37:32:0:0:37:32:0:0 chr2 75196731 . A G 1332.34 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466486;FXX=0.0444395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.565;QD=61.9695;RBI=0.0477175;REFB=0;REVB=0.0100432;RO=0;SAF=29;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384066;OID=.;OPOS=75196731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:83:86:1:54:29:0:0:54:32:0:0 chr2 75276429 . C G 388.56 PASS AF=0.418367;AO=41;DP=98;FAO=41;FDP=98;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=-0.00308483;FXX=0.019998;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.543;QD=15.8595;RBI=0.0169276;REFB=-0.0146286;REVB=-0.0166441;RO=57;SAF=19;SAR=22;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155717;STB=0.587389;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0219621;OID=.;OPOS=75276429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:57:57:41:41:0.418367:22:19:18:39:22:19:18:39 chr2 75276649 . C T 728.79 PASS AF=0.555556;AO=69;DP=127;FAO=70;FDP=126;FR=.;FRO=56;FSAF=49;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.0248926;FXX=0.0307669;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.786;QD=23.1361;RBI=0.031673;REFB=-0.0438666;REVB=-0.0195841;RO=54;SAF=49;SAR=20;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156153;STB=0.581248;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0336743;OID=.;OPOS=75276649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:54:56:69:70:0.555556:20:49:29:25:21:49:30:26 chr2 75425728 . A G 847.94 PASS AF=0.586466;AO=78;DP=130;FAO=78;FDP=133;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0216102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.1905;QD=25.5018;RBI=0.0374891;REFB=-0.00755334;REVB=-0.0306339;RO=52;SAF=35;SAR=43;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00953191;STB=0.502434;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0042473;OID=.;OPOS=75425728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:133:52:55:78:78:0.586466:43:35:24:28:43:35:25:30 chr2 75744918 . T C 119.65 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00221152;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.428;QD=12.5945;RBI=0.010635;REFB=-0.00601732;REVB=0.0104025;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123178;STB=0.622052;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0239287;OID=.;OPOS=75744918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:18:24:14:14:0.368421:8:6:10:8:8:6:15:9 chr2 76672457 . G T 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0383064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.177;QD=28.6823;RBI=0.0522239;REFB=-0.0581151;REVB=0.0354959;RO=2;SAF=6;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586432;STB=0.533258;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0158224;OID=.;OPOS=76672457;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:3:6:1:1:3:6:1:1 chr2 79109771 . A G 186.23 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00984299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.257;QD=27.5903;RBI=0.00991879;REFB=-0.00588996;REVB=-0.00122392;RO=9;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333351;STB=0.518498;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00238363;OID=.;OPOS=79109771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:27:9:9:18:18:0.666667:9:9:5:4:9:9:5:4 chr2 79254261 . T C 2110.83 PASS AF=0.985507;AO=135;DP=137;FAO=136;FDP=138;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00620025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1014;QD=61.1834;RBI=0.0280763;REFB=0.0343417;REVB=-0.0273831;RO=2;SAF=67;SAR=68;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000102755;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00164193;OID=.;OPOS=79254261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:137:138:2:2:135:136:0.985507:68:67:1:1:68:68:1:1 chr2 79350347 . A G 463.3 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00766224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5119;QD=52.948;RBI=0.0234487;REFB=-0.0233224;REVB=0.0221614;RO=1;SAF=14;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322;STB=0.533313;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00218907;OID=.;OPOS=79350347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:1:2:33:33:0.942857:19:14:1:0:19:14:2:0 chr2 79385786 . TG CA 209.74 PASS AF=0.222973;AO=32;DP=148;FAO=33;FDP=148;FR=.;FRO=115;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=55;FSRR=60;FWDB=-0.0230154;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=2;MLLD=172.603;QD=5.6687;RBI=0.0231062;REFB=-0.00285798;REVB=-0.00204716;RO=114;SAF=9;SAR=23;SRF=54;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257158;STB=0.670049;STBP=0.024;TYPE=mnp;VARB=0.0122357;OID=.;OPOS=79385786;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:114:115:32:33:0.222973:23:9:54:60:24:9:55:60 chr2 79385823 . T G 171.02 PASS AF=0.2;AO=26;DP=142;FAO=29;FDP=145;FR=.;FRO=116;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=56;FSRR=60;FWDB=-0.000257893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.844;QD=4.7179;RBI=0.00156388;REFB=-0.0077573;REVB=-0.00154247;RO=110;SAF=6;SAR=20;SRF=51;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320598;STB=0.643463;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0353638;OID=.;OPOS=79385823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:145:110:116:26:29:0.2:20:6:51:59:20:9:56:60 chr2 79385857 . G T 60.38 PASS AF=0.12381;AO=13;DP=105;FAO=13;FDP=105;FR=.;FRO=92;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=47;FWDB=-0.0142577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.202;QD=2.3002;RBI=0.0181866;REFB=-0.00231389;REVB=-0.0112903;RO=92;SAF=2;SAR=11;SRF=45;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434452;STB=0.816226;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0267928;OID=.;OPOS=79385857;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:105:105:92:92:13:13:0.12381:11:2:45:47:11:2:45:47 chr2 79385866 . C G 58.7 PASS AF=0.133333;AO=12;DP=93;FAO=12;FDP=90;FR=.;FRO=78;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.0433822;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.376;QD=2.60896;RBI=0.0505777;REFB=-0.00139604;REVB=-0.0260017;RO=81;SAF=2;SAR=10;SRF=41;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43254;STB=0.799467;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0189964;OID=.;OPOS=79385866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:93:90:81:78:12:12:0.133333:10:2:41:40:10:2:38:40 chr2 80101321 . T G 955.13 PASS AF=0.664;AO=82;DP=125;FAO=83;FDP=125;FR=.;FRO=42;FSAF=61;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0275535;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4558;QD=30.5641;RBI=0.0534314;REFB=-0.016648;REVB=-0.0457791;RO=42;SAF=60;SAR=22;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859924;STB=0.54772;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00793299;OID=.;OPOS=80101321;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:42:42:82:83:0.664:22:60:26:16:22:61:26:16 chr2 80529956 . T C 300.99 PASS AF=0.65;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00574165;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.572;QD=30.0985;RBI=0.00600259;REFB=-0.0247766;REVB=0.00175061;RO=14;SAF=7;SAR=19;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120386;STB=0.56646;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0161218;OID=.;OPOS=80529956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:14:14:26:26:0.65:19:7:6:8:19:7:6:8 chr2 80801346 . T C 242.78 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0941365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9338;QD=14.281;RBI=0.103547;REFB=0.0369265;REVB=-0.0431308;RO=31;SAF=10;SAR=18;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301581;STB=0.586893;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.0305877;OID=.;OPOS=80801346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:40:28:28:0.411765:18:10:12:19:18:10:20:20 chr2 82194270 . A G 274.87 PASS AF=0.821429;AO=22;DP=27;FAO=23;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0339585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.893;QD=39.2671;RBI=0.0358598;REFB=-0.0200268;REVB=0.0115213;RO=1;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264303;STB=0.545413;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00327739;OID=.;OPOS=82194270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:27:28:1:5:22:23:0.821429:17:5:0:1:18:5:2:3 chr2 82194363 . C A 308.01 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00583014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2039;QD=28.0011;RBI=0.0132065;REFB=0.0258627;REVB=-0.0118499;RO=17;SAF=8;SAR=19;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926187;STB=0.551218;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=-0.0168771;OID=.;OPOS=82194363;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:19:8:7:10:19:8:7:10 chr2 84756049 . G A 2132.29 PASS AF=0.972028;AO=137;DP=142;FAO=139;FDP=143;FR=.;FRO=4;FSAF=87;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00451361;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.596;QD=59.6446;RBI=0.00744667;REFB=-0.107706;REVB=0.00592285;RO=3;SAF=85;SAR=52;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266333;STB=0.511162;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00573145;OID=.;OPOS=84756049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:142:143:3:4:137:139:0.972028:52:85:0:3:52:87:1:3 chr2 84771480 . G A 1098.68 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0509;QD=60.2019;RBI=0.0274574;REFB=0;REVB=-0.00520621;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000179754;OID=.;OPOS=84771480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:36:37:0:0:36:37:0:0 chr2 84771567 . C T 823.39 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000655897;FXX=0.0338926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.421;QD=57.7819;RBI=0.0100384;REFB=0;REVB=0.010017;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.47109e-05;OID=.;OPOS=84771567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:56:57:1:29:27:0:0:29:28:0:0 chr2 84800605 . C A 1381.99 PASS AF=0.967742;AO=90;DP=95;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0127306;FXX=0.0210504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.151;QD=59.4403;RBI=0.0222772;REFB=-0.000339707;REVB=0.0182813;RO=2;SAF=41;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00184505;STB=0.506854;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-2.1469e-05;OID=.;OPOS=84800605;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:95:93:2:3:90:90:0.967742:49:41:1:1:49:41:2:1 chr2 84897516 . T TG 408.24 PASS AF=0.942857;AO=4;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0347225;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=96.5906;QD=46.6562;RBI=0.101234;REFB=-0.01536;REVB=0.0950933;RO=31;SAF=1;SAR=3;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969277;STB=0.521726;STBP=0.411;TYPE=ins;VARB=0.000854754;OID=.;OPOS=84897517;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.942857:4:35:33:35:2:11:22:0:2:9:31:1:3:10:21 chr2 84897517 . A G 370.7 PASS AF=0.828571;AO=29;DP=35;FAO=29;FDP=35;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0157893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.786;QD=42.3654;RBI=0.0560909;REFB=-0.0137983;REVB=0.0538227;RO=6;SAF=10;SAR=19;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0639369;STB=0.534498;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.000775226;OID=.;OPOS=84897517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:35:35:6:6:29:29:0.828571:19:10:1:5:19:10:1:5 chr2 85282879 . A G 785.63 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0696283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.159;QD=64.1326;RBI=0.0712528;REFB=0;REVB=0.0151278;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437877;OID=.;OPOS=85282879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr2 85283329 . CTT C,CCT 299.01 PASS AF=0.869565,0.130435;AO=20,3;DP=23;FAO=20,3;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9,1;FSAR=11,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228539,0.0345112;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=259.884,25.421;QD=52.0011;RBI=0.0268183,0.0567189;REFB=0,0;REVB=-0.0140327,0.0450113;RO=0;SAF=9,1;SAR=11,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.0487e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00291104,0.0208887;OID=.,.;OPOS=85283330,85283330;OREF=TT,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.869565,0.130435:20,3:23:20,3:23:0:9,1:11,2:0:0:14:0:9,1:11,2:0:0 chr2 85283395 . C T 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0868;QD=46.8429;RBI=0.0465425;REFB=0;REVB=-0.0449164;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0012572;OID=.;OPOS=85283395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr2 85546615 . C T 817.34 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00302547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.401;QD=57.3573;RBI=0.0206311;REFB=0;REVB=0.020408;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41373e-05;OID=.;OPOS=85546615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:57:0:0:54:57:1:27:27:0:0:29:28:0:0 chr2 85549527 . T C 453.6 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0240905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.756;QD=54.9823;RBI=0.0420532;REFB=-0.0833831;REVB=0.034469;RO=1;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227759;STB=0.512188;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00163639;OID=.;OPOS=85549527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:20:12:0:1:20:12:0:1 chr2 85549547 . C T 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168094;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.688;QD=62.3509;RBI=0.0313441;REFB=0;REVB=0.0264555;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.73245e-05;OID=.;OPOS=85549547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr2 85553784 . C T 784.07 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1914;QD=64.0061;RBI=0.195848;REFB=0;REVB=0.195026;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00293646;OID=.;OPOS=85553784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:49:0:0:44:49:1:19:25:0:0:24:25:0:0 chr2 85554080 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017707;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.509;QD=45.8068;RBI=0.0179058;REFB=0;REVB=-0.00266098;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47809e-05;OID=.;OPOS=85554080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr2 85570849 . C T 102.78 PASS AF=0.235294;AO=16;DP=68;FAO=16;FDP=68;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=0.0632891;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.269;QD=6.04578;RBI=0.0632894;REFB=-0.0110611;REVB=-0.000188551;RO=52;SAF=6;SAR=10;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646627;STB=0.539951;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0309003;OID=.;OPOS=85570849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:52:52:16:16:0.235294:10:6:17:35:10:6:17:35 chr2 85570857 . G A 109.0 PASS AF=0.232877;AO=17;DP=73;FAO=17;FDP=73;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=39;FWDB=-0.0173318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.478;QD=5.97239;RBI=0.019892;REFB=-0.00496437;REVB=-0.00976227;RO=56;SAF=6;SAR=11;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688189;STB=0.542447;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0134887;OID=.;OPOS=85570857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:56:56:17:17:0.232877:11:6:17:39:11:6:17:39 chr2 85573033 . G A 901.85 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0162468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2562;QD=53.8415;RBI=0.0305134;REFB=-0.0268708;REVB=0.0258285;RO=3;SAF=34;SAR=30;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167643;STB=0.508884;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00805748;OID=.;OPOS=85573033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:67:67:3:3:64:64:0.955224:30:34:1:2:30:34:1:2 chr2 85573049 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190021;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.12;QD=58.6006;RBI=0.0198586;REFB=0;REVB=0.00576906;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80431e-05;OID=.;OPOS=85573049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:29:35:0:0:29:35:0:0 chr2 85769711 . C G 1579.66 PASS AF=1;AO=101;DP=105;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187808;FXX=0.0530926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.789;QD=59.0525;RBI=0.0203784;REFB=0;REVB=0.00790974;RO=0;SAF=46;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00248459;OID=.;OPOS=85769711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:107:0:0:101:107:1:55:46:0:0:57:50:0:0 chr2 85780131 . G A 1491.66 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.239;QD=63.4749;RBI=0.0264608;REFB=0;REVB=0.0120339;RO=0;SAF=52;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49984e-05;OID=.;OPOS=85780131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:41:52:0:0:41:53:0:0 chr2 85780536 . C G,T 704.87 PASS AF=0.132075,0.867925;AO=6,45;DP=52;FAO=7,46;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=3,23;FSAR=4,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467861,0.0564513;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=13.9735,39.0245;QD=53.1976;RBI=0.0535111,0.0582988;REFB=0,0;REVB=-0.0259711,0.0145605;RO=0;SAF=2,22;SAR=4,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.151065,0.0026338;OID=.,.;OPOS=85780536,85780536;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:52:53:0:0:6,45:7,46:0.132075,0.867925:4,23:2,22:0:0:4,23:3,23:0:0 chr2 85781318 . T G 292.89 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126035;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.494;QD=53.2527;RBI=0.0679148;REFB=0;REVB=0.0667351;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124063;OID=.;OPOS=85781318;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr2 85806266 . C T 635.78 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470152;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3673;QD=62.0271;RBI=0.0506921;REFB=0;REVB=0.0189542;RO=0;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000930775;OID=.;OPOS=85806266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:30:11:0:0:30:11:0:0 chr2 85808737 . A G 1113.91 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0249941;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.4255;QD=58.627;RBI=0.0271123;REFB=0.063645;REVB=-0.0105058;RO=1;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145539;STB=0.50769;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.000448134;OID=.;OPOS=85808737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:76:1:1:74:75:0.986842:32:42:0:1:32:43:0:1 chr2 85808982 . T C 1561.62 PASS AF=0.990654;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0217541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6898;QD=58.3783;RBI=0.0221576;REFB=0.050797;REVB=-0.0042092;RO=1;SAF=56;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839944;STB=0.504347;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.00149934;OID=.;OPOS=85808982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:107:1:1:105:106:0.990654:49:56:1:0:49:57:1:0 chr2 85824084 . G C 562.53 PASS AF=0.614458;AO=50;DP=83;FAO=51;FDP=83;FR=.;FRO=32;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0366151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.64;QD=27.11;RBI=0.037528;REFB=-0.0423849;REVB=-0.00822708;RO=32;SAF=28;SAR=22;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433023;STB=0.526758;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0177735;OID=.;OPOS=85824084;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:32:32:50:51:0.614458:22:28:16:16:22:29:16:16 chr2 85824251 . T C 116.87 PASS AF=0.52;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.019898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9333;QD=18.6988;RBI=0.0203569;REFB=-0.0264369;REVB=0.00429799;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211474;STB=0.636165;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0247611;OID=.;OPOS=85824251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:24:25:11:12:13:13:0.52:6:7:3:8:6:7:3:9 chr2 85846329 . G A 182.15 PASS AF=0.542857;AO=17;DP=32;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0246165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8088;QD=20.8172;RBI=0.0424268;REFB=-0.00325023;REVB=0.0345552;RO=15;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681317;STB=0.503222;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00124906;OID=.;OPOS=85846329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:35:15:16:17:19:0.542857:10:7:5:10:12:7:6:10 chr2 85852667 . G A 341.41 PASS AF=0.674419;AO=28;DP=42;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0152309;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.209;QD=31.7587;RBI=0.0686876;REFB=0.00373998;REVB=-0.0669776;RO=14;SAF=17;SAR=11;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117366;STB=0.55863;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000251194;OID=.;OPOS=85852667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:14:14:28:29:0.674419:11:17:11:3:11:18:11:3 chr2 85924729 . C T 359.17 PASS AF=0.403846;AO=42;DP=104;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.00802997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.805;QD=13.8143;RBI=0.00974456;REFB=-0.0199568;REVB=0.00552052;RO=62;SAF=15;SAR=27;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10444;STB=0.55922;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0307398;OID=.;OPOS=85924729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:62:62:42:42:0.403846:27:15:28:34:27:15:28:34 chr2 85925529 . A G 101.94 PASS AF=0.195402;AO=17;DP=86;FAO=17;FDP=87;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=45;FSRR=25;FWDB=-0.000363371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.355;QD=4.68666;RBI=0.00958414;REFB=-0.0109046;REVB=-0.00957725;RO=68;SAF=8;SAR=9;SRF=44;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221577;STB=0.636698;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0375042;OID=.;OPOS=85925529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:68:70:17:17:0.195402:9:8:44:24:9:8:45:25 chr2 85925756 . C G 185.93 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0122402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1103;QD=12.3951;RBI=0.0225056;REFB=-0.00103263;REVB=0.0188859;RO=35;SAF=19;SAR=4;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246528;STB=0.67042;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00411723;OID=.;OPOS=85925756;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:37:23:23:0.383333:4:19:23:12:4:19:23:14 chr2 85925848 . C G 239.12 PASS AF=0.371795;AO=27;DP=76;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.034874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.775;QD=12.2625;RBI=0.0385178;REFB=-0.0124692;REVB=-0.0163532;RO=49;SAF=22;SAR=5;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.464486;STB=0.778552;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0517964;OID=.;OPOS=85925848;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:49:49:27:29:0.371795:5:22:21:28:5:24:21:28 chr2 85982017 . G C 153.13 PASS AF=0.271605;AO=22;DP=81;FAO=22;FDP=81;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.0517836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.094;QD=7.56195;RBI=0.051796;REFB=-0.0121732;REVB=-0.00113057;RO=58;SAF=9;SAR=13;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157068;STB=0.514573;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0498089;OID=.;OPOS=85982017;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:58:59:22:22:0.271605:13:9:23:35:13:9:23:36 chr2 86015096 . G A 108.41 PASS AF=0.25;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0100216;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.34;QD=8.33916;RBI=0.0103832;REFB=-0.00608242;REVB=-0.00271606;RO=33;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442909;STB=0.501546;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0140451;OID=.;OPOS=86015096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:53:52:33:37:13:13:0.25:7:6:14:19:7:6:17:20 chr2 86260785 . C T 627.28 PASS AF=0.583333;AO=56;DP=96;FAO=56;FDP=96;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0239611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.935;QD=26.1367;RBI=0.0264047;REFB=-0.0236711;REVB=0.011094;RO=37;SAF=25;SAR=31;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00961171;STB=0.512008;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0244091;OID=.;OPOS=86260785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:37:40:56:56:0.583333:31:25:17:20:31:25:19:21 chr2 86315741 . C T 95.55 PASS AF=0.230769;AO=15;DP=65;FAO=15;FDP=65;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0650891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.606;QD=5.87986;RBI=0.0659798;REFB=-0.00526714;REVB=-0.0108051;RO=50;SAF=3;SAR=12;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291991;STB=0.686291;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0178295;OID=.;OPOS=86315741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:65:65:50:50:15:15:0.230769:12:3:20:30:12:3:20:30 chr2 86317037 . G C 1447.4 PASS AF=0.959184;AO=94;DP=100;FAO=94;FDP=98;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0261991;FXX=0.019998;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.502;QD=59.0776;RBI=0.0262078;REFB=-0.0208228;REVB=0.000677525;RO=2;SAF=43;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215398;STB=0.522218;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.000310346;OID=.;OPOS=86317037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:100:98:2:4:94:94:0.959184:51:43:2:0:51:43:4:0 chr2 86344237 . A G 278.85 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.019116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.631;QD=21.8706;RBI=0.0206525;REFB=-0.013348;REVB=0.00781685;RO=23;SAF=15;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466917;STB=0.525928;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0141271;OID=.;OPOS=86344237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:13:15:11:12:13:15:11:12 chr2 86363074 . A G 285.28 PASS AF=0.308943;AO=38;DP=123;FAO=38;FDP=123;FR=.;FRO=85;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=42;FWDB=0.0100349;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.369;QD=9.27728;RBI=0.0503347;REFB=-0.012226;REVB=-0.0493243;RO=83;SAF=22;SAR=16;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100549;STB=0.550923;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.025495;OID=.;OPOS=86363074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:83:85:38:38:0.308943:16:22:41:42:16:22:43:42 chr2 86364653 . A G 437.85 PASS AF=0.755556;AO=34;DP=45;FAO=34;FDP=45;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0110301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.942;QD=38.9203;RBI=0.0121476;REFB=-0.0166649;REVB=0.00508931;RO=11;SAF=14;SAR=20;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225186;STB=0.512188;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00538137;OID=.;OPOS=86364653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:11:11:34:34:0.755556:20:14:4:7:20:14:4:7 chr2 86400791 . T C 637.04 PASS AF=0.662651;AO=54;DP=82;FAO=55;FDP=83;FR=.;FRO=28;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00107142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.181;QD=30.7007;RBI=0.0356968;REFB=-0.0281269;REVB=0.0356807;RO=28;SAF=25;SAR=29;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459126;STB=0.521255;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0227323;OID=.;OPOS=86400791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:28:28:54:55:0.662651:29:25:15:13:29:26:15:13 chr2 86400824 . G A 247.14 PASS AF=0.337079;AO=30;DP=91;FAO=30;FDP=89;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.00324789;FXX=0.0219756;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.083;QD=11.1074;RBI=0.0132931;REFB=-0.0101614;REVB=-0.0128902;RO=58;SAF=13;SAR=17;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226928;STB=0.506489;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0145644;OID=.;OPOS=86400824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:89:58:59:30:30:0.337079:17:13:24:34:17:13:25:34 chr2 86420201 . G C 290.3 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0146573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.167;QD=46.4482;RBI=0.0448542;REFB=-0.150599;REVB=0.0423918;RO=2;SAF=1;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402723;STB=0.521721;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00397955;OID=.;OPOS=86420201;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:25:25:2:2:23:23:0.92:22:1:0:2:22:1:0:2 chr2 86440718 . T C 255.67 PASS AF=0.336957;AO=31;DP=92;FAO=31;FDP=92;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0210468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.03;QD=11.1161;RBI=0.021387;REFB=0.00233824;REVB=-0.0037992;RO=60;SAF=14;SAR=17;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362543;STB=0.526743;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=-0.00441969;OID=.;OPOS=86440718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:60:61:31:31:0.336957:17:14:29:31:17:14:30:31 chr2 86441334 . C CTGTT 129.2 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00704052;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=4;MLLD=276.91;QD=8.47184;RBI=0.0265485;REFB=0.00588984;REVB=-0.0255979;RO=43;SAF=12;SAR=6;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188795;STB=0.613507;STBP=0.247;TYPE=ins;VARB=-0.0135817;OID=.;OPOS=86441335;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=CTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.295082:18:62:18:61:43:12:6:22:21:99:43:12:6:22:21 chr2 86507205 . C T 217.35 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=20;FSAR=0;FSRF=10;FSRR=0;FWDB=-0.0175424;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5902;QD=28.9799;RBI=0.0175424;REFB=0.0276763;REVB=0;RO=10;SAF=20;SAR=0;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.013544;OID=.;OPOS=86507205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:31:30:10:10:20:20:0.666667:0:20:10:0:0:20:10:0 chr2 86683642 . A G 310.04 PASS AF=0.925926;AO=24;DP=28;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.108816;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6143;QD=45.9323;RBI=0.109121;REFB=-0.0965621;REVB=-0.0081548;RO=3;SAF=4;SAR=20;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587342;STB=0.523791;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0157637;OID=.;OPOS=86683642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:28:27:3:2:24:25:0.925926:20:4:1:2:20:5:0:2 chr2 86691250 . G A 2185.51 PASS AF=0.985915;AO=140;DP=142;FAO=140;FDP=142;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00109491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.069;QD=61.5637;RBI=0.0285159;REFB=-0.00481964;REVB=0.0284949;RO=2;SAF=63;SAR=77;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121885;STB=0.506409;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00013394;OID=.;OPOS=86691250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:142:142:2:2:140:140:0.985915:77:63:0:2:77:63:0:2 chr2 86719435 . C T 92.13 PASS AF=0.214286;AO=15;DP=70;FAO=15;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0252054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0825;QD=5.26469;RBI=0.0643132;REFB=-0.0127203;REVB=-0.0591683;RO=55;SAF=11;SAR=4;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387225;STB=0.74404;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0347561;OID=.;OPOS=86719435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:70:70:55:55:15:15:0.214286:4:11:23:32:4:11:23:32 chr2 86979093 . G A 1749.06 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00204165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2173;QD=60.8369;RBI=0.068082;REFB=0;REVB=0.0680513;RO=0;SAF=54;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405301;OID=.;OPOS=86979093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:61:54:0:0:61:54:0:0 chr2 87015633 . T TGA 637.57 PASS AF=0.897959;AO=43;DP=49;FAO=44;FDP=49;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0266178;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=2;MLLD=224.986;QD=52.0467;RBI=0.0581346;REFB=-0.0467206;REVB=0.0516829;RO=5;SAF=20;SAR=23;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103945;STB=0.55553;STBP=0.033;TYPE=ins;VARB=0.00517659;OID=.;OPOS=87015634;OREF=-;OALT=GA;OMAPALT=TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.897959:43:49:44:49:5:20:24:5:0:25:5:20:23:5:0 chr2 88315954 . C A 286.52 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0124241;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.491;QD=44.0796;RBI=0.0242205;REFB=-0.22226;REVB=0.0207912;RO=1;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264628;STB=0.51072;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00207163;OID=.;OPOS=88315954;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:26:26:1:3:23:23:0.884615:17:6:0:1:17:6:1:2 chr2 88315993 . A G 340.68 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9434;QD=54.5087;RBI=0.0276939;REFB=0;REVB=0.0177318;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.0167e-05;OID=.;OPOS=88315993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr2 88387403 . C A 820.43 PASS AF=1;AO=48;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198086;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.499;QD=57.5739;RBI=0.0595504;REFB=0;REVB=0.0561593;RO=0;SAF=36;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241406;OID=.;OPOS=88387403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:48:57:1:12:36:0:0:20:37:0:0 chr2 88424066 . T C 697.56 PASS AF=0.980769;AO=49;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0107191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.126;QD=53.6582;RBI=0.0299277;REFB=-0.0750307;REVB=0.0279423;RO=1;SAF=21;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021881;STB=0.511107;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000235362;OID=.;OPOS=88424066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:52:1:1:49:51:0.980769:28:21:1:0:29:22:1:0 chr2 88472791 . G A 1048.09 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0326923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.123;QD=58.227;RBI=0.0335783;REFB=-0.0909321;REVB=0.00766301;RO=1;SAF=45;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178383;STB=0.509431;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00113379;OID=.;OPOS=88472791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:26:45:0:1:26:45:0:1 chr2 88874891 . C A 514.5 PASS AF=0.626667;AO=46;DP=75;FAO=47;FDP=75;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0115594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.329;QD=27.4398;RBI=0.0192617;REFB=-0.00920048;REVB=0.0154076;RO=28;SAF=17;SAR=29;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119321;STB=0.567682;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00663374;OID=.;OPOS=88874891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:28:28:46:47:0.626667:29:17:15:13:30:17:15:13 chr2 88895123 . T C 459.49 PASS AF=0.623188;AO=43;DP=69;FAO=43;FDP=69;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0114385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.359;QD=26.6369;RBI=0.0147591;REFB=-0.0143156;REVB=0.00932695;RO=26;SAF=19;SAR=24;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402888;STB=0.521968;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00569125;OID=.;OPOS=88895123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:26:26:43:43:0.623188:24:19:10:16:24:19:10:16 chr2 88895351 . T C 300.61 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0429284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8107;QD=23.1235;RBI=0.0481869;REFB=-0.0105191;REVB=0.0218889;RO=22;SAF=24;SAR=6;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171782;STB=0.595675;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00505717;OID=.;OPOS=88895351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:6:24:14:8:6:24:14:8 chr2 88913273 . G C 197.13 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00568722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.383;QD=10.9517;RBI=0.0178871;REFB=-0.0165207;REVB=-0.0169589;RO=47;SAF=15;SAR=10;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296221;STB=0.517228;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0272952;OID=.;OPOS=88913273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:47:25:25:0.347222:10:15:27:20:10:15:27:20 chr2 89197190 . C T 821.24 PASS AF=0.325077;AO=105;DP=324;FAO=105;FDP=323;FR=.;FRO=218;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=127;FSRR=91;FWDB=-0.016077;FXX=0.00308632;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.738;QD=10.1702;RBI=0.0169059;REFB=-0.0101053;REVB=-0.00522867;RO=218;SAF=48;SAR=57;SRF=127;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146739;STB=0.584035;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.022667;OID=.;OPOS=89197190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:324:323:218:218:105:105:0.325077:57:48:127:91:57:48:127:91 chr2 89278103 . T C 30.11 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00820276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.656;QD=10.0358;RBI=0.0699301;REFB=0.00582478;REVB=-0.0694474;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158244;STB=0.665925;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.0140637;OID=.;OPOS=89278103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:6:7:5:5:0.416667:1:4:4:2:1:4:4:3 chr2 90121675 . T C 270.96 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.268;QD=51.6115;RBI=0.0867408;REFB=0;REVB=0.0861236;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125483;OID=.;OPOS=90121675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:8:11:0:0:10:11:0:0 chr2 90139116 . G A 140.14 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00589771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.41;QD=10.3804;RBI=0.0469154;REFB=-0.0237866;REVB=-0.0465432;RO=36;SAF=8;SAR=10;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940995;STB=0.555494;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0425958;OID=.;OPOS=90139116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:10:8:19:17:10:8:19:17 chr2 90212050 . G A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0448036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.398;QD=13.631;RBI=0.0449254;REFB=-0.00531097;REVB=-0.00330624;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.465745;STB=0.764228;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00592434;OID=.;OPOS=90212050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:0:9:4:4:0:9 chr2 90249299 . C T 34.31 PASS AF=0.102564;AO=8;DP=78;FAO=8;FDP=78;FR=.;FRO=70;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.0773526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.847;QD=1.75966;RBI=0.0816263;REFB=-0.00391527;REVB=-0.0260661;RO=68;SAF=4;SAR=4;SRF=30;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689431;STB=0.538366;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0416345;OID=.;OPOS=90249299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:78:78:68:70:8:8:0.102564:4:4:30:38:4:4:32:38 chr2 92129749 . T C 356.31 PASS AF=0.528571;AO=36;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00147577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.509;QD=20.3603;RBI=0.0399028;REFB=-0.0172527;REVB=0.0398755;RO=32;SAF=18;SAR=18;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265419;STB=0.513506;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0169113;OID=.;OPOS=92129749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:33:36:37:0.528571:18:18:17:15:19:18:17:16 chr2 95481396 . C T 54.64 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0717276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.578;QD=9.10697;RBI=0.0726933;REFB=-0.0116721;REVB=-0.0118096;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0158079;OID=.;OPOS=95481396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:5:3:6:10:5:3:6:10 chr2 95537447 . G A 208.33 PASS AF=0.303371;AO=27;DP=89;FAO=27;FDP=89;FR=.;FRO=62;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.00557571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.245;QD=9.36325;RBI=0.0149952;REFB=-0.0037119;REVB=-0.0139201;RO=62;SAF=21;SAR=6;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420172;STB=0.749155;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00708408;OID=.;OPOS=95537447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:62:62:27:27:0.303371:6:21:27:35:6:21:27:35 chr2 95537501 . C T 474.51 PASS AF=0.671875;AO=43;DP=65;FAO=43;FDP=64;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0607057;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5555;QD=29.6567;RBI=0.0763644;REFB=-0.0188045;REVB=0.0463285;RO=21;SAF=14;SAR=29;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214941;STB=0.616965;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00935807;OID=.;OPOS=95537501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:21:21:43:43:0.671875:29:14:14:7:29:14:14:7 chr2 95537572 . C T 427.3 PASS AF=0.693878;AO=33;DP=47;FAO=34;FDP=49;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0218621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.425;QD=34.8818;RBI=0.0267321;REFB=-0.065352;REVB=0.0153835;RO=14;SAF=12;SAR=21;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118318;STB=0.547798;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0518309;OID=.;OPOS=95537572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:14:15:33:34:0.693878:21:12:8:6:21:13:8:7 chr2 95537622 . A G 184.29 PASS AF=0.558824;AO=18;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0202589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8735;QD=21.6814;RBI=0.0258538;REFB=-0.054039;REVB=-0.0160623;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695042;STB=0.540151;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.043477;OID=.;OPOS=95537622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:15:18:19:0.558824:8:10:9:5:8:11:10:5 chr2 95542363 . C G 63.09 PASS AF=0.25;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00602745;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.536;QD=7.01047;RBI=0.011497;REFB=-0.00724694;REVB=-0.00979032;RO=29;SAF=4;SAR=5;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249223;STB=0.662315;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0202429;OID=.;OPOS=95542363;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:38:36:29:27:9:9:0.25:5:4:19:10:5:4:18:9 chr2 95542376 . GC TT 115.91 PASS AF=0.311111;AO=13;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00104003;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=2;MLLD=224.999;QD=10.3032;RBI=0.0157869;REFB=-0.0115765;REVB=-0.0157526;RO=30;SAF=6;SAR=7;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196766;STB=0.577669;STBP=0.477;TYPE=mnp;VARB=0.0221625;OID=.;OPOS=95542376;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:31:13:14:0.311111:7:6:19:11:7:7:19:12 chr2 95542415 . CA CG,TG 97.39 PASS AF=0.140351,0.122807;AO=8,7;DP=57;FAO=8,7;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=1,6;FSAR=7,1;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0198907,-0.0146614;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=118.173,107.44;QD=6.83407;RBI=0.0256405,0.014734;REFB=0.00691307,0.0105463;REVB=-0.0161802,0.00146095;RO=41;SAF=1,6;SAR=7,1;SRF=20;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.480652,0.462925;STB=0.845218,0.829184;STBP=0.047,0.107;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00845714,-0.0253055;OID=.,.;OPOS=95542416,95542415;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:57:57:41:42:8,7:8,7:0.140351,0.122807:7,1:1,6:20:21:7,1:1,6:21:21 chr2 95542419 . G A 113.77 PASS AF=0.280702;AO=15;DP=56;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0327168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5628;QD=7.98358;RBI=0.0411174;REFB=-0.00652474;REVB=-0.024905;RO=40;SAF=7;SAR=8;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397835;STB=0.553779;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0166709;OID=.;OPOS=95542419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:40:41:15:16:0.280702:8:7:20:20:9:7:21:20 chr2 95542433 . C G 235.68 PASS AF=0.396825;AO=24;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00717247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.812;QD=14.9638;RBI=0.033995;REFB=0.0215544;REVB=0.0332297;RO=35;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00124218;STB=0.510113;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=-0.0182328;OID=.;OPOS=95542433;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:24:25:0.396825:13:11:16:19:14:11:16:19 chr2 95542476 . C T 99.68 PASS AF=0.245902;AO=14;DP=60;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0731133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.236;QD=6.53643;RBI=0.0734091;REFB=-0.0103463;REVB=-0.00658308;RO=46;SAF=6;SAR=8;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613718;STB=0.50876;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.026635;OID=.;OPOS=95542476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:46:46:14:15:0.245902:8:6:22:24:8:7:22:24 chr2 95713709 . CG CC,C 45.15 PASS AF=0.0181818,0.2;AO=3,14;DP=51;FAO=1,11;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=0,4;FSAR=1,7;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0684739,-0.0696554;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=23.146,11.0458;QD=3.2839;RBI=0.0916766,0.153464;REFB=-0.0381148,-0.0920774;REVB=-0.0609583,-0.136745;RO=32;SAF=0,4;SAR=3,10;SRF=17;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.551015,-0.29265;STB=0.990621,0.636116;STBP=0.28,0.336;TYPE=snp,del;VARB=0.0883799,0.136189;OID=.,.;OPOS=95713710,95713710;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0181818,0.2:3,14:51:1,11:55:43:0,4:1,7:23:20:37:32:0,4:3,10:17:15 chr2 95753106 . G T 349.69 PASS AF=0.647059;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=51;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00352516;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.87;QD=27.4265;RBI=0.0212104;REFB=-0.00759053;REVB=-0.0209154;RO=20;SAF=21;SAR=12;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628893;STB=0.509573;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00500003;OID=.;OPOS=95753106;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:20:18:33:33:0.647059:12:21:11:9:12:21:11:7 chr2 95815306 . C T 246.86 PASS AF=0.575;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0436759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.321;QD=24.6861;RBI=0.0445071;REFB=-0.00258552;REVB=0.00856147;RO=16;SAF=9;SAR=14;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0824495;STB=0.559947;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00281712;OID=.;OPOS=95815306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:16:17:23:23:0.575:14:9:8:8:14:9:9:8 chr2 95847040 . TGCG T 445.14 PASS AF=1;AO=29;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00402524;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=3;MLLD=224.994;QD=57.4371;RBI=0.0219991;REFB=0;REVB=0.0216277;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000659332;OID=.;OPOS=95847041;OREF=GCG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:32:31:31:0:9:22:0:0:4:0:9:20:0:0 chr2 95848354 . G A 754.29 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00418079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7173;QD=56.9272;RBI=0.0738476;REFB=0;REVB=-0.0737291;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000637989;OID=.;OPOS=95848354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr2 95944832 . AG A 66.23 PASS AF=0.325581;AO=13;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=0.0757662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.7671;QD=6.16089;RBI=0.184212;REFB=0.0218641;REVB=0.16791;RO=25;SAF=8;SAR=5;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290186;STB=0.633632;STBP=0.275;TYPE=del;VARB=-0.01357;OID=.;OPOS=95944833;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.325581:13:43:14:43:29:8:6:22:7:66:25:8:5:21:4 chr2 95947085 . A G 1489.89 PASS AF=0.969697;AO=97;DP=99;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0114036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.548;QD=60.1978;RBI=0.0115754;REFB=-0.0600273;REVB=0.00198715;RO=2;SAF=58;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236968;STB=0.518983;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00234904;OID=.;OPOS=95947085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:99:99:2:3:97:96:0.969697:39:58:0:2:38:58:0:3 chr2 96071362 . G T 41.51 PASS AF=0.12;AO=9;DP=75;FAO=9;FDP=75;FR=.;FRO=66;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=44;FSRR=22;FWDB=-0.00682649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.384;QD=2.21373;RBI=0.00838471;REFB=0.00120865;REVB=0.00486851;RO=63;SAF=8;SAR=1;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374282;STB=0.778906;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.0144808;OID=.;OPOS=96071362;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:75:75:63:66:9:9:0.12:1:8:41:22:1:8:44:22 chr2 96195307 . G C 80.48 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0803722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.0822;QD=16.9439;RBI=0.0825254;REFB=-0.0395513;REVB=0.0187284;RO=8;SAF=2;SAR=8;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371898;STB=0.699557;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0263245;OID=.;OPOS=96195307;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:19:19:8:9:10:10:0.526316:8:2:5:3:8:2:5:4 chr2 96195632 . T C 1007.34 PASS AF=0.934211;AO=71;DP=76;FAO=71;FDP=76;FR=.;FRO=5;FSAF=47;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0181264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.072;QD=53.0177;RBI=0.0239351;REFB=-0.0291648;REVB=0.0156308;RO=1;SAF=47;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00995636;STB=0.525246;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00117142;OID=.;OPOS=96195632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:76:76:1:5:71:71:0.934211:24:47:1:0:24:47:5:0 chr2 96517518 . A G 57.74 PASS AF=0.142857;AO=10;DP=82;FAO=12;FDP=84;FR=.;FRO=72;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=0.0169926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2117;QD=2.74974;RBI=0.0248809;REFB=-0.0105579;REVB=0.0181744;RO=71;SAF=6;SAR=4;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146303;STB=0.583195;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.11793;OID=.;OPOS=96517518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:82:84:71:72:10:12:0.142857:4:6:34:37:5:7:35:37 chr2 96517882 . G A 121.64 PASS AF=0.152439;AO=25;DP=165;FAO=25;FDP=164;FR=.;FRO=139;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=75;FSRR=64;FWDB=-0.0176997;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.346;QD=2.96691;RBI=0.0198994;REFB=-0.00937486;REVB=0.00909439;RO=136;SAF=14;SAR=11;SRF=74;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204606;STB=0.517482;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0432337;OID=.;OPOS=96517882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:136:139:25:25:0.152439:11:14:74:62:11:14:75:64 chr2 96517885 . G A 166.26 PASS AF=0.186335;AO=30;DP=162;FAO=30;FDP=161;FR=.;FRO=131;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=73;FSRR=58;FWDB=-0.0152211;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.394;QD=4.13069;RBI=0.0201981;REFB=-0.00346126;REVB=-0.0132772;RO=127;SAF=15;SAR=15;SRF=71;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756648;STB=0.546553;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0278984;OID=.;OPOS=96517885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:161:127:131:30:30:0.186335:15:15:71:56:15:15:73:58 chr2 96521297 . T C 51.54 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0518368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.546;QD=18.7424;RBI=0.0529317;REFB=0.00178671;REVB=0.0107105;RO=4;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197383;STB=0.615061;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.00114391;OID=.;OPOS=96521297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:3:4:1:3:3:4:1:3 chr2 96521481 . C T 54.27 PASS AF=0.1375;AO=11;DP=81;FAO=11;FDP=80;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.018466;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.285;QD=2.71326;RBI=0.0202529;REFB=-0.0126992;REVB=-0.00831773;RO=69;SAF=6;SAR=5;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100107;STB=0.570009;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0240812;OID=.;OPOS=96521481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:81:80:69:69:11:11:0.1375:5:6:32:37:5:6:32:37 chr2 96521483 . TG CA 53.15 PASS AF=0.13253;AO=11;DP=83;FAO=11;FDP=83;FR=.;FRO=72;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.0109882;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=2;MLLD=192.468;QD=2.56166;RBI=0.0113757;REFB=0.000549971;REVB=-0.0029437;RO=70;SAF=5;SAR=6;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383631;STB=0.527423;STBP=0.83;TYPE=mnp;VARB=-0.0029457;OID=.;OPOS=96521483;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:83:83:70:72:11:11:0.13253:6:5:34:36:6:5:35:37 chr2 96521486 . G A 61.21 PASS AF=0.141176;AO=12;DP=87;FAO=12;FDP=85;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.000186798;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.367;QD=2.88066;RBI=0.0144869;REFB=0.00100408;REVB=-0.0144857;RO=71;SAF=7;SAR=5;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112065;STB=0.577474;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.0067725;OID=.;OPOS=96521486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:87:85:71:73:12:12:0.141176:5:7:35:36:5:7:36:37 chr2 96521512 . A C 131.06 PASS AF=0.193277;AO=23;DP=119;FAO=23;FDP=119;FR=.;FRO=96;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=59;FSRR=37;FWDB=-0.0342856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0417;QD=4.40536;RBI=0.0536857;REFB=0.00562861;REVB=0.0413117;RO=96;SAF=11;SAR=12;SRF=59;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173213;STB=0.609046;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.0246252;OID=.;OPOS=96521512;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:96:96:23:23:0.193277:12:11:59:37:12:11:59:37 chr2 96521548 . G A 149.04 PASS AF=0.173913;AO=28;DP=161;FAO=28;FDP=161;FR=.;FRO=133;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=84;FSRR=49;FWDB=-0.00706819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.726;QD=3.70293;RBI=0.0111524;REFB=-0.00391654;REVB=-0.00862648;RO=132;SAF=15;SAR=13;SRF=83;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122054;STB=0.580459;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0246806;OID=.;OPOS=96521548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:132:133:28:28:0.173913:13:15:83:49:13:15:84:49 chr2 96521556 . T C 126.22 PASS AF=0.152941;AO=26;DP=170;FAO=26;FDP=170;FR=.;FRO=144;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=92;FSRR=52;FWDB=-0.0140009;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=205.031;QD=2.96977;RBI=0.0169901;REFB=-0.00510369;REVB=-0.00962497;RO=142;SAF=14;SAR=12;SRF=91;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134627;STB=0.586652;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.02398;OID=.;OPOS=96521556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:142:144:26:26:0.152941:12:14:91:51:12:14:92:52 chr2 96521563 . G A 97.92 PASS AF=0.132184;AO=21;DP=173;FAO=23;FDP=174;FR=.;FRO=151;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=94;FSRR=57;FWDB=0.0123881;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.87;QD=2.25111;RBI=0.0198293;REFB=-0.000512936;REVB=-0.0154835;RO=150;SAF=11;SAR=10;SRF=93;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12232;STB=0.551219;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.010335;OID=.;OPOS=96521563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:173:174:150:151:21:23:0.132184:10:11:93:57:10:13:94:57 chr2 96521726 . G A 949.25 PASS AF=0.559006;AO=88;DP=159;FAO=90;FDP=161;FR=.;FRO=71;FSAF=54;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.00270135;FXX=0.0639498;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.713;QD=23.5838;RBI=0.00280757;REFB=-0.0185009;REVB=0.000764941;RO=68;SAF=52;SAR=36;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503374;STB=0.529405;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0156959;OID=.;OPOS=96521726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:161:68:71:88:90:0.559006:36:52:36:32:36:54:38:33 chr2 96523096 . T C 874.22 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142345;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.61;QD=58.2815;RBI=0.0168794;REFB=0;REVB=0.0090716;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.27803e-05;OID=.;OPOS=96523096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:60:0:0:60:60:1:22:38:0:0:22:38:0:0 chr2 96525640 . G T 59.17 PASS AF=0.15942;AO=11;DP=69;FAO=11;FDP=69;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=-0.0173806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.252;QD=3.43;RBI=0.0224348;REFB=-0.00662283;REVB=-0.0141857;RO=58;SAF=4;SAR=7;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207584;STB=0.514098;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0202498;OID=.;OPOS=96525640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:69:69:58:58:11:11:0.15942:7:4:22:36:7:4:22:36 chr2 96525643 . T C 43.21 PASS AF=0.125;AO=9;DP=72;FAO=9;FDP=72;FR=.;FRO=63;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.0108907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.277;QD=2.40069;RBI=0.0213147;REFB=-0.0028844;REVB=-0.0183224;RO=63;SAF=2;SAR=7;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237603;STB=0.676991;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0381891;OID=.;OPOS=96525643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:72:72:63:63:9:9:0.125:7:2:25:38:7:2:25:38 chr2 96525652 . T C 127.22 PASS AF=0.25;AO=19;DP=76;FAO=19;FDP=76;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.000340479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.746;QD=6.69557;RBI=0.0132364;REFB=-0.0069302;REVB=-0.013232;RO=57;SAF=5;SAR=14;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215403;STB=0.633236;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0259175;OID=.;OPOS=96525652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:57:57:19:19:0.25:14:5:24:33:14:5:24:33 chr2 96525659 . C T 62.07 PASS AF=0.151899;AO=12;DP=79;FAO=12;FDP=79;FR=.;FRO=67;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=41;FWDB=-0.0480811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1652;QD=3.14272;RBI=0.0755392;REFB=-0.00390551;REVB=-0.0582613;RO=66;SAF=4;SAR=8;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613697;STB=0.550373;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0150447;OID=.;OPOS=96525659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:79:79:66:67:12:12:0.151899:8:4:25:41:8:4:26:41 chr2 96525723 . C T 58.89 PASS AF=0.116667;AO=14;DP=120;FAO=14;FDP=120;FR=.;FRO=106;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=55;FSRR=51;FWDB=0.0114785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.368;QD=1.96293;RBI=0.0195266;REFB=-0.000188165;REVB=-0.0157965;RO=104;SAF=4;SAR=10;SRF=55;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29736;STB=0.707136;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0183173;OID=.;OPOS=96525723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:120:120:104:106:14:14:0.116667:10:4:55:49:10:4:55:51 chr2 96525736 . T C 48.05 PASS AF=0.0977444;AO=13;DP=133;FAO=13;FDP=133;FR=.;FRO=120;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=62;FSRR=58;FWDB=0.00486776;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.872;QD=1.44522;RBI=0.0191566;REFB=-0.00110605;REVB=-0.0185279;RO=118;SAF=4;SAR=9;SRF=61;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248377;STB=0.688804;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00691314;OID=.;OPOS=96525736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:133:133:118:120:13:13:0.0977444:9:4:61:57:9:4:62:58 chr2 96525750 . T A 36.44 PASS AF=0.0769231;AO=12;DP=156;FAO=12;FDP=156;FR=.;FRO=144;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=70;FSRR=74;FWDB=-0.00380314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0547;QD=0.934441;RBI=0.021014;REFB=-0.0036654;REVB=-0.0206669;RO=144;SAF=4;SAR=8;SRF=70;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171966;STB=0.643236;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0446847;OID=.;OPOS=96525750;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:156:156:144:144:12:12:0.0769231:8:4:70:74:8:4:70:74 chr2 96525755 . A T 36.97 PASS AF=0.0779221;AO=13;DP=154;FAO=12;FDP=154;FR=.;FRO=142;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=69;FSRR=73;FWDB=-0.0328261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.546;QD=0.96036;RBI=0.0332463;REFB=-0.00220085;REVB=-0.00526931;RO=134;SAF=5;SAR=8;SRF=68;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142184;STB=0.64293;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.02679;OID=.;OPOS=96525755;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:154:154:134:142:13:12:0.0779221:8:5:68:66:8:4:69:73 chr2 96548068 . C T 1417.59 PASS AF=0.961165;AO=99;DP=103;FAO=99;FDP=103;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=59;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0293512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.242;QD=55.052;RBI=0.0295191;REFB=-0.00030241;REVB=-0.00314423;RO=3;SAF=40;SAR=59;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151539;STB=0.513872;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-4.06863e-05;OID=.;OPOS=96548068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:103:103:3:4:99:99:0.961165:59:40:2:1:59:40:3:1 chr2 96563206 . A T 82.18 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0911992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.387;QD=32.8707;RBI=0.107467;REFB=-0.115721;REVB=0.0568496;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555432;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0112711;OID=.;OPOS=96563206;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:0:1:9:9:0.9:5:4:0:0:5:4:1:0 chr2 96583735 . A C 494.92 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00651512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2306;QD=58.2254;RBI=0.0794504;REFB=0;REVB=0.0791828;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000637188;OID=.;OPOS=96583735;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr2 96587496 . C T 557.21 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.582;QD=60.2388;RBI=0.0448736;REFB=0;REVB=0.0373394;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022564;OID=.;OPOS=96587496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:22:14:0:0:23:14:0:0 chr2 96592982 . T C 36.35 PASS AF=0.0827068;AO=11;DP=133;FAO=11;FDP=133;FR=.;FRO=122;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=66;FSRR=56;FWDB=-0.0109328;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.876;QD=1.09335;RBI=0.0188662;REFB=-0.00362016;REVB=-0.0153755;RO=120;SAF=2;SAR=9;SRF=65;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404537;STB=0.824217;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0346776;OID=.;OPOS=96592982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:133:133:120:122:11:11:0.0827068:9:2:65:55:9:2:66:56 chr2 96593000 . A G 74.59 PASS AF=0.113924;AO=18;DP=159;FAO=18;FDP=158;FR=.;FRO=140;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=73;FSRR=67;FWDB=-0.0280973;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.372;QD=1.88834;RBI=0.035346;REFB=-0.0065878;REVB=-0.0214449;RO=138;SAF=4;SAR=14;SRF=72;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371924;STB=0.768599;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0651956;OID=.;OPOS=96593000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:159:158:138:140:18:18:0.113924:14:4:72:66:14:4:73:67 chr2 96593016 . C A 196.33 PASS AF=0.196721;AO=35;DP=183;FAO=36;FDP=183;FR=.;FRO=147;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=75;FSRR=72;FWDB=-0.0232976;FXX=0.00543449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9352;QD=4.29141;RBI=0.0506071;REFB=-0.0249541;REVB=-0.0449255;RO=140;SAF=13;SAR=22;SRF=71;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175121;STB=0.597991;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0766394;OID=.;OPOS=96593016;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:140:147:35:36:0.196721:22:13:71:69:22:14:75:72 chr2 96593025 . C T 241.01 PASS AF=0.208333;AO=40;DP=192;FAO=40;FDP=192;FR=.;FRO=152;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=79;FSRR=73;FWDB=-0.00513078;FXX=0.0103087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.058;QD=5.02111;RBI=0.0257533;REFB=-0.00432731;REVB=-0.0252371;RO=150;SAF=15;SAR=25;SRF=78;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185984;STB=0.615125;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0341444;OID=.;OPOS=96593025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:150:152:40:40:0.208333:25:15:78:72:25:15:79:73 chr2 96593100 . G A 42.43 PASS AF=0.0804598;AO=14;DP=175;FAO=14;FDP=174;FR=.;FRO=160;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=77;FSRR=83;FWDB=-0.0363359;FXX=0.00571396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1427;QD=0.975292;RBI=0.0405661;REFB=-0.000189876;REVB=-0.0180363;RO=159;SAF=5;SAR=9;SRF=76;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138881;STB=0.615859;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00121711;OID=.;OPOS=96593100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:175:174:159:160:14:14:0.0804598:9:5:76:83:9:5:77:83 chr2 96593108 . T G 130.09 PASS AF=0.160494;AO=26;DP=162;FAO=26;FDP=162;FR=.;FRO=136;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=66;FSRR=70;FWDB=0.0413975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9606;QD=3.21212;RBI=0.0544091;REFB=-0.00770572;REVB=0.0353071;RO=135;SAF=12;SAR=14;SRF=66;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350076;STB=0.519985;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0461158;OID=.;OPOS=96593108;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:135:136:26:26:0.160494:14:12:66:69:14:12:66:70 chr2 96593118 . T A 134.68 PASS AF=0.173611;AO=24;DP=143;FAO=25;FDP=144;FR=.;FRO=119;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=61;FSRR=58;FWDB=0.0138006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3343;QD=3.74099;RBI=0.0141519;REFB=0.00183427;REVB=-0.00313365;RO=119;SAF=11;SAR=13;SRF=61;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069194;STB=0.559952;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.0116669;OID=.;OPOS=96593118;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:119:119:24:25:0.173611:13:11:61:58:14:11:61:58 chr2 96594966 . T G 117.41 PASS AF=0.590909;AO=12;DP=21;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0517509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3963;QD=21.3465;RBI=0.0767228;REFB=0.0109791;REVB=0.0566412;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125311;STB=0.553111;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.00240614;OID=.;OPOS=96594966;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:22:9:9:12:13:0.590909:6:6:3:6:7:6:3:6 chr2 96595032 . A T 252.69 PASS AF=0.657143;AO=22;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0056555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.502;QD=28.8793;RBI=0.00783708;REFB=-0.00926532;REVB=0.00542541;RO=12;SAF=11;SAR=11;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160048;STB=0.578881;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.00587665;OID=.;OPOS=96595032;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:22:23:0.657143:11:11:3:9:12:11:3:9 chr2 96595037 . TAATC T 52.88 PASS AF=0.294118;AO=8;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0046668;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=4;MLLD=172.35;QD=6.22118;RBI=0.0103322;REFB=-0.0259853;REVB=-0.00921825;RO=18;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124219;STB=0.681478;STBP=0.197;TYPE=del;VARB=0.0491859;OID=.;OPOS=96595038;OREF=AATC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294118:8:34:10:34:24:6:4:8:16:52:18:4:4:7:11 chr2 96601240 . G A 222.82 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.0250261;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.892;QD=16.5051;RBI=0.034557;REFB=-0.0372078;REVB=0.0238303;RO=29;SAF=2;SAR=23;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338334;STB=0.69677;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0195429;OID=.;OPOS=96601240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:29:29:25:25:0.462963:23:2:7:22:23:2:7:22 chr2 96601345 . T C 189.21 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0125156;FXX=0.328074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.809;QD=17.6007;RBI=0.0181999;REFB=-0.00448773;REVB=0.0132134;RO=22;SAF=6;SAR=14;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197777;STB=0.529699;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00688453;OID=.;OPOS=96601345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:43:22:23:20:20:0.465116:14:6:7:15:14:6:8:15 chr2 96601364 . C T 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0151654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.37;QD=23.5981;RBI=0.0289178;REFB=-0.0142219;REVB=-0.0246221;RO=21;SAF=9;SAR=16;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596777;STB=0.533306;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0137239;OID=.;OPOS=96601364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:16:9:9:12:16:9:9:12 chr2 96604591 . A G 1234.17 PASS AF=0.540909;AO=118;DP=219;FAO=119;FDP=220;FR=.;FRO=101;FSAF=70;FSAR=49;FSRF=52;FSRR=49;FWDB=0.0248076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.1;QD=22.4394;RBI=0.025262;REFB=-0.0192476;REVB=-0.00476968;RO=99;SAF=69;SAR=49;SRF=50;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677521;STB=0.534345;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0123403;OID=.;OPOS=96604591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:220:99:101:118:119:0.540909:49:69:50:49:49:70:52:49 chr2 96604606 . C A 93.34 PASS AF=0.110132;AO=25;DP=225;FAO=25;FDP=227;FR=.;FRO=202;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=112;FSRR=90;FWDB=-0.0301103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.446;QD=1.64476;RBI=0.0340346;REFB=0.000688902;REVB=-0.0158659;RO=200;SAF=15;SAR=10;SRF=110;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628542;STB=0.541483;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.00692276;OID=.;OPOS=96604606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:225:227:200:202:25:25:0.110132:10:15:110:90:10:15:112:90 chr2 96604632 . A T 870.7 PASS AF=0.419214;AO=96;DP=229;FAO=96;FDP=229;FR=.;FRO=133;FSAF=58;FSAR=38;FSRF=73;FSRR=60;FWDB=-0.0103898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3572;QD=15.2087;RBI=0.0182324;REFB=-0.00948702;REVB=-0.0149824;RO=131;SAF=58;SAR=38;SRF=72;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581186;STB=0.533101;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0245082;OID=.;OPOS=96604632;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:229:131:133:96:96:0.419214:38:58:72:59:38:58:73:60 chr2 96606944 . C T 62.88 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0557744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6645;QD=8.11319;RBI=0.0638724;REFB=-0.000387062;REVB=-0.0311273;RO=21;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24873;STB=0.663998;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.000769692;OID=.;OPOS=96606944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:31:21:22:9:9:0.290323:4:5:7:14:4:5:7:15 chr2 96610399 . C A 140.24 PASS AF=0.201681;AO=24;DP=119;FAO=24;FDP=119;FR=.;FRO=95;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=0.000663347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=340.499;QD=4.71402;RBI=0.0062093;REFB=-0.00296147;REVB=0.00617377;RO=94;SAF=9;SAR=15;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160088;STB=0.605007;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00966091;OID=.;OPOS=96610399;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:94:95:24:24:0.201681:15:9:47:47:15:9:48:47 chr2 96610410 . T A 101.67 PASS AF=0.169643;AO=19;DP=113;FAO=19;FDP=112;FR=.;FRO=93;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=-0.00917086;FXX=0.00884877;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.803;QD=3.63104;RBI=0.0108027;REFB=0.000837336;REVB=0.00570914;RO=93;SAF=7;SAR=12;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174829;STB=0.614679;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.00146582;OID=.;OPOS=96610410;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:93:93:19:19:0.169643:12:7:47:46:12:7:47:46 chr2 96610413 . C T 43.76 PASS AF=0.116505;AO=18;DP=109;FAO=12;FDP=103;FR=.;FRO=91;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=0.00316691;FXX=0.0720656;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.511;QD=1.69925;RBI=0.0155979;REFB=-0.00678673;REVB=0.015273;RO=91;SAF=6;SAR=12;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22037;STB=0.901552;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0692317;OID=.;OPOS=96610413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:109:103:91:91:18:12:0.116505:12:6:46:45:11:1:46:45 chr2 96610420 . G T 100.3 PASS AF=0.172727;AO=15;DP=106;FAO=19;FDP=110;FR=.;FRO=91;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=45;FWDB=0.020088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.573;QD=3.64735;RBI=0.0229965;REFB=-0.0055357;REVB=0.0111944;RO=90;SAF=5;SAR=10;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210762;STB=0.659985;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0239651;OID=.;OPOS=96610420;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:110:90:91:15:19:0.172727:10:5:45:45:13:6:46:45 chr2 96610455 . C A 45.79 PASS AF=0.126582;AO=9;DP=80;FAO=10;FDP=79;FR=.;FRO=69;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.0104403;FXX=0.0365809;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.417;QD=2.31843;RBI=0.0104522;REFB=-0.00401929;REVB=-0.000498486;RO=69;SAF=0;SAR=9;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.657513;STB=0.882017;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0212363;OID=.;OPOS=96610455;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:80:79:69:69:9:10:0.126582:9:0:36:33:9:1:35:34 chr2 96610899 . T C 860.24 PASS AF=0.604651;AO=78;DP=129;FAO=78;FDP=129;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=50;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.00492394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.3878;QD=26.6741;RBI=0.0158308;REFB=-0.0115214;REVB=-0.0150456;RO=51;SAF=28;SAR=50;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157628;STB=0.585674;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0134607;OID=.;OPOS=96610899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:51:51:78:78:0.604651:50:28:29:22:50:28:29:22 chr2 96610921 . T G 935.05 PASS AF=0.614815;AO=83;DP=135;FAO=83;FDP=135;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.0176595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.288;QD=27.7051;RBI=0.0176948;REFB=-0.0176469;REVB=0.00111595;RO=52;SAF=29;SAR=54;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127023;STB=0.568939;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.013609;OID=.;OPOS=96610921;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:52:52:83:83:0.614815:54:29:27:25:54:29:27:25 chr2 96617090 . A G 88.64 PASS AF=0.197368;AO=15;DP=76;FAO=15;FDP=76;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.0217227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.842;QD=4.665;RBI=0.0226464;REFB=-0.0039111;REVB=0.00640172;RO=61;SAF=12;SAR=3;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340091;STB=0.722567;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0528839;OID=.;OPOS=96617090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:76:76:61:61:15:15:0.197368:3:12:34:27:3:12:34:27 chr2 96617106 . A C 84.23 PASS AF=0.170455;AO=15;DP=88;FAO=15;FDP=88;FR=.;FRO=73;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=0.00904766;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.799;QD=3.82884;RBI=0.0154836;REFB=-0.00452841;REVB=-0.0125651;RO=73;SAF=13;SAR=2;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.46869;STB=0.817709;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0310326;OID=.;OPOS=96617106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:88:88:73:73:15:15:0.170455:2:13:39:34:2:13:39:34 chr2 96617111 . G A 99.18 PASS AF=0.180851;AO=17;DP=93;FAO=17;FDP=94;FR=.;FRO=77;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.0286419;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2042;QD=4.22051;RBI=0.0343584;REFB=-0.00238948;REVB=-0.0189774;RO=75;SAF=15;SAR=2;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.50234;STB=0.835331;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0196623;OID=.;OPOS=96617111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:75:77:17:17:0.180851:2:15:40:35:2:15:41:36 chr2 96617113 . G A 97.91 PASS AF=0.175258;AO=17;DP=97;FAO=17;FDP=97;FR=.;FRO=80;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=42;FSRR=38;FWDB=-0.00955139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.43;QD=4.03743;RBI=0.0286879;REFB=-0.0112785;REVB=-0.0270512;RO=80;SAF=15;SAR=2;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.506561;STB=0.839888;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0339161;OID=.;OPOS=96617113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:97:97:80:80:17:17:0.175258:2:15:42:38:2:15:42:38 chr2 96617125 . T C 102.24 PASS AF=0.173077;AO=18;DP=103;FAO=18;FDP=104;FR=.;FRO=86;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=-0.0375757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5193;QD=3.93229;RBI=0.0399891;REFB=0.00104689;REVB=0.0136819;RO=85;SAF=15;SAR=3;SRF=42;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.454979;STB=0.798257;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0061181;OID=.;OPOS=96617125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:85:86:18:18:0.173077:3:15:42:43:3:15:43:43 chr2 96617132 . T C 105.63 PASS AF=0.17757;AO=19;DP=107;FAO=19;FDP=107;FR=.;FRO=88;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=-0.00991508;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.101;QD=3.94876;RBI=0.0244751;REFB=-0.00338855;REVB=-0.0223768;RO=88;SAF=15;SAR=4;SRF=45;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373735;STB=0.745757;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0180214;OID=.;OPOS=96617132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:88:88:19:19:0.17757:4:15:45:43:4:15:45:43 chr2 96617155 . A G 121.72 PASS AF=0.183333;AO=22;DP=120;FAO=22;FDP=120;FR=.;FRO=98;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=46;FSRR=52;FWDB=-0.00410377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.7734;QD=4.05741;RBI=0.0436323;REFB=-0.00268126;REVB=0.0434389;RO=97;SAF=13;SAR=9;SRF=45;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160827;STB=0.598853;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0199976;OID=.;OPOS=96617155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:97:98:22:22:0.183333:9:13:45:52:9:13:46:52 chr2 96619688 . T G 53.67 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00611324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.813;QD=7.95113;RBI=0.0133116;REFB=-0.015099;REVB=0.0118248;RO=19;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326369;STB=0.705344;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0722547;OID=.;OPOS=96619688;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:2:6:9:10:2:6:9:10 chr2 96619734 . CA TA,TG 126.21 PASS AF=0.205882,0.235294;AO=7,8;DP=35;FAO=7,8;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=5,2;FSAR=2,6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0202405,0.00899407;FXX=0.0285633;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=49.3456,80.9455;QD=14.8483;RBI=0.0206708,0.0139413;REFB=-0.0178238,-0.0126259;REVB=-0.00419599,-0.0106521;RO=19;SAF=5,2;SAR=2,6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.335034,-0.21811;STB=0.713674,0.637927;STBP=0.233,0.353;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0196574,-0.00590862;OID=.,.;OPOS=96619734,96619734;OREF=C,CA;OALT=T,TG;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:60:35:34:19:19:7,8:7,8:0.205882,0.235294:2,6:5,2:8:11:2,6:5,2:8:11 chr2 96626292 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268103;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.233;QD=46.848;RBI=0.0354174;REFB=0;REVB=0.023143;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403632;OID=.;OPOS=96626292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr2 96779695 . A C 316.31 PASS AF=0.675;AO=27;DP=40;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.000975447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.468;QD=31.6313;RBI=0.0111525;REFB=0.0198407;REVB=-0.0111097;RO=13;SAF=9;SAR=18;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827337;STB=0.54542;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.00614038;OID=.;OPOS=96779695;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:13:27:27:0.675:18:9:6:7:18:9:6:7 chr2 96789787 . T C 862.25 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019252;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.037;QD=57.4834;RBI=0.0276253;REFB=0;REVB=0.019812;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025144;OID=.;OPOS=96789787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:59:60:1:28:31:0:0:29:31:0:0 chr2 96795608 . T G 501.6 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00770188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.318;QD=59.0121;RBI=0.0582318;REFB=0;REVB=-0.0577202;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00118334;OID=.;OPOS=96795608;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr2 96795714 . G A 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.866;QD=56.955;RBI=0.0489886;REFB=0;REVB=0.0401163;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411728;OID=.;OPOS=96795714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:34:18:0:0:34:18:0:0 chr2 96795857 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.716;QD=62.0214;RBI=0.0503617;REFB=0;REVB=0.018352;RO=0;SAF=10;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96961e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210585;OID=.;OPOS=96795857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:32:10:0:0:32:10:0:0 chr2 96809331 . T C 1079.56 PASS AF=0.915663;AO=72;DP=81;FAO=76;FDP=83;FR=.;FRO=7;FSAF=51;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0402775;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4219;QD=52.0268;RBI=0.0404599;REFB=-0.0421904;REVB=0.0038383;RO=6;SAF=48;SAR=24;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555415;STB=0.517989;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0137837;OID=.;OPOS=96809331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:81:83:6:7:72:76:0.915663:24:48:6:0:25:51:6:1 chr2 96917588 . T G 876.96 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0074689;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.881;QD=56.5781;RBI=0.0134849;REFB=-0.131727;REVB=0.0112276;RO=1;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125883;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000786368;OID=.;OPOS=96917588;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:63:62:1:0:61:62:1:37:24:0:1:38:24:0:0 chr2 96944553 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000878428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8818;QD=53.9112;RBI=0.0465588;REFB=0;REVB=0.0465506;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116001;OID=.;OPOS=96944553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr2 97166204 . A G 42.48 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0160378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.77;QD=4.85495;RBI=0.023815;REFB=-0.00776939;REVB=-0.0176053;RO=28;SAF=2;SAR=5;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142045;STB=0.596042;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0260252;OID=.;OPOS=97166204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:5:2:11:17:5:2:11:17 chr2 97351840 . A G 65.12 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00426998;FXX=0.0749813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.218;QD=7.04038;RBI=0.013496;REFB=-0.00115353;REVB=-0.0128027;RO=27;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216967;STB=0.64675;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00174411;OID=.;OPOS=97351840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:40:37:27:28:9:9:0.243243:4:5:10:17:4:5:10:18 chr2 97559759 . G A 309.79 PASS AF=0.742857;AO=25;DP=34;FAO=26;FDP=35;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00337604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.293;QD=35.4042;RBI=0.0661662;REFB=-0.0548715;REVB=0.06608;RO=9;SAF=11;SAR=14;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00218311;STB=0.505614;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00792739;OID=.;OPOS=97559759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:35:9:9:25:26:0.742857:14:11:4:5:15:11:4:5 chr2 97637905 . T C 34.78 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0257947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.781;QD=4.79784;RBI=0.0269804;REFB=-0.0231261;REVB=0.0079103;RO=22;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344535;STB=0.710439;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0476428;OID=.;OPOS=97637905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:22:23:6:6:0.206897:2:4:8:14:2:4:9:14 chr2 97638038 . A G 38.13 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0339135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.077;QD=10.1682;RBI=0.099761;REFB=-0.0370737;REVB=-0.0938196;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.572962;STB=0.849948;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.027962;OID=.;OPOS=97638038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:1:5:2:7:1:5:2:7 chr2 97643576 . T C 282.42 PASS AF=0.362637;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.00181413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9804;QD=12.4139;RBI=0.00460629;REFB=0.00305004;REVB=-0.00423401;RO=57;SAF=15;SAR=18;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136557;STB=0.583283;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.00750543;OID=.;OPOS=97643576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:57:58:33:33:0.362637:18:15:33:24:18:15:34:24 chr2 97766551 . G A 134.1 PASS AF=0.243902;AO=20;DP=81;FAO=20;FDP=82;FR=.;FRO=62;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.00811761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.794;QD=6.54163;RBI=0.0305515;REFB=-0.00312463;REVB=0.0294533;RO=61;SAF=4;SAR=16;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286225;STB=0.686184;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0102492;OID=.;OPOS=97766551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:61:62:20:20:0.243902:16:4:24:37:16:4:25:37 chr2 97766574 . G A 87.38 PASS AF=0.21875;AO=14;DP=64;FAO=14;FDP=64;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=-0.0545999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.974;QD=5.46126;RBI=0.0549511;REFB=-0.0177278;REVB=-0.00620275;RO=50;SAF=3;SAR=11;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244105;STB=0.657361;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0609744;OID=.;OPOS=97766574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:64:64:50:50:14:14:0.21875:11:3:19:31:11:3:19:31 chr2 97790243 . ATTC A 424.26 PASS AF=0.555556;AO=54;DP=99;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.00728999;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=3;MLLD=142.361;QD=17.1419;RBI=0.00936475;REFB=-0.0247337;REVB=-0.00587832;RO=32;SAF=21;SAR=33;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100254;STB=0.52327;STBP=0.624;TYPE=del;VARB=0.022343;OID=.;OPOS=97790244;OREF=TTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:54:99:55:99:44:21:34:19:25:99:32:21:33:12:20 chr2 97820417 . T G 33.4 PASS AF=0.0987654;AO=8;DP=81;FAO=8;FDP=81;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.0111007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.751;QD=1.64918;RBI=0.0260636;REFB=-0.00226698;REVB=0.0235814;RO=73;SAF=7;SAR=1;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391639;STB=0.819605;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0074636;OID=.;OPOS=97820417;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:81:81:73:73:8:8:0.0987654:1:7:42:31:1:7:42:31 chr2 97820430 . CC TA 32.87 PASS AF=0.0963855;AO=8;DP=81;FAO=8;FDP=83;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=-0.0215135;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=194.283;QD=1.58414;RBI=0.0424459;REFB=-0.000273096;REVB=-0.0365899;RO=69;SAF=7;SAR=1;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393006;STB=0.813647;STBP=0.089;TYPE=mnp;VARB=0.00249425;OID=.;OPOS=97820430;OREF=CC;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:81:83:69:75:8:8:0.0963855:1:7:40:29:1:7:44:31 chr2 97820434 . T G 38.29 PASS AF=0.101266;AO=7;DP=77;FAO=8;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=71;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.0286394;FXX=0.0246883;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.272;QD=1.93889;RBI=0.0517541;REFB=-0.0121112;REVB=-0.0431077;RO=53;SAF=6;SAR=1;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383457;STB=0.817963;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0158485;OID=.;OPOS=97820434;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:77:79:53:71:7:8:0.101266:1:6:30:23:1:7:41:30 chr2 97820478 . G A 62.89 PASS AF=0.155844;AO=12;DP=77;FAO=12;FDP=77;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.0162513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.451;QD=3.26704;RBI=0.027865;REFB=0.00157179;REVB=-0.0226352;RO=65;SAF=10;SAR=2;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388217;STB=0.770645;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00973202;OID=.;OPOS=97820478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:77:77:65:65:12:12:0.155844:2:10:36:29:2:10:36:29 chr2 97820489 . C G 51.02 PASS AF=0.142857;AO=10;DP=70;FAO=10;FDP=70;FR=.;FRO=60;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.00156377;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.18;QD=2.91515;RBI=0.0313972;REFB=-0.0184133;REVB=-0.0313582;RO=58;SAF=9;SAR=1;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.465261;STB=0.84884;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0665489;OID=.;OPOS=97820489;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:70:70:58:60:10:10:0.142857:1:9:34:24:1:9:34:26 chr2 97820493 . T C 50.69 PASS AF=0.140845;AO=10;DP=71;FAO=10;FDP=71;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=0.0449648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.446;QD=2.85573;RBI=0.0523231;REFB=-0.00489496;REVB=-0.0267558;RO=60;SAF=9;SAR=1;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.490682;STB=0.853424;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0377911;OID=.;OPOS=97820493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:71:71:60:61:10:10:0.140845:1:9:33:27:1:9:34:27 chr2 97827839 . G A 253.58 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00844975;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.3806;QD=13.7071;RBI=0.0576182;REFB=-0.0184443;REVB=0.0569953;RO=44;SAF=21;SAR=9;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244698;STB=0.664602;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0290595;OID=.;OPOS=97827839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:44:44:30:30:0.405405:9:21:21:23:8:22:21:23 chr2 97827852 . C T 30.14 PASS AF=0.0972222;AO=7;DP=72;FAO=7;FDP=72;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0255039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.015;QD=1.67444;RBI=0.0284631;REFB=-0.00106451;REVB=-0.0126373;RO=65;SAF=4;SAR=3;SRF=35;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379921;STB=0.530034;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0238118;OID=.;OPOS=97827852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:72:72:65:65:7:7:0.0972222:3:4:35:30:3:4:35:30 chr2 97828982 . C T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.06995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.348;QD=12.3952;RBI=0.0709233;REFB=-0.0473924;REVB=0.0117094;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0678305;OID=.;OPOS=97828982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:2:3:3:2:2:3 chr2 97830053 . A G 103.7 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0105581;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.163;QD=7.2774;RBI=0.0183919;REFB=-0.00765564;REVB=0.0150596;RO=38;SAF=11;SAR=4;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707662;STB=0.597688;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0271761;OID=.;OPOS=97830053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:38:42:15:15:0.263158:4:11:26:12:4:11:26:16 chr2 97833342 . G A 139.02 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0239781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.757;QD=12.0891;RBI=0.0446772;REFB=-0.0262799;REVB=-0.0376976;RO=28;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680712;STB=0.540932;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0297105;OID=.;OPOS=97833342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:28:30:16:16:0.347826:7:9:14:14:7:9:15:15 chr2 97833466 . C T 113.74 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00668626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.467;QD=7.98187;RBI=0.00998652;REFB=-0.0124562;REVB=-0.00741786;RO=41;SAF=14;SAR=2;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.465991;STB=0.790534;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0435166;OID=.;OPOS=97833466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:41:41:16:16:0.280702:2:14:23:18:2:14:23:18 chr2 97849219 . T C 210.25 PASS AF=0.317647;AO=26;DP=84;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.00463567;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.355;QD=9.89413;RBI=0.00488744;REFB=-0.00416408;REVB=0.00154845;RO=58;SAF=6;SAR=20;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269882;STB=0.632932;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00738429;OID=.;OPOS=97849219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:58:58:26:27:0.317647:20:6:25:33:20:7:25:33 chr2 97860487 . T C 181.61 PASS AF=0.198675;AO=28;DP=147;FAO=30;FDP=151;FR=.;FRO=121;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=49;FSRR=72;FWDB=-0.0255734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.659;QD=4.81073;RBI=0.0256705;REFB=-0.00376145;REVB=0.00223001;RO=119;SAF=16;SAR=12;SRF=49;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201841;STB=0.601859;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0222684;OID=.;OPOS=97860487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:151:119:121:28:30:0.198675:12:16:49:70:14:16:49:72 chr2 97864333 . CC AT 191.28 PASS AF=0.25;AO=29;DP=114;FAO=29;FDP=116;FR=.;FRO=87;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=52;FSRR=35;FWDB=-0.00467636;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=257.511;QD=6.59587;RBI=0.0169733;REFB=-0.00731656;REVB=-0.0163164;RO=85;SAF=14;SAR=15;SRF=50;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130223;STB=0.585741;STBP=0.295;TYPE=mnp;VARB=0.0240669;OID=.;OPOS=97864333;OREF=CC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:85:87:29:29:0.25:15:14:50:35:15:14:52:35 chr2 97864374 . G T 83.2 PASS AF=0.2;AO=14;DP=70;FAO=14;FDP=70;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0284137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.368;QD=4.75432;RBI=0.0298012;REFB=-0.00030292;REVB=-0.00898737;RO=52;SAF=5;SAR=9;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156657;STB=0.588479;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00135475;OID=.;OPOS=97864374;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:70:70:52:56:14:14:0.2:9:5:25:27:9:5:26:30 chr2 97877292 . C A 211.79 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00590552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.687;QD=19.7019;RBI=0.00647683;REFB=-0.0108355;REVB=0.00265972;RO=22;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19093;STB=0.607914;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00982081;OID=.;OPOS=97877292;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:13:8:13:9:13:8:13:9 chr2 97877399 . T C 537.88 PASS AF=0.432836;AO=57;DP=133;FAO=58;FDP=134;FR=.;FRO=76;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=48;FSRR=28;FWDB=0.0119435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.357;QD=16.0561;RBI=0.0229099;REFB=-0.0283977;REVB=0.0195504;RO=75;SAF=29;SAR=28;SRF=47;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120244;STB=0.574602;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0257107;OID=.;OPOS=97877399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:75:76:57:58:0.432836:28:29:47:28:29:29:48:28 chr2 97877440 . T C 264.9 PASS AF=0.260274;AO=35;DP=142;FAO=38;FDP=146;FR=.;FRO=108;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=67;FSRR=41;FWDB=-0.00580727;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.023;QD=7.25752;RBI=0.0142689;REFB=-0.00481807;REVB=0.0130337;RO=106;SAF=16;SAR=19;SRF=66;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204816;STB=0.644246;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0110192;OID=.;OPOS=97877440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:146:106:108:35:38:0.260274:19:16:66:40:22:16:67:41 chr2 97877478 . G A 94.37 PASS AF=0.153226;AO=19;DP=124;FAO=19;FDP=124;FR=.;FRO=105;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=54;FSRR=51;FWDB=-0.0190106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7608;QD=3.04418;RBI=0.019041;REFB=0.00166464;REVB=-0.00107518;RO=105;SAF=11;SAR=8;SRF=54;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822694;STB=0.555117;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.0104048;OID=.;OPOS=97877478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:124:124:105:105:19:19:0.153226:8:11:54:51:8:11:54:51 chr2 97884763 . T C 352.16 PASS AF=0.422222;AO=36;DP=87;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.00138502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.411;QD=15.6514;RBI=0.0375315;REFB=-0.0177128;REVB=0.037506;RO=51;SAF=20;SAR=16;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00684535;STB=0.507039;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0232784;OID=.;OPOS=97884763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:51:52:36:38:0.422222:16:20:28:23:18:20:28:24 chr2 98128172 . C A 53.41 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.00696638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2472;QD=7.62931;RBI=0.032286;REFB=0.0105596;REVB=-0.0315254;RO=20;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409998;STB=0.749464;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.0272227;OID=.;OPOS=98128172;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:3:5:5:15:3:5:5:15 chr2 98128194 . GGT CAC 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.000195053;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=188.698;QD=18.3009;RBI=0.00556806;REFB=0.00237136;REVB=0.00556464;RO=23;SAF=17;SAR=3;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.579328;STB=0.830949;STBP=0.002;TYPE=mnp;VARB=-0.00274128;OID=.;OPOS=98128194;OREF=GGT;OALT=CAC;OMAPALT=CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:3:17:6:17:3:17:6:17 chr2 98128256 . C T 203.77 PASS AF=0.540541;AO=18;DP=35;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.00328982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.168;QD=22.0295;RBI=0.00332263;REFB=-0.00443703;REVB=-0.000465793;RO=17;SAF=15;SAR=3;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.604044;STB=0.842626;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00186867;OID=.;OPOS=98128256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:17:17:18:20:0.540541:3:15:2:15:3:17:2:15 chr2 98128258 . G C 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0378605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.934;QD=21.971;RBI=0.0392813;REFB=-0.00462013;REVB=0.0104694;RO=17;SAF=17;SAR=3;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.609317;STB=0.842626;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0116291;OID=.;OPOS=98128258;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:3:17:2:15:3:17:2:15 chr2 98128300 . A G 66.95 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0223824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3628;QD=13.3898;RBI=0.0428526;REFB=-0.0343482;REVB=-0.0365428;RO=11;SAF=8;SAR=1;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370366;STB=0.726652;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0399912;OID=.;OPOS=98128300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:20:20:11:11:9:9:0.45:1:8:7:4:1:8:7:4 chr2 98128313 . G A 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0120786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4481;QD=23.4003;RBI=0.0120938;REFB=-0.0261606;REVB=0.000606376;RO=3;SAF=7;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156255;STB=0.588042;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00579823;OID=.;OPOS=98128313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:1:7:3:0:1:7:3:0 chr2 98164020 . CT TC 57.08 PASS AF=0.115942;AO=4;DP=67;FAO=8;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.036795;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=2;MLLD=28.9986;QD=3.30884;RBI=0.125867;REFB=0.0259018;REVB=-0.120369;RO=44;SAF=3;SAR=1;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181379;STB=0.571247;STBP=0.68;TYPE=mnp;VARB=-0.106575;OID=.;OPOS=98164020;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:67:69:44:55:4:8:0.115942:1:3:26:18:3:5:30:25 chr2 98164215 . A C 30.32 PASS AF=0.1;AO=6;DP=70;FAO=7;FDP=70;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=-0.0183041;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.167;QD=1.73255;RBI=0.0274979;REFB=-0.00176315;REVB=-0.0205205;RO=62;SAF=2;SAR=4;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185437;STB=0.571225;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0391324;OID=.;OPOS=98164215;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:70:70:62:63:6:7:0.1:4:2:31:31:4:3:32:31 chr2 98177124 . T G 354.22 PASS AF=0.316901;AO=43;DP=140;FAO=45;FDP=142;FR=.;FRO=97;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=44;FSRR=53;FWDB=0.0361249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.382;QD=9.97797;RBI=0.0373202;REFB=-0.00261413;REVB=0.0093697;RO=96;SAF=14;SAR=29;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166149;STB=0.587025;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00836659;OID=.;OPOS=98177124;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:142:96:97:43:45:0.316901:29:14:44:52:30:15:44:53 chr2 98274527 . G C 114.92 PASS AF=0.296296;AO=14;DP=53;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0509206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.7928;QD=8.51281;RBI=0.0514801;REFB=-0.0259696;REVB=0.00756897;RO=38;SAF=3;SAR=11;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488884;STB=0.812109;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0558583;OID=.;OPOS=98274527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:38:38:14:16:0.296296:11:3:24:14:13:3:24:14 chr2 98844674 . C G 486.92 PASS AF=0.676923;AO=44;DP=65;FAO=44;FDP=65;FR=.;FRO=21;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0347113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2899;QD=29.9641;RBI=0.0390123;REFB=-0.0620506;REVB=0.017807;RO=21;SAF=25;SAR=19;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139539;STB=0.575681;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0316259;OID=.;OPOS=98844674;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:21:21:44:44:0.676923:19:25:7:14:19:25:7:14 chr2 98853173 . G A 630.34 PASS AF=0.5;AO=64;DP=130;FAO=64;FDP=128;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.0294727;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9762;QD=19.6982;RBI=0.0384075;REFB=-0.00426836;REVB=-0.0246271;RO=64;SAF=31;SAR=33;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0996858;STB=0.554912;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00282286;OID=.;OPOS=98853173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:128:64:64:64:64:0.5:33:31:24:40:33:31:24:40 chr2 98928494 . G A 657.61 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0524753;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.593;QD=59.783;RBI=0.0684067;REFB=-0.00197724;REVB=0.0438841;RO=1;SAF=32;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144528;STB=0.507689;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00121655;OID=.;OPOS=98928494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:11:32:1:0:11:32:1:0 chr2 98948224 . C A 162.53 PASS AF=0.247312;AO=23;DP=94;FAO=23;FDP=93;FR=.;FRO=70;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=36;FWDB=0.0279233;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.075;QD=6.99045;RBI=0.0290195;REFB=-0.0162365;REVB=-0.00790078;RO=70;SAF=10;SAR=13;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632919;STB=0.538573;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0349717;OID=.;OPOS=98948224;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:70:70:23:23:0.247312:13:10:34:36:13:10:34:36 chr2 98994641 . G A 1540.83 PASS AF=0.981308;AO=103;DP=106;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00507537;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.947;QD=57.6011;RBI=0.0342388;REFB=-0.120967;REVB=0.0338606;RO=2;SAF=46;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201803;STB=0.510202;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.000160762;OID=.;OPOS=98994641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:107:2:2:103:105:0.981308:57:46:2:0:57:48:2:0 chr2 99012837 . A G 30.32 PASS AF=0.0869565;AO=8;DP=91;FAO=8;FDP=92;FR=.;FRO=84;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=-0.0123867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.202;QD=1.31842;RBI=0.024185;REFB=0.000126035;REVB=0.0207722;RO=82;SAF=3;SAR=5;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141761;STB=0.624688;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.0012586;OID=.;OPOS=99012837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:91:92:82:84:8:8:0.0869565:5:3:41:41:5:3:43:41 chr2 99149946 . G A 156.06 PASS AF=0.268293;AO=22;DP=83;FAO=22;FDP=82;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0113194;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.272;QD=7.61246;RBI=0.0115458;REFB=-0.00958377;REVB=-0.00227531;RO=60;SAF=7;SAR=15;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1695;STB=0.60274;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0397693;OID=.;OPOS=99149946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:60:60:22:22:0.268293:15:7:27:33:15:7:27:33 chr2 99172244 . A G 57.92 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0742102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3359;QD=13.6284;RBI=0.0829672;REFB=-0.04339;REVB=-0.0371;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295251;STB=0.676948;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0576983;OID=.;OPOS=99172244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:6:2:5:4:6:2:5:4 chr2 99193496 . C T 357.94 PASS AF=0.335821;AO=45;DP=134;FAO=45;FDP=134;FR=.;FRO=89;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=0.0103523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.874;QD=10.6847;RBI=0.0155447;REFB=-0.0158524;REVB=0.011596;RO=88;SAF=20;SAR=25;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248675;STB=0.510883;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0305092;OID=.;OPOS=99193496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:88:89:45:45:0.335821:25:20:41:47:25:20:41:48 chr2 99226173 . T A 78.85 PASS AF=0.234043;AO=10;DP=45;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00336472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.564;QD=6.71059;RBI=0.0190787;REFB=-0.00331169;REVB=0.0187797;RO=34;SAF=5;SAR=5;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107021;STB=0.529359;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0151994;OID=.;OPOS=99226173;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:45:47:34:36:10:11:0.234043:5:5:20:14:5:6:21:15 chr2 99279812 . C A 210.54 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0427978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.852;QD=19.1395;RBI=0.0748529;REFB=-0.0152834;REVB=-0.0614109;RO=23;SAF=13;SAR=8;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321969;STB=0.681177;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0155737;OID=.;OPOS=99279812;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:8:13:6:17:8:13:6:17 chr2 99778985 . T C 1515.6 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3875;QD=63.1502;RBI=0.0461144;REFB=0;REVB=-0.00706545;RO=0;SAF=35;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00033516;OID=.;OPOS=99778985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:94:96:1:59:35:0:0:61:35:0:0 chr2 99779131 . T C 1018.95 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0088805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4459;QD=58.2258;RBI=0.0656626;REFB=-0.0407902;REVB=0.0650593;RO=1;SAF=36;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129467;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108431;OID=.;OPOS=99779131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:70:1:0:67:70:1:31:36:1:0:33:37:0:0 chr2 99804642 . T C 565.29 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.232;QD=59.5038;RBI=0.0277466;REFB=0;REVB=-0.00565101;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184465;OID=.;OPOS=99804642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:22:15:0:0:22:16:0:0 chr2 99812070 . G A 1193.74 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00469163;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6737;QD=61.2174;RBI=0.0670856;REFB=0;REVB=-0.0669214;RO=0;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000494392;OID=.;OPOS=99812070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:77:78:1:39:38:0:0:40:38:0:0 chr2 99912153 . G A 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0268903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.84;QD=24.8026;RBI=0.0646665;REFB=-0.000571184;REVB=-0.0588104;RO=4;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125976;STB=0.571288;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-0.000515427;OID=.;OPOS=99912153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:5:5:1:3:5:5:1:3 chr2 99978048 . G A 261.17 PASS AF=0.517857;AO=28;DP=53;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0694001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.375;QD=18.6549;RBI=0.0721269;REFB=-0.05544;REVB=-0.0196445;RO=24;SAF=11;SAR=17;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168009;STB=0.559546;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0481091;OID=.;OPOS=99978048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:24:27:28:29:0.517857:17:11:5:19:17:12:8:19 chr2 99995804 . T C 612.59 PASS AF=0.578431;AO=59;DP=102;FAO=59;FDP=102;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.0208847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.154;QD=24.0231;RBI=0.0223312;REFB=-0.00965096;REVB=0.00790641;RO=42;SAF=29;SAR=30;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139365;STB=0.579974;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00713341;OID=.;OPOS=99995804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:42:43:59:59:0.578431:30:29:13:29:30:29:13:30 chr2 100019496 . A G 208.89 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0262732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.43;QD=25.3204;RBI=0.0528272;REFB=-0.0175368;REVB=-0.0458305;RO=12;SAF=8;SAR=12;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474005;STB=0.538424;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00352097;OID=.;OPOS=100019496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:12:13:20:20:0.606061:12:8:4:8:12:8:4:9 chr2 100055506 . A G 487.99 PASS AF=0.575;AO=45;DP=81;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0143364;FXX=0.0123442;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.886;QD=24.3993;RBI=0.0210151;REFB=-0.00710916;REVB=-0.0153656;RO=34;SAF=29;SAR=16;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141762;STB=0.58083;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00589369;OID=.;OPOS=100055506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:34:34:45:46:0.575:16:29:16:18:16:30:16:18 chr2 100210074 . G C 570.32 PASS AF=0.411392;AO=65;DP=155;FAO=65;FDP=158;FR=.;FRO=93;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=52;FSRR=41;FWDB=0.047216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8075;QD=14.4385;RBI=0.0488551;REFB=-0.00118523;REVB=0.0125486;RO=90;SAF=27;SAR=38;SRF=51;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156573;STB=0.584589;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0019116;OID=.;OPOS=100210074;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:158:90:93:65:65:0.411392:38:27:51:39:38:27:52:41 chr2 100210642 . T C 520.8 PASS AF=0.30531;AO=69;DP=225;FAO=69;FDP=226;FR=.;FRO=157;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=68;FSRR=89;FWDB=-0.0198634;FXX=0.00440509;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9195;QD=9.21778;RBI=0.0308625;REFB=-0.00273389;REVB=-0.0236207;RO=156;SAF=25;SAR=44;SRF=68;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921202;STB=0.55169;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00506434;OID=.;OPOS=100210642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:226:156:157:69:69:0.30531:44:25:68:88:44:25:68:89 chr2 100218080 . G A 430.2 PASS AF=0.730769;AO=38;DP=52;FAO=38;FDP=52;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0209832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.015;QD=33.0925;RBI=0.0275548;REFB=-0.0351752;REVB=0.0178598;RO=14;SAF=8;SAR=30;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00280561;STB=0.501519;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.0118717;OID=.;OPOS=100218080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:14:14:38:38:0.730769:30:8:3:11:30:8:3:11 chr2 100343557 . C T 806.87 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00634363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.806;QD=56.6223;RBI=0.029399;REFB=0;REVB=0.0287065;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000919202;OID=.;OPOS=100343557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:56:57:1:33:23:0:0:33:24:0:0 chr2 100623151 . C T 157.24 PASS AF=0.278481;AO=22;DP=79;FAO=22;FDP=79;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=18;FWDB=-0.00869179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.489;QD=7.96142;RBI=0.0196551;REFB=-0.00571966;REVB=0.0176288;RO=56;SAF=9;SAR=13;SRF=38;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315401;STB=0.690871;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0165078;OID=.;OPOS=100623151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:56:57:22:22:0.278481:13:9:38:18:13:9:39:18 chr2 100897573 . G A 801.63 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.988;QD=57.259;RBI=0.0347456;REFB=0;REVB=0.00685257;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.2257e-05;OID=.;OPOS=100897573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:29:26:0:0:29:27:0:0 chr2 100915772 . A G 545.12 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.053842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8943;QD=57.3812;RBI=0.05514;REFB=0.0537639;REVB=-0.0118937;RO=1;SAF=8;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549698;STB=0.529395;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.0091644;OID=.;OPOS=100915772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:29:8:1:0:29:8:1:0 chr2 100916306 . A G 1012.31 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=4.5253e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.07;QD=57.8463;RBI=0.0440385;REFB=-0.110643;REVB=-0.0440384;RO=1;SAF=30;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154963;STB=0.508194;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.000114455;OID=.;OPOS=100916306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:39:30:1:0:39:30:1:0 chr2 100916315 . A G 470.78 PASS AF=0.709677;AO=39;DP=56;FAO=44;FDP=62;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00374723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.529;QD=30.3726;RBI=0.084213;REFB=9.10098e-05;REVB=0.0841296;RO=15;SAF=21;SAR=18;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665523;STB=0.522717;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00201818;OID=.;OPOS=100916315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:62:15:18:39:44:0.709677:18:21:10:5:23:21:10:8 chr2 100917109 . C T 2308.07 PASS AF=0.974843;AO=155;DP=159;FAO=155;FDP=159;FR=.;FRO=4;FSAF=88;FSAR=67;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0297993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.248;QD=58.0647;RBI=0.039571;REFB=-0.134121;REVB=0.0260359;RO=0;SAF=88;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51111;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.000520705;OID=.;OPOS=100917109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:159:159:0:4:155:155:0.974843:67:88:0:0:67:88:4:0 chr2 101010043 . G A 531.83 PASS AF=0.649351;AO=42;DP=76;FAO=50;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00533095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.886;QD=27.6273;RBI=0.0301895;REFB=-0.0172209;REVB=0.0297151;RO=26;SAF=20;SAR=22;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373368;STB=0.502702;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00579632;OID=.;OPOS=101010043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:26:27:42:50:0.649351:22:20:11:15:30:20:11:16 chr2 101010082 . G C 1530.03 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.843;QD=63.7511;RBI=0.0177488;REFB=0;REVB=-0.00263498;RO=0;SAF=39;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19799e-06;OID=.;OPOS=101010082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:57:39:0:0:57:39:0:0 chr2 101031561 . G T 684.05 PASS AF=0.962264;AO=50;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0142377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3036;QD=51.6266;RBI=0.0149288;REFB=-0.00435464;REVB=0.00448965;RO=3;SAF=20;SAR=30;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293564;STB=0.5238;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.001865;OID=.;OPOS=101031561;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:3:2:50:51:0.962264:30:20:2:1:31:20:2:0 chr2 101086966 . C T 1078.09 PASS AF=0.961039;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0417293;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.9411;QD=56.0046;RBI=0.0687471;REFB=-0.188613;REVB=0.0546336;RO=3;SAF=39;SAR=35;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350063;STB=0.518514;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00807431;OID=.;OPOS=101086966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:77:3:3:74:74:0.961039:35:39:3:0:35:39:3:0 chr2 101096960 . C T 1643.63 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000769245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.67;QD=59.7684;RBI=0.0499614;REFB=0;REVB=0.0499555;RO=0;SAF=62;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.31484e-05;OID=.;OPOS=101096960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:110:0:0:106:110:1:44:62:0:0:48:62:0:0 chr2 101182978 . A C 169.95 PASS AF=0.34375;AO=20;DP=63;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=-0.0269768;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.724;QD=10.622;RBI=0.0273405;REFB=-0.0139703;REVB=0.00444429;RO=43;SAF=17;SAR=3;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261717;STB=0.551478;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0285488;OID=.;OPOS=101182978;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:43:42:20:22:0.34375:3:17:30:13:5:17:30:12 chr2 101186088 . C T 1564.55 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0664089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0077;QD=59.602;RBI=0.0710351;REFB=0;REVB=0.0252161;RO=0;SAF=30;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184578;OID=.;OPOS=101186088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:104:105:1:74:30:0:0:75:30:0:0 chr2 101437561 . G A 1479.41 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.782;QD=62.9536;RBI=0.0302664;REFB=0;REVB=0.0192085;RO=0;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83113e-05;OID=.;OPOS=101437561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:92:94:1:53:39:0:0:55:39:0:0 chr2 101437601 . C G 1066.16 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0180307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.07;QD=58.4199;RBI=0.036123;REFB=-0.0651247;REVB=0.0313012;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506022;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000259385;OID=.;OPOS=101437601;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:41:31:0:0:41:31:0:1 chr2 101591304 . A G 1121.44 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0657398;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7824;QD=60.6186;RBI=0.0661088;REFB=0;REVB=0.00697488;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102887;OID=.;OPOS=101591304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:43:31:0:0:43:31:0:0 chr2 101609827 . C T 310.79 PASS AF=0.269461;AO=45;DP=167;FAO=45;FDP=167;FR=.;FRO=122;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=70;FSRR=52;FWDB=0.000196952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.169;QD=7.44412;RBI=0.0170457;REFB=-0.00199331;REVB=-0.0170446;RO=112;SAF=33;SAR=12;SRF=60;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259982;STB=0.630763;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0049731;OID=.;OPOS=101609827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:112:122:45:45:0.269461:12:33:60:52:12:33:70:52 chr2 101623834 . CAAAAAAAAG CAAAAAAAGC 36.24 PASS AF=0.125;AO=5;DP=42;FAO=5;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0022681;FXX=0.0243843;HRUN=8;LEN=2;MLLD=28.5555;QD=3.6241;RBI=0.074421;REFB=-0.043169;REVB=-0.0743864;RO=18;SAF=1;SAR=4;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.509233;STB=0.838767;STBP=0.174;TYPE=mnp;VARB=0.139949;OID=.;OPOS=101623842;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=CAAAAAAAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.125:5:42:5:40:32:1:4:20:12:25:18:1:4:12:6 chr2 101624471 . T C 56.03 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0685832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.7917;QD=10.6716;RBI=0.0714403;REFB=0.0137763;REVB=0.0200015;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252187;STB=0.666296;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.0243721;OID=.;OPOS=101624471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:21:12:13:8:8:0.380952:4:4:3:9:4:4:3:10 chr2 101638888 . A G 295.67 PASS AF=0.423077;AO=32;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0117914;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.597;QD=15.1624;RBI=0.0131118;REFB=-0.0316223;REVB=-0.00573433;RO=45;SAF=12;SAR=20;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187647;STB=0.593693;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0193692;OID=.;OPOS=101638888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:32:33:0.423077:20:12:25:20:20:13:25:20 chr2 101644855 . G A 51.45 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0214534;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.024;QD=5.71703;RBI=0.0242159;REFB=-0.00972428;REVB=-0.0112321;RO=28;SAF=3;SAR=5;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232212;STB=0.650315;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0353999;OID=.;OPOS=101644855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:28:28:8:8:0.222222:5:3:16:12:5:3:16:12 chr2 101646144 . G A 548.1 PASS AF=0.542553;AO=51;DP=95;FAO=51;FDP=94;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0213629;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.443;QD=23.3232;RBI=0.0214771;REFB=-0.0438022;REVB=0.00221151;RO=43;SAF=29;SAR=22;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865919;STB=0.54761;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0361532;OID=.;OPOS=101646144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:43:43:51:51:0.542553:22:29:20:23:22:29:20:23 chr2 101656726 . T C 2366.69 PASS AF=1;AO=155;DP=157;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00131595;FXX=0.0189861;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9691;QD=61.0759;RBI=0.0127611;REFB=0;REVB=0.0126931;RO=0;SAF=56;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000634367;OID=.;OPOS=101656726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:157:155:0:0:155:155:1:99:56:0:0:99:56:0:0 chr2 101898412 . G C 727.76 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.085;QD=63.2831;RBI=0.036058;REFB=0;REVB=-0.0263361;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.49606e-06;OID=.;OPOS=101898412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr2 102018908 . A G 67.01 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00146101;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.786;QD=38.2905;RBI=0.0170791;REFB=0;REVB=-0.0170165;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180554;OID=.;OPOS=102018908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr2 102038849 . T A 1301.39 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.874;QD=61.9709;RBI=0.0458161;REFB=0;REVB=0.0405468;RO=0;SAF=52;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45212e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164511;OID=.;OPOS=102038849;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:81:84:1:29:52:0:0:31:53:0:0 chr2 102067083 . T C 1630.77 PASS AF=0.966102;AO=112;DP=118;FAO=114;FDP=118;FR=.;FRO=4;FSAF=69;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0195413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.06;QD=55.2805;RBI=0.0254439;REFB=-0.187653;REVB=0.0162951;RO=6;SAF=69;SAR=43;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617725;STB=0.521273;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00367512;OID=.;OPOS=102067083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:118:118:6:4:112:114:0.966102:43:69:0:6:45:69:0:4 chr2 102068872 . T A 561.25 PASS AF=0.657895;AO=36;DP=77;FAO=50;FDP=76;FR=.;FRO=26;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.00411929;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6876;QD=29.5396;RBI=0.0360779;REFB=-0.0487251;REVB=-0.035842;RO=25;SAF=17;SAR=19;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18374;STB=0.553825;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0296973;OID=.;OPOS=102068872;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:25:26:36:50:0.657895:19:17:18:7:21:29:19:7 chr2 102477356 . T C 39.09 PASS AF=0.121212;AO=8;DP=64;FAO=8;FDP=66;FR=.;FRO=58;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0363744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.625;QD=2.36933;RBI=0.0364029;REFB=-0.000510711;REVB=0.00144129;RO=56;SAF=3;SAR=5;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663153;STB=0.566238;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00295572;OID=.;OPOS=102477356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:64:66:56:58:8:8:0.121212:5:3:24:32:5:3:26:32 chr2 102851708 . T C 438.94 PASS AF=0.745098;AO=38;DP=51;FAO=38;FDP=51;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0154904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.275;QD=34.4263;RBI=0.0186836;REFB=-0.00743355;REVB=-0.0104463;RO=13;SAF=19;SAR=19;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181223;STB=0.509799;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00198195;OID=.;OPOS=102851708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:13:13:38:38:0.745098:19:19:6:7:19:19:6:7 chr2 102957716 . C T 317.75 PASS AF=0.350877;AO=40;DP=114;FAO=40;FDP=114;FR=.;FRO=74;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=0.0146251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.051;QD=11.1492;RBI=0.0176267;REFB=-0.00374148;REVB=-0.00983899;RO=74;SAF=21;SAR=19;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00229465;STB=0.501319;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00622079;OID=.;OPOS=102957716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:74:74:40:40:0.350877:19:21:39:35:19:21:39:35 chr2 103001402 . C T 112.01 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=-0.00488412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.804;QD=8.96037;RBI=0.011823;REFB=-0.012672;REVB=-0.0107671;RO=35;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362226;STB=0.72104;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.016519;OID=.;OPOS=103001402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:36:14:14:0.28:6:8:9:26:6:8:9:27 chr2 103095404 . G A 248.58 PASS AF=0.352273;AO=31;DP=88;FAO=31;FDP=88;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.00404335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.6915;QD=11.2993;RBI=0.0574611;REFB=-0.049047;REVB=-0.0573187;RO=53;SAF=15;SAR=16;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110772;STB=0.561364;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.103158;OID=.;OPOS=103095404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:53:57:31:31:0.352273:16:15:31:22:16:15:33:24 chr2 103149100 . G A 260.53 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.0298091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.244;QD=18.9474;RBI=0.0317246;REFB=-0.033567;REVB=0.0108567;RO=27;SAF=7;SAR=21;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434568;STB=0.742944;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0138873;OID=.;OPOS=103149100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:21:7:20:7:21:7:20:7 chr2 103334969 . G A 1067.1 PASS AF=0.603659;AO=98;DP=163;FAO=99;FDP=164;FR=.;FRO=65;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.011358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6827;QD=26.0268;RBI=0.0511273;REFB=-0.03167;REVB=0.0498498;RO=62;SAF=49;SAR=49;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230947;STB=0.507145;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0282266;OID=.;OPOS=103334969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:62:65:98:99:0.603659:49:49:33:29:49:50:34:31 chr2 103431404 . T C 1382.84 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514548;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9489;QD=62.8566;RBI=0.0613128;REFB=0;REVB=0.0333416;RO=0;SAF=35;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451025;OID=.;OPOS=103431404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:53:35:0:0:53:35:0:0 chr2 105709023 . T C 689.33 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.335;QD=62.6662;RBI=0.0173866;REFB=0;REVB=-0.00647116;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67626e-05;OID=.;OPOS=105709023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chr2 105883657 . A T 45.98 PASS AF=0.176471;AO=5;DP=45;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=-0.0367342;FXX=0.0727141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.963;QD=3.60597;RBI=0.0368571;REFB=-0.000686733;REVB=-0.00300775;RO=40;SAF=0;SAR=5;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.538135;STB=0.544806;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0287188;OID=.;OPOS=105883657;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:45:51:40:42:5:9:0.176471:5:0:11:29:7:2:11:31 chr2 105915128 . G A 775.0 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399642;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3763;QD=64.5836;RBI=0.0500711;REFB=0;REVB=0.0301658;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157982;OID=.;OPOS=105915128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr2 105924510 . A G 1295.72 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00498532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.597;QD=61.7007;RBI=0.0872779;REFB=0;REVB=-0.0871354;RO=0;SAF=31;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178013;OID=.;OPOS=105924510;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:52:31:0:0:53:31:0:0 chr2 105953938 . G GC 1163.26 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310955;FXX=0.0128189;HRUN=0;LEN=1;MLLD=144.087;QD=60.4292;RBI=0.0519996;REFB=0;REVB=0.0416776;RO=0;SAF=53;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08692e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000229151;OID=.;OPOS=105953939;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:77:77:77:77:0:53:24:0:0:6:0:53:24:0:0 chr2 105994564 . C CATCAA 119.27 PASS AF=0.283333;AO=16;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0202144;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=209.273;QD=7.9516;RBI=0.0405772;REFB=-0.00952744;REVB=-0.0351837;RO=44;SAF=12;SAR=4;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294691;STB=0.698675;STBP=0.075;TYPE=ins;VARB=0.0212091;OID=.;OPOS=105994565;OREF=-;OALT=ATCAA;OMAPALT=CATCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.283333:16:60:17:60:43:13:4:22:21:99:44:12:4:23:21 chr2 106013147 . C T 297.87 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00270804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.508;QD=15.8864;RBI=0.00271879;REFB=-0.0136786;REVB=-0.000241528;RO=42;SAF=19;SAR=14;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12275;STB=0.569189;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0161681;OID=.;OPOS=106013147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:14:19:19:23:14:19:19:23 chr2 106510454 . TG CA,TGCA,TGCACA 269.56 PASS AF=0,0.486486,0.243243;AO=2,11,7;DP=38;FAO=0,18,9;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=0,10,5;FSAR=0,8,4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0414735,0.110899,0.0719457;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,2,4;MLLD=67.9443,69.213,85.0684;QD=29.1414;RBI=0.0748608,0.111734,0.0754371;REFB=-0.0307057,-0.0668888,-0.0583545;REVB=-0.0623225,-0.01364,-0.0226841;RO=10;SAF=1,5,5;SAR=1,6,2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.103256,-0.119431,0.125396;STB=0.5,0.519978,0.529346;STBP=1,0.81,0.788;TYPE=mnp,ins,ins;VARB=0,0.0640847,0.0899186;OID=.,.,.;OPOS=106510454,106510456,106510456;OREF=TG,-,-;OALT=CA,CA,CACA;OMAPALT=CA,TGCA,TGCACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:87:38:37:10:10:2,11,7:0,18,9:0,0.486486,0.243243:1,6,2:1,5,5:6:4:0,8,4:0,10,5:5:5 chr2 106682226 . T C 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00236488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.525;QD=26.0262;RBI=0.00236488;REFB=-0.0925798;REVB=0;RO=1;SAF=6;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00322939;OID=.;OPOS=106682226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:0:6:1:0:0:6:1:0 chr2 106682235 . C G 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0134428;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=70.3298;QD=25.4664;RBI=0.126431;REFB=-0.0227139;REVB=-0.125714;RO=3;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157021;STB=0.588061;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0191951;OID=.;OPOS=106682235;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:2:7:3:0:2:7:3:0 chr2 106710108 . C T 933.3 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.108;QD=57.4339;RBI=0.0264517;REFB=0;REVB=0.0171757;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.00728e-05;OID=.;OPOS=106710108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:65:0:0:60:65:1:31:29:0:0:31:34:0:0 chr2 106742139 . C T 310.29 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376121;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.835;QD=53.9629;RBI=0.052217;REFB=0;REVB=-0.0362207;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26895e-05;OID=.;OPOS=106742139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr2 107040987 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.26;QD=35.5757;RBI=0.104921;REFB=0;REVB=-0.0825277;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00160498;OID=.;OPOS=107040987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr2 107084739 . A G 874.67 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0341308;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.904;QD=56.4305;RBI=0.0642932;REFB=-0.138476;REVB=0.0544858;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000749751;OID=.;OPOS=107084739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:35:26:0:0:35:26:0:1 chr2 107107511 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00546424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.995;QD=63.8719;RBI=0.006144;REFB=0;REVB=0.00280907;RO=0;SAF=13;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61818e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.23163e-06;OID=.;OPOS=107107511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:35:13:0:0:35:13:0:0 chr2 107107567 . G C 662.53 PASS AF=0.956522;AO=43;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0517949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5196;QD=57.6112;RBI=0.0743897;REFB=-0.0935308;REVB=-0.0533959;RO=2;SAF=17;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00910618;STB=0.505195;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00453146;OID=.;OPOS=107107567;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:46:46:2:2:43:44:0.956522:26:17:1:1:27:17:1:1 chr2 107450525 . T C 2040.49 PASS AF=1;AO=130;DP=132;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000264544;FXX=0.0222206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.257;QD=61.8329;RBI=0.0786584;REFB=-0.0823637;REVB=0.0786579;RO=0;SAF=76;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178734;OID=.;OPOS=107450525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:132:132:0:0:130:132:1:54:76:0:0:55:77:0:0 chr2 107450589 . C T 1647.07 PASS AF=0.982301;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0175063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2466;QD=58.3032;RBI=0.0228224;REFB=0.0360456;REVB=0.0146421;RO=2;SAF=54;SAR=57;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163649;STB=0.508619;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.000168801;OID=.;OPOS=107450589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:113:2:2:111:111:0.982301:57:54:0:2:57:54:0:2 chr2 108863767 . A C 1230.81 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0409346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3882;QD=60.0394;RBI=0.0495549;REFB=-0.0838406;REVB=0.0279294;RO=0;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00207767;OID=.;OPOS=108863767;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:82:82:0:1:81:81:0.987805:42:39:0:0:42:39:0:1 chr2 108875198 . G A 262.1 PASS AF=0.292683;AO=36;DP=118;FAO=36;FDP=123;FR=.;FRO=87;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=0.0145272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.452;QD=8.5236;RBI=0.0214946;REFB=-0.00536946;REVB=-0.0158423;RO=82;SAF=23;SAR=13;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182279;STB=0.619851;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0102532;OID=.;OPOS=108875198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:123:82:87:36:36:0.292683:13:23:40:42:13:23:41:46 chr2 108875244 . T C 1662.03 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157797;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0295;QD=60.4376;RBI=0.0178254;REFB=0;REVB=0.00829121;RO=0;SAF=50;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.02833e-05;OID=.;OPOS=108875244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:108:110:1:58:50:0:0:59:51:0:0 chr2 108875471 . G T 2701.41 PASS AF=1;AO=172;DP=174;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182334;FXX=0.0056494;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2955;QD=61.3956;RBI=0.0185406;REFB=-0.0607475;REVB=0.00336063;RO=1;SAF=90;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00525951;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00071806;OID=.;OPOS=108875471;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:174:176:1:0:172:176:1:82:90:1:0:85:91:0:0 chr2 108877062 . T A 911.76 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00354375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.1;QD=55.2584;RBI=0.0141418;REFB=-0.0352963;REVB=0.0136906;RO=2;SAF=37;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248459;STB=0.513154;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.000410176;OID=.;OPOS=108877062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:27:37:2:0:27:37:2:0 chr2 108922036 . T G 505.34 PASS AF=0.781818;AO=43;DP=55;FAO=43;FDP=55;FR=.;FRO=12;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00024695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.274;QD=36.7522;RBI=0.0175466;REFB=0.00977776;REVB=0.0175448;RO=12;SAF=26;SAR=17;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043891;STB=0.523632;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.00145407;OID=.;OPOS=108922036;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:55:55:12:12:43:43:0.781818:17:26:6:6:17:26:6:6 chr2 108994808 . C G 113.67 PASS AF=0.216867;AO=18;DP=84;FAO=18;FDP=83;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=0.0503438;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3205;QD=5.47816;RBI=0.129722;REFB=-0.00570827;REVB=-0.119555;RO=64;SAF=6;SAR=12;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568328;STB=0.54381;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0373578;OID=.;OPOS=108994808;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:64:65:18:18:0.216867:12:6:24:40:12:6:25:40 chr2 109099572 . C G 446.96 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.67;QD=57.6728;RBI=0.0146083;REFB=0;REVB=0.00583455;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.37694e-05;OID=.;OPOS=109099572;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr2 109106381 . A G 386.73 PASS AF=0.527027;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00932801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.474;QD=20.9043;RBI=0.00935413;REFB=0.000501586;REVB=-0.00069848;RO=35;SAF=21;SAR=18;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117915;STB=0.565184;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.000349425;OID=.;OPOS=109106381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:35:39:39:0.527027:18:21:14:21:18:21:14:21 chr2 109374952 . A G 41.37 PASS AF=0.137255;AO=8;DP=52;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0224964;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.34;QD=3.24438;RBI=0.0239659;REFB=-0.0138133;REVB=-0.00826294;RO=44;SAF=6;SAR=2;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.380829;STB=0.737046;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0588391;OID=.;OPOS=109374952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:52:51:44:44:8:7:0.137255:2:6:19:25:2:5:19:25 chr2 109381438 . A G 125.18 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0099733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.186;QD=10.4317;RBI=0.0246519;REFB=-0.00152067;REVB=-0.0225444;RO=33;SAF=6;SAR=9;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816034;STB=0.548609;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00154259;OID=.;OPOS=109381438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:9:6:11:22:9:6:11:22 chr2 109389463 . G A 548.36 PASS AF=0.95;AO=37;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0299949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6405;QD=54.8357;RBI=0.0302414;REFB=-0.0410139;REVB=-0.00385358;RO=2;SAF=13;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155589;STB=0.508716;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0125955;OID=.;OPOS=109389463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:37:38:0.95:24:13:1:1:25:13:1:1 chr2 109401259 . C T 57.17 PASS AF=0.18;AO=9;DP=50;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0123773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0039;QD=4.57345;RBI=0.0150632;REFB=0.00143149;REVB=0.00858501;RO=41;SAF=4;SAR=5;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532211;STB=0.535635;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.00922446;OID=.;OPOS=109401259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:41:41:9:9:0.18:5:4:20:21:5:4:20:21 chr2 109408159 . G T 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0038909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5384;QD=6.92899;RBI=0.034279;REFB=-0.00645855;REVB=0.0340575;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225087;STB=0.644671;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0147136;OID=.;OPOS=109408159;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:4:2:8:7:4:2:8:7 chr2 109429146 . T A 427.36 PASS AF=0.785714;AO=33;DP=42;FAO=33;FDP=42;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.03783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4016;QD=40.7009;RBI=0.049751;REFB=-0.0126569;REVB=0.0323118;RO=9;SAF=14;SAR=19;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371048;STB=0.520047;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00326706;OID=.;OPOS=109429146;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:9:9:33:33:0.785714:19:14:3:6:19:14:3:6 chr2 109510937 . G A 559.96 PASS AF=0.460938;AO=59;DP=131;FAO=59;FDP=128;FR=.;FRO=69;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=51;FWDB=-0.0363769;FXX=0.022899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1913;QD=17.4988;RBI=0.0466789;REFB=-0.0266634;REVB=-0.0292513;RO=68;SAF=21;SAR=38;SRF=18;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0992936;STB=0.557725;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0254695;OID=.;OPOS=109510937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:128:68:69:59:59:0.460938:38:21:18:50:38:21:18:51 chr2 109511467 . GACTC G 55.5 PASS AF=0.243243;AO=8;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00562019;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=246.576;QD=5.99985;RBI=0.0154414;REFB=-0.00657261;REVB=-0.0143822;RO=25;SAF=2;SAR=6;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480957;STB=0.803955;STBP=0.054;TYPE=del;VARB=0.024975;OID=.;OPOS=109511468;OREF=ACTC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.243243:8:37:9:37:28:2:7:18:10:55:25:2:6:17:8 chr2 109512234 . T C 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00534901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.679;QD=18.4432;RBI=0.0177275;REFB=-0.00247572;REVB=-0.0169012;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967735;STB=0.555457;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00408228;OID=.;OPOS=109512234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:5:6:6:3:5:6:6:3 chr2 109513654 . G A 694.52 PASS AF=0.613208;AO=64;DP=107;FAO=65;FDP=106;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0156033;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.03;QD=26.2084;RBI=0.0221268;REFB=-0.00668322;REVB=0.0156886;RO=41;SAF=29;SAR=35;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102295;STB=0.508769;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00396076;OID=.;OPOS=109513654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:41:41:64:65:0.613208:35:29:18:23:35:30:18:23 chr2 109526969 . G A 1277.84 PASS AF=0.976744;AO=83;DP=87;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.042778;FXX=0.0227247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.771;QD=59.4346;RBI=0.0469992;REFB=-0.0844194;REVB=0.0194671;RO=2;SAF=41;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225409;STB=0.511902;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00303901;OID=.;OPOS=109526969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:86:2:2:83:84:0.976744:42:41:2:0:43:41:2:0 chr2 109527373 . A G 501.43 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0398;QD=58.9915;RBI=0.0149771;REFB=0;REVB=0.00548306;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103927;OID=.;OPOS=109527373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr2 109539913 . C T 148.35 PASS AF=0.358491;AO=16;DP=54;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00483278;FXX=0.0701631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.696;QD=11.1961;RBI=0.0141504;REFB=0.000201604;REVB=-0.0132996;RO=29;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194375;STB=0.516881;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=-0.00089703;OID=.;OPOS=109539913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:29:34:16:19:0.358491:6:10:13:16:9:10:17:17 chr2 109745176 . G A 769.41 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.059;QD=56.9934;RBI=0.0371946;REFB=0;REVB=0.00165709;RO=0;SAF=16;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.22487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148842;OID=.;OPOS=109745176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:38:16:0:0:38:16:0:0 chr2 110373191 . G GA 834.22 PASS AF=0.993151;AO=17;DP=145;FAO=145;FDP=146;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=87;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.193069;FXX=0.0135126;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.25287;QD=22.8553;RBI=0.211758;REFB=-0.000604534;REVB=-0.0869808;RO=125;SAF=4;SAR=13;SRF=53;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254258;STB=0.504273;STBP=0.292;TYPE=ins;VARB=0.0289611;OID=.;OPOS=110373192;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.993151:17:145:145:146:1:58:87:1:0:10:125:4:13:53:72 chr2 110373197 . G A 2074.34 PASS AF=0.972603;AO=116;DP=148;FAO=142;FDP=146;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=60;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0864357;FXX=0.0135126;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.6113;QD=56.8313;RBI=0.0864625;REFB=0.0120305;REVB=-0.00215113;RO=5;SAF=46;SAR=70;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327166;STB=0.511903;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00185838;OID=.;OPOS=110373197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:148:146:5:4:116:142:0.972603:70:46:0:5:82:60:0:4 chr2 110373938 . T G 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.811;QD=56.7027;RBI=0.0199235;REFB=0;REVB=0.0150823;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197766;OID=.;OPOS=110373938;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr2 110374215 . T C 501.88 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.091;QD=59.0445;RBI=0.0685632;REFB=0;REVB=0.0532762;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0017611;OID=.;OPOS=110374215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:18:15:0:0:19:15:0:0 chr2 110375025 . C T 1177.21 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150337;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2328;QD=61.1537;RBI=0.0180222;REFB=0;REVB=-0.00993909;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000668068;OID=.;OPOS=110375025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:78:77:1:34:44:0:0:34:43:0:0 chr2 110376019 . A G 75.11 PASS AF=0.282051;AO=10;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00715644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.081;QD=7.70363;RBI=0.00974086;REFB=-0.00100209;REVB=-0.00660831;RO=27;SAF=7;SAR=3;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301766;STB=0.695286;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0034492;OID=.;OPOS=110376019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:39:39:27:28:10:11:0.282051:3:7:12:15:3:8:13:15 chr2 110855123 . G T 444.63 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00587152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.261;QD=55.5787;RBI=0.0305448;REFB=0;REVB=0.0299752;RO=0;SAF=25;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220851;OID=.;OPOS=110855123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:32:0:0:31:32:1:6:25:0:0:7:25:0:0 chr2 110873310 . GAC CGA,GA,GGC 153.19 PASS AF=0,0.612903,0.129032;AO=3,11,4;DP=31;FAO=0,19,4;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=0,8,0;FSAR=0,11,4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0126919,0.0937184,-0.00346176;FXX=0;HRUN=1,5,1;LEN=3,1,1;MLLD=19.3354,11.5181,115.055;QD=19.767;RBI=0.092903,0.144213,0.0880748;REFB=-0.0737145,-0.136571,-0.0127701;REVB=-0.092032,-0.109609,-0.0880067;RO=10;SAF=0,4,0;SAR=3,7,4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.649379,-0.116602,-0.694591;STB=0.5,0.514041,0.996249;STBP=1,0.827,0.103;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,0.130874,0.0532035;OID=.,.,.;OPOS=110873310,110873312,110873311;OREF=GAC,C,A;OALT=CGA,-,G;OMAPALT=CGA,GA,GGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:31:31:10:8:3,11,4:0,19,4:0,0.612903,0.129032:3,7,4:0,4,0:5:5:0,11,4:0,8,0:3:5 chr2 110922703 . C T 785.8 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.011436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.139;QD=55.144;RBI=0.0114454;REFB=0.0313325;REVB=0.000464553;RO=1;SAF=22;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209431;STB=0.511107;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.000120816;OID=.;OPOS=110922703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:1:1:55:56:0.982456:33:22:1:0:34:22:1:0 chr2 111430381 . C A 392.29 PASS AF=0.756098;AO=31;DP=42;FAO=31;FDP=41;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00452217;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.102;QD=38.272;RBI=0.0141575;REFB=-0.0449914;REVB=-0.0134159;RO=10;SAF=16;SAR=15;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052144;STB=0.528284;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0101259;OID=.;OPOS=111430381;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:42:41:10:10:31:31:0.756098:15:16:4:6:15:16:4:6 chr2 111691147 . G A 1126.78 PASS AF=0.730159;AO=89;DP=122;FAO=92;FDP=126;FR=.;FRO=34;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0375542;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.264;QD=35.7708;RBI=0.0407179;REFB=-0.0472583;REVB=-0.0157362;RO=32;SAF=50;SAR=39;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308617;STB=0.509802;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00949273;OID=.;OPOS=111691147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:126:32:34:89:92:0.730159:39:50:16:16:40:52:18:16 chr2 111850515 . C T 426.47 PASS AF=0.693878;AO=34;DP=49;FAO=34;FDP=49;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.00960934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.773;QD=34.8137;RBI=0.0181882;REFB=4.71265e-05;REVB=-0.0154425;RO=15;SAF=20;SAR=14;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251812;STB=0.636714;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.000131224;OID=.;OPOS=111850515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:15:15:34:34:0.693878:14:20:2:13:14:20:2:13 chr2 111881475 . AG A 165.25 PASS AF=0.745098;AO=22;DP=49;FAO=38;FDP=51;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.216537;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=9.26475;QD=12.9609;RBI=0.278071;REFB=-0.0900807;REVB=0.174458;RO=22;SAF=5;SAR=17;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055263;STB=0.514428;STBP=0.774;TYPE=del;VARB=0.0857105;OID=.;OPOS=111881476;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.745098:22:49:38:51:13:10:28:4:9:33:22:5:17:6:16 chr2 111907691 . T C 1449.06 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=104;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0336834;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6553;QD=56.2742;RBI=0.0363528;REFB=-0.0525531;REVB=0.0136731;RO=1;SAF=46;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102019;STB=0.500872;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00448562;OID=.;OPOS=111907691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:104:103:1:2:101:101:0.980583:55:46:1:0:55:46:1:1 chr2 111908262 . G A 1496.87 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00190656;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.94;QD=59.8748;RBI=0.0142242;REFB=0;REVB=0.0140959;RO=0;SAF=57;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000479587;OID=.;OPOS=111908262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:43:57:0:0:43:57:0:0 chr2 112526866 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.801;QD=42.1826;RBI=0.0480364;REFB=0;REVB=-0.0248934;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00116241;OID=.;OPOS=112526866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr2 112582766 . CTT C 512.87 PASS AF=1;AO=42;DP=45;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00156303;FXX=0.0652032;HRUN=2;LEN=2;MLLD=223.98;QD=47.7084;RBI=0.0031762;REFB=0;REVB=0.00276499;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.29825e-05;OID=.;OPOS=112582767;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:45:43:43:0:16:27:0:0:9:0:16:26:0:0 chr2 112605302 . C T 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.337;QD=56.1897;RBI=0.0217102;REFB=0;REVB=0.0123356;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026053;OID=.;OPOS=112605302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr2 112641149 . G C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.951;QD=50.4133;RBI=0.0296745;REFB=0;REVB=-0.0182674;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.05218e-05;OID=.;OPOS=112641149;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr2 112641256 . GA AG 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0523231;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=200.054;QD=39.3173;RBI=0.0572699;REFB=0.0746894;REVB=0.0232838;RO=1;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100229;STB=0.555467;STBP=0.281;TYPE=mnp;VARB=-0.000927965;OID=.;OPOS=112641256;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:4:9:0:1:4:9:0:1 chr2 112641266 . G C 123.12 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0503118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2134;QD=37.8831;RBI=0.0619191;REFB=0.0522666;REVB=0.036093;RO=1;SAF=8;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531285;STB=0.529364;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.00793033;OID=.;OPOS=112641266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:4:8:1:0:4:8:1:0 chr2 112641283 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6003;QD=39.2064;RBI=0.0617534;REFB=0;REVB=0.053159;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106312;OID=.;OPOS=112641283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr2 112939548 . T C 137.68 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.836;QD=42.3627;RBI=0.0963948;REFB=0;REVB=0.0942169;RO=1;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475628;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00867311;OID=.;OPOS=112939548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:1:0:12:13:1:9:3:0:1:10:3:0:0 chr2 113007785 . C T 579.27 PASS AF=0.558824;AO=57;DP=102;FAO=57;FDP=102;FR=.;FRO=45;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0209211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.485;QD=22.7163;RBI=0.0248777;REFB=-0.0168054;REVB=-0.0134613;RO=44;SAF=37;SAR=20;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142818;STB=0.583901;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0267154;OID=.;OPOS=113007785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:44:45:57:57:0.558824:20:37:21:23:20:37:21:24 chr2 113089267 . T C 1812.95 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=120;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00658776;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5281;QD=60.4316;RBI=0.0126224;REFB=-0.100472;REVB=0.0107669;RO=1;SAF=63;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840652;STB=0.504424;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=7.73201e-05;OID=.;OPOS=113089267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:120:1:1:119:119:0.991667:56:63:0:1:56:63:0:1 chr2 113090047 . T C 1537.73 PASS AF=1;AO=95;DP=100;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280182;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.068;QD=62.7645;RBI=0.0367396;REFB=-0.0945118;REVB=0.023765;RO=2;SAF=40;SAR=55;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169298;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00227907;OID=.;OPOS=113090047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:100:98:2:0:95:98:1:55:40:0:2:57:41:0:0 chr2 113091685 . T G 1244.52 PASS AF=0.965116;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0919314;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5076;QD=57.8846;RBI=0.0921475;REFB=0.0389335;REVB=0.00630622;RO=2;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236664;STB=0.518514;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.000942754;OID=.;OPOS=113091685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:86:86:2:3:83:83:0.965116:39:44:0:2:39:44:0:3 chr2 113289032 . A G 198.43 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=-0.0210766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4878;QD=13.2285;RBI=0.0331209;REFB=0.0268144;REVB=-0.0255494;RO=35;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184658;STB=0.593676;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.0258227;OID=.;OPOS=113289032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:36:24:24:0.4:13:11:10:25:13:11:11:25 chr2 113308516 . T A 1013.26 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00697313;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0608;QD=59.6034;RBI=0.025361;REFB=0;REVB=0.0243835;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000920133;OID=.;OPOS=113308516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr2 113309473 . C T 822.65 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199961;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.608;QD=57.7297;RBI=0.0218643;REFB=0;REVB=0.00884339;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142977;OID=.;OPOS=113309473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr2 113344047 . T C 306.29 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0757;QD=53.267;RBI=0.00727466;REFB=0;REVB=-0.00727466;RO=0;SAF=0;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.55376e-05;OID=.;OPOS=113344047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:23:0:0:0:23:0:0:0 chr2 113346413 . C G 627.23 PASS AF=0.710526;AO=53;DP=75;FAO=54;FDP=76;FR=.;FRO=22;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0464483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.78;QD=33.0119;RBI=0.0481022;REFB=-0.0128956;REVB=-0.012505;RO=22;SAF=30;SAR=23;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137853;STB=0.504988;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00694277;OID=.;OPOS=113346413;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:22:22:53:54:0.710526:23:30:13:9:23:31:13:9 chr2 113404708 . G A 342.98 PASS AF=0.74359;AO=28;DP=39;FAO=29;FDP=39;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0158801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2894;QD=35.1776;RBI=0.0865679;REFB=-0.00946419;REVB=0.0850989;RO=10;SAF=12;SAR=16;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131079;STB=0.573661;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00560434;OID=.;OPOS=113404708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:39:39:10:10:28:29:0.74359:16:12:7:3:17:12:7:3 chr2 113479614 . G A 228.47 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0159048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.67;QD=13.8467;RBI=0.0397625;REFB=-0.0124975;REVB=0.036443;RO=34;SAF=10;SAR=17;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149988;STB=0.523734;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0172423;OID=.;OPOS=113479614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:39:27:27:0.409091:17:10:8:26:17:10:13:26 chr2 113482779 . A C 410.54 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00239236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5645;QD=56.6262;RBI=0.0635652;REFB=0;REVB=-0.0635202;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000730669;OID=.;OPOS=113482779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr2 113483037 . A T 466.12 PASS AF=0.594595;AO=44;DP=74;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00179959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6864;QD=25.1954;RBI=0.0111724;REFB=0.000724121;REVB=-0.0110265;RO=29;SAF=25;SAR=19;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.087564;STB=0.554846;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.00191961;OID=.;OPOS=113483037;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:29:30:44:44:0.594595:19:25:13:16:19:25:13:17 chr2 113484319 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00359313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.735;QD=53.9112;RBI=0.0123691;REFB=0;REVB=0.0118357;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53045e-05;OID=.;OPOS=113484319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr2 113513825 . T C 1193.77 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000889621;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7013;QD=61.219;RBI=0.0172783;REFB=0;REVB=0.0172554;RO=0;SAF=48;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22596e-05;OID=.;OPOS=113513825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:30:48:0:0:30:48:0:0 chr2 113537223 . C A 729.83 PASS AF=0.607143;AO=68;DP=113;FAO=68;FDP=112;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0102359;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.492;QD=26.0652;RBI=0.0131622;REFB=-0.0102962;REVB=0.00827475;RO=44;SAF=30;SAR=38;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978753;STB=0.505318;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00501215;OID=.;OPOS=113537223;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:112:44:44:68:68:0.607143:38:30:20:24:38:30:20:24 chr2 113671378 . G T 98.42 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0554548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9105;QD=7.7191;RBI=0.0606975;REFB=0.001742;REVB=0.024677;RO=37;SAF=6;SAR=7;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126468;STB=0.586695;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00262791;OID=.;OPOS=113671378;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:37:38:13:13:0.254902:7:6:21:16:7:6:22:16 chr2 113671410 . A G 56.98 PASS AF=0.230769;AO=8;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0460662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.746;QD=5.84432;RBI=0.0463032;REFB=0.00124653;REVB=0.00467829;RO=28;SAF=3;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191881;STB=0.593016;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.00837321;OID=.;OPOS=113671410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:39:39:28:30:8:9:0.230769:5:3:15:13:5:4:17:13 chr2 113763574 . CA C,CG 1120.17 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=17,55;DP=76;FAO=4,72;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=1,32;FSAR=3,40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375311,0.0435197;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=120.647,128.115;QD=58.9562;RBI=0.0385112,0.0497534;REFB=0,0;REVB=0.00863336,0.0241131;RO=0;SAF=7,25;SAR=10,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0342009,0.0120652;OID=.,.;OPOS=113763575,113763575;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0526316,0.947368:17,55:76:4,72:76:0:1,32:3,40:0:0:8:0:7,25:10,30:0:0 chr2 113764287 . C T 627.83 PASS AF=0.568807;AO=60;DP=111;FAO=62;FDP=109;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=10;FSRR=37;FWDB=-7.09141e-05;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3331;QD=23.0396;RBI=0.00454454;REFB=-0.0250005;REVB=-0.00454398;RO=43;SAF=20;SAR=40;SRF=9;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11154;STB=0.569582;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0194019;OID=.;OPOS=113764287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:43:47:60:62:0.568807:40:20:9:34:40:22:10:37 chr2 113789316 . C T 713.48 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247319;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.869;QD=57.0787;RBI=0.0254306;REFB=0;REVB=0.00592005;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000203062;OID=.;OPOS=113789316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr2 113819725 . A G 120.26 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=71;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0777993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2771;QD=6.77502;RBI=0.0796494;REFB=-0.0117779;REVB=-0.0170672;RO=53;SAF=10;SAR=8;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170097;STB=0.603602;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0433135;OID=.;OPOS=113819725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:53:53:18:18:0.253521:8:10:22:31:8:10:22:31 chr2 113831945 . T C 561.25 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156007;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.469;QD=60.6751;RBI=0.0273646;REFB=0;REVB=0.022482;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224613;OID=.;OPOS=113831945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:20:16:0:0:21:16:0:0 chr2 113832333 . C A 1661.46 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=113;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0255369;FXX=0.0427314;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.639;QD=59.3378;RBI=0.0394883;REFB=-0.0840789;REVB=0.0301196;RO=1;SAF=62;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00759585;STB=0.503936;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00079868;OID=.;OPOS=113832333;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:112:1:1:110:111:0.991071:48:62:1:0:48:63:1:0 chr2 113890304 . T C 631.04 PASS AF=0.639535;AO=55;DP=86;FAO=55;FDP=86;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00456293;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.367;QD=29.3506;RBI=0.0147407;REFB=-0.0138374;REVB=0.0140167;RO=30;SAF=22;SAR=33;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667403;STB=0.531089;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00877809;OID=.;OPOS=113890304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:30:31:55:55:0.639535:33:22:15:15:33:22:15:16 chr2 113940681 . T C 72.77 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0170966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5298;QD=10.3962;RBI=0.0384955;REFB=-0.0203614;REVB=-0.0344907;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0284154;OID=.;OPOS=113940681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:28:28:18:18:10:10:0.357143:5:5:9:9:5:5:9:9 chr2 113940839 . G C 88.21 PASS AF=0.222222;AO=14;DP=63;FAO=14;FDP=63;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00629417;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=302.159;QD=5.6008;RBI=0.0109063;REFB=-0.000939122;REVB=0.00890681;RO=49;SAF=9;SAR=5;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166734;STB=0.605415;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00376284;OID=.;OPOS=113940839;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:63:63:49:49:14:14:0.222222:5:9:25:24:5:9:25:24 chr2 113943470 . A G 74.25 PASS AF=0.323529;AO=9;DP=32;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0129098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.294;QD=8.73497;RBI=0.0719329;REFB=-0.0102218;REVB=-0.0707649;RO=23;SAF=7;SAR=2;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123245;STB=0.5443;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0196345;OID=.;OPOS=113943470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:32:34:23:23:9:11:0.323529:2:7:16:7:4:7:16:7 chr2 113955074 . G A 1266.13 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.309;QD=61.7627;RBI=0.0381166;REFB=0;REVB=0.0324597;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96986e-05;OID=.;OPOS=113955074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:35:45:0:0:37:45:0:0 chr2 113956371 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00940097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.728;QD=35.5759;RBI=0.0253456;REFB=0;REVB=-0.0235376;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00019311;OID=.;OPOS=113956371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr2 114035923 . A G 314.03 PASS AF=0.658537;AO=26;DP=39;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00685933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.724;QD=30.6372;RBI=0.00834606;REFB=0.000533659;REVB=-0.00475462;RO=13;SAF=11;SAR=15;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238032;STB=0.507457;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=-0.000359407;OID=.;OPOS=114035923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:13:14:26:27:0.658537:15:11:6:7:16:11:6:8 chr2 114220055 . T C 3276.21 PASS AF=0.917695;AO=219;DP=239;FAO=223;FDP=243;FR=.;FRO=20;FSAF=116;FSAR=107;FSRF=18;FSRR=2;FWDB=0.0213988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.113;QD=53.9295;RBI=0.0605946;REFB=-0.0659527;REVB=0.0566903;RO=19;SAF=116;SAR=103;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0557537;STB=0.531389;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0108;OID=.;OPOS=114220055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:239:243:19:20:219:223:0.917695:103:116:17:2:107:116:18:2 chr2 114220056 . T A 36.29 PASS AF=0.0688259;AO=17;DP=247;FAO=17;FDP=247;FR=.;FRO=230;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=118;FSRR=112;FWDB=-0.000704654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.878;QD=0.587647;RBI=0.0444038;REFB=-0.00166236;REVB=-0.0443982;RO=227;SAF=15;SAR=2;SRF=117;SRR=110;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418019;STB=0.864931;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.123406;OID=.;OPOS=114220056;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:247:247:227:230:17:17:0.0688259:2:15:117:110:2:15:118:112 chr2 114256840 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.7519;QD=47.8214;RBI=0.0320847;REFB=0;REVB=-0.0241912;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111904;OID=.;OPOS=114256840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr2 114256859 . C T 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.222447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0978;QD=35.5741;RBI=0.225598;REFB=0;REVB=-0.0375689;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0153636;OID=.;OPOS=114256859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr2 114391721 . T C 1362.01 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274018;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.98;QD=61.2139;RBI=0.0276401;REFB=0;REVB=0.00362182;RO=0;SAF=29;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140848;OID=.;OPOS=114391721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:89:0:0:86:89:1:57:29:0:0:60:29:0:0 chr2 114392640 . CG C 67.1 PASS AF=0.301887;AO=13;DP=54;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0769777;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.6576;QD=5.06444;RBI=0.105673;REFB=0.0225231;REVB=0.0723965;RO=35;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741742;STB=0.565957;STBP=0.539;TYPE=del;VARB=-0.0287435;OID=.;OPOS=114392641;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.301887:13:54:16:53:37:8:8:15:22:67:35:6:7:14:21 chr2 114392716 . C T 727.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00330912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.164;QD=63.2831;RBI=0.0141156;REFB=0;REVB=0.0137222;RO=0;SAF=13;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18383e-05;OID=.;OPOS=114392716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:33:13:0:0:33:13:0:0 chr2 116099725 . A T 741.86 PASS AF=0.981818;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00490009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9209;QD=53.9531;RBI=0.0457031;REFB=-0.117582;REVB=-0.0454396;RO=1;SAF=37;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125628;STB=0.506327;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00977067;OID=.;OPOS=116099725;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:55:1:1:52:54:0.981818:15:37:1:0:15:39:1:0 chr2 116510817 . G C 2236.04 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.705;QD=63.4338;RBI=0.0198132;REFB=0;REVB=0.00987017;RO=0;SAF=68;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30205e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95484e-05;OID=.;OPOS=116510817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:141:0:0:140:141:1:72:68:0:0:72:69:0:0 chr2 116525960 . G A 1568.46 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.925;QD=64.0188;RBI=0.0146866;REFB=0;REVB=0.0105942;RO=0;SAF=50;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.35849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68698e-05;OID=.;OPOS=116525960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:48:50:0:0:48:50:0:0 chr2 116600388 . A G 579.62 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116478;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.178;QD=61.0126;RBI=0.123008;REFB=0;REVB=0.0395447;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124493;OID=.;OPOS=116600388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr2 118583940 . C T 1331.15 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=88;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0530506;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.982;QD=61.2024;RBI=0.0532521;REFB=-0.0445718;REVB=0.00462758;RO=1;SAF=27;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172199;STB=0.50877;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=6.19246e-05;OID=.;OPOS=118583940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:87:1:1:85:86:0.988506:58:27:1:0:58:28:1:0 chr2 118589808 . C T 223.47 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.434;QD=49.6609;RBI=0.0200538;REFB=0;REVB=-0.00322263;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112622;OID=.;OPOS=118589808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:9:8:0:0:10:8:0:0 chr2 118731573 . G A 486.45 PASS AF=0.763636;AO=42;DP=55;FAO=42;FDP=55;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.000852927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.849;QD=35.3784;RBI=0.00137411;REFB=0.0165554;REVB=0.00107735;RO=13;SAF=19;SAR=23;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300744;STB=0.516206;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-0.00505122;OID=.;OPOS=118731573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:55:55:13:13:42:42:0.763636:23:19:5:8:23:19:5:8 chr2 118774025 . C T 205.7 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0144829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.763;QD=31.6468;RBI=0.0561632;REFB=-0.0853859;REVB=-0.0542637;RO=7;SAF=7;SAR=12;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10313;STB=0.556901;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0160927;OID=.;OPOS=118774025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:19:19:0.730769:12:7:4:3:12:7:4:3 chr2 118774082 . T C 736.7 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00742951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.173;QD=61.3918;RBI=0.022702;REFB=-0.0392034;REVB=0.0214519;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000745571;OID=.;OPOS=118774082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:47:48:0:0:46:48:1:26:20:0:0:28:20:0:0 chr2 118774178 . G C 723.43 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.068643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9032;QD=59.0557;RBI=0.0713195;REFB=-0.150288;REVB=0.0193548;RO=2;SAF=21;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426994;STB=0.522718;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00499741;OID=.;OPOS=118774178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:49:2:2:47:47:0.959184:26:21:2:0:26:21:2:0 chr2 118866000 . G C 231.43 PASS AF=0.594595;AO=20;DP=38;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0021291;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.358;QD=25.0195;RBI=0.0290772;REFB=-0.00378339;REVB=-0.0289991;RO=13;SAF=14;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335496;STB=0.669819;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00219544;OID=.;OPOS=118866000;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:13:15:20:22:0.594595:6:14:3:10:7:15:4:11 chr2 119603946 . C T 129.28 PASS AF=0.2;AO=22;DP=110;FAO=22;FDP=110;FR=.;FRO=88;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=-0.0123596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1517;QD=4.70113;RBI=0.0359817;REFB=-0.0103674;REVB=-0.0337923;RO=88;SAF=10;SAR=12;SRF=47;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100437;STB=0.563369;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0384539;OID=.;OPOS=119603946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:88:88:22:22:0.2:12:10:47:41:12:10:47:41 chr2 119915249 . T C 491.49 PASS AF=0.589744;AO=46;DP=78;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.000862415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.749;QD=25.2045;RBI=0.00572186;REFB=-0.0095336;REVB=-0.0056565;RO=31;SAF=17;SAR=29;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116764;STB=0.511427;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00689773;OID=.;OPOS=119915249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:31:32:46:46:0.589744:29:17:11:20:29:17:11:21 chr2 119927405 . G C 80.54 PASS AF=0.526316;AO=9;DP=18;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0279516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.272;QD=16.9559;RBI=0.0338399;REFB=-0.00996133;REVB=0.0190747;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112036;STB=0.590739;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0128343;OID=.;OPOS=119927405;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:9:9:9:10:0.526316:6:3:2:7:6:4:2:7 chr2 119927411 . G T 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0461632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5825;QD=19.9279;RBI=0.0704642;REFB=-0.0585802;REVB=0.0532369;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209806;STB=0.61886;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0372095;OID=.;OPOS=119927411;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:6:6:2:7:6:6:2:7 chr2 119988565 . G A 184.63 PASS AF=0.25;AO=28;DP=112;FAO=28;FDP=112;FR=.;FRO=84;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=52;FSRR=32;FWDB=-0.0141222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.666;QD=6.59405;RBI=0.0179281;REFB=-0.0116286;REVB=0.0110445;RO=83;SAF=18;SAR=10;SRF=51;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376731;STB=0.519217;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0411212;OID=.;OPOS=119988565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:83:84:28:28:0.25:10:18:51:32:10:18:52:32 chr2 120021785 . T C 1153.58 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00675477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5936;QD=60.7146;RBI=0.0171826;REFB=0;REVB=0.0157992;RO=0;SAF=24;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.16397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.11416e-05;OID=.;OPOS=120021785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:52:24:0:0:52:24:0:0 chr2 120060082 . T C 99.22 PASS AF=0.245902;AO=16;DP=60;FAO=15;FDP=61;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.0472742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4105;QD=6.5062;RBI=0.0480432;REFB=0.00595375;REVB=0.00856161;RO=44;SAF=7;SAR=9;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631969;STB=0.557447;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.018952;OID=.;OPOS=120060082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:44:46:16:15:0.245902:9:7:17:27:8:7:18:28 chr2 120078778 . T C 308.39 PASS AF=0.216102;AO=51;DP=237;FAO=51;FDP=236;FR=.;FRO=185;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=102;FSRR=83;FWDB=-0.010379;FXX=0.00421923;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.094;QD=5.2269;RBI=0.0149851;REFB=-0.010113;REVB=0.0108087;RO=183;SAF=24;SAR=27;SRF=101;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103616;STB=0.563034;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0263803;OID=.;OPOS=120078778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:236:183:185:51:51:0.216102:27:24:101:82:27:24:102:83 chr2 120125029 . A G 316.25 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00506285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.662;QD=52.7091;RBI=0.054623;REFB=0;REVB=0.0543878;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222733;OID=.;OPOS=120125029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr2 120194651 . A AGTGTGC 928.24 PASS AF=1;AO=60;DP=78;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00574127;FXX=0.0869439;HRUN=0;LEN=6;MLLD=310.161;QD=58.9361;RBI=0.00601896;REFB=0;REVB=-0.00180715;RO=11;SAF=8;SAR=52;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318244;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000207175;OID=.;OPOS=120194652;OREF=-;OALT=GTGTGC;OMAPALT=AGTGTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:78:63:63:0:10:53:0:0:5:11:8:52:9:2 chr2 120199140 . A G 340.7 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.245;QD=54.5123;RBI=0.0260304;REFB=0;REVB=-0.00957882;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.85311e-05;OID=.;OPOS=120199140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr2 120303820 . A T 683.39 PASS AF=0.9375;AO=45;DP=50;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0276824;FXX=0.039992;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.342;QD=56.9487;RBI=0.0360611;REFB=0.0174113;REVB=-0.0231103;RO=3;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551974;STB=0.529399;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.000565032;OID=.;OPOS=120303820;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:50:48:3:3:45:45:0.9375:24:21:0:3:24:21:0:3 chr2 120369300 . T C 810.69 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.255;QD=56.8908;RBI=0.0182635;REFB=0;REVB=0.00351275;RO=0;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80244e-05;OID=.;OPOS=120369300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:57:57:1:38:19:0:0:38:19:0:0 chr2 120388412 . G A 1377.39 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.132;QD=62.6085;RBI=0.0408581;REFB=0;REVB=-0.0289097;RO=0;SAF=52;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021137;OID=.;OPOS=120388412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:35:52:0:0:36:52:0:0 chr2 120438523 . A G 1047.94 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00999154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.559;QD=58.2189;RBI=0.0169814;REFB=-0.0790342;REVB=0.0137309;RO=1;SAF=46;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101703;STB=0.505375;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00191903;OID=.;OPOS=120438523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:25:46:1:0:25:46:1:0 chr2 120438696 . A G 731.43 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480511;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8591;QD=63.6029;RBI=0.0553478;REFB=0;REVB=0.0274678;RO=0;SAF=31;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000662918;OID=.;OPOS=120438696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:15:31:0:0:15:31:0:0 chr2 120439230 . C G 689.63 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1205;QD=61.3007;RBI=0.0229781;REFB=0;REVB=0.018698;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.45518e-05;OID=.;OPOS=120439230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:23:21:0:0:24:21:0:0 chr2 120439459 . C A 558.12 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.287;QD=60.3376;RBI=0.0463273;REFB=0;REVB=0.0339599;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.93385e-06;OID=.;OPOS=120439459;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:22:13:0:0:24:13:0:0 chr2 120704166 . G T 533.74 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.438;QD=59.3039;RBI=0.026138;REFB=0;REVB=0.00566942;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011503;OID=.;OPOS=120704166;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:24:11:0:0:24:12:0:0 chr2 120830815 . A G 250.76 PASS AF=0.916667;AO=20;DP=22;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0754998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.7;QD=41.7939;RBI=0.0784237;REFB=0.0192265;REVB=0.0212146;RO=2;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152413;STB=0.562441;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00184433;OID=.;OPOS=120830815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:22:24:2:2:20:22:0.916667:5:15:0:2:7:15:0:2 chr2 120885310 . G A 937.56 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.115;QD=58.5972;RBI=0.0302475;REFB=0;REVB=0.0096287;RO=0;SAF=41;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22853e-05;OID=.;OPOS=120885310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:23:41:0:0:23:41:0:0 chr2 120980428 . G C 781.01 PASS AF=0.935484;AO=58;DP=62;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0195293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7061;QD=50.3878;RBI=0.0525728;REFB=-0.021721;REVB=0.0488109;RO=3;SAF=29;SAR=29;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154418;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0170532;OID=.;OPOS=120980428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:62:62:3:4:58:58:0.935484:29:29:2:1:29:29:2:2 chr2 121106850 . C T 1519.45 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439192;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.905;QD=63.977;RBI=0.0439213;REFB=0;REVB=-0.000431728;RO=0;SAF=39;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95578e-05;OID=.;OPOS=121106850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:94:95:1:55:39:0:0:56:39:0:0 chr2 121223274 . C T 600.16 PASS AF=0.586957;AO=54;DP=92;FAO=54;FDP=92;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.012076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6762;QD=26.0939;RBI=0.014192;REFB=-0.0206342;REVB=0.00745546;RO=37;SAF=30;SAR=24;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718341;STB=0.533968;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.020201;OID=.;OPOS=121223274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:37:38:54:54:0.586957:24:30:17:20:24:30:18:20 chr2 121726447 . G A 540.23 PASS AF=0.974359;AO=36;DP=38;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0992852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.533;QD=55.4083;RBI=0.114971;REFB=-0.0702767;REVB=0.0579727;RO=2;SAF=11;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223173;STB=0.509429;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00447881;OID=.;OPOS=121726447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:38:39:2:1:36:38:0.974359:25:11:1:1:26:12:0:1 chr2 121948239 . A C 59.9 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00721288;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=110.907;QD=34.2303;RBI=0.0376133;REFB=0;REVB=0.0369152;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00087631;OID=.;OPOS=121948239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:4:2:0:0:5:2:0:0 chr2 121948262 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.708;QD=45.8068;RBI=0.034186;REFB=0;REVB=0.0299989;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.68562e-05;OID=.;OPOS=121948262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr2 121980405 . TC T 125.4 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0490392;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.6438;QD=11.9431;RBI=0.0932341;REFB=-0.0250921;REVB=-0.0792954;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211944;STB=0.620226;STBP=0.169;TYPE=del;VARB=0.0233531;OID=.;OPOS=121980406;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.452381:19:43:19:42:23:9:10:16:7:99:23:9:10:16:7 chr2 121989489 . G A 721.17 PASS AF=0.591304;AO=67;DP=114;FAO=68;FDP=115;FR=.;FRO=47;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0327579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5933;QD=25.084;RBI=0.0335811;REFB=-0.00911827;REVB=-0.00738995;RO=47;SAF=35;SAR=32;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00722757;STB=0.501026;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00545981;OID=.;OPOS=121989489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:47:47:67:68:0.591304:32:35:25:22:32:36:25:22 chr2 122096257 . C T 255.87 PASS AF=0.319588;AO=30;DP=98;FAO=31;FDP=97;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0150978;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.453;QD=10.5514;RBI=0.0150984;REFB=-0.0196082;REVB=0.000142147;RO=68;SAF=13;SAR=17;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962919;STB=0.575567;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0451441;OID=.;OPOS=122096257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:68:66:30:31:0.319588:17:13:35:33:18:13:35:31 chr2 122098360 . G A 288.36 PASS AF=0.34;AO=34;DP=100;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.0010328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.243;QD=11.5346;RBI=0.0132451;REFB=-0.00415022;REVB=-0.0132047;RO=66;SAF=19;SAR=15;SRF=37;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00206186;STB=0.501193;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00575566;OID=.;OPOS=122098360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:66:66:34:34:0.34:15:19:37:29:15:19:37:29 chr2 122125400 . C T 157.48 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0476371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.589;QD=25.1969;RBI=0.0479396;REFB=-0.0196731;REVB=-0.00537698;RO=6;SAF=5;SAR=11;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867463;STB=0.538875;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0230017;OID=.;OPOS=122125400;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:6:9:16:16:0.64:11:5:1:5:11:5:2:7 chr2 122139850 . AAG A 105.6 PASS AF=0.548387;AO=13;DP=39;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00575382;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=22.6382;QD=13.6254;RBI=0.208693;REFB=-0.130295;REVB=0.208613;RO=25;SAF=2;SAR=11;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355057;STB=0.746344;STBP=0.008;TYPE=del;VARB=0.109182;OID=.;OPOS=122139851;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.548387:13:39:17:31:14:3:14:9:5:79:25:2:11:10:15 chr2 122168473 . G A 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0408571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0196;QD=16.1188;RBI=0.042986;REFB=0.0125447;REVB=-0.0133602;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109955;STB=0.563652;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=-0.012338;OID=.;OPOS=122168473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:7:5:7:6:7:5:7:6 chr2 122216419 . A G 535.5 PASS AF=0.568182;AO=50;DP=88;FAO=50;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.000957291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2432;QD=24.3409;RBI=0.0368916;REFB=0.0279713;REVB=0.0368792;RO=38;SAF=29;SAR=21;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205073;STB=0.511231;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.0194953;OID=.;OPOS=122216419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:38:38:50:50:0.568182:21:29:23:15:21:29:23:15 chr2 122409207 . A G 911.77 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0457144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.977;QD=55.2589;RBI=0.0458154;REFB=0.00318572;REVB=-0.00303996;RO=2;SAF=36;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255165;STB=0.513509;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=2.31183e-05;OID=.;OPOS=122409207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:28:36:2:0:28:36:2:0 chr2 122484976 . G A 201.91 PASS AF=0.342466;AO=24;DP=74;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00581702;FXX=0.0519413;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8406;QD=11.0635;RBI=0.0114304;REFB=0.00164879;REVB=0.0098395;RO=46;SAF=12;SAR=12;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245037;STB=0.513147;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.000511788;OID=.;OPOS=122484976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:46:48:24:25:0.342466:12:12:24:22:12:13:24:24 chr2 125192068 . T C 138.74 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0010755;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.506;QD=8.95082;RBI=0.00306201;REFB=-0.007511;REVB=-0.00286692;RO=43;SAF=11;SAR=8;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247314;STB=0.514716;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0195767;OID=.;OPOS=125192068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:43:43:19:19:0.306452:8:11:24:19:8:11:24:19 chr2 125746817 . A G 382.39 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00441973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5402;QD=52.7434;RBI=0.023746;REFB=-0.139116;REVB=0.023331;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.526297;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0046215;OID=.;OPOS=125746817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:19:9:0:0:19:9:1:0 chr2 127453664 . A C 77.75 PASS AF=0.23913;AO=3;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0983841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.6009;QD=6.7609;RBI=0.0987884;REFB=-0.032609;REVB=-0.00892843;RO=29;SAF=2;SAR=1;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224464;STB=0.705461;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0925163;OID=.;OPOS=127453664;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:46:46:29:35:3:11:0.23913:1:2:13:16:9:2:14:21 chr2 127816632 . G A 183.21 PASS AF=0.941176;AO=13;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00725346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5258;QD=43.1079;RBI=0.0879562;REFB=-0.0832437;REVB=0.0876566;RO=1;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695995;STB=0.529375;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00677944;OID=.;OPOS=127816632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:13:16:0.941176:6:7:0:1:8:8:0:1 chr2 127826533 . A G 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00375682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.695;QD=23.3813;RBI=0.00499682;REFB=-0.0139374;REVB=0.00329462;RO=14;SAF=6;SAR=13;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266819;STB=0.51491;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00693139;OID=.;OPOS=127826533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:13:6:4:10:13:6:4:10 chr2 128065066 . CTTTTTTTA ACTTTTTTA,CTTTTTTA,CTTTTTTAT,TCTTTTTTA 117.1 PASS AF=0,0.383838,0,0;AO=5,35,5,4;DP=108;FAO=0,38,0,0;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=0,16,0,0;FSAR=0,22,0,0;FSRF=15;FSRR=46;FWDB=-0.0337146,-0.261891,-0.23309,-0.0186541;FXX=0.0833256;HRUN=1,7,7,1;LEN=2,1,2,2;MLLD=110.791,8.9355,17.9023,23.8441;QD=4.7314;RBI=0.0367679,0.261923,0.23309,0.0453043;REFB=-0.010218,-0.111578,-0.0501989,-0.0510476;REVB=-0.0146699,0.00405496,0.000144565,-0.0412856;RO=42;SAF=0,19,3,0;SAR=5,16,2,4;SRF=7;SRR=35;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.500459,0.360647,0.513646,-0.449758;STB=0.5,0.614634,0.5,0.5;STBP=1,0.11,1,1;TYPE=mnp,del,mnp,mnp;VARB=0,0.0842517,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=128065066,128065067,128065073,128065066;OREF=CT,T,TA,CT;OALT=AC,-,AT,TC;OMAPALT=ACTTTTTTA,CTTTTTTA,CTTTTTTAT,TCTTTTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:108:99:42:61:5,35,5,4:0,38,0,0:0,0.383838,0,0:5,16,2,4:0,19,3,0:7:35:0,22,0,0:0,16,0,0:15:46 chr2 128065075 . TAAAAAAG TAAAAAG,TAAAAAGA,TTAAAAAG 155.86 PASS AF=0.444444,0,0.00925926;AO=28,11,5;DP=112;FAO=48,0,1;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=14,0,0;FSAR=34,0,1;FSRF=13;FSRR=46;FWDB=0.0108657,-0.16051,-0.0636309;FXX=0.052627;HRUN=6,6,6;LEN=1,2,1;MLLD=9.73655,13.0962,18.596;QD=5.77249;RBI=0.0225901,0.162702,0.0642996;REFB=-0.0625399,-0.0610917,-0.0172139;REVB=0.0198052,-0.0266216,0.00924974;RO=43;SAF=6,6,2;SAR=22,5,3;SRF=7;SRR=36;SSEN=0,0,0;SSEP=0.456311,0,0;SSSB=0.0861516,0.48236,0.343306;STB=0.549539,0.5,0.984782;STBP=0.431,1,0.535;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0777955,-0.0538254,-0.061152;OID=.,.,.;OPOS=128065076,128065081,128065076;OREF=A,AG,A;OALT=-,GA,T;OMAPALT=TAAAAAG,TAAAAAGA,TTAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444,0,0.00925926:28,11,5:112:48,0,1:108:59:14,0,0:34,0,1:13:46:99:43:6,6,2:22,5,3:7:36 chr2 128176040 . A T 313.75 PASS AF=0.515625;AO=32;DP=63;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00729292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6455;QD=19.6091;RBI=0.0268502;REFB=0.0202284;REVB=-0.0258408;RO=31;SAF=14;SAR=18;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163169;STB=0.502423;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.0141023;OID=.;OPOS=128176040;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:31:31:32:33:0.515625:18:14:13:18:19:14:13:18 chr2 128180872 . G T 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0108561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.401;QD=7.46433;RBI=0.034214;REFB=-0.0262756;REVB=0.032446;RO=17;SAF=6;SAR=1;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.070928;STB=0.545316;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0328094;OID=.;OPOS=128180872;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:1:6:14:3:1:6:14:3 chr2 128229855 . G T 313.7 PASS AF=0.658537;AO=26;DP=40;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0355377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6199;QD=30.605;RBI=0.038251;REFB=-0.0124871;REVB=-0.0141495;RO=13;SAF=12;SAR=14;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948287;STB=0.555515;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.015303;OID=.;OPOS=128229855;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:13:14:26:27:0.658537:14:12:4:9:15:12:4:10 chr2 128238675 . CTTTTTTT CTTTTTT,CTTTTTTC,TCTTTTTT 190.21 PASS AF=0.342105,0.223684,0.0263158;AO=22,17,4;DP=74;FAO=26,17,2;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=10,17,2;FSAR=16,0,0;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0692814,0.0583469,0.0029783;FXX=0;HRUN=7,7,1;LEN=1,1,2;MLLD=7.44764,23.036,77.5891;QD=10.011;RBI=0.0875187,0.0787092,0.0782567;REFB=-0.209269,-0.126373,-0.0152819;REVB=-0.0534753,-0.0528277,-0.0782;RO=26;SAF=7,16,4;SAR=15,1,0;SRF=20;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.414552,0.421745,0.538451;STB=0.623561,0.999117,0.993703;STBP=0.112,0.002,0.217;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.172654,0.0854004,0.0107456;OID=.,.,.;OPOS=128238676,128238682,128238675;OREF=T,T,CT;OALT=-,C,TC;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTC,TCTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:74:76:26:31:22,17,4:26,17,2:0.342105,0.223684,0.0263158:15,1,0:7,16,4:20:6:16,0,0:10,17,2:19:12 chr2 128321770 . G A 250.81 PASS AF=0.313131;AO=31;DP=99;FAO=31;FDP=99;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=-0.0184596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.259;QD=10.1339;RBI=0.0277881;REFB=-0.00802894;REVB=0.0207707;RO=68;SAF=13;SAR=18;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16291;STB=0.59527;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0171993;OID=.;OPOS=128321770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:68:68:31:31:0.313131:18:13:38:30:18:13:38:30 chr2 128390835 . CGGGGC CGGG,CGGGC 379.73 PASS AF=0,1;AO=8,24;DP=39;FAO=0,41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=0,29;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.050054,0.191557;FXX=0.0238039;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=7.50019,13.5917;QD=37.0466;RBI=0.0825708,0.210473;REFB=0,0;REVB=-0.0656699,0.0872057;RO=4;SAF=6,17;SAR=2,7;SRF=4;SRR=0;SSEN=0.418605,0.418605;SSEP=0,0;SSSB=-0.220925,-0.0973868;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0392959,0.00802763;OID=.,.;OPOS=128390839,128390836;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=CGGG,CGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:8,24:39:0,41:41:0:0,29:0,12:0:0:8:4:6,17:2,7:4:0 chr2 128393800 . T C 196.28 PASS AF=0.21831;AO=31;DP=142;FAO=31;FDP=142;FR=.;FRO=111;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=50;FSRR=61;FWDB=-0.0379895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.924;QD=5.52896;RBI=0.0402672;REFB=-0.00803442;REVB=-0.013351;RO=108;SAF=8;SAR=23;SRF=48;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256885;STB=0.664892;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0377732;OID=.;OPOS=128393800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:108:111:31:31:0.21831:23:8:48:60:23:8:50:61 chr2 128394758 . T C 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.030621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.865;QD=7.03162;RBI=0.0309874;REFB=-0.00269106;REVB=0.00475088;RO=25;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389267;STB=0.7495;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0115621;OID=.;OPOS=128394758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:35:25:26:9:9:0.257143:3:6:8:17:3:6:8:18 chr2 128394877 . C T 164.63 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00555397;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=206.329;QD=13.4391;RBI=0.00569597;REFB=-0.00326107;REVB=-0.00126392;RO=31;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269499;STB=0.657358;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00843593;OID=.;OPOS=128394877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:6:12:13:18:6:12:13:18 chr2 128394955 . A G 72.08 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0829765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0572;QD=8.47944;RBI=0.0829798;REFB=-0.0354394;REVB=0.000738188;RO=23;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259722;STB=0.674342;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0655541;OID=.;OPOS=128394955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:23:24:10:10:0.294118:3:7:11:12:3:7:11:13 chr2 128396037 . C CAACA 65.41 PASS AF=0.2;AO=9;DP=62;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0386594;FXX=0.0350816;HRUN=2;LEN=4;MLLD=211.471;QD=4.75679;RBI=0.0387513;REFB=-0.00668757;REVB=-0.00266834;RO=50;SAF=3;SAR=6;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619243;STB=0.564583;STBP=0.694;TYPE=ins;VARB=0.0281695;OID=.;OPOS=128396038;OREF=-;OALT=AACA;OMAPALT=CAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:9:62:11:55:44:3:8:15:29:65:50:3:6:19:31 chr2 128400608 . C T 219.33 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.014139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.6675;QD=20.4031;RBI=0.0185293;REFB=-0.0788917;REVB=-0.011976;RO=21;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223253;STB=0.624891;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0513148;OID=.;OPOS=128400608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:12:10:15:6:12:10:15:6 chr2 128401091 . A G 124.15 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0258817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.921;QD=9.93224;RBI=0.0313848;REFB=0.000143578;REVB=-0.0177524;RO=35;SAF=12;SAR=3;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450072;STB=0.772729;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00148337;OID=.;OPOS=128401091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:3:12:15:20:3:12:15:20 chr2 128460708 . GA G 98.56 PASS AF=0.636364;AO=12;DP=23;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.154057;FXX=0.0434594;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.8284;QD=17.9192;RBI=0.287985;REFB=-0.0967984;REVB=0.243314;RO=10;SAF=12;SAR=0;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.842437;STB=0.773743;STBP=0.004;TYPE=del;VARB=0.0875771;OID=.;OPOS=128460709;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:12:23:14:22:8:12:2:2:6:32:10:12:0:2:8 chr2 128460956 . G A 501.84 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.948;QD=59.0397;RBI=0.0552642;REFB=0;REVB=0.0171974;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136574;OID=.;OPOS=128460956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:17:16:0:0:18:16:0:0 chr2 128526579 . T TTAAA 97.33 PASS AF=1;AO=5;DP=49;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589017;FXX=0.249792;HRUN=2;LEN=4;MLLD=157.978;QD=43.2568;RBI=0.0710992;REFB=0;REVB=0.0398206;RO=44;SAF=1;SAR=4;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303391;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00165725;OID=.;OPOS=128526580;OREF=-;OALT=TAAA;OMAPALT=TTAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:49:9:9:0:2:7:0:0:3:44:1:4:20:24 chr2 128608184 . C T 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00328705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7858;QD=13.4418;RBI=0.00748136;REFB=-0.0273278;REVB=-0.00672057;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131181;STB=0.620451;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.044215;OID=.;OPOS=128608184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:11:13:10:10:0.434783:4:6:5:6:4:6:5:8 chr2 128849114 . T C 999.68 PASS AF=0.972222;AO=67;DP=69;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0651813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.004;QD=55.538;RBI=0.0665535;REFB=-0.0857254;REVB=0.0134454;RO=2;SAF=30;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304618;STB=0.515147;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00301281;OID=.;OPOS=128849114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:72:2:2:67:70:0.972222:37:30:2:0:38:32:2:0 chr2 128870808 . T C 984.85 PASS AF=0.971429;AO=67;DP=71;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0232899;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.835;QD=56.2774;RBI=0.0328975;REFB=-0.110025;REVB=0.0232342;RO=2;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262374;STB=0.51351;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.000750481;OID=.;OPOS=128870808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:70:2:2:67:68:0.971429:35:32:0:2:36:32:0:2 chr2 128878010 . T TA 391.92 PASS AF=1;AO=5;DP=50;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.183452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=12.5518;QD=32.6598;RBI=0.183825;REFB=0;REVB=0.01171;RO=45;SAF=4;SAR=1;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.548426;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000346625;OID=.;OPOS=128878011;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:50:48:48:0:14:34:0:0:8:45:4:1:12:33 chr2 128878014 . G A 735.02 PASS AF=0.979167;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00194027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9251;QD=61.2518;RBI=0.0353301;REFB=-0.0751317;REVB=0.0352768;RO=1;SAF=13;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347745;STB=0.518511;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00286863;OID=.;OPOS=128878014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:48:1:1:45:47:0.979167:32:13:1:0:34:13:1:0 chr2 128934400 . T C 852.44 PASS AF=0.983607;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0198055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.386;QD=55.8979;RBI=0.0346187;REFB=-0.0260305;REVB=0.0283936;RO=1;SAF=35;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132888;STB=0.506847;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000145303;OID=.;OPOS=128934400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:61:1:1:58:60:0.983607:23:35:1:0:24:36:1:0 chr2 128939817 . G A 707.16 PASS AF=0.530769;AO=66;DP=127;FAO=69;FDP=130;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0273355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1224;QD=21.7588;RBI=0.0485096;REFB=-0.0222395;REVB=0.0400744;RO=60;SAF=36;SAR=30;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395499;STB=0.52777;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.023131;OID=.;OPOS=128939817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:130:60:61:66:69:0.530769:30:36:30:30:31:38:30:31 chr2 129023282 . G C 223.28 PASS AF=0.280488;AO=19;DP=85;FAO=23;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=34;FWDB=-0.118492;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.1519;QD=10.892;RBI=0.118566;REFB=-0.0199384;REVB=0.00417503;RO=30;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.546075;STB=0.713056;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0687932;OID=.;OPOS=129023282;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:82:30:44:19:23:0.280488:10:9:0:30:10:13:10:34 chr2 129075877 . G T 34.58 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00962965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.478;QD=4.46224;RBI=0.0110498;REFB=-0.00866375;REVB=0.00541917;RO=24;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385824;STB=0.782104;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0168729;OID=.;OPOS=129075877;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:31:24:25:6:6:0.193548:5:1:11:13:5:1:12:13 chr2 130738163 . G A 193.62 PASS AF=0.540541;AO=19;DP=36;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00400188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.96;QD=20.9318;RBI=0.00481236;REFB=0.000452083;REVB=-0.00267278;RO=17;SAF=8;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422077;STB=0.5333;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.000337575;OID=.;OPOS=130738163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:17:17:19:20:0.540541:11:8:8:9:12:8:8:9 chr2 130738329 . C A 113.12 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0246472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5519;QD=17.4028;RBI=0.0652539;REFB=0.0184804;REVB=0.0604201;RO=13;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0166993;OID=.;OPOS=130738329;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:6:7:7:6:6:7:7:6 chr2 130739164 . A G 151.89 PASS AF=0.295775;AO=21;DP=71;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0141091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.281;QD=8.55694;RBI=0.0192673;REFB=-0.00252492;REVB=-0.0131211;RO=50;SAF=10;SAR=11;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00451;STB=0.502686;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00572179;OID=.;OPOS=130739164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:50:50:21:21:0.295775:11:10:24:26:11:10:24:26 chr2 130739444 . TGAAGACGGAAGACGGAAGA TGAAGACGGAAGA,TGAAGACGGAAGACGGAAAC 331.37 PASS AF=0.72,0.28;AO=15,7;DP=26;FAO=18,7;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=2,5;FSAR=16,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118641,0.0296939;FXX=0.0384468;HRUN=1,1;LEN=7,2;MLLD=213.726,382.897;QD=53.0191;RBI=0.0394,0.0387523;REFB=0,0;REVB=0.0375713,-0.0249;RO=0;SAF=1,5;SAR=14,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00239526,0.00350075;OID=.,.;OPOS=130739445,130739462;OREF=GAAGACG,GA;OALT=-,AC;OMAPALT=TGAAGACGGAAGA,TGAAGACGGAAGACGGAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.72,0.28:15,7:26:18,7:25:0:2,5:16,2:0:0:45:0:1,5:14,2:0:0 chr2 130739646 . TTAAC T,TT 220.98 PASS AF=1,0;AO=15,2;DP=18;FAO=18,0;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106961,0.0100377;FXX=0;HRUN=3,2;LEN=4,3;MLLD=240.229,225.816;QD=49.1068;RBI=0.0255649,0.0291073;REFB=0,0;REVB=-0.0232197,-0.0273218;RO=0;SAF=8,1;SAR=7,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00184827,0.0703395;OID=.,.;OPOS=130739647,130739648;OREF=TAAC,AAC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:15,2:18:18,0:18:0:9,0:9,0:0:0:4:0:8,1:7,1:0:0 chr2 130739802 . A G 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0113795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.852;QD=8.40177;RBI=0.0293075;REFB=-0.0413935;REVB=-0.0270081;RO=21;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168149;STB=0.604412;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0630813;OID=.;OPOS=130739802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:3:6:11:10:3:6:11:10 chr2 130739891 . T A 535.12 PASS AF=0.701493;AO=43;DP=64;FAO=47;FDP=67;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0197143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.527;QD=31.9473;RBI=0.0212203;REFB=-0.0272579;REVB=0.00785141;RO=20;SAF=22;SAR=21;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140316;STB=0.571672;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00821554;OID=.;OPOS=130739891;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:20:20:43:47:0.701493:21:22:15:5:23:24:15:5 chr2 130740230 . C T 156.65 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0125886;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.479;QD=9.49418;RBI=0.0157209;REFB=-0.00844347;REVB=-0.00941666;RO=45;SAF=14;SAR=7;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562848;STB=0.533301;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0161553;OID=.;OPOS=130740230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:45:45:21:21:0.318182:7:14:28:17:7:14:28:17 chr2 130866805 . C G 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0430868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.726;QD=14.0965;RBI=0.0489627;REFB=-0.0262999;REVB=-0.0232566;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251125;STB=0.643845;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0367975;OID=.;OPOS=130866805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:4:7:12:2:4:7:12:2 chr2 130897218 . T C 153.42 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.00760891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.929;QD=13.9477;RBI=0.0247595;REFB=-0.029866;REVB=0.0235613;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191353;STB=0.625228;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0258695;OID=.;OPOS=130897218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:27:17:17:0.386364:7:10:19:6:7:10:21:6 chr2 130949411 . G T 79.75 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00727505;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.742;QD=39.8765;RBI=0.0340719;REFB=0;REVB=0.0332861;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107292;OID=.;OPOS=130949411;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr2 130951548 . G A 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.881;QD=58.0609;RBI=0.0468234;REFB=0;REVB=0.040242;RO=0;SAF=43;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164302;OID=.;OPOS=130951548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:18:43:0:0:18:43:0:0 chr2 130951566 . G A 868.22 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6265;QD=57.8814;RBI=0.0232852;REFB=0;REVB=-0.0136308;RO=0;SAF=47;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.32855e-05;OID=.;OPOS=130951566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:13:47:0:0:13:47:0:0 chr2 131266530 . C A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0641534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.326;QD=51.9159;RBI=0.0695522;REFB=0;REVB=0.0268674;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000582198;OID=.;OPOS=131266530;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr2 131414176 . C T 270.27 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0427901;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6374;QD=16.3797;RBI=0.130261;REFB=-0.0445461;REVB=-0.123033;RO=36;SAF=17;SAR=13;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19707;STB=0.610706;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0471948;OID=.;OPOS=131414176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:36:30:30:0.454545:13:17:13:23:13:17:13:23 chr2 131487673 . A C 854.12 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00206045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.267;QD=56.0077;RBI=0.0121031;REFB=0.0541388;REVB=0.0119264;RO=1;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171579;STB=0.509088;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.000982088;OID=.;OPOS=131487673;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:27:33:0:1:27:33:0:1 chr2 131520663 . T C 803.32 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.682;QD=64.2658;RBI=0.0320529;REFB=0;REVB=0.026737;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96093e-05;OID=.;OPOS=131520663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:19:29:0:0:19:31:0:0 chr2 131672950 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.185;QD=47.8217;RBI=0.0632888;REFB=0;REVB=0.0382681;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414382;OID=.;OPOS=131672950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr2 131673316 . C T 230.26 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0156411;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.58;QD=46.0515;RBI=0.0319424;REFB=0.157309;REVB=-0.0278509;RO=1;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340907;STB=0.518499;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.00227714;OID=.;OPOS=131673316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:13:6:0:1:13:6:0:1 chr2 131673356 . G A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00414455;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.174;QD=21.1692;RBI=0.02258;REFB=0.014638;REVB=0.0221964;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2378;STB=0.636015;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.00280276;OID=.;OPOS=131673356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:3:4:3:0:3:4:3:0 chr2 131674285 . A G 955.53 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.997;QD=58.8018;RBI=0.0269454;REFB=0;REVB=0.0225785;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130659;OID=.;OPOS=131674285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:33:31:0:0:34:31:0:0 chr2 132044992 . T C 78.38 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184563;FXX=0.110988;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2501;QD=39.1906;RBI=0.080741;REFB=0;REVB=0.0786032;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00291695;OID=.;OPOS=132044992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr2 132137239 . C T 1319.8 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=88;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0016267;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.835;QD=61.386;RBI=0.0213863;REFB=-0.10623;REVB=0.0213243;RO=1;SAF=44;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106442;STB=0.505493;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000137545;OID=.;OPOS=132137239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:86:1:1:84:85:0.988372:40:44:1:0:40:45:1:0 chr2 132140090 . A C 1692.05 PASS AF=0.95082;AO=116;DP=122;FAO=116;FDP=122;FR=.;FRO=6;FSAF=59;FSAR=57;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00828935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.8624;QD=55.4771;RBI=0.0928562;REFB=-0.0366209;REVB=0.0924854;RO=2;SAF=59;SAR=57;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163696;STB=0.500424;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00278809;OID=.;OPOS=132140090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:122:122:2:6:116:116:0.95082:57:59:0:2:57:59:3:3 chr2 132140200 . C A 2174.27 PASS AF=0.972222;AO=140;DP=148;FAO=140;FDP=144;FR=.;FRO=4;FSAF=58;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00288851;FXX=0.0270252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.171;QD=60.3964;RBI=0.00496809;REFB=-0.0218486;REVB=0.00404208;RO=4;SAF=58;SAR=82;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00894878;STB=0.504709;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=2.57639e-05;OID=.;OPOS=132140200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:148:144:4:4:140:140:0.972222:82:58:1:3:82:58:1:3 chr2 132141767 . A G 769.95 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00948983;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.498;QD=64.1627;RBI=0.0228068;REFB=0;REVB=0.0207387;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61843e-05;OID=.;OPOS=132141767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr2 132200256 . T C 34.56 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0287822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.181;QD=4.45971;RBI=0.100782;REFB=-0.0047689;REVB=-0.0965845;RO=25;SAF=5;SAR=1;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288074;STB=0.703447;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0164326;OID=.;OPOS=132200256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:6:6:0.193548:1:5:16:9:1:5:16:9 chr2 132200307 . G A 85.27 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=-0.0107093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.488;QD=7.4145;RBI=0.0321184;REFB=-0.0164405;REVB=0.0302804;RO=34;SAF=6;SAR=6;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287127;STB=0.673658;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0441215;OID=.;OPOS=132200307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:46:46:34:34:12:12:0.26087:6:6:25:9:6:6:25:9 chr2 132200345 . C T 133.58 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=67;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=11;FWDB=-0.0235069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.571;QD=7.97516;RBI=0.026219;REFB=-0.0252487;REVB=-0.0116131;RO=45;SAF=12;SAR=7;SRF=36;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233347;STB=0.613489;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0634557;OID=.;OPOS=132200345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:48:19:19:0.283582:7:12:36:9:7:12:37:11 chr2 132200529 . A G 99.15 PASS AF=0.259259;AO=14;DP=54;FAO=14;FDP=54;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0804583;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.2341;QD=7.34448;RBI=0.13362;REFB=-0.0194797;REVB=-0.106681;RO=40;SAF=3;SAR=11;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506877;STB=0.809223;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0434529;OID=.;OPOS=132200529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:40:40:14:14:0.259259:11:3:26:14:11:3:26:14 chr2 132200568 . C T 346.54 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0270942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.875;QD=26.6565;RBI=0.0276949;REFB=-0.0247352;REVB=-0.0057367;RO=17;SAF=19;SAR=14;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138619;STB=0.556823;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0181746;OID=.;OPOS=132200568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:17:19:33:33:0.634615:14:19:6:11:14:19:8:11 chr2 132200935 . C T 41.96 PASS AF=0.131148;AO=8;DP=61;FAO=8;FDP=61;FR=.;FRO=53;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0139252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.759;QD=2.7516;RBI=0.0244631;REFB=-0.00367087;REVB=0.020113;RO=53;SAF=3;SAR=5;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24818;STB=0.676866;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0141841;OID=.;OPOS=132200935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:61:61:53:53:8:8:0.131148:5:3:31:22:5:3:31:22 chr2 132201468 . G A 254.03 PASS AF=0.329787;AO=31;DP=94;FAO=31;FDP=94;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=20;FWDB=0.0147631;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.7283;QD=10.8099;RBI=0.0147731;REFB=-0.0017854;REVB=0.000541512;RO=60;SAF=13;SAR=18;SRF=41;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293974;STB=0.671002;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0049248;OID=.;OPOS=132201468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:60:63:31:31:0.329787:18:13:41:19:18:13:43:20 chr2 132201582 . A G 360.93 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0122506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5358;QD=15.197;RBI=0.049531;REFB=-0.0065664;REVB=-0.0479921;RO=54;SAF=17;SAR=22;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663526;STB=0.548485;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0100826;OID=.;OPOS=132201582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:56:39:39:0.410526:22:17:27:27:22:17:29:27 chr2 132201663 . T C 264.01 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0300788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.92;QD=15.3051;RBI=0.0318552;REFB=-0.00620383;REVB=-0.0104892;RO=39;SAF=14;SAR=16;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971263;STB=0.554877;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0099662;OID=.;OPOS=132201663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:16:14:22:17:16:14:22:17 chr2 132201718 . T C 158.48 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=63;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00973424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.149;QD=9.9051;RBI=0.0102236;REFB=-0.00319303;REVB=-0.00312531;RO=40;SAF=11;SAR=10;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267017;STB=0.508189;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0115289;OID=.;OPOS=132201718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:40:43:21:21:0.328125:10:11:20:20:10:11:22:21 chr2 132201736 . C G 135.73 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=66;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0234126;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0024;QD=8.35259;RBI=0.0548842;REFB=-0.0097863;REVB=-0.0496399;RO=46;SAF=10;SAR=9;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00542085;STB=0.503243;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0285649;OID=.;OPOS=132201736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:46:46:19:19:0.292308:9:10:24:22:9:10:24:22 chr2 132201862 . C G 227.35 PASS AF=0.264;AO=33;DP=126;FAO=33;FDP=125;FR=.;FRO=92;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=46;FSRR=46;FWDB=0.00127143;FXX=0.00793588;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.054;QD=7.27523;RBI=0.00447515;REFB=-0.00154708;REVB=-0.00429074;RO=92;SAF=14;SAR=19;SRF=46;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936719;STB=0.556063;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00309955;OID=.;OPOS=132201862;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:92:92:33:33:0.264:19:14:46:46:19:14:46:46 chr2 132201889 . C A 184.22 PASS AF=0.243478;AO=25;DP=111;FAO=28;FDP=115;FR=.;FRO=87;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=0.0058161;FXX=0.0336106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8481;QD=6.40766;RBI=0.016319;REFB=-0.00903822;REVB=0.0152474;RO=84;SAF=8;SAR=17;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159947;STB=0.5431;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.023477;OID=.;OPOS=132201889;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:115:84:87:25:28:0.243478:17:8:37:47:17:11:39:48 chr2 132201930 . T C 162.34 PASS AF=0.258427;AO=23;DP=89;FAO=23;FDP=89;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=-0.0165193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.711;QD=7.29616;RBI=0.0172437;REFB=-0.00159395;REVB=0.00494532;RO=65;SAF=6;SAR=17;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134425;STB=0.590195;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00307918;OID=.;OPOS=132201930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:65:66:23:23:0.258427:17:6:23:42:17:6:24:42 chr2 132248379 . T G 105.59 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.030939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0742;QD=7.54236;RBI=0.0466195;REFB=-0.00617529;REVB=-0.0348734;RO=40;SAF=3;SAR=12;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195373;STB=0.635314;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0128021;OID=.;OPOS=132248379;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:40:41:15:15:0.267857:12:3:13:27:12:3:14:27 chr2 132248584 . T C 230.08 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0250059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0103;QD=46.0162;RBI=0.0298695;REFB=0.0289813;REVB=0.0163368;RO=1;SAF=7;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612242;STB=0.533298;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.0177294;OID=.;OPOS=132248584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:12:7:1:0:12:7:1:0 chr2 132266142 . G C 227.73 PASS AF=0.253846;AO=33;DP=132;FAO=33;FDP=130;FR=.;FRO=97;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=59;FSRR=38;FWDB=0.00588083;FXX=0.0225547;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.765;QD=7.00715;RBI=0.00774444;REFB=-0.0060065;REVB=0.00503906;RO=95;SAF=16;SAR=17;SRF=59;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168443;STB=0.591593;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0165978;OID=.;OPOS=132266142;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:130:95:97:33:33:0.253846:17:16:59:36:17:16:59:38 chr2 132274474 . G A 125.32 PASS AF=0.240506;AO=19;DP=79;FAO=19;FDP=79;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.00971852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.046;QD=6.34551;RBI=0.0121098;REFB=-0.0153902;REVB=-0.00722478;RO=59;SAF=5;SAR=14;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277924;STB=0.678832;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0445011;OID=.;OPOS=132274474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:59:60:19:19:0.240506:14:5:28:31:14:5:29:31 chr2 132275343 . G T 127.11 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0401306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6113;QD=8.20083;RBI=0.0487803;REFB=-0.015875;REVB=0.0277319;RO=42;SAF=9;SAR=9;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516111;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0223031;OID=.;OPOS=132275343;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:44:18:18:0.290323:9:9:21:21:9:9:21:23 chr2 132275396 . T C 124.5 PASS AF=0.234568;AO=19;DP=81;FAO=19;FDP=81;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.00164486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.93;QD=6.14796;RBI=0.00818025;REFB=-0.00395561;REVB=-0.00801317;RO=61;SAF=7;SAR=12;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538922;STB=0.54094;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0186618;OID=.;OPOS=132275396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:61:62:19:19:0.234568:12:7:25:36:12:7:26:36 chr2 132277962 . T C 136.14 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0616582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1255;QD=10.472;RBI=0.0616639;REFB=0.0182337;REVB=0.000840062;RO=34;SAF=4;SAR=13;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125929;STB=0.590795;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.0414298;OID=.;OPOS=132277962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:35:17:17:0.326923:13:4:11:23:13:4:12:23 chr2 132277984 . G A 138.75 PASS AF=0.340426;AO=15;DP=46;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0475273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.026;QD=11.8083;RBI=0.0483808;REFB=-0.0120367;REVB=0.00904752;RO=31;SAF=4;SAR=11;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194595;STB=0.629456;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0253505;OID=.;OPOS=132277984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:31:31:15:16:0.340426:11:4:13:18:12:4:13:18 chr2 132287824 . C T 199.43 PASS AF=0.346939;AO=16;DP=50;FAO=17;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0153614;FXX=0.0754575;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.661;QD=16.28;RBI=0.0162052;REFB=-0.0398413;REVB=-0.00516086;RO=21;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125006;STB=0.516759;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.045157;OID=.;OPOS=132287824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:21:21:16:17:0.346939:5:11:12:9:6:11:13:8 chr2 132909843 . T C 655.95 PASS AF=0.496241;AO=66;DP=134;FAO=66;FDP=133;FR=.;FRO=67;FSAF=43;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=24;FWDB=0.00129322;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.39;QD=19.7279;RBI=0.0131738;REFB=0.00432306;REVB=0.0131102;RO=67;SAF=43;SAR=23;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00973729;STB=0.505375;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.00434242;OID=.;OPOS=132909843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:67:67:66:66:0.496241:23:43:43:24:23:43:43:24 chr2 133011948 . GA G,GG 82.8 PASS AF=0.45,0.1;AO=8,2;DP=22;FAO=9,2;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=8,2;FSAR=1,0;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.10563,-0.0172617;FXX=0.0908678;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=16.7128,21.9426;QD=16.561;RBI=0.114492,0.0908727;REFB=0.00361908,-0.000530313;REVB=0.0441678,0.0892182;RO=9;SAF=7,2;SAR=1,0;SRF=2;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.603567,0.694553;STB=0.863987,0.996368;STBP=0.01,0.05;TYPE=del,snp;VARB=-0.0380416,0.069761;OID=.,.;OPOS=133011949,133011949;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45,0.1:8,2:22:9,2:20:9:8,2:1,0:2:7:55:9:7,2:1,0:2:7 chr2 133012012 . C A 34.97 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0125931;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.4;QD=4.23884;RBI=0.065625;REFB=-0.0137624;REVB=0.0644054;RO=27;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110448;STB=0.575511;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0409405;OID=.;OPOS=133012012;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:33:27:27:6:6:0.181818:3:3:11:16:3:3:11:16 chr2 133012034 . C CG,G 55.64 PASS AF=0.2,0.166667;AO=5,5;DP=30;FAO=6,5;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=1,2;FSAR=5,3;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0493621,0.0206173;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=13.8459,180.879;QD=7.41856;RBI=0.128266,0.0285789;REFB=-0.0236533,-0.0153371;REVB=0.118388,0.019791;RO=19;SAF=1,2;SAR=4,3;SRF=8;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.292006,-0.0250969;STB=0.736808,0.517172;STBP=0.233,0.959;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0736723,0.162726;OID=.,.;OPOS=133012035,133012034;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:30:30:19:19:5,5:6,5:0.2,0.166667:4,3:1,2:8:11:5,3:1,2:8:11 chr2 133012080 . A AC 30.37 PASS AF=0.24;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0530897;FXX=0.137883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.8462;QD=4.85988;RBI=0.0565768;REFB=0.00924786;REVB=0.0195557;RO=21;SAF=1;SAR=5;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.518252;STB=0.820818;STBP=0.09;TYPE=ins;VARB=-0.01196;OID=.;OPOS=133012081;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.24:6:29:6:25:19:1:5:11:8:30:21:1:5:13:8 chr2 133012099 . G A 42.77 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0119749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.173;QD=5.18463;RBI=0.0121286;REFB=-0.0041889;REVB=-0.00192451;RO=26;SAF=2;SAR=5;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381282;STB=0.749319;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0335058;OID=.;OPOS=133012099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:5:2:16:10:5:2:16:10 chr2 133012267 . T C 824.08 PASS AF=0.764706;AO=61;DP=82;FAO=65;FDP=85;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=52;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0093877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.9;QD=38.7804;RBI=0.0259337;REFB=-0.0319727;REVB=0.024175;RO=18;SAF=13;SAR=48;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725692;STB=0.5352;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00912498;OID=.;OPOS=133012267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:85:18:20:61:65:0.764706:48:13:6:12:52:13:6:14 chr2 133012274 . T C 803.48 PASS AF=0.752941;AO=64;DP=85;FAO=64;FDP=85;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=52;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00163617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.273;QD=37.811;RBI=0.00276642;REFB=-0.0176725;REVB=0.00223071;RO=21;SAF=12;SAR=52;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161373;STB=0.587067;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00962624;OID=.;OPOS=133012274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:21:21:64:64:0.752941:52:12:9:12:52:12:9:12 chr2 133012309 . A G 743.06 PASS AF=0.75;AO=60;DP=81;FAO=60;FDP=80;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=49;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00717475;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.341;QD=37.1529;RBI=0.0396164;REFB=0.0111146;REVB=-0.0389613;RO=20;SAF=11;SAR=49;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236842;STB=0.628157;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00897561;OID=.;OPOS=133012309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:20:20:60:60:0.75:49:11:11:9:49:11:11:9 chr2 133012358 . G A 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0143478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.747;QD=9.56957;RBI=0.014767;REFB=-0.00801101;REVB=-0.00349367;RO=15;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169958;STB=0.604132;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0115831;OID=.;OPOS=133012358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:5:3:8:7:5:3:8:7 chr2 133012361 . CCA CGG,TGG 63.18 PASS AF=0.272727,0.136364;AO=6,3;DP=22;FAO=6,3;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3,1;FSAR=3,2;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0202165,-0.0123678;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,3;MLLD=179.885,224.896;QD=11.4881;RBI=0.0242212,0.014929;REFB=-0.00475503,-0.00443849;REVB=0.0133401,0.00836137;RO=11;SAF=3,1;SAR=3,2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0469701,-0.228941;STB=0.526228,0.607954;STBP=0.937,0.697;TYPE=mnp,mnp;VARB=-0.00466821,0.0198639;OID=.,.;OPOS=133012362,133012361;OREF=CA,CCA;OALT=GG,TGG;OMAPALT=CGG,TGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:22:22:11:13:6,3:6,3:0.272727,0.136364:3,2:3,1:6:5:3,2:3,1:6:7 chr2 133012369 . A G 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0228431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6144;QD=10.3792;RBI=0.0560526;REFB=0.0111427;REVB=-0.0511868;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920876;STB=0.535635;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.00659283;OID=.;OPOS=133012369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:15:16:9:9:0.36:5:4:8:7:5:4:8:8 chr2 133012401 . G A 70.74 PASS AF=0.263158;AO=9;DP=37;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0126434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.395;QD=7.44672;RBI=0.0162417;REFB=-0.00168472;REVB=-0.010195;RO=28;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191522;STB=0.552528;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00745773;OID=.;OPOS=133012401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:37:38:28:28:9:10:0.263158:5:4:12:16:5:5:12:16 chr2 133012406 . T C 33.64 PASS AF=0.157895;AO=5;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00757166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6753;QD=3.54061;RBI=0.0146337;REFB=0.00615247;REVB=0.0125226;RO=31;SAF=2;SAR=3;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231831;STB=0.578691;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.0766334;OID=.;OPOS=133012406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:31:32:5:6:0.157895:3:2:13:18:3:3:13:19 chr2 133012414 . G A 171.19 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00391942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.34;QD=17.5583;RBI=0.00639495;REFB=-0.0101884;REVB=-0.00505307;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00788839;STB=0.504499;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.014426;OID=.;OPOS=133012414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:11:7:8:13:11:7:8:13 chr2 133012426 . A G 41.06 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0204437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2435;QD=3.73302;RBI=0.0644585;REFB=0.0128298;REVB=0.0611306;RO=37;SAF=1;SAR=6;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400456;STB=0.789759;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.0680523;OID=.;OPOS=133012426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:37:37:7:7:0.159091:6:1:16:21:6:1:16:21 chr2 133012432 . G C 79.14 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0260189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.427;QD=6.73511;RBI=0.0296103;REFB=-0.00214298;REVB=-0.0141345;RO=35;SAF=5;SAR=6;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670135;STB=0.55109;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00617377;OID=.;OPOS=133012432;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:35:36:11:11:0.234043:6:5:14:21:6:5:14:22 chr2 133012439 . A AGAAC 164.2 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00536104;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=231.319;QD=11.1319;RBI=0.0070571;REFB=-0.00635753;REVB=-0.00458933;RO=37;SAF=15;SAR=6;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368283;STB=0.707118;STBP=0.023;TYPE=ins;VARB=0.011227;OID=.;OPOS=133012440;OREF=-;OALT=GAAC;OMAPALT=AGAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.355932:21:59:21:59:38:15:6:15:23:99:37:15:6:14:23 chr2 133012457 . C T 41.86 PASS AF=0.0828025;AO=13;DP=157;FAO=13;FDP=157;FR=.;FRO=144;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=65;FSRR=79;FWDB=0.00937913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.082;QD=1.06641;RBI=0.0226721;REFB=-0.00182704;REVB=-0.0206411;RO=140;SAF=5;SAR=8;SRF=61;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601435;STB=0.562716;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0129115;OID=.;OPOS=133012457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:157:157:140:144:13:13:0.0828025:8:5:61:79:8:5:65:79 chr2 133012458 . GT AC 1390.84 PASS AF=0.75;AO=112;DP=153;FAO=114;FDP=152;FR=.;FRO=38;FSAF=50;FSAR=64;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00327055;FXX=0.0256394;HRUN=1;LEN=2;MLLD=179.15;QD=36.601;RBI=0.0189906;REFB=-0.0291635;REVB=0.0187069;RO=38;SAF=48;SAR=64;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00364285;STB=0.504457;STBP=0.856;TYPE=mnp;VARB=0.00656602;OID=.;OPOS=133012458;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:38:38:112:114:0.75:64:48:16:22:64:50:16:22 chr2 133012465 . C T 31.81 PASS AF=0.0670391;AO=12;DP=179;FAO=12;FDP=179;FR=.;FRO=167;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=76;FSRR=91;FWDB=0.0240945;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.672;QD=0.710826;RBI=0.0324352;REFB=-0.00157602;REVB=-0.0217141;RO=166;SAF=4;SAR=8;SRF=76;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136504;STB=0.61756;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0293472;OID=.;OPOS=133012465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:179:179:166:167:12:12:0.0670391:8:4:76:90:8:4:76:91 chr2 133012504 . A G 2066.83 PASS AF=0.823529;AO=152;DP=187;FAO=154;FDP=187;FR=.;FRO=33;FSAF=75;FSAR=79;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00390314;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.659;QD=44.2103;RBI=0.00707868;REFB=-0.0325652;REVB=-0.00590535;RO=33;SAF=74;SAR=78;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312993;STB=0.516448;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00564214;OID=.;OPOS=133012504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:33:33:152:154:0.823529:78:74:13:20:79:75:13:20 chr2 133012508 . TG CA,CG 2344.41 PASS AF=0.0645161,0.83871;AO=9,149;DP=178;FAO=12,156;FDP=186;FR=.;FRO=18;FSAF=4,76;FSAR=8,80;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00711926,0.00764631;FXX=0.00534731;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=121.457,152.268;QD=50.4173;RBI=0.02086,0.0645048;REFB=-0.00134576,-0.00993056;REVB=0.0196075,0.06405;RO=18;SAF=4,75;SAR=5,74;SRF=8;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.52951e-08,0.0120207;STB=0.571306,0.504424;STBP=0.522,0.77;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0162424,0.000655473;OID=.,.;OPOS=133012508,133012508;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:66:178:186:18:18:9,149:12,156:0.0645161,0.83871:5,74:4,75:8:10:8,80:4,76:8:10 chr2 133012516 . T G 2004.82 PASS AF=0.804124;AO=138;DP=176;FAO=156;FDP=194;FR=.;FRO=38;FSAF=79;FSAR=77;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0275858;FXX=0.00512794;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.9143;QD=41.3365;RBI=0.0572945;REFB=-0.0598335;REVB=0.0502164;RO=36;SAF=78;SAR=60;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0583231;STB=0.521863;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0126721;OID=.;OPOS=133012516;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:194:36:38:138:156:0.804124:60:78:15:21:77:79:15:23 chr2 133012523 . A G 2257.62 PASS AF=0.84456;AO=164;DP=195;FAO=163;FDP=193;FR=.;FRO=30;FSAF=83;FSAR=80;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0269268;FXX=0.0102559;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.351;QD=46.7901;RBI=0.0293233;REFB=-0.0327314;REVB=0.0116104;RO=30;SAF=84;SAR=80;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424916;STB=0.522143;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00374703;OID=.;OPOS=133012523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:193:30:30:164:163:0.84456:80:84:11:19:80:83:11:19 chr2 133012542 . T C 2228.24 PASS AF=0.864865;AO=160;DP=186;FAO=160;FDP=185;FR=.;FRO=25;FSAF=82;FSAR=78;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00599762;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.057;QD=48.1783;RBI=0.0154554;REFB=-0.00146619;REVB=-0.0142442;RO=25;SAF=83;SAR=77;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303505;STB=0.515199;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000151587;OID=.;OPOS=133012542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:185:25:25:160:160:0.864865:77:83:10:15:78:82:10:15 chr2 133012571 . T C 2363.6 PASS AF=0.916201;AO=161;DP=177;FAO=164;FDP=179;FR=.;FRO=15;FSAF=94;FSAR=70;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0139859;FXX=0.00555525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.94;QD=52.818;RBI=0.0192325;REFB=-0.0014749;REVB=0.0132016;RO=15;SAF=92;SAR=69;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281557;STB=0.514763;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=8.74498e-05;OID=.;OPOS=133012571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:177:179:15:15:161:164:0.916201:69:92:6:9:70:94:6:9 chr2 133012612 . T C 1168.76 PASS AF=0.857143;AO=73;DP=89;FAO=84;FDP=98;FR=.;FRO=14;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0532067;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.822;QD=47.7043;RBI=0.0532085;REFB=-0.0165362;REVB=0.000439079;RO=16;SAF=35;SAR=38;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777993;STB=0.540807;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00311969;OID=.;OPOS=133012612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:89:98:16:14:73:84:0.857143:38:35:4:12:42:42:3:11 chr2 133012624 . A G 117.18 PASS AF=0.35;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0194145;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=289.545;QD=11.7182;RBI=0.0194824;REFB=-0.00104533;REVB=-0.0016248;RO=25;SAF=1;SAR=13;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43559;STB=0.789992;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.000569156;OID=.;OPOS=133012624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:25:26:14:14:0.35:13:1:7:18:13:1:8:18 chr2 133012633 . AC ACTT,GC,TT 106.98 PASS AF=0.241379,0.103448,0.137931;AO=3,3,4;DP=29;FAO=7,3,4;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=3,0,1;FSAR=4,3,3;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0535768,0.0210374,0.0109489;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,2;MLLD=37.2345,191.882,271.799;QD=14.7558;RBI=0.0654281,0.022547,0.0110359;REFB=-0.0202022,-0.00096327,-0.00348938;REVB=0.0375548,-0.0081112,-0.00138283;RO=17;SAF=1,0,1;SAR=2,3,3;SRF=4;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.13333,-0.529392,0.0226919;STB=0.616134,0.994839,0.517154;STBP=0.541,0.22,0.991;TYPE=ins,snp,mnp;VARB=0.127637,0.00815269,0.00795097;OID=.,.,.;OPOS=133012635,133012633,133012633;OREF=-,A,AC;OALT=TT,G,TT;OMAPALT=ACTT,GC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:29:29:17:15:3,3,4:7,3,4:0.241379,0.103448,0.137931:2,3,3:1,0,1:4:13:4,3,3:3,0,1:4:11 chr2 133012642 . TT CC 95.14 PASS AF=0.375;AO=11;DP=31;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0168464;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=302.778;QD=11.893;RBI=0.0171727;REFB=-0.0146121;REVB=0.00333196;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231162;STB=0.656015;STBP=0.197;TYPE=mnp;VARB=0.0245471;OID=.;OPOS=133012642;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:31:32:20:20:11:12:0.375:6:5:5:15:6:6:5:15 chr2 133012655 . A G 390.7 PASS AF=0.649123;AO=36;DP=56;FAO=37;FDP=57;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.00947579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.497;QD=27.4174;RBI=0.00978691;REFB=-0.0132163;REVB=0.0024481;RO=20;SAF=11;SAR=25;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436453;STB=0.530371;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.00665904;OID=.;OPOS=133012655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:20:20:36:37:0.649123:25:11:5:15:25:12:5:15 chr2 133012674 . A G 800.11 PASS AF=0.859155;AO=61;DP=71;FAO=61;FDP=71;FR=.;FRO=10;FSAF=18;FSAR=43;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0158825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.883;QD=45.0768;RBI=0.023677;REFB=0.00687014;REVB=-0.0175598;RO=10;SAF=18;SAR=43;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328126;STB=0.5175;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00139745;OID=.;OPOS=133012674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:71:71:10:10:61:61:0.859155:43:18:4:6:43:18:4:6 chr2 133012680 . A G 634.26 PASS AF=0.746479;AO=53;DP=71;FAO=53;FDP=71;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.00495256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8151;QD=35.733;RBI=0.0248175;REFB=-0.0215741;REVB=-0.0243183;RO=18;SAF=18;SAR=35;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328796;STB=0.517669;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00554876;OID=.;OPOS=133012680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:18:18:53:53:0.746479:35:18:5:13:35:18:5:13 chr2 133012688 . A G 624.76 PASS AF=0.746479;AO=51;DP=69;FAO=53;FDP=71;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0161642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.141;QD=35.1978;RBI=0.0209084;REFB=-0.0329342;REVB=0.0132619;RO=18;SAF=17;SAR=34;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306282;STB=0.522519;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0139988;OID=.;OPOS=133012688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:18:18:51:53:0.746479:34:17:5:13:34:19:5:13 chr2 133012691 . T C 737.77 PASS AF=0.816901;AO=58;DP=72;FAO=58;FDP=71;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00741323;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.928;QD=41.5646;RBI=0.0142459;REFB=0.0257024;REVB=0.0121651;RO=13;SAF=19;SAR=39;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00775424;STB=0.504144;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=-0.00566654;OID=.;OPOS=133012691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:72:71:13:13:58:58:0.816901:39:19:4:9:39:19:4:9 chr2 133012712 . T C 961.33 PASS AF=0.886076;AO=70;DP=79;FAO=70;FDP=79;FR=.;FRO=9;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0205412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6034;QD=48.6751;RBI=0.0251006;REFB=-0.0111782;REVB=0.0144256;RO=8;SAF=27;SAR=43;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538693;STB=0.519825;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00128082;OID=.;OPOS=133012712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:79:79:8:9:70:70:0.886076:43:27:1:7:43:27:2:7 chr2 133012716 . A G 984.89 PASS AF=0.8875;AO=67;DP=80;FAO=71;FDP=80;FR=.;FRO=9;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0187306;FXX=0.0243873;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.413;QD=49.2443;RBI=0.019844;REFB=0.0106971;REVB=-0.00655357;RO=9;SAF=28;SAR=39;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711577;STB=0.535046;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.00227411;OID=.;OPOS=133012716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:80:80:9:9:67:71:0.8875:39:28:1:8:42:29:1:8 chr2 133012797 . C CCG 176.23 PASS AF=0.64;AO=15;DP=46;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0252767;FXX=0.242351;HRUN=1;LEN=2;MLLD=120.708;QD=28.1964;RBI=0.0294278;REFB=-0.0274257;REVB=0.0150693;RO=27;SAF=7;SAR=8;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25702;STB=0.538414;STBP=0.642;TYPE=ins;VARB=0.0166573;OID=.;OPOS=133012798;OREF=-;OALT=CG;OMAPALT=CCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.64:15:46:16:25:9:7:9:3:6:73:27:7:8:19:8 chr2 133012798 . T C 34.3 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0276164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.323;QD=4.15719;RBI=0.0276656;REFB=-0.00585827;REVB=0.00164781;RO=23;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768798;STB=0.575511;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0216565;OID=.;OPOS=133012798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:33:23:27:6:6:0.181818:3:3:10:13:3:3:11:16 chr2 133012799 . AAACT CTTGC,GTCTT 254.46 PASS AF=0.586207,0.0689655;AO=15,2;DP=28;FAO=17,2;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=7,1;FSAR=10,1;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00999383,-0.00138801;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=5,4;MLLD=197.396,99.6591;QD=35.0979;RBI=0.0117004,0.0209696;REFB=0.0153781,0.000895074;REVB=-0.00608466,-0.0209236;RO=6;SAF=7,1;SAR=8,1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.017146,0;STB=0.523532,0.5;STBP=0.749,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=-0.00217004,0.022265;OID=.,.;OPOS=133012799,133012799;OREF=AAACT,AAAC;OALT=CTTGC,GTCT;OMAPALT=CTTGC,GTCTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:28:29:6:6:15,2:17,2:0.586207,0.0689655:8,1:7,1:3:3:10,1:7,1:3:3 chr2 133012807 . A G 191.57 PASS AF=0.655172;AO=18;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0303253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.945;QD=26.4239;RBI=0.030983;REFB=-0.0191805;REVB=-0.00635042;RO=9;SAF=7;SAR=11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102393;STB=0.561978;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0135389;OID=.;OPOS=133012807;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:9:10:18:19:0.655172:11:7:5:4:11:8:6:4 chr2 133012832 . T C 334.78 PASS AF=0.7;AO=28;DP=40;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0403147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0146;QD=33.4776;RBI=0.0475205;REFB=0.0103739;REVB=-0.0251579;RO=12;SAF=11;SAR=17;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151804;STB=0.582973;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00626129;OID=.;OPOS=133012832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:12:12:28:28:0.7:17:11:8:4:17:11:8:4 chr2 133012839 . T C 354.11 PASS AF=0.725;AO=29;DP=40;FAO=29;FDP=40;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0202914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.494;QD=35.4111;RBI=0.0282382;REFB=-0.00428017;REVB=-0.0196381;RO=10;SAF=12;SAR=17;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181249;STB=0.586147;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00390158;OID=.;OPOS=133012839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:40:40:10:11:29:29:0.725:17:12:8:2:17:12:8:3 chr2 133012901 . T C 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00895727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.659;QD=19.3688;RBI=0.0258581;REFB=-0.00932391;REVB=0.0242572;RO=7;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222514;STB=0.627655;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00310593;OID=.;OPOS=133012901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:4:6:2:5:4:6:2:5 chr2 133012903 . T C 46.36 PASS AF=0.368421;AO=6;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0315664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1005;QD=9.7602;RBI=0.0433753;REFB=-0.0240886;REVB=0.0297487;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883056;STB=0.59674;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0339208;OID=.;OPOS=133012903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:6:7:0.368421:3:3:7:5:4:3:7:5 chr2 133013144 . A G 176.06 PASS AF=0.527778;AO=18;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00547468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.489;QD=19.5617;RBI=0.0629085;REFB=-0.0283825;REVB=-0.0626698;RO=18;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048982;STB=0.553879;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0200491;OID=.;OPOS=133013144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:17:18:19:0.527778:9:9:8:10:9:10:7:10 chr2 133013145 . C T 105.25 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0104016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4093;QD=11.0792;RBI=0.0397171;REFB=-0.00791477;REVB=-0.0383309;RO=22;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272451;STB=0.564215;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0185055;OID=.;OPOS=133013145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:25:13:13:0.342105:8:5:9:13:8:5:12:13 chr2 133013165 . G T 77.01 PASS AF=0.244444;AO=9;DP=43;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00389879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.464;QD=6.84541;RBI=0.0054168;REFB=-0.00482499;REVB=-0.00376048;RO=34;SAF=2;SAR=7;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355243;STB=0.604745;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0250232;OID=.;OPOS=133013165;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:43:45:34:34:9:11:0.244444:7:2:17:17:7:4:17:17 chr2 133013175 . T G 586.73 PASS AF=0.930233;AO=40;DP=44;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0907177;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6475;QD=54.5798;RBI=0.0907286;REFB=-0.00375739;REVB=0.00140332;RO=3;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624129;STB=0.533317;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00149438;OID=.;OPOS=133013175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:43:3:3:40:40:0.930233:21:19:0:3:21:19:0:3 chr2 133013183 . A G 298.7 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0161059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.237;QD=23.8962;RBI=0.0190533;REFB=0.00320677;REVB=0.0101798;RO=22;SAF=13;SAR=14;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149647;STB=0.501483;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.00501239;OID=.;OPOS=133013183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:23:27:27:0.54:14:13:11:11:14:13:11:12 chr2 133013189 . A G 232.87 PASS AF=0.46;AO=24;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0112865;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.9865;QD=18.6297;RBI=0.0438363;REFB=0.00148191;REVB=0.0423584;RO=24;SAF=12;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370741;STB=0.561472;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.00221959;OID=.;OPOS=133013189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:27:24:23:0.46:12:12:11:13:11:12:11:16 chr2 133013201 . C G 556.25 PASS AF=0.88;AO=41;DP=47;FAO=44;FDP=50;FR=.;FRO=6;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0376079;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.738;QD=44.5001;RBI=0.0387957;REFB=-0.0445194;REVB=0.0095265;RO=6;SAF=19;SAR=22;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715423;STB=0.53746;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00573751;OID=.;OPOS=133013201;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:50:6:6:41:44:0.88:22:19:1:5:23:21:1:5 chr2 133013224 . A C,T 540.42 PASS AF=0.615385,0.25;AO=31,12;DP=51;FAO=32,13;FDP=52;FR=.;FRO=7;FSAF=16,5;FSAR=16,8;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.017108,0.0195361;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=78.4487,101.629;QD=41.5708;RBI=0.0171656,0.0208684;REFB=-0.0134756,-0.02678;REVB=-0.00140533,-0.00733706;RO=8;SAF=15,4;SAR=16,8;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0890738,0.0677961;STB=0.564063,0.593087;STBP=0.092,0.35;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0037209,0.00664189;OID=.,.;OPOS=133013224,133013224;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:51:52:8:7:31,12:32,13:0.615385,0.25:16,8:15,4:2:6:16,8:16,5:1:6 chr2 133013250 . C T 55.08 PASS AF=0.175439;AO=8;DP=55;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0287517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.559;QD=3.86532;RBI=0.0295281;REFB=-0.00279891;REVB=-0.00672657;RO=47;SAF=3;SAR=5;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189272;STB=0.692192;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0904369;OID=.;OPOS=133013250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:55:57:47:47:8:10:0.175439:5:3:25:22:7:3:25:22 chr2 133013266 . T G 121.28 PASS AF=0.301887;AO=15;DP=52;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0124508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.494;QD=9.15325;RBI=0.0139739;REFB=-0.00735256;REVB=0.00634418;RO=37;SAF=3;SAR=12;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425558;STB=0.712595;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00612956;OID=.;OPOS=133013266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:37:37:15:16:0.301887:12:3:20:17:12:4:20:17 chr2 133013270 . A G 87.73 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0174492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.512;QD=6.8808;RBI=0.017983;REFB=-0.0100754;REVB=0.0043492;RO=39;SAF=4;SAR=8;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278758;STB=0.675035;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0217751;OID=.;OPOS=133013270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:51:51:39:39:12:12:0.235294:8:4:22:17:8:4:22:17 chr2 133013286 . AG CA 73.65 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0220521;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=209.912;QD=6.85116;RBI=0.0220522;REFB=-0.015115;REVB=6.73985e-05;RO=32;SAF=6;SAR=1;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436193;STB=0.805751;STBP=0.109;TYPE=mnp;VARB=0.0441562;OID=.;OPOS=133013286;OREF=AG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:43:43:32:32:7:7:0.162791:1:6:17:15:1:6:17:15 chr2 133013318 . A G 212.8 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00988025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.214;QD=20.2669;RBI=0.00988027;REFB=-0.0063391;REVB=-2.28987e-05;RO=21;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128135;STB=0.572016;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00710721;OID=.;OPOS=133013318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:10:11:14:7:10:11:14:7 chr2 133013324 . C A 42.31 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0726865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.53;QD=4.70058;RBI=0.0727545;REFB=-0.00243315;REVB=-0.00314587;RO=29;SAF=4;SAR=3;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198692;STB=0.629918;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0161331;OID=.;OPOS=133013324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:29:29:7:7:0.194444:3:4:21:8:3:4:21:8 chr2 133013327 . G T 42.31 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0361852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.28;QD=4.70076;RBI=0.0448441;REFB=-0.0109043;REVB=-0.0264882;RO=29;SAF=4;SAR=3;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198692;STB=0.629918;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0415358;OID=.;OPOS=133013327;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:29:29:7:7:0.194444:3:4:21:8:3:4:21:8 chr2 133013332 . T C 49.43 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.030317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.1354;QD=5.81587;RBI=0.0303563;REFB=-0.0137889;REVB=-0.00154495;RO=25;SAF=7;SAR=1;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376516;STB=0.743946;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0443572;OID=.;OPOS=133013332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:33:34:25:26:8:8:0.235294:1:7:16:9:1:7:17:9 chr2 133013378 . A G 102.09 PASS AF=0.305556;AO=9;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00711644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.691;QD=11.3429;RBI=0.00930417;REFB=-0.0232121;REVB=-0.00599365;RO=23;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011285;STB=0.513489;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0472499;OID=.;OPOS=133013378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:36:36:23:23:9:11:0.305556:4:5:13:10:5:6:13:10 chr2 133013418 . A G 55.27 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00192059;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.024;QD=7.89619;RBI=0.0265104;REFB=-0.0109873;REVB=-0.0264408;RO=20;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0881715;STB=0.555414;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0410032;OID=.;OPOS=133013418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:28:28:20:20:8:8:0.285714:3:5:11:9:3:5:11:9 chr2 133013475 . A G 36.86 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.0558298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.97;QD=7.76077;RBI=0.0567939;REFB=-0.00164904;REVB=0.0104199;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249025;STB=0.651755;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00999325;OID=.;OPOS=133013475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:2:4:11:2:2:4:11:2 chr2 133013567 . T C 31.32 PASS AF=0.444444;AO=4;DP=9;FAO=4;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=4;FSAR=0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0091779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.078;QD=13.9179;RBI=0.0091779;REFB=0.197649;REVB=0;RO=2;SAF=4;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0128174;OID=.;OPOS=133013567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:9:9:2:4:4:4:0.444444:0:4:2:0:0:4:4:0 chr2 133013590 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.111;QD=42.1827;RBI=0.0247559;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=11;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311144;OID=.;OPOS=133013590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:0:11:0:0:0:11:0:0 chr2 133013680 . G A 203.1 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0242921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9505;QD=21.957;RBI=0.0243801;REFB=-0.025436;REVB=0.00207071;RO=17;SAF=17;SAR=3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404328;STB=0.730914;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0213659;OID=.;OPOS=133013680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:3:17:8:9:3:17:8:9 chr2 133013687 . T C 70.8 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.022449;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=134.73;QD=7.26124;RBI=0.0343738;REFB=-0.00249516;REVB=-0.0260307;RO=29;SAF=9;SAR=1;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.485553;STB=0.817411;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0156722;OID=.;OPOS=133013687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:1:9:17:12:1:9:17:12 chr2 133013695 . CA CG,TG 211.96 PASS AF=0.305556,0.277778;AO=11,10;DP=37;FAO=11,10;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=9,8;FSAR=2,2;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.000351173,0.020504;FXX=0.0526177;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=139.528,144.291;QD=23.5515;RBI=0.0285931,0.0883212;REFB=0.00015926,-0.00615247;REVB=-0.028591,-0.0859082;RO=14;SAF=9,8;SAR=2,2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.419926,0.400953;STB=0.766915,0.758071;STBP=0.038,0.05;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000939953,-0.00392929;OID=.,.;OPOS=133013696,133013695;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:14:15:11,10:11,10:0.305556,0.277778:2,2:9,8:6:8:2,2:9,8:6:9 chr2 133013704 . G A 81.97 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0368211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.192;QD=8.62878;RBI=0.0719797;REFB=-0.0174503;REVB=-0.0618489;RO=27;SAF=9;SAR=2;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318991;STB=0.700188;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0389853;OID=.;OPOS=133013704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:2:9:16:11:2:9:16:11 chr2 133013756 . G A 82.46 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0314916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4631;QD=9.16241;RBI=0.0406549;REFB=0.0020549;REVB=-0.0257119;RO=25;SAF=9;SAR=2;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349322;STB=0.717348;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.0067641;OID=.;OPOS=133013756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:2:9:14:11:2:9:14:11 chr2 133014552 . C T 33.12 PASS AF=0.5;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0355638;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.596;QD=13.2471;RBI=0.035968;REFB=0.00392378;REVB=-0.00537685;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179553;STB=0.608297;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.00808572;OID=.;OPOS=133014552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:10:5:5:5:5:0.5:3:2:1:4:3:2:1:4 chr2 133036364 . G A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0546246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9276;QD=10.0339;RBI=0.0596338;REFB=-0.0177668;REVB=0.0239239;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378245;STB=0.7397;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0179056;OID=.;OPOS=133036364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:4:3:4:1:4:3 chr2 133036619 . CC TG 34.29 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0113024;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=136.698;QD=4.15609;RBI=0.0135415;REFB=-0.000992468;REVB=-0.00745841;RO=27;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179959;STB=0.624574;STBP=0.526;TYPE=mnp;VARB=0.00392166;OID=.;OPOS=133036619;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:2:4:14:13:2:4:14:13 chr2 133036650 . T G 241.18 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0194795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1976;QD=21.9257;RBI=0.0386896;REFB=0.0173166;REVB=0.0334281;RO=21;SAF=6;SAR=17;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324384;STB=0.682708;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0166125;OID=.;OPOS=133036650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:17:6:13:8:17:6:13:8 chr2 133036661 . A AT 164.37 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0163752;FXX=0.0212721;HRUN=0;LEN=1;MLLD=52.864;QD=14.2927;RBI=0.0239844;REFB=0.0141647;REVB=0.0175244;RO=31;SAF=4;SAR=14;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380291;STB=0.728897;STBP=0.023;TYPE=ins;VARB=-0.0236737;OID=.;OPOS=133036662;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.391304:18:49:18:46:28:4:14:16:12:99:31:4:14:17:14 chr2 133036666 . AC A,AT 169.66 PASS AF=0.365385,0.0384615;AO=19,2;DP=53;FAO=19,2;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=5,0;FSAR=14,2;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00681265,0.0014151;FXX=0.0188644;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=41.6817,111.979;QD=13.0508;RBI=0.0236472,0.00809359;REFB=0.00444579,-0.00211004;REVB=0.0226446,0.00796892;RO=30;SAF=5,0;SAR=14,2;SRF=17;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.335063,-0.488183;STB=0.704373,0.995487;STBP=0.023,0.109;TYPE=del,snp;VARB=-0.00240103,0.077256;OID=.,.;OPOS=133036667,133036667;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.365385,0.0384615:19,2:53:19,2:52:31:5,0:14,2:18:13:99:30:5,0:14,2:17:13 chr2 133036669 . G T 178.58 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0161227;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.88;QD=13.7372;RBI=0.0634763;REFB=-0.00818285;REVB=-0.0613947;RO=31;SAF=5;SAR=16;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375343;STB=0.717132;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0445805;OID=.;OPOS=133036669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:16:5:18:13:16:5:18:13 chr2 133036693 . T G 261.8 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00209591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.269;QD=17.1669;RBI=0.0290621;REFB=-0.0219363;REVB=0.0289864;RO=32;SAF=12;SAR=17;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223811;STB=0.625333;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0177905;OID=.;OPOS=133036693;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:17:12:21:11:17:12:21:11 chr2 133036697 . A G 249.9 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.00311275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.306;QD=16.6602;RBI=0.00916502;REFB=-0.0102602;REVB=0.00862024;RO=32;SAF=12;SAR=16;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241666;STB=0.635421;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0215964;OID=.;OPOS=133036697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:16:12:22:10:16:12:22:10 chr2 133036704 . T C 197.6 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.00153235;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.36;QD=12.9575;RBI=0.0061961;REFB=-0.00610856;REVB=0.00600363;RO=38;SAF=9;SAR=15;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321044;STB=0.691549;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00612058;OID=.;OPOS=133036704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:38:37:24:24:0.393443:15:9:26:12:15:9:26:11 chr2 133036714 . A G 186.28 PASS AF=0.377049;AO=22;DP=60;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.00452328;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.739;QD=12.2152;RBI=0.0199106;REFB=-0.00540989;REVB=-0.01939;RO=38;SAF=8;SAR=14;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340101;STB=0.67665;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0412134;OID=.;OPOS=133036714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:38:38:22:23:0.377049:14:8:26:12:14:9:26:12 chr2 133036716 . G T 174.42 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.00805744;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.558;QD=11.4375;RBI=0.0546344;REFB=-0.00213502;REVB=-0.054037;RO=36;SAF=8;SAR=14;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318038;STB=0.687698;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00353868;OID=.;OPOS=133036716;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:39:22:22:0.360656:14:8:24:12:14:8:26:13 chr2 133036742 . T C 108.24 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0318864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6993;QD=8.48952;RBI=0.0347316;REFB=0.00344513;REVB=0.0137675;RO=37;SAF=9;SAR=5;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431873;STB=0.526279;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.00959587;OID=.;OPOS=133036742;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:37:37:14:14:0.27451:5:9:25:12:5:9:25:12 chr2 133036757 . A G 88.84 PASS AF=0.24;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=0.070549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0857;QD=7.10713;RBI=0.07055;REFB=-0.00876654;REVB=-0.000376607;RO=36;SAF=9;SAR=3;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03488e-08;STB=0.538395;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0406968;OID=.;OPOS=133036757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:48:50:36:38:12:12:0.24:3:9:27:9:3:9:27:11 chr2 133037311 . C A 45.99 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0232716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4084;QD=9.19891;RBI=0.0243055;REFB=-0.00170915;REVB=0.00701367;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275446;STB=0.671134;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00547729;OID=.;OPOS=133037311;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:2:5:6:7:2:5:6:7 chr2 133037397 . C T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0185715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.65;QD=15.3783;RBI=0.0313783;REFB=-0.0149631;REVB=0.0252922;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113119;STB=0.506568;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0143585;OID=.;OPOS=133037397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:8:6:5:7:8:6 chr2 133037568 . T C 385.6 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6595;QD=48.1999;RBI=0.0356585;REFB=0.027281;REVB=0.0356585;RO=3;SAF=0;SAR=29;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00161677;OID=.;OPOS=133037568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:32:3:3:29:29:0.90625:29:0:0:3:29:0:0:3 chr2 133037582 . G C 235.11 PASS AF=0.869565;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=335.546;QD=40.8891;RBI=0.00273023;REFB=-0.00877545;REVB=0.00273023;RO=3;SAF=0;SAR=20;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122581;OID=.;OPOS=133037582;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:23:23:3:3:20:20:0.869565:20:0:0:3:20:0:0:3 chr2 133037584 . A G 203.65 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5547;QD=38.7903;RBI=0.00624278;REFB=-0.021584;REVB=0.00624278;RO=3;SAF=0;SAR=18;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0265176;OID=.;OPOS=133037584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:3:3:18:18:0.857143:18:0:0:3:18:0:0:3 chr2 133037592 . CTA C 171.1 PASS AF=0.9375;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=2;MLLD=285.612;QD=42.7741;RBI=0.00095339;REFB=0.0201431;REVB=0.00095339;RO=0;SAF=0;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00167055;OID=.;OPOS=133037593;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9375:14:15:15:16:1:0:15:0:1:6:0:0:14:0:0 chr2 133037812 . A G 475.18 PASS AF=0.945946;AO=33;DP=35;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0495125;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.899;QD=51.3713;RBI=0.0704653;REFB=-0.294551;REVB=-0.0501384;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.531232;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00834872;OID=.;OPOS=133037812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:35:37:0:2:33:35:0.945946:20:13:0:0:20:15:2:0 chr2 133038166 . T C 30.24 PASS AF=0.238095;AO=5;DP=21;FAO=5;FDP=21;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.000576298;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.478;QD=5.75969;RBI=0.0436421;REFB=-0.0253964;REVB=0.0436383;RO=16;SAF=4;SAR=1;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.472426;STB=0.813595;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0468825;OID=.;OPOS=133038166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:21:21:16:16:5:5:0.238095:1:4:6:10:1:4:6:10 chr2 133038188 . T C 33.75 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0351299;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.5692;QD=3.97013;RBI=0.0593824;REFB=-0.0147899;REVB=-0.0478764;RO=26;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455768;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.054287;OID=.;OPOS=133038188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:32:34:26:28:6:6:0.176471:3:3:14:12:3:3:14:14 chr2 133038365 . G T 74.44 PASS AF=0.344828;AO=9;DP=28;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0577724;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.3503;QD=10.2673;RBI=0.08633;REFB=-0.00357006;REVB=0.06415;RO=19;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.452536;STB=0.788143;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00631054;OID=.;OPOS=133038365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:29:19:19:9:10:0.344828:2:7:7:12:2:8:7:12 chr2 133038366 . C T 154.66 PASS AF=0.64;AO=15;DP=24;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00101831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.736;QD=24.7453;RBI=0.010112;REFB=-0.0056997;REVB=-0.0100605;RO=9;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206195;STB=0.59988;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00624595;OID=.;OPOS=133038366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:25:9:9:15:16:0.64:8:7:7:2:8:8:7:2 chr2 133038378 . A G 63.65 PASS AF=0.290323;AO=6;DP=28;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0198688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.989;QD=8.21243;RBI=0.0199699;REFB=-0.0120956;REVB=0.00200701;RO=20;SAF=4;SAR=2;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215052;STB=0.657736;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0294407;OID=.;OPOS=133038378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:31:20:22:6:9:0.290323:2:4:13:7:2:7:13:9 chr2 133038383 . GC AT 64.6 PASS AF=0.3;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00201298;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=2;MLLD=179.738;QD=8.61269;RBI=0.0142186;REFB=-0.0159677;REVB=-0.0140754;RO=18;SAF=7;SAR=2;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333098;STB=0.69952;STBP=0.186;TYPE=mnp;VARB=0.0400635;OID=.;OPOS=133038383;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:31:30:18:21:9:9:0.3:2:7:9:9:2:7:11:10 chr2 133038400 . GA G 53.84 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.101359;FXX=0.0270197;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.2533;QD=5.98215;RBI=0.102762;REFB=0.0138017;REVB=-0.0169236;RO=21;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00405815;STB=0.525076;STBP=0.869;TYPE=del;VARB=0.0020248;OID=.;OPOS=133038401;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361111:13:36:13:36:23:8:5:15:8:53:21:8:5:13:8 chr2 133038421 . G C 92.93 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0402921;FXX=0.040808;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.221;QD=7.90904;RBI=0.0448307;REFB=-0.0145064;REVB=-0.0196554;RO=27;SAF=9;SAR=3;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324451;STB=0.650334;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0261431;OID=.;OPOS=133038421;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:48:47:27:35:12:12:0.255319:3:9:13:14:3:9:20:15 chr2 133038491 . T C 120.12 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=71;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.0155522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6989;QD=6.76704;RBI=0.0245861;REFB=-0.00649469;REVB=-0.0190422;RO=53;SAF=13;SAR=5;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138555;STB=0.585486;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.023894;OID=.;OPOS=133038491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:53:53:18:18:0.253521:5:13:33:20:5:13:33:20 chr2 133038501 . G A 66.17 PASS AF=0.169014;AO=12;DP=69;FAO=12;FDP=71;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=-0.0394416;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.608;QD=3.72777;RBI=0.0433553;REFB=-0.00684957;REVB=-0.0180013;RO=57;SAF=9;SAR=3;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254861;STB=0.66113;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0239557;OID=.;OPOS=133038501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:69:71:57:59:12:12:0.169014:3:9:32:25:3:9:34:25 chr2 133038515 . A G 65.85 PASS AF=0.179104;AO=11;DP=67;FAO=12;FDP=67;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.00186629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.823;QD=3.93139;RBI=0.0605957;REFB=-0.00712719;REVB=0.060567;RO=55;SAF=8;SAR=3;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217873;STB=0.669121;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0318737;OID=.;OPOS=133038515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:67:67:55:55:11:12:0.179104:3:8:31:24:3:9:31:24 chr2 133038530 . A G 49.26 PASS AF=0.147541;AO=9;DP=61;FAO=9;FDP=61;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0128611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.105;QD=3.2304;RBI=0.0138595;REFB=-0.00606618;REVB=0.00516503;RO=51;SAF=6;SAR=3;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149171;STB=0.597478;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0428659;OID=.;OPOS=133038530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:61:61:51:52:9:9:0.147541:3:6:28:23:3:6:29:23 chr2 133038543 . A G 53.96 PASS AF=0.153846;AO=10;DP=65;FAO=10;FDP=65;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0266465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.895;QD=3.32057;RBI=0.02832;REFB=-0.00155002;REVB=-0.00959098;RO=54;SAF=6;SAR=4;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787467;STB=0.547075;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0160253;OID=.;OPOS=133038543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:65:65:54:55:10:10:0.153846:4:6:29:25:4:6:30:25 chr2 133038569 . T C 49.06 PASS AF=0.147059;AO=9;DP=70;FAO=10;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=58;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0112909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.356;QD=2.88564;RBI=0.0161503;REFB=-0.0109676;REVB=-0.0115476;RO=50;SAF=6;SAR=3;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112007;STB=0.647842;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0395795;OID=.;OPOS=133038569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:70:68:50:58:9:10:0.147059:3:6:29:21:3:7:31:27 chr2 133038580 . C T 43.69 PASS AF=0.126761;AO=9;DP=71;FAO=9;FDP=71;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0193769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.296;QD=2.46135;RBI=0.0219454;REFB=-0.00640595;REVB=-0.0103023;RO=60;SAF=5;SAR=4;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270714;STB=0.506315;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0301193;OID=.;OPOS=133038580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:71:71:60:62:9:9:0.126761:4:5:32:28:4:5:34:28 chr2 133038686 . A G 218.76 PASS AF=0.4;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0181293;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.148;QD=13.4621;RBI=0.0193839;REFB=-0.00247686;REVB=0.00686017;RO=38;SAF=2;SAR=24;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506057;STB=0.796383;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00277491;OID=.;OPOS=133038686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:38:39:26:26:0.4:24:2:14:24:24:2:14:25 chr2 133038693 . A T 190.92 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=1;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0280352;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.539;QD=11.5711;RBI=0.0280402;REFB=-0.00132981;REVB=0.00052966;RO=40;SAF=1;SAR=23;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.63353;STB=0.879941;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00151525;OID=.;OPOS=133038693;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:42:24:24:0.363636:23:1:15:25:23:1:15:27 chr2 133038729 . T G 263.98 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0838954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2901;QD=50.2813;RBI=0.084925;REFB=0;REVB=0.013184;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00300204;OID=.;OPOS=133038729;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:19:21:1:8:11:0:0:10:11:0:0 chr2 133039143 . C T 33.28 PASS AF=0.222222;AO=5;DP=26;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0141335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6699;QD=4.93012;RBI=0.0216857;REFB=-0.0103919;REVB=0.0164473;RO=21;SAF=3;SAR=2;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896301;STB=0.518457;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0814711;OID=.;OPOS=133039143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:26:27:21:21:5:6:0.222222:2:3:11:10:3:3:11:10 chr2 133039156 . TG CA,CG 81.31 PASS AF=0.166667,0.2;AO=5,6;DP=31;FAO=5,6;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=2,5;FSAR=3,1;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0165251,-0.00993253;FXX=0.0322477;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=177.803,161.495;QD=10.8415;RBI=0.0222271,0.0500867;REFB=-0.019259,0.00382487;REVB=-0.0148649,-0.0490919;RO=19;SAF=2,5;SAR=3,1;SRF=8;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0250969,0.48555;STB=0.517172,0.820818;STBP=0.959,0.09;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0488247,0.00336351;OID=.,.;OPOS=133039156,133039156;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:40:31:30:19:19:5,6:5,6:0.166667,0.2:3,1:2,5:8:11:3,1:2,5:8:11 chr2 133039164 . C T 35.31 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00412314;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.846;QD=4.55628;RBI=0.0245696;REFB=-0.019317;REVB=-0.0242212;RO=25;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265819;STB=0.680256;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0773708;OID=.;OPOS=133039164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:32:31:25:25:6:6:0.193548:4:2:14:11:4:2:14:11 chr2 133039166 . T C 39.86 PASS AF=0.21875;AO=6;DP=31;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0304152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2911;QD=4.98283;RBI=0.0582241;REFB=-0.0240398;REVB=-0.0496484;RO=25;SAF=6;SAR=0;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.726353;STB=0.856123;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0847475;OID=.;OPOS=133039166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:31:32:25:25:6:7:0.21875:0:6:10:15:1:6:10:15 chr2 133039221 . C T 62.1 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0161165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9462;QD=7.7627;RBI=0.0236744;REFB=-0.00135671;REVB=-0.0173417;RO=21;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142856;STB=0.586017;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00587721;OID=.;OPOS=133039221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:32:21:23:9:9:0.28125:5:4:12:9:5:4:13:10 chr2 133281214 . A G 747.5 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00839399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.985;QD=54.3634;RBI=0.0278281;REFB=-0.0739042;REVB=0.026532;RO=1;SAF=38;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122398;STB=0.506327;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00172551;OID=.;OPOS=133281214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:53:54:0.981818:15:38:1:0:15:39:1:0 chr2 133489601 . A G 546.78 PASS AF=0.644737;AO=47;DP=74;FAO=49;FDP=76;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0128572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.2422;QD=28.7779;RBI=0.024857;REFB=-0.019224;REVB=0.0212736;RO=27;SAF=21;SAR=26;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521718;STB=0.521227;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0132423;OID=.;OPOS=133489601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:27:27:47:49:0.644737:26:21:10:17:28:21:10:17 chr2 134884697 . G C 415.22 PASS AF=0.734694;AO=36;DP=50;FAO=36;FDP=49;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.000109572;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9058;QD=33.8952;RBI=0.0610505;REFB=-0.0781685;REVB=0.0610504;RO=13;SAF=15;SAR=21;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224941;STB=0.512188;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0220759;OID=.;OPOS=134884697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:13:13:36:36:0.734694:21:15:6:7:21:15:6:7 chr2 134884700 . G A 87.72 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0379403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.64;QD=6.88013;RBI=0.0380121;REFB=-0.00297858;REVB=-0.00233591;RO=39;SAF=5;SAR=7;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00802159;STB=0.505042;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.009909;OID=.;OPOS=134884700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:51:51:39:39:12:12:0.235294:7:5:16:23:7:5:16:23 chr2 135028002 . G A 507.19 PASS AF=0.5;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00999781;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.774;QD=20.7015;RBI=0.040481;REFB=-0.0181127;REVB=0.039227;RO=48;SAF=17;SAR=32;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143362;STB=0.58533;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0166605;OID=.;OPOS=135028002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:48:49:49:49:0.5:32:17:24:24:32:17:25:24 chr2 135710322 . A G 776.77 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.138785;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0599;QD=55.4833;RBI=0.139066;REFB=-0.0922883;REVB=0.00882781;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.512191;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00458681;OID=.;OPOS=135710322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:56:0:1:55:55:0.982143:35:20:0:0:35:20:1:0 chr2 135711657 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.137;QD=55.0987;RBI=0.0437533;REFB=0;REVB=0.018719;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108133;OID=.;OPOS=135711657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr2 135740863 . C A 125.67 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0603599;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.833;QD=10.2587;RBI=0.0610666;REFB=0.00171953;REVB=0.00926364;RO=34;SAF=5;SAR=10;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974757;STB=0.558743;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.0047165;OID=.;OPOS=135740863;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:34:34:15:15:0.306122:10:5:14:20:10:5:14:20 chr2 135744416 . C G 134.99 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0137674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.9392;QD=16.8738;RBI=0.0286047;REFB=-0.00434944;REVB=-0.0250736;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106803;STB=0.561102;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00290144;OID=.;OPOS=135744416;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:7:8:11:6:7:8:11:6 chr2 135745545 . C T 154.24 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=68;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0128028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.258;QD=8.94164;RBI=0.0175794;REFB=0.00675351;REVB=-0.0120467;RO=47;SAF=9;SAR=12;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144818;STB=0.578438;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.0205889;OID=.;OPOS=135745545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:47:48:21:21:0.304348:12:9:26:21:12:9:26:22 chr2 135911422 . T C 699.24 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=50;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0539434;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.7648;QD=57.0808;RBI=0.061845;REFB=-0.16925;REVB=0.0302476;RO=1;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170959;STB=0.505039;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00605198;OID=.;OPOS=135911422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:50:49:1:3:46:46:0.938776:27:19:0:1:27:19:1:2 chr2 136393658 . A G 175.0 PASS AF=0.372881;AO=21;DP=58;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0179679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.747;QD=11.8641;RBI=0.0197361;REFB=-0.016411;REVB=-0.00816499;RO=35;SAF=8;SAR=13;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112951;STB=0.556048;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.024805;OID=.;OPOS=136393658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:35:37:21:22:0.372881:13:8:10:25:13:9:12:25 chr2 136396300 . T C 179.05 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.000942961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4212;QD=12.5648;RBI=0.0132897;REFB=-0.0312327;REVB=-0.0132562;RO=34;SAF=16;SAR=6;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419697;STB=0.733966;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0178595;OID=.;OPOS=136396300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:34:35:22:22:0.385965:6:16:11:23:6:16:12:23 chr2 136407479 . A G 1107.76 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126515;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.601;QD=59.0808;RBI=0.012726;REFB=-0.0905438;REVB=-0.00137503;RO=1;SAF=56;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00837463;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216917;OID=.;OPOS=136407479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:75:75:1:0:74:75:1:18:56:1:0:18:57:0:0 chr2 136481627 . A AC,C 34.85 PASS AF=0.12381,0;AO=17,4;DP=108;FAO=13,0;FDP=105;FR=.;FRO=92;FSAF=2,0;FSAR=11,0;FSRF=33;FSRR=59;FWDB=-0.0443284,-0.0475351;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=84.9764,200.829;QD=1.32756;RBI=0.0443286,0.0484082;REFB=-0.00474132,-0.00625532;REVB=-0.000132898,-0.00915254;RO=87;SAF=3,0;SAR=14,4;SRF=35;SRR=52;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.334946,-0.396504;STB=0.732919,0.5;STBP=0.11,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.199548,0;OID=.,.;OPOS=136481628,136481627;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:108:105:87:92:17,4:13,0:0.12381,0:14,4:3,0:35:52:11,0:2,0:33:59 chr2 136482180 . T C 675.65 PASS AF=0.736842;AO=56;DP=76;FAO=56;FDP=76;FR=.;FRO=20;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0021593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.823;QD=35.5603;RBI=0.0317056;REFB=-0.0169319;REVB=0.031632;RO=20;SAF=22;SAR=34;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746138;STB=0.540066;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00340857;OID=.;OPOS=136482180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:20:20:56:56:0.736842:34:22:5:15:34:22:5:15 chr2 136511817 . A G 172.77 PASS AF=0.315068;AO=23;DP=73;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.00751066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4848;QD=9.46692;RBI=0.0204539;REFB=-0.00748456;REVB=0.0190251;RO=49;SAF=15;SAR=8;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498526;STB=0.523912;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0103323;OID=.;OPOS=136511817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:49:50:23:23:0.315068:8:15:30:19:8:15:31:19 chr2 136511842 . C A 409.07 PASS AF=0.72;AO=36;DP=51;FAO=36;FDP=50;FR=.;FRO=14;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0202491;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.681;QD=32.7255;RBI=0.0343085;REFB=-0.0529468;REVB=0.0276956;RO=14;SAF=21;SAR=15;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00631046;STB=0.503423;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0229485;OID=.;OPOS=136511842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:14:14:36:36:0.72:15:21:8:6:15:21:8:6 chr2 136561557 . G A 890.63 PASS AF=0.736842;AO=70;DP=94;FAO=70;FDP=95;FR=.;FRO=25;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00958102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.185;QD=37.5003;RBI=0.0117142;REFB=-0.0371377;REVB=0.00673991;RO=24;SAF=38;SAR=32;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403811;STB=0.516612;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0168004;OID=.;OPOS=136561557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:24:25:70:70:0.736842:32:38:11:13:32:38:12:13 chr2 136567841 . G A 398.3 PASS AF=0.609375;AO=38;DP=64;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.00244256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.273;QD=24.8936;RBI=0.0046683;REFB=-0.0212935;REVB=-0.00397831;RO=25;SAF=12;SAR=26;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303756;STB=0.512814;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0101158;OID=.;OPOS=136567841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:25:25:38:39:0.609375:26:12:7:18:27:12:7:18 chr2 136575534 . TT CC,CT 141.93 PASS AF=0.307692,0.692308;AO=4,8;DP=12;FAO=4,9;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4;FSAR=4,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268546,0.000299439;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=115.487,156.845;QD=43.6698;RBI=0.0291843,0.00351207;REFB=0,0;REVB=0.011426,0.00349929;RO=0;SAF=0,4;SAR=4,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0321818,0.0381237;OID=.,.;OPOS=136575534,136575534;OREF=TT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:12:13:0:0:4,8:4,9:0.307692,0.692308:4,4:0,4:0:0:4,5:0,4:0:0 chr2 136590746 . C T 1256.53 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5146;QD=61.2943;RBI=0.0411703;REFB=0;REVB=0.0176544;RO=1;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101833;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190028;OID=.;OPOS=136590746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:1:0:81:82:1:46:35:0:1:47:35:0:0 chr2 136623717 . C T 403.88 PASS AF=0.705882;AO=36;DP=51;FAO=36;FDP=51;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0318725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9948;QD=31.6769;RBI=0.0346029;REFB=-0.032409;REVB=0.0134724;RO=15;SAF=20;SAR=16;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121617;STB=0.506604;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0142826;OID=.;OPOS=136623717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:15:15:36:36:0.705882:16:20:8:7:16:20:8:7 chr2 136624155 . G A 296.24 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00943578;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.098;QD=22.3578;RBI=0.016027;REFB=-0.0216842;REVB=0.0129549;RO=23;SAF=14;SAR=16;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251641;STB=0.513915;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0157717;OID=.;OPOS=136624155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:23:23:30:30:0.566038:16:14:10:13:16:14:10:13 chr2 136690425 . A G 115.54 PASS AF=0.521739;AO=3;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0302669;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=193.836;QD=20.0937;RBI=0.0353177;REFB=-0.0453365;REVB=-0.0182004;RO=0;SAF=3;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.583194;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0203724;OID=.;OPOS=136690425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:23:23:0:10:3:12:0.521739:0:3:0:0:5:7:4:6 chr2 136700927 . T C 239.34 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00759235;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.611;QD=20.8117;RBI=0.0228872;REFB=-0.0121898;REVB=-0.0215912;RO=23;SAF=18;SAR=5;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414229;STB=0.734477;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00751608;OID=.;OPOS=136700927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:5:18:8:15:5:18:8:15 chr2 136743080 . G C 324.87 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=0.0043248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.204;QD=28.8773;RBI=0.0186407;REFB=-0.0556368;REVB=-0.018132;RO=16;SAF=15;SAR=13;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231271;STB=0.634059;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0219249;OID=.;OPOS=136743080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:17:28:28:0.622222:13:15:14:2:13:15:15:2 chr2 137814138 . T C 264.27 PASS AF=0.321101;AO=35;DP=109;FAO=35;FDP=109;FR=.;FRO=74;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=49;FSRR=25;FWDB=-0.00648936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.333;QD=9.69804;RBI=0.00704838;REFB=-0.0163683;REVB=0.00275097;RO=74;SAF=16;SAR=19;SRF=49;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236878;STB=0.636852;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0262636;OID=.;OPOS=137814138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:74:74:35:35:0.321101:19:16:49:25:19:16:49:25 chr2 137917922 . T A 225.14 PASS AF=0.295918;AO=28;DP=97;FAO=29;FDP=98;FR=.;FRO=69;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.0539379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.189;QD=9.18949;RBI=0.0544087;REFB=-0.0108903;REVB=0.00714183;RO=68;SAF=8;SAR=20;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185167;STB=0.594898;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0242977;OID=.;OPOS=137917922;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:68:69:28:29:0.295918:20:8:29:39:20:9:30:39 chr2 138030234 . C T 370.13 PASS AF=0.409524;AO=43;DP=105;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0280031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.622;QD=14.1003;RBI=0.0306685;REFB=-0.0101754;REVB=-0.0125054;RO=61;SAF=28;SAR=15;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220201;STB=0.620196;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0140364;OID=.;OPOS=138030234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:61:62:43:43:0.409524:15:28:27:34:15:28:28:34 chr2 138237038 . C T 724.37 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0380385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3876;QD=52.6813;RBI=0.0590851;REFB=-0.1349;REVB=-0.045212;RO=1;SAF=31;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149574;STB=0.515619;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00360126;OID=.;OPOS=138237038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:1:2:53:53:0.963636:22:31:1:0:22:31:2:0 chr2 138237093 . G A 128.9 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00416132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8971;QD=10.1095;RBI=0.00447612;REFB=-0.0174358;REVB=0.00164894;RO=35;SAF=10;SAR=6;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130061;STB=0.577791;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0681442;OID=.;OPOS=138237093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:6:10:18:17:6:10:18:17 chr2 138420996 . A G 1189.59 PASS AF=0.963855;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0244415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.776;QD=57.3296;RBI=0.0410726;REFB=-0.0870698;REVB=0.0330086;RO=3;SAF=42;SAR=38;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131283;STB=0.506939;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00130714;OID=.;OPOS=138420996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:83:83:3:3:80:80:0.963855:38:42:1:2:38:42:1:2 chr2 138759649 . C T 399.17 PASS AF=0.57971;AO=38;DP=69;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00967551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2365;QD=23.1402;RBI=0.0312128;REFB=-0.0286688;REVB=-0.0296753;RO=28;SAF=15;SAR=23;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00151759;STB=0.519752;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.023422;OID=.;OPOS=138759649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:28:29:38:40:0.57971:23:15:11:17:23:17:11:18 chr2 138773229 . G A 706.37 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00723201;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.373;QD=62.7886;RBI=0.075159;REFB=0;REVB=-0.0748102;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181604;OID=.;OPOS=138773229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:23:21:0:0:23:22:0:0 chr2 139045855 . C T 373.28 PASS AF=0.62069;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0534876;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0494;QD=25.7435;RBI=0.0535306;REFB=-0.00694875;REVB=-0.00214673;RO=22;SAF=17;SAR=19;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507129;STB=0.527762;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0057177;OID=.;OPOS=139045855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:22:22:36:36:0.62069:19:17:12:10:19:17:12:10 chr2 139045929 . C T 395.69 PASS AF=0.622951;AO=38;DP=61;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.0105123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9367;QD=25.9472;RBI=0.0135214;REFB=-0.0448513;REVB=0.00850408;RO=23;SAF=17;SAR=21;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169888;STB=0.592766;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.021599;OID=.;OPOS=139045929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:23:38:38:0.622951:21:17:16:7:21:17:16:7 chr2 139045972 . T C 886.88 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0486958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0201;QD=56.3098;RBI=0.0494984;REFB=-0.0371349;REVB=0.00887751;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00115244;OID=.;OPOS=139045972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:29:33:0:0:29:33:1:0 chr2 139045987 . C T 603.21 PASS AF=0.693333;AO=51;DP=74;FAO=52;FDP=75;FR=.;FRO=23;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0114436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.675;QD=32.1713;RBI=0.0131875;REFB=-0.017465;REVB=-0.00655401;RO=23;SAF=25;SAR=26;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181257;STB=0.512566;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00534879;OID=.;OPOS=139045987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:23:23:51:52:0.693333:26:25:12:11:27:25:12:11 chr2 139326879 . G C 993.99 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156211;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.65;QD=59.3424;RBI=0.0177527;REFB=0;REVB=0.00843428;RO=0;SAF=28;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68901e-05;OID=.;OPOS=139326879;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:39:28:0:0:39:28:0:0 chr2 139327084 . A G 126.6 PASS AF=0.246753;AO=19;DP=77;FAO=19;FDP=77;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.00949546;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.508;QD=6.57657;RBI=0.0108007;REFB=-0.000439332;REVB=0.005147;RO=58;SAF=7;SAR=12;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122626;STB=0.575378;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0015112;OID=.;OPOS=139327084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:58:58:19:19:0.246753:12:7:27:31:12:7:27:31 chr2 139621319 . A ATCT 254.53 PASS AF=0.314815;AO=34;DP=112;FAO=34;FDP=108;FR=.;FRO=74;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=47;FWDB=-0.0131096;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=3;MLLD=208.338;QD=9.42708;RBI=0.0163796;REFB=-0.0180771;REVB=-0.00981978;RO=74;SAF=13;SAR=21;SRF=27;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218665;STB=0.512754;STBP=0.872;TYPE=ins;VARB=0.0325365;OID=.;OPOS=139621320;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=ATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314815:34:112:34:108:74:13:21:27:47:99:74:13:21:27:47 chr2 139621326 . G A 310.98 PASS AF=0.354545;AO=37;DP=107;FAO=39;FDP=110;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=0.00658721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1295;QD=11.3083;RBI=0.00687015;REFB=-0.00357191;REVB=-0.00195131;RO=69;SAF=14;SAR=23;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00188281;STB=0.502957;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0108858;OID=.;OPOS=139621326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:110:69:71:37:39:0.354545:23:14:26:43:24:15:27:44 chr2 140979107 . C T 301.18 PASS AF=0.282759;AO=37;DP=144;FAO=41;FDP=145;FR=.,HEALED;FRO=104;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=45;FSRR=59;FWDB=-0.00513095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.936;QD=8.3084;RBI=0.0747031;REFB=-0.0210176;REVB=-0.0745267;RO=79;SAF=17;SAR=20;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696275;STB=0.522215;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0406266;OID=.;OPOS=140979107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:79:104:37:41:0.282759:20:17:41:38:22:19:45:59 chr2 141032088 . C T 650.21 PASS AF=0.572727;AO=63;DP=110;FAO=63;FDP=110;FR=.;FRO=47;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00147273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.985;QD=23.6439;RBI=0.00149331;REFB=-0.0206761;REVB=-0.000247112;RO=46;SAF=40;SAR=23;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917027;STB=0.546267;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0170288;OID=.;OPOS=141032088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:46:47:63:63:0.572727:23:40:24:22:23:40:25:22 chr2 141113924 . G T 328.1 PASS AF=0.54902;AO=23;DP=50;FAO=28;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00135391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.486;QD=25.7335;RBI=0.0234436;REFB=-0.0127884;REVB=0.0234044;RO=19;SAF=12;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465365;STB=0.546249;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0101328;OID=.;OPOS=141113924;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:19:19:23:28:0.54902:11:12:11:8:15:13:11:8 chr2 141113930 . C T 348.26 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00716661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.565;QD=27.8611;RBI=0.00872009;REFB=-0.0106381;REVB=-0.00496787;RO=20;SAF=13;SAR=17;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120955;STB=0.566622;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0152369;OID=.;OPOS=141113930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:17:13:12:8:17:13:12:8 chr2 141260668 . A G 788.87 PASS AF=0.564885;AO=74;DP=131;FAO=74;FDP=131;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=19;FSRR=38;FWDB=0.0522755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3348;QD=24.0875;RBI=0.0537957;REFB=-0.0124529;REVB=-0.0126987;RO=57;SAF=29;SAR=45;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496107;STB=0.527035;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00909972;OID=.;OPOS=141260668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:57:57:74:74:0.564885:45:29:19:38:45:29:19:38 chr2 141274576 . T C 49.06 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0222207;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.591;QD=4.00459;RBI=0.0234904;REFB=-0.00381278;REVB=-0.00761823;RO=41;SAF=5;SAR=3;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195527;STB=0.634184;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0152137;OID=.;OPOS=141274576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:49:41:41:8:8:0.163265:3:5:19:22:3:5:19:22 chr2 141457962 . C T 109.24 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0146069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.201;QD=8.56745;RBI=0.0149485;REFB=-0.00165673;REVB=0.00317735;RO=37;SAF=1;SAR=13;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.608547;STB=0.884646;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00439173;OID=.;OPOS=141457962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:37:37:14:14:0.27451:13:1:18:19:13:1:18:19 chr2 141571329 . T C 621.65 PASS AF=0.611111;AO=55;DP=90;FAO=55;FDP=90;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0187681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.361;QD=27.6288;RBI=0.0192391;REFB=-0.0182465;REVB=0.00423097;RO=34;SAF=15;SAR=40;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18209;STB=0.595312;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0101742;OID=.;OPOS=141571329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:34:35:55:55:0.611111:40:15:17:17:40:15:17:18 chr2 141709419 . T G 873.74 PASS AF=0.917808;AO=65;DP=73;FAO=67;FDP=73;FR=.;FRO=6;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0863012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.7155;QD=47.876;RBI=0.0975948;REFB=-0.163099;REVB=0.0455724;RO=7;SAF=40;SAR=25;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357701;STB=0.509641;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0134565;OID=.;OPOS=141709419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:73:73:7:6:65:67:0.917808:25:40:3:4:26:41:3:3 chr2 141750164 . A T 122.93 PASS AF=0.22619;AO=19;DP=84;FAO=19;FDP=84;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.00378457;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.188;QD=5.85369;RBI=0.036425;REFB=-0.0100955;REVB=-0.0362278;RO=65;SAF=9;SAR=10;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928626;STB=0.557463;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0345177;OID=.;OPOS=141750164;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:65:65:19:19:0.22619:10:9:26:39:10:9:26:39 chr2 141751592 . G A 823.88 PASS AF=0.614754;AO=75;DP=121;FAO=75;FDP=122;FR=.;FRO=47;FSAF=54;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00446689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.133;QD=27.0123;RBI=0.0168925;REFB=-0.00654983;REVB=0.0162913;RO=46;SAF=54;SAR=21;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205699;STB=0.617035;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00455071;OID=.;OPOS=141751592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:46:47:75:75:0.614754:21:54:21:25:21:54:21:26 chr2 141816621 . A G 766.43 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.437;QD=63.8691;RBI=0.0307751;REFB=0;REVB=0.009486;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20616e-05;OID=.;OPOS=141816621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:20:27:0:0:20:28:0:0 chr2 142567910 . T C 388.03 PASS AF=0.622951;AO=36;DP=61;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00815187;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.945;QD=25.4448;RBI=0.025168;REFB=-0.0283875;REVB=-0.0238112;RO=21;SAF=16;SAR=20;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043547;STB=0.531234;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00855243;OID=.;OPOS=142567910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:21:23:36:38:0.622951:20:16:8:13:20:18:9:14 chr2 144899559 . C A 117.6 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0395514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0475;QD=7.58716;RBI=0.0602462;REFB=0.00985923;REVB=-0.0454455;RO=44;SAF=4;SAR=13;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239597;STB=0.656943;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.033365;OID=.;OPOS=144899559;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:44:45:17:17:0.274194:13:4:18:26:13:4:19:26 chr2 147345583 . C T 72.44 PASS AF=0.175676;AO=13;DP=73;FAO=13;FDP=74;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0188627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.518;QD=3.91587;RBI=0.0346478;REFB=-0.00803221;REVB=-0.0290631;RO=60;SAF=5;SAR=8;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204992;STB=0.627904;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0330139;OID=.;OPOS=147345583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:73:74:60:61:13:13:0.175676:8:5:33:27:8:5:33:28 chr2 149803531 . C T 358.52 PASS AF=0.447059;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.0773203;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.86;QD=16.8715;RBI=0.0829503;REFB=0.00196322;REVB=-0.0300386;RO=44;SAF=10;SAR=28;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117472;STB=0.538441;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=-0.00332818;OID=.;OPOS=149803531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:44:47:38:38:0.447059:28:10:12:32:28:10:15:32 chr2 149838032 . C T 862.39 PASS AF=0.497143;AO=87;DP=175;FAO=87;FDP=175;FR=.;FRO=88;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=35;FSRR=53;FWDB=-0.0148312;FXX=0.0056815;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.129;QD=19.7117;RBI=0.0153589;REFB=-0.0228553;REVB=0.00399155;RO=88;SAF=40;SAR=47;SRF=35;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573884;STB=0.531554;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0247267;OID=.;OPOS=149838032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:88:88:87:87:0.497143:47:40:35:53:47:40:35:53 chr2 150432976 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00858702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.509;QD=55.0987;RBI=0.0105847;REFB=0;REVB=-0.00618856;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00033e-05;OID=.;OPOS=150432976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr2 151219315 . C T 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.881;QD=58.0595;RBI=0.0320545;REFB=0;REVB=0.0223364;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162273;OID=.;OPOS=151219315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chr2 152118271 . G A 319.4 PASS AF=0.308824;AO=42;DP=136;FAO=42;FDP=136;FR=.;FRO=94;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=54;FWDB=-0.00651224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.554;QD=9.39405;RBI=0.00668409;REFB=-0.0148505;REVB=-0.0015059;RO=94;SAF=22;SAR=20;SRF=40;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116164;STB=0.567611;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0250581;OID=.;OPOS=152118271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:94:94:42:42:0.308824:20:22:40:54:20:22:40:54 chr2 152118275 . A G 316.96 PASS AF=0.303704;AO=41;DP=133;FAO=41;FDP=135;FR=.;FRO=94;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=38;FSRR=56;FWDB=-0.0428257;FXX=0.0287749;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3458;QD=9.39128;RBI=0.0459722;REFB=-0.00821292;REVB=-0.0167153;RO=92;SAF=20;SAR=21;SRF=39;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760387;STB=0.558348;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0176365;OID=.;OPOS=152118275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:92:94:41:41:0.303704:21:20:39:53:21:20:38:56 chr2 152132130 . A G 851.16 PASS AF=0.58209;AO=78;DP=135;FAO=78;FDP=134;FR=.;FRO=56;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0176289;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.601;QD=25.4077;RBI=0.0183328;REFB=-0.00164191;REVB=0.00503149;RO=55;SAF=37;SAR=41;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290133;STB=0.511714;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00105068;OID=.;OPOS=152132130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:55:56:78:78:0.58209:41:37:24:31:41:37:25:31 chr2 152138522 . T C 714.9 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0111718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.517;QD=60.8429;RBI=0.0372455;REFB=0.0423715;REVB=-0.0355305;RO=1;SAF=24;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191868;STB=0.5102;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00144556;OID=.;OPOS=152138522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:22:24:1:0:22:24:1:0 chr2 152139416 . G A 346.36 PASS AF=0.198675;AO=59;DP=300;FAO=60;FDP=302;FR=.;FRO=242;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=92;FSRR=150;FWDB=0.0134039;FXX=0.00330022;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.26;QD=4.58753;RBI=0.0216297;REFB=-0.00580852;REVB=0.0169759;RO=231;SAF=36;SAR=23;SRF=89;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283617;STB=0.670897;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0191813;OID=.;OPOS=152139416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:302:231:242:59:60:0.198675:23:36:89:142:24:36:92:150 chr2 152228757 . A G 330.8 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0164221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.746;QD=50.8921;RBI=0.0182541;REFB=-0.150824;REVB=-0.0079703;RO=1;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403161;STB=0.521722;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000972945;OID=.;OPOS=152228757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:11:14:0:1:11:14:0:1 chr2 152266473 . T C 248.19 PASS AF=0.357143;AO=29;DP=84;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0252131;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.11;QD=11.8187;RBI=0.0372097;REFB=-0.0146063;REVB=-0.0273654;RO=51;SAF=16;SAR=13;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248535;STB=0.531229;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0265523;OID=.;OPOS=152266473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:54:29:30:0.357143:13:16:27:24:13:17:28:26 chr2 152311570 . G A 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.908;QD=57.7123;RBI=0.0402318;REFB=0;REVB=0.0158594;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134782;OID=.;OPOS=152311570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr2 152314385 . G A 628.37 PASS AF=0.764706;AO=52;DP=69;FAO=52;FDP=68;FR=.;FRO=16;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00255872;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.04;QD=36.9631;RBI=0.00683918;REFB=-0.00909734;REVB=0.0063425;RO=15;SAF=25;SAR=27;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496808;STB=0.519223;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00426312;OID=.;OPOS=152314385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:15:16:52:52:0.764706:27:25:9:6:27:25:9:7 chr2 152317669 . G A 151.8 PASS AF=0.295775;AO=21;DP=71;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=17;FWDB=-0.0194785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.625;QD=8.55182;RBI=0.0291175;REFB=-0.00257434;REVB=0.021643;RO=50;SAF=11;SAR=10;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163997;STB=0.596927;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00837761;OID=.;OPOS=152317669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:50:50:21:21:0.295775:10:11:33:17:10:11:33:17 chr2 152320118 . G A 580.62 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00164627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.054;QD=58.0623;RBI=0.0125437;REFB=-0.129143;REVB=0.0124352;RO=1;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240334;STB=0.512814;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000509294;OID=.;OPOS=152320118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:19:20:0:1:19:20:0:1 chr2 152322095 . A T 145.11 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8866;QD=44.6488;RBI=0.113916;REFB=0;REVB=0.109657;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00632394;OID=.;OPOS=152322095;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr2 152331418 . C G 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00904708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.268;QD=60.5101;RBI=0.00997256;REFB=0.0269514;REVB=-0.00419549;RO=1;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164911;STB=0.508768;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.000188264;OID=.;OPOS=152331418;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:28:17:0:1:28:17:0:1 chr2 152352843 . C G 2683.89 PASS AF=1;AO=171;DP=173;FAO=172;FDP=172;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00192956;FXX=0.022726;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.187;QD=62.4161;RBI=0.0131032;REFB=0;REVB=-0.0129603;RO=0;SAF=87;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.14305e-05;OID=.;OPOS=152352843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:172:0:0:171:172:1:84:87:0:0:85:87:0:0 chr2 152387553 . T C 748.89 PASS AF=0.503311;AO=76;DP=151;FAO=76;FDP=151;FR=.;FRO=75;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=31;FSRR=44;FWDB=-0.0142935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.02;QD=19.838;RBI=0.014589;REFB=-0.00858059;REVB=0.00292147;RO=74;SAF=40;SAR=36;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108107;STB=0.555927;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0101855;OID=.;OPOS=152387553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:74:75:76:76:0.503311:36:40:30:44:36:40:31:44 chr2 152398045 . G C 186.74 PASS AF=0.423077;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0241035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6283;QD=14.3642;RBI=0.0328563;REFB=-0.00407165;REVB=-0.0223285;RO=27;SAF=7;SAR=14;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15399;STB=0.599908;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00759238;OID=.;OPOS=152398045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:27:30:21:22:0.423077:14:7:13:14:14:8:16:14 chr2 152404218 . T A 206.36 PASS AF=0.27027;AO=30;DP=112;FAO=30;FDP=111;FR=.;FRO=81;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=51;FSRR=30;FWDB=-0.00837055;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7933;QD=7.43647;RBI=0.0164408;REFB=-0.0162025;REVB=0.0141505;RO=77;SAF=15;SAR=15;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134139;STB=0.594534;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0478881;OID=.;OPOS=152404218;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:77:81:30:30:0.27027:15:15:47:30:15:15:51:30 chr2 152419157 . G A 92.13 PASS AF=0.214286;AO=15;DP=69;FAO=15;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=17;FWDB=0.0170907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.138;QD=5.2647;RBI=0.0189083;REFB=-0.0119252;REVB=0.00808895;RO=54;SAF=7;SAR=8;SRF=38;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294754;STB=0.672689;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0396911;OID=.;OPOS=152419157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:69:70:54:55:15:15:0.214286:8:7:38:16:8:7:38:17 chr2 152422076 . C G 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00995201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.658;QD=62.3463;RBI=0.0215171;REFB=0;REVB=0.0190773;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136118;OID=.;OPOS=152422076;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr2 152422087 . A G 366.52 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=45;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0139701;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.554;QD=33.3195;RBI=0.023531;REFB=-0.0171065;REVB=-0.0189353;RO=14;SAF=13;SAR=17;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132777;STB=0.572281;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00660874;OID=.;OPOS=152422087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:14:14:30:30:0.681818:17:13:3:11:17:13:3:11 chr2 152432811 . A T 116.47 PASS AF=0.230769;AO=18;DP=79;FAO=18;FDP=78;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=18;FWDB=-0.0158669;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4631;QD=5.97283;RBI=0.0272868;REFB=-0.005267;REVB=-0.0221994;RO=58;SAF=7;SAR=11;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359737;STB=0.726193;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0142239;OID=.;OPOS=152432811;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:58:60:18:18:0.230769:11:7:40:18:11:7:42:18 chr2 152476130 . C T 279.2 PASS AF=0.274648;AO=38;DP=140;FAO=39;FDP=142;FR=.;FRO=103;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=52;FSRR=51;FWDB=-0.00167685;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.659;QD=7.86472;RBI=0.0109829;REFB=-0.0132484;REVB=0.0108542;RO=101;SAF=20;SAR=18;SRF=51;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261681;STB=0.524417;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0345337;OID=.;OPOS=152476130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:142:101:103:38:39:0.274648:18:20:51:50:18:21:52:51 chr2 152490219 . A G 2380.34 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.086;QD=63.9017;RBI=0.0280003;REFB=0;REVB=0.0240292;RO=0;SAF=78;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028903;OID=.;OPOS=152490219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:144:149:0:0:143:149:1:65:78:0:0:67:82:0:0 chr2 152490458 . A G 2291.33 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00462212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.902;QD=63.6479;RBI=0.0278075;REFB=0;REVB=0.0274207;RO=0;SAF=62;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19551e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23818e-05;OID=.;OPOS=152490458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:144:0:0:143:144:1:81:62:0:0:82:62:0:0 chr2 152496526 . A G 1153.37 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0830404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4807;QD=59.1474;RBI=0.0837446;REFB=-0.065172;REVB=-0.0108375;RO=1;SAF=40;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011681;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00222354;OID=.;OPOS=152496526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:76:78:1:0:74:78:1:34:40:1:0:35:43:0:0 chr2 152515683 . G A 481.82 PASS AF=0.656716;AO=44;DP=67;FAO=44;FDP=67;FR=.;FRO=23;FSAF=0;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=23;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.713;QD=28.7654;RBI=0.00567762;REFB=-0.0181985;REVB=0.00567762;RO=23;SAF=0;SAR=44;SRF=0;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0093128;OID=.;OPOS=152515683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:23:23:44:44:0.656716:44:0:0:23:44:0:0:23 chr2 152521096 . C T 940.77 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0399911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9368;QD=57.0161;RBI=0.0453677;REFB=0.0461606;REVB=-0.0214229;RO=1;SAF=36;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129402;STB=0.506847;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00403598;OID=.;OPOS=152521096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:66:1:1:64:65:0.984848:28:36:1:0:29:36:1:0 chr2 152527608 . C T 2020.97 PASS AF=1;AO=128;DP=131;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158891;FXX=0.0300729;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.203;QD=62.6657;RBI=0.0158895;REFB=0;REVB=-0.000103834;RO=0;SAF=57;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.56418e-05;OID=.;OPOS=152527608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:129:0:0:128:129:1:71:57:0:0:72:57:0:0 chr2 152698480 . C T 939.21 PASS AF=0.731481;AO=79;DP=109;FAO=79;FDP=108;FR=.;FRO=29;FSAF=49;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.00775128;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.714;QD=34.7856;RBI=0.0121127;REFB=-0.0108188;REVB=-0.00930777;RO=29;SAF=49;SAR=30;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186558;STB=0.509997;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00584512;OID=.;OPOS=152698480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:29:29:79:79:0.731481:30:49:19:10:30:49:19:10 chr2 152988610 . C CT,T 681.84 PASS AF=0.979167,0.0208333;AO=42,2;DP=48;FAO=47,1;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=24,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0543515,-0.0631861;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=22.9434,7.63828;QD=56.8196;RBI=0.0738499,0.0840164;REFB=0,0;REVB=-0.0499972,-0.0553738;RO=3;SAF=20,1;SAR=22,1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0238127,-0.142842;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00383401,0.0252573;OID=.,.;OPOS=152988611,152988610;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:48:48:3:0:42,2:47,1:0.979167,0.0208333:22,1:20,1:2:1:24,1:23,0:0:0 chr2 153405594 . G A 601.76 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0152394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.407;QD=58.7084;RBI=0.0204997;REFB=-0.132937;REVB=0.0137112;RO=1;SAF=19;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240441;STB=0.512814;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000547253;OID=.;OPOS=153405594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:41:41:1:1:40:40:0.97561:21:19:1:0:21:19:1:0 chr2 153476066 . G GCCA 219.52 PASS AF=0.95;AO=4;DP=28;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0.0475964;HRUN=5;LEN=3;MLLD=171.6;QD=43.9032;RBI=0.0295894;REFB=-0.151782;REVB=0.0295894;RO=22;SAF=0;SAR=4;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.570884;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00973544;OID=.;OPOS=153476067;OREF=-;OALT=CCA;OMAPALT=GCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.95:4:28:19:20:1:0:19:0:1:6:22:0:4:6:16 chr2 153476069 . C A 91.29 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=140.229;QD=17.3894;RBI=0.013225;REFB=-0.0386293;REVB=0.013225;RO=10;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0214934;OID=.;OPOS=153476069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:21:10:10:11:11:0.52381:11:0:0:10:11:0:0:10 chr2 153476072 . T C 129.67 PASS AF=0.666667;AO=13;DP=20;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=0;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.84;QD=24.6988;RBI=0.0579576;REFB=-0.0650749;REVB=0.0579576;RO=7;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0636956;OID=.;OPOS=153476072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:21:7:7:13:14:0.666667:13:0:0:7:14:0:0:7 chr2 153511027 . T C 370.38 PASS AF=0.448276;AO=39;DP=87;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=38;FWDB=0.0111609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.732;QD=17.0289;RBI=0.0454486;REFB=-0.0125712;REVB=0.0440569;RO=47;SAF=19;SAR=20;SRF=10;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27272;STB=0.655101;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00686715;OID=.;OPOS=153511027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:47:48:39:39:0.448276:20:19:10:37:20:19:10:38 chr2 153533260 . G A 112.68 PASS AF=0.195876;AO=18;DP=97;FAO=19;FDP=97;FR=.;FRO=78;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=51;FWDB=-0.0101696;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.799;QD=4.64662;RBI=0.0318251;REFB=-0.0109178;REVB=-0.0301565;RO=77;SAF=7;SAR=11;SRF=26;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0697493;STB=0.562933;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0442498;OID=.;OPOS=153533260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:77:78:18:19:0.195876:11:7:26:51:11:8:27:51 chr2 153577013 . G A 382.68 PASS AF=0.616667;AO=36;DP=59;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00901726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.8;QD=25.5123;RBI=0.0147299;REFB=-0.0157633;REVB=-0.0116473;RO=22;SAF=19;SAR=17;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192716;STB=0.503154;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0100178;OID=.;OPOS=153577013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:22:23:36:37:0.616667:17:19:11:11:18:19:12:11 chr2 155265623 . G A 728.38 PASS AF=0.982143;AO=49;DP=52;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00786177;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.765;QD=52.0273;RBI=0.02432;REFB=-0.131018;REVB=0.0230143;RO=2;SAF=30;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00869726;STB=0.511624;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00392448;OID=.;OPOS=155265623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:56:2:1:49:55:0.982143:19:30:1:1:21:34:0:1 chr2 155307335 . TG CT,TC 1629.81 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=4,101;DP=112;FAO=4,108;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=0,49;FSAR=4,59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00581228,-0.00715161;FXX=0.00884877;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=165.582,130.462;QD=58.2074;RBI=0.00712717,0.011053;REFB=0,0;REVB=0.0041248,-0.00842754;RO=0;SAF=0,47;SAR=4,54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0187274,0.000689064;OID=.,.;OPOS=155307335,155307336;OREF=TG,G;OALT=CT,C;OMAPALT=CT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:112:112:0:0:4,101:4,108:0.0357143,0.964286:4,54:0,47:0:0:4,59:0,49:0:0 chr2 157189011 . GT CC,CT 491.28 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=2,32;DP=34;FAO=2,32;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=2,23;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122529,0.0236658;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=118.683,112.087;QD=57.7975;RBI=0.0123372,0.0297291;REFB=0,0;REVB=-0.00143971,-0.0179929;RO=0;SAF=2,23;SAR=0,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.02243e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0460455,0.00225282;OID=.,.;OPOS=157189011,157189011;OREF=GT,G;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:34:0:0:2,32:2,32:0.0588235,0.941176:0,9:2,23:0:0:0,9:2,23:0:0 chr2 157257361 . G A 1061.04 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7857;QD=59.7769;RBI=0.0452726;REFB=0;REVB=-0.00678977;RO=0;SAF=22;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111563;OID=.;OPOS=157257361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:48:22:0:0:49:22:0:0 chr2 157257364 . G GT,T 81.5 PASS AF=0.33871,0;AO=11,11;DP=68;FAO=21,0;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=12,0;FSAR=9,0;FSRF=8;FSRR=33;FWDB=-0.00826153,-0.00474106;FXX=0.0158705;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=13.4266,195.312;QD=5.2582;RBI=0.0185707,0.00964197;REFB=-0.107872,0.00291717;REVB=0.0166318,-0.00839583;RO=46;SAF=3,10;SAR=8,1;SRF=9;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.132084,0.744442;STB=0.736654,0.5;STBP=0.02,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.150142,0;OID=.,.;OPOS=157257365,157257364;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:68:62:46:41:11,11:21,0:0.33871,0:8,1:3,10:9:37:9,0:12,0:8:33 chr2 157406249 . G A 934.23 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408734;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6159;QD=57.4908;RBI=0.0499745;REFB=-0.0876158;REVB=0.0287544;RO=1;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149923;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00247599;OID=.;OPOS=157406249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:65:65:1:0:64:65:1:31:33:0:1:32:33:0:0 chr2 158155446 . ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCG ACGGAAGACCGGAAGACCG,ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCA 665.31 PASS AF=0.791667,0.208333;AO=35,7;DP=50;FAO=38,10;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18,5;FSAR=20,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00329072,0.0310001;FXX=0.0769083;HRUN=2,2;LEN=8,1;MLLD=222.818,256.203;QD=55.4428;RBI=0.010339,0.0330676;REFB=0,0;REVB=0.00980128,-0.0115092;RO=0;SAF=16,4;SAR=19,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.1382e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00475038,0.0219069;OID=.,.;OPOS=158155447,158155472;OREF=CGGAAGAC,G;OALT=-,A;OMAPALT=ACGGAAGACCGGAAGACCG,ACGGAAGACCGGAAGACCGGAAGACCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.791667,0.208333:35,7:50:38,10:48:0:18,5:20,5:0:0:68:0:16,4:19,3:0:0 chr2 158155480 . A G 49.01 PASS AF=0.15;AO=8;DP=59;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0137032;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.876;QD=3.26726;RBI=0.0478192;REFB=-0.011022;REVB=-0.0458138;RO=51;SAF=5;SAR=3;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230302;STB=0.695229;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0476492;OID=.;OPOS=158155480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:59:60:51:51:8:9:0.15:3:5:22:29:3:6:22:29 chr2 158155576 . G A 439.06 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0109136;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=227.768;QD=50.1786;RBI=0.0109152;REFB=-0.162537;REVB=-0.00018572;RO=1;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207543;STB=0.531895;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00147792;OID=.;OPOS=158155576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:35:35:1:3:32:32:0.914286:22:10:0:1:22:10:0:3 chr2 158157361 . C T 3170.84 PASS AF=1;AO=204;DP=209;FAO=207;FDP=207;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=122;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109549;FXX=0.0189564;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.601;QD=61.2722;RBI=0.0155789;REFB=0;REVB=0.0110767;RO=0;SAF=85;SAR=119;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18562e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119793;OID=.;OPOS=158157361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:209:207:0:0:204:207:1:119:85:0:0:122:85:0:0 chr2 158291187 . A AC 330.4 PASS AF=1;AO=3;DP=27;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0783212;FXX=0.0384468;HRUN=0;LEN=1;MLLD=240.048;QD=52.8639;RBI=0.0798371;REFB=0;REVB=-0.015484;RO=24;SAF=2;SAR=1;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179144;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.7018e-05;OID=.;OPOS=158291188;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:27:25:25:0:13:12:0:0:4:24:2:1:12:12 chr2 158291188 . A C 279.04 PASS AF=0.851852;AO=23;DP=27;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0128037;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=252.483;QD=41.3389;RBI=0.0204451;REFB=0.0284386;REVB=0.0159395;RO=3;SAF=12;SAR=11;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309352;STB=0.503223;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=-0.000231955;OID=.;OPOS=158291188;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:27:27:3:4:23:23:0.851852:11:12:2:1:11:12:2:2 chr2 158386938 . C T 746.1 PASS AF=0.73494;AO=60;DP=83;FAO=61;FDP=83;FR=.;FRO=22;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0113755;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.257;QD=35.9565;RBI=0.0485867;REFB=-0.0217691;REVB=-0.0472363;RO=20;SAF=29;SAR=31;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00776496;STB=0.502172;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00510167;OID=.;OPOS=158386938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:20:22:60:61:0.73494:31:29:10:10:31:30:11:11 chr2 158390168 . A G 588.52 PASS AF=0.595506;AO=53;DP=89;FAO=53;FDP=89;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0402191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6508;QD=26.4504;RBI=0.056171;REFB=-0.000617717;REVB=0.0392124;RO=35;SAF=27;SAR=26;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079744;STB=0.548669;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.000977341;OID=.;OPOS=158390168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:35:36:53:53:0.595506:26:27:14:21:26:27:14:22 chr2 158443889 . G A 430.47 PASS AF=0.594203;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=69;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00105655;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.366;QD=24.9545;RBI=0.0340712;REFB=-0.0122285;REVB=0.0340548;RO=28;SAF=22;SAR=19;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259979;STB=0.514238;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00971483;OID=.;OPOS=158443889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:28:28:41:41:0.594203:19:22:16:12:19:22:16:12 chr2 158626980 . C T 1134.98 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00372742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.724;QD=60.5325;RBI=0.00380014;REFB=0;REVB=-0.000739828;RO=0;SAF=27;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9608e-06;OID=.;OPOS=158626980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:47:27:0:0:48:27:0:0 chr2 158636910 . G A 1556.51 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.875;QD=59.8656;RBI=0.0488139;REFB=0;REVB=0.0395788;RO=0;SAF=60;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.86105e-05;OID=.;OPOS=158636910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:44:60:0:0:44:60:0:0 chr2 159166069 . TT CC,CT 637.29 PASS AF=0.047619,0.952381;AO=2,39;DP=42;FAO=2,40;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=2,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00883337,0.0522443;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=104.143,46.713;QD=60.6945;RBI=0.0122449,0.0758395;REFB=0,0;REVB=-0.00847989,0.0549743;RO=0;SAF=0,15;SAR=2,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0569529,0.0101803;OID=.,.;OPOS=159166069,159166069;OREF=TT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:42:42:0:0:2,39:2,40:0.047619,0.952381:2,24:0,15:0:0:2,24:0,16:0:0 chr2 159195282 . C T 354.05 PASS AF=0.625;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00802909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.824;QD=29.5045;RBI=0.00958744;REFB=-0.00339196;REVB=0.00523953;RO=16;SAF=20;SAR=10;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609558;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194424;OID=.;OPOS=159195282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:16:18:30:30:0.625:10:20:12:4:10:20:12:6 chr2 159196771 . T C 583.89 PASS AF=0.714286;AO=50;DP=70;FAO=50;FDP=70;FR=.;FRO=20;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0351493;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0098;QD=33.3653;RBI=0.0360794;REFB=-0.00802107;REVB=0.00813927;RO=18;SAF=30;SAR=20;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505733;STB=0.543842;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00346261;OID=.;OPOS=159196771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:18:20:50:50:0.714286:20:30:9:9:20:30:9:11 chr2 159222561 . T C 282.21 PASS AF=0.56;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0320983;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.427;QD=22.5767;RBI=0.0336008;REFB=-0.00796966;REVB=0.00993559;RO=21;SAF=15;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827791;STB=0.555516;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00733274;OID=.;OPOS=159222561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:21:22:28:28:0.56:13:15:9:12:13:15:9:13 chr2 159537868 . A G 619.53 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00355705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.691;QD=59.0029;RBI=0.0125734;REFB=-0.136525;REVB=0.0120597;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509086;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.000719478;OID=.;OPOS=159537868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:14:27:0:0:14:27:1:0 chr2 159663599 . T C 1029.94 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00144105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.218;QD=58.025;RBI=0.0139228;REFB=0.000185715;REVB=-0.013848;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-4.08132e-05;OID=.;OPOS=159663599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:71:0:1:70:70:0.985915:33:37:0:0:33:37:1:0 chr2 160019863 . A G 568.71 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.0372;QD=59.8637;RBI=0.0254334;REFB=0;REVB=-0.0196517;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000246895;OID=.;OPOS=160019863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr2 160035207 . T C 719.34 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.177;QD=62.5517;RBI=0.0575561;REFB=0;REVB=0.0110585;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123241;OID=.;OPOS=160035207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:29:16:0:0:29:17:0:0 chr2 160084473 . A C 221.71 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.025044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.3467;QD=12.3171;RBI=0.0356784;REFB=-0.00194506;REVB=0.0254115;RO=45;SAF=14;SAR=13;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200841;STB=0.614832;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00440437;OID=.;OPOS=160084473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:13:14:15:30:13:14:15:30 chr2 160086653 . CA TG 133.54 PASS AF=0.181818;AO=24;DP=133;FAO=24;FDP=132;FR=.;FRO=108;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=48;FSRR=60;FWDB=-0.0191351;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=2;MLLD=154.069;QD=4.04679;RBI=0.0324061;REFB=-0.0157274;REVB=-0.0261535;RO=101;SAF=11;SAR=13;SRF=44;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291749;STB=0.511455;STBP=0.914;TYPE=mnp;VARB=0.0645065;OID=.;OPOS=160086653;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:101:108:24:24:0.181818:13:11:44:57:13:11:48:60 chr2 160086692 . A G 209.89 PASS AF=0.235294;AO=31;DP=135;FAO=32;FDP=136;FR=.;FRO=104;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=50;FSRR=54;FWDB=0.0260434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137;QD=6.17328;RBI=0.0309146;REFB=-0.00578082;REVB=0.016657;RO=100;SAF=15;SAR=16;SRF=47;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017415;STB=0.509211;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0162254;OID=.;OPOS=160086692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:100:104:31:32:0.235294:16:15:47:53:17:15:50:54 chr2 160136337 . G A 362.04 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000334783;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.321;QD=55.6984;RBI=0.017766;REFB=0;REVB=0.0177629;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001076;OID=.;OPOS=160136337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr2 160294779 . T C 202.01 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0133732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.06;QD=21.2643;RBI=0.0133734;REFB=-0.0138795;REVB=6.77904e-05;RO=18;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467648;STB=0.52629;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0157098;OID=.;OPOS=160294779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:10:10:10:8:10:10:10:8 chr2 160294842 . A G 494.0 PASS AF=0.642857;AO=45;DP=70;FAO=45;FDP=70;FR=.;FRO=25;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00837283;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.467;QD=28.2286;RBI=0.0248732;REFB=0.00149535;REVB=0.0234216;RO=25;SAF=25;SAR=20;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565322;STB=0.530731;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00057643;OID=.;OPOS=160294842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:25:25:45:45:0.642857:20:25:16:9:20:25:16:9 chr2 160604452 . C T 80.33 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00293134;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.13;QD=6.98487;RBI=0.0355535;REFB=0.00119612;REVB=-0.0354325;RO=35;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17432;STB=0.609182;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.00307401;OID=.;OPOS=160604452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:47:46:35:35:11:11:0.23913:5:6:14:21:5:6:14:21 chr2 160604812 . C T 401.68 PASS AF=0.644068;AO=38;DP=59;FAO=38;FDP=59;FR=.;FRO=21;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00575628;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.641;QD=27.2324;RBI=0.0149075;REFB=-0.0126869;REVB=-0.0137513;RO=20;SAF=24;SAR=14;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181169;STB=0.607538;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00808639;OID=.;OPOS=160604812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:20:21:38:38:0.644068:14:24:7:13:14:24:7:14 chr2 160605268 . T C 779.12 PASS AF=1;AO=39;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000984222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.469;QD=63.6019;RBI=0.0322743;REFB=0;REVB=0.0322592;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206331;OID=.;OPOS=160605268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:39:49:1:20:19:0:0:28:21:0:0 chr2 160639970 . T C 480.17 PASS AF=0.693548;AO=43;DP=63;FAO=43;FDP=62;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00617476;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.126;QD=30.9788;RBI=0.00734788;REFB=-0.0358909;REVB=0.00398293;RO=19;SAF=16;SAR=27;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293571;STB=0.515916;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0168432;OID=.;OPOS=160639970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:19:19:43:43:0.693548:27:16:8:11:27:16:8:11 chr2 160673526 . A G 51.67 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0138623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5267;QD=5.9053;RBI=0.0397257;REFB=0.0156586;REVB=0.0372286;RO=27;SAF=4;SAR=4;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247912;STB=0.656789;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.0418775;OID=.;OPOS=160673526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:4:4:19:8:4:4:19:8 chr2 160676427 . C A 1145.21 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225541;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.328;QD=60.2743;RBI=0.0264203;REFB=0;REVB=0.0137603;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388281;OID=.;OPOS=160676427;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:74:76:1:42:32:0:0:43:33:0:0 chr2 160710153 . T G 445.24 PASS AF=0.608696;AO=42;DP=69;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.00521024;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3088;QD=25.8108;RBI=0.0500468;REFB=-0.0026065;REVB=0.0497749;RO=27;SAF=28;SAR=14;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610836;STB=0.533318;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00256025;OID=.;OPOS=160710153;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:27:27:42:42:0.608696:14:28:20:7:14:28:20:7 chr2 160710922 . T C 3114.33 PASS AF=1;AO=193;DP=195;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.104;QD=63.8837;RBI=0.0338422;REFB=0;REVB=0.031128;RO=0;SAF=106;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36477e-05;OID=.;OPOS=160710922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:195:195:0:0:193:195:1:87:106:0:0:89:106:0:0 chr2 160711045 . G C 792.78 PASS AF=0.569231;AO=74;DP=131;FAO=74;FDP=130;FR=.;FRO=56;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.0292441;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.545;QD=24.3931;RBI=0.0370277;REFB=-0.0137486;REVB=0.022712;RO=55;SAF=28;SAR=46;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178825;STB=0.506606;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0107983;OID=.;OPOS=160711045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:55:56:74:74:0.569231:46:28:22:33:46:28:22:34 chr2 160729005 . C T 72.74 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.058062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.761;QD=4.77014;RBI=0.0649477;REFB=-0.00333436;REVB=0.0291034;RO=49;SAF=8;SAR=4;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174061;STB=0.613442;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0111823;OID=.;OPOS=160729005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:49:49:12:12:0.196721:4:8:26:23:4:8:26:23 chr2 160737621 . C T 673.29 PASS AF=0.626263;AO=62;DP=102;FAO=62;FDP=99;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0106747;FXX=0.0294089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.87;QD=27.2036;RBI=0.0153835;REFB=-0.0140478;REVB=0.0110771;RO=35;SAF=29;SAR=33;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103467;STB=0.554184;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00915349;OID=.;OPOS=160737621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:99:35:37:62:62:0.626263:33:29:11:24:33:29:12:25 chr2 160738677 . G A 430.81 PASS AF=0.488636;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=88;FR=.;FRO=45;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.00362627;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.714;QD=19.5822;RBI=0.00485057;REFB=-0.011486;REVB=0.00322152;RO=45;SAF=31;SAR=12;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106464;STB=0.559399;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0118947;OID=.;OPOS=160738677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:45:45:43:43:0.488636:12:31:28:17:12:31:28:17 chr2 160808075 . C T 136.15 PASS AF=0.326923;AO=16;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.045354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.981;QD=10.4728;RBI=0.0474002;REFB=0.00833132;REVB=-0.0137764;RO=35;SAF=8;SAR=8;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115234;STB=0.54789;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.0175394;OID=.;OPOS=160808075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:16:17:0.326923:8:8:14:21:9:8:14:21 chr2 160833188 . A G 2430.61 PASS AF=1;AO=155;DP=156;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195606;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.033;QD=61.1474;RBI=0.0282505;REFB=0;REVB=0.0203832;RO=0;SAF=75;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51589e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27838e-05;OID=.;OPOS=160833188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:159:0:0:155:159:1:80:75:0:0:81:78:0:0 chr2 160901517 . A G 157.19 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0118771;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3941;QD=9.52678;RBI=0.0367481;REFB=0.0259733;REVB=0.0347758;RO=44;SAF=5;SAR=16;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202542;STB=0.631083;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.0734264;OID=.;OPOS=160901517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:44:45:21:21:0.318182:16:5:17:27:16:5:18:27 chr2 160994348 . C T 162.86 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0143964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.191;QD=19.7402;RBI=0.0147662;REFB=-0.0228295;REVB=-0.00328396;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00326109;STB=0.51611;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0137392;OID=.;OPOS=160994348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:15:16:17:17:0.515152:9:8:7:8:9:8:7:9 chr2 161174693 . C T 62.39 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0227817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.972;QD=7.79842;RBI=0.0235896;REFB=-0.00354818;REVB=-0.00612077;RO=22;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951184;STB=0.571276;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0112556;OID=.;OPOS=161174693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:22:23:9:9:0.28125:5:4:8:14:5:4:8:15 chr2 161253376 . A G 409.46 PASS AF=0.597015;AO=37;DP=65;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=0.00470099;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.73;QD=24.4456;RBI=0.00688264;REFB=-0.0162614;REVB=0.00502707;RO=27;SAF=11;SAR=26;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368435;STB=0.693596;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00858967;OID=.;OPOS=161253376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:27:27:37:40:0.597015:26:11:21:6:28:12:21:6 chr2 162696414 . C T 1005.66 PASS AF=0.671875;AO=86;DP=125;FAO=86;FDP=128;FR=.;FRO=42;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0347196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4504;QD=31.427;RBI=0.0439099;REFB=-0.0665433;REVB=-0.0268817;RO=38;SAF=38;SAR=48;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581171;STB=0.520351;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0255455;OID=.;OPOS=162696414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:128:38:42:86:86:0.671875:48:38:13:25:48:38:16:26 chr2 162821644 . C T 661.24 PASS AF=0.59434;AO=63;DP=108;FAO=63;FDP=106;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=9;FSRR=34;FWDB=-0.00369648;FXX=0.0185168;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.124;QD=24.9524;RBI=0.0128934;REFB=-0.0184727;REVB=-0.0123522;RO=43;SAF=21;SAR=42;SRF=9;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108449;STB=0.558806;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0117604;OID=.;OPOS=162821644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:43:43:63:63:0.59434:42:21:9:34:42:21:9:34 chr2 162876768 . G A 130.95 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0097106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.758;QD=10.2705;RBI=0.0105005;REFB=-0.0116935;REVB=-0.00399548;RO=35;SAF=10;SAR=6;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193642;STB=0.615618;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0194368;OID=.;OPOS=162876768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:6:10:16:19:6:10:16:19 chr2 163005674 . G A 311.95 PASS AF=0.583333;AO=27;DP=45;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0290789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4371;QD=25.9959;RBI=0.0298885;REFB=0.00188774;REVB=-0.0069095;RO=16;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158107;STB=0.569438;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.000109526;OID=.;OPOS=163005674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:16:20:27:28:0.583333:13:14:12:4:13:15:14:6 chr2 163078195 . T A 591.23 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00277721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.839;QD=60.6389;RBI=0.019234;REFB=0;REVB=0.0190324;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.8415e-05;OID=.;OPOS=163078195;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr2 163080982 . A G 1069.29 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0242262;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5298;QD=58.5913;RBI=0.0445396;REFB=-0.0512692;REVB=0.0373747;RO=1;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150114;STB=0.507934;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0026516;OID=.;OPOS=163080982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:73:1:1:72:72:0.986301:31:41:0:1:31:41:0:1 chr2 163128824 . T C 556.97 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00213913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9227;QD=60.2129;RBI=0.0243343;REFB=0;REVB=-0.0242401;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000217555;OID=.;OPOS=163128824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr2 163137871 . C G 2209.89 PASS AF=1;AO=136;DP=138;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171807;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2181;QD=63.1397;RBI=0.0178189;REFB=0;REVB=0.00472615;RO=0;SAF=73;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.57773e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01573e-05;OID=.;OPOS=163137871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:140:0:0:136:140:1:63:73:0:0:63:77:0:0 chr2 163137983 . T C 2269.38 PASS AF=0.974522;AO=152;DP=156;FAO=153;FDP=157;FR=.;FRO=4;FSAF=74;FSAR=79;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0328634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0468;QD=57.8186;RBI=0.0499123;REFB=-0.168501;REVB=0.0375663;RO=2;SAF=74;SAR=78;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126811;STB=0.506789;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00159589;OID=.;OPOS=163137983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:156:157:2:4:152:153:0.974522:78:74:2:0:79:74:3:1 chr2 163175656 . A C 182.54 PASS AF=0.6;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0567006;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4965;QD=24.338;RBI=0.0621232;REFB=-0.0411066;REVB=0.0253837;RO=12;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992905;STB=0.555494;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0331407;OID=.;OPOS=163175656;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:31:30:12:12:18:18:0.6:10:8:7:5:10:8:7:5 chr2 163217272 . GAT AGA,GA 483.48 PASS AF=0,0.505155;AO=4,42;DP=97;FAO=0,49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=0,17;FSAR=0,32;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.00563516,-0.00079501;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=173.935,176.861;QD=19.9372;RBI=0.00860432,0.00579184;REFB=-0.0116133,-0.0120659;REVB=-0.00650226,-0.00573702;RO=46;SAF=0,16;SAR=4,26;SRF=21;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.528999,-0.0735786;STB=0.5,0.558615;STBP=1,0.268;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0113963;OID=.,.;OPOS=163217272,163217274;OREF=GAT,T;OALT=AGA,-;OMAPALT=AGA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:97:97:46:48:4,42:0,49:0,0.505155:4,26:0,16:21:25:0,32:0,17:22:26 chr2 163227849 . C T 292.75 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00856287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.982;QD=27.2322;RBI=0.0224152;REFB=-0.00810461;REVB=0.0207152;RO=17;SAF=8;SAR=18;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128754;STB=0.571372;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00492264;OID=.;OPOS=163227849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:18:8:8:9:18:8:8:9 chr2 163256949 . G T 646.11 PASS AF=0.5625;AO=63;DP=112;FAO=63;FDP=112;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0261914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.285;QD=23.0754;RBI=0.0276047;REFB=-0.00774962;REVB=0.00871943;RO=49;SAF=24;SAR=39;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229292;STB=0.512541;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00525829;OID=.;OPOS=163256949;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:49:49:63:63:0.5625:39:24:20:29:39:24:20:29 chr2 163291981 . G A 398.76 PASS AF=0.590909;AO=38;DP=62;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0781872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0699;QD=24.1675;RBI=0.078952;REFB=-0.0229118;REVB=-0.0109626;RO=24;SAF=18;SAR=20;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108883;STB=0.512814;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0208118;OID=.;OPOS=163291981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:66:24:27:38:39:0.590909:20:18:11:13:20:19:14:13 chr2 163353469 . T C 58.09 PASS AF=0.15493;AO=11;DP=71;FAO=11;FDP=71;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.00445044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5219;QD=3.27249;RBI=0.00756783;REFB=0.00733899;REVB=0.00612092;RO=59;SAF=6;SAR=5;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248993;STB=0.510291;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.026517;OID=.;OPOS=163353469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:71:71:59:60:11:11:0.15493:5:6:31:28:5:6:32:28 chr2 164145582 . C A 172.15 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00817153;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.281;QD=24.593;RBI=0.0119537;REFB=-0.00471666;REVB=0.00872446;RO=11;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140571;STB=0.578852;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00492502;OID=.;OPOS=164145582;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:28:28:11:11:17:17:0.607143:11:6:6:5:11:6:6:5 chr2 164465716 . G A 337.63 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0163089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.621;QD=29.3588;RBI=0.0271939;REFB=-0.0357899;REVB=0.0217607;RO=17;SAF=18;SAR=11;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230137;STB=0.512649;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0245195;OID=.;OPOS=164465716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:11:18:10:7:11:18:10:7 chr2 165578959 . T C 232.38 PASS AF=0.309278;AO=29;DP=96;FAO=30;FDP=97;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.00367724;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.29;QD=9.58247;RBI=0.0447341;REFB=-0.00501952;REVB=-0.0445827;RO=65;SAF=15;SAR=14;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835437;STB=0.558865;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00967238;OID=.;OPOS=165578959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:65:67:29:30:0.309278:14:15:29:36:14:16:30:37 chr2 165586466 . T C 522.04 PASS AF=0.509434;AO=54;DP=106;FAO=54;FDP=106;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.0127599;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=131.183;QD=19.6995;RBI=0.0131192;REFB=-0.00716488;REVB=-0.00304954;RO=51;SAF=31;SAR=23;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127763;STB=0.511107;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00733944;OID=.;OPOS=165586466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:51:52:54:54:0.509434:23:31:30:21:23:31:31:21 chr2 165657066 . T C 44.58 PASS AF=0.150943;AO=7;DP=50;FAO=8;FDP=53;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0201726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.449;QD=3.36446;RBI=0.0274582;REFB=-0.00381581;REVB=-0.0186285;RO=43;SAF=2;SAR=5;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297908;STB=0.650792;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0143202;OID=.;OPOS=165657066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:50:53:43:45:7:8:0.150943:5:2:23:20:5:3:25:20 chr2 165657096 . G C 39.96 PASS AF=0.14;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0178858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.738;QD=3.19692;RBI=0.0194142;REFB=-0.0123788;REVB=-0.0075505;RO=41;SAF=3;SAR=4;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421978;STB=0.551576;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0465938;OID=.;OPOS=165657096;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:50:50:41:43:7:7:0.14:4:3:19:22:4:3:21:22 chr2 165987772 . T G 498.88 PASS AF=0.566265;AO=47;DP=83;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0101926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.736;QD=24.0422;RBI=0.0252263;REFB=-0.00177473;REVB=0.0230755;RO=36;SAF=20;SAR=27;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146448;STB=0.580314;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.000965455;OID=.;OPOS=165987772;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:36:36:47:47:0.566265:27:20:22:14:27:20:22:14 chr2 165996107 . T A 1419.99 PASS AF=0.98913;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0657222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.406;QD=61.7387;RBI=0.0694544;REFB=-0.0724044;REVB=0.0224612;RO=1;SAF=53;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885968;STB=0.504672;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000632222;OID=.;OPOS=165996107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:92:1:1:90:91:0.98913:37:53:1:0:38:53:1:0 chr2 166003479 . G A 493.34 PASS AF=0.803922;AO=41;DP=51;FAO=41;FDP=51;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00769067;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2323;QD=38.6936;RBI=0.0162326;REFB=0.00633843;REVB=-0.0142951;RO=10;SAF=15;SAR=26;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664949;STB=0.535697;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.00196908;OID=.;OPOS=166003479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:51:51:10:10:41:41:0.803922:26:15:2:8:26:15:2:8 chr2 166170127 . T C 2349.83 PASS AF=0.99359;AO=155;DP=157;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0174127;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5242;QD=60.2522;RBI=0.0302544;REFB=-0.116794;REVB=0.0247412;RO=0;SAF=78;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503184;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000942386;OID=.;OPOS=166170127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:156:0:1:155:155:0.99359:77:78:0:0:77:78:1:0 chr2 166248047 . G A 1503.35 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0406071;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8473;QD=58.3827;RBI=0.0411716;REFB=-0.0628611;REVB=-0.00679454;RO=1;SAF=58;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010905;STB=0.505746;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0035776;OID=.;OPOS=166248047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:101:102:0.990291:43:58:0:1:43:59:0:1 chr2 166535918 . C T 867.74 PASS AF=0.71875;AO=69;DP=96;FAO=69;FDP=96;FR=.;FRO=27;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.000957548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.348;QD=36.1557;RBI=0.0283688;REFB=-0.0178583;REVB=0.0283526;RO=25;SAF=40;SAR=29;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129076;STB=0.579687;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00832345;OID=.;OPOS=166535918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:25:27:69:69:0.71875:29:40:8:17:29:40:8:19 chr2 166605010 . A T 277.35 PASS AF=0.619048;AO=24;DP=40;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0165376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.506;QD=26.4139;RBI=0.0182011;REFB=-0.0456232;REVB=-0.007602;RO=16;SAF=11;SAR=13;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609523;STB=0.547583;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0321441;OID=.;OPOS=166605010;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:16:16:24:26:0.619048:13:11:6:10:13:13:6:10 chr2 166618262 . C T 566.96 PASS AF=0.666667;AO=49;DP=75;FAO=50;FDP=75;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00343357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.8;QD=30.2377;RBI=0.0179715;REFB=-0.0343203;REVB=0.0176404;RO=25;SAF=19;SAR=30;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183009;STB=0.600929;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0133127;OID=.;OPOS=166618262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:25:25:49:50:0.666667:30:19:17:8:31:19:17:8 chr2 166770120 . A G 455.76 PASS AF=0.459459;AO=49;DP=108;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=-0.0227885;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.1032;QD=16.4236;RBI=0.0469336;REFB=-0.0205734;REVB=-0.0410299;RO=59;SAF=26;SAR=23;SRF=20;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186394;STB=0.606316;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0209133;OID=.;OPOS=166770120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:111:59:60:49:51:0.459459:23:26:20:39:23:28:21:39 chr2 166773971 . G A 346.44 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=52;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0145602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7544;QD=26.6491;RBI=0.0248055;REFB=-0.00618306;REVB=-0.0200826;RO=19;SAF=18;SAR=15;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128516;STB=0.507038;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00543755;OID=.;OPOS=166773971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:19:19:33:33:0.634615:15:18:10:9:15:18:10:9 chr2 166788336 . T C 1098.66 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0040711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.181;QD=60.2007;RBI=0.0372982;REFB=0;REVB=0.0370754;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.40343e-05;OID=.;OPOS=166788336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:42:31:0:0:42:31:0:0 chr2 166797646 . C T 169.48 PASS AF=0.302632;AO=23;DP=76;FAO=23;FDP=76;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.0208845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.451;QD=8.92002;RBI=0.0345109;REFB=-0.0138037;REVB=-0.0274744;RO=53;SAF=8;SAR=15;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317254;STB=0.686993;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0255697;OID=.;OPOS=166797646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:53:53:23:23:0.302632:15:8:33:20:15:8:33:20 chr2 166810159 . C T 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00253539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.353;QD=21.1692;RBI=0.105191;REFB=-0.0197983;REVB=0.10516;RO=3;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175667;STB=0.599755;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00614998;OID=.;OPOS=166810159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:1:6:3:0:1:6:3:0 chr2 166892788 . C T 738.58 PASS AF=0.62963;AO=67;DP=107;FAO=68;FDP=108;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.026771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.181;QD=27.3547;RBI=0.0268838;REFB=-0.0398397;REVB=-0.00245956;RO=40;SAF=23;SAR=44;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971742;STB=0.548074;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0362143;OID=.;OPOS=166892788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:40:40:67:68:0.62963:44:23:19:21:44:24:19:21 chr2 166897864 . A G 743.93 PASS AF=0.546154;AO=71;DP=130;FAO=71;FDP=130;FR=.;FRO=59;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0067352;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7916;QD=22.8903;RBI=0.0397857;REFB=-0.00965092;REVB=0.0392115;RO=58;SAF=34;SAR=37;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0031986;STB=0.501953;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00620723;OID=.;OPOS=166897864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:58:59:71:71:0.546154:37:34:28:30:37:34:28:31 chr2 166903445 . T C 657.64 PASS AF=0.655172;AO=56;DP=86;FAO=57;FDP=87;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0346571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1772;QD=30.2365;RBI=0.0354575;REFB=-0.0339384;REVB=0.00749138;RO=29;SAF=25;SAR=31;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665539;STB=0.544334;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0132459;OID=.;OPOS=166903445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:29:30:56:57:0.655172:31:25:16:13:32:25:17:13 chr2 167099158 . A G 613.76 PASS AF=0.585106;AO=54;DP=93;FAO=55;FDP=94;FR=.;FRO=39;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00746947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.341;QD=26.1176;RBI=0.00840953;REFB=-0.0102435;REVB=0.00386358;RO=39;SAF=28;SAR=26;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0829216;STB=0.548419;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00737379;OID=.;OPOS=167099158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:39:39:54:55:0.585106:26:28:16:23:26:29:16:23 chr2 167144974 . A T 220.87 PASS AF=0.287037;AO=31;DP=108;FAO=31;FDP=108;FR=.;FRO=77;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=51;FSRR=26;FWDB=-0.0145888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.421;QD=8.1805;RBI=0.0298706;REFB=-0.0130473;REVB=-0.0260657;RO=77;SAF=11;SAR=20;SRF=51;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358364;STB=0.710068;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0447454;OID=.;OPOS=167144974;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:77:77:31:31:0.287037:20:11:51:26:20:11:51:26 chr2 167144995 . T C 228.83 PASS AF=0.270492;AO=32;DP=121;FAO=33;FDP=122;FR=.;FRO=89;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=56;FSRR=33;FWDB=0.0136174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.322;QD=7.50275;RBI=0.0140397;REFB=-0.011134;REVB=0.00341716;RO=88;SAF=13;SAR=19;SRF=55;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263537;STB=0.646174;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0201025;OID=.;OPOS=167144995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:88:89:32:33:0.270492:19:13:55:33:19:14:56:33 chr2 167145142 . A G 122.28 PASS AF=0.223529;AO=19;DP=84;FAO=19;FDP=85;FR=.;FRO=66;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=0.0115119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.399;QD=5.75425;RBI=0.0202437;REFB=-0.00722484;REVB=-0.0166518;RO=63;SAF=8;SAR=11;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295607;STB=0.514523;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0189834;OID=.;OPOS=167145142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:63:66:19:19:0.223529:11:8:28:35:11:8:29:37 chr2 167163043 . T C 269.91 PASS AF=0.355556;AO=32;DP=90;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0248417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3553;QD=11.996;RBI=0.0385194;REFB=0.00495887;REVB=0.0294387;RO=54;SAF=15;SAR=17;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544686;STB=0.53123;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-0.00778494;OID=.;OPOS=167163043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:54:58:32:32:0.355556:17:15:28:26:17:15:30:28 chr2 167168093 . C T 1449.96 PASS AF=0.969072;AO=93;DP=95;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00431357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.874;QD=59.7921;RBI=0.00551722;REFB=-0.0582619;REVB=-0.00343989;RO=1;SAF=47;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998082;STB=0.504828;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00123425;OID=.;OPOS=167168093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:95:97:1:3:93:94:0.969072:46:47:1:0:46:48:2:1 chr2 167262088 . T G 232.06 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.0162623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.949;QD=14.7339;RBI=0.0176877;REFB=0.00268194;REVB=0.00695656;RO=36;SAF=22;SAR=5;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173451;STB=0.599578;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.00237606;OID=.;OPOS=167262088;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:5:22:25:11:5:22:25:11 chr2 167262353 . C G 138.81 PASS AF=0.225806;AO=21;DP=94;FAO=21;FDP=93;FR=.;FRO=72;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=53;FWDB=-0.0323907;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5498;QD=5.97046;RBI=0.0388502;REFB=-0.00811831;REVB=-0.0214517;RO=72;SAF=7;SAR=14;SRF=19;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102767;STB=0.562968;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0240426;OID=.;OPOS=167262353;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:72:72:21:21:0.225806:14:7:19:53:14:7:19:53 chr2 167266344 . G A 129.81 PASS AF=0.263889;AO=19;DP=72;FAO=19;FDP=72;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.0248974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.146;QD=7.21187;RBI=0.0272094;REFB=-0.00152757;REVB=0.0109759;RO=53;SAF=7;SAR=12;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259405;STB=0.656898;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00516982;OID=.;OPOS=167266344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:53:53:19:19:0.263889:12:7:31:22:12:7:31:22 chr2 167279922 . C A 682.75 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0443179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5135;QD=52.5193;RBI=0.0632405;REFB=-0.128809;REVB=-0.0451141;RO=1;SAF=15;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303442;STB=0.531237;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00471211;OID=.;OPOS=167279922;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:52:1:2:50:50:0.961538:35:15:1:0:35:15:2:0 chr2 167298016 . G A 380.25 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.000533796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.077;QD=24.9341;RBI=0.00445353;REFB=-0.0031725;REVB=-0.00442142;RO=24;SAF=28;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217876;STB=0.620183;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0021863;OID=.;OPOS=167298016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:24:37:37:0.606557:9:28:12:12:9:28:12:12 chr2 167334085 . G T 1645.87 PASS AF=1;AO=108;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100145;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.224;QD=60.3989;RBI=0.0203639;REFB=0;REVB=0.0177312;RO=0;SAF=52;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.59964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.99561e-05;OID=.;OPOS=167334085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:108:109:1:56:52:0:0:56:53:0:0 chr2 168041087 . C T 1114.9 PASS AF=0.683824;AO=92;DP=135;FAO=93;FDP=136;FR=.;FRO=43;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0226191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.483;QD=32.791;RBI=0.0239419;REFB=-0.00400823;REVB=0.00784821;RO=43;SAF=40;SAR=52;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976208;STB=0.503712;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00205686;OID=.;OPOS=168041087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:43:43:92:93:0.683824:52:40:18:25:53:40:18:25 chr2 168099707 . GC AT 72.38 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0139882;FXX=0.0263089;HRUN=4;LEN=2;MLLD=131.996;QD=7.82472;RBI=0.024307;REFB=-0.00344142;REVB=-0.0198787;RO=26;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117391;STB=0.560318;STBP=0.656;TYPE=mnp;VARB=0.0119402;OID=.;OPOS=168099707;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:38:37:26:27:10:10:0.27027:4:6:13:13:4:6:14:13 chr2 168099738 . T C 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0394966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5304;QD=22.5344;RBI=0.0463994;REFB=0.0107948;REVB=0.0243499;RO=15;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170272;STB=0.509544;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.00638418;OID=.;OPOS=168099738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:8:11:9:6:8:11:9:6 chr2 168099775 . C G 177.45 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0182274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.325;QD=21.5089;RBI=0.0213093;REFB=-0.0319224;REVB=-0.0110385;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988308;STB=0.540495;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.034544;OID=.;OPOS=168099775;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:14:15:18:18:0.545455:8:10:6:8:8:10:7:8 chr2 168099796 . T C 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.026715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.544;QD=21.0077;RBI=0.0278108;REFB=-0.0194864;REVB=-0.00772998;RO=17;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422077;STB=0.523784;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.012949;OID=.;OPOS=168099796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:8:11:9:8:8:11:9:8 chr2 168103304 . G A 494.34 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=105;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0284955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.157;QD=18.8319;RBI=0.0286832;REFB=-0.00415719;REVB=0.00327632;RO=50;SAF=20;SAR=32;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00433138;STB=0.516123;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00436145;OID=.;OPOS=168103304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:50:53:52:52:0.495238:32:20:19:31:32:20:22:31 chr2 168103863 . G A 264.72 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0620429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.89;QD=20.762;RBI=0.0621443;REFB=-0.0265289;REVB=0.00354867;RO=24;SAF=12;SAR=15;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598413;STB=0.533309;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0377161;OID=.;OPOS=168103863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:15:12:9:15:15:12:9:15 chr2 168103925 . A G 195.45 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0131881;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.2884;QD=16.9952;RBI=0.0134376;REFB=-0.0218163;REVB=0.00257783;RO=24;SAF=7;SAR=13;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628741;STB=0.551674;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0278573;OID=.;OPOS=168103925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:26:20:20:0.434783:13:7:7:17:13:7:7:19 chr2 168104199 . C T 409.72 PASS AF=0.761905;AO=32;DP=43;FAO=32;FDP=42;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0345479;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.814;QD=39.0212;RBI=0.0475228;REFB=-0.0338242;REVB=0.0326322;RO=10;SAF=16;SAR=16;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0130271;OID=.;OPOS=168104199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:43:42:10:10:32:32:0.761905:16:16:5:5:16:16:5:5 chr2 168104370 . A C 390.66 PASS AF=0.565217;AO=36;DP=67;FAO=39;FDP=69;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0223074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.749;QD=22.6471;RBI=0.022317;REFB=-0.0255151;REVB=0.000652423;RO=30;SAF=20;SAR=16;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184544;STB=0.539722;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0178057;OID=.;OPOS=168104370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:30:30:36:39:0.565217:16:20:16:14:16:23:15:15 chr2 168104627 . G A 183.07 PASS AF=0.62069;AO=17;DP=28;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0108069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.8147;QD=25.2512;RBI=0.0259417;REFB=-0.0913324;REVB=-0.0235836;RO=10;SAF=9;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085608;STB=0.572439;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0139577;OID=.;OPOS=168104627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:28:29:10:11:17:18:0.62069:8:9:4:6:8:10:4:7 chr2 168104988 . G T 368.87 PASS AF=0.75;AO=29;DP=39;FAO=30;FDP=40;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.00169964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.089;QD=36.8865;RBI=0.00354731;REFB=-0.0199429;REVB=-0.00311361;RO=10;SAF=16;SAR=13;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16975;STB=0.593161;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00796856;OID=.;OPOS=168104988;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:40:10:10:29:30:0.75:13:16:9:1:14:16:9:1 chr2 168106246 . G A 360.4 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=47;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00556696;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.759;QD=31.3389;RBI=0.007328;REFB=-0.00881585;REVB=-0.00476534;RO=17;SAF=16;SAR=14;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118462;STB=0.576319;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0065824;OID=.;OPOS=168106246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:17:16:30:30:0.652174:14:16:6:11:14:16:5:11 chr2 168107155 . G A 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0110637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.931;QD=26.849;RBI=0.012325;REFB=-0.00553277;REVB=-0.00543132;RO=7;SAF=9;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0993172;STB=0.555481;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00320757;OID=.;OPOS=168107155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:6:9:3:4:6:9:3:4 chr2 168107491 . A G 697.89 PASS AF=0.670455;AO=59;DP=88;FAO=59;FDP=88;FR=.;FRO=29;FSAF=44;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.00236564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.557;QD=31.7224;RBI=0.0142229;REFB=-0.0169136;REVB=-0.0140248;RO=29;SAF=44;SAR=15;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043958;STB=0.523801;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00258321;OID=.;OPOS=168107491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:29:29:59:59:0.670455:15:44:20:9:15:44:20:9 chr2 168107851 . C A 44.84 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.135723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.149;QD=7.47273;RBI=0.136491;REFB=-0.00156247;REVB=0.0144564;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370948;STB=0.726721;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00288412;OID=.;OPOS=168107851;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:3:4:4:13:3:4:4:13 chr2 168108357 . A G 233.1 PASS AF=0.724138;AO=21;DP=29;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.000411746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3238;QD=32.1524;RBI=0.00577989;REFB=-0.0156763;REVB=0.00576521;RO=8;SAF=10;SAR=11;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051041;STB=0.528026;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0024961;OID=.;OPOS=168108357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:8:8:21:21:0.724138:11:10:3:5:11:10:3:5 chr2 168115710 . T G 381.21 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.022513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9203;QD=19.3019;RBI=0.0610442;REFB=-0.0272193;REVB=-0.0567411;RO=39;SAF=16;SAR=23;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227968;STB=0.631883;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0244734;OID=.;OPOS=168115710;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:40:39:39:0.493671:23:16:26:13:23:16:27:13 chr2 168115769 . G C 525.18 PASS AF=0.615385;AO=48;DP=78;FAO=48;FDP=78;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0174563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1744;QD=26.9324;RBI=0.0420366;REFB=-0.00937138;REVB=0.0382407;RO=30;SAF=14;SAR=34;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187831;STB=0.602792;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00457378;OID=.;OPOS=168115769;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:30:30:48:48:0.615385:34:14:16:14:34:14:16:14 chr2 168115797 . G C 433.58 PASS AF=0.621212;AO=41;DP=66;FAO=41;FDP=66;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0138829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.729;QD=26.2777;RBI=0.0156006;REFB=-0.00161787;REVB=0.00711644;RO=25;SAF=13;SAR=28;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123597;STB=0.567687;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.000588463;OID=.;OPOS=168115797;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:25:25:41:41:0.621212:28:13:12:13:28:13:12:13 chr2 168116187 . C A 189.23 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00252838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.586;QD=13.0502;RBI=0.00813412;REFB=-0.00842969;REVB=0.00773119;RO=34;SAF=15;SAR=8;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712617;STB=0.551954;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0172851;OID=.;OPOS=168116187;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:35:23:23:0.396552:8:15:20:14:8:15:20:15 chr2 168116189 . G A 199.88 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00566474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0338;QD=13.5511;RBI=0.0200456;REFB=-0.00490617;REVB=-0.0192286;RO=34;SAF=16;SAR=8;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118371;STB=0.560923;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0117609;OID=.;OPOS=168116189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:35:24:24:0.40678:8:16:19:15:8:16:20:15 chr2 168726659 . A C 529.87 PASS AF=0.520833;AO=47;DP=94;FAO=50;FDP=96;FR=.;FRO=46;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0083136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.294;QD=22.0779;RBI=0.0230266;REFB=-0.0166297;REVB=-0.0214735;RO=44;SAF=28;SAR=19;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045208;STB=0.538179;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0227913;OID=.;OPOS=168726659;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:44:46:47:50:0.520833:19:28:24:20:19:31:25:21 chr2 169462973 . C T 999.7 PASS AF=0.624113;AO=85;DP=139;FAO=88;FDP=141;FR=.;FRO=53;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0108781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6626;QD=28.3602;RBI=0.0315031;REFB=-0.0248775;REVB=-0.0295654;RO=53;SAF=32;SAR=53;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976551;STB=0.543041;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0165214;OID=.;OPOS=169462973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:141:53:53:85:88:0.624113:53:32:27:26:53:35:27:26 chr2 169681151 . C T 1025.55 PASS AF=0.959459;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0195032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2439;QD=55.435;RBI=0.0214168;REFB=-0.0254631;REVB=-0.00884908;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510786;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00346291;OID=.;OPOS=169681151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:74:0:3:70:71:0.959459:29:41:0:0:29:42:1:2 chr2 169707455 . T C 486.28 PASS AF=0.439024;AO=52;DP=121;FAO=54;FDP=123;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=0.00871372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.466;QD=15.8138;RBI=0.00887218;REFB=-0.0152407;REVB=-0.00166933;RO=69;SAF=17;SAR=35;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234394;STB=0.625651;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0256785;OID=.;OPOS=169707455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:69:69:52:54:0.439024:35:17:38:31:36:18:38:31 chr2 169721377 . G A 631.17 PASS AF=0.894737;AO=51;DP=56;FAO=51;FDP=57;FR=.;FRO=6;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0203374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9257;QD=44.2926;RBI=0.0203937;REFB=-0.0334338;REVB=-0.00151461;RO=3;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599843;STB=0.559976;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0354549;OID=.;OPOS=169721377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:56:57:3:6:51:51:0.894737:22:29:0:3:22:29:0:6 chr2 169721381 . A G 300.32 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0149878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.375;QD=19.0682;RBI=0.0319127;REFB=-0.0121829;REVB=0.0281742;RO=31;SAF=16;SAR=16;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998145;STB=0.555521;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0104409;OID=.;OPOS=169721381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:16:16:12:19:16:16:12:19 chr2 169869901 . A G 556.74 PASS AF=0.595238;AO=50;DP=80;FAO=50;FDP=84;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00821572;FXX=0.0454494;HRUN=5;LEN=1;MLLD=123.467;QD=26.5115;RBI=0.026786;REFB=-0.0240921;REVB=-0.0254949;RO=29;SAF=23;SAR=27;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00796857;STB=0.504309;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0086616;OID=.;OPOS=169869901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:84:29:34:50:50:0.595238:27:23:13:16:27:23:16:18 chr2 169870882 . A G 505.13 PASS AF=0.840909;AO=38;DP=44;FAO=37;FDP=44;FR=.;FRO=7;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00290382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7446;QD=45.9209;RBI=0.0134065;REFB=-0.0494686;REVB=0.0130882;RO=6;SAF=23;SAR=15;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071075;STB=0.527097;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00685127;OID=.;OPOS=169870882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:44:44:6:7:38:37:0.840909:15:23:2:4:15:22:3:4 chr2 170053505 . C T 253.74 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0262555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.235;QD=28.1931;RBI=0.0262589;REFB=-0.0437561;REVB=-0.000423264;RO=13;SAF=11;SAR=12;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13941;STB=0.576857;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0210113;OID=.;OPOS=170053505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:12:11:9:4:12:11:9:4 chr2 170090031 . C T 147.11 PASS AF=0.174194;AO=27;DP=155;FAO=27;FDP=155;FR=.;FRO=128;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=52;FSRR=76;FWDB=-0.00912218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.402;QD=3.79633;RBI=0.00914231;REFB=-0.00374118;REVB=0.000606409;RO=127;SAF=10;SAR=17;SRF=52;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524862;STB=0.531227;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0173487;OID=.;OPOS=170090031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:127:128:27:27:0.174194:17:10:52:75:17:10:52:76 chr2 170092395 . A G 185.5 PASS AF=0.262136;AO=27;DP=103;FAO=27;FDP=103;FR=.;FRO=76;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=-0.0188367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8941;QD=7.20403;RBI=0.0313364;REFB=-0.0107293;REVB=0.025043;RO=76;SAF=9;SAR=18;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646005;STB=0.538978;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.04296;OID=.;OPOS=170092395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:76:76:27:27:0.262136:18:9:29:47:18:9:29:47 chr2 170099473 . T C 91.0 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00431114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2238;QD=6.06673;RBI=0.00638006;REFB=-0.00587616;REVB=0.0047031;RO=46;SAF=7;SAR=7;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532914;STB=0.533286;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0138821;OID=.;OPOS=170099473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:60:60:46:46:14:14:0.233333:7:7:25:21:7:7:25:21 chr2 170103336 . T C 262.22 PASS AF=0.264286;AO=37;DP=140;FAO=37;FDP=140;FR=.;FRO=103;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=59;FWDB=-0.00826231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.397;QD=7.4921;RBI=0.00839244;REFB=-0.0076056;REVB=-0.00147215;RO=100;SAF=17;SAR=20;SRF=41;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615312;STB=0.523982;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0249792;OID=.;OPOS=170103336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:100:103:37:37:0.264286:20:17:41:59:20:17:44:59 chr2 170103351 . G T 272.5 PASS AF=0.275362;AO=37;DP=137;FAO=38;FDP=138;FR=.;FRO=100;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=57;FWDB=-0.0180678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2119;QD=7.8986;RBI=0.021595;REFB=-0.0131402;REVB=0.0118279;RO=100;SAF=16;SAR=21;SRF=43;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00304036;STB=0.506632;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0494746;OID=.;OPOS=170103351;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:100:100:37:38:0.275362:21:16:43:57:22:16:43:57 chr2 170103471 . C T 211.78 PASS AF=0.264957;AO=31;DP=118;FAO=31;FDP=117;FR=.;FRO=86;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=55;FWDB=0.00959586;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.586;QD=7.24017;RBI=0.0148722;REFB=-0.00739804;REVB=-0.0113624;RO=86;SAF=10;SAR=21;SRF=31;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518581;STB=0.531133;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0214343;OID=.;OPOS=170103471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:86:86:31:31:0.264957:21:10:31:55:21:10:31:55 chr2 170115588 . T C 260.45 PASS AF=0.321101;AO=34;DP=109;FAO=35;FDP=109;FR=.;FRO=74;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.00267534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.142;QD=9.55782;RBI=0.0162425;REFB=-0.00824765;REVB=-0.0160207;RO=74;SAF=15;SAR=19;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692703;STB=0.548785;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0159241;OID=.;OPOS=170115588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:74:74:34:35:0.321101:19:15:37:37:20:15:37:37 chr2 170129528 . G A 1437.57 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0247618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2047;QD=61.8309;RBI=0.0391401;REFB=-0.0511983;REVB=-0.0303117;RO=1;SAF=41;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00920527;STB=0.504853;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000947163;OID=.;OPOS=170129528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:92:92:0.989247:51:41:0:1:51:41:0:1 chr2 170150671 . G A 65.77 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0516204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4175;QD=11.4387;RBI=0.0553809;REFB=0.000962264;REVB=-0.0200595;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19924;STB=0.618791;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.00648688;OID=.;OPOS=170150671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:4:5:5:9:4:5:5:9 chr2 170175334 . T C 194.59 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=75;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.00747395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.155;QD=10.3783;RBI=0.00750712;REFB=-0.00490133;REVB=-0.000704863;RO=50;SAF=11;SAR=14;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158745;STB=0.592519;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.011536;OID=.;OPOS=170175334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:50:50:25:25:0.333333:14:11:29:21:14:11:29:21 chr2 170218847 . C G 303.97 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.203;QD=52.8637;RBI=0.0436187;REFB=0;REVB=0.0169725;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178503;OID=.;OPOS=170218847;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:9:12:0:0:10:13:0:0 chr2 170403030 . T C 358.4 PASS AF=0.357724;AO=44;DP=123;FAO=44;FDP=123;FR=.;FRO=79;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=-0.0413043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.741;QD=11.6551;RBI=0.0413236;REFB=-0.0144664;REVB=-0.00126151;RO=79;SAF=21;SAR=23;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117447;STB=0.56714;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0249936;OID=.;OPOS=170403030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:79:79:44:44:0.357724:23:21:46:33:23:21:46:33 chr2 170411693 . T C 561.53 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0126731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.443;QD=53.4789;RBI=0.0127832;REFB=0.00798779;REVB=0.00167418;RO=2;SAF=19;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468167;STB=0.536567;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.00094328;OID=.;OPOS=170411693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:42:2:3:39:39:0.928571:20:19:2:0:20:19:3:0 chr2 170493253 . A G 152.15 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00612339;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.141;QD=30.429;RBI=0.0229177;REFB=-0.0260672;REVB=0.0220845;RO=5;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181817;STB=0.59988;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00944922;OID=.;OPOS=170493253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:10:5:0:5:10:5:0:5 chr2 170558040 . G C 286.5 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.00232949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8938;QD=13.3256;RBI=0.0296349;REFB=-0.0179087;REVB=0.0295432;RO=52;SAF=16;SAR=17;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16033;STB=0.596017;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0296315;OID=.;OPOS=170558040;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:52:53:33:33:0.383721:17:16:33:19:17:16:34:19 chr2 170605981 . C T 1418.7 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240853;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3634;QD=63.0533;RBI=0.0290079;REFB=0;REVB=-0.0161666;RO=0;SAF=56;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.483e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000280034;OID=.;OPOS=170605981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:34:56:0:0:34:56:0:0 chr2 170672843 . G A 375.07 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7837;QD=55.5655;RBI=0.0203697;REFB=0;REVB=-0.00897672;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.78784e-05;OID=.;OPOS=170672843;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:16:10:0:0:17:10:0:0 chr2 170762566 . A T 851.93 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562617;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0912;QD=55.8645;RBI=0.0741009;REFB=-0.10684;REVB=0.0482242;RO=2;SAF=37;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00935481;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00517172;OID=.;OPOS=170762566;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:60:61:2:0:58:61:1:21:37:1:1:23:38:0:0 chr2 170917648 . A G 293.16 PASS AF=1;AO=21;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2325;QD=48.8601;RBI=0.121118;REFB=-0.0568353;REVB=-0.00141588;RO=1;SAF=8;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542216;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0171797;OID=.;OPOS=170917648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:23:24:1:0:21:24:1:13:8:1:0:13:11:0:0 chr2 170938659 . G A 347.67 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0432662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0835;QD=51.5061;RBI=0.0432686;REFB=-0.0906977;REVB=0.000459655;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521722;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.000941763;OID=.;OPOS=170938659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:15:11:0:0:15:11:1:0 chr2 170976590 . A G 631.7 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.617;QD=61.6288;RBI=0.0359614;REFB=0;REVB=0.0196952;RO=0;SAF=9;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40541e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220502;OID=.;OPOS=170976590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:32:9:0:0:32:9:0:0 chr2 171055772 . A G 331.92 PASS AF=0.682927;AO=28;DP=41;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0309992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.6867;QD=32.3825;RBI=0.0805519;REFB=-0.0810042;REVB=0.0743482;RO=13;SAF=11;SAR=17;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412649;STB=0.522588;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0367492;OID=.;OPOS=171055772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:13:13:28:28:0.682927:17:11:6:7:17:11:6:7 chr2 171070912 . T C 583.45 PASS AF=0.671053;AO=50;DP=77;FAO=51;FDP=76;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00124522;FXX=0.0379699;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.418;QD=30.7081;RBI=0.030337;REFB=-0.0335064;REVB=0.0303115;RO=25;SAF=23;SAR=27;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0859921;STB=0.549;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0178769;OID=.;OPOS=171070912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:25:25:50:51:0.671053:27:23:15:10:28:23:15:10 chr2 171073887 . G A 731.86 PASS AF=0.639175;AO=62;DP=97;FAO=62;FDP=97;FR=.;FRO=35;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0196909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.106;QD=30.1798;RBI=0.0206919;REFB=0.000714784;REVB=0.00635803;RO=33;SAF=34;SAR=28;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797336;STB=0.543262;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.000707289;OID=.;OPOS=171073887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:33:35:62:62:0.639175:28:34:14:19:28:34:15:20 chr2 171225841 . A G 186.99 PASS AF=0.243697;AO=29;DP=120;FAO=29;FDP=119;FR=.;FRO=90;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=64;FSRR=26;FWDB=0.00902271;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.474;QD=6.28539;RBI=0.0250185;REFB=-0.00245542;REVB=0.0233349;RO=90;SAF=17;SAR=12;SRF=64;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168047;STB=0.600677;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.012811;OID=.;OPOS=171225841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:90:90:29:29:0.243697:12:17:64:26:12:17:64:26 chr2 171240249 . C T 210.26 PASS AF=0.313953;AO=27;DP=86;FAO=27;FDP=86;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=-0.000695055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6769;QD=9.77969;RBI=0.00099916;REFB=-0.00164387;REVB=0.000717787;RO=58;SAF=8;SAR=19;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355883;STB=0.703553;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00257553;OID=.;OPOS=171240249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:58:59:27:27:0.313953:19:8:35:23:19:8:35:24 chr2 171260787 . G A 210.11 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00143295;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1412;QD=13.7778;RBI=0.00464135;REFB=-0.0343941;REVB=-0.00441461;RO=36;SAF=18;SAR=7;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159828;STB=0.591851;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.013843;OID=.;OPOS=171260787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:36:36:25:25:0.409836:7:18:21:15:7:18:21:15 chr2 171260797 . A G 245.12 PASS AF=0.447761;AO=26;DP=64;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0216011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.1298;QD=14.634;RBI=0.0745102;REFB=-0.0590705;REVB=0.0713104;RO=38;SAF=20;SAR=6;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235234;STB=0.565611;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.080743;OID=.;OPOS=171260797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:38:37:26:30:0.447761:6:20:22:16:9:21:22:15 chr2 171260820 . T C 239.64 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0095714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7682;QD=14.3068;RBI=0.028169;REFB=-0.00165816;REVB=0.026493;RO=38;SAF=21;SAR=7;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229708;STB=0.640918;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00395997;OID=.;OPOS=171260820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:38:39:28:28:0.41791:7:21:21:17:7:21:21:18 chr2 171355198 . A G 558.19 PASS AF=1;AO=31;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0928489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.656;QD=60.3447;RBI=0.0930624;REFB=0;REVB=-0.00629924;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000566141;OID=.;OPOS=171355198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:31:37:1:18:13:0:0:18:19:0:0 chr2 171356274 . G A 1512.12 PASS AF=1;AO=87;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588511;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.146;QD=59.2987;RBI=0.0765677;REFB=0;REVB=0.0489812;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000972411;OID=.;OPOS=171356274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:87:102:1:46:41:0:0:59:43:0:0 chr2 171570151 . C T 385.26 PASS AF=0.666667;AO=36;DP=54;FAO=36;FDP=54;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.035118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2099;QD=28.5375;RBI=0.0591415;REFB=-0.0266097;REVB=-0.0475861;RO=18;SAF=22;SAR=14;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138013;STB=0.575271;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.011427;OID=.;OPOS=171570151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:18:18:36:36:0.666667:14:22:7:11:14:22:7:11 chr2 171570749 . A C 277.12 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0682369;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1846;QD=15.3957;RBI=0.0742259;REFB=0.0249427;REVB=0.0292098;RO=40;SAF=9;SAR=22;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248986;STB=0.648806;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.0469037;OID=.;OPOS=171570749;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:41:31:31:0.430556:22:9:21:19:22:9:22:19 chr2 171822466 . C T 267.4 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0293741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.992;QD=42.7835;RBI=0.0324816;REFB=-0.0784813;REVB=0.0138642;RO=1;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298327;STB=0.545415;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00496268;OID=.;OPOS=171822466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:1:3:22:22:0.88:15:7:0:1:15:7:0:3 chr2 171822576 . C T 133.54 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=49;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0341386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.7951;QD=9.89186;RBI=0.0716388;REFB=-0.00412143;REVB=0.0629815;RO=34;SAF=4;SAR=11;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15439;STB=0.519292;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0162202;OID=.;OPOS=171822576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:54:34:36:15:18:0.333333:11:4:13:21:11:7:15:21 chr2 171850329 . T G 191.23 PASS AF=0.295455;AO=25;DP=87;FAO=26;FDP=88;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=-0.00851882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.849;QD=8.69234;RBI=0.0121809;REFB=-0.0221899;REVB=-0.00870651;RO=62;SAF=9;SAR=16;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549922;STB=0.543199;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0289616;OID=.;OPOS=171850329;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:62:62:25:26:0.295455:16:9:25:37:17:9:25:37 chr2 171854232 . TA T 45.49 PASS AF=0.314286;AO=10;DP=36;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0699584;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.2512;QD=5.19841;RBI=0.138442;REFB=0.00244815;REVB=-0.119466;RO=24;SAF=3;SAR=7;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483401;STB=0.79952;STBP=0.035;TYPE=del;VARB=-0.00272977;OID=.;OPOS=171854233;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314286:10:36:11:35:24:3:8:18:6:45:24:3:7:18:6 chr2 171916495 . C A 406.52 PASS AF=0.698113;AO=37;DP=53;FAO=37;FDP=53;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0583779;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2625;QD=30.681;RBI=0.0608205;REFB=-0.00686466;REVB=0.0170631;RO=16;SAF=19;SAR=18;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0422145;STB=0.522923;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00408488;OID=.;OPOS=171916495;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:16:16:37:37:0.698113:18:19:7:9:18:19:7:9 chr2 172174150 . AA GC 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142813;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=197.456;QD=51.9167;RBI=0.0170514;REFB=0;REVB=0.00931645;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000161814;OID=.;OPOS=172174150;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr2 172180771 . A G 1877.87 PASS AF=1;AO=121;DP=121;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.306;QD=61.5696;RBI=0.0180873;REFB=0;REVB=0.0120943;RO=0;SAF=57;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58932e-05;OID=.;OPOS=172180771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:122:0:0:121:122:1:64:57:0:0:64:58:0:0 chr2 172291616 . C T 1147.56 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00600186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.24;QD=60.3978;RBI=0.0182358;REFB=0;REVB=0.0172199;RO=0;SAF=28;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337014;OID=.;OPOS=172291616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:46:28:0:0:48:28:0:0 chr2 172329458 . G T 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.681;QD=62.0208;RBI=0.024941;REFB=0;REVB=-0.0127855;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21629e-05;OID=.;OPOS=172329458;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr2 172330393 . A G 917.73 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00283625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9822;QD=53.9842;RBI=0.0251902;REFB=-0.0389424;REVB=-0.02503;RO=2;SAF=29;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00306939;STB=0.509819;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0127755;OID=.;OPOS=172330393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:68:68:2:3:65:65:0.955882:36:29:1:1:36:29:2:1 chr2 172379781 . G A 221.85 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0084753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.232;QD=18.4877;RBI=0.0136406;REFB=-0.0133494;REVB=0.0106881;RO=26;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00672291;STB=0.503813;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0183964;OID=.;OPOS=172379781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:12:10:12:14:12:10:12:14 chr2 172693780 . G A 282.19 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0529059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4517;QD=22.575;RBI=0.0532559;REFB=-0.0226397;REVB=-0.00609584;RO=24;SAF=12;SAR=14;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389078;STB=0.521722;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0115567;OID=.;OPOS=172693780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:14:12:10:14:14:12:10:14 chr2 172709215 . G C 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.698;QD=53.9048;RBI=0.0204739;REFB=0;REVB=-0.00445229;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.65581e-05;OID=.;OPOS=172709215;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr2 172725301 . A G 1025.57 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000454191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.538;QD=59.4534;RBI=0.0191937;REFB=0;REVB=-0.0191883;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.14756e-05;OID=.;OPOS=172725301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:30:38:0:0:30:39:0:0 chr2 172926226 . G T 713.52 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0126921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5823;QD=60.7251;RBI=0.0211994;REFB=-0.0148996;REVB=-0.0169801;RO=1;SAF=27;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170959;STB=0.509087;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00152922;OID=.;OPOS=172926226;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:19:27:1:0:19:27:1:0 chr2 172964638 . C A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00926295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.096;QD=43.4862;RBI=0.0272161;REFB=0;REVB=0.0255913;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4193e-05;OID=.;OPOS=172964638;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr2 172966250 . T C 266.83 PASS AF=0.333333;AO=32;DP=98;FAO=33;FDP=99;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.00783647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.498;QD=10.7809;RBI=0.0201374;REFB=0.0107084;REVB=0.0185501;RO=66;SAF=13;SAR=19;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143962;STB=0.570772;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.0136615;OID=.;OPOS=172966250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:66:66:32:33:0.333333:19:13:35:31:19:14:35:31 chr2 173352103 . C T 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00937452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.719;QD=16.1192;RBI=0.0144208;REFB=0.0127773;REVB=-0.0109579;RO=13;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218591;STB=0.627678;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.010258;OID=.;OPOS=173352103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:9:3:6:7:9:3:6:7 chr2 173352157 . A T 239.85 PASS AF=0.490566;AO=25;DP=52;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0357232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.18;QD=18.1015;RBI=0.0438112;REFB=-0.0144116;REVB=0.0253629;RO=27;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385818;STB=0.510196;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0107304;OID=.;OPOS=173352157;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:27:27:25:26:0.490566:14:11:13:14:14:12:13:14 chr2 173686663 . G T 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.901;QD=62.981;RBI=0.0191248;REFB=0;REVB=0.00860352;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113587;OID=.;OPOS=173686663;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:15:30:0:0:15:30:0:0 chr2 173917425 . G A 754.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0207;QD=56.9348;RBI=0.0448365;REFB=0;REVB=-0.0391988;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000340125;OID=.;OPOS=173917425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:34:19:0:0:34:19:0:0 chr2 174068513 . G C 753.64 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.888;QD=56.8787;RBI=0.0261546;REFB=0;REVB=-0.00727018;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105763;OID=.;OPOS=174068513;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr2 174091088 . T C,G 1437.71 PASS AF=0.916667,0.0625;AO=89,4;DP=95;FAO=88,6;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=58,6;FSAR=30,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00955361,0.0282925;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=87.0761,24.5168;QD=59.9044;RBI=0.0204269,0.085093;REFB=-0.0140559,-0.0556166;REVB=0.0180551,0.0802518;RO=0;SAF=59,4;SAR=30,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.503923,0.997033;STBP=0.743,0.105;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00227533,0.0206271;OID=.,.;OPOS=174091088,174091088;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:95:96:0:2:89,4:88,6:0.916667,0.0625:30,0:59,4:0:0:30,0:58,6:1:1 chr2 174097106 . A G 667.75 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00647958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.063;QD=62.1165;RBI=0.0607402;REFB=0;REVB=0.0603936;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132116;OID=.;OPOS=174097106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:16:26:0:0:16:27:0:0 chr2 174103160 . T C 876.81 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0168954;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.472;QD=56.5682;RBI=0.0168954;REFB=-0.014707;REVB=4.53427e-07;RO=1;SAF=31;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014984;STB=0.507934;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000394256;OID=.;OPOS=174103160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:62:1:1:61:61:0.983871:30:31:1:0:30:31:1:0 chr2 174128513 . C T 133.96 PASS AF=0.32;AO=15;DP=49;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00864223;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5529;QD=10.7164;RBI=0.0189272;REFB=0.00705001;REVB=0.016839;RO=34;SAF=8;SAR=7;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385434;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.010467;OID=.;OPOS=174128513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:34:34:15:16:0.32:7:8:17:17:8:8:17:17 chr2 174232845 . T C 341.04 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.00478183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7166;QD=20.987;RBI=0.00643028;REFB=0.00316353;REVB=-0.00429914;RO=30;SAF=20;SAR=15;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822607;STB=0.545429;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.00342267;OID=.;OPOS=174232845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:15:20:20:10:15:20:20:10 chr2 174774568 . AAT A,AAA 39.9 PASS AF=0.310345,0;AO=5,2;DP=32;FAO=9,0;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4,0;FSAR=5,0;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.208705,-0.0248088;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=20.6507,18.1088;QD=5.50392;RBI=0.217594,0.0647934;REFB=-0.0657127,0.0114919;REVB=0.0615572,-0.0598557;RO=23;SAF=1,1;SAR=4,1;SRF=16;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.535882,-0.196736;STB=0.703308,0.5;STBP=0.205,1;TYPE=del,snp;VARB=0.190704,0;OID=.,.;OPOS=174774569,174774570;OREF=AT,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.310345,0:5,2:32:9,0:29:20:4,0:5,0:15:5:40:23:1,1:4,1:16:7 chr2 175201299 . C G 906.55 PASS AF=0.689655;AO=76;DP=112;FAO=80;FDP=116;FR=.;FRO=36;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00377086;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.621;QD=31.2603;RBI=0.0179364;REFB=-0.0222387;REVB=0.0175355;RO=36;SAF=30;SAR=46;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130946;STB=0.575202;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00902191;OID=.;OPOS=175201299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:116:36:36:76:80:0.689655:46:30:22:14:50:30:22:14 chr2 175287778 . G A 94.38 PASS AF=0.25;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.039769;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.886;QD=7.26001;RBI=0.0399333;REFB=-0.00266663;REVB=-0.00361881;RO=38;SAF=6;SAR=7;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492652;STB=0.519373;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00914588;OID=.;OPOS=175287778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:51:52:38:39:13:13:0.25:7:6:16:22:7:6:17:22 chr2 175300997 . G A 282.73 PASS AF=0.270833;AO=39;DP=144;FAO=39;FDP=144;FR=.;FRO=105;FSAF=31;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=60;FWDB=0.00110958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.87;QD=7.85364;RBI=0.023629;REFB=-0.00465884;REVB=-0.023603;RO=103;SAF=31;SAR=8;SRF=45;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453965;STB=0.775996;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00747273;OID=.;OPOS=175300997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:103:105:39:39:0.270833:8:31:45:58:8:31:45:60 chr2 175304647 . C T 86.35 PASS AF=0.186047;AO=14;DP=86;FAO=16;FDP=86;FR=.;FRO=70;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=-0.00795038;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.4149;QD=4.01645;RBI=0.0273775;REFB=-0.0103393;REVB=0.0261977;RO=70;SAF=9;SAR=5;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264701;STB=0.656951;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0295097;OID=.;OPOS=175304647;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:86:86:70:70:14:16:0.186047:5:9:30:40:6:10:30:40 chr2 175424779 . T G 340.26 PASS AF=0.928571;AO=25;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0165705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.397;QD=48.6084;RBI=0.0288631;REFB=-0.0273694;REVB=-0.0236326;RO=1;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299354;STB=0.505614;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00249118;OID=.;OPOS=175424779;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:1:2:25:26:0.928571:15:10:0:1:15:11:1:1 chr2 175425476 . G A 651.36 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.654;QD=62.0343;RBI=0.0313724;REFB=0;REVB=0.0213139;RO=0;SAF=9;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40541e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61032e-05;OID=.;OPOS=175425476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:32:9:0:0:33:9:0:0 chr2 175426274 . C G 908.26 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254195;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2568;QD=58.5972;RBI=0.0382598;REFB=0;REVB=0.0285948;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000586214;OID=.;OPOS=175426274;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr2 175436940 . G A 725.83 PASS AF=0.96;AO=47;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0257929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.128;QD=58.066;RBI=0.0570655;REFB=-0.00081501;REVB=0.0509038;RO=2;SAF=30;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011445;STB=0.505317;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.000450055;OID=.;OPOS=175436940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:50:50:2:2:47:48:0.96:17:30:1:1:18:30:1:1 chr2 176032376 . G A 960.9 PASS AF=0.623188;AO=82;DP=135;FAO=86;FDP=138;FR=.;FRO=52;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.0197409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4238;QD=27.8522;RBI=0.0217742;REFB=-0.04141;REVB=0.00918759;RO=51;SAF=40;SAR=42;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126385;STB=0.570742;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0236222;OID=.;OPOS=176032376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:138:51:52:82:86:0.623188:42:40:34:17:46:40:34:18 chr2 176866967 . C T 362.55 PASS AF=0.714286;AO=29;DP=41;FAO=30;FDP=42;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0835057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.627;QD=34.5286;RBI=0.111063;REFB=-0.0400589;REVB=0.0732241;RO=12;SAF=15;SAR=14;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00925361;STB=0.509548;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0148214;OID=.;OPOS=176866967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:41:42:12:12:29:30:0.714286:14:15:6:6:14:16:6:6 chr2 176964904 . G A 1503.93 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=100;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0393455;FXX=0.019998;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.843;QD=61.385;RBI=0.0583175;REFB=-0.0169052;REVB=0.0430449;RO=1;SAF=49;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958021;STB=0.509998;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.000208293;OID=.;OPOS=176964904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:98:1:2:96:96:0.979592:47:49:1:0:47:49:2:0 chr2 176988290 . C CGCA 40.44 PASS AF=0.225806;AO=6;DP=33;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00762357;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=281.79;QD=5.21868;RBI=0.0079869;REFB=-0.0172807;REVB=-0.00238155;RO=26;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.454381;STB=0.700354;STBP=0.253;TYPE=ins;VARB=0.0522204;OID=.;OPOS=176988291;OREF=-;OALT=GCA;OMAPALT=CGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.225806:6:33:7:31:24:5:2:11:13:40:26:5:1:12:14 chr2 177036754 . T C 85.93 PASS AF=0.733333;AO=8;DP=14;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.105373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.3266;QD=22.9142;RBI=0.11283;REFB=-0.0626113;REVB=-0.0403372;RO=4;SAF=6;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31147;STB=0.691912;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0401703;OID=.;OPOS=177036754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:15:4:4:8:11:0.733333:2:6:1:3:2:9:1:3 chr2 177055478 . A C 95.66 PASS AF=0.230769;AO=15;DP=65;FAO=15;FDP=65;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00221422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.086;QD=5.88691;RBI=0.00740196;REFB=-0.0103597;REVB=0.00706302;RO=50;SAF=5;SAR=10;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209581;STB=0.6314;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.038481;OID=.;OPOS=177055478;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:65:65:50:50:15:15:0.230769:10:5:25:25:10:5:25:25 chr2 178077518 . C A 41.18 PASS AF=0.116883;AO=9;DP=77;FAO=9;FDP=77;FR=.;FRO=68;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=-0.0209524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.725;QD=2.13925;RBI=0.0253202;REFB=-0.00266266;REVB=-0.0142166;RO=65;SAF=3;SAR=6;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272317;STB=0.533258;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0261294;OID=.;OPOS=178077518;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:77:77:65:68:9:9:0.116883:6:3:23:42:6:3:25:43 chr2 178085137 . G A 670.13 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00497474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.244;QD=62.3377;RBI=0.0393918;REFB=0;REVB=0.0390764;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146489;OID=.;OPOS=178085137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr2 178417142 . C T 1406.42 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0383979;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5742;QD=61.8209;RBI=0.0415531;REFB=-0.168993;REVB=0.0158827;RO=1;SAF=52;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00902834;STB=0.504761;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.001845;OID=.;OPOS=178417142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:91:1:1:90:90:0.989011:38:52:1:0:38:52:1:0 chr2 178417225 . C T 740.71 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5595;QD=56.9777;RBI=0.110996;REFB=0;REVB=0.0140581;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101725;OID=.;OPOS=178417225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:20:31:0:0:20:32:0:0 chr2 178481818 . G T 529.47 PASS AF=0.631579;AO=48;DP=76;FAO=48;FDP=76;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0132984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.379;QD=27.8667;RBI=0.0148306;REFB=0.00394612;REVB=-0.00656503;RO=26;SAF=21;SAR=27;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656985;STB=0.536409;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.00226424;OID=.;OPOS=178481818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:26:28:48:48:0.631579:27:21:14:12:27:21:15:13 chr2 178491217 . G A 499.97 PASS AF=0.566265;AO=47;DP=82;FAO=47;FDP=83;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0366092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.648;QD=24.0951;RBI=0.0366372;REFB=-0.0211332;REVB=0.00143365;RO=33;SAF=15;SAR=32;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631196;STB=0.546988;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0192891;OID=.;OPOS=178491217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:33:36:47:47:0.566265:32:15:13:20:32:15:15:21 chr2 178493301 . G T 110.7 PASS AF=0.705882;AO=11;DP=16;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.025426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.208;QD=26.048;RBI=0.0293236;REFB=-0.0485505;REVB=-0.0146081;RO=5;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304345;STB=0.505042;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0223376;OID=.;OPOS=178493301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:17:5:5:11:12:0.705882:5:6:3:2:5:7:3:2 chr2 178494173 . G GGGA 443.05 PASS AF=0.431034;AO=46;DP=120;FAO=50;FDP=116;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.00889224;FXX=0.0333306;HRUN=4;LEN=3;MLLD=267.404;QD=15.2776;RBI=0.00889392;REFB=-0.0135123;REVB=0.000172963;RO=70;SAF=20;SAR=26;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100169;STB=0.551465;STBP=0.353;TYPE=ins;VARB=0.0177055;OID=.;OPOS=178494174;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431034:46:120:50:116:66:22:28:35:31:99:70:20:26:37:33 chr2 178936373 . T G 572.54 PASS AF=1;AO=34;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.571;QD=60.2671;RBI=0.0413796;REFB=0;REVB=0.0236185;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000593148;OID=.;OPOS=178936373;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:34:38:1:14:20:0:0:15:23:0:0 chr2 178936614 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.098;QD=44.6898;RBI=0.0333395;REFB=0;REVB=0.0260811;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000536416;OID=.;OPOS=178936614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr2 179203797 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.1165;QD=59.8387;RBI=0.0428368;REFB=0;REVB=-0.0190599;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242024;OID=.;OPOS=179203797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr2 179260382 . A G 336.51 PASS AF=0.389474;AO=37;DP=96;FAO=37;FDP=95;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.00641626;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.187;QD=14.1686;RBI=0.0292097;REFB=-0.00227157;REVB=0.0284963;RO=57;SAF=16;SAR=21;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191865;STB=0.603325;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00415714;OID=.;OPOS=179260382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:57:58:37:37:0.389474:21:16:35:22:21:16:35:23 chr2 179296511 . C T 427.27 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0436465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8396;QD=16.9215;RBI=0.0436621;REFB=-0.00768015;REVB=0.00116642;RO=55;SAF=23;SAR=23;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443131;STB=0.524742;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00781596;OID=.;OPOS=179296511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:55:46:46:0.455446:23:23:30:25:23:23:30:25 chr2 179296626 . G A 332.86 PASS AF=0.430233;AO=34;DP=84;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0155988;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.121;QD=15.482;RBI=0.0244258;REFB=-0.0119278;REVB=-0.0187962;RO=49;SAF=26;SAR=8;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258059;STB=0.595366;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0206566;OID=.;OPOS=179296626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:49:49:34:37:0.430233:8:26:27:22:11:26:27:22 chr2 179296666 . T C 206.63 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00461497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.059;QD=13.1192;RBI=0.0213737;REFB=-0.00508809;REVB=-0.0208695;RO=35;SAF=17;SAR=8;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150442;STB=0.566612;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00942966;OID=.;OPOS=179296666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:38:25:25:0.396825:8:17:19:16:8:17:22:16 chr2 179296821 . G A 617.5 PASS AF=0.496124;AO=61;DP=126;FAO=64;FDP=129;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=22;FWDB=-0.00956084;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.622;QD=19.1473;RBI=0.0128439;REFB=-0.00201389;REVB=-0.0085765;RO=62;SAF=32;SAR=29;SRF=42;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141263;STB=0.573912;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0017072;OID=.;OPOS=179296821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:129:62:65:61:64:0.496124:29:32:42:20:31:33:43:22 chr2 179300971 . G A 443.22 PASS AF=0.416667;AO=50;DP=121;FAO=50;FDP=120;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=27;FWDB=-0.00464402;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.258;QD=14.774;RBI=0.00644443;REFB=0.00128851;REVB=0.00446808;RO=68;SAF=19;SAR=31;SRF=43;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256155;STB=0.635528;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00161241;OID=.;OPOS=179300971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:68:70:50:50:0.416667:31:19:43:25:31:19:43:27 chr2 179308114 . A G 308.65 PASS AF=0.325203;AO=40;DP=123;FAO=40;FDP=123;FR=.;FRO=83;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=58;FWDB=0.0514749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.729;QD=10.0375;RBI=0.0517335;REFB=-0.00241122;REVB=-0.00516566;RO=83;SAF=29;SAR=11;SRF=25;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.471662;STB=0.770972;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0159727;OID=.;OPOS=179308114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:83:83:40:40:0.325203:11:29:25:58:11:29:25:58 chr2 179309165 . G A 178.7 PASS AF=0.303797;AO=23;DP=78;FAO=24;FDP=79;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.00963018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9109;QD=9.04837;RBI=0.0221992;REFB=-0.018477;REVB=0.0200016;RO=55;SAF=12;SAR=11;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165614;STB=0.582212;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0288112;OID=.;OPOS=179309165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:55:55:23:24:0.303797:11:12:21:34:12:12:21:34 chr2 179419187 . G A 278.89 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0199941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.915;QD=16.405;RBI=0.0206369;REFB=-0.0180841;REVB=-0.00511058;RO=37;SAF=20;SAR=11;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796175;STB=0.544875;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0194357;OID=.;OPOS=179419187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:11:20:21:16:11:20:21:16 chr2 179430305 . GG AA 297.05 PASS AF=0.757576;AO=25;DP=33;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.010824;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=219.392;QD=36.0062;RBI=0.0136762;REFB=-0.0176648;REVB=-0.00835939;RO=8;SAF=12;SAR=13;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00889597;STB=0.504851;STBP=0.931;TYPE=mnp;VARB=0.00583426;OID=.;OPOS=179430305;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:8:8:25:25:0.757576:13:12:4:4:13:12:4:4 chr2 179432185 . A G 92.12 PASS AF=0.214286;AO=15;DP=70;FAO=15;FDP=70;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0124156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.294;QD=5.26425;RBI=0.0372141;REFB=-0.000353118;REVB=-0.035082;RO=55;SAF=9;SAR=6;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233478;STB=0.514773;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00119227;OID=.;OPOS=179432185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:70:70:55:55:15:15:0.214286:6:9:32:23:6:9:32:23 chr2 179434120 . G A 251.69 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0359135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.156;QD=17.0635;RBI=0.0365721;REFB=-0.0156043;REVB=0.00690932;RO=31;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218981;STB=0.512306;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0180535;OID=.;OPOS=179434120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:12:16:17:14:12:16:17:14 chr2 179440029 . G A 251.48 PASS AF=0.316327;AO=31;DP=98;FAO=31;FDP=98;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=-0.0263201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.184;QD=10.2647;RBI=0.0279215;REFB=-0.0100069;REVB=0.00931986;RO=67;SAF=18;SAR=13;SRF=41;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378726;STB=0.52211;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.016226;OID=.;OPOS=179440029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:67:67:31:31:0.316327:13:18:41:26:13:18:41:26 chr2 179442017 . C T 1122.11 PASS AF=0.471074;AO=114;DP=242;FAO=114;FDP=242;FR=.;FRO=128;FSAF=45;FSAR=69;FSRF=54;FSRR=74;FWDB=0.000526676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.085;QD=18.5473;RBI=0.00392199;REFB=-0.00967197;REVB=-0.00388646;RO=126;SAF=45;SAR=69;SRF=53;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0256336;STB=0.514923;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0106692;OID=.;OPOS=179442017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:242:126:128:114:114:0.471074:69:45:53:73:69:45:54:74 chr2 179444768 . C G 1749.43 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.027;QD=60.8496;RBI=0.0157347;REFB=0;REVB=0.00122579;RO=0;SAF=46;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52603e-05;OID=.;OPOS=179444768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:69:46:0:0:69:46:0:0 chr2 179449891 . T C 103.47 PASS AF=0.172727;AO=19;DP=110;FAO=19;FDP=110;FR=.;FRO=91;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=51;FSRR=40;FWDB=0.00202339;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.015;QD=3.76266;RBI=0.0106421;REFB=-0.00429676;REVB=-0.010448;RO=91;SAF=9;SAR=10;SRF=51;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109723;STB=0.571354;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0248189;OID=.;OPOS=179449891;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:91:91:19:19:0.172727:10:9:51:40:10:9:51:40 chr2 179455778 . C T 36.84 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0296668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4949;QD=7.75522;RBI=0.100418;REFB=0.0107479;REVB=0.0959353;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210359;STB=0.631171;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.0258615;OID=.;OPOS=179455778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:3:3:4:9:3:3:4:9 chr2 179462494 . A G 257.62 PASS AF=0.320755;AO=34;DP=106;FAO=34;FDP=106;FR=.;FRO=72;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.0153654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3055;QD=9.72132;RBI=0.0313132;REFB=-0.00159003;REVB=0.0272841;RO=71;SAF=16;SAR=18;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232213;STB=0.517847;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00446307;OID=.;OPOS=179462494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:71:72:34:34:0.320755:18:16:32:39:18:16:32:40 chr2 179532212 . T C 273.12 PASS AF=0.271429;AO=38;DP=140;FAO=38;FDP=140;FR=.;FRO=102;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=59;FSRR=43;FWDB=0.00755451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3199;QD=7.80351;RBI=0.0276532;REFB=-0.0118454;REVB=0.0266013;RO=101;SAF=20;SAR=18;SRF=59;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071416;STB=0.538209;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0453633;OID=.;OPOS=179532212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:101:102:38:38:0.271429:18:20:59:42:18:20:59:43 chr2 179543217 . C T 254.35 PASS AF=0.268657;AO=36;DP=134;FAO=36;FDP=134;FR=.;FRO=98;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=55;FWDB=-0.077753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7986;QD=7.59246;RBI=0.0794816;REFB=0.00188579;REVB=-0.0164865;RO=95;SAF=16;SAR=20;SRF=41;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159423;STB=0.504199;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=-0.00740437;OID=.;OPOS=179543217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:95:98:36:36:0.268657:20:16:41:54:20:16:43:55 chr2 179558366 . T C 130.94 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00424053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.025;QD=10.27;RBI=0.00525819;REFB=-0.00388424;REVB=-0.00310909;RO=34;SAF=11;SAR=5;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222878;STB=0.643581;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0131788;OID=.;OPOS=179558366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:35:16:16:0.313725:5:11:17:17:5:11:17:18 chr2 179571595 . C T 541.76 PASS AF=0.620253;AO=48;DP=78;FAO=49;FDP=79;FR=.;FRO=30;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.0124535;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.478;QD=27.431;RBI=0.0166851;REFB=-0.04314;REVB=-0.0111042;RO=29;SAF=30;SAR=18;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747419;STB=0.527908;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0268764;OID=.;OPOS=179571595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:29:30:48:49:0.620253:18:30:21:8:18:31:21:9 chr2 179578730 . G A 351.3 PASS AF=0.26178;AO=50;DP=192;FAO=50;FDP=191;FR=.;FRO=141;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=82;FSRR=59;FWDB=-0.00260771;FXX=0.00520806;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.042;QD=7.35709;RBI=0.0163115;REFB=-0.00875532;REVB=-0.0161017;RO=141;SAF=27;SAR=23;SRF=82;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522266;STB=0.531019;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0228395;OID=.;OPOS=179578730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:141:141:50:50:0.26178:23:27:82:59:23:27:82:59 chr2 179579093 . T C 271.68 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0111163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.218;QD=14.6853;RBI=0.039533;REFB=-0.00170207;REVB=-0.0379379;RO=43;SAF=25;SAR=6;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378176;STB=0.717058;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.000935839;OID=.;OPOS=179579093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:6:25:21:22:6:25:21:22 chr2 179579212 . T C 281.6 PASS AF=0.358696;AO=33;DP=92;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=46;FWDB=-0.00932389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.442;QD=12.2434;RBI=0.0153863;REFB=-0.00777277;REVB=-0.0122394;RO=59;SAF=23;SAR=10;SRF=13;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.49711;STB=0.781404;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0294304;OID=.;OPOS=179579212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:59:59:33:33:0.358696:10:23:13:46:10:23:13:46 chr2 179579822 . T A 267.18 PASS AF=0.307692;AO=37;DP=118;FAO=36;FDP=117;FR=.;FRO=81;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=46;FWDB=0.03863;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9727;QD=9.13445;RBI=0.0544769;REFB=-0.00323804;REVB=0.0384117;RO=81;SAF=19;SAR=18;SRF=35;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956916;STB=0.565921;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00836045;OID=.;OPOS=179579822;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:81:81:37:36:0.307692:18:19:35:46:17:19:35:46 chr2 179582327 . C T 172.0 PASS AF=0.310811;AO=23;DP=74;FAO=23;FDP=74;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=-0.02206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.957;QD=9.29733;RBI=0.0230919;REFB=-0.00389731;REVB=-0.00682584;RO=51;SAF=7;SAR=16;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205861;STB=0.622223;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0086349;OID=.;OPOS=179582327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:51:51:23:23:0.310811:16:7:24:27:16:7:24:27 chr2 179582537 . G T 168.4 PASS AF=0.291139;AO=23;DP=79;FAO=23;FDP=79;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.0199855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.735;QD=8.52684;RBI=0.0420117;REFB=-0.00404985;REVB=-0.0369535;RO=54;SAF=3;SAR=20;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391613;STB=0.732243;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0204965;OID=.;OPOS=179582537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:54:56:23:23:0.291139:20:3:20:34:20:3:20:36 chr2 179583496 . T G 170.61 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=-0.010448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.737;QD=10.8325;RBI=0.0190358;REFB=-0.00141178;REVB=0.0159122;RO=41;SAF=10;SAR=12;SRF=31;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332924;STB=0.690858;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00253514;OID=.;OPOS=179583496;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:41:22:22:0.349206:12:10:31:10:12:10:31:10 chr2 179585266 . C T 1129.52 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=79;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0230324;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2436;QD=57.9242;RBI=0.0261697;REFB=0.0415291;REVB=-0.0124242;RO=1;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141235;STB=0.514702;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.0037277;OID=.;OPOS=179585266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:78:1:2:76:76:0.974359:33:43:0:1:33:43:0:2 chr2 179585393 . A G 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00911188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.388;QD=10.1734;RBI=0.0172995;REFB=-0.0171944;REVB=0.0147053;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33738;STB=0.713469;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0293417;OID=.;OPOS=179585393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:5:1:4:5:5:1:4:5 chr2 179587130 . C G 226.15 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.000812884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.246;QD=11.1678;RBI=0.0062554;REFB=0.00216444;REVB=-0.00620236;RO=52;SAF=6;SAR=22;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394063;STB=0.72604;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00236877;OID=.;OPOS=179587130;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:52:53:28:28:0.345679:22:6:28:24:22:6:28:25 chr2 179597259 . T C 766.57 PASS AF=0.684783;AO=63;DP=93;FAO=63;FDP=92;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=7;FWDB=-0.0080015;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4136;QD=33.3289;RBI=0.0340619;REFB=0.0054442;REVB=0.0331087;RO=29;SAF=26;SAR=37;SRF=22;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200685;STB=0.608185;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00128782;OID=.;OPOS=179597259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:29:29:63:63:0.684783:37:26:22:7:37:26:22:7 chr2 179600563 . G A 1581.45 PASS AF=0.990741;AO=106;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0132192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.266;QD=58.5721;RBI=0.0172652;REFB=-0.0987949;REVB=-0.0111059;RO=1;SAF=58;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978482;STB=0.50505;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000285744;OID=.;OPOS=179600563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:106:107:0.990741:48:58:0:1:49:58:0:1 chr2 179605180 . C T 79.96 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.041712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.092;QD=7.26903;RBI=0.0419621;REFB=-0.00546187;REVB=0.00457469;RO=33;SAF=7;SAR=4;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0215647;OID=.;OPOS=179605180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:44:44:33:33:11:11:0.25:4:7:21:12:4:7:21:12 chr2 179614952 . A G 1641.2 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.408;QD=60.2276;RBI=0.0236664;REFB=0;REVB=0.0194659;RO=0;SAF=59;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47831e-05;OID=.;OPOS=179614952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:50:59:0:0:50:59:0:0 chr2 179615887 . T C 252.39 PASS AF=0.954545;AO=18;DP=23;FAO=21;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0522443;FXX=0.0832986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7559;QD=45.8899;RBI=0.0719727;REFB=-0.104185;REVB=0.0495035;RO=1;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483018;STB=0.519981;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0219432;OID=.;OPOS=179615887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:23:22:1:1:18:21:0.954545:9:9:0:1:12:9:0:1 chr2 179615931 . C G 538.19 PASS AF=1;AO=33;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00597961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.332;QD=59.7993;RBI=0.0430093;REFB=0;REVB=0.0425916;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03624e-05;OID=.;OPOS=179615931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:33:36:1:16:17:0:0:17:19:0:0 chr2 179615994 . T C 695.95 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00737676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.423;QD=56.8124;RBI=0.0111126;REFB=-0.0580708;REVB=0.00831103;RO=2;SAF=24;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375754;STB=0.529399;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00369921;OID=.;OPOS=179615994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:49:49:2:3:46:46:0.938776:22:24:2:0:22:24:3:0 chr2 179620951 . C T 653.91 PASS AF=0.956522;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0161425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.606;QD=56.8613;RBI=0.0167019;REFB=-0.00677327;REVB=0.0042865;RO=2;SAF=27;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113745;STB=0.50638;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00036463;OID=.;OPOS=179620951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:46:2:2:43:44:0.956522:16:27:1:1:16:28:1:1 chr2 179621477 . C T 1407.16 PASS AF=0.978495;AO=90;DP=93;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0419464;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.357;QD=60.523;RBI=0.0433345;REFB=-0.145781;REVB=0.0108799;RO=0;SAF=35;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508927;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000997244;OID=.;OPOS=179621477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:93:93:0:2:90:91:0.978495:55:35:0:0:55:36:0:2 chr2 179623758 . C T 2547.27 PASS AF=1;AO=164;DP=164;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.176;QD=61.752;RBI=0.0281565;REFB=0;REVB=-0.0141788;RO=0;SAF=73;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.26692e-06;OID=.;OPOS=179623758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:164:165:0:0:164:165:1:91:73:0:0:92:73:0:0 chr2 179629363 . T C 976.37 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000407967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.64;QD=57.4336;RBI=0.0100779;REFB=-0.0580617;REVB=0.0100696;RO=1;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145389;STB=0.50769;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00103101;OID=.;OPOS=179629363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:32:35:0:1:32:35:0:1 chr2 179629461 . C T 766.29 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00827598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.552;QD=63.8577;RBI=0.0106737;REFB=0;REVB=-0.00674056;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.77564e-05;OID=.;OPOS=179629461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr2 179644035 . G A 86.48 PASS AF=0.215385;AO=13;DP=62;FAO=14;FDP=65;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.00250156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.309;QD=5.3216;RBI=0.0132739;REFB=-0.00640221;REVB=-0.0130361;RO=46;SAF=7;SAR=6;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127042;STB=0.623205;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0231492;OID=.;OPOS=179644035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:62:65:46:51:13:14:0.215385:6:7:20:26:6:8:21:30 chr2 179659912 . G A 278.75 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00337402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.346;QD=16.397;RBI=0.0281243;REFB=-0.0098611;REVB=0.0279212;RO=37;SAF=13;SAR=18;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918367;STB=0.551691;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0152134;OID=.;OPOS=179659912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:18:13:19:18:18:13:19:18 chr2 179702268 . A G 520.37 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.678;QD=59.4711;RBI=0.0181022;REFB=0;REVB=0.0117136;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57348e-05;OID=.;OPOS=179702268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:13:21:0:0:14:21:0:0 chr2 179737007 . AT A,TC 523.22 PASS AF=0.917808,0.0821918;AO=11,4;DP=77;FAO=67,6;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=50,0;FSAR=17,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.961986,0.212327;FXX=0.0759398;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=8.95912,69.3564;QD=28.6695;RBI=0.964458,0.218118;REFB=0.0514135,0.0387796;REVB=-0.0690043,-0.0499277;RO=44;SAF=2,0;SAR=9,4;SRF=43;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.803756,-0.865715;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00732184,0.224811;OID=.,.;OPOS=179737008,179737007;OREF=T,AT;OALT=-,TC;OMAPALT=A,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:77:73:44:0:11,4:67,6:0.917808,0.0821918:9,4:2,0:43:1:17,6:50,0:0:0 chr2 179839833 . A G 117.21 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0145734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2672;QD=8.52454;RBI=0.0147043;REFB=-0.0138969;REVB=0.00195795;RO=39;SAF=6;SAR=10;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074463;STB=0.544967;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.058298;OID=.;OPOS=179839833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:39:39:16:16:0.290909:10:6:17:22:10:6:17:22 chr2 180047908 . T C 177.42 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=0.0117587;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.5556;QD=10.1382;RBI=0.113584;REFB=-0.0111847;REVB=-0.112973;RO=43;SAF=8;SAR=15;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027722;STB=0.537783;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0151407;OID=.;OPOS=180047908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:70:43:47:23:23:0.328571:15:8:14:29:15:8:14:33 chr2 180810180 . C T 89.08 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=62;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0196313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.679;QD=5.74688;RBI=0.0249242;REFB=-0.00271066;REVB=-0.0153567;RO=48;SAF=8;SAR=6;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1637;STB=0.602595;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00952926;OID=.;OPOS=180810180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:62:62:48:48:14:14:0.225806:6:8:21:27:6:8:21:27 chr2 180810264 . A T 594.47 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.719;QD=60.9707;RBI=0.0197082;REFB=0;REVB=-0.00650151;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64394e-05;OID=.;OPOS=180810264;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr2 180835792 . T A 1438.75 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.178;QD=62.5546;RBI=0.0357451;REFB=0;REVB=0.0027053;RO=0;SAF=45;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.96049e-05;OID=.;OPOS=180835792;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:92:0:0:87:92:1:42:45:0:0:44:48:0:0 chr2 182347072 . T C 882.18 PASS AF=0.954545;AO=62;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0363492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8248;QD=53.4656;RBI=0.0609332;REFB=-0.120795;REVB=0.0489039;RO=3;SAF=34;SAR=28;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104032;STB=0.505118;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00573319;OID=.;OPOS=182347072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:66:3:3:62:63:0.954545:28:34:2:1:28:35:2:1 chr2 182374567 . A G 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.868;QD=59.8347;RBI=0.0472154;REFB=0;REVB=0.0305731;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261154;OID=.;OPOS=182374567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr2 182392143 . G C 1382.23 PASS AF=0.968085;AO=90;DP=93;FAO=91;FDP=94;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0118712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0085;QD=58.8182;RBI=0.0365878;REFB=0.0817794;REVB=0.0346084;RO=3;SAF=45;SAR=45;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305498;STB=0.515786;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00581501;OID=.;OPOS=182392143;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:93:94:3:3:90:91:0.968085:45:45:3:0:45:46:3:0 chr2 182399638 . A G 2099.17 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=139;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=77;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0140884;FXX=0.0287749;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8872;QD=62.1975;RBI=0.0153669;REFB=-0.0927242;REVB=0.00613651;RO=1;SAF=57;SAR=77;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00826632;STB=0.504347;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.000165772;OID=.;OPOS=182399638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:135:1:1:134:134:0.992593:77:57:1:0:77:57:1:0 chr2 182400905 . T G 1491.22 PASS AF=0.969697;AO=96;DP=99;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0539466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.977;QD=60.2515;RBI=0.0545354;REFB=-0.14207;REVB=0.00799222;RO=2;SAF=41;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00288141;STB=0.5074;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.000582354;OID=.;OPOS=182400905;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:99:99:2:3:96:96:0.969697:55:41:1:1:55:41:2:1 chr2 182401109 . T TGATACA 309.53 PASS AF=0.833333;AO=23;DP=31;FAO=25;FDP=30;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0142751;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=6;MLLD=226.651;QD=41.2712;RBI=0.0218916;REFB=-0.0491804;REVB=0.0165971;RO=5;SAF=13;SAR=10;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116246;STB=0.50677;STBP=0.928;TYPE=ins;VARB=0.00775181;OID=.;OPOS=182401110;OREF=-;OALT=GATACA;OMAPALT=TGATACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:23:31:25:30:5:14:11:3:2:27:5:13:10:3:2 chr2 182403851 . G A 1085.79 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00907613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.895;QD=59.4954;RBI=0.0275888;REFB=0;REVB=0.0260531;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000927496;OID=.;OPOS=182403851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:70:73:1:33:37:0:0:35:38:0:0 chr2 182543455 . T C 583.86 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00718244;FXX=0.0499875;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.232;QD=61.459;RBI=0.014911;REFB=0;REVB=0.0130672;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00075075;OID=.;OPOS=182543455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:11:27:0:0:11:27:0:0 chr2 182926144 . T C 325.85 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00667858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.344;QD=17.3787;RBI=0.0214636;REFB=-0.00642038;REVB=0.0203981;RO=40;SAF=23;SAR=12;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269611;STB=0.651023;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00549498;OID=.;OPOS=182926144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:12:23:15:25:12:23:15:25 chr2 183007502 . A G 612.04 PASS AF=0.895833;AO=41;DP=48;FAO=43;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0021605;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1727;QD=51.003;RBI=0.0346793;REFB=-0.0807214;REVB=0.0346119;RO=5;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141307;STB=0.567536;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00809736;OID=.;OPOS=183007502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:48:48:5:5:41:43:0.895833:14:27:0:5:16:27:0:5 chr2 183593697 . C T 1556.5 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000910249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.0299;QD=58.7359;RBI=0.0322015;REFB=-0.130603;REVB=-0.0321886;RO=1;SAF=26;SAR=78;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00604577;STB=0.503184;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.000385029;OID=.;OPOS=183593697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:106:1:1:104:105:0.990566:78:26:0:1:78:27:0:1 chr2 183605077 . C A 833.08 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220582;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1522;QD=57.454;RBI=0.0271542;REFB=0;REVB=0.0158362;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.80855e-05;OID=.;OPOS=183605077;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:57:58:1:36:21:0:0:36:22:0:0 chr2 183622547 . T G 1696.43 PASS AF=0.982759;AO=114;DP=117;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=97;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0789231;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.955;QD=58.4977;RBI=0.0848186;REFB=-0.142565;REVB=0.0310699;RO=1;SAF=17;SAR=97;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271069;STB=0.511721;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.000737064;OID=.;OPOS=183622547;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:117:116:1:2:114:114:0.982759:97:17:1:0:97:17:1:1 chr2 183627504 . A G 409.52 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=35;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00772271;FXX=0.0571265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.2822;QD=49.6387;RBI=0.00781007;REFB=0.0110866;REVB=0.00116487;RO=3;SAF=12;SAR=18;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117651;STB=0.506325;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=-0.00105954;OID=.;OPOS=183627504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:35:33:3:3:30:30:0.909091:18:12:1:2:18:12:1:2 chr2 183738620 . T C 115.97 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8112;QD=42.171;RBI=0.0666304;REFB=0;REVB=0.0650432;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00276473;OID=.;OPOS=183738620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr2 183789649 . C A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.59;QD=59.0187;RBI=0.0352154;REFB=0;REVB=0.0262334;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137056;OID=.;OPOS=183789649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr2 183799558 . G C 1516.95 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.78;QD=58.9108;RBI=0.0563274;REFB=0;REVB=0.00415316;RO=1;SAF=51;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921259;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211991;OID=.;OPOS=183799558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:103:1:0:102:103:1:51:51:1:0:51:52:0:0 chr2 183943691 . A G 188.75 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00484484;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.903;QD=10.4858;RBI=0.00509402;REFB=-0.00466232;REVB=0.00157371;RO=47;SAF=15;SAR=9;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156208;STB=0.585034;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0139077;OID=.;OPOS=183943691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:47:48:24:24:0.333333:9:15:23:24:9:15:24:24 chr2 183961650 . A C 1082.86 PASS AF=0.961039;AO=74;DP=77;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0230401;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.567;QD=56.2523;RBI=0.0288736;REFB=0.0292766;REVB=0.0174024;RO=3;SAF=23;SAR=51;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270169;STB=0.514282;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.000644353;OID=.;OPOS=183961650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:77:3:3:74:74:0.961039:51:23:0:3:51:23:0:3 chr2 183961668 . A G,T 957.67 PASS AF=0.970149,0.0298507;AO=62,3;DP=66;FAO=65,2;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=19,1;FSAR=46,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00143929,-0.0330549;FXX=0.0147037;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=166.669,113.305;QD=57.1745;RBI=0.00272204,0.0604464;REFB=0,0;REVB=-0.0023104,-0.0506077;RO=1;SAF=17,2;SAR=45,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0269575,-0.163246;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000272085,0.137945;OID=.,.;OPOS=183961668,183961668;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:66:67:1:0:62,3:65,2:0.970149,0.0298507:45,1:17,2:1:0:46,1:19,1:0:0 chr2 184814072 . T C 910.13 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360282;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.21;QD=58.7182;RBI=0.0377147;REFB=0;REVB=0.011152;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183943;OID=.;OPOS=184814072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:61:62:1:33:28:0:0:34:28:0:0 chr2 185469503 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.421;QD=57.2376;RBI=0.0246164;REFB=0;REVB=0.00361815;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99859e-05;OID=.;OPOS=185469503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:34:22:0:0:34:22:0:0 chr2 185800905 . A T 734.21 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0532867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.134;QD=61.1841;RBI=0.0569138;REFB=-0.0811644;REVB=-0.0199926;RO=1;SAF=27;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171015;STB=0.509087;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000777613;OID=.;OPOS=185800905;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:20:27:1:0:20:27:1:0 chr2 185801747 . G A 436.71 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0577773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.616;QD=56.3501;RBI=0.0578978;REFB=0;REVB=0.00373259;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001323;OID=.;OPOS=185801747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:19:10:0:0:19:12:0:0 chr2 185801755 . A G 416.98 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.878;QD=55.5967;RBI=0.0504268;REFB=0;REVB=-0.00849243;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249163;OID=.;OPOS=185801755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:18:11:0:0:19:11:0:0 chr2 185801917 . A G 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00424054;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=260.689;QD=15.2592;RBI=0.00665365;REFB=0.00578071;REVB=0.00512727;RO=4;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45752;STB=0.788535;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00406786;OID=.;OPOS=185801917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:4:6:7:7:0.538462:6:1:3:1:6:1:4:2 chr2 185802211 . C CACA 194.16 PASS AF=0.782609;AO=17;DP=23;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.019657;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=240.311;QD=33.7665;RBI=0.0213581;REFB=0.00220565;REVB=-0.008353;RO=4;SAF=5;SAR=12;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823487;STB=0.562429;STBP=0.291;TYPE=ins;VARB=-0.00065418;OID=.;OPOS=185802212;OREF=-;OALT=ACA;OMAPALT=CACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.782609:17:23:18:23:5:6:12:3:2:25:4:5:12:2:2 chr2 185802243 . C A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.288;QD=40.763;RBI=0.03966;REFB=0;REVB=-0.00942668;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243747;OID=.;OPOS=185802243;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr2 185802363 . A G 857.71 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604674;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.945;QD=58.1498;RBI=0.0649979;REFB=0;REVB=0.0238417;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227949;OID=.;OPOS=185802363;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:59:0:0:60:59:1:24:36:0:0:24:35:0:0 chr2 186526579 . G A 1951.11 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00462586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7243;QD=61.4524;RBI=0.0139312;REFB=0;REVB=-0.0131408;RO=0;SAF=52;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361855;OID=.;OPOS=186526579;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:127:0:0:125:127:1:73:52:0:0:74:53:0:0 chr2 186655726 . G A 868.2 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00897122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2689;QD=57.88;RBI=0.0492932;REFB=0;REVB=-0.04847;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000302297;OID=.;OPOS=186655726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:34:26:0:0:34:26:0:0 chr2 186666362 . C A 163.93 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00817856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.148;QD=29.806;RBI=0.0137062;REFB=-0.0440028;REVB=0.0109986;RO=6;SAF=8;SAR=8;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819515;STB=0.545398;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0132093;OID=.;OPOS=186666362;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:6:6:16:16:0.727273:8:8:4:2:8:8:4:2 chr2 186668935 . A G 752.89 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0873984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0776;QD=56.822;RBI=0.0877321;REFB=0;REVB=0.00764513;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252739;OID=.;OPOS=186668935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:33:19:0:0:33:20:0:0 chr2 186670104 . A C 882.32 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0107884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1905;QD=53.4742;RBI=0.0404541;REFB=-0.0134996;REVB=0.0389891;RO=2;SAF=40;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00842919;STB=0.501557;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00874751;OID=.;OPOS=186670104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:66:2:3:63:63:0.954545:23:40:1:1:23:40:2:1 chr2 186670979 . T C 211.72 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388977;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.334;QD=49.8162;RBI=0.0430708;REFB=0;REVB=0.018495;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000784063;OID=.;OPOS=186670979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr2 186697876 . A G 1408.11 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00354612;FXX=0.0215031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7569;QD=61.8949;RBI=0.0305037;REFB=-0.0937156;REVB=0.0302969;RO=0;SAF=41;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506023;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000736301;OID=.;OPOS=186697876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:91:0:1:90:90:0.989011:49:41:0:0:49:41:1:0 chr2 187487160 . G A 1377.07 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0493208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.122;QD=62.5943;RBI=0.0505263;REFB=0;REVB=0.0109711;RO=0;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22819e-05;OID=.;OPOS=187487160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:44:43:0:0:45:43:0:0 chr2 187532417 . G A 1232.74 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=83;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0116921;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6891;QD=60.1338;RBI=0.0416748;REFB=-0.13937;REVB=0.040001;RO=1;SAF=68;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00691323;STB=0.503596;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00147977;OID=.;OPOS=187532417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:82:1:1:80:81:0.987805:12:68:1:0:12:69:1:0 chr2 187558960 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.883;QD=40.7628;RBI=0.108931;REFB=0;REVB=0.0980145;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00276644;OID=.;OPOS=187558960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr2 187559044 . G A 68.47 PASS AF=0.192982;AO=11;DP=57;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=12;FWDB=0.00332942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4979;QD=4.80467;RBI=0.022462;REFB=-0.00745884;REVB=-0.0222139;RO=44;SAF=5;SAR=6;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336803;STB=0.721884;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0721132;OID=.;OPOS=187559044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:57:57:44:46:11:11:0.192982:6:5:32:12:6:5:34:12 chr2 187559047 . G A,GCAA 482.01 PASS AF=0.577778,0.333333;AO=27,11;DP=58;FAO=26,15;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=17,12;FSAR=9,3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00312263,0.0118602;FXX=0.224099;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=91.5938,89.3495;QD=42.8448;RBI=0.0374083,0.0296272;REFB=-0.131351,-0.0718345;REVB=-0.0372777,-0.0271498;RO=14;SAF=18,8;SAR=9,3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0165455,0.0957667;STB=0.514275,0.516107;STBP=0.747,0.909;TYPE=snp,ins;VARB=0.0221952,0.0561224;OID=.,.;OPOS=187559047,187559048;OREF=G,-;OALT=A,CAA;OMAPALT=A,GCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:58:45:14:4:27,11:26,15:0.577778,0.333333:9,3:18,8:9:5:9,3:17,12:3:1 chr2 187987389 . G A 1396.25 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6494;QD=62.7529;RBI=0.0479439;REFB=0;REVB=0.0424545;RO=0;SAF=36;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47001e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303287;OID=.;OPOS=187987389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:53:36:0:0:53:36:0:0 chr2 187987519 . C T 1657.55 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0426538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6878;QD=59.1983;RBI=0.0597118;REFB=0.0509443;REVB=0.041787;RO=2;SAF=47;SAR=63;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197694;STB=0.505154;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.0046053;OID=.;OPOS=187987519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:2:1:110:111:0.991071:63:47:2:0:63:48:1:0 chr2 187987557 . A G 1145.41 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0312111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.58;QD=57.9955;RBI=0.0312377;REFB=-0.20812;REVB=-0.00128878;RO=1;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119811;STB=0.512497;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00233536;OID=.;OPOS=187987557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:79:79:1:2:77:77:0.974684:39:38:0:1:39:38:0:2 chr2 188208130 . A G 2064.2 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.326;QD=62.5514;RBI=0.018327;REFB=0;REVB=-0.0113378;RO=0;SAF=72;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95289e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57203e-06;OID=.;OPOS=188208130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:132:0:0:131:132:1:59:72:0:0:59:73:0:0 chr2 188250301 . T A 1535.21 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176629;FXX=0.0204061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.045;QD=63.9669;RBI=0.0212386;REFB=0;REVB=0.0117941;RO=0;SAF=45;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.41978e-05;OID=.;OPOS=188250301;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:95:96:1:50:45:0:0:50:46:0:0 chr2 189449110 . C T 91.16 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.00834921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5415;QD=8.47985;RBI=0.0447568;REFB=-0.00103191;REVB=-0.0439712;RO=31;SAF=6;SAR=6;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250263;STB=0.650934;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.000839228;OID=.;OPOS=189449110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:31:31:12:12:0.27907:6:6:22:9:6:6:22:9 chr2 189460553 . T C 1499.04 PASS AF=0.979592;AO=94;DP=96;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00392814;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.88;QD=61.1854;RBI=0.00525039;REFB=-0.0656751;REVB=-0.00348372;RO=1;SAF=36;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129878;STB=0.50222;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00036211;OID=.;OPOS=189460553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:98:1:2:94:96:0.979592:58:36:1:0:58:38:1:1 chr2 189866199 . T A 2645.65 PASS AF=0.988506;AO=171;DP=172;FAO=172;FDP=174;FR=.;FRO=2;FSAF=100;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.01089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.914;QD=60.8195;RBI=0.0349289;REFB=0.0510882;REVB=0.0331878;RO=1;SAF=100;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00473615;STB=0.50495;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.000490746;OID=.;OPOS=189866199;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:172:174:1:2:171:172:0.988506:71:100:1:0:72:100:2:0 chr2 189875421 . T G 874.3 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00571079;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.728;QD=56.4063;RBI=0.0617966;REFB=-0.027682;REVB=0.0615321;RO=1;SAF=32;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145233;STB=0.50769;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00015753;OID=.;OPOS=189875421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:62:1:1:61:61:0.983871:29:32:1:0:29:32:1:0 chr2 189907937 . A G 937.51 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00225987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.658;QD=58.5941;RBI=0.0209754;REFB=0;REVB=0.0208533;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.59404e-05;OID=.;OPOS=189907937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr2 189914122 . G A 193.33 PASS AF=0.273684;AO=25;DP=91;FAO=26;FDP=95;FR=.;FRO=69;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=-0.000545766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0704;QD=8.1403;RBI=0.00614015;REFB=-0.000466222;REVB=0.00611585;RO=66;SAF=14;SAR=11;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18124;STB=0.585145;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00101264;OID=.;OPOS=189914122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:95:66:69:25:26:0.273684:11:14:27:39:12:14:29:40 chr2 189932831 . T C 1553.24 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000549768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.182;QD=62.7572;RBI=0.00925626;REFB=0.0588955;REVB=0.00923992;RO=0;SAF=57;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.000104976;OID=.;OPOS=189932831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:0:1:98:98:0.989899:41:57:0:0:41:57:1:0 chr2 189974958 . G T 634.83 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0405092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.465;QD=60.4601;RBI=0.0415944;REFB=0;REVB=0.00943912;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330509;OID=.;OPOS=189974958;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:40:42:1:15:25:0:0:15:27:0:0 chr2 189997837 . CG C,CA 404.85 PASS AF=0.166667,0.833333;AO=7,24;DP=32;FAO=5,25;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=5,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178068,-0.0152528;FXX=0.0322477;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=37.1449,50.9875;QD=53.9803;RBI=0.0318249,0.103055;REFB=0,0;REVB=0.0263769,0.10192;RO=0;SAF=0,20;SAR=7,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.83186e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0602756,-0.000189725;OID=.,.;OPOS=189997838,189997838;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.166667,0.833333:7,24:32:5,25:30:0:0,20:5,5:0:0:21:0:0,20:7,4:0:0 chr2 190323530 . A G 1020.98 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0361952;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.552;QD=58.3418;RBI=0.0374372;REFB=-0.00608749;REVB=-0.00956309;RO=1;SAF=30;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119679;STB=0.506327;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000365709;OID=.;OPOS=190323530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:70:1:1:69:69:0.985714:39:30:0:1:39:30:0:1 chr2 190430177 . A G 368.58 PASS AF=0.326241;AO=44;DP=140;FAO=46;FDP=141;FR=.;FRO=95;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=46;FWDB=0.0107122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7171;QD=10.4562;RBI=0.0698337;REFB=0.0237595;REVB=0.0690072;RO=95;SAF=27;SAR=17;SRF=49;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117378;STB=0.563849;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.0433484;OID=.;OPOS=190430177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:95:95:44:46:0.326241:17:27:49:46:18:28:49:46 chr2 190531426 . G A 1175.86 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00194946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.075;QD=59.5372;RBI=0.00443535;REFB=0.0290498;REVB=0.00398396;RO=1;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119826;STB=0.506328;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000451238;OID=.;OPOS=190531426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:39:39:0:1:39:39:0:1 chr2 190595258 . G T 1533.23 PASS AF=0.981308;AO=103;DP=105;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0463293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9437;QD=57.3169;RBI=0.0614271;REFB=0.00538132;REVB=0.0403347;RO=2;SAF=49;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000879162;STB=0.500626;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.000791193;OID=.;OPOS=190595258;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:107:2:2:103:105:0.981308:54:49:1:1:56:49:1:1 chr2 190602513 . T C 932.29 PASS AF=0.943662;AO=66;DP=71;FAO=67;FDP=71;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0478484;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.1676;QD=52.5233;RBI=0.0627769;REFB=0.0478072;REVB=0.0406383;RO=4;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06732;STB=0.534472;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00158885;OID=.;OPOS=190602513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:71:71:4:4:66:67:0.943662:26:40:0:4:27:40:0:4 chr2 190617643 . A G,T 1369.59 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=77,13;DP=90;FAO=80,10;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=39,1;FSAR=41,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00806605,-0.0426428;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=144.832,36.1662;QD=60.8708;RBI=0.0344447,0.0458779;REFB=0,0;REVB=0.033487,-0.0169227;RO=0;SAF=36,4;SAR=41,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.52206e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00113269,0.0991737;OID=.,.;OPOS=190617643,190617643;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:37:90:90:0:0:77,13:80,10:0.888889,0.111111:41,9:36,4:0:0:41,9:39,1:0:0 chr2 190618249 . T A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.073;QD=60.6091;RBI=0.0372866;REFB=0;REVB=0.00490481;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169344;OID=.;OPOS=190618249;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr2 190636411 . C G 1098.72 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00151684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.481;QD=60.2037;RBI=0.0137489;REFB=0;REVB=0.013665;RO=0;SAF=47;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43314e-05;OID=.;OPOS=190636411;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:26:47:0:0:26:47:0:0 chr2 190788123 . G T 843.55 PASS AF=0.628099;AO=76;DP=121;FAO=76;FDP=121;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0110777;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.878;QD=27.886;RBI=0.013264;REFB=-0.0151793;REVB=-0.00729511;RO=44;SAF=30;SAR=46;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419668;STB=0.527658;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00827775;OID=.;OPOS=190788123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:44:45:76:76:0.628099:46:30:20:24:46:30:21:24 chr2 190788844 . T TC,TCG 214.27 PASS AF=1,0;AO=9,2;DP=19;FAO=18,0;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586318,-0.0633586;FXX=0;HRUN=0,0;LEN=1,2;MLLD=27.145,19.3972;QD=47.6161;RBI=0.272382,0.607481;REFB=0,0;REVB=0.265997,0.604168;RO=8;SAF=9,2;SAR=0,0;SRF=1;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.834294,0.742825;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.021079,0;OID=.,.;OPOS=190788845,190788845;OREF=-,-;OALT=C,CG;OMAPALT=TC,TCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:9,2:19:18,0:18:0:12,0:6,0:0:0:4:8:9,2:0,0:1:7 chr2 190788845 . G C 56.59 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.0837248;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=54.0576;QD=11.9143;RBI=0.110897;REFB=-0.00710677;REVB=0.0727215;RO=11;SAF=1;SAR=7;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.731199;STB=0.922253;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0136717;OID=.;OPOS=190788845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:7:1:11:0:7:1:11:0 chr2 190815211 . G A 575.77 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.814;QD=60.6069;RBI=0.0379805;REFB=0;REVB=0.00524194;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118174;OID=.;OPOS=190815211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:23:14:0:0:24:14:0:0 chr2 191064753 . C T 613.3 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.024;QD=61.3297;RBI=0.0343185;REFB=0;REVB=0.0159713;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289808;OID=.;OPOS=191064753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr2 191065236 . TTTTG T 410.56 PASS AF=0.971429;AO=31;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0126654;FXX=0.0540395;HRUN=5;LEN=4;MLLD=296.352;QD=46.9207;RBI=0.0146453;REFB=0.0639621;REVB=0.00735344;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.517231;STBP=0.291;TYPE=del;VARB=-0.000940256;OID=.;OPOS=191065237;OREF=TTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.971429:31:34:34:35:1:20:14:0:1:3:0:18:13:0:0 chr2 191065595 . G T 711.93 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00258057;FXX=0.0217344;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.59;QD=63.2831;RBI=0.00885497;REFB=0;REVB=-0.00847061;RO=0;SAF=10;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64128e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.28421e-05;OID=.;OPOS=191065595;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:35:10:0:0:35:10:0:0 chr2 191065781 . CA AT,CAGAT 540.12 PASS AF=0.121951,0.829268;AO=5,31;DP=42;FAO=5,34;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=1,15;FSAR=4,19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0156015,-0.0136525;FXX=0.0238039;HRUN=2,1;LEN=2,3;MLLD=149.954,191.763;QD=52.6947;RBI=0.0165776,0.0268709;REFB=-0.0338075,-0.0387314;REVB=0.0056043,0.0231442;RO=3;SAF=1,13;SAR=4,18;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.496916,-0.0961756;STB=0.748924,0.531232;STBP=0.099,0.136;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0307862,0.00423699;OID=.,.;OPOS=191065781,191065783;OREF=CA,-;OALT=AT,GAT;OMAPALT=AT,CAGAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:42:41:3:2:5,31:5,34:0.121951,0.829268:4,18:1,13:3:0:4,19:1,15:2:0 chr2 191066683 . C T 1264.27 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.482;QD=61.6715;RBI=0.0218571;REFB=0;REVB=-0.00361995;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.97215e-05;OID=.;OPOS=191066683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:48:33:0:0:48:34:0:0 chr2 191066769 . C T 493.33 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6441;QD=58.0392;RBI=0.0360143;REFB=0;REVB=0.0314352;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230444;OID=.;OPOS=191066769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:34:0:0:30:34:1:17:13:0:0:21:13:0:0 chr2 191066913 . T C 579.47 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00382549;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.817;QD=60.9973;RBI=0.0187917;REFB=0;REVB=0.0183982;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.96527e-05;OID=.;OPOS=191066913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr2 191066970 . C T 683.74 PASS AF=0.980392;AO=46;DP=47;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0472442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6726;QD=53.6266;RBI=0.0477341;REFB=-0.028599;REVB=0.00682101;RO=1;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02089;STB=0.510634;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00146853;OID=.;OPOS=191066970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:51:1:1:46:50:0.980392:22:24:0:1:23:27:0:1 chr2 191067233 . T C 421.19 PASS AF=0.72549;AO=37;DP=51;FAO=37;FDP=51;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00398246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.159;QD=33.0346;RBI=0.0409121;REFB=-0.00956296;REVB=0.0407178;RO=14;SAF=17;SAR=20;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128506;STB=0.569583;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00320983;OID=.;OPOS=191067233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:14:14:37:37:0.72549:20:17:10:4:20:17:10:4 chr2 191067766 . T TTC 764.79 PASS AF=1;AO=43;DP=51;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00353761;FXX=0.039992;HRUN=3;LEN=2;MLLD=139.555;QD=63.7323;RBI=0.0341355;REFB=0;REVB=0.0339517;RO=4;SAF=23;SAR=20;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749502;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000282055;OID=.;OPOS=191067767;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=TTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:51:48:48:0:26:22:0:0:4:4:23:20:4:0 chr2 191068061 . A T 498.17 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187318;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7465;QD=58.6082;RBI=0.0197944;REFB=0;REVB=-0.00639827;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000523209;OID=.;OPOS=191068061;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr2 191224981 . G T 1193.72 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104765;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7551;QD=61.2166;RBI=0.0169545;REFB=0;REVB=0.0133303;RO=0;SAF=20;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04233e-05;OID=.;OPOS=191224981;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:58:20:0:0:58:20:0:0 chr2 191231458 . G A 1539.56 PASS AF=0.98;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00328578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1314;QD=61.5823;RBI=0.00412705;REFB=-0.0479063;REVB=-0.00249724;RO=2;SAF=43;SAR=55;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00235663;STB=0.501243;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00808562;OID=.;OPOS=191231458;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:100:2:2:98:98:0.98:55:43:1:1:55:43:1:1 chr2 191231503 . G A 1661.39 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00615609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4899;QD=59.3354;RBI=0.0205698;REFB=-0.00433827;REVB=-0.019627;RO=1;SAF=48;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747675;STB=0.503936;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-4.4727e-05;OID=.;OPOS=191231503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:1:1:111:111:0.991071:63:48:0:1:63:48:0:1 chr2 191235901 . A C 1532.75 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.608;QD=58.3906;RBI=0.0792045;REFB=0;REVB=0.0783442;RO=0;SAF=56;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00261813;OID=.;OPOS=191235901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:105:0:0:101:105:1:45:56:0:0:49:56:0:0 chr2 191301368 . A G 130.07 PASS AF=1;AO=8;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0764891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.756;QD=43.3568;RBI=0.0865185;REFB=0;REVB=0.0404334;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0072208;OID=.;OPOS=191301368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:8:12:1:5:3:0:0:8:4:0:0 chr2 191354491 . T C 118.54 PASS AF=0.204301;AO=19;DP=93;FAO=19;FDP=93;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.0146845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.091;QD=5.09844;RBI=0.0180067;REFB=0.00121976;REVB=-0.0104215;RO=73;SAF=7;SAR=12;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17563;STB=0.616315;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.0088117;OID=.;OPOS=191354491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:73:74:19:19:0.204301:12:7:37:36:12:7:38:36 chr2 191379268 . G A 212.79 PASS AF=0.446429;AO=24;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0271078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.5607;QD=15.1993;RBI=0.0415266;REFB=-0.00249997;REVB=-0.0314584;RO=31;SAF=5;SAR=19;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225225;STB=0.635394;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00461261;OID=.;OPOS=191379268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:24:25:0.446429:19:5:12:19:20:5:12:19 chr2 191402680 . A G 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0228941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.865;QD=11.0858;RBI=0.0443549;REFB=-0.0112817;REVB=0.0379897;RO=25;SAF=8;SAR=5;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771953;STB=0.545783;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0213978;OID=.;OPOS=191402680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:5:8:17:8:5:8:17:8 chr2 191402685 . A C 80.91 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0097845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4534;QD=7.89409;RBI=0.0473606;REFB=0.0106275;REVB=-0.0463389;RO=30;SAF=10;SAR=1;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.570088;STB=0.864096;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.0280733;OID=.;OPOS=191402685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:1:10:15:15:1:10:15:15 chr2 191402698 . A C 87.13 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0238813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3917;QD=8.29799;RBI=0.0370123;REFB=0.0297758;REVB=0.0282771;RO=29;SAF=11;SAR=1;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.552279;STB=0.858653;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0871689;OID=.;OPOS=191402698;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:42:42:29:30:12:12:0.285714:1:11:16:13:1:11:16:14 chr2 191402702 . T C 101.9 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00302041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2103;QD=8.86097;RBI=0.0391337;REFB=0.00140319;REVB=-0.0390169;RO=33;SAF=12;SAR=1;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.55319;STB=0.852404;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0112414;OID=.;OPOS=191402702;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:1:12:19:14:1:12:19:14 chr2 191402710 . T C 125.23 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0177796;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.334;QD=10.4362;RBI=0.0352798;REFB=-0.0036782;REVB=-0.0304721;RO=33;SAF=14;SAR=1;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.600876;STB=0.874375;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0107595;OID=.;OPOS=191402710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:1:14:18:15:1:14:18:15 chr2 191402712 . TA CG 125.23 PASS AF=0.3125;AO=15;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00869652;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=124;QD=10.4362;RBI=0.0181085;REFB=0.0132254;REVB=-0.0158836;RO=33;SAF=14;SAR=1;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.600876;STB=0.874375;STBP=0.005;TYPE=mnp;VARB=-0.0347079;OID=.;OPOS=191402712;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:33:15:15:0.3125:1:14:18:15:1:14:18:15 chr2 191402748 . A T 133.61 PASS AF=0.315789;AO=17;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0112745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.068;QD=9.37576;RBI=0.0163925;REFB=-0.00476538;REVB=-0.0118995;RO=38;SAF=14;SAR=3;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288694;STB=0.617505;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0183086;OID=.;OPOS=191402748;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:39:17:18:0.315789:3:14:24:14:4:14:25:14 chr2 191402761 . G A 109.27 PASS AF=0.28;AO=12;DP=47;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.00919484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.79;QD=8.74164;RBI=0.0135733;REFB=-0.00317903;REVB=-0.00998449;RO=35;SAF=11;SAR=1;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.469528;STB=0.81979;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00522106;OID=.;OPOS=191402761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:35:36:12:14:0.28:1:11:23:12:1:13:24:12 chr2 191402775 . T C 81.62 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0228348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.731;QD=8.37083;RBI=0.051802;REFB=-0.0190092;REVB=-0.0464975;RO=27;SAF=10;SAR=1;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.470709;STB=0.796421;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00774043;OID=.;OPOS=191402775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:27:28:11:11:0.282051:1:10:17:10:1:10:18:10 chr2 191524394 . C T 273.27 PASS AF=0.685714;AO=24;DP=35;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0406178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.396;QD=31.2314;RBI=0.0410704;REFB=-0.0295866;REVB=0.00608047;RO=11;SAF=9;SAR=15;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122345;STB=0.566876;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0201338;OID=.;OPOS=191524394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:35:35:11:11:24:24:0.685714:15:9:2:9:15:9:2:9 chr2 191818323 . A C 798.31 PASS AF=0.582677;AO=74;DP=128;FAO=74;FDP=127;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.00473752;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.188;QD=25.1437;RBI=0.0163699;REFB=-0.0218071;REVB=-0.0156694;RO=53;SAF=33;SAR=41;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489383;STB=0.51876;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0148024;OID=.;OPOS=191818323;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:53:53:74:74:0.582677:41:33:27:26:41:33:26:27 chr2 191828203 . A T 239.25 PASS AF=0.451613;AO=27;DP=61;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00503614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.133;QD=15.4352;RBI=0.0122668;REFB=-0.0370912;REVB=-0.0111854;RO=30;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795481;STB=0.535689;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0210077;OID=.;OPOS=191828203;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:30:34:27:28:0.451613:13:14:13:17:13:15:16:18 chr2 191828205 . C A 224.34 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0190341;FXX=0.0163908;HRUN=5;LEN=1;MLLD=184.576;QD=14.9561;RBI=0.019751;REFB=-0.0139973;REVB=0.00527306;RO=34;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384718;STB=0.521834;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0141888;OID=.;OPOS=191828205;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:34:34:26:26:0.433333:12:14:17:17:12:14:17:17 chr2 191851798 . CA C 51.17 PASS AF=0.548387;AO=14;DP=33;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0619146;FXX=0.0605877;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.04701;QD=6.60206;RBI=0.298258;REFB=-0.0222523;REVB=0.29176;RO=12;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513292;STBP=0.942;TYPE=del;VARB=0.0658963;OID=.;OPOS=191851799;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.548387:14:33:17:31:14:9:8:7:7:36:12:7:7:6:6 chr2 191874667 . A G 445.17 PASS AF=0.608696;AO=41;DP=70;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0193675;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.102;QD=25.807;RBI=0.0252811;REFB=-0.0292369;REVB=-0.0162492;RO=27;SAF=29;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18075;STB=0.601801;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0200575;OID=.;OPOS=191874667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:27:27:41:42:0.608696:12:29:13:14:12:30:13:14 chr2 192160839 . A T 168.92 PASS AF=0.226891;AO=26;DP=119;FAO=27;FDP=119;FR=.;FRO=92;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=0.0424354;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.496;QD=5.67805;RBI=0.0449383;REFB=-0.00373719;REVB=-0.0147881;RO=92;SAF=16;SAR=10;SRF=44;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173327;STB=0.617707;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0128624;OID=.;OPOS=192160839;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:92:92:26:27:0.226891:10:16:44:48:10:17:44:48 chr2 192160875 . C T 147.17 PASS AF=0.203252;AO=25;DP=122;FAO=25;FDP=123;FR=.;FRO=98;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=53;FWDB=-0.00364351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.182;QD=4.78584;RBI=0.014331;REFB=-0.00346738;REVB=-0.0138601;RO=97;SAF=15;SAR=10;SRF=45;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172068;STB=0.611562;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0196775;OID=.;OPOS=192160875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:97:98:25:25:0.203252:10:15:45:52:10:15:45:53 chr2 192214966 . T C 461.89 PASS AF=0.632353;AO=43;DP=68;FAO=43;FDP=68;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0540508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7473;QD=27.1697;RBI=0.0543609;REFB=0.0190199;REVB=-0.00579897;RO=25;SAF=18;SAR=25;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962025;STB=0.552462;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.0127128;OID=.;OPOS=192214966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:25:25:43:43:0.632353:25:18:14:11:25:18:14:11 chr2 192250726 . G A 1006.23 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.066;QD=59.1899;RBI=0.0431078;REFB=0;REVB=0.0199601;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4649e-05;OID=.;OPOS=192250726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:68:0:0:63:68:1:32:31:0:0:36:32:0:0 chr2 192279327 . T C 1309.16 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=88;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0125576;FXX=0.0227247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.044;QD=60.8911;RBI=0.0326614;REFB=-0.0129824;REVB=0.0301508;RO=1;SAF=39;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119907;STB=0.506328;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00017942;OID=.;OPOS=192279327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:86:1:1:84:85:0.988372:45:39:1:0:46:39:1:0 chr2 192699639 . A AG 141.1 PASS AF=0.276316;AO=42;DP=161;FAO=42;FDP=152;FR=.;FRO=110;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=51;FSRR=59;FWDB=0.065818;FXX=0.0193536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.49;QD=3.71312;RBI=0.0709897;REFB=-0.0203653;REVB=0.0265994;RO=117;SAF=20;SAR=22;SRF=56;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00302248;STB=0.509109;STBP=0.883;TYPE=ins;VARB=0.052625;OID=.;OPOS=192699640;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.276316:42:161:42:152:110:20:22:51:59:99:117:20:22:56:61 chr2 192701393 . A G 234.5 PASS AF=0.303922;AO=31;DP=102;FAO=31;FDP=102;FR=.;FRO=71;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=0.00282422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6387;QD=9.19621;RBI=0.0476019;REFB=-0.0281379;REVB=-0.047518;RO=69;SAF=21;SAR=10;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302554;STB=0.685811;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0422574;OID=.;OPOS=192701393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:69:71:31:31:0.303922:10:21:29:40:10:21:29:42 chr2 195523141 . G T 810.84 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0717386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1156;QD=56.9012;RBI=0.0888276;REFB=0;REVB=0.0523824;RO=1;SAF=36;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129193;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000207308;OID=.;OPOS=195523141;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:1:0:56:57:1:20:36:1:0:20:37:0:0 chr2 196601854 . A AGATT 308.78 PASS AF=0.581818;AO=29;DP=56;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0162081;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=4;MLLD=222.232;QD=22.4569;RBI=0.0241985;REFB=-0.0252473;REVB=0.0179685;RO=22;SAF=19;SAR=10;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542831;STB=0.506489;STBP=0.92;TYPE=ins;VARB=0.0231641;OID=.;OPOS=196601855;OREF=-;OALT=GATT;OMAPALT=AGATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.581818:29:56:32:55:23:19:13:14:9:99:22:19:10:13:9 chr2 196602089 . T TATCA 64.23 PASS AF=0.217391;AO=9;DP=56;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.041639;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=4;MLLD=178.579;QD=5.58484;RBI=0.0429743;REFB=-0.0139456;REVB=0.0106297;RO=46;SAF=4;SAR=5;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416071;STB=0.557406;STBP=0.684;TYPE=ins;VARB=0.0456549;OID=.;OPOS=196602090;OREF=-;OALT=ATCA;OMAPALT=TATCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.217391:9:56:10:46:36:4:6:17:19:64:46:4:5:22:24 chr2 196602132 . GTGAT G 123.22 PASS AF=0.3125;AO=13;DP=49;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0140407;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=4;MLLD=222.575;QD=10.2679;RBI=0.0164459;REFB=-0.0114661;REVB=-0.00856322;RO=30;SAF=5;SAR=8;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134818;STB=0.579725;STBP=0.498;TYPE=del;VARB=0.0259074;OID=.;OPOS=196602133;OREF=TGAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125:13:49:15:48:33:6:9:17:16:99:30:5:8:15:15 chr2 196602204 . ACA ACAAGTC,GTC 252.44 PASS AF=0.455882,0.0882353;AO=33,7;DP=71;FAO=31,6;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=13,6;FSAR=18,0;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0077183,-0.00345261;FXX=0.0422476;HRUN=2,3;LEN=4,3;MLLD=115.045,201.58;QD=14.8493;RBI=0.0077777,0.0292853;REFB=-0.000881972,0.00495971;REVB=0.000959357,0.0290811;RO=28;SAF=16,6;SAR=17,1;SRF=12;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0467495,0.519942;STB=0.532748,0.998112;STBP=0.606,0.005;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.00488045,0.00818738;OID=.,.;OPOS=196602207,196602204;OREF=-,ACA;OALT=AGTC,GTC;OMAPALT=ACAAGTC,GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:68:28:31:33,7:31,6:0.455882,0.0882353:17,1:16,6:12:16:18,0:13,6:15:16 chr2 196673533 . A G 683.2 PASS AF=0.979167;AO=44;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00562478;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.4513;QD=56.933;RBI=0.13735;REFB=-0.226311;REVB=0.137235;RO=2;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446823;STB=0.5102;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0182187;OID=.;OPOS=196673533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:48:48:2:1:44:47:0.979167:20:24:0:2:23:24:1:0 chr2 196728994 . A G 423.01 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00473373;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.275;QD=23.5006;RBI=0.0148675;REFB=-0.000684013;REVB=-0.0140938;RO=30;SAF=23;SAR=18;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057001;STB=0.537109;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00049784;OID=.;OPOS=196728994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:30:31:41:41:0.569444:18:23:19:11:18:23:20:11 chr2 196791276 . T G 209.11 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00794467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6622;QD=13.7123;RBI=0.0116414;REFB=0.00629804;REVB=0.0085091;RO=36;SAF=6;SAR=19;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374723;STB=0.7153;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00692561;OID=.;OPOS=196791276;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:19:6:21:15:19:6:21:15 chr2 196825396 . CTTTTTT CTTTTTC,CTTTTT 577.93 PASS AF=0.671429,0.185714;AO=38,12;DP=71;FAO=47,13;FDP=70;FR=.;FRO=10;FSAF=28,7;FSAR=19,6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0439115,-0.17736;FXX=0.0140825;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=238.172,7.09189;QD=33.0244;RBI=0.0458309,0.201965;REFB=-0.0157977,-0.119313;REVB=0.0131247,0.0966094;RO=7;SAF=21,8;SAR=17,4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.118367,0.335038;STB=0.552749,0.602495;STBP=0.1,0.339;TYPE=snp,del;VARB=0.00594427,0.189008;OID=.,.;OPOS=196825402,196825397;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CTTTTTC,CTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.671429,0.185714:38,12:71:47,13:70:10:28,7:19,6:3:7:45:7:21,8:17,4:1:6 chr2 196851911 . G A 77.47 PASS AF=0.210526;AO=12;DP=57;FAO=12;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0729343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0191;QD=5.43668;RBI=0.0756499;REFB=-0.0103911;REVB=-0.0200873;RO=44;SAF=4;SAR=8;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099655;STB=0.574871;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0353544;OID=.;OPOS=196851911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:57:57:44:45:12:12:0.210526:8:4:18:26:8:4:19:26 chr2 196866420 . C T 465.27 PASS AF=0.389706;AO=53;DP=136;FAO=53;FDP=136;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=42;FSRR=41;FWDB=-0.00898198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.562;QD=13.6845;RBI=0.0139807;REFB=-0.00548098;REVB=-0.0107137;RO=82;SAF=26;SAR=27;SRF=41;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101329;STB=0.50943;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0089908;OID=.;OPOS=196866420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:82:83:53:53:0.389706:27:26:41:41:27:26:42:41 chr2 196877557 . T C 832.05 PASS AF=0.705263;AO=66;DP=94;FAO=67;FDP=95;FR=.;FRO=28;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00425235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.547;QD=35.0335;RBI=0.0154968;REFB=0.00209948;REVB=0.014902;RO=28;SAF=36;SAR=30;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450654;STB=0.521568;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.000534043;OID=.;OPOS=196877557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:28:28:66:67:0.705263:30:36:13:15:31:36:13:15 chr2 196912179 . G C 568.98 PASS AF=0.546392;AO=52;DP=96;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00555451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.824;QD=23.4632;RBI=0.0109743;REFB=-0.00895528;REVB=-0.0094648;RO=43;SAF=28;SAR=24;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00296483;STB=0.511159;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00802825;OID=.;OPOS=196912179;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:43:44:52:53:0.546392:24:28:23:20:24:29:23:21 chr2 196915991 . A G 1513.88 PASS AF=0.888;AO=108;DP=122;FAO=111;FDP=125;FR=.;FRO=14;FSAF=40;FSAR=71;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00352911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.896;QD=48.4442;RBI=0.0135249;REFB=0.00796803;REVB=-0.0130563;RO=14;SAF=38;SAR=70;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347975;STB=0.5168;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.0207235;OID=.;OPOS=196915991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:122:125:14:14:108:111:0.888:70:38:7:7:71:40:7:7 chr2 197004439 . A G 1760.24 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0309938;FXX=0.00840265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.477;QD=59.6692;RBI=0.0316861;REFB=-0.0439069;REVB=0.00658752;RO=1;SAF=55;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.008557;STB=0.504504;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00046059;OID=.;OPOS=197004439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:119:118:1:1:117:117:0.991525:62:55:1:0:62:55:1:0 chr2 197021276 . T C 267.78 PASS AF=0.344086;AO=32;DP=93;FAO=32;FDP=93;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.0252482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.309;QD=11.5176;RBI=0.0254575;REFB=-0.00544322;REVB=-0.00325833;RO=61;SAF=14;SAR=18;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153617;STB=0.58873;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00941903;OID=.;OPOS=197021276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:61:61:32:32:0.344086:18:14:35:26:18:14:35:26 chr2 197021372 . T A 672.0 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00669544;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.263;QD=52.7061;RBI=0.0150699;REFB=-0.0265071;REVB=0.0135008;RO=1;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184525;STB=0.519223;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=7.37948e-05;OID=.;OPOS=197021372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:1:2:49:49:0.960784:25:24:0:1:25:24:0:2 chr2 197065221 . A G 187.9 PASS AF=0.294118;AO=25;DP=84;FAO=25;FDP=85;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.00527766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.561;QD=8.84221;RBI=0.00529738;REFB=-0.00889261;REVB=0.000456612;RO=53;SAF=11;SAR=14;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209165;STB=0.600108;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0217638;OID=.;OPOS=197065221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:53:60:25:25:0.294118:14:11:33:20:14:11:35:25 chr2 197118729 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00223619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.296;QD=60.9783;RBI=0.0301219;REFB=0;REVB=-0.0300387;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000154188;OID=.;OPOS=197118729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr2 197154234 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00349538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.492;QD=58.5874;RBI=0.023136;REFB=0;REVB=0.0228704;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.85767e-05;OID=.;OPOS=197154234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr2 197183367 . A G 167.45 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=-0.0462384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.548;QD=10.1486;RBI=0.0463221;REFB=-0.0234823;REVB=-0.00278404;RO=43;SAF=8;SAR=14;SRF=30;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364621;STB=0.716354;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0316013;OID=.;OPOS=197183367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:44:22:22:0.333333:14:8:30:13:14:8:31:13 chr2 197504545 . C G 186.94 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=73;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=37;FWDB=-0.0107413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.935;QD=9.97026;RBI=0.0145706;REFB=-0.031774;REVB=-0.00984509;RO=44;SAF=6;SAR=21;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105679;STB=0.517919;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.114278;OID=.;OPOS=197504545;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:44:50:27:25:0.333333:21:6:13:31:19:6:13:37 chr2 197541296 . G A 178.62 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0297237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1063;QD=31.0643;RBI=0.0313655;REFB=0.00183425;REVB=-0.0100148;RO=6;SAF=8;SAR=9;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652751;STB=0.53604;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.00169966;OID=.;OPOS=197541296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:17:17:0.73913:9:8:2:4:9:8:2:4 chr2 197890001 . C T 113.14 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0203557;FXX=0.058812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.989;QD=9.42826;RBI=0.0242048;REFB=0.00567752;REVB=-0.0130965;RO=31;SAF=5;SAR=9;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753473;STB=0.583212;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.017013;OID=.;OPOS=197890001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:31:34:14:14:0.291667:9:5:13:18:9:5:16:18 chr2 198257795 . T C 710.71 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019059;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7458;QD=61.8012;RBI=0.01906;REFB=0;REVB=-0.00019881;RO=1;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229092;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.06417e-05;OID=.;OPOS=198257795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:1:0:44:46:1:20:24:0:1:22:24:0:0 chr2 198265526 . A G,T 1238.98 PASS AF=0.956522,0.0326087;AO=74,3;DP=83;FAO=88,3;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=53,3;FSAR=35,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0950637,-0.0368734;FXX=0.0107515;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=103.093,136.987;QD=53.8686;RBI=0.0952223,0.0414615;REFB=-0.106813,-0.0485161;REVB=0.00549375,-0.018958;RO=1;SAF=40,3;SAR=34,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.011681,0;STB=0.504672,0.5;STBP=0.507,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00316424,0.268913;OID=.,.;OPOS=198265526,198265526;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:83:92:1:1:74,3:88,3:0.956522,0.0326087:34,0:40,3:1:0:35,0:53,3:1:0 chr2 198265527 . C G 57.21 PASS AF=0.129032;AO=9;DP=89;FAO=12;FDP=93;FR=.;FRO=81;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=46;FSRR=35;FWDB=0.00442309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.7219;QD=2.46075;RBI=0.00908615;REFB=-0.00895566;REVB=0.00793691;RO=80;SAF=9;SAR=0;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.604355;STB=0.873444;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00534104;OID=.;OPOS=198265527;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:89:93:80:81:9:12:0.129032:0:9:45:35:1:11:46:35 chr2 198283304 . T TC 283.43 PASS AF=1;AO=3;DP=30;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0835406;FXX=0.0689417;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.969;QD=41.9903;RBI=0.0981798;REFB=0;REVB=-0.0515777;RO=27;SAF=3;SAR=0;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.583327;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00096395;OID=.;OPOS=198283305;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:30:27:27:0:14:13:0:0:6:27:3:0:12:15 chr2 198283305 . T C 374.83 PASS AF=0.933333;AO=27;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0106799;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.903;QD=49.9768;RBI=0.0118553;REFB=-0.0227888;REVB=-0.00514659;RO=2;SAF=12;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713683;STB=0.535689;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.000190482;OID=.;OPOS=198283305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:27:28:0.933333:15:12:2:0:15:13:2:0 chr2 198362018 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145582;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=205.228;QD=60.2307;RBI=0.0181915;REFB=0;REVB=-0.0109083;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.35198e-06;OID=.;OPOS=198362018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr2 198508951 . G A 2271.53 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0154;QD=63.5392;RBI=0.0369367;REFB=0;REVB=0.0349557;RO=0;SAF=63;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32195e-05;OID=.;OPOS=198508951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:143:143:1:80:63:0:0:80:63:0:0 chr2 198572461 . C T 170.9 PASS AF=0.146067;AO=16;DP=91;FAO=13;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.00503367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.41;QD=7.68084;RBI=0.00540247;REFB=-0.00871339;REVB=0.00196182;RO=64;SAF=12;SAR=4;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309677;STB=0.804368;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0203824;OID=.;OPOS=198572461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:91:89:64:64:16:13:0.146067:4:12:33:31:2:11:33:31 chr2 198572617 . ATTTTTA ATTTTA,ATTTTAT 64.31 PASS AF=0.239437,0.0422535;AO=13,4;DP=74;FAO=17,3;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=14,3;FSAR=3,0;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=-0.12514,-0.130516;FXX=0.0533262;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.813,20.2912;QD=3.62319;RBI=0.232955,0.1339;REFB=-0.0143025,-0.00645523;REVB=0.196489,0.0299142;RO=40;SAF=11,4;SAR=2,0;SRF=10;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.652145,0.692304;STB=0.847406,0.99754;STBP=0.002,0.014;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0466524,0.00112914;OID=.,.;OPOS=198572618,198572622;OREF=T,TA;OALT=-,AT;OMAPALT=ATTTTA,ATTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.239437,0.0422535:13,4:74:17,3:71:51:14,3:3,0:17:34:53:40:11,4:2,0:10:30 chr2 198572625 . TG AT,TGT 50.04 PASS AF=0.0126582,0.21519;AO=3,14;DP=81;FAO=1,17;FDP=79;FR=.;FRO=61;FSAF=1,15;FSAR=0,2;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=-0.0723492,-0.0238857;FXX=0.0246883;HRUN=2,0;LEN=2,1;MLLD=82.6196,28.4211;QD=2.53382;RBI=0.0723503,0.0263055;REFB=0.00112704,-0.0193272;REVB=-0.000394095,-0.0110207;RO=53;SAF=3,13;SAR=0,1;SRF=18;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.544518,0.696681;STB=0.99143,0.870818;STBP=0.298,0.003;TYPE=mnp,ins;VARB=0.226004,0.0974858;OID=.,.;OPOS=198572625,198572627;OREF=TG,-;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:46:81:79:53:61:3,14:1,17:0.0126582,0.21519:0,1:3,13:18:35:0,2:1,15:26:35 chr2 198950029 . A G 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0348344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7233;QD=11.0858;RBI=0.0476336;REFB=-0.0188464;REVB=-0.0324889;RO=24;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262225;STB=0.645339;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.02488;OID=.;OPOS=198950029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:25:13:13:0.342105:4:9:11:13:4:9:12:13 chr2 198950240 . G A 641.6 PASS AF=0.670732;AO=56;DP=83;FAO=55;FDP=82;FR=.;FRO=27;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.000533258;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.371;QD=31.2975;RBI=0.0364354;REFB=-0.0365225;REVB=0.0364315;RO=27;SAF=27;SAR=29;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0663519;STB=0.539401;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.022572;OID=.;OPOS=198950240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:27:27:56:55:0.670732:29:27:16:11:29:26:16:11 chr2 198950756 . G A 68.44 PASS AF=0.156627;AO=13;DP=83;FAO=13;FDP=83;FR=.;FRO=70;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=48;FWDB=0.0118103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.569;QD=3.29809;RBI=0.014395;REFB=-0.004793;REVB=-0.00823004;RO=70;SAF=4;SAR=9;SRF=22;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00959067;STB=0.506483;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.032173;OID=.;OPOS=198950756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:83:83:70:70:13:13:0.156627:9:4:22:48:9:4:22:48 chr2 200136583 . T A 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.332;QD=56.9377;RBI=0.0418166;REFB=0;REVB=-0.00704874;RO=0;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107472;OID=.;OPOS=200136583;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:18:35:0:0:18:35:0:0 chr2 200792881 . C T 626.86 PASS AF=0.57732;AO=56;DP=97;FAO=56;FDP=97;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.00630167;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.064;QD=25.8497;RBI=0.0206821;REFB=-0.00836613;REVB=-0.0196987;RO=39;SAF=29;SAR=27;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138423;STB=0.574231;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00348411;OID=.;OPOS=200792881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:39:41:56:56:0.57732:27:29:13:26:27:29:14:27 chr2 201344434 . A G 268.83 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0111641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3216;QD=29.0621;RBI=0.0203432;REFB=0.013088;REVB=0.0170062;RO=13;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222049;STB=0.622122;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.01177;OID=.;OPOS=201344434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:13:13:24:24:0.648649:14:10:10:3:14:10:10:3 chr2 201344491 . G A 331.97 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0126776;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5744;QD=23.7118;RBI=0.0419013;REFB=-0.018161;REVB=-0.0399374;RO=23;SAF=15;SAR=18;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146598;STB=0.580597;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0171604;OID=.;OPOS=201344491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:18:15:15:8:18:15:15:8 chr2 201344732 . C T 456.76 PASS AF=0.666667;AO=40;DP=61;FAO=42;FDP=63;FR=.;FRO=21;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0358416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8698;QD=29.0009;RBI=0.038175;REFB=0.004728;REVB=-0.013142;RO=21;SAF=26;SAR=14;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115919;STB=0.568148;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00297272;OID=.;OPOS=201344732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:21:21:40:42:0.666667:14:26:10:11:14:28:10:11 chr2 201437214 . A G 137.39 PASS AF=0.25974;AO=20;DP=77;FAO=20;FDP=77;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=0.0198069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4459;QD=7.13688;RBI=0.0200266;REFB=-0.0195884;REVB=-0.00295869;RO=57;SAF=10;SAR=10;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139619;STB=0.584334;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0587092;OID=.;OPOS=201437214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:57:57:20:20:0.25974:10:10:35:22:10:10:35:22 chr2 201437334 . T C 729.69 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.469;QD=56.13;RBI=0.0387816;REFB=0;REVB=0.0370699;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010492;OID=.;OPOS=201437334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:0:0:48:52:1:27:21:0:0:30:22:0:0 chr2 201468732 . C G 403.21 PASS AF=0.702128;AO=27;DP=48;FAO=33;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0070417;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.058;QD=34.3155;RBI=0.0614036;REFB=-0.00468432;REVB=0.0609985;RO=13;SAF=12;SAR=15;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830324;STB=0.534226;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0041488;OID=.;OPOS=201468732;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:13:14:27:33:0.702128:15:12:4:9:20:13:4:10 chr2 201526364 . C T 338.63 PASS AF=0.358974;AO=41;DP=114;FAO=42;FDP=117;FR=.;FRO=75;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.0311624;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.199;QD=11.577;RBI=0.0529598;REFB=-0.0118874;REVB=-0.0428211;RO=72;SAF=22;SAR=19;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562024;STB=0.534867;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0185072;OID=.;OPOS=201526364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:117:72:75:41:42:0.358974:19:22:35:37:19:23:37:38 chr2 202122995 . A G 1079.62 PASS AF=0.961039;AO=73;DP=77;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00799947;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.694;QD=56.0843;RBI=0.0327459;REFB=0.0552638;REVB=0.0317538;RO=3;SAF=44;SAR=29;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208816;STB=0.510512;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.000157038;OID=.;OPOS=202122995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:77:3:3:73:74:0.961039:29:44:1:2:30:44:1:2 chr2 202215492 . C G 542.03 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211949;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7865;QD=60.226;RBI=0.0242047;REFB=0;REVB=-0.0116895;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000193578;OID=.;OPOS=202215492;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr2 202245244 . A G 84.43 PASS AF=0.224138;AO=13;DP=58;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.00415586;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.485;QD=5.82261;RBI=0.0178585;REFB=0.00221935;REVB=0.0173683;RO=45;SAF=4;SAR=9;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304178;STB=0.692012;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.00787778;OID=.;OPOS=202245244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:58:58:45:45:13:13:0.224138:9:4:25:20:9:4:25:20 chr2 202260049 . G A 632.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.09;QD=61.6779;RBI=0.0300897;REFB=0;REVB=0.023643;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.17068e-05;OID=.;OPOS=202260049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr2 202264156 . C T 216.8 PASS AF=0.230769;AO=33;DP=143;FAO=33;FDP=143;FR=.;FRO=110;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=53;FSRR=57;FWDB=-0.0178153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.121;QD=6.06427;RBI=0.019155;REFB=0.00295121;REVB=-0.00703765;RO=109;SAF=18;SAR=15;SRF=52;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859507;STB=0.54889;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.00944539;OID=.;OPOS=202264156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:109:110:33:33:0.230769:15:18:52:57:15:18:53:57 chr2 202337730 . A G 1347.24 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.193;QD=61.9422;RBI=0.0410612;REFB=0;REVB=0.0398003;RO=0;SAF=49;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27232e-05;OID=.;OPOS=202337730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:37:49:0:0:38:49:0:0 chr2 202342402 . G T 236.29 PASS AF=0.304762;AO=30;DP=103;FAO=32;FDP=105;FR=.;FRO=73;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=-0.00701345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.252;QD=9.00162;RBI=0.00721969;REFB=-0.00946155;REVB=0.00171334;RO=73;SAF=13;SAR=17;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392747;STB=0.542171;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0218927;OID=.;OPOS=202342402;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:73:73:30:32:0.304762:17:13:34:39:19:13:34:39 chr2 202352433 . G A 781.09 PASS AF=0.584;AO=71;DP=123;FAO=73;FDP=125;FR=.;FRO=52;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0776148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.5761;QD=24.9949;RBI=0.0831225;REFB=0.0101352;REVB=-0.029754;RO=50;SAF=37;SAR=34;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076638;STB=0.538215;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.0079929;OID=.;OPOS=202352433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:50:52:71:73:0.584:34:37:21:29:34:39:23:29 chr2 202357949 . A C 481.31 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0244725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5652;QD=53.4791;RBI=0.0352067;REFB=-0.145023;REVB=0.0253102;RO=2;SAF=27;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333868;STB=0.517847;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00862595;OID=.;OPOS=202357949;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:7:27:2:0:7:27:2:0 chr2 202469361 . C T 453.39 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0486754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.782;QD=54.9565;RBI=0.0496927;REFB=-0.0211289;REVB=0.0100036;RO=2;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423883;STB=0.511104;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00109622;OID=.;OPOS=202469361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:2:1:31:32:0.969697:21:10:0:2:22:10:0:1 chr2 202512449 . C T 152.74 PASS AF=0.3;AO=20;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.00424821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.149;QD=8.72819;RBI=0.00666061;REFB=-0.00468981;REVB=0.00512995;RO=49;SAF=10;SAR=10;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848911;STB=0.566333;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00933772;OID=.;OPOS=202512449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:49:49:20:21:0.3:10:10:21:28:10:11:21:28 chr2 202557702 . C T 696.17 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0260897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8204;QD=60.5366;RBI=0.0584279;REFB=-0.154989;REVB=0.0522795;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00361473;OID=.;OPOS=202557702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:46:0:1:45:45:0.978261:22:23:0:0:22:23:0:1 chr2 202575821 . G A 620.15 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.168;QD=60.5025;RBI=0.0526703;REFB=0;REVB=0.00187764;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00215864;OID=.;OPOS=202575821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr2 202593280 . G A 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00453681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.47;QD=55.5196;RBI=0.0310204;REFB=0.00591825;REVB=0.0306869;RO=1;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322;STB=0.517231;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=-5.18669e-05;OID=.;OPOS=202593280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:14:19:0:1:14:19:0:1 chr2 202625615 . C T 1442.48 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00176743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.425;QD=62.7164;RBI=0.0185415;REFB=0;REVB=-0.0184571;RO=0;SAF=54;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.7342e-05;OID=.;OPOS=202625615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:37:54:0:0:38:54:0:0 chr2 202741247 . G C 941.2 PASS AF=0.714286;AO=80;DP=112;FAO=80;FDP=112;FR=.;FRO=32;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0129379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.778;QD=33.6144;RBI=0.0131099;REFB=-0.0264979;REVB=0.00211671;RO=31;SAF=43;SAR=37;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144676;STB=0.581576;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0167519;OID=.;OPOS=202741247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:31:32:80:80:0.714286:37:43:8:23:37:43:8:24 chr2 202741256 . A T 1712.26 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00480829;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3858;QD=60.6109;RBI=0.00527281;REFB=0;REVB=0.002164;RO=0;SAF=52;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69005e-05;OID=.;OPOS=202741256;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:112:113:1:60:52:0:0:60:53:0:0 chr2 202741269 . G A 1639.62 PASS AF=0.990909;AO=110;DP=114;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0205249;FXX=0.0350846;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.587;QD=59.6224;RBI=0.0555544;REFB=-0.0426471;REVB=0.0516239;RO=1;SAF=54;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840219;STB=0.504504;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000184687;OID=.;OPOS=202741269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:110:1:1:110:109:0.990909:56:54:0:1:55:54:0:1 chr2 202901910 . G A 225.96 PASS AF=0.298077;AO=24;DP=96;FAO=31;FDP=104;FR=.;FRO=73;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.00111974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.508;QD=8.69091;RBI=0.0248199;REFB=-0.011973;REVB=0.0247947;RO=72;SAF=16;SAR=8;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210732;STB=0.506513;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0549386;OID=.;OPOS=202901910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:104:72:73:24:31:0.298077:8:16:36:36:15:16:37:36 chr2 202939836 . G C 102.78 PASS AF=0.235294;AO=16;DP=68;FAO=16;FDP=68;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.00603746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.712;QD=6.04598;RBI=0.00930215;REFB=-0.00902642;REVB=0.00707665;RO=49;SAF=9;SAR=7;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113509;STB=0.576827;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0283115;OID=.;OPOS=202939836;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:49:52:16:16:0.235294:7:9:23:26:7:9:24:28 chr2 202964380 . G A 660.91 PASS AF=0.605769;AO=61;DP=102;FAO=63;FDP=104;FR=.;FRO=41;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.000733509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.409;QD=25.4197;RBI=0.0129774;REFB=-0.0221663;REVB=0.0129567;RO=40;SAF=35;SAR=26;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108696;STB=0.552469;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0180926;OID=.;OPOS=202964380;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:40:41:61:63:0.605769:26:35:17:23:27:36:18:23 chr2 203640713 . T C 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0166658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.028;QD=8.73762;RBI=0.0378592;REFB=-0.00156577;REVB=-0.0339937;RO=20;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244737;STB=0.650823;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00444355;OID=.;OPOS=203640713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:6:3:11:9:6:3:11:9 chr2 203846865 . C T 167.4 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.038931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0404;QD=23.0898;RBI=0.0393965;REFB=-0.0240296;REVB=-0.00603846;RO=12;SAF=12;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341853;STB=0.519208;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0139169;OID=.;OPOS=203846865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:5:12:8:4:5:12:8:4 chr2 204062061 . A G 496.91 PASS AF=0.37037;AO=58;DP=161;FAO=60;FDP=162;FR=.;FRO=102;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=53;FSRR=49;FWDB=0.00202669;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.89;QD=12.2694;RBI=0.0020909;REFB=-0.00528001;REVB=0.000514177;RO=98;SAF=29;SAR=29;SRF=51;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225663;STB=0.512342;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00987039;OID=.;OPOS=204062061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:98:102:58:60:0.37037:29:29:51:47:30:30:53:49 chr2 204090887 . C G 96.47 PASS AF=0.234375;AO=15;DP=64;FAO=15;FDP=64;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.000912201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.658;QD=6.02943;RBI=0.0245301;REFB=0.00222327;REVB=0.0245131;RO=49;SAF=3;SAR=12;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345203;STB=0.719104;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00661277;OID=.;OPOS=204090887;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:64:64:49:49:15:15:0.234375:12:3:22:27:12:3:22:27 chr2 204116690 . C T 146.98 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0235681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1104;QD=9.18615;RBI=0.0749384;REFB=0.000406287;REVB=-0.0711358;RO=43;SAF=5;SAR=15;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298405;STB=0.67223;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00361966;OID=.;OPOS=204116690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:44:20:20:0.3125:15:5:21:22:15:5:21:23 chr2 204206977 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.802;QD=56.7062;RBI=0.0405927;REFB=0;REVB=-0.0171628;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158066;OID=.;OPOS=204206977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chr2 204298783 . A C 603.99 PASS AF=0.90566;AO=47;DP=53;FAO=48;FDP=53;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.109417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.2449;QD=45.5839;RBI=0.136677;REFB=-0.181488;REVB=0.0819045;RO=3;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447409;STB=0.504711;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0441639;OID=.;OPOS=204298783;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:53:53:3:5:47:48:0.90566:30:17:0:3:31:17:2:3 chr2 204298787 . A C 102.04 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.00745281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2638;QD=8.87276;RBI=0.0102917;REFB=-0.0336194;REVB=0.0070975;RO=33;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275309;STB=0.665341;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0689911;OID=.;OPOS=204298787;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:6:7:10:23:6:7:10:23 chr2 204298791 . A C 59.7 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.017986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2954;QD=5.68526;RBI=0.034564;REFB=-0.00863346;REVB=-0.0295157;RO=32;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.525817;STB=0.822877;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0265722;OID=.;OPOS=204298791;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:32:33:9:9:0.214286:2:7:10:22:2:7:11:22 chr2 204298795 . A C 31.97 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.0121016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3587;QD=2.78012;RBI=0.0145059;REFB=-0.00825409;REVB=0.00799826;RO=40;SAF=5;SAR=1;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.59232;STB=0.902601;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0804949;OID=.;OPOS=204298795;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:46:46:40:40:6:6:0.130435:1:5:11:29:1:5:11:29 chr2 204298802 . T G 281.96 PASS AF=0.634146;AO=25;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0440177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4368;QD=27.5085;RBI=0.0440536;REFB=-0.0738137;REVB=-0.00177717;RO=15;SAF=8;SAR=17;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155615;STB=0.57222;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0355465;OID=.;OPOS=204298802;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:25:26:0.634146:17:8:8:7:17:9:8:7 chr2 204299256 . C T 300.83 PASS AF=0.553571;AO=30;DP=55;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0172332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.997;QD=21.4879;RBI=0.0186399;REFB=-0.0188789;REVB=-0.00710353;RO=25;SAF=13;SAR=17;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00555383;STB=0.509428;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0140404;OID=.;OPOS=204299256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:25:25:30:31:0.553571:17:13:11:14:18:13:11:14 chr2 204304214 . G A 841.38 PASS AF=0.728261;AO=66;DP=92;FAO=67;FDP=92;FR=.;FRO=25;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0184819;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.451;QD=36.5817;RBI=0.0219582;REFB=-0.0166601;REVB=0.0118567;RO=22;SAF=29;SAR=37;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578067;STB=0.53535;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00678859;OID=.;OPOS=204304214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:22:25:66:67:0.728261:37:29:7:15:37:30:8:17 chr2 204305402 . CG C 37.37 PASS AF=0.533333;AO=7;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.2334;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.151;QD=9.96546;RBI=0.241418;REFB=-0.110903;REVB=-0.0617004;RO=8;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0.478673;SSSB=-0.488979;STB=0.666221;STBP=0.259;TYPE=del;VARB=0.136693;OID=.;OPOS=204305403;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333:7:15:8:15:7:2:6:4:3:32:8:1:6:5:3 chr2 204322298 . T C 191.48 PASS AF=0.488372;AO=17;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0389541;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=44.0369;QD=17.8118;RBI=0.0638231;REFB=-0.0485641;REVB=-0.0505566;RO=11;SAF=11;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262483;STB=0.63479;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.017821;OID=.;OPOS=204322298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:11:22:17:21:0.488372:6:11:3:8:7:14:9:13 chr2 204732714 . A G 771.74 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.652;QD=62.9989;RBI=0.0206486;REFB=0;REVB=0.0015892;RO=1;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209034;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.58139e-05;OID=.;OPOS=204732714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:1:0:48:49:1:22:26:0:1:23:26:0:0 chr2 204824283 . T G 604.91 PASS AF=0.816667;AO=49;DP=61;FAO=49;FDP=60;FR=.;FRO=11;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00535157;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2848;QD=40.327;RBI=0.00536581;REFB=-0.00252376;REVB=-0.00039067;RO=11;SAF=22;SAR=27;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029601;STB=0.515856;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00155071;OID=.;OPOS=204824283;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:61:60:11:11:49:49:0.816667:27:22:4:7:27:22:4:7 chr2 205829991 . C T 132.0 PASS AF=0.275362;AO=19;DP=69;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=9;FWDB=0.000712186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.308;QD=7.6521;RBI=0.0126049;REFB=-0.019202;REVB=-0.0125847;RO=49;SAF=16;SAR=3;SRF=40;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549198;STB=0.528894;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0339332;OID=.;OPOS=205829991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:49:50:19:19:0.275362:3:16:40:9:3:16:41:9 chr2 205912403 . T C 221.72 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00312826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.294;QD=12.3177;RBI=0.00596059;REFB=-0.0033752;REVB=-0.00507372;RO=45;SAF=7;SAR=20;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29515;STB=0.671007;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00366392;OID=.;OPOS=205912403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:20:7:23:22:20:7:23:22 chr2 205969220 . G A 1045.74 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.652;QD=58.9151;RBI=0.0242122;REFB=0;REVB=0.010406;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.10308e-05;OID=.;OPOS=205969220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:71:0:0:65:71:1:34:31:0:0:38:33:0:0 chr2 205986321 . A G 199.83 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0205644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8522;QD=11.5846;RBI=0.0342293;REFB=0.00173839;REVB=0.0273633;RO=43;SAF=18;SAR=7;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116801;STB=0.578248;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.00362042;OID=.;OPOS=205986321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:44:25:25:0.362319:7:18:27:16:7:18:27:17 chr2 205990353 . C T 320.5 PASS AF=0.387097;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.016105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.306;QD=13.785;RBI=0.0215778;REFB=-0.0193808;REVB=0.0143607;RO=56;SAF=19;SAR=17;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469852;STB=0.520709;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0343841;OID=.;OPOS=205990353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:56:57:36:36:0.387097:17:19:32:24:17:19:32:25 chr2 206218963 . G A,C 707.8 PASS AF=0.93617,0.0638298;AO=43,2;DP=45;FAO=44,3;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20,2;FSAR=24,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337926,-0.0103397;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=177.109,117.952;QD=60.2381;RBI=0.0425493,0.0366899;REFB=0,0;REVB=0.0258554,0.0352029;RO=0;SAF=20,1;SAR=23,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-5.41155e-05,0.0352967;OID=.,.;OPOS=206218963,206218963;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:45:47:0:0:43,2:44,3:0.93617,0.0638298:23,1:20,1:0:0:24,1:20,2:0:0 chr2 206219012 . TA CC 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238469;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=149.595;QD=62.9829;RBI=0.0245087;REFB=0;REVB=-0.00565724;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.71822e-05;OID=.;OPOS=206219012;OREF=TA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr2 206364737 . T C 747.2 PASS AF=0.808219;AO=59;DP=73;FAO=59;FDP=73;FR=.;FRO=14;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0148372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.933;QD=40.9425;RBI=0.0163337;REFB=0.00792174;REVB=0.00682998;RO=14;SAF=21;SAR=38;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820205;STB=0.543914;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.0021725;OID=.;OPOS=206364737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:73:73:14:14:59:59:0.808219:38:21:8:6:38:21:8:6 chr2 206581033 . G A 2102.4 PASS AF=0.992647;AO=133;DP=135;FAO=135;FDP=136;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0173696;FXX=0.0144917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6543;QD=61.8353;RBI=0.0191637;REFB=-0.0127428;REVB=0.00809582;RO=1;SAF=67;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704179;STB=0.503597;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000377767;OID=.;OPOS=206581033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:136:1:1:133:135:0.992647:66:67:1:0:66:69:1:0 chr2 206592695 . T C 1036.74 PASS AF=0.626667;AO=93;DP=150;FAO=94;FDP=150;FR=.;FRO=56;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.00719846;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.619;QD=27.6463;RBI=0.0159807;REFB=-0.0304703;REVB=0.0142676;RO=56;SAF=44;SAR=49;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435167;STB=0.521272;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0145204;OID=.;OPOS=206592695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:56:56:93:94:0.626667:49:44:30:26:49:45:30:26 chr2 206608039 . T C 786.14 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00733589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2291;QD=56.153;RBI=0.0953017;REFB=0;REVB=-0.095019;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.00496e-05;OID=.;OPOS=206608039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:27:28:0:0:27:29:0:0 chr2 206610502 . T G 223.09 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0206897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.791;QD=12.2239;RBI=0.0223183;REFB=0.00326888;REVB=-0.00836913;RO=43;SAF=17;SAR=10;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283961;STB=0.528382;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.00594937;OID=.;OPOS=206610502;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:43:46:27:27:0.369863:10:17:26:17:10:17:27:19 chr2 206863874 . C T 575.75 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0354397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4466;QD=60.6047;RBI=0.0418995;REFB=0;REVB=-0.0223517;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000865166;OID=.;OPOS=206863874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr2 206874339 . G A 2236.5 PASS AF=1;AO=140;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=98;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121055;FXX=0.00704176;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.442;QD=63.4468;RBI=0.0716806;REFB=0;REVB=0.070651;RO=0;SAF=97;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19975e-05;OID=.;OPOS=206874339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:140:141:1:43:97:0:0:43:98:0:0 chr2 206911228 . G A 520.02 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.994;QD=59.4313;RBI=0.0239983;REFB=0;REVB=0.016859;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.694e-06;OID=.;OPOS=206911228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr2 206921451 . G A 1307.11 PASS AF=0.988372;AO=82;DP=83;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00816489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=320.353;QD=60.7959;RBI=0.00833892;REFB=-0.153999;REVB=-0.00169475;RO=1;SAF=30;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902111;STB=0.504672;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-5.92192e-06;OID=.;OPOS=206921451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:86:1:1:82:85:0.988372:52:30:0:1:53:32:0:1 chr2 207086148 . T C 1086.82 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00442615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.13;QD=59.5518;RBI=0.0530736;REFB=0;REVB=0.0528887;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018209;OID=.;OPOS=207086148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:32:40:0:0:32:41:0:0 chr2 207169731 . G A 308.78 PASS AF=0.478873;AO=29;DP=66;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0137293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.495;QD=17.3959;RBI=0.0240396;REFB=-0.0219428;REVB=0.0197334;RO=37;SAF=12;SAR=17;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126227;STB=0.536402;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0265232;OID=.;OPOS=207169731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:71:37:37:29:34:0.478873:17:12:20:17:18:16:20:17 chr2 207172627 . A G 512.98 PASS AF=0.521277;AO=49;DP=94;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0181699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3218;QD=21.829;RBI=0.0444447;REFB=-0.026316;REVB=0.0405608;RO=44;SAF=25;SAR=24;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089058;STB=0.543064;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0212101;OID=.;OPOS=207172627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:44:45:49:49:0.521277:24:25:27:17:24:25:27:18 chr2 207174316 . T C 507.54 PASS AF=0.730159;AO=41;DP=58;FAO=46;FDP=63;FR=.;FRO=17;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0285593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.978;QD=32.2249;RBI=0.0290517;REFB=-0.00542365;REVB=-0.00532605;RO=17;SAF=18;SAR=23;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113793;STB=0.571398;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00243786;OID=.;OPOS=207174316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:63:17:17:41:46:0.730159:23:18:4:13:23:23:4:13 chr2 207621759 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.2105;QD=58.4194;RBI=0.0157846;REFB=0;REVB=0.00671113;RO=0;SAF=22;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133473;OID=.;OPOS=207621759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:41:22:0:0:41:22:0:0 chr2 207647981 . C T 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.02777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.018;QD=36.3483;RBI=0.0922753;REFB=0.0187834;REVB=0.0879975;RO=1;SAF=2;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177567;STB=0.599799;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00256418;OID=.;OPOS=207647981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:9:2:1:0:9:2:1:0 chr2 207653653 . G A 549.08 PASS AF=0.60241;AO=50;DP=82;FAO=50;FDP=83;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0102919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.479;QD=26.4616;RBI=0.0201566;REFB=-0.0198665;REVB=-0.0173311;RO=32;SAF=25;SAR=25;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447322;STB=0.518065;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0139386;OID=.;OPOS=207653653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:32:33:50:50:0.60241:25:25:18:14:25:25:18:15 chr2 207820276 . G A 1156.77 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00852252;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.232;QD=60.8829;RBI=0.00920999;REFB=0;REVB=0.0034915;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.99185e-06;OID=.;OPOS=207820276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:44:32:0:0:44:32:0:0 chr2 207824384 . T G 868.8 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036169;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1147;QD=57.9196;RBI=0.0511135;REFB=0;REVB=0.0361164;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573284;OID=.;OPOS=207824384;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:26:33:0:0:27:33:0:0 chr2 207825656 . A T 1080.44 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2647;QD=60.0245;RBI=0.0531159;REFB=0;REVB=0.00343564;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331902;OID=.;OPOS=207825656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:42:30:0:0:42:30:0:0 chr2 207833983 . A G 2739.7 PASS AF=0.99435;AO=174;DP=176;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00257005;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3216;QD=61.914;RBI=0.00797266;REFB=0.00849765;REVB=0.00754706;RO=1;SAF=81;SAR=93;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00584036;STB=0.50303;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00014215;OID=.;OPOS=207833983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:176:177:1:1:174:176:0.99435:93:81:1:0:94:82:1:0 chr2 207988613 . C T 1602.18 PASS AF=0.964912;AO=109;DP=114;FAO=110;FDP=114;FR=.;FRO=4;FSAF=75;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.021699;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=86.09;QD=56.2169;RBI=0.0231355;REFB=-0.0159088;REVB=0.00802519;RO=2;SAF=75;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00746844;STB=0.507311;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0100045;OID=.;OPOS=207988613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:114:114:2:4:109:110:0.964912:34:75:1:1:35:75:2:2 chr2 207998800 . C T 478.65 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364468;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.087;QD=58.0182;RBI=0.0394462;REFB=0;REVB=0.0150874;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00280646;OID=.;OPOS=207998800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:19:13:0:0:20:13:0:0 chr2 208477852 . G A 1599.69 PASS AF=1;AO=105;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0059982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.438;QD=59.8017;RBI=0.0121106;REFB=0;REVB=0.0105209;RO=0;SAF=38;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11471e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12186e-05;OID=.;OPOS=208477852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:105:107:1:67:38:0:0:69:38:0:0 chr2 208477956 . C T 1226.69 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00327717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.164;QD=61.3346;RBI=0.00593509;REFB=0;REVB=0.00494828;RO=0;SAF=30;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70015e-05;OID=.;OPOS=208477956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:49:30:0:0:50:30:0:0 chr2 208478055 . A G 468.07 PASS AF=0.60274;AO=44;DP=73;FAO=44;FDP=73;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0358444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2324;QD=25.6478;RBI=0.0386775;REFB=-0.0108672;REVB=0.0145301;RO=29;SAF=14;SAR=30;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774068;STB=0.5424;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0147835;OID=.;OPOS=208478055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:29:29:44:44:0.60274:30:14:12:17:30:14:12:17 chr2 208489101 . C A 69.85 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.00637453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.798;QD=6.65214;RBI=0.0272308;REFB=-0.00124027;REVB=-0.0264741;RO=32;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336366;STB=0.708714;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00310301;OID=.;OPOS=208489101;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:4:6:10:22:4:6:10:22 chr2 208632093 . G A 70.22 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.000209089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.208;QD=6.85039;RBI=0.00260519;REFB=-0.000780866;REVB=0.00259679;RO=31;SAF=7;SAR=3;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332829;STB=0.709729;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00454538;OID=.;OPOS=208632093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:31:31:10:10:0.243902:3:7:13:18:3:7:13:18 chr2 208633627 . C T 517.56 PASS AF=0.365714;AO=62;DP=173;FAO=64;FDP=175;FR=.;FRO=111;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=56;FSRR=55;FWDB=-0.014089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.822;QD=11.83;RBI=0.014696;REFB=-0.0182247;REVB=0.00417988;RO=107;SAF=37;SAR=25;SRF=54;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104001;STB=0.547145;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0258286;OID=.;OPOS=208633627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:175:107:111:62:64:0.365714:25:37:54:53:27:37:56:55 chr2 208841964 . A G 1333.07 PASS AF=0.988506;AO=84;DP=86;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0274501;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.728;QD=61.2904;RBI=0.0326616;REFB=-0.110385;REVB=0.0176995;RO=1;SAF=54;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155259;STB=0.507691;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000437087;OID=.;OPOS=208841964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:87:1:1:84:86:0.988506:30:54:0:1:32:54:0:1 chr2 208918917 . C T 843.03 PASS AF=0.967742;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.026257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6457;QD=54.389;RBI=0.0672486;REFB=0.0180047;REVB=-0.0619108;RO=2;SAF=29;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314298;STB=0.516124;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.00274515;OID=.;OPOS=208918917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:62:2:2:59:60:0.967742:30:29:2:0:30:30:2:0 chr2 208938866 . G T 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0152005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.913;QD=14.6579;RBI=0.0577565;REFB=-0.0133839;REVB=0.0557204;RO=17;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328858;STB=0.519097;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.020018;OID=.;OPOS=208938866;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:5:8:11:6:5:8:11:6 chr2 208986637 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00759286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.063;QD=59.0187;RBI=0.0442879;REFB=0;REVB=0.0436322;RO=1;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266901;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122325;OID=.;OPOS=208986637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:1:0:33:34:1:17:16:0:1:18:16:0:0 chr2 208989037 . A G 134.51 PASS AF=0.283582;AO=20;DP=67;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.026229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.724;QD=8.03031;RBI=0.0343651;REFB=0.00822996;REVB=-0.0222037;RO=46;SAF=8;SAR=12;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118392;STB=0.610375;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.0178326;OID=.;OPOS=208989037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:48:20:19:0.283582:12:8:23:23:12:7:25:23 chr2 209007559 . T G 639.48 PASS AF=0.581633;AO=56;DP=98;FAO=57;FDP=98;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.01;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6802;QD=26.1011;RBI=0.0303155;REFB=-0.00124841;REVB=-0.0286187;RO=41;SAF=25;SAR=31;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830327;STB=0.541668;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.000646931;OID=.;OPOS=209007559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:41:41:56:57:0.581633:31:25:14:27:32:25:14:27 chr2 209033173 . A G 128.42 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0415628;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.988;QD=11.6748;RBI=0.0467631;REFB=-0.00858395;REVB=-0.0214317;RO=29;SAF=5;SAR=10;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0963427;STB=0.557299;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0305457;OID=.;OPOS=209033173;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:10:5:12:17:10:5:12:17 chr2 209036712 . T C 386.49 PASS AF=0.409091;AO=44;DP=109;FAO=45;FDP=110;FR=.;FRO=65;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0134727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.352;QD=14.0543;RBI=0.0155151;REFB=-0.00253396;REVB=-0.00769444;RO=65;SAF=28;SAR=16;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187334;STB=0.596189;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0033585;OID=.;OPOS=209036712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:65:65:44:45:0.409091:16:28:30:35:17:28:30:35 chr2 209036778 . A G 1712.45 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.766;QD=60.6177;RBI=0.0721506;REFB=0;REVB=0.0607559;RO=0;SAF=51;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31804e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163711;OID=.;OPOS=209036778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:62:51:0:0:62:51:0:0 chr2 209184980 . G A 687.66 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0018969;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.921;QD=62.5143;RBI=0.0589;REFB=0;REVB=0.0588695;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13286e-05;OID=.;OPOS=209184980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:42:44:1:18:24:0:0:20:24:0:0 chr2 209184999 . C T 81.07 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00379823;FXX=0.0425441;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.255;QD=7.20646;RBI=0.00782346;REFB=-0.000523505;REVB=-0.00683959;RO=32;SAF=6;SAR=5;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170193;STB=0.53435;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00184163;OID=.;OPOS=209184999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:46:45:32:34:11:11:0.244444:5:6:17:15:5:6:17:17 chr2 209190330 . T C 130.98 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0194665;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.25;QD=8.06048;RBI=0.0254874;REFB=-0.00678238;REVB=-0.0164519;RO=44;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273733;STB=0.644861;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0489804;OID=.;OPOS=209190330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:46:19:19:0.292308:8:11:15:29:8:11:17:29 chr2 209190519 . A T 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00523642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.779;QD=11.1975;RBI=0.0268459;REFB=-0.00419753;REVB=0.0263303;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00494804;OID=.;OPOS=209190519;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:6:6:11:11:6:6:11:11 chr2 209190528 . C G 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0177784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8283;QD=9.49428;RBI=0.018028;REFB=-0.0124631;REVB=-0.00298936;RO=22;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100164;STB=0.559478;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0161306;OID=.;OPOS=209190528;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:22:24:11:11:0.314286:6:5:12:10:6:5:13:11 chr2 209191082 . C A 86.28 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0756417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8784;QD=12.3257;RBI=0.0990708;REFB=-0.0161013;REVB=-0.0639792;RO=16;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487679;STB=0.558029;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0351048;OID=.;OPOS=209191082;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:16:17:11:11:0.392857:8:3:5:11:8:3:6:11 chr2 209191099 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.63;QD=53.2766;RBI=0.0164135;REFB=0;REVB=0.00341552;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.02601e-05;OID=.;OPOS=209191099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr2 209209827 . G A 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0360251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.201;QD=7.52632;RBI=0.0361979;REFB=-0.00417663;REVB=-0.00353275;RO=23;SAF=2;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366372;STB=0.720065;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00768219;OID=.;OPOS=209209827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:23:24:9:9:0.272727:7:2:12:11:7:2:12:12 chr2 209212707 . G A 334.51 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00337792;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.7576;QD=16.3174;RBI=0.0287087;REFB=-0.0423983;REVB=-0.0285093;RO=40;SAF=18;SAR=18;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470743;STB=0.512188;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0692786;OID=.;OPOS=209212707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:82:40:46:36:36:0.439024:18:18:22:18:18:18:22:24 chr2 209214770 . A G 141.81 PASS AF=0.285714;AO=20;DP=70;FAO=20;FDP=70;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.00539634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.325;QD=8.10367;RBI=0.0133329;REFB=-0.00940082;REVB=0.012192;RO=49;SAF=12;SAR=8;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201989;STB=0.613523;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0152302;OID=.;OPOS=209214770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:49:50:20:20:0.285714:8:12:21:28:8:12:22:28 chr2 209215586 . A G 156.69 PASS AF=0.275;AO=22;DP=80;FAO=22;FDP=80;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=0.0290411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7135;QD=7.83427;RBI=0.0300332;REFB=-0.00295815;REVB=0.00765556;RO=57;SAF=14;SAR=8;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333836;STB=0.702883;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00813705;OID=.;OPOS=209215586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:57:58:22:22:0.275:8:14:20:37:8:14:20:38 chr2 209220157 . G T 660.78 PASS AF=0.379808;AO=79;DP=209;FAO=79;FDP=208;FR=.;FRO=129;FSAF=22;FSAR=57;FSRF=49;FSRR=80;FWDB=-0.0253759;FXX=0.00478446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.226;QD=12.7073;RBI=0.0350577;REFB=-0.021591;REVB=-0.024189;RO=127;SAF=22;SAR=57;SRF=48;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12596;STB=0.573129;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0359145;OID=.;OPOS=209220157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:208:127:129:79:79:0.379808:57:22:48:79:57:22:49:80 chr2 209220238 . G C 542.94 PASS AF=0.327103;AO=69;DP=212;FAO=70;FDP=214;FR=.;FRO=144;FSAF=16;FSAR=54;FSRF=53;FSRR=91;FWDB=0.0413602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3943;QD=10.1484;RBI=0.0466491;REFB=-0.010287;REVB=0.0215749;RO=143;SAF=16;SAR=53;SRF=52;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189122;STB=0.616239;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0188826;OID=.;OPOS=209220238;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:212:214:143:144:69:70:0.327103:53:16:52:91:54:16:53:91 chr2 209224874 . CAA CA,CAC 81.99 PASS AF=0.3,0;AO=10,2;DP=40;FAO=12,0;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=3,0;FSAR=9,0;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0376509,-0.0962714;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.1396,37.0462;QD=8.19901;RBI=0.0769434,0.0970328;REFB=0.0148992,0.0202358;REVB=0.0671021,-0.0121322;RO=28;SAF=2,1;SAR=8,1;SRF=9;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.187504,0.170729;STB=0.562391,0.5;STBP=0.638,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0241192,0.0205881;OID=.,.;OPOS=209224875,209224876;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=CA,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3,0:10,2:40:12,0:40:28:3,0:9,0:9:19:77:28:2,1:8,1:9:19 chr2 209358027 . C T 976.46 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0255288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.332;QD=56.6062;RBI=0.0273758;REFB=-0.0271604;REVB=0.00988518;RO=1;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133112;STB=0.50704;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000155764;OID=.;OPOS=209358027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:67:68:0.985507:35:32:0:1:35:33:0:1 chr2 209785278 . A G 1363.17 PASS AF=0.527559;AO=133;DP=253;FAO=134;FDP=254;FR=.;FRO=120;FSAF=79;FSAR=55;FSRF=60;FSRR=60;FWDB=-0.00432172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.124;QD=21.4673;RBI=0.00475557;REFB=-0.00416132;REVB=-0.00198448;RO=120;SAF=79;SAR=54;SRF=60;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083078;STB=0.54303;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00366755;OID=.;OPOS=209785278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:254:120:120:133:134:0.527559:54:79:60:60:55:79:60:60 chr2 210586685 . T C 958.03 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.613;QD=58.0626;RBI=0.0341332;REFB=0;REVB=0.00928424;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.15953e-05;OID=.;OPOS=210586685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:63:66:1:24:39:0:0:25:41:0:0 chr2 210685100 . G A 377.28 PASS AF=0.481481;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=81;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0118443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.883;QD=18.631;RBI=0.0253283;REFB=-0.0201922;REVB=-0.0223883;RO=42;SAF=28;SAR=11;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284771;STB=0.659403;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0150069;OID=.;OPOS=210685100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:42:39:39:0.481481:11:28:18:24:11:28:18:24 chr2 210806056 . T C 496.58 PASS AF=0.329787;AO=62;DP=188;FAO=62;FDP=188;FR=.;FRO=126;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=40;FSRR=86;FWDB=-0.00988294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.107;QD=10.5656;RBI=0.0163954;REFB=-0.0079485;REVB=0.0130819;RO=126;SAF=32;SAR=30;SRF=40;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231504;STB=0.632113;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0233654;OID=.;OPOS=210806056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:126:126:62:62:0.329787:30:32:40:86:30:32:40:86 chr2 211098113 . C T 1324.04 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00990515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.19;QD=61.5832;RBI=0.00998795;REFB=0;REVB=0.00128341;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12267e-05;OID=.;OPOS=211098113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:86:0:0:79:86:1:41:38:0:0:43:43:0:0 chr2 211098308 . G A 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0786876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8852;QD=20.8924;RBI=0.107724;REFB=0.0204967;REVB=0.0735705;RO=6;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459658;STB=0.526264;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.0133544;OID=.;OPOS=211098308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:4:6:4:2:4:6:4:2 chr2 211296239 . G A 46.99 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.037739;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7676;QD=8.95035;RBI=0.0401921;REFB=0.00571832;REVB=-0.0138264;RO=15;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278858;STB=0.65172;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=-0.00668441;OID=.;OPOS=211296239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:22:21:15:14:7:7:0.333333:2:5:7:8:2:5:7:7 chr2 211421452 . A ATCT,T 552.54 PASS AF=0.630137,0.0547945;AO=44,5;DP=73;FAO=46,4;FDP=73;FR=.;FRO=23;FSAF=36,0;FSAR=10,4;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00857985,-0.00934636;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=202.172,101.466;QD=30.2762;RBI=0.0119112,0.0161045;REFB=-0.0110761,-0.0134666;REVB=-0.00826207,0.0131148;RO=24;SAF=34,2;SAR=10,3;SRF=12;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.217529,-0.117239;STB=0.611598,0.997231;STBP=0.022,0.031;TYPE=ins,snp;VARB=0.0061274,0.100514;OID=.,.;OPOS=211421453,211421452;OREF=-,A;OALT=TCT,T;OMAPALT=ATCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:24:23:44,5:46,4:0.630137,0.0547945:10,3:34,2:12:12:10,4:36,0:12:11 chr2 211456637 . A G 2658.04 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00865182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7212;QD=62.1763;RBI=0.0185403;REFB=0;REVB=0.0163979;RO=0;SAF=83;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.42822e-05;OID=.;OPOS=211456637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:171:171:0:0:171:171:1:88:83:0:0:88:83:0:0 chr2 211456639 . C T 2623.63 PASS AF=0.994152;AO=170;DP=171;FAO=170;FDP=171;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0282176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.625;QD=61.3715;RBI=0.0300878;REFB=-0.0631946;REVB=-0.0104425;RO=0;SAF=82;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.85428e-08;STB=0.50303;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=5.7493e-05;OID=.;OPOS=211456639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:171:0:1:170:170:0.994152:88:82:0:0:88:82:1:0 chr2 211481257 . C G 384.87 PASS AF=0.666667;AO=31;DP=48;FAO=32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0345696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.4579;QD=32.072;RBI=0.0472768;REFB=-0.0738524;REVB=0.0322496;RO=17;SAF=17;SAR=14;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16322;STB=0.572494;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0435317;OID=.;OPOS=211481257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:17:16:31:32:0.666667:14:17:5:12:15:17:5:11 chr2 212241725 . C T 143.37 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0112489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.966;QD=9.88736;RBI=0.0182012;REFB=-0.00980558;REVB=-0.0143089;RO=39;SAF=7;SAR=12;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109733;STB=0.564902;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0234303;OID=.;OPOS=212241725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:39:19:19:0.327586:12:7:18:21:12:7:18:21 chr2 212242745 . G C 103.02 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00470288;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.498;QD=9.5835;RBI=0.0375971;REFB=-0.0198341;REVB=0.0373018;RO=29;SAF=4;SAR=9;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247484;STB=0.640226;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0331024;OID=.;OPOS=212242745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:30:13:13:0.302326:9:4:15:14:9:4:15:15 chr2 212244403 . G A 114.0 PASS AF=0.257576;AO=17;DP=66;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=-0.0133414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.58;QD=6.90926;RBI=0.0133471;REFB=-0.00279157;REVB=-0.000387562;RO=48;SAF=6;SAR=11;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.366419;STB=0.725644;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00770326;OID=.;OPOS=212244403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:48:49:17:17:0.257576:11:6:32:16:11:6:33:16 chr2 212251864 . T C 51.82 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0281195;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.805;QD=15.9441;RBI=0.0285234;REFB=-0.00450615;REVB=0.0047832;RO=6;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364235;STB=0.521675;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.000489199;OID=.;OPOS=212251864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:13:13:6:6:7:7:0.538462:6:1:1:5:6:1:1:5 chr2 213866714 . G A 1264.67 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00510731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.276;QD=61.6913;RBI=0.0303842;REFB=0;REVB=0.0299518;RO=0;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.27683e-05;OID=.;OPOS=213866714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:35:47:0:0:35:47:0:0 chr2 213886454 . A T 442.03 PASS AF=0.701754;AO=40;DP=57;FAO=40;FDP=57;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00921606;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.832;QD=31.0198;RBI=0.0211316;REFB=-0.00971286;REVB=0.019016;RO=17;SAF=13;SAR=27;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195068;STB=0.510569;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00321786;OID=.;OPOS=213886454;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:17:17:40:40:0.701754:27:13:5:12:27:13:5:12 chr2 214012405 . AA AC,CA 773.29 PASS AF=0.352941,0.558824;AO=3,33;DP=64;FAO=24,38;FDP=68;FR=.;FRO=6;FSAF=18,13;FSAR=6,25;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00341025,-0.00189003;FXX=0;HRUN=9,9;LEN=1,1;MLLD=124.795,97.6844;QD=45.4876;RBI=0.0264997,0.0341851;REFB=-0.00638278,-0.0672717;REVB=0.0262793,0.0341328;RO=0;SAF=3,10;SAR=0,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.521721,0.547655;STBP=0.697,0.126;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00424498,0.0046707;OID=.,.;OPOS=214012406,214012405;OREF=A,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:64:68:0:6:3,33:24,38:0.352941,0.558824:0,23:3,10:0:0:6,25:18,13:4:2 chr2 214637043 . CA CG,GT,TG 238.52 PASS AF=0.210526,0,0.789474;AO=3,2,16;DP=22;FAO=4,0,15;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0,8;FSAR=2,0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319688,0.00718592,0.0438409;FXX=0.136302;HRUN=1,2,2;LEN=1,2,2;MLLD=61.078,69.1622,119.079;QD=50.2143;RBI=0.0487715,0.0440674,0.0657192;REFB=0,0,0;REVB=-0.0368328,-0.0434776,-0.048959;RO=0;SAF=1,2,8;SAR=2,0,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,mnp,mnp;VARB=-0.0357088,0,0.00064634;OID=.,.,.;OPOS=214637044,214637043,214637043;OREF=A,CA,CA;OALT=G,GT,TG;OMAPALT=CG,GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:21:22:19:0:0:3,2,16:4,0,15:0.210526,0,0.789474:2,0,8:1,2,8:0:0:2,0,7:2,0,8:0:0 chr2 214727221 . A C 259.72 PASS AF=0.360465;AO=30;DP=85;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0320956;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7106;QD=12.0798;RBI=0.0374652;REFB=-0.01612;REVB=-0.0193264;RO=50;SAF=19;SAR=11;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17002;STB=0.623493;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0292078;OID=.;OPOS=214727221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:50:55:30:31:0.360465:11:19:24:26:11:20:25:30 chr2 215102929 . T A 628.67 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=329.668;QD=61.3332;RBI=0.0372265;REFB=0;REVB=0.0291609;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.07387e-05;OID=.;OPOS=215102929;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:24:16:0:0:24:17:0:0 chr2 215632255 . CA CG,TG 936.47 PASS AF=0.409091,0.590909;AO=27,39;DP=66;FAO=27,39;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=10,22;FSAR=17,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536167,0.00938607;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=49.9334,162.507;QD=56.7556;RBI=0.0541264,0.0170048;REFB=0,0;REVB=-0.00740999,0.0141797;RO=0;SAF=10,22;SAR=17,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.011361,0.0125723;OID=.,.;OPOS=215632256,215632255;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:66:66:0:0:27,39:27,39:0.409091,0.590909:17,17:10,22:0:0:17,17:10,22:0:0 chr2 215645464 . C G 371.22 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00494334;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.631;QD=22.498;RBI=0.00548024;REFB=0.000742494;REVB=-0.00236568;RO=28;SAF=12;SAR=25;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175248;STB=0.590501;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.00039174;OID=.;OPOS=215645464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:28:29:37:37:0.560606:25:12:15:13:25:12:15:14 chr2 215674224 . G A 652.64 PASS AF=0.619565;AO=57;DP=92;FAO=57;FDP=92;FR=.;FRO=35;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00788218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.537;QD=28.3758;RBI=0.00789217;REFB=-0.0346449;REVB=0.000396991;RO=35;SAF=34;SAR=23;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00255114;STB=0.501387;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0185198;OID=.;OPOS=215674224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:35:35:57:57:0.619565:23:34:21:14:23:34:21:14 chr2 215796568 . T C 260.55 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0450398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.148;QD=18.9487;RBI=0.0451819;REFB=-0.0224778;REVB=0.0035804;RO=27;SAF=17;SAR=11;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469133;STB=0.526226;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0211086;OID=.;OPOS=215796568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:11:17:15:12:11:17:15:12 chr2 215820013 . G A 268.73 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00167685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.502;QD=22.3941;RBI=0.00602475;REFB=-0.03498;REVB=-0.00578669;RO=23;SAF=17;SAR=8;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270484;STB=0.515139;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.027793;OID=.;OPOS=215820013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:8:17:15:8:8:17:15:8 chr2 215876165 . G GT 382.4 PASS AF=0.978723;AO=5;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00936942;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=26.3495;QD=32.5445;RBI=0.126522;REFB=-0.0726117;REVB=-0.126174;RO=40;SAF=1;SAR=4;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349625;STB=0.51219;STBP=0.306;TYPE=ins;VARB=0.0150946;OID=.;OPOS=215876166;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.978723:5:47:46:47:1:20:26:1:0:4:40:1:4:20:20 chr2 215876166 . A T 533.19 PASS AF=0.829787;AO=39;DP=47;FAO=39;FDP=47;FR=.;FRO=8;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0130593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9381;QD=45.3781;RBI=0.0690315;REFB=-0.0246007;REVB=-0.0677849;RO=7;SAF=19;SAR=20;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979934;STB=0.540461;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0361498;OID=.;OPOS=215876166;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:47:7:8:39:39:0.829787:20:19:1:6:20:19:2:6 chr2 215940242 . T C 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=322.118;QD=56.9366;RBI=0.0142657;REFB=0;REVB=0.00652173;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35266e-05;OID=.;OPOS=215940242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr2 216190020 . C G 629.08 PASS AF=0.683544;AO=54;DP=80;FAO=54;FDP=79;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00181841;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.644;QD=31.8519;RBI=0.0239781;REFB=-0.0390789;REVB=-0.0239091;RO=24;SAF=23;SAR=31;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298062;STB=0.521459;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0105227;OID=.;OPOS=216190020;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:24:25:54:54:0.683544:31:23:9:15:31:23:9:16 chr2 216212339 . T C 538.25 PASS AF=0.561798;AO=50;DP=88;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=38;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0220107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.5777;QD=24.1909;RBI=0.0220704;REFB=0.0094769;REVB=0.00162161;RO=38;SAF=12;SAR=38;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1517;STB=0.592388;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.00686;OID=.;OPOS=216212339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:38:39:50:50:0.561798:38:12:15:23:38:12:16:23 chr2 216229692 . A G 421.55 PASS AF=0.684211;AO=37;DP=55;FAO=39;FDP=57;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0747637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0712;QD=29.5826;RBI=0.0748294;REFB=-0.0528674;REVB=-0.00313375;RO=18;SAF=16;SAR=21;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107622;STB=0.547146;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0247962;OID=.;OPOS=216229692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:18:18:37:39:0.684211:21:16:11:7:21:18:11:7 chr2 216235089 . C T 1482.02 PASS AF=1;AO=92;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.075;QD=62.4008;RBI=0.022723;REFB=0;REVB=-0.0200124;RO=0;SAF=40;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000657541;OID=.;OPOS=216235089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:92:95:1:52:40:0:0:55:40:0:0 chr2 216242917 . T A,C 535.32 PASS AF=0.972222,0.0277778;AO=35,2;DP=37;FAO=35,1;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14,1;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195802,0.0145184;FXX=0.0270197;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.9859,168.374;QD=59.4799;RBI=0.0623754,0.0184964;REFB=0,0;REVB=0.0592225,0.01146;RO=0;SAF=14,2;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.27896e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0083019,0.0558957;OID=.,.;OPOS=216242917,216242917;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:37:36:0:0:35,2:35,1:0.972222,0.0277778:21,0:14,2:0:0:21,0:14,1:0:0 chr2 216249587 . C T 580.31 PASS AF=0.975;AO=35;DP=36;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0246443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.007;QD=58.0312;RBI=0.141729;REFB=-0.0903574;REVB=0.13957;RO=0;SAF=33;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555525;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.000990669;OID=.;OPOS=216249587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:40:0:1:35:39:0.975:2:33:0:0:4:35:0:1 chr2 216272900 . T G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00252369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.933;QD=63.2868;RBI=0.0287459;REFB=0;REVB=0.0286349;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61157e-05;OID=.;OPOS=216272900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr2 216272907 . A T 668.02 PASS AF=1;AO=34;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.837;QD=62.1413;RBI=0.0508413;REFB=0;REVB=0.013678;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000509899;OID=.;OPOS=216272907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:34:43:1:14:20:0:0:18:25:0:0 chr2 216272908 . G T 59.39 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0423852;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=78.1176;QD=5.39919;RBI=0.0446541;REFB=-0.0240873;REVB=0.0140529;RO=35;SAF=5;SAR=4;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195834;STB=0.512792;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00829296;OID=.;OPOS=216272908;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:35:35:9:9:0.204545:4:5:20:15:4:5:20:15 chr2 216300482 . T A 717.06 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00340676;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8049;QD=63.7385;RBI=0.030466;REFB=0;REVB=0.0302749;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111926;OID=.;OPOS=216300482;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr2 216878008 . C G 77.94 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0780581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1132;QD=14.1703;RBI=0.101751;REFB=-0.0099343;REVB=0.0652706;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305863;STB=0.6996;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0109038;OID=.;OPOS=216878008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:11:12:10:10:0.454545:7:3:7:4:7:3:8:4 chr2 216904019 . A T 606.1 PASS AF=0.539823;AO=61;DP=113;FAO=61;FDP=113;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0312237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1728;QD=21.4547;RBI=0.0380363;REFB=-0.0263564;REVB=-0.0217219;RO=52;SAF=26;SAR=35;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625664;STB=0.53434;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.022798;OID=.;OPOS=216904019;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:52:52:61:61:0.539823:35:26:26:26:35:26:26:26 chr2 216923679 . C T 216.97 PASS AF=0.567568;AO=19;DP=35;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.00280609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.31;QD=23.4568;RBI=0.0400534;REFB=-0.000414271;REVB=0.039955;RO=16;SAF=7;SAR=12;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167198;STB=0.574402;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.000436517;OID=.;OPOS=216923679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:16:16:19:21:0.567568:12:7:3:13:14:7:3:13 chr2 217012901 . A G 233.09 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0146189;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=54.6826;QD=16.9517;RBI=0.0524317;REFB=-0.0114035;REVB=0.0503525;RO=28;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198509;STB=0.601032;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0129392;OID=.;OPOS=217012901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:28:29:26:26:0.472727:12:14:9:19:12:14:10:19 chr2 217069876 . T G 258.28 PASS AF=0.299145;AO=34;DP=119;FAO=35;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=82;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=0.00301753;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.763;QD=8.82997;RBI=0.0122223;REFB=-0.0152316;REVB=-0.0118439;RO=68;SAF=13;SAR=21;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137502;STB=0.540683;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0306677;OID=.;OPOS=217069876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:117:68:82:34:35:0.299145:21:13:34:34:22:13:35:47 chr2 217148417 . C A 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00167295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.098;QD=8.81193;RBI=0.00270578;REFB=-0.0107435;REVB=0.00212661;RO=23;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623268;STB=0.538383;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0405985;OID=.;OPOS=217148417;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:7:3:8:15:7:3:8:15 chr2 217288388 . G C 151.81 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=-0.00240587;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.912;QD=20.2408;RBI=0.0365006;REFB=-0.0318464;REVB=0.0364212;RO=14;SAF=11;SAR=5;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26141;STB=0.645011;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0184293;OID=.;OPOS=217288388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:14:14:16:16:0.533333:5:11:13:1:5:11:13:1 chr2 217363597 . C T 639.09 PASS AF=0.622222;AO=56;DP=90;FAO=56;FDP=90;FR=.;FRO=34;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0144415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1635;QD=28.4042;RBI=0.0218056;REFB=-0.0346578;REVB=-0.016338;RO=33;SAF=28;SAR=28;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310213;STB=0.511107;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.01249;OID=.;OPOS=217363597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:33:34:56:56:0.622222:28:28:15:18:28:28:16:18 chr2 217363638 . G A 494.5 PASS AF=0.615385;AO=44;DP=74;FAO=48;FDP=78;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0430879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.475;QD=25.359;RBI=0.0467664;REFB=-0.00984335;REVB=0.0181804;RO=29;SAF=17;SAR=27;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208931;STB=0.501628;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0115043;OID=.;OPOS=217363638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:78:29:30:44:48:0.615385:27:17:12:17:27:21:13:17 chr2 217364539 . C T 2317.49 PASS AF=0.981013;AO=153;DP=157;FAO=155;FDP=158;FR=.;FRO=3;FSAF=83;FSAR=72;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.021843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8407;QD=58.6707;RBI=0.0263742;REFB=0.0334737;REVB=0.0147811;RO=1;SAF=82;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00576617;STB=0.502504;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.00131025;OID=.;OPOS=217364539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:157:158:1:3:153:155:0.981013:71:82:1:0:72:83:2:1 chr2 217364764 . G T 541.19 PASS AF=0.534653;AO=53;DP=100;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.00553408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6913;QD=21.4334;RBI=0.0364676;REFB=-0.0279516;REVB=0.0360453;RO=47;SAF=23;SAR=30;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00733341;STB=0.500187;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0234769;OID=.;OPOS=217364764;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:47:47:53:54:0.534653:30:23:20:27:31:23:20:27 chr2 217526514 . C G 470.16 PASS AF=0.516854;AO=45;DP=88;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00767211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.18;QD=21.1306;RBI=0.00829683;REFB=-0.0190663;REVB=0.00315849;RO=42;SAF=29;SAR=16;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110622;STB=0.548267;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0182183;OID=.;OPOS=217526514;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:42:43:45:46:0.516854:16:29:22:20:17:29:23:20 chr2 217541582 . T C 950.56 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129078;FXX=0.0298463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.897;QD=58.4961;RBI=0.0129378;REFB=-0.0269346;REVB=0.000880904;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.54146e-05;OID=.;OPOS=217541582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:66:65:0:0:65:65:1:38:27:0:0:38:27:0:0 chr2 218604247 . A C 333.87 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0814047;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.484;QD=51.365;RBI=0.0818694;REFB=-0.106913;REVB=-0.00870992;RO=1;SAF=16;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280951;STB=0.514274;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0043301;OID=.;OPOS=218604247;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:26:1:1:24:25:0.961538:8:16:1:0:8:17:1:0 chr2 218664633 . T G 632.97 PASS AF=0.595745;AO=56;DP=95;FAO=56;FDP=94;FR=.;FRO=38;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0150591;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.879;QD=26.935;RBI=0.0282386;REFB=0.00910563;REVB=0.0238881;RO=37;SAF=33;SAR=23;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451987;STB=0.517766;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.00705807;OID=.;OPOS=218664633;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:37:38:56:56:0.595745:23:33:24:13:23:33:24:14 chr2 218695102 . G A 272.52 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.108143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.033;QD=51.9077;RBI=0.108763;REFB=0;REVB=0.011603;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000976163;OID=.;OPOS=218695102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr2 218706857 . T C 537.99 PASS AF=0.5;AO=56;DP=112;FAO=56;FDP=112;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.0170674;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.323;QD=19.2141;RBI=0.0182665;REFB=-0.0201085;REVB=-0.00650919;RO=56;SAF=31;SAR=25;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0659582;STB=0.536398;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.024348;OID=.;OPOS=218706857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:56:56:56:56:0.5:25:31:35:21:25:31:35:21 chr2 218712306 . C T 273.32 PASS AF=0.685714;AO=24;DP=35;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=23;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=-0.0225415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7537;QD=31.2364;RBI=0.066763;REFB=-0.0220154;REVB=0.0628425;RO=11;SAF=23;SAR=1;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178519;STB=0.596424;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0115891;OID=.;OPOS=218712306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:11:11:24:24:0.685714:1:23:11:0:1:23:11:0 chr2 218712606 . G A 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0232925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.564;QD=24.3905;RBI=0.0308841;REFB=-0.0412572;REVB=0.0202802;RO=13;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816629;STB=0.558765;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0324626;OID=.;OPOS=218712606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:14:20:20:0.588235:10:10:8:5:10:10:9:5 chr2 218712726 . A G 293.47 PASS AF=0.55102;AO=26;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0118383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4616;QD=23.9567;RBI=0.0330221;REFB=-0.0291173;REVB=-0.0308272;RO=22;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170853;STB=0.600869;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0208263;OID=.;OPOS=218712726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:26:27:0.55102:11:15:17:5:12:15:17:5 chr2 218712918 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0617751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6948;QD=10.1722;RBI=0.0648318;REFB=0.00906243;REVB=0.0196724;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114905;STB=0.571184;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.00640694;OID=.;OPOS=218712918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:4:2:4:5:4:2:4:5 chr2 218713282 . G A 129.29 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.00690865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6117;QD=21.5475;RBI=0.024755;REFB=-0.00502655;REVB=0.0237714;RO=10;SAF=11;SAR=3;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450164;STB=0.755868;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00898273;OID=.;OPOS=218713282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:3:11:2:8:3:11:2:8 chr2 218713469 . G A 230.58 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0172892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.355;QD=12.1357;RBI=0.0174785;REFB=-0.00899873;REVB=0.00256543;RO=48;SAF=19;SAR=9;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182459;STB=0.6055;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.017827;OID=.;OPOS=218713469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:28:28:0.368421:9:19:25:23:9:19:25:23 chr2 218745685 . G A 305.65 PASS AF=0.358491;AO=38;DP=106;FAO=38;FDP=106;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=0.00949943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.328;QD=11.5341;RBI=0.0103246;REFB=-0.00524819;REVB=-0.00404456;RO=67;SAF=17;SAR=21;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0502998;STB=0.532844;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0142547;OID=.;OPOS=218745685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:67:68:38:38:0.358491:21:17:27:40:21:17:27:41 chr2 218940259 . C T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=5;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00953419;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.079;QD=11.0198;RBI=0.0104374;REFB=-0.00904967;REVB=-0.00424711;RO=8;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987559;STB=0.599657;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0187695;OID=.;OPOS=218940259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:5:6:0.428571:3:2:4:4:4:2:4:4 chr2 219000310 . C T 516.06 PASS AF=0.597561;AO=46;DP=79;FAO=49;FDP=82;FR=.;FRO=33;FSAF=39;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0235698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.745;QD=25.1739;RBI=0.0260553;REFB=-0.0462555;REVB=-0.011106;RO=33;SAF=36;SAR=10;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201153;STB=0.617362;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.03114;OID=.;OPOS=219000310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:33:33:46:49:0.597561:10:36:19:14:10:39:19:14 chr2 219000734 . T C 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0117503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2492;QD=22.5996;RBI=0.0184556;REFB=-0.0115943;REVB=-0.0142316;RO=20;SAF=14;SAR=9;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367927;STB=0.7039;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0034578;OID=.;OPOS=219000734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:9:14:3:17:9:14:3:17 chr2 219110625 . G A 299.1 PASS AF=0.666667;AO=25;DP=38;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=-0.00543578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.287;QD=30.6772;RBI=0.0702257;REFB=-0.00266057;REVB=0.070015;RO=13;SAF=12;SAR=13;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322496;STB=0.675554;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00275462;OID=.;OPOS=219110625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:13:13:25:26:0.666667:13:12:13:0:14:12:13:0 chr2 219128506 . C T 3541.44 PASS AF=0.966527;AO=230;DP=240;FAO=231;FDP=239;FR=.;FRO=8;FSAF=124;FSAR=107;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.000874036;FXX=0.00829841;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.379;QD=59.271;RBI=0.0132927;REFB=0.00279506;REVB=0.0132639;RO=7;SAF=123;SAR=107;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00599936;STB=0.501238;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-1.95208e-05;OID=.;OPOS=219128506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:240:239:7:8:230:231:0.966527:107:123:3:4:107:124:4:4 chr2 219130802 . T C 102.27 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0288557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.442;QD=9.09094;RBI=0.0291915;REFB=-0.0117166;REVB=0.00441536;RO=32;SAF=5;SAR=8;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638884;STB=0.538946;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0186139;OID=.;OPOS=219130802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:8:5:14:18:8:5:14:18 chr2 219140288 . G C 427.86 PASS AF=0.608696;AO=40;DP=66;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.105536;FXX=0.0142837;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.8528;QD=24.8034;RBI=0.105887;REFB=-0.0878566;REVB=-0.00861793;RO=26;SAF=20;SAR=20;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276735;STB=0.511461;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.041144;OID=.;OPOS=219140288;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:26:27:40:42:0.608696:20:20:12:14:23:19:13:14 chr2 219143229 . G A 190.3 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0250872;FXX=0.0499875;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.761;QD=20.032;RBI=0.0379847;REFB=0.00151158;REVB=-0.0285214;RO=19;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0936717;STB=0.553016;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.00339406;OID=.;OPOS=219143229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:11:8:10:9:11:8:10:9 chr2 219144089 . G A 76.16 PASS AF=0.4;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00974827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.804;QD=12.1857;RBI=0.015001;REFB=-0.0321252;REVB=-0.0114018;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275052;STB=0.682555;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0500414;OID=.;OPOS=219144089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:25:14:15:10:10:0.4:7:3:8:6:7:3:9:6 chr2 219144815 . T C 972.83 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00565309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.216;QD=58.9591;RBI=0.0214445;REFB=0;REVB=0.020686;RO=0;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.14187e-05;OID=.;OPOS=219144815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:24:42:0:0:24:42:0:0 chr2 219221846 . G A 325.61 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0421705;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.78;QD=22.456;RBI=0.0437103;REFB=-0.0207511;REVB=-0.0114995;RO=24;SAF=13;SAR=20;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490811;STB=0.515409;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0167722;OID=.;OPOS=219221846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:25:33:33:0.568966:20:13:8:16:20:13:9:16 chr2 219231807 . C T 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00784727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.242;QD=52.6107;RBI=0.00931455;REFB=0;REVB=-0.00501807;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.55616e-05;OID=.;OPOS=219231807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr2 219249013 . C T 154.3 PASS AF=0.571429;AO=14;DP=26;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.131412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8196;QD=22.0421;RBI=0.145299;REFB=0.00379397;REVB=0.0619885;RO=12;SAF=3;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207763;STB=0.549936;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00432932;OID=.;OPOS=219249013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:26:28:12:12:14:16:0.571429:11:3:5:7:11:5:5:7 chr2 219254622 . A G 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00091113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.228;QD=57.3848;RBI=0.00519567;REFB=0;REVB=-0.00511515;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.38095e-05;OID=.;OPOS=219254622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr2 219257728 . C T 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0169583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.736;QD=20.0174;RBI=0.0186409;REFB=-0.0106652;REVB=-0.00773937;RO=17;SAF=7;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327536;STB=0.518498;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0126366;OID=.;OPOS=219257728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:11:7:6:11:11:7:6:11 chr2 219257795 . G A 377.93 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00872972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.353;QD=24.3823;RBI=0.0110489;REFB=-0.022038;REVB=0.00677274;RO=25;SAF=15;SAR=22;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561256;STB=0.530814;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0141823;OID=.;OPOS=219257795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:25:37:37:0.596774:22:15:12:13:22:15:12:13 chr2 219265094 . T C 466.17 PASS AF=1;AO=28;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.157614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6557;QD=58.2706;RBI=0.157621;REFB=0;REVB=0.00152463;RO=0;SAF=2;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00314687;OID=.;OPOS=219265094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:28:32:1:26:2:0:0:26:6:0:0 chr2 219266423 . C A 323.09 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.00645703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.679;QD=25.3401;RBI=0.00652099;REFB=-0.0218683;REVB=0.000911093;RO=20;SAF=6;SAR=25;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00732459;STB=0.50403;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0162227;OID=.;OPOS=219266423;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:25:6:4:16:25:6:4:16 chr2 219319657 . A G 805.9 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00282271;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.826;QD=55.5792;RBI=0.00924232;REFB=-0.0305374;REVB=-0.00880073;RO=1;SAF=21;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021926;STB=0.511624;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-2.86614e-05;OID=.;OPOS=219319657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:58:1:1:57:57:0.982759:36:21:1:0:36:21:1:0 chr2 219374849 . CT C 52.22 PASS AF=0.481481;AO=9;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.023022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=9.67688;QD=7.73636;RBI=0.0254297;REFB=-0.095773;REVB=-0.0108007;RO=13;SAF=9;SAR=0;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.823893;STB=0.891201;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=0.0499427;OID=.;OPOS=219374850;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.481481:9:27:13:27:14:12:1:4:10:45:13:9:0:3:10 chr2 219492924 . T C 355.25 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.0820347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1133;QD=16.5233;RBI=0.0850904;REFB=-0.0309039;REVB=-0.0225982;RO=48;SAF=16;SAR=22;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160627;STB=0.590197;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.034186;OID=.;OPOS=219492924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:22:16:28:20:22:16:28:20 chr2 219508372 . A T 535.94 PASS AF=0.597561;AO=49;DP=83;FAO=49;FDP=82;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=0.0522652;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.901;QD=26.1435;RBI=0.0589629;REFB=-0.0169629;REVB=-0.0272943;RO=32;SAF=20;SAR=29;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171922;STB=0.597615;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.015269;OID=.;OPOS=219508372;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:32:33:49:49:0.597561:29:20:6:26:29:20:6:27 chr2 219508988 . T C 111.07 PASS AF=0.283019;AO=14;DP=52;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.033296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.334;QD=8.38228;RBI=0.034032;REFB=-0.0149812;REVB=-0.0070395;RO=38;SAF=3;SAR=11;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31485;STB=0.643251;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0330229;OID=.;OPOS=219508988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:38:38:14:15:0.283019:11:3:17:21:11:4:17:21 chr2 219509618 . C A 152.75 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0218526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5493;QD=13.5781;RBI=0.0229995;REFB=-0.0074268;REVB=0.00717218;RO=28;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161623;STB=0.594481;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0178798;OID=.;OPOS=219509618;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:11:6:14:14:11:6:14:14 chr2 219555262 . G A 638.98 PASS AF=0.575758;AO=57;DP=99;FAO=57;FDP=99;FR=.;FRO=42;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0137271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.432;QD=25.8175;RBI=0.0156865;REFB=-0.0151271;REVB=0.0075916;RO=42;SAF=32;SAR=25;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0849144;STB=0.546408;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00730626;OID=.;OPOS=219555262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:42:42:57:57:0.575758:25:32:19:23:25:32:19:23 chr2 219562675 . G A 832.87 PASS AF=0.712766;AO=67;DP=95;FAO=67;FDP=94;FR=.;FRO=27;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0437435;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.735;QD=35.4412;RBI=0.0462998;REFB=-0.00565979;REVB=0.0151717;RO=26;SAF=33;SAR=34;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838322;STB=0.549938;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00228484;OID=.;OPOS=219562675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:26:27:67:67:0.712766:34:33:17:9:34:33:18:9 chr2 219602499 . G C 117.33 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0362478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1859;QD=21.3321;RBI=0.0640246;REFB=0.00875289;REVB=-0.0527754;RO=9;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449419;STB=0.525508;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.0145978;OID=.;OPOS=219602499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:5:8:5:4:5:8:5:4 chr2 219602819 . G A 215.26 PASS AF=0.791667;AO=19;DP=24;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0167011;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3314;QD=35.8759;RBI=0.0388026;REFB=-0.0363426;REVB=0.0350245;RO=5;SAF=8;SAR=11;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00820712;STB=0.5045;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.00244104;OID=.;OPOS=219602819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:24:24:5:5:19:19:0.791667:11:8:2:3:11:8:2:3 chr2 219603211 . CCA C,CC 39.18 PASS AF=0.0857143,0.285714;AO=4,7;DP=35;FAO=3,10;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=1,8;FSAR=2,2;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0162621,0.0543075;FXX=0;HRUN=3,4;LEN=2,1;MLLD=21.7447,12.7074;QD=4.47782;RBI=0.0164208,0.0548436;REFB=-0.0476923,-0.103999;REVB=-0.00227737,-0.00764988;RO=21;SAF=2,6;SAR=2,1;SRF=12;SRR=9;SSEN=0,0.385246;SSEP=0,0;SSSB=-0.0816411,0.402521;STB=0.683006,0.705428;STBP=0.554,0.15;TYPE=del,del;VARB=0.0920822,0.166265;OID=.,.;OPOS=219603212,219603213;OREF=CA,A;OALT=-,-;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0857143,0.285714:4,7:35:3,10:35:22:1,8:2,2:12:10:24:21:2,6:2,1:12:9 chr2 219610433 . A G 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0194191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.373;QD=22.831;RBI=0.0212377;REFB=-0.0154243;REVB=-0.00859877;RO=10;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126338;STB=0.57133;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00948025;OID=.;OPOS=219610433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:10:5:5:5:10:5:5:5 chr2 219692696 . G C 470.7 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0125196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.1642;QD=23.5352;RBI=0.0181383;REFB=-0.0240852;REVB=-0.0131247;RO=34;SAF=14;SAR=31;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156532;STB=0.513083;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0133198;OID=.;OPOS=219692696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:35:45:45:0.5625:31:14:10:24:31:14:10:25 chr2 219695487 . G C 327.81 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.052224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0822;QD=23.0038;RBI=0.0549127;REFB=0.0195112;REVB=-0.0169726;RO=24;SAF=17;SAR=16;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433677;STB=0.523896;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.0156862;OID=.;OPOS=219695487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:16:17:11:13:16:17:11:13 chr2 219894330 . C T 82.31 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0380478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.001;QD=19.3673;RBI=0.0420743;REFB=-0.0105293;REVB=-0.0179614;RO=7;SAF=7;SAR=3;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390506;STB=0.723701;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0143673;OID=.;OPOS=219894330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:3:7:1:6:3:7:1:6 chr2 219903258 . T G 244.4 PASS AF=0.326087;AO=29;DP=91;FAO=30;FDP=92;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=-0.0111974;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.675;QD=10.6261;RBI=0.0307628;REFB=-0.0102135;REVB=-0.0286525;RO=61;SAF=13;SAR=16;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845795;STB=0.543255;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0207159;OID=.;OPOS=219903258;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:61:62:29:30:0.326087:16:13:23:38:17:13:23:39 chr2 219903723 . C T 220.76 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.0176851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.25;QD=12.0966;RBI=0.0191168;REFB=-0.00797426;REVB=-0.00725875;RO=46;SAF=16;SAR=11;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285313;STB=0.663261;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0169529;OID=.;OPOS=219903723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:46:27:27:0.369863:11:16:15:31:11:16:15:31 chr2 219920037 . A G 1715.75 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.819;QD=59.6784;RBI=0.0512903;REFB=0;REVB=0.0374058;RO=0;SAF=50;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82359e-05;OID=.;OPOS=219920037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:105:115:0:0:105:115:1:55:50:0:0:63:52:0:0 chr2 219920412 . A G 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0330898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.628;QD=7.32767;RBI=0.0361786;REFB=-0.0209807;REVB=-0.0146272;RO=21;SAF=2;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280468;STB=0.67877;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0573667;OID=.;OPOS=219920412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:6:2:10:11:6:2:10:11 chr2 219923410 . G GAGA 151.93 PASS AF=0.361702;AO=16;DP=53;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0415948;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=189.425;QD=12.9304;RBI=0.0476614;REFB=-0.0276667;REVB=-0.0232698;RO=37;SAF=12;SAR=4;SRF=25;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106882;STB=0.603584;STBP=0.331;TYPE=ins;VARB=0.0330538;OID=.;OPOS=219923411;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=GAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361702:16:53:17:47:30:13:4:19:11:99:37:12:4:25:12 chr2 219940484 . C T 740.62 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000488556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.936;QD=52.9013;RBI=0.0240235;REFB=-0.00479363;REVB=-0.0240185;RO=2;SAF=26;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000646073;STB=0.500662;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.000108457;OID=.;OPOS=219940484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:56:2:2:53:54:0.964286:27:26:1:1:28:26:1:1 chr2 219941063 . G A 265.78 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0272313;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.504;QD=13.1252;RBI=0.0315929;REFB=-0.0063532;REVB=-0.0160177;RO=50;SAF=17;SAR=14;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137797;STB=0.57873;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0117821;OID=.;OPOS=219941063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:50:50:31:31:0.382716:14:17:21:29:14:17:21:29 chr2 219967380 . T C 435.86 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0284767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2722;QD=54.4822;RBI=0.0290611;REFB=-0.129527;REVB=-0.00579874;RO=1;SAF=9;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490246;STB=0.526298;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00163073;OID=.;OPOS=219967380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:22:9:1:0:22:9:1:0 chr2 220037393 . A G 223.35 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0650912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.953;QD=49.6329;RBI=0.0875177;REFB=0;REVB=0.058502;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453699;OID=.;OPOS=220037393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr2 220045454 . G A 1706.31 PASS AF=0.974576;AO=115;DP=118;FAO=115;FDP=118;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=72;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0120083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8452;QD=57.8409;RBI=0.0290693;REFB=-0.106295;REVB=0.0264732;RO=2;SAF=43;SAR=72;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00436505;STB=0.501102;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00302757;OID=.;OPOS=220045454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:118:118:2:3:115:115:0.974576:72:43:1:1:72:43:1:2 chr2 220072766 . G T 390.63 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9319;QD=55.8038;RBI=0.0497982;REFB=0;REVB=-0.0225334;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000570477;OID=.;OPOS=220072766;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:19:8:0:0:19:9:0:0 chr2 220082396 . C T 74.84 PASS AF=0.37037;AO=9;DP=26;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00491243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.161;QD=11.087;RBI=0.0110597;REFB=-0.00418029;REVB=-0.0099088;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912882;STB=0.518482;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00848752;OID=.;OPOS=220082396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:26:27:17:17:9:10:0.37037:4:5:8:9:5:5:8:9 chr2 220083279 . C T 661.12 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0370423;FXX=0.0222173;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.2795;QD=60.1016;RBI=0.048146;REFB=-0.102916;REVB=0.0307555;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00153949;OID=.;OPOS=220083279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:27:16:0:0:27:16:0:1 chr2 220084902 . G A 756.14 PASS AF=1;AO=42;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02252;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=156.724;QD=57.0668;RBI=0.0581126;REFB=0;REVB=0.0535717;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000488982;OID=.;OPOS=220084902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:42:53:1:21:21:0:0:32:21:0:0 chr2 220085845 . A G 428.99 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.12;QD=57.199;RBI=0.0161211;REFB=0;REVB=-0.0105101;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000296412;OID=.;OPOS=220085845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr2 220100787 . C T 225.31 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00253322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.686;QD=27.3108;RBI=0.0070517;REFB=-0.0156836;REVB=0.00658098;RO=12;SAF=6;SAR=15;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158417;STB=0.588147;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00850312;OID=.;OPOS=220100787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:15:6:6:6:15:6:6:6 chr2 220104997 . G A 431.14 PASS AF=0.655738;AO=40;DP=62;FAO=40;FDP=61;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00461765;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.848;QD=28.2712;RBI=0.0181872;REFB=-0.0238109;REVB=-0.0175912;RO=21;SAF=17;SAR=23;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631989;STB=0.534423;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0131027;OID=.;OPOS=220104997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:21:21:40:40:0.655738:23:17:11:10:23:17:11:10 chr2 220113242 . T G 3265.83 PASS AF=0.986047;AO=212;DP=222;FAO=212;FDP=215;FR=.;FRO=3;FSAF=117;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00334528;FXX=0.0315301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.336;QD=60.7596;RBI=0.0273965;REFB=-0.0306697;REVB=0.0271915;RO=2;SAF=117;SAR=95;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000933822;STB=0.503081;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-2.11045e-05;OID=.;OPOS=220113242;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:222:215:2:3:212:212:0.986047:95:117:1:1:95:117:1:2 chr2 220118531 . G C 315.34 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0765885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0254;QD=45.048;RBI=0.0771457;REFB=0.00599325;REVB=0.00925537;RO=2;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084107;STB=0.565165;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.000336164;OID=.;OPOS=220118531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:27:28:2:3:25:25:0.892857:10:15:0:2:10:15:0:3 chr2 220136155 . T C 1492.03 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0462658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9793;QD=63.4908;RBI=0.0462685;REFB=0;REVB=0.000501429;RO=0;SAF=64;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148056;OID=.;OPOS=220136155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:29:64:0:0:30:64:0:0 chr2 220136351 . G A 535.26 PASS AF=0.6125;AO=38;DP=81;FAO=49;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.115541;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.5572;QD=26.7632;RBI=0.122454;REFB=0.00869861;REVB=0.0405613;RO=30;SAF=14;SAR=24;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599726;STB=0.58491;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00272418;OID=.;OPOS=220136351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:30:31:38:49:0.6125:24:14:9:21:24:25:9:22 chr2 220136371 . T C 1079.87 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.114;QD=59.9926;RBI=0.0282439;REFB=0;REVB=0.00929769;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.81127e-05;OID=.;OPOS=220136371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:34:38:0:0:34:38:0:0 chr2 220162015 . C G 276.53 PASS AF=0.631579;AO=21;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0292544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=40.2605;QD=29.1084;RBI=0.10825;REFB=-0.0918492;REVB=0.104222;RO=12;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156396;STB=0.513502;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0675538;OID=.;OPOS=220162015;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:38:38:12:13:21:24:0.631579:11:10:6:6:12:12:6:7 chr2 220172576 . A C 354.35 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.00701129;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.895;QD=21.4756;RBI=0.00702432;REFB=-0.00676352;REVB=0.000427577;RO=30;SAF=17;SAR=19;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20059;STB=0.610199;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00611201;OID=.;OPOS=220172576;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:19:17:7:23:19:17:7:23 chr2 220193917 . C T 377.93 PASS AF=0.596774;AO=37;DP=62;FAO=37;FDP=62;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.000673095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.326;QD=24.3823;RBI=0.00402696;REFB=-0.00774533;REVB=-0.00397031;RO=25;SAF=22;SAR=15;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20061;STB=0.609993;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00474491;OID=.;OPOS=220193917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:25:25:37:37:0.596774:15:22:8:17:15:22:8:17 chr2 220197321 . C T 1060.66 PASS AF=0.727273;AO=88;DP=121;FAO=88;FDP=121;FR=.;FRO=33;FSAF=52;FSAR=36;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0389853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.553;QD=35.0632;RBI=0.0397362;REFB=-0.0291341;REVB=0.00768862;RO=31;SAF=52;SAR=36;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848578;STB=0.546208;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0120276;OID=.;OPOS=220197321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:31:33:88:88:0.727273:36:52:13:18:36:52:14:19 chr2 220197388 . C A 522.58 PASS AF=0.583333;AO=48;DP=84;FAO=49;FDP=84;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.095387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4234;QD=24.8845;RBI=0.0953888;REFB=-0.0264605;REVB=-0.000601242;RO=34;SAF=18;SAR=30;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0059321;STB=0.505358;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.00899032;OID=.;OPOS=220197388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:34:35:48:49:0.583333:30:18:13:21:30:19:14:21 chr2 220250147 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00485714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.134;QD=54.5173;RBI=0.043037;REFB=0;REVB=0.042762;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410339;OID=.;OPOS=220250147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr2 220250800 . C T 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0266468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.611;QD=15.7004;RBI=0.0353557;REFB=-0.0229477;REVB=0.0232373;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745182;STB=0.525658;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0198535;OID=.;OPOS=220250800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:15:15:0.441176:8:7:7:11:8:7:8:11 chr2 220283259 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3566;QD=42.1813;RBI=0.0667901;REFB=0;REVB=-0.0608593;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00180908;OID=.;OPOS=220283259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr2 220283277 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.128576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.48;QD=40.7626;RBI=0.149797;REFB=0;REVB=0.0768585;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00332034;OID=.;OPOS=220283277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr2 220315970 . G A 559.42 PASS AF=0.738462;AO=48;DP=65;FAO=48;FDP=65;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0138536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.388;QD=34.426;RBI=0.0149436;REFB=0.00224526;REVB=0.00560262;RO=17;SAF=10;SAR=38;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019563;STB=0.510552;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.00107456;OID=.;OPOS=220315970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:17:17:48:48:0.738462:38:10:4:13:38:10:4:13 chr2 220330804 . T C 37.23 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.035814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1692;QD=8.7599;RBI=0.0415346;REFB=-0.013521;REVB=-0.0210353;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340216;STB=0.705311;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.04745;OID=.;OPOS=220330804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:2:9:3:3:2:9 chr2 220333950 . T C 742.92 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=5.09329e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.293;QD=63.2273;RBI=0.0082561;REFB=0;REVB=-0.00825594;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.85446e-05;OID=.;OPOS=220333950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:22:24:0:0:22:25:0:0 chr2 220353013 . G A 80.9 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00971695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3797;QD=7.89286;RBI=0.0187252;REFB=-0.00338494;REVB=-0.0160067;RO=30;SAF=5;SAR=6;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131609;STB=0.581351;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0174986;OID=.;OPOS=220353013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:6:5:17:13:6:5:17:13 chr2 220354365 . C T 37.44 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7281;QD=8.80985;RBI=0.00752763;REFB=0.0488373;REVB=0.00752763;RO=11;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0135757;OID=.;OPOS=220354365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:6:0:0:11:6:0:0:11 chr2 220355529 . A G 162.09 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0208031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.999;QD=14.0943;RBI=0.0211177;REFB=-0.0196909;REVB=-0.00363131;RO=28;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750195;STB=0.54343;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0212978;OID=.;OPOS=220355529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:9:9:16:12:9:9:16:12 chr2 220357594 . C A 143.01 PASS AF=0.277778;AO=20;DP=72;FAO=20;FDP=72;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.0205266;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.105;QD=7.94491;RBI=0.0217437;REFB=-0.00653537;REVB=0.00717267;RO=47;SAF=6;SAR=14;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367575;STB=0.6998;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0118076;OID=.;OPOS=220357594;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:52:20:20:0.277778:14:6:29:18:14:6:30:22 chr2 220362557 . C T 115.34 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00330521;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.505;QD=10.2528;RBI=0.0194299;REFB=-0.0196834;REVB=-0.0191467;RO=28;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511095;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0606413;OID=.;OPOS=220362557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:28:31:14:14:0.311111:7:7:14:14:7:7:15:16 chr2 220362899 . C G 303.0 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.150751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2481;QD=52.6958;RBI=0.173373;REFB=0;REVB=0.0856305;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00718926;OID=.;OPOS=220362899;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:11:10:0:0:12:11:0:0 chr2 220379560 . C G 400.5 PASS AF=0.695652;AO=34;DP=48;FAO=32;FDP=46;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.00145813;FXX=0.041658;HRUN=6;LEN=1;MLLD=157.769;QD=34.8258;RBI=0.00388668;REFB=-0.00120192;REVB=0.0036028;RO=14;SAF=20;SAR=14;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111985;STB=0.570182;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.000340964;OID=.;OPOS=220379560;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:14:14:34:32:0.695652:14:20:11:3:14:18:11:3 chr2 220402671 . G T 400.2 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0268947;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=152.231;QD=53.3604;RBI=0.0656985;REFB=0.101147;REVB=0.0599414;RO=1;SAF=20;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227272;STB=0.512187;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.000466815;OID=.;OPOS=220402671;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:9:20:1:0:9:20:1:0 chr2 220402680 . T C,G 363.59 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=22,3;DP=25;FAO=24,3;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15,3;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217729,0.00542942;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=61.8495,193.583;QD=53.8647;RBI=0.0511378,0.00645246;REFB=0,0;REVB=0.0462712,0.00348648;RO=0;SAF=14,3;SAR=8,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00709988,0.0767676;OID=.,.;OPOS=220402680,220402680;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:25:27:0:0:22,3:24,3:0.888889,0.111111:8,0:14,3:0:0:9,0:15,3:0:0 chr2 220404381 . A G 347.66 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.277;QD=53.4868;RBI=0.041245;REFB=0;REVB=0.0118101;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102844;OID=.;OPOS=220404381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:18:7:0:0:19:7:0:0 chr2 220404579 . C T 743.74 PASS AF=0.709302;AO=61;DP=87;FAO=61;FDP=86;FR=.;FRO=25;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0163308;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8953;QD=34.5925;RBI=0.0282979;REFB=-0.00388085;REVB=-0.02311;RO=25;SAF=25;SAR=36;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388252;STB=0.520916;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00118272;OID=.;OPOS=220404579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:25:25:61:61:0.709302:36:25:12:13:36:25:12:13 chr2 220405321 . T C 905.05 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.045;QD=57.4635;RBI=0.0252444;REFB=0;REVB=-0.0134891;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211917;OID=.;OPOS=220405321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:60:63:1:37:23:0:0:37:26:0:0 chr2 220406722 . T C 141.02 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00433441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.992;QD=43.3906;RBI=0.040872;REFB=0;REVB=0.0406415;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00696056;OID=.;OPOS=220406722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:6:6:0:0:7:6:0:0 chr2 220412256 . T C 676.51 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0799503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6869;QD=60.1344;RBI=0.0807813;REFB=-0.112829;REVB=-0.0115571;RO=1;SAF=24;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191734;STB=0.510199;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0022966;OID=.;OPOS=220412256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:20:24:1:0:20:24:1:0 chr2 220414016 . C T 148.63 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.003;QD=42.4642;RBI=0.0682525;REFB=0;REVB=0.056321;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000975428;OID=.;OPOS=220414016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:9:4:0:0:10:4:0:0 chr2 220414019 . T C 45.04 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0425402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5282;QD=12.8693;RBI=0.0734409;REFB=-0.0823761;REVB=0.0598657;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17296;STB=0.599771;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.152815;OID=.;OPOS=220414019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:5:3:1:5:5:3:1:5 chr2 220415595 . GGAGAGA GGAG,GGAGA,GGAGAGGA 102.61 PASS AF=0,0.5,0.25;AO=4,4,3;DP=16;FAO=0,8,4;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=0,7,1;FSAR=0,1,3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0224544,0.0232402,0.229541;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=3,2,1;MLLD=210.96,219.184,14.6836;QD=25.6518;RBI=0.0290736,0.033596,0.245887;REFB=-0.0686897,-0.0697562,-0.127347;REVB=0.0184682,0.0242607,0.0881548;RO=4;SAF=4,3,1;SAR=0,1,2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.687804,0,-0.348651;STB=0.5,0.5831,0.748747;STBP=1,0.656,0.267;TYPE=del,del,ins;VARB=0,0.033262,0.0659073;OID=.,.,.;OPOS=220415599,220415596,220415600;OREF=AGA,GA,-;OALT=-,-,G;OMAPALT=GGAG,GGAGA,GGAGAGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.5,0.25:4,4,3:16:0,8,4:16:4:0,7,1:0,1,3:3:1:25:4:4,3,1:0,1,2:3:1 chr2 220417266 . C T 200.98 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0610746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.8852;QD=28.7112;RBI=0.0776426;REFB=-0.00989877;REVB=0.0479402;RO=9;SAF=6;SAR=13;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274747;STB=0.652345;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00849852;OID=.;OPOS=220417266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:13:6:7:2:13:6:7:2 chr2 220419236 . T C 1730.5 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.584;QD=60.7193;RBI=0.031695;REFB=0;REVB=0.0276341;RO=0;SAF=58;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79181e-05;OID=.;OPOS=220419236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:114:0:0:112:114:1:54:58:0:0:56:58:0:0 chr2 220419339 . T C 2050.16 PASS AF=0.992537;AO=131;DP=132;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0394056;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.17;QD=61.1989;RBI=0.0512398;REFB=-0.0757327;REVB=-0.0327524;RO=0;SAF=46;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505154;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000750498;OID=.;OPOS=220419339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:134:0:1:131:133:0.992537:85:46:0:0:85:48:1:0 chr2 220420785 . G A 437.4 PASS AF=0.583333;AO=42;DP=72;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00100944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.91;QD=24.2998;RBI=0.0759138;REFB=-0.0157963;REVB=0.0759071;RO=29;SAF=8;SAR=34;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333295;STB=0.693209;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0192175;OID=.;OPOS=220420785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:29:30:42:42:0.583333:34:8:16:13:34:8:17:13 chr2 220420956 . A G 234.67 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00643869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.708;QD=49.4036;RBI=0.0231014;REFB=0;REVB=-0.0221859;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0006282;OID=.;OPOS=220420956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:6:12:0:0:6:13:0:0 chr2 220421417 . C G 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00991138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.641;QD=9.25804;RBI=0.0300475;REFB=0.0076928;REVB=-0.0283657;RO=27;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323571;STB=0.533841;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.0237027;OID=.;OPOS=220421417;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:27:28:12:12:0.3:7:5:12:15:7:5:13:15 chr2 220422774 . A G 764.14 PASS AF=0.528571;AO=68;DP=134;FAO=74;FDP=140;FR=.;FRO=66;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=38;FSRR=28;FWDB=0.00416615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.527;QD=21.8327;RBI=0.0274573;REFB=-0.0230534;REVB=0.0271393;RO=64;SAF=35;SAR=33;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560738;STB=0.523092;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0226353;OID=.;OPOS=220422774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:140:64:66:68:74:0.528571:33:35:37:27:35:39:38:28 chr2 220430203 . C T 444.2 PASS AF=0.558442;AO=43;DP=77;FAO=43;FDP=77;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00957668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3067;QD=23.0753;RBI=0.085866;REFB=-0.0152729;REVB=0.0853303;RO=34;SAF=24;SAR=19;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117337;STB=0.564506;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00975803;OID=.;OPOS=220430203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:34:34:43:43:0.558442:19:24:14:20:19:24:14:20 chr2 220435034 . A G 127.56 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0122063;FXX=0.0526039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.663;QD=28.3467;RBI=0.0155192;REFB=-0.026809;REVB=-0.00958395;RO=5;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237058;STB=0.631394;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0108479;OID=.;OPOS=220435034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:19:18:5:5:13:13:0.722222:7:6:0:5:7:6:0:5 chr2 220435386 . G C 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0140182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.731;QD=24.4133;RBI=0.0475493;REFB=0.00472201;REVB=0.0454359;RO=5;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215005;STB=0.512173;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.0012039;OID=.;OPOS=220435386;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:7:4:2:3:7:4:2:3 chr2 220462640 . G T 1513.04 PASS AF=0.989796;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0205044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.19;QD=61.7566;RBI=0.0210391;REFB=-0.0518884;REVB=0.00471324;RO=2;SAF=50;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185894;STB=0.504853;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00054877;OID=.;OPOS=220462640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:98:98:2:1:96:97:0.989796:46:50:2:0:46:51:1:0 chr2 220466199 . G T 517.09 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628069;FXX=0.0789266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.342;QD=59.0961;RBI=0.0716225;REFB=0;REVB=0.0344248;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000555997;OID=.;OPOS=220466199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:35:0:0:34:35:1:10:24:0:0:11:24:0:0 chr2 220471116 . C G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00910382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.686;QD=59.8394;RBI=0.00998505;REFB=0;REVB=0.00410142;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.613e-05;OID=.;OPOS=220471116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr2 220473355 . G A 1285.65 PASS AF=0.955556;AO=86;DP=91;FAO=86;FDP=90;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00785194;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.343;QD=57.1402;RBI=0.0227048;REFB=-0.130772;REVB=0.0213039;RO=4;SAF=41;SAR=45;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440039;STB=0.52325;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00180848;OID=.;OPOS=220473355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:91:90:4:4:86:86:0.955556:45:41:4:0:45:41:4:0 chr2 220476443 . C T 1065.53 PASS AF=1;AO=63;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.745;QD=60.0299;RBI=0.0501788;REFB=0;REVB=-0.00380164;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016429;OID=.;OPOS=220476443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:63:71:1:30:33:0:0:30:41:0:0 chr2 220479312 . T C 955.02 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.267;QD=58.7704;RBI=0.0255107;REFB=0;REVB=0.0182211;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.33219e-05;OID=.;OPOS=220479312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:34:29:0:0:34:31:0:0 chr2 220494116 . CCA C,CC,CCC 158.49 PASS AF=0.0714286,0.785714,0.142857;AO=2,6,8;DP=16;FAO=1,11,2;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6,1;FSAR=1,5,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058744,0.0481258,0.0345501;FXX=0.0666222;HRUN=7,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=164.315,169.477,166.214;QD=45.2819;RBI=0.0678102,0.0576216,0.0454071;REFB=0,0,0;REVB=0.0338729,0.0316885,0.0294634;RO=0;SAF=1,3,3;SAR=1,3,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-4.46938e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0458064,0.00807096,0.00457629;OID=.,.,.;OPOS=220494117,220494118,220494118;OREF=CA,A,A;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0714286,0.785714,0.142857:2,6,8:16:1,11,2:14:0:0,6,1:1,5,1:0:0:7:0:1,3,3:1,3,5:0:0 chr2 220494126 . AC A 30.88 PASS AF=0.533333;AO=4;DP=14;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.078337;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.0484;QD=8.23584;RBI=0.0940266;REFB=-0.147187;REVB=0.0520031;RO=6;SAF=3;SAR=1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254893;STB=0.526249;STBP=0.917;TYPE=del;VARB=0.143472;OID=.;OPOS=220494127;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333:4:14:8:15:7:3:5:3:4:30:6:3:1:3:3 chr2 220500423 . A G 1338.99 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0438872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4646;QD=62.2788;RBI=0.0476663;REFB=0;REVB=-0.0186007;RO=1;SAF=53;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885539;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000490518;OID=.;OPOS=220500423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:1:0:85:86:1:32:53:1:0:32:54:0:0 chr2 220500426 . A G 1274.02 PASS AF=0.976744;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00233215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.2475;QD=59.2568;RBI=0.0410133;REFB=-0.104986;REVB=-0.040947;RO=2;SAF=51;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182104;STB=0.509432;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.000110583;OID=.;OPOS=220500426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:86:2:2:83:84:0.976744:32:51:2:0:32:52:2:0 chr2 220502367 . A C 362.36 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0293078;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.706;QD=55.7482;RBI=0.0321687;REFB=0;REVB=0.0132619;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000315983;OID=.;OPOS=220502367;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr2 220505265 . T C 837.2 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0199083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.181;QD=55.8132;RBI=0.025743;REFB=-0.0259203;REVB=0.0163206;RO=1;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140815;STB=0.50746;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00049615;OID=.;OPOS=220505265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:58:59:0.983333:33:25:0:1:33:26:0:1 chr2 220771223 . C T 458.56 PASS AF=0.363636;AO=56;DP=154;FAO=56;FDP=154;FR=.;FRO=98;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=52;FSRR=46;FWDB=-0.00454158;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=197.057;QD=11.9106;RBI=0.00719207;REFB=-0.00904489;REVB=0.00557673;RO=95;SAF=36;SAR=20;SRF=51;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122332;STB=0.574441;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0100397;OID=.;OPOS=220771223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:95:98:56:56:0.363636:20:36:51:44:20:36:52:46 chr2 220771290 . G A 511.8 PASS AF=0.360465;AO=62;DP=174;FAO=62;FDP=172;FR=.;FRO=110;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=57;FSRR=53;FWDB=-0.00104556;FXX=0.0114936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.282;QD=11.9024;RBI=0.0041839;REFB=-0.000767031;REVB=-0.00405115;RO=108;SAF=33;SAR=29;SRF=56;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153879;STB=0.509026;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00169904;OID=.;OPOS=220771290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:172:108:110:62:62:0.360465:29:33:56:52:29:33:57:53 chr2 222282765 . C T 498.51 PASS AF=0.284519;AO=68;DP=239;FAO=68;FDP=239;FR=.;FRO=171;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=83;FSRR=88;FWDB=-0.00699151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.028;QD=8.34327;RBI=0.00707254;REFB=-0.00511911;REVB=-0.00106758;RO=168;SAF=30;SAR=38;SRF=83;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646394;STB=0.531821;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0138259;OID=.;OPOS=222282765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:239:168:171:68:68:0.284519:38:30:83:85:38:30:83:88 chr2 222283000 . A T 153.37 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=62;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00979507;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.432;QD=9.73774;RBI=0.0102311;REFB=-0.0199291;REVB=-0.00295483;RO=43;SAF=8;SAR=11;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211505;STB=0.624884;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0374789;OID=.;OPOS=222283000;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:43:42:19:21:0.333333:11:8:26:17:12:9:26:16 chr2 222290027 . T G 193.06 PASS AF=0.320513;AO=25;DP=79;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.00502213;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.628;QD=9.90059;RBI=0.0168148;REFB=-0.00602462;REVB=-0.0160473;RO=53;SAF=13;SAR=12;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121187;STB=0.570935;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00828804;OID=.;OPOS=222290027;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:53:53:25:25:0.320513:12:13:22:31:12:13:22:31 chr2 223161889 . A G 670.13 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6537;QD=62.3379;RBI=0.0738758;REFB=0;REVB=-0.0728755;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000715673;OID=.;OPOS=223161889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr2 223423362 . A G 594.3 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0656393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.033;QD=60.9543;RBI=0.0747475;REFB=0;REVB=0.0357585;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000724932;OID=.;OPOS=223423362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr2 223436607 . C T 888.22 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202447;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3691;QD=58.2441;RBI=0.0328701;REFB=0;REVB=-0.0258959;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.61954e-05;OID=.;OPOS=223436607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:27:34:0:0:27:34:0:0 chr2 223785740 . A G 97.96 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00435835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.853;QD=7.12417;RBI=0.0133212;REFB=0.00204664;REVB=-0.0125881;RO=41;SAF=8;SAR=6;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719606;STB=0.544439;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.0089789;OID=.;OPOS=223785740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:41:41:14:14:0.254545:6:8:21:20:6:8:21:20 chr2 223807380 . C A 1838.37 PASS AF=1;AO=119;DP=122;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00750424;FXX=0.0163921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.441;QD=61.2789;RBI=0.0131209;REFB=0;REVB=0.0107631;RO=0;SAF=61;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107393;OID=.;OPOS=223807380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:120:0:0:119:120:1:58:61:0:0:58:62:0:0 chr2 223917629 . C T 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.11011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.618;QD=16.1719;RBI=0.110527;REFB=-0.020054;REVB=0.00958547;RO=20;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155931;STB=0.589544;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0279998;OID=.;OPOS=223917629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:9:7:12:8:9:7:12:8 chr2 223917812 . T C 1065.91 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101329;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.316;QD=59.2171;RBI=0.036789;REFB=0;REVB=0.0353661;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343591;OID=.;OPOS=223917812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:70:72:1:36:34:0:0:36:36:0:0 chr2 223917983 . T G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.209;QD=55.0987;RBI=0.0316983;REFB=0;REVB=-0.0125158;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76338e-05;OID=.;OPOS=223917983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr2 223918080 . C G 463.11 PASS AF=0.942857;AO=34;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00475069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2247;QD=52.9266;RBI=0.0138893;REFB=0.00622593;REVB=-0.0130515;RO=1;SAF=9;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491205;STB=0.516119;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00343955;OID=.;OPOS=223918080;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:1:2:34:33:0.942857:25:9:1:0:24:9:1:1 chr2 223918363 . T C 731.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0078701;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.3639;QD=63.5972;RBI=0.0305117;REFB=0;REVB=0.0294792;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510221;OID=.;OPOS=223918363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:28:16:0:0:30:16:0:0 chr2 224462382 . T C 383.17 PASS AF=0.427184;AO=43;DP=103;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0230465;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.538;QD=14.8805;RBI=0.0254143;REFB=-0.0231841;REVB=0.0107119;RO=58;SAF=27;SAR=16;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810888;STB=0.546447;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0341291;OID=.;OPOS=224462382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:58:59:43:44:0.427184:16:27:32:26:16:28:33:26 chr2 225630233 . C T 639.47 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.022224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7144;QD=59.4854;RBI=0.0222561;REFB=-0.146522;REVB=0.00119498;RO=1;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302621;STB=0.516121;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00451288;OID=.;OPOS=225630233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:43:1:1:42:42:0.976744:15:27:0:1:15:27:0:1 chr2 225750861 . C T 211.23 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=-0.00488173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.986;QD=12.07;RBI=0.00581731;REFB=-0.0026801;REVB=0.00316382;RO=44;SAF=8;SAR=18;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157795;STB=0.509084;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00396169;OID=.;OPOS=225750861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:18:8:13:31:18:8:13:31 chr2 226273689 . T C 707.08 PASS AF=0.557377;AO=68;DP=122;FAO=68;FDP=122;FR=.;FRO=54;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=16;FWDB=0.017357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.218;QD=23.1831;RBI=0.0245097;REFB=-0.00726421;REVB=0.017305;RO=54;SAF=37;SAR=31;SRF=38;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132235;STB=0.572076;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00477473;OID=.;OPOS=226273689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:54:54:68:68:0.557377:31:37:38:16:31:37:38:16 chr2 226447735 . C T 950.61 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0280216;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2818;QD=55.918;RBI=0.0440537;REFB=0.0161996;REVB=0.0339929;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517236;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.00142247;OID=.;OPOS=226447735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:68:0:2:66:66:0.970588:38:28:0:0:38:28:2:0 chr2 226491770 . A C 814.84 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.174835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.1154;QD=57.1816;RBI=0.175288;REFB=0;REVB=-0.0125936;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192681;OID=.;OPOS=226491770;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:57:0:0:54:57:1:30:24:0:0:30:27:0:0 chr2 227663462 . C A 60.35 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.068647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2784;QD=17.242;RBI=0.0714509;REFB=0.00517454;REVB=-0.0198196;RO=6;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771948;STB=0.545336;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.000333588;OID=.;OPOS=227663462;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:2:6:4:2:2:6:4:2 chr2 227886785 . T A 257.17 PASS AF=0.344444;AO=30;DP=91;FAO=31;FDP=90;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=0.0176739;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1083;QD=11.4298;RBI=0.0299957;REFB=0.0113024;REVB=0.0242358;RO=59;SAF=13;SAR=17;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218504;STB=0.633719;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.0184221;OID=.;OPOS=227886785;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:59:59:30:31:0.344444:17:13:37:22:18:13:37:22 chr2 228102752 . C A 750.04 PASS AF=0.981818;AO=52;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00730173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3419;QD=54.548;RBI=0.0257568;REFB=-0.112859;REVB=0.0247002;RO=1;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177719;STB=0.509088;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00188018;OID=.;OPOS=228102752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:52:54:0.981818:26:26:0:1:27:27:0:1 chr2 228111435 . T C 1181.49 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0234261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.796;QD=59.8224;RBI=0.0303949;REFB=0;REVB=-0.0193667;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4447e-05;OID=.;OPOS=228111435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:79:0:0:74:79:1:43:31:0:0:46:33:0:0 chr2 228111600 . G T 545.41 PASS AF=0.926829;AO=38;DP=41;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0133434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7503;QD=53.2105;RBI=0.0140451;REFB=0.0270317;REVB=0.00438382;RO=3;SAF=7;SAR=31;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432254;STB=0.523065;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.0272117;OID=.;OPOS=228111600;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:41:41:3:3:38:38:0.926829:31:7:0:3:31:7:0:3 chr2 228113175 . A G 989.69 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0615569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8205;QD=59.086;RBI=0.0657763;REFB=0;REVB=-0.023179;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00079868;OID=.;OPOS=228113175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr2 228128540 . C T 3051.14 PASS AF=0.976526;AO=202;DP=210;FAO=208;FDP=213;FR=.;FRO=5;FSAF=106;FSAR=102;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0236517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8687;QD=57.2984;RBI=0.0444339;REFB=-0.0984924;REVB=-0.037616;RO=4;SAF=105;SAR=97;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998631;STB=0.502122;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00298107;OID=.;OPOS=228128540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:210:213:4:5:202:208:0.976526:97:105:1:3:102:106:3:2 chr2 228128568 . G A 1038.84 PASS AF=0.497674;AO=106;DP=215;FAO=107;FDP=215;FR=.;FRO=108;FSAF=34;FSAR=73;FSRF=57;FSRR=51;FWDB=0.00143062;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9492;QD=19.3272;RBI=0.0404451;REFB=-0.00310519;REVB=0.0404198;RO=102;SAF=33;SAR=73;SRF=53;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198581;STB=0.611729;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00439101;OID=.;OPOS=228128568;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:102:108:106:107:0.497674:73:33:53:49:73:34:57:51 chr2 228131169 . A G 634.47 PASS AF=0.586538;AO=61;DP=106;FAO=61;FDP=104;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0201304;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.675;QD=24.4028;RBI=0.0288218;REFB=-0.0226332;REVB=-0.0206267;RO=43;SAF=28;SAR=33;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223571;STB=0.512191;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0141067;OID=.;OPOS=228131169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:104:43:43:61:61:0.586538:33:28:21:22:33:28:21:22 chr2 228131752 . G A 257.73 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0262156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.0488;QD=23.4303;RBI=0.0308375;REFB=0.00151989;REVB=0.0162386;RO=17;SAF=17;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102951;STB=0.581126;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.0019288;OID=.;OPOS=228131752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:20:24:24:0.545455:7:17:10:7:7:17:11:9 chr2 228135631 . C T 167.35 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00762078;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.874;QD=11.7438;RBI=0.0159664;REFB=-0.011191;REVB=-0.0140303;RO=36;SAF=14;SAR=7;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273264;STB=0.658671;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0312341;OID=.;OPOS=228135631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:36:36:21:21:0.368421:7:14:15:21:7:14:15:21 chr2 228177479 . C T 384.65 PASS AF=0.41;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0238216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.484;QD=15.3859;RBI=0.0239657;REFB=-0.00414363;REVB=-0.00262355;RO=57;SAF=22;SAR=19;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648425;STB=0.546495;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00571856;OID=.;OPOS=228177479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:57:59:41:41:0.41:19:22:27:30:19:22:27:32 chr2 228177751 . G A 102.18 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0610762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8892;QD=9.96912;RBI=0.0613562;REFB=-0.0104622;REVB=-0.00585551;RO=28;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164281;STB=0.598365;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0276709;OID=.;OPOS=228177751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:6:7:11:17:6:7:11:17 chr2 228177825 . C G 92.16 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.00208941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.436;QD=8.99117;RBI=0.0082539;REFB=-0.00873031;REVB=0.00798506;RO=29;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131226;STB=0.579273;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0164006;OID=.;OPOS=228177825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:7:5:9:20:7:5:9:20 chr2 228194480 . AG TT 52.69 PASS AF=0.296296;AO=6;DP=25;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0385241;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=280.322;QD=7.80663;RBI=0.0388694;REFB=-0.0088384;REVB=-0.00516951;RO=19;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224955;STB=0.705344;STBP=0.198;TYPE=mnp;VARB=0.0233936;OID=.;OPOS=228194480;OREF=AG;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:25:27:19:19:6:8:0.296296:2:4:9:10:2:6:9:10 chr2 228197238 . G A 571.52 PASS AF=0.535354;AO=53;DP=99;FAO=53;FDP=99;FR=.;FRO=46;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0640755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7856;QD=23.0916;RBI=0.0640774;REFB=-0.0176892;REVB=0.00049885;RO=46;SAF=33;SAR=20;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508492;STB=0.527989;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0131442;OID=.;OPOS=228197238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:46:46:53:53:0.535354:20:33:26:20:20:33:26:20 chr2 228416712 . A G 272.48 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0587791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.355;QD=51.9002;RBI=0.0645688;REFB=0;REVB=0.0267237;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000680981;OID=.;OPOS=228416712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:11:9:0:0:11:10:0:0 chr2 228476140 . C T 1080.46 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00471423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8802;QD=60.0255;RBI=0.0740887;REFB=0;REVB=0.0739386;RO=0;SAF=46;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000699446;OID=.;OPOS=228476140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:26:46:0:0:26:46:0:0 chr2 228476253 . C G 1587.62 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.068616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7407;QD=64.1464;RBI=0.0710792;REFB=0;REVB=0.0185496;RO=0;SAF=50;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000340062;OID=.;OPOS=228476253;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:49:50:0:0:49:50:0:0 chr2 228627806 . G A 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0228986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.528;QD=12.579;RBI=0.0230297;REFB=-0.00845547;REVB=-0.00245324;RO=31;SAF=11;SAR=6;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775411;STB=0.545637;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0176503;OID=.;OPOS=228627806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:6:11:18:13:6:11:18:13 chr2 228776996 . T C 236.52 PASS AF=0.75;AO=21;DP=28;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.000293483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.551;QD=33.7889;RBI=0.0245151;REFB=-0.00660984;REVB=-0.0245133;RO=7;SAF=15;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214019;STB=0.617859;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00348218;OID=.;OPOS=228776996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:7:7:21:21:0.75:6:15:2:5:6:15:2:5 chr2 228882970 . T C 217.66 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0135946;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5523;QD=29.0209;RBI=0.0328174;REFB=-0.0090404;REVB=0.0298693;RO=10;SAF=5;SAR=15;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391935;STB=0.521717;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0060164;OID=.;OPOS=228882970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:31:30:10:10:20:20:0.666667:15:5:3:7:15:5:3:7 chr2 228883721 . T C 240.48 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0149998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.067;QD=21.3763;RBI=0.0202026;REFB=-0.00639787;REVB=0.0135334;RO=22;SAF=8;SAR=15;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177586;STB=0.599911;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00375146;OID=.;OPOS=228883721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:15:8:12:10:15:8:12:10 chr2 230045500 . C G 283.79 PASS AF=0.330357;AO=36;DP=111;FAO=37;FDP=112;FR=.;FRO=75;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=0.0763303;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3267;QD=10.1355;RBI=0.0777086;REFB=-0.0230583;REVB=0.0145711;RO=75;SAF=21;SAR=15;SRF=37;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105309;STB=0.568466;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.05155;OID=.;OPOS=230045500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:75:75:36:37:0.330357:15:21:37:38:15:22:37:38 chr2 230045542 . C G 170.64 PASS AF=0.230769;AO=27;DP=118;FAO=27;FDP=117;FR=.;FRO=90;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=51;FSRR=39;FWDB=0.00497626;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5369;QD=5.83385;RBI=0.00513352;REFB=-0.00152369;REVB=-0.00126089;RO=90;SAF=21;SAR=6;SRF=51;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298843;STB=0.686125;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00433078;OID=.;OPOS=230045542;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:90:90:27:27:0.230769:6:21:51:39:6:21:51:39 chr2 230045545 . T C 200.81 PASS AF=0.25641;AO=30;DP=117;FAO=30;FDP=117;FR=.;FRO=87;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=49;FSRR=38;FWDB=-0.000457417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.362;QD=6.86529;RBI=0.0286741;REFB=-0.0152385;REVB=-0.0286705;RO=86;SAF=24;SAR=6;SRF=49;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33011;STB=0.706675;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0281506;OID=.;OPOS=230045545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:86:87:30:30:0.25641:6:24:49:37:6:24:49:38 chr2 230045554 . G C 223.04 PASS AF=0.275862;AO=32;DP=114;FAO=32;FDP=116;FR=.;FRO=84;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=0.00133006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.262;QD=7.69116;RBI=0.00481853;REFB=-0.00855741;REVB=-0.00463133;RO=82;SAF=25;SAR=7;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305317;STB=0.677684;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0199438;OID=.;OPOS=230045554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:82:84:32:32:0.275862:7:25:46:36:7:25:48:36 chr2 230045564 . T C 264.23 PASS AF=0.321101;AO=35;DP=109;FAO=35;FDP=109;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.0433488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.198;QD=9.69666;RBI=0.0433574;REFB=-0.00266462;REVB=-0.000862146;RO=74;SAF=28;SAR=7;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336134;STB=0.698564;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0128286;OID=.;OPOS=230045564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:74:74:35:35:0.321101:7:28:41:33:7:28:41:33 chr2 230045568 . T C 264.33 PASS AF=0.333333;AO=34;DP=105;FAO=35;FDP=105;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=-0.019817;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.478;QD=10.0698;RBI=0.0287555;REFB=-0.00825706;REVB=-0.0208366;RO=69;SAF=27;SAR=7;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327315;STB=0.702575;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0206531;OID=.;OPOS=230045568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:69:70:34:35:0.333333:7:27:38:31:7:28:38:32 chr2 230045615 . G A 325.33 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=27;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0110443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.931;QD=22.4368;RBI=0.0110445;REFB=-0.0122338;REVB=-6.31916e-05;RO=25;SAF=27;SAR=6;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363597;STB=0.702986;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00710621;OID=.;OPOS=230045615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:6:27:11:14:6:27:11:14 chr2 230135711 . G C,GC 1507.09 PASS AF=0,1;AO=13,84;DP=114;FAO=0,108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=0,31;FSAR=0,77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0823245,-0.178959;FXX=0.0181802;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=6.87178,23.3851;QD=55.8183;RBI=0.128059,0.256328;REFB=0,0;REVB=0.0980905,0.183515;RO=13;SAF=7,19;SAR=6,65;SRF=5;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.133159,-0.0551733;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.000192134;OID=.,.;OPOS=230135711,230135712;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:9:114:108:13:0:13,84:0,108:0,1:6,65:7,19:5:8:0,77:0,31:0:0 chr2 230632268 . G A 476.64 PASS AF=0.597403;AO=43;DP=74;FAO=46;FDP=77;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.0113918;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.745;QD=24.7604;RBI=0.0134121;REFB=-0.0269509;REVB=0.00707893;RO=31;SAF=13;SAR=30;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040846;STB=0.540799;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0212468;OID=.;OPOS=230632268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:31:31:43:46:0.597403:30:13:8:23:30:16:8:23 chr2 230668858 . T C 2074.72 PASS AF=1;AO=132;DP=134;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00248127;FXX=0.0222206;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.445;QD=62.8704;RBI=0.0107428;REFB=0;REVB=0.0104523;RO=0;SAF=76;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.94421e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14137e-05;OID=.;OPOS=230668858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:132:0:0:132:132:1:56:76:0:0:56:76:0:0 chr2 230861519 . G T 232.06 PASS AF=0.479167;AO=22;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0149287;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.582;QD=19.3381;RBI=0.0149662;REFB=-0.00900975;REVB=0.00105874;RO=24;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769398;STB=0.583712;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0126153;OID=.;OPOS=230861519;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:25:22:23:0.479167:11:11:14:10:12:11:16:9 chr2 231050715 . A G 1377.29 PASS AF=0.95098;AO=96;DP=102;FAO=97;FDP=102;FR=.;FRO=5;FSAF=64;FSAR=33;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0281206;FXX=0.0192289;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7733;QD=54.0113;RBI=0.0282028;REFB=-0.0516596;REVB=-0.00215105;RO=5;SAF=64;SAR=32;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141341;STB=0.507691;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0126108;OID=.;OPOS=231050715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:102:102:5:5:96:97:0.95098:32:64:4:1:33:64:4:1 chr2 231072709 . C T 280.29 PASS AF=0.54717;AO=30;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0119325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6082;QD=21.1539;RBI=0.0336005;REFB=-0.0306969;REVB=-0.0314104;RO=22;SAF=15;SAR=15;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696274;STB=0.545423;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0242515;OID=.;OPOS=231072709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:24:30:29:0.54717:15:15:13:9:15:14:14:10 chr2 231077112 . G A 393.87 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0126235;FXX=0.0579626;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5465;QD=24.2383;RBI=0.013406;REFB=-0.0210661;REVB=-0.00451305;RO=25;SAF=13;SAR=25;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164789;STB=0.577375;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0118802;OID=.;OPOS=231077112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:65:25:27:38:38:0.584615:25:13:14:11:25:13:14:13 chr2 231077725 . A G 487.97 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0902487;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4868;QD=59.1473;RBI=0.092686;REFB=0;REVB=0.0211156;RO=0;SAF=2;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.05502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016138;OID=.;OPOS=231077725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:31:2:0:0:31:2:0:0 chr2 231149108 . G A 1163.85 PASS AF=1;AO=49;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.3507;QD=60.4598;RBI=0.187461;REFB=0;REVB=0.185975;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00219483;OID=.;OPOS=231149108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:49:77:1:29:20:0:0:53:24:0:0 chr2 231738168 . G A 419.46 PASS AF=0.820513;AO=32;DP=39;FAO=32;FDP=39;FR=.;FRO=7;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0381913;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=217.604;QD=43.0216;RBI=0.0442667;REFB=-0.110895;REVB=0.0223822;RO=4;SAF=22;SAR=10;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151223;STB=0.505614;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00161467;OID=.;OPOS=231738168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:39:39:4:7:32:32:0.820513:10:22:3:1:10:22:5:2 chr2 231738263 . C T 734.83 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523293;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.8265;QD=62.539;RBI=0.0530703;REFB=0;REVB=0.00883704;RO=1;SAF=24;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191868;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00314228;OID=.;OPOS=231738263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:1:0:46:47:1:22:24:1:0:23:24:0:0 chr2 231738269 . G A 672.84 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0269617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.989;QD=59.8075;RBI=0.0547592;REFB=-0.0126923;REVB=0.0476618;RO=1;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229092;STB=0.51219;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000599076;OID=.;OPOS=231738269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:20:24:0:1:20:24:0:1 chr2 231774844 . G A 341.5 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=102;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.0192747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.252;QD=13.392;RBI=0.0204496;REFB=-0.00804126;REVB=-0.00683177;RO=62;SAF=15;SAR=25;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102558;STB=0.558346;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0145922;OID=.;OPOS=231774844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:62:62:40:40:0.392157:25:15:29:33:25:15:29:33 chr2 231775297 . T G 71.38 PASS AF=0.27027;AO=9;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0272286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.154;QD=7.71669;RBI=0.0386964;REFB=-0.00482302;REVB=0.0274957;RO=26;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202753;STB=0.513487;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0110199;OID=.;OPOS=231775297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:26:27:9:10:0.27027:5:4:12:14:5:5:13:14 chr2 231861044 . C T 84.96 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0161357;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.03;QD=8.09174;RBI=0.0667031;REFB=-0.0397545;REVB=-0.064722;RO=28;SAF=10;SAR=2;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148626;STB=0.609552;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.104604;OID=.;OPOS=231861044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:40:42:28:30:12:12:0.285714:2:10:21:7:2:10:22:8 chr2 231861071 . T C 56.38 PASS AF=0.272727;AO=8;DP=31;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0535514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.71;QD=6.83358;RBI=0.104513;REFB=-0.0215283;REVB=-0.0897507;RO=22;SAF=7;SAR=1;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.530191;STB=0.720065;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.133526;OID=.;OPOS=231861071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:31:33:22:24:8:9:0.272727:1:7:10:12:2:7:12:12 chr2 232035429 . G A 107.41 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0446733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.1288;QD=12.6369;RBI=0.0631669;REFB=0.00727646;REVB=-0.0446582;RO=20;SAF=1;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.586701;STB=0.866782;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0140948;OID=.;OPOS=232035429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:21:13:13:0.382353:12:1:10:10:12:1:11:10 chr2 232087474 . AT GA 353.68 PASS AF=1;AO=25;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527484;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=2;MLLD=244.483;QD=50.5264;RBI=0.137472;REFB=0;REVB=0.12695;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00173583;OID=.;OPOS=232087474;OREF=AT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:25:28:1:11:14:0:0:12:16:0:0 chr2 232091479 . C T 202.24 PASS AF=0.488372;AO=19;DP=41;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00165933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1178;QD=18.8128;RBI=0.023634;REFB=-0.02786;REVB=0.0235757;RO=22;SAF=6;SAR=13;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971332;STB=0.542332;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0381255;OID=.;OPOS=232091479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:22:22:19:21:0.488372:13:6:9:13:14:7:9:13 chr2 232225533 . CACGGGAC ACGGGGAC,CACGGGGA,CACGGGGAC 1659.49 PASS AF=0,0,1;AO=8,17,75;DP=146;FAO=0,0,135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,56;FSAR=0,0,79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109879,-0.135115,0.20696;FXX=0.0217376;HRUN=5,1,3;LEN=3,2,1;MLLD=5.72014,6.70725,17.7922;QD=49.1702;RBI=0.111966,0.136539,0.212764;REFB=0,0,0;REVB=-0.0215157,-0.0196734,-0.0493545;RO=1;SAF=6,12,14;SAR=2,5,61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.174483,0.0830155,0.00769509;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,mnp,ins;VARB=0,-0.00257803,0.00114546;OID=.,.,.;OPOS=232225533,232225539,232225536;OREF=CAC,AC,-;OALT=ACG,GA,G;OMAPALT=ACGGGGAC,CACGGGGA,CACGGGGAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/3:9:146:135:1:0:8,17,75:0,0,135:0,0,1:2,5,61:6,12,14:0:1:0,0,79:0,0,56:0:0 chr2 232326417 . C T 445.07 PASS AF=0.511628;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=86;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=0.0272094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3512;QD=20.7011;RBI=0.0277101;REFB=-0.0611789;REVB=-0.00524376;RO=42;SAF=25;SAR=19;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899245;STB=0.54965;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0653466;OID=.;OPOS=232326417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:42:42:44:44:0.511628:19:25:28:14:19:25:28:14 chr2 232378231 . T C 534.75 PASS AF=0.549451;AO=50;DP=91;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0314546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2029;QD=23.5054;RBI=0.0400838;REFB=-0.0203266;REVB=0.0248459;RO=40;SAF=24;SAR=26;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566243;STB=0.536421;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0232625;OID=.;OPOS=232378231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:40:41:50:50:0.549451:26:24:22:18:26:24:23:18 chr2 232393489 . G C 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0383773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.827;QD=21.5452;RBI=0.038406;REFB=-0.0259975;REVB=0.00148551;RO=10;SAF=6;SAR=8;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260716;STB=0.645387;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00792136;OID=.;OPOS=232393489;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:8:6:1:9:8:6:1:9 chr2 232458443 . T C 725.18 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.895;QD=63.0594;RBI=0.0359217;REFB=0;REVB=-0.029448;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.27433e-05;OID=.;OPOS=232458443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:18:27:0:0:19:27:0:0 chr2 232672932 . C T 560.75 PASS AF=1;AO=15;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00634152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.368;QD=59.026;RBI=0.00716108;REFB=0;REVB=0.00332657;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24882e-05;OID=.;OPOS=232672932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:15:38:1:11:4:0:0:18:20:0:0 chr2 232672933 . G T 36.7 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=41;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0239857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1453;QD=3.49477;RBI=0.0241373;REFB=-0.0259393;REVB=0.00270093;RO=35;SAF=1;SAR=5;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.519777;STB=0.877977;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0130969;OID=.;OPOS=232672933;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:41:42:35:35:6:7:0.166667:5:1:22:13:6:1:22:13 chr2 233201328 . A G 313.32 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0127556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.413;QD=50.1312;RBI=0.0268141;REFB=0.0310709;REVB=0.0235858;RO=1;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370602;STB=0.519983;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000475144;OID=.;OPOS=233201328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:12:12:0:1:12:12:0:1 chr2 233243586 . C T 233.55 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0240487;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.754;QD=18.3173;RBI=0.0317109;REFB=-0.0098688;REVB=0.0206698;RO=24;SAF=12;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174911;STB=0.529757;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.006007;OID=.;OPOS=233243586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:24:26:25:25:0.490196:13:12:12:12:13:12:14:12 chr2 233243981 . A T 291.32 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.00507583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.742;QD=19.4216;RBI=0.0202603;REFB=-0.0102302;REVB=-0.0196141;RO=29;SAF=23;SAR=8;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385911;STB=0.715412;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0214341;OID=.;OPOS=233243981;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:8:23:9:20:8:23:9:20 chr2 233244586 . C G 376.72 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0813512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0313;QD=53.8173;RBI=0.0926294;REFB=0;REVB=0.0442968;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00465613;OID=.;OPOS=233244586;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:13:14:0:0:14:14:0:0 chr2 233245026 . G A 41.13 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.153046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6251;QD=16.4531;RBI=0.164594;REFB=-0.0468987;REVB=0.0605646;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921951;STB=0.555356;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0444636;OID=.;OPOS=233245026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:5:1:1:3:5:1:1:3 chr2 233245141 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000461269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.865;QD=33.428;RBI=0.0149413;REFB=0;REVB=-0.0149341;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00052503;OID=.;OPOS=233245141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr2 233273244 . C A 49.54 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0667773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4556;QD=15.2434;RBI=0.068187;REFB=-0.0118741;REVB=0.0137934;RO=6;SAF=6;SAR=1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.477234;STB=0.788535;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0203393;OID=.;OPOS=233273244;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:1:6:2:4:1:6:2:4 chr2 233274475 . C A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0138168;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.6336;QD=19.1324;RBI=0.0946125;REFB=-0.0169878;REVB=0.0935982;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491618;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0169863;OID=.;OPOS=233274475;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:1:1:2:3:1:1 chr2 233346498 . C T 30.41 PASS AF=0.193548;AO=5;DP=30;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0711929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.5657;QD=3.9242;RBI=0.111921;REFB=-0.0469196;REVB=0.0863584;RO=25;SAF=1;SAR=4;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225804;STB=0.703447;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.135115;OID=.;OPOS=233346498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:30:31:25:25:5:6:0.193548:4:1:9:16:5:1:9:16 chr2 233349588 . G A 708.46 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.29;QD=62.9739;RBI=0.0246363;REFB=0;REVB=0.00331619;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125751;OID=.;OPOS=233349588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr2 233385396 . G A 1475.94 PASS AF=0.979798;AO=93;DP=97;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0783313;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7934;QD=59.6341;RBI=0.100147;REFB=-0.0170571;REVB=0.0623996;RO=0;SAF=31;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503309;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0109915;OID=.;OPOS=233385396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:99:0:2:93:97:0.979798:62:31:0:0:63:34:1:1 chr2 233386583 . T C 225.96 PASS AF=0.397059;AO=26;DP=67;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.00490951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.285;QD=13.2919;RBI=0.00649641;REFB=-0.00885299;REVB=-0.00425442;RO=40;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679814;STB=0.518854;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0133985;OID=.;OPOS=233386583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:40:41:26:27:0.397059:16:10:13:27:17:10:14:27 chr2 233390937 . A G 297.05 PASS AF=0.757576;AO=25;DP=33;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0231475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.774;QD=36.006;RBI=0.0238368;REFB=-0.0334369;REVB=0.00569091;RO=8;SAF=15;SAR=10;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457865;STB=0.52498;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.00901365;OID=.;OPOS=233390937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:8:8:25:25:0.757576:10:15:4:4:10:15:4:4 chr2 233391358 . C T 63.68 PASS AF=0.135922;AO=14;DP=103;FAO=14;FDP=103;FR=.;FRO=89;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=45;FSRR=44;FWDB=0.0526464;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.472;QD=2.47305;RBI=0.0526487;REFB=-0.017088;REVB=-0.000493433;RO=87;SAF=9;SAR=5;SRF=43;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185908;STB=0.620079;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.105942;OID=.;OPOS=233391358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:103:103:87:89:14:14:0.135922:5:9:43:44:5:9:45:44 chr2 233406178 . G A 281.97 PASS AF=0.410256;AO=32;DP=79;FAO=32;FDP=78;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0165952;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8224;QD=14.4599;RBI=0.0512762;REFB=-0.00151157;REVB=0.0485164;RO=46;SAF=12;SAR=20;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132949;STB=0.57561;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00261331;OID=.;OPOS=233406178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:46:46:32:32:0.410256:20:12:23:23:20:12:23:23 chr2 233408325 . C A 253.76 PASS AF=0.379747;AO=29;DP=78;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00571196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.778;QD=12.8488;RBI=0.0166968;REFB=-0.00148706;REVB=0.0156894;RO=49;SAF=16;SAR=13;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133964;STB=0.564663;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00921504;OID=.;OPOS=233408325;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:49:49:29:30:0.379747:13:16:21:28:14:16:21:28 chr2 233413771 . C T 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0672741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7299;QD=47.821;RBI=0.12057;REFB=0;REVB=-0.100056;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00532047;OID=.;OPOS=233413771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr2 233414341 . C T 318.63 PASS AF=0.692308;AO=27;DP=39;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0233182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.026;QD=32.6803;RBI=0.0245297;REFB=0.0148495;REVB=0.0076139;RO=11;SAF=23;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254501;STB=0.664598;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0200507;OID=.;OPOS=233414341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:39:39:11:12:27:27:0.692308:4:23:6:5:4:23:6:6 chr2 233498669 . G T 920.11 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.579;QD=58.4197;RBI=0.0251733;REFB=0;REVB=0.00572314;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9211e-05;OID=.;OPOS=233498669;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:33:29:0:0:33:30:0:0 chr2 233537125 . A G 1231.41 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0235697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.995;QD=60.0686;RBI=0.0275611;REFB=-0.0099625;REVB=0.0142857;RO=1;SAF=49;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145665;STB=0.50769;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=8.69355e-05;OID=.;OPOS=233537125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:32:49:0:1:32:49:0:1 chr2 233660846 . G A 1095.9 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.088;QD=60.0495;RBI=0.0356938;REFB=0;REVB=0.0273244;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.51423e-05;OID=.;OPOS=233660846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:70:73:1:37:33:0:0:39:34:0:0 chr2 233708806 . A G 446.95 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.911;QD=57.6713;RBI=0.0992827;REFB=0;REVB=0.0927824;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000654342;OID=.;OPOS=233708806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr2 233712226 . CACA C,CGCA 285.23 PASS AF=0.772727,0.227273;AO=15,5;DP=23;FAO=17,5;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7,4;FSAR=10,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00235339,0.00504063;FXX=0.0434594;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=190.256,66.7851;QD=51.86;RBI=0.0144021,0.0895635;REFB=0,0;REVB=0.0142085,-0.0894215;RO=0;SAF=6,4;SAR=9,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0141562,0.0174971;OID=.,.;OPOS=233712227,233712227;OREF=ACA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.772727,0.227273:15,5:23:17,5:22:0:7,4:10,1:0:0:29:0:6,4:9,1:0:0 chr2 233723181 . AG A,AA 591.09 PASS AF=0.025641,0.974359;AO=4,35;DP=39;FAO=1,38;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=1,19;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111455,-0.0663781;FXX=0.0249938;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=56.9021,66.879;QD=60.6248;RBI=0.0413755,0.0800686;REFB=0,0;REVB=0.0398461,0.0447765;RO=0;SAF=2,18;SAR=2,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.11116e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0723818,0.00763799;OID=.,.;OPOS=233723182,233723182;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.025641,0.974359:4,35:39:1,38:39:0:1,19:0,19:0:0:5:0:2,18:2,17:0:0 chr2 233740227 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.89;QD=51.1846;RBI=0.0298911;REFB=0;REVB=0.00947832;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114105;OID=.;OPOS=233740227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr2 233757697 . A G 944.37 PASS AF=0.985075;AO=63;DP=65;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0468626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.849;QD=56.3803;RBI=0.0468762;REFB=-0.0017455;REVB=-0.00112842;RO=1;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136873;STB=0.50704;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000257102;OID=.;OPOS=233757697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:67:1:1:63:66:0.985075:34:29:0:1:35:31:0:1 chr2 233785015 . G A 715.52 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00691912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.762;QD=60.8949;RBI=0.0335226;REFB=-0.161064;REVB=-0.0328008;RO=1;SAF=27;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170959;STB=0.509087;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000688875;OID=.;OPOS=233785015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:47:1:1:46:46:0.978723:19:27:1:0:19:27:1:0 chr2 233834975 . A G 1445.11 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218944;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.569;QD=62.831;RBI=0.0330226;REFB=0;REVB=0.024721;RO=0;SAF=46;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.92961e-05;OID=.;OPOS=233834975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:91:92:1:45:46:0:0:46:46:0:0 chr2 234055004 . T C 613.31 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.895;QD=61.3311;RBI=0.0644047;REFB=0;REVB=0.0616571;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399992;OID=.;OPOS=234055004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:13:27:0:0:13:27:0:0 chr2 234066969 . C G 686.35 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2931;QD=62.3955;RBI=0.0274309;REFB=0;REVB=0.0251092;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0112728;OID=.;OPOS=234066969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:42:44:1:19:23:0:0:21:23:0:0 chr2 234115337 . G A 51.44 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00666077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.033;QD=5.71545;RBI=0.00887651;REFB=-0.0142224;REVB=-0.00586742;RO=26;SAF=2;SAR=6;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311262;STB=0.727986;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.032238;OID=.;OPOS=234115337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:26:28:8:8:0.222222:6:2:13:13:6:2:15:13 chr2 234183368 . A G 202.75 PASS AF=0.254098;AO=31;DP=122;FAO=31;FDP=122;FR=.;FRO=91;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=50;FSRR=41;FWDB=0.0197022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7733;QD=6.64752;RBI=0.0217466;REFB=-0.00713443;REVB=0.00920548;RO=90;SAF=8;SAR=23;SRF=49;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362567;STB=0.722497;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0182797;OID=.;OPOS=234183368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:90:91:31:31:0.254098:23:8:49:41:23:8:50:41 chr2 234184417 . G A 224.28 PASS AF=0.385714;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0102787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.499;QD=12.8162;RBI=0.0161643;REFB=0.00477966;REVB=0.0124753;RO=42;SAF=11;SAR=16;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149302;STB=0.578665;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.00678368;OID=.;OPOS=234184417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:43:27:27:0.385714:16:11:23:19:16:11:23:20 chr2 234203233 . C A 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00505783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.714;QD=11.8818;RBI=0.00511101;REFB=0.00318379;REVB=0.000735421;RO=28;SAF=8;SAR=7;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082336;STB=0.548526;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.00472131;OID=.;OPOS=234203233;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:7:8:17:11:7:8:17:11 chr2 234227523 . A G 170.33 PASS AF=0.294872;AO=25;DP=79;FAO=23;FDP=78;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.0508466;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.163;QD=8.73464;RBI=0.0522263;REFB=-0.0130286;REVB=-0.0119254;RO=46;SAF=9;SAR=16;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972178;STB=0.533304;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0350658;OID=.;OPOS=234227523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:46:55:25:23:0.294872:16:9:13:33:16:7:19:36 chr2 234255547 . G A 416.02 PASS AF=0.438776;AO=42;DP=97;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=46;FWDB=-0.0160802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6913;QD=16.9805;RBI=0.017723;REFB=-0.00608744;REVB=0.007452;RO=55;SAF=11;SAR=31;SRF=9;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139028;STB=0.572733;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00649515;OID=.;OPOS=234255547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:55:55:42:43:0.438776:31:11:9:46:32:11:9:46 chr2 234449316 . G A 799.84 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9249;QD=57.1315;RBI=0.0292324;REFB=0;REVB=0.0125259;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233122;OID=.;OPOS=234449316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:26:29:0:0:27:29:0:0 chr2 234469664 . T C 1085.3 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00878144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3262;QD=58.6646;RBI=0.0272776;REFB=-0.0193742;REVB=0.0258255;RO=1;SAF=49;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.009557;STB=0.505049;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.000358499;OID=.;OPOS=234469664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:24:49:1:0:24:49:1:0 chr2 234469702 . ATAATTAATAAAATTATTGCTTTGTGAACAAGCCACT A 129.4 PASS AF=0.25;AO=18;DP=81;FAO=19;FDP=76;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=38;FSRR=19;FWDB=0.000824296;FXX=0.0617208;HRUN=1;LEN=36;MLLD=805.474;QD=6.81071;RBI=0.0201431;REFB=-0.00108084;REVB=-0.0201262;RO=43;SAF=16;SAR=2;SRF=33;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261892;STB=0.76411;STBP=0.03;TYPE=del;VARB=0.00306916;OID=.;OPOS=234469703;OREF=TAATTAATAAAATTATTGCTTTGTGAACAAGCCACT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:18:81:19:76:57:17:2:38:19:99:43:16:2:33:10 chr2 234527064 . A C 138.1 PASS AF=0.247191;AO=18;DP=85;FAO=22;FDP=89;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.0288078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.409;QD=6.20684;RBI=0.0289166;REFB=-0.0105662;REVB=-0.00250695;RO=66;SAF=11;SAR=7;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194922;STB=0.64142;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0399789;OID=.;OPOS=234527064;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:89:66:67:18:22:0.247191:7:11:30:36:8:14:30:37 chr2 234590616 . C A 455.76 PASS AF=0.605634;AO=43;DP=71;FAO=43;FDP=71;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.012585;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.32;QD=25.6764;RBI=0.0154679;REFB=-0.00817887;REVB=0.00899294;RO=27;SAF=16;SAR=27;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10714;STB=0.552499;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00462593;OID=.;OPOS=234590616;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:27:28:43:43:0.605634:27:16:14:13:27:16:14:14 chr2 234590970 . T G 871.28 PASS AF=0.983871;AO=59;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00742441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.615;QD=56.2119;RBI=0.0126168;REFB=0.0660479;REVB=-0.0102011;RO=1;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136765;STB=0.507244;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000188194;OID=.;OPOS=234590970;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:59:61:0.983871:34:25:0:1:34:27:0:1 chr2 234590974 . CG AA,CA 813.98 PASS AF=0.918033,0.0819672;AO=54,4;DP=61;FAO=56,5;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26,1;FSAR=30,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013323,0.0150602;FXX=0.0161264;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=141.957,110.039;QD=53.3759;RBI=0.0608907,0.151331;REFB=-0.0984929,-0.114445;REVB=0.0594153,0.15058;RO=1;SAF=25,1;SAR=29,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0159744,0.119989;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00636879,-0.029623;OID=.,.;OPOS=234590974,234590975;OREF=CG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:61:61:1:0:54,4:56,5:0.918033,0.0819672:29,3:25,1:0:1:30,4:26,1:0:0 chr2 234591205 . T C 707.03 PASS AF=0.557377;AO=67;DP=121;FAO=68;FDP=122;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.0080473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.349;QD=23.1812;RBI=0.02259;REFB=-0.0349257;REVB=0.021108;RO=53;SAF=32;SAR=35;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661327;STB=0.542803;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0217195;OID=.;OPOS=234591205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:53:54:67:68:0.557377:35:32:21:32:35:33:21:33 chr2 234591339 . G A 80.36 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.013877;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.807;QD=6.98744;RBI=0.0278652;REFB=1.72277e-05;REVB=0.024164;RO=35;SAF=2;SAR=9;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215344;STB=0.63906;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-1.14253e-07;OID=.;OPOS=234591339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:47:46:35:35:11:11:0.23913:9:2:11:24:9:2:11:24 chr2 234601669 . T G 540.25 PASS AF=0.520408;AO=50;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.00654379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.401;QD=22.051;RBI=0.0242291;REFB=-0.00549441;REVB=-0.0233287;RO=46;SAF=32;SAR=18;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271196;STB=0.64628;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00436172;OID=.;OPOS=234601669;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:46:47:50:51:0.520408:18:32:15:31:19:32:15:32 chr2 234601965 . A G 280.75 PASS AF=0.625;AO=24;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0338665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5457;QD=28.0752;RBI=0.0453096;REFB=0.0126718;REVB=0.0301002;RO=15;SAF=7;SAR=17;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137257;STB=0.56039;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.00741445;OID=.;OPOS=234601965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:24:25:0.625:17:7:7:8:17:8:7:8 chr2 234602191 . A G 561.94 PASS AF=0.649351;AO=50;DP=77;FAO=50;FDP=77;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0154375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.082;QD=29.1914;RBI=0.0214829;REFB=-0.0256258;REVB=0.0149399;RO=27;SAF=14;SAR=36;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697816;STB=0.537967;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0109351;OID=.;OPOS=234602191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:27:27:50:50:0.649351:36:14:10:17:36:14:10:17 chr2 234602202 . A C 535.98 PASS AF=0.648649;AO=48;DP=74;FAO=48;FDP=74;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.000557966;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.067;QD=28.972;RBI=0.00510245;REFB=-0.0307459;REVB=-0.00507185;RO=26;SAF=12;SAR=36;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048331;STB=0.526305;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0165487;OID=.;OPOS=234602202;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:26:26:48:48:0.648649:36:12:8:18:36:12:8:18 chr2 234621780 . T C 53.04 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=-0.129655;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.223;QD=6.23966;RBI=0.131765;REFB=0.000526976;REVB=-0.023489;RO=26;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984378;STB=0.562355;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=-0.0113381;OID=.;OPOS=234621780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:35:34:26:26:8:8:0.235294:6:2:5:21:6:2:5:21 chr2 234621787 . C G 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0052419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.3;QD=7.52631;RBI=0.0145609;REFB=-0.00371743;REVB=-0.0135846;RO=23;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163444;STB=0.60954;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0227597;OID=.;OPOS=234621787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:23:24:9:9:0.272727:6:3:5:18:6:3:5:19 chr2 234621825 . T C 157.74 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=-0.028813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.593;QD=11.2673;RBI=0.0306844;REFB=-0.00738619;REVB=-0.0105519;RO=36;SAF=5;SAR=15;SRF=8;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419463;STB=0.524366;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0145733;OID=.;OPOS=234621825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:15:5:8:28:15:5:8:28 chr2 234622061 . C A 305.09 PASS AF=0.33913;AO=38;DP=115;FAO=39;FDP=115;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=53;FSRR=23;FWDB=0.00453682;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.784;QD=10.6117;RBI=0.0151166;REFB=-0.00713108;REVB=0.0144197;RO=76;SAF=21;SAR=17;SRF=53;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173492;STB=0.607335;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0140351;OID=.;OPOS=234622061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:76:76:38:39:0.33913:17:21:53:23:18:21:53:23 chr2 234622110 . C G 401.6 PASS AF=0.365672;AO=47;DP=133;FAO=49;FDP=134;FR=.;FRO=85;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=58;FSRR=27;FWDB=-0.00779725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.517;QD=11.9882;RBI=0.0117229;REFB=-0.0110056;REVB=-0.00875379;RO=83;SAF=27;SAR=20;SRF=57;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131859;STB=0.585623;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.021321;OID=.;OPOS=234622110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:83:85:47:49:0.365672:20:27:57:26:22:27:58:27 chr2 234622282 . C T 60.94 PASS AF=0.125;AO=13;DP=104;FAO=13;FDP=104;FR=.;FRO=91;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=54;FSRR=37;FWDB=-0.00763952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.331;QD=2.34388;RBI=0.0205285;REFB=-0.00365492;REVB=-0.019054;RO=90;SAF=9;SAR=4;SRF=53;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136234;STB=0.594052;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0304313;OID=.;OPOS=234622282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:104:104:90:91:13:13:0.125:4:9:53:37:4:9:54:37 chr2 234622294 . C T 43.99 PASS AF=0.1;AO=11;DP=110;FAO=11;FDP=110;FR=.;FRO=99;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=63;FSRR=36;FWDB=0.00138681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.569;QD=1.59951;RBI=0.00481742;REFB=-0.00293616;REVB=-0.00461349;RO=99;SAF=7;SAR=4;SRF=63;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0289292;OID=.;OPOS=234622294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:110:110:99:99:11:11:0.1:4:7:63:36:4:7:63:36 chr2 234622310 . C T 50.13 PASS AF=0.108108;AO=12;DP=111;FAO=12;FDP=111;FR=.;FRO=99;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=61;FSRR=38;FWDB=-0.0297745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.089;QD=1.80658;RBI=0.0433415;REFB=-0.00385958;REVB=-0.0314955;RO=99;SAF=8;SAR=4;SRF=61;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653656;STB=0.548936;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0355353;OID=.;OPOS=234622310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:111:111:99:99:12:12:0.108108:4:8:61:38:4:8:61:38 chr2 234627608 . T G 238.28 PASS AF=0.457627;AO=26;DP=58;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0165739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.862;QD=16.1542;RBI=0.0206526;REFB=-0.0217685;REVB=-0.0123221;RO=31;SAF=7;SAR=19;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628721;STB=0.53008;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0201939;OID=.;OPOS=234627608;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:31:32:26:27:0.457627:19:7:10:21:19:8:11:21 chr2 234627914 . T C 537.4 PASS AF=0.403974;AO=61;DP=151;FAO=61;FDP=151;FR=.;FRO=90;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=53;FSRR=37;FWDB=-0.00777784;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.582;QD=14.2357;RBI=0.016079;REFB=-0.0149619;REVB=-0.0140727;RO=90;SAF=27;SAR=34;SRF=53;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153985;STB=0.586558;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0209693;OID=.;OPOS=234627914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:90:90:61:61:0.403974:34:27:53:37:34:27:53:37 chr2 234627937 . T C 2511.64 PASS AF=1;AO=161;DP=165;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326642;FXX=0.0178561;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4562;QD=60.8882;RBI=0.0644209;REFB=-0.0367307;REVB=0.0555257;RO=0;SAF=89;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154314;OID=.;OPOS=234627937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:165:165:0:0:161:165:1:72:89:0:0:74:91:0:0 chr2 234628270 . G A 289.17 PASS AF=0.319328;AO=38;DP=121;FAO=38;FDP=119;FR=.;FRO=81;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=37;FWDB=-0.0085256;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9294;QD=9.72001;RBI=0.0223818;REFB=-0.0151966;REVB=-0.0206945;RO=82;SAF=18;SAR=20;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736925;STB=0.547195;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0366809;OID=.;OPOS=234628270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:119:82:81:38:38:0.319328:20:18:44:38:20:18:44:37 chr2 234637789 . A G 91.76 PASS AF=0.197531;AO=15;DP=80;FAO=16;FDP=81;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=44;FWDB=0.00086258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.039;QD=4.53156;RBI=0.0120484;REFB=-0.00897443;REVB=-0.0120174;RO=63;SAF=10;SAR=5;SRF=20;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417336;STB=0.728608;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0322511;OID=.;OPOS=234637789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:80:81:63:65:15:16:0.197531:5:10:20:43:6:10:21:44 chr2 234637803 . T C 118.82 PASS AF=0.202128;AO=18;DP=93;FAO=19;FDP=94;FR=.;FRO=75;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=49;FWDB=-0.0495692;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.032;QD=5.05623;RBI=0.0548161;REFB=-0.0172987;REVB=0.023403;RO=73;SAF=9;SAR=9;SRF=26;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183124;STB=0.602622;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0313832;OID=.;OPOS=234637803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:73:75:18:19:0.202128:9:9:26:47:10:9:26:49 chr2 234637853 . G A 280.65 PASS AF=0.339623;AO=36;DP=108;FAO=36;FDP=106;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=56;FWDB=0.00724832;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.089;QD=10.5907;RBI=0.00731714;REFB=-0.0177527;REVB=-0.0010012;RO=72;SAF=19;SAR=17;SRF=16;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351574;STB=0.711913;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0267271;OID=.;OPOS=234637853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:106:72:70:36:36:0.339623:17:19:16:56:17:19:14:56 chr2 234638249 . A G 444.7 PASS AF=0.361111;AO=52;DP=144;FAO=52;FDP=144;FR=.;FRO=92;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=52;FSRR=40;FWDB=0.00299699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.304;QD=12.3528;RBI=0.00887461;REFB=-0.00673606;REVB=-0.00835325;RO=92;SAF=27;SAR=25;SRF=52;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517036;STB=0.529479;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0090815;OID=.;OPOS=234638249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:92:92:52:52:0.361111:25:27:52:40:25:27:52:40 chr2 234652482 . C T 127.02 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0157333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.977;QD=13.028;RBI=0.0166036;REFB=-0.0150492;REVB=-0.00530487;RO=24;SAF=3;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321808;STB=0.691075;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0205772;OID=.;OPOS=234652482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:12:3:11:13:12:3:11:13 chr2 234669144 . G A 481.32 PASS AF=0.438017;AO=53;DP=121;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=51;FWDB=-0.0150753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.373;QD=15.9116;RBI=0.01828;REFB=-0.0146523;REVB=0.010339;RO=68;SAF=31;SAR=22;SRF=17;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32757;STB=0.681768;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0206982;OID=.;OPOS=234669144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:68:68:53:53:0.438017:22:31:17:51:22:31:17:51 chr2 234688036 . C A 490.18 PASS AF=0.625;AO=45;DP=72;FAO=45;FDP=72;FR=.;FRO=27;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00183308;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.9611;QD=27.2324;RBI=0.0501865;REFB=-0.00281567;REVB=-0.050153;RO=26;SAF=30;SAR=15;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172233;STB=0.588195;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00448518;OID=.;OPOS=234688036;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:26:27:45:45:0.625:15:30:11:15:15:30:12:15 chr2 234702459 . T C 662.23 PASS AF=0.571429;AO=64;DP=112;FAO=64;FDP=112;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=9;FSRR=39;FWDB=0.0101072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.972;QD=23.6512;RBI=0.0149088;REFB=-0.0309364;REVB=-0.0109598;RO=48;SAF=31;SAR=33;SRF=9;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236536;STB=0.628341;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0212381;OID=.;OPOS=234702459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:48:48:64:64:0.571429:33:31:9:39:33:31:9:39 chr2 234703136 . T C 189.92 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0827907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5405;QD=21.7052;RBI=0.0828118;REFB=-0.0639773;REVB=0.00187052;RO=15;SAF=6;SAR=13;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232717;STB=0.618918;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.036203;OID=.;OPOS=234703136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:16:19:19:0.542857:13:6:9:6:13:6:9:7 chr2 234704318 . A G 141.79 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0500499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2461;QD=11.1211;RBI=0.0505987;REFB=-0.000895629;REVB=-0.0074322;RO=34;SAF=11;SAR=6;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233135;STB=0.637888;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-1.05855e-05;OID=.;OPOS=234704318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:34:17:17:0.333333:6:11:15:19:6:11:15:19 chr2 234704690 . T C 397.19 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228072;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.404;QD=56.7419;RBI=0.0249498;REFB=0;REVB=0.0101156;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112854;OID=.;OPOS=234704690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr2 234707460 . G C 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0179721;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.474;QD=16.8229;RBI=0.0208496;REFB=-0.0222438;REVB=-0.0105694;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237226;STB=0.640603;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0153179;OID=.;OPOS=234707460;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:5:2:3:2:5:2:3:2 chr2 234708428 . G A 271.6 PASS AF=0.385542;AO=31;DP=82;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0226848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.366;QD=13.089;RBI=0.0246186;REFB=0.00241375;REVB=0.0095642;RO=51;SAF=18;SAR=13;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223021;STB=0.633721;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00222114;OID=.;OPOS=234708428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:51:51:31:32:0.385542:13:18:19:32:13:19:19:32 chr2 234725502 . T C 234.52 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.00761306;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.128;QD=15.1301;RBI=0.011048;REFB=-0.00204926;REVB=0.00800619;RO=33;SAF=16;SAR=11;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248434;STB=0.638398;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00256949;OID=.;OPOS=234725502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:33:35:27:27:0.435484:11:16:11:22:11:16:12:23 chr2 234727410 . C A 481.41 PASS AF=0.704918;AO=43;DP=61;FAO=43;FDP=61;FR=.;FRO=18;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0213888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.286;QD=31.5681;RBI=0.0234066;REFB=0.00606455;REVB=-0.00950732;RO=18;SAF=30;SAR=13;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152357;STB=0.58273;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00175035;OID=.;OPOS=234727410;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:18:18:43:43:0.704918:13:30:8:10:13:30:8:10 chr2 234727986 . C T 146.98 PASS AF=0.26506;AO=21;DP=83;FAO=22;FDP=83;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=0.00992782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5153;QD=7.08341;RBI=0.0777913;REFB=-0.0153091;REVB=-0.0771552;RO=62;SAF=13;SAR=8;SRF=39;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130397;STB=0.53728;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0409024;OID=.;OPOS=234727986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:62:61:21:22:0.26506:8:13:39:23:9:13:39:22 chr2 234728078 . T C 169.79 PASS AF=0.298701;AO=23;DP=77;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0234712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2506;QD=8.82021;RBI=0.0307101;REFB=0.000424108;REVB=-0.0198044;RO=54;SAF=10;SAR=13;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990658;STB=0.558772;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.00218042;OID=.;OPOS=234728078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:54:54:23:23:0.298701:13:10:28:26:13:10:28:26 chr2 234732311 . G A 437.4 PASS AF=0.755556;AO=33;DP=44;FAO=34;FDP=45;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0724456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.774;QD=38.8798;RBI=0.0831033;REFB=-0.0572756;REVB=0.0407159;RO=11;SAF=8;SAR=25;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100917;STB=0.551696;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0167342;OID=.;OPOS=234732311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:44:45:11:11:33:34:0.755556:25:8:1:10:26:8:1:10 chr2 234732317 . A G 674.05 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342365;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.876;QD=62.7022;RBI=0.0380252;REFB=0;REVB=0.0165463;RO=0;SAF=8;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54187e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42652e-05;OID=.;OPOS=234732317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:35:8:0:0:35:8:0:0 chr2 234737372 . C A 523.91 PASS AF=0.661972;AO=47;DP=71;FAO=47;FDP=71;FR=.;FRO=24;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00323793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.375;QD=29.516;RBI=0.0274395;REFB=-0.0308782;REVB=0.0272478;RO=23;SAF=25;SAR=22;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468732;STB=0.531709;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.017053;OID=.;OPOS=234737372;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:23:24:47:47:0.661972:22:25:14:9:22:25:15:9 chr2 234750542 . G C 1539.55 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00157437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.488;QD=58.6495;RBI=0.0580855;REFB=-0.102333;REVB=0.0580641;RO=1;SAF=56;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839887;STB=0.504424;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000788437;OID=.;OPOS=234750542;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:104:104:0.990476:48:56:1:0:48:56:1:0 chr2 234750831 . T C 728.39 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00509059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.503;QD=63.3381;RBI=0.0127901;REFB=0;REVB=0.0117334;RO=0;SAF=10;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64128e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06101e-05;OID=.;OPOS=234750831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:35:10:0:0:36:10:0:0 chr2 234761225 . C T 569.11 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.167872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.982;QD=59.9065;RBI=0.168999;REFB=0;REVB=0.0194782;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148434;OID=.;OPOS=234761225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:20:16:0:0:20:18:0:0 chr2 234762480 . A T 1078.37 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=76;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00780533;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.794;QD=57.5129;RBI=0.0120299;REFB=-0.0711418;REVB=0.00915402;RO=1;SAF=44;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106301;STB=0.508472;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000197575;OID=.;OPOS=234762480;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:76:75:1:1:73:74:0.986667:29:44:1:0:29:45:0:1 chr2 235402279 . T C 497.09 PASS AF=0.945946;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0204785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.165;QD=53.7394;RBI=0.0375158;REFB=-0.0162038;REVB=0.0314335;RO=2;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466996;STB=0.523796;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00127922;OID=.;OPOS=235402279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:37:2:2:34:35:0.945946:19:15:0:2:20:15:0:2 chr2 235950187 . T C 1509.84 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00869258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.109;QD=58.6347;RBI=0.011909;REFB=-0.0320129;REVB=0.00814022;RO=1;SAF=37;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126496;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325227;OID=.;OPOS=235950187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:103:103:1:0:102:103:1:65:37:1:0:65:38:0:0 chr2 235951819 . A G 986.64 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.78;QD=56.3796;RBI=0.0427687;REFB=0;REVB=0.0273165;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122766;OID=.;OPOS=235951819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:70:0:0:63:70:1:37:26:0:0:41:29:0:0 chr2 236433161 . G A 126.62 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0181446;FXX=0.0322477;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.859;QD=16.8822;RBI=0.0183003;REFB=-0.0264323;REVB=-0.00238196;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174377;STB=0.599863;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0230431;OID=.;OPOS=236433161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:7:7:5:11:7:7:5:11 chr2 236683055 . C T 222.02 PASS AF=0.52381;AO=20;DP=41;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.028841;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9812;QD=21.1444;RBI=0.0576219;REFB=-0.00545699;REVB=0.0498846;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449437;STB=0.526292;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00486798;OID=.;OPOS=236683055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:20:20:20:22:0.52381:11:9:8:12:12:10:8:12 chr2 236691982 . A G 154.08 PASS AF=0.261905;AO=22;DP=84;FAO=22;FDP=84;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.000291695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2693;QD=7.3372;RBI=0.0423945;REFB=0.0109961;REVB=0.0423935;RO=62;SAF=15;SAR=7;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191303;STB=0.616329;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.0294291;OID=.;OPOS=236691982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:62:62:22:22:0.261905:7:15:33:29:7:15:33:29 chr2 236761396 . C T 220.71 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0112607;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.272;QD=23.8603;RBI=0.0119959;REFB=-0.0396528;REVB=0.00413524;RO=16;SAF=12;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558936;STB=0.53122;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0223701;OID=.;OPOS=236761396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:16:16:21:21:0.567568:9:12:8:8:9:12:8:8 chr2 236957822 . G A 1268.1 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600937;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5546;QD=61.8586;RBI=0.0654513;REFB=0;REVB=0.0259349;RO=0;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286297;OID=.;OPOS=236957822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:48:34:0:0:48:34:0:0 chr2 237119051 . T C 257.77 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0170671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4453;QD=18.4119;RBI=0.0485474;REFB=-0.0112915;REVB=-0.0454484;RO=27;SAF=10;SAR=18;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329545;STB=0.674878;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00647439;OID=.;OPOS=237119051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:28:28:28:0.5:18:10:20:7:18:10:20:8 chr2 237119074 . A G 266.36 PASS AF=0.454545;AO=28;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0136201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5454;QD=16.143;RBI=0.0160279;REFB=0.0199661;REVB=0.00844895;RO=35;SAF=10;SAR=18;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291307;STB=0.679881;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=-0.0304404;OID=.;OPOS=237119074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:36:28:30:0.454545:18:10:23:12:20:10:24:12 chr2 237119104 . G A 285.16 PASS AF=0.426667;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.00320284;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.169;QD=15.2085;RBI=0.0114375;REFB=-0.00961323;REVB=0.01098;RO=42;SAF=13;SAR=19;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234637;STB=0.637918;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0201716;OID=.;OPOS=237119104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:42:43:32:32:0.426667:19:13:27:15:19:13:28:15 chr2 237119178 . T C 349.56 PASS AF=0.480519;AO=36;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0236403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.51;QD=18.159;RBI=0.0282701;REFB=-0.0367969;REVB=0.0155027;RO=39;SAF=15;SAR=21;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206911;STB=0.625453;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0447923;OID=.;OPOS=237119178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:40:36:37:0.480519:21:15:25:14:22:15:26:14 chr2 237149941 . C T 199.51 PASS AF=0.373134;AO=24;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0196164;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.394;QD=11.9108;RBI=0.0211088;REFB=-0.00925302;REVB=-0.00779601;RO=42;SAF=17;SAR=7;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192423;STB=0.619766;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0147934;OID=.;OPOS=237149941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:24:25:0.373134:7:17:23:19:7:18:23:19 chr2 237150166 . A C 689.05 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0752656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8904;QD=62.6406;RBI=0.075453;REFB=0;REVB=-0.00531534;RO=0;SAF=7;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9155e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00049949;OID=.;OPOS=237150166;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:37:7:0:0:37:7:0:0 chr2 237300650 . C T 420.25 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0550401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.915;QD=23.3469;RBI=0.0553054;REFB=-0.0329754;REVB=-0.00541103;RO=31;SAF=25;SAR=16;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00259136;STB=0.501424;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0191366;OID=.;OPOS=237300650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:31:31:41:41:0.569444:16:25:19:12:16:25:19:12 chr2 237923852 . G A 319.84 PASS AF=0.479452;AO=31;DP=69;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.00134278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.751;QD=17.5255;RBI=0.00718077;REFB=-0.0180729;REVB=0.00705411;RO=38;SAF=15;SAR=16;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144079;STB=0.590011;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0152829;OID=.;OPOS=237923852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:73:38:38:31:35:0.479452:16:15:24:14:19:16:24:14 chr2 238166147 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0201603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.113;QD=42.1826;RBI=0.0251851;REFB=0;REVB=0.0150946;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.21352e-05;OID=.;OPOS=238166147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr2 238233483 . G A 141.8 PASS AF=0.516129;AO=15;DP=29;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00103953;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=145.896;QD=18.2969;RBI=0.0222213;REFB=-0.0391466;REVB=-0.022197;RO=12;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511613;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0463064;OID=.;OPOS=238233483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:31:12:15:15:16:0.516129:10:5:4:8:11:5:5:10 chr2 238243464 . C G 563.71 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000275412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0528;QD=57.8167;RBI=0.0722796;REFB=-0.0588698;REVB=-0.0722791;RO=1;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240222;STB=0.512814;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000875749;OID=.;OPOS=238243464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:19:19:0:1:19:19:0:1 chr2 238244963 . A G 221.3 PASS AF=0.271186;AO=32;DP=118;FAO=32;FDP=118;FR=.;FRO=86;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=56;FSRR=30;FWDB=-0.0113557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.411;QD=7.50157;RBI=0.0205039;REFB=-0.00865824;REVB=-0.0170721;RO=86;SAF=21;SAR=11;SRF=56;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0068676;STB=0.504096;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0320448;OID=.;OPOS=238244963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:86:86:32:32:0.271186:11:21:56:30:11:21:56:30 chr2 238253065 . C T 535.0 PASS AF=0.52381;AO=53;DP=103;FAO=55;FDP=105;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.0292961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.846;QD=20.3809;RBI=0.0325312;REFB=-0.023926;REVB=0.0141426;RO=50;SAF=23;SAR=30;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145565;STB=0.586414;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0168823;OID=.;OPOS=238253065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:50:50:53:55:0.52381:30:23:30:20:32:23:30:20 chr2 238258814 . C G 434.26 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=102;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0162885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.347;QD=17.0296;RBI=0.0188532;REFB=-0.0214345;REVB=-0.00949356;RO=53;SAF=15;SAR=32;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208934;STB=0.627395;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0240663;OID=.;OPOS=238258814;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:53:55:47:47:0.460784:32:15:28:25:32:15:30:25 chr2 238267717 . C T 347.97 PASS AF=0.514286;AO=35;DP=69;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.0316916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.02;QD=19.884;RBI=0.0318113;REFB=-0.0192073;REVB=-0.00275704;RO=32;SAF=15;SAR=20;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132679;STB=0.577848;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0134629;OID=.;OPOS=238267717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:32:34:35:36:0.514286:20:15:9:23:21:15:9:25 chr2 238277573 . C A 328.37 PASS AF=0.559322;AO=29;DP=58;FAO=33;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0424811;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=36.3136;QD=22.2623;RBI=0.0491733;REFB=-0.011819;REVB=-0.0247662;RO=19;SAF=11;SAR=18;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315339;STB=0.521345;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0044316;OID=.;OPOS=238277573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:19:24:29:33:0.559322:18:11:8:11:19:14:9:15 chr2 238277795 . A G 383.55 PASS AF=0.810811;AO=30;DP=37;FAO=30;FDP=37;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0256003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8705;QD=41.4643;RBI=0.0375771;REFB=-0.0259324;REVB=0.0275076;RO=7;SAF=12;SAR=18;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103797;STB=0.505614;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.005821;OID=.;OPOS=238277795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:7:7:30:30:0.810811:18:12:3:4:18:12:3:4 chr2 238283605 . G A 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.94;QD=18.7442;RBI=0.000359871;REFB=-0.0416439;REVB=-0.000359871;RO=4;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00873397;OID=.;OPOS=238283605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:7:0:0:4:7:0:0:4 chr2 238643907 . G A 70.75 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=24;FWDB=0.0513082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6389;QD=7.25621;RBI=0.0637756;REFB=-0.00515479;REVB=0.0378788;RO=29;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407537;STB=0.743218;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.02329;OID=.;OPOS=238643907;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:5:5:5:24:5:5:5:24 chr2 238667447 . C T 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0255072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.141;QD=6.01599;RBI=0.0272024;REFB=-0.00727821;REVB=-0.00945276;RO=22;SAF=1;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426211;STB=0.784786;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0205807;OID=.;OPOS=238667447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:6:1:10:12:6:1:10:12 chr2 238668783 . A G 506.88 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0248988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4101;QD=23.0398;RBI=0.0732791;REFB=0.00370478;REVB=0.0689194;RO=40;SAF=28;SAR=20;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281728;STB=0.515497;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.0019494;OID=.;OPOS=238668783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:40:48:48:0.545455:20:28:22:18:20:28:22:18 chr2 238668802 . A G 1222.85 PASS AF=0.965116;AO=80;DP=84;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00378034;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.272;QD=56.8767;RBI=0.0041653;REFB=0.00904802;REVB=-0.00174894;RO=4;SAF=45;SAR=35;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171901;STB=0.503972;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-8.7127e-06;OID=.;OPOS=238668802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:86:4:3:80:83:0.965116:35:45:3:1:37:46:2:1 chr2 238671328 . A G 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.010283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.529;QD=5.68926;RBI=0.0113188;REFB=-0.00943889;REVB=0.00473019;RO=19;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303651;STB=0.519934;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0259393;OID=.;OPOS=238671328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:3:3:10:9:3:3:10:9 chr2 238672425 . G C 295.33 PASS AF=0.725;AO=23;DP=37;FAO=29;FDP=40;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0233271;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1873;QD=29.5329;RBI=0.0333798;REFB=-0.142197;REVB=0.0238758;RO=7;SAF=13;SAR=10;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195219;STB=0.55802;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0556814;OID=.;OPOS=238672425;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:37:40:7:11:23:29:0.725:10:13:7:0:14:15:8:3 chr2 238672703 . C G 113.27 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00597191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.713;QD=41.1905;RBI=0.0121194;REFB=0;REVB=-0.010546;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185341;OID=.;OPOS=238672703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:3:7:0:0:3:8:0:0 chr2 238672938 . T C 476.81 PASS AF=0.637681;AO=43;DP=69;FAO=44;FDP=69;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0513722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2382;QD=27.6413;RBI=0.0535974;REFB=-0.00111056;REVB=-0.0152833;RO=25;SAF=14;SAR=29;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848172;STB=0.538938;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00114703;OID=.;OPOS=238672938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:25:25:43:44:0.637681:29:14:11:14:29:15:11:14 chr2 238673302 . T A 108.4 PASS AF=0.433333;AO=10;DP=27;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0111788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.648;QD=14.453;RBI=0.0143951;REFB=-0.0182763;REVB=0.00906942;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030867;STB=0.538402;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0205537;OID=.;OPOS=238673302;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:30:17:17:10:13:0.433333:5:5:9:8:7:6:9:8 chr2 238729954 . A C 334.77 PASS AF=0.7;AO=28;DP=40;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.000507168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.555;QD=33.4774;RBI=0.00918766;REFB=0.000452435;REVB=0.00917365;RO=12;SAF=15;SAR=13;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727272;STB=0.539683;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.000209901;OID=.;OPOS=238729954;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:12:12:28:28:0.7:13:15:8:4:13:15:8:4 chr2 238732999 . G A 186.13 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00469053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8774;QD=12.4083;RBI=0.0319509;REFB=-0.0149887;REVB=0.0316047;RO=36;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125616;STB=0.561991;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0145484;OID=.;OPOS=238732999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:36:37:23:23:0.383333:12:11:13:23:12:11:14:23 chr2 238733016 . G A 144.8 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.0931636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.0139;QD=10.1617;RBI=0.0932465;REFB=-0.00379196;REVB=0.00393004;RO=37;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181589;STB=0.592501;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0130766;OID=.;OPOS=238733016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:37:38:19:19:0.333333:11:8:10:27:11:8:11:27 chr2 238991733 . C A 785.81 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.536;QD=64.148;RBI=0.0279913;REFB=0;REVB=0.0197971;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110423;OID=.;OPOS=238991733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr2 239006929 . G T 174.07 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00888493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.41;QD=19.3411;RBI=0.0124741;REFB=-0.0261774;REVB=-0.00875567;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10071;STB=0.5569;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0261192;OID=.;OPOS=239006929;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:10:8:6:12:10:8:6:12 chr2 239010719 . T C 371.22 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0368448;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.147;QD=22.4979;RBI=0.0390981;REFB=-0.0287996;REVB=-0.0130811;RO=30;SAF=19;SAR=18;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379854;STB=0.528626;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0189736;OID=.;OPOS=239010719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:30:29:37:37:0.560606:18:19:14:16:18:19:13:16 chr2 239016539 . C G 904.12 PASS AF=0.669492;AO=79;DP=117;FAO=79;FDP=118;FR=.;FRO=39;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0275822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1404;QD=30.6483;RBI=0.0349122;REFB=-0.0031886;REVB=0.0214029;RO=37;SAF=38;SAR=41;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192623;STB=0.510517;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00181921;OID=.;OPOS=239016539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:37:39:79:79:0.669492:41:38:19:18:41:38:20:19 chr2 239025630 . T C 248.4 PASS AF=0.323529;AO=31;DP=98;FAO=33;FDP=102;FR=.;FRO=69;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=-0.00852148;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2691;QD=9.74129;RBI=0.0260176;REFB=-0.00530143;REVB=-0.0245825;RO=62;SAF=7;SAR=24;SRF=20;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14274;STB=0.571383;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0162805;OID=.;OPOS=239025630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:102:62:69:31:33:0.323529:24:7:20:42:24:9:25:44 chr2 239025645 . C T 261.17 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.00201248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3162;QD=12.2904;RBI=0.00356895;REFB=-0.0112287;REVB=0.00294743;RO=54;SAF=7;SAR=24;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197361;STB=0.61472;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00991437;OID=.;OPOS=239025645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:54:54:31:31:0.364706:24:7:20:34:24:7:20:34 chr2 239037384 . G T 173.63 PASS AF=0.408163;AO=17;DP=47;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0171502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.1115;QD=14.174;RBI=0.0916519;REFB=-0.00366812;REVB=0.090033;RO=29;SAF=4;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298113;STB=0.716743;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0133621;OID=.;OPOS=239037384;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:29:29:17:20:0.408163:13:4:14:15:16:4:15:14 chr2 239039057 . A G 180.62 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0322062;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8765;QD=11.1149;RBI=0.0598883;REFB=-0.0256679;REVB=-0.0504913;RO=42;SAF=12;SAR=11;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555083;STB=0.53223;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0332291;OID=.;OPOS=239039057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:42:42:23:23:0.353846:11:12:24:18:11:12:24:18 chr2 239039075 . G T 255.34 PASS AF=0.38961;AO=26;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0254433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.045;QD=13.2642;RBI=0.0288933;REFB=-0.0138896;REVB=0.0136916;RO=39;SAF=15;SAR=11;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679611;STB=0.516118;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0107662;OID=.;OPOS=239039075;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:47:26:30:0.38961:11:15:20:19:12:18:27:20 chr2 239039183 . G A 579.65 PASS AF=0.588889;AO=52;DP=89;FAO=53;FDP=90;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0334871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.684;QD=25.7622;RBI=0.0339063;REFB=-0.0256864;REVB=-0.00531514;RO=37;SAF=28;SAR=24;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022312;STB=0.508471;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0184583;OID=.;OPOS=239039183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:37:37:52:53:0.588889:24:28:21:16:24:29:21:16 chr2 239039896 . G C 741.93 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5787;QD=63.1428;RBI=0.105105;REFB=0;REVB=-0.0993974;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00133472;OID=.;OPOS=239039896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:23:23:0:0:23:24:0:0 chr2 239040187 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.112012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.602;QD=51.1846;RBI=0.126409;REFB=0;REVB=0.0585877;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000261469;OID=.;OPOS=239040187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr2 239040218 . G A 174.08 PASS AF=0.772727;AO=16;DP=21;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0730904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2024;QD=31.6503;RBI=0.0747514;REFB=-0.044167;REVB=-0.0156702;RO=5;SAF=7;SAR=9;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164255;STB=0.51611;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0336545;OID=.;OPOS=239040218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:21:22:5:5:16:17:0.772727:9:7:2:3:9:8:2:3 chr2 239040343 . G A 651.92 PASS AF=0.612903;AO=56;DP=92;FAO=57;FDP=93;FR=.;FRO=36;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0154022;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7785;QD=28.0394;RBI=0.051249;REFB=-0.00779452;REVB=0.0488798;RO=36;SAF=33;SAR=23;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853863;STB=0.541795;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00686789;OID=.;OPOS=239040343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:36:36:56:57:0.612903:23:33:17:19:24:33:17:19 chr2 239049540 . G A 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0193797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7476;QD=12.8675;RBI=0.0297466;REFB=0.00695021;REVB=0.0225674;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565967;STB=0.533274;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.00607683;OID=.;OPOS=239049540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:7:4:5:11:7:4:5:11 chr2 239050033 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0860526;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.5734;QD=10.0332;RBI=0.0860579;REFB=-0.0204254;REVB=0.000955585;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413035;STB=0.749164;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0528323;OID=.;OPOS=239050033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:6:1:3:2:6:1 chr2 239051550 . T C 1047.34 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0411792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.3058;QD=58.1858;RBI=0.0438562;REFB=-0.0779459;REVB=0.0150875;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505616;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000307733;OID=.;OPOS=239051550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:44:27:0:0:44:27:0:1 chr2 239054358 . C T 496.03 PASS AF=0.754386;AO=43;DP=57;FAO=43;FDP=57;FR=.;FRO=14;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0190953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.819;QD=34.8091;RBI=0.0194097;REFB=-0.0345302;REVB=-0.00347926;RO=13;SAF=22;SAR=21;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078076;STB=0.549895;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00841419;OID=.;OPOS=239054358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:57:57:13:14:43:43:0.754386:21:22:9:4:21:22:10:4 chr2 239059484 . T C 785.15 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.323;QD=57.1015;RBI=0.0141285;REFB=0;REVB=-0.00318205;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43905e-05;OID=.;OPOS=239059484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:21:34:0:0:21:34:0:0 chr2 239075812 . C T 64.85 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0167318;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.349;QD=8.9448;RBI=0.0219333;REFB=-0.0222245;REVB=-0.0141816;RO=20;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10924;STB=0.566785;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.036706;OID=.;OPOS=239075812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:30:29:20:20:9:9:0.310345:5:4:7:13:5:4:7:13 chr2 239075935 . A G 44.78 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0138471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5996;QD=7.46313;RBI=0.0698839;REFB=0.00335613;REVB=-0.0684983;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475485;STB=0.530034;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.0152522;OID=.;OPOS=239075935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:3:4:9:8:3:4:9:8 chr2 239133980 . C T 272.82 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.00224325;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.267;QD=14.7469;RBI=0.00616145;REFB=-0.0189531;REVB=0.00573858;RO=42;SAF=16;SAR=15;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105253;STB=0.565252;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0298322;OID=.;OPOS=239133980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:42:43:31:31:0.418919:15:16:26:16:15:16:27:16 chr2 239134056 . A G 205.95 PASS AF=0.306818;AO=25;DP=88;FAO=27;FDP=88;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.00888038;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.686;QD=9.36121;RBI=0.0119442;REFB=-0.0138482;REVB=0.00798766;RO=60;SAF=10;SAR=15;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100624;STB=0.547909;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0298364;OID=.;OPOS=239134056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:60:61:25:27:0.306818:15:10:29:31:16:11:29:32 chr2 239134063 . G T 234.01 PASS AF=0.341176;AO=21;DP=85;FAO=29;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.048442;FXX=0.0229859;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.969;QD=11.0124;RBI=0.0540261;REFB=-0.0580652;REVB=-0.0239207;RO=37;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188538;STB=0.545882;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0471352;OID=.;OPOS=239134063;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:37:56:21:29:0.341176:10:11:13:24:18:11:25:31 chr2 239134138 . A C 190.61 PASS AF=0.3125;AO=25;DP=80;FAO=25;FDP=80;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.0048359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.084;QD=9.5306;RBI=0.010786;REFB=-0.011711;REVB=-0.00964118;RO=54;SAF=7;SAR=18;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12123;STB=0.567038;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0342417;OID=.;OPOS=239134138;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:54:55:25:25:0.3125:18:7:20:34:18:7:20:35 chr2 239139883 . G C 115.57 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0349861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.716;QD=10.7506;RBI=0.0396781;REFB=-0.00446587;REVB=0.0187168;RO=28;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120148;STB=0.581282;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00562703;OID=.;OPOS=239139883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:28:29:14:14:0.325581:7:7:11:17:7:7:11:18 chr2 239140728 . A G 475.69 PASS AF=0.364198;AO=59;DP=161;FAO=59;FDP=162;FR=.;FRO=103;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=62;FWDB=-0.0373046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.669;QD=11.7453;RBI=0.0460678;REFB=0.00470328;REVB=-0.0270298;RO=102;SAF=31;SAR=28;SRF=40;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147867;STB=0.580498;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.00946311;OID=.;OPOS=239140728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:102:103:59:59:0.364198:28:31:40:62:28:31:41:62 chr2 239165663 . T C 242.72 PASS AF=0.379747;AO=31;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=35;FWDB=-0.130407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.333;QD=12.2895;RBI=0.130669;REFB=-0.0119832;REVB=-0.00826839;RO=48;SAF=18;SAR=13;SRF=13;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321769;STB=0.669296;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0176419;OID=.;OPOS=239165663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:49:31:30:0.379747:13:18:13:35:13:17:14:35 chr2 239969974 . G C 300.44 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0301694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8355;QD=23.1109;RBI=0.0308905;REFB=-0.0707138;REVB=0.00663526;RO=21;SAF=14;SAR=16;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713279;STB=0.514129;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0535626;OID=.;OPOS=239969974;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:21:22:30:30:0.576923:16:14:10:11:16:14:11:11 chr2 239972883 . C T 142.17 PASS AF=0.6;AO=14;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0121095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.631;QD=22.747;RBI=0.0260276;REFB=-0.00365464;REVB=0.023039;RO=10;SAF=6;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12611;STB=0.580537;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00434812;OID=.;OPOS=239972883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:14:15:0.6:8:6:6:4:9:6:6:4 chr2 239975158 . CT CG,C 176.03 PASS AF=0,0.468085;AO=2,18;DP=48;FAO=0,22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=0,5;FSAR=0,17;FSRF=22;FSRR=3;FWDB=0.0132192,0.0497155;FXX=0.020829;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=97.2844,15.6148;QD=14.9816;RBI=0.0709053,0.05148;REFB=-0.00610828,-0.0722509;REVB=-0.0696621,0.0133628;RO=26;SAF=1,3;SAR=1,15;SRF=23;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.475628,-0.667422;STB=0.5,0.820845;STBP=1,0.001;TYPE=snp,del;VARB=0,0.0886533;OID=.,.;OPOS=239975159,239975159;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=CG,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.468085:2,18:48:0,22:47:25:0,5:0,17:22:3:99:26:1,3:1,15:23:3 chr2 240007544 . C T 30.95 PASS AF=0.625;AO=4;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.161447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.908;QD=15.4743;RBI=0.165408;REFB=-0.061558;REVB=-0.0359828;RO=4;SAF=1;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.666107;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0672248;OID=.;OPOS=240007544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:4:3:4:5:0.625:3:1:1:3:3:2:0:3 chr2 240323905 . T TG 586.13 PASS AF=1;AO=50;DP=55;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00427623;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.0182;QD=45.0868;RBI=0.0378457;REFB=0;REVB=-0.0376033;RO=3;SAF=31;SAR=19;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00527544;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000386178;OID=.;OPOS=240323906;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:50:55:52:52:0:31:21:0:0:11:3:31:19:2:1 chr2 240500413 . A G 266.99 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=-0.0147242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.807;QD=20.1499;RBI=0.0197597;REFB=-0.00586292;REVB=-0.0131775;RO=25;SAF=7;SAR=21;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435373;STB=0.742682;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00371883;OID=.;OPOS=240500413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:21:7:19:6:21:7:19:6 chr2 240684619 . G A 265.9 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00734664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.001;QD=13.2948;RBI=0.0194433;REFB=-0.00563679;REVB=-0.0180019;RO=48;SAF=11;SAR=20;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243951;STB=0.633544;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0129454;OID=.;OPOS=240684619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:49:31:31:0.3875:20:11:28:20:20:11:28:21 chr2 240900607 . TGGGGGA TGGGG,TGGGGA 178.22 PASS AF=0,0.625;AO=8,19;DP=50;FAO=0,30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=0,17;FSAR=0,13;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.139368,0.0170901;FXX=0.020404;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=12.6976,12.9353;QD=14.8515;RBI=0.150414,0.0196857;REFB=0.0662135,0.0476005;REVB=-0.0565779,0.00977005;RO=12;SAF=6,9;SAR=2,10;SRF=3;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.477608,0.157791;STB=0.5,0.586959;STBP=1,0.141;TYPE=del,del;VARB=0,-0.0209894;OID=.,.;OPOS=240900612,240900608;OREF=GA,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGGG,TGGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.625:8,19:50:0,30:48:18:0,17:0,13:6:12:62:12:6,9:2,10:3:9 chr2 240912983 . G T 190.89 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0170959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.525;QD=11.569;RBI=0.0172316;REFB=-0.00738946;REVB=0.00215862;RO=42;SAF=17;SAR=7;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111661;STB=0.564973;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0184915;OID=.;OPOS=240912983;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:42:42:24:24:0.363636:7:17:26:16:7:17:26:16 chr2 240923050 . C T 1081.0 PASS AF=0.611111;AO=99;DP=162;FAO=99;FDP=162;FR=.;FRO=63;FSAF=54;FSAR=45;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0338993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.841;QD=26.6914;RBI=0.0340598;REFB=-0.0162504;REVB=0.00330248;RO=63;SAF=54;SAR=45;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271017;STB=0.51467;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0116591;OID=.;OPOS=240923050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:63:63:99:99:0.611111:45:54:32:31:45:54:32:31 chr2 240946766 . T C 253.19 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0043126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.7071;QD=19.1089;RBI=0.00740622;REFB=-0.0294953;REVB=0.0060211;RO=26;SAF=15;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826047;STB=0.546184;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.025125;OID=.;OPOS=240946766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:12:15:12:14:12:15:12:14 chr2 240961728 . T C 1097.57 PASS AF=0.987342;AO=64;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0296635;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.681;QD=55.5731;RBI=0.0392606;REFB=-0.11182;REVB=0.0257192;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000551585;OID=.;OPOS=240961728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:79:0:1:64:78:0.987342:29:35:0:0:41:37:1:0 chr2 240981262 . A C 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0117909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.094;QD=7.48174;RBI=0.0126777;REFB=-0.0121498;REVB=0.00465815;RO=28;SAF=3;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282447;STB=0.677058;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0372711;OID=.;OPOS=240981262;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:28:28:10:10:0.263158:7:3:15:13:7:3:15:13 chr2 240981375 . T A 87.65 PASS AF=0.22807;AO=14;DP=56;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.112141;FXX=0.0338926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.396;QD=6.15088;RBI=0.114599;REFB=-0.0334236;REVB=-0.0236089;RO=40;SAF=4;SAR=10;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558647;STB=0.624792;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0875335;OID=.;OPOS=240981375;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:57:40:44:14:13:0.22807:10:4:13:27:10:3:16:28 chr2 240984789 . C T 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0122521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.164;QD=18.3007;RBI=0.0141495;REFB=-0.0266728;REVB=0.00707779;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204483;STB=0.511616;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0277777;OID=.;OPOS=240984789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:10:10:12:11:10:10:12:11 chr2 240985347 . G A 97.85 PASS AF=0.210526;AO=16;DP=76;FAO=16;FDP=76;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0411412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8744;QD=5.14981;RBI=0.0455948;REFB=0.00222831;REVB=-0.0196542;RO=59;SAF=7;SAR=9;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046518;STB=0.523227;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.00643474;OID=.;OPOS=240985347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:76:76:59:60:16:16:0.210526:9:7:28:31:9:7:28:32 chr2 241066280 . C T 62.06 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0613364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4044;QD=7.52221;RBI=0.0681711;REFB=-0.00787409;REVB=0.0297514;RO=23;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399941;STB=0.754212;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0292923;OID=.;OPOS=241066280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:23:24:9:9:0.272727:3:6:7:16:3:6:7:17 chr2 241390560 . A C 247.3 PASS AF=0.408451;AO=30;DP=72;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.0631962;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6014;QD=13.9324;RBI=0.0653021;REFB=-0.0121246;REVB=-0.0164501;RO=40;SAF=13;SAR=17;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113604;STB=0.58436;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0332141;OID=.;OPOS=241390560;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:40:42:30:29:0.408451:17:13:13:27:16:13:13:29 chr2 241402836 . G A 808.88 PASS AF=0.47191;AO=81;DP=174;FAO=84;FDP=178;FR=.;FRO=94;FSAF=57;FSAR=27;FSRF=46;FSRR=48;FWDB=0.0250307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.395;QD=18.177;RBI=0.026272;REFB=-0.00319748;REVB=0.00798019;RO=93;SAF=54;SAR=27;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184392;STB=0.605841;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00510147;OID=.;OPOS=241402836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:178:93:94:81:84:0.47191:27:54:45:48:27:57:46:48 chr2 241404317 . C T 209.49 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0178058;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.4286;QD=18.2165;RBI=0.0179556;REFB=0.0199056;REVB=0.00231426;RO=24;SAF=14;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850068;STB=0.539644;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=-0.0154549;OID=.;OPOS=241404317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:25:21:21:0.456522:7:14:14:10:7:14:15:10 chr2 241405485 . C T 154.32 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00998442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.968;QD=10.6424;RBI=0.0156681;REFB=-0.00260224;REVB=-0.0120747;RO=38;SAF=12;SAR=8;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243631;STB=0.514271;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00587048;OID=.;OPOS=241405485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:8:12:22:16:8:12:22:16 chr2 241405528 . A G 198.92 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0097715;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1693;QD=11.2066;RBI=0.0228616;REFB=-0.0195419;REVB=-0.0206681;RO=45;SAF=16;SAR=9;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122861;STB=0.565318;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0322697;OID=.;OPOS=241405528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:45:46:25:25:0.352113:9:16:24:21:9:16:25:21 chr2 241463453 . C A 81.26 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0368658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.524;QD=8.12561;RBI=0.0372261;REFB=-0.0124562;REVB=-0.00516631;RO=29;SAF=6;SAR=5;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901958;STB=0.555457;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0501157;OID=.;OPOS=241463453;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:5:6:18:11:5:6:18:11 chr2 241463495 . G T 35.77 PASS AF=0.25;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00686394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.271;QD=5.96174;RBI=0.00911325;REFB=-0.00607005;REVB=0.0059948;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703916;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0125232;OID=.;OPOS=241463495;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:22:24:16:18:6:6:0.25:3:3:7:9:3:3:9:9 chr2 241492255 . G A,T 524.55 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=3,33;DP=36;FAO=3,33;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=3,18;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000499828,-0.0126959;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=70.1801,86.1631;QD=58.283;RBI=0.00130644,0.0357456;REFB=0,0;REVB=-0.00120705,-0.033415;RO=0;SAF=3,18;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.64315e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.174063,-0.00161026;OID=.,.;OPOS=241492255,241492255;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:36:36:0:0:3,33:3,33:0.0833333,0.916667:0,15:3,18:0:0:0,15:3,18:0:0 chr2 241537421 . G A 320.93 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=49;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0155568;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.876;QD=26.7439;RBI=0.0164083;REFB=-0.0319644;REVB=0.00521725;RO=20;SAF=18;SAR=10;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326755;STB=0.680108;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0350191;OID=.;OPOS=241537421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:20:20:28:28:0.583333:10:18:4:16:10:18:4:16 chr2 241538074 . A G 475.2 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00716026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.186;QD=57.5995;RBI=0.0109038;REFB=0;REVB=-0.00822332;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162153;OID=.;OPOS=241538074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:23:9:0:0:24:9:0:0 chr2 241558397 . G A 268.7 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00351361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.755;QD=16.5351;RBI=0.0156249;REFB=-0.00967459;REVB=0.0152248;RO=35;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136721;STB=0.507687;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.01971;OID=.;OPOS=241558397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:15:15:17:18:15:15:17:18 chr2 241569692 . C T 72.02 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0106433;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.291;QD=16.9449;RBI=0.017995;REFB=-0.024807;REVB=0.0145101;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207482;STB=0.618816;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0088294;OID=.;OPOS=241569692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:18:17:8:8:9:9:0.529412:6:3:1:7:6:3:1:7 chr2 241570249 . A C 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00665723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.969;QD=25.2551;RBI=0.0246139;REFB=-0.0030291;REVB=-0.0236966;RO=10;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189933;STB=0.605937;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00216998;OID=.;OPOS=241570249;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:10:7:7:3:10:7:7:3 chr2 241570391 . A G 557.14 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.821;QD=60.2308;RBI=0.0314011;REFB=0;REVB=0.0252339;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.80085e-05;OID=.;OPOS=241570391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr2 241664801 . C T 108.27 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0288211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6417;QD=13.5334;RBI=0.0539864;REFB=-0.0385074;REVB=-0.0456495;RO=19;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196894;STB=0.615207;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0583857;OID=.;OPOS=241664801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:5:8:8:11:5:8:8:11 chr2 241667783 . C T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00482761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.501;QD=11.6338;RBI=0.0115725;REFB=-0.0181378;REVB=0.0105174;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217976;STB=0.630875;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0282988;OID=.;OPOS=241667783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:7:3:8:8:7:3:8:8 chr2 241813453 . G A 303.02 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0154773;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.426;QD=19.2394;RBI=0.0162911;REFB=-0.0147705;REVB=0.00508442;RO=30;SAF=18;SAR=14;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140777;STB=0.570253;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0296489;OID=.;OPOS=241813453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:30:31:32:32:0.507937:14:18:12:18:14:18:13:18 chr2 241816545 . C T 318.79 PASS AF=0.675;AO=27;DP=40;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.019463;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4646;QD=31.8789;RBI=0.0206786;REFB=-0.0476429;REVB=-0.00698525;RO=13;SAF=7;SAR=20;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365899;STB=0.520079;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0208997;OID=.;OPOS=241816545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:13:27:27:0.675:20:7:4:9:20:7:4:9 chr2 241828012 . T C 101.58 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00600222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.852;QD=16.9304;RBI=0.00616602;REFB=-0.0584939;REVB=0.00141181;RO=12;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0412567;OID=.;OPOS=241828012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:7:5:5:7:7:5:5:7 chr2 241828034 . A G 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.108;QD=51.179;RBI=0.0424142;REFB=0;REVB=0.00135526;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275796;OID=.;OPOS=241828034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr2 241830969 . G A 701.55 PASS AF=0.725;AO=58;DP=80;FAO=58;FDP=80;FR=.;FRO=22;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00883066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.518;QD=35.0777;RBI=0.1507;REFB=-0.0233429;REVB=0.150441;RO=21;SAF=37;SAR=21;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041382;STB=0.513153;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00946713;OID=.;OPOS=241830969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:21:22:58:58:0.725:21:37:15:6:21:37:15:7 chr2 241831005 . C T 1172.17 PASS AF=0.664516;AO=102;DP=154;FAO=103;FDP=155;FR=.;FRO=52;FSAF=70;FSAR=33;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.0565882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1493;QD=30.2495;RBI=0.0678112;REFB=0.00877172;REVB=0.0373649;RO=52;SAF=69;SAR=33;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069339;STB=0.538454;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00638346;OID=.;OPOS=241831005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:52:52:102:103:0.664516:33:69:30:22:33:70:30:22 chr2 241831296 . C G 204.5 PASS AF=0.555556;AO=19;DP=35;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.180627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.8813;QD=22.7221;RBI=0.183287;REFB=-0.0408538;REVB=-0.0311097;RO=16;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00573328;STB=0.511616;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0376086;OID=.;OPOS=241831296;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:16:16:19:20:0.555556:12:7:6:10:12:8:6:10 chr2 241834944 . T C 328.21 PASS AF=0.472973;AO=32;DP=72;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0126243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.518;QD=17.7413;RBI=0.0128615;REFB=-0.0176488;REVB=-0.00245851;RO=39;SAF=16;SAR=16;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137959;STB=0.567069;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0142669;OID=.;OPOS=241834944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:39:39:32:35:0.472973:16:16:14:25:18:17:14:25 chr2 241835379 . G A 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.3;QD=47.8201;RBI=0.0461166;REFB=0;REVB=0.0339217;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48013e-05;OID=.;OPOS=241835379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr2 241865156 . T C 2212.05 PASS AF=0.986755;AO=145;DP=147;FAO=149;FDP=151;FR=.;FRO=2;FSAF=78;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00321877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.046;QD=58.5974;RBI=0.0105397;REFB=-0.149628;REVB=0.0100362;RO=0;SAF=78;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0014797;OID=.;OPOS=241865156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:147:151:0:2:145:149:0.986755:67:78:0:0:71:78:2:0 chr2 241872597 . A G 424.46 PASS AF=0.625;AO=39;DP=63;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00627015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.444;QD=26.5288;RBI=0.0336376;REFB=-0.0385885;REVB=0.0330481;RO=23;SAF=14;SAR=25;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236584;STB=0.510234;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0212408;OID=.;OPOS=241872597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:23:24:39:40:0.625:25:14:9:14:26:14:9:15 chr2 241872722 . G A 113.35 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0098029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.579;QD=9.64661;RBI=0.0341984;REFB=-0.0173465;REVB=-0.0327633;RO=33;SAF=6;SAR=8;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306075;STB=0.682115;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0329177;OID=.;OPOS=241872722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:8:6:23:10:8:6:23:10 chr2 241898824 . A G 350.7 PASS AF=0.493333;AO=36;DP=74;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00826286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.813;QD=18.7038;RBI=0.0209237;REFB=-0.0236833;REVB=0.019223;RO=38;SAF=14;SAR=22;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00565336;STB=0.508767;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0246858;OID=.;OPOS=241898824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:38:38:36:37:0.493333:22:14:15:23:23:14:15:23 chr2 241904001 . G C 382.68 PASS AF=0.546667;AO=26;DP=76;FAO=41;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0634376;FXX=0.0131562;HRUN=7;LEN=1;MLLD=26.3187;QD=20.4095;RBI=0.0651072;REFB=-0.0642065;REVB=0.0146495;RO=21;SAF=15;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433403;STB=0.553798;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0294116;OID=.;OPOS=241904001;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:21:28:26:41:0.546667:11:15:11:10:23:18:16:12 chr2 241922430 . T C 484.44 PASS AF=0.6;AO=45;DP=75;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.021953;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.799;QD=25.8369;RBI=0.0291088;REFB=-0.0187132;REVB=-0.0191151;RO=30;SAF=17;SAR=28;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349303;STB=0.519076;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0161968;OID=.;OPOS=241922430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:30:30:45:45:0.6:28:17:10:20:28:17:10:20 chr2 241925343 . T C 204.18 PASS AF=0.333333;AO=26;DP=78;FAO=26;FDP=78;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.00884046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.725;QD=10.4706;RBI=0.0129361;REFB=-0.00587911;REVB=0.00944405;RO=52;SAF=12;SAR=14;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893239;STB=0.551961;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0182066;OID=.;OPOS=241925343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:52:52:26:26:0.333333:14:12:20:32:14:12:20:32 chr2 241929228 . A G 961.83 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.236;QD=58.2924;RBI=0.0151007;REFB=0;REVB=-0.000698235;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.83228e-05;OID=.;OPOS=241929228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:63:66:1:31:32:0:0:34:32:0:0 chr2 242002263 . C T 91.35 PASS AF=0.27907;AO=11;DP=42;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0461003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2057;QD=8.49747;RBI=0.0465443;REFB=-0.00214894;REVB=-0.0064139;RO=30;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.414437;STB=0.77484;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0155193;OID=.;OPOS=242002263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:43:30:31:11:12:0.27907:3:8:11:19:3:9:11:20 chr2 242011303 . A G 424.79 PASS AF=0.722222;AO=36;DP=51;FAO=39;FDP=54;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0214919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.827;QD=31.4658;RBI=0.0236999;REFB=-0.0328875;REVB=0.00998925;RO=15;SAF=15;SAR=21;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276932;STB=0.516089;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0131511;OID=.;OPOS=242011303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:15:15:36:39:0.722222:21:15:7:8:23:16:7:8 chr2 242011330 . C A 383.89 PASS AF=0.72093;AO=31;DP=43;FAO=31;FDP=43;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0233168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7359;QD=35.7102;RBI=0.023414;REFB=-0.0450672;REVB=-0.00213121;RO=11;SAF=8;SAR=23;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00917661;STB=0.502945;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0181972;OID=.;OPOS=242011330;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:43:43:11:12:31:31:0.72093:23:8:3:8:23:8:3:9 chr2 242021742 . G T 1708.02 PASS AF=0.958678;AO=115;DP=122;FAO=116;FDP=121;FR=.;FRO=5;FSAF=50;FSAR=66;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0307838;FXX=0.0162588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.4068;QD=56.4635;RBI=0.0315506;REFB=0.0260996;REVB=0.00691358;RO=4;SAF=50;SAR=65;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203913;STB=0.507102;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.0045676;OID=.;OPOS=242021742;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:122:121:4:5:115:116:0.958678:65:50:3:1:66:50:3:2 chr2 242028762 . T C 569.45 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.171;QD=59.9425;RBI=0.0264735;REFB=0;REVB=0.023369;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90838e-05;OID=.;OPOS=242028762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:16:21:0:0:17:21:0:0 chr2 242046785 . A C 658.19 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00433147;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.885;QD=59.8354;RBI=0.0278383;REFB=-0.164399;REVB=0.0274993;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510633;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000603892;OID=.;OPOS=242046785;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:44:0:1:43:43:0.977273:23:20:0:0:23:20:0:1 chr2 242051777 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.273;QD=63.2867;RBI=0.0312311;REFB=0;REVB=0.015629;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001102;OID=.;OPOS=242051777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr2 242054403 . G A 945.21 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=69;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0202214;FXX=0.0289813;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.552;QD=56.4306;RBI=0.020338;REFB=0.0525302;REVB=-0.00217503;RO=1;SAF=40;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011665;STB=0.506022;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=9.95731e-05;OID=.;OPOS=242054403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:67:1:1:65:66:0.985075:25:40:1:0:25:41:1:0 chr2 242062162 . C T 340.01 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0380072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.5596;QD=48.5723;RBI=0.0391966;REFB=-0.00303008;REVB=0.00958268;RO=1;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029965;STB=0.531226;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.010778;OID=.;OPOS=242062162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:28:1:2:26:26:0.928571:15:11:0:1:15:11:0:2 chr2 242066156 . C T 272.84 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00119449;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=88.7144;QD=45.4737;RBI=0.00255236;REFB=-0.136346;REVB=0.0022556;RO=2;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768812;STB=0.541629;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00369518;OID=.;OPOS=242066156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:11:11:0:2:11:11:0:2 chr2 242066314 . T C 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00798485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.254;QD=61.3351;RBI=0.0261861;REFB=0;REVB=0.024939;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95347e-05;OID=.;OPOS=242066314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr2 242066789 . A G 691.74 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0134617;FXX=0.0377287;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8983;QD=54.2538;RBI=0.0142508;REFB=0.0427578;REVB=-0.00467612;RO=1;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154349;STB=0.508193;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00488998;OID=.;OPOS=242066789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:51:1:1:50:50:0.980392:30:20:0:1:30:20:0:1 chr2 242075362 . G A 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0126822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3831;QD=14.3346;RBI=0.0249625;REFB=0.00496722;REVB=0.0215009;RO=26;SAF=3;SAR=14;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196622;STB=0.615848;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.00844882;OID=.;OPOS=242075362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:14:3:8:18:14:3:8:18 chr2 242082262 . T C 571.91 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.055;QD=60.2014;RBI=0.0338656;REFB=0;REVB=0.025866;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292235;OID=.;OPOS=242082262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr2 242122391 . T C 418.03 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00527262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.622;QD=53.939;RBI=0.00821942;REFB=-0.0334711;REVB=0.00630541;RO=1;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251989;STB=0.513505;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.000182848;OID=.;OPOS=242122391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:18:12:0:1:18:12:0:1 chr2 242122820 . G A 135.11 PASS AF=0.27027;AO=19;DP=74;FAO=20;FDP=74;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.0633438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3871;QD=7.30314;RBI=0.0636928;REFB=-0.0175912;REVB=0.00665857;RO=55;SAF=10;SAR=9;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197956;STB=0.594503;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0637773;OID=.;OPOS=242122820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:55:54:19:20:0.27027:9:10:20:35:10:10:20:34 chr2 242122844 . C T 142.21 PASS AF=0.244186;AO=21;DP=86;FAO=21;FDP=86;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.0435278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.018;QD=6.6145;RBI=0.0442982;REFB=-0.0131088;REVB=-0.00822561;RO=65;SAF=9;SAR=12;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560745;STB=0.534214;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0518629;OID=.;OPOS=242122844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:65:65:21:21:0.244186:12:9:25:40:12:9:25:40 chr2 242138785 . TGGGC TGGC,TGGCG 98.3 PASS AF=0.402985,0;AO=27,3;DP=67;FAO=27,0;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=24,0;FSAR=3,0;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.259111,-0.20704;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=14.2648,74.1359;QD=5.8689;RBI=0.260118,0.2083;REFB=-0.114578,-0.0236098;REVB=-0.0228702,-0.0228689;RO=30;SAF=23,3;SAR=4,0;SRF=4;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0.296943,0;SSSB=0.650716,0.755915;STB=0.879434,0.5;STBP=0,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0866309,0;OID=.,.;OPOS=242138786,242138788;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=TGGC,TGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.402985,0:27,3:67:27,0:67:40:24,0:3,0:11:29:99:30:23,3:4,0:4:26 chr2 242157228 . G C 184.68 PASS AF=0.513514;AO=18;DP=35;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.024439;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8182;QD=19.965;RBI=0.024509;REFB=-0.021131;REVB=-0.00185084;RO=17;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126496;STB=0.593125;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0169663;OID=.;OPOS=242157228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:17:18:18:19:0.513514:9:9:11:6:10:9:12:6 chr2 242162732 . G C 321.91 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=-0.104066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4283;QD=14.15;RBI=0.105066;REFB=-0.000842415;REVB=-0.0144591;RO=53;SAF=14;SAR=22;SRF=35;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27972;STB=0.666974;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-6.71433e-05;OID=.;OPOS=242162732;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:53:55:36:36:0.395604:22:14:35:18:22:14:37:18 chr2 242168976 . T C 769.61 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161091;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.783;QD=64.134;RBI=0.0162697;REFB=0;REVB=0.00228025;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26249e-07;OID=.;OPOS=242168976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr2 242203916 . A C 1147.71 PASS AF=1;AO=74;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151906;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.476;QD=58.1118;RBI=0.0197792;REFB=-0.0292644;REVB=0.0126674;RO=0;SAF=50;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000853192;OID=.;OPOS=242203916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:77:79:0:0:74:79:1:24:50:0:0:29:50:0:0 chr2 242380748 . T A 180.03 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00922553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.461;QD=11.0789;RBI=0.00927283;REFB=-0.0125755;REVB=-0.000935368;RO=37;SAF=17;SAR=6;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317333;STB=0.708146;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0162571;OID=.;OPOS=242380748;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:42:23:23:0.353846:6:17:17:20:6:17:18:24 chr2 242434602 . A G 59.17 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0169663;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.191;QD=13.922;RBI=0.0310067;REFB=-0.00799335;REVB=0.0259531;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256503;STB=0.6518;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0169516;OID=.;OPOS=242434602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:18:17:9:9:8:8:0.470588:3:5:3:6:3:5:3:6 chr2 242439595 . G A 114.72 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0205116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.164;QD=10.4292;RBI=0.0288372;REFB=-0.00967797;REVB=-0.0202697;RO=30;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156193;STB=0.593416;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0125736;OID=.;OPOS=242439595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:6:8:13:17:6:8:13:17 chr2 242443507 . G A 80.18 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0860642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5049;QD=16.8798;RBI=0.10568;REFB=0.00107499;REVB=0.0613294;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228715;STB=0.631334;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00781037;OID=.;OPOS=242443507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:5:5:2:7:5:5:2:7 chr2 242541365 . G A 882.3 PASS AF=0.592593;AO=79;DP=134;FAO=80;FDP=135;FR=.;FRO=55;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0208858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.635;QD=26.1423;RBI=0.0216319;REFB=-0.018064;REVB=-0.00563202;RO=55;SAF=38;SAR=41;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00747915;STB=0.501389;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0113241;OID=.;OPOS=242541365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:55:55:79:80:0.592593:41:38:27:28:41:39:27:28 chr2 242572846 . A G 194.81 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0120507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.255;QD=17.3162;RBI=0.0157297;REFB=-0.0244243;REVB=-0.0101096;RO=24;SAF=4;SAR=16;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374184;STB=0.727025;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0236942;OID=.;OPOS=242572846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:20:20:0.444444:16:4:13:11:16:4:14:11 chr2 242573211 . T C 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0218133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.556;QD=26.8491;RBI=0.0478513;REFB=-0.04501;REVB=-0.0425902;RO=7;SAF=12;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177265;STB=0.599854;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0164731;OID=.;OPOS=242573211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:3:12:4:3:3:12:4:3 chr2 242607924 . A G 69.38 PASS AF=0.196429;AO=11;DP=56;FAO=11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0386948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9267;QD=4.95545;RBI=0.0388013;REFB=-0.0235863;REVB=0.00287282;RO=44;SAF=5;SAR=6;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02833;STB=0.508182;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0952801;OID=.;OPOS=242607924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:56:56:44:45:11:11:0.196429:6:5:19:25:6:5:20:25 chr2 242610738 . T C 281.93 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0138473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0818;QD=14.6455;RBI=0.0382357;REFB=-0.00160482;REVB=-0.0356402;RO=44;SAF=21;SAR=11;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071939;STB=0.535597;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.000459249;OID=.;OPOS=242610738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:45:32:32:0.415584:11:21:26:18:11:21:27:18 chr2 242610773 . T A 1839.4 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.144;QD=61.3133;RBI=0.0730734;REFB=0;REVB=0.0426262;RO=0;SAF=64;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197148;OID=.;OPOS=242610773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:56:64:0:0:56:64:0:0 chr2 242611934 . T C 364.18 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=-0.0322931;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.824;QD=20.8101;RBI=0.0326513;REFB=-0.0150455;REVB=0.00482295;RO=33;SAF=7;SAR=30;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310656;STB=0.517232;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0113303;OID=.;OPOS=242611934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:33:33:37:37:0.528571:30:7:7:26:30:7:7:26 chr2 242613089 . A G 261.98 PASS AF=0.326923;AO=33;DP=104;FAO=34;FDP=104;FR=.;FRO=70;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=47;FWDB=-0.059483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.987;QD=10.0762;RBI=0.061321;REFB=-0.0114184;REVB=-0.014901;RO=68;SAF=10;SAR=23;SRF=23;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0470497;STB=0.527281;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0232253;OID=.;OPOS=242613089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:68:70:33:34:0.326923:23:10:23:45:24:10:23:47 chr2 242613133 . T G 260.43 PASS AF=0.333333;AO=31;DP=95;FAO=32;FDP=96;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=49;FWDB=0.00411313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.853;QD=10.8512;RBI=0.0141773;REFB=-0.0129802;REVB=-0.0135675;RO=62;SAF=11;SAR=20;SRF=14;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173162;STB=0.605203;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0248981;OID=.;OPOS=242613133;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:62:64:31:32:0.333333:20:11:14:48:20:12:15:49 chr2 242665243 . CTG C 216.11 PASS AF=0.321429;AO=25;DP=87;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0112817;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=2;MLLD=239.926;QD=10.291;RBI=0.011496;REFB=-0.0118998;REVB=-0.00220973;RO=55;SAF=10;SAR=15;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652173;STB=0.533789;STBP=0.672;TYPE=del;VARB=0.0254511;OID=.;OPOS=242665244;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.321429:25:87:27:84:57:11:16:26:31:99:55:10:15:25:30 chr2 242755374 . C G 261.86 PASS AF=0.846154;AO=22;DP=26;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0185094;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.337;QD=40.2866;RBI=0.0404808;REFB=-0.0649736;REVB=0.0360014;RO=1;SAF=8;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542958;STB=0.522367;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.00277929;OID=.;OPOS=242755374;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:26:26:1:4:22:22:0.846154:14:8:1:0:14:8:2:2 chr2 242793273 . A G 902.67 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00176832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.17;QD=58.237;RBI=0.0114916;REFB=0;REVB=0.0113547;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41091e-05;OID=.;OPOS=242793273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:37:25:0:0:37:25:0:0 chr2 242793433 . G A 545.07 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0192975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.378;QD=57.3756;RBI=0.0243512;REFB=-0.00231121;REVB=0.0148521;RO=1;SAF=23;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019929;STB=0.510633;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000454863;OID=.;OPOS=242793433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:14:23:1:0:14:23:1:0 chr2 242813124 . T C 713.66 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0435097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2092;QD=60.7371;RBI=0.0939989;REFB=0.00389148;REVB=0.0833229;RO=1;SAF=28;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164967;STB=0.508768;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000241199;OID=.;OPOS=242813124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:18:28:1:0:18:28:1:0 chr2 242814283 . C T 500.5 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0889556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0132;QD=58.8826;RBI=0.137185;REFB=0;REVB=0.104435;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00368623;OID=.;OPOS=242814283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr2 242814360 . T C 803.4 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0164143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7414;QD=55.4066;RBI=0.0165036;REFB=0.00757618;REVB=-0.00171466;RO=1;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177934;STB=0.509431;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-9.77912e-06;OID=.;OPOS=242814360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:26:31:0:1:26:31:0:1 chr2 242814463 . A G,T 1204.82 PASS AF=0.0487805,0.939024;AO=4,77;DP=82;FAO=4,77;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=4,39;FSAR=0,38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0296672,-0.000152781;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=62.185,93.2901;QD=58.7719;RBI=0.0322594,0.0116679;REFB=-0.0409686,-0.0375373;REVB=0.0126698,0.0116669;RO=1;SAF=4,39;SAR=0,38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.749895,0.0122921;STB=0.995941,0.506492;STBP=0.099,0.553;TYPE=snp,snp;VARB=0.172112,-0.00178341;OID=.,.;OPOS=242814463,242814463;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:82:82:1:1:4,77:4,77:0.0487805,0.939024:0,38:4,39:0:1:0,38:4,39:0:1 chr2 242814639 . T C 241.43 PASS AF=1;AO=10;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.157742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.314;QD=50.8283;RBI=0.158075;REFB=0;REVB=0.0102468;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131335;OID=.;OPOS=242814639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:10:19:1:7:3:0:0:8:11:0:0 chr2 242815059 . C T 1175.88 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000383319;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.029;QD=60.3013;RBI=0.0129866;REFB=0;REVB=0.0129809;RO=0;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000974012;OID=.;OPOS=242815059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:76:78:1:33:43:0:0:35:43:0:0 chr2 242839363 . G C 1001.86 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1183;QD=58.0791;RBI=0.0170693;REFB=0;REVB=-0.0115254;RO=1;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145389;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000156859;OID=.;OPOS=242839363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:69:1:0:67:69:1:32:35:0:1:33:36:0:0 chr3 239347 . C G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0157039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.757;QD=14.0438;RBI=0.0290153;REFB=0.00323513;REVB=-0.0243983;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422723;STB=0.749163;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.00105223;OID=.;OPOS=239347;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:0:4:2:3:0:4 chr3 391100 . A G 1872.97 PASS AF=0.976744;AO=123;DP=128;FAO=126;FDP=129;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0195235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.586;QD=58.0767;RBI=0.0325681;REFB=0.00273362;REVB=0.0260674;RO=5;SAF=57;SAR=66;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101709;STB=0.504825;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-7.23769e-05;OID=.;OPOS=391100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:128:129:5:3:123:126:0.976744:66:57:3:2:68:58:2:1 chr3 439963 . A G 1008.8 PASS AF=0.945946;AO=70;DP=77;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.000185256;FXX=0.038956;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6066;QD=54.5298;RBI=0.0280889;REFB=0.0433321;REVB=-0.0280882;RO=4;SAF=26;SAR=44;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408779;STB=0.521662;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00539632;OID=.;OPOS=439963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:77:74:4:4:70:70:0.945946:44:26:3:1:44:26:3:1 chr3 440028 . T C 853.19 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00685564;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.274;QD=57.8437;RBI=0.00690254;REFB=0;REVB=-0.000803258;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.17746e-05;OID=.;OPOS=440028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:36:22:0:0:37:22:0:0 chr3 450391 . T C 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.109;QD=55.0953;RBI=0.0166724;REFB=0;REVB=0.00948272;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141357;OID=.;OPOS=450391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:8:18:0:0:8:18:0:0 chr3 450534 . T C 1377.49 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00933653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7599;QD=62.6131;RBI=0.0261846;REFB=0;REVB=0.0244635;RO=0;SAF=29;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04906e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.38605e-05;OID=.;OPOS=450534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:59:29:0:0:59:29:0:0 chr3 1107455 . T C 517.72 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00768037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.392;QD=59.1679;RBI=0.0713622;REFB=0;REVB=0.0709477;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330308;OID=.;OPOS=1107455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:18:16:0:0:18:17:0:0 chr3 1424850 . T G 1719.31 PASS AF=0.991379;AO=107;DP=107;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00773322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.818;QD=59.2865;RBI=0.0314248;REFB=0.00505344;REVB=0.0304584;RO=0;SAF=55;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-5.50614e-05;OID=.;OPOS=1424850;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:116:0:1:107:115:0.991379:52:55:0:0:56:59:1:0 chr3 3081750 . A T 209.78 PASS AF=0.2;AO=36;DP=181;FAO=36;FDP=180;FR=.;FRO=144;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=77;FSRR=67;FWDB=-0.014134;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0118;QD=4.6617;RBI=0.0146274;REFB=-0.0088205;REVB=-0.00376705;RO=144;SAF=23;SAR=13;SRF=77;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137056;STB=0.585939;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0433781;OID=.;OPOS=3081750;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:144:144:36:36:0.2:13:23:77:67:13:23:77:67 chr3 3081825 . T C 2219.39 PASS AF=0.992958;AO=140;DP=141;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000732677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.334;QD=62.5179;RBI=0.0524527;REFB=-0.0538133;REVB=0.0524475;RO=0;SAF=71;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.29942e-08;STB=0.503597;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.000183985;OID=.;OPOS=3081825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:141:142:0:1:140:141:0.992958:69:71:0:0:69:72:0:1 chr3 3098041 . G C 1504.78 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00185373;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.408;QD=61.4195;RBI=0.0498775;REFB=-0.00622428;REVB=-0.049843;RO=2;SAF=61;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015294;STB=0.508063;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000159889;OID=.;OPOS=3098041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:2:2:96:96:0.979592:35:61:2:0:35:61:2:0 chr3 3115478 . T C 215.44 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00556109;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.453;QD=27.7989;RBI=0.00586825;REFB=-0.0376403;REVB=0.00187367;RO=11;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152088;STB=0.584331;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0164715;OID=.;OPOS=3115478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:32:31:11:11:20:20:0.645161:12:8:7:4:12:8:7:4 chr3 3170792 . C T 739.06 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00796979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.599;QD=54.7453;RBI=0.0259364;REFB=-0.022473;REVB=0.0246815;RO=1;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192259;STB=0.5102;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.002832;OID=.;OPOS=3170792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:24:29:0:1:24:29:0:1 chr3 3189279 . A G 796.49 PASS AF=0.95082;AO=57;DP=60;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0142197;FXX=0.0161264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.896;QD=52.2288;RBI=0.0197448;REFB=-0.232654;REVB=0.0136988;RO=3;SAF=29;SAR=28;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463215;STB=0.524582;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00192895;OID=.;OPOS=3189279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:60:61:3:3:57:58:0.95082:28:29:3:0:29:29:3:0 chr3 3886580 . A G 965.46 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212183;FXX=0.0298463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.08;QD=59.413;RBI=0.024396;REFB=0;REVB=0.0120395;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155953;OID=.;OPOS=3886580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chr3 3887093 . A G 1072.45 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0134889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.717;QD=57.9705;RBI=0.0331892;REFB=-0.0613365;REVB=0.0303245;RO=1;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111286;STB=0.505746;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00116665;OID=.;OPOS=3887093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:72:73:0.986486:42:30:0:1:43:30:0:1 chr3 3889222 . G T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00612381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.059;QD=40.7628;RBI=0.00873393;REFB=0;REVB=-0.00622739;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.94222e-05;OID=.;OPOS=3889222;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr3 4403837 . A G 32.49 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0021718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.914;QD=2.70741;RBI=0.0134889;REFB=-0.000810212;REVB=-0.013313;RO=42;SAF=5;SAR=1;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273452;STB=0.713471;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00400315;OID=.;OPOS=4403837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:42:42:6:6:0.125:1:5:27:15:1:5:27:15 chr3 4817057 . T C 1040.44 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014486;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.175;QD=59.4535;RBI=0.0289583;REFB=0;REVB=0.0250747;RO=0;SAF=41;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000921704;OID=.;OPOS=4817057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:69:70:1:28:41:0:0:29:41:0:0 chr3 4856180 . T C 870.71 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123235;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5759;QD=58.0476;RBI=0.0345939;REFB=0;REVB=0.0323244;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356913;OID=.;OPOS=4856180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:61:60:1:34:27:0:0:33:27:0:0 chr3 4856234 . G A 339.03 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.368;QD=54.2451;RBI=0.0291572;REFB=0;REVB=0.00135597;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39168e-05;OID=.;OPOS=4856234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:15:9:0:0:15:10:0:0 chr3 5024771 . T C 544.55 PASS AF=0.818182;AO=45;DP=55;FAO=45;FDP=55;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00400836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.692;QD=39.6037;RBI=0.0129779;REFB=-0.0258692;REVB=0.0123434;RO=10;SAF=16;SAR=29;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877808;STB=0.547148;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0103771;OID=.;OPOS=5024771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:10:10:45:45:0.818182:29:16:6:4:29:16:6:4 chr3 5025645 . G C 516.95 PASS AF=0.686567;AO=46;DP=67;FAO=46;FDP=67;FR=.;FRO=21;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00937564;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=238.649;QD=30.8628;RBI=0.0132705;REFB=-0.00671934;REVB=0.00939163;RO=21;SAF=27;SAR=19;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.009245;STB=0.505008;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00294797;OID=.;OPOS=5025645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:21:21:46:46:0.686567:19:27:12:9:19:27:12:9 chr3 5025650 . G T 601.38 PASS AF=0.78125;AO=50;DP=64;FAO=50;FDP=64;FR=.;FRO=14;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00729691;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=186.534;QD=37.5862;RBI=0.00872329;REFB=-0.00559156;REVB=-0.00478025;RO=14;SAF=27;SAR=23;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423293;STB=0.522718;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00232218;OID=.;OPOS=5025650;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:64:64:14:14:50:50:0.78125:23:27:9:5:23:27:9:5 chr3 5025654 . G A 586.14 PASS AF=0.777778;AO=49;DP=63;FAO=49;FDP=63;FR=.;FRO=14;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00631883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6676;QD=37.2153;RBI=0.00693725;REFB=0.0029862;REVB=0.00286319;RO=14;SAF=26;SAR=23;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169617;STB=0.509111;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-0.000647224;OID=.;OPOS=5025654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:63:63:14:14:49:49:0.777778:23:26:8:6:23:26:8:6 chr3 5241309 . C A 785.59 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.008;QD=57.134;RBI=0.0334198;REFB=0;REVB=0.0125269;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106679;OID=.;OPOS=5241309;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:54:55:1:23:31:0:0:23:32:0:0 chr3 5244678 . G A 1127.24 PASS AF=0.84466;AO=87;DP=104;FAO=87;FDP=103;FR=.;FRO=16;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.000189745;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.427;QD=43.7764;RBI=0.0289473;REFB=-0.0270629;REVB=0.0289467;RO=16;SAF=49;SAR=38;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187246;STB=0.509952;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00227426;OID=.;OPOS=5244678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:104:103:16:16:87:87:0.84466:38:49:8:8:38:49:8:8 chr3 5294713 . C T 31.91 PASS AF=0.113208;AO=5;DP=52;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0716348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8378;QD=2.40811;RBI=0.0929163;REFB=-0.00363854;REVB=0.0591769;RO=47;SAF=4;SAR=1;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272947;STB=0.58637;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.041517;OID=.;OPOS=5294713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:53:47:47:5:6:0.113208:1:4:27:20:2:4:27:20 chr3 6828364 . A G 224.22 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0591153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.184;QD=42.7089;RBI=0.0743062;REFB=0.0594654;REVB=-0.04502;RO=2;SAF=9;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917561;STB=0.549948;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.000987532;OID=.;OPOS=6828364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:10:9:2:0:10:9:2:0 chr3 7620789 . T C 54.53 PASS AF=0.160714;AO=9;DP=57;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0103774;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.407;QD=3.89489;RBI=0.0400049;REFB=-0.00320812;REVB=-0.0386355;RO=46;SAF=5;SAR=4;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094473;STB=0.555432;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0184102;OID=.;OPOS=7620789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:57:56:46:47:9:9:0.160714:4:5:22:24:4:5:23:24 chr3 8676204 . A G 971.41 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360773;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.818;QD=58.8733;RBI=0.0475716;REFB=0;REVB=0.0310078;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451507;OID=.;OPOS=8676204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:27:37:0:0:27:39:0:0 chr3 8705555 . T C 340.84 PASS AF=0.84375;AO=27;DP=32;FAO=27;FDP=32;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0385873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.341;QD=42.6043;RBI=0.0385893;REFB=-0.00413115;REVB=0.000392048;RO=5;SAF=11;SAR=16;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568646;STB=0.530783;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.000490872;OID=.;OPOS=8705555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:32:32:5:5:27:27:0.84375:16:11:3:2:16:11:3:2 chr3 8775661 . C T 124.92 PASS AF=0.276923;AO=18;DP=65;FAO=18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.0099717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.591;QD=7.68744;RBI=0.0136346;REFB=-0.00578537;REVB=0.00929883;RO=46;SAF=1;SAR=17;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.699577;STB=0.931423;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0166463;OID=.;OPOS=8775661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:46:47:18:18:0.276923:17:1:27:19:17:1:28:19 chr3 8809703 . G A 958.55 PASS AF=0.971831;AO=64;DP=68;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0312904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.678;QD=54.0026;RBI=0.0505355;REFB=0.037695;REVB=0.0396831;RO=3;SAF=20;SAR=44;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343126;STB=0.519994;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.000900079;OID=.;OPOS=8809703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:71:3:2:64:69:0.971831:44:20:2:1:45:24:2:0 chr3 8955389 . C T 72.29 PASS AF=0.215686;AO=10;DP=50;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0275292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.27;QD=5.66951;RBI=0.0306486;REFB=-0.00970344;REVB=-0.0134715;RO=38;SAF=5;SAR=5;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643131;STB=0.593473;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0480277;OID=.;OPOS=8955389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:50:51:38:40:10:11:0.215686:5:5:17:21:5:6:17:23 chr3 8973283 . C G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.081;QD=51.1837;RBI=0.0690821;REFB=0;REVB=0.0290217;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112007;OID=.;OPOS=8973283;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr3 9005078 . C T 87.0 PASS AF=0.146341;AO=18;DP=123;FAO=18;FDP=123;FR=.;FRO=105;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=77;FWDB=-0.0123168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.474;QD=2.82918;RBI=0.0282092;REFB=-0.00489283;REVB=-0.0253782;RO=105;SAF=13;SAR=5;SRF=28;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.531102;STB=0.838418;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.029891;OID=.;OPOS=9005078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:123:123:105:105:18:18:0.146341:5:13:28:77:5:13:28:77 chr3 9024017 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0350264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6398;QD=42.1817;RBI=0.0361836;REFB=0;REVB=-0.00907773;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000991349;OID=.;OPOS=9024017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr3 9024146 . C A 635.77 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0367385;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2388;QD=62.0265;RBI=0.0699433;REFB=0;REVB=0.0595176;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230896;OID=.;OPOS=9024146;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr3 9091151 . C G 315.1 PASS AF=0.764706;AO=25;DP=34;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0304168;FXX=0.0285633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.363;QD=37.0704;RBI=0.0311155;REFB=-0.025506;REVB=0.0065568;RO=7;SAF=10;SAR=15;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483619;STB=0.533955;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00631866;OID=.;OPOS=9091151;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:34:34:7:8:25:26:0.764706:15:10:2:5:16:10:2:6 chr3 9122948 . A G 1270.55 PASS AF=0.988235;AO=79;DP=81;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0504888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.321;QD=59.7906;RBI=0.0556213;REFB=-0.0557533;REVB=0.023337;RO=1;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133333;STB=0.506848;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0016255;OID=.;OPOS=9122948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:85:1:1:79:84:0.988235:35:44:0:1:36:48:0:1 chr3 9406836 . T C 1579.61 PASS AF=0.981651;AO=107;DP=110;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0168835;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0731;QD=57.9674;RBI=0.0208008;REFB=0.0517671;REVB=0.0121499;RO=2;SAF=56;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000815332;STB=0.50043;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.00138031;OID=.;OPOS=9406836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:110:109:2:2:107:107:0.981651:51:56:1:1:51:56:1:1 chr3 9422210 . T C 851.72 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00316401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.9464;QD=57.7435;RBI=0.00557648;REFB=0;REVB=0.00459197;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93429e-05;OID=.;OPOS=9422210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:34:24:0:0:35:24:0:0 chr3 9425911 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.036;QD=62.3509;RBI=0.029525;REFB=0;REVB=0.0151229;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.69978e-05;OID=.;OPOS=9425911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr3 9506285 . T C 104.8 PASS AF=0.175926;AO=19;DP=108;FAO=19;FDP=108;FR=.;FRO=89;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=54;FSRR=35;FWDB=-0.0138314;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.066;QD=3.88148;RBI=0.0217656;REFB=-0.00389764;REVB=0.0168057;RO=87;SAF=12;SAR=7;SRF=54;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147243;STB=0.521716;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0276044;OID=.;OPOS=9506285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:87:89:19:19:0.175926:7:12:54:33:7:12:54:35 chr3 9540366 . C G 1008.46 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.822;QD=59.3212;RBI=0.0212841;REFB=0;REVB=-0.0052168;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.222e-05;OID=.;OPOS=9540366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr3 9768336 . C G 1210.55 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00737497;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.908;QD=59.7805;RBI=0.0347991;REFB=-0.190351;REVB=0.0340087;RO=1;SAF=58;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220049;STB=0.511108;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-7.24399e-05;OID=.;OPOS=9768336;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:81:1:1:79:80:0.987654:21:58:0:1:22:58:0:1 chr3 9798773 . C G 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00368968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.836;QD=58.2429;RBI=0.00471414;REFB=0.0308017;REVB=0.00293417;RO=1;SAF=24;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191347;STB=0.510199;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.000146225;OID=.;OPOS=9798773;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:15:24:1:0:15:24:1:0 chr3 9870869 . C T 497.93 PASS AF=0.878049;AO=36;DP=41;FAO=36;FDP=41;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0322579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.616;QD=48.5785;RBI=0.0361969;REFB=-0.0407948;REVB=0.0164209;RO=5;SAF=15;SAR=21;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424919;STB=0.522809;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00624947;OID=.;OPOS=9870869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:41:41:5:5:36:36:0.878049:21:15:3:2:21:15:3:2 chr3 9896259 . T A 48.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00844441;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.833;QD=24.3405;RBI=0.0384285;REFB=-0.0988318;REVB=0.0374892;RO=1;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962265;STB=0.599697;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0241092;OID=.;OPOS=9896259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:1:2:6:6:0.75:2:4:1:0:2:4:2:0 chr3 9908749 . G C 549.67 PASS AF=0.705882;AO=48;DP=68;FAO=48;FDP=68;FR=.;FRO=20;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0214225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.2725;QD=32.3335;RBI=0.0220835;REFB=-0.055387;REVB=-0.00536266;RO=19;SAF=23;SAR=25;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00288398;STB=0.508596;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0218456;OID=.;OPOS=9908749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:19:20:48:48:0.705882:25:23:9:10:25:23:9:11 chr3 9920138 . G C 53.93 PASS AF=0.153846;AO=9;DP=64;FAO=10;FDP=65;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.00629999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.089;QD=3.31889;RBI=0.0552944;REFB=-0.00484531;REVB=0.0549343;RO=55;SAF=5;SAR=4;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997629;STB=0.55374;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0251043;OID=.;OPOS=9920138;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:64:65:55:55:9:10:0.153846:4:5:31:24:5:5:31:24 chr3 9934605 . T C 219.27 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0292204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.287;QD=39.8679;RBI=0.0517947;REFB=-0.0378263;REVB=0.0427652;RO=3;SAF=13;SAR=6;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950419;STB=0.551672;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00434074;OID=.;OPOS=9934605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:22:3:3:19:19:0.863636:6:13:3:0:6:13:3:0 chr3 9975247 . C G 62.18 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0864976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.21;QD=35.5311;RBI=0.0865237;REFB=0;REVB=-0.0021243;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000630226;OID=.;OPOS=9975247;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr3 9976159 . A G 824.55 PASS AF=1;AO=56;DP=60;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000217441;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.339;QD=56.8656;RBI=0.0101325;REFB=0;REVB=0.0101302;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201559;OID=.;OPOS=9976159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:58:0:0:56:58:1:34:22:0:0:36:22:0:0 chr3 9991388 . G C 1130.69 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.28;QD=60.3035;RBI=0.0270754;REFB=0;REVB=0.0185514;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358839;OID=.;OPOS=9991388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:44:29:0:0:46:29:0:0 chr3 10088266 . G T 151.33 PASS AF=0.247191;AO=19;DP=86;FAO=22;FDP=89;FR=.;FRO=67;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.00962629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.768;QD=6.8013;RBI=0.0215874;REFB=-0.00747057;REVB=0.0193222;RO=63;SAF=10;SAR=9;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965831;STB=0.527925;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0206341;OID=.;OPOS=10088266;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:89:63:67:19:22:0.247191:9:10:38:25:10:12:39:28 chr3 10088299 . C T 165.38 PASS AF=0.270588;AO=23;DP=86;FAO=23;FDP=85;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.00835902;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.968;QD=7.78273;RBI=0.00967227;REFB=-0.0188239;REVB=0.00486618;RO=61;SAF=12;SAR=11;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633359;STB=0.531319;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0210371;OID=.;OPOS=10088299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:61:62:23:23:0.270588:11:12:35:26:11:12:35:27 chr3 10088308 . T C 182.05 PASS AF=0.303797;AO=23;DP=81;FAO=24;FDP=79;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.0198511;FXX=0.0365809;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.806;QD=9.21766;RBI=0.0205919;REFB=-0.00908441;REVB=-0.00547334;RO=58;SAF=12;SAR=11;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00539759;STB=0.506324;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0145134;OID=.;OPOS=10088308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:58:55:23:24:0.303797:11:12:30:28:12:12:27:28 chr3 10088343 . A G 161.41 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0136297;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.6127;QD=10.5841;RBI=0.0248259;REFB=-0.0124214;REVB=-0.0207498;RO=40;SAF=9;SAR=12;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526093;STB=0.530776;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0340208;OID=.;OPOS=10088343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:12:9:19:21:12:9:19:21 chr3 10088404 . C T 49.35 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0575391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.904;QD=6.16852;RBI=0.0576769;REFB=-0.0568987;REVB=-0.00398447;RO=23;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115241;STB=0.571276;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.104348;OID=.;OPOS=10088404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:32:32:23:23:9:9:0.28125:5:4:8:15:5:4:8:15 chr3 10089723 . G A 81.21 PASS AF=0.213115;AO=13;DP=61;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0309209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.443;QD=5.32522;RBI=0.0347014;REFB=0.0023955;REVB=-0.0157509;RO=47;SAF=3;SAR=10;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193181;STB=0.636136;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00975147;OID=.;OPOS=10089723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:61:61:47:48:13:13:0.213115:10:3:17:30:10:3:18:30 chr3 10089738 . A G 47.74 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0342817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8981;QD=3.67232;RBI=0.0352121;REFB=-0.0104596;REVB=-0.00804113;RO=44;SAF=2;SAR=6;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239542;STB=0.66976;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0669603;OID=.;OPOS=10089738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:44:44:8:8:0.153846:6:2:19:25:6:2:19:25 chr3 10188339 . TTAAAAAG TAAAAG,TAAAAGTA,TTAAAAG 215.87 PASS AF=0.371429,0.142857,0.428571;AO=9,5,8;DP=37;FAO=13,5,15;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=8,5,4;FSAR=5,0,11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00151878,-0.0652126,0.0977418;FXX=0.0277701;HRUN=5,5,5;LEN=2,7,1;MLLD=11.3783,73.2852,8.32668;QD=24.6705;RBI=0.194424,0.0827555,0.404097;REFB=-0.148395,-0.049248,-0.13339;REVB=-0.194418,-0.0509489,-0.392098;RO=4;SAF=7,5,0;SAR=2,0,8;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0212429,0.719385,-0.808488;STB=0.516104,0.996516,0.533934;STBP=0.864,0.14,0.564;TYPE=del,mnp,del;VARB=0.156767,0.0818972,0.0785563;OID=.,.,.;OPOS=10188340,10188340,10188341;OREF=TA,TAAAAAG,A;OALT=-,AAAAGTA,-;OMAPALT=TAAAAG,TAAAAGTA,TTAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.371429,0.142857,0.428571:9,5,8:37:13,5,15:35:2:8,5,4:5,0,11:1:1:47:4:7,5,0:2,0,8:3:1 chr3 10276163 . T A 905.44 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.385;QD=56.59;RBI=0.0268152;REFB=0;REVB=0.0171288;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426954;OID=.;OPOS=10276163;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:64:0:0:58:64:1:31:27:0:0:34:30:0:0 chr3 10345657 . G A 68.85 PASS AF=0.154762;AO=13;DP=83;FAO=13;FDP=84;FR=.;FRO=71;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.0345535;FXX=0.0344788;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.378;QD=3.27864;RBI=0.0403386;REFB=-0.0135178;REVB=-0.0208148;RO=68;SAF=9;SAR=4;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326317;STB=0.721595;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0420217;OID=.;OPOS=10345657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:83:84:68:71:13:13:0.154762:4:9:29:39:4:9:30:41 chr3 10368948 . G A 106.76 PASS AF=0.157895;AO=21;DP=133;FAO=21;FDP=133;FR=.;FRO=112;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=51;FSRR=61;FWDB=-0.00260303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.006;QD=3.21087;RBI=0.00594064;REFB=-0.00967385;REVB=-0.00533998;RO=106;SAF=5;SAR=16;SRF=49;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30465;STB=0.699252;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0402883;OID=.;OPOS=10368948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:106:112:21:21:0.157895:16:5:49:57:16:5:51:61 chr3 10379923 . C T 1921.33 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=127;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0397652;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.232;QD=60.9946;RBI=0.0645479;REFB=0.0122496;REVB=0.0508445;RO=1;SAF=59;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714507;STB=0.503759;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=5.40485e-05;OID=.;OPOS=10379923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:126:1:1:125:125:0.992063:66:59:0:1:66:59:0:1 chr3 10413601 . G A 2149.93 PASS AF=1;AO=123;DP=144;FAO=141;FDP=141;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=57;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566466;FXX=0.0208319;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.936;QD=60.9909;RBI=0.0700319;REFB=0;REVB=0.041178;RO=0;SAF=53;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.66488e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128621;OID=.;OPOS=10413601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:141:0:0:123:141:1:70:53:0:0:84:57:0:0 chr3 10413602 . C A 79.53 PASS AF=0.125874;AO=17;DP=142;FAO=18;FDP=143;FR=.;FRO=125;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=57;FSRR=68;FWDB=0.0354519;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8758;QD=2.22447;RBI=0.0388007;REFB=-0.0355549;REVB=0.0157689;RO=124;SAF=1;SAR=16;SRF=57;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.561704;STB=0.920094;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0514967;OID=.;OPOS=10413602;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:142:143:124:125:17:18:0.125874:16:1:57:67:17:1:57:68 chr3 10413715 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.664;QD=60.6103;RBI=0.0139422;REFB=0;REVB=-0.00490872;RO=0;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52686e-05;OID=.;OPOS=10413715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:28:10:0:0:28:10:0:0 chr3 10420087 . T C 450.71 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0398553;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.004;QD=58.1562;RBI=0.0402938;REFB=0;REVB=0.00592815;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181398;OID=.;OPOS=10420087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr3 10967712 . G A 234.12 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=25;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0105005;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.413;QD=39.0195;RBI=0.0105021;REFB=-0.019879;REVB=-0.000184002;RO=3;SAF=10;SAR=10;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119771;STB=0.541625;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00629619;OID=.;OPOS=10967712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:25:24:3:4:20:20:0.833333:10:10:3:0:10:10:3:1 chr3 11058903 . G A 60.59 PASS AF=0.166667;AO=11;DP=66;FAO=11;FDP=66;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0356816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.612;QD=3.67213;RBI=0.0683117;REFB=-0.00661243;REVB=-0.0582521;RO=55;SAF=4;SAR=7;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707559;STB=0.547738;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0958902;OID=.;OPOS=11058903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:66:66:55:55:11:11:0.166667:7:4:23:32:7:4:23:32 chr3 11302933 . A G 582.4 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0165385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.488;QD=58.2395;RBI=0.0582871;REFB=-0.0805054;REVB=0.0558915;RO=1;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199479;STB=0.510633;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00118542;OID=.;OPOS=11302933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:23:16:0:1:23:16:0:1 chr3 11303874 . T C 1080.31 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.85;QD=60.0173;RBI=0.0339221;REFB=0;REVB=0.0314755;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137669;OID=.;OPOS=11303874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:28:44:0:0:28:44:0:0 chr3 11372894 . C T 53.54 PASS AF=0.110169;AO=13;DP=118;FAO=13;FDP=118;FR=.;FRO=105;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=63;FWDB=-0.0473267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.66;QD=1.81508;RBI=0.0607352;REFB=-0.00583884;REVB=-0.0380651;RO=105;SAF=4;SAR=9;SRF=42;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120139;STB=0.5896;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0599334;OID=.;OPOS=11372894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:118:118:105:105:13:13:0.110169:9:4:42:63:9:4:42:63 chr3 11643465 . T C 637.54 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000122184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.664;QD=60.7176;RBI=0.107155;REFB=0;REVB=0.107155;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000570905;OID=.;OPOS=11643465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:28:13:0:0:29:13:0:0 chr3 11684957 . C T 727.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.456;QD=63.2826;RBI=0.0550522;REFB=0;REVB=0.0409103;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353201;OID=.;OPOS=11684957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr3 11848923 . CCACT C 42.46 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.0011861;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=268.82;QD=3.77439;RBI=0.0363124;REFB=-0.014954;REVB=-0.0362931;RO=34;SAF=2;SAR=8;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0.302174;SSSB=-0.153284;STB=0.592391;STBP=0.561;TYPE=del;VARB=0.0448535;OID=.;OPOS=11848924;OREF=CACT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222:10:46:10:45:35:2:8:10:25:42:34:2:8:10:24 chr3 11887991 . C G 106.57 PASS AF=0.17757;AO=19;DP=107;FAO=19;FDP=107;FR=.;FRO=88;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=58;FWDB=0.0164804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.578;QD=3.98391;RBI=0.0178177;REFB=-0.00846947;REVB=-0.00677237;RO=88;SAF=8;SAR=11;SRF=30;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107355;STB=0.569002;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0423859;OID=.;OPOS=11887991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:88:88:19:19:0.17757:11:8:30:58:11:8:30:58 chr3 11994491 . GC CT,GCT 239.85 PASS AF=0,1;AO=3,3;DP=23;FAO=0,22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10969,0.117743;FXX=0.0434594;HRUN=3,0;LEN=2,1;MLLD=213.551,224.756;QD=43.6094;RBI=0.116654,0.125886;REFB=0,0;REVB=0.0397025,0.0445392;RO=17;SAF=1,1;SAR=2,2;SRF=11;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.333327,-0.333327;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0,-0.00324379;OID=.,.;OPOS=11994491,11994493;OREF=GC,-;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,GCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:23:22:17:0:3,3:0,22:0,1:2,2:1,1:11:6:0,10:0,12:0:0 chr3 11994493 . C T 196.38 PASS AF=0.782609;AO=17;DP=22;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0331319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.766;QD=34.1537;RBI=0.054593;REFB=-0.0549543;REVB=0.0433898;RO=5;SAF=11;SAR=6;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188832;STB=0.605939;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00178319;OID=.;OPOS=11994493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:23:5:5:17:18:0.782609:6:11:1:4:6:12:1:4 chr3 12232074 . A G 921.01 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0378836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.209;QD=56.6778;RBI=0.0385084;REFB=-0.0506545;REVB=-0.00690866;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.000797953;OID=.;OPOS=12232074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:0:1:64:64:0.984615:29:35:0:0:29:35:1:0 chr3 12613866 . T C 40.91 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0388539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.026;QD=3.63625;RBI=0.0393904;REFB=-0.00218658;REVB=0.00647951;RO=36;SAF=2;SAR=5;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407312;STB=0.788743;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00505059;OID=.;OPOS=12613866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:36:38:7:7:0.155556:5:2:23:13:5:2:25:13 chr3 12810755 . G C 100.54 PASS AF=0.171429;AO=19;DP=104;FAO=18;FDP=105;FR=.;FRO=87;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=63;FWDB=-0.0688032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0201;QD=3.83023;RBI=0.0706199;REFB=-0.000155173;REVB=-0.0159151;RO=85;SAF=1;SAR=18;SRF=23;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.491252;STB=0.841069;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.00291626;OID=.;OPOS=12810755;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:85:87:19:18:0.171429:18:1:23:62:17:1:24:63 chr3 12858028 . T C 102.99 PASS AF=0.162602;AO=20;DP=122;FAO=20;FDP=123;FR=.;FRO=103;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=54;FWDB=-0.0123036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.114;QD=3.34919;RBI=0.0129303;REFB=-0.00270838;REVB=-0.00397651;RO=101;SAF=7;SAR=13;SRF=49;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174676;STB=0.608077;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0141072;OID=.;OPOS=12858028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:101:103:20:20:0.162602:13:7:49:52:13:7:49:54 chr3 12858822 . C T 43.85 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=58;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.00649598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2362;QD=3.02407;RBI=0.03269;REFB=-0.00253207;REVB=-0.0320381;RO=50;SAF=4;SAR=4;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146598;STB=0.603201;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00771346;OID=.;OPOS=12858822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:58:58:50:50:8:8:0.137931:4:4:19:31:4:4:19:31 chr3 12859004 . A C 48.64 PASS AF=0.140845;AO=8;DP=70;FAO=10;FDP=71;FR=.;FRO=61;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.0144563;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.499;QD=2.7405;RBI=0.0149301;REFB=-0.00646769;REVB=0.0037314;RO=61;SAF=3;SAR=5;SRF=23;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00258576;STB=0.573978;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0396749;OID=.;OPOS=12859004;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:70:71:61:61:8:10:0.140845:5:3:23:38:7:3:23:38 chr3 13358204 . G A 572.36 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8315;QD=60.2485;RBI=0.0947938;REFB=0;REVB=0.0797368;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126134;OID=.;OPOS=13358204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:13:24:0:0:13:25:0:0 chr3 13361287 . C T 1218.86 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000785032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.879;QD=58.7404;RBI=0.0634197;REFB=-0.0664346;REVB=0.0634148;RO=2;SAF=49;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00500123;STB=0.502642;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.000893844;OID=.;OPOS=13361287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:2:2:81:81:0.975904:32:49:1:1:32:49:1:1 chr3 13361391 . A G 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0097986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.382;QD=62.6145;RBI=0.027894;REFB=0;REVB=0.0261163;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88812e-05;OID=.;OPOS=13361391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:44:44:0:0:44:44:0:0 chr3 13364876 . G T 1049.07 PASS AF=0.986111;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0550162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7149;QD=58.2814;RBI=0.172453;REFB=-0.121494;REVB=0.163442;RO=1;SAF=29;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160211;STB=0.508472;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00443117;OID=.;OPOS=13364876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:72:1:1:69:71:0.986111:40:29:1:0:42:29:1:0 chr3 13367406 . C T 1536.38 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0093467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.833;QD=62.7096;RBI=0.0412863;REFB=-0.10439;REVB=0.0402144;RO=1;SAF=43;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109017;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385689;OID=.;OPOS=13367406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:98:98:1:0:97:98:1:54:43:1:0:54:44:0:0 chr3 13612936 . A G 83.2 PASS AF=0.2;AO=14;DP=70;FAO=14;FDP=70;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.038151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.446;QD=4.75432;RBI=0.038924;REFB=-0.00907432;REVB=-0.00771885;RO=56;SAF=8;SAR=6;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225903;STB=0.514502;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0445031;OID=.;OPOS=13612936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:70:70:56:56:14:14:0.2:6:8:31:25:6:8:31:25 chr3 13670481 . A G 481.52 PASS AF=0.818182;AO=35;DP=43;FAO=36;FDP=44;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.022996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9626;QD=43.7744;RBI=0.0230471;REFB=-0.0111698;REVB=0.00153398;RO=7;SAF=12;SAR=23;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763451;STB=0.550503;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0057603;OID=.;OPOS=13670481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:43:44:7:8:35:36:0.818182:23:12:4:3:23:13:5:3 chr3 13670536 . A G 345.89 PASS AF=0.783784;AO=27;DP=35;FAO=29;FDP=37;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.128289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7852;QD=37.3935;RBI=0.128975;REFB=-0.040116;REVB=-0.0132848;RO=8;SAF=9;SAR=18;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195447;STB=0.507182;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0187228;OID=.;OPOS=13670536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:35:37:8:8:27:29:0.783784:18:9:3:5:19:10:3:5 chr3 13670776 . T C 129.88 PASS AF=0.521739;AO=7;DP=24;FAO=12;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0170237;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.962;QD=22.5877;RBI=0.0221402;REFB=-0.00229743;REVB=0.0141557;RO=7;SAF=0;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.799197;STB=0.599828;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00854402;OID=.;OPOS=13670776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:24:23:7:9:7:12:0.521739:7:0:5:2:8:4:5:4 chr3 13679203 . G A 76.04 PASS AF=0.164706;AO=14;DP=77;FAO=14;FDP=85;FR=.;FRO=71;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.0193483;FXX=0.0116266;HRUN=5;LEN=1;MLLD=187.434;QD=3.57821;RBI=0.0263828;REFB=-0.00273546;REVB=-0.0179359;RO=63;SAF=8;SAR=6;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201854;STB=0.530568;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0216665;OID=.;OPOS=13679203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:77:85:63:71:14:14:0.164706:6:8:35:28:6:8:38:33 chr3 13679688 . T A 475.3 PASS AF=0.68254;AO=43;DP=63;FAO=43;FDP=63;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0176458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.477;QD=30.1778;RBI=0.0181384;REFB=-0.00779414;REVB=-0.00419867;RO=20;SAF=19;SAR=24;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249109;STB=0.513507;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00349895;OID=.;OPOS=13679688;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:20:20:43:43:0.68254:24:19:8:12:24:19:8:12 chr3 13679695 . C A 516.54 PASS AF=0.686567;AO=46;DP=67;FAO=46;FDP=67;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00726025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.162;QD=30.8384;RBI=0.013134;REFB=-0.00889035;REVB=0.0109449;RO=21;SAF=19;SAR=27;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192174;STB=0.510405;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00456524;OID=.;OPOS=13679695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:21:21:46:46:0.686567:27:19:8:13:27:19:8:13 chr3 13679708 . C A 514.52 PASS AF=0.686567;AO=44;DP=64;FAO=46;FDP=67;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00487831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9031;QD=30.7174;RBI=0.0423403;REFB=-0.013379;REVB=0.0420583;RO=20;SAF=19;SAR=25;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187428;STB=0.517234;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00636445;OID=.;OPOS=13679708;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:67:20:21:44:46:0.686567:25:19:8:12:26:20:8:13 chr3 13695587 . C T 109.11 PASS AF=0.180952;AO=19;DP=105;FAO=19;FDP=105;FR=.;FRO=86;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=-0.0167954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.861;QD=4.15661;RBI=0.0303229;REFB=-0.00785374;REVB=-0.0252466;RO=86;SAF=9;SAR=10;SRF=37;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554807;STB=0.535785;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0315429;OID=.;OPOS=13695587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:86:86:19:19:0.180952:10:9:37:49:10:9:37:49 chr3 13896140 . A G 1444.69 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133485;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.054;QD=63.5028;RBI=0.0138153;REFB=0;REVB=-0.00356116;RO=0;SAF=24;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115577;OID=.;OPOS=13896140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:67:24:0:0:67:24:0:0 chr3 13896284 . C T 1813.71 PASS AF=1;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275433;FXX=0.0247913;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.902;QD=61.4817;RBI=0.0411269;REFB=0;REVB=0.0305415;RO=0;SAF=61;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.03988e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.96409e-05;OID=.;OPOS=13896284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:118:0:0:118:118:1:57:61:0:0:57:61:0:0 chr3 14106499 . G A 712.09 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00322725;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.717;QD=63.2971;RBI=0.00684977;REFB=0;REVB=-0.00604188;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.1114e-06;OID=.;OPOS=14106499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr3 14174427 . A T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00049749;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=279.122;QD=53.9112;RBI=0.00799229;REFB=0;REVB=0.00797679;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37019e-05;OID=.;OPOS=14174427;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr3 14175262 . T C 789.23 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139034;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.362;QD=64.4267;RBI=0.0170987;REFB=0;REVB=-0.00995301;RO=0;SAF=35;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06511e-06;OID=.;OPOS=14175262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:14:35:0:0:14:35:0:0 chr3 14184056 . AAAAACAAAACA AAAAAC,AAAAACA 407.22 PASS AF=0,1;AO=5,19;DP=34;FAO=0,35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000634122,-0.000760985;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=6,5;MLLD=247.743,254.81;QD=46.5397;RBI=0.0428043,0.034894;REFB=0,0;REVB=0.0427996,0.0348857;RO=0;SAF=5,16;SAR=0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0148557,-0.000811013;OID=.,.;OPOS=14184062,14184057;OREF=AAAACA,AAAAC;OALT=-,-;OMAPALT=AAAAAC,AAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:5,19:34:0,35:35:0:0,28:0,7:0:0:7:0:5,16:0,3:0:0 chr3 14187449 . G T 840.07 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172098;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.11;QD=57.9358;RBI=0.0232633;REFB=0;REVB=0.0156525;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74424e-05;OID=.;OPOS=14187449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:58:0:0:58:58:1:29:29:0:0:29:29:0:0 chr3 14197987 . A T 304.89 PASS AF=1;AO=20;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.06;QD=53.0234;RBI=0.0306878;REFB=0;REVB=0.0269225;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012263;OID=.;OPOS=14197987;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:20:23:1:15:5:0:0:16:7:0:0 chr3 14199887 . G A 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0125;QD=60.2281;RBI=0.0221424;REFB=0;REVB=-0.0171121;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000519909;OID=.;OPOS=14199887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr3 14436184 . GT G 401.95 PASS AF=0.73913;AO=30;DP=42;FAO=34;FDP=46;FR=.;FRO=12;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.000232963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.176;QD=34.9526;RBI=0.0240446;REFB=-0.0513702;REVB=0.0240435;RO=12;SAF=18;SAR=12;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18081;STB=0.580601;STBP=0.111;TYPE=del;VARB=0.0197119;OID=.;OPOS=14436185;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.73913:30:42:34:46:12:22:12:11:1:91:12:18:12:11:1 chr3 14485484 . C A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462699;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=341.127;QD=51.1846;RBI=0.0464019;REFB=0;REVB=-0.00349786;RO=0;SAF=3;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48672e-05;OID=.;OPOS=14485484;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:17:3:0:0:17:3:0:0 chr3 14526538 . G A 2233.08 PASS AF=0.810427;AO=171;DP=211;FAO=171;FDP=211;FR=.;FRO=40;FSAF=74;FSAR=97;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0517476;FXX=0.00471676;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.614;QD=42.3334;RBI=0.0527128;REFB=-0.0143951;REVB=0.0100409;RO=40;SAF=74;SAR=97;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424083;STB=0.522498;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00312739;OID=.;OPOS=14526538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:211:211:40:40:171:171:0.810427:97:74:22:18:97:74:22:18 chr3 14526656 . A G 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0568641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0855;QD=14.6552;RBI=0.0603849;REFB=0.00109961;REVB=-0.0203175;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15636;STB=0.590707;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=-0.00934203;OID=.;OPOS=14526656;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:6:2:1:7:6:2:1:7 chr3 14551444 . A G 728.94 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.083;QD=57.1715;RBI=0.0504933;REFB=0;REVB=-0.00473045;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236344;OID=.;OPOS=14551444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr3 14552994 . A G 463.44 PASS AF=0.944444;AO=32;DP=34;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00406857;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=59.1266;QD=51.493;RBI=0.0284123;REFB=0.0219623;REVB=-0.0281195;RO=2;SAF=10;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236838;STB=0.508892;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00556953;OID=.;OPOS=14552994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:36:2:2:32:34:0.944444:22:10:1:1:22:12:1:1 chr3 14554309 . C T 1265.97 PASS AF=0.88;AO=87;DP=99;FAO=88;FDP=100;FR=.;FRO=12;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0123321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.141;QD=50.639;RBI=0.0257298;REFB=-0.0512219;REVB=0.0225819;RO=11;SAF=45;SAR=42;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051725;STB=0.521349;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00566333;OID=.;OPOS=14554309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:99:100:11:12:87:88:0.88:42:45:3:8:43:45:4:8 chr3 14555216 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3709;QD=62.0217;RBI=0.0336471;REFB=0;REVB=-0.00807921;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000461362;OID=.;OPOS=14555216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr3 14555811 . A G 206.99 PASS AF=1;AO=13;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7759;QD=48.7033;RBI=0.0493038;REFB=0;REVB=0.04503;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118015;OID=.;OPOS=14555811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:13:17:1:8:5:0:0:12:5:0:0 chr3 14561627 . A AG 612.06 PASS AF=1;AO=49;DP=59;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.188649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.3037;QD=42.9513;RBI=0.188795;REFB=0;REVB=-0.00741295;RO=9;SAF=28;SAR=21;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00469547;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00415539;OID=.;OPOS=14561628;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:59:57:57:0:32:25:0:0:12:9:28:21:5:4 chr3 14563258 . A G 393.12 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00766169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4622;QD=56.1602;RBI=0.0146416;REFB=0;REVB=0.012477;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387825;OID=.;OPOS=14563258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr3 14768534 . A G 42.13 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.0102694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.638;QD=4.55488;RBI=0.0213528;REFB=-0.00488735;REVB=-0.0187212;RO=30;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.4053;STB=0.758539;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0180122;OID=.;OPOS=14768534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:3:4:7:23:3:4:7:23 chr3 14939088 . GA AT 104.99 PASS AF=0.2125;AO=17;DP=80;FAO=17;FDP=80;FR=.;FRO=63;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.010654;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=149.708;QD=5.24958;RBI=0.0151856;REFB=-0.0140938;REVB=-0.0108211;RO=62;SAF=9;SAR=8;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366984;STB=0.529377;STBP=0.803;TYPE=mnp;VARB=0.0466626;OID=.;OPOS=14939088;OREF=GA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:62:63:17:17:0.2125:8:9:31:31:8:9:31:32 chr3 14939479 . G T 579.68 PASS AF=0.786885;AO=48;DP=61;FAO=48;FDP=61;FR=.;FRO=13;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.06308;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3517;QD=38.012;RBI=0.0851791;REFB=0.00991106;REVB=0.0572398;RO=13;SAF=28;SAR=20;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131105;STB=0.507039;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=-0.00208452;OID=.;OPOS=14939479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:61:61:13:13:48:48:0.786885:20:28:8:5:20:28:8:5 chr3 15084867 . GTATATATATATAT GTATATATATAATA,GTATATATATAT,GTATATATATATA,GTATATATATATAA,GTGTATATATATAT 595.62 PASS AF=0,0.1,0.775,0.1,0.025;AO=2,7,16,10,2;DP=42;FAO=0,4,31,4,1;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,16,2,0;FSAR=0,4,15,2,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416337,-0.0397352,-0.0401245,-0.0394648,-0.0563652;FXX=0.0476077;HRUN=1,1,1,1,1;LEN=3,2,1,1,1;MLLD=122.392,137.388,140.584,135.625,62.4397;QD=59.562;RBI=0.133524,0.220957,0.187495,0.130395,0.185314;REFB=0,0,0,0,0;REVB=0.126867,0.217355,0.183151,0.12428,0.176534;RO=0;SAF=0,2,6,7,0;SAR=2,5,10,3,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,-3.27427e-08,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,del,del,snp,snp;VARB=0,-0.00282779,-0.00494462,-0.019685,0.0852725;OID=.,.,.,.,.;OPOS=15084878,15084868,15084880,15084880,15084869;OREF=TAT,TA,T,T,A;OALT=ATA,-,-,A,G;OMAPALT=GTATATATATAATA,GTATATATATAT,GTATATATATATA,GTATATATATATAA,GTGTATATATATAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.1,0.775,0.1,0.025:2,7,16,10,2:42:0,4,31,4,1:40:0:0,0,16,2,0:0,4,15,2,1:0:0:15:0:0,2,6,7,0:2,5,10,3,2:0:0 chr3 15090130 . A G 57.51 PASS AF=0.176471;AO=8;DP=50;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=-0.0461006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.647;QD=4.51052;RBI=0.0524523;REFB=-0.0122887;REVB=0.0250197;RO=42;SAF=8;SAR=0;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.62551;STB=0.710538;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0718454;OID=.;OPOS=15090130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:51:42:42:8:9:0.176471:0:8:31:11:1:8:31:11 chr3 15113519 . C T 715.01 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0227498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.636;QD=60.8517;RBI=0.0247317;REFB=-0.0750586;REVB=0.00970067;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00104916;OID=.;OPOS=15113519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:22:24:0:0:22:24:0:1 chr3 15115478 . C T 528.69 PASS AF=0.795918;AO=39;DP=49;FAO=39;FDP=49;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0115083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=286.048;QD=43.1582;RBI=0.0170209;REFB=-0.0156407;REVB=0.0125407;RO=10;SAF=15;SAR=24;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159478;STB=0.585943;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00809929;OID=.;OPOS=15115478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:10:10:39:39:0.795918:24:15:8:2:24:15:8:2 chr3 15115723 . T C 669.08 PASS AF=0.881356;AO=52;DP=59;FAO=52;FDP=59;FR=.;FRO=7;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0253361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6638;QD=45.3614;RBI=0.0482413;REFB=-0.0661376;REVB=0.0410525;RO=7;SAF=25;SAR=27;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201744;STB=0.510759;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00781825;OID=.;OPOS=15115723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:59:7:7:52:52:0.881356:27:25:4:3:27:25:4:3 chr3 15115872 . A G 404.84 PASS AF=0.837838;AO=31;DP=37;FAO=31;FDP=37;FR=.;FRO=6;FSAF=26;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00387944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9217;QD=43.7664;RBI=0.0867661;REFB=-0.0217445;REVB=-0.0866793;RO=6;SAF=26;SAR=5;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00297772;STB=0.501607;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0016876;OID=.;OPOS=15115872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:6:6:31:31:0.837838:5:26:5:1:5:26:5:1 chr3 15117125 . G A 367.85 PASS AF=0.714286;AO=30;DP=41;FAO=30;FDP=42;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0265016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.684;QD=35.0329;RBI=0.0275579;REFB=-0.0863547;REVB=0.00755667;RO=9;SAF=19;SAR=11;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153324;STB=0.536562;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0280915;OID=.;OPOS=15117125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:41:42:9:12:30:30:0.714286:11:19:6:3:11:19:9:3 chr3 15476011 . C G 494.64 PASS AF=0.661765;AO=45;DP=68;FAO=45;FDP=68;FR=.;FRO=23;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.113667;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.2121;QD=29.0965;RBI=0.114202;REFB=-0.080337;REVB=0.0110375;RO=21;SAF=28;SAR=17;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171906;STB=0.594122;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0277876;OID=.;OPOS=15476011;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:21:23:45:45:0.661765:17:28:7:14:17:28:8:15 chr3 15480598 . ATTTTTTTTTTT ATTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTA 42.83 PASS AF=0.588235,0.235294;AO=4,2;DP=17;FAO=10,4;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=6,4;FSAR=4,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.132299,0.127387;FXX=0;HRUN=11,11;LEN=1,1;MLLD=3.16255,16.5494;QD=10.0781;RBI=0.140798,0.184379;REFB=-0.162909,-0.0967513;REVB=-0.0481765,0.133298;RO=5;SAF=2,2;SAR=2,0;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0874326,0.589598;STB=0.599815,0.5;STBP=0.314,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0125404,0.168058;OID=.,.;OPOS=15480599,15480609;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=ATTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.588235,0.235294:4,2:17:10,4:17:3:6,4:4,0:3:0:23:5:2,2:2,0:3:2 chr3 15509327 . C G 123.05 PASS AF=0.186441;AO=22;DP=119;FAO=22;FDP=118;FR=.;FRO=96;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=52;FSRR=44;FWDB=0.00716729;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.442;QD=4.17103;RBI=0.0106324;REFB=-0.00550963;REVB=-0.00785357;RO=94;SAF=13;SAR=9;SRF=51;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624517;STB=0.540779;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0133145;OID=.;OPOS=15509327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:94:96:22:22:0.186441:9:13:51:43:9:13:52:44 chr3 15613279 . T G 75.19 PASS AF=0.888889;AO=11;DP=18;FAO=8;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.17909;FXX=0.307456;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4136;QD=33.4191;RBI=0.17909;REFB=-0.00118145;REVB=-7.02373e-06;RO=1;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815441;STB=0.571246;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.233348;OID=.;OPOS=15613279;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:9:1:1:11:8:0.888889:6:5:1:0:5:3:1:0 chr3 15643043 . A G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.278;QD=57.2009;RBI=0.0279186;REFB=0;REVB=0.0199663;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205596;OID=.;OPOS=15643043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr3 15643175 . G A 488.76 PASS AF=0.818182;AO=36;DP=44;FAO=36;FDP=44;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0109037;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.575;QD=44.433;RBI=0.0240675;REFB=-0.0588938;REVB=0.0214558;RO=6;SAF=16;SAR=20;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149214;STB=0.512813;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00898033;OID=.;OPOS=15643175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:44:44:6:8:36:36:0.818182:20:16:3:3:20:16:3:5 chr3 15686776 . T C,G 1544.95 PASS AF=0.971429,0.0285714;AO=101,4;DP=105;FAO=102,3;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=47,1;FSAR=55,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00356316,-0.00825486;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=99.5951,142.049;QD=58.8554;RBI=0.00490116,0.0258257;REFB=0,0;REVB=-0.00336529,-0.0244709;RO=0;SAF=47,1;SAR=54,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000566248,0.0785907;OID=.,.;OPOS=15686776,15686776;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:105:105:0:0:101,4:102,3:0.971429,0.0285714:54,3:47,1:0:0:55,2:47,1:0:0 chr3 15710011 . T C 221.35 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.545;QD=49.1878;RBI=0.0437327;REFB=0;REVB=0.0348034;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162549;OID=.;OPOS=15710011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:11:6:0:0:11:7:0:0 chr3 15721013 . C T 51.58 PASS AF=0.140845;AO=10;DP=71;FAO=10;FDP=71;FR=.;FRO=61;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.0718563;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3214;QD=2.90592;RBI=0.0735637;REFB=0.0104655;REVB=0.0157574;RO=61;SAF=3;SAR=7;SRF=25;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145089;STB=0.602862;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.0493008;OID=.;OPOS=15721013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:71:71:61:61:10:10:0.140845:7:3:25:36:7:3:25:36 chr3 16312564 . C T 61.49 PASS AF=0.113636;AO=15;DP=132;FAO=15;FDP=132;FR=.;FRO=117;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=51;FSRR=66;FWDB=-0.00681862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.407;QD=1.86331;RBI=0.0157412;REFB=-0.00198932;REVB=-0.0141878;RO=117;SAF=7;SAR=8;SRF=51;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378895;STB=0.527458;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0145637;OID=.;OPOS=16312564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:132:132:117:117:15:15:0.113636:8:7:51:66:8:7:51:66 chr3 16327855 . T G 108.14 PASS AF=0.162791;AO=21;DP=128;FAO=21;FDP=129;FR=.;FRO=108;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=49;FSRR=59;FWDB=-0.000766353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0908;QD=3.35333;RBI=0.00606136;REFB=-0.00964372;REVB=-0.00601272;RO=106;SAF=10;SAR=11;SRF=47;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419318;STB=0.518885;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0454979;OID=.;OPOS=16327855;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:106:108:21:21:0.162791:11:10:47:59:11:10:49:59 chr3 16358584 . T C 797.46 PASS AF=0.752941;AO=63;DP=84;FAO=64;FDP=85;FR=.;FRO=21;FSAF=45;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0264556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.579;QD=37.5274;RBI=0.0306806;REFB=-0.0333434;REVB=0.015537;RO=20;SAF=44;SAR=19;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000846678;STB=0.510691;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00830282;OID=.;OPOS=16358584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:20:21:63:64:0.752941:19:44:14:6:19:45:14:7 chr3 16364919 . A C 739.03 PASS AF=0.816901;AO=58;DP=73;FAO=58;FDP=71;FR=.;FRO=13;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0246066;FXX=0.0273935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.319;QD=41.6353;RBI=0.0397128;REFB=-0.0634181;REVB=0.0311708;RO=13;SAF=29;SAR=29;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395109;STB=0.521119;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0109316;OID=.;OPOS=16364919;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:73:71:13:13:58:58:0.816901:29:29:8:5:29:29:8:5 chr3 16535229 . C T 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00824579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.929;QD=9.49162;RBI=0.0185545;REFB=-0.000400415;REVB=-0.0166216;RO=18;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353661;STB=0.713832;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00287026;OID=.;OPOS=16535229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:3:6:6:12:3:6:6:12 chr3 16646745 . C G 410.63 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00592818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8021;QD=56.6391;RBI=0.013097;REFB=0;REVB=-0.0116786;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000225078;OID=.;OPOS=16646745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr3 17051328 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331251;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=279.15;QD=43.4862;RBI=0.0331323;REFB=0;REVB=0.000687587;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153597;OID=.;OPOS=17051328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr3 17053499 . A G 658.63 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0234238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.329;QD=59.8758;RBI=0.115848;REFB=-0.166498;REVB=-0.113455;RO=1;SAF=13;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034749;STB=0.51851;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00445954;OID=.;OPOS=17053499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:44:1:1:43:43:0.977273:30:13:1:0:30:13:1:0 chr3 17741409 . C G 729.57 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012847;FXX=0.0555453;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0234;QD=57.2208;RBI=0.030321;REFB=0;REVB=0.0274649;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129327;OID=.;OPOS=17741409;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr3 18055231 . A C 1051.56 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319262;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.822;QD=59.243;RBI=0.0374849;REFB=0;REVB=0.0196427;RO=1;SAF=30;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154913;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183898;OID=.;OPOS=18055231;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:1:0:67:71:1:37:30:1:0:40:31:0:0 chr3 18427924 . G T 1778.7 PASS AF=0.91791;AO=123;DP=134;FAO=123;FDP=134;FR=.;FRO=11;FSAF=63;FSAR=60;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00497936;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=192.36;QD=53.0956;RBI=0.0111015;REFB=-0.0153512;REVB=0.00992213;RO=11;SAF=63;SAR=60;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00896487;STB=0.504733;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.000225552;OID=.;OPOS=18427924;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:134:134:11:11:123:123:0.91791:60:63:5:6:60:63:5:6 chr3 19574945 . A G 45.33 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0483569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.795;QD=8.24122;RBI=0.0847558;REFB=-0.0359366;REVB=-0.0696071;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139608;STB=0.587971;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0417182;OID=.;OPOS=19574945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:5:2:6:9:5:2:6:9 chr3 19974912 . T C 1030.51 PASS AF=0.811881;AO=72;DP=102;FAO=82;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0133065;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.213;QD=40.8124;RBI=0.0207851;REFB=-0.0247193;REVB=0.0159674;RO=19;SAF=32;SAR=40;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114121;STB=0.551088;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00704449;OID=.;OPOS=19974912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:19:18:72:82:0.811881:40:32:14:5:46:36:13:5 chr3 19992432 . G T 49.9 PASS AF=0.11828;AO=11;DP=94;FAO=11;FDP=93;FR=.;FRO=82;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=-0.00536917;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.007;QD=2.14625;RBI=0.00553246;REFB=-0.00335059;REVB=-0.0013342;RO=82;SAF=4;SAR=7;SRF=40;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151847;STB=0.610907;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0222383;OID=.;OPOS=19992432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:94:93:82:82:11:11:0.11828:7:4:40:42:7:4:40:42 chr3 20042834 . C T 74.49 PASS AF=0.20339;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=59;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00112145;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4614;QD=5.05012;RBI=0.0384327;REFB=0.0157729;REVB=-0.0384164;RO=46;SAF=3;SAR=9;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225064;STB=0.656863;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.0760728;OID=.;OPOS=20042834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:61:59:46:47:12:12:0.20339:9:3:19:27:9:3:20:27 chr3 20113830 . G A 1261.88 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00912153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.372;QD=60.8133;RBI=0.0321856;REFB=0;REVB=0.030866;RO=0;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.97949e-05;OID=.;OPOS=20113830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:35:47:0:0:36:47:0:0 chr3 20156433 . AT A 135.6 PASS AF=0.774194;AO=19;DP=32;FAO=24;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0760243;FXX=0.0605877;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.6589;QD=17.4961;RBI=0.188567;REFB=-0.0681386;REVB=0.172562;RO=10;SAF=15;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291955;STB=0.51281;STBP=0.85;TYPE=del;VARB=0.084708;OID=.;OPOS=20156434;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.774194:19:32:24:31:7:15:9:4:3:21:10:15:4:4:6 chr3 20161096 . A G 395.44 PASS AF=0.680851;AO=31;DP=47;FAO=32;FDP=47;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0209778;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0488;QD=33.6541;RBI=0.0236484;REFB=-0.0365721;REVB=0.0109169;RO=15;SAF=14;SAR=17;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718607;STB=0.534039;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0232999;OID=.;OPOS=20161096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:15:15:31:32:0.680851:17:14:5:10:18:14:5:10 chr3 20195180 . A G 544.74 PASS AF=0.846154;AO=44;DP=52;FAO=44;FDP=52;FR=.;FRO=8;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0231259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.256;QD=41.9028;RBI=0.0251527;REFB=-0.0220594;REVB=-0.00989207;RO=7;SAF=23;SAR=21;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971609;STB=0.560948;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00422338;OID=.;OPOS=20195180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:7:8:44:44:0.846154:21:23:1:6:21:23:1:7 chr3 20212621 . T G 924.29 PASS AF=0.757282;AO=78;DP=103;FAO=78;FDP=103;FR=.;FRO=25;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.022742;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=45.5382;QD=35.8949;RBI=0.0384177;REFB=-0.00619434;REVB=-0.0309632;RO=19;SAF=39;SAR=39;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00966264;STB=0.533972;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00403721;OID=.;OPOS=20212621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:19:25:78:78:0.757282:39:39:9:10:39:39:9:16 chr3 20310556 . C T 52.48 PASS AF=0.157895;AO=9;DP=57;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00770255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.629;QD=3.68286;RBI=0.0258905;REFB=-0.0107215;REVB=-0.0247182;RO=48;SAF=4;SAR=5;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426865;STB=0.529346;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0460371;OID=.;OPOS=20310556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:57:57:48:48:9:9:0.157895:5:4:23:25:5:4:23:25 chr3 21462754 . A G 1126.29 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00380832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.325;QD=60.0686;RBI=0.00873469;REFB=0;REVB=0.00786075;RO=1;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141179;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33686e-05;OID=.;OPOS=21462754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:1:0:73:75:1:33:40:0:1:34:41:0:0 chr3 21462787 . G A 1275.36 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0353148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.903;QD=59.3189;RBI=0.0555125;REFB=-0.0772391;REVB=0.0428311;RO=1;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119907;STB=0.512497;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.000781692;OID=.;OPOS=21462787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:1:2:84:84:0.976744:39:45:0:1:39:45:0:2 chr3 23312442 . C G 31.13 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0357521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6623;QD=2.34963;RBI=0.0364529;REFB=-0.00315053;REVB=0.00711332;RO=46;SAF=4;SAR=2;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122661;STB=0.604903;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.058738;OID=.;OPOS=23312442;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:46:47:6:6:0.113208:2:4:26:20:2:4:26:21 chr3 24006477 . T A 331.74 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4124;QD=51.0371;RBI=0.0600173;REFB=-0.110342;REVB=-0.0499874;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343222;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00212187;OID=.;OPOS=24006477;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:25:26:1:0:24:26:1:11:13:1:0:11:15:0:0 chr3 24562877 . G T 1696.28 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0724279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.468;QD=59.0011;RBI=0.0759253;REFB=0;REVB=0.0227781;RO=0;SAF=9;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0006e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131553;OID=.;OPOS=24562877;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:115:0:0:106:115:1:97:9:0:0:98:17:0:0 chr3 25061808 . C G 650.92 PASS AF=0.779412;AO=53;DP=69;FAO=53;FDP=68;FR=.;FRO=15;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0378936;FXX=0.0285673;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8121;QD=38.2894;RBI=0.0403944;REFB=-0.105698;REVB=0.0139921;RO=14;SAF=24;SAR=29;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101733;STB=0.547152;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0218189;OID=.;OPOS=25061808;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:69:68:14:15:53:53:0.779412:29:24:10:4:29:24:10:5 chr3 25393837 . T C 33.49 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=0.0261432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.522;QD=3.43483;RBI=0.0902199;REFB=-0.00311863;REVB=-0.0863491;RO=33;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.481167;STB=0.817381;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0531866;OID=.;OPOS=25393837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:33:33:6:6:0.153846:2:4:8:25:2:4:8:25 chr3 25646268 . G A 32.7 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.00215801;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.625;QD=2.66958;RBI=0.03222;REFB=-0.00158354;REVB=-0.0321476;RO=42;SAF=3;SAR=3;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112417;STB=0.571196;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0179048;OID=.;OPOS=25646268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:42:43:6:6:0.122449:3:3:25:17:3:3:25:18 chr3 26752237 . A G 70.73 PASS AF=0.14;AO=14;DP=100;FAO=14;FDP=100;FR=.;FRO=86;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=-0.00310146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.6784;QD=2.82926;RBI=0.00310723;REFB=-0.00087797;REVB=0.000189394;RO=86;SAF=4;SAR=10;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232758;STB=0.662409;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0157929;OID=.;OPOS=26752237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:100:100:86:86:14:14:0.14:10:4:40:46:10:4:40:46 chr3 27204052 . G A 52.18 PASS AF=0.135802;AO=11;DP=81;FAO=11;FDP=81;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=-0.0875265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8585;QD=2.57662;RBI=0.087632;REFB=-0.00700326;REVB=-0.00429876;RO=69;SAF=7;SAR=4;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545454;STB=0.533272;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.049879;OID=.;OPOS=27204052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:81:81:69:70:11:11:0.135802:4:7:41:28:4:7:42:28 chr3 27243045 . G C 79.91 PASS AF=0.184211;AO=14;DP=76;FAO=14;FDP=76;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.0139457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.192;QD=4.20599;RBI=0.0197153;REFB=-0.00507156;REVB=-0.013936;RO=61;SAF=6;SAR=8;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11987;STB=0.58415;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0232176;OID=.;OPOS=27243045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:76:76:61:62:14:14:0.184211:8:6:32:29:8:6:33:29 chr3 27297816 . G C 46.16 PASS AF=0.136364;AO=9;DP=66;FAO=9;FDP=66;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.00871361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.738;QD=2.79753;RBI=0.020133;REFB=-0.00751998;REVB=-0.0181497;RO=57;SAF=6;SAR=3;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133445;STB=0.595526;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0419186;OID=.;OPOS=27297816;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:66:66:57:57:9:9:0.136364:3:6:32:25:3:6:32:25 chr3 27307155 . C T 43.84 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=58;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.00820999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8837;QD=3.02342;RBI=0.0373211;REFB=0.00317573;REVB=-0.0364068;RO=49;SAF=2;SAR=6;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381356;STB=0.762068;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.0313092;OID=.;OPOS=27307155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:58:58:49:50:8:8:0.137931:6:2:28:21:6:2:28:22 chr3 27326451 . A G 53.71 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0158133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0407;QD=7.95763;RBI=0.027202;REFB=-0.0188646;REVB=-0.0221334;RO=18;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180179;STB=0.599733;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0297512;OID=.;OPOS=27326451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:27:18:19:8:8:0.296296:6:2:7:11:6:2:7:12 chr3 27332820 . A G 140.08 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00468632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.92;QD=12.7342;RBI=0.0436499;REFB=-0.00109206;REVB=-0.0433976;RO=28;SAF=4;SAR=12;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394736;STB=0.732261;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00357444;OID=.;OPOS=27332820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:12:4:17:11:12:4:17:11 chr3 27424718 . A G 1212.1 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254564;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3158;QD=61.3722;RBI=0.0365033;REFB=0;REVB=0.0261623;RO=0;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298656;OID=.;OPOS=27424718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:42:37:0:0:42:37:0:0 chr3 28520417 . T A 133.65 PASS AF=0.164474;AO=25;DP=152;FAO=25;FDP=152;FR=.;FRO=127;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=64;FSRR=63;FWDB=-0.0387582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.288;QD=3.51717;RBI=0.038788;REFB=-0.00778834;REVB=0.0015204;RO=126;SAF=10;SAR=15;SRF=63;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12835;STB=0.587231;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0195188;OID=.;OPOS=28520417;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:126:127:25:25:0.164474:15:10:63:63:15:10:64:63 chr3 30046191 . G T 591.76 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00908717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.589;QD=56.3577;RBI=0.00935724;REFB=-0.0399792;REVB=0.00223187;RO=2;SAF=21;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425907;STB=0.522716;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00149609;OID=.;OPOS=30046191;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:19:21:2:0:19:21:2:0 chr3 30046435 . AC CA 66.03 PASS AF=0.210526;AO=2;DP=18;FAO=4;FDP=19;FR=.,HEALED,HEALED,HEALED;FRO=8;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00362271;FXX=0;HRUN=11;LEN=2;MLLD=43.1706;QD=13.9008;RBI=0.0283026;REFB=-0.102934;REVB=0.0280698;RO=8;SAF=1;SAR=1;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128706;STB=0.599466;STBP=0.716;TYPE=mnp;VARB=-0.0016382;OID=.;OPOS=30046435;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:18:19:8:8:2:4:0.210526:1:1:3:5:3:1:3:5 chr3 30713842 . C T 1009.18 PASS AF=0.780952;AO=82;DP=105;FAO=82;FDP=105;FR=.;FRO=23;FSAF=51;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0175413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.046;QD=38.445;RBI=0.0179719;REFB=-0.0171267;REVB=-0.00391045;RO=23;SAF=51;SAR=31;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00577156;STB=0.503082;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0034812;OID=.;OPOS=30713842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:23:23:82:82:0.780952:31:51:14:9:31:51:14:9 chr3 30827904 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00226882;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.166;QD=48.7353;RBI=0.008208;REFB=0;REVB=-0.0078882;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52694e-05;OID=.;OPOS=30827904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr3 31270258 . T C 761.01 PASS AF=0.789474;AO=60;DP=76;FAO=60;FDP=76;FR=.;FRO=16;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0682844;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.989;QD=40.053;RBI=0.0694678;REFB=-0.0301887;REVB=0.0127676;RO=16;SAF=27;SAR=33;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105582;STB=0.556433;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00791748;OID=.;OPOS=31270258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:76:76:16:16:60:60:0.789474:33:27:3:13:33:27:3:13 chr3 31712393 . C T 1051.62 PASS AF=0.858696;AO=55;DP=95;FAO=79;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00361612;FXX=0.0515411;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.813;QD=45.7228;RBI=0.00773406;REFB=-0.0415497;REVB=-0.00683662;RO=13;SAF=31;SAR=24;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917135;STB=0.512616;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0106292;OID=.;OPOS=31712393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:95:92:13:13:55:79:0.858696:24:31:4:9:48:31:4:9 chr3 31725316 . G A 1197.04 PASS AF=0.772358;AO=95;DP=123;FAO=95;FDP=123;FR=.;FRO=28;FSAF=34;FSAR=61;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0189289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1097;QD=38.928;RBI=0.0282101;REFB=-0.0343999;REVB=0.0209166;RO=27;SAF=34;SAR=61;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111245;STB=0.500186;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00615956;OID=.;OPOS=31725316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:27:28:95:95:0.772358:61:34:9:18:61:34:10:18 chr3 31839242 . T C 450.14 PASS AF=0.729167;AO=35;DP=48;FAO=35;FDP=48;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00918174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.057;QD=37.5116;RBI=0.0193929;REFB=-0.0293374;REVB=0.0170816;RO=12;SAF=15;SAR=20;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461693;STB=0.533723;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0109401;OID=.;OPOS=31839242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:48:48:12:13:35:35:0.729167:20:15:4:8:20:15:4:9 chr3 32031135 . A G 286.81 PASS AF=0.735294;AO=23;DP=32;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00664631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.535;QD=33.742;RBI=0.0133409;REFB=-0.0348646;REVB=0.0115674;RO=9;SAF=8;SAR=15;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535404;STB=0.536812;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0159515;OID=.;OPOS=32031135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:34:9:9:23:25:0.735294:15:8:4:5:17:8:4:5 chr3 32031615 . A C 147.57 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0211597;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.502;QD=36.8927;RBI=0.0719039;REFB=0.0319645;REVB=0.06872;RO=2;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908241;STB=0.549931;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=-0.000595993;OID=.;OPOS=32031615;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:14:14:0.875:9:5:0:2:9:5:0:2 chr3 32031622 . T C 162.37 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0464893;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.008;QD=38.2053;RBI=0.0539415;REFB=0.0228664;REVB=0.0273575;RO=2;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910485;STB=0.549935;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.00302146;OID=.;OPOS=32031622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:15:15:0.882353:9:6:0:2:9:6:0:2 chr3 32031643 . A G 178.64 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0720071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.145;QD=31.0687;RBI=0.0726285;REFB=-0.0628452;REVB=0.00948022;RO=6;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195581;STB=0.607029;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0111441;OID=.;OPOS=32031643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:17:17:0.73913:11:6:0:6:11:6:0:6 chr3 32031895 . G A 524.37 PASS AF=0.826923;AO=43;DP=52;FAO=43;FDP=52;FR=.;FRO=9;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0105538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.542;QD=40.3358;RBI=0.0119793;REFB=-0.0290684;REVB=-0.00566764;RO=8;SAF=20;SAR=23;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010246;STB=0.515688;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00275595;OID=.;OPOS=32031895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:52:52:8:9:43:43:0.826923:23:20:4:4:23:20:5:4 chr3 32031928 . C A 432.06 PASS AF=0.868421;AO=30;DP=36;FAO=33;FDP=38;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00502039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5091;QD=45.4799;RBI=0.00521293;REFB=-0.00894956;REVB=-0.00140369;RO=5;SAF=12;SAR=18;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054472;STB=0.528036;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00433205;OID=.;OPOS=32031928;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:36:38:5:5:30:33:0.868421:18:12:3:2:20:13:3:2 chr3 32031962 . A G 255.51 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3496;QD=51.1024;RBI=0.0322054;REFB=0;REVB=0.0237413;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000738767;OID=.;OPOS=32031962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:14:5:0:0:14:6:0:0 chr3 32032951 . CTT C 225.08 PASS AF=0.821429;AO=22;DP=29;FAO=23;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00764264;FXX=0.0666445;HRUN=2;LEN=2;MLLD=285.801;QD=32.1535;RBI=0.0142383;REFB=-0.026973;REVB=-0.0120132;RO=5;SAF=14;SAR=8;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152532;STB=0.574067;STBP=0.115;TYPE=del;VARB=0.00327203;OID=.;OPOS=32032952;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.821429:22:29:23:28:5:14:9:1:4:21:5:14:8:1:4 chr3 32524706 . A AC 612.07 PASS AF=0.854839;AO=9;DP=65;FAO=53;FDP=62;FR=.;FRO=9;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.067695;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=86.2416;QD=39.4886;RBI=0.0698043;REFB=-0.0412724;REVB=0.0170299;RO=49;SAF=2;SAR=7;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342399;STB=0.520188;STBP=0.479;TYPE=ins;VARB=0.00917763;OID=.;OPOS=32524707;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.854839:9:65:53:62:9:25:28:3:6:43:49:2:7:24:25 chr3 32524707 . T C 486.84 PASS AF=0.693548;AO=42;DP=60;FAO=43;FDP=62;FR=.;FRO=19;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00673435;FXX=0.0605969;HRUN=7;LEN=1;MLLD=107.151;QD=31.4089;RBI=0.03712;REFB=0.00348929;REVB=0.036504;RO=17;SAF=22;SAR=20;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152896;STB=0.575882;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.000318;OID=.;OPOS=32524707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:17:19:42:43:0.693548:20:22:4:13:21:22:5:14 chr3 32611671 . G A 82.1 PASS AF=0.9;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0772112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.043;QD=32.8393;RBI=0.0905891;REFB=-0.0848666;REVB=0.0473795;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555432;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00313334;OID=.;OPOS=32611671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:10:0:1:9:9:0.9:5:4:0:0:5:4:1:0 chr3 32815231 . A T 355.0 PASS AF=0.965517;AO=24;DP=24;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.024936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.623;QD=48.9652;RBI=0.0388596;REFB=0.0406613;REVB=0.0298037;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521723;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000893886;OID=.;OPOS=32815231;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:29:0:1:24:28:0.965517:16:8:0:0:17:11:1:0 chr3 32927509 . G T 1134.83 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.232;QD=60.5242;RBI=0.0691613;REFB=0;REVB=0.0651382;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247283;OID=.;OPOS=32927509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr3 32933036 . G A 107.43 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.00281381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.866;QD=7.81315;RBI=0.00555677;REFB=-0.00694759;REVB=0.00479167;RO=40;SAF=11;SAR=4;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442307;STB=0.767103;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0268181;OID=.;OPOS=32933036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:40:40:15:15:0.272727:4:11:14:26:4:11:14:26 chr3 32996423 . C T 387.64 PASS AF=0.833333;AO=30;DP=36;FAO=30;FDP=36;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0644299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9857;QD=43.0711;RBI=0.0645536;REFB=0.0267091;REVB=-0.00399318;RO=6;SAF=16;SAR=14;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103185;STB=0.505572;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.00708601;OID=.;OPOS=32996423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:6:6:30:30:0.833333:14:16:3:3:14:16:3:3 chr3 32996509 . C T 33.88 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.00601745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4109;QD=3.76484;RBI=0.0188267;REFB=0.0119494;REVB=-0.0178391;RO=30;SAF=4;SAR=2;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0691917;OID=.;OPOS=32996509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:30:30:6:6:0.166667:2:4:20:10:2:4:20:10 chr3 33038747 . C G 740.34 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0980391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7545;QD=56.9494;RBI=0.0996341;REFB=0;REVB=-0.0177567;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00105019;OID=.;OPOS=33038747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr3 33055721 . A G 1233.98 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00238472;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.521;QD=61.6991;RBI=0.00364679;REFB=0;REVB=0.00275902;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.94287e-06;OID=.;OPOS=33055721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:78:80:1:39:39:0:0:41:39:0:0 chr3 33138544 . A G 972.7 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0543952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.124;QD=58.9517;RBI=0.0636841;REFB=0;REVB=0.0331183;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.05309e-05;OID=.;OPOS=33138544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr3 33138549 . G A 887.94 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172272;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3188;QD=58.2255;RBI=0.0248275;REFB=0;REVB=0.0178782;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117778;OID=.;OPOS=33138549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:37:24:0:0:37:24:0:0 chr3 33161898 . C T 70.54 PASS AF=0.166667;AO=13;DP=77;FAO=13;FDP=78;FR=.;FRO=65;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0108928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.4;QD=3.61764;RBI=0.0258484;REFB=-0.000100611;REVB=-0.0234412;RO=63;SAF=1;SAR=12;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.570233;STB=0.892334;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000463352;OID=.;OPOS=33161898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:77:78:63:65:13:13:0.166667:12:1:30:33:12:1:31:34 chr3 33174156 . T G 526.63 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00234234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.997;QD=56.9328;RBI=0.0109832;REFB=0.0433731;REVB=0.0107305;RO=1;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267359;STB=0.514278;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.00216738;OID=.;OPOS=33174156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:17:19:0:1:17:19:0:1 chr3 33174168 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.223;QD=57.2026;RBI=0.0256151;REFB=0;REVB=0.0097987;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.17388e-05;OID=.;OPOS=33174168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr3 33194990 . C A 389.44 PASS AF=0.756098;AO=31;DP=41;FAO=31;FDP=41;FR=.;FRO=10;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00606329;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=78.88;QD=37.9944;RBI=0.00684274;REFB=0.0277151;REVB=0.00317168;RO=9;SAF=20;SAR=11;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883158;STB=0.53779;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=-0.0115832;OID=.;OPOS=33194990;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:9:10:31:31:0.756098:11:20:4:5:11:20:5:5 chr3 33195284 . G A 469.3 PASS AF=0.813953;AO=35;DP=44;FAO=35;FDP=43;FR=.;FRO=8;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00202745;FXX=0.0227221;HRUN=4;LEN=1;MLLD=91.3538;QD=43.6554;RBI=0.0101119;REFB=-0.0135132;REVB=0.00990658;RO=8;SAF=19;SAR=16;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148739;STB=0.508017;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00228352;OID=.;OPOS=33195284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:44:43:8:8:35:35:0.813953:16:19:4:4:16:19:4:4 chr3 33195309 . A G 399.47 PASS AF=0.815789;AO=30;DP=38;FAO=31;FDP=38;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0148043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3471;QD=42.0497;RBI=0.0172173;REFB=-0.0642492;REVB=0.00879021;RO=7;SAF=16;SAR=14;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366878;STB=0.52217;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0136655;OID=.;OPOS=33195309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:7:7:30:31:0.815789:14:16:3:4:14:17:3:4 chr3 33255592 . A G 365.14 PASS AF=1;AO=25;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0691936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.873;QD=54.094;RBI=0.0692417;REFB=0;REVB=0.00258153;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000523845;OID=.;OPOS=33255592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:25:27:1:16:9:0:0:18:9:0:0 chr3 33877626 . G A 1358.36 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309815;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.752;QD=62.4535;RBI=0.0335943;REFB=0;REVB=0.0129896;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61514e-05;OID=.;OPOS=33877626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:85:87:1:40:45:0:0:40:47:0:0 chr3 33895391 . A G 1403.04 PASS AF=0.95283;AO=92;DP=102;FAO=101;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=46;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00197697;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=95.8048;QD=52.9449;RBI=0.0242763;REFB=-0.12029;REVB=0.0241957;RO=6;SAF=38;SAR=54;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00953757;STB=0.51217;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00238355;OID=.;OPOS=33895391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:102:106:6:5:92:101:0.95283:54:38:2:4:55:46:1:4 chr3 33905566 . C T 856.84 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306269;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.472;QD=58.0908;RBI=0.0373757;REFB=0;REVB=0.0214227;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274077;OID=.;OPOS=33905566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:30:28:0:0:30:29:0:0 chr3 33907945 . A G 817.63 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00825406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.154;QD=57.3775;RBI=0.0164473;REFB=0;REVB=0.0142262;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27763e-05;OID=.;OPOS=33907945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr3 35725250 . C T 2266.63 PASS AF=0.812207;AO=172;DP=213;FAO=173;FDP=213;FR=.;FRO=40;FSAF=85;FSAR=88;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.00168965;FXX=0.00467268;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.103;QD=42.5658;RBI=0.00811273;REFB=-0.00637718;REVB=0.00793483;RO=40;SAF=84;SAR=88;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582495;STB=0.531275;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0013602;OID=.;OPOS=35725250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:213:40:40:172:173:0.812207:88:84:13:27:88:85:13:27 chr3 36422135 . G A 834.15 PASS AF=0.804878;AO=63;DP=79;FAO=66;FDP=82;FR=.;FRO=16;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0424395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.242;QD=40.6901;RBI=0.0450888;REFB=-0.0535745;REVB=0.015228;RO=16;SAF=36;SAR=27;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121909;STB=0.560588;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0104138;OID=.;OPOS=36422135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:79:82:16:16:63:66:0.804878:27:36:4:12:29:37:4:12 chr3 36422216 . T C 609.5 PASS AF=0.784615;AO=45;DP=59;FAO=51;FDP=65;FR=.;FRO=14;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0490451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.379;QD=37.508;RBI=0.0492253;REFB=-0.0285798;REVB=0.00420737;RO=14;SAF=22;SAR=23;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121542;STB=0.571744;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00789927;OID=.;OPOS=36422216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:59:65:14:14:45:51:0.784615:23:22:3:11:23:28:3:11 chr3 36779707 . G A 519.6 PASS AF=0.826923;AO=43;DP=52;FAO=43;FDP=52;FR=.;FRO=9;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0410314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.9223;QD=39.9694;RBI=0.0588117;REFB=-0.0999744;REVB=0.0421336;RO=9;SAF=21;SAR=22;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141773;STB=0.507606;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0230525;OID=.;OPOS=36779707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:52:52:9:9:43:43:0.826923:22:21:4:5:22:21:4:5 chr3 37163039 . G A 1187.15 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.411;QD=60.1088;RBI=0.0348626;REFB=0;REVB=0.00833383;RO=0;SAF=25;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.60715e-05;OID=.;OPOS=37163039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:79:0:0:71:79:1:46:25:0:0:49:30:0:0 chr3 37458841 . C T 215.15 PASS AF=0.826087;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00491187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.164;QD=37.4172;RBI=0.0314577;REFB=-0.0322683;REVB=-0.0310719;RO=4;SAF=10;SAR=9;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875758;STB=0.547895;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00238123;OID=.;OPOS=37458841;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:23:23:4:4:19:19:0.826087:9:10:1:3:9:10:1:3 chr3 37535984 . C G 420.18 PASS AF=0.866667;AO=28;DP=46;FAO=39;FDP=45;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0217296;FXX=0.0217344;HRUN=5;LEN=1;MLLD=146.663;QD=37.3492;RBI=0.140582;REFB=-0.0666808;REVB=0.138893;RO=0;SAF=25;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13441e-08;STB=0.542836;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00561193;OID=.;OPOS=37535984;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:46:45:0:6:28:39:0.866667:3:25:0:0:7:32:6:0 chr3 37536056 . C T 91.85 PASS AF=0.179775;AO=16;DP=89;FAO=16;FDP=89;FR=.;FRO=73;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=0.00981932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.769;QD=4.12798;RBI=0.0453265;REFB=-0.00670446;REVB=-0.0442502;RO=72;SAF=8;SAR=8;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505611;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.033299;OID=.;OPOS=37536056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:89:89:72:73:16:16:0.179775:8:8:36:36:8:8:36:37 chr3 37574951 . G A 1108.48 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0635217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1264;QD=57.5833;RBI=0.0659194;REFB=-0.0356043;REVB=0.017617;RO=2;SAF=29;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00586059;STB=0.503098;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00973324;OID=.;OPOS=37574951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:2:2:75:75:0.974026:46:29:1:1:46:29:1:1 chr3 38009723 . G A 451.82 PASS AF=0.809524;AO=34;DP=43;FAO=34;FDP=42;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00554875;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.805;QD=43.0301;RBI=0.00623987;REFB=-0.0159292;REVB=0.00285435;RO=8;SAF=16;SAR=18;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104085;STB=0.505615;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00590947;OID=.;OPOS=38009723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:43:42:8:8:34:34:0.809524:18:16:4:4:18:16:4:4 chr3 38009814 . G A 433.82 PASS AF=0.790698;AO=32;DP=42;FAO=34;FDP=43;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0338863;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.755;QD=40.3557;RBI=0.0388815;REFB=-0.00157277;REVB=0.0190654;RO=9;SAF=13;SAR=19;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308458;STB=0.510911;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.000773285;OID=.;OPOS=38009814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:42:43:9:9:32:34:0.790698:19:13:3:6:21:13:3:6 chr3 38080952 . T G 724.33 PASS AF=0.838235;AO=54;DP=65;FAO=57;FDP=68;FR=.;FRO=11;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0242923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6159;QD=42.6079;RBI=0.0803946;REFB=-0.0176575;REVB=0.0766367;RO=11;SAF=28;SAR=26;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124553;STB=0.564903;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00471121;OID=.;OPOS=38080952;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:65:68:11:11:54:57:0.838235:26:28:10:1:28:29:10:1 chr3 38081031 . A T 888.98 PASS AF=0.890411;AO=64;DP=74;FAO=65;FDP=73;FR=.;FRO=8;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0415819;FXX=0.0394685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.779;QD=48.7111;RBI=0.0465552;REFB=0.0107702;REVB=0.0209365;RO=8;SAF=26;SAR=38;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469011;STB=0.523454;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.000369114;OID=.;OPOS=38081031;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:74:73:8:8:64:65:0.890411:38:26:5:3:38:27:5:3 chr3 38125705 . G A 848.11 PASS AF=0.776471;AO=66;DP=87;FAO=66;FDP=85;FR=.;FRO=19;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.019034;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.7374;QD=39.9112;RBI=0.0290257;REFB=-0.0621183;REVB=-0.0219134;RO=19;SAF=40;SAR=26;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111862;STB=0.505986;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0159487;OID=.;OPOS=38125705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:19:19:66:66:0.776471:26:40:12:7:26:40:12:7 chr3 38151731 . T C 472.64 PASS AF=0.759259;AO=41;DP=54;FAO=41;FDP=54;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0421679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.8902;QD=35.0107;RBI=0.0423475;REFB=0.0036265;REVB=-0.00389508;RO=13;SAF=11;SAR=30;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215635;STB=0.511622;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=-0.00170766;OID=.;OPOS=38151731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:13:13:41:41:0.759259:30:11:3:10:30:11:3:10 chr3 38170810 . C G 556.97 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.929;QD=60.2132;RBI=0.0419621;REFB=0;REVB=-0.00160197;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137414;OID=.;OPOS=38170810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr3 38350479 . T C 1880.79 PASS AF=0.991935;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00932661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.788;QD=60.6708;RBI=0.0112542;REFB=-0.0893586;REVB=0.00629852;RO=0;SAF=62;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.64881e-08;STB=0.503936;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000193311;OID=.;OPOS=38350479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:124:0:1:122:123:0.991935:60:62:0:0:60:63:1:0 chr3 38350519 . G A 2008.28 PASS AF=1;AO=128;DP=132;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.141486;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.923;QD=59.9488;RBI=0.143152;REFB=-0.0957801;REVB=0.0217756;RO=2;SAF=55;SAR=73;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016964;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000878234;OID=.;OPOS=38350519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:132:134:2:0:128:134:1:73:55:2:0:73:61:0:0 chr3 38350543 . A G 1996.24 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0388771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.758;QD=61.899;RBI=0.0445633;REFB=0;REVB=-0.0217822;RO=0;SAF=60;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.83628e-05;OID=.;OPOS=38350543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:129:0:0:126:129:1:66:60:0:0:67:62:0:0 chr3 38401839 . T C 1053.97 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.187;QD=59.3784;RBI=0.0342234;REFB=0;REVB=0.0278324;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220098;OID=.;OPOS=38401839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:68:71:1:29:39:0:0:29:42:0:0 chr3 38404472 . C A 53.59 PASS AF=0.121212;AO=9;DP=96;FAO=12;FDP=99;FR=.;FRO=87;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=-0.00906417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.297;QD=2.16523;RBI=0.0149742;REFB=-0.013034;REVB=-0.0119192;RO=84;SAF=0;SAR=9;SRF=42;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.619603;STB=0.897238;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0634679;OID=.;OPOS=38404472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:96:99:84:87:9:12:0.121212:9:0:42:42:11:1:43:44 chr3 38406773 . G T 324.02 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0833789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.343;QD=54.0041;RBI=0.0951516;REFB=0;REVB=0.0458453;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000659083;OID=.;OPOS=38406773;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:15:7:0:0:16:8:0:0 chr3 38408361 . G A 871.27 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00769981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.91;QD=56.2108;RBI=0.0251485;REFB=-0.0819419;REVB=0.0239408;RO=1;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125883;STB=0.506664;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00129241;OID=.;OPOS=38408361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:37:24:0:1:37:24:0:1 chr3 38442490 . G A 674.54 PASS AF=0.818182;AO=54;DP=64;FAO=54;FDP=66;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0148071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.909;QD=40.8813;RBI=0.0174421;REFB=-0.0121892;REVB=0.00921838;RO=10;SAF=15;SAR=39;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435586;STB=0.548174;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0026813;OID=.;OPOS=38442490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:64:66:10:12:54:54:0.818182:39:15:4:6:39:15:6:6 chr3 38519424 . A G 874.44 PASS AF=0.772727;AO=68;DP=88;FAO=68;FDP=88;FR=.;FRO=20;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=0.0150488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.773;QD=39.7473;RBI=0.0155097;REFB=-0.0320362;REVB=0.00375279;RO=20;SAF=34;SAR=34;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14883;STB=0.579523;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00700583;OID=.;OPOS=38519424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:20:20:68:68:0.772727:34:34:17:3:34:34:17:3 chr3 38524742 . C T 1227.44 PASS AF=0.742424;AO=98;DP=133;FAO=98;FDP=132;FR=.;FRO=34;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00915343;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.536;QD=37.1952;RBI=0.00915735;REFB=-0.044115;REVB=-0.000267912;RO=33;SAF=46;SAR=52;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021616;STB=0.515486;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0137295;OID=.;OPOS=38524742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:33:34:98:98:0.742424:52:46:17:16:52:46:18:16 chr3 38525567 . T C 1029.78 PASS AF=0.852273;AO=75;DP=89;FAO=75;FDP=88;FR=.;FRO=13;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0191169;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2897;QD=46.808;RBI=0.0245944;REFB=-0.0383029;REVB=0.0154735;RO=13;SAF=30;SAR=45;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039691;STB=0.521121;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00212886;OID=.;OPOS=38525567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:89:88:13:13:75:75:0.852273:45:30:7:6:45:30:7:6 chr3 38529818 . C T 250.46 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00538444;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.355;QD=30.3584;RBI=0.0182788;REFB=-0.0276874;REVB=0.0174678;RO=11;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109551;STB=0.560385;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00864372;OID=.;OPOS=38529818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:35:33:11:11:22:22:0.666667:12:10:7:4:12:10:7:4 chr3 38529825 . C T 304.78 PASS AF=0.702703;AO=26;DP=37;FAO=26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00242524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.68;QD=32.9494;RBI=0.0108995;REFB=-0.0400941;REVB=0.0106262;RO=11;SAF=10;SAR=16;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139161;STB=0.576212;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0202757;OID=.;OPOS=38529825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:11:11:26:26:0.702703:16:10:7:4:16:10:7:4 chr3 38532511 . G A 997.06 PASS AF=0.76;AO=76;DP=100;FAO=76;FDP=100;FR=.;FRO=24;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0270054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.289;QD=39.8824;RBI=0.0270928;REFB=-0.0356941;REVB=-0.00217374;RO=24;SAF=42;SAR=34;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237969;STB=0.512735;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0116134;OID=.;OPOS=38532511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:24:24:76:76:0.76:34:42:12:12:34:42:12:12 chr3 38589666 . T C,TCCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC 136.5 PASS AF=0.111111,0.444444;AO=4,9;DP=29;FAO=3,12;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=3,6;FSAR=0,6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0308934,-0.0192602;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,25;MLLD=78.4852,468.202;QD=20.2223;RBI=0.0342722,0.021542;REFB=0.0125203,-0.0381405;REVB=-0.0148385,0.00964899;RO=13;SAF=3,5;SAR=1,4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.252798,0.0170594;STB=0.996015,0.5;STBP=0.105,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0748554,0.026601;OID=.,.;OPOS=38589666,38589667;OREF=T,-;OALT=C,CCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC;OMAPALT=C,TCCCTCCTTTTTCCTACTCTCTTCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:96:29:27:13:12:4,9:3,12:0.111111,0.444444:1,4:3,5:7:6:0,6:3,6:6:6 chr3 38592406 . A G 131.71 PASS AF=0.194915;AO=23;DP=118;FAO=23;FDP=118;FR=.;FRO=95;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=47;FSRR=48;FWDB=0.0424844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6131;QD=4.46485;RBI=0.0498028;REFB=0.000804095;REVB=-0.0259884;RO=95;SAF=9;SAR=14;SRF=47;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13251;STB=0.584129;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.00476857;OID=.;OPOS=38592406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:95:95:23:23:0.194915:14:9:47:48:14:9:47:48 chr3 38620946 . G A 336.71 PASS AF=0.818182;AO=27;DP=33;FAO=27;FDP=33;FR=.;FRO=6;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0281095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.046;QD=40.8132;RBI=0.0315165;REFB=-0.058019;REVB=0.014253;RO=5;SAF=18;SAR=9;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440363;STB=0.534859;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00752991;OID=.;OPOS=38620946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:5:6:27:27:0.818182:9:18:4:1:9:18:5:1 chr3 38622467 . T C 784.92 PASS AF=0.982456;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0308537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1806;QD=55.0823;RBI=0.0567454;REFB=-0.0208197;REVB=0.0476244;RO=1;SAF=38;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122428;STB=0.506327;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00506255;OID=.;OPOS=38622467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:57:1:1:54:56:0.982456:16:38:1:0:17:39:1:0 chr3 38674712 . T C 3115.34 PASS AF=1;AO=194;DP=194;FAO=195;FDP=195;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00716798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.553;QD=63.9045;RBI=0.0295914;REFB=0;REVB=0.0287101;RO=0;SAF=93;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.89968e-05;OID=.;OPOS=38674712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:194:195:0:0:194:195:1:101:93:0:0:102:93:0:0 chr3 38739574 . T C 1287.36 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0042188;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4145;QD=62.0416;RBI=0.0733411;REFB=0;REVB=0.0732197;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000518696;OID=.;OPOS=38739574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:42:40:0:0:43:40:0:0 chr3 38739845 . A G 726.55 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.027281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8212;QD=52.8401;RBI=0.0307156;REFB=-0.129099;REVB=0.0141138;RO=0;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97342e-08;STB=0.51428;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00361995;OID=.;OPOS=38739845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:0:2:53:53:0.963636:34:19:0:0:34:19:0:2 chr3 38766675 . A G 628.04 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.094;QD=61.272;RBI=0.053435;REFB=0;REVB=0.0372598;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155554;OID=.;OPOS=38766675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:0:0:38:41:1:19:19:0:0:22:19:0:0 chr3 38802251 . A G 738.02 PASS AF=0.932203;AO=56;DP=58;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.040118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2881;QD=50.035;RBI=0.0674261;REFB=-0.0323831;REVB=-0.0541925;RO=2;SAF=26;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00233207;STB=0.503104;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0313681;OID=.;OPOS=38802251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:58:59:2:4:56:55:0.932203:30:26:1:1:30:25:2:2 chr3 38888227 . C T 107.72 PASS AF=0.173913;AO=19;DP=114;FAO=20;FDP=115;FR=.;FRO=95;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=51;FSRR=44;FWDB=0.0218814;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2836;QD=3.74689;RBI=0.0239516;REFB=-0.00281178;REVB=-0.00974065;RO=94;SAF=4;SAR=15;SRF=51;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425723;STB=0.785422;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0159966;OID=.;OPOS=38888227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:94:95:19:20:0.173913:15:4:51:43:16:4:51:44 chr3 38888735 . G A 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0151205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.592;QD=3.53999;RBI=0.0151837;REFB=-0.00262441;REVB=-0.00138448;RO=32;SAF=1;SAR=5;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332144;STB=0.743762;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00850907;OID=.;OPOS=38888735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:32:32:6:6:0.157895:5:1:13:19:5:1:13:19 chr3 38945560 . A G 98.65 PASS AF=0.178947;AO=17;DP=95;FAO=17;FDP=95;FR=.;FRO=78;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.0163716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.915;QD=4.15367;RBI=0.0449466;REFB=-0.0126019;REVB=-0.0418589;RO=78;SAF=7;SAR=10;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798606;STB=0.552009;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0565219;OID=.;OPOS=38945560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:95:95:78:78:17:17:0.178947:10:7:37:41:10:7:37:41 chr3 39111140 . C A 893.34 PASS AF=0.8;AO=68;DP=87;FAO=68;FDP=85;FR=.;FRO=17;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00121646;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.241;QD=42.0395;RBI=0.00564202;REFB=-0.00677045;REVB=0.00550932;RO=17;SAF=39;SAR=29;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168302;STB=0.508992;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.000808736;OID=.;OPOS=39111140;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:85:17:17:68:68:0.8:29:39:9:8:29:39:9:8 chr3 39138082 . C T 411.04 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4978;QD=56.695;RBI=0.0203442;REFB=0;REVB=-0.00697097;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020283;OID=.;OPOS=39138082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr3 39139776 . G A 43.37 PASS AF=0.125;AO=8;DP=72;FAO=9;FDP=72;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=0.000380548;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.785;QD=2.40951;RBI=0.00797399;REFB=-0.0107153;REVB=0.00796491;RO=63;SAF=3;SAR=5;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246615;STB=0.622836;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0727944;OID=.;OPOS=39139776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:72:72:63:63:8:9:0.125:5:3:37:26:5:4:37:26 chr3 39148598 . G A 57.37 PASS AF=0.15942;AO=9;DP=67;FAO=11;FDP=69;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0255639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.33;QD=3.32607;RBI=0.0326547;REFB=-0.0202466;REVB=-0.0203179;RO=57;SAF=4;SAR=5;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357074;STB=0.601962;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0829114;OID=.;OPOS=39148598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:67:69:57:58:9:11:0.15942:5:4:27:30:7:4:28:30 chr3 39152345 . G A 609.65 PASS AF=0.903846;AO=47;DP=52;FAO=47;FDP=52;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0457583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0179;QD=46.8958;RBI=0.0458116;REFB=-0.0389754;REVB=0.00220971;RO=5;SAF=21;SAR=26;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278265;STB=0.514845;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00361088;OID=.;OPOS=39152345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:52:52:5:5:47:47:0.903846:26:21:3:2:26:21:3:2 chr3 39161456 . G A 128.03 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0262708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3347;QD=20.4846;RBI=0.042492;REFB=0.0132636;REVB=-0.0333979;RO=11;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00546547;STB=0.503101;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0126174;OID=.;OPOS=39161456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:9:5:4:7:9:5:4:7 chr3 39161464 . G A 323.1 PASS AF=0.83871;AO=23;DP=28;FAO=26;FDP=31;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0126673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4961;QD=41.6904;RBI=0.0371459;REFB=-0.0164921;REVB=-0.0349193;RO=5;SAF=5;SAR=18;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083164;STB=0.517228;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.000618394;OID=.;OPOS=39161464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:28:31:5:5:23:26:0.83871:18:5:2:3:18:8:2:3 chr3 39180099 . T C 69.26 PASS AF=0.160494;AO=13;DP=81;FAO=13;FDP=81;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=44;FSRR=24;FWDB=0.0113516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4699;QD=3.42041;RBI=0.0122143;REFB=0.0032184;REVB=-0.00450886;RO=67;SAF=8;SAR=5;SRF=43;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353121;STB=0.528412;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.0187905;OID=.;OPOS=39180099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:81:81:67:68:13:13:0.160494:5:8:43:24:5:8:44:24 chr3 39180219 . C T 33.08 PASS AF=0.097561;AO=8;DP=82;FAO=8;FDP=82;FR=.;FRO=74;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=-0.0258293;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.851;QD=1.61385;RBI=0.026167;REFB=-0.00273092;REVB=-0.00418992;RO=74;SAF=5;SAR=3;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068275;STB=0.553661;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0253817;OID=.;OPOS=39180219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:82:82:74:74:8:8:0.097561:3:5:42:32:3:5:42:32 chr3 39184959 . C T 38.9 PASS AF=0.132075;AO=7;DP=53;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=0.00498229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.209;QD=2.93555;RBI=0.011507;REFB=-0.0077162;REVB=-0.0103724;RO=45;SAF=4;SAR=3;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229171;STB=0.652219;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0470167;OID=.;OPOS=39184959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:53:53:45:46:7:7:0.132075:3:4:17:28:3:4:18:28 chr3 39185248 . A G 267.06 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0662525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3398;QD=50.8689;RBI=0.0831077;REFB=0;REVB=0.0501747;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00632477;OID=.;OPOS=39185248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:8:11:0:0:9:12:0:0 chr3 39188182 . C T 1258.14 PASS AF=0.878505;AO=94;DP=108;FAO=94;FDP=107;FR=.;FRO=13;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.019864;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4497;QD=47.0332;RBI=0.0200181;REFB=-0.00422905;REVB=-0.00247978;RO=12;SAF=40;SAR=54;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202106;STB=0.505091;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.000728285;OID=.;OPOS=39188182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:108:107:12:13:94:94:0.878505:54:40:4:8:54:40:5:8 chr3 39229900 . T C 785.16 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.348;QD=57.1028;RBI=0.0306152;REFB=0;REVB=0.0217283;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185659;OID=.;OPOS=39229900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr3 39448424 . T C 485.58 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.102;QD=57.1268;RBI=0.042533;REFB=0;REVB=0.03622;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000886106;OID=.;OPOS=39448424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:21:11:0:0:22:12:0:0 chr3 39449137 . T C 448.73 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0199598;FXX=0.0588062;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.94;QD=56.0911;RBI=0.0234538;REFB=-0.12151;REVB=-0.012316;RO=1;SAF=11;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405228;STB=0.521725;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.00131756;OID=.;OPOS=39449137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:32:1:1:31:31:0.96875:20:11:1:0:20:11:1:0 chr3 39453160 . G A 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.243;QD=48.7322;RBI=0.080235;REFB=0;REVB=0.0621705;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117457;OID=.;OPOS=39453160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr3 39541550 . A G 32.34 PASS AF=0.12;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.00507206;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.046;QD=2.58683;RBI=0.0203786;REFB=4.99283e-05;REVB=-0.0197373;RO=43;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102473;STB=0.507438;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.00129282;OID=.;OPOS=39541550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:51:50:43:44:6:6:0.12:4:2:14:29:4:2:15:29 chr3 40231882 . AC A,AT 1438.81 PASS AF=0.134021,0.865979;AO=18,78;DP=97;FAO=13,84;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=2,42;FSAR=11,42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00460827,0.0880441;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=42.473,55.9763;QD=59.3323;RBI=0.0304988,0.100884;REFB=0,0;REVB=0.0301486,0.0492529;RO=0;SAF=6,37;SAR=12,41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.4281e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0358327,-0.00128107;OID=.,.;OPOS=40231883,40231883;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.134021,0.865979:18,78:97:13,84:97:0:2,42:11,42:0:0:46:0:6,37:12,41:0:0 chr3 40286017 . T C 1478.32 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288729;FXX=0.0384578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.024;QD=59.1326;RBI=0.0334234;REFB=0;REVB=0.0168369;RO=0;SAF=50;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00189582;OID=.;OPOS=40286017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:100:0:0:94:100:1:44:50:0:0:45:55:0:0 chr3 40301474 . AAGC AAGA,A 46.65 PASS AF=0.0222222,0.155556;AO=4,6;DP=43;FAO=1,7;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=0,2;FSAR=1,5;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0290466,-0.014785;FXX=0.062487;HRUN=1,2;LEN=1,3;MLLD=100.886,214.017;QD=4.14703;RBI=0.0380797,0.0249282;REFB=-0.000539319,-0.00319291;REVB=-0.0246243,-0.0200703;RO=28;SAF=0,1;SAR=4,5;SRF=10;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.565342,-0.284;STB=0.988161,0.611177;STBP=0.47,0.664;TYPE=snp,del;VARB=-0.0231238,0.0135927;OID=.,.;OPOS=40301477,40301475;OREF=C,AGC;OALT=A,-;OMAPALT=AAGA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0222222,0.155556:4,6:43:1,7:45:37:0,2:1,5:15:22:41:28:0,1:4,5:10:18 chr3 40351484 . C T 473.76 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0893222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2391;QD=55.7369;RBI=0.0908892;REFB=-0.159241;REVB=0.0168047;RO=1;SAF=21;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217319;STB=0.511621;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00493799;OID=.;OPOS=40351484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:34:34:1:1:33:33:0.970588:12:21:1:0:12:21:1:0 chr3 40435890 . A G 115.63 PASS AF=0.785714;AO=10;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.132736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.1391;QD=33.0375;RBI=0.13307;REFB=-0.0719423;REVB=-0.00942508;RO=2;SAF=2;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125826;STB=0.542293;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0344917;OID=.;OPOS=40435890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:10:11:0.785714:8:2:1:1:8:3:1:1 chr3 40468896 . C T 913.27 PASS AF=0.811765;AO=69;DP=87;FAO=69;FDP=85;FR=.;FRO=16;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00505646;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.238;QD=42.9772;RBI=0.00507984;REFB=-0.0291808;REVB=0.000486837;RO=16;SAF=31;SAR=38;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621725;STB=0.533187;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00671155;OID=.;OPOS=40468896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:87:85:16:16:69:69:0.811765:38:31:10:6:38:31:10:6 chr3 40519429 . T C 598.69 PASS AF=0.934783;AO=42;DP=46;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0603059;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.8413;QD=52.0597;RBI=0.0603929;REFB=-0.00229293;REVB=0.00323956;RO=4;SAF=10;SAR=32;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0551593;STB=0.521729;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0138267;OID=.;OPOS=40519429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:46:46:4:3:42:43:0.934783:32:10:0:4:33:10:0:3 chr3 40553075 . G A 37.07 PASS AF=0.0789474;AO=12;DP=152;FAO=12;FDP=152;FR=.;FRO=140;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=57;FSRR=83;FWDB=-0.00715949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.615;QD=0.975484;RBI=0.00934909;REFB=-0.00221825;REVB=-0.00601225;RO=139;SAF=8;SAR=4;SRF=57;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282202;STB=0.727679;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0402682;OID=.;OPOS=40553075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:152:152:139:140:12:12:0.0789474:4:8:57:82:4:8:57:83 chr3 40558150 . G C 43.42 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.021584;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.421;QD=5.10804;RBI=0.0217926;REFB=-0.00164828;REVB=-0.00300829;RO=28;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135938;STB=0.578732;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00426829;OID=.;OPOS=40558150;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:35:34:28:27:7:7:0.205882:4:3:9:19:4:3:9:18 chr3 41280827 . C T 203.69 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.01878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.693;QD=38.7978;RBI=0.0224299;REFB=-0.0090917;REVB=0.0122642;RO=3;SAF=7;SAR=11;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0747599;STB=0.540937;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00202782;OID=.;OPOS=41280827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:3:3:18:18:0.857143:11:7:2:1:11:7:2:1 chr3 41841716 . A C 769.36 PASS AF=0.707865;AO=59;DP=85;FAO=63;FDP=89;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00960149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3715;QD=34.5778;RBI=0.0472701;REFB=-0.0229343;REVB=0.0462847;RO=26;SAF=20;SAR=39;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199379;STB=0.503299;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00405678;OID=.;OPOS=41841716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:89:26:26:59:63:0.707865:39:20:8:18:43:20:8:18 chr3 41910571 . T C 245.25 PASS AF=0.647059;AO=17;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0124298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8046;QD=28.8525;RBI=0.012431;REFB=-0.0121441;REVB=-0.000173716;RO=7;SAF=5;SAR=12;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817028;STB=0.546176;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00762151;OID=.;OPOS=41910571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:34:34:7:11:17:22:0.647059:12:5:3:4:13:9:6:5 chr3 41925398 . C T 1572.89 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00554623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.728;QD=59.9197;RBI=0.0395355;REFB=0;REVB=0.0391446;RO=0;SAF=60;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.54504e-05;OID=.;OPOS=41925398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:45:60:0:0:45:60:0:0 chr3 41925423 . T C 1525.55 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193487;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.168;QD=59.8257;RBI=0.0321231;REFB=0;REVB=0.0256421;RO=0;SAF=57;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12469e-05;OID=.;OPOS=41925423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:102:0:0:102:102:1:45:57:0:0:45:57:0:0 chr3 41937000 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00998479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.489;QD=64.1532;RBI=0.0122076;REFB=0;REVB=0.0070235;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.17998e-06;OID=.;OPOS=41937000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr3 41939993 . T A 594.89 PASS AF=1;AO=22;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.218708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=25.6006;QD=56.6557;RBI=0.222179;REFB=0;REVB=0.0391206;RO=1;SAF=13;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342405;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00687513;OID=.;OPOS=41939993;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:1:0:22:42:1:9:13:1:0:17:25:0:0 chr3 41957466 . T G 731.1 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00249755;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8964;QD=63.5742;RBI=0.0605825;REFB=0;REVB=0.060531;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298799;OID=.;OPOS=41957466;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr3 41960006 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.193;QD=53.2769;RBI=0.0413381;REFB=0;REVB=0.0317674;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000491978;OID=.;OPOS=41960006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:13:9:0:0:13:10:0:0 chr3 41996136 . T C 884.48 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0264425;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.017;QD=53.6049;RBI=0.0287899;REFB=-0.0534769;REVB=0.0113866;RO=3;SAF=42;SAR=21;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325423;STB=0.517236;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.000534728;OID=.;OPOS=41996136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:66:66:3:3:63:63:0.954545:21:42:3:0:21:42:3:0 chr3 42236415 . A G 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8752;QD=60.2292;RBI=0.0489873;REFB=0;REVB=-0.0400987;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00118374;OID=.;OPOS=42236415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr3 42244321 . G A 1527.99 PASS AF=0.963303;AO=105;DP=111;FAO=105;FDP=109;FR=.;FRO=4;FSAF=60;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0156762;FXX=0.0353951;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.022;QD=56.0731;RBI=0.042363;REFB=-0.0711068;REVB=0.0393558;RO=3;SAF=60;SAR=45;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305854;STB=0.521273;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.000524659;OID=.;OPOS=42244321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:111:109:3:4:105:105:0.963303:45:60:0:3:45:60:0:4 chr3 42251263 . C T 284.02 PASS AF=0.774194;AO=24;DP=31;FAO=24;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00574066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.872;QD=36.6471;RBI=0.0346317;REFB=-0.0328687;REVB=0.0341526;RO=7;SAF=17;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192302;STB=0.605249;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0106817;OID=.;OPOS=42251263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:7:7:24:24:0.774194:7:17:2:5:7:17:2:5 chr3 42251329 . C T 584.01 PASS AF=0.813559;AO=48;DP=59;FAO=48;FDP=59;FR=.;FRO=11;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00181293;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.519;QD=39.5936;RBI=0.0256655;REFB=-0.0248026;REVB=0.0256014;RO=10;SAF=29;SAR=19;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324885;STB=0.506289;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00360603;OID=.;OPOS=42251329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:59:59:10:11:48:48:0.813559:19:29:7:3:19:29:7:4 chr3 42251868 . CTTT CTT,CTTG 249.39 PASS AF=0.863636,0.0909091;AO=19,2;DP=22;FAO=19,2;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=8,0;FSAR=11,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0398621,-0.0156498;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=24.3491,107.002;QD=45.3443;RBI=0.0485192,0.0267744;REFB=-0.0589284,-0.00321439;REVB=-0.0276609,-0.0217244;RO=1;SAF=8,0;SAR=11,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0540538,-0.697199;STB=0.529381,0.993266;STBP=0.33,0.232;TYPE=del,snp;VARB=0.00786538,0.0639358;OID=.,.;OPOS=42251869,42251871;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=CTT,CTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.863636,0.0909091:19,2:22:19,2:22:1:8,0:11,2:1:0:9:1:8,0:11,2:1:0 chr3 42304784 . A G 378.96 PASS AF=0.688889;AO=31;DP=45;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.106205;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8701;QD=33.6857;RBI=0.120713;REFB=0.0226892;REVB=-0.0573773;RO=14;SAF=16;SAR=15;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0904785;STB=0.549325;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.0133614;OID=.;OPOS=42304784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:14:14:31:31:0.688889:15:16:5:9:15:16:5:9 chr3 42438754 . T C 626.96 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0749358;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3716;QD=61.1672;RBI=0.0749386;REFB=0;REVB=0.000642741;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00684855;OID=.;OPOS=42438754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:21:19:0:0:21:20:0:0 chr3 42568929 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.907;QD=50.4129;RBI=0.021504;REFB=0;REVB=-0.00741164;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324411;OID=.;OPOS=42568929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr3 42599091 . G A 462.09 PASS AF=0.795455;AO=35;DP=44;FAO=35;FDP=44;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00570951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.373;QD=42.0082;RBI=0.0189296;REFB=-0.00962348;REVB=0.0180481;RO=9;SAF=11;SAR=24;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558401;STB=0.530174;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00172235;OID=.;OPOS=42599091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:9:9:35:35:0.795455:24:11:4:5:24:11:4:5 chr3 42610374 . A G 341.02 PASS AF=0.84375;AO=26;DP=31;FAO=27;FDP=32;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0062061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.949;QD=42.6273;RBI=0.0372266;REFB=-0.0457389;REVB=0.0367057;RO=5;SAF=15;SAR=11;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00704132;STB=0.501198;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0097414;OID=.;OPOS=42610374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:31:32:5:5:26:27:0.84375:11:15:3:2:11:16:3:2 chr3 42610515 . G A 465.9 PASS AF=0.871795;AO=33;DP=39;FAO=34;FDP=39;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0234582;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2367;QD=47.7842;RBI=0.0384358;REFB=-0.0685258;REVB=0.030447;RO=5;SAF=6;SAR=27;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00743057;STB=0.505152;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0094188;OID=.;OPOS=42610515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:39:39:5:5:33:34:0.871795:27:6:1:4:28:6:1:4 chr3 42636141 . G A 173.53 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0577638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.566;QD=36.5326;RBI=0.0620128;REFB=0.042063;REVB=-0.0225597;RO=3;SAF=6;SAR=10;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869632;STB=0.547884;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.00266081;OID=.;OPOS=42636141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:3:3:16:16:0.842105:10:6:2:1:10:6:2:1 chr3 42700456 . C T 586.25 PASS AF=0.777778;AO=41;DP=59;FAO=49;FDP=63;FR=.;FRO=14;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0135731;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.725;QD=37.222;RBI=0.0356323;REFB=-0.0235694;REVB=0.0329459;RO=6;SAF=28;SAR=13;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00446482;STB=0.516122;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0053395;OID=.;OPOS=42700456;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:59:63:6:14:41:49:0.777778:13:28:4:2:21:28:7:7 chr3 42700630 . A G 771.77 PASS AF=0.867647;AO=57;DP=67;FAO=59;FDP=68;FR=.;FRO=9;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0161462;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.629;QD=45.3981;RBI=0.0173365;REFB=-0.0125768;REVB=-0.00631301;RO=9;SAF=27;SAR=30;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776341;STB=0.542359;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.000969598;OID=.;OPOS=42700630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:67:68:9:9:57:59:0.867647:30:27:7:2:32:27:7:2 chr3 42727912 . C G 861.85 PASS AF=0.888889;AO=63;DP=71;FAO=64;FDP=72;FR=.;FRO=8;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0405075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.171;QD=47.8805;RBI=0.0439404;REFB=0.00171656;REVB=0.0170267;RO=8;SAF=22;SAR=41;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628969;STB=0.531471;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.00136798;OID=.;OPOS=42727912;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:71:72:8:8:63:64:0.888889:41:22:5:3:41:23:5:3 chr3 42728144 . A G 451.5 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0747674;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.013;QD=58.2579;RBI=0.0767507;REFB=0;REVB=0.0173348;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000250448;OID=.;OPOS=42728144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr3 42733468 . T C 686.2 PASS AF=0.98;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0326664;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.263;QD=54.8956;RBI=0.0371122;REFB=-0.0997851;REVB=0.017613;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.511107;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.000566891;OID=.;OPOS=42733468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:50:0:1:49:49:0.98:22:27:0:0:22:27:0:1 chr3 42735150 . T C 219.5 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.316;QD=48.7778;RBI=0.0460503;REFB=0;REVB=0.0436436;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338625;OID=.;OPOS=42735150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:6:11:0:0:7:11:0:0 chr3 42735274 . A G 323.41 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.464;QD=53.9017;RBI=0.0302336;REFB=0;REVB=0.0156567;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.05461e-05;OID=.;OPOS=42735274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr3 42740284 . C T 85.12 PASS AF=0.208955;AO=14;DP=67;FAO=14;FDP=67;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0487272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8166;QD=5.08189;RBI=0.0499064;REFB=-0.00149292;REVB=0.0107845;RO=52;SAF=13;SAR=1;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.643046;STB=0.917361;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0102698;OID=.;OPOS=42740284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:67:67:52:53:14:14:0.208955:1:13:23:29:1:13:23:30 chr3 42907112 . A C 389.36 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000411607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.468;QD=55.6234;RBI=0.0297262;REFB=0;REVB=0.0297234;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.00589e-05;OID=.;OPOS=42907112;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:17:10:0:0:17:11:0:0 chr3 42908775 . A C 557.06 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.189906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.276;QD=60.2225;RBI=0.190892;REFB=0;REVB=-0.0193806;RO=0;SAF=5;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283351;OID=.;OPOS=42908775;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:32:5:0:0:32:5:0:0 chr3 42917047 . A G 1853.8 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00990874;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.918;QD=61.2827;RBI=0.0319139;REFB=0;REVB=0.0303366;RO=1;SAF=53;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887525;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55433e-05;OID=.;OPOS=42917047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:121:1:0:114:121:1:61:53:1:0:65:56:0:0 chr3 42956273 . T C 414.96 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236923;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.505;QD=57.2352;RBI=0.0552941;REFB=0;REVB=0.0499611;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000720267;OID=.;OPOS=42956273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr3 43073761 . G A 296.4 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0101521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2957;QD=49.3999;RBI=0.089105;REFB=-0.142081;REVB=0.0885248;RO=1;SAF=21;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215476;STB=0.511618;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00811189;OID=.;OPOS=43073761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:23:23:0.958333:2:21:1:0:2:21:1:0 chr3 43074430 . A G 622.4 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.937;QD=60.7216;RBI=0.0318345;REFB=0;REVB=0.0253828;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.07955e-05;OID=.;OPOS=43074430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:24:15:0:0:25:16:0:0 chr3 43074434 . C T 575.51 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4282;QD=60.5803;RBI=0.0458744;REFB=0;REVB=0.0407284;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132558;OID=.;OPOS=43074434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr3 43074871 . A G 1718.73 PASS AF=1;AO=101;DP=116;FAO=114;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=56;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249913;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.721;QD=60.3064;RBI=0.0326186;REFB=0;REVB=-0.020962;RO=0;SAF=52;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37367e-05;OID=.;OPOS=43074871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:116:114:0:0:101:114:1:49:52:0:0:58:56:0:0 chr3 43074872 . C G 59.82 PASS AF=0.117647;AO=12;DP=117;FAO=14;FDP=119;FR=.;FRO=105;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=55;FSRR=50;FWDB=-0.0229197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.674;QD=2.0109;RBI=0.0240647;REFB=-0.0193022;REVB=0.0073345;RO=105;SAF=2;SAR=10;SRF=55;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42919;STB=0.846026;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0205082;OID=.;OPOS=43074872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:117:119:105:105:12:14:0.117647:10:2:55:50:12:2:55:50 chr3 43095101 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00970979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.277;QD=59.839;RBI=0.0196861;REFB=0;REVB=-0.017125;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.04256e-05;OID=.;OPOS=43095101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr3 43097710 . A G 946.84 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0133487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.608;QD=55.6966;RBI=0.0140714;REFB=0.0290275;REVB=0.00445152;RO=2;SAF=49;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188958;STB=0.509997;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.000600693;OID=.;OPOS=43097710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:2:2:66:66:0.970588:17:49:2:0:17:49:2:0 chr3 43121559 . C G,T 559.34 PASS AF=0.105263,0.894737;AO=2,34;DP=36;FAO=4,34;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=3,13;FSAR=1,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00284388,0.0167052;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=61.5505,95.3735;QD=58.8783;RBI=0.0529037,0.0365537;REFB=0,0;REVB=0.0528272,0.0325132;RO=0;SAF=1,14;SAR=1,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.48532e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0455624,0.0007949;OID=.,.;OPOS=43121559,43121559;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:36:38:0:0:2,34:4,34:0.105263,0.894737:1,20:1,14:0:0:1,21:3,13:0:0 chr3 43121705 . G A 129.69 PASS AF=0.148352;AO=27;DP=182;FAO=27;FDP=182;FR=.;FRO=155;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=64;FSRR=91;FWDB=-0.0207819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5701;QD=2.85026;RBI=0.0584576;REFB=-0.0052042;REVB=0.0546389;RO=152;SAF=13;SAR=14;SRF=61;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103512;STB=0.558697;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.03083;OID=.;OPOS=43121705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:182:152:155:27:27:0.148352:14:13:61:91:14:13:64:91 chr3 43122966 . G A 782.44 PASS AF=0.95;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0636253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4088;QD=52.1629;RBI=0.0650148;REFB=-0.073315;REVB=-0.0133696;RO=2;SAF=25;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362396;STB=0.528292;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0121889;OID=.;OPOS=43122966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:60:60:2:3:57:57:0.95:32:25:2:0:32:25:3:0 chr3 43390387 . C CT 453.4 PASS AF=1;AO=42;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613535;FXX=0.0166639;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.1392;QD=30.7389;RBI=0.135735;REFB=-0.00136192;REVB=-0.121077;RO=11;SAF=23;SAR=19;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346713;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-1.16334e-05;OID=.;OPOS=43390388;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:60:59:59:0:35:24:0:0:7:11:23:19:7:4 chr3 43392356 . G A,GTA 255.23 PASS AF=0.122449,0.428571;AO=7,20;DP=66;FAO=6,21;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=1,12;FSAR=5,9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0137654,0.0193782;FXX=0.0754575;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=94.396,151.613;QD=20.8347;RBI=0.0257187,0.0197027;REFB=-0.0253881,-0.0306281;REVB=0.0217248,0.00356121;RO=38;SAF=1,12;SAR=6,8;SRF=14;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.339372,0.254841;STB=0.762911,0.559943;STBP=0.211,0.441;TYPE=snp,ins;VARB=0.0455125,0.0481946;OID=.,.;OPOS=43392356,43392357;OREF=G,-;OALT=A,TA;OMAPALT=A,GTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:66:49:38:22:7,20:6,21:0.122449,0.428571:6,8:1,12:14:24:5,9:1,12:10:12 chr3 43414318 . A G 1763.65 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.26;QD=60.2958;RBI=0.0511738;REFB=0;REVB=0.0109427;RO=0;SAF=49;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23596e-05;OID=.;OPOS=43414318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:117:0:0:114:117:1:65:49:0:0:67:50:0:0 chr3 43602803 . C T 682.63 PASS AF=0.962264;AO=50;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0629546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.393;QD=51.5192;RBI=0.0629985;REFB=-0.115325;REVB=0.00234896;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.527767;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00270319;OID=.;OPOS=43602803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:0:2:50:51:0.962264:34:16:0:0:34:17:2:0 chr3 43607136 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00170408;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.854;QD=49.5992;RBI=0.0113294;REFB=0;REVB=0.0112005;RO=0;SAF=16;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.49829e-05;OID=.;OPOS=43607136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:2:16:0:0:2:16:0:0 chr3 44283808 . C A 539.75 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0193695;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.765;QD=55.359;RBI=0.0438267;REFB=-0.0204122;REVB=0.0393141;RO=1;SAF=16;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283678;STB=0.529396;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000140384;OID=.;OPOS=44283808;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:39:1:2:37:37:0.948718:21:16:1:0:21:16:2:0 chr3 44284584 . G A 837.26 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00312897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.535;QD=55.8176;RBI=0.00476499;REFB=-0.0748644;REVB=0.00359369;RO=1;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159925;STB=0.508472;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-5.83706e-05;OID=.;OPOS=44284584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:29:30:0:1:29:30:0:1 chr3 44540791 . TTC T,TTT 835.41 PASS AF=0.983607,0;AO=52,5;DP=59;FAO=60,0;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=28,0;FSAR=32,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000119716,-0.00569021;FXX=0.0161264;HRUN=5,1;LEN=2,1;MLLD=272.961,250.91;QD=54.781;RBI=0.00430693,0.00595798;REFB=-0.0235257,0.025052;REVB=-0.00430527,-0.00176608;RO=0;SAF=26,2;SAR=26,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.508769,0.5;STBP=0.317,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00118704,-0.00622947;OID=.,.;OPOS=44540792,44540793;OREF=TC,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.983607,0:52,5:59:60,0:61:1:28,0:32,0:1:0:4:0:26,2:26,3:0:0 chr3 44612050 . C T 434.19 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.874;QD=56.0247;RBI=0.108868;REFB=0;REVB=0.0247625;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00277397;OID=.;OPOS=44612050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:23:7:0:0:23:8:0:0 chr3 44637799 . T C 334.36 PASS AF=0.794118;AO=27;DP=35;FAO=27;FDP=34;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0063195;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.826;QD=39.3359;RBI=0.0163667;REFB=-0.00502197;REVB=0.0150974;RO=7;SAF=11;SAR=16;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635165;STB=0.534495;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000583311;OID=.;OPOS=44637799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:35:34:7:7:27:27:0.794118:16:11:4:3:16:11:4:3 chr3 44692564 . C G 976.33 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0318857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3011;QD=57.4314;RBI=0.0401137;REFB=-0.12837;REVB=0.0243394;RO=1;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133112;STB=0.50704;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00289536;OID=.;OPOS=44692564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:35:32:0:1:35:32:0:1 chr3 44763037 . A C 428.2 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.524;QD=57.0934;RBI=0.029073;REFB=0;REVB=0.0150784;RO=1;SAF=15;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300429;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.50995e-05;OID=.;OPOS=44763037;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:1:0:29:30:1:14:15:1:0:14:16:0:0 chr3 44775962 . A G 651.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.902;QD=62.018;RBI=0.0446592;REFB=0;REVB=0.0216795;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231982;OID=.;OPOS=44775962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:20:21:0:0:20:22:0:0 chr3 44777795 . CT TC 306.11 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00151768;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=175.544;QD=47.0936;RBI=0.0111585;REFB=-0.0619287;REVB=-0.0110549;RO=1;SAF=10;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440956;STB=0.506573;STBP=0.865;TYPE=mnp;VARB=0.000923907;OID=.;OPOS=44777795;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:26:26:1:2:24:24:0.923077:14:10:1:0:14:10:1:1 chr3 44869026 . A T 2169.51 PASS AF=0.973856;AO=148;DP=153;FAO=149;FDP=153;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0306227;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.984;QD=56.7192;RBI=0.0447821;REFB=-0.0593298;REVB=0.0326755;RO=1;SAF=46;SAR=102;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102262;STB=0.509614;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00537422;OID=.;OPOS=44869026;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:153:153:1:4:148:149:0.973856:102:46:1:0:102:47:0:4 chr3 44884647 . C A 771.19 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00955642;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.043;QD=57.1248;RBI=0.0220905;REFB=0;REVB=0.0199165;RO=0;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76696e-05;OID=.;OPOS=44884647;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:35:18:0:0:36:18:0:0 chr3 44929287 . G C 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00369126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3206;QD=54.5149;RBI=0.0542974;REFB=0;REVB=0.0541718;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154734;OID=.;OPOS=44929287;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr3 44943069 . C T 432.87 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133927;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.897;QD=57.7159;RBI=0.0141081;REFB=0;REVB=0.00443555;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.35632e-06;OID=.;OPOS=44943069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr3 44943389 . G A 731.69 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0013183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.173;QD=60.9743;RBI=0.0403703;REFB=0.0615427;REVB=0.0403488;RO=1;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015416;STB=0.507933;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.000371275;OID=.;OPOS=44943389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:1:1:46:47:0.979167:30:16:0:1:31:16:0:1 chr3 44948479 . C T 683.91 PASS AF=0.925926;AO=51;DP=54;FAO=50;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0160971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.063;QD=50.6597;RBI=0.034246;REFB=-0.00609169;REVB=0.030227;RO=1;SAF=20;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229599;STB=0.52499;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.000215044;OID=.;OPOS=44948479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:54:54:1:2:51:50:0.925926:31:20:1:0:31:19:2:0 chr3 44948590 . G A 1395.22 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00363973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.719;QD=62.7065;RBI=0.00647989;REFB=0;REVB=0.00536109;RO=0;SAF=32;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26135e-05;OID=.;OPOS=44948590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:57:32:0:0:57:32:0:0 chr3 44968319 . CT C,TC 218.22 PASS AF=0.547619,0.0714286;AO=20,3;DP=43;FAO=23,3;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=19,0;FSAR=4,3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0165852,-0.0265717;FXX=0.0666519;HRUN=5,2;LEN=1,2;MLLD=14.9285,149.485;QD=20.7829;RBI=0.0571455,0.0351839;REFB=-0.0972488,-0.00933815;REVB=-0.0546858,-0.0230619;RO=15;SAF=19,0;SAR=1,3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.66278,-0.589173;STB=0.703502,0.99581;STBP=0.013,0.113;TYPE=del,mnp;VARB=0.0658758,0.124701;OID=.,.;OPOS=44968320,44968319;OREF=T,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:43:42:15:16:20,3:23,3:0.547619,0.0714286:1,3:19,0:6:9:4,3:19,0:7:9 chr3 45052775 . G C 1703.39 PASS AF=0.991228;AO=112;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0152812;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.926;QD=59.7682;RBI=0.0254463;REFB=0.0141012;REVB=0.0203469;RO=1;SAF=64;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736135;STB=0.503875;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=4.39641e-06;OID=.;OPOS=45052775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:114:1:1:112:113:0.991228:48:64:1:0:49:64:1:0 chr3 45077123 . G A 558.35 PASS AF=0.906977;AO=39;DP=43;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0409743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.787;QD=51.9399;RBI=0.0481511;REFB=-0.0844163;REVB=0.025291;RO=4;SAF=21;SAR=18;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050221;STB=0.526868;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00360233;OID=.;OPOS=45077123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:43:43:4:4:39:39:0.906977:18:21:1:3:18:21:1:3 chr3 45127515 . T C 1441.5 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0687464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.2221;QD=62.6738;RBI=0.0972069;REFB=0;REVB=0.0687249;RO=0;SAF=36;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.57365e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000997226;OID=.;OPOS=45127515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:92:0:0:88:92:1:52:36:0:0:56:36:0:0 chr3 45134822 . T C 785.03 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.065;QD=64.0838;RBI=0.057698;REFB=0;REVB=-0.0574905;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101107;OID=.;OPOS=45134822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr3 45527218 . T C 1286.69 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00837993;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.033;QD=62.0094;RBI=0.00849257;REFB=0;REVB=0.00137857;RO=0;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.44938e-05;OID=.;OPOS=45527218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:48:35:0:0:48:35:0:0 chr3 45533224 . G A 1071.51 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00593493;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.964;QD=60.3669;RBI=0.0102672;REFB=0;REVB=0.00837803;RO=0;SAF=24;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177569;OID=.;OPOS=45533224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:71:0:0:71:71:1:47:24:0:0:47:24:0:0 chr3 45557707 . G A 69.35 PASS AF=0.160494;AO=13;DP=81;FAO=13;FDP=81;FR=.;FRO=68;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=31;FWDB=0.00544479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.029;QD=3.42483;RBI=0.0232103;REFB=-0.00242301;REVB=0.0225626;RO=66;SAF=3;SAR=10;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394896;STB=0.764409;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0192885;OID=.;OPOS=45557707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:81:81:66:68:13:13:0.160494:10:3:36:30:10:3:37:31 chr3 45559519 . T C 1031.04 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00834887;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.982;QD=59.7705;RBI=0.0314823;REFB=0;REVB=0.0303551;RO=0;SAF=25;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124841;OID=.;OPOS=45559519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:67:69:1:42:25:0:0:43:26:0:0 chr3 45565554 . A G 2378.05 PASS AF=0.97546;AO=158;DP=162;FAO=159;FDP=163;FR=.;FRO=4;FSAF=77;FSAR=82;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0728853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.423;QD=58.357;RBI=0.0745331;REFB=-0.011307;REVB=-0.0155858;RO=3;SAF=76;SAR=82;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00658769;STB=0.506524;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000155864;OID=.;OPOS=45565554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:162:163:3:4:158:159:0.97546:82:76:2:1:82:77:3:1 chr3 45588857 . T C 1055.0 PASS AF=0.873563;AO=76;DP=87;FAO=76;FDP=87;FR=.;FRO=11;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00178912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9513;QD=48.5055;RBI=0.0424989;REFB=-0.0901062;REVB=-0.0424612;RO=11;SAF=34;SAR=42;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235369;STB=0.512504;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00930847;OID=.;OPOS=45588857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:87:87:11:11:76:76:0.873563:42:34:6:5:42:34:6:5 chr3 45637253 . C T 758.98 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0042005;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.068;QD=53.2617;RBI=0.0109794;REFB=-0.0884202;REVB=0.0101441;RO=2;SAF=23;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392347;STB=0.520826;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00034892;OID=.;OPOS=45637253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:32:23:2:0:32:23:2:0 chr3 45637439 . T C 2744.21 PASS AF=1;AO=141;DP=173;FAO=176;FDP=176;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=86;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0645348;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.175;QD=62.3683;RBI=0.0903032;REFB=0;REVB=0.0631659;RO=0;SAF=83;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.37582e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61498e-05;OID=.;OPOS=45637439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:176:0:0:141:176:1:58:83:0:0:90:86:0:0 chr3 45817418 . A G 820.38 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267361;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.236;QD=57.5702;RBI=0.039;REFB=0;REVB=0.0283933;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267302;OID=.;OPOS=45817418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr3 45957055 . G A 998.99 PASS AF=0.806452;AO=71;DP=91;FAO=75;FDP=93;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=54;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0336848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.576;QD=42.9672;RBI=0.0336932;REFB=-0.017302;REVB=0.000752239;RO=17;SAF=21;SAR=50;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530992;STB=0.514035;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00552007;OID=.;OPOS=45957055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:17:18:71:75:0.806452:50:21:3:14:54:21:4:14 chr3 45959515 . A T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000138841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.157;QD=60.6102;RBI=0.00691262;REFB=0;REVB=0.00691123;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94586e-05;OID=.;OPOS=45959515;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr3 45959759 . T C 949.41 PASS AF=1;AO=37;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.160337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.981;QD=59.338;RBI=0.160955;REFB=0;REVB=0.0140911;RO=0;SAF=4;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.7801e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000749116;OID=.;OPOS=45959759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:37:64:1:33:4:0:0:36:28:0:0 chr3 45989044 . T G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.999;QD=60.9785;RBI=0.0351575;REFB=0;REVB=0.0314224;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49892e-05;OID=.;OPOS=45989044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr3 45996761 . G A 2040.43 PASS AF=0.992481;AO=129;DP=130;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0211812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.364;QD=61.3663;RBI=0.021221;REFB=0.000833324;REVB=-0.00129919;RO=1;SAF=78;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00605428;STB=0.503184;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-2.76153e-05;OID=.;OPOS=45996761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:133:1:1:129:132:0.992481:51:78:1:0:54:78:1:0 chr3 46008790 . G A 1265.31 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.082239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3865;QD=59.5441;RBI=0.0865164;REFB=-0.0448711;REVB=0.026867;RO=1;SAF=32;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00919718;STB=0.504761;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00292434;OID=.;OPOS=46008790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:85:85:1:1:83:84:0.988235:51:32:0:1:52:32:0:1 chr3 46009864 . C G 1062.64 PASS AF=0.936709;AO=72;DP=77;FAO=74;FDP=79;FR=.;FRO=5;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0255327;FXX=0.0124984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.2741;QD=53.8043;RBI=0.0610884;REFB=-0.0963887;REVB=0.0554966;RO=5;SAF=46;SAR=26;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021537;STB=0.511323;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00747648;OID=.;OPOS=46009864;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:77:79:5:5:72:74:0.936709:26:46:4:1:27:47:4:1 chr3 46010077 . C T 1038.27 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0329997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.962;QD=56.8917;RBI=0.0367205;REFB=-0.0664221;REVB=0.0161065;RO=1;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126095;STB=0.513154;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0021453;OID=.;OPOS=46010077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:73:73:1:2:71:71:0.972603:37:34:0:1:37:34:0:2 chr3 46021218 . G T 920.11 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00910546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.706;QD=58.4194;RBI=0.02774;REFB=0;REVB=0.026203;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62529e-05;OID=.;OPOS=46021218;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:23:39:0:0:24:39:0:0 chr3 46244920 . A G 587.51 PASS AF=0.87037;AO=47;DP=54;FAO=47;FDP=54;FR=.;FRO=7;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=-0.00836136;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3897;QD=43.5192;RBI=0.0457026;REFB=-0.0249759;REVB=-0.0449312;RO=7;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111151;STB=0.559297;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00499086;OID=.;OPOS=46244920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:54:7:7:47:47:0.87037:26:21:0:7:26:21:0:7 chr3 46480801 . A G 514.89 PASS AF=0.808511;AO=38;DP=47;FAO=38;FDP=47;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0166176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.891;QD=43.8208;RBI=0.0340147;REFB=-0.0768937;REVB=0.0296792;RO=7;SAF=17;SAR=21;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774378;STB=0.520846;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0173502;OID=.;OPOS=46480801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:7:9:38:38:0.808511:21:17:5:2:21:17:5:4 chr3 46484964 . G A 1043.03 PASS AF=1;AO=51;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4107;QD=59.6019;RBI=0.0792772;REFB=0;REVB=0.0474856;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000754356;OID=.;OPOS=46484964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:51:70:1:31:20:0:0:34:36:0:0 chr3 46484965 . T A 97.72 PASS AF=0.228571;AO=16;DP=70;FAO=16;FDP=70;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.00201581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5767;QD=5.58382;RBI=0.0201535;REFB=-0.0536348;REVB=0.0200524;RO=54;SAF=15;SAR=1;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.691523;STB=0.93351;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0513503;OID=.;OPOS=46484965;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:70:70:54:54:16:16:0.228571:1:15:21:33:1:15:21:33 chr3 46490366 . G A 36.28 PASS AF=0.0827068;AO=10;DP=133;FAO=11;FDP=133;FR=.;FRO=122;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=58;FSRR=64;FWDB=-0.0408949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.495;QD=1.09121;RBI=0.0410216;REFB=-0.00539587;REVB=0.00322264;RO=121;SAF=6;SAR=4;SRF=57;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141462;STB=0.646475;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.057241;OID=.;OPOS=46490366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:133:133:121:122:10:11:0.0827068:4:6:57:64:4:7:58:64 chr3 46490474 . G A 45.22 PASS AF=0.115789;AO=10;DP=94;FAO=11;FDP=95;FR=.;FRO=84;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=53;FSRR=31;FWDB=0.0224226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9384;QD=1.9041;RBI=0.0332988;REFB=-0.00351819;REVB=-0.0246178;RO=83;SAF=7;SAR=3;SRF=53;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815326;STB=0.505145;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0103977;OID=.;OPOS=46490474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:94:95:83:84:10:11:0.115789:3:7:53:30:4:7:53:31 chr3 46501213 . T C 1320.37 PASS AF=0.966667;AO=87;DP=90;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0306978;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.977;QD=58.6831;RBI=0.0348195;REFB=-0.135383;REVB=0.0164331;RO=3;SAF=48;SAR=39;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350573;STB=0.518514;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00137318;OID=.;OPOS=46501213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:90:90:3:3:87:87:0.966667:39:48:0:3:39:48:0:3 chr3 46501268 . C T 525.52 PASS AF=0.762712;AO=45;DP=59;FAO=45;FDP=59;FR=.;FRO=14;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0123389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.025;QD=35.6287;RBI=0.0276844;REFB=-0.0518583;REVB=0.0247826;RO=12;SAF=25;SAR=20;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546886;STB=0.530289;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00814391;OID=.;OPOS=46501268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:59:59:12:14:45:45:0.762712:20:25:5:7:20:25:6:8 chr3 46501284 . C CCTT,T 662.3 PASS AF=1,0;AO=39,2;DP=49;FAO=43,0;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116117,-0.0234935;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=216.201,48.9672;QD=61.6093;RBI=0.0258727,0.0751005;REFB=0,0;REVB=0.0231207,0.0713312;RO=7;SAF=20,1;SAR=19,1;SRF=6;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0979934,-0.402818;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=9.17817e-05,0;OID=.,.;OPOS=46501285,46501284;OREF=-,C;OALT=CTT,T;OMAPALT=CCTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:43:7:0:39,2:43,0:1,0:19,1:20,1:6:1:20,0:23,0:0:0 chr3 46580591 . G T 39.34 PASS AF=0.134615;AO=7;DP=52;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0557103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.332;QD=3.02617;RBI=0.0685343;REFB=-0.00176056;REVB=-0.0399162;RO=44;SAF=4;SAR=3;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854591;STB=0.552336;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0185853;OID=.;OPOS=46580591;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:52:52:44:45:7:7:0.134615:3:4:22:22:3:4:23:22 chr3 46586622 . T C 72.46 PASS AF=0.175676;AO=13;DP=74;FAO=13;FDP=74;FR=.;FRO=61;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.0329031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0762;QD=3.91674;RBI=0.0492062;REFB=-0.00466808;REVB=0.0365874;RO=59;SAF=2;SAR=11;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394541;STB=0.779469;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0173634;OID=.;OPOS=46586622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:74:74:59:61:13:13:0.175676:11:2:25:34:11:2:27:34 chr3 46592987 . A G 106.73 PASS AF=0.220779;AO=17;DP=77;FAO=17;FDP=77;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.000905135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7197;QD=5.54429;RBI=0.0574786;REFB=-0.000758413;REVB=-0.0574715;RO=59;SAF=10;SAR=7;SRF=35;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00639831;STB=0.503932;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00104401;OID=.;OPOS=46592987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:59:60:17:17:0.220779:7:10:35:24:7:10:35:25 chr3 46620614 . T C 201.02 PASS AF=0.2125;AO=33;DP=157;FAO=34;FDP=160;FR=.;FRO=126;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=52;FSRR=74;FWDB=-0.000874263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7639;QD=5.02558;RBI=0.0187442;REFB=-0.0078809;REVB=0.0187238;RO=124;SAF=12;SAR=21;SRF=50;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533113;STB=0.54997;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0241927;OID=.;OPOS=46620614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:160:124:126:33:34:0.2125:21:12:50:74:22:12:52:74 chr3 46620760 . T G 62.52 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0277473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.479;QD=4.54658;RBI=0.0277669;REFB=-0.000725023;REVB=-0.00104288;RO=44;SAF=4;SAR=6;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402377;STB=0.537238;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0035103;OID=.;OPOS=46620760;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:44:45:10:10:0.181818:6:4:19:25:6:4:20:25 chr3 46620801 . G A 45.37 PASS AF=0.156863;AO=7;DP=50;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0225777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.242;QD=3.55839;RBI=0.0234848;REFB=-0.00510228;REVB=-0.00646398;RO=40;SAF=1;SAR=6;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344124;STB=0.658916;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.012427;OID=.;OPOS=46620801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:50:51:40:43:7:8:0.156863:6:1:15:25:6:2:18:25 chr3 46654132 . G A 1933.86 PASS AF=1;AO=123;DP=124;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.621;QD=61.8836;RBI=0.0428058;REFB=0;REVB=0.0406498;RO=0;SAF=50;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41471e-05;OID=.;OPOS=46654132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:125:0:0:123:125:1:73:50:0:0:74:51:0:0 chr3 46658737 . A G 969.81 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0642096;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2029;QD=56.2207;RBI=0.122366;REFB=-0.0551854;REVB=0.104166;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.514701;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00323152;OID=.;OPOS=46658737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:70:69:0:2:67:67:0.971014:33:34:0:0:33:34:0:2 chr3 46713457 . C G 73.65 PASS AF=0.2;AO=12;DP=60;FAO=12;FDP=60;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.061916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.547;QD=4.91023;RBI=0.0817947;REFB=0.00763683;REVB=0.0534489;RO=48;SAF=10;SAR=2;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406142;STB=0.768734;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.03162;OID=.;OPOS=46713457;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:60:60:48:48:12:12:0.2:2:10:26:22:2:10:26:22 chr3 46714821 . C G 550.62 PASS AF=0.816327;AO=40;DP=49;FAO=40;FDP=49;FR=.;FRO=9;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0116984;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.271;QD=44.9485;RBI=0.013208;REFB=-0.0453483;REVB=0.00613192;RO=9;SAF=23;SAR=17;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157985;STB=0.584902;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.010546;OID=.;OPOS=46714821;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:9:9:40:40:0.816327:17:23:1:8:17:23:1:8 chr3 46722692 . G T 278.99 PASS AF=0.851852;AO=23;DP=27;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0215417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.488;QD=41.3314;RBI=0.0316855;REFB=0.024626;REVB=0.0232364;RO=4;SAF=9;SAR=14;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100094;STB=0.554407;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.00240097;OID=.;OPOS=46722692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:27:27:4:4:23:23:0.851852:14:9:3:1:14:9:3:1 chr3 46723551 . G A 73.93 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0364457;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.318;QD=32.8558;RBI=0.0787134;REFB=-0.0759636;REVB=0.0697676;RO=1;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080241;STB=0.545344;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00796355;OID=.;OPOS=46723551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:9:1:1:8:8:0.888889:5:3:0:1:5:3:0:1 chr3 47018214 . T C 768.57 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0290797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.154;QD=54.898;RBI=0.0320223;REFB=-0.0750353;REVB=0.0134089;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00150642;OID=.;OPOS=47018214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:31:24:0:0:31:24:0:1 chr3 47033985 . GCCCCCC CGCCCCC,GCCCCCG 190.32 PASS AF=0.118881,0.125874;AO=11,19;DP=145;FAO=17,18;FDP=143;FR=.,HEALED;FRO=91;FSAF=3,10;FSAR=14,8;FSRF=79;FSRR=12;FWDB=0.00524662,-0.00258233;FXX=0.0337815;HRUN=1,6;LEN=2,1;MLLD=35.0566,17.131;QD=5.32364;RBI=0.0540826,0.0592595;REFB=-0.000568999,-0.0618235;REVB=-0.0538275,-0.0592032;RO=66;SAF=2,11;SAR=9,8;SRF=56;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.708335,-0.390031;STB=0.936097,0.780501;STBP=0.015,0.065;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0495496,0.149526;OID=.,.;OPOS=47033985,47033991;OREF=GC,C;OALT=CG,G;OMAPALT=CGCCCCC,GCCCCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:145:143:66:91:11,19:17,18:0.118881,0.125874:9,8:2,11:56:10:14,8:3,10:79:12 chr3 47043538 . C T 924.37 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0605734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8724;QD=56.8845;RBI=0.0699955;REFB=-0.120941;REVB=0.0350746;RO=0;SAF=41;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510635;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00336083;OID=.;OPOS=47043538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:23:41:0:0:23:41:0:1 chr3 47045739 . C G 204.52 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0417088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.6179;QD=38.9565;RBI=0.0474281;REFB=-0.159622;REVB=0.0225787;RO=1;SAF=6;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704612;STB=0.551665;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00696489;OID=.;OPOS=47045739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:21:21:1:3:18:18:0.857143:12:6:1:0:12:6:2:1 chr3 47050804 . G C 223.94 PASS AF=0.769231;AO=20;DP=26;FAO=20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0407419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.552;QD=34.4523;RBI=0.0475726;REFB=-0.00533502;REVB=0.0245611;RO=6;SAF=7;SAR=13;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874237;STB=0.54778;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00191375;OID=.;OPOS=47050804;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:6:6:20:20:0.769231:13:7:1:5:13:7:1:5 chr3 47125385 . G A 1406.44 PASS AF=0.978495;AO=89;DP=91;FAO=91;FDP=93;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00776046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.469;QD=60.4919;RBI=0.0105566;REFB=-0.0716761;REVB=0.00715664;RO=1;SAF=73;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00644922;STB=0.51184;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00313507;OID=.;OPOS=47125385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:93:1:2:89:91:0.978495:16:73:1:0:16:75:1:1 chr3 47161214 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.607;QD=51.9167;RBI=0.016575;REFB=0;REVB=0.00926658;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.72684e-05;OID=.;OPOS=47161214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr3 47162661 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.747;QD=48.7373;RBI=0.0553571;REFB=0;REVB=0.0407971;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43501e-05;OID=.;OPOS=47162661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr3 47282303 . G A 923.23 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00817076;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.151;QD=58.6175;RBI=0.0145638;REFB=0;REVB=0.0120559;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96666e-05;OID=.;OPOS=47282303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr3 47322496 . C T 677.01 PASS AF=0.9375;AO=44;DP=47;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0785791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3022;QD=56.4171;RBI=0.12084;REFB=-0.100654;REVB=0.0918019;RO=3;SAF=18;SAR=26;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939517;STB=0.504346;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00837968;OID=.;OPOS=47322496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:47:48:3:3:44:45:0.9375:26:18:1:2:27:18:1:2 chr3 47371439 . AGGC AG,AGC 42.4 PASS AF=0,0.5625;AO=2,5;DP=15;FAO=0,9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=0,8;FSAR=0,1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00863634,0.0662189;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=80.8233,15.1549;QD=10.601;RBI=0.00876651,0.0757129;REFB=-0.0148363,-0.0664122;REVB=0.00150509,-0.0367084;RO=7;SAF=2,5;SAR=0,0;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.621371,0.748008;STB=0.5,0.783546;STBP=1,0.034;TYPE=del,del;VARB=0,0.06969;OID=.,.;OPOS=47371441,47371440;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=AG,AGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.5625:2,5:15:0,9:16:7:0,8:0,1:3:4:41:7:2,5:0,0:3:4 chr3 47385585 . C A 537.09 PASS AF=1;AO=32;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130874;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.7675;QD=58.0636;RBI=0.0382444;REFB=0;REVB=0.0359354;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164385;OID=.;OPOS=47385585;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:32:37:1:20:12:0:0:24:13:0:0 chr3 47386059 . TG CC 568.04 PASS AF=1;AO=5;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.14227;FXX=0.0243843;HRUN=4;LEN=2;MLLD=56.982;QD=56.8041;RBI=0.216394;REFB=0;REVB=0.163052;RO=0;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00468489;OID=.;OPOS=47386059;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:5:40:1:4:1:0:0:24:16:0:0 chr3 47449058 . T C 204.37 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0554233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.908;QD=48.0881;RBI=0.0572221;REFB=0;REVB=0.0142347;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000536682;OID=.;OPOS=47449058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:9:7:0:0:9:8:0:0 chr3 47452087 . G A 79.69 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.21812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6488;QD=35.4194;RBI=0.218947;REFB=0;REVB=0.0190024;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0056672;OID=.;OPOS=47452087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:7:9:1:7:0:0:0:8:1:0:0 chr3 47452786 . G A 359.39 PASS AF=1;AO=23;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.581;QD=55.2909;RBI=0.0507345;REFB=0;REVB=0.0158691;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377451;OID=.;OPOS=47452786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:23:26:1:14:9:0:0:17:9:0:0 chr3 47459679 . C T 785.56 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.134;QD=57.1313;RBI=0.0665299;REFB=0;REVB=0.0594114;RO=0;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376588;OID=.;OPOS=47459679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:19:35:0:0:19:36:0:0 chr3 47462200 . T C 326.63 PASS AF=0.961538;AO=21;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.022012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.342;QD=50.2508;RBI=0.0239184;REFB=-0.00675161;REVB=0.00935742;RO=1;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401224;STB=0.518504;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000369249;OID=.;OPOS=47462200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:26:1:1:21:25:0.961538:11:10:0:1:13:12:0:1 chr3 47539751 . T C 1266.11 PASS AF=0.988372;AO=80;DP=81;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0012912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.932;QD=58.889;RBI=0.0277767;REFB=-0.122227;REVB=0.0277467;RO=0;SAF=46;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3274e-08;STB=0.504949;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00176739;OID=.;OPOS=47539751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:86:0:1:80:85:0.988372:34:46:0:0:35:50:1:0 chr3 47614203 . G A 552.29 PASS AF=0.705882;AO=48;DP=69;FAO=48;FDP=68;FR=.;FRO=20;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00434406;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.143;QD=32.4877;RBI=0.0155389;REFB=-0.0209163;REVB=0.0149193;RO=20;SAF=31;SAR=17;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16641;STB=0.590063;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00939212;OID=.;OPOS=47614203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:20:20:48:48:0.705882:17:31:7:13:17:31:7:13 chr3 47618953 . C A 66.46 PASS AF=0.186441;AO=11;DP=59;FAO=11;FDP=59;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00186606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.738;QD=4.50543;RBI=0.00904305;REFB=-0.0110182;REVB=0.00884842;RO=47;SAF=5;SAR=6;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069263;STB=0.553749;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0361841;OID=.;OPOS=47618953;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:59:59:47:48:11:11:0.186441:6:5:24:23:6:5:25:23 chr3 47645933 . A T 66.99 PASS AF=0.173913;AO=12;DP=68;FAO=12;FDP=69;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.00886425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0714;QD=3.88342;RBI=0.0633031;REFB=0.0097024;REVB=-0.0626794;RO=56;SAF=6;SAR=6;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444444;STB=0.536172;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.0493472;OID=.;OPOS=47645933;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:68:69:56:57:12:12:0.173913:6:6:30:26:6:6:31:26 chr3 47860685 . CTTTTTTTTTTC CTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTCT 35.23 PASS AF=0.411765,0.294118;AO=5,4;DP=18;FAO=7,5;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=7,5;FSAR=0,0;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0765072,0.047419;FXX=0.0555247;HRUN=10,10;LEN=1,2;MLLD=3.52023,11.9027;QD=8.28922;RBI=0.0765072,0.047419;REFB=-0.228335,-0.187829;REVB=0,0;RO=4;SAF=5,4;SAR=0,0;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.112494,0.0938498;OID=.,.;OPOS=47860686,47860695;OREF=T,TC;OALT=-,CT;OMAPALT=CTTTTTTTTTC,CTTTTTTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.411765,0.294118:5,4:18:7,5:17:5:7,5:0,0:5:0:23:4:5,4:0,0:4:0 chr3 47891088 . AAG A 32.45 PASS AF=0.233333;AO=6;DP=32;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0908515;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=27.0425;QD=4.3267;RBI=0.0912083;REFB=-0.065057;REVB=0.00806014;RO=23;SAF=6;SAR=0;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.747789;STB=0.871716;STBP=0.037;TYPE=del;VARB=0.163784;OID=.;OPOS=47891089;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.233333:6:32:7:30:23:6:1:8:15:32:23:6:0:8:15 chr3 47953240 . G C 351.06 PASS AF=0.707317;AO=29;DP=41;FAO=29;FDP=41;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0112559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.447;QD=34.2495;RBI=0.0141437;REFB=-0.00566334;REVB=0.00856446;RO=12;SAF=13;SAR=16;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279444;STB=0.515244;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.00202596;OID=.;OPOS=47953240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:12:12:29:29:0.707317:16:13:6:6:16:13:6:6 chr3 47953405 . A C 280.98 PASS AF=0.75;AO=24;DP=32;FAO=24;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00348583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=295.182;QD=35.1219;RBI=0.00419086;REFB=-0.00107017;REVB=-0.00232644;RO=8;SAF=11;SAR=13;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132813;STB=0.572479;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.000418732;OID=.;OPOS=47953405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:8:8:24:24:0.75:13:11:6:2:13:11:6:2 chr3 47953733 . C A 553.82 PASS AF=0.807018;AO=46;DP=57;FAO=46;FDP=57;FR=.;FRO=11;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0210402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.96;QD=38.8648;RBI=0.0210913;REFB=-0.0187573;REVB=0.0014677;RO=11;SAF=28;SAR=18;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452498;STB=0.524261;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00385068;OID=.;OPOS=47953733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:57:57:11:11:46:46:0.807018:18:28:8:3:18:28:8:3 chr3 47956424 . C T 662.76 PASS AF=0.828125;AO=53;DP=64;FAO=53;FDP=64;FR=.;FRO=11;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0542416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.983;QD=41.4225;RBI=0.0542501;REFB=-0.0115164;REVB=0.000956709;RO=11;SAF=20;SAR=33;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261914;STB=0.514013;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00272713;OID=.;OPOS=47956424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:64:64:11:11:53:53:0.828125:33:20:5:6:33:20:5:6 chr3 48419897 . C T 631.72 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00721449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.499;QD=61.6308;RBI=0.00754847;REFB=0;REVB=-0.00222047;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.98876e-05;OID=.;OPOS=48419897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr3 48465113 . G C 273.34 PASS AF=0.685714;AO=24;DP=35;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0188556;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=217.755;QD=31.2385;RBI=0.018862;REFB=-0.03741;REVB=0.000489189;RO=11;SAF=10;SAR=14;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313952;STB=0.517227;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00774394;OID=.;OPOS=48465113;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:35:35:11:11:24:24:0.685714:14:10:4:7:14:10:4:7 chr3 48476431 . C G 1267.4 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0328903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5612;QD=59.6425;RBI=0.0473872;REFB=-0.152859;REVB=0.0341141;RO=2;SAF=54;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315415;STB=0.508195;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00136871;OID=.;OPOS=48476431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:2:1:83:84:0.988235:29:54:0:2:30:54:0:1 chr3 48616797 . C T 176.35 PASS AF=0.542857;AO=16;DP=32;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.010185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.546;QD=20.1544;RBI=0.0307618;REFB=-0.017552;REVB=0.0290268;RO=16;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109669;STB=0.590672;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0219964;OID=.;OPOS=48616797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:35:16:16:16:19:0.542857:7:9:7:9:7:12:7:9 chr3 48727112 . G A 850.26 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.309;QD=56.6842;RBI=0.0406842;REFB=0;REVB=0.0237057;RO=1;SAF=35;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132917;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258721;OID=.;OPOS=48727112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:1:0:59:60:1:24:35:1:0:24:36:0:0 chr3 48731961 . A G 112.62 PASS AF=0.857143;AO=11;DP=13;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.105114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2838;QD=32.176;RBI=0.105144;REFB=-0.0197008;REVB=-0.00249955;RO=2;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149061;STB=0.571312;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00315739;OID=.;OPOS=48731961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:14:2:2:11:12:0.857143:5:6:0:2:6:6:0:2 chr3 48995487 . C T 294.98 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.783;QD=51.3001;RBI=0.0720669;REFB=0;REVB=0.069911;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155286;OID=.;OPOS=48995487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:13:9:0:0:14:9:0:0 chr3 49053219 . A G 930.43 PASS AF=1;AO=58;DP=61;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00925602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.285;QD=54.7313;RBI=0.00940588;REFB=0;REVB=0.00167234;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00304662;OID=.;OPOS=49053219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:68:0:0:58:68:1:32:26:0:0:35:33:0:0 chr3 49053220 . T G 37.13 PASS AF=0.117647;AO=7;DP=66;FAO=8;FDP=68;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0167098;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.6593;QD=2.18421;RBI=0.0237851;REFB=-0.0217632;REVB=0.0169267;RO=59;SAF=5;SAR=2;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294914;STB=0.760228;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0485227;OID=.;OPOS=49053220;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:66:68:59:60:7:8:0.117647:2:5:27:32:2:6:27:33 chr3 49054692 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0204343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.677;QD=63.8718;RBI=0.0307122;REFB=0;REVB=0.0229277;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.53347e-06;OID=.;OPOS=49054692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:16:32:0:0:16:32:0:0 chr3 49200692 . T A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0707167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.115;QD=40.7629;RBI=0.0707167;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=10;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210351;OID=.;OPOS=49200692;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:0:10:0:0:0:10:0:0 chr3 49273996 . C T 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.04378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.245;QD=36.3483;RBI=0.0487498;REFB=-0.0679336;REVB=-0.0214443;RO=1;SAF=8;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052924;STB=0.52936;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00590123;OID=.;OPOS=49273996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:3:8:1:0:3:8:1:0 chr3 49298139 . G A 712.57 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0678133;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4475;QD=63.3398;RBI=0.0690372;REFB=0;REVB=-0.0129414;RO=0;SAF=31;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019955;OID=.;OPOS=49298139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:14:31:0:0:14:31:0:0 chr3 49298205 . T C 642.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0569077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.617;QD=61.1614;RBI=0.0721077;REFB=0;REVB=0.0442835;RO=0;SAF=30;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012939;OID=.;OPOS=49298205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:11:30:0:0:12:30:0:0 chr3 49298358 . TC T 35.69 PASS AF=0.28;AO=6;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0610853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.9559;QD=5.71086;RBI=0.0613354;REFB=0.0185563;REVB=0.00553361;RO=18;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424601;STB=0.788742;STBP=0.106;TYPE=del;VARB=-0.0321336;OID=.;OPOS=49298359;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28:6:25:7:25:18:5:2:5:13:35:18:4:2:5:13 chr3 49548008 . C G 751.59 PASS AF=0.982456;AO=53;DP=54;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0947556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6831;QD=52.7433;RBI=0.0978075;REFB=-0.0494483;REVB=0.0242424;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00192772;OID=.;OPOS=49548008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:57:0:1:53:56:0.982456:26:27:0:0:26:30:1:0 chr3 49570882 . T C 871.39 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00697403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.373;QD=56.2188;RBI=0.0070071;REFB=-0.0865496;REVB=-0.000679965;RO=1;SAF=38;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200789;STB=0.510635;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000450691;OID=.;OPOS=49570882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:23:38:0:1:23:38:0:1 chr3 49690199 . G A 905.2 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0704527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.386;QD=56.5749;RBI=0.0722495;REFB=0;REVB=0.0160127;RO=0;SAF=19;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.32015e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314469;OID=.;OPOS=49690199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:62:64:1:43:19:0:0:43:21:0:0 chr3 49693860 . C T 54.55 PASS AF=0.16;AO=6;DP=50;FAO=8;FDP=50;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=39;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00571791;FXX=0.019604;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.197;QD=4.36403;RBI=0.0444352;REFB=-0.0182677;REVB=-0.0440657;RO=24;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104477;STB=0.689155;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.069966;OID=.;OPOS=49693860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:50:50:24:39:6:8:0.16:4:2:10:14:6:2:18:21 chr3 49701298 . G A 952.65 PASS AF=1;AO=65;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329322;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3531;QD=56.8746;RBI=0.0329349;REFB=-0.0535225;REVB=-0.000424589;RO=1;SAF=34;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013692;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023024;OID=.;OPOS=49701298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:68:67:1:0:65:67:1:31:34:1:0:31:36:0:0 chr3 49705718 . G T 802.85 PASS AF=0.849315;AO=61;DP=73;FAO=62;FDP=73;FR=.;FRO=11;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00494743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.75;QD=43.9915;RBI=0.00899473;REFB=-0.0402149;REVB=-0.00751187;RO=11;SAF=33;SAR=28;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539956;STB=0.527346;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0099479;OID=.;OPOS=49705718;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:73:73:11:11:61:62:0.849315:28:33:8:3:28:34:8:3 chr3 49708769 . T C 1311.25 PASS AF=0.977273;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0318114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.21;QD=59.6025;RBI=0.0361333;REFB=-0.00913229;REVB=0.0171362;RO=2;SAF=39;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236738;STB=0.512497;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00479611;OID=.;OPOS=49708769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:88:88:2:2:86:86:0.977273:47:39:2:0:47:39:2:0 chr3 49723784 . C A 82.07 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0334822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0852;QD=32.8268;RBI=0.0338933;REFB=-0.174141;REVB=-0.00526247;RO=1;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593592;STB=0.533262;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0308463;OID=.;OPOS=49723784;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:7:2:0:1:7:2:0:1 chr3 49724808 . T C 889.59 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0100669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.5466;QD=56.4821;RBI=0.0192293;REFB=-0.120957;REVB=0.0163836;RO=0;SAF=21;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99858e-08;STB=0.511624;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00102687;OID=.;OPOS=49724808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:41:21:0:0:41:21:1:0 chr3 49739507 . G C 207.06 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00646933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7516;QD=48.7193;RBI=0.015431;REFB=0;REVB=-0.0140094;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000549386;OID=.;OPOS=49739507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr3 49760039 . T C 669.72 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.015;QD=62.2997;RBI=0.0193123;REFB=0;REVB=0.00955029;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94603e-05;OID=.;OPOS=49760039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr3 49900818 . C T 238.27 PASS AF=0.777778;AO=19;DP=25;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0258491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.556;QD=35.2999;RBI=0.0409818;REFB=-0.0359845;REVB=0.0318014;RO=5;SAF=16;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293266;STB=0.522367;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0116623;OID=.;OPOS=49900818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:27:5:6:19:21:0.777778:3:16:4:1:5:16:5:1 chr3 49928691 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7274;QD=46.8478;RBI=0.0196078;REFB=0;REVB=0.00750049;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000596438;OID=.;OPOS=49928691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr3 49949166 . TGGGGGGC CTGGGGGC,TCGGGGGC,TGGGGGC,TGGGGGCG 121.14 PASS AF=0,0,0.535714,0.321429;AO=2,3,6,4;DP=31;FAO=0,0,15,9;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=0,0,3,8;FSAR=0,0,12,1;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0514371,-0.0825441,-0.0479374,-0.167827;FXX=0.096743;HRUN=1,6,6,6;LEN=2,1,1,2;MLLD=14.4664,27.7068,8.24798,27.2055;QD=17.3063;RBI=0.232685,0.085706,0.388184,0.247254;REFB=-0.0519395,-0.022459,-0.0916975,-0.0657263;REVB=0.226929,0.0230651,0.385212,0.181573;RO=8;SAF=0,2,3,4;SAR=2,1,3,0;SRF=1;SRR=7;SSEN=0,0,0.708333,0;SSEP=0,0,0.576923,0;SSSB=-0.490468,0.535477,0.361323,0.791648;STB=0.5,0.5,0.516107,0.779728;STBP=1,1,0.92,0.023;TYPE=mnp,snp,del,mnp;VARB=0,0,0.122255,-0.0355484;OID=.,.,.,.;OPOS=49949166,49949167,49949167,49949172;OREF=TG,G,G,GC;OALT=CT,C,-,CG;OMAPALT=CTGGGGGC,TCGGGGGC,TGGGGGC,TGGGGGCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/4:41:31:28:8:4:2,3,6,4:0,0,15,9:0,0,0.535714,0.321429:2,1,3,0:0,2,3,4:1:7:0,0,12,1:0,0,3,8:1:3 chr3 50114515 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.527;QD=55.6561;RBI=0.0399195;REFB=0;REVB=-0.0153877;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.7637e-05;OID=.;OPOS=50114515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr3 50129399 . C T 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00679344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.585;QD=58.5851;RBI=0.042624;REFB=0;REVB=-0.0420791;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108484;OID=.;OPOS=50129399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr3 50144951 . T C 478.73 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0193371;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.8515;QD=54.7124;RBI=0.0240966;REFB=0.00558958;REVB=0.0143778;RO=1;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198849;STB=0.510632;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00226048;OID=.;OPOS=50144951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:33:34:0.971429:23:10:0:1:23:11:0:1 chr3 50153356 . T C 1085.07 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00751741;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7312;QD=59.456;RBI=0.0178818;REFB=0;REVB=0.0162249;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168315;OID=.;OPOS=50153356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:71:73:1:38:33:0:0:40:33:0:0 chr3 50197097 . C T 434.13 PASS AF=0.804878;AO=32;DP=42;FAO=33;FDP=41;FR=.;FRO=8;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00574417;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.331;QD=42.3544;RBI=0.0391438;REFB=-0.0302385;REVB=0.0387201;RO=6;SAF=18;SAR=14;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185393;STB=0.509857;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00601931;OID=.;OPOS=50197097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:41:6:8:32:33:0.804878:14:18:3:3:14:19:5:3 chr3 50222926 . T A 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0197366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.112;QD=53.3622;RBI=0.0331122;REFB=-0.0713918;REVB=0.0265873;RO=1;SAF=14;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03211;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.000726909;OID=.;OPOS=50222926;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:15:14:1:0:15:14:1:0 chr3 50251833 . A AG 407.48 PASS AF=1;AO=42;DP=45;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112011;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.3683;QD=37.9048;RBI=0.168628;REFB=0;REVB=0.126051;RO=2;SAF=18;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00620919;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.011119;OID=.;OPOS=50251834;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:45:43:43:0:19:24:0:0:8:2:18:24:1:1 chr3 50326020 . G A 48.72 PASS AF=0.16;AO=8;DP=50;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0428719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.359;QD=3.89775;RBI=0.0478566;REFB=0.00109479;REVB=0.0212662;RO=42;SAF=2;SAR=6;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236514;STB=0.666223;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.0062782;OID=.;OPOS=50326020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:50:42:42:8:8:0.16:6:2:18:24:6:2:18:24 chr3 50334231 . T A 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=1;FWDB=0.000580193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.36;QD=5.78794;RBI=0.0725288;REFB=-0.00721611;REVB=0.0725265;RO=22;SAF=6;SAR=1;SRF=21;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32047;STB=0.699623;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0211368;OID=.;OPOS=50334231;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:22:23:7:7:0.233333:1:6:21:1:1:6:22:1 chr3 50338047 . G A 303.54 PASS AF=0.806452;AO=25;DP=31;FAO=25;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0160583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.37;QD=39.1662;RBI=0.0330179;REFB=-0.0125097;REVB=0.0288498;RO=6;SAF=15;SAR=10;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0367593;STB=0.519984;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.000760835;OID=.;OPOS=50338047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:6:6:25:25:0.806452:10:15:3:3:10:15:3:3 chr3 50357869 . A C 32.39 PASS AF=0.125;AO=7;DP=46;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=-0.0521231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9476;QD=2.69921;RBI=0.075583;REFB=-0.00678005;REVB=-0.0547354;RO=39;SAF=3;SAR=4;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347487;STB=0.686964;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0464482;OID=.;OPOS=50357869;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:48:39:42:7:6:0.125:4:3:28:11:3:3:30:12 chr3 50457227 . G A 33.05 PASS AF=0.107692;AO=7;DP=65;FAO=7;FDP=65;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=-0.02262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.425;QD=2.03376;RBI=0.0722259;REFB=-0.00241367;REVB=0.0685924;RO=58;SAF=4;SAR=3;SRF=37;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811306;STB=0.561474;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0207256;OID=.;OPOS=50457227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:65:65:58:58:7:7:0.107692:3:4:37:21:3:4:37:21 chr3 50597092 . G A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.54;QD=63.8715;RBI=0.078527;REFB=0;REVB=0.0743745;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249752;OID=.;OPOS=50597092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr3 50603087 . C T 31.56 PASS AF=0.0933333;AO=8;DP=74;FAO=7;FDP=75;FR=.;FRO=68;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.0363776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.76;QD=1.68339;RBI=0.036929;REFB=-0.00514708;REVB=-0.00635759;RO=65;SAF=4;SAR=4;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634686;STB=0.616216;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0575012;OID=.;OPOS=50603087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:74:75:65:68:8:7:0.0933333:4:4:29:36:3:4:30:38 chr3 50609624 . T G 781.18 PASS AF=0.920635;AO=58;DP=63;FAO=58;FDP=63;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0390268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2961;QD=49.5989;RBI=0.0391709;REFB=-0.0101879;REVB=-0.00335668;RO=5;SAF=15;SAR=43;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271158;STB=0.514421;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00107135;OID=.;OPOS=50609624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:63:63:5:5:58:58:0.920635:43:15:2:3:43:15:2:3 chr3 50645158 . A G 54.41 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0227254;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9313;QD=7.50537;RBI=0.0653563;REFB=-0.0082143;REVB=-0.0612781;RO=20;SAF=4;SAR=4;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172208;STB=0.585998;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00884486;OID=.;OPOS=50645158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:30:29:20:21:8:8:0.275862:4:4:13:7:4:4:13:8 chr3 50645413 . G A 89.78 PASS AF=0.202703;AO=15;DP=74;FAO=15;FDP=74;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.00491706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.151;QD=4.85285;RBI=0.00498323;REFB=-0.00501671;REVB=0.000809383;RO=59;SAF=6;SAR=9;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052062;STB=0.533288;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0168682;OID=.;OPOS=50645413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:74:74:59:59:15:15:0.202703:9:6:26:33:9:6:26:33 chr3 50647888 . T G 33.41 PASS AF=0.0865385;AO=9;DP=104;FAO=9;FDP=104;FR=.;FRO=95;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=57;FWDB=-0.0195253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.403;QD=1.28507;RBI=0.023433;REFB=-0.00518866;REVB=-0.0129564;RO=95;SAF=2;SAR=7;SRF=38;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223294;STB=0.685826;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0493395;OID=.;OPOS=50647888;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:104:104:95:95:9:9:0.0865385:7:2:38:57:7:2:38:57 chr3 51273773 . T C 1069.96 PASS AF=0.948718;AO=74;DP=78;FAO=74;FDP=78;FR=.;FRO=4;FSAF=57;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0494461;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.767;QD=54.8696;RBI=0.0498704;REFB=-0.167989;REVB=-0.00649167;RO=1;SAF=57;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270098;STB=0.536208;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00273586;OID=.;OPOS=51273773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:78:78:1:4:74:74:0.948718:17:57:0:1:17:57:1:3 chr3 51430657 . A C 33.76 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.042936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.413;QD=3.64932;RBI=0.042966;REFB=-0.000369084;REVB=-0.00160692;RO=31;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159185;STB=0.608374;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00184722;OID=.;OPOS=51430657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:31:31:6:6:0.162162:4:2:7:24:4:2:7:24 chr3 51432895 . T C 460.63 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2609;QD=57.5784;RBI=0.0462261;REFB=0;REVB=0.033583;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121584;OID=.;OPOS=51432895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:16:15:0:0:16:16:0:0 chr3 51433932 . AACTTACT AACTTACC,AACT 97.7 PASS AF=0.0588235,0.323529;AO=2,7;DP=31;FAO=2,11;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=0,5;FSAR=2,6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00818392,-0.0119615;FXX=0.0285633;HRUN=2,2;LEN=1,4;MLLD=55.7515,209.02;QD=11.4937;RBI=0.0300544,0.0192941;REFB=-0.00632652,-0.000856872;REVB=-0.0289187,-0.0151389;RO=21;SAF=0,2;SAR=2,5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.494107,-0.233142;STB=0.994396,0.51426;STBP=0.175,0.96;TYPE=snp,del;VARB=0.0086756,0.0119368;OID=.,.;OPOS=51433939,51433933;OREF=T,ACTT;OALT=C,-;OMAPALT=AACTTACC,AACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0588235,0.323529:2,7:31:2,11:34:21:0,5:2,6:10:11:82:21:0,2:2,5:10:11 chr3 51434215 . A C 393.85 PASS AF=0.909091;AO=28;DP=31;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0247895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.96;QD=47.7388;RBI=0.031418;REFB=-0.00788365;REVB=0.0193022;RO=3;SAF=15;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236751;STB=0.509272;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00269751;OID=.;OPOS=51434215;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:31:33:3:3:28:30:0.909091:13:15:2:1:13:17:2:1 chr3 51728573 . G A 413.92 PASS AF=0.911765;AO=30;DP=35;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0204164;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.875;QD=48.6958;RBI=0.021199;REFB=-0.051723;REVB=0.00570674;RO=3;SAF=22;SAR=8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826013;STB=0.53895;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00998755;OID=.;OPOS=51728573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:35:34:3:3:30:31:0.911765:8:22:1:2:9:22:1:2 chr3 51737965 . G A 68.05 PASS AF=0.154762;AO=13;DP=84;FAO=13;FDP=84;FR=.;FRO=71;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=0.00262161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.46;QD=3.24061;RBI=0.0453365;REFB=-0.00544124;REVB=-0.0452606;RO=71;SAF=10;SAR=3;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264805;STB=0.682926;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0393787;OID=.;OPOS=51737965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:84:84:71:71:13:13:0.154762:3:10:41:30:3:10:41:30 chr3 51751670 . G GC 30.34 PASS AF=0.169811;AO=10;DP=53;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.0821871;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=51.9162;QD=2.28972;RBI=0.0976168;REFB=-0.0224677;REVB=-0.0526719;RO=40;SAF=2;SAR=8;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.565475;STB=0.917721;STBP=0.019;TYPE=ins;VARB=0.164451;OID=.;OPOS=51751671;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.169811:10:53:9:53:44:1:8:30:14:30:40:2:8:28:12 chr3 51978220 . A G 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.234;QD=55.0967;RBI=0.0466631;REFB=0;REVB=-0.044134;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.57815e-05;OID=.;OPOS=51978220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr3 52237970 . C T 31.28 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.000667043;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.991;QD=2.36047;RBI=0.0413568;REFB=-0.00129243;REVB=0.0413514;RO=48;SAF=3;SAR=3;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121532;STB=0.603443;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00972586;OID=.;OPOS=52237970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:54:53:48:47:6:6:0.113208:3:3:19:29:3:3:18:29 chr3 52256697 . C T 42.47 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0118015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.13;QD=4.85335;RBI=0.015936;REFB=-0.00218082;REVB=0.0107089;RO=27;SAF=2;SAR=5;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243322;STB=0.677443;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00412191;OID=.;OPOS=52256697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:27:28:7:7:0.2:5:2:13:14:5:2:14:14 chr3 52291078 . G A 1587.19 PASS AF=0.816993;AO=122;DP=151;FAO=125;FDP=153;FR=.;FRO=28;FSAF=73;FSAR=52;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00138652;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.516;QD=41.4951;RBI=0.0277015;REFB=-0.0440488;REVB=0.0276668;RO=28;SAF=73;SAR=49;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035669;STB=0.515733;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0119839;OID=.;OPOS=52291078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:153:28:28:122:125:0.816993:49:73:14:14:52:73:14:14 chr3 52325759 . A G 44.6 PASS AF=0.130435;AO=9;DP=69;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00167281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.514;QD=2.58571;RBI=0.0211987;REFB=-0.00184318;REVB=-0.0211326;RO=60;SAF=5;SAR=4;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472198;STB=0.533905;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0129708;OID=.;OPOS=52325759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:69:69:60:60:9:9:0.130435:4:5:31:29:4:5:31:29 chr3 52430526 . G A 622.46 PASS AF=0.921569;AO=47;DP=51;FAO=47;FDP=51;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00309182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.704;QD=48.8207;RBI=0.00850242;REFB=-0.0302081;REVB=0.00792034;RO=4;SAF=23;SAR=24;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383281;STB=0.520425;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.000549564;OID=.;OPOS=52430526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:51:51:4:4:47:47:0.921569:24:23:3:1:24:23:3:1 chr3 52430698 . A G 719.24 PASS AF=1;AO=47;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154117;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.747;QD=56.4106;RBI=0.0184443;REFB=0;REVB=0.0101327;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194417;OID=.;OPOS=52430698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:47:51:1:22:25:0:0:26:25:0:0 chr3 52453893 . C T 963.69 PASS AF=0.985294;AO=62;DP=64;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0112564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.131;QD=56.6878;RBI=0.0493258;REFB=-0.00626379;REVB=0.0480243;RO=1;SAF=45;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103783;STB=0.505262;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.000228614;OID=.;OPOS=52453893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:68:1:1:62:67:0.985294:17:45:1:0:20:47:1:0 chr3 52477080 . T C 375.26 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00629002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.603;QD=55.5934;RBI=0.0154875;REFB=0;REVB=0.0141527;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140378;OID=.;OPOS=52477080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr3 52492707 . T C 828.86 PASS AF=0.952381;AO=59;DP=62;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0367784;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.688;QD=52.6259;RBI=0.0368922;REFB=-0.0557593;REVB=0.00289552;RO=3;SAF=30;SAR=29;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448734;STB=0.523069;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00446864;OID=.;OPOS=52492707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:62:63:3:3:59:60:0.952381:29:30:3:0:29:31:3:0 chr3 52510592 . G A 557.3 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0574099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.6;QD=60.2487;RBI=0.0659702;REFB=0;REVB=0.0324988;RO=0;SAF=8;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000159041;OID=.;OPOS=52510592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:28:8:0:0:29:8:0:0 chr3 52514519 . A G 177.42 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00878369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8471;QD=39.4271;RBI=0.0294404;REFB=-0.063444;REVB=-0.0280996;RO=2;SAF=11;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433053;STB=0.523779;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0096602;OID=.;OPOS=52514519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:2:2:16:16:0.888889:5:11:1:1:5:11:1:1 chr3 52523405 . C T 362.52 PASS AF=0.833333;AO=26;DP=35;FAO=30;FDP=36;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.142634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.4205;QD=40.2804;RBI=0.147237;REFB=-0.0968559;REVB=0.0365265;RO=4;SAF=19;SAR=7;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0883278;STB=0.557656;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0223974;OID=.;OPOS=52523405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:35:36:4:6:26:30:0.833333:7:19:4:0:7:23:6:0 chr3 52540773 . T C 697.85 PASS AF=0.8;AO=56;DP=70;FAO=56;FDP=70;FR=.;FRO=14;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0172822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.218;QD=39.8774;RBI=0.0184759;REFB=-0.0103592;REVB=0.00653324;RO=14;SAF=26;SAR=30;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01339;STB=0.50717;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.00199627;OID=.;OPOS=52540773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:70:70:14:14:56:56:0.8:30:26:7:7:30:26:7:7 chr3 52544470 . A G 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.165;QD=59.8365;RBI=0.0406164;REFB=0;REVB=-0.00525694;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284393;OID=.;OPOS=52544470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr3 52551973 . C T 31.14 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0383781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.686;QD=2.35036;RBI=0.0386434;REFB=-3.42142e-05;REVB=0.00452019;RO=47;SAF=4;SAR=2;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365222;STB=0.766669;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.000732947;OID=.;OPOS=52551973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:47:47:6:6:0.113208:2:4:16:31:2:4:16:31 chr3 52554304 . G C 538.46 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000134607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.0092;QD=59.8286;RBI=0.00448346;REFB=0;REVB=0.00448144;RO=1;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252795;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61868e-05;OID=.;OPOS=52554304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:1:0:35:36:1:18:17:0:1:19:17:0:0 chr3 52556890 . A G 68.81 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0334919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8896;QD=6.11648;RBI=0.172485;REFB=-0.01152;REVB=-0.169202;RO=35;SAF=1;SAR=9;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496623;STB=0.831578;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0373366;OID=.;OPOS=52556890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:45:45:35:35:10:10:0.222222:9:1:15:20:9:1:15:20 chr3 52557038 . C T 53.38 PASS AF=0.151515;AO=10;DP=66;FAO=10;FDP=66;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=44;FWDB=0.0135351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8159;QD=3.23544;RBI=0.0285905;REFB=-0.016569;REVB=0.0251837;RO=56;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37556;STB=0.742053;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0376618;OID=.;OPOS=52557038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:66:66:56:56:10:10:0.151515:5:5:12:44:5:5:12:44 chr3 52558133 . T C 54.89 PASS AF=0.141026;AO=11;DP=78;FAO=11;FDP=78;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.00185486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.403;QD=2.81486;RBI=0.0157841;REFB=-0.00192804;REVB=0.0156747;RO=67;SAF=6;SAR=5;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119847;STB=0.583184;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.012893;OID=.;OPOS=52558133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:78:78:67:67:11:11:0.141026:5:6:30:37:5:6:30:37 chr3 52584787 . T C 54.52 PASS AF=0.141176;AO=11;DP=84;FAO=12;FDP=85;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.0126201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9676;QD=2.56563;RBI=0.0136317;REFB=0.00303696;REVB=-0.00515308;RO=69;SAF=6;SAR=5;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171029;STB=0.622624;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.0223089;OID=.;OPOS=52584787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:84:85:69:73:11:12:0.141176:5:6:28:41:5:7:32:41 chr3 52610651 . T A 30.85 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00613776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1659;QD=2.28512;RBI=0.0172897;REFB=-0.00556945;REVB=0.0161636;RO=46;SAF=3;SAR=3;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759101;STB=0.555373;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.041867;OID=.;OPOS=52610651;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:46:48:6:6:0.111111:3:3:26:20:3:3:27:21 chr3 52643307 . A G 31.83 PASS AF=0.102941;AO=7;DP=70;FAO=7;FDP=68;FR=.;FRO=61;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.0130532;FXX=0.0285673;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.704;QD=1.8726;RBI=0.0132283;REFB=-0.000351523;REVB=0.0021453;RO=61;SAF=1;SAR=6;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.509487;STB=0.882725;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00400076;OID=.;OPOS=52643307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:70:68:61:61:7:7:0.102941:6:1:37:24:6:1:37:24 chr3 52643685 . T C 70.49 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0188463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.875;QD=7.04942;RBI=0.0189352;REFB=0.000719808;REVB=-0.00183195;RO=30;SAF=8;SAR=2;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353845;STB=0.726777;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00129416;OID=.;OPOS=52643685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:30:30:10:10:0.25:2:8:16:14:2:8:16:14 chr3 52676065 . C T 30.72 PASS AF=0.133333;AO=5;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.02678;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1398;QD=2.73085;RBI=0.0271018;REFB=-0.00208674;REVB=0.00416392;RO=19;SAF=3;SAR=2;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177021;STB=0.511074;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0147296;OID=.;OPOS=52676065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:45:45:19:39:5:6:0.133333:2:3:14:5:3:3:19:20 chr3 52721305 . G A 124.91 PASS AF=0.224719;AO=18;DP=85;FAO=20;FDP=89;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=0.0043863;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.898;QD=5.61412;RBI=0.0116896;REFB=0.000232008;REVB=-0.0108355;RO=67;SAF=4;SAR=14;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31241;STB=0.623967;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.00284108;OID=.;OPOS=52721305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:89:67:69:18:20:0.224719:14:4:30:37:14:6:31:38 chr3 52727257 . G A 62.53 PASS AF=0.128713;AO=13;DP=103;FAO=13;FDP=101;FR=.;FRO=88;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=-0.0279324;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.498;QD=2.47639;RBI=0.0299614;REFB=-0.000804652;REVB=0.0108382;RO=87;SAF=4;SAR=9;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285017;STB=0.704508;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00720269;OID=.;OPOS=52727257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:103:101:87:88:13:13:0.128713:9:4:47:40:9:4:48:40 chr3 52729960 . C T 70.11 PASS AF=0.164557;AO=13;DP=79;FAO=13;FDP=79;FR=.;FRO=66;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=0.00705972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6125;QD=3.54992;RBI=0.0183154;REFB=-0.000806265;REVB=-0.0169001;RO=66;SAF=5;SAR=8;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181495;STB=0.621173;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00426858;OID=.;OPOS=52729960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:79:79:66:66:13:13:0.164557:8:5:35:31:8:5:35:31 chr3 52745087 . T C 445.24 PASS AF=0.868421;AO=33;DP=38;FAO=33;FDP=38;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.808;QD=46.8668;RBI=0.0199179;REFB=-0.0717696;REVB=-0.0196097;RO=5;SAF=21;SAR=12;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111349;STB=0.559963;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00432438;OID=.;OPOS=52745087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:38:38:5:5:33:33:0.868421:12:21:1:4:12:21:1:4 chr3 52797634 . G C 50.27 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0524513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.655;QD=4.78726;RBI=0.0528118;REFB=0.000286981;REVB=0.00615996;RO=34;SAF=1;SAR=7;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302903;STB=0.712323;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00285485;OID=.;OPOS=52797634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:34:34:8:8:0.190476:7:1:10:24:7:1:10:24 chr3 52800284 . T C 195.18 PASS AF=0.202312;AO=34;DP=173;FAO=35;FDP=173;FR=.;FRO=138;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=66;FSRR=72;FWDB=-0.0185678;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.934;QD=4.51277;RBI=0.0186645;REFB=-0.00797531;REVB=-0.00189775;RO=133;SAF=12;SAR=22;SRF=63;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158315;STB=0.587112;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0329725;OID=.;OPOS=52800284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:133:138:34:35:0.202312:22:12:63:70:22:13:66:72 chr3 52802402 . A C 80.63 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.0184748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.072;QD=7.67889;RBI=0.0605995;REFB=-0.00998455;REVB=-0.0577147;RO=30;SAF=2;SAR=9;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.600974;STB=0.86815;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0499366;OID=.;OPOS=52802402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:30:31:11:11:0.261905:9:2:22:8:9:2:23:8 chr3 52821011 . A G 41.21 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0265727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.656;QD=3.8336;RBI=0.0403543;REFB=-0.00677051;REVB=-0.0303704;RO=35;SAF=3;SAR=4;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354128;STB=0.53415;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0328354;OID=.;OPOS=52821011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:35:36:7:7:0.162791:4:3:14:21:4:3:14:22 chr3 52821177 . A C 47.91 PASS AF=0.142857;AO=9;DP=63;FAO=9;FDP=63;FR=.;FRO=54;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0101623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.386;QD=3.04215;RBI=0.0127043;REFB=-0.00268125;REVB=-0.00762404;RO=54;SAF=2;SAR=7;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385897;STB=0.771633;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0240969;OID=.;OPOS=52821177;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:63:63:54:54:9:9:0.142857:7:2:29:25:7:2:29:25 chr3 52825585 . T C 75.5 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00461923;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.018;QD=5.80796;RBI=0.00708852;REFB=-0.00380809;REVB=-0.00537679;RO=40;SAF=7;SAR=4;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109206;STB=0.561929;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0145933;OID=.;OPOS=52825585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:40:41:11:11:0.211538:4:7:22:18:4:7:23:18 chr3 52833805 . C A 65.89 PASS AF=0.169014;AO=12;DP=71;FAO=12;FDP=71;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.00790306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.802;QD=3.71192;RBI=0.0233599;REFB=-0.013139;REVB=-0.0219824;RO=58;SAF=7;SAR=5;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187766;STB=0.630273;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0515219;OID=.;OPOS=52833805;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:71:71:58:59:12:12:0.169014:5:7:25:33:5:7:25:34 chr3 52852538 . G T 34.28 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0406959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3097;QD=4.15531;RBI=0.0464024;REFB=-0.00506693;REVB=0.0222939;RO=27;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219554;STB=0.515101;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.030214;OID=.;OPOS=52852538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:3:3:14:13:3:3:14:13 chr3 52864584 . A G 69.8 PASS AF=0.196429;AO=11;DP=56;FAO=11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=35;FWDB=-0.00979912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.753;QD=4.98604;RBI=0.0312936;REFB=-0.0038233;REVB=-0.0297198;RO=44;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.396008;STB=0.749643;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.02326;OID=.;OPOS=52864584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:56:56:44:45:11:11:0.196429:5:6:10:34:5:6:10:35 chr3 52867715 . G C 1231.5 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00165446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.623;QD=60.0734;RBI=0.0310555;REFB=-0.12747;REVB=0.0310114;RO=1;SAF=49;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0095665;STB=0.505049;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000170585;OID=.;OPOS=52867715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:32:49:1:0:32:49:1:0 chr3 52870618 . T A 66.56 PASS AF=0.147727;AO=13;DP=88;FAO=13;FDP=88;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=29;FWDB=0.00213325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.768;QD=3.0256;RBI=0.027248;REFB=-0.00567445;REVB=-0.0271643;RO=74;SAF=7;SAR=6;SRF=46;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106192;STB=0.564734;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0379005;OID=.;OPOS=52870618;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:88:88:74:75:13:13:0.147727:6:7:46:28:6:7:46:29 chr3 52874446 . C T 204.96 PASS AF=0.730769;AO=18;DP=25;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.000166549;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3642;QD=31.5321;RBI=0.0627032;REFB=-0.0340886;REVB=0.0627029;RO=6;SAF=11;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522441;STB=0.517223;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0141473;OID=.;OPOS=52874446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:26:6:7:18:19:0.730769:7:11:3:3:7:12:4:3 chr3 53125922 . T C 495.8 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9948;QD=58.329;RBI=0.0433481;REFB=0;REVB=0.00193953;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000992168;OID=.;OPOS=53125922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:18:15:0:0:18:16:0:0 chr3 53215875 . A C 776.03 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.437;QD=63.349;RBI=0.0569553;REFB=0;REVB=0.0208924;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341952;OID=.;OPOS=53215875;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:28:20:0:0:28:21:0:0 chr3 53222761 . C T 860.44 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00437026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.318;QD=57.3625;RBI=0.0285181;REFB=0;REVB=-0.0281812;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335521;OID=.;OPOS=53222761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:25:34:0:0:25:35:0:0 chr3 53223927 . C G 643.56 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7745;QD=61.2916;RBI=0.0458732;REFB=0;REVB=-0.03309;RO=0;SAF=11;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.45823e-06;OID=.;OPOS=53223927;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:31:11:0:0:31:11:0:0 chr3 53224002 . T C 696.07 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0872689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6529;QD=54.594;RBI=0.0877496;REFB=-0.0911203;REVB=-0.00917256;RO=1;SAF=24;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192048;STB=0.5102;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00628449;OID=.;OPOS=53224002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:51:1:1:49:50:0.980392:25:24:1:0:26:24:1:0 chr3 53324819 . ATGGCAC A 87.78 PASS AF=1;AO=7;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=270.202;QD=39.0131;RBI=0.00746273;REFB=0;REVB=0.00746273;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.30212e-05;OID=.;OPOS=53324820;OREF=TGGCAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:9:9:9:0:0:9:0:0:4:0:0:7:0:0 chr3 53529213 . TGA ATG,TG 50.74 PASS AF=0,0.27381;AO=4,25;DP=85;FAO=0,23;FDP=84;FR=.;FRO=61;FSAF=0,13;FSAR=0,10;FSRF=42;FSRR=19;FWDB=0.00916002,0.0096228;FXX=0.0232531;HRUN=1,7;LEN=3,1;MLLD=18.9683,7.21073;QD=2.41613;RBI=0.0843043,0.213325;REFB=-0.0217471,-0.100055;REVB=-0.0838051,-0.213107;RO=38;SAF=2,17;SAR=2,8;SRF=25;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.176346,0.0263927;STB=0.5,0.593235;STBP=1,0.347;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0110207;OID=.,.;OPOS=53529213,53529215;OREF=TGA,A;OALT=ATG,-;OMAPALT=ATG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:52:85:84:38:61:4,25:0,23:0,0.27381:2,8:2,17:25:13:0,10:0,13:42:19 chr3 53700550 . T C 1338.62 PASS AF=1;AO=84;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191208;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.094;QD=62.2612;RBI=0.0338767;REFB=0;REVB=0.0279647;RO=0;SAF=30;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298537;OID=.;OPOS=53700550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:84:86:1:54:30:0:0:54:32:0:0 chr3 53766026 . T C 699.37 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7532;QD=62.1658;RBI=0.0515282;REFB=0;REVB=0.0431327;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000697715;OID=.;OPOS=53766026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:43:45:1:20:23:0:0:20:25:0:0 chr3 53856653 . C T 629.29 PASS AF=0.890909;AO=49;DP=55;FAO=49;FDP=55;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0392503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6594;QD=45.7665;RBI=0.0518072;REFB=-0.0438216;REVB=0.0338141;RO=6;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938086;STB=0.54998;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00510487;OID=.;OPOS=53856653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:6:6:49:49:0.890909:27:22:0:6:27:22:0:6 chr3 53857803 . A C 409.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.315;QD=56.4603;RBI=0.0627064;REFB=0;REVB=0.0611065;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000355415;OID=.;OPOS=53857803;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:18:10:0:0:18:11:0:0 chr3 53882663 . G A 655.97 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0343171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.836;QD=50.459;RBI=0.034683;REFB=-0.0423715;REVB=0.00502471;RO=1;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200211;STB=0.507883;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.000759613;OID=.;OPOS=53882663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:51:52:1:3:49:49:0.942308:23:26:0:1:23:26:2:1 chr3 53882673 . G GT,T 365.59 PASS AF=0.980392,0.0196078;AO=33,4;DP=55;FAO=50,1;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27,1;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0418242,-0.0564884;FXX=0.0555453;HRUN=6,2;LEN=1,1;MLLD=9.3684,12.6515;QD=28.6739;RBI=0.181938,0.0859824;REFB=0.0146683,-0.0221851;REVB=0.177065,0.0648231;RO=14;SAF=19,4;SAR=14,0;SRF=5;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.119971,0.718275;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00400139,0.0419848;OID=.,.;OPOS=53882674,53882673;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:55:51:14:0:33,4:50,1:0.980392,0.0196078:14,0:19,4:5:9:23,0:27,1:0:0 chr3 53883722 . C G 1466.32 PASS AF=0.962963;AO=104;DP=108;FAO=104;FDP=108;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0540942;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.9358;QD=54.3081;RBI=0.0606622;REFB=-0.117904;REVB=-0.027454;RO=2;SAF=39;SAR=65;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143763;STB=0.504925;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00375767;OID=.;OPOS=53883722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:108:108:2:4:104:104:0.962963:65:39:0:2:65:39:2:2 chr3 53886912 . C T 920.01 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00796309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.059;QD=58.4132;RBI=0.0346053;REFB=0;REVB=0.0336766;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.73412e-05;OID=.;OPOS=53886912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:34:29:0:0:34:29:0:0 chr3 53905308 . T C 1477.61 PASS AF=0.96;AO=97;DP=100;FAO=96;FDP=100;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0521285;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.4509;QD=59.1045;RBI=0.061003;REFB=-0.119109;REVB=0.0316857;RO=1;SAF=51;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092091;STB=0.500835;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00169616;OID=.;OPOS=53905308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:100:100:1:4:97:96:0.96:46:51:1:0:46:50:2:2 chr3 53906513 . G A 1568.17 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00803294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.43;QD=63.3604;RBI=0.00824887;REFB=0;REVB=-0.001875;RO=0;SAF=40;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.92821e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.98831e-06;OID=.;OPOS=53906513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:99:0:0:93:99:1:53:40:0:0:54:45:0:0 chr3 53916130 . A G 526.56 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0809402;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.925;QD=60.1778;RBI=0.0840079;REFB=0;REVB=-0.0224948;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.83645e-05;OID=.;OPOS=53916130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr3 54354510 . T C 46.89 PASS AF=0.125;AO=10;DP=80;FAO=10;FDP=80;FR=.;FRO=70;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=0.0290916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.598;QD=2.34429;RBI=0.035815;REFB=0.00906886;REVB=-0.02089;RO=70;SAF=9;SAR=1;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462983;STB=0.849799;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0635953;OID=.;OPOS=54354510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:80:80:70:70:10:10:0.125:1:9:40:30:1:9:40:30 chr3 54961949 . C T 708.5 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1371;QD=62.9776;RBI=0.0554709;REFB=0;REVB=-0.0142988;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529513;OID=.;OPOS=54961949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr3 56106226 . C T 45.87 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=55;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.0159329;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1387;QD=3.33623;RBI=0.0355813;REFB=0.0043598;REVB=-0.0318146;RO=47;SAF=2;SAR=6;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447412;STB=0.806033;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.0333969;OID=.;OPOS=56106226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:55:55:47:47:8:8:0.145455:6:2:30:17:6:2:30:17 chr3 56114861 . T C 1229.43 PASS AF=0.8;AO=95;DP=118;FAO=96;FDP=120;FR=.;FRO=24;FSAF=55;FSAR=41;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.0246678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.717;QD=40.9812;RBI=0.0344452;REFB=-0.0196984;REVB=0.024041;RO=22;SAF=55;SAR=40;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880796;STB=0.545282;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00289711;OID=.;OPOS=56114861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:22:24:95:96:0.8:40:55:18:4:41:55:19:5 chr3 56219210 . T C 63.37 PASS AF=0.155844;AO=12;DP=79;FAO=12;FDP=77;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=41;FWDB=0.0339689;FXX=0.0253133;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0871;QD=3.29178;RBI=0.0352812;REFB=-0.0142635;REVB=0.00953271;RO=63;SAF=6;SAR=6;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149557;STB=0.610215;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0474593;OID=.;OPOS=56219210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:79:77:63:65:12:12:0.155844:6:6:24:39:6:6:24:41 chr3 56627048 . A G 3120.12 PASS AF=0.995192;AO=205;DP=208;FAO=207;FDP=208;FR=.;FRO=1;FSAF=94;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00656749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.384;QD=60.0023;RBI=0.0165013;REFB=-0.0649007;REVB=0.015138;RO=1;SAF=94;SAR=111;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00427217;STB=0.502202;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=6.29649e-05;OID=.;OPOS=56627048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:208:208:1:1:205:207:0.995192:111:94:0:1:113:94:0:1 chr3 56627598 . A G 1355.54 PASS AF=0.989011;AO=87;DP=87;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0432202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.654;QD=59.584;RBI=0.0476851;REFB=-0.0592542;REVB=0.0201467;RO=0;SAF=34;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504761;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00167717;OID=.;OPOS=56627598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:91:0:1:87:90:0.989011:53:34:0:0:52:38:0:1 chr3 56650051 . A ACTT 968.98 PASS AF=0.847059;AO=69;DP=85;FAO=72;FDP=85;FR=.;FRO=13;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=0.00531895;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=3;MLLD=208.382;QD=45.5989;RBI=0.0274196;REFB=-0.0472284;REVB=0.0268988;RO=13;SAF=31;SAR=38;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140332;STB=0.570712;STBP=0.003;TYPE=ins;VARB=0.00769488;OID=.;OPOS=56650052;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=ACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.847059:69:85:72:85:13:33:39:12:1:69:13:31:38:12:1 chr3 56653424 . A T 632.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.914;QD=61.6772;RBI=0.0175985;REFB=0;REVB=-0.012944;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.62114e-06;OID=.;OPOS=56653424;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr3 56653427 . T C 608.52 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325244;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6258;QD=60.8517;RBI=0.0454299;REFB=0;REVB=0.0317182;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00553259;OID=.;OPOS=56653427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:39:40:1:21:18:0:0:22:18:0:0 chr3 56667682 . G C 953.52 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00698766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4255;QD=56.9266;RBI=0.0150791;REFB=-0.0882104;REVB=0.0133624;RO=1;SAF=25;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185194;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00479972;OID=.;OPOS=56667682;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:67:67:1:0:65:67:1:40:25:1:0:40:27:0:0 chr3 56716922 . T G 350.86 PASS AF=0.9;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0375488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6334;QD=46.781;RBI=0.0478357;REFB=0.0366394;REVB=-0.0296368;RO=3;SAF=25;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149389;STB=0.581327;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.0423224;OID=.;OPOS=56716922;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:30:30:3:3:27:27:0.9:2:25:2:1:2:25:2:1 chr3 57109095 . T C 625.82 PASS AF=0.895833;AO=43;DP=48;FAO=43;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0228785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.905;QD=52.152;RBI=0.0240703;REFB=-0.00728413;REVB=-0.00748033;RO=4;SAF=27;SAR=16;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632679;STB=0.546537;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.000352122;OID=.;OPOS=57109095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:48:48:4:5:43:43:0.895833:16:27:1:3:16:27:1:4 chr3 57132200 . A G 839.88 PASS AF=0.887324;AO=63;DP=71;FAO=63;FDP=71;FR=.;FRO=8;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0193693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5629;QD=47.317;RBI=0.0193795;REFB=0.0143225;REVB=-0.000629436;RO=7;SAF=29;SAR=34;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478746;STB=0.532666;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=-0.00104964;OID=.;OPOS=57132200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:71:71:7:8:63:63:0.887324:34:29:5:2:34:29:6:2 chr3 57136585 . C T 3631.33 PASS AF=0.839623;AO=262;DP=320;FAO=267;FDP=318;FR=.;FRO=51;FSAF=118;FSAR=149;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0140337;FXX=0.0275221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3719;QD=45.6771;RBI=0.0365848;REFB=0.0144613;REVB=0.0337862;RO=50;SAF=115;SAR=147;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187459;STB=0.507829;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.0022454;OID=.;OPOS=57136585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:318:50:51:262:267:0.839623:147:115:25:25:149:118:25:26 chr3 57139972 . A G 750.46 PASS AF=0.73494;AO=61;DP=83;FAO=61;FDP=83;FR=.;FRO=22;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.016248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3433;QD=36.1665;RBI=0.0189013;REFB=0.0022656;REVB=-0.00965724;RO=22;SAF=39;SAR=22;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00159263;STB=0.500856;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=-0.00117887;OID=.;OPOS=57139972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:22:22:61:61:0.73494:22:39:14:8:22:39:14:8 chr3 57176505 . A G 316.18 PASS AF=0.764706;AO=26;DP=35;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0102596;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.092;QD=37.1972;RBI=0.0104214;REFB=0.00571523;REVB=-0.00182926;RO=9;SAF=12;SAR=14;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00810891;STB=0.509084;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.00171539;OID=.;OPOS=57176505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:35:34:9:8:26:26:0.764706:14:12:4:5:14:12:4:4 chr3 57323170 . A G,T 316.68 PASS AF=0.916667,0.0833333;AO=22,2;DP=24;FAO=22,2;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0;FSAR=16,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585681,0.121581;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=144.783,127.966;QD=52.7799;RBI=0.0594282,0.12175;REFB=0,0;REVB=-0.0100744,-0.00641009;RO=0;SAF=6,0;SAR=16,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.17051e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00282916,-0.012172;OID=.,.;OPOS=57323170,57323170;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:24:24:0:0:22,2:22,2:0.916667,0.0833333:16,2:6,0:0:0:16,2:6,0:0:0 chr3 57335876 . C T 1927.89 PASS AF=0.976923;AO=127;DP=130;FAO=127;FDP=130;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.015154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.173;QD=59.3196;RBI=0.0210158;REFB=-0.0460656;REVB=0.014561;RO=3;SAF=64;SAR=63;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713387;STB=0.503755;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=1.44592e-05;OID=.;OPOS=57335876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:130:130:3:3:127:127:0.976923:63:64:2:1:63:64:2:1 chr3 57563120 . GAAAAA GAAAA,GAAAAT,GGAAAA 500.16 PASS AF=0.957447,0.0425532,0;AO=36,2,3;DP=46;FAO=45,2,0;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18,1,0;FSAR=27,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.142553,-0.077554,-0.0288595;FXX=0.040808;HRUN=5,5,5;LEN=1,1,1;MLLD=14.7924,9.44564,4.89192;QD=42.5669;RBI=0.213866,0.165975,0.0393012;REFB=0.000986656,0.0332456,-0.0596726;REVB=0.159428,0.146742,0.0266779;RO=2;SAF=14,1,1;SAR=22,1,2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0406685,0.390188,0.272699;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00240924,-0.11917,0.128636;OID=.,.,.;OPOS=57563121,57563125,57563121;OREF=A,A,A;OALT=-,T,G;OMAPALT=GAAAA,GAAAAT,GGAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.957447,0.0425532,0:36,2,3:46:45,2,0:47:0:18,1,0:27,1,0:0:0:9:2:14,1,1:22,1,2:0:2 chr3 57882601 . C T 534.63 PASS AF=0.843137;AO=43;DP=51;FAO=43;FDP=51;FR=.;FRO=8;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.00462574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.168;QD=41.9315;RBI=0.0245952;REFB=0.00251222;REVB=0.0241563;RO=8;SAF=22;SAR=21;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106749;STB=0.557156;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.000999663;OID=.;OPOS=57882601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:8:8:43:43:0.843137:21:22:7:1:21:22:7:1 chr3 58081888 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0524919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.414;QD=62.3505;RBI=0.0542135;REFB=0;REVB=0.0135538;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224714;OID=.;OPOS=58081888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr3 58084506 . G A 1798.23 PASS AF=0.820359;AO=137;DP=167;FAO=137;FDP=167;FR=.;FRO=30;FSAF=44;FSAR=93;FSRF=5;FSRR=25;FWDB=0.0382554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.564;QD=43.0713;RBI=0.0508068;REFB=-0.0376283;REVB=0.0334343;RO=30;SAF=44;SAR=93;SRF=5;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061464;STB=0.532563;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00803842;OID=.;OPOS=58084506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:30:30:137:137:0.820359:93:44:5:25:93:44:5:25 chr3 58109162 . G A 764.08 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0653969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5683;QD=51.8017;RBI=0.0760831;REFB=-0.018994;REVB=0.0388831;RO=2;SAF=15;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224474;STB=0.504226;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00193494;OID=.;OPOS=58109162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:59:59:2:3:56:56:0.949153:41:15:0:2:41:15:1:2 chr3 58112440 . A G 754.33 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1183;QD=56.9306;RBI=0.0162203;REFB=0;REVB=0.00372039;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178582;OID=.;OPOS=58112440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr3 58112488 . C T 280.92 PASS AF=0.92;AO=21;DP=24;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0228938;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=78.1707;QD=44.9465;RBI=0.0283628;REFB=-0.0737629;REVB=0.0167428;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.549956;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00199696;OID=.;OPOS=58112488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:24:25:0:2:21:23:0.92:13:8:0:0:14:9:2:0 chr3 58118555 . G A 739.86 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.131;QD=56.912;RBI=0.0620067;REFB=0;REVB=0.032687;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000317384;OID=.;OPOS=58118555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr3 58154327 . C T 894.77 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0152674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.35;QD=55.0626;RBI=0.0166529;REFB=-0.121717;REVB=0.00665036;RO=2;SAF=29;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314539;STB=0.516661;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000684972;OID=.;OPOS=58154327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:34:29:2:0:34:29:2:0 chr3 58179028 . T C 525.01 PASS AF=0.829787;AO=38;DP=46;FAO=39;FDP=47;FR=.;FRO=8;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0145236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3325;QD=44.682;RBI=0.0230448;REFB=0.0193577;REVB=0.0178921;RO=8;SAF=20;SAR=18;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728638;STB=0.536405;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.0026639;OID=.;OPOS=58179028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:47:8:8:38:39:0.829787:18:20:6:2:18:21:6:2 chr3 58191266 . C T 504.45 PASS AF=0.807692;AO=42;DP=52;FAO=42;FDP=52;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0264482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.164;QD=38.8034;RBI=0.0267831;REFB=-0.000742202;REVB=0.00422191;RO=10;SAF=19;SAR=23;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553504;STB=0.529726;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=6.36159e-05;OID=.;OPOS=58191266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:52:52:10:10:42:42:0.807692:23:19:3:7:23:19:3:7 chr3 58305033 . A C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00412707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.426;QD=63.583;RBI=0.00421387;REFB=0;REVB=-0.000850872;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.66306e-06;OID=.;OPOS=58305033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr3 58305079 . T C 787.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437143;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.137;QD=57.2735;RBI=0.0597172;REFB=0;REVB=0.0406843;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148617;OID=.;OPOS=58305079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:30:24:0:0:31:24:0:0 chr3 58305235 . G T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00150532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.677;QD=55.6554;RBI=0.0452767;REFB=0;REVB=-0.0452517;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.73661e-05;OID=.;OPOS=58305235;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr3 58416538 . T C 853.19 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317707;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.832;QD=57.8434;RBI=0.0489434;REFB=0;REVB=0.0372301;RO=1;SAF=21;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219051;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37547e-05;OID=.;OPOS=58416538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:59:1:0:53:59:1:32:21:1:0:34:25:0:0 chr3 58520306 . G C 1195.37 PASS AF=1;AO=62;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.104;QD=59.7684;RBI=0.0473929;REFB=0;REVB=0.0274841;RO=0;SAF=19;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.32015e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183524;OID=.;OPOS=58520306;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:80:0:0:62:80:1:43:19:0:0:44:36:0:0 chr3 58834824 . A G 578.14 PASS AF=0.8;AO=47;DP=59;FAO=48;FDP=60;FR=.;FRO=12;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.10297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5912;QD=38.5425;RBI=0.107969;REFB=-0.035057;REVB=-0.0324718;RO=12;SAF=28;SAR=19;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280549;STB=0.513133;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00722311;OID=.;OPOS=58834824;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:59:60:12:12:47:48:0.8:19:28:8:4:19:29:8:4 chr3 58834890 . C T 873.58 PASS AF=0.764045;AO=68;DP=88;FAO=68;FDP=89;FR=.;FRO=21;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00448516;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.526;QD=39.2622;RBI=0.0197306;REFB=-0.0124181;REVB=0.0192141;RO=20;SAF=35;SAR=33;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150038;STB=0.513402;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00471468;OID=.;OPOS=58834890;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:20:21:68:68:0.764045:33:35:11:9:33:35:12:9 chr3 60519224 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00452206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7866;QD=55.6551;RBI=0.0527978;REFB=0;REVB=0.0526038;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132481;OID=.;OPOS=60519224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr3 62229553 . C T 611.58 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4307;QD=61.1577;RBI=0.0461712;REFB=0;REVB=-0.0367368;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155869;OID=.;OPOS=62229553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr3 62384314 . A G 319.52 PASS AF=1;AO=17;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00663836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.159;QD=53.2527;RBI=0.0208286;REFB=0;REVB=0.0197424;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109668;OID=.;OPOS=62384314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:17:24:1:9:8:0:0:13:11:0:0 chr3 62431415 . T C 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.876;QD=50.4091;RBI=0.0430171;REFB=0;REVB=0.0074583;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.80777e-05;OID=.;OPOS=62431415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr3 62556622 . A G 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0015826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.949;QD=57.6807;RBI=0.0132252;REFB=0;REVB=0.0131301;RO=0;SAF=22;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22372e-05;OID=.;OPOS=62556622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:9:22:0:0:9:22:0:0 chr3 63967900 . A G 35.94 PASS AF=0.0869565;AO=10;DP=115;FAO=10;FDP=115;FR=.;FRO=105;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=75;FWDB=-0.00898708;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.725;QD=1.25016;RBI=0.0169142;REFB=-0.00293178;REVB=-0.0143291;RO=105;SAF=5;SAR=5;SRF=30;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258869;STB=0.695321;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0363517;OID=.;OPOS=63967900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:115:115:105:105:10:10:0.0869565:5:5:30:75:5:5:30:75 chr3 64009508 . T C 497.69 PASS AF=0.878049;AO=36;DP=41;FAO=36;FDP=41;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0191731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8427;QD=48.5551;RBI=0.0508341;REFB=-0.0294034;REVB=0.0470797;RO=5;SAF=17;SAR=19;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622919;STB=0.533406;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00499207;OID=.;OPOS=64009508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:41:41:5:5:36:36:0.878049:19:17:1:4:19:17:1:4 chr3 64497464 . T C 905.96 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0445417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.668;QD=56.6222;RBI=0.0511457;REFB=0.0622591;REVB=0.0251381;RO=1;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136873;STB=0.507244;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.000164052;OID=.;OPOS=64497464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:34:29:0:1:34:29:0:1 chr3 64502188 . C T 645.22 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0518337;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1775;QD=61.4495;RBI=0.0539569;REFB=0;REVB=0.0149872;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00222581;OID=.;OPOS=64502188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:16:25:0:0:17:25:0:0 chr3 64526823 . C T 1228.77 PASS AF=0.805085;AO=95;DP=117;FAO=95;FDP=118;FR=.;FRO=23;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.011485;FXX=0.0247913;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.772;QD=41.6534;RBI=0.0123069;REFB=-0.00163288;REVB=-0.0044221;RO=22;SAF=52;SAR=43;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000682166;STB=0.503512;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.000300754;OID=.;OPOS=64526823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:22:23:95:95:0.805085:43:52:12:10:43:52:13:10 chr3 64532476 . G C 1419.86 PASS AF=0.95283;AO=98;DP=105;FAO=101;FDP=106;FR=.;FRO=5;FSAF=66;FSAR=35;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0346715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0934;QD=53.5796;RBI=0.0353572;REFB=-0.143917;REVB=-0.00692938;RO=0;SAF=65;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518245;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00260779;OID=.;OPOS=64532476;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:105:106:0:5:98:101:0.95283:33:65:0:0:35:66:5:0 chr3 66287056 . G A 1229.26 PASS AF=0.8;AO=96;DP=120;FAO=96;FDP=120;FR=.;FRO=24;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0131765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3651;QD=40.9755;RBI=0.0226968;REFB=0.00624989;REVB=-0.0184804;RO=24;SAF=44;SAR=52;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316049;STB=0.516827;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.00147371;OID=.;OPOS=66287056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:24:24:96:96:0.8:52:44:9:15:52:44:9:15 chr3 66354911 . G C 61.3 PASS AF=0.1;AO=17;DP=170;FAO=17;FDP=170;FR=.;FRO=153;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=69;FSRR=84;FWDB=0.0121928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3771;QD=1.44236;RBI=0.041691;REFB=0.00176658;REVB=0.0398683;RO=153;SAF=3;SAR=14;SRF=69;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354988;STB=0.773844;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00667363;OID=.;OPOS=66354911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:170:170:153:153:17:17:0.1:14:3:69:84:14:3:69:84 chr3 66431217 . AG AC,A 88.27 PASS AF=0.0555556,0.333333;AO=3,11;DP=37;FAO=2,12;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=2,11;FSAR=0,1;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00936672,-0.0340022;FXX=0.0270197;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=152.536,21.2158;QD=9.80754;RBI=0.00948475,0.141834;REFB=0.00824881,-0.0149743;REVB=0.00149171,0.137698;RO=20;SAF=3,10;SAR=0,1;SRF=8;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0.278378;SSSB=0.633891,0.618583;STB=0.995857,0.896016;STBP=0.101,0.004;TYPE=snp,del;VARB=0.0558362,0.0550323;OID=.,.;OPOS=66431218,66431218;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0555556,0.333333:3,11:37:2,12:36:22:2,11:0,1:8:14:74:20:3,10:0,1:8:12 chr3 66433676 . A G 1111.55 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0252044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6637;QD=60.0838;RBI=0.0651468;REFB=0;REVB=-0.0600737;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000316432;OID=.;OPOS=66433676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:36:37:0:0:36:38:0:0 chr3 66434643 . T C 1437.09 PASS AF=0.989899;AO=96;DP=101;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00550328;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.548;QD=58.0641;RBI=0.0337786;REFB=-0.144093;REVB=0.0333273;RO=0;SAF=40;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.000513846;OID=.;OPOS=66434643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:99:0:1:96:98:0.989899:56:40:0:0:58:40:0:1 chr3 67048762 . T C 898.52 PASS AF=1;AO=52;DP=56;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162622;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8887;QD=56.1575;RBI=0.0883517;REFB=0;REVB=0.0868422;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00439523;OID=.;OPOS=67048762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:64:0:0:52:64:1:22:30:0:0:34:30:0:0 chr3 67048764 . G C 36.89 PASS AF=0.125;AO=12;DP=63;FAO=8;FDP=64;FR=.;FRO=56;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=0.00721061;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=31.3277;QD=2.30559;RBI=0.0456644;REFB=-0.0106317;REVB=-0.0450915;RO=51;SAF=1;SAR=11;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.632576;STB=0.86706;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0738009;OID=.;OPOS=67048764;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:63:64:51:56:12:8:0.125:11:1:30:21:7:1:30:26 chr3 67884900 . G A 537.96 PASS AF=0.712121;AO=46;DP=66;FAO=47;FDP=66;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00383057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.591;QD=32.6036;RBI=0.0129307;REFB=-0.0177232;REVB=-0.0123503;RO=19;SAF=18;SAR=28;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131957;STB=0.566182;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00867423;OID=.;OPOS=67884900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:19:19:46:47:0.712121:28:18:12:7:28:19:12:7 chr3 69036677 . T TC 246.43 PASS AF=1;AO=10;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00882098;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=11.5754;QD=25.2749;RBI=0.0189245;REFB=0;REVB=0.016743;RO=30;SAF=5;SAR=5;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396755;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00370003;OID=.;OPOS=69036678;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:40:39:39:0:18:21:0:0:3:30:5:5:14:16 chr3 69036678 . G A,C 571.29 PASS AF=0.25641,0.74359;AO=10,29;DP=39;FAO=10,29;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=5,13;FSAR=5,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287642,-0.00861139;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=60.2227,55.3284;QD=58.5942;RBI=0.0396588,0.0101081;REFB=0,0;REVB=-0.0273027,0.00529318;RO=0;SAF=5,13;SAR=5,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0883911,0.00142413;OID=.,.;OPOS=69036678,69036678;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:70:39:39:0:0:10,29:10,29:0.25641,0.74359:5,16:5,13:0:0:5,16:5,13:0:0 chr3 69054341 . T C 666.65 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0733117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.64;QD=62.0142;RBI=0.0745964;REFB=0;REVB=0.0137842;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216211;OID=.;OPOS=69054341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:43:0:0:39:43:1:17:22:0:0:17:26:0:0 chr3 69096614 . G A 854.61 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00888537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.009;QD=56.0401;RBI=0.0101843;REFB=0.022288;REVB=-0.00497698;RO=1;SAF=24;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192526;STB=0.510201;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=1.528e-05;OID=.;OPOS=69096614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:61:1:1:59:60:0.983607:35:24:1:0:36:24:1:0 chr3 69230801 . G A 42.54 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=60;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.0262137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.388;QD=2.8363;RBI=0.0739802;REFB=0.00445066;REVB=0.0691803;RO=52;SAF=6;SAR=2;SRF=32;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182795;STB=0.634255;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.0403475;OID=.;OPOS=69230801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:60:60:52:52:8:8:0.133333:2:6:32:20:2:6:32:20 chr3 69245454 . T C 791.05 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00268792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.147;QD=56.5039;RBI=0.00397813;REFB=0;REVB=0.00293268;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232904;OID=.;OPOS=69245454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:21:34:0:0:21:35:0:0 chr3 69246152 . A G 40.28 PASS AF=0.125;AO=8;DP=64;FAO=8;FDP=64;FR=.;FRO=56;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=0.0138514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5662;QD=2.51759;RBI=0.0333844;REFB=0.00679263;REVB=0.0303753;RO=55;SAF=2;SAR=6;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42281;STB=0.80366;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.0467627;OID=.;OPOS=69246152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:64:64:55:56:8:8:0.125:6:2:34:21:6:2:35:21 chr3 70016904 . C T 520.98 PASS AF=0.789474;AO=41;DP=53;FAO=45;FDP=57;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0320938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.599;QD=36.56;RBI=0.036792;REFB=-0.0501227;REVB=0.01799;RO=12;SAF=17;SAR=24;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106828;STB=0.551864;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00676512;OID=.;OPOS=70016904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:53:57:12:12:41:45:0.789474:24:17:8:4:26:19:8:4 chr3 71823582 . C T 342.13 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00685389;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.434;QD=29.7507;RBI=0.0152017;REFB=-0.00663095;REVB=0.0135689;RO=17;SAF=18;SAR=11;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189267;STB=0.510393;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00347917;OID=.;OPOS=71823582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:17:17:29:29:0.630435:11:18:11:6:11:18:11:6 chr3 72424471 . A G 352.9 PASS AF=0.725;AO=29;DP=40;FAO=29;FDP=40;FR=.;FRO=11;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.054723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6464;QD=35.2897;RBI=0.100423;REFB=-0.024437;REVB=0.0842026;RO=11;SAF=18;SAR=11;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00841871;STB=0.504584;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0558981;OID=.;OPOS=72424471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:11:11:29:29:0.725:11:18:7:4:11:18:7:4 chr3 72426901 . A G 5095.85 PASS AF=1;AO=322;DP=323;FAO=323;FDP=323;FR=.;FRO=0;FSAF=183;FSAR=140;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0749071;FXX=0.00308632;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8952;QD=63.1065;RBI=0.0948843;REFB=0;REVB=0.0582406;RO=0;SAF=182;SAR=140;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210269;OID=.;OPOS=72426901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:28:323:323:0:0:322:323:1:140:182:0:0:140:183:0:0 chr3 72495776 . CCGA C,CGGA 544.66 PASS AF=0.815789,0.184211;AO=14,6;DP=37;FAO=31,7;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=15,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326372,-0.0635395;FXX=0.0256345;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=236.734,39.3865;QD=57.3322;RBI=0.0326379,0.103792;REFB=0,0;REVB=-0.000222737,-0.0820707;RO=0;SAF=1,0;SAR=13,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00632112,0.0832509;OID=.,.;OPOS=72495777,72495777;OREF=CGA,C;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.815789,0.184211:14,6:37:31,7:38:0:16,0:15,7:0:0:39:0:1,0:13,6:0:0 chr3 73024350 . C A 1473.81 PASS AF=0.765101;AO=112;DP=147;FAO=114;FDP=149;FR=.;FRO=35;FSAF=56;FSAR=58;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.021493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6424;QD=39.5655;RBI=0.046406;REFB=-0.00506701;REVB=-0.0411287;RO=35;SAF=56;SAR=56;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318817;STB=0.518829;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00142181;OID=.;OPOS=73024350;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:149:35:35:112:114:0.765101:56:56:20:15:58:56:20:15 chr3 73111368 . T C 96.89 PASS AF=0.17;AO=18;DP=101;FAO=17;FDP=100;FR=.;FRO=83;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.0194983;FXX=0.00990001;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.6183;QD=3.87555;RBI=0.0724013;REFB=-0.0117492;REVB=-0.0697264;RO=81;SAF=7;SAR=11;SRF=39;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118566;STB=0.558789;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.027257;OID=.;OPOS=73111368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:101:100:81:83:18:17:0.17:11:7:39:42:10:7:40:43 chr3 73111481 . C CA 32.24 PASS AF=0.155844;AO=11;DP=79;FAO=12;FDP=77;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=50;FWDB=0.0612092;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.3521;QD=1.67464;RBI=0.0613712;REFB=0.00330426;REVB=-0.00445659;RO=67;SAF=6;SAR=5;SRF=15;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.408194;STB=0.726972;STBP=0.165;TYPE=ins;VARB=-0.013278;OID=.;OPOS=73111482;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.155844:11:79:12:77:65:6:6:15:50:32:67:6:5:15:52 chr3 73111809 . A G 41.19 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0155111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.366;QD=16.4746;RBI=0.0161206;REFB=-0.01412;REVB=-0.00439093;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119263;STB=0.571183;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0185119;OID=.;OPOS=73111809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:2:2:4:2:2:2 chr3 73111973 . A G 58.68 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0465257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.124;QD=5.58866;RBI=0.0465623;REFB=-0.0052714;REVB=-0.00184616;RO=31;SAF=6;SAR=3;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186126;STB=0.599772;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0363082;OID=.;OPOS=73111973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:40:42:31:33:9:9:0.214286:3:6:16:15:3:6:18:15 chr3 73111998 . C T 32.64 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00395979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.559;QD=3.26427;RBI=0.0447441;REFB=-0.00613992;REVB=-0.0445685;RO=33;SAF=5;SAR=1;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.503848;STB=0.84566;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.143459;OID=.;OPOS=73111998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:40:40:33:34:6:6:0.15:1:5:13:20:1:5:14:20 chr3 73112378 . A G 81.98 PASS AF=0.216667;AO=13;DP=60;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0119189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.346;QD=5.46567;RBI=0.0203592;REFB=-0.0130041;REVB=0.0165056;RO=47;SAF=6;SAR=7;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00810685;STB=0.505147;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0379636;OID=.;OPOS=73112378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:60:60:47:47:13:13:0.216667:7:6:22:25:7:6:22:25 chr3 73114003 . T C 41.56 PASS AF=0.118421;AO=9;DP=76;FAO=9;FDP=76;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=0.0184559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2818;QD=2.18754;RBI=0.021666;REFB=0.00418845;REVB=0.0113487;RO=66;SAF=5;SAR=4;SRF=38;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246559;STB=0.523757;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.0274476;OID=.;OPOS=73114003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:76:76:66:67:9:9:0.118421:4:5:38:28:4:5:39:28 chr3 73433369 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0987189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9357;QD=55.6541;RBI=0.117614;REFB=0;REVB=0.0639348;RO=0;SAF=4;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00298864;OID=.;OPOS=73433369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:23:4:0:0:23:4:0:0 chr3 73433494 . T C 272.55 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.751;QD=51.9151;RBI=0.0339683;REFB=0;REVB=0.014189;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043237;OID=.;OPOS=73433494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:12:8:0:0:12:9:0:0 chr3 73453325 . C T 1048.09 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.021917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.842;QD=58.227;RBI=0.0276542;REFB=-0.0106849;REVB=0.0168641;RO=0;SAF=68;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17784e-08;STB=0.503649;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.000761949;OID=.;OPOS=73453325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:3:68:0:0:3:68:1:0 chr3 74413676 . T C 58.97 PASS AF=0.1875;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0210442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.771;QD=4.91384;RBI=0.0288784;REFB=-0.0099934;REVB=0.0197763;RO=37;SAF=3;SAR=6;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222015;STB=0.666297;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0387438;OID=.;OPOS=74413676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:48:37:39:9:9:0.1875:6:3:19:18:6:3:21:18 chr3 75232044 . C T 741.5 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0615473;FXX=0.0181785;HRUN=5;LEN=1;MLLD=138.742;QD=54.9262;RBI=0.0617265;REFB=-0.0650106;REVB=0.00470034;RO=1;SAF=22;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209274;STB=0.510634;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000480314;OID=.;OPOS=75232044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:1:1:52:53:0.981481:30:22:1:0:30:23:1:0 chr3 75263691 . C A 725.71 PASS AF=0.805556;AO=57;DP=72;FAO=58;FDP=72;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=48;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0253399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.959;QD=40.317;RBI=0.0286267;REFB=-0.00181995;REVB=0.0133183;RO=14;SAF=10;SAR=47;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144082;STB=0.578284;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.000516855;OID=.;OPOS=75263691;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:72:72:14:14:57:58:0.805556:47:10:6:8:48:10:6:8 chr3 75475670 . A C 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0432514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.621;QD=15.2589;RBI=0.0482702;REFB=-0.00711141;REVB=-0.021432;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434081;STB=0.749421;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0121479;OID=.;OPOS=75475670;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:4:3:6:0:4:3:6:0 chr3 75475685 . A G 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0188577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.557;QD=15.259;RBI=0.0377918;REFB=-0.0262205;REVB=0.0327507;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434081;STB=0.749421;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00502239;OID=.;OPOS=75475685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:4:3:6:0:4:3:6:0 chr3 75679937 . G A 61.36 PASS AF=0.25;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00810198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.904;QD=6.81805;RBI=0.0103274;REFB=0.000721145;REVB=0.00640409;RO=26;SAF=2;SAR=7;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386858;STB=0.736288;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.00577524;OID=.;OPOS=75679937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:36:26:27:9:9:0.25:7:2:14:12:7:2:14:13 chr3 75679958 . C T 59.16 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0190137;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.09;QD=5.25878;RBI=0.0190328;REFB=-0.00136989;REVB=-0.000852691;RO=36;SAF=2;SAR=7;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267996;STB=0.679565;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00604929;OID=.;OPOS=75679958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:36:36:9:9:0.2:7:2:15:21:7:2:15:21 chr3 75679963 . C T 67.41 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0586987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4983;QD=5.99234;RBI=0.0587115;REFB=-0.000544355;REVB=0.00122594;RO=35;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364859;STB=0.523318;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00257598;OID=.;OPOS=75679963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:45:45:35:35:10:10:0.222222:6:4:13:22:6:4:13:22 chr3 75679973 . A G 59.64 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.000483599;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.31;QD=5.18643;RBI=0.00340673;REFB=-0.00933077;REVB=0.00337223;RO=36;SAF=2;SAR=7;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267996;STB=0.671899;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.035873;OID=.;OPOS=75679973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:46:46:36:37:9:9:0.195652:7:2:15:21:7:2:15:22 chr3 75679975 . C T 32.66 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=-0.0266755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.75;QD=2.72171;RBI=0.0288697;REFB=-0.0128433;REVB=-0.0110398;RO=41;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.576676;STB=0.90014;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0465907;OID=.;OPOS=75679975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:41:42:6:6:0.125:1:5:12:29:1:5:12:30 chr3 75679988 . A G 32.38 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=0.0457887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5986;QD=2.64345;RBI=0.0459405;REFB=0.00359465;REVB=-0.00373197;RO=43;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.585707;STB=0.902942;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.0220604;OID=.;OPOS=75679988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:43:43:6:6:0.122449:1:5:12:31:1:5:12:31 chr3 75679993 . C T 68.42 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0139669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.522;QD=5.70138;RBI=0.0212727;REFB=-0.00481046;REVB=-0.0160454;RO=37;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136745;STB=0.571293;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0339245;OID=.;OPOS=75679993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:37:38:10:10:0.208333:6:4:11:26:6:4:12:26 chr3 75679997 . C T 32.39 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=32;FWDB=-0.0232372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2233;QD=2.6437;RBI=0.0445207;REFB=0.00800726;REVB=0.0379753;RO=43;SAF=5;SAR=1;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.605262;STB=0.910623;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.0504061;OID=.;OPOS=75679997;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:43:43:6:6:0.122449:1:5:11:32:1:5:11:32 chr3 75680010 . T C 57.49 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=51;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=-0.0207862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0583;QD=4.50903;RBI=0.0277136;REFB=-0.0055946;REVB=0.0183297;RO=41;SAF=2;SAR=7;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146153;STB=0.615106;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0130694;OID=.;OPOS=75680010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:51:51:41:42:9:9:0.176471:7:2:13:28:7:2:14:28 chr3 75714298 . A G 459.03 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=105;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.00267135;FXX=0.0277752;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.391;QD=17.487;RBI=0.00267715;REFB=-0.0160937;REVB=0.000176144;RO=54;SAF=31;SAR=18;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129166;STB=0.56361;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0192509;OID=.;OPOS=75714298;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:54:56:49:49:0.466667:18:31:27:27:18:31:29:27 chr3 75714311 . G A 163.0 PASS AF=0.22807;AO=29;DP=114;FAO=26;FDP=114;FR=.;FRO=88;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=-0.00272819;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.635;QD=5.7194;RBI=0.00703078;REFB=-0.0117917;REVB=0.00647988;RO=83;SAF=19;SAR=10;SRF=46;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130288;STB=0.578661;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0293187;OID=.;OPOS=75714311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:83:88:29:26:0.22807:10:19:46:37:9:17:49:39 chr3 75714337 . T G 712.68 PASS AF=0.530769;AO=67;DP=129;FAO=69;FDP=130;FR=.;FRO=61;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.00120804;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.154;QD=21.9287;RBI=0.0119808;REFB=-0.0115504;REVB=0.0119197;RO=61;SAF=38;SAR=29;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658843;STB=0.52777;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.011598;OID=.;OPOS=75714337;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:61:61:67:69:0.530769:29:38:30:31:31:38:30:31 chr3 75714345 . G T 276.55 PASS AF=0.281481;AO=38;DP=135;FAO=38;FDP=135;FR=.;FRO=97;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=0.0078759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7465;QD=8.19411;RBI=0.00792729;REFB=-0.0149364;REVB=0.000901209;RO=96;SAF=19;SAR=19;SRF=47;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126304;STB=0.503702;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0260867;OID=.;OPOS=75714345;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:96:97:38:38:0.281481:19:19:47:49:19:19:48:49 chr3 75714702 . A G 252.85 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.012737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9061;QD=21.0711;RBI=0.0225413;REFB=0.0154891;REVB=0.0185979;RO=24;SAF=6;SAR=18;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176622;STB=0.599911;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.0136348;OID=.;OPOS=75714702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:18:6:10:14:18:6:10:14 chr3 75714819 . G A 31.98 PASS AF=0.0701754;AO=12;DP=171;FAO=12;FDP=171;FR=.;FRO=159;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=78;FSRR=81;FWDB=-0.0164713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1192;QD=0.748118;RBI=0.043707;REFB=0.000553853;REVB=-0.0404845;RO=159;SAF=6;SAR=6;SRF=78;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102258;STB=0.508757;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.00899135;OID=.;OPOS=75714819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:171:171:159:159:12:12:0.0701754:6:6:78:81:6:6:78:81 chr3 75714825 . G A 514.45 PASS AF=0.277778;AO=49;DP=180;FAO=50;FDP=180;FR=.,HEALED;FRO=112;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=61;FSRR=51;FWDB=0.0138887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.1479;QD=11.4321;RBI=0.0152399;REFB=-0.00483319;REVB=0.00627371;RO=105;SAF=19;SAR=30;SRF=59;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204296;STB=0.59996;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0341635;OID=.;OPOS=75714825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:105:112:49:50:0.277778:30:19:59:46:30:20:61:51 chr3 75714831 . G A 142.08 PASS AF=0.151832;AO=29;DP=185;FAO=29;FDP=191;FR=.;FRO=162;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=80;FSRR=82;FWDB=-0.0236038;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.109;QD=2.97539;RBI=0.0245157;REFB=-0.00570394;REVB=-0.00662433;RO=156;SAF=16;SAR=13;SRF=77;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074409;STB=0.549099;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0372055;OID=.;OPOS=75714831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:191:156:162:29:29:0.151832:13:16:77:79:13:16:80:82 chr3 75714835 . C T 180.56 PASS AF=0.168317;AO=34;DP=202;FAO=34;FDP=202;FR=.;FRO=168;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=89;FSRR=79;FWDB=0.00400821;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.111;QD=3.57551;RBI=0.0100588;REFB=-0.00622555;REVB=-0.00922573;RO=168;SAF=19;SAR=15;SRF=89;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376311;STB=0.524354;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0296443;OID=.;OPOS=75714835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:202:168:168:34:34:0.168317:15:19:89:79:15:19:89:79 chr3 75714840 . A G 803.98 PASS AF=0.435644;AO=88;DP=200;FAO=88;FDP=202;FR=.;FRO=114;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=60;FSRR=54;FWDB=0.00232201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7241;QD=15.9204;RBI=0.00233743;REFB=-0.00797356;REVB=0.00026807;RO=112;SAF=44;SAR=44;SRF=60;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359572;STB=0.514848;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.010461;OID=.;OPOS=75714840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:202:112:114:88:88:0.435644:44:44:60:52:44:44:60:54 chr3 75714843 . T A 305.89 PASS AF=0.23301;AO=48;DP=206;FAO=48;FDP=206;FR=.;FRO=158;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=78;FSRR=80;FWDB=-0.00747234;FXX=0.0143534;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.816;QD=5.93958;RBI=0.012015;REFB=-0.00236139;REVB=-0.00940877;RO=158;SAF=23;SAR=25;SRF=78;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183687;STB=0.511129;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00415775;OID=.;OPOS=75714843;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:206:158:158:48:48:0.23301:25:23:78:80:25:23:78:80 chr3 75714853 . G A 358.84 PASS AF=0.240175;AO=55;DP=228;FAO=55;FDP=229;FR=.;FRO=174;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=95;FSRR=79;FWDB=-0.0224029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4092;QD=6.26789;RBI=0.0402399;REFB=-0.00905017;REVB=-0.033427;RO=171;SAF=25;SAR=30;SRF=94;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119414;STB=0.569145;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0490691;OID=.;OPOS=75714853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:229:171:174:55:55:0.240175:30:25:94:77:30:25:95:79 chr3 75714898 . G A 537.61 PASS AF=0.288462;AO=72;DP=253;FAO=75;FDP=260;FR=.;FRO=185;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=99;FSRR=86;FWDB=-0.0274837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8083;QD=8.27094;RBI=0.0953576;REFB=-0.0138302;REVB=0.0913111;RO=181;SAF=38;SAR=34;SRF=95;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0035726;STB=0.510793;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0372638;OID=.;OPOS=75714898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:253:260:181:185:72:75:0.288462:34:38:95:86:36:39:99:86 chr3 75714917 . G A 287.8 PASS AF=0.207792;AO=47;DP=233;FAO=48;FDP=231;FR=.,HEALED;FRO=183;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=99;FSRR=84;FWDB=-0.0175431;FXX=0.01282;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.225;QD=4.98352;RBI=0.0218526;REFB=-0.00818652;REVB=-0.0130298;RO=141;SAF=21;SAR=26;SRF=92;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254421;STB=0.56519;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0286546;OID=.;OPOS=75714917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:231:141:183:47:48:0.207792:26:21:92:49:26:22:99:84 chr3 75714929 . G A 296.07 PASS AF=0.215859;AO=49;DP=227;FAO=49;FDP=227;FR=.;FRO=178;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=101;FSRR=77;FWDB=-0.0543871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.523;QD=5.21709;RBI=0.0543916;REFB=-0.0267749;REVB=0.000702594;RO=178;SAF=21;SAR=28;SRF=101;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176067;STB=0.607678;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0450489;OID=.;OPOS=75714929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:178:178:49:49:0.215859:28:21:101:77:28:21:101:77 chr3 75714935 . C A 69.99 PASS AF=0.0982143;AO=19;DP=221;FAO=22;FDP=224;FR=.;FRO=202;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=114;FSRR=88;FWDB=-0.026548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.039;QD=1.24983;RBI=0.0267749;REFB=-0.00503935;REVB=0.00347801;RO=201;SAF=9;SAR=10;SRF=113;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103112;STB=0.637438;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0303558;OID=.;OPOS=75714935;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:221:224:201:202:19:22:0.0982143:10:9:113:88:13:9:114:88 chr3 75714937 . G A 75.72 PASS AF=0.0990991;AO=22;DP=224;FAO=22;FDP=222;FR=.;FRO=200;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=111;FSRR=89;FWDB=-0.01822;FXX=0.00892817;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.145;QD=1.36431;RBI=0.0206248;REFB=-0.00271242;REVB=-0.00966505;RO=200;SAF=9;SAR=13;SRF=112;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180275;STB=0.629425;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0162408;OID=.;OPOS=75714937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:224:222:200:200:22:22:0.0990991:13:9:112:88:13:9:111:89 chr3 75714950 . C A 256.88 PASS AF=0.211823;AO=42;DP=204;FAO=43;FDP=203;FR=.;FRO=160;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=83;FSRR=77;FWDB=-0.00755642;FXX=0.00975562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.829;QD=5.06165;RBI=0.0185004;REFB=-0.00685831;REVB=-0.0168868;RO=159;SAF=17;SAR=25;SRF=82;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142246;STB=0.578959;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0227728;OID=.;OPOS=75714950;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:203:159:160:42:43:0.211823:25:17:82:77:25:18:83:77 chr3 75714976 . C T 503.54 PASS AF=0.390728;AO=56;DP=148;FAO=59;FDP=151;FR=.;FRO=92;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=57;FWDB=0.0490807;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.682;QD=13.3387;RBI=0.0490848;REFB=-0.017556;REVB=0.000635169;RO=91;SAF=35;SAR=21;SRF=34;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270936;STB=0.648497;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0269331;OID=.;OPOS=75714976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:151:91:92:56:59:0.390728:21:35:34:57:22:37:35:57 chr3 75714980 . C A 215.46 PASS AF=0.22449;AO=33;DP=148;FAO=33;FDP=147;FR=.;FRO=114;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=58;FSRR=56;FWDB=0.0228849;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4953;QD=5.86275;RBI=0.0512973;REFB=0.000542515;REVB=0.0459096;RO=111;SAF=13;SAR=20;SRF=57;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151472;STB=0.589646;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.000450474;OID=.;OPOS=75714980;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:111:114:33:33:0.22449:20:13:57:54:20:13:58:56 chr3 75715118 . G A 116.74 PASS AF=0.274194;AO=16;DP=63;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0231469;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.31;QD=7.53185;RBI=0.023764;REFB=-0.0137218;REVB=0.00538065;RO=44;SAF=8;SAR=8;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165048;STB=0.608899;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.047781;OID=.;OPOS=75715118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:44:45:16:17:0.274194:8:8:28:16:9:8:28:17 chr3 75715124 . C T 124.76 PASS AF=0.287879;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00297426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.6391;QD=7.56129;RBI=0.0154173;REFB=-0.0284327;REVB=-0.0151277;RO=45;SAF=11;SAR=8;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280524;STB=0.503265;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0938667;OID=.;OPOS=75715124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:45:47:19:19:0.287879:8:11:25:20:8:11:27:20 chr3 75715173 . CT TG 166.37 PASS AF=0.27381;AO=23;DP=84;FAO=23;FDP=84;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0121947;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=2;MLLD=212.495;QD=7.92233;RBI=0.0124051;REFB=-0.0120393;REVB=-0.00227467;RO=61;SAF=9;SAR=14;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142621;STB=0.585699;STBP=0.336;TYPE=mnp;VARB=0.0263382;OID=.;OPOS=75715173;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:61:61:23:23:0.27381:14:9:31:30:14:9:31:30 chr3 75715181 . G A 180.53 PASS AF=0.307692;AO=24;DP=78;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0392368;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.651;QD=9.25792;RBI=0.0415055;REFB=-0.0177009;REVB=0.0135344;RO=54;SAF=9;SAR=15;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12778;STB=0.575594;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0361994;OID=.;OPOS=75715181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:54:54:24:24:0.307692:15:9:26:28:15:9:26:28 chr3 75779724 . T C 257.24 PASS AF=0.4;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0359395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.228;QD=13.7192;RBI=0.0377393;REFB=-0.0322565;REVB=0.0115158;RO=44;SAF=16;SAR=14;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821363;STB=0.539938;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.034032;OID=.;OPOS=75779724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:44:45:30:30:0.4:14:16:20:24:14:16:21:24 chr3 75779727 . A G 257.25 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.065757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5432;QD=13.72;RBI=0.076832;REFB=0.0285698;REVB=-0.0397388;RO=42;SAF=16;SAR=14;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830129;STB=0.539938;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.0337855;OID=.;OPOS=75779727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:45:30:30:0.4:14:16:19:23:14:16:21:24 chr3 75779742 . G A 178.52 PASS AF=0.296296;AO=24;DP=80;FAO=24;FDP=81;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.01896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.94;QD=8.81599;RBI=0.0282744;REFB=-0.000289896;REVB=-0.0209752;RO=55;SAF=14;SAR=10;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213331;STB=0.624645;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00103449;OID=.;OPOS=75779742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:55:57:24:24:0.296296:10:14:22:33:10:14:23:34 chr3 75779762 . G T 184.99 PASS AF=0.284091;AO=25;DP=88;FAO=25;FDP=88;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.031963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6885;QD=8.40848;RBI=0.032016;REFB=-0.0225474;REVB=-0.00184069;RO=62;SAF=14;SAR=11;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186061;STB=0.615157;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0615649;OID=.;OPOS=75779762;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:62:63:25:25:0.284091:11:14:25:37:11:14:25:38 chr3 75779769 . C G 286.0 PASS AF=0.37931;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=87;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.00628553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.957;QD=13.1492;RBI=0.00869462;REFB=-0.0151236;REVB=0.00600736;RO=53;SAF=17;SAR=16;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128067;STB=0.578024;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0278232;OID=.;OPOS=75779769;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:53:54:33:33:0.37931:16:17:21:32:16:17:21:33 chr3 75779777 . TA T 134.61 PASS AF=0.397436;AO=29;DP=82;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.0645659;FXX=0.0487745;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.0462;QD=6.90331;RBI=0.0796222;REFB=-0.0076248;REVB=0.0465935;RO=44;SAF=16;SAR=13;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0.338931;SSSB=0.220108;STB=0.641727;STBP=0.049;TYPE=del;VARB=0.0347823;OID=.;OPOS=75779778;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.397436:29:82:31:78:47:18:13:16:31:99:44:16:13:15:29 chr3 75781222 . C T 134.35 PASS AF=0.321429;AO=17;DP=55;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0411593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9745;QD=9.59628;RBI=0.0849416;REFB=-0.0227457;REVB=0.0743034;RO=38;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27728;STB=0.642711;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0513002;OID=.;OPOS=75781222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:38:38:17:18:0.321429:8:9:11:27:9:9:11:27 chr3 75781257 . T G 106.35 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.0256357;FXX=0.0517152;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4719;QD=7.73485;RBI=0.0281193;REFB=0.0107223;REVB=0.0115544;RO=39;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366174;STB=0.723876;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.0291087;OID=.;OPOS=75781257;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:55:39:40:15:15:0.272727:6:9:11:28:6:9:11:29 chr3 75781263 . T C 125.44 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=0.0207008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8797;QD=8.96025;RBI=0.0267652;REFB=0.0107537;REVB=-0.0169663;RO=39;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259249;STB=0.652201;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=-0.0246687;OID=.;OPOS=75781263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:39:17:17:0.303571:9:8:10:29:9:8:10:29 chr3 75781272 . C A 68.2 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=32;FWDB=-0.0186673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3243;QD=5.56709;RBI=0.0673348;REFB=0.0121799;REVB=-0.0646955;RO=39;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318995;STB=0.696939;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.0519368;OID=.;OPOS=75781272;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:39:39:10:10:0.204082:6:4:7:32:6:4:7:32 chr3 75786031 . A C 231.17 PASS AF=0.232258;AO=35;DP=154;FAO=36;FDP=155;FR=.;FRO=119;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=58;FSRR=61;FWDB=-0.0166465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8353;QD=5.96559;RBI=0.0275957;REFB=-0.00601768;REVB=0.0220095;RO=117;SAF=24;SAR=11;SRF=57;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255691;STB=0.640272;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0245965;OID=.;OPOS=75786031;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:117:119:35:36:0.232258:11:24:57:60:12:24:58:61 chr3 75786036 . A C 158.88 PASS AF=0.187097;AO=28;DP=143;FAO=29;FDP=155;FR=.;FRO=126;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=58;FSRR=68;FWDB=-0.0139636;FXX=0.0432072;HRUN=6;LEN=1;MLLD=186.718;QD=4.10003;RBI=0.0331904;REFB=-0.00523302;REVB=-0.0301101;RO=108;SAF=22;SAR=6;SRF=53;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394206;STB=0.777683;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0211489;OID=.;OPOS=75786036;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:155:108:126:28:29:0.187097:6:22:53:55:6:23:58:68 chr3 75786042 . G A 182.71 PASS AF=0.208589;AO=27;DP=157;FAO=34;FDP=163;FR=.;FRO=129;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=64;FSRR=65;FWDB=-0.00572953;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.773;QD=4.48378;RBI=0.00665409;REFB=-0.00966672;REVB=-0.00338369;RO=128;SAF=15;SAR=12;SRF=64;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711875;STB=0.573251;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0344641;OID=.;OPOS=75786042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:163:128:129:27:34:0.208589:12:15:64:64:14:20:64:65 chr3 75786059 . CA TA,TG 246.65 PASS AF=0.146597,0.078534;AO=28,15;DP=192;FAO=28,15;FDP=191;FR=.;FRO=148;FSAF=17,11;FSAR=11,4;FSRF=70;FSRR=78;FWDB=-0.00791685,-0.00261546;FXX=0.00520806;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=113.682,211.386;QD=5.1654;RBI=0.00891944,0.021731;REFB=-0.00983685,-0.00240336;REVB=-0.00410851,-0.021573;RO=141;SAF=17,11;SAR=11,4;SRF=69;SRR=72;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.151221,0.29113;STB=0.61247,0.735413;STBP=0.218,0.065;TYPE=snp,mnp;VARB=0.02513,0.032081;OID=.,.;OPOS=75786059,75786059;OREF=C,CA;OALT=T,TG;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:191:141:148:28,15:28,15:0.146597,0.078534:11,4:17,11:69:72:11,4:17,11:70:78 chr3 75786071 . C A 157.36 PASS AF=0.154589;AO=32;DP=207;FAO=32;FDP=207;FR=.;FRO=175;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=87;FSRR=88;FWDB=-0.0104214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.877;QD=3.04084;RBI=0.014906;REFB=-0.00320296;REVB=-0.0106576;RO=175;SAF=20;SAR=12;SRF=87;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164923;STB=0.608945;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0188531;OID=.;OPOS=75786071;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:207:175:175:32:32:0.154589:12:20:87:88:12:20:87:88 chr3 75786073 . C G 280.19 PASS AF=0.219048;AO=46;DP=210;FAO=46;FDP=210;FR=.;FRO=164;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=81;FSRR=83;FWDB=0.0174197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5897;QD=5.33687;RBI=0.0232883;REFB=0.00847634;REVB=-0.0154563;RO=163;SAF=26;SAR=20;SRF=80;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949602;STB=0.555808;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.0355351;OID=.;OPOS=75786073;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:210:210:163:164:46:46:0.219048:20:26:80:83:20:26:81:83 chr3 75786079 . CG CA,TA 375.28 PASS AF=0.0925926,0.180556;AO=20,39;DP=216;FAO=20,39;FDP=216;FR=.;FRO=157;FSAF=14,24;FSAR=6,15;FSRF=73;FSRR=84;FWDB=0.0126833,-0.00132815;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=163.558,157.865;QD=6.94959;RBI=0.0127778,0.0124791;REFB=-0.00590135,-0.00343703;REVB=0.00155186,-0.0124082;RO=153;SAF=14,24;SAR=6,15;SRF=71;SRR=82;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.289643,0.19339;STB=0.706865,0.620142;STBP=0.071,0.098;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0146869,0.0063679;OID=.,.;OPOS=75786080,75786079;OREF=G,CG;OALT=A,TA;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:216:216:153:157:20,39:20,39:0.0925926,0.180556:6,15:14,24:71:82:6,15:14,24:73:84 chr3 75786132 . T C 413.65 PASS AF=0.282927;AO=59;DP=207;FAO=58;FDP=205;FR=.;FRO=147;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=63;FSRR=84;FWDB=-0.00995849;FXX=0.0144224;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.753;QD=8.07121;RBI=0.0123523;REFB=-0.00626529;REVB=-0.0073081;RO=144;SAF=27;SAR=32;SRF=62;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331879;STB=0.51432;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0178592;OID=.;OPOS=75786132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:205:144:147:59:58:0.282927:32:27:62:82:32:26:63:84 chr3 75786163 . C T 440.65 PASS AF=0.347561;AO=55;DP=164;FAO=57;FDP=164;FR=.;FRO=107;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=64;FWDB=-0.0200307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7245;QD=10.7476;RBI=0.0346079;REFB=-0.0112197;REVB=-0.0282219;RO=105;SAF=23;SAR=32;SRF=43;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102012;STB=0.524467;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0357808;OID=.;OPOS=75786163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:105:107:55:57:0.347561:32:23:43:62:32:25:43:64 chr3 75786175 . C A 126.52 PASS AF=0.161074;AO=24;DP=149;FAO=24;FDP=149;FR=.;FRO=125;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=49;FSRR=76;FWDB=0.0138153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2525;QD=3.39656;RBI=0.0140859;REFB=-0.000535147;REVB=0.00274744;RO=124;SAF=11;SAR=13;SRF=49;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822306;STB=0.55652;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00641084;OID=.;OPOS=75786175;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:124:125:24:24:0.161074:13:11:49:75:13:11:49:76 chr3 75786202 . TG CA 86.01 PASS AF=0.155963;AO=16;DP=109;FAO=17;FDP=109;FR=.;FRO=92;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=0.0066218;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=2;MLLD=293.736;QD=3.1563;RBI=0.00757555;REFB=-0.00618664;REVB=0.00367977;RO=91;SAF=7;SAR=9;SRF=39;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114163;STB=0.539671;STBP=0.742;TYPE=mnp;VARB=0.0311812;OID=.;OPOS=75786202;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:109:109:91:92:16:17:0.155963:9:7:39:52:9:8:39:53 chr3 75786211 . A G 355.58 PASS AF=0.40625;AO=38;DP=94;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.0129225;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4569;QD=14.8161;RBI=0.0254354;REFB=-0.0085521;REVB=-0.0219082;RO=56;SAF=14;SAR=24;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856552;STB=0.533316;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.015469;OID=.;OPOS=75786211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:56:57:38:39:0.40625:24:14:25:31:24:15:25:32 chr3 75786221 . G A 62.96 PASS AF=0.15;AO=11;DP=82;FAO=12;FDP=80;FR=.;FRO=68;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.000522311;FXX=0.0361402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.045;QD=3.14782;RBI=0.000821489;REFB=-0.00191325;REVB=0.000634064;RO=69;SAF=5;SAR=6;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611232;STB=0.574878;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0103817;OID=.;OPOS=75786221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:82:80:69:68:11:12:0.15:6:5:28:41:6:6:28:40 chr3 75786225 . G A 42.63 PASS AF=0.1375;AO=8;DP=77;FAO=11;FDP=80;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=-0.00205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6568;QD=2.1316;RBI=0.0220889;REFB=-0.00363141;REVB=0.0219935;RO=64;SAF=3;SAR=5;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385276;STB=0.618626;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0184741;OID=.;OPOS=75786225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:77:80:64:69:8:11:0.1375:5:3:26:38:5:6:28:41 chr3 75786243 . C T 195.47 PASS AF=0.413793;AO=23;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0130157;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.643;QD=13.4804;RBI=0.0468799;REFB=-0.00560243;REVB=-0.0450368;RO=32;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112676;STB=0.557987;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0246973;OID=.;OPOS=75786243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:34:23:24:0.413793:14:9:16:16:15:9:16:18 chr3 75786245 . T A 190.75 PASS AF=0.418182;AO=24;DP=57;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0151748;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.731;QD=13.8728;RBI=0.0248834;REFB=-0.0109205;REVB=-0.0197208;RO=33;SAF=8;SAR=16;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191691;STB=0.573977;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0166035;OID=.;OPOS=75786245;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:33:32:24:23:0.418182:16:8:17:16:15:8:15:17 chr3 75786251 . GG AT,GT 229.5 PASS AF=0.102564,0.461538;AO=4,18;DP=43;FAO=4,18;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=2,5;FSAR=2,13;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00368685,-0.00646443;FXX=0.0930016;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=127.928,156.98;QD=23.5387;RBI=0.00393891,0.0391175;REFB=-0.00437546,-0.013017;REVB=-0.0013864,-0.0385796;RO=17;SAF=2,5;SAR=2,13;SRF=8;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0333506,-0.185628;STB=0.523691,0.605611;STBP=0.914,0.23;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0319278,0.0309163;OID=.,.;OPOS=75786251,75786252;OREF=GG,G;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:43:39:17:17:4,18:4,18:0.102564,0.461538:2,13:2,5:8:9:2,13:2,5:8:9 chr3 75786256 . T A 117.68 PASS AF=0.382353;AO=12;DP=37;FAO=13;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00823087;FXX=0.149963;HRUN=5;LEN=1;MLLD=219.536;QD=13.8449;RBI=0.0402242;REFB=-0.0128996;REVB=-0.0393731;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177348;STB=0.571317;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0327617;OID=.;OPOS=75786256;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:34:13:20:12:13:0.382353:7:5:8:5:8:5:10:10 chr3 75786278 . A C 84.33 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0126777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.659;QD=10.5415;RBI=0.0130746;REFB=-0.0179993;REVB=0.00319708;RO=21;SAF=3;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333904;STB=0.701378;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0346731;OID=.;OPOS=75786278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:8:3:12:9:8:3:12:9 chr3 75786302 . G A 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00487437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.052;QD=7.04801;RBI=0.0188334;REFB=-0.0123338;REVB=0.0181917;RO=22;SAF=3;SAR=5;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295682;STB=0.685043;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0602341;OID=.;OPOS=75786302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:5:3:14:8:5:3:14:8 chr3 75786355 . T A 49.22 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00154539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.862;QD=4.10162;RBI=0.0119631;REFB=-0.00404716;REVB=-0.0118628;RO=40;SAF=6;SAR=2;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174372;STB=0.621625;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0196805;OID=.;OPOS=75786355;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:40:40:8:8:0.166667:2:6:25:15:2:6:25:15 chr3 75786381 . T C 544.68 PASS AF=0.846154;AO=44;DP=52;FAO=44;FDP=52;FR=.;FRO=8;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0139625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8874;QD=41.8983;RBI=0.0199136;REFB=-0.00199156;REVB=0.0141986;RO=8;SAF=31;SAR=13;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157869;STB=0.508453;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00218731;OID=.;OPOS=75786381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:8:8:44:44:0.846154:13:31:6:2:13:31:6:2 chr3 75786385 . C G 67.78 PASS AF=0.2;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.00347273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.292;QD=5.42201;RBI=0.0242275;REFB=-0.00622279;REVB=0.0239773;RO=39;SAF=8;SAR=2;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20721;STB=0.631288;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0433361;OID=.;OPOS=75786385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:49:50:39:40:10:10:0.2:2:8:26:13:2:8:27:13 chr3 75786403 . A T 41.32 PASS AF=0.129032;AO=8;DP=63;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=0.014037;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.641;QD=2.66585;RBI=0.0290652;REFB=-0.0102692;REVB=-0.025451;RO=50;SAF=5;SAR=3;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00641264;STB=0.512788;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0439746;OID=.;OPOS=75786403;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:63:62:50:54:8:8:0.129032:3:5:31:19:3:5:33:21 chr3 75786415 . C T 30.38 PASS AF=0.0972222;AO=7;DP=70;FAO=7;FDP=72;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.0114825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.909;QD=1.68777;RBI=0.0275577;REFB=-0.0029164;REVB=-0.0250516;RO=60;SAF=5;SAR=2;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104742;STB=0.613693;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0439902;OID=.;OPOS=75786415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:70:72:60:65:7:7:0.0972222:2:5:38:22:2:5:39:26 chr3 75786440 . C T 46.5 PASS AF=0.123457;AO=10;DP=76;FAO=10;FDP=81;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.0582735;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.3906;QD=2.29627;RBI=0.0689118;REFB=0.000141338;REVB=-0.0367837;RO=66;SAF=6;SAR=4;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12226;STB=0.593871;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=-0.00884922;OID=.;OPOS=75786440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:76:81:66:71:10:10:0.123457:4:6:33:33:4:6:35:36 chr3 75786449 . C T 32.32 PASS AF=0.0930233;AO=8;DP=86;FAO=8;FDP=86;FR=.;FRO=78;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.0647026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6048;QD=1.50334;RBI=0.064797;REFB=-0.00659614;REVB=-0.00349615;RO=77;SAF=5;SAR=3;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107497;STB=0.580154;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0228799;OID=.;OPOS=75786449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:86:86:77:78:8:8:0.0930233:3:5:41:36:3:5:42:36 chr3 75786453 . C T 45.14 PASS AF=0.117647;AO=10;DP=84;FAO=10;FDP=85;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=-0.0435317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.778;QD=2.12404;RBI=0.047707;REFB=-0.00683267;REVB=-0.0195179;RO=73;SAF=7;SAR=3;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252136;STB=0.68459;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0707969;OID=.;OPOS=75786453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:84:85:73:75:10:10:0.117647:3:7:36:37:3:7:37:38 chr3 75786499 . CAT CGA,TGT 68.97 PASS AF=0.0833333,0.0595238;AO=7,5;DP=85;FAO=7,5;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=69;FSAF=6,2;FSAR=1,3;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.005255,-0.015292;FXX=0.0117633;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=219.537,193.123;QD=3.28428;RBI=0.00533462,0.015304;REFB=0.00265523,-0.00218119;REVB=-0.000918231,-0.000606357;RO=68;SAF=6,2;SAR=1,3;SRF=33;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.42873,-0.087536;STB=0.849556,0.573474;STBP=0.066,0.764;TYPE=mnp,mnp;VARB=-0.0143069,0.0292156;OID=.,.;OPOS=75786500,75786499;OREF=AT,CA;OALT=GA,TG;OMAPALT=CGA,TGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:85:84:68:69:7,5:7,5:0.0833333,0.0595238:1,3:6,2:33:35:1,3:6,2:33:36 chr3 75786515 . GG AG,AT 132.91 PASS AF=0.160494,0.0987654;AO=13,8;DP=81;FAO=13,8;FDP=81;FR=.;FRO=60;FSAF=10,2;FSAR=3,6;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.00988207,-0.013444;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=177.66,194.813;QD=6.56356;RBI=0.0129693,0.0141661;REFB=-0.00204443,-3.03923e-05;REVB=-0.00839921,-0.00446528;RO=59;SAF=10,2;SAR=3,6;SRF=30;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.341865,-0.312244;STB=0.721987,0.738201;STBP=0.082,0.192;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0051193,0.00797821;OID=.,.;OPOS=75786515,75786515;OREF=G,GG;OALT=A,AT;OMAPALT=AG,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:81:81:59:60:13,8:13,8:0.160494,0.0987654:3,6:10,2:30:29:3,6:10,2:31:29 chr3 75786518 . A C 46.17 PASS AF=0.121951;AO=10;DP=82;FAO=10;FDP=82;FR=.;FRO=72;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.0109623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2201;QD=2.25219;RBI=0.0161334;REFB=-0.000929663;REVB=-0.011837;RO=72;SAF=7;SAR=3;SRF=36;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245096;STB=0.67874;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00524387;OID=.;OPOS=75786518;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:82:82:72:72:10:10:0.121951:3:7:36:36:3:7:36:36 chr3 75786521 . G A 46.53 PASS AF=0.123457;AO=10;DP=81;FAO=10;FDP=81;FR=.;FRO=71;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=-0.0156894;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.679;QD=2.29759;RBI=0.0209172;REFB=-0.00230836;REVB=-0.0138337;RO=71;SAF=7;SAR=3;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253186;STB=0.683837;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0201182;OID=.;OPOS=75786521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:81:81:71:71:10:10:0.123457:3:7:35:36:3:7:35:36 chr3 75786555 . C CTG 105.95 PASS AF=0.242424;AO=13;DP=74;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.00123618;FXX=0.0704126;HRUN=0;LEN=2;MLLD=222.212;QD=6.42098;RBI=0.0210991;REFB=-0.00576935;REVB=0.0210628;RO=54;SAF=9;SAR=4;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223619;STB=0.51722;STBP=0.877;TYPE=ins;VARB=0.00902589;OID=.;OPOS=75786556;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.242424:13:74:16:66:50:9:7:27:23:99:54:9:4:28:26 chr3 75786572 . T C 41.54 PASS AF=0.118421;AO=9;DP=76;FAO=9;FDP=76;FR=.;FRO=67;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=0.0229204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.865;QD=2.18633;RBI=0.0229254;REFB=-7.70354e-05;REVB=0.00047541;RO=67;SAF=2;SAR=7;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348534;STB=0.758446;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.000884813;OID=.;OPOS=75786572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:76:76:67:67:9:9:0.118421:7:2:34:33:7:2:34:33 chr3 75786608 . C T 33.73 PASS AF=0.1;AO=8;DP=80;FAO=8;FDP=80;FR=.;FRO=72;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=-0.0431449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4009;QD=1.68626;RBI=0.0461851;REFB=0.00119981;REVB=-0.0164795;RO=69;SAF=2;SAR=6;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388096;STB=0.793437;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.0203084;OID=.;OPOS=75786608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:80:80:69:72:8:8:0.1:6:2:41:28:6:2:43:29 chr3 75786623 . G T 308.22 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=0.0158585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.451;QD=15.806;RBI=0.0296993;REFB=-0.0142826;REVB=-0.0251109;RO=43;SAF=17;SAR=17;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080762;STB=0.551252;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0167898;OID=.;OPOS=75786623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:44:34:34:0.435897:17:17:25:18:17:17:26:18 chr3 75786628 . G C 225.54 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00294076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.475;QD=12.3586;RBI=0.00365497;REFB=-0.00738465;REVB=0.00217043;RO=45;SAF=19;SAR=9;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257228;STB=0.647836;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00919428;OID=.;OPOS=75786628;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:45:45:28:28:0.383562:9:19:20:25:9:19:20:25 chr3 75786670 . G A 307.24 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00471806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.881;QD=15.5564;RBI=0.0292673;REFB=-0.000968469;REVB=-0.0288845;RO=45;SAF=16;SAR=18;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409046;STB=0.523086;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00123916;OID=.;OPOS=75786670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:18:16:23:22:18:16:23:22 chr3 75786681 . G A 419.44 PASS AF=0.554054;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0225136;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.526;QD=22.6726;RBI=0.022599;REFB=-0.00960085;REVB=-0.00196203;RO=33;SAF=15;SAR=26;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173458;STB=0.59564;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00534846;OID=.;OPOS=75786681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:33:33:41:41:0.554054:26:15:19:14:26:15:19:14 chr3 75786737 . A T 339.71 PASS AF=0.530303;AO=34;DP=65;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00567906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.207;QD=20.5885;RBI=0.0106011;REFB=-0.00584216;REVB=0.0089516;RO=30;SAF=15;SAR=19;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500691;STB=0.541461;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00687543;OID=.;OPOS=75786737;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:30:31:34:35:0.530303:19:15:15:15:20:15:16:15 chr3 75786740 . CA CG,GG 255.73 PASS AF=0.378788,0.0757576;AO=25,5;DP=67;FAO=25,5;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=10,2;FSAR=15,3;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0211809,0.0157641;FXX=0.0149231;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=139.598,113.765;QD=15.4989;RBI=0.0215529,0.0158766;REFB=-0.00400303,-0.00552757;REVB=0.00398719,-0.00188691;RO=34;SAF=10,2;SAR=15,3;SRF=20;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.189858,-0.214555;STB=0.607757,0.65654;STBP=0.176,0.537;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00302332,0.00364383;OID=.,.;OPOS=75786741,75786740;OREF=A,CA;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:34:36:25,5:25,5:0.378788,0.0757576:15,3:10,2:20:14:15,3:10,2:21:15 chr3 75786748 . C T 52.77 PASS AF=0.149254;AO=10;DP=66;FAO=10;FDP=67;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0424307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1233;QD=3.15038;RBI=0.0472392;REFB=0.00881314;REVB=-0.0207648;RO=56;SAF=6;SAR=4;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144882;STB=0.592628;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.0537695;OID=.;OPOS=75786748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:66:67:56:57:10:10:0.149254:4:6:27:29:4:6:28:29 chr3 75786753 . C T 202.45 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00312221;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.12;QD=11.736;RBI=0.0164111;REFB=0.000692564;REVB=-0.0161113;RO=44;SAF=15;SAR=10;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160649;STB=0.592949;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.00183298;OID=.;OPOS=75786753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:10:15:20:24:10:15:20:24 chr3 75786759 . T C 238.7 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.00857064;FXX=0.0142837;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.77;QD=13.8375;RBI=0.0164144;REFB=-0.00310001;REVB=-0.0139992;RO=38;SAF=12;SAR=16;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151885;STB=0.564269;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00333576;OID=.;OPOS=75786759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:38:41:28:28:0.405797:16:12:22:16:16:12:22:19 chr3 75786773 . T A 183.41 PASS AF=0.370968;AO=22;DP=61;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0279604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.097;QD=11.8328;RBI=0.0321253;REFB=-0.00994347;REVB=0.0158193;RO=37;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439122;STB=0.537782;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0284551;OID=.;OPOS=75786773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:37:39:22:23:0.370968:11:11:17:20:11:12:18:21 chr3 75786802 . G A 125.34 PASS AF=0.306122;AO=14;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00237989;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.479;QD=10.2318;RBI=0.0443308;REFB=-0.0140948;REVB=-0.0442669;RO=34;SAF=6;SAR=8;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838779;STB=0.570153;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0362984;OID=.;OPOS=75786802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:14:15:0.306122:8:6:17:17:9:6:17:17 chr3 75786817 . CACATTCATT AACATTCATT,C 124.45 PASS AF=0,0.444444;AO=2,9;DP=44;FAO=0,12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=0,3;FSAR=0,9;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0488644,0.00899648;FXX=0.425441;HRUN=2,1;LEN=1,9;MLLD=33.0728,247.262;QD=18.4373;RBI=0.0528309,0.0226116;REFB=0.0152217,-0.0157038;REVB=0.0200843,0.0207448;RO=29;SAF=1,3;SAR=1,6;SRF=15;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0154067,-0.22256;STB=0.5,0.735449;STBP=1,0.045;TYPE=snp,del;VARB=0,0.0159664;OID=.,.;OPOS=75786817,75786818;OREF=C,ACATTCATT;OALT=A,-;OMAPALT=AACATTCATT,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:44:27:29:15:2,9:0,12:0,0.444444:1,6:1,3:15:14:0,9:0,3:10:5 chr3 75786827 . A T 158.63 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00270762;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.983;QD=12.4418;RBI=0.00418318;REFB=-0.0139687;REVB=-0.00318869;RO=31;SAF=7;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126949;STB=0.584655;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0338178;OID=.;OPOS=75786827;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:32:19:19:0.372549:12:7:15:16:12:7:16:16 chr3 75786832 . C T 148.33 PASS AF=0.352941;AO=17;DP=49;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0193921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.299;QD=11.6335;RBI=0.0260236;REFB=-0.0164491;REVB=-0.0173543;RO=32;SAF=8;SAR=9;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672013;STB=0.565145;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0209862;OID=.;OPOS=75786832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:32:33:17:18:0.352941:9:8:17:15:10:8:18:15 chr3 75786833 . G A 121.97 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0143403;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.787;QD=9.75739;RBI=0.040466;REFB=-0.0116088;REVB=-0.0378398;RO=35;SAF=10;SAR=5;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276698;STB=0.666444;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0160356;OID=.;OPOS=75786833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:35:35:15:15:0.3:5:10:15:20:5:10:15:20 chr3 75786845 . T C 383.69 PASS AF=0.649123;AO=34;DP=54;FAO=37;FDP=57;FR=.;FRO=20;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0244224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.766;QD=26.9254;RBI=0.0244719;REFB=-0.0297152;REVB=0.00155704;RO=18;SAF=21;SAR=13;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18161;STB=0.596489;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0142123;OID=.;OPOS=75786845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:18:20:34:37:0.649123:13:21:6:12:14:23:7:13 chr3 75786854 . A T 156.48 PASS AF=0.318182;AO=22;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00437489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.123;QD=9.48362;RBI=0.0144832;REFB=-0.000947279;REVB=-0.0138067;RO=44;SAF=12;SAR=10;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259716;STB=0.541445;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00245863;OID=.;OPOS=75786854;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:45:22:21:0.318182:10:12:23:21:9:12:23:22 chr3 75786888 . C T 199.04 PASS AF=0.305882;AO=26;DP=83;FAO=26;FDP=85;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.00741178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.732;QD=9.3664;RBI=0.00751601;REFB=-0.00146439;REVB=-0.00124734;RO=56;SAF=12;SAR=14;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387346;STB=0.526488;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00513478;OID=.;OPOS=75786888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:56:59:26:26:0.305882:14:12:24:32:14:12:25:34 chr3 75786892 . A C 44.65 PASS AF=0.114943;AO=10;DP=88;FAO=10;FDP=87;FR=.;FRO=77;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=33;FSRR=44;FWDB=0.0146002;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.119;QD=2.05309;RBI=0.0297978;REFB=-0.00122664;REVB=-0.0259758;RO=76;SAF=8;SAR=2;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431373;STB=0.817166;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00675885;OID=.;OPOS=75786892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:88:87:76:77:10:10:0.114943:2:8:33:43:2:8:33:44 chr3 75786894 . GTTTTT GTTTT,GTTTTC 152.8 PASS AF=0.252874,0.114943;AO=25,10;DP=88;FAO=22,10;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=11,7;FSAR=11,3;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=0.122935,0.118567;FXX=0.0113623;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.9213,26.3966;QD=7.02524;RBI=0.145266,0.133888;REFB=-0.0100655,0.00934009;REVB=-0.0773894,-0.062192;RO=48;SAF=11,7;SAR=14,3;SRF=20;SRR=28;SSEN=0.315789,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0268424,0.34238;STB=0.545414,0.718604;STBP=0.609,0.181;TYPE=del,snp;VARB=0.037014,-0.00335537;OID=.,.;OPOS=75786895,75786899;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=GTTTT,GTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.252874,0.114943:25,10:88:22,10:87:55:11,7:11,3:24:31:73:48:11,7:14,3:20:28 chr3 75786916 . C A 49.53 PASS AF=0.107143;AO=13;DP=114;FAO=12;FDP=112;FR=.;FRO=100;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=52;FSRR=48;FWDB=-0.00974228;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.047;QD=1.76905;RBI=0.0243236;REFB=-0.00302869;REVB=-0.0222873;RO=101;SAF=8;SAR=5;SRF=52;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123044;STB=0.556961;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0138925;OID=.;OPOS=75786916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:114:112:101:100:13:12:0.107143:5:8:52:49:5:7:52:48 chr3 75786919 . A T 52.69 PASS AF=0.108333;AO=14;DP=120;FAO=13;FDP=120;FR=.;FRO=107;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=58;FSRR=49;FWDB=-0.0060574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.946;QD=1.75633;RBI=0.0196424;REFB=-0.000627401;REVB=-0.018685;RO=106;SAF=9;SAR=5;SRF=57;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131273;STB=0.566825;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00771744;OID=.;OPOS=75786919;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:120:120:106:107:14:13:0.108333:5:9:57:49:5:8:58:49 chr3 75786942 . C A 224.16 PASS AF=0.255814;AO=33;DP=129;FAO=33;FDP=129;FR=.;FRO=96;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=56;FSRR=40;FWDB=-0.0205608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1218;QD=6.95064;RBI=0.0266013;REFB=-0.020866;REVB=0.0168784;RO=96;SAF=13;SAR=20;SRF=56;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231779;STB=0.638806;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0641766;OID=.;OPOS=75786942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:96:96:33:33:0.255814:20:13:56:40:20:13:56:40 chr3 75786965 . C T 368.9 PASS AF=0.345865;AO=45;DP=132;FAO=46;FDP=133;FR=.;FRO=87;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=0.000452121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3162;QD=11.0949;RBI=0.0190038;REFB=-0.0121527;REVB=-0.0189984;RO=84;SAF=28;SAR=17;SRF=41;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154494;STB=0.568545;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0134496;OID=.;OPOS=75786965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:84:87:45:46:0.345865:17:28:41:43:18:28:44:43 chr3 75786991 . C T 380.74 PASS AF=0.330986;AO=46;DP=141;FAO=47;FDP=142;FR=.;FRO=95;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=50;FSRR=45;FWDB=-0.0554766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4169;QD=10.725;RBI=0.0558142;REFB=-0.01223;REVB=0.00612934;RO=95;SAF=30;SAR=16;SRF=50;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15235;STB=0.577606;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0332484;OID=.;OPOS=75786991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:95:95:46:47:0.330986:16:30:50:45:17:30:50:45 chr3 75787015 . C T 96.28 PASS AF=0.143885;AO=20;DP=139;FAO=20;FDP=139;FR=.;FRO=119;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=73;FSRR=46;FWDB=-0.0113828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.395;QD=2.7706;RBI=0.0121384;REFB=-0.00177093;REVB=-0.00421581;RO=119;SAF=11;SAR=9;SRF=73;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822786;STB=0.55542;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0094885;OID=.;OPOS=75787015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:139:139:119:119:20:20:0.143885:9:11:73:46:9:11:73:46 chr3 75787032 . T C 252.17 PASS AF=0.258993;AO=36;DP=139;FAO=36;FDP=139;FR=.;FRO=103;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=63;FSRR=40;FWDB=-0.000183104;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.967;QD=7.25654;RBI=0.00207396;REFB=-0.00669236;REVB=-0.00206586;RO=103;SAF=23;SAR=13;SRF=63;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360089;STB=0.521597;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.030075;OID=.;OPOS=75787032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:103:103:36:36:0.258993:13:23:63:40:13:23:63:40 chr3 75787043 . G A 346.97 PASS AF=0.318841;AO=56;DP=138;FAO=44;FDP=138;FR=.;FRO=94;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=64;FSRR=30;FWDB=0.0293667;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5557;QD=10.0571;RBI=0.0316682;REFB=0.00551256;REVB=-0.0118521;RO=82;SAF=34;SAR=22;SRF=54;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577297;STB=0.594554;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.0108905;OID=.;OPOS=75787043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:82:94:56:44:0.318841:22:34:54:28:20:24:64:30 chr3 75787049 . C A 210.82 PASS AF=0.237037;AO=31;DP=135;FAO=32;FDP=135;FR=.;FRO=103;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=61;FSRR=42;FWDB=-0.00285542;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.348;QD=6.24664;RBI=0.00327993;REFB=-0.00783568;REVB=0.00161387;RO=102;SAF=23;SAR=8;SRF=60;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216756;STB=0.638205;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0322123;OID=.;OPOS=75787049;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:102:103:31:32:0.237037:8:23:60:42:8:24:61:42 chr3 75787057 . G A 610.26 PASS AF=0.559633;AO=56;DP=103;FAO=61;FDP=109;FR=.;FRO=48;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=-0.0147263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.755;QD=22.3948;RBI=0.0641391;REFB=-0.0179259;REVB=0.0624256;RO=45;SAF=38;SAR=18;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110372;STB=0.510779;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0183756;OID=.;OPOS=75787057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:109:45:48:56:61:0.559633:18:38:30:15:23:38:31:17 chr3 75787169 . G A 219.56 PASS AF=0.262295;AO=32;DP=122;FAO=32;FDP=122;FR=.;FRO=90;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=52;FSRR=38;FWDB=-0.010163;FXX=0.0239981;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.002;QD=7.19865;RBI=0.0101725;REFB=0.000206617;REVB=-0.000438326;RO=86;SAF=23;SAR=9;SRF=50;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185662;STB=0.615528;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.000576785;OID=.;OPOS=75787169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:86:90:32:32:0.262295:9:23:50:36:9:23:52:38 chr3 75787186 . C T 207.45 PASS AF=0.258333;AO=30;DP=120;FAO=31;FDP=120;FR=.;FRO=89;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=0.00722097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0207;QD=6.915;RBI=0.0318524;REFB=-0.000633331;REVB=-0.0310231;RO=88;SAF=23;SAR=7;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290238;STB=0.657035;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00203614;OID=.;OPOS=75787186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:88:89:30:31:0.258333:7:23:49:39:8:23:49:40 chr3 75787199 . A C 78.67 PASS AF=0.144144;AO=16;DP=112;FAO=16;FDP=111;FR=.;FRO=95;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=57;FSRR=38;FWDB=-0.0329408;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.129;QD=2.83506;RBI=0.0410381;REFB=-0.00366435;REVB=-0.0244752;RO=94;SAF=11;SAR=5;SRF=56;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124045;STB=0.58169;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0293304;OID=.;OPOS=75787199;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:112:111:94:95:16:16:0.144144:5:11:56:38:5:11:57:38 chr3 75787221 . C T 55.88 PASS AF=0.12766;AO=12;DP=94;FAO=12;FDP=94;FR=.;FRO=82;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=36;FWDB=-0.00971924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1614;QD=2.37791;RBI=0.0762015;REFB=-0.00855518;REVB=-0.0755791;RO=80;SAF=6;SAR=6;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615457;STB=0.553104;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0351866;OID=.;OPOS=75787221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:94:94:80:82:12:12:0.12766:6:6:44:36:6:6:46:36 chr3 75787224 . C G 59.5 PASS AF=0.137931;AO=12;DP=89;FAO=12;FDP=87;FR=.;FRO=75;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=-0.0231394;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.906;QD=2.73561;RBI=0.0277078;REFB=-0.00306899;REVB=-0.0152411;RO=74;SAF=6;SAR=6;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334051;STB=0.517213;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0318995;OID=.;OPOS=75787224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:89:87:74:75:12:12:0.137931:6:6:39:35:6:6:39:36 chr3 75787236 . C T 62.1 PASS AF=0.151899;AO=12;DP=79;FAO=12;FDP=79;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.0173227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.046;QD=3.1445;RBI=0.0182374;REFB=-0.00501978;REVB=0.00570312;RO=67;SAF=6;SAR=6;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00926322;STB=0.506319;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0280289;OID=.;OPOS=75787236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:79:79:67:67:12:12:0.151899:6:6:34:33:6:6:34:33 chr3 75787382 . T C 328.78 PASS AF=0.866667;AO=26;DP=30;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0156472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.862;QD=43.8375;RBI=0.0224415;REFB=-0.0225857;REVB=0.0160868;RO=3;SAF=9;SAR=17;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131958;STB=0.590837;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00208324;OID=.;OPOS=75787382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:30:30:3:4:26:26:0.866667:17:9:3:0:17:9:4:0 chr3 75787424 . C G 47.12 PASS AF=0.150943;AO=8;DP=53;FAO=8;FDP=53;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.00991879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.966;QD=3.55626;RBI=0.045407;REFB=-0.00156642;REVB=-0.0443104;RO=45;SAF=2;SAR=6;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120924;STB=0.585978;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0176667;OID=.;OPOS=75787424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:53:53:45:45:8:8:0.150943:6:2:15:30:6:2:15:30 chr3 75787464 . C T 37.42 PASS AF=0.114286;AO=8;DP=70;FAO=8;FDP=70;FR=.;FRO=62;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=48;FWDB=-0.0561491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.106;QD=2.13848;RBI=0.0597617;REFB=0.00473648;REVB=0.020463;RO=60;SAF=3;SAR=5;SRF=14;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201574;STB=0.65132;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.0203818;OID=.;OPOS=75787464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:70:70:60:62:8:8:0.114286:5:3:14:46:5:3:14:48 chr3 75787486 . C T 63.88 PASS AF=0.16;AO=12;DP=75;FAO=12;FDP=75;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=47;FWDB=-0.016747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.407;QD=3.40672;RBI=0.0178333;REFB=0.00167149;REVB=-0.00612884;RO=62;SAF=6;SAR=6;SRF=16;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314168;STB=0.706381;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.00889052;OID=.;OPOS=75787486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:75:75:62:63:12:12:0.16:6:6:16:46:6:6:16:47 chr3 75787516 . CC GC,GT 39.0 PASS AF=0.045977,0.0689655;AO=4,6;DP=82;FAO=4,6;FDP=87;FR=.;FRO=77;FSAF=2,3;FSAR=2,3;FSRF=24;FSRR=53;FWDB=-0.0138287,-0.0150176;FXX=0.0113623;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=251.055,258.608;QD=1.79319;RBI=0.0236047,0.0243689;REFB=-0.0021134,-0.00196738;REVB=-0.0191298,-0.0191916;RO=72;SAF=2,3;SAR=2,3;SRF=22;SRR=50;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.191805,0.219956;STB=0.678235,0.674188;STBP=0.539,0.456;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0223614,0.0109086;OID=.,.;OPOS=75787516,75787516;OREF=C,CC;OALT=G,GT;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:21:82:87:72:77:4,6:4,6:0.045977,0.0689655:2,3:2,3:22:50:2,3:2,3:24:53 chr3 75787519 . CT AG,CG 93.84 PASS AF=0.117647,0.0823529;AO=10,7;DP=88;FAO=10,7;FDP=85;FR=.;FRO=68;FSAF=5,3;FSAR=5,4;FSRF=19;FSRR=49;FWDB=0.00550004,-0.00843906;FXX=0.034087;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=106.451,156.953;QD=4.41592;RBI=0.0363442,0.0091587;REFB=-0.000297786,-0.00318979;REVB=0.0359257,0.00355867;RO=68;SAF=5,3;SAR=5,4;SRF=19;SRR=49;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.280554,0.187786;STB=0.69198,0.643363;STBP=0.236,0.505;TYPE=mnp,snp;VARB=0.003535,0.0202822;OID=.,.;OPOS=75787519,75787520;OREF=CT,T;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:88:85:68:68:10,7:10,7:0.117647,0.0823529:5,4:5,3:19:49:5,4:5,3:19:49 chr3 75787576 . A G 59.77 PASS AF=0.141176;AO=12;DP=85;FAO=12;FDP=85;FR=.;FRO=73;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=46;FWDB=0.0175959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.43;QD=2.8126;RBI=0.0179194;REFB=-0.00436976;REVB=-0.00338945;RO=73;SAF=5;SAR=7;SRF=27;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606983;STB=0.541854;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0107394;OID=.;OPOS=75787576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:85:85:73:73:12:12:0.141176:7:5:27:46:7:5:27:46 chr3 75787583 . AC GA 52.79 PASS AF=0.134831;AO=7;DP=83;FAO=12;FDP=89;FR=.;FRO=77;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=48;FWDB=0.0195924;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=184.006;QD=2.37249;RBI=0.0262463;REFB=-0.0112055;REVB=-0.0174645;RO=75;SAF=4;SAR=3;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21987;STB=0.536003;STBP=0.825;TYPE=mnp;VARB=0.0671496;OID=.;OPOS=75787583;OREF=AC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:83:89:75:77:7:12:0.134831:3:4:28:47:7:5:29:48 chr3 75787620 . T C 84.88 PASS AF=0.176471;AO=15;DP=85;FAO=15;FDP=85;FR=.;FRO=70;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.0241157;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0725;QD=3.99458;RBI=0.0244351;REFB=-0.00336022;REVB=-0.00393785;RO=70;SAF=6;SAR=9;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369481;STB=0.524239;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0239301;OID=.;OPOS=75787620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:85:85:70:70:15:15:0.176471:9:6:30:40:9:6:30:40 chr3 75787637 . C T 34.33 PASS AF=0.106667;AO=7;DP=74;FAO=8;FDP=75;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.0116122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.354;QD=1.83073;RBI=0.030097;REFB=-0.00995983;REVB=-0.0277666;RO=64;SAF=4;SAR=3;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117072;STB=0.64321;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0536601;OID=.;OPOS=75787637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:74:75:64:67:7:8:0.106667:3:4:30:34:3:5:31:36 chr3 75787679 . T C 31.41 PASS AF=0.101449;AO=7;DP=71;FAO=7;FDP=69;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.00924862;FXX=0.028165;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.573;QD=1.82109;RBI=0.0133899;REFB=-0.00242715;REVB=-0.00968263;RO=62;SAF=5;SAR=2;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249511;STB=0.695633;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0324408;OID=.;OPOS=75787679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:71:69:62:62:7:7:0.101449:2:5:31:31:2:5:31:31 chr3 75787687 . CT CA,TC 40.29 PASS AF=0.121212,0;AO=6,3;DP=66;FAO=8,0;FDP=66;FR=.;FRO=58;FSAF=6,0;FSAR=2,0;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0567087,-0.0502707;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,2;MLLD=61.5759,68.4203;QD=2.44162;RBI=0.0699837,0.0685692;REFB=-0.00982256,-0.00604656;REVB=0.0410102,-0.0466326;RO=47;SAF=4,2;SAR=2,1;SRF=18;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.319279,0.260272;STB=0.760552,0.5;STBP=0.146,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.048171,0.114162;OID=.,.;OPOS=75787688,75787687;OREF=T,CT;OALT=A,TC;OMAPALT=CA,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:66:66:47:58:6,3:8,0:0.121212,0:2,1:4,2:18:29:2,0:6,0:26:32 chr3 75787702 . C G 283.23 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0197442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9013;QD=12.588;RBI=0.06057;REFB=-0.01372;REVB=-0.0572616;RO=55;SAF=13;SAR=20;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185138;STB=0.616552;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0278443;OID=.;OPOS=75787702;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:57:33:33:0.366667:20:13:31:24:20:13:33:24 chr3 75787726 . G A 805.42 PASS AF=0.682692;AO=71;DP=104;FAO=71;FDP=104;FR=.;FRO=33;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00224807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.044;QD=30.9778;RBI=0.00595929;REFB=0.00246424;REVB=-0.005519;RO=33;SAF=32;SAR=39;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703608;STB=0.537879;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00278656;OID=.;OPOS=75787726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:33:33:71:71:0.682692:39:32:11:22:39:32:11:22 chr3 75787728 . C T 235.06 PASS AF=0.301887;AO=31;DP=106;FAO=32;FDP=106;FR=.;FRO=74;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.00930287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2069;QD=8.87008;RBI=0.0275268;REFB=-0.00436922;REVB=-0.0259071;RO=74;SAF=11;SAR=20;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145877;STB=0.594036;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00454862;OID=.;OPOS=75787728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:74:74:31:32:0.301887:20:11:35:39:21:11:35:39 chr3 75787739 . A T 1686.24 PASS AF=0.99115;AO=84;DP=114;FAO=112;FDP=113;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=49;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00413448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.245;QD=59.69;RBI=0.0525537;REFB=0;REVB=0.0523908;RO=0;SAF=48;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00437581;OID=.;OPOS=75787739;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:113:0:0:84:112:0.99115:36:48:0:0:63:49:0:0 chr3 75787770 . C T 35.52 PASS AF=0.0808824;AO=11;DP=136;FAO=11;FDP=136;FR=.;FRO=125;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=57;FSRR=68;FWDB=-0.0225492;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.952;QD=1.04472;RBI=0.027803;REFB=-0.00440894;REVB=-0.0162647;RO=125;SAF=7;SAR=4;SRF=57;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200944;STB=0.662867;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0513541;OID=.;OPOS=75787770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:136:136:125:125:11:11:0.0808824:4:7:57:68:4:7:57:68 chr3 75787794 . A G 760.53 PASS AF=0.487654;AO=79;DP=162;FAO=79;FDP=162;FR=.;FRO=83;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=47;FSRR=36;FWDB=0.00460894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.458;QD=18.7784;RBI=0.0256755;REFB=-0.0247688;REVB=0.0252585;RO=83;SAF=37;SAR=42;SRF=47;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907325;STB=0.550034;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0238038;OID=.;OPOS=75787794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:83:83:79:79:0.487654:42:37:47:36:42:37:47:36 chr3 75787801 . TG CA 198.08 PASS AF=0.203593;AO=33;DP=166;FAO=34;FDP=167;FR=.;FRO=133;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=72;FSRR=61;FWDB=0.00457376;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=191.395;QD=4.74443;RBI=0.00467154;REFB=-0.00542384;REVB=0.000950804;RO=133;SAF=15;SAR=18;SRF=72;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110643;STB=0.556147;STBP=0.482;TYPE=mnp;VARB=0.0198736;OID=.;OPOS=75787801;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:167:133:133:33:34:0.203593:18:15:72:61:18:16:72:61 chr3 75787809 . T C 202.72 PASS AF=0.198864;AO=35;DP=176;FAO=35;FDP=176;FR=.;FRO=141;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=77;FSRR=64;FWDB=-0.00236278;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.793;QD=4.60735;RBI=0.00525441;REFB=-0.00677725;REVB=-0.00469319;RO=139;SAF=18;SAR=17;SRF=75;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324141;STB=0.548255;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0374547;OID=.;OPOS=75787809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:139:141:35:35:0.198864:17:18:75:64:18:17:77:64 chr3 75787812 . C CT 102.63 PASS AF=0.196629;AO=35;DP=180;FAO=35;FDP=178;FR=.;FRO=143;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=79;FSRR=64;FWDB=-0.0320516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.9972;QD=2.3063;RBI=0.102372;REFB=0.00636808;REVB=0.0972249;RO=143;SAF=15;SAR=20;SRF=79;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157745;STB=0.59867;STBP=0.188;TYPE=ins;VARB=-0.0177982;OID=.;OPOS=75787813;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.196629:35:180:35:178:143:15:20:79:64:99:143:15:20:79:64 chr3 75787840 . C A 203.24 PASS AF=0.185567;AO=36;DP=194;FAO=36;FDP=194;FR=.;FRO=158;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=86;FSRR=72;FWDB=-0.000774203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.262;QD=4.1905;RBI=0.00220667;REFB=-0.00182688;REVB=0.0020664;RO=156;SAF=17;SAR=19;SRF=86;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101334;STB=0.558472;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00709375;OID=.;OPOS=75787840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:194:156:158:36:36:0.185567:19:17:86:70:19:17:86:72 chr3 75787863 . AT TA 186.2 PASS AF=0.178947;AO=34;DP=190;FAO=34;FDP=190;FR=.;FRO=156;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=83;FSRR=73;FWDB=-0.0135522;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=202.677;QD=3.91995;RBI=0.0223321;REFB=-0.00846357;REVB=-0.0177499;RO=155;SAF=15;SAR=19;SRF=82;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112609;STB=0.574293;STBP=0.343;TYPE=mnp;VARB=0.030338;OID=.;OPOS=75787863;OREF=AT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:155:156:34:34:0.178947:19:15:82:73:19:15:83:73 chr3 75787869 . CA TG 792.78 PASS AF=0.458564;AO=83;DP=181;FAO=83;FDP=181;FR=.;FRO=98;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=56;FSRR=42;FWDB=-0.00713559;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=134.574;QD=17.52;RBI=0.0294845;REFB=-0.0106396;REVB=-0.0286081;RO=98;SAF=37;SAR=46;SRF=56;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122366;STB=0.56781;STBP=0.099;TYPE=mnp;VARB=0.00931426;OID=.;OPOS=75787869;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:98:98:83:83:0.458564:46:37:56:42:46:37:56:42 chr3 75787876 . G T 792.01 PASS AF=0.471591;AO=82;DP=177;FAO=83;FDP=176;FR=.;FRO=93;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=53;FSRR=40;FWDB=-0.015043;FXX=0.0056494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.35;QD=18.0003;RBI=0.0156062;REFB=-0.0191762;REVB=-0.00415451;RO=93;SAF=39;SAR=43;SRF=53;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.090343;STB=0.552691;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0165895;OID=.;OPOS=75787876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:176:93:93:82:83:0.471591:43:39:53:40:44:39:53:40 chr3 75787880 . A G 32.77 PASS AF=0.0701754;AO=12;DP=170;FAO=12;FDP=171;FR=.;FRO=159;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=85;FSRR=74;FWDB=-0.0160411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.542;QD=0.766465;RBI=0.033025;REFB=-0.000371218;REVB=-0.0288675;RO=157;SAF=5;SAR=7;SRF=85;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135045;STB=0.608517;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00410559;OID=.;OPOS=75787880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:170:171:157:159:12:12:0.0701754:7:5:85:72:7:5:85:74 chr3 75787897 . T C 201.03 PASS AF=0.214286;AO=33;DP=153;FAO=33;FDP=154;FR=.;FRO=121;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=66;FSRR=55;FWDB=-0.000115208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.106;QD=5.22154;RBI=0.00813179;REFB=-0.00383759;REVB=0.00813098;RO=120;SAF=17;SAR=16;SRF=65;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337574;STB=0.523851;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0101389;OID=.;OPOS=75787897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:120:121:33:33:0.214286:16:17:65:55:16:17:66:55 chr3 75787918 . C T 114.54 PASS AF=0.149351;AO=23;DP=154;FAO=23;FDP=154;FR=.;FRO=131;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=68;FSRR=63;FWDB=-0.00653397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.53;QD=2.97497;RBI=0.0130262;REFB=-0.000141955;REVB=-0.0112689;RO=130;SAF=14;SAR=9;SRF=67;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119771;STB=0.577252;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.000925654;OID=.;OPOS=75787918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:130:131:23:23:0.149351:9:14:67:63:9:14:68:63 chr3 75787926 . T C 103.02 PASS AF=0.146853;AO=21;DP=143;FAO=21;FDP=143;FR=.;FRO=122;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=59;FSRR=63;FWDB=0.00365692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.4;QD=2.88176;RBI=0.0199308;REFB=-0.00120286;REVB=0.0195924;RO=116;SAF=13;SAR=8;SRF=56;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17306;STB=0.615633;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0324613;OID=.;OPOS=75787926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:116:122:21:21:0.146853:8:13:56:60:8:13:59:63 chr3 75787927 . A G 369.85 PASS AF=0.323944;AO=44;DP=139;FAO=46;FDP=142;FR=.;FRO=96;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=54;FSRR=42;FWDB=-0.0015014;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.741;QD=10.4184;RBI=0.00271625;REFB=-0.00227544;REVB=-0.00226358;RO=94;SAF=17;SAR=27;SRF=52;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195739;STB=0.630378;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00488592;OID=.;OPOS=75787927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:142:94:96:44:46:0.323944:27:17:52:42:29:17:54:42 chr3 75787949 . C T 570.49 PASS AF=0.495798;AO=56;DP=117;FAO=59;FDP=119;FR=.;FRO=60;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.0106583;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.702;QD=19.1762;RBI=0.0120093;REFB=-0.025903;REVB=-0.00553403;RO=59;SAF=25;SAR=31;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262844;STB=0.503999;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0249288;OID=.;OPOS=75787949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:59:60:56:59:0.495798:31:25:28:31:31:28:28:32 chr3 75787961 . A G 197.66 PASS AF=0.269231;AO=28;DP=104;FAO=28;FDP=104;FR=.;FRO=76;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=38;FWDB=-0.0238432;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.878;QD=7.6023;RBI=0.0245033;REFB=-0.013143;REVB=-0.00564923;RO=73;SAF=12;SAR=16;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622186;STB=0.552449;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0310129;OID=.;OPOS=75787961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:73:76:28:28:0.269231:16:12:35:38:16:12:38:38 chr3 75787996 . C T 39.25 PASS AF=0.121212;AO=8;DP=66;FAO=8;FDP=66;FR=.;FRO=58;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0198844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4341;QD=2.37868;RBI=0.0210727;REFB=0.00186907;REVB=-0.00697625;RO=58;SAF=2;SAR=6;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250914;STB=0.688027;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.0182209;OID=.;OPOS=75787996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:66:66:58:58:8:8:0.121212:6:2:26:32:6:2:26:32 chr3 75788010 . A C 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.981;QD=57.2377;RBI=0.0466206;REFB=0;REVB=0.0129561;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76423e-05;OID=.;OPOS=75788010;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr3 75788023 . C T 256.2 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00955855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.032;QD=17.9789;RBI=0.0446868;REFB=-0.00558832;REVB=-0.0436525;RO=29;SAF=9;SAR=19;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124903;STB=0.570207;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0056883;OID=.;OPOS=75788023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:19:9:13:16:19:9:13:16 chr3 75788028 . G C 135.47 PASS AF=0.354167;AO=16;DP=51;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00598912;FXX=0.0943218;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.149;QD=11.2893;RBI=0.0182822;REFB=-0.00248608;REVB=-0.0172733;RO=30;SAF=5;SAR=11;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181208;STB=0.631417;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0139466;OID=.;OPOS=75788028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:48:30:31:16:17:0.354167:11:5:14:16:12:5:15:16 chr3 75788040 . G A 45.83 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=55;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0257313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.089;QD=3.33294;RBI=0.0272494;REFB=-0.00196567;REVB=-0.00896832;RO=47;SAF=2;SAR=6;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182481;STB=0.631227;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0103829;OID=.;OPOS=75788040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:55:55:47:47:8:8:0.145455:6:2:18:29:6:2:18:29 chr3 75788068 . A C 101.12 PASS AF=0.270833;AO=13;DP=48;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0190169;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.721;QD=8.427;RBI=0.0195529;REFB=-0.016963;REVB=-0.00454694;RO=35;SAF=3;SAR=10;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234474;STB=0.646143;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.071198;OID=.;OPOS=75788068;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:35:35:13:13:0.270833:10:3:14:21:10:3:14:21 chr3 75788076 . A C 304.51 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00454102;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7402;QD=25.916;RBI=0.0385919;REFB=0.0249662;REVB=0.0383238;RO=20;SAF=8;SAR=19;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210324;STB=0.617003;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.0254647;OID=.;OPOS=75788076;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:19:8:11:9:19:8:11:9 chr3 75788115 . G A 178.9 PASS AF=0.353846;AO=22;DP=64;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.00554791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.138;QD=11.009;RBI=0.0162925;REFB=-0.00599209;REVB=0.0153188;RO=41;SAF=10;SAR=12;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225494;STB=0.646476;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0158478;OID=.;OPOS=75788115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:41:42:22:23:0.353846:12:10:27:14:13:10:28:14 chr3 75788130 . C A 127.57 PASS AF=0.28125;AO=18;DP=68;FAO=18;FDP=64;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=0.0110856;FXX=0.0588149;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.693;QD=7.97299;RBI=0.0135607;REFB=-0.00699541;REVB=-0.00781039;RO=46;SAF=5;SAR=13;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431897;STB=0.75806;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0132165;OID=.;OPOS=75788130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:64:46:46:18:18:0.28125:13:5:30:16:13:5:30:16 chr3 75788152 . T C 249.85 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.00420371;FXX=0.0853554;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.575;QD=13.3255;RBI=0.00657107;REFB=0.0057711;REVB=0.00505052;RO=46;SAF=13;SAR=16;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193345;STB=0.61028;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.0109282;OID=.;OPOS=75788152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:75:46:46:29:29:0.386667:16:13:29:17:16:13:29:17 chr3 75788158 . G C 486.12 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00594651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.023;QD=21.368;RBI=0.00942957;REFB=0.001652;REVB=-0.00731818;RO=44;SAF=30;SAR=17;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125743;STB=0.56959;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00273601;OID=.;OPOS=75788158;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:44:47:47:0.516484:17:30:22:22:17:30:22:22 chr3 75788199 . T C 362.66 PASS AF=0.390909;AO=42;DP=111;FAO=43;FDP=110;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=44;FSRR=23;FWDB=0.000528836;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.203;QD=13.1878;RBI=0.0560678;REFB=-0.00831371;REVB=0.0560653;RO=67;SAF=18;SAR=24;SRF=44;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242963;STB=0.642024;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0195134;OID=.;OPOS=75788199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:67:67:42:43:0.390909:24:18:44:23:25:18:44:23 chr3 75788226 . CA AG,GG 450.95 PASS AF=0.398148,0.0740741;AO=41,8;DP=107;FAO=43,8;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=17,6;FSAR=26,2;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.00487725,-0.00687068;FXX=0.0181802;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=239.668,217.634;QD=16.7017;RBI=0.00491431,0.00687808;REFB=-0.0107062,-0.00998323;REVB=-0.000602432,-0.000318981;RO=57;SAF=17,6;SAR=24,2;SRF=36;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.221078,0.161815;STB=0.63292,0.621296;STBP=0.028,0.541;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0269316,0.0069171;OID=.,.;OPOS=75788226,75788226;OREF=CA,CA;OALT=AG,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:57:57:41,8:43,8:0.398148,0.0740741:24,2:17,6:36:21:26,2:17,6:36:21 chr3 75788258 . C A 497.41 PASS AF=0.5;AO=52;DP=104;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.00395815;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.216;QD=19.1311;RBI=0.00949557;REFB=0.000348194;REVB=0.00863128;RO=52;SAF=26;SAR=26;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121868;STB=0.567282;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.000402721;OID=.;OPOS=75788258;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:52:52:52:52:0.5:26:26:33:19:26:26:33:19 chr3 75788281 . T C 471.84 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.0197916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.566;QD=20.9706;RBI=0.0239047;REFB=-6.26178e-05;REVB=0.0134062;RO=44;SAF=26;SAR=20;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177162;STB=0.5098;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.000148791;OID=.;OPOS=75788281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:20:26:24:20:20:26:24:20 chr3 75788291 . AT AA,GA 396.6 PASS AF=0.0952381,0.404762;AO=8,34;DP=84;FAO=8,34;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=7,16;FSAR=1,18;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0206145,0.00573974;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=91.5383,213.722;QD=18.8857;RBI=0.0212076,0.0116686;REFB=0.00411561,0.00080639;REVB=0.0049806,0.0101593;RO=42;SAF=7,16;SAR=1,18;SRF=22;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.470512,-0.0522716;STB=0.834301,0.529394;STBP=0.064,0.677;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0322272,-0.00299105;OID=.,.;OPOS=75788292,75788291;OREF=T,AT;OALT=A,GA;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:84:84:42:42:8,34:8,34:0.0952381,0.404762:1,18:7,16:22:20:1,18:7,16:22:20 chr3 75788316 . C T 210.16 PASS AF=0.382353;AO=25;DP=67;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0300976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1121;QD=12.3623;RBI=0.0641422;REFB=-0.0315535;REVB=0.0566423;RO=42;SAF=13;SAR=12;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217403;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0539446;OID=.;OPOS=75788316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:42:42:25:26:0.382353:12:13:21:21:13:13:21:21 chr3 75790427 . C T 32.26 PASS AF=0.0941176;AO=8;DP=86;FAO=8;FDP=85;FR=.;FRO=77;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=0.0188045;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2404;QD=1.51804;RBI=0.051699;REFB=-0.001066;REVB=-0.0481579;RO=78;SAF=2;SAR=6;SRF=40;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302146;STB=0.744946;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00757798;OID=.;OPOS=75790427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:86:85:78:77:8:8:0.0941176:6:2:40:38:6:2:40:37 chr3 75790444 . G A 438.75 PASS AF=0.463158;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=95;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.00364431;FXX=0.0206164;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.991;QD=18.4737;RBI=0.00480116;REFB=-0.00674305;REVB=0.00312572;RO=48;SAF=26;SAR=18;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163291;STB=0.585771;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00509376;OID=.;OPOS=75790444;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:48:51:44:44:0.463158:18:26:20:28:18:26:22:29 chr3 75790448 . T C 49.38 PASS AF=0.11828;AO=11;DP=90;FAO=11;FDP=93;FR=.;FRO=82;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=-0.032532;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.725;QD=2.12373;RBI=0.0325499;REFB=-0.00172203;REVB=0.00108032;RO=79;SAF=4;SAR=7;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159355;STB=0.631133;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0113733;OID=.;OPOS=75790448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:90:93:79:82:11:11:0.11828:7:4:39:40:7:4:42:40 chr3 75790479 . C T 322.83 PASS AF=0.363636;AO=40;DP=110;FAO=40;FDP=110;FR=.;FRO=70;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.00590348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.731;QD=11.7393;RBI=0.0222589;REFB=-0.0065754;REVB=-0.0214618;RO=69;SAF=14;SAR=26;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131674;STB=0.571665;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0178237;OID=.;OPOS=75790479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:69:70:40:40:0.363636:26:14:32:37:26:14:32:38 chr3 75790513 . T C 1367.51 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294341;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.296;QD=62.1597;RBI=0.0323832;REFB=0;REVB=0.013502;RO=0;SAF=32;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81054e-05;OID=.;OPOS=75790513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:86:88:1:54:32:0:0:55:33:0:0 chr3 75790516 . T A 58.38 PASS AF=0.134831;AO=12;DP=88;FAO=12;FDP=89;FR=.;FRO=77;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=0.0135779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.908;QD=2.62398;RBI=0.0196893;REFB=0.00161767;REVB=0.0142587;RO=74;SAF=5;SAR=7;SRF=26;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854082;STB=0.547867;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.0215529;OID=.;OPOS=75790516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:88:89:74:77:12:12:0.134831:7:5:26:48:7:5:28:49 chr3 75790822 . A G 184.55 PASS AF=0.692308;AO=17;DP=27;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.106176;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.953;QD=28.392;RBI=0.106334;REFB=-0.0627185;REVB=0.00579807;RO=9;SAF=10;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158275;STB=0.610987;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0123243;OID=.;OPOS=75790822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:27:26:9:8:17:18:0.692308:7:10:3:6:7:11:2:6 chr3 75986663 . C A 1103.9 PASS AF=0.413559;AO=105;DP=278;FAO=122;FDP=295;FR=.;FRO=173;FSAF=56;FSAR=66;FSRF=81;FSRR=92;FWDB=0.00747422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.438;QD=14.9681;RBI=0.0451377;REFB=-0.0312488;REVB=0.0445146;RO=172;SAF=53;SAR=52;SRF=81;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372502;STB=0.505421;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0272075;OID=.;OPOS=75986663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:295:172:173:105:122:0.413559:52:53:81:91:66:56:81:92 chr3 75986686 . AT GC,GT 1012.5 PASS AF=0.0403727,0.347826;AO=13,111;DP=323;FAO=13,112;FDP=322;FR=.;FRO=197;FSAF=7,45;FSAR=6,67;FSRF=83;FSRR=114;FWDB=-0.00244554,0.00836761;FXX=0.00923049;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=109.051,55.2402;QD=12.5776;RBI=0.018171,0.0345734;REFB=-0.0161048,-0.0239279;REVB=-0.0180057,-0.0335455;RO=190;SAF=7,44;SAR=6,67;SRF=80;SRR=110;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.124309,-0.0285541;STB=0.608534,0.512886;STBP=0.426,0.728;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0324541,0.0480897;OID=.,.;OPOS=75986686,75986686;OREF=AT,A;OALT=GC,G;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:323:322:190:197:13,111:13,112:0.0403727,0.347826:6,67:7,44:80:110:6,67:7,45:83:114 chr3 75986695 . G A 65.51 PASS AF=0.0760234;AO=26;DP=336;FAO=26;FDP=342;FR=.;FRO=316;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=125;FSRR=191;FWDB=-0.0159992;FXX=0.00291537;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.157;QD=0.76618;RBI=0.02298;REFB=-0.00290867;REVB=-0.0164956;RO=310;SAF=13;SAR=13;SRF=121;SRR=189;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12699;STB=0.59642;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0427942;OID=.;OPOS=75986695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:336:342:310:316:26:26:0.0760234:13:13:121:189:13:13:125:191 chr3 75986717 . G A 408.03 PASS AF=0.2;AO=69;DP=356;FAO=71;FDP=355;FR=.;FRO=284;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=109;FSRR=175;FWDB=0.0043212;FXX=0.00280891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.861;QD=4.59758;RBI=0.00443689;REFB=-0.0101049;REVB=-0.00100661;RO=283;SAF=24;SAR=45;SRF=109;SRR=174;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519787;STB=0.539845;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0442352;OID=.;OPOS=75986717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:356:355:283:284:69:71:0.2:45:24:109:174:47:24:109:175 chr3 75986719 . G C 1030.66 PASS AF=0.362832;AO=122;DP=339;FAO=123;FDP=339;FR=.;FRO=216;FSAF=41;FSAR=82;FSRF=85;FSRR=131;FWDB=0.00166756;FXX=0.0423717;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4861;QD=12.1611;RBI=0.0141217;REFB=-0.0081621;REVB=0.0140229;RO=196;SAF=41;SAR=81;SRF=79;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796191;STB=0.541929;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.012329;OID=.;OPOS=75986719;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:339:339:196:216:122:123:0.362832:81:41:79:117:82:41:85:131 chr3 78700901 . G T 75.01 PASS AF=0.136752;AO=16;DP=116;FAO=16;FDP=117;FR=.;FRO=101;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=58;FSRR=43;FWDB=-0.0180544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.726;QD=2.56435;RBI=0.0517333;REFB=-0.00742698;REVB=-0.0484807;RO=100;SAF=10;SAR=6;SRF=57;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711679;STB=0.545599;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0632491;OID=.;OPOS=78700901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:116:117:100:101:16:16:0.136752:6:10:57:43:6:10:58:43 chr3 80677187 . T C 750.55 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169954;FXX=0.020829;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.451;QD=63.8765;RBI=0.0366808;REFB=0;REVB=-0.032506;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.59592e-05;OID=.;OPOS=80677187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr3 81643167 . T C 781.98 PASS AF=0.921875;AO=56;DP=62;FAO=59;FDP=64;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.018357;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.9551;QD=48.8736;RBI=0.0207703;REFB=0.0590572;REVB=0.00971743;RO=5;SAF=16;SAR=40;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126705;STB=0.56408;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.000933754;OID=.;OPOS=81643167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:62:64:5:5:56:59:0.921875:40:16:5:0:42:17:5:0 chr3 81698130 . T C 37.92 PASS AF=0.127273;AO=7;DP=55;FAO=7;FDP=55;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00496923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.894;QD=2.75786;RBI=0.0084375;REFB=-0.00243009;REVB=0.00681895;RO=48;SAF=1;SAR=6;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477342;STB=0.851613;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0119716;OID=.;OPOS=81698130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:55:55:48:48:7:7:0.127273:6:1:26:22:6:1:26:22 chr3 81810702 . A AG 398.98 PASS AF=1;AO=40;DP=48;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.170939;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.9819;QD=36.271;RBI=0.198581;REFB=0;REVB=0.101067;RO=7;SAF=18;SAR=22;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463068;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00902645;OID=.;OPOS=81810703;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:48:44:44:0:19:25:0:0:8:7:18:22:2:5 chr3 86411485 . A G 365.12 PASS AF=0.75;AO=28;DP=38;FAO=30;FDP=40;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.023984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.984;QD=36.5121;RBI=0.0256573;REFB=-0.0062606;REVB=0.00911394;RO=9;SAF=13;SAR=15;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408776;STB=0.516881;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00147479;OID=.;OPOS=86411485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:38:40:9:10:28:30:0.75:15:13:5:4:17:13:5:5 chr3 86995839 . T TC 227.16 PASS AF=1;AO=20;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.1807;QD=43.2681;RBI=0.153643;REFB=0;REVB=0.0714311;RO=1;SAF=4;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101866;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0131802;OID=.;OPOS=86995840;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:22:21:21:0:4:17:0:0:4:1:4:16:1:0 chr3 87295049 . T C 902.62 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.758;QD=58.2336;RBI=0.0233324;REFB=0;REVB=0.00581318;RO=0;SAF=11;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129007;OID=.;OPOS=87295049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:51:11:0:0:51:11:0:0 chr3 87304561 . G A 547.83 PASS AF=0.818182;AO=45;DP=57;FAO=45;FDP=55;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00973229;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.254;QD=39.8424;RBI=0.0159466;REFB=-0.00801858;REVB=0.0126323;RO=9;SAF=15;SAR=30;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111707;STB=0.552608;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00200952;OID=.;OPOS=87304561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:57:55:9:10:45:45:0.818182:30:15:6:3:30:15:6:4 chr3 87791778 . C T 32.38 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=11;FWDB=-0.0289927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6894;QD=2.64355;RBI=0.0544283;REFB=0.00387237;REVB=-0.0460637;RO=42;SAF=3;SAR=3;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29547;STB=0.713703;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.0417987;OID=.;OPOS=87791778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:42:43:6:6:0.122449:3:3:31:11:3:3:32:11 chr3 88042501 . GTT G,GT 149.85 PASS AF=0,0.911765;AO=4,23;DP=34;FAO=0,31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=0,12;FSAR=0,19;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0453968,-0.0781125;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=9.24154,7.75981;QD=17.6298;RBI=0.0527571,0.0922561;REFB=0.0326146,0.0435993;REVB=0.0268782,0.049088;RO=5;SAF=2,9;SAR=2,14;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0874326,-0.0029907;STB=0.5,0.505007;STBP=1,0.918;TYPE=del,del;VARB=-0.00858375,0.0182141;OID=.,.;OPOS=88042502,88042502;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.911765:4,23:34:0,31:34:3:0,12:0,19:1:2:6:5:2,9:2,14:2:3 chr3 88101694 . G T 54.01 PASS AF=0.0955414;AO=15;DP=157;FAO=15;FDP=157;FR=.;FRO=142;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=64;FSRR=78;FWDB=-0.00328324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.773;QD=1.37599;RBI=0.00377781;REFB=0.0014959;REVB=-0.00186873;RO=137;SAF=6;SAR=9;SRF=63;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0723028;STB=0.546812;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.0511941;OID=.;OPOS=88101694;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:157:157:137:142:15:15:0.0955414:9:6:63:74:9:6:64:78 chr3 88105264 . A C 40.2 PASS AF=0.0916667;AO=11;DP=120;FAO=11;FDP=120;FR=.;FRO=109;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=53;FSRR=56;FWDB=-0.0219842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.491;QD=1.34008;RBI=0.0223677;REFB=0.000861477;REVB=0.00412446;RO=109;SAF=7;SAR=4;SRF=53;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173725;STB=0.636116;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.00954303;OID=.;OPOS=88105264;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:120:120:109:109:11:11:0.0916667:4:7:53:56:4:7:53:56 chr3 88105360 . T C 835.39 PASS AF=0.831169;AO=64;DP=77;FAO=64;FDP=77;FR=.;FRO=13;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0144525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.8164;QD=43.397;RBI=0.0223026;REFB=-0.0366089;REVB=0.0169863;RO=13;SAF=30;SAR=34;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464265;STB=0.524769;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00872128;OID=.;OPOS=88105360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:77:77:13:13:64:64:0.831169:34:30:8:5:34:30:8:5 chr3 88189341 . T C 91.85 PASS AF=0.179775;AO=16;DP=89;FAO=16;FDP=89;FR=.;FRO=73;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.0139872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8439;QD=4.12798;RBI=0.0420828;REFB=-0.0129606;REVB=0.0396903;RO=73;SAF=11;SAR=5;SRF=32;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310626;STB=0.701554;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0157294;OID=.;OPOS=88189341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:89:89:73:73:16:16:0.179775:5:11:32:41:5:11:32:41 chr3 88190768 . C A 40.78 PASS AF=0.126984;AO=8;DP=64;FAO=8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=0.00679587;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.183;QD=2.58946;RBI=0.0178845;REFB=6.23009e-05;REVB=0.016543;RO=56;SAF=4;SAR=4;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151711;STB=0.618767;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.000133262;OID=.;OPOS=88190768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:64:63:56:55:8:8:0.126984:4:4:35:21:4:4:35:20 chr3 88190809 . C T 65.35 PASS AF=0.166667;AO=12;DP=72;FAO=12;FDP=72;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0221947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.264;QD=3.63073;RBI=0.0223201;REFB=-0.00127634;REVB=-0.00236247;RO=59;SAF=7;SAR=5;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304727;STB=0.528254;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00507229;OID=.;OPOS=88190809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:72:72:59:60:12:12:0.166667:5:7:33:26:5:7:33:27 chr3 88192484 . T C 38.55 PASS AF=0.12069;AO=8;DP=58;FAO=7;FDP=58;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=0.00944853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1548;QD=2.65869;RBI=0.0642936;REFB=-0.0059385;REVB=0.0635955;RO=50;SAF=6;SAR=2;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.466669;STB=0.791123;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0203324;OID=.;OPOS=88192484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:58:58:50:51:8:7:0.12069:2:6:17:33:2:5:18:33 chr3 88199298 . T C 49.73 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0604273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.718;QD=4.42064;RBI=0.0607153;REFB=-0.0110107;REVB=-0.00590638;RO=37;SAF=2;SAR=6;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241783;STB=0.666223;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0325423;OID=.;OPOS=88199298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:45:37:37:8:8:0.177778:6:2:16:21:6:2:16:21 chr3 93780109 . G C 52.36 PASS AF=0.157895;AO=9;DP=57;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=-0.00279452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.888;QD=3.67467;RBI=0.0220255;REFB=-0.00614757;REVB=0.0218475;RO=47;SAF=2;SAR=7;SRF=34;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.560789;STB=0.856499;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0297772;OID=.;OPOS=93780109;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:57:57:47:48:9:9:0.157895:7:2:34:13:7:2:34:14 chr3 96327750 . C T 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00279542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.464;QD=23.3999;RBI=0.0440337;REFB=0.0178371;REVB=-0.0439449;RO=3;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212058;STB=0.512165;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.0120763;OID=.;OPOS=96327750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:3:5:2:1:3:5:2:1 chr3 96963004 . C T 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.978;QD=61.6949;RBI=0.0534136;REFB=0;REVB=-0.0462942;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.28947e-05;OID=.;OPOS=96963004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:45:37:0:0:45:37:0:0 chr3 97194242 . C T 869.3 PASS AF=0.797619;AO=67;DP=84;FAO=67;FDP=84;FR=.;FRO=17;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00537276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.363;QD=41.3953;RBI=0.00552373;REFB=-0.0484653;REVB=0.00128259;RO=17;SAF=36;SAR=31;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194202;STB=0.510376;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00555082;OID=.;OPOS=97194242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:17:17:67:67:0.797619:31:36:10:7:31:36:10:7 chr3 97331269 . A C 929.29 PASS AF=0.823529;AO=70;DP=85;FAO=70;FDP=85;FR=.;FRO=15;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0469978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1012;QD=43.7313;RBI=0.091325;REFB=-0.0132512;REVB=0.0783037;RO=15;SAF=36;SAR=34;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598172;STB=0.531891;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00319843;OID=.;OPOS=97331269;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:85:85:15:15:70:70:0.823529:34:36:5:10:34:36:5:10 chr3 97365038 . G A 173.73 PASS AF=0.220472;AO=28;DP=126;FAO=28;FDP=127;FR=.;FRO=99;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=65;FWDB=-0.0114573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.444;QD=5.47168;RBI=0.0154486;REFB=-0.00803162;REVB=-0.0103629;RO=98;SAF=13;SAR=15;SRF=34;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152062;STB=0.595923;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0185392;OID=.;OPOS=97365038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:98:99:28:28:0.220472:15:13:34:64:15:13:34:65 chr3 97365074 . A G 148.24 PASS AF=0.206612;AO=25;DP=121;FAO=25;FDP=121;FR=.;FRO=96;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=62;FWDB=-0.0172153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2464;QD=4.90033;RBI=0.042889;REFB=-0.0139151;REVB=-0.0392823;RO=96;SAF=10;SAR=15;SRF=34;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616731;STB=0.538431;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0547308;OID=.;OPOS=97365074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:96:96:25:25:0.206612:15:10:34:62:15:10:34:62 chr3 97562115 . T C 57.3 PASS AF=0.117647;AO=13;DP=119;FAO=14;FDP=119;FR=.;FRO=105;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=51;FSRR=54;FWDB=0.00572166;FXX=0.00833264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.3969;QD=1.9262;RBI=0.00685505;REFB=-0.00688391;REVB=-0.00377549;RO=98;SAF=7;SAR=6;SRF=49;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468395;STB=0.512587;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0439076;OID=.;OPOS=97562115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:119:119:98:105:13:14:0.117647:6:7:49:49:7:7:51:54 chr3 97591153 . C T 609.25 PASS AF=0.844828;AO=43;DP=59;FAO=49;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0320775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.003;QD=42.0171;RBI=0.0487975;REFB=-0.0368428;REVB=0.0367728;RO=9;SAF=21;SAR=22;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500948;STB=0.527415;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00794647;OID=.;OPOS=97591153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:59:58:9:9:43:49:0.844828:22:21:3:6:24:25:3:6 chr3 97593485 . C T 233.85 PASS AF=0.724138;AO=21;DP=29;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.038368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5911;QD=32.2553;RBI=0.039384;REFB=0.0269859;REVB=-0.0088882;RO=8;SAF=14;SAR=7;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123551;STB=0.567507;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00498511;OID=.;OPOS=97593485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:8:8:21:21:0.724138:7:14:7:1:7:14:7:1 chr3 97607290 . G A 568.08 PASS AF=0.82;AO=41;DP=50;FAO=41;FDP=50;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0354038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.459;QD=45.4467;RBI=0.0356427;REFB=0.00262183;REVB=-0.00411924;RO=9;SAF=19;SAR=22;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309476;STB=0.516626;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.000589306;OID=.;OPOS=97607290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:9:9:41:41:0.82:22:19:5:4:22:19:5:4 chr3 97660084 . C T 480.8 PASS AF=0.875;AO=35;DP=40;FAO=35;FDP=40;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0185396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.028;QD=48.0798;RBI=0.0265218;REFB=-0.087588;REVB=0.0189655;RO=5;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103604;STB=0.555525;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0127707;OID=.;OPOS=97660084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:40:40:5:5:35:35:0.875:20:15:0:5:20:15:0:5 chr3 97664725 . C T 60.89 PASS AF=0.166667;AO=11;DP=66;FAO=11;FDP=66;FR=.;FRO=55;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0774541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.431;QD=3.69023;RBI=0.0780985;REFB=-0.000696659;REVB=-0.0100121;RO=54;SAF=6;SAR=5;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170191;STB=0.604719;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00525416;OID=.;OPOS=97664725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:66:66:54:55:11:11:0.166667:5:6:22:32:5:6:23:32 chr3 97673268 . A C 1473.92 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00238543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.112;QD=63.3945;RBI=0.00805706;REFB=0;REVB=-0.00769584;RO=0;SAF=45;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.39351e-06;OID=.;OPOS=97673268;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:93:0:0:91:93:1:46:45:0:0:46:47:0:0 chr3 97726747 . T A 1540.57 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.209;QD=59.8278;RBI=0.0291579;REFB=0;REVB=0.0256942;RO=0;SAF=48;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53587e-05;OID=.;OPOS=97726747;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:54:48:0:0:54:49:0:0 chr3 97806616 . G A 421.35 PASS AF=0.842105;AO=32;DP=38;FAO=32;FDP=38;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00275731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4428;QD=44.3528;RBI=0.019617;REFB=-0.0831101;REVB=0.0194223;RO=6;SAF=20;SAR=12;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386047;STB=0.52082;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00635291;OID=.;OPOS=97806616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:6:6:32:32:0.842105:12:20:3:3:12:20:3:3 chr3 97851998 . A C 32.45 PASS AF=0.0952381;AO=8;DP=84;FAO=8;FDP=84;FR=.;FRO=76;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=0.0371594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9354;QD=1.54523;RBI=0.0425036;REFB=-0.00308641;REVB=-0.0206334;RO=75;SAF=2;SAR=6;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218142;STB=0.670598;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.027178;OID=.;OPOS=97851998;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:84:84:75:76:8:8:0.0952381:6:2:32:43:6:2:32:44 chr3 97868419 . G A 82.72 PASS AF=0.135338;AO=18;DP=133;FAO=18;FDP=133;FR=.;FRO=115;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=59;FSRR=56;FWDB=-0.000947168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.719;QD=2.48783;RBI=0.0107348;REFB=0.00111269;REVB=-0.0106929;RO=115;SAF=5;SAR=13;SRF=59;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298298;STB=0.706649;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.0137934;OID=.;OPOS=97868419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:133:133:115:115:18:18:0.135338:13:5:59:56:13:5:59:56 chr3 97868616 . C T 49.7 PASS AF=0.11828;AO=11;DP=93;FAO=11;FDP=93;FR=.;FRO=82;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=40;FSRR=42;FWDB=-0.0302639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.2079;QD=2.13775;RBI=0.0347383;REFB=0.00185062;REVB=-0.0170541;RO=81;SAF=8;SAR=3;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286813;STB=0.713891;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.0160375;OID=.;OPOS=97868616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:93:93:81:82:11:11:0.11828:3:8:40:41:3:8:40:42 chr3 97868970 . T A 73.19 PASS AF=0.109827;AO=19;DP=173;FAO=19;FDP=173;FR=.;FRO=154;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=74;FSRR=80;FWDB=0.0178865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8667;QD=1.69223;RBI=0.0186578;REFB=-0.00248413;REVB=-0.0053091;RO=154;SAF=8;SAR=11;SRF=74;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0731426;STB=0.553318;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0229988;OID=.;OPOS=97868970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:173:173:154:154:19:19:0.109827:11:8:74:80:11:8:74:80 chr3 97887985 . T A 30.03 PASS AF=0.107143;AO=6;DP=56;FAO=6;FDP=56;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0156885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.239;QD=2.14521;RBI=0.0195612;REFB=-0.00104276;REVB=-0.0116838;RO=50;SAF=2;SAR=4;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256402;STB=0.697035;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0183804;OID=.;OPOS=97887985;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:56:56:50:50:6:6:0.107143:4:2:28:22:4:2:28:22 chr3 97957349 . G A 64.26 PASS AF=0.173913;AO=10;DP=67;FAO=12;FDP=69;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.000587681;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.252;QD=3.72522;RBI=0.00312991;REFB=-0.00468817;REVB=-0.00307424;RO=57;SAF=2;SAR=8;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.472547;STB=0.709945;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0215157;OID=.;OPOS=97957349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:67:69:57:57:10:12:0.173913:8:2:34:23:8:4:34:23 chr3 97983253 . C T 152.47 PASS AF=0.217391;AO=24;DP=115;FAO=25;FDP=115;FR=.;FRO=90;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=0.000914369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.769;QD=5.30346;RBI=0.0373442;REFB=-0.0028986;REVB=-0.037333;RO=90;SAF=8;SAR=16;SRF=46;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227922;STB=0.652792;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0198534;OID=.;OPOS=97983253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:90:90:24:25:0.217391:16:8:46:44:17:8:46:44 chr3 97983257 . C G 133.19 PASS AF=0.196581;AO=23;DP=118;FAO=23;FDP=117;FR=.;FRO=94;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=49;FSRR=45;FWDB=-0.0143327;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.902;QD=4.55339;RBI=0.0210489;REFB=-0.00984313;REVB=-0.0154152;RO=91;SAF=8;SAR=15;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202356;STB=0.640326;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0187923;OID=.;OPOS=97983257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:91:94:23:23:0.196581:15:8:46:45:15:8:49:45 chr3 97983265 . C A 165.32 PASS AF=0.212598;AO=27;DP=128;FAO=27;FDP=127;FR=.;FRO=100;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=52;FSRR=48;FWDB=-0.00383103;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.717;QD=5.20681;RBI=0.00466258;REFB=-0.0115998;REVB=-0.0026576;RO=101;SAF=8;SAR=19;SRF=52;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282886;STB=0.680055;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0248815;OID=.;OPOS=97983265;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:101:100:27:27:0.212598:19:8:52:49:19:8:52:48 chr3 97983374 . A G 186.75 PASS AF=0.202614;AO=31;DP=153;FAO=31;FDP=153;FR=.;FRO=122;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=68;FSRR=54;FWDB=-0.00729496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.238;QD=4.88233;RBI=0.012969;REFB=-0.00383135;REVB=-0.0107229;RO=122;SAF=18;SAR=13;SRF=68;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302475;STB=0.518921;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.026319;OID=.;OPOS=97983374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:122:122:31:31:0.202614:13:18:68:54:13:18:68:54 chr3 97983391 . C G 166.9 PASS AF=0.1875;AO=30;DP=163;FAO=30;FDP=160;FR=.;FRO=130;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=74;FSRR=56;FWDB=-0.000104744;FXX=0.0184038;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.604;QD=4.17252;RBI=0.00669895;REFB=0.00211383;REVB=0.00669813;RO=132;SAF=18;SAR=12;SRF=73;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615374;STB=0.525756;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.00954866;OID=.;OPOS=97983391;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:160:132:130:30:30:0.1875:12:18:73:59:12:18:74:56 chr3 97983561 . G C 71.3 PASS AF=0.150538;AO=13;DP=92;FAO=14;FDP=93;FR=.;FRO=79;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=35;FWDB=-0.00195019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.041;QD=3.06652;RBI=0.0141098;REFB=-0.00320386;REVB=-0.0139744;RO=79;SAF=7;SAR=6;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231727;STB=0.512482;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0177669;OID=.;OPOS=97983561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:92:93:79:79:13:14:0.150538:6:7:44:35:6:8:44:35 chr3 97983711 . T C 100.53 PASS AF=0.222222;AO=15;DP=71;FAO=16;FDP=72;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=20;FWDB=-0.00203128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.644;QD=5.58502;RBI=0.00394041;REFB=-0.00216574;REVB=0.0033765;RO=56;SAF=6;SAR=9;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295491;STB=0.655749;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0115329;OID=.;OPOS=97983711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:56:56:15:16:0.222222:9:6:36:20:9:7:36:20 chr3 97983942 . A G 62.73 PASS AF=0.123894;AO=14;DP=114;FAO=14;FDP=113;FR=.;FRO=99;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=54;FSRR=45;FWDB=-0.0291363;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.116;QD=2.22061;RBI=0.0324216;REFB=-0.00339637;REVB=-0.014221;RO=97;SAF=9;SAR=5;SRF=54;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109734;STB=0.588107;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0218993;OID=.;OPOS=97983942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:114:113:97:99:14:14:0.123894:5:9:54:43:5:9:54:45 chr3 98002587 . A G 47.33 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=74;FAO=11;FDP=77;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=-0.0078337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.445;QD=2.45883;RBI=0.0171636;REFB=-0.00388877;REVB=0.0152716;RO=66;SAF=4;SAR=4;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107565;STB=0.539497;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0324536;OID=.;OPOS=98002587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:74:77:66:66:8:11:0.142857:4:4:39:27:5:6:39:27 chr3 98216646 . G A 166.43 PASS AF=0.197183;AO=28;DP=142;FAO=28;FDP=142;FR=.;FRO=114;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=59;FSRR=55;FWDB=-0.00126265;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.879;QD=4.68829;RBI=0.0254106;REFB=-0.00529284;REVB=-0.0253793;RO=114;SAF=17;SAR=11;SRF=59;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115712;STB=0.572981;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0245958;OID=.;OPOS=98216646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:114:114:28:28:0.197183:11:17:59:55:11:17:59:55 chr3 98304467 . T C 347.65 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000592505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.054;QD=51.504;RBI=0.0151474;REFB=-0.0672971;REVB=0.0151358;RO=1;SAF=18;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251148;STB=0.513503;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00240349;OID=.;OPOS=98304467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:8:18:1:0:8:18:1:0 chr3 98307696 . T G 74.91 PASS AF=0.128788;AO=17;DP=132;FAO=17;FDP=132;FR=.;FRO=115;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=60;FSRR=55;FWDB=0.0391867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6413;QD=2.27008;RBI=0.0392523;REFB=-0.00468601;REVB=0.0022667;RO=113;SAF=14;SAR=3;SRF=60;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391722;STB=0.784941;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0418994;OID=.;OPOS=98307696;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:132:132:113:115:17:17:0.128788:3:14:60:53:3:14:60:55 chr3 98540982 . A G 350.44 PASS AF=0.8;AO=27;DP=34;FAO=28;FDP=35;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.020084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.097;QD=40.0503;RBI=0.0434241;REFB=-0.0250618;REVB=0.0385004;RO=7;SAF=14;SAR=13;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201016;STB=0.514275;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00579339;OID=.;OPOS=98540982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:35:7:7:27:28:0.8:13:14:4:3:14:14:4:3 chr3 98541012 . G A 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.495;QD=59.4339;RBI=0.0275314;REFB=0;REVB=-0.00750211;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.24722e-05;OID=.;OPOS=98541012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chr3 98541116 . G A 199.71 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0533449;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.073;QD=20.4828;RBI=0.0606318;REFB=-0.0119967;REVB=0.0288189;RO=18;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134987;STB=0.562597;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0101865;OID=.;OPOS=98541116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:19:20:20:0.512821:11:9:11:7:11:9:11:8 chr3 99643176 . C T 1167.07 PASS AF=0.841121;AO=90;DP=107;FAO=90;FDP=107;FR=.;FRO=17;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-3.86242e-07;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.588;QD=43.6287;RBI=0.0116966;REFB=-0.00737118;REVB=-0.0116966;RO=17;SAF=51;SAR=39;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468145;STB=0.524884;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0013393;OID=.;OPOS=99643176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:107:107:17:17:90:90:0.841121:39:51:7:10:39:51:7:10 chr3 99860401 . G A 677.23 PASS AF=0.785714;AO=55;DP=70;FAO=55;FDP=70;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=42;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0181394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5734;QD=38.6988;RBI=0.0208618;REFB=-0.0182043;REVB=-0.0103043;RO=15;SAF=13;SAR=42;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085911;STB=0.546184;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00319644;OID=.;OPOS=99860401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:70:70:15:15:55:55:0.785714:42:13:6:9:42:13:6:9 chr3 100084203 . C G 35.87 PASS AF=0.118644;AO=7;DP=59;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0472951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2966;QD=2.43211;RBI=0.0473986;REFB=-0.00150119;REVB=0.00313122;RO=51;SAF=3;SAR=4;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210022;STB=0.644156;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0210423;OID=.;OPOS=100084203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:59:51:52:7:7:0.118644:4:3:31:20:4:3:31:21 chr3 100170628 . A G 146.42 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0102102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4574;QD=16.7338;RBI=0.0535003;REFB=0.00257119;REVB=0.052517;RO=19;SAF=11;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304499;STB=0.674869;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00114062;OID=.;OPOS=100170628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:5:11:7:12:5:11:7:12 chr3 100170634 . T C 145.08 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0138769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7036;QD=16.1202;RBI=0.015701;REFB=-0.0159657;REVB=0.00734527;RO=20;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282658;STB=0.662913;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0207872;OID=.;OPOS=100170634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:5:11:8:12:5:11:8:12 chr3 100174722 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00111915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.591;QD=62.0215;RBI=0.0369736;REFB=0;REVB=0.0369567;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.83208e-05;OID=.;OPOS=100174722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr3 100506656 . A G 50.59 PASS AF=0.152778;AO=11;DP=72;FAO=11;FDP=72;FR=.;FRO=61;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=43;FSRR=18;FWDB=0.00328006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.1057;QD=2.81058;RBI=0.0112054;REFB=-0.0182963;REVB=-0.0107145;RO=61;SAF=1;SAR=10;SRF=43;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.678092;STB=0.939527;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0939083;OID=.;OPOS=100506656;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:72:72:61:61:11:11:0.152778:10:1:43:18:10:1:43:18 chr3 100535588 . C T 1650.78 PASS AF=0.819355;AO=126;DP=155;FAO=127;FDP=155;FR=.;FRO=28;FSAF=51;FSAR=76;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00398905;FXX=0.0251557;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.43;QD=42.6007;RBI=0.00530832;REFB=-0.0291717;REVB=0.00350225;RO=28;SAF=50;SAR=76;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113233;STB=0.505063;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00668097;OID=.;OPOS=100535588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:28:28:126:127:0.819355:76:50:12:16:76:51:12:16 chr3 100539887 . C T 984.14 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0354549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.268;QD=58.7546;RBI=0.0357359;REFB=0;REVB=0.00447206;RO=0;SAF=24;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.033e-05;OID=.;OPOS=100539887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:42:24:0:0:43:24:0:0 chr3 100558416 . T C 1165.23 PASS AF=0.848485;AO=83;DP=98;FAO=84;FDP=99;FR=.;FRO=15;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0162491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.128;QD=47.0799;RBI=0.0180399;REFB=-0.030787;REVB=0.00783622;RO=15;SAF=36;SAR=47;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675824;STB=0.536434;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00594359;OID=.;OPOS=100558416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:98:99:15:15:83:84:0.848485:47:36:10:5:48:36:10:5 chr3 100558913 . T C 570.62 PASS AF=0.731343;AO=49;DP=67;FAO=49;FDP=67;FR=.;FRO=18;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=1;FWDB=-0.0010406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.679;QD=34.0671;RBI=0.00754637;REFB=0.00439519;REVB=-0.00747428;RO=18;SAF=36;SAR=13;SRF=17;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144726;STB=0.577507;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00201732;OID=.;OPOS=100558913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:18:18:49:49:0.731343:13:36:17:1:13:36:17:1 chr3 100617680 . C T 90.22 PASS AF=0.170213;AO=15;DP=96;FAO=16;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=78;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.0905674;FXX=0.0208312;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.876;QD=3.83909;RBI=0.0907496;REFB=-0.0133239;REVB=0.00574684;RO=64;SAF=5;SAR=10;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360217;STB=0.639709;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.070041;OID=.;OPOS=100617680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:96:94:64:78:15:16:0.170213:10:5:23:41:11:5:37:41 chr3 100712249 . T C 1483.57 PASS AF=0.851562;AO=107;DP=133;FAO=109;FDP=128;FR=.;FRO=19;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0016715;FXX=0.0375912;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.189;QD=46.3616;RBI=0.0278664;REFB=0.0132974;REVB=0.0278162;RO=18;SAF=58;SAR=49;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114878;STB=0.508697;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=-0.00237272;OID=.;OPOS=100712249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:133:128:18:19:107:109:0.851562:49:58:9:9:51:58:9:10 chr3 100963154 . G A 38.08 PASS AF=0.102273;AO=10;DP=88;FAO=9;FDP=88;FR=.;FRO=79;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=46;FSRR=33;FWDB=-0.0149303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.534;QD=1.73097;RBI=0.0156004;REFB=-0.000212874;REVB=-0.00452321;RO=77;SAF=7;SAR=3;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163345;STB=0.580461;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00561571;OID=.;OPOS=100963154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:88:88:77:79:10:9:0.102273:3:7:44:33:3:6:46:33 chr3 101043906 . G A 724.0 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00297181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5815;QD=59.1022;RBI=0.0510921;REFB=0.0118949;REVB=-0.0510056;RO=2;SAF=34;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026866;STB=0.51428;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.00701553;OID=.;OPOS=101043906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:13:34:2:0:13:34:2:0 chr3 101080694 . T C 1274.76 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0317272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.755;QD=59.2912;RBI=0.033711;REFB=-0.0503414;REVB=0.0113936;RO=2;SAF=32;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0055495;STB=0.50293;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.000677132;OID=.;OPOS=101080694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:2:2:84:84:0.976744:52:32:1:1:52:32:1:1 chr3 101085413 . G A 1042.13 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00660534;FXX=0.0266631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.539;QD=57.103;RBI=0.0102927;REFB=-0.0572247;REVB=0.00789358;RO=2;SAF=38;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0018323;STB=0.500969;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00165917;OID=.;OPOS=101085413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:2:2:71:71:0.972603:33:38:1:1:33:38:1:1 chr3 101219889 . G C 501.66 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.908;QD=59.0182;RBI=0.0532905;REFB=0;REVB=0.0520921;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18621e-05;OID=.;OPOS=101219889;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:11:22:0:0:12:22:0:0 chr3 101221069 . T C 904.86 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0574092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7392;QD=56.5537;RBI=0.0743283;REFB=-0.0176077;REVB=-0.0472109;RO=1;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012593;STB=0.506665;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000309457;OID=.;OPOS=101221069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:37:26:0:1:37:26:0:1 chr3 101231921 . T C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.094;QD=58.7817;RBI=0.02367;REFB=0;REVB=0.0147021;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.35364e-06;OID=.;OPOS=101231921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:26:39:0:0:26:39:0:0 chr3 101334753 . C A 554.64 PASS AF=0.95;AO=37;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00124494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.841;QD=55.4639;RBI=0.00139005;REFB=-0.0488969;REVB=0.000618358;RO=2;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066731;STB=0.535695;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0065004;OID=.;OPOS=101334753;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:37:38:0.95:13:24:0:2:13:25:0:2 chr3 101484335 . G A 1517.41 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0406478;FXX=0.010203;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.923;QD=62.5738;RBI=0.0406596;REFB=-0.108201;REVB=-0.000980421;RO=1;SAF=42;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870172;STB=0.504586;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000867655;OID=.;OPOS=101484335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:54:42:0:1:54:42:0:1 chr3 101571550 . A G 39.31 PASS AF=0.134615;AO=7;DP=52;FAO=7;FDP=52;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=8.61174e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.931;QD=3.02414;RBI=0.000725808;REFB=-0.00459577;REVB=-0.000720681;RO=44;SAF=2;SAR=5;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104992;STB=0.569413;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0285607;OID=.;OPOS=101571550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:52:52:44:45:7:7:0.134615:5:2:16:28:5:2:16:29 chr3 101576027 . GGT ACC,GGTACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC 156.5 PASS AF=0.0740741,0.62963;AO=2,13;DP=30;FAO=2,17;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=2,8;FSAR=0,9;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.000458635,-0.000630668;FXX=0.0999667;HRUN=2,1;LEN=3,23;MLLD=161.42,361.048;QD=23.1846;RBI=0.0122988,0.0100877;REFB=-0.028281,-0.0339461;REVB=-0.0122902,-0.0100679;RO=12;SAF=2,4;SAR=0,9;SRF=11;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.440425,-0.480084;STB=0.990954,0.627764;STBP=0.498,0.099;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0365104,0.00314671;OID=.,.;OPOS=101576027,101576030;OREF=GGT,-;OALT=ACC,ACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC;OMAPALT=ACC,GGTACTTTTAGAAAGCTTTAATAACC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:56:30:27:12:8:2,13:2,17:0.0740741,0.62963:0,9:2,4:11:1:0,9:2,8:7:1 chr3 101576175 . T C 80.15 PASS AF=0.137097;AO=18;DP=124;FAO=17;FDP=124;FR=.;FRO=107;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=49;FSRR=58;FWDB=-0.016212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7016;QD=2.58537;RBI=0.0165487;REFB=-0.00194375;REVB=0.00332138;RO=106;SAF=10;SAR=8;SRF=48;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128753;STB=0.561365;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00824182;OID=.;OPOS=101576175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:124:124:106:107:18:17:0.137097:8:10:48:58:8:9:49:58 chr3 103879569 . G A 2541.1 PASS AF=0.787402;AO=191;DP=245;FAO=200;FDP=254;FR=.;FRO=54;FSAF=87;FSAR=113;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0570195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.145;QD=40.0174;RBI=0.0574704;REFB=-0.0555238;REVB=-0.00718531;RO=52;SAF=81;SAR=110;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00750702;STB=0.506037;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0126311;OID=.;OPOS=103879569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:245:254:52:54:191:200:0.787402:110:81:23:29:113:87:25:29 chr3 103879598 . AT A,AA 795.09 PASS AF=0.423077,0.278846;AO=18,47;DP=110;FAO=44,29;FDP=104;FR=.;FRO=31;FSAF=20,9;FSAR=24,20;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0252438,0.0260959;FXX=0.0630574;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=186.796,188.104;QD=30.5804;RBI=0.0285798,0.0282699;REFB=-0.0359883,-0.0322571;REVB=0.0133997,0.0108716;RO=42;SAF=1,18;SAR=17,29;SRF=18;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.618899,-0.0407945;STB=0.541853,0.526297;STBP=0.433,0.78;TYPE=del,snp;VARB=0.0367626,0.0313722;OID=.,.;OPOS=103879599,103879599;OREF=T,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423077,0.278846:18,47:110:44,29:104:31:20,9:24,20:11:20:99:42:1,18:17,29:18:24 chr3 105260596 . T C 544.69 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00575055;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.239;QD=60.5209;RBI=0.00642148;REFB=0;REVB=0.00285772;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034211;OID=.;OPOS=105260596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:35:36:1:24:11:0:0:24:12:0:0 chr3 105294502 . G A 615.63 PASS AF=0.679487;AO=53;DP=79;FAO=53;FDP=78;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=38;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00819192;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.04;QD=31.5707;RBI=0.0110519;REFB=-0.0121688;REVB=0.00741866;RO=25;SAF=15;SAR=38;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108395;STB=0.5588;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00591632;OID=.;OPOS=105294502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:25:25:53:53:0.679487:38:15:11:14:38:15:11:14 chr3 105421034 . C T 71.14 PASS AF=0.128;AO=16;DP=125;FAO=16;FDP=125;FR=.;FRO=109;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=57;FSRR=52;FWDB=-0.0508657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.902;QD=2.2766;RBI=0.0508975;REFB=-0.00830867;REVB=-0.00179921;RO=108;SAF=8;SAR=8;SRF=57;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345072;STB=0.519975;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0494224;OID=.;OPOS=105421034;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:125:125:108:109:16:16:0.128:8:8:57:51:8:8:57:52 chr3 105422844 . C T 1222.43 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=83;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00028096;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.0824;QD=59.631;RBI=0.0434231;REFB=-0.118957;REVB=-0.0434222;RO=2;SAF=42;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220101;STB=0.505746;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.000801225;OID=.;OPOS=105422844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:82:2:1:80:81:0.987805:38:42:2:0:38:43:1:0 chr3 106617500 . C T 417.89 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0664286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.21;QD=55.7184;RBI=0.0668614;REFB=0;REVB=0.00759532;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390372;OID=.;OPOS=106617500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:28:30:1:14:14:0:0:14:16:0:0 chr3 107096581 . A G 625.51 PASS AF=0.847458;AO=50;DP=59;FAO=50;FDP=59;FR=.;FRO=9;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0201642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.167;QD=42.4078;RBI=0.0335843;REFB=-0.0815532;REVB=0.0268573;RO=8;SAF=24;SAR=26;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00516936;STB=0.511529;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0114897;OID=.;OPOS=107096581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:59:59:8:9:50:50:0.847458:26:24:4:4:26:24:5:4 chr3 107097346 . C A 85.32 PASS AF=0.123457;AO=20;DP=162;FAO=20;FDP=162;FR=.;FRO=142;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=65;FSRR=77;FWDB=0.027585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5348;QD=2.10667;RBI=0.0389976;REFB=-0.00297736;REVB=-0.0275659;RO=141;SAF=12;SAR=8;SRF=65;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172106;STB=0.62335;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0224043;OID=.;OPOS=107097346;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:162:162:141:142:20:20:0.123457:8:12:65:76:8:12:65:77 chr3 107646728 . G A 302.52 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.143;QD=52.6116;RBI=0.0424585;REFB=0;REVB=0.0407046;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258121;OID=.;OPOS=107646728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:11:11:0:0:12:11:0:0 chr3 107646807 . G T 582.41 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0199958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.569;QD=58.2409;RBI=0.0202683;REFB=0.0318111;REVB=0.00331232;RO=1;SAF=23;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199479;STB=0.510633;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.000111308;OID=.;OPOS=107646807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:16:23:1:0:16:23:1:0 chr3 107646895 . T C 513.91 PASS AF=0.880952;AO=37;DP=42;FAO=37;FDP=42;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0175198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6188;QD=48.9437;RBI=0.0413509;REFB=-0.0261189;REVB=-0.037456;RO=5;SAF=14;SAR=23;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00509219;STB=0.502731;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0194158;OID=.;OPOS=107646895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:42:42:5:5:37:37:0.880952:23:14:2:3:23:14:2:3 chr3 107764851 . C T 345.7 PASS AF=0.870968;AO=27;DP=31;FAO=27;FDP=31;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0102346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.853;QD=44.6071;RBI=0.0135792;REFB=-0.00408001;REVB=0.00892451;RO=4;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115798;STB=0.562455;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.000937196;OID=.;OPOS=107764851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:31:31:4:4:27:27:0.870968:14:13:0:4:14:13:0:4 chr3 107765249 . T C 868.16 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00556518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.029;QD=57.8776;RBI=0.00769767;REFB=0;REVB=-0.00531817;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43323e-06;OID=.;OPOS=107765249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr3 107765392 . G A 375.23 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0983264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.1026;QD=55.5891;RBI=0.101594;REFB=0;REVB=0.025557;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00295671;OID=.;OPOS=107765392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr3 107884269 . A G 747.06 PASS AF=0.808219;AO=59;DP=73;FAO=59;FDP=73;FR=.;FRO=14;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.000871778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.033;QD=40.9349;RBI=0.00390142;REFB=-0.0330177;REVB=0.00380277;RO=14;SAF=26;SAR=33;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00440478;STB=0.502355;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00876375;OID=.;OPOS=107884269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:73:73:14:14:59:59:0.808219:33:26:6:8:33:26:6:8 chr3 107937408 . C T 486.03 PASS AF=0.755102;AO=37;DP=49;FAO=37;FDP=49;FR=.;FRO=12;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00144703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.493;QD=39.676;RBI=0.00184536;REFB=0.0215021;REVB=0.00114519;RO=12;SAF=20;SAR=17;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195408;STB=0.510562;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.00878378;OID=.;OPOS=107937408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:12:12:37:37:0.755102:17:20:7:5:17:20:7:5 chr3 108072298 . T C 622.31 PASS AF=0.787879;AO=51;DP=66;FAO=52;FDP=66;FR=.;FRO=14;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.009619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.881;QD=37.7159;RBI=0.0261538;REFB=-0.00663542;REVB=0.0243207;RO=14;SAF=31;SAR=20;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107787;STB=0.558765;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00253811;OID=.;OPOS=108072298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:66:66:14:14:51:52:0.787879:20:31:12:2:21:31:12:2 chr3 108081217 . C A 335.91 PASS AF=0.736842;AO=24;DP=34;FAO=28;FDP=38;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00635936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.886;QD=35.3592;RBI=0.0376702;REFB=0.0070001;REVB=0.0371295;RO=9;SAF=19;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158932;STB=0.523288;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.00236368;OID=.;OPOS=108081217;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:34:38:9:10:24:28:0.736842:5:19:5:4:9:19:6:4 chr3 108096098 . C G 988.75 PASS AF=0.8875;AO=71;DP=83;FAO=71;FDP=80;FR=.;FRO=9;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0092653;FXX=0.0361402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.046;QD=49.4373;RBI=0.0101508;REFB=-0.00491648;REVB=-0.00414655;RO=8;SAF=36;SAR=35;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490015;STB=0.51953;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000560455;OID=.;OPOS=108096098;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:83:80:8:9:71:71:0.8875:35:36:2:6:35:36:3:6 chr3 108135680 . C T 43.9 PASS AF=0.11236;AO=10;DP=88;FAO=10;FDP=89;FR=.;FRO=79;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=52;FSRR=27;FWDB=-0.0167671;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.727;QD=1.97306;RBI=0.0212926;REFB=-0.0083799;REVB=-0.0131239;RO=78;SAF=3;SAR=7;SRF=52;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419108;STB=0.790053;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0608366;OID=.;OPOS=108135680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:88:89:78:79:10:10:0.11236:7:3:52:26:7:3:52:27 chr3 108159977 . G A 94.6 PASS AF=0.202532;AO=15;DP=78;FAO=16;FDP=79;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.00157448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8379;QD=4.79004;RBI=0.0225501;REFB=-0.0084658;REVB=0.0224951;RO=63;SAF=9;SAR=6;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11626;STB=0.594735;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.051944;OID=.;OPOS=108159977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:78:79:63:63:15:16:0.202532:6:9:32:31:6:10:32:31 chr3 108298260 . C T 34.44 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00129747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.793;QD=4.30446;RBI=0.010653;REFB=-0.00553268;REVB=-0.0105737;RO=26;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35227;STB=0.749064;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0215161;OID=.;OPOS=108298260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:5:1:11:15:5:1:11:15 chr3 108403086 . T C 1463.72 PASS AF=0.990099;AO=89;DP=91;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0322202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.712;QD=57.969;RBI=0.035408;REFB=-0.121555;REVB=0.0146829;RO=2;SAF=44;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210524;STB=0.504853;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.000426049;OID=.;OPOS=108403086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:101:2:1:89:100:0.990099:45:44:2:0:49:51:1:0 chr3 108557820 . T C 715.43 PASS AF=0.981481;AO=50;DP=51;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00704304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.529;QD=52.995;RBI=0.0112134;REFB=-0.0909326;REVB=0.00872554;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5102;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00117556;OID=.;OPOS=108557820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:54:0:1:50:53:0.981481:22:28:0:0:24:29:0:1 chr3 108703587 . C T 923.24 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00957823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6405;QD=56.8146;RBI=0.0125479;REFB=0.0311308;REVB=-0.00810603;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.508769;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00965362;OID=.;OPOS=108703587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:65:0:1:63:64:0.984615:36:27:0:0:36:28:1:0 chr3 108754238 . A T 1054.15 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000778207;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.901;QD=56.9811;RBI=0.00722195;REFB=0.0864367;REVB=0.0071799;RO=1;SAF=29;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160282;STB=0.516662;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.000252742;OID=.;OPOS=108754238;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:1:2:72:72:0.972973:43:29:1:0:43:29:2:0 chr3 108867128 . A G 937.11 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0560014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8515;QD=58.569;RBI=0.0734333;REFB=0;REVB=-0.0475004;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111428;OID=.;OPOS=108867128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:37:27:0:0:37:27:0:0 chr3 109052732 . T C 964.44 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00215066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.053;QD=56.7316;RBI=0.0141818;REFB=-0.0497531;REVB=0.0140177;RO=2;SAF=46;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201005;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.60291e-05;OID=.;OPOS=109052732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:68:68:2:0:66:68:1:20:46:2:0:20:48:0:0 chr3 109178707 . C G 564.83 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0238444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.236;QD=57.931;RBI=0.0275495;REFB=0.0348599;REVB=0.0137993;RO=1;SAF=28;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164445;STB=0.508767;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-2.5879e-05;OID=.;OPOS=109178707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:39:39:1:1:38:38:0.974359:10:28:1:0:10:28:1:0 chr3 109178758 . C T 501.21 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000648817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9303;QD=57.2815;RBI=0.138598;REFB=0;REVB=0.138596;RO=0;SAF=25;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115855;OID=.;OPOS=109178758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:33:35:1:8:25:0:0:9:26:0:0 chr3 109321666 . TG T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00259897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.906;QD=23.2183;RBI=0.00902941;REFB=-0.0798412;REVB=-0.00864729;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=del;VARB=0.00847602;OID=.;OPOS=109321667;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:5:6:5:6:1:4:1:1:0:6:1:4:1:1:0 chr3 110611137 . G A 474.57 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0730315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4618;QD=57.5231;RBI=0.0777144;REFB=0;REVB=0.0265693;RO=0;SAF=24;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000610291;OID=.;OPOS=110611137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:7:24:0:0:9:24:0:0 chr3 110611200 . A AT 470.0 PASS AF=1;AO=5;DP=40;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140331;FXX=0.0256345;HRUN=0;LEN=1;MLLD=66.1127;QD=49.4734;RBI=0.140859;REFB=0;REVB=0.0121787;RO=35;SAF=0;SAR=5;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.68047;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00209606;OID=.;OPOS=110611201;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:40:38:38:0:21:17:0:0:3:35:0:5:22:13 chr3 110611201 . C T 448.7 PASS AF=0.868421;AO=32;DP=39;FAO=33;FDP=38;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0300447;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9885;QD=47.232;RBI=0.0501831;REFB=-0.0906671;REVB=0.0401953;RO=5;SAF=20;SAR=12;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110237;STB=0.554616;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00582626;OID=.;OPOS=110611201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:39:38:5:5:32:33:0.868421:12:20:1:4:13:20:1:4 chr3 110790879 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.034;QD=33.4285;RBI=0.034748;REFB=0;REVB=0.0319811;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392284;OID=.;OPOS=110790879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr3 110863855 . A C 173.71 PASS AF=0.263158;AO=18;DP=96;FAO=25;FDP=95;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=70;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=0.00910433;FXX=0.0206164;HRUN=8;LEN=1;MLLD=169.497;QD=7.31392;RBI=0.00915712;REFB=0.000183646;REVB=-0.000981904;RO=47;SAF=5;SAR=13;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195115;STB=0.588953;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.000633441;OID=.;OPOS=110863855;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:47:70:18:25:0.263158:13:5:20:27:18:7:27:43 chr3 111356083 . G C 2300.41 PASS AF=0.993197;AO=111;DP=150;FAO=146;FDP=147;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=69;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0841139;FXX=0.0199987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2455;QD=62.5961;RBI=0.0841209;REFB=0;REVB=-0.001083;RO=0;SAF=47;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00894604;OID=.;OPOS=111356083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:150:147:0:0:111:146:0.993197:64:47:0:0:77:69:0:0 chr3 111604541 . G C 622.96 PASS AF=0.90566;AO=48;DP=53;FAO=48;FDP=53;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.01306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.451;QD=47.016;RBI=0.0159471;REFB=0.0156364;REVB=-0.00915129;RO=5;SAF=15;SAR=33;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133614;STB=0.571398;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.000328688;OID=.;OPOS=111604541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:53:53:5:5:48:48:0.90566:33:15:5:0:33:15:5:0 chr3 111677526 . G A 936.55 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.604;QD=58.5343;RBI=0.0364177;REFB=0;REVB=-0.0307864;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.35133e-05;OID=.;OPOS=111677526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:32:30:0:0:32:32:0:0 chr3 111694438 . T C 1077.11 PASS AF=0.986486;AO=71;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.037816;FXX=0.0512755;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6471;QD=58.2221;RBI=0.0397433;REFB=-0.0528061;REVB=0.0122261;RO=1;SAF=33;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141139;STB=0.50704;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00514711;OID=.;OPOS=111694438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:71:73:0.986486:38:33:1:0:38:35:1:0 chr3 111719786 . A T 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.017801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.283;QD=3.54005;RBI=0.0208615;REFB=0.000134485;REVB=-0.0108778;RO=32;SAF=3;SAR=3;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371121;STB=0.526228;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=-0.000984763;OID=.;OPOS=111719786;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:32:32:6:6:0.157895:3:3:15:17:3:3:15:17 chr3 111760771 . A G 945.79 PASS AF=0.970588;AO=65;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00445464;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.427;QD=55.6349;RBI=0.00827471;REFB=0.0207034;REVB=0.00697331;RO=3;SAF=35;SAR=30;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171527;STB=0.500894;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.000176159;OID=.;OPOS=111760771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:3:2:65:66:0.970588:30:35:1:2:31:35:1:1 chr3 111765834 . G A 473.04 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0260018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.394;QD=55.6518;RBI=0.0267776;REFB=-0.187993;REVB=0.00639872;RO=1;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239419;STB=0.512188;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00196444;OID=.;OPOS=111765834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:1:1:32:33:0.970588:19:13:0:1:20:13:0:1 chr3 111799845 . A T 2972.94 PASS AF=1;AO=187;DP=187;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=96;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0461195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3137;QD=63.254;RBI=0.0539588;REFB=0;REVB=-0.0280098;RO=0;SAF=95;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134065;OID=.;OPOS=111799845;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:187:188:0:0:187:188:1:92:95:0:0:92:96:0:0 chr3 111828384 . G GT 41.65 PASS AF=0.208333;AO=17;DP=78;FAO=15;FDP=72;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.00452313;FXX=0.0270234;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.1132;QD=2.31384;RBI=0.00777926;REFB=-0.0200598;REVB=0.00632915;RO=58;SAF=5;SAR=12;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244151;STB=0.675003;STBP=0.145;TYPE=ins;VARB=-0.0295896;OID=.;OPOS=111828385;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.208333:17:78:15:72:57:4:11:27:30:41:58:5:12:28:30 chr3 111828423 . G A 1044.3 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.541;QD=59.6742;RBI=0.0442092;REFB=0;REVB=0.0157609;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.80738e-05;OID=.;OPOS=111828423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:41:29:0:0:41:29:0:0 chr3 111898387 . A G 78.95 PASS AF=0.179487;AO=14;DP=78;FAO=14;FDP=78;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=21;FWDB=0.00176193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.653;QD=4.0486;RBI=0.00590506;REFB=-0.00217531;REVB=0.00563608;RO=62;SAF=8;SAR=6;SRF=42;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140717;STB=0.58609;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0153517;OID=.;OPOS=111898387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:78:78:62:64:14:14:0.179487:6:8:42:20:6:8:43:21 chr3 111918216 . A G 1030.35 PASS AF=1;AO=57;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00014165;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=117.994;QD=56.4574;RBI=0.028848;REFB=0;REVB=0.0288476;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251262;OID=.;OPOS=111918216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:57:73:1:25:32:0:0:40:33:0:0 chr3 111921225 . G T 425.72 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.613;QD=56.7624;RBI=0.0238966;REFB=0;REVB=0.0155969;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25012e-05;OID=.;OPOS=111921225;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:17:11:0:0:17:13:0:0 chr3 111923123 . G A 716.6 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00138774;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.87;QD=62.3131;RBI=0.0288874;REFB=0;REVB=0.028854;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013088;OID=.;OPOS=111923123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:23:22:0:0:23:23:0:0 chr3 111981849 . C T 498.65 PASS AF=0.76;AO=37;DP=50;FAO=38;FDP=50;FR=.;FRO=12;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0751638;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.2223;QD=39.8922;RBI=0.0807354;REFB=-0.0467633;REVB=0.0294722;RO=12;SAF=20;SAR=17;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964137;STB=0.548362;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0157076;OID=.;OPOS=111981849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:50:50:12:12:37:38:0.76:17:20:9:3:17:21:9:3 chr3 111981878 . T C 438.32 PASS AF=0.755556;AO=34;DP=44;FAO=34;FDP=45;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0377733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.897;QD=38.9617;RBI=0.042179;REFB=-0.0201364;REVB=0.0187682;RO=9;SAF=19;SAR=15;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00128327;STB=0.519296;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00703004;OID=.;OPOS=111981878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:44:45:9:11:34:34:0.755556:15:19:5:4:15:19:7:4 chr3 111981924 . T C 236.49 PASS AF=0.75;AO=21;DP=28;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0215156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.959;QD=33.7837;RBI=0.0215158;REFB=-0.0158362;REVB=-7.44357e-05;RO=7;SAF=12;SAR=9;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00256986;OID=.;OPOS=111981924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:7:7:21:21:0.75:9:12:4:3:9:12:4:3 chr3 111993831 . G A 328.82 PASS AF=0.866667;AO=26;DP=30;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0471708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.464;QD=43.8422;RBI=0.0474807;REFB=-0.0107937;REVB=0.0054163;RO=4;SAF=7;SAR=19;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00603969;STB=0.503266;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00201582;OID=.;OPOS=111993831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:30:30:4:4:26:26:0.866667:19:7:1:3:19:7:1:3 chr3 112059768 . C G 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.61;QD=60.2286;RBI=0.0305359;REFB=0;REVB=0.00416547;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132385;OID=.;OPOS=112059768;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr3 112081560 . T TTA 480.41 PASS AF=0.788462;AO=36;DP=82;FAO=41;FDP=52;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0311449;FXX=0.0714158;HRUN=3;LEN=2;MLLD=192.112;QD=36.9547;RBI=0.0677868;REFB=-0.0977222;REVB=0.0602083;RO=43;SAF=13;SAR=23;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115276;STB=0.526141;STBP=0.495;TYPE=ins;VARB=0.0252571;OID=.;OPOS=112081561;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.788462:36:82:41:52:11:14:27:5:6:66:43:13:23:11:32 chr3 112184772 . A G 509.96 PASS AF=0.77551;AO=38;DP=50;FAO=38;FDP=49;FR=.;FRO=11;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0249009;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.009;QD=41.6291;RBI=0.0250577;REFB=-0.0205002;REVB=0.00279827;RO=11;SAF=27;SAR=11;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368192;STB=0.519887;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00799131;OID=.;OPOS=112184772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:50:49:11:11:38:38:0.77551:11:27:7:4:11:27:7:4 chr3 112185025 . G A 50.62 PASS AF=0.109091;AO=12;DP=110;FAO=12;FDP=110;FR=.;FRO=98;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=51;FSRR=47;FWDB=-0.0154335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.196;QD=1.84065;RBI=0.0155096;REFB=-0.0030438;REVB=-0.00153425;RO=98;SAF=6;SAR=6;SRF=51;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245074;STB=0.518152;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0310986;OID=.;OPOS=112185025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:110:110:98:98:12:12:0.109091:6:6:51:47:6:6:51:47 chr3 112190137 . G T 997.77 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139626;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.007;QD=59.5686;RBI=0.0521219;REFB=0;REVB=0.0502169;RO=0;SAF=17;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.21173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101811;OID=.;OPOS=112190137;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:49:17:0:0:50:17:0:0 chr3 112256630 . A G 454.62 PASS AF=0.795455;AO=34;DP=43;FAO=35;FDP=44;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0400478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.34;QD=41.3288;RBI=0.0401883;REFB=-0.0173719;REVB=0.00335817;RO=9;SAF=18;SAR=16;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11857;STB=0.559552;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00509987;OID=.;OPOS=112256630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:44:9:9:34:35:0.795455:16:18:2:7:17:18:2:7 chr3 112299732 . A G 380.24 PASS AF=0.704545;AO=31;DP=44;FAO=31;FDP=44;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0268403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4834;QD=34.5673;RBI=0.0284544;REFB=-0.000812727;REVB=-0.00944726;RO=13;SAF=14;SAR=17;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036819;STB=0.520047;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00125275;OID=.;OPOS=112299732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:13:13:31:31:0.704545:17:14:5:8:17:14:5:8 chr3 112642568 . C A,G 1493.35 PASS AF=0.047619,0.952381;AO=5,99;DP=105;FAO=5,100;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=0,57;FSAR=5,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00267504,-0.0108432;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=94.6894,64.6568;QD=56.8893;RBI=0.00366877,0.0342055;REFB=-0.0913464,-0.0902417;REVB=0.00251078,0.0324414;RO=1;SAF=0,57;SAR=5,42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0111598;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.160561,0.00535617;OID=.,.;OPOS=112642568,112642568;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:105:105:1:0:5,99:5,100:0.047619,0.952381:5,42:0,57:0:1:5,43:0,57:0:0 chr3 112642572 . T C 947.24 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.106768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.169;QD=55.7202;RBI=0.131876;REFB=-0.107355;REVB=0.0774075;RO=1;SAF=21;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103857;STB=0.510866;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00104155;OID=.;OPOS=112642572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:68:68:1:2:66:66:0.970588:45:21:0:1:45:21:0:2 chr3 112643403 . G T 161.81 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0030393;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.829;QD=46.2299;RBI=0.0270463;REFB=0;REVB=0.026875;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95573e-05;OID=.;OPOS=112643403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr3 112643952 . C T 728.94 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.345;QD=57.1715;RBI=0.0141162;REFB=0;REVB=0.00971929;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.45863e-07;OID=.;OPOS=112643952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr3 112647832 . A C 754.05 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0721301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4976;QD=55.8554;RBI=0.0822809;REFB=0;REVB=0.0395904;RO=1;SAF=32;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144976;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000711215;OID=.;OPOS=112647832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:1:0:53:54:1:21:32:1:0:21:33:0:0 chr3 112647988 . C T 854.12 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00108763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.352;QD=56.0077;RBI=0.0083464;REFB=-0.0439926;REVB=0.00827523;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00217045;OID=.;OPOS=112647988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:32:28:0:0:32:28:0:1 chr3 112648125 . G T 1481.16 PASS AF=1;AO=100;DP=103;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00594655;FXX=0.0194156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.586;QD=58.6597;RBI=0.0367646;REFB=-0.0940064;REVB=0.0362805;RO=1;SAF=38;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00759066;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283008;OID=.;OPOS=112648125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:103:101:1:0:100:101:1:62:38:0:1:63:38:0:0 chr3 112648127 . T G 1476.06 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.142471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.74;QD=59.6387;RBI=0.196561;REFB=0;REVB=0.135419;RO=0;SAF=39;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350326;OID=.;OPOS=112648127;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:60:39:0:0:60:39:0:0 chr3 112648222 . T C 1735.58 PASS AF=0.991379;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0793898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1568;QD=59.8476;RBI=0.0810108;REFB=-0.119658;REVB=0.0161248;RO=1;SAF=36;SAR=78;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013006;STB=0.506848;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00245431;OID=.;OPOS=112648222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:115:116:1:1:114:115:0.991379:78:36:1:0:79:36:1:0 chr3 113010466 . T C 2320.51 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.716;QD=61.066;RBI=0.015119;REFB=0;REVB=0.0112185;RO=0;SAF=71;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43083e-05;OID=.;OPOS=113010466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:152:0:0:152:152:1:81:71:0:0:81:71:0:0 chr3 113022870 . T C 1168.67 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163707;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1124;QD=60.7103;RBI=0.0225725;REFB=0;REVB=0.0155409;RO=0;SAF=26;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013653;OID=.;OPOS=113022870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:75:77:1:49:26:0:0:49:28:0:0 chr3 113145006 . C T 835.2 PASS AF=0.898551;AO=62;DP=69;FAO=62;FDP=69;FR=.;FRO=7;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0118197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.961;QD=48.4172;RBI=0.0243376;REFB=-0.0315659;REVB=0.0212747;RO=7;SAF=31;SAR=31;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136266;STB=0.507244;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00381478;OID=.;OPOS=113145006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:69:69:7:7:62:62:0.898551:31:31:3:4:31:31:3:4 chr3 113146130 . T C 654.2 PASS AF=0.83871;AO=52;DP=63;FAO=52;FDP=62;FR=.;FRO=10;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.000397263;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.881;QD=42.2063;RBI=0.0160717;REFB=-0.00552612;REVB=0.0160668;RO=10;SAF=27;SAR=25;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359575;STB=0.519223;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000877964;OID=.;OPOS=113146130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:63:62:10:10:52:52:0.83871:25:27:4:6:25:27:4:6 chr3 113164109 . A G 154.55 PASS AF=0.695652;AO=15;DP=22;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0556426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.6115;QD=26.8774;RBI=0.104066;REFB=-0.127862;REVB=0.087941;RO=7;SAF=8;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14036;STB=0.565137;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0592991;OID=.;OPOS=113164109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:22:23:7:7:15:16:0.695652:7:8:2:5:8:8:2:5 chr3 113233563 . C T 147.48 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0605394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.6144;QD=36.8696;RBI=0.0987258;REFB=0.0687181;REVB=0.0779857;RO=2;SAF=13;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065028;STB=0.535665;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.00586765;OID=.;OPOS=113233563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:14:14:0.875:1:13:2:0:1:13:2:0 chr3 113286405 . C T 764.91 PASS AF=0.810811;AO=59;DP=75;FAO=60;FDP=74;FR=.;FRO=14;FSAF=43;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00190613;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.029;QD=41.3466;RBI=0.00771879;REFB=-0.019329;REVB=0.00747974;RO=13;SAF=43;SAR=16;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780485;STB=0.548336;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00169936;OID=.;OPOS=113286405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:75:74:13:14:59:60:0.810811:16:43:7:6:17:43:7:7 chr3 113367340 . T C 91.61 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0556112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.3798;QD=8.93776;RBI=0.0629404;REFB=-0.016033;REVB=-0.029477;RO=29;SAF=5;SAR=7;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045013;STB=0.527381;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0385288;OID=.;OPOS=113367340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:41:41:29:29:12:12:0.292683:7:5:11:18:7:5:11:18 chr3 113371382 . AG A 95.72 PASS AF=0.25;AO=10;DP=51;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.011076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.189;QD=7.36303;RBI=0.0159235;REFB=-0.00414513;REVB=-0.0114402;RO=39;SAF=2;SAR=8;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269512;STB=0.638067;STBP=0.301;TYPE=del;VARB=0.0115872;OID=.;OPOS=113371383;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:10:51:13:52:39:3:10:15:24:95:39:2:8:15:24 chr3 113373797 . A G 35.84 PASS AF=0.118644;AO=7;DP=60;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.00607492;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.968;QD=2.42968;RBI=0.00622527;REFB=-0.00472044;REVB=-0.0013599;RO=52;SAF=5;SAR=2;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27621;STB=0.692508;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0229158;OID=.;OPOS=113373797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:60:59:52:52:7:7:0.118644:2:5:25:27:2:5:26:26 chr3 113373930 . A G 785.11 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1295;QD=57.0987;RBI=0.0353102;REFB=0;REVB=0.00709147;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000449137;OID=.;OPOS=113373930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr3 113374097 . G A 48.92 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=29;FWDB=-0.0387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.515;QD=4.16349;RBI=0.0388149;REFB=-0.00185902;REVB=0.00298404;RO=37;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417003;STB=0.779929;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00611783;OID=.;OPOS=113374097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:47:47:37:39:8:8:0.170213:3:5:10:27:3:5:10:29 chr3 113380232 . G A 50.77 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00366665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4979;QD=5.20728;RBI=0.0372074;REFB=-0.00308215;REVB=0.0370263;RO=31;SAF=2;SAR=6;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262664;STB=0.675589;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00361147;OID=.;OPOS=113380232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:31:31:8:8:0.205128:6:2:14:17:6:2:14:17 chr3 113557787 . AGCC A 344.65 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128841;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=3;MLLD=327.587;QD=55.1444;RBI=0.0135114;REFB=0;REVB=0.00406931;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=1.27665e-05;OID=.;OPOS=113557788;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:26:25:25:0:18:7:0:0:4:0:18:7:0:0 chr3 113655207 . C T 630.9 PASS AF=0.736111;AO=53;DP=72;FAO=53;FDP=72;FR=.;FRO=19;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0245821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7636;QD=35.0499;RBI=0.0326776;REFB=0.00285748;REVB=-0.0215301;RO=19;SAF=24;SAR=29;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361967;STB=0.519487;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.0011645;OID=.;OPOS=113655207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:19:19:53:53:0.736111:29:24:10:9:29:24:10:9 chr3 113673125 . A G 546.05 PASS AF=0.8;AO=40;DP=50;FAO=40;FDP=50;FR=.;FRO=10;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0171268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1465;QD=43.6838;RBI=0.034408;REFB=0.0126726;REVB=-0.0298426;RO=10;SAF=26;SAR=14;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205572;STB=0.511056;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.00761351;OID=.;OPOS=113673125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:10:10:40:40:0.8:14:26:7:3:14:26:7:3 chr3 113801826 . C T 706.82 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.455;QD=62.8281;RBI=0.0498621;REFB=0;REVB=0.0275624;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100074;OID=.;OPOS=113801826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:25:19:0:0:26:19:0:0 chr3 113858350 . C T 1540.78 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0096429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.173;QD=58.6964;RBI=0.0192681;REFB=0;REVB=0.0166815;RO=0;SAF=49;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000951273;OID=.;OPOS=113858350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:98:105:0:0:98:105:1:49:49:0:0:51:54:0:0 chr3 113890815 . C T 902.53 PASS AF=0.85;AO=67;DP=80;FAO=68;FDP=80;FR=.;FRO=12;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0103623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.202;QD=45.1267;RBI=0.0123406;REFB=0.0142352;REVB=0.00670184;RO=12;SAF=27;SAR=40;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711218;STB=0.53845;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00366115;OID=.;OPOS=113890815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:80:80:12:12:67:68:0.85:40:27:2:10:40:28:2:10 chr3 113955164 . T G 454.06 PASS AF=0.853659;AO=32;DP=38;FAO=35;FDP=41;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0122794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.927;QD=44.2987;RBI=0.0306627;REFB=-0.00720268;REVB=0.0280966;RO=6;SAF=8;SAR=24;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319312;STB=0.521223;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00163019;OID=.;OPOS=113955164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:41:6:6:32:35:0.853659:24:8:2:4:27:8:2:4 chr3 113955265 . G A 1095.95 PASS AF=0.824742;AO=80;DP=97;FAO=80;FDP=97;FR=.;FRO=17;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0168051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.745;QD=45.194;RBI=0.0211797;REFB=-0.00423822;REVB=0.0128906;RO=17;SAF=29;SAR=51;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05835;STB=0.531097;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.000686139;OID=.;OPOS=113955265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:97:97:17:17:80:80:0.824742:51:29:9:8:51:29:9:8 chr3 113955320 . C T 639.51 PASS AF=0.771429;AO=52;DP=68;FAO=54;FDP=70;FR=.;FRO=16;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0108241;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9685;QD=36.5432;RBI=0.0113115;REFB=-0.00243523;REVB=0.00328459;RO=15;SAF=25;SAR=27;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219257;STB=0.522791;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00296038;OID=.;OPOS=113955320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:15:16:52:54:0.771429:27:25:8:7:29:25:9:7 chr3 113955820 . G C 983.06 PASS AF=0.829545;AO=73;DP=89;FAO=73;FDP=88;FR=.;FRO=15;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.00304105;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.986;QD=44.6844;RBI=0.00603643;REFB=-0.0222931;REVB=0.00521445;RO=15;SAF=33;SAR=40;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132085;STB=0.570347;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00344409;OID=.;OPOS=113955820;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:89:88:15:15:73:73:0.829545:40:33:13:2:40:33:13:2 chr3 115440074 . C CCT 260.48 PASS AF=0.766667;AO=19;DP=35;FAO=23;FDP=30;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.013708;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=104.844;QD=34.731;RBI=0.155833;REFB=-0.0267332;REVB=0.155229;RO=14;SAF=17;SAR=2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341512;STB=0.581332;STBP=0.243;TYPE=ins;VARB=0.019954;OID=.;OPOS=115440075;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.766667:19:35:23:30:7:18:5:7:0:43:14:17:2:9:5 chr3 116301660 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.409;QD=40.762;RBI=0.0737289;REFB=0;REVB=-0.0546215;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.99991e-05;OID=.;OPOS=116301660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr3 116683964 . G C 4735.64 PASS AF=1;AO=304;DP=309;FAO=305;FDP=305;FR=.;FRO=0;FSAF=144;FSAR=161;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00405427;FXX=0.0129446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.803;QD=62.1068;RBI=0.0253666;REFB=-0.0117089;REVB=0.0250405;RO=2;SAF=144;SAR=160;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00592426;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21714e-05;OID=.;OPOS=116683964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:309:305:2:0:304:305:1:160:144:0:2:161:144:0:0 chr3 118381320 . C A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.986;QD=44.6898;RBI=0.0654202;REFB=0;REVB=0.056275;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522104;OID=.;OPOS=118381320;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr3 118649060 . G T 891.85 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.028409;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.44;QD=56.6251;RBI=0.0318823;REFB=-0.0567441;REVB=0.0144711;RO=1;SAF=30;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154778;STB=0.508194;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000192594;OID=.;OPOS=118649060;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:63:1:1:62:62:0.984127:32:30:1:0:32:30:1:0 chr3 118824042 . A ATTC 464.4 PASS AF=0.78;AO=36;DP=51;FAO=39;FDP=50;FR=.;FRO=11;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00789953;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=3;MLLD=228.244;QD=37.1517;RBI=0.00816879;REFB=-0.0290489;REVB=0.00208001;RO=14;SAF=19;SAR=17;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226276;STB=0.507183;STBP=0.849;TYPE=ins;VARB=0.00724088;OID=.;OPOS=118824043;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=ATTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.78:36:51:39:50:11:20:19:6:5:78:14:19:17:8:6 chr3 118865970 . G A 257.75 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=34;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0147059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.131;QD=30.3236;RBI=0.0718448;REFB=-0.00235337;REVB=-0.0703236;RO=10;SAF=16;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120362;STB=0.554864;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00123856;OID=.;OPOS=118865970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:10:11:23:23:0.676471:7:16:5:5:7:16:6:5 chr3 118878789 . C T 438.45 PASS AF=0.825;AO=33;DP=41;FAO=33;FDP=40;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0092794;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.034;QD=43.8451;RBI=0.00953285;REFB=0.0120281;REVB=-0.00218353;RO=7;SAF=16;SAR=17;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743292;STB=0.540067;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.00248947;OID=.;OPOS=118878789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:41:40:7:7:33:33:0.825:17:16:5:2:17:16:5:2 chr3 118945796 . G C 106.42 PASS AF=0.17094;AO=20;DP=117;FAO=20;FDP=117;FR=.;FRO=97;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=48;FSRR=49;FWDB=-0.0221789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.337;QD=3.63835;RBI=0.0261615;REFB=-0.00381669;REVB=0.0138751;RO=97;SAF=5;SAR=15;SRF=48;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323008;STB=0.712783;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.025025;OID=.;OPOS=118945796;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:97:97:20:20:0.17094:15:5:48:49:15:5:48:49 chr3 119118103 . TA CG,TG 219.15 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=2,15;DP=18;FAO=2,16;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2,9;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571905,0.0662257;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=69.6106,109.571;QD=48.6995;RBI=0.129593,0.135143;REFB=0,0;REVB=0.116291,0.117804;RO=0;SAF=2,8;SAR=0,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0382517,0.00479361;OID=.,.;OPOS=119118103,119118104;OREF=TA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:18:18:0:0:2,15:2,16:0.111111,0.888889:0,7:2,8:0:0:0,7:2,9:0:0 chr3 119133183 . G A 386.65 PASS AF=0.878788;AO=29;DP=33;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0120389;FXX=0.0571265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.58;QD=46.8667;RBI=0.0464596;REFB=-0.000388964;REVB=0.0448727;RO=4;SAF=14;SAR=15;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060003;STB=0.532337;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.000587786;OID=.;OPOS=119133183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:33:33:4:4:29:29:0.878788:15:14:3:1:15:14:3:1 chr3 119197285 . A G 1477.0 PASS AF=0.990196;AO=99;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00475641;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3416;QD=57.9217;RBI=0.0159843;REFB=-0.104593;REVB=0.0152602;RO=2;SAF=46;SAR=53;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175617;STB=0.504586;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.00133138;OID=.;OPOS=119197285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:2:1:99:101:0.990196:53:46:0:2:54:47:0:1 chr3 119263680 . C T 724.12 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0149079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.544;QD=54.6503;RBI=0.0150609;REFB=0.0128863;REVB=-0.00214125;RO=1;SAF=11;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408952;STB=0.521731;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=7.21334e-05;OID=.;OPOS=119263680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:41:11:1:0:41:11:1:0 chr3 119305169 . G A 564.86 PASS AF=0.869565;AO=40;DP=46;FAO=40;FDP=46;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0144522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.72;QD=49.1179;RBI=0.0374303;REFB=-0.020656;REVB=0.0345277;RO=6;SAF=15;SAR=25;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115153;STB=0.561766;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00227572;OID=.;OPOS=119305169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:6:6:40:40:0.869565:25:15:5:1:25:15:5:1 chr3 119305379 . T A 51.66 PASS AF=0.144928;AO=10;DP=69;FAO=10;FDP=69;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.0106867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.63;QD=2.99451;RBI=0.0206295;REFB=-0.0132968;REVB=-0.0176457;RO=58;SAF=6;SAR=4;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246041;STB=0.673829;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0723843;OID=.;OPOS=119305379;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:69:69:58:59:10:10:0.144928:4:6:23:35:4:6:23:36 chr3 119327653 . T C 1108.17 PASS AF=0.8;AO=87;DP=109;FAO=88;FDP=110;FR=.;FRO=22;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.000191276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.684;QD=40.297;RBI=0.0576679;REFB=-0.0117836;REVB=0.0576676;RO=21;SAF=41;SAR=46;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050672;STB=0.529797;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0027939;OID=.;OPOS=119327653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:21:22:87:88:0.8:46:41:7:14:47:41:7:15 chr3 119331874 . C T 468.8 PASS AF=0.853659;AO=35;DP=41;FAO=35;FDP=41;FR=.;FRO=6;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00718737;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.302;QD=45.7367;RBI=0.0123477;REFB=-0.0334779;REVB=0.0100403;RO=6;SAF=18;SAR=17;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871693;STB=0.546827;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0107973;OID=.;OPOS=119331874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:6:6:35:35:0.853659:17:18:5:1:17:18:5:1 chr3 119331892 . C G 546.59 PASS AF=0.866667;AO=39;DP=45;FAO=39;FDP=45;FR=.;FRO=6;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0305911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.734;QD=48.5855;RBI=0.0769651;REFB=-0.0153338;REVB=-0.0706245;RO=6;SAF=21;SAR=18;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742454;STB=0.539772;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00412213;OID=.;OPOS=119331892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:6:6:39:39:0.866667:18:21:5:1:18:21:5:1 chr3 119338956 . A G 1543.28 PASS AF=1;AO=101;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013955;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.264;QD=59.933;RBI=0.017867;REFB=0;REVB=0.0111573;RO=0;SAF=41;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.85907e-05;OID=.;OPOS=119338956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:101:103:1:60:41:0:0:60:43:0:0 chr3 119361415 . A G 100.48 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0423139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.4695;QD=8.73739;RBI=0.0659316;REFB=-0.0250172;REVB=-0.050562;RO=31;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906472;STB=0.540476;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0568815;OID=.;OPOS=119361415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:31:33:13:13:0.282609:10:3:9:22:10:3:9:24 chr3 119367390 . T C 873.1 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00758417;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.323;QD=58.2065;RBI=0.0264957;REFB=0;REVB=0.025387;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230934;OID=.;OPOS=119367390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:22:38:0:0:22:38:0:0 chr3 119378872 . G A 77.04 PASS AF=0.119205;AO=18;DP=151;FAO=18;FDP=151;FR=.;FRO=133;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=62;FSRR=71;FWDB=-0.0101461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2094;QD=2.04089;RBI=0.0174732;REFB=-0.000887292;REVB=0.0142256;RO=131;SAF=7;SAR=11;SRF=62;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105777;STB=0.569314;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00742585;OID=.;OPOS=119378872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:151:151:131:133:18:18:0.119205:11:7:62:69:11:7:62:71 chr3 119395662 . C G 1125.01 PASS AF=0.771186;AO=90;DP=118;FAO=91;FDP=118;FR=.;FRO=27;FSAF=54;FSAR=37;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00309646;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3896;QD=38.1359;RBI=0.0339926;REFB=0.00084185;REVB=0.0338513;RO=26;SAF=53;SAR=37;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.028327;STB=0.517479;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.000532487;OID=.;OPOS=119395662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:26:27:90:91:0.771186:37:53:17:9:37:54:18:9 chr3 119395799 . A C 184.23 PASS AF=0.228346;AO=27;DP=125;FAO=29;FDP=127;FR=.;FRO=98;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=52;FWDB=0.0132623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.059;QD=5.80263;RBI=0.0168531;REFB=-0.0112609;REVB=-0.0103989;RO=95;SAF=15;SAR=12;SRF=44;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116146;STB=0.58996;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0301272;OID=.;OPOS=119395799;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:95:98:27:29:0.228346:12:15:44:51:12:17:46:52 chr3 119426307 . T C 409.41 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0533457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.372;QD=56.4706;RBI=0.068836;REFB=0;REVB=0.0435044;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.35685e-05;OID=.;OPOS=119426307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:27:29:1:16:11:0:0:17:12:0:0 chr3 119434527 . G C 1749.43 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.869;QD=60.8497;RBI=0.0335274;REFB=0;REVB=0.00885564;RO=0;SAF=65;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44017e-05;OID=.;OPOS=119434527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:50:65:0:0:50:65:0:0 chr3 119533910 . T C 1216.7 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00759083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1336;QD=60.835;RBI=0.00937732;REFB=0;REVB=0.00550576;RO=0;SAF=47;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171743;OID=.;OPOS=119533910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:32:47:0:0:33:47:0:0 chr3 119886548 . G C 313.29 PASS AF=0.764706;AO=26;DP=34;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0337938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4705;QD=36.8579;RBI=0.0344292;REFB=-0.042651;REVB=0.00658408;RO=8;SAF=11;SAR=15;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135317;STB=0.573406;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.013336;OID=.;OPOS=119886548;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:8:8:26:26:0.764706:15:11:1:7:15:11:1:7 chr3 119886776 . T A 856.77 PASS AF=0.804878;AO=64;DP=82;FAO=66;FDP=82;FR=.;FRO=16;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00603621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.418;QD=41.7937;RBI=0.0191158;REFB=-0.0262906;REVB=0.0181377;RO=16;SAF=35;SAR=29;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00589972;STB=0.506308;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00652044;OID=.;OPOS=119886776;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:82:82:16:16:64:66:0.804878:29:35:9:7:31:35:9:7 chr3 120973818 . A T 537.59 PASS AF=0.830189;AO=44;DP=54;FAO=44;FDP=53;FR=.;FRO=9;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.057103;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.975;QD=40.5725;RBI=0.0593856;REFB=-0.0170723;REVB=-0.0163064;RO=10;SAF=21;SAR=23;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614766;STB=0.524537;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00396147;OID=.;OPOS=120973818;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:54:53:10:9:44:44:0.830189:23:21:3:7:23:21:3:6 chr3 121137976 . C T 791.78 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0168089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.217;QD=53.6802;RBI=0.0262244;REFB=-0.00266861;REVB=0.0201292;RO=2;SAF=28;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000560599;STB=0.500297;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.000221361;OID=.;OPOS=121137976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:29:28:1:1:29:28:1:1 chr3 121138015 . C T 771.33 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00706737;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.218;QD=57.1352;RBI=0.0158189;REFB=0;REVB=0.0141524;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000290782;OID=.;OPOS=121138015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr3 121143384 . C CT 1235.95 PASS AF=1;AO=106;DP=133;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109703;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=16.0752;QD=40.1936;RBI=0.0704497;REFB=-0.000825209;REVB=-0.0695903;RO=21;SAF=44;SAR=62;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108962;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00121627;OID=.;OPOS=121143385;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:106:133:123:123:0:56:67:0:0:22:21:44:62:16:5 chr3 121154974 . T C 1670.33 PASS AF=0.991304;AO=112;DP=118;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=77;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0479557;FXX=0.0254216;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.113;QD=58.0984;RBI=0.0479729;REFB=-0.12401;REVB=-0.00128491;RO=1;SAF=75;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00628918;STB=0.506665;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00161843;OID=.;OPOS=121154974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:118:115:1:1:112:114:0.991304:37:75:1:0:37:77:0:1 chr3 121207488 . TAAAAAAAG TAAAAAAG,TAAAAAAGA,TTAAAAAAAAG 117.56 PASS AF=0.733333,0,0.233333;AO=8,2,3;DP=26;FAO=22,0,7;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=11,0,2;FSAR=11,0,5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.332872,0.0110798,0.0269616;FXX=0;HRUN=7,7,6;LEN=1,2,2;MLLD=8.39606,19.2536,16.0454;QD=15.6752;RBI=0.454961,0.14999,0.192597;REFB=0.00425076,-0.0186957,-0.12975;REVB=-0.310138,-0.14958,0.190701;RO=9;SAF=0,2,1;SAR=8,0,2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.788558,0.565098,-0.23456;STB=0.521719,0.5,0.54533;STBP=0.51,1,0.649;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0.106649,0.0566752,0.16662;OID=.,.,.;OPOS=121207489,121207495,121207489;OREF=A,AG,-;OALT=-,GA,TA;OMAPALT=TAAAAAAG,TAAAAAAGA,TTAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.733333,0,0.233333:8,2,3:26:22,0,7:30:1:11,0,2:11,0,5:0:1:30:9:0,2,1:8,0,2:5:4 chr3 121208176 . T C 646.37 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4292;QD=60.1272;RBI=0.0767782;REFB=0;REVB=0.070793;RO=1;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170712;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00666927;OID=.;OPOS=121208176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:43:43:1:0:42:43:1:27:15:0:1:28:15:0:0 chr3 121208833 . G C 569.63 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00684894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.907;QD=59.9606;RBI=0.0122881;REFB=0;REVB=0.0102024;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240405;OID=.;OPOS=121208833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:20:17:0:0:21:17:0:0 chr3 121238749 . G A 785.08 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0078633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.621;QD=57.0965;RBI=0.107846;REFB=0;REVB=-0.107559;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000475808;OID=.;OPOS=121238749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr3 121251868 . A C 313.44 PASS AF=0.675;AO=26;DP=39;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.00612836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.405;QD=31.3437;RBI=0.00907584;REFB=-0.0107143;REVB=0.00669433;RO=13;SAF=14;SAR=12;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191885;STB=0.597633;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00490562;OID=.;OPOS=121251868;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:13:13:26:27:0.675:12:14:11:2:12:15:11:2 chr3 121263720 . C A,T 945.73 PASS AF=0.970149,0.0149254;AO=63,3;DP=67;FAO=65,1;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=31,1;FSAR=34,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0344444,-0.0103363;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=62.4934,177.36;QD=56.4616;RBI=0.0602301,0.0296104;REFB=-0.0713872,0.0384795;REVB=0.0494089,-0.0277477;RO=0;SAF=31,1;SAR=32,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.507244,0.989913;STBP=0.521,0.496;TYPE=snp,snp;VARB=0.0145276,0.0418837;OID=.,.;OPOS=121263720,121263720;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:67:67:0:1:63,3:65,1:0.970149,0.0149254:32,2:31,1:0:0:34,0:31,1:0:1 chr3 121350966 . C G 179.78 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649577;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.199;QD=47.9425;RBI=0.111358;REFB=0;REVB=0.0904489;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00231985;OID=.;OPOS=121350966;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr3 121353254 . T C 296.65 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00709787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.028;QD=51.5919;RBI=0.0266;REFB=0;REVB=0.0256355;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131757;OID=.;OPOS=121353254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:15:7:0:0:16:7:0:0 chr3 121361787 . G A 542.76 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00768105;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6547;QD=60.3066;RBI=0.0160385;REFB=0;REVB=0.0140795;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157256;OID=.;OPOS=121361787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:35:36:1:21:14:0:0:21:15:0:0 chr3 121372875 . A G 207.08 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3637;QD=48.724;RBI=0.0259041;REFB=0;REVB=0.00144459;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102007;OID=.;OPOS=121372875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr3 121373111 . T C 211.98 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00822109;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.982;QD=49.877;RBI=0.0574371;REFB=0;REVB=0.0568457;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000730487;OID=.;OPOS=121373111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr3 121412892 . A G 39.27 PASS AF=0.121212;AO=7;DP=65;FAO=8;FDP=66;FR=.;FRO=58;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.00187377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.108;QD=2.38027;RBI=0.0201159;REFB=-0.00420656;REVB=0.0200285;RO=58;SAF=2;SAR=5;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197717;STB=0.566238;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0152558;OID=.;OPOS=121412892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:65:66:58:58:7:8:0.121212:5:2:26:32:5:3:26:32 chr3 121435621 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00448454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4573;QD=35.5748;RBI=0.00488143;REFB=0;REVB=-0.00192802;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020983;OID=.;OPOS=121435621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr3 121435624 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.056;QD=35.5759;RBI=0.104185;REFB=0;REVB=-0.102574;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00174668;OID=.;OPOS=121435624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr3 121526204 . G A 50.59 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0678859;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7086;QD=4.59866;RBI=0.0821687;REFB=-0.00159479;REVB=-0.0462947;RO=36;SAF=4;SAR=4;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675238;STB=0.545342;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=-6.61639e-05;OID=.;OPOS=121526204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:45:44:36:36:8:8:0.181818:4:4:20:16:4:4:20:16 chr3 121563355 . T C 961.48 PASS AF=0.818182;AO=72;DP=89;FAO=72;FDP=88;FR=.;FRO=16;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0170385;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4737;QD=43.7037;RBI=0.0236496;REFB=-0.00542919;REVB=0.016401;RO=15;SAF=33;SAR=39;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243715;STB=0.519006;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00113056;OID=.;OPOS=121563355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:89:88:15:16:72:72:0.818182:39:33:8:7:39:33:9:7 chr3 121641693 . G A 501.53 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00784172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.285;QD=59.0032;RBI=0.0160336;REFB=0;REVB=0.0139852;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.86766e-05;OID=.;OPOS=121641693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr3 121642048 . A T 1421.59 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=93;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.042725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6134;QD=60.4931;RBI=0.080118;REFB=-0.0852078;REVB=-0.0677751;RO=1;SAF=49;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108971;STB=0.511361;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00111395;OID=.;OPOS=121642048;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:93:94:1:2:92:92:0.978723:43:49:0:1:43:49:0:2 chr3 121643170 . A T 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0069675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.863;QD=62.6681;RBI=0.0305606;REFB=0;REVB=-0.0297557;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.23758e-05;OID=.;OPOS=121643170;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr3 121643804 . C T 1460.28 PASS AF=0.936937;AO=103;DP=111;FAO=104;FDP=111;FR=.;FRO=7;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0332405;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.5889;QD=52.6228;RBI=0.0332607;REFB=-0.223783;REVB=0.00115867;RO=4;SAF=55;SAR=48;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00241867;STB=0.511747;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00842382;OID=.;OPOS=121643804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:111:111:4:7:103:104:0.936937:48:55:2:2:49:55:5:2 chr3 121646641 . A G 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.78;QD=59.1426;RBI=0.0421847;REFB=0;REVB=-0.0235388;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82856e-05;OID=.;OPOS=121646641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:35:32:0:0:35:32:0:0 chr3 121647286 . C T 1135.04 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.785;QD=60.5353;RBI=0.0155227;REFB=0;REVB=0.00887329;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3646e-05;OID=.;OPOS=121647286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr3 121648168 . G A 632.98 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.571;QD=61.7546;RBI=0.0477927;REFB=0;REVB=0.0212847;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144121;OID=.;OPOS=121648168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:18:22:0:0:18:23:0:0 chr3 121712051 . A C 500.96 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5337;QD=58.9363;RBI=0.0294794;REFB=0;REVB=0.0263596;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254111;OID=.;OPOS=121712051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:14:19:0:0:15:19:0:0 chr3 121825197 . G A 1450.33 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=103;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.010162;FXX=0.0480723;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.019;QD=58.5992;RBI=0.0245907;REFB=-0.118242;REVB=0.0223928;RO=1;SAF=57;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00824921;STB=0.504347;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000203626;OID=.;OPOS=121825197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:103:99:1:1:98:98:0.989899:41:57:1:0:41:57:1:0 chr3 121836966 . TGA T 505.82 PASS AF=1;AO=31;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162993;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=2;MLLD=107.248;QD=57.8077;RBI=0.024832;REFB=0;REVB=0.018734;RO=0;SAF=6;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.16261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-8.08279e-05;OID=.;OPOS=121836967;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:36:35:35:0:6:29:0:0:4:0:6:25:0:0 chr3 121838792 . TTG T 1011.96 PASS AF=0.936842;AO=81;DP=92;FAO=89;FDP=95;FR=.;FRO=6;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0221943;FXX=0.0104156;HRUN=4;LEN=2;MLLD=216.313;QD=42.6089;RBI=0.0246702;REFB=0.0149855;REVB=-0.0107717;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.363636;SSSB=6.42691e-08;STB=0.506736;STBP=0.631;TYPE=del;VARB=-0.000963503;OID=.;OPOS=121838793;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.936842:81:92:89:95:6:39:50:2:4:5:0:36:45:0:0 chr3 122003045 . G C 1556.44 PASS AF=1;AO=86;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.844;QD=63.5281;RBI=0.0305538;REFB=0;REVB=0.0250936;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377944;OID=.;OPOS=122003045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:86:98:1:46:40:0:0:56:42:0:0 chr3 122003769 . A G 419.14 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.164713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.585;QD=55.8852;RBI=0.168399;REFB=0;REVB=0.0350415;RO=1;SAF=10;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442673;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000905528;OID=.;OPOS=122003769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:1:0:28:30:1:18:10:1:0:19:11:0:0 chr3 122003832 . G C 801.12 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5861;QD=57.2227;RBI=0.0460784;REFB=0;REVB=0.00649171;RO=0;SAF=13;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60164e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366087;OID=.;OPOS=122003832;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:43:13:0:0:43:13:0:0 chr3 122004218 . T A,TA 126.8 PASS AF=0,0.723404;AO=6,18;DP=52;FAO=0,34;FDP=47;FR=.;FRO=13;FSAF=0,14;FSAR=0,20;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.127422,0.173446;FXX=0.040808;HRUN=2,8;LEN=1,1;MLLD=16.5527,6.74928;QD=10.7917;RBI=0.136576,0.197112;REFB=-0.0557051,-0.103811;REVB=0.0491591,0.0936462;RO=24;SAF=3,4;SAR=3,14;SRF=15;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.148935,-0.420074;STB=0.5,0.535693;STBP=1,0.478;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.129727;OID=.,.;OPOS=122004218,122004219;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:30:52:47:24:13:6,18:0,34:0,0.723404:3,14:3,4:15:9:0,20:0,14:7:6 chr3 122140883 . C A 105.28 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00347403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.619;QD=11.0822;RBI=0.0216334;REFB=0.000450049;REVB=-0.0213526;RO=23;SAF=5;SAR=8;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282608;STB=0.639788;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.0017123;OID=.;OPOS=122140883;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:23:25:13:13:0.342105:8:5:15:8:8:5:15:10 chr3 122145324 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.665;QD=37.4885;RBI=0.0334181;REFB=0;REVB=-0.00787139;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232506;OID=.;OPOS=122145324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr3 122186188 . C T 802.28 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0043448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0948;QD=64.1827;RBI=0.0130314;REFB=0;REVB=0.0122858;RO=0;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117581;OID=.;OPOS=122186188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:15:33:0:0:17:33:0:0 chr3 122259606 . T C 1527.48 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.534;QD=58.1896;RBI=0.0577129;REFB=0;REVB=0.0327243;RO=1;SAF=53;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958459;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323488;OID=.;OPOS=122259606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:105:1:0:102:105:1:49:53:0:1:51:54:0:0 chr3 122288210 . G A 480.69 PASS AF=0.971429;AO=30;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0339556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2415;QD=54.9363;RBI=0.0588639;REFB=-0.0206886;REVB=0.0480829;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512188;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00791658;OID=.;OPOS=122288210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:30:34:0.971429:12:18:0:0:14:20:1:0 chr3 122296647 . G A 1941.26 PASS AF=0.833333;AO=145;DP=174;FAO=145;FDP=174;FR=.;FRO=29;FSAF=42;FSAR=103;FSRF=25;FSRR=4;FWDB=-0.00863401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3994;QD=44.6267;RBI=0.0413289;REFB=-0.132424;REVB=0.040417;RO=19;SAF=42;SAR=103;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137785;STB=0.605601;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0210395;OID=.;OPOS=122296647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:19:29:145:145:0.833333:103:42:16:3:103:42:25:4 chr3 122354037 . A G 158.28 PASS AF=0.833333;AO=15;DP=18;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0125211;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=169.949;QD=35.1737;RBI=0.0369428;REFB=-0.0662695;REVB=-0.0347562;RO=3;SAF=8;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405554;STB=0.522358;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00485706;OID=.;OPOS=122354037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:18:18:3:3:15:15:0.833333:7:8:2:1:7:8:2:1 chr3 122354792 . G A 994.92 PASS AF=0.789474;AO=75;DP=95;FAO=75;FDP=95;FR=.;FRO=20;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00501265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.052;QD=41.8912;RBI=0.00945611;REFB=-0.000805011;REVB=-0.00801819;RO=20;SAF=39;SAR=36;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118485;STB=0.506327;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00022832;OID=.;OPOS=122354792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:20:20:75:75:0.789474:36:39:11:9:36:39:11:9 chr3 122437321 . T C 888.16 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00829914;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.67;QD=58.2401;RBI=0.055339;REFB=0;REVB=0.0547131;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305813;OID=.;OPOS=122437321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:62:61:1:33:29:0:0:33:28:0:0 chr3 122630323 . T G 373.49 PASS AF=0.75;AO=30;DP=39;FAO=30;FDP=40;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0088731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.596;QD=37.3487;RBI=0.0142654;REFB=-0.00650865;REVB=0.01117;RO=9;SAF=12;SAR=18;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195964;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166366;OID=.;OPOS=122630323;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:39:40:9:10:30:30:0.75:18:12:4:5:18:12:4:6 chr3 122630346 . T C 326.59 PASS AF=0.75;AO=27;DP=36;FAO=27;FDP=36;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0140056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8375;QD=36.2879;RBI=0.0140155;REFB=-0.0329891;REVB=0.000526593;RO=9;SAF=9;SAR=18;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561039;STB=0.530589;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00746613;OID=.;OPOS=122630346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:9:9:27:27:0.75:18:9:4:5:18:9:4:5 chr3 122642590 . G A 259.91 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0165096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.227;QD=31.5038;RBI=0.0166745;REFB=-0.013887;REVB=-0.00233915;RO=10;SAF=8;SAR=15;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251426;STB=0.638177;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00961948;OID=.;OPOS=122642590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:10:10:23:23:0.69697:15:8:8:2:15:8:8:2 chr3 122843110 . G T 32.11 PASS AF=0.0833333;AO=9;DP=108;FAO=9;FDP=108;FR=.;FRO=99;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=55;FSRR=44;FWDB=0.00303006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5125;QD=1.18928;RBI=0.0219738;REFB=0.00101779;REVB=0.0217639;RO=97;SAF=6;SAR=3;SRF=54;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128133;STB=0.606209;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.0309123;OID=.;OPOS=122843110;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:108:108:97:99:9:9:0.0833333:3:6:54:43:3:6:55:44 chr3 122864436 . G A 501.43 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5789;QD=58.9918;RBI=0.0514198;REFB=0;REVB=0.0296766;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000638838;OID=.;OPOS=122864436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr3 122880191 . T C 973.99 PASS AF=0.847059;AO=72;DP=85;FAO=72;FDP=85;FR=.;FRO=13;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0254476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.435;QD=45.8347;RBI=0.0359537;REFB=-0.0486751;REVB=0.0253985;RO=12;SAF=25;SAR=47;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00411844;STB=0.506694;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0103335;OID=.;OPOS=122880191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:85:85:12:13:72:72:0.847059:47:25:4:8:47:25:4:9 chr3 122991021 . A T 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.055;QD=59.6795;RBI=0.0151048;REFB=0;REVB=-0.0110598;RO=0;SAF=26;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.04439e-07;OID=.;OPOS=122991021;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:44:26:0:0:44:26:0:0 chr3 122991038 . C T 1007.29 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.886;QD=59.2524;RBI=0.030666;REFB=0;REVB=0.0208075;RO=0;SAF=23;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.11549e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123488;OID=.;OPOS=122991038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:44:23:0:0:44:24:0:0 chr3 123357037 . A G 983.47 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.141;QD=58.7144;RBI=0.028242;REFB=0;REVB=0.00849145;RO=0;SAF=22;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22168e-05;OID=.;OPOS=123357037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:65:67:1:43:22:0:0:44:23:0:0 chr3 123368013 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.046;QD=56.1903;RBI=0.0278817;REFB=0;REVB=0.0251748;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362221;OID=.;OPOS=123368013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr3 123401016 . C CA 576.5 PASS AF=0.97619;AO=5;DP=44;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.123716;FXX=0.0666519;HRUN=0;LEN=1;MLLD=194.294;QD=54.9048;RBI=0.127948;REFB=-0.0831002;REVB=0.032634;RO=38;SAF=0;SAR=5;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.527831;STB=0.507459;STBP=0.638;TYPE=ins;VARB=0.00152372;OID=.;OPOS=123401017;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.97619:5:44:41:42:1:8:33:0:1:5:38:0:5:8:30 chr3 123401017 . G A,C 581.11 PASS AF=0.847826,0.108696;AO=36,5;DP=44;FAO=39,5;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=7,0;FSAR=32,5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0261976,-0.0198673;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=198.992,18.1544;QD=50.5313;RBI=0.0400708,0.0747961;REFB=-0.0359868,-0.191944;REVB=0.0303209,-0.0721093;RO=2;SAF=7,0;SAR=29,5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0464349,-0.749526;STB=0.525654,0.996516;STBP=0.239,0.13;TYPE=snp,snp;VARB=0.00043848,0.0634825;OID=.,.;OPOS=123401017,123401017;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:44:46:2:2:36,5:39,5:0.847826,0.108696:29,5:7,0:1:1:32,5:7,0:1:1 chr3 123418913 . G A 613.79 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00148954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.268;QD=61.3787;RBI=0.00968052;REFB=0;REVB=0.00956523;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13811e-05;OID=.;OPOS=123418913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:25:14:0:0:25:15:0:0 chr3 123419573 . G T 1264.7 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0087;QD=61.6926;RBI=0.0468799;REFB=0;REVB=-0.0442518;RO=0;SAF=57;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000202251;OID=.;OPOS=123419573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:24:57:0:0:24:58:0:0 chr3 123419733 . A G 1081.07 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0677237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.878;QD=60.0592;RBI=0.0744918;REFB=0;REVB=0.0310246;RO=0;SAF=23;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026489;OID=.;OPOS=123419733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:70:72:1:47:23:0:0:47:25:0:0 chr3 123419782 . G A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.305;QD=58.4194;RBI=0.0433942;REFB=0;REVB=0.0253214;RO=0;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116988;OID=.;OPOS=123419782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:36:27:0:0:36:27:0:0 chr3 123451773 . G C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.206;QD=59.8555;RBI=0.0411266;REFB=0;REVB=0.0337361;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114606;OID=.;OPOS=123451773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:33:38:0:0:33:38:0:0 chr3 123452838 . G A 123.24 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=67;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00525414;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.762;QD=7.35787;RBI=0.0376796;REFB=-0.00890876;REVB=-0.0373114;RO=49;SAF=11;SAR=7;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990831;STB=0.560204;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0285055;OID=.;OPOS=123452838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:49:49:18:18:0.268657:7:11:26:23:7:11:26:23 chr3 123512627 . G T 839.83 PASS AF=0.802469;AO=65;DP=81;FAO=65;FDP=81;FR=.;FRO=16;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0140085;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.416;QD=41.4731;RBI=0.0153759;REFB=-0.0300168;REVB=-0.00633883;RO=15;SAF=32;SAR=33;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144;STB=0.513858;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00435997;OID=.;OPOS=123512627;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:81:81:15:16:65:65:0.802469:33:32:8:7:33:32:9:7 chr3 123634046 . G A 1384.41 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0289873;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9624;QD=60.8533;RBI=0.0357976;REFB=0.0352846;REVB=0.0210048;RO=1;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997727;STB=0.505153;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000429883;OID=.;OPOS=123634046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:89:90:0.989011:47:42:0:1:48:42:0:1 chr3 123699299 . G A 918.61 PASS AF=0.905405;AO=67;DP=74;FAO=67;FDP=74;FR=.;FRO=7;FSAF=19;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0353124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.9943;QD=49.6543;RBI=0.0433933;REFB=0.0014281;REVB=0.0252193;RO=7;SAF=19;SAR=48;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000467227;STB=0.500248;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.000412293;OID=.;OPOS=123699299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:74:74:7:7:67:67:0.905405:48:19:2:5:48:19:2:5 chr3 124044949 . C T 1789.69 PASS AF=0.887324;AO=109;DP=143;FAO=126;FDP=142;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=57;FSAR=69;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.102027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.906;QD=50.4139;RBI=0.10651;REFB=-0.0457545;REVB=0.0305763;RO=16;SAF=42;SAR=67;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132613;STB=0.501692;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0112316;OID=.;OPOS=124044949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:143:142:16:16:109:126:0.887324:67:42:7:9:69:57:7:9 chr3 124196094 . A T 759.16 PASS AF=0.8;AO=59;DP=75;FAO=60;FDP=75;FR=.;FRO=15;FSAF=41;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00142651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.524;QD=40.4883;RBI=0.0153988;REFB=-0.0059842;REVB=-0.0153325;RO=12;SAF=41;SAR=18;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104906;STB=0.533789;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00152749;OID=.;OPOS=124196094;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:75:75:12:15:59:60:0.8:18:41:8:4:19:41:8:7 chr3 124281844 . C A 444.98 PASS AF=0.744681;AO=35;DP=47;FAO=35;FDP=47;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0611873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.5269;QD=37.8706;RBI=0.0620669;REFB=-0.0259689;REVB=0.0104123;RO=9;SAF=19;SAR=16;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162494;STB=0.574323;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.017798;OID=.;OPOS=124281844;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:9:12:35:35:0.744681:16:19:1:8:16:19:3:9 chr3 124351316 . G A,C 717.47 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=49,3;DP=52;FAO=50,2;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32,2;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171149,-0.00135429;FXX=0.0188644;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=90.5278,43.3201;QD=55.1899;RBI=0.0245126,0.0154665;REFB=0,0;REVB=0.0175485,-0.0154071;RO=0;SAF=31,3;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.58521e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000218992,0.170447;OID=.,.;OPOS=124351316,124351316;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:52:52:0:0:49,3:50,2:0.961538,0.0384615:18,0:31,3:0:0:18,0:32,2:0:0 chr3 124351424 . T C 1022.26 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00820464;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.459;QD=57.5921;RBI=0.0242543;REFB=-0.0960617;REVB=0.0228244;RO=1;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126057;STB=0.506492;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00179486;OID=.;OPOS=124351424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:69:70:0.985915:37:32:0:1:38:32:0:1 chr3 124376653 . G A 669.82 PASS AF=0.918367;AO=45;DP=49;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0114205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.326;QD=54.679;RBI=0.0227822;REFB=0.00108567;REVB=-0.019713;RO=4;SAF=28;SAR=17;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197778;STB=0.510552;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.000246794;OID=.;OPOS=124376653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:49:49:4:4:45:45:0.918367:17:28:2:2:17:28:2:2 chr3 124379748 . G C 1013.66 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187895;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.524;QD=59.6272;RBI=0.0263792;REFB=0;REVB=0.0185153;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72183e-05;OID=.;OPOS=124379748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:68:0:0:67:68:1:31:36:0:0:32:36:0:0 chr3 124379817 . T C 1397.0 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0316255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7202;QD=61.4067;RBI=0.0453902;REFB=-0.0754897;REVB=0.0325591;RO=1;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104166;STB=0.505493;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00225721;OID=.;OPOS=124379817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:45:45:0:1:45:45:0:1 chr3 124385301 . T C 327.48 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=40;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0206742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.071;QD=31.1881;RBI=0.0290266;REFB=-0.0428861;REVB=0.0203745;RO=13;SAF=15;SAR=11;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240137;STB=0.524458;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0197125;OID=.;OPOS=124385301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:13:14:26:28:0.666667:11:15:8:5:12:16:9:5 chr3 124385361 . A G 340.73 PASS AF=0.707317;AO=28;DP=40;FAO=29;FDP=41;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0190982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1696;QD=33.2416;RBI=0.022383;REFB=-0.00840012;REVB=0.011673;RO=10;SAF=11;SAR=17;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102243;STB=0.574273;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0033524;OID=.;OPOS=124385361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:41:10:12:28:29:0.707317:17:11:6:4:17:12:8:4 chr3 124385942 . T C 667.77 PASS AF=0.794118;AO=54;DP=69;FAO=54;FDP=68;FR=.;FRO=14;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00281039;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9751;QD=39.2807;RBI=0.00753087;REFB=-0.0174861;REVB=-0.00698683;RO=13;SAF=34;SAR=20;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350394;STB=0.528183;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00308948;OID=.;OPOS=124385942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:69:68:13:14:54:54:0.794118:20:34:7:6:20:34:7:7 chr3 124385960 . C T 790.79 PASS AF=0.805195;AO=62;DP=77;FAO=62;FDP=77;FR=.;FRO=15;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0340124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2621;QD=41.0801;RBI=0.0413066;REFB=-0.0221427;REVB=0.0234391;RO=13;SAF=38;SAR=24;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252975;STB=0.529607;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00782512;OID=.;OPOS=124385960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:77:77:13:15:62:62:0.805195:24:38:7:6:24:38:7:8 chr3 124390722 . G A 64.73 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.132798;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.335;QD=23.5375;RBI=0.132898;REFB=-0.142833;REVB=0.00514211;RO=2;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12621;STB=0.529336;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0070627;OID=.;OPOS=124390722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:10:11:2:3:8:8:0.727273:6:2:0:2:6:2:1:2 chr3 124412634 . G T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00247318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.283;QD=56.1916;RBI=0.0149156;REFB=0;REVB=-0.0147091;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.74046e-05;OID=.;OPOS=124412634;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr3 124439127 . T A 295.34 PASS AF=0.857143;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0365577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0306;QD=42.192;RBI=0.0474822;REFB=-0.00275525;REVB=-0.0303001;RO=3;SAF=12;SAR=12;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341895;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00130017;OID=.;OPOS=124439127;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:27:28:3:4:24:24:0.857143:12:12:2:1:12:12:2:2 chr3 124451312 . T G 457.13 PASS AF=0.85;AO=33;DP=39;FAO=34;FDP=40;FR=.;FRO=6;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0151005;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.694;QD=45.7134;RBI=0.0384306;REFB=-0.0140073;REVB=0.0353396;RO=5;SAF=27;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00743057;STB=0.509086;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.00212586;OID=.;OPOS=124451312;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:39:40:5:6:33:34:0.85:6:27:4:1:7:27:5:1 chr3 124456742 . G C 246.14 PASS AF=0.84;AO=21;DP=25;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0154235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.425;QD=39.3824;RBI=0.0213784;REFB=0.0197335;REVB=0.0148038;RO=3;SAF=16;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125326;STB=0.600836;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00181567;OID=.;OPOS=124456742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:25:25:3:4:21:21:0.84:5:16:1:2:5:16:1:3 chr3 124462808 . C T 1308.19 PASS AF=0.868421;AO=96;DP=112;FAO=99;FDP=114;FR=.;FRO=15;FSAF=51;FSAR=48;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0238238;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.094;QD=45.9016;RBI=0.0244865;REFB=-0.0313931;REVB=-0.00565848;RO=14;SAF=48;SAR=48;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506382;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00557495;OID=.;OPOS=124462808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:112:114:14:15:96:99:0.868421:48:48:7:7:48:51:7:8 chr3 124515308 . A G 313.7 PASS AF=0.823529;AO=22;DP=34;FAO=28;FDP=34;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.014506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.309;QD=36.9057;RBI=0.05836;REFB=-0.0299318;REVB=0.0565285;RO=6;SAF=16;SAR=6;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539472;STB=0.547793;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00867464;OID=.;OPOS=124515308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:34:34:6:6:22:28:0.823529:6:16:5:1:12:16:5:1 chr3 124515314 . G A 366.38 PASS AF=0.805556;AO=29;DP=36;FAO=29;FDP=36;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0174812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.274;QD=40.7092;RBI=0.0307499;REFB=0.0472492;REVB=-0.0252975;RO=7;SAF=16;SAR=13;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594162;STB=0.532142;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.00325944;OID=.;OPOS=124515314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:7:7:29:29:0.805556:13:16:5:2:13:16:5:2 chr3 124515509 . G A 313.22 PASS AF=0.764706;AO=26;DP=34;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00631297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.27;QD=36.849;RBI=0.0913538;REFB=-0.0153569;REVB=0.0911354;RO=8;SAF=15;SAR=11;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141193;STB=0.576864;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00166292;OID=.;OPOS=124515509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:8:8:26:26:0.764706:11:15:2:6:11:15:2:6 chr3 124540193 . G A 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0322454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.318;QD=5.68896;RBI=0.0393778;REFB=0.00128423;REVB=0.0226019;RO=19;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167553;STB=0.610731;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=-0.0131594;OID=.;OPOS=124540193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:2:4:10:9:2:4:10:9 chr3 124646594 . A G 688.9 PASS AF=0.833333;AO=54;DP=65;FAO=55;FDP=66;FR=.;FRO=11;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0241548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.423;QD=41.7515;RBI=0.026526;REFB=0.0347673;REVB=-0.0109623;RO=11;SAF=20;SAR=34;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583854;STB=0.528487;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.00503306;OID=.;OPOS=124646594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:65:66:11:11:54:55:0.833333:34:20:6:5:34:21:6:5 chr3 124646705 . A AAAG,AAG 934.91 PASS AF=1,0;AO=47,11;DP=75;FAO=64,0;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=50,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00231526,-0.0014325;FXX=0.085702;HRUN=3,3;LEN=3,2;MLLD=232.164,213.531;QD=58.4318;RBI=0.0602655,0.0595413;REFB=0,0;REVB=0.060221,0.0595241;RO=13;SAF=14,0;SAR=33,11;SRF=1;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.112088,-0.755274;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.000811888,0;OID=.,.;OPOS=124646706,124646706;OREF=-,-;OALT=AAG,AG;OMAPALT=AAAG,AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:47,11:75:64,0:64:0:14,0:50,0:0:0:5:13:14,0:33,11:1:12 chr3 124692689 . C T 48.28 PASS AF=0.104348;AO=12;DP=115;FAO=12;FDP=115;FR=.;FRO=103;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=51;FSRR=52;FWDB=-0.00787016;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5729;QD=1.67931;RBI=0.0295084;REFB=-0.00277896;REVB=-0.0284395;RO=99;SAF=2;SAR=10;SRF=50;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417941;STB=0.809856;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0470943;OID=.;OPOS=124692689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:115:115:99:103:12:12:0.104348:10:2:50:49:10:2:51:52 chr3 124728626 . A G 1067.68 PASS AF=0.865169;AO=77;DP=89;FAO=77;FDP=89;FR=.;FRO=12;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00554646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6275;QD=47.9856;RBI=0.00868215;REFB=-0.0243682;REVB=0.00667957;RO=11;SAF=38;SAR=39;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549818;STB=0.523331;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00565089;OID=.;OPOS=124728626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:89:89:11:12:77:77:0.865169:39:38:8:3:39:38:8:4 chr3 124731485 . C G 1033.58 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.051026;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.614;QD=58.2298;RBI=0.0511652;REFB=-0.156034;REVB=0.00377159;RO=0;SAF=47;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79556e-08;STB=0.505262;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00103381;OID=.;OPOS=124731485;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:71:0:1:70:70:0.985915:23:47:0:0:23:47:1:0 chr3 124731689 . T A 36.07 PASS AF=0.0820896;AO=11;DP=135;FAO=11;FDP=134;FR=.;FRO=123;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=61;FSRR=62;FWDB=-0.0260328;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.018;QD=1.07674;RBI=0.0337035;REFB=-0.000968511;REVB=-0.021406;RO=122;SAF=4;SAR=7;SRF=61;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15469;STB=0.622211;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00948199;OID=.;OPOS=124731689;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:135:134:122:123:11:11:0.0820896:7:4:61:61:7:4:61:62 chr3 124732618 . A G 216.75 PASS AF=0.666667;AO=21;DP=31;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00960737;FXX=0.0322477;HRUN=6;LEN=1;MLLD=213.327;QD=28.9003;RBI=0.0121065;REFB=-0.0090563;REVB=0.00736649;RO=10;SAF=10;SAR=11;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447397;STB=0.516875;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00383492;OID=.;OPOS=124732618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:31:30:10:10:21:20:0.666667:11:10:4:6:11:9:4:6 chr3 124733649 . T G 1890.33 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.732;QD=61.4743;RBI=0.0295463;REFB=0;REVB=0.0255794;RO=0;SAF=58;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.93668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26373e-05;OID=.;OPOS=124733649;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:123:0:0:119:123:1:61:58:0:0:65:58:0:0 chr3 124738107 . C T 967.5 PASS AF=0.865854;AO=70;DP=81;FAO=71;FDP=82;FR=.;FRO=11;FSAF=49;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0178438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3037;QD=47.1951;RBI=0.0292486;REFB=-0.0277237;REVB=-0.023175;RO=11;SAF=48;SAR=22;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014523;STB=0.508377;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00531209;OID=.;OPOS=124738107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:81:82:11:11:70:71:0.865854:22:48:7:4:22:49:7:4 chr3 124739892 . G A 1176.47 PASS AF=0.814159;AO=92;DP=113;FAO=92;FDP=113;FR=.;FRO=21;FSAF=34;FSAR=58;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0211864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.017;QD=41.645;RBI=0.0293315;REFB=-0.0151986;REVB=0.0202848;RO=21;SAF=34;SAR=58;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394809;STB=0.521024;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00398642;OID=.;OPOS=124739892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:21:21:92:92:0.814159:58:34:10:11:58:34:10:11 chr3 124746049 . A G 581.04 PASS AF=0.839286;AO=47;DP=57;FAO=47;FDP=56;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0177629;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.612;QD=41.5031;RBI=0.0246939;REFB=-0.0222311;REVB=-0.0171542;RO=8;SAF=17;SAR=30;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756811;STB=0.533104;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00351309;OID=.;OPOS=124746049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:57:56:8:9:47:47:0.839286:30:17:5:3:30:17:5:4 chr3 124746182 . C A 1119.48 PASS AF=0.833333;AO=80;DP=98;FAO=80;FDP=96;FR=.;FRO=16;FSAF=28;FSAR=52;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.019869;FXX=0.039996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.613;QD=46.6449;RBI=0.023564;REFB=-0.045311;REVB=0.0126682;RO=16;SAF=28;SAR=52;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713659;STB=0.538022;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00799308;OID=.;OPOS=124746182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:98:96:16:16:80:80:0.833333:52:28:9:7:52:28:9:7 chr3 124746347 . T C 783.56 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.789;QD=63.9641;RBI=0.0123291;REFB=0;REVB=0.00341833;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11431e-05;OID=.;OPOS=124746347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:27:21:0:0:28:21:0:0 chr3 124748226 . G A 948.35 PASS AF=0.827586;AO=69;DP=84;FAO=72;FDP=87;FR=.;FRO=15;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0107681;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.64;QD=43.6024;RBI=0.0247602;REFB=-0.046806;REVB=0.0222961;RO=14;SAF=29;SAR=40;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257543;STB=0.517974;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0101959;OID=.;OPOS=124748226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:84:87:14:15:69:72:0.827586:40:29:7:7:41:31:8:7 chr3 124802881 . A G 524.69 PASS AF=0.823529;AO=32;DP=52;FAO=42;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0205373;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.541;QD=41.1523;RBI=0.0634994;REFB=-0.0495996;REVB=0.0600865;RO=8;SAF=14;SAR=18;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234037;STB=0.507674;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0101968;OID=.;OPOS=124802881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:52:51:8:8:32:42:0.823529:18:14:4:4:23:19:4:4 chr3 124802888 . C T 503.43 PASS AF=0.807692;AO=41;DP=52;FAO=42;FDP=52;FR=.;FRO=10;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0470365;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.447;QD=38.725;RBI=0.0477646;REFB=-0.00380935;REVB=0.00830766;RO=9;SAF=20;SAR=21;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518529;STB=0.534054;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.000610151;OID=.;OPOS=124802888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:52:52:9:10:41:42:0.807692:21:20:3:6:22:20:3:7 chr3 124837684 . T C 1285.26 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00156749;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6805;QD=61.94;RBI=0.0188482;REFB=0;REVB=0.0187829;RO=0;SAF=34;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171597;OID=.;OPOS=124837684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:49:34:0:0:49:34:0:0 chr3 124839470 . G A 1309.93 PASS AF=0.957895;AO=85;DP=90;FAO=91;FDP=95;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0197247;FXX=0.0206164;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.459;QD=55.1548;RBI=0.0308187;REFB=-0.0389413;REVB=0.0236797;RO=4;SAF=47;SAR=38;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386232;STB=0.518178;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.000742276;OID=.;OPOS=124839470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:90:95:4:4:85:91:0.957895:38:47:4:0:38:53:4:0 chr3 124839471 . G A 40.92 PASS AF=0.1;AO=9;DP=99;FAO=10;FDP=100;FR=.;FRO=90;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=51;FSRR=39;FWDB=-0.0206013;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=67.2676;QD=1.63695;RBI=0.0314968;REFB=-0.0111885;REVB=0.023825;RO=90;SAF=9;SAR=0;SRF=51;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.582967;STB=0.856328;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0088716;OID=.;OPOS=124839471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:99:100:90:90:9:10:0.1:0:9:51:39:1:9:51:39 chr3 124951821 . C T 342.69 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00887679;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.394;QD=54.8302;RBI=0.0205587;REFB=0;REVB=0.0185435;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161011;OID=.;OPOS=124951821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:23:25:1:8:15:0:0:8:17:0:0 chr3 125235852 . A ATTTAT,T 360.34 PASS AF=0.771429,0.0571429;AO=26,2;DP=40;FAO=27,2;FDP=35;FR=.;FRO=6;FSAF=12,1;FSAR=15,1;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00284378,0.0200768;FXX=0.0277701;HRUN=3,2;LEN=5,1;MLLD=232.597,49.3865;QD=41.1821;RBI=0.0234417,0.0206475;REFB=-0.0411841,-0.0361673;REVB=0.0232685,0.00482091;RO=10;SAF=11,1;SAR=15,1;SRF=8;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.190113,-0.33927;STB=0.54051,0.623829;STBP=0.316,0.784;TYPE=ins,snp;VARB=0.0105813,-0.225517;OID=.,.;OPOS=125235853,125235852;OREF=-,A;OALT=TTTAT,T;OMAPALT=ATTTAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:40:35:10:6:26,2:27,2:0.771429,0.0571429:15,1:11,1:8:2:15,1:12,1:4:2 chr3 125692141 . G A 1080.27 PASS AF=0.803738;AO=86;DP=107;FAO=86;FDP=107;FR=.;FRO=21;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0278397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.557;QD=40.384;RBI=0.0327086;REFB=-0.026803;REVB=0.0171699;RO=21;SAF=34;SAR=52;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426509;STB=0.522712;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0057647;OID=.;OPOS=125692141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:21:21:86:86:0.803738:52:34:6:15:52:34:6:15 chr3 125692148 . G A 1100.65 PASS AF=0.807339;AO=87;DP=108;FAO=88;FDP=109;FR=.;FRO=21;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0120368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2668;QD=40.3908;RBI=0.0323283;REFB=-0.0369246;REVB=0.0300039;RO=18;SAF=37;SAR=50;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304594;STB=0.526855;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00762923;OID=.;OPOS=125692148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:18:21:87:88:0.807339:50:37:6:12:51:37:6:15 chr3 125726048 . G C 500.34 PASS AF=0.785714;AO=40;DP=51;FAO=44;FDP=56;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0433847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.742;QD=35.7388;RBI=0.0442765;REFB=-0.0404001;REVB=0.00884158;RO=11;SAF=6;SAR=34;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248859;STB=0.608642;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0128755;OID=.;OPOS=125726048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:51:56:11:12:40:44:0.785714:34:6:6:5:35:9:7:5 chr3 125769757 . C T 202.64 PASS AF=0.325;AO=26;DP=80;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=0.0368444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.747;QD=10.1319;RBI=0.0475643;REFB=-0.00827227;REVB=-0.0300808;RO=53;SAF=21;SAR=5;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312197;STB=0.681334;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0204619;OID=.;OPOS=125769757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:53:54:26:26:0.325:5:21:31:22:5:21:32:22 chr3 125775228 . T C 664.85 PASS AF=1;AO=23;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.659;QD=63.3194;RBI=0.216599;REFB=0;REVB=0.2163;RO=0;SAF=22;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47154e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00144343;OID=.;OPOS=125775228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:23:42:1:1:22:0:0:20:22:0:0 chr3 125775321 . G C 300.21 PASS AF=0.78125;AO=25;DP=32;FAO=25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0210385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.161;QD=37.5265;RBI=0.023463;REFB=-0.0233845;REVB=0.0103872;RO=7;SAF=12;SAR=13;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367153;STB=0.519984;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.00590108;OID=.;OPOS=125775321;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:7:7:25:25:0.78125:13:12:4:3:13:12:4:3 chr3 125786852 . C T 169.59 PASS AF=0.8;AO=16;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0654698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.448;QD=33.917;RBI=0.069414;REFB=-0.0388542;REVB=0.0230655;RO=4;SAF=5;SAR=11;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763516;STB=0.542199;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00973955;OID=.;OPOS=125786852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:20:20:4:4:16:16:0.8:11:5:2:2:11:5:2:2 chr3 125786879 . T C 446.61 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0540744;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1884;QD=57.6275;RBI=0.068593;REFB=0;REVB=0.0422014;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000317199;OID=.;OPOS=125786879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr3 125854409 . T C 507.31 PASS AF=0.77551;AO=38;DP=49;FAO=38;FDP=49;FR=.;FRO=11;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0107404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.032;QD=41.4131;RBI=0.0107479;REFB=-0.0525779;REVB=0.00040038;RO=11;SAF=18;SAR=20;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122787;STB=0.566127;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0119162;OID=.;OPOS=125854409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:49:49:11:11:38:38:0.77551:20:18:2:9:20:18:2:9 chr3 125856695 . C A 623.0 PASS AF=0.753623;AO=45;DP=68;FAO=52;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0742573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3126;QD=36.1159;RBI=0.084221;REFB=-0.00634473;REVB=0.039737;RO=16;SAF=25;SAR=20;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00341855;STB=0.508194;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0176343;OID=.;OPOS=125856695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:68:69:16:16:45:52:0.753623:20:25:9:7:21:31:9:7 chr3 125865766 . C A 260.0 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.000762317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.636;QD=31.5147;RBI=0.0155549;REFB=-0.0362977;REVB=-0.0155362;RO=10;SAF=13;SAR=10;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14571;STB=0.579983;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0175068;OID=.;OPOS=125865766;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:10:10:23:23:0.69697:10:13:3:7:10:13:3:7 chr3 126169230 . C T 828.05 PASS AF=0.983333;AO=56;DP=57;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0382752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.045;QD=55.2034;RBI=0.0411588;REFB=-0.100809;REVB=0.0151344;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000852232;OID=.;OPOS=126169230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:60:0:1:56:59:0.983333:31:25:0:0:31:28:0:1 chr3 126169472 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.721;QD=48.7373;RBI=0.0560829;REFB=0;REVB=0.0401614;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558892;OID=.;OPOS=126169472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr3 126329910 . A G 271.74 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.85;QD=51.7593;RBI=0.0281841;REFB=0;REVB=0.00960398;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343216;OID=.;OPOS=126329910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr3 126737268 . C A 396.98 PASS AF=0.882353;AO=30;DP=34;FAO=30;FDP=34;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0696824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.221;QD=46.7034;RBI=0.0709197;REFB=-0.0466198;REVB=0.01319;RO=4;SAF=16;SAR=14;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00730629;STB=0.503934;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0105312;OID=.;OPOS=126737268;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:34:34:4:4:30:30:0.882353:14:16:2:2:14:16:2:2 chr3 126916371 . T C 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0434591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1078;QD=56.19;RBI=0.0502918;REFB=0;REVB=-0.0253095;RO=0;SAF=1;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00146385;OID=.;OPOS=126916371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:27:1:0:0:27:1:0:0 chr3 126916433 . T TTTC 56.78 PASS AF=0.777778;AO=6;DP=10;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0359385;FXX=0.0999001;HRUN=3;LEN=3;MLLD=295.775;QD=25.2336;RBI=0.0429297;REFB=0.0251476;REVB=0.0234816;RO=2;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772509;STB=0.624651;STBP=0.232;TYPE=ins;VARB=-0.00447406;OID=.;OPOS=126916434;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.777778:6:10:7:9:2:3:4:2:0:9:2:2:4:1:1 chr3 126921308 . G A 912.73 PASS AF=0.85;AO=68;DP=81;FAO=68;FDP=80;FR=.;FRO=12;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0120126;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.883;QD=45.6363;RBI=0.0165524;REFB=-0.0261105;REVB=0.0113876;RO=11;SAF=32;SAR=36;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433911;STB=0.529403;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00505758;OID=.;OPOS=126921308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:81:80:11:12:68:68:0.85:36:32:7:4:36:32:8:4 chr3 127323830 . C T 278.92 PASS AF=0.851852;AO=23;DP=27;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.028838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0823;QD=41.3216;RBI=0.044163;REFB=0.00611532;REVB=0.0334477;RO=4;SAF=10;SAR=13;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180349;STB=0.509795;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.000413453;OID=.;OPOS=127323830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:27:27:4:4:23:23:0.851852:13:10:2:2:13:10:2:2 chr3 127379270 . C T 554.64 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0416941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.204;QD=55.4639;RBI=0.0567918;REFB=-0.0493966;REVB=0.0385606;RO=2;SAF=12;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0718749;STB=0.538441;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00320246;OID=.;OPOS=127379270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:26:12:2:0:26:12:2:0 chr3 127379795 . A G 125.68 PASS AF=0.189655;AO=22;DP=115;FAO=22;FDP=116;FR=.;FRO=94;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=-0.0261512;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.304;QD=4.33392;RBI=0.0261946;REFB=-0.0114962;REVB=-0.00150609;RO=93;SAF=12;SAR=10;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373438;STB=0.528276;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0332361;OID=.;OPOS=127379795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:93:94:22:22:0.189655:10:12:48:45:10:12:48:46 chr3 127409941 . T C 641.47 PASS AF=0.768116;AO=53;DP=69;FAO=53;FDP=69;FR=.;FRO=16;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0115388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.231;QD=37.1867;RBI=0.0174562;REFB=-0.0174761;REVB=0.0130986;RO=16;SAF=23;SAR=30;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829184;STB=0.544538;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00693657;OID=.;OPOS=127409941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:16:16:53:53:0.768116:30:23:10:6:30:23:10:6 chr3 127410915 . C T 284.02 PASS AF=0.774194;AO=24;DP=31;FAO=24;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00209188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.548;QD=36.6471;RBI=0.00891646;REFB=0.00951468;REVB=0.0086676;RO=7;SAF=13;SAR=11;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469244;STB=0.525585;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.00276778;OID=.;OPOS=127410915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:7:7:24:24:0.774194:11:13:3:4:11:13:3:4 chr3 127641968 . C A 129.47 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0217899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.35;QD=32.3682;RBI=0.0324374;REFB=0.00944971;REVB=0.0240289;RO=3;SAF=8;SAR=5;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142717;STB=0.578833;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.00378368;OID=.;OPOS=127641968;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:13:13:0.8125:5:8:3:0:5:8:3:0 chr3 127642814 . G C 785.05 PASS AF=0.824324;AO=61;DP=74;FAO=61;FDP=74;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.00256498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9161;QD=42.4352;RBI=0.00272198;REFB=-0.0552877;REVB=0.000911063;RO=13;SAF=14;SAR=47;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074199;STB=0.539504;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0081493;OID=.;OPOS=127642814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:74:74:13:13:61:61:0.824324:47:14:1:12:47:14:1:12 chr3 127682472 . AA AAGTGTGTT,TT 303.79 PASS AF=0.4,0.0857143;AO=28,6;DP=83;FAO=28,6;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=15,6;FSAR=13,0;FSRF=5;FSRR=31;FWDB=0.0114001,-0.0179308;FXX=0.0140825;HRUN=0,2;LEN=7,2;MLLD=305.879,87.3834;QD=17.3596;RBI=0.0123843,0.0220708;REFB=-0.0032244,-0.0277154;REVB=-0.00483826,-0.0128688;RO=48;SAF=15,6;SAR=13,0;SRF=18;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.175162,0.674723;STB=0.717261,0.999127;STBP=0.01,0;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00503025,0.0230158;OID=.,.;OPOS=127682474,127682472;OREF=-,AA;OALT=GTGTGTT,TT;OMAPALT=AAGTGTGTT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:70:48:36:28,6:28,6:0.4,0.0857143:13,0:15,6:18:30:13,0:15,6:5:31 chr3 127682477 . AC GT 312.35 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=31;FWDB=0.0184342;FXX=0.042851;HRUN=1;LEN=2;MLLD=259.849;QD=18.6477;RBI=0.0418112;REFB=-0.0164629;REVB=-0.0375281;RO=33;SAF=22;SAR=11;SRF=3;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.484108;STB=0.770501;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.012601;OID=.;OPOS=127682477;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:67:33:34:33:33:0.492537:11:22:3:30:11:22:3:31 chr3 127983495 . T C 696.69 PASS AF=1;AO=29;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0715583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.01;QD=63.3355;RBI=0.0807988;REFB=0;REVB=0.0375214;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000581026;OID=.;OPOS=127983495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:29:44:1:17:12:0:0:17:27:0:0 chr3 128181537 . C T 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.682;QD=57.8839;RBI=0.0423159;REFB=0;REVB=0.0395643;RO=0;SAF=40;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224509;OID=.;OPOS=128181537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:20:40:0:0:20:40:0:0 chr3 128182074 . G A 68.43 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.000339786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.197;QD=5.70285;RBI=0.00864891;REFB=-0.00992816;REVB=-0.00864224;RO=36;SAF=2;SAR=8;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362467;STB=0.740221;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0201038;OID=.;OPOS=128182074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:48:36:38:10:10:0.208333:8:2:17:19:8:2:18:20 chr3 128200019 . C G 51.54 PASS AF=0.155172;AO=9;DP=57;FAO=9;FDP=58;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.00173453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.245;QD=3.55472;RBI=0.0432223;REFB=-0.00428385;REVB=-0.0431875;RO=47;SAF=7;SAR=2;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384653;STB=0.777161;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0337782;OID=.;OPOS=128200019;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:57:58:47:49:9:9:0.155172:2:7:22:25:2:7:22:27 chr3 128292213 . A G 1818.55 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000701553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.999;QD=61.1278;RBI=0.0392937;REFB=0;REVB=0.0392875;RO=0;SAF=71;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22327e-05;OID=.;OPOS=128292213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:119:0:0:118:119:1:47:71:0:0:47:72:0:0 chr3 128292844 . A G 140.79 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0751972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9849;QD=43.3192;RBI=0.105343;REFB=0;REVB=0.0737732;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246259;OID=.;OPOS=128292844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:2:10:0:0:3:10:0:0 chr3 128292858 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0023558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.801;QD=43.4862;RBI=0.0548995;REFB=0;REVB=0.0548489;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247181;OID=.;OPOS=128292858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:3:9:0:0:3:9:0:0 chr3 128344786 . G A 773.6 PASS AF=0.893939;AO=58;DP=66;FAO=59;FDP=66;FR=.;FRO=7;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0523165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.423;QD=46.8847;RBI=0.0524312;REFB=0.00581963;REVB=0.00346491;RO=7;SAF=25;SAR=33;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578928;STB=0.531239;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.000459171;OID=.;OPOS=128344786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:66:66:7:7:58:59:0.893939:33:25:5:2:34:25:5:2 chr3 128356852 . C T 986.1 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245702;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.231;QD=58.0057;RBI=0.0441936;REFB=0;REVB=0.0367339;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125589;OID=.;OPOS=128356852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:64:68:1:37:27:0:0:41:27:0:0 chr3 128392630 . G C 293.45 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012408;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.78;QD=53.354;RBI=0.0141792;REFB=0;REVB=0.00686218;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29462e-06;OID=.;OPOS=128392630;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr3 128755953 . G A 514.78 PASS AF=0.808511;AO=38;DP=47;FAO=38;FDP=47;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00812654;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.275;QD=43.8108;RBI=0.0211272;REFB=-0.0343405;REVB=0.0195017;RO=9;SAF=6;SAR=32;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16662;STB=0.590353;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.00671045;OID=.;OPOS=128755953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:9:9:38:38:0.808511:32:6:4:5:32:6:4:5 chr3 128890350 . G A 130.44 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.12;QD=43.4803;RBI=0.0616507;REFB=0;REVB=-0.0347211;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351773;OID=.;OPOS=128890350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr3 129130197 . T C 453.44 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0118954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8176;QD=54.9628;RBI=0.0189666;REFB=0.00767174;REVB=0.0147727;RO=1;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198723;STB=0.510632;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=5.64087e-05;OID=.;OPOS=129130197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:23:9:0:1:23:9:0:1 chr3 129134242 . G A 712.53 PASS AF=0.802817;AO=55;DP=69;FAO=57;FDP=71;FR=.;FRO=14;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0931459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.695;QD=40.1426;RBI=0.094269;REFB=-0.0364735;REVB=-0.0145081;RO=14;SAF=22;SAR=33;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745306;STB=0.542358;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0131969;OID=.;OPOS=129134242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:69:71:14:14:55:57:0.802817:33:22:3:11:33:24:3:11 chr3 129137127 . G A 537.47 PASS AF=0.807018;AO=44;DP=55;FAO=46;FDP=57;FR=.;FRO=11;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0153529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.612;QD=37.7172;RBI=0.0178278;REFB=-0.0316542;REVB=0.00906201;RO=11;SAF=20;SAR=24;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503874;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00443821;OID=.;OPOS=129137127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:55:57:11:11:44:46:0.807018:24:20:5:6:26:20:5:6 chr3 129140499 . T C 493.14 PASS AF=0.857143;AO=35;DP=41;FAO=36;FDP=42;FR=.;FRO=6;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00222293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.129;QD=46.9661;RBI=0.0054025;REFB=-0.0171967;REVB=0.00492398;RO=6;SAF=21;SAR=14;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189752;STB=0.512288;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00256353;OID=.;OPOS=129140499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:42:6:6:35:36:0.857143:14:21:4:2:15:21:4:2 chr3 129155451 . C T 620.1 PASS AF=0.833333;AO=50;DP=60;FAO=50;FDP=60;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0395443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.101;QD=41.3401;RBI=0.0396952;REFB=-0.026225;REVB=-0.00345794;RO=10;SAF=12;SAR=38;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619533;STB=0.533069;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00647353;OID=.;OPOS=129155451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:60:60:10:10:50:50:0.833333:38:12:1:9:38:12:1:9 chr3 129210977 . G C 303.31 PASS AF=0.923077;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0200233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.696;QD=46.6623;RBI=0.0261846;REFB=0.0291821;REVB=0.0168731;RO=1;SAF=15;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298695;STB=0.531224;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00232133;OID=.;OPOS=129210977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:26:1:2:23:24:0.923077:8:15:1:0:9:15:2:0 chr3 129279597 . C T 415.49 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154962;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.242;QD=57.3089;RBI=0.0426345;REFB=0;REVB=0.0397186;RO=0;SAF=4;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102779;OID=.;OPOS=129279597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:24:4:0:0:25:4:0:0 chr3 129281980 . C T 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.059242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0337;QD=60.9763;RBI=0.0685278;REFB=0;REVB=0.0344447;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122734;OID=.;OPOS=129281980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr3 129286413 . G C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000593339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7832;QD=57.1766;RBI=0.0071284;REFB=0;REVB=0.00710367;RO=0;SAF=15;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.0453e-05;OID=.;OPOS=129286413;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:36:15:0:0:36:15:0:0 chr3 129290087 . G A 39.75 PASS AF=0.123077;AO=8;DP=65;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.00335067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8565;QD=2.44614;RBI=0.0230151;REFB=-0.000881265;REVB=0.0227699;RO=56;SAF=3;SAR=5;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129609;STB=0.602853;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00696988;OID=.;OPOS=129290087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:65:65:56:57:8:8:0.123077:5:3:27:29:5:3:28:29 chr3 129291751 . T C 481.41 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0624671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7897;QD=53.4895;RBI=0.0683303;REFB=-0.0405206;REVB=0.0276928;RO=2;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346205;STB=0.518508;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00118677;OID=.;OPOS=129291751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:26:8:0:2:26:8:0:2 chr3 129293183 . T C 585.31 PASS AF=0.97561;AO=38;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000482663;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5051;QD=57.1035;RBI=0.0240215;REFB=-0.0795888;REVB=-0.0240167;RO=1;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240222;STB=0.511622;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00304062;OID=.;OPOS=129293183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:1:1:38:40:0.97561:19:19:0:1:21:19:0:1 chr3 129293256 . T C 673.71 PASS AF=0.717949;AO=56;DP=79;FAO=56;FDP=78;FR=.;FRO=22;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00354742;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.938;QD=34.549;RBI=0.0197903;REFB=-0.00799878;REVB=-0.0194697;RO=20;SAF=35;SAR=21;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129939;STB=0.5102;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.00223488;OID=.;OPOS=129293256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:20:22:56:56:0.717949:21:35:12:8:21:35:13:9 chr3 129302455 . G A 734.72 PASS AF=0.863636;AO=56;DP=64;FAO=57;FDP=66;FR=.;FRO=9;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0441492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.29;QD=44.5283;RBI=0.0546321;REFB=-0.0070339;REVB=0.0321794;RO=8;SAF=23;SAR=33;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701992;STB=0.528043;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00253483;OID=.;OPOS=129302455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:64:66:8:9:56:57:0.863636:33:23:1:7:33:24:2:7 chr3 129303072 . G A 510.59 PASS AF=0.860465;AO=37;DP=43;FAO=37;FDP=43;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00665849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.711;QD=47.4968;RBI=0.0206526;REFB=-0.049639;REVB=0.0195498;RO=5;SAF=11;SAR=26;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269315;STB=0.505985;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00816573;OID=.;OPOS=129303072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:5:6:37:37:0.860465:26:11:2:3:26:11:2:4 chr3 129304797 . G A 466.02 PASS AF=0.813953;AO=35;DP=43;FAO=35;FDP=43;FR=.;FRO=8;FSAF=28;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0204488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.156;QD=43.351;RBI=0.0283271;REFB=-0.0145902;REVB=0.0196029;RO=8;SAF=28;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145585;STB=0.578899;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00315241;OID=.;OPOS=129304797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:8:8:35:35:0.813953:7:28:4:4:7:28:4:4 chr3 129305460 . C T 716.26 PASS AF=0.710843;AO=59;DP=84;FAO=59;FDP=83;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00173634;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.616;QD=34.5186;RBI=0.00191162;REFB=-0.0249611;REVB=-0.000799638;RO=23;SAF=17;SAR=42;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23062;STB=0.619814;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0154799;OID=.;OPOS=129305460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:23:24:59:59:0.710843:42:17:16:7:42:17:16:8 chr3 129310367 . G A 78.86 PASS AF=0.818182;AO=7;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0453537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0008;QD=28.6778;RBI=0.0892948;REFB=-0.118689;REVB=0.0769195;RO=2;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125389;STB=0.555441;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0430583;OID=.;OPOS=129310367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:7:9:0.818182:6:1:0:2:8:1:0:2 chr3 129310405 . A G 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.11629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.171;QD=26.6008;RBI=0.124755;REFB=0.069276;REVB=-0.0451721;RO=2;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110633;STB=0.562356;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.0454904;OID=.;OPOS=129310405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:7:1:0:2:7:1:0:2 chr3 129366963 . G T 32.4 PASS AF=0.1;AO=7;DP=68;FAO=7;FDP=70;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0128648;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.9726;QD=1.8515;RBI=0.0817526;REFB=-0.00570421;REVB=0.080734;RO=61;SAF=5;SAR=2;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258613;STB=0.689822;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0464857;OID=.;OPOS=129366963;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:68:70:61:63:7:7:0.1:2:5:30:31:2:5:32:31 chr3 129367024 . T A 990.42 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453737;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.934;QD=59.1293;RBI=0.0467232;REFB=0;REVB=-0.0111483;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.14103e-05;OID=.;OPOS=129367024;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:65:67:1:38:27:0:0:38:29:0:0 chr3 129538635 . A C,G 479.69 PASS AF=0.0571429,0.914286;AO=2,32;DP=35;FAO=2,32;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=1,17;FSAR=1,15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0231084,0.0117765;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=19.1998,130.517;QD=54.822;RBI=0.0521424,0.0185805;REFB=0.0298924,-0.129814;REVB=0.0467422,0.0143718;RO=0;SAF=1,17;SAR=1,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.665164,0.514277;STBP=0.662,0.521;TYPE=snp,snp;VARB=0.0527718,0.00164944;OID=.,.;OPOS=129538635,129538635;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:35:35:0:1:2,32:2,32:0.0571429,0.914286:1,15:1,17:0:0:1,15:1,17:1:0 chr3 129546729 . T C 1414.36 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00338515;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.462;QD=62.1696;RBI=0.0263473;REFB=0;REVB=0.0261289;RO=0;SAF=51;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00253662;OID=.;OPOS=129546729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:91:0:0:87:91:1:36:51:0:0:40:51:0:0 chr3 129695954 . T C 471.87 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0072192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4513;QD=55.5139;RBI=0.0154508;REFB=0.0275784;REVB=0.0136606;RO=1;SAF=12;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373388;STB=0.519988;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00378357;OID=.;OPOS=129695954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:21:12:1:0:21:12:1:0 chr3 129696041 . A G 859.59 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.655;QD=57.3058;RBI=0.0319101;REFB=0;REVB=0.0237373;RO=0;SAF=16;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83285e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13135e-05;OID=.;OPOS=129696041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:42:16:0:0:43:17:0:0 chr3 129800823 . T G 172.16 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00486136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.328;QD=26.4866;RBI=0.0392827;REFB=-0.0125061;REVB=0.0389807;RO=9;SAF=11;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198959;STB=0.610978;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00456245;OID=.;OPOS=129800823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:6:11:3:6:6:11:3:6 chr3 129800888 . G A 191.55 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0204257;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=200.908;QD=22.5347;RBI=0.036831;REFB=-0.0164964;REVB=-0.0306483;RO=15;SAF=12;SAR=7;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33059;STB=0.684499;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00555797;OID=.;OPOS=129800888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:7:12:3:12:7:12:3:12 chr3 129800895 . G A 138.76 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0124908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.319;QD=19.8229;RBI=0.0155172;REFB=-0.010492;REVB=-0.00920667;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265188;STB=0.648603;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0314974;OID=.;OPOS=129800895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:8:7:2:11:8:7:2:11 chr3 130116696 . A C 789.35 PASS AF=0.835616;AO=61;DP=73;FAO=61;FDP=73;FR=.;FRO=12;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0454865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3809;QD=43.2521;RBI=0.0748805;REFB=-0.02748;REVB=0.0594816;RO=11;SAF=28;SAR=33;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00128934;STB=0.507014;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00505741;OID=.;OPOS=130116696;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:73:73:11:12:61:61:0.835616:33:28:5:6:33:28:5:7 chr3 130162395 . A G 765.18 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0114002;FXX=0.0517152;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.8266;QD=55.6492;RBI=0.0721925;REFB=-0.134346;REVB=-0.0712866;RO=1;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159744;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00365223;OID=.;OPOS=130162395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:29:25:0:1:29:25:0:1 chr3 130174334 . G A 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00699695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.347;QD=57.8844;RBI=0.00840348;REFB=0;REVB=-0.00465414;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50478e-06;OID=.;OPOS=130174334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:29:31:0:0:29:31:0:0 chr3 130187817 . T C 1491.54 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00928861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.604;QD=58.4917;RBI=0.0353165;REFB=0.0139729;REVB=0.0340731;RO=1;SAF=55;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102019;STB=0.505375;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.000217978;OID=.;OPOS=130187817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:46:55:0:1:46:55:0:1 chr3 130190630 . G A 958.52 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00464831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.56;QD=57.2249;RBI=0.0193209;REFB=-0.0510201;REVB=-0.0187534;RO=1;SAF=37;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125996;STB=0.506665;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000313865;OID=.;OPOS=130190630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:29:37:1:0:29:37:1:0 chr3 130284284 . G A 698.97 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0150016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.787;QD=54.8214;RBI=0.0308183;REFB=-0.047605;REVB=-0.0269206;RO=1;SAF=23;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200269;STB=0.510634;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00355313;OID=.;OPOS=130284284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:27:23:1:0:27:23:1:0 chr3 130287194 . AGG A,AG 118.01 PASS AF=0,0.615385;AO=6,15;DP=38;FAO=0,24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=0,12;FSAR=0,12;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.146967,-0.276483;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=14.3779,9.89766;QD=12.1031;RBI=0.155026,0.292299;REFB=-0.0549016,-0.10264;REVB=-0.0493325,-0.0948449;RO=14;SAF=3,8;SAR=3,7;SRF=2;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0.221239,0.221239;SSSB=0.413788,0.328705;STB=0.5,0.615294;STBP=1,0.078;TYPE=del,del;VARB=-0.00670703,0.0530477;OID=.,.;OPOS=130287195,130287195;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.615385:6,15:38:0,24:39:15:0,12:0,12:3:12:36:14:3,8:3,7:2:12 chr3 130300650 . T C 736.37 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0109422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4549;QD=54.546;RBI=0.0109668;REFB=-0.0302088;REVB=-0.000733886;RO=1;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140652;STB=0.50746;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0060369;OID=.;OPOS=130300650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:33:20:0:1:33:20:0:1 chr3 130361856 . G A 1197.98 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00485467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.048;QD=60.6572;RBI=0.0251164;REFB=0;REVB=0.0246428;RO=1;SAF=39;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119826;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000821065;OID=.;OPOS=130361856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:1:0:78:79:1:39:39:1:0:39:40:0:0 chr3 130368069 . A G 617.92 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417325;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.006;QD=61.7922;RBI=0.0702901;REFB=0;REVB=0.0565605;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472967;OID=.;OPOS=130368069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr3 130368301 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.486;QD=55.0984;RBI=0.0513156;REFB=0;REVB=0.0268989;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000415283;OID=.;OPOS=130368301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:17:8:0:0:17:9:0:0 chr3 130449248 . G A 301.98 PASS AF=0.722222;AO=26;DP=36;FAO=26;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0328505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8217;QD=33.5538;RBI=0.0448556;REFB=-0.0897202;REVB=-0.030543;RO=9;SAF=10;SAR=16;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257047;STB=0.504501;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0258807;OID=.;OPOS=130449248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:36:36:9:10:26:26:0.722222:16:10:3:6:16:10:4:6 chr3 130732909 . T C 120.85 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=71;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.0173905;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.9;QD=6.80818;RBI=0.0191265;REFB=-0.0041347;REVB=0.00796185;RO=51;SAF=13;SAR=5;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313743;STB=0.680643;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00868037;OID=.;OPOS=130732909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:51:53:18:18:0.253521:5:13:24:27:5:13:26:27 chr3 130743812 . G A 31.02 PASS AF=0.1;AO=7;DP=68;FAO=7;FDP=70;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=23;FWDB=-0.0265886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.748;QD=1.77267;RBI=0.0497503;REFB=-0.0047153;REVB=-0.0420493;RO=59;SAF=3;SAR=4;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269508;STB=0.679371;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0474173;OID=.;OPOS=130743812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:68:70:59:63:7:7:0.1:4:3:39:20:4:3:40:23 chr3 130852185 . T C 353.61 PASS AF=0.823529;AO=28;DP=34;FAO=28;FDP=34;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0495715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.71;QD=41.6014;RBI=0.0497108;REFB=-0.0341298;REVB=0.0037199;RO=6;SAF=11;SAR=17;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204324;STB=0.511054;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0106458;OID=.;OPOS=130852185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:6:6:28:28:0.823529:17:11:2:4:17:11:2:4 chr3 130947435 . A T 1158.41 PASS AF=0.838384;AO=83;DP=98;FAO=83;FDP=99;FR=.;FRO=16;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0300765;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.15;QD=46.8045;RBI=0.0314265;REFB=-0.0622889;REVB=-0.00911225;RO=14;SAF=36;SAR=47;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411739;STB=0.509685;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0082364;OID=.;OPOS=130947435;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:98:99:14:16:83:83:0.838384:47:36:4:10:47:36:6:10 chr3 130992385 . T C 113.24 PASS AF=0.214286;AO=19;DP=84;FAO=18;FDP=84;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=39;FWDB=-0.0510908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6223;QD=5.39243;RBI=0.0643637;REFB=-0.00416502;REVB=-0.039146;RO=65;SAF=7;SAR=12;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415594;STB=0.564029;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0276818;OID=.;OPOS=130992385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:65:66:19:18:0.214286:12:7:26:39:12:6:27:39 chr3 131068497 . C T 98.51 PASS AF=0.177083;AO=17;DP=97;FAO=17;FDP=96;FR=.;FRO=79;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.000566007;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.114;QD=4.10478;RBI=0.0240578;REFB=0.000667738;REVB=-0.0240512;RO=79;SAF=8;SAR=9;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450964;STB=0.529377;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=-0.00387276;OID=.;OPOS=131068497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:97:96:79:79:17:17:0.177083:9:8:40:39:9:8:40:39 chr3 131068509 . A G 107.91 PASS AF=0.180851;AO=17;DP=94;FAO=17;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=77;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=-0.0655278;FXX=0.0105252;HRUN=5;LEN=1;MLLD=178.92;QD=4.59197;RBI=0.0662073;REFB=-0.0127736;REVB=0.0094615;RO=54;SAF=5;SAR=12;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153174;STB=0.669056;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0253825;OID=.;OPOS=131068509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:54:77:17:17:0.180851:12:5:22:32:12:5:38:39 chr3 131136797 . T C 1169.84 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.715;QD=60.7707;RBI=0.0402707;REFB=0;REVB=0.0312807;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112934;OID=.;OPOS=131136797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:74:77:1:37:37:0:0:39:38:0:0 chr3 131624120 . C G 1085.23 PASS AF=0.928571;AO=77;DP=84;FAO=78;FDP=84;FR=.;FRO=6;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0987101;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.4871;QD=51.6778;RBI=0.103201;REFB=-0.272599;REVB=-0.0301127;RO=6;SAF=37;SAR=40;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481237;STB=0.525634;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.024423;OID=.;OPOS=131624120;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:84:84:6:6:77:78:0.928571:40:37:5:1:41:37:5:1 chr3 131947937 . A G 38.76 PASS AF=0.107143;AO=9;DP=84;FAO=9;FDP=84;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=0.0180852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5083;QD=1.84549;RBI=0.0368715;REFB=-0.00161757;REVB=-0.0321315;RO=71;SAF=7;SAR=2;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28981;STB=0.703654;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0119246;OID=.;OPOS=131947937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:84:84:71:75:9:9:0.107143:2:7:39:32:2:7:43:32 chr3 132218623 . G T 1555.11 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.501;QD=59.812;RBI=0.0296457;REFB=0;REVB=0.0278211;RO=0;SAF=58;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.67652e-05;OID=.;OPOS=132218623;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:102:104:1:44:58:0:0:44:60:0:0 chr3 132257267 . GA G,GT 75.04 PASS AF=0.446809,0;AO=15,3;DP=50;FAO=21,0;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=13,0;FSAR=8,0;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0441499,0.00793145;FXX=0.059988;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=8.09865,66.8693;QD=6.38644;RBI=0.173099,0.00827066;REFB=-0.0788077,-0.00540096;REVB=0.167374,0.00234435;RO=27;SAF=10,3;SAR=5,0;SRF=14;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.168743,0.552625;STB=0.524393,0.5;STBP=0.79,1;TYPE=del,snp;VARB=0.133906,-0.000431729;OID=.,.;OPOS=132257268,132257268;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.446809,0:15,3:50:21,0:47:26:13,0:8,0:15:11:74:27:10,3:5,0:14:13 chr3 132257747 . G A 36.46 PASS AF=0.0978261;AO=9;DP=92;FAO=9;FDP=92;FR=.;FRO=83;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=55;FWDB=-0.0280001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.597;QD=1.58504;RBI=0.0361684;REFB=-0.00773414;REVB=-0.0228943;RO=81;SAF=2;SAR=7;SRF=27;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156472;STB=0.628431;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0267639;OID=.;OPOS=132257747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:92:92:81:83:9:9:0.0978261:7:2:27:54:7:2:28:55 chr3 132360883 . C T 1252.69 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00742178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.01;QD=61.1067;RBI=0.00779133;REFB=0;REVB=0.0023711;RO=0;SAF=55;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187067;OID=.;OPOS=132360883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:25:55:0:0:26:56:0:0 chr3 132401600 . C T 396.14 PASS AF=0.794872;AO=31;DP=39;FAO=31;FDP=39;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0684364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.5346;QD=40.6296;RBI=0.0685252;REFB=0.015367;REVB=-0.00348708;RO=8;SAF=10;SAR=21;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088853;STB=0.547916;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00243188;OID=.;OPOS=132401600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:8:8:31:31:0.794872:21:10:1:7:21:10:1:7 chr3 132436967 . A G 140.59 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00386137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0893;QD=31.2421;RBI=0.0326228;REFB=-0.0148133;REVB=0.0323935;RO=4;SAF=10;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204045;STB=0.613864;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0200835;OID=.;OPOS=132436967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:4:4:14:14:0.777778:4:10:1:3:4:10:1:3 chr3 133114893 . C T 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.753;QD=54.5159;RBI=0.01924;REFB=0;REVB=0.0160819;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016539;OID=.;OPOS=133114893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr3 133327457 . T C 97.96 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.00608101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.563;QD=7.12415;RBI=0.00667725;REFB=-0.00437925;REVB=-0.00275806;RO=41;SAF=9;SAR=5;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189571;STB=0.617244;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0124955;OID=.;OPOS=133327457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:41:41:14:14:0.254545:5:9:20:21:5:9:20:21 chr3 133329943 . G A 74.23 PASS AF=0.162791;AO=13;DP=85;FAO=14;FDP=86;FR=.;FRO=72;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.0146667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.808;QD=3.45277;RBI=0.0149323;REFB=-0.00576713;REVB=-0.00280383;RO=71;SAF=4;SAR=9;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25209;STB=0.694632;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0305085;OID=.;OPOS=133329943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:85:86:71:72:13:14:0.162791:9:4:36:35:10:4:37:35 chr3 133465283 . A G 690.14 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.050138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2239;QD=54.1285;RBI=0.050397;REFB=-0.00153808;REVB=0.00510257;RO=1;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171119;STB=0.508768;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00115234;OID=.;OPOS=133465283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:51:1:1:49:50:0.980392:27:22:0:1:28:22:0:1 chr3 133465353 . G T 35.2 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00470495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.07;QD=5.21555;RBI=0.0168994;REFB=-0.00331814;REVB=-0.0162313;RO=21;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0150283;OID=.;OPOS=133465353;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:4:2:7:14:4:2:7:14 chr3 133474328 . G A 98.05 PASS AF=0.175258;AO=17;DP=97;FAO=17;FDP=97;FR=.;FRO=80;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=55;FWDB=0.0214599;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.198;QD=4.04333;RBI=0.0228157;REFB=-0.00476935;REVB=-0.00774796;RO=79;SAF=9;SAR=8;SRF=25;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270511;STB=0.675619;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0270181;OID=.;OPOS=133474328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:97:97:79:80:17:17:0.175258:8:9:25:54:8:9:25:55 chr3 133475722 . C T 538.55 PASS AF=0.803571;AO=45;DP=56;FAO=45;FDP=56;FR=.;FRO=11;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0337292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7821;QD=38.4679;RBI=0.0421473;REFB=-0.0100397;REVB=0.0252732;RO=11;SAF=32;SAR=13;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711968;STB=0.5383;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00360126;OID=.;OPOS=133475722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:56:56:11:11:45:45:0.803571:13:32:6:5:13:32:6:5 chr3 133483696 . T C 88.71 PASS AF=0.197368;AO=15;DP=76;FAO=15;FDP=76;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=47;FWDB=-0.0054436;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=205.298;QD=4.66911;RBI=0.0386076;REFB=-0.00416527;REVB=-0.0382219;RO=61;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386522;STB=0.736948;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0149911;OID=.;OPOS=133483696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:76:76:61:61:15:15:0.197368:7:8:14:47:7:8:14:47 chr3 133485133 . A G 885.29 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5309;QD=58.0519;RBI=0.049524;REFB=0;REVB=0.0461466;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019986;OID=.;OPOS=133485133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chr3 133547692 . G A 118.99 PASS AF=0.206522;AO=19;DP=92;FAO=19;FDP=92;FR=.;FRO=73;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.0045618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.849;QD=5.17358;RBI=0.00627654;REFB=-0.00105268;REVB=-0.00431103;RO=73;SAF=13;SAR=6;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291761;STB=0.684017;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00513325;OID=.;OPOS=133547692;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:73:73:19:19:0.206522:6:13:33:40:6:13:33:40 chr3 133669987 . T A 83.04 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.074717;FXX=0.0526039;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.2981;QD=18.4543;RBI=0.0811458;REFB=-0.0293418;REVB=-0.0316545;RO=8;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264286;STB=0.651879;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0107768;OID=.;OPOS=133669987;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:19:18:8:8:10:10:0.555556:6:4:6:2:6:4:6:2 chr3 133669993 . A T 107.25 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0270051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.4;QD=22.5795;RBI=0.0279922;REFB=-0.0196538;REVB=-0.00736807;RO=7;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139548;STB=0.578819;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0132443;OID=.;OPOS=133669993;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:6:6:5:2:6:6:5:2 chr3 133698349 . C T 759.11 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0006824;FXX=0.0350816;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.224;QD=55.2082;RBI=0.0188933;REFB=-0.0475352;REVB=0.0188809;RO=1;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020938;STB=0.511107;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00129352;OID=.;OPOS=133698349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:55:1:1:54:54:0.981818:22:32:0:1:22:32:0:1 chr3 133941320 . C T 1017.85 PASS AF=0.959459;AO=70;DP=73;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0196694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1632;QD=55.019;RBI=0.0285596;REFB=-0.00684261;REVB=0.0207066;RO=3;SAF=24;SAR=46;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276188;STB=0.514739;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00131707;OID=.;OPOS=133941320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:73:74:3:3:70:71:0.959459:46:24:2:1:47:24:2:1 chr3 134075522 . A G 1116.96 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.198;QD=60.3763;RBI=0.0414688;REFB=0;REVB=-0.0175003;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59904e-05;OID=.;OPOS=134075522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:41:33:0:0:41:33:0:0 chr3 134077470 . C G 1478.37 PASS AF=0.96;AO=96;DP=100;FAO=96;FDP=100;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00413944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.331;QD=59.135;RBI=0.0127497;REFB=-0.0141439;REVB=0.012059;RO=1;SAF=53;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886434;STB=0.502105;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=2.37132e-05;OID=.;OPOS=134077470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:100:100:1:4:96:96:0.96:43:53:1:0:43:53:2:2 chr3 134214167 . A T 321.33 PASS AF=0.771429;AO=26;DP=34;FAO=27;FDP=35;FR=.;FRO=8;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.033826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.93;QD=36.7231;RBI=0.0582023;REFB=-0.0895849;REVB=0.0473636;RO=7;SAF=15;SAR=11;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00219387;STB=0.512811;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0208203;OID=.;OPOS=134214167;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:35:7:8:26:27:0.771429:11:15:4:3:12:15:4:4 chr3 134278270 . C T 482.49 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613114;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.612;QD=58.4831;RBI=0.0638748;REFB=0;REVB=0.0179139;RO=0;SAF=4;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367895;OID=.;OPOS=134278270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:31:33:1:27:4:0:0:27:6:0:0 chr3 134280395 . T A 740.36 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.312;QD=55.8762;RBI=0.0278334;REFB=0;REVB=-0.0207419;RO=0;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.47583e-06;OID=.;OPOS=134280395;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:17:35:0:0:17:36:0:0 chr3 134322163 . C A 829.03 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00135301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.931;QD=57.1746;RBI=0.0136304;REFB=0;REVB=0.0135631;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105056;OID=.;OPOS=134322163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:58:0:0:55:58:1:24:31:0:0:27:31:0:0 chr3 134322742 . A G 632.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000783512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.454;QD=61.6778;RBI=0.0314326;REFB=0;REVB=-0.0314228;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020193;OID=.;OPOS=134322742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr3 134323156 . A G 657.02 PASS AF=0.957447;AO=42;DP=44;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0508214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3488;QD=55.9169;RBI=0.0796636;REFB=-0.107893;REVB=0.0613473;RO=2;SAF=28;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323575;STB=0.517234;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00938063;OID=.;OPOS=134323156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:47:2:2:42:45:0.957447:14:28:2:0:17:28:2:0 chr3 134499419 . G A,T 739.9 PASS AF=0.962264,0.0377358;AO=51,2;DP=53;FAO=51,2;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24,1;FSAR=27,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199746,-0.0485171;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=50.2635,108.383;QD=55.8411;RBI=0.0260934,0.04935;REFB=0,0;REVB=0.0167892,-0.00902843;RO=0;SAF=24,1;SAR=27,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00118795,0.146883;OID=.,.;OPOS=134499419,134499419;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:53:53:0:0:51,2:51,2:0.962264,0.0377358:27,1:24,1:0:0:27,1:24,1:0:0 chr3 134670524 . C T 763.98 PASS AF=0.919355;AO=57;DP=62;FAO=57;FDP=62;FR=.;FRO=5;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0328134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.398;QD=49.2887;RBI=0.0334758;REFB=-0.0123635;REVB=0.00662642;RO=5;SAF=36;SAR=21;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0051376;STB=0.502731;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.00108211;OID=.;OPOS=134670524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:62:62:5:5:57:57:0.919355:21:36:3:2:21:36:3:2 chr3 134898742 . C T 1617.34 PASS AF=0.990991;AO=109;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000157319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.537;QD=58.2826;RBI=0.0224151;REFB=-0.107338;REVB=0.0224145;RO=1;SAF=59;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00939937;STB=0.504853;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000321106;OID=.;OPOS=134898742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:109:110:0.990991:50:59:0:1:51:59:0:1 chr3 135869439 . G C 74.47 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00527837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0006;QD=22.9148;RBI=0.118581;REFB=-0.0614675;REVB=0.118463;RO=4;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252808;STB=0.642573;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0348115;OID=.;OPOS=135869439;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:4:5:4:0:4:5:4:0 chr3 136053092 . C A 442.97 PASS AF=0.56;AO=40;DP=79;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0167475;FXX=0.137915;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8096;QD=23.6252;RBI=0.0680321;REFB=-0.0112464;REVB=0.0659385;RO=25;SAF=18;SAR=22;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494388;STB=0.554191;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.020208;OID=.;OPOS=136053092;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:75:25:33:40:42:0.56:22:18:13:12:23:19:19:14 chr3 136573440 . A G 959.15 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.016549;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9154;QD=54.8085;RBI=0.0168245;REFB=0.167079;REVB=0.00303201;RO=1;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145389;STB=0.506197;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.00706476;OID=.;OPOS=136573440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:1:3:67:67:0.957143:32:35:0:1:32:35:2:1 chr3 136574501 . A G 1361.48 PASS AF=0.988764;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0956185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.633;QD=61.1901;RBI=0.0957759;REFB=-0.00384484;REVB=0.00548891;RO=1;SAF=47;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997538;STB=0.505153;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000568178;OID=.;OPOS=136574501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:87:88:0.988764:40:47:1:0:40:48:1:0 chr3 136574578 . T A,TTAA 788.09 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=3,52;DP=65;FAO=2,54;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=2,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323447,-0.00780004;FXX=0.0344768;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=48.4069,208.007;QD=56.2924;RBI=0.0403698,0.0157623;REFB=0,0;REVB=0.0241566,0.0136971;RO=9;SAF=0,27;SAR=3,25;SRF=8;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.780801,-0.102752;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0715568,0.00083522;OID=.,.;OPOS=136574578,136574579;OREF=T,-;OALT=A,TAA;OMAPALT=A,TTAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:65:56:9:0:3,52:2,54:0.0357143,0.964286:3,25:0,27:8:1:2,26:0,28:0:0 chr3 136649463 . C T 620.99 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00186841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.809;QD=60.584;RBI=0.032172;REFB=0;REVB=0.0321177;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000813122;OID=.;OPOS=136649463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr3 137786442 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.581;QD=52.6123;RBI=0.024222;REFB=0;REVB=-0.00302538;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130062;OID=.;OPOS=137786442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr3 137787046 . G GT 192.88 PASS AF=1;AO=3;DP=26;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.288679;FXX=0.319872;HRUN=0;LEN=1;MLLD=26.5991;QD=45.3835;RBI=0.28874;REFB=0;REVB=-0.00594311;RO=23;SAF=3;SAR=0;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.499444;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0156065;OID=.;OPOS=137787047;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:3:26:17:17:0:17:0:0:0:3:23:3:0:17:6 chr3 137787047 . C G,T 331.41 PASS AF=0.12,0.88;AO=3,22;DP=25;FAO=3,22;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=3,16;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305011,0.0226208;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=117.986,105.963;QD=53.0252;RBI=0.0328311,0.0242559;REFB=0,0;REVB=-0.0121475,-0.00875483;RO=0;SAF=3,16;SAR=0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.17051e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.110462,-0.00133047;OID=.,.;OPOS=137787047,137787047;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:25:25:0:0:3,22:3,22:0.12,0.88:0,6:3,16:0:0:0,6:3,16:0:0 chr3 137787192 . T C 375.62 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9819;QD=55.6472;RBI=0.0482485;REFB=0;REVB=0.0471196;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482558;OID=.;OPOS=137787192;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr3 137787963 . T G 1377.01 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.659;QD=62.5914;RBI=0.0129565;REFB=0;REVB=-0.00223566;RO=0;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.10125e-06;OID=.;OPOS=137787963;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:40:47:0:0:41:47:0:0 chr3 137807259 . G A 1472.55 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.872;QD=63.3355;RBI=0.0484558;REFB=0;REVB=0.0468846;RO=0;SAF=47;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5766e-05;OID=.;OPOS=137807259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:46:47:0:0:46:47:0:0 chr3 137843106 . T C 820.18 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000683792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.27;QD=55.6056;RBI=0.00216056;REFB=0.000808417;REVB=0.0020495;RO=1;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177973;STB=0.509431;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=1.87311e-06;OID=.;OPOS=137843106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:26:32:0:1:26:32:0:1 chr3 137843476 . G T 898.55 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.158;QD=57.971;RBI=0.0158502;REFB=0;REVB=0.000638697;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.77942e-05;OID=.;OPOS=137843476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:24:37:0:0:24:38:0:0 chr3 137850003 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363517;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.925;QD=58.1418;RBI=0.0396711;REFB=0;REVB=0.0158854;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187263;OID=.;OPOS=137850003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr3 137880743 . G A 340.67 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.845;QD=54.5068;RBI=0.0510813;REFB=0;REVB=-0.033905;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.2824e-05;OID=.;OPOS=137880743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr3 137881265 . T A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.16;QD=56.7066;RBI=0.0469701;REFB=0;REVB=0.0230024;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264217;OID=.;OPOS=137881265;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr3 138033181 . C T 662.8 PASS AF=0.9;AO=45;DP=50;FAO=45;FDP=50;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0349985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5374;QD=53.0241;RBI=0.0350231;REFB=-0.0579719;REVB=0.00131318;RO=4;SAF=29;SAR=16;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605387;STB=0.539665;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0349577;OID=.;OPOS=138033181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:50:50:4:5:45:45:0.9:16:29:4:0:16:29:5:0 chr3 138187568 . C T 2586.03 PASS AF=0.994083;AO=168;DP=169;FAO=168;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=88;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0120056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.16;QD=61.2079;RBI=0.0164071;REFB=-0.0404521;REVB=0.0111829;RO=1;SAF=88;SAR=80;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00591204;STB=0.503105;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=2.71446e-05;OID=.;OPOS=138187568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:169:169:1:1:168:168:0.994083:80:88:0:1:80:88:0:1 chr3 138191448 . A T 1614.52 PASS AF=0.981818;AO=103;DP=109;FAO=108;FDP=110;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=70;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.09068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1768;QD=58.7097;RBI=0.0930797;REFB=-0.0645907;REVB=0.0209996;RO=1;SAF=65;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00724475;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.101e-06;OID=.;OPOS=138191448;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:109:110:1:0:103:108:0.981818:38:65:1:0:38:70:0:0 chr3 138218994 . T C 2887.84 PASS AF=0.984127;AO=185;DP=188;FAO=186;FDP=189;FR=.;FRO=3;FSAF=104;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.030985;FXX=0.00526288;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0081;QD=61.1184;RBI=0.0343933;REFB=-0.131459;REVB=0.0149274;RO=3;SAF=103;SAR=82;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00686976;STB=0.503632;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.000889484;OID=.;OPOS=138218994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:188:189:3:3:185:186:0.984127:82:103:1:2:82:104:1:2 chr3 138289221 . C T 1339.5 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0339;QD=62.3024;RBI=0.0297996;REFB=0;REVB=0.0180416;RO=0;SAF=48;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137646;OID=.;OPOS=138289221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:37:48:0:0:37:49:0:0 chr3 138329862 . G A 1231.35 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00208629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.868;QD=60.0658;RBI=0.024256;REFB=-0.0139034;REVB=0.0241661;RO=1;SAF=39;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119868;STB=0.506328;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000389771;OID=.;OPOS=138329862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:81:81:0.987805:42:39:1:0:42:39:1:0 chr3 138724757 . C G 355.61 PASS AF=0.848485;AO=27;DP=32;FAO=28;FDP=33;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0121199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1871;QD=43.1037;RBI=0.103438;REFB=-0.102891;REVB=0.102725;RO=4;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115798;STB=0.571379;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0311247;OID=.;OPOS=138724757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:32:33:4:5:27:28:0.848485:14:13:0:4:15:13:0:5 chr3 138738956 . C G 275.79 PASS AF=0.821429;AO=23;DP=29;FAO=23;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0132352;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.343;QD=39.3985;RBI=0.0155093;REFB=-0.0764855;REVB=-0.00808519;RO=5;SAF=9;SAR=14;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0029907;STB=0.501627;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00707624;OID=.;OPOS=138738956;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:29:28:5:5:23:23:0.821429:14:9:2:3:14:9:2:3 chr3 138762707 . C G 100.63 PASS AF=0.225352;AO=14;DP=68;FAO=16;FDP=71;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0214736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.715;QD=5.66935;RBI=0.0252667;REFB=-0.0115902;REVB=0.0133151;RO=50;SAF=4;SAR=10;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295845;STB=0.710836;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0224122;OID=.;OPOS=138762707;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:50:55:14:16:0.225352:10:4:26:24:12:4:28:27 chr3 138763627 . GTGCTGCTGCTG GTGCTGCT,GTGCTGCTG 672.95 PASS AF=0,1;AO=10,35;DP=51;FAO=0,47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214478,0.018287;FXX=0.078416;HRUN=1,1;LEN=4,3;MLLD=267.963,281.837;QD=57.2722;RBI=0.0431976,0.0603518;REFB=0,0;REVB=0.0374969,0.0575145;RO=0;SAF=3,17;SAR=7,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.11116e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,6.79294e-05;OID=.,.;OPOS=138763635,138763628;OREF=GCTG,TGC;OALT=-,-;OMAPALT=GTGCTGCT,GTGCTGCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:10,35:51:0,47:47:0:0,23:0,24:0:0:4:0:3,17:7,18:0:0 chr3 139102120 . C A 613.88 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.828;QD=61.388;RBI=0.0257361;REFB=0;REVB=0.0123826;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08862e-05;OID=.;OPOS=139102120;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:18:21:0:0:18:22:0:0 chr3 139303248 . G A 331.22 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000709938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.154;QD=52.9949;RBI=0.0297503;REFB=0;REVB=0.0297418;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140664;OID=.;OPOS=139303248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:23:25:1:14:9:0:0:15:10:0:0 chr3 139318241 . A T 969.92 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.68;QD=58.783;RBI=0.0166642;REFB=0;REVB=0.00443002;RO=0;SAF=19;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.69164e-05;OID=.;OPOS=139318241;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:45:19:0:0:46:20:0:0 chr3 139328739 . C T 175.51 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00723796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8338;QD=46.8022;RBI=0.0249188;REFB=0;REVB=0.0238445;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000926667;OID=.;OPOS=139328739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr3 140401693 . A G 392.28 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0826639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7882;QD=50.6163;RBI=0.0929791;REFB=-0.0411104;REVB=-0.0425652;RO=2;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619954;STB=0.53331;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00986951;OID=.;OPOS=140401693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:14:15:0:2:14:15:0:2 chr3 140406947 . G A 242.85 PASS AF=0.807692;AO=21;DP=26;FAO=21;FDP=26;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0162721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.144;QD=37.3614;RBI=0.0181798;REFB=-0.000869839;REVB=-0.00810711;RO=5;SAF=11;SAR=10;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980376;STB=0.553455;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=1.97044e-05;OID=.;OPOS=140406947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:26:26:5:5:21:21:0.807692:10:11:4:1:10:11:4:1 chr3 140407260 . C A 230.59 PASS AF=0.95;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.203101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.86;QD=46.1187;RBI=0.204052;REFB=-0.0294008;REVB=0.0196789;RO=1;SAF=1;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262699;STB=0.514271;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0035744;OID=.;OPOS=140407260;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:20:1:1:18:19:0.95:17:1:0:1:17:2:0:1 chr3 141011630 . C T 672.26 PASS AF=0.808824;AO=51;DP=66;FAO=55;FDP=68;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0334487;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3188;QD=39.5447;RBI=0.0746039;REFB=-0.057067;REVB=0.0666853;RO=13;SAF=17;SAR=34;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787975;STB=0.535679;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0210745;OID=.;OPOS=141011630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:66:68:13:13:51:55:0.808824:34:17:2:11:38:17:2:11 chr3 141162185 . T G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377903;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=138.577;QD=37.4884;RBI=0.0383245;REFB=0;REVB=0.00637652;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000247115;OID=.;OPOS=141162185;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr3 141163655 . G A 112.9 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0142075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.923;QD=28.2259;RBI=0.0212207;REFB=-0.000498662;REVB=0.0157628;RO=4;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129888;OID=.;OPOS=141163655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:6:6:2:2:6:6:2:2 chr3 141163705 . G A 380.01 PASS AF=0.878788;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00645213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.69;QD=46.0616;RBI=0.0116396;REFB=-0.0293701;REVB=0.00968762;RO=3;SAF=12;SAR=17;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044969;STB=0.510722;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00381184;OID=.;OPOS=141163705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:32:33:3:4:29:29:0.878788:17:12:2:1:17:12:2:2 chr3 141165678 . A T 1025.84 PASS AF=0.817204;AO=76;DP=93;FAO=76;FDP=93;FR=.;FRO=17;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00687463;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1337;QD=44.122;RBI=0.0118317;REFB=-0.0145756;REVB=-0.00962955;RO=17;SAF=35;SAR=41;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640066;STB=0.534117;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00180045;OID=.;OPOS=141165678;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:17:17:76:76:0.817204:41:35:11:6:41:35:11:6 chr3 141326602 . T C 42.55 PASS AF=0.11236;AO=9;DP=88;FAO=10;FDP=89;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=0.0107734;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.869;QD=1.91249;RBI=0.0170539;REFB=-0.0016358;REVB=0.01322;RO=77;SAF=4;SAR=5;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273081;STB=0.528034;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0150765;OID=.;OPOS=141326602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:88:89:77:79:9:10:0.11236:5:4:36:41:5:5:37:42 chr3 141327474 . G A 662.95 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0731843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2116;QD=61.6695;RBI=0.0780391;REFB=0;REVB=0.0270953;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0006561;OID=.;OPOS=141327474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:27:13:0:0:27:16:0:0 chr3 141331222 . G A 2519.16 PASS AF=0.993939;AO=164;DP=166;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=82;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0127179;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7236;QD=61.0706;RBI=0.0234819;REFB=-0.0219858;REVB=0.0197397;RO=1;SAF=82;SAR=82;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00576809;STB=0.50303;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000141616;OID=.;OPOS=141331222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:166:165:1:1:164:164:0.993939:82:82:0:1:82:82:0:1 chr3 141497168 . C T 869.18 PASS AF=0.797619;AO=67;DP=84;FAO=67;FDP=84;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00765411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.867;QD=41.3894;RBI=0.00780579;REFB=-0.0342805;REVB=0.00153133;RO=14;SAF=21;SAR=46;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142002;STB=0.57408;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0140963;OID=.;OPOS=141497168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:14:17:67:67:0.797619:46:21:10:4:46:21:11:6 chr3 141497469 . A T 550.31 PASS AF=0.807018;AO=44;DP=57;FAO=46;FDP=57;FR=.;FRO=11;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0538314;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3681;QD=38.6179;RBI=0.0577151;REFB=-0.0242948;REVB=-0.0208136;RO=8;SAF=22;SAR=22;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358863;STB=0.53986;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00319092;OID=.;OPOS=141497469;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:57:57:8:11:44:46:0.807018:22:22:3:5:24:22:3:8 chr3 142168331 . C T 933.43 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0477495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6005;QD=57.4418;RBI=0.0549155;REFB=0;REVB=0.0271238;RO=0;SAF=41;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331735;OID=.;OPOS=142168331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:23:41:0:0:23:42:0:0 chr3 142670616 . A G 88.66 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0109061;FXX=0.017854;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.952;QD=6.44828;RBI=0.0119439;REFB=-0.00527907;REVB=-0.00486983;RO=41;SAF=5;SAR=8;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323834;STB=0.705592;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00775499;OID=.;OPOS=142670616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:56:55:41:42:13:13:0.236364:8:5:27:14:8:5:28:14 chr3 142730774 . T G 40.64 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0308583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.539;QD=3.45864;RBI=0.0319332;REFB=-0.00241688;REVB=0.00821579;RO=40;SAF=5;SAR=2;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207792;STB=0.648906;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0113347;OID=.;OPOS=142730774;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:40:40:7:7:0.148936:2:5:22:18:2:5:22:18 chr3 142779294 . C T 37.41 PASS AF=0.125;AO=7;DP=56;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=-0.00363559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.228;QD=2.67219;RBI=0.0074937;REFB=-0.00548472;REVB=-0.00655271;RO=49;SAF=3;SAR=4;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129148;STB=0.593332;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0114918;OID=.;OPOS=142779294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:56:56:49:49:7:7:0.125:4:3:16:33:4:3:16:33 chr3 143293012 . A G 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0290978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4681;QD=5.44267;RBI=0.0350206;REFB=0.00811657;REVB=-0.0194874;RO=20;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141693;STB=0.59427;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.0270599;OID=.;OPOS=143293012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:4:2:9:11:4:2:9:11 chr3 145782812 . T C 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0141291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2619;QD=5.57564;RBI=0.0559188;REFB=-0.00681427;REVB=-0.0541044;RO=23;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328123;STB=0.700354;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.020489;OID=.;OPOS=145782812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:23:24:7:7:0.225806:2:5:10:13:2:5:11:13 chr3 145783440 . T C 1330.22 PASS AF=0.759124;AO=104;DP=138;FAO=104;FDP=137;FR=.;FRO=33;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=-0.00103827;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.782;QD=38.8387;RBI=0.00839546;REFB=-0.016235;REVB=0.00833101;RO=29;SAF=52;SAR=52;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105886;STB=0.56933;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00488432;OID=.;OPOS=145783440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:29:33:104:104:0.759124:52:52:7:22:52:52:7:26 chr3 146177815 . C T 75.24 PASS AF=0.12782;AO=17;DP=133;FAO=17;FDP=133;FR=.;FRO=116;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=71;FWDB=-0.0270156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1128;QD=2.26294;RBI=0.0590765;REFB=-3.39988e-05;REVB=-0.0525375;RO=116;SAF=10;SAR=7;SRF=45;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245708;STB=0.66934;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.00284588;OID=.;OPOS=146177815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:133:133:116:116:17:17:0.12782:7:10:45:71:7:10:45:71 chr3 146289323 . T C 36.56 PASS AF=0.171429;AO=7;DP=36;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.014671;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6649;QD=4.1779;RBI=0.014671;REFB=0.00380212;REVB=1.16669e-05;RO=28;SAF=4;SAR=3;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855974;STB=0.542716;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.010458;OID=.;OPOS=146289323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:36:35:28:29:7:6:0.171429:3:4:14:14:3:3:16:13 chr3 148459988 . A C 537.95 PASS AF=0.904762;AO=37;DP=41;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00432012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.998;QD=51.233;RBI=0.0176118;REFB=-0.00561138;REVB=-0.0170737;RO=4;SAF=24;SAR=13;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775494;STB=0.541983;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.000462063;OID=.;OPOS=148459988;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:41:42:4:4:37:38:0.904762:13:24:1:3:13:25:1:3 chr3 148460467 . C A 2560.43 PASS AF=0.982456;AO=167;DP=172;FAO=168;FDP=171;FR=.;FRO=3;FSAF=63;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0105635;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.791;QD=59.8931;RBI=0.0264456;REFB=-0.0268828;REVB=0.0242442;RO=4;SAF=62;SAR=105;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00578796;STB=0.507041;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.000647105;OID=.;OPOS=148460467;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:172:171:4:3:167:168:0.982456:105:62:1:3:105:63:0:3 chr3 148597612 . C T 766.23 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00639611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.336;QD=63.8523;RBI=0.0107976;REFB=0;REVB=-0.0086993;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.38854e-06;OID=.;OPOS=148597612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr3 148759325 . T C 70.92 PASS AF=0.190476;AO=12;DP=64;FAO=12;FDP=63;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.0312325;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6376;QD=4.50276;RBI=0.0462834;REFB=-0.0045984;REVB=-0.0341568;RO=50;SAF=4;SAR=8;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138728;STB=0.584125;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0134662;OID=.;OPOS=148759325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:64:63:50:51:12:12:0.190476:8:4:22:28:8:4:22:29 chr3 148786108 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.959;QD=56.9381;RBI=0.0229206;REFB=0;REVB=-0.00270979;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19773e-05;OID=.;OPOS=148786108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr3 148916235 . T A 842.74 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0168879;FXX=0.0322529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0191;QD=56.1829;RBI=0.0189131;REFB=-0.0356169;REVB=-0.00851502;RO=1;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125832;STB=0.506664;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=3.84886e-05;OID=.;OPOS=148916235;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:62:60:1:1:59:59:0.983333:37:22:0:1:37:22:0:1 chr3 149216629 . C T 125.86 PASS AF=0.157233;AO=25;DP=159;FAO=25;FDP=159;FR=.;FRO=134;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=76;FSRR=58;FWDB=-0.0213529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.481;QD=3.1663;RBI=0.0295021;REFB=-0.00857235;REVB=-0.0203574;RO=134;SAF=8;SAR=17;SRF=76;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310638;STB=0.703983;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.039512;OID=.;OPOS=149216629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:134:134:25:25:0.157233:17:8:76:58:17:8:76:58 chr3 149220517 . C T 31.02 PASS AF=0.1;AO=7;DP=70;FAO=7;FDP=70;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=43;FWDB=-0.0422159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4818;QD=1.77278;RBI=0.0454965;REFB=-0.00474074;REVB=-0.0169631;RO=61;SAF=3;SAR=4;SRF=19;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146216;STB=0.604872;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0229994;OID=.;OPOS=149220517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:70:70:61:63:7:7:0.1:4:3:19:42:4:3:20:43 chr3 149459341 . A G 1541.23 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00241332;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2692;QD=58.7136;RBI=0.0627823;REFB=-0.0195357;REVB=0.0627359;RO=1;SAF=54;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870632;STB=0.504504;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000233164;OID=.;OPOS=149459341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:103:104:0.990476:49:54:1:0:49:55:1:0 chr3 149468530 . T G 449.86 PASS AF=0.727273;AO=40;DP=55;FAO=40;FDP=55;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0552152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.581;QD=32.7169;RBI=0.0565527;REFB=0.00524302;REVB=-0.0122264;RO=15;SAF=22;SAR=18;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108995;STB=0.558954;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00244495;OID=.;OPOS=149468530;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:15:15:40:40:0.727273:18:22:5:10:18:22:5:10 chr3 149479301 . C T 1061.61 PASS AF=0.75;AO=86;DP=116;FAO=87;FDP=116;FR=.;FRO=29;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0118513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.192;QD=36.6073;RBI=0.0118514;REFB=-0.00832137;REVB=-4.46551e-05;RO=29;SAF=38;SAR=48;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801789;STB=0.541301;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0028644;OID=.;OPOS=149479301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:29:29:86:87:0.75:48:38:8:21:49:38:8:21 chr3 149485293 . T C 723.35 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0157893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1374;QD=59.0488;RBI=0.124542;REFB=0.0512368;REVB=0.123537;RO=2;SAF=30;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011445;STB=0.506089;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.000363043;OID=.;OPOS=149485293;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:17:30:1:1:17:30:1:1 chr3 149678534 . C T 728.96 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00542799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.099;QD=57.1736;RBI=0.0132456;REFB=0;REVB=0.0120824;RO=0;SAF=36;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85933e-05;OID=.;OPOS=149678534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:15:36:0:0:15:36:0:0 chr3 150280445 . C G 729.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0354083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6555;QD=62.0734;RBI=0.0354296;REFB=0;REVB=-0.00122941;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014303;OID=.;OPOS=150280445;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:23:21:0:0:24:23:0:0 chr3 150403749 . T C 439.5 PASS AF=0.846154;AO=33;DP=39;FAO=33;FDP=39;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0118916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2663;QD=45.0774;RBI=0.0132653;REFB=0.0731064;REVB=-0.00587871;RO=6;SAF=17;SAR=16;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518781;STB=0.527933;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.0115586;OID=.;OPOS=150403749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:6:6:33:33:0.846154:16:17:2:4:16:17:2:4 chr3 150421419 . G A 317.39 PASS AF=0.692308;AO=26;DP=38;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0207014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.372;QD=32.5523;RBI=0.0218153;REFB=-0.0674078;REVB=-0.00688172;RO=11;SAF=15;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174469;STB=0.502945;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0329143;OID=.;OPOS=150421419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:38:39:11:12:26:27:0.692308:11:15:6:5:11:16:7:5 chr3 151012497 . T C 102.32 PASS AF=0.171171;AO=19;DP=111;FAO=19;FDP=111;FR=.;FRO=92;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=43;FSRR=49;FWDB=0.0167005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.5414;QD=3.68715;RBI=0.0176656;REFB=-0.00341349;REVB=0.00575931;RO=92;SAF=16;SAR=3;SRF=43;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.491425;STB=0.824223;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0237696;OID=.;OPOS=151012497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:92:92:19:19:0.171171:3:16:43:49:3:16:43:49 chr3 151090424 . G A 41.62 PASS AF=0.103093;AO=10;DP=98;FAO=10;FDP=97;FR=.;FRO=87;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=56;FSRR=31;FWDB=-0.0408385;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.618;QD=1.71632;RBI=0.0515451;REFB=-0.00760812;REVB=-0.0314502;RO=87;SAF=2;SAR=8;SRF=56;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.491424;STB=0.855476;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0399251;OID=.;OPOS=151090424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:98:97:87:87:10:10:0.103093:8:2:56:31:8:2:56:31 chr3 151134104 . AGCAGCCCCAGCAGCCCCAGCCCCAGCAGCCTCCCCAGCCCCAGCAGTCCTCGCAGTCCCAGAGTCAGACCCTTGGTCTCCAAGCAAT A 50.0 PASS AO=56;DP=147;LEN=87;RO=91;SAF=2;SAR=73;SRF=10;SRR=62;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=151134105;OREF=GCAGCCCCAGCAGCCCCAGCCCCAGCAGCCTCCCCAGCCCCAGCAGTCCTCGCAGTCCCAGAGTCAGACCCTTGGTCTCCAAGCAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:147:91:56:73:2:10:62 chr3 151143447 . G T 80.57 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00694972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.731;QD=7.67361;RBI=0.0183086;REFB=-0.00977482;REVB=-0.0169383;RO=31;SAF=1;SAR=10;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.486759;STB=0.816893;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0440489;OID=.;OPOS=151143447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:10:1:12:19:10:1:12:19 chr3 151150968 . T G 661.53 PASS AF=0.881356;AO=21;DP=64;FAO=52;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.00901218;FXX=0.063482;HRUN=13;LEN=1;MLLD=213.042;QD=44.8494;RBI=0.0512474;REFB=-0.014151;REVB=-0.0504488;RO=2;SAF=9;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920274;STB=0.56138;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.000739582;OID=.;OPOS=151150968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:64:59:2:7:21:52:0.881356:12:9:2:0:27:25:7:0 chr3 151154666 . T C 1511.11 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.345;QD=59.8461;RBI=0.014751;REFB=0;REVB=0.0057124;RO=0;SAF=59;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.95067e-05;OID=.;OPOS=151154666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:42:59:0:0:42:59:0:0 chr3 151155758 . A C 596.29 PASS AF=0.803279;AO=49;DP=62;FAO=49;FDP=61;FR=.;FRO=12;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0104264;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.537;QD=39.1011;RBI=0.0349608;REFB=-0.0405835;REVB=0.0333698;RO=12;SAF=21;SAR=28;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00445953;STB=0.502391;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.011743;OID=.;OPOS=151155758;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:62:61:12:12:49:49:0.803279:28:21:5:7:28:21:5:7 chr3 151161112 . A G 76.76 PASS AF=0.137097;AO=17;DP=116;FAO=17;FDP=124;FR=.;FRO=107;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=51;FSRR=56;FWDB=-0.0126648;FXX=0.0312476;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.5659;QD=2.47613;RBI=0.0948738;REFB=-0.00783742;REVB=-0.0940247;RO=99;SAF=8;SAR=9;SRF=50;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433155;STB=0.505227;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0423899;OID=.;OPOS=151161112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:116:124:99:107:17:17:0.137097:9:8:50:49:9:8:51:56 chr3 151165678 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.449;QD=54.5177;RBI=0.0117122;REFB=0;REVB=0.00515723;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24773e-05;OID=.;OPOS=151165678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr3 151166422 . C T 431.02 PASS AF=0.804878;AO=31;DP=39;FAO=33;FDP=41;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.010125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.524;QD=42.0507;RBI=0.0267034;REFB=-0.0499279;REVB=0.0247094;RO=8;SAF=15;SAR=16;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413685;STB=0.521468;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.013537;OID=.;OPOS=151166422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:41:8:8:31:33:0.804878:16:15:3:5:17:16:3:5 chr3 151171439 . A C 727.2 PASS AF=0.835616;AO=55;DP=66;FAO=61;FDP=73;FR=.;FRO=12;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0124313;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=187.902;QD=39.8465;RBI=0.012787;REFB=-0.0289091;REVB=0.00299505;RO=10;SAF=25;SAR=30;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158668;STB=0.526071;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00391454;OID=.;OPOS=151171439;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:66:73:10:12:55:61:0.835616:30:25:4:6:31:30:4:8 chr3 151171542 . A G,T 823.66 PASS AF=0.982759,0.0172414;AO=55,3;DP=58;FAO=57,1;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=36,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187877,-0.0174947;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=110.203,159.52;QD=56.8041;RBI=0.0255569,0.0226483;REFB=0,0;REVB=-0.0173257,-0.0143832;RO=0;SAF=20,1;SAR=35,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.67221e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000764907,0.10387;OID=.,.;OPOS=151171542,151171542;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:58:58:0:0:55,3:57,1:0.982759,0.0172414:35,2:20,1:0:0:36,1:21,0:0:0 chr3 151283691 . C A 43.18 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=59;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.00762908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1301;QD=2.87848;RBI=0.0325397;REFB=-0.0176402;REVB=-0.0316327;RO=50;SAF=6;SAR=2;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389128;STB=0.773534;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0615191;OID=.;OPOS=151283691;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:59:60:50:52:8:8:0.133333:2:6:21:29:2:6:22:30 chr3 151283745 . T TA 33.69 PASS AF=0.347826;AO=6;DP=28;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0783054;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.3425;QD=5.85842;RBI=0.150031;REFB=-0.0367865;REVB=0.127975;RO=22;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112174;STB=0.514249;STBP=0.989;TYPE=ins;VARB=0.105409;OID=.;OPOS=151283746;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826:6:28:8:23:15:2:6:4:11:33:22:1:5:5:17 chr3 151463421 . G T 1477.71 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00296835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.262;QD=62.8811;RBI=0.0362018;REFB=0;REVB=0.0360799;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.21572e-05;OID=.;OPOS=151463421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:92:94:1:48:44:0:0:49:45:0:0 chr3 151545601 . G A 492.05 PASS AF=0.741379;AO=43;DP=58;FAO=43;FDP=58;FR=.;FRO=15;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0176195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8896;QD=33.9346;RBI=0.0369299;REFB=-0.00896601;REVB=0.0324557;RO=15;SAF=27;SAR=16;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806996;STB=0.543604;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000985663;OID=.;OPOS=151545601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:15:15:43:43:0.741379:16:27:7:8:16:27:7:8 chr3 152554357 . A G 73.91 PASS AF=0.134454;AO=16;DP=119;FAO=16;FDP=119;FR=.;FRO=103;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=62;FSRR=41;FWDB=-0.0122068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.055;QD=2.48435;RBI=0.0136692;REFB=-0.00216958;REVB=-0.00615139;RO=103;SAF=7;SAR=9;SRF=62;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203479;STB=0.63938;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.016639;OID=.;OPOS=152554357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:119:119:103:103:16:16:0.134454:9:7:62:41:9:7:62:41 chr3 152637565 . C T 686.31 PASS AF=0.808824;AO=54;DP=68;FAO=55;FDP=68;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.031089;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.823;QD=40.3713;RBI=0.0443533;REFB=-0.021503;REVB=-0.0316337;RO=11;SAF=17;SAR=37;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817073;STB=0.559931;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00944777;OID=.;OPOS=152637565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:68:68:11:13:54:55:0.808824:37:17:6:5:37:18:8:5 chr3 152885497 . GTTTTTG GTTTTG,GTTTTGT 122.18 PASS AF=0.415385,0;AO=25,3;DP=66;FAO=27,0;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=21,0;FSAR=6,0;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0788375,0.0142608;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=11.3201,83.6699;QD=7.51904;RBI=0.134978,0.0253373;REFB=-0.0553616,-0.00203635;REVB=0.109561,0.020943;RO=33;SAF=19,3;SAR=6,0;SRF=12;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.409662,0.597696;STB=0.725748,0.5;STBP=0.004,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0805521,0.0761501;OID=.,.;OPOS=152885498,152885502;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=GTTTTG,GTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.415385,0:25,3:66:27,0:65:38:21,0:6,0:16:22:99:33:19,3:6,0:12:21 chr3 153202348 . G A 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00698507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.181;QD=59.6794;RBI=0.0224538;REFB=0;REVB=0.0213397;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83638e-05;OID=.;OPOS=153202348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr3 153725166 . G A 97.74 PASS AF=0.148148;AO=20;DP=135;FAO=20;FDP=135;FR=.;FRO=115;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=66;FSRR=49;FWDB=-0.0484542;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.956;QD=2.89589;RBI=0.0516583;REFB=-0.00274788;REVB=-0.01791;RO=115;SAF=10;SAR=10;SRF=66;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938289;STB=0.562901;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0141849;OID=.;OPOS=153725166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:135:135:115:115:20:20:0.148148:10:10:66:49:10:10:66:49 chr3 153725172 . C T 88.57 PASS AF=0.136691;AO=19;DP=140;FAO=19;FDP=139;FR=.;FRO=120;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=67;FSRR=53;FWDB=0.00451654;FXX=0.00714235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3759;QD=2.54871;RBI=0.0236633;REFB=0.00129462;REVB=0.0232283;RO=114;SAF=9;SAR=10;SRF=65;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12141;STB=0.572645;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=-0.004328;OID=.;OPOS=153725172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:140:139:114:120:19:19:0.136691:10:9:65:49:10:9:67:53 chr3 153725251 . T C 135.27 PASS AF=0.150538;AO=28;DP=185;FAO=28;FDP=186;FR=.;FRO=158;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=87;FSRR=71;FWDB=-0.00627785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8175;QD=2.90911;RBI=0.0539436;REFB=0.00118158;REVB=-0.0535771;RO=157;SAF=19;SAR=9;SRF=87;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166243;STB=0.614305;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=-0.00846936;OID=.;OPOS=153725251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:186:157:158:28:28:0.150538:9:19:87:70:9:19:87:71 chr3 153839866 . G C 2006.34 PASS AF=0.943662;AO=134;DP=142;FAO=134;FDP=142;FR=.;FRO=8;FSAF=70;FSAR=64;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0250515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.788;QD=56.5166;RBI=0.0250901;REFB=-0.0537685;REVB=-0.0013906;RO=8;SAF=70;SAR=64;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010995;STB=0.505795;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00323531;OID=.;OPOS=153839866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:142:142:8:8:134:134:0.943662:64:70:5:3:64:70:5:3 chr3 153839959 . CT TC 463.37 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0155257;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=81.4589;QD=52.9565;RBI=0.017972;REFB=0.00214294;REVB=-0.0090523;RO=2;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406014;STB=0.521726;STBP=0.411;TYPE=mnp;VARB=-0.000756838;OID=.;OPOS=153839959;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:22:11:0:2:22:11:0:2 chr3 154018887 . G C 62.08 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0466662;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.577;QD=7.52521;RBI=0.0496332;REFB=-0.0104248;REVB=-0.0169032;RO=24;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328209;STB=0.520503;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0260279;OID=.;OPOS=154018887;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:5:4:10:14:5:4:10:14 chr3 155241740 . A G 785.89 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.418;QD=64.1539;RBI=0.0115435;REFB=0;REVB=-0.00027049;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11553e-05;OID=.;OPOS=155241740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:20:28:0:0:21:28:0:0 chr3 155461457 . C T 58.47 PASS AF=0.169492;AO=10;DP=59;FAO=10;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0152214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2277;QD=3.96391;RBI=0.032557;REFB=-0.000318724;REVB=-0.0287797;RO=49;SAF=7;SAR=3;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285544;STB=0.692445;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.000667958;OID=.;OPOS=155461457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:59:59:49:49:10:10:0.169492:3:7:23:26:3:7:23:26 chr3 155485302 . C T 409.44 PASS AF=0.861111;AO=31;DP=36;FAO=31;FDP=36;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0501372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.212;QD=45.4929;RBI=0.0503345;REFB=-0.0343473;REVB=0.00445231;RO=5;SAF=22;SAR=9;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148148;STB=0.580068;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0124437;OID=.;OPOS=155485302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:36:36:5:5:31:31:0.861111:9:22:1:4:9:22:1:4 chr3 156544392 . CCG C 30.32 PASS AF=0.235294;AO=6;DP=37;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0207816;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=28.6137;QD=3.56686;RBI=0.054145;REFB=-0.0581214;REVB=-0.049998;RO=26;SAF=5;SAR=1;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313968;STB=0.55541;STBP=0.731;TYPE=del;VARB=0.175908;OID=.;OPOS=156544393;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.235294:6:37:8:34:26:6:2:18:8:30:26:5:1:16:10 chr3 156544584 . C T 2054.88 PASS AF=1;AO=131;DP=134;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5031;QD=60.8854;RBI=0.0360022;REFB=-0.057956;REVB=0.0328523;RO=2;SAF=60;SAR=71;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131985;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166024;OID=.;OPOS=156544584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:134:135:2:0:131:135:1:71:60:0:2:75:60:0:0 chr3 156877276 . CAA C,CGA 38.59 PASS AF=0.130435,0.0217391;AO=5,2;DP=47;FAO=6,1;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=4,0;FSAR=2,1;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0444213,-0.111217;FXX=0.0212721;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=167.385,71.0279;QD=3.35522;RBI=0.058778,0.142812;REFB=0.000835833,0.00408995;REVB=-0.0384916,-0.0895885;RO=39;SAF=3,1;SAR=2,1;SRF=15;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.242173,0.0969769;STB=0.731677,0.987785;STBP=0.295,0.454;TYPE=del,snp;VARB=-0.00524303,-0.0217522;OID=.,.;OPOS=156877277,156877277;OREF=AA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.130435,0.0217391:5,2:47:6,1:46:39:4,0:2,1:15:24:30:39:3,1:2,1:15:24 chr3 156983414 . T C 96.12 PASS AF=0.157025;AO=19;DP=114;FAO=19;FDP=121;FR=.;FRO=102;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=47;FSRR=55;FWDB=0.00874904;FXX=0.00819605;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.688;QD=3.17745;RBI=0.0234969;REFB=-0.0038902;REVB=-0.0218073;RO=95;SAF=10;SAR=9;SRF=44;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0798998;STB=0.555016;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0251394;OID=.;OPOS=156983414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:114:121:95:102:19:19:0.157025:9:10:44:51:9:10:47:55 chr3 157081324 . A G 1453.9 PASS AF=0.989474;AO=91;DP=93;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00936629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4604;QD=61.2169;RBI=0.0144455;REFB=-0.0953308;REVB=0.0109975;RO=2;SAF=44;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000672477;STB=0.505493;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00079804;OID=.;OPOS=157081324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:95:2:1:91:94:0.989474:47:44:1:1:49:45:1:0 chr3 157155314 . C A 1358.99 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00160116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.45;QD=62.4824;RBI=0.0129281;REFB=0;REVB=0.0128286;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12041e-05;OID=.;OPOS=157155314;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:49:37:0:0:50:37:0:0 chr3 157161198 . A AT,T 457.12 PASS AF=1,0;AO=21,10;DP=33;FAO=32,0;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169654,-0.0363415;FXX=0.0302939;HRUN=0,8;LEN=1,1;MLLD=125.459,120.039;QD=57.1405;RBI=0.0298906,0.0440622;REFB=0,0;REVB=0.0246094,0.0249152;RO=1;SAF=8,8;SAR=13,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0341946,0.176689;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=4.14374e-05,0.0383544;OID=.,.;OPOS=157161199,157161198;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:1:0:21,10:32,0:1,0:13,2:8,8:0:1:15,0:17,0:0:0 chr3 157815088 . G A 1307.64 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00476249;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.376;QD=62.2684;RBI=0.0253318;REFB=0;REVB=0.0248801;RO=0;SAF=50;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000631508;OID=.;OPOS=157815088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:34:50:0:0:34:50:0:0 chr3 157815217 . A T 247.23 PASS AF=0.735294;AO=19;DP=29;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0411257;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.5129;QD=29.0853;RBI=0.0413452;REFB=-0.0689066;REVB=0.00425538;RO=10;SAF=5;SAR=14;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103167;STB=0.507686;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0129917;OID=.;OPOS=157815217;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:29:34:10:9:19:25:0.735294:14:5:4:6:16:9:3:6 chr3 158537443 . A G 708.89 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.025899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.449;QD=54.53;RBI=0.0310841;REFB=-0.0580908;REVB=0.017189;RO=1;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144898;STB=0.507689;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0199707;OID=.;OPOS=158537443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:32:19:0:1:32:19:0:1 chr3 158538056 . T C 852.16 PASS AF=0.795181;AO=66;DP=83;FAO=66;FDP=83;FR=.;FRO=17;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0130682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.934;QD=41.0678;RBI=0.0132453;REFB=-0.0120327;REVB=0.00215903;RO=17;SAF=29;SAR=37;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348303;STB=0.518622;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00338884;OID=.;OPOS=158538056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:17:17:66:66:0.795181:37:29:9:8:37:29:9:8 chr3 159744438 . C T 65.42 PASS AF=0.183333;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0174408;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.975;QD=4.36159;RBI=0.0333286;REFB=-0.00676274;REVB=-0.028401;RO=50;SAF=5;SAR=6;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105433;STB=0.578172;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0325467;OID=.;OPOS=159744438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:61:60:50:49:11:11:0.183333:6:5:27:23:6:5:27:22 chr3 159744440 . C T 64.61 PASS AF=0.180328;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0427751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.347;QD=4.23677;RBI=0.043383;REFB=-0.00713483;REVB=-0.00723686;RO=50;SAF=5;SAR=6;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105433;STB=0.569607;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.04104;OID=.;OPOS=159744440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:61:61:50:50:11:11:0.180328:6:5:27:23:6:5:27:23 chr3 160131347 . A G 818.8 PASS AF=0.828947;AO=63;DP=76;FAO=63;FDP=76;FR=.;FRO=13;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0118278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8219;QD=43.0946;RBI=0.073278;REFB=-0.0425879;REVB=0.0723172;RO=12;SAF=31;SAR=32;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00238089;STB=0.507934;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.011273;OID=.;OPOS=160131347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:76:76:12:13:63:63:0.828947:32:31:6:6:32:31:7:6 chr3 160132026 . GA TT 957.92 PASS AF=0.808989;AO=72;DP=90;FAO=72;FDP=89;FR=.;FRO=17;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0262902;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=2;MLLD=104.318;QD=43.0525;RBI=0.031435;REFB=0.00950513;REVB=-0.0172331;RO=17;SAF=30;SAR=42;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411847;STB=0.521982;STBP=0.394;TYPE=mnp;VARB=-0.00234459;OID=.;OPOS=160132026;OREF=GA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:17:17:72:72:0.808989:42:30:9:8:42:30:9:8 chr3 160219829 . C T 36.48 PASS AF=0.0887097;AO=12;DP=124;FAO=11;FDP=124;FR=.;FRO=113;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=57;FSRR=56;FWDB=-0.0364435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1744;QD=1.17662;RBI=0.138356;REFB=-0.0123094;REVB=-0.13347;RO=112;SAF=6;SAR=6;SRF=57;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104909;STB=0.537377;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.108663;OID=.;OPOS=160219829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:124:124:112:113:12:11:0.0887097:6:6:57:55:5:6:57:56 chr3 160219839 . T C 77.79 PASS AF=0.11236;AO=20;DP=178;FAO=20;FDP=178;FR=.;FRO=158;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=69;FSRR=89;FWDB=-0.0528249;FXX=0.00558628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6292;QD=1.74801;RBI=0.0715971;REFB=-0.00910951;REVB=-0.0483289;RO=158;SAF=11;SAR=9;SRF=69;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13861;STB=0.599458;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.082147;OID=.;OPOS=160219839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:178:178:158:158:20:20:0.11236:9:11:69:89:9:11:69:89 chr3 160227606 . A G 353.49 PASS AF=0.823529;AO=28;DP=34;FAO=28;FDP=34;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0429447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5126;QD=41.5871;RBI=0.0825275;REFB=0.0469509;REVB=0.0704738;RO=6;SAF=12;SAR=16;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131883;STB=0.571378;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.00657229;OID=.;OPOS=160227606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:6:6:28:28:0.823529:16:12:5:1:16:12:5:1 chr3 160414759 . G A 53.67 PASS AF=0.103704;AO=14;DP=131;FAO=14;FDP=135;FR=.;FRO=121;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=58;FSRR=63;FWDB=-0.0149844;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.603;QD=1.59036;RBI=0.058021;REFB=-0.00321919;REVB=-0.0560527;RO=117;SAF=9;SAR=5;SRF=58;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177967;STB=0.646043;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0220317;OID=.;OPOS=160414759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:131:135:117:121:14:14:0.103704:5:9:58:59:5:9:58:63 chr3 160967354 . G A 1266.22 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000650145;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6997;QD=61.7668;RBI=0.0186966;REFB=0;REVB=-0.0186853;RO=0;SAF=26;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000218406;OID=.;OPOS=160967354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:81:82:1:55:26:0:0:56:26:0:0 chr3 164714532 . C T 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3297;QD=60.0302;RBI=0.0207587;REFB=0;REVB=0.0181635;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91438e-05;OID=.;OPOS=164714532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:32:40:0:0:32:40:0:0 chr3 164751247 . A G 737.79 PASS AF=0.876923;AO=57;DP=65;FAO=57;FDP=65;FR=.;FRO=8;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0637316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.0015;QD=45.4026;RBI=0.0913454;REFB=-0.0802553;REVB=0.065439;RO=8;SAF=26;SAR=31;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679471;STB=0.536204;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0111366;OID=.;OPOS=164751247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:65:65:8:8:57:57:0.876923:31:26:6:2:31:26:6:2 chr3 164764719 . C A 146.86 PASS AF=0.162921;AO=29;DP=178;FAO=29;FDP=178;FR=.;FRO=149;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=86;FSRR=63;FWDB=-0.0137813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1562;QD=3.30031;RBI=0.0165704;REFB=-0.00452673;REVB=-0.00920076;RO=149;SAF=16;SAR=13;SRF=86;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331526;STB=0.521622;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0241509;OID=.;OPOS=164764719;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:149:149:29:29:0.162921:13:16:86:63:13:16:86:63 chr3 164773053 . TTGGG GTTGG,TTGGA 272.65 PASS AF=0,0.214286;AO=3,12;DP=58;FAO=0,12;FDP=56;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=19;FSAF=0,4;FSAR=0,8;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.00822605,-0.00158097;FXX=0.0344768;HRUN=3,3;LEN=3,1;MLLD=100.665,132.994;QD=19.4751;RBI=0.137122,0.0249894;REFB=-0.00191882,-0.0118464;REVB=-0.136875,-0.0249394;RO=17;SAF=0,4;SAR=3,8;SRF=13;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.719989,-0.412202;STB=0.5,0.734332;STBP=1,0.05;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0161679;OID=.,.;OPOS=164773053,164773057;OREF=TTG,G;OALT=GTT,A;OMAPALT=GTTGG,TTGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:58:56:17:19:3,12:0,12:0,0.214286:3,8:0,4:13:4:0,8:0,4:14:5 chr3 164783165 . T C 81.38 PASS AF=0.142857;AO=17;DP=119;FAO=17;FDP=119;FR=.;FRO=102;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=49;FSRR=53;FWDB=0.00674833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.208;QD=2.73531;RBI=0.0235452;REFB=-0.000342063;REVB=0.0225574;RO=102;SAF=8;SAR=9;SRF=49;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123312;STB=0.508414;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0024829;OID=.;OPOS=164783165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:119:119:102:102:17:17:0.142857:9:8:49:53:9:8:49:53 chr3 164793758 . C A 2843.45 PASS AF=0.84252;AO=199;DP=239;FAO=214;FDP=254;FR=.;FRO=40;FSAF=84;FSAR=130;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0275143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.27;QD=44.7787;RBI=0.0285847;REFB=-0.0226037;REVB=0.00774887;RO=39;SAF=79;SAR=120;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533827;STB=0.525711;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00359974;OID=.;OPOS=164793758;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:254:39:40:199:214:0.84252:120:79:22:17:130:84:22:18 chr3 165547795 . T A 302.35 PASS AF=0.742857;AO=24;DP=33;FAO=26;FDP=35;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.000665841;FXX=0.0277701;HRUN=7;LEN=1;MLLD=175.635;QD=34.5545;RBI=0.00279065;REFB=-0.0168419;REVB=0.00271005;RO=9;SAF=8;SAR=16;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507686;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00443031;OID=.;OPOS=165547795;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:33:35:9:9:24:26:0.742857:16:8:3:6:18:8:3:6 chr3 166900401 . C G 348.58 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0115455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3791;QD=51.6414;RBI=0.0144057;REFB=-0.150657;REVB=-0.00861547;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521722;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00569655;OID=.;OPOS=166900401;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:27:27:0:1:26:26:0.962963:15:11:0:0:15:11:1:0 chr3 166966436 . C T 2600.86 PASS AF=0.994118;AO=167;DP=169;FAO=169;FDP=170;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0217184;FXX=0.0116272;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.205;QD=61.1966;RBI=0.0221354;REFB=-0.0815402;REVB=0.00427631;RO=1;SAF=88;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598615;STB=0.503105;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000202842;OID=.;OPOS=166966436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:169:170:1:1:167:169:0.994118:79:88:0:1:80:89:0:1 chr3 167000256 . G C,T 648.54 PASS AF=0.97619,0.0238095;AO=40,2;DP=42;FAO=41,1;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=32,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00217,0.00649439;FXX=0.0232504;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=184.17,139.039;QD=61.7657;RBI=0.0165789,0.0169441;REFB=0,0;REVB=0.0164363,0.01565;RO=0;SAF=9,0;SAR=31,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.54184e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000374551,0.0140949;OID=.,.;OPOS=167000256,167000256;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:42:42:0:0:40,2:41,1:0.97619,0.0238095:31,2:9,0:0:0:32,1:9,0:0:0 chr3 167051726 . A G 1325.33 PASS AF=1;AO=73;DP=89;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00372334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.2467;QD=57.623;RBI=0.0343613;REFB=0;REVB=0.0341589;RO=0;SAF=27;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00693839;OID=.;OPOS=167051726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:92:0:0:73:92:1:46:27:0:0:61:31:0:0 chr3 167077691 . T A 1008.21 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.612;QD=59.3063;RBI=0.0304163;REFB=0;REVB=-0.000785047;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89556e-05;OID=.;OPOS=167077691;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:31:36:0:0:31:37:0:0 chr3 167184878 . T C 69.44 PASS AF=0.147368;AO=8;DP=89;FAO=14;FDP=95;FR=.;FRO=81;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.0357597;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.927;QD=2.92374;RBI=0.0416555;REFB=-0.0163282;REVB=-0.0213642;RO=81;SAF=5;SAR=3;SRF=42;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121826;STB=0.743593;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.100735;OID=.;OPOS=167184878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:89:95:81:81:8:14:0.147368:3:5:42:39:3:11:42:39 chr3 167217960 . C T 73.14 PASS AF=0.124088;AO=17;DP=138;FAO=17;FDP=137;FR=.;FRO=120;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=68;FSRR=52;FWDB=0.0130005;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0191;QD=2.13536;RBI=0.0175682;REFB=-0.00395973;REVB=-0.0118164;RO=118;SAF=9;SAR=8;SRF=65;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267763;STB=0.532834;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0462201;OID=.;OPOS=167217960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:138:137:118:120:17:17:0.124088:8:9:65:53:8:9:68:52 chr3 167217964 . A G 84.22 PASS AF=0.128378;AO=20;DP=147;FAO=19;FDP=148;FR=.;FRO=129;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=75;FSRR=54;FWDB=-0.00922744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.912;QD=2.27633;RBI=0.0114181;REFB=-0.0024813;REVB=-0.00672505;RO=124;SAF=12;SAR=8;SRF=70;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458379;STB=0.502187;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.015248;OID=.;OPOS=167217964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:147:148:124:129:20:19:0.128378:8:12:70:54:8:11:75:54 chr3 167415751 . T G 387.0 PASS AF=0.738095;AO=31;DP=42;FAO=31;FDP=42;FR=.;FRO=11;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.00127464;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.55;QD=36.8571;RBI=0.0269544;REFB=-0.016124;REVB=0.0269242;RO=11;SAF=21;SAR=10;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135074;STB=0.572969;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00753906;OID=.;OPOS=167415751;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:11:11:31:31:0.738095:10:21:10:1:10:21:10:1 chr3 167543036 . T C 71.68 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0218428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.328;QD=7.96415;RBI=0.0307383;REFB=-0.00309112;REVB=0.0216271;RO=26;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32198;STB=0.6996;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0127205;OID=.;OPOS=167543036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:3:7:11:15:3:7:11:15 chr3 168538993 . A G 1572.47 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.15;QD=59.9037;RBI=0.041379;REFB=0;REVB=0.0327196;RO=0;SAF=44;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.24719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.426e-05;OID=.;OPOS=168538993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:105:0:0:100:105:1:56:44:0:0:58:47:0:0 chr3 168546914 . C T 1499.7 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00453599;FXX=0.00961446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.136;QD=58.2406;RBI=0.0338843;REFB=-0.0783655;REVB=0.0335793;RO=1;SAF=46;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00854831;STB=0.504504;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000283641;OID=.;OPOS=168546914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:101:102:0.990291:55:46:0:1:55:47:0:1 chr3 168851702 . CTTT CTTC,CTT 506.41 PASS AF=0.0594059,0.940594;AO=5,30;DP=101;FAO=6,95;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=0,67;FSAR=6,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0695411,0.843564;FXX=0.00980296;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=234.264,6.50136;QD=20.0557;RBI=0.0722892,0.889606;REFB=0.0319848,0.0550564;REVB=0.0197422,0.282487;RO=51;SAF=0,19;SAR=5,11;SRF=40;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.723383,-0.190766;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0791226,0.0202752;OID=.,.;OPOS=168851705,168851703;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CTTC,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0594059,0.940594:5,30:101:6,95:101:0:0,67:6,28:0:0:16:51:0,19:5,11:40:11 chr3 169482805 . CAA CA,C 106.2 PASS AF=0.40625,0.25;AO=11,5;DP=31;FAO=13,8;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=1,0;FSAR=12,8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0754647,0.0460863;FXX=0.0588062;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=10.9467,19.7133;QD=13.2753;RBI=0.0766353,0.04657;REFB=-0.0627572,-0.0342077;REVB=-0.0133429,-0.00669475;RO=9;SAF=1,0;SAR=10,5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0.380435,0.380435;SSSB=-0.451608,-0.718987;STB=0.758972,0.998023;STBP=0.058,0.029;TYPE=del,del;VARB=0.0323797,0.0352348;OID=.,.;OPOS=169482806,169482806;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40625,0.25:11,5:31:13,8:32:11:1,0:12,8:4:7:47:9:1,0:10,5:4:5 chr3 169540032 . C T 33.39 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.043703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3316;QD=3.33869;RBI=0.0480684;REFB=0.00219149;REVB=-0.0200156;RO=34;SAF=1;SAR=5;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464644;STB=0.832224;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00883421;OID=.;OPOS=169540032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:34:34:6:6:0.15:5:1:19:15:5:1:19:15 chr3 169713483 . C T 780.38 PASS AF=0.813333;AO=61;DP=75;FAO=61;FDP=75;FR=.;FRO=14;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0100609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6074;QD=41.6205;RBI=0.0102397;REFB=-0.0391311;REVB=-0.00190507;RO=14;SAF=38;SAR=23;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14592;STB=0.57805;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00759126;OID=.;OPOS=169713483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:75:75:14:14:61:61:0.813333:23:38:3:11:23:38:3:11 chr3 169806170 . G A 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.212;QD=57.6803;RBI=0.0479949;REFB=0;REVB=-0.0463125;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000399805;OID=.;OPOS=169806170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr3 169894680 . G A 671.88 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00523611;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.197;QD=52.6962;RBI=0.00642105;REFB=-0.0369285;REVB=0.00371659;RO=1;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254237;STB=0.526305;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.000540879;OID=.;OPOS=169894680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:1:2:49:49:0.960784:18:31:0:1:18:31:0:2 chr3 169962666 . TAAA TAA,TAAC 204.96 PASS AF=0.423077,0.384615;AO=8,2;DP=28;FAO=11,10;FDP=26;FR=.;FRO=5;FSAF=10,0;FSAR=1,10;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.095528,-0.0247076;FXX=0.103413;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=12.0073,101.847;QD=31.533;RBI=0.221885,0.156105;REFB=0.0566632,-0.0288966;REVB=0.200268,0.154137;RO=6;SAF=8,0;SAR=0,2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.7882,-0.606693;STB=0.768607,0.998253;STBP=0.029,0.036;TYPE=del,snp;VARB=0.0745066,0.0353102;OID=.,.;OPOS=169962667,169962669;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=TAA,TAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.423077,0.384615:8,2:28:11,10:26:5:10,0:1,10:2:3:89:6:8,0:0,2:3:3 chr3 170078232 . C A,T 415.93 PASS AF=0.0666667,0.933333;AO=2,27;DP=29;FAO=2,28;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=2,13;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00882333,-0.00128329;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=140.37,162.874;QD=55.4578;RBI=0.010197,0.0464574;REFB=0,0;REVB=0.00511161,0.0464397;RO=0;SAF=2,12;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.110323,-0.00839528;OID=.,.;OPOS=170078232,170078232;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:29:30:0:0:2,27:2,28:0.0666667,0.933333:0,15:2,12:0:0:0,15:2,13:0:0 chr3 170198898 . C T 95.98 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0298062;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.307;QD=22.5845;RBI=0.0454846;REFB=-0.015677;REVB=0.0343576;RO=5;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215005;STB=0.511607;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0126787;OID=.;OPOS=170198898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:5:6:11:11:0.647059:7:4:2:3:7:4:2:4 chr3 170819284 . C T 850.56 PASS AF=0.804878;AO=64;DP=82;FAO=66;FDP=82;FR=.;FRO=16;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0554954;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.075;QD=41.4908;RBI=0.0559342;REFB=-0.0435295;REVB=0.00699266;RO=16;SAF=44;SAR=20;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104051;STB=0.548657;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0138065;OID=.;OPOS=170819284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:82:82:16:16:64:66:0.804878:20:44:7:9:22:44:7:9 chr3 170825905 . C G 1643.27 PASS AF=0.990991;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0528601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.149;QD=59.2169;RBI=0.0528867;REFB=0.0518797;REVB=-0.00167689;RO=1;SAF=67;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00703302;STB=0.503649;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.000104495;OID=.;OPOS=170825905;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:111:1:1:109:110:0.990991:42:67:1:0:42:68:1:0 chr3 170893070 . G A 473.4 PASS AF=0.853659;AO=34;DP=41;FAO=35;FDP=41;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0197417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.113;QD=46.1856;RBI=0.0395983;REFB=-0.115877;REVB=-0.0343263;RO=4;SAF=32;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379261;STB=0.696057;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00137568;OID=.;OPOS=170893070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:41:41:4:6:34:35:0.853659:2:32:1:3:2:33:3:3 chr3 170946002 . A G 637.57 PASS AF=0.8;AO=52;DP=65;FAO=52;FDP=65;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0137354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.832;QD=39.2352;RBI=0.0140251;REFB=-0.0363566;REVB=-0.00283598;RO=13;SAF=19;SAR=33;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233713;STB=0.512519;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00587282;OID=.;OPOS=170946002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:65:65:13:13:52:52:0.8:33:19:4:9:33:19:4:9 chr3 171065031 . G C 188.61 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.419;QD=47.1514;RBI=0.00284828;REFB=0;REVB=0.00284828;RO=0;SAF=0;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11321e-06;OID=.;OPOS=171065031;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:15:0:0:0:16:0:0:0 chr3 171338237 . T G 519.03 PASS AF=0.826087;AO=38;DP=46;FAO=38;FDP=46;FR=.;FRO=8;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.015856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1419;QD=45.1334;RBI=0.0193164;REFB=-0.00699523;REVB=0.0110322;RO=8;SAF=22;SAR=16;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153111;STB=0.508231;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00132741;OID=.;OPOS=171338237;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:46:8:8:38:38:0.826087:16:22:5:3:16:22:5:3 chr3 171844787 . A T 49.67 PASS AF=0.11828;AO=11;DP=93;FAO=11;FDP=93;FR=.;FRO=82;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=40;FWDB=-0.0101584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.968;QD=2.13624;RBI=0.0175834;REFB=-0.00120567;REVB=-0.0143521;RO=82;SAF=8;SAR=3;SRF=42;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266874;STB=0.695989;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00529272;OID=.;OPOS=171844787;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:93:93:82:82:11:11:0.11828:3:8:42:40:3:8:42:40 chr3 172046861 . T C 600.13 PASS AF=0.712329;AO=51;DP=73;FAO=52;FDP=73;FR=.;FRO=21;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0397891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.348;QD=32.8841;RBI=0.0645523;REFB=-0.0237576;REVB=0.0508313;RO=21;SAF=26;SAR=25;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438568;STB=0.52054;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00369697;OID=.;OPOS=172046861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:21:21:51:52:0.712329:25:26:9:12:26:26:9:12 chr3 172166033 . G A 34.57 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0330868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0015;QD=4.6091;RBI=0.0543643;REFB=-0.00244402;REVB=-0.0431363;RO=21;SAF=5;SAR=1;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310274;STB=0.742329;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00690204;OID=.;OPOS=172166033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:21:24:6:6:0.2:1:5:13:8:1:5:14:10 chr3 172224303 . A G 485.21 PASS AF=0.822222;AO=33;DP=42;FAO=37;FDP=45;FR=.;FRO=8;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00147367;FXX=0.0217344;HRUN=7;LEN=1;MLLD=158.955;QD=43.1299;RBI=0.0230446;REFB=-0.00188861;REVB=0.0229974;RO=7;SAF=23;SAR=10;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632901;STB=0.515227;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.000814667;OID=.;OPOS=172224303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:42:45:7:8:33:37:0.822222:10:23:6:1:12:25:6:2 chr3 172428782 . T C 42.9 PASS AF=0.108696;AO=8;DP=90;FAO=10;FDP=92;FR=.;FRO=82;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=50;FWDB=-0.0463676;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.791;QD=1.86513;RBI=0.0474406;REFB=-0.00896546;REVB=0.0100325;RO=82;SAF=2;SAR=6;SRF=32;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175785;STB=0.700587;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0501604;OID=.;OPOS=172428782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:90:92:82:82:8:10:0.108696:6:2:32:50:8:2:32:50 chr3 172514294 . G A 865.25 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0676303;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9797;QD=56.7376;RBI=0.074115;REFB=0;REVB=0.0303179;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00286717;OID=.;OPOS=172514294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:60:61:1:23:37:0:0:23:38:0:0 chr3 172766822 . G A 190.95 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.01068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.319;QD=30.5521;RBI=0.0329642;REFB=-0.01322;REVB=-0.0311862;RO=7;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948483;STB=0.552452;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00655281;OID=.;OPOS=172766822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:11:7:4:3:11:7:4:3 chr3 174581888 . T C 701.32 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.645;QD=62.3392;RBI=0.029076;REFB=0;REVB=0.00730293;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.33266e-05;OID=.;OPOS=174581888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:21:22:0:0:22:23:0:0 chr3 174951756 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.231;QD=56.7058;RBI=0.0181219;REFB=0;REVB=0.0129502;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.41995e-05;OID=.;OPOS=174951756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr3 175165079 . C T 651.17 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191721;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.537;QD=62.0162;RBI=0.0271818;REFB=0;REVB=0.0192687;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124931;OID=.;OPOS=175165079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr3 175189447 . G A 437.7 PASS AF=0.842105;AO=26;DP=39;FAO=32;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00740828;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.559;QD=46.074;RBI=0.00841439;REFB=-0.0397781;REVB=0.00398991;RO=4;SAF=16;SAR=10;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927797;STB=0.559403;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00631474;OID=.;OPOS=175189447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:39:38:4:5:26:32:0.842105:10:16:1:3:12:20:1:4 chr3 175327309 . G A 1899.93 PASS AF=1;AO=121;DP=123;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9627;QD=60.7977;RBI=0.0280445;REFB=0;REVB=0.00579449;RO=1;SAF=61;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772408;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142555;OID=.;OPOS=175327309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:125:1:0:121:125:1:60:61:1:0:62:63:0:0 chr3 175345143 . C G 944.9 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00149193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.925;QD=56.4121;RBI=0.0118193;REFB=0.0474482;REVB=0.0117248;RO=1;SAF=33;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141005;STB=0.50746;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000156622;OID=.;OPOS=175345143;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:65:66:0.985075:32:33:1:0:33:33:1:0 chr3 175473047 . T C 1537.27 PASS AF=1;AO=103;DP=105;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216205;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5236;QD=59.1258;RBI=0.0238838;REFB=0;REVB=0.0101485;RO=0;SAF=47;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132148;OID=.;OPOS=175473047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:105:104:0:0:103:104:1:56:47:0:0:57:47:0:0 chr3 175521509 . A G 993.47 PASS AF=0.958333;AO=68;DP=71;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0136055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.572;QD=55.1928;RBI=0.0177697;REFB=-0.150492;REVB=0.0114305;RO=1;SAF=34;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136989;STB=0.521121;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.000787339;OID=.;OPOS=175521509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:71:72:1:3:68:69:0.958333:34:34:1:0:35:34:3:0 chr3 175521611 . A G 874.14 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.07;QD=57.3207;RBI=0.0302268;REFB=0;REVB=-0.0176076;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41152e-05;OID=.;OPOS=175521611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:61:0:0:57:61:1:25:32:0:0:25:36:0:0 chr3 176765269 . T C 58.95 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.0033252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.6962;QD=5.12615;RBI=0.0140851;REFB=-0.00202296;REVB=0.0136869;RO=37;SAF=3;SAR=6;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909761;STB=0.559197;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0142422;OID=.;OPOS=176765269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:37:37:9:9:0.195652:6:3:10:27:6:3:10:27 chr3 176838514 . C G 390.23 PASS AF=1;AO=24;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00817577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8668;QD=55.7469;RBI=0.0406857;REFB=0;REVB=0.0398557;RO=0;SAF=20;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00441072;OID=.;OPOS=176838514;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:24:28:1:4:20:0:0:6:22:0:0 chr3 178546026 . T C 93.23 PASS AF=0.163462;AO=16;DP=103;FAO=17;FDP=104;FR=.;FRO=87;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=-0.0172052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.724;QD=3.58582;RBI=0.0206033;REFB=-0.00157925;REVB=0.0113347;RO=87;SAF=12;SAR=4;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378068;STB=0.764395;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0147222;OID=.;OPOS=178546026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:103:104:87:87:16:17:0.163462:4:12:39:48:4:13:39:48 chr3 178560581 . A C 153.08 PASS AF=0.252747;AO=22;DP=89;FAO=23;FDP=91;FR=.;FRO=68;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=-0.0156075;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.2774;QD=6.7289;RBI=0.0737792;REFB=-0.0135829;REVB=-0.0721094;RO=67;SAF=5;SAR=17;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251942;STB=0.617053;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0380208;OID=.;OPOS=178560581;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:67:68:22:23:0.252747:17:5:27:40:17:6:27:41 chr3 178742690 . T C 652.91 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00979018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.787;QD=60.7359;RBI=0.0196959;REFB=0;REVB=0.0170904;RO=0;SAF=11;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000651959;OID=.;OPOS=178742690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:31:11:0:0:31:12:0:0 chr3 178815528 . G A 1962.75 PASS AF=0.984615;AO=127;DP=129;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0270954;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5297;QD=60.3923;RBI=0.0402104;REFB=0.00301039;REVB=0.0297106;RO=0;SAF=53;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506666;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.000443048;OID=.;OPOS=178815528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:130:0:2:127:128:0.984615:74:53:0:0:74:54:0:2 chr3 178976777 . C T 208.28 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00543761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4987;QD=41.6567;RBI=0.0365617;REFB=-0.0352134;REVB=0.0361551;RO=2;SAF=8;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101694;STB=0.555494;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0170276;OID=.;OPOS=178976777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:10:8:2:0:10:8:2:0 chr3 179096508 . C G 1339.87 PASS AF=0.927083;AO=83;DP=96;FAO=89;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0109353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4213;QD=55.8279;RBI=0.0388397;REFB=-0.0154426;REVB=-0.0372686;RO=6;SAF=48;SAR=35;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318142;STB=0.51795;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00198162;OID=.;OPOS=179096508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:96:96:6:6:83:89:0.927083:35:48:2:4:35:54:2:4 chr3 179137273 . A G 39.24 PASS AF=0.1;AO=9;DP=99;FAO=10;FDP=100;FR=.;FRO=90;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=-0.0423559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.972;QD=1.56977;RBI=0.0425089;REFB=-0.00606305;REVB=-0.00360378;RO=89;SAF=3;SAR=6;SRF=44;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186254;STB=0.580483;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0496564;OID=.;OPOS=179137273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:99:100:89:90:9:10:0.1:6:3:44:45:6:4:44:46 chr3 179298999 . C T 1974.17 PASS AF=1;AO=127;DP=128;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149977;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.767;QD=62.1787;RBI=0.0376655;REFB=0;REVB=-0.0345508;RO=0;SAF=61;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.22321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.33888e-05;OID=.;OPOS=179298999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:127:0:0:127:127:1:66:61:0:0:66:61:0:0 chr3 179371154 . C T 2091.23 PASS AF=0.877907;AO=149;DP=170;FAO=151;FDP=172;FR=.;FRO=21;FSAF=64;FSAR=87;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0181474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.705;QD=48.6333;RBI=0.0295468;REFB=0.0159518;REVB=0.0233171;RO=21;SAF=64;SAR=85;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223973;STB=0.512446;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.00253864;OID=.;OPOS=179371154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:170:172:21:21:149:151:0.877907:85:64:11:10:87:64:11:10 chr3 179502006 . T C 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.88;QD=24.3281;RBI=0.00240696;REFB=-0.020066;REVB=-0.00240696;RO=2;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0101869;OID=.;OPOS=179502006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:7:0:0:2:7:0:0:2 chr3 182631792 . C A 171.69 PASS AF=0.266667;AO=23;DP=89;FAO=24;FDP=90;FR=.;FRO=66;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.0213869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3666;QD=7.63059;RBI=0.0243867;REFB=-0.0132493;REVB=-0.011718;RO=66;SAF=3;SAR=20;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490927;STB=0.809227;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0170279;OID=.;OPOS=182631792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:66:66:23:24:0.266667:20:3:31:35:21:3:31:35 chr3 182681740 . C T 541.15 PASS AF=0.723077;AO=47;DP=65;FAO=47;FDP=65;FR=.;FRO=18;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0116249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4386;QD=33.3013;RBI=0.0118254;REFB=-0.0216033;REVB=-0.00216857;RO=18;SAF=25;SAR=22;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448995;STB=0.524236;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00595248;OID=.;OPOS=182681740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:18:18:47:47:0.723077:22:25:8:10:22:25:8:10 chr3 182755209 . T G 33.15 PASS AF=0.097561;AO=8;DP=83;FAO=8;FDP=82;FR=.;FRO=74;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=51;FWDB=-0.0286692;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.829;QD=1.61724;RBI=0.0287885;REFB=-3.36974e-05;REVB=0.0026177;RO=75;SAF=6;SAR=2;SRF=24;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.466098;STB=0.845056;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0508711;OID=.;OPOS=182755209;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:83:82:75:74:8:8:0.097561:2:6:24:51:2:6:23:51 chr3 182790249 . G A 972.71 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00773944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.86;QD=58.9523;RBI=0.015251;REFB=0;REVB=0.0131413;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63184e-05;OID=.;OPOS=182790249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:63:66:1:34:29:0:0:37:29:0:0 chr3 182853670 . T C 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.495;QD=62.9791;RBI=0.0196551;REFB=0;REVB=-0.00977117;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93728e-05;OID=.;OPOS=182853670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:16:29:0:0:16:29:0:0 chr3 182871962 . C T 2032.77 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00650495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.499;QD=62.0694;RBI=0.00882785;REFB=0;REVB=0.00596796;RO=0;SAF=7;SAR=123;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.05417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14713e-06;OID=.;OPOS=182871962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:0:0:130:131:1:123:7:0:0:124:7:0:0 chr3 182897920 . A G 439.45 PASS AF=0.846154;AO=33;DP=39;FAO=33;FDP=39;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.021475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1728;QD=45.0717;RBI=0.0362101;REFB=0.0826515;REVB=-0.0291547;RO=6;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107506;STB=0.557659;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.0136379;OID=.;OPOS=182897920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:6:6:33:33:0.846154:23:10:0:6:23:10:0:6 chr3 182925404 . T C 736.02 PASS AF=1;AO=47;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4331;QD=55.549;RBI=0.0317831;REFB=0;REVB=0.0300589;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00790797;OID=.;OPOS=182925404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:47:53:1:25:22:0:0:25:28:0:0 chr3 183211906 . A G 985.22 PASS AF=0.922078;AO=69;DP=79;FAO=71;FDP=77;FR=.;FRO=6;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00813448;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.924;QD=51.18;RBI=0.0110882;REFB=-0.0247774;REVB=0.0075351;RO=6;SAF=43;SAR=26;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196685;STB=0.51116;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00241297;OID=.;OPOS=183211906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:79:77:6:6:69:71:0.922078:26:43:3:3:26:45:3:3 chr3 183226072 . G A 739.13 PASS AF=0.821918;AO=59;DP=73;FAO=60;FDP=73;FR=.;FRO=13;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00581053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.352;QD=40.5003;RBI=0.0233887;REFB=-0.0187171;REVB=0.0226555;RO=14;SAF=33;SAR=26;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00440478;STB=0.511785;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00380603;OID=.;OPOS=183226072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:73:73:14:13:59:60:0.821918:26:33:8:6:27:33:8:5 chr3 183368216 . A T 810.18 PASS AF=0.783133;AO=64;DP=84;FAO=65;FDP=83;FR=.;FRO=18;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0117647;FXX=0.0119033;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.586;QD=39.0448;RBI=0.0276601;REFB=-0.0170023;REVB=0.0250334;RO=18;SAF=23;SAR=41;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374202;STB=0.517345;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00324145;OID=.;OPOS=183368216;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:18:18:64:65:0.783133:41:23:8:10:41:24:8:10 chr3 183368891 . C T 553.52 PASS AF=0.807018;AO=46;DP=56;FAO=46;FDP=57;FR=.;FRO=11;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0149765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2118;QD=38.8432;RBI=0.0309316;REFB=-0.00868476;REVB=-0.0270642;RO=10;SAF=25;SAR=21;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189973;STB=0.518111;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0014239;OID=.;OPOS=183368891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:56:57:10:11:46:46:0.807018:21:25:6:4:21:25:7:4 chr3 183442219 . A G 733.8 PASS AF=0.766234;AO=59;DP=78;FAO=59;FDP=77;FR=.;FRO=18;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.023034;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.465;QD=38.1193;RBI=0.0306917;REFB=0.00552604;REVB=0.0202834;RO=17;SAF=21;SAR=38;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512967;STB=0.522267;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.00128331;OID=.;OPOS=183442219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:17:18:59:59:0.766234:38:21:8:9:38:21:8:10 chr3 183465483 . G A 830.98 PASS AF=0.820513;AO=64;DP=78;FAO=64;FDP=78;FR=.;FRO=14;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0279186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.221;QD=42.6143;RBI=0.0283659;REFB=-0.0301932;REVB=0.00501721;RO=14;SAF=30;SAR=34;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345649;STB=0.518453;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00484845;OID=.;OPOS=183465483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:78:78:14:14:64:64:0.820513:34:30:8:6:34:30:8:6 chr3 183476685 . G A 46.1 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0626519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.4088;QD=3.41495;RBI=0.0685442;REFB=-0.0110001;REVB=-0.0278037;RO=46;SAF=5;SAR=3;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152449;STB=0.607206;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0663866;OID=.;OPOS=183476685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:54:54:46:46:8:8:0.148148:3:5:23:23:3:5:23:23 chr3 183508590 . A G 277.29 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.013243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5175;QD=26.4086;RBI=0.0372567;REFB=-0.0196517;REVB=-0.0348236;RO=16;SAF=13;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581605;STB=0.543691;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0219324;OID=.;OPOS=183508590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:17:25:25:0.595238:12:13:7:9:12:13:7:10 chr3 183508714 . G A 656.2 PASS AF=0.760563;AO=54;DP=72;FAO=54;FDP=71;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00472988;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.13;QD=36.9692;RBI=0.0492571;REFB=-0.0427062;REVB=0.0490295;RO=16;SAF=19;SAR=35;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394387;STB=0.530589;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0170204;OID=.;OPOS=183508714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:16:17:54:54:0.760563:35:19:7:9:35:19:8:9 chr3 183521133 . A G 927.48 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.441;QD=57.9677;RBI=0.0157279;REFB=0;REVB=-0.0115096;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94939e-05;OID=.;OPOS=183521133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:40:23:0:0:40:24:0:0 chr3 183530331 . G C 869.18 PASS AF=0.797619;AO=67;DP=84;FAO=67;FDP=84;FR=.;FRO=17;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0145121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.887;QD=41.3893;RBI=0.0192052;REFB=0.000500966;REVB=0.0125793;RO=16;SAF=27;SAR=40;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.082308;STB=0.535744;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.000255424;OID=.;OPOS=183530331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:16:17:67:67:0.797619:40:27:3:13:40:27:4:13 chr3 183533964 . T C 231.82 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9447;QD=48.8036;RBI=0.0182594;REFB=0;REVB=-0.00339207;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113442;OID=.;OPOS=183533964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:11:7:0:0:11:8:0:0 chr3 183558402 . C G 1465.86 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.034666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.811;QD=57.4848;RBI=0.0375112;REFB=0.00419259;REVB=-0.0143304;RO=2;SAF=42;SAR=58;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220506;STB=0.505746;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000309117;OID=.;OPOS=183558402;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:2:1:100:101:0.990196:58:42:2:0:58:43:1:0 chr3 183560195 . A G 528.59 PASS AF=0.925;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0418665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.451;QD=52.8587;RBI=0.041871;REFB=-0.0330685;REVB=0.000611645;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.531898;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00277887;OID=.;OPOS=183560195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:40:40:0:3:37:37:0.925:22:15:0:0:22:15:0:3 chr3 183637722 . T G 48.62 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0338468;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.4502;QD=4.05161;RBI=0.0343365;REFB=-0.00450667;REVB=-0.00577854;RO=38;SAF=3;SAR=5;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214072;STB=0.662869;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0227297;OID=.;OPOS=183637722;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:46:48:38:40:8:8:0.166667:5:3:21:17:5:3:23:17 chr3 183682960 . G A 58.95 PASS AF=0.18;AO=10;DP=51;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.01442;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.435;QD=4.71638;RBI=0.0179858;REFB=0.000129306;REVB=0.0107495;RO=41;SAF=4;SAR=6;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281534;STB=0.651857;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=2.88317e-05;OID=.;OPOS=183682960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:51:50:41:41:10:9:0.18:6:4:26:15:5:4:26:15 chr3 183685534 . A G 746.6 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.097081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0927;QD=63.5406;RBI=0.121427;REFB=0;REVB=0.0729365;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122468;OID=.;OPOS=183685534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr3 183696402 . A G 848.82 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0844187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.201;QD=57.5473;RBI=0.0844475;REFB=0;REVB=0.00220434;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125901;OID=.;OPOS=183696402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:59:0:0:54:59:1:31:23:0:0:32:27:0:0 chr3 183699516 . T C 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0169489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.22;QD=48.6261;RBI=0.0199199;REFB=-0.0996731;REVB=-0.010466;RO=1;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486023;STB=0.526292;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00717645;OID=.;OPOS=183699516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:9:13:0:1:9:13:0:1 chr3 183754294 . G C 955.18 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0586;QD=58.7805;RBI=0.0522788;REFB=0;REVB=-0.0511213;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000462198;OID=.;OPOS=183754294;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:29:35:0:0:29:36:0:0 chr3 183755822 . G A 868.23 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4728;QD=57.882;RBI=0.0826161;REFB=0;REVB=0.0817015;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000602708;OID=.;OPOS=183755822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr3 183756637 . C T 55.33 PASS AF=0.15873;AO=10;DP=63;FAO=10;FDP=63;FR=.;FRO=53;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.00439741;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.022;QD=3.51292;RBI=0.0247497;REFB=-0.0107061;REVB=-0.0243559;RO=53;SAF=6;SAR=4;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180036;STB=0.622399;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0518009;OID=.;OPOS=183756637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:63:63:53:53:10:10:0.15873:4:6:24:29:4:6:24:29 chr3 183756702 . G A 510.58 PASS AF=0.860465;AO=37;DP=43;FAO=37;FDP=43;FR=.;FRO=6;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0192276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.193;QD=47.496;RBI=0.0496722;REFB=-0.0308709;REVB=0.0457998;RO=6;SAF=21;SAR=16;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263314;STB=0.514131;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00605448;OID=.;OPOS=183756702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:43:6:6:37:37:0.860465:16:21:4:2:16:21:4:2 chr3 183756742 . C T 205.92 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0592255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.701;QD=31.6802;RBI=0.0634331;REFB=-0.0354139;REVB=0.0227179;RO=7;SAF=11;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00376217;STB=0.502073;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0261997;OID=.;OPOS=183756742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:19:19:0.730769:8:11:4:3:8:11:4:3 chr3 183774762 . C A 1128.33 PASS AF=0.852632;AO=81;DP=95;FAO=81;FDP=95;FR=.;FRO=14;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0487432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5087;QD=47.5086;RBI=0.0740615;REFB=0.0740936;REVB=0.0557603;RO=14;SAF=43;SAR=38;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284078;STB=0.5151;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.0116911;OID=.;OPOS=183774762;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:95:95:14:14:81:81:0.852632:38:43:6:8:38:43:6:8 chr3 183778010 . G C 1211.83 PASS AF=0.987805;AO=79;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0293706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.75;QD=59.1138;RBI=0.0499554;REFB=-0.110687;REVB=0.0404092;RO=3;SAF=47;SAR=32;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187054;STB=0.507461;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0026234;OID=.;OPOS=183778010;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:3:1:79:81:0.987805:32:47:1:2:33:48:0:1 chr3 183818416 . G A 670.12 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0480057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.134;QD=62.3365;RBI=0.0495373;REFB=0;REVB=-0.0122226;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000511764;OID=.;OPOS=183818416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr3 183861243 . A G 689.76 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.621;QD=59.9788;RBI=0.0229669;REFB=0;REVB=0.0176667;RO=1;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240823;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467868;OID=.;OPOS=183861243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:45:46:1:0:44:46:1:19:25:0:1:20:26:0:0 chr3 183863084 . AAG A 270.58 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.058381;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=282.806;QD=45.0966;RBI=0.061423;REFB=0;REVB=0.0190903;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.324176;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000193574;OID=.;OPOS=183863085;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:22:24:24:0:4:20:0:0:5:0:4:18:0:0 chr3 183882847 . C G 53.05 PASS AF=0.153846;AO=10;DP=65;FAO=10;FDP=65;FR=.;FRO=55;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=-0.0422047;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.8909;QD=3.26436;RBI=0.0595338;REFB=-0.0250281;REVB=-0.0419886;RO=54;SAF=1;SAR=9;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.631196;STB=0.917087;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.114345;OID=.;OPOS=183882847;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:65:65:54:55:10:10:0.153846:9:1:35:19:9:1:35:20 chr3 183900680 . G C 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1481;QD=60.2292;RBI=0.0487962;REFB=0;REVB=0.0318373;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122762;OID=.;OPOS=183900680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr3 183900729 . T C 239.81 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00597876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.045;QD=50.4865;RBI=0.00983301;REFB=0;REVB=0.00780657;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03725e-05;OID=.;OPOS=183900729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:13:5:0:0:14:5:0:0 chr3 183907032 . G C,T 1949.37 PASS AF=0.940299,0.0522388;AO=120,6;DP=127;FAO=126,7;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=72,3;FSAR=54,4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.01225,0.00636942;FXX=0.0147048;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=127.802,84.5393;QD=58.1902;RBI=0.024799,0.00951824;REFB=-0.0721521,-0.0181278;REVB=0.0215622,0.00707301;RO=1;SAF=67,2;SAR=53,4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00887818,0.0962265;STB=0.504586,0.5554;STBP=0.308,0.526;TYPE=snp,snp;VARB=0.000571207,0.0287348;OID=.,.;OPOS=183907032,183907032;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:127:134:1:1:120,6:126,7:0.940299,0.0522388:53,4:67,2:0:1:54,4:72,3:0:1 chr3 183951135 . C T 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0420086;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.939;QD=24.8032;RBI=0.0562213;REFB=-0.023263;REVB=-0.0373646;RO=4;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294912;STB=0.666348;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0163816;OID=.;OPOS=183951135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:4:6:0:4:4:6:0:4 chr3 183951431 . C T 230.81 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0292458;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.815;QD=38.4684;RBI=0.0364363;REFB=-0.0600462;REVB=0.0217322;RO=4;SAF=1;SAR=19;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410203;STB=0.730457;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0102926;OID=.;OPOS=183951431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:24:24:4:4:20:20:0.833333:19:1:2:2:19:1:2:2 chr3 183953972 . G A 518.59 PASS AF=0.818182;AO=43;DP=54;FAO=45;FDP=55;FR=.;FRO=10;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0282114;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9277;QD=37.7154;RBI=0.0426063;REFB=-7.2501e-05;REVB=0.0319283;RO=8;SAF=19;SAR=24;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172013;STB=0.51219;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00296974;OID=.;OPOS=183953972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:54:55:8:10:43:45:0.818182:24:19:4:4:24:21:4:6 chr3 183955109 . C T 603.29 PASS AF=0.693333;AO=52;DP=75;FAO=52;FDP=75;FR=.;FRO=23;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00389664;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=145.657;QD=32.1752;RBI=0.00708277;REFB=-0.0052961;REVB=-0.00591454;RO=18;SAF=30;SAR=22;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640982;STB=0.530685;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00183103;OID=.;OPOS=183955109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:18:23:52:52:0.693333:22:30:8:10:22:30:11:12 chr3 183975365 . C T 487.64 PASS AF=0.897436;AO=34;DP=38;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00781027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.873;QD=50.0141;RBI=0.0491776;REFB=-0.215763;REVB=0.0485534;RO=4;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116334;STB=0.562464;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00526957;OID=.;OPOS=183975365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:38:39:4:4:34:35:0.897436:14:20:0:4:14:21:0:4 chr3 183976108 . T C 600.21 PASS AF=0.702703;AO=52;DP=74;FAO=52;FDP=74;FR=.;FRO=22;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00329336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.708;QD=32.4438;RBI=0.0808281;REFB=-0.0349107;REVB=-0.080761;RO=22;SAF=34;SAR=18;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905775;STB=0.548979;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00500972;OID=.;OPOS=183976108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:22:22:52:52:0.702703:18:34:11:11:18:34:11:11 chr3 184034499 . AG A 100.46 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0422905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.1032;QD=9.80122;RBI=0.124609;REFB=-0.0575675;REVB=-0.117213;RO=20;SAF=1;SAR=19;SRF=7;SRR=13;SSEN=0.539522;SSEP=0;SSSB=-0.551998;STB=0.821173;STBP=0.012;TYPE=del;VARB=0.0467323;OID=.;OPOS=184034500;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.487805:20:41:20:41:21:1:19:7:14:99:20:1:19:7:13 chr3 184037533 . A G 715.38 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000473113;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8112;QD=63.5893;RBI=0.000930354;REFB=0;REVB=-0.000801076;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.14966e-05;OID=.;OPOS=184037533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr3 184039666 . A G 215.09 PASS AF=0.826087;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00276226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.214;QD=37.4061;RBI=0.0628082;REFB=0.0467403;REVB=0.0627474;RO=4;SAF=10;SAR=9;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00837554;STB=0.504582;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.00597165;OID=.;OPOS=184039666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:23:23:4:4:19:19:0.826087:9:10:2:2:9:10:2:2 chr3 184062656 . A C 1236.7 PASS AF=0.661017;AO=55;DP=115;FAO=78;FDP=118;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=23;FSAR=55;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.119765;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.704;QD=41.9219;RBI=0.119806;REFB=-0.0500243;REVB=0.00316058;RO=22;SAF=1;SAR=54;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.693589;STB=0.521561;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0287484;OID=.;OPOS=184062656;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:118:22:21:55:78:0.661017:54:1:9:13:55:23:8:13 chr3 184063382 . C T 419.99 PASS AF=0.634615;AO=27;DP=52;FAO=33;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0250919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.997;QD=32.3069;RBI=0.0256901;REFB=-0.00713026;REVB=-0.00551143;RO=14;SAF=15;SAR=12;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034818;STB=0.532603;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0385944;OID=.;OPOS=184063382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:14:14:27:33:0.634615:12:15:7:7:13:20:7:7 chr3 184082931 . T C 82.11 PASS AF=0.119048;AO=20;DP=168;FAO=20;FDP=168;FR=.;FRO=148;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=81;FSRR=67;FWDB=0.0449187;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1792;QD=1.95492;RBI=0.0705849;REFB=0.00552904;REVB=0.0544477;RO=147;SAF=8;SAR=12;SRF=80;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177549;STB=0.628109;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.0403925;OID=.;OPOS=184082931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:168:168:147:148:20:20:0.119048:12:8:80:67:12:8:81:67 chr3 184103903 . A C 68.49 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0517767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.35;QD=5.829;RBI=0.0531515;REFB=-0.00202018;REVB=-0.0120106;RO=37;SAF=2;SAR=8;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292722;STB=0.693449;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0266965;OID=.;OPOS=184103903;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:37:37:10:10:0.212766:8:2:15:22:8:2:15:22 chr3 184106493 . T G 37.31 PASS AF=0.125;AO=5;DP=57;FAO=7;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.0179454;FXX=0.0175408;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.503;QD=2.66526;RBI=0.049553;REFB=-0.00146968;REVB=-0.0461894;RO=35;SAF=3;SAR=2;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163351;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487477;OID=.;OPOS=184106493;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:57:56:35:49:5:7:0.125:2:3:16:19:4:3:21:28 chr3 184144585 . A G 43.38 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=57;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0283855;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0661;QD=3.09871;RBI=0.0410417;REFB=-0.00708129;REVB=-0.0296426;RO=48;SAF=4;SAR=4;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758029;STB=0.553439;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0460294;OID=.;OPOS=184144585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:57:56:48:48:8:8:0.142857:4:4:21:27:4:4:21:27 chr3 184289152 . A G 999.06 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.834;QD=57.0889;RBI=0.0254427;REFB=0;REVB=0.0132769;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274562;OID=.;OPOS=184289152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:65:70:0:0:65:70:1:28:37:0:0:28:42:0:0 chr3 184550501 . A G 730.65 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0078571;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9805;QD=56.2041;RBI=0.0506668;REFB=0;REVB=0.0500538;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120293;OID=.;OPOS=184550501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:20:31:0:0:21:31:0:0 chr3 184573555 . C T 483.27 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.344;QD=58.5785;RBI=0.0103738;REFB=0;REVB=-0.00159737;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2129e-05;OID=.;OPOS=184573555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr3 184647413 . T C 693.01 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00894001;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.828;QD=63.0012;RBI=0.0224269;REFB=0;REVB=-0.020568;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.90358e-05;OID=.;OPOS=184647413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr3 184654077 . C T 691.67 PASS AF=0.74026;AO=57;DP=77;FAO=57;FDP=77;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0607163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1511;QD=35.9307;RBI=0.068026;REFB=-0.00805106;REVB=-0.0306767;RO=20;SAF=24;SAR=33;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872863;STB=0.546945;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00330361;OID=.;OPOS=184654077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:20:20:57:57:0.74026:33:24:12:8:33:24:12:8 chr3 184795895 . A G 638.86 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0146156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.038;QD=59.4284;RBI=0.0345203;REFB=-0.111724;REVB=0.0312735;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.509799;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000687489;OID=.;OPOS=184795895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:17:25:0:0:17:25:1:0 chr3 184797765 . C T 441.85 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=36;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0205465;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.288;QD=50.4974;RBI=0.0865728;REFB=0.0210169;REVB=-0.0840993;RO=3;SAF=21;SAR=11;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559728;STB=0.530078;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.00228877;OID=.;OPOS=184797765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:36:35:3:3:32:32:0.914286:11:21:1:2:11:21:1:2 chr3 184798067 . T C 40.49 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0072068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.527;QD=3.521;RBI=0.0143897;REFB=-0.00334383;REVB=-0.0124549;RO=38;SAF=3;SAR=4;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14824;STB=0.592331;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0391038;OID=.;OPOS=184798067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:38:39:7:7:0.152174:4:3:21:17:4:3:21:18 chr3 184798097 . G A 440.91 PASS AF=0.825;AO=33;DP=42;FAO=33;FDP=40;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0475955;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.905;QD=44.0914;RBI=0.047792;REFB=-0.014982;REVB=0.00432845;RO=7;SAF=18;SAR=15;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0085027;STB=0.504584;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00333601;OID=.;OPOS=184798097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:42:40:7:7:33:33:0.825:15:18:4:3:15:18:4:3 chr3 184922294 . C T 61.41 PASS AF=0.178571;AO=10;DP=56;FAO=10;FDP=56;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0306773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.554;QD=4.3861;RBI=0.0339063;REFB=-0.00377894;REVB=-0.0144411;RO=46;SAF=5;SAR=5;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267689;STB=0.517822;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0217287;OID=.;OPOS=184922294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:56:56:46:46:10:10:0.178571:5:5:24:22:5:5:24:22 chr3 185046975 . T C 1307.66 PASS AF=0.977528;AO=86;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0182692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.308;QD=58.7714;RBI=0.0240085;REFB=-0.193666;REVB=0.0155771;RO=0;SAF=45;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511625;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.000679479;OID=.;OPOS=185046975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:0:2:86:87:0.977528:41:45:0:0:42:45:0:2 chr3 185146702 . C T 238.07 PASS AF=0.869565;AO=19;DP=26;FAO=20;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0245552;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8485;QD=41.4029;RBI=0.0246038;REFB=0.0555807;REVB=-0.00154522;RO=3;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835987;STB=0.545411;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.00990431;OID=.;OPOS=185146702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:23:3:3:19:20:0.869565:15:4:0:3:15:5:0:3 chr3 185300589 . T C 715.52 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063838;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.029;QD=57.2412;RBI=0.0639478;REFB=0;REVB=0.0037454;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182869;OID=.;OPOS=185300589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:51:50:1:29:22:0:0:28:22:0:0 chr3 185331165 . C A 651.11 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.759;QD=62.0108;RBI=0.0492337;REFB=0;REVB=0.0428267;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452101;OID=.;OPOS=185331165;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr3 185348402 . C T 1192.86 PASS AF=0.912088;AO=82;DP=91;FAO=83;FDP=91;FR=.;FRO=8;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00305596;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.0315;QD=52.4332;RBI=0.0146264;REFB=-0.0897983;REVB=-0.0143036;RO=6;SAF=43;SAR=39;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246362;STB=0.509417;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00872773;OID=.;OPOS=185348402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:91:91:6:8:82:83:0.912088:39:43:2:4:40:43:5:3 chr3 185866733 . T C 1293.17 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.626;QD=61.5794;RBI=0.0344809;REFB=0;REVB=-0.00259371;RO=0;SAF=31;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.08941e-05;OID=.;OPOS=185866733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:52:31:0:0:52:32:0:0 chr3 185867550 . G C 474.74 PASS AF=0.918919;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0172866;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=215.76;QD=51.3236;RBI=0.0187846;REFB=-0.173977;REVB=0.0073509;RO=2;SAF=12;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071724;STB=0.555522;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00105837;OID=.;OPOS=185867550;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:37:37:2:3:34:34:0.918919:22:12:2:0:22:12:3:0 chr3 185990096 . C T 899.58 PASS AF=1;AO=50;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.751;QD=58.0377;RBI=0.0539507;REFB=0;REVB=0.0514263;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038506;OID=.;OPOS=185990096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:50:62:1:27:23:0:0:38:24:0:0 chr3 186006566 . T C 64.62 PASS AF=0.180328;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=-0.0201491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.739;QD=4.23758;RBI=0.0793683;REFB=0.0016804;REVB=-0.0767681;RO=48;SAF=7;SAR=4;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705427;STB=0.558039;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.00779502;OID=.;OPOS=186006566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:61:61:48:50:11:11:0.180328:4:7:33:15:4:7:35:15 chr3 186006618 . G C 715.71 PASS AF=0.963636;AO=35;DP=52;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0364341;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=120.206;QD=52.0513;RBI=0.0404823;REFB=-0.0925602;REVB=0.0176458;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.519992;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00163824;OID=.;OPOS=186006618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:52:55:0:2:35:53:0.963636:17:18:0:0:24:29:0:2 chr3 186015283 . A G 761.31 PASS AF=0.878788;AO=58;DP=66;FAO=58;FDP=66;FR=.;FRO=8;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00283063;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=254.144;QD=46.1398;RBI=0.0044704;REFB=-0.0560382;REVB=-0.00346006;RO=5;SAF=30;SAR=28;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175125;STB=0.532348;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000399034;OID=.;OPOS=186015283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:66:66:5:8:58:58:0.878788:28:30:2:3:28:30:2:6 chr3 186338425 . A C 791.1 PASS AF=1;AO=44;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424898;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.985;QD=64.5793;RBI=0.0425986;REFB=0;REVB=-0.00304203;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168929;OID=.;OPOS=186338425;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:44:49:1:23:21:0:0:23:26:0:0 chr3 186370333 . G T 972.69 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0357499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8082;QD=58.9509;RBI=0.0545447;REFB=0;REVB=0.0411954;RO=0;SAF=41;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74738e-05;OID=.;OPOS=186370333;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:25:41:0:0:25:41:0:0 chr3 186390627 . C T 876.55 PASS AF=0.940299;AO=63;DP=67;FAO=63;FDP=67;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.02014;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.534;QD=52.3316;RBI=0.0430185;REFB=-0.0210334;REVB=0.0380128;RO=3;SAF=26;SAR=37;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514199;STB=0.520614;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.000706452;OID=.;OPOS=186390627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:67:67:3:4:63:63:0.940299:37:26:3:0:37:26:3:1 chr3 186395113 . A G 117.1 PASS AF=0.923077;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0829169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.231;QD=36.0309;RBI=0.0836727;REFB=-0.0211723;REVB=0.0112211;RO=1;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690901;STB=0.533278;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00260801;OID=.;OPOS=186395113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:13:1:1:11:12:0.923077:5:6:1:0:5:7:1:0 chr3 186395180 . T C 471.53 PASS AF=1;AO=28;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.159204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.3995;QD=57.1546;RBI=0.172014;REFB=0;REVB=0.0651365;RO=0;SAF=22;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0049601;OID=.;OPOS=186395180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:28:33:1:6:22:0:0:6:27:0:0 chr3 186395572 . A T 382.5 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0397998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1828;QD=52.7592;RBI=0.0415127;REFB=-0.0182415;REVB=0.0118017;RO=1;SAF=11;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404293;STB=0.521723;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00580354;OID=.;OPOS=186395572;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:17:11:1:0:17:11:1:0 chr3 186435370 . G A 1143.74 PASS AF=0.929412;AO=79;DP=85;FAO=79;FDP=85;FR=.;FRO=6;FSAF=25;FSAR=54;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.000878116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.424;QD=53.8232;RBI=0.0216091;REFB=0.00633529;REVB=0.0215913;RO=6;SAF=25;SAR=54;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077131;STB=0.540891;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.000417098;OID=.;OPOS=186435370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:85:85:6:6:79:79:0.929412:54:25:5:1:54:25:5:1 chr3 186435525 . C T 52.69 PASS AF=0.1375;AO=10;DP=79;FAO=11;FDP=80;FR=.;FRO=69;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=32;FWDB=-0.0211272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.001;QD=2.63441;RBI=0.036294;REFB=-0.00471408;REVB=-0.029511;RO=68;SAF=3;SAR=7;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278686;STB=0.72686;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0398139;OID=.;OPOS=186435525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:79:80:68:69:10:11:0.1375:7:3:36:32:8:3:37:32 chr3 186437944 . T C 788.89 PASS AF=0.714286;AO=64;DP=91;FAO=65;FDP=91;FR=.;FRO=26;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0121305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.919;QD=34.6766;RBI=0.0138463;REFB=-0.0224926;REVB=0.00667615;RO=25;SAF=35;SAR=29;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138709;STB=0.576447;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0047656;OID=.;OPOS=186437944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:25:26:64:65:0.714286:29:35:7:18:30:35:7:19 chr3 186443018 . T C 550.54 PASS AF=0.816327;AO=40;DP=49;FAO=40;FDP=49;FR=.;FRO=9;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0224351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.458;QD=44.9418;RBI=0.0224813;REFB=-0.0244178;REVB=-0.00144056;RO=9;SAF=25;SAR=15;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178088;STB=0.595806;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00945625;OID=.;OPOS=186443018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:9:9:40:40:0.816327:15:25:1:8:15:25:1:8 chr3 186459927 . T C 402.09 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0475113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6392;QD=48.7376;RBI=0.0504031;REFB=0.0235885;REVB=0.016827;RO=3;SAF=14;SAR=16;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899482;STB=0.548355;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=-0.00251629;OID=.;OPOS=186459927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:33:33:3:3:30:30:0.909091:16:14:3:0:16:14:3:0 chr3 186504148 . T C 136.37 PASS AF=0.196721;AO=23;DP=121;FAO=24;FDP=122;FR=.;FRO=98;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=51;FSRR=47;FWDB=0.00942704;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.008;QD=4.471;RBI=0.0231492;REFB=-0.00114263;REVB=-0.0211428;RO=97;SAF=8;SAR=15;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226985;STB=0.651806;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00830753;OID=.;OPOS=186504148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:97:98:23:24:0.196721:15:8:51:46:16:8:51:47 chr3 186509517 . G A 895.58 PASS AF=0.85;AO=67;DP=80;FAO=68;FDP=80;FR=.;FRO=12;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00275367;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.817;QD=44.779;RBI=0.00816933;REFB=-0.034796;REVB=0.00769124;RO=12;SAF=25;SAR=42;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382351;STB=0.518513;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00547974;OID=.;OPOS=186509517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:80:80:12:12:67:68:0.85:42:25:6:6:42:26:6:6 chr3 186795924 . C T 37.67 PASS AF=0.0900901;AO=10;DP=110;FAO=10;FDP=111;FR=.;FRO=101;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=55;FWDB=-0.0382583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9474;QD=1.35749;RBI=0.0402119;REFB=0.00182283;REVB=0.0123815;RO=97;SAF=2;SAR=8;SRF=43;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302558;STB=0.752402;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.0378357;OID=.;OPOS=186795924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:110:111:97:101:10:10:0.0900901:8:2:43:54:8:2:46:55 chr3 186917751 . C G 632.95 PASS AF=0.923077;AO=48;DP=52;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00545856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8563;QD=48.6886;RBI=0.0222087;REFB=0.00718907;REVB=0.0215274;RO=4;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695325;STB=0.537022;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.000969956;OID=.;OPOS=186917751;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:52:52:4:4:48:48:0.923077:25:23:0:4:25:23:0:4 chr3 186937568 . A G 985.65 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00305172;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.476;QD=58.845;RBI=0.0244473;REFB=0;REVB=0.0242561;RO=0;SAF=21;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.72439e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418883;OID=.;OPOS=186937568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:64:67:1:43:21:0:0:46:21:0:0 chr3 186954285 . A G 728.08 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0933;QD=63.3109;RBI=0.0820529;REFB=0;REVB=0.0712346;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000602578;OID=.;OPOS=186954285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:27:16:0:0:29:17:0:0 chr3 187088656 . C T 678.88 PASS AF=0.84375;AO=53;DP=63;FAO=54;FDP=64;FR=.;FRO=10;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00557632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.481;QD=42.4301;RBI=0.0482196;REFB=-0.0654228;REVB=0.047896;RO=10;SAF=26;SAR=27;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269172;STB=0.515619;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0123621;OID=.;OPOS=187088656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:63:64:10:10:53:54:0.84375:27:26:4:6:27:27:4:6 chr3 187088926 . G A 507.46 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.015104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.298;QD=56.384;RBI=0.0426937;REFB=0.0195827;REVB=0.0399328;RO=1;SAF=27;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549101;STB=0.529394;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-8.48277e-05;OID=.;OPOS=187088926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:8:27:0:1:8:27:0:1 chr3 187416634 . C A 1008.19 PASS AF=0.958904;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0413635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5253;QD=55.2433;RBI=0.0414658;REFB=-0.0926266;REVB=0.00291184;RO=3;SAF=24;SAR=46;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276188;STB=0.514626;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00420385;OID=.;OPOS=187416634;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:73:73:3:3:70:70:0.958904:46:24:2:1:46:24:2:1 chr3 187416666 . C T 751.41 PASS AF=0.819444;AO=59;DP=72;FAO=59;FDP=72;FR=.;FRO=13;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0360383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.038;QD=41.7452;RBI=0.0515278;REFB=-0.0448012;REVB=0.0368288;RO=13;SAF=26;SAR=33;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192566;STB=0.510288;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0116108;OID=.;OPOS=187416666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:72:72:13:13:59:59:0.819444:33:26:5:8:33:26:5:8 chr3 187419816 . T C 310.3 PASS AF=0.742857;AO=26;DP=35;FAO=26;FDP=35;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0171454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.563;QD=35.4633;RBI=0.0248789;REFB=-0.0395662;REVB=0.0180276;RO=9;SAF=16;SAR=10;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295404;STB=0.516117;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00457763;OID=.;OPOS=187419816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:9:9:26:26:0.742857:10:16:5:4:10:16:5:4 chr3 187443314 . G A 805.2 PASS AF=0.797468;AO=62;DP=78;FAO=63;FDP=79;FR=.;FRO=16;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0283138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3787;QD=40.7698;RBI=0.0667619;REFB=-0.0436714;REVB=0.0604605;RO=15;SAF=41;SAR=21;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127267;STB=0.576552;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0103145;OID=.;OPOS=187443314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:78:79:15:16:62:63:0.797468:21:41:5:10:21:42:5:11 chr3 187450128 . C T 196.41 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=20;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0304319;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.789;QD=41.3489;RBI=0.10347;REFB=0.00104744;REVB=-0.0988933;RO=2;SAF=13;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677088;STB=0.537145;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00520448;OID=.;OPOS=187450128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:20:19:2:2:17:17:0.894737:4:13:1:1:4:13:1:1 chr3 187897059 . G A 63.4 PASS AF=0.157895;AO=12;DP=76;FAO=12;FDP=76;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=47;FWDB=0.019746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6409;QD=3.33699;RBI=0.0327378;REFB=-0.00284397;REVB=0.0261124;RO=59;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278344;STB=0.636591;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0213497;OID=.;OPOS=187897059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:76:76:59:64:12:12:0.157895:7:5:13:46:7:5:17:47 chr3 187897954 . T A 80.03 PASS AF=0.126761;AO=18;DP=142;FAO=18;FDP=142;FR=.;FRO=124;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=72;FSRR=52;FWDB=0.0426829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.4022;QD=2.25435;RBI=0.0443649;REFB=-0.0139558;REVB=-0.0120999;RO=118;SAF=12;SAR=6;SRF=69;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10845;STB=0.579909;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0837405;OID=.;OPOS=187897954;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:142:142:118:124:18:18:0.126761:6:12:69:49:6:12:72:52 chr3 188327461 . C T 697.85 PASS AF=0.8;AO=56;DP=70;FAO=56;FDP=70;FR=.;FRO=14;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0138493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.586;QD=39.8773;RBI=0.0175898;REFB=-0.0282311;REVB=0.0108443;RO=14;SAF=31;SAR=25;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00675112;STB=0.503614;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00555947;OID=.;OPOS=188327461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:70:70:14:14:56:56:0.8:25:31:8:6:25:31:8:6 chr3 188464248 . G GT 45.79 PASS AF=0.158621;AO=22;DP=145;FAO=23;FDP=145;FR=.;FRO=122;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=69;FSRR=53;FWDB=-0.0118026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.7068;QD=1.26322;RBI=0.0882924;REFB=0.00474644;REVB=-0.0875;RO=122;SAF=13;SAR=9;SRF=70;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223554;STB=0.576491;STBP=0.483;TYPE=ins;VARB=-0.0724152;OID=.;OPOS=188464249;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.158621:22:145:23:145:122:15:8:69:53:45:122:13:9:70:52 chr3 189713205 . T C 31.33 PASS AF=0.104478;AO=7;DP=66;FAO=7;FDP=67;FR=.;FRO=60;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0183197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2711;QD=1.87046;RBI=0.0189699;REFB=-0.00635404;REVB=-0.00492382;RO=59;SAF=2;SAR=5;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225105;STB=0.669142;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0663643;OID=.;OPOS=189713205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:66:67:59:60:7:7:0.104478:5:2:28:31:5:2:28:32 chr3 190023552 . T C 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00549173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.659;QD=5.4427;RBI=0.00680035;REFB=0.00182101;REVB=0.0040107;RO=20;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251436;STB=0.666112;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.00954252;OID=.;OPOS=190023552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:4:2:11:9:4:2:11:9 chr3 190024457 . A G 102.78 PASS AF=0.197674;AO=17;DP=87;FAO=17;FDP=86;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.00494557;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.271;QD=4.78062;RBI=0.018313;REFB=-0.00679695;REVB=0.0176325;RO=68;SAF=7;SAR=10;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189531;STB=0.518912;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0264618;OID=.;OPOS=190024457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:68:69:17:17:0.197674:10:7:29:39:10:7:30:39 chr3 190030680 . A G 125.58 PASS AF=0.175573;AO=23;DP=132;FAO=23;FDP=131;FR=.;FRO=108;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=53;FSRR=55;FWDB=0.00997355;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.344;QD=3.83445;RBI=0.0134494;REFB=-0.00288169;REVB=0.00902295;RO=96;SAF=9;SAR=14;SRF=44;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869638;STB=0.582869;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0141722;OID=.;OPOS=190030680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:96:108:23:23:0.175573:14:9:44:52:14:9:53:55 chr3 190333162 . TG T,TT 1445.47 PASS AF=0.989362,0.0106383;AO=76,14;DP=91;FAO=93,1;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=42,0;FSAR=51,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166586,-0.0171122;FXX=0.0105252;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=318.642,302.975;QD=61.5095;RBI=0.0190063,0.0194628;REFB=0,0;REVB=-0.00915034,-0.00927213;RO=1;SAF=30,9;SAR=46,5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0155115,-0.0478651;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000204571,0.00381765;OID=.,.;OPOS=190333163,190333163;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.989362,0.0106383:76,14:91:93,1:94:0:42,0:51,1:0:0:3:1:30,9:46,5:1:0 chr3 190578566 . A G 1055.74 PASS AF=0.727273;AO=86;DP=119;FAO=88;FDP=121;FR=.;FRO=33;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0055357;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.631;QD=34.9006;RBI=0.0321073;REFB=-0.0294931;REVB=0.0316265;RO=32;SAF=36;SAR=50;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557381;STB=0.533196;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0090639;OID=.;OPOS=190578566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:32:33:86:88:0.727273:50:36:10:22:51:37:10:23 chr3 190999917 . C A 57.34 PASS AF=0.176471;AO=9;DP=51;FAO=9;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0724697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3886;QD=4.49702;RBI=0.072655;REFB=-0.00800419;REVB=-0.00518651;RO=42;SAF=4;SAR=5;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680861;STB=0.54575;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0447356;OID=.;OPOS=190999917;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:51:51:42:42:9:9:0.176471:5:4:21:21:5:4:21:21 chr3 191047532 . A G 1170.23 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0385504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.09;QD=59.2521;RBI=0.071179;REFB=-0.0957617;REVB=0.0598358;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.507245;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00243626;OID=.;OPOS=191047532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:79:0:1:77:78:0.987342:43:34:0:0:44:34:1:0 chr3 191074873 . C G 594.28 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.56;QD=60.952;RBI=0.0364874;REFB=0;REVB=0.0124263;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.63115e-05;OID=.;OPOS=191074873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr3 191093053 . T C 91.1 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0200211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.663;QD=8.28211;RBI=0.0203951;REFB=0.00506774;REVB=0.0038876;RO=31;SAF=4;SAR=8;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288366;STB=0.666389;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.0235427;OID=.;OPOS=191093053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:31:32:12:12:0.272727:8:4:18:13:8:4:18:14 chr3 191093080 . A G 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00252926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.068;QD=7.27144;RBI=0.00798788;REFB=-0.0175276;REVB=0.00757688;RO=25;SAF=4;SAR=5;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134386;STB=0.58423;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0333878;OID=.;OPOS=191093080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:5:4:14:11:5:4:14:11 chr3 191097966 . T C 55.9 PASS AF=0.144737;AO=11;DP=77;FAO=11;FDP=76;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0222006;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.931;QD=2.94194;RBI=0.0353993;REFB=-0.00463019;REVB=0.0275726;RO=65;SAF=10;SAR=1;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.49606;STB=0.859767;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0426062;OID=.;OPOS=191097966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:77:76:65:65:11:11:0.144737:1:10:37:28:1:10:37:28 chr3 191098539 . C G 754.75 PASS AF=0.810811;AO=60;DP=74;FAO=60;FDP=74;FR=.;FRO=14;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.00800522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.677;QD=40.7971;RBI=0.0147547;REFB=-0.0048328;REVB=-0.0123943;RO=14;SAF=29;SAR=31;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106755;STB=0.557034;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00129654;OID=.;OPOS=191098539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:74:74:14:14:60:60:0.810811:31:29:11:3:31:29:11:3 chr3 191100561 . C A 61.71 PASS AF=0.173913;AO=11;DP=68;FAO=12;FDP=69;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=41;FWDB=-0.0498055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1927;QD=3.57756;RBI=0.0718454;REFB=-0.0151922;REVB=-0.05178;RO=54;SAF=6;SAR=5;SRF=13;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383413;STB=0.680897;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0562546;OID=.;OPOS=191100561;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:68:69:54:57:11:12:0.173913:5:6:13:41:6:6:16:41 chr3 191359169 . T C 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00131914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.234;QD=15.6453;RBI=0.00389731;REFB=-0.0162271;REVB=0.00366727;RO=27;SAF=7;SAR=15;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953447;STB=0.580195;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0186459;OID=.;OPOS=191359169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:29:22:22:0.431373:15:7:11:16:15:7:13:16 chr3 191810914 . TA CG 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191682;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=173.259;QD=63.2868;RBI=0.0197374;REFB=0;REVB=-0.00470583;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=7.033e-05;OID=.;OPOS=191810914;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr3 192447403 . G A 768.12 PASS AF=0.782051;AO=61;DP=78;FAO=61;FDP=78;FR=.;FRO=17;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00116358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.726;QD=39.3909;RBI=0.00127809;REFB=-0.00648053;REVB=0.000528776;RO=17;SAF=26;SAR=35;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0060223;STB=0.503225;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.00155707;OID=.;OPOS=192447403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:17:17:61:61:0.782051:35:26:7:10:35:26:7:10 chr3 192447418 . A G 882.24 PASS AF=0.8375;AO=61;DP=74;FAO=67;FDP=80;FR=.;FRO=13;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.00545965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.86;QD=44.1121;RBI=0.0240604;REFB=-0.0290802;REVB=0.0234328;RO=12;SAF=27;SAR=34;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060599;STB=0.531568;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.00575778;OID=.;OPOS=192447418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:74:80:12:13:61:67:0.8375:34:27:3:9:39:28:3:10 chr3 192515557 . G A 535.07 PASS AF=0.818182;AO=44;DP=54;FAO=45;FDP=55;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0179338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.755;QD=38.9144;RBI=0.0199894;REFB=-0.0288088;REVB=0.00882923;RO=10;SAF=19;SAR=25;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929323;STB=0.550914;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.011212;OID=.;OPOS=192515557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:54:55:10:10:44:45:0.818182:25:19:7:3:26:19:7:3 chr3 192994543 . A G 596.97 PASS AF=0.803279;AO=49;DP=62;FAO=49;FDP=61;FR=.;FRO=12;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0674885;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6026;QD=39.1453;RBI=0.0746615;REFB=-0.0442892;REVB=0.0319318;RO=12;SAF=23;SAR=26;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112409;STB=0.560192;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0116852;OID=.;OPOS=192994543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:62:61:12:12:49:49:0.803279:26:23:2:10:26:23:2:10 chr3 193036783 . G A 461.99 PASS AF=0.795455;AO=35;DP=44;FAO=35;FDP=44;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0171855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.591;QD=41.9994;RBI=0.0186274;REFB=-0.0733931;REVB=-0.00718593;RO=9;SAF=18;SAR=17;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100324;STB=0.554076;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0084296;OID=.;OPOS=193036783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:9:9:35:35:0.795455:17:18:7:2:17:18:7:2 chr3 193036794 . G C 573.03 PASS AF=0.836735;AO=41;DP=49;FAO=41;FDP=49;FR=.;FRO=8;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.012623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.074;QD=46.7783;RBI=0.0199245;REFB=-0.045635;REVB=0.0154158;RO=8;SAF=20;SAR=21;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117558;STB=0.563028;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0169643;OID=.;OPOS=193036794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:49:8:8:41:41:0.836735:21:20:7:1:21:20:7:1 chr3 193042776 . T C 570.25 PASS AF=0.854167;AO=39;DP=46;FAO=41;FDP=48;FR=.;FRO=7;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00461975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.817;QD=47.5207;RBI=0.0136073;REFB=-0.0362524;REVB=0.0127991;RO=7;SAF=19;SAR=20;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572395;STB=0.529517;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00500661;OID=.;OPOS=193042776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:46:48:7:7:39:41:0.854167:20:19:2:5:21:20:2:5 chr3 193080414 . C G 1183.29 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=82;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0347859;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.752;QD=58.4343;RBI=0.0355241;REFB=-0.0934158;REVB=0.00720446;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.506848;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000497745;OID=.;OPOS=193080414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:82:81:0:1:79:80:0.987654:44:35:0:0:44:36:1:0 chr3 193096529 . C T 1291.55 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8162;QD=61.5023;RBI=0.0420099;REFB=0;REVB=0.0294974;RO=0;SAF=27;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000701222;OID=.;OPOS=193096529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:56:27:0:0:56:28:0:0 chr3 193180592 . G A 472.85 PASS AF=0.759259;AO=41;DP=54;FAO=41;FDP=54;FR=.;FRO=13;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00624405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.074;QD=35.0257;RBI=0.00733396;REFB=0.00686577;REVB=0.00384692;RO=13;SAF=23;SAR=18;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247243;STB=0.513333;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.00263348;OID=.;OPOS=193180592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:13:13:41:41:0.759259:18:23:8:5:18:23:8:5 chr3 193183817 . A G 499.23 PASS AF=0.804348;AO=37;DP=47;FAO=37;FDP=46;FR=.;FRO=9;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0717571;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.916;QD=43.4114;RBI=0.0756453;REFB=-0.0515403;REVB=0.0239403;RO=9;SAF=21;SAR=16;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855027;STB=0.546074;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0149757;OID=.;OPOS=193183817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:47:46:9:9:37:37:0.804348:16:21:3:6:16:21:3:6 chr3 193209178 . T C 716.45 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00818621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.0613;QD=62.2998;RBI=0.0493963;REFB=0;REVB=0.0487132;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000816766;OID=.;OPOS=193209178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:25:20:0:0:25:21:0:0 chr3 193210768 . A G 1341.46 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0346725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.092;QD=60.9757;RBI=0.0386032;REFB=-0.120943;REVB=0.0169713;RO=1;SAF=40;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997538;STB=0.505262;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00066123;OID=.;OPOS=193210768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:88:1:1:87:87:0.988636:47:40:0:1:47:40:0:1 chr3 193355074 . T C 1557.24 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00400131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.224;QD=63.5608;RBI=0.0206121;REFB=0;REVB=0.02022;RO=0;SAF=25;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.62372e-05;OID=.;OPOS=193355074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:96:98:1:71:25:0:0:72:26:0:0 chr3 193385059 . G A 1377.4 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.703;QD=62.609;RBI=0.0144894;REFB=0;REVB=0.00543786;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88448e-05;OID=.;OPOS=193385059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:47:41:0:0:47:41:0:0 chr3 194061826 . C T 620.53 PASS AF=0.877551;AO=42;DP=48;FAO=43;FDP=49;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0825852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3479;QD=50.6555;RBI=0.101822;REFB=-0.078207;REVB=0.0595594;RO=4;SAF=23;SAR=19;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749234;STB=0.513507;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00630002;OID=.;OPOS=194061826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:49:4:6:42:43:0.877551:19:23:4:0:19:24:4:2 chr3 194061906 . T C 778.13 PASS AF=0.84507;AO=59;DP=70;FAO=60;FDP=71;FR=.;FRO=11;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0193059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1281;QD=43.8382;RBI=0.0193068;REFB=-0.0425354;REVB=-0.000188292;RO=11;SAF=22;SAR=37;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00291218;STB=0.503231;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00647552;OID=.;OPOS=194061906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:70:71:11:11:59:60:0.84507:37:22:4:7:37:23:4:7 chr3 194062519 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0473;QD=42.182;RBI=0.0608249;REFB=0;REVB=-0.0566685;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00217375;OID=.;OPOS=194062519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr3 194062565 . C T 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0157988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9379;QD=37.8912;RBI=0.0166097;REFB=-0.04483;REVB=-0.00512633;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.55546;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0271544;OID=.;OPOS=194062565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:0:1:12:12:0.923077:4:8:0:0:4:8:0:1 chr3 194063300 . T C 841.84 PASS AF=0.792683;AO=65;DP=84;FAO=65;FDP=82;FR=.;FRO=17;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00251821;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5429;QD=41.0653;RBI=0.013079;REFB=-0.0313422;REVB=0.0128343;RO=13;SAF=39;SAR=26;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199363;STB=0.539988;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0105828;OID=.;OPOS=194063300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:13:17:65:65:0.792683:26:39:7:6:26:39:7:10 chr3 194080474 . C T 56.0 PASS AF=0.169811;AO=9;DP=53;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0194397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2022;QD=4.22662;RBI=0.0219036;REFB=-0.00120248;REVB=-0.0100929;RO=43;SAF=4;SAR=5;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082222;STB=0.546116;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00676496;OID=.;OPOS=194080474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:53:53:43:44:9:9:0.169811:5:4:22:21:5:4:22:22 chr3 194118874 . T C 682.14 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00338045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.686;QD=62.013;RBI=0.0172188;REFB=0;REVB=0.0168837;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242658;OID=.;OPOS=194118874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:42:44:1:28:14:0:0:29:15:0:0 chr3 194124427 . C T 710.57 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00261207;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.134;QD=54.659;RBI=0.00799517;REFB=-0.106013;REVB=0.00755644;RO=1;SAF=23;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200269;STB=0.5102;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00163186;OID=.;OPOS=194124427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:52:1:1:50:51:0.980769:27:23:1:0:27:24:1:0 chr3 194313832 . T C 330.19 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.12663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.077;QD=52.8304;RBI=0.127447;REFB=0;REVB=0.0144094;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000683546;OID=.;OPOS=194313832;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:23:25:1:13:10:0:0:13:12:0:0 chr3 194337901 . T C 794.06 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.294;QD=63.525;RBI=0.028554;REFB=0;REVB=0.000186331;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.60929e-05;OID=.;OPOS=194337901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:26:23:0:0:27:23:0:0 chr3 194338423 . C T 741.4 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109075;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.188;QD=57.0311;RBI=0.0118384;REFB=0;REVB=0.00460163;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113392;OID=.;OPOS=194338423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:24:27:0:0:24:28:0:0 chr3 194349178 . C T 1176.95 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0547474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.369;QD=59.5923;RBI=0.056853;REFB=-0.13841;REVB=0.0153291;RO=1;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101785;STB=0.505262;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00075317;OID=.;OPOS=194349178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:79:1:1:77:78:0.987342:46:31:0:1:47:31:0:1 chr3 194373832 . TG CA 2348.13 PASS AF=1;AO=153;DP=158;FAO=153;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350953;FXX=0.0316436;HRUN=2;LEN=2;MLLD=316.11;QD=61.3889;RBI=0.0391523;REFB=0;REVB=0.0173556;RO=0;SAF=75;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.876e-05;OID=.;OPOS=194373832;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:153:0:0:153:153:1:78:75:0:0:78:75:0:0 chr3 194842785 . C G 672.32 PASS AF=0.943396;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0201127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2839;QD=50.7414;RBI=0.05048;REFB=-0.0863645;REVB=-0.0463002;RO=3;SAF=26;SAR=24;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512726;STB=0.527262;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00167814;OID=.;OPOS=194842785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:53:53:3:3:50:50:0.943396:24:26:3:0:24:26:3:0 chr3 194842877 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.409;QD=63.2867;RBI=0.0284081;REFB=0;REVB=0.00352523;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90426e-05;OID=.;OPOS=194842877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr3 194842911 . A G 392.31 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0198338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.344;QD=50.62;RBI=0.0204631;REFB=0.0110194;REVB=-0.00503592;RO=2;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547301;STB=0.529392;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.000545814;OID=.;OPOS=194842911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:16:13:0:2:16:13:0:2 chr3 195076877 . C G 61.42 PASS AF=0.148148;AO=12;DP=82;FAO=12;FDP=81;FR=.;FRO=69;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.0253982;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.786;QD=3.03301;RBI=0.0351025;REFB=-0.0088171;REVB=0.0242306;RO=69;SAF=9;SAR=3;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371186;STB=0.744931;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0545417;OID=.;OPOS=195076877;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:82:81:69:69:12:12:0.148148:3:9:31:38:3:9:32:37 chr3 195242526 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.252;QD=45.8068;RBI=0.0576214;REFB=0;REVB=0.0256438;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425096;OID=.;OPOS=195242526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr3 195345828 . AG GA 93.4 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514899;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=2;MLLD=130.697;QD=41.5099;RBI=0.0522817;REFB=0;REVB=-0.00906416;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00121522;OID=.;OPOS=195345828;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr3 195346477 . C T 286.7 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0696711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3151;QD=30.9949;RBI=0.0767968;REFB=-0.0138924;REVB=0.0323061;RO=12;SAF=16;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136776;STB=0.575219;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0088614;OID=.;OPOS=195346477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:37:37:12:12:25:25:0.675676:9:16:5:7:9:16:5:7 chr3 195346906 . C T 316.3 PASS AF=0.787879;AO=26;DP=33;FAO=26;FDP=33;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0281701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3365;QD=38.3397;RBI=0.085262;REFB=-0.0240719;REVB=0.0804739;RO=7;SAF=7;SAR=19;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197622;STB=0.607912;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00858803;OID=.;OPOS=195346906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:7:7:26:26:0.787879:19:7:5:2:19:7:5:2 chr3 195391111 . T C 176.5 PASS AF=0.231405;AO=28;DP=121;FAO=28;FDP=121;FR=.;FRO=93;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=49;FSRR=44;FWDB=-0.0332781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.424;QD=5.83464;RBI=0.0340583;REFB=-0.00535046;REVB=-0.00724846;RO=92;SAF=9;SAR=19;SRF=49;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26723;STB=0.66016;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0183815;OID=.;OPOS=195391111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:92:93:28:28:0.231405:19:9:49:43:19:9:49:44 chr3 195398105 . T C 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0214857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.487;QD=9.76041;RBI=0.0250671;REFB=-0.0017026;REVB=-0.0129121;RO=11;SAF=6;SAR=1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20937;STB=0.681208;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00889356;OID=.;OPOS=195398105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:11:12:7:7:0.368421:1:6:8:3:1:6:8:4 chr3 195399505 . C T 248.22 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.00484817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.627;QD=11.6809;RBI=0.0358396;REFB=-0.00394775;REVB=0.0355102;RO=54;SAF=17;SAR=13;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176067;STB=0.595268;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00585229;OID=.;OPOS=195399505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:54:55:30:30:0.352941:13:17:22:32:13:17:23:32 chr3 195404649 . A G 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0101123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1013;QD=7.46512;RBI=0.0115899;REFB=-0.00920134;REVB=0.00566297;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281128;STB=0.678486;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0142536;OID=.;OPOS=195404649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:5:2:9:8:5:2:9:8 chr3 195410627 . A G 34.85 PASS AF=0.0673077;AO=14;DP=209;FAO=14;FDP=208;FR=.;FRO=194;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=74;FSRR=120;FWDB=-0.0239932;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.031;QD=0.670215;RBI=0.032882;REFB=-0.000557126;REVB=-0.0224846;RO=192;SAF=3;SAR=11;SRF=73;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202473;STB=0.682779;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0148318;OID=.;OPOS=195410627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:209:208:192:194:14:14:0.0673077:11:3:73:119:11:3:74:120 chr3 195410640 . T C 42.54 PASS AF=0.0733945;AO=16;DP=219;FAO=16;FDP=218;FR=.;FRO=202;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=75;FSRR=127;FWDB=-0.0237907;FXX=0.004566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.112;QD=0.780626;RBI=0.0398861;REFB=-0.00538587;REVB=-0.0320141;RO=202;SAF=3;SAR=13;SRF=75;SRR=127;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236763;STB=0.706824;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0454347;OID=.;OPOS=195410640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:219:218:202:202:16:16:0.0733945:13:3:75:127:13:3:75:127 chr3 195447886 . G C 497.88 PASS AF=0.453782;AO=54;DP=119;FAO=54;FDP=119;FR=.;FRO=65;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=0.0210143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.841;QD=16.7356;RBI=0.0311473;REFB=-0.0399647;REVB=0.0229903;RO=64;SAF=25;SAR=29;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156832;STB=0.582659;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0318684;OID=.;OPOS=195447886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:64:65:54:54:0.453782:29:25:40:24:29:25:40:25 chr3 195452951 . G C 51.44 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00825066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0762;QD=5.71503;RBI=0.0437273;REFB=0.0109233;REVB=-0.0429419;RO=28;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150958;STB=0.598343;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.0405085;OID=.;OPOS=195452951;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:28:28:8:8:0.222222:3:5:14:14:3:5:14:14 chr3 195453064 . T G 151.53 PASS AF=0.361702;AO=18;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00137126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7954;QD=12.896;RBI=0.00698644;REFB=6.3444e-05;REVB=0.00685055;RO=28;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518775;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=1.79582e-05;OID=.;OPOS=195453064;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:30:18:17:0.361702:9:9:14:14:8:9:15:15 chr3 195453243 . C T 53.23 PASS AF=0.151515;AO=10;DP=66;FAO=10;FDP=66;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0252441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.817;QD=3.22624;RBI=0.027195;REFB=-0.0024382;REVB=0.0101146;RO=54;SAF=5;SAR=5;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915434;STB=0.57561;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0370008;OID=.;OPOS=195453243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:66:66:54:56:10:10:0.151515:5:5:23:31:5:5:23:33 chr3 195453257 . G A 79.69 PASS AF=0.218182;AO=12;DP=55;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.00524309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8431;QD=5.79595;RBI=0.00606345;REFB=-0.0153163;REVB=0.00304555;RO=43;SAF=4;SAR=8;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821185;STB=0.552542;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0579606;OID=.;OPOS=195453257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:55:55:43:43:12:12:0.218182:8:4:17:26:8:4:17:26 chr3 195477791 . G A 87.65 PASS AF=0.160377;AO=13;DP=102;FAO=17;FDP=106;FR=.;FRO=89;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=57;FSRR=32;FWDB=0.0057074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.784;QD=3.30768;RBI=0.00583875;REFB=-0.00687746;REVB=-0.00123151;RO=89;SAF=8;SAR=5;SRF=57;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330324;STB=0.562661;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0487625;OID=.;OPOS=195477791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:102:106:89:89:13:17:0.160377:5:8:57:32:5:12:57:32 chr3 195479256 . T C 31.13 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.093981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9686;QD=2.34919;RBI=0.0944939;REFB=-0.00328634;REVB=0.00983215;RO=47;SAF=3;SAR=3;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189708;STB=0.641076;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0237697;OID=.;OPOS=195479256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:47:47:6:6:0.113208:3:3:16:31:3:3:16:31 chr3 195489009 . C A 56.17 PASS AF=0.109375;AO=14;DP=128;FAO=14;FDP=128;FR=.;FRO=114;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=67;FSRR=47;FWDB=-0.0312254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.292;QD=1.75535;RBI=0.0393282;REFB=-0.0118808;REVB=-0.0239099;RO=112;SAF=1;SAR=13;SRF=66;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.605752;STB=0.935852;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0632145;OID=.;OPOS=195489009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:128:128:112:114:14:14:0.109375:13:1:66:46:13:1:67:47 chr3 195489067 . C G 118.56 PASS AF=0.156463;AO=23;DP=147;FAO=23;FDP=147;FR=.;FRO=124;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=58;FSRR=66;FWDB=0.00741952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9714;QD=3.22604;RBI=0.0281742;REFB=0.00887167;REVB=-0.0271797;RO=124;SAF=2;SAR=21;SRF=58;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.552244;STB=0.878286;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0443781;OID=.;OPOS=195489067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:124:124:23:23:0.156463:21:2:58:66:21:2:58:66 chr3 195495916 . G C 41.93 PASS AF=0.104167;AO=10;DP=96;FAO=10;FDP=96;FR=.;FRO=86;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=49;FWDB=-0.00254066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.49;QD=1.74693;RBI=0.0114963;REFB=-0.00433845;REVB=-0.011212;RO=77;SAF=6;SAR=4;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218487;STB=0.648691;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0306549;OID=.;OPOS=195495916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:96:96:77:86:10:10:0.104167:4:6:32:45:4:6:37:49 chr3 195497143 . C T 1068.09 PASS AF=0.842105;AO=77;DP=92;FAO=80;FDP=95;FR=.;FRO=15;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0421693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.288;QD=44.9724;RBI=0.0435716;REFB=-0.0501487;REVB=0.0109654;RO=14;SAF=29;SAR=48;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101098;STB=0.553635;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00695871;OID=.;OPOS=195497143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:92:95:14:15:77:80:0.842105:48:29:10:4:48:32:11:4 chr3 195497174 . C G 43.6 PASS AF=0.111111;AO=10;DP=90;FAO=10;FDP=90;FR=.;FRO=80;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=52;FWDB=-0.0134986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2287;QD=1.9377;RBI=0.0135182;REFB=-0.0044507;REVB=-0.000728627;RO=79;SAF=6;SAR=4;SRF=27;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304644;STB=0.711485;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0632232;OID=.;OPOS=195497174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:90:90:79:80:10:10:0.111111:4:6:27:52:4:6:28:52 chr3 195497743 . T C 90.68 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0212702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.629;QD=6.71699;RBI=0.0273446;REFB=0.00105652;REVB=-0.0171844;RO=41;SAF=3;SAR=10;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43066;STB=0.768817;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.0243834;OID=.;OPOS=195497743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:41:41:13:13:0.240741:10:3:24:17:10:3:24:17 chr3 195515594 . C G 77.42 PASS AF=0.148936;AO=14;DP=94;FAO=14;FDP=94;FR=.;FRO=80;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.0443213;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.213;QD=3.29458;RBI=0.0582956;REFB=-0.00161833;REVB=-0.0378682;RO=78;SAF=12;SAR=2;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453449;STB=0.822244;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0132835;OID=.;OPOS=195515594;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:94:94:78:80:14:14:0.148936:2:12:41:37:2:12:41:39 chr3 195515617 . G C 110.29 PASS AF=0.182692;AO=19;DP=104;FAO=19;FDP=104;FR=.;FRO=85;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=47;FSRR=38;FWDB=0.0422173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.039;QD=4.24209;RBI=0.0433484;REFB=-0.00659812;REVB=-0.00983797;RO=84;SAF=13;SAR=6;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181223;STB=0.61361;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0358955;OID=.;OPOS=195515617;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:84:85:19:19:0.182692:6:13:46:38:6:13:47:38 chr3 195516630 . G T 39.74 PASS AF=0.123077;AO=8;DP=66;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=46;FWDB=-0.0531494;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.085;QD=2.44559;RBI=0.0564773;REFB=-8.47848e-05;REVB=-0.0191003;RO=57;SAF=1;SAR=7;SRF=11;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147232;STB=0.612816;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-3.27559e-05;OID=.;OPOS=195516630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:66:65:57:57:8:8:0.123077:7:1:11:46:7:1:11:46 chr3 195517553 . A C 63.34 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00855524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.079;QD=8.73694;RBI=0.0250943;REFB=-0.0128121;REVB=0.0235909;RO=19;SAF=2;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310768;STB=0.711359;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0275618;OID=.;OPOS=195517553;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:19:20:9:9:0.310345:7:2:9:10:7:2:10:10 chr3 195668443 . GA G 51.27 PASS AF=0.2;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0157247;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.728;QD=5.12707;RBI=0.016745;REFB=-0.0139855;REVB=-0.00575571;RO=31;SAF=5;SAR=3;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0949309;STB=0.551816;STBP=0.832;TYPE=del;VARB=0.0692031;OID=.;OPOS=195668444;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:8:41:8:40:32:5:3:18:14:51:31:5:3:17:14 chr3 195690251 . A G 80.28 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00656508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.819;QD=16.9005;RBI=0.0209036;REFB=-0.000356856;REVB=-0.0198459;RO=9;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252049;STB=0.648318;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-4.83696e-05;OID=.;OPOS=195690251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:2:8:5:4:2:8:5:4 chr3 195701304 . C T 342.82 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0342582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.236;QD=21.4265;RBI=0.0349435;REFB=-0.0144324;REVB=0.0068861;RO=28;SAF=17;SAR=18;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172662;STB=0.50134;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0208736;OID=.;OPOS=195701304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:29:35:35:0.546875:18:17:13:15:18:17:14:15 chr3 195701306 . T C 212.17 PASS AF=0.484375;AO=30;DP=62;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0260998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.05;QD=13.2605;RBI=0.0719804;REFB=-0.0874543;REVB=0.0670819;RO=32;SAF=14;SAR=16;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307651;STB=0.53284;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0556717;OID=.;OPOS=195701306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:32:33:30:31:0.484375:16:14:16:16:17:14:17:16 chr3 195701310 . C CAA 302.25 PASS AF=0.6;AO=35;DP=67;FAO=39;FDP=65;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0214553;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=2;MLLD=39.6522;QD=18.6003;RBI=0.0291159;REFB=-0.00312116;REVB=0.0196827;RO=29;SAF=19;SAR=16;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0493651;STB=0.505128;STBP=0.969;TYPE=ins;VARB=0.00177513;OID=.;OPOS=195701311;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=CAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:35:67:39:65:26:20:19:13:13:99:29:19:16:14:15 chr3 195701331 . G A 589.09 PASS AF=0.65;AO=51;DP=79;FAO=52;FDP=80;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00312494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.893;QD=29.4543;RBI=0.0877935;REFB=-0.00686315;REVB=0.0877379;RO=28;SAF=24;SAR=27;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192351;STB=0.513508;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00415916;OID=.;OPOS=195701331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:28:28:51:52:0.65:27:24:14:14:28:24:14:14 chr3 195701388 . GC AA 113.36 PASS AF=0.216867;AO=18;DP=83;FAO=18;FDP=83;FR=.;FRO=65;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.0145299;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=210.119;QD=5.46293;RBI=0.0150341;REFB=0.00157521;REVB=0.00386067;RO=65;SAF=10;SAR=8;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154861;STB=0.596711;STBP=0.377;TYPE=mnp;VARB=-0.00775513;OID=.;OPOS=195701388;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:65:65:18:18:0.216867:8:10:28:37:8:10:28:37 chr3 195710989 . G A 45.81 PASS AF=0.291667;AO=5;DP=25;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0474522;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.723;QD=7.63486;RBI=0.0556745;REFB=-0.013934;REVB=0.0291194;RO=11;SAF=0;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.712192;STB=0.678486;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.121708;OID=.;OPOS=195710989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:25:24:11:17:5:7:0.291667:5:0:5:6:5:2:9:8 chr3 195710993 . A G 73.89 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0276233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.733;QD=9.85196;RBI=0.0288342;REFB=-0.00731279;REVB=-0.00826831;RO=20;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122057;STB=0.574472;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00971898;OID=.;OPOS=195710993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:7:3:8:12:7:3:8:12 chr3 195711016 . G A 225.35 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0116433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5412;QD=27.3146;RBI=0.0244706;REFB=-0.00693262;REVB=0.0215231;RO=12;SAF=9;SAR=12;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798276;STB=0.504421;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00294145;OID=.;OPOS=195711016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:12:9:5:7:12:9:5:7 chr3 195925458 . AG CC,CG 114.48 PASS AF=0.0909091,0.909091;AO=2,9;DP=11;FAO=1,10;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3;FSAR=1,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00789399,0.00235659;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=245.072,89.7302;QD=41.6309;RBI=0.0160633,0.0304157;REFB=0,0;REVB=-0.0139898,0.0303242;RO=0;SAF=0,3;SAR=2,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.032579,-0.00349557;OID=.,.;OPOS=195925458,195925458;OREF=AG,A;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:11:11:0:0:2,9:1,10:0.0909091,0.909091:2,6:0,3:0:0:1,7:0,3:0:0 chr3 195938177 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0330821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6225;QD=61.6834;RBI=0.0441754;REFB=0;REVB=-0.0292752;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000836787;OID=.;OPOS=195938177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:28:13:0:0:28:13:0:0 chr3 195941216 . C G 1589.79 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.812;QD=59.992;RBI=0.0371187;REFB=0;REVB=0.0344541;RO=0;SAF=48;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75456e-05;OID=.;OPOS=195941216;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:58:48:0:0:58:48:0:0 chr3 195955762 . G A 1736.3 PASS AF=0.975;AO=116;DP=121;FAO=117;FDP=120;FR=.;FRO=3;FSAF=69;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0183475;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.224;QD=57.8768;RBI=0.030859;REFB=-0.0518285;REVB=0.0248122;RO=2;SAF=69;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00316367;STB=0.506607;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.000812672;OID=.;OPOS=195955762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:121:120:2:3:116:117:0.975:47:69:1:1:48:69:1:2 chr3 195956827 . T C 1189.44 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5819;QD=60.997;RBI=0.0390485;REFB=0;REVB=0.000432783;RO=0;SAF=47;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226524;OID=.;OPOS=195956827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:31:47:0:0:31:47:0:0 chr3 196054439 . T G 587.85 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.584;QD=60.2927;RBI=0.0191279;REFB=0;REVB=0.000109985;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.75412e-05;OID=.;OPOS=196054439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:22:16:0:0:23:16:0:0 chr3 196294104 . C G 721.67 PASS AF=0.979167;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0109204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.96;QD=60.139;RBI=0.0188164;REFB=-0.0555858;REVB=0.0153232;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00237238;OID=.;OPOS=196294104;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:48:0:1:45:47:0.979167:23:22:0:0:23:24:1:0 chr3 196386964 . C G 902.11 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0112007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.253;QD=53.8572;RBI=0.0278184;REFB=-0.095754;REVB=0.0254638;RO=1;SAF=28;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165689;STB=0.525416;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00115793;OID=.;OPOS=196386964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:67:67:1:3:64:64:0.955224:36:28:1:0:36:28:3:0 chr3 196435534 . T C 900.49 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.015;QD=58.0962;RBI=0.0611035;REFB=0;REVB=0.00242246;RO=0;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107987;OID=.;OPOS=196435534;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:40:21:0:0:41:21:0:0 chr3 196438826 . G T 516.54 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000488752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.0878;QD=59.0326;RBI=0.0368516;REFB=0;REVB=0.0368483;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000674911;OID=.;OPOS=196438826;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chr3 196443803 . T C 5614.82 PASS AF=0.99458;AO=344;DP=356;FAO=367;FDP=369;FR=.;FRO=2;FSAF=154;FSAR=213;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0861862;FXX=0.00270263;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3458;QD=60.8652;RBI=0.114877;REFB=-0.0984659;REVB=0.075951;RO=6;SAF=146;SAR=198;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00863678;STB=0.500447;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00102542;OID=.;OPOS=196443803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:356:369:6:2:344:367:0.99458:198:146:1:5:213:154:1:1 chr3 196448103 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00421074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.057;QD=60.2301;RBI=0.0245128;REFB=0;REVB=0.0241484;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.03494e-05;OID=.;OPOS=196448103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr3 196511920 . C T 41.13 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0573874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.521;QD=16.4538;RBI=0.0573977;REFB=0.00650773;REVB=-0.00108881;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648362;STB=0.538337;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.0041865;OID=.;OPOS=196511920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:1:3:4:2:1:3 chr3 196613075 . C T 307.53 PASS AF=0.722222;AO=26;DP=36;FAO=26;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0261077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.565;QD=34.1705;RBI=0.0261944;REFB=0.00427361;REVB=-0.0021292;RO=10;SAF=13;SAR=13;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508327;STB=0.527756;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.000986992;OID=.;OPOS=196613075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:10:10:26:26:0.722222:13:13:6:4:13:13:6:4 chr3 196660820 . C T 716.7 PASS AF=0.848485;AO=56;DP=66;FAO=56;FDP=66;FR=.;FRO=10;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0417579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.593;QD=43.4363;RBI=0.0424854;REFB=-0.0101978;REVB=0.0078285;RO=10;SAF=24;SAR=32;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096732;STB=0.551552;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00257681;OID=.;OPOS=196660820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:66:66:10:10:56:56:0.848485:32:24:1:9:32:24:1:9 chr3 196674749 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.8404;QD=54.5172;RBI=0.0493945;REFB=0;REVB=0.0428121;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114659;OID=.;OPOS=196674749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr3 196674879 . A G 708.49 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0351441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8709;QD=62.9772;RBI=0.04815;REFB=0;REVB=-0.0329138;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000867518;OID=.;OPOS=196674879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:24:20:0:0:25:20:0:0 chr3 196674916 . A C 636.5 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408436;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.062;QD=62.0974;RBI=0.052396;REFB=0;REVB=-0.0328197;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59474e-05;OID=.;OPOS=196674916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:23:17:0:0:24:17:0:0 chr3 196674972 . C T 318.57 PASS AF=0.96;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0117555;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.34;QD=50.9714;RBI=0.0437885;REFB=-0.131137;REVB=0.0421811;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516116;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00101147;OID=.;OPOS=196674972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:25:0:1:24:24:0.96:9:15:0:0:9:15:1:0 chr3 196770355 . TAAGG T 1494.62 PASS AF=1;AO=121;DP=124;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343716;FXX=0.0239981;HRUN=2;LEN=4;MLLD=164.504;QD=49.0039;RBI=0.0358921;REFB=0;REVB=0.0103363;RO=0;SAF=44;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.95194e-05;OID=.;OPOS=196770356;OREF=AAGG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:121:124:122:122:0:44:78:0:0:27:0:44:77:0:0 chr3 196771245 . G A 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.312;QD=62.3485;RBI=0.0265043;REFB=0;REVB=-0.0211487;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.15641e-05;OID=.;OPOS=196771245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr3 197020780 . G A,GA 458.43 PASS AF=0.0921053,0.907895;AO=9,43;DP=106;FAO=7,69;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=6,35;FSAR=1,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118024,0.106349;FXX=0.155538;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=246.41,7.76584;QD=24.1276;RBI=0.0605167,0.236756;REFB=0.00676577,-0.0131392;REVB=-0.0593546,-0.211526;RO=47;SAF=7,21;SAR=2,22;SRF=24;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.342828,-0.0208764;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0438327,-0.00196731;OID=.,.;OPOS=197020780,197020781;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:106:76:47:0:9,43:7,69:0.0921053,0.907895:2,22:7,21:24:23:1,34:6,35:0:0 chr3 197482732 . GT GA,G 108.16 PASS AF=0.0416667,0.833333;AO=2,13;DP=24;FAO=1,20;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=1,7;FSAR=0,13;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0178324,0.251037;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=207.906,9.06631;QD=18.0272;RBI=0.0500552,0.25991;REFB=-0.0122608,-0.0751142;REVB=-0.046771,0.067332;RO=8;SAF=2,2;SAR=0,11;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0.461538;SSSB=0.55315,-0.404929;STB=0.990053,0.50239;STBP=0.474,0.962;TYPE=snp,del;VARB=-0.0250255,0.0871514;OID=.,.;OPOS=197482733,197482733;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=GA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0416667,0.833333:2,13:24:1,20:24:3:1,7:0,13:1:2:12:8:2,2:0,11:5:3 chr3 197495334 . G A 768.66 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00664118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1596;QD=56.9376;RBI=0.0218451;REFB=0;REVB=0.0208111;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023485;OID=.;OPOS=197495334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr4 53428 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.082;QD=54.5176;RBI=0.0866811;REFB=0;REVB=0.0745439;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00051953;OID=.;OPOS=53428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:12:12:0:0:12:13:0:0 chr4 67718 . T G 37.24 PASS AF=0.0784314;AO=12;DP=153;FAO=12;FDP=153;FR=.;FRO=141;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=79;FSRR=62;FWDB=-0.000699684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.407;QD=0.973605;RBI=0.0179077;REFB=-0.00280613;REVB=-0.017894;RO=140;SAF=5;SAR=7;SRF=78;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15648;STB=0.630014;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0414976;OID=.;OPOS=67718;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:153:153:140:141:12:12:0.0784314:7:5:78:62:7:5:79:62 chr4 86738 . A G 215.0 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.11;QD=47.7769;RBI=0.0835776;REFB=0;REVB=0.0811539;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000632066;OID=.;OPOS=86738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:18:0:0:16:18:1:7:9:0:0:8:10:0:0 chr4 87277 . G C 249.77 PASS AF=1;AO=19;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186749;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8146;QD=49.9541;RBI=0.0533571;REFB=0;REVB=-0.0499823;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00191333;OID=.;OPOS=87277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:19:20:1:6:13:0:0:6:14:0:0 chr4 87313 . G GA 255.92 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0707751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=30.3603;QD=44.5083;RBI=0.0795627;REFB=0;REVB=0.036347;RO=1;SAF=12;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369717;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0017747;OID=.;OPOS=87314;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:23:23:23:0:13:10:0:0:5:1:12:10:1:0 chr4 331740 . G T 326.6 PASS AF=0.75;AO=27;DP=36;FAO=27;FDP=36;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00468837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.795;QD=36.289;RBI=0.00727829;REFB=-0.0221047;REVB=-0.00556711;RO=9;SAF=11;SAR=16;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01753;STB=0.509547;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00624797;OID=.;OPOS=331740;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:9:9:27:27:0.75:16:11:4:5:16:11:4:5 chr4 376888 . C A 199.36 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0211854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.555;QD=27.4976;RBI=0.0292745;REFB=0.0121065;REVB=0.0202033;RO=9;SAF=13;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832254;STB=0.569645;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.00942098;OID=.;OPOS=376888;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:9:10:19:19:0.655172:6:13:5:4:6:13:5:5 chr4 420664 . G T 735.58 PASS AF=0.645833;AO=62;DP=95;FAO=62;FDP=96;FR=.;FRO=34;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00871338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.178;QD=30.649;RBI=0.0100986;REFB=-0.0155795;REVB=-0.00510486;RO=33;SAF=36;SAR=26;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428065;STB=0.52904;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00977422;OID=.;OPOS=420664;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:33:34:62:62:0.645833:26:36:17:16:26:36:17:17 chr4 420688 . C T 950.95 PASS AF=0.74;AO=73;DP=99;FAO=74;FDP=100;FR=.;FRO=26;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0124996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4898;QD=38.0381;RBI=0.0251609;REFB=-0.00367581;REVB=-0.0218364;RO=26;SAF=34;SAR=39;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919231;STB=0.550445;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.000954379;OID=.;OPOS=420688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:26:26:73:74:0.74:39:34:17:9:40:34:17:9 chr4 437831 . C T 409.9 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0529846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.234;QD=51.2378;RBI=0.053121;REFB=-0.0876992;REVB=-0.00380349;RO=2;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465815;STB=0.524984;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00209732;OID=.;OPOS=437831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:19:11:0:2:19:11:0:2 chr4 515489 . G A 317.17 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00619852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.989;QD=45.3098;RBI=0.0902697;REFB=0.00587202;REVB=0.0900566;RO=3;SAF=17;SAR=8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763937;STB=0.541367;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.000125256;OID=.;OPOS=515489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:3:3:25:25:0.892857:8:17:1:2:8:17:1:2 chr4 517376 . T C 255.52 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0293559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.381;QD=29.2017;RBI=0.0319919;REFB=0.00277016;REVB=0.0127167;RO=12;SAF=9;SAR=14;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382007;STB=0.521034;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.00127381;OID=.;OPOS=517376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:14:9:4:8:14:9:4:8 chr4 517461 . T C 367.57 PASS AF=0.714286;AO=30;DP=42;FAO=30;FDP=42;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0260978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.079;QD=35.0062;RBI=0.027093;REFB=-0.0220849;REVB=0.00727568;RO=12;SAF=9;SAR=21;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866639;STB=0.547029;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00635336;OID=.;OPOS=517461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:12:12:30:30:0.714286:21:9:2:10:21:9:2:10 chr4 517622 . C T 236.22 PASS AF=0.75;AO=21;DP=28;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0536111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4624;QD=33.7461;RBI=0.0579276;REFB=-0.00947952;REVB=-0.0219421;RO=7;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174044;STB=0.594514;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00398542;OID=.;OPOS=517622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:7:7:21:21:0.75:15:6:0:7:15:6:0:7 chr4 520853 . G A 364.47 PASS AF=0.783784;AO=28;DP=38;FAO=29;FDP=37;FR=.;FRO=8;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0246273;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.965;QD=39.4016;RBI=0.0256432;REFB=0.00413979;REVB=0.00714632;RO=8;SAF=18;SAR=10;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062322;STB=0.536265;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.00309772;OID=.;OPOS=520853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:38:37:8:8:28:29:0.783784:10:18:4:4:10:19:4:4 chr4 648643 . G A 110.08 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.935;QD=40.0297;RBI=0.114951;REFB=0;REVB=0.00535224;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0030895;OID=.;OPOS=648643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:9:11:1:6:3:0:0:7:4:0:0 chr4 663908 . A G 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.669;QD=56.1879;RBI=0.0316022;REFB=0;REVB=0.000226828;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140813;OID=.;OPOS=663908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr4 677103 . G A 520.47 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.247;QD=59.4818;RBI=0.0312808;REFB=0;REVB=0.0119032;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159947;OID=.;OPOS=677103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:15:19:0:0:16:19:0:0 chr4 727939 . C G 34.57 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0110178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.349;QD=4.46121;RBI=0.0126501;REFB=-0.00599279;REVB=-0.00621565;RO=24;SAF=4;SAR=2;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571423;STB=0.54984;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0266855;OID=.;OPOS=727939;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:24:25:6:6:0.193548:2:4:17:7:2:4:18:7 chr4 728111 . C T 80.85 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=55;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.00424884;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.132;QD=5.98915;RBI=0.0227401;REFB=-0.00577791;REVB=-0.0223397;RO=41;SAF=6;SAR=6;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13481;STB=0.592444;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0221565;OID=.;OPOS=728111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:55:54:41:42:12:12:0.222222:6:6:16:25:6:6:16:26 chr4 758825 . C T 61.35 PASS AF=0.243243;AO=8;DP=36;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0322535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2828;QD=6.63198;RBI=0.0341298;REFB=-0.0072588;REVB=-0.0111606;RO=28;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855259;STB=0.512168;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0310749;OID=.;OPOS=758825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:37:28:28:8:9:0.243243:4:4:12:16:5:4:12:16 chr4 780286 . C G 555.86 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0615315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.092;QD=60.0933;RBI=0.10008;REFB=0;REVB=0.0789292;RO=0;SAF=27;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256006;OID=.;OPOS=780286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:37:0:0:32:37:1:5:27:0:0:9:28:0:0 chr4 843695 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0772533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2753;QD=37.4885;RBI=0.0773436;REFB=0;REVB=0.00373724;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00438681;OID=.;OPOS=843695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr4 858941 . T C 219.99 PASS AF=0.95;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0233825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2855;QD=43.9975;RBI=0.157837;REFB=0.0147972;REVB=0.156096;RO=1;SAF=9;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483018;STB=0.526288;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00271203;OID=.;OPOS=858941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:20:1:1:18:19:0.95:9:9:1:0:10:9:1:0 chr4 860192 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.059;QD=55.0978;RBI=0.0361721;REFB=0;REVB=0.0298518;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329422;OID=.;OPOS=860192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr4 961373 . G A 727.86 PASS AF=0.838235;AO=54;DP=65;FAO=57;FDP=68;FR=.;FRO=11;FSAF=42;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0327818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.561;QD=42.815;RBI=0.0336847;REFB=-0.025754;REVB=0.00774656;RO=11;SAF=41;SAR=13;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515767;STB=0.520541;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00850639;OID=.;OPOS=961373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:65:68:11:11:54:57:0.838235:13:41:7:4:15:42:7:4 chr4 982852 . G A 652.88 PASS AF=0.666667;AO=56;DP=84;FAO=56;FDP=84;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00236335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.564;QD=31.0896;RBI=0.0288998;REFB=-0.0224233;REVB=0.028803;RO=28;SAF=23;SAR=33;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113317;STB=0.506133;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00986595;OID=.;OPOS=982852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:28:28:56:56:0.666667:33:23:12:16:33:23:12:16 chr4 983060 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.105;QD=60.2306;RBI=0.0474808;REFB=0;REVB=0.0368792;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10681e-05;OID=.;OPOS=983060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr4 983809 . C T 129.57 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00787693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=36.1693;QD=22.5334;RBI=0.101126;REFB=-0.0566847;REVB=0.100819;RO=9;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150374;STB=0.584301;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0406989;OID=.;OPOS=983809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:6:8:7:2:6:8:7:2 chr4 985727 . A G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00836654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.499;QD=58.7817;RBI=0.047881;REFB=0;REVB=0.0471444;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.60546e-05;OID=.;OPOS=985727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:28:37:0:0:28:37:0:0 chr4 1017712 . G A 54.05 PASS AF=0.153846;AO=10;DP=67;FAO=10;FDP=65;FR=.;FRO=55;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.000146154;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8377;QD=3.32596;RBI=0.0406818;REFB=0.00328055;REVB=0.0406815;RO=57;SAF=2;SAR=8;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28665;STB=0.713815;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.0204958;OID=.;OPOS=1017712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:67:65:57:55:10:10:0.153846:8:2:23:34:8:2:23:32 chr4 1050653 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000840234;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.494;QD=49.5992;RBI=0.0176773;REFB=0;REVB=0.0176573;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.45046e-05;OID=.;OPOS=1050653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr4 1052125 . T C 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0119153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7622;QD=30.5927;RBI=0.0139294;REFB=-0.0250882;REVB=-0.00721482;RO=2;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148436;STB=0.583171;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00438634;OID=.;OPOS=1052125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:5:5:0:2:5:5:0:2 chr4 1052166 . A C 114.31 PASS AF=0.764706;AO=11;DP=16;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00208559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.132;QD=26.8956;RBI=0.0517014;REFB=-0.0345878;REVB=0.0516593;RO=3;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468493;STB=0.528258;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0242622;OID=.;OPOS=1052166;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:17:3:4:11:13:0.764706:6:5:1:2:8:5:2:2 chr4 1075271 . C T 460.55 PASS AF=0.734694;AO=35;DP=49;FAO=36;FDP=49;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=0;FWDB=-0.00618389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.94;QD=37.5961;RBI=0.102453;REFB=0.00759192;REVB=0.102266;RO=13;SAF=15;SAR=20;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279723;STB=0.644368;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00831752;OID=.;OPOS=1075271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:13:13:35:36:0.734694:20:15:13:0:20:16:13:0 chr4 1090625 . G A 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00764109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.275;QD=21.1727;RBI=0.0235793;REFB=-0.0446128;REVB=-0.0223069;RO=8;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879115;STB=0.549917;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0233814;OID=.;OPOS=1090625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:6:6:3:5:6:6:3:5 chr4 1164552 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00306569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.709;QD=45.8068;RBI=0.0386202;REFB=0;REVB=0.0384983;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240776;OID=.;OPOS=1164552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr4 1165741 . A G 559.41 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0754;QD=58.885;RBI=0.0417836;REFB=0;REVB=0.0328412;RO=0;SAF=9;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423409;OID=.;OPOS=1165741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:36:38:1:27:9:0:0:28:10:0:0 chr4 1194586 . T A 57.7 PASS AF=0.727273;AO=7;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.125929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2498;QD=20.9812;RBI=0.21257;REFB=-0.057701;REVB=0.171254;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448465;STB=0.581188;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0540828;OID=.;OPOS=1194586;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:11:11:4:3:7:8:0.727273:4:3:2:2:5:3:2:1 chr4 1215640 . AT A 31.56 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=25;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.140666;FXX=0.119952;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.0732;QD=5.73817;RBI=0.141321;REFB=-0.029816;REVB=0.01359;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166665;STB=0.583156;STBP=0.539;TYPE=del;VARB=0.0910869;OID=.;OPOS=1215641;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:8:25:9:22:13:4:5:4:9:31:12:4:4:4:8 chr4 1244416 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.204;QD=56.9569;RBI=0.0237897;REFB=0;REVB=-0.0118894;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03285e-05;OID=.;OPOS=1244416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:34:17:0:0:35:17:0:0 chr4 1330759 . T C 145.22 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00335281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8511;QD=44.6827;RBI=0.0327986;REFB=0;REVB=-0.0326268;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000687119;OID=.;OPOS=1330759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr4 1343405 . T C 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.136;QD=56.9557;RBI=0.0352802;REFB=0;REVB=-0.00674724;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000306539;OID=.;OPOS=1343405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr4 1349029 . G A 45.84 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0114795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.3594;QD=26.1919;RBI=0.230865;REFB=-0.134477;REVB=0.230579;RO=1;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171372;STB=0.599655;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0415798;OID=.;OPOS=1349029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:2:4:0:1:2:4:0:1 chr4 1374695 . C A 388.96 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.634;QD=55.5654;RBI=0.0462293;REFB=0;REVB=0.0421219;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261164;OID=.;OPOS=1374695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:26:28:1:12:14:0:0:13:15:0:0 chr4 1374774 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=10;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.6094;QD=45.8045;RBI=0.0520609;REFB=0;REVB=0.0508457;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100362;OID=.;OPOS=1374774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:10:14:1:3:7:0:0:7:7:0:0 chr4 1377615 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0843434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.688;QD=51.184;RBI=0.0844699;REFB=0;REVB=0.00462193;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000692093;OID=.;OPOS=1377615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr4 1619865 . T C 188.27 PASS AF=0.85;AO=17;DP=20;FAO=17;FDP=20;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.025193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.163;QD=37.6541;RBI=0.0264599;REFB=-0.0257312;REVB=0.00808934;RO=3;SAF=8;SAR=9;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535712;STB=0.529377;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00647066;OID=.;OPOS=1619865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:20:20:3:3:17:17:0.85:9:8:2:1:9:8:2:1 chr4 1659128 . T C 152.81 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0862612;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.309;QD=40.7485;RBI=0.0928862;REFB=-0.0256116;REVB=0.0344507;RO=1;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395718;STB=0.521709;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00249206;OID=.;OPOS=1659128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:16:15:1:1:14:14:0.933333:11:3:0:1:11:3:0:1 chr4 1685211 . T C 230.31 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00740418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.553;QD=46.0616;RBI=0.0167443;REFB=-0.0742163;REVB=0.0150184;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533298;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00149986;OID=.;OPOS=1685211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:0:1:19:19:0.95:7:12:0:0:7:12:0:1 chr4 1701317 . G A 50.56 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0422815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.583;QD=5.46625;RBI=0.0776883;REFB=-0.0177558;REVB=-0.0651747;RO=29;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486349;STB=0.531834;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0528583;OID=.;OPOS=1701317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:37:37:29:29:8:8:0.216216:5:3:12:17:5:3:12:17 chr4 1720346 . A G 152.35 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00882882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.29;QD=21.0144;RBI=0.0144749;REFB=-0.0234514;REVB=0.0114707;RO=13;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106458;STB=0.559927;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.020933;OID=.;OPOS=1720346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:9:7:4:9:9:7:4:9 chr4 1729660 . C T 126.56 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.015363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.688;QD=29.7794;RBI=0.0154936;REFB=-0.0219544;REVB=0.0020067;RO=4;SAF=2;SAR=11;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345498;STB=0.695851;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0168561;OID=.;OPOS=1729660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:11:2:3:1:11:2:3:1 chr4 1729953 . G A 174.13 PASS AF=0.68;AO=16;DP=24;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0294871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.679;QD=27.8613;RBI=0.0462602;REFB=-0.067903;REVB=0.0356443;RO=7;SAF=11;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153563;STB=0.54994;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.034097;OID=.;OPOS=1729953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:25:7:8:16:17:0.68:5:11:3:4:6:11:4:4 chr4 1729988 . G A 193.49 PASS AF=0.75;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00503801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.099;QD=32.2487;RBI=0.0209729;REFB=-0.0579756;REVB=0.0203588;RO=6;SAF=10;SAR=8;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513498;STB=0.528271;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0150439;OID=.;OPOS=1729988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:6:6:18:18:0.75:8:10:4:2:8:10:4:2 chr4 1730299 . A G 368.64 PASS AF=0.769231;AO=29;DP=38;FAO=30;FDP=39;FR=.;FRO=9;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0491492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.092;QD=37.8088;RBI=0.0499499;REFB=-0.0587702;REVB=-0.00890791;RO=9;SAF=20;SAR=9;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116433;STB=0.509085;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0173887;OID=.;OPOS=1730299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:39:9:9:29:30:0.769231:9:20:6:3:9:21:6:3 chr4 1732978 . G A 580.82 PASS AF=0.714286;AO=50;DP=70;FAO=50;FDP=70;FR=.;FRO=20;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00516254;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.225;QD=33.1897;RBI=0.0190302;REFB=-0.0362636;REVB=-0.0183166;RO=19;SAF=32;SAR=18;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617299;STB=0.527461;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0126726;OID=.;OPOS=1732978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:19:20:50:50:0.714286:18:32:10:9:18:32:11:9 chr4 1737062 . A G 140.58 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0034501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.414;QD=31.2403;RBI=0.0180773;REFB=-0.0019908;REVB=0.017745;RO=4;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225438;STB=0.624826;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.000517766;OID=.;OPOS=1737062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:4:4:14:14:0.777778:8:6:4:0:8:6:4:0 chr4 1739343 . G C 105.05 PASS AF=0.6;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0031324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.082;QD=21.01;RBI=0.00798851;REFB=-0.026669;REVB=0.00734876;RO=7;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280329;STB=0.677144;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0278635;OID=.;OPOS=1739343;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:19:20:7:8:12:12:0.6:5:7:1:6:5:7:1:7 chr4 1739592 . A G 114.81 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0434069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8222;QD=41.7483;RBI=0.0576399;REFB=0;REVB=-0.0379235;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00229768;OID=.;OPOS=1739592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr4 1741740 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.257;QD=40.7629;RBI=0.00873779;REFB=0;REVB=0.00873779;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.73543e-05;OID=.;OPOS=1741740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:10:0:0:0:10:0:0:0 chr4 1801219 . C T 95.67 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.119071;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.864;QD=20.1419;RBI=0.124409;REFB=-0.0249559;REVB=-0.0360517;RO=7;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230775;STB=0.616203;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0202934;OID=.;OPOS=1801219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:20:19:7:8:11:11:0.578947:9:2:3:4:9:2:3:5 chr4 1801542 . A G 205.91 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00946802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.79;QD=31.6788;RBI=0.0320055;REFB=-0.0461715;REVB=0.030573;RO=7;SAF=12;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439998;STB=0.524204;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0141685;OID=.;OPOS=1801542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:19:19:0.730769:7:12:5:2:7:12:5:2 chr4 1803236 . C T 169.47 PASS AF=0.8;AO=16;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.129416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.558;QD=33.8947;RBI=0.129581;REFB=-0.0322462;REVB=0.00654005;RO=4;SAF=6;SAR=10;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490294;STB=0.526994;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.00452019;OID=.;OPOS=1803236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:20:20:4:4:16:16:0.8:10:6:1:3:10:6:1:3 chr4 1803251 . T C 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0015842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4407;QD=39.3179;RBI=0.0166185;REFB=-0.00999147;REVB=-0.0165428;RO=1;SAF=5;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821523;STB=0.545384;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000195987;OID=.;OPOS=1803251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:8:5:1:0:8:5:1:0 chr4 1803704 . T C 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0145781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.118;QD=40.6387;RBI=0.0226906;REFB=-0.0488236;REVB=-0.0173879;RO=1;SAF=9;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478651;STB=0.526279;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00144883;OID=.;OPOS=1803704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:5:9:1:0:5:9:1:0 chr4 1805568 . C T 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0156613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.653;QD=24.8031;RBI=0.0727577;REFB=-0.0280269;REVB=-0.0710521;RO=3;SAF=7;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163937;STB=0.564382;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00992275;OID=.;OPOS=1805568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:3:4:10:10:0.714286:3:7:1:2:3:7:2:2 chr4 1806633 . C T 260.07 PASS AF=0.44186;AO=17;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0356398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5881;QD=24.1923;RBI=0.0362363;REFB=-0.0227651;REVB=0.00654787;RO=16;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825894;STB=0.521716;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0131536;OID=.;OPOS=1806633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:16:17:19:0.44186:8:9:10:6:8:11:10:6 chr4 1807894 . G A 239.43 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6053;QD=50.4062;RBI=0.134492;REFB=0;REVB=-0.0121656;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00429315;OID=.;OPOS=1807894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr4 1809127 . CGTGT CGT,TGCGT,TGTGC 261.19 PASS AF=0.714286,0.190476,0.0952381;AO=14,4,2;DP=22;FAO=15,4,2;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=2,1,0;FSAR=13,3,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202357,0.0293539,0.0367896;FXX=0.0454339;HRUN=1,1,1;LEN=2,3,5;MLLD=68.9303,39.811,46.0832;QD=49.7498;RBI=0.0489694,0.0341917,0.0571412;REFB=0,0,0;REVB=0.0445928,-0.0175333,-0.0437223;RO=0;SAF=1,1,0;SAR=13,3,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=-0.0382474,0.144164,0.231584;OID=.,.,.;OPOS=1809128,1809127,1809127;OREF=GT,CGT,CGTGT;OALT=-,TGC,TGTGC;OMAPALT=CGT,TGCGT,TGTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:22:21:0:0:14,4,2:15,4,2:0.714286,0.190476,0.0952381:13,3,2:1,1,0:0:0:13,3,2:2,1,0:0:0 chr4 1818593 . AC A,AT 750.43 PASS AF=0.0740741,0.925926;AO=8,44;DP=55;FAO=4,50;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=2,27;FSAR=2,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000523019,0.00912415;FXX=0.0181785;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=70.2547,79.7311;QD=55.5875;RBI=0.0280857,0.0137692;REFB=0,0;REVB=0.0280809,0.0103122;RO=0;SAF=6,23;SAR=2,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.58669e-08,-5.2717e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0112328,0.0247459;OID=.,.;OPOS=1818594,1818594;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0740741,0.925926:8,44:55:4,50:54:0:2,27:2,23:0:0:12:0:6,23:2,21:0:0 chr4 1818625 . T C 437.82 PASS AF=0.755556;AO=34;DP=44;FAO=34;FDP=45;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0522132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1166;QD=38.917;RBI=0.0621033;REFB=-0.0524354;REVB=-0.0336245;RO=10;SAF=14;SAR=20;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163071;STB=0.577382;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0171088;OID=.;OPOS=1818625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:44:45:10:11:34:34:0.755556:20:14:8:2:20:14:8:3 chr4 1954945 . A G 942.85 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0106651;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.083;QD=57.1426;RBI=0.014423;REFB=-0.131269;REVB=0.00970966;RO=1;SAF=27;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171708;STB=0.509088;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00072249;OID=.;OPOS=1954945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:64:65:0.984848:37:27:1:0:38:27:1:0 chr4 1961356 . G A 589.21 PASS AF=0.803279;AO=48;DP=62;FAO=49;FDP=61;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0256452;FXX=0.031741;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.53;QD=38.6368;RBI=0.0258138;REFB=-0.0294624;REVB=-0.00294534;RO=12;SAF=18;SAR=30;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489913;STB=0.527648;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00678399;OID=.;OPOS=1961356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:62:61:12:12:48:49:0.803279:30:18:6:6:31:18:6:6 chr4 1985668 . G A 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0159838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.017;QD=24.8024;RBI=0.147288;REFB=0.0164221;REVB=0.146418;RO=4;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179009;STB=0.599827;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.0067986;OID=.;OPOS=1985668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:2:8:4:0:2:8:4:0 chr4 2257022 . C CG,G 43.29 PASS AF=0.333333,0;AO=8,2;DP=30;FAO=10,0;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4,0;FSAR=6,0;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00635214,-0.00642914;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=79.1036,92.5485;QD=5.77216;RBI=0.0282248,0.0538377;REFB=-0.00866803,-0.00581092;REVB=-0.0275007,-0.0534524;RO=18;SAF=2,1;SAR=6,1;SRF=9;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.298001,0;STB=0.534177,0.5;STBP=0.788,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.164267,0;OID=.,.;OPOS=2257023,2257022;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:18:20:8,2:10,0:0.333333,0:6,1:2,1:9:9:6,0:4,0:9:11 chr4 2306053 . A G 190.39 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.472;QD=47.5982;RBI=0.036006;REFB=0;REVB=0.013156;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463183;OID=.;OPOS=2306053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:12:2:0:0:12:4:0:0 chr4 2341194 . T C 1296.09 PASS AF=0.977011;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0115998;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.933;QD=59.5903;RBI=0.012816;REFB=-0.0565257;REVB=0.00544932;RO=1;SAF=49;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00956961;STB=0.509998;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-8.48565e-05;OID=.;OPOS=2341194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:87:1:2:84:85:0.977011:35:49:1:0:36:49:2:0 chr4 2451694 . T C 262.14 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.506;QD=49.9309;RBI=0.0633303;REFB=0;REVB=0.0274622;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127504;OID=.;OPOS=2451694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:13:7:0:0:14:7:0:0 chr4 2460571 . C T 339.99 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0730463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5769;QD=54.3988;RBI=0.081021;REFB=0;REVB=0.035052;RO=0;SAF=5;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00244932;OID=.;OPOS=2460571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:20:5:0:0:20:5:0:0 chr4 2461888 . A G 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00243005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.159;QD=60.2291;RBI=0.0893685;REFB=0;REVB=0.0893354;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453598;OID=.;OPOS=2461888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr4 2743999 . A G 443.46 PASS AF=0.608696;AO=42;DP=69;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00670945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2645;QD=25.7076;RBI=0.0094337;REFB=-0.00628495;REVB=0.00663159;RO=27;SAF=9;SAR=33;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180549;STB=0.599404;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00481728;OID=.;OPOS=2743999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:27:27:42:42:0.608696:33:9:11:16:33:9:11:16 chr4 2744087 . G A 362.39 PASS AF=0.653846;AO=34;DP=52;FAO=34;FDP=52;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0153935;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.4335;QD=27.8764;RBI=0.0281734;REFB=0.0200884;REVB=0.0235962;RO=18;SAF=15;SAR=19;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106628;STB=0.558106;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00314857;OID=.;OPOS=2744087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:18:18:34:34:0.653846:19:15:5:13:19:15:5:13 chr4 2822467 . G T 256.2 PASS AF=0.648649;AO=22;DP=35;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0812317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.199;QD=27.6973;RBI=0.0839495;REFB=-0.0656835;REVB=0.0211881;RO=13;SAF=4;SAR=18;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358918;STB=0.705686;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0157833;OID=.;OPOS=2822467;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:13:13:22:24:0.648649:18:4:8:5:20:4:8:5 chr4 2826400 . T C 403.06 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0543141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2271;QD=48.8556;RBI=0.063816;REFB=-0.0823171;REVB=-0.0335031;RO=3;SAF=17;SAR=13;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075438;STB=0.540514;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00600875;OID=.;OPOS=2826400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:33:33:3:3:30:30:0.909091:13:17:3:0:13:17:3:0 chr4 2828630 . G T 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0148976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.753;QD=11.1978;RBI=0.0149227;REFB=-0.0176419;REVB=-0.00086552;RO=21;SAF=2;SAR=10;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122294;STB=0.5644;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.031929;OID=.;OPOS=2828630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:21:22:12:12:0.352941:10:2:5:16:10:2:5:17 chr4 2828771 . T G 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0515728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.543;QD=14.6537;RBI=0.0551436;REFB=-0.0221483;REVB=0.0195209;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446316;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0282415;OID=.;OPOS=2828771;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:7:8:8:8:0.5:5:3:3:4:5:3:3:5 chr4 2906707 . G T 486.62 PASS AF=0.728814;AO=43;DP=59;FAO=43;FDP=59;FR=.;FRO=16;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.01168;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.854;QD=32.9909;RBI=0.0210085;REFB=-0.0243911;REVB=0.0174624;RO=16;SAF=23;SAR=20;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456111;STB=0.524631;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00665794;OID=.;OPOS=2906707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:16:16:43:43:0.728814:20:23:10:6:20:23:10:6 chr4 2916762 . C G 365.1 PASS AF=0.681818;AO=30;DP=45;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00822684;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.991;QD=33.1912;RBI=0.0136397;REFB=-0.0373401;REVB=-0.0108794;RO=14;SAF=11;SAR=19;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123507;STB=0.567564;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0265802;OID=.;OPOS=2916762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:14:14:30:30:0.681818:19:11:8:6:19:11:8:6 chr4 3162056 . C T 758.25 PASS AF=0.964912;AO=56;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0321302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3096;QD=53.2107;RBI=0.0512249;REFB=0.00716565;REVB=-0.0398953;RO=1;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140753;STB=0.503648;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.00408209;OID=.;OPOS=3162056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:1:2:56:55:0.964912:33:23:0:1:33:22:1:1 chr4 3213832 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.676;QD=53.2769;RBI=0.0413105;REFB=0;REVB=-0.00156318;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245485;OID=.;OPOS=3213832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr4 3215835 . T C 398.68 PASS AF=1;AO=17;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.37;QD=56.9543;RBI=0.0621594;REFB=0;REVB=0.000925374;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000866588;OID=.;OPOS=3215835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:17:28:1:14:3:0:0:14:14:0:0 chr4 3219613 . A C 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.674;QD=60.0308;RBI=0.063352;REFB=0;REVB=0.0618343;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155487;OID=.;OPOS=3219613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:41:31:0:0:41:31:0:0 chr4 3227419 . A G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.809;QD=61.6832;RBI=0.0406189;REFB=0;REVB=-0.0352907;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120713;OID=.;OPOS=3227419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:14:27:0:0:14:27:0:0 chr4 3234980 . G A 654.78 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00511837;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.908;QD=62.3603;RBI=0.0341777;REFB=0;REVB=0.0337923;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140237;OID=.;OPOS=3234980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr4 3318413 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.425;QD=55.0981;RBI=0.0299589;REFB=0;REVB=-0.00670217;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117995;OID=.;OPOS=3318413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr4 3319271 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.203;QD=49.5991;RBI=0.0501019;REFB=0;REVB=0.0417117;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272863;OID=.;OPOS=3319271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr4 3319315 . C A 240.77 PASS AF=0.807692;AO=20;DP=25;FAO=21;FDP=26;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0234337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.583;QD=37.041;RBI=0.0255949;REFB=-0.0168552;REVB=-0.0102937;RO=5;SAF=15;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155041;STB=0.569551;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00482968;OID=.;OPOS=3319315;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:25:26:5:5:20:21:0.807692:5:15:2:3:6:15:2:3 chr4 3417845 . G C 44.19 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.010922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.104;QD=6.79829;RBI=0.0221417;REFB=-0.0148751;REVB=-0.0192605;RO=19;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409635;STB=0.526239;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0593951;OID=.;OPOS=3417845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:5:2:6:13:5:2:6:13 chr4 3424231 . C T 247.92 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00637168;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.17;QD=23.062;RBI=0.0087319;REFB=-0.0261164;REVB=-0.00597058;RO=19;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166184;STB=0.602324;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0245768;OID=.;OPOS=3424231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:19:20:23:23:0.534884:12:11:13:6:12:11:14:6 chr4 3444503 . G A 119.91 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0678991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8072;QD=25.2432;RBI=0.0737072;REFB=-0.0688897;REVB=0.0286786;RO=6;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500226;STB=0.554364;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0196668;OID=.;OPOS=3444503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:20:19:6:5:12:12:0.631579:5:7:3:3:5:7:2:3 chr4 3446132 . C G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.76;QD=39.2064;RBI=0.0454158;REFB=0;REVB=0.0153302;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043434;OID=.;OPOS=3446132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr4 3449652 . G A 242.85 PASS AF=0.807692;AO=21;DP=26;FAO=21;FDP=26;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.017827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.288;QD=37.3611;RBI=0.0498131;REFB=0.0122749;REVB=-0.0465139;RO=5;SAF=9;SAR=12;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609641;STB=0.533301;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.00326387;OID=.;OPOS=3449652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:26:26:5:5:21:21:0.807692:12:9:3:2:12:9:3:2 chr4 3475252 . T C 1535.08 PASS AF=0.972477;AO=104;DP=108;FAO=106;FDP=109;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0171342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7522;QD=56.3332;RBI=0.0552925;REFB=0.00408452;REVB=0.0525708;RO=2;SAF=72;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00805163;STB=0.500397;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=7.18237e-05;OID=.;OPOS=3475252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:108:109:2:3:104:106:0.972477:32:72:1:1:34:72:2:1 chr4 3494851 . GCCCCC GCCCC,GCCCCT 121.6 PASS AF=0.214286,0.785714;AO=2,7;DP=15;FAO=3,11;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3,7;FSAR=0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.50019,-0.0572271;FXX=0.0666222;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=5.2462,133.71;QD=34.7421;RBI=0.50727,0.0605656;REFB=-0.0594173,-0.0149781;REVB=0.0844546,0.0198303;RO=0;SAF=2,3;SAR=0,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.555556,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.116912,0.00432514;OID=.,.;OPOS=3494852,3494856;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=GCCCC,GCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.214286,0.785714:2,7:15:3,11:14:0:3,7:0,4:0:0:14:0:2,3:0,4:0:0 chr4 3589689 . C A 288.85 PASS AF=0.65;AO=23;DP=38;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0416859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.084;QD=28.8854;RBI=0.0574021;REFB=-0.0354297;REVB=0.0394624;RO=14;SAF=10;SAR=13;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05446;STB=0.523791;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0279929;OID=.;OPOS=3589689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:14:14:23:26:0.65:13:10:5:9:15:11:5:9 chr4 3589719 . CA C 197.8 PASS AF=0.604651;AO=25;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0290531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.3484;QD=18.4001;RBI=0.0560352;REFB=-0.018027;REVB=-0.0479152;RO=17;SAF=12;SAR=13;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225881;STB=0.615302;STBP=0.083;TYPE=del;VARB=0.0118397;OID=.;OPOS=3589720;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.604651:25:43:26:43:17:12:14:3:14:93:17:12:13:3:14 chr4 3590683 . T G 300.61 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00646827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.787;QD=23.1235;RBI=0.00669728;REFB=-0.00500174;REVB=-0.0017364;RO=22;SAF=11;SAR=19;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106245;STB=0.558784;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.00318431;OID=.;OPOS=3590683;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:19:11:11:11:19:11:11:11 chr4 3590711 . G T 301.12 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0487745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8162;QD=25.0935;RBI=0.0543116;REFB=-0.0337888;REVB=0.0238915;RO=21;SAF=9;SAR=18;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266066;STB=0.647776;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.024957;OID=.;OPOS=3590711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:18:9:14:7:18:9:14:7 chr4 3590730 . G A 278.17 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.000910085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.8557;QD=27.1388;RBI=0.0365417;REFB=-0.0223709;REVB=0.0365304;RO=16;SAF=8;SAR=17;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265757;STB=0.647174;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0126218;OID=.;OPOS=3590730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:17:8:11:5:17:8:11:5 chr4 3590817 . T C 200.85 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0234862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.807;QD=20.5996;RBI=0.0259285;REFB=-0.0524343;REVB=0.0109856;RO=17;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317036;STB=0.640896;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0602353;OID=.;OPOS=3590817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:19:20:20:0.512821:10:10:15:2:10:10:15:4 chr4 3590823 . GACACACACACACACACAC GACACACACACACAC,GACACACACACACACAC,GACACACACACACACACAG 296.89 PASS AF=0.695652,0.173913,0.130435;AO=13,3,2;DP=27;FAO=16,4,3;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12,3,3;FSAR=4,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063645,0.0208528,0.0766459;FXX=0.148093;HRUN=1,1,1;LEN=4,2,1;MLLD=102.72,41.6311,57.9249;QD=51.6322;RBI=0.0822323,0.0217416,0.0766536;REFB=0,0,0;REVB=0.0520717,0.00615284,-0.00109029;RO=0;SAF=10,2,2;SAR=3,1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0490138,0.0308933,-0.0190535;OID=.,.,.;OPOS=3590824,3590824,3590841;OREF=ACAC,AC,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=GACACACACACACAC,GACACACACACACACAC,GACACACACACACACACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.695652,0.173913,0.130435:13,3,2:27:16,4,3:23:0:12,3,3:4,1,0:0:0:21:0:10,2,2:3,1,0:0:0 chr4 3590878 . C T 387.77 PASS AF=0.573529;AO=38;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00814954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.225;QD=22.8098;RBI=0.0787744;REFB=-0.0391153;REVB=0.0783518;RO=29;SAF=21;SAR=17;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544859;STB=0.535451;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0368865;OID=.;OPOS=3590878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:29:38:39:0.573529:17:21:18:11:18:21:18:11 chr4 3590911 . A C 484.82 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00296856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3857;QD=21.079;RBI=0.0331138;REFB=-0.00131898;REVB=0.0329804;RO=44;SAF=21;SAR=26;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0666433;STB=0.531585;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00148915;OID=.;OPOS=3590911;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:44:45:47:47:0.51087:26:21:23:21:26:21:23:22 chr4 3591015 . A C 491.82 PASS AF=0.421875;AO=54;DP=131;FAO=54;FDP=128;FR=.;FRO=74;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.0381234;FXX=0.022899;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.1538;QD=15.3694;RBI=0.0418361;REFB=0.00186364;REVB=-0.0172298;RO=69;SAF=23;SAR=31;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822107;STB=0.535408;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00280432;OID=.;OPOS=3591015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:128:69:74:54:54:0.421875:31:23:35:34:31:23:36:38 chr4 3591049 . C T 350.93 PASS AF=0.364407;AO=43;DP=116;FAO=43;FDP=118;FR=.;FRO=75;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=-0.0143778;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.1423;QD=11.8958;RBI=0.0291901;REFB=-0.0244676;REVB=0.0254036;RO=73;SAF=14;SAR=29;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178656;STB=0.603614;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0511232;OID=.;OPOS=3591049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:73:75:43:43:0.364407:29:14:35:38:29:14:36:39 chr4 3591069 . C T 390.47 PASS AF=0.424528;AO=43;DP=105;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0183534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.272;QD=14.7348;RBI=0.0195935;REFB=-0.00815635;REVB=-0.00685999;RO=55;SAF=13;SAR=30;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16628;STB=0.608202;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.010486;OID=.;OPOS=3591069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:55:61:43:45:0.424528:30:13:25:30:32:13:28:33 chr4 4199634 . A T 737.19 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.544;QD=62.7394;RBI=0.0348836;REFB=0;REVB=0.006069;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.87091e-05;OID=.;OPOS=4199634;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:21:23:0:0:22:25:0:0 chr4 4204299 . T C 482.57 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.337;QD=58.4938;RBI=0.0178061;REFB=0;REVB=0.012029;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.23477e-06;OID=.;OPOS=4204299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:11:21:0:0:12:21:0:0 chr4 4237438 . CT CG,TA 96.78 PASS AF=0.363636,0;AO=10,2;DP=32;FAO=12,0;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=2,0;FSAR=10,0;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0588812,0.0461727;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=79.6457,53.8127;QD=11.7306;RBI=0.059616,0.0874993;REFB=-0.0260127,-0.0421537;REVB=0.00933163,-0.074325;RO=16;SAF=2,0;SAR=8,2;SRF=6;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.230172,-0.488772;STB=0.615169,0.5;STBP=0.405,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0191783,0.103003;OID=.,.;OPOS=4237439,4237438;OREF=T,CT;OALT=G,TA;OMAPALT=CG,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:33:16:21:10,2:12,0:0.363636,0:8,2:2,0:6:10:10,0:2,0:6:15 chr4 4237495 . A G 133.44 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0492954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.773;QD=15.6982;RBI=0.0528319;REFB=-0.00220789;REVB=0.0190045;RO=19;SAF=3;SAR=12;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888851;STB=0.551651;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00434461;OID=.;OPOS=4237495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:12:3:5:14:12:3:5:14 chr4 4237511 . C T 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0125742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.634;QD=12.9747;RBI=0.021703;REFB=0.00511946;REVB=0.0176893;RO=18;SAF=2;SAR=10;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933327;STB=0.555457;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.00984928;OID=.;OPOS=4237511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:10:2:4:14:10:2:4:14 chr4 4239587 . G T 163.74 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0304983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9876;QD=13.3664;RBI=0.0305952;REFB=0.0122657;REVB=-0.00243299;RO=31;SAF=13;SAR=5;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136115;STB=0.579959;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.017171;OID=.;OPOS=4239587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:5:13:19:12:5:13:19:12 chr4 4249297 . C T 89.52 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00295557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.946;QD=15.5684;RBI=0.0114871;REFB=-0.0445944;REVB=-0.0111003;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126336;STB=0.573634;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0430233;OID=.;OPOS=4249297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:4:7:6:6:4:7:6:6 chr4 4249300 . T C 89.42 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0266065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1019;QD=15.5516;RBI=0.0350978;REFB=-0.00793326;REVB=-0.0228899;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126336;STB=0.573634;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00582382;OID=.;OPOS=4249300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:4:7:6:6:4:7:6:6 chr4 4249854 . G GA 37.09 PASS AF=0.833333;AO=2;DP=8;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.199655;FXX=0.249688;HRUN=0;LEN=1;MLLD=182.828;QD=24.7264;RBI=0.202509;REFB=-0.0256639;REVB=-0.0338786;RO=6;SAF=2;SAR=0;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.719959;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=ins;VARB=0.00998361;OID=.;OPOS=4249855;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:2:8:5:6:1:3:2:0:1:8:6:2:0:1:5 chr4 4249855 . G A,C 55.91 PASS AF=0.625,0.25;AO=5,2;DP=8;FAO=5,2;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=1,2;FSAR=4,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.125242,0.145432;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=124.325,172.124;QD=27.9546;RBI=0.130229,0.145514;REFB=0.115507,-0.0439675;REVB=0.035694,0.00489422;RO=1;SAF=1,2;SAR=4,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0951258,0.697199;STB=0.555346,0.993266;STBP=0.649,0.227;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00817184,0.0974882;OID=.,.;OPOS=4249855,4249855;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:8:8:1:1:5,2:5,2:0.625,0.25:4,0:1,2:0:1:4,0:1,2:0:1 chr4 4249909 . C T 102.09 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.148289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7616;QD=40.8354;RBI=0.178042;REFB=0;REVB=0.0985362;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0156937;OID=.;OPOS=4249909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:7:2:0:0:8:2:0:0 chr4 4276132 . T C 565.0 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.574;QD=59.4736;RBI=0.111992;REFB=0;REVB=0.0221189;RO=1;SAF=12;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374231;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000625913;OID=.;OPOS=4276132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:1:0:37:38:1:25:12:1:0:25:13:0:0 chr4 4322570 . G A 112.22 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0323559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3446;QD=16.6254;RBI=0.0489147;REFB=-0.00792842;REVB=-0.0366844;RO=14;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39126;STB=0.726905;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0108467;OID=.;OPOS=4322570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:10:3:9:5:10:3:9:5 chr4 4322665 . T C 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.00414737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.821;QD=5.44277;RBI=0.00572702;REFB=0.00143206;REVB=-0.00394944;RO=20;SAF=1;SAR=5;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.613749;STB=0.887825;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.0112374;OID=.;OPOS=4322665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:5:1:15:5:5:1:15:5 chr4 4322770 . T C 51.2 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00972355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2808;QD=5.68868;RBI=0.0145589;REFB=-0.00375787;REVB=-0.0108358;RO=27;SAF=1;SAR=7;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.539804;STB=0.847547;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0332795;OID=.;OPOS=4322770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:27:28:8:8:0.222222:7:1:15:12:7:1:15:13 chr4 4420291 . T TA,TAA 36.13 PASS AF=0.0227273,0.181818;AO=5,6;DP=45;FAO=1,8;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=0,2;FSAR=1,6;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0298979,0.0152984;FXX=0.0222173;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=21.5089,33.0024;QD=3.28485;RBI=0.086675,0.0467447;REFB=-0.018968,-0.00921746;REVB=-0.0813552,-0.0441705;RO=33;SAF=0,2;SAR=5,4;SRF=20;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.677176,-0.315521;STB=0.991251,0.757983;STBP=0.263,0.138;TYPE=ins,ins;VARB=-0.0784505,0.0853826;OID=.,.;OPOS=4420292,4420292;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=TA,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0227273,0.181818:5,6:45:1,8:44:35:0,2:1,6:20:15:25:33:0,2:5,4:20:13 chr4 5448429 . A G 362.98 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439167;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.246;QD=55.8435;RBI=0.0500125;REFB=0;REVB=-0.0239284;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140945;OID=.;OPOS=5448429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr4 5570221 . G A 568.83 PASS AF=0.810345;AO=47;DP=58;FAO=47;FDP=58;FR=.;FRO=11;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.00676905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.989;QD=39.2295;RBI=0.00727718;REFB=-0.0521865;REVB=0.00267156;RO=11;SAF=33;SAR=14;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133794;STB=0.5714;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0141311;OID=.;OPOS=5570221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:58:58:11:11:47:47:0.810345:14:33:11:0:14:33:11:0 chr4 5690902 . T C 189.82 PASS AF=0.555556;AO=18;DP=35;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00257549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.782;QD=21.0915;RBI=0.00304754;REFB=-0.0100242;REVB=0.00162922;RO=15;SAF=8;SAR=10;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148665;STB=0.583252;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00621819;OID=.;OPOS=5690902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:15:16:18:20:0.555556:10:8:4:11:10:10:5:11 chr4 5743509 . C T 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00378582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.72;QD=62.9812;RBI=0.0427095;REFB=0;REVB=0.0425414;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142453;OID=.;OPOS=5743509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr4 5743512 . T C 102.28 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00534959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.82;QD=9.09164;RBI=0.00927117;REFB=-0.010675;REVB=0.00757209;RO=31;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286623;STB=0.657494;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0308642;OID=.;OPOS=5743512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:32:13:13:0.288889:6:7:9:22:6:7:10:22 chr4 5749904 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7294;QD=44.6895;RBI=0.0442511;REFB=0;REVB=0.0317095;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202509;OID=.;OPOS=5749904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr4 5749961 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.951;QD=43.4862;RBI=0.0332267;REFB=0;REVB=0.0266551;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00160005;OID=.;OPOS=5749961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr4 5755542 . C A,G 553.86 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=34,2;DP=36;FAO=36,2;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18,2;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352345,0.027864;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=219.829,182.081;QD=58.3014;RBI=0.0513169,0.03881;REFB=0,0;REVB=0.0373089,0.027015;RO=0;SAF=18,2;SAR=16,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000300034,0.0268883;OID=.,.;OPOS=5755542,5755542;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:36:38:0:0:34,2:36,2:0.947368,0.0526316:16,0:18,2:0:0:18,0:18,2:0:0 chr4 5795412 . C T 290.95 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0704256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1485;QD=26.4497;RBI=0.0707952;REFB=-0.0331026;REVB=-0.00722483;RO=18;SAF=13;SAR=13;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410526;STB=0.52271;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0152288;OID=.;OPOS=5795412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:13:13:10:8:13:13:10:8 chr4 5806537 . G A 174.12 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00324436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.707;QD=27.8588;RBI=0.00931705;REFB=-0.0597179;REVB=-0.00873393;RO=8;SAF=9;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169637;STB=0.509423;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0189629;OID=.;OPOS=5806537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:8:9:4:4:8:9:4:4 chr4 5975538 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.763;QD=52.613;RBI=0.0353985;REFB=0;REVB=0.0275398;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60404e-05;OID=.;OPOS=5975538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr4 5990110 . C A 1098.46 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255106;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.391;QD=60.1896;RBI=0.0272995;REFB=0;REVB=0.00971957;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44153e-05;OID=.;OPOS=5990110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:44:29:0:0:44:29:0:0 chr4 5990339 . G A 779.5 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00123026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.502;QD=56.6905;RBI=0.0185183;REFB=0;REVB=0.0184773;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29891e-05;OID=.;OPOS=5990339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:53:55:1:20:33:0:0:22:33:0:0 chr4 5990551 . G A 288.46 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7938;QD=52.447;RBI=0.0425545;REFB=0;REVB=-0.0379419;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000753026;OID=.;OPOS=5990551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr4 5990599 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.644;QD=51.9156;RBI=0.0559047;REFB=0;REVB=0.0314521;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000955099;OID=.;OPOS=5990599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr4 5990791 . A G 428.31 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.014;QD=57.1078;RBI=0.0167172;REFB=0;REVB=0.0126103;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.7164e-05;OID=.;OPOS=5990791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:9:20:0:0:9:21:0:0 chr4 5991384 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.986;QD=45.8045;RBI=0.0361893;REFB=0;REVB=-0.0277389;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.38003e-05;OID=.;OPOS=5991384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr4 6279223 . A G 41.06 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0132994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3878;QD=3.73304;RBI=0.030535;REFB=-0.0113269;REVB=0.0274866;RO=35;SAF=3;SAR=4;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204311;STB=0.657802;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0410251;OID=.;OPOS=6279223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:35:37:7:7:0.159091:4:3:21:14:4:3:23:14 chr4 6293696 . C G 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.941;QD=60.5473;RBI=0.0588018;REFB=0;REVB=0.00951579;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.87723e-05;OID=.;OPOS=6293696;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:39:36:0:0:39:36:0:0 chr4 6302519 . G A 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.947;QD=51.9131;RBI=0.033388;REFB=0;REVB=-0.00219806;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000697965;OID=.;OPOS=6302519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr4 6302707 . C T 262.16 PASS AF=0.954545;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0183189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.11;QD=47.666;RBI=0.0504142;REFB=-0.0276238;REVB=0.0469681;RO=1;SAF=7;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061324;STB=0.533301;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000791311;OID=.;OPOS=6302707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:22:1:1:20:21:0.954545:13:7:1:0:14:7:1:0 chr4 6303022 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00906039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.435;QD=52.6132;RBI=0.00941459;REFB=0;REVB=-0.00255811;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68577e-05;OID=.;OPOS=6303022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr4 6303955 . G A 256.39 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.025;QD=51.2782;RBI=0.0400255;REFB=0;REVB=0.0341277;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316752;OID=.;OPOS=6303955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:18:20:1:10:8:0:0:12:8:0:0 chr4 6304087 . A G 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.632;QD=49.5963;RBI=0.0454803;REFB=0;REVB=-0.0422994;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119887;OID=.;OPOS=6304087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr4 6304242 . T C 231.66 PASS AF=0.95;AO=17;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00120859;FXX=0.0475964;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3253;QD=46.3314;RBI=0.0627801;REFB=0.00911733;REVB=0.0627685;RO=1;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538535;STB=0.523785;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000895396;OID=.;OPOS=6304242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:20:1:1:17:19:0.95:8:9:0:1:10:9:0:1 chr4 6304286 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.26;QD=55.0983;RBI=0.0314217;REFB=0;REVB=-0.0214693;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.85267e-06;OID=.;OPOS=6304286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr4 6304344 . G A 417.92 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00365533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.594;QD=53.9255;RBI=0.0259026;REFB=-0.0632013;REVB=0.0256434;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.518506;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=7.79753e-05;OID=.;OPOS=6304344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:13:17:0:0:13:17:0:1 chr4 6325086 . G A 170.61 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=0.0073544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.837;QD=10.8324;RBI=0.00764342;REFB=-0.0141159;REVB=0.00208196;RO=41;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261904;STB=0.650669;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0232817;OID=.;OPOS=6325086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:41:22:22:0.349206:11:11:11:30:11:11:11:30 chr4 6415618 . G A 51.23 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=34;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0229986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.971;QD=5.69189;RBI=0.0301114;REFB=-0.00829714;REVB=-0.0194361;RO=25;SAF=0;SAR=6;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.669132;STB=0.655833;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0423588;OID=.;OPOS=6415618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:36:25:28:6:8:0.222222:6:0:10:15:6:2:12:16 chr4 6415635 . T C,TC 38.39 PASS AF=0.0294118,0.205882;AO=2,6;DP=35;FAO=1,7;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=0,5;FSAR=1,2;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0536222,0.0569797;FXX=0.0555401;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=53.0207,18.5556;QD=4.51621;RBI=0.0540566,0.0616561;REFB=-0.0132101,-0.0626062;REVB=-0.00683891,0.0235538;RO=27;SAF=1,4;SAR=1,2;SRF=7;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.243975,0.459965;STB=0.985565,0.81321;STBP=0.491,0.098;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00978441,0.199351;OID=.,.;OPOS=6415635,6415636;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:34:35:34:27:26:2,6:1,7:0.0294118,0.205882:1,2:1,4:7:20:1,2:0,5:7:19 chr4 6594947 . A C 623.99 PASS AF=0.976744;AO=38;DP=39;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0106596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.1014;QD=58.046;RBI=0.0581705;REFB=0.0887532;REVB=-0.0571855;RO=1;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191259;STB=0.509799;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.00395614;OID=.;OPOS=6594947;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:43:1:1:38:42:0.976744:24:14:0:1:25:17:0:1 chr4 6600012 . A G 1369.17 PASS AF=1;AO=86;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584011;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.685;QD=61.5359;RBI=0.0643953;REFB=-0.119236;REVB=0.0271305;RO=1;SAF=26;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00783205;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00069145;OID=.;OPOS=6600012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:89:89:1:0:86:89:1:60:26:0:1:61:28:0:0 chr4 6606864 . A C,G 298.31 PASS AF=0.0869565,0.913043;AO=2,21;DP=23;FAO=2,21;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=2,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0911258,-0.00758973;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=17.1758,90.9526;QD=51.8793;RBI=0.101206,0.0239569;REFB=0,0;REVB=-0.0440315,0.0227229;RO=0;SAF=0,9;SAR=2,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.190928,-0.00334945;OID=.,.;OPOS=6606864,6606864;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:23:23:0:0:2,21:2,21:0.0869565,0.913043:2,12:0,9:0:0:2,12:0,9:0:0 chr4 6619165 . A G 375.54 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.671;QD=55.6358;RBI=0.0299068;REFB=0;REVB=0.0265074;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104939;OID=.;OPOS=6619165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr4 6619204 . G A 173.2 PASS AF=0.842105;AO=15;DP=18;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0630356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.805;QD=36.4637;RBI=0.067174;REFB=0.0660961;REVB=0.0232135;RO=3;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160058;STB=0.588126;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.00754003;OID=.;OPOS=6619204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:18:19:3:3:15:16:0.842105:7:8:0:3:7:9:0:3 chr4 6698667 . T C 511.1 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117306;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.763;QD=60.1289;RBI=0.0723278;REFB=0;REVB=0.0713702;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103872;OID=.;OPOS=6698667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chr4 6698706 . A C 689.3 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0384445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0171;QD=62.6633;RBI=0.0825444;REFB=0;REVB=-0.0730452;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00140722;OID=.;OPOS=6698706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chr4 6718615 . AC A 36.28 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0179344;FXX=0.0454339;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.6575;QD=6.90994;RBI=0.0888415;REFB=-0.0708539;REVB=0.0870124;RO=9;SAF=8;SAR=1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0.318966;SSSB=0.322799;STB=0.636033;STBP=0.338;TYPE=del;VARB=0.117927;OID=.;OPOS=6718616;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:9:22:9:21:12:7:2:7:5:36:9:8:1:6:3 chr4 6718775 . G T 57.47 PASS AF=0.470588;AO=7;DP=16;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0221096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.668;QD=13.5214;RBI=0.0235583;REFB=-0.035748;REVB=-0.00813376;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922775;STB=0.588021;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0170506;OID=.;OPOS=6718775;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:16:17:9:9:7:8:0.470588:4:3:3:6:4:4:3:6 chr4 6719092 . TAGTC T 137.51 PASS AF=0.535714;AO=13;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.003734;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=4;MLLD=267.851;QD=19.6441;RBI=0.00869598;REFB=-0.00530958;REVB=0.00785349;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101714;STB=0.56863;STBP=0.437;TYPE=del;VARB=0.00483315;OID=.;OPOS=6719093;OREF=AGTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.535714:13:28:15:28:13:8:7:5:8:99:12:7:6:5:7 chr4 6884329 . T C 138.21 PASS AF=0.933333;AO=13;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00510531;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=128.251;QD=36.8569;RBI=0.0671493;REFB=0.053462;REVB=-0.0669549;RO=2;SAF=9;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905744;STB=0.523776;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.00294934;OID=.;OPOS=6884329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:15:15:2:1:13:14:0.933333:4:9:2:0:4:10:1:0 chr4 6956045 . T C 48.1 PASS AF=0.152542;AO=6;DP=56;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00767639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.952;QD=3.26086;RBI=0.0111181;REFB=-0.0028463;REVB=-0.00804274;RO=49;SAF=2;SAR=4;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182192;STB=0.733323;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0595455;OID=.;OPOS=6956045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:56:59:49:50:6:9:0.152542:4:2:24:25:7:2:24:26 chr4 6956059 . T C 41.34 PASS AF=0.129032;AO=8;DP=62;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.0439812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7626;QD=2.66699;RBI=0.0491937;REFB=-0.00936367;REVB=-0.0220379;RO=54;SAF=5;SAR=3;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277676;STB=0.697212;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0679105;OID=.;OPOS=6956059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:62:62:54:54:8:8:0.129032:3:5:21:33:3:5:21:33 chr4 7057037 . C G 327.46 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.104;QD=52.3935;RBI=0.0178871;REFB=0;REVB=-0.000481675;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.98037e-05;OID=.;OPOS=7057037;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:15:9:0:0:16:9:0:0 chr4 7114091 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000627655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.752;QD=40.763;RBI=0.0125623;REFB=0;REVB=-0.0125466;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.66392e-05;OID=.;OPOS=7114091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr4 7325840 . G T 753.74 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.123621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.299;QD=61.5296;RBI=0.124784;REFB=-0.00789841;REVB=0.0169944;RO=1;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018447;STB=0.5098;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000337357;OID=.;OPOS=7325840;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:25:23:0:1:25:23:0:1 chr4 7435379 . A G 721.14 PASS AF=0.959184;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0624282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5333;QD=58.8686;RBI=0.0682313;REFB=-0.0239903;REVB=-0.0275361;RO=1;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164967;STB=0.505039;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=4.41164e-05;OID=.;OPOS=7435379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:49:1:2:46:47:0.959184:28:18:0:1:29:18:1:1 chr4 7436486 . C A 956.55 PASS AF=0.985075;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.106062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.771;QD=57.1075;RBI=0.106065;REFB=-0.222924;REVB=-0.000774345;RO=0;SAF=41;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0024725;OID=.;OPOS=7436486;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:64:67:0:1:64:66:0.985075:23:41:0:0:24:42:1:0 chr4 7461826 . C CCCA 52.84 PASS AF=0.615385;AO=6;DP=14;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0350055;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=217.435;QD=16.2584;RBI=0.0354691;REFB=-0.0300037;REVB=0.00571632;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.574292;STBP=0.545;TYPE=ins;VARB=0.0241856;OID=.;OPOS=7461827;OREF=-;OALT=CCA;OMAPALT=CCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.615385:6:14:8:13:5:3:5:1:4:30:6:2:4:2:4 chr4 7655855 . C T 69.32 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00458503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.649;QD=6.44877;RBI=0.0717572;REFB=-0.012351;REVB=0.0716106;RO=33;SAF=5;SAR=5;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182456;STB=0.511605;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0429596;OID=.;OPOS=7655855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:5:5:16:17:5:5:16:17 chr4 7714490 . T C 554.63 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.021019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.958;QD=55.4634;RBI=0.0226175;REFB=-0.0404066;REVB=-0.00835181;RO=2;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390161;STB=0.520822;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00856992;OID=.;OPOS=7714490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:23:15:0:2:23:15:0:2 chr4 7716910 . C T 300.09 PASS AF=0.78125;AO=25;DP=32;FAO=25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0486337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.587;QD=37.5108;RBI=0.0590326;REFB=-0.0770548;REVB=0.0334607;RO=7;SAF=11;SAR=14;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531612;STB=0.528944;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0162301;OID=.;OPOS=7716910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:32:32:7:7:25:25:0.78125:14:11:4:3:14:11:4:3 chr4 7716931 . CT C,CC 520.75 PASS AF=0.0277778,0.972222;AO=7,29;DP=36;FAO=1,35;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=1,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00612195,-0.000242382;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=176.224,187.078;QD=57.8613;RBI=0.0378464,0.0298229;REFB=0,0;REVB=0.037348,0.0298219;RO=0;SAF=2,16;SAR=5,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0221791,0.00563622;OID=.,.;OPOS=7716932,7716932;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0277778,0.972222:7,29:36:1,35:36:0:0,18:1,17:0:0:6:0:2,16:5,13:0:0 chr4 7761211 . C T 98.42 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.00121814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.974;QD=7.71918;RBI=0.0145355;REFB=-0.00153361;REVB=0.0144844;RO=38;SAF=9;SAR=4;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431566;STB=0.762345;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00420417;OID=.;OPOS=7761211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:38:38:13:13:0.254902:4:9:12:26:4:9:12:26 chr4 7761286 . T C 71.36 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0319613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9874;QD=7.71421;RBI=0.0357294;REFB=0.00516371;REVB=-0.0159709;RO=26;SAF=7;SAR=3;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241773;STB=0.664466;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.0181834;OID=.;OPOS=7761286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:26:27:10:10:0.27027:3:7:13:13:3:7:13:14 chr4 7774610 . C T 40.49 PASS AF=0.116883;AO=9;DP=77;FAO=9;FDP=77;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=53;FSRR=15;FWDB=0.0670199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9368;QD=2.10313;RBI=0.0671806;REFB=-0.00891563;REVB=-0.00464385;RO=68;SAF=7;SAR=2;SRF=53;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00283202;STB=0.502087;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0464419;OID=.;OPOS=7774610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:77:77:68:68:9:9:0.116883:2:7:53:15:2:7:53:15 chr4 7783163 . G A 54.99 PASS AF=0.166667;AO=9;DP=54;FAO=9;FDP=54;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=0.00134134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.84;QD=4.07327;RBI=0.0128787;REFB=-0.00775757;REVB=-0.0128086;RO=45;SAF=6;SAR=3;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.440735;STB=0.785989;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0359837;OID=.;OPOS=7783163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:54:54:45:45:9:9:0.166667:3:6:13:32:3:6:13:32 chr4 7783172 . G A 488.97 PASS AF=0.803922;AO=41;DP=52;FAO=41;FDP=51;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00351372;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.9435;QD=38.3509;RBI=0.0502712;REFB=-0.018112;REVB=0.0501483;RO=9;SAF=13;SAR=28;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128061;STB=0.581475;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00341404;OID=.;OPOS=7783172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:52:51:9:10:41:41:0.803922:28:13:6:3:28:13:7:3 chr4 7783286 . G A 95.54 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00535352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.729;QD=7.34917;RBI=0.00773179;REFB=0.00421288;REVB=-0.00557857;RO=38;SAF=6;SAR=7;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077777;STB=0.557434;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.0112231;OID=.;OPOS=7783286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:38:39:13:13:0.25:7:6:20:18:7:6:21:18 chr4 7941901 . A C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.396;QD=47.8224;RBI=0.0495932;REFB=0;REVB=0.0301238;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486441;OID=.;OPOS=7941901;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr4 8031471 . A G 538.51 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.272;QD=59.8348;RBI=0.0470728;REFB=0;REVB=-0.0456987;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000301749;OID=.;OPOS=8031471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr4 8062689 . TG CA 348.47 PASS AF=1;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00159064;FXX=0.0740466;HRUN=3;LEN=2;MLLD=195.697;QD=55.7546;RBI=0.00331561;REFB=0;REVB=0.00290915;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000104204;OID=.;OPOS=8062689;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr4 8228731 . T C 764.39 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0857386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5003;QD=62.3989;RBI=0.0857782;REFB=0;REVB=-0.00260545;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500432;OID=.;OPOS=8228731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:49:0:0:45:49:1:25:20:0:0:25:24:0:0 chr4 8228894 . T C 411.03 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9001;QD=56.6934;RBI=0.0434849;REFB=0;REVB=-0.029372;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000806985;OID=.;OPOS=8228894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr4 8229218 . A G 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.81;QD=58.587;RBI=0.0312194;REFB=0;REVB=0.00190859;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126695;OID=.;OPOS=8229218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr4 8229326 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0651475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4907;QD=42.181;RBI=0.0652947;REFB=0;REVB=0.004383;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0021645;OID=.;OPOS=8229326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr4 8242466 . A G 1194.59 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.412;QD=58.2727;RBI=0.0293854;REFB=0;REVB=0.0218373;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149747;OID=.;OPOS=8242466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:73:82:0:0:71:82:1:34:37:0:0:40:42:0:0 chr4 8396368 . C T 105.47 PASS AF=0.269231;AO=12;DP=51;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=0.0366177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.257;QD=8.1131;RBI=0.0366523;REFB=-0.0125982;REVB=0.00159132;RO=38;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669929;STB=0.571334;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0345456;OID=.;OPOS=8396368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:38:38:12:14:0.269231:9:3:8:30:10:4:8:30 chr4 8454639 . A G 246.85 PASS AF=0.733333;AO=20;DP=28;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00950602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.76;QD=32.914;RBI=0.010032;REFB=-0.0432897;REVB=0.00320568;RO=8;SAF=11;SAR=9;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154571;STB=0.590826;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0120411;OID=.;OPOS=8454639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:28:30:8:8:20:22:0.733333:9:11:2:6:9:13:2:6 chr4 8594574 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0434488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2217;QD=35.5752;RBI=0.0689715;REFB=0;REVB=0.0535656;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000560942;OID=.;OPOS=8594574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr4 8594577 . C T 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000236123;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.586;QD=28.5376;RBI=0.117865;REFB=0.00111805;REVB=0.117865;RO=1;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124421;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00580628;OID=.;OPOS=8594577;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:4:3:1:0:4:3:1:0 chr4 8601298 . G A 291.16 PASS AF=0.827586;AO=24;DP=29;FAO=24;FDP=29;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0256451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2078;QD=40.1594;RBI=0.0387344;REFB=-0.0659622;REVB=-0.029029;RO=4;SAF=5;SAR=19;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164394;STB=0.547284;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0102368;OID=.;OPOS=8601298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:29:29:4:5:24:24:0.827586:19:5:1:3:19:5:2:3 chr4 8602884 . T C 245.34 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0739938;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5293;QD=51.6513;RBI=0.0763381;REFB=0;REVB=-0.018773;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312857;OID=.;OPOS=8602884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr4 8602935 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.723;QD=51.9165;RBI=0.0438106;REFB=0;REVB=-0.0239001;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011097;OID=.;OPOS=8602935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr4 8605818 . C T 424.67 PASS AF=0.684211;AO=38;DP=57;FAO=39;FDP=57;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0953164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6699;QD=29.8012;RBI=0.0953627;REFB=-0.00274629;REVB=-0.0029688;RO=17;SAF=15;SAR=23;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134424;STB=0.581778;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00272316;OID=.;OPOS=8605818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:17:18:38:39:0.684211:23:15:3:14:23:16:3:15 chr4 8613786 . C T 420.86 PASS AF=0.733333;AO=33;DP=46;FAO=33;FDP=45;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0230802;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.341;QD=37.4098;RBI=0.0255155;REFB=-0.000917389;REVB=-0.0108785;RO=11;SAF=12;SAR=21;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088067;STB=0.538438;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.000166451;OID=.;OPOS=8613786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:46:45:11:12:33:33:0.733333:21:12:6:5:21:12:6:6 chr4 8613867 . G A 112.9 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0696581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.794;QD=28.226;RBI=0.072518;REFB=-0.00320955;REVB=0.0201645;RO=4;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136204;STB=0.576787;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00102329;OID=.;OPOS=8613867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:9:3:2:2:9:3:2:2 chr4 8616096 . T C 632.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000605856;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.952;QD=61.6782;RBI=0.0864195;REFB=0;REVB=-0.0864174;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000471722;OID=.;OPOS=8616096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr4 8616179 . T C 855.16 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0020611;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7513;QD=57.977;RBI=0.041463;REFB=0;REVB=0.0414118;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046178;OID=.;OPOS=8616179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:57:59:1:28:29:0:0:28:31:0:0 chr4 8621194 . A G 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00628887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.322;QD=55.0959;RBI=0.0409365;REFB=0;REVB=0.0404505;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170485;OID=.;OPOS=8621194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr4 9446325 . AG A 42.53 PASS AF=0.121622;AO=9;DP=78;FAO=9;FDP=74;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=47;FWDB=-0.00788412;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.59;QD=2.299;RBI=0.0133329;REFB=-0.00426899;REVB=-0.0107521;RO=65;SAF=5;SAR=4;SRF=18;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340143;STB=0.734441;STBP=0.183;TYPE=del;VARB=0.0240202;OID=.;OPOS=9446326;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.121622:9:78:9:74:65:5:4:18:47:42:65:5:4:18:47 chr4 9784631 . C T 504.55 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353784;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.488;QD=57.6626;RBI=0.0364162;REFB=0;REVB=-0.0086316;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.87057e-05;OID=.;OPOS=9784631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:17:17:0:0:17:18:0:0 chr4 9922130 . C T 722.75 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0759507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7902;QD=60.2292;RBI=0.0951318;REFB=-0.105045;REVB=0.0572848;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00556663;OID=.;OPOS=9922130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:48:0:1:46:47:0.979167:24:22:0:0:25:22:0:1 chr4 9982330 . A G 183.54 PASS AF=1;AO=13;DP=17;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284734;FXX=0.117578;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9147;QD=48.9448;RBI=0.0302894;REFB=0;REVB=-0.0103303;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000882001;OID=.;OPOS=9982330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:17:15:0:0:13:15:1:8:5:0:0:10:5:0:0 chr4 9987324 . G A 375.3 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8507;QD=55.6006;RBI=0.0444319;REFB=0;REVB=-0.0241761;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189477;OID=.;OPOS=9987324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr4 9998493 . A G 923.44 PASS AF=0.984615;AO=63;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0206157;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.939;QD=56.8271;RBI=0.0235766;REFB=-0.126499;REVB=0.011439;RO=1;SAF=34;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136873;STB=0.507244;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=6.42235e-05;OID=.;OPOS=9998493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:63:64:0.984615:29:34:1:0:30:34:1:0 chr4 10090178 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.917;QD=56.7058;RBI=0.0136976;REFB=0;REVB=-0.00824675;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.12136e-05;OID=.;OPOS=10090178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr4 10099340 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00732903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.508;QD=63.8717;RBI=0.0267874;REFB=0;REVB=0.0257653;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48233e-05;OID=.;OPOS=10099340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr4 10442700 . C T 62.56 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0714734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9285;QD=4.54988;RBI=0.0730535;REFB=-0.00732761;REVB=0.0151122;RO=44;SAF=4;SAR=6;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231548;STB=0.659268;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0244504;OID=.;OPOS=10442700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:44:45:10:10:0.181818:6:4:26:18:6:4:27:18 chr4 10446385 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.84;QD=60.6103;RBI=0.0392718;REFB=0;REVB=0.037717;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113814;OID=.;OPOS=10446385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:23:14:0:0:23:15:0:0 chr4 10446906 . A G 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.73;QD=48.7326;RBI=0.0678452;REFB=0;REVB=0.0478482;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000982285;OID=.;OPOS=10446906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr4 10447985 . AT A 253.23 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0913882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.7295;QD=50.6463;RBI=0.0953659;REFB=0;REVB=0.0272556;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00340125;OID=.;OPOS=10447986;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:20:20:20:0:3:17:0:0:4:0:3:16:0:0 chr4 10502937 . T G 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5498;QD=56.7031;RBI=0.0274943;REFB=0;REVB=0.0200904;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.29703e-05;OID=.;OPOS=10502937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:8:21:0:0:8:21:0:0 chr4 10669522 . A C 526.36 PASS AF=0.75;AO=32;DP=62;FAO=45;FDP=60;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0194325;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.469;QD=35.0909;RBI=0.0354795;REFB=-0.0376413;REVB=0.0296846;RO=15;SAF=16;SAR=16;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194915;STB=0.505557;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0163675;OID=.;OPOS=10669522;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:15:15:32:45:0.75:16:16:7:8:23:22:7:8 chr4 11401012 . A G 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0202017;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.443;QD=14.6579;RBI=0.020807;REFB=-0.00307999;REVB=0.00498207;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048982;STB=0.528454;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00382096;OID=.;OPOS=11401012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:6:7:10:7:6:7:10:7 chr4 13545792 . G T 143.71 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00656106;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.351;QD=41.0604;RBI=0.0202601;REFB=-0.140788;REVB=0.0191683;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533282;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00115026;OID=.;OPOS=13545792;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:14:0:1:13:13:0.928571:7:6:0:0:7:6:0:1 chr4 13548796 . T G 207.1 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6229;QD=48.7297;RBI=0.0618466;REFB=0;REVB=-0.060664;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000899333;OID=.;OPOS=13548796;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr4 13588046 . GA G 125.37 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.445;QD=41.7905;RBI=0.286339;REFB=0;REVB=0.286339;RO=0;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0258341;OID=.;OPOS=13588047;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:11:12:12:0:0:12:0:0:4:0:0:11:0:0 chr4 13601337 . G A 231.45 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00766333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.136;QD=30.8601;RBI=0.00807411;REFB=-0.014369;REVB=-0.00254257;RO=9;SAF=13;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216049;STB=0.618934;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00754189;OID=.;OPOS=13601337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:9:9:21:21:0.7:8:13:2:7:8:13:2:7 chr4 13606576 . A T 754.88 PASS AF=0.933333;AO=56;DP=60;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00431654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9122;QD=50.325;RBI=0.0224753;REFB=-0.00345847;REVB=0.0220569;RO=3;SAF=20;SAR=36;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319386;STB=0.528051;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00260586;OID=.;OPOS=13606576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:60:60:3:4:56:56:0.933333:36:20:2:1:36:20:3:1 chr4 15095619 . G GAGGGAGGAC 192.53 PASS AF=0.434783;AO=18;DP=47;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00257392;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=9;MLLD=242.516;QD=16.7414;RBI=0.0227609;REFB=-0.037868;REVB=-0.0226149;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154411;STB=0.578868;STBP=0.365;TYPE=ins;VARB=0.0237681;OID=.;OPOS=15095620;OREF=-;OALT=AGGGAGGAC;OMAPALT=GAGGGAGGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783:18:47:20:46:26:12:8:12:14:99:26:11:7:12:14 chr4 15095629 . G A 90.1 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0066029;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.296;QD=7.66835;RBI=0.00823812;REFB=-0.0184791;REVB=-0.00492629;RO=35;SAF=6;SAR=6;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085684;STB=0.553104;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0266257;OID=.;OPOS=15095629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:35:35:12:12:0.255319:6:6:15:20:6:6:15:20 chr4 15640168 . C T 77.71 PASS AF=0.22;AO=11;DP=49;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.00573785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1577;QD=6.21708;RBI=0.119362;REFB=-0.00373833;REVB=-0.119224;RO=37;SAF=7;SAR=4;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119868;STB=0.558826;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.00696101;OID=.;OPOS=15640168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:49:50:37:39:11:11:0.22:4:7:20:17:4:7:22:17 chr4 15689632 . G A 44.54 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00661346;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9596;QD=6.14317;RBI=0.00961315;REFB=0.0062271;REVB=0.00697673;RO=23;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259258;STB=0.685231;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00531339;OID=.;OPOS=15689632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:30:29:23:22:7:7:0.241379:3:4:8:15:3:4:7:15 chr4 15690233 . C A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.534;QD=37.4885;RBI=0.0576601;REFB=0;REVB=0.0449255;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000509851;OID=.;OPOS=15690233;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr4 15724487 . T G 422.33 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0168012;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.773;QD=23.7933;RBI=0.0226933;REFB=-0.0147362;REVB=0.0152547;RO=28;SAF=29;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114757;STB=0.552355;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0127205;OID=.;OPOS=15724487;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:28:30:41:41:0.577465:12:29:16:12:12:29:18:12 chr4 15733454 . A C 510.13 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00781202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.784;QD=58.3006;RBI=0.015193;REFB=0;REVB=0.0130308;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000703564;OID=.;OPOS=15733454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:11:23:0:0:12:23:0:0 chr4 15739390 . T G 289.34 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00166738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.693;QD=52.6064;RBI=0.0372064;REFB=0;REVB=-0.0371691;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162387;OID=.;OPOS=15739390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:11:10:0:0:11:11:0:0 chr4 15835844 . A C 199.35 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00682133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.31;QD=27.4966;RBI=0.0291493;REFB=-0.0366112;REVB=0.0283399;RO=10;SAF=9;SAR=10;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109095;STB=0.560377;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.023017;OID=.;OPOS=15835844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:10:9:3:7:10:9:3:7 chr4 15937731 . T C 951.08 PASS AF=0.972222;AO=64;DP=66;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0315162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.798;QD=52.8377;RBI=0.0562151;REFB=-0.0349259;REVB=0.0465495;RO=1;SAF=38;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122684;STB=0.51136;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0109501;OID=.;OPOS=15937731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:66:72:1:2:64:70:0.972222:26:38:1:0:27:43:2:0 chr4 15964501 . G A 71.64 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00252882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5276;QD=19.1045;RBI=0.0102427;REFB=-0.00297666;REVB=-0.00992567;RO=6;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341797;STB=0.699519;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00499493;OID=.;OPOS=15964501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:7:2:4:2:7:2:4:2 chr4 15964573 . A G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.232;QD=49.5977;RBI=0.0470942;REFB=0;REVB=-0.0322106;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06816e-05;OID=.;OPOS=15964573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr4 15992831 . C T 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0234195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.672;QD=18.9999;RBI=0.0234379;REFB=-0.0372769;REVB=0.000929161;RO=17;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155199;STB=0.588131;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0371553;OID=.;OPOS=15992831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:7:10:7:10:7:10:7:10 chr4 16037352 . C T 92.18 PASS AF=0.292683;AO=13;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00503676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.813;QD=8.99326;RBI=0.0211249;REFB=-0.00640284;REVB=-0.0205157;RO=26;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459377;STB=0.535654;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0116691;OID=.;OPOS=16037352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:26:29:13:12:0.292683:8:5:9:17:8:4:11:18 chr4 16675898 . C A 169.81 PASS AF=0.8;AO=16;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0226809;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.255;QD=33.9619;RBI=0.0352383;REFB=-0.136603;REVB=0.0269688;RO=3;SAF=10;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869632;STB=0.526282;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00421923;OID=.;OPOS=16675898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:20:20:3:4:16:16:0.8:6:10:1:2:6:10:2:2 chr4 17488286 . T G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00389673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.54;QD=46.8477;RBI=0.0551303;REFB=0;REVB=0.0549924;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293621;OID=.;OPOS=17488286;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr4 17488346 . G A 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.027608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.026;QD=7.32293;RBI=0.0288712;REFB=-0.005682;REVB=0.00844649;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.016598;OID=.;OPOS=17488346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:3:3:7:7:3:3:7:7 chr4 17488351 . T C 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0217602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5702;QD=7.32143;RBI=0.0569076;REFB=-0.0149872;REVB=0.0525829;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0401632;OID=.;OPOS=17488351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:3:3:7:7:3:3:7:7 chr4 17503433 . C T 31.2 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0414985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9227;QD=2.44686;RBI=0.0565023;REFB=-0.0121993;REVB=-0.0383455;RO=45;SAF=1;SAR=5;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392423;STB=0.803124;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0923111;OID=.;OPOS=17503433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:45:45:6:6:0.117647:5:1:22:23:5:1:22:23 chr4 17511595 . A T 121.11 PASS AF=0.923077;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0238303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.674;QD=37.2646;RBI=0.0296751;REFB=-0.0237959;REVB=0.0176841;RO=1;SAF=9;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473806;STB=0.523771;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0102531;OID=.;OPOS=17511595;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:13:1:1:11:12:0.923077:2:9:1:0:2:10:1:0 chr4 17511634 . G A 71.44 PASS AF=1;AO=5;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.143899;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=21.6319;QD=35.7196;RBI=0.145209;REFB=0;REVB=-0.0194571;RO=0;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0232573;OID=.;OPOS=17511634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:5:8:1:1:4:0:0:1:7:0:0 chr4 17517099 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8197;QD=39.2056;RBI=0.0549253;REFB=0;REVB=-0.0387403;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00507435;OID=.;OPOS=17517099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr4 17528480 . G A 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=-0.0181574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.708;QD=15.9166;RBI=0.0882416;REFB=-0.00865054;REVB=-0.0863533;RO=15;SAF=12;SAR=1;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347158;STB=0.51997;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0273766;OID=.;OPOS=17528480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:1:12:14:1:1:12:14:1 chr4 17586703 . T C 434.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00514832;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.24;QD=57.868;RBI=0.00740131;REFB=0;REVB=-0.00531734;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433946;OID=.;OPOS=17586703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr4 17627294 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00981292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.826;QD=57.6797;RBI=0.0172526;REFB=0;REVB=0.0141901;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04557e-05;OID=.;OPOS=17627294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr4 17627332 . T C 347.94 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00425962;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.736;QD=51.5465;RBI=0.0043969;REFB=-0.0488729;REVB=0.00109011;RO=1;SAF=7;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617811;STB=0.533307;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.000135925;OID=.;OPOS=17627332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:19:7:1:0:19:7:1:0 chr4 17634213 . A G 602.4 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.9261;QD=60.2403;RBI=0.0574672;REFB=0;REVB=0.0496293;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000873832;OID=.;OPOS=17634213;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:37:40:1:18:19:0:0:21:19:0:0 chr4 17660082 . C T 858.83 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000240675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4057;QD=54.5287;RBI=0.039952;REFB=0.00784649;REVB=0.0399512;RO=2;SAF=39;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902291;STB=0.504782;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.00742741;OID=.;OPOS=17660082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:22:39:1:1:22:39:1:1 chr4 17694943 . A G 766.53 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00626673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2007;QD=61.3226;RBI=0.031154;REFB=-0.00237108;REVB=-0.0305172;RO=1;SAF=15;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136428;STB=0.507243;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.000254762;OID=.;OPOS=17694943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:34:15:0:1:34:15:0:1 chr4 17711076 . T C 867.85 PASS AF=0.71875;AO=69;DP=96;FAO=69;FDP=96;FR=.;FRO=27;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0189932;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.785;QD=36.1604;RBI=0.0190858;REFB=-0.031641;REVB=-0.00187784;RO=25;SAF=38;SAR=31;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044929;STB=0.511923;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0103127;OID=.;OPOS=17711076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:25:27:69:69:0.71875:31:38:16:9:31:38:16:11 chr4 17819695 . G A 143.72 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0319521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.211;QD=33.8155;RBI=0.0320727;REFB=-0.0264553;REVB=-0.00277891;RO=3;SAF=2;SAR=12;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111875;STB=0.562403;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00365444;OID=.;OPOS=17819695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:17:3:3:14:14:0.823529:12:2:1:2:12:2:1:2 chr4 19183454 . A G 157.86 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00181916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.158;QD=45.1041;RBI=0.00684162;REFB=0;REVB=0.00659533;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034546;OID=.;OPOS=19183454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:7:6:0:0:8:6:0:0 chr4 20520993 . TAT ACA,CAT 554.28 PASS AF=0.0540541,0.945946;AO=2,27;DP=40;FAO=2,35;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=2,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0656547,0.0581692;FXX=0.0749813;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=57.0799,79.1339;QD=59.9222;RBI=0.0674054,0.0671397;REFB=0,0;REVB=0.0152628,0.0335274;RO=0;SAF=0,18;SAR=2,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0705277,0.00187693;OID=.,.;OPOS=20520993,20520993;OREF=TAT,T;OALT=ACA,C;OMAPALT=ACA,CAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:40:37:0:0:2,27:2,35:0.0540541,0.945946:2,9:0,18:0:0:2,14:0,21:0:0 chr4 20544184 . C T 1250.14 PASS AF=0.735294;AO=100;DP=136;FAO=100;FDP=136;FR=.;FRO=36;FSAF=59;FSAR=41;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00533079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9915;QD=36.7687;RBI=0.00776882;REFB=-0.00108951;REVB=-0.00565131;RO=36;SAF=59;SAR=41;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10079;STB=0.553938;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.000309608;OID=.;OPOS=20544184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:36:36:100:100:0.735294:41:59:14:22:41:59:14:22 chr4 20709411 . C T 67.96 PASS AF=0.473684;AO=8;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0239631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.146;QD=14.3064;RBI=0.0239653;REFB=-0.0128252;REVB=0.000322376;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0245631;STB=0.523757;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0310748;OID=.;OPOS=20709411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:8:9:0.473684:5:3:4:6:5:4:4:6 chr4 20733708 . C A,CA 289.23 PASS AF=0,1;AO=2,21;DP=35;FAO=0,32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00569123,0.0517496;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=217.599,13.0835;QD=36.1538;RBI=0.0184496,0.139299;REFB=-0.0424308,-0.0216081;REVB=-0.0175499,-0.12933;RO=10;SAF=0,11;SAR=2,10;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.612877,-0.0447397;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.000432148;OID=.,.;OPOS=20733708,20733709;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:3:35:32:10:0:2,21:0,32:0,1:2,10:0,11:6:4:0,18:0,14:0:0 chr4 20751278 . A G 289.07 PASS AF=0.694444;AO=25;DP=36;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0056299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.348;QD=32.1189;RBI=0.00838825;REFB=-0.0136783;REVB=-0.00621827;RO=11;SAF=10;SAR=15;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230701;STB=0.626274;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00384038;OID=.;OPOS=20751278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:11:11:25:25:0.694444:15:10:9:2:15:10:9:2 chr4 20852166 . A G 87.19 PASS AF=0.307692;AO=11;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=0.0136501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.65;QD=8.94263;RBI=0.0263464;REFB=0.00947739;REVB=-0.0225346;RO=27;SAF=7;SAR=4;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191712;STB=0.591697;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.0328713;OID=.;OPOS=20852166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:39:39:27:27:11:12:0.307692:4:7:21:6:4:8:21:6 chr4 20852244 . A G 112.37 PASS AF=0.325581;AO=13;DP=41;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0300899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.784;QD=10.4527;RBI=0.0316256;REFB=-0.00866857;REVB=-0.00973518;RO=27;SAF=9;SAR=4;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123277;STB=0.516106;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0095485;OID=.;OPOS=20852244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:27:29:13:14:0.325581:4:9:16:11:5:9:18:11 chr4 21950259 . A G 1669.49 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130;QD=59.6247;RBI=0.0301562;REFB=0;REVB=0.0271383;RO=0;SAF=28;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67953e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172058;OID=.;OPOS=21950259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:112:0:0:108:112:1:80:28:0:0:84:28:0:0 chr4 22439914 . A C 97.31 PASS AF=0.207792;AO=16;DP=77;FAO=16;FDP=77;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.00331255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.223;QD=5.05515;RBI=0.0454757;REFB=-0.0123789;REVB=-0.0453549;RO=60;SAF=10;SAR=6;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177584;STB=0.618743;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0360207;OID=.;OPOS=22439914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:77:77:60:61:16:16:0.207792:6:10:29:31:6:10:29:32 chr4 22457478 . C T 99.34 PASS AF=0.222222;AO=16;DP=72;FAO=16;FDP=72;FR=.;FRO=56;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0120985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3737;QD=5.51892;RBI=0.0395989;REFB=-0.00308305;REVB=-0.0377055;RO=56;SAF=4;SAR=12;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245554;STB=0.656041;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00989868;OID=.;OPOS=22457478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:56:56:16:16:0.222222:12:4:24:32:12:4:24:32 chr4 22820504 . A T 708.55 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0692447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.617;QD=62.9818;RBI=0.0703591;REFB=0;REVB=0.0124728;RO=0;SAF=9;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187218;OID=.;OPOS=22820504;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:35:9:0:0:35:10:0:0 chr4 23815522 . C T 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0988017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.922;QD=57.677;RBI=0.0992768;REFB=0;REVB=0.00970098;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000698996;OID=.;OPOS=23815522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr4 23815662 . C T 365.53 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0322425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.031;QD=52.2183;RBI=0.0415189;REFB=-0.0183269;REVB=0.026158;RO=1;SAF=14;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320266;STB=0.517229;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00086877;OID=.;OPOS=23815662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:28:1:1:26:27:0.964286:12:14:1:0:13:14:1:0 chr4 23815924 . T C 742.85 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0139153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.37;QD=53.0604;RBI=0.0242974;REFB=-0.0804382;REVB=0.019918;RO=1;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165303;STB=0.517235;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.000428703;OID=.;OPOS=23815924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:56:1:2:53:54:0.964286:28:25:0:1:28:26:0:2 chr4 23886323 . G T 41.12 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.027442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.877;QD=3.73807;RBI=0.027799;REFB=-0.00956628;REVB=0.00444095;RO=35;SAF=3;SAR=4;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136853;STB=0.593284;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0505621;OID=.;OPOS=23886323;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:44:35:37:7:7:0.159091:4:3:19:16:4:3:20:17 chr4 24534687 . T C 395.47 PASS AF=0.695652;AO=32;DP=46;FAO=32;FDP=46;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0659898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2229;QD=34.3885;RBI=0.0665373;REFB=-0.013873;REVB=0.0085178;RO=14;SAF=8;SAR=24;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270129;STB=0.514697;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0138876;OID=.;OPOS=24534687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:14:14:32:32:0.695652:24:8:3:11:24:8:3:11 chr4 24578097 . C T 119.11 PASS AF=0.204301;AO=19;DP=94;FAO=19;FDP=93;FR=.;FRO=74;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=46;FWDB=-0.0199505;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.116;QD=5.12287;RBI=0.0424032;REFB=-0.00261056;REVB=-0.0374167;RO=74;SAF=8;SAR=11;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558494;STB=0.535175;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0137874;OID=.;OPOS=24578097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:74:74:19:19:0.204301:11:8:28:46:11:8:28:46 chr4 24801315 . G A 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0478614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.826;QD=30.7895;RBI=0.0509206;REFB=-0.0152407;REVB=0.0173838;RO=1;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080241;STB=0.545344;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00222159;OID=.;OPOS=24801315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:5:3:0:1:5:3:0:1 chr4 24801949 . C T 54.76 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0374596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.1071;QD=24.3379;RBI=0.0515545;REFB=0.0548976;REVB=-0.0354209;RO=2;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278747;STB=0.516083;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.00802221;OID=.;OPOS=24801949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:3:4:1:1:3:4:1:1 chr4 24801976 . T C 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0339032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.55;QD=32.822;RBI=0.055704;REFB=-0.0181341;REVB=0.0441985;RO=1;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984833;STB=0.555432;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00341094;OID=.;OPOS=24801976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:4:5:0:1:4:5:0:1 chr4 24802323 . G C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=4;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.119775;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.215;QD=23.2185;RBI=0.119803;REFB=-0.0273649;REVB=0.00262724;RO=0;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00268074;OID=.;OPOS=24802323;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:0:1:4:5:0.833333:4:0:0:0:4:1:0:1 chr4 24802369 . C T 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0582936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.412;QD=41.8678;RBI=0.0606223;REFB=-0.00320384;REVB=0.0166409;RO=1;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365123;STB=0.519974;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.000476473;OID=.;OPOS=24802369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:12:3:0:1:12:3:0:1 chr4 25001439 . T C 790.9 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0301677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6699;QD=53.6206;RBI=0.0362014;REFB=0.0441793;REVB=0.0200113;RO=1;SAF=36;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129222;STB=0.513509;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.00920838;OID=.;OPOS=25001439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:59:59:1:2:57:57:0.966102:21:36:1:0:21:36:2:0 chr4 25005193 . G A 683.81 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00468959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.413;QD=62.1643;RBI=0.027032;REFB=0;REVB=0.0266221;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.07147e-05;OID=.;OPOS=25005193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:16:27:0:0:17:27:0:0 chr4 25253995 . C T 851.16 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00527344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.22;QD=57.7056;RBI=0.0213984;REFB=0;REVB=0.0207384;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.9421e-05;OID=.;OPOS=25253995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:35:24:0:0:35:24:0:0 chr4 25278988 . T C 376.97 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0260444;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.614;QD=23.5604;RBI=0.0282496;REFB=0.00614975;REVB=-0.0109419;RO=27;SAF=16;SAR=21;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138576;STB=0.575904;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.00547592;OID=.;OPOS=25278988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:27:37:37:0.578125:21:16:7:20:21:16:7:20 chr4 25363901 . T A 1476.08 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0374422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6163;QD=57.3237;RBI=0.049198;REFB=-0.119986;REVB=0.0319144;RO=1;SAF=40;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117123;STB=0.506023;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00375058;OID=.;OPOS=25363901;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:103:103:1:1:101:102:0.990291:61:40:1:0:61:41:1:0 chr4 25371399 . C T 142.41 PASS AF=0.241379;AO=20;DP=84;FAO=21;FDP=87;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=46;FSRR=20;FWDB=0.000658314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.747;QD=6.5476;RBI=0.0129168;REFB=-0.00403025;REVB=-0.0129;RO=64;SAF=7;SAR=13;SRF=45;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417235;STB=0.756925;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0217284;OID=.;OPOS=25371399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:87:64:66:20:21:0.241379:13:7:45:19:14:7:46:20 chr4 25371460 . C T 136.2 PASS AF=0.212121;AO=21;DP=99;FAO=21;FDP=99;FR=.;FRO=78;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=-0.0221006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.036;QD=5.50287;RBI=0.0236404;REFB=-0.00879429;REVB=0.00839233;RO=77;SAF=7;SAR=14;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296017;STB=0.688565;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0378729;OID=.;OPOS=25371460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:77:78:21:21:0.212121:14:7:44:33:14:7:45:33 chr4 25408516 . T A 320.98 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0339161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.016;QD=21.3985;RBI=0.0339666;REFB=0.024136;REVB=-0.00185211;RO=27;SAF=19;SAR=14;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108742;STB=0.559965;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.0131815;OID=.;OPOS=25408516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:14:19:19:8:14:19:19:8 chr4 25417109 . T A 130.0 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0003977;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.929;QD=12.683;RBI=0.0103153;REFB=-0.00993037;REVB=-0.0103077;RO=25;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160884;STB=0.518494;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0141466;OID=.;OPOS=25417109;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:25:26:15:15:0.365854:10:5:8:17:10:5:8:18 chr4 25419283 . T C 967.57 PASS AF=0.641221;AO=81;DP=131;FAO=84;FDP=131;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=52;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0290673;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=93.7651;QD=29.5442;RBI=0.0296032;REFB=-0.0242879;REVB=-0.00560702;RO=39;SAF=52;SAR=29;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333935;STB=0.511966;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0192299;OID=.;OPOS=25419283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:39:46:81:84:0.641221:29:52:27:12:32:52:27:19 chr4 25678199 . A G 428.97 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.44;QD=57.196;RBI=0.0120139;REFB=0;REVB=0.00147897;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010933;OID=.;OPOS=25678199;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr4 25749303 . C A 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00845863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.18;QD=26.3418;RBI=0.0258252;REFB=-0.00258825;REVB=0.0244007;RO=11;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022539;STB=0.512532;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00174423;OID=.;OPOS=25749303;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:11:8:5:6:11:8:5:6 chr4 25760693 . A G 626.82 PASS AF=0.924528;AO=46;DP=51;FAO=49;FDP=53;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00138945;FXX=0.0185151;HRUN=5;LEN=1;MLLD=79.303;QD=47.307;RBI=0.0245944;REFB=-0.177749;REVB=0.0245551;RO=4;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815158;STB=0.539984;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.001872;OID=.;OPOS=25760693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:51:53:4:4:46:49:0.924528:21:25:0:4:23:26:0:4 chr4 25823624 . G A 265.13 PASS AF=0.3;AO=36;DP=120;FAO=36;FDP=120;FR=.;FRO=84;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=46;FWDB=-0.0488902;FXX=0.00826378;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.319;QD=8.83759;RBI=0.048897;REFB=0.0102887;REVB=-0.000810816;RO=83;SAF=20;SAR=16;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130075;STB=0.571916;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.035128;OID=.;OPOS=25823624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:83:84:36:36:0.3:16:20:37:46:16:20:38:46 chr4 25915648 . G A 71.65 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0221184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.467;QD=7.96149;RBI=0.0250784;REFB=-0.0145764;REVB=-0.0118196;RO=26;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437156;STB=0.526974;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0443004;OID=.;OPOS=25915648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:7:3:7:19:7:3:7:19 chr4 25915957 . G A 983.61 PASS AF=0.786408;AO=80;DP=103;FAO=81;FDP=103;FR=.;FRO=22;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0300823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.37;QD=38.1986;RBI=0.051313;REFB=-0.0313078;REVB=0.0415702;RO=22;SAF=29;SAR=51;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000496402;STB=0.512022;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00772856;OID=.;OPOS=25915957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:22:22:80:81:0.786408:51:29:8:14:51:30:7:15 chr4 26585881 . C T 398.91 PASS AF=0.633333;AO=38;DP=60;FAO=38;FDP=60;FR=.;FRO=22;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0124674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.067;QD=26.594;RBI=0.047112;REFB=-0.00344198;REVB=0.0454324;RO=22;SAF=25;SAR=13;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143709;STB=0.578661;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00169036;OID=.;OPOS=26585881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:22:22:38:38:0.633333:13:25:10:12:13:25:10:12 chr4 26673761 . T A 1679.62 PASS AF=0.695;AO=139;DP=196;FAO=139;FDP=200;FR=.;FRO=61;FSAF=71;FSAR=68;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.00187813;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=42.1047;QD=33.5925;RBI=0.00533927;REFB=-0.00908187;REVB=-0.00499804;RO=38;SAF=71;SAR=68;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595047;STB=0.524242;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00528384;OID=.;OPOS=26673761;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:200:38:61:139:139:0.695:68:71:25:13:68:71:36:25 chr4 26673787 . A G 3367.71 PASS AF=0.977778;AO=220;DP=226;FAO=220;FDP=225;FR=.;FRO=5;FSAF=102;FSAR=118;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0557708;FXX=0.00442458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.4;QD=59.8704;RBI=0.0560032;REFB=-0.136772;REVB=0.00509683;RO=1;SAF=102;SAR=118;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0046484;STB=0.511961;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.000311637;OID=.;OPOS=26673787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:226:225:1:5:220:220:0.977778:118:102:1:0:118:102:5:0 chr4 27004011 . G A 773.77 PASS AF=0.965517;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0502689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1969;QD=53.3634;RBI=0.050317;REFB=-0.018894;REVB=0.00219932;RO=2;SAF=16;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235629;STB=0.512191;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00125113;OID=.;OPOS=27004011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:58:2:2:55:56:0.965517:39:16:0:2:40:16:0:2 chr4 28712912 . C G 279.0 PASS AF=0.609756;AO=26;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0386583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.885;QD=27.2194;RBI=0.0424609;REFB=-0.0066948;REVB=-0.017563;RO=15;SAF=9;SAR=17;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130862;STB=0.600748;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00302287;OID=.;OPOS=28712912;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:16:26:25:0.609756:17:9:8:7:17:8:9:7 chr4 28712968 . A G 343.96 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0304829;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6271;QD=29.2729;RBI=0.0313687;REFB=-0.00465035;REVB=0.00740209;RO=18;SAF=9;SAR=20;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144288;STB=0.579653;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.003676;OID=.;OPOS=28712968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:47:18:18:29:29:0.617021:20:9:9:9:20:9:9:9 chr4 30725696 . G A 150.09 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.012306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.849;QD=19.367;RBI=0.0129413;REFB=-6.98378e-05;REVB=0.00400489;RO=14;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00747459;STB=0.518496;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.000182051;OID=.;OPOS=30725696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:15:16:16:0.516129:7:9:8:6:7:9:9:6 chr4 30725987 . G A 569.36 PASS AF=0.675676;AO=50;DP=74;FAO=50;FDP=74;FR=.;FRO=24;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.000398642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.789;QD=30.7762;RBI=0.0121568;REFB=-0.0241252;REVB=0.0121503;RO=24;SAF=25;SAR=25;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249478;STB=0.513508;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0138811;OID=.;OPOS=30725987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:24:24:50:50:0.675676:25:25:11:13:25:25:11:13 chr4 31146018 . A G 338.46 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.014879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.577;QD=26.5459;RBI=0.0357697;REFB=-0.0304391;REVB=0.0325283;RO=19;SAF=14;SAR=18;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607296;STB=0.533312;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0159122;OID=.;OPOS=31146018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:18:14:10:9:18:14:10:9 chr4 31147272 . A C 623.64 PASS AF=0.564815;AO=61;DP=108;FAO=61;FDP=108;FR=.;FRO=47;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0164199;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=176.205;QD=23.0976;RBI=0.0167251;REFB=-0.00256125;REVB=0.00318037;RO=46;SAF=26;SAR=35;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028225;STB=0.519345;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00159425;OID=.;OPOS=31147272;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:46:47:61:61:0.564815:35:26:18:28:35:26:18:29 chr4 31147691 . A C 341.05 PASS AF=0.586207;AO=33;DP=57;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=29;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.0113408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.337;QD=23.5208;RBI=0.0133279;REFB=-0.00679374;REVB=0.00700132;RO=24;SAF=28;SAR=5;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177524;STB=0.602009;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0071912;OID=.;OPOS=31147691;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:24:24:33:34:0.586207:5:28:17:7:5:29:17:7 chr4 36068567 . A AT 242.09 PASS AF=0.965517;AO=6;DP=31;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.11113;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.2041;QD=33.3917;RBI=0.111385;REFB=0.0455536;REVB=-0.00752925;RO=25;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236394;STB=0.517229;STBP=0.507;TYPE=ins;VARB=0.00211632;OID=.;OPOS=36068568;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.965517:6:31:28:29:1:14:14:0:1:4:25:3:3:12:13 chr4 36081878 . C T 1467.07 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0721598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.144;QD=62.4287;RBI=0.0722069;REFB=0;REVB=0.00260747;RO=1;SAF=47;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0099791;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286372;OID=.;OPOS=36081878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:94:1:0:91:94:1:44:47:1:0:45:49:0:0 chr4 36258197 . T C 4255.97 PASS AF=0.972125;AO=277;DP=286;FAO=279;FDP=287;FR=.;FRO=8;FSAF=140;FSAR=139;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0230208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.463;QD=59.3167;RBI=0.0456845;REFB=-0.160425;REVB=0.0394603;RO=7;SAF=139;SAR=138;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00343962;STB=0.50005;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.001662;OID=.;OPOS=36258197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:286:287:7:8:277:279:0.972125:138:139:3:4:139:140:4:4 chr4 36285929 . A C 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0682784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.285;QD=20.8931;RBI=0.0702492;REFB=-0.0113211;REVB=0.0165229;RO=6;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174376;STB=0.5998;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0173062;OID=.;OPOS=36285929;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:4:6:2:4:4:6:2:4 chr4 36292018 . T A 733.87 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0717916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4969;QD=55.3861;RBI=0.0808121;REFB=0;REVB=0.037102;RO=1;SAF=23;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200378;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171301;OID=.;OPOS=36292018;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:1:0:52:53:1:29:23:1:0:29:24:0:0 chr4 36310049 . C T 261.15 PASS AF=0.290323;AO=36;DP=124;FAO=36;FDP=124;FR=.;FRO=88;FSAF=6;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=60;FWDB=0.00443801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.594;QD=8.42405;RBI=0.00559082;REFB=-0.00202431;REVB=0.0034002;RO=88;SAF=6;SAR=30;SRF=28;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255539;STB=0.653749;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00579728;OID=.;OPOS=36310049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:88:88:36:36:0.290323:30:6:28:60:30:6:28:60 chr4 36317970 . T C 280.07 PASS AF=0.263158;AO=40;DP=151;FAO=40;FDP=152;FR=.;FRO=112;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=74;FWDB=-0.00352381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.337;QD=7.3702;RBI=0.00375232;REFB=-0.0102702;REVB=0.00128944;RO=111;SAF=24;SAR=16;SRF=38;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310084;STB=0.685193;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0259616;OID=.;OPOS=36317970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:111:112:40:40:0.263158:16:24:38:73:16:24:38:74 chr4 37445885 . T C 77.27 PASS AF=0.19697;AO=13;DP=64;FAO=13;FDP=66;FR=.;FRO=53;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0268869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9412;QD=4.68281;RBI=0.0272989;REFB=-0.000967731;REVB=-0.00472525;RO=51;SAF=3;SAR=10;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277013;STB=0.697349;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00149855;OID=.;OPOS=37445885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:64:66:51:53:13:13:0.19697:10:3:22:29:10:3:24:29 chr4 37612486 . T A 509.61 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.335;QD=58.2406;RBI=0.011801;REFB=0;REVB=-0.00336303;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.42044e-06;OID=.;OPOS=37612486;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:33:35:1:15:18:0:0:15:20:0:0 chr4 37612569 . A G 364.51 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0180998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6571;QD=18.4559;RBI=0.070466;REFB=-0.0126926;REVB=-0.0681018;RO=41;SAF=24;SAR=14;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115072;STB=0.564281;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0126627;OID=.;OPOS=37612569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:41:38:38:0.481013:14:24:21:20:14:24:21:20 chr4 37612732 . A AAAG,AAG 189.83 PASS AF=0.4375,0.15625;AO=8,8;DP=40;FAO=14,5;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=4,2;FSAR=10,3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0323184,0.014935;FXX=0.0588062;HRUN=8,8;LEN=3,2;MLLD=277.842,275.776;QD=23.7286;RBI=0.0328605,0.0161826;REFB=-0.00448502,-0.00561199;REVB=0.00594426,0.00623067;RO=19;SAF=2,2;SAR=6,6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.157867,-0.157867;STB=0.555473,0.511582;STBP=0.591,0.998;TYPE=ins,ins;VARB=0.00852101,-0.00624727;OID=.,.;OPOS=37612733,37612733;OREF=-,-;OALT=AAG,AG;OMAPALT=AAAG,AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375,0.15625:8,8:40:14,5:32:13:4,2:10,3:5:8:76:19:2,2:6,6:7:12 chr4 37903756 . T C 762.04 PASS AF=0.98;AO=40;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0388306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7521;QD=60.963;RBI=0.040913;REFB=0.0400024;REVB=-0.0128864;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511107;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.00473482;OID=.;OPOS=37903756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:0:1:40:49:0.98:13:27:0:0:22:27:0:1 chr4 37904082 . T C 657.11 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00974816;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6853;QD=62.582;RBI=0.017862;REFB=0;REVB=0.0149674;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116013;OID=.;OPOS=37904082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr4 37904089 . C T 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0077493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.049;QD=14.3349;RBI=0.0113772;REFB=-0.0252468;REVB=-0.00833005;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189915;STB=0.609632;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0211891;OID=.;OPOS=37904089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:8:9:9:17:8:9:9:17 chr4 37962186 . G C 513.36 PASS AF=0.972973;AO=34;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0209217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8713;QD=55.4983;RBI=0.0275287;REFB=-0.0100256;REVB=0.0178916;RO=1;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373615;STB=0.519989;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00100718;OID=.;OPOS=37962186;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:37:1:1:34:36:0.972973:12:22:0:1:12:24:0:1 chr4 38016395 . T G 540.03 PASS AF=1;AO=32;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.156;QD=60.0037;RBI=0.0432396;REFB=0;REVB=0.0384547;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153196;OID=.;OPOS=38016395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:32:36:1:20:12:0:0:23:13:0:0 chr4 38023302 . C G 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00850179;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.03;QD=19.3863;RBI=0.00893467;REFB=-0.0228381;REVB=-0.00274736;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449437;STB=0.5111;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0207532;OID=.;OPOS=38023302;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:21:20:20:0.487805:11:9:8:12:11:9:9:12 chr4 38062233 . T A 170.12 PASS AF=0.384615;AO=19;DP=50;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0138386;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=182.697;QD=13.0858;RBI=0.014103;REFB=-0.00453538;REVB=-0.00271775;RO=31;SAF=15;SAR=4;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.498409;STB=0.787108;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00307944;OID=.;OPOS=38062233;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:31:32:19:20:0.384615:4:15:10:21:4:16:11:21 chr4 38139024 . C T 740.24 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0299017;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.076;QD=54.8326;RBI=0.0610422;REFB=-0.026304;REVB=0.0532169;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.511624;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00031939;OID=.;OPOS=38139024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:54:0:1:53:53:0.981481:21:32:0:0:21:32:0:1 chr4 38258908 . G T 742.37 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0413921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6275;QD=53.0262;RBI=0.0434566;REFB=-0.0292422;REVB=0.0132353;RO=2;SAF=36;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125522;STB=0.506664;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0102987;OID=.;OPOS=38258908;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:18:36:1:1:18:36:1:1 chr4 38259004 . C CG,G 509.16 PASS AF=1,0;AO=8,2;DP=46;FAO=38,0;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135219,-0.00104011;FXX=0.0256345;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=91.4035,102.601;QD=53.596;RBI=0.0141867,0.0690557;REFB=0,0;REVB=-0.00429175,-0.0690479;RO=33;SAF=7,0;SAR=1,2;SRF=21;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.379191,-0.512653;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0031783,0;OID=.,.;OPOS=38259005,38259004;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:38:33:0:8,2:38,0:1,0:1,2:7,0:21:12:12,0:26,0:0:0 chr4 38259005 . T G 418.0 PASS AF=0.755556;AO=31;DP=42;FAO=34;FDP=45;FR=.;FRO=11;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00163596;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=98.8946;QD=37.1553;RBI=0.00398055;REFB=-0.0893861;REVB=-0.00362883;RO=10;SAF=20;SAR=11;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271584;STB=0.512188;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00314765;OID=.;OPOS=38259005;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:42:45:10:11:31:34:0.755556:11:20:7:3:14:20:7:4 chr4 38259310 . T C 350.05 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.2098;QD=53.8535;RBI=0.042386;REFB=0;REVB=-0.026728;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00271526;OID=.;OPOS=38259310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:14:11:0:0:14:12:0:0 chr4 38628725 . C T 225.31 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0744719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0939;QD=27.3101;RBI=0.0861456;REFB=-0.0121244;REVB=0.0433012;RO=12;SAF=14;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600218;STB=0.533301;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0139417;OID=.;OPOS=38628725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:7:14:7:5:7:14:7:5 chr4 38628881 . A T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0039743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.651;QD=14.6526;RBI=0.00444635;REFB=0.00923824;REVB=-0.00199374;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28888;STB=0.691819;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.00780769;OID=.;OPOS=38628881;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:4:5:6:6:0.545455:4:2:0:4:4:2:0:5 chr4 38702437 . A G 318.23 PASS AF=0.603774;AO=31;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.011432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.818;QD=24.0177;RBI=0.0129006;REFB=0.0122622;REVB=0.00597784;RO=20;SAF=12;SAR=19;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153633;STB=0.584562;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00506561;OID=.;OPOS=38702437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:21:31:32:0.603774:19:12:12:8:19:13:13:8 chr4 38774785 . A G 1190.94 PASS AF=0.97561;AO=79;DP=83;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0107553;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.2648;QD=58.0944;RBI=0.0109589;REFB=-0.0547026;REVB=-0.00210231;RO=1;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114068;STB=0.511625;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00204016;OID=.;OPOS=38774785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:82:1:2:79:80:0.97561:41:38:0:1:42:38:0:2 chr4 38774889 . T C 555.04 PASS AF=0.393939;AO=64;DP=164;FAO=65;FDP=165;FR=.;FRO=100;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=41;FSRR=59;FWDB=0.00936234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.341;QD=13.4556;RBI=0.0124019;REFB=-0.00220077;REVB=0.0081335;RO=100;SAF=27;SAR=37;SRF=41;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131795;STB=0.503362;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00433311;OID=.;OPOS=38774889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:165:100:100:64:65:0.393939:37:27:41:59:38:27:41:59 chr4 38775040 . A G 1700.81 PASS AF=0.991304;AO=113;DP=116;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0268482;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3451;QD=59.1586;RBI=0.0347466;REFB=-0.0662608;REVB=0.0220568;RO=1;SAF=40;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00646058;STB=0.503355;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000593884;OID=.;OPOS=38775040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:116:115:1:1:113:114:0.991304:73:40:0:1:74:40:0:1 chr4 38776107 . T G 484.17 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0101101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.193;QD=55.3335;RBI=0.0104038;REFB=-0.0872635;REVB=-0.00245454;RO=0;SAF=6;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73777e-08;STB=0.538438;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00231946;OID=.;OPOS=38776107;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:28:6:0:0:28:6:1:0 chr4 38776180 . C A 333.42 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00821708;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.128;QD=51.295;RBI=0.0249739;REFB=-0.0763534;REVB=0.0235833;RO=1;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281249;STB=0.515139;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0013769;OID=.;OPOS=38776180;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:27:26:1:1:25:25:0.961538:16:9:0:1:16:9:0:1 chr4 38776235 . A G 71.05 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0150344;FXX=0.114253;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2999;QD=9.16732;RBI=0.0474677;REFB=-0.00605845;REVB=0.0450238;RO=22;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195702;STB=0.621944;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0118545;OID=.;OPOS=38776235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:32:31:22:22:9:9:0.290323:3:6:11:11:3:6:11:11 chr4 38776320 . C T 249.3 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0166422;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.43;QD=19.5531;RBI=0.0392852;REFB=-0.013377;REVB=-0.035586;RO=24;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331203;STB=0.509084;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0159471;OID=.;OPOS=38776320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:24:25:26:26:0.509804:12:14:12:12:12:14:13:12 chr4 38776491 . T G 629.26 PASS AF=0.954545;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0158686;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.914;QD=57.2055;RBI=0.019202;REFB=-0.103824;REVB=0.0108123;RO=2;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0520454;STB=0.527764;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.000628718;OID=.;OPOS=38776491;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:44:2:2:41:42:0.954545:17:24:0:2:17:25:0:2 chr4 38776725 . C A 167.28 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00410188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.887;QD=23.0728;RBI=0.0260916;REFB=-0.0430721;REVB=-0.0257671;RO=10;SAF=5;SAR=12;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810739;STB=0.558069;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0163739;OID=.;OPOS=38776725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:28:29:10:12:17:17:0.586207:12:5:4:6:12:5:5:7 chr4 38777059 . C T 283.1 PASS AF=0.476923;AO=30;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.0312516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9754;QD=17.4215;RBI=0.0398336;REFB=0.00637268;REVB=0.0246992;RO=34;SAF=13;SAR=17;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208352;STB=0.504079;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.0032589;OID=.;OPOS=38777059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:30:31:0.476923:17:13:14:20:18:13:14:20 chr4 38777173 . A T 430.42 PASS AF=0.552632;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=76;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.00291604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.707;QD=22.6539;RBI=0.0228123;REFB=-0.00752991;REVB=-0.0226252;RO=32;SAF=19;SAR=23;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618958;STB=0.518392;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00665866;OID=.;OPOS=38777173;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:32:34:42:42:0.552632:23:19:12:20:23:19:14:20 chr4 38777236 . T G 403.84 PASS AF=0.705882;AO=36;DP=51;FAO=36;FDP=51;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00783432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.001;QD=31.6735;RBI=0.0107277;REFB=-0.0151434;REVB=-0.00732857;RO=15;SAF=15;SAR=21;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00929765;STB=0.505048;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00871406;OID=.;OPOS=38777236;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:15:15:36:36:0.705882:21:15:6:9:21:15:6:9 chr4 38798648 . C A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.004;QD=56.9569;RBI=0.0606558;REFB=0;REVB=-0.0594511;RO=0;SAF=40;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012858;OID=.;OPOS=38798648;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:12:40:0:0:12:40:0:0 chr4 38798935 . C T 41.99 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00885063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.01;QD=4.41968;RBI=0.0433863;REFB=-0.00917569;REVB=-0.0424739;RO=31;SAF=3;SAR=4;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105086;STB=0.571225;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0421875;OID=.;OPOS=38798935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:4:3:16:15:4:3:16:15 chr4 38798971 . T C 35.72 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.009834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9879;QD=5.95296;RBI=0.0397846;REFB=-0.00314461;REVB=-0.0385501;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333477;STB=0.654748;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0158103;OID=.;OPOS=38798971;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:17:18:6:6:0.25:4:2:2:15:4:2:3:15 chr4 38799710 . T C 97.24 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0348124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.9413;QD=12.9652;RBI=0.0357335;REFB=-0.0198511;REVB=-0.00806068;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282827;STB=0.666389;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0202381;OID=.;OPOS=38799710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:8:4:11:7:8:4:11:7 chr4 38830350 . A G 1006.15 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0916859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0005;QD=59.1855;RBI=0.0923544;REFB=0;REVB=-0.0110925;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000841978;OID=.;OPOS=38830350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:33:34:0:0:33:35:0:0 chr4 38937372 . T C 177.44 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0132514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5805;QD=21.5078;RBI=0.0164611;REFB=-0.0050753;REVB=-0.00976562;RO=14;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25027;STB=0.653299;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00356469;OID=.;OPOS=38937372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:14:15:18:18:0.545455:11:7:10:4:11:7:11:4 chr4 38945169 . A G 254.41 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.016514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.162;QD=15.4185;RBI=0.0372154;REFB=-0.0297005;REVB=-0.0333508;RO=37;SAF=20;SAR=9;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186687;STB=0.605985;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0266518;OID=.;OPOS=38945169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:9:20:19:18:9:20:19:18 chr4 38995374 . T C 1735.94 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401761;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.825;QD=60.9103;RBI=0.050419;REFB=0;REVB=0.0304625;RO=0;SAF=60;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000192115;OID=.;OPOS=38995374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:114:0:0:113:114:1:53:60:0:0:54:60:0:0 chr4 39000305 . A G 538.22 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.455;QD=59.8017;RBI=0.051258;REFB=0;REVB=0.0403511;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329863;OID=.;OPOS=39000305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:19:16:0:0:19:17:0:0 chr4 39207318 . A G 1062.64 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0426791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6766;QD=58.2269;RBI=0.0588413;REFB=-0.012782;REVB=0.0405067;RO=1;SAF=28;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165877;STB=0.508472;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000468139;OID=.;OPOS=39207318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:73:1:1:71:72:0.986301:43:28:1:0:43:29:1:0 chr4 39216221 . C T 2430.24 PASS AF=1;AO=158;DP=161;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00386294;FXX=0.0186324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.337;QD=61.525;RBI=0.0237423;REFB=0;REVB=-0.023426;RO=0;SAF=80;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38159e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.37244e-05;OID=.;OPOS=39216221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:161:158:0:0:158:158:1:78:80:0:0:78:80:0:0 chr4 39299266 . A G 393.22 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0418156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6705;QD=56.1745;RBI=0.0541158;REFB=0;REVB=0.0343508;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160975;OID=.;OPOS=39299266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr4 39448529 . G A 192.7 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0575733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.971;QD=23.357;RBI=0.0639078;REFB=-0.000160972;REVB=0.0277401;RO=14;SAF=9;SAR=10;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144517;STB=0.580563;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000999124;OID=.;OPOS=39448529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:10:9:4:10:10:9:4:10 chr4 39448542 . C G 296.38 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.04663;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.258;QD=49.3972;RBI=0.048116;REFB=0.0731891;REVB=0.0118658;RO=1;SAF=8;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543643;STB=0.529386;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.000601001;OID=.;OPOS=39448542;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:15:8:1:0:15:8:1:0 chr4 39450229 . C A 277.77 PASS AF=0.595238;AO=24;DP=41;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0168888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.349;QD=26.454;RBI=0.0173383;REFB=-0.0160247;REVB=0.0039225;RO=17;SAF=4;SAR=20;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309172;STB=0.677256;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00969283;OID=.;OPOS=39450229;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:17:17:24:25:0.595238:20:4:8:9:21:4:8:9 chr4 39458051 . A G 665.23 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242509;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.332;QD=60.4753;RBI=0.0988373;REFB=-0.0740784;REVB=0.095816;RO=1;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302739;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000976549;OID=.;OPOS=39458051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:44:44:1:0:43:44:1:15:28:0:1:16:28:0:0 chr4 39459724 . T C 1496.66 PASS AF=0.959596;AO=93;DP=99;FAO=95;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=45;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0044327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.656;QD=60.4711;RBI=0.00568115;REFB=0.00338509;REVB=0.0035534;RO=1;SAF=44;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957781;STB=0.500544;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.000243433;OID=.;OPOS=39459724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:1:2:93:95:0.959596:49:44:0:1:50:45:1:1 chr4 39460490 . C G 642.72 PASS AF=0.587629;AO=56;DP=95;FAO=57;FDP=97;FR=.;FRO=40;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0119953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.114;QD=26.5039;RBI=0.013218;REFB=-0.0141022;REVB=-0.00555236;RO=39;SAF=31;SAR=25;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164539;STB=0.589492;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0175168;OID=.;OPOS=39460490;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:39:40:56:57:0.587629:25:31:13:26:26:31:13:27 chr4 39472842 . T A 203.64 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00561825;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.279;QD=38.7883;RBI=0.0333834;REFB=-0.0626221;REVB=0.0329072;RO=3;SAF=10;SAR=8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0582612;STB=0.531879;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00987264;OID=.;OPOS=39472842;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:3:3:18:18:0.857143:8:10:1:2:8:10:1:2 chr4 39501086 . G A 192.09 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0532228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.227;QD=16.0075;RBI=0.0900976;REFB=0.0550647;REVB=0.0726974;RO=23;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195504;STB=0.559262;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.0604011;OID=.;OPOS=39501086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:28:20:20:0.416667:12:8:14:9:12:8:14:14 chr4 39510264 . A G 1019.5 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0644593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.632;QD=57.4367;RBI=0.0644597;REFB=-0.103098;REVB=0.000243237;RO=1;SAF=49;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00955148;STB=0.505049;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000293499;OID=.;OPOS=39510264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:69:70:0.985915:20:49:1:0:21:49:1:0 chr4 39515736 . A G 606.23 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2863;QD=60.6228;RBI=0.0383054;REFB=0;REVB=0.0345288;RO=1;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228628;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187773;OID=.;OPOS=39515736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:1:0:39:40:1:20:19:0:1:21:19:0:0 chr4 39515806 . TAAAAAGAA TA,T 330.0 PASS AF=0.965517,0.0344828;AO=21,4;DP=29;FAO=28,1;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=18,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206725,0.0258414;FXX=0.0333222;HRUN=5,5;LEN=7,8;MLLD=189.822,179.878;QD=45.5166;RBI=0.0349416,0.0349331;REFB=0,0;REVB=0.0281703,0.0235062;RO=0;SAF=6,2;SAR=15,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.00106768,-0.0145923;OID=.,.;OPOS=39515807,39515807;OREF=AAAAAGA,AAAAAGAA;OALT=-,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.965517,0.0344828:21,4:29:28,1:29:0:10,0:18,1:0:0:5:0:6,2:15,2:0:0 chr4 39826199 . TA T,TT 34.61 PASS AF=0.178571,0.107143;AO=5,4;DP=28;FAO=5,3;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=3,0;FSAR=2,3;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0512574,0.095806;FXX=0.0344709;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.4896,18.8857;QD=4.94445;RBI=0.0772191,0.10073;REFB=-0.00455015,-0.017025;REVB=0.0577535,-0.0311085;RO=16;SAF=3,0;SAR=2,4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.251248,-0.631565;STB=0.655649,0.995677;STBP=0.507,0.12;TYPE=del,snp;VARB=0.0614573,-0.0912255;OID=.,.;OPOS=39826200,39826200;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.178571,0.107143:5,4:28:5,3:28:20:3,0:2,3:8:12:15:16:3,0:2,4:6:10 chr4 39921942 . A G 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0183399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.701;QD=16.0652;RBI=0.0335167;REFB=-0.0186533;REVB=0.0280539;RO=24;SAF=7;SAR=11;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309716;STB=0.676736;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0234742;OID=.;OPOS=39921942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:11:7:17:7:11:7:17:7 chr4 40045139 . T C 404.51 PASS AF=0.390244;AO=47;DP=122;FAO=48;FDP=123;FR=.;FRO=75;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=-0.000721834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8793;QD=13.1548;RBI=0.0100776;REFB=-0.00876613;REVB=-0.0100517;RO=70;SAF=32;SAR=15;SRF=40;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125891;STB=0.559296;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.017958;OID=.;OPOS=40045139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:70:75:47:48:0.390244:15:32:40:30:15:33:45:30 chr4 40079556 . C T 728.74 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.482;QD=57.1562;RBI=0.0279715;REFB=0;REVB=0.0222969;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84117e-06;OID=.;OPOS=40079556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:28:22:0:0:29:22:0:0 chr4 40121562 . G A 799.83 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.588;QD=57.131;RBI=0.0521881;REFB=0;REVB=0.0441988;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189418;OID=.;OPOS=40121562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:20:34:0:0:20:36:0:0 chr4 40138676 . A G 1043.65 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6471;QD=58.7973;RBI=0.0318369;REFB=0;REVB=-0.0144962;RO=1;SAF=28;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165827;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272587;OID=.;OPOS=40138676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:1:0:69:71:1:41:28:1:0:42:29:0:0 chr4 40155927 . T C 1134.65 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00336597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.47;QD=60.5148;RBI=0.0325415;REFB=0;REVB=0.0323669;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48325e-05;OID=.;OPOS=40155927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:35:40:0:0:35:40:0:0 chr4 40245990 . A C 205.59 PASS AF=0.571429;AO=21;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0536953;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.518;QD=23.4957;RBI=0.0575368;REFB=-0.00035684;REVB=0.0206713;RO=14;SAF=13;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182368;STB=0.530091;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=-0.000641004;OID=.;OPOS=40245990;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:15:21:20:0.571429:8:13:9:5:8:12:10:5 chr4 40337566 . C T 139.55 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=-0.00416356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.155;QD=12.4042;RBI=0.0273003;REFB=-0.0225548;REVB=0.0269809;RO=29;SAF=9;SAR=7;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271915;STB=0.656721;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0367712;OID=.;OPOS=40337566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:7:9:23:6:7:9:23:6 chr4 40337908 . T C 1531.25 PASS AF=1;AO=100;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183624;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.243;QD=59.466;RBI=0.0212228;REFB=0;REVB=0.0106409;RO=0;SAF=59;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.3262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4302e-05;OID=.;OPOS=40337908;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:100:103:1:41:59:0:0:44:59:0:0 chr4 40351306 . GT G,TG 59.4 PASS AF=0.395833,0;AO=16,2;DP=48;FAO=19,0;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=15,0;FSAR=4,0;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.217463,-0.0511574;FXX=0.020404;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=7.50309,60.0348;QD=4.95002;RBI=0.276014,0.0687624;REFB=-0.144919,-0.0279024;REVB=0.16998,0.0459476;RO=22;SAF=14,2;SAR=2,0;SRF=3;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.692826,0.7208;STB=0.789169,0.5;STBP=0.002,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.171966,0.0444607;OID=.,.;OPOS=40351307,40351306;OREF=T,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:48:48:22:29:16,2:19,0:0.395833,0:2,0:14,2:3:19:4,0:15,0:9:20 chr4 40356041 . C T 175.28 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0248029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.508;QD=10.0158;RBI=0.028778;REFB=0.00121537;REVB=-0.0145943;RO=47;SAF=15;SAR=8;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119093;STB=0.570055;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.0026169;OID=.;OPOS=40356041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:47:23:23:0.328571:8:15:26:21:8:15:26:21 chr4 40356422 . A G 282.62 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0139645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0532;QD=28.987;RBI=0.0150324;REFB=-0.00894886;REVB=0.00556473;RO=14;SAF=11;SAR=14;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394239;STB=0.521722;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0112954;OID=.;OPOS=40356422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:14:11:7:7:14:11:7:7 chr4 40425880 . G C 83.05 PASS AF=0.2;AO=14;DP=69;FAO=14;FDP=70;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0383271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0876;QD=4.74563;RBI=0.0392306;REFB=-0.00640868;REVB=-0.00837086;RO=54;SAF=8;SAR=6;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17932;STB=0.612745;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0464457;OID=.;OPOS=40425880;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:69:70:54:56:14:14:0.2:6:8:23:31:6:8:24:32 chr4 40427775 . T C 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00462622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.924;QD=14.0964;RBI=0.0120338;REFB=0.0470264;REVB=-0.0111091;RO=14;SAF=9;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146265;STB=0.586784;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.0259854;OID=.;OPOS=40427775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:2:9:10:4:2:9:10:4 chr4 40428010 . T C 321.73 PASS AF=0.375;AO=39;DP=104;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=43;FWDB=-0.0112231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.818;QD=12.3744;RBI=0.0113108;REFB=-0.0159759;REVB=-0.00140564;RO=63;SAF=16;SAR=23;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695149;STB=0.547127;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0294952;OID=.;OPOS=40428010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:63:65:39:39:0.375:23:16:22:41:23:16:22:43 chr4 40438576 . A G 1855.09 PASS AF=0.99187;AO=119;DP=120;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0232091;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.973;QD=60.3282;RBI=0.0280652;REFB=-0.0875108;REVB=0.0157795;RO=0;SAF=65;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00119709;OID=.;OPOS=40438576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:123:0:1:119:122:0.99187:54:65:0:0:55:67:0:1 chr4 40440215 . T C 785.86 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.428;QD=64.1522;RBI=0.0202581;REFB=0;REVB=0.0148419;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.13376e-05;OID=.;OPOS=40440215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr4 40440854 . G C 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.262;QD=37.4874;RBI=0.0866408;REFB=0;REVB=0.0831095;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00861065;OID=.;OPOS=40440854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr4 40752822 . GA G 80.44 PASS AF=0.340909;AO=43;DP=127;FAO=45;FDP=132;FR=.;FRO=87;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=43;FSRR=44;FWDB=-0.00399687;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.69828;QD=2.43757;RBI=0.242208;REFB=-0.0777766;REVB=-0.242175;RO=64;SAF=24;SAR=19;SRF=30;SRR=34;SSEN=0.309524;SSEP=0;SSSB=0.0945552;STB=0.540522;STBP=0.506;TYPE=del;VARB=0.0519478;OID=.;OPOS=40752823;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.340909:43:127:45:132:87:25:20:43:44:80:64:24:19:30:34 chr4 40810747 . A G 725.43 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0120724;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.165;QD=54.7496;RBI=0.0120795;REFB=-0.108137;REVB=0.000413511;RO=1;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254452;STB=0.513508;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=4.91757e-05;OID=.;OPOS=40810747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:53:1:1:52:52:0.981132:18:34:0:1:18:34:0:1 chr4 41015823 . G A 1540.4 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00071874;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2508;QD=59.2462;RBI=0.0145496;REFB=0;REVB=0.0145319;RO=0;SAF=49;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00259292;OID=.;OPOS=41015823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:104:0:0:101:104:1:52:49:0:0:55:49:0:0 chr4 41015899 . C T 1448.62 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.814;QD=62.3064;RBI=0.0443941;REFB=0;REVB=0.0415793;RO=0;SAF=38;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09023e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047784;OID=.;OPOS=41015899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:92:93:1:54:38:0:0:55:38:0:0 chr4 41259633 . C A 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0281943;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.2009;QD=24.2039;RBI=0.0282208;REFB=-0.00831007;REVB=0.00122076;RO=12;SAF=15;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377244;STB=0.714013;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.014455;OID=.;OPOS=41259633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:3:15:5:7:3:15:5:7 chr4 41634859 . C T 481.08 PASS AF=0.5;AO=47;DP=94;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=37;FSRF=9;FSRR=38;FWDB=0.0427971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1857;QD=20.4714;RBI=0.0450866;REFB=-0.0316171;REVB=0.0141848;RO=47;SAF=10;SAR=37;SRF=9;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292447;STB=0.516167;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0217819;OID=.;OPOS=41634859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:47:47:47:47:0.5:37:10:9:38:37:10:9:38 chr4 41749668 . C T 1005.08 PASS AF=0.609272;AO=92;DP=151;FAO=92;FDP=151;FR=.;FRO=59;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.0274215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.957;QD=26.6246;RBI=0.0298006;REFB=-0.0381817;REVB=0.0116678;RO=54;SAF=48;SAR=44;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104938;STB=0.508081;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0201515;OID=.;OPOS=41749668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:54:59:92:92:0.609272:44:48:29:25:44:48:32:27 chr4 41941737 . G C 132.53 PASS AF=0.275362;AO=19;DP=69;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=18;FWDB=-0.0127564;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3796;QD=7.68305;RBI=0.0131296;REFB=-0.0134981;REVB=0.00310803;RO=50;SAF=12;SAR=7;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109041;STB=0.506572;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0358041;OID=.;OPOS=41941737;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:50:50:19:19:0.275362:7:12:32:18:7:12:32:18 chr4 41956464 . G A 112.26 PASS AF=0.274194;AO=16;DP=66;FAO=17;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.0468155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.531;QD=7.24257;RBI=0.046821;REFB=-0.00748337;REVB=-0.000718527;RO=36;SAF=3;SAR=13;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224899;STB=0.637887;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0171663;OID=.;OPOS=41956464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:62:36:45:16:17:0.274194:13:3:12:24:14:3:14:31 chr4 41984118 . C T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.495;QD=60.6096;RBI=0.0270889;REFB=0;REVB=-0.00672133;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.76297e-05;OID=.;OPOS=41984118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr4 41985101 . A G 3743.86 PASS AF=1;AO=237;DP=242;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=143;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340515;FXX=0.0165282;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.62;QD=62.9219;RBI=0.0483082;REFB=-0.0718414;REVB=0.0342663;RO=0;SAF=94;SAR=143;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1545e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196922;OID=.;OPOS=41985101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:242:238:0:0:237:238:1:143:94:0:0:143:95:0:0 chr4 41985478 . A G 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.349;QD=63.2848;RBI=0.028651;REFB=0;REVB=-0.0130063;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43918e-05;OID=.;OPOS=41985478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr4 41986088 . T C 184.68 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.00811979;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8734;QD=13.68;RBI=0.00844921;REFB=-0.0310453;REVB=0.00233626;RO=31;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138483;STB=0.566951;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0491388;OID=.;OPOS=41986088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:31:32:22:22:0.407407:12:10:10:21:12:10:11:21 chr4 41986119 . T C 173.03 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00513349;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=255.998;QD=11.3463;RBI=0.021726;REFB=-0.000165459;REVB=-0.0211109;RO=38;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173308;STB=0.606465;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.000207717;OID=.;OPOS=41986119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:39:22:22:0.360656:11:11:13:25:11:11:13:26 chr4 41986857 . A G 1611.9 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0197046;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1432;QD=59.1524;RBI=0.0496689;REFB=-0.0875901;REVB=0.045593;RO=1;SAF=43;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00724713;STB=0.503816;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000604949;OID=.;OPOS=41986857;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:109:1:1:108:108:0.990826:65:43:0:1:65:43:0:1 chr4 41987892 . G A 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00866714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.98;QD=59.3229;RBI=0.024839;REFB=0;REVB=0.0232778;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95133e-05;OID=.;OPOS=41987892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:40:28:0:0:40:28:0:0 chr4 41988385 . TAC T 333.37 PASS AF=0.64;AO=27;DP=53;FAO=32;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0181216;FXX=0.0740604;HRUN=1;LEN=2;MLLD=194.003;QD=26.6697;RBI=0.0201659;REFB=-0.00477755;REVB=-0.00884721;RO=15;SAF=12;SAR=15;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143633;STB=0.58668;STBP=0.096;TYPE=del;VARB=0.00398797;OID=.;OPOS=41988386;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.64:27:53:32:50:18:12:20:11:7:99:15:12:15:10:5 chr4 41992677 . C G 3738.19 PASS AF=0.979675;AO=239;DP=246;FAO=241;FDP=246;FR=.;FRO=5;FSAF=100;FSAR=141;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0706985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0272;QD=60.7835;RBI=0.0903454;REFB=-0.167753;REVB=0.0562496;RO=3;SAF=100;SAR=139;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101739;STB=0.504505;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00427907;OID=.;OPOS=41992677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:246:246:3:5:239:241:0.979675:139:100:0:3:141:100:1:4 chr4 42003671 . A G 322.88 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00263903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.836;QD=19.2765;RBI=0.00429781;REFB=-0.0116581;REVB=-0.00339215;RO=32;SAF=10;SAR=24;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22253;STB=0.618248;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00877071;OID=.;OPOS=42003671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:33:34:34:0.507463:24:10:17:15:24:10:17:16 chr4 42020142 . A G 1718.35 PASS AF=0.966667;AO=116;DP=121;FAO=116;FDP=120;FR=.;FRO=4;FSAF=53;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0172341;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1177;QD=57.2782;RBI=0.0343543;REFB=-0.165946;REVB=0.0297188;RO=1;SAF=53;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887625;STB=0.501447;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00407427;OID=.;OPOS=42020142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:121:120:1:4:116:116:0.966667:63:53:1:0:63:53:2:2 chr4 42022464 . C A 1063.51 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194845;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.484;QD=59.916;RBI=0.0326003;REFB=0;REVB=0.0261368;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.77526e-06;OID=.;OPOS=42022464;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:70:71:1:32:38:0:0:32:39:0:0 chr4 42113241 . C T 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.016603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.537;QD=9.56842;RBI=0.0232671;REFB=0.00658422;REVB=0.0163003;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232378;STB=0.514249;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=-0.00556066;OID=.;OPOS=42113241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:6:2:4:11:6:2:4:11 chr4 42113249 . A T 35.96 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0362319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.7669;QD=6.2534;RBI=0.0474764;REFB=-0.0154979;REVB=0.0306798;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247213;STB=0.516075;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0151433;OID=.;OPOS=42113249;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:4:2:6:11:4:2:6:11 chr4 42895423 . C T 1035.24 PASS AF=0.659259;AO=88;DP=132;FAO=89;FDP=135;FR=.;FRO=46;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0143482;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8681;QD=30.6739;RBI=0.0397461;REFB=-0.0100521;REVB=-0.0370659;RO=44;SAF=38;SAR=50;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285309;STB=0.510257;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00593445;OID=.;OPOS=42895423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:135:44:46:88:89:0.659259:50:38:21:23:51:38:21:25 chr4 43032437 . C T 244.24 PASS AF=0.265152;AO=35;DP=132;FAO=35;FDP=132;FR=.;FRO=97;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=46;FSRR=51;FWDB=0.00667312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.9;QD=7.40111;RBI=0.0067435;REFB=-0.0163385;REVB=-0.000971715;RO=96;SAF=26;SAR=9;SRF=45;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348958;STB=0.706399;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0431073;OID=.;OPOS=43032437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:96:97:35:35:0.265152:9:26:45:51:9:26:46:51 chr4 44626641 . A G 825.48 PASS AF=0.967213;AO=58;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0403236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.685;QD=54.1298;RBI=0.0428232;REFB=-0.0284635;REVB=0.0144163;RO=2;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336634;STB=0.517236;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00029823;OID=.;OPOS=44626641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:58:59:0.967213:27:31:0:2:28:31:0:2 chr4 44652030 . C T 1774.51 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=119;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00569531;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.545;QD=60.1529;RBI=0.0432018;REFB=-0.00860343;REVB=-0.0428248;RO=1;SAF=63;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00747937;STB=0.503936;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000101035;OID=.;OPOS=44652030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:118:1:1:117:117:0.991525:54:63:1:0:54:63:1:0 chr4 44704757 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.461;QD=60.9781;RBI=0.0471934;REFB=0;REVB=-0.0152802;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.29811e-05;OID=.;OPOS=44704757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr4 44704938 . T A 229.61 PASS AF=0.442623;AO=24;DP=60;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0244271;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.284;QD=15.0566;RBI=0.0256775;REFB=-0.0264842;REVB=0.00791537;RO=34;SAF=12;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301668;STB=0.526679;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0305043;OID=.;OPOS=44704938;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:34:34:24:27:0.442623:12:12:16:18:13:14:16:18 chr4 46086060 . T C 443.46 PASS AF=0.626866;AO=41;DP=66;FAO=42;FDP=67;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=22;FWDB=0.0196077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6852;QD=26.4749;RBI=0.0258454;REFB=-0.00927525;REVB=0.016838;RO=25;SAF=15;SAR=26;SRF=3;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195712;STB=0.608511;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00330148;OID=.;OPOS=46086060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:25:25:41:42:0.626866:26:15:3:22:26:16:3:22 chr4 46314593 . T C 453.83 PASS AF=0.52439;AO=36;DP=83;FAO=43;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0224209;FXX=0.0120467;HRUN=6;LEN=1;MLLD=216.063;QD=22.1382;RBI=0.0271822;REFB=-0.0316974;REVB=-0.0153681;RO=21;SAF=24;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168815;STB=0.621916;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0119357;OID=.;OPOS=46314593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:21:36:36:43:0.52439:12:24:9:12:16:27:13:23 chr4 46334702 . A G 215.85 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=0.0218791;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6216;QD=12.8866;RBI=0.0238719;REFB=-0.00550333;REVB=-0.00954832;RO=41;SAF=13;SAR=13;SRF=10;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27651;STB=0.656608;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0108657;OID=.;OPOS=46334702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:13:13:10:31:13:13:10:31 chr4 46928746 . A T 315.01 PASS AF=0.596154;AO=29;DP=50;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.038717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.886;QD=24.2314;RBI=0.0396188;REFB=-0.0243158;REVB=0.00840489;RO=21;SAF=14;SAR=15;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00499607;STB=0.509994;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00739499;OID=.;OPOS=46928746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:21:21:29:31:0.596154:15:14:10:11:17:14:10:11 chr4 46928834 . C T 408.86 PASS AF=0.56338;AO=40;DP=70;FAO=40;FDP=71;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.014233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.4;QD=23.0343;RBI=0.0167057;REFB=-0.00740831;REVB=-0.00874661;RO=29;SAF=22;SAR=18;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779414;STB=0.556934;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0055188;OID=.;OPOS=46928834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:29:31:40:40:0.56338:18:22:13:16:18:22:13:18 chr4 46995366 . G T 381.47 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00730808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.326;QD=22.4392;RBI=0.00849218;REFB=-0.0210927;REVB=0.0043254;RO=29;SAF=26;SAR=12;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298395;STB=0.658143;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0103561;OID=.;OPOS=46995366;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:29:30:38:38:0.558824:12:26:9:20:12:26:10:20 chr4 47034626 . C G 766.56 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0239727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.193;QD=51.97;RBI=0.0732127;REFB=-0.2144;REVB=0.0691766;RO=3;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553625;STB=0.529401;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00126007;OID=.;OPOS=47034626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:59:59:3:3:56:56:0.949153:24:32:0:3:24:32:0:3 chr4 47322190 . T C 651.97 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00569416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.46;QD=62.0922;RBI=0.011617;REFB=0;REVB=0.0101258;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.21259e-05;OID=.;OPOS=47322190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:24:17:0:0:24:18:0:0 chr4 47322219 . C A 235.33 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0122493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.761;QD=25.4415;RBI=0.0128094;REFB=-0.00351229;REVB=-0.00374625;RO=15;SAF=9;SAR=13;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430007;STB=0.523908;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00231423;OID=.;OPOS=47322219;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:13:9:7:8:13:9:7:8 chr4 47408838 . C T 122.33 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0176585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5268;QD=8.43642;RBI=0.0498395;REFB=0.0189539;REVB=-0.0466064;RO=39;SAF=11;SAR=6;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131441;STB=0.598208;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.0820108;OID=.;OPOS=47408838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:39:41:17:17:0.293103:6:11:21:18:6:11:21:20 chr4 47584046 . G A 2516.71 PASS AF=0.993939;AO=164;DP=166;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.015914;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.17;QD=61.0113;RBI=0.0161394;REFB=0.000770848;REVB=0.00268803;RO=1;SAF=83;SAR=81;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00583882;STB=0.503067;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-2.81102e-06;OID=.;OPOS=47584046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:166:165:1:1:164:164:0.993939:81:83:0:1:81:83:0:1 chr4 47589203 . G A 2121.46 PASS AF=1;AO=134;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.687;QD=62.8581;RBI=0.0284728;REFB=0;REVB=0.00769862;RO=0;SAF=51;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5198e-05;OID=.;OPOS=47589203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:134:135:1:83:51:0:0:83:52:0:0 chr4 47667064 . T C 888.23 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0535;QD=56.3955;RBI=0.141217;REFB=-0.0551389;REVB=0.13912;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00212988;OID=.;OPOS=47667064;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:61:63:0:0:59:63:1:24:35:0:0:26:37:0:0 chr4 47936972 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.765;QD=43.4861;RBI=0.0168608;REFB=0;REVB=0.00873269;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.67657e-05;OID=.;OPOS=47936972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr4 47939240 . C T 177.25 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0235107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5416;QD=12.224;RBI=0.0417203;REFB=0.00912648;REVB=-0.034465;RO=36;SAF=12;SAR=10;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489413;STB=0.528276;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-0.00876339;OID=.;OPOS=47939240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:10:12:18:18:10:12:18:18 chr4 48069696 . G C 220.07 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.01515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1539;QD=12.0584;RBI=0.0487177;REFB=0.00241665;REVB=0.0463021;RO=45;SAF=13;SAR=14;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562638;STB=0.538978;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00852013;OID=.;OPOS=48069696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:45:46:27:27:0.369863:14:13:24:21:14:13:25:21 chr4 48069725 . G A 146.06 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00691109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.745;QD=8.98818;RBI=0.0117171;REFB=-0.00557146;REVB=-0.00946183;RO=45;SAF=8;SAR=12;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155819;STB=0.5925;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0141565;OID=.;OPOS=48069725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:45:45:20:20:0.307692:12:8:24:21:12:8:24:21 chr4 48170669 . A G,T 675.55 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=42,2;DP=44;FAO=42,2;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19,1;FSAR=23,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122126,0.0115479;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=162.445,124.112;QD=61.4138;RBI=0.0399539,0.0233322;REFB=0,0;REVB=0.0380416,0.020274;RO=0;SAF=19,1;SAR=23,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00157381,0.0497838;OID=.,.;OPOS=48170669,48170669;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:44:0:0:42,2:42,2:0.954545,0.0454545:23,1:19,1:0:0:23,1:19,1:0:0 chr4 48172266 . G A 990.6 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00920965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.261;QD=59.1406;RBI=0.011106;REFB=0;REVB=-0.00620692;RO=0;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79999e-06;OID=.;OPOS=48172266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:29:38:0:0:29:38:0:0 chr4 48492434 . G C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3221;QD=39.2066;RBI=0.0842401;REFB=0;REVB=0.0842401;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00520025;OID=.;OPOS=48492434;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr4 48503730 . T C 489.67 PASS AF=0.515789;AO=46;DP=92;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.000700789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.629;QD=20.6178;RBI=0.00679945;REFB=-0.0178731;REVB=-0.00676324;RO=46;SAF=19;SAR=27;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137752;STB=0.5562;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0163898;OID=.;OPOS=48503730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:95:46:46:46:49:0.515789:27:19:26:20:27:22:26:20 chr4 48582909 . G A 346.34 PASS AF=0.603448;AO=32;DP=57;FAO=35;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0036512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.964;QD=23.8853;RBI=0.0122444;REFB=0.000384555;REVB=-0.0116874;RO=15;SAF=18;SAR=14;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564678;STB=0.521727;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.000143902;OID=.;OPOS=48582909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:15:23:32:35:0.603448:14:18:7:8:14:21:15:8 chr4 48588742 . C T 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.0108875;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=286.545;QD=16.1155;RBI=0.0129262;REFB=-0.00864759;REVB=-0.00696776;RO=29;SAF=6;SAR=18;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111742;STB=0.506324;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00895236;OID=.;OPOS=48588742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:18:6:7:22:18:6:7:22 chr4 48625211 . AAC A,AA,AAA 680.94 PASS AF=0,1,0;AO=9,20,15;DP=44;FAO=0,45,0;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16,0;FSAR=0,29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216366,0.0242568,0.0240718;FXX=0;HRUN=8,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=236.151,238.556,235.284;QD=60.5277;RBI=0.0352144,0.0369153,0.0361165;REFB=0,0,0;REVB=-0.0277833,-0.027827,-0.0269248;RO=0;SAF=4,9,2;SAR=5,11,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,3.0487e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0197224,-0.00131098,0;OID=.,.,.;OPOS=48625212,48625213,48625213;OREF=AC,C,C;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:9,20,15:44:0,45,0:45:0:0,16,0:0,29,0:0:0:4:0:4,9,2:5,11,13:0:0 chr4 48859263 . GAAAAAA GAAAAAG,GAAAAA 46.91 PASS AF=0.037037,0.240741;AO=2,18;DP=52;FAO=2,13;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=0,5;FSAR=2,8;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0446355,0.147505;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=57.7623,9.24404;QD=3.47503;RBI=0.0624754,0.255307;REFB=-0.0504512,-0.176315;REVB=-0.0437133,-0.208385;RO=27;SAF=0,4;SAR=2,14;SRF=16;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.515582,-0.406222;STB=0.994683,0.578191;STBP=0.19,0.503;TYPE=snp,del;VARB=0.106363,0.180966;OID=.,.;OPOS=48859269,48859264;OREF=A,A;OALT=G,-;OMAPALT=GAAAAAG,GAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.037037,0.240741:2,18:52:2,13:54:39:0,5:2,8:19:20:39:27:0,4:2,14:16:11 chr4 52714354 . A ATTTC,ATTTTC,C 485.52 PASS AF=0.882353,0,0.117647;AO=21,4,4;DP=34;FAO=30,0,4;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0,4;FSAR=6,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.006099,-0.00819488,0.028933;FXX=0;HRUN=5,5,1;LEN=4,5,1;MLLD=206.327,190.481,76.8321;QD=57.12;RBI=0.0448521,0.0440241,0.0299173;REFB=0,0,0;REVB=-0.0444355,-0.0432547,0.00761097;RO=3;SAF=16,3,4;SAR=5,1,0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0790642,-0.281139,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,snp;VARB=-0.00240685,0,-0.0213551;OID=.,.,.;OPOS=52714355,52714355,52714354;OREF=-,-,A;OALT=TTTC,TTTTC,C;OMAPALT=ATTTC,ATTTTC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:19:34:34:3:0:21,4,4:30,0,4:0.882353,0,0.117647:5,1,0:16,3,4:3:0:6,0,0:24,0,4:0:0 chr4 52752812 . A T 1504.5 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0191925;FXX=0.0095229;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.382;QD=57.8655;RBI=0.0404424;REFB=-0.059527;REVB=0.0355982;RO=2;SAF=61;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00371651;STB=0.504064;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.000219618;OID=.;OPOS=52752812;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:104:104:2:1:102:103:0.990385:41:61:1:1:42:61:1:0 chr4 52780048 . G C 1717.38 PASS AF=0.929688;AO=119;DP=129;FAO=119;FDP=128;FR=.;FRO=9;FSAF=52;FSAR=67;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00923329;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2356;QD=53.6682;RBI=0.00974165;REFB=-0.0214739;REVB=-0.0031058;RO=9;SAF=52;SAR=67;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160142;STB=0.508453;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00272833;OID=.;OPOS=52780048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:129:128:9:9:119:119:0.929688:67:52:5:4:67:52:5:4 chr4 54011526 . A G 469.88 PASS AF=0.436975;AO=52;DP=119;FAO=52;FDP=119;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=47;FSRR=20;FWDB=0.00536724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.899;QD=15.7942;RBI=0.00804875;REFB=-0.0179567;REVB=0.00599793;RO=67;SAF=27;SAR=25;SRF=47;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186038;STB=0.603551;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0288062;OID=.;OPOS=54011526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:67:67:52:52:0.436975:25:27:47:20:25:27:47:20 chr4 54011576 . T C 473.0 PASS AF=0.472222;AO=50;DP=108;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.0177339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2145;QD=17.5184;RBI=0.0363126;REFB=-0.00781267;REVB=0.0316878;RO=57;SAF=30;SAR=20;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219779;STB=0.625311;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0108316;OID=.;OPOS=54011576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:57:50:51:0.472222:20:30:21:36:20:31:21:36 chr4 54352468 . GC G 448.87 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241101;FXX=0.0256345;HRUN=4;LEN=1;MLLD=21.9771;QD=47.2492;RBI=0.0503185;REFB=0;REVB=-0.0441663;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000497448;OID=.;OPOS=54352469;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:39:38:38:0:25:13:0:0:8:0:24:13:0:0 chr4 54966667 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.532;QD=61.684;RBI=0.0624809;REFB=0;REVB=0.00951597;RO=0;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201475;OID=.;OPOS=54966667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:30:11:0:0:30:11:0:0 chr4 54966830 . G A 499.64 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00207845;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.099;QD=54.0155;RBI=0.00386368;REFB=-0.0236185;REVB=0.003257;RO=2;SAF=20;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00735457;STB=0.503935;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.000625246;OID=.;OPOS=54966830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:15:20:1:1:15:20:1:1 chr4 54966919 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.906;QD=47.8223;RBI=0.0235374;REFB=0;REVB=0.0235374;RO=0;SAF=0;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216915;OID=.;OPOS=54966919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:16:0:0:0:16:0:0:0 chr4 55141055 . A G 1748.26 PASS AF=1;AO=94;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.029;QD=60.809;RBI=0.0547314;REFB=0;REVB=0.0306575;RO=0;SAF=48;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05067e-05;OID=.;OPOS=55141055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:94:115:1:46:48:0:0:55:60:0:0 chr4 55161391 . T C 1381.25 PASS AF=0.988889;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0337722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.689;QD=61.3891;RBI=0.0489882;REFB=-0.0328447;REVB=0.0354863;RO=1;SAF=56;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0083879;STB=0.504424;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00074333;OID=.;OPOS=55161391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:90:1:1:88:89:0.988889:32:56:1:0:33:56:1:0 chr4 55161517 . A G 2385.93 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00748468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.423;QD=61.1778;RBI=0.0125935;REFB=0;REVB=0.0101279;RO=0;SAF=79;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.46824e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36405e-06;OID=.;OPOS=55161517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:77:79:0:0:77:79:0:0 chr4 55599436 . T C 555.65 PASS AF=0.974359;AO=35;DP=36;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0651007;FXX=0.0249938;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.4459;QD=56.9895;RBI=0.0653472;REFB=-0.0686322;REVB=-0.0056713;RO=1;SAF=13;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346204;STB=0.51612;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00803367;OID=.;OPOS=55599436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:36:39:1:1:35:38:0.974359:22:13:1:0:23:15:1:0 chr4 55946081 . A G 1520.17 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00555903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.869;QD=62.6872;RBI=0.0171264;REFB=0;REVB=0.0161991;RO=0;SAF=52;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.0217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36983e-05;OID=.;OPOS=55946081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:97:0:0:92:97:1:40:52:0:0:44:53:0:0 chr4 55972974 . T A 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00940128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.117;QD=16.1191;RBI=0.0325596;REFB=-0.00188405;REVB=0.0311728;RO=13;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261872;STB=0.515126;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00272664;OID=.;OPOS=55972974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:4:8:9:4:4:8:9:4 chr4 56291620 . CAA C 363.73 PASS AF=0.461538;AO=51;DP=117;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=-0.0193295;FXX=0.0249979;HRUN=2;LEN=2;MLLD=91.072;QD=12.4351;RBI=0.0212417;REFB=-0.0023297;REVB=-0.00880785;RO=62;SAF=21;SAR=30;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24173;STB=0.639125;STBP=0.012;TYPE=del;VARB=0.00239501;OID=.;OPOS=56291621;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538:51:117:54:117:63:21:33:41:22:99:62:21:30:41:21 chr4 56300685 . C T 85.75 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0059783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4197;QD=11.8275;RBI=0.0131648;REFB=-0.0111534;REVB=0.0117291;RO=18;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153343;STB=0.589597;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00484121;OID=.;OPOS=56300685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:8:3:3:15:8:3:3:15 chr4 56301049 . G GA 130.95 PASS AF=0.442308;AO=20;DP=58;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0232038;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.6462;QD=10.0734;RBI=0.0254495;REFB=0.0261838;REVB=-0.010453;RO=38;SAF=7;SAR=13;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172563;STB=0.55945;STBP=0.468;TYPE=ins;VARB=-0.0295108;OID=.;OPOS=56301050;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.442308:20:58:23:52:29:8:15:13:16:99:38:7:13:19:19 chr4 56306111 . G A 393.39 PASS AF=0.557143;AO=39;DP=70;FAO=39;FDP=70;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=33;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0317911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.217;QD=22.4793;RBI=0.0402357;REFB=-0.00359316;REVB=-0.0246624;RO=30;SAF=6;SAR=33;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315778;STB=0.687388;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0028604;OID=.;OPOS=56306111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:31:39:39:0.557143:33:6:13:17:33:6:14:17 chr4 56309992 . A G 246.25 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0214946;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.968;QD=23.4522;RBI=0.0237175;REFB=-0.0139702;REVB=-0.0100249;RO=19;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389085;STB=0.52172;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00912185;OID=.;OPOS=56309992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:19:19:23:23:0.547619:11:12:9:10:11:12:9:10 chr4 56318462 . G A 183.87 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.0425978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9569;QD=17.9385;RBI=0.0431132;REFB=-0.00378017;REVB=0.00664621;RO=22;SAF=14;SAR=5;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.529713;STB=0.797818;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00811568;OID=.;OPOS=56318462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:5:14:3:19:5:14:3:19 chr4 56367796 . T G 54.84 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0194454;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.916;QD=8.1242;RBI=0.0201628;REFB=-0.0051041;REVB=0.00533038;RO=19;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21811;STB=0.637927;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00951368;OID=.;OPOS=56367796;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:28:27:19:19:8:8:0.296296:6:2:8:11:6:2:8:11 chr4 56756531 . T C 871.86 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197714;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.771;QD=58.1239;RBI=0.026555;REFB=0;REVB=0.0177273;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235644;OID=.;OPOS=56756531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:34:26:0:0:34:26:0:0 chr4 56771089 . G A 483.19 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.02;QD=58.5688;RBI=0.0199101;REFB=0;REVB=0.000816767;RO=0;SAF=6;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.42595e-05;OID=.;OPOS=56771089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:27:6:0:0:27:6:0:0 chr4 57154737 . T C 358.0 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0256548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.467;QD=19.6163;RBI=0.0259135;REFB=-0.019921;REVB=-0.00365269;RO=36;SAF=23;SAR=14;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357345;STB=0.519864;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0292607;OID=.;OPOS=57154737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:14:23:21:15:14:23:21:15 chr4 57181629 . C T 385.36 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00106391;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.546;QD=17.9238;RBI=0.0206507;REFB=-0.0070141;REVB=0.0206233;RO=46;SAF=10;SAR=30;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268704;STB=0.651235;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0114502;OID=.;OPOS=57181629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:30:10:23:23:30:10:23:23 chr4 57181632 . G C 1316.74 PASS AF=1;AO=71;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.04;QD=61.2436;RBI=0.0254618;REFB=0;REVB=0.0194981;RO=0;SAF=26;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00527318;OID=.;OPOS=57181632;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:71:86:1:45:26:0:0:53:33:0:0 chr4 57181995 . C T 363.26 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.00948902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4258;QD=18.1627;RBI=0.0239294;REFB=0.0263457;REVB=0.0219676;RO=42;SAF=11;SAR=27;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0992521;STB=0.55561;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.0347275;OID=.;OPOS=57181995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:27:11:16:26:27:11:16:26 chr4 57182647 . G A 318.32 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00118566;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.107;QD=24.4858;RBI=0.0125307;REFB=-0.0171;REVB=-0.0124745;RO=20;SAF=17;SAR=14;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0702415;STB=0.548356;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0111278;OID=.;OPOS=57182647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:20:21:31:31:0.596154:14:17:9:11:14:17:9:12 chr4 57182758 . C T 355.07 PASS AF=0.480519;AO=32;DP=71;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0142921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.711;QD=18.4453;RBI=0.014515;REFB=-0.0355833;REVB=0.00253427;RO=39;SAF=13;SAR=19;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803639;STB=0.507019;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.034736;OID=.;OPOS=57182758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:77:39:40:32:37:0.480519:19:13:19:20:19:18:20:20 chr4 57194329 . G T 316.99 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=-0.0724602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2334;QD=15.6536;RBI=0.0836008;REFB=-0.00157198;REVB=-0.0416967;RO=44;SAF=19;SAR=16;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264344;STB=0.633261;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.000489464;OID=.;OPOS=57194329;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:44:46:35:35:0.432099:16:19:12:32:16:19:14:32 chr4 57196155 . C T 193.02 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=5;FWDB=-0.00759635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3323;QD=16.4273;RBI=0.0894714;REFB=-0.00446011;REVB=-0.0891483;RO=26;SAF=15;SAR=5;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799633;STB=0.55219;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00596274;OID=.;OPOS=57196155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:27:20:20:0.425532:5:15:21:5:5:15:22:5 chr4 57197402 . T C 144.3 PASS AF=0.215517;AO=17;DP=93;FAO=25;FDP=116;FR=.;FRO=91;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=49;FWDB=-0.000558675;FXX=0.0413189;HRUN=13;LEN=1;MLLD=145.112;QD=4.97577;RBI=0.0402179;REFB=-0.00886184;REVB=-0.040214;RO=5;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2166;STB=0.549256;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0141402;OID=.;OPOS=57197402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:116:5:91:17:25:0.215517:9:8:5:0:15:10:42:49 chr4 57204777 . A C 213.91 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00284085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0143;QD=20.8692;RBI=0.0650567;REFB=0.0189091;REVB=0.0649947;RO=19;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918802;STB=0.562003;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.0178908;OID=.;OPOS=57204777;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:20:21:21:0.512195:10:11:12:7:10:11:13:7 chr4 57204882 . CA C 47.52 PASS AF=0.5;AO=7;DP=21;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.206341;FXX=0.0434594;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.48562;QD=8.63957;RBI=0.226615;REFB=0.0265536;REVB=0.0936902;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357723;STB=0.640795;STBP=0.26;TYPE=del;VARB=0.0661617;OID=.;OPOS=57204883;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:7:21:11:22:11:6:5:9:2:35:10:4:3:9:1 chr4 57211352 . T C 151.55 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0013462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.675;QD=10.1034;RBI=0.0334664;REFB=0.0010089;REVB=-0.0334394;RO=39;SAF=16;SAR=4;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198354;STB=0.631433;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.00269333;OID=.;OPOS=57211352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:40:20:20:0.333333:4:16:26:13:4:16:26:14 chr4 57219592 . G A 253.55 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00226875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.457;QD=17.4865;RBI=0.0267089;REFB=-0.0122219;REVB=-0.0266124;RO=30;SAF=19;SAR=9;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174676;STB=0.598352;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0350708;OID=.;OPOS=57219592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:30:28:28:0.482759:9:19:15:15:9:19:15:15 chr4 57219613 . C T 215.33 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0137427;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.359;QD=12.8554;RBI=0.0206927;REFB=-0.0104143;REVB=0.0154702;RO=39;SAF=17;SAR=9;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043781;STB=0.544971;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0291817;OID=.;OPOS=57219613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:39:41:26:26:0.38806:9:17:24:15:9:17:24:17 chr4 57248591 . A G 52.69 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0101059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.421;QD=21.0754;RBI=0.01261;REFB=-0.0311256;REVB=0.00754202;RO=3;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368547;STB=0.719257;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0391989;OID=.;OPOS=57248591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:1:6:1:2:1:6:1:2 chr4 57259856 . C T 252.52 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00611456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1259;QD=21.043;RBI=0.00635935;REFB=-0.0197642;REVB=0.0017474;RO=23;SAF=14;SAR=10;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203563;STB=0.603363;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0142566;OID=.;OPOS=57259856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:24:24:24:0.5:10:14:8:15:10:14:9:15 chr4 57270197 . T C 396.59 PASS AF=0.428571;AO=45;DP=105;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.00474242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.332;QD=15.1082;RBI=0.00710939;REFB=-0.0241061;REVB=-0.00529649;RO=58;SAF=31;SAR=14;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298365;STB=0.668028;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0227481;OID=.;OPOS=57270197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:58:60:45:45:0.428571:14:31:23:35:14:31:24:36 chr4 57333822 . G T 1103.04 PASS AF=0.561224;AO=55;DP=200;FAO=110;FDP=196;FR=.,HEALED;FRO=85;FSAF=60;FSAR=50;FSRF=51;FSRR=34;FWDB=0.010494;FXX=0.0248744;HRUN=7;LEN=1;MLLD=181.309;QD=22.511;RBI=0.0482025;REFB=-0.0341872;REVB=0.0470463;RO=59;SAF=49;SAR=6;SRF=46;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213502;STB=0.524075;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0194162;OID=.;OPOS=57333822;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:196:59:85:55:110:0.561224:6:49:46:13:50:60:51:34 chr4 57368807 . C T 162.17 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0438808;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.895;QD=12.0129;RBI=0.044134;REFB=-0.0098408;REVB=-0.0047206;RO=33;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162605;STB=0.5185;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0161286;OID=.;OPOS=57368807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:34:20:20:0.37037:10:10:17:16:10:10:18:16 chr4 57660802 . T G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0596028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6877;QD=39.2067;RBI=0.0629769;REFB=0;REVB=0.0203372;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00278505;OID=.;OPOS=57660802;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr4 57796900 . G A 204.53 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00449613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.404;QD=22.7253;RBI=0.00968128;REFB=-0.00735407;REVB=0.00857392;RO=14;SAF=9;SAR=11;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180237;STB=0.562439;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00623011;OID=.;OPOS=57796900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:16:20:20:0.555556:11:9:3:11:11:9:5:11 chr4 57798174 . C G 35.94 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0755322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.475;QD=6.25088;RBI=0.0759747;REFB=-0.008895;REVB=-0.00818803;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703916;STB=0.521667;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0208832;OID=.;OPOS=57798174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:16:17:6:6:0.26087:3:3:9:7:3:3:9:8 chr4 57830663 . T C 272.57 PASS AF=0.46875;AO=31;DP=65;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00721036;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.04;QD=17.0358;RBI=0.0156328;REFB=-0.0153844;REVB=0.0138707;RO=34;SAF=15;SAR=16;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675715;STB=0.529392;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0182103;OID=.;OPOS=57830663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:34:34:31:30:0.46875:16:15:14:20:16:14:14:20 chr4 57876955 . G A 372.1 PASS AF=0.396396;AO=44;DP=111;FAO=44;FDP=111;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=45;FWDB=-0.0149738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.925;QD=13.409;RBI=0.0189818;REFB=-0.0170182;REVB=0.0116659;RO=65;SAF=16;SAR=28;SRF=21;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469651;STB=0.523287;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0289483;OID=.;OPOS=57876955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:65:67:44:44:0.396396:28:16:21:44:28:16:22:45 chr4 57881715 . G A 278.9 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00416936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.7;QD=16.4059;RBI=0.0068686;REFB=-0.0063898;REVB=0.0054584;RO=37;SAF=17;SAR=14;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338983;STB=0.519072;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00713068;OID=.;OPOS=57881715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:14:17:19:18:14:17:19:18 chr4 57889677 . C T 245.21 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0297261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.496;QD=15.5688;RBI=0.0331605;REFB=-0.013262;REVB=-0.0146962;RO=35;SAF=8;SAR=20;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214304;STB=0.621799;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0155533;OID=.;OPOS=57889677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:20:8:17:18:20:8:17:18 chr4 62598689 . C T 277.45 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00409296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.438;QD=16.0839;RBI=0.0204238;REFB=-0.00621555;REVB=-0.0200094;RO=38;SAF=16;SAR=15;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927711;STB=0.552205;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0138554;OID=.;OPOS=62598689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:15:16:16:22:15:16:16:22 chr4 62800728 . T C 177.19 PASS AF=0.4;AO=19;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.00564539;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4378;QD=14.175;RBI=0.0274612;REFB=-0.000898667;REVB=0.0268746;RO=30;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371699;STB=0.69213;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00131356;OID=.;OPOS=62800728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:19:20:0.4:7:12:8:22:8:12:8:22 chr4 62845388 . G C 1677.41 PASS AF=0.914062;AO=117;DP=129;FAO=117;FDP=128;FR=.;FRO=11;FSAF=65;FSAR=52;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0124984;FXX=0.022899;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.448;QD=52.4191;RBI=0.0125609;REFB=-0.0238046;REVB=0.00125126;RO=11;SAF=65;SAR=52;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00166314;STB=0.500879;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.000643279;OID=.;OPOS=62845388;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:129:128:11:11:117:117:0.914062:52:65:6:5:52:65:6:5 chr4 62845490 . AG GA,GG 167.73 PASS AF=0,0.384615;AO=2,20;DP=54;FAO=0,20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=0,9;FSAR=0,11;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0145643,-0.00964258;FXX=0.0370302;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=160.472,254.199;QD=12.9019;RBI=0.0353,0.0111198;REFB=-0.0086075,-0.000168914;REVB=0.0321554,-0.00553821;RO=32;SAF=2,9;SAR=0,11;SRF=19;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.409984,-0.151883;STB=0.5,0.5877;STBP=1,0.343;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.000962856;OID=.,.;OPOS=62845490,62845490;OREF=AG,A;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:54:52:32:32:2,20:0,20:0,0.384615:0,11:2,9:19:13:0,11:0,9:19:13 chr4 65473384 . C G 1029.71 PASS AF=0.59375;AO=94;DP=161;FAO=95;FDP=160;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=73;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=-0.00839027;FXX=0.0303012;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.875;QD=25.7427;RBI=0.00890978;REFB=-0.0097885;REVB=0.00299793;RO=64;SAF=22;SAR=72;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120817;STB=0.564904;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0063116;OID=.;OPOS=65473384;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:64:65:94:95:0.59375:72:22:23:41:73:22:23:42 chr4 68374597 . C T 805.11 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2006;QD=64.4085;RBI=0.0441972;REFB=0;REVB=-0.0372159;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105318;OID=.;OPOS=68374597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr4 68374712 . GTTTTTTT GTTTTTT,GTTTTTTC,TGTTTTTT 59.62 PASS AF=0.316667,0.05,0.0166667;AO=16,3,3;DP=61;FAO=19,3,1;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=7,0,1;FSAR=12,3,0;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0140184,-0.000712737,-0.0418155;FXX=0.0322529;HRUN=7,7,1;LEN=1,1,2;MLLD=6.99579,22.8241,32.3073;QD=3.97495;RBI=0.157309,0.0669053,0.084701;REFB=-0.13449,-0.0755013,-0.0202353;REVB=0.156683,0.0669015,0.0736595;RO=32;SAF=7,0,3;SAR=9,3,0;SRF=17;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.105384,-0.551015,0.524833;STB=0.63144,0.996849,0.988665;STBP=0.171,0.036,0.467;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.166709,0.0231989,0.117267;OID=.,.,.;OPOS=68374713,68374719,68374712;OREF=T,T,GT;OALT=-,C,TG;OMAPALT=GTTTTTT,GTTTTTTC,TGTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:61:60:32:37:16,3,3:19,3,1:0.316667,0.05,0.0166667:9,3,0:7,0,3:17:15:12,3,0:7,0,1:21:16 chr4 68376708 . T C 673.38 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304909;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.693;QD=62.6399;RBI=0.0333829;REFB=0;REVB=0.0135912;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277751;OID=.;OPOS=68376708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr4 68380215 . G A 777.25 PASS AF=0.935484;AO=55;DP=59;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0243381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8844;QD=50.1452;RBI=0.08325;REFB=-0.0398881;REVB=0.079613;RO=4;SAF=28;SAR=27;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330294;STB=0.515045;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0220442;OID=.;OPOS=68380215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:59:62:4:4:55:58:0.935484:27:28:1:3:30:28:1:3 chr4 68384008 . C T 538.54 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00110535;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.788;QD=59.8381;RBI=0.0257427;REFB=0;REVB=0.0257189;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48839e-05;OID=.;OPOS=68384008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr4 68436883 . T C 451.49 PASS AF=0.589041;AO=35;DP=73;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0591197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8259;QD=24.739;RBI=0.0612963;REFB=-0.0201542;REVB=0.0161893;RO=27;SAF=10;SAR=25;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11105;STB=0.516207;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0118941;OID=.;OPOS=68436883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:27:30:35:43:0.589041:25:10:11:16:26:17:13:17 chr4 68780399 . A G 661.69 PASS AF=0.447205;AO=72;DP=161;FAO=72;FDP=161;FR=.;FRO=89;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=48;FSRR=41;FWDB=0.0149262;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.957;QD=16.4394;RBI=0.0222061;REFB=-0.0107202;REVB=0.0164415;RO=86;SAF=37;SAR=35;SRF=45;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00918739;STB=0.514079;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0145034;OID=.;OPOS=68780399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:86:89:72:72:0.447205:35:37:45:41:35:37:48:41 chr4 68784774 . T C 331.99 PASS AF=0.439024;AO=36;DP=82;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00277381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.827;QD=16.1944;RBI=0.00417401;REFB=0.000181182;REVB=0.00311902;RO=45;SAF=18;SAR=18;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329348;STB=0.512188;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=-0.000256868;OID=.;OPOS=68784774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:46:36:36:0.439024:18:18:24:21:18:18:24:22 chr4 68812283 . C T 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.661;QD=62.3498;RBI=0.0299081;REFB=0;REVB=0.0220714;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78813e-05;OID=.;OPOS=68812283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:29:14:0:0:29:14:0:0 chr4 68930463 . T C 364.48 PASS AF=0.552239;AO=36;DP=66;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0321296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5952;QD=21.7599;RBI=0.0334039;REFB=-0.0197025;REVB=0.00913804;RO=28;SAF=23;SAR=13;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225273;STB=0.641738;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0299701;OID=.;OPOS=68930463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:28:30:36:37:0.552239:13:23:10:18:13:24:10:20 chr4 68995529 . C T 335.39 PASS AF=0.386139;AO=39;DP=101;FAO=39;FDP=101;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.0171002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2671;QD=13.2826;RBI=0.0175307;REFB=-0.019676;REVB=0.0038611;RO=61;SAF=17;SAR=22;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251121;STB=0.509779;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0410125;OID=.;OPOS=68995529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:61:62:39:39:0.386139:22:17:28:33:22:17:28:34 chr4 69078113 . T C 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.29;QD=57.5452;RBI=0.0338993;REFB=0;REVB=0.0304892;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51684e-05;OID=.;OPOS=69078113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr4 69094507 . T A 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.34;QD=63.8695;RBI=0.0118948;REFB=0;REVB=0.00024919;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25159e-05;OID=.;OPOS=69094507;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr4 69094575 . T G 601.2 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0488546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9927;QD=58.6532;RBI=0.0489219;REFB=-0.0209793;REVB=0.00256567;RO=1;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191347;STB=0.510199;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000560037;OID=.;OPOS=69094575;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:1:1:39:40:0.97561:24:15:0:1:24:16:0:1 chr4 69095197 . T C 501.6 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00219321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.701;QD=59.0121;RBI=0.0187342;REFB=0;REVB=0.0186054;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102575;OID=.;OPOS=69095197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr4 69203551 . A T 697.9 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00171962;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.253;QD=63.4456;RBI=0.00689592;REFB=0;REVB=0.00667807;RO=0;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000562405;OID=.;OPOS=69203551;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:16:28:0:0:16:28:0:0 chr4 69340500 . A G 981.76 PASS AF=0.971831;AO=67;DP=70;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0240943;FXX=0.013887;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.296;QD=55.3104;RBI=0.0262932;REFB=-0.147178;REVB=0.010526;RO=2;SAF=36;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255292;STB=0.513154;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00175781;OID=.;OPOS=69340500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:71:2:2:67:69:0.971831:31:36:2:0:32:37:2:0 chr4 69687987 . C A 753.55 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00168231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.689;QD=61.5139;RBI=0.00449014;REFB=-0.0067556;REVB=0.00416307;RO=1;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020015;STB=0.510634;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=6.53997e-06;OID=.;OPOS=69687987;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:23:25:0:1:23:25:0:1 chr4 69795626 . C T 289.16 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6446;QD=52.5749;RBI=0.0635264;REFB=0;REVB=-0.0624761;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00116909;OID=.;OPOS=69795626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr4 69817080 . C T 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00777053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.254;QD=23.7581;RBI=0.0211768;REFB=-0.0267913;REVB=-0.0196997;RO=22;SAF=14;SAR=12;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159056;STB=0.58817;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0198866;OID=.;OPOS=69817080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:12:14:16:6:12:14:16:6 chr4 69870721 . A G 224.98 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=83;FAO=28;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.00345489;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.635;QD=10.7135;RBI=0.0332483;REFB=-0.00960455;REVB=-0.0330683;RO=56;SAF=16;SAR=11;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227619;STB=0.617368;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.014865;OID=.;OPOS=69870721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:56:56:27:28:0.333333:11:16:22:34:12:16:22:34 chr4 69964337 . AT TC 554.86 PASS AF=1;AO=36;DP=41;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00927848;FXX=0.0975372;HRUN=1;LEN=2;MLLD=114.146;QD=59.9852;RBI=0.0181758;REFB=0;REVB=0.0156291;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000252428;OID=.;OPOS=69964337;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:41:37:0:0:36:37:1:18:18:0:0:19:18:0:0 chr4 69972949 . C G 2032.14 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136652;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.534;QD=62.5273;RBI=0.0162195;REFB=0;REVB=-0.00873693;RO=0;SAF=71;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228365;OID=.;OPOS=69972949;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:59:71:0:0:59:71:0:0 chr4 70296603 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.114613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5179;QD=40.7629;RBI=0.153191;REFB=0;REVB=-0.101644;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0143496;OID=.;OPOS=70296603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr4 70296641 . A G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0365388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.579;QD=10.3903;RBI=0.0366428;REFB=-0.0520962;REVB=0.00275889;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497435;STB=0.796364;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0240005;OID=.;OPOS=70296641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:2:5:2:9:2:5:2:9 chr4 70296644 . A G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.003059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.848;QD=10.3903;RBI=0.0302577;REFB=-0.0028955;REVB=-0.0301027;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.545699;STB=0.796364;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.000163334;OID=.;OPOS=70296644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:10:11:7:7:0.388889:2:5:1:9:2:5:2:9 chr4 70296648 . T G 46.75 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.00414709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.869;QD=10.3894;RBI=0.0184577;REFB=0.00137172;REVB=-0.0179858;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497435;STB=0.796364;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00252052;OID=.;OPOS=70296648;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:2:5:2:9:2:5:2:9 chr4 70296653 . GCCT TGGG 37.79 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0161222;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=296.365;QD=9.44752;RBI=0.0172321;REFB=-0.00956;REVB=-0.00608462;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474505;STB=0.768453;STBP=0.131;TYPE=mnp;VARB=0.0161155;OID=.;OPOS=70296653;OREF=GCCT;OALT=TGGG;OMAPALT=TGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:8:10:6:6:0.375:2:4:1:7:2:4:2:8 chr4 70296660 . A G 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.019027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2638;QD=10.6345;RBI=0.0193322;REFB=-0.0256286;REVB=-0.00342168;RO=13;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.501662;STB=0.799314;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0280639;OID=.;OPOS=70296660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:2:6:3:10:2:6:3:10 chr4 70355211 . T C 1141.23 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=9.45733e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.264;QD=59.2849;RBI=0.00960811;REFB=-0.123385;REVB=-0.00960764;RO=1;SAF=37;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012618;STB=0.506665;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000659457;OID=.;OPOS=70355211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:77:77:1:1:76:76:0.987013:39:37:1:0:39:37:1:0 chr4 70391429 . G A 135.28 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0374563;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.834;QD=16.3974;RBI=0.0412343;REFB=-0.00915324;REVB=-0.0172422;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148075;STB=0.585251;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0091428;OID=.;OPOS=70391429;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:9:6:10:8:9:6:10:8 chr4 70391454 . G A 122.32 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0209983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.473;QD=15.7837;RBI=0.0382037;REFB=0.00305083;REVB=-0.0319154;RO=16;SAF=3;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251797;STB=0.635625;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.00973591;OID=.;OPOS=70391454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:17:14:14:0.451613:11:3:7:9:11:3:7:10 chr4 70462042 . C T 190.75 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00485115;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.462;QD=11.3883;RBI=0.0100201;REFB=-0.0125022;REVB=0.00876745;RO=43;SAF=12;SAR=12;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643598;STB=0.537282;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0173955;OID=.;OPOS=70462042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:43:43:24:24:0.358209:12:12:24:19:12:12:24:19 chr4 70505162 . G A 201.03 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0379362;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0801;QD=11.654;RBI=0.0396178;REFB=-0.00581077;REVB=-0.01142;RO=42;SAF=13;SAR=12;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301062;STB=0.530825;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00831918;OID=.;OPOS=70505162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:44:25:25:0.362319:12:13:23:19:12:13:25:19 chr4 70513139 . C T 738.99 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00584304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1912;QD=54.7399;RBI=0.0795605;REFB=-0.0975423;REVB=-0.0793457;RO=1;SAF=36;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01291;STB=0.506847;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0020193;OID=.;OPOS=70513139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:17:36:1:0:17:36:1:0 chr4 70898953 . C T 1082.8 PASS AF=1;AO=65;DP=69;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311728;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.756;QD=59.3314;RBI=0.0363727;REFB=0;REVB=0.0187412;RO=0;SAF=23;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00268244;OID=.;OPOS=70898953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:73:0:0:65:73:1:42:23:0:0:47:26:0:0 chr4 70944452 . G A,T 2038.56 PASS AF=0.955224,0.0447761;AO=128,5;DP=134;FAO=128,6;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=74,0;FSAR=54,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00203127,0.010526;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=191.634,76.9705;QD=60.8525;RBI=0.0030169,0.0142908;REFB=0,0;REVB=0.00223062,-0.00966592;RO=0;SAF=73,0;SAR=55,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000916996,0.0575945;OID=.,.;OPOS=70944452,70944452;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:134:134:0:0:128,5:128,6:0.955224,0.0447761:55,5:73,0:0:0:54,6:74,0:0:0 chr4 71115053 . T A 192.72 PASS AF=0.59375;AO=17;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00229889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.821;QD=24.0902;RBI=0.0356569;REFB=-0.0260311;REVB=0.0355827;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667668;STB=0.557317;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0204208;OID=.;OPOS=71115053;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:17:19:0.59375:8:9:8:5:10:9:8:5 chr4 71115152 . T C 89.51 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00812047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.298;QD=15.5665;RBI=0.0176411;REFB=-0.00680751;REVB=0.015661;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232793;STB=0.650906;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00732436;OID=.;OPOS=71115152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:12:11:11:0.478261:5:6:3:8:5:6:3:9 chr4 71201388 . C T 613.13 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7084;QD=61.3129;RBI=0.0640133;REFB=0;REVB=0.0538695;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253469;OID=.;OPOS=71201388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr4 71201648 . T G 136.87 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0461701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.9745;QD=18.249;RBI=0.0465192;REFB=-0.0768868;REVB=-0.00568866;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589223;STB=0.533588;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0405912;OID=.;OPOS=71201648;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:8:7:6:9:8:7:6:9 chr4 71232430 . T C 410.92 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.448;QD=56.6781;RBI=0.0796124;REFB=0;REVB=0.044699;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00248307;OID=.;OPOS=71232430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr4 71232701 . C T 34.81 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.118546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4902;QD=23.2082;RBI=0.118585;REFB=0.0197272;REVB=0.00302159;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277405;STB=0.66592;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0035709;OID=.;OPOS=71232701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:1:0:4:1:1:0 chr4 71255767 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.778;QD=57.6797;RBI=0.0365929;REFB=0;REVB=0.0326795;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399493;OID=.;OPOS=71255767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr4 71275387 . A G 342.25 PASS AF=0.420455;AO=36;DP=87;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.00135898;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.666;QD=15.5569;RBI=0.0135098;REFB=-0.0267315;REVB=0.0134413;RO=46;SAF=23;SAR=13;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550221;STB=0.513362;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0319355;OID=.;OPOS=71275387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:46:51:36:37:0.420455:13:23:27:19:13:24:32:19 chr4 71275428 . CT CC,C 68.9 PASS AF=0.111111,0.240741;AO=6,16;DP=55;FAO=6,13;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=5,10;FSAR=1,3;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0257723,-0.0117645;FXX=0.0357079;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=26.9846,10.0467;QD=5.1038;RBI=0.106846,0.103212;REFB=-0.0405839,-0.0753048;REVB=0.103691,0.102539;RO=29;SAF=5,13;SAR=1,3;SRF=11;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.518765,0.491909;STB=0.838887,0.753699;STBP=0.12,0.055;TYPE=snp,del;VARB=0.0230494,0.129958;OID=.,.;OPOS=71275429,71275429;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.111111,0.240741:6,16:55:6,13:54:35:5,10:1,3:15:20:32:29:5,13:1,3:11:18 chr4 71346701 . C G 70.59 PASS AF=0.5;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0236004;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=169.152;QD=15.6866;RBI=0.0291954;REFB=-0.00932802;REVB=0.0171871;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33014;STB=0.666296;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00486446;OID=.;OPOS=71346701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:17:18:8:9:9:9:0.5:3:6:2:6:3:6:3:6 chr4 71384488 . C T 208.03 PASS AF=0.4375;AO=20;DP=47;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0110428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.002;QD=17.336;RBI=0.014687;REFB=-0.0218883;REVB=0.00968319;RO=26;SAF=12;SAR=8;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236049;STB=0.509082;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0228485;OID=.;OPOS=71384488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:26:27:20:21:0.4375:8:12:15:11:9:12:15:12 chr4 71388551 . A G 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0141503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.006;QD=17.7316;RBI=0.0156185;REFB=-0.0185592;REVB=0.00661109;RO=19;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201429;STB=0.614753;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0158455;OID=.;OPOS=71388551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:7:10:7:12:7:10:7:12 chr4 71468345 . CAGG C 129.45 PASS AF=0.394737;AO=11;DP=36;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00421049;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=3;MLLD=261.787;QD=13.6267;RBI=0.0181183;REFB=-0.00034833;REVB=-0.0176223;RO=23;SAF=7;SAR=4;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032954;STB=0.538409;STBP=0.727;TYPE=del;VARB=0.0004008;OID=.;OPOS=71468346;OREF=AGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.394737:11:36:15:38:23:10:5:14:9:99:23:7:4:14:9 chr4 71469604 . C T 179.69 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00927291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.116;QD=15.6252;RBI=0.0124861;REFB=0.00308585;REVB=0.00836156;RO=27;SAF=8;SAR=11;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535817;STB=0.530774;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.00367781;OID=.;OPOS=71469604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:11:8:10:17:11:8:10:17 chr4 71657772 . G A 844.35 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00171636;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.233;QD=58.2313;RBI=0.0369525;REFB=0;REVB=0.0369126;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000471486;OID=.;OPOS=71657772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:21:37:0:0:21:37:0:0 chr4 71704965 . C T 479.43 PASS AF=1;AO=28;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0882811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.009;QD=58.1123;RBI=0.136906;REFB=0;REVB=0.10464;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00518877;OID=.;OPOS=71704965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:28:33:1:16:12:0:0:19:14:0:0 chr4 71849697 . C T 327.4 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102458;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.617;QD=54.5674;RBI=0.0104757;REFB=0;REVB=-0.0021825;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00968e-05;OID=.;OPOS=71849697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr4 71849888 . G T 779.34 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.553;QD=56.6792;RBI=0.055887;REFB=0;REVB=0.050586;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025146;OID=.;OPOS=71849888;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:34:20:0:0:34:21:0:0 chr4 72425863 . C T 545.52 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0294743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.936;QD=57.4227;RBI=0.0313474;REFB=-0.11798;REVB=0.0106736;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.517232;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00140413;OID=.;OPOS=72425863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:23:14:0:0:23:14:1:0 chr4 72433642 . TG T,TT 149.96 PASS AF=0.287671,0;AO=16,8;DP=76;FAO=21,0;FDP=73;FR=.;FRO=52;FSAF=10,0;FSAR=11,0;FSRF=16;FSRR=36;FWDB=-0.030877,-0.0276303;FXX=0.0394685;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=248.312,250.676;QD=8.21697;RBI=0.0311567,0.0276304;REFB=-0.00459119,-0.00386336;REVB=0.0041657,5.4039e-05;RO=49;SAF=6,5;SAR=10,3;SRF=14;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.121934,0.399487;STB=0.621585,0.5;STBP=0.216,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0113487,0;OID=.,.;OPOS=72433643,72433643;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.287671,0:16,8:76:21,0:73:52:10,0:11,0:16:36:99:49:6,5:10,3:14:35 chr4 72436804 . G A 2004.42 PASS AF=0.992366;AO=129;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.017474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.268;QD=61.2036;RBI=0.024727;REFB=-0.126066;REVB=0.0174953;RO=0;SAF=66;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503703;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000372584;OID=.;OPOS=72436804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:131:131:0:1:129:130:0.992366:63:66:0:0:63:67:1:0 chr4 72618296 . T C 1629.04 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0342352;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.493;QD=59.2379;RBI=0.0388384;REFB=-0.126548;REVB=0.0183404;RO=1;SAF=51;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811455;STB=0.504273;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.000636502;OID=.;OPOS=72618296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:110:1:1:109:109:0.990909:58:51:0:1:58:51:0:1 chr4 72618323 . G T 395.74 PASS AF=0.40708;AO=45;DP=111;FAO=46;FDP=113;FR=.;FRO=67;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=0.0133108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0608;QD=14.0086;RBI=0.0650565;REFB=-0.0145209;REVB=0.0636803;RO=65;SAF=17;SAR=28;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185767;STB=0.60105;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0146945;OID=.;OPOS=72618323;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:65:67:45:46:0.40708:28:17:36:29:29:17:36:31 chr4 73414285 . TC T,TT 732.73 PASS AF=0.0638298,0.93617;AO=7,40;DP=47;FAO=3,44;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=1,23;FSAR=2,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136482,0.0129434;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=231.312,245.575;QD=62.36;RBI=0.0283225,0.0323824;REFB=0,0;REVB=0.0248172,0.0296832;RO=0;SAF=1,23;SAR=6,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-6.4817e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0911662,0.000501613;OID=.,.;OPOS=73414286,73414286;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0638298,0.93617:7,40:47:3,44:47:0:1,23:2,21:0:0:9:0:1,23:6,17:0:0 chr4 73892496 . C T 271.77 PASS AF=0.483871;AO=29;DP=61;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0187059;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4587;QD=17.5336;RBI=0.0252824;REFB=0.00712216;REVB=0.0170086;RO=32;SAF=15;SAR=14;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1617;STB=0.580593;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.00704775;OID=.;OPOS=73892496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:32:32:29:30:0.483871:14:15:11:21:15:15:11:21 chr4 73930552 . G A 103.93 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0301404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.435;QD=10.1393;RBI=0.0546879;REFB=0.00219393;REVB=-0.0456325;RO=28;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00313347;STB=0.501884;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00790857;OID=.;OPOS=73930552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:7:6:13:15:7:6:13:15 chr4 73956736 . G A 66.51 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00382268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.309;QD=26.606;RBI=0.019213;REFB=-0.101758;REVB=0.0188289;RO=2;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14689;STB=0.583138;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00707798;OID=.;OPOS=73956736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:5:3:0:2:5:3:0:2 chr4 73991006 . T C 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0669519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.294;QD=62.6696;RBI=0.0675846;REFB=0;REVB=0.00922654;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000535966;OID=.;OPOS=73991006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr4 74285239 . C T 72.87 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.039163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.784;QD=20.8187;RBI=0.0392031;REFB=-0.0356715;REVB=-0.00177229;RO=5;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964512;STB=0.555432;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0201804;OID=.;OPOS=74285239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:5:4:3:2:5:4:3:2 chr4 74302071 . T A 160.4 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.013472;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.344;QD=17.3407;RBI=0.0149027;REFB=-0.00258212;REVB=0.00637151;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05124;STB=0.515905;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00317902;OID=.;OPOS=74302071;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:21:20:17:17:0.459459:9:8:11:10:9:8:10:10 chr4 74302870 . T C 274.0 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=13;FWDB=-0.00793497;FXX=0.0263123;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6877;QD=14.811;RBI=0.0413237;REFB=-0.0180361;REVB=-0.0405547;RO=44;SAF=19;SAR=12;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102836;STB=0.553118;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0183713;OID=.;OPOS=74302870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:44:43:31:31:0.418919:12:19:31:13:12:19:30:13 chr4 74318330 . A G 374.9 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0491915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4776;QD=49.986;RBI=0.0491919;REFB=-0.108346;REVB=-0.000193949;RO=1;SAF=6;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206934;STB=0.527377;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00522695;OID=.;OPOS=74318330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:1:2:28:28:0.933333:22:6:0:1:22:6:1:1 chr4 74347503 . TA T 313.3 PASS AF=0.976744;AO=31;DP=44;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0377619;FXX=0.0227221;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.5375;QD=29.1443;RBI=0.146726;REFB=-0.0180788;REVB=0.141783;RO=7;SAF=25;SAR=6;SRF=1;SRR=6;SSEN=0.328125;SSEP=0;SSSB=0.289554;STB=0.509429;STBP=0.507;TYPE=del;VARB=0.0106335;OID=.;OPOS=74347504;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.976744:31:44:42:43:1:26:16:1:0:3:7:25:6:1:6 chr4 74364905 . T A 367.15 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0566839;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0941;QD=18.5898;RBI=0.0755956;REFB=-0.015652;REVB=-0.0500163;RO=41;SAF=17;SAR=21;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172456;STB=0.59599;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.011455;OID=.;OPOS=74364905;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:79:41:41:38:38:0.481013:21:17:26:15:21:17:26:15 chr4 74447510 . A C 679.07 PASS AF=0.830769;AO=54;DP=65;FAO=54;FDP=65;FR=.;FRO=11;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.012629;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=199.659;QD=41.789;RBI=0.0127397;REFB=-0.01836;REVB=0.00167565;RO=10;SAF=20;SAR=34;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00926262;STB=0.515146;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0010311;OID=.;OPOS=74447510;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:65:65:10:11:54:54:0.830769:34:20:4:6:34:20:5:6 chr4 74714098 . G A 451.5 PASS AF=0.466667;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=105;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=-0.0490967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.433;QD=17.1999;RBI=0.0490981;REFB=-0.0174412;REVB=-0.000374502;RO=55;SAF=19;SAR=30;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117694;STB=0.57072;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0154097;OID=.;OPOS=74714098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:55:56:49:49:0.466667:30:19:28:27:30:19:29:27 chr4 74847598 . C T 606.85 PASS AF=0.555556;AO=55;DP=99;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.0178714;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9812;QD=24.5193;RBI=0.0528219;REFB=-0.0302045;REVB=0.0497068;RO=43;SAF=31;SAR=24;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18897;STB=0.598072;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0175588;OID=.;OPOS=74847598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:43:44:55:55:0.555556:24:31:14:29:24:31:15:29 chr4 74863997 . T C 666.46 PASS AF=0.918367;AO=45;DP=49;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.072133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2959;QD=54.405;RBI=0.0916038;REFB=-0.0418781;REVB=0.0564631;RO=4;SAF=19;SAR=26;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271313;STB=0.514466;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00547124;OID=.;OPOS=74863997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:49:49:4:4:45:45:0.918367:26:19:1:3:26:19:1:3 chr4 74963049 . C T 238.73 PASS AF=0.575;AO=22;DP=39;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.00108258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.686;QD=23.8733;RBI=0.0233353;REFB=-0.0581481;REVB=0.0233102;RO=17;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307584;STB=0.674369;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0248223;OID=.;OPOS=74963049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:17:17:22:23:0.575:14:8:13:4:15:8:13:4 chr4 75023609 . T C 768.8 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0886767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2232;QD=56.9484;RBI=0.122127;REFB=0;REVB=-0.0839731;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00159088;OID=.;OPOS=75023609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr4 75023709 . C T 395.11 PASS AF=0.455556;AO=40;DP=87;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00472865;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.957;QD=17.5602;RBI=0.0148916;REFB=-0.0168797;REVB=-0.0141209;RO=46;SAF=19;SAR=21;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807575;STB=0.532304;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0223446;OID=.;OPOS=75023709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:46:49:40:41:0.455556:21:19:18:28:21:20:21:28 chr4 75046465 . C G 740.85 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214662;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8502;QD=56.9886;RBI=0.0385323;REFB=0;REVB=0.031999;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220195;OID=.;OPOS=75046465;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr4 75248434 . A G 286.2 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0319057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.701;QD=18.1713;RBI=0.0320069;REFB=-0.0086777;REVB=0.00254344;RO=31;SAF=16;SAR=15;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508191;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00738417;OID=.;OPOS=75248434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:32:31:31:0.492063:15:16:16:15:15:16:16:16 chr4 75254282 . G A 433.28 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.00885445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.094;QD=18.0533;RBI=0.0192182;REFB=-0.0102634;REVB=0.0170569;RO=52;SAF=17;SAR=27;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0752701;STB=0.542096;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0148515;OID=.;OPOS=75254282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:44:44:0.458333:27:17:24:28:27:17:24:28 chr4 76407217 . A ACT,T 765.3 PASS AF=0.910714,0.0892857;AO=48,5;DP=60;FAO=51,5;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26,4;FSAR=25,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268105,0.0270253;FXX=0.0344768;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=226.858,96.6771;QD=54.6644;RBI=0.0331365,0.0678373;REFB=0,0;REVB=-0.0194737,0.0622217;RO=4;SAF=25,4;SAR=23,1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00301185,0.268008;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00175833,-0.00743716;OID=.,.;OPOS=76407218,76407217;OREF=-,A;OALT=CT,T;OMAPALT=ACT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:60:56:4:0:48,5:51,5:0.910714,0.0892857:23,1:25,4:2:2:25,1:26,4:0:0 chr4 76407219 . T C 325.34 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00378768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.904;QD=22.4371;RBI=0.00634541;REFB=-0.0175767;REVB=0.00509095;RO=25;SAF=19;SAR=14;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106507;STB=0.558788;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0125548;OID=.;OPOS=76407219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:25:33:33:0.568966:14:19:11:14:14:19:11:14 chr4 76720885 . T C 839.47 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00308227;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.828;QD=55.9648;RBI=0.0113909;REFB=0.0596612;REVB=0.010966;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000373301;OID=.;OPOS=76720885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:60:0:1:59:59:0.983333:29:30:0:0:29:30:1:0 chr4 76722353 . G A 217.56 PASS AF=1;AO=15;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0828648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5497;QD=48.3466;RBI=0.0857177;REFB=0;REVB=0.0219306;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385709;OID=.;OPOS=76722353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:15:18:1:9:6:0:0:11:7:0:0 chr4 76787673 . T C 954.67 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0730333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1865;QD=58.7492;RBI=0.107409;REFB=0;REVB=0.0787586;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.41549e-05;OID=.;OPOS=76787673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:37:28:0:0:37:28:0:0 chr4 76793228 . A G 1171.91 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00980887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.54;QD=60.8782;RBI=0.14802;REFB=0;REVB=-0.147695;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143166;OID=.;OPOS=76793228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:33:44:0:0:33:44:0:0 chr4 76794345 . T G 1105.25 PASS AF=0.974684;AO=74;DP=77;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.027592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.063;QD=55.9622;RBI=0.0392212;REFB=-0.170388;REVB=0.0278744;RO=2;SAF=35;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00134881;STB=0.513885;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00202318;OID=.;OPOS=76794345;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:77:79:2:2:74:77:0.974684:39:35:1:1:42:35:2:0 chr4 76805902 . C T 1208.95 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133642;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.877;QD=60.4477;RBI=0.0134125;REFB=0;REVB=-0.00113794;RO=0;SAF=29;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6597e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00382259;OID=.;OPOS=76805902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:78:80:1:49:29:0:0:51:29:0:0 chr4 76807218 . C G 514.9 PASS AF=0.77193;AO=44;DP=57;FAO=44;FDP=57;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0519937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8839;QD=36.1332;RBI=0.0685875;REFB=0.0483537;REVB=-0.0447315;RO=13;SAF=10;SAR=34;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00210505;STB=0.501133;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0120836;OID=.;OPOS=76807218;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:57:57:13:13:44:44:0.77193:34:10:3:10:34:10:3:10 chr4 76807249 . C G 394.4 PASS AF=0.660714;AO=37;DP=56;FAO=37;FDP=56;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=32;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00866159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.837;QD=28.1713;RBI=0.0139138;REFB=-0.0257557;REVB=-0.010889;RO=18;SAF=5;SAR=32;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297894;STB=0.65917;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0402371;OID=.;OPOS=76807249;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:18:19:37:37:0.660714:32:5:8:10:32:5:8:11 chr4 76807252 . C A 384.67 PASS AF=0.607143;AO=34;DP=56;FAO=34;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0249193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.211;QD=27.4767;RBI=0.0370236;REFB=-0.0149411;REVB=0.027382;RO=19;SAF=5;SAR=29;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276583;STB=0.653275;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00989235;OID=.;OPOS=76807252;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:19:19:34:34:0.607143:29:5:8:11:29:5:8:11 chr4 76807270 . C T 353.75 PASS AF=0.62069;AO=33;DP=55;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=31;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.023324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.146;QD=24.3962;RBI=0.0328659;REFB=-0.0211172;REVB=0.0231551;RO=22;SAF=3;SAR=30;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.453982;STB=0.683703;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0173317;OID=.;OPOS=76807270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:22:22:33:36:0.62069:30:3:10:12:31:5:10:12 chr4 76807288 . A G 346.04 PASS AF=0.603448;AO=34;DP=57;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00111092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.131;QD=23.8651;RBI=0.0139508;REFB=-0.025402;REVB=0.0139064;RO=23;SAF=3;SAR=31;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.509026;STB=0.746815;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0124257;OID=.;OPOS=76807288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:23:23:34:35:0.603448:31:3:12:11:31:4:12:11 chr4 76807302 . A G 327.82 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0167073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1631;QD=23.005;RBI=0.0477282;REFB=0.00223581;REVB=-0.0447084;RO=24;SAF=2;SAR=31;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.610599;STB=0.846715;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00557153;OID=.;OPOS=76807302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:31:2:13:11:31:2:13:11 chr4 76807304 . A G 328.15 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0067828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.088;QD=23.0283;RBI=0.00729712;REFB=0.00926047;REVB=0.00269102;RO=23;SAF=2;SAR=31;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.59497;STB=0.846715;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00457781;OID=.;OPOS=76807304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:23:24:33:33:0.578947:31:2:12:11:31:2:13:11 chr4 76807313 . C A 306.11 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00930855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.142;QD=20.4074;RBI=0.00931492;REFB=-0.00388929;REVB=0.00034423;RO=28;SAF=1;SAR=31;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.748974;STB=0.929639;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00109188;OID=.;OPOS=76807313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:31:1:17:11:31:1:17:11 chr4 76807325 . T A 176.78 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0502067;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.212;QD=13.3417;RBI=0.0504596;REFB=-0.0130422;REVB=-0.0050454;RO=32;SAF=1;SAR=20;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.702957;STB=0.917382;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0115879;OID=.;OPOS=76807325;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:20:1:18:14:20:1:18:14 chr4 76807334 . T C 50.65 PASS AF=0.2;AO=2;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0367911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.932;QD=5.06474;RBI=0.0373448;REFB=0.00145558;REVB=-0.00640707;RO=30;SAF=1;SAR=1;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122046;STB=0.874063;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.0298657;OID=.;OPOS=76807334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:30:32:2:8:0.2:1:1:19:11:7:1:19:13 chr4 76809386 . A G 1650.77 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0549399;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5107;QD=58.9561;RBI=0.0549707;REFB=-0.0720051;REVB=-0.00184138;RO=0;SAF=40;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74501e-08;STB=0.503496;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00106376;OID=.;OPOS=76809386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:0:1:110:111:0.991071:70:40:0:0:71:40:0:1 chr4 76836137 . A G 386.41 PASS AF=0.637931;AO=37;DP=58;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0259496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1682;QD=26.6493;RBI=0.030922;REFB=-0.0147568;REVB=-0.0168162;RO=20;SAF=21;SAR=16;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139559;STB=0.567531;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00856882;OID=.;OPOS=76836137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:20:21:37:37:0.637931:16:21:7:13:16:21:8:13 chr4 76857309 . C T 182.79 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0120136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7771;QD=17.409;RBI=0.0130635;REFB=-0.0171664;REVB=0.0051311;RO=23;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269215;STB=0.653306;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0313481;OID=.;OPOS=76857309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:7:12:8:15:7:12:8:15 chr4 76857388 . C T 259.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0174848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.626;QD=24.1066;RBI=0.0205957;REFB=0.00529928;REVB=0.0108842;RO=19;SAF=8;SAR=16;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119295;STB=0.56661;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.00713474;OID=.;OPOS=76857388;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:16:8:9:10:16:8:9:10 chr4 76878688 . G A 360.77 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=-0.0216005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.245;QD=15.1902;RBI=0.0216268;REFB=-0.0229739;REVB=-0.00106682;RO=56;SAF=22;SAR=17;SRF=37;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104231;STB=0.558745;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.030935;OID=.;OPOS=76878688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:56:39:39:0.410526:17:22:37:19:17:22:37:19 chr4 76942943 . C G 1203.81 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00772496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8892;QD=60.9522;RBI=0.018675;REFB=0;REVB=-0.0170023;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185294;OID=.;OPOS=76942943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:77:79:1:40:37:0:0:40:39:0:0 chr4 76943137 . G C 1327.23 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0894008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8893;QD=61.7316;RBI=0.0907363;REFB=0;REVB=0.0155106;RO=0;SAF=23;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000728207;OID=.;OPOS=76943137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:84:86:1:61:23:0:0:61:25:0:0 chr4 76955914 . T C 831.45 PASS AF=0.983607;AO=55;DP=55;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0229215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.947;QD=54.5211;RBI=0.0325374;REFB=-0.0893096;REVB=0.023093;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.50746;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00047707;OID=.;OPOS=76955914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:55:61:0:1:55:60:0.983607:27:28:0:0:27:33:1:0 chr4 76956188 . T C 808.86 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0084018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.891;QD=53.9241;RBI=0.0188643;REFB=-0.0100844;REVB=0.01689;RO=2;SAF=36;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254872;STB=0.513509;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000197464;OID=.;OPOS=76956188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:22:36:2:0:22:36:2:0 chr4 77021433 . C T 42.14 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.00224986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.692;QD=4.55552;RBI=0.0249914;REFB=-0.00275868;REVB=-0.0248899;RO=29;SAF=2;SAR=5;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353661;STB=0.745594;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00723585;OID=.;OPOS=77021433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:29:30:7:7:0.189189:5:2:17:12:5:2:18:12 chr4 77033590 . C T 515.1 PASS AF=0.470085;AO=55;DP=116;FAO=55;FDP=117;FR=.;FRO=62;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.00887447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.519;QD=17.6102;RBI=0.00899693;REFB=-0.0242782;REVB=0.00147941;RO=60;SAF=25;SAR=30;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00431135;STB=0.501567;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0185386;OID=.;OPOS=77033590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:60:62:55:55:0.470085:30:25:27:33:30:25:28:34 chr4 77055474 . A G 334.8 PASS AF=0.393617;AO=36;DP=93;FAO=37;FDP=94;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=37;FWDB=-0.00350981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.435;QD=14.2468;RBI=0.00358619;REFB=-0.0159933;REVB=-0.000736188;RO=56;SAF=10;SAR=26;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998838;STB=0.537671;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0295761;OID=.;OPOS=77055474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:56:57:36:37:0.393617:26:10:20:36:26:11:20:37 chr4 77057501 . A G 449.05 PASS AF=0.462264;AO=49;DP=106;FAO=49;FDP=106;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=0.00129654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.314;QD=16.9452;RBI=0.00513251;REFB=-0.00933909;REVB=0.00496605;RO=57;SAF=26;SAR=23;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885901;STB=0.549346;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0116599;OID=.;OPOS=77057501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:57:57:49:49:0.462264:23:26:25:32:23:26:25:32 chr4 77065318 . C CTGT,T 474.79 PASS AF=0.363636,0.0606061;AO=45,9;DP=141;FAO=48,8;FDP=132;FR=.;FRO=76;FSAF=31,4;FSAR=17,4;FSRF=51;FSRR=25;FWDB=0.00866355,-0.0223617;FXX=0.0222206;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=127.458,185.596;QD=14.3875;RBI=0.00976873,0.0225443;REFB=-0.0163363,-0.00225808;REVB=0.00451344,0.00286319;RO=85;SAF=29,5;SAR=16,4;SRF=56;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0179698,-0.126052;STB=0.517055,0.654412;STBP=0.771,0.401;TYPE=ins,snp;VARB=0.0269546,0.0527857;OID=.,.;OPOS=77065319,77065318;OREF=-,C;OALT=TGT,T;OMAPALT=CTGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:132:85:76:45,9:48,8:0.363636,0.0606061:16,4:29,5:56:29:17,4:31,4:51:25 chr4 77065580 . T C 212.31 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.012404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.577;QD=14.3937;RBI=0.0140563;REFB=-0.0226177;REVB=0.00661213;RO=34;SAF=9;SAR=16;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243239;STB=0.513857;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.043793;OID=.;OPOS=77065580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:16:9:13:21:16:9:13:21 chr4 77081814 . G C 167.47 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.000379769;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.253;QD=21.6094;RBI=0.00204963;REFB=-0.0080835;REVB=-0.00201414;RO=14;SAF=5;SAR=12;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158079;STB=0.588141;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00870144;OID=.;OPOS=77081814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:12:5:2:12:12:5:2:12 chr4 77192868 . G A 264.77 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.014947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7676;QD=20.7659;RBI=0.022706;REFB=-0.0180108;REVB=0.0170924;RO=24;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156365;STB=0.508714;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0156259;OID=.;OPOS=77192868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:14:13:12:12:14:13:12:12 chr4 77201487 . C T 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0196773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.145;QD=9.47555;RBI=0.0215992;REFB=-0.0203633;REVB=0.00890686;RO=21;SAF=8;SAR=2;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.546492;STB=0.828652;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0185886;OID=.;OPOS=77201487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:2:8:6:15:2:8:6:15 chr4 77631425 . T A 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0155118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.571;QD=15.2624;RBI=0.0157006;REFB=-0.0133494;REVB=-0.00242721;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305054;STB=0.677143;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0177188;OID=.;OPOS=77631425;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:9:4:10:6:9:4:10:6 chr4 77637502 . A C 475.78 PASS AF=0.576923;AO=44;DP=78;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0133024;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.21;QD=24.3991;RBI=0.0207217;REFB=-0.0101849;REVB=0.0158882;RO=32;SAF=20;SAR=24;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132147;STB=0.518064;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.00944766;OID=.;OPOS=77637502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:32:33:44:45:0.576923:24:20:14:18:24:21:14:19 chr4 77660162 . G C 104.91 PASS AF=0.342105;AO=14;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0226303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6021;QD=11.0432;RBI=0.0233593;REFB=-0.0338019;REVB=0.00579001;RO=24;SAF=8;SAR=6;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106491;STB=0.594902;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0975436;OID=.;OPOS=77660162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:25:14:13:0.342105:6:8:16:8:6:7:17:8 chr4 77675505 . C T 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0185261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.887;QD=20.2682;RBI=0.0189758;REFB=-0.00615555;REVB=-0.00410644;RO=21;SAF=13;SAR=8;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250697;STB=0.641123;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00443767;OID=.;OPOS=77675505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:8:13:7:14:8:13:7:14 chr4 78638730 . T C 853.17 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351395;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8383;QD=57.8417;RBI=0.10173;REFB=0;REVB=0.0954685;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120389;OID=.;OPOS=78638730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:25:33:0:0:26:33:0:0 chr4 78669454 . A G 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.942;QD=56.1892;RBI=0.0273959;REFB=0;REVB=-0.00496068;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55433e-05;OID=.;OPOS=78669454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr4 78987157 . A G 419.53 PASS AF=0.452632;AO=42;DP=94;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=43;FWDB=0.00188153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.033;QD=17.6642;RBI=0.00628136;REFB=-0.0119047;REVB=0.00599294;RO=50;SAF=11;SAR=31;SRF=8;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138733;STB=0.563113;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0154236;OID=.;OPOS=78987157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:50:52:42:43:0.452632:31:11:8:42:32:11:9:43 chr4 79186171 . G A 1099.4 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00504931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.745;QD=60.2413;RBI=0.0413933;REFB=0;REVB=0.0410842;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119154;OID=.;OPOS=79186171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:39:33:0:0:39:34:0:0 chr4 79387464 . A G 897.41 PASS AF=0.969697;AO=60;DP=62;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00222723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.132;QD=54.3887;RBI=0.0504635;REFB=-0.181423;REVB=-0.0504143;RO=2;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349219;STB=0.517852;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00741526;OID=.;OPOS=79387464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:62:66:2:2:60:64:0.969697:26:34:0:2:27:37:0:2 chr4 79387586 . A G 606.66 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0957883;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.57;QD=56.4334;RBI=0.097155;REFB=-0.00907191;REVB=-0.0162383;RO=2;SAF=15;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125541;STB=0.506696;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00157386;OID=.;OPOS=79387586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:26:15:1:1:26:15:1:1 chr4 79432455 . A C 1591.14 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00513819;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.875;QD=64.2886;RBI=0.0132545;REFB=0;REVB=-0.012218;RO=0;SAF=46;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.85222e-05;OID=.;OPOS=79432455;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:53:46:0:0:53:46:0:0 chr4 79443850 . G A 586.01 PASS AF=0.975;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0152562;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.876;QD=58.6011;RBI=0.0230091;REFB=-0.00315583;REVB=0.017224;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.512189;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=8.42669e-05;OID=.;OPOS=79443850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:40:0:1:39:39:0.975:20:19:0:0:20:19:0:1 chr4 79455714 . C G 989.09 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0282136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.322;QD=54.9496;RBI=0.0314014;REFB=-0.0461942;REVB=0.0137856;RO=2;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269942;STB=0.521121;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00038427;OID=.;OPOS=79455714;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:72:2:3:69:69:0.958333:34:35:0:2:34:35:0:3 chr4 79455733 . C T 976.88 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6828;QD=58.321;RBI=0.0404937;REFB=0;REVB=0.022112;RO=0;SAF=31;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288606;OID=.;OPOS=79455733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:35:31:0:0:35:32:0:0 chr4 79531202 . C T 173.12 PASS AF=0.5;AO=14;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0330497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.67;QD=20.3674;RBI=0.0374365;REFB=-0.0171613;REVB=0.0175843;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299972;STB=0.514269;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0247436;OID=.;OPOS=79531202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:16:14:17:0.5:7:7:7:8:8:9:8:8 chr4 79832706 . C G 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0196301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.417;QD=19.7026;RBI=0.0196352;REFB=0.00293294;REVB=0.000449147;RO=16;SAF=3;SAR=14;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347155;STB=0.699733;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0108853;OID=.;OPOS=79832706;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:14:3:8:8:14:3:8:8 chr4 79845007 . C A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=298.679;QD=53.2763;RBI=0.0223286;REFB=0;REVB=0.00945998;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61965e-05;OID=.;OPOS=79845007;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr4 80329343 . T C 120.68 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0214991;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.772;QD=13.4085;RBI=0.0216869;REFB=-0.00190996;REVB=-0.00284771;RO=21;SAF=11;SAR=3;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354186;STB=0.723341;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00819719;OID=.;OPOS=80329343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:21:22:14:14:0.388889:3:11:10:11:3:11:10:12 chr4 80827062 . T C 1390.57 PASS AF=0.886957;AO=102;DP=115;FAO=102;FDP=115;FR=.;FRO=13;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0105823;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=278.072;QD=48.3678;RBI=0.0112365;REFB=-0.0603456;REVB=-0.00377801;RO=13;SAF=54;SAR=48;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0637135;STB=0.533736;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00120712;OID=.;OPOS=80827062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:115:115:13:13:102:102:0.886957:48:54:3:10:48:54:3:10 chr4 80828555 . G A 224.89 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=7.3427e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.837;QD=19.9907;RBI=0.0135406;REFB=-0.0199483;REVB=-0.0135404;RO=23;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239256;STB=0.513501;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0263983;OID=.;OPOS=80828555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:9:13:13:10:9:13:13:10 chr4 80977078 . T G 708.47 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0017;QD=62.9754;RBI=0.0429175;REFB=0;REVB=0.0356316;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000618664;OID=.;OPOS=80977078;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:26:18:0:0:27:18:0:0 chr4 81124596 . G C 338.16 PASS AF=0.355932;AO=42;DP=118;FAO=42;FDP=118;FR=.;FRO=76;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=0.0379065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9753;QD=11.4631;RBI=0.05108;REFB=-0.00525843;REVB=0.0342384;RO=76;SAF=11;SAR=31;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218348;STB=0.626199;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0104035;OID=.;OPOS=81124596;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:76:76:42:42:0.355932:31:11:33:43:31:11:33:43 chr4 81207963 . A G 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0415229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.293;QD=10.6346;RBI=0.0463815;REFB=-0.0164576;REVB=0.0206662;RO=13;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743475;STB=0.545336;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0188848;OID=.;OPOS=81207963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:2:6:9:4:2:6:9:4 chr4 81529518 . T C 767.21 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.817;QD=63.9339;RBI=0.0396578;REFB=0;REVB=0.0380454;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165565;OID=.;OPOS=81529518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:22:25:0:0:22:26:0:0 chr4 81884722 . G A 391.29 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.00131967;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.569;QD=16.4752;RBI=0.0210965;REFB=-0.0194789;REVB=-0.0210552;RO=54;SAF=18;SAR=23;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325951;STB=0.518316;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0252097;OID=.;OPOS=81884722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:54:54:41:41:0.431579:23:18:22:32:23:18:22:32 chr4 81967187 . AC A,AT 493.58 PASS AF=0.0294118,0.970588;AO=10,23;DP=34;FAO=1,33;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=1,14;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052416,0.0709503;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=183.633,203.884;QD=58.0682;RBI=0.0546345,0.0714236;REFB=0,0;REVB=-0.0154107,-0.00820825;RO=0;SAF=10,4;SAR=0,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0105866,0.00241999;OID=.,.;OPOS=81967188,81967188;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0294118,0.970588:10,23:34:1,33:34:0:1,14:0,19:0:0:7:0:10,4:0,19:0:0 chr4 81974809 . T C 490.43 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0792576;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.051;QD=56.0496;RBI=0.0799814;REFB=-0.117421;REVB=0.0107357;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.517231;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000877185;OID=.;OPOS=81974809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:20:14:0:0:20:14:1:0 chr4 81975088 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00414672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.698;QD=50.4134;RBI=0.00547751;REFB=0;REVB=-0.0035788;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56869e-06;OID=.;OPOS=81975088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr4 81977690 . C T 144.78 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00778789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.022;QD=15.6517;RBI=0.0156851;REFB=-0.0207583;REVB=0.0136151;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482681;STB=0.54049;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0232879;OID=.;OPOS=81977690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:21:16:16:0.432432:8:8:9:11:8:8:9:12 chr4 81977730 . A T 676.73 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0173349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.569;QD=60.1535;RBI=0.0174503;REFB=-0.116619;REVB=0.00200306;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.510633;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000576528;OID=.;OPOS=81977730;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:23:21:0:0:23:21:0:1 chr4 82025509 . G T 439.35 PASS AF=0.473118;AO=43;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00983391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.342;QD=18.8969;RBI=0.00991882;REFB=-0.00943151;REVB=-0.00129508;RO=49;SAF=19;SAR=24;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655377;STB=0.541586;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00895973;OID=.;OPOS=82025509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:43:44:0.473118:24:19:25:24:25:19:25:24 chr4 82065446 . TG GT 264.51 PASS AF=0.278351;AO=15;DP=95;FAO=27;FDP=97;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=25;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=47;FWDB=0.17236;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=28.9765;QD=10.9074;RBI=0.175026;REFB=-0.0580961;REVB=0.0304297;RO=58;SAF=14;SAR=1;SRF=11;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.777082;STB=0.948602;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0940077;OID=.;OPOS=82065446;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:58:55:15:27:0.278351:1:14:11:47:2:25:8:47 chr4 83274634 . C T 144.34 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0628608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3534;QD=9.31203;RBI=0.07469;REFB=-0.00100621;REVB=-0.0403374;RO=41;SAF=10;SAR=10;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097546;STB=0.548339;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.000146884;OID=.;OPOS=83274634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:42:20:20:0.322581:10:10:17:24:10:10:18:24 chr4 83551007 . G A 731.09 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00940065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.016;QD=56.2374;RBI=0.00990644;REFB=0;REVB=0.00312495;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.259e-05;OID=.;OPOS=83551007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:49:52:1:29:20:0:0:30:22:0:0 chr4 83551119 . T C 353.95 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0838787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.222;QD=54.4533;RBI=0.0869677;REFB=0;REVB=0.022973;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000947659;OID=.;OPOS=83551119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr4 83582064 . G T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.291;QD=59.8392;RBI=0.0223732;REFB=0;REVB=0.00897985;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145815;OID=.;OPOS=83582064;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr4 83582211 . C G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.556;QD=50.4129;RBI=0.0244463;REFB=0;REVB=-0.0122892;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32266e-05;OID=.;OPOS=83582211;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr4 83778839 . T C 708.23 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00194484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.919;QD=61.5852;RBI=0.0337367;REFB=0;REVB=0.0336806;RO=1;SAF=30;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323695;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5341e-05;OID=.;OPOS=83778839;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:1:0:44:46:1:14:30:0:1:16:30:0:0 chr4 83788344 . A T 1039.49 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101341;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.932;QD=59.3997;RBI=0.0176846;REFB=0;REVB=0.014493;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20448e-05;OID=.;OPOS=83788344;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:32:37:0:0:32:38:0:0 chr4 83792555 . C A 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0987878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3794;QD=47.8206;RBI=0.108225;REFB=0;REVB=0.0441999;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00230167;OID=.;OPOS=83792555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr4 83838217 . G A 1403.95 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156653;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.205;QD=62.3976;RBI=0.0308308;REFB=0;REVB=0.0265544;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40158e-05;OID=.;OPOS=83838217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:88:90:1:51:37:0:0:52:38:0:0 chr4 83839799 . A G 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00336177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.386;QD=62.6698;RBI=0.00995712;REFB=0;REVB=-0.00937245;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.19554e-05;OID=.;OPOS=83839799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr4 83848965 . G A 1462.52 PASS AF=1;AO=63;DP=95;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03838;FXX=0.0315756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.44;QD=63.5879;RBI=0.0387369;REFB=0;REVB=0.00524635;RO=0;SAF=49;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.38234e-05;OID=.;OPOS=83848965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:92:0:0:63:92:1:14:49:0:0:36:56:0:0 chr4 83848976 . CAGAA C,CAGAG 1185.32 PASS AF=1,0;AO=76,4;DP=81;FAO=77,0;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=45,0;FSAR=32,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198887,-6.08233e-05;FXX=0.0493766;HRUN=1,3;LEN=4,1;MLLD=226.166,49.8788;QD=61.5752;RBI=0.0312359,0.00470466;REFB=0,0;REVB=0.0240857,0.00470427;RO=0;SAF=45,1;SAR=31,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=6.40007e-05,0;OID=.,.;OPOS=83848977,83848980;OREF=AGAA,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:76,4:81:77,0:77:0:45,0:32,0:0:0:6:0:45,1:31,3:0:0 chr4 83900043 . A G 911.02 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0171797;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.394;QD=56.9386;RBI=0.0192951;REFB=-0.0926521;REVB=0.00878404;RO=1;SAF=27;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129378;STB=0.506847;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000843698;OID=.;OPOS=83900043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:36:27:0:1:36:27:0:1 chr4 84188850 . G A 207.71 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0332192;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.107;QD=15.1061;RBI=0.0355637;REFB=-0.0258599;REVB=0.0126987;RO=30;SAF=10;SAR=14;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498079;STB=0.520107;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0280855;OID=.;OPOS=84188850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:31:24:24:0.436364:14:10:14:16:14:10:14:17 chr4 84191031 . A G 106.22 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.00445762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8933;QD=11.8027;RBI=0.0285501;REFB=-0.0243722;REVB=-0.0282;RO=23;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325853;STB=0.691082;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0299666;OID=.;OPOS=84191031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:8:5:16:7:8:5:16:7 chr4 84230619 . T C 238.41 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5147;QD=50.1908;RBI=0.03189;REFB=0;REVB=-0.0184724;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270634;OID=.;OPOS=84230619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:7:11:0:0:7:12:0:0 chr4 84364751 . A G 763.85 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0160951;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.14;QD=54.5604;RBI=0.0222627;REFB=0.00961187;REVB=-0.015381;RO=1;SAF=28;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165343;STB=0.508769;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-3.29933e-05;OID=.;OPOS=84364751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:54:55:0.982143:26:28:1:0:27:28:1:0 chr4 84370091 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00397549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.784;QD=62.3506;RBI=0.00979783;REFB=0;REVB=0.00895505;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45749e-05;OID=.;OPOS=84370091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr4 84374480 . C T 1630.03 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00138988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.843;QD=59.8176;RBI=0.0524071;REFB=0;REVB=0.0523887;RO=0;SAF=58;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00203227;OID=.;OPOS=84374480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:109:0:0:104:109:1:46:58:0:0:50:59:0:0 chr4 84376743 . A T 834.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0890312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0508;QD=57.5427;RBI=0.0896344;REFB=0;REVB=0.0103815;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000424005;OID=.;OPOS=84376743;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr4 84380955 . G T 630.37 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.213;QD=61.499;RBI=0.0665541;REFB=0;REVB=0.0616477;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129276;OID=.;OPOS=84380955;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:41:0:0:37:41:1:21:16:0:0:24:17:0:0 chr4 84382552 . A T 1067.74 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145655;FXX=0.0136968;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.457;QD=59.3189;RBI=0.0210436;REFB=0;REVB=-0.0151881;RO=1;SAF=38;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122822;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.73442e-05;OID=.;OPOS=84382552;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:1:0:71:72:1:33:38:1:0:33:39:0:0 chr4 84383810 . C T 1531.05 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.026;QD=63.7936;RBI=0.0265345;REFB=0;REVB=0.0152766;RO=0;SAF=34;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72811e-05;OID=.;OPOS=84383810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:96:0:0:91:96:1:57:34:0:0:58:38:0:0 chr4 84557407 . G C 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0179329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.897;QD=5.68932;RBI=0.0424146;REFB=-0.0158522;REVB=0.0384371;RO=18;SAF=5;SAR=1;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.420114;STB=0.768238;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0489;OID=.;OPOS=84557407;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:18:19:6:6:0.24:1:5:9:9:1:5:10:9 chr4 85154902 . G A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0209591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.886;QD=11.1039;RBI=0.0324019;REFB=-1.11911e-05;REVB=-0.0247103;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425185;STB=0.765078;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-3.47826e-05;OID=.;OPOS=85154902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:6:1:5:5:6:1:5:5 chr4 85762385 . T C 531.16 PASS AF=0.445312;AO=57;DP=129;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.00899362;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.768;QD=16.5986;RBI=0.0104233;REFB=-0.0192918;REVB=0.00526868;RO=71;SAF=34;SAR=23;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623447;STB=0.534819;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0228233;OID=.;OPOS=85762385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:71:71:57:57:0.445312:23:34:38:33:23:34:38:33 chr4 86021741 . C T 854.03 PASS AF=1;AO=49;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=41;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.032;QD=57.9005;RBI=0.0479621;REFB=0;REVB=0.0119438;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247909;OID=.;OPOS=86021741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:49:59:1:17:32:0:0:18:41:0:0 chr4 86021765 . C T 976.25 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.10008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.8337;QD=57.4266;RBI=0.10044;REFB=0.023668;REVB=0.00848937;RO=1;SAF=40;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116688;STB=0.506171;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000544505;OID=.;OPOS=86021765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:27:40:1:0:27:40:1:0 chr4 86021967 . C T 469.01 PASS AF=0.970588;AO=30;DP=32;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0106498;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.148;QD=55.1774;RBI=0.0307989;REFB=-0.0275438;REVB=0.028899;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511621;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00113967;OID=.;OPOS=86021967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:34:0:1:30:33:0.970588:18:12:0:0:21:12:0:1 chr4 87024409 . T C 121.13 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00412379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.104;QD=15.1411;RBI=0.020116;REFB=-0.0172146;REVB=0.0196888;RO=17;SAF=3;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231906;STB=0.624804;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0265859;OID=.;OPOS=87024409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:18:14:14:0.4375:11:3:7:10:11:3:7:11 chr4 87684031 . A G 160.52 PASS AF=0.363636;AO=18;DP=52;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0399177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9965;QD=11.674;RBI=0.0549041;REFB=0.00097252;REVB=-0.0376966;RO=33;SAF=13;SAR=5;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110477;STB=0.572957;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.00324065;OID=.;OPOS=87684031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:33:35:18:20:0.363636:5:13:21:12:5:15:23:12 chr4 87809387 . G T 261.93 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0101015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.406;QD=25.5537;RBI=0.0101067;REFB=-0.0217974;REVB=-0.000326568;RO=17;SAF=13;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968221;STB=0.553708;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0163512;OID=.;OPOS=87809387;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:11:13:7:10:11:13:7:10 chr4 88056925 . AT GC,GT,TT 276.51 PASS AF=0.0909091,0.772727,0.136364;AO=2,15,3;DP=21;FAO=2,17,3;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=2,9,0;FSAR=0,8,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139478,-0.0174096,-0.0171961;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=80.6882,131.186,107.179;QD=50.2753;RBI=0.0244269,0.0429634,0.0538561;REFB=0,0,0;REVB=0.0200532,-0.039278,-0.051037;RO=0;SAF=2,9,0;SAR=0,6,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,snp;VARB=-0.0187659,0.00668291,0.069647;OID=.,.,.;OPOS=88056925,88056925,88056925;OREF=AT,A,A;OALT=GC,G,T;OMAPALT=GC,GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:15:21:22:0:0:2,15,3:2,17,3:0.0909091,0.772727,0.136364:0,6,3:2,9,0:0:0:0,8,3:2,9,0:0:0 chr4 88084360 . T G,TAG 623.75 PASS AF=0.275,0.4625;AO=33,20;DP=92;FAO=22,37;FDP=80;FR=.;FRO=21;FSAF=1,23;FSAR=21,14;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0129859,0.0825229;FXX=0.0123442;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=80.4562,102.176;QD=31.1873;RBI=0.14034,0.106516;REFB=-0.0435149,-0.109266;REVB=0.139738,0.0673474;RO=37;SAF=2,17;SAR=31,3;SRF=27;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.73178,0.211364;STB=0.931651,0.555414;STBP=0,0.312;TYPE=snp,ins;VARB=0.0691909,0.0834775;OID=.,.;OPOS=88084360,88084361;OREF=T,-;OALT=G,AG;OMAPALT=G,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:92:80:37:21:33,20:22,37:0.275,0.4625:31,3:2,17:27:10:21,14:1,23:16:5 chr4 88116518 . A G 239.37 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1834;QD=50.3944;RBI=0.0201987;REFB=0;REVB=0.012694;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000917178;OID=.;OPOS=88116518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr4 88258483 . T C 564.1 PASS AF=0.928571;AO=29;DP=43;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0277908;FXX=0.0232504;HRUN=6;LEN=1;MLLD=76.7061;QD=53.7234;RBI=0.027867;REFB=-0.0259519;REVB=0.00206033;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.537017;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.000525583;OID=.;OPOS=88258483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:43:42:0:3:29:39:0.928571:10:19:0:0:10:29:1:2 chr4 88308235 . G A 243.58 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.00624053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7982;QD=23.1982;RBI=0.0266346;REFB=-0.00506847;REVB=0.0258932;RO=19;SAF=10;SAR=13;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191248;STB=0.605975;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00483644;OID=.;OPOS=88308235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:13:10:4:15:13:10:4:15 chr4 88534065 . G A 95.09 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.00720046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7561;QD=11.1865;RBI=0.0073814;REFB=-0.0479116;REVB=-0.00162432;RO=22;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203554;STB=0.618874;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0909147;OID=.;OPOS=88534065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:8:4:4:18:8:4:4:18 chr4 88534235 . A G 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0199824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.655;QD=10.8848;RBI=0.0228837;REFB=0.00068092;REVB=-0.0111521;RO=15;SAF=1;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480808;STB=0.7992;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.00200408;OID=.;OPOS=88534235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:8:1:7:8:8:1:7:8 chr4 88535868 . AC GT 34.29 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.00307083;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=128.976;QD=4.15608;RBI=0.0981756;REFB=-0.00237012;REVB=-0.0981276;RO=27;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.583971;STB=0.883883;STBP=0.081;TYPE=mnp;VARB=0.0149807;OID=.;OPOS=88535868;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:1:5:8:19:1:5:8:19 chr4 88536362 . G A 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0673129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0973;QD=22.5853;RBI=0.0808427;REFB=-0.092053;REVB=-0.0447718;RO=6;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886587;STB=0.550468;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0406527;OID=.;OPOS=88536362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:7:4:3:3:7:4:3:3 chr4 88583135 . A T 172.92 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0522161;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.684;QD=25.6179;RBI=0.078243;REFB=-0.0341561;REVB=0.0582704;RO=10;SAF=6;SAR=11;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10284;STB=0.557534;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0241579;OID=.;OPOS=88583135;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:28:27:10:10:17:17:0.62963:11:6:5:5:11:6:5:5 chr4 88584148 . C T 207.06 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.0570286;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5179;QD=11.0432;RBI=0.0576603;REFB=-0.010653;REVB=0.00851144;RO=48;SAF=13;SAR=13;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187542;STB=0.599926;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0246355;OID=.;OPOS=88584148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:48:49:26:26:0.346667:13:13:16:32:13:13:17:32 chr4 88584160 . G A 217.2 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=77;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0112664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.657;QD=11.2831;RBI=0.016941;REFB=-0.0107854;REVB=-0.0126517;RO=49;SAF=14;SAR=13;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190845;STB=0.602221;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0214123;OID=.;OPOS=88584160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:49:50:27:27:0.350649:13:14:17:32:13:14:18:32 chr4 88767008 . G A 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00902367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.741;QD=60.6089;RBI=0.0586704;REFB=0;REVB=0.0579723;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498987;OID=.;OPOS=88767008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr4 88813503 . T C 3238.3 PASS AF=1;AO=206;DP=206;FAO=209;FDP=209;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000366282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.212;QD=61.9771;RBI=0.0306646;REFB=0;REVB=0.0306625;RO=0;SAF=86;SAR=120;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.39692e-05;OID=.;OPOS=88813503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:206:209:0:0:206:209:1:120:86:0:0:123:86:0:0 chr4 88898941 . C T 259.66 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.000476364;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.5969;QD=16.4865;RBI=0.0658949;REFB=0.00206831;REVB=-0.0658932;RO=34;SAF=22;SAR=7;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3065;STB=0.673891;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00977788;OID=.;OPOS=88898941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:34:34:29:29:0.460317:7:22:16:18:7:22:16:18 chr4 88902691 . AT AC,GC 619.93 PASS AF=0.883721,0.0930233;AO=38,4;DP=43;FAO=38,4;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=19,4;FSAR=19,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0111986,-0.0070336;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=141.987,180.083;QD=57.6679;RBI=0.0425244,0.00719667;REFB=-0.0220756,-0.0823226;REVB=0.0410234,0.00152335;RO=0;SAF=19,4;SAR=19,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.512814,0.5;STBP=0.525,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00649891,-0.0199785;OID=.,.;OPOS=88902692,88902691;OREF=T,AT;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:43:43:0:1:38,4:38,4:0.883721,0.0930233:19,0:19,4:0:0:19,0:19,4:1:0 chr4 88903853 . C T 1409.12 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00804926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.634;QD=62.6275;RBI=0.0175894;REFB=0;REVB=0.0156395;RO=0;SAF=28;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46912e-05;OID=.;OPOS=88903853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:88:90:1:60:28:0:0:62:28:0:0 chr4 89061114 . C T 255.68 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00254058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.474;QD=17.9426;RBI=0.00582288;REFB=-0.0056293;REVB=-0.00523941;RO=29;SAF=10;SAR=18;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549162;STB=0.530809;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00551176;OID=.;OPOS=89061114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:18:10:12:17:18:10:12:17 chr4 89182518 . T C 488.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3685;QD=57.488;RBI=0.0682202;REFB=0;REVB=0.0640399;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000546455;OID=.;OPOS=89182518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr4 89393575 . G T 32.81 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00944011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.721;QD=2.91674;RBI=0.0238496;REFB=0.0021877;REVB=-0.0219018;RO=39;SAF=3;SAR=3;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137516;STB=0.599681;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.0178906;OID=.;OPOS=89393575;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:39:39:6:6:0.133333:3:3:15:24:3:3:15:24 chr4 89397091 . A G 1012.06 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0200354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1793;QD=57.832;RBI=0.0322755;REFB=0.0037734;REVB=0.025304;RO=1;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126057;STB=0.506665;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000201954;OID=.;OPOS=89397091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:37:32:0:1:37:32:0:1 chr4 89415396 . T C 851.33 PASS AF=0.9;AO=63;DP=70;FAO=63;FDP=70;FR=.;FRO=7;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0109557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2331;QD=48.6473;RBI=0.0205285;REFB=0.0040928;REVB=0.0173607;RO=6;SAF=35;SAR=28;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074364;STB=0.530735;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.00361322;OID=.;OPOS=89415396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:70:70:6:7:63:63:0.9:28:35:6:0:28:35:6:1 chr4 90168415 . A T 91.68 PASS AF=0.272727;AO=11;DP=43;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00314191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.488;QD=8.33416;RBI=0.00885182;REFB=-0.00310509;REVB=0.00827545;RO=31;SAF=9;SAR=2;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368721;STB=0.653572;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00809701;OID=.;OPOS=90168415;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:44:31:32:11:12:0.272727:2:9:17:14:3:9:18:14 chr4 90169925 . A G 74.23 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0123787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.173;QD=10.2387;RBI=0.0140659;REFB=-0.00837522;REVB=-0.00667969;RO=19;SAF=8;SAR=2;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433563;STB=0.764147;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0379642;OID=.;OPOS=90169925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:2:8:8:11:2:8:8:11 chr4 90874879 . T C 400.34 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0315207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.549;QD=53.3784;RBI=0.0329366;REFB=-0.0689558;REVB=-0.00955302;RO=1;SAF=12;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037234;STB=0.519986;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000258194;OID=.;OPOS=90874879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:17:12:1:0:17:12:1:0 chr4 91585003 . T C 501.58 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0329039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.157;QD=18.5769;RBI=0.0336223;REFB=-0.0293763;REVB=0.00691338;RO=55;SAF=28;SAR=25;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158363;STB=0.508769;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0265015;OID=.;OPOS=91585003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:55:53:53:0.490741:25:28:30:25:25:28:30:25 chr4 92111351 . G A 371.57 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0679855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4184;QD=22.8657;RBI=0.077157;REFB=-0.0379596;REVB=-0.0364851;RO=28;SAF=17;SAR=20;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142704;STB=0.57847;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0252347;OID=.;OPOS=92111351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:28:28:37:37:0.569231:20:17:18:10:20:17:18:10 chr4 92240278 . A T 1616.51 PASS AF=0.991228;AO=58;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=50;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.146908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.9534;QD=56.7196;RBI=0.213063;REFB=-0.0983997;REVB=0.154318;RO=1;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159891;STB=0.503936;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.00310058;OID=.;OPOS=92240278;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:114:114:1:1:58:113:0.991228:29:29:0:1:63:50:0:1 chr4 92240802 . C A,T 751.56 PASS AF=0.0727273,0.927273;AO=2,51;DP=55;FAO=4,51;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=2,25;FSAR=2,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00501448,-0.00784784;FXX=0.017854;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=139.57,83.4778;QD=54.6589;RBI=0.0078563,0.0162133;REFB=0,0;REVB=0.00604784,-0.0141874;RO=1;SAF=1,25;SAR=1,26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.25849,-0.0184631;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0657168,-0.00240228;OID=.,.;OPOS=92240802,92240802;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:55:55:1:0:2,51:4,51:0.0727273,0.927273:1,26:1,25:1:0:2,26:2,25:0:0 chr4 92246344 . G A 1540.48 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.093;QD=59.8245;RBI=0.0464228;REFB=0;REVB=0.0327584;RO=0;SAF=41;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.4278e-05;OID=.;OPOS=92246344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:62:41:0:0:62:41:0:0 chr4 94316763 . T G 892.26 PASS AF=0.941176;AO=63;DP=67;FAO=64;FDP=68;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0161064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5912;QD=52.4859;RBI=0.0203945;REFB=0.0239687;REVB=0.0125108;RO=4;SAF=30;SAR=33;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308318;STB=0.516569;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.0073711;OID=.;OPOS=94316763;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:67:68:4:4:63:64:0.941176:33:30:3:1:34:30:3:1 chr4 95134165 . C G 458.59 PASS AF=1;AO=19;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228548;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.3028;QD=52.4106;RBI=0.0475023;REFB=0;REVB=0.0416429;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00752974;OID=.;OPOS=95134165;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:19:35:1:12:7:0:0:25:10:0:0 chr4 95169682 . G T 699.74 PASS AF=0.913793;AO=53;DP=59;FAO=53;FDP=58;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.041641;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7668;QD=48.2577;RBI=0.0434866;REFB=-0.0127855;REVB=0.0125346;RO=6;SAF=23;SAR=30;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128023;STB=0.502981;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0130552;OID=.;OPOS=95169682;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:59:58:6:5:53:53:0.913793:30:23:3:3:30:23:2:3 chr4 95170839 . G A 1415.0 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.801;QD=62.889;RBI=0.021021;REFB=0;REVB=0.0139661;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.64222e-06;OID=.;OPOS=95170839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:44:46:0:0:44:46:0:0 chr4 95173779 . T C 687.89 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1465;QD=62.5353;RBI=0.0482769;REFB=0;REVB=0.0363426;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84466e-05;OID=.;OPOS=95173779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr4 95186055 . A G 734.24 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00411732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.343;QD=61.1862;RBI=0.0226887;REFB=0.110753;REVB=-0.022312;RO=1;SAF=17;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268575;STB=0.51428;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.000390761;OID=.;OPOS=95186055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:30:17:1:0:30:17:1:0 chr4 95197520 . C T 965.68 PASS AF=0.971014;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0123003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.302;QD=55.9816;RBI=0.0126068;REFB=-0.0690537;REVB=-0.0027628;RO=2;SAF=28;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00430369;STB=0.502443;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00272838;OID=.;OPOS=95197520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:68:69:2:2:66:67:0.971014:38:28:1:1:39:28:1:1 chr4 95211610 . T C 409.91 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00726158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.217;QD=51.2388;RBI=0.0251509;REFB=-0.0312076;REVB=0.0240799;RO=2;SAF=18;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490247;STB=0.526298;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00290858;OID=.;OPOS=95211610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:12:18:2:0:12:18:2:0 chr4 95496882 . C T 132.32 PASS AF=0.424242;AO=9;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00217124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.928;QD=16.039;RBI=0.00775582;REFB=-0.0124954;REVB=0.0074457;RO=18;SAF=8;SAR=1;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.473602;STB=0.835093;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0088913;OID=.;OPOS=95496882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:9:14:0.424242:1:8:10:8:1:13:10:8 chr4 95503902 . T C 246.69 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=25;FWDB=-0.026933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5377;QD=17.6204;RBI=0.0401214;REFB=-0.0201661;REVB=-0.0297379;RO=28;SAF=9;SAR=18;SRF=4;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21254;STB=0.623109;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0138994;OID=.;OPOS=95503902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:28:29:27:27:0.482143:18:9:4:24:18:9:4:25 chr4 95531417 . A G 1080.79 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.664;QD=60.0438;RBI=0.043766;REFB=0;REVB=-0.0111364;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.15326e-05;OID=.;OPOS=95531417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:40:31:0:0:40:32:0:0 chr4 95539267 . G A 834.25 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.577;QD=57.5342;RBI=0.0456499;REFB=0;REVB=0.00495155;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124421;OID=.;OPOS=95539267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:36:21:0:0:36:22:0:0 chr4 95578588 . G A 1744.42 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00491178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.115;QD=60.1524;RBI=0.0118594;REFB=0;REVB=0.0107944;RO=0;SAF=42;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47005e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0022005;OID=.;OPOS=95578588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:116:0:0:114:116:1:72:42:0:0:72:44:0:0 chr4 95588075 . G A 988.04 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00114273;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7774;QD=58.1203;RBI=0.00437419;REFB=0;REVB=0.00422229;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00277792;OID=.;OPOS=95588075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:64:68:1:26:38:0:0:27:41:0:0 chr4 95588158 . C G 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.000126951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.94;QD=21.227;RBI=0.0333106;REFB=-0.0106297;REVB=0.0333103;RO=24;SAF=21;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169513;STB=0.594566;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00528182;OID=.;OPOS=95588158;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:8:21:13:11:8:21:13:11 chr4 96075965 . C T 336.77 PASS AF=0.397849;AO=35;DP=93;FAO=37;FDP=93;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.00117124;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.246;QD=14.4849;RBI=0.0236288;REFB=-0.00944371;REVB=0.0235998;RO=58;SAF=18;SAR=17;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906684;STB=0.540315;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0166117;OID=.;OPOS=96075965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:58:56:35:37:0.397849:17:18:25:33:18:19:25:31 chr4 96089950 . C G 178.46 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00213072;FXX=0.0714158;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2347;QD=13.7279;RBI=0.0217906;REFB=-0.0227182;REVB=-0.0216861;RO=29;SAF=8;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140377;STB=0.58201;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0384873;OID=.;OPOS=96089950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:29:31:21:21:0.403846:13:8:15:14:13:8:16:15 chr4 96106322 . A G 458.79 PASS AF=0.462963;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=108;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0230292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.46;QD=16.9921;RBI=0.02787;REFB=-0.0167413;REVB=0.0156969;RO=57;SAF=24;SAR=26;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944919;STB=0.556846;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0181982;OID=.;OPOS=96106322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:58:50:50:0.462963:26:24:33:24:26:24:34:24 chr4 96123981 . C T 236.0 PASS AF=0.481481;AO=25;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.00388805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7796;QD=17.4813;RBI=0.0234377;REFB=-0.0185031;REVB=-0.023113;RO=29;SAF=16;SAR=9;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337261;STB=0.666543;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0183513;OID=.;OPOS=96123981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:28:25:26:0.481481:9:16:8:21:10:16:8:20 chr4 96127869 . T G 204.33 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=-0.00159226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.26;QD=10.7544;RBI=0.00891947;REFB=-0.0174921;REVB=0.0087762;RO=46;SAF=9;SAR=17;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103791;STB=0.565399;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0417291;OID=.;OPOS=96127869;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:46:50:26:26:0.342105:17:9:20:26:17:9:22:28 chr4 96169733 . G T 202.62 PASS AF=0.325;AO=26;DP=80;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.00449489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.58;QD=10.1307;RBI=0.0347478;REFB=0.000341467;REVB=-0.0344559;RO=54;SAF=16;SAR=10;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114094;STB=0.566877;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.00153404;OID=.;OPOS=96169733;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:54:54:26:26:0.325:10:16:28:26:10:16:28:26 chr4 96256616 . A G 973.75 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0555318;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1857;QD=59.0151;RBI=0.0579204;REFB=0;REVB=-0.0164617;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0005458;OID=.;OPOS=96256616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:27:39:0:0:27:39:0:0 chr4 96256673 . G A 1008.7 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0141018;FXX=0.0277739;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.932;QD=57.64;RBI=0.0381148;REFB=0.0382748;REVB=-0.0354101;RO=1;SAF=35;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133132;STB=0.50704;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000932589;OID=.;OPOS=96256673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:1:1:68:69:0.985714:33:35:1:0:34:35:1:0 chr4 97270063 . C A 130.42 PASS AF=0.394737;AO=14;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.00186939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.426;QD=13.7286;RBI=0.0574756;REFB=-0.0120263;REVB=-0.0574451;RO=13;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157376;STB=0.696729;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00899135;OID=.;OPOS=97270063;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:23:14:15:0.394737:5:9:6:7:6:9:6:17 chr4 98893437 . A G 417.93 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0248342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.601;QD=53.927;RBI=0.0651064;REFB=0.0588441;REVB=0.0601839;RO=1;SAF=24;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019036;STB=0.510197;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.000694904;OID=.;OPOS=98893437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:6:24:1:0:6:24:1:0 chr4 98893476 . C T 549.36 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=39;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.021041;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.297;QD=57.8272;RBI=0.0583927;REFB=-0.125295;REVB=-0.05447;RO=1;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283532;STB=0.515143;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000956902;OID=.;OPOS=98893476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:38:1:1:36:37:0.973684:16:20:0:1:16:21:0:1 chr4 99802070 . A C 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0116001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.62;QD=20.8979;RBI=0.0591078;REFB=0.00509258;REVB=0.0579583;RO=4;SAF=7;SAR=1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196883;STB=0.61088;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=-0.0100864;OID=.;OPOS=99802070;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:1:7:4:0:1:7:4:0 chr4 99850126 . A G 143.75 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=56;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0188384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6992;QD=10.0876;RBI=0.101487;REFB=-0.0161226;REVB=-0.0997235;RO=31;SAF=11;SAR=7;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00204356;STB=0.572441;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0413508;OID=.;OPOS=99850126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:31:38:18:19:0.333333:7:11:19:12:7:12:20:18 chr4 99926965 . T C 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.000949623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.002;QD=23.3999;RBI=0.00246031;REFB=-0.00841178;REVB=0.00226966;RO=3;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176687;STB=0.59978;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00385539;OID=.;OPOS=99926965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:2:6:3:0:2:6:3:0 chr4 99952710 . A G 625.98 PASS AF=0.570093;AO=61;DP=107;FAO=61;FDP=107;FR=.;FRO=46;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00255295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.733;QD=23.401;RBI=0.00289784;REFB=-0.00606265;REVB=0.00137111;RO=46;SAF=40;SAR=21;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586386;STB=0.532081;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00430936;OID=.;OPOS=99952710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:46:46:61:61:0.570093:21:40:27:19:21:40:27:19 chr4 99983963 . A G 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0017506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.424;QD=19.4668;RBI=0.00193064;REFB=-0.00333583;REVB=0.000814106;RO=24;SAF=6;SAR=16;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369941;STB=0.709483;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00267549;OID=.;OPOS=99983963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:16:6:16:8:16:6:16:8 chr4 100045574 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.911;QD=53.2759;RBI=0.0203277;REFB=0;REVB=-0.00676056;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.00287e-05;OID=.;OPOS=100045574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr4 100045616 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.052;QD=51.9167;RBI=0.0377107;REFB=0;REVB=0.00827645;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000785373;OID=.;OPOS=100045616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr4 100045647 . A G 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.225;QD=53.2746;RBI=0.0302799;REFB=0;REVB=-0.00893521;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000194155;OID=.;OPOS=100045647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr4 100048414 . T C 1060.84 PASS AF=1;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173464;FXX=0.0540468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.965;QD=60.6195;RBI=0.11622;REFB=0;REVB=0.114918;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000180161;OID=.;OPOS=100048414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr4 100052733 . C A 847.91 PASS AF=0.983871;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000794695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.754;QD=54.704;RBI=0.00811118;REFB=0.0255924;REVB=0.00807216;RO=1;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159925;STB=0.507934;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000548868;OID=.;OPOS=100052733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:62:1:1:59:61:0.983871:29:30:0:1:31:30:0:1 chr4 100062819 . A G 1059.09 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.917;QD=59.6673;RBI=0.0460141;REFB=0;REVB=0.0159359;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00142929;OID=.;OPOS=100062819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:39:31:0:0:40:31:0:0 chr4 100064247 . G T 391.08 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0680204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8858;QD=19.3125;RBI=0.0693092;REFB=0.0281911;REVB=-0.013304;RO=40;SAF=20;SAR=20;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135304;STB=0.580208;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.038238;OID=.;OPOS=100064247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:40:41:40:40:0.493827:20:20:26:14:20:20:27:14 chr4 100064305 . C G 1314.26 PASS AF=1;AO=83;DP=86;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00652227;FXX=0.0344788;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.091;QD=62.584;RBI=0.019116;REFB=0;REVB=0.0179689;RO=0;SAF=46;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.82996e-05;OID=.;OPOS=100064305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:84:0:0:83:84:1:37:46:0:0:37:47:0:0 chr4 100140306 . A T 803.83 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00225212;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.959;QD=57.4161;RBI=0.0417394;REFB=0;REVB=0.0416786;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298492;OID=.;OPOS=100140306;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:35:21:0:0:35:21:0:0 chr4 100203447 . A C 345.12 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0274555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.564;QD=16.6324;RBI=0.0283758;REFB=-0.00994094;REVB=-0.00716806;RO=46;SAF=14;SAR=23;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101626;STB=0.557169;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0187497;OID=.;OPOS=100203447;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:23:14:22:24:23:14:22:24 chr4 100235053 . A G 1643.55 PASS AF=0.982301;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0135371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8176;QD=58.1788;RBI=0.0288545;REFB=-0.0513376;REVB=-0.0254819;RO=1;SAF=63;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00747675;STB=0.507811;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.000727855;OID=.;OPOS=100235053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:112:113:1:2:111:111:0.982301:48:63:1:0:48:63:2:0 chr4 100239319 . T C 566.65 PASS AF=0.483607;AO=59;DP=122;FAO=59;FDP=122;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=0.00552957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.483;QD=18.5787;RBI=0.00996155;REFB=-0.0210696;REVB=0.00828591;RO=63;SAF=24;SAR=35;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406556;STB=0.522489;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0246122;OID=.;OPOS=100239319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:63:63:59:59:0.483607:35:24:23:40:35:24:23:40 chr4 100257907 . T C 389.38 PASS AF=0.465909;AO=40;DP=87;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00519185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.231;QD=17.6989;RBI=0.0292113;REFB=-0.00675798;REVB=-0.0287462;RO=46;SAF=21;SAR=19;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239486;STB=0.525251;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0127758;OID=.;OPOS=100257907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:46:47:40:41:0.465909:19:21:23:23:19:22:23:24 chr4 100260789 . T C 222.82 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0103272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5072;QD=18.9638;RBI=0.018625;REFB=-0.0181467;REVB=0.0154996;RO=25;SAF=9;SAR=13;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17861;STB=0.601065;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0262644;OID=.;OPOS=100260789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:13:9:15:10:13:9:15:10 chr4 100263965 . C T 570.25 PASS AF=0.522523;AO=58;DP=111;FAO=58;FDP=111;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=15;FWDB=0.00438156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.374;QD=20.5496;RBI=0.00955296;REFB=-0.011616;REVB=0.00848887;RO=53;SAF=29;SAR=29;SRF=38;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188942;STB=0.603569;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00901268;OID=.;OPOS=100263965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:53:53:58:58:0.522523:29:29:38:15:29:29:38:15 chr4 100266112 . C T 495.89 PASS AF=0.413534;AO=55;DP=133;FAO=55;FDP=133;FR=.;FRO=78;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=0.017033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.204;QD=14.9141;RBI=0.0170411;REFB=-0.0084432;REVB=-0.000527391;RO=77;SAF=35;SAR=20;SRF=44;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071108;STB=0.544652;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0153911;OID=.;OPOS=100266112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:77:78:55:55:0.413534:20:35:44:33:20:35:44:34 chr4 100266133 . T C 758.21 PASS AF=0.545455;AO=72;DP=132;FAO=72;FDP=132;FR=.;FRO=60;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.00774987;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.649;QD=22.9761;RBI=0.0289109;REFB=-0.0400936;REVB=0.0278528;RO=60;SAF=40;SAR=32;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234309;STB=0.512817;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0353448;OID=.;OPOS=100266133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:60:60:72:72:0.545455:32:40:35:25:32:40:35:25 chr4 100266330 . A G 793.72 PASS AF=0.663551;AO=71;DP=107;FAO=71;FDP=107;FR=.;FRO=36;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00767852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.871;QD=29.6719;RBI=0.00972189;REFB=-0.0222462;REVB=0.00596284;RO=35;SAF=45;SAR=26;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129995;STB=0.566174;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00986889;OID=.;OPOS=100266330;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:35:36:71:71:0.663551:26:45:15:20:26:45:16:20 chr4 100268190 . A C 1773.41 PASS AF=0.97541;AO=118;DP=121;FAO=119;FDP=122;FR=.;FRO=3;FSAF=51;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0693952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4881;QD=58.1445;RBI=0.0702601;REFB=-0.0683674;REVB=-0.0109908;RO=3;SAF=50;SAR=68;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00435933;STB=0.502392;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00153508;OID=.;OPOS=100268190;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:121:122:3:3:118:119:0.97541:68:50:1:2:68:51:1:2 chr4 100356179 . C T 184.77 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.011529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.528;QD=18.4768;RBI=0.0126108;REFB=-0.00501588;REVB=0.00511019;RO=21;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418943;STB=0.523785;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00501089;OID=.;OPOS=100356179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:9:10:12:9:9:10:12:9 chr4 100510859 . T C 136.55 PASS AF=0.347826;AO=14;DP=45;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0322855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.936;QD=11.874;RBI=0.0323094;REFB=-0.000725495;REVB=-0.00124287;RO=30;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375558;STB=0.702889;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00255849;OID=.;OPOS=100510859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:30:30:14:16:0.347826:5:9:9:21:6:10:9:21 chr4 100516022 . C G 433.59 PASS AF=0.621212;AO=41;DP=66;FAO=41;FDP=66;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0105033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.884;QD=26.2781;RBI=0.0184254;REFB=0.010588;REVB=0.0151385;RO=25;SAF=14;SAR=27;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158791;STB=0.586913;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00908254;OID=.;OPOS=100516022;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:25:25:41:41:0.621212:27:14:14:11:27:14:14:11 chr4 100570681 . T A 193.85 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.0223273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9591;QD=12.3078;RBI=0.0594699;REFB=0.0142579;REVB=0.0551195;RO=39;SAF=10;SAR=14;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263766;STB=0.651042;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.0202279;OID=.;OPOS=100570681;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:14:10:26:13:14:10:26:13 chr4 100574195 . A G 205.16 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00108099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8653;QD=15.7814;RBI=0.0163985;REFB=-0.0152211;REVB=-0.0163629;RO=29;SAF=9;SAR=14;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191115;STB=0.608601;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0149209;OID=.;OPOS=100574195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:14:9:17:12:14:9:17:12 chr4 100575398 . C T 339.29 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0135903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0986;QD=15.5994;RBI=0.0249;REFB=-0.0349543;REVB=0.0208641;RO=48;SAF=18;SAR=19;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0913595;STB=0.549849;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0349437;OID=.;OPOS=100575398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:48:50:37:37:0.425287:19:18:19:29:19:18:20:30 chr4 100575483 . G T 215.65 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0615987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.677;QD=15.1336;RBI=0.0616008;REFB=-0.0150576;REVB=0.000512994;RO=32;SAF=6;SAR=19;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539236;STB=0.530701;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0173835;OID=.;OPOS=100575483;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:19:6:9:23:19:6:9:23 chr4 100575711 . C T 410.85 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.011555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.833;QD=21.0693;RBI=0.0115646;REFB=-0.0159228;REVB=0.000470703;RO=37;SAF=19;SAR=22;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0034115;STB=0.501886;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0136288;OID=.;OPOS=100575711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:37:41:41:0.525641:22:19:17:20:22:19:17:20 chr4 101401161 . TAAC T 398.77 PASS AF=0.495652;AO=56;DP=117;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.0197262;FXX=0.0170926;HRUN=2;LEN=3;MLLD=217.564;QD=13.8703;RBI=0.0233847;REFB=0.00259126;REVB=-0.0125588;RO=49;SAF=28;SAR=28;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779929;STB=0.539151;STBP=0.411;TYPE=del;VARB=-0.00408382;OID=.;OPOS=101401162;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.495652:56:117:57:115:58:28:29:33:25:99:49:28:28:29:20 chr4 102269830 . T C 372.99 PASS AF=0.704545;AO=30;DP=43;FAO=31;FDP=44;FR=.;FRO=13;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00571392;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.383;QD=33.9077;RBI=0.0251635;REFB=-0.0365532;REVB=0.0245061;RO=13;SAF=24;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243615;STB=0.63591;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00795991;OID=.;OPOS=102269830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:13:13:30:31:0.704545:6:24:6:7:6:25:6:7 chr4 102816467 . C G 320.9 PASS AF=0.472973;AO=34;DP=73;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.00614188;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.64;QD=17.3462;RBI=0.0272247;REFB=-0.00754647;REVB=-0.0265228;RO=37;SAF=21;SAR=13;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308563;STB=0.507409;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00832321;OID=.;OPOS=102816467;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:37:39:34:35:0.472973:13:21:24:13:13:22:24:15 chr4 102965043 . T C 870.11 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00743548;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.672;QD=58.0072;RBI=0.010466;REFB=0;REVB=0.00736545;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107417;OID=.;OPOS=102965043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:35:24:0:0:36:24:0:0 chr4 103514658 . T C 703.54 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00231168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.016;QD=54.1185;RBI=0.0328949;REFB=0.00161706;REVB=0.0328136;RO=1;SAF=25;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184579;STB=0.50943;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000168793;OID=.;OPOS=103514658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:50:51:0.980769:25:25:1:0:25:26:1:0 chr4 103538410 . ATTTTTTA ATTTTTA,ATTTTTAT 209.14 PASS AF=0.906977,0;AO=21,2;DP=43;FAO=39,0;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=12,0;FSAR=27,0;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0641094,0.024878;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.63837,8.60078;QD=19.455;RBI=0.284732,0.0804703;REFB=-0.100107,-0.0165782;REVB=0.277421,0.0765281;RO=15;SAF=7,1;SAR=14,1;SRF=3;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0.326531,0;SSSB=0.117647,0.342263;STB=0.52065,0.5;STBP=0.422,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0629449,-0.106286;OID=.,.;OPOS=103538411,103538416;OREF=T,TA;OALT=-,AT;OMAPALT=ATTTTTA,ATTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.906977,0:21,2:43:39,0:43:4:12,0:27,0:2:2:12:15:7,1:14,1:3:12 chr4 103555992 . A G 455.36 PASS AF=0.55;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0355239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.828;QD=22.7678;RBI=0.0541249;REFB=0.0145052;REVB=-0.0408358;RO=35;SAF=25;SAR=19;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180161;STB=0.604565;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=-0.0116293;OID=.;OPOS=103555992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:36:44:44:0.55:19:25:12:23:19:25:12:24 chr4 103557077 . G A 195.86 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00172811;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.49;QD=16.6687;RBI=0.00507087;REFB=-0.00291859;REVB=-0.00476732;RO=27;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185573;STB=0.510628;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00312625;OID=.;OPOS=103557077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:10:10:14:13:10:10:14:13 chr4 103611845 . C T 251.63 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00480148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5558;QD=20.5415;RBI=0.0161987;REFB=-0.0237297;REVB=-0.0154708;RO=24;SAF=8;SAR=16;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042446;STB=0.507686;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0234259;OID=.;OPOS=103611845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:24:25:24:24:0.489796:16:8:7:17:16:8:8:17 chr4 103808862 . T C 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00144311;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.876;QD=16.4171;RBI=0.0218125;REFB=-0.0105066;REVB=-0.0217647;RO=16;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174377;STB=0.599863;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0128828;OID=.;OPOS=103808862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:7:7:5:11:7:7:5:11 chr4 103866480 . G A 266.05 PASS AF=0.5;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0313869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0453;QD=21.2837;RBI=0.0371358;REFB=-0.00489556;REVB=0.0198476;RO=24;SAF=10;SAR=15;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015115;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00653288;OID=.;OPOS=103866480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:24:25:25:25:0.5:15:10:10:14:15:10:10:15 chr4 103911069 . C A 311.0 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0359339;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.168;QD=47.8455;RBI=0.0363233;REFB=-0.20896;REVB=-0.00530437;RO=2;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617183;STB=0.533306;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00492919;OID=.;OPOS=103911069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:27:26:2:2:24:24:0.923077:14:10:0:2:14:10:0:2 chr4 103964529 . A C 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00838994;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.429;QD=17.4546;RBI=0.00875625;REFB=0.000194757;REVB=-0.00250615;RO=29;SAF=10;SAR=17;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042321;STB=0.523792;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.000201736;OID=.;OPOS=103964529;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:17:10:12:17:17:10:12:17 chr4 106155185 . C G 215.48 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0204892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6585;QD=13.0591;RBI=0.0208393;REFB=-0.00684494;REVB=0.00380364;RO=40;SAF=15;SAR=11;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251205;STB=0.514377;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0149496;OID=.;OPOS=106155185;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:11:15:24:16:11:15:24:16 chr4 106155751 . G A 245.61 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00236691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.825;QD=23.9622;RBI=0.00417596;REFB=-0.0412531;REVB=0.0034404;RO=17;SAF=13;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726852;STB=0.528883;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0262599;OID=.;OPOS=106155751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:17:18:23:23:0.560976:10:13:8:9:10:13:9:9 chr4 106158216 . G A 209.64 PASS AF=0.791667;AO=19;DP=24;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0232223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.148;QD=34.9395;RBI=0.0261788;REFB=-0.0577604;REVB=0.0120853;RO=5;SAF=8;SAR=11;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687825;STB=0.537738;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0133888;OID=.;OPOS=106158216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:24:24:5:5:19:19:0.791667:11:8:3:2:11:8:3:2 chr4 106159644 . T A 391.84 PASS AF=1;AO=25;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334047;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.148;QD=55.9767;RBI=0.0349447;REFB=0;REVB=-0.0102596;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000508744;OID=.;OPOS=106159644;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:25:28:1:6:19:0:0:6:22:0:0 chr4 106160239 . T G 36.16 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.027456;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=262.541;QD=6.57456;RBI=0.0274789;REFB=0.00352798;REVB=-0.00112145;RO=16;SAF=1;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.515236;STB=0.832223;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00745343;OID=.;OPOS=106160239;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:5:1:10:6:5:1:10:6 chr4 106190862 . T C 109.04 PASS AF=0.277778;AO=14;DP=53;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.000402449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.098;QD=8.07721;RBI=0.0311493;REFB=-0.0102098;REVB=-0.0311467;RO=39;SAF=6;SAR=8;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399769;STB=0.503717;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0294656;OID=.;OPOS=106190862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:39:39:14:15:0.277778:8:6:18:21:8:7:18:21 chr4 106317429 . C G,T 385.15 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=26,2;DP=28;FAO=26,2;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11,2;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378129,0.0150498;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=139.44,72.0628;QD=55.0206;RBI=0.0548949,0.015051;REFB=0,0;REVB=0.0397949,-0.0001921;RO=0;SAF=11,2;SAR=15,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00479139,0.0908914;OID=.,.;OPOS=106317429,106317429;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:28:28:0:0:26,2:26,2:0.928571,0.0714286:15,0:11,2:0:0:15,0:11,2:0:0 chr4 106328200 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.152;QD=35.5759;RBI=0.033117;REFB=0;REVB=-0.0108983;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000337195;OID=.;OPOS=106328200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr4 106474096 . T C 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.514;QD=63.8707;RBI=0.0141593;REFB=0;REVB=0.00423992;RO=0;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.86584e-05;OID=.;OPOS=106474096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:32:16:0:0:32:16:0:0 chr4 106859549 . G C 77.23 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0337573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3838;QD=13.4305;RBI=0.0346174;REFB=-0.00296301;REVB=-0.00766867;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306446;STB=0.681047;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00564793;OID=.;OPOS=106859549;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:7:3:8:5:7:3:8:5 chr4 106861730 . A G 1090.2 PASS AF=0.986667;AO=72;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0661087;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.256;QD=58.1442;RBI=0.0661832;REFB=-0.0631792;REVB=-0.0031402;RO=1;SAF=26;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178409;STB=0.50877;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000387794;OID=.;OPOS=106861730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:72:74:0.986667:46:26:1:0:46:28:1:0 chr4 107168431 . G C 818.63 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0981824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8044;QD=56.4569;RBI=0.10343;REFB=0;REVB=0.0325276;RO=0;SAF=15;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018361;OID=.;OPOS=107168431;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:56:58:1:41:15:0:0:42:16:0:0 chr4 107249244 . C G 238.06 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=82;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.0138939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=276.954;QD=11.6126;RBI=0.0163707;REFB=-0.00910582;REVB=-0.00865793;RO=53;SAF=17;SAR=12;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423919;STB=0.524459;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0157772;OID=.;OPOS=107249244;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:53:29:29:0.353659:12:17:33:20:12:17:33:20 chr4 107288449 . G A 405.51 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0162314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.912;QD=19.7809;RBI=0.0167537;REFB=0.000151771;REVB=0.00415062;RO=41;SAF=21;SAR=20;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109673;STB=0.560802;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.00011405;OID=.;OPOS=107288449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:41:41:41:0.5:20:21:16:25:20:21:16:25 chr4 108575989 . G A 413.51 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0296131;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.533;QD=15.904;RBI=0.0309212;REFB=-0.0386414;REVB=-0.00889867;RO=57;SAF=23;SAR=23;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433754;STB=0.528834;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0390243;OID=.;OPOS=108575989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:57:58:46:46:0.442308:23:23:31:26:23:23:32:26 chr4 108641300 . T C 1212.62 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0301581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.59;QD=59.8823;RBI=0.0493389;REFB=-0.041379;REVB=-0.0390489;RO=1;SAF=31;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976132;STB=0.505153;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000216153;OID=.;OPOS=108641300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:79:80:0.987654:48:31:0:1:48:32:0:1 chr4 108641317 . G A 212.76 PASS AF=0.364865;AO=26;DP=73;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=0.0451682;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3753;QD=11.5004;RBI=0.0485443;REFB=-0.0262693;REVB=0.0177872;RO=46;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191758;STB=0.624915;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0637636;OID=.;OPOS=108641317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:46:47:26:27:0.364865:15:11:12:34:15:12:12:35 chr4 108931039 . T C 757.96 PASS AF=1;AO=50;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.154622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2832;QD=56.1453;RBI=0.155664;REFB=0;REVB=-0.0179816;RO=0;SAF=11;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00195455;OID=.;OPOS=108931039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:50:54:1:39:11:0:0:40:14:0:0 chr4 109541499 . C T 239.65 PASS AF=0.405797;AO=25;DP=67;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.091069;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8225;QD=13.8925;RBI=0.0940016;REFB=-0.0124901;REVB=0.0232969;RO=42;SAF=7;SAR=18;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326136;STB=0.622553;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0199315;OID=.;OPOS=109541499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:42:41:25:28:0.405797:18:7:24:18:18:10:23:18 chr4 109541603 . T A 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.104174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.483;QD=14.3344;RBI=0.104218;REFB=0.000714594;REVB=-0.0030495;RO=10;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47116;STB=0.786112;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00265847;OID=.;OPOS=109541603;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:8:1:5:5:8:1:5:5 chr4 109674116 . A G 350.21 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0111442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.505;QD=28.0164;RBI=0.0168441;REFB=-0.0096738;REVB=0.0126306;RO=20;SAF=20;SAR=10;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201093;STB=0.611035;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0067016;OID=.;OPOS=109674116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:10:20:8:12:10:20:8:12 chr4 109735133 . T C 483.34 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.321;QD=58.5865;RBI=0.0326994;REFB=0;REVB=0.03037;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111079;OID=.;OPOS=109735133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:17:15:0:0:17:16:0:0 chr4 109769899 . C T 349.26 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0284588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1014;QD=20.2467;RBI=0.0298281;REFB=-0.0275382;REVB=0.00893369;RO=32;SAF=14;SAR=22;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200522;STB=0.604142;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0276176;OID=.;OPOS=109769899;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:33:36:36:0.521739:22:14:20:12:22:14:20:13 chr4 109969337 . G T 122.47 PASS AF=0.424242;AO=15;DP=34;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0034132;FXX=0.0294031;HRUN=6;LEN=1;MLLD=210.004;QD=14.8447;RBI=0.00597317;REFB=-0.0116826;REVB=-0.00490193;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445112;STB=0.504418;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0135537;OID=.;OPOS=109969337;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:19:19:15:14:0.424242:8:7:8:11:8:6:8:11 chr4 110581363 . T A 120.11 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00302691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7126;QD=14.1301;RBI=0.0413038;REFB=-0.0399261;REVB=-0.0411927;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00761006;STB=0.512802;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.054282;OID=.;OPOS=110581363;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:19:20:14:14:0.411765:6:8:11:8:6:8:11:9 chr4 110603784 . T C 225.29 PASS AF=0.440678;AO=25;DP=58;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0397272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6052;QD=15.2736;RBI=0.0397331;REFB=-0.0148032;REVB=0.000679794;RO=33;SAF=8;SAR=17;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490401;STB=0.510721;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0209778;OID=.;OPOS=110603784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:33:33:25:26:0.440678:17:8:12:21:17:9:12:21 chr4 110661937 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00719646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.745;QD=48.7368;RBI=0.0145829;REFB=0;REVB=0.0126835;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.62578e-05;OID=.;OPOS=110661937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr4 110678925 . T C 482.25 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.07203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7435;QD=58.454;RBI=0.0724533;REFB=0;REVB=0.00782047;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000956089;OID=.;OPOS=110678925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:17:14:0:0:17:16:0:0 chr4 110681505 . C T 124.87 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.00922339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.737;QD=17.8389;RBI=0.0105478;REFB=-0.00708344;REVB=0.00511721;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295747;STB=0.678349;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00870434;OID=.;OPOS=110681505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:14:14:14:0.5:7:7:2:11:7:7:2:12 chr4 110737389 . T C 555.07 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0604476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.201;QD=60.007;RBI=0.0613101;REFB=0;REVB=-0.0102474;RO=0;SAF=10;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264777;OID=.;OPOS=110737389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:27:10:0:0:27:10:0:0 chr4 110773067 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.081;QD=51.9167;RBI=0.0315006;REFB=0;REVB=0.0267641;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191735;OID=.;OPOS=110773067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr4 110790911 . A T 1880.18 PASS AF=1;AO=121;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197685;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.406;QD=61.6453;RBI=0.0312084;REFB=0;REVB=0.024149;RO=1;SAF=62;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760063;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1068e-05;OID=.;OPOS=110790911;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:1:0:121:122:1:59:62:1:0:59:63:0:0 chr4 110901198 . G A 730.76 PASS AF=0.518248;AO=71;DP=137;FAO=71;FDP=137;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.00992677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.484;QD=21.3359;RBI=0.0145619;REFB=-0.0226104;REVB=0.010654;RO=65;SAF=25;SAR=46;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127856;STB=0.574607;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0240596;OID=.;OPOS=110901198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:65:66:71:71:0.518248:46:25:32:33:46:25:33:33 chr4 110914427 . A T 1426.64 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171524;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.8667;QD=62.7093;RBI=0.0188227;REFB=0;REVB=-0.00775185;RO=0;SAF=52;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.27942e-05;OID=.;OPOS=110914427;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:91:0:0:90:91:1:38:52:0:0:38:53:0:0 chr4 110971030 . G T 301.02 PASS AF=0.533333;AO=31;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00441521;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3142;QD=20.0677;RBI=0.00982927;REFB=0.0027845;REVB=-0.00878183;RO=27;SAF=21;SAR=10;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174333;STB=0.594533;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00146635;OID=.;OPOS=110971030;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:28:31:32:0.533333:10:21:13:14:10:22:14:14 chr4 111397582 . G A 377.74 PASS AF=0.4875;AO=39;DP=80;FAO=39;FDP=80;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=0.0229326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3374;QD=18.8867;RBI=0.0238818;REFB=-0.013069;REVB=-0.00666579;RO=41;SAF=27;SAR=12;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434283;STB=0.524126;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00565854;OID=.;OPOS=111397582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:41:39:39:0.4875:12:27:30:11:12:27:30:11 chr4 111398208 . A G 61.51 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.030542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.35;QD=7.02922;RBI=0.0306431;REFB=-0.00481861;REVB=0.00248805;RO=25;SAF=8;SAR=1;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367652;STB=0.734054;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0350465;OID=.;OPOS=111398208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:35:25:26:9:9:0.257143:1:8:17:8:1:8:18:8 chr4 111409705 . T C 329.2 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=86;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0056106;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.637;QD=15.4919;RBI=0.0360657;REFB=-0.0233878;REVB=-0.0356266;RO=48;SAF=21;SAR=15;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106264;STB=0.566038;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0373841;OID=.;OPOS=111409705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:48:49:36:36:0.423529:15:21:23:25:15:21:23:26 chr4 111542124 . G A 574.7 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=97;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=0.00104069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.954;QD=23.6991;RBI=0.0176869;REFB=-0.0111868;REVB=0.0176563;RO=44;SAF=18;SAR=35;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0852623;STB=0.546656;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0121039;OID=.;OPOS=111542124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:44:44:53:53:0.546392:35:18:11:33:35:18:11:33 chr4 112252643 . G T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0715325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1255;QD=50.4117;RBI=0.107084;REFB=0;REVB=-0.0796868;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000208914;OID=.;OPOS=112252643;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr4 113108802 . C CTAA 223.43 PASS AF=0.290909;AO=30;DP=113;FAO=32;FDP=110;FR=.;FRO=78;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=44;FWDB=-0.0108167;FXX=0.0434745;HRUN=1;LEN=3;MLLD=270.167;QD=8.12475;RBI=0.0113383;REFB=-0.00633398;REVB=-0.00339956;RO=78;SAF=19;SAR=11;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238529;STB=0.656152;STBP=0.048;TYPE=ins;VARB=0.0167027;OID=.;OPOS=113108803;OREF=-;OALT=TAA;OMAPALT=CTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.290909:30:113:32:110:78:21:11:34:44:99:78:19:11:34:44 chr4 113178894 . ATTTGT A 282.33 PASS AF=1;AO=21;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028814;FXX=0;HRUN=3;LEN=5;MLLD=253.864;QD=45.1723;RBI=0.0470619;REFB=0;REVB=0.0372099;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000168075;OID=.;OPOS=113178895;OREF=TTTGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:23:25:25:0:12:13:0:0:5:0:12:9:0:0 chr4 113198805 . G C 328.17 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195701;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7978;QD=54.6946;RBI=0.0201634;REFB=0;REVB=-0.00485523;RO=0;SAF=5;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00064329;OID=.;OPOS=113198805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:19:5:0:0:19:5:0:0 chr4 113198889 . AC TT 43.32 PASS AF=0.27027;AO=8;DP=35;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=-0.0186154;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=232.748;QD=4.68338;RBI=0.0513486;REFB=-0.0409588;REVB=0.0478554;RO=26;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173873;STB=0.56352;STBP=0.771;TYPE=mnp;VARB=0.132588;OID=.;OPOS=113198889;OREF=AC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:35:37:26:27:8:10:0.27027:6:2:4:22:8:2:4:23 chr4 113199075 . A G 698.83 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0294295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9432;QD=54.8105;RBI=0.0363574;REFB=0.00063478;REVB=0.0213487;RO=1;SAF=28;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165169;STB=0.508768;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.000658411;OID=.;OPOS=113199075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:22:28:1:0:22:28:1:0 chr4 113344925 . C T 184.37 PASS AF=0.6;AO=17;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.000327555;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.951;QD=24.583;RBI=0.0103368;REFB=-0.00143167;REVB=0.0103316;RO=12;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233275;STB=0.636209;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.000986546;OID=.;OPOS=113344925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:30:30:12:12:17:18:0.6:11:6:8:4:12:6:8:4 chr4 113352397 . G A 285.32 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=33;FWDB=-0.00638576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.397;QD=15.4229;RBI=0.0102491;REFB=-0.00841487;REVB=0.00801668;RO=42;SAF=10;SAR=22;SRF=9;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121571;STB=0.568142;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0122256;OID=.;OPOS=113352397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:42:32:32:0.432432:22:10:9:33:22:10:9:33 chr4 113352628 . A G 433.1 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013978;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.217;QD=57.7466;RBI=0.0165797;REFB=0;REVB=0.00891633;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000226951;OID=.;OPOS=113352628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:22:8:0:0:22:8:0:0 chr4 113352899 . G A 316.93 PASS AF=0.402299;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.0214341;FXX=0.0224694;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.325;QD=14.5713;RBI=0.0296205;REFB=-0.0222741;REVB=-0.0204439;RO=49;SAF=13;SAR=22;SRF=14;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977035;STB=0.528892;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0120352;OID=.;OPOS=113352899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:49:52:35:35:0.402299:22:13:14:35:22:13:17:35 chr4 113353285 . T C 293.55 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176977;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.278;QD=53.3719;RBI=0.0569037;REFB=0;REVB=-0.0540816;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00050779;OID=.;OPOS=113353285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr4 113353433 . A C 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00409684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.007;QD=9.44449;RBI=0.00427013;REFB=-0.0117759;REVB=-0.00120414;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116777;STB=0.562295;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.028998;OID=.;OPOS=113353433;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:8:10:6:6:0.375:3:3:5:3:3:3:6:4 chr4 113353449 . A G 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.020817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.861;QD=15.2625;RBI=0.0324268;REFB=-0.0177835;REVB=0.0248626;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154499;STB=0.589338;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0227287;OID=.;OPOS=113353449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:7:6:10:6:7:6:10:6 chr4 113359703 . A G 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.674;QD=60.7151;RBI=0.0448731;REFB=0;REVB=0.0405509;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143071;OID=.;OPOS=113359703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr4 113362316 . A G 315.57 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00662948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.307;QD=24.2743;RBI=0.0184864;REFB=-0.0225291;REVB=-0.0172568;RO=21;SAF=16;SAR=15;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406445;STB=0.522374;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0136156;OID=.;OPOS=113362316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:21:31:31:0.596154:15:16:12:9:15:16:12:9 chr4 113362609 . G A 238.07 PASS AF=0.45;AO=28;DP=61;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00888605;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1485;QD=15.8713;RBI=0.0454059;REFB=-0.00906067;REVB=-0.0445279;RO=33;SAF=15;SAR=13;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683008;STB=0.528281;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0106678;OID=.;OPOS=113362609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:33:33:28:27:0.45:13:15:20:13:12:15:20:13 chr4 113362622 . C G 902.63 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3854;QD=58.234;RBI=0.0264421;REFB=0;REVB=-0.0230605;RO=0;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000309174;OID=.;OPOS=113362622;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:28:34:0:0:28:34:0:0 chr4 113436546 . G A 404.58 PASS AF=0.655172;AO=38;DP=58;FAO=38;FDP=58;FR=.;FRO=20;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0201418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.168;QD=27.9021;RBI=0.0361144;REFB=-0.0313844;REVB=0.029976;RO=20;SAF=27;SAR=11;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308116;STB=0.51677;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.017244;OID=.;OPOS=113436546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:20:20:38:38:0.655172:11:27:15:5:11:27:15:5 chr4 113462395 . T C 227.26 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0134709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.669;QD=21.14;RBI=0.0140196;REFB=-0.0119805;REVB=0.0038839;RO=20;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771309;STB=0.557469;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0135506;OID=.;OPOS=113462395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:20:21:22:22:0.511628:14:8:9:11:14:8:10:11 chr4 113505203 . A G 444.57 PASS AF=0.453704;AO=49;DP=108;FAO=49;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=0.0521701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.229;QD=16.4654;RBI=0.0525268;REFB=-0.0182624;REVB=0.00611169;RO=59;SAF=24;SAR=25;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131749;STB=0.57335;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0390121;OID=.;OPOS=113505203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:59:59:49:49:0.453704:25:24:21:38:25:24:21:38 chr4 113549752 . G A 69.65 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0134662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.469;QD=6.47915;RBI=0.0386956;REFB=0.00629768;REVB=-0.0362768;RO=33;SAF=4;SAR=6;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20955;STB=0.632767;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.0228383;OID=.;OPOS=113549752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:6:4:19:14:6:4:19:14 chr4 114309839 . C T 1539.53 PASS AF=0.990476;AO=103;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00731858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.115;QD=58.6487;RBI=0.0117465;REFB=0.0527018;REVB=0.00918796;RO=1;SAF=68;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00692758;STB=0.503649;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.000105824;OID=.;OPOS=114309839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:1:1:103:104:0.990476:35:68:1:0:36:68:1:0 chr4 114341210 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.191;QD=61.3356;RBI=0.055118;REFB=0;REVB=0.00755791;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127745;OID=.;OPOS=114341210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr4 114341631 . T C 393.17 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.448;QD=56.1672;RBI=0.119369;REFB=0;REVB=-0.000801118;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403405;OID=.;OPOS=114341631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr4 114822485 . G A 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0210838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.395;QD=12.5795;RBI=0.0300236;REFB=-0.0074876;REVB=-0.021375;RO=30;SAF=6;SAR=11;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300658;STB=0.665667;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0102847;OID=.;OPOS=114822485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:31:17:17:0.354167:11:6:19:11:11:6:19:12 chr4 114823316 . A C 253.13 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0131284;FXX=0.0185151;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.0602;QD=19.1038;RBI=0.0219602;REFB=0.024771;REVB=0.0176038;RO=25;SAF=17;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132525;STB=0.584464;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.0172188;OID=.;OPOS=114823316;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:25:26:27:27:0.509434:10:17:12:13:10:17:12:14 chr4 115544713 . CA CG,TG 843.37 PASS AF=0.65,0.35;AO=38,23;DP=62;FAO=39,21;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=20,9;FSAR=19,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168672,-0.00181338;FXX=0.0322529;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=92.715,82.0221;QD=56.2245;RBI=0.0200168,0.00626229;REFB=0,0;REVB=-0.0107781,-0.00599399;RO=0;SAF=20,11;SAR=18,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.51048e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00292782,0.0113082;OID=.,.;OPOS=115544714,115544713;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:62:60:0:0:38,23:39,21:0.65,0.35:18,12:20,11:0:0:19,12:20,9:0:0 chr4 115577997 . C G 608.42 PASS AF=0.427673;AO=68;DP=158;FAO=68;FDP=159;FR=.;FRO=91;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=44;FSRR=47;FWDB=0.0175406;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.749;QD=15.3062;RBI=0.0191765;REFB=-0.0167775;REVB=-0.00775013;RO=88;SAF=28;SAR=40;SRF=42;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673733;STB=0.541748;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.020278;OID=.;OPOS=115577997;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:88:91:68:68:0.427673:40:28:42:46:40:28:44:47 chr4 115589302 . A G 987.35 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00736155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9938;QD=58.0794;RBI=0.0565671;REFB=0;REVB=0.0560861;RO=1;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154888;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000671207;OID=.;OPOS=115589302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:1:0:66:68:1:30:36:0:1:32:36:0:0 chr4 119435061 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.364;QD=35.5757;RBI=0.0246051;REFB=0;REVB=0.00711564;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342409;OID=.;OPOS=119435061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr4 119610606 . A G 356.04 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00736511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6343;QD=21.9103;RBI=0.0154777;REFB=-0.0308163;REVB=0.013613;RO=29;SAF=14;SAR=22;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210481;STB=0.511621;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0202489;OID=.;OPOS=119610606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:22:14:12:17:22:14:12:17 chr4 119652606 . G T 493.74 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00104472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.695;QD=20.3605;RBI=0.0119704;REFB=-0.0055444;REVB=0.0119247;RO=49;SAF=33;SAR=15;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26301;STB=0.646132;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0062283;OID=.;OPOS=119652606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:49:48:48:0.494845:15:33:20:29:15:33:20:29 chr4 119736796 . A C 426.77 PASS AF=0.408333;AO=49;DP=120;FAO=49;FDP=120;FR=.;FRO=71;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=-0.0193667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2804;QD=14.2256;RBI=0.0230318;REFB=-0.0141308;REVB=-0.0124659;RO=69;SAF=27;SAR=22;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164742;STB=0.591869;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0224925;OID=.;OPOS=119736796;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:69:71:49:49:0.408333:22:27:27:42:22:27:28:43 chr4 119944611 . G T 373.96 PASS AF=0.659574;AO=31;DP=47;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0193783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0061;QD=31.8262;RBI=0.0441522;REFB=-0.0198722;REVB=-0.0396724;RO=16;SAF=19;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150008;STB=0.582119;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00722712;OID=.;OPOS=119944611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:16:31:31:0.659574:12:19:6:10:12:19:6:10 chr4 119951647 . A G 238.56 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.078743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.7969;QD=50.2232;RBI=0.218738;REFB=0;REVB=0.204073;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0104585;OID=.;OPOS=119951647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:17:19:1:5:12:0:0:7:12:0:0 chr4 120158685 . T G 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0295211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.661;QD=18.7442;RBI=0.0374995;REFB=0.00357046;REVB=0.0231239;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197383;STB=0.615061;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.00186266;OID=.;OPOS=120158685;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:4:3:3:1:4:3:3:1 chr4 120214030 . T G 434.39 PASS AF=0.73913;AO=34;DP=46;FAO=34;FDP=46;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.124831;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.933;QD=37.7727;RBI=0.124914;REFB=0.0208085;REVB=0.00454848;RO=12;SAF=16;SAR=18;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189936;STB=0.60254;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00495079;OID=.;OPOS=120214030;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:12:12:34:34:0.73913:18:16:1:11:18:16:1:11 chr4 120215314 . A G 335.65 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0181712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.165;QD=27.9708;RBI=0.0214233;REFB=-0.000708778;REVB=0.0113476;RO=18;SAF=12;SAR=17;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175329;STB=0.586147;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.000688468;OID=.;OPOS=120215314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:19:29:29:0.604167:17:12:12:6:17:12:12:7 chr4 120239831 . A G 75.61 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0285025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.7;QD=11.6327;RBI=0.0290528;REFB=-0.0226144;REVB=0.00562762;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228926;STB=0.636097;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0225576;OID=.;OPOS=120239831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:6:4:10:6:6:4:10:6 chr4 120239878 . G A 121.57 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00863678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.258;QD=15.1967;RBI=0.0105515;REFB=-0.000755814;REVB=-0.00606141;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108014;STB=0.562412;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.000599369;OID=.;OPOS=120239878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:7:7:11:7:7:7:11:7 chr4 120240238 . T C 242.38 PASS AF=0.666667;AO=22;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0434425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3598;QD=29.379;RBI=0.0459701;REFB=-0.00939605;REVB=-0.0150333;RO=11;SAF=6;SAR=16;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667013;STB=0.536878;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00665561;OID=.;OPOS=120240238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:11:11:22:22:0.666667:16:6:4:7:16:6:4:7 chr4 120241902 . T C 57.33 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0277882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.023;QD=12.7389;RBI=0.0285462;REFB=0.000962219;REVB=-0.00653478;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0930819;STB=0.555418;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.001688;OID=.;OPOS=120241902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:4:6:4:4:4:6 chr4 120325630 . G A 124.16 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0166734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.435;QD=27.592;RBI=0.0168421;REFB=0.0173921;REVB=0.0023778;RO=5;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237058;STB=0.631394;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0119139;OID=.;OPOS=120325630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:7:6:0:5:7:6:0:5 chr4 120325654 . GC G 107.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0283663;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=21.1478;QD=19.4819;RBI=0.0420081;REFB=-0.0689497;REVB=0.0309844;RO=8;SAF=6;SAR=8;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208803;STB=0.616286;STBP=0.197;TYPE=del;VARB=0.0402312;OID=.;OPOS=120325655;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:14:22:14:22:8:6:8:1:7:46:8:6:8:1:7 chr4 120325732 . C A 439.41 PASS AF=0.790698;AO=33;DP=43;FAO=34;FDP=43;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0197152;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.49;QD=40.8756;RBI=0.0197814;REFB=-0.0309664;REVB=0.00161635;RO=9;SAF=11;SAR=22;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103075;STB=0.557243;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0099024;OID=.;OPOS=120325732;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:43:43:9:9:33:34:0.790698:22:11:1:8:22:12:1:8 chr4 120330155 . C T 108.79 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0318619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.814;QD=24.1746;RBI=0.0632171;REFB=0.00111387;REVB=-0.0546005;RO=6;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984044;STB=0.555464;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.00484943;OID=.;OPOS=120330155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:6:6:2:4:6:6:2:4 chr4 120330448 . GC AA 50.09 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170912;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=95.5644;QD=33.3962;RBI=0.261141;REFB=0;REVB=0.260581;RO=0;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0215004;OID=.;OPOS=120330448;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:5:6:1:2:3:0:0:3:3:0:0 chr4 120330539 . G A 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0844894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4737;QD=35.5729;RBI=0.103628;REFB=0;REVB=0.0600029;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0128295;OID=.;OPOS=120330539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr4 120423729 . T C 210.32 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00735902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1726;QD=18.6949;RBI=0.0635371;REFB=-0.00658365;REVB=0.0631095;RO=24;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677185;STB=0.538425;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0079867;OID=.;OPOS=120423729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:12:9:12:12:12:9:12:12 chr4 120474859 . A G 180.91 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0276856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.144;QD=12.9224;RBI=0.0282364;REFB=-0.0124933;REVB=0.00555008;RO=34;SAF=7;SAR=15;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230788;STB=0.633321;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00796607;OID=.;OPOS=120474859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:15:7:18:16:15:7:18:16 chr4 120528327 . G A 289.62 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00270202;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.441;QD=46.3389;RBI=0.00274266;REFB=-0.123608;REVB=0.000470388;RO=1;SAF=9;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486633;STB=0.549956;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00139429;OID=.;OPOS=120528327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:25:25:1:2:23:23:0.92:14:9:1:0:14:9:2:0 chr4 121957051 . C T 1301.94 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00875448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.077;QD=61.997;RBI=0.0193163;REFB=0;REVB=0.0172186;RO=0;SAF=50;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.46946e-05;OID=.;OPOS=121957051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:34:50:0:0:34:50:0:0 chr4 121957559 . G A 55.04 PASS AF=0.166667;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=54;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0232343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7539;QD=4.07714;RBI=0.0509756;REFB=-0.00349013;REVB=-0.0453726;RO=43;SAF=4;SAR=5;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223147;STB=0.644856;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0238888;OID=.;OPOS=121957559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:52:54:43:45:9:9:0.166667:5:4:27:16:5:4:28:17 chr4 121957734 . T C 751.38 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105043;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.921;QD=56.7081;RBI=0.0318841;REFB=0;REVB=0.0301041;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116001;OID=.;OPOS=121957734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:51:53:1:28:23:0:0:30:23:0:0 chr4 121958091 . T G 318.68 PASS AF=0.692308;AO=27;DP=39;FAO=27;FDP=39;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0289758;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.651;QD=32.6851;RBI=0.038695;REFB=-0.0261513;REVB=0.0256457;RO=12;SAF=15;SAR=12;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124582;STB=0.568131;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0138994;OID=.;OPOS=121958091;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:39:39:12:12:27:27:0.692308:12:15:4:8:12:15:4:8 chr4 121958187 . A G 432.59 PASS AF=0.755556;AO=33;DP=44;FAO=34;FDP=45;FR=.;FRO=11;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.00682196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.112;QD=38.4528;RBI=0.00684866;REFB=-0.0140218;REVB=-0.000604141;RO=11;SAF=19;SAR=14;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180479;STB=0.5989;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0043542;OID=.;OPOS=121958187;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:44:45:11:11:33:34:0.755556:14:19:2:9:14:20:2:9 chr4 121958691 . T C 94.36 PASS AF=0.375;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0121603;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5789;QD=11.7944;RBI=0.0233519;REFB=-0.0134783;REVB=-0.0199358;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181383;STB=0.510735;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0594643;OID=.;OPOS=121958691;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:33:32:20:20:12:12:0.375:7:5:8:12:7:5:8:12 chr4 121958697 . G A 178.67 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0421697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.307;QD=22.3343;RBI=0.0427146;REFB=-0.00513631;REVB=0.00680066;RO=14;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125302;STB=0.507034;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00271452;OID=.;OPOS=121958697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:10:8:6:8:10:8:6:8 chr4 121966807 . C T 670.84 PASS AF=1;AO=36;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.36;QD=62.404;RBI=0.0378034;REFB=0;REVB=0.000305038;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220562;OID=.;OPOS=121966807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:36:43:1:22:14:0:0:22:21:0:0 chr4 122137661 . A AG 209.76 PASS AF=1;AO=6;DP=40;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0793707;FXX=0.474881;HRUN=0;LEN=1;MLLD=81.0675;QD=39.9548;RBI=0.079557;REFB=0;REVB=0.00544146;RO=29;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615238;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0122522;OID=.;OPOS=122137662;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:6:40:21:21:0:17:4:0:0:4:29:3:3:13:16 chr4 122137662 . T A,G 580.4 PASS AF=0.179487,0.820513;AO=10,28;DP=38;FAO=7,32;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=4,13;FSAR=3,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101465,0.0604259;FXX=0.0249938;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=188.401,64.0423;QD=59.5284;RBI=0.0137591,0.0800928;REFB=0,0;REVB=0.00929311,0.0525696;RO=0;SAF=4,13;SAR=6,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0293544,0.00238805;OID=.,.;OPOS=122137662,122137662;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:41:38:39:0:0:10,28:7,32:0.179487,0.820513:6,15:4,13:0:0:3,19:4,13:0:0 chr4 122250734 . A G 724.93 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.046077;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.1539;QD=51.7809;RBI=0.0809903;REFB=-0.206902;REVB=0.0666059;RO=2;SAF=25;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362056;STB=0.519224;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00787996;OID=.;OPOS=122250734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:56:2:2:53:54:0.964286:28:25:2:0:29:25:2:0 chr4 122254119 . G A 749.31 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0558495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8986;QD=51.6762;RBI=0.0580779;REFB=-0.157789;REVB=-0.0159335;RO=1;SAF=27;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171391;STB=0.526306;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00867673;OID=.;OPOS=122254119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:58:58:1:3:55:55:0.948276:28:27:1:0:28:27:3:0 chr4 122257950 . A G 96.18 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00101483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.979;QD=12.0226;RBI=0.0472012;REFB=-0.0105936;REVB=0.0471903;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158921;STB=0.593599;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0305239;OID=.;OPOS=122257950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:6:6:13:7:6:6:13:7 chr4 122261596 . A T 273.92 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.0180379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.241;QD=15.218;RBI=0.0183034;REFB=-0.000953821;REVB=-0.00310635;RO=39;SAF=14;SAR=17;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156929;STB=0.507242;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00230047;OID=.;OPOS=122261596;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:41:31:31:0.430556:17:14:17:22:17:14:18:23 chr4 122617718 . G C 439.99 PASS AF=0.846154;AO=33;DP=39;FAO=33;FDP=39;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.026491;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=196.49;QD=45.1276;RBI=0.0446787;REFB=-0.0734351;REVB=0.035978;RO=3;SAF=20;SAR=13;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650812;STB=0.509798;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00333275;OID=.;OPOS=122617718;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:39:39:3:6:33:33:0.846154:13:20:3:0:13:20:4:2 chr4 122617745 . G A 545.09 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0259068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.933;QD=57.3781;RBI=0.0287799;REFB=-0.134412;REVB=-0.0125348;RO=1;SAF=21;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021769;STB=0.511105;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00347594;OID=.;OPOS=122617745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:36:37:0.973684:15:21:1:0:15:22:1:0 chr4 122683007 . G A 1492.3 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00495639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.717;QD=63.5023;RBI=0.0297603;REFB=0;REVB=-0.0293447;RO=0;SAF=37;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.12722e-05;OID=.;OPOS=122683007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:93:94:1:56:37:0:0:56:38:0:0 chr4 122687238 . A G 217.47 PASS AF=0.28866;AO=28;DP=97;FAO=28;FDP=97;FR=.;FRO=69;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=-0.0338555;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.736;QD=8.96793;RBI=0.0375799;REFB=-0.0141139;REVB=-0.0163112;RO=67;SAF=12;SAR=16;SRF=40;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198811;STB=0.625999;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0310666;OID=.;OPOS=122687238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:67:69:28:28:0.28866:16:12:40:27:16:12:42:27 chr4 122687491 . G C 328.18 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0219085;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4335;QD=17.5028;RBI=0.0422201;REFB=-0.0107143;REVB=-0.0360909;RO=40;SAF=17;SAR=18;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034074;STB=0.519073;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0112916;OID=.;OPOS=122687491;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:40:40:35:35:0.466667:18:17:18:22:18:17:18:22 chr4 122742217 . T C 1138.68 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0585262;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5649;QD=60.7296;RBI=0.07958;REFB=0;REVB=0.0539227;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106767;OID=.;OPOS=122742217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:35:40:0:0:35:40:0:0 chr4 122824052 . C T 349.87 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0295936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.073;QD=15.2118;RBI=0.0306849;REFB=-0.012175;REVB=0.00811082;RO=54;SAF=26;SAR=12;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182924;STB=0.603855;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0137488;OID=.;OPOS=122824052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:54:38:38:0.413043:12:26:28:26:12:26:28:26 chr4 122872719 . G A 62.18 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.39;QD=35.5332;RBI=0.080471;REFB=0;REVB=0.0738816;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106526;OID=.;OPOS=122872719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:2:4:0:0:2:5:0:0 chr4 123008808 . C T 797.89 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00851139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.396;QD=55.9919;RBI=0.0129335;REFB=0;REVB=-0.00973812;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000998131;OID=.;OPOS=123008808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:57:0:0:55:57:1:21:34:0:0:23:34:0:0 chr4 123145751 . T A 321.86 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=6;FWDB=-0.000322792;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.363;QD=19.2155;RBI=0.00959496;REFB=-0.00717338;REVB=-0.00958952;RO=33;SAF=11;SAR=23;SRF=27;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420566;STB=0.732479;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00505878;OID=.;OPOS=123145751;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:33:33:34:34:0.507463:23:11:27:6:23:11:27:6 chr4 123192383 . T C 1293.39 PASS AF=0.977011;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00420027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.174;QD=59.4661;RBI=0.00508462;REFB=0.0259732;REVB=-0.0028655;RO=2;SAF=46;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00211573;STB=0.50123;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-1.48216e-05;OID=.;OPOS=123192383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:87:2:2:84:85:0.977011:38:46:1:1:38:47:1:1 chr4 123229132 . C T 418.05 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0106689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.653;QD=19.9071;RBI=0.0107134;REFB=-0.0110575;REVB=0.000975271;RO=42;SAF=19;SAR=23;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654565;STB=0.536273;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0121072;OID=.;OPOS=123229132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:23:19:16:26:23:19:16:26 chr4 123267860 . T C 238.27 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00881694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0407;QD=16.1542;RBI=0.0122962;REFB=-0.0116191;REVB=0.00857077;RO=32;SAF=14;SAR=13;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477918;STB=0.526956;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0122073;OID=.;OPOS=123267860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:13:14:15:17:13:14:15:17 chr4 123280860 . T C 71.32 PASS AF=0.277778;AO=9;DP=35;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0226237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.063;QD=7.92444;RBI=0.0263768;REFB=-0.0173486;REVB=-0.0135611;RO=26;SAF=2;SAR=7;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311238;STB=0.62474;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0432093;OID=.;OPOS=123280860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:36:26:26:9:10:0.277778:7:2:12:14:7:3:12:14 chr4 123536963 . G A 965.34 PASS AF=1;AO=59;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.585;QD=58.5053;RBI=0.0487057;REFB=0;REVB=0.0186214;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.72412e-05;OID=.;OPOS=123536963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:59:66:1:34:25:0:0:39:27:0:0 chr4 123664204 . G A 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0136073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=248.384;QD=24.8032;RBI=0.034285;REFB=-0.053636;REVB=0.031469;RO=4;SAF=7;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23879;STB=0.63608;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0102817;OID=.;OPOS=123664204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:3:7:1:3:3:7:1:3 chr4 123664254 . G A 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0124925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.373;QD=20.8931;RBI=0.0247647;REFB=-0.0318448;REVB=0.0213829;RO=6;SAF=7;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251221;STB=0.644436;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.012423;OID=.;OPOS=123664254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:3:7:2:4:3:7:2:4 chr4 123664445 . C T 119.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0255019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7561;QD=22.8235;RBI=0.0302522;REFB=-0.105277;REVB=-0.0162741;RO=8;SAF=6;SAR=7;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234885;STB=0.631394;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0467244;OID=.;OPOS=123664445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:21:21:8:8:13:13:0.619048:7:6:1:7:7:6:1:7 chr4 123665991 . C G 225.89 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0184221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.067;QD=17.0481;RBI=0.0184544;REFB=-0.00334193;REVB=-0.00109099;RO=28;SAF=8;SAR=17;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375194;STB=0.52111;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00406718;OID=.;OPOS=123665991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:17:8:8:20:17:8:8:20 chr4 123747947 . G A 33.49 PASS AF=0.714286;AO=2;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0341481;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=156.904;QD=19.1357;RBI=0.0418849;REFB=-0.0443175;REVB=0.0242538;RO=1;SAF=1;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25849;STB=0.748924;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00478986;OID=.;OPOS=123747947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:1:2:2:5:0.714286:1:1:1:0:4:1:2:0 chr4 123814308 . C T 1102.45 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0104027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0109;QD=58.7972;RBI=0.0204178;REFB=0.0816847;REVB=0.0175691;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.506848;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.00329442;OID=.;OPOS=123814308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:36:38:0:0:36:38:0:1 chr4 123838758 . A G 1486.14 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.585;QD=62.5741;RBI=0.0312424;REFB=0;REVB=0.0268787;RO=0;SAF=29;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109643;OID=.;OPOS=123838758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:93:95:1:64:29:0:0:65:30:0:0 chr4 123949556 . G A 387.24 PASS AF=0.935484;AO=28;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0480245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.511;QD=49.9667;RBI=0.0490801;REFB=-0.0548819;REVB=0.0101243;RO=1;SAF=5;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198141;STB=0.519987;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.000311771;OID=.;OPOS=123949556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:1:2:28:29:0.935484:23:5:0:1:24:5:0:2 chr4 126237971 . C T 37.43 PASS AF=0.315789;AO=5;DP=18;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0111278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0085;QD=7.88045;RBI=0.0792137;REFB=0.0103037;REVB=0.0784282;RO=13;SAF=1;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456697;STB=0.817086;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.0152507;OID=.;OPOS=126237971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:19:13:13:5:6:0.315789:4:1:8:5:5:1:8:5 chr4 126238924 . A T 236.13 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0225313;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.22;QD=17.491;RBI=0.0238668;REFB=-0.0226256;REVB=-0.00787173;RO=27;SAF=18;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203698;STB=0.607276;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0347134;OID=.;OPOS=126238924;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:27:28:26:26:0.481481:8:18:13:14:8:18:14:14 chr4 126239986 . C T 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0192354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.345;QD=19.3697;RBI=0.019255;REFB=-0.0234541;REVB=0.00086747;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142319;STB=0.580547;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0303213;OID=.;OPOS=126239986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:8:8:5:10:8:8:5:10 chr4 126240510 . T C 693.37 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0321242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6183;QD=53.3358;RBI=0.0399694;REFB=0.0523438;REVB=-0.0237822;RO=1;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218873;STB=0.511623;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.000909705;OID=.;OPOS=126240510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:52:1:1:50:51:0.980769:21:29:0:1:21:30:0:1 chr4 126241335 . C G 210.8 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=7.46207e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9618;QD=14.0533;RBI=0.0228702;REFB=-0.00564051;REVB=-0.0228701;RO=35;SAF=11;SAR=14;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762227;STB=0.543472;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0043032;OID=.;OPOS=126241335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:14:11:18:17:14:11:18:17 chr4 126241871 . C T 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.164;QD=51.914;RBI=0.032151;REFB=0;REVB=0.0197092;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014581;OID=.;OPOS=126241871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr4 126329789 . T C 1422.1 PASS AF=0.96875;AO=92;DP=96;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00149985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.977;QD=59.2542;RBI=0.0161639;REFB=-0.0319418;REVB=0.0160942;RO=0;SAF=39;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502762;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00011982;OID=.;OPOS=126329789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:96:96:0:3:92:93:0.96875:53:39:0:0:54:39:1:2 chr4 126336703 . T C 257.34 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0069084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.059;QD=13.7245;RBI=0.00849729;REFB=-0.00416651;REVB=-0.00494753;RO=45;SAF=21;SAR=9;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117934;STB=0.567521;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00573811;OID=.;OPOS=126336703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:30:30:0.4:9:21:27:18:9:21:27:18 chr4 126369872 . G C 791.29 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00552288;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.675;QD=57.5484;RBI=0.0103461;REFB=0;REVB=0.00874869;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427994;OID=.;OPOS=126369872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:34:21:0:0:34:21:0:0 chr4 126371252 . C T 64.45 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.011022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.232;QD=9.91567;RBI=0.0248347;REFB=-0.0125822;REVB=-0.0222548;RO=17;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154634;STB=0.594378;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0293369;OID=.;OPOS=126371252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:6:3:8:9:6:3:8:9 chr4 126372378 . ATTTTTA ATTTTA,ATTTTAT 36.69 PASS AF=0.277778,0.0555556;AO=7,2;DP=38;FAO=10,2;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=7,2;FSAR=3,0;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.1547,-0.0590413;FXX=0.0526177;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=8.67606,84.1044;QD=4.07682;RBI=0.162412,0.0614553;REFB=-0.164766,-0.0155693;REVB=0.0494531,-0.0170551;RO=15;SAF=3,2;SAR=4,0;SRF=2;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.366314,0.736637;STB=0.768743,0.996553;STBP=0.077,0.05;TYPE=del,mnp;VARB=0.053715,0.276662;OID=.,.;OPOS=126372379,126372383;OREF=T,TA;OALT=-,AT;OMAPALT=ATTTTA,ATTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.277778,0.0555556:7,2:38:10,2:36:24:7,2:3,0:7:17:28:15:3,2:4,0:2:13 chr4 126372742 . G A 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.686;QD=55.0954;RBI=0.0110347;REFB=0;REVB=-0.00158448;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.64148e-05;OID=.;OPOS=126372742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr4 126372975 . A C 427.17 PASS AF=0.428571;AO=48;DP=114;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.00812707;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.502;QD=15.256;RBI=0.0146527;REFB=-0.0173567;REVB=0.0121923;RO=63;SAF=26;SAR=22;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631038;STB=0.530108;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0192048;OID=.;OPOS=126372975;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:63:64:48:48:0.428571:22:26:38:25:22:26:38:26 chr4 126373789 . G A 821.24 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288382;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.58;QD=57.6311;RBI=0.0288898;REFB=0;REVB=0.00172516;RO=0;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011212;OID=.;OPOS=126373789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:34:22:0:0:34:23:0:0 chr4 126412575 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0032927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.991;QD=60.23;RBI=0.0249746;REFB=0;REVB=-0.0247566;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000463943;OID=.;OPOS=126412575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr4 128565000 . A G 307.47 PASS AF=0.722222;AO=26;DP=36;FAO=26;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0280922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.599;QD=34.1632;RBI=0.0322661;REFB=-0.0523185;REVB=0.0158723;RO=10;SAF=7;SAR=19;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138004;STB=0.575696;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0118375;OID=.;OPOS=128565000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:10:10:26:26:0.722222:19:7:5:5:19:7:5:5 chr4 128584580 . G A 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0127636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.784;QD=22.5856;RBI=0.0166197;REFB=-0.0185679;REVB=-0.0106445;RO=6;SAF=8;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263925;STB=0.650873;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00579619;OID=.;OPOS=128584580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:3:8:2:4:3:8:2:4 chr4 128584661 . C T 298.68 PASS AF=0.722222;AO=24;DP=35;FAO=26;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0946383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.8034;QD=33.1861;RBI=0.0973503;REFB=-0.0705201;REVB=-0.0228186;RO=11;SAF=11;SAR=13;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00218205;STB=0.527756;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0310719;OID=.;OPOS=128584661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:36:11:10:24:26:0.722222:13:11:5:6:13:13:4:6 chr4 128628100 . A C 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0432835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.278;QD=28.5376;RBI=0.0498467;REFB=0.0430434;REVB=0.0247231;RO=1;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173072;STB=0.599698;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.000600663;OID=.;OPOS=128628100;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:2:5:0:1:2:5:0:1 chr4 128723042 . T C 924.0 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.046525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9795;QD=56.8618;RBI=0.0867053;REFB=-0.187952;REVB=0.0731658;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0048726;OID=.;OPOS=128723042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:29:35:0:0:29:35:1:0 chr4 128807219 . T A 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.129;QD=58.5852;RBI=0.0391486;REFB=0;REVB=0.0257221;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.92507e-06;OID=.;OPOS=128807219;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:25:8:0:0:25:8:0:0 chr4 128814492 . G A 163.48 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=70;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0380479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7273;QD=9.34163;RBI=0.0651324;REFB=-0.00466921;REVB=0.0528639;RO=47;SAF=8;SAR=14;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751916;STB=0.538426;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0103461;OID=.;OPOS=128814492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:48:22:22:0.314286:14:8:20:27:14:8:20:28 chr4 128814964 . G T 785.09 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00375363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2592;QD=57.0977;RBI=0.00627327;REFB=0;REVB=0.00502635;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.77117e-05;OID=.;OPOS=128814964;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:22:33:0:0:22:33:0:0 chr4 128842761 . G A 576.39 PASS AF=0.508621;AO=59;DP=116;FAO=59;FDP=116;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.00195616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.395;QD=19.8754;RBI=0.00212654;REFB=-0.0326735;REVB=-0.000834016;RO=57;SAF=30;SAR=29;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0309859;STB=0.517084;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0284149;OID=.;OPOS=128842761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:57:57:59:59:0.508621:29:30:27:30:29:30:27:30 chr4 128949799 . C T 315.41 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00630713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4396;QD=25.2329;RBI=0.00672775;REFB=-0.0158368;REVB=-0.00234153;RO=22;SAF=12;SAR=16;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233606;STB=0.629124;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0123073;OID=.;OPOS=128949799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:16:12:16:6:16:12:16:6 chr4 128949850 . A G 147.88 PASS AF=0.457143;AO=15;DP=36;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00757093;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.098;QD=16.9004;RBI=0.0183068;REFB=0.00186963;REVB=0.0166679;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320951;STB=0.538414;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=-0.00148586;OID=.;OPOS=128949850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:19:19:15:16:0.457143:6:9:12:7:7:9:12:7 chr4 128949929 . C A 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00563309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.793;QD=11.597;RBI=0.0257129;REFB=-0.0142372;REVB=-0.0250882;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262708;STB=0.654926;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0287255;OID=.;OPOS=128949929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:5:7:7:14:5:7:7:14 chr4 129012181 . G A 180.86 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00295041;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.403;QD=13.912;RBI=0.00374916;REFB=-0.00245908;REVB=-0.00231328;RO=30;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174422;STB=0.608594;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00421484;OID=.;OPOS=129012181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:31:21:21:0.403846:9:12:12:18:9:12:12:19 chr4 129012638 . A G 278.89 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=31;FWDB=0.0163886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6812;QD=16.4054;RBI=0.0197259;REFB=0.0218056;REVB=0.0109784;RO=37;SAF=20;SAR=11;SRF=6;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442801;STB=0.745863;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0202082;OID=.;OPOS=129012638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:11:20:6:31:11:20:6:31 chr4 129043204 . C G 79.09 PASS AF=0.234043;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0764537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.095;QD=6.73127;RBI=0.076649;REFB=-0.00672427;REVB=0.00546853;RO=36;SAF=8;SAR=3;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427572;STB=0.767069;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0462126;OID=.;OPOS=129043204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:47:36:36:11:11:0.234043:3:8:13:23:3:8:13:23 chr4 129043286 . C T 251.7 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0102352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.214;QD=17.0646;RBI=0.020559;REFB=-0.0179222;REVB=-0.0178301;RO=30;SAF=21;SAR=7;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344344;STB=0.702551;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00698782;OID=.;OPOS=129043286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:31:28:28:0.474576:7:21:12:18:7:21:12:19 chr4 129043614 . G T 32.32 PASS AF=0.714286;AO=4;DP=6;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0307068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.775;QD=18.4672;RBI=0.0669235;REFB=-0.0305871;REVB=0.059463;RO=1;SAF=3;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272709;STB=0.614874;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0271527;OID=.;OPOS=129043614;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:6:7:1:2:4:5:0.714286:1:3:0:1:1:4:1:1 chr4 129100643 . G A 105.73 PASS AF=0.25;AO=16;DP=63;FAO=16;FDP=64;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0104888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.085;QD=6.6078;RBI=0.0334097;REFB=-0.00709816;REVB=0.0317206;RO=46;SAF=8;SAR=8;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0526499;STB=0.546817;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0246013;OID=.;OPOS=129100643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:46:48:16:16:0.25:8:8:25:21:8:8:27:21 chr4 129677184 . C A 620.57 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100415;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.198;QD=59.1022;RBI=0.106026;REFB=0;REVB=0.0340328;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0056674;OID=.;OPOS=129677184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:38:42:1:17:21:0:0:18:24:0:0 chr4 129677239 . T C 559.49 PASS AF=1;AO=26;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.109;QD=60.4859;RBI=0.111116;REFB=0;REVB=-0.0142899;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000949406;OID=.;OPOS=129677239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:26:37:1:19:7:0:0:19:18:0:0 chr4 129795163 . AG A 36.8 PASS AF=0.409091;AO=5;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0336535;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.1273;QD=6.69058;RBI=0.0431325;REFB=-0.0675393;REVB=-0.0269788;RO=13;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=8;SSEN=0.344828;SSEP=0;SSSB=0.233544;STB=0.533258;STBP=0.845;TYPE=del;VARB=0.105127;OID=.;OPOS=129795164;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.409091:5:22:9:22:13:3:6:5:8:36:13:3:2:5:8 chr4 129867280 . T A 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.17;QD=56.9553;RBI=0.031124;REFB=0;REVB=0.0215594;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199752;OID=.;OPOS=129867280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:34:18:0:0:34:18:0:0 chr4 129924977 . C A 283.06 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0478495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3866;QD=17.4193;RBI=0.0493996;REFB=0.00517607;REVB=0.0122781;RO=33;SAF=19;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643113;STB=0.545053;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00708364;OID=.;OPOS=129924977;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:34:31:31:0.476923:12:19:18:15:12:19:18:16 chr4 130030652 . A G 601.05 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0395437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.3;QD=58.6387;RBI=0.041916;REFB=-0.021262;REVB=0.0139014;RO=1;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284076;STB=0.515144;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000973795;OID=.;OPOS=130030652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:16:24:0:1:16:24:0:1 chr4 132641498 . T A 56.42 PASS AF=0.191489;AO=6;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=0.0103961;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=210.598;QD=4.80153;RBI=0.0107864;REFB=0.00330209;REVB=0.00287529;RO=27;SAF=3;SAR=3;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155579;STB=0.585185;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=-0.0168908;OID=.;OPOS=132641498;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:47:47:27:38:6:9:0.191489:3:3:17:10:4:5:25:13 chr4 133367588 . T C 501.49 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00916209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1587;QD=58.9992;RBI=0.00923615;REFB=0;REVB=0.00116725;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.58352e-05;OID=.;OPOS=133367588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr4 134082967 . T C 834.17 PASS AF=0.368613;AO=96;DP=272;FAO=101;FDP=274;FR=.;FRO=173;FSAF=57;FSAR=44;FSRF=75;FSRR=98;FWDB=-0.00219243;FXX=0.014388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.291;QD=12.1777;RBI=0.0685793;REFB=-0.0048038;REVB=0.0685442;RO=155;SAF=55;SAR=41;SRF=67;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153551;STB=0.582202;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00701551;OID=.;OPOS=134082967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:274:155:173:96:101:0.368613:41:55:67:88:44:57:75:98 chr4 134710268 . G A 183.86 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0214323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.93;QD=17.9377;RBI=0.0279356;REFB=0.000239285;REVB=0.0179179;RO=22;SAF=8;SAR=11;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115783;STB=0.506589;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.000312967;OID=.;OPOS=134710268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:11:8:9:13:11:8:9:13 chr4 135121066 . T G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.969;QD=63.583;RBI=0.0175041;REFB=0;REVB=-0.00206431;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03081e-05;OID=.;OPOS=135121066;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr4 135121368 . G T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.021;QD=53.2761;RBI=0.0618203;REFB=0;REVB=0.0484676;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61441e-05;OID=.;OPOS=135121368;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:18:5:0:0:18:5:0:0 chr4 135121601 . C T 223.04 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0791488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.865;QD=49.5637;RBI=0.0792141;REFB=0;REVB=0.00321527;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042779;OID=.;OPOS=135121601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:12:5:0:0:12:6:0:0 chr4 139086246 . A G 74.45 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0024388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.273;QD=10.6352;RBI=0.00887568;REFB=-0.00566584;REVB=-0.00853405;RO=17;SAF=8;SAR=2;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272686;STB=0.689235;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0113512;OID=.;OPOS=139086246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:27:28:17:18:10:10:0.357143:2:8:10:7:2:8:10:8 chr4 139092676 . CT CC,C 37.08 PASS AF=0.0645161,0.258065;AO=2,11;DP=32;FAO=2,8;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=0,3;FSAR=2,5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0361443,-0.0437911;FXX=0.0312402;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=31.8673,6.6025;QD=4.78475;RBI=0.0825795,0.121077;REFB=-0.0608688,-0.109467;REVB=0.0742493,0.112881;RO=14;SAF=0,4;SAR=2,7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.608678,-0.264132;STB=0.994396,0.57503;STBP=0.175,0.627;TYPE=snp,del;VARB=-0.0885444,0.133455;OID=.,.;OPOS=139092677,139092677;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0645161,0.258065:2,11:32:2,8:31:21:0,3:2,5:10:11:27:14:0,4:2,7:9:5 chr4 139100372 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00430072;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.764;QD=51.9167;RBI=0.00551049;REFB=0;REVB=0.00344518;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.5972e-06;OID=.;OPOS=139100372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr4 139140494 . G C 374.85 PASS AF=0.631579;AO=36;DP=57;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00320795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.769;QD=26.3051;RBI=0.00617931;REFB=0.00355379;REVB=-0.00528137;RO=21;SAF=10;SAR=26;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309798;STB=0.670005;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00152888;OID=.;OPOS=139140494;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:21:36:36:0.631579:26:10:15:6:26:10:15:6 chr4 140005294 . A G 990.61 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0412034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5625;QD=59.1408;RBI=0.0615374;REFB=0;REVB=-0.045707;RO=1;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154888;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000824107;OID=.;OPOS=140005294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:1:0:66:67:1:30:36:0:1:31:36:0:0 chr4 140021554 . G A 216.29 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0254007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.241;QD=29.8325;RBI=0.028842;REFB=-0.0417519;REVB=-0.0136624;RO=9;SAF=12;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0258492;STB=0.514271;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0235431;OID=.;OPOS=140021554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:8:12:5:4:8:12:5:4 chr4 140310520 . T C 298.92 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=42;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0178038;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.228;QD=28.4686;RBI=0.0178301;REFB=-0.0252244;REVB=-0.00096681;RO=16;SAF=15;SAR=11;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181339;STB=0.599924;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0143504;OID=.;OPOS=140310520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:16:26:26:0.619048:11:15:5:11:11:15:5:11 chr4 140417671 . G C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.989;QD=58.1421;RBI=0.0391345;REFB=0;REVB=-0.00712002;RO=0;SAF=4;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207941;OID=.;OPOS=140417671;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:28:4:0:0:28:4:0:0 chr4 140651608 . GCTGC G 50.85 PASS AF=1;AO=4;DP=8;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0665959;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=4;MLLD=140.498;QD=33.8984;RBI=0.0760338;REFB=0;REVB=-0.0366895;RO=4;SAF=4;SAR=0;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.755207;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00364285;OID=.;OPOS=140651609;OREF=CTGC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:8:6:6:0:4:2:0:0:4:4:4:0:1:3 chr4 140810334 . T C 715.02 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00664078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.852;QD=60.8526;RBI=0.00845033;REFB=0.0227157;REVB=0.00522572;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.511623;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.000428531;OID=.;OPOS=140810334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:21:25:0:0:21:25:0:1 chr4 140810637 . C T 617.53 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0993008;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8896;QD=61.7534;RBI=0.103183;REFB=0;REVB=0.0280383;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00264353;OID=.;OPOS=140810637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr4 141294814 . G C 215.53 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.0225755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.553;QD=13.0625;RBI=0.0343257;REFB=-0.00693104;REVB=0.0258573;RO=40;SAF=10;SAR=16;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097389;STB=0.555514;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00533962;OID=.;OPOS=141294814;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:16:10:12:28:16:10:12:28 chr4 141383121 . A T 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0197501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.442;QD=10.3902;RBI=0.0199275;REFB=0.000585216;REVB=-0.00265325;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425288;STB=0.756881;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00292622;OID=.;OPOS=141383121;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:8:3:5:2:8:3 chr4 141499166 . G A 295.49 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.00302322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.243;QD=20.3782;RBI=0.01152;REFB=0.000763287;REVB=-0.0111162;RO=26;SAF=18;SAR=13;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311732;STB=0.662239;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.000507577;OID=.;OPOS=141499166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:27:31:31:0.534483:13:18:5:21:13:18:6:21 chr4 141543997 . G A 744.15 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000283539;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.919;QD=57.2426;RBI=0.0445096;REFB=0;REVB=0.0445087;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023661;OID=.;OPOS=141543997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr4 141598126 . C T 273.92 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0182391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.227;QD=17.6719;RBI=0.0363041;REFB=-0.00976834;REVB=0.0313899;RO=32;SAF=17;SAR=13;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852725;STB=0.547641;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00812416;OID=.;OPOS=141598126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:13:17:21:11:13:17:21:11 chr4 141600320 . A G 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0388442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.691;QD=14.7015;RBI=0.0402107;REFB=0.00514132;REVB=-0.0103936;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295191;STB=0.670392;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00589189;OID=.;OPOS=141600320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:5:7:4:11:5:7:4:11 chr4 141974816 . A C 79.42 PASS AF=0.354839;AO=10;DP=30;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0166145;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.791;QD=10.2473;RBI=0.0207741;REFB=-0.00241653;REVB=0.0124709;RO=20;SAF=9;SAR=1;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.632181;STB=0.807811;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00860724;OID=.;OPOS=141974816;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:30:31:20:20:10:11:0.354839:1:9:7:13:2:9:7:13 chr4 142654084 . C A 896.36 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00634091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.221;QD=57.8296;RBI=0.00894164;REFB=0;REVB=0.00630444;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68198e-05;OID=.;OPOS=142654084;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:30:31:0:0:31:31:0:0 chr4 143067053 . C T 1224.22 PASS AF=0.975904;AO=80;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00475245;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8223;QD=58.9984;RBI=0.00703953;REFB=-0.101048;REVB=-0.00519318;RO=1;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010884;STB=0.511361;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000916242;OID=.;OPOS=143067053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:83:83:1:2:80:81:0.975904:43:37:0:1:43:38:0:2 chr4 143235865 . C G 633.63 PASS AF=0.464286;AO=65;DP=140;FAO=65;FDP=140;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.000378071;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.592;QD=18.1038;RBI=0.00975057;REFB=0.00235346;REVB=-0.00974324;RO=74;SAF=31;SAR=34;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480579;STB=0.52307;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.00265911;OID=.;OPOS=143235865;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:74:75:65:65:0.464286:34:31:39:35:34:31:39:36 chr4 143268702 . A G 507.03 PASS AF=0.385135;AO=56;DP=146;FAO=57;FDP=148;FR=.;FRO=91;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=59;FWDB=0.0207193;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.247;QD=13.7034;RBI=0.0299299;REFB=-0.0122669;REVB=-0.0215988;RO=89;SAF=20;SAR=36;SRF=31;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104618;STB=0.511141;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0264333;OID=.;OPOS=143268702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:148:89:91:56:57:0.385135:36:20:31:58:36:21:32:59 chr4 143324094 . G A 161.57 PASS AF=0.36;AO=17;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0515883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8664;QD=12.9252;RBI=0.0559393;REFB=-0.034371;REVB=-0.0216298;RO=33;SAF=11;SAR=6;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130225;STB=0.529379;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0700029;OID=.;OPOS=143324094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:32:17:18:0.36:6:11:21:12:6:12:20:12 chr4 144135718 . G A 1107.06 PASS AF=0.906977;AO=78;DP=86;FAO=78;FDP=86;FR=.;FRO=8;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0193776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4367;QD=51.4913;RBI=0.0430972;REFB=-0.0152459;REVB=-0.0384951;RO=7;SAF=30;SAR=48;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400965;STB=0.513305;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0103135;OID=.;OPOS=144135718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:86:86:7:8:78:78:0.906977:48:30:1:6:48:30:2:6 chr4 144442611 . T C 56.33 PASS AF=0.4;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0164603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.413;QD=11.2651;RBI=0.0164681;REFB=-0.0104234;REVB=-0.000507844;RO=11;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132829;STB=0.617332;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0262094;OID=.;OPOS=144442611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:20:11:12:8:8:0.4:6:2:4:7:6:2:5:7 chr4 144442735 . C T 152.0 PASS AF=0.425;AO=16;DP=39;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0334131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4555;QD=15.1999;RBI=0.0523696;REFB=-0.010261;REVB=0.0403255;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110759;STB=0.578856;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0281342;OID=.;OPOS=144442735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:23:23:16:17:0.425:8:8:9:14:8:9:9:14 chr4 144467104 . T C 712.13 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298206;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.308;QD=63.3006;RBI=0.0314225;REFB=0;REVB=-0.00990474;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.30464e-05;OID=.;OPOS=144467104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr4 144617397 . A T 283.12 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0161639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.216;QD=17.423;RBI=0.0176206;REFB=0.00391907;REVB=-0.00701543;RO=34;SAF=12;SAR=19;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339048;STB=0.518975;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-0.00362904;OID=.;OPOS=144617397;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:19:12:12:22:19:12:12:22 chr4 144617842 . G T 181.18 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0469067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.549;QD=11.3237;RBI=0.0483878;REFB=-0.0187132;REVB=-0.0118801;RO=41;SAF=10;SAR=13;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857117;STB=0.549752;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0277201;OID=.;OPOS=144617842;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:13:10:21:20:13:10:21:20 chr4 144618610 . G C 996.19 PASS AF=0.985507;AO=66;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0510292;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.566;QD=57.7503;RBI=0.060349;REFB=-0.0717793;REVB=-0.0322184;RO=1;SAF=37;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125996;STB=0.506327;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000319125;OID=.;OPOS=144618610;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:69:1:1:66:68:0.985507:29:37:1:0:29:39:1:0 chr4 144619921 . C T 355.99 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=47;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0140582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.8062;QD=30.2974;RBI=0.0249621;REFB=-0.00421113;REVB=-0.020627;RO=17;SAF=9;SAR=21;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242341;STB=0.633392;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0026624;OID=.;OPOS=144619921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:17:17:30:30:0.638298:21:9:11:6:21:9:11:6 chr4 144794616 . C T 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00455902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=304.922;QD=19.5232;RBI=0.00618771;REFB=-0.00336833;REVB=-0.00418366;RO=12;SAF=3;SAR=11;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34056;STB=0.695897;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00272507;OID=.;OPOS=144794616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:11:3:7:5:11:3:7:5 chr4 144799840 . G A 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00176575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.418;QD=9.11018;RBI=0.0584542;REFB=-0.00302473;REVB=-0.0584275;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137746;STB=0.584891;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00637308;OID=.;OPOS=144799840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:5:3:8:8:5:3:8:8 chr4 144801662 . C G 301.45 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=91;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.000435596;FXX=0.258037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.225;QD=17.4751;RBI=0.0638499;REFB=-0.0236808;REVB=-0.0638484;RO=36;SAF=4;SAR=27;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.444305;STB=0.746845;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0640854;OID=.;OPOS=144801662;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:69:36:38:31:31:0.449275:27:4:17:19:27:4:17:21 chr4 144920596 . G A 229.46 PASS AF=0.724138;AO=17;DP=29;FAO=21;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.01065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.851;QD=31.6489;RBI=0.0223023;REFB=0.0106488;REVB=-0.0195951;RO=8;SAF=15;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268703;STB=0.529383;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.00517468;OID=.;OPOS=144920596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:8:8:17:21:0.724138:2:15:5:3:6:15:5:3 chr4 145041686 . A G 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9965;QD=52.6103;RBI=0.0284717;REFB=0;REVB=0.00494813;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000685234;OID=.;OPOS=145041686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr4 145041741 . T G 224.24 PASS AF=0.904762;AO=18;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00947477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.136;QD=42.713;RBI=0.0100205;REFB=0.0692627;REVB=0.0032619;RO=1;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296514;STB=0.556458;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=-0.00428728;OID=.;OPOS=145041741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:1:2:18:19:0.904762:15:3:0:1:16:3:1:1 chr4 146054799 . G C 154.87 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=-0.035312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6171;QD=10.6807;RBI=0.0373284;REFB=-0.0144696;REVB=0.0121027;RO=37;SAF=11;SAR=9;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275509;STB=0.645032;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0374316;OID=.;OPOS=146054799;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:37:38:20:20:0.344828:9:11:29:8:9:11:29:9 chr4 146055117 . T C 259.68 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00105188;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.328;QD=16.4875;RBI=0.025182;REFB=0.00236788;REVB=0.02516;RO=35;SAF=19;SAR=10;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282305;STB=0.504828;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.00301846;OID=.;OPOS=146055117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:35:34:29:29:0.460317:10:19:22:13:10:19:22:12 chr4 146576418 . G C 355.73 PASS AF=0.377193;AO=43;DP=115;FAO=43;FDP=114;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.0079601;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7473;QD=12.4816;RBI=0.0441898;REFB=0.00201793;REVB=0.0434669;RO=67;SAF=25;SAR=18;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802252;STB=0.529252;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.00249553;OID=.;OPOS=146576418;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:114:67:71:43:43:0.377193:18:25:34:33:18:25:38:33 chr4 147176571 . C A 36.36 PASS AF=0.26087;AO=5;DP=24;FAO=6;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0219327;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.43;QD=6.32339;RBI=0.0425122;REFB=0.00993781;REVB=-0.0364176;RO=12;SAF=1;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.492347;STB=0.885005;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.0307316;OID=.;OPOS=147176571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:24:23:12:17:5:6:0.26087:4:1:8:4:5:1:13:4 chr4 147788709 . C T 747.17 PASS AF=0.473054;AO=76;DP=165;FAO=79;FDP=167;FR=.;FRO=88;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=34;FSRR=54;FWDB=0.00280128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.653;QD=17.8963;RBI=0.00390879;REFB=-0.00534135;REVB=-0.00272607;RO=88;SAF=37;SAR=39;SRF=34;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977299;STB=0.550125;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00518395;OID=.;OPOS=147788709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:167:88:88:76:79:0.473054:39:37:34:54:41:38:34:54 chr4 147824864 . G A 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0383857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.161;QD=63.5815;RBI=0.0470127;REFB=0;REVB=-0.0271427;RO=0;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000463415;OID=.;OPOS=147824864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:32:15:0:0:32:15:0:0 chr4 148944467 . A G 481.09 PASS AF=0.541176;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=85;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00491963;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.767;QD=22.6394;RBI=0.0214879;REFB=-0.017287;REVB=-0.0209171;RO=37;SAF=23;SAR=23;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109571;STB=0.50588;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0151249;OID=.;OPOS=148944467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:37:39:46:46:0.541176:23:23:18:19:23:23:19:20 chr4 149000024 . C T 404.9 PASS AF=1;AO=23;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.534;QD=55.8487;RBI=0.0409377;REFB=0;REVB=0.0111442;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191395;OID=.;OPOS=149000024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:23:29:1:10:13:0:0:13:16:0:0 chr4 149002016 . ATT A,AT 198.46 PASS AF=0,1;AO=7,19;DP=36;FAO=0,36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.127907,-0.237053;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=9.31735,7.45828;QD=22.0509;RBI=0.15768,0.297455;REFB=0.0529142,0.042039;REVB=0.0922094,0.17968;RO=6;SAF=5,7;SAR=2,12;SRF=0;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.51636,0.183229;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0451506,-0.00650269;OID=.,.;OPOS=149002017,149002017;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:7,19:36:0,36:36:0:0,16:0,20:0:0:3:6:5,7:2,12:0:6 chr4 149356516 . A G 469.24 PASS AF=0.485149;AO=49;DP=101;FAO=49;FDP=101;FR=.;FRO=52;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.00731871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.711;QD=18.5837;RBI=0.0177794;REFB=-0.0101031;REVB=-0.0162032;RO=50;SAF=30;SAR=19;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158632;STB=0.578785;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00675556;OID=.;OPOS=149356516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:50:52:49:49:0.485149:19:30:22:28:19:30:24:28 chr4 149357475 . C T 75.03 PASS AF=0.47619;AO=8;DP=20;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0099115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.828;QD=14.2923;RBI=0.0694078;REFB=-0.00374718;REVB=0.0686964;RO=11;SAF=8;SAR=0;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.745909;STB=0.678806;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00310028;OID=.;OPOS=149357475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:20:21:11:11:8:10:0.47619:0:8:8:3:1:9:8:3 chr4 151177340 . CC TG 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025399;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=279.345;QD=40.7629;RBI=0.0288303;REFB=0;REVB=0.013641;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-3.46866e-05;OID=.;OPOS=151177340;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr4 151505322 . T A 277.26 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00434918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5767;QD=26.4054;RBI=0.0463369;REFB=-0.0337362;REVB=-0.0461323;RO=17;SAF=16;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171012;STB=0.594835;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0180224;OID=.;OPOS=151505322;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:9:16:7:10:9:16:7:10 chr4 152041502 . C G 427.83 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.998;QD=57.0443;RBI=0.0194636;REFB=0;REVB=-0.00239389;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114668;OID=.;OPOS=152041502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:12:17:0:0:12:18:0:0 chr4 152065197 . C T 181.29 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0183679;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.421;QD=16.4808;RBI=0.0205545;REFB=-0.0163117;REVB=0.00922554;RO=24;SAF=6;SAR=13;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374646;STB=0.703319;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0239799;OID=.;OPOS=152065197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:25:19:19:0.431818:13:6:17:7:13:6:17:8 chr4 152069090 . A G 504.97 PASS AF=0.482143;AO=52;DP=110;FAO=54;FDP=112;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.00222416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.91;QD=18.0345;RBI=0.0134672;REFB=-0.0181346;REVB=0.0132823;RO=57;SAF=26;SAR=26;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578323;STB=0.526201;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0184112;OID=.;OPOS=152069090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:57:58:52:54:0.482143:26:26:25:32:28:26:25:33 chr4 152070633 . T A 602.76 PASS AF=0.54955;AO=58;DP=102;FAO=61;FDP=111;FR=.;FRO=50;FSAF=42;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.00457437;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.686;QD=21.7209;RBI=0.00506339;REFB=-0.0145046;REVB=-0.00217096;RO=44;SAF=41;SAR=17;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104797;STB=0.53502;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00784944;OID=.;OPOS=152070633;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:111:44:50:58:61:0.54955:17:41:26:18:19:42:31:19 chr4 152212603 . T G 366.02 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0324061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9027;QD=21.5303;RBI=0.0553049;REFB=-0.00531309;REVB=0.0448161;RO=30;SAF=12;SAR=25;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227269;STB=0.517897;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00470177;OID=.;OPOS=152212603;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:31:37:37:0.544118:25:12:9:21:25:12:9:22 chr4 152622628 . G A 174.34 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=-0.00765158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2412;QD=11.6228;RBI=0.0493777;REFB=-0.0211485;REVB=0.0487812;RO=38;SAF=7;SAR=15;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435897;STB=0.749792;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0248693;OID=.;OPOS=152622628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:15:7:28:10:15:7:28:10 chr4 153690842 . T C 823.81 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00437555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8692;QD=55.8513;RBI=0.0811782;REFB=0;REVB=0.0810602;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00259822;OID=.;OPOS=153690842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:56:59:1:29:27:0:0:32:27:0:0 chr4 153896765 . G C 712.7 PASS AF=0.753247;AO=57;DP=77;FAO=58;FDP=77;FR=.;FRO=19;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0312201;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7563;QD=37.0234;RBI=0.0591935;REFB=-0.0836728;REVB=-0.0502909;RO=19;SAF=29;SAR=28;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040793;STB=0.523716;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0176038;OID=.;OPOS=153896765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:19:19:57:58:0.753247:28:29:8:11:28:30:8:11 chr4 153898178 . A G 193.15 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0774936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.298;QD=45.4465;RBI=0.121916;REFB=0;REVB=0.0941179;RO=1;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481057;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00260242;OID=.;OPOS=153898178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:1:0:16:17:1:9:7:0:1:10:7:0:0 chr4 154217077 . TCCCC TCCC,TCCCG 33.58 PASS AF=0.266667,0.0666667;AO=5,2;DP=29;FAO=8,2;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=5,2;FSAR=3,0;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0821374,-0.0421814;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.3645,20.1501;QD=4.47793;RBI=0.103998,0.0618093;REFB=-0.0415637,-0.0802915;REVB=0.0637884,0.0451787;RO=19;SAF=5,2;SAR=0,0;SRF=7;SRR=12;SSEN=0.311747,0;SSEP=0,0;SSSB=0.728945,0.576337;STB=0.689207,0.995931;STBP=0.282,0.08;TYPE=del,snp;VARB=0.060466,0.0858805;OID=.,.;OPOS=154217078,154217081;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=TCCC,TCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667,0.0666667:5,2:29:8,2:30:20:5,2:3,0:7:13:25:19:5,2:0,0:7:12 chr4 154256423 . T TA,TAA 208.71 PASS AF=1,0;AO=22,4;DP=37;FAO=34,0;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0922736,0.0521174;FXX=0.0285633;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=8.65679,8.96422;QD=24.5537;RBI=0.0922773,0.0521175;REFB=0,0;REVB=0.000823401,0.000137238;RO=10;SAF=9,2;SAR=13,2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.109476,-0.107009;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00427134,-0.0683779;OID=.,.;OPOS=154256424,154256424;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=TA,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:22,4:37:34,0:34:0:16,0:18,0:0:0:4:10:9,2:13,2:6:4 chr4 154478222 . C T 403.0 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00770915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9732;QD=48.8485;RBI=0.0528557;REFB=0.00838308;REVB=-0.0522904;RO=2;SAF=8;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340685;STB=0.507687;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.0100284;OID=.;OPOS=154478222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:33:2:3:30:30:0.909091:22:8:1:1:22:8:1:2 chr4 154479430 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00654899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.663;QD=48.7373;RBI=0.0532076;REFB=0;REVB=-0.052803;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108407;OID=.;OPOS=154479430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr4 154513627 . A G 440.42 PASS AF=0.769231;AO=36;DP=48;FAO=40;FDP=52;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00382233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.031;QD=33.8787;RBI=0.0502203;REFB=-0.032544;REVB=0.0500747;RO=11;SAF=15;SAR=21;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168091;STB=0.510199;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0129;OID=.;OPOS=154513627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:48:52:11:12:36:40:0.769231:21:15:5:6:25:15:5:7 chr4 154513722 . C T 441.47 PASS AF=0.735849;AO=39;DP=53;FAO=39;FDP=53;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0334855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.207;QD=33.3188;RBI=0.0352705;REFB=-0.0549169;REVB=0.0110784;RO=13;SAF=12;SAR=27;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409937;STB=0.515144;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0230994;OID=.;OPOS=154513722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:13:14:39:39:0.735849:27:12:5:8:27:12:5:9 chr4 154514965 . T C 252.13 PASS AF=0.758621;AO=22;DP=29;FAO=22;FDP=29;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0149074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.138;QD=34.777;RBI=0.0175413;REFB=-0.0428873;REVB=0.00924476;RO=7;SAF=8;SAR=14;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306166;STB=0.516763;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0197015;OID=.;OPOS=154514965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:7:7:22:22:0.758621:14:8:3:4:14:8:3:4 chr4 154631543 . A T 411.03 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.282;QD=56.6939;RBI=0.0639803;REFB=0;REVB=-0.0423696;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2191e-05;OID=.;OPOS=154631543;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr4 154631563 . T C 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0106581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.178;QD=24.493;RBI=0.0253466;REFB=-0.0180769;REVB=0.0229968;RO=15;SAF=6;SAR=15;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20341;STB=0.613921;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0112799;OID=.;OPOS=154631563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:15:6:8:7:15:6:8:7 chr4 154709856 . A C,G 313.92 PASS AF=0.875,0.125;AO=20,3;DP=23;FAO=21,3;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10,1;FSAR=11,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140323,0.00706828;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=173.392,131.564;QD=52.3192;RBI=0.0340028,0.0298098;REFB=0,0;REVB=0.0309724,0.0289597;RO=0;SAF=10,1;SAR=10,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0110292,-0.0110627;OID=.,.;OPOS=154709856,154709856;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:23:24:0:0:20,3:21,3:0.875,0.125:10,2:10,1:0:0:11,2:10,1:0:0 chr4 155156207 . G A 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.00928947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.994;QD=24.493;RBI=0.00957663;REFB=0.00476422;REVB=-0.00232759;RO=15;SAF=6;SAR=15;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425105;STB=0.736215;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000830917;OID=.;OPOS=155156207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:15:6:13:2:15:6:13:2 chr4 155156412 . G A 81.61 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0546234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.424;QD=8.37055;RBI=0.0567147;REFB=0.00223526;REVB=0.0152591;RO=28;SAF=6;SAR=5;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530436;STB=0.532651;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.00322179;OID=.;OPOS=155156412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:5:6:14:14:5:6:14:14 chr4 155241572 . G A 611.1 PASS AF=0.679487;AO=51;DP=76;FAO=53;FDP=78;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0319952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.343;QD=31.3382;RBI=0.0323101;REFB=-0.018268;REVB=-0.00450002;RO=23;SAF=20;SAR=31;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268988;STB=0.504988;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00847191;OID=.;OPOS=155241572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:23:25:51:53:0.679487:31:20:8:15:31:22:10:15 chr4 155243573 . C T 791.93 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6803;QD=63.3543;RBI=0.010598;REFB=0;REVB=-0.00314833;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000613692;OID=.;OPOS=155243573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:21:28:0:0:22:28:0:0 chr4 155243604 . T C 632.03 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5654;QD=61.6614;RBI=0.034955;REFB=0;REVB=0.0120402;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000526537;OID=.;OPOS=155243604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:19:21:0:0:20:21:0:0 chr4 155244401 . TTTTG T 96.54 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0227152;FXX=0.11107;HRUN=4;LEN=4;MLLD=235.429;QD=16.0894;RBI=0.0425207;REFB=0.0104062;REVB=0.0359448;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.318807;SSSB=0;STB=0.766975;STBP=0.017;TYPE=del;VARB=-0.00541234;OID=.;OPOS=155244402;OREF=TTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.541667:13:22:13:24:11:11:2:4:7:70:0:11:2:0:0 chr4 155244475 . G T 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00315178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.195;QD=43.016;RBI=0.0210996;REFB=-0.0141188;REVB=0.0208629;RO=1;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828326;STB=0.545396;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00255838;OID=.;OPOS=155244475;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:5:11:0:1:5:11:0:1 chr4 155256177 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.614;QD=61.3359;RBI=0.0633215;REFB=0;REVB=0.0116433;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242175;OID=.;OPOS=155256177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr4 155256205 . G A 443.6 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0223351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.113;QD=53.7692;RBI=0.0291991;REFB=-0.00359431;REVB=0.0188078;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000231446;OID=.;OPOS=155256205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:0:1:32:32:0.969697:18:14:0:0:17:15:0:1 chr4 155407680 . A G 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0509775;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.9519;QD=48.7309;RBI=0.06711;REFB=0;REVB=0.0436469;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000260816;OID=.;OPOS=155407680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr4 155410822 . G A 676.04 PASS AF=0.962264;AO=50;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0108741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8316;QD=51.0222;RBI=0.0340415;REFB=-0.0471127;REVB=0.032258;RO=1;SAF=30;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154349;STB=0.503431;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00147442;OID=.;OPOS=155410822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:53:53:1:2:50:51:0.962264:20:30:1:0:21:30:1:1 chr4 155411065 . T C 905.72 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00140112;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.753;QD=58.4338;RBI=0.00578694;REFB=0;REVB=-0.00561476;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.8261e-05;OID=.;OPOS=155411065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr4 155411104 . A C 1070.43 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00256176;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.092;QD=58.6536;RBI=0.0386377;REFB=-0.0117345;REVB=-0.0385527;RO=1;SAF=43;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108729;STB=0.505746;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000188169;OID=.;OPOS=155411104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:29:43:1:0:29:43:1:0 chr4 155507590 . T C 67.28 PASS AF=0.344828;AO=9;DP=28;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.022847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5439;QD=9.28009;RBI=0.06211;REFB=-0.046081;REVB=-0.0577553;RO=19;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162054;STB=0.621967;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0693763;OID=.;OPOS=155507590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:28:29:19:19:9:10:0.344828:3:6:10:9:3:7:10:9 chr4 155719189 . T G 463.57 PASS AF=0.623188;AO=43;DP=70;FAO=43;FDP=69;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.016298;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.163;QD=26.8736;RBI=0.0187607;REFB=-0.0209576;REVB=-0.00929202;RO=23;SAF=17;SAR=26;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320783;STB=0.519536;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00861771;OID=.;OPOS=155719189;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:23:26:43:43:0.623188:26:17:8:15:26:17:9:17 chr4 155720274 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00779724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.475;QD=50.4135;RBI=0.0225882;REFB=0;REVB=0.0211997;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141405;OID=.;OPOS=155720274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr4 155720349 . C A 291.92 PASS AF=0.733333;AO=21;DP=29;FAO=22;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0593724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.69;QD=38.9223;RBI=0.0597247;REFB=0.0130749;REVB=-0.00647746;RO=5;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139445;STB=0.571368;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00302916;OID=.;OPOS=155720349;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:29:30:5:5:21:22:0.733333:14:7:0:5:15:7:0:5 chr4 156135676 . C T 388.26 PASS AF=0.427083;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=96;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=-0.038826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4559;QD=16.1776;RBI=0.0399397;REFB=-0.0101971;REVB=0.00936617;RO=54;SAF=22;SAR=19;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203845;STB=0.618418;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0129265;OID=.;OPOS=156135676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:54:55:41:41:0.427083:19:22:18:36:19:22:18:37 chr4 156136027 . C T 255.35 PASS AF=0.491228;AO=27;DP=56;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00881588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.103;QD=17.9191;RBI=0.0323803;REFB=0.00367097;REVB=0.0311571;RO=29;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329533;STB=0.526957;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.00353325;OID=.;OPOS=156136027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:29:29:27:28:0.491228:13:14:14:15:13:15:14:15 chr4 156273768 . T C 253.94 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.0104712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.292;QD=21.6116;RBI=0.0212357;REFB=-0.0184442;REVB=0.0184745;RO=22;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274407;STB=0.638191;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0226968;OID=.;OPOS=156273768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:23:24:24:0.510638:12:12:18:4:12:12:18:5 chr4 156274377 . T C 255.57 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0313448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5624;QD=17.9345;RBI=0.0325392;REFB=-0.0074074;REVB=-0.00873516;RO=29;SAF=11;SAR=17;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019812;STB=0.511103;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0131444;OID=.;OPOS=156274377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:17:11:12:17:17:11:12:17 chr4 156276289 . C T 217.46 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00793764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1272;QD=16.7276;RBI=0.00807046;REFB=0.00169853;REVB=0.00145816;RO=28;SAF=6;SAR=18;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266735;STB=0.652038;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00249428;OID=.;OPOS=156276289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:18:6:14:14:18:6:14:14 chr4 156276317 . A G 157.65 PASS AF=0.435897;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.000463488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.133;QD=16.1689;RBI=0.00519686;REFB=0.0015566;REVB=-0.00517615;RO=22;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198429;STB=0.625253;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.00130396;OID=.;OPOS=156276317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:22:22:16:17:0.435897:11:5:11:11:12:5:11:11 chr4 156379973 . G T 298.76 PASS AF=0.356436;AO=36;DP=101;FAO=36;FDP=101;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.00221621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.04;QD=11.832;RBI=0.00413932;REFB=0.0010017;REVB=0.00349605;RO=64;SAF=23;SAR=13;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12446;STB=0.577252;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.000548979;OID=.;OPOS=156379973;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:64:65:36:36:0.356436:13:23:34:30:13:23:34:31 chr4 156380807 . T G 273.59 PASS AF=0.336538;AO=35;DP=104;FAO=35;FDP=104;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.000797994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.105;QD=10.5225;RBI=0.0206106;REFB=-0.0046352;REVB=-0.0205952;RO=68;SAF=19;SAR=16;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525052;STB=0.534502;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0135138;OID=.;OPOS=156380807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:68:69:35:35:0.336538:16:19:40:28:16:19:41:28 chr4 156382707 . T A 453.72 PASS AF=0.597222;AO=43;DP=72;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0210938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.897;QD=25.2064;RBI=0.0213039;REFB=-0.0272271;REVB=-0.0029849;RO=29;SAF=20;SAR=23;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124643;STB=0.506819;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0187863;OID=.;OPOS=156382707;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:29:29:43:43:0.597222:23:20:13:16:23:20:13:16 chr4 156382738 . A C 216.29 PASS AF=0.44898;AO=21;DP=48;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.000571161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.423;QD=17.6567;RBI=0.0224268;REFB=-0.00595193;REVB=0.0224196;RO=26;SAF=6;SAR=15;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22527;STB=0.616329;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.022706;OID=.;OPOS=156382738;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:26:27:21:22:0.44898:15:6:13:13:15:7:14:13 chr4 156632391 . A G 657.56 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00711542;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=268.115;QD=50.5814;RBI=0.00973707;REFB=-0.0624176;REVB=0.00664691;RO=3;SAF=17;SAR=32;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00162808;STB=0.500866;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.000301585;OID=.;OPOS=156632391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:3:3:49:49:0.942308:32:17:1:2:32:17:1:2 chr4 156706412 . C T 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0553326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0008;QD=51.1827;RBI=0.0648043;REFB=0;REVB=0.0337327;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000517274;OID=.;OPOS=156706412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr4 156706482 . G A 293.33 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036682;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.37;QD=53.333;RBI=0.0367574;REFB=0;REVB=0.00235269;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000625261;OID=.;OPOS=156706482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr4 156787340 . G A 357.95 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.397;QD=55.0689;RBI=0.030658;REFB=0;REVB=0.00931092;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310619;OID=.;OPOS=156787340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr4 157557726 . A G 786.82 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0231209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.2344;QD=55.2155;RBI=0.0634007;REFB=-0.150853;REVB=-0.0590346;RO=1;SAF=30;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154585;STB=0.508194;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00236193;OID=.;OPOS=157557726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:26:30:1:0:26:30:1:0 chr4 158043559 . C T 374.29 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.027035;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7803;QD=17.8235;RBI=0.0460724;REFB=-0.0381673;REVB=-0.0373065;RO=45;SAF=18;SAR=21;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103259;STB=0.557592;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0331463;OID=.;OPOS=158043559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:45:45:39:39:0.464286:21:18:16:29:21:18:16:29 chr4 158065038 . T C 1322.58 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0736292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.813;QD=61.5152;RBI=0.0736411;REFB=0;REVB=-0.00132716;RO=0;SAF=37;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129614;OID=.;OPOS=158065038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:86:0:0:80:86:1:43:37:0:0:43:43:0:0 chr4 158238830 . T C 993.41 PASS AF=0.5;AO=101;DP=201;FAO=101;FDP=202;FR=.;FRO=101;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=53;FSRR=48;FWDB=0.0106357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.21;QD=19.6714;RBI=0.0118124;REFB=-0.00787978;REVB=0.00513955;RO=100;SAF=53;SAR=48;SRF=53;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00476599;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00637803;OID=.;OPOS=158238830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:201:202:100:101:101:101:0.5:48:53:53:47:48:53:53:48 chr4 158285111 . GAA AAA,GA,G,GGA 38.56 PASS AF=0,0.4,0.15,0;AO=2,5,2,2;DP=19;FAO=0,8,3,0;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=0,1,0,0;FSAR=0,7,3,0;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0161655,0.0417033,0.0329142,-0.0175985;FXX=0;HRUN=2,8,8,8;LEN=1,1,2,1;MLLD=36.4148,7.29865,15.1727,23.9597;QD=7.7112;RBI=0.138313,0.247719,0.129746,0.142278;REFB=0.0227734,-0.00342387,-0.00632933,-0.011664;REVB=-0.137365,0.244184,0.125502,0.141186;RO=7;SAF=0,1,0,0;SAR=2,4,2,2;SRF=1;SRR=6;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.50628,0.090044,-0.50628,-0.50628;STB=0.5,0.517199,0.993821,0.5;STBP=1,0.902,0.418,1;TYPE=snp,del,del,snp;VARB=0,0.0257649,0.00026514,0;OID=.,.,.,.;OPOS=158285111,158285112,158285112,158285112;OREF=G,A,AA,A;OALT=A,-,-,G;OMAPALT=AAA,GA,G,GGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:23:19:20:7:9:2,5,2,2:0,8,3,0:0,0.4,0.15,0:2,4,2,2:0,1,0,0:1:6:0,7,3,0:0,1,0,0:1:8 chr4 159076826 . C T 1498.83 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306319;FXX=0.0208312;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.227;QD=63.7798;RBI=0.0319025;REFB=0;REVB=-0.00891374;RO=0;SAF=39;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130363;OID=.;OPOS=159076826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:94:0:0:94:94:1:55:39:0:0:55:39:0:0 chr4 159092633 . A G 1245.6 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0493;QD=61.5113;RBI=0.0301196;REFB=0;REVB=-0.0133863;RO=0;SAF=35;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.63193e-05;OID=.;OPOS=159092633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:46:35:0:0:46:35:0:0 chr4 159601676 . C T 664.11 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.621;QD=61.7778;RBI=0.0426524;REFB=0;REVB=0.0393379;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000551077;OID=.;OPOS=159601676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:20:22:0:0:21:22:0:0 chr4 159826773 . T G 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0135765;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=297.255;QD=44.0936;RBI=0.0307234;REFB=-0.0747709;REVB=0.0275609;RO=1;SAF=9;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482085;STB=0.526285;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000553546;OID=.;OPOS=159826773;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:8:9:1:0:8:9:1:0 chr4 159894250 . C T 688.34 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00250932;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=313.189;QD=50.988;RBI=0.00274889;REFB=-0.0080091;REVB=0.00112237;RO=2;SAF=33;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494789;STB=0.51886;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000314949;OID=.;OPOS=159894250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:54:54:2:3:51:51:0.944444:18:33:0:2:18:33:1:2 chr4 159894305 . T C 1091.45 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00319084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.499;QD=58.2109;RBI=0.0160394;REFB=0.00914088;REVB=0.0157188;RO=1;SAF=43;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108744;STB=0.505746;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-3.27564e-05;OID=.;OPOS=159894305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:75:1:1:73:74:0.986667:30:43:1:0:31:43:1:0 chr4 159894391 . G A 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0170498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.179;QD=18.9486;RBI=0.0205097;REFB=0.00788621;REVB=0.0113996;RO=26;SAF=13;SAR=15;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162587;STB=0.598387;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.00310558;OID=.;OPOS=159894391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:27:28:28:0.509091:15:13:17:9:15:13:18:9 chr4 160428588 . G A 426.67 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00211757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.043;QD=55.0548;RBI=0.031981;REFB=0;REVB=0.0319108;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000936894;OID=.;OPOS=160428588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:29:31:1:17:12:0:0:17:14:0:0 chr4 162307060 . G T 684.74 PASS AF=0.466216;AO=69;DP=148;FAO=69;FDP=148;FR=.;FRO=79;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.00174046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.588;QD=18.5065;RBI=0.00573838;REFB=-0.00573959;REVB=-0.00546807;RO=79;SAF=36;SAR=33;SRF=40;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0148467;STB=0.508233;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.00742086;OID=.;OPOS=162307060;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:79:79:69:69:0.466216:33:36:40:39:33:36:40:39 chr4 164048199 . G C,T 936.58 PASS AF=0.938462,0.0615385;AO=60,4;DP=65;FAO=61,4;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28,2;FSAR=33,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254373,0.000717669;FXX=0.0151492;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=69.3185,47.4557;QD=57.6356;RBI=0.0287139,0.00823057;REFB=0,0;REVB=-0.0133204,-0.00819922;RO=0;SAF=27,2;SAR=33,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.7886e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00539099,0.00848267;OID=.,.;OPOS=164048199,164048199;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:65:65:0:0:60,4:61,4:0.938462,0.0615385:33,2:27,2:0:0:33,2:28,2:0:0 chr4 164050489 . TA T 84.16 PASS AF=0.515152;AO=16;DP=34;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.063274;FXX=0.0294031;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.5274;QD=10.2015;RBI=0.279034;REFB=-0.080639;REVB=-0.271765;RO=14;SAF=2;SAR=14;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0.31746;SSSB=-0.47945;STB=0.699733;STBP=0.037;TYPE=del;VARB=0.067191;OID=.;OPOS=164050490;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.515152:16:34:17:33:16:3:14:8:8:81:14:2:14:8:6 chr4 164085425 . T C 1400.02 PASS AF=0.93578;AO=99;DP=108;FAO=102;FDP=109;FR=.;FRO=7;FSAF=60;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0421748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.874;QD=51.377;RBI=0.0510539;REFB=-0.157855;REVB=0.0287714;RO=8;SAF=59;SAR=40;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681627;STB=0.519908;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0026782;OID=.;OPOS=164085425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:108:109:8:7:99:102:0.93578:40:59:1:7:42:60:2:5 chr4 164272857 . T C 185.59 PASS AF=0.358209;AO=23;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=0.00419136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.405;QD=11.0802;RBI=0.015976;REFB=0.00463747;REVB=-0.0154164;RO=42;SAF=17;SAR=6;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00148952;STB=0.509855;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.012491;OID=.;OPOS=164272857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:43:23:24:0.358209:6:17:31:11:7:17:31:12 chr4 164415930 . C T 572.18 PASS AF=0.64557;AO=50;DP=78;FAO=51;FDP=79;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.0219168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.902;QD=28.9713;RBI=0.0260301;REFB=-0.0313562;REVB=-0.0140436;RO=27;SAF=25;SAR=25;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204057;STB=0.598168;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0190317;OID=.;OPOS=164415930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:27:28:50:51:0.64557:25:25:5:22:26:25:6:22 chr4 164433954 . T C 265.07 PASS AF=0.741935;AO=23;DP=31;FAO=23;FDP=31;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0294812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2337;QD=34.2029;RBI=0.052886;REFB=-0.0192719;REVB=0.0439066;RO=8;SAF=16;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165168;STB=0.590687;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00279843;OID=.;OPOS=164433954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:8:8:23:23:0.741935:7:16:3:5:7:16:3:5 chr4 164440581 . T C 77.89 PASS AF=0.2;AO=13;DP=65;FAO=13;FDP=65;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00720444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3618;QD=4.7931;RBI=0.0261117;REFB=0.00769308;REVB=0.0250982;RO=52;SAF=7;SAR=6;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240858;STB=0.515489;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=-0.0127988;OID=.;OPOS=164440581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:65:65:52:52:13:13:0.2:6:7:29:23:6:7:29:23 chr4 164466824 . C T 169.8 PASS AF=0.294872;AO=23;DP=79;FAO=23;FDP=78;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.0285092;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.622;QD=8.70766;RBI=0.0300121;REFB=-0.0146073;REVB=-0.00937829;RO=56;SAF=12;SAR=11;SRF=21;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174347;STB=0.597924;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0345422;OID=.;OPOS=164466824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:56:55:23:23:0.294872:11:12:21:35:11:12:21:34 chr4 165541901 . A G 237.11 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0114044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.676;QD=19.7595;RBI=0.0468899;REFB=-0.0229146;REVB=0.0454819;RO=22;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965742;STB=0.544588;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0152422;OID=.;OPOS=165541901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:25:23:23:0.479167:10:13:10:12:10:13:12:13 chr4 165878335 . A G 167.43 PASS AF=0.377358;AO=17;DP=55;FAO=20;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0580259;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2153;QD=12.6361;RBI=0.0770244;REFB=-0.00117186;REVB=-0.0506533;RO=24;SAF=12;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222905;STB=0.66161;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.000652168;OID=.;OPOS=165878335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:24:33:17:20:0.377358:5:12:12:12:8:12:11:22 chr4 166000195 . A G 435.71 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00976521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.929;QD=56.221;RBI=0.0413995;REFB=0;REVB=0.0402313;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000548568;OID=.;OPOS=166000195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:31:0:0:27:31:1:9:18:0:0:13:18:0:0 chr4 166199390 . C T 607.87 PASS AF=0.492063;AO=63;DP=127;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0103377;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.257;QD=19.2976;RBI=0.0106698;REFB=6.05658e-05;REVB=-0.00264132;RO=64;SAF=34;SAR=29;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647604;STB=0.548371;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-3.25461e-05;OID=.;OPOS=166199390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:64:64:63:62:0.492063:29:34:30:34:28:34:29:35 chr4 166231868 . A G 1434.34 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0680275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.6;QD=63.0479;RBI=0.0680736;REFB=0;REVB=0.00250488;RO=0;SAF=39;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159874;OID=.;OPOS=166231868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:52:39:0:0:52:39:0:0 chr4 166915616 . G A 353.63 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00812351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.004;QD=18.6123;RBI=0.0482904;REFB=-0.0184768;REVB=0.0476022;RO=39;SAF=15;SAR=22;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100263;STB=0.555926;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0200669;OID=.;OPOS=166915616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:37:37:0.486842:22:15:20:19:22:15:20:19 chr4 167012381 . G A 2306.73 PASS AF=1;AO=150;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9046;QD=61.1055;RBI=0.0163334;REFB=0;REVB=-0.00879732;RO=0;SAF=71;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5077e-05;OID=.;OPOS=167012381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:150:151:1:79:71:0:0:79:72:0:0 chr4 167012480 . T C 1613.94 PASS AF=1;AO=106;DP=107;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.27;QD=59.7755;RBI=0.026213;REFB=0;REVB=0.0079829;RO=0;SAF=54;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.69859e-05;OID=.;OPOS=167012480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:108:0:0:106:108:1:52:54:0:0:53:55:0:0 chr4 167020644 . A G 1437.95 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103702;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.49;QD=63.2068;RBI=0.0159221;REFB=0;REVB=-0.0120819;RO=0;SAF=40;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.15157e-05;OID=.;OPOS=167020644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:51:40:0:0:51:40:0:0 chr4 167023255 . A G 993.33 PASS AF=0.985714;AO=66;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0119417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1231;QD=56.7617;RBI=0.0119568;REFB=-0.035739;REVB=-0.000599917;RO=1;SAF=22;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209893;STB=0.510201;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00278323;OID=.;OPOS=167023255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:70:1:1:66:69:0.985714:44:22:1:0:45:24:1:0 chr4 167063842 . C T 93.07 PASS AF=0.413793;AO=11;DP=28;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0192605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.534;QD=12.8372;RBI=0.0318749;REFB=-0.0111666;REVB=-0.0253977;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107964;STB=0.566363;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0189265;OID=.;OPOS=167063842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:28:29:16:17:11:12:0.413793:6:5:9:7:7:5:9:8 chr4 167654960 . C G 142.53 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=0;FSRF=17;FSRR=0;FWDB=-0.00721734;FXX=0.11108;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.123;QD=17.8157;RBI=0.0072662;REFB=-0.0120238;REVB=0.000841208;RO=16;SAF=15;SAR=0;SRF=16;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0178883;OID=.;OPOS=167654960;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:32:16:17:15:15:0.46875:0:15:16:0:0:15:17:0 chr4 168584259 . T A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0460478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5742;QD=51.1842;RBI=0.0892568;REFB=0;REVB=0.0764616;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000857274;OID=.;OPOS=168584259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr4 169141748 . T A 33.04 PASS AF=0.0651341;AO=17;DP=260;FAO=17;FDP=261;FR=.;FRO=244;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=95;FSRR=149;FWDB=-0.0338091;FXX=0.00381665;HRUN=5;LEN=1;MLLD=150.745;QD=0.506414;RBI=0.0376846;REFB=-0.000726529;REVB=-0.0166457;RO=234;SAF=2;SAR=15;SRF=89;SRR=145;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336681;STB=0.815608;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0946029;OID=.;OPOS=169141748;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:260:261:234:244:17:17:0.0651341:15:2:89:145:15:2:95:149 chr4 169282355 . T C 1098.37 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00354765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.939;QD=60.1845;RBI=0.0139751;REFB=0;REVB=0.0135173;RO=0;SAF=44;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39428e-05;OID=.;OPOS=169282355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:29:44:0:0:29:44:0:0 chr4 169299528 . T C 393.19 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.00293657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.078;QD=17.475;RBI=0.00714418;REFB=-0.00990446;REVB=0.00651275;RO=48;SAF=22;SAR=19;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251869;STB=0.507907;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00730839;OID=.;OPOS=169299528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:49:41:41:0.455556:19:22:27:21:19:22:27:22 chr4 169315760 . C A 299.43 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0402485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.106;QD=16.4071;RBI=0.042185;REFB=-0.0147212;REVB=0.0126348;RO=39;SAF=12;SAR=21;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123543;STB=0.577272;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.035705;OID=.;OPOS=169315760;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:39:40:33:33:0.452055:21:12:19:20:21:12:20:20 chr4 169317279 . C T 80.25 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0342493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6007;QD=16.8948;RBI=0.0509181;REFB=-0.0233865;REVB=-0.0376781;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318185;STB=0.518481;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0273356;OID=.;OPOS=169317279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:7:3:3:6:7:3:3:6 chr4 169327191 . C T 312.38 PASS AF=0.447368;AO=33;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00156467;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.487;QD=16.441;RBI=0.0135944;REFB=-0.0177437;REVB=0.0135041;RO=43;SAF=13;SAR=20;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23225;STB=0.613431;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0257036;OID=.;OPOS=169327191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:42:33:34:0.447368:20:13:27:16:20:14:26:16 chr4 169336662 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2106;QD=53.9099;RBI=0.0156682;REFB=0;REVB=-0.00881392;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000489801;OID=.;OPOS=169336662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr4 169341435 . A G 1553.14 PASS AF=0.989899;AO=96;DP=97;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0194594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.726;QD=62.7531;RBI=0.0384772;REFB=0.00704765;REVB=-0.0331937;RO=1;SAF=43;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109008;STB=0.505617;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.00017986;OID=.;OPOS=169341435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:99:1:1:96:98:0.989899:53:43:1:0:54:44:1:0 chr4 169362557 . C G 778.81 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498243;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2556;QD=63.5765;RBI=0.0500336;REFB=0;REVB=0.00457216;RO=0;SAF=13;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61818e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512616;OID=.;OPOS=169362557;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:35:13:0:0:35:14:0:0 chr4 169369820 . T A 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00750303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.495;QD=57.2367;RBI=0.0405332;REFB=0;REVB=0.0398327;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122437;OID=.;OPOS=169369820;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr4 169369853 . A T 740.87 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.622;QD=56.9898;RBI=0.0597015;REFB=0;REVB=0.0198199;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265879;OID=.;OPOS=169369853;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:27:24:0:0:28:24:0:0 chr4 169369920 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3906;QD=55.0981;RBI=0.0775043;REFB=0;REVB=-0.0706282;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000533866;OID=.;OPOS=169369920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr4 169393595 . A G 689.33 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5722;QD=62.6665;RBI=0.0559812;REFB=0;REVB=0.0191357;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102403;OID=.;OPOS=169393595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr4 169621191 . G A 575.54 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2856;QD=60.5836;RBI=0.0230925;REFB=0;REVB=-0.0108702;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000536799;OID=.;OPOS=169621191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:22:15:0:0:23:15:0:0 chr4 169630204 . T G 1026.38 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.792;QD=59.5005;RBI=0.0108618;REFB=0;REVB=0.00245122;RO=0;SAF=20;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.79801e-05;OID=.;OPOS=169630204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:49:20:0:0:49:20:0:0 chr4 169806527 . A G 204.96 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.00608151;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5947;QD=12.6127;RBI=0.0127209;REFB=-0.00948936;REVB=-0.011173;RO=40;SAF=16;SAR=9;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280455;STB=0.660869;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0258352;OID=.;OPOS=169806527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:40:40:25:25:0.384615:9:16:15:25:9:16:15:25 chr4 169846359 . GCT G 580.23 PASS AF=1;AO=31;DP=42;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047338;FXX=0.0930016;HRUN=1;LEN=2;MLLD=173.007;QD=59.5108;RBI=0.0473614;REFB=0;REVB=-0.0014878;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-8.96663e-05;OID=.;OPOS=169846360;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:42:39:39:0:19:20:0:0:3:0:16:15:0:0 chr4 169928842 . G T 3184.33 PASS AF=1;AO=206;DP=206;FAO=206;FDP=206;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.506;QD=61.8317;RBI=0.0263142;REFB=0;REVB=0.0141394;RO=0;SAF=107;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99718e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.83434e-06;OID=.;OPOS=169928842;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:206:206:0:0:206:206:1:99:107:0:0:99:107:0:0 chr4 170038894 . A G 253.19 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0140633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6477;QD=19.1088;RBI=0.0160936;REFB=-0.0123436;REVB=-0.00782485;RO=26;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175275;STB=0.509797;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.00909541;OID=.;OPOS=170038894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:14:13:12:14:14:13:12:14 chr4 170581570 . G A 852.67 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600765;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9799;QD=57.808;RBI=0.0600964;REFB=0;REVB=-0.0015468;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219347;OID=.;OPOS=170581570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:57:59:1:25:32:0:0:25:34:0:0 chr4 170663235 . C T 432.34 PASS AF=0.888889;AO=35;DP=35;FAO=32;FDP=36;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0139458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.974;QD=48.0381;RBI=0.032756;REFB=0.00739884;REVB=0.029639;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.549969;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00149048;OID=.;OPOS=170663235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:35:36:0:4:35:32:0.888889:14:21:0:0:14:18:4:0 chr4 170678993 . T C 289.45 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0905414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.065;QD=52.6271;RBI=0.0919491;REFB=0;REVB=0.0160278;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225582;OID=.;OPOS=170678993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:17:4:0:0:17:5:0:0 chr4 170987636 . A G 698.99 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00741851;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=296.146;QD=54.8229;RBI=0.00752404;REFB=-0.0168628;REVB=-0.00125578;RO=1;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200269;STB=0.510634;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=6.57263e-05;OID=.;OPOS=170987636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:23:27:0:1:23:27:0:1 chr4 170994406 . T C 41.69 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.107694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.3289;QD=4.06716;RBI=0.117058;REFB=0.00179181;REVB=-0.0458741;RO=30;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816992;STB=0.537081;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.0231769;OID=.;OPOS=170994406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:41:30:34:7:7:0.170732:5:2:7:23:5:2:11:23 chr4 172735897 . C G 1192.42 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00877284;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8149;QD=61.1496;RBI=0.0495178;REFB=0;REVB=-0.0487344;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000285787;OID=.;OPOS=172735897;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:42:36:0:0:42:36:0:0 chr4 174062875 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.27;QD=53.9107;RBI=0.0185326;REFB=0;REVB=0.000534992;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280974;OID=.;OPOS=174062875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr4 174062966 . G A 133.05 PASS AF=0.457143;AO=13;DP=33;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0641066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4186;QD=15.2059;RBI=0.064299;REFB=-0.0132822;REVB=-0.0049697;RO=19;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414547;STB=0.576417;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0307276;OID=.;OPOS=174062966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:19:19:13:16:0.457143:6:7:11:8:9:7:11:8 chr4 174090004 . G A 746.64 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.262;QD=63.5435;RBI=0.0493884;REFB=0;REVB=0.0474561;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024736;OID=.;OPOS=174090004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr4 174458022 . T A 331.64 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0191696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.198;QD=16.377;RBI=0.0249664;REFB=-0.00016452;REVB=0.0159952;RO=45;SAF=16;SAR=20;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441946;STB=0.524848;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.000305978;OID=.;OPOS=174458022;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:20:16:22:23:20:16:22:23 chr4 174459508 . G T 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.00688273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.096;QD=20.2683;RBI=0.0113445;REFB=-0.00817182;REVB=0.00901804;RO=21;SAF=10;SAR=11;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215563;STB=0.620583;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0083418;OID=.;OPOS=174459508;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:11:10:5:16:11:10:5:16 chr4 174537221 . T C 1368.39 PASS AF=0.978022;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0551377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.898;QD=60.1492;RBI=0.0596608;REFB=0.0403024;REVB=0.0227871;RO=2;SAF=34;SAR=54;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270559;STB=0.513886;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00510765;OID=.;OPOS=174537221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:91:2:2:88:89:0.978022:54:34:2:0:54:35:2:0 chr4 174537356 . T A 1563.55 PASS AF=0.972727;AO=107;DP=110;FAO=107;FDP=110;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0266417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.469;QD=56.8563;RBI=0.034096;REFB=-0.0896396;REVB=0.021278;RO=0;SAF=56;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66952e-08;STB=0.514283;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.000400376;OID=.;OPOS=174537356;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:110:110:0:3:107:107:0.972727:51:56:0:0:51:56:0:3 chr4 174537471 . G A 1275.93 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.324;QD=61.4904;RBI=0.0410213;REFB=0;REVB=-0.0326768;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18556e-05;OID=.;OPOS=174537471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:81:83:1:35:46:0:0:36:47:0:0 chr4 174537658 . C T 100.53 PASS AF=0.48;AO=10;DP=24;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0275283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.879;QD=16.0841;RBI=0.0850711;REFB=-0.0111267;REVB=-0.080494;RO=12;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340037;STB=0.640296;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0154652;OID=.;OPOS=174537658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:12:13:10:12:0.48:7:3:8:4:7:5:9:4 chr4 175158212 . G T 286.01 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0141166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1987;QD=20.4292;RBI=0.0160321;REFB=-0.0253712;REVB=0.00759941;RO=26;SAF=16;SAR=14;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102096;STB=0.556589;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0234977;OID=.;OPOS=175158212;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:14:16:17:9:14:16:17:9 chr4 175225452 . G A 382.99 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00125067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.561;QD=17.4084;RBI=0.00486075;REFB=-0.0123239;REVB=0.00469709;RO=48;SAF=18;SAR=22;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285912;STB=0.51601;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0160144;OID=.;OPOS=175225452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:48:40:40:0.454545:22:18:23:25:22:18:23:25 chr4 175237408 . T C 1116.89 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.793;QD=60.3724;RBI=0.0326837;REFB=0;REVB=0.0266192;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61676e-05;OID=.;OPOS=175237408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:44:29:0:0:44:30:0:0 chr4 175443156 . C T 272.28 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0257034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2769;QD=17.2873;RBI=0.0316668;REFB=-0.0188924;REVB=0.0184965;RO=32;SAF=11;SAR=19;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126936;STB=0.580098;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0204689;OID=.;OPOS=175443156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:33:30:30:0.47619:19:11:16:16:19:11:17:16 chr4 175598334 . T C 1646.41 PASS AF=0.991071;AO=109;DP=111;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0102431;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.739;QD=58.8003;RBI=0.0115386;REFB=0.0459514;REVB=0.00531214;RO=1;SAF=45;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104317;STB=0.505494;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000180585;OID=.;OPOS=175598334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:112:1:1:109:111:0.991071:64:45:1:0:66:45:1:0 chr4 175688138 . A G 1226.71 PASS AF=0.964706;AO=82;DP=85;FAO=82;FDP=85;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0144167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.087;QD=57.7276;RBI=0.03128;REFB=-0.0799773;REVB=0.0277596;RO=3;SAF=30;SAR=52;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265376;STB=0.514015;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00045545;OID=.;OPOS=175688138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:85:85:3:3:82:82:0.964706:52:30:0:3:52:30:0:3 chr4 175688141 . G A 1255.51 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.162881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.991;QD=59.0829;RBI=0.191771;REFB=0;REVB=0.101223;RO=0;SAF=30;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173949;OID=.;OPOS=175688141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:55:30:0:0:55:30:0:0 chr4 177063186 . G T 224.07 PASS AF=0.292453;AO=31;DP=105;FAO=31;FDP=106;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=48;FWDB=0.016107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.197;QD=8.4556;RBI=0.016387;REFB=-0.00891706;REVB=-0.00301615;RO=72;SAF=13;SAR=18;SRF=25;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898189;STB=0.543699;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0248707;OID=.;OPOS=177063186;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:72:75:31:31:0.292453:18:13:25:47:18:13:27:48 chr4 177073026 . G A 540.17 PASS AF=1;AO=30;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00130516;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.644;QD=60.0192;RBI=0.0301401;REFB=0;REVB=0.0301119;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.06387e-05;OID=.;OPOS=177073026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:30:36:1:20:10:0:0:20:16:0:0 chr4 177087322 . C T 631.9 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0433913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7133;QD=61.6488;RBI=0.0433993;REFB=0;REVB=0.000834804;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000373124;OID=.;OPOS=177087322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr4 177098285 . G A 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.782;QD=49.594;RBI=0.0277325;REFB=0;REVB=0.024541;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107594;OID=.;OPOS=177098285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr4 177113836 . C T 1572.87 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0037594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.624;QD=59.9188;RBI=0.0518703;REFB=0;REVB=-0.0517339;RO=0;SAF=58;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129932;OID=.;OPOS=177113836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:47:58:0:0:47:58:0:0 chr4 177137988 . C T 294.71 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0045822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8213;QD=15.1134;RBI=0.0338679;REFB=0.0273585;REVB=-0.0335565;RO=45;SAF=17;SAR=16;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267715;STB=0.515142;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.0534066;OID=.;OPOS=177137988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:16:17:22:23:16:17:22:23 chr4 177605081 . CTCA C 885.17 PASS AF=0.927536;AO=63;DP=70;FAO=64;FDP=69;FR=.;FRO=5;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00374561;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=3;MLLD=266.217;QD=51.3143;RBI=0.0122665;REFB=-0.0244459;REVB=0.0116807;RO=0;SAF=41;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504503;STBP=0.867;TYPE=del;VARB=0.00199444;OID=.;OPOS=177605082;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.927536:63:70:64:69:5:42:22:3:2:19:0:41:22:0:0 chr4 178102691 . C G 1539.94 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0438463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5752;QD=59.8036;RBI=0.0440408;REFB=0;REVB=-0.00413453;RO=0;SAF=49;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000297544;OID=.;OPOS=178102691;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:54:49:0:0:54:49:0:0 chr4 178281754 . G A 1079.27 PASS AF=0.961039;AO=73;DP=77;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00416696;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.551;QD=56.066;RBI=0.0135264;REFB=-0.0420313;REVB=0.0128685;RO=3;SAF=47;SAR=26;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250486;STB=0.512595;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000136117;OID=.;OPOS=178281754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:77:3:3:73:74:0.961039:26:47:1:2:27:47:1:2 chr4 178359960 . G C 670.52 PASS AF=1;AO=38;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278365;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0427;QD=62.3737;RBI=0.0983906;REFB=0;REVB=0.0943708;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137773;OID=.;OPOS=178359960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:38:43:1:16:22:0:0:19:24:0:0 chr4 178378317 . C A 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0391658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.9484;QD=12.0512;RBI=0.0526087;REFB=-0.00628879;REVB=-0.0351243;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120736;STB=0.57128;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00635306;OID=.;OPOS=178378317;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:6:3:3:10:6:3:3:10 chr4 178881982 . G T 157.32 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0101901;FXX=0.0357015;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.42;QD=23.3068;RBI=0.0102224;REFB=-0.0233448;REVB=0.0008115;RO=11;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157017;STB=0.587527;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0111223;OID=.;OPOS=178881982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:28:27:11:11:16:16:0.592593:6:10:9:2:6:10:9:2 chr4 179327856 . G A 1012.29 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043991;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9768;QD=59.5462;RBI=0.0532348;REFB=0;REVB=-0.0299789;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00096417;OID=.;OPOS=179327856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:28:40:0:0:28:40:0:0 chr4 183601847 . T C 742.81 PASS AF=0.948276;AO=52;DP=55;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0275101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5223;QD=51.2286;RBI=0.0670319;REFB=-0.120213;REVB=0.0611266;RO=3;SAF=15;SAR=37;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462194;STB=0.519656;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0138928;OID=.;OPOS=183601847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:55:58:3:3:52:55:0.948276:37:15:2:1:37:18:2:1 chr4 183652175 . T C 1495.99 PASS AF=0.989583;AO=92;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00655792;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.023;QD=62.3331;RBI=0.0290684;REFB=-0.117143;REVB=0.028319;RO=0;SAF=53;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000157804;OID=.;OPOS=183652175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:96:0:1:92:95:0.989583:39:53:0:0:42:53:0:1 chr4 183720850 . C T 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.0311126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.953;QD=6.31775;RBI=0.031628;REFB=-0.0177316;REVB=-0.00568654;RO=24;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468511;STB=0.79254;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0660451;OID=.;OPOS=183720850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:24:25:8:8:0.242424:3:5:5:19:3:5:5:20 chr4 183721852 . G A 92.87 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=12;FWDB=0.0074788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.093;QD=7.00928;RBI=0.0103741;REFB=-0.00180584;REVB=-0.00718947;RO=40;SAF=9;SAR=4;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010999;STB=0.506839;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00582582;OID=.;OPOS=183721852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:40:40:13:13:0.245283:4:9:28:12:4:9:28:12 chr4 183815688 . A G 378.9 PASS AF=0.688889;AO=31;DP=45;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0223644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6558;QD=33.6804;RBI=0.0345584;REFB=-0.000954078;REVB=0.0263461;RO=14;SAF=12;SAR=19;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226184;STB=0.623316;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.000756202;OID=.;OPOS=183815688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:14:14:31:31:0.688889:19:12:11:3:19:12:11:3 chr4 184182630 . A G 34.29 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0177947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.16;QD=4.15608;RBI=0.0178641;REFB=-0.00485686;REVB=0.00157348;RO=27;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336576;STB=0.739834;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0205028;OID=.;OPOS=184182630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:5:1:11:16:5:1:11:16 chr4 184203886 . G C 130.54 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0437622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4889;QD=22.7029;RBI=0.0508829;REFB=-0.0222512;REVB=0.0259604;RO=9;SAF=9;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216917;STB=0.622464;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0184749;OID=.;OPOS=184203886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:5:9:3:6:5:9:3:6 chr4 184237192 . CA AC,CAC 780.36 PASS AF=0.078125,0.921875;AO=5,55;DP=69;FAO=5,59;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=5,33;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028093,-0.0655785;FXX=0.0447694;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=8.29801,18.2049;QD=48.7725;RBI=0.0959744,0.10491;REFB=-0.0158415,-0.0166946;REVB=0.0917708,0.0818882;RO=5;SAF=5,31;SAR=0,24;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.730294,-0.00579373;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=-0.00671472,0.00621242;OID=.,.;OPOS=184237192,184237194;OREF=CA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:69:64:5:0:5,55:5,59:0.078125,0.921875:0,24:5,31:3:2:0,26:5,33:0:0 chr4 184238670 . C G 271.14 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.000369599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6263;QD=30.1264;RBI=0.0366041;REFB=0.00378798;REVB=-0.0366023;RO=11;SAF=14;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176893;STB=0.610001;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00172329;OID=.;OPOS=184238670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:11:12:24:24:0.666667:10:14:3:8:10:14:3:9 chr4 184242959 . C G 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00244087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3076;QD=6.57328;RBI=0.018884;REFB=0.000368299;REVB=-0.0187256;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703916;STB=0.545304;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.00323307;OID=.;OPOS=184242959;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:3:3:9:7:3:3:9:7 chr4 184243528 . G A 175.51 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00807149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.831;QD=46.8028;RBI=0.0323793;REFB=0;REVB=0.0313571;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118456;OID=.;OPOS=184243528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:6:8:0:0:6:9:0:0 chr4 184250520 . C T 36.22 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.012975;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.79;QD=5.36653;RBI=0.0154876;REFB=0.000110231;REVB=-0.00845678;RO=20;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237622;STB=0.666173;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.000525189;OID=.;OPOS=184250520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:28:27:20:21:6:6:0.222222:3:3:6:14:3:3:6:15 chr4 184426387 . C T 976.03 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366682;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.108;QD=59.1533;RBI=0.0753735;REFB=0;REVB=0.0658529;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268326;OID=.;OPOS=184426387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr4 184596850 . A G 77.92 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0651636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7069;QD=14.1681;RBI=0.0856625;REFB=0.0569225;REVB=-0.0556036;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0773769;STB=0.545364;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.0674033;OID=.;OPOS=184596850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:5:5:7:5:5:5:7:5 chr4 184600601 . A G 401.03 PASS AF=0.727273;AO=32;DP=44;FAO=32;FDP=44;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0189334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.034;QD=36.4576;RBI=0.0247441;REFB=0.0165999;REVB=-0.0159311;RO=11;SAF=12;SAR=20;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521987;STB=0.512188;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=-0.00670394;OID=.;OPOS=184600601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:44:44:11:12:32:32:0.727273:20:12:3:8:20:12:4:8 chr4 184614874 . C T 396.32 PASS AF=0.622951;AO=38;DP=61;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00224734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.74;QD=25.9884;RBI=0.00288884;REFB=-0.037641;REVB=0.00181517;RO=23;SAF=14;SAR=24;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016857;STB=0.50922;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0123039;OID=.;OPOS=184614874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:23:38:38:0.622951:24:14:9:14:24:14:9:14 chr4 184618936 . G C 109.89 PASS AF=0.266667;AO=16;DP=60;FAO=16;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0143733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.495;QD=7.32593;RBI=0.0170701;REFB=-0.00277205;REVB=-0.00920852;RO=44;SAF=7;SAR=9;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753728;STB=0.545967;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00567196;OID=.;OPOS=184618936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:44:44:16:16:0.266667:9:7:22:22:9:7:22:22 chr4 185012398 . T C 393.13 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5758;QD=56.1619;RBI=0.068158;REFB=0;REVB=0.0426477;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000950749;OID=.;OPOS=185012398;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:26:28:1:15:11:0:0:16:12:0:0 chr4 185549217 . C T 64.34 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.136494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.272;QD=23.3963;RBI=0.142339;REFB=0.033513;REVB=-0.0403695;RO=3;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790568;STB=0.545342;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.0197135;OID=.;OPOS=185549217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:4:4:2:1:4:4:2:1 chr4 185587165 . A G 744.51 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.316;QD=63.3625;RBI=0.0546667;REFB=0;REVB=0.000457099;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330014;OID=.;OPOS=185587165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:18:28:0:0:18:29:0:0 chr4 185622046 . C T 218.22 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0108445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3353;QD=31.1738;RBI=0.0199541;REFB=-0.0645913;REVB=0.01675;RO=8;SAF=12;SAR=8;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118212;STB=0.565151;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0171282;OID=.;OPOS=185622046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:8:8:20:20:0.714286:8:12:3:5:8:12:3:5 chr4 185652147 . G A 238.1 PASS AF=0.666667;AO=21;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0209219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.805;QD=28.8601;RBI=0.0214713;REFB=-0.0179512;REVB=-0.00482614;RO=11;SAF=9;SAR=12;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073241;STB=0.530359;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00794818;OID=.;OPOS=185652147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:33:33:11:11:21:22:0.666667:12:9:6:5:12:10:6:5 chr4 185655171 . C T 37.18 PASS AF=0.222222;AO=5;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0390249;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.85;QD=5.50815;RBI=0.0692946;REFB=-0.0341871;REVB=-0.0572608;RO=17;SAF=3;SAR=2;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571796;STB=0.578677;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0626703;OID=.;OPOS=185655171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:17:21:5:6:0.222222:2:3:11:6:2:4:12:9 chr4 185678110 . A G 669.63 PASS AF=0.756757;AO=55;DP=74;FAO=56;FDP=74;FR=.;FRO=18;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.015198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.732;QD=36.1959;RBI=0.0241225;REFB=-0.0204313;REVB=0.0187327;RO=19;SAF=37;SAR=18;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498306;STB=0.533465;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00620912;OID=.;OPOS=185678110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:19:18:55:56:0.756757:18:37:11:8:18:38:10:8 chr4 185678118 . C G 990.79 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184625;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.687;QD=59.1516;RBI=0.0338548;REFB=0;REVB=0.0283775;RO=0;SAF=45;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000832811;OID=.;OPOS=185678118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:22:45:0:0:22:45:0:0 chr4 185686032 . C T 480.41 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00691528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.047;QD=58.2315;RBI=0.126923;REFB=0;REVB=0.126734;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000916822;OID=.;OPOS=185686032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:14:17:0:0:15:18:0:0 chr4 185687863 . A G 53.11 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0159647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.864;QD=7.32554;RBI=0.0762811;REFB=-8.47111e-05;REVB=-0.0745918;RO=21;SAF=2;SAR=6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417917;STB=0.762067;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.000625401;OID=.;OPOS=185687863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:6:2:13:8:6:2:13:8 chr4 185735054 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.898;QD=52.6131;RBI=0.0645534;REFB=0;REVB=0.0593066;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101381;OID=.;OPOS=185735054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr4 186091487 . G A 225.58 PASS AF=0.7;AO=18;DP=27;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0287848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.676;QD=30.0779;RBI=0.0288379;REFB=-0.0586856;REVB=0.00174879;RO=9;SAF=12;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51524;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0237107;OID=.;OPOS=186091487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:30:9:9:18:21:0.7:6:12:6:3:8:13:6:3 chr4 186097045 . C T 633.56 PASS AF=0.736111;AO=53;DP=73;FAO=53;FDP=72;FR=.;FRO=19;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.00286591;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.159;QD=35.1977;RBI=0.00942889;REFB=-0.0126474;REVB=-0.00898279;RO=14;SAF=33;SAR=20;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038405;STB=0.547928;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00408469;OID=.;OPOS=186097045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:14:19:53:53:0.736111:20:33:10:4:20:33:15:4 chr4 186111639 . T C 62.2 PASS AF=0.25;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.029421;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.644;QD=6.9106;RBI=0.0330322;REFB=-0.00725376;REVB=0.0150177;RO=27;SAF=7;SAR=2;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404027;STB=0.757372;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0384752;OID=.;OPOS=186111639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:37:36:27:27:9:9:0.25:2:7:12:15:2:7:12:15 chr4 186112111 . G A 35.05 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00399578;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=283.312;QD=5.00713;RBI=0.0294035;REFB=0.00376153;REVB=0.0291308;RO=20;SAF=4;SAR=2;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141693;STB=0.599658;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.0116052;OID=.;OPOS=186112111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:28:20:22:6:6:0.214286:2:4:11:9:2:4:12:10 chr4 186294198 . C T 483.4 PASS AF=0.616438;AO=42;DP=70;FAO=45;FDP=73;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.065764;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.6786;QD=26.4876;RBI=0.136575;REFB=-0.00681227;REVB=0.119698;RO=28;SAF=20;SAR=22;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612601;STB=0.536896;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00654091;OID=.;OPOS=186294198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:28:28:42:45:0.616438:22:20:11:17:23:22:11:17 chr4 186299260 . A G 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.014822;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=246.684;QD=17.3792;RBI=0.0256189;REFB=-0.00430001;REVB=0.0208959;RO=10;SAF=10;SAR=1;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02212;STB=0.512796;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00272067;OID=.;OPOS=186299260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:1:10:9:1:1:10:9:1 chr4 186320880 . A G 263.72 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00319109;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.717;QD=26.3722;RBI=0.010974;REFB=-0.0285707;REVB=0.0104998;RO=16;SAF=4;SAR=20;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323374;STB=0.681644;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0106043;OID=.;OPOS=186320880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:20:4:8:8:20:4:8:8 chr4 186320906 . C G 207.38 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0408857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.468;QD=24.3972;RBI=0.0412616;REFB=-0.00470721;REVB=-0.00555687;RO=13;SAF=3;SAR=17;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317783;STB=0.702243;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.003156;OID=.;OPOS=186320906;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:13:14:20:20:0.588235:17:3:6:7:17:3:7:7 chr4 186339584 . A G 177.37 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.988;QD=44.3414;RBI=0.0770205;REFB=0;REVB=0.0659631;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109415;OID=.;OPOS=186339584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:16:16:0:0:15:16:1:10:5:0:0:11:5:0:0 chr4 186347055 . G A 38.13 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00200906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.945;QD=10.1683;RBI=0.0077121;REFB=0.0014478;REVB=0.00744582;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33738;STB=0.713469;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.00270447;OID=.;OPOS=186347055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:5:1:4:5:5:1:4:5 chr4 186357523 . C G 362.02 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00713819;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.528;QD=55.6958;RBI=0.0695942;REFB=0;REVB=0.0692271;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343986;OID=.;OPOS=186357523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr4 186361876 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0304195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3414;QD=53.2767;RBI=0.0346279;REFB=0;REVB=0.0165453;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000144759;OID=.;OPOS=186361876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr4 186379371 . G A 851.17 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.957;QD=57.7063;RBI=0.0312557;REFB=0;REVB=-0.0002209;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000322832;OID=.;OPOS=186379371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:36:23:0:0:36:23:0:0 chr4 186379725 . G A 328.57 PASS AF=0.866667;AO=26;DP=30;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0382953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8693;QD=43.8096;RBI=0.0407706;REFB=-0.0138133;REVB=-0.0139899;RO=4;SAF=10;SAR=16;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927797;STB=0.550225;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00192706;OID=.;OPOS=186379725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:30:30:4:4:26:26:0.866667:16:10:3:1:16:10:3:1 chr4 186423637 . G A 138.27 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0924248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2623;QD=8.92059;RBI=0.092997;REFB=-0.00389038;REVB=0.0103004;RO=43;SAF=7;SAR=12;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333065;STB=0.519835;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00592546;OID=.;OPOS=186423637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:43:19:19:0.306452:12:7:17:26:12:7:17:26 chr4 186425673 . C T 115.95 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0401912;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.82;QD=18.5514;RBI=0.0404251;REFB=-0.0233678;REVB=-0.00434259;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239512;STB=0.636165;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0183911;OID=.;OPOS=186425673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:25:25:12:12:13:13:0.52:7:6:9:3:7:6:9:3 chr4 186507298 . AAT A 152.44 PASS AF=0.933333;AO=13;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0209282;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=230.908;QD=40.651;RBI=0.034135;REFB=-0.0724052;REVB=0.0269669;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.545388;STBP=0.299;TYPE=del;VARB=0.00853528;OID=.;OPOS=186507299;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.933333:13:15:14:15:1:9:5:0:1:6:0:8:5:0:0 chr4 186528433 . T C 255.68 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00175924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.863;QD=29.2201;RBI=0.00179079;REFB=0.00368401;REVB=-0.000334695;RO=12;SAF=13;SAR=10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114747;STB=0.506324;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.000888628;OID=.;OPOS=186528433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:10:13:7:5:10:13:7:5 chr4 186599992 . A T 381.89 PASS AF=0.58209;AO=32;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0453883;FXX=0.0147037;HRUN=9;LEN=1;MLLD=28.7657;QD=22.7996;RBI=0.101881;REFB=0.0392303;REVB=0.0912123;RO=8;SAF=14;SAR=18;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115578;STB=0.525679;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.0473182;OID=.;OPOS=186599992;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:8:26:32:39:0.58209:18:14:6:2:19:20:15:11 chr4 187074833 . A G 947.63 PASS AF=0.946667;AO=54;DP=75;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.011363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.191;QD=50.5401;RBI=0.0641354;REFB=-0.123644;REVB=0.0631208;RO=0;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86274e-08;STB=0.51525;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00437488;OID=.;OPOS=187074833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:75:75:0:4:54:71:0.946667:19:35:0:0:33:38:1:3 chr4 187077206 . A G 923.68 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00798531;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.977;QD=58.6461;RBI=0.0106044;REFB=0;REVB=-0.00697766;RO=0;SAF=21;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.78743e-06;OID=.;OPOS=187077206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:42:21:0:0:42:21:0:0 chr4 187078785 . A G 1639.37 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.514;QD=60.1605;RBI=0.0445978;REFB=0;REVB=0.0153952;RO=0;SAF=56;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012498;OID=.;OPOS=187078785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:109:109:1:53:56:0:0:53:56:0:0 chr4 187078866 . C T 414.72 PASS AF=0.65;AO=39;DP=60;FAO=39;FDP=60;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.000822286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.5734;QD=27.6481;RBI=0.0190268;REFB=-0.0426001;REVB=0.019009;RO=20;SAF=20;SAR=19;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231722;STB=0.503847;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0176666;OID=.;OPOS=187078866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:20:21:39:39:0.65:19:20:11:9:19:20:11:10 chr4 187079047 . A G 305.93 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0067419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8375;QD=53.2052;RBI=0.00789538;REFB=0;REVB=-0.004109;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.42007e-05;OID=.;OPOS=187079047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr4 187122355 . T C 532.69 PASS AF=0.8125;AO=39;DP=48;FAO=39;FDP=48;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00571008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.184;QD=44.3907;RBI=0.00573148;REFB=-0.0530466;REVB=0.000494796;RO=9;SAF=19;SAR=20;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624782;STB=0.533601;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.00740745;OID=.;OPOS=187122355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:48:48:9:9:39:39:0.8125:20:19:6:3:20:19:6:3 chr4 187133576 . A C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.977;QD=59.4356;RBI=0.0287778;REFB=0;REVB=0.0179525;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145704;OID=.;OPOS=187133576;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr4 187158034 . G A 388.02 PASS AF=0.637931;AO=37;DP=58;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.013584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2965;QD=26.7601;RBI=0.0473843;REFB=0.00961427;REVB=-0.0453954;RO=19;SAF=11;SAR=26;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123748;STB=0.572887;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=-0.0100822;OID=.;OPOS=187158034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:19:21:37:37:0.637931:26:11:9:10:26:11:10:11 chr4 187178473 . G A 819.63 PASS AF=0.692308;AO=71;DP=101;FAO=72;FDP=104;FR=.;FRO=32;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0361841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.228;QD=31.5243;RBI=0.0363289;REFB=-0.0143827;REVB=-0.00324016;RO=29;SAF=38;SAR=33;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00895645;STB=0.50646;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00696523;OID=.;OPOS=187178473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:104:29:32:71:72:0.692308:33:38:16:13:33:39:18:14 chr4 187179210 . T C 341.55 PASS AF=1;AO=22;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00610715;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7804;QD=54.6481;RBI=0.0674377;REFB=0;REVB=-0.0671606;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00141868;OID=.;OPOS=187179210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:22:25:1:12:10:0:0:12:13:0:0 chr4 187509861 . G C 253.3 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.00672722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5897;QD=28.1441;RBI=0.00759888;REFB=-0.0304939;REVB=-0.00353376;RO=13;SAF=15;SAR=8;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27534;STB=0.652041;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0242909;OID=.;OPOS=187509861;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:8:15:3:10:8:15:3:10 chr4 187509868 . C A 181.23 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00184672;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.953;QD=22.6538;RBI=0.00807344;REFB=-0.0199428;REVB=-0.00785939;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435261;STB=0.524448;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0156607;OID=.;OPOS=187509868;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:14:14:18:18:0.5625:8:10:7:7:8:10:7:7 chr4 187519206 . C G 935.28 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00327932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.433;QD=58.4548;RBI=0.0783121;REFB=0;REVB=0.0782434;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120494;OID=.;OPOS=187519206;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:64:0:0:60:64:1:26:34:0:0:29:35:0:0 chr4 187627792 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.971;QD=47.8215;RBI=0.0341928;REFB=0;REVB=-0.00879;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295151;OID=.;OPOS=187627792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr4 187628398 . C G 549.26 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00951188;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.872;QD=59.3796;RBI=0.0307022;REFB=0;REVB=0.0291916;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128555;OID=.;OPOS=187628398;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:24:12:0:0:25:12:0:0 chr4 187629140 . G C 613.29 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7131;QD=61.329;RBI=0.0192069;REFB=0;REVB=-0.00897447;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94288e-05;OID=.;OPOS=187629140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:20:19:0:0:20:20:0:0 chr4 187629497 . G A 89.5 PASS AF=0.909091;AO=7;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0192492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.257;QD=32.547;RBI=0.0263585;REFB=-0.0561951;REVB=-0.0180067;RO=1;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124421;STB=0.545364;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00835552;OID=.;OPOS=187629497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:7:10:0.909091:4:3:1:0:5:5:1:0 chr4 187629770 . A C 387.93 PASS AF=0.736842;AO=28;DP=39;FAO=28;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00210074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.087;QD=40.835;RBI=0.0149583;REFB=0.0104067;REVB=-0.01481;RO=7;SAF=13;SAR=15;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665726;STB=0.536057;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.000918443;OID=.;OPOS=187629770;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:39:38:7:7:28:28:0.736842:15:13:2:5:15:13:2:5 chr4 187630590 . G A 109.19 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00784488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.823;QD=8.56362;RBI=0.00842348;REFB=-0.00797716;REVB=-0.00306804;RO=36;SAF=5;SAR=9;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743153;STB=0.537259;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0270557;OID=.;OPOS=187630590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:37:14:14:0.27451:9:5:15:21:9:5:15:22 chr4 187630905 . C T 615.42 PASS AF=0.819672;AO=49;DP=60;FAO=50;FDP=61;FR=.;FRO=11;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.05042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.061;QD=40.3554;RBI=0.0551479;REFB=-0.0159601;REVB=0.0223408;RO=11;SAF=30;SAR=19;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875816;STB=0.543607;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00329421;OID=.;OPOS=187630905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:60:61:11:11:49:50:0.819672:19:30:4:7:20:30:4:7 chr4 188925176 . T TGAC 39.73 PASS AF=0.137255;AO=8;DP=52;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.00637841;FXX=0.0192271;HRUN=0;LEN=3;MLLD=289.543;QD=3.11603;RBI=0.00971336;REFB=0.000173729;REVB=-0.00732566;RO=44;SAF=2;SAR=6;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.468786;STB=0.794137;STBP=0.13;TYPE=ins;VARB=-0.00129174;OID=.;OPOS=188925177;OREF=-;OALT=GAC;OMAPALT=TGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.137255:8:52:7:51:44:2:5:29:15:39:44:2:6:29:15 chr4 189012728 . G C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.787;QD=59.8394;RBI=0.0178683;REFB=0;REVB=0.012031;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39786e-06;OID=.;OPOS=189012728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr4 189012809 . C T 59.11 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0335436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.766;QD=9.45773;RBI=0.0340382;REFB=-0.0135369;REVB=-0.00578156;RO=15;SAF=1;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.526099;STB=0.820921;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0393211;OID=.;OPOS=189012809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:25:25:15:16:7:7:0.28:6:1:9:6:6:1:9:7 chr4 189018486 . A G 110.7 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0311949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4325;QD=26.0477;RBI=0.081022;REFB=-0.0112126;REVB=-0.074776;RO=5;SAF=9;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212555;STB=0.620474;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00281569;OID=.;OPOS=189018486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:3:9:2:3:3:9:2:3 chr4 189022324 . C T 123.79 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0171248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.009;QD=8.68722;RBI=0.0275913;REFB=0.000699334;REVB=0.0216337;RO=40;SAF=10;SAR=7;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456774;STB=0.527394;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.00150182;OID=.;OPOS=189022324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:40:17:17:0.298246:7:10:22:18:7:10:22:18 chr4 189026524 . C G 370.05 PASS AF=0.731707;AO=30;DP=40;FAO=30;FDP=41;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0561767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3165;QD=36.1028;RBI=0.0581763;REFB=-0.0342488;REVB=0.0151212;RO=10;SAF=19;SAR=11;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201849;STB=0.621849;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0113379;OID=.;OPOS=189026524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:40:41:10:11:30:30:0.731707:11:19:2:8:11:19:2:9 chr4 190630778 . GC AT 1267.42 PASS AF=0.647059;AO=109;DP=173;FAO=110;FDP=170;FR=.;FRO=60;FSAF=71;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=0.0107605;FXX=0.0449413;HRUN=1;LEN=2;MLLD=139.216;QD=29.8217;RBI=0.01078;REFB=-0.0408181;REVB=-0.000646588;RO=54;SAF=70;SAR=39;SRF=37;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0290877;STB=0.511027;STBP=0.735;TYPE=mnp;VARB=0.0205453;OID=.;OPOS=190630778;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:170:54:60:109:110:0.647059:39:70:37:17:39:71:37:23 chr4 190630786 . A G 1423.35 PASS AF=0.672222;AO=121;DP=179;FAO=121;FDP=180;FR=.;FRO=59;FSAF=75;FSAR=46;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.0144172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.54;QD=31.6301;RBI=0.0232371;REFB=-0.0263681;REVB=-0.0182238;RO=58;SAF=75;SAR=46;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104599;STB=0.503355;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0187555;OID=.;OPOS=190630786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:180:58:59:121:121:0.672222:46:75:35:23:46:75:36:23 chr4 190874206 . T A 121.85 PASS AF=0.228916;AO=18;DP=83;FAO=19;FDP=83;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.0018421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.359;QD=5.87219;RBI=0.0307823;REFB=0.00273491;REVB=-0.0307272;RO=65;SAF=8;SAR=10;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135962;STB=0.556199;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.00582097;OID=.;OPOS=190874206;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:65:64:18:19:0.228916:10:8:36:29:10:9:35:29 chr4 190874234 . C T 190.45 PASS AF=0.247863;AO=29;DP=117;FAO=29;FDP=117;FR=.;FRO=88;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=51;FSRR=37;FWDB=-0.00118898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.702;QD=6.51112;RBI=0.00668378;REFB=-0.00769158;REVB=-0.00657718;RO=88;SAF=15;SAR=14;SRF=51;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778715;STB=0.547037;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0211584;OID=.;OPOS=190874234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:88:88:29:29:0.247863:14:15:51:37:14:15:51:37 chr4 190874240 . C G 46.69 PASS AF=0.10084;AO=12;DP=119;FAO=12;FDP=119;FR=.;FRO=107;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=59;FSRR=48;FWDB=-0.00355288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.203;QD=1.5694;RBI=0.0114438;REFB=-0.00281751;REVB=-0.0108783;RO=107;SAF=8;SAR=4;SRF=59;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141169;STB=0.608002;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0390203;OID=.;OPOS=190874240;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:119:119:107:107:12:12:0.10084:4:8:59:48:4:8:59:48 chr4 190874242 . TC AA 47.06 PASS AF=0.101695;AO=12;DP=119;FAO=12;FDP=118;FR=.;FRO=106;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=58;FSRR=48;FWDB=-0.00264581;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=2;MLLD=266.158;QD=1.59513;RBI=0.00526229;REFB=-0.00190126;REVB=-0.00454877;RO=106;SAF=8;SAR=4;SRF=58;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146246;STB=0.611574;STBP=0.464;TYPE=mnp;VARB=0.0265575;OID=.;OPOS=190874242;OREF=TC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:119:118:106:106:12:12:0.101695:4:8:58:48:4:8:58:48 chr4 190874256 . C T 93.44 PASS AF=0.150794;AO=18;DP=125;FAO=19;FDP=126;FR=.;FRO=107;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=61;FSRR=46;FWDB=-0.00237262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.071;QD=2.96635;RBI=0.0151791;REFB=-0.00304131;REVB=-0.0149925;RO=106;SAF=10;SAR=8;SRF=61;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255115;STB=0.507684;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0201164;OID=.;OPOS=190874256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:125:126:106:107:18:19:0.150794:8:10:61:45:8:11:61:46 chr4 190874290 . T A 86.03 PASS AF=0.144;AO=18;DP=125;FAO=18;FDP=125;FR=.;FRO=107;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=59;FSRR=48;FWDB=-0.0139402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6089;QD=2.75281;RBI=0.0358972;REFB=-0.00234277;REVB=0.0330798;RO=107;SAF=10;SAR=8;SRF=59;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00528529;STB=0.503593;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0158576;OID=.;OPOS=190874290;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:125:125:107:107:18:18:0.144:8:10:59:48:8:10:59:48 chr4 190876192 . A C 69.59 PASS AF=0.184615;AO=12;DP=64;FAO=12;FDP=65;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00334223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.968;QD=4.28217;RBI=0.00686203;REFB=-0.00184111;REVB=0.00599308;RO=52;SAF=9;SAR=3;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362398;STB=0.731888;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0195189;OID=.;OPOS=190876192;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:64:65:52:53:12:12:0.184615:3:9:24:28:3:9:25:28 chr4 190876195 . C T 326.14 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.043218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.981;QD=20.0702;RBI=0.0484995;REFB=-0.00753159;REVB=-0.0220092;RO=31;SAF=22;SAR=12;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226093;STB=0.625613;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00592464;OID=.;OPOS=190876195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:12:22:12:19:12:22:12:19 chr4 190876196 . G A 54.0 PASS AF=0.153846;AO=10;DP=65;FAO=10;FDP=65;FR=.;FRO=55;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0222167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.225;QD=3.32326;RBI=0.0294857;REFB=0.00335118;REVB=-0.0193862;RO=53;SAF=2;SAR=8;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464432;STB=0.813761;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.0829486;OID=.;OPOS=190876196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:65:65:53:55:10:10:0.153846:8:2:31:22:8:2:32:23 chr4 190876204 . G A 492.89 PASS AF=0.701493;AO=37;DP=69;FAO=47;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0568651;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=35.1926;QD=29.4264;RBI=0.0731021;REFB=-0.0693843;REVB=0.0459378;RO=18;SAF=24;SAR=13;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128749;STB=0.523027;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0571843;OID=.;OPOS=190876204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:18:19:37:47:0.701493:13:24:8:10:21:26:9:10 chr4 190876242 . G A 789.85 PASS AF=0.719101;AO=64;DP=89;FAO=64;FDP=89;FR=.;FRO=25;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0141657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9505;QD=35.4989;RBI=0.0521909;REFB=-0.0128369;REVB=-0.0502317;RO=25;SAF=33;SAR=31;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122767;STB=0.565958;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00415206;OID=.;OPOS=190876242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:25:25:64:64:0.719101:31:33:7:18:31:33:7:18 chr4 190876269 . T C 37.27 PASS AF=0.101124;AO=9;DP=88;FAO=9;FDP=89;FR=.;FRO=80;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.000706233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.793;QD=1.67522;RBI=0.00755417;REFB=-0.00393034;REVB=0.00752108;RO=79;SAF=4;SAR=5;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281622;STB=0.516336;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0397275;OID=.;OPOS=190876269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:88:89:79:80:9:9:0.101124:5:4:37:42:5:4:37:43 chr4 190878597 . C T 297.12 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0167633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.971;QD=15.6376;RBI=0.0283249;REFB=-0.031064;REVB=-0.0228318;RO=40;SAF=13;SAR=20;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00617196;STB=0.514514;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0408894;OID=.;OPOS=190878597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:43:33:33:0.434211:20:13:16:24:20:13:18:25 chr4 190878654 . C G 86.98 PASS AF=0.185185;AO=15;DP=81;FAO=15;FDP=81;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=46;FWDB=-0.0223555;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.087;QD=4.29519;RBI=0.0628584;REFB=-0.00637863;REVB=-0.0587487;RO=64;SAF=10;SAR=5;SRF=20;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423042;STB=0.772415;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0157735;OID=.;OPOS=190878654;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:81:81:64:66:15:15:0.185185:5:10:20:44:5:10:20:46 chr4 190906025 . G A 200.41 PASS AF=0.446809;AO=19;DP=45;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=1;FWDB=-0.0197806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.232;QD=17.0559;RBI=0.0201995;REFB=-0.0217871;REVB=0.00409225;RO=26;SAF=11;SAR=8;SRF=25;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441698;STB=0.734936;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0393502;OID=.;OPOS=190906025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:26:26:19:21:0.446809:8:11:25:1:9:12:25:1 chr5 163234 . C T 137.82 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0778524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.45;QD=29.0148;RBI=0.0824093;REFB=-0.0398352;REVB=0.027024;RO=4;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100039;STB=0.578837;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0141743;OID=.;OPOS=163234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:4:5:14:14:0.736842:7:7:3:1:7:7:4:1 chr5 163259 . GA G,GC 218.66 PASS AF=0.166667,0.833333;AO=3,14;DP=18;FAO=3,15;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3,7;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148771,-0.0144443;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=154.888,164.876;QD=48.5914;RBI=0.0156321,0.0221309;REFB=0,0;REVB=-0.00479943,-0.0167673;RO=0;SAF=3,7;SAR=0,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0865747,0.002775;OID=.,.;OPOS=163260,163260;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.166667,0.833333:3,14:18:3,15:18:0:3,7:0,8:0:0:12:0:3,7:0,7:0:0 chr5 367969 . G A 440.18 PASS AF=0.333333;AO=55;DP=165;FAO=56;FDP=168;FR=.;FRO=112;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=60;FSRR=52;FWDB=0.00678874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.163;QD=10.4805;RBI=0.0108973;REFB=-0.00702212;REVB=-0.00852437;RO=109;SAF=32;SAR=23;SRF=59;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476552;STB=0.524129;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0105865;OID=.;OPOS=367969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:168:109:112:55:56:0.333333:23:32:59:50:24:32:60:52 chr5 438001 . G C 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00874378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0594;QD=9.83022;RBI=0.0216441;REFB=-0.0184483;REVB=0.0197993;RO=26;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305305;STB=0.681923;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0054725;OID=.;OPOS=438001;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:5:7:8:18:5:7:8:18 chr5 447737 . G A 247.21 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0758055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6009;QD=13.7342;RBI=0.075828;REFB=-0.0306404;REVB=0.00184822;RO=43;SAF=20;SAR=9;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19808;STB=0.613416;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0422361;OID=.;OPOS=447737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:9:20:22:21:9:20:22:21 chr5 472792 . AC A 86.4 PASS AF=0.269231;AO=21;DP=79;FAO=21;FDP=78;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0680045;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.6189;QD=4.43074;RBI=0.0681124;REFB=0.00569014;REVB=-0.00383311;RO=55;SAF=6;SAR=15;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299377;STB=0.68164;STBP=0.063;TYPE=del;VARB=-0.00285505;OID=.;OPOS=472793;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.269231:21:79:21:78:57:6:15:30:27:86:55:6:15:29:26 chr5 476353 . C T 234.41 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00100666;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.439;QD=15.1233;RBI=0.00337346;REFB=-0.0101471;REVB=-0.00321976;RO=35;SAF=15;SAR=12;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744297;STB=0.542094;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0193415;OID=.;OPOS=476353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:35:35:27:27:0.435484:12:15:22:13:12:15:22:13 chr5 492059 . G A 389.14 PASS AF=0.389831;AO=46;DP=118;FAO=46;FDP=118;FR=.;FRO=72;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=0.0143479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.428;QD=13.1913;RBI=0.029471;REFB=-0.0137028;REVB=0.0257425;RO=72;SAF=14;SAR=32;SRF=28;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102107;STB=0.558113;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0207194;OID=.;OPOS=492059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:72:72:46:46:0.389831:32:14:28:44:32:14:28:44 chr5 640705 . A G 804.9 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.171;QD=64.392;RBI=0.0770034;REFB=0;REVB=0.0636384;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000987952;OID=.;OPOS=640705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr5 665280 . T C 1059.95 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00124511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.886;QD=59.7158;RBI=0.0135188;REFB=0;REVB=0.0134613;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7372e-05;OID=.;OPOS=665280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:37:33:0:0:38:33:0:0 chr5 678062 . A G 2003.0 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00711366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.144;QD=62.1085;RBI=0.0133845;REFB=0;REVB=0.0113376;RO=0;SAF=44;SAR=84;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.23012e-05;OID=.;OPOS=678062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:129:0:0:128:129:1:84:44:0:0:85:44:0:0 chr5 716953 . C T 649.82 PASS AF=0.382075;AO=68;DP=200;FAO=81;FDP=212;FR=.;FRO=131;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=61;FSRR=70;FWDB=0.0061371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7433;QD=12.2607;RBI=0.00900038;REFB=-0.0224207;REVB=0.00658353;RO=129;SAF=31;SAR=37;SRF=59;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00170992;STB=0.517418;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0291032;OID=.;OPOS=716953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:212:129:131:68:81:0.382075:37:31:59:70:41:40:61:70 chr5 741736 . G T 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.34;QD=51.182;RBI=0.067128;REFB=0;REVB=0.0298733;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000900493;OID=.;OPOS=741736;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:16:4:0:0:16:4:0:0 chr5 748594 . T C 341.97 PASS AF=0.440476;AO=35;DP=83;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0205624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.293;QD=16.2844;RBI=0.0227094;REFB=-0.0152348;REVB=-0.00963868;RO=47;SAF=17;SAR=18;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179175;STB=0.510304;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0200357;OID=.;OPOS=748594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:47:47:35:37:0.440476:18:17:22:25:19:18:22:25 chr5 748621 . C G 310.03 PASS AF=0.388889;AO=35;DP=89;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0137936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7846;QD=13.7791;RBI=0.0647853;REFB=-0.0236027;REVB=-0.0632999;RO=54;SAF=18;SAR=17;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546535;STB=0.525366;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0521278;OID=.;OPOS=748621;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:54:55:35:35:0.388889:17:18:25:29:17:18:26:29 chr5 766910 . C T 2803.72 PASS AF=0.678063;AO=237;DP=353;FAO=238;FDP=351;FR=.;FRO=113;FSAF=113;FSAR=125;FSRF=47;FSRR=66;FWDB=0.00926833;FXX=0.00566556;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.544;QD=31.9513;RBI=0.00933169;REFB=-0.011036;REVB=0.00108557;RO=111;SAF=113;SAR=124;SRF=46;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373405;STB=0.519033;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00547105;OID=.;OPOS=766910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:353:351:111:113:237:238:0.678063:124:113:46:65:125:113:47:66 chr5 766939 . G A 708.08 PASS AF=0.284483;AO=97;DP=346;FAO=99;FDP=348;FR=.;FRO=249;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=111;FSRR=138;FWDB=-0.0138131;FXX=0.0197178;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.184;QD=8.13883;RBI=0.0138571;REFB=-0.00995225;REVB=0.00110369;RO=231;SAF=41;SAR=56;SRF=106;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445478;STB=0.508309;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0336783;OID=.;OPOS=766939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:346:348:231:249:97:99:0.284483:56:41:106:125:56:43:111:138 chr5 767033 . A C 1591.68 PASS AF=0.745665;AO=116;DP=162;FAO=129;FDP=173;FR=.;FRO=44;FSAF=46;FSAR=83;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0184298;FXX=0.0114279;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.655;QD=36.8018;RBI=0.0320158;REFB=-0.038847;REVB=0.0261793;RO=44;SAF=44;SAR=72;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406207;STB=0.520599;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.010679;OID=.;OPOS=767033;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:173:44:44:116:129:0.745665:72:44:20:24:83:46:19:25 chr5 795933 . C G 267.16 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0385564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.8236;QD=18.425;RBI=0.0387878;REFB=-0.0129978;REVB=0.00423001;RO=29;SAF=10;SAR=19;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160612;STB=0.589998;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00531187;OID=.;OPOS=795933;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:19:10:15:14:19:10:15:14 chr5 795947 . C T 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00960544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.85;QD=21.5113;RBI=0.00990264;REFB=-0.010032;REVB=0.00240789;RO=19;SAF=5;SAR=16;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234134;STB=0.632632;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00962605;OID=.;OPOS=795947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:16:5:9:10:16:5:9:10 chr5 795961 . A G 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0141306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7387;QD=17.5417;RBI=0.0288076;REFB=-0.00501699;REVB=0.0251039;RO=16;SAF=1;SAR=14;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.552811;STB=0.829049;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00315308;OID=.;OPOS=795961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:14:1:7:9:14:1:7:9 chr5 795963 . G GAA 101.76 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.04667;FXX=0.0666445;HRUN=0;LEN=2;MLLD=163.489;QD=14.5364;RBI=0.0718577;REFB=-0.00871496;REVB=0.0546391;RO=19;SAF=1;SAR=11;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474469;STB=0.814148;STBP=0.026;TYPE=ins;VARB=0.0127061;OID=.;OPOS=795964;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:12:32:12:28:16:1:11:7:9:99:19:1:11:7:12 chr5 795969 . A C 111.59 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0244653;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.016;QD=14.8788;RBI=0.0251558;REFB=-0.0183062;REVB=0.00585348;RO=18;SAF=1;SAR=12;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.503464;STB=0.784474;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.013734;OID=.;OPOS=795969;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:18:17:13:13:0.433333:12:1:7:11:12:1:6:11 chr5 795975 . G C 89.15 PASS AF=0.44;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.075546;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.1526;QD=14.2637;RBI=0.0835603;REFB=-0.00268917;REVB=-0.0357089;RO=15;SAF=1;SAR=9;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214855;STB=0.576766;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.00247833;OID=.;OPOS=795975;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:25:25:15:14:10:11:0.44:9:1:3:12:10:1:2:12 chr5 795984 . GAA GGG 120.26 PASS AF=0.444444;AO=7;DP=20;FAO=8;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0331831;FXX=0.09995;HRUN=2;LEN=2;MLLD=132.181;QD=26.7246;RBI=0.033558;REFB=-0.0479476;REVB=-0.00500219;RO=5;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275355;STB=0.676889;STBP=0.22;TYPE=mnp;VARB=0.0496997;OID=.;OPOS=795985;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:7:20:8:18:5:1:7:2:3:41:5:1:6:2:3 chr5 795992 . C A 113.19 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00235156;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.125;QD=22.6371;RBI=0.00311221;REFB=-0.0537095;REVB=-0.00203863;RO=5;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2967;STB=0.635965;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0138254;OID=.;OPOS=795992;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:20:20:5:7:8:8:0.4:7:1:2:3:7:1:2:5 chr5 796008 . G T 77.62 PASS AF=0.3125;AO=5;DP=17;FAO=5;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0291473;FXX=0.0587889;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.326;QD=19.4046;RBI=0.0363087;REFB=-0.0119757;REVB=-0.0216508;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158244;STB=0.599562;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0471276;OID=.;OPOS=796008;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:17:16:6:6:5:5:0.3125:4:1:2:4:4:1:2:4 chr5 796221 . G A 35.23 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0036415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.866;QD=7.82992;RBI=0.00815911;REFB=0.000664651;REVB=-0.0073014;RO=11;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.659866;STB=0.886028;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00082043;OID=.;OPOS=796221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:18:18:11:12:5:6:0.333333:1:4:1:10:1:5:2:10 chr5 796272 . T A 92.25 PASS AF=0.361111;AO=12;DP=33;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0281233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=34.5216;QD=10.2502;RBI=0.0306914;REFB=-0.0539292;REVB=0.0122899;RO=21;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39214;STB=0.691082;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0937928;OID=.;OPOS=796272;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:33:36:21:23:12:13:0.361111:4:8:6:15:5:8:7:16 chr5 796277 . T C 103.95 PASS AF=0.361111;AO=12;DP=35;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0248997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.348;QD=11.5494;RBI=0.0611799;REFB=-0.0212452;REVB=-0.0558837;RO=21;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348022;STB=0.691082;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0431775;OID=.;OPOS=796277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:21:23:12:13:0.361111:4:8:7:14:5:8:7:16 chr5 796297 . C T 75.08 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0144682;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.643;QD=10.0107;RBI=0.0170661;REFB=-0.0225936;REVB=0.00905112;RO=20;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21739;STB=0.63132;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0475309;OID=.;OPOS=796297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:31:30:20:20:10:10:0.333333:4:6:8:12:4:6:8:12 chr5 796328 . T C 64.42 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0682351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0391;QD=9.91114;RBI=0.0785915;REFB=0.00086105;REVB=0.0389947;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160115;STB=0.629974;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=-0.00449859;OID=.;OPOS=796328;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:15:17:9:9:0.346154:4:5:6:9:4:5:6:11 chr5 796333 . G A 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0325276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.888;QD=10.8843;RBI=0.0328216;REFB=-0.0253231;REVB=0.00438316;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160115;STB=0.59612;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0527232;OID=.;OPOS=796333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:4:5:6:9:4:5:6:9 chr5 819671 . C T 282.71 PASS AF=0.327434;AO=37;DP=113;FAO=37;FDP=113;FR=.;FRO=76;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=-0.00590939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.103;QD=10.0074;RBI=0.00725314;REFB=-0.0110272;REVB=-0.0042056;RO=76;SAF=17;SAR=20;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918798;STB=0.553153;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.02854;OID=.;OPOS=819671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:76:76:37:37:0.327434:20:17:29:47:20:17:29:47 chr5 824172 . G A 126.09 PASS AF=0.174242;AO=22;DP=133;FAO=23;FDP=132;FR=.;FRO=109;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=47;FSRR=62;FWDB=-0.0133596;FXX=0.0294096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.779;QD=3.8208;RBI=0.0397847;REFB=-0.0125787;REVB=-0.0374745;RO=108;SAF=13;SAR=9;SRF=46;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207699;STB=0.609282;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0478592;OID=.;OPOS=824172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:108:109:22:23:0.174242:9:13:46:62:10:13:47:62 chr5 824190 . G A 168.02 PASS AF=0.202899;AO=28;DP=138;FAO=28;FDP=138;FR=.;FRO=110;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=45;FSRR=65;FWDB=0.0415239;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.14;QD=4.87007;RBI=0.11641;REFB=0.00119818;REVB=0.108752;RO=105;SAF=15;SAR=13;SRF=44;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147372;STB=0.599931;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.00385233;OID=.;OPOS=824190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:105:110:28:28:0.202899:13:15:44:61:13:15:45:65 chr5 825280 . C T 1438.44 PASS AF=0.534351;AO=140;DP=263;FAO=140;FDP=262;FR=.;FRO=122;FSAF=62;FSAR=78;FSRF=53;FSRR=69;FWDB=0.0322088;FXX=0.00380214;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.169;QD=21.9608;RBI=0.0594161;REFB=-0.0166262;REVB=-0.0499287;RO=118;SAF=62;SAR=78;SRF=52;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00185403;STB=0.503981;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0142674;OID=.;OPOS=825280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:262:118:122:140:140:0.534351:78:62:52:66:78:62:53:69 chr5 825286 . G T 228.62 PASS AF=0.170455;AO=41;DP=262;FAO=45;FDP=264;FR=.;FRO=219;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=101;FSRR=118;FWDB=-0.0214183;FXX=0.0112355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.946;QD=3.46397;RBI=0.0413064;REFB=-0.0112927;REVB=-0.0353196;RO=217;SAF=13;SAR=28;SRF=99;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18688;STB=0.571001;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0339902;OID=.;OPOS=825286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:262:264:217:219:41:45:0.170455:28:13:99:118:28:17:101:118 chr5 825297 . A G 281.0 PASS AF=0.1875;AO=49;DP=268;FAO=51;FDP=272;FR=.;FRO=221;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=99;FSRR=122;FWDB=-0.0195643;FXX=0.00366287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8602;QD=4.1324;RBI=0.0218069;REFB=-0.00137601;REVB=-0.00963224;RO=219;SAF=20;SAR=29;SRF=97;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458946;STB=0.530023;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0147787;OID=.;OPOS=825297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:268:272:219:221:49:51:0.1875:29:20:97:122:30:21:99:122 chr5 840342 . A G 162.77 PASS AF=0.216;AO=27;DP=124;FAO=27;FDP=125;FR=.;FRO=98;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=-0.023137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.168;QD=5.20873;RBI=0.0560697;REFB=-0.00720128;REVB=-0.0510734;RO=97;SAF=10;SAR=17;SRF=46;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134108;STB=0.587563;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0257933;OID=.;OPOS=840342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:97:98:27:27:0.216:17:10:46:51:17:10:47:51 chr5 843723 . C A 62.4 PASS AF=0.0967742;AO=18;DP=186;FAO=18;FDP=186;FR=.;FRO=168;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=76;FSRR=92;FWDB=0.016102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.204;QD=1.34198;RBI=0.0271185;REFB=-0.00994623;REVB=-0.0218207;RO=165;SAF=3;SAR=15;SRF=75;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371288;STB=0.786507;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0691181;OID=.;OPOS=843723;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:186:186:165:168:18:18:0.0967742:15:3:75:90:15:3:76:92 chr5 843815 . C T 57.74 PASS AF=0.131868;AO=12;DP=91;FAO=12;FDP=91;FR=.;FRO=79;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=0.0208029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.183;QD=2.53783;RBI=0.0302564;REFB=-0.00440548;REVB=-0.0219702;RO=79;SAF=2;SAR=10;SRF=34;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364825;STB=0.765465;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0208573;OID=.;OPOS=843815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:91:91:79:79:12:12:0.131868:10:2:34:45:10:2:34:45 chr5 878525 . T A 525.54 PASS AF=0.294118;AO=70;DP=241;FAO=70;FDP=238;FR=.;FRO=168;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=71;FSRR=97;FWDB=-0.0384177;FXX=0.0124476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.478;QD=8.83253;RBI=0.0398678;REFB=-0.00817481;REVB=-0.0106543;RO=168;SAF=24;SAR=46;SRF=73;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117383;STB=0.560095;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0196975;OID=.;OPOS=878525;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:238:168:168:70:70:0.294118:46:24:73:95:46:24:71:97 chr5 878551 . A G 63.92 PASS AF=0.0931373;AO=19;DP=206;FAO=19;FDP=204;FR=.;FRO=185;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=68;FSRR=117;FWDB=-0.0127842;FXX=0.00970827;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.125;QD=1.2533;RBI=0.0143994;REFB=-0.0015657;REVB=-0.00662632;RO=184;SAF=1;SAR=18;SRF=67;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480237;STB=0.901428;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0205871;OID=.;OPOS=878551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:206:204:184:185:19:19:0.0931373:18:1:67:117:18:1:68:117 chr5 1036900 . C T 357.45 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0446844;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.981;QD=21.9971;RBI=0.0454539;REFB=-0.0339281;REVB=-0.00832825;RO=29;SAF=20;SAR=16;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591029;STB=0.532628;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0217074;OID=.;OPOS=1036900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:29:29:36:36:0.553846:16:20:14:15:16:20:14:15 chr5 1036962 . C A 181.52 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0134062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5345;QD=24.2032;RBI=0.013877;REFB=-0.0127717;REVB=-0.00358414;RO=12;SAF=5;SAR=13;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104803;STB=0.558192;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0101862;OID=.;OPOS=1036962;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:13:5:2:10:13:5:2:10 chr5 1038526 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6171;QD=43.4861;RBI=0.0754001;REFB=0;REVB=0.0650233;RO=1;SAF=7;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599362;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00358269;OID=.;OPOS=1038526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:1:0:11:12:1:4:7:1:0:4:8:0:0 chr5 1052360 . C T 300.26 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=78;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0398511;FXX=0.0987532;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.597;QD=16.4528;RBI=0.0408173;REFB=-0.0248808;REVB=-0.00882816;RO=40;SAF=22;SAR=10;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196277;STB=0.618798;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0452239;OID=.;OPOS=1052360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:73:40:41:32:32:0.438356:10:22:20:20:10:22:20:21 chr5 1057615 . A G 117.12 PASS AF=0.236842;AO=18;DP=75;FAO=18;FDP=76;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=-0.0208262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.488;QD=6.16401;RBI=0.021763;REFB=-0.000238089;REVB=-0.00631648;RO=56;SAF=9;SAR=9;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132313;STB=0.565718;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.000566094;OID=.;OPOS=1057615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:56:58:18:18:0.236842:9:9:34:22:9:9:34:24 chr5 1063998 . G A 665.47 PASS AF=0.349138;AO=81;DP=231;FAO=81;FDP=232;FR=.;FRO=151;FSAF=53;FSAR=28;FSRF=79;FSRR=72;FWDB=0.00586859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.339;QD=11.4736;RBI=0.0153645;REFB=-0.00908759;REVB=0.0141996;RO=147;SAF=53;SAR=28;SRF=77;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154108;STB=0.589128;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0189472;OID=.;OPOS=1063998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:232:147:151:81:81:0.349138:28:53:77:70:28:53:79:72 chr5 1065399 . C T 328.27 PASS AF=0.636364;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=44;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00263595;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.696;QD=29.8429;RBI=0.0165737;REFB=-0.013715;REVB=0.0163628;RO=16;SAF=11;SAR=17;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194845;STB=0.607066;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00578119;OID=.;OPOS=1065399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:16:16:28:28:0.636364:17:11:11:5:17:11:11:5 chr5 1078089 . G A 310.74 PASS AF=0.584906;AO=30;DP=51;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00376989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.207;QD=23.4522;RBI=0.0357749;REFB=-0.0271864;REVB=-0.0355757;RO=21;SAF=14;SAR=16;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137388;STB=0.58818;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00912945;OID=.;OPOS=1078089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:21:22:30:31:0.584906:16:14:6:15:16:15:6:16 chr5 1081702 . A G 137.52 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0353641;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.686;QD=8.87236;RBI=0.0500819;REFB=-0.0143439;REVB=-0.0354624;RO=44;SAF=7;SAR=12;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208017;STB=0.63144;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0627911;OID=.;OPOS=1081702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:44:43:19:19:0.306452:12:7:24:20:12:7:24:19 chr5 1081767 . C T 495.52 PASS AF=0.709677;AO=43;DP=61;FAO=44;FDP=62;FR=.;FRO=18;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0450811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.424;QD=31.9692;RBI=0.0588436;REFB=-0.015719;REVB=0.0378188;RO=18;SAF=22;SAR=21;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668175;STB=0.538782;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00512969;OID=.;OPOS=1081767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:18:18:43:44:0.709677:21:22:7:11:21:23:7:11 chr5 1084074 . G A 110.36 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=28;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00339339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.34;QD=15.2215;RBI=0.0184438;REFB=-0.0240998;REVB=0.018129;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369821;STB=0.706492;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0413681;OID=.;OPOS=1084074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:15:16:12:13:0.448276:4:8:4:11:4:9:5:11 chr5 1208964 . T C 124.66 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0696468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.411;QD=10.1768;RBI=0.0697007;REFB=-0.0127818;REVB=0.00274068;RO=34;SAF=9;SAR=6;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488849;STB=0.529372;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0336632;OID=.;OPOS=1208964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:6:9:19:15:6:9:19:15 chr5 1213668 . G A 453.21 PASS AF=0.353333;AO=52;DP=146;FAO=53;FDP=150;FR=.;FRO=97;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=53;FSRR=44;FWDB=-0.00497966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9802;QD=12.0856;RBI=0.0115307;REFB=-0.0271489;REVB=-0.0104;RO=94;SAF=28;SAR=24;SRF=51;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00463781;STB=0.511747;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0124023;OID=.;OPOS=1213668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:150:94:97:52:53:0.353333:24:28:51:43:25:28:53:44 chr5 1216775 . A G 236.84 PASS AF=0.304762;AO=32;DP=105;FAO=32;FDP=105;FR=.;FRO=73;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=37;FWDB=-0.0719016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3473;QD=9.02252;RBI=0.0778983;REFB=-0.025654;REVB=-0.0299717;RO=73;SAF=10;SAR=22;SRF=36;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223195;STB=0.631625;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0666605;OID=.;OPOS=1216775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:73:73:32:32:0.304762:22:10:36:37:22:10:36:37 chr5 1225613 . G A 34.88 PASS AF=0.114754;AO=7;DP=61;FAO=7;FDP=61;FR=.;FRO=54;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00914498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.203;QD=2.28745;RBI=0.0146314;REFB=-0.00406916;REVB=-0.0114213;RO=54;SAF=1;SAR=6;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.451106;STB=0.843644;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0251256;OID=.;OPOS=1225613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:61:61:54:54:7:7:0.114754:6:1:28:26:6:1:28:26 chr5 1225626 . T A 64.84 PASS AF=0.164384;AO=12;DP=71;FAO=12;FDP=73;FR=.;FRO=61;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0294638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3128;QD=3.55285;RBI=0.0488268;REFB=-0.00603329;REVB=-0.0389351;RO=59;SAF=1;SAR=11;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.531549;STB=0.871793;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.034997;OID=.;OPOS=1225626;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:71:73:59:61:12:12:0.164384:11:1:26:33:11:1:27:34 chr5 1225687 . CT TC 117.54 PASS AF=0.196262;AO=20;DP=110;FAO=21;FDP=107;FR=.;FRO=86;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=56;FWDB=-0.0126724;FXX=0.0446389;HRUN=1;LEN=2;MLLD=216.681;QD=4.39391;RBI=0.0126751;REFB=-0.00507846;REVB=0.000263657;RO=83;SAF=10;SAR=10;SRF=30;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177082;STB=0.60351;STBP=0.315;TYPE=mnp;VARB=0.0153851;OID=.;OPOS=1225687;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:107:83:86:20:21:0.196262:10:10:30:53:11:10:30:56 chr5 1225703 . A G 124.38 PASS AF=0.208333;AO=19;DP=95;FAO=20;FDP=96;FR=.;FRO=76;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=0.0255091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.518;QD=5.18244;RBI=0.0430316;REFB=-0.00876041;REVB=-0.0346555;RO=76;SAF=10;SAR=9;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182241;STB=0.631022;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0339531;OID=.;OPOS=1225703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:76:76:19:20:0.208333:9:10:29:47:9:11:29:47 chr5 1240757 . C G 166.5 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0113595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.253;QD=9.94049;RBI=0.0165569;REFB=-0.0161758;REVB=-0.0120455;RO=44;SAF=9;SAR=13;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265489;STB=0.524317;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0322077;OID=.;OPOS=1240757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:45:22:22:0.328358:13:9:19:25:13:9:20:25 chr5 1244425 . C T 309.73 PASS AF=0.255556;AO=46;DP=181;FAO=46;FDP=180;FR=.;FRO=134;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=68;FSRR=66;FWDB=-0.0135309;FXX=0.0109884;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.543;QD=6.88289;RBI=0.0242773;REFB=-0.00962707;REVB=-0.0201569;RO=133;SAF=34;SAR=12;SRF=67;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309531;STB=0.684127;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0346576;OID=.;OPOS=1244425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:180:133:134:46:46:0.255556:12:34:67:66:12:34:68:66 chr5 1294086 . C T 338.13 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=0.0210188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.854;QD=22.9239;RBI=0.0226741;REFB=-0.012982;REVB=0.00850451;RO=25;SAF=5;SAR=29;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194987;STB=0.510757;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0115351;OID=.;OPOS=1294086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:29:5:4:21:29:5:4:21 chr5 1364242 . C G 421.92 PASS AF=0.755556;AO=31;DP=43;FAO=34;FDP=45;FR=.;FRO=11;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0779724;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9593;QD=37.5044;RBI=0.0884486;REFB=-0.0198876;REVB=0.0417547;RO=10;SAF=21;SAR=10;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391545;STB=0.504852;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0164959;OID=.;OPOS=1364242;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:43:45:10:11:31:34:0.755556:10:21:6:4:13:21:7:4 chr5 1364439 . T C 126.83 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=63;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=-0.0165574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.505;QD=8.05272;RBI=0.0188384;REFB=-0.00292321;REVB=0.00898548;RO=40;SAF=0;SAR=8;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.754299;STB=0.548683;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00779702;OID=.;OPOS=1364439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:45:8:18:0.285714:8:0:27:13:8:10:28:17 chr5 1394815 . A G 79.14 PASS AF=0.234043;AO=10;DP=46;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00341862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.808;QD=6.73532;RBI=0.0133529;REFB=-0.00419835;REVB=-0.0129078;RO=35;SAF=3;SAR=7;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265381;STB=0.606103;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0177615;OID=.;OPOS=1394815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:47:35:36:10:11:0.234043:7:3:18:17:7:4:18:18 chr5 1401380 . C T 162.2 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0437305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.472;QD=12.015;RBI=0.0444646;REFB=0.000658538;REVB=-0.00804619;RO=34;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232932;STB=0.634904;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00207356;OID=.;OPOS=1401380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:8:12:13:21:8:12:13:21 chr5 1463202 . TA T,TT 139.78 PASS AF=0.314286,0.342857;AO=4,12;DP=31;FAO=11,12;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=8,9;FSAR=3,3;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.0128564,0.0610748;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=7.42374,10.9744;QD=15.9752;RBI=0.0148131,0.0686818;REFB=-0.00322926,-0.0432643;REVB=0.00735796,-0.0314175;RO=7;SAF=2,9;SAR=2,3;SRF=7;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.539327,-0.252478;STB=0.714018,0.699765;STBP=0.181,0.166;TYPE=del,snp;VARB=-0.011499,0.028683;OID=.,.;OPOS=1463203,1463203;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.314286,0.342857:4,12:31:11,12:35:12:8,9:3,3:12:0:43:7:2,9:2,3:7:0 chr5 1466919 . G A 1190.05 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.514;QD=61.0282;RBI=0.0302647;REFB=0;REVB=0.00312217;RO=0;SAF=46;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.79995e-05;OID=.;OPOS=1466919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:32:46:0:0:32:46:0:0 chr5 1494909 . C T 1190.38 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.426;QD=61.0452;RBI=0.0686464;REFB=0;REVB=0.0439673;RO=0;SAF=27;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218371;OID=.;OPOS=1494909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:51:27:0:0:51:27:0:0 chr5 1708983 . G A 511.45 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.077;QD=58.4514;RBI=0.0218557;REFB=0;REVB=-0.00708094;RO=0;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.69836e-05;OID=.;OPOS=1708983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:35:0:0:32:35:1:12:20:0:0:13:22:0:0 chr5 1880865 . T C 1032.35 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.933;QD=58.1603;RBI=0.031309;REFB=0;REVB=0.0255404;RO=0;SAF=33;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000840429;OID=.;OPOS=1880865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:71:0:0:66:71:1:33:33:0:0:36:35:0:0 chr5 2184901 . C T 379.66 PASS AF=0.387931;AO=45;DP=117;FAO=45;FDP=116;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=0.00657562;FXX=0.00854628;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.732;QD=13.0916;RBI=0.0128197;REFB=-0.00713966;REVB=-0.0110048;RO=71;SAF=17;SAR=28;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112119;STB=0.56373;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00826771;OID=.;OPOS=2184901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:71:71:45:45:0.387931:28:17:34:37:28:17:34:37 chr5 2755191 . G C 415.17 PASS AF=0.672131;AO=38;DP=53;FAO=41;FDP=61;FR=.;FRO=20;FSAF=37;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.00565826;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.2457;QD=27.2244;RBI=0.0386681;REFB=-0.0634158;REVB=-0.0382519;RO=15;SAF=34;SAR=4;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24531;STB=0.644515;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0307565;OID=.;OPOS=2755191;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:61:15:20:38:41:0.672131:4:34:10:5:4:37:14:6 chr5 3600334 . T C 1031.6 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00658523;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.475;QD=59.803;RBI=0.026626;REFB=0;REVB=-0.0257988;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247379;OID=.;OPOS=3600334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:29:40:0:0:29:40:0:0 chr5 3610658 . T C 1123.48 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00859269;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.456;QD=59.1308;RBI=0.0197143;REFB=-0.0134266;REVB=0.0177431;RO=1;SAF=27;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00975651;STB=0.505153;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00172101;OID=.;OPOS=3610658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:48:27:0:1:48:27:0:1 chr5 5146335 . C G 361.01 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0761069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.7255;QD=20.3388;RBI=0.0800862;REFB=-0.0801187;REVB=-0.0249307;RO=27;SAF=16;SAR=21;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784393;STB=0.518508;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0668876;OID=.;OPOS=5146335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:71:27:34:37:37:0.521127:21:16:9:18:21:16:16:18 chr5 5146395 . A G 1250.71 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00529592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.158;QD=60.2751;RBI=0.0166165;REFB=-0.154046;REVB=0.01575;RO=0;SAF=44;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11453e-08;STB=0.505617;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000146072;OID=.;OPOS=5146395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:83:0:1:82:82:0.987952:38:44:0:0:38:44:1:0 chr5 5200281 . C T 728.67 PASS AF=1;AO=40;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193945;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.307;QD=63.3626;RBI=0.0194897;REFB=0;REVB=0.0019244;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000541278;OID=.;OPOS=5200281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:40:46:1:21:19:0:0:24:22:0:0 chr5 5239375 . C T 152.63 PASS AF=0.252874;AO=22;DP=87;FAO=22;FDP=87;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.00394028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.437;QD=7.0175;RBI=0.0255409;REFB=-0.0103049;REVB=0.0252351;RO=64;SAF=13;SAR=9;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933176;STB=0.562772;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0252716;OID=.;OPOS=5239375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:64:65:22:22:0.252874:9:13:33:31:9:13:33:32 chr5 5242218 . G T 1483.65 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302979;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.091;QD=62.4694;RBI=0.0439307;REFB=-0.0631787;REVB=0.0318111;RO=1;SAF=39;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012002;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347161;OID=.;OPOS=5242218;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:96:95:1:0:94:95:1:55:39:1:0:55:40:0:0 chr5 5242228 . C T 1472.23 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.644;QD=63.3216;RBI=0.0234038;REFB=0;REVB=0.0207808;RO=0;SAF=34;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.20828e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52729e-05;OID=.;OPOS=5242228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:59:34:0:0:59:34:0:0 chr5 5306809 . AG A 135.34 PASS AF=0.55;AO=30;DP=62;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=32;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.0506242;FXX=0.0476115;HRUN=4;LEN=1;MLLD=10.1227;QD=9.02241;RBI=0.060402;REFB=-0.117558;REVB=-0.0329484;RO=23;SAF=1;SAR=29;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0.358629;SSSB=-0.497766;STB=0.808388;STBP=0.011;TYPE=del;VARB=0.117895;OID=.;OPOS=5306810;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55:30:62:33:60:27:1:32:6:21:84:23:1:29:5:18 chr5 5460569 . C T 630.13 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.482;QD=61.4762;RBI=0.0215761;REFB=0;REVB=0.00962408;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187492;OID=.;OPOS=5460569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr5 5460619 . G C 689.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3875;QD=62.6672;RBI=0.0589647;REFB=0;REVB=0.0578577;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278408;OID=.;OPOS=5460619;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr5 5462148 . G A 365.04 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0411343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.549;QD=52.1491;RBI=0.0461313;REFB=-0.0908963;REVB=-0.0208822;RO=1;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320562;STB=0.517229;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0057387;OID=.;OPOS=5462148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:14:13:0:1:14:13:0:1 chr5 6600150 . G A 1339.56 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.009;QD=62.3053;RBI=0.0766134;REFB=0;REVB=0.0612149;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308894;OID=.;OPOS=6600150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:45:41:0:0:45:41:0:0 chr5 6645016 . A G 785.53 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0911;QD=64.1246;RBI=0.0346257;REFB=0;REVB=0.0179713;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418984;OID=.;OPOS=6645016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr5 6748659 . T C 1364.97 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00525688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.108;QD=62.044;RBI=0.0219462;REFB=0;REVB=-0.0213073;RO=0;SAF=37;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023432;OID=.;OPOS=6748659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:86:88:1:49:37:0:0:49:39:0:0 chr5 8619227 . C T 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.748;QD=58.5869;RBI=0.0267815;REFB=0;REVB=0.0208462;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.4487e-05;OID=.;OPOS=8619227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr5 8619258 . G A 524.68 PASS AF=1;AO=31;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179906;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.387;QD=59.9635;RBI=0.0308295;REFB=0;REVB=0.0250358;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99728e-05;OID=.;OPOS=8619258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:31:35:1:19:12:0:0:22:13:0:0 chr5 9041924 . T C 629.1 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00946566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.342;QD=57.1911;RBI=0.0475917;REFB=-0.0995415;REVB=0.0466409;RO=2;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335106;STB=0.517849;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00164095;OID=.;OPOS=9041924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:27:15:0:2:27:15:0:2 chr5 9041935 . G A 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.488;QD=62.9822;RBI=0.0219168;REFB=0;REVB=-0.0185271;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.38644e-05;OID=.;OPOS=9041935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr5 9053945 . C T 334.07 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7877;QD=53.451;RBI=0.0193644;REFB=0;REVB=0.0103158;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310092;OID=.;OPOS=9053945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:18:5:0:0:18:7:0:0 chr5 9108333 . C T 548.52 PASS AF=0.662162;AO=48;DP=73;FAO=49;FDP=74;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0442169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.53;QD=29.6495;RBI=0.0464158;REFB=0.0098674;REVB=0.014117;RO=24;SAF=17;SAR=31;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171709;STB=0.580886;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.00307443;OID=.;OPOS=9108333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:24:25:48:49:0.662162:31:17:15:9:31:18:15:10 chr5 9122926 . C T 468.65 PASS AF=0.647059;AO=42;DP=64;FAO=44;FDP=68;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00243039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.9272;QD=27.5679;RBI=0.0199661;REFB=-0.0613861;REVB=-0.0198176;RO=22;SAF=11;SAR=31;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00879742;STB=0.537718;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0397772;OID=.;OPOS=9122926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:68:22:24:42:44:0.647059:31:11:6:16:33:11:8:16 chr5 9154659 . G C 267.26 PASS AF=0.327103;AO=35;DP=107;FAO=35;FDP=107;FR=.;FRO=72;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=40;FSRR=32;FWDB=-0.0146022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3157;QD=9.99105;RBI=0.0154579;REFB=0.0090723;REVB=0.00507157;RO=67;SAF=9;SAR=26;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364748;STB=0.70923;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0190273;OID=.;OPOS=9154659;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:67:72:35:35:0.327103:26:9:38:29:26:9:40:32 chr5 9190404 . G A 509.5 PASS AF=0.592593;AO=47;DP=80;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00216709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.095;QD=25.1606;RBI=0.00282323;REFB=-0.00561613;REVB=-0.00180952;RO=32;SAF=21;SAR=26;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627935;STB=0.544168;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00412688;OID=.;OPOS=9190404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:32:33:47:48:0.592593:26:21:17:15:27:21:18:15 chr5 9280957 . C A 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3822;QD=61.6809;RBI=0.0146472;REFB=0;REVB=-0.010682;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114698;OID=.;OPOS=9280957;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:14:27:0:0:14:27:0:0 chr5 9629529 . G A 256.79 PASS AF=0.631579;AO=23;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0587212;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.432;QD=27.0306;RBI=0.0616414;REFB=-0.0112943;REVB=0.0187479;RO=14;SAF=8;SAR=15;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206348;STB=0.618081;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00531769;OID=.;OPOS=9629529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:23:24:0.631579:15:8:9:5:16:8:9:5 chr5 10256161 . T C 296.84 PASS AF=0.312;AO=39;DP=126;FAO=39;FDP=125;FR=.;FRO=86;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=0.00411728;FXX=0.0157468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.324;QD=9.49881;RBI=0.00867398;REFB=-0.0118678;REVB=-0.00763452;RO=86;SAF=15;SAR=24;SRF=39;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837103;STB=0.548895;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0239575;OID=.;OPOS=10256161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:86:86:39:39:0.312:24:15:39:47:24:15:39:47 chr5 10282396 . A G 112.87 PASS AF=0.25;AO=17;DP=69;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.00483928;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.561;QD=6.63921;RBI=0.00572247;REFB=-0.00290725;REVB=0.00305418;RO=51;SAF=11;SAR=6;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124525;STB=0.576761;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0106362;OID=.;OPOS=10282396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:51:51:17:17:0.25:6:11:28:23:6:11:28:23 chr5 10564846 . C T 696.74 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0440122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8167;QD=52.5842;RBI=0.0466641;REFB=0.0463992;REVB=0.015507;RO=1;SAF=22;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209217;STB=0.521731;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.00128493;OID=.;OPOS=10564846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:53:1:2:51:51:0.962264:29:22:1:0:29:22:2:0 chr5 10624844 . C T 618.87 PASS AF=0.697368;AO=53;DP=76;FAO=53;FDP=76;FR=.;FRO=23;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0129548;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.562;QD=32.572;RBI=0.0141048;REFB=-0.0298462;REVB=-0.00557847;RO=23;SAF=31;SAR=22;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361818;STB=0.519546;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0152531;OID=.;OPOS=10624844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:23:23:53:53:0.697368:22:31:12:11:22:31:12:11 chr5 10624887 . T C 174.77 PASS AF=0.272727;AO=24;DP=89;FAO=24;FDP=88;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.0232919;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.461;QD=7.94426;RBI=0.023294;REFB=-0.008713;REVB=0.000312705;RO=64;SAF=13;SAR=11;SRF=34;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126919;STB=0.503814;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0211605;OID=.;OPOS=10624887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:64:64:24:24:0.272727:11:13:34:30:11:13:35:29 chr5 11117583 . C T 528.93 PASS AF=0.583333;AO=48;DP=79;FAO=49;FDP=84;FR=.;FRO=35;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0368534;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.4734;QD=25.1871;RBI=0.0947964;REFB=-0.0447625;REVB=0.0873395;RO=31;SAF=32;SAR=16;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172753;STB=0.507689;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0349628;OID=.;OPOS=11117583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:84:31:35:48:49:0.583333:16:32:20:11:16:33:23:12 chr5 13717471 . T C 685.68 PASS AF=0.564103;AO=66;DP=118;FAO=66;FDP=117;FR=.;FRO=51;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.0250237;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.189;QD=23.4421;RBI=0.0253201;REFB=-0.0180854;REVB=-0.00386285;RO=50;SAF=36;SAR=30;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115907;STB=0.510201;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0111368;OID=.;OPOS=13717471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:50:51:66:66:0.564103:30:36:28:22:30:36:29:22 chr5 13754394 . C T 1125.5 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00916646;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.619;QD=59.2367;RBI=0.0139141;REFB=-0.020745;REVB=-0.010468;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214534;OID=.;OPOS=13754394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:76:76:0:0:74:76:1:33:41:0:0:34:42:0:0 chr5 13762972 . T C 295.57 PASS AF=0.428571;AO=28;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0211482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.31;QD=15.354;RBI=0.0212182;REFB=-0.00682149;REVB=0.00172156;RO=31;SAF=6;SAR=22;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238049;STB=0.629838;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00612234;OID=.;OPOS=13762972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:31:44:28:33:0.428571:22:6:13:18:24:9:21:23 chr5 13788886 . C A 1767.18 PASS AF=0.991525;AO=117;DP=118;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00935718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7436;QD=59.9045;RBI=0.00935797;REFB=0.0370544;REVB=0.00012174;RO=1;SAF=69;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683397;STB=0.503597;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.00283689;OID=.;OPOS=13788886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:118:1:1:117:117:0.991525:48:69:1:0:48:69:1:0 chr5 13829795 . G A 108.0 PASS AF=0.1875;AO=18;DP=96;FAO=18;FDP=96;FR=.;FRO=78;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=-0.052585;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.213;QD=4.50001;RBI=0.0536691;REFB=-0.00712868;REVB=-0.0107328;RO=76;SAF=9;SAR=9;SRF=43;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0831623;STB=0.552026;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0292832;OID=.;OPOS=13829795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:76:78:18:18:0.1875:9:9:43:33:9:9:44:34 chr5 13829799 . G A 1428.93 PASS AF=0.978723;AO=92;DP=95;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00790642;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.648;QD=60.8055;RBI=0.00829085;REFB=0.00487951;REVB=0.00249533;RO=2;SAF=51;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225604;STB=0.511902;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-2.13476e-07;OID=.;OPOS=13829799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:94:2:2:92:92:0.978723:41:51:0:2:41:51:0:2 chr5 13845045 . G A 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.984;QD=62.0083;RBI=0.0437219;REFB=0;REVB=-0.00309573;RO=0;SAF=30;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35997e-05;OID=.;OPOS=13845045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:54:30:0:0:54:30:0:0 chr5 13900345 . A G 1726.4 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=117;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00890842;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.13;QD=60.0486;RBI=0.0193712;REFB=-0.0298461;REVB=0.0172013;RO=1;SAF=71;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109144;STB=0.505746;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000293543;OID=.;OPOS=13900345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:117:115:1:1:114:114:0.991304:43:71:0:1:43:71:0:1 chr5 13902220 . T C 207.1 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0877112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.582;QD=48.7288;RBI=0.0879681;REFB=0;REVB=-0.00671739;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000938881;OID=.;OPOS=13902220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr5 13913885 . A G 2735.99 PASS AF=0.99435;AO=176;DP=177;FAO=176;FDP=177;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=90;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00955902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.795;QD=61.8304;RBI=0.0146507;REFB=-0.123005;REVB=-0.0111026;RO=1;SAF=86;SAR=90;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00550317;STB=0.50289;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.000306285;OID=.;OPOS=13913885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:177:177:1:1:176:176:0.99435:90:86:1:0:90:86:1:0 chr5 13931340 . C T 803.89 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2027;QD=64.3111;RBI=0.0312762;REFB=0;REVB=0.0137249;RO=0;SAF=11;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000183295;OID=.;OPOS=13931340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:39:11:0:0:39:11:0:0 chr5 13944512 . A C 955.14 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00858258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2582;QD=58.7776;RBI=0.0279453;REFB=0;REVB=0.0265948;RO=0;SAF=49;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331222;OID=.;OPOS=13944512;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:16:49:0:0:16:49:0:0 chr5 14184022 . G A,T 708.92 PASS AF=0.927273,0.0727273;AO=45,3;DP=49;FAO=51,4;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=30,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00732516,-0.0059046;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=164.057,50.0575;QD=51.5579;RBI=0.00732563,0.00679378;REFB=0,0;REVB=-8.33887e-05,0.00336024;RO=0;SAF=17,0;SAR=28,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00242828,0.0342722;OID=.,.;OPOS=14184022,14184022;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:49:55:0:0:45,3:51,4:0.927273,0.0727273:28,3:17,0:0:0:30,4:21,0:0:0 chr5 14184079 . G A 724.55 PASS AF=0.981132;AO=50;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0385061;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.763;QD=54.683;RBI=0.0389347;REFB=-0.138094;REVB=0.00576143;RO=1;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184579;STB=0.509087;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00199817;OID=.;OPOS=14184079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:1:1:50:52:0.981132:25:25:0:1:27:25:0:1 chr5 14316642 . G A 460.05 PASS AF=0.623188;AO=43;DP=69;FAO=43;FDP=69;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.045614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1457;QD=26.6693;RBI=0.0609934;REFB=0.0167255;REVB=0.0404914;RO=26;SAF=9;SAR=34;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223603;STB=0.622974;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00856132;OID=.;OPOS=14316642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:26:26:43:43:0.623188:34:9:12:14:34:9:12:14 chr5 14330940 . T C 425.86 PASS AF=0.634921;AO=40;DP=64;FAO=40;FDP=63;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0261423;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.369;QD=27.0389;RBI=0.0271234;REFB=-0.0097692;REVB=-0.00722908;RO=23;SAF=13;SAR=27;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172744;STB=0.509429;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00554544;OID=.;OPOS=14330940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:23:23:40:40:0.634921:27:13:8:15:27:13:8:15 chr5 14397238 . T C 201.9 PASS AF=0.320988;AO=26;DP=81;FAO=26;FDP=81;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.00948592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.108;QD=9.97035;RBI=0.00992157;REFB=-0.0196211;REVB=0.00290772;RO=55;SAF=16;SAR=10;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246566;STB=0.644086;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.025245;OID=.;OPOS=14397238;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:55:55:26:26:0.320988:10:16:22:33:10:16:22:33 chr5 14420027 . A C 318.01 PASS AF=0.375;AO=36;DP=96;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=17;FWDB=-0.0565172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7762;QD=13.2503;RBI=0.064343;REFB=-0.0257473;REVB=0.0307542;RO=60;SAF=21;SAR=15;SRF=43;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155441;STB=0.588189;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0404797;OID=.;OPOS=14420027;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:60:60:36:36:0.375:15:21:43:17:15:21:43:17 chr5 14709412 . A AT 122.61 PASS AF=0.6;AO=15;DP=33;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.225193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.4151;QD=16.3486;RBI=0.247004;REFB=-0.0339242;REVB=0.101483;RO=15;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545405;STBP=0.561;TYPE=ins;VARB=0.00852602;OID=.;OPOS=14709413;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:15:33:18:30:12:8:10:4:8:66:15:5:10:5:10 chr5 14710363 . G GACTT 84.24 PASS AF=0.202899;AO=14;DP=71;FAO=14;FDP=69;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.011459;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=270.521;QD=4.88367;RBI=0.0114804;REFB=-0.00815818;REVB=0.000701904;RO=55;SAF=4;SAR=10;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324698;STB=0.708034;STBP=0.096;TYPE=ins;VARB=0.0417326;OID=.;OPOS=14710364;OREF=-;OALT=ACTT;OMAPALT=GACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.202899:14:71:14:69:55:4:10:30:25:84:55:4:10:30:25 chr5 16478200 . G A 141.27 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0445642;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.311;QD=12.0225;RBI=0.0625061;REFB=-0.0335229;REVB=0.0438297;RO=31;SAF=2;SAR=14;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.540712;STB=0.825628;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0190013;OID=.;OPOS=16478200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:47:31:31:16:16:0.340426:14:2:17:14:14:2:17:14 chr5 16508674 . A G 298.72 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0581276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.355;QD=18.67;RBI=0.0648108;REFB=-0.0229648;REVB=0.0286641;RO=32;SAF=18;SAR=14;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0202633;OID=.;OPOS=16508674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:14:18:18:14:14:18:18:14 chr5 16673975 . C G 139.53 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.00507818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.515;QD=12.4026;RBI=0.0269623;REFB=-0.0123627;REVB=0.0264798;RO=29;SAF=5;SAR=11;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00274891;STB=0.501616;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0127782;OID=.;OPOS=16673975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:11:5:9:20:11:5:9:20 chr5 16769273 . G A 169.45 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0200715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7221;QD=16.5315;RBI=0.0376458;REFB=-0.000546069;REVB=-0.0318487;RO=23;SAF=2;SAR=16;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271701;STB=0.659581;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00180634;OID=.;OPOS=16769273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:16:2:6:17:16:2:6:17 chr5 19721490 . T C,G 2211.76 PASS AF=0.966216,0.0202703;AO=131,8;DP=141;FAO=143,3;FDP=148;FR=.;FRO=2;FSAF=62,3;FSAR=81,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0547706,-0.027018;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=43.0289,105.255;QD=59.7772;RBI=0.0601249,0.0305803;REFB=-0.139197,-0.118573;REVB=0.0248029,-0.0143243;RO=2;SAF=51,7;SAR=80,1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00332355,0.233526;STB=0.500932,0.994603;STBP=0.879,0.221;TYPE=snp,snp;VARB=0.00906804,0.134227;OID=.,.;OPOS=19721490,19721490;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:141:148:2:2:131,8:143,3:0.966216,0.0202703:80,1:51,7:1:1:81,0:62,3:1:1 chr5 21751362 . G A 113.2 PASS AF=0.253731;AO=17;DP=67;FAO=17;FDP=67;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0259997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.321;QD=6.75834;RBI=0.0388219;REFB=-0.0058935;REVB=0.0288298;RO=50;SAF=13;SAR=4;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383556;STB=0.736458;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0142974;OID=.;OPOS=21751362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:50:50:17:17:0.253731:4:13:23:27:4:13:23:27 chr5 21751367 . CTT C 62.22 PASS AF=0.234375;AO=15;DP=64;FAO=15;FDP=64;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0218379;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=38.8911;QD=3.88853;RBI=0.0381785;REFB=-0.00160224;REVB=0.0313162;RO=42;SAF=11;SAR=4;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368779;STB=0.720632;STBP=0.068;TYPE=del;VARB=-0.00269806;OID=.;OPOS=21751368;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.234375:15:64:15:64:49:11:4:22:27:62:42:11:4:18:24 chr5 21752050 . A G 393.72 PASS AF=0.296703;AO=52;DP=181;FAO=54;FDP=182;FR=.;FRO=128;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=57;FSRR=71;FWDB=-0.00795036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.605;QD=8.65312;RBI=0.0191631;REFB=-0.00489837;REVB=-0.0174361;RO=128;SAF=32;SAR=20;SRF=58;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196721;STB=0.616279;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0126906;OID=.;OPOS=21752050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:182:128:128:52:54:0.296703:20:32:58:70:21:33:57:71 chr5 21752056 . A G 371.2 PASS AF=0.288136;AO=51;DP=177;FAO=51;FDP=177;FR=.;FRO=126;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=55;FSRR=71;FWDB=0.0106115;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.024;QD=8.38864;RBI=0.0185493;REFB=-0.00348593;REVB=-0.0152142;RO=126;SAF=30;SAR=21;SRF=55;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182989;STB=0.607219;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00635188;OID=.;OPOS=21752056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:126:126:51:51:0.288136:21:30:55:71:21:30:55:71 chr5 23509184 . C T 297.21 PASS AF=0.44;AO=32;DP=76;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.0371891;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.032;QD=15.8512;RBI=0.0403217;REFB=-0.0407679;REVB=0.0155823;RO=42;SAF=9;SAR=23;SRF=13;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344534;STB=0.525357;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0526968;OID=.;OPOS=23509184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:42:42:32:33:0.44:23:9:13:29:24:9:13:29 chr5 23976115 . G A 515.17 PASS AF=0.5;AO=54;DP=108;FAO=54;FDP=108;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.0161456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4202;QD=19.0805;RBI=0.0302167;REFB=-0.00146658;REVB=0.0255414;RO=54;SAF=22;SAR=32;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183624;STB=0.601466;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00191861;OID=.;OPOS=23976115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:54:54:54:54:0.5:32:22:33:21:32:22:33:21 chr5 24910721 . C G 170.28 PASS AF=0.45;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0211776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8417;QD=17.0284;RBI=0.0387619;REFB=-0.0132929;REVB=-0.0324653;RO=21;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251011;STB=0.628278;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0235183;OID=.;OPOS=24910721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:21:22:18:18:0.45:10:8:15:6:10:8:15:7 chr5 26198575 . G T 450.2 PASS AF=0.535714;AO=43;DP=81;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00320231;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9508;QD=21.4379;RBI=0.00383196;REFB=-0.010058;REVB=0.00210454;RO=38;SAF=17;SAR=26;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456948;STB=0.540522;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00994299;OID=.;OPOS=26198575;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:84:38:39:43:45:0.535714:26:17:17:21:28:17:18:21 chr5 26198591 . C T 1290.68 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0114963;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.203;QD=60.7378;RBI=0.0271276;REFB=0.0308991;REVB=0.0245712;RO=1;SAF=34;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137272;STB=0.507245;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-4.75058e-05;OID=.;OPOS=26198591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:85:1:1:84:84:0.988235:50:34:1:0:50:34:1:0 chr5 26903557 . G A 716.32 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00124496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.825;QD=62.289;RBI=0.0198856;REFB=0;REVB=0.0198466;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65021e-05;OID=.;OPOS=26903557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:23:22:0:0:23:23:0:0 chr5 26988328 . G A 726.32 PASS AF=0.466667;AO=76;DP=166;FAO=77;FDP=165;FR=.;FRO=88;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=-0.0387534;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6368;QD=17.6076;RBI=0.0473412;REFB=0.00174491;REVB=-0.0271912;RO=87;SAF=44;SAR=32;SRF=40;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115309;STB=0.569602;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00291205;OID=.;OPOS=26988328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:87:88:76:77:0.466667:32:44:40:47:32:45:40:48 chr5 26988424 . T C 386.35 PASS AF=0.432692;AO=44;DP=103;FAO=45;FDP=104;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.0146042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6764;QD=14.8596;RBI=0.0320603;REFB=-0.0278776;REVB=0.0285409;RO=56;SAF=18;SAR=26;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543195;STB=0.516122;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0704165;OID=.;OPOS=26988424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:56:59:44:45:0.432692:26:18:20:36:27:18:22:37 chr5 31401447 . A G 213.53 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00275638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.326;QD=16.1157;RBI=0.0118078;REFB=-0.00646915;REVB=0.0114816;RO=29;SAF=9;SAR=15;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236192;STB=0.633692;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00727421;OID=.;OPOS=31401447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:15:9:18:11:15:9:18:11 chr5 31423007 . T C 391.18 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=96;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=42;FWDB=-0.00711754;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.388;QD=16.4709;RBI=0.0073862;REFB=-0.00211359;REVB=0.00197396;RO=53;SAF=18;SAR=23;SRF=12;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225402;STB=0.628975;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00295478;OID=.;OPOS=31423007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:53:54:41:41:0.431579:23:18:12:41:23:18:12:42 chr5 31468075 . A G 369.56 PASS AF=0.527778;AO=34;DP=67;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00296554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.983;QD=20.5311;RBI=0.0377518;REFB=-0.0166923;REVB=-0.0376352;RO=29;SAF=20;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888296;STB=0.578361;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0118581;OID=.;OPOS=31468075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:72:29:34:34:38:0.527778:14:20:14:15:15:23:15:19 chr5 31515657 . G A 64.06 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.106601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7728;QD=9.49077;RBI=0.107663;REFB=-0.0319805;REVB=-0.0150784;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.52951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0294317;OID=.;OPOS=31515657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:4:5:10:8:4:5:10:8 chr5 31538692 . A C 422.03 PASS AF=0.506024;AO=36;DP=78;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00103983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.74;QD=20.3387;RBI=0.0221343;REFB=-0.0148031;REVB=0.0221098;RO=40;SAF=13;SAR=23;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135397;STB=0.595472;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0196495;OID=.;OPOS=31538692;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:83:40:41:36:42:0.506024:23:13:20:20:29:13:20:21 chr5 32058115 . A G 239.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0272191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.022;QD=20.8115;RBI=0.0443383;REFB=-0.0131139;REVB=-0.0350001;RO=23;SAF=8;SAR=15;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880866;STB=0.549315;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0114195;OID=.;OPOS=32058115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:15:8:6:17:15:8:6:17 chr5 32230026 . C T 71.84 PASS AF=0.4;AO=9;DP=24;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0362529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.128;QD=11.4941;RBI=0.0521638;REFB=-0.0150255;REVB=-0.0375072;RO=13;SAF=8;SAR=1;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.466795;STB=0.726777;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0566701;OID=.;OPOS=32230026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:24:25:13:15:9:10:0.4:1:8:7:6:2:8:7:8 chr5 32403346 . C T 1685.26 PASS AF=0.991228;AO=111;DP=112;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0285278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0835;QD=59.1321;RBI=0.0300612;REFB=-0.0211548;REVB=-0.00947844;RO=1;SAF=49;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0075964;STB=0.503936;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=9.8668e-05;OID=.;OPOS=32403346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:114:1:1:111:113:0.991228:62:49:0:1:63:50:0:1 chr5 32789852 . T C 127.19 PASS AF=0.340909;AO=16;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.017861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.406;QD=11.5626;RBI=0.0282488;REFB=0.00299188;REVB=0.0218856;RO=28;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144462;STB=0.555817;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.00411111;OID=.;OPOS=32789852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:29:16:15:0.340909:7:9:12:16:7:8:13:16 chr5 32790616 . T C 452.22 PASS AF=0.483871;AO=44;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0218644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.142;QD=19.4502;RBI=0.0236482;REFB=-0.00392929;REVB=-0.00901028;RO=48;SAF=24;SAR=20;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816455;STB=0.550217;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00493824;OID=.;OPOS=32790616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:48:44:45:0.483871:20:24:22:26:20:25:22:26 chr5 33278013 . A G 107.28 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.0180526;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=97.0034;QD=12.6209;RBI=0.0224103;REFB=-0.0104155;REVB=0.0132787;RO=21;SAF=6;SAR=7;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363044;STB=0.708977;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0104105;OID=.;OPOS=33278013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:7:6:17:4:7:6:17:4 chr5 33278049 . T C 106.35 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0260328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2013;QD=11.8168;RBI=0.0313212;REFB=-0.0203117;REVB=0.0174159;RO=23;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768092;STB=0.545386;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0248847;OID=.;OPOS=33278049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:6:7:14:9:6:7:14:9 chr5 33462034 . G A 264.61 PASS AF=0.382716;AO=29;DP=79;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.00254034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.849;QD=13.0671;RBI=0.00709168;REFB=-0.00529554;REVB=0.00662108;RO=49;SAF=13;SAR=16;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199546;STB=0.602772;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00893059;OID=.;OPOS=33462034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:49:50:29:31:0.382716:16:13:31:18:17:14:31:19 chr5 33535060 . G A 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00423716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.604;QD=48.7329;RBI=0.0365447;REFB=0;REVB=0.0362982;RO=0;SAF=1;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406083;OID=.;OPOS=33535060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:16:1:0:0:16:1:0:0 chr5 33751454 . AA TA,TG 443.86 PASS AF=0.909091,0.0606061;AO=30,2;DP=33;FAO=30,2;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=17,2;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0102488,0.00537326;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=147.184,154.935;QD=53.8011;RBI=0.111918,0.0155248;REFB=-0.119658,-0.0259479;REVB=0.111448,-0.0145653;RO=1;SAF=17,2;SAR=13,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0345091,0.697199;STB=0.518506,0.993266;STBP=0.303,0.227;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000808909,0.00555196;OID=.,.;OPOS=33751454,33751454;OREF=A,AA;OALT=T,TG;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:33:33:1:1:30,2:30,2:0.909091,0.0606061:13,0:17,2:0:1:13,0:17,2:0:1 chr5 33881252 . G A 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00786202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.832;QD=26.8499;RBI=0.0640171;REFB=-0.0148868;REVB=0.0635325;RO=7;SAF=10;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308961;STB=0.517219;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00485645;OID=.;OPOS=33881252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:5:10:5:2:5:10:5:2 chr5 33881388 . T C 244.18 PASS AF=0.308411;AO=33;DP=107;FAO=33;FDP=107;FR=.;FRO=74;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=-0.00278274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.446;QD=9.12838;RBI=0.0102973;REFB=-0.0118608;REVB=0.00991422;RO=72;SAF=14;SAR=19;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406015;STB=0.515282;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0257472;OID=.;OPOS=33881388;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:72:74:33:33:0.308411:19:14:33:39:19:14:33:41 chr5 33937954 . C CGTTCCCTGTGAG 140.09 PASS AF=0.263158;AO=19;DP=78;FAO=20;FDP=76;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.000958883;FXX=0.0379699;HRUN=1;LEN=12;MLLD=277.565;QD=7.3729;RBI=0.00236522;REFB=-0.00398122;REVB=-0.00216213;RO=57;SAF=12;SAR=7;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110963;STB=0.574509;STBP=0.485;TYPE=ins;VARB=0.0127038;OID=.;OPOS=33937955;OREF=-;OALT=GTTCCCTGTGAG;OMAPALT=CGTTCCCTGTGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.263158:19:78:20:76:56:13:7:31:25:99:57:12:7:31:26 chr5 33938447 . G A 623.58 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.354;QD=59.3886;RBI=0.0472404;REFB=-0.142127;REVB=0.0427515;RO=1;SAF=21;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218198;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018961;OID=.;OPOS=33938447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:42:42:1:0:41:42:1:20:21:1:0:20:22:0:0 chr5 33954511 . T C 1110.48 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.926;QD=60.0262;RBI=0.040758;REFB=0;REVB=0.0389196;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.3247e-05;OID=.;OPOS=33954511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:37:36:0:0:37:37:0:0 chr5 33963870 . C T 831.56 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.298;QD=57.349;RBI=0.0178418;REFB=0;REVB=-0.0108256;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.45583e-05;OID=.;OPOS=33963870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:27:30:0:0:28:30:0:0 chr5 33989518 . C T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.622;QD=57.1775;RBI=0.0489215;REFB=0;REVB=0.0186115;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127528;OID=.;OPOS=33989518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr5 33994116 . A T 247.55 PASS AF=0.471698;AO=22;DP=55;FAO=25;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-1.51436e-05;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.37;QD=18.6828;RBI=0.00425521;REFB=-0.0138073;REVB=0.00425519;RO=26;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678553;STB=0.529111;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0246993;OID=.;OPOS=33994116;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:26:26:22:25:0.471698:10:12:16:10:12:13:15:11 chr5 33994182 . T C 189.8 PASS AF=0.4;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00153221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.517;QD=15.184;RBI=0.00538167;REFB=-0.0069904;REVB=0.00515894;RO=30;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187564;STB=0.61893;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00942872;OID=.;OPOS=33994182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:30:30:19:20:0.4:8:11:12:18:8:12:12:18 chr5 33998883 . A G 168.39 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0292634;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5091;QD=10.2054;RBI=0.029297;REFB=0.0171638;REVB=-0.00140227;RO=44;SAF=7;SAR=15;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215238;STB=0.626682;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.0220558;OID=.;OPOS=33998883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:44:44:22:22:0.333333:15:7:22:22:15:7:22:22 chr5 34004707 . C T 265.99 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=5;FWDB=0.0346608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8684;QD=21.2795;RBI=0.104964;REFB=-0.0153924;REVB=0.0990765;RO=25;SAF=13;SAR=12;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255141;STB=0.641712;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0223399;OID=.;OPOS=34004707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:12:13:20:5:12:13:20:5 chr5 34008100 . C T 166.23 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0916006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5785;QD=14.7757;RBI=0.108268;REFB=-0.00917838;REVB=0.0577173;RO=27;SAF=7;SAR=11;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246517;STB=0.642181;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0184315;OID=.;OPOS=34008100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:11:7:17:10:11:7:17:10 chr5 34020277 . C T 69.9 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00138978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.871;QD=6.81904;RBI=0.028584;REFB=-0.00695735;REVB=-0.0285502;RO=31;SAF=3;SAR=7;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264679;STB=0.667997;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0296623;OID=.;OPOS=34020277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:41:41:31:31:10:10:0.243902:7:3:16:15:7:3:16:15 chr5 34038537 . A G 453.82 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00525227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.049;QD=55.0083;RBI=0.0116055;REFB=0.012385;REVB=0.010349;RO=1;SAF=22;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207543;STB=0.511104;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-8.01788e-05;OID=.;OPOS=34038537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:10:22:1:0:10:22:1:0 chr5 34757666 . G A 224.73 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00851172;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=149.327;QD=19.9762;RBI=0.0379458;REFB=-0.028801;REVB=0.0369789;RO=22;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509425;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0260776;OID=.;OPOS=34757666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:23:22:22:0.488889:9:13:13:9:9:13:14:9 chr5 34802384 . A G 149.47 PASS AF=0.351852;AO=18;DP=53;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0400881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.514;QD=11.0715;RBI=0.0400885;REFB=-0.00543478;REVB=-0.000185438;RO=34;SAF=3;SAR=15;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404121;STB=0.757986;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00562134;OID=.;OPOS=34802384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:34:35:18:19:0.351852:15:3:16:18:16:3:17:18 chr5 34840841 . A G 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0414183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.841;QD=22.1441;RBI=0.041536;REFB=-0.0252638;REVB=-0.00312457;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667668;STB=0.537506;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0189242;OID=.;OPOS=34840841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:8:9:8:5:8:9:8:5 chr5 34862125 . C T 364.35 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0187881;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=287.493;QD=15.6708;RBI=0.0207387;REFB=-0.00172633;REVB=0.00878075;RO=54;SAF=19;SAR=20;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120934;STB=0.568072;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00275007;OID=.;OPOS=34862125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:54:54:39:39:0.419355:20:19:20:34:20:19:20:34 chr5 34925328 . T A 89.88 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.0688846;FXX=0;HRUN=16;LEN=1;MLLD=33.2991;QD=8.55957;RBI=0.0823948;REFB=0.00197683;REVB=-0.0452086;RO=27;SAF=9;SAR=3;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0139465;STB=0.516103;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.00836493;OID=.;OPOS=34925328;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:42:42:27:30:12:12:0.285714:3:9:20:7:3:9:23:7 chr5 34998877 . C A 277.11 PASS AF=0.537037;AO=28;DP=53;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0244131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.651;QD=20.5265;RBI=0.0270937;REFB=-0.010069;REVB=-0.0117502;RO=25;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118711;STB=0.57247;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0046813;OID=.;OPOS=34998877;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:25:25:28:29:0.537037:14:14:16:9:15:14:16:9 chr5 35010138 . A G 451.56 PASS AF=0.385185;AO=49;DP=134;FAO=52;FDP=135;FR=.;FRO=83;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=53;FSRR=30;FWDB=0.0155529;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.257;QD=13.3796;RBI=0.0171975;REFB=-0.00396878;REVB=-0.00733919;RO=81;SAF=19;SAR=30;SRF=52;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273861;STB=0.641625;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00562659;OID=.;OPOS=35010138;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:81:83:49:52:0.385185:30:19:52:29:31:21:53:30 chr5 35033605 . G A 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0194249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.96;QD=14.2618;RBI=0.0210122;REFB=-0.0190017;REVB=-0.00801158;RO=24;SAF=10;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131994;STB=0.576825;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0278119;OID=.;OPOS=35033605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:6:10:12:12:6:10:12:12 chr5 35037115 . C T 141.04 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0372552;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0119;QD=9.40272;RBI=0.0399354;REFB=-0.00729767;REVB=-0.0143833;RO=39;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429645;STB=0.539122;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0185046;OID=.;OPOS=35037115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:39:41:19:19:0.316667:11:8:15:24:11:8:15:26 chr5 35039437 . A G 312.82 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0138911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0372;QD=21.9522;RBI=0.0139257;REFB=-0.025866;REVB=0.000981056;RO=25;SAF=14;SAR=18;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00201369;STB=0.501113;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0138916;OID=.;OPOS=35039437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:18:14:11:14:18:14:11:14 chr5 35039486 . C T 1119.83 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00146777;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.415;QD=60.5311;RBI=0.0412474;REFB=0;REVB=0.0412213;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256234;OID=.;OPOS=35039486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:37:36:0:0:38:36:0:0 chr5 35641582 . A C 389.01 PASS AF=0.427184;AO=43;DP=102;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=33;FWDB=-0.0116615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.672;QD=15.1071;RBI=0.0131567;REFB=-0.00820512;REVB=0.00609176;RO=59;SAF=26;SAR=17;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168985;STB=0.586168;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0129521;OID=.;OPOS=35641582;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:59:59:43:44:0.427184:17:26:26:33:18:26:26:33 chr5 35643615 . G A 200.74 PASS AF=0.512821;AO=19;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00100397;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.482;QD=20.5891;RBI=0.00294439;REFB=-0.018094;REVB=-0.00276794;RO=19;SAF=3;SAR=16;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320589;STB=0.689815;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0122744;OID=.;OPOS=35643615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:19:20:0.512821:16:3:8:11:17:3:8:11 chr5 35644621 . T C 158.66 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00942723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8353;QD=17.1519;RBI=0.0134922;REFB=0.0245199;REVB=-0.00965234;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748639;STB=0.542807;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.0272762;OID=.;OPOS=35644621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:8:9:9:11:8:9:9:11 chr5 35654711 . C T 971.35 PASS AF=0.52514;AO=94;DP=181;FAO=94;FDP=179;FR=.;FRO=85;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=-0.00550362;FXX=0.0164826;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.457;QD=21.7061;RBI=0.0106626;REFB=0.00635365;REVB=-0.00913248;RO=85;SAF=36;SAR=58;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889756;STB=0.548773;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.00429188;OID=.;OPOS=35654711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:179:85:85:94:94:0.52514:58:36:41:44:58:36:41:44 chr5 35700598 . T C 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00303655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.003;QD=20.2098;RBI=0.0171681;REFB=-0.0310989;REVB=0.0168975;RO=10;SAF=1;SAR=12;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.578025;STB=0.839337;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0248003;OID=.;OPOS=35700598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:12:1:6:4:12:1:6:4 chr5 35702306 . A G 97.12 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0136755;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.58;QD=11.4261;RBI=0.0173614;REFB=-0.00496005;REVB=-0.0106958;RO=22;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337572;STB=0.70277;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00807649;OID=.;OPOS=35702306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:35:34:22:22:12:12:0.352941:9:3:12:10:9:3:12:10 chr5 35764696 . C T 669.86 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0070922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.723;QD=62.3125;RBI=0.0471825;REFB=0;REVB=0.0466464;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261059;OID=.;OPOS=35764696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr5 35861068 . T C 413.89 PASS AF=0.4;AO=48;DP=119;FAO=48;FDP=120;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.024534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.675;QD=13.7965;RBI=0.0284494;REFB=-0.0123278;REVB=-0.0144033;RO=71;SAF=20;SAR=28;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517373;STB=0.525485;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0202475;OID=.;OPOS=35861068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:71:72:48:48:0.4:28:20:33:38:28:20:33:39 chr5 35871190 . G A 250.15 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00710076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.626;QD=20.4203;RBI=0.0108257;REFB=-0.0127173;REVB=0.00817157;RO=24;SAF=16;SAR=8;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507686;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0068805;OID=.;OPOS=35871190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:25:24:24:0.489796:8:16:16:8:8:16:17:8 chr5 35871273 . C T 267.52 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0317952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9907;QD=20.5783;RBI=0.0360606;REFB=-0.0426083;REVB=-0.0170127;RO=23;SAF=14;SAR=14;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883058;STB=0.538434;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0295339;OID=.;OPOS=35871273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:24:28:28:0.538462:14:14:9:14:14:14:10:14 chr5 35910529 . C T 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0628985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.407;QD=25.3615;RBI=0.06293;REFB=-0.00125092;REVB=0.00199185;RO=8;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447173;STB=0.749673;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00398044;OID=.;OPOS=35910529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:4:11:0:8:4:11:0:8 chr5 35921133 . T C 518.37 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0062577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5301;QD=22.7855;RBI=0.0170083;REFB=-0.0117768;REVB=-0.0158153;RO=41;SAF=25;SAR=24;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421215;STB=0.517281;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0102305;OID=.;OPOS=35921133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:41:42:49:49:0.538462:24:25:23:18:24:25:23:19 chr5 35962984 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=7;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.59;QD=42.1817;RBI=0.0260887;REFB=0;REVB=0.0222114;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17133e-05;OID=.;OPOS=35962984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:7:11:1:6:1:0:0:8:3:0:0 chr5 35965970 . A C 181.19 PASS AF=0.6;AO=17;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0199991;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.029;QD=24.1584;RBI=0.029116;REFB=-0.0153252;REVB=-0.0211608;RO=13;SAF=15;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401811;STB=0.743852;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0110381;OID=.;OPOS=35965970;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:30:30:13:12:17:18:0.6:2:15:7:6:2:16:6:6 chr5 36155318 . C CTT,CTTT 236.97 PASS AF=0,1;AO=6,9;DP=22;FAO=0,19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.388796,0.262448;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,3;MLLD=32.9793,41.2957;QD=49.8878;RBI=0.420862,0.284787;REFB=0,0;REVB=0.161131,0.110565;RO=6;SAF=3,1;SAR=3,8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.409156;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.00993909;OID=.,.;OPOS=36155319,36155319;OREF=-,-;OALT=TT,TTT;OMAPALT=CTT,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:6,9:22:0,19:19:0:0,6:0,13:0:0:4:6:3,1:3,8:3:3 chr5 36269551 . G C 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00230883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.482;QD=14.5589;RBI=0.00308817;REFB=-0.00100404;REVB=0.00205087;RO=35;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141102;STB=0.508015;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00143625;OID=.;OPOS=36269551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:16:10:13:22:16:10:13:22 chr5 37036492 . C T 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00998604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.726;QD=14.1691;RBI=0.0660027;REFB=-0.0279314;REVB=0.0652429;RO=12;SAF=8;SAR=2;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684722;STB=0.540456;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0272756;OID=.;OPOS=37036492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:2:8:9:3:2:8:9:3 chr5 37170250 . TA T,TT 37.57 PASS AF=0.3,0;AO=16,2;DP=50;FAO=15,0;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=11,0;FSAR=4,0;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00764007,-0.101589;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=10.2569,25.6895;QD=3.00591;RBI=0.0201626,0.117568;REFB=-0.0746914,-0.0248599;REVB=0.018659,-0.0591773;RO=30;SAF=12,1;SAR=4,1;SRF=18;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.193429,-0.0901879;STB=0.627447,0.5;STBP=0.251,1;TYPE=del,snp;VARB=0.123956,0.01781;OID=.,.;OPOS=37170251,37170251;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3,0:16,2:50:15,0:50:35:11,0:4,0:20:15:37:30:12,1:4,1:18:12 chr5 37173930 . A C 432.35 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.0122904;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.125;QD=17.6469;RBI=0.013055;REFB=-0.0164678;REVB=0.00440222;RO=54;SAF=18;SAR=26;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357027;STB=0.519991;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0234896;OID=.;OPOS=37173930;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:54:54:44:44:0.44898:26:18:24:30:26:18:24:30 chr5 37244479 . CAT CA,TCA 89.71 PASS AF=0.757576,0;AO=14,4;DP=34;FAO=25,0;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=16,0;FSAR=9,0;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00268825,-0.0346662;FXX=0.0294031;HRUN=6,1;LEN=1,3;MLLD=6.98275,30.394;QD=10.8739;RBI=0.0387717,0.0346716;REFB=-0.1484,-0.0256765;REVB=0.0386784,-0.000615367;RO=9;SAF=9,0;SAR=5,4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0.33042,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0643851,-0.711769;STB=0.536053,0.5;STBP=0.493,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0995926,0;OID=.,.;OPOS=37244481,37244479;OREF=T,CAT;OALT=-,TCA;OMAPALT=CA,TCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:34:33:9:8:14,4:25,0:0.757576,0:5,4:9,0:5:4:9,0:16,0:4:4 chr5 37294473 . T C 437.19 PASS AF=0.518072;AO=42;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0029646;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.421;QD=21.0692;RBI=0.0102926;REFB=-0.00833823;REVB=0.00985636;RO=40;SAF=22;SAR=20;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649263;STB=0.529661;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0075796;OID=.;OPOS=37294473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:42:43:0.518072:20:22:18:22:21:22:18:22 chr5 37309371 . TAGAAG TAGAAGA,TAG 70.18 PASS AF=0,0.423077;AO=3,9;DP=26;FAO=0,11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=0,5;FSAR=0,6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.180773,0.0539549;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,3;MLLD=20.4592,193.122;QD=10.7972;RBI=0.181801,0.0600205;REFB=-0.0825254,-0.0196886;REVB=0.0193057,0.0262932;RO=10;SAF=3,5;SAR=0,4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.649379,0.0498364;STB=0.5,0.545372;STBP=1,0.746;TYPE=ins,del;VARB=0,0.0239454;OID=.,.;OPOS=37309377,37309372;OREF=-,AGA;OALT=A,-;OMAPALT=TAGAAGA,TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.423077:3,9:26:0,11:26:15:0,5:0,6:8:7:70:10:3,5:0,4:5:5 chr5 37364443 . C T 358.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00232386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.284;QD=55.0934;RBI=0.0209393;REFB=0;REVB=0.0208099;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21052e-05;OID=.;OPOS=37364443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr5 37688010 . A G 183.54 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0044837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.19;QD=11.8415;RBI=0.0229221;REFB=-0.00235972;REVB=-0.0224793;RO=39;SAF=14;SAR=9;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214904;STB=0.512434;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00307076;OID=.;OPOS=37688010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:9:14:23:16:9:14:23:16 chr5 37688094 . C T 178.04 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0115874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.576;QD=10.6291;RBI=0.0117585;REFB=-0.0177033;REVB=-0.00199864;RO=44;SAF=14;SAR=9;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0987997;STB=0.557718;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.035519;OID=.;OPOS=37688094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:44:23:23:0.343284:9:14:23:21:9:14:23:21 chr5 37700516 . C T 1496.76 PASS AF=0.979798;AO=95;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00988473;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.569;QD=60.475;RBI=0.00988829;REFB=-0.145838;REVB=0.000265146;RO=2;SAF=47;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00020576;STB=0.500104;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00157671;OID=.;OPOS=37700516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:99:99:2:2:95:97:0.979798:48:47:1:1:49:48:1:1 chr5 38350643 . G A 250.25 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.000806486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.085;QD=18.5368;RBI=0.0253667;REFB=-0.0276762;REVB=0.0253539;RO=26;SAF=11;SAR=16;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309543;STB=0.662102;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0148653;OID=.;OPOS=38350643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:27:27:27:0.5:16:11:20:6:16:11:20:7 chr5 38821752 . T G 247.89 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=3;FWDB=0.00155367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9554;QD=16.2553;RBI=0.0028648;REFB=-0.00538226;REVB=0.0024069;RO=33;SAF=23;SAR=5;SRF=30;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162421;STB=0.590144;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00508074;OID=.;OPOS=38821752;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:5:23:30:3:5:23:30:3 chr5 38823254 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.435;QD=63.8714;RBI=0.0155195;REFB=0;REVB=0.0116648;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13689e-05;OID=.;OPOS=38823254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr5 38921788 . G A 563.02 PASS AF=0.437956;AO=60;DP=137;FAO=60;FDP=137;FR=.;FRO=77;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=0.00179131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.09;QD=16.4387;RBI=0.00576957;REFB=-0.0084123;REVB=0.00548445;RO=77;SAF=25;SAR=35;SRF=28;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555211;STB=0.530963;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0116652;OID=.;OPOS=38921788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:77:77:60:60:0.437956:35:25:28:49:35:25:28:49 chr5 38941426 . TGT TG,TGTT,TT 75.65 PASS AF=0,0,0.289474;AO=5,4,5;DP=34;FAO=0,0,11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=0,0,10;FSAR=0,0,1;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.110938,0.119309,-0.000584249;FXX=0;HRUN=8,8,1;LEN=1,1,1;MLLD=6.86291,6.44577,246.002;QD=7.9636;RBI=0.125461,0.133425,0.0471024;REFB=0.0216639,-0.0167438,-0.00531999;REVB=0.0585944,-0.0597286,-0.0470988;RO=16;SAF=4,1,5;SAR=1,3,0;SRF=10;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.241343,-0.41025,0.67111;STB=0.5,0.5,0.802229;STBP=1,1,0.058;TYPE=del,ins,del;VARB=0,0.020803,0.0117758;OID=.,.,.;OPOS=38941428,38941428,38941427;OREF=T,-,G;OALT=-,T,-;OMAPALT=TG,TGTT,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.289474:5,4,5:34:0,0,11:38:27:0,0,10:0,0,1:17:10:74:16:4,1,5:1,3,0:10:6 chr5 38942090 . T C 768.01 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105023;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.15;QD=56.8897;RBI=0.0596689;REFB=0;REVB=0.0587374;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.24647e-05;OID=.;OPOS=38942090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr5 38942181 . G A 257.37 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0575451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.413;QD=19.7979;RBI=0.0575451;REFB=-0.00432036;REVB=1.40846e-05;RO=25;SAF=10;SAR=17;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271062;STB=0.51514;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00385415;OID=.;OPOS=38942181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:17:10:10:15:17:10:10:15 chr5 38950776 . G A 575.69 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00979432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.764;QD=60.5988;RBI=0.0211045;REFB=0;REVB=0.0186941;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85839e-05;OID=.;OPOS=38950776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:15:22:0:0:16:22:0:0 chr5 38955796 . G A 635.36 PASS AF=0.547826;AO=63;DP=115;FAO=63;FDP=115;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.00879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1986;QD=22.0994;RBI=0.0259879;REFB=-0.00680361;REVB=0.0244562;RO=51;SAF=25;SAR=38;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549263;STB=0.524162;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.00754285;OID=.;OPOS=38955796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:51:52:63:63:0.547826:38:25:17:34:38:25:18:34 chr5 39107100 . A G 116.09 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0334075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1702;QD=11.3259;RBI=0.0608942;REFB=0.00892055;REVB=0.0509121;RO=27;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592259;STB=0.535265;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.0132822;OID=.;OPOS=39107100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:9:5:11:16:9:5:11:16 chr5 39108309 . A G 411.07 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000987071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.387;QD=56.6988;RBI=0.0120646;REFB=0;REVB=0.0120242;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72631e-05;OID=.;OPOS=39108309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:13:15:0:0:13:16:0:0 chr5 39108322 . A G 364.28 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00978104;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.1;QD=56.0425;RBI=0.0251707;REFB=0;REVB=0.0231926;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54643e-05;OID=.;OPOS=39108322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr5 39119723 . C A 70.4 PASS AF=0.473684;AO=7;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0143715;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.185;QD=14.8202;RBI=0.0286756;REFB=-0.00837039;REVB=-0.0248144;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09181;STB=0.592381;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0120028;OID=.;OPOS=39119723;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:19:19:8:10:7:9:0.473684:5:2:3:5:6:3:5:5 chr5 40852451 . C G 1571.84 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010253;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0211;QD=63.5086;RBI=0.0183399;REFB=-0.052378;REVB=-0.0152062;RO=0;SAF=47;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28099e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000524464;OID=.;OPOS=40852451;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:99:99:0:0:99:99:1:52:47:0:0:52:47:0:0 chr5 40955561 . G C 1328.29 PASS AF=1;AO=85;DP=88;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00880574;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4431;QD=61.7811;RBI=0.0315015;REFB=0;REVB=0.0302457;RO=1;SAF=44;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114144;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396095;OID=.;OPOS=40955561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:86:1:0:85:86:1:41:44:0:1:42:44:0:0 chr5 40972111 . C T 2601.03 PASS AF=0.988304;AO=169;DP=172;FAO=169;FDP=171;FR=.;FRO=2;FSAF=94;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0206655;FXX=0.0172404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.51;QD=60.8428;RBI=0.0211399;REFB=-0.0502864;REVB=0.00445299;RO=1;SAF=94;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0063036;STB=0.500666;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.000130244;OID=.;OPOS=40972111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:172:171:1:2:169:169:0.988304:75:94:0:1:75:94:1:1 chr5 40998196 . T C 322.52 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0257462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.837;QD=49.6182;RBI=0.0283761;REFB=-0.0690417;REVB=0.0119305;RO=1;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280951;STB=0.515139;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00335785;OID=.;OPOS=40998196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:26:1:1:24:25:0.961538:16:8:0:1:16:9:0:1 chr5 40998235 . C T 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0445644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.327;QD=19.0005;RBI=0.0461227;REFB=0.0136184;REVB=0.0118881;RO=16;SAF=2;SAR=15;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354113;STB=0.729401;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00813462;OID=.;OPOS=40998235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:17:17:17:0.5:15:2:6:10:15:2:7:10 chr5 41000343 . G A 837.06 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00664099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.837;QD=55.8038;RBI=0.0192869;REFB=-0.0806731;REVB=0.0181076;RO=1;SAF=33;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140845;STB=0.50746;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000694602;OID=.;OPOS=41000343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:26:33:1:0:26:33:1:0 chr5 41008780 . A G 431.71 PASS AF=0.505747;AO=43;DP=86;FAO=44;FDP=87;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00775379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.87;QD=19.8488;RBI=0.0201171;REFB=-0.0263611;REVB=0.0185628;RO=43;SAF=15;SAR=28;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19368;STB=0.610969;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0295749;OID=.;OPOS=41008780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:43:43:43:44:0.505747:28:15:24:19:29:15:24:19 chr5 41042284 . G T 357.1 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0502199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1633;QD=19.567;RBI=0.0553513;REFB=0.00527224;REVB=0.0232749;RO=36;SAF=16;SAR=21;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396236;STB=0.521991;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.00572021;OID=.;OPOS=41042284;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:21:16:14:22:21:16:14:22 chr5 41049389 . T C 262.72 PASS AF=0.447761;AO=28;DP=65;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=0.0459614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9032;QD=15.685;RBI=0.0462365;REFB=-0.00516124;REVB=0.00503616;RO=37;SAF=10;SAR=18;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338139;STB=0.6989;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.012088;OID=.;OPOS=41049389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:37:37:28:30:0.447761:18:10:26:11:20:10:26:11 chr5 41049397 . C T 292.78 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=10;FWDB=-0.0186228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.583;QD=17.2221;RBI=0.0207551;REFB=-0.0213992;REVB=-0.00916328;RO=36;SAF=12;SAR=20;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31984;STB=0.678464;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0248972;OID=.;OPOS=41049397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:20:12:26:10:20:12:26:10 chr5 41054934 . A G 92.57 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0149836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.2;QD=9.2567;RBI=0.0236594;REFB=-0.0223273;REVB=-0.01831;RO=28;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123711;STB=0.574878;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0667138;OID=.;OPOS=41054934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:6:6:11:17:6:6:11:17 chr5 41061716 . A G 177.93 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0102475;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.607;QD=10.4664;RBI=0.018905;REFB=-0.00700123;REVB=-0.0158867;RO=45;SAF=12;SAR=11;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873361;STB=0.550976;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0159313;OID=.;OPOS=41061716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:45:45:23:23:0.338235:11:12:20:25:11:12:20:25 chr5 41158863 . G A 1282.76 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142295;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.756;QD=61.8197;RBI=0.0146848;REFB=0;REVB=-0.00362833;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.6708e-05;OID=.;OPOS=41158863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:82:83:1:42:40:0:0:42:41:0:0 chr5 42700044 . A G 1007.54 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2279;QD=59.2671;RBI=0.0717281;REFB=0;REVB=0.0295728;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351343;OID=.;OPOS=42700044;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:65:68:1:28:37:0:0:31:37:0:0 chr5 42719239 . A C 638.77 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000554804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.273;QD=59.4204;RBI=0.0566646;REFB=-0.061901;REVB=0.0566618;RO=1;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268094;STB=0.514279;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000373933;OID=.;OPOS=42719239;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:17:25:0:1:17:25:0:1 chr5 42720068 . T TA 260.83 PASS AF=0.771429;AO=27;DP=35;FAO=27;FDP=35;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00340257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.795;QD=29.8091;RBI=0.0177703;REFB=-0.026568;REVB=0.0174415;RO=8;SAF=17;SAR=10;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16293;STB=0.588678;STBP=0.05;TYPE=ins;VARB=0.00408446;OID=.;OPOS=42720069;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.771429:27:35:27:35:8:17:10:2:6:35:8:17:10:2:6 chr5 43120098 . A G 191.25 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00470955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.1746;QD=47.8119;RBI=0.0254064;REFB=0;REVB=-0.0249661;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000594607;OID=.;OPOS=43120098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr5 43492978 . G A 295.99 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.284;QD=51.4767;RBI=0.0302566;REFB=0;REVB=0.0166096;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115238;OID=.;OPOS=43492978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:12:10:0:0:12:11:0:0 chr5 43506449 . T C 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0519641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.177;QD=11.44;RBI=0.07696;REFB=-0.026422;REVB=0.0567677;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604717;STB=0.554337;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0273954;OID=.;OPOS=43506449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:13:14:9:9:0.391304:4:5:8:5:4:5:9:5 chr5 43509348 . T A 1300.9 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00884719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0972;QD=61.9478;RBI=0.0417749;REFB=0;REVB=0.0408274;RO=0;SAF=45;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.93822e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202529;OID=.;OPOS=43509348;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:39:45:0:0:39:45:0:0 chr5 43527135 . A C 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00962874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.109;QD=57.5432;RBI=0.0166635;REFB=0;REVB=0.0136;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.04234e-05;OID=.;OPOS=43527135;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:22:36:0:0:22:36:0:0 chr5 44066732 . A G 240.11 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0209042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1677;QD=16.5596;RBI=0.0398927;REFB=-0.0107652;REVB=-0.0339772;RO=30;SAF=16;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149368;STB=0.575779;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00385309;OID=.;OPOS=44066732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:30:31:27:27:0.465517:11:16:13:17:11:16:14:17 chr5 50045967 . G T 152.95 PASS AF=0.196078;AO=19;DP=59;FAO=10;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00363145;FXX=0.0555453;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.683;QD=11.9959;RBI=0.0127617;REFB=-0.002218;REVB=0.0122341;RO=33;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209157;STB=0.667997;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0200926;OID=.;OPOS=50045967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:59:51:33:31:19:10:0.196078:10:9:15:18:3:7:15:16 chr5 50053015 . G A 609.82 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00183488;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.297;QD=59.495;RBI=0.0134217;REFB=0;REVB=0.0132957;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0006143;OID=.;OPOS=50053015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:39:41:1:19:20:0:0:20:21:0:0 chr5 50057729 . G A,T 268.31 PASS AF=0.458333,0.458333;AO=11,11;DP=25;FAO=11,11;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=10,5;FSAR=1,6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0143324,-0.0163858;FXX=0.039984;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=175.471,67.5644;QD=44.7191;RBI=0.0203068,0.117459;REFB=-0.038708,0.00894169;REVB=0.0143857,0.11631;RO=2;SAF=10,5;SAR=1,6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.43408,0.128043;STB=0.74942,0.571303;STBP=0.019,0.262;TYPE=snp,snp;VARB=0.00579536,0.0157592;OID=.,.;OPOS=50057729,50057729;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:92:25:24:2:2:11,11:11,11:0.458333,0.458333:1,6:10,5:0:2:1,6:10,5:0:2 chr5 50685505 . A G 171.96 PASS AF=0.580645;AO=17;DP=30;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00247662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.2;QD=22.1878;RBI=0.0549764;REFB=-0.019335;REVB=-0.0549206;RO=13;SAF=13;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144736;STB=0.588679;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0239706;OID=.;OPOS=50685505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:13:13:17:18:0.580645:4:13:8:5:4:14:8:5 chr5 50689807 . AAT AAA,AA,A 212.68 PASS AF=0,1,0;AO=3,5,14;DP=33;FAO=0,27,0;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13,0;FSAR=0,14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.203617,0.147311,-0.0596827;FXX=0.0689417;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,2;MLLD=3.95031,10.8593,9.46112;QD=31.5075;RBI=0.397054,0.245744,0.130972;REFB=-0.0956316,-0.0391432,0.0282345;REVB=0.340869,0.196697,-0.116583;RO=7;SAF=1,4,4;SAR=2,1,10;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.102358,0.378245,-0.0985854;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.0243727,0;OID=.,.,.;OPOS=50689809,50689809,50689808;OREF=T,T,AT;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAA,AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1,0:3,5,14:33:0,27,0:27:0:0,13,0:0,14,0:0:0:4:7:1,4,4:2,1,10:3:4 chr5 52087584 . T TCA 116.02 PASS AF=1;AO=10;DP=13;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270674;FXX=0;HRUN=0;LEN=2;MLLD=308.593;QD=42.1905;RBI=0.0338141;REFB=0;REVB=0.0202669;RO=2;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292303;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-4.21797e-05;OID=.;OPOS=52087585;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=TCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:13:11:11:0:3:8:0:0:4:2:2:8:2:0 chr5 52096889 . C A 1477.59 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0136427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.837;QD=62.2142;RBI=0.0348424;REFB=-0.0676454;REVB=0.0320603;RO=0;SAF=51;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00044943;OID=.;OPOS=52096889;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:95:95:0:1:94:94:0.989474:43:51:0:0:43:51:0:1 chr5 52157374 . T C 621.07 PASS AF=0.565657;AO=56;DP=99;FAO=56;FDP=99;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00483678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0794;QD=25.0936;RBI=0.0076136;REFB=0.00767273;REVB=0.00587984;RO=42;SAF=18;SAR=38;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11214;STB=0.568032;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.003098;OID=.;OPOS=52157374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:42:43:56:56:0.565657:38:18:19:23:38:18:20:23 chr5 52193287 . C T 391.71 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0314076;FXX=0.0644953;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8728;QD=54.0282;RBI=0.0317953;REFB=-0.154308;REVB=-0.0049498;RO=1;SAF=12;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372036;STB=0.519986;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00283362;OID=.;OPOS=52193287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:29:1:1:28:28:0.965517:16:12:1:0:16:12:1:0 chr5 52201722 . C T 413.34 PASS AF=0.365672;AO=49;DP=134;FAO=49;FDP=134;FR=.;FRO=85;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=-0.0301573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.131;QD=12.3384;RBI=0.0302743;REFB=-0.0119284;REVB=-0.00265915;RO=85;SAF=20;SAR=29;SRF=37;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309978;STB=0.517688;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0185597;OID=.;OPOS=52201722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:85:85:49:49:0.365672:29:20:37:48:29:20:37:48 chr5 52214581 . G A 479.75 PASS AF=0.464286;AO=50;DP=112;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0134688;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.989;QD=17.134;RBI=0.0170498;REFB=0.00141994;REVB=-0.010454;RO=59;SAF=12;SAR=38;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229323;STB=0.610457;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.0022942;OID=.;OPOS=52214581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:59:60:50:52:0.464286:38:12:26:33:38:14:27:33 chr5 52229745 . T G 1116.72 PASS AF=0.5;AO=112;DP=224;FAO=112;FDP=224;FR=.;FRO=112;FSAF=50;FSAR=62;FSRF=58;FSRR=54;FWDB=0.000646034;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.615;QD=19.9415;RBI=0.00115703;REFB=3.7847e-06;REVB=0.000959871;RO=112;SAF=50;SAR=62;SRF=58;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652747;STB=0.535845;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-2.30852e-06;OID=.;OPOS=52229745;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:112:112:112:112:0.5:62:50:58:54:62:50:58:54 chr5 52248291 . T C 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00306059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.155;QD=16.0427;RBI=0.0205979;REFB=0.000165609;REVB=0.0203693;RO=25;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137654;STB=0.589649;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-6.92302e-05;OID=.;OPOS=52248291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:19:19:0.422222:8:11:11:14:8:11:11:15 chr5 52347369 . C T 291.43 PASS AF=0.58;AO=28;DP=51;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0176805;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.607;QD=23.3143;RBI=0.0291244;REFB=-0.0217393;REVB=-0.0231437;RO=22;SAF=13;SAR=15;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284006;STB=0.502761;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0221962;OID=.;OPOS=52347369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:22:21:28:29:0.58:15:13:11:11:15:14:10:11 chr5 52351413 . G A 764.49 PASS AF=0.540146;AO=67;DP=131;FAO=74;FDP=137;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.00892335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.32;QD=22.3208;RBI=0.045887;REFB=0.000203958;REVB=0.045011;RO=44;SAF=43;SAR=24;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506014;STB=0.539952;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00421302;OID=.;OPOS=52351413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:137:44:63:67:74:0.540146:24:43:31:13:29:45:33:30 chr5 52379277 . C T 336.02 PASS AF=0.467532;AO=34;DP=75;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0494443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0332;QD=17.4556;RBI=0.0506133;REFB=0.0012668;REVB=-0.0108148;RO=41;SAF=14;SAR=20;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751388;STB=0.554044;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.00400523;OID=.;OPOS=52379277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:41:41:34:36:0.467532:20:14:20:21:22:14:20:21 chr5 52389455 . A G 44.78 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0101828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.906;QD=7.46362;RBI=0.0109834;REFB=9.01962e-05;REVB=0.00411664;RO=17;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160269;STB=0.599733;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=-6.97958e-05;OID=.;OPOS=52389455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:4:3:5:12:4:3:5:12 chr5 52390026 . A AATTATATAAACAACTTTGTAGGACT 47.3 PASS AF=0.212121;AO=6;DP=43;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0106745;FXX=0.153807;HRUN=2;LEN=25;MLLD=676.817;QD=5.73347;RBI=0.0164332;REFB=-0.00415574;REVB=-0.0124942;RO=36;SAF=2;SAR=4;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104246;STB=0.535614;STBP=0.852;TYPE=ins;VARB=0.018275;OID=.;OPOS=52390027;OREF=-;OALT=ATTATATAAACAACTTTGTAGGACT;OMAPALT=AATTATATAAACAACTTTGTAGGACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.212121:6:43:7:33:26:3:4:10:16:47:36:2:4:15:21 chr5 52778870 . CG AC,C,GC 180.54 PASS AF=0,0.842105,0;AO=2,16,2;DP=39;FAO=0,32,0;FDP=38;FR=.;FRO=6;FSAF=0,4,0;FSAR=0,28,0;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.047677,0.119066,0.00100329;FXX=0.116252;HRUN=1,5,1;LEN=2,1,2;MLLD=12.1388,9.69011,71.7538;QD=19.0046;RBI=0.145883,0.233484,0.0241003;REFB=-0.0819708,-0.0883998,-0.00558253;REVB=0.137872,0.200844,-0.0240794;RO=13;SAF=0,4,0;SAR=2,12,2;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.490041,-0.0587417,-0.490041;STB=0.5,0.651052,0.5;STBP=1,0.009,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.0549662,0;OID=.,.,.;OPOS=52778870,52778871,52778870;OREF=CG,G,CG;OALT=AC,-,GC;OMAPALT=AC,C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:39:38:13:6:2,16,2:0,32,0:0,0.842105,0:2,12,2:0,4,0:4:9:0,28,0:0,4,0:4:2 chr5 52856504 . G C 707.42 PASS AF=0.980769;AO=49;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0394731;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6267;QD=54.4168;RBI=0.0819026;REFB=-0.100296;REVB=0.0717628;RO=1;SAF=28;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165122;STB=0.508471;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00183395;OID=.;OPOS=52856504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:49:51:0.980769:21:28:1:0:22:29:1:0 chr5 52942083 . A C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.372;QD=57.6804;RBI=0.0346486;REFB=0;REVB=0.00290385;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152292;OID=.;OPOS=52942083;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr5 52942197 . A G 953.71 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.47;QD=58.6901;RBI=0.0390444;REFB=0;REVB=0.031342;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0515e-05;OID=.;OPOS=52942197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:40:23:0:0:42:23:0:0 chr5 52979097 . G A 152.73 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.037477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.824;QD=13.5759;RBI=0.0375615;REFB=-0.00754815;REVB=0.00251841;RO=28;SAF=6;SAR=11;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198353;STB=0.615861;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0180021;OID=.;OPOS=52979097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:11:6:15:13:11:6:15:13 chr5 53344135 . T C 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0388161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.937;QD=16.4264;RBI=0.0394359;REFB=-0.0186309;REVB=-0.00696445;RO=11;SAF=2;SAR=9;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148371;STB=0.58448;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0256757;OID=.;OPOS=53344135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:9:2:1:10:9:2:1:10 chr5 53606295 . T C 482.19 PASS AF=0.441667;AO=53;DP=120;FAO=53;FDP=120;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.00359036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5802;QD=16.0729;RBI=0.0276714;REFB=0.000428446;REVB=-0.0274375;RO=67;SAF=24;SAR=29;SRF=29;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201934;STB=0.511284;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.00104729;OID=.;OPOS=53606295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:67:67:53:53:0.441667:29:24:29:38:29:24:29:38 chr5 53814394 . T C 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0453225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.772;QD=28.5376;RBI=0.0584053;REFB=-0.0414941;REVB=0.0368381;RO=1;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173072;STB=0.599698;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0057641;OID=.;OPOS=53814394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:2:5:0:1:2:5:0:1 chr5 54252345 . T C 612.7 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.112;QD=61.2704;RBI=0.0289667;REFB=0;REVB=0.0246509;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145927;OID=.;OPOS=54252345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr5 54253555 . A G 854.07 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0405192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1438;QD=56.0046;RBI=0.04078;REFB=-0.0969681;REVB=-0.00460415;RO=1;SAF=28;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165565;STB=0.508769;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00186265;OID=.;OPOS=54253555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:32:28:1:0:32:28:1:0 chr5 54253581 . A G 839.53 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00078654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.265;QD=55.9689;RBI=0.0267516;REFB=0;REVB=0.02674;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153756;OID=.;OPOS=54253581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:60:0:0:58:60:1:33:25:0:0:33:27:0:0 chr5 54403957 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00870606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.253;QD=51.1837;RBI=0.0229353;REFB=0;REVB=0.0212187;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289793;OID=.;OPOS=54403957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr5 54404015 . C T 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.262;QD=56.7028;RBI=0.0306129;REFB=0;REVB=-0.00990612;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104523;OID=.;OPOS=54404015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr5 54404057 . C G 482.15 PASS AF=1;AO=27;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.714;QD=58.4423;RBI=0.0616545;REFB=0;REVB=0.0434949;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010075;OID=.;OPOS=54404057;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:27:33:1:8:19:0:0:14:19:0:0 chr5 54410120 . A C 530.09 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.17;QD=58.899;RBI=0.0275151;REFB=0;REVB=0.0202793;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000945577;OID=.;OPOS=54410120;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:34:36:1:20:14:0:0:22:14:0:0 chr5 54420799 . A C 167.15 PASS AF=0.382979;AO=17;DP=48;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0460148;FXX=0.040808;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8027;QD=14.2252;RBI=0.063732;REFB=0.0160098;REVB=-0.0440953;RO=29;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872883;STB=0.53188;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.025333;OID=.;OPOS=54420799;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:29:29:17:18:0.382979:9:8:16:13:9:9:16:13 chr5 54459961 . A G 591.67 PASS AF=0.952381;AO=41;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0665584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8332;QD=56.3498;RBI=0.0916096;REFB=0.0434625;REVB=-0.0629468;RO=1;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184012;STB=0.51999;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.0204636;OID=.;OPOS=54459961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:1:2:41:40:0.952381:25:16:0:1:24:16:0:2 chr5 54466544 . A G 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00805912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.965;QD=14.17;RBI=0.00993516;REFB=-0.0597019;REVB=0.00581017;RO=12;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773769;STB=0.545364;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0352693;OID=.;OPOS=54466544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:5:5:5:7:5:5:5:7 chr5 54468124 . A T 495.44 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0100631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3931;QD=23.3147;RBI=0.0280829;REFB=-0.0116755;REVB=0.026218;RO=38;SAF=25;SAR=22;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687124;STB=0.537753;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00493288;OID=.;OPOS=54468124;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:38:47:47:0.552941:22:25:17:21:22:25:17:21 chr5 54516521 . G A 427.28 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=0.00819422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.9;QD=16.9221;RBI=0.0121457;REFB=-0.023256;REVB=0.00896507;RO=54;SAF=22;SAR=24;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123565;STB=0.572886;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0217394;OID=.;OPOS=54516521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:55:46:46:0.455446:24:22:19:35:24:22:19:36 chr5 54572163 . T C 166.85 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0272387;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.174;QD=15.1679;RBI=0.032682;REFB=-0.0148397;REVB=-0.0180601;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0874601;STB=0.536043;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0204706;OID=.;OPOS=54572163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:25:26:18:18:0.409091:8:10:16:9:8:10:16:10 chr5 54674296 . A G 224.61 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0187789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.554;QD=17.6164;RBI=0.0196777;REFB=-0.00235467;REVB=-0.00587944;RO=27;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00463463;STB=0.502616;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00184049;OID=.;OPOS=54674296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:15:9:10:17:15:9:10:17 chr5 54720916 . G C 54.84 PASS AF=0.139241;AO=11;DP=81;FAO=11;FDP=79;FR=.;FRO=68;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=-0.0248939;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.76;QD=2.77652;RBI=0.0251857;REFB=-0.00486012;REVB=-0.00382238;RO=69;SAF=2;SAR=9;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.38793;STB=0.781093;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0283273;OID=.;OPOS=54720916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:81:79:69:68:11:11:0.139241:9:2:33:36:9:2:33:35 chr5 54830380 . A G 207.42 PASS AF=0.538462;AO=17;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=0.0237201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.3538;QD=21.274;RBI=0.0254507;REFB=-0.0419344;REVB=-0.00922475;RO=18;SAF=16;SAR=1;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171973;STB=0.624855;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0713733;OID=.;OPOS=54830380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:17:21:0.538462:1:16:16:2:1:20:16:2 chr5 54960609 . A G 351.88 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0902837;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.687;QD=15.6391;RBI=0.0902911;REFB=0.0106376;REVB=0.00115407;RO=52;SAF=21;SAR=17;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0146382;STB=0.50826;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=-0.0209757;OID=.;OPOS=54960609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:52:38:38:0.422222:17:21:28:24:17:21:28:24 chr5 54960673 . C G 113.76 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=57;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0156431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.861;QD=7.98285;RBI=0.0176247;REFB=0.0162271;REVB=-0.00811935;RO=40;SAF=7;SAR=9;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0741335;STB=0.536378;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.0272607;OID=.;OPOS=54960673;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:41:16:16:0.280702:9:7:20:20:9:7:20:21 chr5 54960687 . C T 130.06 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0189246;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.551;QD=12.689;RBI=0.0233957;REFB=-0.00281546;REVB=0.0137557;RO=25;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510191;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00395187;OID=.;OPOS=54960687;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:25:26:15:15:0.365854:9:6:10:15:9:6:10:16 chr5 54990005 . C T 219.0 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00671214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.137;QD=23.6752;RBI=0.0223642;REFB=-0.0235724;REVB=-0.0213332;RO=15;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426929;STB=0.510299;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0206723;OID=.;OPOS=54990005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:16:21:21:0.567568:11:10:8:7:11:10:8:8 chr5 55058992 . C A 1219.73 PASS AF=0.954545;AO=79;DP=86;FAO=84;FDP=88;FR=.;FRO=4;FSAF=54;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0909955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.3018;QD=55.4422;RBI=0.095138;REFB=-0.0438554;REVB=0.0277678;RO=7;SAF=49;SAR=30;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153955;STB=0.507041;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.002088;OID=.;OPOS=55058992;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:86:88:7:4:79:84:0.954545:30:49:5:2:30:54:2:2 chr5 55062756 . G A 117.25 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0289676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.0669;QD=12.6761;RBI=0.0662242;REFB=0.00704459;REVB=0.0595527;RO=23;SAF=5;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221375;STB=0.630163;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.00968815;OID=.;OPOS=55062756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:9:5:13:10:9:5:13:10 chr5 55062764 . T C 520.03 PASS AF=1;AO=31;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.927;QD=59.4316;RBI=0.0287407;REFB=0;REVB=0.0136052;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.55649e-05;OID=.;OPOS=55062764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:31:35:1:16:15:0:0:18:17:0:0 chr5 55081694 . A G 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.035233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.195;QD=18.9995;RBI=0.036901;REFB=-0.00401954;REVB=0.0109688;RO=17;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517331;STB=0.529377;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00454526;OID=.;OPOS=55081694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:9:8:9:8:9:8:9:8 chr5 55082474 . C T 1156.72 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0572864;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.897;QD=60.8802;RBI=0.0606673;REFB=0;REVB=0.0199696;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.38744e-05;OID=.;OPOS=55082474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:46:30:0:0:46:30:0:0 chr5 55246001 . A G 295.2 PASS AF=0.958333;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.060337;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.5498;QD=49.1996;RBI=0.0670483;REFB=0.0215796;REVB=0.029239;RO=1;SAF=7;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615001;STB=0.533304;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-0.00300476;OID=.;OPOS=55246001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:24:1:1:22:23:0.958333:15:7:1:0:16:7:1:0 chr5 55406952 . T C 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00618942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.767;QD=13.0887;RBI=0.00875383;REFB=-0.0124901;REVB=0.00619036;RO=25;SAF=9;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0865243;STB=0.573821;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0263832;OID=.;OPOS=55406952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:27:16:16:0.372093:7:9:12:13:7:9:12:15 chr5 55407542 . C T 57.91 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0675148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.596;QD=13.6258;RBI=0.0680942;REFB=0.00582252;REVB=-0.00886421;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538364;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.00351498;OID=.;OPOS=55407542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:16:17:8:9:8:8:0.470588:5:3:3:5:5:3:4:5 chr5 55831021 . A G 544.02 PASS AF=0.385542;AO=64;DP=166;FAO=64;FDP=166;FR=.;FRO=102;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=53;FSRR=49;FWDB=0.00175967;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.609;QD=13.1089;RBI=0.00304154;REFB=-0.00727083;REVB=0.00248083;RO=101;SAF=30;SAR=34;SRF=53;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606552;STB=0.53124;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0103982;OID=.;OPOS=55831021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:101:102:64:64:0.385542:34:30:53:48:34:30:53:49 chr5 56161787 . G A 200.11 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.044796;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.873;QD=15.1026;RBI=0.0451109;REFB=-0.0149772;REVB=-0.00532109;RO=28;SAF=2;SAR=21;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374155;STB=0.733075;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0111884;OID=.;OPOS=56161787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:28:30:23:23:0.433962:21:2:8:20:21:2:9:21 chr5 56177743 . G A 273.83 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0482553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.162;QD=17.6662;RBI=0.0484029;REFB=-0.000614337;REVB=-0.00377682;RO=32;SAF=5;SAR=25;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385276;STB=0.719011;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.000183955;OID=.;OPOS=56177743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:25:5:16:16:25:5:16:16 chr5 56178217 . A C 102.49 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0380704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1227;QD=17.8243;RBI=0.0449133;REFB=-0.0330995;REVB=-0.0238297;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190057;STB=0.608523;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0301267;OID=.;OPOS=56178217;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:6:6:8:3:6:6:8:3 chr5 56242774 . T C 182.99 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.00768517;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.464;QD=14.3523;RBI=0.0099601;REFB=-0.0110832;REVB=0.00633575;RO=31;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174528;STB=0.611009;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0134612;OID=.;OPOS=56242774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:31:30:21:21:0.411765:10:11:11:20:10:11:10:20 chr5 56526565 . G T 634.23 PASS AF=1;AO=32;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.929;QD=61.876;RBI=0.0574841;REFB=0;REVB=0.014349;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000518174;OID=.;OPOS=56526565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:32:41:1:17:15:0:0:19:22:0:0 chr5 56526783 . G A 964.55 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0360649;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.094;QD=55.9157;RBI=0.0425293;REFB=-0.0385096;REVB=0.0225404;RO=2;SAF=35;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00122819;STB=0.50065;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00175847;OID=.;OPOS=56526783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:2:2:67:67:0.971014:32:35:1:1:32:35:1:1 chr5 57750267 . A C 971.09 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0018183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5142;QD=57.1227;RBI=0.0392735;REFB=-0.0150418;REVB=0.0392314;RO=0;SAF=43;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510201;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00329241;OID=.;OPOS=57750267;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:0:1:66:67:0.985294:23:43:0:0:24:43:0:1 chr5 57754004 . C T 233.7 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0158923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.609;QD=24.5997;RBI=0.032257;REFB=-0.0157981;REVB=0.0280704;RO=16;SAF=7;SAR=15;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484217;STB=0.527002;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00997144;OID=.;OPOS=57754004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:15:7:6:10:15:7:6:10 chr5 57754132 . G C 272.56 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000444921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1892;QD=51.9156;RBI=0.00157003;REFB=0;REVB=-0.00150567;RO=1;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400637;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42543e-05;OID=.;OPOS=57754132;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:1:0:20:21:1:11:9:0:1:12:9:0:0 chr5 57754808 . G A 727.59 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4041;QD=63.2689;RBI=0.0220012;REFB=0;REVB=-0.00264122;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000340392;OID=.;OPOS=57754808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr5 57754851 . A G 901.9 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7159;QD=58.1872;RBI=0.0899072;REFB=0;REVB=-0.0705579;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000150713;OID=.;OPOS=57754851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:32:30:0:0:32:30:0:0 chr5 57825920 . A G 153.59 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0190236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.725;QD=21.9418;RBI=0.0197525;REFB=-0.0288895;REVB=-0.00531666;RO=12;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047897;STB=0.526993;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0178314;OID=.;OPOS=57825920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:7:9:6:6:7:9:6:6 chr5 58267557 . C T 1091.26 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00853432;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7202;QD=58.9872;RBI=0.0144125;REFB=0.00247526;REVB=0.011614;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.506492;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00105307;OID=.;OPOS=58267557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:0:1:73:73:0.986486:38:35:0:0:38:35:0:1 chr5 58489384 . G A 709.81 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00603941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2623;QD=54.6011;RBI=0.0343419;REFB=-0.091725;REVB=-0.0338066;RO=1;SAF=35;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285164;STB=0.515146;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00219579;OID=.;OPOS=58489384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:16:35:0:1:16:35:0:1 chr5 59984897 . A T 785.76 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.795;QD=64.1437;RBI=0.0185548;REFB=0;REVB=0.00813716;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04319e-05;OID=.;OPOS=59984897;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr5 60241142 . G A 693.01 PASS AF=0.962264;AO=42;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0471998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.9706;QD=52.3027;RBI=0.196728;REFB=0.0231009;REVB=0.190982;RO=2;SAF=17;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0084084;STB=0.507039;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00294486;OID=.;OPOS=60241142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:53:53:2:2:42:51:0.962264:25:17:1:1:34:17:1:1 chr5 60369009 . A G 212.21 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00360576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.342;QD=12.3023;RBI=0.0246518;REFB=-0.0304702;REVB=0.0243866;RO=42;SAF=11;SAR=15;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032044;STB=0.511936;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0438112;OID=.;OPOS=60369009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:43:26:26:0.376812:15:11:19:23:15:11:19:24 chr5 60839417 . A G 48.55 PASS AF=0.242424;AO=7;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00269275;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=31.4779;QD=5.88532;RBI=0.0378937;REFB=-0.0661319;REVB=-0.0377979;RO=20;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826548;STB=0.515114;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.153024;OID=.;OPOS=60839417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:33:33:20:25:7:8:0.242424:4:3:10:10:4:4:13:12 chr5 60960063 . G A 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00223224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.429;QD=56.1891;RBI=0.0133839;REFB=0;REVB=0.0131964;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.32553e-05;OID=.;OPOS=60960063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr5 60982841 . G A 1425.46 PASS AF=1;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00956063;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.161;QD=63.3537;RBI=0.058494;REFB=0;REVB=-0.0577074;RO=0;SAF=52;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.28321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000364236;OID=.;OPOS=60982841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:93:90:0:0:90:90:1:38:52:0:0:38:52:0:0 chr5 61772535 . G T 764.86 PASS AF=0.98;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0149005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.663;QD=61.1888;RBI=0.0416372;REFB=-0.0105519;REVB=0.0388797;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513508;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000570792;OID=.;OPOS=61772535;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:50:0:1:48:49:0.98:29:19:0:0:31:18:1:0 chr5 63907736 . C T 606.46 PASS AF=0.492063;AO=62;DP=126;FAO=62;FDP=126;FR=.;FRO=64;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=0.000766201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.649;QD=19.2528;RBI=0.00656543;REFB=-0.0125684;REVB=-0.00652057;RO=64;SAF=33;SAR=29;SRF=38;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057016;STB=0.531482;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00839737;OID=.;OPOS=63907736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:64:64:62:62:0.492063:29:33:38:26:29:33:38:26 chr5 63991473 . G C 332.66 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.032953;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.516;QD=18.7411;RBI=0.0397337;REFB=0.0139978;REVB=0.0222006;RO=37;SAF=10;SAR=25;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712675;STB=0.544997;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.0196674;OID=.;OPOS=63991473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:37:36:35:35:0.492958:25:10:13:24:25:10:13:23 chr5 64015361 . G C 541.5 PASS AF=0.509091;AO=56;DP=109;FAO=56;FDP=110;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.00212756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.338;QD=19.691;RBI=0.00245385;REFB=-0.0177103;REVB=0.00122265;RO=53;SAF=31;SAR=25;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391743;STB=0.517337;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0118505;OID=.;OPOS=64015361;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:53:54:56:56:0.509091:25:31:27:26:25:31:28:26 chr5 64023924 . C A 193.78 PASS AF=0.302326;AO=25;DP=87;FAO=26;FDP=86;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.00204473;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.528;QD=9.01315;RBI=0.00576366;REFB=-0.00300393;REVB=0.00538877;RO=51;SAF=18;SAR=7;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277951;STB=0.618226;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0056171;OID=.;OPOS=64023924;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:51:60:25:26:0.302326:7:18:25:26:8:18:32:28 chr5 64023981 . C T 371.7 PASS AF=0.353846;AO=43;DP=125;FAO=46;FDP=130;FR=.;FRO=84;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=56;FWDB=0.0123594;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.933;QD=11.437;RBI=0.0158506;REFB=-0.00331298;REVB=0.00992415;RO=78;SAF=24;SAR=19;SRF=24;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277255;STB=0.646536;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00677123;OID=.;OPOS=64023981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:130:78:84:43:46:0.353846:19:24:24:54:20:26:28:56 chr5 64070617 . A AAATTATGAC 50.0 PASS AO=60;DP=95;LEN=9;RO=35;SAF=24;SAR=48;SRF=16;SRR=7;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=64070618;OREF=-;OALT=AATTATGAC;OMAPALT=AAATTATGAC GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:95:35:60:48:24:16:7 chr5 64097145 . C G 203.29 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=-0.0386012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0025;QD=14.2658;RBI=0.0388378;REFB=-0.00995926;REVB=0.00428016;RO=33;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194684;STB=0.610109;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0136436;OID=.;OPOS=64097145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:13:11:9:24:13:11:9:24 chr5 64267593 . CTT CTC,GCT 111.89 PASS AF=0.393939,0;AO=13,2;DP=33;FAO=13,0;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=2,0;FSAR=11,0;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00745266,-0.000860415;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=1,2;MLLD=213.394,27.8125;QD=13.5619;RBI=0.0244421,0.0429093;REFB=-0.0566652,-0.0853684;REVB=0.0232782,-0.0429007;RO=14;SAF=2,0;SAR=11,2;SRF=13;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.65372,-0.78398;STB=0.820373,0.5;STBP=0.009,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0474796,0;OID=.,.;OPOS=64267595,64267593;OREF=T,CT;OALT=C,GC;OMAPALT=CTC,GCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:20:13,2:13,0:0.393939,0:11,2:2,0:13:1:11,0:2,0:13:7 chr5 64273018 . G A 94.17 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00933087;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.215;QD=9.91241;RBI=0.0244468;REFB=-0.0110063;REVB=-0.0225961;RO=26;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376385;STB=0.52269;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0191118;OID=.;OPOS=64273018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:39:38:26:26:12:12:0.315789:7:5:10:16:7:5:10:16 chr5 64881936 . A G 124.61 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0160224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.742;QD=10.1725;RBI=0.0228137;REFB=-0.00384046;REVB=-0.0162402;RO=33;SAF=5;SAR=10;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213787;STB=0.638701;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00678259;OID=.;OPOS=64881936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:34:15:15:0.306122:10:5:17:16:10:5:18:16 chr5 64926315 . G A 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00453391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.81;QD=14.262;RBI=0.00568138;REFB=-0.000858406;REVB=0.0034237;RO=23;SAF=6;SAR=10;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357947;STB=0.692544;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00119171;OID=.;OPOS=64926315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:16:16:0.4:10:6:17:6:10:6:17:7 chr5 64926553 . G C 249.68 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.107685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5696;QD=16.645;RBI=0.111072;REFB=-0.0161904;REVB=0.0272238;RO=32;SAF=17;SAR=11;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017815;STB=0.510018;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0183687;OID=.;OPOS=64926553;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:11:17:20:12:11:17:20:12 chr5 65108215 . A G 394.18 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.000681784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.967;QD=19.7091;RBI=0.00554205;REFB=-0.0120335;REVB=0.00549995;RO=39;SAF=21;SAR=19;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101817;STB=0.54985;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0181693;OID=.;OPOS=65108215;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:40:40:40:0.5:19:21:16:23:19:21:17:23 chr5 65317181 . C T 382.57 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0164859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.201;QD=52.7688;RBI=0.0386717;REFB=0.0069264;REVB=0.0349816;RO=1;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032084;STB=0.517229;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000229945;OID=.;OPOS=65317181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:14:14:0:1:14:14:0:1 chr5 66283374 . C T 340.68 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3366;QD=54.5084;RBI=0.0581382;REFB=0;REVB=0.0484352;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311593;OID=.;OPOS=66283374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr5 66459878 . G C 99.54 PASS AF=0.733333;AO=10;DP=14;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0629193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5736;QD=26.5446;RBI=0.0935877;REFB=-0.00951501;REVB=0.0692807;RO=4;SAF=8;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381322;STB=0.507678;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00370977;OID=.;OPOS=66459878;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:15:4:4:10:11:0.733333:2:8:3:1:3:8:3:1 chr5 66480004 . T C 481.26 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0373218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.39;QD=53.4732;RBI=0.0756815;REFB=-0.0496817;REVB=0.065839;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.503309;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0043746;OID=.;OPOS=66480004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:36:0:2:34:34:0.944444:19:15:0:0:19:15:1:1 chr5 67589182 . T C 154.74 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00765665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.572;QD=14.7371;RBI=0.0281421;REFB=-0.0169012;REVB=0.0270805;RO=24;SAF=5;SAR=12;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338011;STB=0.70564;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0446218;OID=.;OPOS=67589182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:25:17:17:0.404762:12:5:15:9:12:5:16:9 chr5 68417643 . C T 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0237115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.341;QD=16.1064;RBI=0.0340163;REFB=-0.0160342;REVB=0.0243901;RO=22;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149397;STB=0.586103;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0202411;OID=.;OPOS=68417643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:11:6:11:11:11:6:11:11 chr5 68419054 . A T 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00105941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.628;QD=19.0583;RBI=0.0302487;REFB=-0.00135167;REVB=-0.0302302;RO=20;SAF=18;SAR=1;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.637963;STB=0.87558;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00048991;OID=.;OPOS=68419054;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:1:18:10:10:1:18:10:10 chr5 68524133 . A G 129.95 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.000426582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.686;QD=13.3284;RBI=0.0026212;REFB=-0.00553689;REVB=-0.00258626;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787323;STB=0.546014;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0129706;OID=.;OPOS=68524133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:7:8:11:13:7:8:11:13 chr5 68525027 . C T 158.08 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0053572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6012;QD=17.0899;RBI=0.0191931;REFB=-0.0126971;REVB=-0.0184303;RO=19;SAF=9;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148115;STB=0.569539;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0258679;OID=.;OPOS=68525027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:17:17:0.459459:8:9:7:12:8:9:8:12 chr5 68531253 . C T 171.83 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00936098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.685;QD=11.0856;RBI=0.0102598;REFB=-0.0165588;REVB=-0.00419955;RO=40;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111057;STB=0.564458;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0203057;OID=.;OPOS=68531253;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:11:11:16:24:11:11:16:24 chr5 68546706 . A G 159.44 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=39;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.01209;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1791;QD=16.7835;RBI=0.0316934;REFB=-0.0117339;REVB=-0.0292968;RO=21;SAF=12;SAR=4;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204325;STB=0.583231;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0329854;OID=.;OPOS=68546706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:21:21:16:17:0.447368:4:12:12:9:5:12:12:9 chr5 68551507 . T G 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0389581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7731;QD=17.6449;RBI=0.0581186;REFB=0.00637157;REVB=0.0431281;RO=7;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186168;STB=0.608447;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.00533211;OID=.;OPOS=68551507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:3:6:3:4:3:6:3:4 chr5 68688608 . T C 240.36 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00263038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2095;QD=28.2772;RBI=0.036767;REFB=0.0305525;REVB=-0.0366728;RO=12;SAF=12;SAR=10;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244462;STB=0.513501;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.0200847;OID=.;OPOS=68688608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:10:12:7:5:10:12:7:5 chr5 68695940 . T G 245.93 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0162604;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.085;QD=17.5662;RBI=0.0163493;REFB=-0.0116911;REVB=0.00170251;RO=29;SAF=6;SAR=21;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341548;STB=0.693538;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0139989;OID=.;OPOS=68695940;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:21:6:16:13:21:6:16:13 chr5 68715310 . C T 68.81 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0908565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.092;QD=15.2902;RBI=0.090863;REFB=-0.0063134;REVB=0.00108599;RO=9;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124428;STB=0.573595;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00865098;OID=.;OPOS=68715310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:7:2:3:6:7:2:3:6 chr5 68720419 . T G 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00639001;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=249.888;QD=25.2873;RBI=0.00692138;REFB=-0.0142851;REVB=0.00265955;RO=9;SAF=7;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763025;STB=0.54266;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00729925;OID=.;OPOS=68720419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:9:7:5:4:9:7:5:4 chr5 68775065 . C T 152.43 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00990983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.557;QD=40.6481;RBI=0.0325986;REFB=-0.0743446;REVB=0.0310558;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52937;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000891842;OID=.;OPOS=68775065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:0:1:14:14:0.933333:6:8:0:0:6:8:1:0 chr5 70308251 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.425;QD=56.9381;RBI=0.0253347;REFB=0;REVB=-0.00643919;RO=0;SAF=35;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05923e-05;OID=.;OPOS=70308251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:18:35:0:0:18:35:0:0 chr5 70751818 . T G 1510.38 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00365153;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.126;QD=59.8172;RBI=0.0551743;REFB=0;REVB=0.0550533;RO=0;SAF=51;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237022;OID=.;OPOS=70751818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:101:101:1:50:51:0:0:50:51:0:0 chr5 70782444 . A G 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0197458;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=286.234;QD=14.3343;RBI=0.0288495;REFB=-0.0159202;REVB=-0.0210332;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138165;STB=0.581216;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0180271;OID=.;OPOS=70782444;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:4:6:4:5:4:6 chr5 70800475 . C T 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00229632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.129;QD=57.1764;RBI=0.00367976;REFB=0;REVB=-0.00287533;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.23279e-05;OID=.;OPOS=70800475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr5 70806711 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0593704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6836;QD=33.4285;RBI=0.0842623;REFB=0;REVB=-0.0597937;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0104702;OID=.;OPOS=70806711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr5 70806958 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0460146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.881;QD=56.1915;RBI=0.0463697;REFB=0;REVB=-0.00572717;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000450594;OID=.;OPOS=70806958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr5 70834926 . T C 411.06 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.781;QD=56.698;RBI=0.0474213;REFB=0;REVB=0.0386019;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000547592;OID=.;OPOS=70834926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:11:17:0:0:11:18:0:0 chr5 70837295 . A C 279.58 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00435722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9405;QD=48.6218;RBI=0.0735987;REFB=0.152604;REVB=0.0734696;RO=1;SAF=12;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369717;STB=0.519982;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00585603;OID=.;OPOS=70837295;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:10:12:1:0:10:12:1:0 chr5 70858194 . C T 853.65 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00545981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3355;QD=55.9768;RBI=0.0280225;REFB=-0.0488575;REVB=-0.0274855;RO=1;SAF=24;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192526;STB=0.509801;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0132909;OID=.;OPOS=70858194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:61:1:1:59:60:0.983607:35:24:1:0:35:25:1:0 chr5 70932002 . G A 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00598639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.647;QD=52.6112;RBI=0.00704031;REFB=0;REVB=-0.0037053;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.01328e-05;OID=.;OPOS=70932002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr5 70945075 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.409;QD=58.141;RBI=0.0481171;REFB=0;REVB=0.0356139;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047285;OID=.;OPOS=70945075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:23:9:0:0:23:9:0:0 chr5 71146757 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0755636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9597;QD=42.1826;RBI=0.112162;REFB=0;REVB=-0.0828881;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00876646;OID=.;OPOS=71146757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr5 71146882 . T C 1094.47 PASS AF=0.868132;AO=79;DP=91;FAO=79;FDP=91;FR=.;FRO=12;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0248218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.12;QD=48.1084;RBI=0.0355224;REFB=-0.0850544;REVB=0.025411;RO=12;SAF=36;SAR=43;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940777;STB=0.549917;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00354813;OID=.;OPOS=71146882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:91:91:12:12:79:79:0.868132:43:36:1:11:43:36:1:11 chr5 71146889 . A G 996.89 PASS AF=0.858824;AO=73;DP=85;FAO=73;FDP=85;FR=.;FRO=12;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0122549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.33;QD=46.9126;RBI=0.0137047;REFB=-0.0861889;REVB=0.00613495;RO=12;SAF=36;SAR=37;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109043;STB=0.557944;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0113336;OID=.;OPOS=71146889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:85:85:12:12:73:73:0.858824:37:36:1:11:37:36:1:11 chr5 71490962 . A G 193.67 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186075;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7108;QD=48.4185;RBI=0.0578585;REFB=0;REVB=0.0547847;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00292643;OID=.;OPOS=71490962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:15:16:1:5:10:0:0:6:10:0:0 chr5 71495041 . T C 275.36 PASS AF=0.481481;AO=24;DP=55;FAO=26;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.00523476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1481;QD=20.3966;RBI=0.0231629;REFB=0.0162393;REVB=-0.0225636;RO=20;SAF=11;SAR=13;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314966;STB=0.675341;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0208284;OID=.;OPOS=71495041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:20:22:24:26:0.481481:13:11:17:3:15:11:18:4 chr5 71756102 . G A 1446.01 PASS AF=0.980392;AO=97;DP=98;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.02403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8298;QD=56.7064;RBI=0.0460487;REFB=-0.0876761;REVB=0.0392815;RO=1;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903379;STB=0.508927;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00231334;OID=.;OPOS=71756102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:98:102:1:2:97:100:0.980392:52:45:0:1:55:45:0:2 chr5 71756670 . C T 254.55 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0816674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.306;QD=50.909;RBI=0.085679;REFB=0;REVB=-0.0259102;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157677;OID=.;OPOS=71756670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:20:0:0:16:20:1:8:8:0:0:8:12:0:0 chr5 72144209 . C T 127.16 PASS AF=0.365854;AO=14;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.044066;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.752;QD=12.4061;RBI=0.0445894;REFB=-0.0134849;REVB=-0.0068121;RO=26;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844256;STB=0.569487;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0458183;OID=.;OPOS=72144209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:14:15:0.365854:7:7:11:15:7:8:11:15 chr5 72174432 . C G 1264.12 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5066;QD=61.6645;RBI=0.0363625;REFB=0;REVB=-0.0343527;RO=0;SAF=36;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.13116e-05;OID=.;OPOS=72174432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:45:36:0:0:46:36:0:0 chr5 72184098 . C T 714.99 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0466217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3386;QD=60.85;RBI=0.0498106;REFB=-0.113862;REVB=-0.0175363;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0024681;OID=.;OPOS=72184098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:23:23:0:0:23:23:0:1 chr5 72347223 . A G 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0202871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.4355;QD=16.8996;RBI=0.0565924;REFB=-0.0295334;REVB=0.0528312;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128055;STB=0.574318;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0437009;OID=.;OPOS=72347223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:5:4:6:4:5:4 chr5 72385914 . A G 229.04 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0224059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.886;QD=21.8133;RBI=0.0770148;REFB=0.00467109;REVB=0.0736835;RO=19;SAF=7;SAR=15;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468796;STB=0.517226;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.00989146;OID=.;OPOS=72385914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:20:22:22:0.52381:15:7:7:12:15:7:7:13 chr5 72395915 . G A 253.54 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0093923;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.124;QD=19.1348;RBI=0.0175555;REFB=-0.0206326;REVB=-0.0148317;RO=26;SAF=14;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162503;STB=0.509084;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0202769;OID=.;OPOS=72395915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:13:14:13:13:13:14:13:13 chr5 72419410 . A G 603.99 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.303;QD=60.3992;RBI=0.0118088;REFB=0;REVB=-0.00111058;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.13597e-05;OID=.;OPOS=72419410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:23:16:0:0:24:16:0:0 chr5 72419456 . C G 132.0 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0902653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8311;QD=14.6662;RBI=0.0905405;REFB=-0.00640405;REVB=-0.00705435;RO=21;SAF=2;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404312;STB=0.740551;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00232597;OID=.;OPOS=72419456;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:13:2:9:12:13:2:9:12 chr5 72419617 . C A 476.53 PASS AF=0.528736;AO=45;DP=86;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0087541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.532;QD=21.9092;RBI=0.0133921;REFB=-0.0208474;REVB=0.0101348;RO=41;SAF=15;SAR=30;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120361;STB=0.557891;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0149065;OID=.;OPOS=72419617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:41:41:45:46:0.528736:30:15:19:22:30:16:19:22 chr5 72795160 . AATCTC A 151.26 PASS AF=0.469388;AO=22;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=-0.0122676;FXX=0;HRUN=3;LEN=5;MLLD=285.234;QD=12.3473;RBI=0.0146771;REFB=-0.00928374;REVB=-0.00805748;RO=25;SAF=8;SAR=14;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176766;STB=0.596197;STBP=0.263;TYPE=del;VARB=0.0135158;OID=.;OPOS=72795161;OREF=ATCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.469388:22:49:23:49:26:8:15:5:21:99:25:8:14:5:20 chr5 72795176 . G A 206.12 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=0.0254045;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.274;QD=16.8263;RBI=0.0257944;REFB=-0.00326138;REVB=-0.0044678;RO=26;SAF=8;SAR=13;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207599;STB=0.630088;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00331539;OID=.;OPOS=72795176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:28:21:21:0.428571:13:8:5:21:13:8:5:23 chr5 72798845 . A G 230.83 PASS AF=0.55;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00360898;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.664;QD=23.0833;RBI=0.00493338;REFB=-0.0129761;REVB=0.00336356;RO=16;SAF=16;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144625;STB=0.562103;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0244628;OID=.;OPOS=72798845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:16:18:22:22:0.55:6:16:9:7:6:16:11:7 chr5 72874907 . A C 375.25 PASS AF=0.40367;AO=44;DP=109;FAO=44;FDP=109;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0208702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4767;QD=13.7705;RBI=0.0263377;REFB=-0.0221241;REVB=-0.0160658;RO=64;SAF=20;SAR=24;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149965;STB=0.513417;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0264701;OID=.;OPOS=72874907;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:64:65:44:44:0.40367:24:20:30:34:24:20:31:34 chr5 72877795 . TTA T,TTT 55.52 PASS AF=0.11399,0;AO=27,29;DP=246;FAO=22,0;FDP=193;FR=.;FRO=171;FSAF=10,0;FSAR=12,0;FSRF=69;FSRR=102;FWDB=-0.0986751,0.0974903;FXX=0.0102559;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=20.8545,19.6829;QD=1.15064;RBI=0.138205,0.0975153;REFB=-0.0393155,0.00428255;REVB=-0.0967667,-0.00220988;RO=169;SAF=7,3;SAR=20,26;SRF=71;SRR=98;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.222449,-0.484079;STB=0.545936,0.5;STBP=0.662,1;TYPE=del,snp;VARB=0.185177,0;OID=.,.;OPOS=72877796,72877797;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.11399,0:27,29:246:22,0:193:171:10,0:12,0:69:102:56:169:7,3:20,26:71:98 chr5 73069799 . G A 656.62 PASS AF=0.492537;AO=66;DP=134;FAO=66;FDP=134;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=13;FSRR=55;FWDB=0.00248155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.842;QD=19.6007;RBI=0.0165633;REFB=-0.00924138;REVB=-0.0163763;RO=68;SAF=27;SAR=39;SRF=13;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218032;STB=0.619294;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00937792;OID=.;OPOS=73069799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:68:68:66:66:0.492537:39:27:13:55:39:27:13:55 chr5 73072354 . T C 800.27 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346381;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.868;QD=57.1622;RBI=0.0375095;REFB=0;REVB=0.0143933;RO=0;SAF=15;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45681e-05;OID=.;OPOS=73072354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:40:15:0:0:40:16:0:0 chr5 73076511 . C A 1506.96 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00644659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0976;QD=58.5229;RBI=0.0381019;REFB=-0.0479877;REVB=-0.0375526;RO=0;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000409374;OID=.;OPOS=73076511;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:0:1:102:102:0.990291:51:51:0:0:51:51:1:0 chr5 73090261 . T C 538.24 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.604;QD=59.8047;RBI=0.0330248;REFB=0;REVB=-0.0163079;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27011e-05;OID=.;OPOS=73090261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:34:36:1:16:18:0:0:16:20:0:0 chr5 73091228 . C T 895.51 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9169;QD=57.7747;RBI=0.0327396;REFB=0;REVB=0.0296403;RO=0;SAF=18;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139533;OID=.;OPOS=73091228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:44:18:0:0:44:18:0:0 chr5 73136566 . A G 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0357274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.0406;QD=13.0913;RBI=0.0357781;REFB=-0.00322862;REVB=0.00190521;RO=19;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00958068;STB=0.505486;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00220763;OID=.;OPOS=73136566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:20:13:13:0.393939:9:4:6:13:9:4:6:14 chr5 73142296 . C T 382.45 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0260936;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8408;QD=15.1466;RBI=0.0459495;REFB=-0.0101911;REVB=-0.0378216;RO=56;SAF=23;SAR=20;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172034;STB=0.510162;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0161103;OID=.;OPOS=73142296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:58:43:43:0.425743:20:23:29:27:20:23:30:28 chr5 73144845 . A G 1035.37 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00604497;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.18;QD=58.3305;RBI=0.0349311;REFB=-0.153143;REVB=0.0344041;RO=1;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133153;STB=0.506847;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00075395;OID=.;OPOS=73144845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:71:1:1:69:70:0.985915:35:34:0:1:36:34:0:1 chr5 73148481 . G A 472.89 PASS AF=0.608108;AO=43;DP=72;FAO=45;FDP=74;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.012753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.428;QD=25.5617;RBI=0.0129283;REFB=-0.00153414;REVB=0.00212199;RO=29;SAF=16;SAR=27;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185364;STB=0.596427;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.000883078;OID=.;OPOS=73148481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:29:29:43:45:0.608108:27:16:18:11:28:17:18:11 chr5 73163831 . C T 733.06 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00676547;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.209;QD=56.3894;RBI=0.00786215;REFB=-0.0193835;REVB=-0.00400523;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000455293;OID=.;OPOS=73163831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:52:52:0:0:52:52:1:19:33:0:0:19:33:0:0 chr5 73163965 . C A 685.43 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00339308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1292;QD=58.3344;RBI=0.0105545;REFB=-0.107927;REVB=0.00999419;RO=1;SAF=27;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170902;STB=0.517849;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0158801;OID=.;OPOS=73163965;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:47:1:2:45:45:0.957447:18:27:1:0:18:27:2:0 chr5 73197055 . TCCC TCC,TCCG 254.62 PASS AF=0.514706,0.132353;AO=15,9;DP=71;FAO=35,9;FDP=68;FR=.;FRO=24;FSAF=25,8;FSAR=10,1;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0115661,0.0455103;FXX=0.0422476;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=11.0303,12.8086;QD=14.9776;RBI=0.148959,0.345386;REFB=-0.127128,-0.133671;REVB=0.148509,0.342375;RO=21;SAF=14,9;SAR=1,0;SRF=14;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.493668,0.732551;STB=0.542832,0.77595;STBP=0.484,0.114;TYPE=del,snp;VARB=0.130117,0.0436459;OID=.,.;OPOS=73197056,73197058;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=TCC,TCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.514706,0.132353:15,9:71:35,9:68:24:25,8:10,1:15:9:94:21:14,9:1,0:14:7 chr5 73207372 . T A 174.35 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0152484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.354;QD=11.6233;RBI=0.0242586;REFB=-0.00176246;REVB=-0.018867;RO=38;SAF=10;SAR=12;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210136;STB=0.512184;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0042734;OID=.;OPOS=73207372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:12:10:18:20:12:10:18:20 chr5 73218954 . C T 486.87 PASS AF=0.51087;AO=47;DP=92;FAO=47;FDP=92;FR=.;FRO=45;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0124548;FXX=0.0107515;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.162;QD=21.1681;RBI=0.0128337;REFB=-0.00741329;REVB=0.0030954;RO=39;SAF=30;SAR=17;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203132;STB=0.508471;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00725159;OID=.;OPOS=73218954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:39:45:47:47:0.51087:17:30:24:15:17:30:28:17 chr5 73236679 . CT C,CC 130.54 PASS AF=0.333333,0.533333;AO=5,8;DP=15;FAO=5,8;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=4,1;FSAR=1,7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0609911,0.0518164;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=231.529,233.743;QD=34.8113;RBI=0.0612746,0.0519628;REFB=-0.0134456,-0.00604618;REVB=0.00588741,0.00389778;RO=2;SAF=4,1;SAR=1,7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.413629,0.110633;STB=0.748924,0.562356;STBP=0.113,0.667;TYPE=del,snp;VARB=-0.00819278,0.00749156;OID=.,.;OPOS=73236680,73236680;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.333333,0.533333:5,8:15:5,8:15:2:4,1:1,7:0:2:24:2:4,1:1,7:0:2 chr5 73613858 . A G 375.56 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0093497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.808;QD=55.6379;RBI=0.0140067;REFB=0;REVB=0.0104293;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124644;OID=.;OPOS=73613858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chr5 73613972 . G C 738.8 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00585377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.286;QD=54.7256;RBI=0.00598137;REFB=0.0942541;REVB=-0.00122887;RO=1;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144976;STB=0.507689;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.00170237;OID=.;OPOS=73613972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:32:21:0:1:32:21:0:1 chr5 73613991 . T C 152.72 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0139992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1436;QD=11.9777;RBI=0.0301715;REFB=-0.0144276;REVB=-0.0267272;RO=33;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185127;STB=0.607729;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0246375;OID=.;OPOS=73613991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:9:9:11:22:9:9:11:22 chr5 73614007 . G A 163.44 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.00754845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9015;QD=13.3423;RBI=0.0685026;REFB=0.00129755;REVB=-0.0680854;RO=31;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122668;STB=0.571351;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.0012006;OID=.;OPOS=73614007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:9:9:12:19:9:9:12:19 chr5 73614019 . G A 158.45 PASS AF=0.375;AO=17;DP=47;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0272105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.12;QD=13.2038;RBI=0.0275018;REFB=0.0119267;REVB=0.00399174;RO=30;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140389;STB=0.562432;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.015812;OID=.;OPOS=73614019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:30:30:17:18:0.375:8:9:12:18:9:9:12:18 chr5 73930751 . C T 733.78 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0507534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6416;QD=61.1481;RBI=0.0511471;REFB=-0.0979229;REVB=-0.00633385;RO=1;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015421;STB=0.508193;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00250581;OID=.;OPOS=73930751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:30:17:0:1:30:17:0:1 chr5 73931246 . T C 137.63 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0303749;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=71.1845;QD=39.3223;RBI=0.0572972;REFB=-0.152551;REVB=-0.0485833;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526276;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00890773;OID=.;OPOS=73931246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:0:1:13:13:0.928571:9:4:0:0:9:4:0:1 chr5 73931280 . A C 36.85 PASS AF=0.3;AO=5;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.09633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.9682;QD=7.36966;RBI=0.167621;REFB=-0.0443565;REVB=-0.137176;RO=9;SAF=0;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.69933;STB=0.555358;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.103493;OID=.;OPOS=73931280;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:9:14:5:6:0.3:5:0:3:6:5:1:3:11 chr5 73932315 . T C 517.89 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0174212;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.869;QD=54.5144;RBI=0.0217663;REFB=-0.0253143;REVB=-0.0130489;RO=2;SAF=15;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00841969;STB=0.504502;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00201122;OID=.;OPOS=73932315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:21:15:1:1:21:15:1:1 chr5 73981270 . T C 159.45 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.945;QD=45.5557;RBI=0.0389424;REFB=0;REVB=0.0373094;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469569;OID=.;OPOS=73981270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr5 74323529 . G C 148.62 PASS AF=0.345455;AO=18;DP=56;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.013001;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4602;QD=10.8086;RBI=0.0259201;REFB=-0.0172903;REVB=0.0224237;RO=33;SAF=9;SAR=9;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151123;STB=0.571354;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0338832;OID=.;OPOS=74323529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:33:36:18:19:0.345455:9:9:12:21:9:10:15:21 chr5 74324548 . G A 223.51 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0113971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.225;QD=14.9008;RBI=0.0189198;REFB=0.00220054;REVB=-0.0151019;RO=34;SAF=21;SAR=5;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335903;STB=0.69323;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00251943;OID=.;OPOS=74324548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:5:21:18:16:5:21:18:16 chr5 74324902 . C T 145.47 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0211634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0028;QD=16.1632;RBI=0.0766869;REFB=-0.0129229;REVB=-0.0737088;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00858305;OID=.;OPOS=74324902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:8:8:10:10:8:8:10:10 chr5 74400516 . G C 181.16 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00926798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.944;QD=11.3224;RBI=0.00935617;REFB=-0.00260382;REVB=0.0012816;RO=41;SAF=12;SAR=11;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642755;STB=0.537281;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0108718;OID=.;OPOS=74400516;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:11:12:19:22:11:12:19:22 chr5 74442410 . G A 230.41 PASS AF=0.45614;AO=27;DP=58;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00600202;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6027;QD=16.1689;RBI=0.00658458;REFB=-0.00398988;REVB=0.00270784;RO=30;SAF=9;SAR=18;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163983;STB=0.620593;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0142582;OID=.;OPOS=74442410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:30:31:27:26:0.45614:18:9:15:15:18:8:16:15 chr5 74442920 . A G 286.82 PASS AF=0.535714;AO=29;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00177543;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.282;QD=20.4872;RBI=0.0060578;REFB=-0.00222519;REVB=0.00579179;RO=26;SAF=16;SAR=13;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141179;STB=0.584067;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00169168;OID=.;OPOS=74442920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:29:30:0.535714:13:16:10:16:13:17:10:16 chr5 74442964 . T C 385.18 PASS AF=0.527027;AO=37;DP=72;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=0.0166212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.494;QD=20.8205;RBI=0.045352;REFB=-0.0148778;REVB=0.0421964;RO=35;SAF=19;SAR=18;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24955;STB=0.633545;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0107801;OID=.;OPOS=74442964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:35:35:37:39:0.527027:18:19:8:27:19:20:8:27 chr5 74443132 . C T 506.38 PASS AF=0.5;AO=53;DP=106;FAO=53;FDP=106;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=21;FWDB=-0.020568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.205;QD=19.1086;RBI=0.0236489;REFB=-0.0271659;REVB=-0.0116716;RO=49;SAF=29;SAR=24;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394473;STB=0.5287;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0207647;OID=.;OPOS=74443132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:49:53:53:53:0.5:24:29:29:20:24:29:32:21 chr5 74443303 . T C 74.21 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0328776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.645;QD=10.2354;RBI=0.040759;REFB=-0.006178;REVB=0.0240906;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978809;STB=0.55871;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0118978;OID=.;OPOS=74443303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:4:6:13:6:4:6:13:6 chr5 74491715 . TTCA T 188.88 PASS AF=0.441176;AO=25;DP=67;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0034926;FXX=0.0285673;HRUN=2;LEN=3;MLLD=265.981;QD=11.1108;RBI=0.0149396;REFB=-0.0195026;REVB=0.0145257;RO=40;SAF=20;SAR=5;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180417;STB=0.527379;STBP=0.715;TYPE=del;VARB=0.0240493;OID=.;OPOS=74491716;OREF=TCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441176:25:67:30:68:38:21:9:25:13:99:40:20:5:27:13 chr5 74632389 . T G 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=-0.0130978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.044;QD=14.6688;RBI=0.0142355;REFB=-0.0151889;REVB=-0.00557646;RO=32;SAF=16;SAR=8;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13718;STB=0.577405;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0217882;OID=.;OPOS=74632389;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:8:16:25:7:8:16:25:7 chr5 74681773 . T C 525.79 PASS AF=0.51;AO=48;DP=98;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=14;FWDB=0.000587181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4722;QD=21.0317;RBI=0.0404623;REFB=-0.00769587;REVB=0.040458;RO=49;SAF=34;SAR=14;SRF=35;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00658531;STB=0.516123;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00796662;OID=.;OPOS=74681773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:49:49:48:51:0.51:14:34:35:14:16:35:35:14 chr5 74877266 . C T 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00757428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154;QD=17.6438;RBI=0.0292803;REFB=-0.0162889;REVB=-0.0282837;RO=7;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123424;STB=0.571275;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0107467;OID=.;OPOS=74877266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:5:4:2:5:5:4:2:5 chr5 74921686 . G A 349.61 PASS AF=0.59322;AO=34;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.000923122;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.32;QD=23.7021;RBI=0.0243125;REFB=-0.0251972;REVB=-0.024295;RO=25;SAF=14;SAR=20;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00935288;STB=0.510632;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00893448;OID=.;OPOS=74921686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:24:34:35:0.59322:20:14:10:15:21:14:9:15 chr5 75003678 . T C 581.14 PASS AF=0.455224;AO=61;DP=134;FAO=61;FDP=134;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.00445926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.028;QD=17.3475;RBI=0.0201708;REFB=-0.00865928;REVB=0.0196717;RO=73;SAF=19;SAR=42;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149706;STB=0.583617;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0118472;OID=.;OPOS=75003678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:73:73:61:61:0.455224:42:19:33:40:42:19:33:40 chr5 75008193 . T C 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00459418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.954;QD=14.834;RBI=0.0428399;REFB=-0.0238763;REVB=-0.0425928;RO=30;SAF=16;SAR=6;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340839;STB=0.695469;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0236599;OID=.;OPOS=75008193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:6:16:12:18:6:16:12:18 chr5 75884734 . G A 110.47 PASS AF=0.28;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0185584;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8814;QD=8.8376;RBI=0.0213301;REFB=-0.0177563;REVB=-0.0105146;RO=36;SAF=11;SAR=3;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.444304;STB=0.771533;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0276569;OID=.;OPOS=75884734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:36:36:14:14:0.28:3:11:15:21:3:11:15:21 chr5 75906851 . T C 299.04 PASS AF=0.445946;AO=33;DP=74;FAO=33;FDP=74;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.00387451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.967;QD=16.1642;RBI=0.0440307;REFB=-0.0313878;REVB=0.0438599;RO=41;SAF=14;SAR=19;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594841;STB=0.533426;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.041917;OID=.;OPOS=75906851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:41:33:33:0.445946:19:14:15:26:19:14:15:26 chr5 75906923 . C G 480.95 PASS AF=0.547619;AO=46;DP=84;FAO=46;FDP=84;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0113665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.65;QD=22.9023;RBI=0.0173438;REFB=-0.0155194;REVB=-0.0131;RO=38;SAF=20;SAR=26;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033671;STB=0.518511;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0133928;OID=.;OPOS=75906923;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:38:46:46:0.547619:26:20:15:23:26:20:15:23 chr5 75923285 . C T 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0251693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0628;QD=14.7417;RBI=0.0298618;REFB=0.0109191;REVB=-0.0160697;RO=25;SAF=8;SAR=9;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214113;STB=0.62313;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.0127539;OID=.;OPOS=75923285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:9:8:17:8:9:8:17:8 chr5 75923294 . T G 609.5 PASS AF=1;AO=33;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.247;QD=59.4629;RBI=0.0305162;REFB=0;REVB=-0.00621794;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150788;OID=.;OPOS=75923294;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:33:41:1:15:18:0:0:18:23:0:0 chr5 75923307 . A G 623.34 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00359013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.905;QD=55.408;RBI=0.0131596;REFB=-0.107162;REVB=0.0126604;RO=2;SAF=22;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00203384;STB=0.512706;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00136944;OID=.;OPOS=75923307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:45:45:2:3:42:42:0.933333:20:22:1:1:20:22:1:2 chr5 75932869 . C T 207.65 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.000662087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.662;QD=15.1018;RBI=0.0269913;REFB=-0.0187059;REVB=-0.0269832;RO=30;SAF=9;SAR=15;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22015;STB=0.616341;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0246353;OID=.;OPOS=75932869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:30:31:24:24:0.436364:15:9:18:12:15:9:18:13 chr5 75932965 . G C 182.31 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.012463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.907;QD=11.5755;RBI=0.0164072;REFB=-0.0124075;REVB=-0.010671;RO=40;SAF=11;SAR=12;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310715;STB=0.51799;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0156525;OID=.;OPOS=75932965;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:12:11:18:22:12:11:18:22 chr5 75948650 . A G 411.62 PASS AF=0.393443;AO=48;DP=122;FAO=48;FDP=122;FR=.;FRO=74;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=54;FWDB=0.0432661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5419;QD=13.4958;RBI=0.0452155;REFB=-0.00366796;REVB=0.0131336;RO=72;SAF=30;SAR=18;SRF=19;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369725;STB=0.705803;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00792541;OID=.;OPOS=75948650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:72:74:48:48:0.393443:18:30:19:53:18:30:20:54 chr5 75960865 . T C 238.32 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3311;QD=50.1727;RBI=0.0434964;REFB=0;REVB=0.013724;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000513573;OID=.;OPOS=75960865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr5 76003253 . TA T,TT 857.54 PASS AF=0.0533333,0.933333;AO=10,53;DP=75;FAO=4,70;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=3,29;FSAR=1,41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0402005,0.0787983;FXX=0.0131562;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=15.5661,23.0181;QD=45.7352;RBI=0.147641,0.148027;REFB=-0.199248,-0.104626;REVB=0.142062,0.125311;RO=9;SAF=6,24;SAR=4,29;SRF=2;SRR=7;SSEN=0.317073,0;SSEP=0,0;SSSB=0.300918,0.063682;STB=0.571096,0.508472;STBP=0.672,0.297;TYPE=del,snp;VARB=0.146168,0.0218532;OID=.,.;OPOS=76003254,76003254;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0533333,0.933333:10,53:75:4,70:75:1:3,29:1,41:1:0:9:9:6,24:4,29:2:7 chr5 76128521 . G A 499.2 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.137;QD=58.7291;RBI=0.02836;REFB=0;REVB=-0.0184786;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0152e-05;OID=.;OPOS=76128521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:16:17:0:0:16:18:0:0 chr5 76129053 . T C 74.15 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.0408985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1323;QD=7.2344;RBI=0.071559;REFB=-0.0130678;REVB=-0.0587198;RO=30;SAF=7;SAR=4;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392224;STB=0.524228;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.0148148;OID=.;OPOS=76129053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:41:41:30:30:11:11:0.268293:4:7:20:10:4:7:20:10 chr5 76359024 . C A 88.49 PASS AF=0.44;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0660313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.716;QD=14.1588;RBI=0.0665098;REFB=-0.00257844;REVB=-0.00796342;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0065293;STB=0.514679;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00398877;OID=.;OPOS=76359024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:25:13:14:11:11:0.44:6:5:6:7:6:5:6:8 chr5 76704849 . T C 759.17 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00239858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.898;QD=63.264;RBI=0.0127845;REFB=0;REVB=0.0125575;RO=0;SAF=12;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90773e-05;OID=.;OPOS=76704849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:48:0:0:44:48:1:32:12:0:0:34:14:0:0 chr5 76708987 . A G,T 1449.35 PASS AF=0.873874,0.0720721;AO=96,9;DP=111;FAO=97,8;FDP=111;FR=.;FRO=6;FSAF=50,1;FSAR=47,7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0113714,0.0142933;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=95.8226,21.1381;QD=52.2289;RBI=0.0127643,0.0248624;REFB=-0.0230262,-0.0142568;REVB=0.00579803,-0.0203431;RO=5;SAF=50,1;SAR=46,8;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00743611,-0.441617;STB=0.500901,0.736128;STBP=0.927,0.123;TYPE=snp,snp;VARB=0.0075449,0.0323711;OID=.,.;OPOS=76708987,76708987;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:111:111:5:6:96,9:97,8:0.873874,0.0720721:46,8:50,1:3:2:47,7:50,1:3:3 chr5 76916335 . G GC 245.82 PASS AF=0.486842;AO=33;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0182509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.882;QD=12.9377;RBI=0.111544;REFB=-0.00488357;REVB=0.11004;RO=40;SAF=14;SAR=19;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146591;STB=0.540519;STBP=0.545;TYPE=ins;VARB=0.00596242;OID=.;OPOS=76916336;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.486842:33:76:37:76:39:17:20:21:18:99:40:14:19:23:17 chr5 76926578 . T C 166.58 PASS AF=0.9375;AO=14;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.014253;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=195.962;QD=41.6457;RBI=0.0264762;REFB=-0.0744309;REVB=0.0223123;RO=1;SAF=7;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060556;STB=0.533289;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00113487;OID=.;OPOS=76926578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:14:15:0.9375:7:7:1:0:8:7:1:0 chr5 76934402 . T TC 172.92 PASS AF=0.407018;AO=91;DP=307;FAO=116;FDP=285;FR=.;FRO=169;FSAF=38;FSAR=78;FSRF=64;FSRR=105;FWDB=-0.0833711;FXX=0.00349638;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.58142;QD=2.42687;RBI=0.0833875;REFB=-0.102247;REVB=-0.00165556;RO=191;SAF=28;SAR=63;SRF=86;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180367;STB=0.533596;STBP=0.376;TYPE=ins;VARB=0.0499659;OID=.;OPOS=76934403;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407018:91:307:116:285:169:38:78:64:105:99:191:28:63:86:105 chr5 77011066 . T C 124.77 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00729911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.465;QD=10.1856;RBI=0.0115896;REFB=-0.015117;REVB=0.00900238;RO=34;SAF=6;SAR=9;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215336;STB=0.628863;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0387661;OID=.;OPOS=77011066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:9:6:20:14:9:6:20:14 chr5 77425028 . A T 818.2 PASS AF=0.583333;AO=71;DP=127;FAO=77;FDP=132;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=0.0271904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.425;QD=24.794;RBI=0.0290412;REFB=-0.0067408;REVB=0.0102016;RO=55;SAF=28;SAR=43;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198286;STB=0.512443;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00481557;OID=.;OPOS=77425028;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:132:55:55:71:77:0.583333:43:28:23:32:47:30:23:32 chr5 77745853 . C A,CA 235.78 PASS AF=0,1;AO=2,16;DP=21;FAO=0,20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196508,0.0894052;FXX=0.0475964;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=263.319,21.5825;QD=47.1558;RBI=0.019921,0.0999188;REFB=0,0;REVB=0.00327031,0.0446148;RO=3;SAF=1,13;SAR=1,3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.142842,0.193404;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00997424;OID=.,.;OPOS=77745853,77745854;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:21:20:3:0:2,16:0,20:0,1:1,3:1,13:1:2:0,5:0,15:0:0 chr5 77781785 . C CT 407.08 PASS AF=1;AO=42;DP=48;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00443558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.3344;QD=37.8677;RBI=0.143848;REFB=0;REVB=0.14378;RO=6;SAF=23;SAR=19;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678292;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00434424;OID=.;OPOS=77781786;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:48:43:43:0:23:20:0:0:8:6:23:19:5:1 chr5 77784738 . A G 686.53 PASS AF=1;AO=37;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.18;QD=62.4122;RBI=0.0182239;REFB=0;REVB=0.00706348;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00257725;OID=.;OPOS=77784738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:37:44:1:19:18:0:0:25:19:0:0 chr5 78340257 . C G 356.14 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00739334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.694;QD=16.5647;RBI=0.00750108;REFB=-0.00699452;REVB=0.00126676;RO=47;SAF=17;SAR=21;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1041;STB=0.564069;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00713284;OID=.;OPOS=78340257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:48:38:38:0.44186:21:17:26:21:21:17:27:21 chr5 78340286 . A G 348.36 PASS AF=0.408602;AO=38;DP=93;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0156165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5469;QD=14.9833;RBI=0.0171752;REFB=-0.00963752;REVB=-0.00714949;RO=53;SAF=16;SAR=22;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918287;STB=0.552484;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0192312;OID=.;OPOS=78340286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:53:55:38:38:0.408602:22:16:27:26:22:16:28:27 chr5 78351636 . A C 163.55 PASS AF=0.328571;AO=20;DP=67;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.00319819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9507;QD=9.34578;RBI=0.00379165;REFB=-0.0254387;REVB=-0.00203671;RO=47;SAF=6;SAR=14;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367575;STB=0.648654;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0818724;OID=.;OPOS=78351636;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:70:47:47:20:23:0.328571:14:6:29:18:14:9:29:18 chr5 78373431 . C T 202.34 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0065931;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.074;QD=16.1871;RBI=0.0152515;REFB=-0.0141709;REVB=-0.0137528;RO=27;SAF=7;SAR=15;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271298;STB=0.645931;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0123069;OID=.;OPOS=78373431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:28:22:22:0.44:15:7:16:11:15:7:16:12 chr5 78532658 . C T 41.12 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0817129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.528;QD=16.4483;RBI=0.0818024;REFB=-0.0157248;REVB=0.00382502;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248791;STB=0.642482;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0444133;OID=.;OPOS=78532658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:5:1:0:4:5:1:0:4 chr5 78573790 . A T 491.43 PASS AF=0.589744;AO=47;DP=78;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.00842278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9506;QD=25.2016;RBI=0.0116642;REFB=-0.0203812;REVB=-0.00806906;RO=31;SAF=15;SAR=32;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245734;STB=0.627111;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0159155;OID=.;OPOS=78573790;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:31:32:47:46:0.589744:32:15:20:11:31:15:20:12 chr5 78596044 . T C 728.27 PASS AF=0.564516;AO=69;DP=123;FAO=70;FDP=124;FR=.;FRO=54;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=32;FSRR=22;FWDB=-0.000987664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.16;QD=23.4924;RBI=0.0188245;REFB=-0.00613599;REVB=0.0187985;RO=54;SAF=31;SAR=38;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114896;STB=0.565069;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00558157;OID=.;OPOS=78596044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:54:54:69:70:0.564516:38:31:32:22:39:31:32:22 chr5 78617534 . T G 307.56 PASS AF=0.595745;AO=27;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00254772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.986;QD=26.1753;RBI=0.00528942;REFB=-0.0201184;REVB=-0.00463542;RO=18;SAF=19;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203442;STB=0.629042;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.015166;OID=.;OPOS=78617534;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:19:27:28:0.595745:8:19:8:10:8:20:8:11 chr5 78617750 . A AAGTT 244.21 PASS AF=0.309278;AO=30;DP=100;FAO=30;FDP=97;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.0055344;FXX=0.0202;HRUN=2;LEN=4;MLLD=247.964;QD=10.0707;RBI=0.01563;REFB=0.00419351;REVB=-0.0146174;RO=68;SAF=19;SAR=11;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177327;STB=0.599092;STBP=0.178;TYPE=ins;VARB=-0.00885805;OID=.;OPOS=78617751;OREF=-;OALT=AGTT;OMAPALT=AAGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.309278:30:100:30:97:67:19:11:33:34:99:68:19:11:33:35 chr5 79024779 . A G 586.71 PASS AF=0.582418;AO=53;DP=91;FAO=53;FDP=91;FR=.;FRO=38;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.012932;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.463;QD=25.7893;RBI=0.0185447;REFB=-0.0313502;REVB=0.0132917;RO=37;SAF=33;SAR=20;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000816564;STB=0.507689;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.034961;OID=.;OPOS=79024779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:37:38:53:53:0.582418:20:33:23:14:20:33:23:15 chr5 79025157 . A G 168.94 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00327189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.133;QD=24.134;RBI=0.00683891;REFB=-0.0146234;REVB=-0.00600545;RO=11;SAF=11;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0758887;STB=0.54255;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00891172;OID=.;OPOS=79025157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:28:28:11:11:17:17:0.607143:6:11:6:5:6:11:6:5 chr5 79025317 . A G 126.57 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0248498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.592;QD=29.78;RBI=0.0307146;REFB=-0.0360431;REVB=0.0180519;RO=4;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162773;STB=0.509077;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0131641;OID=.;OPOS=79025317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:7:6:2:2:7:6:2:2 chr5 79025634 . G A 191.46 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0222318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.4371;QD=22.5244;RBI=0.0392343;REFB=-0.026245;REVB=-0.0323277;RO=15;SAF=6;SAR=13;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129356;STB=0.572802;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0252008;OID=.;OPOS=79025634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:13:6:7:8:13:6:7:8 chr5 79026360 . G A 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00503487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.447;QD=24.2924;RBI=0.00800774;REFB=-0.00719126;REVB=0.00622687;RO=13;SAF=8;SAR=11;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0860085;STB=0.547896;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00574799;OID=.;OPOS=79026360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:11:8:4:9:11:8:4:9 chr5 79027605 . T C 57.42 PASS AF=0.526316;AO=3;DP=18;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00860111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.1451;QD=12.0878;RBI=0.0861347;REFB=-0.0382695;REVB=0.0857042;RO=8;SAF=2;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177018;STB=0.628944;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0369616;OID=.;OPOS=79027605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:18:19:8:9:3:10:0.526316:1:2:4:4:7:3:5:4 chr5 79027700 . T C 178.67 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0192104;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.5657;QD=22.3341;RBI=0.0536496;REFB=-0.0282749;REVB=-0.0500923;RO=13;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332237;STB=0.668739;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0195772;OID=.;OPOS=79027700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:13:14:18:18:0.5625:11:7:11:2:11:7:11:3 chr5 79028472 . C T 685.23 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.028;QD=62.2934;RBI=0.0627487;REFB=0;REVB=0.0603109;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131514;OID=.;OPOS=79028472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:44:0:0:40:44:1:21:19:0:0:24:20:0:0 chr5 79028513 . A G 105.8 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0180659;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=99.7778;QD=11.4377;RBI=0.0181084;REFB=-0.00243697;REVB=0.0012389;RO=24;SAF=5;SAR=8;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258276;STB=0.652832;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00203946;OID=.;OPOS=79028513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:8:5:15:9:8:5:15:9 chr5 79029288 . C A 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0123173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.59;QD=16.2716;RBI=0.0225522;REFB=-0.012689;REVB=-0.0188914;RO=18;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125057;STB=0.571339;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0183356;OID=.;OPOS=79029288;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:10:5:4:14:10:5:4:14 chr5 79029383 . T G 53.68 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0337465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.995;QD=7.9528;RBI=0.0346435;REFB=-0.00327037;REVB=-0.00783226;RO=19;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375982;STB=0.735249;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00961138;OID=.;OPOS=79029383;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:2:6:8:11:2:6:8:11 chr5 79030045 . A G 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00450354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.538;QD=59.8394;RBI=0.0102177;REFB=0;REVB=-0.00917162;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.91174e-06;OID=.;OPOS=79030045;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr5 79030338 . A G 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0266473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.192;QD=27.1542;RBI=0.0488694;REFB=-0.012037;REVB=0.0409651;RO=5;SAF=12;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204037;STB=0.666388;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00421912;OID=.;OPOS=79030338;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:20:5:6:14:14:0.7:2:12:3:2:2:12:3:3 chr5 79030346 . A G 133.85 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0138345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.646;QD=25.4945;RBI=0.0138393;REFB=-0.0417136;REVB=0.000364311;RO=7;SAF=12;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359891;STB=0.705536;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0319916;OID=.;OPOS=79030346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:2:12:3:4:2:12:3:4 chr5 79031372 . G C 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.00866845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.98;QD=14.7015;RBI=0.00867697;REFB=0.0031071;REVB=0.0003844;RO=14;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219118;STB=0.5881;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.00369083;OID=.;OPOS=79031372;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:15:12:12:0.444444:8:4:2:12:8:4:3:12 chr5 79032666 . C T 81.22 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.010261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.869;QD=18.0496;RBI=0.0188642;REFB=-0.029129;REVB=0.0158295;RO=8;SAF=1;SAR=9;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240747;STB=0.642515;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0120318;OID=.;OPOS=79032666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:9:1:2:6:9:1:2:6 chr5 79033306 . A C 161.51 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0383125;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.144;QD=19.0006;RBI=0.0411561;REFB=-0.0103201;REVB=0.0150326;RO=17;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540683;STB=0.53065;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0136521;OID=.;OPOS=79033306;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:10:7:6:11:10:7:6:11 chr5 79041057 . A G 64.25 PASS AF=0.473684;AO=8;DP=21;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.000999242;FXX=0.0951928;HRUN=5;LEN=1;MLLD=106.746;QD=13.5261;RBI=0.00816036;REFB=-0.017544;REVB=0.00809895;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158056;STB=0.592381;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0168213;OID=.;OPOS=79041057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:21:19:7:10:8:9:0.473684:5:3:4:3:6:3:5:5 chr5 79048562 . C T 419.24 PASS AF=0.577465;AO=35;DP=65;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0119515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.056;QD=23.6194;RBI=0.0173147;REFB=-0.0206333;REVB=-0.0125284;RO=30;SAF=12;SAR=23;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811517;STB=0.51896;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0087109;OID=.;OPOS=79048562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:71:30:30:35:41:0.577465:23:12:13:17:25:16:13:17 chr5 79086883 . G A 131.96 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.030631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.94;QD=22.9487;RBI=0.0350355;REFB=-0.103437;REVB=0.0170068;RO=8;SAF=6;SAR=8;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120515;STB=0.538407;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0328889;OID=.;OPOS=79086883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:23:23:8:9:14:14:0.608696:8:6:2:6:8:6:3:6 chr5 79277817 . A C 288.99 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00891185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.032;QD=52.5437;RBI=0.0388929;REFB=0;REVB=0.0378582;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408126;OID=.;OPOS=79277817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:11:10:0:0:12:10:0:0 chr5 79351852 . A T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.017;QD=51.1846;RBI=0.0380104;REFB=0;REVB=0.0334669;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000542151;OID=.;OPOS=79351852;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr5 79361265 . G C 379.41 PASS AF=0.493671;AO=39;DP=79;FAO=39;FDP=79;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.01516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.238;QD=19.2108;RBI=0.0186285;REFB=-0.00324873;REVB=-0.0108257;RO=40;SAF=15;SAR=24;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13025;STB=0.572527;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00407048;OID=.;OPOS=79361265;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:40:39:39:0.493671:24:15:21:19:24:15:21:19 chr5 79616083 . G C 766.41 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.239;QD=63.8678;RBI=0.0453421;REFB=0;REVB=-0.0147388;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06571e-05;OID=.;OPOS=79616083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr5 79617357 . T C 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.304;QD=56.7041;RBI=0.0330281;REFB=0;REVB=0.0260531;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143602;OID=.;OPOS=79617357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr5 79734297 . T C 160.27 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6076;QD=45.7926;RBI=0.0663621;REFB=0;REVB=0.0644917;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00342031;OID=.;OPOS=79734297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr5 79734409 . G A 548.7 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00418896;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.737;QD=57.7579;RBI=0.0175442;REFB=-0.0911717;REVB=0.0170368;RO=1;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301944;STB=0.51612;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00061947;OID=.;OPOS=79734409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:15:22:0:1:15:22:0:1 chr5 79735858 . A G,T 709.13 PASS AF=0.98,0.02;AO=49,2;DP=51;FAO=49,1;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=14,1;FSAR=35,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413873,-0.000553115;FXX=0.019604;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=161.745,135.1;QD=56.7305;RBI=0.041514,0.00890188;REFB=0,0;REVB=0.00324056,0.00888468;RO=0;SAF=14,2;SAR=35,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.22152e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000601514,0.167724;OID=.,.;OPOS=79735858,79735858;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:51:50:0:0:49,2:49,1:0.98,0.02:35,0:14,2:0:0:35,0:14,1:0:0 chr5 79745469 . A G 1043.41 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2237;QD=59.6234;RBI=0.023191;REFB=0;REVB=-0.00772408;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000269225;OID=.;OPOS=79745469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr5 79815658 . T C 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.206;QD=58.2385;RBI=0.0216395;REFB=0;REVB=0.00231114;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158095;OID=.;OPOS=79815658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:37:25:0:0:37:25:0:0 chr5 79855372 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00372232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.406;QD=55.6557;RBI=0.0509145;REFB=0;REVB=-0.0507783;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000138485;OID=.;OPOS=79855372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr5 79855615 . G A 140.61 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.025621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5698;QD=9.37421;RBI=0.0494035;REFB=-0.00918971;REVB=0.0422406;RO=41;SAF=4;SAR=15;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380295;STB=0.727897;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.022032;OID=.;OPOS=79855615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:15:4:21:20:15:4:21:20 chr5 79966029 . G A 227.62 PASS AF=0.369565;AO=14;DP=50;FAO=17;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0322344;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.984;QD=19.793;RBI=0.0830321;REFB=-0.0216855;REVB=-0.0765198;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749621;STB=0.523337;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0341485;OID=.;OPOS=79966029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:46:22:21:14:17:0.369565:8:6:11:11:9:8:9:12 chr5 80149981 . A G 337.56 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.136;QD=54.0095;RBI=0.030668;REFB=0;REVB=0.00314085;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185903;OID=.;OPOS=80149981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:7:16:0:0:7:18:0:0 chr5 81549216 . C T 632.71 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00393731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.981;QD=61.7282;RBI=0.0170724;REFB=0;REVB=0.0166122;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.58266e-05;OID=.;OPOS=81549216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:25:15:0:0:26:15:0:0 chr5 81549240 . C A 471.89 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0153055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.162;QD=55.516;RBI=0.0191775;REFB=0.0892288;REVB=0.011555;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523795;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.000495811;OID=.;OPOS=81549240;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:23:10:0:0:23:10:1:0 chr5 81572184 . G C 902.04 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.034;QD=58.196;RBI=0.0321519;REFB=0;REVB=-0.00265829;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.81918e-05;OID=.;OPOS=81572184;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:33:29:0:0:33:29:0:0 chr5 82648943 . G A 498.64 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7704;QD=58.6631;RBI=0.0307453;REFB=0;REVB=-0.0189399;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000382148;OID=.;OPOS=82648943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:13:20:0:0:14:20:0:0 chr5 82648977 . T A,G 714.41 PASS AF=0.0754717,0.924528;AO=4,46;DP=51;FAO=4,49;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=3,31;FSAR=1,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0021603,-1.95994e-05;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=130.554,173.525;QD=53.9177;RBI=0.0271833,0.0321224;REFB=0,0;REVB=0.0270973,0.0321224;RO=0;SAF=3,29;SAR=1,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0193938,-0.00117472;OID=.,.;OPOS=82648977,82648977;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:51:53:0:0:4,46:4,49:0.0754717,0.924528:1,17:3,29:0:0:1,18:3,31:0:0 chr5 82808072 . C T 557.4 PASS AF=0.537736;AO=55;DP=106;FAO=57;FDP=106;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.00297642;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.037;QD=21.0339;RBI=0.0726946;REFB=-0.0115785;REVB=0.0726336;RO=50;SAF=21;SAR=34;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13942;STB=0.586527;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0171986;OID=.;OPOS=82808072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:50:49:55:57:0.537736:34:21:27:23:36:21:27:22 chr5 82833145 . G A 396.28 PASS AF=1;AO=20;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.802;QD=56.6116;RBI=0.13834;REFB=0;REVB=-5.47461e-05;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108308;OID=.;OPOS=82833145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:20:28:1:16:4:0:0:16:12:0:0 chr5 82833369 . A G 180.13 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00766542;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=275.365;QD=16.3758;RBI=0.0242958;REFB=-0.0139154;REVB=-0.0230549;RO=25;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736349;STB=0.542125;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0178279;OID=.;OPOS=82833369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:10:9:10:15:10:9:10:15 chr5 82834299 . G A 362.66 PASS AF=0.528571;AO=37;DP=70;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00789108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.639;QD=20.7232;RBI=0.0163826;REFB=-0.00892964;REVB=0.0143568;RO=32;SAF=13;SAR=24;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215771;STB=0.521727;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0159273;OID=.;OPOS=82834299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:33:37:37:0.528571:24:13:12:20:24:13:13:20 chr5 82834630 . T C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.034973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.428;QD=12.7294;RBI=0.0384645;REFB=-0.00994895;REVB=-0.0160127;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211189;STB=0.624732;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0103448;OID=.;OPOS=82834630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:5:4:8:4:5:4:8:4 chr5 82835545 . A G 199.58 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.000659481;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.39;QD=16.2926;RBI=0.00841351;REFB=-0.0113574;REVB=0.00838763;RO=28;SAF=5;SAR=16;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357286;STB=0.705675;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0200509;OID=.;OPOS=82835545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:16:5:16:12:16:5:16:12 chr5 82835724 . T A 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.029336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.617;QD=19.8494;RBI=0.0301852;REFB=-0.00682992;REVB=-0.00710926;RO=13;SAF=8;SAR=7;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245458;STB=0.638324;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00618072;OID=.;OPOS=82835724;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:7:8:3:10:7:8:3:10 chr5 82837631 . G T 105.29 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0226311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6421;QD=11.0831;RBI=0.0279457;REFB=-0.0127106;REVB=0.016395;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108228;STB=0.564417;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.015227;OID=.;OPOS=82837631;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:6:7:11:14:6:7:11:14 chr5 82875800 . C T 833.63 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0661919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.958;QD=57.4919;RBI=0.0664477;REFB=0;REVB=-0.00582484;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001999;OID=.;OPOS=82875800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:34:23:0:0:35:23:0:0 chr5 82940273 . C G 533.13 PASS AF=0.504673;AO=49;DP=109;FAO=54;FDP=107;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0192541;FXX=0.0183469;HRUN=6;LEN=1;MLLD=31.0837;QD=19.9302;RBI=0.0599104;REFB=-0.0731177;REVB=-0.0567321;RO=39;SAF=32;SAR=17;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220964;STB=0.606355;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0290313;OID=.;OPOS=82940273;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:39:47:49:54:0.504673:17:32:15:24:21:33:18:29 chr5 82999358 . T G 122.63 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0127659;FXX=0.0526177;HRUN=5;LEN=1;MLLD=164.683;QD=13.6257;RBI=0.0305945;REFB=-0.0199071;REVB=-0.0278038;RO=13;SAF=9;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219641;STB=0.692045;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0143743;OID=.;OPOS=82999358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:36:13:22:14:14:0.388889:5:9:5:8:5:9:7:15 chr5 83360520 . C T 157.77 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0037404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.196;QD=16.6069;RBI=0.0111466;REFB=-0.0154808;REVB=-0.0105002;RO=21;SAF=10;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552059;STB=0.509543;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.018718;OID=.;OPOS=83360520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:16:17:0.447368:6:10:12:9:7:10:12:9 chr5 85581660 . A G 115.34 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=6;FWDB=-0.0755667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.6066;QD=8.23854;RBI=0.0769578;REFB=0.00724241;REVB=-0.0145665;RO=40;SAF=7;SAR=9;SRF=34;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.482199;STB=0.778223;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00556723;OID=.;OPOS=85581660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:40:40:16:16:0.285714:9:7:34:6:9:7:34:6 chr5 85582712 . T C 33.01 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0535184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.549;QD=2.80906;RBI=0.0539219;REFB=-0.00281453;REVB=0.00658418;RO=39;SAF=2;SAR=4;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26784;STB=0.675475;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.050962;OID=.;OPOS=85582712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:47:47:39:41:6:6:0.12766:4:2:22:17:4:2:22:19 chr5 85583507 . T G 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.010676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.737;QD=19.134;RBI=0.0991181;REFB=-0.0256151;REVB=-0.0985415;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190062;STB=0.614874;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00839962;OID=.;OPOS=85583507;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:1:4:1:1:1:4:1:1 chr5 85583642 . C T 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0414781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.659;QD=8.69078;RBI=0.0456576;REFB=-0.0106008;REVB=-0.0190835;RO=17;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097172;STB=0.559852;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0317462;OID=.;OPOS=85583642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:4:4:7:10:4:4:7:10 chr5 86513974 . A G 1337.17 PASS AF=0.946809;AO=89;DP=94;FAO=89;FDP=94;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=81;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0801572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8436;QD=56.9009;RBI=0.0904597;REFB=-0.0108274;REVB=-0.0419259;RO=5;SAF=8;SAR=81;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137264;STB=0.572972;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000433071;OID=.;OPOS=86513974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:94:94:5:5:89:89:0.946809:81:8:3:2:81:8:3:2 chr5 86695274 . A G 305.49 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0139376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5683;QD=17.7096;RBI=0.0139906;REFB=-0.00064723;REVB=-0.00121594;RO=35;SAF=14;SAR=19;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573308;STB=0.525408;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00037355;OID=.;OPOS=86695274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:36:33:33:0.478261:19:14:17:18:19:14:17:19 chr5 86708529 . C A 431.76 PASS AF=0.56;AO=42;DP=75;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0157118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.602;QD=23.0273;RBI=0.0185478;REFB=-0.0221857;REVB=0.00985708;RO=32;SAF=25;SAR=17;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503942;STB=0.518903;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0149041;OID=.;OPOS=86708529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:32:33:42:42:0.56:17:25:21:11:17:25:21:12 chr5 86708614 . T C 324.36 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0279084;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8625;QD=19.3647;RBI=0.0376957;REFB=0.00713264;REVB=-0.0253394;RO=33;SAF=17;SAR=17;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0134075;STB=0.507458;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=-0.0168752;OID=.;OPOS=86708614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:33:33:34:34:0.507463:17:17:17:16:17:17:17:16 chr5 87493525 . C T 223.27 PASS AF=0.55;AO=21;DP=39;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0231511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.864;QD=22.3268;RBI=0.0232611;REFB=-0.0162005;REVB=-0.00225996;RO=18;SAF=11;SAR=10;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118849;STB=0.555506;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0131587;OID=.;OPOS=87493525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:18:18:21:22:0.55:10:11:12:6:10:12:12:6 chr5 87497977 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.044;QD=61.6834;RBI=0.0314288;REFB=0;REVB=-0.0251063;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000215733;OID=.;OPOS=87497977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr5 87498849 . G A 550.74 PASS AF=0.453125;AO=58;DP=128;FAO=58;FDP=128;FR=.;FRO=70;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.0203159;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.701;QD=17.2106;RBI=0.0203878;REFB=-0.0144956;REVB=-0.00171087;RO=66;SAF=29;SAR=29;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435543;STB=0.539049;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0168926;OID=.;OPOS=87498849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:66:70:58:58:0.453125:29:29:30:36:29:29:30:40 chr5 89769647 . G A 66.38 PASS AF=0.35;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0341669;FXX=0.0475964;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.1813;QD=13.2759;RBI=0.0934622;REFB=-0.0480226;REVB=-0.0869932;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228386;STB=0.583117;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0240861;OID=.;OPOS=89769647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:21:20:9:11:7:7:0.35:5:2:1:8:5:2:2:9 chr5 89769728 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.133737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5644;QD=37.4884;RBI=0.142388;REFB=0;REVB=0.0488749;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00636736;OID=.;OPOS=89769728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr5 89810077 . G A 166.06 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0273768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4248;QD=22.1409;RBI=0.0415384;REFB=-0.0126414;REVB=-0.0312402;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127272;STB=0.571347;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0047141;OID=.;OPOS=89810077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:8:9:9:4:8:9:9:4 chr5 89812725 . CACTG C 193.32 PASS AF=0.575758;AO=18;DP=32;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00242447;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=4;MLLD=259.981;QD=23.4322;RBI=0.00500686;REFB=-0.0350048;REVB=-0.00438071;RO=12;SAF=6;SAR=12;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652509;STB=0.553134;STBP=0.512;TYPE=del;VARB=0.0193919;OID=.;OPOS=89812726;OREF=ACTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.575758:18:32:19:33:14:6:13:6:8:99:12:6:12:5:7 chr5 89816299 . C A 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.125;QD=61.6819;RBI=0.0289276;REFB=0;REVB=-0.00116549;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.87883e-05;OID=.;OPOS=89816299;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr5 89816309 . A AT 63.74 PASS AF=0.444444;AO=13;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0306933;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=10.2946;QD=7.08199;RBI=0.0685067;REFB=-0.0462984;REVB=-0.0612461;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117418;STB=0.610979;STBP=0.265;TYPE=ins;VARB=0.0183896;OID=.;OPOS=89816310;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:13:36:16:36:20:8:8:6:14:63:20:6:7:7:13 chr5 89820984 . T C 715.56 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.004;QD=55.0432;RBI=0.030178;REFB=-0.0551373;REVB=0.0188031;RO=1;SAF=27;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171217;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217688;OID=.;OPOS=89820984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:52:52:1:0:51:52:1:24:27:1:0:24:28:0:0 chr5 89943433 . A G 446.05 PASS AF=0.459184;AO=45;DP=98;FAO=45;FDP=98;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=38;FWDB=0.0514522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0345;QD=18.2059;RBI=0.0552793;REFB=-0.0205426;REVB=-0.0202108;RO=53;SAF=17;SAR=28;SRF=15;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100669;STB=0.555972;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0219672;OID=.;OPOS=89943433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:53:45:45:0.459184:28:17:15:38:28:17:15:38 chr5 89943571 . G T 194.18 PASS AF=0.782609;AO=15;DP=23;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.163627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.034;QD=33.7712;RBI=0.166703;REFB=-0.0625194;REVB=0.0318767;RO=4;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165193;STB=0.586119;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0127233;OID=.;OPOS=89943571;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:23:23:4:5:15:18:0.782609:9:6:0:4:12:6:0:5 chr5 89979589 . G A 339.58 PASS AF=0.392157;AO=40;DP=103;FAO=40;FDP=102;FR=.;FRO=62;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.00337653;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.006;QD=13.3168;RBI=0.0157043;REFB=-0.0020212;REVB=-0.015337;RO=62;SAF=13;SAR=27;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162146;STB=0.592429;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00403423;OID=.;OPOS=89979589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:62:62:40:40:0.392157:27:13:29:33:27:13:29:33 chr5 89979676 . AT A 30.24 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.124418;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.99516;QD=2.28215;RBI=0.138094;REFB=-0.0747466;REVB=0.0599178;RO=34;SAF=7;SAR=7;SRF=12;SRR=22;SSEN=0.448276;SSEP=0;SSSB=0.173107;STB=0.732524;STBP=0.058;TYPE=del;VARB=0.0513513;OID=.;OPOS=89979677;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.264151:14:53:14:53:39:9:5:12:27:30:34:7:7:12:22 chr5 89979691 . A G 69.11 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0168063;FXX=0.020404;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.038;QD=5.75933;RBI=0.0179348;REFB=-0.00317254;REVB=-0.00626135;RO=38;SAF=4;SAR=6;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265349;STB=0.517207;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0110597;OID=.;OPOS=89979691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:49:48:38:38:10:10:0.208333:6:4:16:22:6:4:16:22 chr5 89979750 . G T 92.94 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.00406714;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.905;QD=8.64557;RBI=0.00820364;REFB=-0.00620713;REVB=-0.00712447;RO=31;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336206;STB=0.7023;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0112258;OID=.;OPOS=89979750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:44:43:31:31:12:12:0.27907:5:7:9:22:5:7:9:22 chr5 89990324 . A G 123.95 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0173179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.72;QD=17.096;RBI=0.0299924;REFB=-0.0208867;REVB=0.0244874;RO=15;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180419;STB=0.604239;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00601666;OID=.;OPOS=89990324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:10:4:7:8:10:4:7:8 chr5 90001368 . T G 125.71 PASS AF=0.319149;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00577376;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.773;QD=10.6984;RBI=0.0174503;REFB=0.00148098;REVB=0.0164674;RO=32;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150046;STB=0.589624;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=-0.00353574;OID=.;OPOS=90001368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:32:15:15:0.319149:6:9:15:17:6:9:15:17 chr5 90016871 . G A 354.59 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.029757;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5791;QD=28.9465;RBI=0.0303629;REFB=-0.0118448;REVB=-0.00603501;RO=18;SAF=10;SAR=20;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515141;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0147665;OID=.;OPOS=90016871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:18:19:30:30:0.612245:20:10:6:12:20:10:7:12 chr5 90107108 . A G 1063.76 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.162;QD=59.0976;RBI=0.0256451;REFB=0;REVB=0.0167615;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016911;OID=.;OPOS=90107108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:72:0:0:69:72:1:38:31:0:0:41:31:0:0 chr5 90119293 . C T 883.09 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0487755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8071;QD=57.9074;RBI=0.0811732;REFB=0;REVB=0.0648848;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186222;OID=.;OPOS=90119293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:58:61:1:28:30:0:0:31:30:0:0 chr5 90119324 . G A,C 705.89 PASS AF=0.918367,0.0408163;AO=45,2;DP=49;FAO=45,2;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=26,2;FSAR=19,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00180759,-0.00437309;FXX=0.019996;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=153.962,131.774;QD=57.6236;RBI=0.0120113,0.0073211;REFB=-0.264796,-0.0700962;REVB=0.0118745,-0.00587151;RO=2;SAF=26,2;SAR=19,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00636145,0.639851;STB=0.503387,0.992443;STBP=0.856,0.312;TYPE=snp,snp;VARB=0.0025566,0.0474683;OID=.,.;OPOS=90119324,90119324;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:49:49:2:2:45,2:45,2:0.918367,0.0408163:19,0:26,2:1:1:19,0:26,2:1:1 chr5 90449154 . G A 255.13 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0053244;FXX=0.0124984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.106;QD=12.918;RBI=0.0110988;REFB=-0.0214977;REVB=0.00973828;RO=46;SAF=11;SAR=19;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18981;STB=0.615438;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0262478;OID=.;OPOS=90449154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:46:49:30:30:0.379747:19:11:25:21:19:11:27:22 chr5 90666524 . C T 35.43 PASS AF=0.127273;AO=7;DP=55;FAO=7;FDP=55;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0158359;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.323;QD=2.5765;RBI=0.0175149;REFB=-0.000246521;REVB=0.00748311;RO=48;SAF=6;SAR=1;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.461012;STB=0.842228;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0448149;OID=.;OPOS=90666524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:55:55:48:48:7:7:0.127273:1:6:23:25:1:6:23:25 chr5 93731985 . A G 1535.87 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01902;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.654;QD=63.9946;RBI=0.0314309;REFB=0;REVB=0.0250228;RO=1;SAF=44;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957781;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017464;OID=.;OPOS=93731985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:96:1:0:93:96:1:49:44:0:1:51:45:0:0 chr5 93752874 . C T 722.36 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00176955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7587;QD=62.8137;RBI=0.0414595;REFB=0;REVB=0.0414218;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305454;OID=.;OPOS=93752874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr5 93753060 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.796;QD=47.8218;RBI=0.0626051;REFB=0;REVB=0.0554145;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000382415;OID=.;OPOS=93753060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr5 93987532 . C A 112.98 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=-0.00901411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122;QD=9.415;RBI=0.0742462;REFB=-0.00655513;REVB=-0.073697;RO=34;SAF=3;SAR=11;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272152;STB=0.667594;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0182572;OID=.;OPOS=93987532;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:34:14:14:0.291667:11:3:14:20:11:3:14:20 chr5 94749723 . G A 464.82 PASS AF=0.535714;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0121889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.222;QD=22.1342;RBI=0.0193076;REFB=-0.0195625;REVB=-0.0149738;RO=38;SAF=16;SAR=29;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125478;STB=0.576124;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0197418;OID=.;OPOS=94749723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:39:45:45:0.535714:29:16:19:19:29:16:20:19 chr5 94772540 . C T 649.73 PASS AF=0.96;AO=47;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0697182;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.2009;QD=51.9784;RBI=0.0907448;REFB=-0.00945724;REVB=-0.0580861;RO=2;SAF=23;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391497;STB=0.519992;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00343499;OID=.;OPOS=94772540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:50:50:2:2:47:48:0.96:24:23:2:0:24:24:2:0 chr5 94957676 . A T 124.81 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0888585;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8915;QD=17.8304;RBI=0.159592;REFB=-0.0322078;REVB=-0.132566;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0199453;OID=.;OPOS=94957676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:6:8:8:6:6:8:8:6 chr5 94994339 . A G 324.26 PASS AF=0.507246;AO=33;DP=68;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.0113594;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6048;QD=18.7976;RBI=0.0420555;REFB=-0.0239296;REVB=0.0404923;RO=32;SAF=21;SAR=12;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496596;STB=0.527088;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.035143;OID=.;OPOS=94994339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:32:34:33:35:0.507246:12:21:22:10:12:23:24:10 chr5 95084131 . G A 1116.84 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.279;QD=60.37;RBI=0.011677;REFB=0;REVB=0.00242719;RO=0;SAF=21;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.66544e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.15127e-05;OID=.;OPOS=95084131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:53:21:0:0:53:21:0:0 chr5 95091194 . C T 1039.16 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00600287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.792;QD=59.3805;RBI=0.0131585;REFB=0;REVB=0.0117095;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27469e-06;OID=.;OPOS=95091194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:38:32:0:0:38:32:0:0 chr5 95091201 . A G 901.45 PASS AF=0.928571;AO=55;DP=70;FAO=65;FDP=70;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0199273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.369;QD=51.5113;RBI=0.0203449;REFB=-0.00591084;REVB=-0.00410095;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503337;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0012509;OID=.;OPOS=95091201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:70:70:0:5:55:65:0.928571:30:25:0:0:36:29:2:3 chr5 95159678 . CT C 32.23 PASS AF=0.225;AO=19;DP=80;FAO=18;FDP=80;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=-0.173951;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.258;QD=1.61133;RBI=0.210336;REFB=-0.0493614;REVB=0.118246;RO=51;SAF=17;SAR=2;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.616981;STB=0.8186;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=-0.00154336;OID=.;OPOS=95159679;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.225:19:80:18:80:62:15:3:27:35:32:51:17:2:21:30 chr5 95194571 . T C 972.74 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00443744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4584;QD=58.954;RBI=0.0755942;REFB=0;REVB=-0.0754639;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000750418;OID=.;OPOS=95194571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:30:36:0:0:30:36:0:0 chr5 95194593 . G T 337.38 PASS AF=0.522388;AO=34;DP=66;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0228144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.375;QD=20.1418;RBI=0.0248964;REFB=-0.0174705;REVB=-0.00996656;RO=31;SAF=17;SAR=17;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152821;STB=0.568085;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0218217;OID=.;OPOS=95194593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:31:32:34:35:0.522388:17:17:21:10:17:18:21:11 chr5 95728440 . A G 228.97 PASS AF=0.385714;AO=26;DP=68;FAO=27;FDP=70;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0414543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7763;QD=13.0839;RBI=0.0441798;REFB=-0.00167324;REVB=0.0152774;RO=40;SAF=13;SAR=13;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079389;STB=0.532745;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00166323;OID=.;OPOS=95728440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:40:43:26:27:0.385714:13:13:23:17:14:13:23:20 chr5 96031569 . A G 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0234195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.326;QD=5.4427;RBI=0.0234287;REFB=-0.00295193;REVB=-0.000654062;RO=19;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167553;STB=0.59427;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00893224;OID=.;OPOS=96031569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:19:20:6:6:0.230769:4:2:9:10:4:2:9:11 chr5 96079387 . C T 209.2 PASS AF=0.6;AO=20;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.0636276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.941;QD=23.9086;RBI=0.0648422;REFB=-0.062337;REVB=-0.0124916;RO=15;SAF=6;SAR=14;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23922;STB=0.61529;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0190634;OID=.;OPOS=96079387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:14:20:21:0.6:14:6:1:14:15:6:1:13 chr5 96079402 . C T 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.014;QD=59.837;RBI=0.0482889;REFB=0;REVB=0.0140679;RO=0;SAF=6;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.50008e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351448;OID=.;OPOS=96079402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:30:6:0:0:30:6:0:0 chr5 96093222 . G A 1714.88 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00798764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0938;QD=60.1711;RBI=0.0802384;REFB=0;REVB=0.0798399;RO=1;SAF=59;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00797874;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515466;OID=.;OPOS=96093222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:114:1:0:110:114:1:51:59:1:0:53:61:0:0 chr5 96118852 . G C 818.78 PASS AF=0.951613;AO=59;DP=63;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0022314;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4192;QD=52.8248;RBI=0.0138278;REFB=0.00869289;REVB=0.0136466;RO=2;SAF=48;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.078358;STB=0.559978;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00016857;OID=.;OPOS=96118852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:62:2:3:59:59:0.951613:11:48:0:2:11:48:0:3 chr5 96121524 . C T 1200.45 PASS AF=1;AO=76;DP=79;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0891835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.11;QD=59.2816;RBI=0.0900184;REFB=-0.0567797;REVB=0.0122319;RO=2;SAF=34;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270203;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187006;OID=.;OPOS=96121524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:79:81:2:0:76:81:1:42:34:2:0:44:37:0:0 chr5 96122260 . T A,G 649.48 PASS AF=0.0238095,0.97619;AO=4,38;DP=42;FAO=1,41;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=1,22;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0049089,0.0118575;FXX=0.0232504;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=172.455,97.0931;QD=61.8551;RBI=0.00491703,0.0511881;REFB=0,0;REVB=0.000282682,0.0497958;RO=0;SAF=1,22;SAR=3,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.120227,0.000465496;OID=.,.;OPOS=96122260,96122260;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:42:42:0:0:4,38:1,41:0.0238095,0.97619:3,16:1,22:0:0:0,19:1,22:0:0 chr5 96124330 . T C 2162.36 PASS AF=0.979167;AO=136;DP=138;FAO=141;FDP=144;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=71;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0132976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5448;QD=60.0657;RBI=0.113271;REFB=-0.0675247;REVB=0.112487;RO=2;SAF=69;SAR=67;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000202623;STB=0.503546;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00136768;OID=.;OPOS=96124330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:138:144:2:3:136:141:0.979167:67:69:1:1:71:70:2:1 chr5 96126308 . A G 789.86 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.040036;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9517;QD=55.429;RBI=0.0546761;REFB=-0.0183651;REVB=0.037237;RO=1;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177894;STB=0.509431;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00104076;OID=.;OPOS=96126308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:26:30:0:1:26:30:0:1 chr5 96129512 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=326.355;QD=62.3509;RBI=0.0266173;REFB=0;REVB=0.0178181;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57681e-05;OID=.;OPOS=96129512;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr5 96130836 . T C 236.11 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00566667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.2211;QD=17.4896;RBI=0.00897959;REFB=-0.0417707;REVB=0.00696577;RO=24;SAF=12;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0027691;STB=0.501432;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0314187;OID=.;OPOS=96130836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:28:26:26:0.481481:14:12:11:13:14:12:13:15 chr5 96139250 . C G 1242.72 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000220744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.376;QD=59.8901;RBI=0.0393403;REFB=0;REVB=0.0393397;RO=0;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.76326e-05;OID=.;OPOS=96139250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:83:0:0:75:83:1:43:32:0:0:49:34:0:0 chr5 96139464 . C T 561.57 PASS AF=0.495726;AO=58;DP=117;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=43;FWDB=0.0115649;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.534;QD=19.199;RBI=0.0115736;REFB=-0.0173647;REVB=0.000449116;RO=55;SAF=30;SAR=28;SRF=12;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263534;STB=0.615347;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.012033;OID=.;OPOS=96139464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:55:59:58:58:0.495726:28:30:12:43:29:29:16:43 chr5 96224904 . T G 306.84 PASS AF=0.6;AO=25;DP=44;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0107754;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.28;QD=27.2747;RBI=0.0110232;REFB=-0.0146102;REVB=0.00232385;RO=18;SAF=17;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581972;STB=0.542824;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00949453;OID=.;OPOS=96224904;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:18:18:25:27:0.6:8:17:11:7:8:19:11:7 chr5 96364306 . CA C 94.51 PASS AF=0.336957;AO=33;DP=91;FAO=31;FDP=92;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.0256011;FXX=0.0107515;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.9111;QD=4.10914;RBI=0.101145;REFB=-0.0786552;REVB=-0.0978513;RO=56;SAF=5;SAR=28;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357186;STB=0.705179;STBP=0.011;TYPE=del;VARB=0.117952;OID=.;OPOS=96364307;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.336957:33:91:31:92:61:5:26:24:37:94:56:5:28:22:34 chr5 96498783 . G A 195.76 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0118163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.082;QD=17.7966;RBI=0.015371;REFB=-0.0101713;REVB=0.00983062;RO=23;SAF=9;SAR=11;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188537;STB=0.616479;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.016996;OID=.;OPOS=96498783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:23:24:20:20:0.454545:11:9:15:8:11:9:16:8 chr5 96512865 . T A 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00380376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.806;QD=11.2962;RBI=0.0100088;REFB=-0.00544977;REVB=0.00925787;RO=34;SAF=6;SAR=12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192046;STB=0.613204;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00894323;OID=.;OPOS=96512865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:12:6:17:17:12:6:17:17 chr5 96512871 . T A 153.92 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0424062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.166;QD=11.6169;RBI=0.0426922;REFB=0.00734422;REVB=-0.00493341;RO=34;SAF=7;SAR=12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147759;STB=0.586465;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.0208334;OID=.;OPOS=96512871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:12:7:17:17:12:7:17:17 chr5 96513471 . G C 257.13 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0381193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5923;QD=16.0707;RBI=0.0621717;REFB=0.010259;REVB=-0.0491145;RO=35;SAF=15;SAR=14;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024896;STB=0.514029;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.0160361;OID=.;OPOS=96513471;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:35:29:29:0.453125:14:15:19:16:14:15:19:16 chr5 96518792 . T G 65.37 PASS AF=0.36;AO=8;DP=26;FAO=9;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0863817;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.5839;QD=10.4587;RBI=0.0913018;REFB=-0.0829976;REVB=-0.0295671;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212868;STB=0.636033;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.147746;OID=.;OPOS=96518792;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:26:25:14:15:8:9:0.36:6:2:6:8:7:2:6:9 chr5 97014421 . T C 244.47 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=62;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.060289;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.4806;QD=15.5219;RBI=0.0608539;REFB=0.00962645;REVB=-0.00827254;RO=24;SAF=8;SAR=16;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864761;STB=0.523101;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.0139092;OID=.;OPOS=97014421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:24:35:24:28:0.444444:16:8:6:18:19:9:10:25 chr5 98115828 . A G 259.43 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00151893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.978;QD=14.2154;RBI=0.00846159;REFB=-0.0063228;REVB=-0.00832414;RO=42;SAF=12;SAR=18;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552761;STB=0.539299;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0100438;OID=.;OPOS=98115828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:42:43:30:30:0.410959:18:12:19:23:18:12:20:23 chr5 98131505 . A G 138.86 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0650331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.132;QD=19.8377;RBI=0.073951;REFB=-0.0159584;REVB=0.0352058;RO=12;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10615;STB=0.574782;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0125776;OID=.;OPOS=98131505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:12:13:15:15:0.535714:8:7:4:8:8:7:4:9 chr5 100068875 . C T 346.57 PASS AF=0.45122;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0330585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6659;QD=16.9057;RBI=0.0402551;REFB=-0.0302509;REVB=0.0229697;RO=45;SAF=20;SAR=17;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147999;STB=0.508301;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0455065;OID=.;OPOS=100068875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:45:45:37:37:0.45122:17:20:25:20:17:20:25:20 chr5 100143084 . G C 153.65 PASS AF=0.571429;AO=15;DP=27;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0212202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.808;QD=21.9506;RBI=0.0308092;REFB=0.0191305;REVB=0.0223362;RO=12;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519207;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.0146011;OID=.;OPOS=100143084;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:27:28:12:12:15:16:0.571429:10:5:4:8:10:6:4:8 chr5 100145388 . A C 97.33 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0499997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6268;QD=13.4244;RBI=0.0571421;REFB=-0.0155881;REVB=-0.027663;RO=17;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256974;STB=0.650908;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0291616;OID=.;OPOS=100145388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:4:8:7:10:4:8:7:10 chr5 100146447 . G T 954.46 PASS AF=0.985507;AO=61;DP=65;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0116873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.397;QD=55.3308;RBI=0.0180372;REFB=-0.0482725;REVB=0.0137386;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0010158;OID=.;OPOS=100146447;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:69:0:1:61:68:0.985507:34:27:0:0:34:34:1:0 chr5 100146590 . T TTA 33.81 PASS AF=0.214286;AO=5;DP=31;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.147277;FXX=0;HRUN=6;LEN=2;MLLD=20.4526;QD=4.83029;RBI=0.149948;REFB=-0.0169607;REVB=0.0281755;RO=23;SAF=1;SAR=4;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387283;STB=0.78843;STBP=0.176;TYPE=ins;VARB=0.0801088;OID=.;OPOS=100146591;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.214286:5:31:6:28:22:1:5:11:11:33:23:1:4:12:11 chr5 101575091 . C T 193.02 PASS AF=0.433962;AO=22;DP=52;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0163058;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.8069;QD=14.5677;RBI=0.0222699;REFB=0.00790462;REVB=-0.015168;RO=27;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262375;STB=0.525513;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=-0.0227876;OID=.;OPOS=101575091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:27:30:22:23:0.433962:12:10:13:14:12:11:13:17 chr5 101631761 . T C 196.95 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=74;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0276348;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.297;QD=10.792;RBI=0.0276447;REFB=-0.00691498;REVB=0.000739163;RO=48;SAF=13;SAR=12;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460735;STB=0.526813;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0142849;OID=.;OPOS=101631761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:48:48:25:25:0.342466:12:13:23:25:12:13:23:25 chr5 101638381 . G A 692.84 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000874415;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.218;QD=62.9851;RBI=0.00495776;REFB=0;REVB=0.00488004;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26891e-05;OID=.;OPOS=101638381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr5 101816104 . G A 405.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000736034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3795;QD=55.9085;RBI=0.0487082;REFB=0;REVB=0.0487026;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122993;OID=.;OPOS=101816104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:15:13:0:0:15:14:0:0 chr5 102345546 . A C 1120.32 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00153615;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.265;QD=60.5578;RBI=0.00736625;REFB=0;REVB=-0.00720429;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.13978e-06;OID=.;OPOS=102345546;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:45:29:0:0:45:29:0:0 chr5 102433409 . G A 1740.16 PASS AF=0.991379;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00671313;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.141;QD=60.0054;RBI=0.0358404;REFB=-0.147364;REVB=0.0352061;RO=1;SAF=53;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887576;STB=0.504672;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000372403;OID=.;OPOS=102433409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:116:1:1:115:115:0.991379:62:53:1:0:62:53:1:0 chr5 102512570 . C CA 728.7 PASS AF=1;AO=66;DP=73;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0527273;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.7263;QD=41.6398;RBI=0.118583;REFB=0;REVB=-0.106216;RO=3;SAF=29;SAR=37;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463994;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00480413;OID=.;OPOS=102512571;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:66:73:70:70:0:31:39:0:0:14:3:29:37:3:0 chr5 102520400 . A C 800.23 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0984;QD=57.1592;RBI=0.0248007;REFB=0;REVB=0.00803528;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218908;OID=.;OPOS=102520400;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:32:23:0:0:33:23:0:0 chr5 102538752 . T C 1510.17 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1935;QD=63.5861;RBI=0.0941966;REFB=0;REVB=0.0935365;RO=0;SAF=54;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09023e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305453;OID=.;OPOS=102538752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:95:0:0:92:95:1:38:54:0:0:40:55:0:0 chr5 102614327 . C T 742.62 PASS AF=0.400922;AO=85;DP=216;FAO=87;FDP=217;FR=.;FRO=130;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=53;FSRR=77;FWDB=-0.0354553;FXX=0.00458695;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9091;QD=13.6889;RBI=0.039199;REFB=0.000225097;REVB=0.0167179;RO=129;SAF=37;SAR=48;SRF=53;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267785;STB=0.517785;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.000490133;OID=.;OPOS=102614327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:216:217:129:130:85:87:0.400922:48:37:53:76:49:38:53:77 chr5 102891695 . A G 345.16 PASS AF=0.395833;AO=38;DP=96;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.028042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.66;QD=14.3816;RBI=0.0287861;REFB=-0.011929;REVB=-0.00650282;RO=58;SAF=14;SAR=24;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886432;STB=0.550432;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0135015;OID=.;OPOS=102891695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:58:58:38:38:0.395833:24:14:26:32:24:14:26:32 chr5 108672755 . T A 1454.52 PASS AF=0.944444;AO=101;DP=109;FAO=102;FDP=108;FR=.;FRO=6;FSAF=53;FSAR=49;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00457387;FXX=0.0270246;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.228;QD=53.8712;RBI=0.00577697;REFB=-0.147039;REVB=-0.0035289;RO=5;SAF=53;SAR=48;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042676;STB=0.52678;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.000604674;OID=.;OPOS=108672755;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:109:108:5:6:101:102:0.944444:48:53:5:0:49:53:6:0 chr5 108672946 . C T 494.89 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215698;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.324;QD=58.2222;RBI=0.0230765;REFB=0;REVB=0.00820166;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162929;OID=.;OPOS=108672946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:10:23:0:0:11:23:0:0 chr5 109035302 . T TAAAG 402.89 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=31;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00280169;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=4;MLLD=256.155;QD=53.7187;RBI=0.0276375;REFB=-0.0741532;REVB=0.0274951;RO=1;SAF=16;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282029;STB=0.514276;STBP=0.529;TYPE=ins;VARB=0.000968182;OID=.;OPOS=109035303;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=TAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.966667:28:31:29:30:1:17:12:1:0:5:1:16:12:1:0 chr5 109035496 . A G 207.1 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3713;QD=48.729;RBI=0.0359839;REFB=0;REVB=0.0302198;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283941;OID=.;OPOS=109035496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr5 109117171 . A G 1980.08 PASS AF=0.984848;AO=128;DP=135;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=80;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00840671;FXX=0.0222206;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7902;QD=60.0024;RBI=0.0368223;REFB=-0.136768;REVB=0.0358498;RO=2;SAF=80;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019385;STB=0.509802;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00993296;OID=.;OPOS=109117171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:135:132:2:2:128:130:0.984848:48:80:0:2:50:80:0:2 chr5 109181682 . A T 902.52 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.326;QD=58.2271;RBI=0.050901;REFB=0;REVB=0.0327717;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107208;OID=.;OPOS=109181682;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:59:62:1:25:34:0:0:26:36:0:0 chr5 109190935 . TCTC T 1406.27 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215955;FXX=0.0326052;HRUN=1;LEN=3;MLLD=144.26;QD=63.203;RBI=0.0255597;REFB=0;REVB=-0.0136723;RO=0;SAF=38;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=9.26011e-06;OID=.;OPOS=109190936;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:88:90:89:89:0:38:51:0:0:7:0:38:50:0:0 chr5 110096939 . G A 620.75 PASS AF=0.529915;AO=62;DP=117;FAO=62;FDP=117;FR=.;FRO=55;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.00369317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.212;QD=21.2222;RBI=0.00369998;REFB=-0.0111505;REVB=0.000224297;RO=54;SAF=39;SAR=23;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0327668;STB=0.514507;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00917419;OID=.;OPOS=110096939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:54:55:62:62:0.529915:23:39:32:22:23:39:33:22 chr5 110456263 . C G 436.31 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=95;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0418625;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.305;QD=18.1798;RBI=0.0451985;REFB=0.00794928;REVB=0.0170421;RO=51;SAF=21;SAR=23;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312955;STB=0.512317;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.00952659;OID=.;OPOS=110456263;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:51:52:44:44:0.458333:23:21:26:25:23:21:26:26 chr5 110784822 . A G 1561.3 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204345;FXX=0.0458673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9481;QD=60.0502;RBI=0.0264622;REFB=0;REVB=0.016813;RO=0;SAF=61;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00211538;OID=.;OPOS=110784822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:106:104:0:0:104:104:1:43:61:0:0:43:61:0:0 chr5 110819753 . G C 728.22 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.796;QD=63.3238;RBI=0.0296231;REFB=0;REVB=0.0163034;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3205e-05;OID=.;OPOS=110819753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:22:23:0:0:22:24:0:0 chr5 111065696 . C CAAAG 57.64 PASS AF=0.25;AO=8;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.015778;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=237.763;QD=6.40467;RBI=0.0159221;REFB=-0.0126552;REVB=-0.00213751;RO=27;SAF=1;SAR=7;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.614868;STB=0.89856;STBP=0.011;TYPE=ins;VARB=0.0311829;OID=.;OPOS=111065697;OREF=-;OALT=AAAG;OMAPALT=CAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:8:36:9:36:27:1:8:18:9:57:27:1:7:18:9 chr5 111065764 . C T 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00968919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5736;QD=11.8303;RBI=0.0226325;REFB=-0.00250184;REVB=-0.0204536;RO=18;SAF=1;SAR=10;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.647485;STB=0.889644;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00134522;OID=.;OPOS=111065764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:10:1:12:6:10:1:12:6 chr5 111066462 . C T 477.84 PASS AF=0.484536;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=97;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0181968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.938;QD=19.7046;RBI=0.0183133;REFB=-0.00672687;REVB=0.0020617;RO=50;SAF=26;SAR=21;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123231;STB=0.568401;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0108891;OID=.;OPOS=111066462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:50:47:47:0.484536:21:26:21:29:21:26:21:29 chr5 111500816 . C CTAAAA 467.55 PASS AF=0.42623;AO=51;DP=125;FAO=52;FDP=122;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.0207108;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=5;MLLD=247.1;QD=15.3297;RBI=0.0208389;REFB=-0.0146496;REVB=0.00230762;RO=72;SAF=17;SAR=34;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236397;STB=0.631191;STBP=0.023;TYPE=ins;VARB=0.0182143;OID=.;OPOS=111500817;OREF=-;OALT=TAAAA;OMAPALT=CTAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.42623:51:125:52:122:70:18:34:40:30:99:72:17:34:40:32 chr5 111504479 . C T 1547.02 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031712;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.063;QD=63.1438;RBI=0.0328505;REFB=0;REVB=0.00857315;RO=0;SAF=47;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010563;OID=.;OPOS=111504479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:98:0:0:96:98:1:49:47:0:0:51:47:0:0 chr5 111506069 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.007;QD=62.3508;RBI=0.0244845;REFB=0;REVB=0.0132256;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.57952e-05;OID=.;OPOS=111506069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr5 111519740 . T C 1779.78 PASS AF=0.97541;AO=119;DP=122;FAO=119;FDP=122;FR=.;FRO=3;FSAF=73;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.019335;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.575;QD=58.3535;RBI=0.0435059;REFB=-0.131024;REVB=0.0389734;RO=2;SAF=73;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128347;STB=0.50138;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.000759796;OID=.;OPOS=111519740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:122:122:2:3:119:119:0.97541:46:73:2:0:46:73:2:1 chr5 111530284 . A G 175.65 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00423809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5699;QD=46.8391;RBI=0.0765514;REFB=0;REVB=0.076434;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00321448;OID=.;OPOS=111530284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr5 111545670 . C G 1334.4 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00574929;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.029;QD=61.3516;RBI=0.010117;REFB=0.0505239;REVB=0.00832468;RO=1;SAF=42;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111471;STB=0.505881;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.000120085;OID=.;OPOS=111545670;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:87:1:1:86:86:0.988506:44:42:1:0:44:42:1:0 chr5 111611076 . A G 636.97 PASS AF=0.955556;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0252984;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.83;QD=56.6191;RBI=0.028265;REFB=-0.102305;REVB=-0.0126055;RO=2;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034749;STB=0.517849;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00101971;OID=.;OPOS=111611076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:45:2:2:42:43:0.955556:26:16:0:2:27:16:0:2 chr5 112162854 . T C 695.09 PASS AF=0.527132;AO=68;DP=129;FAO=68;FDP=129;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=0.00207034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6424;QD=21.5531;RBI=0.0178493;REFB=0.00374657;REVB=0.0177289;RO=57;SAF=31;SAR=37;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739922;STB=0.545736;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00224435;OID=.;OPOS=112162854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:57:61:68:68:0.527132:37:31:21:36:37:31:22:39 chr5 112164561 . G A 805.08 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00646264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8243;QD=64.406;RBI=0.0473463;REFB=0;REVB=0.0469032;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271619;OID=.;OPOS=112164561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr5 112175770 . G A 696.95 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00426292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.604;QD=52.6003;RBI=0.0046883;REFB=0.0489209;REVB=0.00195131;RO=2;SAF=11;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292762;STB=0.515568;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.00191001;OID=.;OPOS=112175770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:40:11:1:1:40:11:1:1 chr5 112176325 . G A 563.79 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00653349;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.06;QD=57.8246;RBI=0.00820828;REFB=0.0703876;REVB=0.00496884;RO=1;SAF=13;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346745;STB=0.518509;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.000360332;OID=.;OPOS=112176325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:25:13:1:0:25:13:1:0 chr5 112176559 . TT GC,GT 654.38 PASS AF=0.0465116,0.953488;AO=2,40;DP=42;FAO=2,41;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=2,20;FSAR=0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030995,0.0367141;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=21.6287,82.3809;QD=60.8727;RBI=0.0314327,0.0379113;REFB=0,0;REVB=-0.00522731,0.00945209;RO=0;SAF=2,20;SAR=0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0476816,-0.00697373;OID=.,.;OPOS=112176559,112176559;OREF=TT,T;OALT=GC,G;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:42:43:0:0:2,40:2,41:0.0465116,0.953488:0,20:2,20:0:0:0,21:2,20:0:0 chr5 112176756 . T A 578.53 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00411974;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4871;QD=60.8976;RBI=0.00456173;REFB=0;REVB=-0.00195887;RO=0;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05056e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.24722e-05;OID=.;OPOS=112176756;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:12:26:0:0:12:26:0:0 chr5 112177171 . G A 120.37 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215385;FXX=0.0832639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.075;QD=43.7691;RBI=0.0511071;REFB=0;REVB=-0.0463468;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000286877;OID=.;OPOS=112177171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr5 112179909 . C A 274.07 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00720207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.583;QD=21.0819;RBI=0.00722911;REFB=-0.0040818;REVB=-0.000624652;RO=21;SAF=10;SAR=18;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199181;STB=0.508922;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.00424964;OID=.;OPOS=112179909;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:21:24:28:28:0.538462:18:10:8:13:18:10:9:15 chr5 112197082 . C T 198.51 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.059554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.715;QD=19.3667;RBI=0.0595619;REFB=-0.0266752;REVB=-0.000969295;RO=21;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646361;STB=0.536549;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0227817;OID=.;OPOS=112197082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:10:10:12:9:10:10:12:9 chr5 112200098 . A G 204.61 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0498003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9319;QD=15.7389;RBI=0.0725938;REFB=-0.000177239;REVB=0.0528185;RO=28;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978278;STB=0.546178;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00247614;OID=.;OPOS=112200098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:29:23:23:0.442308:10:13:13:15:10:13:14:15 chr5 112203564 . T A 183.73 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0321929;FXX=0.0227221;HRUN=4;LEN=1;MLLD=274.001;QD=17.0913;RBI=0.0327848;REFB=-0.0104818;REVB=0.00620187;RO=24;SAF=7;SAR=12;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0827652;STB=0.547122;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0151007;OID=.;OPOS=112203564;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:24:24:19:19:0.44186:12:7:7:17:12:7:7:17 chr5 112228670 . G A 117.33 PASS AF=0.341463;AO=10;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0452097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.122;QD=11.4469;RBI=0.0530227;REFB=-0.0182943;REVB=0.0277038;RO=19;SAF=0;SAR=10;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.719264;STB=0.56442;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0908966;OID=.;OPOS=112228670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:27:10:14:0.341463:10:0:2:17:10:4:10:17 chr5 112228765 . C A 145.39 PASS AF=0.457143;AO=15;DP=34;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.010124;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.2207;QD=16.6155;RBI=0.0346369;REFB=-0.0642347;REVB=-0.0331243;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109898;STB=0.503812;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0278589;OID=.;OPOS=112228765;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:18:19:15:16:0.457143:9:6:7:11:10:6:7:12 chr5 112312676 . T C 740.26 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421022;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.878;QD=56.9431;RBI=0.0432424;REFB=0;REVB=0.00986442;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.87852e-05;OID=.;OPOS=112312676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:33:18:0:0:33:19:0:0 chr5 112328377 . A G 411.08 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3694;QD=56.7009;RBI=0.0658223;REFB=0;REVB=0.0440076;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134801;OID=.;OPOS=112328377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr5 112349070 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00766566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.682;QD=56.7066;RBI=0.00986576;REFB=0;REVB=-0.00621054;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.28943e-06;OID=.;OPOS=112349070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr5 112349379 . T C 559.06 PASS AF=0.95122;AO=38;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.029837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.3395;QD=54.5422;RBI=0.0460581;REFB=-0.0611362;REVB=0.0350871;RO=1;SAF=8;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549974;STB=0.549973;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00123913;OID=.;OPOS=112349379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:1:2:38:39:0.95122:30:8:1:0:30:9:2:0 chr5 112350707 . G A 1012.08 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0300238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.361;QD=57.8331;RBI=0.0309105;REFB=0.0081749;REVB=-0.00735063;RO=1;SAF=45;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103906;STB=0.505493;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00021233;OID=.;OPOS=112350707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:24:45:1:0:24:45:1:0 chr5 112351785 . TTA T,TT,TTT 66.99 PASS AF=0.309524,0,0;AO=10,7,4;DP=50;FAO=13,0,0;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=2,0,0;FSAR=11,0,0;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0726547,0.138445,0.0575415;FXX=0.10636;HRUN=5,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=20.6707,9.9437,15.8934;QD=6.38019;RBI=0.138556,0.253068,0.125605;REFB=-0.0658016,-0.0541068,0.0114294;REVB=-0.117979,-0.211841,-0.11165;RO=21;SAF=1,2,0;SAR=9,5,4;SRF=13;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.61713,-0.378269,-0.686039;STB=0.788536,0.5,0.5;STBP=0.023,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.133942,-0.0108187,0;OID=.,.,.;OPOS=112351786,112351787,112351787;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.309524,0,0:10,7,4:50:13,0,0:42:29:2,0,0:11,0,0:15:14:65:21:1,2,0:9,5,4:13:8 chr5 112358131 . T C 104.84 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.017875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.878;QD=10.7531;RBI=0.0180156;REFB=-0.0065657;REVB=-0.00224673;RO=26;SAF=2;SAR=11;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298888;STB=0.683288;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0170904;OID=.;OPOS=112358131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:11:2:9:17:11:2:9:17 chr5 112379289 . G A 353.48 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.00462038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5516;QD=23.9649;RBI=0.0184042;REFB=-0.00474335;REVB=0.0178148;RO=24;SAF=12;SAR=23;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427119;STB=0.523433;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00343437;OID=.;OPOS=112379289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:24:35:35:0.59322:23:12:7:17:23:12:7:17 chr5 112384725 . GGTCACTGGGCA G 65.47 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0177591;FXX=0.0638162;HRUN=2;LEN=11;MLLD=281.029;QD=5.9521;RBI=0.0497322;REFB=-0.0300418;REVB=-0.0464532;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119826;STB=0.583207;STBP=0.474;TYPE=del;VARB=0.0569331;OID=.;OPOS=112384726;OREF=GTCACTGGGCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.295455:13:45:13:44:31:7:6:13:18:65:20:7:6:11:9 chr5 112384802 . G A 315.06 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0749856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7612;QD=20.0036;RBI=0.0763768;REFB=0.0137107;REVB=0.0145112;RO=29;SAF=8;SAR=25;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143258;STB=0.574317;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.00451123;OID=.;OPOS=112384802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:30:33:33:0.52381:25:8:11:18:25:8:11:19 chr5 112399791 . G A 248.74 PASS AF=0.4;AO=26;DP=73;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.00468935;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3205;QD=13.266;RBI=0.0244671;REFB=-0.0514626;REVB=0.0240135;RO=43;SAF=13;SAR=13;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629679;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0677059;OID=.;OPOS=112399791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:43:45:26:30:0.4:13:13:19:24:16:14:21:24 chr5 112439941 . T C 1025.32 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00847197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.849;QD=59.4391;RBI=0.0937727;REFB=0;REVB=0.0933893;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000754918;OID=.;OPOS=112439941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:31:36:0:0:33:36:0:0 chr5 112479004 . T C 1008.46 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.235;QD=59.3209;RBI=0.0264912;REFB=0;REVB=0.0242502;RO=0;SAF=43;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118217;OID=.;OPOS=112479004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:25:43:0:0:25:43:0:0 chr5 112823998 . C T 405.67 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.000927055;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.792;QD=19.5503;RBI=0.0119359;REFB=-0.0107177;REVB=0.0118999;RO=43;SAF=11;SAR=30;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646814;STB=0.525918;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00997364;OID=.;OPOS=112823998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:43:42:41:41:0.493976:30:11:14:29:30:11:13:29 chr5 112824039 . T C 323.35 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0694667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.624;QD=53.8917;RBI=0.0858935;REFB=0;REVB=0.0505179;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157679;OID=.;OPOS=112824039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:15:8:0:0:15:9:0:0 chr5 112868693 . C A 466.28 PASS AF=0.459459;AO=51;DP=109;FAO=51;FDP=111;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.10854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.284;QD=16.803;RBI=0.109042;REFB=-0.0281015;REVB=-0.0104548;RO=56;SAF=32;SAR=19;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189395;STB=0.597448;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0420643;OID=.;OPOS=112868693;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:111:56:60:51:51:0.459459:19:32:24:32:19:32:27:33 chr5 112884728 . G A 294.15 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0550987;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2131;QD=17.303;RBI=0.0551228;REFB=-0.00943715;REVB=-0.00162794;RO=36;SAF=10;SAR=22;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080808;STB=0.545425;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0113223;OID=.;OPOS=112884728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:36:36:32:32:0.470588:22:10:14:22:22:10:14:22 chr5 112888875 . C T 110.77 PASS AF=0.464286;AO=11;DP=27;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.00112338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0111;QD=15.8245;RBI=0.0103275;REFB=-0.018442;REVB=0.0102662;RO=14;SAF=9;SAR=2;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498728;STB=0.544482;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0453557;OID=.;OPOS=112888875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:14:15:11:13:0.464286:2:9:11:3:2:11:12:3 chr5 112888882 . A T 160.57 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00050928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.513;QD=18.3506;RBI=0.0410612;REFB=-0.0156703;REVB=0.0410581;RO=17;SAF=13;SAR=4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685931;STB=0.565136;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0143775;OID=.;OPOS=112888882;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:17:17:0.485714:4:13:12:5:4:13:12:6 chr5 112889374 . G A 649.89 PASS AF=0.541667;AO=64;DP=120;FAO=65;FDP=120;FR=.;FRO=55;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=0.021286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9104;QD=21.663;RBI=0.0212864;REFB=-0.0177301;REVB=0.000133842;RO=56;SAF=43;SAR=21;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276566;STB=0.520929;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0101822;OID=.;OPOS=112889374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:56:55:64:65:0.541667:21:43:36:20:21:44:35:20 chr5 112899702 . A G 380.87 PASS AF=0.415094;AO=44;DP=106;FAO=44;FDP=106;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.00838895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.147;QD=14.3723;RBI=0.0458126;REFB=-0.0131042;REVB=0.0450379;RO=62;SAF=18;SAR=26;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451498;STB=0.525472;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0225183;OID=.;OPOS=112899702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:62:62:44:44:0.415094:26:18:28:34:26:18:28:34 chr5 112917278 . T G 186.61 PASS AF=0.410714;AO=22;DP=55;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00989486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.337;QD=13.329;RBI=0.00989634;REFB=0.00772129;REVB=-0.00017094;RO=32;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126892;STB=0.574067;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.00867843;OID=.;OPOS=112917278;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:32:33:22:23:0.410714:9:13:15:17:9:14:16:17 chr5 112929013 . T A 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0320171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6526;QD=11.8303;RBI=0.0752392;REFB=0.0114959;REVB=-0.068087;RO=18;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254975;STB=0.652768;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.0259444;OID=.;OPOS=112929013;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:3:8:9:9:3:8:9:9 chr5 112930952 . A G 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0270937;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=292.142;QD=10.5421;RBI=0.0326164;REFB=-0.00156371;REVB=-0.0181593;RO=21;SAF=2;SAR=9;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945707;STB=0.557411;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00353505;OID=.;OPOS=112930952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:9:2:5:16:9:2:5:16 chr5 113589389 . T A 870.47 PASS AF=0.953846;AO=61;DP=66;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00977865;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.446;QD=53.5671;RBI=0.026456;REFB=-0.07627;REVB=0.0245824;RO=3;SAF=24;SAR=37;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251429;STB=0.512566;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=2.39518e-05;OID=.;OPOS=113589389;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:66:65:3:3:61:62:0.953846:37:24:2:1:37:25:2:1 chr5 113698544 . G C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.625;QD=44.6898;RBI=0.0604327;REFB=0;REVB=0.0290754;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419521;OID=.;OPOS=113698544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr5 113698631 . T C,TGCC 114.4 PASS AF=0.214286,0.642857;AO=5,7;DP=18;FAO=3,9;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=3,5;FSAR=0,4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0209715,-0.011951;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=144.33,108.807;QD=32.6864;RBI=0.045009,0.070326;REFB=-0.0827545,-0.0508884;REVB=-0.0398246,0.0693031;RO=5;SAF=5,4;SAR=0,3;SRF=5;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.335683;STB=0.5,0.583156;STBP=1,0.31;TYPE=snp,ins;VARB=0.0285084,0.00603399;OID=.,.;OPOS=113698631,113698632;OREF=T,-;OALT=C,GCC;OMAPALT=C,TGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:18:14:5:2:5,7:3,9:0.214286,0.642857:0,3:5,4:5:0:0,4:3,5:2:0 chr5 113829121 . A G 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.636;QD=57.8839;RBI=0.050742;REFB=0;REVB=0.0225442;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015471;OID=.;OPOS=113829121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:34:26:0:0:34:26:0:0 chr5 113831696 . T C 270.77 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00856498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.696;QD=16.9228;RBI=0.0181881;REFB=-0.0153669;REVB=-0.0160452;RO=34;SAF=18;SAR=12;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123787;STB=0.569573;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0193749;OID=.;OPOS=113831696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:12:18:16:18:12:18:16:18 chr5 114460539 . T C 539.44 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00731388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.363;QD=22.018;RBI=0.00748646;REFB=-0.0298621;REVB=-0.00159819;RO=47;SAF=28;SAR=23;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149892;STB=0.508266;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0229277;OID=.;OPOS=114460539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:47:51:51:0.520408:23:28:25:22:23:28:25:22 chr5 114460580 . C G 512.79 PASS AF=0.462185;AO=53;DP=117;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.0199068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5134;QD=17.2365;RBI=0.0232306;REFB=-0.0123231;REVB=-0.011974;RO=64;SAF=28;SAR=25;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337253;STB=0.519035;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0154387;OID=.;OPOS=114460580;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:64:64:53:55:0.462185:25:28:36:28:26:29:36:28 chr5 114462355 . C T 1024.61 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.826;QD=59.3975;RBI=0.0239718;REFB=0;REVB=0.0117468;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46086e-05;OID=.;OPOS=114462355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr5 114469724 . T C 598.95 PASS AF=0.568627;AO=58;DP=101;FAO=58;FDP=102;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=34;FWDB=0.030673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.199;QD=23.4881;RBI=0.038308;REFB=-0.00318141;REVB=0.0229492;RO=43;SAF=28;SAR=30;SRF=9;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216141;STB=0.611151;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00241509;OID=.;OPOS=114469724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:43:44:58:58:0.568627:30:28:9:34:30:28:10:34 chr5 114480364 . C T 695.7 PASS AF=0.496403;AO=69;DP=139;FAO=69;FDP=139;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.00472978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.496;QD=20.0202;RBI=0.00514643;REFB=-0.00296359;REVB=-0.00202852;RO=70;SAF=25;SAR=44;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909132;STB=0.550227;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00432942;OID=.;OPOS=114480364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:70:70:69:69:0.496403:44:25:32:38:44:25:32:38 chr5 114858437 . G T 262.29 PASS AF=0.418919;AO=19;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.00332572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.689;QD=14.1777;RBI=0.0462718;REFB=-0.0191713;REVB=0.0461521;RO=43;SAF=5;SAR=14;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375648;STB=0.698119;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0158517;OID=.;OPOS=114858437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:19:31:0.418919:14:5:25:18:23:8:25:18 chr5 115110090 . A C 269.51 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0026875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5924;QD=18.9127;RBI=0.0299652;REFB=0.00871385;REVB=-0.0298445;RO=28;SAF=12;SAR=17;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769295;STB=0.542968;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.0144653;OID=.;OPOS=115110090;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:17:12:14:14:17:12:14:14 chr5 115176589 . A G 300.49 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00143298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.486;QD=19.0784;RBI=0.0184284;REFB=-0.00176274;REVB=0.0183726;RO=31;SAF=18;SAR=14;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126345;STB=0.507038;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00179335;OID=.;OPOS=115176589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:14:18:17:14:14:18:17:14 chr5 115188660 . A G 157.67 PASS AF=0.53125;AO=16;DP=33;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.000795173;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6374;QD=19.7089;RBI=0.0378433;REFB=-0.000285972;REVB=-0.0378349;RO=15;SAF=13;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300896;STB=0.62979;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.000812171;OID=.;OPOS=115188660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:15:15:16:17:0.53125:3:13:8:7:4:13:8:7 chr5 115249078 . C T 40.76 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0256924;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.219;QD=3.32702;RBI=0.0306071;REFB=-0.010407;REVB=-0.0166343;RO=41;SAF=1;SAR=6;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357872;STB=0.76033;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0371467;OID=.;OPOS=115249078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:41:42:7:7:0.142857:6:1:16:25:6:1:16:26 chr5 115249271 . G A 334.09 PASS AF=0.344262;AO=42;DP=122;FAO=42;FDP=122;FR=.;FRO=80;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=51;FWDB=0.00457301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6904;QD=10.9537;RBI=0.0164029;REFB=-0.000733038;REVB=-0.0157526;RO=80;SAF=16;SAR=26;SRF=29;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224373;STB=0.5129;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00165233;OID=.;OPOS=115249271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:80:80:42:42:0.344262:26:16:29:51:26:16:29:51 chr5 115298232 . G C 657.67 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0897066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.959;QD=61.1786;RBI=0.0901603;REFB=0;REVB=0.0090338;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323906;OID=.;OPOS=115298232;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:21:19:0:0:21:22:0:0 chr5 115298378 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=11;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.139;QD=52.6132;RBI=0.0601134;REFB=0;REVB=0.0354698;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341855;OID=.;OPOS=115298378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:11:22:1:2:9:0:0:13:9:0:0 chr5 115298475 . T C 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0522063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.683;QD=46.8462;RBI=0.0546111;REFB=0;REVB=0.0160274;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000435621;OID=.;OPOS=115298475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr5 115298518 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0630272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6766;QD=45.8055;RBI=0.0679468;REFB=0;REVB=0.0253839;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014171;OID=.;OPOS=115298518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr5 115298704 . C T 124.87 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.00289307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7053;QD=17.8387;RBI=0.0136883;REFB=-0.0251638;REVB=-0.013379;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199028;STB=0.612755;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0345823;OID=.;OPOS=115298704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:6:8:11:3:6:8:11:3 chr5 115298977 . C T 920.47 PASS AF=0.480392;AO=93;DP=200;FAO=98;FDP=204;FR=.;FRO=106;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=48;FSRR=58;FWDB=0.0370673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.971;QD=18.0484;RBI=0.0631047;REFB=-0.00420462;REVB=0.0510707;RO=106;SAF=43;SAR=50;SRF=48;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00924439;STB=0.508643;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00546274;OID=.;OPOS=115298977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:204:106:106:93:98:0.480392:50:43:48:58:52:46:48:58 chr5 115336862 . T C 308.55 PASS AF=0.5;AO=32;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0224381;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.005;QD=18.7001;RBI=0.02246;REFB=-0.00934347;REVB=-0.000991557;RO=32;SAF=12;SAR=20;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586817;STB=0.547797;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0169954;OID=.;OPOS=115336862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:32:33:32:33:0.5:20:12:14:18:21:12:15:18 chr5 115341611 . G T 458.9 PASS AF=0.363636;AO=55;DP=152;FAO=56;FDP=154;FR=.;FRO=98;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=51;FSRR=47;FWDB=-0.00953639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.745;QD=11.9195;RBI=0.0113623;REFB=-0.0146937;REVB=0.00617726;RO=96;SAF=26;SAR=29;SRF=51;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652362;STB=0.535702;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0219331;OID=.;OPOS=115341611;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:154:96:98:55:56:0.363636:29:26:51:45:30:26:51:47 chr5 115341638 . G C 295.93 PASS AF=0.294118;AO=38;DP=135;FAO=40;FDP=136;FR=.;FRO=96;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=0.00523761;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7044;QD=8.70367;RBI=0.00554048;REFB=-0.00403573;REVB=-0.00180673;RO=96;SAF=18;SAR=20;SRF=45;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00600183;STB=0.504423;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00916786;OID=.;OPOS=115341638;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:96:96:38:40:0.294118:20:18:45:51:21:19:45:51 chr5 115346245 . T G 435.5 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=73;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0270977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.895;QD=23.8629;RBI=0.0273369;REFB=0.00324181;REVB=-0.00360907;RO=31;SAF=18;SAR=24;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142305;STB=0.578088;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00209241;OID=.;OPOS=115346245;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:31:31:42:42:0.575342:24:18:19:12:24:18:19:12 chr5 115362148 . A G 911.36 PASS AF=0.916667;AO=66;DP=72;FAO=66;FDP=72;FR=.;FRO=6;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0189265;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=64.7391;QD=50.6308;RBI=0.0267381;REFB=-0.163128;REVB=0.018887;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.539462;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00767715;OID=.;OPOS=115362148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:72:72:0:6:66:66:0.916667:31:35:0:0:31:35:6:0 chr5 115394551 . C T 481.42 PASS AF=0.438017;AO=53;DP=121;FAO=53;FDP=121;FR=.;FRO=68;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=45;FSRR=23;FWDB=-0.0119634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.825;QD=15.9148;RBI=0.0157915;REFB=-0.0194672;REVB=0.0103077;RO=66;SAF=26;SAR=27;SRF=43;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159769;STB=0.595862;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.019672;OID=.;OPOS=115394551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:66:68:53:53:0.438017:27:26:43:23:27:26:45:23 chr5 115394581 . C T 234.76 PASS AF=0.286957;AO=33;DP=114;FAO=33;FDP=115;FR=.;FRO=82;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.0148168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.138;QD=8.16547;RBI=0.0184858;REFB=-0.0031747;REVB=-0.0110538;RO=79;SAF=22;SAR=11;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183642;STB=0.605995;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00911988;OID=.;OPOS=115394581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:79:82:33:33:0.286957:11:22:41:38:11:22:43:39 chr5 115394626 . G A,T 1213.69 PASS AF=0.542169,0.457831;AO=43,36;DP=80;FAO=45,38;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=26,19;FSAR=19,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191806,0.0154524;FXX=0.0119033;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=199.102,213.679;QD=58.491;RBI=0.0193747,0.0173154;REFB=0,0;REVB=0.00273562,-0.00781329;RO=0;SAF=25,17;SAR=18,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.65211e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00763392,0.0135863;OID=.,.;OPOS=115394626,115394626;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:80:83:0:0:43,36:45,38:0.542169,0.457831:18,19:25,17:0:0:19,19:26,19:0:0 chr5 115428334 . G T 415.5 PASS AF=0.403361;AO=47;DP=118;FAO=48;FDP=119;FR=.;FRO=71;FSAF=10;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.0350191;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.678;QD=13.9664;RBI=0.0390366;REFB=0.00288384;REVB=0.0172487;RO=69;SAF=10;SAR=37;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250697;STB=0.657936;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00326841;OID=.;OPOS=115428334;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:69:71:47:48:0.403361:37:10:28:41:38:10:30:41 chr5 115428381 . T G 605.59 PASS AF=0.555556;AO=55;DP=99;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=35;FWDB=-0.00261891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.291;QD=24.4681;RBI=0.0138706;REFB=-0.0159133;REVB=0.0136211;RO=43;SAF=23;SAR=32;SRF=9;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178405;STB=0.600746;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00734235;OID=.;OPOS=115428381;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:43:44:55:55:0.555556:32:23:9:34:32:23:9:35 chr5 115469773 . C T 334.27 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.00291313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.787;QD=16.7136;RBI=0.00631724;REFB=-0.012508;REVB=-0.00560546;RO=41;SAF=18;SAR=18;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081266;STB=0.549973;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0140453;OID=.;OPOS=115469773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:44:36:36:0.45:18:18:17:24:18:18:18:26 chr5 115811220 . T C 211.91 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0177764;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.819;QD=15.9935;RBI=0.0197783;REFB=-0.0128347;REVB=-0.00867082;RO=29;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900295;STB=0.550978;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0154517;OID=.;OPOS=115811220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:13:11:16:13:13:11:16:13 chr5 115813726 . A G 1070.2 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049412;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2206;QD=60.2931;RBI=0.0496546;REFB=0;REVB=-0.0049023;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188805;OID=.;OPOS=115813726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:71:0:0:71:71:1:41:30:0:0:41:30:0:0 chr5 118484804 . G A 676.45 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381929;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.711;QD=62.9257;RBI=0.0384063;REFB=0;REVB=0.00404354;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00060933;OID=.;OPOS=118484804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:20:22:0:0:21:22:0:0 chr5 118503399 . TAAAAAAG TAAAAA,TAAAAAG 148.02 PASS AF=0,0.765957;AO=13,17;DP=48;FAO=0,36;FDP=47;FR=.;FRO=11;FSAF=0,11;FSAR=0,25;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.0448954,-0.118516;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=92.8936,8.35277;QD=12.5975;RBI=0.045013,0.163072;REFB=-0.0129635,-0.0260969;REVB=-0.00325232,0.112011;RO=14;SAF=2,8;SAR=11,9;SRF=1;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0.302326,0.302326;SSSB=0.16362,0.333365;STB=0.5,0.562011;STBP=1,0.2;TYPE=del,del;VARB=0,0.0699686;OID=.,.;OPOS=118503405,118503400;OREF=AG,A;OALT=-,-;OMAPALT=TAAAAA,TAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.765957:13,17:48:0,36:47:11:0,11:0,25:1:10:22:14:2,8:11,9:1:13 chr5 118506603 . A C 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0798;QD=56.1898;RBI=0.0547596;REFB=0;REVB=0.0329481;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125091;OID=.;OPOS=118506603;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr5 118506685 . G A 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.499;QD=64.1527;RBI=0.0180441;REFB=0;REVB=0.0143741;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21639e-05;OID=.;OPOS=118506685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr5 118506805 . A T 382.87 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0120749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.023;QD=52.8099;RBI=0.0147194;REFB=-0.114093;REVB=-0.00841767;RO=0;SAF=5;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39272e-08;STB=0.54542;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.000455138;OID=.;OPOS=118506805;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:0:1:28:28:0.965517:23:5:0:0:23:5:1:0 chr5 118827842 . T C 1012.41 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0645079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.346;QD=57.8522;RBI=0.0645606;REFB=-0.111603;REVB=-0.00260677;RO=1;SAF=25;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185286;STB=0.509431;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000299133;OID=.;OPOS=118827842;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:1:1:68:69:0.985714:43:25:1:0:43:26:1:0 chr5 118872184 . C T 228.91 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.000945675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.51;QD=16.0635;RBI=0.045965;REFB=-0.0018163;REVB=-0.0459553;RO=30;SAF=13;SAR=13;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950512;STB=0.561357;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00371942;OID=.;OPOS=118872184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:31:26:26:0.45614:13:13:18:12:13:13:19:12 chr5 118945923 . A G 217.62 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00323111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.324;QD=22.9071;RBI=0.00698665;REFB=-0.00920204;REVB=0.00619461;RO=16;SAF=14;SAR=7;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182745;STB=0.519981;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0100414;OID=.;OPOS=118945923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:17:21:21:0.552632:7:14:11:5:7:14:12:5 chr5 118969960 . C T 644.83 PASS AF=0.892857;AO=49;DP=55;FAO=50;FDP=56;FR=.;FRO=6;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0112347;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=196.717;QD=46.0591;RBI=0.0112833;REFB=-0.11527;REVB=-0.00104523;RO=1;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021881;STB=0.529915;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00138656;OID=.;OPOS=118969960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:55:56:1:6:49:50:0.892857:21:28:0:1:22:28:5:1 chr5 118970342 . AGG AGA,AG 157.2 PASS AF=0.141176,0.247059;AO=12,24;DP=83;FAO=12,21;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=0,5;FSAR=12,16;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=-0.0268002,-0.0793976;FXX=0.0116266;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=200.994,12.7282;QD=7.39748;RBI=0.0579363,0.0920851;REFB=-0.0201473,-0.137143;REVB=-0.0513651,-0.0466442;RO=42;SAF=0,9;SAR=12,15;SRF=29;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0.358629;SSSB=-0.799304,-0.336629;STB=0.999193,0.776243;STBP=0,0.007;TYPE=snp,del;VARB=0.129851,0.0637551;OID=.,.;OPOS=118970344,118970343;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=AGA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.141176,0.247059:12,24:83:12,21:85:52:0,5:12,16:33:19:71:42:0,9:12,15:29:13 chr5 118970770 . C T 240.55 PASS AF=0.466667;AO=27;DP=61;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.00386729;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.676;QD=16.0367;RBI=0.0150725;REFB=-0.0173054;REVB=-0.0145679;RO=34;SAF=20;SAR=7;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784856;STB=0.521723;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0195027;OID=.;OPOS=118970770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:34:32:27:28:0.466667:7:20:23:11:7:21:23:9 chr5 120021819 . G A 713.46 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.294;QD=62.0401;RBI=0.0284393;REFB=0;REVB=0.0184351;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299364;OID=.;OPOS=120021819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:22:23:0:0:23:23:0:0 chr5 121488203 . G A 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00649095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.547;QD=35.573;RBI=0.151696;REFB=0;REVB=0.151557;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00414352;OID=.;OPOS=121488203;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr5 121488506 . C G 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0428405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.342;QD=21.546;RBI=0.0428477;REFB=-0.015387;REVB=0.000789756;RO=10;SAF=3;SAR=11;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327439;STB=0.687207;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0089567;OID=.;OPOS=121488506;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:11:3:6:4:11:3:6:4 chr5 121489083 . C T 96.71 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.013033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4443;QD=12.4781;RBI=0.0140047;REFB=-0.0115815;REVB=-0.00512583;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289056;STB=0.502758;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0169203;OID=.;OPOS=121489083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:18:19:12:12:0.387097:5:7:10:8:5:7:11:8 chr5 121489122 . T C 86.49 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0594108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.335;QD=12.8126;RBI=0.0594292;REFB=-0.00871033;REVB=-0.00147904;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172723;STB=0.510186;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0100536;OID=.;OPOS=121489122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:5:6:9:7:5:6:9:7 chr5 122165470 . TACACACACACACACAC TAC,T 97.35 PASS AF=0.347826,0.173913;AO=6,4;DP=14;FAO=8,4;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=7,0;FSAR=1,4;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0147829,0.00228574;FXX=0.178508;HRUN=1,1;LEN=14,16;MLLD=165.605,241.488;QD=16.9297;RBI=0.0159133,0.00643778;REFB=-0.0196332,-0.0256939;REVB=-0.00589037,0.00601834;RO=0;SAF=5,0;SAR=1,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18042e-08,0;STB=0.567382,0.998;STBP=0.798,0.006;TYPE=del,del;VARB=0.0303048,0.0124281;OID=.,.;OPOS=122165471,122165471;OREF=ACACACACACACAC,ACACACACACACACAC;OALT=-,-;OMAPALT=TAC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826,0.173913:6,4:14:8,4:23:11:7,0:1,4:9:2:59:0:5,0:1,4:0:0 chr5 122681834 . C T 1264.59 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00777794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5883;QD=61.6872;RBI=0.0475869;REFB=0;REVB=-0.046947;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000429476;OID=.;OPOS=122681834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:43:39:0:0:43:39:0:0 chr5 122682348 . A G 481.57 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.852;QD=58.3725;RBI=0.027619;REFB=0;REVB=0.0174106;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117337;OID=.;OPOS=122682348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:31:33:1:16:15:0:0:16:17:0:0 chr5 122685727 . C G 1508.2 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=104;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.013892;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.794;QD=58.5708;RBI=0.0372419;REFB=-0.100906;REVB=0.0345538;RO=0;SAF=58;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=7.82745e-05;OID=.;OPOS=122685727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:103:0:1:102:102:0.990291:44:58:0:0:44:58:0:1 chr5 122718736 . G C 2257.32 PASS AF=1;AO=142;DP=142;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130474;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2137;QD=63.5865;RBI=0.0380085;REFB=0;REVB=0.0356989;RO=0;SAF=80;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.24749e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.29309e-05;OID=.;OPOS=122718736;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:142:142:0:0:142:142:1:62:80:0:0:62:80:0:0 chr5 122727026 . G A 1101.75 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.203;QD=59.5541;RBI=0.0312265;REFB=0;REVB=0.022382;RO=0;SAF=21;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84448e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132113;OID=.;OPOS=122727026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:72:74:1:51:21:0:0:52:22:0:0 chr5 122739421 . G C 471.41 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0457461;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2813;QD=58.926;RBI=0.0463465;REFB=0;REVB=0.00743633;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130632;OID=.;OPOS=122739421;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr5 122758268 . G C 995.47 PASS AF=1;AO=57;DP=69;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0975143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.003;QD=59.4311;RBI=0.100617;REFB=0;REVB=0.0247946;RO=0;SAF=19;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401552;OID=.;OPOS=122758268;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:67:0:0:57:67:1:38:19:0:0:36:31:0:0 chr5 122950330 . G C 649.95 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6421;QD=61.8999;RBI=0.0329896;REFB=0;REVB=0.0108224;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000528337;OID=.;OPOS=122950330;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:40:42:1:25:15:0:0:26:16:0:0 chr5 122950911 . G A 727.59 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.494;QD=63.2687;RBI=0.0507782;REFB=0;REVB=0.012314;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137562;OID=.;OPOS=122950911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr5 122990902 . A T 650.2 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257401;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.149;QD=60.4837;RBI=0.027429;REFB=0;REVB=-0.00947625;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000650782;OID=.;OPOS=122990902;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:40:43:1:23:17:0:0:25:18:0:0 chr5 124686757 . G A 76.59 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0086258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.052;QD=12.7644;RBI=0.0195101;REFB=0.0209624;REVB=-0.0174997;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396837;STB=0.733421;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.0174447;OID=.;OPOS=124686757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:7:3:10:4:7:3:10:4 chr5 125696140 . G A 769.39 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00672258;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=308.162;QD=64.1155;RBI=0.0262016;REFB=0;REVB=0.0253246;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.00496e-05;OID=.;OPOS=125696140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:31:17:0:0:31:17:0:0 chr5 125802027 . G A 175.77 PASS AF=0.372881;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=59;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0114636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.49;QD=11.9168;RBI=0.0114827;REFB=-0.0122258;REVB=-0.000660683;RO=37;SAF=12;SAR=10;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114476;STB=0.565979;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0206782;OID=.;OPOS=125802027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:37:22:22:0.372881:10:12:24:13:10:12:24:13 chr5 125828672 . G A 620.74 PASS AF=0.529915;AO=62;DP=117;FAO=62;FDP=117;FR=.;FRO=55;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=-0.00935241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.887;QD=21.222;RBI=0.0100073;REFB=0.00149547;REVB=-0.00356061;RO=55;SAF=37;SAR=25;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191132;STB=0.510494;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.00128627;OID=.;OPOS=125828672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:55:55:62:62:0.529915:25:37:34:21:25:37:34:21 chr5 125828803 . A G 834.66 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00527187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.271;QD=57.5629;RBI=0.0263657;REFB=0;REVB=0.0258332;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79356e-05;OID=.;OPOS=125828803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:36:21:0:0:37:21:0:0 chr5 126171999 . T C 770.45 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0200831;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8212;QD=55.0322;RBI=0.0617264;REFB=0.0857482;REVB=-0.0583679;RO=1;SAF=19;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241604;STB=0.512816;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.0026734;OID=.;OPOS=126171999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:36:19:1:0:36:19:1:0 chr5 126206303 . C T 784.24 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399483;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.584;QD=57.0355;RBI=0.0473371;REFB=0;REVB=0.0253956;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000450137;OID=.;OPOS=126206303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:54:55:1:28:26:0:0:29:26:0:0 chr5 126732399 . G A 134.22 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0166442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0625;QD=16.269;RBI=0.032984;REFB=-0.0267134;REVB=-0.0284766;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13619;STB=0.57821;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0285597;OID=.;OPOS=126732399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:8:7:11:7:8:7:11:7 chr5 126732427 . G A 128.87 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00837346;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.896;QD=19.0921;RBI=0.00857968;REFB=-0.00780273;REVB=0.00186976;RO=11;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228296;STB=0.589347;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0104813;OID=.;OPOS=126732427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:11:13:14:14:0.518519:6:8:3:8:6:8:5:8 chr5 126734365 . C T 475.55 PASS AF=0.474747;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.00374234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.554;QD=19.2143;RBI=0.00538168;REFB=-0.0123712;REVB=-0.00386749;RO=50;SAF=25;SAR=22;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481993;STB=0.536926;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0165554;OID=.;OPOS=126734365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:50:52:47:47:0.474747:22:25:24:26:22:25:24:28 chr5 126746277 . C T 800.92 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4233;QD=57.2082;RBI=0.0350412;REFB=0;REVB=-0.000331699;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250122;OID=.;OPOS=126746277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr5 126769146 . T C 273.06 PASS AF=0.527273;AO=25;DP=62;FAO=29;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0352323;FXX=0.112885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.592;QD=19.8588;RBI=0.0369417;REFB=-0.018553;REVB=-0.0111074;RO=24;SAF=12;SAR=13;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166825;STB=0.565233;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0253608;OID=.;OPOS=126769146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:55:24:25:25:29:0.527273:13:12:7:17:17:12:7:18 chr5 126791282 . G A 211.81 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.000867226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5622;QD=16.6123;RBI=0.00261147;REFB=0.0295599;REVB=0.00246327;RO=28;SAF=8;SAR=15;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252101;STB=0.643099;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.0340643;OID=.;OPOS=126791282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:15:8:17:11:15:8:17:11 chr5 126993249 . G C 839.92 PASS AF=1;AO=48;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00475481;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.46;QD=56.9438;RBI=0.0155741;REFB=0;REVB=0.0148306;RO=0;SAF=16;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160459;OID=.;OPOS=126993249;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:48:59:1:32:16:0:0:39:20:0:0 chr5 126993263 . A T 998.08 PASS AF=0.945946;AO=70;DP=74;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0122418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.1;QD=53.9502;RBI=0.0214385;REFB=-0.0675152;REVB=0.0175996;RO=4;SAF=29;SAR=41;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350553;STB=0.518572;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00139852;OID=.;OPOS=126993263;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:74:74:4:4:70:70:0.945946:41:29:3:1:41:29:3:1 chr5 126993838 . A G 223.49 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0316175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8744;QD=14.8994;RBI=0.0570414;REFB=0.0184726;REVB=-0.0474769;RO=34;SAF=7;SAR=19;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357552;STB=0.703543;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0264471;OID=.;OPOS=126993838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:19:7:21:13:19:7:21:13 chr5 126993922 . T C 139.52 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.0333692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8674;QD=12.4018;RBI=0.0474458;REFB=0.00332641;REVB=0.0337284;RO=29;SAF=4;SAR=12;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409656;STB=0.741268;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00395299;OID=.;OPOS=126993922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:12:4:18:11:12:4:18:11 chr5 126993958 . C T 595.2 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00953609;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.306;QD=56.6857;RBI=0.00988302;REFB=0.00937882;REVB=-0.00259558;RO=2;SAF=17;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683707;STB=0.503648;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-3.13016e-05;OID=.;OPOS=126993958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:42:2:2:40:40:0.952381:23:17:1:1:23:17:1:1 chr5 127469859 . A G 185.63 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00662401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.598;QD=19.039;RBI=0.0206228;REFB=-0.0114585;REVB=0.01953;RO=20;SAF=13;SAR=6;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304605;STB=0.672841;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0141652;OID=.;OPOS=127469859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:6:13:7:13:6:13:7:13 chr5 127522543 . C T 473.65 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=109;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.00139393;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.478;QD=17.5425;RBI=0.00613312;REFB=-0.0138393;REVB=0.00597261;RO=58;SAF=30;SAR=21;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524605;STB=0.523959;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0162153;OID=.;OPOS=127522543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:58:57:51:51:0.472222:21:30:31:27:21:30:31:26 chr5 127614472 . A G 353.72 PASS AF=0.436782;AO=38;DP=87;FAO=38;FDP=87;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.0244559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6605;QD=16.2628;RBI=0.0560602;REFB=-0.0221018;REVB=-0.0504445;RO=49;SAF=24;SAR=14;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185331;STB=0.604367;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0363017;OID=.;OPOS=127614472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:49:49:38:38:0.436782:14:24:22:27:14:24:22:27 chr5 127622491 . T C 279.34 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0183133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.281;QD=18.9384;RBI=0.0227561;REFB=-0.002463;REVB=-0.0135079;RO=28;SAF=9;SAR=21;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0915394;STB=0.544716;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00343202;OID=.;OPOS=127622491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:29:30:30:0.508475:21:9:11:17:21:9:11:18 chr5 127685135 . C T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00682255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.021;QD=58.5873;RBI=0.0098969;REFB=0;REVB=-0.00716947;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.00611e-05;OID=.;OPOS=127685135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr5 127685624 . C A 237.75 PASS AF=0.3;AO=30;DP=100;FAO=30;FDP=100;FR=.;FRO=70;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.00555201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.568;QD=9.50992;RBI=0.0073954;REFB=-0.00563757;REVB=0.0048854;RO=70;SAF=10;SAR=20;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15467;STB=0.591486;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0124811;OID=.;OPOS=127685624;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:70:70:30:30:0.3:20:10:32:38:20:10:32:38 chr5 127800515 . A G 245.6 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.00602946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3378;QD=15.5933;RBI=0.0167517;REFB=-0.0057135;REVB=-0.0156289;RO=35;SAF=15;SAR=13;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271383;STB=0.652073;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00682033;OID=.;OPOS=127800515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:13:15:9:26:13:15:9:26 chr5 128362830 . A G 334.42 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00207694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.464;QD=19.3864;RBI=0.00480832;REFB=-0.00852307;REVB=-0.00433661;RO=33;SAF=14;SAR=21;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205364;STB=0.606875;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00675451;OID=.;OPOS=128362830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:34:35:35:0.507246:21:14:21:12:21:14:21:13 chr5 128430757 . T C 808.15 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0290669;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1972;QD=55.7346;RBI=0.0341638;REFB=-0.0136728;REVB=0.0179523;RO=1;SAF=33;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140785;STB=0.50746;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000842968;OID=.;OPOS=128430757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:24:33:1:0:24:33:1:0 chr5 128442644 . T C 393.27 PASS AF=0.5;AO=39;DP=79;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00862543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.557;QD=19.6633;RBI=0.0307532;REFB=-0.0188605;REVB=-0.0295188;RO=39;SAF=12;SAR=27;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197431;STB=0.620905;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0219473;OID=.;OPOS=128442644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:39:40:39:40:0.5:27:12:20:19:28:12:21:19 chr5 128863471 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.254;QD=62.3509;RBI=0.0288133;REFB=0;REVB=0.0125181;RO=0;SAF=12;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77205e-05;OID=.;OPOS=128863471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:31:12:0:0:31:12:0:0 chr5 129072943 . G T 716.54 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0670846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5423;QD=60.9819;RBI=0.06741;REFB=0;REVB=-0.00661558;RO=0;SAF=9;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0037296;OID=.;OPOS=129072943;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:45:47:1:36:9:0:0:36:11:0:0 chr5 129310670 . C CA 173.59 PASS AF=1;AO=3;DP=29;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121214;FXX=0.11107;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.0629;QD=28.932;RBI=0.13372;REFB=-0.0175288;REVB=0.0564648;RO=25;SAF=1;SAR=2;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158188;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00495496;OID=.;OPOS=129310671;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:29:24:24:0:11:13:0:0:3:25:1:2:12:13 chr5 129520679 . G A 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00200162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.357;QD=21.0138;RBI=0.0188817;REFB=-0.0201975;REVB=-0.0187753;RO=7;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795615;STB=0.545372;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0126316;OID=.;OPOS=129520679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:5:6:3:4:5:6:3:4 chr5 129521126 . A G 81.71 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0287403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.981;QD=8.38001;RBI=0.0289737;REFB=0.00534632;REVB=0.00367022;RO=27;SAF=5;SAR=6;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158746;STB=0.608104;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.0112968;OID=.;OPOS=129521126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:39:27:28:11:11:0.282051:6:5:16:11:6:5:17:11 chr5 130766662 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00161916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.745;QD=61.3358;RBI=0.00441472;REFB=0;REVB=-0.00410708;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.29639e-05;OID=.;OPOS=130766662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr5 130805475 . C T 520.0 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.392;QD=59.4282;RBI=0.0463878;REFB=0;REVB=-0.021411;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102679;OID=.;OPOS=130805475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr5 131008194 . T C 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0565825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.238;QD=9.76018;RBI=0.0585465;REFB=-0.0116866;REVB=-0.0150371;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20937;STB=0.61501;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0306832;OID=.;OPOS=131008194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:11:12:7:7:0.368421:6:1:3:8:6:1:3:9 chr5 131066725 . C A 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.244;QD=62.0209;RBI=0.0205515;REFB=0;REVB=-0.0166189;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62276e-05;OID=.;OPOS=131066725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr5 131283376 . C T 651.18 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00184516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8148;QD=62.0169;RBI=0.012728;REFB=0;REVB=0.0125935;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108288;OID=.;OPOS=131283376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr5 131396478 . C T 940.62 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00405512;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.638;QD=57.0071;RBI=0.0132297;REFB=0.0414858;REVB=-0.0125929;RO=1;SAF=42;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111164;STB=0.505881;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.000174077;OID=.;OPOS=131396478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:23:42:1:0:23:42:1:0 chr5 131411460 . T C 735.93 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0150119;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.291;QD=52.5664;RBI=0.0402;REFB=-0.0343765;REVB=0.0372919;RO=2;SAF=35;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261643;STB=0.513509;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00041613;OID=.;OPOS=131411460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:56:2:2:53:54:0.964286:18:35:2:0:18:36:2:0 chr5 131553428 . T TA 265.05 PASS AF=0.323232;AO=31;DP=102;FAO=32;FDP=99;FR=.;FRO=67;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.00105727;FXX=0.009999;HRUN=0;LEN=1;MLLD=281.854;QD=10.7091;RBI=0.0133335;REFB=-0.00558656;REVB=-0.0132915;RO=71;SAF=19;SAR=12;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775782;STB=0.561319;STBP=0.421;TYPE=ins;VARB=0.012295;OID=.;OPOS=131553429;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323232:31:102:32:99:67:20:12:36:31:99:71:19:12:39:32 chr5 131602166 . T C 198.51 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00151788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3594;QD=19.3668;RBI=0.00891633;REFB=-0.00111689;REVB=-0.00878618;RO=21;SAF=15;SAR=5;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945765;STB=0.55379;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00200213;OID=.;OPOS=131602166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:5:15:14:7:5:15:14:7 chr5 131607080 . A G 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0527356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8935;QD=51.1791;RBI=0.0680238;REFB=0;REVB=0.0429673;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000302547;OID=.;OPOS=131607080;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr5 131607282 . C G 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0374204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.223;QD=14.9787;RBI=0.0445626;REFB=-0.021713;REVB=0.0241978;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654152;STB=0.538383;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0200143;OID=.;OPOS=131607282;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:7:3:4:7:7:3:4:7 chr5 131607297 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.077;QD=50.413;RBI=0.014514;REFB=0;REVB=-0.000444729;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166841;OID=.;OPOS=131607297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr5 131607494 . C T 78.63 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00439975;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.238;QD=14.9777;RBI=0.0123226;REFB=-0.00781754;REVB=0.0115104;RO=11;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355177;STB=0.710646;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0173919;OID=.;OPOS=131607494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:8:2:6:5:8:2:6:5 chr5 131663062 . T C 383.4 PASS AF=0.567164;AO=38;DP=67;FAO=38;FDP=67;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00593406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4993;QD=22.8898;RBI=0.028889;REFB=0.0111377;REVB=-0.0282729;RO=29;SAF=21;SAR=17;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108978;STB=0.559968;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00897994;OID=.;OPOS=131663062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:29:29:38:38:0.567164:17:21:12:17:17:21:12:17 chr5 131670546 . C G 457.8 PASS AF=0.48;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=100;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0305733;FXX=0.00990001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.221;QD=18.312;RBI=0.0306507;REFB=-0.0156707;REVB=-0.00217757;RO=52;SAF=16;SAR=32;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216619;STB=0.620638;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0143858;OID=.;OPOS=131670546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:52:52:48:48:0.48:32:16:29:23:32:16:29:23 chr5 131701279 . T C 238.21 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00731869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.933;QD=20.2733;RBI=0.012974;REFB=-0.0183753;REVB=0.0107127;RO=24;SAF=14;SAR=9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174666;STB=0.598427;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0186961;OID=.;OPOS=131701279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:9:14:10:14:9:14:10:14 chr5 131705949 . T C 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0281938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8861;QD=14.0791;RBI=0.135471;REFB=-0.00819348;REVB=-0.132505;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134759;STB=0.599828;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00154917;OID=.;OPOS=131705949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:15:16:12:12:0.428571:4:8:8:7:4:8:8:8 chr5 131721174 . A G 564.6 PASS AF=0.55914;AO=52;DP=93;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=13;FWDB=-0.0151076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.415;QD=24.2839;RBI=0.016855;REFB=-0.0299523;REVB=-0.00747336;RO=40;SAF=22;SAR=30;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217202;STB=0.613203;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0138089;OID=.;OPOS=131721174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:40:41:52:52:0.55914:30:22:28:12:30:22:28:13 chr5 131731304 . A T 47.67 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.064346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.428;QD=11.9185;RBI=0.0650942;REFB=-0.00142634;REVB=0.00984084;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150213;STB=0.509065;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00187633;OID=.;OPOS=131731304;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:4:3:4:5:4:3:4:5 chr5 131755651 . C T 146.36 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0173171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3873;QD=16.7273;RBI=0.0207687;REFB=-0.0142058;REVB=-0.0114655;RO=19;SAF=2;SAR=14;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.485123;STB=0.784626;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00967339;OID=.;OPOS=131755651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:14:2:10:9:14:2:10:9 chr5 131796498 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00385751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.266;QD=43.4861;RBI=0.0173891;REFB=0;REVB=0.0169558;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117029;OID=.;OPOS=131796498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr5 131803868 . A G 57.93 PASS AF=0.470588;AO=7;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0259461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.966;QD=13.6314;RBI=0.0284522;REFB=-0.0132379;REVB=0.0116759;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354212;STB=0.726689;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.023311;OID=.;OPOS=131803868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:7:8:0.470588:5:2:6:3:6:2:6:3 chr5 131805735 . C T 265.77 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.00765731;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.481;QD=13.8061;RBI=0.00924179;REFB=-0.00154243;REVB=0.00517458;RO=46;SAF=18;SAR=13;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00680729;STB=0.503873;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0024673;OID=.;OPOS=131805735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:13:18:27:19:13:18:27:19 chr5 131818796 . TA AA,T 65.94 PASS AF=0.0625,0.270833;AO=2,18;DP=48;FAO=3,13;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=3,3;FSAR=0,10;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.000758958,-0.00783263;FXX=0.020404;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=231.325,11.018;QD=5.49487;RBI=0.0109361,0.19714;REFB=-0.00570078,-0.0920935;REVB=-0.0109097,-0.196984;RO=23;SAF=2,6;SAR=0,12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.483597,-0.191355;STB=0.996401,0.708613;STBP=0.077,0.091;TYPE=snp,del;VARB=0.117521,0.0598238;OID=.,.;OPOS=131818796,131818797;OREF=T,A;OALT=A,-;OMAPALT=AA,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:57:48:48:23:32:2,18:3,13:0.0625,0.270833:0,12:2,6:12:11:0,10:3,3:16:16 chr5 131819126 . C T 280.31 PASS AF=0.590909;AO=25;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0329747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.021;QD=25.4825;RBI=0.0474282;REFB=-0.0204095;REVB=0.0340896;RO=18;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346317;STB=0.525528;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0095687;OID=.;OPOS=131819126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:25:26:0.590909:15:10:8:10:16:10:8:10 chr5 131822055 . T C 64.23 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0362306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.174;QD=9.88208;RBI=0.0443281;REFB=-0.0191699;REVB=-0.0255408;RO=17;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154634;STB=0.594378;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0175909;OID=.;OPOS=131822055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:3:6:9:8:3:6:9:8 chr5 131822072 . A G 37.33 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=17;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0220036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.5082;QD=8.29465;RBI=0.0715288;REFB=-0.00311655;REVB=0.0680603;RO=12;SAF=5;SAR=0;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.699781;STB=0.713469;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0159492;OID=.;OPOS=131822072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:18:12:12:5:6:0.333333:0:5:7:5:1:5:7:5 chr5 131822133 . T C 71.56 PASS AF=0.571429;AO=6;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0287731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.297;QD=20.4453;RBI=0.0293068;REFB=-0.0110886;REVB=0.00556772;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207272;STB=0.651766;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0123917;OID=.;OPOS=131822133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:14:14:5:5:6:8:0.571429:2:4:2:3:2:6:2:3 chr5 131822224 . T C 92.63 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00712484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.113;QD=21.7957;RBI=0.0401285;REFB=-0.0171124;REVB=-0.039491;RO=6;SAF=9;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263404;STB=0.651862;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0158891;OID=.;OPOS=131822224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:2:9:3:3:2:9:3:3 chr5 131892357 . C T 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7776;QD=47.8209;RBI=0.11122;REFB=0;REVB=0.0919129;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00600794;OID=.;OPOS=131892357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr5 131995964 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.227;QD=53.2771;RBI=0.0507762;REFB=0;REVB=0.0194901;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000493306;OID=.;OPOS=131995964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr5 131996500 . A C 565.94 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0036822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.797;QD=59.5723;RBI=0.0199341;REFB=0;REVB=0.0195911;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024527;OID=.;OPOS=131996500;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:15:22:0:0:16:22:0:0 chr5 132030414 . T A 483.17 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9593;QD=58.5656;RBI=0.116945;REFB=0;REVB=0.00436435;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0024633;OID=.;OPOS=132030414;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr5 132031972 . T C 252.87 PASS AF=0.846154;AO=22;DP=26;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0259609;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.8691;QD=38.9028;RBI=0.0260193;REFB=-0.139559;REVB=-0.00174215;RO=4;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971887;STB=0.552587;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.00384236;OID=.;OPOS=132031972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:26:26:4:4:22:22:0.846154:17:5:0:4:17:5:0:4 chr5 132035979 . CA C 40.12 PASS AF=0.44;AO=8;DP=23;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.056101;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=10.7615;QD=6.41959;RBI=0.133373;REFB=-0.0439391;REVB=0.121;RO=9;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398438;STB=0.538391;STBP=0.789;TYPE=del;VARB=0.0524379;OID=.;OPOS=132035980;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44:8:23:11:25:14:7:4:8:6:40:9:7:1:5:4 chr5 132042146 . C T 1506.21 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00390431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.621;QD=62.7589;RBI=0.0344362;REFB=0;REVB=0.0342141;RO=0;SAF=31;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107981;OID=.;OPOS=132042146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:96:0:0:93:96:1:62:31:0:0:64:32:0:0 chr5 132098242 . A G 1066.13 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00361948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5866;QD=58.418;RBI=0.00780386;REFB=-0.0847958;REVB=-0.00691373;RO=1;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137071;STB=0.507244;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000657926;OID=.;OPOS=132098242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:34:38:0:1:34:38:0:1 chr5 132099999 . A G 1453.97 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.027;QD=63.2161;RBI=0.0301436;REFB=0;REVB=0.0192378;RO=0;SAF=51;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.10566e-06;OID=.;OPOS=132099999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:90:92:1:39:51:0:0:40:52:0:0 chr5 132150948 . T G 854.02 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0510059;FXX=0.0158705;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.871;QD=55.098;RBI=0.0510072;REFB=0.0790921;REVB=-0.000359108;RO=2;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032518;STB=0.508472;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.000188895;OID=.;OPOS=132150948;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:63:62:2:1:60:61:0.983871:28:32:0:2:29:32:0:1 chr5 132534059 . T G 406.82 PASS AF=0.380952;AO=47;DP=125;FAO=48;FDP=126;FR=.;FRO=78;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=-0.00557211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.383;QD=12.9149;RBI=0.0102575;REFB=-0.00735291;REVB=0.00861207;RO=78;SAF=19;SAR=28;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17503;STB=0.604123;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0153772;OID=.;OPOS=132534059;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:78:78:47:48:0.380952:28:19:44:34:29:19:44:34 chr5 132535046 . G A 116.78 PASS AF=0.368421;AO=13;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0418274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.882;QD=12.293;RBI=0.0419986;REFB=0.00635053;REVB=-0.00378793;RO=24;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00351636;STB=0.526278;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.00878552;OID=.;OPOS=132535046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:13:14:0.368421:6:7:13:11:7:7:13:11 chr5 132918994 . G A 101.84 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3719;QD=40.7367;RBI=0.0405593;REFB=0;REVB=-0.0344526;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000626992;OID=.;OPOS=132918994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr5 133186592 . G A 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6163;QD=37.484;RBI=0.161179;REFB=0;REVB=0.126071;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0170772;OID=.;OPOS=133186592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr5 133186603 . A C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0881049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5299;QD=37.4875;RBI=0.142153;REFB=0;REVB=-0.111557;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00154496;OID=.;OPOS=133186603;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr5 133316518 . G A 210.28 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.054803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6685;QD=11.8468;RBI=0.0548182;REFB=-0.0116409;REVB=0.00129233;RO=44;SAF=5;SAR=21;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318689;STB=0.681846;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0124487;OID=.;OPOS=133316518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:44:45:26:26:0.366197:21:5:19:25:21:5:19:26 chr5 133477802 . C T 270.58 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.00297398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.683;QD=14.4311;RBI=0.0449123;REFB=-0.0257644;REVB=-0.0448138;RO=41;SAF=18;SAR=13;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045124;STB=0.507484;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0357778;OID=.;OPOS=133477802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:41:44:31:31:0.413333:13:18:22:19:13:18:25:19 chr5 133481467 . G A 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00103794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.511;QD=9.91658;RBI=0.00700204;REFB=-0.0177047;REVB=-0.00692468;RO=17;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330452;STB=0.699569;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0266494;OID=.;OPOS=133481467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:3:6:6:11:3:6:6:11 chr5 133726168 . CTT CTA,CT 69.6 PASS AF=0.0227273,0.363636;AO=2,16;DP=43;FAO=1,16;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=1,14;FSAR=0,2;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.111466,-0.25029;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=67.8614,15.7546;QD=6.32748;RBI=0.111566,0.25314;REFB=-0.0121513,-0.0764536;REVB=-0.00472928,0.0378725;RO=24;SAF=2,14;SAR=0,2;SRF=3;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.72683,0.707615;STB=0.995033,0.889042;STBP=0.139,0;TYPE=snp,del;VARB=0.109948,0.0780354;OID=.,.;OPOS=133726170,133726169;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=CTA,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0227273,0.363636:2,16:43:1,16:44:27:1,14:0,2:6:21:56:24:2,14:0,2:3:21 chr5 133909475 . G A 820.09 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0439638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6527;QD=55.5991;RBI=0.0802682;REFB=-0.10943;REVB=0.0671578;RO=1;SAF=23;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200666;STB=0.510635;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00257001;OID=.;OPOS=133909475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:35:23:1:0:35:23:1:0 chr5 133915477 . A G 132.48 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0279189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.283;QD=15.5858;RBI=0.0281267;REFB=-0.00471405;REVB=-0.00341309;RO=19;SAF=4;SAR=11;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361773;STB=0.709391;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0101092;OID=.;OPOS=133915477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:11:4:12:7:11:4:12:7 chr5 133915761 . G A 183.15 PASS AF=0.47619;AO=18;DP=41;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0103614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.874;QD=17.4429;RBI=0.0743961;REFB=-0.0399828;REVB=0.0736711;RO=22;SAF=12;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124324;STB=0.58938;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0351601;OID=.;OPOS=133915761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:22:22:18:20:0.47619:6:12:12:10:6:14:12:10 chr5 133997171 . C T 277.34 PASS AF=0.595238;AO=24;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0203812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.334;QD=26.413;RBI=0.02082;REFB=-0.0147984;REVB=0.00425199;RO=17;SAF=10;SAR=14;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851636;STB=0.553355;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0080669;OID=.;OPOS=133997171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:24:25:0.595238:14:10:9:8:15:10:9:8 chr5 134076812 . G A 219.0 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0438851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.829;QD=23.6751;RBI=0.0516274;REFB=-0.0108184;REVB=0.0271934;RO=14;SAF=13;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359042;STB=0.525582;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0053665;OID=.;OPOS=134076812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:14:16:21:21:0.567568:8:13:8:6:8:13:9:7 chr5 134193043 . T G 254.29 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00215935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.769;QD=15.4118;RBI=0.0179926;REFB=-0.000507849;REVB=0.0178625;RO=37;SAF=10;SAR=19;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173256;STB=0.598193;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.000814414;OID=.;OPOS=134193043;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:19:10:19:18:19:10:19:18 chr5 134194613 . A C 321.99 PASS AF=0.37037;AO=38;DP=106;FAO=40;FDP=108;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=0.00535245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.567;QD=11.9257;RBI=0.0492239;REFB=-0.0139658;REVB=0.048932;RO=67;SAF=20;SAR=18;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136759;STB=0.555528;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.029274;OID=.;OPOS=134194613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:67:68:38:40:0.37037:18:20:27:40:20:20:28:40 chr5 134235613 . A C 323.32 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=79;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00847723;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.24;QD=16.5805;RBI=0.01805;REFB=-0.0193267;REVB=-0.0159355;RO=43;SAF=17;SAR=18;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709486;STB=0.539846;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.029833;OID=.;OPOS=134235613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:43:43:35:35:0.448718:18:17:24:19:18:17:24:19 chr5 134262271 . C A 137.85 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.0431856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2311;QD=10.0255;RBI=0.0431856;REFB=-0.00804765;REVB=4.1002e-05;RO=37;SAF=4;SAR=14;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113122;STB=0.567488;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0250205;OID=.;OPOS=134262271;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:14:4:11:26:14:4:11:26 chr5 134343661 . C T 305.51 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00171838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.855;QD=17.7108;RBI=0.0038108;REFB=-0.0125765;REVB=-0.00340137;RO=34;SAF=15;SAR=18;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066694;STB=0.519988;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0142482;OID=.;OPOS=134343661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:36:33:33:0.478261:18:15:13:21:18:15:15:21 chr5 134670741 . C T 337.74 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.000591562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.158;QD=15.0109;RBI=0.0442027;REFB=-0.0103824;REVB=-0.0441988;RO=52;SAF=17;SAR=20;SRF=34;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199206;STB=0.606005;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0173076;OID=.;OPOS=134670741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:53:37:37:0.411111:20:17:34:18:20:17:34:19 chr5 134670765 . A G 410.24 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.0265619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.633;QD=18.2327;RBI=0.0273778;REFB=0.000494758;REVB=-0.00663403;RO=47;SAF=20;SAR=22;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192939;STB=0.600794;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.000716954;OID=.;OPOS=134670765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:47:48:42:42:0.466667:22:20:32:15:22:20:32:16 chr5 134782414 . G T 152.35 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0222362;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.861;QD=21.0144;RBI=0.0261575;REFB=-0.0054136;REVB=-0.0137754;RO=13;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09158;STB=0.55166;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0079526;OID=.;OPOS=134782414;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:8:8:8:5:8:8:8:5 chr5 134782450 . T A 91.22 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0104374;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4892;QD=15.8638;RBI=0.0433565;REFB=0.00312993;REVB=0.0420814;RO=11;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235046;STB=0.65597;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=-0.000427269;OID=.;OPOS=134782450;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:23:23:11:12:11:11:0.478261:7:4:7:4:7:4:8:4 chr5 134782510 . T C 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=6;FWDB=0.00923836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.071;QD=15.2675;RBI=0.0208138;REFB=-0.000223902;REVB=-0.0186512;RO=33;SAF=14;SAR=12;SRF=27;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288757;STB=0.661182;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.000375915;OID=.;OPOS=134782510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:12:14:27:6:12:14:27:6 chr5 134782576 . T G 315.08 PASS AF=0.426829;AO=34;DP=81;FAO=35;FDP=82;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=9;FWDB=-0.0576829;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4126;QD=15.3699;RBI=0.0591879;REFB=-0.000284864;REVB=0.0132624;RO=47;SAF=18;SAR=16;SRF=38;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297093;STB=0.670337;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.000139306;OID=.;OPOS=134782576;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:47:47:34:35:0.426829:16:18:38:9:17:18:38:9 chr5 134871440 . A C 178.51 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0149029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7099;QD=22.314;RBI=0.0352357;REFB=-0.0217516;REVB=-0.0319289;RO=14;SAF=13;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247883;STB=0.639987;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0346547;OID=.;OPOS=134871440;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:5:13:6:8:5:13:6:8 chr5 134986196 . C T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0110995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.156;QD=11.6338;RBI=0.0123996;REFB=-0.00610744;REVB=-0.00552721;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015192;STB=0.509073;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.015058;OID=.;OPOS=134986196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:7:3:5:11:7:3:5:11 chr5 135178124 . T C 817.54 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9404;QD=57.3714;RBI=0.0151555;REFB=0;REVB=0.0100643;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.26368e-05;OID=.;OPOS=135178124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr5 135186140 . C T 474.65 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0289269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6168;QD=21.5751;RBI=0.0359332;REFB=-1.25708e-05;REVB=0.0213175;RO=42;SAF=21;SAR=25;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582563;STB=0.532164;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.000371112;OID=.;OPOS=135186140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:42:46:46:0.522727:25:21:22:20:25:21:22:20 chr5 135207187 . G A 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00237845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.049;QD=22.5855;RBI=0.016719;REFB=-0.0197524;REVB=0.0165489;RO=6;SAF=9;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263404;STB=0.651862;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0101701;OID=.;OPOS=135207187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:2:9:3:3:2:9:3:3 chr5 135207382 . C T 340.65 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.603;QD=54.5044;RBI=0.0527484;REFB=0;REVB=0.0400578;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256483;OID=.;OPOS=135207382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr5 135258105 . G A 343.43 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0114509;FXX=0.0149231;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.954;QD=20.8138;RBI=0.0144781;REFB=-0.00489508;REVB=0.00885958;RO=31;SAF=18;SAR=17;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00156318;STB=0.500866;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00525441;OID=.;OPOS=135258105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:31:31:35:35:0.530303:17:18:16:15:17:18:16:15 chr5 135276201 . AGTT A 654.22 PASS AF=1;AO=35;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00407682;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=3;MLLD=238.586;QD=62.3062;RBI=0.0328693;REFB=0;REVB=0.0326155;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.15681e-05;OID=.;OPOS=135276202;OREF=GTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:43:42:42:0:20:22:0:0:4:0:18:17:0:0 chr5 135276314 . C T 1017.71 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00367884;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.693;QD=56.5394;RBI=0.00550371;REFB=-0.0968629;REVB=0.00409353;RO=2;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219816;STB=0.511625;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.000589991;OID=.;OPOS=135276314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:2:2:70:70:0.972222:42:28:0:2:42:28:0:2 chr5 135276814 . G A 896.62 PASS AF=0.508475;AO=85;DP=173;FAO=90;FDP=177;FR=.;FRO=87;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=35;FSRR=52;FWDB=0.00612004;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.937;QD=20.2626;RBI=0.00933024;REFB=-0.0195483;REVB=-0.00704263;RO=88;SAF=49;SAR=36;SRF=36;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154135;STB=0.574983;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0203385;OID=.;OPOS=135276814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:177:88:87:85:90:0.508475:36:49:36:52:40:50:35:52 chr5 135276847 . T C 1906.14 PASS AF=0.992063;AO=122;DP=123;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0182198;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.345;QD=60.5125;RBI=0.0269653;REFB=-0.0750089;REVB=0.0198788;RO=0;SAF=54;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.72266e-08;STB=0.504424;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00142777;OID=.;OPOS=135276847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:123:126:0:1:122:125:0.992063:68:54:0:0:69:56:1:0 chr5 135282630 . C T 1158.11 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202715;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3846;QD=60.9529;RBI=0.0230548;REFB=0;REVB=0.0109813;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591766;OID=.;OPOS=135282630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:76:0:0:74:76:1:35:39:0:0:35:41:0:0 chr5 135287029 . T C 851.17 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.558;QD=57.7061;RBI=0.0304979;REFB=0;REVB=0.00655875;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153127;OID=.;OPOS=135287029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:31:27:0:0:32:27:0:0 chr5 135388663 . A G 373.02 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.00228137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.271;QD=17.7627;RBI=0.0131542;REFB=-0.0154953;REVB=-0.0129548;RO=45;SAF=19;SAR=20;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838547;STB=0.546823;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0143422;OID=.;OPOS=135388663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:20:19:18:27:20:19:18:27 chr5 135391366 . C T 279.78 PASS AF=0.421053;AO=31;DP=75;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0372886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.56;QD=14.725;RBI=0.0452778;REFB=-0.019033;REVB=-0.0256834;RO=44;SAF=12;SAR=19;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955842;STB=0.561186;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0268222;OID=.;OPOS=135391366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:44:44:31:32:0.421053:19:12:21:23:20:12:21:23 chr5 135392426 . T C 314.18 PASS AF=0.532258;AO=23;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.000703338;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.665;QD=20.2698;RBI=0.00508842;REFB=-0.0338752;REVB=0.00503957;RO=23;SAF=5;SAR=18;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.382363;STB=0.621286;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0187321;OID=.;OPOS=135392426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:23:29:23:33:0.532258:18:5:14:9:20:13:19:10 chr5 135394903 . G A 510.1 PASS AF=0.55814;AO=48;DP=86;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0202596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.803;QD=23.7254;RBI=0.0270928;REFB=-0.000446789;REVB=0.017988;RO=38;SAF=25;SAR=23;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1644;STB=0.59004;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.000419462;OID=.;OPOS=135394903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:38:48:48:0.55814:23:25:12:26:23:25:12:26 chr5 135399373 . G A 372.56 PASS AF=0.396396;AO=44;DP=111;FAO=44;FDP=111;FR=.;FRO=67;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=40;FWDB=0.003632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.151;QD=13.4255;RBI=0.0178254;REFB=-0.0101406;REVB=0.0174515;RO=67;SAF=21;SAR=23;SRF=27;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797462;STB=0.545097;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0104042;OID=.;OPOS=135399373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:67:67:44:44:0.396396:23:21:27:40:23:21:27:40 chr5 135508381 . A G 394.47 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0109056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.396;QD=19.9732;RBI=0.0147605;REFB=-0.00790227;REVB=0.00994691;RO=39;SAF=26;SAR=14;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128063;STB=0.571202;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0076704;OID=.;OPOS=135508381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:14:26:20:19:14:26:20:19 chr5 135513085 . T TC 920.8 PASS AF=1;AO=61;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328226;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=74.0256;QD=56.6645;RBI=0.0332367;REFB=0;REVB=-0.00523019;RO=3;SAF=28;SAR=33;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111936;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000177333;OID=.;OPOS=135513086;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:65:65:65:0:30:35:0:0:5:3:28:33:1:2 chr5 135514055 . A G 497.47 PASS AF=0.613333;AO=46;DP=74;FAO=46;FDP=75;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00767033;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.585;QD=26.5318;RBI=0.0100273;REFB=-7.55733e-05;REVB=0.00645859;RO=28;SAF=18;SAR=28;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524482;STB=0.522882;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=8.59022e-05;OID=.;OPOS=135514055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:28:29:46:46:0.613333:28:18:13:15:28:18:13:16 chr5 135517740 . T G 294.54 PASS AF=0.423077;AO=32;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=-0.00625685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.895;QD=15.1044;RBI=0.00788841;REFB=-0.0106139;REVB=-0.00480404;RO=45;SAF=6;SAR=26;SRF=13;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151249;STB=0.591635;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00880841;OID=.;OPOS=135517740;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:32:33:0.423077:26:6:13:32:27:6:13:32 chr5 135522878 . GT TA 169.24 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0186388;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=2;MLLD=201.392;QD=10.4146;RBI=0.0221423;REFB=0.00207676;REVB=0.0119531;RO=42;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535056;STB=0.538427;STBP=0.654;TYPE=mnp;VARB=-0.00550374;OID=.;OPOS=135522878;OREF=GT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:42:43:22:22:0.338462:11:11:19:23:11:11:19:24 chr5 135692575 . G A 148.02 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0162756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.146;QD=17.9422;RBI=0.0195896;REFB=-0.0380044;REVB=0.0109022;RO=17;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23871;STB=0.635525;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0351618;OID=.;OPOS=135692575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:7:9:5:12:7:9:5:12 chr5 136953577 . T C 51.63 PASS AF=0.363636;AO=7;DP=21;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00440703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.061;QD=9.3875;RBI=0.00470469;REFB=-0.0142504;REVB=0.00164689;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577328;STB=0.512165;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0221647;OID=.;OPOS=136953577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:21:22:12:14:7:8:0.363636:2:5:8:4:3:5:9:5 chr5 136954719 . T C 144.76 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00392141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.388;QD=15.6495;RBI=0.0553492;REFB=-0.00589058;REVB=0.0552102;RO=21;SAF=13;SAR=3;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343181;STB=0.700963;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0106316;OID=.;OPOS=136954719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:3:13:11:10:3:13:11:10 chr5 136955383 . G T 414.2 PASS AF=0.5;AO=30;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0194901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.926;QD=19.7238;RBI=0.0220138;REFB=-0.0273082;REVB=0.0102344;RO=37;SAF=12;SAR=18;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112675;STB=0.577944;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0162404;OID=.;OPOS=136955383;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:39:30:42:0.5:18:12:19:18:27:15:20:19 chr5 136955384 . A T 36.36 PASS AF=0.119048;AO=10;DP=76;FAO=10;FDP=84;FR=.;FRO=74;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.0149267;FXX=0.0117633;HRUN=5;LEN=1;MLLD=85.5073;QD=1.73128;RBI=0.0226023;REFB=-0.0043158;REVB=-0.0169722;RO=66;SAF=2;SAR=8;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392826;STB=0.758425;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.217905;OID=.;OPOS=136955384;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:76:84:66:74:10:10:0.119048:8:2:34:32:8:2:35:39 chr5 136969793 . C T 125.83 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00524686;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.853;QD=15.7293;RBI=0.0112075;REFB=-0.00959446;REVB=-0.00990343;RO=17;SAF=9;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00434626;STB=0.519203;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0121981;OID=.;OPOS=136969793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:18:14:14:0.4375:5:9:11:6:5:9:11:7 chr5 137028029 . T C 938.98 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168944;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2029;QD=58.6865;RBI=0.0599266;REFB=0;REVB=0.0574959;RO=0;SAF=42;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000808364;OID=.;OPOS=137028029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:22:42:0:0:22:42:0:0 chr5 137206560 . A C 461.08 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3673;QD=57.6347;RBI=0.0393181;REFB=0;REVB=-0.0371487;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00107246;OID=.;OPOS=137206560;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:16:15:0:0:16:16:0:0 chr5 137244517 . G A 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.65;QD=57.2373;RBI=0.0171882;REFB=0;REVB=-0.00178905;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.6113e-05;OID=.;OPOS=137244517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr5 137259179 . T C 1537.78 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00435536;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3163;QD=64.074;RBI=0.00516609;REFB=0;REVB=0.00277836;RO=0;SAF=40;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122477;OID=.;OPOS=137259179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:96:0:0:98:96:1:58:40:0:0:56:40:0:0 chr5 137347498 . G A 1212.84 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0176431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.578;QD=59.8933;RBI=0.0256278;REFB=0.0436691;REVB=0.0185879;RO=1;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126242;STB=0.506665;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00124564;OID=.;OPOS=137347498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:37:43:0:1:37:43:0:1 chr5 137372207 . A T 551.02 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.331;QD=59.5694;RBI=0.0206773;REFB=0;REVB=0.0105522;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113305;OID=.;OPOS=137372207;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:18:18:0:0:18:19:0:0 chr5 137426447 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.582;QD=42.1826;RBI=0.0523093;REFB=0;REVB=0.0500386;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391548;OID=.;OPOS=137426447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr5 137475787 . C T 293.55 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.00896838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.608;QD=15.2493;RBI=0.0211388;REFB=-0.0124405;REVB=-0.019142;RO=44;SAF=17;SAR=16;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107059;STB=0.560403;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0209163;OID=.;OPOS=137475787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:44:44:33:33:0.428571:16:17:18:26:16:17:18:26 chr5 137476416 . T C 1369.7 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2995;QD=62.2589;RBI=0.028756;REFB=0;REVB=0.00592147;RO=0;SAF=50;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001007;OID=.;OPOS=137476416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:38:50:0:0:38:50:0:0 chr5 137493554 . C T 264.09 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=0.0165414;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0812;QD=15.0907;RBI=0.0200807;REFB=0.00506132;REVB=-0.011385;RO=38;SAF=20;SAR=10;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498457;STB=0.538437;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.00343886;OID=.;OPOS=137493554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:38:40:30:30:0.428571:10:20:27:11:10:20:29:11 chr5 137622189 . C CGG 53.98 PASS AF=0.361111;AO=7;DP=37;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00209419;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=18.1071;QD=5.99828;RBI=0.0707958;REFB=-0.0497774;REVB=0.0707648;RO=28;SAF=6;SAR=1;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.546361;STB=0.565857;STBP=0.579;TYPE=ins;VARB=0.0785041;OID=.;OPOS=137622190;OREF=-;OALT=GG;OMAPALT=CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361111:7:37:13:36:23:7:6:10:13:53:28:6:1:11:17 chr5 137665323 . G A 264.72 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0217498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8495;QD=20.7625;RBI=0.0292289;REFB=-0.00829609;REVB=0.0195263;RO=23;SAF=10;SAR=17;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232789;STB=0.620348;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00169192;OID=.;OPOS=137665323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:24:27:27:0.529412:17:10:15:8:17:10:15:9 chr5 137682589 . C T 123.14 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.000746755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3592;QD=16.4187;RBI=0.0445769;REFB=-0.0326736;REVB=-0.0445706;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786514;STB=0.545388;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.028611;OID=.;OPOS=137682589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:5:9:9:7:5:9:9:7 chr5 137708434 . C T 1423.26 PASS AF=0.98913;AO=92;DP=93;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00592324;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.919;QD=61.881;RBI=0.00961711;REFB=-0.0498153;REVB=0.00757655;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-9.68926e-05;OID=.;OPOS=137708434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:92:0:1:92:91:0.98913:48:44:0:0:48:43:1:0 chr5 137717213 . GA AA,AG 202.12 PASS AF=0.44,0;AO=18,2;DP=49;FAO=22,0;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=12,0;FSAR=10,0;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0131992,0.0114209;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=175.88,144.059;QD=16.1699;RBI=0.0173626,0.0136965;REFB=-0.0248926,-0.0239249;REVB=0.0112801,-0.00756026;RO=27;SAF=9,2;SAR=9,0;SRF=15;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0576169,0.448702;STB=0.50549,0.5;STBP=0.973,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.028525,0;OID=.,.;OPOS=137717213,137717213;OREF=G,GA;OALT=A,AG;OMAPALT=AA,AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:27:28:18,2:22,0:0.44,0:9,0:9,2:15:12:10,0:12,0:15:13 chr5 137717265 . G A 782.96 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433121;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.276;QD=56.9426;RBI=0.044256;REFB=0;REVB=0.00909183;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208038;OID=.;OPOS=137717265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:53:55:1:29:24:0:0:31:24:0:0 chr5 137754695 . T C 997.67 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00211839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3161;QD=58.6866;RBI=0.00243926;REFB=0;REVB=0.00120932;RO=0;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000928298;OID=.;OPOS=137754695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:25:42:0:0:25:43:0:0 chr5 137781792 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.934;QD=33.4277;RBI=0.119923;REFB=0;REVB=0.0180727;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00552143;OID=.;OPOS=137781792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr5 137892170 . G A 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00796706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.359;QD=57.1767;RBI=0.0125605;REFB=0;REVB=0.00971047;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.43552e-06;OID=.;OPOS=137892170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr5 137902339 . T C 520.61 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.448;QD=57.8453;RBI=0.022429;REFB=0;REVB=0.00960281;RO=1;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022817;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143768;OID=.;OPOS=137902339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:1:0:35:36:1:20:15:0:1:21:15:0:0 chr5 138456815 . T C 234.21 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00455507;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.894;QD=12.4911;RBI=0.0220573;REFB=-0.0343504;REVB=-0.0215818;RO=46;SAF=20;SAR=8;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178909;STB=0.598217;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0543686;OID=.;OPOS=138456815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:47:28:28:0.373333:8:20:26:20:8:20:27:20 chr5 138705188 . C CATT,CATTT 887.78 PASS AF=0.864865,0.027027;AO=58,8;DP=75;FAO=64,2;FDP=74;FR=.;FRO=8;FSAF=37,2;FSAR=27,0;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0060485,-0.00648711;FXX=0.038956;HRUN=1,1;LEN=3,4;MLLD=266.554,253.076;QD=47.9879;RBI=0.0161489,0.0218339;REFB=-0.0110439,-0.0118472;REVB=-0.0149734,-0.0208479;RO=8;SAF=37,2;SAR=21,6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00318097,-0.335325;STB=0.505346,0.993043;STBP=0.813,0.333;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00224549,0.0557509;OID=.,.;OPOS=138705189,138705189;OREF=-,-;OALT=ATT,ATTT;OMAPALT=CATT,CATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.864865,0.027027:58,8:75:64,2:74:8:37,2:27,0:5:3:36:8:37,2:21,6:5:3 chr5 138713959 . A C 379.54 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467073;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3488;QD=56.2282;RBI=0.0631392;REFB=0;REVB=0.0424852;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000948012;OID=.;OPOS=138713959;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr5 138720108 . C T 304.92 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=25;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0185637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6293;QD=26.5147;RBI=0.101415;REFB=0.0247391;REVB=0.0997016;RO=19;SAF=25;SAR=2;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443096;STB=0.752263;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.0140189;OID=.;OPOS=138720108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:2:25:12:7:2:25:12:7 chr5 138773090 . A G 286.23 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.00039709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0474;QD=15.684;RBI=0.000431378;REFB=-0.0295717;REVB=0.000168542;RO=39;SAF=16;SAR=16;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163217;STB=0.575296;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0342993;OID=.;OPOS=138773090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:41:32:32:0.438356:16:16:26:13:16:16:26:15 chr5 138857919 . T C 1321.78 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00818194;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.813;QD=62.2015;RBI=0.028055;REFB=0;REVB=0.0268354;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45354e-05;OID=.;OPOS=138857919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:41:43:0:0:42:43:0:0 chr5 138861146 . C G 213.45 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00423848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.69;QD=16.1096;RBI=0.00736424;REFB=0.0034488;REVB=-0.00602223;RO=28;SAF=13;SAR=11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10733;STB=0.550978;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.00748859;OID=.;OPOS=138861146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:28:29:24:24:0.45283:11:13:12:16:11:13:13:16 chr5 139722345 . G A 257.69 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0117789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8521;QD=19.8223;RBI=0.0151892;REFB=-0.0280119;REVB=0.00959;RO=25;SAF=7;SAR=20;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216804;STB=0.621835;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0272227;OID=.;OPOS=139722345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:20:7:12:13:20:7:12:13 chr5 139740454 . C T 77.9 PASS AF=0.454545;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0783818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.218;QD=14.1628;RBI=0.0784049;REFB=-0.000570031;REVB=-0.0019013;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453824;STB=0.723744;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00148404;OID=.;OPOS=139740454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:22:12:12:9:10:0.454545:3:6:2:10:4:6:2:10 chr5 139745154 . T C 125.68 PASS AF=0.307692;AO=16;DP=52;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0221039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.178;QD=9.66782;RBI=0.0232954;REFB=-0.00519643;REVB=0.00735474;RO=36;SAF=11;SAR=5;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938848;STB=0.505611;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0110741;OID=.;OPOS=139745154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:36:16:16:0.307692:5:11:25:11:5:11:25:11 chr5 139936980 . A G 106.83 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0513148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.079;QD=12.2095;RBI=0.0553136;REFB=0.00322043;REVB=-0.0206491;RO=21;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861387;STB=0.570619;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.0100086;OID=.;OPOS=139936980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:21:22:13:13:0.371429:9:4:8:13:9:4:9:13 chr5 139940233 . G A 219.98 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.032329;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.361;QD=15.9985;RBI=0.0345919;REFB=-0.0125156;REVB=-0.0123059;RO=30;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00652503;STB=0.50369;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0353201;OID=.;OPOS=139940233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:11:14:17:13:11:14:17:13 chr5 139941228 . A G 262.24 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335103;FXX=0.0475964;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.229;QD=52.4472;RBI=0.0889879;REFB=0;REVB=0.0824372;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164527;OID=.;OPOS=139941228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr5 140021482 . C T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0425783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5512;QD=11.634;RBI=0.0590443;REFB=-0.0208233;REVB=0.0409062;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167304;STB=0.5998;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0132968;OID=.;OPOS=140021482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:4:6:7:9:4:6:7:9 chr5 140023238 . C G 383.3 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=0.0161149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.133;QD=14.602;RBI=0.016498;REFB=-0.000496536;REVB=-0.0035344;RO=61;SAF=20;SAR=24;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116391;STB=0.565342;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000863435;OID=.;OPOS=140023238;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:61:61:44:44:0.419048:24:20:21:40:24:20:21:40 chr5 140032590 . ATTGA ATGA,ATT 34.08 PASS AF=0,0.15;AO=5,5;DP=40;FAO=0,6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=0,5;FSAR=0,1;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0708826,-0.0634049;FXX=0.0476077;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=19.0906,124.883;QD=3.40828;RBI=0.314021,0.130022;REFB=-0.0315278,-0.0252136;REVB=-0.305916,-0.113514;RO=20;SAF=1,4;SAR=4,1;SRF=11;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.412748,0.320998;STB=0.5,0.858265;STBP=1,0.093;TYPE=del,del;VARB=0,0.182142;OID=.,.;OPOS=140032591,140032593;OREF=T,GA;OALT=-,-;OMAPALT=ATGA,ATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.15:5,5:40:0,6:40:34:0,5:0,1:13:21:34:20:1,4:4,1:11:9 chr5 140048209 . T C 726.7 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0172876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0718;QD=52.851;RBI=0.0586433;REFB=-0.0586147;REVB=0.0560373;RO=2;SAF=19;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269106;STB=0.51428;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00247587;OID=.;OPOS=140048209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:53:53:0.963636:34:19:0:2:34:19:0:2 chr5 140048267 . T C 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00158307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.348;QD=64.4136;RBI=0.0190185;REFB=0;REVB=0.0189525;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95131e-05;OID=.;OPOS=140048267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:27:23:0:0:27:23:0:0 chr5 140048544 . C T 294.56 PASS AF=0.434783;AO=26;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00472675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.717;QD=17.0759;RBI=0.00712734;REFB=-0.0149588;REVB=-0.00533449;RO=36;SAF=20;SAR=6;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359621;STB=0.624915;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0163337;OID=.;OPOS=140048544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:26:30:0.434783:6:20:16:20:10:20:16:20 chr5 140052271 . A G 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0137254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.097;QD=34.6655;RBI=0.0398635;REFB=-0.0282092;REVB=-0.0374261;RO=1;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990155;STB=0.555443;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00319158;OID=.;OPOS=140052271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:6:4:1:0:6:4:1:0 chr5 140098596 . T G 305.37 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0302719;FXX=0.020829;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.265;QD=25.9886;RBI=0.0302814;REFB=-0.0242975;REVB=0.000759905;RO=20;SAF=9;SAR=18;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211726;STB=0.617558;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0174016;OID=.;OPOS=140098596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:20:20:27:27:0.574468:18:9:12:8:18:9:12:8 chr5 140111764 . AT A 137.38 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.021374;FXX=0.0377287;HRUN=2;LEN=1;MLLD=25.0695;QD=10.7747;RBI=0.0350724;REFB=-0.013767;REVB=0.0278069;RO=25;SAF=7;SAR=16;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175538;STB=0.575689;STBP=0.369;TYPE=del;VARB=0.0188049;OID=.;OPOS=140111765;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45098:23:53:23:51:28:7:16:12:16:99:25:7:16:12:13 chr5 140209250 . A G 63.71 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0159089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.027;QD=9.10192;RBI=0.0167319;REFB=-0.00151113;REVB=-0.00518287;RO=19;SAF=1;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456797;STB=0.790427;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00823167;OID=.;OPOS=140209250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:8:1:8:11:8:1:8:11 chr5 140222194 . G T 274.4 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0199418;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=70.8654;QD=19.956;RBI=0.0207617;REFB=-0.0154118;REVB=-0.00577672;RO=26;SAF=16;SAR=13;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205064;STB=0.613785;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00250741;OID=.;OPOS=140222194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:13:16:8:18:13:16:8:18 chr5 140229086 . C G 250.38 PASS AF=0.42029;AO=28;DP=68;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0196489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0539;QD=14.5149;RBI=0.0523184;REFB=-0.0127677;REVB=-0.0484885;RO=39;SAF=16;SAR=12;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00764349;STB=0.521457;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0189339;OID=.;OPOS=140229086;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:39:40:28:29:0.42029:12:16:22:17:12:17:22:18 chr5 140229368 . G C 207.83 PASS AF=0.46;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0031187;FXX=0.019604;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.0159;QD=16.6264;RBI=0.0192725;REFB=-0.0323125;REVB=0.0190185;RO=25;SAF=15;SAR=8;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123154;STB=0.508663;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0342496;OID=.;OPOS=140229368;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:25:27:23:23:0.46:8:15:16:9:8:15:18:9 chr5 140229526 . T G 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0192587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.669;QD=14.6686;RBI=0.0194901;REFB=-0.0448649;REVB=-0.00299415;RO=32;SAF=7;SAR=17;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391971;STB=0.722691;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0378233;OID=.;OPOS=140229526;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:17:7:22:10:17:7:22:10 chr5 140230370 . AA CC 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0142143;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=125.736;QD=13.9118;RBI=0.0144635;REFB=-0.00991502;REVB=-0.00267331;RO=31;SAF=10;SAR=11;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041387;STB=0.523787;STBP=0.81;TYPE=mnp;VARB=0.0130726;OID=.;OPOS=140230370;OREF=AA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:11:10:16:15:11:10:16:15 chr5 140231237 . T C 888.88 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.017041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3644;QD=56.4367;RBI=0.0705068;REFB=-0.165336;REVB=0.0684165;RO=1;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154778;STB=0.508194;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00373076;OID=.;OPOS=140231237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:30:32:0:1:30:32:0:1 chr5 140232950 . G C 135.06 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00584317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8417;QD=16.8828;RBI=0.0106988;REFB=0.00612171;REVB=-0.00896223;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163235;STB=0.593102;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.0124806;OID=.;OPOS=140232950;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:7:8:12:5:7:8:12:5 chr5 140237109 . T G 432.95 PASS AF=0.505882;AO=42;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0479933;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3195;QD=20.3743;RBI=0.0555711;REFB=-0.00990182;REVB=-0.0280142;RO=42;SAF=21;SAR=21;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107385;STB=0.553214;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00777876;OID=.;OPOS=140237109;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:42:42:43:0.505882:21:21:16:26:22:21:16:26 chr5 140237387 . T G 132.21 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0369201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.1101;QD=17.6277;RBI=0.0400001;REFB=-0.0306521;REVB=-0.0153921;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101714;STB=0.535663;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0301792;OID=.;OPOS=140237387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:12:14:13:14:0.466667:6:7:5:7:7:7:6:8 chr5 140237548 . A G 265.41 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0236861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.969;QD=27.2217;RBI=0.0255516;REFB=-0.0194252;REVB=0.00958393;RO=15;SAF=14;SAR=10;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217694;STB=0.620155;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0110577;OID=.;OPOS=140237548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:10:14:4:11:10:14:4:11 chr5 140242451 . GC G 107.36 PASS AF=0.515152;AO=16;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00125944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.8446;QD=13.013;RBI=0.0790382;REFB=-0.0226631;REVB=-0.0790282;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199849;STB=0.604121;STBP=0.219;TYPE=del;VARB=0.0301673;OID=.;OPOS=140242452;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.515152:16:33:17:33:16:8:9:11:5:94:15:8:8:11:4 chr5 140242479 . T A 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.00233215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.595;QD=21.265;RBI=0.0244642;REFB=-0.000950396;REVB=-0.0243527;RO=18;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235575;STB=0.631456;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.000667785;OID=.;OPOS=140242479;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:10:10:14:4:10:10:14:4 chr5 140250252 . T C 113.1 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0248946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.1;QD=17.4004;RBI=0.0344333;REFB=-0.0314495;REVB=0.0237889;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677773;STB=0.538863;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0369745;OID=.;OPOS=140250252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:7:6:5:8:7:6:5:8 chr5 140263290 . T G 330.13 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=42;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.010551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.053;QD=31.4404;RBI=0.0194157;REFB=-0.0663863;REVB=-0.0162986;RO=14;SAF=18;SAR=10;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465494;STB=0.525529;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.022672;OID=.;OPOS=140263290;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:14:14:28:28:0.666667:10:18:8:6:10:18:8:6 chr5 140307284 . G A 1116.95 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.035;QD=60.3757;RBI=0.0174;REFB=0;REVB=0.00369444;RO=0;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.54065e-05;OID=.;OPOS=140307284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:28:46:0:0:28:46:0:0 chr5 140307746 . C G 753.53 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0200828;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=193.036;QD=61.5127;RBI=0.0393735;REFB=-0.0589961;REVB=0.0338667;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509087;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000334658;OID=.;OPOS=140307746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:21:27:0:0:21:27:1:0 chr5 140307969 . C G 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.070916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.59;QD=58.7801;RBI=0.0776541;REFB=0;REVB=-0.0316399;RO=0;SAF=41;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218414;OID=.;OPOS=140307969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:24:41:0:0:24:41:0:0 chr5 140309016 . C T 935.4 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.956;QD=58.4622;RBI=0.0312819;REFB=0;REVB=0.0127141;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111656;OID=.;OPOS=140309016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:37:26:0:0:38:26:0:0 chr5 140309124 . G A 64.98 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.152044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=30.5619;QD=32.4876;RBI=0.180566;REFB=0;REVB=-0.0973998;RO=1;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124421;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00910992;OID=.;OPOS=140309124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:8:8:1:0:7:8:1:4:3:1:0:4:4:0:0 chr5 140346468 . T A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.367;QD=62.3509;RBI=0.0615072;REFB=0;REVB=0.0554916;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000275169;OID=.;OPOS=140346468;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr5 140346712 . T C 1526.38 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=105;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0427083;FXX=0.0188661;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1503;QD=58.7069;RBI=0.0473744;REFB=0.0141592;REVB=-0.0205022;RO=1;SAF=53;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958459;STB=0.50505;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.000187161;OID=.;OPOS=140346712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:104:1:1:102:103:0.990385:49:53:0:1:49:54:0:1 chr5 140347053 . C T 476.08 PASS AF=0.875;AO=33;DP=39;FAO=35;FDP=40;FR=.;FRO=5;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0246807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7267;QD=47.6076;RBI=0.0924305;REFB=-0.102107;REVB=0.0890745;RO=5;SAF=19;SAR=14;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566888;STB=0.529395;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0116685;OID=.;OPOS=140347053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:39:40:5:5:33:35:0.875:14:19:4:1:15:20:4:1 chr5 140475980 . G A 48.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0662098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.151;QD=12.8609;RBI=0.0662646;REFB=-0.0323041;REVB=0.00269308;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135151;STB=0.555391;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0181665;OID=.;OPOS=140475980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:8:7:7:0.466667:5:2:3:4:5:2:3:5 chr5 140482483 . G A 171.62 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.65;QD=45.7656;RBI=0.0402453;REFB=0;REVB=0.0384803;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000730406;OID=.;OPOS=140482483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:8:6:0:0:9:6:0:0 chr5 140502177 . G A 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0380723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.909;QD=15.7004;RBI=0.0383096;REFB=-0.00298707;REVB=0.0042571;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445112;STB=0.525658;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0033905;OID=.;OPOS=140502177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:8:7:8:11:8:7:8:11 chr5 140517174 . T C 145.43 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00329306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.928;QD=44.7469;RBI=0.0426266;REFB=0;REVB=0.0424993;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233533;OID=.;OPOS=140517174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:3:9:0:0:3:10:0:0 chr5 140530529 . G A 140.08 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.01565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.196;QD=12.7349;RBI=0.016333;REFB=-0.00337841;REVB=-0.00467385;RO=26;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186768;STB=0.584641;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00770116;OID=.;OPOS=140530529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:28:16:16:0.363636:7:9:10:16:7:9:12:16 chr5 140531174 . GT G,GC 269.33 PASS AF=0.857143,0.142857;AO=8,12;DP=21;FAO=18,3;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8,2;FSAR=10,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299788,0.0227934;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=85.4759,79.1682;QD=51.3014;RBI=0.0445934,0.240809;REFB=0,0;REVB=0.0330128,-0.239728;RO=0;SAF=8,2;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00951668,-0.0298724;OID=.,.;OPOS=140531175,140531175;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.857143,0.142857:8,12:21:18,3:21:0:8,2:10,1:0:0:16:0:8,2:0,10:0:0 chr5 140531746 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00155621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8028;QD=37.4885;RBI=0.00736379;REFB=0;REVB=0.00719747;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294659;OID=.;OPOS=140531746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr5 140532420 . C G 31.77 PASS AF=0.357143;AO=4;DP=16;FAO=5;FDP=14;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0149182;FXX=0.124922;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3528;QD=9.07688;RBI=0.0247614;REFB=-0.00761273;REVB=-0.019763;RO=8;SAF=2;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127513;STB=0.545277;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0041985;OID=.;OPOS=140532420;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:16:14:8:9:4:5:0.357143:2:2:5:3:2:3:6:3 chr5 140532871 . T A 314.97 PASS AF=0.622222;AO=25;DP=43;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0617954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3763;QD=27.9977;RBI=0.0619257;REFB=-0.0322343;REVB=-0.0040144;RO=17;SAF=11;SAR=14;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108298;STB=0.546718;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0222515;OID=.;OPOS=140532871;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:17:17:25:28:0.622222:14:11:10:7:15:13:10:7 chr5 140553581 . G C 109.54 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0488005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9405;QD=8.11436;RBI=0.048817;REFB=0.00361732;REVB=0.00126992;RO=39;SAF=4;SAR=11;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305878;STB=0.68724;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0105795;OID=.;OPOS=140553581;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:15:15:0.277778:11:4:20:19:11:4:20:19 chr5 140553856 . G A 42.56 PASS AF=0.857143;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0157461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.13;QD=24.3179;RBI=0.0446408;REFB=-0.0276438;REVB=0.0417715;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277405;STB=0.599655;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0107177;OID=.;OPOS=140553856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:7:1:1:5:6:0.857143:1:4:0:1:2:4:0:1 chr5 140554006 . C G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00879658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.314;QD=14.0438;RBI=0.0179174;REFB=-0.010046;REVB=0.0156094;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744193;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.00647305;OID=.;OPOS=140554006;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:2:2:3:2:2:2 chr5 140554481 . G T 93.38 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.089341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9795;QD=19.658;RBI=0.0900932;REFB=0.0196597;REVB=-0.0116184;RO=8;SAF=7;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280231;STB=0.66009;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.0132478;OID=.;OPOS=140554481;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:19:19:8:8:11:11:0.578947:4:7:2:6:4:7:2:6 chr5 140554606 . T C 182.03 PASS AF=0.370968;AO=24;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0415725;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.1431;QD=11.7437;RBI=0.0432897;REFB=-0.0504267;REVB=-0.0120718;RO=38;SAF=13;SAR=11;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183213;STB=0.627479;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0419643;OID=.;OPOS=140554606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:39:24:23:0.370968:11:13:14:24:10:13:14:25 chr5 140554808 . T A 300.06 PASS AF=0.275641;AO=41;DP=154;FAO=43;FDP=156;FR=.;FRO=113;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=50;FSRR=63;FWDB=-0.00186093;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8909;QD=7.69391;RBI=0.0341148;REFB=-0.00227974;REVB=-0.034064;RO=110;SAF=18;SAR=23;SRF=48;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0033161;STB=0.500453;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00778129;OID=.;OPOS=140554808;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:156:110:113:41:43:0.275641:23:18:48:62:24:19:50:63 chr5 140555181 . TA AA,T,TTAA 30.9 PASS AF=0,0,0.179487;AO=2,6,6;DP=46;FAO=0,0,7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=0,0,2;FSAR=0,0,5;FSRF=3;FSRR=29;FWDB=-0.0119282,-0.140557,0.158268;FXX=0.0487686;HRUN=5,6,5;LEN=1,1,2;MLLD=20.3829,14.1589,20.4809;QD=3.16944;RBI=0.146416,0.16264,0.168704;REFB=0.0239341,0.0101622,-0.0354842;REVB=0.145929,-0.0818258,-0.0584154;RO=30;SAF=2,1,2;SAR=0,5,4;SRF=5;SRR=25;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.671472,3.9915e-08,0.264719;STB=0.5,0.5,0.730748;STBP=1,1,0.474;TYPE=snp,del,ins;VARB=0,0.0168043,0.139465;OID=.,.,.;OPOS=140555181,140555182,140555182;OREF=T,A,-;OALT=A,-,TA;OMAPALT=AA,T,TTAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:32:46:39:30:32:2,6,6:0,0,7:0,0,0.179487:0,5,4:2,1,2:5:25:0,0,5:0,0,2:3:29 chr5 140559596 . T G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.106;QD=46.8479;RBI=0.0180802;REFB=0;REVB=0.011899;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017813;OID=.;OPOS=140559596;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr5 140563579 . C T 118.92 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.021129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.479;QD=33.9784;RBI=0.0277255;REFB=-0.0613132;REVB=0.0179519;RO=2;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753549;STB=0.541601;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0110273;OID=.;OPOS=140563579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:11:1:0:2:11:1:0:2 chr5 140564263 . C T 40.31 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00585832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.951;QD=14.6566;RBI=0.0115229;REFB=-0.019347;REVB=-0.00992252;RO=5;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247547;STB=0.651594;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0404939;OID=.;OPOS=140564263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:11:11:5:5:6:6:0.545455:1:5:3:2:1:5:3:2 chr5 140567264 . G T 289.3 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.000407913;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.282;QD=31.276;RBI=0.0076582;REFB=-0.0311207;REVB=0.00764733;RO=12;SAF=11;SAR=14;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848705;STB=0.5466;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0150549;OID=.;OPOS=140567264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:38:37:12:12:25:25:0.675676:14:11:7:5:14:11:7:5 chr5 140567445 . A G 93.32 PASS AF=0.578947;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0239974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.749;QD=19.646;RBI=0.0248275;REFB=-0.00687125;REVB=-0.00636634;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784731;STB=0.559889;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00553288;OID=.;OPOS=140567445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:10:11:0.578947:4:6:4:4:4:7:4:4 chr5 140568026 . T C 239.25 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0165483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.543;QD=20.8044;RBI=0.022419;REFB=0.00247949;REVB=0.015125;RO=23;SAF=13;SAR=10;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191387;STB=0.607385;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.000815669;OID=.;OPOS=140568026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:10:13:8:15:10:13:8:15 chr5 140568033 . AC ACA,CA 648.82 PASS AF=1,0;AO=39,2;DP=46;FAO=46,0;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21,0;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294896,0.0277635;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=22.3963,31.7602;QD=56.4189;RBI=0.111984,0.108984;REFB=0,0;REVB=-0.108032,-0.105388;RO=3;SAF=19,0;SAR=20,2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0205809,-0.599865;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.00158604,0;OID=.,.;OPOS=140568035,140568033;OREF=-,AC;OALT=A,CA;OMAPALT=ACA,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:3:0:39,2:46,0:1,0:20,2:19,0:1:2:25,0:21,0:0:0 chr5 140568998 . C T 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0191604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4452;QD=13.959;RBI=0.0404146;REFB=-0.0499103;REVB=0.0355839;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119504;STB=0.571224;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0478908;OID=.;OPOS=140568998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:4:3:4:3:4:3:4:3 chr5 140572668 . C T 302.46 PASS AF=0.684211;AO=26;DP=38;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0303278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.732;QD=31.8381;RBI=0.0314724;REFB=-0.0181137;REVB=0.00841056;RO=12;SAF=8;SAR=18;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219344;STB=0.620593;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00602284;OID=.;OPOS=140572668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:12:12:26:26:0.684211:18:8:8:4:18:8:8:4 chr5 140572899 . G T 226.62 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0225675;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7999;QD=20.6018;RBI=0.0584365;REFB=-0.047356;REVB=0.053903;RO=21;SAF=10;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649467;STB=0.546177;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0313001;OID=.;OPOS=140572899;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:21:22:22:22:0.5:12:10:8:13:12:10:8:14 chr5 140573439 . G C 116.18 PASS AF=0.565217;AO=12;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0641114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.5707;QD=20.2052;RBI=0.0919618;REFB=0.0245655;REVB=-0.0659295;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972526;STB=0.571322;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.017649;OID=.;OPOS=140573439;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:12:13:0.565217:5:7:7:3:6:7:7:3 chr5 140573442 . C G 80.01 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0100136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.714;QD=16.0017;RBI=0.0118377;REFB=-0.0182851;REVB=-0.00631331;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157971;STB=0.608497;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0125307;OID=.;OPOS=140573442;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:20:20:9:10:10:10:0.5:4:6:7:2:4:6:8:2 chr5 140575211 . G T 129.21 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0437164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.87;QD=23.4924;RBI=0.0501079;REFB=-0.029757;REVB=0.0244884;RO=8;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971129;STB=0.554715;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0148649;OID=.;OPOS=140575211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:5:9:4:4:5:9:4:4 chr5 140580493 . T A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00662019;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.807;QD=16.6272;RBI=0.0072124;REFB=1.68652e-05;REVB=-0.00286214;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305023;STB=0.676026;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=1.04594e-06;OID=.;OPOS=140580493;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:9:4:9:5:9:4:9:5 chr5 140581510 . G T 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00990997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.173;QD=7.2714;RBI=0.0296438;REFB=-0.0118209;REVB=0.0279383;RO=25;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306948;STB=0.69189;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0338742;OID=.;OPOS=140581510;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:3:6:10:15:3:6:10:15 chr5 140594442 . A G 31.36 PASS AF=0.0909091;AO=8;DP=88;FAO=8;FDP=88;FR=.;FRO=80;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=52;FWDB=0.00692769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.338;QD=1.42542;RBI=0.0173532;REFB=-0.00251234;REVB=-0.0159104;RO=80;SAF=3;SAR=5;SRF=28;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308193;STB=0.52448;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0389213;OID=.;OPOS=140594442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:88:88:80:80:8:8:0.0909091:5:3:28:52:5:3:28:52 chr5 140626626 . C CA 43.33 PASS AF=0.444444;AO=2;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.12209;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=103.304;QD=9.62856;RBI=0.122368;REFB=-0.0226937;REVB=0.00823731;RO=15;SAF=0;SAR=2;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.61514;STB=0.555418;STBP=0.719;TYPE=ins;VARB=0.0169768;OID=.;OPOS=140626627;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:2:18:8:18:10:4:4:6:4:43:15:0:2:10:5 chr5 140626627 . G A 39.14 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0284945;FXX=0.0555247;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.539;QD=9.20976;RBI=0.0287572;REFB=-0.0296177;REVB=-0.00387812;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.583047;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0212456;OID=.;OPOS=140626627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:17:17:9:11:6:6:0.352941:2:4:6:3:2:4:6:5 chr5 140683265 . G A 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0226908;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.852;QD=13.774;RBI=0.0245461;REFB=-0.0134238;REVB=-0.00936163;RO=31;SAF=14;SAR=6;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173506;STB=0.600753;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.023457;OID=.;OPOS=140683265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:6:14:17:14:6:14:17:14 chr5 140710705 . G A 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00995316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.54;QD=18.8207;RBI=0.0148503;REFB=-0.0349701;REVB=0.0110212;RO=10;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297241;STB=0.668853;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00881858;OID=.;OPOS=140710705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:7:5:8:2:7:5:8:2 chr5 140725828 . C T 353.78 PASS AF=0.725;AO=29;DP=40;FAO=29;FDP=40;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0330789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4168;QD=35.3777;RBI=0.0519992;REFB=-0.044956;REVB=0.0401211;RO=11;SAF=17;SAR=12;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246239;STB=0.633808;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0176799;OID=.;OPOS=140725828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:40:40:11:11:29:29:0.725:12:17:1:10:12:17:1:10 chr5 140739779 . C G 370.55 PASS AF=0.4;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.0129833;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.193;QD=14.8221;RBI=0.0132052;REFB=-0.0125635;REVB=-0.00241067;RO=59;SAF=20;SAR=20;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624551;STB=0.529985;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0178495;OID=.;OPOS=140739779;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:59:60:40:40:0.4:20:20:33:26:20:20:33:27 chr5 140750044 . T C 2208.55 PASS AF=0.980132;AO=148;DP=151;FAO=148;FDP=151;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=88;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0454367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.855;QD=58.5046;RBI=0.048639;REFB=-0.0379191;REVB=0.017357;RO=2;SAF=60;SAR=88;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00248656;STB=0.505372;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.000342636;OID=.;OPOS=140750044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:151:151:2:3:148:148:0.980132:88:60:1:1:88:60:2:1 chr5 140751128 . C G 151.75 PASS AF=0.533333;AO=15;DP=29;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00827161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9361;QD=20.2326;RBI=0.0202061;REFB=-0.00266694;REVB=0.0184354;RO=14;SAF=4;SAR=11;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587417;STB=0.55549;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00162832;OID=.;OPOS=140751128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:14:14:15:16:0.533333:11:4:3:11:11:5:3:11 chr5 140763029 . A G 206.71 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0117106;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5643;QD=21.7589;RBI=0.0137091;REFB=-0.0308041;REVB=0.00712758;RO=18;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858625;STB=0.548338;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0276614;OID=.;OPOS=140763029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:12:8:9:9:12:8:9:9 chr5 140763100 . C T 123.1 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.091369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8453;QD=16.4131;RBI=0.0967887;REFB=-0.008838;REVB=0.0319336;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137003;STB=0.579092;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0172017;OID=.;OPOS=140763100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:5:9:8:8:5:9:8:8 chr5 140773388 . G T 69.12 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.000405526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.881;QD=6.14421;RBI=0.0124504;REFB=-0.0104377;REVB=-0.0124438;RO=35;SAF=6;SAR=4;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.88524e-08;STB=0.5;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0155563;OID=.;OPOS=140773388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:35:35:10:10:0.222222:4:6:21:14:4:6:21:14 chr5 140773870 . AG AC,A 37.19 PASS AF=0.0606061,0.30303;AO=4,7;DP=35;FAO=2,10;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=0,4;FSAR=2,6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00529281,-0.019613;FXX=0.0571265;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=39.1691,8.59576;QD=4.50763;RBI=0.0560728,0.0236694;REFB=-0.0122131,-0.0998489;REVB=-0.0558225,0.0132504;RO=12;SAF=0,5;SAR=4,2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.664388,0.311223;STB=0.993543,0.513487;STBP=0.214,0.925;TYPE=snp,del;VARB=0.144473,0.0701307;OID=.,.;OPOS=140773871,140773871;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0606061,0.30303:4,7:35:2,10:33:21:0,4:2,6:8:13:32:12:0,5:4,2:5:7 chr5 140774288 . T C 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.728;QD=47.8209;RBI=0.0537042;REFB=0;REVB=0.0503934;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000841609;OID=.;OPOS=140774288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr5 140778256 . G A 97.63 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00226819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.983;QD=24.4083;RBI=0.121428;REFB=0.00580791;REVB=-0.121407;RO=5;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215005;STB=0.512173;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.00586312;OID=.;OPOS=140778256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:4:7:3:2:4:7:3:2 chr5 140783596 . C T 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=0.0348846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.297;QD=8.51157;RBI=0.0455701;REFB=-0.0166506;REVB=-0.0293206;RO=24;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453381;STB=0.764324;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0556998;OID=.;OPOS=140783596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:5:5:3:21:5:5:3:21 chr5 140784055 . T C 58.33 PASS AF=0.28125;AO=8;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0140287;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.375;QD=7.2916;RBI=0.0174931;REFB=-0.00649997;REVB=-0.01045;RO=23;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166673;STB=0.560847;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0155897;OID=.;OPOS=140784055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:32:32:23:23:8:9:0.28125:6:2:6:17:6:3:6:17 chr5 140784427 . T C 185.72 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0338761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.436;QD=26.5316;RBI=0.035592;REFB=-0.00985738;REVB=0.0109178;RO=10;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260071;STB=0.644374;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0104572;OID=.;OPOS=140784427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:28:28:10:10:18:18:0.642857:11:7:8:2:11:7:8:2 chr5 140788264 . C T 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0389504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.924;QD=9.10066;RBI=0.0389555;REFB=-0.0229505;REVB=0.000629396;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283174;STB=0.519955;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.075234;OID=.;OPOS=140788264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:26:28:17:19:9:9:0.321429:5:4:8:9:5:4:9:10 chr5 140789933 . G A 447.25 PASS AF=0.626866;AO=42;DP=68;FAO=42;FDP=67;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00870607;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.577;QD=26.7012;RBI=0.0105774;REFB=-0.0400305;REVB=0.00600706;RO=23;SAF=16;SAR=26;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178002;STB=0.597654;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0184569;OID=.;OPOS=140789933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:23:25:42:42:0.626866:26:16:15:8:26:16:16:9 chr5 140793007 . A G 332.64 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0421515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.49;QD=26.6113;RBI=0.0453221;REFB=-0.00737297;REVB=-0.0166537;RO=19;SAF=15;SAR=14;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444457;STB=0.502761;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00357192;OID=.;OPOS=140793007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:21:29:29:0.58:14:15:11:8:14:15:11:10 chr5 140797630 . G T 326.15 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0485448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.551;QD=20.071;RBI=0.0489747;REFB=-0.0230619;REVB=0.00647484;RO=31;SAF=12;SAR=22;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199762;STB=0.611045;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0260374;OID=.;OPOS=140797630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:22:12:18:13:22:12:18:13 chr5 140801104 . T C 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0107189;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=241.035;QD=9.10026;RBI=0.0224635;REFB=0.00361226;REVB=0.0197412;RO=19;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323733;STB=0.697248;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00484417;OID=.;OPOS=140801104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:3:6:7:12:3:6:7:12 chr5 140801298 . C A 177.83 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00898311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.769;QD=14.8189;RBI=0.00919208;REFB=-0.0149085;REVB=-0.00194886;RO=28;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154777;STB=0.599025;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0304255;OID=.;OPOS=140801298;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:29:19:19:0.395833:8:11:12:16:8:11:12:17 chr5 140803241 . C A 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0401325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5367;QD=19.9284;RBI=0.0456209;REFB=0.00841642;REVB=0.0216944;RO=9;SAF=2;SAR=10;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189337;STB=0.609552;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.00312027;OID=.;OPOS=140803241;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:10:2:3:6:10:2:3:6 chr5 140807256 . A C 221.94 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0371793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.597;QD=25.365;RBI=0.0395731;REFB=-0.0168735;REVB=-0.0135549;RO=14;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103053;STB=0.557322;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00937044;OID=.;OPOS=140807256;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:12:9:8:6:12:9:8:6 chr5 140857798 . T C 318.51 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0298728;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.035;QD=17.9443;RBI=0.0323758;REFB=-0.0129896;REVB=0.0124822;RO=37;SAF=19;SAR=15;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033969;STB=0.518976;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.011213;OID=.;OPOS=140857798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:37:37:34:34:0.478873:15:19:22:15:15:19:22:15 chr5 140858245 . C T 313.21 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.007717;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.99;QD=16.9301;RBI=0.0141481;REFB=-0.0137554;REVB=-0.0118581;RO=39;SAF=21;SAR=13;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289812;STB=0.667347;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0189414;OID=.;OPOS=140858245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:40:34:34:0.459459:13:21:12:27:13:21:12:28 chr5 140859053 . A T 311.08 PASS AF=0.394366;AO=22;DP=71;FAO=28;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0387116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.7216;QD=17.5254;RBI=0.0653929;REFB=-0.0305893;REVB=0.0527034;RO=34;SAF=2;SAR=20;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421512;STB=0.519112;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0848952;OID=.;OPOS=140859053;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:35:22:28:0.394366:20:2:11:23:20:8:11:24 chr5 140874361 . GT CG,G 34.47 PASS AF=0,0.222222;AO=2,16;DP=46;FAO=0,10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=0,9;FSAR=0,1;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.0664128,-0.0981119;FXX=0.0217344;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=56.8287,13.4313;QD=3.06366;RBI=0.0673352,0.105215;REFB=-0.0251706,-0.116786;REVB=-0.0111074,-0.038002;RO=26;SAF=2,15;SAR=0,1;SRF=13;SRR=13;SSEN=0,0.338931;SSEP=0,0;SSSB=0.476737,0.631015;STB=0.5,0.801805;STBP=1,0.063;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.163407;OID=.,.;OPOS=140874361,140874362;OREF=GT,T;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:35:46:45:26:35:2,16:0,10:0,0.222222:0,1:2,15:13:13:0,1:0,9:22:13 chr5 140940449 . G GT 38.36 PASS AF=0.5;AO=7;DP=29;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.221082;FXX=0.0832986;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.11531;QD=6.97376;RBI=0.240611;REFB=-0.0586265;REVB=-0.0949541;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335034;STB=0.633914;STBP=0.233;TYPE=ins;VARB=0.0135271;OID=.;OPOS=140940450;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:7:29:11:22:11:6:5:3:8:27:19:5:2:8:11 chr5 141014494 . T C 297.32 PASS AF=0.464789;AO=32;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00320494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.244;QD=16.7506;RBI=0.00828578;REFB=-0.00904723;REVB=-0.00764084;RO=38;SAF=15;SAR=17;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106088;STB=0.550225;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0130394;OID=.;OPOS=141014494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:32:33:0.464789:17:15:22:16:17:16:22:16 chr5 141016288 . T G 267.56 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=0.015507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.658;QD=13.7208;RBI=0.0171388;REFB=-0.0158589;REVB=-0.00729876;RO=47;SAF=9;SAR=22;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00963061;STB=0.505491;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0198273;OID=.;OPOS=141016288;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:22:9:14:33:22:9:14:33 chr5 141019110 . C A 93.18 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0613254;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7095;QD=9.80855;RBI=0.0772245;REFB=-0.0279305;REVB=-0.0469342;RO=26;SAF=9;SAR=3;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30396;STB=0.685387;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0676391;OID=.;OPOS=141019110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:39:38:26:26:12:12:0.315789:3:9:13:13:3:9:13:13 chr5 141019569 . G C 67.52 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0311834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.874;QD=12.8605;RBI=0.0358723;REFB=-0.0106388;REVB=-0.0177317;RO=12;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347481;STB=0.713701;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0441812;OID=.;OPOS=141019569;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:21:21:12:12:9:9:0.428571:8:1:4:8:8:1:4:8 chr5 141019830 . C G 346.26 PASS AF=0.674419;AO=29;DP=43;FAO=29;FDP=43;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0083822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.946;QD=32.2102;RBI=0.0140389;REFB=-0.00309427;REVB=0.0112619;RO=14;SAF=10;SAR=19;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888012;STB=0.548414;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00356488;OID=.;OPOS=141019830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:14:14:29:29:0.674419:19:10:3:11:19:10:3:11 chr5 141029072 . G A 116.03 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0333797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5028;QD=14.0641;RBI=0.0482756;REFB=-0.0127528;REVB=0.0348759;RO=19;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150708;STB=0.588103;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0219715;OID=.;OPOS=141029072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:10:4:8:11:10:4:8:11 chr5 141036337 . A G 79.27 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0184712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0232;QD=15.0984;RBI=0.0348573;REFB=-0.0359977;REVB=-0.029561;RO=9;SAF=8;SAR=2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.415892;STB=0.749464;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0603413;OID=.;OPOS=141036337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:9:11:10:10:0.47619:2:8:3:6:2:8:4:7 chr5 141059158 . C G 249.27 PASS AF=0.489362;AO=15;DP=46;FAO=23;FDP=47;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=20;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0167447;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.293;QD=21.2144;RBI=0.0329911;REFB=-0.0264187;REVB=0.0284258;RO=7;SAF=9;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016877;STB=0.56003;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0389899;OID=.;OPOS=141059158;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:7:20:15:23:0.489362:6:9:4:3:12:11:7:13 chr5 141059868 . T C 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0466808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0706;QD=14.9783;RBI=0.0734227;REFB=-0.0173951;REVB=0.0566727;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406606;STB=0.523762;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0349477;OID=.;OPOS=141059868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:5:5:6:5:5:5:6:5 chr5 141243044 . CG C 30.37 PASS AF=0.363636;AO=5;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0983399;FXX=0.0434594;HRUN=4;LEN=1;MLLD=10.8876;QD=5.521;RBI=0.139231;REFB=-0.0307402;REVB=-0.098562;RO=12;SAF=1;SAR=4;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.614907;STB=0.839307;STBP=0.033;TYPE=del;VARB=0.0708605;OID=.;OPOS=141243045;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:5:22:8:22:14:2:6:12:2:30:12:1:4:10:2 chr5 141243646 . A G 764.44 PASS AF=0.536765;AO=72;DP=135;FAO=73;FDP=136;FR=.;FRO=63;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-0.0263688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.587;QD=22.4836;RBI=0.0266694;REFB=-0.0152361;REVB=-0.00399256;RO=62;SAF=30;SAR=42;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165326;STB=0.58249;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0160859;OID=.;OPOS=141243646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:62:63:72:73:0.536765:42:30:38:24:42:31:38:25 chr5 141324954 . AC ACCTGCTGCTG,TG 259.17 PASS AF=0.74026,0.0649351;AO=23,5;DP=78;FAO=57,5;FDP=77;FR=.;FRO=15;FSAF=47,5;FSAR=10,0;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.00594951,-0.0209443;FXX=0.0253133;HRUN=2,1;LEN=9,2;MLLD=84.9818,170.293;QD=13.4635;RBI=0.00958608,0.0353613;REFB=-0.0824951,-0.00239275;REVB=-0.00751641,-0.0284914;RO=37;SAF=14,5;SAR=9,0;SRF=37;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.521126,0;STB=0.515459,0.996384;STBP=0.735,0.295;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0205464,0.0394335;OID=.,.;OPOS=141324956,141324954;OREF=-,AC;OALT=CTGCTGCTG,TG;OMAPALT=ACCTGCTGCTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:37:15:23,5:57,5:0.74026,0.0649351:9,0:14,5:37:0:10,0:47,5:13:2 chr5 141325249 . T C 1677.39 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.572;QD=60.4464;RBI=0.0337143;REFB=0;REVB=0.0276074;RO=0;SAF=47;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.79708e-06;OID=.;OPOS=141325249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:64:47:0:0:64:47:0:0 chr5 141334921 . C T 59.39 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0850327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6795;QD=15.8371;RBI=0.0905677;REFB=-0.00750266;REVB=0.0311762;RO=7;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226064;STB=0.635965;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0155947;OID=.;OPOS=141334921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:1:7:5:2:1:7:5:2 chr5 141335241 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00210909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.853;QD=55.6557;RBI=0.00495958;REFB=0;REVB=-0.00448878;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.75843e-05;OID=.;OPOS=141335241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr5 141335284 . G A 463.11 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0105485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6039;QD=52.9269;RBI=0.128444;REFB=-0.060658;REVB=0.128011;RO=2;SAF=21;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424416;STB=0.522714;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00719925;OID=.;OPOS=141335284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:12:21:2:0:12:21:2:0 chr5 141336264 . G T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.206;QD=60.2306;RBI=0.0376864;REFB=0;REVB=0.00528832;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46361e-05;OID=.;OPOS=141336264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr5 141337126 . C T 727.13 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8923;QD=63.2285;RBI=0.116747;REFB=0;REVB=0.04161;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143981;OID=.;OPOS=141337126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:44:46:1:21:23:0:0:21:25:0:0 chr5 141337225 . A G 329.55 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0347;QD=52.7277;RBI=0.131059;REFB=0;REVB=0.056935;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00211956;OID=.;OPOS=141337225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:25:0:0:19:25:1:8:11:0:0:11:14:0:0 chr5 141391532 . G A 427.94 PASS AF=0.429825;AO=49;DP=114;FAO=49;FDP=114;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.00660574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3977;QD=15.0156;RBI=0.0183288;REFB=0.0020282;REVB=0.0170971;RO=65;SAF=22;SAR=27;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754083;STB=0.542307;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.00271524;OID=.;OPOS=141391532;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:65:65:49:49:0.429825:27:22:34:31:27:22:34:31 chr5 141531735 . C T 475.58 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0231909;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.376;QD=55.9509;RBI=0.0344212;REFB=-0.00801237;REVB=0.0254362;RO=1;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176365;STB=0.509428;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=8.70201e-05;OID=.;OPOS=141531735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:26:7:0:1:26:7:0:1 chr5 141692504 . CTGGGGC CTGGGAC,CTGGGC,CTGGGCT,GCTGGGC 34.45 PASS AF=0.0384615,0.269231,0.0769231,0;AO=2,3,2,3;DP=28;FAO=1,7,2,0;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=1,2,2,0;FSAR=0,5,0,0;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0290571,0.0111736,0.0734536,0.0302786;FXX=0.0370233;HRUN=4,4,4,1;LEN=1,1,2,3;MLLD=85.1963,15.6361,25.1887,26.9744;QD=5.30008;RBI=0.0322437,0.0359872,0.0860001,0.034155;REFB=-0.0187764,-0.107588,-0.0644425,-0.0702182;REVB=-0.0139764,-0.0342086,0.044728,0.0158041;RO=16;SAF=2,1,2,0;SAR=0,2,0,3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.560396,-0.119082,0.560396,-0.594791;STB=0.99073,0.616089,0.995033,0.5;STBP=0.269,0.454,0.18,1;TYPE=snp,del,mnp,mnp;VARB=0.119963,0.183287,0.131112,0;OID=.,.,.,.;OPOS=141692509,141692506,141692509,141692504;OREF=G,G,GC,CTG;OALT=A,-,CT,GCT;OMAPALT=CTGGGAC,CTGGGC,CTGGGCT,GCTGGGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:19:28:26:16:16:2,3,2,3:1,7,2,0:0.0384615,0.269231,0.0769231,0:0,2,0,3:2,1,2,0:7:9:0,5,0,0:1,2,2,0:7:9 chr5 141973349 . C G 251.34 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00705359;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2091;QD=17.0399;RBI=0.00946114;REFB=-0.0150651;REVB=0.00630555;RO=31;SAF=6;SAR=22;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171755;STB=0.597369;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0190667;OID=.;OPOS=141973349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:22:6:11:20:22:6:11:20 chr5 141973501 . T C 312.18 PASS AF=0.627907;AO=26;DP=42;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0166757;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.735;QD=29.04;RBI=0.0259917;REFB=-0.00605699;REVB=0.0199371;RO=16;SAF=12;SAR=14;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604464;STB=0.526296;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00228761;OID=.;OPOS=141973501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:16:16:26:27:0.627907:14:12:6:10:15:12:6:10 chr5 141974653 . T G 421.76 PASS AF=0.462366;AO=41;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.00957443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.436;QD=18.1404;RBI=0.0173889;REFB=0.00376389;REVB=-0.0145157;RO=50;SAF=20;SAR=21;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667028;STB=0.549154;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.003837;OID=.;OPOS=141974653;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:50:41:43:0.462366:21:20:21:29:21:22:21:29 chr5 142254679 . A G 758.61 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00198403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.174;QD=63.2171;RBI=0.00199555;REFB=0;REVB=0.000214085;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62155e-05;OID=.;OPOS=142254679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:25:22:0:0:26:22:0:0 chr5 142421415 . T G 212.13 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.00994955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.131;QD=20.2028;RBI=0.0109514;REFB=-0.000615289;REVB=-0.00457609;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1535;STB=0.596243;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00082912;OID=.;OPOS=142421415;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:21:20:21:0.5:11:9:6:15:11:10:6:15 chr5 142593652 . C T 651.2 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.816;QD=62.0189;RBI=0.0177485;REFB=0;REVB=-0.00325276;RO=0;SAF=33;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27702e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65647e-05;OID=.;OPOS=142593652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:9:33:0:0:9:33:0:0 chr5 142602991 . A G 152.78 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0220241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.079;QD=13.5805;RBI=0.0295287;REFB=-0.0158913;REVB=-0.0196694;RO=28;SAF=12;SAR=5;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158385;STB=0.592909;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0183141;OID=.;OPOS=142602991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:5:12:16:12:5:12:16:12 chr5 142661538 . G A 389.56 PASS AF=0.427184;AO=44;DP=103;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.000115524;FXX=0.00961446;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.275;QD=15.1285;RBI=0.00395109;REFB=-0.0142894;REVB=0.0039494;RO=58;SAF=26;SAR=18;SRF=24;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178673;STB=0.595551;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0167103;OID=.;OPOS=142661538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:58:59:44:44:0.427184:18:26:24:34:18:26:25:34 chr5 142693676 . T C 824.7 PASS AF=0.675926;AO=71;DP=107;FAO=73;FDP=108;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=50;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.00840434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.667;QD=30.5444;RBI=0.0217994;REFB=-0.0302608;REVB=0.0201142;RO=35;SAF=22;SAR=49;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627148;STB=0.531143;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0226215;OID=.;OPOS=142693676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:35:35:71:73:0.675926:49:22:14:21:50:23:14:21 chr5 142779508 . T C 250.91 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.000353294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4679;QD=19.6789;RBI=0.0254424;REFB=-0.0244538;REVB=0.0254399;RO=25;SAF=8;SAR=18;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524178;STB=0.529389;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0199451;OID=.;OPOS=142779508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:18:8:9:16:18:8:9:16 chr5 143059433 . T C 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.061239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0737;QD=17.5423;RBI=0.0659236;REFB=-0.0108464;REVB=-0.0244073;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197718;STB=0.612621;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0121646;OID=.;OPOS=143059433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:7:8:5:11:7:8:5:11 chr5 143200053 . C T 400.21 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0342603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.601;QD=53.3615;RBI=0.0575227;REFB=0.0468732;REVB=-0.0462071;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515141;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.00140208;OID=.;OPOS=143200053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:13:16:0:0:13:16:1:0 chr5 145246085 . T G 559.05 PASS AF=0.410959;AO=59;DP=146;FAO=60;FDP=146;FR=.;FRO=86;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=50;FWDB=-0.00125955;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.759;QD=15.3165;RBI=0.00618269;REFB=0.00265695;REVB=-0.00605303;RO=85;SAF=34;SAR=25;SRF=36;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159729;STB=0.596559;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.003389;OID=.;OPOS=145246085;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:85:86:59:60:0.410959:25:34:36:49:25:35:36:50 chr5 145393364 . C T 156.21 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00266494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.346;QD=15.6212;RBI=0.040741;REFB=-0.00230561;REVB=0.0406538;RO=23;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941369;STB=0.554189;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00188924;OID=.;OPOS=145393364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:8:9:10:13:8:9:10:13 chr5 145439647 . T C 786.86 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00544851;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.636;QD=64.2335;RBI=0.0057366;REFB=0;REVB=0.00179509;RO=1;SAF=10;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447409;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.91318e-06;OID=.;OPOS=145439647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:1:0:49:49:1:39:10:1:0:39:10:0:0 chr5 145442203 . G C 295.74 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0517771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.536;QD=20.3956;RBI=0.0529507;REFB=0.0084506;REVB=-0.0110862;RO=27;SAF=14;SAR=17;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871137;STB=0.548356;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.00716872;OID=.;OPOS=145442203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:17:14:15:12:17:14:15:12 chr5 145477855 . T C 571.09 PASS AF=0.611765;AO=48;DP=81;FAO=52;FDP=85;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0108465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.128;QD=26.8749;RBI=0.0153287;REFB=-0.0274448;REVB=0.0108316;RO=33;SAF=18;SAR=30;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058207;STB=0.526462;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0197601;OID=.;OPOS=145477855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:85:33:33:48:52:0.611765:30:18:10:23:33:19:10:23 chr5 145483844 . A T 231.05 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00476984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0772;QD=16.5035;RBI=0.00487144;REFB=-0.0138954;REVB=0.000989723;RO=29;SAF=18;SAR=8;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144084;STB=0.59274;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.042171;OID=.;OPOS=145483844;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:30:26:26:0.464286:8:18:16:13:8:18:16:14 chr5 145499996 . C T 569.03 PASS AF=0.542857;AO=58;DP=105;FAO=57;FDP=105;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=-0.0490416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4306;QD=21.6774;RBI=0.0753514;REFB=-0.00920728;REVB=-0.0572081;RO=47;SAF=26;SAR=32;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721356;STB=0.547352;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00755156;OID=.;OPOS=145499996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:47:48:58:57:0.542857:32:26:17:30:31:26:17:31 chr5 145508340 . A G 563.65 PASS AF=0.553191;AO=51;DP=92;FAO=52;FDP=94;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0175228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.503;QD=23.9853;RBI=0.0208131;REFB=-0.00684403;REVB=0.0112311;RO=41;SAF=18;SAR=33;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327729;STB=0.507466;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00558851;OID=.;OPOS=145508340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:41:42:51:52:0.553191:33:18:16:25:33:19:16:26 chr5 145508636 . TA CC 183.4 PASS AF=0.4;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.03593;FXX=0.0350816;HRUN=2;LEN=2;MLLD=128.153;QD=13.3379;RBI=0.0362311;REFB=-0.00494313;REVB=-0.00466125;RO=33;SAF=12;SAR=10;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0102784;OID=.;OPOS=145508636;OREF=TA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:33:33:22:22:0.4:10:12:18:15:10:12:18:15 chr5 145519821 . G A 110.76 PASS AF=0.388889;AO=13;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=20;FWDB=0.0784247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.189;QD=12.3065;RBI=0.0788967;REFB=-0.00591386;REVB=-0.00861685;RO=22;SAF=3;SAR=10;SRF=2;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249421;STB=0.628228;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0157539;OID=.;OPOS=145519821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:13:14:0.388889:10:3:2:20:11:3:2:20 chr5 145523105 . G A 289.62 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0479266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6636;QD=25.744;RBI=0.0480267;REFB=0.00465831;REVB=-0.00309939;RO=19;SAF=9;SAR=17;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185948;STB=0.510311;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.0052676;OID=.;OPOS=145523105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:17:9:7:12:17:9:7:12 chr5 145539996 . T G 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0413282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8715;QD=25.3616;RBI=0.0534608;REFB=0.0176477;REVB=-0.0339122;RO=8;SAF=9;SAR=6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215614;STB=0.62053;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.0054605;OID=.;OPOS=145539996;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:8:8:15:15:0.652174:6:9:2:6:6:9:2:6 chr5 145543972 . G A 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00313466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.382;QD=17.9568;RBI=0.0450568;REFB=0.000694243;REVB=-0.0449476;RO=17;SAF=12;SAR=4;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41661;STB=0.738159;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.000413066;OID=.;OPOS=145543972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:4:12:5:12:4:12:5:12 chr5 145890028 . A G 824.2 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110833;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.948;QD=57.8384;RBI=0.022339;REFB=0;REVB=0.0193956;RO=1;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129222;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109026;OID=.;OPOS=145890028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:1:0:57:57:1:36:21:0:1:36:21:0:0 chr5 145894896 . G C 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0361999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.595;QD=14.1389;RBI=0.0516461;REFB=-0.0346705;REVB=-0.0368358;RO=20;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822685;STB=0.547759;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0477056;OID=.;OPOS=145894896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:6:8:13:7:6:8:13:7 chr5 145895246 . G A 221.5 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.049457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9509;QD=18.4582;RBI=0.0534398;REFB=-0.0213742;REVB=0.0202438;RO=26;SAF=13;SAR=9;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299923;STB=0.668972;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0456084;OID=.;OPOS=145895246;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:9:13:7:19:9:13:7:19 chr5 145935658 . G A 1590.76 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00658712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.878;QD=63.6304;RBI=0.0126645;REFB=0;REVB=0.0108166;RO=0;SAF=40;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78796e-05;OID=.;OPOS=145935658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:100:0:0:97:100:1:57:40:0:0:58:42:0:0 chr5 146092291 . C G 759.49 PASS AF=0.753086;AO=61;DP=82;FAO=61;FDP=81;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=48;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00112212;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.448;QD=37.5055;RBI=0.00216433;REFB=-0.0129232;REVB=-0.00185072;RO=20;SAF=13;SAR=48;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118276;STB=0.563736;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00339448;OID=.;OPOS=146092291;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:20:20:61:61:0.753086:48:13:8:12:48:13:8:12 chr5 146435307 . C T 101.62 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=26;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0108852;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.569;QD=15.0546;RBI=0.0108974;REFB=-0.0226299;REVB=-0.000515249;RO=15;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231583;STB=0.601059;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0257;OID=.;OPOS=146435307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:15:15:11:12:0.444444:4:7:6:9:5:7:6:9 chr5 147012303 . T C 227.83 PASS AF=0.341176;AO=28;DP=85;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0710787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1206;QD=10.7216;RBI=0.0711361;REFB=0.0155151;REVB=-0.00285759;RO=56;SAF=14;SAR=14;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10237;STB=0.547645;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.0293768;OID=.;OPOS=147012303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:56:56:28:29:0.341176:14:14:23:33:15:14:23:33 chr5 147286054 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00778147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.742;QD=56.9565;RBI=0.0152506;REFB=0;REVB=0.013116;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.02874e-05;OID=.;OPOS=147286054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:34:18:0:0:34:18:0:0 chr5 147468614 . A G 810.56 PASS AF=0.884058;AO=61;DP=69;FAO=61;FDP=69;FR=.;FRO=8;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0142745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4347;QD=46.9891;RBI=0.0164696;REFB=-0.0299661;REVB=-0.00821497;RO=7;SAF=29;SAR=32;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368781;STB=0.51168;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0346173;OID=.;OPOS=147468614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:69:69:7:8:61:61:0.884058:32:29:2:5:32:29:3:5 chr5 147475386 . A G 702.46 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00176286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8974;QD=61.0835;RBI=0.0625847;REFB=0.0272346;REVB=0.0625599;RO=1;SAF=31;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323812;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130554;OID=.;OPOS=147475386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:46:46:1:0:45:46:1:14:31:0:1:15:31:0:0 chr5 147477551 . C T 1231.27 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111757;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.918;QD=61.5637;RBI=0.011268;REFB=0;REVB=-0.00143908;RO=0;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.2782e-05;OID=.;OPOS=147477551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:36:44:0:0:36:44:0:0 chr5 147480027 . G A 510.43 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00489401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.171;QD=58.3348;RBI=0.0372343;REFB=0;REVB=0.0369113;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201158;OID=.;OPOS=147480027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:14:20:0:0:15:20:0:0 chr5 147480112 . T C 726.76 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000511729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.633;QD=57.0007;RBI=0.0240509;REFB=0;REVB=0.0240454;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23661e-05;OID=.;OPOS=147480112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:29:21:0:0:30:21:0:0 chr5 147480955 . A G 423.89 PASS AF=1;AO=25;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.3323;QD=56.5189;RBI=0.0665239;REFB=0;REVB=0.0592381;RO=1;SAF=12;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370998;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0372824;OID=.;OPOS=147480955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:1:0:25:30:1:13:12:1:0:13:17:0:0 chr5 147481430 . A G 1685.87 PASS AF=0.991597;AO=105;DP=106;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00511303;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.0949;QD=56.6679;RBI=0.122326;REFB=-0.0953029;REVB=0.122219;RO=1;SAF=35;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133646;STB=0.506848;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00306211;OID=.;OPOS=147481430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:106:119:1:1:105:118:0.991597:70:35:1:0:82:36:1:0 chr5 147486677 . C A 1276.38 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037506;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4338;QD=60.0648;RBI=0.0377212;REFB=0;REVB=-0.00402306;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000998578;OID=.;OPOS=147486677;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:85:0:0:79:85:1:46:33:0:0:52:33:0:0 chr5 147488367 . C T 414.7 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235155;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1001;QD=57.2002;RBI=0.0453028;REFB=0;REVB=0.0387216;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332202;OID=.;OPOS=147488367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:21:8:0:0:21:8:0:0 chr5 147498019 . G A 1352.62 PASS AF=0.967391;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00392227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.34;QD=58.8097;RBI=0.00814493;REFB=-0.0254383;REVB=-0.00713833;RO=2;SAF=54;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172283;STB=0.51351;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.000111694;OID=.;OPOS=147498019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:92:92:2:3:89:89:0.967391:35:54:2:0:35:54:3:0 chr5 147499616 . C T 738.71 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0183527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.832;QD=62.8688;RBI=0.0233463;REFB=0;REVB=0.01443;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387506;OID=.;OPOS=147499616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:27:19:0:0:28:19:0:0 chr5 147499670 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.255;QD=62.6711;RBI=0.0265605;REFB=0;REVB=-0.0202714;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132067;OID=.;OPOS=147499670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr5 147505116 . G A 727.69 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00648812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.972;QD=63.2775;RBI=0.0218269;REFB=0;REVB=0.0208403;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134154;OID=.;OPOS=147505116;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr5 147510866 . T C 1643.67 PASS AF=0.990991;AO=110;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00275813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.285;QD=59.2315;RBI=0.0682607;REFB=-0.127752;REVB=0.0682049;RO=1;SAF=68;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0069308;STB=0.503649;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000313045;OID=.;OPOS=147510866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:110:110:0.990991:42:68:1:0:42:68:1:0 chr5 147593497 . C A 1671.38 PASS AF=0.982456;AO=112;DP=116;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0118334;FXX=0.0172399;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.64;QD=58.6448;RBI=0.0130818;REFB=-0.105606;REVB=-0.00557707;RO=2;SAF=49;SAR=63;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00211403;STB=0.501113;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.000218519;OID=.;OPOS=147593497;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:114:2:2:112:112:0.982456:63:49:1:1:63:49:1:1 chr5 147692967 . G T 233.43 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0471905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.555;QD=15.0601;RBI=0.0488142;REFB=0.00795941;REVB=-0.0124851;RO=35;SAF=9;SAR=18;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021528;STB=0.512186;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=-0.00867095;OID=.;OPOS=147692967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:18:9:11:24:18:9:11:24 chr5 147778631 . A G 735.08 PASS AF=0.414508;AO=79;DP=193;FAO=80;FDP=193;FR=.;FRO=113;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=58;FSRR=55;FWDB=0.0115649;FXX=0.00515437;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.2908;QD=15.2347;RBI=0.0337473;REFB=-0.0176917;REVB=-0.0317038;RO=112;SAF=38;SAR=41;SRF=57;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292298;STB=0.52241;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0422026;OID=.;OPOS=147778631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:112:113:79:80:0.414508:41:38:57:55:42:38:58:55 chr5 147822069 . A T 269.72 PASS AF=0.407895;AO=30;DP=75;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=-0.0156581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.064;QD=14.1959;RBI=0.027639;REFB=-0.0141291;REVB=-0.0227758;RO=44;SAF=16;SAR=14;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176172;STB=0.599937;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0185183;OID=.;OPOS=147822069;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:44:45:30:31:0.407895:14:16:16:28:14:17:17:28 chr5 147856333 . G A 119.19 PASS AF=0.35;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.00341262;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.79;QD=11.919;RBI=0.00608068;REFB=-0.00665076;REVB=0.00503276;RO=25;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770945;STB=0.555478;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0136901;OID=.;OPOS=147856333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:25:26:14:14:0.35:8:6:9:16:8:6:9:17 chr5 148206440 . G A 63.36 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0141225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.06;QD=8.73894;RBI=0.0257531;REFB=-0.00905234;REVB=0.0215355;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864553;STB=0.566785;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0101857;OID=.;OPOS=148206440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:29:19:20:9:9:0.310345:4:5:12:7:4:5:13:7 chr5 148206473 . G C 397.32 PASS AF=0.882353;AO=30;DP=34;FAO=30;FDP=34;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.023896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.532;QD=46.7435;RBI=0.0719364;REFB=-0.048329;REVB=0.0678515;RO=4;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142573;STB=0.576871;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00167205;OID=.;OPOS=148206473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:34:34:4:4:30:30:0.882353:11:19:0:4:11:19:0:4 chr5 148206646 . G A 364.34 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.036754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.803;QD=16.1927;RBI=0.0413403;REFB=-0.0172515;REVB=0.0189253;RO=49;SAF=17;SAR=22;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280829;STB=0.513946;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0210689;OID=.;OPOS=148206646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:49:51:39:39:0.433333:22:17:20:29:22:17:21:30 chr5 148206917 . C A 277.59 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00148844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.675;QD=20.5618;RBI=0.0191771;REFB=-0.00761022;REVB=0.0191192;RO=24;SAF=19;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063299;STB=0.547292;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00581468;OID=.;OPOS=148206917;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:25:29:29:0.537037:10:19:14:10:10:19:14:11 chr5 148207447 . G C 567.8 PASS AF=0.508772;AO=58;DP=116;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=15;FSAR=43;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=0.00940545;FXX=0.0172399;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.408;QD=19.9227;RBI=0.00940841;REFB=-0.0106506;REVB=0.000235922;RO=52;SAF=15;SAR=43;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053298;STB=0.549193;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0109732;OID=.;OPOS=148207447;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:114:52:56:58:58:0.508772:43:15:16:36:43:15:19:37 chr5 148207633 . G A 137.93 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=-0.0132553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.371;QD=19.0244;RBI=0.0240651;REFB=-0.00630232;REVB=0.0200855;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389529;STB=0.717246;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0149183;OID=.;OPOS=148207633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:13:1:8:7:13:1 chr5 148407708 . A C 393.06 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.4006;QD=56.1514;RBI=0.0253252;REFB=0;REVB=0.0172167;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.86936e-05;OID=.;OPOS=148407708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr5 148610276 . C A 978.64 PASS AF=0.552326;AO=90;DP=167;FAO=95;FDP=172;FR=.;FRO=77;FSAF=31;FSAR=64;FSRF=20;FSRR=57;FWDB=0.0115392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.234;QD=22.759;RBI=0.0131525;REFB=-0.0309633;REVB=0.00631152;RO=74;SAF=30;SAR=60;SRF=20;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600429;STB=0.534704;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0246365;OID=.;OPOS=148610276;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:172:74:77:90:95:0.552326:60:30:20:54:64:31:20:57 chr5 148622038 . C A 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0318877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.899;QD=12.3945;RBI=0.0416568;REFB=-0.00166416;REVB=0.0268041;RO=24;SAF=3;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417122;STB=0.747627;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00453336;OID=.;OPOS=148622038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:11:3:14:10:11:3:14:10 chr5 148627252 . G A 238.29 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00608821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.519;QD=16.1551;RBI=0.00664554;REFB=-4.67617e-05;REVB=-0.00266399;RO=32;SAF=8;SAR=19;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119162;STB=0.567516;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-1.92691e-05;OID=.;OPOS=148627252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:27:27:0.457627:19:8:13:19:19:8:13:19 chr5 148720087 . T G 288.0 PASS AF=0.470588;AO=29;DP=65;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0461801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.702;QD=16.9413;RBI=0.0473397;REFB=-0.0192904;REVB=-0.0104135;RO=35;SAF=9;SAR=20;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126132;STB=0.523241;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0239654;OID=.;OPOS=148720087;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:35:36:29:32:0.470588:20:9:15:20:20:12:15:21 chr5 148989121 . TC T,TT 548.32 PASS AF=0.0540541,0.945946;AO=9,28;DP=37;FAO=2,35;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=1,15;FSAR=1,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0701475,0.0705642;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=227.439,239.105;QD=59.278;RBI=0.0766724,0.0764904;REFB=0,0;REVB=0.0309515,0.0295209;RO=0;SAF=3,13;SAR=6,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0197517,0.00449634;OID=.,.;OPOS=148989122,148989122;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0540541,0.945946:9,28:37:2,35:37:0:1,15:1,20:0:0:7:0:3,13:6,15:0:0 chr5 148996328 . G A 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137432;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.373;QD=51.9145;RBI=0.0307177;REFB=0;REVB=-0.0274718;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.61986e-05;OID=.;OPOS=148996328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr5 148998582 . G A 519.18 PASS AF=0.592593;AO=48;DP=81;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0230865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.944;QD=25.6385;RBI=0.0247699;REFB=-0.00655436;REVB=-0.0089757;RO=33;SAF=15;SAR=33;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163372;STB=0.589576;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0022734;OID=.;OPOS=148998582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:33:33:48:48:0.592593:33:15:17:16:33:15:17:16 chr5 149001551 . A C 526.89 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.485;QD=58.5429;RBI=0.0478716;REFB=0;REVB=-0.00597772;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155578;OID=.;OPOS=149001551;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:36:0:0:34:36:1:19:15:0:0:19:17:0:0 chr5 149008403 . A G 1176.32 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0155556;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.473;QD=59.5606;RBI=0.0234082;REFB=-0.00375134;REVB=0.0174918;RO=1;SAF=39;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119811;STB=0.506328;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=7.91868e-06;OID=.;OPOS=149008403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:77:78:0.987342:38:39:1:0:39:39:1:0 chr5 149008484 . G A 1106.75 PASS AF=0.95;AO=76;DP=80;FAO=76;FDP=80;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0280897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.649;QD=55.3377;RBI=0.0287513;REFB=-0.0426809;REVB=-0.00613228;RO=4;SAF=36;SAR=40;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261384;STB=0.51383;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000667925;OID=.;OPOS=149008484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:80:80:4:4:76:76:0.95:40:36:3:1:40:36:3:1 chr5 149008521 . A G 732.65 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.016348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.234;QD=52.3318;RBI=0.0165224;REFB=0.015422;REVB=0.00239404;RO=2;SAF=17;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522466;STB=0.527767;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.000171449;OID=.;OPOS=149008521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:53:54:0.964286:36:17:2:0:37:17:2:0 chr5 149101810 . T C 478.83 PASS AF=0.391304;AO=54;DP=139;FAO=54;FDP=138;FR=.;FRO=84;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=50;FSRR=34;FWDB=-0.0357174;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.199;QD=13.879;RBI=0.0358319;REFB=-0.014376;REVB=0.00286251;RO=84;SAF=23;SAR=31;SRF=50;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180899;STB=0.602145;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0159201;OID=.;OPOS=149101810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:84:84:54:54:0.391304:31:23:50:34:31:23:50:34 chr5 149151710 . T G 121.93 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0172554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8582;QD=9.20231;RBI=0.0508163;REFB=-0.00806778;REVB=-0.0477969;RO=37;SAF=11;SAR=5;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353457;STB=0.711059;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0298233;OID=.;OPOS=149151710;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:5:11:14:23:5:11:14:23 chr5 149212430 . G A 209.37 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00586973;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.095;QD=13.7289;RBI=0.0101492;REFB=-0.0196126;REVB=-0.00827959;RO=33;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654089;STB=0.544467;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0289634;OID=.;OPOS=149212430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:33:36:25:25:0.409836:12:13:15:18:12:13:16:20 chr5 149216256 . C T 179.03 PASS AF=0.708333;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0568988;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7138;QD=29.8381;RBI=0.0721192;REFB=-0.0846457;REVB=0.0443138;RO=7;SAF=5;SAR=12;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100709;STB=0.555494;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0412282;OID=.;OPOS=149216256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:25:24:7:7:17:17:0.708333:12:5:1:6:12:5:1:6 chr5 149216304 . C T 157.84 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0523345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.427;QD=25.2536;RBI=0.0718857;REFB=-0.0470529;REVB=0.0492815;RO=9;SAF=6;SAR=10;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288507;STB=0.516109;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0142351;OID=.;OPOS=149216304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:10:6:3:6:10:6:3:6 chr5 149360877 . T C 948.51 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191443;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7576;QD=57.4855;RBI=0.0243322;REFB=-0.124595;REVB=0.0150183;RO=1;SAF=14;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00917477;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00257636;OID=.;OPOS=149360877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:66:1:0:65:66:1:51:14:0:1:52:14:0:0 chr5 149374879 . CT C 647.7 PASS AF=1;AO=52;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00589447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.8033;QD=45.4528;RBI=0.0123029;REFB=0;REVB=-0.0107989;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.35222e-05;OID=.;OPOS=149374880;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:56:57:57:0:22:35:0:0:12:0:20:32:0:0 chr5 149374932 . T C 971.19 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.223;QD=58.8601;RBI=0.0488174;REFB=0;REVB=0.00469551;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39374e-05;OID=.;OPOS=149374932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:40:24:0:0:41:25:0:0 chr5 149406271 . C T 632.64 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.833;QD=61.7208;RBI=0.0313987;REFB=0;REVB=0.0255393;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.72358e-05;OID=.;OPOS=149406271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:24:16:0:0:25:16:0:0 chr5 149433398 . AGGG AGGCG,AGGC,AGG 93.35 PASS AF=0.214286,0.178571,0.178571;AO=4,2,5;DP=30;FAO=6,5,5;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=5,4,4;FSAR=1,1,1;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00458721,-0.00315764,0.0312202;FXX=0.0666445;HRUN=0,8,8;LEN=1,1,1;MLLD=220.161,218.988,4.90439;QD=13.3352;RBI=0.0402575,0.0439902,0.25267;REFB=-0.0268533,-0.0281487,-0.128347;REVB=-0.0399953,-0.0438767,-0.250734;RO=4;SAF=4,1,3;SAR=0,1,2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.719948,0,0.0744193;STB=0.587912,0.551506,0.551506;STBP=0.675,0.863,0.863;TYPE=ins,snp,del;VARB=0.0214473,0.0111325,0.157814;OID=.,.,.;OPOS=149433401,149433401,149433399;OREF=-,G,G;OALT=C,C,-;OMAPALT=AGGCG,AGGC,AGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.214286,0.178571,0.178571:4,2,5:30:6,5,5:28:12:5,4,4:1,1,1:9:3:29:4:4,1,3:0,1,2:2:2 chr5 149450132 . T C 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=-0.0606706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.061;QD=17.3209;RBI=0.0618757;REFB=-0.024955;REVB=0.0121523;RO=18;SAF=1;SAR=15;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157752;STB=0.591972;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0170114;OID=.;OPOS=149450132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:15:1:2:16:15:1:2:16 chr5 149493472 . C A,T 433.19 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=2,29;DP=32;FAO=2,30;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=2,19;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010299,0.0213067;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=71.2936,107.249;QD=54.1483;RBI=0.0528917,0.0614722;REFB=-0.038282,-0.0160872;REVB=0.0518793,0.0576615;RO=1;SAF=2,19;SAR=0,10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.697199,0.0443037;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.116647,-0.0106951;OID=.,.;OPOS=149493472,149493472;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:32:32:1:0:2,29:2,30:0.0625,0.9375:0,10:2,19:0:1:0,11:2,19:0:0 chr5 149495050 . T C 2424.96 PASS AF=0.987654;AO=160;DP=162;FAO=160;FDP=162;FR=.;FRO=2;FSAF=93;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00258298;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.292;QD=59.8755;RBI=0.0133812;REFB=-0.082781;REVB=0.0131295;RO=2;SAF=93;SAR=67;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00195963;STB=0.50103;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=1.73822e-05;OID=.;OPOS=149495050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:162:162:2:2:160:160:0.987654:67:93:1:1:67:93:1:1 chr5 149563715 . T C 575.47 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0748125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7696;QD=60.5755;RBI=0.103998;REFB=0;REVB=-0.0722403;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0025646;OID=.;OPOS=149563715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr5 149583300 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.4331;QD=47.8214;RBI=0.030114;REFB=0;REVB=4.78632e-05;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00127253;OID=.;OPOS=149583300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr5 149583336 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.236;QD=44.6892;RBI=0.0445536;REFB=0;REVB=0.0186532;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011317;OID=.;OPOS=149583336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr5 149585025 . A C 912.75 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00169462;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.252;QD=57.9521;RBI=0.0177438;REFB=0;REVB=0.0176627;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573843;OID=.;OPOS=149585025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:27:35:0:0:28:35:0:0 chr5 149597160 . A G 262.09 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=0.0110033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5704;QD=14.9766;RBI=0.0135357;REFB=0.0123937;REVB=-0.00788301;RO=40;SAF=22;SAR=8;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106793;STB=0.506049;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=-0.0138411;OID=.;OPOS=149597160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:8:22:29:11:8:22:29:11 chr5 149602280 . T C 210.34 PASS AF=0.438596;AO=24;DP=55;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00283587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.951;QD=14.7605;RBI=0.00411019;REFB=-0.0180796;REVB=0.00297514;RO=29;SAF=11;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0569455;STB=0.568573;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0222913;OID=.;OPOS=149602280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:29:32:24:25:0.438596:13:11:15:14:14:11:18:14 chr5 149602608 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00802483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.667;QD=53.277;RBI=0.0211861;REFB=0;REVB=0.0196074;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.29198e-05;OID=.;OPOS=149602608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr5 149644597 . T G 1614.1 PASS AF=0.990909;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00584597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.714;QD=58.6947;RBI=0.0127935;REFB=-0.00288974;REVB=0.0113797;RO=0;SAF=53;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000666838;OID=.;OPOS=149644597;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:110:0:1:108:109:0.990909:55:53:0:0:56:53:0:1 chr5 149677851 . A G 1181.82 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.683;QD=60.6061;RBI=0.0498097;REFB=0;REVB=0.0485352;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108212;OID=.;OPOS=149677851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:33:44:0:0:34:44:0:0 chr5 149754991 . C T 310.61 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00873691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.036;QD=23.4425;RBI=0.00878159;REFB=-0.0387503;REVB=0.000884774;RO=20;SAF=17;SAR=14;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140702;STB=0.594632;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0237205;OID=.;OPOS=149754991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:22:31:31:0.584906:14:17:7:13:14:17:7:15 chr5 149755421 . A G 260.51 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0321436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.18;QD=24.8108;RBI=0.0322063;REFB=-0.00330117;REVB=-0.00200867;RO=18;SAF=10;SAR=14;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207495;STB=0.61432;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00184886;OID=.;OPOS=149755421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:14:10:3:15:14:10:3:15 chr5 149755744 . G C 520.06 PASS AF=0.385321;AO=33;DP=109;FAO=42;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.00264513;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.567;QD=19.0848;RBI=0.00308498;REFB=-0.0108131;REVB=-0.00158757;RO=45;SAF=20;SAR=13;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299508;STB=0.529398;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0215085;OID=.;OPOS=149755744;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:45:53:33:42:0.385321:13:20:26:19:18:24:33:20 chr5 149759096 . T C 122.65 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00518144;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.121;QD=15.3316;RBI=0.0181802;REFB=-0.0151057;REVB=-0.0174262;RO=17;SAF=13;SAR=1;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.529428;STB=0.811913;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0164138;OID=.;OPOS=149759096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:17:18:14:14:0.4375:1:13:10:7:1:13:11:7 chr5 149763305 . A G 382.22 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.00191683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.344;QD=19.8556;RBI=0.0161019;REFB=-0.0216301;REVB=0.0159874;RO=38;SAF=18;SAR=21;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363291;STB=0.520151;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0186446;OID=.;OPOS=149763305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:38:39:39:0.506494:21:18:16:22:21:18:16:22 chr5 149825159 . G C 146.84 PASS AF=0.4;AO=12;DP=41;FAO=16;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0943736;FXX=0.0243843;HRUN=6;LEN=1;MLLD=52.115;QD=14.6835;RBI=0.0989033;REFB=-0.00786441;REVB=-0.0295888;RO=19;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0979377;STB=0.568876;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0065534;OID=.;OPOS=149825159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:19:24:12:16:0.4:4:8:11:8:5:11:14:10 chr5 149932822 . C T 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.126;QD=60.2046;RBI=0.0557323;REFB=0;REVB=0.0491939;RO=0;SAF=46;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.32315e-05;OID=.;OPOS=149932822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:27:46:0:0:27:46:0:0 chr5 149998128 . G A 146.98 PASS AF=0.592593;AO=15;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.00434693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.751;QD=21.7753;RBI=0.0357404;REFB=-0.0166383;REVB=0.035475;RO=11;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305574;STB=0.651405;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0148622;OID=.;OPOS=149998128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:27:27:11:11:15:16:0.592593:9:6:9:2:9:7:9:2 chr5 150031709 . G C 105.96 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00396366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6574;QD=11.7737;RBI=0.00842978;REFB=-0.0352887;REVB=0.00743979;RO=23;SAF=3;SAR=10;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.453864;STB=0.768816;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0785725;OID=.;OPOS=150031709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:10:3:15:8:10:3:15:8 chr5 150038672 . TC T 30.58 PASS AF=0.25641;AO=11;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0407215;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.6641;QD=3.13636;RBI=0.0721416;REFB=-0.0823758;REVB=-0.0595498;RO=26;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35272;STB=0.791075;STBP=0.043;TYPE=del;VARB=0.136319;OID=.;OPOS=150038673;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25641:11:39:10:39:29:8:2:12:17:30:26:8:3:11:15 chr5 150051958 . T C 1484.1 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313581;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.362;QD=59.3641;RBI=0.048364;REFB=0;REVB=0.0368204;RO=0;SAF=60;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46463e-05;OID=.;OPOS=150051958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:100:0:0:96:100:1:36:60:0:0:39:61:0:0 chr5 150097883 . G C 165.76 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.019735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9067;QD=22.1007;RBI=0.0225701;REFB=-0.0289921;REVB=0.0109517;RO=13;SAF=11;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0886073;STB=0.54994;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0166532;OID=.;OPOS=150097883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:6:11:7:6:6:11:7:6 chr5 150158164 . C G 184.83 PASS AF=0.377049;AO=22;DP=60;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0102219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.266;QD=12.1199;RBI=0.0120604;REFB=-0.00993123;REVB=0.00640052;RO=38;SAF=14;SAR=8;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955055;STB=0.536051;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0138302;OID=.;OPOS=150158164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:38:38:22:23:0.377049:8:14:21:17:9:14:21:17 chr5 150158199 . C T 157.5 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0686715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.3728;QD=11.25;RBI=0.0884998;REFB=-0.0276517;REVB=0.0558251;RO=36;SAF=8;SAR=12;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811725;STB=0.547397;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0536819;OID=.;OPOS=150158199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:12:8:17:19:12:8:17:19 chr5 150158226 . A C 136.89 PASS AF=0.340426;AO=15;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0655705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.508;QD=11.6498;RBI=0.0665709;REFB=-0.0279455;REVB=-0.0114978;RO=25;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0867922;STB=0.539722;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0580217;OID=.;OPOS=150158226;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:30:15:16:0.340426:9:6:12:13:10:6:13:17 chr5 150227966 . C A 123.13 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00106017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.941;QD=16.417;RBI=0.00444846;REFB=-0.0205161;REVB=-0.00432028;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137003;STB=0.579092;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0171563;OID=.;OPOS=150227966;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:5:9:8:8:5:9:8:8 chr5 150275787 . C T 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0277903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.373;QD=11.1041;RBI=0.0352995;REFB=-0.0154703;REVB=0.0217659;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757329;STB=0.565043;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0362375;OID=.;OPOS=150275787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:9:10:7:7:0.411765:2:5:7:2:2:5:8:2 chr5 150311773 . T C 364.72 PASS AF=0.470588;AO=36;DP=82;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.00264004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7558;QD=17.1634;RBI=0.0375805;REFB=-0.0118958;REVB=-0.0374876;RO=45;SAF=21;SAR=15;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862825;STB=0.523798;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.02516;OID=.;OPOS=150311773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:85:45:45:36:40:0.470588:15:21:30:15:15:25:30:15 chr5 150407456 . T C 2405.73 PASS AF=0.987578;AO=157;DP=161;FAO=159;FDP=161;FR=.;FRO=2;FSAF=93;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0200715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.831;QD=59.7697;RBI=0.0508941;REFB=-0.136253;REVB=0.046769;RO=2;SAF=92;SAR=65;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144113;STB=0.507462;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00039411;OID=.;OPOS=150407456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:161:161:2:2:157:159:0.987578:65:92:0:2:66:93:0:2 chr5 150409477 . T C 234.8 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00345238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.844;QD=18.7841;RBI=0.00466601;REFB=-0.0121657;REVB=0.00313891;RO=27;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679379;STB=0.538428;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0174404;OID=.;OPOS=150409477;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:12:11:11:16:12:11:11:16 chr5 150410219 . C A 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0609368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8151;QD=10.24;RBI=0.0611244;REFB=0.00330141;REVB=-0.00478573;RO=19;SAF=1;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.556241;STB=0.845346;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00329675;OID=.;OPOS=150410219;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:9:1:10:9:9:1:10:9 chr5 150562696 . CT C,CC 180.5 PASS AF=0.461538,0.0512821;AO=15,3;DP=37;FAO=18,2;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=13,2;FSAR=5,0;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0012402,0.0026952;FXX=0.0249938;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=176.204,177.117;QD=18.5129;RBI=0.00882004,0.0124412;REFB=-0.0307113,-0.0285668;REVB=0.00873241,0.0121457;RO=19;SAF=11,3;SAR=4,0;SRF=9;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.271683,0.609292;STB=0.639181,0.994802;STBP=0.112,0.173;TYPE=del,snp;VARB=0.040104,0.00330851;OID=.,.;OPOS=150562697,150562697;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.461538,0.0512821:15,3:37:18,2:39:19:13,2:5,0:9:10:99:19:11,3:4,0:9:10 chr5 150578574 . A G 157.7 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0105855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.52;QD=16.5998;RBI=0.0243427;REFB=-0.000290195;REVB=-0.0219206;RO=19;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051485;STB=0.503102;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.000445179;OID=.;OPOS=150578574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:21:17:17:0.447368:8:9:9:10:8:9:11:10 chr5 150639409 . A G 279.57 PASS AF=0.358696;AO=31;DP=90;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.00516048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.125;QD=12.1551;RBI=0.0219574;REFB=-0.00556301;REVB=-0.0213423;RO=59;SAF=13;SAR=18;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176603;STB=0.577557;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00956761;OID=.;OPOS=150639409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:59:59:31:33:0.358696:18:13:34:25:18:15:34:25 chr5 150639439 . A G 1193.1 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8105;QD=60.4102;RBI=0.0288759;REFB=0;REVB=-0.0203346;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000227759;OID=.;OPOS=150639439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:36:42:0:0:36:43:0:0 chr5 150647012 . A G 348.93 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0300997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.743;QD=22.8809;RBI=0.0309836;REFB=-0.0322107;REVB=-0.00734775;RO=26;SAF=19;SAR=16;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568636;STB=0.531292;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0223128;OID=.;OPOS=150647012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:16:19:16:10:16:19:16:10 chr5 150647156 . T C 200.05 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0274063;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.744;QD=20.0054;RBI=0.0432341;REFB=-0.00658237;REVB=-0.0334377;RO=20;SAF=6;SAR=14;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513105;STB=0.52904;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00555196;OID=.;OPOS=150647156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:14:6:7:13:14:6:7:13 chr5 150666933 . C A 424.44 PASS AF=0.395161;AO=48;DP=124;FAO=49;FDP=124;FR=.;FRO=75;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=51;FWDB=0.0363825;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6613;QD=13.6916;RBI=0.0450337;REFB=-0.00286425;REVB=0.0265395;RO=76;SAF=20;SAR=28;SRF=24;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115063;STB=0.556306;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00515897;OID=.;OPOS=150666933;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:76:75:48:49:0.395161:28:20:24:52:29:20:24:51 chr5 150667016 . T C 843.86 PASS AF=0.530201;AO=79;DP=150;FAO=79;FDP=149;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=60;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=0.00291399;FXX=0.00666622;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.278;QD=22.654;RBI=0.00800995;REFB=-0.0105819;REVB=-0.0074611;RO=70;SAF=19;SAR=60;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194787;STB=0.607409;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00832831;OID=.;OPOS=150667016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:70:70:79:79:0.530201:60:19:30:40:60:19:30:40 chr5 150695254 . T C 75.15 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0139966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5961;QD=12.5243;RBI=0.0788483;REFB=0.0120397;REVB=-0.0775961;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261385;STB=0.624765;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.0211859;OID=.;OPOS=150695254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:24:24:13:14:10:10:0.416667:5:5:10:3:5:5:10:4 chr5 150696447 . C T 712.52 PASS AF=0.915254;AO=54;DP=59;FAO=54;FDP=59;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0454835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1329;QD=48.3067;RBI=0.098472;REFB=-0.0171155;REVB=-0.0873384;RO=3;SAF=24;SAR=30;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222233;STB=0.530292;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00461983;OID=.;OPOS=150696447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:59:59:3:5:54:54:0.915254:30:24:2:1:30:24:4:1 chr5 150696498 . G A 372.15 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.00118488;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.562;QD=22.5548;RBI=0.0105393;REFB=-0.0108864;REVB=0.0104725;RO=29;SAF=15;SAR=22;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10988;STB=0.560351;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0109996;OID=.;OPOS=150696498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:29:29:37:37:0.560606:22:15:8:21:22:15:8:21 chr5 150696540 . C T 651.19 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0076566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.497;QD=62.0183;RBI=0.0253853;REFB=0;REVB=-0.0242031;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.51645e-05;OID=.;OPOS=150696540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr5 150723806 . G A 1598.33 PASS AF=0.973214;AO=108;DP=111;FAO=109;FDP=112;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=89;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00437646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0663;QD=57.0833;RBI=0.0101689;REFB=0.0124077;REVB=0.00917894;RO=3;SAF=21;SAR=87;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112791;STB=0.521018;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00187617;OID=.;OPOS=150723806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:111:112:3:3:108:109:0.973214:87:21:1:2:89:20:2:1 chr5 150886725 . G A 574.6 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2853;QD=60.4845;RBI=0.0671474;REFB=0;REVB=-0.0652848;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000754237;OID=.;OPOS=150886725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr5 150886882 . G A 1558.14 PASS AF=0.947368;AO=108;DP=116;FAO=108;FDP=114;FR=.;FRO=6;FSAF=46;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0121795;FXX=0.0172399;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.472;QD=54.6717;RBI=0.0159283;REFB=-0.177063;REVB=0.0102651;RO=2;SAF=46;SAR=62;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150643;STB=0.514007;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0014707;OID=.;OPOS=150886882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:116:114:2:6:108:108:0.947368:62:46:0:2:62:46:1:5 chr5 150887155 . C T 40.03 PASS AF=0.5;AO=2;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.279534;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.353;QD=13.3432;RBI=0.279995;REFB=-0.0406212;REVB=0.0160561;RO=5;SAF=0;SAR=2;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.544828;STB=0.736113;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0744543;OID=.;OPOS=150887155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:12:12:5:6:2:6:0.5:2:0:1:4:2:4:1:5 chr5 150891733 . A G 1306.89 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527023;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.872;QD=62.233;RBI=0.0527245;REFB=0;REVB=-0.00152715;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.66582e-05;OID=.;OPOS=150891733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:38:46:0:0:38:46:0:0 chr5 150901111 . A G 894.52 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.992;QD=57.7106;RBI=0.0237772;REFB=0;REVB=-0.00105036;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00068613;OID=.;OPOS=150901111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:30:31:0:0:30:32:0:0 chr5 150901261 . C T 246.48 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0512091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.794;QD=46.9491;RBI=0.0537605;REFB=-0.122328;REVB=-0.0163653;RO=1;SAF=9;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484648;STB=0.526289;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0171698;OID=.;OPOS=150901261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:11:9:1:0:11:9:1:0 chr5 150901300 . G A 259.07 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00291944;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.61;QD=51.813;RBI=0.0629106;REFB=0;REVB=0.0628428;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000750863;OID=.;OPOS=150901300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr5 150901613 . A G 335.93 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0641714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.466;QD=53.7481;RBI=0.0650632;REFB=0;REVB=0.0107357;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000676667;OID=.;OPOS=150901613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:10:14:0:0:11:14:0:0 chr5 150905485 . C T 1033.58 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.401;QD=59.0619;RBI=0.0377081;REFB=0;REVB=0.0350761;RO=0;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261939;OID=.;OPOS=150905485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:68:70:1:27:41:0:0:29:41:0:0 chr5 150914184 . A T 177.3 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0618477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8094;QD=12.2275;RBI=0.0725689;REFB=-0.0123775;REVB=-0.037962;RO=35;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00892891;STB=0.501693;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0225726;OID=.;OPOS=150914184;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:36:22:22:0.37931:14:8:13:22:14:8:13:23 chr5 150923405 . A G 773.25 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3546;QD=63.1224;RBI=0.0473494;REFB=0;REVB=-0.0447902;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53153e-06;OID=.;OPOS=150923405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:18:30:0:0:19:30:0:0 chr5 150925144 . A G 209.13 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0117294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.783;QD=22.014;RBI=0.0317264;REFB=-0.0155868;REVB=0.0294786;RO=17;SAF=16;SAR=5;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393613;STB=0.721264;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00617024;OID=.;OPOS=150925144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:5:16:5:12:5:16:5:12 chr5 150930186 . C T 283.03 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0180934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.425;QD=14.8962;RBI=0.0237852;REFB=-0.0137846;REVB=0.0154391;RO=44;SAF=18;SAR=14;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410276;STB=0.523241;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00905174;OID=.;OPOS=150930186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:14:18:23:21:14:18:23:21 chr5 150930345 . C T 517.49 PASS AF=0.474138;AO=55;DP=116;FAO=55;FDP=116;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.021141;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.026;QD=17.8445;RBI=0.0347167;REFB=-0.00705397;REVB=-0.0275374;RO=59;SAF=17;SAR=38;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183111;STB=0.603543;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0064733;OID=.;OPOS=150930345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:59:61:55:55:0.474138:38:17:29:30:38:17:30:31 chr5 150942919 . A G 629.6 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.343;QD=61.4245;RBI=0.0162603;REFB=0;REVB=-0.00808247;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.46437e-05;OID=.;OPOS=150942919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:13:27:0:0:14:27:0:0 chr5 150946966 . G A 512.79 PASS AF=0.475;AO=51;DP=114;FAO=57;FDP=120;FR=.;FRO=63;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.000685549;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.5562;QD=17.0931;RBI=0.0109031;REFB=-0.0219298;REVB=0.0108815;RO=63;SAF=26;SAR=25;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489184;STB=0.515413;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0122561;OID=.;OPOS=150946966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:120:63:63:51:57:0.475:25:26:29:34:30:27:28:35 chr5 151083909 . T C 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.011747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.711;QD=14.6538;RBI=0.0432357;REFB=-0.0137735;REVB=0.0416093;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00827711;OID=.;OPOS=151083909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:2:6:6:2:2:6:6:2 chr5 151084036 . T C 285.73 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0197696;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6058;QD=20.0514;RBI=0.0331756;REFB=-0.0312548;REVB=0.0266417;RO=27;SAF=13;SAR=17;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10425;STB=0.557992;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0239803;OID=.;OPOS=151084036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:57:27:27:30:30:0.526316:17:13:15:12:17:13:15:12 chr5 151167380 . A T 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.00975984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.696;QD=7.95466;RBI=0.0113272;REFB=-0.00954781;REVB=0.00574901;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277675;STB=0.677063;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0213405;OID=.;OPOS=151167380;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:18:19:8:8:0.296296:3:5:15:3:3:5:16:3 chr5 151248069 . G A 113.17 PASS AF=0.318182;AO=13;DP=43;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0492617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.557;QD=10.2879;RBI=0.0493115;REFB=0.00604138;REVB=0.00221509;RO=30;SAF=8;SAR=5;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134818;STB=0.599855;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.0160945;OID=.;OPOS=151248069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:30:30:13:14:0.318182:5:8:15:15:5:9:15:15 chr5 151255217 . C T 270.43 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.010941;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.973;QD=16.642;RBI=0.0481618;REFB=-0.00736484;REVB=-0.0469026;RO=34;SAF=15;SAR=15;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556409;STB=0.538436;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00886944;OID=.;OPOS=151255217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:34:35:30:30:0.461538:15:15:15:19:15:15:15:20 chr5 151771817 . C T 2136.58 PASS AF=1;AO=132;DP=132;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.317;QD=62.3818;RBI=0.0294942;REFB=0;REVB=0.0264925;RO=0;SAF=57;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66926e-05;OID=.;OPOS=151771817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:132:137:0:0:132:137:1:75:57:0:0:79:58:0:0 chr5 153413390 . C T 278.87 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00642436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.198;QD=21.8719;RBI=0.00706076;REFB=-0.0189945;REVB=0.0029295;RO=23;SAF=13;SAR=15;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0598752;STB=0.533216;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0125931;OID=.;OPOS=153413390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:15:13:9:14:15:13:9:14 chr5 153429459 . T C 316.93 PASS AF=0.367925;AO=39;DP=106;FAO=39;FDP=106;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.0056315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5329;QD=11.9596;RBI=0.0183116;REFB=-0.00970413;REVB=0.0174241;RO=67;SAF=18;SAR=21;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178308;STB=0.510199;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0159321;OID=.;OPOS=153429459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:67:67:39:39:0.367925:21:18:32:35:21:18:32:35 chr5 153432733 . T C 220.96 PASS AF=0.740741;AO=20;DP=27;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00672779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.099;QD=32.7355;RBI=0.0362707;REFB=0.0373674;REVB=0.0356413;RO=7;SAF=13;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0337054;STB=0.5185;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-0.00889519;OID=.;OPOS=153432733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:7:7:20:20:0.740741:7:13:5:2:7:13:5:2 chr5 153432970 . C T 277.73 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.0145054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5598;QD=16.1004;RBI=0.0196711;REFB=-0.0253878;REVB=-0.013287;RO=37;SAF=12;SAR=19;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298526;STB=0.659864;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0265247;OID=.;OPOS=153432970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:37:38:31:31:0.449275:19:12:26:11:19:12:26:12 chr5 153729217 . A G 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00376014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.235;QD=14.6657;RBI=0.0129248;REFB=-0.0122721;REVB=-0.0123657;RO=21;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525853;STB=0.530571;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0155758;OID=.;OPOS=153729217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:10:5:8:13:10:5:8:13 chr5 153783753 . C T 286.15 PASS AF=0.375;AO=33;DP=89;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.0149631;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.861;QD=13.007;RBI=0.0162473;REFB=-0.0135799;REVB=-0.00633105;RO=53;SAF=13;SAR=20;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146194;STB=0.584093;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.03108;OID=.;OPOS=153783753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:53:55:33:33:0.375:20:13:28:25:20:13:29:26 chr5 153798056 . C T 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00787392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.34;QD=21.2269;RBI=0.014168;REFB=-0.012655;REVB=-0.0117785;RO=24;SAF=21;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204215;STB=0.613952;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0106392;OID=.;OPOS=153798056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:8:21:12:12:8:21:12:12 chr5 154268902 . C T 744.7 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0274;QD=63.3791;RBI=0.0478062;REFB=0;REVB=0.0449856;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255407;OID=.;OPOS=154268902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr5 154271948 . G A 628.99 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0224472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5322;QD=57.1809;RBI=0.0231301;REFB=-0.133913;REVB=0.00557916;RO=1;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177147;STB=0.51851;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00301359;OID=.;OPOS=154271948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:1:2:42:42:0.954545:26:16:0:1:26:16:0:2 chr5 154291409 . C T 621.98 PASS AF=0.934783;AO=42;DP=45;FAO=43;FDP=46;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0340886;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8504;QD=54.0854;RBI=0.0784236;REFB=-0.144022;REVB=0.0706274;RO=3;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653553;STB=0.533318;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0109815;OID=.;OPOS=154291409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:45:46:3:3:42:43:0.934783:20:22:0:3:21:22:0:3 chr5 154300940 . A C 769.29 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0697229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1835;QD=56.9842;RBI=0.0842162;REFB=0;REVB=0.0472344;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000267696;OID=.;OPOS=154300940;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr5 154306972 . T C 1548.0 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0065;QD=63.835;RBI=0.0803512;REFB=0;REVB=0.0783609;RO=0;SAF=55;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246815;OID=.;OPOS=154306972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:42:55:0:0:42:55:0:0 chr5 154397106 . C T 228.35 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0357114;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.42;QD=17.5651;RBI=0.0365392;REFB=0.00201741;REVB=-0.00773367;RO=28;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118784;STB=0.558236;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.00134765;OID=.;OPOS=154397106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:28:27:25:25:0.480769:13:12:17:11:13:12:16:11 chr5 155272527 . G T 87.43 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0245929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7772;QD=13.4513;RBI=0.0866761;REFB=0.00354819;REVB=0.083114;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771943;STB=0.545372;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00185181;OID=.;OPOS=155272527;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:6:5:8:7:6:5:8:7 chr5 155756609 . G A 293.22 PASS AF=0.361702;AO=34;DP=94;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.00370391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.462;QD=12.4775;RBI=0.0313195;REFB=-0.0136127;REVB=0.0310997;RO=57;SAF=20;SAR=14;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107038;STB=0.567425;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0168614;OID=.;OPOS=155756609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:57:60:34:34:0.361702:14:20:28:29:14:20:29:31 chr5 155771579 . T C 392.45 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=109;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=42;FWDB=-0.00853519;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.031;QD=14.6709;RBI=0.00871647;REFB=-0.011049;REVB=-0.00176845;RO=59;SAF=19;SAR=26;SRF=18;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124445;STB=0.560252;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0114865;OID=.;OPOS=155771579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:107:59:62:45:45:0.420561:26:19:18:41:26:19:20:42 chr5 156278066 . C A 370.18 PASS AF=0.448276;AO=38;DP=86;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0319216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.245;QD=17.02;RBI=0.0319564;REFB=-0.00819837;REVB=0.00149112;RO=48;SAF=20;SAR=18;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468182;STB=0.532727;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0142633;OID=.;OPOS=156278066;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:48:48:38:39:0.448276:18:20:23:25:18:21:23:25 chr5 156376703 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.281;QD=43.4862;RBI=0.0743191;REFB=0;REVB=0.0570708;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166744;OID=.;OPOS=156376703;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr5 156479424 . A C 2107.18 PASS AF=1;AO=131;DP=133;FAO=134;FDP=134;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00598298;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.371;QD=62.9008;RBI=0.052146;REFB=0;REVB=0.0518016;RO=0;SAF=76;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.03346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.9277e-05;OID=.;OPOS=156479424;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:134:0:0:131:134:1:55:76:0:0:58:76:0:0 chr5 156479443 . CTTG C 458.59 PASS AF=0.466667;AO=69;DP=147;FAO=70;FDP=150;FR=.;FRO=80;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=-0.00134524;FXX=0.00662208;HRUN=2;LEN=3;MLLD=251.518;QD=12.2292;RBI=0.0127395;REFB=-0.0124079;REVB=-0.0126683;RO=61;SAF=38;SAR=31;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485364;STB=0.523276;STBP=0.619;TYPE=del;VARB=0.0135652;OID=.;OPOS=156479444;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:69:147:70:150:80:39:31:48:32:99:61:38:31:37:24 chr5 156479509 . A G 2711.8 PASS AF=1;AO=171;DP=171;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131128;FXX=0.0112353;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.254;QD=61.6318;RBI=0.0263584;REFB=0;REVB=0.0228652;RO=0;SAF=76;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000689551;OID=.;OPOS=156479509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:171:176:0:0:171:176:1:95:76:0:0:99:77:0:0 chr5 156479557 . GTTGGAACAGTCGTCA G,GTTGGAACAGTCGTTG,GTTGGAACAGTCGTTGTCA,GTTGGAACAGTTGTCG 1593.39 PASS AF=0.160714,0.0178571,0.758929,0.0625;AO=18,5,69,6;DP=130;FAO=18,2,85,7;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0,13,3;FSAR=3,2,72,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284359,0.0199477,0.0341761,-0.0216904;FXX=0.12499;HRUN=2,1,1,1;LEN=15,2,3,5;MLLD=93.3358,177.052,276.06,56.6746;QD=56.9069;RBI=0.0340793,0.0235474,0.0482679,0.0416327;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0187829,-0.0125129,0.0340849,-0.035536;RO=0;SAF=15,0,12,3;SAR=3,5,57,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-3.32e-08,0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,mnp,ins,mnp;VARB=-0.0044675,0.0385947,0.00711044,0.0323147;OID=.,.,.,.;OPOS=156479558,156479571,156479569,156479568;OREF=TTGGAACAGTCGTCA,CA,-,CGTCA;OALT=-,TG,GTT,TGTCG;OMAPALT=G,GTTGGAACAGTCGTTG,GTTGGAACAGTCGTTGTCA,GTTGGAACAGTTGTCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.160714,0.0178571,0.758929,0.0625:18,5,69,6:130:18,2,85,7:112:0:15,0,13,3:3,2,72,4:0:0:89:0:15,0,12,3:3,5,57,3:0:0 chr5 156479596 . A ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCATTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGAA 50.0 PASS AO=45;DP=170;LEN=69;RO=125;SAF=15;SAR=81;SRF=46;SRR=28;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=156479596;OREF=-;OALT=ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCATTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGA;OMAPALT=ATGCTCATTGTTGTTGGAACAGTTGTCGTTGGAACAGTCGTTGTCATTGGAACAGTCGTTGTCGTTGGAA GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:170:125:45:81:15:46:28 chr5 156482459 . G T 1112.83 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6949;QD=60.1528;RBI=0.0338167;REFB=0;REVB=-0.0199344;RO=0;SAF=38;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000402639;OID=.;OPOS=156482459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:36:38:0:0:36:38:0:0 chr5 156531736 . C A 1212.27 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0421963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.483;QD=59.865;RBI=0.0461736;REFB=0.0321092;REVB=0.0187476;RO=1;SAF=28;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166071;STB=0.50877;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.000465117;OID=.;OPOS=156531736;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:52:28:1:0:52:28:1:0 chr5 156715652 . G C 787.45 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285154;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.742;QD=57.2692;RBI=0.0640753;REFB=0;REVB=0.0573805;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299484;OID=.;OPOS=156715652;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:37:18:0:0:37:18:0:0 chr5 156721863 . T C,TC 1420.88 PASS AF=0,1;AO=6,91;DP=113;FAO=0,110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=0,49;FSAR=0,61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188408,-0.0182005;FXX=0.0090082;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=6.33168,20.785;QD=51.6685;RBI=0.0196181,0.0653118;REFB=0.00212815,-0.000555966;REVB=-0.0054676,0.0627245;RO=14;SAF=1,41;SAR=5,50;SRF=6;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.34828,0.00557992;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00131281;OID=.,.;OPOS=156721863,156721864;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:7:113:110:14:0:6,91:0,110:0,1:5,50:1,41:6:8:0,61:0,49:0:0 chr5 156747669 . A G 859.31 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00832564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.111;QD=56.3484;RBI=0.0456429;REFB=-0.0801407;REVB=0.0448771;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109011;OID=.;OPOS=156747669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:61:61:0:0:60:61:1:33:27:0:0:34:27:0:0 chr5 156770209 . G A 726.97 PASS AF=0.963636;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00943089;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.84;QD=52.8702;RBI=0.0120808;REFB=-0.0922213;REVB=0.00755006;RO=1;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159663;STB=0.502442;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000244552;OID=.;OPOS=156770209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:54:55:1:2:52:53:0.963636:29:23:0:1:30:23:1:1 chr5 156898690 . A G 203.24 PASS AF=0.393939;AO=20;DP=60;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00652238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.857;QD=12.3177;RBI=0.0152774;REFB=-0.0189106;REVB=-0.0138152;RO=38;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118029;STB=0.553151;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0241443;OID=.;OPOS=156898690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:66:38:40:20:26:0.393939:10:10:15:23:14:12:15:25 chr5 156904633 . C T 152.1 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0908994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.851;QD=13.2262;RBI=0.0909005;REFB=-0.00902081;REVB=0.000447669;RO=29;SAF=11;SAR=6;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251434;STB=0.646886;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0183093;OID=.;OPOS=156904633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:6:11:12:17:6:11:12:17 chr5 156936364 . T C 177.24 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=31;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00775741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.565;QD=21.483;RBI=0.0318482;REFB=-0.0334227;REVB=-0.030889;RO=14;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0036754;STB=0.505294;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.015564;OID=.;OPOS=156936364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:14:15:17:18:0.545455:6:11:9:5:7:11:9:6 chr5 157006568 . C T 96.72 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0254652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.163;QD=12.4804;RBI=0.0445747;REFB=-0.00581679;REVB=-0.0365845;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170731;STB=0.580514;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00757167;OID=.;OPOS=157006568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:18:19:12:12:0.387097:6:6:6:12:6:6:7:12 chr5 157158553 . C T 512.61 PASS AF=0.457364;AO=52;DP=122;FAO=59;FDP=129;FR=.;FRO=70;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=0.051083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.4465;QD=15.8948;RBI=0.0539882;REFB=-0.0267786;REVB=0.0174716;RO=70;SAF=33;SAR=19;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376849;STB=0.515602;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0409239;OID=.;OPOS=157158553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:129:70:70:52:59:0.457364:19:33:42:28:22:37:42:28 chr5 157164962 . T C 754.83 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.148;QD=56.9686;RBI=0.0649263;REFB=0;REVB=0.0626465;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000699975;OID=.;OPOS=157164962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:20:31:0:0:22:31:0:0 chr5 157183739 . G A 120.87 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.040732;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.2242;QD=14.651;RBI=0.0525773;REFB=-0.0178844;REVB=0.0332457;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331389;STB=0.672041;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0105142;OID=.;OPOS=157183739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:19:14:14:0.424242:8:6:14:4:8:6:14:5 chr5 157183770 . C T 73.92 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0544193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8644;QD=9.85575;RBI=0.0553173;REFB=-0.0448747;REVB=-0.00992682;RO=19;SAF=1;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.619382;STB=0.886509;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0308092;OID=.;OPOS=157183770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:19:20:10:10:0.333333:9:1:12:7:9:1:13:7 chr5 157213497 . A G 265.63 PASS AF=0.330097;AO=34;DP=103;FAO=34;FDP=103;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=49;FSRR=20;FWDB=0.0427985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.262;QD=10.3156;RBI=0.0435992;REFB=-0.00630286;REVB=0.00831769;RO=68;SAF=18;SAR=16;SRF=49;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226374;STB=0.623189;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0098054;OID=.;OPOS=157213497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:68:69:34:34:0.330097:16:18:49:19:16:18:49:20 chr5 157215027 . C T 351.3 PASS AF=0.612245;AO=27;DP=45;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0144086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.43;QD=28.6779;RBI=0.0196133;REFB=-0.00420961;REVB=-0.013307;RO=17;SAF=10;SAR=17;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735494;STB=0.504851;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00250133;OID=.;OPOS=157215027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:49:17:19:27:30:0.612245:17:10:8:9:17:13:8:11 chr5 157236124 . T C 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0200165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8458;QD=19.3687;RBI=0.0242735;REFB=-0.0108229;REVB=-0.0137312;RO=7;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222514;STB=0.627655;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00514376;OID=.;OPOS=157236124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:4:6:2:5:4:6:2:5 chr5 158204425 . A G 359.52 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00467691;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.408;QD=19.6997;RBI=0.00985844;REFB=-0.0228637;REVB=-0.00867843;RO=36;SAF=16;SAR=21;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0604904;STB=0.533614;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0183555;OID=.;OPOS=158204425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:36:36:37:37:0.506849:21:16:18:18:21:16:18:18 chr5 158747334 . C T 390.94 PASS AF=0.43617;AO=41;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0130597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.377;QD=16.636;RBI=0.0205564;REFB=-0.0106162;REVB=-0.0158748;RO=52;SAF=29;SAR=12;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184585;STB=0.599949;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.012938;OID=.;OPOS=158747334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:53:41:41:0.43617:12:29:28:24:12:29:29:24 chr5 159505208 . C A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00505252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.777;QD=58.1415;RBI=0.0289572;REFB=0;REVB=-0.028513;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109689;OID=.;OPOS=159505208;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr5 159520655 . CTT CTC,CT 30.43 PASS AF=0.0740741,0.259259;AO=2,8;DP=26;FAO=2,7;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=0,1;FSAR=2,6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00661057,0.10678;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=283.029,8.99636;QD=4.50778;RBI=0.0179587,0.123205;REFB=-0.010569,-0.104086;REVB=-0.0166978,-0.061462;RO=16;SAF=0,1;SAR=2,7;SRF=11;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.621068,-0.608567;STB=0.995527,0.84604;STBP=0.094,0.049;TYPE=snp,del;VARB=0.0425751,0.15424;OID=.,.;OPOS=159520657,159520656;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CTC,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0740741,0.259259:2,8:26:2,7:27:18:0,1:2,6:11:7:20:16:0,1:2,7:11:5 chr5 159665599 . G A 771.68 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00282286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9509;QD=62.9945;RBI=0.0139757;REFB=0;REVB=0.0136876;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000878075;OID=.;OPOS=159665599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:19:29:0:0:20:29:0:0 chr5 159718987 . C T 277.89 PASS AF=0.385542;AO=31;DP=80;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0113987;FXX=0.0119033;HRUN=5;LEN=1;MLLD=141.719;QD=13.3925;RBI=0.0137648;REFB=-0.00238811;REVB=0.0077161;RO=48;SAF=18;SAR=13;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130398;STB=0.58016;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00387582;OID=.;OPOS=159718987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:83:48:51:31:32:0.385542:13:18:22:26:14:18:22:29 chr5 159775741 . G A 1319.55 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243047;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1299;QD=62.0964;RBI=0.0319312;REFB=0;REVB=0.0207096;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.29212e-05;OID=.;OPOS=159775741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:82:85:1:42:40:0:0:43:42:0:0 chr5 159776047 . A G 266.27 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0336373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.229;QD=48.4133;RBI=0.0354545;REFB=-0.14318;REVB=0.0112051;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021853;OID=.;OPOS=159776047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr5 159820756 . T G 373.18 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00884023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1373;QD=22.9648;RBI=0.00890192;REFB=-0.00500922;REVB=0.00104623;RO=26;SAF=17;SAR=20;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00157138;STB=0.513416;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00561601;OID=.;OPOS=159820756;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:26:28:37:37:0.569231:20:17:12:14:20:17:12:16 chr5 159835658 . A G 694.07 PASS AF=0.627451;AO=64;DP=102;FAO=64;FDP=102;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=0.031973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.701;QD=27.2183;RBI=0.0330454;REFB=-0.0237519;REVB=-0.00835021;RO=38;SAF=24;SAR=40;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104372;STB=0.556435;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0237757;OID=.;OPOS=159835658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:38:38:64:64:0.627451:40:24:9:29:40:24:9:29 chr5 159901408 . C A 280.77 PASS AF=0.290076;AO=38;DP=131;FAO=38;FDP=131;FR=.;FRO=93;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=50;FSRR=43;FWDB=0.0387928;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.023;QD=8.57324;RBI=0.0390979;REFB=-0.0145613;REVB=-0.00487464;RO=92;SAF=23;SAR=15;SRF=49;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892481;STB=0.549171;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0315514;OID=.;OPOS=159901408;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:92:93:38:38:0.290076:15:23:49:43:15:23:50:43 chr5 159912418 . C G 108.58 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0368679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5475;QD=13.5729;RBI=0.0413657;REFB=-0.00369924;REVB=-0.0187583;RO=19;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247318;STB=0.644331;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00214106;OID=.;OPOS=159912418;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:8:5:12:7:8:5:12:7 chr5 160097496 . A G 865.81 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0354606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2314;QD=55.8585;RBI=0.0369035;REFB=0.0372346;REVB=-0.010218;RO=1;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159958;STB=0.508472;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.000275699;OID=.;OPOS=160097496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:62:1:1:60:61:0.983871:29:31:0:1:29:32:0:1 chr5 160097632 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.697;QD=62.0214;RBI=0.0204147;REFB=0;REVB=0.00833879;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114031;OID=.;OPOS=160097632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr5 161119071 . G T 1264.26 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00989467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.675;QD=61.6713;RBI=0.0155661;REFB=0;REVB=0.0120167;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41352e-05;OID=.;OPOS=161119071;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:43:39:0:0:43:39:0:0 chr5 161128761 . C G 834.36 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0492169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1466;QD=57.5422;RBI=0.0535739;REFB=0;REVB=-0.0211627;RO=0;SAF=17;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000618004;OID=.;OPOS=161128761;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:40:17:0:0:40:18:0:0 chr5 161325934 . A C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.543;QD=61.3355;RBI=0.0272903;REFB=0;REVB=0.0119052;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135716;OID=.;OPOS=161325934;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr5 161522556 . C T 259.42 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00693499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.387;QD=14.2149;RBI=0.0207781;REFB=-0.013081;REVB=-0.0195866;RO=42;SAF=17;SAR=13;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553094;STB=0.522903;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.01723;OID=.;OPOS=161522556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:43:30:30:0.410959:13:17:26:16:13:17:26:17 chr5 161528280 . C T 188.25 PASS AF=0.415094;AO=21;DP=52;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.010292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.262;QD=14.2075;RBI=0.0102924;REFB=-0.00650267;REVB=8.57444e-05;RO=29;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226359;STB=0.617891;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0109216;OID=.;OPOS=161528280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:29:31:21:22:0.415094:9:12:10:19:9:13:12:19 chr5 161582493 . CAT C,CGT 168.95 PASS AF=0.349206,0;AO=21,3;DP=66;FAO=22,0;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=10,0;FSAR=12,0;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00992682,-0.00695715;FXX=0.0454477;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=214.023,157.445;QD=10.727;RBI=0.0282608,0.0112169;REFB=-0.0107603,-0.00982349;REVB=0.02646,0.00879871;RO=38;SAF=9,3;SAR=12,0;SRF=18;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0504182,0.524495;STB=0.505809,0.5;STBP=0.957,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0231953,0;OID=.,.;OPOS=161582494,161582494;OREF=AT,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.349206,0:21,3:66:22,0:63:41:10,0:12,0:19:22:99:38:9,3:12,0:18:20 chr5 161904930 . A G 45.57 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.034654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.662;QD=26.0413;RBI=0.075454;REFB=-0.135085;REVB=-0.0670254;RO=1;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281147;STB=0.666027;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00469162;OID=.;OPOS=161904930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:1:5:0:1:1:5:0:1 chr5 162210532 . A G 520.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00207996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.224;QD=59.4639;RBI=0.0535931;REFB=0;REVB=0.0535527;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133373;OID=.;OPOS=162210532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:19:14:0:0:21:14:0:0 chr5 162890953 . G A 560.81 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381357;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.941;QD=60.6278;RBI=0.0381604;REFB=0;REVB=-0.00137145;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161769;OID=.;OPOS=162890953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr5 162901537 . A G 32.92 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.032852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0242;QD=2.99308;RBI=0.0373271;REFB=0.00764236;REVB=0.0177216;RO=38;SAF=3;SAR=3;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0349375;OID=.;OPOS=162901537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:38:38:6:6:0.136364:3:3:19:19:3:3:19:19 chr5 167645888 . T C 314.31 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0220256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9851;QD=17.2226;RBI=0.0545891;REFB=-0.00394179;REVB=-0.0499484;RO=35;SAF=18;SAR=16;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117724;STB=0.560226;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00541759;OID=.;OPOS=167645888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:35:39:34:34:0.465753:16:18:23:12:16:18:25:14 chr5 167850748 . A G 1914.39 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306856;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.32;QD=61.2604;RBI=0.0358361;REFB=0;REVB=0.0185101;RO=0;SAF=69;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149663;OID=.;OPOS=167850748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:124:125:1:55:69:0:0:55:70:0:0 chr5 167858371 . GT TG 107.72 PASS AF=0.384615;AO=33;DP=70;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0549198;FXX=0.277739;HRUN=1;LEN=2;MLLD=124.255;QD=8.28647;RBI=0.0586606;REFB=-0.0313012;REVB=0.0206126;RO=31;SAF=13;SAR=20;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128256;STB=0.859201;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0714808;OID=.;OPOS=167858371;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:52:31:32:33:20:0.384615:20:13:8:23:3:17:8:24 chr5 167868779 . A G 430.5 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0697036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.146;QD=20.0231;RBI=0.0699918;REFB=-0.0274388;REVB=-0.00634557;RO=43;SAF=22;SAR=21;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841426;STB=0.546616;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0228656;OID=.;OPOS=167868779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:43:43:43:43:0.5:21:22:26:17:21:22:26:17 chr5 167868809 . C T 300.66 PASS AF=0.507937;AO=30;DP=62;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0970943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.37;QD=19.0895;RBI=0.0971144;REFB=0.00540693;REVB=0.00197816;RO=32;SAF=14;SAR=16;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088111;STB=0.523795;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.00489745;OID=.;OPOS=167868809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:32:31:30:32:0.507937:16:14:18:14:16:16:17:14 chr5 167896235 . CAAAAAAAA CAAAAAAA,CAAAAAAAT 40.82 PASS AF=0.416667,0;AO=9,2;DP=38;FAO=15,0;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=5,0;FSAR=10,0;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.130496,-0.00500574;FXX=0.0526177;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=6.74217,129.817;QD=4.5355;RBI=0.136876,0.00747712;REFB=-0.10751,-0.0213479;REVB=0.0413019,-0.00555427;RO=19;SAF=1,2;SAR=8,0;SRF=7;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.409624,0.576337;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.115354,0;OID=.,.;OPOS=167896236,167896243;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=CAAAAAAA,CAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667,0:9,2:38:15,0:36:21:5,0:10,0:7:14:42:19:1,2:8,0:7:12 chr5 167913510 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00879347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.43;QD=46.848;RBI=0.0233217;REFB=0;REVB=0.0216004;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165031;OID=.;OPOS=167913510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr5 167937607 . G A 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00788859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.999;QD=19.9293;RBI=0.00840336;REFB=-0.00248189;REVB=0.00289597;RO=9;SAF=2;SAR=10;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368393;STB=0.713877;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00218784;OID=.;OPOS=167937607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:10:2:5:4:10:2:5:4 chr5 167943827 . G A 944.25 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0488139;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.056;QD=57.2273;RBI=0.0488704;REFB=-0.0721321;REVB=0.00235056;RO=1;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119601;STB=0.506327;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.000158288;OID=.;OPOS=167943827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:66:1:1:65:65:0.984848:39:26:0:1:39:26:0:1 chr5 168093522 . G A 84.3 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.017174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.201;QD=10.8772;RBI=0.0176205;REFB=-0.0291091;REVB=0.00394127;RO=20;SAF=9;SAR=2;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11133;STB=0.567435;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0272071;OID=.;OPOS=168093522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:2:9:15:5:2:9:15:5 chr5 168098235 . A G 148.63 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0275231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.702;QD=10.8095;RBI=0.0313722;REFB=-0.018794;REVB=-0.0150564;RO=36;SAF=7;SAR=12;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267534;STB=0.656442;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0365632;OID=.;OPOS=168098235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:12:7:22:14:12:7:22:14 chr5 168098463 . A G 446.76 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.015;QD=57.6467;RBI=0.0357066;REFB=0;REVB=0.00742697;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140256;OID=.;OPOS=168098463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:23:7:0:0:24:7:0:0 chr5 168123313 . A G 234.23 PASS AF=0.388889;AO=26;DP=69;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0169922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.727;QD=13.013;RBI=0.02276;REFB=-0.0385914;REVB=-0.0151421;RO=43;SAF=11;SAR=15;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1459;STB=0.571378;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0677909;OID=.;OPOS=168123313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:43:44:26:28:0.388889:15:11:24:19:16:12:24:20 chr5 168180081 . C T 217.91 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0256936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.696;QD=13.6196;RBI=0.0312025;REFB=-0.0274023;REVB=0.017704;RO=38;SAF=9;SAR=17;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545837;STB=0.531226;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0344938;OID=.;OPOS=168180081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:17:9:15:23:17:9:15:23 chr5 168180900 . C T 586.18 PASS AF=0.582418;AO=51;DP=89;FAO=53;FDP=91;FR=.;FRO=38;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0113157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.203;QD=25.7659;RBI=0.0307746;REFB=-0.0396535;REVB=0.0286187;RO=38;SAF=32;SAR=19;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123612;STB=0.573006;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0188079;OID=.;OPOS=168180900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:38:38:51:53:0.582418:19:32:18:20:19:34:18:20 chr5 168212951 . A G 268.24 PASS AF=1;AO=17;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.221195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2272;QD=51.0938;RBI=0.221691;REFB=0;REVB=-0.0148132;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0020411;OID=.;OPOS=168212951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:17:21:1:6:11:0:0:6:15:0:0 chr5 168250350 . C G 289.37 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0888432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.902;QD=52.6127;RBI=0.0897048;REFB=0;REVB=0.0124028;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00093161;OID=.;OPOS=168250350;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:10:11:0:0:11:11:0:0 chr5 168671698 . A T 671.38 PASS AF=0.670588;AO=57;DP=85;FAO=57;FDP=85;FR=.;FRO=28;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00922242;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.328;QD=31.5942;RBI=0.00931687;REFB=-0.00676641;REVB=0.00132323;RO=27;SAF=36;SAR=21;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932226;STB=0.557399;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00310621;OID=.;OPOS=168671698;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:27:28:57:57:0.670588:21:36:13:14:21:36:13:15 chr5 168690612 . A G 2267.95 PASS AF=1;AO=146;DP=148;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.752;QD=59.6829;RBI=0.0195909;REFB=-0.0261965;REVB=-0.00592884;RO=1;SAF=78;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00605839;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000735321;OID=.;OPOS=168690612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:148:152:1:0:146:152:1:68:78:1:0:70:82:0:0 chr5 168690635 . C T 847.74 PASS AF=0.548611;AO=78;DP=143;FAO=79;FDP=144;FR=.;FRO=65;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=0.03692;FXX=0.00689608;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.3916;QD=23.5483;RBI=0.0412613;REFB=-0.00842559;REVB=0.0184231;RO=65;SAF=47;SAR=31;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246202;STB=0.511018;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00666987;OID=.;OPOS=168690635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:65:65:78:79:0.548611:31:47:41:24:31:48:41:24 chr5 169129422 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00553612;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.882;QD=63.583;RBI=0.0057216;REFB=0;REVB=0.00144501;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.0303e-05;OID=.;OPOS=169129422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr5 169435710 . G T 477.86 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=99;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00810689;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.753;QD=19.5044;RBI=0.0155195;REFB=-0.0267372;REVB=-0.0132338;RO=51;SAF=26;SAR=21;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956646;STB=0.553169;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0172285;OID=.;OPOS=169435710;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:51:51:47:47:0.479592:21:26:23:28:21:26:23:28 chr5 169435713 . A C 462.56 PASS AF=0.474227;AO=45;DP=96;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0125526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.226;QD=19.0746;RBI=0.024372;REFB=-0.0109401;REVB=-0.0208908;RO=51;SAF=21;SAR=24;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783816;STB=0.537137;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00938306;OID=.;OPOS=169435713;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:51:51:45:46:0.474227:24:21:28:23:24:22:28:23 chr5 169454941 . C G 791.83 PASS AF=1;AO=50;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.788;QD=55.5667;RBI=0.0665687;REFB=0;REVB=0.065188;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125431;OID=.;OPOS=169454941;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:50:57:1:16:34:0:0:23:34:0:0 chr5 169461547 . C T 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8776;QD=59.8365;RBI=0.0203174;REFB=0;REVB=0.0140012;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00035553;OID=.;OPOS=169461547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr5 169504743 . T C 373.4 PASS AF=0.375;AO=44;DP=118;FAO=45;FDP=120;FR=.;FRO=75;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=50;FSRR=25;FWDB=-0.0196383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.039;QD=12.4467;RBI=0.0311923;REFB=-0.00911518;REVB=-0.0242342;RO=71;SAF=25;SAR=19;SRF=47;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105843;STB=0.557935;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0155774;OID=.;OPOS=169504743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:71:75:44:45:0.375:19:25:47:24:19:26:50:25 chr5 169535522 . T C 870.83 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00113296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7791;QD=56.1824;RBI=0.0164336;REFB=0.00165104;REVB=0.0163945;RO=1;SAF=17;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269469;STB=0.514281;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.000335517;OID=.;OPOS=169535522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:62:1:1:60:61:0.983871:43:17:1:0:44:17:1:0 chr5 169661994 . G C 269.08 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00458313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.925;QD=51.2532;RBI=0.00699881;REFB=0;REVB=0.00528945;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.74533e-05;OID=.;OPOS=169661994;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:7:13:0:0:7:14:0:0 chr5 169685163 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00891214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.545;QD=64.1536;RBI=0.0408639;REFB=0;REVB=0.0398802;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.09902e-05;OID=.;OPOS=169685163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:26:23:0:0:26:23:0:0 chr5 169715038 . A G 159.58 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00185334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5598;QD=17.731;RBI=0.0062854;REFB=0.00625062;REVB=0.00600595;RO=19;SAF=4;SAR=13;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345359;STB=0.698675;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00430867;OID=.;OPOS=169715038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:13:4:11:8:13:4:11:8 chr5 169910084 . G T 138.88 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0134716;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.6052;QD=12.0764;RBI=0.0445471;REFB=0.00473114;REVB=-0.0424613;RO=29;SAF=6;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121034;STB=0.561719;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.0116574;OID=.;OPOS=169910084;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:29:30:16:16:0.347826:10:6:14:15:10:6:14:16 chr5 170215638 . T C 293.77 PASS AF=0.492308;AO=31;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0333232;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8297;QD=18.0781;RBI=0.0345475;REFB=0.00155086;REVB=-0.00911577;RO=32;SAF=9;SAR=22;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891082;STB=0.546406;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.00135044;OID=.;OPOS=170215638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:33:31:32:0.492308:22:9:12:20:22:10:13:20 chr5 170215670 . G A 278.69 PASS AF=0.517241;AO=29;DP=59;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00155367;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.048;QD=19.2202;RBI=0.0101778;REFB=-0.0342358;REVB=0.0100585;RO=30;SAF=7;SAR=22;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141531;STB=0.553036;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0298591;OID=.;OPOS=170215670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:30:28:29:30:0.517241:22:7:11:19:22:8:10:18 chr5 170221307 . G A 731.34 PASS AF=0.400943;AO=73;DP=200;FAO=85;FDP=212;FR=.;FRO=127;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=54;FSRR=73;FWDB=0.0305135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.199;QD=13.7989;RBI=0.0305137;REFB=-0.00978891;REVB=-0.000107812;RO=124;SAF=33;SAR=40;SRF=53;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277012;STB=0.555223;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0160714;OID=.;OPOS=170221307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:212:124:127:73:85:0.400943:40:33:53:71:41:44:54:73 chr5 170239112 . C A 482.18 PASS AF=0.477064;AO=49;DP=107;FAO=52;FDP=109;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.00471605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8321;QD=17.6947;RBI=0.00530853;REFB=-0.0205798;REVB=-0.00243708;RO=57;SAF=19;SAR=30;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0853114;STB=0.559093;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0256914;OID=.;OPOS=170239112;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:109:57:57:49:52:0.477064:30:19:27:30:33:19:27:30 chr5 170240990 . TAAAAAC ATAAAAC,TAAAAACA,TAAAACA,TAAAAC,TATAAAC 672.99 PASS AF=0,0.204724,0.015748,0.551181,0.102362;AO=12,25,9,35,15;DP=129;FAO=0,26,2,70,13;FDP=127;FR=.;FRO=16;FSAF=0,26,2,26,0;FSAR=0,0,0,44,13;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0155665,-0.0930388,0.00655356,0.105571,-0.033763;FXX=0.0522349;HRUN=1,2,5,5,5;LEN=2,1,2,1,1;MLLD=13.6707,12.6233,7.17247,11.485,151.461;QD=21.1966;RBI=0.258631,0.10967,0.0417561,0.163754,0.044308;REFB=0.000206317,-0.113865,-0.0863951,-0.0459311,0.0156816;REVB=-0.258162,0.0580636,-0.0412386,-0.125181,-0.0286926;RO=20;SAF=0,25,9,9,0;SAR=12,0,0,26,15;SRF=16;SRR=4;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.842897,0.828501,0.713505,-0.376237,-0.853228;STB=0.5,0.999301,0.992298,0.572582,0.999098;STBP=1,0.003,0.355,0.009,0.001;TYPE=mnp,ins,mnp,del,snp;VARB=0,0.163327,0.0832704,0.0978768,0.0392721;OID=.,.,.,.,.;OPOS=170240990,170240997,170240995,170240991,170240992;OREF=TA,-,AC,A,A;OALT=AT,A,CA,-,T;OMAPALT=ATAAAAC,TAAAAACA,TAAAACA,TAAAAC,TATAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:72:129:127:20:16:12,25,9,35,15:0,26,2,70,13:0,0.204724,0.015748,0.551181,0.102362:12,0,0,26,15:0,25,9,9,0:16:4:0,0,0,44,13:0,26,2,26,0:12:4 chr5 170294132 . G A 868.13 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000979463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.092;QD=57.8753;RBI=0.00252039;REFB=0;REVB=0.00232229;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.23546e-06;OID=.;OPOS=170294132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:38:21:0:0:38:22:0:0 chr5 170395512 . A T 885.34 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.353;QD=58.0549;RBI=0.0667842;REFB=0;REVB=0.0392755;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447917;OID=.;OPOS=170395512;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr5 171201499 . G C 985.95 PASS AF=0.933333;AO=71;DP=76;FAO=70;FDP=75;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0456531;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5986;QD=52.5838;RBI=0.0460046;REFB=-0.0724401;REVB=-0.00567627;RO=4;SAF=17;SAR=54;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337494;STB=0.522516;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0346798;OID=.;OPOS=171201499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:76:75:4:5:71:70:0.933333:54:17:0:4:53:17:0:5 chr5 171472417 . A G 46.73 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0367933;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.4711;QD=10.3837;RBI=0.0665052;REFB=-0.00365249;REVB=-0.0554003;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.583505;STB=0.856122;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0339414;OID=.;OPOS=171472417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:6:1:8:3:6:1:8:3 chr5 171523436 . G A 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0254322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2626;QD=5.95772;RBI=0.0254453;REFB=-0.0154079;REVB=-0.000815558;RO=18;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637242;STB=0.541529;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0497086;OID=.;OPOS=171523436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:3:3:10:8:3:3:10:8 chr5 171533629 . A G 933.3 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.981;QD=58.3309;RBI=0.0424703;REFB=0;REVB=0.0232448;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127379;OID=.;OPOS=171533629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:25:37:0:0:25:39:0:0 chr5 171533656 . C T 1364.44 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189543;FXX=0.0224694;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.898;QD=62.7331;RBI=0.0245083;REFB=0;REVB=0.0155368;RO=0;SAF=47;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67385e-05;OID=.;OPOS=171533656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:86:87:1:39:47:0:0:39:48:0:0 chr5 171724082 . T C 57.92 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00757198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.893;QD=13.629;RBI=0.062734;REFB=0.00787467;REVB=-0.0622754;RO=9;SAF=7;SAR=1;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164675;STB=0.599716;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.0190393;OID=.;OPOS=171724082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:1:7:7:2:1:7:7:2 chr5 171760569 . A G 203.52 PASS AF=0.458333;AO=20;DP=46;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00809012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.482;QD=16.9597;RBI=0.0114415;REFB=-0.00802151;REVB=-0.00809067;RO=25;SAF=10;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584098;STB=0.503813;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0175047;OID=.;OPOS=171760569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:25:26:20:22:0.458333:10:10:14:11:10:12:14:12 chr5 171849471 . G A 306.12 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00787554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.521;QD=53.2377;RBI=0.0195988;REFB=0;REVB=-0.0179468;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000323029;OID=.;OPOS=171849471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr5 172196711 . G T 306.68 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.308;QD=53.3361;RBI=0.0468898;REFB=0;REVB=0.0412745;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342834;OID=.;OPOS=172196711;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:16:6:0:0:17:6:0:0 chr5 172294194 . G T 647.93 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00634003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0301;QD=57.594;RBI=0.0364684;REFB=-0.22378;REVB=0.0359131;RO=1;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253725;STB=0.526303;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00513969;OID=.;OPOS=172294194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:45:45:1:2:43:43:0.955556:18:25:0:1:18:25:0:2 chr5 172341917 . T C 286.16 PASS AF=0.492063;AO=30;DP=62;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00465975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.478;QD=18.1692;RBI=0.0397968;REFB=-0.0320311;REVB=-0.039523;RO=32;SAF=15;SAR=15;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864384;STB=0.539543;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0432875;OID=.;OPOS=172341917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:32:32:30:31:0.492063:15:15:19:13:15:16:19:13 chr5 172342029 . G GT,T 90.05 PASS AF=0.382979,0;AO=9,2;DP=51;FAO=18,0;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=10,0;FSAR=8,0;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0593216,0.0143382;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=14.5533,19.66;QD=7.66349;RBI=0.0622295,0.0682852;REFB=0.0159375,0.00459263;REVB=-0.0188004,-0.0667629;RO=39;SAF=5,1;SAR=4,1;SRF=25;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.1083,-0.120205;STB=0.563039,0.5;STBP=0.496,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.021188,0;OID=.,.;OPOS=172342030,172342029;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:51:47:39:29:9,2:18,0:0.382979,0:4,1:5,1:25:14:8,0:10,0:19:10 chr5 172347432 . GAC AAC,CGA 122.9 PASS AF=0.365854,0;AO=11,3;DP=39;FAO=15,0;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=5,0;FSAR=10,0;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0309401,-0.13928;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=192.476,67.0008;QD=11.9902;RBI=0.0336935,0.140404;REFB=-0.042154,-0.0394592;REVB=-0.0133403,0.0177255;RO=19;SAF=3,3;SAR=8,0;SRF=5;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0128913,0.700525;STB=0.535666,0.5;STBP=0.789,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0841874,0;OID=.,.;OPOS=172347432,172347432;OREF=G,GAC;OALT=A,CGA;OMAPALT=AAC,CGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:19:26:11,3:15,0:0.365854,0:8,0:3,3:5:14:10,0:5,0:10:16 chr5 172381973 . A AGGT 789.13 PASS AF=0.907692;AO=57;DP=65;FAO=59;FDP=65;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0203855;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=234.767;QD=48.562;RBI=0.0250055;REFB=-0.0389983;REVB=-0.0144813;RO=6;SAF=32;SAR=25;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111401;STB=0.505545;STBP=0.772;TYPE=ins;VARB=0.00516941;OID=.;OPOS=172381974;OREF=-;OALT=GGT;OMAPALT=AGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.907692:57:65:59:65:6:33:26:3:3:26:6:32:25:3:3 chr5 172447762 . G A 228.68 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453232;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.472;QD=50.8178;RBI=0.0464626;REFB=0;REVB=0.0102265;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132053;OID=.;OPOS=172447762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr5 172631051 . T G 387.62 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.0038;QD=55.3739;RBI=0.0730172;REFB=0;REVB=-0.0562958;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155625;OID=.;OPOS=172631051;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:26:28:1:13:13:0:0:13:15:0:0 chr5 172660527 . T A 103.61 PASS AF=1;AO=8;DP=12;FAO=10;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=2.83096e-09;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.649;QD=41.4437;RBI=0.00176148;REFB=0;REVB=-0.00176148;RO=2;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110633;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194187;OID=.;OPOS=172660527;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:12:10:2:0:8:10:1:7:1:0:2:10:0:0:0 chr5 172662024 . T C 123.16 PASS AF=0.928571;AO=12;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.030858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.665;QD=35.1892;RBI=0.0671323;REFB=0.0282829;REVB=0.0596199;RO=1;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069361;STB=0.538402;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.000434019;OID=.;OPOS=172662024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:14:14:1:1:12:13:0.928571:6:6:0:1:6:7:0:1 chr5 173376506 . A G 741.54 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0353344;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6801;QD=54.9285;RBI=0.0428509;REFB=-0.14782;REVB=-0.024242;RO=1;SAF=26;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177765;STB=0.50943;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0162068;OID=.;OPOS=173376506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:54:1:1:53:53:0.981481:27:26:1:0:27:26:1:0 chr5 174156168 . T C 697.24 PASS AF=0.978261;AO=43;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0131351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0108;QD=60.6299;RBI=0.0193177;REFB=-0.0974399;REVB=-0.0141649;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00122032;OID=.;OPOS=174156168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:45:46:0:1:43:45:0.978261:22:21:0:0:22:23:0:1 chr5 174422374 . C T 325.17 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00178655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3757;QD=16.0578;RBI=0.0123294;REFB=-0.0131315;REVB=0.0121993;RO=45;SAF=22;SAR=14;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187062;STB=0.605168;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0228083;OID=.;OPOS=174422374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:14:22:19:26:14:22:19:26 chr5 174868840 . T C 1020.81 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000359582;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.299;QD=59.1772;RBI=0.00963869;REFB=0;REVB=0.00963198;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000571312;OID=.;OPOS=174868840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:68:69:1:33:35:0:0:33:36:0:0 chr5 174870150 . C T 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0164447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.439;QD=24.1264;RBI=0.0202683;REFB=0.00202962;REVB=-0.011848;RO=10;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085608;STB=0.564778;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.000747792;OID=.;OPOS=174870150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:10:11:17:17:0.607143:9:8:6:4:9:8:7:4 chr5 174936038 . A G 406.33 PASS AF=0.506173;AO=40;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.035908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6162;QD=20.0654;RBI=0.0368101;REFB=-0.0149464;REVB=-0.00809942;RO=41;SAF=11;SAR=29;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319445;STB=0.68562;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00983143;OID=.;OPOS=174936038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:41:40:40:41:0.506173:29:11:25:16:30:11:25:15 chr5 174937193 . C T 206.01 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0222909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.78;QD=16.8167;RBI=0.0469912;REFB=-0.0109057;REVB=-0.0413677;RO=28;SAF=13;SAR=8;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125592;STB=0.50718;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00972528;OID=.;OPOS=174937193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:8:13:17:11:8:13:17:11 chr5 175055271 . G A 141.06 PASS AF=0.372093;AO=15;DP=42;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0587638;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.348;QD=13.1216;RBI=0.0604864;REFB=-0.0026348;REVB=-0.0143324;RO=27;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106654;STB=0.581296;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00297611;OID=.;OPOS=175055271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:27:27:15:16:0.372093:8:7:10:17:8:8:10:17 chr5 175307373 . G A 298.59 PASS AF=0.452055;AO=34;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0153849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7317;QD=16.3608;RBI=0.015386;REFB=-0.0242973;REVB=-0.000188731;RO=38;SAF=16;SAR=18;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772187;STB=0.565717;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0447477;OID=.;OPOS=175307373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:40:34:33:0.452055:18:16:21:17:18:15:23:17 chr5 175511992 . C T 342.59 PASS AF=1;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00433422;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.283;QD=54.8138;RBI=0.0315047;REFB=0;REVB=-0.0312051;RO=0;SAF=3;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.65945e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475259;OID=.;OPOS=175511992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:27:25:0:0:25:25:1:22:3:0:0:22:3:0:0 chr5 175811094 . C CAT,CGT 593.65 PASS AF=0.553191,0.361702;AO=25,15;DP=53;FAO=26,17;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=17,9;FSAR=9,8;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.038319,0.0269029;FXX=0.020829;HRUN=0,1;LEN=2,2;MLLD=130.768,140.333;QD=50.5231;RBI=0.0421301,0.0269125;REFB=0.0804261,0.0628181;REVB=-0.01751,-0.000715944;RO=10;SAF=16,9;SAR=9,6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0772752,0.0726419;STB=0.514275,0.542324;STBP=0.747,0.449;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00199282,0.0227442;OID=.,.;OPOS=175811095,175811095;OREF=-,-;OALT=AT,GT;OMAPALT=CAT,CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.553191,0.361702:25,15:53:26,17:47:4:17,9:9,8:3:1:99:10:16,9:9,6:5:5 chr5 175925949 . C CG 72.06 PASS AF=0.25;AO=12;DP=55;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0280194;FXX=0.0188644;HRUN=0;LEN=1;MLLD=40.5571;QD=5.54279;RBI=0.0280319;REFB=-0.0190216;REVB=-0.000836928;RO=41;SAF=11;SAR=1;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.608403;STB=0.904237;STBP=0.004;TYPE=ins;VARB=0.125983;OID=.;OPOS=175925950;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:12:55:13:52:39:12:1:17:22:72:41:11:1:19:22 chr5 175956271 . A C 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=-0.0181904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.175;QD=23.7582;RBI=0.0229499;REFB=-0.020345;REVB=-0.013993;RO=22;SAF=7;SAR=19;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964312;STB=0.55338;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0180501;OID=.;OPOS=175956271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:19:7:4:18:19:7:4:18 chr5 175998246 . T C 255.74 PASS AF=0.446154;AO=27;DP=64;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.012331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.505;QD=15.7378;RBI=0.0151588;REFB=-0.0244955;REVB=0.00881674;RO=36;SAF=14;SAR=13;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0093337;STB=0.51336;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0179273;OID=.;OPOS=175998246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:36:36:27:29:0.446154:13:14:19:17:13:16:19:17 chr5 176002144 . A C 325.14 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0257368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.941;QD=50.0216;RBI=0.0389811;REFB=-0.159457;REVB=-0.029277;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533306;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.00407576;OID=.;OPOS=176002144;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:7:18:0:0:7:18:0:1 chr5 176004476 . T C 198.34 PASS AF=1;AO=13;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8117;QD=46.6685;RBI=0.0778671;REFB=0;REVB=0.0743948;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00293994;OID=.;OPOS=176004476;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:13:17:1:4:9:0:0:6:11:0:0 chr5 176005477 . C T 170.37 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00529153;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.084;QD=22.716;RBI=0.0892392;REFB=6.34039e-05;REVB=0.0890822;RO=13;SAF=2;SAR=15;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.545397;STB=0.812378;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00109925;OID=.;OPOS=176005477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:13:13:17:17:0.566667:15:2:9:4:15:2:9:4 chr5 176011264 . T C 272.77 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0154673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.599;QD=24.2461;RBI=0.0170166;REFB=-0.0379352;REVB=0.00709405;RO=20;SAF=11;SAR=14;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325547;STB=0.518102;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0186091;OID=.;OPOS=176011264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:14:11:8:12:14:11:8:12 chr5 176017455 . C T 181.19 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0178535;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.083;QD=15.7554;RBI=0.0187605;REFB=-0.0299311;REVB=-0.0057628;RO=27;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195896;STB=0.612131;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0410641;OID=.;OPOS=176017455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:27:27:19:19:0.413043:9:10:9:18:9:10:9:18 chr5 176017639 . C A 330.68 PASS AF=0.492958;AO=35;DP=71;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0199116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.787;QD=18.6297;RBI=0.0204055;REFB=-0.0298733;REVB=0.00446225;RO=35;SAF=12;SAR=23;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281539;STB=0.510198;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0267682;OID=.;OPOS=176017639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:36:35:35:0.492958:23:12:13:22:23:12:13:23 chr5 176024880 . C T 692.06 PASS AF=0.928571;AO=52;DP=56;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00660861;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.259;QD=49.4327;RBI=0.0176231;REFB=-0.195394;REVB=0.016337;RO=2;SAF=11;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295641;STB=0.554032;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00118563;OID=.;OPOS=176024880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:56:56:2:4:52:52:0.928571:41:11:1:1:41:11:3:1 chr5 176025938 . T C 456.55 PASS AF=0.916667;AO=32;DP=36;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00724722;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.699;QD=50.7283;RBI=0.0118471;REFB=-0.157519;REVB=-0.0093719;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.571383;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00183319;OID=.;OPOS=176025938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:36:36:0:3:32:33:0.916667:9:23:0:0:9:24:0:3 chr5 176026143 . C T 36.93 PASS AF=0.171429;AO=7;DP=36;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.062579;FXX=0.0540395;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3323;QD=4.22003;RBI=0.097286;REFB=0.00260594;REVB=0.0744878;RO=29;SAF=3;SAR=4;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187049;STB=0.571196;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00996772;OID=.;OPOS=176026143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:36:35:29:29:7:6:0.171429:4:3:17:12:3:3:17:12 chr5 176026146 . C T 44.36 PASS AF=0.205882;AO=8;DP=36;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00110565;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.669;QD=5.2194;RBI=0.00111157;REFB=-0.0199003;REVB=-0.000114525;RO=27;SAF=3;SAR=5;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25504;STB=0.627745;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.063754;OID=.;OPOS=176026146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:36:34:27:27:8:7:0.205882:5:3:16:11:4:3:16:11 chr5 176053622 . G A 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0891093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.662;QD=22.6785;RBI=0.0956845;REFB=-0.0110109;REVB=0.0348578;RO=5;SAF=1;SAR=9;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139199;STB=0.580463;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00349197;OID=.;OPOS=176053622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:9:1:1:4:9:1:1:4 chr5 176069831 . G A 1315.64 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2126;QD=61.9125;RBI=0.0354191;REFB=0;REVB=-0.0136124;RO=0;SAF=33;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69444e-05;OID=.;OPOS=176069831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:52:33:0:0:52:33:0:0 chr5 176081907 . C T 227.03 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0662284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9897;QD=13.5542;RBI=0.0818026;REFB=-0.00737099;REVB=0.0480153;RO=40;SAF=12;SAR=15;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11015;STB=0.562867;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0138882;OID=.;OPOS=176081907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:40:27:27:0.402985:15:12:22:18:15:12:22:18 chr5 176292570 . G A 449.1 PASS AF=0.404762;AO=50;DP=125;FAO=51;FDP=126;FR=.;FRO=75;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=58;FSRR=17;FWDB=-0.0209255;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.549;QD=14.2571;RBI=0.0271244;REFB=-0.011661;REVB=-0.0172585;RO=68;SAF=30;SAR=20;SRF=52;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184874;STB=0.608093;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.019332;OID=.;OPOS=176292570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:68:75:50:51:0.404762:20:30:52:16:20:31:58:17 chr5 176314639 . G A 76.13 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0129303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.518;QD=12.1813;RBI=0.024365;REFB=-0.0410588;REVB=0.0206508;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181314;STB=0.608469;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0468529;OID=.;OPOS=176314639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:7:3:7:8:7:3:7:8 chr5 176516631 . G A 281.39 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00476564;FXX=0.0147037;HRUN=5;LEN=1;MLLD=192.365;QD=16.7995;RBI=0.0150588;REFB=-0.0136537;REVB=0.0142849;RO=35;SAF=14;SAR=17;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00527004;STB=0.503889;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0149114;OID=.;OPOS=176516631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:35:36:31:31:0.462687:17:14:16:19:17:14:16:20 chr5 176517170 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.151;QD=45.8064;RBI=0.0599081;REFB=0;REVB=0.010001;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000880494;OID=.;OPOS=176517170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr5 176517292 . A G 622.11 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261453;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.3054;QD=57.8709;RBI=0.04664;REFB=0;REVB=-0.0386227;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104863;OID=.;OPOS=176517292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:43:0:0:39:43:1:26:13:0:0:29:14:0:0 chr5 176517326 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.842;QD=61.3364;RBI=0.0332543;REFB=0;REVB=0.0293189;RO=0;SAF=11;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122576;OID=.;OPOS=176517326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:29:11:0:0:29:11:0:0 chr5 176517461 . T G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.993;QD=47.8217;RBI=0.0523027;REFB=0;REVB=0.0504985;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386983;OID=.;OPOS=176517461;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr5 176517797 . C T 695.87 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00581518;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.793;QD=60.5104;RBI=0.0191697;REFB=0.0261947;REVB=0.0182664;RO=1;SAF=26;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017728;STB=0.509087;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-7.47501e-05;OID=.;OPOS=176517797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:44:45:0.978261:18:26:1:0:18:27:1:0 chr5 176518784 . C T 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00257114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.911;QD=56.9562;RBI=0.00985542;REFB=0;REVB=0.00951412;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.61227e-05;OID=.;OPOS=176518784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr5 176520243 . G A 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0437253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.175;QD=9.44459;RBI=0.0445418;REFB=-0.0357386;REVB=-0.00848925;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309795;STB=0.686962;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0498501;OID=.;OPOS=176520243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:2:8:3:3:2:8 chr5 176636882 . C T 598.22 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00723994;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.779;QD=61.3554;RBI=0.0105928;REFB=0;REVB=0.0077324;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.5485e-07;OID=.;OPOS=176636882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr5 176637149 . G A 365.0 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.881;QD=54.0746;RBI=0.0299482;REFB=0;REVB=0.0189481;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131097;OID=.;OPOS=176637149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:12:14:0:0:13:14:0:0 chr5 176637240 . G T 499.36 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00619897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0075;QD=53.9844;RBI=0.0324308;REFB=-0.0188285;REVB=0.0318329;RO=2;SAF=14;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104939;STB=0.505615;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0171537;OID=.;OPOS=176637240;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:21:14:1:1:21:14:1:1 chr5 176637576 . T C 271.56 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00975873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.976;QD=51.725;RBI=0.0489767;REFB=0;REVB=0.0479946;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000470073;OID=.;OPOS=176637576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:10:10:0:0:11:10:0:0 chr5 176831826 . C G 1490.77 PASS AF=1;AO=90;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.025;QD=63.4368;RBI=0.0246835;REFB=0;REVB=0.0176534;RO=0;SAF=51;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.27709e-07;OID=.;OPOS=176831826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:90:94:1:39:51:0:0:41:53:0:0 chr5 176885178 . A G 127.73 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7042;QD=42.5761;RBI=0.111659;REFB=0;REVB=-0.00794328;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136559;OID=.;OPOS=176885178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:9:2:0:0:9:3:0:0 chr5 176915143 . C T 278.68 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0418544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3837;QD=27.1885;RBI=0.042243;REFB=0.0156829;REVB=0.00571624;RO=16;SAF=12;SAR=13;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209862;STB=0.615298;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00390182;OID=.;OPOS=176915143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:13:12:3:13:13:12:3:13 chr5 176916516 . C T 40.02 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.105131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6105;QD=14.5515;RBI=0.1202;REFB=-0.0223434;REVB=-0.0582715;RO=4;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443891;STB=0.805371;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0242605;OID=.;OPOS=176916516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:4:5:6:6:0.545455:1:5:1:3:1:5:1:4 chr5 176917078 . T C 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00112251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.725;QD=17.5422;RBI=0.00162362;REFB=-0.0182611;REVB=-0.00117307;RO=14;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146131;STB=0.584302;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0118339;OID=.;OPOS=176917078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:16:15:15:0.483871:6:9:6:8:6:9:7:9 chr5 176930135 . G A 771.1 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0140455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.133;QD=55.0782;RBI=0.090393;REFB=-0.125558;REVB=0.0892952;RO=1;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136612;STB=0.50704;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00271517;OID=.;OPOS=176930135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:1:1:54:55:0.982143:34:20:0:1:35:20:0:1 chr5 176930171 . AGAG A 183.0 PASS AF=0.365079;AO=22;DP=64;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.00662058;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=3;MLLD=218.638;QD=11.6192;RBI=0.00693215;REFB=-0.0235233;REVB=-0.00205491;RO=38;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2026;STB=0.598245;STBP=0.28;TYPE=del;VARB=0.0417574;OID=.;OPOS=176930172;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.365079:22:64:23:63:40:11:12:13:27:99:38:11:11:12:26 chr5 176936650 . T C 425.36 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2213;QD=56.715;RBI=0.0439437;REFB=0;REVB=0.0352942;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129081;OID=.;OPOS=176936650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr5 176940384 . G A 128.81 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0222052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6303;QD=12.5667;RBI=0.0431654;REFB=-0.0199175;REVB=0.0370159;RO=24;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224101;STB=0.633152;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0304205;OID=.;OPOS=176940384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:26:15:15:0.365854:5:10:11:13:5:10:12:14 chr5 176951275 . GA G,GG 493.89 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=5,28;DP=33;FAO=2,32;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=2,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041193,0.0393858;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=145.533,160.743;QD=58.1047;RBI=0.0489217,0.0508973;REFB=0,0;REVB=0.0263907,0.032238;RO=0;SAF=1,9;SAR=4,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.62669e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.01615,0.00227962;OID=.,.;OPOS=176951276,176951276;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0588235,0.941176:5,28:33:2,32:34:0:0,11:2,21:0:0:6:0:1,9:4,19:0:0 chr5 176958397 . G A 345.96 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0126012;FXX=0.0384566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.868;QD=18.4512;RBI=0.0174554;REFB=-0.0228834;REVB=-0.0120789;RO=38;SAF=21;SAR=15;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196281;STB=0.615321;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0210005;OID=.;OPOS=176958397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:39:36:36:0.48:15:21:14:24:15:21:14:25 chr5 177022652 . A G 198.37 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0324037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5557;QD=44.0817;RBI=0.101295;REFB=-0.0385026;REVB=0.0959721;RO=1;SAF=16;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278054;STB=0.515134;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0511779;OID=.;OPOS=177022652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:1:16:1:0:1:16:1:0 chr5 177031348 . T C 35.76 PASS AF=0.4;AO=5;DP=14;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.012229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.064;QD=9.53618;RBI=0.0307729;REFB=-0.0470824;REVB=0.0282387;RO=9;SAF=2;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264433;STB=0.695017;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0518757;OID=.;OPOS=177031348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:14:15:9:9:5:6:0.4:3:2:6:3:4:2:6:3 chr5 177032050 . C G 165.24 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100558;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.5866;QD=47.2106;RBI=0.211819;REFB=0;REVB=0.186428;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0179214;OID=.;OPOS=177032050;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:13:1:0:0:13:1:0:0 chr5 177035964 . T C 236.94 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=83;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=-0.0755893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.624;QD=11.4189;RBI=0.0757548;REFB=-0.0095863;REVB=-0.00500447;RO=51;SAF=17;SAR=12;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170556;STB=0.591976;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0184242;OID=.;OPOS=177035964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:54:29:29:0.349398:12:17:22:29:12:17:24:30 chr5 177158620 . T C 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0152517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.28;QD=36.3483;RBI=0.0161137;REFB=-0.12973;REVB=-0.00519956;RO=1;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690901;STB=0.538392;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0125198;OID=.;OPOS=177158620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:5:6:1:0:5:6:1:0 chr5 177180236 . G A 628.48 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.983;QD=61.3148;RBI=0.0209558;REFB=0;REVB=0.00614164;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112938;OID=.;OPOS=177180236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:15:25:0:0:16:25:0:0 chr5 177422823 . C T 444.33 PASS AF=0.608696;AO=41;DP=67;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00987251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.615;QD=25.7585;RBI=0.0210629;REFB=-0.0176767;REVB=0.0186059;RO=25;SAF=18;SAR=23;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0565364;STB=0.520998;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00664135;OID=.;OPOS=177422823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:25:27:41:42:0.608696:23:18:13:12:24:18:13:14 chr5 177422876 . T C 1085.53 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0351556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.59;QD=57.8947;RBI=0.0400337;REFB=-0.0529509;REVB=-0.0191516;RO=1;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106301;STB=0.505616;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00342;OID=.;OPOS=177422876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:73:74:0.986667:44:29:0:1:44:30:0:1 chr5 177422908 . A G 232.2 PASS AF=0.411765;AO=27;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.00337256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.403;QD=13.6588;RBI=0.0112682;REFB=-0.0305582;REVB=-0.0107516;RO=38;SAF=10;SAR=17;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123031;STB=0.554208;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0348523;OID=.;OPOS=177422908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:40:27:28:0.411765:17:10:10:28:18:10:11:29 chr5 177547247 . T C 726.87 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196164;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.042;QD=57.0093;RBI=0.0200607;REFB=0;REVB=-0.00419878;RO=0;SAF=5;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20394e-05;OID=.;OPOS=177547247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:45:5:0:0:45:6:0:0 chr5 177550723 . T C 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=17;FSRR=0;FWDB=-0.0239173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.606;QD=11.1312;RBI=0.0239173;REFB=-0.00472309;REVB=0;RO=17;SAF=10;SAR=0;SRF=17;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00542107;OID=.;OPOS=177550723;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:0:10:17:0:0:10:17:0 chr5 177551169 . T C 145.86 PASS AF=0.551724;AO=13;DP=27;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0181975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5766;QD=20.1189;RBI=0.026099;REFB=-0.018499;REVB=0.0187085;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677773;STB=0.504581;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0307884;OID=.;OPOS=177551169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:29:13:13:13:16:0.551724:7:6:5:8:10:6:5:8 chr5 177551176 . T C 149.09 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0598198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.649;QD=18.6359;RBI=0.0616015;REFB=-0.00963541;REVB=-0.0147084;RO=16;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596367;STB=0.533857;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.011208;OID=.;OPOS=177551176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:10:6:5:11:10:6:5:11 chr5 177574561 . T C 220.78 PASS AF=0.409091;AO=26;DP=65;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=0.0110488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.637;QD=13.3808;RBI=0.0211431;REFB=-0.0212988;REVB=-0.0180265;RO=39;SAF=14;SAR=12;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137472;STB=0.567426;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0378516;OID=.;OPOS=177574561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:39:39:26:27:0.409091:12:14:26:13:12:15:26:13 chr5 177612734 . T C 1713.61 PASS AF=0.966667;AO=116;DP=120;FAO=116;FDP=120;FR=.;FRO=4;FSAF=56;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00650613;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.017;QD=57.1203;RBI=0.0119586;REFB=-0.0287612;REVB=0.0100339;RO=4;SAF=56;SAR=60;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147477;STB=0.507771;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.000313847;OID=.;OPOS=177612734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:120:120:4:4:116:116:0.966667:60:56:1:3:60:56:1:3 chr5 177612744 . A G 1776.15 PASS AF=0.991667;AO=116;DP=119;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0464855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.053;QD=59.205;RBI=0.0464882;REFB=-0.0747588;REVB=-0.000494575;RO=1;SAF=51;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00922077;STB=0.504586;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000364589;OID=.;OPOS=177612744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:120:1:1:116:119:0.991667:65:51:1:0:65:54:1:0 chr5 177612983 . G A 164.39 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0116334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.138;QD=13.6991;RBI=0.0150562;REFB=0.000855776;REVB=-0.0095579;RO=30;SAF=11;SAR=7;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494346;STB=0.528814;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.00165571;OID=.;OPOS=177612983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:7:11:17:13:7:11:17:13 chr5 177613123 . T C 696.54 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0110163;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.5386;QD=52.5692;RBI=0.0330393;REFB=0.0683181;REVB=0.0311486;RO=2;SAF=21;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00645825;STB=0.503431;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.0124932;OID=.;OPOS=177613123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:30:21:1:1:30:21:1:1 chr5 177613168 . C T 224.08 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0192614;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1019;QD=14.0051;RBI=0.0365881;REFB=-0.0174308;REVB=0.0311076;RO=35;SAF=8;SAR=19;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146408;STB=0.571187;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.015477;OID=.;OPOS=177613168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:35:37:27:27:0.421875:19:8:15:20:19:8:15:22 chr5 177613296 . C T 183.0 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00711527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.154;QD=17.4281;RBI=0.00741542;REFB=0.00506391;REVB=-0.00208838;RO=23;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178806;STB=0.601884;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.00557432;OID=.;OPOS=177613296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:8:11:9:14:8:11:9:14 chr5 177614001 . T C 248.57 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0055532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.644;QD=25.4944;RBI=0.0069358;REFB=-0.00677174;REVB=-0.0041554;RO=16;SAF=15;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219302;STB=0.512184;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.00882263;OID=.;OPOS=177614001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:8:15:10:6:8:15:10:6 chr5 177614090 . G C 108.01 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0142649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.428;QD=13.0919;RBI=0.0350643;REFB=-0.00207339;REVB=-0.0320315;RO=17;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379309;STB=0.752944;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00324583;OID=.;OPOS=177614090;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:20:13:13:0.393939:4:9:5:12:4:9:5:15 chr5 177614094 . C G 82.29 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0051863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.437;QD=10.2858;RBI=0.0303599;REFB=-0.0165449;REVB=-0.0299136;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.430247;STB=0.718553;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.077242;OID=.;OPOS=177614094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:32:32:19:21:11:11:0.34375:4:7:4:15:4:7:6:15 chr5 177614183 . T C 115.58 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.245;QD=42.031;RBI=0.0597207;REFB=0;REVB=0.0156604;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000730039;OID=.;OPOS=177614183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:10:11:1:9:1:0:0:9:2:0:0 chr5 177669413 . T G 472.76 PASS AF=0.619718;AO=43;DP=70;FAO=44;FDP=71;FR=.;FRO=27;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00954131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.465;QD=26.6343;RBI=0.0121322;REFB=-0.0250114;REVB=0.00749361;RO=27;SAF=27;SAR=16;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10714;STB=0.551723;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0131816;OID=.;OPOS=177669413;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:27:27:43:44:0.619718:16:27:13:14:17:27:13:14 chr5 177675217 . C T 275.18 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0428103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2152;QD=13.5892;RBI=0.0432912;REFB=-0.0107744;REVB=-0.00643499;RO=49;SAF=10;SAR=22;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111971;STB=0.564061;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0197087;OID=.;OPOS=177675217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:49:32:32:0.395062:22:10:20:29:22:10:20:29 chr5 177683377 . T C 54.31 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0770806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5477;QD=8.68897;RBI=0.0775108;REFB=-0.0139558;REVB=-0.00815482;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260944;STB=0.516089;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0261369;OID=.;OPOS=177683377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:3:5:11:6:3:5:11:6 chr5 177688772 . G A 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0297364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3332;QD=14.7013;RBI=0.0301342;REFB=0.00716411;REVB=-0.00488037;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143325;STB=0.601059;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.00654909;OID=.;OPOS=177688772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:15:12:12:0.444444:5:7:6:8:5:7:6:9 chr5 177715580 . CT C,CC,GC 798.48 PASS AF=0.517241,0.482759,0;AO=14,24,2;DP=56;FAO=30,28,0;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=17,17,0;FSAR=13,11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264229,0.0232012,0.026751;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,2;MLLD=119.939,119.616,106.774;QD=55.0674;RBI=0.0317826,0.0453941,0.0273597;REFB=0,0,0;REVB=0.0176625,0.039017,0.00573914;RO=0;SAF=10,17,0;SAR=4,7,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=3.63386e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.0166106,0.0212662,0;OID=.,.,.;OPOS=177715581,177715581,177715580;OREF=T,T,CT;OALT=-,C,GC;OMAPALT=C,CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:56:58:0:0:14,24,2:30,28,0:0.517241,0.482759,0:4,7,2:10,17,0:0:0:13,11,0:17,17,0:0:0 chr5 178359136 . A G 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.036674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.926;QD=14.7981;RBI=0.0372597;REFB=-0.00656997;REVB=0.00658056;RO=13;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195771;STB=0.615163;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.011152;OID=.;OPOS=178359136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:8:3:6:7:8:3:6:7 chr5 178391860 . G A 270.76 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0708701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5287;QD=15.9268;RBI=0.0730991;REFB=-0.0573362;REVB=-0.017914;RO=37;SAF=15;SAR=16;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286567;STB=0.516119;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0677319;OID=.;OPOS=178391860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:16:15:19:18:16:15:19:18 chr5 178391902 . A C 304.91 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00857206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.946;QD=26.5138;RBI=0.01491;REFB=-0.0187321;REVB=0.0121995;RO=19;SAF=11;SAR=16;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0506519;STB=0.528032;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0203596;OID=.;OPOS=178391902;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:16:11:9:10:16:11:9:10 chr5 178395850 . G C 594.64 PASS AF=0.551402;AO=59;DP=107;FAO=59;FDP=107;FR=.;FRO=48;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00905219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.619;QD=22.2294;RBI=0.00913799;REFB=0.00154637;REVB=0.00124927;RO=48;SAF=29;SAR=30;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442787;STB=0.524254;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.00128863;OID=.;OPOS=178395850;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:48:48:59:59:0.551402:30:29:21:27:30:29:21:27 chr5 178410538 . A C 70.84 PASS AF=0.5;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.043509;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2689;QD=15.7423;RBI=0.0514833;REFB=0.00696611;REVB=-0.0275226;RO=9;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22915;STB=0.636033;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.0104883;OID=.;OPOS=178410538;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:18:9:9:9:9:0.5:7:2:4:5:7:2:4:5 chr5 178413816 . T C 272.28 PASS AF=0.5;AO=28;DP=59;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0299089;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.619;QD=18.152;RBI=0.02993;REFB=-0.0209244;REVB=-0.00112507;RO=27;SAF=23;SAR=5;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30523;STB=0.666543;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0170825;OID=.;OPOS=178413816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:27:30:28:30:0.5:5:23:15:12:6:24:16:14 chr5 178413947 . T C 210.5 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00261094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.578;QD=26.3129;RBI=0.0164564;REFB=-0.0047913;REVB=-0.0162479;RO=12;SAF=9;SAR=11;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803379;STB=0.544542;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00230814;OID=.;OPOS=178413947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:11:9:4:8:11:9:4:8 chr5 178415937 . A G 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00606177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.698;QD=9.76009;RBI=0.0140007;REFB=-0.00954173;REVB=-0.0126204;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157904;STB=0.59674;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0140023;OID=.;OPOS=178415937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:7:5:4:3:7:5 chr5 178415982 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.989;QD=57.6803;RBI=0.0233588;REFB=0;REVB=-0.0183479;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.67898e-06;OID=.;OPOS=178415982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr5 178416063 . G A 221.95 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.015979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.494;QD=25.3657;RBI=0.0256362;REFB=-0.0219089;REVB=0.0200471;RO=14;SAF=7;SAR=14;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127962;STB=0.571359;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0144988;OID=.;OPOS=178416063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:14:7:7:7:14:7:7:7 chr5 178416288 . G A 495.81 PASS AF=0.605263;AO=45;DP=75;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0140126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.557;QD=26.0955;RBI=0.0362306;REFB=-0.0427669;REVB=0.0334112;RO=29;SAF=27;SAR=18;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681013;STB=0.538445;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0261282;OID=.;OPOS=178416288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:29:30:45:46:0.605263:18:27:20:9:18:28:21:9 chr5 178459283 . A G 186.94 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=35;FWDB=-0.0304848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3328;QD=10.682;RBI=0.0338879;REFB=-0.0184196;REVB=-0.0148008;RO=46;SAF=7;SAR=17;SRF=11;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746813;STB=0.543249;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.036174;OID=.;OPOS=178459283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:46:24:24:0.342857:17:7:11:35:17:7:11:35 chr5 178459426 . A C 435.41 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.000989907;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.755;QD=23.5357;RBI=0.0129754;REFB=-0.0161486;REVB=0.0129375;RO=32;SAF=20;SAR=22;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00586908;STB=0.503224;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0121506;OID=.;OPOS=178459426;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:32:42:42:0.567568:22:20:15:17:22:20:15:17 chr5 178507069 . T C 279.02 PASS AF=0.851852;AO=23;DP=27;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00909279;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=172.682;QD=41.3369;RBI=0.0276386;REFB=-0.0370959;REVB=0.0261001;RO=4;SAF=10;SAR=13;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516567;STB=0.528029;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.00234538;OID=.;OPOS=178507069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:27:27:4:4:23:23:0.851852:13:10:1:3:13:10:1:3 chr5 178507090 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.298;QD=54.5173;RBI=0.0150371;REFB=0;REVB=0.00474364;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.55038e-05;OID=.;OPOS=178507090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr5 178540975 . G A 395.37 PASS AF=0.376;AO=47;DP=125;FAO=47;FDP=125;FR=.;FRO=78;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=0.000283907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.263;QD=12.652;RBI=0.00538138;REFB=-0.0176013;REVB=-0.00537388;RO=77;SAF=21;SAR=26;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653844;STB=0.533319;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0239838;OID=.;OPOS=178540975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:77:78:47:47:0.376:26:21:39:38:26:21:39:39 chr5 178564807 . G A 449.3 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=86;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.0353176;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.813;QD=21.1433;RBI=0.0426782;REFB=-0.0150646;REVB=0.0239604;RO=40;SAF=27;SAR=17;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185018;STB=0.596721;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0154681;OID=.;OPOS=178564807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:40:41:44:44:0.517647:17:27:16:24:17:27:17:24 chr5 178581859 . G A 164.96 PASS AF=0.391304;AO=17;DP=45;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.00485329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.03;QD=14.3443;RBI=0.0160508;REFB=-0.00868217;REVB=0.0152995;RO=28;SAF=10;SAR=7;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0610216;STB=0.52049;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0144079;OID=.;OPOS=178581859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:28:28:17:18:0.391304:7:10:18:10:7:11:18:10 chr5 178634547 . G A 120.64 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0143695;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.425;QD=21.9349;RBI=0.0188095;REFB=-0.0466798;REVB=0.0121373;RO=9;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394853;STB=0.522354;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0206501;OID=.;OPOS=178634547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:23:22:9:9:13:13:0.590909:8:5:3:6:8:5:3:6 chr5 178634619 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.463;QD=61.6836;RBI=0.0697744;REFB=0;REVB=0.0608845;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000483562;OID=.;OPOS=178634619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:13:28:0:0:13:28:0:0 chr5 178634672 . C T 505.55 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285523;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.745;QD=59.4761;RBI=0.0350641;REFB=0;REVB=0.0203532;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014412;OID=.;OPOS=178634672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr5 178770981 . A G 785.1 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.193;QD=57.0985;RBI=0.0174344;REFB=0;REVB=0.00314155;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.87853e-05;OID=.;OPOS=178770981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:22:32:0:0:22:33:0:0 chr5 178949560 . AG GT 375.88 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00725657;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=177.069;QD=55.6859;RBI=0.010789;REFB=0;REVB=-0.00798408;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000124431;OID=.;OPOS=178949560;OREF=AG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:13:13:0:0:14:13:0:0 chr5 178949580 . C T 623.19 PASS AF=0.90566;AO=48;DP=53;FAO=48;FDP=53;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0184185;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.475;QD=47.0334;RBI=0.0299001;REFB=-0.138662;REVB=0.0235537;RO=4;SAF=26;SAR=22;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670593;STB=0.543842;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00122194;OID=.;OPOS=178949580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:53:53:4:5:48:48:0.90566:22:26:4:0:22:26:5:0 chr5 178949781 . A G 101.89 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0359198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2917;QD=40.7562;RBI=0.045465;REFB=0;REVB=-0.0278717;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00249819;OID=.;OPOS=178949781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr5 178951598 . G A 347.66 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0361607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7399;QD=51.5055;RBI=0.0436697;REFB=0.0921132;REVB=0.0244837;RO=1;SAF=14;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320266;STB=0.517228;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.00256158;OID=.;OPOS=178951598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:12:14:1:0:12:14:1:0 chr5 179036433 . G A 616.41 PASS AF=0.54955;AO=61;DP=111;FAO=61;FDP=111;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=0.0303926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.893;QD=22.213;RBI=0.0373421;REFB=-0.020617;REVB=0.021696;RO=50;SAF=26;SAR=35;SRF=17;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734297;STB=0.540164;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0173343;OID=.;OPOS=179036433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:50:50:61:61:0.54955:35:26:17:33:35:26:17:33 chr5 179069468 . A G 34.28 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0505635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0368;QD=4.15537;RBI=0.0813087;REFB=-0.00651721;REVB=-0.0636745;RO=27;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201684;STB=0.635943;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0318337;OID=.;OPOS=179069468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:3:3:9:18:3:3:9:18 chr5 179071866 . A G 223.53 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.00557033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5768;QD=14.9017;RBI=0.0352281;REFB=-0.0132468;REVB=-0.0347849;RO=34;SAF=13;SAR=13;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20679;STB=0.616582;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.014134;OID=.;OPOS=179071866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:13:13:10:24:13:13:10:24 chr5 179078940 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.58;QD=60.9784;RBI=0.0179085;REFB=0;REVB=0.00940396;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.78828e-05;OID=.;OPOS=179078940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr5 179079104 . G A 121.37 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0266879;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0025;QD=23.1177;RBI=0.0338807;REFB=-0.0157604;REVB=0.0208724;RO=8;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145706;STB=0.581968;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00717106;OID=.;OPOS=179079104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:22:21:8:8:13:13:0.619048:6:7:6:2:6:7:6:2 chr5 179126090 . C T 94.42 PASS AF=0.611111;AO=8;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0194483;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.613;QD=20.9825;RBI=0.0202567;REFB=-0.0302199;REVB=0.00566526;RO=4;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292303;STB=0.653205;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0139738;OID=.;OPOS=179126090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:18:18:4:7:8:11:0.611111:4:4:4:0:6:5:6:1 chr5 179203933 . A G 177.59 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0122781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.812;QD=14.4974;RBI=0.0194901;REFB=-0.0290176;REVB=-0.0151364;RO=30;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133008;STB=0.576843;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0277651;OID=.;OPOS=179203933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:9:10:12:18:9:10:12:18 chr5 179260153 . C T 344.69 PASS AF=0.931034;AO=25;DP=27;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.051483;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.5916;QD=47.5431;RBI=0.0556847;REFB=-0.189975;REVB=0.02122;RO=2;SAF=10;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084107;STB=0.54542;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00676292;OID=.;OPOS=179260153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:27:29:2:2:25:27:0.931034:15:10:2:0:17:10:2:0 chr5 179260213 . G A 283.43 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0270129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7767;QD=43.6042;RBI=0.0326252;REFB=-0.0763254;REVB=0.0182949;RO=2;SAF=5;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589862;STB=0.519214;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0379364;OID=.;OPOS=179260213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:26:26:2:3:23:23:0.884615:18:5:1:1:18:5:1:2 chr5 179264731 . T C 1156.93 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00441779;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.98;QD=60.8911;RBI=0.011346;REFB=0;REVB=0.0104506;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54311e-05;OID=.;OPOS=179264731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:43:33:0:0:43:33:0:0 chr5 179267949 . T C 837.2 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307881;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.387;QD=57.7376;RBI=0.0317708;REFB=0;REVB=-0.0078407;RO=0;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21851e-05;OID=.;OPOS=179267949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:0:0:58:58:1:25:33:0:0:25:33:0:0 chr5 179280379 . T C 747.09 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.754;QD=63.5823;RBI=0.0155933;REFB=0;REVB=0.0105181;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82178e-05;OID=.;OPOS=179280379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:30:16:0:0:30:17:0:0 chr5 179285752 . G A 887.75 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0557807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.355;QD=56.3651;RBI=0.111062;REFB=-0.176058;REVB=0.0960376;RO=1;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178116;STB=0.509431;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00595682;OID=.;OPOS=179285752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:26:36:0:1:26:36:0:1 chr5 179287576 . C G 456.27 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00453848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.694;QD=55.3058;RBI=0.0237735;REFB=-0.167001;REVB=0.0233363;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.512812;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000545837;OID=.;OPOS=179287576;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:31:33:0:1:31:32:0.969697:18:13:0:0:19:13:0:1 chr5 179287585 . GC CT 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277434;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=201.64;QD=56.1916;RBI=0.0278129;REFB=0;REVB=0.00196455;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000152944;OID=.;OPOS=179287585;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr5 179287597 . C G 193.54 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.0173587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.659;QD=23.4597;RBI=0.0204671;REFB=-0.000105878;REVB=0.0108434;RO=14;SAF=12;SAR=7;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406017;STB=0.724861;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.000874926;OID=.;OPOS=179287597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:7:12:1:13:7:12:1:13 chr5 179287622 . G A,GTA 391.48 PASS AF=0.0666667,0.9;AO=2,27;DP=30;FAO=2,27;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=0,13;FSAR=2,14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0449221,0.0438826;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=78.6485,215.805;QD=52.1969;RBI=0.050608,0.0562998;REFB=-0.0137051,-0.0983315;REVB=0.0233061,0.0352701;RO=1;SAF=0,13;SAR=2,14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.697199,-0.0344248;STB=0.993266,0.518505;STBP=0.232,0.56;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0601277,0.010709;OID=.,.;OPOS=179287622,179287623;OREF=G,-;OALT=A,TA;OMAPALT=A,GTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:30:30:1:1:2,27:2,27:0.0666667,0.9:2,14:0,13:1:0:2,14:0,13:1:0 chr5 179290845 . T G 526.76 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00674805;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.527;QD=56.9473;RBI=0.0427952;REFB=0.143428;REVB=0.0422598;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514278;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.000475624;OID=.;OPOS=179290845;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:17:19:0:0:17:19:0:1 chr5 179529124 . G A 124.03 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.044154;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.689;QD=16.0035;RBI=0.0448851;REFB=-0.0146878;REVB=0.00806813;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195189;STB=0.611503;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0280242;OID=.;OPOS=179529124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:8:6:4:13:8:6:4:13 chr5 179555407 . T C 158.13 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.029113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.206;QD=9.88288;RBI=0.0291433;REFB=-0.00865348;REVB=-0.00132766;RO=43;SAF=9;SAR=12;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147412;STB=0.586585;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0164074;OID=.;OPOS=179555407;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:43:21:21:0.328125:12:9:24:19:12:9:24:19 chr5 179563435 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0971397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.639;QD=48.7369;RBI=0.0993408;REFB=0;REVB=0.0207962;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00281705;OID=.;OPOS=179563435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr5 179729519 . A G 508.07 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0850966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1856;QD=56.452;RBI=0.0870307;REFB=-0.0554456;REVB=0.0182458;RO=1;SAF=18;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252795;STB=0.513506;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000802616;OID=.;OPOS=179729519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:17:18:1:0:17:18:1:0 chr5 179734200 . A G 165.57 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00959999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.275;QD=9.73942;RBI=0.0155208;REFB=0.000251278;REVB=-0.0121957;RO=46;SAF=14;SAR=8;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160199;STB=0.594433;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.000693484;OID=.;OPOS=179734200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:46:46:22:22:0.323529:8:14:23:23:8:14:23:23 chr5 179734230 . C G 163.7 PASS AF=0.283951;AO=21;DP=79;FAO=23;FDP=81;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0135753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.062;QD=8.08417;RBI=0.0350805;REFB=-0.0223365;REVB=-0.0323474;RO=58;SAF=14;SAR=7;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167467;STB=0.554408;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0644413;OID=.;OPOS=179734230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:58:58:21:23:0.283951:7:14:31:27:9:14:31:27 chr5 179740827 . T C 541.87 PASS AF=0.478992;AO=57;DP=117;FAO=57;FDP=119;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=-0.0135795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6659;QD=18.2141;RBI=0.0249169;REFB=-0.0300414;REVB=0.0208914;RO=60;SAF=30;SAR=27;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147238;STB=0.580447;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0306456;OID=.;OPOS=179740827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:60:62:57:57:0.478992:27:30:22:38:27:30:23:39 chr5 179740875 . T G 644.27 PASS AF=0.528926;AO=64;DP=119;FAO=64;FDP=121;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0113605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.883;QD=21.2983;RBI=0.0113719;REFB=-0.038099;REVB=-0.000508459;RO=53;SAF=21;SAR=43;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127776;STB=0.582179;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.02967;OID=.;OPOS=179740875;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:121:53:57:64:64:0.528926:43:21:25:28:43:21:28:29 chr5 179996111 . C T 620.91 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00807592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.888;QD=59.1342;RBI=0.0168137;REFB=-0.15762;REVB=-0.0147472;RO=1;SAF=17;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267986;STB=0.514279;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00085135;OID=.;OPOS=179996111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:42:1:1:41:41:0.97619:24:17:1:0:24:17:1:0 chr5 180046344 . G C 191.08 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00432041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9354;QD=15.5984;RBI=0.0105255;REFB=-0.0292411;REVB=-0.00959794;RO=29;SAF=13;SAR=7;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142176;STB=0.582006;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.047288;OID=.;OPOS=180046344;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:7:13:15:14:7:13:15:14 chr5 180046492 . CAG C 84.81 PASS AF=0.354839;AO=9;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00361404;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=291.7;QD=10.9427;RBI=0.050505;REFB=-0.0140636;REVB=-0.0503756;RO=18;SAF=7;SAR=2;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154457;STB=0.559328;STBP=0.664;TYPE=del;VARB=0.0248421;OID=.;OPOS=180046493;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.354839:9:31:11:31:20:8:3:13:7:84:18:7:2:12:6 chr5 180046636 . G C 113.04 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0947162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6443;QD=17.3901;RBI=0.0950291;REFB=-0.00167401;REVB=-0.00770514;RO=13;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00310581;OID=.;OPOS=180046636;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:9:4:4:9:9:4:4:9 chr5 180120149 . T C 128.87 PASS AF=0.340909;AO=14;DP=43;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0781724;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.845;QD=11.715;RBI=0.0786122;REFB=-0.0148581;REVB=-0.00830421;RO=27;SAF=5;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220981;STB=0.666444;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0242711;OID=.;OPOS=180120149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:27:29:14:15:0.340909:9:5:15:12:10:5:17:12 chr5 180166461 . C G 187.05 PASS AF=0.894737;AO=16;DP=18;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0762303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.769;QD=39.3794;RBI=0.0762627;REFB=-0.0551263;REVB=-0.00222293;RO=1;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397692;STB=0.541619;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00330337;OID=.;OPOS=180166461;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:19:1:2:16:17:0.894737:11:5:0:1:11:6:0:2 chr5 180276402 . C T 1381.1 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.053387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5351;QD=61.3823;RBI=0.0654473;REFB=0.05887;REVB=0.0378574;RO=0;SAF=56;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.000892247;OID=.;OPOS=180276402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:89:89:0.988889:33:56:0:0:33:56:1:0 chr5 180277343 . T C 209.73 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0105815;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.503;QD=18.6423;RBI=0.0182614;REFB=-0.0229254;REVB=0.0148833;RO=24;SAF=7;SAR=14;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311189;STB=0.676304;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0246314;OID=.;OPOS=180277343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:14:7:16:8:14:7:16:8 chr5 180278393 . C G 357.55 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.118029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1247;QD=55.0074;RBI=0.118108;REFB=0;REVB=0.00430624;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000821257;OID=.;OPOS=180278393;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:15:9:0:0:15:11:0:0 chr5 180377018 . C A 303.78 PASS AF=0.595238;AO=22;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00380913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.473;QD=28.9309;RBI=0.0140181;REFB=-0.0276664;REVB=0.0134906;RO=15;SAF=3;SAR=19;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354999;STB=0.709474;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0143736;OID=.;OPOS=180377018;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:15:22:25:0.595238:19:3:7:8:22:3:7:8 chr5 180420155 . T C 260.51 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0337042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.756;QD=14.4728;RBI=0.0340963;REFB=-0.0082648;REVB=0.00515584;RO=41;SAF=9;SAR=21;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275588;STB=0.663681;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00688316;OID=.;OPOS=180420155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:42:30:30:0.416667:21:9:23:18:21:9:24:18 chr5 180483533 . T C 312.09 PASS AF=0.642857;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.030602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.261;QD=29.7232;RBI=0.0356626;REFB=-0.00754316;REVB=0.0183122;RO=15;SAF=14;SAR=13;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768494;STB=0.542222;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.00320824;OID=.;OPOS=180483533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:15:27:27:0.642857:13:14:6:9:13:14:6:9 chr5 180486247 . G C,T 448.72 PASS AF=0.28125,0.71875;AO=8,24;DP=32;FAO=9,23;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=9,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145146,0.0327749;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=61.7671,138.224;QD=56.0906;RBI=0.0271325,0.0421766;REFB=0,0;REVB=0.0229238,0.0265456;RO=0;SAF=0,15;SAR=8,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0561155,5.17487e-05;OID=.,.;OPOS=180486247,180486247;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:61:32:32:0:0:8,24:9,23:0.28125,0.71875:8,9:0,15:0:0:9,8:0,15:0:0 chr5 180486785 . G C 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.815;QD=34.6655;RBI=0.0223424;REFB=0.0967994;REVB=0.0223424;RO=1;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00285882;OID=.;OPOS=180486785;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:10:0:0:1:10:0:0:1 chr5 180551594 . T C 138.91 PASS AF=0.363636;AO=13;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.120479;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=39.2919;QD=12.6284;RBI=0.120705;REFB=-0.00438614;REVB=0.00737367;RO=22;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260252;STB=0.64687;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.000757135;OID=.;OPOS=180551594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:28:13:16:0.363636:4:9:10:12:5:11:13:15 chr5 180582604 . A G 306.3 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7132;QD=53.2699;RBI=0.0274934;REFB=0;REVB=-0.02503;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000430708;OID=.;OPOS=180582604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr5 180596597 . A G 1546.92 PASS AF=0.669951;AO=132;DP=198;FAO=136;FDP=203;FR=.;FRO=67;FSAF=53;FSAR=83;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.0551222;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.1871;QD=30.4812;RBI=0.0555331;REFB=-0.0101016;REVB=0.00674296;RO=66;SAF=50;SAR=82;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492675;STB=0.525036;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00491152;OID=.;OPOS=180596597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:203:66:67:132:136:0.669951:82:50:30:36:83:53:31:36 chr5 180600638 . T C 888.55 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00725659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.803;QD=56.4156;RBI=0.0825223;REFB=-0.0694881;REVB=0.0822026;RO=1;SAF=35;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132996;STB=0.50704;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000594738;OID=.;OPOS=180600638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:27:35:1:0:27:35:1:0 chr5 180615933 . T C 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0269386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.022;QD=16.0422;RBI=0.0349242;REFB=-0.00861064;REVB=-0.0222264;RO=26;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1184;STB=0.568003;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.011184;OID=.;OPOS=180615933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:11:8:14:12:11:8:14:12 chr5 180618713 . A AC 678.6 PASS AF=1;AO=61;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0842711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.4849;QD=38.231;RBI=0.101869;REFB=-0.0175987;REVB=-0.0572328;RO=8;SAF=35;SAR=26;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678495;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000312486;OID=.;OPOS=180618714;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:61:72:71:71:0:43:28:0:0:11:8:35:26:7:1 chr5 180626927 . A G 418.11 PASS AF=0.451923;AO=46;DP=104;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.00603682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.158;QD=16.081;RBI=0.0158736;REFB=-0.0145518;REVB=-0.0146809;RO=54;SAF=31;SAR=15;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159823;STB=0.577272;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0169102;OID=.;OPOS=180626927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:54:57:46:47:0.451923:15:31:28:26:16:31:30:27 chr5 180645350 . G C 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0338426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.855;QD=10.1418;RBI=0.0339018;REFB=0.0161966;REVB=-0.00200301;RO=25;SAF=4;SAR=8;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296676;STB=0.678277;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.0147872;OID=.;OPOS=180645350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:8:4:15:10:8:4:15:10 chr5 180645353 . A G 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0142023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.993;QD=10.1418;RBI=0.015185;REFB=-0.001348;REVB=0.00537389;RO=25;SAF=4;SAR=8;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296676;STB=0.678277;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00385501;OID=.;OPOS=180645353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:8:4:15:10:8:4:15:10 chr5 180664200 . C T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0158161;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.2;QD=14.3343;RBI=0.0163025;REFB=-0.0119206;REVB=0.00395221;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15627;STB=0.592381;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0189409;OID=.;OPOS=180664200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:6:3:5:5:6:3:5:5 chr5 180687212 . C T 397.8 PASS AF=0.465909;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=0.00800854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.603;QD=18.0819;RBI=0.00998882;REFB=-0.0134685;REVB=0.00596991;RO=47;SAF=15;SAR=26;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118528;STB=0.565832;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.014045;OID=.;OPOS=180687212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:47:47:41:41:0.465909:26:15:12:35:26:15:12:35 chr5 180687428 . CTCT C 146.87 PASS AF=0.555556;AO=14;DP=29;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.014087;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=3;MLLD=218.802;QD=21.758;RBI=0.0344222;REFB=-0.0635417;REVB=0.0314078;RO=11;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204611;STB=0.545393;STBP=0.654;TYPE=del;VARB=0.0396548;OID=.;OPOS=180687429;OREF=TCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.555556:14:29:15:27:12:9:6:6:6:99:11:8:6:6:5 chr6 335175 . A T 307.86 PASS AF=1;AO=17;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.899;QD=53.5412;RBI=0.0713132;REFB=0;REVB=0.0555453;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000624713;OID=.;OPOS=335175;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:17:23:1:5:12:0:0:8:15:0:0 chr6 348906 . G A 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0389518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.376;QD=6.10492;RBI=0.040729;REFB=0.000730075;REVB=-0.0119001;RO=26;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593907;STB=0.538364;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.00457074;OID=.;OPOS=348906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:5:3:11:15:5:3:11:15 chr6 350940 . T TA 83.16 PASS AF=0.296875;AO=18;DP=68;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.114601;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.402;QD=5.19728;RBI=0.124108;REFB=0.0211715;REVB=0.0476386;RO=48;SAF=8;SAR=10;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016842;STB=0.520639;STBP=0.845;TYPE=ins;VARB=-0.06028;OID=.;OPOS=350941;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.296875:18:68:19:64:45:9:10:20:25:83:48:8:10:22:26 chr6 408012 . G A 718.05 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035683;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7978;QD=57.4442;RBI=0.0516013;REFB=0;REVB=0.037275;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000798085;OID=.;OPOS=408012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr6 408079 . C T 1301.1 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00517867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.862;QD=61.9571;RBI=0.0115112;REFB=0;REVB=0.0102806;RO=0;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77024e-05;OID=.;OPOS=408079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:83:84:1:48:35:0:0:48:36:0:0 chr6 564145 . A G 317.16 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0102975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3626;QD=45.3084;RBI=0.0340996;REFB=-0.0211651;REVB=0.0325076;RO=3;SAF=1;SAR=24;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269573;STB=0.648498;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00330719;OID=.;OPOS=564145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:3:3:25:25:0.892857:24:1:1:2:24:1:1:2 chr6 656143 . C A 772.69 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.684;QD=56.1955;RBI=0.0117804;REFB=0;REVB=-0.00580047;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371775;OID=.;OPOS=656143;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:34:20:0:0:34:21:0:0 chr6 1395805 . AT AA,A 221.76 PASS AF=0.0294118,0.970588;AO=2,21;DP=36;FAO=1,33;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=1,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0819067,-0.108729;FXX=0.0555401;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=10.3527,8.70488;QD=26.0889;RBI=0.103558,0.117675;REFB=0,0;REVB=-0.0633684,-0.0450042;RO=1;SAF=1,11;SAR=1,10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.25849,0.0439301;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.117057,0.0030644;OID=.,.;OPOS=1395806,1395806;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0294118,0.970588:2,21:36:1,33:34:0:0,15:1,18:0:0:5:1:1,11:1,10:0:1 chr6 1507626 . G A 72.41 PASS AF=0.168831;AO=13;DP=78;FAO=13;FDP=77;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=0.00739941;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.437;QD=3.76147;RBI=0.00771027;REFB=-0.00527526;REVB=-0.00216726;RO=63;SAF=8;SAR=5;SRF=41;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475898;STB=0.522354;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0372752;OID=.;OPOS=1507626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:78:77:63:64:13:13:0.168831:5:8:41:22:5:8:41:23 chr6 1507808 . G T 235.16 PASS AF=0.263566;AO=34;DP=129;FAO=34;FDP=129;FR=.;FRO=95;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=59;FWDB=-0.00174174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.055;QD=7.29164;RBI=0.0150167;REFB=-0.00763754;REVB=-0.0149153;RO=91;SAF=12;SAR=22;SRF=33;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129077;STB=0.520698;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0259215;OID=.;OPOS=1507808;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:91:95:34:34:0.263566:22:12:33:58:22:12:36:59 chr6 1523145 . C CG,G 714.42 PASS AF=0.145833,0.854167;AO=5,43;DP=49;FAO=7,41;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30;FSAR=7,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0795819,-0.0239409;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=28.2972,55.1753;QD=59.5347;RBI=0.0915397,0.0293412;REFB=0,0;REVB=-0.0452354,-0.0169629;RO=1;SAF=0,30;SAR=5,13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.034749;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0135199,-0.00462615;OID=.,.;OPOS=1523146,1523145;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:36:49:48:1:0:5,43:7,41:0.145833,0.854167:5,13:0,30:0:1:7,11:0,30:0:0 chr6 1742794 . A G 528.72 PASS AF=0.8;AO=44;DP=56;FAO=44;FDP=55;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0560764;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4831;QD=38.4523;RBI=0.0564349;REFB=-0.0198791;REVB=0.00635102;RO=11;SAF=15;SAR=29;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117201;STB=0.563077;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00466739;OID=.;OPOS=1742794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:56:55:11:11:44:44:0.8:29:15:7:4:29:15:7:4 chr6 2623861 . C G 344.38 PASS AF=0.8;AO=25;DP=32;FAO=28;FDP=35;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00788054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.338;QD=39.3573;RBI=0.0896629;REFB=-0.0330652;REVB=0.0893159;RO=7;SAF=17;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490587;STB=0.507457;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0138382;OID=.;OPOS=2623861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:32:35:7:7:25:28:0.8:8:17:4:3:11:17:4:3 chr6 2623930 . G A 734.99 PASS AF=0.776316;AO=59;DP=76;FAO=59;FDP=76;FR=.;FRO=17;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.026616;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.542;QD=38.6836;RBI=0.0395349;REFB=-0.0335552;REVB=0.0292335;RO=17;SAF=31;SAR=28;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474221;STB=0.525415;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0124568;OID=.;OPOS=2623930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:17:17:59:59:0.776316:28:31:7:10:28:31:7:10 chr6 2667031 . A G 199.72 PASS AF=0.818182;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0025425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.418;QD=36.3119;RBI=0.0456247;REFB=-0.0048311;REVB=0.0455538;RO=4;SAF=10;SAR=8;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658029;STB=0.536043;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00162439;OID=.;OPOS=2667031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:22:22:4:4:18:18:0.818182:8:10:3:1:8:10:3:1 chr6 2668071 . G C 528.49 PASS AF=0.925;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=40;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0211043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9797;QD=52.8491;RBI=0.031583;REFB=0.0168477;REVB=-0.0234967;RO=3;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475861;STB=0.52541;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.00074841;OID=.;OPOS=2668071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:40:40:3:3:37:37:0.925:28:9:0:3:28:9:0:3 chr6 2675271 . C T 530.14 PASS AF=0.86;AO=40;DP=48;FAO=43;FDP=50;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0171882;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6742;QD=42.4113;RBI=0.0420174;REFB=-0.0534027;REVB=0.0383409;RO=7;SAF=17;SAR=23;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412839;STB=0.525493;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00474451;OID=.;OPOS=2675271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:50:7:7:40:43:0.86:23:17:4:3:26:17:4:3 chr6 2749381 . C T 936.55 PASS AF=0.731481;AO=79;DP=108;FAO=79;FDP=108;FR=.;FRO=29;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0100272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.43;QD=34.6872;RBI=0.0212635;REFB=-0.00577341;REVB=-0.0187507;RO=29;SAF=47;SAR=32;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497469;STB=0.526645;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00220244;OID=.;OPOS=2749381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:29:29:79:79:0.731481:32:47:20:9:32:47:20:9 chr6 2766465 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.108737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.536;QD=33.4284;RBI=0.113475;REFB=0;REVB=-0.0324458;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00606222;OID=.;OPOS=2766465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr6 2955802 . T C 30.63 PASS AF=0.0746269;AO=10;DP=134;FAO=10;FDP=134;FR=.;FRO=124;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=57;FSRR=67;FWDB=-0.0087019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.252;QD=0.914444;RBI=0.0300651;REFB=-0.00403846;REVB=-0.0287782;RO=118;SAF=3;SAR=7;SRF=53;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171559;STB=0.653888;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.038816;OID=.;OPOS=2955802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:134:134:118:124:10:10:0.0746269:7:3:53:65:7:3:57:67 chr6 3010390 . C T 764.63 PASS AF=0.949153;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0326853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3092;QD=51.8391;RBI=0.0363654;REFB=-0.0742555;REVB=-0.015941;RO=3;SAF=28;SAR=28;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159568;STB=0.508472;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00374892;OID=.;OPOS=3010390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:59:3:3:56:56:0.949153:28:28:2:1:28:28:2:1 chr6 3015790 . A G 1629.7 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00993959;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.862;QD=60.3593;RBI=0.0110705;REFB=0;REVB=0.00487456;RO=0;SAF=54;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81964e-05;OID=.;OPOS=3015790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:54:54:0:0:54:54:0:0 chr6 3019927 . G C 321.12 PASS AF=0.8125;AO=26;DP=32;FAO=26;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00209986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.254;QD=40.1405;RBI=0.0311147;REFB=-0.0849827;REVB=0.0310438;RO=6;SAF=18;SAR=8;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586766;STB=0.531768;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00702916;OID=.;OPOS=3019927;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:32:32:6:6:26:26:0.8125:8:18:5:1:8:18:5:1 chr6 3154871 . A C 296.61 PASS AF=0.5;AO=29;DP=62;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0265639;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.292;QD=18.5381;RBI=0.0378454;REFB=-0.0148568;REVB=-0.0269562;RO=32;SAF=15;SAR=14;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22008;STB=0.623478;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0310774;OID=.;OPOS=3154871;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:32:32:29:32:0.5:14:15:9:23:15:17:9:23 chr6 3154882 . C T 119.78 PASS AF=0.283333;AO=17;DP=60;FAO=17;FDP=60;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.012311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.224;QD=7.98519;RBI=0.0232979;REFB=-0.00730742;REVB=-0.0197796;RO=40;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00377312;STB=0.532593;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0125765;OID=.;OPOS=3154882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:43:17:17:0.283333:11:6:14:26:11:6:17:26 chr6 3225759 . C A 163.27 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0208835;FXX=0.103413;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1203;QD=25.1179;RBI=0.0333053;REFB=-0.0127489;REVB=0.0259446;RO=10;SAF=14;SAR=2;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.550871;STB=0.813504;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0130933;OID=.;OPOS=3225759;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:29:26:10:10:16:16:0.615385:2:14:2:8:2:14:2:8 chr6 3255327 . G A 726.25 PASS AF=0.794521;AO=58;DP=73;FAO=58;FDP=73;FR=.;FRO=15;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0194484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.656;QD=39.7943;RBI=0.0494732;REFB=0.0319419;REVB=-0.0454902;RO=15;SAF=38;SAR=20;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104412;STB=0.555984;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00755783;OID=.;OPOS=3255327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:73:73:15:15:58:58:0.794521:20:38:6:9:20:38:6:9 chr6 3255340 . A C 935.75 PASS AF=0.808989;AO=70;DP=88;FAO=72;FDP=89;FR=.;FRO=17;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00820731;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.022;QD=42.0561;RBI=0.0105171;REFB=-0.00712343;REVB=-0.00657645;RO=17;SAF=44;SAR=26;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384196;STB=0.522372;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00191292;OID=.;OPOS=3255340;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:17:17:70:72:0.808989:26:44:9:8:26:46:9:8 chr6 3264487 . T C 747.6 PASS AF=0.828571;AO=58;DP=70;FAO=58;FDP=70;FR=.;FRO=12;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.082412;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.337;QD=42.7198;RBI=0.0836465;REFB=-0.0384103;REVB=0.0143179;RO=12;SAF=29;SAR=29;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026735;STB=0.514281;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00523963;OID=.;OPOS=3264487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:70:70:12:12:58:58:0.828571:29:29:5:7:29:29:5:7 chr6 3264502 . G C 613.22 PASS AF=0.806452;AO=49;DP=62;FAO=50;FDP=62;FR=.;FRO=12;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.050236;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.47;QD=39.5624;RBI=0.0504581;REFB=-0.00385773;REVB=0.00472991;RO=12;SAF=27;SAR=22;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495055;STB=0.527947;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00279715;OID=.;OPOS=3264502;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:62:62:12:12:49:50:0.806452:22:27:5:7:22:28:5:7 chr6 3264526 . CT TC 334.6 PASS AF=0.833333;AO=32;DP=40;FAO=35;FDP=42;FR=.;FRO=7;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0744392;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=141.683;QD=31.867;RBI=0.158096;REFB=-0.164795;REVB=0.139474;RO=5;SAF=16;SAR=16;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025092;STB=0.504798;STBP=0.961;TYPE=mnp;VARB=0.0181555;OID=.;OPOS=3264526;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:40:42:5:7:32:35:0.833333:16:16:2:3:16:19:4:3 chr6 3273457 . A G 92.2 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.00436072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.997;QD=8.99485;RBI=0.00588725;REFB=-0.00134306;REVB=-0.00395522;RO=28;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382837;STB=0.738096;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00338449;OID=.;OPOS=3273457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:28:29:12:12:0.292683:4:8:9:19:4:8:9:20 chr6 3285286 . A G 874.72 PASS AF=0.846154;AO=66;DP=78;FAO=66;FDP=78;FR=.;FRO=12;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0325333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6237;QD=44.8574;RBI=0.0537253;REFB=-0.101853;REVB=-0.0427551;RO=12;SAF=24;SAR=42;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419788;STB=0.522381;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0181052;OID=.;OPOS=3285286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:78:78:12:12:66:66:0.846154:42:24:6:6:42:24:6:6 chr6 3287118 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0783;QD=46.848;RBI=0.0286573;REFB=0;REVB=0.00884917;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108675;OID=.;OPOS=3287118;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr6 3438737 . C T 434.42 PASS AF=0.825;AO=33;DP=40;FAO=33;FDP=40;FR=.;FRO=7;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0105821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.917;QD=43.4421;RBI=0.0175424;REFB=-0.0161392;REVB=0.0139912;RO=7;SAF=21;SAR=12;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225933;STB=0.512188;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00915528;OID=.;OPOS=3438737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:7:7:33:33:0.825:12:21:4:3:12:21:4:3 chr6 3438738 . G A 41.66 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.00665402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.967;QD=4.16586;RBI=0.0164387;REFB=-0.0104545;REVB=-0.0150318;RO=33;SAF=4;SAR=3;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815598;STB=0.555401;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0376225;OID=.;OPOS=3438738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:33:33:7:7:0.175:3:4:21:12:3:4:21:12 chr6 3439595 . G GA 317.22 PASS AF=1;AO=28;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.175885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.5319;QD=39.6527;RBI=0.177178;REFB=0;REVB=-0.0213655;RO=4;SAF=9;SAR=19;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191043;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00682764;OID=.;OPOS=3439596;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:33:32:32:0:11:21:0:0:6:4:9:19:1:3 chr6 3727811 . C G 1525.63 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.798;QD=59.8286;RBI=0.0292571;REFB=0;REVB=0.024331;RO=0;SAF=45;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.46529e-05;OID=.;OPOS=3727811;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:57:45:0:0:57:45:0:0 chr6 3851193 . C G 409.1 PASS AF=0.72;AO=36;DP=51;FAO=36;FDP=50;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0120628;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.134;QD=32.7283;RBI=0.0173797;REFB=-0.0163722;REVB=0.0125117;RO=14;SAF=12;SAR=24;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279457;STB=0.515143;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00664138;OID=.;OPOS=3851193;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:14:14:36:36:0.72:24:12:4:10:24:12:4:10 chr6 4069166 . C T 69.14 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0331233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.08;QD=6.1457;RBI=0.0550363;REFB=0.00234922;REVB=-0.0439527;RO=35;SAF=8;SAR=2;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429165;STB=0.777202;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.0158326;OID=.;OPOS=4069166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:35:35:10:10:0.222222:2:8:16:19:2:8:16:19 chr6 4069685 . C T 421.38 PASS AF=0.75;AO=33;DP=43;FAO=33;FDP=44;FR=.;FRO=11;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0155539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.683;QD=38.3072;RBI=0.0218115;REFB=-0.057809;REVB=0.015291;RO=10;SAF=21;SAR=12;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106049;STB=0.547797;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0146799;OID=.;OPOS=4069685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:43:44:10:11:33:33:0.75:12:21:4:6:12:21:5:6 chr6 4074612 . A C 106.42 PASS AF=0.17094;AO=20;DP=117;FAO=20;FDP=117;FR=.;FRO=97;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=59;FWDB=-0.00975687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.82;QD=3.63842;RBI=0.0161594;REFB=-0.00313033;REVB=-0.0128814;RO=96;SAF=10;SAR=10;SRF=37;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146636;STB=0.589657;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0204791;OID=.;OPOS=4074612;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:96:97:20:20:0.17094:10:10:37:59:10:10:38:59 chr6 4074634 . C A 992.03 PASS AF=0.784314;AO=80;DP=102;FAO=80;FDP=102;FR=.;FRO=22;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0107681;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.372;QD=38.9033;RBI=0.0170025;REFB=-0.066715;REVB=0.013158;RO=20;SAF=32;SAR=48;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578229;STB=0.522262;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0109145;OID=.;OPOS=4074634;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:20:22:80:80:0.784314:48:32:11:9:48:32:11:11 chr6 4079858 . C G 1074.68 PASS AF=0.739496;AO=87;DP=117;FAO=88;FDP=119;FR=.;FRO=31;FSAF=29;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=29;FWDB=0.0233796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.999;QD=36.1237;RBI=0.0269137;REFB=-0.080307;REVB=0.013332;RO=27;SAF=29;SAR=58;SRF=2;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13607;STB=0.582498;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0192136;OID=.;OPOS=4079858;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:27:31:87:88:0.739496:58:29:2:25:59:29:2:29 chr6 4079875 . T C 1073.24 PASS AF=0.769912;AO=85;DP=111;FAO=87;FDP=113;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=73;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0203403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1164;QD=37.9909;RBI=0.0541304;REFB=-0.0208812;REVB=-0.0501634;RO=26;SAF=14;SAR=71;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505869;STB=0.528596;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0175586;OID=.;OPOS=4079875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:26:26:85:87:0.769912:71:14:6:20:73:14:6:20 chr6 4087934 . G C 592.52 PASS AF=0.830508;AO=46;DP=56;FAO=49;FDP=59;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00823758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.954;QD=40.1706;RBI=0.0170023;REFB=-0.00424062;REVB=0.0148735;RO=10;SAF=13;SAR=33;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00711442;STB=0.502957;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.000867413;OID=.;OPOS=4087934;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:56:59:10:10:46:49:0.830508:33:13:3:7:35:14:3:7 chr6 4115758 . C T 531.79 PASS AF=0.691176;AO=47;DP=68;FAO=47;FDP=68;FR=.;FRO=21;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.00225249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.381;QD=31.2816;RBI=0.0472138;REFB=0.00122278;REVB=-0.04716;RO=21;SAF=30;SAR=17;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109591;STB=0.559108;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.000892749;OID=.;OPOS=4115758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:21:21:47:47:0.691176:17:30:17:4:17:30:17:4 chr6 4116262 . G A 162.37 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0611862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.854;QD=38.205;RBI=0.0622794;REFB=0.0284813;REVB=0.0116177;RO=2;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828326;STB=0.545396;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=-0.00718071;OID=.;OPOS=4116262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:15:15:0.882353:10:5:0:2:10:5:0:2 chr6 4122249 . C A 196.35 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0111747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8435;QD=26.1796;RBI=0.0156245;REFB=0.0156035;REVB=0.0109203;RO=11;SAF=14;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324879;STB=0.681447;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0269396;OID=.;OPOS=4122249;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:5:14:3:8:5:14:3:8 chr6 5086558 . C A 501.56 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00178068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.106;QD=59.0072;RBI=0.0530564;REFB=0;REVB=0.0530265;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183141;OID=.;OPOS=5086558;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr6 5139012 . C A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8483;QD=33.4251;RBI=0.0233062;REFB=0;REVB=-0.0140304;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00337014;OID=.;OPOS=5139012;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr6 5431340 . A G 64.54 PASS AF=0.180328;AO=11;DP=62;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00491418;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.975;QD=4.23213;RBI=0.0104491;REFB=-0.0147286;REVB=-0.00922144;RO=50;SAF=5;SAR=6;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808959;STB=0.553474;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0428735;OID=.;OPOS=5431340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:62:61:50:50:11:11:0.180328:6:5:26:24:6:5:26:24 chr6 6003985 . C T 101.23 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0786179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.057;QD=8.61512;RBI=0.0801261;REFB=-0.0227006;REVB=0.0154732;RO=34;SAF=8;SAR=5;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334843;STB=0.520516;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0852828;OID=.;OPOS=6003985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:5:8:20:14:5:8:20:14 chr6 6145726 . A G 133.44 PASS AF=0.207921;AO=21;DP=102;FAO=21;FDP=101;FR=.;FRO=80;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=-0.0207099;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.882;QD=5.28455;RBI=0.0209126;REFB=-0.00884442;REVB=0.00290461;RO=81;SAF=13;SAR=8;SRF=49;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187362;STB=0.515858;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0375579;OID=.;OPOS=6145726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:81:80:21:21:0.207921:8:13:49:32:8:13:48:32 chr6 6152137 . C G 89.76 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00878383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.693;QD=7.47987;RBI=0.0207669;REFB=4.18294e-05;REVB=-0.0188178;RO=35;SAF=6;SAR=6;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171003;STB=0.520799;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.00178661;OID=.;OPOS=6152137;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:35:36:12:12:0.25:6:6:17:18:6:6:17:19 chr6 6152140 . C T 89.76 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00331711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.188;QD=7.47971;RBI=0.0128184;REFB=-0.0020299;REVB=-0.0123817;RO=36;SAF=6;SAR=6;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333935;STB=0.520799;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.011196;OID=.;OPOS=6152140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:36:36:12:12:0.25:6:6:17:19:6:6:17:19 chr6 6174866 . G A 1116.52 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00215082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.665;QD=59.5475;RBI=0.0435862;REFB=0;REVB=0.0435331;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86937e-05;OID=.;OPOS=6174866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:38:36:0:0:38:37:0:0 chr6 6320808 . T G 1621.84 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7547;QD=59.5171;RBI=0.0427366;REFB=0;REVB=-0.0121736;RO=0;SAF=53;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000163911;OID=.;OPOS=6320808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:109:0:0:104:109:1:51:53:0:0:55:54:0:0 chr6 6938928 . C T 61.49 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0146309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.0109;QD=7.02798;RBI=0.0169319;REFB=0.0017477;REVB=0.00852206;RO=25;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530852;STB=0.516093;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.0102087;OID=.;OPOS=6938928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:25:26:9:9:0.257143:5:4:10:15:5:4:11:15 chr6 7211818 . G A 591.76 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0221282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.216;QD=56.358;RBI=0.0354157;REFB=-0.0106922;REVB=0.0276516;RO=2;SAF=17;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683707;STB=0.503648;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.000627022;OID=.;OPOS=7211818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:23:17:1:1:23:17:1:1 chr6 7246834 . G A 111.05 PASS AF=0.419355;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0140576;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.142;QD=14.3292;RBI=0.026487;REFB=-0.0139061;REVB=0.0224487;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.522354;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0129944;OID=.;OPOS=7246834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:12:13:0.419355:6:6:9:9:7:6:9:9 chr6 7288544 . A C 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5482;QD=48.7349;RBI=0.05806;REFB=0;REVB=0.0531255;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00275469;OID=.;OPOS=7288544;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr6 7289904 . C A,CA 47.24 PASS AF=0,0.27027;AO=2,7;DP=37;FAO=0,10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=0,1;FSAR=0,9;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0596417,-0.0365127;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=30.6823,15.7985;QD=5.10739;RBI=0.0663586,0.0900274;REFB=-0.0101822,1.09285e-05;REVB=0.0290918,0.0822906;RO=27;SAF=0,1;SAR=2,6;SRF=17;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.535538,-0.562784;STB=0.5,0.894221;STBP=1,0.007;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.017195;OID=.,.;OPOS=7289904,7289905;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:48:37:37:27:27:2,7:0,10:0,0.27027:2,6:0,1:17:10:0,9:0,1:17:10 chr6 7289957 . CCA C 482.8 PASS AF=1;AO=37;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024447;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=2;MLLD=195.287;QD=49.5179;RBI=0.0245324;REFB=0;REVB=-0.0020457;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000307861;OID=.;OPOS=7289958;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:37:40:39:39:0:12:27:0:0:8:0:11:26:0:0 chr6 7295283 . T A 202.44 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0867391;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8392;QD=44.9875;RBI=0.0900766;REFB=0.0871851;REVB=-0.0242927;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.529377;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.0106903;OID=.;OPOS=7295283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:9:8:0:0:9:8:1:0 chr6 7387236 . G A 231.46 PASS AF=0.7;AO=20;DP=29;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0119684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.388;QD=30.8606;RBI=0.0189353;REFB=-1.53528e-05;REVB=0.0146732;RO=9;SAF=11;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00315393;STB=0.509545;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.000104891;OID=.;OPOS=7387236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:30:9:9:20:21:0.7:9:11:5:4:10:11:5:4 chr6 7393452 . C T 36.82 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0490463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7849;QD=8.18186;RBI=0.104652;REFB=-0.0464845;REVB=-0.092447;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41225;STB=0.666111;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0534871;OID=.;OPOS=7393452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:18:18:9:12:6:6:0.333333:4:2:7:2:4:2:7:5 chr6 7563983 . T G 942.78 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0063;QD=57.1384;RBI=0.040434;REFB=-0.0371862;REVB=0.00873299;RO=1;SAF=32;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014534;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170043;OID=.;OPOS=7563983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:66:1:0:65:66:1:33:32:1:0:33:33:0:0 chr6 7572262 . A G 286.34 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.025591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.213;QD=30.956;RBI=0.0265215;REFB=-0.0320843;REVB=-0.00696365;RO=12;SAF=7;SAR=18;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382611;STB=0.521035;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0127671;OID=.;OPOS=7572262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:12:12:25:25:0.675676:18:7:4:8:18:7:4:8 chr6 7576527 . G A 54.0 PASS AF=0.307692;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-1.65242e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1437;QD=8.30756;RBI=0.0422343;REFB=0.0121003;REVB=-0.0422343;RO=18;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200918;STB=0.624688;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.0463607;OID=.;OPOS=7576527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:18:18:8:8:0.307692:3:5:8:10:3:5:8:10 chr6 7577260 . C T 131.59 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00120327;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1617;QD=21.9313;RBI=0.00500112;REFB=0.00357595;REVB=-0.00485421;RO=10;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268469;STB=0.650957;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00109254;OID=.;OPOS=7577260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:24:24:10:10:14:14:0.583333:8:6:8:2:8:6:8:2 chr6 7581636 . G A 287.87 PASS AF=0.857143;AO=23;DP=27;FAO=24;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0650296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7755;QD=41.1249;RBI=0.065912;REFB=0.00495275;REVB=0.0107492;RO=4;SAF=9;SAR=14;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100094;STB=0.548152;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0050171;OID=.;OPOS=7581636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:27:28:4:4:23:24:0.857143:14:9:3:1:14:10:3:1 chr6 7585967 . G C 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0966394;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.39;QD=11.1044;RBI=0.10088;REFB=0.00665159;REVB=-0.0289415;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118071;STB=0.599717;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.0465869;OID=.;OPOS=7585967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:9:10:7:7:0.411765:4:3:5:4:4:3:6:4 chr6 7601720 . C T 489.19 PASS AF=0.676923;AO=44;DP=66;FAO=44;FDP=65;FR=.;FRO=21;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0558121;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3395;QD=30.1041;RBI=0.0583344;REFB=-0.00980536;REVB=-0.016968;RO=21;SAF=21;SAR=23;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173129;STB=0.593599;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00305089;OID=.;OPOS=7601720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:21:21:44:44:0.676923:23:21:4:17:23:21:4:17 chr6 7862631 . G C 290.81 PASS AF=0.577778;AO=22;DP=40;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0667224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4728;QD=25.85;RBI=0.0667725;REFB=-0.0215581;REVB=-0.00258597;RO=18;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995669;STB=0.571374;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0155728;OID=.;OPOS=7862631;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:45:18:19:22:26:0.577778:12:10:6:12:12:14:7:12 chr6 7881864 . AG CC 510.98 PASS AF=0.791667;AO=38;DP=48;FAO=38;FDP=48;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.00721592;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=153.89;QD=42.5813;RBI=0.00979766;REFB=-0.0106908;REVB=-0.00662757;RO=10;SAF=12;SAR=26;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198814;STB=0.607418;STBP=0.017;TYPE=mnp;VARB=0.00153379;OID=.;OPOS=7881864;OREF=AG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:10:10:38:38:0.791667:26:12:8:2:26:12:8:2 chr6 7881931 . T C 391.93 PASS AF=0.7;AO=35;DP=50;FAO=35;FDP=50;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0410596;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7546;QD=31.3542;RBI=0.0615472;REFB=0.0408708;REVB=0.0458493;RO=15;SAF=17;SAR=18;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19653;STB=0.606386;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00867593;OID=.;OPOS=7881931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:15:15:35:35:0.7:18:17:2:13:18:17:2:13 chr6 7883073 . C T 295.44 PASS AF=0.857143;AO=24;DP=28;FAO=24;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.020786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.959;QD=42.206;RBI=0.0242148;REFB=-0.0378101;REVB=0.0124217;RO=4;SAF=15;SAR=9;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347457;STB=0.518852;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00865465;OID=.;OPOS=7883073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:28:28:4:4:24:24:0.857143:9:15:2:2:9:15:2:2 chr6 7986847 . G A 392.35 PASS AF=0.744186;AO=31;DP=43;FAO=32;FDP=43;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0942493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6327;QD=36.4972;RBI=0.0988857;REFB=-0.074572;REVB=0.0299239;RO=11;SAF=10;SAR=21;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278008;STB=0.520379;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.024306;OID=.;OPOS=7986847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:11:11:31:32:0.744186:21:10:3:8:21:11:3:8 chr6 7987560 . C T 58.61 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00803177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6919;QD=4.98772;RBI=0.0953061;REFB=-0.0078121;REVB=-0.0949671;RO=37;SAF=5;SAR=4;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184587;STB=0.523757;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0473721;OID=.;OPOS=7987560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:37:38:9:9:0.191489:4:5:20:17:4:5:20:18 chr6 7988189 . T C 514.89 PASS AF=0.77193;AO=43;DP=57;FAO=44;FDP=57;FR=.;FRO=13;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0193294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.896;QD=36.1327;RBI=0.0362194;REFB=-0.0344578;REVB=-0.0306303;RO=13;SAF=25;SAR=18;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151038;STB=0.576735;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00724411;OID=.;OPOS=7988189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:57:57:13:13:43:44:0.77193:18:25:3:10:19:25:3:10 chr6 8015129 . T C 300.42 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00491896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.795;QD=30.8119;RBI=0.00512793;REFB=-0.00273486;REVB=-0.001449;RO=13;SAF=6;SAR=20;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175448;STB=0.596935;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00117644;OID=.;OPOS=8015129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:26:26:0.666667:20:6:6:7:20:6:6:7 chr6 8015821 . T C 142.57 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=36;FWDB=-0.00732785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7228;QD=8.26461;RBI=0.0485228;REFB=0.00581898;REVB=0.0479662;RO=47;SAF=7;SAR=13;SRF=12;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129395;STB=0.568758;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.0137885;OID=.;OPOS=8015821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:47:49:20:20:0.289855:13:7:12:35:13:7:13:36 chr6 8428137 . A AAGT 87.84 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000167404;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=231.05;QD=39.0421;RBI=0.00711875;REFB=0;REVB=-0.00711678;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-4.65256e-05;OID=.;OPOS=8428138;OREF=-;OALT=AGT;OMAPALT=AAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:9:9:9:0:6:3:0:0:4:0:6:2:0:0 chr6 8430049 . G A 1320.87 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00450749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1593;QD=62.1587;RBI=0.00774793;REFB=0;REVB=-0.00630182;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.11513e-05;OID=.;OPOS=8430049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:41:43:0:0:42:43:0:0 chr6 9776058 . G A 33.15 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0182888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1907;QD=3.15671;RBI=0.0613844;REFB=0.000734966;REVB=-0.0585966;RO=34;SAF=2;SAR=4;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199948;STB=0.644672;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.0160471;OID=.;OPOS=9776058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:42:34:36:6:6:0.142857:4:2:17:17:4:2:18:18 chr6 10439968 . T C 270.32 PASS AF=0.851852;AO=21;DP=25;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0808168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.878;QD=40.0475;RBI=0.0818124;REFB=-0.0105958;REVB=-0.0127249;RO=4;SAF=10;SAR=11;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0801959;STB=0.533951;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00437581;OID=.;OPOS=10439968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:25:27:4:4:21:23:0.851852:11:10:3:1:11:12:3:1 chr6 10587038 . C G,T 304.19 PASS AF=0.958333,0.0416667;AO=20,2;DP=22;FAO=23,1;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=12,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275538,-0.0566233;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=50.8495,35.0787;QD=50.6979;RBI=0.0386492,0.057282;REFB=0,0;REVB=0.0271026,-0.00866165;RO=0;SAF=8,1;SAR=12,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00703552,0.0599011;OID=.,.;OPOS=10587038,10587038;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:22:24:0:0:20,2:23,1:0.958333,0.0416667:12,1:8,1:0:0:12,1:11,0:0:0 chr6 10634169 . G A 475.6 PASS AF=0.782609;AO=36;DP=46;FAO=36;FDP=46;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0642898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.107;QD=41.3567;RBI=0.0684584;REFB=-0.00087067;REVB=-0.023524;RO=10;SAF=13;SAR=23;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180804;STB=0.597717;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.000720033;OID=.;OPOS=10634169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:10:10:36:36:0.782609:23:13:8:2:23:13:8:2 chr6 10729020 . C T 506.98 PASS AF=0.77551;AO=38;DP=49;FAO=38;FDP=49;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0119792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9134;QD=41.3861;RBI=0.0209727;REFB=0.034006;REVB=0.0172149;RO=11;SAF=15;SAR=23;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948677;STB=0.551065;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.00759064;OID=.;OPOS=10729020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:49:49:11:11:38:38:0.77551:23:15:2:9:23:15:2:9 chr6 10753107 . T A 614.51 PASS AF=1;AO=37;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.998;QD=61.4512;RBI=0.0995204;REFB=0;REVB=0.0965337;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000646389;OID=.;OPOS=10753107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:37:40:1:12:25:0:0:15:25:0:0 chr6 10763312 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00969217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.889;QD=42.1827;RBI=0.029276;REFB=0;REVB=-0.0276251;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104465;OID=.;OPOS=10763312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr6 10764727 . A G 566.87 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00593668;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.671;QD=61.2833;RBI=0.017668;REFB=0;REVB=-0.0166408;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012765;OID=.;OPOS=10764727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr6 10891781 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00809034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.999;QD=55.6551;RBI=0.0200615;REFB=0;REVB=0.0183578;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149287;OID=.;OPOS=10891781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr6 10942964 . A G 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00261537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.767;QD=5.57561;RBI=0.0154316;REFB=-0.00706847;REVB=0.0152084;RO=24;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132954;STB=0.586909;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0229007;OID=.;OPOS=10942964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:4:3:13:11:4:3:13:11 chr6 10955408 . C T 392.42 PASS AF=0.733333;AO=31;DP=43;FAO=33;FDP=45;FR=.;FRO=12;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0475021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.4841;QD=34.8816;RBI=0.0498863;REFB=-0.0383113;REVB=-0.0152379;RO=12;SAF=19;SAR=12;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755922;STB=0.540865;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0199535;OID=.;OPOS=10955408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:45:12:12:31:33:0.733333:12:19:9:3:13:20:9:3 chr6 10981053 . G A 322.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00063819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.009;QD=53.7214;RBI=0.0517425;REFB=0;REVB=-0.0517386;RO=0;SAF=21;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.0859e-05;OID=.;OPOS=10981053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:2:21:0:0:2:22:0:0 chr6 11005686 . G A 454.69 PASS AF=0.694915;AO=41;DP=60;FAO=41;FDP=59;FR=.;FRO=18;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0151365;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.805;QD=30.8266;RBI=0.0180451;REFB=-0.0333024;REVB=-0.00982417;RO=18;SAF=26;SAR=15;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172893;STB=0.593862;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00477859;OID=.;OPOS=11005686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:18:18:41:41:0.694915:15:26:6:12:15:26:6:12 chr6 11079286 . G A 125.58 PASS AF=0.240506;AO=19;DP=79;FAO=19;FDP=79;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.00637461;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0207;QD=6.35845;RBI=0.0138944;REFB=-0.00773336;REVB=0.0123457;RO=60;SAF=10;SAR=9;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00868569;STB=0.505342;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0234584;OID=.;OPOS=11079286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:60:60:19:19:0.240506:9:10:32:28:9:10:32:28 chr6 11185257 . A T 239.29 PASS AF=1;AO=15;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0637156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.837;QD=50.3775;RBI=0.110994;REFB=0;REVB=-0.090884;RO=0;SAF=14;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500744;OID=.;OPOS=11185257;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:15:19:1:1:14:0:0:1:18:0:0 chr6 11185533 . G A 150.7 PASS AF=0.31746;AO=19;DP=62;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.00816122;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.048;QD=9.56802;RBI=0.0212184;REFB=0.000159583;REVB=0.0195861;RO=43;SAF=12;SAR=7;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169372;STB=0.576846;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=3.83825e-05;OID=.;OPOS=11185533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:43:43:19:20:0.31746:7:12:21:22:8:12:21:22 chr6 11190626 . A G 463.38 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0254106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.882;QD=52.9581;RBI=0.0259018;REFB=-0.00615393;REVB=0.00502038;RO=1;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266901;STB=0.500866;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.000221316;OID=.;OPOS=11190626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:1:2:33:33:0.942857:17:16:0:1:17:16:1:1 chr6 11192575 . C T 505.32 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0400867;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7924;QD=59.4491;RBI=0.0414226;REFB=0;REVB=0.010435;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000290016;OID=.;OPOS=11192575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:14:19:0:0:14:20:0:0 chr6 11538534 . C T 497.42 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.826;QD=58.5203;RBI=0.0662548;REFB=0;REVB=0.0654947;RO=0;SAF=28;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47732e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017346;OID=.;OPOS=11538534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:5:28:0:0:5:29:0:0 chr6 11576130 . T C 546.37 PASS AF=0.866667;AO=39;DP=45;FAO=39;FDP=45;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0211805;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=62.7601;QD=48.5659;RBI=0.0555938;REFB=-0.0969492;REVB=0.051401;RO=2;SAF=24;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374761;STB=0.53112;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0135405;OID=.;OPOS=11576130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:2:6:39:39:0.866667:15:24:2:0:15:24:5:1 chr6 11644518 . C T 470.37 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0357405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1776;QD=55.3375;RBI=0.0457807;REFB=-0.155696;REVB=0.0286093;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.517231;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0225439;OID=.;OPOS=11644518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:19:14:0:0:19:14:1:0 chr6 11717573 . G C 292.74 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00215582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.519;QD=27.2316;RBI=0.0186051;REFB=-0.0144794;REVB=-0.0184798;RO=17;SAF=14;SAR=12;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359317;STB=0.51984;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00926315;OID=.;OPOS=11717573;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:12:14:10:7:12:14:10:7 chr6 12122645 . A G 435.84 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00378911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.949;QD=54.4797;RBI=0.0103681;REFB=-0.106736;REVB=-0.00965094;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515142;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00123112;OID=.;OPOS=12122645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:16:15:0:0:16:15:0:1 chr6 12124587 . C G 376.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.825;QD=55.7201;RBI=0.0764615;REFB=0;REVB=0.0577882;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000496059;OID=.;OPOS=12124587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:7:19:0:0:8:19:0:0 chr6 12294258 . A G 629.2 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00678603;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.276;QD=57.1999;RBI=0.0137084;REFB=0.0822113;REVB=0.011911;RO=2;SAF=22;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00203384;STB=0.501084;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=-0.00209853;OID=.;OPOS=12294258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:2:2:42:42:0.954545:20:22:1:1:20:22:1:1 chr6 13206282 . C T 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.329;QD=37.4864;RBI=0.0356007;REFB=0;REVB=0.0356007;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000846744;OID=.;OPOS=13206282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr6 13288648 . A G 173.14 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00699188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.789;QD=36.4505;RBI=0.00917417;REFB=-0.01478;REVB=0.00593962;RO=3;SAF=5;SAR=11;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112355;STB=0.561964;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00136418;OID=.;OPOS=13288648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:3:3:16:16:0.842105:11:5:2:1:11:5:2:1 chr6 13295502 . T C 238.22 PASS AF=0.489362;AO=22;DP=46;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00332111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.285;QD=20.2739;RBI=0.0181138;REFB=0.0133223;REVB=-0.0178068;RO=24;SAF=16;SAR=6;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153155;STB=0.5938;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.00773746;OID=.;OPOS=13295502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:24:24:22:23:0.489362:6:16:14:10:6:17:14:10 chr6 13295515 . A C 225.96 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0555043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.055;QD=20.5417;RBI=0.0555085;REFB=-0.0116229;REVB=-0.000680957;RO=22;SAF=16;SAR=6;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140653;STB=0.579634;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0183592;OID=.;OPOS=13295515;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:6:16:13:9:6:16:13:9 chr6 13295536 . C T 269.89 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0757822;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.8706;QD=22.9697;RBI=0.0758168;REFB=0.0102736;REVB=-0.00228991;RO=22;SAF=16;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439647;STB=0.52457;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.00819772;OID=.;OPOS=13295536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:9:16:13:9:9:16:13:9 chr6 13361088 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=285.62;QD=60.2303;RBI=0.032459;REFB=0;REVB=-0.00821119;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.2357e-05;OID=.;OPOS=13361088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr6 13470113 . A T 272.52 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00505579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.518;QD=51.9089;RBI=0.0291955;REFB=0;REVB=0.0287544;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268012;OID=.;OPOS=13470113;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr6 13547958 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0785437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9936;QD=45.8065;RBI=0.0859504;REFB=0;REVB=-0.0349052;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120297;OID=.;OPOS=13547958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr6 13548164 . C CG 169.05 PASS AF=1;AO=2;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449966;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=111.685;QD=39.7766;RBI=0.077918;REFB=0;REVB=-0.0636123;RO=15;SAF=2;SAR=0;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.554201;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0016101;OID=.;OPOS=13548165;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:17:17:17:0:9:8:0:0:4:15:2:0:7:8 chr6 13548165 . A G 162.37 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0108893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.441;QD=38.2053;RBI=0.08762;REFB=-0.0626524;REVB=-0.0869407;RO=2;SAF=7;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11358;STB=0.562417;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00129568;OID=.;OPOS=13548165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:15:15:0.882353:8:7:2:0:8:7:2:0 chr6 13591999 . C T 483.98 PASS AF=0.754386;AO=42;DP=57;FAO=43;FDP=57;FR=.;FRO=14;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0181522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.717;QD=33.9634;RBI=0.0910796;REFB=-0.0085451;REVB=0.0892524;RO=15;SAF=30;SAR=12;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659614;STB=0.515752;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0034789;OID=.;OPOS=13591999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:57:57:15:14:42:43:0.754386:12:30:9:6:13:30:9:5 chr6 13659077 . GTTG GT,GTG,GTGG 138.39 PASS AF=0.153846,0.0769231,0.769231;AO=2,2,7;DP=13;FAO=2,1,10;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,7;FSAR=2,1,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0969873,-0.0223431,-0.122037;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=11.233,24.112,27.8324;QD=42.5819;RBI=0.140508,0.0948622,0.122114;REFB=0,0,0;REVB=-0.101665,-0.0921934,-0.00432335;RO=0;SAF=0,1,4;SAR=2,1,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00991552,-0.0295522,0.0300502;OID=.,.,.;OPOS=13659079,13659078,13659079;OREF=TG,T,T;OALT=-,-,G;OMAPALT=GT,GTG,GTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.153846,0.0769231,0.769231:2,2,7:13:2,1,10:13:0:0,0,7:2,1,3:0:0:9:0:0,1,4:2,1,3:0:0 chr6 13711279 . A G 425.61 PASS AF=0.755556;AO=32;DP=43;FAO=34;FDP=45;FR=.;FRO=11;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0433711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3813;QD=37.832;RBI=0.0445455;REFB=-0.0419406;REVB=0.0101611;RO=11;SAF=17;SAR=15;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137325;STB=0.571388;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00650283;OID=.;OPOS=13711279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:43:45:11:11:32:34:0.755556:15:17:9:2:16:18:9:2 chr6 13794110 . C A 166.89 PASS AF=0.761905;AO=15;DP=20;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0165508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.642;QD=31.7878;RBI=0.0187209;REFB=-0.0310938;REVB=0.00874894;RO=5;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50908;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0196899;OID=.;OPOS=13794110;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:21:5:5:15:16:0.761905:9:6:2:3:9:7:2:3 chr6 13978275 . A C 730.94 PASS AF=0.722892;AO=60;DP=83;FAO=60;FDP=83;FR=.;FRO=23;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.000791441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8997;QD=35.2261;RBI=0.0437241;REFB=0.000227227;REVB=0.043717;RO=23;SAF=27;SAR=33;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037156;STB=0.519993;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.000172595;OID=.;OPOS=13978275;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:23:23:60:60:0.722892:33:27:12:11:33:27:12:11 chr6 13978618 . C G 193.33 PASS AF=0.730769;AO=18;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0307538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.179;QD=29.7433;RBI=0.0330901;REFB=-0.00276824;REVB=0.0122131;RO=7;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255095;STB=0.639862;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00123337;OID=.;OPOS=13978618;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:26:26:7:7:18:19:0.730769:9:9:0:7:9:10:0:7 chr6 13978802 . TCTC T 81.56 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00164856;FXX=0.0999667;HRUN=1;LEN=3;MLLD=214.086;QD=12.083;RBI=0.0294567;REFB=-0.016536;REVB=-0.0294105;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101015;STB=0.518482;STBP=0.937;TYPE=del;VARB=0.0240091;OID=.;OPOS=13978803;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37037:10:30:10:27:17:5:5:9:8:81:15:5:5:9:6 chr6 13978837 . G T 112.37 PASS AF=0.481481;AO=12;DP=26;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0261466;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.299;QD=16.648;RBI=0.0262707;REFB=0.00313319;REVB=0.00255082;RO=14;SAF=2;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319656;STB=0.698058;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00529094;OID=.;OPOS=13978837;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:14:14:12:13:0.481481:10:2:6:8:11:2:6:8 chr6 13980157 . A T 52.11 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.152243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.934;QD=6.31623;RBI=0.152816;REFB=-0.0101195;REVB=-0.013224;RO=25;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839024;STB=0.553067;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00892591;OID=.;OPOS=13980157;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:25:25:8:8:0.242424:6:2:5:20:6:2:5:20 chr6 14646772 . A G 484.61 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450286;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2782;QD=58.7409;RBI=0.0461464;REFB=0;REVB=0.0100951;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00257247;OID=.;OPOS=14646772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr6 15586009 . G T 666.17 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578299;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.034;QD=61.9697;RBI=0.0583636;REFB=0;REVB=0.00787486;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231244;OID=.;OPOS=15586009;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:18:24:0:0:18:25:0:0 chr6 16145325 . A G 721.52 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.459;QD=62.7407;RBI=0.00509617;REFB=0;REVB=0.00145598;RO=0;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11709e-05;OID=.;OPOS=16145325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:45:46:1:21:24:0:0:22:24:0:0 chr6 16148176 . G A 516.09 PASS AF=0.811321;AO=43;DP=54;FAO=43;FDP=53;FR=.;FRO=10;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0014017;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.875;QD=38.9503;RBI=0.00984884;REFB=-0.0141806;REVB=-0.00974858;RO=10;SAF=27;SAR=16;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473993;STB=0.525475;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00264907;OID=.;OPOS=16148176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:54:53:10:10:43:43:0.811321:16:27:5:5:16:27:5:5 chr6 16290761 . T A 90.51 PASS AF=0.229508;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0270698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.081;QD=5.93487;RBI=0.0338901;REFB=-0.0148086;REVB=-0.0203904;RO=45;SAF=7;SAR=7;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135729;STB=0.508185;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0464801;OID=.;OPOS=16290761;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:59:61:45:47:14:14:0.229508:7:7:23:22:7:7:24:23 chr6 16295347 . A AACTC 499.07 PASS AF=0.686567;AO=38;DP=69;FAO=46;FDP=67;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00902431;FXX=0.0289813;HRUN=3;LEN=4;MLLD=284.974;QD=29.7949;RBI=0.0112971;REFB=-0.0161476;REVB=-0.00679611;RO=24;SAF=18;SAR=20;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405236;STB=0.530626;STBP=0.462;TYPE=ins;VARB=0.00781148;OID=.;OPOS=16295348;OREF=-;OALT=ACTC;OMAPALT=AACTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.686567:38:69:46:67:21:22:24:8:13:99:24:18:20:10:14 chr6 16306866 . G A 73.59 PASS AF=0.2;AO=12;DP=60;FAO=12;FDP=60;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00402462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.003;QD=4.90581;RBI=0.00405698;REFB=-0.0152597;REVB=0.000511413;RO=47;SAF=6;SAR=6;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657855;STB=0.549918;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0432263;OID=.;OPOS=16306866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:60:60:47:48:12:12:0.2:6:6:26:21:6:6:27:21 chr6 16327615 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.749;QD=35.5758;RBI=0.0252577;REFB=0;REVB=-0.0187365;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.4259e-06;OID=.;OPOS=16327615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr6 17543302 . A G 646.46 PASS AF=0.924528;AO=48;DP=52;FAO=49;FDP=53;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00679181;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=252.646;QD=48.7895;RBI=0.0166426;REFB=-0.0906839;REVB=-0.0151937;RO=2;SAF=26;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00315391;STB=0.502317;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.000593579;OID=.;OPOS=17543302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:52:53:2:4:48:49:0.924528:22:26:1:1:23:26:2:2 chr6 17551781 . C T 92.16 PASS AF=0.217391;AO=14;DP=68;FAO=15;FDP=69;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0042151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.603;QD=5.34247;RBI=0.0222876;REFB=-0.0138884;REVB=-0.0218854;RO=53;SAF=8;SAR=6;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100511;STB=0.526077;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0522294;OID=.;OPOS=17551781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:68:69:53:54:14:15:0.217391:6:8:26:27:7:8:27:27 chr6 17602826 . G T 37.13 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0139333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.8915;QD=8.25199;RBI=0.038609;REFB=0.00593467;REVB=-0.0360072;RO=12;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528478;STB=0.832222;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.0146997;OID=.;OPOS=17602826;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:5:1:8:4:5:1:8:4 chr6 17602839 . C T 37.81 PASS AF=0.3;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0257102;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.752;QD=7.56156;RBI=0.0324559;REFB=0.000259437;REVB=-0.0198083;RO=14;SAF=1;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.571422;STB=0.858263;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=-0.00236696;OID=.;OPOS=17602839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:21:20:14:14:6:6:0.3:5:1:10:4:5:1:10:4 chr6 17602863 . C T 36.41 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.0536843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.909;QD=7.28159;RBI=0.0544917;REFB=-0.00780967;REVB=-0.0093452;RO=14;SAF=1;SAR=5;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.665385;STB=0.901759;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0404396;OID=.;OPOS=17602863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:5:1:12:2:5:1:12:2 chr6 17619764 . G C 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0138478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1169;QD=17.2298;RBI=0.0370346;REFB=0.011555;REVB=-0.0343482;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17296;STB=0.599771;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.0127396;OID=.;OPOS=17619764;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:3:5:5:1:3:5:5:1 chr6 17629616 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00245782;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.536;QD=52.6132;RBI=0.00247193;REFB=0;REVB=-0.000263742;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27313e-05;OID=.;OPOS=17629616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr6 17764731 . G C 156.66 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0259576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5837;QD=24.1016;RBI=0.0453892;REFB=-0.000825635;REVB=-0.0372342;RO=10;SAF=4;SAR=12;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12655;STB=0.571334;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=-0.00228141;OID=.;OPOS=17764731;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:26:26:10:10:16:16:0.615385:12:4:4:6:12:4:4:6 chr6 17764755 . T C 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0343436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8626;QD=9.56941;RBI=0.0752956;REFB=0.00741515;REVB=0.067007;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748347;STB=0.545346;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.0129748;OID=.;OPOS=17764755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:6:2:3:12:6:2:3:12 chr6 17781450 . G A 60.51 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00111118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.149;QD=6.20623;RBI=0.0154798;REFB=-0.00429984;REVB=0.0154399;RO=30;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439041;STB=0.528238;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0114624;OID=.;OPOS=17781450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:30:30:9:9:0.230769:6:3:11:19:6:3:11:19 chr6 17794494 . G A 711.13 PASS AF=0.666667;AO=59;DP=89;FAO=60;FDP=90;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.00206612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.74;QD=31.6057;RBI=0.0163649;REFB=-0.0227548;REVB=0.016234;RO=29;SAF=25;SAR=34;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181935;STB=0.594065;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0198488;OID=.;OPOS=17794494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:29:30:59:60:0.666667:34:25:21:8:35:25:21:9 chr6 17834198 . T G 49.26 PASS AF=0.147541;AO=9;DP=61;FAO=9;FDP=61;FR=.;FRO=52;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00794259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.217;QD=3.23041;RBI=0.00794731;REFB=-0.00241023;REVB=0.000274106;RO=52;SAF=1;SAR=8;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.549976;STB=0.884742;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.028504;OID=.;OPOS=17834198;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:61:61:52:52:9:9:0.147541:8:1:29:23:8:1:29:23 chr6 17834213 . T C 48.66 PASS AF=0.145161;AO=8;DP=62;FAO=9;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.166265;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.6163;QD=3.13907;RBI=0.166425;REFB=0.014032;REVB=-0.00730003;RO=42;SAF=0;SAR=8;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.684682;STB=0.874598;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0952972;OID=.;OPOS=17834213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:62:62:42:53:8:9:0.145161:8:0:20:22:8:1:28:25 chr6 18122506 . G A 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00177175;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=277.737;QD=21.8421;RBI=0.0067792;REFB=-0.06079;REVB=0.00654358;RO=2;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0178104;OID=.;OPOS=18122506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:3:3:1:1:3:3:1:1 chr6 18139214 . G A 347.32 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00120551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.807;QD=51.4553;RBI=0.0448096;REFB=-0.0160309;REVB=-0.0447934;RO=1;SAF=13;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343929;STB=0.518504;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00166503;OID=.;OPOS=18139214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:13:13:1:0:13:13:1:0 chr6 18161563 . G A 365.19 PASS AF=0.964286;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00294497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.303;QD=52.1701;RBI=0.0315884;REFB=-0.0382883;REVB=0.0314508;RO=1;SAF=15;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299354;STB=0.516117;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00209139;OID=.;OPOS=18161563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:28:1:1:25:27:0.964286:10:15:1:0:12:15:1:0 chr6 18215303 . T C 1553.09 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0391042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.21;QD=62.751;RBI=0.0391481;REFB=-0.048627;REVB=-0.00185288;RO=1;SAF=39;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.007972;STB=0.504201;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000172085;OID=.;OPOS=18215303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:59:39:0:1:59:39:0:1 chr6 18237661 . C T 46.6 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.00497046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.791;QD=3.45172;RBI=0.00549069;REFB=-0.00175548;REVB=-0.00233285;RO=46;SAF=5;SAR=3;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481352;STB=0.533895;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.010467;OID=.;OPOS=18237661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:54:54:46:46:8:8:0.148148:3:5:27:19:3:5:27:19 chr6 18466677 . A T 490.63 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=39;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0180341;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8569;QD=51.6449;RBI=0.0333478;REFB=-0.0280925;REVB=0.0280507;RO=3;SAF=17;SAR=18;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075665;STB=0.540517;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0228013;OID=.;OPOS=18466677;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:39:38:3:3:35:35:0.921053:18:17:3:0:18:17:3:0 chr6 18466750 . C T 310.61 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.000395635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.604;QD=23.4425;RBI=0.018223;REFB=-0.0062076;REVB=0.0182187;RO=22;SAF=18;SAR=13;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270412;STB=0.514916;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00389807;OID=.;OPOS=18466750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:13:18:12:10:13:18:12:10 chr6 18836419 . G C 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0020883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.45;QD=22.7198;RBI=0.0105689;REFB=0.00725315;REVB=0.0103605;RO=9;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142469;STB=0.580527;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.00689508;OID=.;OPOS=18836419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:9:5:5:4:9:5:5:4 chr6 20282269 . T C 101.63 PASS AF=1;AO=9;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00988933;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.339;QD=36.9579;RBI=0.039621;REFB=0;REVB=0.038367;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00231354;OID=.;OPOS=20282269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:9:11:1:5:4:0:0:5:6:0:0 chr6 20492407 . C G 55.81 PASS AF=0.169811;AO=9;DP=55;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=0.0292036;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1198;QD=4.21219;RBI=0.0390442;REFB=-0.000441547;REVB=0.0259153;RO=43;SAF=3;SAR=6;SRF=31;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.451218;STB=0.794923;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.000368314;OID=.;OPOS=20492407;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:55:53:43:44:9:9:0.169811:6:3:31:12:6:3:32:12 chr6 20492995 . T C 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00205916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.797;QD=8.40199;RBI=0.0238246;REFB=0.00246407;REVB=-0.0237354;RO=21;SAF=2;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364049;STB=0.727463;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00640464;OID=.;OPOS=20492995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:7:2:11:10:7:2:11:10 chr6 20599628 . C T 556.06 PASS AF=0.727273;AO=48;DP=66;FAO=48;FDP=66;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0134047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.708;QD=33.7008;RBI=0.0260008;REFB=-0.0331287;REVB=0.0222791;RO=18;SAF=18;SAR=30;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178033;STB=0.596113;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00723051;OID=.;OPOS=20599628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:18:18:48:48:0.727273:30:18:13:5:30:18:13:5 chr6 21201493 . G A 385.34 PASS AF=0.666667;AO=36;DP=54;FAO=36;FDP=54;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0111358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.253;QD=28.5434;RBI=0.017897;REFB=0.000264402;REVB=0.0140106;RO=18;SAF=18;SAR=18;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679644;STB=0.537017;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-6.50412e-05;OID=.;OPOS=21201493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:18:18:36:36:0.666667:18:18:7:11:18:18:7:11 chr6 22287745 . C T 152.99 PASS AF=0.308824;AO=19;DP=66;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0182219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9311;QD=8.99921;RBI=0.0211147;REFB=-0.0107636;REVB=0.0106674;RO=47;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10053;STB=0.530092;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0533092;OID=.;OPOS=22287745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:47:47:19:21:0.308824:11:8:16:31:13:8:16:31 chr6 24147409 . C A 138.17 PASS AF=0.363636;AO=15;DP=43;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.017652;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.6009;QD=12.561;RBI=0.0234644;REFB=-0.0100364;REVB=0.0154591;RO=28;SAF=8;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00263309;STB=0.51722;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0129587;OID=.;OPOS=24147409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:28:28:15:16:0.363636:7:8:15:13:7:9:15:13 chr6 24147483 . A G 451.16 PASS AF=0.727273;AO=40;DP=56;FAO=40;FDP=55;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0296662;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.274;QD=32.8118;RBI=0.0301533;REFB=-0.037285;REVB=-0.00539759;RO=15;SAF=20;SAR=20;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151474;STB=0.581778;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00898219;OID=.;OPOS=24147483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:15:15:40:40:0.727273:20:20:12:3:20:20:12:3 chr6 24174955 . G C 803.11 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.043767;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.501;QD=57.3651;RBI=0.0442695;REFB=0;REVB=0.00665101;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000289842;OID=.;OPOS=24174955;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:22:34:0:0:22:34:0:0 chr6 24291203 . T C 773.05 PASS AF=0.98;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0355514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1544;QD=61.8442;RBI=0.0401495;REFB=0.00842223;REVB=0.0186569;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.513508;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000237051;OID=.;OPOS=24291203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:50:0:1:48:49:0.98:18:30:0:0:18:31:0:1 chr6 24353515 . C A 355.31 PASS AF=0.707317;AO=29;DP=41;FAO=29;FDP=41;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.000436496;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1995;QD=34.6644;RBI=0.0387408;REFB=-0.0309859;REVB=-0.0387383;RO=12;SAF=14;SAR=15;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984408;STB=0.553654;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0129899;OID=.;OPOS=24353515;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:12:12:29:29:0.707317:15:14:8:4:15:14:8:4 chr6 24437445 . G A 613.86 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0217679;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.175;QD=57.103;RBI=0.0290132;REFB=-0.0509506;REVB=0.0191814;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.527764;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.000184833;OID=.;OPOS=24437445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:0:2:41:41:0.953488:24:17:0:0:24:17:2:0 chr6 24445829 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00169267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.953;QD=58.5877;RBI=0.0192408;REFB=0;REVB=0.0191662;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011256;OID=.;OPOS=24445829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr6 24489652 . C T 181.01 PASS AF=0.392857;AO=21;DP=55;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.00751592;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.515;QD=12.9289;RBI=0.0214355;REFB=-0.00188031;REVB=0.0200746;RO=34;SAF=15;SAR=6;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409403;STB=0.740999;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00151019;OID=.;OPOS=24489652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:34:34:21:22:0.392857:6:15:11:23:6:16:11:23 chr6 24489741 . A C 148.63 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0194653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.081;QD=10.8097;RBI=0.0197581;REFB=-0.0102173;REVB=-0.00338874;RO=36;SAF=7;SAR=12;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774885;STB=0.545217;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0175275;OID=.;OPOS=24489741;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:12:7:11:25:12:7:11:25 chr6 24503590 . C T 67.74 PASS AF=0.2;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0107869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.328;QD=5.41894;RBI=0.0129672;REFB=-0.0121292;REVB=-0.00719672;RO=40;SAF=5;SAR=5;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306154;STB=0.51996;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.044217;OID=.;OPOS=24503590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:40:40:10:10:0.2:5:5:19:21:5:5:19:21 chr6 24596478 . T G 575.38 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.68;QD=60.5666;RBI=0.0398469;REFB=0;REVB=0.0132503;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208882;OID=.;OPOS=24596478;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr6 24653273 . G C 119.31 PASS AF=0.296296;AO=15;DP=53;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.04765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.049;QD=8.83797;RBI=0.0489476;REFB=-0.0101054;REVB=0.0111959;RO=38;SAF=7;SAR=8;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118305;STB=0.549939;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0207358;OID=.;OPOS=24653273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:38:38:15:16:0.296296:8:7:14:24:9:7:14:24 chr6 24653376 . G A 518.0 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296195;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.687;QD=59.1994;RBI=0.0306199;REFB=0;REVB=0.00776314;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000396851;OID=.;OPOS=24653376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:22:12:0:0:22:13:0:0 chr6 24780892 . A C 393.26 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.73;QD=56.1802;RBI=0.0326842;REFB=0;REVB=0.0231449;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043459;OID=.;OPOS=24780892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr6 24804808 . G C 598.1 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191027;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6963;QD=61.3438;RBI=0.0314982;REFB=0;REVB=0.0250444;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000723284;OID=.;OPOS=24804808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr6 24804860 . G T 769.55 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00212914;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.611;QD=64.1289;RBI=0.0192921;REFB=0;REVB=0.0191742;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013056;OID=.;OPOS=24804860;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr6 24818785 . A G 687.72 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.861;QD=62.5198;RBI=0.0452143;REFB=0;REVB=-0.0353207;RO=1;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177216;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.60803e-05;OID=.;OPOS=24818785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:1:0:43:44:1:26:17:0:1:27:17:0:0 chr6 24825511 . A G 575.7 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6752;QD=60.6001;RBI=0.0316603;REFB=0;REVB=-0.0251651;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105278;OID=.;OPOS=24825511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr6 25084718 . A G 523.67 PASS AF=0.661972;AO=47;DP=71;FAO=47;FDP=71;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00486249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9507;QD=29.5028;RBI=0.0849493;REFB=-0.0291883;REVB=0.08481;RO=24;SAF=23;SAR=24;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843689;STB=0.545762;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.017112;OID=.;OPOS=25084718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:24:24:47:47:0.661972:24:23:15:9:24:23:15:9 chr6 25106745 . A G 600.37 PASS AF=0.886792;AO=47;DP=53;FAO=47;FDP=53;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0295747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.553;QD=45.3113;RBI=0.0339196;REFB=-0.0285883;REVB=0.0166095;RO=6;SAF=14;SAR=33;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033759;STB=0.518006;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00491204;OID=.;OPOS=25106745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:6:6:47:47:0.886792:33:14:1:5:33:14:1:5 chr6 25106783 . G A 289.5 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0194997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.871;QD=46.3197;RBI=0.0304103;REFB=-0.00758541;REVB=-0.0233356;RO=2;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487199;STB=0.526294;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.000165066;OID=.;OPOS=25106783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:18:5:0:2:18:5:0:2 chr6 25420344 . C G 1283.1 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=87;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0204442;FXX=0.0229859;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.352;QD=60.3812;RBI=0.0271961;REFB=-0.0938053;REVB=-0.017935;RO=1;SAF=47;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997129;STB=0.505153;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00184701;OID=.;OPOS=25420344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:85:1:1:83:84:0.988235:36:47:1:0:36:48:1:0 chr6 25426768 . G A 161.5 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00778384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.657;QD=19.0005;RBI=0.0254711;REFB=-0.0211843;REVB=0.0242526;RO=15;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681317;STB=0.561973;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0178206;OID=.;OPOS=25426768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:17:17:17:0.5:10:7:5:10:10:7:5:12 chr6 25435758 . A G 150.44 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00681572;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9238;QD=27.352;RBI=0.0575565;REFB=-0.0442142;REVB=-0.0571515;RO=7;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188936;STB=0.604806;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0170139;OID=.;OPOS=25435758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:23:22:7:7:15:15:0.681818:7:8:6:1:7:8:6:1 chr6 25605091 . G A 393.07 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7928;QD=56.1526;RBI=0.0533194;REFB=0;REVB=0.0370014;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000872719;OID=.;OPOS=25605091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr6 25726674 . C CA 602.02 PASS AF=1;AO=6;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0693739;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=210.414;QD=44.5939;RBI=0.0714189;REFB=0;REVB=0.016968;RO=49;SAF=5;SAR=1;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3704;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000887225;OID=.;OPOS=25726675;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:55:54:54:0:30:24:0:0:11:49:5:1:26:23 chr6 25726675 . G A 624.03 PASS AF=0.90566;AO=48;DP=54;FAO=48;FDP=53;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0112768;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.519;QD=47.0965;RBI=0.023259;REFB=-0.0455519;REVB=0.0203425;RO=5;SAF=25;SAR=23;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852778;STB=0.545436;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00035693;OID=.;OPOS=25726675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:54:53:5:5:48:48:0.90566:23:25:5:0:23:25:5:0 chr6 25726774 . A C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.343;QD=33.4285;RBI=0.0196918;REFB=0;REVB=-0.0166728;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000263444;OID=.;OPOS=25726774;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr6 25727265 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.574;QD=59.4356;RBI=0.017336;REFB=0;REVB=0.00403935;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.14095e-05;OID=.;OPOS=25727265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr6 25727334 . C T 704.59 PASS AF=0.958333;AO=48;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00193678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1005;QD=58.7161;RBI=0.00984586;REFB=0.0254552;REVB=-0.00965349;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504742;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=-0.000966134;OID=.;OPOS=25727334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:0:2:48:46:0.958333:19:29:0:0:18:28:1:1 chr6 25727517 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.526;QD=47.8213;RBI=0.056627;REFB=0;REVB=-0.0223303;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254837;OID=.;OPOS=25727517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr6 25769349 . T C 357.81 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.592;QD=55.0475;RBI=0.047951;REFB=0;REVB=-0.0257051;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0015489;OID=.;OPOS=25769349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr6 25779392 . A G 117.19 PASS AF=0.197917;AO=19;DP=96;FAO=19;FDP=96;FR=.;FRO=77;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=0.000425961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.701;QD=4.88286;RBI=0.0282659;REFB=0.00568758;REVB=-0.0282627;RO=77;SAF=8;SAR=11;SRF=36;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593026;STB=0.537738;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.0242339;OID=.;OPOS=25779392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:77:77:19:19:0.197917:11:8:36:41:11:8:36:41 chr6 25813150 . G A 463.89 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00439786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3421;QD=57.9867;RBI=0.00630112;REFB=0;REVB=-0.00451252;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.50546e-07;OID=.;OPOS=25813150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:20:11:0:0:20:12:0:0 chr6 25849620 . A G 707.77 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7398;QD=62.9129;RBI=0.0363097;REFB=0;REVB=0.0271311;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070966;OID=.;OPOS=25849620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr6 25914801 . G A 727.34 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00215289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.461;QD=63.247;RBI=0.0535501;REFB=0;REVB=-0.0535068;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198781;OID=.;OPOS=25914801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr6 25914901 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0422324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.935;QD=55.0987;RBI=0.0460562;REFB=0;REVB=0.0183739;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172665;OID=.;OPOS=25914901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr6 25916979 . C T 613.24 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00911246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.003;QD=61.3242;RBI=0.015095;REFB=0;REVB=0.0120342;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35392e-05;OID=.;OPOS=25916979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr6 26027433 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=22;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.9;QD=54.5174;RBI=0.0508971;REFB=0;REVB=-0.006444;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274189;OID=.;OPOS=26027433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:22:25:1:13:9:0:0:16:9:0:0 chr6 26033506 . G A 552.09 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00930839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.077;QD=59.6857;RBI=0.0119418;REFB=0;REVB=-0.00748064;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.02818e-05;OID=.;OPOS=26033506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:25:11:0:0:26:11:0:0 chr6 26044369 . A G 614.99 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215933;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.939;QD=61.4989;RBI=0.0491;REFB=0;REVB=0.044097;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070918;OID=.;OPOS=26044369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr6 26045929 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3236;QD=58.5876;RBI=0.051993;REFB=0;REVB=-0.0405555;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00117152;OID=.;OPOS=26045929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr6 26056072 . G C 159.16 PASS AF=0.592593;AO=8;DP=28;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00039101;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.511;QD=23.5797;RBI=0.00179547;REFB=-0.0345087;REVB=0.00175238;RO=9;SAF=0;SAR=8;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.802703;STB=0.592481;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0202704;OID=.;OPOS=26056072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:28:27:9:11:8:16:0.592593:8:0:6:3:8:8:8:3 chr6 26056549 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.283;QD=59.0187;RBI=0.0146615;REFB=0;REVB=-0.0105533;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.65906e-05;OID=.;OPOS=26056549;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:10:24:0:0:10:24:0:0 chr6 26056604 . G A 82.35 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0235612;FXX=0.0249938;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.813;QD=8.44651;RBI=0.0302215;REFB=-0.0165746;REVB=0.0189265;RO=23;SAF=7;SAR=4;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736464;STB=0.562392;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.050874;OID=.;OPOS=26056604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:40:39:23:28:11:11:0.282051:4:7:16:7:4:7:20:8 chr6 26104280 . T C 124.87 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0412642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6883;QD=17.8389;RBI=0.0920032;REFB=0.00254296;REVB=-0.0822305;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644073;STB=0.53679;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=-0.00900922;OID=.;OPOS=26104280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:6:8:9:5:6:8:9:5 chr6 26108168 . G A 45.47 PASS AF=0.216216;AO=7;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0875329;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.3181;QD=4.91524;RBI=0.0932454;REFB=-0.00151754;REVB=0.0321356;RO=30;SAF=3;SAR=4;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125246;STB=0.611963;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=-0.01016;OID=.;OPOS=26108168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:37:37:30:29:7:8:0.216216:4:3:16:14:5:3:15:14 chr6 26108282 . C G 62.65 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0478752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1859;QD=20.8836;RBI=0.0496746;REFB=-0.030565;REVB=0.0132491;RO=4;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251651;STB=0.642549;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0116246;OID=.;OPOS=26108282;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:4:4:8:8:0.666667:5:3:0:4:5:3:0:4 chr6 26184102 . G A 583.51 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.038654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.845;QD=58.3505;RBI=0.0576861;REFB=-0.169064;REVB=0.04282;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509799;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0015351;OID=.;OPOS=26184102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:40:40:0:1:39:39:0.975:25:14:0:0:25:14:0:1 chr6 26200083 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0297498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.142;QD=45.8054;RBI=0.0302082;REFB=0;REVB=-0.00524288;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000417672;OID=.;OPOS=26200083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr6 26200677 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0833065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1918;QD=40.7627;RBI=0.0880895;REFB=0;REVB=-0.028632;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00229924;OID=.;OPOS=26200677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr6 26205293 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.813;QD=35.5755;RBI=0.0274293;REFB=0;REVB=-0.0238213;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000265323;OID=.;OPOS=26205293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr6 26285560 . A G 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.889;QD=58.5996;RBI=0.0235165;REFB=0;REVB=0.0118019;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144991;OID=.;OPOS=26285560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr6 26285683 . T C 256.04 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.173135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.294;QD=51.208;RBI=0.175007;REFB=0;REVB=0.0255249;RO=0;SAF=1;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000782046;OID=.;OPOS=26285683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:20:0:0:18:20:1:17:1:0:0:17:3:0:0 chr6 26286744 . C T 384.77 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0456172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1712;QD=48.096;RBI=0.0509936;REFB=0.0110304;REVB=-0.0227908;RO=2;SAF=15;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0581366;STB=0.514029;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=-0.00488105;OID=.;OPOS=26286744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:32:2:3:29:29:0.90625:14:15:2:0:14:15:2:1 chr6 26286838 . TTCT TT,TTT,TTTC 263.41 PASS AF=0.714286,0.0952381,0.190476;AO=7,4,2;DP=20;FAO=15,2,4;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0,0;FSAR=12,2,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593168,0.0420184,0.0429543;FXX=0.0454339;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,2;MLLD=223.338,223.908,217.955;QD=50.1736;RBI=0.0603206,0.0431869,0.044039;REFB=0,0,0;REVB=0.010959,0.00997801,0.00971379;RO=0;SAF=0,1,0;SAR=7,3,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.00232804,0.00231379,-0.0176906;OID=.,.,.;OPOS=26286839,26286840,26286840;OREF=TC,C,CT;OALT=-,-,TC;OMAPALT=TT,TTT,TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.714286,0.0952381,0.190476:7,4,2:20:15,2,4:21:0:3,0,0:12,2,4:0:0:19:0:0,1,0:7,3,2:0:0 chr6 26299899 . G GT 880.24 PASS AF=1;AO=11;DP=97;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.206898;FXX=0.144315;HRUN=0;LEN=1;MLLD=28.015;QD=42.4213;RBI=0.213407;REFB=0;REVB=-0.0523051;RO=79;SAF=7;SAR=4;SRF=60;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17928;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00353906;OID=.;OPOS=26299900;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:97:83:83:0:68:15:0:0:5:79:7:4:60:19 chr6 26299900 . C G,T 1450.6 PASS AF=0.125,0.875;AO=12,80;DP=92;FAO=12,84;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=9,62;FSAR=3,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00974269,0.0076509;FXX=0.0103082;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=189.81,57.8062;QD=60.4415;RBI=0.0194481,0.0101222;REFB=0,0;REVB=-0.0168317,0.00662741;RO=0;SAF=8,61;SAR=4,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.49012e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0276976,-0.000212505;OID=.,.;OPOS=26299900,26299900;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:50:92:96:0:0:12,80:12,84:0.125,0.875:4,19:8,61:0:0:3,22:9,62:0:0 chr6 26305787 . C CGGCCACCTCGTCACAT 176.62 PASS AF=0.6;AO=15;DP=32;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0195147;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=16;MLLD=353.672;QD=23.5497;RBI=0.0196629;REFB=-0.0196937;REVB=-0.00240941;RO=14;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250535;STB=0.522363;STBP=0.811;TYPE=ins;VARB=0.0123776;OID=.;OPOS=26305788;OREF=-;OALT=GGCCACCTCGTCACAT;OMAPALT=CGGCCACCTCGTCACAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:15:32:18:30:12:8:10:6:6:99:14:6:9:6:8 chr6 26305796 . C T 267.98 PASS AF=0.766667;AO=24;DP=30;FAO=23;FDP=30;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00321638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9701;QD=35.7306;RBI=0.0524327;REFB=-0.0140048;REVB=0.052334;RO=5;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139874;STB=0.570511;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00634098;OID=.;OPOS=26305796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:5:7:24:23:0.766667:14:10:0:5:13:10:1:6 chr6 26305801 . C G 328.54 PASS AF=0.866667;AO=26;DP=30;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0813346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.692;QD=43.8052;RBI=0.0823009;REFB=-0.0583761;REVB=0.0125748;RO=4;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108949;STB=0.55878;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00527207;OID=.;OPOS=26305801;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:30:30:4:4:26:26:0.866667:15:11:0:4:15:11:0:4 chr6 26327814 . T C 850.79 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0096584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.8;QD=57.6808;RBI=0.011548;REFB=0;REVB=-0.00633013;RO=0;SAF=43;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74604e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01938e-06;OID=.;OPOS=26327814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:16:43:0:0:16:43:0:0 chr6 26328365 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00986056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.976;QD=57.2375;RBI=0.0495365;REFB=0;REVB=-0.0485451;RO=0;SAF=36;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.43248e-05;OID=.;OPOS=26328365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:20:36:0:0:20:36:0:0 chr6 26466225 . A C 728.89 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0011664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1685;QD=57.1675;RBI=0.0444595;REFB=0;REVB=-0.0444442;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000311682;OID=.;OPOS=26466225;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:23:27:0:0:23:28:0:0 chr6 26501897 . T C 794.84 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00759514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.636;QD=56.7743;RBI=0.0075985;REFB=0;REVB=0.000225946;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87384e-05;OID=.;OPOS=26501897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:28:26:0:0:30:26:0:0 chr6 26505362 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0719104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1057;QD=53.2763;RBI=0.0719503;REFB=0;REVB=0.00239548;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00135838;OID=.;OPOS=26505362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr6 26505403 . C A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0607764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.179;QD=44.6892;RBI=0.063373;REFB=0;REVB=0.0179547;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000525026;OID=.;OPOS=26505403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr6 26509330 . C G 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00735195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8579;QD=56.7032;RBI=0.0603803;REFB=0;REVB=0.059931;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000610481;OID=.;OPOS=26509330;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr6 26521435 . C G 852.37 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.617;QD=56.8244;RBI=0.0333568;REFB=0;REVB=0.0259456;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191159;OID=.;OPOS=26521435;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:60:0:0:56:60:1:30:26:0:0:33:27:0:0 chr6 26521520 . T C 742.48 PASS AF=0.935484;AO=55;DP=60;FAO=58;FDP=62;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00254778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.17;QD=47.9021;RBI=0.0269124;REFB=-0.0866141;REVB=0.0267916;RO=2;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254704;STB=0.510999;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.00213755;OID=.;OPOS=26521520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:60:62:2:4:55:58:0.935484:36:19:0:2:38:20:2:2 chr6 26538268 . T C 431.25 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000158751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.515;QD=55.6449;RBI=0.168389;REFB=0;REVB=0.168389;RO=1;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404935;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036346;OID=.;OPOS=26538268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:1:0:30:31:1:11:19:0:1:12:19:0:0 chr6 26545632 . G A 222.97 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516993;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6503;QD=49.5491;RBI=0.0525673;REFB=0;REVB=0.00951345;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173698;OID=.;OPOS=26545632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr6 26546048 . C T 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00988194;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.519;QD=53.9324;RBI=0.0124922;REFB=-0.0460964;REVB=-0.00764222;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.515141;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=3.28264e-06;OID=.;OPOS=26546048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:16:14:0:0:16:14:0:1 chr6 26546808 . T C 336.93 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=30;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0100739;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7296;QD=46.4724;RBI=0.0226488;REFB=-0.067653;REVB=0.0202851;RO=3;SAF=12;SAR=14;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102852;STB=0.555513;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00624984;OID=.;OPOS=26546808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:30:29:3:3:26:26:0.896552:14:12:3:0:14:12:3:0 chr6 26555484 . A G 40.36 PASS AF=0.14;AO=7;DP=51;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=10;FWDB=-0.00705597;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.551;QD=3.22849;RBI=0.0103493;REFB=0.000969491;REVB=-0.00757112;RO=43;SAF=4;SAR=3;SRF=33;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265681;STB=0.680555;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.0068511;OID=.;OPOS=26555484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:51:50:43:43:7:7:0.14:3:4:33:10:3:4:33:10 chr6 26556769 . G T 126.61 PASS AF=0.246753;AO=19;DP=77;FAO=19;FDP=77;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0101353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.945;QD=6.57724;RBI=0.0115386;REFB=-0.0177391;REVB=-0.00551507;RO=58;SAF=11;SAR=8;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764787;STB=0.546912;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0533282;OID=.;OPOS=26556769;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:58:58:19:19:0.246753:8:11:30:28:8:11:30:28 chr6 26572165 . G T 41.63 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.0758864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.877;QD=4.62513;RBI=0.0760795;REFB=0.00211365;REVB=0.00541678;RO=26;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225524;STB=0.545331;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.0144174;OID=.;OPOS=26572165;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:36:36:26:29:7:7:0.194444:5:2:4:22:5:2:7:22 chr6 26577326 . C A 114.51 PASS AF=0.186916;AO=20;DP=107;FAO=20;FDP=107;FR=.;FRO=87;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=56;FSRR=31;FWDB=-0.0119114;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.556;QD=4.28074;RBI=0.0259212;REFB=-0.0113433;REVB=0.0230223;RO=87;SAF=7;SAR=13;SRF=56;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359579;STB=0.7265;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0409719;OID=.;OPOS=26577326;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:87:87:20:20:0.186916:13:7:56:31:13:7:56:31 chr6 26577370 . C T 133.13 PASS AF=0.198276;AO=23;DP=115;FAO=23;FDP=116;FR=.;FRO=93;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=55;FSRR=38;FWDB=-0.00990878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.569;QD=4.59063;RBI=0.0114205;REFB=-0.00401168;REVB=-0.00567831;RO=92;SAF=6;SAR=17;SRF=55;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417676;STB=0.758377;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0228151;OID=.;OPOS=26577370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:92:93:23:23:0.198276:17:6:55:37:17:6:55:38 chr6 26595168 . T C 125.67 PASS AF=0.172932;AO=23;DP=132;FAO=23;FDP=133;FR=.;FRO=110;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=69;FWDB=0.00571744;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4231;QD=3.77952;RBI=0.0153875;REFB=-0.0069613;REVB=-0.0142859;RO=105;SAF=8;SAR=15;SRF=37;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00637275;STB=0.522368;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.047769;OID=.;OPOS=26595168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:105:110:23:23:0.172932:15:8:37:68:15:8:41:69 chr6 26597333 . A G 90.43 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0175392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.41;QD=7.86318;RBI=0.018523;REFB=0.0010015;REVB=-0.0059563;RO=34;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176866;STB=0.608523;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.00244902;OID=.;OPOS=26597333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:6:6:12:22:6:6:12:22 chr6 26598188 . A G 154.06 PASS AF=0.367347;AO=16;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0232527;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=31.9502;QD=12.5764;RBI=0.142019;REFB=-0.0221336;REVB=-0.140102;RO=19;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212598;STB=0.579619;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0294787;OID=.;OPOS=26598188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:31:16:18:0.367347:11:5:10:9:12:6:14:17 chr6 26701786 . C T 389.47 PASS AF=0.59375;AO=38;DP=63;FAO=38;FDP=64;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0486735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7845;QD=24.3419;RBI=0.0504018;REFB=-0.00111763;REVB=-0.0130858;RO=25;SAF=19;SAR=19;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130519;STB=0.578085;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.00107283;OID=.;OPOS=26701786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:25:26:38:38:0.59375:19:19:8:17:19:19:8:18 chr6 27107610 . G A 271.14 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00389225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.412;QD=30.1269;RBI=0.010661;REFB=-0.0231094;REVB=0.00992513;RO=12;SAF=14;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101807;STB=0.556028;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0140151;OID=.;OPOS=27107610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:12:12:24:24:0.666667:10:14:5:7:10:14:5:7 chr6 27107865 . G A 158.05 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00508909;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=211.907;QD=25.2876;RBI=0.00691948;REFB=0.00669033;REVB=0.00468832;RO=9;SAF=10;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119544;STB=0.566925;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.00237154;OID=.;OPOS=27107865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:6:10:4:5:6:10:4:5 chr6 27114425 . G A 74.2 PASS AF=0.207547;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=53;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0108789;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.66;QD=5.60012;RBI=0.0108872;REFB=0.00982587;REVB=-0.000426081;RO=41;SAF=6;SAR=5;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408613;STB=0.51721;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.0156318;OID=.;OPOS=27114425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:52:53:41:42:11:11:0.207547:5:6:21:20:5:6:22:20 chr6 27177705 . C T 92.11 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.0613092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7775;QD=6.24494;RBI=0.0614682;REFB=-0.014166;REVB=-0.0044185;RO=45;SAF=10;SAR=4;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208684;STB=0.631382;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0541583;OID=.;OPOS=27177705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:59:59:45:45:14:14:0.237288:4:10:25:20:4:10:25:20 chr6 27181701 . T C 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0809198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5347;QD=37.4866;RBI=0.0843358;REFB=0;REVB=-0.0237595;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00806606;OID=.;OPOS=27181701;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr6 27203319 . C G 203.51 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0547341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.302;QD=30.1495;RBI=0.0722109;REFB=-0.0640285;REVB=0.0471019;RO=8;SAF=14;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149988;STB=0.583241;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.011153;OID=.;OPOS=27203319;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:5:14:4:4:5:14:4:4 chr6 27205435 . A G 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.00662305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.148;QD=16.4266;RBI=0.00715508;REFB=0.0095076;REVB=0.00270748;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.446081;STB=0.753448;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0171108;OID=.;OPOS=27205435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:4:7:1:10:4:7:1:10 chr6 27261700 . C G 501.84 PASS AF=0.630137;AO=46;DP=73;FAO=46;FDP=73;FR=.;FRO=27;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00559446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.951;QD=27.498;RBI=0.00591614;REFB=-0.0176124;REVB=0.00192423;RO=27;SAF=28;SAR=18;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138593;STB=0.575541;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0101279;OID=.;OPOS=27261700;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:27:27:46:46:0.630137:18:28:11:16:18:28:11:16 chr6 27263252 . C T 399.46 PASS AF=0.711111;AO=32;DP=46;FAO=32;FDP=45;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0120262;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.475;QD=35.5075;RBI=0.01224;REFB=-0.0203367;REVB=-0.00227795;RO=13;SAF=14;SAR=18;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540115;STB=0.529393;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00885177;OID=.;OPOS=27263252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:13:13:32:32:0.711111:18:14:7:6:18:14:7:6 chr6 27271607 . G A 628.59 PASS AF=0.764706;AO=52;DP=68;FAO=52;FDP=68;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0205588;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.037;QD=36.9756;RBI=0.0206393;REFB=-0.0102009;REVB=0.00182012;RO=16;SAF=22;SAR=30;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216411;STB=0.511623;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00374187;OID=.;OPOS=27271607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:16:16:52:52:0.764706:30:22:6:10:30:22:6:10 chr6 27277402 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.13;QD=51.9167;RBI=0.0162336;REFB=0;REVB=-0.0122535;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000222879;OID=.;OPOS=27277402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr6 27277665 . G A 233.68 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0271078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.501;QD=24.5976;RBI=0.0384771;REFB=-0.0468547;REVB=0.0273067;RO=16;SAF=7;SAR=15;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610175;STB=0.533868;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0130035;OID=.;OPOS=27277665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:15:7:4:12:15:7:4:12 chr6 27279632 . C A 449.74 PASS AF=0.727273;AO=40;DP=54;FAO=40;FDP=55;FR=.;FRO=15;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0147991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5966;QD=32.7082;RBI=0.0228394;REFB=-0.00451638;REVB=-0.0173961;RO=14;SAF=25;SAR=15;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04629;STB=0.512189;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0012042;OID=.;OPOS=27279632;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:14:15:40:40:0.727273:15:25:10:4:15:25:10:5 chr6 27302765 . T C 183.1 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0257625;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=200.015;QD=25.2556;RBI=0.0291106;REFB=0.0155362;REVB=-0.0135542;RO=10;SAF=13;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0928171;STB=0.577687;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.00839628;OID=.;OPOS=27302765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:10:11:18:18:0.62069:5:13:6:4:5:13:6:5 chr6 27356867 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.708;QD=55.098;RBI=0.0327072;REFB=0;REVB=0.0121038;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212596;OID=.;OPOS=27356867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr6 27356902 . A G 78.31 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0139293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0262;QD=14.9159;RBI=0.124943;REFB=-0.0525708;REVB=-0.124164;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858363;STB=0.571288;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0511418;OID=.;OPOS=27356902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:11:10:10:0.47619:5:5:6:4:5:5:7:4 chr6 27356925 . T G 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0069354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.934;QD=16.8984;RBI=0.0317659;REFB=-0.0424887;REVB=0.0309996;RO=9;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453193;STB=0.526263;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0381021;OID=.;OPOS=27356925;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:5:5:4:5:5:5:4:5 chr6 27369873 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8242;QD=43.4861;RBI=0.0509648;REFB=0;REVB=-0.0421101;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00184773;OID=.;OPOS=27369873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr6 27369892 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.079863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3143;QD=35.5759;RBI=0.094137;REFB=0;REVB=-0.0498366;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.010504;OID=.;OPOS=27369892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr6 27370046 . T G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0246626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5166;QD=52.613;RBI=0.0301649;REFB=0;REVB=0.0173688;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127351;OID=.;OPOS=27370046;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr6 27371011 . C T 205.45 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.001113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.288;QD=48.3411;RBI=0.0465122;REFB=0;REVB=0.0464989;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465652;OID=.;OPOS=27371011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr6 27371193 . G A 940.57 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00388324;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.1383;QD=58.7854;RBI=0.0134322;REFB=0;REVB=-0.0128586;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014058;OID=.;OPOS=27371193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:31:33:0:0:31:33:0:0 chr6 27420588 . G A 65.27 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00211454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.32;QD=10.8785;RBI=0.00959716;REFB=-0.0122821;REVB=-0.00936131;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0229291;OID=.;OPOS=27420588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:6:3:5:10:6:3:5:10 chr6 27425185 . C A 740.8 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320316;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.723;QD=56.9842;RBI=0.0447717;REFB=0;REVB=0.0312807;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102696;OID=.;OPOS=27425185;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chr6 27435707 . G A 463.37 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0425976;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.9196;QD=52.9567;RBI=0.0425979;REFB=-0.188698;REVB=-0.000158901;RO=1;SAF=18;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252499;STB=0.502616;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0152754;OID=.;OPOS=27435707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:1:2:33:33:0.942857:15:18:1:0:15:18:1:1 chr6 27471515 . A G 259.14 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0146106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.387;QD=24.1063;RBI=0.0273351;REFB=0.00693505;REVB=-0.0231028;RO=19;SAF=17;SAR=7;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243266;STB=0.636056;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=-0.00329858;OID=.;OPOS=27471515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:7:17:8:11:7:17:8:11 chr6 27515519 . A C 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0346025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.609;QD=19.1085;RBI=0.0473836;REFB=0.0489554;REVB=0.0323708;RO=6;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265094;STB=0.651856;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=-0.00812423;OID=.;OPOS=27515519;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:5:4:5:1:5:4:5:1 chr6 27551316 . C G 391.43 PASS AF=0.597015;AO=34;DP=69;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00218204;FXX=0.0945818;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.176;QD=23.3687;RBI=0.0175684;REFB=0.00216479;REVB=0.0174323;RO=20;SAF=10;SAR=24;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222973;STB=0.598524;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00357683;OID=.;OPOS=27551316;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:20:27:34:40:0.597015:24:10:12:8:27:13:15:12 chr6 27560587 . A G 406.95 PASS AF=0.761905;AO=32;DP=42;FAO=32;FDP=42;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.000351444;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=269.163;QD=38.7575;RBI=0.00330504;REFB=0.00818464;REVB=-0.0032863;RO=10;SAF=19;SAR=13;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172904;STB=0.593691;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00205906;OID=.;OPOS=27560587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:10:10:32:32:0.761905:13:19:2:8:13:19:2:8 chr6 27573463 . G A 203.12 PASS AF=0.540541;AO=18;DP=35;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00308881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.175;QD=21.9586;RBI=0.00621003;REFB=-0.0210396;REVB=0.00538737;RO=17;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172565;STB=0.567501;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0169589;OID=.;OPOS=27573463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:17:17:18:20:0.540541:8:10:6:11:10:10:6:11 chr6 27618731 . G T 123.25 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=67;FAO=18;FDP=67;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.000876774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.964;QD=7.35789;RBI=0.00218257;REFB=-0.00592108;REVB=0.00199872;RO=48;SAF=12;SAR=6;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229111;STB=0.6463;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0171613;OID=.;OPOS=27618731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:48:49:18:18:0.268657:6:12:23:25:6:12:23:26 chr6 27636354 . A G 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00651044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0971;QD=7.1249;RBI=0.00743528;REFB=0.00110257;REVB=-0.00359131;RO=18;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143116;STB=0.590651;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.00115066;OID=.;OPOS=27636354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:3:4:8:10:3:4:8:10 chr6 27636378 . C T 30.14 PASS AF=0.2;AO=5;DP=25;FAO=5;FDP=25;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0469867;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.757;QD=4.82299;RBI=0.0495706;REFB=-0.00355307;REVB=-0.0157954;RO=19;SAF=2;SAR=3;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250969;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0272752;OID=.;OPOS=27636378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:25:25:19:20:5:5:0.2:3:2:8:11:3:2:8:12 chr6 27648894 . C T 33.74 PASS AF=0.162162;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.017995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.146;QD=3.64729;RBI=0.0282201;REFB=-0.00634288;REVB=-0.0217383;RO=30;SAF=4;SAR=2;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848282;STB=0.548853;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0401863;OID=.;OPOS=27648894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:37:30:31:6:6:0.162162:2:4:18:12:2:4:19:12 chr6 27648908 . C G 36.87 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00311774;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.599;QD=4.46893;RBI=0.0163351;REFB=-0.00145327;REVB=0.0160348;RO=26;SAF=4;SAR=2;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065817;STB=0.53322;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00653171;OID=.;OPOS=27648908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:34:33:26:27:6:6:0.181818:2:4:16:10:2:4:17:10 chr6 27650516 . C T 65.01 PASS AF=0.208333;AO=9;DP=47;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0578306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.054;QD=5.41771;RBI=0.0587985;REFB=-0.0119658;REVB=-0.0106251;RO=38;SAF=4;SAR=5;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00360851;STB=0.538384;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0481491;OID=.;OPOS=27650516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:47:48:38:38:9:10:0.208333:5:4:17:21:6:4:17:21 chr6 27650521 . C T 59.51 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00712294;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.68;QD=5.17508;RBI=0.00753597;REFB=-0.00403281;REVB=0.00246059;RO=38;SAF=4;SAR=5;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00360851;STB=0.509782;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0224947;OID=.;OPOS=27650521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:47:46:38:37:9:9:0.195652:5:4:17:21:5:4:16:21 chr6 27655994 . T G 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0168423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.229;QD=7.25973;RBI=0.0214734;REFB=-0.0136792;REVB=-0.0133209;RO=29;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371004;STB=0.730897;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.02691;OID=.;OPOS=27655994;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:3:7:11:18:3:7:11:18 chr6 27694460 . A G 60.03 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00360088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.467;QD=5.85624;RBI=0.0329401;REFB=-0.00283741;REVB=-0.0327427;RO=32;SAF=6;SAR=3;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132251;STB=0.58601;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0520613;OID=.;OPOS=27694460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:32:32:9:9:0.219512:3:6:18:14:3:6:18:14 chr6 27792221 . C T 318.66 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.9582;QD=50.9856;RBI=0.0593908;REFB=-0.0537203;REVB=0.000435466;RO=1;SAF=14;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319609;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0112829;OID=.;OPOS=27792221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:25:25:1:0:24:25:1:10:14:1:0:10:15:0:0 chr6 27792228 . T C 337.78 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.948;QD=54.0445;RBI=0.0213912;REFB=0;REVB=-0.0162474;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00056467;OID=.;OPOS=27792228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:10:14:0:0:10:15:0:0 chr6 28059020 . G A 452.55 PASS AF=0.7;AO=38;DP=56;FAO=42;FDP=60;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0089132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.914;QD=30.1697;RBI=0.0284922;REFB=0.00541391;REVB=0.0270622;RO=17;SAF=14;SAR=24;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226404;STB=0.618991;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00516975;OID=.;OPOS=28059020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:60:17:18:38:42:0.7:24:14:13:4:26:16:14:4 chr6 28059217 . G C 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00613064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.179;QD=19.1091;RBI=0.00759232;REFB=-0.00684606;REVB=0.00447868;RO=26;SAF=11;SAR=16;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181821;STB=0.601596;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00574025;OID=.;OPOS=28059217;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:16:11:16:10:16:11:16:10 chr6 28104634 . G T 945.7 PASS AF=0.745283;AO=78;DP=104;FAO=79;FDP=106;FR=.;FRO=27;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0195544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.93;QD=35.6867;RBI=0.0195558;REFB=-0.0460257;REVB=-0.000235883;RO=26;SAF=48;SAR=30;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744055;STB=0.533193;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0167084;OID=.;OPOS=28104634;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:26:27:78:79:0.745283:30:48:12:14:31:48:13:14 chr6 28120898 . G A 242.85 PASS AF=0.807692;AO=21;DP=26;FAO=21;FDP=26;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00675027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.959;QD=37.3612;RBI=0.00690549;REFB=-0.0226084;REVB=0.00145593;RO=5;SAF=13;SAR=8;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0799153;STB=0.543684;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00668439;OID=.;OPOS=28120898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:26:26:5:5:21:21:0.807692:8:13:2:3:8:13:2:3 chr6 28134582 . C T 219.04 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0395919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.658;QD=23.6798;RBI=0.0397236;REFB=-0.0242087;REVB=-0.00323209;RO=16;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235885;STB=0.631589;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0114401;OID=.;OPOS=28134582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:13:8:11:5:13:8:11:5 chr6 28180818 . G C 113.71 PASS AF=0.206897;AO=18;DP=89;FAO=18;FDP=87;FR=.;FRO=69;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.0164005;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.752;QD=5.2282;RBI=0.0547396;REFB=-0.000129888;REVB=0.052225;RO=71;SAF=12;SAR=6;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270578;STB=0.681619;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0012723;OID=.;OPOS=28180818;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:71:69:18:18:0.206897:6:12:32:39:6:12:30:39 chr6 28180870 . A C 97.18 PASS AF=0.213333;AO=14;DP=74;FAO=16;FDP=75;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=0.0302581;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.863;QD=5.18295;RBI=0.0662313;REFB=-0.00528597;REVB=-0.0589155;RO=57;SAF=9;SAR=5;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292593;STB=0.725977;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0252614;OID=.;OPOS=28180870;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:74:75:57:59:14:16:0.213333:5:9:23:34:5:11:23:36 chr6 28180904 . A G 103.99 PASS AF=0.238806;AO=14;DP=65;FAO=16;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00783584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.743;QD=6.20804;RBI=0.0129606;REFB=-0.00207566;REVB=-0.0103236;RO=51;SAF=7;SAR=7;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851085;STB=0.598769;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00236762;OID=.;OPOS=28180904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:51:51:14:16:0.238806:7:7:22:29:7:9:22:29 chr6 28213239 . T C 51.48 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0265773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.335;QD=5.88345;RBI=0.0301255;REFB=-0.00143099;REVB=0.0141842;RO=27;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120118;STB=0.578739;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00514077;OID=.;OPOS=28213239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:27:27:8:8:0.228571:6:2:9:18:6:2:9:18 chr6 28219270 . G A 650.73 PASS AF=0.739726;AO=54;DP=73;FAO=54;FDP=73;FR=.;FRO=19;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0173515;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.559;QD=35.6567;RBI=0.0219948;REFB=-0.013601;REVB=0.0135165;RO=18;SAF=31;SAR=23;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035002;STB=0.526496;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00535276;OID=.;OPOS=28219270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:18:19:54:54:0.739726:23:31:9:9:23:31:9:10 chr6 28219661 . G A 254.46 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=34;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0308174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0215;QD=29.9365;RBI=0.0330905;REFB=-0.00620477;REVB=-0.0120529;RO=11;SAF=15;SAR=8;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101993;STB=0.505613;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00628038;OID=.;OPOS=28219661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:11:11:23:23:0.676471:8:15:7:4:8:15:7:4 chr6 28227633 . C T 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0196918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.317;QD=22.5856;RBI=0.0198481;REFB=-0.00337505;REVB=0.00248615;RO=6;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287382;STB=0.662866;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0022047;OID=.;OPOS=28227633;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:7:4:5:1:7:4:5:1 chr6 28228342 . A G 95.53 PASS AF=0.428571;AO=11;DP=27;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00411611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.309;QD=13.647;RBI=0.0157269;REFB=-0.00901207;REVB=0.0151787;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16979;STB=0.617454;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.010956;OID=.;OPOS=28228342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:27:28:16:16:11:12:0.428571:6:5:10:6:7:5:10:6 chr6 28239915 . G A 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00955759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.1368;QD=21.3525;RBI=0.0592923;REFB=0.0172287;REVB=0.0585169;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938929;STB=0.553111;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.00326274;OID=.;OPOS=28239915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:6:7:6:3:6:7:6:3 chr6 28239932 . T TG 194.83 PASS AF=1;AO=16;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0698296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=13.7948;QD=38.9669;RBI=0.0852506;REFB=0;REVB=0.0489028;RO=3;SAF=10;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869632;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000717177;OID=.;OPOS=28239933;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:20:20:20:0:12:8:0:0:4:3:10:6:1:2 chr6 28269663 . A G 395.58 PASS AF=0.695652;AO=31;DP=46;FAO=32;FDP=46;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0448128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4017;QD=34.398;RBI=0.0535844;REFB=-0.0539159;REVB=0.0293786;RO=14;SAF=11;SAR=20;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451927;STB=0.517231;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0207759;OID=.;OPOS=28269663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:14:14:31:32:0.695652:20:11:6:8:20:12:6:8 chr6 28270064 . T A 300.3 PASS AF=0.702703;AO=25;DP=36;FAO=26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0885233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.126;QD=32.4652;RBI=0.0886371;REFB=-0.0275533;REVB=-0.00448919;RO=11;SAF=12;SAR=13;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168218;STB=0.594524;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0232074;OID=.;OPOS=28270064;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:36:37:11:11:25:26:0.702703:13:12:2:9:13:13:2:9 chr6 28294550 . T C 445.79 PASS AF=0.714286;AO=40;DP=56;FAO=40;FDP=56;FR=.;FRO=16;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0116388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.042;QD=31.8421;RBI=0.0124075;REFB=-0.026283;REVB=-0.00429953;RO=16;SAF=23;SAR=17;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00673525;STB=0.503648;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0110993;OID=.;OPOS=28294550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:16:16:40:40:0.714286:17:23:9:7:17:23:9:7 chr6 28297313 . T A 549.6 PASS AF=0.793103;AO=46;DP=58;FAO=46;FDP=58;FR=.;FRO=12;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0291637;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9281;QD=37.9036;RBI=0.0422948;REFB=-0.000852871;REVB=-0.0306321;RO=12;SAF=22;SAR=24;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404549;STB=0.52173;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000420624;OID=.;OPOS=28297313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:58:58:12:12:46:46:0.793103:24:22:7:5:24:22:7:5 chr6 28328791 . CA C,CC 213.06 PASS AF=0.62069,0.103448;AO=15,3;DP=29;FAO=18,3;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=7,1;FSAR=11,2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0521535,-0.00562151;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.2469,20.0339;QD=29.3869;RBI=0.0542269,0.0222721;REFB=-0.0196739,0.0170585;REVB=-0.0148518,0.021551;RO=8;SAF=6,1;SAR=9,2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0162296,-0.047266;STB=0.504499,0.533107;STBP=0.957,0.973;TYPE=del,snp;VARB=0.00538171,0.0136153;OID=.,.;OPOS=28328792,28328792;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.62069,0.103448:15,3:29:18,3:29:8:7,1:11,2:3:5:44:8:6,1:9,2:3:5 chr6 28331094 . G A 151.53 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00336213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.473;QD=30.3065;RBI=0.0156966;REFB=-0.057175;REVB=0.0153323;RO=5;SAF=9;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960507;STB=0.553123;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00736267;OID=.;OPOS=28331094;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:6:9:4:1:6:9:4:1 chr6 28331127 . AA GC 83.56 PASS AF=0.625;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0154079;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=166.294;QD=20.8902;RBI=0.0301242;REFB=-0.0367854;REVB=-0.0258855;RO=5;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721239;STB=0.514676;STBP=0.967;TYPE=mnp;VARB=0.0226005;OID=.;OPOS=28331127;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:16:5:6:10:10:0.625:3:7:4:1:3:7:4:2 chr6 28358320 . A G 616.09 PASS AF=0.688312;AO=53;DP=77;FAO=53;FDP=77;FR=.;FRO=24;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0100492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.291;QD=32.0046;RBI=0.0126901;REFB=-0.050678;REVB=0.00774931;RO=23;SAF=25;SAR=28;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00368745;STB=0.508838;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0199;OID=.;OPOS=28358320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:23:24:53:53:0.688312:28:25:11:12:28:25:12:12 chr6 28358335 . G C 565.47 PASS AF=0.710145;AO=48;DP=67;FAO=49;FDP=69;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0218128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.909;QD=32.7806;RBI=0.022693;REFB=-0.0134132;REVB=0.00625911;RO=19;SAF=20;SAR=28;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306125;STB=0.506327;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00196548;OID=.;OPOS=28358335;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:19:20:48:49:0.710145:28:20:9:10:28:21:9:11 chr6 28359170 . A G 384.07 PASS AF=0.72093;AO=31;DP=43;FAO=31;FDP=43;FR=.;FRO=12;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0214446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5568;QD=35.7274;RBI=0.0257332;REFB=0.0076663;REVB=-0.0142243;RO=12;SAF=22;SAR=9;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264097;STB=0.514379;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.00540479;OID=.;OPOS=28359170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:12:12:31:31:0.72093:9:22:8:4:9:22:8:4 chr6 28503479 . G A 130.3 PASS AF=0.7;AO=13;DP=19;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0258131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.267;QD=26.0589;RBI=0.0398473;REFB=-0.040881;REVB=0.0303561;RO=6;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729992;STB=0.549929;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0172827;OID=.;OPOS=28503479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:20:6:6:13:14:0.7:7:6:2:4:7:7:2:4 chr6 28542424 . G A 169.53 PASS AF=0.8;AO=16;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0260816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.475;QD=33.9056;RBI=0.0306276;REFB=-0.0549042;REVB=0.016056;RO=4;SAF=9;SAR=7;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697671;STB=0.538414;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0154065;OID=.;OPOS=28542424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:20:20:4:4:16:16:0.8:7:9:3:1:7:9:3:1 chr6 28542520 . C T 486.43 PASS AF=0.755102;AO=37;DP=49;FAO=37;FDP=49;FR=.;FRO=12;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0094901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.916;QD=39.7084;RBI=0.0102935;REFB=-0.0113152;REVB=0.00398689;RO=12;SAF=23;SAR=14;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218132;STB=0.511786;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00357331;OID=.;OPOS=28542520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:12:12:37:37:0.755102:14:23:8:4:14:23:8:4 chr6 28543264 . C T 37.07 PASS AF=0.428571;AO=4;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0300324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8996;QD=10.5911;RBI=0.0335837;REFB=-0.00649452;REVB=0.0150306;RO=7;SAF=1;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.545627;STB=0.713701;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0109979;OID=.;OPOS=28543264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:14:14:7:8:4:6:0.428571:3:1:6:1:3:3:7:1 chr6 28601934 . A T 198.42 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0433531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0045;QD=44.0921;RBI=0.0513296;REFB=-0.0524041;REVB=0.0274816;RO=1;SAF=6;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703222;STB=0.538415;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0103608;OID=.;OPOS=28601934;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:11:6:1:0:11:6:1:0 chr6 28616066 . T A 519.83 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00751413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.563;QD=59.4089;RBI=0.0753502;REFB=0;REVB=0.0749746;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292658;OID=.;OPOS=28616066;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr6 28626098 . G A 195.84 PASS AF=0.944444;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0332378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.021;QD=43.521;RBI=0.0365489;REFB=-0.124513;REVB=0.0152012;RO=1;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0396758;STB=0.518497;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00147717;OID=.;OPOS=28626098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:17:18:1:1:15:17:0.944444:11:4:0:1:13:4:0:1 chr6 28663716 . A G 626.57 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.397;QD=61.1289;RBI=0.0199256;REFB=0;REVB=-0.0149132;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000571615;OID=.;OPOS=28663716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:19:21:0:0:19:22:0:0 chr6 28663754 . T C 613.18 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4278;QD=61.318;RBI=0.0335991;REFB=0;REVB=0.0165333;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391072;OID=.;OPOS=28663754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr6 28678357 . T C 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00410156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.149;QD=55.6505;RBI=0.00473687;REFB=0;REVB=-0.00236963;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48886e-06;OID=.;OPOS=28678357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr6 28687489 . A G 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00612462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.838;QD=14.6522;RBI=0.0593682;REFB=0.0238148;REVB=0.0590515;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108737;STB=0.564352;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.0117019;OID=.;OPOS=28687489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:3:5:4:4:3:5:4:4 chr6 28687542 . T C 221.71 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00843916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.226;QD=49.2689;RBI=0.0155902;REFB=0;REVB=-0.0131086;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.62084e-05;OID=.;OPOS=28687542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:10:7:0:0:10:8:0:0 chr6 28697086 . C T 683.81 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.798;QD=62.1648;RBI=0.0429531;REFB=0;REVB=-0.0248527;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.964e-05;OID=.;OPOS=28697086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:26:17:0:0:26:18:0:0 chr6 28703244 . T C 344.02 PASS AF=0.659091;AO=29;DP=44;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00718592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.848;QD=31.2741;RBI=0.0128039;REFB=-0.00933068;REVB=0.0105972;RO=15;SAF=18;SAR=11;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136098;STB=0.507457;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00471912;OID=.;OPOS=28703244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:15:15:29:29:0.659091:11:18:9:6:11:18:9:6 chr6 28715516 . C G 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.0157352;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.471;QD=23.4327;RBI=0.0440298;REFB=-0.0207571;REVB=0.0411221;RO=20;SAF=15;SAR=9;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208993;STB=0.615298;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.018576;OID=.;OPOS=28715516;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:24:24:0.545455:9:15:17:3:9:15:17:3 chr6 28715537 . T C 226.63 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=0.00163984;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.798;QD=20.1444;RBI=0.00170113;REFB=-0.0154842;REVB=-0.000452519;RO=21;SAF=12;SAR=10;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284676;STB=0.672135;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0138602;OID=.;OPOS=28715537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:21:23:22:22:0.488889:10:12:18:3:10:12:20:3 chr6 28715564 . C G 181.27 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.00507437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.881;QD=16.4787;RBI=0.011186;REFB=-0.0150584;REVB=0.00996882;RO=25;SAF=7;SAR=12;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338524;STB=0.692648;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0137861;OID=.;OPOS=28715564;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:12:7:18:7:12:7:18:7 chr6 28715583 . C T 140.09 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.0385853;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7949;QD=12.7356;RBI=0.0401056;REFB=-0.0117498;REVB=0.0109377;RO=28;SAF=6;SAR=10;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355614;STB=0.706283;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0182172;OID=.;OPOS=28715583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:10:6:20:8:10:6:20:8 chr6 28715604 . G C 117.74 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00505544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7064;QD=12.3937;RBI=0.00515908;REFB=-0.0135923;REVB=-0.00102893;RO=24;SAF=6;SAR=8;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251089;STB=0.646858;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.02167;OID=.;OPOS=28715604;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:8:6:16:8:8:6:16:8 chr6 28726163 . CG CC,C 127.23 PASS AF=0,0.535714;AO=2,11;DP=27;FAO=0,15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=0,3;FSAR=0,12;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0687575,-0.0472762;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=20.167,20.645;QD=18.1753;RBI=0.0836175,0.058176;REFB=0.0283042,0.0351104;REVB=-0.0475847,-0.0339028;RO=13;SAF=0,2;SAR=2,9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.601607,-0.443837;STB=0.5,0.720988;STBP=1,0.014;TYPE=snp,del;VARB=0,-0.0382806;OID=.,.;OPOS=28726164,28726164;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.535714:2,11:27:0,15:28:13:0,3:0,12:8:5:94:13:0,2:2,9:8:5 chr6 28732209 . G A 313.3 PASS AF=0.764706;AO=26;DP=34;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00506161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.099;QD=36.8583;RBI=0.0319222;REFB=-0.0138136;REVB=0.0315183;RO=7;SAF=9;SAR=17;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350571;STB=0.538994;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00559303;OID=.;OPOS=28732209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:7:8:26:26:0.764706:17:9:3:4:17:9:4:4 chr6 28758580 . TTTG T 193.26 PASS AF=0.553191;AO=24;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00398346;FXX=0.059988;HRUN=3;LEN=3;MLLD=217.272;QD=16.4475;RBI=0.00613737;REFB=-0.0058535;REVB=0.00466897;RO=17;SAF=14;SAR=10;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960596;STB=0.519378;STBP=0.777;TYPE=del;VARB=0.00448019;OID=.;OPOS=28758581;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.553191:24:47:26:47:21:15:11:13:8:99:17:14:10:12:5 chr6 28770596 . A AC 162.8 PASS AF=0.666667;AO=19;DP=36;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.12768;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.6;QD=19.7336;RBI=0.176195;REFB=0.0538649;REVB=-0.121419;RO=15;SAF=9;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00553291;STB=0.515138;STBP=0.797;TYPE=ins;VARB=-0.0280576;OID=.;OPOS=28770597;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:19:36:22:33:11:11:11:6:5:48:15:9:10:7:8 chr6 28779887 . C G 263.17 PASS AF=0.685714;AO=21;DP=32;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0171265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.872;QD=30.0769;RBI=0.0197409;REFB=-0.0306573;REVB=0.00981764;RO=11;SAF=19;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400071;STB=0.603081;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0117709;OID=.;OPOS=28779887;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:32:35:11:11:21:24:0.685714:2:19:6:5:5:19:6:5 chr6 28785085 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.336;QD=54.5165;RBI=0.0266717;REFB=0;REVB=-0.012373;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91882e-05;OID=.;OPOS=28785085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr6 28791134 . G A 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0125113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.348;QD=21.971;RBI=0.0131714;REFB=-0.0214978;REVB=-0.00411741;RO=17;SAF=6;SAR=14;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335233;STB=0.688334;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0184858;OID=.;OPOS=28791134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:14:6:12:5:14:6:12:5 chr6 28806218 . G A 117.51 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0436961;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4703;QD=20.4368;RBI=0.0463338;REFB=0.0129429;REVB=0.0154103;RO=8;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589614;STB=0.516753;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=-0.00559551;OID=.;OPOS=28806218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:23:23:8:10:13:13:0.565217:6:7:5:3:6:7:5:5 chr6 28831535 . A G 289.5 PASS AF=0.92;AO=19;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0151482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4891;QD=46.32;RBI=0.0162439;REFB=0.0305857;REVB=-0.00586487;RO=1;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340907;STB=0.524207;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.0022104;OID=.;OPOS=28831535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:1:2:19:23:0.92:13:6:0:1:17:6:1:1 chr6 28864100 . C T 74.41 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0349713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.048;QD=22.8953;RBI=0.0354777;REFB=0.0150412;REVB=-0.00597315;RO=4;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187655;STB=0.608433;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00534317;OID=.;OPOS=28864100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:7:2:2:2:7:2:2:2 chr6 28911802 . G A 316.09 PASS AF=0.675;AO=27;DP=40;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0869326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0261;QD=31.6085;RBI=0.09989;REFB=-0.0343355;REVB=0.0492008;RO=12;SAF=14;SAR=13;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150481;STB=0.592935;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.015657;OID=.;OPOS=28911802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:12:13:27:27:0.675:13:14:3:9:13:14:3:10 chr6 28912345 . G C 308.04 PASS AF=0.722222;AO=26;DP=36;FAO=26;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0145336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4601;QD=34.2269;RBI=0.0157543;REFB=-0.0189403;REVB=0.00608036;RO=10;SAF=18;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109111;STB=0.559761;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00340322;OID=.;OPOS=28912345;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:36:36:10:10:26:26:0.722222:8:18:5:5:8:18:5:5 chr6 28912437 . T C 381.28 PASS AF=0.654545;AO=36;DP=55;FAO=36;FDP=55;FR=.;FRO=19;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00594536;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=72.2073;QD=27.7296;RBI=0.0125777;REFB=-0.00973605;REVB=0.0110838;RO=17;SAF=22;SAR=14;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153885;STB=0.584819;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00296435;OID=.;OPOS=28912437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:17:19:36:36:0.654545:14:22:6:11:14:22:7:12 chr6 28949968 . C T 246.4 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0364597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3981;QD=31.7933;RBI=0.0510238;REFB=0.00934355;REVB=-0.0356948;RO=8;SAF=11;SAR=11;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516114;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.00597282;OID=.;OPOS=28949968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:8:9:22:22:0.709677:11:11:4:4:11:11:5:4 chr6 28963248 . T G 1412.53 PASS AF=0.810606;AO=107;DP=132;FAO=107;FDP=132;FR=.;FRO=25;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.000489336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.8721;QD=42.8041;RBI=0.0127199;REFB=-0.0154086;REVB=0.0127105;RO=25;SAF=54;SAR=53;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00545884;STB=0.502903;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00289988;OID=.;OPOS=28963248;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:25:25:107:107:0.810606:53:54:13:12:53:54:13:12 chr6 28964086 . G A 283.77 PASS AF=0.545455;AO=29;DP=54;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0116309;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9893;QD=20.6378;RBI=0.0195754;REFB=-0.0132766;REVB=0.0157454;RO=19;SAF=16;SAR=13;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136911;STB=0.534224;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0150132;OID=.;OPOS=28964086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:19:25:29:30:0.545455:13:16:14:5:13:17:16:9 chr6 29068759 . C A 996.88 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247916;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9017;QD=59.5152;RBI=0.0297444;REFB=0;REVB=0.0164349;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117048;OID=.;OPOS=29068759;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr6 29069016 . G A 380.43 PASS AF=0.25;AO=57;DP=228;FAO=57;FDP=228;FR=.;FRO=171;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=89;FSRR=82;FWDB=-0.000848339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.6118;QD=6.6742;RBI=0.00141808;REFB=-0.00340023;REVB=-0.00113634;RO=171;SAF=22;SAR=35;SRF=89;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169532;STB=0.601451;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0120665;OID=.;OPOS=29069016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:228:228:171:171:57:57:0.25:35:22:89:82:35:22:89:82 chr6 29069264 . T C 151.5 PASS AF=0.213675;AO=25;DP=118;FAO=25;FDP=117;FR=.;FRO=92;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=53;FWDB=0.00374783;FXX=0.0168053;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.864;QD=5.17937;RBI=0.0038366;REFB=-0.0122046;REVB=0.000820544;RO=90;SAF=13;SAR=12;SRF=38;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123117;STB=0.575162;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0329487;OID=.;OPOS=29069264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:90:92:25:25:0.213675:12:13:38:52:12:13:39:53 chr6 29069299 . C T 237.89 PASS AF=0.272;AO=34;DP=125;FAO=34;FDP=125;FR=.;FRO=91;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=40;FSRR=51;FWDB=0.000492811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.902;QD=7.61244;RBI=0.014998;REFB=-0.00677714;REVB=-0.0149899;RO=91;SAF=20;SAR=14;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18072;STB=0.607414;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0259784;OID=.;OPOS=29069299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:91:91:34:34:0.272:14:20:40:51:14:20:40:51 chr6 29069337 . A T 2614.58 PASS AF=1;AO=157;DP=157;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.68;QD=61.1597;RBI=0.0357358;REFB=0;REVB=0.0313602;RO=0;SAF=85;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444414;OID=.;OPOS=29069337;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:157:171:0:0:157:171:1:72:85:0:0:80:91:0:0 chr6 29080004 . A G 1252.09 PASS AF=0.679245;AO=108;DP=160;FAO=108;FDP=159;FR=.;FRO=51;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0125494;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.638;QD=31.4992;RBI=0.0228251;REFB=-0.00165154;REVB=0.0190656;RO=51;SAF=51;SAR=57;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224758;STB=0.512073;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.000754401;OID=.;OPOS=29080004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:51:51:108:108:0.679245:57:51:26:25:57:51:26:25 chr6 29080344 . G A 784.87 PASS AF=0.645455;AO=70;DP=109;FAO=71;FDP=110;FR=.;FRO=39;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0227917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1837;QD=28.5408;RBI=0.0270377;REFB=-0.0109349;REVB=0.0145457;RO=39;SAF=32;SAR=38;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199658;STB=0.507967;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00592357;OID=.;OPOS=29080344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:39:39:70:71:0.645455:38:32:19:20:38:33:19:20 chr6 29080349 . A G 1550.4 PASS AF=0.981481;AO=105;DP=107;FAO=106;FDP=108;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0327461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.904;QD=57.4222;RBI=0.0342885;REFB=-0.0513561;REVB=0.0101683;RO=2;SAF=48;SAR=57;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163586;STB=0.508619;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00145445;OID=.;OPOS=29080349;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:108:2:2:105:106:0.981481:57:48:0:2:57:49:0:2 chr6 29080450 . G A 1062.4 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0666;QD=59.8533;RBI=0.0284081;REFB=0;REVB=0.0142427;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313566;OID=.;OPOS=29080450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:37:34:0:0:37:34:0:0 chr6 29141632 . T C 331.56 PASS AF=0.300699;AO=43;DP=143;FAO=43;FDP=143;FR=.;FRO=100;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=48;FSRR=52;FWDB=-0.00865743;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.725;QD=9.27438;RBI=0.0326084;REFB=-0.0121479;REVB=-0.0314381;RO=98;SAF=30;SAR=13;SRF=48;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257072;STB=0.657819;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0327457;OID=.;OPOS=29141632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:98:100:43:43:0.300699:13:30:48:50:13:30:48:52 chr6 29141743 . A G 2469.4 PASS AF=0.987879;AO=162;DP=165;FAO=163;FDP=165;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=95;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0580775;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8304;QD=59.8643;RBI=0.0614961;REFB=-0.0462875;REVB=0.0202181;RO=3;SAF=67;SAR=95;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208251;STB=0.507245;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.000709082;OID=.;OPOS=29141743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:165:165:3:2:162:163:0.987879:95:67:3:0:95:68:2:0 chr6 29141772 . A G 2556.76 PASS AF=1;AO=165;DP=167;FAO=165;FDP=165;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00826742;FXX=0.0178561;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.356;QD=61.9821;RBI=0.0084005;REFB=0;REVB=0.00148936;RO=0;SAF=76;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1215e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.15761e-05;OID=.;OPOS=29141772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:165:0:0:165:165:1:89:76:0:0:89:76:0:0 chr6 29141849 . T C 239.62 PASS AF=0.25;AO=35;DP=140;FAO=35;FDP=140;FR=.;FRO=105;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=55;FSRR=50;FWDB=-0.0340071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.388;QD=6.84633;RBI=0.0430822;REFB=-0.0182881;REVB=-0.0264498;RO=105;SAF=16;SAR=19;SRF=55;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828974;STB=0.54991;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0483029;OID=.;OPOS=29141849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:105:105:35:35:0.25:19:16:55:50:19:16:55:50 chr6 29142054 . C G 201.44 PASS AF=0.234848;AO=31;DP=132;FAO=31;FDP=132;FR=.;FRO=101;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=57;FSRR=44;FWDB=0.0337193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.549;QD=6.10438;RBI=0.0337323;REFB=-0.000519698;REVB=-0.00093452;RO=101;SAF=20;SAR=11;SRF=57;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10611;STB=0.564929;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00169262;OID=.;OPOS=29142054;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:101:101:31:31:0.234848:11:20:57:44:11:20:57:44 chr6 29142064 . A G 230.2 PASS AF=0.25;AO=34;DP=135;FAO=34;FDP=136;FR=.;FRO=102;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=59;FSRR=43;FWDB=0.0171896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.576;QD=6.77059;RBI=0.0250711;REFB=-0.00816023;REVB=-0.0182504;RO=98;SAF=22;SAR=12;SRF=57;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856126;STB=0.554504;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0147423;OID=.;OPOS=29142064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:98:102:34:34:0.25:12:22:57:41:12:22:59:43 chr6 29274486 . T C 161.34 PASS AF=0.30137;AO=22;DP=73;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=11;FWDB=0.0526013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.866;QD=8.84072;RBI=0.124779;REFB=0.0130044;REVB=0.11315;RO=50;SAF=16;SAR=6;SRF=40;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115354;STB=0.552586;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.0167108;OID=.;OPOS=29274486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:50:51:22:22:0.30137:6:16:40:10:6:16:40:11 chr6 29275507 . T C 323.74 PASS AF=0.72973;AO=27;DP=37;FAO=27;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0162005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.792;QD=34.9984;RBI=0.022481;REFB=-0.0210997;REVB=0.0155866;RO=10;SAF=19;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059823;STB=0.532685;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00745549;OID=.;OPOS=29275507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:10:10:27:27:0.72973:8:19:6:4:8:19:6:4 chr6 29323259 . G A 269.98 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.459;QD=51.4248;RBI=0.0536216;REFB=0;REVB=0.0482611;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132034;OID=.;OPOS=29323259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:12:7:0:0:14:7:0:0 chr6 29342825 . G A 199.87 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0133187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.042;QD=11.5869;RBI=0.0139502;REFB=-0.0167574;REVB=-0.00414991;RO=44;SAF=18;SAR=7;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235317;STB=0.637053;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0258585;OID=.;OPOS=29342825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:7:18:23:21:7:18:23:21 chr6 29364787 . C T 992.38 PASS AF=0.971831;AO=67;DP=70;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.116332;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.504;QD=55.9089;RBI=0.120525;REFB=-0.0978362;REVB=0.0315131;RO=3;SAF=27;SAR=40;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220608;STB=0.502302;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00425116;OID=.;OPOS=29364787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:71:3:2:67:69:0.971831:40:27:2:1:40:29:1:1 chr6 29385237 . T C 150.36 PASS AF=0.241758;AO=22;DP=91;FAO=22;FDP=91;FR=.;FRO=69;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=35;FWDB=0.0661809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8341;QD=6.60902;RBI=0.066238;REFB=0.00360791;REVB=-0.00274933;RO=69;SAF=5;SAR=17;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352433;STB=0.718099;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00928402;OID=.;OPOS=29385237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:69:69:22:22:0.241758:17:5:34:35:17:5:34:35 chr6 29523676 . C G 397.2 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413354;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.749;QD=56.7423;RBI=0.0414117;REFB=0;REVB=-0.00251227;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480712;OID=.;OPOS=29523676;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr6 29555809 . C T 185.6 PASS AF=0.287356;AO=25;DP=87;FAO=25;FDP=87;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0586879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2286;QD=8.53322;RBI=0.0614845;REFB=-0.0206011;REVB=0.0183323;RO=62;SAF=9;SAR=16;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152258;STB=0.590835;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0661265;OID=.;OPOS=29555809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:62:62:25:25:0.287356:16:9:30:32:16:9:30:32 chr6 29555864 . C T 164.6 PASS AF=0.216;AO=27;DP=125;FAO=27;FDP=125;FR=.;FRO=98;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=53;FWDB=-0.0259563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.661;QD=5.26711;RBI=0.0264156;REFB=-0.0122387;REVB=-0.00490463;RO=98;SAF=12;SAR=15;SRF=45;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188053;STB=0.511661;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0361757;OID=.;OPOS=29555864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:98:98:27:27:0.216:15:12:45:53:15:12:45:53 chr6 29625001 . A G 632.14 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00141182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8987;QD=61.6721;RBI=0.0148677;REFB=0;REVB=0.0148005;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211424;OID=.;OPOS=29625001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr6 29634003 . G C 748.25 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00592678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.318;QD=56.4719;RBI=0.0182822;REFB=0;REVB=-0.0172948;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010466;OID=.;OPOS=29634003;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:33:19:0:0:34:19:0:0 chr6 29634012 . A G 730.33 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00248474;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.11;QD=57.281;RBI=0.0137829;REFB=0;REVB=0.0135571;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000952809;OID=.;OPOS=29634012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:32:19:0:0:32:19:0:0 chr6 29691857 . C G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.124008;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.093;QD=37.4884;RBI=0.124008;REFB=0;REVB=-0.000156319;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00129735;OID=.;OPOS=29691857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr6 29693011 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0493756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3503;QD=40.7629;RBI=0.0494798;REFB=0;REVB=-0.0032101;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00337569;OID=.;OPOS=29693011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr6 29695854 . G A 538.09 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8572;QD=59.788;RBI=0.0675881;REFB=0;REVB=0.0655348;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150953;OID=.;OPOS=29695854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr6 29718220 . G A,C 253.82 PASS AF=0.85,0.15;AO=17,3;DP=21;FAO=17,3;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9,0;FSAR=8,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00462381,0.00243081;FXX=0.0475964;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=97.3744,94.361;QD=50.764;RBI=0.0217721,0.0178267;REFB=0,0;REVB=-0.0212755,-0.0176602;RO=0;SAF=9,0;SAR=8,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.126e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-6.58849e-05,0.0585053;OID=.,.;OPOS=29718220,29718220;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:21:20:0:0:17,3:17,3:0.85,0.15:8,3:9,0:0:0:8,3:9,0:0:0 chr6 29855580 . GCCCTGACCCT GCCCT,GCCCTGACCCA 457.98 PASS AF=0.65625,0.34375;AO=21,9;DP=32;FAO=21,11;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=4,5;FSAR=17,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00575741,0.0845626;FXX=0.0856898;HRUN=1,1;LEN=6,1;MLLD=250.64,99.6082;QD=57.2475;RBI=0.00901724,0.0845703;REFB=0,0;REVB=0.00693995,-0.00113785;RO=0;SAF=4,4;SAR=17,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.45803e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00551167,-0.00546992;OID=.,.;OPOS=29855581,29855590;OREF=CCCTGA,T;OALT=-,A;OMAPALT=GCCCT,GCCCTGACCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.65625,0.34375:21,9:32:21,11:32:0:4,5:17,6:0:0:88:0:4,4:17,5:0:0 chr6 29855849 . A C 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00275277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2099;QD=46.8464;RBI=0.0284344;REFB=0;REVB=0.0283008;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000703516;OID=.;OPOS=29855849;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr6 29855858 . C A 152.43 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.070425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6427;QD=40.6466;RBI=0.0805909;REFB=-0.0986177;REVB=0.0391817;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52937;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00274383;OID=.;OPOS=29855858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:0:1:14:14:0.933333:6:8:0:0:6:8:1:0 chr6 29855862 . AGA GAT 164.13 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481643;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=3;MLLD=198.323;QD=46.8941;RBI=0.0695322;REFB=0;REVB=0.0501491;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000885719;OID=.;OPOS=29855862;OREF=AGA;OALT=GAT;OMAPALT=GAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:5:8:0:0:5:9:0:0 chr6 29855901 . A G 222.09 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.499;QD=49.3545;RBI=0.026158;REFB=0;REVB=0.0184499;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.9196e-05;OID=.;OPOS=29855901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:9:8:0:0:9:9:0:0 chr6 29856330 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.582;QD=48.7373;RBI=0.016037;REFB=0;REVB=0.000580925;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211632;OID=.;OPOS=29856330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr6 29856347 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.606;QD=51.1846;RBI=0.0404993;REFB=0;REVB=0.0388894;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247731;OID=.;OPOS=29856347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr6 29856427 . G A 87.75 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0544063;FXX=0.0908265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.359;QD=35.1018;RBI=0.0863752;REFB=-0.169451;REVB=0.0670867;RO=1;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984833;STB=0.555432;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0368851;OID=.;OPOS=29856427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:5:4:1:0:5:4:1:0 chr6 29856550 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.161;QD=53.277;RBI=0.0483968;REFB=0;REVB=0.00665919;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261139;OID=.;OPOS=29856550;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr6 29856633 . T C 489.06 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0352075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9174;QD=55.8925;RBI=0.040055;REFB=-0.0015729;REVB=0.0191007;RO=1;SAF=17;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266901;STB=0.514277;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00137733;OID=.;OPOS=29856633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:35:1:1:33:34:0.971429:16:17:1:0:17:17:1:0 chr6 29856686 . C G 541.65 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00413703;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.681;QD=58.5562;RBI=0.00419182;REFB=0;REVB=0.000675514;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249396;OID=.;OPOS=29856686;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:17:19:0:0:18:19:0:0 chr6 29856693 . C T 582.64 PASS AF=0.975;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00584598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.051;QD=58.2644;RBI=0.0142713;REFB=-0.0921381;REVB=0.013019;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.511622;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000597316;OID=.;OPOS=29856693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:40:0:1:38:39:0.975:17:21:0:0:18:21:1:0 chr6 29856718 . G C 556.96 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6583;QD=60.212;RBI=0.0526965;REFB=0;REVB=0.0490015;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000907616;OID=.;OPOS=29856718;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr6 29910358 . C G 214.24 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.107331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3097;QD=45.1037;RBI=0.112116;REFB=-0.0124643;REVB=-0.0324053;RO=1;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316909;STB=0.517223;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00394726;OID=.;OPOS=29910358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:14:4:0:1:14:4:0:1 chr6 29910378 . C T 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0368185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.761;QD=34.6655;RBI=0.03706;REFB=-0.0393341;REVB=-0.00422376;RO=1;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471711;STB=0.526264;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00242028;OID=.;OPOS=29910378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:9:1:0:1:9:1:0:1 chr6 29911119 . G T 35.22 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0259211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.821;QD=23.4771;RBI=0.0316866;REFB=-0.191682;REVB=0.0182246;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121807;STB=0.571154;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00788263;OID=.;OPOS=29911119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:0:1:3:2:0:1 chr6 29911154 . C A 74.95 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00980032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.799;QD=37.4728;RBI=0.122608;REFB=0;REVB=0.122215;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00847091;OID=.;OPOS=29911154;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr6 29911190 . G A 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00513139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2732;QD=37.4874;RBI=0.00608656;REFB=0;REVB=-0.00327338;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.66071e-05;OID=.;OPOS=29911190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr6 29911198 . T C 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0182888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.684;QD=34.6646;RBI=0.0204811;REFB=-0.00865408;REVB=-0.0092193;RO=1;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126911;STB=0.57128;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000535067;OID=.;OPOS=29911198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:7:3:1:0:7:3:1:0 chr6 29911207 . G A 137.82 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0389124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5096;QD=29.0153;RBI=0.10904;REFB=-0.0568278;REVB=0.101861;RO=5;SAF=2;SAR=12;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525103;STB=0.529368;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0410007;OID=.;OPOS=29911207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:12:2:1:4:12:2:1:4 chr6 29911228 . A T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0703519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8473;QD=10.6345;RBI=0.0704067;REFB=0.0268449;REVB=0.00277734;RO=12;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105261;STB=0.57559;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.012703;OID=.;OPOS=29911228;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:12:13:8:8:0.380952:7:1:1:11:7:1:1:12 chr6 29911239 . TT CA 115.89 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0529653;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=126.542;QD=23.1771;RBI=0.0534711;REFB=0.0217899;REVB=-0.00733767;RO=7;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.0207456;OID=.;OPOS=29911239;OREF=TT;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:20:7:7:7:7:0.35:6:1:1:6:6:1:1:6 chr6 29911256 . T G 289.79 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0611071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.781;QD=52.6886;RBI=0.0762072;REFB=0;REVB=0.0455352;RO=0;SAF=2;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402173;OID=.;OPOS=29911256;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:19:2:0:0:19:3:0:0 chr6 29911296 . G A 54.68 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00465603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.026;QD=9.11259;RBI=0.00466458;REFB=-0.0264123;REVB=0.000282312;RO=14;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420621;STB=0.741696;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0377025;OID=.;OPOS=29911296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:14:16:8:8:0.333333:7:1:6:8:7:1:6:10 chr6 29911306 . C T 77.88 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0132902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.459;QD=14.1594;RBI=0.0348097;REFB=-0.024471;REVB=-0.0321728;RO=12;SAF=1;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506153;STB=0.806938;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0570441;OID=.;OPOS=29911306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:9:1:6:6:9:1:6:6 chr6 29911319 . G T 80.25 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0174658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.902;QD=16.8952;RBI=0.025542;REFB=-0.0107896;REVB=0.018637;RO=9;SAF=1;SAR=9;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.571067;STB=0.839197;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0252615;OID=.;OPOS=29911319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:9:1:6:3:9:1:6:3 chr6 29912280 . T C 88.2 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0283;QD=39.2013;RBI=0.0325606;REFB=0;REVB=0.0287912;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00226391;OID=.;OPOS=29912280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr6 29912333 . C T 88.83 PASS AF=0.769231;AO=12;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00613237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.431;QD=27.3325;RBI=0.116588;REFB=-0.00832029;REVB=0.116427;RO=1;SAF=10;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430526;STB=0.578805;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0188395;OID=.;OPOS=29912333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:1:3:12:10:0.769231:2:10:1:0:2:8:3:0 chr6 29912368 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.905;QD=45.8068;RBI=0.0649575;REFB=0;REVB=0.0262104;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103245;OID=.;OPOS=29912368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:2:12:0:0:2:12:0:0 chr6 29912398 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.588;QD=43.4862;RBI=0.0368765;REFB=0;REVB=0.0321752;RO=0;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194441;OID=.;OPOS=29912398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:1:11:0:0:1:11:0:0 chr6 29912830 . T C 411.63 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0651239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.879;QD=56.7769;RBI=0.0656039;REFB=0;REVB=-0.00792118;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140222;OID=.;OPOS=29912830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:12:16:0:0:12:17:0:0 chr6 29912852 . T C 357.47 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00919139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.345;QD=49.3065;RBI=0.0168804;REFB=-0.0361708;REVB=0.0141586;RO=2;SAF=15;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0071931;STB=0.503873;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00384915;OID=.;OPOS=29912852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:12:15:1:1:12:15:1:1 chr6 29912856 . A T 446.77 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0583012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8998;QD=57.6474;RBI=0.0583288;REFB=0;REVB=0.00179209;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105177;OID=.;OPOS=29912856;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr6 29913042 . C T 771.42 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129951;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.065;QD=57.1424;RBI=0.0290492;REFB=0;REVB=0.0259805;RO=0;SAF=11;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.75599e-05;OID=.;OPOS=29913042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:43:11:0:0:43:11:0:0 chr6 29913067 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0014;QD=50.4127;RBI=0.0303734;REFB=0;REVB=0.0125186;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131027;OID=.;OPOS=29913067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr6 29913074 . A G 238.67 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.948;QD=50.2459;RBI=0.126974;REFB=0;REVB=0.0143719;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129851;OID=.;OPOS=29913074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:17:19:1:10:7:0:0:12:7:0:0 chr6 29913077 . T TG 178.24 PASS AF=1;AO=2;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133843;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=131.852;QD=37.5231;RBI=0.134611;REFB=0;REVB=0.0143611;RO=17;SAF=1;SAR=1;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150121;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00537114;OID=.;OPOS=29913078;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:19:19:19:0:7:12:0:0:4:17:1:1:6:11 chr6 29913078 . A G 239.43 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.206;QD=50.4061;RBI=0.037546;REFB=0;REVB=0.00626206;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242277;OID=.;OPOS=29913078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr6 29976838 . A G 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000744924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0987;QD=64.4141;RBI=0.00546463;REFB=0;REVB=-0.00541362;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.15392e-05;OID=.;OPOS=29976838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr6 30075843 . T C 410.87 PASS AF=1;AO=26;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241064;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=156.467;QD=56.671;RBI=0.0255694;REFB=0;REVB=-0.00852513;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76045e-05;OID=.;OPOS=30075843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:26:29:1:9:17:0:0:12:17:0:0 chr6 30075864 . A G 378.45 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115027;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1272;QD=56.0661;RBI=0.0254072;REFB=0;REVB=0.0226542;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130367;OID=.;OPOS=30075864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr6 30075903 . C T 306.26 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.252;QD=53.2627;RBI=0.0441337;REFB=0;REVB=-0.005902;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032966;OID=.;OPOS=30075903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr6 30114845 . T C 411.22 PASS AF=1;AO=25;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486525;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.12;QD=56.7195;RBI=0.0653517;REFB=0;REVB=0.0436323;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010665;OID=.;OPOS=30114845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:25:29:1:14:11:0:0:17:12:0:0 chr6 30114955 . C T 469.45 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00768011;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.575;QD=58.6819;RBI=0.0189163;REFB=0;REVB=0.0172871;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138787;OID=.;OPOS=30114955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr6 30115542 . G A 317.72 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00349223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3755;QD=52.9531;RBI=0.0208578;REFB=0;REVB=-0.0205634;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000317266;OID=.;OPOS=30115542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr6 30121460 . C T 823.5 PASS AF=0.9375;AO=60;DP=64;FAO=60;FDP=64;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0231205;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.408;QD=51.4686;RBI=0.0336745;REFB=-0.00957385;REVB=0.024483;RO=3;SAF=19;SAR=41;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332882;STB=0.504829;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0003578;OID=.;OPOS=30121460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:64:64:3:4:60:60:0.9375:41:19:0:3:41:19:1:3 chr6 30122154 . T C 743.2 PASS AF=0.932203;AO=55;DP=60;FAO=55;FDP=59;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00581203;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.567;QD=50.3864;RBI=0.0143922;REFB=-0.0067096;REVB=-0.0131665;RO=4;SAF=33;SAR=22;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132435;STB=0.50704;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.000612454;OID=.;OPOS=30122154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:60:59:4:4:55:55:0.932203:22:33:2:2:22:33:2:2 chr6 30139699 . G A 872.56 PASS AF=0.96875;AO=59;DP=62;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0319933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.603;QD=54.5352;RBI=0.0320587;REFB=-0.0868631;REVB=-0.00204657;RO=2;SAF=27;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00263806;STB=0.500504;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00204942;OID=.;OPOS=30139699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:64:2:2:59:62:0.96875:32:27:1:1:32:30:1:1 chr6 30140342 . T C 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00548991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.167;QD=56.9556;RBI=0.0101099;REFB=0;REVB=0.0084895;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27406e-05;OID=.;OPOS=30140342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr6 30154199 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.122;QD=55.656;RBI=0.0369014;REFB=0;REVB=0.00335355;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113357;OID=.;OPOS=30154199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chr6 30313267 . G GA 314.21 PASS AF=1;AO=6;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104753;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.475;QD=40.5428;RBI=0.105208;REFB=0;REVB=-0.00977769;RO=26;SAF=6;SAR=0;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.728455;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0053611;OID=.;OPOS=30313268;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:32:31:31:0:15:16:0:0:6:26:6:0:10:16 chr6 30313268 . G A,C 417.48 PASS AF=0.78125,0.1875;AO=25,6;DP=32;FAO=25,6;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=9,6;FSAR=16,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0145713,0.0289571;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=180.4,63.1346;QD=52.1845;RBI=0.0197273,0.0315824;REFB=-0.099319,-0.0476494;REVB=0.0132984,-0.0126069;RO=1;SAF=9,6;SAR=16,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0487725,0;STB=0.526294,0.5;STBP=0.276,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00210449,0.0964814;OID=.,.;OPOS=30313268,30313268;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:34:32:32:1:1:25,6:25,6:0.78125,0.1875:16,0:9,6:1:0:16,0:9,6:1:0 chr6 30575603 . A G 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6459;QD=62.3492;RBI=0.0449377;REFB=0;REVB=0.0378479;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217646;OID=.;OPOS=30575603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr6 30652646 . C T 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0381211;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=205.527;QD=26.3058;RBI=0.0390894;REFB=-0.0323579;REVB=0.00864653;RO=13;SAF=8;SAR=13;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113361;STB=0.562634;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0306059;OID=.;OPOS=30652646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:13:8:3:10:13:8:3:10 chr6 30711805 . C G 411.8 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00546727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.65;QD=56.8005;RBI=0.0712733;REFB=0;REVB=0.0710633;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.21056e-05;OID=.;OPOS=30711805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:14:13:0:0:16:13:0:0 chr6 30782105 . T C 1116.73 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00219099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.284;QD=60.3637;RBI=0.0171585;REFB=0;REVB=-0.017018;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.76495e-05;OID=.;OPOS=30782105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:32:42:0:0:32:42:0:0 chr6 30782218 . C CTGTT 89.41 PASS AF=0.266667;AO=10;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0100418;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=229.783;QD=7.94762;RBI=0.0249135;REFB=-0.000330519;REVB=-0.0228001;RO=30;SAF=4;SAR=6;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196816;STB=0.57237;STBP=0.561;TYPE=ins;VARB=0.000632318;OID=.;OPOS=30782219;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=CTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667:10:45:12:45:33:5:7:17:16:89:30:4:6:17:13 chr6 30782235 . G A 613.2 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00738959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.149;QD=61.3203;RBI=0.00740521;REFB=0;REVB=0.000480729;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64471e-05;OID=.;OPOS=30782235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr6 30782302 . TC T,TT 250.88 PASS AF=0.25,0.75;AO=6,14;DP=20;FAO=5,15;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=1,6;FSAR=4,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017516,-0.0180523;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=235.435,239.938;QD=50.175;RBI=0.0175174,0.0181865;REFB=0,0;REVB=-0.000218498,-0.00220519;RO=0;SAF=1,6;SAR=5,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000751071,0.00341486;OID=.,.;OPOS=30782303,30782303;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.25,0.75:6,14:20:5,15:20:0:1,6:4,9:0:0:13:0:1,6:5,8:0:0 chr6 30782323 . T C 103.23 PASS AF=0.545455;AO=11;DP=21;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00647004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.368;QD=18.7693;RBI=0.0127051;REFB=-0.00843212;REVB=0.0109342;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455781;STB=0.5078;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.00671568;OID=.;OPOS=30782323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:22:10:10:11:12:0.545455:6:5:4:6:7:5:4:6 chr6 30782361 . G A 96.97 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00661644;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.771;QD=21.5482;RBI=0.00686254;REFB=-0.0440536;REVB=0.00182131;RO=7;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178658;STB=0.510186;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0383899;OID=.;OPOS=30782361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:19:18:7:7:11:11:0.611111:6:5:3:4:6:5:3:4 chr6 30782407 . A G 323.7 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0244345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.769;QD=47.9558;RBI=0.0256579;REFB=-0.19103;REVB=0.00782837;RO=1;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487725;STB=0.549959;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00298858;OID=.;OPOS=30782407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:1:2:25:25:0.925926:9:16:0:1:9:16:0:2 chr6 30832063 . C T 78.65 PASS AF=0.203125;AO=13;DP=64;FAO=13;FDP=64;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0125724;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.528;QD=4.91592;RBI=0.0143952;REFB=-0.00354791;REVB=-0.00701117;RO=51;SAF=11;SAR=2;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.553623;STB=0.853585;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0155687;OID=.;OPOS=30832063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:64:64:51:51:13:13:0.203125:2:11:20:31:2:11:20:31 chr6 30832119 . T C 104.26 PASS AF=0.242424;AO=16;DP=66;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.0197645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3349;QD=6.31888;RBI=0.0326439;REFB=0.0063527;REVB=-0.0259805;RO=50;SAF=8;SAR=8;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244863;STB=0.515133;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=-0.0126997;OID=.;OPOS=30832119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:50:50:16:16:0.242424:8:8:26:24:8:8:26:24 chr6 30856500 . A AC,C 32.92 PASS AF=0.177778,0;AO=6,6;DP=45;FAO=8,0;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=1,0;FSAR=7,0;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0111708,-0.00912578;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=50.0692,155.468;QD=2.92602;RBI=0.0439657,0.0242211;REFB=-0.0222641,-0.0137652;REVB=-0.0425229,-0.0224361;RO=31;SAF=0,0;SAR=6,6;SRF=20;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.725569,-0.725569;STB=0.847547,0.5;STBP=0.057,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.228439,0;OID=.,.;OPOS=30856501,30856500;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:45:45:31:37:6,6:8,0:0.177778,0:6,6:0,0:20:11:7,0:1,0:19:18 chr6 30857072 . G C 294.03 PASS AF=0.735294;AO=25;DP=34;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00486414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.922;QD=34.5912;RBI=0.0190386;REFB=0.00237969;REVB=-0.0184068;RO=9;SAF=11;SAR=14;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109769;STB=0.559952;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.000514387;OID=.;OPOS=30857072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:9:9:25:25:0.735294:14:11:6:3:14:11:6:3 chr6 30858857 . C T 440.44 PASS AF=0.591549;AO=41;DP=70;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0362656;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4449;QD=24.8134;RBI=0.0493614;REFB=-0.018028;REVB=0.0334866;RO=29;SAF=12;SAR=29;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186548;STB=0.605328;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0110127;OID=.;OPOS=30858857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:29:29:41:42:0.591549:29:12:15:14:30:12:15:14 chr6 30861113 . C T 95.96 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0126792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.158;QD=22.5791;RBI=0.0144873;REFB=-0.02288;REVB=0.00700856;RO=6;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297839;STB=0.666404;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0098648;OID=.;OPOS=30861113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:5:6:6:0:5:6:6:0 chr6 30864829 . T C 438.34 PASS AF=0.689655;AO=40;DP=58;FAO=40;FDP=58;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00753433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.952;QD=30.2306;RBI=0.0222152;REFB=-0.0144997;REVB=0.0208986;RO=18;SAF=12;SAR=28;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224435;STB=0.512189;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0109019;OID=.;OPOS=30864829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:18:18:40:40:0.689655:28:12:6:12:28:12:6:12 chr6 30865204 . A C 276.23 PASS AF=0.638889;AO=21;DP=37;FAO=23;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0336953;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.0192;QD=30.6926;RBI=0.0432661;REFB=-0.0272249;REVB=0.02714;RO=11;SAF=11;SAR=10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01349;STB=0.506488;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0323913;OID=.;OPOS=30865204;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:37:36:11:11:21:23:0.638889:10:11:6:5:10:13:6:5 chr6 30876238 . G A 96.66 PASS AF=0.714286;AO=9;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.018846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.117;QD=27.6183;RBI=0.0612737;REFB=-0.0556111;REVB=0.0583034;RO=1;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080744;STB=0.517207;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0136594;OID=.;OPOS=30876238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:14:14:1:2:9:10:0.714286:5:4:0:1:6:4:1:1 chr6 30877760 . A C 316.58 PASS AF=0.787879;AO=26;DP=33;FAO=26;FDP=33;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00954355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.25;QD=38.3729;RBI=0.021466;REFB=-0.000714172;REVB=-0.0192279;RO=7;SAF=15;SAR=11;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114382;STB=0.561998;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=1.86728e-06;OID=.;OPOS=30877760;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:7:7:26:26:0.787879:11:15:6:1:11:15:6:1 chr6 30882634 . C T 32.47 PASS AF=0.125;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.102327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4948;QD=2.70568;RBI=0.102328;REFB=-0.000638094;REVB=-0.000444525;RO=42;SAF=3;SAR=3;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558195;STB=0.541529;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0154234;OID=.;OPOS=30882634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:48:42:42:6:6:0.125:3:3:23:19:3:3:23:19 chr6 30887972 . C T 669.1 PASS AF=0.881356;AO=52;DP=59;FAO=52;FDP=59;FR=.;FRO=7;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0277346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.721;QD=45.3624;RBI=0.0322101;REFB=-0.0712264;REVB=0.0163793;RO=6;SAF=26;SAR=26;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323469;STB=0.508471;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00927264;OID=.;OPOS=30887972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:59:6:7:52:52:0.881356:26:26:2:4:26:26:3:4 chr6 30887988 . C T 65.51 PASS AF=0.183333;AO=11;DP=60;FAO=11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00567133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.891;QD=4.36719;RBI=0.00567173;REFB=0.00196956;REVB=-6.67362e-05;RO=49;SAF=6;SAR=5;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688258;STB=0.545372;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.0151045;OID=.;OPOS=30887988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:60:60:49:49:11:11:0.183333:5:6:24:25:5:6:24:25 chr6 30888161 . T C 519.99 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00223817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.698;QD=59.4272;RBI=0.0213005;REFB=0;REVB=-0.0211826;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.67289e-05;OID=.;OPOS=30888161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr6 30888169 . G A 51.89 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.011023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.573;QD=6.10489;RBI=0.0214807;REFB=-0.00472254;REVB=0.0184367;RO=25;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171963;STB=0.624688;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0354402;OID=.;OPOS=30888169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:25:26:8:8:0.235294:5:3:13:12:5:3:14:12 chr6 30889389 . T C 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.000170795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.241;QD=18.2477;RBI=0.0136731;REFB=-0.000690692;REVB=0.013672;RO=9;SAF=5;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128523;STB=0.616277;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00063067;OID=.;OPOS=30889389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:9:12:13:13:0.52:8:5:2:7:8:5:2:10 chr6 30890206 . T C 51.5 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0258389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.813;QD=5.42062;RBI=0.0814523;REFB=-0.00680941;REVB=-0.0772453;RO=29;SAF=4;SAR=4;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620516;STB=0.552502;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0140871;OID=.;OPOS=30890206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:38:29:30:8:8:0.210526:4:4:16:13:4:4:17:13 chr6 30892322 . C T 70.04 PASS AF=0.413793;AO=6;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.101758;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.0965;QD=9.66063;RBI=0.111661;REFB=-0.0447901;REVB=-0.0459715;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0603259;STB=0.549915;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.058098;OID=.;OPOS=30892322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:29:29:13:17:6:12:0.413793:4:2:5:8:8:4:7:10 chr6 30893127 . G A 200.32 PASS AF=0.5;AO=18;DP=38;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0391434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1246;QD=20.0319;RBI=0.0589787;REFB=-0.0084349;REVB=0.0441168;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138116;STB=0.55314;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0113706;OID=.;OPOS=30893127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:20:20:18:20:0.5:10:8:6:14:12:8:6:14 chr6 30893428 . G A 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0243239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.059;QD=14.6525;RBI=0.0278727;REFB=-0.050383;REVB=0.01361;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391876;STB=0.726669;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0110245;OID=.;OPOS=30893428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:0:5:3:3:0:5 chr6 30893728 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.095146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3916;QD=52.6119;RBI=0.143044;REFB=0;REVB=0.106813;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00564597;OID=.;OPOS=30893728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr6 30899571 . C T 138.2 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0510049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5898;QD=19.7422;RBI=0.0877599;REFB=-0.00857733;REVB=-0.0714164;RO=13;SAF=12;SAR=3;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.483581;STB=0.775736;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00273262;OID=.;OPOS=30899571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:3:12:3:10:3:12:3:10 chr6 30900399 . C G 61.21 PASS AF=0.5;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0158468;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9443;QD=15.3024;RBI=0.0388121;REFB=-0.0474595;REVB=-0.0354296;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213494;STB=0.681384;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0167365;OID=.;OPOS=30900399;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:15:16:6:8:8:8:0.5:3:5:2:4:3:5:2:6 chr6 30900427 . T G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00413127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.226;QD=53.2759;RBI=0.0656084;REFB=0;REVB=0.0654783;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000878856;OID=.;OPOS=30900427;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr6 30900435 . G T 138.93 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.00367193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0744;QD=19.8469;RBI=0.0270883;REFB=-0.0036883;REVB=0.0268383;RO=13;SAF=10;SAR=5;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403066;STB=0.726989;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00289055;OID=.;OPOS=30900435;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:5:10:2:11:5:10:2:11 chr6 30920890 . G A 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0490485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.554;QD=6.54512;RBI=0.0517318;REFB=0.00545502;REVB=0.0164445;RO=24;SAF=5;SAR=3;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100486;STB=0.564352;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=-0.0132806;OID=.;OPOS=30920890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:3:5:13:11:3:5:13:11 chr6 30993377 . T A 97.98 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.136501;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8086;QD=13.5141;RBI=0.150647;REFB=-0.0100211;REVB=-0.0637332;RO=17;SAF=10;SAR=2;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173391;STB=0.510187;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0023541;OID=.;OPOS=30993377;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:2:10:14:3:2:10:14:3 chr6 30993499 . C T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0782592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.56;QD=49.5979;RBI=0.0964813;REFB=0;REVB=0.0564281;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00205944;OID=.;OPOS=30993499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr6 30993567 . G T 289.2 PASS AF=0.694444;AO=25;DP=36;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0074598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.691;QD=32.1335;RBI=0.0128988;REFB=-0.0474959;REVB=0.0105228;RO=11;SAF=8;SAR=17;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32819;STB=0.679856;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0239569;OID=.;OPOS=30993567;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:36:36:11:11:25:25:0.694444:17:8:10:1:17:8:10:1 chr6 30993590 . A G 42.8 PASS AF=0.25;AO=8;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0457385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.0151;QD=6.11408;RBI=0.0548005;REFB=-0.027442;REVB=-0.0301841;RO=18;SAF=7;SAR=1;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.446598;STB=0.794232;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0916633;OID=.;OPOS=30993590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:28:28:18:21:8:7:0.25:1:7:10:8:1:6:11:10 chr6 30993958 . A G 497.94 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2737;QD=58.5809;RBI=0.0608883;REFB=0;REVB=0.0461681;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117235;OID=.;OPOS=30993958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:32:34:1:16:16:0:0:16:18:0:0 chr6 30996487 . GACCACCACC GACCACCA,GACCACC 79.95 PASS AF=0,0.818182;AO=2,7;DP=12;FAO=0,9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=0,0;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0,0;FXX=0.0832639;HRUN=2,1;LEN=2,3;MLLD=168.772,177.02;QD=29.0742;RBI=0.0188015,0.0364114;REFB=-0.0380099,-0.0467432;REVB=0.0188015,0.0364114;RO=2;SAF=0,0;SAR=2,7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.0120364;OID=.,.;OPOS=30996495,30996488;OREF=CC,ACC;OALT=-,-;OMAPALT=GACCACCA,GACCACC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.818182:2,7:12:0,9:11:2:0,0:0,9:0:2:11:2:0,0:2,7:0:2 chr6 30999997 . T C 155.36 PASS AF=0.365385;AO=17;DP=51;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0233516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.454;QD=11.9511;RBI=0.0272327;REFB=-0.0162073;REVB=-0.0140115;RO=33;SAF=9;SAR=8;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180265;STB=0.512182;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0298873;OID=.;OPOS=30999997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:33:33:17:19:0.365385:8:9:18:15:9:10:18:15 chr6 31002527 . A G 93.91 PASS AF=0.190476;AO=16;DP=83;FAO=16;FDP=84;FR=.;FRO=68;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0800322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2277;QD=4.47203;RBI=0.0800945;REFB=0.00125952;REVB=0.00315881;RO=67;SAF=9;SAR=7;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879143;STB=0.550683;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.00822441;OID=.;OPOS=31002527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:83:84:67:68:16:16:0.190476:7:9:33:34:7:9:34:34 chr6 31002616 . C T 192.06 PASS AF=0.276596;AO=26;DP=93;FAO=26;FDP=94;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0112713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8853;QD=8.17253;RBI=0.0295049;REFB=-0.00966576;REVB=-0.0272671;RO=67;SAF=11;SAR=15;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484868;STB=0.524108;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0276482;OID=.;OPOS=31002616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:67:68:26:26:0.276596:15:11:31:36:15:11:31:37 chr6 31088202 . A G 41.57 PASS AF=0.131148;AO=8;DP=61;FAO=8;FDP=61;FR=.;FRO=53;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.00342207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.581;QD=2.72579;RBI=0.0165789;REFB=-0.00605694;REVB=-0.0162219;RO=50;SAF=2;SAR=6;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153797;STB=0.628227;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.037188;OID=.;OPOS=31088202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:61:61:50:53:8:8:0.131148:6:2:18:32:6:2:20:33 chr6 31097453 . T G 94.78 PASS AF=0.227273;AO=14;DP=65;FAO=15;FDP=66;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.0101387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8081;QD=5.74438;RBI=0.0219631;REFB=-0.00824878;REVB=-0.0194829;RO=50;SAF=2;SAR=12;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.607624;STB=0.879594;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0343264;OID=.;OPOS=31097453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:65:66:50:51:14:15:0.227273:12:2:33:17:13:2:33:18 chr6 31106177 . T C 256.34 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0177169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5421;QD=44.5816;RBI=0.0529786;REFB=-0.0258462;REVB=0.0499284;RO=2;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542957;STB=0.529385;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00248581;OID=.;OPOS=31106177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:16:5:0:2:16:5:0:2 chr6 31170228 . G C 152.89 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00383318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.831;QD=10.3654;RBI=0.00505537;REFB=-0.0247336;REVB=0.00329598;RO=39;SAF=13;SAR=7;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321062;STB=0.687422;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0387683;OID=.;OPOS=31170228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:39:20:20:0.338983:7:13:14:25:7:13:14:25 chr6 31322996 . C T 60.47 PASS AF=0.571429;AO=7;DP=13;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00686372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1758;QD=17.2784;RBI=0.0222212;REFB=-0.00649646;REVB=0.0211346;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767769;STB=0.571253;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00448153;OID=.;OPOS=31322996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:14:6:6:7:8:0.571429:3:4:4:2:4:4:4:2 chr6 31323524 . TCTC T 89.54 PASS AF=0.478261;AO=10;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00825744;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=240.707;QD=15.5715;RBI=0.021486;REFB=-0.00499248;REVB=-0.0198359;RO=12;SAF=9;SAR=1;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.643365;STB=0.884185;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=0.00735245;OID=.;OPOS=31323525;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261:10:23:11:23:12:10:1:3:9:89:12:9:1:3:9 chr6 31323567 . G A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=12;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0235974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.57;QD=16.6272;RBI=0.0262422;REFB=-0.0146043;REVB=-0.0114811;RO=14;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225663;STB=0.64263;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0220821;OID=.;OPOS=31323567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:12:13:0.481481:4:8:6:8:4:9:6:8 chr6 31324024 . C A 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.064;QD=35.5735;RBI=0.0554348;REFB=0;REVB=0.0519717;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015355;OID=.;OPOS=31324024;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr6 31324036 . T A 49.52 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.044;QD=33.0108;RBI=0.133039;REFB=0;REVB=0.0843063;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0131952;OID=.;OPOS=31324036;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr6 31324151 . C T 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.799;QD=35.5737;RBI=0.0652801;REFB=0;REVB=0.0606348;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000737117;OID=.;OPOS=31324151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr6 31473546 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00558514;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.755;QD=40.7629;RBI=0.0254151;REFB=0;REVB=0.0247938;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171366;OID=.;OPOS=31473546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr6 31473561 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.933;QD=39.2068;RBI=0.0371632;REFB=0;REVB=0.0354953;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000393318;OID=.;OPOS=31473561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr6 31474000 . G A 428.51 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6765;QD=57.1345;RBI=0.0958987;REFB=0;REVB=0.0875999;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00198044;OID=.;OPOS=31474000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr6 31477681 . A G 223.15 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.174384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.1199;QD=49.5879;RBI=0.197833;REFB=0;REVB=-0.0934247;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00277864;OID=.;OPOS=31477681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr6 31496791 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.165269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8058;QD=33.4281;RBI=0.212922;REFB=0;REVB=0.134246;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0315491;OID=.;OPOS=31496791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr6 31496915 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0814022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.58;QD=40.7629;RBI=0.082743;REFB=0;REVB=0.0148354;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000654934;OID=.;OPOS=31496915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr6 31496925 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.89;QD=39.2068;RBI=0.0381791;REFB=0;REVB=0.0294679;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054664;OID=.;OPOS=31496925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr6 31497706 . C T 538.48 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.346;QD=59.8314;RBI=0.118837;REFB=0;REVB=0.016226;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000494849;OID=.;OPOS=31497706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:19:16:0:0:19:17:0:0 chr6 31506624 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.531;QD=55.6558;RBI=0.0198686;REFB=0;REVB=0.0170969;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.80621e-05;OID=.;OPOS=31506624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chr6 31506648 . G T 182.52 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0991367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.0457;QD=42.9467;RBI=0.101685;REFB=0.0188382;REVB=0.02262;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.521712;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00313139;OID=.;OPOS=31506648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:0:1:16:16:0.941176:11:5:0:0:11:5:0:1 chr6 31506801 . G A 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0109903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.727;QD=28.5372;RBI=0.0137546;REFB=-0.0145746;REVB=0.00827058;RO=1;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971198;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00283278;OID=.;OPOS=31506801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:3:4:1:0:3:4:1:0 chr6 31509432 . G A 130.41 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8442;QD=43.4698;RBI=0.0590514;REFB=0;REVB=0.0329517;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00429735;OID=.;OPOS=31509432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr6 31510105 . A G 340.28 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00915247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0662;QD=54.4441;RBI=0.023155;REFB=0;REVB=0.0212693;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354049;OID=.;OPOS=31510105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:7:18:0:0:7:18:0:0 chr6 31525448 . C T 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0220508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.991;QD=41.8682;RBI=0.0869149;REFB=-0.0024362;REVB=-0.0840712;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519974;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.000503627;OID=.;OPOS=31525448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:0:1:15:15:0.9375:3:12:0:0:3:12:1:0 chr6 31525912 . C T 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0136586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.887;QD=34.6648;RBI=0.072434;REFB=-0.106224;REVB=0.0711345;RO=1;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811734;STB=0.545364;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0015299;OID=.;OPOS=31525912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:5:5:0:1:5:5:0:1 chr6 31528326 . G C 296.08 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00633533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5445;QD=49.3474;RBI=0.0333299;REFB=-0.137972;REVB=0.0327222;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523789;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00413914;OID=.;OPOS=31528326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:0:1:23:23:0.958333:13:10:0:0:13:10:1:0 chr6 31555130 . A G 338.63 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00876778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.6;QD=54.1801;RBI=0.0865318;REFB=0;REVB=0.0860865;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279381;OID=.;OPOS=31555130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:14:10:0:0:15:10:0:0 chr6 31556581 . T A 115.85 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7517;QD=42.1264;RBI=0.160545;REFB=0;REVB=-0.084878;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00294143;OID=.;OPOS=31556581;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr6 31583312 . G A 544.65 PASS AF=0.847826;AO=39;DP=46;FAO=39;FDP=46;FR=.;FRO=7;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00438029;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.756;QD=47.3611;RBI=0.0122884;REFB=-0.00204697;REVB=0.0114812;RO=7;SAF=23;SAR=16;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796195;STB=0.542669;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.000227816;OID=.;OPOS=31583312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:46:46:7:7:39:39:0.847826:16:23:6:1:16:23:6:1 chr6 31590898 . C T 40.04 PASS AF=0.0970874;AO=10;DP=103;FAO=10;FDP=103;FR=.;FRO=93;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=59;FSRR=34;FWDB=-0.0176407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4487;QD=1.55506;RBI=0.0513576;REFB=-0.000914616;REVB=-0.0482329;RO=90;SAF=6;SAR=4;SRF=59;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700524;STB=0.532723;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0150249;OID=.;OPOS=31590898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:103:103:90:93:10:10:0.0970874:4:6:59:31:4:6:59:34 chr6 31594628 . T A 1362.14 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0083786;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9135;QD=62.6269;RBI=0.0101586;REFB=0;REVB=0.00574426;RO=0;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.82016e-05;OID=.;OPOS=31594628;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:87:87:1:46:41:0:0:46:41:0:0 chr6 31595882 . C A 1578.31 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0610215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.136;QD=63.7701;RBI=0.0644619;REFB=0;REVB=0.0207776;RO=0;SAF=45;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12499e-05;OID=.;OPOS=31595882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:99:0:0:95:99:1:50:45:0:0:50:49:0:0 chr6 31601344 . T C 357.33 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.107713;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6151;QD=49.2863;RBI=0.107927;REFB=-0.00075211;REVB=-0.00678911;RO=2;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713683;STB=0.538433;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00265066;OID=.;OPOS=31601344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:12:15:0:2:12:15:0:2 chr6 31604010 . C G 410.33 PASS AF=0.740741;AO=33;DP=53;FAO=40;FDP=54;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0356287;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=25.5729;QD=30.3951;RBI=0.0833233;REFB=-0.1178;REVB=0.0753217;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.568232;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0411378;OID=.;OPOS=31604010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:53:54:0:14:33:40:0.740741:21:12:0:0:22:18:10:4 chr6 31604044 . T G 844.58 PASS AF=0.888889;AO=61;DP=68;FAO=64;FDP=72;FR=.;FRO=8;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0238981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6712;QD=46.9209;RBI=0.0462685;REFB=-0.0180972;REVB=-0.0396189;RO=6;SAF=27;SAR=34;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940548;STB=0.54686;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.014572;OID=.;OPOS=31604044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:68:72:6:8:61:64:0.888889:34:27:6:0:35:29:7:1 chr6 31610686 . A G 2491.05 PASS AF=0.934066;AO=166;DP=187;FAO=170;FDP=182;FR=.;FRO=12;FSAF=92;FSAR=78;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00291818;FXX=0.0319132;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.05;QD=54.7484;RBI=0.0203356;REFB=-0.0307498;REVB=0.0201251;RO=11;SAF=88;SAR=78;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233845;STB=0.508341;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00109084;OID=.;OPOS=31610686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:187:182:11:12:166:170:0.934066:78:88:8:3:78:92:8:4 chr6 31610750 . A G 2052.62 PASS AF=0.845679;AO=122;DP=163;FAO=137;FDP=162;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=82;FSAR=55;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00439765;FXX=0.0121944;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.972;QD=50.682;RBI=0.0330151;REFB=-0.0445522;REVB=0.0327209;RO=13;SAF=81;SAR=41;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407097;STB=0.512292;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00425541;OID=.;OPOS=31610750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:163:162:13:13:122:137:0.845679:41:81:6:7:55:82:6:7 chr6 31625507 . G T 100.02 PASS AF=0.121212;AO=24;DP=198;FAO=24;FDP=198;FR=.;FRO=174;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=80;FSRR=94;FWDB=-0.00377698;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.371;QD=2.02068;RBI=0.00750664;REFB=-0.00166247;REVB=-0.00648723;RO=173;SAF=9;SAR=15;SRF=80;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111325;STB=0.57636;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0135969;OID=.;OPOS=31625507;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:173:174:24:24:0.121212:15:9:80:93:15:9:80:94 chr6 31625541 . C A 86.68 PASS AF=0.114583;AO=22;DP=192;FAO=22;FDP=192;FR=.;FRO=170;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=94;FSRR=76;FWDB=0.0216161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2664;QD=1.80591;RBI=0.0437933;REFB=-0.000140262;REVB=-0.0380867;RO=164;SAF=9;SAR=13;SRF=92;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186775;STB=0.625589;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00164506;OID=.;OPOS=31625541;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:192:192:164:170:22:22:0.114583:13:9:92:72:13:9:94:76 chr6 31627523 . C T 3366.58 PASS AF=0.973568;AO=220;DP=226;FAO=221;FDP=227;FR=.;FRO=6;FSAF=114;FSAR=107;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00155897;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.5232;QD=59.323;RBI=0.0249066;REFB=-0.0400278;REVB=0.0248577;RO=2;SAF=114;SAR=106;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00828495;STB=0.503991;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00197108;OID=.;OPOS=31627523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:226:227:2:6:220:221:0.973568:106:114:2:0:107:114:4:2 chr6 31628113 . A C 72.21 PASS AF=0.131783;AO=16;DP=129;FAO=17;FDP=129;FR=.;FRO=112;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=50;FSRR=62;FWDB=-0.0168779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.976;QD=2.23908;RBI=0.0195429;REFB=0.00327336;REVB=0.00985187;RO=111;SAF=6;SAR=10;SRF=50;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958189;STB=0.584339;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.0240147;OID=.;OPOS=31628113;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:129:129:111:112:16:17:0.131783:10:6:50:61:11:6:50:62 chr6 31630241 . C T 43.02 PASS AF=0.108696;AO=10;DP=92;FAO=10;FDP=92;FR=.;FRO=82;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=48;FWDB=-0.0295102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.411;QD=1.8706;RBI=0.0364358;REFB=-0.00449099;REVB=-0.021371;RO=82;SAF=2;SAR=8;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284425;STB=0.719519;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0434535;OID=.;OPOS=31630241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:92:92:82:82:10:10:0.108696:8:2:34:48:8:2:34:48 chr6 31630313 . GC CG,G 60.78 PASS AF=0.105263,0.210526;AO=4,18;DP=57;FAO=6,12;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=0,1;FSAR=6,11;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0257345,0.0632943;FXX=0.0338926;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=147.853,6.99637;QD=4.26534;RBI=0.0408503,0.0882662;REFB=0.000519212,-0.10545;REVB=-0.0317251,-0.0615203;RO=29;SAF=0,4;SAR=4,14;SRF=9;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.546355,-0.123275;STB=0.99771,0.82022;STBP=0.034,0.043;TYPE=mnp,del;VARB=-0.102308,0.146598;OID=.,.;OPOS=31630313,31630314;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:26:57:57:29:39:4,18:6,12:0.105263,0.210526:4,14:0,4:9:20:6,11:0,1:14:25 chr6 31634758 . G A 2433.13 PASS AF=0.99375;AO=158;DP=163;FAO=159;FDP=160;FR=.;FRO=1;FSAF=79;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00727416;FXX=0.0243888;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.349;QD=60.8283;RBI=0.0321621;REFB=-0.00377715;REVB=0.0313287;RO=0;SAF=79;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503105;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=3.27246e-05;OID=.;OPOS=31634758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:163:160:0:1:158:159:0.99375:79:79:0:0:80:79:0:1 chr6 31635710 . T C 59.72 PASS AF=0.161765;AO=11;DP=67;FAO=11;FDP=68;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0321333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.248;QD=3.51267;RBI=0.037671;REFB=-0.000482058;REVB=0.019661;RO=56;SAF=4;SAR=7;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170482;STB=0.608496;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00289891;OID=.;OPOS=31635710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:67:68:56:57:11:11:0.161765:7:4:28:28:7:4:28:29 chr6 31639757 . G A 83.24 PASS AF=0.123377;AO=20;DP=154;FAO=19;FDP=154;FR=.;FRO=135;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=57;FSRR=78;FWDB=-0.00233974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4973;QD=2.16214;RBI=0.0179351;REFB=-0.000795992;REVB=-0.0177819;RO=132;SAF=3;SAR=17;SRF=56;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393525;STB=0.772625;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00329949;OID=.;OPOS=31639757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:154:154:132:135:20:19:0.123377:17:3:56:76:16:3:57:78 chr6 31647001 . A G 1349.93 PASS AF=0.811024;AO=103;DP=128;FAO=103;FDP=127;FR=.;FRO=24;FSAF=41;FSAR=62;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00127906;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.079;QD=42.5174;RBI=0.0112494;REFB=-0.0169767;REVB=0.0111764;RO=21;SAF=41;SAR=62;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00569638;STB=0.511825;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00232004;OID=.;OPOS=31647001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:127:21:24:103:103:0.811024:62:41:8:13:62:41:11:13 chr6 31657413 . T C 1556.03 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.828;QD=59.8474;RBI=0.0599537;REFB=0;REVB=0.0575096;RO=0;SAF=58;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.12597e-05;OID=.;OPOS=31657413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:100:104:0:0:99:104:1:41:58:0:0:45:59:0:0 chr6 31675297 . C T 55.88 PASS AF=0.108527;AO=13;DP=128;FAO=14;FDP=129;FR=.;FRO=115;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=57;FSRR=58;FWDB=0.00736115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.086;QD=1.7328;RBI=0.00958764;REFB=-0.00229892;REVB=0.00614299;RO=113;SAF=10;SAR=3;SRF=56;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332448;STB=0.766465;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0221483;OID=.;OPOS=31675297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:128:129:113:115:13:14:0.108527:3:10:56:57:3:11:57:58 chr6 31683157 . T G 57.92 PASS AF=0.152778;AO=11;DP=71;FAO=11;FDP=72;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=0.000512346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2717;QD=3.21789;RBI=0.0122261;REFB=-0.00468391;REVB=-0.0122153;RO=59;SAF=6;SAR=5;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149981;STB=0.613267;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0296561;OID=.;OPOS=31683157;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:71:72:59:61:11:11:0.152778:5:6:25:34:5:6:25:36 chr6 31692395 . C T 570.79 PASS AF=0.774194;AO=48;DP=62;FAO=48;FDP=62;FR=.;FRO=14;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0153415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.4;QD=36.8251;RBI=0.0153773;REFB=-0.0433347;REVB=0.00104883;RO=13;SAF=22;SAR=26;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123209;STB=0.572573;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0122603;OID=.;OPOS=31692395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:62:62:13:14:48:48:0.774194:26:22:2:11:26:22:2:12 chr6 31729359 . A G 34.6 PASS AF=0.0785714;AO=11;DP=140;FAO=11;FDP=140;FR=.;FRO=129;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=66;FSRR=63;FWDB=-0.0157648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.732;QD=0.988527;RBI=0.0328113;REFB=-0.00123028;REVB=-0.028776;RO=128;SAF=6;SAR=5;SRF=66;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334084;STB=0.531193;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0124479;OID=.;OPOS=31729359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:140:140:128:129:11:11:0.0785714:5:6:66:62:5:6:66:63 chr6 31745284 . C T 1231.96 PASS AF=0.987805;AO=79;DP=80;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0334662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.103;QD=60.0957;RBI=0.0555949;REFB=-0.0404378;REVB=0.0443938;RO=0;SAF=47;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45895e-08;STB=0.505049;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00046472;OID=.;OPOS=31745284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:82:0:1:79:81:0.987805:32:47:0:0:32:49:1:0 chr6 31750509 . G A 41.37 PASS AF=0.129032;AO=8;DP=62;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.0489935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1314;QD=2.66924;RBI=0.0971524;REFB=0.0183659;REVB=0.0838942;RO=54;SAF=3;SAR=5;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406918;STB=0.529586;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.0947108;OID=.;OPOS=31750509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:62:62:54:54:8:8:0.129032:5:3:22:32:5:3:22:32 chr6 31753423 . T C 34.21 PASS AF=0.0891089;AO=9;DP=101;FAO=9;FDP=101;FR=.;FRO=92;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=49;FSRR=43;FWDB=-0.0586105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3545;QD=1.35503;RBI=0.0845617;REFB=0.00137556;REVB=-0.0609549;RO=92;SAF=4;SAR=5;SRF=49;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100114;STB=0.579693;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.0261598;OID=.;OPOS=31753423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:101:101:92:92:9:9:0.0891089:5:4:49:43:5:4:49:43 chr6 31759454 . TG T,TT 54.98 PASS AF=0.149606,0.0551181;AO=30,7;DP=128;FAO=19,7;FDP=127;FR=.;FRO=101;FSAF=7,0;FSAR=12,7;FSRF=52;FSRR=49;FWDB=0.0262247,0.0463562;FXX=0.0378759;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=8.92587,22.1021;QD=1.7315;RBI=0.026288,0.0567283;REFB=-0.106412,-0.0658986;REVB=-0.00182263,0.0326988;RO=72;SAF=11,0;SAR=19,7;SRF=37;SRR=35;SSEN=0.73913,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.178361,-0.599459;STB=0.623658,0.998522;STBP=0.243,0.002;TYPE=del,snp;VARB=0.128315,0.0976434;OID=.,.;OPOS=31759455,31759455;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.149606,0.0551181:30,7:128:19,7:127:101:7,0:12,7:52:49:30:72:11,0:19,7:37:35 chr6 31777946 . C T 1480.67 PASS AF=0.851562;AO=109;DP=128;FAO=109;FDP=128;FR=.;FRO=19;FSAF=63;FSAR=46;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0221897;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.703;QD=46.271;RBI=0.02219;REFB=0.00435467;REVB=-0.000107586;RO=19;SAF=63;SAR=46;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147808;STB=0.50784;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.000124234;OID=.;OPOS=31777946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:128:128:19:19:109:109:0.851562:46:63:10:9:46:63:10:9 chr6 31778272 . G A 772.24 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0988934;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.553;QD=57.2027;RBI=0.0996077;REFB=0;REVB=0.011908;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111054;OID=.;OPOS=31778272;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:30:22:0:0:30:24:0:0 chr6 31778831 . A G 52.61 PASS AF=0.130952;AO=11;DP=84;FAO=11;FDP=84;FR=.;FRO=73;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=-0.013572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.889;QD=2.50542;RBI=0.0144589;REFB=-0.00727696;REVB=-0.00498606;RO=73;SAF=3;SAR=8;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319956;STB=0.72686;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0500008;OID=.;OPOS=31778831;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:84:84:73:73:11:11:0.130952:8:3:39:34:8:3:39:34 chr6 31797587 . C G 719.06 PASS AF=0.931034;AO=50;DP=54;FAO=54;FDP=58;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0206972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.524;QD=49.5902;RBI=0.0408327;REFB=-0.0497322;REVB=0.0351986;RO=4;SAF=22;SAR=28;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00845798;STB=0.505213;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0026606;OID=.;OPOS=31797587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:54:58:4:4:50:54:0.931034:28:22:2:2:31:23:2:2 chr6 31838441 . T C 1556.03 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.01;QD=59.8475;RBI=0.0426329;REFB=0;REVB=0.0377928;RO=0;SAF=55;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42381e-05;OID=.;OPOS=31838441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:104:0:0:101:104:1:46:55:0:0:47:57:0:0 chr6 31838713 . G A 1127.96 PASS AF=0.852632;AO=81;DP=95;FAO=81;FDP=95;FR=.;FRO=14;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00182596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.567;QD=47.4929;RBI=0.0133754;REFB=-0.00882476;REVB=0.0132502;RO=13;SAF=32;SAR=49;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386881;STB=0.516064;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00144516;OID=.;OPOS=31838713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:95:95:13:14:81:81:0.852632:49:32:7:6:49:32:7:7 chr6 31839309 . C T 1902.41 PASS AF=1;AO=123;DP=125;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180841;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1423;QD=61.8668;RBI=0.0334476;REFB=0;REVB=0.0281373;RO=0;SAF=46;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.72045e-05;OID=.;OPOS=31839309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:123:0:0:123:123:1:77:46:0:0:77:46:0:0 chr6 31839331 . C T 1223.65 PASS AF=0.97619;AO=80;DP=83;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0320207;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.0625;QD=58.269;RBI=0.036003;REFB=-0.0873281;REVB=0.0164588;RO=2;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220101;STB=0.511625;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00246133;OID=.;OPOS=31839331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:84:2:2:80:82:0.97619:42:38:0:2:42:40:0:2 chr6 31850499 . G A 778.9 PASS AF=0.813333;AO=61;DP=75;FAO=61;FDP=75;FR=.;FRO=14;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0280502;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.8968;QD=41.5412;RBI=0.0747151;REFB=-0.0755095;REVB=0.0692498;RO=14;SAF=20;SAR=41;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119081;STB=0.563753;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0193992;OID=.;OPOS=31850499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:75:75:14:14:61:61:0.813333:41:20:9:5:41:20:9:5 chr6 31860337 . T C 890.07 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0176857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.136;QD=56.5126;RBI=0.0326613;REFB=-0.128915;REVB=0.0274586;RO=1;SAF=37;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125907;STB=0.506665;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000682543;OID=.;OPOS=31860337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:25:37:1:0:25:37:1:0 chr6 31864547 . G T 614.79 PASS AF=0.907407;AO=47;DP=54;FAO=49;FDP=54;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.045042;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.9056;QD=45.54;RBI=0.0463632;REFB=-0.144977;REVB=0.0109893;RO=5;SAF=26;SAR=21;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638906;STB=0.532612;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0179927;OID=.;OPOS=31864547;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:54:54:5:5:47:49:0.907407:21:26:1:4:22:27:1:4 chr6 31914935 . A G 1489.87 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.346;QD=63.3988;RBI=0.0355375;REFB=0;REVB=-0.00459581;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72383e-05;OID=.;OPOS=31914935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:49:45:0:0:49:45:0:0 chr6 31928799 . T C 1393.85 PASS AF=0.978723;AO=91;DP=94;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0209416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9104;QD=59.3127;RBI=0.0435384;REFB=-0.113935;REVB=-0.0381713;RO=1;SAF=50;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00938661;STB=0.500932;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00286811;OID=.;OPOS=31928799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:94:94:1:2:91:92:0.978723:41:50:1:0:42:50:1:1 chr6 31929014 . A C 1786.68 PASS AF=0.991667;AO=118;DP=122;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0164115;FXX=0.0243883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1057;QD=59.5561;RBI=0.0248646;REFB=-0.101611;REVB=0.0186791;RO=1;SAF=68;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00940432;STB=0.50495;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00138188;OID=.;OPOS=31929014;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:122:120:1:1:118:119:0.991667:50:68:0:1:50:69:0:1 chr6 31930351 . A G 35.38 PASS AF=0.0718232;AO=13;DP=181;FAO=13;FDP=181;FR=.;FRO=168;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=80;FSRR=88;FWDB=-0.0147008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.107;QD=0.781919;RBI=0.0196791;REFB=-0.000929677;REVB=-0.0130825;RO=164;SAF=2;SAR=11;SRF=79;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375446;STB=0.819479;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00885656;OID=.;OPOS=31930351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:181:181:164:168:13:13:0.0718232:11:2:79:85:11:2:80:88 chr6 31935567 . G A 83.65 PASS AF=0.124183;AO=19;DP=153;FAO=19;FDP=153;FR=.;FRO=134;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=65;FSRR=69;FWDB=-0.0157155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.424;QD=2.18688;RBI=0.055541;REFB=0.00364769;REVB=0.0532713;RO=132;SAF=15;SAR=4;SRF=63;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394215;STB=0.773556;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.0301715;OID=.;OPOS=31935567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:153:153:132:134:19:19:0.124183:4:15:63:69:4:15:65:69 chr6 31936668 . T C 819.96 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258118;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.526;QD=57.5408;RBI=0.0721855;REFB=0;REVB=0.0674129;RO=0;SAF=52;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.95004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246288;OID=.;OPOS=31936668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:5:52:0:0:5:52:0:0 chr6 31939345 . G A 73.97 PASS AF=0.102941;AO=20;DP=202;FAO=21;FDP=204;FR=.;FRO=183;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=65;FSRR=118;FWDB=-0.00557899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9332;QD=1.45038;RBI=0.0144721;REFB=-0.0047935;REVB=0.0133536;RO=182;SAF=10;SAR=10;SRF=65;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175489;STB=0.609831;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0679268;OID=.;OPOS=31939345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:202:204:182:183:20:21:0.102941:10:10:65:117:11:10:65:118 chr6 31964330 . TC GG 45.31 PASS AF=0.173913;AO=6;DP=44;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0198018;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=166.05;QD=3.94001;RBI=0.0243078;REFB=-0.0140957;REVB=-0.0140982;RO=37;SAF=3;SAR=3;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213497;STB=0.651829;STBP=0.382;TYPE=mnp;VARB=0.0690734;OID=.;OPOS=31964330;OREF=TC;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:44:46:37:38:6:8:0.173913:3:3:12:25:4:4:12:26 chr6 31977391 . C T 854.09 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0284101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.735;QD=56.0058;RBI=0.063725;REFB=-0.0584177;REVB=0.0570415;RO=1;SAF=26;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178047;STB=0.509431;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000426629;OID=.;OPOS=31977391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:34:26:1:0:34:26:1:0 chr6 31978746 . G A 484.57 PASS AF=0.9;AO=26;DP=40;FAO=36;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0288319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.247;QD=48.4575;RBI=0.0293548;REFB=-0.00429602;REVB=0.0055159;RO=4;SAF=13;SAR=13;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508542;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.000673142;OID=.;OPOS=31978746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:40:40:4:4:26:36:0.9:13:13:2:2:15:21:2:2 chr6 31978747 . T A 60.01 PASS AF=0.225;AO=8;DP=39;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0111597;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.7525;QD=6.00102;RBI=0.0127411;REFB=-0.0127181;REVB=0.00614803;RO=31;SAF=7;SAR=1;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510135;STB=0.854473;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0764712;OID=.;OPOS=31978747;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:40:31:31:8:9:0.225:1:7:15:16:1:8:15:16 chr6 32006214 . CCTG C 143.31 PASS AF=0.558824;AO=16;DP=32;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00636091;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=3;MLLD=124.39;QD=16.8602;RBI=0.0215098;REFB=-0.0592851;REVB=-0.0205478;RO=6;SAF=13;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300982;STB=0.671443;STBP=0.042;TYPE=del;VARB=0.0437727;OID=.;OPOS=32006215;OREF=CTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.558824:16:32:19:34:15:15:4:7:8:99:6:13:3:2:4 chr6 32006317 . C T 727.42 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0116;QD=63.2538;RBI=0.0514325;REFB=0;REVB=-0.0442472;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000223448;OID=.;OPOS=32006317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr6 32006337 . C A 483.42 PASS AF=0.945946;AO=34;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0922498;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.0124;QD=52.2617;RBI=0.110671;REFB=-0.204053;REVB=0.0611396;RO=1;SAF=7;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017006;STB=0.524576;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0188194;OID=.;OPOS=32006337;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:1:2:34:35:0.945946:27:7:0:1:28:7:1:1 chr6 32006886 . G A 203.65 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0585949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9384;QD=38.7899;RBI=0.0625407;REFB=0.0676135;REVB=0.0218627;RO=3;SAF=14;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888176;STB=0.548336;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.0118821;OID=.;OPOS=32006886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:3:3:18:18:0.857143:4:14:3:0:4:14:3:0 chr6 32010272 . T A 2129.14 PASS AF=0.920245;AO=150;DP=163;FAO=150;FDP=163;FR=.;FRO=13;FSAF=59;FSAR=91;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0168781;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.548;QD=52.2488;RBI=0.0170412;REFB=-0.00990512;REVB=-0.00235202;RO=13;SAF=59;SAR=91;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010778;STB=0.505684;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00058412;OID=.;OPOS=32010272;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:163:163:13:13:150:150:0.920245:91:59:6:7:91:59:6:7 chr6 32021402 . C T 860.82 PASS AF=0.866667;AO=64;DP=76;FAO=65;FDP=75;FR=.;FRO=10;FSAF=44;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0275994;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.056;QD=45.9101;RBI=0.030994;REFB=-0.0116793;REVB=-0.0141033;RO=10;SAF=43;SAR=21;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485295;STB=0.526453;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00258075;OID=.;OPOS=32021402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:76:75:10:10:64:65:0.866667:21:43:5:5:21:44:5:5 chr6 32026107 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.745;QD=42.1826;RBI=0.0302802;REFB=0;REVB=0.00858476;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.92226e-05;OID=.;OPOS=32026107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr6 32029226 . A G 956.91 PASS AF=0.907895;AO=68;DP=76;FAO=69;FDP=76;FR=.;FRO=7;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00345288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.526;QD=50.3637;RBI=0.00433218;REFB=-0.0225731;REVB=0.00261638;RO=7;SAF=34;SAR=34;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627909;STB=0.532255;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0012;OID=.;OPOS=32029226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:76:76:7:7:68:69:0.907895:34:34:6:1:34:35:6:1 chr6 32032743 . G A 810.17 PASS AF=0.936508;AO=42;DP=64;FAO=59;FDP=63;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0382249;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.346;QD=51.4392;RBI=0.0390226;REFB=-0.0309017;REVB=0.00784969;RO=4;SAF=4;SAR=38;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469098;STB=0.523802;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0015744;OID=.;OPOS=32032743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:64:63:4:4:42:59:0.936508:38:4:0:4:40:19:0:4 chr6 32050067 . T C 1626.56 PASS AF=0.902256;AO=111;DP=131;FAO=120;FDP=133;FR=.;FRO=13;FSAF=67;FSAR=53;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.000473436;FXX=0.0362293;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.441;QD=48.919;RBI=0.0221058;REFB=-0.0888271;REVB=0.0221007;RO=13;SAF=61;SAR=50;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754019;STB=0.536445;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00477105;OID=.;OPOS=32050067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:131:133:13:13:111:120:0.902256:50:61:12:1:53:67:12:1 chr6 32063944 . GCCCCCG GCCCC,GCCCCG,GCCCCGG 161.65 PASS AF=0.431818,0.136364,0;AO=13,13,4;DP=46;FAO=19,6,0;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=5,4,0;FSAR=14,2,0;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0431135,-0.00858853,0.0351616;FXX=0.0434688;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=18.9892,10.0231,13.7326;QD=14.6956;RBI=0.0705698,0.0680368,0.0381797;REFB=-0.135173,-0.209895,-0.0798678;REVB=-0.0558688,-0.0674925,-0.014878;RO=15;SAF=2,7,2;SAR=11,6,2;SRF=4;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.170123,0.249568,0.272986;STB=0.5,0.7797,0.5;STBP=1,0.146,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.147375,0.172569,-0.029062;OID=.,.,.;OPOS=32063949,32063945,32063949;OREF=CG,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=GCCCC,GCCCCG,GCCCCGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.431818,0.136364,0:13,13,4:46:19,6,0:44:19:5,4,0:14,2,0:5:14:99:15:2,7,2:11,6,2:4:11 chr6 32088854 . G C 457.24 PASS AF=0.85;AO=34;DP=40;FAO=34;FDP=40;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0140095;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.693;QD=45.7238;RBI=0.0145252;REFB=-0.0257103;REVB=0.00383597;RO=6;SAF=17;SAR=17;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00433186;OID=.;OPOS=32088854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:6:6:34:34:0.85:17:17:3:3:17:17:3:3 chr6 32119898 . T C 4482.57 PASS AF=0.961415;AO=298;DP=310;FAO=299;FDP=311;FR=.;FRO=12;FSAF=116;FSAR=183;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00648169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.788;QD=57.6537;RBI=0.0283984;REFB=-0.0346294;REVB=0.0276488;RO=11;SAF=116;SAR=182;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175463;STB=0.511265;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00236527;OID=.;OPOS=32119898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:310:311:11:12:298:299:0.961415:182:116:7:4:183:116:8:4 chr6 32122385 . GC G,GG 779.37 PASS AF=0.0181818,0.981818;AO=15,41;DP=56;FAO=1,54;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,25;FSAR=1,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156856,0.013327;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=191.377,203.826;QD=56.6817;RBI=0.0705493,0.075518;REFB=0,0;REVB=0.0687835,0.0743328;RO=0;SAF=2,23;SAR=13,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0384666,0.00198553;OID=.,.;OPOS=32122386,32122386;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0181818,0.981818:15,41:56:1,54:55:0:0,25:1,29:0:0:4:0:2,23:13,18:0:0 chr6 32151294 . T C 102.11 PASS AF=0.131148;AO=24;DP=183;FAO=24;FDP=183;FR=.;FRO=159;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=58;FSRR=101;FWDB=-0.00512259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5682;QD=2.23185;RBI=0.0290482;REFB=-0.00442987;REVB=0.0285929;RO=155;SAF=6;SAR=18;SRF=57;SRR=98;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171016;STB=0.617259;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0470732;OID=.;OPOS=32151294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:155:159:24:24:0.131148:18:6:57:98:18:6:58:101 chr6 32151690 . TGGGGGC TGGG,TGGGG,TGGGGC,TGGGGCC 878.7 PASS AF=0,0.960396,0,0;AO=13,35,22,6;DP=108;FAO=0,97,0,0;FDP=101;FR=.;FRO=4;FSAF=0,60,0,0;FSAR=0,37,0,0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0435093,-0.021939,0.250174,0.287181;FXX=0.0194156;HRUN=5,5,5,5;LEN=3,2,1,1;MLLD=14.8819,17.4736,10.1665,5.72861;QD=34.7998;RBI=0.222508,0.163504,0.788691,0.712808;REFB=-0.086328,-0.101901,-0.182776,-0.117909;REVB=-0.218213,-0.162026,-0.747962,-0.652398;RO=14;SAF=0,32,14,5;SAR=13,3,8,1;SRF=14;SRR=0;SSEN=0.305263,0.305263,0.305263,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.870875,-0.167307,-0.305882,-0.515321;STB=0.5,0.516126,0.5,0.5;STBP=1,0.159,1,1;TYPE=del,del,del,snp;VARB=-0.0746011,-0.0135208,0.152938,0;OID=.,.,.,.;OPOS=32151694,32151695,32151691,32151695;OREF=GGC,GC,G,G;OALT=-,-,-,C;OMAPALT=TGGG,TGGGG,TGGGGC,TGGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.960396,0,0:13,35,22,6:108:0,97,0,0:101:4:0,60,0,0:0,37,0,0:4:0:8:14:0,32,14,5:13,3,8,1:14:0 chr6 32151994 . A T 1098.63 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.895;QD=60.1989;RBI=0.0509684;REFB=0;REVB=-0.0466196;RO=0;SAF=34;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.74416e-05;OID=.;OPOS=32151994;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:38:34:0:0:38:35:0:0 chr6 32172065 . T G 2240.08 PASS AF=1;AO=139;DP=139;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010445;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.404;QD=63.5484;RBI=0.0106338;REFB=0;REVB=-0.00199526;RO=0;SAF=77;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204095;OID=.;OPOS=32172065;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:141:0:0:139:141:1:62:77:0:0:64:77:0:0 chr6 32184705 . G A 1115.51 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0233196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.53;QD=60.2976;RBI=0.0375507;REFB=0;REVB=0.0294322;RO=0;SAF=28;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0925e-05;OID=.;OPOS=32184705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:46:28:0:0:46:28:0:0 chr6 32188297 . G C 1027.17 PASS AF=0.924051;AO=45;DP=76;FAO=73;FDP=79;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=48;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0607034;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.135;QD=52.0088;RBI=0.071575;REFB=-0.0563993;REVB=0.037922;RO=5;SAF=28;SAR=17;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00441959;STB=0.50077;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0101046;OID=.;OPOS=32188297;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:76:79:5:6:45:73:0.924051:17:28:3:2:25:48:4:2 chr6 32188383 . T C 423.91 PASS AF=0.767442;AO=33;DP=43;FAO=33;FDP=43;FR=.;FRO=10;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.066208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.294;QD=39.433;RBI=0.0701978;REFB=-0.0241185;REVB=-0.0233288;RO=10;SAF=26;SAR=7;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00782616;STB=0.504235;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00803774;OID=.;OPOS=32188383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:10:10:33:33:0.767442:7:26:8:2:7:26:8:2 chr6 32188603 . C T 620.01 PASS AF=0.833333;AO=50;DP=60;FAO=50;FDP=60;FR=.;FRO=10;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0111258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9422;QD=41.3337;RBI=0.0115687;REFB=-0.00467306;REVB=0.00317041;RO=10;SAF=28;SAR=22;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109106;STB=0.558276;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.000752042;OID=.;OPOS=32188603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:60:60:10:10:50:50:0.833333:22:28:9:1:22:28:9:1 chr6 32188640 . T C 583.59 PASS AF=0.803279;AO=46;DP=58;FAO=49;FDP=61;FR=.;FRO=12;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.00976198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1938;QD=38.2682;RBI=0.0453591;REFB=-0.0431701;REVB=0.0442961;RO=12;SAF=28;SAR=18;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0929471;STB=0.543429;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00712369;OID=.;OPOS=32188640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:58:61:12:12:46:49:0.803279:18:28:10:2:18:31:10:2 chr6 32188642 . T C 594.78 PASS AF=0.803279;AO=47;DP=60;FAO=49;FDP=61;FR=.;FRO=12;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.00790116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.66;QD=39.0018;RBI=0.0497271;REFB=-0.0107876;REVB=0.0490954;RO=12;SAF=29;SAR=18;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0887848;STB=0.543429;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0037346;OID=.;OPOS=32188642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:60:61:12:12:47:49:0.803279:18:29:10:2:18:31:10:2 chr6 32189032 . T C 3032.25 PASS AF=0.901709;AO=210;DP=234;FAO=211;FDP=234;FR=.;FRO=23;FSAF=110;FSAR=101;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0318839;FXX=0.00425514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.56;QD=51.8333;RBI=0.032296;REFB=0.00812454;REVB=-0.00514264;RO=23;SAF=109;SAR=101;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00764598;STB=0.504239;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.00092766;OID=.;OPOS=32189032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:234:234:23:23:210:211:0.901709:101:109:11:12:101:110:11:12 chr6 32191658 . TAGCAGCAGCAGC T 823.58 PASS AF=0.66055;AO=70;DP=90;FAO=72;FDP=109;FR=.;FRO=37;FSAF=50;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.0245208;FXX=0.091659;HRUN=1;LEN=12;MLLD=268.317;QD=30.2232;RBI=0.051481;REFB=-0.040057;REVB=0.0452662;RO=0;SAF=50;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507461;STBP=0.862;TYPE=del;VARB=0.0146984;OID=.;OPOS=32191659;OREF=AGCAGCAGCAGC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.66055:70:90:72:109:37:50:22:25:12:99:0:50:20:0:0 chr6 32223531 . A C 961.03 PASS AF=0.876712;AO=36;DP=71;FAO=64;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.12037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.573;QD=52.6589;RBI=0.129028;REFB=-0.1039;REVB=0.0464673;RO=5;SAF=16;SAR=20;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809721;STB=0.512626;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0115989;OID=.;OPOS=32223531;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:71:73:5:5:36:64:0.876712:20:16:4:1:23:41:4:1 chr6 32223632 . G A 66.26 PASS AF=0.125;AO=15;DP=120;FAO=15;FDP=120;FR=.;FRO=105;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=58;FSRR=47;FWDB=-0.00605284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.214;QD=2.20854;RBI=0.0589781;REFB=0.000207089;REVB=0.0586667;RO=105;SAF=10;SAR=5;SRF=58;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146409;STB=0.604508;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.000857613;OID=.;OPOS=32223632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:120:120:105:105:15:15:0.125:5:10:58:47:5:10:58:47 chr6 32256418 . T C 80.9 PASS AF=0.130435;AO=18;DP=138;FAO=18;FDP=138;FR=.;FRO=120;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=44;FSRR=76;FWDB=0.00160596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4707;QD=2.34504;RBI=0.0934105;REFB=-0.004427;REVB=0.0933967;RO=119;SAF=6;SAR=12;SRF=43;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0384778;STB=0.531879;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0436;OID=.;OPOS=32256418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:138:138:119:120:18:18:0.130435:12:6:43:76:12:6:44:76 chr6 32261507 . T C 66.63 PASS AF=0.104046;AO=17;DP=173;FAO=18;FDP=173;FR=.;FRO=155;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=84;FSRR=71;FWDB=-0.010806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.239;QD=1.54052;RBI=0.0154219;REFB=-0.00354337;REVB=0.011003;RO=154;SAF=8;SAR=9;SRF=83;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817185;STB=0.537531;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0204543;OID=.;OPOS=32261507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:173:173:154:155:17:18:0.104046:9:8:83:71:9:9:84:71 chr6 32261771 . A G 1038.18 PASS AF=0.814815;AO=72;DP=100;FAO=88;FDP=108;FR=.;FRO=20;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0108942;FXX=0.0357111;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.591;QD=38.451;RBI=0.0362744;REFB=-0.014469;REVB=0.0345999;RO=15;SAF=44;SAR=28;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00377676;STB=0.501278;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.00518586;OID=.;OPOS=32261771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:108:15:20:72:88:0.814815:28:44:9:6:39:49:11:9 chr6 32268501 . A T 994.45 PASS AF=0.792079;AO=80;DP=102;FAO=80;FDP=101;FR=.;FRO=21;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0435563;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.753;QD=39.3842;RBI=0.0435565;REFB=-0.0375478;REVB=0.000123196;RO=21;SAF=43;SAR=37;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794751;STB=0.542408;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0127632;OID=.;OPOS=32268501;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:21:21:80:80:0.792079:37:43:7:14:37:43:7:14 chr6 32287952 . C A 197.2 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00296091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.604;QD=17.9272;RBI=0.0161513;REFB=-0.0151435;REVB=-0.0158776;RO=23;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561908;STB=0.518415;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0284249;OID=.;OPOS=32287952;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:23:24:20:20:0.454545:11:9:9:14:11:9:10:14 chr6 32287955 . T C 195.49 PASS AF=0.454545;AO=19;DP=43;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0174272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.767;QD=17.7717;RBI=0.0188345;REFB=-0.0198813;REVB=-0.00714364;RO=24;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560016;STB=0.518415;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0452188;OID=.;OPOS=32287955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:24:19:20:0.454545:10:9:10:14:11:9:10:14 chr6 32290927 . G T 1859.86 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00572232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7448;QD=61.483;RBI=0.0220121;REFB=0;REVB=-0.0212553;RO=0;SAF=46;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111663;OID=.;OPOS=32290927;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:121:0:0:120:121:1:74:46:0:0:74:47:0:0 chr6 32291270 . CAG CAC,C 782.31 PASS AF=0.0983607,0.868852;AO=5,51;DP=63;FAO=6,53;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=3,15;FSAR=3,38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0171979,-0.00309893;FXX=0.031741;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=51.0986,165.361;QD=51.2989;RBI=0.0555203,0.0555565;REFB=-0.143213,-0.129269;REVB=0.0527895,0.05547;RO=2;SAF=3,15;SAR=2,36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.281149,0.0254452;STB=0.624607,0.512816;STBP=0.311,0.426;TYPE=snp,del;VARB=0.0646917,0.00626878;OID=.,.;OPOS=32291272,32291271;OREF=G,AG;OALT=C,-;OMAPALT=CAC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0983607,0.868852:5,51:63:6,53:61:2:3,15:3,38:0:2:25:2:3,15:2,36:0:2 chr6 32291359 . T G 1460.59 PASS AF=0.980392;AO=99;DP=102;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=64;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0400426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6235;QD=57.2782;RBI=0.0449024;REFB=0.025674;REVB=-0.0203179;RO=1;SAF=35;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133588;STB=0.502973;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.000982617;OID=.;OPOS=32291359;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:102:1:2:99:100:0.980392:64:35:1:0:64:36:1:1 chr6 32298372 . A G 658.74 PASS AF=0.868852;AO=50;DP=60;FAO=53;FDP=61;FR=.;FRO=8;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0751164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.827;QD=43.1961;RBI=0.0753035;REFB=-0.00553078;REVB=0.00530598;RO=9;SAF=24;SAR=26;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847833;STB=0.53398;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.000662253;OID=.;OPOS=32298372;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:60:61:9:8:50:53:0.868852:26:24:7:2:27:26:6:2 chr6 32301804 . G C 1107.09 PASS AF=0.834951;AO=85;DP=104;FAO=86;FDP=103;FR=.;FRO=17;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0156486;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.024;QD=42.994;RBI=0.0273909;REFB=-0.0224766;REVB=0.0224807;RO=16;SAF=40;SAR=45;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274267;STB=0.510645;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00495178;OID=.;OPOS=32301804;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:104:103:16:17:85:86:0.834951:45:40:9:7:46:40:9:8 chr6 32307260 . T G 808.04 PASS AF=0.826667;AO=62;DP=75;FAO=62;FDP=75;FR=.;FRO=13;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00460375;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.852;QD=43.0954;RBI=0.0234812;REFB=0.000193099;REVB=0.0230254;RO=13;SAF=35;SAR=27;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588857;STB=0.531443;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.000274629;OID=.;OPOS=32307260;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:75:75:13:13:62:62:0.826667:27:35:5:8:27:35:5:8 chr6 32307382 . G A 468.84 PASS AF=0.75;AO=36;DP=48;FAO=36;FDP=48;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00368103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8558;QD=39.0702;RBI=0.010764;REFB=-0.0275859;REVB=0.0101151;RO=12;SAF=16;SAR=20;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102622;STB=0.555525;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0092099;OID=.;OPOS=32307382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:12:12:36:36:0.75:20:16:8:4:20:16:8:4 chr6 32310986 . C G 484.98 PASS AF=0.788462;AO=41;DP=53;FAO=41;FDP=52;FR=.;FRO=11;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0135028;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.33;QD=37.3065;RBI=0.0278547;REFB=-0.0400947;REVB=-0.024363;RO=11;SAF=20;SAR=21;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165178;STB=0.588743;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00716706;OID=.;OPOS=32310986;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:53:52:11:11:41:41:0.788462:21:20:10:1:21:20:10:1 chr6 32317859 . T C 69.4 PASS AF=0.111842;AO=17;DP=152;FAO=17;FDP=152;FR=.;FRO=135;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=71;FSRR=64;FWDB=0.0191492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.406;QD=1.82639;RBI=0.0192952;REFB=-0.00412168;REVB=0.00236917;RO=134;SAF=13;SAR=4;SRF=70;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308356;STB=0.724314;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0666813;OID=.;OPOS=32317859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:152:152:134:135:17:17:0.111842:4:13:70:64:4:13:71:64 chr6 32317922 . TTTTC T 575.93 PASS AF=0.669903;AO=67;DP=95;FAO=69;FDP=103;FR=.;FRO=34;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.0237641;FXX=0.0550408;HRUN=4;LEN=4;MLLD=270.796;QD=22.366;RBI=0.023808;REFB=-0.0292151;REVB=0.00144643;RO=18;SAF=40;SAR=27;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0.316456;SSSB=-0.00580671;STB=0.529475;STBP=0.406;TYPE=del;VARB=0.0111973;OID=.;OPOS=32317923;OREF=TTTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.669903:67:95:69:103:34:43:26:24:10:99:18:40:27:11:7 chr6 32333093 . A G 1011.28 PASS AF=0.783505;AO=75;DP=98;FAO=76;FDP=97;FR=.;FRO=21;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0199101;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.829;QD=41.7024;RBI=0.0203334;REFB=-0.0163921;REVB=0.00412745;RO=21;SAF=32;SAR=43;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059958;STB=0.529984;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00465075;OID=.;OPOS=32333093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:21:21:75:76:0.783505:43:32:12:9:43:33:12:9 chr6 32333098 . C T 989.36 PASS AF=0.773196;AO=75;DP=99;FAO=75;FDP=97;FR=.;FRO=22;FSAF=33;FSAR=42;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0138404;FXX=0.0202;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.801;QD=40.7982;RBI=0.0141039;REFB=-0.0155641;REVB=0.00271341;RO=22;SAF=33;SAR=42;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257276;STB=0.513758;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0041373;OID=.;OPOS=32333098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:22:22:75:75:0.773196:42:33:11:11:42:33:11:11 chr6 32333955 . T C 929.04 PASS AF=0.8625;AO=69;DP=80;FAO=69;FDP=80;FR=.;FRO=11;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0415907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5397;QD=46.4519;RBI=0.0844473;REFB=-0.0410555;REVB=0.0734952;RO=10;SAF=37;SAR=32;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152757;STB=0.513865;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00627502;OID=.;OPOS=32333955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:80:80:10:11:69:69:0.8625:32:37:6:4:32:37:7:4 chr6 32334224 . C G 462.24 PASS AF=0.871795;AO=34;DP=39;FAO=34;FDP=39;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0202578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.436;QD=47.4095;RBI=0.0215466;REFB=0.022208;REVB=-0.00734022;RO=5;SAF=13;SAR=21;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10258;STB=0.555177;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.00128323;OID=.;OPOS=32334224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:39:39:5:5:34:34:0.871795:21:13:4:1:21:13:4:1 chr6 32336586 . A G 2204.86 PASS AF=0.896552;AO=155;DP=176;FAO=156;FDP=174;FR=.;FRO=18;FSAF=72;FSAR=84;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0292312;FXX=0.011363;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.678;QD=50.6865;RBI=0.0306412;REFB=-0.0104872;REVB=0.00918815;RO=18;SAF=72;SAR=83;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289687;STB=0.515526;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.000895859;OID=.;OPOS=32336586;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:176:174:18:18:155:156:0.896552:83:72:11:7:84:72:11:7 chr6 32337686 . A G 1540.22 PASS AF=0.990476;AO=104;DP=105;FAO=104;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0164273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.881;QD=58.675;RBI=0.0304003;REFB=-0.12663;REVB=0.0255798;RO=0;SAF=55;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504504;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000606885;OID=.;OPOS=32337686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:105:0:1:104:104:0.990476:49:55:0:0:49:55:1:0 chr6 32361821 . C T 1170.62 PASS AF=0.849057;AO=89;DP=107;FAO=90;FDP=106;FR=.;FRO=16;FSAF=28;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.00658495;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.954;QD=44.1742;RBI=0.00812244;REFB=-0.0225162;REVB=-0.00475527;RO=15;SAF=27;SAR=62;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0559844;STB=0.533594;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.00846274;OID=.;OPOS=32361821;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:107:106:15:16:89:90:0.849057:62:27:2:13:62:28:2:14 chr6 32370794 . C T 48.16 PASS AF=0.103448;AO=11;DP=114;FAO=12;FDP=116;FR=.;FRO=104;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=47;FSRR=57;FWDB=-0.00833803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0112;QD=1.6607;RBI=0.035477;REFB=0.0126106;REVB=0.0344833;RO=102;SAF=7;SAR=4;SRF=45;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226;STB=0.616286;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.0755343;OID=.;OPOS=32370794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:114:116:102:104:11:12:0.103448:4:7:45:57:5:7:47:57 chr6 32370816 . G A 45.92 PASS AF=0.0991736;AO=12;DP=121;FAO=12;FDP=121;FR=.;FRO=109;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=51;FSRR=58;FWDB=0.0107226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0415;QD=1.51813;RBI=0.025501;REFB=0.00441407;REVB=0.0231372;RO=108;SAF=8;SAR=4;SRF=51;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229088;STB=0.677302;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.0256558;OID=.;OPOS=32370816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:121:121:108:109:12:12:0.0991736:4:8:51:57:4:8:51:58 chr6 32370835 . T C 46.67 PASS AF=0.10084;AO=12;DP=119;FAO=12;FDP=119;FR=.;FRO=107;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=49;FSRR=58;FWDB=-0.0529165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.2064;QD=1.56882;RBI=0.0563044;REFB=-0.0017235;REVB=-0.019236;RO=107;SAF=8;SAR=4;SRF=49;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245057;STB=0.68478;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0168291;OID=.;OPOS=32370835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:119:119:107:107:12:12:0.10084:4:8:49:58:4:8:49:58 chr6 32372863 . A T 114.45 PASS AF=0.127962;AO=27;DP=209;FAO=27;FDP=211;FR=.;FRO=184;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=111;FSRR=73;FWDB=-0.0501883;FXX=0.014018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.795;QD=2.16975;RBI=0.0577094;REFB=-0.0121363;REVB=-0.0284871;RO=166;SAF=16;SAR=11;SRF=97;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108139;STB=0.509661;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0665513;OID=.;OPOS=32372863;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:209:211:166:184:27:27:0.127962:11:16:97:69:11:16:111:73 chr6 32372963 . G A 58.97 PASS AF=0.0993789;AO=16;DP=161;FAO=16;FDP=161;FR=.;FRO=145;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=83;FSRR=62;FWDB=-0.0142158;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.414;QD=1.46506;RBI=0.01684;REFB=-0.00225901;REVB=0.00902751;RO=143;SAF=5;SAR=11;SRF=81;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298522;STB=0.725911;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0432394;OID=.;OPOS=32372963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:161:161:143:145:16:16:0.0993789:11:5:81:62:11:5:83:62 chr6 32410987 . A G 1500.18 PASS AF=0.980952;AO=102;DP=104;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00899876;FXX=0.00943307;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.1256;QD=57.1496;RBI=0.0209424;REFB=-0.18613;REVB=0.0189105;RO=2;SAF=55;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169388;STB=0.508927;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00328879;OID=.;OPOS=32410987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:105:2:2:102:103:0.980952:47:55:2:0:48:55:2:0 chr6 32411035 . A C 1677.35 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0056592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.984;QD=60.4451;RBI=0.0127401;REFB=0;REVB=0.0114142;RO=0;SAF=60;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49535e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12466e-06;OID=.;OPOS=32411035;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:110:111:1:50:60:0:0:51:60:0:0 chr6 32411646 . T G 2353.8 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=85;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9571;QD=63.6163;RBI=0.0242033;REFB=0;REVB=-0.0103123;RO=0;SAF=84;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.56768e-05;OID=.;OPOS=32411646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:148:0:0:147:148:1:63:84:0:0:63:85:0:0 chr6 32412480 . G A 1475.82 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0141051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.084;QD=57.3135;RBI=0.0360901;REFB=-0.0410417;REVB=-0.0332196;RO=1;SAF=54;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998727;STB=0.500676;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00011785;OID=.;OPOS=32412480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:103:1:2:101:101:0.980583:47:54:0:1:47:54:1:1 chr6 32487170 . G A 124.16 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.02349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3494;QD=27.5918;RBI=0.0447521;REFB=0.0146154;REVB=0.0380917;RO=5;SAF=9;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254078;STB=0.64263;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00422199;OID=.;OPOS=32487170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:4:9:1:4:4:9:1:4 chr6 32487174 . C T 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00804115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.085;QD=8.25451;RBI=0.0614019;REFB=0.000525209;REVB=-0.0608731;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181968;STB=0.61499;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.00360217;OID=.;OPOS=32487174;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:2:4:6:6:2:4:6:6 chr6 32487175 . G A 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0151511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.598;QD=10.3903;RBI=0.0196428;REFB=-0.0134746;REVB=0.0125012;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270468;STB=0.666173;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00584852;OID=.;OPOS=32487175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:2:5:5:6:2:5:5:6 chr6 32487205 . C T 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0579638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6991;QD=7.76195;RBI=0.0738524;REFB=-0.0143675;REVB=-0.0457644;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224315;STB=0.642374;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0181589;OID=.;OPOS=32487205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:2:4:6:7:2:4:6:7 chr6 32487214 . TC CC,CT 67.94 PASS AF=0.473684,0;AO=9,3;DP=19;FAO=9,0;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5,0;FSAR=4,0;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.061646,-0.046032;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=65.4532,126.451;QD=14.3026;RBI=0.0763783,0.0666525;REFB=-0.00270272,-0.0140324;REVB=-0.0450934,-0.0482039;RO=6;SAF=5,3;SAR=4,0;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.152681,0.711122;STB=0.529346,0.5;STBP=0.788,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00177765,0;OID=.,.;OPOS=32487214,32487214;OREF=T,TC;OALT=C,CT;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:6:10:9,3:9,0:0.473684,0:4,0:5,3:2:4:4,0:5,0:5:5 chr6 32487268 . A G 164.71 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0201355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8319;QD=21.2531;RBI=0.0238818;REFB=0.0239082;REVB=0.0128414;RO=14;SAF=12;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121635;STB=0.568881;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.0271518;OID=.;OPOS=32487268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:5:12:8:6:5:12:8:6 chr6 32487309 . T C 166.08 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.000310675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.557;QD=22.1433;RBI=0.00358056;REFB=-0.012886;REVB=-0.00356706;RO=13;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522387;STB=0.529377;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00854509;OID=.;OPOS=32487309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:9:8:7:6:9:8:7:6 chr6 32489786 . T G 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0167414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.295;QD=8.25462;RBI=0.0391412;REFB=-0.0240917;REVB=-0.0353802;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0331712;OID=.;OPOS=32489786;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:2:4:8:4:2:4:8:4 chr6 32489791 . A G 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0350664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.883;QD=9.76023;RBI=0.0409686;REFB=-0.00958891;REVB=-0.0211843;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102163;STB=0.562327;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0241617;OID=.;OPOS=32489791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:8:4:3:4:8:4 chr6 32489795 . T A 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0304451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.314;QD=11.2559;RBI=0.0728101;REFB=-0.0224523;REVB=0.0661393;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166665;STB=0.59976;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0481013;OID=.;OPOS=32489795;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:4:4:8:4:4:4:8:4 chr6 32489852 . AA AC,GC 273.38 PASS AF=0.589744,0.0512821;AO=23,2;DP=39;FAO=23,2;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=13,1;FSAR=10,1;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0284874,-0.0120013;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=119.891,140.017;QD=28.0392;RBI=0.0432246,0.0305087;REFB=-0.0155333,-0.00631998;REVB=-0.0325091,-0.0280491;RO=14;SAF=13,1;SAR=10,1;SRF=8;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00432106,-0.0725367;STB=0.50239,0.561888;STBP=0.998,0.855;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00857784,-0.0234107;OID=.,.;OPOS=32489853,32489852;OREF=A,AA;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:23,2:23,2:0.589744,0.0512821:10,1:13,1:8:6:10,1:13,1:8:6 chr6 32489856 . C T 256.18 PASS AF=0.621622;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0341919;FXX=0.0512689;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.112;QD=27.6949;RBI=0.0490974;REFB=-0.0223498;REVB=-0.0352345;RO=13;SAF=13;SAR=10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335267;STB=0.50239;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0133066;OID=.;OPOS=32489856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:13:14:23:23:0.621622:10:13:8:5:10:13:8:6 chr6 32489876 . T C 282.65 PASS AF=0.641026;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0262102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7687;QD=28.9902;RBI=0.0454983;REFB=0.00519219;REVB=0.0371903;RO=14;SAF=15;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667754;STB=0.536812;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.00246636;OID=.;OPOS=32489876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:14:25:25:0.641026:10:15:7:7:10:15:7:7 chr6 32489887 . GA AT 288.29 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=39;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00503254;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=2;MLLD=211.51;QD=30.3466;RBI=0.00849999;REFB=-0.0433636;REVB=-0.00685006;RO=12;SAF=14;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848705;STB=0.533871;STBP=0.526;TYPE=mnp;VARB=0.0229097;OID=.;OPOS=32489887;OREF=GA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:12:13:25:25:0.657895:11:14:5:7:11:14:6:7 chr6 32489927 . T A 351.11 PASS AF=0.690476;AO=29;DP=42;FAO=29;FDP=42;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0168901;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.925;QD=33.4395;RBI=0.0316279;REFB=-0.0311642;REVB=-0.0267403;RO=13;SAF=16;SAR=13;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946333;STB=0.551688;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0107837;OID=.;OPOS=32489927;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:13:13:29:29:0.690476:13:16:5:8:13:16:5:8 chr6 32489940 . G T 306.13 PASS AF=0.675;AO=26;DP=39;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0244705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.38;QD=30.6132;RBI=0.0260392;REFB=-0.0274512;REVB=0.00890139;RO=12;SAF=15;SAR=11;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140272;STB=0.568173;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00865964;OID=.;OPOS=32489940;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:12:13:26:27:0.675:11:15:4:8:11:16:5:8 chr6 32497943 . A G 125.83 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0184413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.967;QD=18.642;RBI=0.0281889;REFB=-0.0250605;REVB=0.0213197;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162718;STB=0.592465;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0134214;OID=.;OPOS=32497943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:7:7:4:9:7:7:4:9 chr6 32497961 . TT GC 148.51 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0484128;FXX=0.079968;HRUN=3;LEN=2;MLLD=181.882;QD=25.8271;RBI=0.0534531;REFB=-0.0262061;REVB=-0.0226591;RO=8;SAF=7;SAR=8;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136952;STB=0.576372;STBP=0.361;TYPE=mnp;VARB=0.0186759;OID=.;OPOS=32497961;OREF=TT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:24:23:8:8:15:15:0.652174:8:7:2:6:8:7:2:6 chr6 32548544 . TG GA 91.07 PASS AF=0.173913;AO=16;DP=92;FAO=16;FDP=92;FR=.;FRO=76;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=37;FSRR=39;FWDB=0.0169088;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=2;MLLD=114.451;QD=3.95974;RBI=0.0244155;REFB=-0.0030692;REVB=-0.0176129;RO=74;SAF=13;SAR=3;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41675;STB=0.78411;STBP=0.015;TYPE=mnp;VARB=0.00653405;OID=.;OPOS=32548544;OREF=TG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:92:92:74:76:16:16:0.173913:3:13:37:37:3:13:37:39 chr6 32548554 . G T 99.78 PASS AF=0.184783;AO=17;DP=92;FAO=17;FDP=92;FR=.;FRO=75;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=-0.0368952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.074;QD=4.33824;RBI=0.0399908;REFB=-0.00143191;REVB=-0.0154275;RO=75;SAF=4;SAR=13;SRF=45;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.44812;STB=0.787067;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0470885;OID=.;OPOS=32548554;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:75:75:17:17:0.184783:13:4:45:30:13:4:45:30 chr6 32548556 . C T 99.57 PASS AF=0.184783;AO=16;DP=90;FAO=17;FDP=92;FR=.;FRO=75;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=-0.0257305;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.352;QD=4.32905;RBI=0.0316763;REFB=-0.000491184;REVB=-0.018475;RO=74;SAF=3;SAR=13;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.513632;STB=0.787067;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00245722;OID=.;OPOS=32548556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:92:74:75:16:17:0.184783:13:3:45:29:13:4:45:30 chr6 32548581 . A G 45.04 PASS AF=0.117647;AO=10;DP=86;FAO=10;FDP=85;FR=.;FRO=75;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=-0.0189433;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.371;QD=2.11967;RBI=0.0189493;REFB=-0.00220778;REVB=-0.000476797;RO=75;SAF=4;SAR=6;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.097102;STB=0.571285;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0328833;OID=.;OPOS=32548581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:86:85:75:75:10:10:0.117647:6:4:36:39:6:4:36:39 chr6 32548628 . G A 139.4 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0448815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.552;QD=9.14128;RBI=0.0449539;REFB=-0.0134555;REVB=0.00255114;RO=42;SAF=7;SAR=12;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128433;STB=0.57643;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0228659;OID=.;OPOS=32548628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:42:42:19:19:0.311475:12:7:20:22:12:7:20:22 chr6 32548632 . T A 43.85 PASS AF=0.137931;AO=8;DP=58;FAO=8;FDP=58;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0296593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.493;QD=3.02381;RBI=0.0425619;REFB=-0.00156403;REVB=-0.0305261;RO=48;SAF=2;SAR=6;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288893;STB=0.72264;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0138037;OID=.;OPOS=32548632;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:58:58:48:50:8:8:0.137931:6:2:23:25:6:2:25:25 chr6 32549396 . C G 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0154615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.499;QD=7.04843;RBI=0.0439105;REFB=-0.00534677;REVB=-0.0410983;RO=22;SAF=7;SAR=1;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.56164;STB=0.858707;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0230462;OID=.;OPOS=32549396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:1:7:9:13:1:7:9:13 chr6 32549401 . TC CC,CT 52.92 PASS AF=0.25,0;AO=8,11;DP=32;FAO=8,0;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=4,0;FSAR=4,0;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0266385,-0.0203534;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=64.1229,154.432;QD=6.61536;RBI=0.039089,0.0420261;REFB=-0.0117717,-0.0127636;REVB=-0.0286067,-0.0367687;RO=13;SAF=4,7;SAR=4,4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.198042,0.299066;STB=0.531172,0.5;STBP=0.878,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0539761,0;OID=.,.;OPOS=32549401,32549401;OREF=T,TC;OALT=C,CT;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:32:32:13:24:8,11:8,0:0.25,0:4,4:4,7:4:9:4,0:4,0:11:13 chr6 32549424 . C T 67.29 PASS AF=0.151163;AO=13;DP=86;FAO=13;FDP=86;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=0.00961515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.823;QD=3.13;RBI=0.0275129;REFB=-0.000307046;REVB=-0.0257781;RO=73;SAF=7;SAR=6;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00527768;STB=0.503592;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00209937;OID=.;OPOS=32549424;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:86:86:73:73:13:13:0.151163:6:7:39:34:6:7:39:34 chr6 32549428 . G T 65.53 PASS AF=0.142857;AO=13;DP=91;FAO=13;FDP=91;FR=.;FRO=78;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=0.00297736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.879;QD=2.88058;RBI=0.0228468;REFB=-0.00154562;REVB=-0.022652;RO=78;SAF=7;SAR=6;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39088e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0104182;OID=.;OPOS=32549428;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:91:91:78:78:13:13:0.142857:6:7:42:36:6:7:42:36 chr6 32549475 . T C 2138.47 PASS AF=0.921212;AO=147;DP=160;FAO=152;FDP=165;FR=.;FRO=13;FSAF=80;FSAR=72;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.00766337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.343;QD=51.8417;RBI=0.0277637;REFB=-0.0501233;REVB=0.0266851;RO=12;SAF=77;SAR=70;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391966;STB=0.52329;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00195429;OID=.;OPOS=32549475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:160:165:12:13:147:152:0.921212:70:77:3:9:72:80:3:10 chr6 32549497 . G A 510.11 PASS AF=0.303571;AO=68;DP=224;FAO=68;FDP=224;FR=.;FRO=156;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=71;FSRR=85;FWDB=5.19465e-05;FXX=0.00444425;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.653;QD=9.10901;RBI=0.0110402;REFB=-0.0136781;REVB=-0.0110401;RO=152;SAF=39;SAR=29;SRF=70;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134561;STB=0.582218;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0339756;OID=.;OPOS=32549497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:152:156:68:68:0.303571:29:39:70:82:29:39:71:85 chr6 32549501 . A C,T 2858.03 PASS AF=0.613333,0.306667;AO=137,68;DP=223;FAO=138,69;FDP=225;FR=.;FRO=18;FSAF=67,39;FSAR=71,30;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.00268067,-0.0120931;FXX=0.00442458;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=201.56,129.237;QD=50.8095;RBI=0.0154603,0.0230096;REFB=-0.0292617,-0.0304783;REVB=0.0152261,0.0195754;RO=18;SAF=67,39;SAR=70,29;SRF=4;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.058734,0.137517;STB=0.530454,0.570838;STBP=0.035,0.014;TYPE=snp,snp;VARB=0.0138807,-0.000843941;OID=.,.;OPOS=32549501,32549501;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:223:225:18:18:137,68:138,69:0.613333,0.306667:70,29:67,39:4:14:71,30:67,39:4:14 chr6 32549520 . T C 565.54 PASS AF=0.276224;AO=79;DP=285;FAO=79;FDP=286;FR=.;FRO=207;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=87;FSRR=120;FWDB=-0.0273617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.303;QD=7.90957;RBI=0.0332021;REFB=-0.0108705;REVB=-0.0188073;RO=206;SAF=40;SAR=39;SRF=86;SRR=120;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109457;STB=0.56217;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0279317;OID=.;OPOS=32549520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:285:286:206:207:79:79:0.276224:39:40:86:120:39:40:87:120 chr6 32549525 . C G 182.56 PASS AF=0.139932;AO=41;DP=275;FAO=41;FDP=293;FR=.;FRO=252;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=106;FSRR=146;FWDB=0.00588902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.7597;QD=2.49223;RBI=0.0762642;REFB=-0.0017209;REVB=-0.0760364;RO=234;SAF=25;SAR=16;SRF=106;SRR=128;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199906;STB=0.65889;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00801917;OID=.;OPOS=32549525;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:275:293:234:252:41:41:0.139932:16:25:106:128:16:25:106:146 chr6 32549531 . T C 190.28 PASS AF=0.14094;AO=42;DP=298;FAO=42;FDP=298;FR=.;FRO=256;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=109;FSRR=147;FWDB=-0.0103326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3592;QD=2.55407;RBI=0.0105808;REFB=-0.00633912;REVB=-0.00227845;RO=252;SAF=25;SAR=17;SRF=109;SRR=143;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206305;STB=0.642769;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0240053;OID=.;OPOS=32549531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:298:252:256:42:42:0.14094:17:25:109:143:17:25:109:147 chr6 32549540 . C T 990.07 PASS AF=0.382838;AO=112;DP=299;FAO=116;FDP=303;FR=.;FRO=187;FSAF=47;FSAR=69;FSRF=86;FSRR=101;FWDB=-0.0178144;FXX=0.00328937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.513;QD=13.0703;RBI=0.0236864;REFB=-0.00986794;REVB=0.0156106;RO=182;SAF=47;SAR=65;SRF=85;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529098;STB=0.534566;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0149366;OID=.;OPOS=32549540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:303:182:187:112:116:0.382838:65:47:85:97:69:47:86:101 chr6 32549581 . G A 86.64 PASS AF=0.0895062;AO=29;DP=324;FAO=29;FDP=324;FR=.;FRO=295;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=124;FSRR=171;FWDB=-0.0016066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.391;QD=1.0696;RBI=0.0194344;REFB=-0.00409931;REVB=-0.0193679;RO=292;SAF=7;SAR=22;SRF=121;SRR=171;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22403;STB=0.680708;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0395168;OID=.;OPOS=32549581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:324:324:292:295:29:29:0.0895062:22:7:121:171:22:7:124:171 chr6 32549582 . GTC TCT 347.26 PASS AF=0.196203;AO=62;DP=318;FAO=62;FDP=316;FR=.;FRO=254;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=97;FSRR=157;FWDB=0.0115692;FXX=0.00628911;HRUN=3;LEN=3;MLLD=56.9344;QD=4.39575;RBI=0.0218914;REFB=-0.00245017;REVB=-0.0185846;RO=237;SAF=29;SAR=33;SRF=88;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12661;STB=0.569899;STBP=0.228;TYPE=mnp;VARB=0.0189338;OID=.;OPOS=32549582;OREF=GTC;OALT=TCT;OMAPALT=TCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:318:316:237:254:62:62:0.196203:33:29:88:149:33:29:97:157 chr6 32549587 . T G 76.47 PASS AF=0.0846395;AO=27;DP=318;FAO=27;FDP=319;FR=.;FRO=292;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=119;FSRR=173;FWDB=-0.0366035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.498;QD=0.958927;RBI=0.0368615;REFB=-0.000294831;REVB=0.00435354;RO=290;SAF=7;SAR=20;SRF=118;SRR=172;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18796;STB=0.650876;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00414143;OID=.;OPOS=32549587;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:318:319:290:292:27:27:0.0846395:20:7:118:172:20:7:119:173 chr6 32549588 . G A 193.86 PASS AF=0.140127;AO=44;DP=313;FAO=44;FDP=314;FR=.;FRO=270;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=103;FSRR=167;FWDB=-0.0105829;FXX=0.0031745;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.785;QD=2.46958;RBI=0.0109376;REFB=-0.00197312;REVB=0.00276284;RO=261;SAF=22;SAR=22;SRF=101;SRR=160;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146407;STB=0.601866;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0183797;OID=.;OPOS=32549588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:313:314:261:270:44:44:0.140127:22:22:101:160:22:22:103:167 chr6 32549589 . A C 111.25 PASS AF=0.103226;AO=32;DP=307;FAO=32;FDP=310;FR=.;FRO=278;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=118;FSRR=160;FWDB=-0.0236551;FXX=0.0127384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.548;QD=1.43552;RBI=0.0295864;REFB=-0.00215836;REVB=-0.0177705;RO=273;SAF=7;SAR=25;SRF=118;SRR=155;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28466;STB=0.706874;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0285209;OID=.;OPOS=32549589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:310:273:278:32:32:0.103226:25:7:118:155:25:7:118:160 chr6 32549596 . T C 4132.24 PASS AF=0.937086;AO=283;DP=304;FAO=283;FDP=302;FR=.;FRO=19;FSAF=111;FSAR=172;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00671151;FXX=0.00657873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.995;QD=54.7316;RBI=0.0070691;REFB=-0.00910265;REVB=-0.00221985;RO=18;SAF=111;SAR=172;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136999;STB=0.505054;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000904807;OID=.;OPOS=32549596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:304:302:18:19:283:283:0.937086:172:111:5:13:172:111:6:13 chr6 32549607 . T C 81.35 PASS AF=0.0915493;AO=26;DP=291;FAO=26;FDP=284;FR=.;FRO=258;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=103;FSRR=155;FWDB=0.00546471;FXX=0.0240542;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3548;QD=1.14584;RBI=0.00705026;REFB=0.00206159;REVB=0.00445457;RO=253;SAF=5;SAR=21;SRF=102;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283732;STB=0.72027;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0218284;OID=.;OPOS=32549607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:291:284:253:258:26:26:0.0915493:21:5:102:151:21:5:103:155 chr6 32549611 . T A 484.58 PASS AF=0.249135;AO=72;DP=289;FAO=72;FDP=289;FR=.;FRO=217;FSAF=21;FSAR=51;FSRF=85;FSRR=132;FWDB=-0.0206421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.577;QD=6.707;RBI=0.0206588;REFB=-0.00202063;REVB=-0.000830706;RO=217;SAF=21;SAR=51;SRF=85;SRR=132;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140523;STB=0.584471;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00690025;OID=.;OPOS=32549611;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:289:289:217:217:72:72:0.249135:51:21:85:132:51:21:85:132 chr6 32551947 . CG CT,TT 88.5 PASS AF=0.3,0.25;AO=6,5;DP=20;FAO=6,5;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=4,4;FSAR=2,1;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00779489,0.00939593;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=200.897,214.695;QD=17.7;RBI=0.00948959,0.0174569;REFB=0.00585922,0.00521352;REVB=-0.00541221,-0.0147126;RO=9;SAF=4,4;SAR=2,1;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.219799,0.386659;STB=0.635901,0.748928;STBP=0.403,0.217;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0324724,-0.0268878;OID=.,.;OPOS=32551948,32551947;OREF=G,CG;OALT=T,TT;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:20:20:9:9:6,5:6,5:0.3,0.25:2,1:4,4:4:5:2,1:4,4:4:5 chr6 32551957 . GC CT,TT 87.35 PASS AF=0.238095,0.285714;AO=5,6;DP=21;FAO=5,6;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3,4;FSAR=2,2;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00865201,0.0140399;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=110.664,114.798;QD=16.6388;RBI=0.015139,0.0140856;REFB=-0.00207265,0.00534135;REVB=0.012423,-0.0011345;RO=9;SAF=3,4;SAR=2,2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.046104,0.114905;STB=0.567295,0.608323;STBP=0.733,0.531;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00771563,-0.0221838;OID=.,.;OPOS=32551957,32551957;OREF=GC,GC;OALT=CT,TT;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:44:21:21:9:10:5,6:5,6:0.238095,0.285714:2,2:3,4:5:4:2,2:3,4:5:5 chr6 32551970 . T G 35.94 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00014666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.599;QD=6.25026;RBI=0.0100694;REFB=-0.00178714;REVB=0.0100683;RO=16;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513116;STB=0.516075;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0111061;OID=.;OPOS=32551970;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:16:17:6:6:0.26087:2:4:10:6:2:4:11:6 chr6 32552016 . C A 36.65 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00884247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.459;QD=7.71483;RBI=0.0100489;REFB=-0.0291872;REVB=0.00477405;RO=13;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375164;STB=0.74376;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0858982;OID=.;OPOS=32552016;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:1:5:7:6:1:5:7:6 chr6 32557483 . T C 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00514623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.242;QD=11.0927;RBI=0.0623634;REFB=-0.00226605;REVB=0.0621507;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369772;STB=0.723349;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00310115;OID=.;OPOS=32557483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:1:5:2:3:1:5 chr6 32605257 . C A 658.03 PASS AF=0.771429;AO=53;DP=69;FAO=54;FDP=70;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=43;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.00734577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.984;QD=37.6018;RBI=0.0115927;REFB=0.0119844;REVB=0.00896825;RO=16;SAF=10;SAR=43;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419364;STB=0.515994;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.00389794;OID=.;OPOS=32605257;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:16:16:53:54:0.771429:43:10:4:12:43:11:4:12 chr6 32605274 . T C 871.8 PASS AF=0.797619;AO=67;DP=85;FAO=67;FDP=84;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=53;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00616101;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.376;QD=41.5144;RBI=0.0200818;REFB=-0.0119157;REVB=0.0191134;RO=18;SAF=14;SAR=53;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401184;STB=0.525292;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00374804;OID=.;OPOS=32605274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:18:17:67:67:0.797619:53:14:5:13:53:14:5:12 chr6 32605288 . T C 953.95 PASS AF=0.768421;AO=71;DP=93;FAO=73;FDP=95;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=58;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00614322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.563;QD=40.1664;RBI=0.018356;REFB=-0.0132557;REVB=0.0172975;RO=22;SAF=15;SAR=56;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677146;STB=0.538159;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00727474;OID=.;OPOS=32605288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:22:22:71:73:0.768421:56:15:7:15:58:15:7:15 chr6 32605295 . C T 992.24 PASS AF=0.76;AO=75;DP=100;FAO=76;FDP=100;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=59;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0270637;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.0442;QD=39.6897;RBI=0.0274213;REFB=0.0271323;REVB=0.00441417;RO=24;SAF=17;SAR=58;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660586;STB=0.536354;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00846004;OID=.;OPOS=32605295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:24:24:75:76:0.76:58:17:8:16:59:17:8:16 chr6 32606732 . G A 2880.78 PASS AF=0.78853;AO=220;DP=279;FAO=220;FDP=279;FR=.;FRO=59;FSAF=108;FSAR=112;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.0112697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.031;QD=41.3015;RBI=0.0194146;REFB=-0.030391;REVB=-0.0158089;RO=57;SAF=108;SAR=112;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341405;STB=0.518044;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00650115;OID=.;OPOS=32606732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:279:279:57:59:220:220:0.78853:112:108:33:24:112:108:34:25 chr6 32609094 . C T 236.52 PASS AF=0.75;AO=21;DP=28;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0243053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.746;QD=33.7879;RBI=0.030522;REFB=-0.0186816;REVB=0.0184619;RO=7;SAF=15;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147709;STB=0.581314;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00387273;OID=.;OPOS=32609094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:7:7:21:21:0.75:6:15:3:4:6:15:3:4 chr6 32609105 . GT AC 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0245901;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=241.779;QD=26.3417;RBI=0.0601166;REFB=-0.0116728;REVB=0.0548574;RO=11;SAF=13;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101095;STB=0.556359;STBP=0.479;TYPE=mnp;VARB=0.00460143;OID=.;OPOS=32609105;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:6:13:6:5:6:13:6:5 chr6 32609126 . T C 163.87 PASS AF=0.615385;AO=15;DP=27;FAO=16;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0280727;FXX=0.0370233;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.155;QD=25.2104;RBI=0.0281467;REFB=-0.0406924;REVB=-0.00203897;RO=5;SAF=10;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216717;STB=0.594472;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0180582;OID=.;OPOS=32609126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:27:26:5:9:15:16:0.615385:5:10:1:4:5:11:4:5 chr6 32609130 . C T 158.84 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0299127;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.87;QD=24.4369;RBI=0.0380495;REFB=-0.0241141;REVB=-0.023516;RO=10;SAF=11;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140152;STB=0.578845;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00153942;OID=.;OPOS=32609130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:27:26:10:10:16:16:0.615385:5:11:5:5:5:11:5:5 chr6 32609142 . C G 118.57 PASS AF=0.538462;AO=9;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.17649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.9082;QD=18.2418;RBI=0.177683;REFB=-0.0464749;REVB=0.0205532;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13278;STB=0.568865;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0511877;OID=.;OPOS=32609142;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:26:26:12:12:9:14:0.538462:5:4:7:5:5:9:6:6 chr6 32609150 . C G 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0460595;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.808;QD=16.1198;RBI=0.0550797;REFB=-0.00554577;REVB=-0.0302042;RO=13;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122788;STB=0.571306;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00546964;OID=.;OPOS=32609150;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:4:8:7:6:4:8:7:6 chr6 32609746 . C T 218.69 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.00984516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7164;QD=31.2409;RBI=0.0510882;REFB=0.0164634;REVB=0.0501306;RO=8;SAF=11;SAR=9;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154571;STB=0.585022;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00210884;OID=.;OPOS=32609746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:28:28:8:8:20:20:0.714286:9:11:2:6:9:11:2:6 chr6 32609813 . T C 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00268928;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.206;QD=24.1271;RBI=0.0194528;REFB=-0.0304892;REVB=-0.0192661;RO=11;SAF=14;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390302;STB=0.721355;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0161385;OID=.;OPOS=32609813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:3:14:4:7:3:14:4:7 chr6 32609965 . C A 549.56 PASS AF=0.695652;AO=48;DP=70;FAO=48;FDP=69;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0189306;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.338;QD=31.8586;RBI=0.028642;REFB=-0.0354177;REVB=-0.0214941;RO=21;SAF=23;SAR=25;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164355;STB=0.58863;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0196351;OID=.;OPOS=32609965;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:21:21:48:48:0.695652:25:23:4:17:25:23:4:17 chr6 32610008 . CC TG 847.15 PASS AF=0.752941;AO=63;DP=85;FAO=64;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0107369;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=2;MLLD=143.022;QD=39.8658;RBI=0.0390709;REFB=-0.00545587;REVB=-0.0375667;RO=17;SAF=30;SAR=33;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120165;STB=0.567109;STBP=0.026;TYPE=mnp;VARB=0.00382715;OID=.;OPOS=32610008;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:17:18:63:64:0.752941:33:30:3:14:34:30:3:15 chr6 32610047 . T C 985.83 PASS AF=0.784314;AO=80;DP=102;FAO=80;FDP=102;FR=.;FRO=22;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.00570963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9643;QD=38.6598;RBI=0.00711615;REFB=-0.00132964;REVB=-0.00424733;RO=20;SAF=31;SAR=49;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754954;STB=0.54772;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=8.4946e-05;OID=.;OPOS=32610047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:20:22:80:80:0.784314:49:31:4:16:49:31:4:18 chr6 32610059 . T G 928.66 PASS AF=0.754902;AO=77;DP=102;FAO=77;FDP=102;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=51;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0405051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.622;QD=36.418;RBI=0.0406268;REFB=-0.000161397;REVB=0.00314264;RO=24;SAF=26;SAR=51;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230285;STB=0.515958;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=3.4455e-05;OID=.;OPOS=32610059;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:24:25:77:77:0.754902:51:26:7:17:51:26:7:18 chr6 32610099 . TC T 348.23 PASS AF=0.764706;AO=36;DP=51;FAO=39;FDP=51;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=-0.00167209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.616;QD=27.3122;RBI=0.0446346;REFB=0.0373363;REVB=-0.0446032;RO=13;SAF=5;SAR=31;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669982;STB=0.581044;STBP=0.151;TYPE=del;VARB=-0.0101975;OID=.;OPOS=32610100;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.764706:36:51:39:51:12:8:31:0:12:52:13:5:31:1:12 chr6 32610109 . A C 367.68 PASS AF=0.659574;AO=30;DP=43;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0134257;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.3761;QD=31.292;RBI=0.0571414;REFB=-0.0636176;REVB=-0.0555418;RO=13;SAF=5;SAR=25;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191582;STB=0.539146;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0234899;OID=.;OPOS=32610109;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:47:13:16:30:31:0.659574:25:5:0:13:25:6:2:14 chr6 32610134 . G A 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0339488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.997;QD=19.9285;RBI=0.0341108;REFB=-0.037382;REVB=-0.00332068;RO=9;SAF=1;SAR=11;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635485;STB=0.53652;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0156897;OID=.;OPOS=32610134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:11:1:1:8:11:1:1:8 chr6 32610148 . CTCTCTT CTCTCT,C 103.18 PASS AF=0.470588,0.470588;AO=5,6;DP=17;FAO=8,8;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=1,0;FSAR=7,8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.627115,-0.103172;FXX=0;HRUN=10,1;LEN=1,6;MLLD=5.25522,276.903;QD=24.2776;RBI=0.643156,0.103178;REFB=0.384919,0.0162556;REVB=0.142742,0.00113092;RO=0;SAF=0,0;SAR=5,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.533253,0.5;STBP=0.649,1;TYPE=del,del;VARB=-0.153086,0.0104426;OID=.,.;OPOS=32610153,32610149;OREF=T,TCTCTT;OALT=-,-;OMAPALT=CTCTCT,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.470588,0.470588:5,6:17:8,8:17:1:1,0:7,8:0:1:46:0:0,0:5,6:0:0 chr6 32610401 . G A 459.9 PASS AF=0.564103;AO=45;DP=79;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0134021;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.047;QD=23.5847;RBI=0.0134404;REFB=-0.00773295;REVB=0.00101327;RO=30;SAF=32;SAR=13;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1969;STB=0.626804;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0160118;OID=.;OPOS=32610401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:30:34:45:44:0.564103:13:32:14:16:11:33:17:17 chr6 32610403 . C A 453.76 PASS AF=0.54321;AO=44;DP=81;FAO=44;FDP=81;FR=.;FRO=37;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00802474;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.101;QD=22.4077;RBI=0.00929797;REFB=0.000966949;REVB=0.00469636;RO=37;SAF=31;SAR=13;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151478;STB=0.583764;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.000501987;OID=.;OPOS=32610403;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:37:37:44:44:0.54321:13:31:20:17:13:31:20:17 chr6 32610436 . T C 420.88 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0409461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.797;QD=20.5306;RBI=0.041269;REFB=-0.0434164;REVB=0.00515241;RO=39;SAF=29;SAR=13;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189569;STB=0.600327;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0494493;OID=.;OPOS=32610436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:40:42:42:0.512195:13:29:19:20:13:29:20:20 chr6 32610461 . A G 333.98 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0150394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.637;QD=18.0528;RBI=0.0191758;REFB=-0.0666933;REVB=0.0118966;RO=37;SAF=22;SAR=14;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139905;STB=0.571825;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0341413;OID=.;OPOS=32610461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:38:36:36:0.486486:14:22:17:20:14:22:18:20 chr6 32610478 . C G 294.83 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0264179;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.387;QD=17.343;RBI=0.0264179;REFB=-0.00958755;REVB=-1.35435e-05;RO=35;SAF=18;SAR=14;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984195;STB=0.54794;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00989194;OID=.;OPOS=32610478;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:35:36:32:32:0.470588:14:18:16:19:14:18:17:19 chr6 32610481 . T C 311.46 PASS AF=0.5;AO=34;DP=66;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0383787;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.151;QD=18.8765;RBI=0.0383866;REFB=0.011366;REVB=0.000778372;RO=31;SAF=19;SAR=15;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922356;STB=0.530368;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.00695451;OID=.;OPOS=32610481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:33:34:33:0.5:15:19:14:17:15:18:16:17 chr6 32610487 . C G 272.91 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0679249;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9611;QD=17.3278;RBI=0.0705076;REFB=-0.00571323;REVB=-0.0189085;RO=32;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905467;STB=0.543102;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00556243;OID=.;OPOS=32610487;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:33:30:30:0.47619:13:17:15:17:13:17:16:17 chr6 32610495 . A G 273.88 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.12406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3224;QD=17.6699;RBI=0.133165;REFB=0.0195456;REVB=-0.0483951;RO=32;SAF=16;SAR=14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594865;STB=0.533311;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.0254636;OID=.;OPOS=32610495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:14:16:15:17:14:16:15:17 chr6 32610535 . A C 63.13 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.059078;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.228;QD=9.71168;RBI=0.0625602;REFB=0.0132297;REVB=0.0205807;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363009;STB=0.802636;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.00127528;OID=.;OPOS=32610535;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:26:16:17:9:9:0.346154:6:3:11:5:7:2:12:5 chr6 32610695 . C T 350.66 PASS AF=0.763158;AO=28;DP=37;FAO=29;FDP=38;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0481726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.786;QD=36.9113;RBI=0.0492906;REFB=-0.00716651;REVB=0.0104383;RO=9;SAF=5;SAR=23;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176019;STB=0.598263;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00139224;OID=.;OPOS=32610695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:37:38:9:9:28:29:0.763158:23:5:4:5:24:5:4:5 chr6 32610704 . T C 362.92 PASS AF=0.783784;AO=29;DP=37;FAO=29;FDP=37;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00296534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.064;QD=39.2342;RBI=0.00320904;REFB=-0.0157811;REVB=0.00122666;RO=8;SAF=5;SAR=24;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195052;STB=0.60666;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00337787;OID=.;OPOS=32610704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:8:8:29:29:0.783784:24:5:4:4:24:5:4:4 chr6 32610718 . C T 303.71 PASS AF=0.806452;AO=25;DP=31;FAO=25;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00584159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.677;QD=39.1879;RBI=0.0129993;REFB=-0.00898779;REVB=0.0116128;RO=6;SAF=5;SAR=20;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149504;STB=0.581747;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00427551;OID=.;OPOS=32610718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:6:6:25:25:0.806452:20:5:3:3:20:5:3:3 chr6 32610736 . G A 208.31 PASS AF=0.714286;AO=19;DP=29;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0360033;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.744;QD=29.7588;RBI=0.0367929;REFB=-0.0427957;REVB=0.0075813;RO=7;SAF=4;SAR=15;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144283;STB=0.545407;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0147737;OID=.;OPOS=32610736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:29:28:7:8:19:20:0.714286:15:4:3:4:15:5:3:5 chr6 32610747 . G C 236.53 PASS AF=0.75;AO=21;DP=28;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0238986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.085;QD=33.7897;RBI=0.0243815;REFB=-0.0448396;REVB=0.00482856;RO=7;SAF=4;SAR=17;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155893;STB=0.586118;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00956926;OID=.;OPOS=32610747;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:7:7:21:21:0.75:17:4:3:4:17:4:3:4 chr6 32610751 . A G 221.08 PASS AF=0.740741;AO=20;DP=27;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0416473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.437;QD=32.7533;RBI=0.0462732;REFB=0.00155503;REVB=0.020167;RO=7;SAF=4;SAR=16;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150406;STB=0.583243;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.0008392;OID=.;OPOS=32610751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:7:7:20:20:0.740741:16:4:3:4:16:4:3:4 chr6 32610757 . A G 147.64 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0410959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.628;QD=26.8438;RBI=0.0458269;REFB=-0.0125695;REVB=-0.020279;RO=6;SAF=3;SAR=12;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205008;STB=0.650939;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00451915;OID=.;OPOS=32610757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:6:7:15:15:0.681818:12:3:3:3:12:3:4:3 chr6 32610769 . A C 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0122209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.262;QD=27.1542;RBI=0.0138457;REFB=-0.0292427;REVB=0.00650778;RO=6;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131226;STB=0.57366;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0092763;OID=.;OPOS=32610769;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:10:4:3:3:10:4:3:3 chr6 32627967 . A G 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0224479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.522;QD=12.3965;RBI=0.0273044;REFB=0.00351248;REVB=-0.0155443;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471002;STB=0.776909;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.00269205;OID=.;OPOS=32627967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:5:0:3:2:5:0 chr6 32627969 . C T 30.26 PASS AF=0.5;AO=4;DP=9;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0225587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.361;QD=12.1042;RBI=0.285924;REFB=-0.0213264;REVB=0.285033;RO=5;SAF=2;SAR=2;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467015;STB=0.776909;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0293723;OID=.;OPOS=32627969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:9:10:5:5:4:5:0.5:2:2:5:0:3:2:5:0 chr6 32627991 . CT C,CC,TT 153.51 PASS AF=0.142857,0.214286,0.642857;AO=2,3,8;DP=14;FAO=2,3,9;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2,9;FSAR=2,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202415,-0.0160267,-0.0339676;FXX=0;HRUN=1,1,2;LEN=1,1,1;MLLD=126.805,140.453,35.27;QD=43.8596;RBI=0.10741,0.0697621,0.0745718;REFB=0,0,0;REVB=0.105486,-0.0678962,0.0663864;RO=0;SAF=0,2,8;SAR=2,1,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0556263,0.0167926,-0.00703495;OID=.,.,.;OPOS=32627992,32627992,32627991;OREF=T,T,C;OALT=-,C,T;OMAPALT=C,CC,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:17:14:14:0:0:2,3,8:2,3,9:0.142857,0.214286,0.642857:2,1,0:0,2,8:0:0:2,1,0:0,2,9:0:0 chr6 32627996 . TAAAAT TAAAAC,TAAAT 84.84 PASS AF=0.666667,0.166667;AO=7,2;DP=12;FAO=8,2;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=8,0;FSAR=0,2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0155655,0.0662144;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=1,1;MLLD=66.8272,12.1678;QD=28.2807;RBI=0.199415,0.127839;REFB=-0.0540322,-0.134075;REVB=-0.198806,0.109355;RO=2;SAF=7,0;SAR=0,2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.727176;STB=0.5,0.994977;STBP=1,0.131;TYPE=snp,del;VARB=0.0345084,0.109614;OID=.,.;OPOS=32628001,32627997;OREF=T,A;OALT=C,-;OMAPALT=TAAAAC,TAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.666667,0.166667:7,2:12:8,2:12:2:8,0:0,2:2:0:12:2:7,0:0,2:2:0 chr6 32628057 . CA TT 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0225306;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=98.6655;QD=24.3281;RBI=0.0335009;REFB=-0.0366511;REVB=-0.0247928;RO=2;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174483;STB=0.599732;STBP=0.37;TYPE=mnp;VARB=0.0146663;OID=.;OPOS=32628057;OREF=CA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:4:3:0:2:4:3:0:2 chr6 32628605 . T C 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0101517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.756;QD=6.57359;RBI=0.0125531;REFB=-0.00397431;REVB=0.00738403;RO=16;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.560302;STB=0.85603;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0202168;OID=.;OPOS=32628605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:5:1:11:5:5:1:11:5 chr6 32628617 . A C 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00314571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.116;QD=6.92899;RBI=0.0160095;REFB=-0.00663807;REVB=0.0156975;RO=14;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521733;STB=0.845038;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.016031;OID=.;OPOS=32628617;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:14:15:6:6:0.285714:5:1:9:5:5:1:10:5 chr6 32628633 . T C 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0422919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.287;QD=8.24633;RBI=0.0423619;REFB=0.00799123;REVB=0.00243493;RO=15;SAF=1;SAR=6;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.570552;STB=0.856123;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00612152;OID=.;OPOS=32628633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:6:1:10:5:6:1:10:5 chr6 32629137 . T G 324.24 PASS AF=0.83871;AO=25;DP=31;FAO=26;FDP=31;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.029846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.567;QD=41.8377;RBI=0.0303934;REFB=-0.00977098;REVB=-0.00574254;RO=5;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159091;STB=0.586142;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00141318;OID=.;OPOS=32629137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:31:31:5:5:25:26:0.83871:12:13:0:5:12:14:0:5 chr6 32629141 . C T 309.65 PASS AF=0.8125;AO=25;DP=31;FAO=26;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0131068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.417;QD=38.7067;RBI=0.0245038;REFB=-0.0883088;REVB=-0.0207038;RO=5;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18421;STB=0.607061;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00342346;OID=.;OPOS=32629141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:31:32:5:6:25:26:0.8125:10:15:0:5:11:15:0:6 chr6 32629146 . G A 340.94 PASS AF=0.84375;AO=27;DP=32;FAO=27;FDP=32;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0605404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7189;QD=42.6179;RBI=0.0611875;REFB=-0.0165771;REVB=0.0088751;RO=5;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159355;STB=0.586144;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00227415;OID=.;OPOS=32629146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:32:32:5:5:27:27:0.84375:12:15:0:5:12:15:0:5 chr6 32629161 . A G 223.96 PASS AF=0.769231;AO=20;DP=26;FAO=20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.00552016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.97;QD=34.4554;RBI=0.0181067;REFB=-0.0313481;REVB=0.0172448;RO=5;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183229;STB=0.576848;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00883529;OID=.;OPOS=32629161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:5:6:20:20:0.769231:10:10:0:5:10:10:1:5 chr6 32629193 . C T 227.25 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0226686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.941;QD=28.4064;RBI=0.0236674;REFB=-0.0231049;REVB=0.00680297;RO=11;SAF=15;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120634;STB=0.566944;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0152873;OID=.;OPOS=32629193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:32:32:11:11:21:21:0.65625:6:15:6:5:6:15:6:5 chr6 32629755 . G A 230.76 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0322891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.482;QD=38.4597;RBI=0.0438385;REFB=0.00475596;REVB=0.0296519;RO=4;SAF=18;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257245;STB=0.642686;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.000645445;OID=.;OPOS=32629755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:24:24:4:4:20:20:0.833333:2:18:2:2:2:18:2:2 chr6 32629764 . C T 267.4 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0019497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.267;QD=42.7835;RBI=0.0312927;REFB=0.00766976;REVB=0.0312319;RO=3;SAF=16;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167209;STB=0.509083;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.00120702;OID=.;OPOS=32629764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:3:3:22:22:0.88:6:16:2:1:6:16:2:1 chr6 32629802 . A G 670.64 PASS AF=0.918367;AO=44;DP=48;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00951266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.229;QD=54.7461;RBI=0.0386037;REFB=0.0101857;REVB=0.0374133;RO=4;SAF=24;SAR=20;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714936;STB=0.504585;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.000525828;OID=.;OPOS=32629802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:48:49:4:4:44:45:0.918367:20:24:2:2:20:25:2:2 chr6 32629847 . A G 811.29 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00581606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2483;QD=55.0027;RBI=0.0286336;REFB=-0.0509005;REVB=-0.0280367;RO=1;SAF=33;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184944;STB=0.509801;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000953339;OID=.;OPOS=32629847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:25:33:0:1:25:33:0:1 chr6 32629859 . A G 902.5 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.406;QD=58.226;RBI=0.0227142;REFB=0;REVB=0.01387;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.00481e-05;OID=.;OPOS=32629859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:60:62:1:27:33:0:0:27:35:0:0 chr6 32629889 . G A 651.8 PASS AF=0.83871;AO=52;DP=62;FAO=52;FDP=62;FR=.;FRO=10;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00351446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.452;QD=42.0518;RBI=0.0398925;REFB=0.00526798;REVB=0.0397374;RO=10;SAF=26;SAR=26;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00062131;OID=.;OPOS=32629889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:62:62:10:10:52:52:0.83871:26:26:5:5:26:26:5:5 chr6 32629891 . C T 631.0 PASS AF=0.822581;AO=53;DP=61;FAO=51;FDP=62;FR=.;FRO=11;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0167429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4687;QD=40.7096;RBI=0.0191988;REFB=-0.0257734;REVB=0.00939509;RO=8;SAF=27;SAR=26;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033024;STB=0.5098;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0124941;OID=.;OPOS=32629891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:61:62:8:11:53:51:0.822581:26:27:3:5:26:25:6:5 chr6 32629904 . A G 636.17 PASS AF=0.862069;AO=49;DP=57;FAO=50;FDP=58;FR=.;FRO=8;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0593526;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.689;QD=43.8738;RBI=0.0599349;REFB=-0.0340203;REVB=-0.00833387;RO=8;SAF=24;SAR=25;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030173;STB=0.517234;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00566373;OID=.;OPOS=32629904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:57:58:8:8:49:50:0.862069:25:24:3:5:25:25:3:5 chr6 32629935 . C G 736.78 PASS AF=0.890625;AO=54;DP=61;FAO=57;FDP=64;FR=.;FRO=7;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0522129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8795;QD=46.049;RBI=0.0567093;REFB=-0.0216186;REVB=-0.0221305;RO=7;SAF=22;SAR=32;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027282;STB=0.515249;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0210655;OID=.;OPOS=32629935;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:61:64:7:7:54:57:0.890625:32:22:2:5:33:24:2:5 chr6 32629955 . C T 704.59 PASS AF=0.913793;AO=53;DP=60;FAO=53;FDP=58;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00247665;FXX=0.0333278;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.292;QD=48.5926;RBI=0.0365794;REFB=0.0150145;REVB=0.0364954;RO=5;SAF=19;SAR=34;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281484;STB=0.514973;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.00108169;OID=.;OPOS=32629955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:60:58:5:5:53:53:0.913793:34:19:1:4:34:19:1:4 chr6 32632587 . A G 32.39 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0408779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1009;QD=16.1972;RBI=0.0424856;REFB=-0.0615016;REVB=-0.0115769;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165639;STB=0.599599;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0492069;OID=.;OPOS=32632587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:2:1:3:2:2:1 chr6 32632598 . A T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.029246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.761;QD=14.0438;RBI=0.0333426;REFB=-0.0548114;REVB=0.0160124;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251123;STB=0.651584;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0785527;OID=.;OPOS=32632598;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:3:1:3:2:3:1 chr6 32632601 . G T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0429275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.348;QD=12.3961;RBI=0.0482763;REFB=-0.0446483;REVB=0.0220868;RO=4;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425125;STB=0.726279;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00859825;OID=.;OPOS=32632601;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:4:5:5:5:0.5:1:4:1:3:1:4:2:3 chr6 32632605 . C A 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.033038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6928;QD=12.3957;RBI=0.037111;REFB=-0.0250678;REVB=-0.0169032;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363118;STB=0.726279;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0246491;OID=.;OPOS=32632605;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:1:4:2:3:1:4:2:3 chr6 32632608 . C G 31.06 PASS AF=0.5;AO=4;DP=9;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0374027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.665;QD=12.4255;RBI=0.0853686;REFB=0.00613187;REVB=0.0767387;RO=5;SAF=4;SAR=0;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.732272;STB=0.726279;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00205927;OID=.;OPOS=32632608;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:9:10:5:5:4:5:0.5:0:4:2:3:1:4:2:3 chr6 32632650 . C T 510.32 PASS AF=0.923077;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00486738;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.192;QD=52.3404;RBI=0.0237708;REFB=-0.0224091;REVB=0.0232671;RO=3;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0510111;STB=0.527258;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00370302;OID=.;OPOS=32632650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:39:39:3:3:36:36:0.923077:26:10:0:3:26:10:0:3 chr6 32632687 . ATC GCT,GTC 638.2 PASS AF=0.047619,0.952381;AO=2,40;DP=42;FAO=2,40;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=1,8;FSAR=1,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.046078,-0.033611;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=59.7916,148.116;QD=60.7805;RBI=0.0467708,0.034031;REFB=0,0;REVB=0.00802085,0.00532966;RO=0;SAF=1,8;SAR=1,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0370674,-0.00304774;OID=.,.;OPOS=32632687,32632687;OREF=ATC,A;OALT=GCT,G;OMAPALT=GCT,GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:42:42:0:0:2,40:2,40:0.047619,0.952381:1,32:1,8:0:0:1,32:1,8:0:0 chr6 32632694 . C G 565.22 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0186893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2864;QD=53.8307;RBI=0.0704767;REFB=0.0187211;REVB=0.0679535;RO=3;SAF=8;SAR=31;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258085;STB=0.513805;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=-0.00163336;OID=.;OPOS=32632694;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:42:3:3:39:39:0.928571:31:8:1:2:31:8:1:2 chr6 32632700 . T A 648.03 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00535925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.354;QD=57.603;RBI=0.0205193;REFB=-0.0260375;REVB=0.019807;RO=2;SAF=9;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357564;STB=0.519075;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.00091334;OID=.;OPOS=32632700;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:45:2:2:43:43:0.955556:34:9:1:1:34:9:1:1 chr6 32632714 . G C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229;QD=57.1775;RBI=0.0106067;REFB=0;REVB=-0.00320774;RO=0;SAF=13;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.16767e-05;OID=.;OPOS=32632714;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:38:13:0:0:38:13:0:0 chr6 32632717 . G A 657.38 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00378472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.773;QD=50.568;RBI=0.0308853;REFB=0.0734927;REVB=0.0306525;RO=3;SAF=14;SAR=35;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00630344;STB=0.503354;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.000654299;OID=.;OPOS=32632717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:3:3:49:49:0.942308:35:14:1:2:35:14:1:2 chr6 32632744 . C T 682.99 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0661659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.178;QD=52.538;RBI=0.0662049;REFB=-0.00995076;REVB=0.00227198;RO=1;SAF=15;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303442;STB=0.509087;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.000455625;OID=.;OPOS=32632744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:1:2:50:50:0.961538:35:15:1:0:35:15:1:1 chr6 32632832 . A T 279.61 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00218837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.218;QD=48.628;RBI=0.0101643;REFB=-0.0994631;REVB=0.00992596;RO=1;SAF=10;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439896;STB=0.523788;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00200663;OID=.;OPOS=32632832;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:1:1:22:22:0.956522:12:10:1:0:12:10:1:0 chr6 32634300 . GTAG CCGG,GTGA 282.77 PASS AF=0.772727,0.227273;AO=15,5;DP=21;FAO=17,5;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10,2;FSAR=7,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130903,0.0170897;FXX=0.0434594;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=248.229,72.4258;QD=51.4118;RBI=0.0131682,0.0648856;REFB=0,0;REVB=-0.00143015,-0.0625946;RO=0;SAF=10,2;SAR=5,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00452061,0.0346314;OID=.,.;OPOS=32634300,32634302;OREF=GTA,AG;OALT=CCG,GA;OMAPALT=CCGG,GTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:21:22:0:0:15,5:17,5:0.772727,0.227273:5,3:10,2:0:0:7,3:10,2:0:0 chr6 32634306 . A T 211.64 PASS AF=0.791667;AO=19;DP=24;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0328488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9751;QD=35.2727;RBI=0.0804447;REFB=-0.0173343;REVB=0.0734323;RO=5;SAF=11;SAR=8;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687825;STB=0.537738;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0093532;OID=.;OPOS=32634306;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:24:24:5:5:19:19:0.791667:8:11:2:3:8:11:2:3 chr6 32634313 . C G 35.53 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0500194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.06;QD=5.68407;RBI=0.056421;REFB=-0.0046992;REVB=-0.0261036;RO=19;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280568;STB=0.683606;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0257203;OID=.;OPOS=32634313;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:4:2:11:8:4:2:11:8 chr6 32634331 . G C 205.9 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00287831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.885;QD=31.6772;RBI=0.0475912;REFB=0.0219716;REVB=-0.0475041;RO=7;SAF=11;SAR=8;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143169;STB=0.578864;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00844831;OID=.;OPOS=32634331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:19:19:0.730769:8:11:2:5:8:11:2:5 chr6 32634350 . T C 178.63 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0930197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.192;QD=31.0663;RBI=0.0935749;REFB=-0.0353197;REVB=0.0101782;RO=6;SAF=9;SAR=8;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170133;STB=0.593801;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0147451;OID=.;OPOS=32634350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:17:17:0.73913:8:9:1:5:8:9:1:5 chr6 32634355 . G A 181.34 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00119363;FXX=0.0434594;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.537;QD=32.9708;RBI=0.016054;REFB=-0.0270795;REVB=0.0160096;RO=5;SAF=8;SAR=9;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0292344;STB=0.51611;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00846302;OID=.;OPOS=32634355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:22:22:5:5:17:17:0.772727:9:8:2:3:9:8:2:3 chr6 32634387 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0074436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.409;QD=51.1845;RBI=0.0166097;REFB=0;REVB=-0.0148484;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170148;OID=.;OPOS=32634387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr6 32636040 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00998906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9168;QD=35.5758;RBI=0.0322642;REFB=0;REVB=0.0306789;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000911747;OID=.;OPOS=32636040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr6 32636073 . A G 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0572986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.153;QD=16.1989;RBI=0.0854615;REFB=-0.0547783;REVB=0.0634076;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0160996;OID=.;OPOS=32636073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:2:1:2:3:2:1 chr6 32636093 . G A 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00758408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=325.675;QD=18.7442;RBI=0.0180628;REFB=0.00712019;REVB=0.0163935;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275654;STB=0.516083;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.00285161;OID=.;OPOS=32636093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:2:5:3:1:2:5:3:1 chr6 32636184 . C T 54.96 PASS AF=0.421053;AO=6;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00170955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.02;QD=11.5708;RBI=0.0729873;REFB=-0.0100394;REVB=0.0729673;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539613;STB=0.599747;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0180454;OID=.;OPOS=32636184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:19:19:9:11:6:8:0.421053:3:3:4:5:5:3:6:5 chr6 32636217 . G A 215.6 PASS AF=0.689655;AO=19;DP=28;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0187753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.816;QD=29.7384;RBI=0.0281227;REFB=-0.00404601;REVB=0.0209374;RO=9;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170336;STB=0.517224;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00150809;OID=.;OPOS=32636217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:29:9:9:19:20:0.689655:9:10:5:4:10:10:5:4 chr6 32636221 . T G 203.97 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00246635;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9039;QD=29.1382;RBI=0.016704;REFB=0.0292966;REVB=-0.0165209;RO=9;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170336;STB=0.509424;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=-0.0191958;OID=.;OPOS=32636221;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:29:28:9:9:19:19:0.678571:9:10:5:4:9:10:5:4 chr6 32636364 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3802;QD=49.5989;RBI=0.0603576;REFB=0;REVB=-0.00340863;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000981279;OID=.;OPOS=32636364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr6 32636385 . A T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8098;QD=40.7626;RBI=0.0556021;REFB=0;REVB=-0.0530788;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00468702;OID=.;OPOS=32636385;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr6 32636434 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00658261;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=315.855;QD=40.7629;RBI=0.00687063;REFB=0;REVB=0.00196846;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.97388e-05;OID=.;OPOS=32636434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr6 32636443 . A C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00963204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.875;QD=40.7629;RBI=0.00963471;REFB=0;REVB=0.000226817;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000209115;OID=.;OPOS=32636443;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr6 32709309 . A G 1156.93 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162084;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.128;QD=60.8909;RBI=0.0301889;REFB=0;REVB=0.0254688;RO=0;SAF=29;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10344e-05;OID=.;OPOS=32709309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:47:29:0:0:47:29:0:0 chr6 32713030 . T C 4977.29 PASS AF=0.984663;AO=319;DP=328;FAO=321;FDP=326;FR=.;FRO=5;FSAF=164;FSAR=157;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00633235;FXX=0.00911826;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.129;QD=61.071;RBI=0.0113141;REFB=-0.0401918;REVB=0.00937607;RO=5;SAF=164;SAR=155;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00842265;STB=0.504437;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.000312183;OID=.;OPOS=32713030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:328:326:5:5:319:321:0.984663:155:164:4:1:157:164:4:1 chr6 32713784 . C A 453.95 PASS AF=0.241259;AO=69;DP=287;FAO=69;FDP=286;FR=.;FRO=217;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=142;FSRR=75;FWDB=-0.00865457;FXX=0.0034842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.064;QD=6.34896;RBI=0.0160812;REFB=-0.0174698;REVB=-0.0135537;RO=217;SAF=31;SAR=38;SRF=142;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256634;STB=0.652335;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0456825;OID=.;OPOS=32713784;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:286:217:217:69:69:0.241259:38:31:142:75:38:31:142:75 chr6 32713827 . C T 303.3 PASS AF=0.2;AO=53;DP=265;FAO=53;FDP=265;FR=.;FRO=212;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=131;FSRR=81;FWDB=-0.00890816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.313;QD=4.57816;RBI=0.00920975;REFB=-0.0052996;REVB=-0.00233754;RO=211;SAF=22;SAR=31;SRF=130;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254601;STB=0.658053;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0123045;OID=.;OPOS=32713827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:265:211:212:53:53:0.2:31:22:130:81:31:22:131:81 chr6 32714091 . A G 63.9 PASS AF=0.0869565;AO=23;DP=254;FAO=22;FDP=253;FR=.;FRO=231;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=122;FSRR=109;FWDB=-0.0292609;FXX=0.00393685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3002;QD=1.01021;RBI=0.0837312;REFB=-0.0212229;REVB=-0.078452;RO=229;SAF=19;SAR=4;SRF=121;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371955;STB=0.833856;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0371077;OID=.;OPOS=32714091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:254:253:229:231:23:22:0.0869565:4:19:121:108:3:19:122:109 chr6 32714108 . C G 62.19 PASS AF=0.0857143;AO=20;DP=246;FAO=21;FDP=245;FR=.;FRO=224;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=119;FSRR=105;FWDB=0.00326935;FXX=0.0160636;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.862;QD=1.01538;RBI=0.00542171;REFB=-0.00215916;REVB=-0.00432508;RO=226;SAF=18;SAR=2;SRF=121;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450853;STB=0.825144;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0285302;OID=.;OPOS=32714108;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:246:245:226:224:20:21:0.0857143:2:18:121:105:3:18:119:105 chr6 32714111 . T C 69.56 PASS AF=0.0901639;AO=21;DP=243;FAO=22;FDP=244;FR=.;FRO=222;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=117;FSRR=105;FWDB=-0.0106442;FXX=0.00408147;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0198;QD=1.14035;RBI=0.0124529;REFB=-0.00153689;REVB=0.00646332;RO=221;SAF=18;SAR=3;SRF=117;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406455;STB=0.783899;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00767713;OID=.;OPOS=32714111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:243:244:221:222:21:22:0.0901639:3:18:117:104:4:18:117:105 chr6 32714117 . C G 75.92 PASS AF=0.0950413;AO=23;DP=243;FAO=23;FDP=242;FR=.;FRO=219;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=114;FSRR=105;FWDB=-0.0271531;FXX=0.00411506;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9686;QD=1.25493;RBI=0.0348323;REFB=0.00169376;REVB=0.0218173;RO=217;SAF=18;SAR=5;SRF=112;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33021;STB=0.749773;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0198885;OID=.;OPOS=32714117;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:243:242:217:219:23:23:0.0950413:5:18:112:105:5:18:114:105 chr6 32714125 . A G 89.95 PASS AF=0.105042;AO=25;DP=234;FAO=25;FDP=238;FR=.;FRO=213;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=109;FSRR=104;FWDB=-0.0632124;FXX=0.00833299;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9166;QD=1.51169;RBI=0.0673609;REFB=-0.0035776;REVB=-0.023274;RO=207;SAF=19;SAR=6;SRF=106;SRR=101;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313427;STB=0.731089;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0289543;OID=.;OPOS=32714125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:234:238:207:213:25:25:0.105042:6:19:106:101:6:19:109:104 chr6 32714143 . G A 46.59 PASS AF=0.0792079;AO=16;DP=202;FAO=16;FDP=202;FR=.;FRO=186;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=100;FSRR=86;FWDB=-0.0772769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.112;QD=0.922638;RBI=0.0772801;REFB=-0.0019506;REVB=-0.00070319;RO=186;SAF=9;SAR=7;SRF=100;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284205;STB=0.523096;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.037358;OID=.;OPOS=32714143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:202:202:186:186:16:16:0.0792079:7:9:100:86:7:9:100:86 chr6 32714164 . T C 104.79 PASS AF=0.136095;AO=24;DP=173;FAO=23;FDP=169;FR=.;FRO=146;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=71;FSRR=75;FWDB=-0.0132399;FXX=0.028734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.483;QD=2.48012;RBI=0.014428;REFB=-0.0039531;REVB=-0.00573351;RO=149;SAF=17;SAR=7;SRF=74;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27231;STB=0.682817;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0302878;OID=.;OPOS=32714164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:169:149:146:24:23:0.136095:7:17:74:75:7:16:71:75 chr6 32714168 . A G 113.7 PASS AF=0.146341;AO=24;DP=164;FAO=24;FDP=164;FR=.;FRO=140;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=69;FSRR=71;FWDB=0.000597202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0534;QD=2.77327;RBI=0.00140265;REFB=-0.00123152;REVB=-0.00126917;RO=136;SAF=17;SAR=7;SRF=66;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287034;STB=0.6876;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00437187;OID=.;OPOS=32714168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:136:140:24:24:0.146341:7:17:66:70:7:17:69:71 chr6 32724258 . C T 975.96 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416839;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.855;QD=59.1493;RBI=0.041684;REFB=0;REVB=-0.000106132;RO=0;SAF=23;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113682;OID=.;OPOS=32724258;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:43:23:0:0:43:23:0:0 chr6 32725062 . T A 960.54 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337697;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.041;QD=59.1105;RBI=0.0639011;REFB=0;REVB=0.0542491;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98856e-05;OID=.;OPOS=32725062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:64:65:1:27:37:0:0:27:38:0:0 chr6 32725559 . C T 81.17 PASS AF=0.148148;AO=16;DP=108;FAO=16;FDP=108;FR=.;FRO=92;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=52;FWDB=-0.00858439;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.705;QD=3.00628;RBI=0.023591;REFB=-0.00791108;REVB=-0.0219737;RO=92;SAF=7;SAR=9;SRF=40;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00346683;STB=0.50235;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0393124;OID=.;OPOS=32725559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:108:108:92:92:16:16:0.148148:9:7:40:52:9:7:40:52 chr6 32725567 . C T 84.35 PASS AF=0.149123;AO=17;DP=114;FAO=17;FDP=114;FR=.;FRO=97;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=42;FSRR=55;FWDB=-0.00131712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.452;QD=2.95949;RBI=0.0215398;REFB=-0.00400587;REVB=0.0214995;RO=89;SAF=7;SAR=10;SRF=42;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767462;STB=0.518497;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.019523;OID=.;OPOS=32725567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:114:114:89:97:17:17:0.149123:10:7:42:47:10:7:42:55 chr6 32725572 . G A 73.76 PASS AF=0.133333;AO=16;DP=121;FAO=16;FDP=120;FR=.;FRO=104;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=43;FSRR=61;FWDB=-0.0263881;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.158;QD=2.45875;RBI=0.0284282;REFB=-4.73162e-05;REVB=0.0105749;RO=103;SAF=6;SAR=10;SRF=41;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302564;STB=0.53489;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.00200609;OID=.;OPOS=32725572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:121:120:103:104:16:16:0.133333:10:6:41:62:10:6:43:61 chr6 32725619 . TG CA 1409.56 PASS AF=0.84;AO=104;DP=126;FAO=105;FDP=125;FR=.;FRO=20;FSAF=47;FSAR=58;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0370041;FXX=0.0310053;HRUN=1;LEN=2;MLLD=134.771;QD=45.1061;RBI=0.0384725;REFB=-0.0231595;REVB=-0.0105275;RO=19;SAF=47;SAR=57;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00907667;STB=0.500385;STBP=0.999;TYPE=mnp;VARB=0.00800487;OID=.;OPOS=32725619;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:19:20:104:105:0.84:57:47:8:11:58:47:9:11 chr6 32725625 . T C 1486.73 PASS AF=0.822222;AO=109;DP=134;FAO=111;FDP=135;FR=.;FRO=24;FSAF=52;FSAR=59;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0106383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.753;QD=44.0513;RBI=0.0136901;REFB=0.00415938;REVB=0.0086166;RO=24;SAF=52;SAR=57;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347923;STB=0.516715;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=-0.00106319;OID=.;OPOS=32725625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:24:24:109:111:0.822222:57:52:9:15:59:52:9:15 chr6 32726803 . C T 2732.12 PASS AF=0.901869;AO=193;DP=216;FAO=193;FDP=214;FR=.;FRO=21;FSAF=93;FSAR=100;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00235372;FXX=0.00925883;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.211;QD=51.0677;RBI=0.024382;REFB=0.0237218;REVB=0.0242682;RO=21;SAF=93;SAR=100;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036607;STB=0.519299;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00110556;OID=.;OPOS=32726803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:216:214:21:21:193:193:0.901869:100:93:6:15:100:93:6:15 chr6 32726838 . C T 3152.28 PASS AF=1;AO=204;DP=205;FAO=204;FDP=204;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316248;FXX=0.00487781;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.257;QD=61.8094;RBI=0.0461725;REFB=0;REVB=0.0336418;RO=0;SAF=93;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70345e-06;OID=.;OPOS=32726838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:205:204:0:0:204:204:1:111:93:0:0:111:93:0:0 chr6 32729459 . C T 1883.65 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482624;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.436;QD=61.759;RBI=0.0483792;REFB=0;REVB=0.00335983;RO=0;SAF=49;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.59211e-05;OID=.;OPOS=32729459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:122:0:0:122:122:1:73:49:0:0:73:49:0:0 chr6 32729642 . G C 2404.49 PASS AF=1;AO=148;DP=148;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00460905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.095;QD=64.1197;RBI=0.0250435;REFB=0;REVB=0.0246158;RO=0;SAF=82;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.79046e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10152e-05;OID=.;OPOS=32729642;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:150:0:0:148:150:1:66:82:0:0:67:83:0:0 chr6 32800412 . C T 1896.34 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.314;QD=61.6696;RBI=0.0921363;REFB=0;REVB=0.0733454;RO=0;SAF=78;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283836;OID=.;OPOS=32800412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:45:78:0:0:45:78:0:0 chr6 32825090 . G A 1294.35 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0124357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4101;QD=60.2024;RBI=0.0514959;REFB=-0.0589645;REVB=0.0499718;RO=1;SAF=27;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00809884;STB=0.504273;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00116214;OID=.;OPOS=32825090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:58:27:0:1:58:27:0:1 chr6 32844922 . G A 609.88 PASS AF=0.953488;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0106097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8022;QD=56.7327;RBI=0.0830228;REFB=0.0174713;REVB=-0.0823421;RO=2;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374922;STB=0.51999;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.00229676;OID=.;OPOS=32844922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:43:2:2:40:41:0.953488:24:16:0:2:24:17:0:2 chr6 32904981 . G A 2083.79 PASS AF=0.872832;AO=150;DP=173;FAO=151;FDP=173;FR=.;FRO=22;FSAF=75;FSAR=76;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00292393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.827;QD=48.18;RBI=0.0153349;REFB=-0.0318686;REVB=0.0150536;RO=22;SAF=75;SAR=75;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549846;STB=0.529309;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00325017;OID=.;OPOS=32904981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:173:173:22:22:150:151:0.872832:75:75:16:6:76:75:16:6 chr6 32939894 . G T 243.08 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110343;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.885;QD=51.1749;RBI=0.110892;REFB=0;REVB=0.0110208;RO=0;SAF=1;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303463;OID=.;OPOS=32939894;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:18:1:0:0:18:1:0:0 chr6 32942302 . G A 703.92 PASS AF=0.763158;AO=56;DP=74;FAO=58;FDP=76;FR=.;FRO=18;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0270297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.416;QD=37.0482;RBI=0.0291967;REFB=-0.033283;REVB=0.0110381;RO=18;SAF=21;SAR=35;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332212;STB=0.511788;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00887128;OID=.;OPOS=32942302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:18:18:56:58:0.763158:35:21:8:10:35:23:8:10 chr6 32946133 . T C 2389.41 PASS AF=0.871134;AO=168;DP=193;FAO=169;FDP=194;FR=.;FRO=25;FSAF=64;FSAR=105;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00395581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.934;QD=49.2662;RBI=0.0210349;REFB=-0.00227441;REVB=0.0206596;RO=25;SAF=63;SAR=105;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0272414;STB=0.513776;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000353148;OID=.;OPOS=32946133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:194:25:25:168:169:0.871134:105:63:12:13:105:64:12:13 chr6 32948607 . C CT,T 404.53 PASS AF=0.0689655,0.931034;AO=5,23;DP=30;FAO=2,27;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=2,16;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00670615,0.0077931;FXX=0.0333222;HRUN=0,9;LEN=1,1;MLLD=228.633,232.74;QD=55.7973;RBI=0.0117542,0.0125875;REFB=0,0;REVB=0.00965341,0.00988493;RO=1;SAF=5,12;SAR=0,11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0370176;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00765669,-0.00140749;OID=.,.;OPOS=32948608,32948607;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:30:29:1:0:5,23:2,27:0.0689655,0.931034:0,11:5,12:1:0:0,11:2,16:0:0 chr6 32948804 . C T 1540.22 PASS AF=1;AO=100;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7731;QD=59.8145;RBI=0.0306535;REFB=0;REVB=0.00989141;RO=0;SAF=56;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.24719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013788;OID=.;OPOS=32948804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:100:103:1:44:56:0:0:45:58:0:0 chr6 32975014 . T C 1067.98 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298097;FXX=0.0273935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1762;QD=60.1679;RBI=0.0380674;REFB=0;REVB=0.023675;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000546241;OID=.;OPOS=32975014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr6 32975257 . C T 2529.58 PASS AF=0.993976;AO=164;DP=165;FAO=165;FDP=166;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0507866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3244;QD=60.9538;RBI=0.0520228;REFB=-0.0655892;REVB=0.0112733;RO=1;SAF=72;SAR=92;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00514463;STB=0.502702;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000737309;OID=.;OPOS=32975257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:165:166:1:1:164:165:0.993976:92:72:0:1:92:73:0:1 chr6 33036505 . G C 753.77 PASS AF=0.830986;AO=58;DP=71;FAO=59;FDP=71;FR=.;FRO=12;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00885748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.28;QD=42.4659;RBI=0.0521579;REFB=-0.0106241;REVB=0.0514004;RO=12;SAF=24;SAR=34;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547481;STB=0.53033;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00105951;OID=.;OPOS=33036505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:71:71:12:12:58:59:0.830986:34:24:3:9:34:25:3:9 chr6 33036853 . A C 1430.5 PASS AF=0.818182;AO=106;DP=130;FAO=108;FDP=132;FR=.;FRO=24;FSAF=46;FSAR=62;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00878722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3748;QD=43.3484;RBI=0.00890288;REFB=-0.0512006;REVB=-0.0014304;RO=23;SAF=46;SAR=60;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445209;STB=0.529005;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0118583;OID=.;OPOS=33036853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:23:24:106:108:0.818182:60:46:13:10:62:46:14:10 chr6 33036951 . A G 1202.29 PASS AF=0.830357;AO=91;DP=111;FAO=93;FDP=112;FR=.;FRO=19;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=1.23812e-05;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.556;QD=42.9389;RBI=0.00559671;REFB=-0.0153931;REVB=-0.0055967;RO=18;SAF=45;SAR=46;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328231;STB=0.52322;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00407677;OID=.;OPOS=33036951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:18:19:91:93:0.830357:46:45:7:11:46:47:7:12 chr6 33036959 . G A 1092.97 PASS AF=0.819048;AO=84;DP=106;FAO=86;FDP=105;FR=.;FRO=19;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0163226;FXX=0.0366939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.132;QD=41.6369;RBI=0.0164745;REFB=-0.0168589;REVB=-0.00223203;RO=19;SAF=42;SAR=42;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455702;STB=0.523804;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00263561;OID=.;OPOS=33036959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:19:19:84:86:0.819048:42:42:7:12:43:43:7:12 chr6 33036971 . C T 1127.73 PASS AF=0.809091;AO=89;DP=110;FAO=89;FDP=110;FR=.;FRO=21;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0513627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.446;QD=41.0083;RBI=0.0539483;REFB=-0.0304077;REVB=-0.0165012;RO=21;SAF=44;SAR=45;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235981;STB=0.512566;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0100296;OID=.;OPOS=33036971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:21:21:89:89:0.809091:45:44:9:12:45:44:9:12 chr6 33036977 . G A 1058.85 PASS AF=0.821782;AO=82;DP=100;FAO=83;FDP=101;FR=.;FRO=18;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0221232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.121;QD=41.9345;RBI=0.0339178;REFB=-0.0278571;REVB=0.0257095;RO=17;SAF=39;SAR=43;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206659;STB=0.504551;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00715204;OID=.;OPOS=33036977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:17:18:82:83:0.821782:43:39:7:10:44:39:8:10 chr6 33036999 . T C 1007.91 PASS AF=0.783505;AO=75;DP=96;FAO=76;FDP=97;FR=.;FRO=21;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0475588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2541;QD=41.5634;RBI=0.0505728;REFB=-0.0368512;REVB=0.0171977;RO=21;SAF=32;SAR=43;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059958;STB=0.533031;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0170107;OID=.;OPOS=33036999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:21:21:75:76:0.783505:43:32:12:9:44:32:12:9 chr6 33037061 . G C 879.51 PASS AF=0.890411;AO=64;DP=72;FAO=65;FDP=73;FR=.;FRO=8;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0995799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9506;QD=48.1924;RBI=0.100765;REFB=0.00592218;REVB=-0.0154092;RO=8;SAF=31;SAR=33;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753781;STB=0.538776;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00360617;OID=.;OPOS=33037061;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:72:73:8:8:64:65:0.890411:33:31:1:7:34:31:1:7 chr6 33037080 . G A 620.77 PASS AF=0.787879;AO=51;DP=66;FAO=52;FDP=66;FR=.;FRO=14;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.0342802;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.313;QD=37.6222;RBI=0.0349404;REFB=-0.0212389;REVB=0.0067603;RO=10;SAF=24;SAR=27;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114929;STB=0.584292;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0027059;OID=.;OPOS=33037080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:66:66:10:14:51:52:0.787879:27:24:1:9:28:24:1:13 chr6 33037419 . G A 1566.45 PASS AF=0.833333;AO=114;DP=138;FAO=115;FDP=138;FR=.;FRO=23;FSAF=58;FSAR=57;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00618105;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.382;QD=45.4045;RBI=0.00963252;REFB=-0.0171194;REVB=0.00738783;RO=22;SAF=58;SAR=56;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250581;STB=0.510146;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00169021;OID=.;OPOS=33037419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:22:23:114:115:0.833333:56:58:13:9:57:58:13:10 chr6 33037424 . T C 1727.43 PASS AF=0.855172;AO=123;DP=145;FAO=124;FDP=145;FR=.;FRO=21;FSAF=61;FSAR=63;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0129078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5415;QD=47.6533;RBI=0.0571038;REFB=-0.00634493;REVB=0.0556258;RO=21;SAF=60;SAR=63;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230129;STB=0.51151;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000840281;OID=.;OPOS=33037424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:21:21:123:124:0.855172:63:60:12:9:63:61:12:9 chr6 33037522 . T C 1978.9 PASS AF=0.868263;AO=145;DP=167;FAO=145;FDP=167;FR=.;FRO=22;FSAF=73;FSAR=72;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0113584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.422;QD=47.3987;RBI=0.0215958;REFB=-0.0195697;REVB=0.0183676;RO=20;SAF=73;SAR=72;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122538;STB=0.500454;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00438042;OID=.;OPOS=33037522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:167:167:20:22:145:145:0.868263:72:73:9:11:72:73:11:11 chr6 33037579 . AT TG 1490.75 PASS AF=0.853846;AO=107;DP=129;FAO=111;FDP=130;FR=.;FRO=19;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0332543;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=2;MLLD=185.221;QD=45.8693;RBI=0.045804;REFB=-0.0425893;REVB=0.0314985;RO=20;SAF=48;SAR=59;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153864;STB=0.511171;STBP=0.561;TYPE=mnp;VARB=0.00869881;OID=.;OPOS=33037579;OREF=AT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:129:130:20:19:107:111:0.853846:59:48:10:10:61:50:10:9 chr6 33037611 . C T 1003.22 PASS AF=0.806452;AO=75;DP=93;FAO=75;FDP=93;FR=.;FRO=18;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00805592;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.378;QD=43.1494;RBI=0.0163898;REFB=0.00042346;REVB=0.0142733;RO=18;SAF=29;SAR=46;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428639;STB=0.522877;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.00014796;OID=.;OPOS=33037611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:18:18:75:75:0.806452:46:29:9:9:46:29:9:9 chr6 33037626 . C G 817.82 PASS AF=0.828947;AO=60;DP=74;FAO=63;FDP=76;FR=.;FRO=13;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0358127;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.502;QD=43.0432;RBI=0.0358384;REFB=-0.0062075;REVB=0.00135694;RO=14;SAF=22;SAR=38;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00363133;STB=0.513365;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00174066;OID=.;OPOS=33037626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:74:76:14:13:60:63:0.828947:38:22:5:9:39:24:4:9 chr6 33037639 . GC AT 560.12 PASS AF=0.770492;AO=47;DP=61;FAO=47;FDP=61;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0248541;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=2;MLLD=163.656;QD=36.7291;RBI=0.0274278;REFB=-0.0171685;REVB=-0.0116;RO=14;SAF=17;SAR=30;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354996;STB=0.519076;STBP=0.66;TYPE=mnp;VARB=0.00478926;OID=.;OPOS=33037639;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:61:61:14:14:47:47:0.770492:30:17:4:10:30:17:4:10 chr6 33048457 . C G 31.1 PASS AF=0.0898876;AO=8;DP=89;FAO=8;FDP=89;FR=.;FRO=81;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.00761813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.594;QD=1.39762;RBI=0.00808122;REFB=0.000620194;REVB=-0.00269634;RO=71;SAF=2;SAR=6;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259853;STB=0.745146;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.00316098;OID=.;OPOS=33048457;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:89:89:71:81:8:8:0.0898876:6:2:33:38:6:2:42:39 chr6 33048538 . T C 889.75 PASS AF=0.941176;AO=64;DP=69;FAO=64;FDP=68;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0133701;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.771;QD=52.3381;RBI=0.013974;REFB=-0.0410283;REVB=0.0040638;RO=4;SAF=39;SAR=25;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164449;STB=0.508718;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00351735;OID=.;OPOS=33048538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:69:68:4:4:64:64:0.941176:25:39:3:1:25:39:3:1 chr6 33048542 . C T 984.33 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00349007;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.167;QD=58.766;RBI=0.0585277;REFB=0;REVB=0.0584235;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017799;OID=.;OPOS=33048542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:26:40:0:0:27:40:0:0 chr6 33048599 . CT AG,AT 788.23 PASS AF=0.946429,0.0535714;AO=53,3;DP=57;FAO=53,3;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33,2;FSAR=20,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221606,0.059652;FXX=0.0175408;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=215.287,69.1306;QD=56.3021;RBI=0.0253628,0.0674774;REFB=0,0;REVB=-0.0123362,-0.0315411;RO=0;SAF=33,2;SAR=20,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.88914e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.000632219,0.0323323;OID=.,.;OPOS=33048599,33048599;OREF=CT,C;OALT=AG,A;OMAPALT=AG,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:57:56:0:0:53,3:53,3:0.946429,0.0535714:20,1:33,2:0:0:20,1:33,2:0:0 chr6 33048640 . A G 808.69 PASS AF=0.966667;AO=59;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0757997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3599;QD=53.9129;RBI=0.0815928;REFB=0.0576584;REVB=-0.0301958;RO=1;SAF=28;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165531;STB=0.500575;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.0157768;OID=.;OPOS=33048640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:60:60:1:2:59:58:0.966667:31:28:1:0:30:28:1:1 chr6 33052958 . C T 33.46 PASS AF=0.0813008;AO=10;DP=122;FAO=10;FDP=123;FR=.;FRO=113;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=54;FSRR=59;FWDB=0.0105848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.919;QD=1.08807;RBI=0.0160525;REFB=-0.0030742;REVB=0.0120683;RO=112;SAF=3;SAR=7;SRF=53;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198905;STB=0.667997;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0252167;OID=.;OPOS=33052958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:122:123:112:113:10:10:0.0813008:7:3:53:59:7:3:54:59 chr6 33053682 . G A 38.94 PASS AF=0.0821918;AO=12;DP=145;FAO=12;FDP=146;FR=.;FRO=134;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=51;FSRR=83;FWDB=-0.0604562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7666;QD=1.06685;RBI=0.0627301;REFB=5.81646e-05;REVB=0.0167363;RO=133;SAF=8;SAR=4;SRF=51;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313367;STB=0.746409;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.00554076;OID=.;OPOS=33053682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:145:146:133:134:12:12:0.0821918:4:8:51:82:4:8:51:83 chr6 33086249 . C T 86.48 PASS AF=0.116022;AO=17;DP=184;FAO=21;FDP=181;FR=.,HEALED;FRO=158;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=81;FSRR=77;FWDB=0.0169985;FXX=0.0320838;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.367;QD=1.91112;RBI=0.0290928;REFB=-0.00416205;REVB=-0.0236102;RO=96;SAF=10;SAR=7;SRF=66;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135212;STB=0.509847;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0373437;OID=.;OPOS=33086249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:184:181:96:158:17:21:0.116022:7:10:66:30:10:11:81:77 chr6 33138954 . AG A,AA 1003.97 PASS AF=0.0147059,0.985294;AO=8,66;DP=74;FAO=1,67;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=1,52;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212688,0.0126936;FXX=0.0144907;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=215.308,231.338;QD=59.0572;RBI=0.068093,0.0680687;REFB=0,0;REVB=0.0646862,0.0668747;RO=0;SAF=2,57;SAR=6,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.58669e-08,-5.04324e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0137174,0.000611672;OID=.,.;OPOS=33138955,33138955;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0147059,0.985294:8,66:74:1,67:68:0:1,52:0,15:0:0:3:0:2,57:6,9:0:0 chr6 33140132 . GGCCCCA GCCCA,GGCCCA,GGCCCAG 165.78 PASS AF=1,0,0;AO=2,4,2;DP=17;FAO=16,0,0;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0,0;FSAR=14,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127145,-0.111912,0.243545;FXX=0.0587889;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,2;MLLD=18.8289,10.3139,4.7851;QD=41.444;RBI=0.272862,0.161511,0.260728;REFB=-0.065112,-0.0460662,-0.0816977;REVB=0.272566,0.116453,0.0930845;RO=0;SAF=0,0,0;SAR=2,4,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.450091,0.302703,0;SSEP=0,0.533333,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0203087,0.0463074,0.122122;OID=.,.,.;OPOS=33140133,33140134,33140137;OREF=GC,C,CA;OALT=-,-,AG;OMAPALT=GCCCA,GGCCCA,GGCCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:2,4,2:17:16,0,0:16:0:2,0,0:14,0,0:0:0:3:0:0,0,0:2,4,2:0:0 chr6 33141161 . A G 856.24 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308054;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.396;QD=58.0502;RBI=0.0316839;REFB=0;REVB=0.00740927;RO=0;SAF=19;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.7823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170773;OID=.;OPOS=33141161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:40:19:0:0:40:19:0:0 chr6 33141280 . G A 37.31 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.0139193;FXX=0.0344709;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.744;QD=5.33022;RBI=0.0206805;REFB=-0.0107322;REVB=-0.015295;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294558;STB=0.5997;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.018966;OID=.;OPOS=33141280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:29:28:15:22:6:6:0.214286:4:2:2:13:4:2:5:17 chr6 33141475 . C T 334.05 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0075971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5728;QD=46.0754;RBI=0.0599891;REFB=0.116757;REVB=0.0595061;RO=3;SAF=15;SAR=11;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0473738;STB=0.525587;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.00703345;OID=.;OPOS=33141475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:29:29:3:3:26:26:0.896552:11:15:1:2:11:15:1:2 chr6 33141920 . G C 356.61 PASS AF=1;AO=20;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.562;QD=54.8633;RBI=0.0446397;REFB=0;REVB=-0.0027204;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00341161;OID=.;OPOS=33141920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:20:26:1:8:12:0:0:10:16:0:0 chr6 33144243 . T A 1341.87 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310845;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.695;QD=61.6953;RBI=0.0447817;REFB=0;REVB=0.0322358;RO=0;SAF=31;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421774;OID=.;OPOS=33144243;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:83:87:1:52:31:0:0:54:33:0:0 chr6 33148754 . G A 1616.64 PASS AF=0.875912;AO=113;DP=129;FAO=120;FDP=137;FR=.;FRO=17;FSAF=76;FSAR=44;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0125593;FXX=0.00724585;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.523;QD=47.201;RBI=0.0144641;REFB=-0.0399483;REVB=0.00717448;RO=16;SAF=70;SAR=43;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485779;STB=0.525753;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00895751;OID=.;OPOS=33148754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:129:137:16:17:113:120:0.875912:43:70:13:3:44:76:14:3 chr6 33148878 . C T 32.37 PASS AF=0.0685714;AO=11;DP=174;FAO=12;FDP=175;FR=.;FRO=163;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=72;FSRR=91;FWDB=0.0637824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0073;QD=0.739855;RBI=0.0651159;REFB=0.001578;REVB=0.0131104;RO=163;SAF=4;SAR=7;SRF=72;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837766;STB=0.52377;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=-0.0253193;OID=.;OPOS=33148878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:174:175:163:163:11:12:0.0685714:7:4:72:91:7:5:72:91 chr6 33163451 . G A 1318.4 PASS AF=1;AO=74;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.613;QD=62.0423;RBI=0.0916977;REFB=0;REVB=0.0877153;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000672588;OID=.;OPOS=33163451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:74:85:1:33:41:0:0:40:45:0:0 chr6 33176958 . C T 1907.08 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0854;QD=61.0266;RBI=0.0247244;REFB=0;REVB=-0.0143511;RO=1;SAF=54;SAR=70;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00673944;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12448e-05;OID=.;OPOS=33176958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:125:125:1:0:124:125:1:70:54:0:1:71:54:0:0 chr6 33235755 . G A 2560.68 PASS AF=0.988235;AO=164;DP=169;FAO=168;FDP=170;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=86;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0365273;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.083;QD=60.2513;RBI=0.0377276;REFB=-0.0507408;REVB=0.0094408;RO=2;SAF=79;SAR=85;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000419983;STB=0.50014;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=7.98305e-05;OID=.;OPOS=33235755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:169:170:2:2:164:168:0.988235:85:79:1:1:86:82:1:1 chr6 33246217 . GAA GAC,GA 900.73 PASS AF=0.084507,0.915493;AO=7,26;DP=71;FAO=6,65;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=6,41;FSAR=0,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.177888,0.420415;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=72.5949,19.2066;QD=50.7451;RBI=0.200081,0.885669;REFB=0,0;REVB=0.0915874,0.779526;RO=38;SAF=7,24;SAR=0,2;SRF=16;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.70686,0.646353;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.053664,0.0431859;OID=.,.;OPOS=33246219,33246218;OREF=A,A;OALT=C,-;OMAPALT=GAC,GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.084507,0.915493:7,26:71:6,65:71:0:6,41:0,24:0:0:17:38:7,24:0,2:16:22 chr6 33256471 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.076;QD=46.8478;RBI=0.0379111;REFB=0;REVB=-0.00101277;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144781;OID=.;OPOS=33256471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr6 33272855 . G C 1420.17 PASS AF=0.952381;AO=100;DP=107;FAO=100;FDP=105;FR=.;FRO=5;FSAF=39;FSAR=61;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0239381;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7088;QD=54.1015;RBI=0.0413265;REFB=-0.00686383;REVB=0.0336875;RO=5;SAF=39;SAR=61;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000947631;STB=0.5005;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-2.04624e-05;OID=.;OPOS=33272855;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:107:105:5:5:100:100:0.952381:61:39:2:3:61:39:2:3 chr6 33333446 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.83;QD=55.656;RBI=0.0114668;REFB=0;REVB=0.0048241;RO=0;SAF=5;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.02401e-05;OID=.;OPOS=33333446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:22:5:0:0:22:5:0:0 chr6 33333916 . G T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000970661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.09;QD=62.6711;RBI=0.0207813;REFB=0;REVB=0.0207586;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20774e-05;OID=.;OPOS=33333916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr6 33333931 . TAAAAAAAT ATAAAAAAT,TAAAAAAT,TAAAAAATC 39.16 PASS AF=0.138889,0.166667,0;AO=4,11,2;DP=39;FAO=5,6,0;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=0,3,0;FSAR=5,3,0;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0331897,-0.139336,-0.0536081;FXX=0.0526177;HRUN=1,7,7;LEN=2,1,2;MLLD=68.4894,10.1323,109.903;QD=4.35109;RBI=0.0415887,0.147,0.0539813;REFB=-0.0173619,-0.0946294,-0.00779289;REVB=-0.0250612,0.0468461,-0.00633614;RO=17;SAF=0,7,0;SAR=4,4,2;SRF=10;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.690024,0.0522142,-0.566117;STB=0.997739,0.516075,0.5;STBP=0.013,0.916,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=-0.0189393,0.133901,0;OID=.,.,.;OPOS=33333931,33333932,33333938;OREF=TA,A,AT;OALT=AT,-,TC;OMAPALT=ATAAAAAAT,TAAAAAAT,TAAAAAATC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:17:39:36:17:25:4,11,2:5,6,0:0.138889,0.166667,0:4,4,2:0,7,0:10:7:5,3,0:0,3,0:13:12 chr6 33382136 . TG T 56.48 PASS AF=0.384615;AO=17;DP=51;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0344763;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.3324;QD=4.3447;RBI=0.0485289;REFB=-0.0294341;REVB=0.0341531;RO=28;SAF=12;SAR=5;SRF=17;SRR=11;SSEN=0.518519;SSEP=0;SSSB=0.118818;STB=0.592924;STBP=0.321;TYPE=del;VARB=0.0490995;OID=.;OPOS=33382137;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:17:51:20:52:32:15:5:20:12:56:28:12:5:17:11 chr6 33382288 . G A 1669.19 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0661272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.3594;QD=58.0589;RBI=0.0661344;REFB=0;REVB=0.000980351;RO=0;SAF=33;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115658;OID=.;OPOS=33382288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:115:0:0:105:115:1:72:33:0:0:75:40:0:0 chr6 33384140 . TGGGGG TGGGGA,TGGGG 39.55 PASS AF=0.0232558,0.255814;AO=4,14;DP=41;FAO=1,11;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=1,4;FSAR=0,7;FSRF=2;FSRR=29;FWDB=0.0192175,0.129538;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=36.8725,10.4932;QD=3.67873;RBI=0.0258333,0.17001;REFB=-0.0241837,-0.15692;REVB=-0.0172641,-0.110105;RO=21;SAF=4,1;SAR=0,13;SRF=1;SRR=20;SSEN=0,0.466667;SSEP=0,0;SSSB=0.83985,0.102996;STB=0.998117,0.773889;STBP=0.034,0.172;TYPE=snp,del;VARB=0.0707691,0.187184;OID=.,.;OPOS=33384145,33384141;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=TGGGGA,TGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0232558,0.255814:4,14:41:1,11:43:31:1,4:0,7:2:29:30:21:4,1:0,13:1:20 chr6 33408542 . G A 1165.22 PASS AF=0.987342;AO=74;DP=76;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0202946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.878;QD=58.9984;RBI=0.0606902;REFB=0.0406051;REVB=0.0571964;RO=2;SAF=30;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00487728;STB=0.508195;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.000935448;OID=.;OPOS=33408542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:79:2:1:74:78:0.987342:44:30:1:1:48:30:1:0 chr6 33422976 . T G 943.79 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206572;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0717;QD=58.9866;RBI=0.0653954;REFB=0;REVB=0.062047;RO=0;SAF=36;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000815777;OID=.;OPOS=33422976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:64:0:0:64:64:1:28:36:0:0:28:36:0:0 chr6 33541507 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0422999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.005;QD=63.2868;RBI=0.0447034;REFB=0;REVB=0.0144606;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.93501e-05;OID=.;OPOS=33541507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr6 33560896 . A G 41.31 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0056063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.985;QD=3.93413;RBI=0.00567852;REFB=-0.0118727;REVB=0.000902798;RO=34;SAF=4;SAR=3;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509848;STB=0.547808;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0566401;OID=.;OPOS=33560896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:34:35:7:7:0.166667:3:4:18:16:3:4:18:17 chr6 33631640 . C T 1311.75 PASS AF=0.847458;AO=99;DP=118;FAO=100;FDP=118;FR=.;FRO=18;FSAF=35;FSAR=65;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0154805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.193;QD=44.4663;RBI=0.0183425;REFB=-0.0114067;REVB=0.00983867;RO=19;SAF=35;SAR=64;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125673;STB=0.502798;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.003052;OID=.;OPOS=33631640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:118:118:19:18:99:100:0.847458:64:35:6:13:65:35:6:12 chr6 33648228 . C T 876.97 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0245693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.129;QD=54.8104;RBI=0.0442601;REFB=-0.172347;REVB=0.0368145;RO=2;SAF=31;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000757313;OID=.;OPOS=33648228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:31:31:1:1:31:31:1:1 chr6 33653448 . C T 972.89 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.513;QD=58.9632;RBI=0.028722;REFB=0;REVB=0.0263572;RO=0;SAF=49;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66234e-05;OID=.;OPOS=33653448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:16:49:0:0:17:49:0:0 chr6 33659472 . C G 895.31 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00739754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5416;QD=57.7619;RBI=0.0209929;REFB=0;REVB=0.0196463;RO=0;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185082;OID=.;OPOS=33659472;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:60:62:1:39:21:0:0:40:22:0:0 chr6 33663938 . C T 2322.14 PASS AF=0.864583;AO=165;DP=193;FAO=166;FDP=192;FR=.;FRO=26;FSAF=85;FSAR=81;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.020448;FXX=0.0103087;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.227;QD=48.3779;RBI=0.0235416;REFB=-0.0101534;REVB=-0.0116657;RO=26;SAF=85;SAR=80;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434859;STB=0.522451;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00201993;OID=.;OPOS=33663938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:192:26:26:165:166:0.864583:80:85:9:17:81:85:9:17 chr6 33690796 . CA TG 1627.51 PASS AF=1;AO=106;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00126434;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=2;MLLD=204.777;QD=60.2783;RBI=0.0285275;REFB=0;REVB=0.0284995;RO=0;SAF=46;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=3.94657e-05;OID=.;OPOS=33690796;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:106:108:1:60:46:0:0:62:46:0:0 chr6 33739960 . A G 1281.52 PASS AF=0.965909;AO=84;DP=87;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00270051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6535;QD=58.251;RBI=0.0188425;REFB=-0.0218027;REVB=0.018648;RO=2;SAF=41;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225432;STB=0.505881;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00350594;OID=.;OPOS=33739960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:88:2:3:84:85:0.965909:43:41:2:0:43:42:2:1 chr6 33740025 . C T 702.19 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4515;QD=51.0682;RBI=0.0333918;REFB=-0.147032;REVB=0.0333918;RO=2;SAF=0;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00769246;OID=.;OPOS=33740025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:55:55:2:3:52:52:0.945455:52:0:0:2:52:0:0:3 chr6 33768897 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00788445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.318;QD=59.4356;RBI=0.012524;REFB=0;REVB=0.00973074;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.11435e-05;OID=.;OPOS=33768897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr6 34078463 . G A 109.21 PASS AF=0.916667;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.033797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1229;QD=36.4017;RBI=0.0552031;REFB=0.0837519;REVB=0.043648;RO=1;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471711;STB=0.523767;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.00480476;OID=.;OPOS=34078463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:12:1:1:10:11:0.916667:9:1:0:1:10:1:0:1 chr6 34212743 . A G 330.59 PASS AF=1;AO=17;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0058;QD=52.8945;RBI=0.00649089;REFB=0;REVB=0.00649089;RO=0;SAF=0;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.01014;OID=.;OPOS=34212743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:17:25:1:17:0:0:0:25:0:0:0 chr6 34213296 . T C 393.2 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00031599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.093;QD=56.1713;RBI=0.0145023;REFB=0;REVB=0.0144988;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97229e-05;OID=.;OPOS=34213296;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr6 34213868 . A G 167.5 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0233024;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.197;QD=41.8743;RBI=0.0234447;REFB=-0.146361;REVB=-0.0025799;RO=1;SAF=9;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479918;STB=0.526281;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00147081;OID=.;OPOS=34213868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:6:9:1:0:6:9:1:0 chr6 34214322 . C G 601.04 PASS AF=0.886792;AO=47;DP=53;FAO=47;FDP=53;FR=.;FRO=6;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0212309;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=129.769;QD=45.3618;RBI=0.0224971;REFB=-0.121038;REVB=-0.00744079;RO=2;SAF=21;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00412433;STB=0.52503;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00397004;OID=.;OPOS=34214322;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:53:53:2:6:47:47:0.886792:26:21:1:1:26:21:4:2 chr6 34502687 . T C 1434.26 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.924;QD=63.0443;RBI=0.0218263;REFB=0;REVB=0.0170108;RO=0;SAF=32;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.95896e-05;OID=.;OPOS=34502687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:57:32:0:0:57:34:0:0 chr6 34557374 . A G 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441475;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.33;QD=58.1391;RBI=0.0546726;REFB=0;REVB=-0.0322505;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.19177e-05;OID=.;OPOS=34557374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr6 34725655 . G GTCA 135.21 PASS AF=0.666667;AO=11;DP=23;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00575021;FXX=0.124948;HRUN=1;LEN=3;MLLD=219.627;QD=25.7538;RBI=0.00713967;REFB=-0.0280855;REVB=-0.00423203;RO=8;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280231;STB=0.620515;STBP=0.165;TYPE=ins;VARB=0.0131746;OID=.;OPOS=34725656;OREF=-;OALT=TCA;OMAPALT=GTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:11:23:14:21:7:5:9:5:2:49:8:4:7:6:2 chr6 34725658 . G A,T 314.05 PASS AF=0.25,0.75;AO=6,18;DP=24;FAO=6,18;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=4,7;FSAR=2,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00894227,0.00683548;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=83.9721,87.4177;QD=52.3412;RBI=0.0132194,0.00758587;REFB=0,0;REVB=-0.00973595,0.00328962;RO=0;SAF=4,7;SAR=2,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0415375,0.00275374;OID=.,.;OPOS=34725658,34725658;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:35:24:24:0:0:6,18:6,18:0.25,0.75:2,11:4,7:0:0:2,11:4,7:0:0 chr6 34803947 . C T 493.22 PASS AF=0.857143;AO=36;DP=42;FAO=36;FDP=42;FR=.;FRO=6;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0152529;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=194.712;QD=46.9735;RBI=0.0348115;REFB=-0.163894;REVB=0.031292;RO=4;SAF=28;SAR=8;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00745726;STB=0.522375;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00194831;OID=.;OPOS=34803947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:42:42:4:6:36:36:0.857143:8:28:3:1:8:28:4:2 chr6 34824107 . A C 1108.59 PASS AF=0.974026;AO=74;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0364106;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.825;QD=57.589;RBI=0.0457681;REFB=-0.0771731;REVB=0.0277305;RO=2;SAF=38;SAR=36;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242466;STB=0.512817;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00088853;OID=.;OPOS=34824107;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:2:2:74:75:0.974026:36:38:2:0:37:38:2:0 chr6 34824636 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.429;QD=61.3359;RBI=0.0348285;REFB=0;REVB=-0.0125841;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.94439e-05;OID=.;OPOS=34824636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:28:12:0:0:28:12:0:0 chr6 34825117 . T C 423.25 PASS AF=0.708333;AO=33;DP=48;FAO=34;FDP=48;FR=.;FRO=14;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.00873093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.241;QD=35.2707;RBI=0.0106387;REFB=-0.032654;REVB=0.00607884;RO=14;SAF=25;SAR=8;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212277;STB=0.508586;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0100352;OID=.;OPOS=34825117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:14:14:33:34:0.708333:8:25:11:3:8:26:11:3 chr6 34831866 . G A 1268.66 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0258129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.39;QD=60.4123;RBI=0.0262201;REFB=0.0301682;REVB=0.00460281;RO=1;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976579;STB=0.505153;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000157848;OID=.;OPOS=34831866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:48:35:0:1:48:35:0:1 chr6 34855646 . GC CG,G 168.09 PASS AF=0,0.672727;AO=4,20;DP=53;FAO=0,37;FDP=55;FR=.;FRO=18;FSAF=0,26;FSAR=0,11;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0476373,0.0448655;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=68.2178,7.65915;QD=12.2248;RBI=0.0495098,0.288121;REFB=-0.0239023,-0.127031;REVB=0.0134872,0.284606;RO=25;SAF=3,19;SAR=1,1;SRF=6;SRR=19;SSEN=0,0.309091;SSEP=0,0;SSSB=0.536737,0.758373;STB=0.5,0.629401;STBP=1,0.014;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.193309;OID=.,.;OPOS=34855646,34855647;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:53:55:25:18:4,20:0,37:0,0.672727:1,1:3,19:6:19:0,11:0,26:6:12 chr6 35027927 . T C 1555.52 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00725748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.065;QD=58.6987;RBI=0.0136833;REFB=-0.0219951;REVB=-0.0116001;RO=0;SAF=56;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8178e-08;STB=0.504424;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.000332213;OID=.;OPOS=35027927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:0:1:105:105:0.990566:49:56:0:0:49:56:1:0 chr6 35050506 . G A 730.48 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9973;QD=62.1689;RBI=0.0321467;REFB=0;REVB=0.0140604;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165142;OID=.;OPOS=35050506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:28:18:0:0:28:19:0:0 chr6 35203203 . T G 422.12 PASS AF=0.96875;AO=28;DP=33;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0122197;FXX=0.0302939;HRUN=6;LEN=1;MLLD=216;QD=52.7646;RBI=0.0433643;REFB=-0.0592796;REVB=0.0416069;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513505;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000528227;OID=.;OPOS=35203203;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:32:0:1:28:31:0.96875:10:18:0:0:13:18:1:0 chr6 35216740 . G A 415.54 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00317919;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0393;QD=57.3162;RBI=0.0372409;REFB=0;REVB=-0.0371049;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032388;OID=.;OPOS=35216740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr6 35260503 . C T 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.328;QD=56.1863;RBI=0.0327977;REFB=0;REVB=0.01538;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254758;OID=.;OPOS=35260503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr6 35260530 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7908;QD=51.9165;RBI=0.0680459;REFB=0;REVB=0.0658556;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00231089;OID=.;OPOS=35260530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr6 35263555 . A G 356.99 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0299973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5795;QD=49.2393;RBI=0.0392863;REFB=-0.0512684;REVB=0.0253689;RO=2;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442673;STB=0.523792;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00451479;OID=.;OPOS=35263555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:20:7:0:2:20:7:0:2 chr6 35285720 . A C 323.34 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0589771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4793;QD=53.8907;RBI=0.0655801;REFB=0;REVB=-0.0286784;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0024307;OID=.;OPOS=35285720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr6 35391787 . C T 429.56 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0710387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.296;QD=57.2745;RBI=0.0766631;REFB=0;REVB=0.0288226;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353598;OID=.;OPOS=35391787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:16:13:0:0:16:14:0:0 chr6 35395010 . C T 945.71 PASS AF=0.943662;AO=67;DP=71;FAO=67;FDP=71;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0446313;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.849;QD=53.2793;RBI=0.0555934;REFB=-0.113911;REVB=0.0331463;RO=4;SAF=46;SAR=21;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527229;STB=0.527969;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0046157;OID=.;OPOS=35395010;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:71:71:4:4:67:67:0.943662:21:46:1:3:21:46:1:3 chr6 35395795 . G C 555.13 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0037603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.1;QD=60.0136;RBI=0.0109433;REFB=0;REVB=0.010277;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50936e-05;OID=.;OPOS=35395795;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:23:13:0:0:23:14:0:0 chr6 35441516 . CAAAAAA ACAAAAA,CAAAAA,CAAAA,CAAAAAT 453.5 PASS AF=0.0131579,0.921053,0.0131579,0.0526316;AO=3,40,12,7;DP=80;FAO=1,70,1,4;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24,0,2;FSAR=1,46,1,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00774835,0.0812028,0.0363904,-0.0617705;FXX=0.0499937;HRUN=1,7,7,7;LEN=2,1,2,1;MLLD=11.5015,8.25366,10.9701,168.4;QD=23.8683;RBI=0.103562,0.0940922,0.0437668,0.0680026;REFB=-0.0176528,-0.00961325,-0.0148043,-0.0419455;REVB=-0.103272,-0.0475336,-0.0243161,-0.0284387;RO=9;SAF=0,11,3,6;SAR=3,29,9,1;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.640421,-0.0699579,-0.173541,0.45597;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=mnp,del,del,snp;VARB=0.0491521,0.0225469,0.0312021,0.0193702;OID=.,.,.,.;OPOS=35441516,35441517,35441517,35441522;OREF=CA,A,AA,A;OALT=AC,-,-,T;OMAPALT=ACAAAAA,CAAAAA,CAAAA,CAAAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:13:80:76:9:0:3,40,12,7:1,70,1,4:0.0131579,0.921053,0.0131579,0.0526316:3,29,9,1:0,11,3,6:4:5:1,46,1,2:0,24,0,2:0:0 chr6 35465786 . A C 445.24 PASS AF=0.871795;AO=32;DP=39;FAO=34;FDP=39;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0682866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8029;QD=45.6658;RBI=0.0684176;REFB=-0.0358184;REVB=-0.00423251;RO=5;SAF=17;SAR=15;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680537;STB=0.531569;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0263082;OID=.;OPOS=35465786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:39:39:5:5:32:34:0.871795:15:17:4:1:15:19:4:1 chr6 35474073 . C G 348.12 PASS AF=1;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0484609;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7204;QD=55.6984;RBI=0.0564392;REFB=0;REVB=0.0289295;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000360703;OID=.;OPOS=35474073;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr6 35477025 . C G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2605;QD=55.6556;RBI=0.0764283;REFB=0;REVB=0.0623707;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113756;OID=.;OPOS=35477025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr6 35477032 . A G 358.02 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.992;QD=55.0798;RBI=0.0298756;REFB=0;REVB=0.023004;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53906e-05;OID=.;OPOS=35477032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr6 35479574 . G C 130.81 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0676818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.738;QD=43.6045;RBI=0.0951904;REFB=0;REVB=0.0669357;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364863;OID=.;OPOS=35479574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:10:12:1:8:2:0:0:10:2:0:0 chr6 35716618 . A G 392.28 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.038474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.223;QD=50.6173;RBI=0.0388494;REFB=-0.0809113;REVB=0.00538751;RO=2;SAF=9;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262738;STB=0.514129;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00410594;OID=.;OPOS=35716618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:20:9:1:1:20:9:1:1 chr6 35745655 . C T 50.63 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0376316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.011;QD=5.06302;RBI=0.0385543;REFB=0.00447424;REVB=0.0083839;RO=32;SAF=4;SAR=4;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037728;STB=0.524938;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.0723917;OID=.;OPOS=35745655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:32:32:8:8:0.2:4:4:15:17:4:4:15:17 chr6 36198577 . G C 553.93 PASS AF=0.770492;AO=47;DP=61;FAO=47;FDP=61;FR=.;FRO=14;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0108597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.957;QD=36.3232;RBI=0.043848;REFB=-0.0324083;REVB=-0.0424819;RO=11;SAF=25;SAR=22;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069713;STB=0.509113;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0125877;OID=.;OPOS=36198577;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:61:61:11:14:47:47:0.770492:22:25:8:3:22:25:8:6 chr6 36199837 . TA T,TT 114.2 PASS AF=0.625,0.0416667;AO=8,5;DP=25;FAO=15,1;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=2,0;FSAR=13,1;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.17758,0.156707;FXX=0.11107;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.9221,14.0295;QD=19.0329;RBI=0.213849,0.207466;REFB=-0.026696,-0.0408495;REVB=0.11915,0.13596;RO=9;SAF=1,0;SAR=7,5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.545356,-0.761805;STB=0.775689,0.993369;STBP=0.002,0.236;TYPE=del,snp;VARB=0.0344369,0.0448804;OID=.,.;OPOS=36199838,36199838;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625,0.0416667:8,5:25:15,1:24:8:2,0:13,1:6:2:43:9:1,0:7,5:6:3 chr6 36260914 . C T 205.91 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0176419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.953;QD=31.6782;RBI=0.0324157;REFB=-0.0511374;REVB=0.0271945;RO=7;SAF=6;SAR=13;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619832;STB=0.53421;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00964925;OID=.;OPOS=36260914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:19:19:0.730769:13:6:3:4:13:6:3:4 chr6 36275458 . T C 589.29 PASS AF=0.857143;AO=35;DP=47;FAO=42;FDP=49;FR=.;FRO=7;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0773374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3213;QD=48.1056;RBI=0.118713;REFB=0.00808257;REVB=-0.0900656;RO=7;SAF=19;SAR=16;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035506;STB=0.5207;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=-0.00407468;OID=.;OPOS=36275458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:49:7:7:35:42:0.857143:16:19:3:4:18:24:3:4 chr6 36341294 . C T 406.27 PASS AF=0.629032;AO=39;DP=61;FAO=39;FDP=62;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0146516;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6094;QD=26.2111;RBI=0.0174923;REFB=-0.00578464;REVB=0.00955574;RO=22;SAF=16;SAR=23;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09589;STB=0.558435;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.000992259;OID=.;OPOS=36341294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:22:23:39:39:0.629032:23:16:6:16:23:16:6:17 chr6 36393816 . A G 87.7 PASS AF=0.192308;AO=15;DP=78;FAO=15;FDP=78;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.0107972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.233;QD=4.49749;RBI=0.0125498;REFB=-0.00687828;REVB=-0.00639661;RO=63;SAF=3;SAR=12;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307523;STB=0.702731;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0209219;OID=.;OPOS=36393816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:78:78:63:63:15:15:0.192308:12:3:26:37:12:3:26:37 chr6 36463627 . C T 568.39 PASS AF=0.82;AO=41;DP=50;FAO=41;FDP=50;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0194332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.47;QD=45.4711;RBI=0.0201254;REFB=-0.0210959;REVB=0.00523283;RO=9;SAF=19;SAR=22;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105012;STB=0.556393;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00746935;OID=.;OPOS=36463627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:9:9:41:41:0.82:22:19:7:2:22:19:7:2 chr6 36490133 . G A 30.14 PASS AF=0.121212;AO=4;DP=32;FAO=4;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0546811;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=268.104;QD=3.65298;RBI=0.0562253;REFB=-0.0246506;REVB=-0.0130865;RO=15;SAF=1;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190249;STB=0.683238;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0424507;OID=.;OPOS=36490133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:32:33:15:27:4:4:0.121212:3:1:6:9:3:1:12:15 chr6 36645696 . A G 111.1 PASS AF=0.146341;AO=23;DP=165;FAO=24;FDP=164;FR=.;FRO=140;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=74;FSRR=66;FWDB=0.0247367;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8839;QD=2.70974;RBI=0.0251986;REFB=-0.00116982;REVB=0.00480262;RO=137;SAF=7;SAR=16;SRF=74;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297665;STB=0.666528;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00948568;OID=.;OPOS=36645696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:137:140:23:24:0.146341:16:7:74:63:16:8:74:66 chr6 36651971 . C A 41.5 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0324714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.85;QD=4.049;RBI=0.0338787;REFB=-0.00924606;REVB=-0.00966293;RO=34;SAF=6;SAR=1;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259479;STB=0.686872;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0264633;OID=.;OPOS=36651971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:41:34:34:7:7:0.170732:1:6:24:10:1:6:24:10 chr6 36653597 . C T 38.42 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=0.000442638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.855;QD=2.84572;RBI=0.00650883;REFB=-0.00260534;REVB=0.00649377;RO=47;SAF=2;SAR=5;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177711;STB=0.631788;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0263299;OID=.;OPOS=36653597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:54:47:47:7:7:0.12963:5:2:20:27:5:2:20:27 chr6 36695393 . C T 198.57 PASS AF=0.730769;AO=18;DP=25;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0135639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.843;QD=30.5491;RBI=0.0172485;REFB=0.011613;REVB=0.0106551;RO=6;SAF=11;SAR=7;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266766;STB=0.537776;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.00418366;OID=.;OPOS=36695393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:26:6:7:18:19:0.730769:7:11:4:2:8:11:5:2 chr6 36698560 . CC AC,CA 1818.33 PASS AF=0.117188,0.859375;AO=5,9;DP=113;FAO=15,110;FDP=128;FR=.;FRO=3;FSAF=0,2;FSAR=15,108;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00560272,-0.00237437;FXX=0;HRUN=9,9;LEN=1,1;MLLD=228.884,247.257;QD=56.8227;RBI=0.00865238,0.00956478;REFB=-0.0296028,0.013333;REVB=0.00659342,0.00926538;RO=0;SAF=0,0;SAR=5,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.998714,0.595568;STBP=0.082,0.035;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00250429,0.000898305;OID=.,.;OPOS=36698560,36698561;OREF=C,C;OALT=A,A;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:58:113:128:0:3:5,9:15,110:0.117188,0.859375:5,9:0,0:0:0:15,108:0,2:1:2 chr6 36708556 . C G 66.99 PASS AF=0.173913;AO=12;DP=69;FAO=12;FDP=69;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.00531226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0429;QD=3.88375;RBI=0.0203302;REFB=0.00162706;REVB=0.0196239;RO=55;SAF=9;SAR=3;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20989;STB=0.64437;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.00562965;OID=.;OPOS=36708556;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:69:69:55:57:12:12:0.173913:3:9:33:22:3:9:34:23 chr6 36711562 . G C 64.04 PASS AF=0.126126;AO=14;DP=111;FAO=14;FDP=111;FR=.;FRO=97;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=-0.007987;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.629;QD=2.30778;RBI=0.0186555;REFB=-0.0055205;REVB=-0.0168593;RO=96;SAF=9;SAR=5;SRF=51;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140571;STB=0.604591;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0352742;OID=.;OPOS=36711562;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:111:111:96:97:14:14:0.126126:5:9:51:45:5:9:51:46 chr6 36713263 . A G 1491.64 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1745;QD=63.4738;RBI=0.0256106;REFB=0;REVB=-0.0214087;RO=0;SAF=51;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.5943e-05;OID=.;OPOS=36713263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:43:51:0:0:43:51:0:0 chr6 36733132 . G A 1138.5 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00274182;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.792;QD=60.7201;RBI=0.0105828;REFB=0;REVB=0.0102215;RO=0;SAF=15;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.29866e-05;OID=.;OPOS=36733132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:60:15:0:0:60:15:0:0 chr6 36766292 . C T 79.51 PASS AF=0.209677;AO=12;DP=58;FAO=13;FDP=62;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.00850853;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1759;QD=5.12999;RBI=0.0172813;REFB=-0.022502;REVB=-0.0150416;RO=40;SAF=6;SAR=6;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915745;STB=0.575645;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0745246;OID=.;OPOS=36766292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:58:62:40:49:12:13:0.209677:6:6:17:23:7:6:18:31 chr6 36882353 . A G 1171.22 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8797;QD=60.8426;RBI=0.0215795;REFB=0;REVB=-0.0120724;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221102;OID=.;OPOS=36882353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:40:37:0:0:40:37:0:0 chr6 36895835 . C T 887.23 PASS AF=0.941176;AO=62;DP=69;FAO=64;FDP=68;FR=.;FRO=4;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00229109;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.87;QD=52.19;RBI=0.0251927;REFB=0.00132663;REVB=0.0250883;RO=4;SAF=39;SAR=23;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148647;STB=0.507012;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.000472671;OID=.;OPOS=36895835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:69:68:4:4:62:64:0.941176:23:39:3:1:23:41:3:1 chr6 36922684 . A C 1826.06 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022402;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7619;QD=60.8686;RBI=0.0231768;REFB=0;REVB=0.0059427;RO=0;SAF=51;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.56639e-05;OID=.;OPOS=36922684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:120:0:0:119:120:1:68:51:0:0:69:51:0:0 chr6 36931162 . A G 347.58 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0307541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.289;QD=51.4936;RBI=0.0329393;REFB=0.0630942;REVB=-0.0117973;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521722;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.000808692;OID=.;OPOS=36931162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:15:11:0:0:15:11:1:0 chr6 36976637 . G C 1183.85 PASS AF=0.987805;AO=79;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0270697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.309;QD=57.749;RBI=0.0382546;REFB=-0.113389;REVB=0.0270305;RO=0;SAF=32;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.45895e-08;STB=0.507245;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00134962;OID=.;OPOS=36976637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:82:82:0:1:79:81:0.987805:47:32:0:0:47:34:1:0 chr6 36978834 . A G 224.91 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0067905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.175;QD=47.3504;RBI=0.0339667;REFB=0;REVB=0.033281;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000922172;OID=.;OPOS=36978834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:19:0:0:17:19:1:10:7:0:0:11:8:0:0 chr6 36988364 . C G,T 393.83 PASS AF=0.103448,0.896552;AO=3,26;DP=29;FAO=3,26;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=2,16;FSAR=1,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170167,0.02524;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.9032,195.581;QD=54.3214;RBI=0.0203866,0.050482;REFB=0,0;REVB=0.011227,0.0437193;RO=0;SAF=2,16;SAR=1,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-7.71087e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0660576,0.00137833;OID=.,.;OPOS=36988364,36988364;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:29:29:0:0:3,26:3,26:0.103448,0.896552:1,10:2,16:0:0:1,10:2,16:0:0 chr6 36995222 . G A 931.33 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.099;QD=58.208;RBI=0.0642235;REFB=0;REVB=0.0585058;RO=0;SAF=42;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244579;OID=.;OPOS=36995222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:21:42:0:0:22:42:0:0 chr6 37013127 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.464;QD=42.1826;RBI=0.0228112;REFB=0;REVB=-0.0044139;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145949;OID=.;OPOS=37013127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr6 37180237 . G A 683.09 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5344;QD=62.0987;RBI=0.0349817;REFB=0;REVB=0.0334762;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294275;OID=.;OPOS=37180237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:19:24:0:0:20:24:0:0 chr6 37180355 . G A 1098.73 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.675;QD=60.2046;RBI=0.0460996;REFB=0;REVB=-0.00663023;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40286e-05;OID=.;OPOS=37180355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:36:37:0:0:36:37:0:0 chr6 37180523 . A G 1133.74 PASS AF=0.9625;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=80;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.046837;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.807;QD=56.6868;RBI=0.0793366;REFB=-0.0999707;REVB=-0.0640359;RO=1;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119811;STB=0.518514;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00252581;OID=.;OPOS=37180523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:80:80:1:3:77:77:0.9625:39:38:0:1:39:38:0:3 chr6 37250112 . A G 345.14 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0315952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.129;QD=51.1316;RBI=0.0323014;REFB=-0.0353555;REVB=0.00671753;RO=1;SAF=4;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206567;STB=0.511103;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00185178;OID=.;OPOS=37250112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:22:4:0:1:22:4:0:1 chr6 37252210 . C T 727.71 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0738568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.259;QD=63.2793;RBI=0.0738644;REFB=0;REVB=0.0010592;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282253;OID=.;OPOS=37252210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chr6 37288036 . A G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.012;QD=57.5451;RBI=0.0387782;REFB=0;REVB=0.0187618;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.78284e-05;OID=.;OPOS=37288036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr6 37349033 . G A 1567.76 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.256;QD=63.99;RBI=0.0130621;REFB=0;REVB=0.000255172;RO=0;SAF=45;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.15865e-05;OID=.;OPOS=37349033;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:53:45:0:0:53:45:0:0 chr6 37450914 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000679782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.902;QD=60.2306;RBI=0.0168546;REFB=0;REVB=0.0168409;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.72887e-05;OID=.;OPOS=37450914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr6 37475508 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00595539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.991;QD=37.4885;RBI=0.00595539;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103677;OID=.;OPOS=37475508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr6 37603101 . GTG GCA 473.08 PASS AF=0.785714;AO=29;DP=42;FAO=33;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.03185;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=156.239;QD=45.0553;RBI=0.0629024;REFB=-0.0617685;REVB=0.0542429;RO=6;SAF=15;SAR=14;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10078;STB=0.541038;STBP=0.276;TYPE=mnp;VARB=0.0155042;OID=.;OPOS=37603102;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.785714:29:42:33:42:6:19:14:5:1:34:6:15:14:5:1 chr6 37604885 . A G 42.13 PASS AF=0.125;AO=8;DP=63;FAO=8;FDP=64;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=41;FWDB=-0.00604169;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7571;QD=2.63291;RBI=0.0535644;REFB=-0.00712577;REVB=-0.0532226;RO=55;SAF=3;SAR=5;SRF=14;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168772;STB=0.605024;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0318592;OID=.;OPOS=37604885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:63:64:55:56:8:8:0.125:5:3:14:41:5:3:15:41 chr6 37623566 . C T 379.78 PASS AF=0.789474;AO=30;DP=38;FAO=30;FDP=38;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0559511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7535;QD=39.9765;RBI=0.0624516;REFB=-0.0573311;REVB=0.0277431;RO=8;SAF=13;SAR=17;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231553;STB=0.512536;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0110669;OID=.;OPOS=37623566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:8:8:30:30:0.789474:17:13:3:5:17:13:3:5 chr6 37623626 . C T 43.01 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00352383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5326;QD=5.37615;RBI=0.0578745;REFB=0.0127456;REVB=-0.0577671;RO=25;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15473;STB=0.601483;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.0474775;OID=.;OPOS=37623626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:3:4:11:14:3:4:11:14 chr6 37626142 . C T 120.99 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0116794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.2;QD=8.20283;RBI=0.0225551;REFB=-0.00244747;REVB=0.0192957;RO=42;SAF=16;SAR=1;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.60865;STB=0.883146;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0134867;OID=.;OPOS=37626142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:42:17:17:0.288136:1:16:24:18:1:16:24:18 chr6 37800789 . A C 475.68 PASS AF=0.782609;AO=36;DP=46;FAO=36;FDP=46;FR=.;FRO=10;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00447244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.594;QD=41.3635;RBI=0.00511414;REFB=-0.0202077;REVB=0.00248027;RO=10;SAF=27;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124617;STB=0.567528;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00703628;OID=.;OPOS=37800789;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:10:10:36:36:0.782609:9:27:5:5:9:27:5:5 chr6 38110010 . G A 908.83 PASS AF=0.632812;AO=80;DP=128;FAO=81;FDP=128;FR=.;FRO=47;FSAF=54;FSAR=27;FSRF=31;FSRR=16;FWDB=0.011894;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=232.681;QD=28.4008;RBI=0.0193204;REFB=-0.0222204;REVB=0.0152253;RO=44;SAF=53;SAR=27;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019054;STB=0.502923;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0101915;OID=.;OPOS=38110010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:44:47:80:81:0.632812:27:53:28:16:27:54:31:16 chr6 38120660 . C T 74.51 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0643161;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8597;QD=22.9259;RBI=0.0780546;REFB=0.0119511;REVB=-0.0442263;RO=3;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509198;STB=0.529336;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.016973;OID=.;OPOS=38120660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:14:13:3:3:8:8:0.615385:6:2:1:2:6:2:1:2 chr6 38121211 . A G 401.43 PASS AF=0.815789;AO=31;DP=38;FAO=31;FDP=38;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0445381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.608;QD=42.2554;RBI=0.046771;REFB=-0.0428963;REVB=0.0142788;RO=7;SAF=13;SAR=18;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986041;STB=0.553158;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0110848;OID=.;OPOS=38121211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:38:38:7:7:31:31:0.815789:18:13:1:6:18:13:1:6 chr6 38650588 . T A 65.51 PASS AF=0.232558;AO=8;DP=41;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.00791667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.212;QD=6.09416;RBI=0.0101106;REFB=-0.00153256;REVB=-0.00628886;RO=33;SAF=6;SAR=2;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.448118;STB=0.820815;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.010211;OID=.;OPOS=38650588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:41:43:33:33:8:10:0.232558:2:6:12:21:2:8:12:21 chr6 38650628 . T G 386.96 PASS AF=0.738095;AO=31;DP=42;FAO=31;FDP=42;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.000761805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.758;QD=36.8534;RBI=0.0127287;REFB=-0.0159705;REVB=0.0127059;RO=11;SAF=11;SAR=20;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970628;STB=0.552811;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00840653;OID=.;OPOS=38650628;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:11:11:31:31:0.738095:20:11:6:5:20:11:6:5 chr6 38670837 . G A 1254.57 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0657262;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9783;QD=60.4614;RBI=0.0944694;REFB=-0.104712;REVB=0.0678568;RO=1;SAF=31;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150302;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00232668;OID=.;OPOS=38670837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:84:83:1:0:82:83:1:51:31:1:0:51:32:0:0 chr6 38705682 . C T 642.05 PASS AF=0.8125;AO=51;DP=64;FAO=52;FDP=64;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0267981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.239;QD=40.1279;RBI=0.0268243;REFB=-0.0290554;REVB=0.0011843;RO=12;SAF=17;SAR=34;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329032;STB=0.514468;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.00566214;OID=.;OPOS=38705682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:64:64:12:12:51:52:0.8125:34:17:5:7:34:18:5:7 chr6 38750812 . T C 63.92 PASS AF=0.135417;AO=13;DP=96;FAO=13;FDP=96;FR=.;FRO=83;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=45;FWDB=-0.0132293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.073;QD=2.66324;RBI=0.0166279;REFB=-0.00484117;REVB=0.0100734;RO=82;SAF=4;SAR=9;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185664;STB=0.636147;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0275824;OID=.;OPOS=38750812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:96:96:82:83:13:13:0.135417:9:4:37:45:9:4:38:45 chr6 38781866 . C G,T 323.49 PASS AF=0.884615,0.0769231;AO=22,3;DP=26;FAO=23,2;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=14,0;FSAR=9,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0310937,-0.050279;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=107.653,57.7303;QD=49.7681;RBI=0.046964,0.0507954;REFB=0.0287185,-0.00100067;REVB=-0.0351966,-0.00722489;RO=1;SAF=13,1;SAR=9,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0486023,0.163246;STB=0.526293,0.5;STBP=0.283,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00822808,-0.0049982;OID=.,.;OPOS=38781866,38781866;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:26:26:1:1:22,3:23,2:0.884615,0.0769231:9,2:13,1:0:1:9,2:14,0:0:1 chr6 38800209 . T C 80.84 PASS AF=0.2;AO=8;DP=66;FAO=13;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0201703;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7466;QD=4.97456;RBI=0.0338803;REFB=-0.00961774;REVB=-0.027222;RO=32;SAF=6;SAR=2;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524961;STB=0.553874;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0161509;OID=.;OPOS=38800209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:66:65:32:51:8:13:0.2:2:6:25:7:6:7:24:27 chr6 38825329 . C T 43.19 PASS AF=0.135593;AO=8;DP=59;FAO=8;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=0.0132438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8269;QD=2.9279;RBI=0.0413332;REFB=-0.00287836;REVB=-0.039154;RO=51;SAF=2;SAR=6;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338544;STB=0.742977;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0244642;OID=.;OPOS=38825329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:59:59:51:51:8:8:0.135593:6:2:27:24:6:2:27:24 chr6 38840492 . G T 786.03 PASS AF=0.775;AO=62;DP=82;FAO=62;FDP=80;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.012482;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.462;QD=39.3017;RBI=0.0237084;REFB=-0.0261892;REVB=0.0201566;RO=18;SAF=22;SAR=40;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651446;STB=0.534932;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0099963;OID=.;OPOS=38840492;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:18:18:62:62:0.775:40:22:9:9:40:22:9:9 chr6 38841083 . T C 181.34 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0359195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3075;QD=32.9714;RBI=0.0443512;REFB=-0.0164939;REVB=-0.0260158;RO=5;SAF=9;SAR=8;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135111;STB=0.574382;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0129494;OID=.;OPOS=38841083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:5:5:17:17:0.772727:8:9:1:4:8:9:1:4 chr6 38841101 . G A 305.87 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.938;QD=53.1941;RBI=0.0276051;REFB=0;REVB=0.0226876;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293097;OID=.;OPOS=38841101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr6 38843426 . C T 1807.56 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4077;QD=60.252;RBI=0.0287352;REFB=0;REVB=0.0260318;RO=1;SAF=69;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683429;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486384;OID=.;OPOS=38843426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:119:120:1:0:118:120:1:49:69:1:0:49:71:0:0 chr6 38951998 . C T 69.63 PASS AF=0.184615;AO=11;DP=62;FAO=12;FDP=65;FR=.;FRO=53;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.000478475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.918;QD=4.28492;RBI=0.0326711;REFB=-0.00600539;REVB=-0.0326676;RO=51;SAF=2;SAR=9;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.544447;STB=0.853101;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0208012;OID=.;OPOS=38951998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:62:65:51:53:11:12:0.184615:9:2:33:18:10:2:33:20 chr6 39033593 . G A 807.62 PASS AF=0.966667;AO=56;DP=58;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0604313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.586;QD=53.841;RBI=0.0643839;REFB=-0.0428608;REVB=0.0222115;RO=2;SAF=31;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00351986;STB=0.501742;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00182332;OID=.;OPOS=39033593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:60:2:2:56:58:0.966667:25:31:1:1:26:32:1:1 chr6 39033602 . A G 754.57 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000543164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.485;QD=54.8776;RBI=0.0023532;REFB=-0.0256352;REVB=-0.00228965;RO=1;SAF=30;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154512;STB=0.508194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000326888;OID=.;OPOS=39033602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:24:30:1:0:24:30:1:0 chr6 39040654 . A C 812.22 PASS AF=0.966667;AO=55;DP=56;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.109771;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4955;QD=54.1482;RBI=0.110455;REFB=-0.0778284;REVB=0.0122719;RO=1;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209431;STB=0.504262;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00368131;OID=.;OPOS=39040654;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:56:60:1:2:55:58:0.966667:22:33:0:1:22:36:1:1 chr6 39041502 . A C 1418.42 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00294999;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.173;QD=63.0407;RBI=0.0373104;REFB=0;REVB=0.0371936;RO=0;SAF=46;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.86954e-05;OID=.;OPOS=39041502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:44:46:0:0:44:46:0:0 chr6 39048491 . A C 741.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0051833;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0442;QD=57.033;RBI=0.0153724;REFB=0;REVB=-0.0144722;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06274e-05;OID=.;OPOS=39048491;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr6 39325078 . A G 2339.69 PASS AF=1;AO=146;DP=148;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00749146;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.296;QD=64.1012;RBI=0.0106856;REFB=0;REVB=0.00761976;RO=0;SAF=55;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115967;OID=.;OPOS=39325078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:148:146:0:0:146:146:1:91:55:0:0:91:55:0:0 chr6 39507889 . C T 986.86 PASS AF=0.985714;AO=67;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0294352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1155;QD=56.3919;RBI=0.0405795;REFB=-0.088285;REVB=0.0279333;RO=2;SAF=48;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471706;STB=0.512192;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00254705;OID=.;OPOS=39507889;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:70:70:2:1:67:69:0.985714:19:48:0:2:20:49:0:1 chr6 39828862 . A C 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.018;QD=62.9809;RBI=0.0441253;REFB=0;REVB=0.00644774;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140119;OID=.;OPOS=39828862;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr6 39851818 . G A 668.63 PASS AF=1;AO=33;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=342.125;QD=62.1985;RBI=0.0626137;REFB=0;REVB=-0.0074859;RO=0;SAF=3;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000363562;OID=.;OPOS=39851818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:33:43:1:30:3:0:0:31:12:0:0 chr6 39864730 . C T 262.95 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0365947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.244;QD=47.8094;RBI=0.042621;REFB=-0.0471175;REVB=0.021849;RO=1;SAF=10;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439301;STB=0.523787;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00136902;OID=.;OPOS=39864730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:11:10:1:0:11:10:1:0 chr6 39865047 . T C 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00339711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.318;QD=44.6872;RBI=0.0261604;REFB=0;REVB=0.0259389;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216717;OID=.;OPOS=39865047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr6 39869952 . T A 392.52 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.856;QD=56.0737;RBI=0.0790687;REFB=0;REVB=0.0638072;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000983988;OID=.;OPOS=39869952;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr6 40360465 . A G 444.82 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6431;QD=57.3963;RBI=0.0378929;REFB=0;REVB=0.0361884;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000603875;OID=.;OPOS=40360465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:15:15:0:0:16:15:0:0 chr6 41029109 . T C 172.47 PASS AF=0.263736;AO=24;DP=91;FAO=24;FDP=91;FR=.;FRO=67;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=0.016261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.995;QD=7.58122;RBI=0.0165063;REFB=-0.00840618;REVB=0.00283542;RO=67;SAF=10;SAR=14;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387062;STB=0.523345;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0240634;OID=.;OPOS=41029109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:67:67:24:24:0.263736:14:10:30:37:14:10:30:37 chr6 41029342 . T C 70.75 PASS AF=0.14;AO=14;DP=100;FAO=14;FDP=100;FR=.;FRO=86;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=-0.0138935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.407;QD=2.82987;RBI=0.014698;REFB=-0.00358855;REVB=0.00479608;RO=82;SAF=6;SAR=8;SRF=36;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132669;STB=0.531746;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0148192;OID=.;OPOS=41029342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:100:100:82:86:14:14:0.14:8:6:36:46:8:6:40:46 chr6 41038845 . C T 78.15 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00914773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.854;QD=6.25201;RBI=0.00915611;REFB=-0.00589982;REVB=-0.000391614;RO=39;SAF=4;SAR=7;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599368;STB=0.538391;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0204268;OID=.;OPOS=41038845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:39:39:11:11:0.22:7:4:16:23:7:4:16:23 chr6 41162518 . T C 76.6 PASS AF=0.170732;AO=12;DP=80;FAO=14;FDP=82;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=0.00173134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.62;QD=3.73647;RBI=0.0119639;REFB=-0.00695765;REVB=0.011838;RO=67;SAF=6;SAR=6;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159448;STB=0.597427;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0300495;OID=.;OPOS=41162518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:80:82:67:68:12:14:0.170732:6:6:25:42:7:7:26:42 chr6 41196156 . C T 565.73 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.497;QD=59.5504;RBI=0.0242841;REFB=0;REVB=0.0166029;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307565;OID=.;OPOS=41196156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:11:25:0:0:12:26:0:0 chr6 41250466 . T A 349.65 PASS AF=0.8;AO=28;DP=35;FAO=28;FDP=35;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0349906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.595;QD=39.9594;RBI=0.0350583;REFB=-0.0343082;REVB=0.00217849;RO=7;SAF=12;SAR=16;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533043;STB=0.528905;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.008566;OID=.;OPOS=41250466;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:7:7:28:28:0.8:16:12:4:3:16:12:4:3 chr6 41270223 . C T 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00300712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1509;QD=61.3352;RBI=0.049324;REFB=0;REVB=-0.0492322;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000349286;OID=.;OPOS=41270223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr6 41303592 . T C 227.14 PASS AF=0.8;AO=20;DP=25;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0716242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.915;QD=36.3422;RBI=0.0727174;REFB=-0.0236341;REVB=-0.0125614;RO=5;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19892;STB=0.60859;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00158433;OID=.;OPOS=41303592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:25:25:5:5:20:20:0.8:11:9:5:0:11:9:5:0 chr6 41303995 . A G 441.05 PASS AF=0.772727;AO=34;DP=44;FAO=34;FDP=44;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00258574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1857;QD=40.0956;RBI=0.0324028;REFB=-0.0856844;REVB=-0.0322994;RO=10;SAF=9;SAR=25;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208777;STB=0.613426;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00883215;OID=.;OPOS=41303995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:10:10:34:34:0.772727:25:9:7:3:25:9:7:3 chr6 41318424 . T A 457.24 PASS AF=0.777778;AO=33;DP=43;FAO=35;FDP=45;FR=.;FRO=10;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0119032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.701;QD=40.6436;RBI=0.0121432;REFB=-0.011059;REVB=0.00240232;RO=10;SAF=19;SAR=14;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331006;STB=0.51612;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0028917;OID=.;OPOS=41318424;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:45:10:10:33:35:0.777778:14:19:5:5:15:20:5:5 chr6 41318438 . A G 510.9 PASS AF=0.791667;AO=38;DP=48;FAO=38;FDP=48;FR=.;FRO=10;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0157643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.163;QD=42.5751;RBI=0.0180592;REFB=-0.029575;REVB=0.00881041;RO=10;SAF=22;SAR=16;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311088;STB=0.51677;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0076837;OID=.;OPOS=41318438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:10:10:38:38:0.791667:16:22:5:5:16:22:5:5 chr6 41621618 . A G 175.63 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.095;QD=46.8345;RBI=0.016615;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=15;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227424;OID=.;OPOS=41621618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:0:15:0:0:0:15:0:0 chr6 41621625 . G A 143.72 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0269195;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=234.278;QD=33.8157;RBI=0.0269195;REFB=0.0359559;REVB=0;RO=0;SAF=14;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0036808;OID=.;OPOS=41621625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:17:0:3:14:14:0.823529:0:14:0:0:0:14:3:0 chr6 41652514 . C T 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0351955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.922;QD=30.7903;RBI=0.0443837;REFB=-0.00104779;REVB=0.0270405;RO=1;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286738;STB=0.666169;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.000132886;OID=.;OPOS=41652514;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:7:1:1:0:7:1:1:0 chr6 41721634 . A T 83.17 PASS AF=0.152381;AO=16;DP=105;FAO=16;FDP=105;FR=.;FRO=89;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=48;FWDB=0.000374555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0181;QD=3.16848;RBI=0.000772704;REFB=-0.00276734;REVB=0.000675855;RO=88;SAF=10;SAR=6;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199297;STB=0.638126;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0177681;OID=.;OPOS=41721634;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:105:105:88:89:16:16:0.152381:6:10:41:47:6:10:41:48 chr6 41721682 . G GT 43.09 PASS AF=0.165049;AO=17;DP=108;FAO=17;FDP=103;FR=.;FRO=86;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=0.0079602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.9864;QD=1.67335;RBI=0.00835963;REFB=0.0041992;REVB=0.00255316;RO=91;SAF=12;SAR=5;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271363;STB=0.676638;STBP=0.109;TYPE=ins;VARB=-0.0176632;OID=.;OPOS=41721683;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.165049:17:108:17:103:86:12:5:43:43:43:91:12:5:45:46 chr6 41753084 . C T 766.5 PASS AF=0.855072;AO=59;DP=69;FAO=59;FDP=69;FR=.;FRO=10;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0220602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.873;QD=44.4347;RBI=0.0465476;REFB=-0.0527209;REVB=0.0409881;RO=10;SAF=20;SAR=39;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118686;STB=0.506327;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00294463;OID=.;OPOS=41753084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:69:69:10:10:59:59:0.855072:39:20:3:7:39:20:3:7 chr6 41753117 . G A 826.03 PASS AF=0.910448;AO=59;DP=66;FAO=61;FDP=67;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00671267;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.06;QD=49.3154;RBI=0.0445176;REFB=-0.0355984;REVB=0.0440086;RO=6;SAF=21;SAR=38;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00428331;STB=0.502656;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00275304;OID=.;OPOS=41753117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:66:67:6:6:59:61:0.910448:38:21:2:4:39:22:2:4 chr6 41754576 . C T 196.22 PASS AF=0.944444;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0650084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.959;QD=43.6036;RBI=0.0727311;REFB=0.0038455;REVB=0.0326147;RO=1;SAF=9;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481057;STB=0.523782;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000666058;OID=.;OPOS=41754576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:18:1:1:16:17:0.944444:7:9:1:0:7:10:1:0 chr6 41800629 . T C 503.69 PASS AF=0.76;AO=38;DP=50;FAO=38;FDP=50;FR=.;FRO=12;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00835375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.469;QD=40.2953;RBI=0.0309611;REFB=-0.0442269;REVB=0.0298129;RO=12;SAF=20;SAR=18;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627666;STB=0.533881;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.01508;OID=.;OPOS=41800629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:50:50:12:12:38:38:0.76:18:20:8:4:18:20:8:4 chr6 41889409 . C A 60.75 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.00942296;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.509;QD=5.92724;RBI=0.0303868;REFB=-0.0404374;REVB=0.0288889;RO=31;SAF=1;SAR=8;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.681938;STB=0.925157;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0219302;OID=.;OPOS=41889409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:42:41:31:32:9:9:0.219512:8:1:23:8:8:1:24:8 chr6 41903344 . GCCCCC GCCCC,GCCCCCG,GCCCCG 196.0 PASS AF=0.777778,0,0.222222;AO=8,3,2;DP=28;FAO=21,0,6;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0,6;FSAR=1,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.443828,-0.0240272,0.0234058;FXX=0.0357015;HRUN=5,0,5;LEN=1,1,1;MLLD=9.86073,29.9512,30.3667;QD=29.0373;RBI=0.473923,0.103836,0.0531311;REFB=0,0,0;REVB=0.166191,-0.101017,0.0476978;RO=9;SAF=8,3,2;SAR=0,0,0;SRF=9;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,ins,snp;VARB=0.090051,0.0565529,0.108097;OID=.,.,.;OPOS=41903345,41903350,41903349;OREF=C,-,C;OALT=-,G,G;OMAPALT=GCCCC,GCCCCCG,GCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.777778,0,0.222222:8,3,2:28:21,0,6:27:0:20,0,6:1,0,0:0:0:26:9:8,3,2:0,0,0:9:0 chr6 41903782 . A C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0549103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5835;QD=50.4131;RBI=0.0648232;REFB=0;REVB=0.0344514;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000418306;OID=.;OPOS=41903782;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr6 42044945 . G A 789.3 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04577;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6604;QD=64.4326;RBI=0.0620116;REFB=0;REVB=-0.0418396;RO=0;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000249276;OID=.;OPOS=42044945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:33:16:0:0:33:16:0:0 chr6 42110171 . C G 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00343874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.329;QD=24.0275;RBI=0.0494781;REFB=-0.0527118;REVB=0.0493585;RO=8;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126876;STB=0.571326;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0161553;OID=.;OPOS=42110171;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:6:8:3:5:6:8:3:5 chr6 42123317 . A C 92.27 PASS AF=0.146154;AO=19;DP=131;FAO=19;FDP=130;FR=.;FRO=111;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=69;FSRR=42;FWDB=-0.0246154;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.104;QD=2.839;RBI=0.0368755;REFB=-0.00417781;REVB=-0.0274569;RO=108;SAF=12;SAR=7;SRF=69;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00996318;STB=0.509081;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0214613;OID=.;OPOS=42123317;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:131:130:108:111:19:19:0.146154:7:12:69:39:7:12:69:42 chr6 42162388 . A G 1731.29 PASS AF=1;AO=114;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.558;QD=60.7469;RBI=0.0590839;REFB=0;REVB=0.0320152;RO=0;SAF=62;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38654e-05;OID=.;OPOS=42162388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:114:114:1:52:62:0:0:52:62:0:0 chr6 42532102 . C T 347.33 PASS AF=0.74359;AO=26;DP=37;FAO=29;FDP=39;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00150619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.854;QD=35.6237;RBI=0.0168662;REFB=-0.02177;REVB=0.0167989;RO=10;SAF=16;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609255;STB=0.51336;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00776025;OID=.;OPOS=42532102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:37:39:10:10:26:29:0.74359:10:16:5:5:13:16:5:5 chr6 42600319 . A G 1403.92 PASS AF=0.970588;AO=98;DP=102;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0213548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.93;QD=55.0556;RBI=0.0215216;REFB=-0.0705754;REVB=0.00267424;RO=4;SAF=53;SAR=45;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00305217;STB=0.503883;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.000865983;OID=.;OPOS=42600319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:102:102:4:3:98:99:0.970588:45:53:2:2:46:53:2:1 chr6 42627434 . G A 652.19 PASS AF=0.909091;AO=49;DP=54;FAO=50;FDP=55;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0294297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3427;QD=47.4319;RBI=0.0328745;REFB=0.059773;REVB=-0.0146502;RO=5;SAF=28;SAR=21;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302425;STB=0.5147;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.0104379;OID=.;OPOS=42627434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:54:55:5:5:49:50:0.909091:21:28:2:3:22:28:2:3 chr6 42650772 . C T 233.63 PASS AF=0.675676;AO=16;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0566947;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=35.8414;QD=25.2575;RBI=0.0969854;REFB=-0.0608594;REVB=0.0786885;RO=10;SAF=3;SAR=13;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202388;STB=0.603086;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0110157;OID=.;OPOS=42650772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:37:37:10:12:16:25:0.675676:13:3:4:6:19:6:6:6 chr6 42666061 . T C 62.08 PASS AF=0.264706;AO=8;DP=32;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0405342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0552;QD=7.30365;RBI=0.0674144;REFB=-0.0166728;REVB=-0.0538672;RO=24;SAF=7;SAR=1;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391027;STB=0.792008;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.036846;OID=.;OPOS=42666061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:34:24:25:8:9:0.264706:1:7:15:9:1:8:15:10 chr6 42666145 . C T 904.94 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0974747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7489;QD=56.5586;RBI=0.101789;REFB=-0.139384;REVB=0.0293204;RO=1;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160049;STB=0.508472;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0150786;OID=.;OPOS=42666145;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:29:34:0:1:29:34:0:1 chr6 42666164 . G C 111.03 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0308511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.86;QD=7.52759;RBI=0.047254;REFB=-0.00892728;REVB=-0.0357932;RO=43;SAF=13;SAR=3;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.503742;STB=0.806893;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0482624;OID=.;OPOS=42666164;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:43:43:16:16:0.271186:3:13:17:26:3:13:17:26 chr6 42689755 . A G 104.38 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0163108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1096;QD=10.4376;RBI=0.0594433;REFB=0.00953517;REVB=-0.0571617;RO=27;SAF=4;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165467;STB=0.59984;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=-0.0209341;OID=.;OPOS=42689755;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:9:4:12:15:9:4:12:15 chr6 42713618 . A G 888.57 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00927458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.986;QD=56.417;RBI=0.022494;REFB=0.0240006;REVB=0.020493;RO=1;SAF=34;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136847;STB=0.507244;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.000351049;OID=.;OPOS=42713618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:28:34:1:0:28:34:1:0 chr6 42989057 . T C 755.95 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0694833;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.376;QD=57.0527;RBI=0.0772771;REFB=0;REVB=0.0338206;RO=0;SAF=10;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.05342e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131892;OID=.;OPOS=42989057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:42:10:0:0:43:10:0:0 chr6 43014298 . TT CC 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332015;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=127.631;QD=43.4862;RBI=0.0533225;REFB=0;REVB=0.0417248;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000667866;OID=.;OPOS=43014298;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr6 43023904 . GCCCCCA CGCCCCA,GCCCCA,GCCCCAC 489.72 PASS AF=0.138889,0.861111,0;AO=14,28,5;DP=72;FAO=10,62,0;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=0,33,0;FSAR=10,29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526574,0.304858,-0.024814;FXX=0.0270234;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,2;MLLD=43.6827,9.04684,98.7325;QD=27.2065;RBI=0.0534368,0.386802,0.0321931;REFB=-0.0129447,-0.0842912,-0.0227018;REVB=-0.00909312,0.23807,-0.0205101;RO=18;SAF=0,20,5;SAR=14,8,0;SRF=6;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.793896,0.285185,0.742647;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=-0.0962807,0.120405,0;OID=.,.,.;OPOS=43023904,43023905,43023909;OREF=GC,C,CA;OALT=CG,-,AC;OMAPALT=CGCCCCA,GCCCCA,GCCCCAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:34:72:72:18:0:14,28,5:10,62,0:0.138889,0.861111,0:14,8,0:0,20,5:6:12:10,29,0:0,33,0:0:0 chr6 43109751 . G A 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0316892;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=167.43;QD=7.46499;RBI=0.0325346;REFB=-0.0098697;REVB=-0.00736873;RO=17;SAF=1;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.564383;STB=0.856123;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0225225;OID=.;OPOS=43109751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:6:1:11:6:6:1:11:6 chr6 43154091 . C G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190559;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.801;QD=59.4356;RBI=0.0363801;REFB=0;REVB=0.0309901;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129847;OID=.;OPOS=43154091;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:25:10:0:0:25:10:0:0 chr6 43191017 . G A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0242896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.845;QD=15.2589;RBI=0.0274288;REFB=-0.0472375;REVB=0.0127419;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183473;STB=0.60839;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0644081;OID=.;OPOS=43191017;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:2:4:3:4:2:4 chr6 43222356 . G A 52.4 PASS AF=0.113208;AO=12;DP=106;FAO=12;FDP=106;FR=.;FRO=94;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=62;FWDB=-0.0162572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.484;QD=1.97752;RBI=0.0170353;REFB=-0.0064659;REVB=0.00508963;RO=93;SAF=8;SAR=4;SRF=32;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376334;STB=0.767055;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0550205;OID=.;OPOS=43222356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:106:106:93:94:12:12:0.113208:4:8:32:61:4:8:32:62 chr6 43251039 . C G 34.66 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0133261;FXX=0.0465008;HRUN=5;LEN=1;MLLD=32.0548;QD=3.38189;RBI=0.0292056;REFB=-0.0327171;REVB=-0.025988;RO=29;SAF=6;SAR=1;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.62946;STB=0.893436;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.130739;OID=.;OPOS=43251039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:43:41:29:34:7:7:0.170732:1:6:8:21:1:6:11:23 chr6 43270097 . T C,G 735.32 PASS AF=0.957447,0.0425532;AO=44,2;DP=46;FAO=45,2;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24,1;FSAR=21,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253314,-0.025674;FXX=0.020829;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=76.6752,37.6753;QD=62.5806;RBI=0.0305912,0.0308574;REFB=0,0;REVB=0.0171506,0.017118;RO=0;SAF=23,1;SAR=21,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.2717e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00443263,-0.011693;OID=.,.;OPOS=43270097,43270097;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:46:47:0:0:44,2:45,2:0.957447,0.0425532:21,1:23,1:0:0:21,1:24,1:0:0 chr6 43270151 . C T 40.89 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0239893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.93;QD=3.63485;RBI=0.0246537;REFB=-0.00695018;REVB=0.00568497;RO=38;SAF=3;SAR=4;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229244;STB=0.516083;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0734011;OID=.;OPOS=43270151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:38:38:7:7:0.155556:4:3:17:21:4:3:17:21 chr6 43306346 . A G 1513.94 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0290494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.702;QD=62.4304;RBI=0.0381446;REFB=-0.0972252;REVB=0.0247213;RO=1;SAF=58;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123156;STB=0.506492;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00111243;OID=.;OPOS=43306346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:38:58:0:1:38:58:0:1 chr6 43307861 . G A 37.86 PASS AF=0.115942;AO=8;DP=70;FAO=8;FDP=69;FR=.;FRO=61;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.0293558;FXX=0.0142837;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.466;QD=2.19482;RBI=0.0309499;REFB=-0.0016824;REVB=0.00980487;RO=61;SAF=4;SAR=4;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681952;STB=0.550599;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0193314;OID=.;OPOS=43307861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:70:69:61:61:8:8:0.115942:4:4:34:27:4:4:34:27 chr6 43471417 . C T 331.28 PASS AF=0.717949;AO=27;DP=39;FAO=28;FDP=39;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0243246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.83;QD=33.9771;RBI=0.0255372;REFB=-0.0356823;REVB=0.00777606;RO=11;SAF=16;SAR=11;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122374;STB=0.569782;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.014006;OID=.;OPOS=43471417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:11:11:27:28:0.717949:11:16:4:7:11:17:4:7 chr6 43492578 . G A 486.43 PASS AF=0.755102;AO=37;DP=49;FAO=37;FDP=49;FR=.;FRO=12;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0143019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.741;QD=39.7084;RBI=0.0170104;REFB=-0.0143917;REVB=0.00920919;RO=11;SAF=23;SAR=14;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737935;STB=0.531161;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00369326;OID=.;OPOS=43492578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:11:12:37:37:0.755102:14:23:5:6:14:23:6:6 chr6 43638636 . G A 43.55 PASS AF=0.10989;AO=10;DP=91;FAO=10;FDP=91;FR=.;FRO=81;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=-0.0080305;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.558;QD=1.91418;RBI=0.0141126;REFB=-0.00556929;REVB=-0.0116051;RO=81;SAF=4;SAR=6;SRF=45;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183743;STB=0.636097;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0379446;OID=.;OPOS=43638636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:91:91:81:81:10:10:0.10989:6:4:45:36:6:4:45:36 chr6 43752536 . C T 1643.01 PASS AF=0.887218;AO=117;DP=132;FAO=118;FDP=133;FR=.;FRO=15;FSAF=52;FSAR=66;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00874976;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.97;QD=49.414;RBI=0.0140433;REFB=-0.0393586;REVB=0.0109843;RO=14;SAF=52;SAR=65;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326056;STB=0.512313;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00339516;OID=.;OPOS=43752536;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:132:133:14:15:117:118:0.887218:65:52:4:10:66:52:5:10 chr6 43968814 . A G 237.03 PASS AF=0.75;AO=21;DP=27;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00653398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.076;QD=33.8611;RBI=0.024119;REFB=-0.0370805;REVB=0.023217;RO=5;SAF=12;SAR=9;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130694;STB=0.57136;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00601093;OID=.;OPOS=43968814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:27:28:5:7:21:21:0.75:9:12:1:4:9:12:2:5 chr6 43970827 . G A 393.3 PASS AF=0.775;AO=31;DP=40;FAO=31;FDP=40;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0024698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5677;QD=39.3295;RBI=0.00279597;REFB=0.0134674;REVB=-0.00131054;RO=9;SAF=19;SAR=12;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124841;STB=0.567384;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.00497379;OID=.;OPOS=43970827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:9:9:31:31:0.775:12:19:8:1:12:19:8:1 chr6 44081718 . G A 1255.39 PASS AF=1;AO=70;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00808111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1755;QD=61.2384;RBI=0.204213;REFB=0;REVB=0.204053;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114976;OID=.;OPOS=44081718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:70:82:1:34:36:0:0:44:38:0:0 chr6 44108848 . C T 758.9 PASS AF=0.933333;AO=56;DP=61;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0358383;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4144;QD=50.5936;RBI=0.0375157;REFB=-0.0637177;REVB=0.0110924;RO=3;SAF=21;SAR=35;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00426017;STB=0.508925;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00338227;OID=.;OPOS=44108848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:61:60:3:4:56:56:0.933333:35:21:1:2:35:21:1:3 chr6 44147821 . A G 154.24 PASS AF=0.258824;AO=22;DP=86;FAO=22;FDP=85;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0065426;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.212;QD=7.25829;RBI=0.00793698;REFB=0.00390652;REVB=-0.00449333;RO=62;SAF=7;SAR=15;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152775;STB=0.599906;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.0146987;OID=.;OPOS=44147821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:62:63:22:22:0.258824:15:7:27:35:15:7:28:35 chr6 44201807 . TAAAA TAAA,TAAAAT,TTAAA 38.31 PASS AF=0.157895,0.105263,0;AO=6,4,2;DP=37;FAO=6,4,0;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=1,0,0;FSAR=5,4,0;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.183253,-0.0134019,0.119986;FXX=0;HRUN=5,1,5;LEN=1,1,1;MLLD=9.00909,248.432,14.5814;QD=4.03313;RBI=0.243443,0.0259327,0.148787;REFB=-0.122505,-0.0106048,-0.0785156;REVB=-0.160259,-0.0222012,-0.0879822;RO=17;SAF=0,0,0;SAR=6,4,2;SRF=11;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.760438,-0.710033,-0.594792;STB=0.847942,0.997663,0.5;STBP=0.1,0.015,1;TYPE=del,ins,snp;VARB=0.129641,0.0202211,0;OID=.,.,.;OPOS=44201808,44201812,44201808;OREF=A,-,A;OALT=-,T,T;OMAPALT=TAAA,TAAAAT,TTAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.157895,0.105263,0:6,4,2:37:6,4,0:38:28:1,0,0:5,4,0:17:11:16:17:0,0,0:6,4,2:11:6 chr6 44247951 . T G 1062.41 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.5;QD=59.854;RBI=0.058221;REFB=0;REVB=-0.0513233;RO=0;SAF=45;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.24228e-05;OID=.;OPOS=44247951;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:26:45:0:0:26:45:0:0 chr6 44253749 . A G 289.3 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.295;QD=52.5995;RBI=0.0517118;REFB=0;REVB=-0.00741949;RO=0;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000816847;OID=.;OPOS=44253749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:19:3:0:0:19:3:0:0 chr6 44253765 . A G 309.95 PASS AF=0.96;AO=22;DP=23;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0957909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6556;QD=49.5924;RBI=0.0977815;REFB=0.0224945;REVB=-0.0196296;RO=1;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237245;STB=0.512185;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.0094873;OID=.;OPOS=44253765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:25:1:1:22:24:0.96:19:3:0:1:20:4:0:1 chr6 44268135 . C T 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.128;QD=56.9992;RBI=0.0278979;REFB=0;REVB=0.00597844;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156254;OID=.;OPOS=44268135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr6 44268371 . T C 498.18 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.917;QD=58.6098;RBI=0.0597769;REFB=0;REVB=0.04167;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425073;OID=.;OPOS=44268371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr6 44275011 . T C 689.33 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=8.00826e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.033;QD=62.6667;RBI=0.0201393;REFB=0;REVB=-0.0201391;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.25895e-05;OID=.;OPOS=44275011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:21:22:0:0:21:23:0:0 chr6 44310854 . G A 60.33 PASS AF=0.164179;AO=11;DP=67;FAO=11;FDP=67;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.00493252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.557;QD=3.60186;RBI=0.00521921;REFB=-0.00499058;REVB=-0.00170599;RO=56;SAF=9;SAR=2;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309078;STB=0.714793;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0221995;OID=.;OPOS=44310854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:67:67:56:56:11:11:0.164179:2:9:34:22:2:9:34:22 chr6 44320548 . T A 1212.42 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339503;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5761;QD=61.3884;RBI=0.035167;REFB=0;REVB=0.00917043;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.45754e-05;OID=.;OPOS=44320548;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:33:46:0:0:33:46:0:0 chr6 44403438 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.753;QD=46.848;RBI=0.0214078;REFB=0;REVB=0.0163389;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181405;OID=.;OPOS=44403438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr6 44413463 . T A 49.93 PASS AF=0.125;AO=10;DP=89;FAO=11;FDP=88;FR=.;FRO=77;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=42;FWDB=0.0003178;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.894;QD=2.26969;RBI=0.00549915;REFB=-0.00277029;REVB=-0.00548995;RO=69;SAF=5;SAR=5;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794355;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0373454;OID=.;OPOS=44413463;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:89:88:69:77:10:11:0.125:5:5:30:39:6:5:35:42 chr6 46107752 . C G 90.49 PASS AF=0.233333;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0103367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8369;QD=6.0327;RBI=0.0205225;REFB=-0.0143026;REVB=0.0177293;RO=46;SAF=6;SAR=8;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346938;STB=0.521708;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0713402;OID=.;OPOS=46107752;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:60:60:46:46:14:14:0.233333:8:6:21:25:8:6:21:25 chr6 46108916 . C G 760.85 PASS AF=0.842857;AO=59;DP=70;FAO=59;FDP=70;FR=.;FRO=11;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0296496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6909;QD=43.4773;RBI=0.0389885;REFB=0.0397632;REVB=-0.0253182;RO=11;SAF=27;SAR=32;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000913828;STB=0.500488;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00805402;OID=.;OPOS=46108916;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:70:70:11:11:59:59:0.842857:32:27:5:6:32:27:5:6 chr6 46128688 . G C 133.6 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=67;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.00874564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.704;QD=7.97599;RBI=0.0455733;REFB=-0.00327092;REVB=-0.0447263;RO=48;SAF=12;SAR=7;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276613;STB=0.665469;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00331794;OID=.;OPOS=46128688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:48:48:19:19:0.283582:7:12:19:29:7:12:19:29 chr6 46128745 . C T 784.68 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5546;QD=57.0678;RBI=0.0591567;REFB=0;REVB=-0.0554022;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000427712;OID=.;OPOS=46128745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr6 46129345 . G A 78.96 PASS AF=0.179487;AO=14;DP=77;FAO=14;FDP=78;FR=.;FRO=64;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=43;FWDB=-0.0067285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.697;QD=4.04922;RBI=0.00684412;REFB=-0.0111845;REVB=-0.00125273;RO=63;SAF=8;SAR=6;SRF=20;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313945;STB=0.692332;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0487783;OID=.;OPOS=46129345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:77:78:63:64:14:14:0.179487:6:8:20:43:6:8:21:43 chr6 46135984 . G T 52.29 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0607938;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2052;QD=5.8101;RBI=0.0607949;REFB=-0.00504735;REVB=0.000356377;RO=27;SAF=4;SAR=4;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155619;STB=0.583131;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0150212;OID=.;OPOS=46135984;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:37:36:27:28:8:8:0.222222:4:4:17:10:4:4:17:11 chr6 46563817 . A T 58.3 PASS AF=0.1875;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0137175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.057;QD=4.85829;RBI=0.0139814;REFB=-0.00277723;REVB=0.00270399;RO=39;SAF=1;SAR=8;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.549493;STB=0.870412;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00899299;OID=.;OPOS=46563817;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:48:48:39:39:9:9:0.1875:8:1:21:18:8:1:21:18 chr6 46623698 . T C 571.9 PASS AF=1;AO=33;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.164;QD=60.1998;RBI=0.0756604;REFB=0;REVB=0.0660736;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419764;OID=.;OPOS=46623698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:33:38:1:23:10:0:0:25:13:0:0 chr6 46657057 . A G 879.34 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00947058;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.412;QD=57.6614;RBI=0.0328922;REFB=0;REVB=0.0314992;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.18513e-05;OID=.;OPOS=46657057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:59:61:1:23:36:0:0:24:37:0:0 chr6 46672943 . A G 1510.46 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=105;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00482126;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.292;QD=58.6588;RBI=0.0375401;REFB=0.0380233;REVB=0.0372292;RO=1;SAF=60;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111623;STB=0.505881;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00019708;OID=.;OPOS=46672943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:103:1:1:102:102:0.990291:42:60:0:1:42:60:0:1 chr6 46679303 . A G 83.15 PASS AF=0.132353;AO=18;DP=136;FAO=18;FDP=136;FR=.;FRO=118;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=59;FSRR=59;FWDB=0.0138943;FXX=0.0215812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.335;QD=2.44565;RBI=0.0190201;REFB=-0.00357299;REVB=-0.012989;RO=112;SAF=8;SAR=10;SRF=57;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808926;STB=0.548228;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0306694;OID=.;OPOS=46679303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:136:136:112:118:18:18:0.132353:10:8:57:55:10:8:59:59 chr6 46802370 . G A 1091.25 PASS AF=0.666667;AO=92;DP=137;FAO=92;FDP=138;FR=.;FRO=46;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0205945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.337;QD=31.6305;RBI=0.0278296;REFB=-0.0172228;REVB=0.0187177;RO=45;SAF=47;SAR=45;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269696;STB=0.518106;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.011765;OID=.;OPOS=46802370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:45:46:92:92:0.666667:45:47:21:24:45:47:21:25 chr6 46803018 . A T 235.11 PASS AF=0.869565;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0523163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.309;QD=40.8877;RBI=0.0531224;REFB=-0.0289537;REVB=0.00921902;RO=3;SAF=9;SAR=11;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520434;STB=0.528356;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0126331;OID=.;OPOS=46803018;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:23:23:3:3:20:20:0.869565:11:9:2:1:11:9:2:1 chr6 46803102 . A G 147.66 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0266321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6039;QD=26.8469;RBI=0.0285693;REFB=-0.0172503;REVB=-0.0103409;RO=7;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256359;STB=0.642671;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00867608;OID=.;OPOS=46803102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:9:6:6:1:9:6:6:1 chr6 46824448 . A G 455.9 PASS AF=0.916667;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00368307;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=56.1676;QD=50.6555;RBI=0.0612609;REFB=-0.0201302;REVB=0.0611501;RO=3;SAF=23;SAR=10;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00555534;STB=0.50298;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.00228913;OID=.;OPOS=46824448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:36:36:3:3:33:33:0.916667:10:23:2:1:10:23:2:1 chr6 46826508 . G A 214.31 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0250216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.077;QD=45.1185;RBI=0.0281299;REFB=-0.112114;REVB=-0.0128534;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529379;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00148753;OID=.;OPOS=46826508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:18:18:0.947368:10:8:0:0:10:8:1:0 chr6 46826715 . T A 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.053;QD=60.7156;RBI=0.0150355;REFB=0;REVB=0.00062878;RO=0;SAF=31;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.99365e-05;OID=.;OPOS=46826715;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:45:31:0:0:45:31:0:0 chr6 46826844 . T C 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.046;QD=61.3754;RBI=0.0277168;REFB=0;REVB=0.0212148;RO=0;SAF=44;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86887e-05;OID=.;OPOS=46826844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:36:44:0:0:36:44:0:0 chr6 46826910 . G A 837.08 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0216138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.61;QD=55.8052;RBI=0.0218995;REFB=-0.0755287;REVB=-0.00352585;RO=1;SAF=41;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113712;STB=0.506022;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=3.86412e-05;OID=.;OPOS=46826910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:18:41:1:0:18:41:1:0 chr6 46826979 . A G 1150.02 PASS AF=0.784483;AO=91;DP=117;FAO=91;FDP=116;FR=.;FRO=25;FSAF=38;FSAR=53;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0244408;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.984;QD=39.656;RBI=0.0245898;REFB=-0.0233595;REVB=0.0027032;RO=25;SAF=38;SAR=53;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00929382;STB=0.504957;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.00558902;OID=.;OPOS=46826979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:25:25:91:91:0.784483:53:38:11:14:53:38:11:14 chr6 46827073 . A G 106.99 PASS AF=0.158273;AO=21;DP=138;FAO=22;FDP=139;FR=.;FRO=117;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=72;FWDB=-0.00322678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.229;QD=3.07884;RBI=0.00345738;REFB=-0.0051706;REVB=-0.00124152;RO=114;SAF=12;SAR=9;SRF=44;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23275;STB=0.633089;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0366089;OID=.;OPOS=46827073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:114:117:21:22:0.158273:9:12:44:70:10:12:45:72 chr6 46827126 . C T 1268.62 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00720401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.57;QD=60.4105;RBI=0.0133262;REFB=-0.0337042;REVB=0.0112111;RO=0;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10069e-08;STB=0.505153;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-1.00788e-05;OID=.;OPOS=46827126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:0:1:83:83:0.988095:48:35:0:0:48:35:0:1 chr6 46827239 . C T 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0536498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6014;QD=26.0262;RBI=0.0536561;REFB=0.0518774;REVB=0.000824613;RO=1;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789211;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.0158899;OID=.;OPOS=46827239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:5:1:0:1:5:1:0:1 chr6 46832813 . G A 138.06 PASS AF=0.21875;AO=21;DP=97;FAO=21;FDP=96;FR=.;FRO=75;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=31;FWDB=-0.00789729;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.769;QD=5.75247;RBI=0.00870161;REFB=-0.00606955;REVB=-0.00365389;RO=76;SAF=10;SAR=11;SRF=45;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145253;STB=0.585719;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0220448;OID=.;OPOS=46832813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:76:75:21:21:0.21875:11:10:45:31:11:10:44:31 chr6 46834685 . G A 1529.97 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.598;QD=63.7488;RBI=0.0134769;REFB=0;REVB=0.00786202;RO=0;SAF=58;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.95967e-06;OID=.;OPOS=46834685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:38:58:0:0:38:58:0:0 chr6 46856100 . G A 1453.23 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122548;FXX=0.0212743;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.855;QD=63.1838;RBI=0.0126948;REFB=0;REVB=0.00331329;RO=0;SAF=57;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267589;OID=.;OPOS=46856100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:94:92:0:0:92:92:1:35:57:0:0:35:57:0:0 chr6 46976812 . T C 419.92 PASS AF=0.661017;AO=39;DP=60;FAO=39;FDP=59;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00784568;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.988;QD=28.4692;RBI=0.0291161;REFB=-0.0287039;REVB=0.0280391;RO=20;SAF=24;SAR=15;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564955;STB=0.530711;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0114603;OID=.;OPOS=46976812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:20:20:39:39:0.661017:15:24:14:6:15:24:14:6 chr6 46977458 . T C 339.9 PASS AF=0.818182;AO=27;DP=34;FAO=27;FDP=33;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0363836;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9246;QD=41.1997;RBI=0.0392446;REFB=0.0689654;REVB=0.0147097;RO=6;SAF=15;SAR=12;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379099;STB=0.520533;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.0103541;OID=.;OPOS=46977458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:33:6:6:27:27:0.818182:12:15:4:2:12:15:4:2 chr6 47563692 . C T 1082.23 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00477195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4378;QD=59.3;RBI=0.00655229;REFB=0;REVB=0.0044901;RO=0;SAF=26;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107547;OID=.;OPOS=47563692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:70:73:1:44:26:0:0:46:27:0:0 chr6 47594302 . T C 937.61 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.534;QD=58.6006;RBI=0.0248576;REFB=0;REVB=0.00706866;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09933e-05;OID=.;OPOS=47594302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:33:30:0:0:34:30:0:0 chr6 47594722 . G A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000732961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.612;QD=58.4196;RBI=0.0179278;REFB=0;REVB=0.0179129;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79788e-05;OID=.;OPOS=47594722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:33:30:0:0:33:30:0:0 chr6 47649222 . T G 48.72 PASS AF=0.16;AO=8;DP=50;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0293267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.082;QD=3.89751;RBI=0.0309149;REFB=-0.00453681;REVB=0.00978123;RO=42;SAF=6;SAR=2;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313124;STB=0.718185;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.01863;OID=.;OPOS=47649222;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:50:42:42:8:8:0.16:2:6:21:21:2:6:21:21 chr6 47649265 . T A 524.63 PASS AF=0.8;AO=44;DP=55;FAO=44;FDP=55;FR=.;FRO=11;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00347332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.564;QD=38.155;RBI=0.0118866;REFB=-0.0170027;REVB=-0.0113679;RO=11;SAF=23;SAR=21;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766087;STB=0.541129;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.00383065;OID=.;OPOS=47649265;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:55:55:11:11:44:44:0.8:21:23:8:3:21:23:8:3 chr6 47649573 . CA TG 39.22 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00216967;FXX=0.079968;HRUN=1;LEN=2;MLLD=157.086;QD=6.82142;RBI=0.0271917;REFB=-0.0047637;REVB=0.0271051;RO=17;SAF=1;SAR=5;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443236;STB=0.792598;STBP=0.147;TYPE=mnp;VARB=0.0216619;OID=.;OPOS=47649573;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:24:23:17:17:6:6:0.26087:5:1:9:8:5:1:9:8 chr6 47649694 . A G 53.98 PASS AF=0.134146;AO=11;DP=82;FAO=11;FDP=82;FR=.;FRO=71;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.00579837;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8637;QD=2.63335;RBI=0.00705894;REFB=-0.00238367;REVB=0.00402587;RO=69;SAF=5;SAR=6;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117784;STB=0.581352;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0446835;OID=.;OPOS=47649694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:82:82:69:71:11:11:0.134146:6:5:38:31:6:5:39:32 chr6 47653629 . C T 117.93 PASS AF=0.150943;AO=24;DP=157;FAO=24;FDP=159;FR=.;FRO=135;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=63;FSRR=72;FWDB=-0.026359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.022;QD=2.96686;RBI=0.034687;REFB=-0.00498638;REVB=-0.0225476;RO=133;SAF=13;SAR=11;SRF=63;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863611;STB=0.563394;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0400318;OID=.;OPOS=47653629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:159:133:135:24:24:0.150943:11:13:63:70:11:13:63:72 chr6 47654742 . A T 67.65 PASS AF=0.152941;AO=13;DP=85;FAO=13;FDP=85;FR=.;FRO=72;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=37;FWDB=-0.0191469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.82;QD=3.18376;RBI=0.0193707;REFB=0.0003456;REVB=-0.00293614;RO=72;SAF=9;SAR=4;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259637;STB=0.676789;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.00493714;OID=.;OPOS=47654742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:85:85:72:72:13:13:0.152941:4:9:35:37:4:9:35:37 chr6 47682604 . A C 1438.52 PASS AF=0.93578;AO=101;DP=110;FAO=102;FDP=109;FR=.;FRO=7;FSAF=47;FSAR=55;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0737043;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.861;QD=52.7897;RBI=0.0738584;REFB=-0.104153;REVB=0.00476925;RO=4;SAF=47;SAR=54;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386752;STB=0.50714;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00147684;OID=.;OPOS=47682604;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:110:109:4:7:101:102:0.93578:54:47:4:0:55:47:4:3 chr6 47684591 . G A 85.68 PASS AF=0.182927;AO=15;DP=82;FAO=15;FDP=82;FR=.;FRO=67;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=0.00486787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.932;QD=4.17938;RBI=0.00770904;REFB=0.00580642;REVB=0.00597772;RO=66;SAF=3;SAR=12;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336246;STB=0.718781;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.0413613;OID=.;OPOS=47684591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:82:82:66:67:15:15:0.182927:12:3:29:37:12:3:29:38 chr6 47685100 . CTTTTA CCTTTA,CTTTA,CTTTAT 255.09 PASS AF=0.0487805,0.804878,0;AO=4,7,2;DP=44;FAO=2,33,0;FDP=41;FR=.;FRO=6;FSAF=2,8,0;FSAR=0,25,0;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.041462,0.122462,-0.116625;FXX=0.0465008;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,2;MLLD=8.23805,11.604,29.3667;QD=24.8868;RBI=0.0782498,0.125014,0.117389;REFB=-0.0292439,-0.0797699,-0.00168684;REVB=0.0663621,0.0251334,0.0133695;RO=8;SAF=4,4,2;SAR=0,3,0;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.75998,0.280299,0.684179;STB=0.996247,0.516119,0.5;STBP=0.048,0.741,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0971247,0.0675549,0;OID=.,.,.;OPOS=47685101,47685101,47685104;OREF=T,T,TA;OALT=C,-,AT;OMAPALT=CCTTTA,CTTTA,CTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0487805,0.804878,0:4,7,2:44:2,33,0:41:6:2,8,0:0,25,0:1:5:18:8:4,4,2:0,3,0:2:6 chr6 47791205 . G A 842.37 PASS AF=0.795181;AO=65;DP=82;FAO=66;FDP=83;FR=.;FRO=17;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0711226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.925;QD=40.5963;RBI=0.0721145;REFB=-0.0116244;REVB=-0.0119198;RO=17;SAF=33;SAR=32;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0599469;STB=0.533177;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00302008;OID=.;OPOS=47791205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:17:17:65:66:0.795181:32:33:6:11:32:34:6:11 chr6 47847179 . A G 1125.05 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0661558;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2734;QD=59.213;RBI=0.0741918;REFB=0;REVB=0.0335834;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000171798;OID=.;OPOS=47847179;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:75:76:1:37:38:0:0:38:38:0:0 chr6 47847401 . A G 150.21 PASS AF=0.34;AO=16;DP=49;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=0.012228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.466;QD=12.0166;RBI=0.0127394;REFB=-0.00670584;REVB=0.00357329;RO=32;SAF=1;SAR=15;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400583;STB=0.651962;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0100016;OID=.;OPOS=47847401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:32:33:16:17:0.34:15:1:7:25:15:2:8:25 chr6 49403282 . T C 111.84 PASS AF=0.209302;AO=18;DP=86;FAO=18;FDP=86;FR=.;FRO=68;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=40;FWDB=-0.0694612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0488;QD=5.20194;RBI=0.0708646;REFB=-0.0111551;REVB=0.0140333;RO=68;SAF=8;SAR=10;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417748;STB=0.526287;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0361522;OID=.;OPOS=49403282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:68:68:18:18:0.209302:10:8:28:40:10:8:28:40 chr6 49411477 . G C 131.5 PASS AF=0.203704;AO=22;DP=107;FAO=22;FDP=108;FR=.;FRO=86;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.0169727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2563;QD=4.87043;RBI=0.0214402;REFB=-0.0102171;REVB=-0.0131001;RO=85;SAF=7;SAR=15;SRF=44;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255476;STB=0.665377;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0381498;OID=.;OPOS=49411477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:85:86:22:22:0.203704:15:7:44:41:15:7:45:41 chr6 49425521 . C T 35.07 PASS AF=0.105263;AO=8;DP=76;FAO=8;FDP=76;FR=.;FRO=68;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0133728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.185;QD=1.84567;RBI=0.0300467;REFB=-0.00255219;REVB=-0.0269068;RO=68;SAF=3;SAR=5;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163109;STB=0.624688;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0233551;OID=.;OPOS=49425521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:76:76:68:68:8:8:0.105263:5:3:35:33:5:3:35:33 chr6 49439805 . G A 64.99 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=53;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.02425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.887;QD=4.905;RBI=0.0259993;REFB=-0.00346704;REVB=-0.00937552;RO=43;SAF=6;SAR=4;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192774;STB=0.626616;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0110881;OID=.;OPOS=49439805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:53:43:43:10:10:0.188679:4:6:19:24:4:6:19:24 chr6 49459978 . A G 248.96 PASS AF=0.814815;AO=21;DP=27;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0479367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3542;QD=36.8834;RBI=0.0648494;REFB=-0.0403672;REVB=0.0436752;RO=5;SAF=6;SAR=15;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480677;STB=0.528899;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0123498;OID=.;OPOS=49459978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:27:27:5:5:21:22:0.814815:15:6:2:3:16:6:2:3 chr6 49460152 . A G 236.82 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0250593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4986;QD=26.3137;RBI=0.0288984;REFB=-0.0695275;REVB=-0.0143926;RO=14;SAF=6;SAR=16;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011396;STB=0.506323;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0432151;OID=.;OPOS=49460152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:16:6:4:10:16:6:4:10 chr6 49479775 . A T 110.17 PASS AF=0.14557;AO=23;DP=158;FAO=23;FDP=158;FR=.;FRO=135;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=58;FSRR=77;FWDB=-0.0429325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6379;QD=2.78909;RBI=0.0434535;REFB=-0.00801202;REVB=0.00670876;RO=135;SAF=13;SAR=10;SRF=58;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170692;STB=0.614243;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0646816;OID=.;OPOS=49479775;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:135:135:23:23:0.14557:10:13:58:77:10:13:58:77 chr6 49485266 . C A 1018.44 PASS AF=0.852273;AO=71;DP=84;FAO=75;FDP=88;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=56;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0162702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.461;QD=46.2928;RBI=0.0191062;REFB=-0.0204107;REVB=0.0100164;RO=13;SAF=19;SAR=52;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692858;STB=0.539073;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00296273;OID=.;OPOS=49485266;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:84:88:13:13:71:75:0.852273:52:19:6:7:56:19:6:7 chr6 49494241 . A G 754.27 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.462;QD=56.9263;RBI=0.0522265;REFB=0;REVB=0.0499867;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277099;OID=.;OPOS=49494241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr6 49518914 . C G 1582.51 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6475;QD=57.546;RBI=0.0411386;REFB=0;REVB=0.0157802;RO=0;SAF=50;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00533849;OID=.;OPOS=49518914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:110:0:0:102:110:1:52:50:0:0:60:50:0:0 chr6 49573460 . GA AG,G 1543.37 PASS AF=0.059322,0.940678;AO=7,19;DP=117;FAO=7,111;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=0,50;FSAR=7,61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478498,0.880414;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=145.076,20.0791;QD=52.3178;RBI=0.0522844,1.03432;REFB=0,0;REVB=0.0210725,0.542862;RO=87;SAF=0,1;SAR=7,18;SRF=49;SRR=38;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.589862,-0.67333;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0.11276,0.0342098;OID=.,.;OPOS=49573460,49573461;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:117:118:87:0:7,19:7,111:0.059322,0.940678:7,18:0,1:49:38:7,61:0,50:0:0 chr6 49696473 . G T 744.17 PASS AF=0.979592;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00280397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.094;QD=60.7484;RBI=0.0227254;REFB=-0.00717136;REVB=-0.0225517;RO=1;SAF=21;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218604;STB=0.511623;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.000751707;OID=.;OPOS=49696473;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:49:1:1:46:48:0.979592:25:21:1:0:27:21:1:0 chr6 49701522 . GA G,GG 758.26 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=6,48;DP=54;FAO=2,52;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=2,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158187,-0.0198624;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=208.372,224.317;QD=56.1675;RBI=0.0683309,0.0583464;REFB=0,0;REVB=0.0664747,0.0548615;RO=0;SAF=1,19;SAR=5,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0220527,0.00119333;OID=.,.;OPOS=49701523,49701523;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.037037,0.962963:6,48:54:2,52:54:0:0,20:2,32:0:0:5:0:1,19:5,29:0:0 chr6 49989657 . G A 841.0 PASS AF=0.855263;AO=60;DP=75;FAO=65;FDP=76;FR=.;FRO=11;FSAF=20;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0112196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0074;QD=44.2631;RBI=0.0433474;REFB=0.00672876;REVB=0.0418702;RO=10;SAF=20;SAR=40;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04081;STB=0.521733;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=-0.000538391;OID=.;OPOS=49989657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:75:76:10:11:60:65:0.855263:40:20:2:8:45:20:2:9 chr6 50815229 . T C 80.45 PASS AF=0.116279;AO=20;DP=175;FAO=20;FDP=172;FR=.;FRO=152;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=48;FSRR=104;FWDB=-0.00450983;FXX=0.0171419;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.747;QD=1.87083;RBI=0.00715812;REFB=-0.000976013;REVB=0.00555879;RO=152;SAF=3;SAR=17;SRF=48;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272479;STB=0.704639;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00659005;OID=.;OPOS=50815229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:175:172:152:152:20:20:0.116279:17:3:48:104:17:3:48:104 chr6 51480486 . G T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.199;QD=57.202;RBI=0.0426278;REFB=0;REVB=-0.0390028;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152859;OID=.;OPOS=51480486;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr6 51483961 . T C 422.6 PASS AF=0.75;AO=36;DP=51;FAO=36;FDP=48;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.011182;FXX=0.058812;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.339;QD=35.2164;RBI=0.0146541;REFB=-0.0188314;REVB=-0.00947123;RO=12;SAF=19;SAR=17;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257793;STB=0.513946;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00356485;OID=.;OPOS=51483961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:51:48:12:12:36:36:0.75:17:19:7:5:17:19:7:5 chr6 51491884 . T C 710.96 PASS AF=0.848485;AO=55;DP=66;FAO=56;FDP=66;FR=.;FRO=10;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.00124629;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.66;QD=43.0885;RBI=0.0244176;REFB=-0.0122524;REVB=0.0243858;RO=10;SAF=25;SAR=30;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104152;STB=0.553691;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00179746;OID=.;OPOS=51491884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:66:66:10:10:55:56:0.848485:30:25:1:9:31:25:1:9 chr6 51514001 . TTA T,TT 70.85 PASS AF=0.22449,0.163265;AO=10,10;DP=50;FAO=11,8;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=3,0;FSAR=8,8;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0260375,0.0177394;FXX=0.019996;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=18.8646,10.4446;QD=5.78398;RBI=0.0764805,0.0885697;REFB=-0.0678993,-0.134439;REVB=-0.0719119,-0.086775;RO=24;SAF=3,0;SAR=7,10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0.319149,0;SSSB=-0.0966787,-0.744796;STB=0.553091,0.99816;STBP=0.713,0.021;TYPE=del,del;VARB=0.157331,0.145872;OID=.,.;OPOS=51514002,51514003;OREF=TA,A;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22449,0.163265:10,10:50:11,8:49:30:3,0:8,8:10:20:29:24:3,0:7,10:9:15 chr6 51586771 . GC AC,AT 594.2 PASS AF=0.125,0.875;AO=5,35;DP=40;FAO=5,35;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=1,24;FSAR=4,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00471202,0.00663722;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=118.241,163.393;QD=59.42;RBI=0.0268084,0.0181976;REFB=0,0;REVB=0.0263911,0.016944;RO=0;SAF=1,24;SAR=4,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0536861,-0.0065585;OID=.,.;OPOS=51586771,51586771;OREF=G,GC;OALT=A,AT;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:40:40:0:0:5,35:5,35:0.125,0.875:4,11:1,24:0:0:4,11:1,24:0:0 chr6 51619708 . G A 405.41 PASS AF=0.493976;AO=40;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0354128;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.78;QD=19.5377;RBI=0.0381379;REFB=-0.00335676;REVB=0.0141573;RO=42;SAF=23;SAR=17;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177412;STB=0.578663;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00250568;OID=.;OPOS=51619708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:40:41:0.493976:17:23:16:26:18:23:17:25 chr6 51720838 . T C 52.24 PASS AF=0.147059;AO=10;DP=68;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=42;FWDB=-0.00531178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.674;QD=3.07291;RBI=0.0151436;REFB=-0.0083967;REVB=0.0141814;RO=55;SAF=6;SAR=4;SRF=15;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395728;STB=0.75782;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.040006;OID=.;OPOS=51720838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:68:68:55:58:10:10:0.147059:4:6:15:40:4:6:16:42 chr6 51732807 . C T 419.52 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=65;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0182447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.116;QD=25.8167;RBI=0.0182642;REFB=-0.00471143;REVB=0.000843603;RO=25;SAF=16;SAR=24;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578114;STB=0.53163;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00824224;OID=.;OPOS=51732807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:25:40:40:0.615385:24:16:12:13:24:16:12:13 chr6 51875250 . A C,T 542.9 PASS AF=0.875,0.075;AO=35,3;DP=41;FAO=35,3;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=7,1;FSAR=28,2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0395174,0.0779688;FXX=0.0243843;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=87.5066,18.6237;QD=54.2901;RBI=0.0470893,0.086342;REFB=0.020454,0.101262;REVB=-0.0256083,-0.0370919;RO=1;SAF=7,1;SAR=28,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0622009,-0.266641;STB=0.524576,0.570936;STBP=0.358,0.906;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00359777,0.0697772;OID=.,.;OPOS=51875250,51875250;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:41:40:1:2:35,3:35,3:0.875,0.075:28,2:7,1:1:0:28,2:7,1:1:1 chr6 51890823 . G A 102.96 PASS AF=0.135593;AO=21;DP=175;FAO=24;FDP=177;FR=.;FRO=153;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=77;FSRR=76;FWDB=0.00710385;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.024;QD=2.32686;RBI=0.00769513;REFB=-0.00420003;REVB=-0.0029581;RO=151;SAF=14;SAR=7;SRF=77;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197915;STB=0.643557;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0238571;OID=.;OPOS=51890823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:177:151:153:21:24:0.135593:7:14:77:74:8:16:77:76 chr6 51924774 . A G 754.72 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0104504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0582;QD=54.8886;RBI=0.0222029;REFB=-0.115006;REVB=0.0195898;RO=1;SAF=21;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219106;STB=0.511624;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00240701;OID=.;OPOS=51924774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:33:21:1:0:33:21:1:0 chr6 51947237 . G A 393.31 PASS AF=0.775;AO=31;DP=40;FAO=31;FDP=40;FR=.;FRO=9;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00949907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.846;QD=39.3308;RBI=0.0261085;REFB=-0.023235;REVB=0.0243192;RO=8;SAF=25;SAR=6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334457;STB=0.510197;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00653216;OID=.;OPOS=51947237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:8:9:31:31:0.775:6:25:6:2:6:25:7:2 chr6 52051274 . G A 617.49 PASS AF=0.784615;AO=51;DP=65;FAO=51;FDP=65;FR=.;FRO=14;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0303303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.125;QD=37.9992;RBI=0.0427196;REFB=-0.0179112;REVB=0.0300839;RO=14;SAF=26;SAR=25;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00393451;STB=0.502111;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00545282;OID=.;OPOS=52051274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:65:65:14:14:51:51:0.784615:25:26:7:7:25:26:7:7 chr6 52269151 . T C 425.8 PASS AF=0.74;AO=37;DP=51;FAO=37;FDP=50;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.00117632;FXX=0.019604;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.574;QD=34.064;RBI=0.0150742;REFB=-0.0185122;REVB=0.0150282;RO=13;SAF=18;SAR=19;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198722;STB=0.607127;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00489481;OID=.;OPOS=52269151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:13:13:37:37:0.74:19:18:1:12:19:18:1:12 chr6 52270544 . TTTG T 51.04 PASS AF=0.215385;AO=12;DP=69;FAO=14;FDP=65;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0048255;FXX=0.0714184;HRUN=4;LEN=3;MLLD=235.69;QD=3.1408;RBI=0.0136658;REFB=-0.00892994;REVB=0.0127855;RO=52;SAF=9;SAR=3;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301918;STB=0.681551;STBP=0.161;TYPE=del;VARB=0.0244818;OID=.;OPOS=52270545;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.215385:12:69:14:65:51:10:4:25:26:51:52:9:3:27:25 chr6 52270992 . G A 479.02 PASS AF=0.8;AO=40;DP=51;FAO=40;FDP=50;FR=.;FRO=10;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00999304;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.184;QD=38.3219;RBI=0.0313;REFB=-0.0283903;REVB=0.029662;RO=10;SAF=21;SAR=19;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00930552;STB=0.505008;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00324931;OID=.;OPOS=52270992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:51:50:10:10:40:40:0.8:19:21:5:5:19:21:5:5 chr6 52271204 . C T 57.61 PASS AF=0.166667;AO=10;DP=60;FAO=10;FDP=60;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0030704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.612;QD=3.84055;RBI=0.00403883;REFB=-0.00388858;REVB=0.00262388;RO=50;SAF=8;SAR=2;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.479142;STB=0.8199;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0226825;OID=.;OPOS=52271204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:60:60:50:50:10:10:0.166667:2:8:20:30:2:8:20:30 chr6 52272033 . C T 805.11 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4195;QD=64.4089;RBI=0.0483831;REFB=0;REVB=0.00648244;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000716;OID=.;OPOS=52272033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr6 52272467 . C A,CTTGA 286.71 PASS AF=0,0.956522;AO=2,16;DP=32;FAO=0,22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=0,14;FSAR=0,8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00639778,-0.0132602;FXX=0.11534;HRUN=1,2;LEN=1,4;MLLD=85.886,167.598;QD=49.862;RBI=0.00912944,0.0135694;REFB=-0.0821818,0.0192647;REVB=0.00651269,-0.0028799;RO=12;SAF=2,9;SAR=0,7;SRF=9;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.481962,-0.14855;STB=0.5,0.517226;STBP=1,0.533;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.00210623;OID=.,.;OPOS=52272467,52272468;OREF=C,-;OALT=A,TTGA;OMAPALT=A,CTTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:6:32:23:12:1:2,16:0,22:0,0.956522:0,7:2,9:9:3:0,8:0,14:1:0 chr6 52272471 . C A 34.83 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0168578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.917;QD=4.80371;RBI=0.024911;REFB=0.00193699;REVB=0.0183405;RO=23;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073651;STB=0.54983;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.0170862;OID=.;OPOS=52272471;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:2:4:14:9:2:4:14:9 chr6 52272574 . C T 36.88 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0482276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.567;QD=2.5879;RBI=0.0692558;REFB=-0.00675094;REVB=-0.0497038;RO=49;SAF=4;SAR=3;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168032;STB=0.630181;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0377194;OID=.;OPOS=52272574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:49:50:7:7:0.122807:3:4:21:28:3:4:21:29 chr6 52360283 . T A 567.95 PASS AF=0.865385;AO=45;DP=53;FAO=45;FDP=52;FR=.;FRO=7;FSAF=35;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0272136;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.077;QD=43.6884;RBI=0.0337632;REFB=-0.0316859;REVB=0.0199843;RO=8;SAF=35;SAR=10;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059916;STB=0.51219;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00474829;OID=.;OPOS=52360283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:53:52:8:7:45:45:0.865385:10:35:5:3:10:35:5:2 chr6 52362405 . G A 102.07 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0468315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.992;QD=29.1634;RBI=0.0593466;REFB=-0.00675934;REVB=-0.0364531;RO=3;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119933;STB=0.567442;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.00431801;OID=.;OPOS=52362405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:7:4:2:1:7:4:2:1 chr6 52362865 . A T 512.83 PASS AF=0.947368;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0161104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.116;QD=53.9824;RBI=0.0270704;REFB=-0.0963097;REVB=0.0217546;RO=2;SAF=21;SAR=14;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424896;STB=0.522715;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00252705;OID=.;OPOS=52362865;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:38:2:2:35:36:0.947368:14:21:2:0:15:21:2:0 chr6 52548912 . G A 726.54 PASS AF=0.865672;AO=54;DP=64;FAO=58;FDP=67;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=46;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0172243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.366;QD=43.3754;RBI=0.0221371;REFB=-0.0348299;REVB=0.0139059;RO=10;SAF=10;SAR=44;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968915;STB=0.545977;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0070876;OID=.;OPOS=52548912;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:64:67:10:9:54:58:0.865672:44:10:4:6:46:12:4:5 chr6 52617731 . C G 1536.1 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0026789;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9282;QD=64.0043;RBI=0.0203216;REFB=0;REVB=-0.0201443;RO=0;SAF=40;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.8479e-05;OID=.;OPOS=52617731;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:96:0:0:96:96:1:56:40:0:0:56:40:0:0 chr6 52701143 . C T 199.73 PASS AF=1;AO=14;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.994;QD=46.9949;RBI=0.0254924;REFB=0;REVB=-0.00203714;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147235;OID=.;OPOS=52701143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:14:17:1:7:7:0:0:7:10:0:0 chr6 52843131 . G T 967.98 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2252;QD=58.6652;RBI=0.0924753;REFB=0;REVB=0.083184;RO=0;SAF=35;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00087808;OID=.;OPOS=52843131;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:66:0:0:62:66:1:27:35:0:0:29:37:0:0 chr6 52844045 . G A 689.33 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0144726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.097;QD=54.0651;RBI=0.0653043;REFB=-0.135578;REVB=0.0636804;RO=1;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165122;STB=0.508471;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00379444;OID=.;OPOS=52844045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:49:50:0.980392:28:21:0:1:29:21:0:1 chr6 52963071 . A G 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00528929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.887;QD=53.9058;RBI=0.0213262;REFB=0;REVB=0.0206599;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001555;OID=.;OPOS=52963071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr6 53514946 . A G 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00461891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.79;QD=7.96541;RBI=0.0159141;REFB=-0.00620359;REVB=0.0152291;RO=25;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069353;STB=0.527722;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0171971;OID=.;OPOS=53514946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:25:26:10:10:0.277778:5:5:11:14:5:5:12:14 chr6 53516876 . T G 732.06 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.059;QD=56.312;RBI=0.0212919;REFB=0;REVB=-0.00337145;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.77375e-05;OID=.;OPOS=53516876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:23:28:0:0:23:29:0:0 chr6 53517035 . G A 165.74 PASS AF=0.191781;AO=27;DP=147;FAO=28;FDP=146;FR=.;FRO=118;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=53;FSRR=65;FWDB=0.0334878;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.918;QD=4.54092;RBI=0.0335854;REFB=-0.0151801;REVB=-0.00255846;RO=116;SAF=14;SAR=13;SRF=51;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100579;STB=0.569571;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0655072;OID=.;OPOS=53517035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:116:118:27:28:0.191781:13:14:51:65:13:15:53:65 chr6 53519062 . A G 1176.77 PASS AF=0.827273;AO=91;DP=113;FAO=91;FDP=110;FR=.;FRO=19;FSAF=46;FSAR=45;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.000966962;FXX=0.0265463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.392;QD=42.7918;RBI=0.00692782;REFB=-0.00384072;REVB=-0.00686001;RO=22;SAF=46;SAR=45;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518295;STB=0.514579;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00106937;OID=.;OPOS=53519062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:110:22:19:91:91:0.827273:45:46:8:14:45:46:8:11 chr6 53519605 . C T 1664.95 PASS AF=0.991071;AO=111;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0264565;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.735;QD=59.4626;RBI=0.0270861;REFB=0.00864162;REVB=-0.00580587;RO=0;SAF=70;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65433e-08;STB=0.506023;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000193661;OID=.;OPOS=53519605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:112:112:0:1:111:111:0.991071:41:70:0:0:41:70:0:1 chr6 53519857 . G A 730.56 PASS AF=0.805556;AO=58;DP=72;FAO=58;FDP=72;FR=.;FRO=14;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00846571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4216;QD=40.5866;RBI=0.0251729;REFB=-0.00763525;REVB=-0.0237067;RO=14;SAF=33;SAR=25;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254427;STB=0.513614;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00131143;OID=.;OPOS=53519857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:72:72:14:14:58:58:0.805556:25:33:7:7:25:33:7:7 chr6 53989526 . G A 1225.29 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417318;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4691;QD=61.2644;RBI=0.0682321;REFB=0;REVB=0.0539822;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000854926;OID=.;OPOS=53989526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:80:0:0:80:80:1:41:39:0:0:41:39:0:0 chr6 54054686 . T A 746.96 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.147;QD=63.5712;RBI=0.0370345;REFB=0;REVB=0.00101193;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186756;OID=.;OPOS=54054686;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr6 54079968 . G A 1609.3 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00737581;FXX=0.0092584;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.038;QD=60.1607;RBI=0.0108422;REFB=0;REVB=0.00794674;RO=0;SAF=63;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78072e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.17147e-07;OID=.;OPOS=54079968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:107:0:0:107:107:1:44:63:0:0:44:63:0:0 chr6 54186147 . T C 770.23 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0276454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.109;QD=55.0164;RBI=0.030972;REFB=0.0629297;REVB=-0.0139641;RO=1;SAF=28;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165384;STB=0.508769;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00323236;OID=.;OPOS=54186147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:27:28:1:0:27:28:1:0 chr6 54191970 . T A 740.3 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0636519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6978;QD=56.9466;RBI=0.0656756;REFB=0;REVB=-0.016178;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000633161;OID=.;OPOS=54191970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:19:33:0:0:19:33:0:0 chr6 54254589 . A C 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00989235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.38;QD=59.8558;RBI=0.0197085;REFB=0;REVB=0.0170461;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6772e-05;OID=.;OPOS=54254589;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr6 55142337 . A G 924.29 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0192101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.637;QD=56.8797;RBI=0.019238;REFB=-0.10388;REVB=-0.001035;RO=1;SAF=34;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136897;STB=0.507244;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-1.75215e-06;OID=.;OPOS=55142337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:30:34:1:0:30:34:1:0 chr6 55266625 . T C 43.21 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0250753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.071;QD=5.57592;RBI=0.028165;REFB=-0.00482265;REVB=0.0128257;RO=24;SAF=5;SAR=2;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657525;STB=0.54335;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.014895;OID=.;OPOS=55266625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:24:24:7:7:0.225806:2:5:16:8:2:5:16:8 chr6 55428658 . A C 83.94 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0568356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.506;QD=37.3085;RBI=0.0682795;REFB=0;REVB=0.0378391;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000927517;OID=.;OPOS=55428658;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:8:9:1:6:2:0:0:7:2:0:0 chr6 55739553 . A G 290.92 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0160461;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=138.934;QD=26.447;RBI=0.0183627;REFB=-0.010155;REVB=0.00892809;RO=18;SAF=15;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259981;STB=0.514377;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0040389;OID=.;OPOS=55739553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:11:15:11:7:11:15:11:7 chr6 56044578 . T C 943.8 PASS AF=0.943662;AO=67;DP=71;FAO=67;FDP=71;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0168116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.764;QD=53.1716;RBI=0.0184184;REFB=-0.054881;REVB=0.00752378;RO=4;SAF=39;SAR=28;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00895132;STB=0.504744;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.000779397;OID=.;OPOS=56044578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:71:71:4:4:67:67:0.943662:28:39:2:2:28:39:2:2 chr6 56351972 . G C 195.04 PASS AF=0.282609;AO=26;DP=91;FAO=26;FDP=92;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.0116928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.981;QD=8.48003;RBI=0.0338689;REFB=-0.00206971;REVB=0.0317865;RO=65;SAF=16;SAR=10;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167283;STB=0.594521;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00380706;OID=.;OPOS=56351972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:65:66:26:26:0.282609:10:16:31:34:10:16:32:34 chr6 56417282 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.162;QD=57.0006;RBI=0.0356321;REFB=0;REVB=-0.00674736;RO=0;SAF=20;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.86748e-05;OID=.;OPOS=56417282;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:34:20:0:0:34:20:0:0 chr6 56417545 . T C 191.38 PASS AF=0.944444;AO=16;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00985973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.987;QD=42.5284;RBI=0.0111835;REFB=-0.0754763;REVB=-0.005278;RO=2;SAF=6;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267697;STB=0.523782;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00666481;OID=.;OPOS=56417545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:2:1:16:17:0.944444:10:6:1:1:10:7:0:1 chr6 56426931 . C T 215.08 PASS AF=0.826087;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0136083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.2751;QD=37.4043;RBI=0.0648538;REFB=-0.0489732;REVB=0.06341;RO=4;SAF=13;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.065758;STB=0.536044;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0114331;OID=.;OPOS=56426931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:23:23:4:4:19:19:0.826087:6:13:2:2:6:13:2:2 chr6 56458551 . G A 368.68 PASS AF=0.783784;AO=29;DP=39;FAO=29;FDP=37;FR=.;FRO=8;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0103976;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.619;QD=39.8571;RBI=0.0209344;REFB=-0.052074;REVB=0.0181697;RO=8;SAF=18;SAR=11;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150511;STB=0.581692;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0147012;OID=.;OPOS=56458551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:39:37:8:8:29:29:0.783784:11:18:2:6:11:18:2:6 chr6 56463410 . T C 424.09 PASS AF=0.716981;AO=38;DP=53;FAO=38;FDP=53;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.013281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3071;QD=32.0069;RBI=0.0320778;REFB=0.0397216;REVB=-0.0291994;RO=15;SAF=14;SAR=24;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899896;STB=0.54883;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.010144;OID=.;OPOS=56463410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:15:15:38:38:0.716981:24:14:8:7:24:14:8:7 chr6 56470551 . T A 107.24 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0660656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7995;QD=22.5776;RBI=0.0687205;REFB=-0.0868741;REVB=-0.0189169;RO=7;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162618;STB=0.592433;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0173094;OID=.;OPOS=56470551;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:8:4:4:3:8:4:4:3 chr6 56470690 . G A 396.25 PASS AF=0.660714;AO=37;DP=57;FAO=37;FDP=56;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00406899;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.182;QD=28.3037;RBI=0.0240468;REFB=-0.0354107;REVB=-0.0237;RO=19;SAF=17;SAR=20;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090852;STB=0.549435;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0113026;OID=.;OPOS=56470690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:19:19:37:37:0.660714:20:17:6:13:20:17:6:13 chr6 56471402 . G A 414.37 PASS AF=0.8;AO=32;DP=39;FAO=32;FDP=40;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00944033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.351;QD=41.4374;RBI=0.0104144;REFB=0.0116647;REVB=0.0043978;RO=7;SAF=12;SAR=20;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188885;STB=0.526299;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00900324;OID=.;OPOS=56471402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:39:40:7:8:32:32:0.8:20:12:3:4:20:12:4:4 chr6 56471995 . C T 201.62 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=-0.0155411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.36;QD=28.8028;RBI=0.0243033;REFB=-0.101599;REVB=-0.0186849;RO=9;SAF=13;SAR=6;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235481;STB=0.628456;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0131294;OID=.;OPOS=56471995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:28:28:9:9:19:19:0.678571:6:13:9:0:6:13:9:0 chr6 56482801 . C G 361.74 PASS AF=0.610169;AO=35;DP=58;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0219714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.51;QD=24.5248;RBI=0.026367;REFB=0.00353113;REVB=0.0145765;RO=23;SAF=19;SAR=16;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153399;STB=0.513301;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=-0.00109376;OID=.;OPOS=56482801;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:23:23:35:36:0.610169:16:19:12:11:16:20:12:11 chr6 56484758 . C T 541.73 PASS AF=0.705882;AO=46;DP=66;FAO=48;FDP=68;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.000987222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.988;QD=31.8663;RBI=0.0411177;REFB=-0.0490073;REVB=0.0411059;RO=20;SAF=19;SAR=27;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212412;STB=0.510046;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0168003;OID=.;OPOS=56484758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:20:20:46:48:0.705882:27:19:9:11:28:20:9:11 chr6 56810539 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00802738;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.804;QD=35.5759;RBI=0.0257509;REFB=0;REVB=-0.0244677;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000274008;OID=.;OPOS=56810539;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr6 57013173 . A T 53.08 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0488359;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4259;QD=6.43451;RBI=0.0496547;REFB=0.00327613;REVB=0.00898029;RO=25;SAF=6;SAR=2;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330551;STB=0.71373;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00232522;OID=.;OPOS=57013173;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:33:33:25:25:8:8:0.242424:2:6:12:13:2:6:12:13 chr6 57244780 . G A 295.69 PASS AF=0.484848;AO=31;DP=65;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00145398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.632;QD=17.9205;RBI=0.00155097;REFB=-0.0017557;REVB=0.000539856;RO=33;SAF=25;SAR=6;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327759;STB=0.684081;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00600695;OID=.;OPOS=57244780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:33:34:31:32:0.484848:6:25:17:16:6:26:18:16 chr6 57246884 . A G 830.02 PASS AF=0.459893;AO=86;DP=187;FAO=86;FDP=187;FR=.;FRO=101;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=67;FSRR=34;FWDB=-0.00988998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.474;QD=17.7544;RBI=0.016596;REFB=-0.011901;REVB=-0.0133272;RO=100;SAF=46;SAR=40;SRF=67;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133555;STB=0.570403;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0126081;OID=.;OPOS=57246884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:100:101:86:86:0.459893:40:46:67:33:40:46:67:34 chr6 57246969 . G A 427.51 PASS AF=0.343949;AO=54;DP=157;FAO=54;FDP=157;FR=.;FRO=103;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=59;FSRR=44;FWDB=-0.0345049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.577;QD=10.8919;RBI=0.0349343;REFB=-0.00550687;REVB=-0.00546065;RO=102;SAF=25;SAR=29;SRF=58;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120092;STB=0.571671;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0134908;OID=.;OPOS=57246969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:102:103:54:54:0.343949:29:25:58:44:29:25:59:44 chr6 57246982 . G T 402.46 PASS AF=0.337748;AO=49;DP=150;FAO=51;FDP=151;FR=.;FRO=100;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=56;FSRR=44;FWDB=-0.0552382;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.665;QD=10.6612;RBI=0.0553141;REFB=-0.0118053;REVB=0.00289673;RO=99;SAF=21;SAR=28;SRF=55;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146743;STB=0.584765;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0121986;OID=.;OPOS=57246982;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:99:100:49:51:0.337748:28:21:55:44:29:22:56:44 chr6 57254927 . A G 145.4 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00825819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.97;QD=8.94774;RBI=0.011484;REFB=-0.000527326;REVB=0.00798032;RO=45;SAF=7;SAR=13;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166725;STB=0.599263;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00151113;OID=.;OPOS=57254927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:45:45:20:20:0.307692:13:7:22:23:13:7:22:23 chr6 57254950 . A AT 44.45 PASS AF=0.297872;AO=10;DP=51;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.102524;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.517;QD=3.7829;RBI=0.109112;REFB=-0.0800865;REVB=-0.03734;RO=40;SAF=3;SAR=7;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306039;STB=0.510623;STBP=0.953;TYPE=ins;VARB=0.103436;OID=.;OPOS=57254951;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.297872:10:51:14:47:33:7:7:16:17:44:40:3:7:22:18 chr6 57254986 . G A 42.65 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0445197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.484;QD=5.01773;RBI=0.0679296;REFB=-0.00086994;REVB=-0.0513072;RO=27;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.469073;STB=0.800788;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00335704;OID=.;OPOS=57254986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:27:27:7:7:0.205882:2:5:8:19:2:5:8:19 chr6 57372361 . C A 851.65 PASS AF=0.601562;AO=75;DP=130;FAO=77;FDP=128;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0417481;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.715;QD=26.6142;RBI=0.0444594;REFB=0.00214907;REVB=-0.0152883;RO=50;SAF=27;SAR=48;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626163;STB=0.534575;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=-0.00125105;OID=.;OPOS=57372361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:128:50:51:75:77:0.601562:48:27:22:28:50:27:22:29 chr6 57372365 . A G 143.26 PASS AF=0.19685;AO=25;DP=127;FAO=25;FDP=127;FR=.;FRO=102;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=59;FWDB=0.0283091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.151;QD=4.51214;RBI=0.0310842;REFB=-0.0104425;REVB=0.0128383;RO=100;SAF=6;SAR=19;SRF=43;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267744;STB=0.665333;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0465679;OID=.;OPOS=57372365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:100:102:25:25:0.19685:19:6:43:57:19:6:43:59 chr6 57393125 . A G 305.4 PASS AF=0.419753;AO=33;DP=80;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0132222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.402;QD=15.0816;RBI=0.0311639;REFB=-0.00837201;REVB=0.0282199;RO=47;SAF=20;SAR=13;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14427;STB=0.570134;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0103975;OID=.;OPOS=57393125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:47:47:33:34:0.419753:13:20:22:25:14:20:22:25 chr6 57393144 . A T 153.17 PASS AF=0.252874;AO=22;DP=88;FAO=22;FDP=87;FR=.;FRO=65;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0035533;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.578;QD=7.04243;RBI=0.0305646;REFB=-0.00348727;REVB=-0.0303573;RO=64;SAF=12;SAR=10;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748547;STB=0.551102;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00965603;OID=.;OPOS=57393144;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:64:65:22:22:0.252874:10:12:31:33:10:12:31:34 chr6 57393160 . G A 109.32 PASS AF=0.193548;AO=18;DP=94;FAO=18;FDP=93;FR=.;FRO=75;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=0.00792788;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.904;QD=4.70182;RBI=0.0146111;REFB=-0.00210263;REVB=-0.0122732;RO=75;SAF=9;SAR=9;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252097;STB=0.50537;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0103005;OID=.;OPOS=57393160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:75:75:18:18:0.193548:9:9:36:39:9:9:37:38 chr6 57398154 . T C 438.94 PASS AF=0.383459;AO=51;DP=133;FAO=51;FDP=133;FR=.;FRO=82;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=50;FSRR=32;FWDB=0.0212685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1698;QD=13.2013;RBI=0.035538;REFB=-0.0185446;REVB=-0.028471;RO=82;SAF=23;SAR=28;SRF=50;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171316;STB=0.596925;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0296564;OID=.;OPOS=57398154;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:82:82:51:51:0.383459:28:23:50:32:28:23:50:32 chr6 57398157 . A G 458.25 PASS AF=0.398496;AO=53;DP=133;FAO=53;FDP=133;FR=.;FRO=80;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=49;FSRR=31;FWDB=-0.00995913;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.993;QD=13.782;RBI=0.0124973;REFB=-0.0215963;REVB=0.00754981;RO=80;SAF=25;SAR=28;SRF=49;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149346;STB=0.584125;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0332462;OID=.;OPOS=57398157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:80:80:53:53:0.398496:28:25:49:31:28:25:49:31 chr6 57398163 . A G 491.01 PASS AF=0.398551;AO=55;DP=137;FAO=55;FDP=138;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=52;FSRR=31;FWDB=-0.0159815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.089;QD=14.2323;RBI=0.0199344;REFB=-0.00957523;REVB=-0.0119153;RO=82;SAF=26;SAR=29;SRF=52;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170525;STB=0.591804;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0253517;OID=.;OPOS=57398163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:82:83:55:55:0.398551:29:26:52:30:29:26:52:31 chr6 57398186 . G GA 86.99 PASS AF=0.246667;AO=35;DP=160;FAO=37;FDP=150;FR=.;FRO=113;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=58;FSRR=55;FWDB=0.219279;FXX=0.013157;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.9258;QD=2.31962;RBI=0.219439;REFB=-0.00131685;REVB=-0.00836031;RO=113;SAF=16;SAR=19;SRF=58;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705157;STB=0.50018;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0754357;OID=.;OPOS=57398187;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.246667:35:160:37:150:113:19:18:58:55:86:113:16:19:58:55 chr6 57398201 . T C 442.4 PASS AF=0.341463;AO=56;DP=165;FAO=56;FDP=164;FR=.;FRO=108;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=56;FSRR=52;FWDB=-0.0076443;FXX=0.00606024;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.807;QD=10.7901;RBI=0.0256751;REFB=-0.0133212;REVB=-0.0245107;RO=108;SAF=27;SAR=29;SRF=56;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417284;STB=0.523936;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0299296;OID=.;OPOS=57398201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:164:108:108:56:56:0.341463:29:27:56:52:29:27:56:52 chr6 57398226 . T A 291.8 PASS AF=0.280822;AO=41;DP=156;FAO=41;FDP=146;FR=.;FRO=105;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=55;FSRR=50;FWDB=-0.049363;FXX=0.0874945;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2762;QD=7.99452;RBI=0.0511596;REFB=-0.0168798;REVB=0.0134385;RO=101;SAF=18;SAR=23;SRF=51;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0798993;STB=0.560946;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0397773;OID=.;OPOS=57398226;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:146:101:105:41:41:0.280822:23:18:51:50:23:18:55:50 chr6 57398264 . A G 415.28 PASS AF=0.344371;AO=51;DP=150;FAO=52;FDP=151;FR=.;FRO=99;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=46;FSRR=53;FWDB=-0.0162011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.729;QD=11.0009;RBI=0.0163748;REFB=-0.013445;REVB=0.00237835;RO=98;SAF=25;SAR=26;SRF=45;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355641;STB=0.510591;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0263228;OID=.;OPOS=57398264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:98:99:51:52:0.344371:26:25:45:53:27:25:46:53 chr6 57398270 . C T 258.86 PASS AF=0.253425;AO=37;DP=146;FAO=37;FDP=146;FR=.;FRO=109;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=52;FSRR=57;FWDB=0.00444888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6221;QD=7.09212;RBI=0.0331224;REFB=-0.00826904;REVB=-0.0328222;RO=108;SAF=19;SAR=18;SRF=52;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397418;STB=0.527177;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0281246;OID=.;OPOS=57398270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:108:109:37:37:0.253425:18:19:52:56:18:19:52:57 chr6 57467084 . A G 65.84 PASS AF=0.114286;AO=16;DP=140;FAO=16;FDP=140;FR=.;FRO=124;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=65;FSRR=59;FWDB=-0.00428143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.946;QD=1.88116;RBI=0.00943568;REFB=-0.00431736;REVB=-0.00840841;RO=123;SAF=10;SAR=6;SRF=64;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129745;STB=0.590794;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0214314;OID=.;OPOS=57467084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:140:140:123:124:16:16:0.114286:6:10:64:59:6:10:65:59 chr6 57467093 . A G 67.41 PASS AF=0.118519;AO=16;DP=135;FAO=16;FDP=135;FR=.;FRO=119;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=61;FSRR=58;FWDB=-0.00443106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.828;QD=1.99732;RBI=0.0112307;REFB=-0.00477104;REVB=0.0103196;RO=118;SAF=10;SAR=6;SRF=61;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134469;STB=0.600249;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0261422;OID=.;OPOS=57467093;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:135:135:118:119:16:16:0.118519:6:10:61:57:6:10:61:58 chr6 57467100 . G C 481.45 PASS AF=0.382979;AO=54;DP=143;FAO=54;FDP=141;FR=.;FRO=87;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=49;FSRR=38;FWDB=-0.00588959;FXX=0.0208319;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.204;QD=13.6583;RBI=0.00612644;REFB=-0.0256694;REVB=0.001687;RO=84;SAF=27;SAR=27;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640945;STB=0.538993;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0328327;OID=.;OPOS=57467100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:141:84:87:54:54:0.382979:27:27:47:37:27:27:49:38 chr6 57467107 . C T 118.57 PASS AF=0.156463;AO=23;DP=147;FAO=23;FDP=147;FR=.;FRO=124;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=63;FSRR=61;FWDB=-0.0270647;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.933;QD=3.22642;RBI=0.0424366;REFB=-0.00681573;REVB=-0.0326859;RO=123;SAF=12;SAR=11;SRF=63;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121587;STB=0.511535;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0476288;OID=.;OPOS=57467107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:123:124:23:23:0.156463:11:12:63:60:11:12:63:61 chr6 57467175 . A G 301.07 PASS AF=0.298507;AO=40;DP=133;FAO=40;FDP=134;FR=.;FRO=94;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=51;FSRR=43;FWDB=-0.0219956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.594;QD=8.98727;RBI=0.0222961;REFB=-0.00950061;REVB=0.00364871;RO=93;SAF=14;SAR=26;SRF=50;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226212;STB=0.636227;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0231323;OID=.;OPOS=57467175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:93:94:40:40:0.298507:26:14:50:43:26:14:51:43 chr6 57512476 . G A 1078.64 PASS AF=0.458678;AO=111;DP=243;FAO=111;FDP=242;FR=.;FRO=131;FSAF=55;FSAR=56;FSRF=57;FSRR=74;FWDB=0.0034321;FXX=0.00411506;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.183;QD=17.8288;RBI=0.00528445;REFB=-0.00829379;REVB=-0.00401822;RO=129;SAF=55;SAR=56;SRF=57;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521978;STB=0.532702;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00950017;OID=.;OPOS=57512476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:243:242:129:131:111:111:0.458678:56:55:57:72:56:55:57:74 chr6 57512510 . T G 1983.68 PASS AF=0.677686;AO=162;DP=241;FAO=164;FDP=242;FR=.;FRO=78;FSAF=75;FSAR=89;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=-0.0248656;FXX=0.00411506;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.974;QD=32.7881;RBI=0.0303728;REFB=-0.0489668;REVB=0.0174415;RO=74;SAF=74;SAR=88;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00639987;STB=0.511137;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0187182;OID=.;OPOS=57512510;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:242:74:78:162:164:0.677686:88:74:33:41:89:75:33:45 chr6 57512529 . C A 431.04 PASS AF=0.259259;AO=61;DP=242;FAO=63;FDP=243;FR=.;FRO=180;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=76;FSRR=104;FWDB=-0.0100314;FXX=0.00409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.764;QD=7.0953;RBI=0.0284896;REFB=-0.00292225;REVB=-0.0266651;RO=179;SAF=30;SAR=31;SRF=77;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773741;STB=0.540208;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00870369;OID=.;OPOS=57512529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:242:243:179:180:61:63:0.259259:31:30:77:102:33:30:76:104 chr6 57512565 . T C 700.11 PASS AF=0.433333;AO=66;DP=168;FAO=78;FDP=180;FR=.;FRO=102;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=35;FSRR=67;FWDB=0.04061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.237;QD=15.558;RBI=0.040666;REFB=-0.0076433;REVB=-0.00213328;RO=102;SAF=18;SAR=48;SRF=35;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906758;STB=0.525108;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0113785;OID=.;OPOS=57512565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:180:102:102:66:78:0.433333:48:18:35:67:48:30:35:67 chr6 57512678 . G A 272.02 PASS AF=0.685714;AO=23;DP=34;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.03532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3558;QD=31.0884;RBI=0.0716096;REFB=-0.00266405;REVB=0.0622931;RO=11;SAF=8;SAR=15;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175455;STB=0.599914;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00390804;OID=.;OPOS=57512678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:35:11:11:23:24:0.685714:15:8:7:4:16:8:7:4 chr6 58141869 . C T 197.58 PASS AF=0.44;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0141866;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.408;QD=15.8065;RBI=0.0311263;REFB=-0.0124583;REVB=-0.0277054;RO=28;SAF=16;SAR=6;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277022;STB=0.658672;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0123839;OID=.;OPOS=58141869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:28:28:22:22:0.44:6:16:13:15:6:16:13:15 chr6 58141876 . C T 281.26 PASS AF=0.54717;AO=29;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.0136524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.212;QD=21.2269;RBI=0.0137708;REFB=0.00537557;REVB=-0.00180131;RO=24;SAF=14;SAR=15;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217454;STB=0.620076;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00882842;OID=.;OPOS=58141876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:29:29:0.54717:15:14:18:6:15:14:18:6 chr6 58141878 . A G 213.52 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00601612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.78;QD=16.1145;RBI=0.0245736;REFB=-0.0112208;REVB=-0.0238258;RO=29;SAF=18;SAR=6;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285559;STB=0.663013;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0212766;OID=.;OPOS=58141878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:6:18:14:15:6:18:14:15 chr6 58141886 . G C 616.1 PASS AF=0.888889;AO=49;DP=55;FAO=48;FDP=54;FR=.;FRO=6;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00742572;FXX=0.0181785;HRUN=5;LEN=1;MLLD=272.66;QD=45.6367;RBI=0.0240104;REFB=-0.0317913;REVB=0.0228333;RO=6;SAF=29;SAR=20;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158831;STB=0.50955;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00129188;OID=.;OPOS=58141886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:54:6:6:49:48:0.888889:20:29:4:2:20:28:4:2 chr6 58141920 . G C 152.9 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0177462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.971;QD=11.9922;RBI=0.0329789;REFB=-0.0122916;REVB=-0.0277971;RO=33;SAF=13;SAR=5;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246006;STB=0.64522;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0261158;OID=.;OPOS=58141920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:5:13:17:16:5:13:17:16 chr6 58141935 . T C 50.44 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.0282676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.353;QD=4.92087;RBI=0.0528453;REFB=-0.0165854;REVB=-0.0446494;RO=33;SAF=5;SAR=3;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170197;STB=0.613212;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0618998;OID=.;OPOS=58141935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:33:33:8:8:0.195122:3:5:16:17:3:5:16:17 chr6 58142634 . G A 71.36 PASS AF=0.142857;AO=14;DP=98;FAO=14;FDP=98;FR=.;FRO=84;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=44;FSRR=40;FWDB=-0.00105758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1722;QD=2.91266;RBI=0.0128032;REFB=-0.00972067;REVB=-0.0127595;RO=84;SAF=13;SAR=1;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.565889;STB=0.902738;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0533839;OID=.;OPOS=58142634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:98:98:84:84:14:14:0.142857:1:13:44:40:1:13:44:40 chr6 58142657 . C T 62.51 PASS AF=0.147727;AO=13;DP=83;FAO=13;FDP=88;FR=.;FRO=75;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.0185008;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.8169;QD=2.84129;RBI=0.0259056;REFB=-0.0174997;REVB=-0.0181335;RO=70;SAF=11;SAR=2;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.494494;STB=0.833406;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.111562;OID=.;OPOS=58142657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:83:88:70:75:13:13:0.147727:2:11:32:38:2:11:35:40 chr6 58164635 . T C 240.3 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0443866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5268;QD=28.2709;RBI=0.0458051;REFB=0.00408397;REVB=-0.0113108;RO=12;SAF=17;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154849;STB=0.586123;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00383725;OID=.;OPOS=58164635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:5:17:7:5:5:17:7:5 chr6 58182701 . C T 787.37 PASS AF=0.711111;AO=64;DP=90;FAO=64;FDP=90;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=43;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.035832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.758;QD=34.9943;RBI=0.0364418;REFB=-0.037846;REVB=0.00663853;RO=26;SAF=21;SAR=43;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121966;STB=0.565768;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0257312;OID=.;OPOS=58182701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:26:26:64:64:0.711111:43:21:14:12:43:21:14:12 chr6 58196684 . G A 450.73 PASS AF=1;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420352;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.346;QD=58.1583;RBI=0.0421973;REFB=0;REVB=-0.00369434;RO=0;SAF=23;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151346;OID=.;OPOS=58196684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:30:31:1:7:23:0:0:7:24:0:0 chr6 61944740 . C A 91.17 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.024204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.8447;QD=17.3666;RBI=0.0378232;REFB=-0.0316729;REVB=-0.0290647;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13078;STB=0.575089;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0151783;OID=.;OPOS=61944740;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:3:7:6:5:3:7 chr6 62282965 . C T 518.19 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0544967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0982;QD=22.7778;RBI=0.0546199;REFB=-0.0212851;REVB=-0.00366644;RO=39;SAF=24;SAR=25;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106036;STB=0.561379;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0194497;OID=.;OPOS=62282965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:39:42:49:49:0.538462:25:24:14:25:25:24:15:27 chr6 62283016 . T G 212.8 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0148776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.144;QD=20.267;RBI=0.0157241;REFB=0.0101315;REVB=0.00508969;RO=21;SAF=9;SAR=12;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178562;STB=0.599911;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.0111085;OID=.;OPOS=62283016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:12:9:5:16:12:9:5:16 chr6 62284247 . T G 231.51 PASS AF=0.318681;AO=29;DP=89;FAO=29;FDP=91;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.0355524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4105;QD=10.1761;RBI=0.0371411;REFB=-0.0106914;REVB=-0.0107466;RO=60;SAF=12;SAR=17;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138294;STB=0.58081;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0201982;OID=.;OPOS=62284247;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:60:62:29:29:0.318681:17:12:32:28:17:12:33:29 chr6 62284356 . CA C 314.95 PASS AF=0.617647;AO=38;DP=70;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0365251;FXX=0.0285673;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.0795;QD=18.5265;RBI=0.0365786;REFB=-0.002798;REVB=-0.00197865;RO=26;SAF=16;SAR=22;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087723;STB=0.56193;STBP=0.202;TYPE=del;VARB=0.000152486;OID=.;OPOS=62284357;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.617647:38:70:42:68:26:16:26:14:12:99:26:16:22:14:12 chr6 62284487 . C T 275.6 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.00623016;FXX=0.0337041;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.636;QD=12.8188;RBI=0.00847888;REFB=-0.020799;REVB=-0.00575121;RO=53;SAF=17;SAR=15;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100819;STB=0.562462;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0289297;OID=.;OPOS=62284487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:86:53:54:32:32:0.372093:15:17:33:20:15:17:34:20 chr6 62284512 . T C 1140.67 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.274;QD=60.0354;RBI=0.0351683;REFB=0;REVB=0.0334277;RO=0;SAF=48;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.06384e-05;OID=.;OPOS=62284512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:76:0:0:73:76:1:25:48:0:0:27:49:0:0 chr6 62390916 . T C 732.39 PASS AF=0.555556;AO=70;DP=126;FAO=70;FDP=126;FR=.;FRO=56;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00579259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.428;QD=23.2505;RBI=0.00710778;REFB=-0.0187464;REVB=-0.00411903;RO=56;SAF=33;SAR=37;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00582792;STB=0.503185;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0136882;OID=.;OPOS=62390916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:56:56:70:70:0.555556:37:33:26:30:37:33:26:30 chr6 62442604 . A G 225.98 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0220402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7661;QD=20.544;RBI=0.0220909;REFB=0.00443423;REVB=-0.00149572;RO=21;SAF=14;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597035;STB=0.524207;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=-0.00655265;OID=.;OPOS=62442604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:22:22:22:0.5:8:14:12:9:8:14:13:9 chr6 62887099 . C T 248.38 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0179349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4125;QD=13.9934;RBI=0.0187739;REFB=-0.00510679;REVB=-0.00554942;RO=42;SAF=15;SAR=14;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672959;STB=0.538286;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00755509;OID=.;OPOS=62887099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:14:15:19:23:14:15:19:23 chr6 63921853 . A G 374.43 PASS AF=0.527778;AO=37;DP=71;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00872004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.06;QD=20.8016;RBI=0.00872149;REFB=-0.0161897;REVB=-0.000158777;RO=34;SAF=26;SAR=11;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165031;STB=0.579574;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0112007;OID=.;OPOS=63921853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:34:34:37:38:0.527778:11:26:18:16:12:26:18:16 chr6 63921873 . A T 311.41 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0164585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.314;QD=19.1639;RBI=0.021226;REFB=-0.0095496;REVB=-0.0134038;RO=31;SAF=23;SAR=10;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171595;STB=0.589687;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0110685;OID=.;OPOS=63921873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:32:33:33:0.507692:10:23:16:15:10:23:17:15 chr6 63921924 . A G 184.76 PASS AF=0.475;AO=14;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0427558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.066;QD=18.4756;RBI=0.043087;REFB=-0.00343649;REVB=-0.00533232;RO=19;SAF=11;SAR=3;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.432979;STB=0.780159;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0291766;OID=.;OPOS=63921924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:21:14:19:0.475:3:11:7:12:3:16:8:13 chr6 63922023 . C T 153.26 PASS AF=0.354167;AO=16;DP=49;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0180447;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.699;QD=12.7715;RBI=0.0190126;REFB=-0.0113272;REVB=0.00598886;RO=31;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133605;STB=0.596906;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.016476;OID=.;OPOS=63922023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:31:31:16:17:0.354167:9:7:10:21:9:8:10:21 chr6 63922916 . T C 44.79 PASS AF=0.25;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=21;FWDB=0;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.295;QD=6.39838;RBI=0.0387718;REFB=-0.00751171;REVB=0.0387718;RO=21;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0383293;OID=.;OPOS=63922916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:29:28:21:21:7:7:0.25:7:0:0:21:7:0:0:21 chr6 64694354 . C T 186.37 PASS AF=0.290698;AO=25;DP=85;FAO=25;FDP=86;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.0202003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.46;QD=8.66858;RBI=0.0215089;REFB=-0.0105933;REVB=-0.0073881;RO=60;SAF=9;SAR=16;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131226;STB=0.573028;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.024314;OID=.;OPOS=64694354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:60:61:25:25:0.290698:16:9:28:32:16:9:28:33 chr6 65149185 . T A 768.37 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00767407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7051;QD=54.8838;RBI=0.0400534;REFB=0.087483;REVB=-0.0393113;RO=1;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149647;STB=0.507934;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00283311;OID=.;OPOS=65149185;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:31:24:0:1:31:24:0:1 chr6 65300143 . G C 296.36 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.023941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7288;QD=28.9129;RBI=0.0606086;REFB=-0.0198069;REVB=0.0556797;RO=15;SAF=10;SAR=16;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188229;STB=0.603693;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0188605;OID=.;OPOS=65300143;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:16:10:10:5:16:10:10:5 chr6 65301167 . C T 146.75 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.0439486;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1415;QD=9.17192;RBI=0.0664653;REFB=-0.0175451;REVB=0.0498613;RO=45;SAF=6;SAR=14;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152886;STB=0.514691;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0387439;OID=.;OPOS=65301167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:45:44:20:20:0.3125:14:6:14:31:14:6:14:30 chr6 65301211 . T C 184.39 PASS AF=0.328767;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=37;FWDB=-0.0209852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.941;QD=10.1034;RBI=0.021829;REFB=0.00716616;REVB=0.00601043;RO=48;SAF=8;SAR=16;SRF=12;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112434;STB=0.569838;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.0126151;OID=.;OPOS=65301211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:48:49:24:24:0.328767:16:8:12:36:16:8:12:37 chr6 65301217 . G A 160.68 PASS AF=0.309859;AO=21;DP=70;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=37;FWDB=0.0327003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6925;QD=9.05262;RBI=0.0343891;REFB=0.0144329;REVB=0.0106445;RO=49;SAF=7;SAR=14;SRF=12;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124081;STB=0.592946;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.022646;OID=.;OPOS=65301217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:49:49:21:22:0.309859:14:7:12:37:14:8:12:37 chr6 65301408 . A G 560.98 PASS AF=0.55;AO=55;DP=101;FAO=55;FDP=100;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0175532;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.38;QD=22.4392;RBI=0.021755;REFB=-0.0223555;REVB=-0.0128517;RO=45;SAF=27;SAR=28;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529901;STB=0.529059;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.020629;OID=.;OPOS=65301408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:45:45:55:55:0.55:28:27:25:20:28:27:25:20 chr6 65301504 . A G 1438.11 PASS AF=0.989247;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0277745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.169;QD=61.854;RBI=0.033763;REFB=-0.0850777;REVB=0.0191968;RO=1;SAF=42;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111524;STB=0.505881;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000360442;OID=.;OPOS=65301504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:93:1:1:91:92:0.989247:49:42:1:0:50:42:1:0 chr6 65301679 . T C 142.41 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00687964;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.1245;QD=12.6583;RBI=0.0104451;REFB=-0.011626;REVB=0.00785942;RO=29;SAF=2;SAR=14;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.585081;STB=0.848015;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0345822;OID=.;OPOS=65301679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:14:2:18:11:14:2:18:11 chr6 65301734 . G A 169.16 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0433613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.5541;QD=12.0827;RBI=0.0438529;REFB=-0.0121642;REVB=0.00654825;RO=35;SAF=5;SAR=16;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325478;STB=0.690238;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0149249;OID=.;OPOS=65301734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:16:5:18:17:16:5:18:17 chr6 65301787 . G C 171.78 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0401043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6171;QD=11.0822;RBI=0.0405312;REFB=0.0103445;REVB=0.00586755;RO=40;SAF=6;SAR=16;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189593;STB=0.611189;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.0153165;OID=.;OPOS=65301787;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:16:6:17:23:16:6:17:23 chr6 65301824 . T C 167.34 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.000488177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.56;QD=11.7434;RBI=0.0168585;REFB=-0.00448815;REVB=-0.0168514;RO=36;SAF=7;SAR=14;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334892;STB=0.519462;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.00863981;OID=.;OPOS=65301824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:14:7:13:23:14:7:13:23 chr6 65301854 . G A 141.96 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00695983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3622;QD=13.85;RBI=0.0112739;REFB=0.0131202;REVB=-0.00886919;RO=25;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626859;STB=0.536379;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.0143124;OID=.;OPOS=65301854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:25:25:16:16:0.390244:10:6:8:17:10:6:8:17 chr6 65303100 . T C 210.2 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=39;FWDB=0.034899;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9269;QD=11.6779;RBI=0.0349709;REFB=-0.00903899;REVB=0.00224077;RO=46;SAF=8;SAR=18;SRF=7;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226037;STB=0.628015;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0177392;OID=.;OPOS=65303100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:46:46:26:26:0.361111:18:8:7:39:18:8:7:39 chr6 65622463 . A G 225.66 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.024092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.94;QD=17.0305;RBI=0.0242454;REFB=-0.0249192;REVB=-0.00272348;RO=28;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061768;STB=0.534856;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0290256;OID=.;OPOS=65622463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:15:10:13:15:15:10:13:15 chr6 66005794 . C A 335.57 PASS AF=0.45;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0282226;FXX=0.0123442;HRUN=4;LEN=1;MLLD=81.9378;QD=16.7785;RBI=0.0291312;REFB=-0.0085686;REVB=-0.00721903;RO=40;SAF=28;SAR=8;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280783;STB=0.665473;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0144833;OID=.;OPOS=66005794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:40:44:36:36:0.45:8:28:21:19:8:28:23:21 chr6 66005888 . C T 1066.1 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00631106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.509;QD=58.4163;RBI=0.0113342;REFB=-0.115111;REVB=-0.0094146;RO=1;SAF=37;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126112;STB=0.506665;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00244132;OID=.;OPOS=66005888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:35:37:1:0:35:37:1:0 chr6 66005970 . G A 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.581;QD=64.4149;RBI=0.0381254;REFB=0;REVB=0.00620455;RO=0;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117358;OID=.;OPOS=66005970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:35:15:0:0:35:15:0:0 chr6 66063513 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.033;QD=46.848;RBI=0.0324005;REFB=0;REVB=-0.0222206;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28243e-05;OID=.;OPOS=66063513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr6 66112409 . A G 240.33 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0309762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.974;QD=16.5741;RBI=0.0333048;REFB=-0.0419286;REVB=0.0122347;RO=31;SAF=15;SAR=12;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241713;STB=0.513609;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0373633;OID=.;OPOS=66112409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:27:27:0.465517:12:15:18:13:12:15:18:13 chr6 69666684 . A G 740.33 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00913233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8794;QD=56.9483;RBI=0.023256;REFB=0;REVB=-0.0213879;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000219913;OID=.;OPOS=69666684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr6 70071173 . G A 379.9 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00209644;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.802;QD=56.2816;RBI=0.0237427;REFB=0;REVB=0.02365;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000183242;OID=.;OPOS=70071173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr6 70407465 . A T 165.52 PASS AF=0.328358;AO=21;DP=66;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0178867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.579;QD=9.8819;RBI=0.0254476;REFB=-0.00755827;REVB=-0.0181011;RO=45;SAF=10;SAR=11;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403155;STB=0.507456;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0145944;OID=.;OPOS=70407465;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:45:45:21:22:0.328358:11:10:23:22:11:11:23:22 chr6 70733547 . C G 398.16 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=74;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0187264;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.428;QD=22.1202;RBI=0.0219304;REFB=-0.0161779;REVB=-0.0114134;RO=33;SAF=15;SAR=24;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135932;STB=0.575124;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0149919;OID=.;OPOS=70733547;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:72:33:33:39:39:0.541667:24:15:18:15:24:15:18:15 chr6 70778378 . GC CT 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0317387;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=141.94;QD=10.7535;RBI=0.0343112;REFB=-0.0174381;REVB=0.013035;RO=26;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855449;STB=0.551103;STBP=0.667;TYPE=mnp;VARB=0.032308;OID=.;OPOS=70778378;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:6:7:12:14:6:7:12:14 chr6 70812123 . A G 127.92 PASS AF=0.405405;AO=14;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0104366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.125;QD=13.8293;RBI=0.0143852;REFB=-0.00134616;REVB=0.00990007;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208041;STB=0.50561;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00222507;OID=.;OPOS=70812123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:14:15:0.405405:8:6:9:13:9:6:9:13 chr6 70890224 . G A 316.79 PASS AF=0.421687;AO=35;DP=83;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0149937;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.603;QD=15.2672;RBI=0.01969;REFB=-0.00614382;REVB=-0.0127626;RO=45;SAF=14;SAR=21;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502511;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0122749;OID=.;OPOS=70890224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:48:35:35:0.421687:21:14:18:27:21:14:19:29 chr6 70916888 . A C 160.02 PASS AF=0.377358;AO=19;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00188651;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.084;QD=12.077;RBI=0.0140797;REFB=-0.0186395;REVB=-0.0139527;RO=34;SAF=13;SAR=6;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180322;STB=0.623353;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0275306;OID=.;OPOS=70916888;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:33:19:20:0.377358:6:13:18:16:6:14:17:16 chr6 70917559 . A AT 364.78 PASS AF=1;AO=27;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00587584;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=108.363;QD=45.5979;RBI=0.012607;REFB=0;REVB=0.011154;RO=5;SAF=7;SAR=20;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182824;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000580472;OID=.;OPOS=70917560;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:33:32:32:0:10:22:0:0:7:5:7:20:4:1 chr6 70944257 . T C 179.82 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00710918;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.402;QD=12.6192;RBI=0.00723502;REFB=-0.0103407;REVB=0.00134354;RO=35;SAF=12;SAR=10;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00278579;STB=0.501606;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0265273;OID=.;OPOS=70944257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:35:35:22:22:0.385965:10:12:19:16:10:12:19:16 chr6 70961833 . T C 172.96 PASS AF=0.486486;AO=14;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.0140755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.009;QD=18.6981;RBI=0.0141279;REFB=0.000745709;REVB=-0.00121558;RO=19;SAF=11;SAR=3;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885381;STB=0.608588;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.000549749;OID=.;OPOS=70961833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:14:18:0.486486:3:11:16:3:6:12:16:3 chr6 70963072 . T C 280.9 PASS AF=0.405063;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=79;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.0201192;FXX=0.0124984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.3455;QD=14.2228;RBI=0.0251898;REFB=-0.00319231;REVB=0.0151574;RO=47;SAF=23;SAR=9;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984976;STB=0.556243;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00965934;OID=.;OPOS=70963072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:47:47:32:32:0.405063:9:23:30:17:9:23:30:17 chr6 70963156 . T G 317.0 PASS AF=0.411765;AO=34;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0352621;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3398;QD=14.9177;RBI=0.0741807;REFB=-0.00243109;REVB=0.0652638;RO=49;SAF=21;SAR=13;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156285;STB=0.582891;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00475298;OID=.;OPOS=70963156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:50:34:35:0.411765:13:21:23:26:14:21:23:27 chr6 70964675 . A G 104.6 PASS AF=0.317073;AO=11;DP=39;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.043804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.624;QD=10.2046;RBI=0.0438502;REFB=-0.0193632;REVB=0.00201358;RO=28;SAF=2;SAR=9;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263961;STB=0.538401;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0475038;OID=.;OPOS=70964675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:28:28:11:13:0.317073:9:2:10:18:9:4:10:18 chr6 70981794 . A G 352.65 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0147273;FXX=0.0147037;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.089;QD=21.0538;RBI=0.0160106;REFB=-0.0140141;REVB=-0.00628049;RO=31;SAF=12;SAR=24;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101542;STB=0.505615;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0134984;OID=.;OPOS=70981794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:31:36:36:0.537313:24:12:10:21:24:12:10:21 chr6 71012575 . T C 268.9 PASS AF=0.491803;AO=27;DP=58;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0216232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.458;QD=17.6325;RBI=0.0255628;REFB=-0.0325385;REVB=-0.0136342;RO=28;SAF=15;SAR=12;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146869;STB=0.576108;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0388888;OID=.;OPOS=71012575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:28:31:27:30:0.491803:12:15:11:17:12:18:14:17 chr6 71238105 . A G 662.6 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.625;QD=61.6367;RBI=0.0748605;REFB=0;REVB=0.0469597;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000547082;OID=.;OPOS=71238105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:41:43:1:18:23:0:0:19:24:0:0 chr6 71569090 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.664;QD=56.9568;RBI=0.0144792;REFB=0;REVB=0.00558942;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4618e-05;OID=.;OPOS=71569090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:35:17:0:0:35:17:0:0 chr6 72889472 . A G 851.82 PASS AF=0.9;AO=62;DP=70;FAO=63;FDP=70;FR=.;FRO=7;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0401648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.923;QD=48.6755;RBI=0.0433301;REFB=-0.0110973;REVB=0.0162569;RO=7;SAF=29;SAR=33;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625368;STB=0.5321;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00239412;OID=.;OPOS=72889472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:70:70:7:7:62:63:0.9:33:29:1:6:34:29:1:6 chr6 73752821 . T C 380.76 PASS AF=0.326241;AO=46;DP=133;FAO=46;FDP=141;FR=.;FRO=95;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=49;FSRR=46;FWDB=-0.00634531;FXX=0.0342442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.309;QD=10.8017;RBI=0.0122524;REFB=-0.01882;REVB=-0.0104813;RO=86;SAF=24;SAR=22;SRF=49;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548064;STB=0.504013;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.035175;OID=.;OPOS=73752821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:141:86:95:46:46:0.326241:22:24:49:37:22:24:49:46 chr6 74072832 . C T 44.52 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00127575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.588;QD=7.12285;RBI=0.00304291;REFB=0.0136761;REVB=0.00276256;RO=18;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812293;STB=0.551576;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.0243069;OID=.;OPOS=74072832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:3:4:9:9:3:4:9:9 chr6 74073531 . C G 224.4 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0301567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.675;QD=20.3996;RBI=0.0336047;REFB=-0.0314022;REVB=0.0148275;RO=22;SAF=4;SAR=18;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.310344;STB=0.677237;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0320175;OID=.;OPOS=74073531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:18:4:10:12:18:4:10:12 chr6 74079024 . A G 615.95 PASS AF=0.521008;AO=62;DP=119;FAO=62;FDP=119;FR=.;FRO=57;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.00359325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.223;QD=20.7043;RBI=0.0264208;REFB=-0.00983381;REVB=0.0261753;RO=57;SAF=42;SAR=20;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141722;STB=0.578181;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0067731;OID=.;OPOS=74079024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:57:57:62:62:0.521008:20:42:30:27:20:42:30:27 chr6 74079041 . A C 1691.76 PASS AF=0.991228;AO=110;DP=111;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0294897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3342;QD=59.3601;RBI=0.085443;REFB=-0.112603;REVB=0.0801927;RO=1;SAF=67;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109117;STB=0.505617;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00272585;OID=.;OPOS=74079041;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:114:1:1:110:113:0.991228:43:67:0:1:44:69:0:1 chr6 74125875 . A G 241.17 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00834452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.662;QD=14.6163;RBI=0.00844806;REFB=-0.0149136;REVB=-0.0013186;RO=38;SAF=11;SAR=17;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00199619;STB=0.501133;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0101589;OID=.;OPOS=74125875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:17:11:15:23:17:11:15:23 chr6 74125888 . A G 216.24 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.00102434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.21;QD=13.1053;RBI=0.0164805;REFB=-0.0222469;REVB=-0.0164486;RO=38;SAF=4;SAR=22;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252722;STB=0.673315;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0345399;OID=.;OPOS=74125888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:38:40:26:26:0.393939:22:4:12:26:22:4:14:26 chr6 74135016 . C T 109.92 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00376135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0565;QD=14.6565;RBI=0.0381873;REFB=0.00878273;REVB=0.0380016;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282428;STB=0.646244;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.0231642;OID=.;OPOS=74135016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:17:13:13:0.433333:5:8:5:11:5:8:6:11 chr6 74161503 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.053;QD=33.4285;RBI=0.0127519;REFB=0;REVB=-0.00206488;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113208;OID=.;OPOS=74161503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr6 74161801 . G T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4642;QD=44.6882;RBI=0.0342526;REFB=0;REVB=0.0307696;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138;OID=.;OPOS=74161801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr6 74173899 . TTA T,TT,TTT 153.65 PASS AF=0.486486,0.027027,0;AO=12,7,6;DP=45;FAO=18,1,0;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=9,0,0;FSAR=9,1,0;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0508547,-0.0395807,-0.0916561;FXX=0.0512689;HRUN=5,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=24.7129,13.4525,16.5178;QD=16.6105;RBI=0.144855,0.144385,0.0923336;REFB=-0.080619,-0.0481397,0.0299645;REVB=0.135635,0.138854,0.0111652;RO=14;SAF=8,1,0;SAR=4,6,6;SRF=2;SRR=12;SSEN=0,0.34252,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.458206,-3.65792e-08,-0.666635;STB=0.638746,0.984607,0.5;STBP=0.125,0.515,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.103158,0.0839914,0;OID=.,.,.;OPOS=74173900,74173901,74173901;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.486486,0.027027,0:12,7,6:45:18,1,0:37:18:9,0,0:9,1,0:4:14:99:14:8,1,0:4,6,6:2:12 chr6 74331619 . C T 118.84 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0270763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.927;QD=13.2044;RBI=0.0408705;REFB=0.00579734;REVB=-0.0306148;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305179;STB=0.67669;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.0226232;OID=.;OPOS=74331619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:6:8:6:16:6:8:6:16 chr6 74354175 . C T 295.76 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0179346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7407;QD=22.3212;RBI=0.0398709;REFB=0.00701753;REVB=-0.0356096;RO=23;SAF=9;SAR=21;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188806;STB=0.604865;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.00659558;OID=.;OPOS=74354175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:21:9:12:11:21:9:12:11 chr6 74466377 . C T 594.27 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.057;QD=60.951;RBI=0.0352683;REFB=0;REVB=0.0125166;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292562;OID=.;OPOS=74466377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr6 74493432 . A C 312.12 PASS AF=0.34188;AO=39;DP=115;FAO=40;FDP=117;FR=.;FRO=77;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=59;FSRR=18;FWDB=-0.00758164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.801;QD=10.6708;RBI=0.036075;REFB=-0.000737152;REVB=-0.0352693;RO=75;SAF=18;SAR=21;SRF=57;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337763;STB=0.688442;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00232911;OID=.;OPOS=74493432;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:75:77:39:40:0.34188:21:18:57:18:21:19:59:18 chr6 74497009 . A G 154.07 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00957731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.3674;QD=14.3317;RBI=0.0894268;REFB=-0.00551805;REVB=0.0889124;RO=26;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118371;STB=0.568883;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00712719;OID=.;OPOS=74497009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:6:11:14:12:6:11:14:12 chr6 74497152 . G A 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0215968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.829;QD=17.9562;RBI=0.0287687;REFB=-0.0270897;REVB=0.0190056;RO=17;SAF=5;SAR=11;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194683;STB=0.511097;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0259581;OID=.;OPOS=74497152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:11:5:5:12:11:5:5:12 chr6 74533192 . T G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00431709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.495;QD=59.8387;RBI=0.0317088;REFB=0;REVB=0.0314135;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195916;OID=.;OPOS=74533192;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr6 75797302 . C T 865.96 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=65;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00779241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8329;QD=53.2898;RBI=0.0542698;REFB=-0.0633727;REVB=0.0537074;RO=3;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387624;STB=0.520541;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0168524;OID=.;OPOS=75797302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:65:65:3:3:62:62:0.953846:35:27:0:3:35:27:0:3 chr6 75841722 . A T 1404.62 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00511011;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.551;QD=63.1289;RBI=0.0108202;REFB=0;REVB=0.00953752;RO=0;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4931e-05;OID=.;OPOS=75841722;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:42:47:0:0:42:47:0:0 chr6 75848261 . G A 419.87 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=-0.0225418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6473;QD=18.0588;RBI=0.0364917;REFB=-0.00693271;REVB=-0.0286969;RO=47;SAF=20;SAR=23;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779632;STB=0.557218;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0120586;OID=.;OPOS=75848261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:47:50:43:43:0.462366:23:20:18:29:23:20:18:32 chr6 75904564 . G A 216.11 PASS AF=0.3375;AO=26;DP=78;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=4.76967e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.269;QD=10.8057;RBI=0.00969261;REFB=-0.00892044;REVB=0.00969249;RO=50;SAF=14;SAR=12;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133341;STB=0.592219;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0191961;OID=.;OPOS=75904564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:50:53:26:27:0.3375:12:14:21:29:12:15:22:31 chr6 76138146 . C CAG 398.08 PASS AF=0.512821;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=78;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.010501;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=2;MLLD=278.755;QD=20.4142;RBI=0.010531;REFB=-0.0185158;REVB=0.000794432;RO=38;SAF=15;SAR=25;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426147;STB=0.523637;STBP=0.716;TYPE=ins;VARB=0.0179379;OID=.;OPOS=76138147;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.512821:40:80:40:78:38:15:25:16:22:99:38:15:25:16:22 chr6 76369054 . A G 261.2 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0181172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.666;QD=12.2917;RBI=0.0182758;REFB=-0.00258229;REVB=0.00240261;RO=53;SAF=15;SAR=16;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487567;STB=0.521989;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0045941;OID=.;OPOS=76369054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:53:54:31:31:0.364706:16:15:28:25:16:15:28:26 chr6 76425594 . A C 791.9 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0100407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.803;QD=53.6884;RBI=0.0376279;REFB=0.0256445;REVB=0.0362636;RO=1;SAF=28;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016546;STB=0.517235;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=-7.59716e-05;OID=.;OPOS=76425594;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:1:2:57:57:0.966102:29:28:1:0:29:28:2:0 chr6 76625079 . T C 214.77 PASS AF=0.3375;AO=27;DP=80;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=38;FWDB=-0.00673469;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=288.476;QD=10.7384;RBI=0.00821254;REFB=0.00113169;REVB=-0.00469996;RO=51;SAF=9;SAR=18;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050816;STB=0.538434;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.00233575;OID=.;OPOS=76625079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:53:27:27:0.3375:18:9:15:36:18:9:15:38 chr6 76631823 . C T 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00843109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.031;QD=13.336;RBI=0.0189649;REFB=-0.00814162;REVB=0.0169877;RO=24;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530746;STB=0.530993;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0193806;OID=.;OPOS=76631823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:8:7:10:14:8:7:10:14 chr6 79595167 . A ACTTAT 190.82 PASS AF=0.72;AO=15;DP=27;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0185679;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=230.113;QD=30.5311;RBI=0.0189626;REFB=-0.0494915;REVB=0.00384886;RO=9;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105445;STB=0.519978;STBP=0.803;TYPE=ins;VARB=0.0100581;OID=.;OPOS=79595168;OREF=-;OALT=CTTAT;OMAPALT=ACTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.72:15:27:18:25:7:9:9:4:3:44:9:6:9:5:4 chr6 79612800 . G A 719.0 PASS AF=1;AO=46;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.337;QD=56.3918;RBI=0.0148696;REFB=0;REVB=-0.00139984;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000251501;OID=.;OPOS=79612800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:46:51:1:23:23:0:0:26:25:0:0 chr6 79657391 . G A 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00416293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0986;QD=57.8839;RBI=0.0294291;REFB=0;REVB=-0.0291332;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014514;OID=.;OPOS=79657391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chr6 79664552 . C T 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00664488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.382;QD=19.9759;RBI=0.0516003;REFB=0.00257538;REVB=-0.0511706;RO=20;SAF=14;SAR=6;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315284;STB=0.67839;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00127856;OID=.;OPOS=79664552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:6:14:7:13:6:14:7:13 chr6 79679577 . A G 741.64 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202403;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.192;QD=57.0495;RBI=0.0210557;REFB=0;REVB=0.00580288;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36838e-05;OID=.;OPOS=79679577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr6 79708000 . A C 657.61 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.043008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7904;QD=59.7824;RBI=0.0909055;REFB=0.00460695;REVB=-0.0800882;RO=1;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268199;STB=0.514279;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00109056;OID=.;OPOS=79708000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:17:26:0:1:17:26:0:1 chr6 79918309 . G A 565.22 PASS AF=0.888889;AO=40;DP=45;FAO=40;FDP=45;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.109637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.7876;QD=50.2421;RBI=0.112027;REFB=-0.190446;REVB=0.0230146;RO=5;SAF=18;SAR=22;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313279;STB=0.51677;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0243264;OID=.;OPOS=79918309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:45:45:5:5:40:40:0.888889:22:18:3:2:22:18:3:2 chr6 80196498 . T C 156.89 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0157782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8444;QD=16.0911;RBI=0.0822788;REFB=-0.00146413;REVB=0.0807518;RO=22;SAF=13;SAR=4;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371357;STB=0.714943;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0041973;OID=.;OPOS=80196498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:4:13:9:13:4:13:9:13 chr6 80228541 . A G 2434.64 PASS AF=0.948864;AO=165;DP=176;FAO=167;FDP=176;FR=.;FRO=9;FSAF=82;FSAR=85;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0348384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.33;QD=55.3327;RBI=0.0402323;REFB=-0.0768971;REVB=0.0201227;RO=7;SAF=81;SAR=84;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172775;STB=0.514659;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00305748;OID=.;OPOS=80228541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:176:176:7:9:165:167:0.948864:84:81:5:2:85:82:7:2 chr6 80580038 . T G 790.97 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.048;QD=56.4977;RBI=0.0455676;REFB=0;REVB=0.0247181;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500439;OID=.;OPOS=80580038;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:28:26:0:0:29:27:0:0 chr6 80715838 . T G 1082.96 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00878229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.044;QD=59.3401;RBI=0.0907144;REFB=0;REVB=0.0902883;RO=1;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113949;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101548;OID=.;OPOS=80715838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:1:0:71:73:1:41:30:0:1:42:31:0:0 chr6 80837253 . GA AT,TA 270.3 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=3,11;DP=14;FAO=1,21;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=1,15;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151918,0.0678446;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=21.741,33.8923;QD=49.1446;RBI=0.0251688,0.279689;REFB=0,0;REVB=0.0200668,0.271335;RO=0;SAF=2,9;SAR=1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0689731,0.00682711;OID=.,.;OPOS=80837253,80837253;OREF=GA,G;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:14:22:0:0:3,11:1,21:0.0454545,0.954545:1,2:2,9:0:0:0,6:1,15:0:0 chr6 82900811 . G A 250.16 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0195384;FXX=0.0161264;HRUN=5;LEN=1;MLLD=166.911;QD=16.4036;RBI=0.0206704;REFB=0.00183508;REVB=-0.00674672;RO=32;SAF=13;SAR=15;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151448;STB=0.576198;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00124282;OID=.;OPOS=82900811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:32:33:28:28:0.459016:15:13:20:12:15:13:20:13 chr6 82933309 . C T 277.21 PASS AF=0.541667;AO=23;DP=45;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0390516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.063;QD=23.1009;RBI=0.039695;REFB=-0.0249295;REVB=0.00711803;RO=18;SAF=8;SAR=15;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081333;STB=0.574266;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00904057;OID=.;OPOS=82933309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:18:22:23:26:0.541667:15:8:8:10:17:9:11:11 chr6 83075914 . G A 190.05 PASS AF=0.4;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00788526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2683;QD=15.2039;RBI=0.0216719;REFB=-0.00334436;REVB=-0.0201865;RO=28;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118707;STB=0.5999;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00653145;OID=.;OPOS=83075914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:28:30:19:20:0.4:8:11:13:15:8:12:13:17 chr6 83078381 . C T 127.12 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0592174;FXX=0.0156226;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.6083;QD=8.07109;RBI=0.0637531;REFB=-0.0332185;REVB=-0.0236169;RO=36;SAF=5;SAR=13;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32294;STB=0.688997;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0672731;OID=.;OPOS=83078381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:45:18:18:0.285714:13:5:20:16:13:5:24:21 chr6 83080386 . C CTTTG 82.44 PASS AF=0.152381;AO=14;DP=109;FAO=16;FDP=105;FR=.;FRO=89;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=0.00523691;FXX=0.0277752;HRUN=3;LEN=4;MLLD=249.406;QD=3.14048;RBI=0.00626816;REFB=0.0029568;REVB=0.00344451;RO=83;SAF=5;SAR=9;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271095;STB=0.576417;STBP=0.523;TYPE=ins;VARB=-0.0149667;OID=.;OPOS=83080387;OREF=-;OALT=TTTG;OMAPALT=CTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.152381:14:109:16:105:89:7:9:47:42:82:83:5:9:48:35 chr6 83667045 . C T 61.35 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0701616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.407;QD=7.43678;RBI=0.0705108;REFB=-0.0396971;REVB=-0.00700888;RO=24;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243717;STB=0.652718;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0642344;OID=.;OPOS=83667045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:33:33:24:24:9:9:0.272727:6:3:13:11:6:3:13:11 chr6 83838673 . G A 275.56 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0129953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.93;QD=25.6333;RBI=0.041894;REFB=-0.012987;REVB=0.0398275;RO=18;SAF=16;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152177;STB=0.584546;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00631968;OID=.;OPOS=83838673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:9:16:8:10:9:16:8:10 chr6 83880167 . C T 302.93 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00135613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0449;QD=14.5991;RBI=0.0214837;REFB=-0.0148921;REVB=-0.0214409;RO=47;SAF=17;SAR=17;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109056;STB=0.506021;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0120223;OID=.;OPOS=83880167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:47:49:34:34:0.409639:17:17:24:23:17:17:25:24 chr6 83881740 . T C 84.23 PASS AF=0.34375;AO=10;DP=31;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0137769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5072;QD=10.5286;RBI=0.0261412;REFB=-0.0385511;REVB=-0.0222162;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111111;STB=0.576329;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0564133;OID=.;OPOS=83881740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:32:20:21:10:11:0.34375:6:4:10:10:7:4:10:11 chr6 83949261 . T C 1806.58 PASS AF=0.991667;AO=93;DP=122;FAO=119;FDP=120;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=59;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0962247;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.485;QD=60.2193;RBI=0.0989218;REFB=-0.0787765;REVB=0.022942;RO=1;SAF=33;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141488;STB=0.504201;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00151669;OID=.;OPOS=83949261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:120:1:1:93:119:0.991667:60:33:1:0:60:59:1:0 chr6 84303342 . T C 163.25 PASS AF=0.35;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0154143;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.758;QD=10.8832;RBI=0.0214117;REFB=-0.00689649;REVB=0.0148614;RO=37;SAF=6;SAR=15;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178157;STB=0.591307;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00948122;OID=.;OPOS=84303342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:37:39:21:21:0.35:15:6:16:21:15:6:16:23 chr6 84563410 . G A 353.29 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=98;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0250755;FXX=0.0612182;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.2812;QD=15.3604;RBI=0.0367364;REFB=-0.0572079;REVB=-0.0268474;RO=48;SAF=10;SAR=29;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184357;STB=0.629559;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.100835;OID=.;OPOS=84563410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:92:48:53:39:39:0.423913:29:10:20:28:29:10:24:29 chr6 85473758 . C T 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00655132;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.009;QD=28.6827;RBI=0.0472315;REFB=-0.0586564;REVB=0.0467749;RO=2;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147719;STB=0.583156;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0119564;OID=.;OPOS=85473758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:4:5:2:0:4:5:2:0 chr6 86199233 . A G 1589.73 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.245;QD=59.9898;RBI=0.0262751;REFB=0;REVB=0.0227971;RO=0;SAF=52;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.8965e-05;OID=.;OPOS=86199233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:54:52:0:0:54:52:0:0 chr6 86205323 . T G 442.59 PASS AF=0.868421;AO=32;DP=38;FAO=33;FDP=38;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0198728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.472;QD=46.5883;RBI=0.0291576;REFB=-0.121942;REVB=0.0213364;RO=5;SAF=15;SAR=17;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680537;STB=0.564064;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00173343;OID=.;OPOS=86205323;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:38:38:5:5:32:33:0.868421:17:15:1:4:17:16:0:5 chr6 86445651 . A G 283.68 PASS AF=0.370787;AO=33;DP=89;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=0.0517135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7269;QD=12.7499;RBI=0.0566024;REFB=-0.00612596;REVB=0.0230119;RO=56;SAF=18;SAR=15;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890272;STB=0.550905;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00914567;OID=.;OPOS=86445651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:56:56:33:33:0.370787:15:18:35:21:15:18:35:21 chr6 87796233 . G A 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0207299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.68;QD=36.3484;RBI=0.0228378;REFB=-0.0130526;REVB=-0.00958308;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52936;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-2.8671e-05;OID=.;OPOS=87796233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:0:1:11:11:0.916667:8:3:0:0:8:3:0:1 chr6 87928345 . G C 149.64 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0413115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.466;QD=11.9714;RBI=0.0417793;REFB=-0.0211181;REVB=-0.0062344;RO=33;SAF=4;SAR=13;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277443;STB=0.665558;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0279026;OID=.;OPOS=87928345;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:13:4:15:18:13:4:15:18 chr6 87965528 . T C 283.64 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00387464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.027;QD=19.9045;RBI=0.0228413;REFB=-0.00646342;REVB=-0.0225102;RO=27;SAF=16;SAR=14;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115253;STB=0.563939;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0053911;OID=.;OPOS=87965528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:14:16:18:9:14:16:18:9 chr6 87967636 . A G 186.72 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0321525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.288;QD=19.6547;RBI=0.0469288;REFB=-0.02376;REVB=0.0341838;RO=19;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967875;STB=0.554854;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0339587;OID=.;OPOS=87967636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:12:7:9:10:12:7:9:10 chr6 87968565 . A G 505.39 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162346;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.023;QD=59.4579;RBI=0.0209963;REFB=0;REVB=0.0133147;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108058;OID=.;OPOS=87968565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr6 87969737 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.703;QD=46.8475;RBI=0.0240741;REFB=0;REVB=-0.012269;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119441;OID=.;OPOS=87969737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr6 87970301 . C G 191.27 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.273;QD=47.8181;RBI=0.0583952;REFB=0;REVB=0.0332339;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154571;OID=.;OPOS=87970301;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr6 87970659 . A G 166.32 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0355437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.544;QD=14.7841;RBI=0.0374134;REFB=0.00520209;REVB=0.0116794;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303213;STB=0.682386;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.0102422;OID=.;OPOS=87970659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:27:18:18:0.4:7:11:8:18:7:11:8:19 chr6 87994015 . A G 191.21 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0705084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0289;QD=47.8027;RBI=0.150958;REFB=0;REVB=0.13348;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00261227;OID=.;OPOS=87994015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr6 87994572 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.538;QD=51.9164;RBI=0.101809;REFB=0;REVB=0.00979131;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000959474;OID=.;OPOS=87994572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr6 88046800 . G A 411.47 PASS AF=0.488372;AO=40;DP=84;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0119259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.753;QD=19.1379;RBI=0.012313;REFB=-0.0159392;REVB=0.00306307;RO=39;SAF=32;SAR=8;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354487;STB=0.654652;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0121576;OID=.;OPOS=88046800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:39:44:40:42:0.488372:8:32:18:21:10:32:22:22 chr6 88108048 . AGAT A 116.38 PASS AF=0.433333;AO=12;DP=32;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0227722;FXX=0.0908816;HRUN=1;LEN=3;MLLD=195.876;QD=15.5173;RBI=0.0232128;REFB=-0.0162948;REVB=-0.00450109;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14236;STB=0.538402;STBP=0.748;TYPE=del;VARB=0.0201752;OID=.;OPOS=88108049;OREF=GAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.433333:12:32:13:30:17:7:6:8:9:99:16:7:5:7:9 chr6 88125542 . G A 108.32 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.0749388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.475;QD=13.5406;RBI=0.0749822;REFB=-0.0069023;REVB=-0.00254902;RO=19;SAF=2;SAR=10;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166159;STB=0.50458;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.00693848;OID=.;OPOS=88125542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:12:13:0.40625:10:2:3:16:11:2:3:16 chr6 88126423 . G C 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.00840488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.976;QD=10.3903;RBI=0.0220026;REFB=-0.0190154;REVB=-0.020334;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138499;STB=0.583117;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0189117;OID=.;OPOS=88126423;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:2:9:5:2:2:9 chr6 88221892 . T G 683.84 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00533927;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.511;QD=50.6547;RBI=0.0142108;REFB=-0.20772;REVB=0.0131697;RO=1;SAF=25;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184631;STB=0.508718;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00187468;OID=.;OPOS=88221892;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:54:54:1:3:51:51:0.944444:26:25:1:0:26:25:1:2 chr6 88239266 . T C 153.93 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00987566;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=310.657;QD=11.6171;RBI=0.015283;REFB=-0.00707716;REVB=-0.0116637;RO=34;SAF=13;SAR=6;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04613;STB=0.526998;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0110018;OID=.;OPOS=88239266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:6:13:22:12:6:13:22:12 chr6 88304048 . G A 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00355594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.186;QD=22.3965;RBI=0.0109073;REFB=-0.00840235;REVB=-0.0103114;RO=22;SAF=14;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506428;STB=0.539332;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0112618;OID=.;OPOS=88304048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:23:25:25:0.520833:11:14:11:11:11:14:11:12 chr6 88315741 . TA T 1003.01 PASS AF=0.974359;AO=97;DP=122;FAO=114;FDP=117;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.169452;FXX=0.0409802;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.2921;QD=34.291;RBI=0.169604;REFB=0.0547034;REVB=0.00718502;RO=12;SAF=24;SAR=73;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890481;STB=0.509315;STBP=0.261;TYPE=del;VARB=0.0125473;OID=.;OPOS=88315742;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.974359:97:122:114:117:3:35:79:0:3:7:12:24:73:7:5 chr6 88366708 . C T 976.42 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00554172;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6042;QD=59.1768;RBI=0.0549185;REFB=0;REVB=0.0546382;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.89282e-05;OID=.;OPOS=88366708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:31:34:0:0:32:34:0:0 chr6 88385019 . T C 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0106135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.274;QD=15.1598;RBI=0.0144693;REFB=-0.0101275;REVB=-0.00983439;RO=22;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0760933;STB=0.543865;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0165932;OID=.;OPOS=88385019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:9:7:8:14:9:7:8:14 chr6 89875014 . AAT AA,A 30.17 PASS AF=0.352941,0;AO=3,2;DP=17;FAO=6,0;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3,0;FSAR=3,0;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.015066,-0.0950861;FXX=0;HRUN=5,3;LEN=1,2;MLLD=18.9878,30.2774;QD=7.09768;RBI=0.0737552,0.110044;REFB=-0.0280807,-0.00543957;REVB=0.0722,-0.0553932;RO=10;SAF=1,1;SAR=2,1;SRF=2;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.181205,0.33927;STB=0.646611,0.5;STBP=0.423,1;TYPE=del,del;VARB=0.0829214,0;OID=.,.;OPOS=89875016,89875015;OREF=T,AT;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941,0:3,2:17:6,0:17:11:3,0:3,0:3:8:30:10:1,1:2,1:2:8 chr6 89890062 . G A 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=7;FWDB=-0.0124552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.285;QD=15.9154;RBI=0.0168576;REFB=-0.00826662;REVB=0.0113598;RO=33;SAF=21;SAR=7;SRF=27;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923555;STB=0.53331;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00955035;OID=.;OPOS=89890062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:34:28:28:0.451613:7:21:27:6:7:21:27:7 chr6 89907873 . G A 1811.34 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0310577;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.182;QD=60.378;RBI=0.0311571;REFB=-0.0813848;REVB=-0.00248709;RO=0;SAF=55;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98352e-08;STB=0.503875;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000170742;OID=.;OPOS=89907873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:120:0:1:119:119:0.991667:64:55:0:0:64:55:0:1 chr6 89913209 . C T 922.76 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00508318;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.976;QD=58.5881;RBI=0.0153116;REFB=0;REVB=0.0144433;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19216e-05;OID=.;OPOS=89913209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr6 89913218 . T A 823.1 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.010718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1246;QD=53.9734;RBI=0.0107193;REFB=-0.0125818;REVB=-0.000171016;RO=2;SAF=33;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00371819;STB=0.501971;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00249096;OID=.;OPOS=89913218;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:59:59:0.967213:26:33:1:1:26:33:1:1 chr6 89926962 . T C 769.4 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.038303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6905;QD=56.9928;RBI=0.0385566;REFB=0;REVB=-0.00441516;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000473144;OID=.;OPOS=89926962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr6 89967498 . G A 153.41 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0453398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.216;QD=13.9462;RBI=0.0459848;REFB=0.00333334;REVB=-0.00767538;RO=26;SAF=12;SAR=5;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337261;STB=0.686425;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00992823;OID=.;OPOS=89967498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:26:27:17:17:0.386364:5:12:10:16:5:12:11:16 chr6 89981413 . T C 693.56 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000635043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.234;QD=60.3093;RBI=0.0417732;REFB=-0.0631738;REVB=-0.0417684;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00308856;OID=.;OPOS=89981413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:22:23:0:0:22:23:0:1 chr6 90039670 . G C 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.999;QD=57.8843;RBI=0.0423686;REFB=0;REVB=-0.000957418;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.4883e-05;OID=.;OPOS=90039670;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:35:25:0:0:35:25:0:0 chr6 90315789 . A G 579.49 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029598;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.16;QD=60.999;RBI=0.0358596;REFB=0;REVB=-0.0202452;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.42287e-05;OID=.;OPOS=90315789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr6 90326360 . C T 232.07 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00474278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.219;QD=14.7343;RBI=0.0268096;REFB=-0.0192967;REVB=-0.0263867;RO=36;SAF=13;SAR=14;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744381;STB=0.542222;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0247593;OID=.;OPOS=90326360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:14:13:20:16:14:13:20:16 chr6 90327873 . G A 1153.22 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4696;QD=60.6958;RBI=0.0605713;REFB=0;REVB=0.047643;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000633522;OID=.;OPOS=90327873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:35:41:0:0:35:41:0:0 chr6 90333599 . A G,T 457.76 PASS AF=0.875,0.125;AO=27,4;DP=33;FAO=28,4;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11,4;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177206,0.00162324;FXX=0.0588062;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=119.077,87.0875;QD=57.2196;RBI=0.0245082,0.00583446;REFB=0,0;REVB=0.0169302,0.00560411;RO=0;SAF=10,3;SAR=17,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00488701,0.00013781;OID=.,.;OPOS=90333599,90333599;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:33:32:0:0:27,4:28,4:0.875,0.125:17,1:10,3:0:0:17,0:11,4:0:0 chr6 90340276 . G A 434.14 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145655;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.169;QD=56.0185;RBI=0.0330841;REFB=0;REVB=0.0297053;RO=1;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282472;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510502;OID=.;OPOS=90340276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:31:1:0:30:31:1:16:14:0:1:17:14:0:0 chr6 90362783 . A C 1554.47 PASS AF=1;AO=100;DP=104;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00440122;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.152;QD=58.6593;RBI=0.0177751;REFB=0;REVB=0.0172216;RO=0;SAF=56;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.24719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110079;OID=.;OPOS=90362783;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:106:0:0:100:106:1:44:56:0:0:46:60:0:0 chr6 90371202 . G A 1527.83 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7493;QD=63.6595;RBI=0.0166037;REFB=0;REVB=-0.00125647;RO=0;SAF=56;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.15808e-05;OID=.;OPOS=90371202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:96:0:0:94:96:1:38:56:0:0:38:58:0:0 chr6 90383870 . G A 55.33 PASS AF=0.380952;AO=7;DP=24;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.0156001;FXX=0.124948;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1159;QD=10.5382;RBI=0.03945;REFB=-0.00282264;REVB=0.0362345;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428566;STB=0.761428;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0424476;OID=.;OPOS=90383870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:24:21:13:13:7:8:0.380952:3:4:12:1:4:4:12:1 chr6 90390442 . G GA 120.57 PASS AF=1;AO=5;DP=24;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0902468;FXX=0.475964;HRUN=0;LEN=1;MLLD=37.5535;QD=43.8422;RBI=0.0907392;REFB=0;REVB=0.00944041;RO=19;SAF=4;SAR=1;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391633;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00835863;OID=.;OPOS=90390443;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:5:24:11:11:0:10:1:0:0:3:19:4:1:9:10 chr6 90390443 . C A 184.92 PASS AF=0.85;AO=15;DP=21;FAO=17;FDP=20;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0841666;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.946;QD=36.9843;RBI=0.0937728;REFB=-0.161516;REVB=0.0413439;RO=4;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257519;STB=0.588131;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0123953;OID=.;OPOS=90390443;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:20:4:3:15:17:0.85:10:5:4:0:10:7:3:0 chr6 90402482 . G A 713.67 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.745;QD=55.9738;RBI=0.0467193;REFB=0;REVB=0.0382913;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150132;OID=.;OPOS=90402482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:22:28:0:0:23:28:0:0 chr6 90402840 . C G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4607;QD=49.5988;RBI=0.0389509;REFB=0;REVB=0.0286656;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129296;OID=.;OPOS=90402840;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr6 90418262 . C T 1604.18 PASS AF=0.990826;AO=107;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0156338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.457;QD=58.8691;RBI=0.0316609;REFB=-0.106224;REVB=0.0275317;RO=0;SAF=47;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71637e-08;STB=0.505262;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000163427;OID=.;OPOS=90418262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:0:1:107:108:0.990826:60:47:0:0:61:47:1:0 chr6 90448092 . C T 1396.26 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.272;QD=62.7532;RBI=0.0227449;REFB=0;REVB=0.00969078;RO=0;SAF=52;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.4547e-05;OID=.;OPOS=90448092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:37:52:0:0:37:52:0:0 chr6 90455084 . A G 649.39 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0964819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.574;QD=61.8462;RBI=0.0975654;REFB=0;REVB=0.0144995;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000731788;OID=.;OPOS=90455084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr6 90459454 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.732;QD=58.5873;RBI=0.0224292;REFB=0;REVB=-0.00451217;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.91934e-05;OID=.;OPOS=90459454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr6 90572298 . A G 191.71 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0150634;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.0689;QD=11.7974;RBI=0.0637103;REFB=-0.00779148;REVB=-0.0619039;RO=40;SAF=3;SAR=21;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.440299;STB=0.7565;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0316611;OID=.;OPOS=90572298;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:41:24:24:0.369231:21:3:17:23:21:3:17:24 chr6 90577984 . C T 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00989352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.366;QD=11.1041;RBI=0.0100251;REFB=-0.00846902;REVB=0.00161912;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496025;STB=0.806717;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0126076;OID=.;OPOS=90577984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:6:1:6:4:6:1:6:4 chr6 90637504 . A C 249.52 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=0.0189433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.006;QD=14.2581;RBI=0.02372;REFB=0.016881;REVB=0.0142755;RO=41;SAF=18;SAR=11;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305742;STB=0.672944;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00840199;OID=.;OPOS=90637504;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:11:18:13:28:11:18:13:28 chr6 90638390 . G A 176.24 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0648574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2096;QD=20.7337;RBI=0.0648574;REFB=-0.0380573;REVB=-5.71092e-07;RO=16;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421209;STB=0.523783;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0414713;OID=.;OPOS=90638390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:11:7:7:9:11:7:7:9 chr6 90638553 . T G 312.88 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6109;QD=52.1461;RBI=0.0206032;REFB=0;REVB=-0.0141893;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00178697;OID=.;OPOS=90638553;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:10:13:0:0:10:14:0:0 chr6 90639427 . C T 297.68 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.00323769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5571;QD=24.3004;RBI=0.0048481;REFB=-0.00477661;REVB=0.00360852;RO=22;SAF=10;SAR=17;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129189;STB=0.571379;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00320034;OID=.;OPOS=90639427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:17:10:5:17:17:10:5:17 chr6 90711141 . G A 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00955653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.768;QD=12.2166;RBI=0.0162302;REFB=-0.00237032;REVB=-0.0131184;RO=27;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208223;STB=0.62248;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00418322;OID=.;OPOS=90711141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:6:9:11:16:6:9:11:16 chr6 93500273 . A G 184.1 PASS AF=0.407407;AO=21;DP=53;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.00238856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.643;QD=13.6369;RBI=0.020632;REFB=-0.00992024;REVB=-0.0204933;RO=31;SAF=11;SAR=10;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196666;STB=0.62952;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0192114;OID=.;OPOS=93500273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:31:32:21:22:0.407407:10:11:22:9:11:11:23:9 chr6 93956647 . A T 394.86 PASS AF=0.403509;AO=46;DP=113;FAO=46;FDP=114;FR=.;FRO=68;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.00439312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.561;QD=13.8547;RBI=0.0180502;REFB=-0.0119245;REVB=-0.0175074;RO=67;SAF=19;SAR=27;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100142;STB=0.561174;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0192497;OID=.;OPOS=93956647;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:67:68:46:46:0.403509:27:19:34:33:27:19:35:33 chr6 93967851 . C T 1514.93 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248637;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.072;QD=62.4715;RBI=0.0249342;REFB=0;REVB=0.00187343;RO=0;SAF=52;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0005654;OID=.;OPOS=93967851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:97:0:0:91:97:1:39:52:0:0:43:54:0:0 chr6 93973569 . A G 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0216842;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.633;QD=17.4276;RBI=0.0218266;REFB=-0.00255669;REVB=0.00248898;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876044;STB=0.549948;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00227607;OID=.;OPOS=93973569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:10:9:13:10:10:9:13:10 chr6 93982124 . A G 926.28 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441334;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.444;QD=58.8116;RBI=0.0481876;REFB=0;REVB=0.0193465;RO=0;SAF=22;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024733;OID=.;OPOS=93982124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:63:0:0:63:63:1:41:22:0:0:41:22:0:0 chr6 94067981 . C T 1505.92 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00324829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.049;QD=62.7468;RBI=0.0418569;REFB=0;REVB=0.0417307;RO=0;SAF=50;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295218;OID=.;OPOS=94067981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:96:0:0:91:96:1:41:50:0:0:43:53:0:0 chr6 94120219 . G A 169.16 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0138021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.514;QD=12.0831;RBI=0.0146934;REFB=-0.00525349;REVB=-0.0050398;RO=33;SAF=15;SAR=6;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227405;STB=0.617859;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00796639;OID=.;OPOS=94120219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:35:21:21:0.375:6:15:17:16:6:15:19:16 chr6 94120639 . T C 193.52 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0300488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.7532;QD=12.9016;RBI=0.0446571;REFB=-0.0457096;REVB=0.0330353;RO=36;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872913;STB=0.549959;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0687855;OID=.;OPOS=94120639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:12:12:15:21:12:12:15:21 chr6 96034881 . A ATATG,G 812.93 PASS AF=0.307087,0.299213;AO=35,39;DP=149;FAO=39,38;FDP=127;FR=.;FRO=50;FSAF=29,16;FSAR=10,22;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0179798,0.0202854;FXX=0.0863247;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=124.627,73.8629;QD=25.604;RBI=0.0226855,0.025689;REFB=-0.0512935,-0.0360574;REVB=-0.0138332,-0.0157615;RO=74;SAF=26,16;SAR=9,23;SRF=46;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.165969,-0.236896;STB=0.673478,0.522522;STBP=0.004,0.72;TYPE=ins,snp;VARB=0.0576656,0.0279968;OID=.,.;OPOS=96034882,96034881;OREF=-,A;OALT=TATG,G;OMAPALT=ATATG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:127:74:50:35,39:39,38:0.307087,0.299213:9,23:26,16:46:28:10,22:29,16:23:27 chr6 96034883 . G A 36.44 PASS AF=0.0769231;AO=12;DP=156;FAO=12;FDP=156;FR=.;FRO=144;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=77;FSRR=67;FWDB=-0.0356991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8628;QD=0.934317;RBI=0.0495158;REFB=-0.00729287;REVB=-0.0343131;RO=142;SAF=11;SAR=1;SRF=77;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.454542;STB=0.894014;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0670138;OID=.;OPOS=96034883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:156:156:142:144:12:12:0.0769231:1:11:77:65:1:11:77:67 chr6 96035175 . T C 1255.06 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.237;QD=60.4847;RBI=0.048746;REFB=-0.0625363;REVB=0.0475032;RO=1;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133379;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000899695;OID=.;OPOS=96035175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:83:83:1:0:82:83:1:35:47:0:1:36:47:0:0 chr6 96055915 . G C 3393.01 PASS AF=1;AO=215;DP=219;FAO=218;FDP=218;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393746;FXX=0.0224205;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7432;QD=62.257;RBI=0.0834198;REFB=0;REVB=0.0735426;RO=0;SAF=79;SAR=136;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.88561e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574314;OID=.;OPOS=96055915;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:19:219:218:0:0:215:218:1:136:79:0:0:137:81:0:0 chr6 96386151 . G A 375.49 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=81;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00127829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.524;QD=18.3167;RBI=0.00677157;REFB=-0.00742777;REVB=-0.00664982;RO=42;SAF=16;SAR=23;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040128;STB=0.529397;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00689797;OID=.;OPOS=96386151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:42:43:39:39:0.47561:23:16:19:23:23:16:20:23 chr6 96651740 . A G 753.61 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00611097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1339;QD=61.5193;RBI=0.0122108;REFB=-0.11923;REVB=0.0105717;RO=1;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177516;STB=0.50943;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00153498;OID=.;OPOS=96651740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:26:22:0:1:26:22:0:1 chr6 96652370 . G GC 390.39 PASS AF=1;AO=4;DP=32;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528274;FXX=0.096743;HRUN=0;LEN=1;MLLD=182.876;QD=55.7702;RBI=0.0530851;REFB=0;REVB=0.00522461;RO=28;SAF=4;SAR=0;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.641374;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00108976;OID=.;OPOS=96652371;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:32:28:28:0:16:12:0:0:3:28:4:0:12:16 chr6 96652371 . T C 362.67 PASS AF=0.875;AO=28;DP=32;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00757958;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=213.197;QD=45.3343;RBI=0.0146881;REFB=0.0127382;REVB=0.0125813;RO=4;SAF=12;SAR=16;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13229;STB=0.571377;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.000117886;OID=.;OPOS=96652371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:32:32:4:4:28:28:0.875:16:12:4:0:16:12:4:0 chr6 96652582 . G T 544.94 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.359;QD=58.9119;RBI=0.0284393;REFB=0;REVB=0.0152836;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245705;OID=.;OPOS=96652582;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:20:16:0:0:21:16:0:0 chr6 96652706 . G A 459.49 PASS AF=0.942857;AO=31;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0142874;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.353;QD=52.5129;RBI=0.034981;REFB=-0.165237;REVB=0.0319302;RO=2;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620846;STB=0.531231;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00171084;OID=.;OPOS=96652706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:35:35:2:2:31:33:0.942857:14:17:0:2:15:18:0:2 chr6 96653038 . T C 2951.57 PASS AF=0.994792;AO=154;DP=197;FAO=191;FDP=192;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=82;FSAR=109;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336196;FXX=0.0253794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2214;QD=61.4911;RBI=0.0522558;REFB=-0.120372;REVB=0.0400049;RO=1;SAF=72;SAR=82;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00576636;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00275087;OID=.;OPOS=96653038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:197:192:1:0:154:191:0.994792:82:72:0:1:109:82:0:0 chr6 96653208 . C G 954.73 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00657544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4204;QD=58.7524;RBI=0.0132938;REFB=0;REVB=0.0115538;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69664e-05;OID=.;OPOS=96653208;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:38:27:0:0:38:27:0:0 chr6 96661315 . T C 65.08 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2076;QD=32.5392;RBI=0.157933;REFB=0;REVB=0.117967;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0319731;OID=.;OPOS=96661315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:8:0:0:6:8:1:4:2:0:0:5:3:0:0 chr6 96661410 . A G 410.59 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.972;QD=56.6326;RBI=0.0423769;REFB=0;REVB=0.0248152;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281413;OID=.;OPOS=96661410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:14:14:0:0:14:15:0:0 chr6 96730731 . G C 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0379185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.904;QD=14.0438;RBI=0.0555831;REFB=-0.00274611;REVB=0.0406407;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361596;STB=0.749163;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00247087;OID=.;OPOS=96730731;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:3:4:5:5:0.555556:2:3:0:3:2:3:0:4 chr6 96999725 . C T 444.34 PASS AF=0.42735;AO=49;DP=116;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.0028723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3859;QD=15.191;RBI=0.0462381;REFB=-0.00950031;REVB=-0.0461488;RO=62;SAF=23;SAR=26;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178276;STB=0.518511;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0105312;OID=.;OPOS=96999725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:62:67:49:50:0.42735:26:23:28:34:26:24:30:37 chr6 97003050 . T C 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.010572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.868;QD=24.493;RBI=0.0155202;REFB=-0.0128595;REVB=0.0113626;RO=14;SAF=7;SAR=14;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0746985;STB=0.559941;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00578718;OID=.;OPOS=97003050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:15:21:21:0.583333:14:7:6:8:14:7:7:8 chr6 97058553 . A G 419.41 PASS AF=0.506024;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=-0.0297458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1093;QD=20.2125;RBI=0.0310543;REFB=-0.00354341;REVB=-0.00891947;RO=40;SAF=29;SAR=13;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361597;STB=0.524254;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00311995;OID=.;OPOS=97058553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:40:41:42:42:0.506024:13:29:29:11:13:29:30:11 chr6 97058574 . G A 390.43 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0105541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.487;QD=19.0454;RBI=0.0105979;REFB=-0.0261652;REVB=-0.000962643;RO=42;SAF=28;SAR=12;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607485;STB=0.533881;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0282108;OID=.;OPOS=97058574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:12:28:27:15:12:28:27:15 chr6 97063522 . C G 433.81 PASS AF=0.458333;AO=44;DP=96;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.0185508;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8883;QD=18.0756;RBI=0.0202363;REFB=0.016231;REVB=-0.00808561;RO=52;SAF=28;SAR=16;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00182966;STB=0.501022;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=-0.0254463;OID=.;OPOS=97063522;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:52:52:44:44:0.458333:16:28:33:19:16:28:33:19 chr6 97063555 . A G 472.14 PASS AF=0.490385;AO=49;DP=103;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=-0.00753364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.3818;QD=18.1593;RBI=0.0267799;REFB=-0.0393789;REVB=-0.0256984;RO=53;SAF=33;SAR=16;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906293;STB=0.533967;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0309592;OID=.;OPOS=97063555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:53:53:49:51:0.490385:16:33:31:22:18:33:31:22 chr6 97339078 . A G 1157.3 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0542957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.635;QD=59.3489;RBI=0.0569013;REFB=0.0112117;REVB=0.0170217;RO=1;SAF=34;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137161;STB=0.507245;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000165724;OID=.;OPOS=97339078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:43:34:1:0:43:34:1:0 chr6 97339088 . C T 1126.61 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0112313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6619;QD=57.7746;RBI=0.0465114;REFB=-0.0283176;REVB=-0.045135;RO=2;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242528;STB=0.512817;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00442274;OID=.;OPOS=97339088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:38:38:0:2:38:38:0:2 chr6 97362765 . A C 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0118037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.525;QD=10.6346;RBI=0.0128579;REFB=-0.0136359;REVB=-0.00509898;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448594;STB=0.506313;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0236415;OID=.;OPOS=97362765;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:12:13:8:8:0.380952:5:3:4:8:5:3:5:8 chr6 99284532 . T C 634.26 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00199122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9697;QD=59.0006;RBI=0.0186066;REFB=-0.063811;REVB=0.0184998;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510633;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000835894;OID=.;OPOS=99284532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:19:23:0:0:19:23:1:0 chr6 99374397 . A G 396.89 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0371759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3167;QD=23.3464;RBI=0.0570621;REFB=-0.0286523;REVB=0.0432901;RO=29;SAF=24;SAR=15;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105587;STB=0.558109;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0208149;OID=.;OPOS=99374397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:29:39:39:0.573529:15:24:14:15:15:24:14:15 chr6 99724713 . G A 688.9 PASS AF=1;AO=44;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360032;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.523;QD=59.9047;RBI=0.0394334;REFB=-0.0891407;REVB=0.0160859;RO=1;SAF=22;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208755;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000775318;OID=.;OPOS=99724713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:47:46:1:0:44:46:1:22:22:1:0:22:24:0:0 chr6 99728442 . A G 607.51 PASS AF=0.535088;AO=61;DP=114;FAO=61;FDP=114;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.00871723;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.408;QD=21.316;RBI=0.00924913;REFB=-0.0128305;REVB=0.00309133;RO=49;SAF=27;SAR=34;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285164;STB=0.529522;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00942243;OID=.;OPOS=99728442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:49:53:61:61:0.535088:34:27:20:29:33:28:21:32 chr6 99771540 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.576;QD=62.0215;RBI=0.0141752;REFB=0;REVB=0.00294356;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.66931e-05;OID=.;OPOS=99771540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr6 99817419 . T C,TC 654.41 PASS AF=0,1;AO=4,42;DP=46;FAO=0,42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197341,0.0228756;FXX=0.0232504;HRUN=5,0;LEN=1,1;MLLD=250.931,277.174;QD=62.325;RBI=0.022434,0.0247103;REFB=0,0;REVB=0.0106701,0.00934373;RO=0;SAF=3,19;SAR=1,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,4.85795e-05;OID=.,.;OPOS=99817419,99817420;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:46:42:0:0:4,42:0,42:0,1:1,23:3,19:0:0:0,23:0,19:0:0 chr6 99817601 . A G 785.66 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.292;QD=64.1353;RBI=0.0250878;REFB=0;REVB=-0.000160653;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153435;OID=.;OPOS=99817601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:24:24:0:0:25:24:0:0 chr6 99819379 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00889431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2706;QD=57.2013;RBI=0.0966894;REFB=0;REVB=0.0962794;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184977;OID=.;OPOS=99819379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr6 99825348 . T C 218.71 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0383303;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.962;QD=14.1106;RBI=0.0472686;REFB=-0.017678;REVB=-0.0276605;RO=36;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283182;STB=0.516117;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0247939;OID=.;OPOS=99825348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:36:26:26:0.419355:13:13:17:19:13:13:17:19 chr6 99842056 . C A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0616782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.896;QD=58.5863;RBI=0.0632162;REFB=0;REVB=0.0138599;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173212;OID=.;OPOS=99842056;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:23:10:0:0:23:10:0:0 chr6 99883694 . T C 708.76 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.265;QD=63.0004;RBI=0.0694514;REFB=0;REVB=0.062609;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328608;OID=.;OPOS=99883694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:45:0:0:41:45:1:23:18:0:0:27:18:0:0 chr6 99883704 . T C 676.76 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0125773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.611;QD=60.1568;RBI=0.0275695;REFB=-0.113794;REVB=0.0245334;RO=1;SAF=17;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268299;STB=0.514279;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00111286;OID=.;OPOS=99883704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:27:17:1:0:27:17:1:0 chr6 99893938 . T C 895.85 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0043588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.621;QD=57.797;RBI=0.00914855;REFB=0;REVB=-0.00804343;RO=0;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.56746e-05;OID=.;OPOS=99893938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:60:62:1:31:29:0:0:32:30:0:0 chr6 99956560 . T C 1039.38 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0103729;FXX=0.0135117;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.284;QD=56.9523;RBI=0.0179227;REFB=-0.0230658;REVB=0.014616;RO=2;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277951;STB=0.514702;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000448998;OID=.;OPOS=99956560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:73:2:2:71:71:0.972603:33:38:0:2:33:38:0:2 chr6 100368868 . G A 97.74 PASS AF=0.175258;AO=17;DP=97;FAO=17;FDP=97;FR=.;FRO=80;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=-0.0563087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9556;QD=4.03038;RBI=0.0602494;REFB=-0.00887316;REVB=-0.0214319;RO=80;SAF=9;SAR=8;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13149;STB=0.585443;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.049057;OID=.;OPOS=100368868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:97:97:80:80:17:17:0.175258:8:9:34:46:8:9:34:46 chr6 100868721 . G A 334.03 PASS AF=0.336;AO=40;DP=128;FAO=42;FDP=125;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=40;FWDB=0.0411895;FXX=0.0310053;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6348;QD=10.6888;RBI=0.0419473;REFB=-0.0116406;REVB=-0.00793727;RO=73;SAF=25;SAR=15;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105358;STB=0.568717;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0240411;OID=.;OPOS=100868721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:125:73:83:40:42:0.336:15:25:39:34:16:26:43:40 chr6 100868779 . G T 436.88 PASS AF=0.4;AO=50;DP=124;FAO=50;FDP=125;FR=.;FRO=75;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=36;FWDB=0.0288098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7166;QD=13.9801;RBI=0.0548019;REFB=0.0116587;REVB=0.0466181;RO=71;SAF=18;SAR=32;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186122;STB=0.598385;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.0141066;OID=.;OPOS=100868779;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:71:75:50:50:0.4:32:18:38:33:32:18:39:36 chr6 100964147 . G C 368.36 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=88;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00660287;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.576;QD=16.7438;RBI=0.0245927;REFB=0.00547329;REVB=0.0236897;RO=49;SAF=21;SAR=18;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0684779;STB=0.538442;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.00732163;OID=.;OPOS=100964147;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:49:49:39:39:0.443182:18:21:23:26:18:21:23:26 chr6 101094554 . A G 1167.52 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.939;QD=60.6503;RBI=0.0554535;REFB=0;REVB=0.0531751;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.53616e-05;OID=.;OPOS=101094554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:77:0:0:72:77:1:39:33:0:0:44:33:0:0 chr6 101163343 . G A 182.09 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0427904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.373;QD=16.9383;RBI=0.0429368;REFB=0.00395179;REVB=0.00354217;RO=24;SAF=5;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214869;STB=0.623817;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00383908;OID=.;OPOS=101163343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:14:5:11:13:14:5:11:13 chr6 101296389 . G A 464.81 PASS AF=0.535714;AO=44;DP=83;FAO=45;FDP=84;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.00382549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.06;QD=22.1338;RBI=0.0046713;REFB=0.00183915;REVB=0.0026808;RO=39;SAF=21;SAR=23;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117224;STB=0.56869;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00151676;OID=.;OPOS=101296389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:39:39:44:45:0.535714:23:21:24:15:24:21:24:15 chr6 101405050 . T G 243.4 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00903383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.142;QD=20.2833;RBI=0.00904107;REFB=-0.00117546;REVB=-0.000361582;RO=24;SAF=8;SAR=16;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040998;STB=0.523057;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.00148609;OID=.;OPOS=101405050;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:16:8:9:15:16:8:9:15 chr6 105300250 . A G 172.81 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0703507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.877;QD=46.0817;RBI=0.0709823;REFB=0;REVB=0.00944862;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00069194;OID=.;OPOS=105300250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:11:3:0:0:12:3:0:0 chr6 106352349 . T C 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.918;QD=59.8371;RBI=0.0841537;REFB=0;REVB=0.0833119;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517265;OID=.;OPOS=106352349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr6 106553432 . TCCCG TCCG,TCCGC 32.66 PASS AF=0.380952,0;AO=6,2;DP=21;FAO=8,0;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=7,0;FSAR=1,0;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0537813,-0.0817814;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=16.4941,142.627;QD=6.22003;RBI=0.146953,0.0841312;REFB=-0.0890408,-0.00323614;REVB=0.136758,0.0197447;RO=13;SAF=6,2;SAR=0,0;SRF=5;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.762053,0.601607;STB=0.810699,0.5;STBP=0.044,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.127836,0;OID=.,.;OPOS=106553433,106553435;OREF=C,CG;OALT=-,GC;OMAPALT=TCCG,TCCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.380952,0:6,2:21:8,0:21:13:7,0:1,0:6:7:33:13:6,2:0,0:5:8 chr6 106959424 . A G 276.98 PASS AF=1;AO=19;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0892524;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.8861;QD=48.1712;RBI=0.0892706;REFB=0;REVB=0.00180195;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00883149;OID=.;OPOS=106959424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:19:23:1:13:6:0:0:17:6:0:0 chr6 106959999 . C G 62.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000179752;FXX=0.110988;HRUN=6;LEN=1;MLLD=206.064;QD=31.0352;RBI=0.0446064;REFB=-0.00770869;REVB=0.044606;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00126431;OID=.;OPOS=106959999;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:9:8:0:1:7:7:0.875:4:3:0:0:4:3:0:1 chr6 106960039 . G A 130.37 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.7075;QD=43.458;RBI=0.117634;REFB=0;REVB=0.109124;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00453105;OID=.;OPOS=106960039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr6 106987370 . A C 1047.9 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00613993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.771;QD=58.2166;RBI=0.00661727;REFB=0.0369117;REVB=0.00246768;RO=1;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137051;STB=0.507244;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-1.04361e-05;OID=.;OPOS=106987370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:34:37:0:1:34:37:0:1 chr6 106992464 . A G 682.89 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.013946;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.49;QD=53.5596;RBI=0.0200097;REFB=0.0486487;REVB=0.0143491;RO=0;SAF=14;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.22152e-08;STB=0.506847;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-4.28959e-05;OID=.;OPOS=106992464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:49:50:0.980392:35:14:0:0:36:14:0:1 chr6 107001416 . C T 300.25 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0158392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.696;QD=24.51;RBI=0.0169504;REFB=0.00398585;REVB=-0.00603626;RO=22;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0587174;STB=0.532601;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.00204731;OID=.;OPOS=107001416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:14:13:9:13:14:13:9:13 chr6 107076696 . G A 383.61 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0386676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.731;QD=20.1902;RBI=0.0402263;REFB=-0.02882;REVB=0.0110892;RO=36;SAF=20;SAR=19;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0832102;STB=0.539064;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0309826;OID=.;OPOS=107076696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:37:39:39:0.513158:19:20:15:21:19:20:16:21 chr6 107076783 . A T 220.0 PASS AF=0.462963;AO=23;DP=52;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0456464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.535;QD=16.2965;RBI=0.0462815;REFB=-0.0152647;REVB=0.00764056;RO=25;SAF=9;SAR=14;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111201;STB=0.511619;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0212594;OID=.;OPOS=107076783;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:25:29:23:25:0.462963:14:9:7:18:15:10:11:18 chr6 107077550 . G A 801.63 PASS AF=0.654545;AO=72;DP=110;FAO=72;FDP=110;FR=.;FRO=38;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=8;FWDB=-0.0089051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.785;QD=29.15;RBI=0.0606205;REFB=-0.0151788;REVB=0.0599628;RO=37;SAF=41;SAR=31;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140713;STB=0.57919;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00829013;OID=.;OPOS=107077550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:37:38:72:72:0.654545:31:41:29:8:31:41:30:8 chr6 107351293 . G T 85.82 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.011735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7169;QD=12.7148;RBI=0.0791957;REFB=-0.0310414;REVB=-0.0783215;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172723;STB=0.510186;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0930851;OID=.;OPOS=107351293;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:27:27:16:16:11:11:0.407407:5:6:9:7:5:6:9:7 chr6 107388504 . C T 1102.73 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000504257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.452;QD=58.8124;RBI=0.00800497;REFB=-0.11858;REVB=-0.00798907;RO=1;SAF=38;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122874;STB=0.506492;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.000280423;OID=.;OPOS=107388504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:36:38:1:0:36:38:1:0 chr6 107391396 . G A 714.99 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00260007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2924;QD=60.8502;RBI=0.0666319;REFB=-0.0790467;REVB=0.0665811;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.511623;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0028352;OID=.;OPOS=107391396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:25:21:0:0:25:21:1:0 chr6 107420516 . A C 1157.43 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00400752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.987;QD=59.3555;RBI=0.00686525;REFB=0.0165784;REVB=-0.00557418;RO=1;SAF=29;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0099631;STB=0.505153;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-4.73221e-05;OID=.;OPOS=107420516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:1:1:76:77:0.987179:47:29:0:1:48:29:0:1 chr6 107565060 . T C 599.0 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051705;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.014;QD=61.4363;RBI=0.0518848;REFB=0;REVB=-0.0043163;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000422977;OID=.;OPOS=107565060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:16:22:0:0:16:23:0:0 chr6 107980406 . A T 759.81 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0149505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2657;QD=60.7847;RBI=0.0580872;REFB=-0.0138107;REVB=0.0561303;RO=1;SAF=27;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171068;STB=0.509087;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000614716;OID=.;OPOS=107980406;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:1:1:48:49:0.98:21:27:1:0:22:27:1:0 chr6 108026317 . G T 1637.8 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.166;QD=59.0198;RBI=0.0436915;REFB=0;REVB=0.0358837;RO=0;SAF=46;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199764;OID=.;OPOS=108026317;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:111:0:0:100:111:1:54:46:0:0:58:53:0:0 chr6 108026455 . A G 1045.42 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.676;QD=59.7385;RBI=0.0121812;REFB=0;REVB=0.00557139;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24999e-05;OID=.;OPOS=108026455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:67:70:1:41:26:0:0:44:26:0:0 chr6 108029091 . G A 557.6 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.663;QD=58.6949;RBI=0.0285742;REFB=0;REVB=0.0262906;RO=1;SAF=17;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267496;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174661;OID=.;OPOS=108029091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:1:0:37:38:1:20:17:1:0:20:18:0:0 chr6 108029109 . T C 598.17 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0542133;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.278;QD=61.3507;RBI=0.0547157;REFB=0;REVB=0.00739801;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011938;OID=.;OPOS=108029109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr6 108061325 . G A 324.84 PASS AF=0.378641;AO=39;DP=103;FAO=39;FDP=103;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.00286835;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.42;QD=12.6152;RBI=0.00292369;REFB=-0.00203216;REVB=-0.00056616;RO=64;SAF=18;SAR=21;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589543;STB=0.533615;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00360078;OID=.;OPOS=108061325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:64:64:39:39:0.378641:21:18:33:31:21:18:33:31 chr6 108067915 . G A 400.94 PASS AF=0.43299;AO=41;DP=97;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0076673;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3445;QD=16.5337;RBI=0.0232044;REFB=-0.00747493;REVB=-0.0219011;RO=53;SAF=24;SAR=17;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000475508;STB=0.507868;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00976184;OID=.;OPOS=108067915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:55:41:42:0.43299:17:24:31:22:17:25:32:23 chr6 108076801 . T C 499.29 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=93;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00318665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.321;QD=21.4749;RBI=0.00342317;REFB=-0.00968928;REVB=-0.00125035;RO=45;SAF=24;SAR=24;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04867;STB=0.526871;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00716377;OID=.;OPOS=108076801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:45:45:48:48:0.516129:24:24:25:20:24:24:25:20 chr6 108233929 . G A,T 509.97 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=30,4;DP=34;FAO=32,4;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17,2;FSAR=15,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145448,0.010352;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=138.531,101.582;QD=56.6631;RBI=0.0204864,0.0126177;REFB=0,0;REVB=0.014427,-0.00721407;RO=0;SAF=17,2;SAR=13,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.63861e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00168707,0.0397085;OID=.,.;OPOS=108233929,108233929;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:34:36:0:0:30,4:32,4:0.888889,0.111111:13,2:17,2:0:0:15,2:17,2:0:0 chr6 108277287 . C A 2016.9 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=133;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0126833;FXX=0.0150365;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.773;QD=61.5848;RBI=0.0131966;REFB=0.155411;REVB=0.00364454;RO=1;SAF=45;SAR=85;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.005559;STB=0.502924;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000324064;OID=.;OPOS=108277287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:131:1:1:130:130:0.992366:85:45:0:1:85:45:0:1 chr6 108364582 . T C 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0105646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.476;QD=11.2612;RBI=0.0106412;REFB=-0.0109177;REVB=-0.00127457;RO=30;SAF=4;SAR=11;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279739;STB=0.667496;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0253332;OID=.;OPOS=108364582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:11:4:15:15:11:4:15:15 chr6 109330573 . C T 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.247;QD=21.1692;RBI=0.0360749;REFB=-0.0686364;REVB=0.0360749;RO=3;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0265065;OID=.;OPOS=109330573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:7:0:0:3:7:0:0:3 chr6 109583186 . A G 1426.33 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00511701;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.521;QD=60.6947;RBI=0.00954189;REFB=-0.083741;REVB=-0.00805381;RO=1;SAF=45;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104166;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175542;OID=.;OPOS=109583186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:92:94:1:0:90:94:1:45:45:1:0:48:46:0:0 chr6 109689431 . A G 195.17 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.000353629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.644;QD=14.1941;RBI=0.0126085;REFB=-0.00779951;REVB=0.0126035;RO=32;SAF=7;SAR=16;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328361;STB=0.687734;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00993052;OID=.;OPOS=109689431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:16:7:20:12:16:7:20:12 chr6 109689681 . T C 129.72 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0194657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.559;QD=12.9716;RBI=0.0195909;REFB=-0.00895455;REVB=0.00221094;RO=23;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125503;STB=0.593102;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.00892892;OID=.;OPOS=109689681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:25:15:15:0.375:8:7:8:15:8:7:8:17 chr6 109713896 . G T 63.63 PASS AF=0.375;AO=10;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.043111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.2097;QD=10.6056;RBI=0.0452386;REFB=0.00432246;REVB=0.0137103;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370123;STB=0.804666;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.000720841;OID=.;OPOS=109713896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:24:24:13:15:10:9:0.375:7:3:9:4:7:2:11:4 chr6 109752451 . T C 521.54 PASS AF=0.550562;AO=49;DP=89;FAO=49;FDP=89;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.00257569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.887;QD=23.4401;RBI=0.00381173;REFB=-0.0119101;REVB=0.00280982;RO=37;SAF=15;SAR=34;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197594;STB=0.59496;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0142628;OID=.;OPOS=109752451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:37:40:49:49:0.550562:34:15:20:17:34:15:20:20 chr6 109761437 . A G 70.02 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=0.0541057;FXX=0.0322477;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.6293;QD=9.33663;RBI=0.0553548;REFB=0.0276736;REVB=0.0116929;RO=21;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217266;STB=0.61885;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00720893;OID=.;OPOS=109761437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:31:30:21:20:10:10:0.333333:8:2:2:19:8:2:2:18 chr6 109762600 . A C 203.51 PASS AF=0.423729;AO=24;DP=58;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00487009;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.938;QD=13.797;RBI=0.0068594;REFB=-0.0208255;REVB=0.00483049;RO=34;SAF=12;SAR=12;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603607;STB=0.522431;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0260097;OID=.;OPOS=109762600;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:34:34:24:25:0.423729:12:12:15:19:13:12:15:19 chr6 109763947 . TCCCCCA TCCCCA,TCCCCAG 124.73 PASS AF=0.471698,0;AO=21,2;DP=53;FAO=25,0;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=3,0;FSAR=22,0;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.00451747,-0.00217791;FXX=0.036357;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=12.3543,22.4504;QD=9.41325;RBI=0.0825154,0.0462569;REFB=0.0105284,-0.00821688;REVB=0.0823917,0.0462056;RO=25;SAF=3,0;SAR=18,2;SRF=6;SRR=19;SSEN=0.423729,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.162016,-0.391105;STB=0.599909,0.5;STBP=0.303,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0149093,0;OID=.,.;OPOS=109763948,109763952;OREF=C,CA;OALT=-,AG;OMAPALT=TCCCCA,TCCCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.471698,0:21,2:53:25,0:53:28:3,0:22,0:6:22:99:25:3,0:18,2:6:19 chr6 109764535 . G T 96.49 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0106312;FXX=0.0512689;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.607;QD=10.4312;RBI=0.0382946;REFB=-0.00412126;REVB=-0.0367893;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105621;STB=0.540473;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00749753;OID=.;OPOS=109764535;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:39:37:20:25:12:12:0.324324:6:6:8:12:6:6:11:14 chr6 109767930 . G T 585.41 PASS AF=0.469231;AO=61;DP=130;FAO=61;FDP=130;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=0.00603554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.411;QD=18.0126;RBI=0.0170415;REFB=-0.0217086;REVB=0.0159369;RO=67;SAF=27;SAR=34;SRF=36;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089554;STB=0.542127;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0263972;OID=.;OPOS=109767930;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:67:69:61:61:0.469231:34:27:36:31:34:27:36:33 chr6 109768295 . G A 143.96 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00927943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3126;QD=15.1537;RBI=0.0529727;REFB=-0.0182742;REVB=0.0521536;RO=21;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177126;STB=0.613498;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0232737;OID=.;OPOS=109768295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:22:16:16:0.421053:7:9:8:13:7:9:8:14 chr6 109775366 . C T 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0413759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.556;QD=12.5791;RBI=0.0462849;REFB=-0.00312392;REVB=-0.0207443;RO=31;SAF=6;SAR=11;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00228101;STB=0.501339;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0168076;OID=.;OPOS=109775366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:11:6:11:20:11:6:11:20 chr6 109827716 . C T 329.5 PASS AF=0.5;AO=34;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.033109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9215;QD=18.8283;RBI=0.0500628;REFB=-0.0128639;REVB=-0.037551;RO=34;SAF=9;SAR=25;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345759;STB=0.517757;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0179965;OID=.;OPOS=109827716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:35:34:35:0.5:25:9:8:26:25:10:9:26 chr6 109906329 . GCTT G 222.94 PASS AF=0.536585;AO=8;DP=43;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00168129;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=3;MLLD=216.07;QD=21.7505;RBI=0.0139567;REFB=-0.0200922;REVB=0.0138551;RO=9;SAF=8;SAR=0;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.748953;STB=0.523055;STBP=0.791;TYPE=del;VARB=0.015568;OID=.;OPOS=109906330;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.536585:8:43:22:41:19:17:5:14:5:99:9:8:0:7:2 chr6 109954252 . C T 393.01 PASS AF=0.534247;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=73;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0120244;FXX=0.0394685;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4837;QD=21.535;RBI=0.0432017;REFB=-0.0014784;REVB=-0.0414946;RO=32;SAF=13;SAR=26;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219478;STB=0.622577;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00774504;OID=.;OPOS=109954252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:73:32:34:39:39:0.534247:26:13:19:13:26:13:20:14 chr6 110064928 . A T 372.85 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0260146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.437;QD=23.3032;RBI=0.0307889;REFB=0.00227414;REVB=-0.0164679;RO=27;SAF=18;SAR=19;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894405;STB=0.549126;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=-0.00175686;OID=.;OPOS=110064928;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:27:27:37:37:0.578125:19:18:10:17:19:18:10:17 chr6 110106234 . A G 420.68 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0031921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.913;QD=20.521;RBI=0.00461894;REFB=-0.0232164;REVB=-0.00333843;RO=40;SAF=17;SAR=25;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409486;STB=0.522689;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0227011;OID=.;OPOS=110106234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:42:42:0.512195:25:17:18:22:25:17:18:22 chr6 110107517 . T C 276.94 PASS AF=0.449275;AO=29;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0094712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2696;QD=16.0546;RBI=0.0119206;REFB=-0.0249181;REVB=0.00723856;RO=38;SAF=15;SAR=14;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227868;STB=0.607851;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0240811;OID=.;OPOS=110107517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:29:31:0.449275:14:15:11:27:16:15:11:27 chr6 110146303 . G A 719.23 PASS AF=0.947368;AO=52;DP=55;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0168317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.093;QD=50.4725;RBI=0.053684;REFB=0.0674893;REVB=0.0509771;RO=2;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285316;STB=0.504042;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=-0.000748293;OID=.;OPOS=110146303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:55:57:2:3:52:54:0.947368:32:20:0:2:32:22:1:2 chr6 110301661 . A G 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.038779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.359;QD=21.9714;RBI=0.0388491;REFB=-0.0224451;REVB=0.0023339;RO=21;SAF=5;SAR=18;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179474;STB=0.601447;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0159953;OID=.;OPOS=110301661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:18:5:8:13:18:5:8:13 chr6 110421361 . C T 757.95 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019495;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.782;QD=57.2035;RBI=0.0552344;REFB=0;REVB=-0.0516796;RO=0;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7289e-05;OID=.;OPOS=110421361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:20:33:0:0:20:33:0:0 chr6 110746526 . T C 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0652;QD=59.1428;RBI=0.038406;REFB=0;REVB=0.0117932;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00037018;OID=.;OPOS=110746526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chr6 110746545 . T G 292.78 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00239829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8557;QD=17.2221;RBI=0.040353;REFB=-0.00589831;REVB=-0.0402816;RO=36;SAF=17;SAR=15;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230751;STB=0.512931;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00618428;OID=.;OPOS=110746545;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:36:36:32:32:0.470588:15:17:20:16:15:17:20:16 chr6 110761329 . C T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.022048;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=299.532;QD=16.8984;RBI=0.0220776;REFB=-0.0130537;REVB=0.00114217;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373874;STB=0.521695;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0110802;OID=.;OPOS=110761329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:4:6:5:4:4:6:5:4 chr6 110777962 . A G 1036.68 PASS AF=0.972603;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0388413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9045;QD=56.8044;RBI=0.038921;REFB=-0.173866;REVB=0.00248989;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514282;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00438476;OID=.;OPOS=110777962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:73:0:2:70:71:0.972603:34:36:0:0:34:37:0:2 chr6 110778128 . T C 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.12;QD=56.9976;RBI=0.021879;REFB=0;REVB=-0.00594404;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.29238e-05;OID=.;OPOS=110778128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr6 110797707 . GGGG CACC,CCAC,CCCA 171.5 PASS AF=0.733333,0.2,0.0666667;AO=10,3,2;DP=15;FAO=11,3,1;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2,3,1;FSAR=9,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250395,0.0191918,0.0117615;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=4,4,4;MLLD=168.844,145.51,126.855;QD=45.7321;RBI=0.0359672,0.027165,0.0160984;REFB=0,0,0;REVB=0.0258197,0.0192252,0.010992;RO=0;SAF=1,3,2;SAR=9,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.8593e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,mnp,mnp;VARB=0.00167945,-0.0145411,0.0704103;OID=.,.,.;OPOS=110797707,110797707,110797707;OREF=GGGG,GGGG,GGGG;OALT=CACC,CCAC,CCCA;OMAPALT=CACC,CCAC,CCCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:15:15:0:0:10,3,2:11,3,1:0.733333,0.2,0.0666667:9,0,0:1,3,2:0:0:9,0,0:2,3,1:0:0 chr6 110797713 . C T 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0267731;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.272;QD=22.5815;RBI=0.027586;REFB=-0.0247323;REVB=0.00664754;RO=7;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353093;STB=0.519967;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0127772;OID=.;OPOS=110797713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:8:4:2:5:8:4:2:5 chr6 110934185 . T TA,TTA 39.03 PASS AF=0,0.1875;AO=6,8;DP=54;FAO=0,9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=0,8;FSAR=0,1;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.118933,-0.0678384;FXX=0.020404;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=12.6413,25.2488;QD=3.25215;RBI=0.156589,0.101123;REFB=-0.0594218,-0.0521555;REVB=-0.101859,-0.0749919;RO=40;SAF=5,7;SAR=1,1;SRF=24;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.318435,0.408552;STB=0.5,0.799201;STBP=1,0.084;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.198281;OID=.,.;OPOS=110934186,110934186;OREF=-,-;OALT=A,TA;OMAPALT=TA,TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.1875:6,8:54:0,9:48:39:0,8:0,1:24:15:38:40:5,7:1,1:24:16 chr6 110964409 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00409917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.057;QD=51.9162;RBI=0.0343277;REFB=0;REVB=0.034082;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369871;OID=.;OPOS=110964409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr6 111280038 . C T 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.159285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.556;QD=49.5924;RBI=0.162874;REFB=0;REVB=0.034003;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00186928;OID=.;OPOS=111280038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr6 111283592 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.456;QD=42.1821;RBI=0.1091;REFB=0;REVB=-0.108368;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00317093;OID=.;OPOS=111283592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr6 111620758 . G A 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.512;QD=55.0975;RBI=0.0265847;REFB=0;REVB=0.0133315;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.81365e-05;OID=.;OPOS=111620758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr6 111806040 . A G 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0150448;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.452;QD=14.3349;RBI=0.0165639;REFB=-0.000530465;REVB=0.00692938;RO=26;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0094611;STB=0.505488;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.000677838;OID=.;OPOS=111806040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:9:8:12:14:9:8:12:14 chr6 111901453 . G T 728.96 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00949161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.397;QD=57.1731;RBI=0.0153449;REFB=0;REVB=-0.0120572;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.68891e-06;OID=.;OPOS=111901453;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:20:30:0:0:20:31:0:0 chr6 112382313 . G T 1207.98 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.883;QD=61.1634;RBI=0.0312076;REFB=0;REVB=0.020823;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.57033e-05;OID=.;OPOS=112382313;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:39:39:0:0:40:39:0:0 chr6 112408610 . T C 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.069;QD=58.2386;RBI=0.0371625;REFB=0;REVB=0.025336;RO=0;SAF=18;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169007;OID=.;OPOS=112408610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:44:18:0:0:44:18:0:0 chr6 112430669 . C T 266.77 PASS AF=0.392405;AO=30;DP=78;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00215437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.868;QD=13.5071;RBI=0.0508055;REFB=-0.0227468;REVB=-0.0507598;RO=48;SAF=13;SAR=17;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049745;STB=0.536844;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0428831;OID=.;OPOS=112430669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:48:48:30:31:0.392405:17:13:23:25:18:13:23:25 chr6 112435912 . A T 1494.5 PASS AF=0.989583;AO=93;DP=94;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0096135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8698;QD=62.271;RBI=0.0921377;REFB=-0.129517;REVB=0.0916348;RO=1;SAF=41;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903078;STB=0.504586;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00300216;OID=.;OPOS=112435912;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:94:96:1:1:93:95:0.989583:52:41:0:1:54:41:0:1 chr6 112457383 . G C 718.57 PASS AF=0.963636;AO=50;DP=53;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0249268;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.2947;QD=52.2598;RBI=0.0255093;REFB=-0.213232;REVB=-0.00542036;RO=2;SAF=26;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348399;STB=0.518512;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00773972;OID=.;OPOS=112457383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:53:55:2:2:50:53:0.963636:24:26:2:0:27:26:2:0 chr6 112457390 . C T 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0067832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.693;QD=57.1054;RBI=0.0110669;REFB=0;REVB=-0.00874441;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.20308e-05;OID=.;OPOS=112457390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr6 112471688 . G C 1770.68 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=84;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000698439;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6534;QD=61.0579;RBI=0.0353016;REFB=0;REVB=0.0352947;RO=0;SAF=84;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90511e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212946;OID=.;OPOS=112471688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:116:116:1:32:84:0:0:32:84:0:0 chr6 112493872 . A G 1477.63 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00791939;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.999;QD=63.554;RBI=0.0103695;REFB=0;REVB=0.00669406;RO=0;SAF=52;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155521;OID=.;OPOS=112493872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:41:52:0:0:41:52:0:0 chr6 112508769 . TG GT 548.23 PASS AF=1;AO=51;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0873208;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=141.191;QD=39.8714;RBI=0.167641;REFB=0;REVB=0.143104;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00607606;OID=.;OPOS=112508769;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:51:55:1:28:23:0:0:29:26:0:0 chr6 112672198 . CAG C 207.49 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.00497439;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=2;MLLD=166.299;QD=16.9378;RBI=0.00647744;REFB=-0.0459898;REVB=0.00414882;RO=27;SAF=13;SAR=8;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34373;STB=0.684044;STBP=0.035;TYPE=del;VARB=0.0304068;OID=.;OPOS=112672199;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:21:50:21:49:28:13:8:8:20:99:27:13:8:7:20 chr6 114102623 . T C 531.29 PASS AF=0.509259;AO=55;DP=108;FAO=55;FDP=108;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.00679262;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.871;QD=19.6775;RBI=0.0141087;REFB=0.00237091;REVB=0.0123659;RO=53;SAF=33;SAR=22;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312165;STB=0.517235;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.00220225;OID=.;OPOS=114102623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:53:53:55:55:0.509259:22:33:30:23:22:33:30:23 chr6 114262015 . A C 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0150948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.852;QD=21.013;RBI=0.0160615;REFB=0.0588958;REVB=0.00548823;RO=7;SAF=10;SAR=1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407764;STB=0.740184;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.0189026;OID=.;OPOS=114262015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:1:10:4:3:1:10:4:3 chr6 114378970 . C T 169.13 PASS AF=0.375;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0165432;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.517;QD=12.081;RBI=0.0418494;REFB=0.0198523;REVB=-0.0384408;RO=36;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236851;STB=0.629513;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.0377386;OID=.;OPOS=114378970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:36:35:21:21:0.375:10:11:11:25:10:11:11:24 chr6 116262976 . G A,T 367.83 PASS AF=0.925926,0.0740741;AO=25,2;DP=27;FAO=25,2;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11,2;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0086491,-0.0052692;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=147.114,26.08;QD=54.4933;RBI=0.0297801,0.029106;REFB=0,0;REVB=-0.0284965,0.028625;RO=0;SAF=11,2;SAR=14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.99383e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00189459,0.00494917;OID=.,.;OPOS=116262976,116262976;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:27:27:0:0:25,2:25,2:0.925926,0.0740741:14,0:11,2:0:0:14,0:11,2:0:0 chr6 116263181 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.913;QD=58.5876;RBI=0.0389796;REFB=0;REVB=0.0287075;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.21126e-05;OID=.;OPOS=116263181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:21:11:0:0:22:11:0:0 chr6 116441646 . C G 739.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.015867;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=250.865;QD=54.7462;RBI=0.0218896;REFB=-0.0507933;REVB=0.0150795;RO=1;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192259;STB=0.5102;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00162454;OID=.;OPOS=116441646;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:24:29:0:1:24:29:0:1 chr6 116446576 . A G 2286.61 PASS AF=0.987097;AO=149;DP=152;FAO=153;FDP=155;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=104;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00269462;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.447;QD=59.0093;RBI=0.00534986;REFB=-0.0876196;REVB=-0.0046217;RO=2;SAF=46;SAR=103;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00563121;STB=0.502658;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.000542512;OID=.;OPOS=116446576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:152:155:2:2:149:153:0.987097:103:46:1:1:104:49:1:1 chr6 116574455 . G A 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0124752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8202;QD=12.7297;RBI=0.109566;REFB=0.0130924;REVB=0.108854;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535863;STB=0.531844;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.00998497;OID=.;OPOS=116574455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:6:6:4:5:6:6 chr6 116575083 . C A 837.41 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0546482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.14;QD=55.8273;RBI=0.0577921;REFB=0.00859267;REVB=0.0188017;RO=1;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012925;STB=0.506664;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=9.69292e-05;OID=.;OPOS=116575083;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:60:1:1:58:59:0.983333:36:22:0:1:37:22:0:1 chr6 116600453 . C T 85.76 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0452991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0946;QD=11.8293;RBI=0.0452993;REFB=-0.0357554;REVB=-0.000128866;RO=18;SAF=8;SAR=3;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693191;STB=0.540912;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0304136;OID=.;OPOS=116600453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:3:8:14:4:3:8:14:4 chr6 116600465 . T C,TCAC 236.99 PASS AF=0.111111,0.703704;AO=3,16;DP=27;FAO=3,19;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=3,12;FSAR=0,7;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.108528,-0.00237533;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=43.2991,168.115;QD=35.1093;RBI=0.109018,0.0666952;REFB=0.0330259,-0.0942012;REVB=0.0103276,0.0666528;RO=6;SAF=3,11;SAR=0,5;SRF=6;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.195278;STB=0.5,0.586122;STBP=1,0.167;TYPE=snp,ins;VARB=0.0501065,0.0189041;OID=.,.;OPOS=116600465,116600466;OREF=T,-;OALT=C,CAC;OMAPALT=C,TCAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:30:27:27:6:5:3,16:3,19:0.111111,0.703704:0,5:3,11:6:0:0,7:3,12:5:0 chr6 116757557 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.644;QD=44.6892;RBI=0.033891;REFB=0;REVB=0.0323469;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188415;OID=.;OPOS=116757557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr6 116784850 . C G 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0310137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7516;QD=10.6349;RBI=0.0319484;REFB=-0.0282347;REVB=0.00767145;RO=13;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313669;STB=0.6918;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0364026;OID=.;OPOS=116784850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:2:6:6:7:2:6:6:7 chr6 116875427 . G A 1725.51 PASS AF=0.97479;AO=116;DP=119;FAO=116;FDP=119;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0353943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.898;QD=58.0003;RBI=0.0365645;REFB=-0.0503813;REVB=0.00917633;RO=2;SAF=49;SAR=67;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00255756;STB=0.502302;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.000983327;OID=.;OPOS=116875427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:119:119:2:3:116:116:0.97479:67:49:1:1:67:49:1:2 chr6 116875493 . T C 225.54 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.000735908;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1402;QD=20.5037;RBI=0.0175899;REFB=-0.0147619;REVB=0.0175745;RO=22;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404908;STB=0.522801;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0135062;OID=.;OPOS=116875493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:22:22:22:22:0.5:12:10:11:11:12:10:11:11 chr6 116875504 . A G 160.57 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0496372;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.493;QD=16.9019;RBI=0.0569639;REFB=-0.00940176;REVB=0.027947;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121753;STB=0.555491;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0211527;OID=.;OPOS=116875504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:20:21:17:17:0.447368:8:9:8:12:8:9:9:12 chr6 116950734 . G A 116.19 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0747799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5802;QD=20.206;RBI=0.0778299;REFB=-0.0411153;REVB=-0.0215746;RO=10;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125864;STB=0.571322;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0272098;OID=.;OPOS=116950734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:6:7:7:3:6:7:7:3 chr6 116950833 . T C 457.57 PASS AF=0.942857;AO=32;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0103655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.4886;QD=52.2941;RBI=0.0185268;REFB=-0.0572986;REVB=0.0153558;RO=2;SAF=17;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00343954;STB=0.502616;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00586207;OID=.;OPOS=116950833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:35:35:2:2:32:33:0.942857:15:17:1:1:15:18:1:1 chr6 116951678 . A C 211.99 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00782634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1241;QD=14.62;RBI=0.0176941;REFB=-0.0181541;REVB=0.0158691;RO=32;SAF=10;SAR=15;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696018;STB=0.549256;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0325615;OID=.;OPOS=116951678;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:33:25:25:0.431034:15:10:15:17:15:10:16:17 chr6 116973182 . T C 1115.7 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00296334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1679;QD=60.3082;RBI=0.0234245;REFB=0;REVB=0.0232363;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216507;OID=.;OPOS=116973182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:45:29:0:0:45:29:0:0 chr6 117113531 . A AT 128.5 PASS AF=0.418182;AO=21;DP=57;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0606638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.032;QD=9.34568;RBI=0.0614485;REFB=0.00892224;REVB=-0.00978898;RO=36;SAF=15;SAR=6;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356193;STB=0.703121;STBP=0.018;TYPE=ins;VARB=-0.015928;OID=.;OPOS=117113532;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.418182:21:57:23:55:32:16:7:11:21:99:36:15:6:14:22 chr6 117113653 . T C 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.00341117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.002;QD=15.2556;RBI=0.00422053;REFB=-0.00766806;REVB=-0.00248532;RO=29;SAF=13;SAR=7;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340641;STB=0.70251;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00848839;OID=.;OPOS=117113653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:30:20:20:0.4:7:13:9:20:7:13:9:21 chr6 117113761 . A AGG 204.73 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0156455;FXX=0.114253;HRUN=0;LEN=2;MLLD=85.5247;QD=26.4171;RBI=0.0250148;REFB=-0.00549456;REVB=0.0195182;RO=17;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592254;STB=0.569325;STBP=0.345;TYPE=ins;VARB=0.00220963;OID=.;OPOS=117113762;OREF=-;OALT=GG;OMAPALT=AGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.612903:19:36:19:31:12:11:8:9:3:99:17:11:8:11:6 chr6 117114025 . G A 145.99 PASS AF=0.470588;AO=15;DP=33;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0448985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8203;QD=17.1748;RBI=0.0450245;REFB=-0.00901199;REVB=-0.00336603;RO=18;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607709;STB=0.521712;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0195202;OID=.;OPOS=117114025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:18:18:15:16:0.470588:10:5:5:13:11:5:5:13 chr6 117114223 . T A 264.8 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0190252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8382;QD=20.7689;RBI=0.0199019;REFB=0.00244732;REVB=0.00584216;RO=24;SAF=11;SAR=16;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00807553;STB=0.504501;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.00307451;OID=.;OPOS=117114223;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:16:11:10:14:16:11:10:14 chr6 117114403 . G A 1029.86 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.017965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.189;QD=58.0202;RBI=0.0374147;REFB=-0.0548132;REVB=0.0328195;RO=1;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133173;STB=0.50704;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000769097;OID=.;OPOS=117114403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:70:70:0.985915:35:35:0:1:35:35:0:1 chr6 117121894 . G A 1135.2 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00471384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.644;QD=60.5438;RBI=0.00964656;REFB=0;REVB=-0.0084164;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.64932e-06;OID=.;OPOS=117121894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr6 117130704 . G A 923.28 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189822;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4969;QD=58.621;RBI=0.0237545;REFB=0;REVB=0.0142811;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164203;OID=.;OPOS=117130704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr6 117150008 . G A 171.69 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0304822;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.499;QD=12.958;RBI=0.0308571;REFB=-0.016349;REVB=0.00479606;RO=32;SAF=14;SAR=7;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244156;STB=0.640889;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0354944;OID=.;OPOS=117150008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:32:32:21:21:0.396226:7:14:14:18:7:14:14:18 chr6 117650532 . C G 348.94 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0188784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.608;QD=22.881;RBI=0.0208218;REFB=-0.00532004;REVB=-0.00878382;RO=26;SAF=19;SAR=16;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873325;STB=0.548023;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00517103;OID=.;OPOS=117650532;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:16:19:17:9:16:19:17:9 chr6 117724379 . C T 181.35 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0613834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.826;QD=12.9534;RBI=0.0631496;REFB=0.00331618;REVB=-0.0148306;RO=33;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509795;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=-0.0071548;OID=.;OPOS=117724379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:33:34:22:22:0.392857:12:10:15:18:12:10:16:18 chr6 117725578 . T A 200.95 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=68;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0127976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.489;QD=11.8206;RBI=0.0129651;REFB=-0.00204133;REVB=-0.00207724;RO=43;SAF=16;SAR=9;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194215;STB=0.612349;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00360792;OID=.;OPOS=117725578;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:43:43:25:25:0.367647:9:16:20:23:9:16:20:23 chr6 117869491 . G A 169.07 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0270223;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.948;QD=13.0052;RBI=0.0432488;REFB=-0.023055;REVB=-0.0337677;RO=31;SAF=9;SAR=11;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103314;STB=0.568897;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.032598;OID=.;OPOS=117869491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:32:20:20:0.384615:11:9:17:14:11:9:18:14 chr6 118786486 . T C 343.12 PASS AF=0.612245;AO=29;DP=48;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0142502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.148;QD=28.0101;RBI=0.0144428;REFB=-0.0188667;REVB=-0.00235118;RO=19;SAF=15;SAR=14;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106635;STB=0.563644;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0168159;OID=.;OPOS=118786486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:19:19:29:30:0.612245:14:15:7:12:14:16:7:12 chr6 118880640 . T G 236.04 PASS AF=0.39726;AO=26;DP=69;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=31;FWDB=0.0183411;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.373;QD=12.9336;RBI=0.0303273;REFB=-0.00728989;REVB=0.0241526;RO=41;SAF=6;SAR=20;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542234;STB=0.54251;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0166676;OID=.;OPOS=118880640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:73:41:44:26:29:0.39726:20:6:11:30:22:7:13:31 chr6 118881822 . C T 492.04 PASS AF=0.484848;AO=47;DP=98;FAO=48;FDP=99;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.00977177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.728;QD=19.8804;RBI=0.0133833;REFB=-0.0182656;REVB=-0.0091447;RO=51;SAF=19;SAR=28;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0072835;STB=0.502599;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.018865;OID=.;OPOS=118881822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:51:51:47:48:0.484848:28:19:21:30:28:20:21:30 chr6 118886961 . G T 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.0485979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.157;QD=16.5353;RBI=0.0529823;REFB=-0.0202066;REVB=-0.0211039;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172123;STB=0.605863;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0142242;OID=.;OPOS=118886961;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:23:18:18:0.439024:7:11:17:5:7:11:18:5 chr6 118973953 . A G 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0140148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.727;QD=24.3901;RBI=0.0190042;REFB=-0.0138601;REVB=-0.0128354;RO=14;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219561;STB=0.62263;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0102049;OID=.;OPOS=118973953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:13:7:9:5:13:7:9:5 chr6 119149149 . C G 775.69 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.183;QD=62.0551;RBI=0.0235367;REFB=0;REVB=0.0157404;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194953;OID=.;OPOS=119149149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:47:50:1:21:26:0:0:23:27:0:0 chr6 119245024 . C T 227.72 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0169167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.179;QD=21.6875;RBI=0.0224327;REFB=-0.0238827;REVB=-0.0147327;RO=20;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469145;STB=0.526292;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0230723;OID=.;OPOS=119245024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:10:12:12:8:10:12:12:8 chr6 119510941 . C A 634.02 PASS AF=0.587629;AO=57;DP=99;FAO=57;FDP=97;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0155836;FXX=0.0202;HRUN=6;LEN=1;MLLD=114.033;QD=26.1449;RBI=0.0158342;REFB=0.00268285;REVB=0.0028062;RO=38;SAF=20;SAR=37;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757047;STB=0.554341;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.00196355;OID=.;OPOS=119510941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:38:40:57:57:0.587629:37:20:17:21:37:20:19:21 chr6 120847506 . C T 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00631066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.034;QD=12.1817;RBI=0.0128902;REFB=-0.0276561;REVB=-0.0112397;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.043046;OID=.;OPOS=120847506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:4:6:9:6:4:6:9:6 chr6 120847544 . C A 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00613713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.739;QD=9.11039;RBI=0.0112944;REFB=-0.0228274;REVB=-0.00948147;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202856;STB=0.624687;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0307113;OID=.;OPOS=120847544;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:5:3:9:7:5:3:9:7 chr6 121451095 . C T 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0417905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0841;QD=19.6456;RBI=0.0427604;REFB=0.0620764;REVB=0.00905612;RO=8;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124659;STB=0.571299;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.0406835;OID=.;OPOS=121451095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:6:5:5:3:6:5:5:3 chr6 121602785 . T A 304.1 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0458397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.739;QD=17.3772;RBI=0.0458469;REFB=-0.0236905;REVB=0.000810764;RO=37;SAF=23;SAR=10;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26033;STB=0.646327;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0142405;OID=.;OPOS=121602785;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:10:23:16:21:10:23:16:21 chr6 121602795 . C T 286.25 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00916772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.869;QD=18.1748;RBI=0.0195909;REFB=-0.010567;REVB=-0.0173134;RO=32;SAF=21;SAR=10;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19901;STB=0.611576;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0087605;OID=.;OPOS=121602795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:10:21:15:17:10:21:15:17 chr6 121620608 . G T 428.91 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00538264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.881;QD=57.188;RBI=0.0091392;REFB=0;REVB=-0.00738594;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.31014e-06;OID=.;OPOS=121620608;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr6 121625945 . A G 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0135662;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=160.511;QD=14.3343;RBI=0.0150844;REFB=-0.00817482;REVB=0.0065954;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400047;STB=0.732852;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00311526;OID=.;OPOS=121625945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:3:6:2:8:3:6:2:8 chr6 121629167 . G A 470.87 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=-0.0414739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.079;QD=20.9274;RBI=0.0645948;REFB=0.017503;REVB=-0.0495218;RO=44;SAF=24;SAR=22;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219157;STB=0.62064;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0179773;OID=.;OPOS=121629167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:22:24:12:32:22:24:12:32 chr6 121632008 . T A 1415.34 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9521;QD=62.9039;RBI=0.0671363;REFB=0;REVB=0.0596166;RO=0;SAF=32;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177799;OID=.;OPOS=121632008;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:58:32:0:0:58:32:0:0 chr6 121638666 . G A 303.77 PASS AF=0.563636;AO=28;DP=52;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0337238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.701;QD=22.0921;RBI=0.0389602;REFB=-0.0202682;REVB=-0.0195091;RO=24;SAF=14;SAR=14;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103816;STB=0.575214;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0150716;OID=.;OPOS=121638666;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:24:24:28:31:0.563636:14:14:9:15:14:17:9:15 chr6 121638682 . G A 268.63 PASS AF=0.527273;AO=28;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0196686;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.302;QD=19.5367;RBI=0.0200857;REFB=-0.0199088;REVB=0.00407174;RO=26;SAF=17;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191975;STB=0.594935;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.016647;OID=.;OPOS=121638682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:28:29:0.527273:11:17:10:16:12:17:10:16 chr6 121642790 . T C 374.28 PASS AF=0.375;AO=45;DP=120;FAO=45;FDP=120;FR=.;FRO=75;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=0.0849732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0973;QD=12.476;RBI=0.0849756;REFB=0.0138392;REVB=0.000640324;RO=75;SAF=30;SAR=15;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211242;STB=0.620635;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.0213877;OID=.;OPOS=121642790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:75:75:45:45:0.375:15:30:36:39:15:30:36:39 chr6 121642916 . C T 319.81 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0513864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.343;QD=18.5398;RBI=0.0530411;REFB=-0.0305496;REVB=0.0131453;RO=35;SAF=15;SAR=19;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146879;STB=0.508192;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0296372;OID=.;OPOS=121642916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:35:34:34:0.492754:19:15:16:19:19:15:16:19 chr6 121768964 . G C 277.34 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00545481;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.477;QD=26.4133;RBI=0.0277089;REFB=-0.00582002;REVB=0.0271667;RO=17;SAF=15;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221617;STB=0.622544;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00228731;OID=.;OPOS=121768964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:10:15:5:12:10:15:5:12 chr6 123066514 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000723912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.394;QD=63.583;RBI=0.00312228;REFB=0;REVB=0.0030372;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95513e-06;OID=.;OPOS=123066514;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr6 123066585 . G A 272.52 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00460181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3984;QD=51.9086;RBI=0.019051;REFB=0;REVB=0.0184869;RO=1;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341449;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215784;OID=.;OPOS=123066585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:1:0:20:21:1:13:7:0:1:14:7:0:0 chr6 123101647 . A G 91.38 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=31;FAO=10;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00285444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.331;QD=12.1839;RBI=0.017287;REFB=-0.0197093;REVB=0.0170497;RO=20;SAF=7;SAR=0;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.74688;STB=0.83254;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0321122;OID=.;OPOS=123101647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:31:30:20:18:7:10:0.333333:0:7:9:11:1:9:9:9 chr6 123122464 . C T 393.82 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00371094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4871;QD=25.408;RBI=0.0392109;REFB=0.00112814;REVB=-0.0390349;RO=24;SAF=18;SAR=20;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480526;STB=0.526302;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.00119049;OID=.;OPOS=123122464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:24:38:38:0.612903:20:18:13:11:20:18:13:11 chr6 123594510 . T TA 299.4 PASS AF=0.369863;AO=65;DP=243;FAO=81;FDP=219;FR=.;FRO=138;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=64;FSRR=74;FWDB=0.0173758;FXX=0.0223204;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.6264;QD=5.46854;RBI=0.0175753;REFB=0.0140225;REVB=-0.00264086;RO=168;SAF=32;SAR=33;SRF=81;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124759;STB=0.526701;STBP=0.532;TYPE=ins;VARB=-0.0362265;OID=.;OPOS=123594511;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.369863:65:243:81:219:138:41:40:64:74:99:168:32:33:81:87 chr6 123658825 . G T 825.59 PASS AF=0.396624;AO=93;DP=237;FAO=94;FDP=237;FR=.;FRO=143;FSAF=41;FSAR=53;FSRF=76;FSRR=67;FWDB=-0.0337757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8482;QD=13.934;RBI=0.0432418;REFB=-0.0182027;REVB=-0.027001;RO=144;SAF=40;SAR=53;SRF=77;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113216;STB=0.557581;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0212071;OID=.;OPOS=123658825;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:237:144:143:93:94:0.396624:53:40:77:67:53:41:76:67 chr6 123687288 . A C 1631.39 PASS AF=0.915966;AO=107;DP=117;FAO=109;FDP=119;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=46;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.033515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.999;QD=54.8368;RBI=0.0337762;REFB=0.0154161;REVB=0.00419238;RO=1;SAF=45;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00759448;STB=0.50099;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=-0.00082585;OID=.;OPOS=123687288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:117:119:1:5:107:109:0.915966:62:45:0:1:63:46:2:3 chr6 123702499 . G A 1372.45 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.125;QD=62.3843;RBI=0.0171269;REFB=0;REVB=0.00679837;RO=0;SAF=54;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.70123e-05;OID=.;OPOS=123702499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:33:54:0:0:33:55:0:0 chr6 123758492 . C T 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.021;QD=60.23;RBI=0.0304252;REFB=0;REVB=0.0189231;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.08355e-05;OID=.;OPOS=123758492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr6 123833457 . G C 1197.45 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00388934;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.497;QD=61.4075;RBI=0.0365532;REFB=0;REVB=0.0363457;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.63632e-05;OID=.;OPOS=123833457;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:78:0:0:78:78:1:38:40:0:0:38:40:0:0 chr6 125144352 . T G 756.38 PASS AF=0.933333;AO=56;DP=60;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0123582;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.364;QD=50.4254;RBI=0.0231147;REFB=-0.11992;REVB=-0.0195337;RO=4;SAF=35;SAR=21;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166457;STB=0.508846;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00107758;OID=.;OPOS=125144352;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:60:60:4:4:56:56:0.933333:21:35:2:2:21:35:2:2 chr6 125284457 . T C 801.27 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0247579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.365;QD=57.2337;RBI=0.0368652;REFB=0;REVB=0.0273147;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56457e-06;OID=.;OPOS=125284457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr6 125573194 . A G 751.64 PASS AF=0.981818;AO=51;DP=51;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0210347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.58;QD=54.6644;RBI=0.0228237;REFB=-0.0276117;REVB=0.00885807;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.50943;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00153353;OID=.;OPOS=125573194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:55:0:1:51:54:0.981818:26:25:0:0:28:26:1:0 chr6 125614100 . C A 346.81 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00032373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.904;QD=22.3751;RBI=0.0124882;REFB=-0.00724255;REVB=-0.012484;RO=26;SAF=19;SAR=16;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332827;STB=0.526787;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00594709;OID=.;OPOS=125614100;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:26:27:35:35:0.564516:16:19:13:13:16:19:13:14 chr6 125614121 . C A 295.99 PASS AF=0.534483;AO=30;DP=57;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-7.65101e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.892;QD=20.4131;RBI=0.00428761;REFB=-0.0124843;REVB=0.00428693;RO=27;SAF=17;SAR=13;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135271;STB=0.565368;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0097627;OID=.;OPOS=125614121;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:27:27:30:31:0.534483:13:17:11:16:14:17:11:16 chr6 126250396 . TTT AAA 68.79 PASS AF=0.888889;AO=5;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00869448;FXX=0;HRUN=13;LEN=3;MLLD=86.4054;QD=30.5719;RBI=0.0233119;REFB=-0.0108155;REVB=-0.0216299;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951258;STB=0.533253;STBP=0.649;TYPE=mnp;VARB=0.000178034;OID=.;OPOS=126250396;OREF=TTT;OALT=AAA;OMAPALT=AAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:5:8:0.888889:4:1:0:1:7:1:0:1 chr6 126278230 . G C 889.23 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.048098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7195;QD=56.459;RBI=0.0483154;REFB=-0.127047;REVB=-0.00457884;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507934;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00174173;OID=.;OPOS=126278230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:31:31:0:0:31:31:1:0 chr6 127476516 . G A 508.38 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.10107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8682;QD=56.4862;RBI=0.104455;REFB=0.0511266;REVB=0.0263752;RO=1;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022817;STB=0.512188;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.0030885;OID=.;OPOS=127476516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:20:15:0:1:20:15:0:1 chr6 127609691 . C T 92.45 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00110522;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.918;QD=41.0878;RBI=0.0479243;REFB=0;REVB=-0.0479116;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000561691;OID=.;OPOS=127609691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr6 127768472 . G A 570.6 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8623;QD=60.0634;RBI=0.0327845;REFB=0;REVB=-0.00402256;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126825;OID=.;OPOS=127768472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr6 127797179 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.129;QD=51.1846;RBI=0.0598877;REFB=0;REVB=0.0284166;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000992771;OID=.;OPOS=127797179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr6 127797374 . G A 887.79 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00148044;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.2;QD=58.2158;RBI=0.0117642;REFB=0;REVB=0.0116707;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386767;OID=.;OPOS=127797374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:28:32:0:0:28:33:0:0 chr6 128312033 . A G 235.57 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0207589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.888;QD=13.0874;RBI=0.0255836;REFB=-0.0117804;REVB=0.0149528;RO=42;SAF=9;SAR=19;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267491;STB=0.653734;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0411673;OID=.;OPOS=128312033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:44:28:28:0.388889:19:9:24:18:19:9:25:19 chr6 128403745 . A G 618.02 PASS AF=0.650602;AO=53;DP=82;FAO=54;FDP=83;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00741638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0969;QD=29.7839;RBI=0.00741638;REFB=0.0142937;REVB=8.07341e-06;RO=29;SAF=17;SAR=36;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161372;STB=0.589536;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.00745344;OID=.;OPOS=128403745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:29:29:53:54:0.650602:36:17:16:13:37:17:16:13 chr6 128411109 . C T 341.91 PASS AF=0.39604;AO=39;DP=101;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=-0.00215822;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.468;QD=13.541;RBI=0.00318675;REFB=-0.00585465;REVB=-0.00234466;RO=57;SAF=15;SAR=24;SRF=31;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168415;STB=0.572482;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0090528;OID=.;OPOS=128411109;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:61:39:40:0.39604:24:15:31:26:25:15:30:31 chr6 128643390 . T C 246.84 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.029245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.479;QD=17.9517;RBI=0.0340639;REFB=-0.018935;REVB=-0.0174666;RO=28;SAF=18;SAR=9;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252599;STB=0.641868;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0206311;OID=.;OPOS=128643390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:9:18:11:17:9:18:11:17 chr6 128934390 . G C 785.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.523;QD=64.1508;RBI=0.0340857;REFB=0;REVB=0.0210558;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58135e-05;OID=.;OPOS=128934390;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr6 129371106 . C T 532.58 PASS AF=0.445312;AO=57;DP=130;FAO=57;FDP=128;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.00184233;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.184;QD=16.6431;RBI=0.0195585;REFB=-0.00946987;REVB=-0.0194715;RO=72;SAF=32;SAR=25;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223246;STB=0.509062;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0119273;OID=.;OPOS=129371106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:128:72:71:57:57:0.445312:25:32:42:30:25:32:41:30 chr6 129381026 . C A 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00357863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.316;QD=64.1537;RBI=0.0116114;REFB=0;REVB=0.0110462;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40982e-05;OID=.;OPOS=129381026;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr6 129588259 . G T 696.61 PASS AF=0.489362;AO=69;DP=142;FAO=69;FDP=141;FR=.;FRO=72;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=38;FWDB=-0.0355133;FXX=0.00704176;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.2881;QD=19.7621;RBI=0.0507263;REFB=-0.0233107;REVB=-0.0362209;RO=69;SAF=40;SAR=29;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092805;STB=0.555309;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.023755;OID=.;OPOS=129588259;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:69:72:69:69:0.489362:29:40:33:36:29:40:34:38 chr6 129612808 . A G 929.35 PASS AF=0.970149;AO=64;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00350267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.272;QD=55.4834;RBI=0.0342682;REFB=-0.0802328;REVB=0.0340888;RO=1;SAF=26;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178181;STB=0.503105;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00107652;OID=.;OPOS=129612808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:1:2:64:65:0.970149:38:26:1:0:39:26:1:1 chr6 129722389 . A G 296.94 PASS AF=0.958333;AO=22;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0256441;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.331;QD=49.4907;RBI=0.0465806;REFB=-0.151561;REVB=0.0388862;RO=1;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264303;STB=0.513502;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00101987;OID=.;OPOS=129722389;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:22:23:0.958333:17:5:0:1:18:5:0:1 chr6 129722425 . G A 267.36 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0583968;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2354;QD=42.7779;RBI=0.118377;REFB=-0.0241724;REVB=0.10297;RO=3;SAF=5;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326507;STB=0.51775;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00507762;OID=.;OPOS=129722425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:3:3:22:22:0.88:17:5:1:2:17:5:1:2 chr6 129762112 . G A 293.97 PASS AF=0.492308;AO=30;DP=63;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.00345021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.374;QD=18.0905;RBI=0.0037647;REFB=0.00452387;REVB=-0.00150632;RO=32;SAF=16;SAR=14;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230465;STB=0.629553;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00503769;OID=.;OPOS=129762112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:32:33:30:32:0.492308:14:16:9:23:15:17:9:24 chr6 129763886 . T C 204.99 PASS AF=0.133758;AO=37;DP=311;FAO=42;FDP=314;FR=.,HEALED;FRO=254;FSAF=4;FSAR=38;FSRF=132;FSRR=122;FWDB=0.100187;FXX=0.0125782;HRUN=4;LEN=1;MLLD=29.7978;QD=2.61138;RBI=0.10357;REFB=-0.0439501;REVB=0.0262552;RO=220;SAF=3;SAR=34;SRF=123;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.619294;STB=0.88961;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.103382;OID=.;OPOS=129763886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:314:220:254:37:42:0.133758:34:3:123:97:38:4:132:122 chr6 129807629 . C T 248.02 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0039859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.744;QD=16.2637;RBI=0.0359222;REFB=-0.0100258;REVB=-0.0357004;RO=32;SAF=18;SAR=10;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226069;STB=0.635197;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00817048;OID=.;OPOS=129807629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:33:28:28:0.459016:10:18:13:19:10:18:13:20 chr6 129807699 . G C 305.43 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0201881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8719;QD=17.7063;RBI=0.0204597;REFB=-0.00335343;REVB=0.00332267;RO=36;SAF=17;SAR=16;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658447;STB=0.53682;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00223765;OID=.;OPOS=129807699;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:16:17:16:20:16:17:16:20 chr6 129807714 . G A 346.6 PASS AF=0.521739;AO=33;DP=66;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.000155052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2739;QD=20.0925;RBI=0.0163805;REFB=-0.0235641;REVB=0.0163798;RO=32;SAF=15;SAR=18;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067889;STB=0.547651;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0207616;OID=.;OPOS=129807714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:32:33:33:36:0.521739:18:15:17:15:21:15:17:16 chr6 129813053 . A G 269.32 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00567206;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7068;QD=28.3494;RBI=0.00586055;REFB=-0.018113;REVB=-0.00147436;RO=14;SAF=13;SAR=11;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684638;STB=0.537747;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0137137;OID=.;OPOS=129813053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:14:14:24:24:0.631579:11:13:9:5:11:13:9:5 chr6 129814566 . G A 212.23 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.00425701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.978;QD=12.3033;RBI=0.015014;REFB=-0.013972;REVB=-0.0143978;RO=43;SAF=17;SAR=9;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134953;STB=0.577899;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0191573;OID=.;OPOS=129814566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:43:26:26:0.376812:9:17:23:20:9:17:23:20 chr6 129837610 . T C 463.63 PASS AF=0.479167;AO=45;DP=95;FAO=46;FDP=96;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00674134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.5072;QD=19.318;RBI=0.091155;REFB=-0.0050827;REVB=0.0909054;RO=50;SAF=22;SAR=23;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671434;STB=0.542477;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.00566247;OID=.;OPOS=129837610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:50:50:45:46:0.479167:23:22:28:22:24:22:28:22 chr6 129927014 . A G 1428.91 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00933777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.763;QD=62.8094;RBI=0.0136179;REFB=0;REVB=0.00991229;RO=0;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108351;OID=.;OPOS=129927014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:43:47:0:0:44:47:0:0 chr6 129959602 . GTTTTTTT GCTTTTTC,GTTTTTT,TGTTTTTT 32.71 PASS AF=0.037037,0.166667,0.037037;AO=2,13,2;DP=56;FAO=2,9,2;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=2,5,0;FSAR=0,4,2;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0147691,-0.0905053,-0.0338614;FXX=0.0357079;HRUN=8,8,1;LEN=7,1,2;MLLD=261.383,9.41333,24.4939;QD=2.42273;RBI=0.0207604,0.163475,0.0963831;REFB=-0.00604358,-0.0596587,-0.0132467;REVB=0.0145901,0.136135,0.0902391;RO=33;SAF=2,8,0;SAR=0,5,2;SRF=19;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.412208,0.0483821,-0.479285;STB=0.994245,0.504495,0.995385;STBP=0.189,0.998,0.11;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.0213707,0.0659961,0.014887;OID=.,.,.;OPOS=129959603,129959603,129959602;OREF=TTTTTTT,T,GT;OALT=CTTTTTC,-,TG;OMAPALT=GCTTTTTC,GTTTTTT,TGTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:18:56:54:33:41:2,13,2:2,9,2:0.037037,0.166667,0.037037:0,5,2:2,8,0:19:14:0,4,2:2,5,0:23:18 chr6 130031215 . T C 1730.13 PASS AF=0.991453;AO=110;DP=111;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00410691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8781;QD=59.1497;RBI=0.0802536;REFB=-0.0557168;REVB=0.0801485;RO=0;SAF=47;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.54139e-08;STB=0.50495;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000641265;OID=.;OPOS=130031215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:111:117:0:1:110:116:0.991453:63:47:0:0:66:50:1:0 chr6 130152452 . G A 238.67 PASS AF=0.952381;AO=19;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0343233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.314;QD=45.461;RBI=0.0667067;REFB=0.0152681;REVB=0.0571988;RO=1;SAF=9;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483869;STB=0.526289;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000607884;OID=.;OPOS=130152452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:19:20:0.952381:10:9:1:0:11:9:1:0 chr6 130154667 . T C 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0464765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8751;QD=55.0095;RBI=0.0643464;REFB=0.0470655;REVB=-0.0445016;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00400062;OID=.;OPOS=130154667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:17:15:0:0:17:15:0:1 chr6 130154686 . A G 389.05 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00647327;FXX=0.0302939;HRUN=6;LEN=1;MLLD=147.897;QD=48.6314;RBI=0.0148797;REFB=-0.172405;REVB=0.0133978;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.520593;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00148991;OID=.;OPOS=130154686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:32:0:3:29:29:0.90625:16:13:0:0:16:13:2:1 chr6 130374102 . C A 519.91 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4606;QD=59.4183;RBI=0.0872687;REFB=0;REVB=-0.0833304;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00113054;OID=.;OPOS=130374102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr6 130381246 . T C 1176.08 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0073019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.684;QD=60.3117;RBI=0.028652;REFB=0;REVB=0.0277059;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000904559;OID=.;OPOS=130381246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:78:0:0:73:78:1:33:40:0:0:34:44:0:0 chr6 130537005 . G A 155.9 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.00486001;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.259;QD=10.9407;RBI=0.00618641;REFB=-0.0104125;REVB=0.00382779;RO=38;SAF=7;SAR=13;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0097388;STB=0.5185;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0293275;OID=.;OPOS=130537005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:38:37:20:20:0.350877:13:7:13:25:13:7:12:25 chr6 131148737 . G A 2132.45 PASS AF=1;AO=129;DP=134;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373331;FXX=0.0215812;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.052;QD=62.7192;RBI=0.0412374;REFB=0;REVB=0.0175146;RO=1;SAF=55;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00637921;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03124e-05;OID=.;OPOS=131148737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:136:1:0:129:136:1:74:55:0:1:79:57:0:0 chr6 131156102 . G T 308.42 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.00209063;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=339.536;QD=18.413;RBI=0.0108787;REFB=-0.0106262;REVB=-0.0106759;RO=34;SAF=13;SAR=20;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682443;STB=0.537995;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0104134;OID=.;OPOS=131156102;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:20:13:11:23:20:13:11:23 chr6 131160876 . G T 821.36 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.734;QD=56.6457;RBI=0.0477679;REFB=0;REVB=0.0461615;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.75952e-05;OID=.;OPOS=131160876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:24:33:0:0:24:34:0:0 chr6 131161504 . T C 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0164719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.068;QD=10.1734;RBI=0.022622;REFB=-0.00583455;REVB=-0.0155058;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114905;STB=0.571184;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00689932;OID=.;OPOS=131161504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:2:4:5:4:2:4:5:4 chr6 131184770 . T G 141.97 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=41;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0047331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.093;QD=13.8503;RBI=0.0101003;REFB=-0.00763605;REVB=-0.00892264;RO=24;SAF=5;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203965;STB=0.632417;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0139995;OID=.;OPOS=131184770;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:25:16:16:0.390244:11:5:12:12:11:5:13:12 chr6 131191251 . G A 194.43 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0270031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.909;QD=24.3041;RBI=0.0281481;REFB=-0.00517461;REVB=0.00794658;RO=12;SAF=4;SAR=15;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30788;STB=0.662462;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00354622;OID=.;OPOS=131191251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:12:13:19:19:0.59375:15:4:7:5:15:4:7:6 chr6 131603366 . AGT A 262.67 PASS AF=0.531915;AO=22;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0154532;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=232.537;QD=22.3551;RBI=0.0511173;REFB=-0.0234408;REVB=0.0487255;RO=20;SAF=9;SAR=13;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283249;STB=0.63015;STBP=0.062;TYPE=del;VARB=0.0152053;OID=.;OPOS=131603367;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.531915:22:47:25:47:22:10:15:15:7:99:20:9:13:15:5 chr6 131904233 . T C 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.00130189;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.93;QD=12.5794;RBI=0.0242017;REFB=-0.00921904;REVB=-0.0241666;RO=31;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226436;STB=0.631814;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0189427;OID=.;OPOS=131904233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:8:9:10:21:8:9:10:21 chr6 131943057 . G A 652.05 PASS AF=0.357466;AO=80;DP=222;FAO=79;FDP=221;FR=.;FRO=142;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=68;FSRR=74;FWDB=-0.0254069;FXX=0.0045043;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.303;QD=11.8017;RBI=0.0268214;REFB=-0.0155292;REVB=-0.00859501;RO=142;SAF=32;SAR=48;SRF=68;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904759;STB=0.548284;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.024601;OID=.;OPOS=131943057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:221:142:142:80:79:0.357466:48:32:68:74:47:32:68:74 chr6 132212742 . A C 266.77 PASS AF=0.392405;AO=30;DP=78;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.000765572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.133;QD=13.5072;RBI=0.000979429;REFB=-0.0131954;REVB=0.000610885;RO=47;SAF=9;SAR=21;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35951;STB=0.704301;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.025876;OID=.;OPOS=132212742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:47:48:30:31:0.392405:21:9:30:17:22:9:30:18 chr6 132212808 . C T 165.16 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0207387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2512;QD=12.4651;RBI=0.0209166;REFB=-0.0160519;REVB=0.00272224;RO=33;SAF=4;SAR=16;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433921;STB=0.753827;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0233693;OID=.;OPOS=132212808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:33:20:20:0.377358:16:4:19:14:16:4:19:14 chr6 132271952 . G C 184.0 PASS AF=0.941176;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0569651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.229;QD=43.2937;RBI=0.0639344;REFB=-0.162371;REVB=0.0290273;RO=1;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434393;STB=0.52378;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00666176;OID=.;OPOS=132271952;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:16:17:1:1:15:16:0.941176:10:5:0:1:10:6:0:1 chr6 132271959 . T G 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0681447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7302;QD=49.596;RBI=0.0689123;REFB=0;REVB=0.0102572;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0016364;OID=.;OPOS=132271959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr6 132271980 . T G 269.37 PASS AF=1;AO=17;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0940459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2674;QD=51.3088;RBI=0.142424;REFB=0;REVB=0.106958;RO=0;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00291158;OID=.;OPOS=132271980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:17:21:1:14:3:0:0:18:3:0:0 chr6 132859609 . T A 464.73 PASS AF=0.451327;AO=51;DP=113;FAO=51;FDP=113;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.024086;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.07;QD=16.4505;RBI=0.0250327;REFB=-0.0173504;REVB=0.00681903;RO=62;SAF=20;SAR=31;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763765;STB=0.542677;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0198658;OID=.;OPOS=132859609;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:62:62:51:51:0.451327:31:20:29:33:31:20:29:33 chr6 132910612 . G A 148.64 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0763568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9628;QD=10.8099;RBI=0.0878352;REFB=-0.0138991;REVB=0.0434126;RO=36;SAF=5;SAR=14;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255302;STB=0.650994;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0295264;OID=.;OPOS=132910612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:14:5:17:19:14:5:17:19 chr6 132910634 . C T 162.8 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.000493201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.26;QD=10.8532;RBI=0.0090577;REFB=-0.0172501;REVB=-0.00904426;RO=39;SAF=5;SAR=16;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224754;STB=0.632632;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0304597;OID=.;OPOS=132910634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:16:5:16:23:16:5:16:23 chr6 132938842 . C T 184.78 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0106105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3006;QD=26.3967;RBI=0.0450361;REFB=-0.0534;REVB=-0.0437683;RO=10;SAF=13;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017589;STB=0.509793;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0239519;OID=.;OPOS=132938842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:5:13:7:3:5:13:7:3 chr6 132966207 . T C 212.84 PASS AF=0.461538;AO=23;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00815123;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.5612;QD=16.3723;RBI=0.0626974;REFB=0.0117717;REVB=-0.0621652;RO=27;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038358;STB=0.519215;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=-0.0251234;OID=.;OPOS=132966207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:28:23:24:0.461538:11:12:13:14:12:12:15:13 chr6 133035098 . G A 490.12 PASS AF=0.510638;AO=47;DP=93;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=13;FSRR=33;FWDB=-0.0241315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.114;QD=20.8561;RBI=0.0270278;REFB=0.00170645;REVB=0.0121726;RO=46;SAF=15;SAR=32;SRF=13;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381978;STB=0.517234;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.00113407;OID=.;OPOS=133035098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:46:46:47:48:0.510638:32:15:13:33:33:15:13:33 chr6 133070995 . G T 1302.13 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0541513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.711;QD=62.0063;RBI=0.058623;REFB=0;REVB=0.0224563;RO=0;SAF=28;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.27632e-05;OID=.;OPOS=133070995;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:56:28:0:0:56:28:0:0 chr6 133849966 . C T 836.98 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.010324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.181;QD=55.7983;RBI=0.020055;REFB=-0.00372119;REVB=0.0171935;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.511624;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000140276;OID=.;OPOS=133849966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:59:59:0.983333:38:21:0:0:38:21:1:0 chr6 133850246 . AC A 621.34 PASS AF=0.981481;AO=50;DP=56;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0608881;FXX=0.0526223;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.1087;QD=46.025;RBI=0.0957583;REFB=-0.0734019;REVB=-0.0739072;RO=1;SAF=29;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.414462;SSSB=-0.0159576;STB=0.508194;STBP=0.522;TYPE=del;VARB=0.0048308;OID=.;OPOS=133850247;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.981481:50:56:53:54:1:30:23:1:0:7:1:29:21:1:0 chr6 133850669 . CA AA,AC 60.51 PASS AF=0.3,0;AO=4,3;DP=30;FAO=9,0;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=7,0;FSAR=2,0;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.013859,0.0159395;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=122.73,30.3365;QD=8.06843;RBI=0.0157225,0.11116;REFB=-0.00103154,0.00414962;REVB=0.00742462,-0.110011;RO=12;SAF=3,2;SAR=1,1;SRF=4;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.438863,0.350702;STB=0.85742,0.5;STBP=0.025,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0454549,0;OID=.,.;OPOS=133850669,133850669;OREF=C,CA;OALT=A,AC;OMAPALT=AA,AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:30:30:12:21:4,3:9,0:0.3,0:1,1:3,2:4:8:2,0:7,0:4:17 chr6 134493397 . G A 109.08 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00483385;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.487;QD=12.8324;RBI=0.00588493;REFB=-0.00495671;REVB=0.00335653;RO=21;SAF=10;SAR=3;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335604;STB=0.69967;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0209452;OID=.;OPOS=134493397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:3:10:10:11:3:10:10:11 chr6 135539534 . TTA T,TAA 36.28 PASS AF=0.153846,0;AO=7,4;DP=58;FAO=8,0;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=5,0;FSAR=3,0;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0545119,-0.00389019;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=23.0676,20.7907;QD=2.79084;RBI=0.0988047,0.0127304;REFB=-0.0121086,-0.00233027;REVB=0.0824065,0.0121215;RO=40;SAF=4,4;SAR=3,0;SRF=18;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.144913,0.588782;STB=0.677145,0.5;STBP=0.316,1;TYPE=del,snp;VARB=0.143566,0;OID=.,.;OPOS=135539535,135539535;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.153846,0:7,4:58:8,0:52:44:5,0:3,0:18:26:37:40:4,4:3,0:18:22 chr6 136359280 . C CG,CGG 344.92 PASS AF=1,0;AO=35,6;DP=52;FAO=53,0;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0896321,-0.0478376;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=9.26137,8.34814;QD=26.0319;RBI=0.155084,0.0828753;REFB=0,0;REVB=0.126559,0.0676748;RO=10;SAF=24,4;SAR=11,2;SRF=3;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.170812,0.357304;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.000254781,0.0304169;OID=.,.;OPOS=136359281,136359281;OREF=-,-;OALT=G,GG;OMAPALT=CG,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:35,6:52:53,0:53:0:31,0:22,0:0:0:6:10:24,4:11,2:3:7 chr6 136359446 . A C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.842;QD=49.5983;RBI=0.0308787;REFB=0;REVB=-0.0255505;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.29864e-05;OID=.;OPOS=136359446;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr6 136516257 . T C 153.78 PASS AF=0.3;AO=17;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=-0.00858637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.055;QD=8.78729;RBI=0.00862841;REFB=-0.00356279;REVB=0.000850723;RO=37;SAF=8;SAR=9;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111237;STB=0.562356;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0065661;OID=.;OPOS=136516257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:49:17:21:0.3:9:8:21:16:10:11:30:19 chr6 136579810 . T G 129.9 PASS AF=0.263889;AO=19;DP=71;FAO=19;FDP=72;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.0238539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.9999;QD=7.21684;RBI=0.0241196;REFB=-0.00852469;REVB=0.00356976;RO=51;SAF=7;SAR=12;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102999;STB=0.564423;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0184575;OID=.;OPOS=136579810;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:51:53:19:19:0.263889:12:7:23:28:12:7:24:29 chr6 136582417 . G A 115.37 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0160746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.468;QD=8.24038;RBI=0.0293292;REFB=0.000336878;REVB=-0.0245318;RO=39;SAF=13;SAR=3;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.465346;STB=0.789343;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00120712;OID=.;OPOS=136582417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:40:16:16:0.285714:3:13:17:22:3:13:17:23 chr6 136582497 . G T 502.66 PASS AF=0.385135;AO=51;DP=142;FAO=57;FDP=148;FR=.;FRO=91;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=55;FWDB=0.00919037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.669;QD=13.5854;RBI=0.00970371;REFB=-0.0120534;REVB=-0.00311433;RO=91;SAF=33;SAR=18;SRF=36;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280071;STB=0.6552;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0231696;OID=.;OPOS=136582497;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:148:91:91:51:57:0.385135:18:33:36:55:20:37:36:55 chr6 136590640 . A C 31.78 PASS AF=0.091954;AO=8;DP=89;FAO=8;FDP=87;FR=.;FRO=79;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=48;FSRR=31;FWDB=-0.00038697;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.499;QD=1.46137;RBI=0.0210891;REFB=-0.00140273;REVB=-0.0210855;RO=81;SAF=2;SAR=6;SRF=49;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387561;STB=0.801453;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.016742;OID=.;OPOS=136590640;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:89:87:81:79:8:8:0.091954:6:2:49:32:6:2:48:31 chr6 136597004 . A G 38.45 PASS AF=0.1125;AO=9;DP=80;FAO=9;FDP=80;FR=.;FRO=71;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=36;FWDB=0.000532449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.558;QD=1.92257;RBI=0.0060679;REFB=-0.00290687;REVB=0.0060445;RO=70;SAF=2;SAR=7;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33911;STB=0.750147;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0613833;OID=.;OPOS=136597004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:80:80:70:71:9:9:0.1125:7:2:35:35:7:2:35:36 chr6 136597262 . T C 114.89 PASS AF=0.261538;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.513;QD=7.0702;RBI=0.0111783;REFB=-0.0150812;REVB=0.0087071;RO=47;SAF=6;SAR=11;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168531;STB=0.610978;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0224705;OID=.;OPOS=136597262;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:47:48:17:17:0.261538:11:6:23:24:11:6:24:24 chr6 136597281 . A T 87.2 PASS AF=0.215385;AO=14;DP=66;FAO=14;FDP=65;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.0142632;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.404;QD=5.36625;RBI=0.030628;REFB=8.68946e-05;REVB=-0.0271042;RO=50;SAF=7;SAR=7;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04944;STB=0.523044;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.000391374;OID=.;OPOS=136597281;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:66:65:50:51:14:14:0.215385:7:7:23:27:7:7:24:27 chr6 136597288 . A C 49.11 PASS AF=0.152542;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00173879;FXX=0.063482;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.766;QD=3.32942;RBI=0.010358;REFB=-0.00084418;REVB=-0.010211;RO=50;SAF=7;SAR=2;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371706;STB=0.759098;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0109061;OID=.;OPOS=136597288;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:62:59:50:50:9:9:0.152542:2:7:24:26:2:7:24:26 chr6 136599393 . G C 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0344795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.725;QD=19.646;RBI=0.0350601;REFB=-0.0379551;REVB=-0.00635391;RO=8;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212942;STB=0.512173;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0321289;OID=.;OPOS=136599393;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:8:3:2:6:8:3:2:6 chr6 136599404 . T C 105.83 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00413031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.963;QD=21.1652;RBI=0.0199605;REFB=-0.0560481;REVB=0.0195285;RO=8;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10909;STB=0.56239;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0383484;OID=.;OPOS=136599404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:9:3:3:5:9:3:3:5 chr6 136599822 . C G 238.85 PASS AF=0.307692;AO=32;DP=103;FAO=32;FDP=104;FR=.;FRO=72;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=31;FWDB=0.00252831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.665;QD=9.18635;RBI=0.00257494;REFB=-0.0131995;REVB=-0.00048777;RO=71;SAF=15;SAR=17;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127466;STB=0.569335;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0406092;OID=.;OPOS=136599822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:71:72:32:32:0.307692:17:15:41:30:17:15:41:31 chr6 136599836 . G A 194.07 PASS AF=0.268041;AO=25;DP=99;FAO=26;FDP=97;FR=.;FRO=71;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.0294543;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.11;QD=8.00294;RBI=0.043576;REFB=-0.00794901;REVB=-0.032114;RO=70;SAF=11;SAR=14;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142563;STB=0.601811;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0233849;OID=.;OPOS=136599836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:70:71:25:26:0.268041:14:11:39:31:15:11:40:31 chr6 136599842 . G A 191.39 PASS AF=0.262626;AO=26;DP=100;FAO=26;FDP=99;FR=.;FRO=73;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=-0.0335205;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0297;QD=7.73309;RBI=0.0406737;REFB=-0.00459109;REVB=-0.0230375;RO=72;SAF=13;SAR=13;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509449;STB=0.525233;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0179416;OID=.;OPOS=136599842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:72:73:26:26:0.262626:13:13:39:33:13:13:39:34 chr6 136934321 . T C 369.64 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=0.0308674;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.758;QD=16.802;RBI=0.0312496;REFB=-0.00742851;REVB=0.00487248;RO=47;SAF=17;SAR=22;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140237;STB=0.574842;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00543791;OID=.;OPOS=136934321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:47:49:39:39:0.443182:22:17:14:33:22:17:15:34 chr6 136944063 . A G 181.35 PASS AF=0.32;AO=24;DP=74;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0585151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.003;QD=9.67176;RBI=0.0585483;REFB=-0.0186663;REVB=0.00196997;RO=49;SAF=13;SAR=11;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198235;STB=0.600578;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0411043;OID=.;OPOS=136944063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:49:51:24:24:0.32:11:13:18:31:11:13:20:31 chr6 137026266 . T G 2184.06 PASS AF=1;AO=138;DP=143;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290473;FXX=0.0279701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.018;QD=62.8508;RBI=0.0299193;REFB=0;REVB=0.00717091;RO=1;SAF=66;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655764;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181145;OID=.;OPOS=137026266;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:143:139:1:0:138:139:1:72:66:0:1:73:66:0:0 chr6 137151179 . G T 103.09 PASS AF=0.302326;AO=13;DP=43;FAO=13;FDP=43;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00412546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.213;QD=9.58992;RBI=0.0305396;REFB=-0.0136433;REVB=-0.0302597;RO=30;SAF=3;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.399654;STB=0.743107;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0243879;OID=.;OPOS=137151179;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:30:30:13:13:0.302326:10:3:17:13:10:3:17:13 chr6 137176884 . C T 94.73 PASS AF=0.245614;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=57;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0205989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.425;QD=6.64772;RBI=0.0209274;REFB=-0.00792099;REVB=0.00369327;RO=43;SAF=7;SAR=7;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04239;STB=0.526278;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0312485;OID=.;OPOS=137176884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:57:57:43:43:14:14:0.245614:7:7:20:23:7:7:20:23 chr6 137325847 . C T 577.9 PASS AF=1;AO=33;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0736011;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6345;QD=60.8312;RBI=0.074259;REFB=0;REVB=0.00986338;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191498;OID=.;OPOS=137325847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:33:38:1:26:7:0:0:28:10:0:0 chr6 137519588 . A C 461.86 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00887614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3088;QD=21.482;RBI=0.0111552;REFB=-0.0114945;REVB=0.00675664;RO=40;SAF=16;SAR=29;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407649;STB=0.53018;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00717912;OID=.;OPOS=137519588;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:41:45:45:0.523256:29:16:16:24:29:16:17:24 chr6 137536455 . G A 366.61 PASS AF=0.544118;AO=34;DP=65;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00927518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.833;QD=21.5651;RBI=0.011472;REFB=-0.0128093;REVB=0.00675108;RO=30;SAF=14;SAR=20;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757726;STB=0.551306;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00946733;OID=.;OPOS=137536455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:30:31:34:37:0.544118:20:14:15:15:22:15:16:15 chr6 138413269 . A G 632.0 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8493;QD=61.6585;RBI=0.02028;REFB=0;REVB=0.0134237;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195815;OID=.;OPOS=138413269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:21:20:0:0:21:20:0:0 chr6 138413333 . G C 610.42 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0198059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.135;QD=56.7829;RBI=0.051819;REFB=-0.0962241;REVB=0.0478846;RO=2;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426083;STB=0.522716;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00107292;OID=.;OPOS=138413333;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:21:20:0:2:21:20:0:2 chr6 138615148 . G A 272.8 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0152751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.031;QD=14.9481;RBI=0.0155424;REFB=-0.00863201;REVB=0.00287021;RO=41;SAF=28;SAR=3;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.484509;STB=0.790089;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0139392;OID=.;OPOS=138615148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:41:42:31:31:0.424658:3:28:24:17:3:28:24:18 chr6 138645228 . G A 154.51 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00910431;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.684;QD=14.0465;RBI=0.0145099;REFB=-0.00781271;REVB=0.0112981;RO=27;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140705;STB=0.582074;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0190341;OID=.;OPOS=138645228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:27:27:17:17:0.386364:6:11:14:13:6:11:14:13 chr6 138745762 . T C 110.58 PASS AF=0.246575;AO=13;DP=70;FAO=18;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=53;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=48;FSRR=5;FWDB=-0.0643391;FXX=0.0135117;HRUN=5;LEN=1;MLLD=28.4469;QD=6.05895;RBI=0.0822877;REFB=-0.0241193;REVB=-0.0513005;RO=43;SAF=1;SAR=12;SRF=41;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.832958;STB=0.926975;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0482723;OID=.;OPOS=138745762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:43:53:13:18:0.246575:12:1:41:2:15:3:48:5 chr6 138754058 . T C 325.21 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0095939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1404;QD=22.8216;RBI=0.0199162;REFB=-0.0111923;REVB=-0.0174531;RO=24;SAF=12;SAR=21;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108624;STB=0.559963;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0170928;OID=.;OPOS=138754058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:21:12:12:12:21:12:12:12 chr6 139013015 . G A 329.75 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0145366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.639;QD=20.9368;RBI=0.0243855;REFB=-0.0240404;REVB=-0.019579;RO=29;SAF=11;SAR=23;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0827062;STB=0.545896;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0201787;OID=.;OPOS=139013015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:23:11:12:17:23:11:12:17 chr6 139013227 . TC T 352.55 PASS AF=0.626667;AO=43;DP=75;FAO=47;FDP=75;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00147349;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=21.4846;QD=18.8026;RBI=0.0187086;REFB=0.00498118;REVB=0.0186504;RO=28;SAF=19;SAR=24;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0.329741;SSSB=0.0360033;STB=0.536085;STBP=0.439;TYPE=del;VARB=0.000675939;OID=.;OPOS=139013228;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.626667:43:75:47:75:28:23:24:11:17:99:28:19:24:11:17 chr6 139013263 . A C 274.94 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00217943;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.376;QD=21.5642;RBI=0.00322573;REFB=0.00145464;REVB=-0.00237811;RO=24;SAF=11;SAR=17;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155877;STB=0.521466;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.00115285;OID=.;OPOS=139013263;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:24:23:28:28:0.54902:17:11:9:15:17:11:8:15 chr6 139013283 . T TC 164.03 PASS AF=0.564103;AO=21;DP=41;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0137615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.315;QD=16.8234;RBI=0.0144581;REFB=-0.0321771;REVB=-0.00443391;RO=19;SAF=5;SAR=16;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854914;STB=0.542333;STBP=0.619;TYPE=ins;VARB=0.0261364;OID=.;OPOS=139013284;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.564103:21:41:22:39:17:6:16:6:11:99:19:5:16:6:13 chr6 139017815 . A G 1480.06 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0395645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.103;QD=58.6164;RBI=0.0708909;REFB=0.0115973;REVB=-0.0588232;RO=0;SAF=54;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21299e-08;STB=0.505375;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=-7.1957e-05;OID=.;OPOS=139017815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:0:1:100:100:0.990099:46:54:0:0:46:54:0:1 chr6 139017832 . C T 661.29 PASS AF=0.647727;AO=57;DP=88;FAO=57;FDP=88;FR=.;FRO=31;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0142928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.153;QD=30.0588;RBI=0.0144579;REFB=-0.00378014;REVB=-0.00217882;RO=30;SAF=28;SAR=29;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156425;STB=0.502592;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00196911;OID=.;OPOS=139017832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:30:31:57:57:0.647727:29:28:14:16:29:28:15:16 chr6 139180170 . A G 275.62 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=0.00440513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.122;QD=18.0731;RBI=0.0083084;REFB=-0.00959797;REVB=0.00704445;RO=30;SAF=17;SAR=13;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613718;STB=0.54103;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00621511;OID=.;OPOS=139180170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:31:30:30:0.491803:13:17:19:11:13:17:20:11 chr6 139355580 . A T 260.57 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00553231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.734;QD=18.9505;RBI=0.0055338;REFB=-0.0317175;REVB=-0.000128141;RO=27;SAF=9;SAR=19;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119218;STB=0.506662;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0235363;OID=.;OPOS=139355580;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:19:9:9:18:19:9:9:18 chr6 139562864 . T C 249.77 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0105301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.364;QD=26.2918;RBI=0.0119198;REFB=-0.00922484;REVB=0.00558556;RO=15;SAF=14;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00648386;STB=0.503594;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=0.00893049;OID=.;OPOS=139562864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:9:14:9:6:9:14:9:6 chr6 139563914 . C G 258.81 PASS AF=0.361702;AO=24;DP=95;FAO=34;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.0682146;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.7712;QD=11.013;RBI=0.0777268;REFB=-0.0370344;REVB=0.0372589;RO=52;SAF=3;SAR=21;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329738;STB=0.523481;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.116114;OID=.;OPOS=139563914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:52:56:24:34:0.361702:21:3:16:36:23:11:20:36 chr6 139563968 . A G 233.79 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.017071;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.389;QD=18.3361;RBI=0.0176892;REFB=-0.0195509;REVB=-0.00463567;RO=26;SAF=4;SAR=21;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206366;STB=0.617541;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0157632;OID=.;OPOS=139563968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:26:26:25:25:0.490196:21:4:8:18:21:4:8:18 chr6 139563972 . G C 297.04 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.036793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6777;QD=24.2485;RBI=0.0388643;REFB=-0.019258;REVB=0.0125183;RO=22;SAF=4;SAR=23;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170452;STB=0.595776;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0315521;OID=.;OPOS=139563972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:23:4:6:16:23:4:6:16 chr6 139564117 . G C 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.00915675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.252;QD=16.3859;RBI=0.0634747;REFB=-0.00692374;REVB=-0.0628108;RO=8;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324128;STB=0.681524;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00371694;OID=.;OPOS=139564117;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:2:7:8:0:2:7:8:0 chr6 139576544 . G A 299.7 PASS AF=0.507937;AO=31;DP=62;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0073582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.893;QD=19.0284;RBI=0.0236361;REFB=-0.0150094;REVB=0.0224616;RO=30;SAF=13;SAR=18;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175867;STB=0.509798;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0100941;OID=.;OPOS=139576544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:30:31:31:32:0.507937:18:13:12:18:19:13:12:19 chr6 139576736 . C T 91.09 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0681257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5661;QD=17.3504;RBI=0.0808587;REFB=-0.0464999;REVB=0.0435547;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119431;STB=0.568841;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.01777;OID=.;OPOS=139576736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:6:4:6:5:6:4 chr6 139609755 . T C 183.23 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.028765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.231;QD=17.876;RBI=0.0287828;REFB=-0.0256292;REVB=0.00101054;RO=22;SAF=6;SAR=13;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265505;STB=0.651552;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0791331;OID=.;OPOS=139609755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:13:6:13:9:13:6:13:9 chr6 141004964 . G GT,T 1856.95 PASS AF=0.919708,0.080292;AO=102,16;DP=153;FAO=126,11;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=53,8;FSAR=73,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0755396,-0.0500215;FXX=0.0352088;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=27.7201,13.9359;QD=54.2176;RBI=0.0755483,0.0542375;REFB=0,0;REVB=0.00115032,0.0209656;RO=18;SAF=29,16;SAR=73,0;SRF=11;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.107636,0.812157;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00956657,-0.0332147;OID=.,.;OPOS=141004965,141004964;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:153:137:18:0:102,16:126,11:0.919708,0.080292:73,0:29,16:11:7:73,3:53,8:0:0 chr6 142399974 . C T 154.84 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.0440323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6686;QD=10.8656;RBI=0.0466796;REFB=-0.0147256;REVB=0.0154963;RO=35;SAF=5;SAR=15;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0103331;STB=0.517224;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0382032;OID=.;OPOS=142399974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:37:20:20:0.350877:15:5:9:26:15:5:10:27 chr6 142718801 . G A 888.54 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0142862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.448;QD=56.4149;RBI=0.0152162;REFB=0.0089323;REVB=0.00523788;RO=1;SAF=30;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154778;STB=0.508194;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00048158;OID=.;OPOS=142718801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:32:30:1:0:32:30:1:0 chr6 142758631 . A G 613.09 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5036;QD=61.3094;RBI=0.0420601;REFB=0;REVB=-0.0183946;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154064;OID=.;OPOS=142758631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr6 143074700 . T C 740.34 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00237726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6214;QD=56.9492;RBI=0.0120475;REFB=0;REVB=0.0118107;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.02502e-05;OID=.;OPOS=143074700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:24:28:0:0:24:28:0:0 chr6 143091263 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000620283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.897;QD=63.8718;RBI=0.00321369;REFB=0;REVB=0.00315326;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.80376e-06;OID=.;OPOS=143091263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chr6 143381763 . C T 274.24 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0680552;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8617;QD=21.509;RBI=0.077696;REFB=0.00367095;REVB=-0.0374854;RO=23;SAF=11;SAR=17;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387028;STB=0.521466;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.00153855;OID=.;OPOS=143381763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:23:23:28:28:0.54902:17:11:8:15:17:11:8:15 chr6 143382110 . T C 839.64 PASS AF=0.508876;AO=85;DP=160;FAO=86;FDP=169;FR=.;FRO=83;FSAF=60;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.0376353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.749;QD=19.8731;RBI=0.0694303;REFB=-0.00680945;REVB=-0.0583451;RO=75;SAF=60;SAR=25;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187193;STB=0.619989;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00695227;OID=.;OPOS=143382110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:169:75:83:85:86:0.508876:25:60:38:37:26:60:39:44 chr6 143745915 . A G 740.27 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0547517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.736;QD=56.9441;RBI=0.0684338;REFB=0;REVB=0.0410541;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001204;OID=.;OPOS=143745915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr6 144081768 . C A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.6834;QD=40.7629;RBI=0.0314469;REFB=0;REVB=-0.0103935;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000489019;OID=.;OPOS=144081768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr6 144262783 . G T 208.4 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0116616;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=275.981;QD=41.6803;RBI=0.0214427;REFB=-0.0223424;REVB=0.0179944;RO=2;SAF=6;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338663;STB=0.518498;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00279809;OID=.;OPOS=144262783;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:12:6:1:1:12:6:1:1 chr6 144537771 . T C 304.11 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.000915396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.519;QD=17.3774;RBI=0.0211115;REFB=-0.00214954;REVB=0.0210916;RO=37;SAF=10;SAR=23;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372466;STB=0.520821;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00127533;OID=.;OPOS=144537771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:23:10:10:27:23:10:10:27 chr6 144869785 . A G 188.66 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00249634;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.369;QD=19.8584;RBI=0.00289203;REFB=-0.0119176;REVB=0.00146018;RO=19;SAF=15;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233619;STB=0.633648;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0122044;OID=.;OPOS=144869785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:19:19:19:19:0.5:4:15:11:8:4:15:11:8 chr6 144878337 . G T 666.29 PASS AF=0.560345;AO=63;DP=114;FAO=65;FDP=116;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0194232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9473;QD=22.9756;RBI=0.0630934;REFB=-0.0321737;REVB=0.0600293;RO=43;SAF=28;SAR=35;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728182;STB=0.530822;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0224997;OID=.;OPOS=144878337;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:43:51:63:65:0.560345:35:28:15:28:35:30:20:31 chr6 145051594 . G A 844.39 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.152;QD=57.2464;RBI=0.0127107;REFB=0;REVB=-0.00759993;RO=0;SAF=7;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.49058e-06;OID=.;OPOS=145051594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:57:59:1:50:7:0:0:51:8:0:0 chr6 145093052 . A G 236.24 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0184027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9399;QD=17.4994;RBI=0.0613613;REFB=-0.0261882;REVB=0.0585367;RO=27;SAF=15;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872687;STB=0.540315;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0314659;OID=.;OPOS=145093052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:28:26:26:0.481481:11:15:13:14:11:15:14:14 chr6 145103215 . C T 405.69 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.0116315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.976;QD=17.2633;RBI=0.0142705;REFB=-0.0149421;REVB=0.00826769;RO=51;SAF=21;SAR=21;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672481;STB=0.542533;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0188074;OID=.;OPOS=145103215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:52:42:42:0.446809:21:21:29:22:21:21:30:22 chr6 145167978 . C G 514.08 PASS AF=0.371257;AO=61;DP=167;FAO=62;FDP=167;FR=.;FRO=105;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=56;FSRR=49;FWDB=0.0087992;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.35;QD=12.3133;RBI=0.0117231;REFB=-0.0121792;REVB=0.00774634;RO=104;SAF=25;SAR=36;SRF=56;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143109;STB=0.571848;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0186109;OID=.;OPOS=145167978;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:104:105:61:62:0.371257:36:25:56:48:36:26:56:49 chr6 145822992 . A G 190.41 PASS AF=0.3125;AO=25;DP=80;FAO=25;FDP=80;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0262906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3511;QD=9.52072;RBI=0.0265334;REFB=-0.00830837;REVB=-0.00358109;RO=55;SAF=7;SAR=18;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221675;STB=0.631468;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0184459;OID=.;OPOS=145822992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:55:55:25:25:0.3125:18:7:25:30:18:7:25:30 chr6 145823642 . G A 150.95 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00125442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.591;QD=12.5793;RBI=0.00887074;REFB=-0.000583554;REVB=0.0087816;RO=31;SAF=12;SAR=5;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255817;STB=0.650978;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00210298;OID=.;OPOS=145823642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:5:12:15:16:5:12:15:16 chr6 146112348 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.045372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3567;QD=37.4885;RBI=0.0743456;REFB=0;REVB=0.0588952;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000961445;OID=.;OPOS=146112348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr6 146234644 . G A 520.02 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0830756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.0771;QD=59.4307;RBI=0.0830805;REFB=0;REVB=-0.000898554;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00153527;OID=.;OPOS=146234644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr6 146243916 . T C 173.31 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=35;FWDB=0.0204946;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.2421;QD=11.3646;RBI=0.0337573;REFB=-0.014987;REVB=0.026824;RO=39;SAF=4;SAR=18;SRF=4;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16761;STB=0.595431;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0207269;OID=.;OPOS=146243916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:18:4:4:35:18:4:4:35 chr6 146755140 . G A,C 590.25 PASS AF=0.97561,0.0243902;AO=33,4;DP=37;FAO=40,1;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25,1;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197303,-0.0188889;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=94.9667,66.3425;QD=57.5858;RBI=0.0450154,0.0334729;REFB=0,0;REVB=0.0404611,-0.0276341;RO=0;SAF=20,4;SAR=13,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.82173e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0117652,0.13514;OID=.,.;OPOS=146755140,146755140;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:37:41:0:0:33,4:40,1:0.97561,0.0243902:13,0:20,4:0:0:15,0:25,1:0:0 chr6 146755324 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00349113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.819;QD=49.599;RBI=0.00391586;REFB=0;REVB=-0.00177369;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.57542e-06;OID=.;OPOS=146755324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr6 146755515 . T G 287.82 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.924;QD=52.3307;RBI=0.0464025;REFB=0;REVB=0.0293785;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135261;OID=.;OPOS=146755515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:10:11:0:0:11:11:0:0 chr6 146755560 . T G 117.42 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0717358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.559;QD=21.3494;RBI=0.0733227;REFB=-0.0232055;REVB=-0.0151724;RO=9;SAF=1;SAR=12;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474473;STB=0.778659;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0251927;OID=.;OPOS=146755560;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:12:1:4:5:12:1:4:5 chr6 146755841 . C CA 856.26 PASS AF=1;AO=7;DP=70;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134141;FXX=0.043472;HRUN=0;LEN=1;MLLD=123.942;QD=51.8948;RBI=0.160232;REFB=0;REVB=-0.0876376;RO=63;SAF=2;SAR=5;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207695;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00258287;OID=.;OPOS=146755842;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:70:66:66:0:28:38:0:0:5:63:2:5:29:34 chr6 146755842 . C A 743.92 PASS AF=0.84058;AO=57;DP=69;FAO=58;FDP=69;FR=.;FRO=11;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.059999;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=165.434;QD=43.1258;RBI=0.064264;REFB=-0.151969;REVB=0.0230213;RO=7;SAF=26;SAR=31;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353991;STB=0.513673;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00241037;OID=.;OPOS=146755842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:69:69:7:11:57:58:0.84058:31:26:2:5:32:26:4:7 chr6 147049868 . G A 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0191281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.355;QD=22.7239;RBI=0.0250348;REFB=-0.0170879;REVB=-0.0161511;RO=16;SAF=5;SAR=15;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634919;STB=0.535677;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0140265;OID=.;OPOS=147049868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:15:5:5:11:15:5:5:11 chr6 147106841 . A G 271.03 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.0407885;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.8686;QD=18.6918;RBI=0.0420957;REFB=-0.00732458;REVB=-0.0104088;RO=27;SAF=11;SAR=19;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283372;STB=0.649104;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00461484;OID=.;OPOS=147106841;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:28:30:30:0.517241:19:11:19:8:19:11:19:9 chr6 147136212 . A T 1345.23 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485407;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.098;QD=61.8497;RBI=0.0492011;REFB=0;REVB=0.00803411;RO=1;SAF=33;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141395;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68635e-05;OID=.;OPOS=147136212;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:1:0:86:87:1:53:33:1:0:53:34:0:0 chr6 147136244 . A G 1057.34 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.098757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2551;QD=58.7411;RBI=0.0988201;REFB=0;REVB=0.00353141;RO=1;SAF=18;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255372;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000867065;OID=.;OPOS=147136244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:1:0:70:72:1:52:18:1:0:53:19:0:0 chr6 149700491 . G A 162.54 PASS AF=0.515152;AO=16;DP=32;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0112946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4247;QD=19.7023;RBI=0.0127256;REFB=-0.0353672;REVB=0.00586285;RO=16;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562335;STB=0.546708;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0107963;OID=.;OPOS=149700491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:16:16:16:17:0.515152:7:9:10:6:8:9:10:6 chr6 149721965 . T C 167.39 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0158495;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.6217;QD=23.0881;RBI=0.0225914;REFB=-0.0322338;REVB=0.0160985;RO=12;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167584;STB=0.594478;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0196665;OID=.;OPOS=149721965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:12:5:6:6:12:5:6:6 chr6 149722040 . A G 239.43 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00223182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.736;QD=50.4071;RBI=0.00757891;REFB=0;REVB=-0.00724285;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.06627e-05;OID=.;OPOS=149722040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:13:5:0:0:13:6:0:0 chr6 149730846 . G A 316.69 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.045333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2329;QD=20.4317;RBI=0.052583;REFB=-0.0140408;REVB=-0.0266438;RO=29;SAF=17;SAR=16;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563312;STB=0.531231;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.028314;OID=.;OPOS=149730846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:16:17:13:16:16:17:13:16 chr6 149899981 . T C 220.94 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0164253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.906;QD=18.0355;RBI=0.0169845;REFB=-0.00515836;REVB=-0.0043221;RO=27;SAF=11;SAR=11;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162137;STB=0.591756;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00418193;OID=.;OPOS=149899981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:11:11:9:18:11:11:9:18 chr6 149953981 . C T 1245.43 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.465;QD=61.5026;RBI=0.0176502;REFB=0;REVB=0.0122993;RO=0;SAF=33;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.28649e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.61436e-07;OID=.;OPOS=149953981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:48:33:0:0:48:33:0:0 chr6 149983216 . G A 427.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0137;QD=56.9365;RBI=0.0244192;REFB=0;REVB=-0.0221935;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.91882e-05;OID=.;OPOS=149983216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr6 150004779 . A G 1094.03 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.864;QD=59.1369;RBI=0.0354892;REFB=0;REVB=0.0147282;RO=0;SAF=22;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189219;OID=.;OPOS=150004779;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:74:0:0:69:74:1:47:22:0:0:52:22:0:0 chr6 150067675 . A G 740.09 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.907;QD=56.9297;RBI=0.0216081;REFB=0;REVB=0.00352391;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138176;OID=.;OPOS=150067675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr6 150093678 . C T 273.26 PASS AF=0.916667;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0311602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.724;QD=45.5431;RBI=0.0414528;REFB=-0.038949;REVB=0.0273382;RO=1;SAF=11;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401224;STB=0.503813;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.00767528;OID=.;OPOS=150093678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:24:1:2:21:22:0.916667:10:11:1:0:10:12:1:1 chr6 150093682 . C T 353.31 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.199272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.596;QD=54.3559;RBI=0.19947;REFB=0;REVB=0.00889712;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00662184;OID=.;OPOS=150093682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:24:26:1:13:11:0:0:13:13:0:0 chr6 150114745 . G A 411.04 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8583;QD=56.6952;RBI=0.0266177;REFB=0;REVB=0.019705;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429107;OID=.;OPOS=150114745;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:12:16:0:0:12:17:0:0 chr6 150209717 . C G 700.54 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0280277;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.338;QD=60.9168;RBI=0.0431297;REFB=-0.13311;REVB=0.0327814;RO=1;SAF=23;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199954;STB=0.510634;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00345615;OID=.;OPOS=150209717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:46:1:1:45:45:0.978261:22:23:1:0:22:23:1:0 chr6 150210681 . G A 964.68 PASS AF=0.971014;AO=66;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0263661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.07;QD=55.9237;RBI=0.0263797;REFB=-0.0967033;REVB=0.000849479;RO=1;SAF=37;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125996;STB=0.512817;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00106631;OID=.;OPOS=150210681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:69:1:2:66:67:0.971014:29:37:1:0:29:38:2:0 chr6 150210685 . C T 1047.66 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019227;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.224;QD=59.8664;RBI=0.0316425;REFB=0;REVB=0.0251311;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.53667e-05;OID=.;OPOS=150210685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:29:40:0:0:29:41:0:0 chr6 150210723 . C T 328.4 PASS AF=0.586207;AO=33;DP=58;FAO=34;FDP=58;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0107626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.666;QD=22.6482;RBI=0.0126909;REFB=-0.00749092;REVB=-0.00672496;RO=24;SAF=14;SAR=19;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214506;STB=0.592502;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00667734;OID=.;OPOS=150210723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:24:33:34:0.586207:19:14:17:7:19:15:16:8 chr6 150211100 . T C 393.09 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0213526;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.658;QD=19.4117;RBI=0.0247165;REFB=-0.0177737;REVB=0.0124487;RO=40;SAF=24;SAR=16;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13626;STB=0.569965;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0181723;OID=.;OPOS=150211100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:41:40:40:0.493827:16:24:18:22:16:24:19:22 chr6 150211123 . A T 1160.41 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.467;QD=60.2811;RBI=0.0412227;REFB=0;REVB=0.02547;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.28225e-05;OID=.;OPOS=150211123;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:77:0:0:73:77:1:36:37:0:0:36:41:0:0 chr6 150212003 . C T 122.26 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0212315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.318;QD=8.43152;RBI=0.0219887;REFB=-0.0221094;REVB=0.0057205;RO=38;SAF=11;SAR=6;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834723;STB=0.52835;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0600498;OID=.;OPOS=150212003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:41:17:17:0.293103:6:11:22:16:6:11:25:16 chr6 150239330 . C T 73.01 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.033499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2896;QD=9.1264;RBI=0.052366;REFB=0.0127511;REVB=0.0402494;RO=22;SAF=4;SAR=6;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261009;STB=0.658232;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.020936;OID=.;OPOS=150239330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:6:4:14:8:6:4:14:8 chr6 150240829 . G C 621.45 PASS AF=0.564815;AO=61;DP=108;FAO=61;FDP=108;FR=.;FRO=47;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.013567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7217;QD=23.0165;RBI=0.0293888;REFB=-0.0416833;REVB=-0.0260699;RO=47;SAF=31;SAR=30;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528176;STB=0.528866;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0293364;OID=.;OPOS=150240829;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:47:47:61:61:0.564815:30:31:27:20:30:31:27:20 chr6 150267527 . A C 241.53 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0594472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1376;QD=21.9576;RBI=0.0628854;REFB=-0.0177225;REVB=0.0205086;RO=21;SAF=8;SAR=15;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136655;STB=0.507652;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0222335;OID=.;OPOS=150267527;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:15:8:7:14:15:8:7:14 chr6 150385730 . T G 1090.19 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00663755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.543;QD=57.3782;RBI=0.104282;REFB=0;REVB=0.10407;RO=0;SAF=58;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000488177;OID=.;OPOS=150385730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:72:76:0:0:71:76:1:13:58:0:0:17:59:0:0 chr6 150716533 . T A 657.77 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00123733;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=260.564;QD=59.7968;RBI=0.00908285;REFB=0.0785323;REVB=0.00899818;RO=1;SAF=25;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184156;STB=0.509799;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000138224;OID=.;OPOS=150716533;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:18:25:1:0:18:25:1:0 chr6 150716696 . TG AC,CA 187.79 PASS AF=0.125,0.875;AO=2,14;DP=16;FAO=2,14;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1,9;FSAR=1,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193947,0.0187413;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=229.987,260.955;QD=46.9466;RBI=0.0363883,0.0369089;REFB=0,0;REVB=0.0307889,0.0317967;RO=0;SAF=1,9;SAR=1,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0125372,0.00188686;OID=.,.;OPOS=150716696,150716696;OREF=TG,TG;OALT=AC,CA;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:16:16:0:0:2,14:2,14:0.125,0.875:1,5:1,9:0:0:1,5:1,9:0:0 chr6 150717640 . T C 1415.96 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.773;QD=62.9315;RBI=0.0188399;REFB=0;REVB=0.00467797;RO=0;SAF=34;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.57512e-05;OID=.;OPOS=150717640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:55:34:0:0:56:34:0:0 chr6 150722187 . TG CA 1571.94 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383853;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=2;MLLD=220.204;QD=64.1607;RBI=0.0544085;REFB=0;REVB=0.0385597;RO=0;SAF=33;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.03237e-05;OID=.;OPOS=150722187;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:65:33:0:0:65:33:0:0 chr6 151004906 . C T 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.00328406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.291;QD=9.85833;RBI=0.0257643;REFB=-0.00780089;REVB=-0.0255541;RO=27;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108855;STB=0.555473;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0141208;OID=.;OPOS=151004906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:29:13:13:0.309524:8:5:8:19:8:5:9:20 chr6 151055031 . C T 214.4 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0203949;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.431;QD=12.7997;RBI=0.0218357;REFB=-0.014836;REVB=0.00780059;RO=41;SAF=15;SAR=11;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121249;STB=0.569567;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0242936;OID=.;OPOS=151055031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:41:26:26:0.38806:11:15:19:22:11:15:19:22 chr6 151121915 . G A 1102.51 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0116434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.625;QD=58.8007;RBI=0.0262036;REFB=-0.0126288;REVB=0.0234746;RO=1;SAF=45;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010398;STB=0.505493;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000141083;OID=.;OPOS=151121915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:29:45:1:0:29:45:1:0 chr6 151164764 . C T 716.49 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0184488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.387;QD=51.1775;RBI=0.0187769;REFB=-0.0587173;REVB=-0.00349505;RO=2;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029429;STB=0.523068;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.000667666;OID=.;OPOS=151164764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:56:56:2:3:53:53:0.946429:31:22:0:2:31:22:0:3 chr6 151336739 . C G 1656.29 PASS AF=0.982609;AO=112;DP=115;FAO=113;FDP=115;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0403733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0975;QD=57.6099;RBI=0.0535029;REFB=-0.0523795;REVB=-0.0351078;RO=3;SAF=58;SAR=54;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00737823;STB=0.500385;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00535215;OID=.;OPOS=151336739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:115:115:3:2:112:113:0.982609:54:58:2:1:54:59:1:1 chr6 151358194 . C A 436.85 PASS AF=0.4375;AO=48;DP=112;FAO=49;FDP=112;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=41;FWDB=0.0191741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7637;QD=15.6018;RBI=0.020502;REFB=0.025284;REVB=-0.00725834;RO=63;SAF=33;SAR=15;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341213;STB=0.693798;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0312191;OID=.;OPOS=151358194;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:63:63:48:49:0.4375:15:33:22:41:15:34:22:41 chr6 151687943 . C T 208.74 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.00273519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3799;QD=18.1512;RBI=0.0286581;REFB=-0.0208029;REVB=-0.0285272;RO=25;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191144;STB=0.607869;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0226039;OID=.;OPOS=151687943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:11:10:7:18:11:10:7:18 chr6 151766552 . G A 1518.19 PASS AF=1;AO=98;DP=102;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110423;FXX=0.0370336;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7298;QD=58.3919;RBI=0.0346102;REFB=0;REVB=0.0328015;RO=1;SAF=42;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839512;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185948;OID=.;OPOS=151766552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:104:1:0:98:104:1:56:42:0:1:58:46:0:0 chr6 151859314 . A G 629.31 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.734;QD=61.3958;RBI=0.030301;REFB=0;REVB=0.0153507;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201533;OID=.;OPOS=151859314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:22:18:0:0:22:19:0:0 chr6 151894505 . T C 723.64 PASS AF=0.959184;AO=48;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0418863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4033;QD=59.0726;RBI=0.105445;REFB=0.0111548;REVB=-0.0967687;RO=1;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019199;STB=0.500434;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.00683448;OID=.;OPOS=151894505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:1:2:48:47:0.959184:24:24:0:1:24:23:1:1 chr6 152201875 . T C 1051.17 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00255726;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.573;QD=59.2209;RBI=0.0109455;REFB=0;REVB=-0.0106425;RO=0;SAF=25;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000496457;OID=.;OPOS=152201875;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:69:71:1:44:25:0:0:44:27:0:0 chr6 152265522 . G C 250.67 PASS AF=0.385542;AO=24;DP=75;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=0.00386724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.156;QD=12.0806;RBI=0.0322977;REFB=-0.0336058;REVB=0.0320653;RO=50;SAF=12;SAR=12;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138696;STB=0.584839;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0610967;OID=.;OPOS=152265522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:83:50:51:24:32:0.385542:12:12:31:19:17:15:31:20 chr6 152422335 . C T 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.506;QD=59.8548;RBI=0.0391439;REFB=0;REVB=0.0341689;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75724e-05;OID=.;OPOS=152422335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chr6 152442988 . T C 574.95 PASS AF=0.387283;AO=64;DP=170;FAO=67;FDP=173;FR=.;FRO=106;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=55;FSRR=51;FWDB=0.00781387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.064;QD=13.2937;RBI=0.0118922;REFB=-0.00246884;REVB=0.00896476;RO=106;SAF=34;SAR=30;SRF=55;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136614;STB=0.520577;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00323458;OID=.;OPOS=152442988;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:173:106:106:64:67:0.387283:30:34:55:51:30:37:55:51 chr6 152443761 . C T 167.92 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0286184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.079;QD=15.6203;RBI=0.0367512;REFB=-0.0316164;REVB=-0.0230572;RO=23;SAF=5;SAR=13;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317854;STB=0.501606;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0345153;OID=.;OPOS=152443761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:25:18:18:0.418605:13:5:7:16:13:5:7:18 chr6 152464839 . A G 452.28 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=-0.0191711;FXX=0.0104156;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.406;QD=19.0431;RBI=0.0196222;REFB=-0.00476584;REVB=0.0041832;RO=49;SAF=13;SAR=32;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379366;STB=0.715322;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00340051;OID=.;OPOS=152464839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:49:50:45:45:0.473684:32:13:34:15:32:13:35:15 chr6 152466674 . T C 131.3 PASS AF=0.405405;AO=14;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00147236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.544;QD=14.195;RBI=0.0029271;REFB=-0.0115101;REVB=-0.00252983;RO=22;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365339;STB=0.678336;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0155489;OID=.;OPOS=152466674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:14:15:0.405405:4:10:8:14:5:10:8:14 chr6 152469188 . C G 350.86 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00521547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8865;QD=28.6419;RBI=0.0279451;REFB=0.0302186;REVB=0.0274541;RO=19;SAF=22;SAR=8;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00316574;STB=0.501741;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=-0.0403105;OID=.;OPOS=152469188;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:8:22:14:5:8:22:14:5 chr6 152469331 . C T 199.17 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0314841;FXX=0.140326;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.822;QD=16.259;RBI=0.0519362;REFB=-0.00991942;REVB=0.0413052;RO=25;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482031;STB=0.522224;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0127194;OID=.;OPOS=152469331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:49:25:27:22:22:0.44898:13:9:9:16:13:9:10:17 chr6 152489294 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.911;QD=59.0185;RBI=0.0414677;REFB=0;REVB=0.0335623;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412177;OID=.;OPOS=152489294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr6 152540278 . A C 1205.11 PASS AF=0.912088;AO=84;DP=92;FAO=83;FDP=91;FR=.;FRO=8;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.011449;FXX=0.0108684;HRUN=6;LEN=1;MLLD=168.484;QD=52.9717;RBI=0.0117297;REFB=-0.0286229;REVB=-0.00255092;RO=8;SAF=31;SAR=53;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658631;STB=0.536247;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.000220483;OID=.;OPOS=152540278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:92:91:8:8:84:83:0.912088:53:31:6:2:53:30:6:2 chr6 152615200 . G A 84.42 PASS AF=0.224138;AO=13;DP=58;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0298111;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.731;QD=5.82209;RBI=0.030002;REFB=-0.00576403;REVB=-0.0033796;RO=45;SAF=6;SAR=7;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169174;STB=0.606141;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0255803;OID=.;OPOS=152615200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:58:58:45:45:13:13:0.224138:7:6:27:18:7:6:27:18 chr6 152647681 . A T 404.0 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.0114131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0689;QD=19.4697;RBI=0.0144527;REFB=-0.0294743;REVB=-0.00886691;RO=42;SAF=14;SAR=27;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577059;STB=0.531985;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0167028;OID=.;OPOS=152647681;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:27:14:12:30:27:14:12:30 chr6 152651759 . C G 260.5 PASS AF=0.69697;AO=22;DP=32;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0310112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.807;QD=31.5758;RBI=0.0317562;REFB=5.91429e-05;REVB=0.00683803;RO=10;SAF=13;SAR=9;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00534006;STB=0.50276;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.000365385;OID=.;OPOS=152651759;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:32:33:10:10:22:23:0.69697:9:13:6:4:9:14:6:4 chr6 152652034 . A T 227.21 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0370872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.764;QD=13.7706;RBI=0.0576206;REFB=-0.0219573;REVB=-0.0440984;RO=38;SAF=16;SAR=11;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227401;STB=0.635664;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0520587;OID=.;OPOS=152652034;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:39:27:27:0.409091:11:16:14:24:11:16:14:25 chr6 152658142 . T C 95.16 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0540019;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.0361;QD=11.5342;RBI=0.0615563;REFB=-0.0226244;REVB=-0.0295462;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105621;STB=0.575634;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0397378;OID=.;OPOS=152658142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:32:33:20:21:12:12:0.363636:6:6:8:12:6:6:8:13 chr6 152665261 . C A 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00870659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.564;QD=60.7159;RBI=0.0145334;REFB=0;REVB=0.0116368;RO=0;SAF=50;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.39534e-06;OID=.;OPOS=152665261;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:26:50:0:0:26:50:0:0 chr6 152675854 . A G 752.78 PASS AF=0.513333;AO=73;DP=149;FAO=77;FDP=150;FR=.;FRO=73;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=-0.00733034;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.81;QD=20.074;RBI=0.00895997;REFB=-0.0155543;REVB=0.00515238;RO=74;SAF=39;SAR=34;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00577639;STB=0.505493;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0122561;OID=.;OPOS=152675854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:74:73:73:77:0.513333:34:39:40:34:35:42:39:34 chr6 152683413 . G T 242.15 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0128986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.174;QD=16.9929;RBI=0.0379388;REFB=0.00898871;REVB=-0.0356789;RO=29;SAF=20;SAR=7;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132818;STB=0.568667;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=-0.0101627;OID=.;OPOS=152683413;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:30:27:27:0.473684:7:20:18:11:7:20:19:11 chr6 152694184 . T C 732.28 PASS AF=0.555556;AO=70;DP=126;FAO=70;FDP=126;FR=.;FRO=56;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.000122882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.547;QD=23.2469;RBI=0.0434729;REFB=0.00217242;REVB=0.0434728;RO=56;SAF=42;SAR=28;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240571;STB=0.513154;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.00105534;OID=.;OPOS=152694184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:56:56:70:70:0.555556:28:42:32:24:28:42:32:24 chr6 152770678 . C T 154.3 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=68;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00766756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9965;QD=9.07658;RBI=0.0347099;REFB=-0.000351153;REVB=-0.0338524;RO=46;SAF=16;SAR=5;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350989;STB=0.716201;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.000595602;OID=.;OPOS=152770678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:46:47:21:21:0.308824:5:16:22:24:5:16:22:25 chr6 153296541 . G C 358.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0899893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0713;QD=55.0932;RBI=0.0970818;REFB=0;REVB=-0.0364253;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00253247;OID=.;OPOS=153296541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr6 153315921 . G A 461.21 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.437;QD=57.6516;RBI=0.0576316;REFB=0;REVB=0.0093234;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00376789;OID=.;OPOS=153315921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:14:17:0:0:14:18:0:0 chr6 153323594 . C T 906.99 PASS AF=1;AO=50;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.1351;QD=56.6867;RBI=0.0702329;REFB=0;REVB=0.0402951;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116215;OID=.;OPOS=153323594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:50:64:1:29:21:0:0:30:34:0:0 chr6 153365100 . A C 430.73 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=88;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0069896;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.644;QD=19.8038;RBI=0.013193;REFB=-0.0172664;REVB=-0.0111893;RO=44;SAF=24;SAR=19;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532802;STB=0.529588;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0164514;OID=.;OPOS=153365100;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:44:44:43:43:0.494253:19:24:22:22:19:24:22:22 chr6 153741613 . G C 1294.55 PASS AF=1;AO=83;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115433;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6182;QD=60.2114;RBI=0.118559;REFB=0;REVB=0.0270437;RO=2;SAF=26;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350394;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00221625;OID=.;OPOS=153741613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:86:86:2:0:83:86:1:57:26:2:0:57:29:0:0 chr6 153987576 . G A 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0449126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8317;QD=8.2453;RBI=0.0536224;REFB=0.00536161;REVB=-0.0292955;RO=15;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398639;STB=0.740173;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=-0.00961709;OID=.;OPOS=153987576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:3:4:3:12:3:4:3:12 chr6 154002660 . T C 153.22 PASS AF=0.533333;AO=17;DP=31;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00049594;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.44;QD=20.4298;RBI=0.0491597;REFB=-0.00469143;REVB=0.0491572;RO=13;SAF=12;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124999;STB=0.523779;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00292429;OID=.;OPOS=154002660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:13:14:17:16:0.533333:5:12:9:4:5:11:9:5 chr6 154414446 . A T 2333.3 PASS AF=0.969136;AO=157;DP=163;FAO=157;FDP=162;FR=.;FRO=5;FSAF=75;FSAR=82;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00291439;FXX=0.00613459;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.938;QD=57.6123;RBI=0.0670316;REFB=-0.0359519;REVB=-0.0669682;RO=5;SAF=75;SAR=82;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00718684;STB=0.50378;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00076932;OID=.;OPOS=154414446;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:163:162:5:5:157:157:0.969136:82:75:3:2:82:75:3:2 chr6 154414563 . A G 1062.44 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.311;QD=59.8559;RBI=0.0287841;REFB=0;REVB=0.00715622;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92946e-05;OID=.;OPOS=154414563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:44:27:0:0:44:27:0:0 chr6 154414573 . C T 773.8 PASS AF=0.934426;AO=57;DP=61;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0323932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7798;QD=50.7408;RBI=0.0338883;REFB=-0.129442;REVB=-0.0099548;RO=2;SAF=20;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448451;STB=0.545438;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0138491;OID=.;OPOS=154414573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:61:61:2:4:57:57:0.934426:37:20:2:0:37:20:4:0 chr6 154763401 . G A 284.34 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=30;FWDB=-0.0529895;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8195;QD=17.4976;RBI=0.0532805;REFB=0.00146918;REVB=0.00556092;RO=34;SAF=12;SAR=19;SRF=4;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289009;STB=0.659107;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00398041;OID=.;OPOS=154763401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:34:34:31:31:0.476923:19:12:4:30:19:12:4:30 chr6 154771277 . A G 253.16 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00354918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1723;QD=19.1065;RBI=0.034607;REFB=0.0080847;REVB=-0.0344245;RO=26;SAF=19;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160243;STB=0.589992;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.00381049;OID=.;OPOS=154771277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:8:19:14:12:8:19:14:12 chr6 155448765 . G A 242.66 PASS AF=0.5;AO=25;DP=51;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=21;FWDB=-0.03071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.719;QD=18.6658;RBI=0.0321094;REFB=0.00473868;REVB=0.00937616;RO=26;SAF=15;SAR=10;SRF=5;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357737;STB=0.702406;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00991146;OID=.;OPOS=155448765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:26:26:25:26:0.5:10:15:5:21:10:16:5:21 chr6 155451352 . G A 64.37 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00326165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.61;QD=23.4091;RBI=0.0104584;REFB=-0.0123677;REVB=-0.00993679;RO=3;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212058;STB=0.512165;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00230554;OID=.;OPOS=155451352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:5:3:1:2:5:3:1:2 chr6 155458373 . T C 215.59 PASS AF=0.36;AO=27;DP=75;FAO=27;FDP=75;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0127639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3174;QD=11.498;RBI=0.0365198;REFB=-0.0126937;REVB=0.0342166;RO=48;SAF=9;SAR=18;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169097;STB=0.598056;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0257088;OID=.;OPOS=155458373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:48:27:27:0.36:18:9:23:25:18:9:23:25 chr6 155485554 . G A 186.39 PASS AF=0.252252;AO=27;DP=110;FAO=28;FDP=111;FR=.;FRO=83;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=50;FSRR=33;FWDB=0.00530423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5034;QD=6.71661;RBI=0.0492448;REFB=0.000869149;REVB=-0.0489583;RO=82;SAF=17;SAR=10;SRF=50;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261626;STB=0.503701;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.00340364;OID=.;OPOS=155485554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:82:83:27:28:0.252252:10:17:50:32:11:17:50:33 chr6 155561760 . T C 728.21 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.857;QD=57.1147;RBI=0.0379863;REFB=0;REVB=0.0357642;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178075;OID=.;OPOS=155561760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr6 155577823 . C T 207.09 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.626;QD=48.7266;RBI=0.0514209;REFB=0;REVB=0.044217;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249562;OID=.;OPOS=155577823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr6 155578010 . G A 48.14 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0117325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.5212;QD=12.8381;RBI=0.0117341;REFB=-0.0810814;REVB=-0.000191626;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206125;STB=0.624625;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0897338;OID=.;OPOS=155578010;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:2:5:4:4:2:5:4:4 chr6 155578599 . AA TA,TT 685.88 PASS AF=0.978261,0.0217391;AO=43,2;DP=45;FAO=45,1;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=27,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373624,0.020113;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=30.8937,11.3228;QD=59.6415;RBI=0.115191,0.0596522;REFB=0,0;REVB=-0.108964,-0.0561592;RO=0;SAF=18,0;SAR=25,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.65211e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000853545,0.0206814;OID=.,.;OPOS=155578599,155578599;OREF=A,AA;OALT=T,TT;OMAPALT=TA,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:45:46:0:0:43,2:45,1:0.978261,0.0217391:25,2:18,0:0:0:27,1:18,0:0:0 chr6 155578756 . A T 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00335946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.861;QD=63.87;RBI=0.00529601;REFB=0;REVB=-0.00409412;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.69305e-06;OID=.;OPOS=155578756;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr6 155579035 . G A 265.5 PASS AF=0.71875;AO=22;DP=32;FAO=23;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0562368;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6026;QD=33.1875;RBI=0.113332;REFB=0.0147338;REVB=0.0983952;RO=10;SAF=17;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565692;STB=0.52575;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=-0.00193663;OID=.;OPOS=155579035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:32:32:10:9:22:23:0.71875:5:17:7:3:6:17:6:3 chr6 155596901 . T C,G 1016.85 PASS AF=0.957746,0.0422535;AO=63,4;DP=67;FAO=68,3;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32,2;FSAR=36,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00817802,-0.00889987;FXX=0.013887;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=253.839,205.43;QD=57.2873;RBI=0.0244493,0.0247198;REFB=0,0;REVB=0.023041,0.0230621;RO=0;SAF=31,3;SAR=32,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00243523,0.0590306;OID=.,.;OPOS=155596901,155596901;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:67:71:0:0:63,4:68,3:0.957746,0.0422535:32,1:31,3:0:0:36,1:32,2:0:0 chr6 155597147 . C T 427.32 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=39;FWDB=0.00857568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.909;QD=16.9234;RBI=0.0181812;REFB=-0.00409182;REVB=-0.0160316;RO=55;SAF=23;SAR=23;SRF=16;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204905;STB=0.613814;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00589518;OID=.;OPOS=155597147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:55:46:46:0.455446:23:23:16:39:23:23:16:39 chr6 155606325 . C T 332.93 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.0105398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.954;QD=19.0244;RBI=0.019285;REFB=-0.00794671;REVB=-0.01615;RO=35;SAF=18;SAR=17;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155328;STB=0.586159;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00496756;OID=.;OPOS=155606325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:17:18:24:11:17:18:24:11 chr6 155750035 . C T 306.24 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0875072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7945;QD=53.2594;RBI=0.0885492;REFB=0;REVB=0.0135442;RO=0;SAF=19;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00260758;OID=.;OPOS=155750035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:4:19:0:0:4:19:0:0 chr6 155761246 . G T 101.76 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0273085;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.628;QD=15.6556;RBI=0.0275649;REFB=-0.00229335;REVB=0.00375131;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13274;STB=0.576798;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.00332739;OID=.;OPOS=155761246;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:14:14:12:12:0.461538:6:6:5:9:6:6:5:9 chr6 155774608 . C T 205.63 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00316406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.965;QD=14.6877;RBI=0.0338317;REFB=-0.0179844;REVB=0.0336834;RO=28;SAF=10;SAR=14;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0952016;STB=0.543443;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0213294;OID=.;OPOS=155774608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:28:32:24:24:0.428571:14:10:9:19:14:10:11:21 chr6 155775980 . G T 128.68 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0411141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3101;QD=11.9704;RBI=0.0430841;REFB=-0.00950556;REVB=-0.0128789;RO=26;SAF=4;SAR=11;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545943;STB=0.543666;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0184185;OID=.;OPOS=155775980;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:26:28:15:15:0.348837:11:4:8:18:11:4:9:19 chr6 157405930 . G A 1829.71 PASS AF=0.98374;AO=120;DP=122;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00102166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.47;QD=59.5026;RBI=0.0309755;REFB=-0.0578452;REVB=0.0309587;RO=1;SAF=60;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785133;STB=0.500067;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.000402741;OID=.;OPOS=157405930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:123:1:2:120:121:0.98374:60:60:1:0:60:61:1:1 chr6 157801040 . T A 260.51 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.00548384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.718;QD=18.9459;RBI=0.00693441;REFB=-0.00250398;REVB=-0.00424423;RO=26;SAF=1;SAR=27;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.554916;STB=0.840475;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00192061;OID=.;OPOS=157801040;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:27:28:28:0.509091:27:1:7:19:27:1:8:19 chr6 157801186 . G A 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0368571;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.268;QD=18.0506;RBI=0.0368711;REFB=-0.02215;REVB=-0.00101505;RO=8;SAF=1;SAR=9;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505321;STB=0.52935;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0174401;OID=.;OPOS=157801186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:9:1:1:7:9:1:1:7 chr6 157801516 . A G 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.00867566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.849;QD=12.8732;RBI=0.0114648;REFB=-0.00379641;REVB=-0.007495;RO=32;SAF=6;SAR=13;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00411151;STB=0.50239;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00643026;OID=.;OPOS=157801516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:13:6:10:22:13:6:10:22 chr6 157963743 . G A 206.83 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00534366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6259;QD=17.2358;RBI=0.00748756;REFB=-0.00951962;REVB=-0.00524489;RO=25;SAF=8;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975156;STB=0.578871;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0306079;OID=.;OPOS=157963743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:27:21:21:0.4375:13:8:12:13:13:8:14:13 chr6 158132992 . G A 290.36 PASS AF=0.402439;AO=33;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.035387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.472;QD=14.1641;RBI=0.0707508;REFB=0.00810018;REVB=0.0612653;RO=49;SAF=16;SAR=17;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266412;STB=0.515142;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=-0.0115358;OID=.;OPOS=158132992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:33:33:0.402439:17:16:25:24:17:16:25:24 chr6 158133074 . A AT 127.87 PASS AF=0.347222;AO=24;DP=78;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0245724;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.0475;QD=7.1039;RBI=0.0254833;REFB=0.00353361;REVB=0.00675253;RO=52;SAF=14;SAR=10;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163291;STB=0.586523;STBP=0.289;TYPE=ins;VARB=-0.0110838;OID=.;OPOS=158133075;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347222:24:78:25:72:47:15:10:22:25:99:52:14:10:23:29 chr6 158454680 . G A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0209451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.908;QD=21.1692;RBI=0.0270443;REFB=-0.0732022;REVB=0.0171085;RO=3;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122639;STB=0.571224;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0258473;OID=.;OPOS=158454680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:4:3:2:1:4:3:2:1 chr6 158497717 . T C 260.7 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0079156;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7738;QD=18.96;RBI=0.0691058;REFB=-0.033619;REVB=-0.068651;RO=27;SAF=23;SAR=5;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271211;STB=0.653517;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0225782;OID=.;OPOS=158497717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:27:27:28:28:0.509091:5:23:16:11:5:23:16:11 chr6 158499302 . G T 273.11 PASS AF=0.455882;AO=30;DP=67;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00311824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.206;QD=16.0652;RBI=0.00361866;REFB=-0.0243962;REVB=0.0018361;RO=37;SAF=13;SAR=17;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157056;STB=0.577309;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0346626;OID=.;OPOS=158499302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:37:37:30:31:0.455882:17:13:22:15:17:14:22:15 chr6 158505088 . A G 337.14 PASS AF=0.538462;AO=34;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0118113;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.165;QD=20.7468;RBI=0.0127544;REFB=-0.0119599;REVB=0.00481323;RO=30;SAF=25;SAR=9;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195555;STB=0.577843;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0103462;OID=.;OPOS=158505088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:34:35:0.538462:9:25:16:14:10:25:17:13 chr6 158507981 . G A 152.32 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.025448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3966;QD=21.01;RBI=0.0259016;REFB=-0.0340282;REVB=-0.00482588;RO=13;SAF=7;SAR=9;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171681;STB=0.596299;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0282137;OID=.;OPOS=158507981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:9:7:3:10:9:7:3:10 chr6 158509750 . A G 238.23 PASS AF=0.490566;AO=25;DP=51;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.136305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.1493;QD=17.9797;RBI=0.142195;REFB=-0.0198255;REVB=-0.0405003;RO=25;SAF=10;SAR=15;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.075673;STB=0.585736;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.024697;OID=.;OPOS=158509750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:25:27:25:26:0.490566:15:10:8:17:14:12:8:19 chr6 158517308 . A G 67.74 PASS AF=0.529412;AO=7;DP=16;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00402022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.0928;QD=15.9386;RBI=0.0217093;REFB=-0.0848714;REVB=0.0213338;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172968;STB=0.639683;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0762661;OID=.;OPOS=158517308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:16:17:8:8:7:9:0.529412:4:3:5:3:6:3:5:3 chr6 158517348 . AGA GAG 40.11 PASS AF=0.625;AO=3;DP=7;FAO=5;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=47.5279;QD=20.0561;RBI=0.0496826;REFB=-0.0632551;REVB=0.0496826;RO=2;SAF=0;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0631166;OID=.;OPOS=158517348;OREF=AGA;OALT=GAG;OMAPALT=GAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:7:8:2:2:3:5:0.625:3:0:0:2:5:0:0:2 chr6 158571501 . G A 654.81 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00575124;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.261;QD=62.363;RBI=0.00581965;REFB=0;REVB=-0.000889654;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.13003e-05;OID=.;OPOS=158571501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr6 158735087 . C T 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.123;QD=56.7017;RBI=0.0438622;REFB=0;REVB=-0.0365593;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197186;OID=.;OPOS=158735087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:21:8:0:0:21:8:0:0 chr6 158735090 . T C 414.98 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00590681;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.563;QD=57.2392;RBI=0.00596367;REFB=0;REVB=0.000821548;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160083;OID=.;OPOS=158735090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr6 158923434 . G C 160.68 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0242693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.015;QD=13.3904;RBI=0.0246707;REFB=-0.0042103;REVB=0.00443225;RO=30;SAF=7;SAR=11;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121217;STB=0.570675;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0278471;OID=.;OPOS=158923434;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:11:7:15:15:11:7:15:15 chr6 158924088 . T C 434.98 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00990597;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.265;QD=57.9979;RBI=0.101965;REFB=0;REVB=0.101482;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000869716;OID=.;OPOS=158924088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr6 159055990 . A T 33.93 PASS AF=0.162162;AO=5;DP=35;FAO=6;FDP=37;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=-0.0424939;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.8067;QD=3.6678;RBI=0.0439844;REFB=-0.0770236;REVB=-0.0113534;RO=26;SAF=0;SAR=5;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.567239;STB=0.579421;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.11186;OID=.;OPOS=159055990;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:35:37:26:31:5:6:0.162162:5:0:4:22:5:1:7:24 chr6 159065758 . C G 557.66 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0718394;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.821;QD=60.2875;RBI=0.0724683;REFB=0;REVB=0.00952652;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019869;OID=.;OPOS=159065758;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:18:18:0:0:18:19:0:0 chr6 159178345 . C T 1138.81 PASS AF=0.987179;AO=74;DP=75;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0714215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.842;QD=58.4006;RBI=0.0731287;REFB=-0.100025;REVB=0.0157091;RO=1;SAF=33;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141198;STB=0.506848;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0071987;OID=.;OPOS=159178345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:78:1:1:74:77:0.987179:41:33:1:0:41:36:1:0 chr6 159398633 . T C 372.21 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=30;FWDB=-0.000539985;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.17;QD=17.5157;RBI=0.00565335;REFB=-0.0302846;REVB=0.0056275;RO=46;SAF=20;SAR=19;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159315;STB=0.588898;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0142112;OID=.;OPOS=159398633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:46:46:39:39:0.458824:19:20:16:30:19:20:16:30 chr6 159398700 . C T 197.97 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.0122237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.175;QD=11.1531;RBI=0.0224955;REFB=0.0040092;REVB=-0.0188847;RO=45;SAF=15;SAR=10;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520654;STB=0.520694;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=-0.00539218;OID=.;OPOS=159398700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:46:25:25:0.352113:10:15:29:16:10:15:29:17 chr6 159398764 . G A 151.43 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=60;FAO=20;FDP=60;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0226335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.813;QD=10.0955;RBI=0.0440483;REFB=0.00901062;REVB=-0.0377885;RO=40;SAF=14;SAR=6;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155251;STB=0.591816;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.0165582;OID=.;OPOS=159398764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:40:40:20:20:0.333333:6:14:23:17:6:14:23:17 chr6 159399348 . A G 112.98 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0175584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.759;QD=9.41498;RBI=0.0391479;REFB=-0.00197694;REVB=-0.0349894;RO=33;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195367;STB=0.624833;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0114233;OID=.;OPOS=159399348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:34:14:14:0.291667:7:7:11:22:7:7:11:23 chr6 159407446 . C T 281.66 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0163107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.955;QD=17.0701;RBI=0.0164925;REFB=0.000462022;REVB=-0.00244218;RO=35;SAF=16;SAR=15;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00174305;STB=0.500978;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=-0.000478244;OID=.;OPOS=159407446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:15:16:18:17:15:16:18:17 chr6 159414899 . T C 304.1 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00639729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.985;QD=19.9409;RBI=0.00657134;REFB=-0.0233912;REVB=-0.0015024;RO=29;SAF=18;SAR=14;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509675;STB=0.528284;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0154588;OID=.;OPOS=159414899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:14:18:18:11:14:18:18:11 chr6 159420574 . T C 45.36 PASS AF=0.318182;AO=8;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0865695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2467;QD=8.24723;RBI=0.0895453;REFB=0.00260516;REVB=0.0228926;RO=13;SAF=5;SAR=3;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16722;STB=0.616134;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.00606186;OID=.;OPOS=159420574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:13:15:8:7:0.318182:3:5:10:3:3:4:11:4 chr6 159650978 . A G 511.97 PASS AF=0.486486;AO=54;DP=111;FAO=54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0135871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9159;QD=18.4495;RBI=0.0320341;REFB=-0.0220672;REVB=-0.0290099;RO=57;SAF=24;SAR=30;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436382;STB=0.524185;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0260139;OID=.;OPOS=159650978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:57:57:54:54:0.486486:30:24:28:29:30:24:28:29 chr6 159652931 . G C 246.06 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0117804;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.7029;QD=17.8953;RBI=0.0133381;REFB=-0.0584206;REVB=0.00625517;RO=28;SAF=12;SAR=15;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115009;STB=0.564468;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0564136;OID=.;OPOS=159652931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:15:12:16:12:15:12:16:12 chr6 159653635 . C G 38.58 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0196065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.434;QD=11.0227;RBI=0.0316804;REFB=-0.0184398;REVB=-0.0248844;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474505;STB=0.781817;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0106299;OID=.;OPOS=159653635;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:1:7:2:4:1:7 chr6 159654487 . G T 181.34 PASS AF=0.444444;AO=18;DP=46;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0305912;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4261;QD=16.119;RBI=0.0408756;REFB=-0.0201242;REVB=0.0271107;RO=25;SAF=8;SAR=10;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195437;STB=0.577702;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0181265;OID=.;OPOS=159654487;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:25:25:18:20:0.444444:10:8:16:9:10:10:16:9 chr6 159654994 . A C 125.95 PASS AF=0.394737;AO=12;DP=36;FAO=15;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=-0.000560558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5997;QD=13.2579;RBI=0.118752;REFB=-0.0316272;REVB=0.11875;RO=19;SAF=12;SAR=0;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.758791;STB=0.679308;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0545628;OID=.;OPOS=159654994;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:19:23:12:15:0.394737:0:12:15:4:1:14:19:4 chr6 159655084 . C G 988.22 PASS AF=0.518919;AO=95;DP=186;FAO=96;FDP=185;FR=.;FRO=89;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=56;FSRR=33;FWDB=-0.0268189;FXX=0.0106946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2838;QD=21.367;RBI=0.0355248;REFB=-0.0239212;REVB=-0.0232971;RO=84;SAF=52;SAR=43;SRF=54;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834777;STB=0.542705;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0242304;OID=.;OPOS=159655084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:185:84:89:95:96:0.518919:43:52:54:30:44:52:56:33 chr6 159655102 . A G 976.87 PASS AF=0.524324;AO=60;DP=187;FAO=97;FDP=185;FR=.,HEALED;FRO=82;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=50;FSRR=32;FWDB=0.00841851;FXX=0.0159566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.97;QD=21.1215;RBI=0.0179914;REFB=-0.0278753;REVB=0.0159003;RO=57;SAF=26;SAR=34;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113334;STB=0.543344;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0236826;OID=.;OPOS=159655102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:185:57:82:60:97:0.524324:34:26:32:25:47:50:50:32 chr6 159655326 . T C 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0814472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.322;QD=12.0157;RBI=0.0827447;REFB=-0.0329029;REVB=0.0145955;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215036;STB=0.631131;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0432292;OID=.;OPOS=159655326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:4:3:4:2:4:3 chr6 159655383 . A G 104.77 PASS AF=0.631579;AO=11;DP=18;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0163556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.029;QD=22.0568;RBI=0.0384067;REFB=-0.00615671;REVB=-0.0347501;RO=7;SAF=10;SAR=1;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.624849;STB=0.783797;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00622096;OID=.;OPOS=159655383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:19:7:7:11:12:0.631579:1:10:1:6:2:10:1:6 chr6 159655402 . A G 174.11 PASS AF=0.68;AO=12;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0209939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.392;QD=27.8579;RBI=0.0981198;REFB=-0.07951;REVB=-0.0958475;RO=5;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29784;STB=0.653278;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.013345;OID=.;OPOS=159655402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:5:8:12:17:0.68:5:7:0:5:5:12:2:6 chr6 159667961 . T G 334.04 PASS AF=0.41573;AO=36;DP=87;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.00728959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.99;QD=15.013;RBI=0.00728986;REFB=-0.0184276;REVB=-6.21666e-05;RO=51;SAF=13;SAR=23;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127756;STB=0.503864;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0260527;OID=.;OPOS=159667961;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:51:52:36:37:0.41573:23:13:19:32:23:14:20:32 chr6 159670100 . A G 225.73 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00306479;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.404;QD=26.5567;RBI=0.0316003;REFB=-0.0484806;REVB=0.0314514;RO=11;SAF=8;SAR=13;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105197;STB=0.590822;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0167981;OID=.;OPOS=159670100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:11:13:21:21:0.617647:13:8:6:5:13:8:8:5 chr6 159672455 . C T 523.55 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0320957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.202;QD=21.3692;RBI=0.0356554;REFB=-0.0201945;REVB=0.0155297;RO=48;SAF=34;SAR=16;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151751;STB=0.584106;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0168517;OID=.;OPOS=159672455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:48:48:50:50:0.510204:16:34:25:23:16:34:25:23 chr6 159692405 . C T 620.46 PASS AF=0.451389;AO=63;DP=142;FAO=65;FDP=144;FR=.;FRO=79;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=0.00858822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.976;QD=17.2351;RBI=0.00867067;REFB=-0.0131949;REVB=-0.00119292;RO=78;SAF=33;SAR=30;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530207;STB=0.525641;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0114263;OID=.;OPOS=159692405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:144:78:79:63:65:0.451389:30:33:45:33:31:34:45:34 chr6 160114168 . T C 206.74 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103626;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.573;QD=48.6453;RBI=0.0110076;REFB=0;REVB=0.00371278;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164084;OID=.;OPOS=160114168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr6 160169258 . G T 1108.08 PASS AF=1;AO=73;DP=76;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134368;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.075;QD=59.896;RBI=0.0134369;REFB=0;REVB=-5.92027e-05;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.49077e-05;OID=.;OPOS=160169258;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:74:0:0:73:74:1:40:33:0:0:41:33:0:0 chr6 160182617 . C T 657.11 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.03746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3172;QD=59.7377;RBI=0.0703681;REFB=-0.0177522;REVB=0.0595686;RO=0;SAF=9;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27702e-08;STB=0.507459;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.000476649;OID=.;OPOS=160182617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:42:43:0.977273:33:9:0:0:33:10:0:1 chr6 160198359 . C T 1082.71 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0235596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8566;QD=58.5247;RBI=0.053757;REFB=0.0193958;REVB=0.0483193;RO=1;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150114;STB=0.506022;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00132747;OID=.;OPOS=160198359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:74:1:1:72:73:0.986486:31:41:0:1:32:41:1:0 chr6 160201295 . C A 588.74 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228984;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.079;QD=60.3834;RBI=0.0339497;REFB=0;REVB=-0.0250648;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.50752e-06;OID=.;OPOS=160201295;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:14:25:0:0:14:25:0:0 chr6 160206716 . T C 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9646;QD=54.5158;RBI=0.0859041;REFB=0;REVB=0.0797138;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018621;OID=.;OPOS=160206716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:17:8:0:0:17:8:0:0 chr6 160211636 . G A 1625.26 PASS AF=0.990909;AO=108;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0175971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.645;QD=59.1004;RBI=0.059239;REFB=-0.0467908;REVB=0.0565651;RO=1;SAF=38;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123264;STB=0.503545;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000104815;OID=.;OPOS=160211636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:108:109:0.990909:70:38:1:0:70:39:0:1 chr6 160211644 . GGGTT GGG,GG,G 1208.03 PASS AF=0,1,0;AO=13,67,15;DP=99;FAO=0,98,0;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=0,31,0;FSAR=0,67,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312481,0.0318297,0.029635;FXX=0.019998;HRUN=2,5,5;LEN=2,3,4;MLLD=261.258,272.1,260.808;QD=49.3073;RBI=0.0322401,0.0342485,0.0350432;REFB=0,0,0;REVB=0.00793601,0.0126422,0.0187027;RO=0;SAF=2,26,2;SAR=11,41,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0,1.33569e-05,0;OID=.,.,.;OPOS=160211647,160211646,160211645;OREF=TT,GTT,GGTT;OALT=-,-,-;OMAPALT=GGG,GG,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:13,67,15:99:0,98,0:98:0:0,31,0:0,67,0:0:0:21:0:2,26,2:11,41,13:0:0 chr6 160224346 . T C 624.04 PASS AF=0.97619;AO=39;DP=41;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00699208;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.847;QD=59.4322;RBI=0.0126856;REFB=0.041368;REVB=0.0105847;RO=1;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267753;STB=0.514279;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.000450319;OID=.;OPOS=160224346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:42:1:1:39:41:0.97619:17:22:0:1:17:24:0:1 chr6 160328620 . C T 57.88 PASS AF=0.4;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0354818;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.727;QD=11.5768;RBI=0.0366409;REFB=-0.00641739;REVB=0.0091433;RO=13;SAF=1;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.550504;STB=0.822616;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00742156;OID=.;OPOS=160328620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:21:20:13:12:8:8:0.4:7:1:8:5:7:1:7:5 chr6 160453978 . A G 247.09 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.00468105;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.246;QD=19.3797;RBI=0.0122749;REFB=-0.0231997;REVB=-0.0113473;RO=24;SAF=8;SAR=18;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.312573;STB=0.683748;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0150011;OID=.;OPOS=160453978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:24:25:26:26:0.509804:18:8:16:8:18:8:17:8 chr6 160464289 . G A 394.52 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=91;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00225334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.98;QD=17.3416;RBI=0.0173172;REFB=-0.0334535;REVB=-0.0171699;RO=48;SAF=20;SAR=21;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117645;STB=0.506699;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0322029;OID=.;OPOS=160464289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:50:41:41:0.450549:21:20:24:24:21:20:25:25 chr6 160468278 . A G 802.93 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4988;QD=54.4362;RBI=0.0724663;REFB=0;REVB=0.0706205;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00408478;OID=.;OPOS=160468278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:59:0:0:53:59:1:29:24:0:0:34:25:0:0 chr6 160494409 . A G 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.996;QD=57.8839;RBI=0.0628777;REFB=0;REVB=0.0488646;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199481;OID=.;OPOS=160494409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:29:31:0:0:29:31:0:0 chr6 160501286 . G A 213.26 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.022022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.861;QD=12.5445;RBI=0.0249741;REFB=-0.00531085;REVB=-0.0117787;RO=42;SAF=14;SAR=12;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0668989;STB=0.538432;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00775515;OID=.;OPOS=160501286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:12:14:20:22:12:14:20:22 chr6 160505199 . C G 632.21 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.612;QD=61.6792;RBI=0.0233305;REFB=0;REVB=0.0050431;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.84001e-05;OID=.;OPOS=160505199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr6 160551204 . G C 1458.39 PASS AF=1;AO=91;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421568;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9109;QD=62.7263;RBI=0.0491225;REFB=0;REVB=0.0252156;RO=0;SAF=48;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105319;OID=.;OPOS=160551204;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:91:93:1:43:48:0:0:45:48:0:0 chr6 160560845 . A G 345.59 PASS AF=0.45122;AO=34;DP=79;FAO=37;FDP=82;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=0.022254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.335;QD=16.8578;RBI=0.023023;REFB=-0.0113394;REVB=0.0059008;RO=45;SAF=11;SAR=23;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322448;STB=0.6596;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0169139;OID=.;OPOS=160560845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:45:45:34:37:0.45122:23:11:29:16:24:13:29:16 chr6 160560897 . CTGGTAAGT C 89.52 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0198526;FXX=0.0769034;HRUN=1;LEN=8;MLLD=254.327;QD=9.94675;RBI=0.0200077;REFB=0.0167373;REVB=-0.00248616;RO=16;SAF=0;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.78703;STB=0.874271;STBP=0.004;TYPE=del;VARB=-0.0269403;OID=.;OPOS=160560898;OREF=TGGTAAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:10:36:12:36:24:1:11:13:11:89:16:0:10:8:8 chr6 160645832 . C T 575.73 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.121;QD=60.6036;RBI=0.0559711;REFB=0;REVB=-0.000399989;RO=0;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295812;OID=.;OPOS=160645832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:28:10:0:0:28:10:0:0 chr6 160670282 . A C 2524.92 PASS AF=0.971264;AO=167;DP=174;FAO=169;FDP=174;FR=.;FRO=5;FSAF=80;FSAR=89;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0103032;FXX=0.011363;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.23;QD=58.0442;RBI=0.0504406;REFB=-0.162368;REVB=0.0493771;RO=5;SAF=79;SAR=88;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291655;STB=0.51515;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.000808284;OID=.;OPOS=160670282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:174:174:5:5:167:169:0.971264:88:79:5:0:89:80:5:0 chr6 161085267 . C T 750.46 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0341871;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.811;QD=61.2618;RBI=0.0408303;REFB=-0.0448175;REVB=0.0223239;RO=1;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025408;STB=0.513508;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.000697841;OID=.;OPOS=161085267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:47:48:0.979592:18:29:0:1:18:30:0:1 chr6 161173946 . T G 2304.02 PASS AF=0.993243;AO=144;DP=145;FAO=147;FDP=148;FR=.;FRO=1;FSAF=103;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00338815;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.021;QD=62.2708;RBI=0.0139746;REFB=-0.0398991;REVB=0.0135577;RO=1;SAF=100;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00473221;STB=0.502415;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-9.37753e-05;OID=.;OPOS=161173946;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:145:148:1:1:144:147:0.993243:44:100:1:0:44:103:1:0 chr6 161469774 . G A 610.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000537812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5209;QD=61.0317;RBI=0.0395527;REFB=0;REVB=0.0395491;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202106;OID=.;OPOS=161469774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:28:12:0:0:28:12:0:0 chr6 161538250 . G A 683.73 PASS AF=0.467949;AO=73;DP=156;FAO=73;FDP=156;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=47;FSRF=49;FSRR=34;FWDB=-0.0247559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.883;QD=17.5315;RBI=0.033079;REFB=-0.0208415;REVB=0.02194;RO=82;SAF=26;SAR=47;SRF=48;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221573;STB=0.625964;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.02299;OID=.;OPOS=161538250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:82:83:73:73:0.467949:47:26:48:34:47:26:49:34 chr6 161557662 . G A 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0107669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.818;QD=14.0975;RBI=0.0152285;REFB=-0.017738;REVB=0.0107695;RO=18;SAF=10;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248656;STB=0.646813;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0291283;OID=.;OPOS=161557662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:3:10:10:8:3:10:10:8 chr6 162622197 . C T 123.8 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0474831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.055;QD=8.68792;RBI=0.0476135;REFB=-0.0232298;REVB=0.00352144;RO=40;SAF=5;SAR=12;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167722;STB=0.601242;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.042502;OID=.;OPOS=162622197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:40:17:17:0.298246:12:5:17:23:12:5:17:23 chr6 163587146 . C G 1179.8 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00651888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.108;QD=60.5027;RBI=0.0540559;REFB=0;REVB=0.0536614;RO=0;SAF=42;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112681;OID=.;OPOS=163587146;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:78:0:0:71:78:1:29:42:0:0:35:43:0:0 chr6 163600225 . C A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00684259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.597;QD=48.7372;RBI=0.104411;REFB=0;REVB=0.104186;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000983564;OID=.;OPOS=163600225;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr6 163612783 . C A 377.05 PASS AF=0.967742;AO=28;DP=29;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0410626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=36.0148;QD=48.6516;RBI=0.100097;REFB=-0.0546755;REVB=0.0912871;RO=1;SAF=13;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344547;STB=0.51723;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0608973;OID=.;OPOS=163612783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:29:31:1:1:28:30:0.967742:15:13:1:0:16:14:1:0 chr6 163736204 . T C 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.00139517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.9;QD=19.1804;RBI=0.0218997;REFB=-0.00628089;REVB=-0.0218552;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672983;STB=0.538402;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00443363;OID=.;OPOS=163736204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:6:7:5:6:6:7:5:6 chr6 166308198 . A G 936.78 PASS AF=0.39777;AO=106;DP=270;FAO=107;FDP=269;FR=.;FRO=162;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=68;FSRR=94;FWDB=-0.00239304;FXX=0.0073798;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.377;QD=13.9298;RBI=0.0105745;REFB=-0.00642953;REVB=0.0103002;RO=162;SAF=55;SAR=51;SRF=68;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106517;STB=0.556623;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0109125;OID=.;OPOS=166308198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:270:269:162:162:106:107:0.39777:51:55:68:94:52:55:68:94 chr6 166308368 . C T 315.36 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.00211527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.288;QD=17.5199;RBI=0.0138581;REFB=-0.0127083;REVB=-0.0136957;RO=37;SAF=20;SAR=14;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242374;STB=0.640945;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0122493;OID=.;OPOS=166308368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:37:38:34:34:0.472222:14:20:12:25:14:20:12:26 chr6 166309245 . A T 365.07 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00248878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.614;QD=52.1523;RBI=0.0114792;REFB=-0.0144514;REVB=0.0112061;RO=1;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545937;STB=0.52939;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.000957658;OID=.;OPOS=166309245;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:8:19:0:1:8:19:0:1 chr6 166309249 . G T 375.63 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0275385;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.313;QD=55.6494;RBI=0.0941112;REFB=0;REVB=-0.089992;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00247106;OID=.;OPOS=166309249;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr6 166309288 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.034;QD=58.5877;RBI=0.0358399;REFB=0;REVB=-0.0225116;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61212e-05;OID=.;OPOS=166309288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr6 166571157 . G A 579.49 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00331599;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.672;QD=60.9986;RBI=0.00568527;REFB=0;REVB=-0.00461805;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.15235e-05;OID=.;OPOS=166571157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr6 166571164 . T G 620.08 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0351269;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.581;QD=59.0554;RBI=0.0351285;REFB=-0.169378;REVB=-0.000337838;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.514279;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000964062;OID=.;OPOS=166571164;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:24:17:0:0:24:17:1:0 chr6 166571935 . C T 210.75 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0829337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.57;QD=26.3439;RBI=0.0829348;REFB=-0.0725318;REVB=-0.000414747;RO=12;SAF=5;SAR=15;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198484;STB=0.610992;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0415732;OID=.;OPOS=166571935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:32:32:12:12:20:20:0.625:15:5:6:6:15:5:6:6 chr6 166572005 . T C 67.35 PASS AF=0.45;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0431953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4408;QD=13.4705;RBI=0.0710307;REFB=-0.0246509;REVB=-0.0563873;RO=10;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394404;STB=0.726652;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0544838;OID=.;OPOS=166572005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:20:10:11:9:9:0.45:8:1:4:6:8:1:4:7 chr6 166579270 . C T 187.07 PASS AF=0.392857;AO=17;DP=53;FAO=22;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=-0.0160214;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=106.844;QD=13.362;RBI=0.0384071;REFB=-0.0150324;REVB=-0.0349058;RO=21;SAF=3;SAR=14;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157536;STB=0.516114;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.00123926;OID=.;OPOS=166579270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:21:34:17:22:0.392857:14:3:6:15:16:6:10:24 chr6 166736362 . C T 223.87 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.000758927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.716;QD=19.4668;RBI=0.00741775;REFB=-0.00363097;REVB=0.00737882;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00721544;STB=0.504078;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00472541;OID=.;OPOS=166736362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:13:9:10:14:13:9:10:14 chr6 166739684 . G A 142.87 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.498;QD=43.961;RBI=0.0660161;REFB=0;REVB=0.0187455;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00286149;OID=.;OPOS=166739684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:5:7:0:0:5:8:0:0 chr6 166755975 . T C 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.041;QD=62.6704;RBI=0.0275542;REFB=0;REVB=0.00972133;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79898e-05;OID=.;OPOS=166755975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr6 166755979 . A C 670.05 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.505;QD=62.3302;RBI=0.0149762;REFB=0;REVB=0.00277502;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75362e-05;OID=.;OPOS=166755979;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr6 166778679 . T G 192.58 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0114162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.539;QD=23.3424;RBI=0.0411654;REFB=-0.0200275;REVB=0.0395507;RO=13;SAF=13;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227534;STB=0.643409;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0114378;OID=.;OPOS=166778679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:14:19:19:0.575758:6:13:5:8:6:13:5:9 chr6 166826255 . G A 129.8 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.141;QD=43.2666;RBI=0.0374956;REFB=0;REVB=0.0274583;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000523682;OID=.;OPOS=166826255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:4:7:0:0:4:8:0:0 chr6 166826304 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.072;QD=45.8067;RBI=0.0522028;REFB=0;REVB=0.0368092;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123038;OID=.;OPOS=166826304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr6 166952264 . G A 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0931233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4069;QD=12.6373;RBI=0.0931242;REFB=-0.0232641;REVB=-0.000407716;RO=21;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243042;STB=0.644919;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0238726;OID=.;OPOS=166952264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:10:3:9:12:10:3:9:12 chr6 167040463 . A G 41.04 PASS AF=0.6;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0622588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8455;QD=16.4176;RBI=0.0633686;REFB=-0.0333652;REVB=0.0118077;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236104;STB=0.666218;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0128921;OID=.;OPOS=167040463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:10:3:4:6:6:0.6:2:4:3:0:2:4:4:0 chr6 167271711 . T C 731.34 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164087;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4341;QD=63.5945;RBI=0.0397611;REFB=0;REVB=0.0362174;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272412;OID=.;OPOS=167271711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr6 167271716 . T C 292.05 PASS AF=0.604651;AO=24;DP=41;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0289967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.882;QD=27.1672;RBI=0.0293976;REFB=-0.0421006;REVB=0.00483834;RO=17;SAF=16;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197862;STB=0.59918;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0282789;OID=.;OPOS=167271716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:17:17:24:26:0.604651:8:16:7:10:9:17:7:10 chr6 167343141 . G A 393.13 PASS AF=0.431373;AO=40;DP=99;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=0.0520104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4993;QD=15.4167;RBI=0.0522592;REFB=-0.0399287;REVB=-0.00509372;RO=57;SAF=16;SAR=24;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539403;STB=0.551082;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0241766;OID=.;OPOS=167343141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:57:58:40:44:0.431373:24:16:20:37:25:19:20:38 chr6 167352104 . C A,T 701.96 PASS AF=0.897959,0.0816327;AO=45,2;DP=49;FAO=44,4;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=26,1;FSAR=18,3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0116844,-0.0421151;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=92.6788,13.3011;QD=57.3025;RBI=0.0257907,0.0514939;REFB=-0.0366829,-0.00881547;REVB=0.0229921,0.02963;RO=2;SAF=26,1;SAR=19,1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00636145,0;STB=0.50943,0.665771;STBP=0.531,0.27;TYPE=snp,snp;VARB=0.00411945,0.22465;OID=.,.;OPOS=167352104,167352104;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:49:49:2:1:45,2:44,4:0.897959,0.0816327:19,1:26,1:1:1:18,3:26,1:1:0 chr6 167571048 . T C 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7438;QD=62.9819;RBI=0.021803;REFB=0;REVB=0.00647555;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223009;OID=.;OPOS=167571048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr6 167571430 . A T 431.01 PASS AF=0.44898;AO=44;DP=98;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.00911353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.31;QD=17.5924;RBI=0.00913669;REFB=-0.017877;REVB=-0.000650135;RO=53;SAF=22;SAR=22;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101513;STB=0.550997;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0177991;OID=.;OPOS=167571430;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:53:54:44:44:0.44898:22:22:21:32:22:22:22:32 chr6 167590541 . G A 242.6 PASS AF=0.451613;AO=27;DP=64;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.00994979;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8836;QD=15.6518;RBI=0.0237552;REFB=0.0045671;REVB=-0.0215711;RO=31;SAF=14;SAR=13;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183932;STB=0.61169;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=-0.00273149;OID=.;OPOS=167590541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:31:34:27:28:0.451613:13:14:22:9:13:15:25:9 chr6 167590574 . G C 713.89 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00779286;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.78;QD=57.1108;RBI=0.0129756;REFB=0;REVB=0.0103749;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.25052e-05;OID=.;OPOS=167590574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr6 167591904 . G A 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00440402;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.944;QD=5.00521;RBI=0.0517303;REFB=-0.00108082;REVB=-0.0515424;RO=22;SAF=5;SAR=1;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382422;STB=0.762911;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00337907;OID=.;OPOS=167591904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:1:5:12:10:1:5:12:10 chr6 167592524 . T C 727.75 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.006;QD=63.2828;RBI=0.0684495;REFB=0;REVB=0.0664821;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113199;OID=.;OPOS=167592524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr6 167592576 . G A 785.07 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5405;QD=57.096;RBI=0.0384629;REFB=0;REVB=0.0152707;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000603392;OID=.;OPOS=167592576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr6 167711559 . G C 265.37 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0183449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.033;QD=17.9913;RBI=0.0188859;REFB=-0.0108749;REVB=0.00448778;RO=30;SAF=6;SAR=23;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316678;STB=0.679188;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0133713;OID=.;OPOS=167711559;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:23:6:15:15:23:6:15:15 chr6 167728774 . T C 191.28 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00679392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.987;QD=47.8203;RBI=0.0165364;REFB=0;REVB=0.0150763;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158032;OID=.;OPOS=167728774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:6:9:0:0:7:9:0:0 chr6 167753691 . C T 569.84 PASS AF=0.423611;AO=61;DP=144;FAO=61;FDP=144;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=50;FWDB=0.0359227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2876;QD=15.829;RBI=0.0369544;REFB=-0.00308905;REVB=-0.00867122;RO=82;SAF=31;SAR=30;SRF=33;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108261;STB=0.563616;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00520778;OID=.;OPOS=167753691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:82:83:61:61:0.423611:30:31:33:49:30:31:33:50 chr6 167754661 . A G 1263.3 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00552853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.411;QD=61.6242;RBI=0.0247281;REFB=0;REVB=0.0241022;RO=0;SAF=29;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56775e-05;OID=.;OPOS=167754661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:82:0:0:75:82:1:46:29:0:0:53:29:0:0 chr6 167754702 . C T 347.4 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=81;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.00702504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0494;QD=17.1556;RBI=0.0183692;REFB=-0.0026798;REVB=-0.0169728;RO=43;SAF=18;SAR=19;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133104;STB=0.566989;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00340823;OID=.;OPOS=167754702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:43:44:37:37:0.45679:19:18:15:28:19:18:16:28 chr6 168069834 . A G 258.17 PASS AF=0.428571;AO=28;DP=68;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=10;FWDB=0.000885236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.578;QD=14.7527;RBI=0.00491699;REFB=-0.00855298;REVB=0.00483665;RO=40;SAF=14;SAR=14;SRF=30;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26095;STB=0.64277;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0167906;OID=.;OPOS=168069834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:40:40:28:30:0.428571:14:14:30:10:15:15:30:10 chr6 168070084 . G A 90.33 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0150178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.449;QD=16.4236;RBI=0.0399773;REFB=0.00243058;REVB=0.0370493;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079851;STB=0.546136;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.00385236;OID=.;OPOS=168070084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:6:5:4:7:6:5:4:7 chr6 168070293 . G A 172.62 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0194385;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.426;QD=16.4395;RBI=0.0194878;REFB=-0.0224353;REVB=0.00138508;RO=20;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584155;STB=0.516556;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.025576;OID=.;OPOS=168070293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:24:18:18:0.428571:11:7:9:11:11:7:10:14 chr6 168323664 . A G 727.27 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0478106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8807;QD=63.2408;RBI=0.064805;REFB=0;REVB=-0.0437474;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00129383;OID=.;OPOS=168323664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr6 168343838 . T C 1471.97 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6726;QD=63.3105;RBI=0.0332456;REFB=0;REVB=0.0283137;RO=0;SAF=36;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196686;OID=.;OPOS=168343838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:57:36:0:0:57:36:0:0 chr6 168349011 . C T 419.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0776213;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.4854;QD=55.9112;RBI=0.0956744;REFB=0;REVB=0.0559332;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00304575;OID=.;OPOS=168349011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:13:15:0:0:13:17:0:0 chr6 168363631 . CAGT C 130.52 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0170611;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=3;MLLD=273.18;QD=12.1417;RBI=0.0190427;REFB=-0.0197146;REVB=-0.00845843;RO=26;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189876;STB=0.588666;STBP=0.379;TYPE=del;VARB=0.0391392;OID=.;OPOS=168363632;OREF=AGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.348837:15:45:15:43:28:9:6:13:15:99:26:9:6:11:15 chr6 168457801 . A G 168.99 PASS AF=0.396226;AO=17;DP=49;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.000983419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.646;QD=12.754;RBI=0.00245072;REFB=-0.0128515;REVB=0.00224475;RO=32;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107528;STB=0.533302;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0262099;OID=.;OPOS=168457801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:53:32:32:17:21:0.396226:9:8:12:20:12:9:12:20 chr6 168459845 . G C 240.84 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0307566;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.175;QD=18.1765;RBI=0.0308927;REFB=-0.0244987;REVB=0.00289742;RO=26;SAF=20;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244348;STB=0.650559;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0287955;OID=.;OPOS=168459845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:26:27:26:26:0.490566:6:20:14:12:6:20:14:13 chr6 168479604 . G A 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.79;QD=59.143;RBI=0.0595926;REFB=0;REVB=0.0543243;RO=0;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108319;OID=.;OPOS=168479604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:25:42:0:0:25:42:0:0 chr6 168482110 . C T 703.53 PASS AF=1;AO=32;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0669876;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.504;QD=57.4307;RBI=0.0985111;REFB=0;REVB=0.0722295;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138312;OID=.;OPOS=168482110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:32:49:1:14:18:0:0:27:22:0:0 chr6 168694594 . C T 391.85 PASS AF=0.44086;AO=40;DP=92;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.039204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0037;QD=16.8538;RBI=0.0484128;REFB=0.0021485;REVB=-0.0284049;RO=52;SAF=21;SAR=19;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00581057;STB=0.503935;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.00381321;OID=.;OPOS=168694594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:52:52:40:41:0.44086:19:21:27:25:20:21:27:25 chr6 168695309 . C T 424.71 PASS AF=0.404959;AO=49;DP=121;FAO=49;FDP=121;FR=.;FRO=72;FSAF=41;FSAR=8;FSRF=46;FSRR=26;FWDB=0.0133778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3345;QD=14.0401;RBI=0.0335666;REFB=-0.00575207;REVB=0.0307855;RO=71;SAF=41;SAR=8;SRF=45;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295708;STB=0.666907;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00716173;OID=.;OPOS=168695309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:71:72:49:49:0.404959:8:41:45:26:8:41:46:26 chr6 168695345 . G A 626.74 PASS AF=0.445161;AO=69;DP=153;FAO=69;FDP=155;FR=.;FRO=86;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=49;FSRR=37;FWDB=-0.0054251;FXX=0.00640985;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6179;QD=16.1738;RBI=0.00919918;REFB=-0.0226871;REVB=-0.0074292;RO=84;SAF=45;SAR=24;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097228;STB=0.548876;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0347855;OID=.;OPOS=168695345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:155:84:86:69:69:0.445161:24:45:47:37:24:45:49:37 chr6 169619933 . T C,TTTCCTTCC 119.01 PASS AF=0.0645161,0.387097;AO=3,10;DP=37;FAO=2,12;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=0,1;FSAR=2,11;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.150648,-0.03277;FXX=0.0605877;HRUN=3,3;LEN=1,8;MLLD=39.2995,201.433;QD=15.3556;RBI=0.163297,0.0386228;REFB=-0.0187599,-0.0180608;REVB=-0.0630146,-0.0204413;RO=21;SAF=0,1;SAR=3,9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.598305,-0.559005;STB=0.993741,0.806686;STBP=0.185,0.032;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0514193,0.0366192;OID=.,.;OPOS=169619933,169619934;OREF=T,-;OALT=C,TTCCTTCC;OMAPALT=C,TTTCCTTCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:96:37:31:21:17:3,10:2,12:0.0645161,0.387097:3,9:0,1:11:10:2,11:0,1:7:10 chr6 169621536 . A G 337.17 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.010057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.566;QD=24.9756;RBI=0.0312719;REFB=-0.00219619;REVB=0.0296107;RO=21;SAF=18;SAR=15;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122318;STB=0.566971;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.000753521;OID=.;OPOS=169621536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:21:33:33:0.611111:15:18:15:6:15:18:15:6 chr6 169622490 . G A 136.87 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0331342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.685;QD=18.2492;RBI=0.0459861;REFB=0.0401699;REVB=-0.031888;RO=14;SAF=4;SAR=11;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203786;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0773745;OID=.;OPOS=169622490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:15:15:15:0.5:11:4:4:10:11:4:4:11 chr6 169626371 . A G 129.52 PASS AF=0.5;AO=13;DP=29;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0166711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.606;QD=17.2699;RBI=0.0166719;REFB=-0.011599;REVB=-0.00016051;RO=15;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139734;STB=0.567477;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0133882;OID=.;OPOS=169626371;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:15:15:13:15:0.5:8:5:8:7:9:6:8:7 chr6 169632219 . G A 260.4 PASS AF=0.363636;AO=27;DP=87;FAO=32;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=56;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0227526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.1855;QD=11.8365;RBI=0.0720398;REFB=-0.0265311;REVB=-0.0683524;RO=33;SAF=14;SAR=13;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176057;STB=0.522713;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0881342;OID=.;OPOS=169632219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:33:56:27:32:0.363636:13:14:23:10:16:16:26:30 chr6 169637763 . G C 223.86 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0195009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4626;QD=19.4664;RBI=0.0303683;REFB=-0.0267602;REVB=-0.0232798;RO=24;SAF=10;SAR=12;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156284;STB=0.588156;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0197043;OID=.;OPOS=169637763;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:12:10:15:9:12:10:15:9 chr6 170033086 . G A 354.33 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0278134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.927;QD=21.4744;RBI=0.0307692;REFB=-0.0106033;REVB=-0.0131591;RO=30;SAF=15;SAR=21;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140553;STB=0.507768;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0154335;OID=.;OPOS=170033086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:21:15:13:17:21:15:13:17 chr6 170059627 . G A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0215713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.071;QD=12.1828;RBI=0.0381454;REFB=-0.0484212;REVB=0.0314604;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0646038;STB=0.523317;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0455298;OID=.;OPOS=170059627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:14:15:10:10:0.4:7:3:5:9:7:3:5:10 chr6 170068086 . C T 146.53 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0309117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.357;QD=18.3161;RBI=0.0350688;REFB=-0.0334377;REVB=0.0165615;RO=16;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163462;STB=0.592908;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0483631;OID=.;OPOS=170068086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:7:9:6:10:7:9:6:10 chr6 170068180 . A G 231.63 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00816256;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2808;QD=14.2541;RBI=0.0780795;REFB=0.0180902;REVB=-0.0776516;RO=37;SAF=14;SAR=13;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114748;STB=0.572025;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.0250568;OID=.;OPOS=170068180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:37:38:27:27:0.415385:13:14:15:22:13:14:15:23 chr6 170070723 . A G 693.55 PASS AF=1;AO=38;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0612331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.084;QD=63.0499;RBI=0.0654813;REFB=0;REVB=0.0232016;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358009;OID=.;OPOS=170070723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:38:44:1:18:20:0:0:18:26:0:0 chr6 170102267 . A G 207.1 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105568;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.6418;QD=48.7287;RBI=0.126454;REFB=0;REVB=-0.126013;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00458287;OID=.;OPOS=170102267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr6 170103508 . G GT 105.87 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0102077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.4415;QD=12.0997;RBI=0.0382955;REFB=0.0154908;REVB=-0.03691;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345603;STB=0.519831;STBP=0.816;TYPE=ins;VARB=-0.0210463;OID=.;OPOS=170103509;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.457143:16:35:16:35:19:7:9:9:10:99:19:7:9:9:10 chr6 170144194 . T C 88.98 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0148308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.606;QD=27.3785;RBI=0.0326483;REFB=-0.0473231;REVB=-0.0290853;RO=3;SAF=9;SAR=1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394666;STB=0.729154;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0136677;OID=.;OPOS=170144194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:1:9:1:2:1:9:1:2 chr6 170162537 . C T 439.72 PASS AF=0.544304;AO=43;DP=79;FAO=43;FDP=79;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00226254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0611;QD=22.2641;RBI=0.00574807;REFB=-0.0113868;REVB=0.00528405;RO=35;SAF=22;SAR=21;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211179;STB=0.505298;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0073137;OID=.;OPOS=170162537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:35:36:43:43:0.544304:21:22:17:18:21:22:18:18 chr6 170176467 . A G 211.86 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0107274;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.203;QD=15.6931;RBI=0.0176073;REFB=-0.0297619;REVB=0.0139621;RO=29;SAF=19;SAR=5;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313523;STB=0.690734;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0319958;OID=.;OPOS=170176467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:30:24:24:0.444444:5:19:15:14:5:19:15:15 chr6 170176647 . CA TG 291.31 PASS AF=0.5;AO=31;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0198328;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=254.435;QD=18.207;RBI=0.021201;REFB=-0.0182222;REVB=0.00749275;RO=31;SAF=14;SAR=17;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148784;STB=0.564477;STBP=0.354;TYPE=mnp;VARB=0.0152567;OID=.;OPOS=170176647;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:32:31:32:0.5:17:14:9:22:18:14:10:22 chr6 170190200 . G A 1608.57 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204495;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4568;QD=60.1335;RBI=0.0953229;REFB=0;REVB=0.0931036;RO=0;SAF=40;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490746;OID=.;OPOS=170190200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:107:0:0:102:107:1:62:40:0:0:65:42:0:0 chr6 170190418 . T G 170.55 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0117454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.241;QD=24.3646;RBI=0.0196345;REFB=-0.0280598;REVB=0.0157341;RO=9;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224669;STB=0.655562;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0160635;OID=.;OPOS=170190418;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:28:28:9:11:17:17:0.607143:10:7:7:2:10:7:9:2 chr6 170190659 . G T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0819985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.741;QD=44.6896;RBI=0.0820303;REFB=0;REVB=0.00228454;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166048;OID=.;OPOS=170190659;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr6 170592453 . C T 405.39 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0237121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0104;QD=22.5219;RBI=0.0273077;REFB=-0.0165447;REVB=-0.0135443;RO=32;SAF=24;SAR=16;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107567;STB=0.559292;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0230935;OID=.;OPOS=170592453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:40:40:0.555556:16:24:15:17:16:24:15:17 chr6 170597276 . C T 259.09 PASS AF=1;AO=13;DP=24;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0661948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.152;QD=47.1073;RBI=0.0833443;REFB=0;REVB=0.050641;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183766;OID=.;OPOS=170597276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:22:0:0:13:22:1:3:10:0:0:14:8:0:0 chr6 170598352 . C T 1106.38 PASS AF=0.95;AO=76;DP=80;FAO=76;FDP=80;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=51;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0207307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.024;QD=55.319;RBI=0.0220904;REFB=0.0255291;REVB=0.00763063;RO=4;SAF=25;SAR=51;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699029;STB=0.537027;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-9.91397e-05;OID=.;OPOS=170598352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:80:80:4:4:76:76:0.95:51:25:4:0:51:25:4:0 chr6 170598368 . TCTC T 414.8 PASS AF=0.837838;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=37;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.000823533;FXX=0.0749813;HRUN=1;LEN=3;MLLD=200.893;QD=44.8429;RBI=0.0327469;REFB=-0.0708528;REVB=0.0327365;RO=0;SAF=5;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.666546;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0130411;OID=.;OPOS=170598369;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.837838:30:31:31:37:6:6:25:6:0:33:0:5:25:0:0 chr6 170627651 . G A 48.74 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0390178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8187;QD=13.9253;RBI=0.0635978;REFB=-0.040032;REVB=-0.0502224;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260141;STB=0.651795;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0443171;OID=.;OPOS=170627651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:4:3:1:6:4:3:1:6 chr6 170713682 . A T 233.67 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0135431;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.483;QD=16.9941;RBI=0.0152823;REFB=-0.0158211;REVB=-0.00708063;RO=29;SAF=9;SAR=17;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681198;STB=0.538431;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0172324;OID=.;OPOS=170713682;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:29:29:26:26:0.472727:17:9:12:17:17:9:12:17 chr6 170845354 . A G 272.48 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.548;QD=51.9008;RBI=0.0899593;REFB=0;REVB=0.0827923;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00238886;OID=.;OPOS=170845354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr6 170862300 . G C 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.208;QD=58.7817;RBI=0.0325069;REFB=0;REVB=0.00118173;RO=0;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.50083e-05;OID=.;OPOS=170862300;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:40:25:0:0:40:25:0:0 chr6 170871013 . A ACAG 79.74 PASS AF=0.692308;AO=6;DP=32;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.078924;FXX=0.187383;HRUN=1;LEN=3;MLLD=142.862;QD=24.5365;RBI=0.124526;REFB=-0.150612;REVB=0.0963204;RO=24;SAF=1;SAR=5;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346627;STB=0.705321;STBP=0.11;TYPE=ins;VARB=0.0435725;OID=.;OPOS=170871014;OREF=-;OALT=CAG;OMAPALT=ACAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.692308:6:32:9:13:4:1:8:2:2:25:24:1:5:10:14 chr6 170878793 . T C 1973.57 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=129;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00985523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.197;QD=61.196;RBI=0.0540922;REFB=-0.0738503;REVB=0.0531868;RO=0;SAF=50;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50495;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.000511418;OID=.;OPOS=170878793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:129:0:1:128:128:0.992248:78:50:0:0:78:50:1:0 chr6 170887693 . G C 312.77 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.107;QD=52.1276;RBI=0.0314774;REFB=0;REVB=0.00449257;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101431;OID=.;OPOS=170887693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:7:16:0:0:7:17:0:0 chr7 228527 . TG GT,T 222.86 PASS AF=0.76,0.16;AO=14,6;DP=24;FAO=19,4;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=0,1;FSAR=19,3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0247669,-0.0238466;FXX=0.0384468;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=35.4695,13.1931;QD=35.6576;RBI=0.0905227,0.0768315;REFB=-0.0442227,-0.115781;REVB=0.0870687,0.0730371;RO=3;SAF=0,1;SAR=14,5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0.516484;SSSB=0,0.200664;STB=0.5,0.624469;STBP=1,0.685;TYPE=mnp,del;VARB=0.0624019,0.0802098;OID=.,.;OPOS=228527,228528;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:24:25:3:2:14,6:19,4:0.76,0.16:14,5:0,1:0:3:19,3:0,1:0:2 chr7 470239 . AT GC,GT 1259.35 PASS AF=0.0361446,0.963855;AO=3,75;DP=83;FAO=3,80;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=3,61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00257676,0.047899;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=57.4895,169.014;QD=60.6915;RBI=0.0302644,0.0484919;REFB=0,0;REVB=-0.0301545,-0.00755982;RO=0;SAF=0,15;SAR=3,60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00422327,0.00238759;OID=.,.;OPOS=470239,470239;OREF=AT,A;OALT=GC,G;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:83:83:0:0:3,75:3,80:0.0361446,0.963855:3,60:0,15:0:0:3,61:0,19:0:0 chr7 470281 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.542;QD=58.1421;RBI=0.0243486;REFB=0;REVB=-0.00142082;RO=0;SAF=5;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.35315e-05;OID=.;OPOS=470281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:27:5:0:0:27:5:0:0 chr7 470316 . A G 79.23 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2453;QD=39.6141;RBI=0.0776421;REFB=0;REVB=-0.0776421;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00545875;OID=.;OPOS=470316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr7 624220 . GT GA,GG 2752.05 PASS AF=0.0391061,0.960894;AO=7,134;DP=188;FAO=7,172;FDP=179;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3,78;FSAR=4,94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120189,0.0136458;FXX=0.0478698;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.219,157.254;QD=61.4984;RBI=0.124217,0.0256459;REFB=0,0;REVB=0.0313764,0.0217142;RO=0;SAF=3,55;SAR=4,79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0484206,-0.00154775;OID=.,.;OPOS=624221,624221;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=GA,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0391061,0.960894:7,134:188:7,172:179:0:3,78:4,94:0:0:10:0:3,55:4,79:0:0 chr7 624222 . A G 202.55 PASS AF=0.215789;AO=36;DP=180;FAO=41;FDP=190;FR=.;FRO=149;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=59;FSRR=90;FWDB=-0.000427504;FXX=0.00523533;HRUN=6;LEN=1;MLLD=42.0138;QD=4.26414;RBI=0.0426682;REFB=-0.02481;REVB=-0.042666;RO=144;SAF=23;SAR=13;SRF=58;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296232;STB=0.718204;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.190077;OID=.;OPOS=624222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:190:144:149:36:41:0.215789:13:23:58:86:13:28:59:90 chr7 772174 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.097;QD=62.6708;RBI=0.0397284;REFB=0;REVB=0.00997176;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.29237e-05;OID=.;OPOS=772174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr7 808810 . C G 106.9 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0112022;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.373;QD=19.4356;RBI=0.0262803;REFB=-0.0199981;REVB=-0.0237731;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184616;STB=0.604677;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0150732;OID=.;OPOS=808810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:23:22:10:10:12:12:0.545455:5:7:8:2:5:7:8:2 chr7 810219 . T C 1193.23 PASS AF=0.680556;AO=98;DP=146;FAO=98;FDP=144;FR=.;FRO=46;FSAF=37;FSAR=61;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.100469;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4732;QD=33.1454;RBI=0.100473;REFB=-0.0497374;REVB=0.000881787;RO=45;SAF=37;SAR=61;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107639;STB=0.55486;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0186522;OID=.;OPOS=810219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:144:45:46:98:98:0.680556:61:37:25:20:61:37:25:21 chr7 814788 . G A 750.16 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00456048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8695;QD=56.6161;RBI=0.0146187;REFB=0;REVB=0.0138892;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401855;OID=.;OPOS=814788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:29:23:0:0:30:23:0:0 chr7 881668 . C T 485.31 PASS AF=0.671642;AO=44;DP=66;FAO=45;FDP=67;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0286827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.133;QD=28.9738;RBI=0.0320591;REFB=-0.0522423;REVB=-0.014321;RO=21;SAF=21;SAR=23;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842502;STB=0.555531;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0330405;OID=.;OPOS=881668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:21:22:44:45:0.671642:23:21:13:8:24:21:14:8 chr7 882895 . C G 203.5 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0092805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9575;QD=30.1474;RBI=0.0095668;REFB=0.0252989;REVB=-0.00232294;RO=8;SAF=11;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430588;STB=0.523784;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.0166838;OID=.;OPOS=882895;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:8:11:4:4:8:11:4:4 chr7 889169 . A G 383.27 PASS AF=0.338129;AO=47;DP=139;FAO=47;FDP=139;FR=.;FRO=92;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=50;FWDB=0.00377455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.755;QD=11.0292;RBI=0.021263;REFB=-0.00728595;REVB=-0.0209253;RO=89;SAF=25;SAR=22;SRF=41;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810353;STB=0.549765;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0211418;OID=.;OPOS=889169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:89:92:47:47:0.338129:22:25:41:48:22:25:42:50 chr7 897492 . A G 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00230535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.329;QD=16.7847;RBI=0.011813;REFB=-0.0130654;REVB=-0.0115859;RO=33;SAF=12;SAR=17;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394184;STB=0.522169;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0197519;OID=.;OPOS=897492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:17:12:15:18:17:12:15:18 chr7 897496 . G A 260.03 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00817763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.642;QD=16.7762;RBI=0.0102393;REFB=-0.00672042;REVB=-0.00616191;RO=33;SAF=12;SAR=17;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394184;STB=0.522169;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0101995;OID=.;OPOS=897496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:17:12:15:18:17:12:15:18 chr7 899820 . G T 447.98 PASS AF=0.573333;AO=43;DP=75;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.00954845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.482;QD=23.8921;RBI=0.00956196;REFB=-0.0276034;REVB=-0.00050798;RO=32;SAF=21;SAR=22;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130301;STB=0.571396;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0169061;OID=.;OPOS=899820;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:32:32:43:43:0.573333:22:21:21:11:22:21:21:11 chr7 912992 . C T 738.57 PASS AF=0.652632;AO=62;DP=95;FAO=62;FDP=95;FR=.;FRO=33;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.000803649;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.348;QD=31.0978;RBI=0.0217844;REFB=-0.00791656;REVB=-0.0217696;RO=33;SAF=30;SAR=32;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000627895;STB=0.50034;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0034632;OID=.;OPOS=912992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:33:33:62:62:0.652632:32:30:16:17:32:30:16:17 chr7 926827 . T C 699.4 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00354514;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.51;QD=60.8172;RBI=0.00411943;REFB=-0.0583081;REVB=-0.00209801;RO=1;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164853;STB=0.508768;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000513434;OID=.;OPOS=926827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:44:45:0.978261:28:16:0:1:28:17:0:1 chr7 930689 . C T 112.15 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00693612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.969;QD=8.46435;RBI=0.0100263;REFB=-0.0141656;REVB=0.00723997;RO=38;SAF=4;SAR=11;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318787;STB=0.694468;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0292908;OID=.;OPOS=930689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:38:15:15:0.283019:11:4:20:18:11:4:20:18 chr7 935262 . G A 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0119188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.062;QD=15.5716;RBI=0.028398;REFB=-0.00509889;REVB=0.0257758;RO=10;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278546;STB=0.586989;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00373983;OID=.;OPOS=935262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:10:12:11:11:0.478261:3:8:7:3:3:8:7:5 chr7 935720 . T C 32.59 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0325627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.826;QD=2.77401;RBI=0.0327295;REFB=-0.0040014;REVB=0.00330084;RO=41;SAF=5;SAR=1;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307895;STB=0.73823;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0233024;OID=.;OPOS=935720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:41:41:6:6:0.12766:1:5:25:16:1:5:25:16 chr7 940181 . C T 385.72 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0116893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.33;QD=48.2153;RBI=0.0194635;REFB=-0.0663163;REVB=-0.0155623;RO=2;SAF=10;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204508;STB=0.501193;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00184114;OID=.;OPOS=940181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:32:32:2:3:29:29:0.90625:19:10:1:1:19:10:1:2 chr7 940258 . G GGGCAAAGGCA 129.71 PASS AF=0.518519;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00691088;FXX=0.0689417;HRUN=4;LEN=10;MLLD=287.256;QD=19.2163;RBI=0.0144381;REFB=-0.026613;REVB=-0.0126767;RO=15;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955707;STB=0.555473;STBP=0.591;TYPE=ins;VARB=0.0250157;OID=.;OPOS=940259;OREF=-;OALT=GGCAAAGGCA;OMAPALT=GGGCAAAGGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.518519:13:30:14:27:13:4:10:5:8:99:15:4:9:6:9 chr7 1023013 . C T 183.28 PASS AF=0.642857;AO=11;DP=24;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00764305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.7497;QD=26.1822;RBI=0.0327554;REFB=0.0503855;REVB=0.0318512;RO=6;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.440891;STB=0.734997;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0308181;OID=.;OPOS=1023013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:24:28:6:10:11:18:0.642857:8:3:6:0:15:3:7:3 chr7 1097409 . C G 37.74 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0726554;FXX=0.020829;HRUN=6;LEN=1;MLLD=33.7368;QD=3.21184;RBI=0.085311;REFB=-0.0208725;REVB=-0.0447119;RO=32;SAF=2;SAR=5;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158538;STB=0.616089;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.129263;OID=.;OPOS=1097409;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:47:47:32:39:7:7:0.148936:5:2:13:19:5:2:16:23 chr7 1098233 . CAGA C 169.83 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00416757;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=3;MLLD=281.729;QD=23.4251;RBI=0.0287965;REFB=-0.0109923;REVB=0.0284933;RO=12;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143851;STB=0.580552;STBP=0.328;TYPE=del;VARB=0.00580551;OID=.;OPOS=1098234;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.586207:17:30:17:29:12:8:9:8:4:97:12:8:9:8:4 chr7 1131378 . C T 279.31 PASS AF=0.426667;AO=30;DP=72;FAO=32;FDP=75;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0657486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3567;QD=14.8965;RBI=0.080262;REFB=-0.0017292;REVB=0.0460339;RO=42;SAF=21;SAR=9;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265075;STB=0.633422;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00463731;OID=.;OPOS=1131378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:42:43:30:32:0.426667:9:21:19:23:10:22:20:23 chr7 1132691 . C T 144.17 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0252528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5835;QD=24.029;RBI=0.106659;REFB=-0.0290719;REVB=0.103626;RO=9;SAF=4;SAR=11;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139671;STB=0.578836;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0235086;OID=.;OPOS=1132691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:11:4:4:5:11:4:4:5 chr7 1132824 . TTC ATT,T,TT 69.2 PASS AF=0,0.529412,0;AO=2,6,2;DP=18;FAO=0,9,0;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=0,3,0;FSAR=0,6,0;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00256427,-0.0337326,-0.00178515;FXX=0;HRUN=3,3,1;LEN=3,2,1;MLLD=159.398,199.528,193.679;QD=16.2816;RBI=0.0105061,0.0337982,0.0020635;REFB=6.329e-05,0.0089953,0.00703885;REVB=-0.0101883,-0.00210546,0.00103503;RO=8;SAF=2,1,1;SAR=0,5,1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.519945,-0.542893,-0.269415;STB=0.5,0.691889,0.5;STBP=1,0.114,1;TYPE=mnp,del,del;VARB=0,-0.00436515,-0.00951249;OID=.,.,.;OPOS=1132824,1132825,1132826;OREF=TTC,TC,C;OALT=ATT,-,-;OMAPALT=ATT,T,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:56:18:17:8:8:2,6,2:0,9,0:0,0.529412,0:0,5,1:2,1,1:6:2:0,6,0:0,3,0:6:2 chr7 1133305 . C G 534.55 PASS AF=0.549451;AO=50;DP=91;FAO=50;FDP=91;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=-0.0529264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3627;QD=23.4968;RBI=0.0658527;REFB=-0.0351915;REVB=-0.0391838;RO=39;SAF=24;SAR=26;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160019;STB=0.596236;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0308797;OID=.;OPOS=1133305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:39:41:50:50:0.549451:26:24:11:28:26:24:11:30 chr7 1481919 . C A 652.99 PASS AF=0.916667;AO=44;DP=48;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0245947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.679;QD=54.4158;RBI=0.0462073;REFB=-0.166681;REVB=0.0391179;RO=1;SAF=15;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302851;STB=0.514607;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00193517;OID=.;OPOS=1481919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:48:48:1:4:44:44:0.916667:29:15:1:0:29:15:2:2 chr7 1482009 . G C 103.52 PASS AF=0.238806;AO=16;DP=67;FAO=16;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00997319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.506;QD=6.18052;RBI=0.0154521;REFB=-0.00574047;REVB=-0.0118026;RO=51;SAF=5;SAR=11;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225656;STB=0.640596;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0168344;OID=.;OPOS=1482009;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:51:51:16:16:0.238806:11:5:25:26:11:5:25:26 chr7 1484572 . A G 110.07 PASS AF=1;AO=6;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.150273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4216;QD=40.0238;RBI=0.154403;REFB=0;REVB=0.035473;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000790107;OID=.;OPOS=1484572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:6:11:1:0:6:0:0:2:9:0:0 chr7 1523262 . G A 925.15 PASS AF=0.653543;AO=78;DP=125;FAO=83;FDP=127;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=53;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0470467;FXX=0.0155027;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.9871;QD=29.1385;RBI=0.105422;REFB=-0.0509983;REVB=0.0943419;RO=45;SAF=27;SAR=51;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396511;STB=0.5177;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0251954;OID=.;OPOS=1523262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:127:45:44:78:83:0.653543:51:27:18:27:53:30:18:26 chr7 1533513 . A G 781.6 PASS AF=0.920635;AO=58;DP=63;FAO=58;FDP=63;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00550614;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.329;QD=49.6257;RBI=0.0126899;REFB=-0.0268657;REVB=-0.0114331;RO=5;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627696;STB=0.533322;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0014191;OID=.;OPOS=1533513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:63:63:5:5:58:58:0.920635:35:23:0:5:35:23:0:5 chr7 1538614 . G A 697.21 PASS AF=0.964912;AO=50;DP=54;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0269981;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.698;QD=48.9269;RBI=0.0581167;REFB=-0.105552;REVB=0.0514651;RO=3;SAF=37;SAR=13;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545614;STB=0.507792;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00122917;OID=.;OPOS=1538614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:57:3:2:50:55:0.964912:13:37:1:2:17:38:1:1 chr7 1542697 . G A 710.25 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0253624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.785;QD=54.6345;RBI=0.0405888;REFB=0.007747;REVB=0.0316891;RO=1;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149495;STB=0.507933;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000132876;OID=.;OPOS=1542697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:31:20:0:1:31:20:0:1 chr7 1542813 . CT C,CC 193.59 PASS AF=1,0;AO=5,11;DP=16;FAO=16,0;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258764,-0.383294;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=140.759,133.39;QD=48.3985;RBI=0.0710108,0.391848;REFB=0,0;REVB=-0.0661283,-0.0814245;RO=0;SAF=1,4;SAR=4,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00165707,0;OID=.,.;OPOS=1542814,1542814;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:5,11:16:16,0:16:0:5,0:11,0:0:0:4:0:1,4:4,7:0:0 chr7 1543981 . C A 243.92 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262671;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.372;QD=51.3505;RBI=0.0477867;REFB=0;REVB=0.03992;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000730046;OID=.;OPOS=1543981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr7 1588391 . A G 113.18 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.6251;QD=41.1549;RBI=0.0406537;REFB=0;REVB=0.0351722;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0208928;OID=.;OPOS=1588391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:6:4:0:0:7:4:0:0 chr7 1588549 . G A 224.26 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0326612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.695;QD=42.7162;RBI=0.0414818;REFB=-0.135021;REVB=-0.0255732;RO=1;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483869;STB=0.50251;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00365953;OID=.;OPOS=1588549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:1:2:19:19:0.904762:9:10:0:1:9:10:1:1 chr7 1588768 . G A 122.01 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.231282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7733;QD=40.6708;RBI=0.233674;REFB=0;REVB=0.0333497;RO=1;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00842636;OID=.;OPOS=1588768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:1:0:10:12:1:10:0:0:1:11:1:0:0 chr7 1594986 . GGC G,GG,GGG 276.41 PASS AF=0.962963,0,0;AO=13,5,2;DP=28;FAO=26,0,0;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=12,0,0;FSAR=14,0,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.206462,0.0586155,-0.145357;FXX=0.0357015;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=18.585,10.9611,6.2688;QD=40.9499;RBI=0.230859,0.143758,0.151581;REFB=0.0143944,0.0538054,0.0668805;REVB=0.103291,0.131265,0.0429907;RO=3;SAF=4,3,0;SAR=9,2,2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0.30137,0,0;SSEP=0,0.30137,0;SSSB=-0.133306,-0.0436878,-0.666583;STB=0.519985,0.5,0.5;STBP=0.329,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0141515,-0.0528023,0;OID=.,.,.;OPOS=1594987,1594988,1594988;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.962963,0,0:13,5,2:28:26,0,0:27:1:12,0,0:14,0,0:1:0:4:3:4,3,0:9,2,2:2:1 chr7 1878377 . A G 815.0 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0081936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.034;QD=57.1928;RBI=0.010845;REFB=0;REVB=0.00710482;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.438e-05;OID=.;OPOS=1878377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:32:24:0:0:32:25:0:0 chr7 1878453 . T A 167.96 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0485258;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6755;QD=9.87993;RBI=0.0490689;REFB=-0.0142283;REVB=-0.00728058;RO=44;SAF=9;SAR=13;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32322e-08;STB=0.50276;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00807902;OID=.;OPOS=1878453;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:44:46:22:22:0.323529:13:9:18:26:13:9:19:27 chr7 1886937 . C T 289.15 PASS AF=0.342593;AO=36;DP=107;FAO=37;FDP=108;FR=.;FRO=71;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=46;FWDB=-0.0152851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.143;QD=10.7093;RBI=0.0208191;REFB=-0.0128167;REVB=-0.0141352;RO=71;SAF=10;SAR=26;SRF=25;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100139;STB=0.564143;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0260054;OID=.;OPOS=1886937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:71:71:36:37:0.342593:26:10:25:46:27:10:25:46 chr7 1887362 . G A 138.93 PASS AF=0.27027;AO=20;DP=74;FAO=20;FDP=74;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0062977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.266;QD=7.50958;RBI=0.00665664;REFB=-0.0152576;REVB=-0.00215632;RO=54;SAF=8;SAR=12;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376838;STB=0.522705;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.047008;OID=.;OPOS=1887362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:54:54:20:20:0.27027:12:8:20:34:12:8:20:34 chr7 1976457 . C T 305.13 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.0239172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.208;QD=15.0681;RBI=0.0240568;REFB=-0.0313659;REVB=0.00258865;RO=46;SAF=12;SAR=22;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239581;STB=0.641316;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0320106;OID=.;OPOS=1976457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:47:34:34:0.419753:22:12:27:19:22:12:28:19 chr7 2274783 . C T 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0292726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.867;QD=8.69139;RBI=0.0580566;REFB=-0.00317469;REVB=0.0501367;RO=16;SAF=5;SAR=3;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153202;STB=0.606499;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00712261;OID=.;OPOS=2274783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:16:17:8:8:0.32:3:5:12:4:3:5:13:4 chr7 2297006 . A G 298.28 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=7;FWDB=-0.0014374;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.742;QD=18.3559;RBI=0.0126579;REFB=-0.00948007;REVB=-0.012576;RO=32;SAF=13;SAR=19;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326911;STB=0.686639;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0182214;OID=.;OPOS=2297006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:32:33:32:32:0.492308:19:13:25:7:19:13:26:7 chr7 2303986 . T C 514.08 PASS AF=0.676471;AO=46;DP=68;FAO=46;FDP=68;FR=.;FRO=22;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0252984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5353;QD=30.2402;RBI=0.0397331;REFB=-0.0246374;REVB=0.0306384;RO=21;SAF=28;SAR=18;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508842;STB=0.536312;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00892075;OID=.;OPOS=2303986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:21:22:46:46:0.676471:18:28:11:10:18:28:11:11 chr7 2552881 . AGATG A 163.99 PASS AF=0.395833;AO=16;DP=51;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0190829;FXX=0.0943218;HRUN=1;LEN=4;MLLD=185.752;QD=13.666;RBI=0.0290295;REFB=-0.0417437;REVB=-0.0218758;RO=23;SAF=3;SAR=13;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168556;STB=0.583241;STBP=0.396;TYPE=del;VARB=0.0726555;OID=.;OPOS=2552882;OREF=GATG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.395833:16:51:19:48:29:5:14:11:18:99:23:3:13:7:16 chr7 2578246 . C T 166.65 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=21;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0267622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.701;QD=31.7431;RBI=0.0450433;REFB=-0.0968171;REVB=0.036231;RO=5;SAF=7;SAR=9;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105562;STB=0.558211;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.029346;OID=.;OPOS=2578246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:21:21:5:5:16:16:0.761905:9:7:1:4:9:7:1:4 chr7 2644519 . C T 138.1 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0356446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.866;QD=39.4574;RBI=0.0440096;REFB=-0.146493;REVB=-0.025813;RO=1;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821523;STB=0.545384;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00160866;OID=.;OPOS=2644519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:14:14:1:1:13:13:0.928571:5:8:0:1:5:8:0:1 chr7 2645526 . G A,C 1296.07 PASS AF=0.910112,0.0898876;AO=76,9;DP=86;FAO=81,8;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=31,8;FSAR=50,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.146431,-0.00130832;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=48.1495,165.05;QD=58.2502;RBI=0.168377,0.020454;REFB=-0.0787712,-0.0868655;REVB=0.0831185,-0.0204121;RO=1;SAF=27,8;SAR=49,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0172021,-0.0524171;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00249651,0.163397;OID=.,.;OPOS=2645526,2645526;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:86:89:1:0:76,9:81,8:0.910112,0.0898876:49,1:27,8:1:0:50,0:31,8:0:0 chr7 2645552 . A G 1184.45 PASS AF=1;AO=77;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0075204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6596;QD=59.9719;RBI=0.0256686;REFB=0;REVB=-0.0245422;RO=0;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000983965;OID=.;OPOS=2645552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:77:79:1:46:31:0:0:48:31:0:0 chr7 2646827 . C T 157.81 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0193785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.879;QD=25.2488;RBI=0.0381315;REFB=0.00185686;REVB=0.0328403;RO=9;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10851;STB=0.560367;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-4.52079e-05;OID=.;OPOS=2646827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:6:10:7:2:6:10:7:2 chr7 2646950 . T G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.441;QD=49.5991;RBI=0.0537627;REFB=0;REVB=0.0488747;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299072;OID=.;OPOS=2646950;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr7 2649704 . T G 1139.38 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00438415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.074;QD=59.1888;RBI=0.00845673;REFB=-0.143531;REVB=-0.00723156;RO=1;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129635;STB=0.506848;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000630672;OID=.;OPOS=2649704;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:36:40:0:1:36:40:0:1 chr7 2653792 . C A 191.15 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219934;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.3396;QD=47.7886;RBI=0.0554104;REFB=0;REVB=-0.0508587;RO=0;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00132351;OID=.;OPOS=2653792;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:14:2:0:0:14:2:0:0 chr7 2702316 . C T 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0346064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.849;QD=18.8199;RBI=0.0547777;REFB=-0.0314326;REVB=0.0424616;RO=10;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579899;STB=0.533277;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0189395;OID=.;OPOS=2702316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:4:8:6:4:4:8:6:4 chr7 2946461 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0815765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.527;QD=45.8068;RBI=0.0826689;REFB=0;REVB=-0.0133944;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000839381;OID=.;OPOS=2946461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr7 2957005 . T C 622.87 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00409857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.855;QD=60.7679;RBI=0.00442723;REFB=0;REVB=-0.00167394;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153724;OID=.;OPOS=2957005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:28:12:0:0:28:13:0:0 chr7 3038847 . C T 321.71 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.061848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.3291;QD=19.4977;RBI=0.0638518;REFB=-0.06186;REVB=-0.0158706;RO=29;SAF=17;SAR=17;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158074;STB=0.606001;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0547874;OID=.;OPOS=3038847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:29:32:34:34:0.515152:17:17:20:9:17:17:23:9 chr7 3197867 . T C 293.11 PASS AF=0.346939;AO=34;DP=98;FAO=34;FDP=98;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.0237627;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.755;QD=11.9636;RBI=0.0326094;REFB=-0.0078934;REVB=0.0223318;RO=61;SAF=9;SAR=25;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166466;STB=0.606729;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0175326;OID=.;OPOS=3197867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:61:64:34:34:0.346939:25:9:24:37:25:9:26:38 chr7 4189075 . G C 694.42 PASS AF=0.981132;AO=50;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0061215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8074;QD=52.4091;RBI=0.0254485;REFB=-0.105262;REVB=0.0247013;RO=2;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313625;STB=0.507933;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00326865;OID=.;OPOS=4189075;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:52:53:2:1:50:52:0.981132:29:21:0:2:31:21:0:1 chr7 4213877 . T C 1139.4 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00897944;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.961;QD=60.7681;RBI=0.00922378;REFB=0;REVB=0.002109;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251842;OID=.;OPOS=4213877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:75:75:1:39:36:0:0:39:36:0:0 chr7 4213940 . T C 1115.85 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0010738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.962;QD=60.316;RBI=0.00169304;REFB=0;REVB=0.00130894;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.98249e-07;OID=.;OPOS=4213940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:34:40:0:0:34:40:0:0 chr7 4213975 . A G 710.57 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.005292;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.104;QD=54.6593;RBI=0.0388002;REFB=0.0971029;REVB=-0.0384376;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511107;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00102437;OID=.;OPOS=4213975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:22:29:0:0:22:29:0:1 chr7 4780514 . G T 2147.18 PASS AF=1;AO=129;DP=131;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1096;QD=62.2371;RBI=0.120867;REFB=0;REVB=0.0152725;RO=0;SAF=70;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000420345;OID=.;OPOS=4780514;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:138:0:0:129:138:1:59:70:0:0:59:79:0:0 chr7 4802029 . T G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.818;QD=55.0987;RBI=0.0342399;REFB=0;REVB=0.0102526;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100626;OID=.;OPOS=4802029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr7 4839811 . G A 87.33 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.051377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1118;QD=13.4352;RBI=0.0562385;REFB=0.0115439;REVB=-0.0228728;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309141;STB=0.693141;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.0135465;OID=.;OPOS=4839811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:26:15:15:10:11:0.423077:6:4:2:13:6:5:2:13 chr7 4841470 . T C 316.16 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.032;QD=52.6927;RBI=0.0174849;REFB=0;REVB=0.0131551;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428081;OID=.;OPOS=4841470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:16:7:0:0:17:7:0:0 chr7 4854990 . G A 365.06 PASS AF=0.453488;AO=32;DP=79;FAO=39;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.00665333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3554;QD=16.9795;RBI=0.134228;REFB=-0.00851986;REVB=0.134063;RO=34;SAF=13;SAR=19;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296196;STB=0.608216;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0190313;OID=.;OPOS=4854990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:86:34:47:32:39:0.453488:19:13:25:9:25:14:26:21 chr7 4874250 . G A 602.27 PASS AF=0.73913;AO=51;DP=69;FAO=51;FDP=69;FR=.;FRO=18;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00802139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.744;QD=34.9141;RBI=0.0294868;REFB=-0.0310071;REVB=-0.0283748;RO=17;SAF=28;SAR=23;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910816;STB=0.556164;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0065174;OID=.;OPOS=4874250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:17:18:51:51:0.73913:23:28:6:11:23:28:6:12 chr7 4874420 . G C 744.82 PASS AF=0.64486;AO=67;DP=103;FAO=69;FDP=107;FR=.;FRO=38;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0144744;FXX=0.0183469;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.223;QD=27.8436;RBI=0.0193131;REFB=-0.0165227;REVB=0.0127862;RO=36;SAF=30;SAR=37;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754652;STB=0.548356;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0131549;OID=.;OPOS=4874420;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:107:36:38:67:69:0.64486:37:30:12:24:38:31:12:26 chr7 4876057 . C T 107.11 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0483429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3067;QD=22.5499;RBI=0.0639825;REFB=-0.0391632;REVB=0.0419133;RO=7;SAF=9;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14113;STB=0.580502;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0156472;OID=.;OPOS=4876057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:3:9:4:3:3:9:4:3 chr7 4900095 . A G 202.14 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0103563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.73;QD=21.2779;RBI=0.0105729;REFB=-0.0261405;REVB=0.00212881;RO=17;SAF=13;SAR=7;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512063;STB=0.538424;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0231584;OID=.;OPOS=4900095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:18:20:20:0.526316:7:13:12:5:7:13:13:5 chr7 4900341 . G A 342.82 PASS AF=0.546875;AO=33;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0062407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.537;QD=21.4263;RBI=0.0080107;REFB=-0.00105064;REVB=0.00502245;RO=29;SAF=12;SAR=21;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142075;STB=0.518109;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.000808383;OID=.;OPOS=4900341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:33:35:0.546875:21:12:11:18:23:12:11:18 chr7 4901385 . AT CG,CT 245.87 PASS AF=0,0.666667;AO=2,18;DP=33;FAO=0,22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=0,12;FSAR=0,10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.12625,-0.00199027;FXX=0.0294031;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=68.963,66.7041;QD=29.8024;RBI=0.129995,0.0189103;REFB=-0.0188089,-0.0671862;REVB=-0.030979,-0.0188053;RO=11;SAF=2,8;SAR=0,10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.585255,-0.00694283;STB=0.5,0.530359;STBP=1,0.646;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0269494;OID=.,.;OPOS=4901385,4901385;OREF=AT,A;OALT=CG,C;OMAPALT=CG,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:83:33:33:11:11:2,18:0,22:0,0.666667:0,10:2,8:5:6:0,10:0,12:5:6 chr7 5096958 . T C 253.28 PASS AF=0.52;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00520659;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.227;QD=20.2623;RBI=0.00900922;REFB=-0.0153645;REVB=-0.00735237;RO=24;SAF=13;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0110633;OID=.;OPOS=5096958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:24:24:26:26:0.52:13:13:12:12:13:13:12:12 chr7 5104275 . G A 403.9 PASS AF=0.705882;AO=36;DP=51;FAO=36;FDP=51;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0272727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.451;QD=31.678;RBI=0.0276845;REFB=-0.0256972;REVB=0.00475697;RO=15;SAF=16;SAR=20;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121617;STB=0.506604;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0112223;OID=.;OPOS=5104275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:15:15:36:36:0.705882:20:16:7:8:20:16:7:8 chr7 5104359 . G A 419.19 PASS AF=0.703704;AO=38;DP=54;FAO=38;FDP=54;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00776331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.704;QD=31.0514;RBI=0.0157743;REFB=-0.0168298;REVB=0.0137318;RO=16;SAF=19;SAR=19;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102447;STB=0.555527;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00259352;OID=.;OPOS=5104359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:16:16:38:38:0.703704:19:19:5:11:19:19:5:11 chr7 5105133 . C T 140.98 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0128164;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.264;QD=29.6789;RBI=0.0255043;REFB=-0.0188677;REVB=-0.0220502;RO=4;SAF=5;SAR=9;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474116;STB=0.546155;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0115167;OID=.;OPOS=5105133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:20:19:4:5:14:14:0.736842:9:5:1:3:9:5:1:4 chr7 5112035 . C T 115.35 PASS AF=0.5;AO=12;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=6.28215e-05;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7839;QD=17.7458;RBI=0.0838311;REFB=-0.038619;REVB=0.083831;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179293;STB=0.541339;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0243318;OID=.;OPOS=5112035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:12:13:0.5:7:5:3:10:8:5:4:9 chr7 5161512 . G T 115.99 PASS AF=0.565217;AO=11;DP=22;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00267962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.426;QD=20.172;RBI=0.0232577;REFB=-0.0310527;REVB=0.0231028;RO=10;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791542;STB=0.588109;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.022599;OID=.;OPOS=5161512;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:23:10:10:11:13:0.565217:3:8:8:2:5:8:8:2 chr7 5254227 . C G 2418.29 PASS AF=1;AO=158;DP=159;FAO=158;FDP=158;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0754508;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4431;QD=61.2225;RBI=0.0882574;REFB=0;REVB=0.0457881;RO=0;SAF=58;SAR=100;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63812e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111804;OID=.;OPOS=5254227;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:159:158:0:0:158:158:1:100:58:0:0:100:58:0:0 chr7 5327564 . G A 96.68 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0449865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8971;QD=12.4748;RBI=0.0498102;REFB=-0.00905631;REVB=0.021384;RO=19;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114204;STB=0.567454;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0201166;OID=.;OPOS=5327564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:7:5:10:9:7:5:10:9 chr7 5346734 . G GC 43.05 PASS AF=1;AO=2;DP=10;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00683421;FXX=0.3996;HRUN=0;LEN=1;MLLD=98.8606;QD=28.7012;RBI=0.0300379;REFB=0;REVB=-0.0292501;RO=8;SAF=2;SAR=0;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.55315;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00641295;OID=.;OPOS=5346735;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:2:10:6:6:0:4:2:0:0:4:8:2:0:5:3 chr7 5346735 . T C,G 95.88 PASS AF=0.8,0.2;AO=8,2;DP=10;FAO=8,2;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5,2;FSAR=3,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.105313,-0.0037444;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=69.1694,144.537;QD=38.3519;RBI=0.105544,0.00731791;REFB=0,0;REVB=0.00697525,0.00628739;RO=0;SAF=5,2;SAR=3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.46938e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00724822,0.00679916;OID=.,.;OPOS=5346735,5346735;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:10:10:0:0:8,2:8,2:0.8,0.2:3,0:5,2:0:0:3,0:5,2:0:0 chr7 5347749 . G A 364.62 PASS AF=0.636364;AO=35;DP=56;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.023571;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.714;QD=26.5179;RBI=0.0239669;REFB=-0.0546693;REVB=0.0043379;RO=20;SAF=15;SAR=20;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145029;STB=0.507932;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0209887;OID=.;OPOS=5347749;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:20:20:35:35:0.636364:20:15:9:11:20:15:9:11 chr7 5427517 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7532;QD=33.4282;RBI=0.131299;REFB=0;REVB=0.130401;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0152029;OID=.;OPOS=5427517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr7 5427720 . A C,G 142.44 PASS AF=0.230769,0.769231;AO=3,10;DP=13;FAO=3,10;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2,6;FSAR=1,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0152805,-0.00807014;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=44.3975,72.609;QD=43.8263;RBI=0.0159265,0.0731166;REFB=0,0;REVB=0.00448974,-0.0726698;RO=0;SAF=2,6;SAR=1,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.13183,0.00282192;OID=.,.;OPOS=5427720,5427720;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:13:13:0:0:3,10:3,10:0.230769,0.769231:1,4:2,6:0:0:1,4:2,6:0:0 chr7 5434135 . A G 347.65 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0966127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2692;QD=51.5038;RBI=0.147415;REFB=-0.0747897;REVB=-0.111342;RO=1;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320266;STB=0.517228;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00136504;OID=.;OPOS=5434135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:14:12:0:1:14:12:0:1 chr7 5460550 . C T 1244.97 PASS AF=0.965116;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0120599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.646;QD=57.9056;RBI=0.025612;REFB=0.0555921;REVB=0.022595;RO=3;SAF=58;SAR=25;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0025164;STB=0.501329;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.000127631;OID=.;OPOS=5460550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:86:86:3:3:83:83:0.965116:25:58:2:1:25:58:2:1 chr7 5487422 . TC GG,T,TG 491.41 PASS AF=0,0.0285714,0.971429;AO=3,6,23;DP=35;FAO=0,1,34;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,24;FSAR=0,0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00236075,0.0273577,0.0121719;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=233.04,24.8485,31.67;QD=56.1615;RBI=0.0522938,0.0379193,0.211635;REFB=0,0,0;REVB=-0.0522405,-0.026257,-0.211285;RO=0;SAF=0,5,18;SAR=3,1,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,-0.00133896,0.00904612;OID=.,.,.;OPOS=5487422,5487423,5487423;OREF=TC,C,C;OALT=GG,-,G;OMAPALT=GG,T,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:7:35:35:0:0:3,6,23:0,1,34:0,0.0285714,0.971429:3,1,5:0,5,18:0:0:0,0,10:0,1,24:0:0 chr7 5487457 . CT AC 406.54 PASS AF=1;AO=19;DP=30;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304712;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=2;MLLD=241.899;QD=58.0774;RBI=0.0622285;REFB=0;REVB=0.0542576;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000282697;OID=.;OPOS=5487457;OREF=CT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:28:0:0:19:28:1:5:14:0:0:7:21:0:0 chr7 5515624 . T G 1339.77 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00183116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.137;QD=62.3147;RBI=0.013832;REFB=0;REVB=0.0137102;RO=0;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.02832e-05;OID=.;OPOS=5515624;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:47:39:0:0:47:39:0:0 chr7 5518331 . A G 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9313;QD=50.4108;RBI=0.0192276;REFB=0;REVB=0.00305991;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000685496;OID=.;OPOS=5518331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr7 5518333 . A T 234.41 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.178455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.337;QD=49.3501;RBI=0.179984;REFB=0;REVB=0.0234098;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00389136;OID=.;OPOS=5518333;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:11:7:0:0:11:8:0:0 chr7 5528883 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00239079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.023;QD=56.7066;RBI=0.0176665;REFB=0;REVB=0.0175039;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55414e-05;OID=.;OPOS=5528883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr7 5529758 . G A 71.35 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.962;QD=35.675;RBI=0.0844875;REFB=0;REVB=-0.0694763;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.50545e-06;OID=.;OPOS=5529758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:3:4:0:0:3:5:0:0 chr7 5540769 . A C 788.46 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011194;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5877;QD=57.3428;RBI=0.0308557;REFB=0;REVB=-0.0287536;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139503;OID=.;OPOS=5540769;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr7 5541657 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6615;QD=55.6544;RBI=0.0455079;REFB=0;REVB=0.00424991;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000706752;OID=.;OPOS=5541657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:7:20:0:0:7:20:0:0 chr7 5965334 . C T 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0432671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.73;QD=21.1724;RBI=0.0583629;REFB=-0.0178131;REVB=0.0391687;RO=8;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0879115;STB=0.549917;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0164159;OID=.;OPOS=5965334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:6:6:3:5:6:6:3:5 chr7 5983012 . A G 230.89 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0120656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.857;QD=30.7856;RBI=0.0391712;REFB=-0.00826706;REVB=0.0372667;RO=9;SAF=5;SAR=16;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26923;STB=0.649293;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00637028;OID=.;OPOS=5983012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:9:9:21:21:0.7:16:5:6:3:16:5:6:3 chr7 6026775 . T C 198.49 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0175855;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.975;QD=44.1095;RBI=0.0263061;REFB=-0.145742;REVB=0.0195643;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523782;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00131979;OID=.;OPOS=6026775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:10:7:0:0:10:7:0:1 chr7 6026942 . G T 251.09 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=-0.00905296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3595;QD=17.0233;RBI=0.0113144;REFB=-0.0170204;REVB=0.00678675;RO=30;SAF=10;SAR=18;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365259;STB=0.709836;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0363912;OID=.;OPOS=6026942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:30:31:28:28:0.474576:18:10:23:7:18:10:24:7 chr7 6043386 . G A 327.86 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0250678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.294;QD=23.0077;RBI=0.0266062;REFB=-0.0066392;REVB=0.00891619;RO=24;SAF=14;SAR=19;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00592733;STB=0.503266;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00532746;OID=.;OPOS=6043386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:19:14:10:14:19:14:10:14 chr7 6056530 . G A 386.24 PASS AF=0.64;AO=32;DP=50;FAO=32;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00680654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.59;QD=30.899;RBI=0.0698362;REFB=-0.00533257;REVB=-0.0695037;RO=17;SAF=25;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316629;STB=0.667541;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00221164;OID=.;OPOS=6056530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:17:18:32:32:0.64:7:25:6:11:7:25:7:11 chr7 6056619 . G A 248.39 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.0462828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.043;QD=11.6889;RBI=0.0475861;REFB=-0.0225749;REVB=-0.011061;RO=55;SAF=15;SAR=15;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713195;STB=0.541149;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0384341;OID=.;OPOS=6056619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:55:55:30:30:0.352941:15:15:31:24:15:15:31:24 chr7 6066450 . T C 487.48 PASS AF=0.575;AO=46;DP=80;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0131618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7924;QD=24.374;RBI=0.0131964;REFB=0.0390807;REVB=0.000954268;RO=34;SAF=18;SAR=28;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131872;STB=0.572344;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.0281844;OID=.;OPOS=6066450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:34:34:46:46:0.575:28:18:19:15:28:18:19:15 chr7 6066461 . T C 1003.86 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0176055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.493;QD=57.3636;RBI=0.0188707;REFB=-0.0166155;REVB=0.00679326;RO=1;SAF=30;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154939;STB=0.508194;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000574074;OID=.;OPOS=6066461;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:1:1:68:69:0.985714:38:30:1:0:39:30:1:0 chr7 6071115 . A G 220.77 PASS AF=0.287037;AO=31;DP=108;FAO=31;FDP=108;FR=.;FRO=77;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.00972847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.244;QD=8.17666;RBI=0.0104473;REFB=-0.0116273;REVB=0.00380832;RO=77;SAF=19;SAR=12;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160524;STB=0.595119;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0216506;OID=.;OPOS=6071115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:77:77:31:31:0.287037:12:19:37:40:12:19:37:40 chr7 6087389 . C A 81.02 PASS AF=0.625;AO=9;DP=15;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00686759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.574;QD=20.2541;RBI=0.0925298;REFB=-0.0389217;REVB=0.0922746;RO=6;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057902;STB=0.562382;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0377946;OID=.;OPOS=6087389;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:16:6:6:9:10:0.625:2:7:5:1:3:7:5:1 chr7 6087400 . C A 94.55 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.000865201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.139;QD=21.0117;RBI=0.0936291;REFB=-0.0303265;REVB=0.0936251;RO=7;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117729;STB=0.566892;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0234875;OID=.;OPOS=6087400;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:5:6:5:2:5:6:5:2 chr7 6088420 . A G 64.39 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0819421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2606;QD=9.90656;RBI=0.101749;REFB=-0.0065372;REVB=-0.0603184;RO=17;SAF=8;SAR=1;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44381;STB=0.77973;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00280167;OID=.;OPOS=6088420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:1:8:10:7:1:8:10:7 chr7 6193521 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.445;QD=35.5759;RBI=0.0272817;REFB=0;REVB=0.0154509;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168666;OID=.;OPOS=6193521;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr7 6194274 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.797;QD=63.8718;RBI=0.0183561;REFB=0;REVB=0.0093223;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84107e-05;OID=.;OPOS=6194274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:18:30:0:0:18:30:0:0 chr7 6204999 . A C 456.48 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0240071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.839;QD=57.0604;RBI=0.0245646;REFB=0;REVB=0.00520404;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00092382;OID=.;OPOS=6204999;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:17:14:0:0:18:14:0:0 chr7 6252291 . G A 560.33 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512901;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.328;QD=60.5761;RBI=0.0540022;REFB=0;REVB=0.0168986;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314796;OID=.;OPOS=6252291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:20:16:0:0:20:17:0:0 chr7 6370144 . G A 275.63 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0226041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.745;QD=17.7828;RBI=0.02648;REFB=-0.003237;REVB=0.0137928;RO=32;SAF=15;SAR=15;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00401465;OID=.;OPOS=6370144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:32:30:30:0.483871:15:15:16:16:15:15:16:16 chr7 6370194 . C T 728.91 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.477;QD=57.1692;RBI=0.0175974;REFB=0;REVB=0.0109701;RO=0;SAF=30;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222911;OID=.;OPOS=6370194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:21:30:0:0:21:30:0:0 chr7 6370305 . C G 476.4 PASS AF=1;AO=26;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00714515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4611;QD=57.745;RBI=0.0190214;REFB=0;REVB=-0.0176284;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110846;OID=.;OPOS=6370305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:26:33:1:10:16:0:0:15:18:0:0 chr7 6370406 . C T 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.111;QD=47.8201;RBI=0.0326864;REFB=0;REVB=0.0190675;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372906;OID=.;OPOS=6370406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr7 6442371 . G A 69.6 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.103069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.84;QD=6.47445;RBI=0.103208;REFB=-0.000246383;REVB=0.00536598;RO=33;SAF=6;SAR=4;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244365;STB=0.654248;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00248319;OID=.;OPOS=6442371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:4:6:13:20:4:6:13:20 chr7 6442433 . C T 481.87 PASS AF=0.75;AO=42;DP=56;FAO=42;FDP=56;FR=.;FRO=14;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.000366694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.47;QD=34.4191;RBI=0.015463;REFB=0.00201177;REVB=0.0154586;RO=14;SAF=15;SAR=27;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355983;STB=0.519221;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.000623136;OID=.;OPOS=6442433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:56:56:14:14:42:42:0.75:27:15:6:8:27:15:6:8 chr7 6449496 . T C 170.78 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=-0.0103552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.514;QD=10.8432;RBI=0.0103833;REFB=-0.0102897;REVB=0.000762914;RO=39;SAF=19;SAR=3;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258194;STB=0.643916;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0241506;OID=.;OPOS=6449496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:41:22:22:0.349206:3:19:28:11:3:19:30:11 chr7 6452461 . G A 453.3 PASS AF=0.65625;AO=42;DP=64;FAO=42;FDP=64;FR=.;FRO=22;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00836625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.474;QD=28.3314;RBI=0.0191011;REFB=-0.0297926;REVB=-0.0171714;RO=22;SAF=25;SAR=17;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615836;STB=0.53352;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0136386;OID=.;OPOS=6452461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:22:22:42:42:0.65625:17:25:11:11:17:25:11:11 chr7 6461534 . C T 260.82 PASS AF=0.529412;AO=26;DP=52;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0155148;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.8731;QD=20.4564;RBI=0.0321155;REFB=0.0122474;REVB=-0.0281193;RO=24;SAF=16;SAR=10;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471463;STB=0.518854;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=-0.0139093;OID=.;OPOS=6461534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:24:24:26:27:0.529412:10:16:16:8:10:17:16:8 chr7 6502367 . T C 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2503;QD=51.1788;RBI=0.0664352;REFB=0;REVB=0.0183698;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184334;OID=.;OPOS=6502367;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr7 6505901 . T C 1363.88 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00918228;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.834;QD=62.7072;RBI=0.0240159;REFB=0;REVB=0.0221912;RO=0;SAF=34;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31771e-05;OID=.;OPOS=6505901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:51:34:0:0:53:34:0:0 chr7 6537821 . G C 1606.96 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.444;QD=64.2783;RBI=0.0191115;REFB=0;REVB=0.0130926;RO=0;SAF=10;SAR=89;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.81232e-05;OID=.;OPOS=6537821;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:99:100:1:89:10:0:0:90:10:0:0 chr7 6621277 . G A 240.97 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.0561284;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1531;QD=14.3861;RBI=0.0614659;REFB=0.00456313;REVB=0.0250532;RO=39;SAF=14;SAR=14;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224809;STB=0.626781;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00700438;OID=.;OPOS=6621277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:39:39:28:28:0.41791:14:14:11:28:14:14:11:28 chr7 6647738 . T C 222.28 PASS AF=0.594595;AO=20;DP=34;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0138736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.821;QD=24.0305;RBI=0.0345485;REFB=-0.0104049;REVB=-0.0316406;RO=14;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332026;STB=0.532105;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00870541;OID=.;OPOS=6647738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:37:14:15:20:22:0.594595:12:8:5:9:13:9:5:10 chr7 6656830 . G A 836.05 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0208192;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.97;QD=55.7367;RBI=0.0231583;REFB=-0.179828;REVB=0.0101424;RO=1;SAF=34;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136765;STB=0.507244;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0004789;OID=.;OPOS=6656830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:25:34:1:0:25:34:1:0 chr7 6656897 . A G 851.21 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0110285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4446;QD=57.7093;RBI=0.0776087;REFB=0;REVB=-0.0768211;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000949542;OID=.;OPOS=6656897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr7 6660790 . G A 165.85 PASS AF=0.45;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00314181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.085;QD=16.5846;RBI=0.0200308;REFB=-0.0265139;REVB=0.0197829;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608231;STB=0.519752;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0238437;OID=.;OPOS=6660790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:22:22:17:18:0.45:9:8:9:13:10:8:9:13 chr7 6713936 . C T 239.87 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0111155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.619;QD=26.6524;RBI=0.0163477;REFB=-0.0115622;REVB=0.0119872;RO=13;SAF=7;SAR=15;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105714;STB=0.576851;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00803939;OID=.;OPOS=6713936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:13:14:22:22:0.611111:15:7:6:7:15:7:7:7 chr7 6713940 . CAG C,CAC 196.03 PASS AF=0.566667,0.0666667;AO=17,2;DP=35;FAO=17,2;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=5,2;FSAR=12,0;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0121404,-0.0121275;FXX=0.0624805;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=204.419,52.9894;QD=26.1368;RBI=0.0121408,0.0123944;REFB=-0.0468635,-0.095515;REVB=-9.70628e-05,0.00255814;RO=12;SAF=5,2;SAR=12,0;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.103108,0.593836;STB=0.571341,0.994648;STBP=0.382,0.163;TYPE=del,snp;VARB=0.00761624,0.012719;OID=.,.;OPOS=6713941,6713942;OREF=AG,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.566667,0.0666667:17,2:35:17,2:30:11:5,2:12,0:5:6:86:12:5,2:12,0:5:7 chr7 6713985 . A G 198.4 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0936447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.591;QD=44.0884;RBI=0.0937221;REFB=0.0423758;REVB=-0.00380818;RO=1;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538535;STB=0.529377;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.000163739;OID=.;OPOS=6713985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:8:9:0:1:8:9:0:1 chr7 6776956 . A G 552.2 PASS AF=0.573034;AO=50;DP=89;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.004132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.978;QD=24.8181;RBI=0.0404153;REFB=-0.0105921;REVB=-0.0402036;RO=38;SAF=18;SAR=32;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236077;STB=0.622135;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00780189;OID=.;OPOS=6776956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:38:38:50:51:0.573034:32:18:25:13:32:19:25:13 chr7 6777135 . G C 31.0 PASS AF=0.285714;AO=2;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.050959;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.8807;QD=5.90562;RBI=0.0617985;REFB=-0.010178;REVB=0.0349605;RO=13;SAF=2;SAR=0;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468324;STB=0.666032;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.114677;OID=.;OPOS=6777135;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:21:21:13:15:2:6:0.285714:0:2:10:3:1:5:10:5 chr7 6859453 . C G 47.67 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0256036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0003;QD=11.9182;RBI=0.0811379;REFB=0.00845145;REVB=0.0769924;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525367;STB=0.531821;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=-0.0022422;OID=.;OPOS=6859453;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:3:6:5:2:3:6 chr7 7283569 . G A 613.25 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.732;QD=61.3249;RBI=0.038578;REFB=0;REVB=0.0279302;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11503e-05;OID=.;OPOS=7283569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr7 7571094 . G C 1460.73 PASS AF=0.990099;AO=95;DP=96;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000102649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.18;QD=57.8509;RBI=0.0390778;REFB=0.0165225;REVB=0.0390777;RO=1;SAF=57;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00824724;STB=0.504347;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=4.73711e-05;OID=.;OPOS=7571094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:101:1:1:95:100:0.990099:38:57:1:0:43:57:1:0 chr7 7646651 . G T 1267.23 PASS AF=0.976744;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000184315;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.064;QD=58.9408;RBI=0.0289905;REFB=-0.0641276;REVB=0.0289899;RO=2;SAF=46;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00244347;STB=0.501403;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.000883372;OID=.;OPOS=7646651;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:86:2:2:83:84:0.976744:37:46:1:1:37:47:1:1 chr7 7646687 . A G 1969.79 PASS AF=0.992248;AO=126;DP=127;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00913809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.335;QD=61.0788;RBI=0.0197633;REFB=-0.0909899;REVB=0.0175238;RO=1;SAF=69;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826332;STB=0.504201;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=8.45889e-06;OID=.;OPOS=7646687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:127:129:1:1:126:128:0.992248:57:69:0:1:59:69:0:1 chr7 7916945 . T C 81.59 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.010346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.138;QD=8.36857;RBI=0.010376;REFB=-0.0281416;REVB=0.000788722;RO=27;SAF=8;SAR=3;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130609;STB=0.571293;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0473902;OID=.;OPOS=7916945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:27:28:11:11:0.282051:3:8:17:10:3:8:18:10 chr7 8125964 . C T 1441.73 PASS AF=0.959184;AO=94;DP=98;FAO=94;FDP=98;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.01378;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.964;QD=58.846;RBI=0.0323686;REFB=-0.0367035;REVB=0.0292888;RO=4;SAF=50;SAR=44;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218484;STB=0.511534;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.000222694;OID=.;OPOS=8125964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:98:98:4:4:94:94:0.959184:44:50:1:3:44:50:1:3 chr7 8132252 . T C 1492.03 PASS AF=0.989583;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0117955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.712;QD=62.1678;RBI=0.0242877;REFB=0.0393501;REVB=0.0212311;RO=0;SAF=55;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.000256933;OID=.;OPOS=8132252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:96:0:1:94:95:0.989583:39:55:0:0:38:57:0:1 chr7 8153053 . T C 137.83 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0278019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.5095;QD=10.0236;RBI=0.0349053;REFB=-0.011451;REVB=-0.0211054;RO=37;SAF=14;SAR=4;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410714;STB=0.744397;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0198145;OID=.;OPOS=8153053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:4:14:16:21:4:14:16:21 chr7 8196529 . A T 841.19 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00531718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.935;QD=57.0296;RBI=0.00610367;REFB=0;REVB=-0.00299707;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151556;OID=.;OPOS=8196529;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:28:30:0:0:28:31:0:0 chr7 8196589 . G A 42.66 PASS AF=0.173913;AO=2;DP=45;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00658266;FXX=0.079984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.641;QD=3.70957;RBI=0.0181807;REFB=-0.00560191;REVB=0.0169471;RO=41;SAF=1;SAR=1;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696477;STB=0.874064;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0184083;OID=.;OPOS=8196589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:45:46:41:38:2:8:0.173913:1:1:24:17:7:1:22:16 chr7 8196601 . G A 46.09 PASS AF=0.173077;AO=3;DP=45;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00635747;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.452;QD=3.54556;RBI=0.0138313;REFB=-0.00663591;REVB=0.0122837;RO=40;SAF=2;SAR=1;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139592;STB=0.649015;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0372521;OID=.;OPOS=8196601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:45:52:40:43:3:9:0.173077:1:2:21:19:6:3:22:21 chr7 8792148 . T C 964.45 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00357257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3568;QD=55.9102;RBI=0.0170804;REFB=-0.161568;REVB=0.0167026;RO=0;SAF=19;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.6764e-08;STB=0.524992;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00226537;OID=.;OPOS=8792148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:0:2:67:67:0.971014:48:19:0:0:48:19:2:0 chr7 10979697 . G A 489.26 PASS AF=0.633803;AO=45;DP=66;FAO=45;FDP=71;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.152309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0092;QD=27.5639;RBI=0.152328;REFB=-0.0333321;REVB=0.00239659;RO=21;SAF=16;SAR=29;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454047;STB=0.526552;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0171786;OID=.;OPOS=10979697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:71:21:26:45:45:0.633803:29:16:6:15:29:16:11:15 chr7 11022230 . A G 61.93 PASS AF=0.642857;AO=7;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0220517;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=29.2427;QD=17.6935;RBI=0.0248438;REFB=-0.0375278;REVB=0.0114428;RO=5;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275355;STB=0.511602;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0255145;OID=.;OPOS=11022230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:14:14:5:5:7:9:0.642857:6:1:2:3:7:2:1:4 chr7 11022564 . G A 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0462986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.774;QD=16.6158;RBI=0.0618966;REFB=-0.0283599;REVB=-0.0410807;RO=20;SAF=11;SAR=6;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278502;STB=0.670534;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0290684;OID=.;OPOS=11022564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:21:17:17:0.447368:6:11:7:13:6:11:7:14 chr7 11076658 . A G 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00710013;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.187;QD=19.3697;RBI=0.00725645;REFB=0.0153098;REVB=-0.00149806;RO=15;SAF=10;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192921;STB=0.609618;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.0113875;OID=.;OPOS=11076658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:6:10:6:9:6:10:6:9 chr7 11581121 . T C 1365.65 PASS AF=0.957447;AO=89;DP=94;FAO=90;FDP=94;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0134863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.061;QD=58.1128;RBI=0.0198453;REFB=-0.052539;REVB=0.0145588;RO=4;SAF=47;SAR=42;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00229376;STB=0.500947;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00286556;OID=.;OPOS=11581121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:94:94:4:4:89:90:0.957447:42:47:2:2:43:47:2:2 chr7 11581134 . T C 303.32 PASS AF=0.357143;AO=35;DP=98;FAO=35;FDP=98;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0160804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.825;QD=12.3804;RBI=0.0163983;REFB=-0.0262088;REVB=0.00321325;RO=61;SAF=18;SAR=17;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114229;STB=0.506126;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0468753;OID=.;OPOS=11581134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:61:63:35:35:0.357143:17:18:32:29:17:18:33:30 chr7 11675855 . C T 282.09 PASS AF=0.366667;AO=33;DP=90;FAO=33;FDP=90;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0962147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7529;QD=12.5374;RBI=0.0987317;REFB=-0.0255919;REVB=-0.0221515;RO=57;SAF=15;SAR=18;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00177328;STB=0.501018;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0329899;OID=.;OPOS=11675855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:57:57:33:33:0.366667:18:15:26:31:18:15:26:31 chr7 11676065 . G C 250.06 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0271396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.581;QD=20.0045;RBI=0.0286276;REFB=-0.0223332;REVB=-0.00910952;RO=26;SAF=6;SAR=18;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356445;STB=0.701951;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0235971;OID=.;OPOS=11676065;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:18:6:16:10:18:6:16:10 chr7 12269417 . C G 154.5 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0389072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.946;QD=8.95675;RBI=0.0389851;REFB=-0.0083366;REVB=-0.00246318;RO=47;SAF=7;SAR=14;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188581;STB=0.605957;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0198215;OID=.;OPOS=12269417;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:47:48:21:21:0.304348:14:7:23:24:14:7:23:25 chr7 12271997 . G A 155.76 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00362039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6111;QD=11.9815;RBI=0.00401305;REFB=-0.020837;REVB=0.00173127;RO=32;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119125;STB=0.560018;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0275934;OID=.;OPOS=12271997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:32:33:19:19:0.365385:8:11:15:17:8:11:16:17 chr7 12370794 . T C 1528.84 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8348;QD=63.7017;RBI=0.0572515;REFB=0;REVB=0.0562733;RO=0;SAF=54;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372636;OID=.;OPOS=12370794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:96:0:0:94:96:1:40:54:0:0:42:54:0:0 chr7 12376811 . A C 1187.09 PASS AF=0.9875;AO=76;DP=79;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0200615;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.471;QD=59.3546;RBI=0.0229218;REFB=0.00494985;REVB=0.0110881;RO=1;SAF=40;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011684;STB=0.506171;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-6.65075e-06;OID=.;OPOS=12376811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:80:1:1:76:79:0.9875:36:40:1:0:39:40:1:0 chr7 12391319 . G T 721.75 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.964;QD=56.6079;RBI=0.0231268;REFB=0;REVB=0.0181696;RO=0;SAF=15;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56956e-05;OID=.;OPOS=12391319;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:49:51:1:34:15:0:0:35:16:0:0 chr7 12393966 . A G 836.48 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00362264;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4337;QD=57.6884;RBI=0.105367;REFB=0;REVB=0.105305;RO=1;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209573;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000600258;OID=.;OPOS=12393966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:58:1:0:58:58:1:22:36:0:1:22:36:0:0 chr7 12393974 . A C 902.28 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.923;QD=58.2117;RBI=0.0110754;REFB=0;REVB=-0.00237849;RO=0;SAF=39;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11287e-05;OID=.;OPOS=12393974;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:23:39:0:0:23:39:0:0 chr7 12394053 . G T 958.42 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0046735;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.391;QD=58.9799;RBI=0.0492087;REFB=0;REVB=0.0489863;RO=0;SAF=43;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101829;OID=.;OPOS=12394053;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:22:43:0:0:22:43:0:0 chr7 12395813 . T C 1044.03 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00713173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5662;QD=59.6586;RBI=0.0115004;REFB=0;REVB=-0.00902206;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000121204;OID=.;OPOS=12395813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr7 12409321 . TCC TC,TCT 724.35 PASS AF=0.939394,0.0606061;AO=35,6;DP=87;FAO=93,6;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=59,6;FSAR=34,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265908,-0.055357;FXX=0.009999;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=9.46753,171.279;QD=29.2667;RBI=0.902773,0.111387;REFB=0.0673505,0.0822278;REVB=0.902381,0.096657;RO=42;SAF=33,6;SAR=2,0;SRF=11;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.747321,0.739872;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0163804,0.1044;OID=.,.;OPOS=12409322,12409323;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=TC,TCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.939394,0.0606061:35,6:87:93,6:99:0:59,6:34,0:0:0:18:42:33,6:2,0:11:31 chr7 12410112 . G A 114.46 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00378616;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.832;QD=9.74109;RBI=0.0127044;REFB=0.00693974;REVB=0.0121271;RO=33;SAF=8;SAR=6;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658857;STB=0.560888;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=-0.013276;OID=.;OPOS=12410112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:33:33:14:14:0.297872:6:8:17:16:6:8:16:17 chr7 12417407 . C T 106.68 PASS AF=0.253968;AO=15;DP=62;FAO=16;FDP=63;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0271306;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.849;QD=6.77338;RBI=0.0537064;REFB=-0.0138202;REVB=-0.0463499;RO=46;SAF=7;SAR=8;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119652;STB=0.601054;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0297297;OID=.;OPOS=12417407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:46:47:15:16:0.253968:8:7:26:20:9:7:27:20 chr7 12428608 . C A 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00963822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.998;QD=10.1573;RBI=0.0106189;REFB=-0.00628561;REVB=0.00445707;RO=31;SAF=5;SAR=9;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254683;STB=0.65278;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0121035;OID=.;OPOS=12428608;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:9:5:18:13:9:5:18:13 chr7 12428803 . G A 1408.51 PASS AF=1;AO=75;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.835;QD=61.9123;RBI=0.0312624;REFB=0;REVB=0.0203197;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43918e-05;OID=.;OPOS=12428803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:91:0:0:75:91:1:39:36:0:0:40:51:0:0 chr7 12433347 . C T 635.98 PASS AF=0.608247;AO=59;DP=101;FAO=59;FDP=97;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.013676;FXX=0.0396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.741;QD=26.2261;RBI=0.0164796;REFB=0.0123536;REVB=0.00919492;RO=37;SAF=27;SAR=32;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0569059;STB=0.524912;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.00822011;OID=.;OPOS=12433347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:97:37:38:59:59:0.608247:32:27:14:23:32:27:15:23 chr7 12610594 . A G 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1143;QD=51.9139;RBI=0.0415034;REFB=0;REVB=-0.0290892;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57114e-05;OID=.;OPOS=12610594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr7 12611252 . T C 2267.5 PASS AF=0.993056;AO=142;DP=145;FAO=143;FDP=144;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0357943;FXX=0.0204068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.58;QD=62.9861;RBI=0.0438073;REFB=-0.12393;REVB=0.0252557;RO=1;SAF=63;SAR=79;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00598136;STB=0.503105;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000280673;OID=.;OPOS=12611252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:145:144:1:1:142:143:0.993056:79:63:0:1:80:63:0:1 chr7 12620804 . C T 1996.52 PASS AF=0.992308;AO=129;DP=132;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0307819;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.188;QD=61.4313;RBI=0.0308038;REFB=-0.0114498;REVB=-0.0011622;RO=1;SAF=58;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0066468;STB=0.503496;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=9.43837e-05;OID=.;OPOS=12620804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:132:130:1:1:129:129:0.992308:71:58:0:1:71:58:0:1 chr7 12636026 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.716;QD=59.4347;RBI=0.0271433;REFB=0;REVB=0.0211954;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383262;OID=.;OPOS=12636026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr7 12728977 . G A 288.56 PASS AF=0.694444;AO=25;DP=36;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00817734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8215;QD=32.0625;RBI=0.0255776;REFB=-0.0205227;REVB=-0.0242352;RO=11;SAF=9;SAR=16;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158638;STB=0.587085;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00870566;OID=.;OPOS=12728977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:11:11:25:25:0.694444:16:9:7:4:16:9:7:4 chr7 12729269 . C G 382.69 PASS AF=0.686275;AO=35;DP=52;FAO=35;FDP=51;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00456161;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.861;QD=30.0146;RBI=0.0049042;REFB=-0.0135563;REVB=-0.00180079;RO=16;SAF=13;SAR=22;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775036;STB=0.542229;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.00532127;OID=.;OPOS=12729269;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:16:16:35:35:0.686275:22:13:8:8:22:13:8:8 chr7 12730503 . T G 469.78 PASS AF=0.555556;AO=45;DP=81;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0116826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.844;QD=23.1989;RBI=0.0120632;REFB=-0.00969571;REVB=0.00300622;RO=36;SAF=11;SAR=34;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144336;STB=0.579771;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0102374;OID=.;OPOS=12730503;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:36:36:45:45:0.555556:34:11:14:22:34:11:14:22 chr7 13934358 . A T 498.28 PASS AF=0.621622;AO=46;DP=74;FAO=46;FDP=74;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00641048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.416;QD=26.934;RBI=0.00643004;REFB=-0.0216226;REVB=-0.000501141;RO=28;SAF=14;SAR=32;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14954;STB=0.581781;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00855869;OID=.;OPOS=13934358;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:28:28:46:46:0.621622:32:14:14:14:32:14:14:14 chr7 13935307 . C T 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=16;FWDB=-0.0415561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.165;QD=18.6371;RBI=0.0442137;REFB=-0.0146245;REVB=-0.0150976;RO=16;SAF=1;SAR=15;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317875;STB=0.673763;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0159014;OID=.;OPOS=13935307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:15:1:0:16:15:1:0:16 chr7 13978809 . T C 709.0 PASS AF=0.652174;AO=59;DP=93;FAO=60;FDP=92;FR=.;FRO=32;FSAF=42;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00558447;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.56;QD=30.8263;RBI=0.00643727;REFB=-0.0117477;REVB=-0.0032019;RO=31;SAF=41;SAR=18;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147929;STB=0.577643;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0051855;OID=.;OPOS=13978809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:31:32:59:60:0.652174:18:41:15:16:18:42:16:16 chr7 14025727 . C T 923.44 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0033981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.089;QD=56.8268;RBI=0.00393791;REFB=-0.016367;REVB=0.00198999;RO=1;SAF=36;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129402;STB=0.506847;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.000435994;OID=.;OPOS=14025727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:28:36:1:0:28:36:1:0 chr7 14025766 . T A 1112.54 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=79;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0275936;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2743;QD=57.7941;RBI=0.0364034;REFB=-0.13571;REVB=-0.0237445;RO=2;SAF=42;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00298944;STB=0.50158;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00201843;OID=.;OPOS=14025766;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:79:77:2:2:75:75:0.974026:33:42:1:1:33:42:1:1 chr7 14050371 . A G 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0159841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.19;QD=11.4396;RBI=0.0166824;REFB=-0.0155384;REVB=0.00477589;RO=23;SAF=3;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254963;STB=0.669574;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0247235;OID=.;OPOS=14050371;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:24:13:13:0.351351:10:3:10:13:10:3:11:13 chr7 14217673 . G A 352.84 PASS AF=0.62963;AO=33;DP=53;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0173575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.366;QD=26.1364;RBI=0.0174207;REFB=-0.042184;REVB=0.00148263;RO=20;SAF=23;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149442;STB=0.570879;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.021357;OID=.;OPOS=14217673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:20:20:33:34:0.62963:10:23:10:10:11:23:10:10 chr7 14758273 . C T 1464.19 PASS AF=0.980583;AO=99;DP=101;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0106044;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1933;QD=56.8616;RBI=0.0132;REFB=-0.0471577;REVB=0.00786042;RO=2;SAF=39;SAR=60;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00416661;STB=0.502329;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00247201;OID=.;OPOS=14758273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:103:2:2:99:101:0.980583:60:39:1:1:62:39:1:1 chr7 14775822 . GGA G,GCA,GG 566.3 PASS AF=0,0.685714,0.3;AO=16,17,9;DP=90;FAO=0,48,21;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=0,20,3;FSAR=0,28,18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0158959,0.0535649,0.0866398;FXX=0.0277739;HRUN=2,2,10;LEN=2,1,1;MLLD=22.0626,207.76,3.44505;QD=32.36;RBI=0.208638,0.0537629,0.407634;REFB=0.198188,-0.0405654,0.346721;REVB=-0.208032,-0.00460977,-0.39832;RO=22;SAF=5,7,1;SAR=11,10,8;SRF=7;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.00659381,0.0969551,-0.362847;STB=0.5,0.508768,0.513501;STBP=1,0.529,0.631;TYPE=del,snp,del;VARB=0,0.00704378,0.87933;OID=.,.,.;OPOS=14775823,14775823,14775824;OREF=GA,G,A;OALT=-,C,-;OMAPALT=G,GCA,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.685714,0.3:16,17,9:90:0,48,21:70:1:0,20,3:0,28,18:0:1:53:22:5,7,1:11,10,8:7:15 chr7 15651599 . C G 718.24 PASS AF=0.576271;AO=65;DP=119;FAO=68;FDP=118;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.021855;FXX=0.00840265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.518;QD=24.3472;RBI=0.0243559;REFB=-0.048545;REVB=0.0107503;RO=34;SAF=26;SAR=39;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914552;STB=0.507244;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0243654;OID=.;OPOS=15651599;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:34:49:65:68:0.576271:39:26:9:25:40:28:21:28 chr7 15651770 . C T 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0135752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1206;QD=11.6331;RBI=0.0165911;REFB=-0.0137076;REVB=0.00953822;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03914;STB=0.552523;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0199743;OID=.;OPOS=15651770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:15:16:10:10:0.384615:7:3:5:10:7:3:6:10 chr7 16129172 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0897805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.029;QD=42.1819;RBI=0.105634;REFB=0;REVB=0.0556589;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00251249;OID=.;OPOS=16129172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr7 16503932 . C G 289.43 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.017375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.478;QD=13.9485;RBI=0.03096;REFB=-0.0154832;REVB=-0.0256247;RO=50;SAF=22;SAR=11;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163131;STB=0.593162;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0258191;OID=.;OPOS=16503932;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:33:33:0.39759:11:22:26:24:11:22:26:24 chr7 16572317 . T A 208.95 PASS AF=0.431034;AO=24;DP=56;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0142831;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.6968;QD=14.4105;RBI=0.0340785;REFB=-3.68654e-05;REVB=-0.0309408;RO=32;SAF=15;SAR=9;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330859;STB=0.503594;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=-0.000922694;OID=.;OPOS=16572317;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:32:33:24:25:0.431034:9:15:19:13:10:15:20:13 chr7 16639615 . A C 190.69 PASS AF=0.262626;AO=26;DP=99;FAO=26;FDP=99;FR=.;FRO=73;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.0194552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.752;QD=7.70469;RBI=0.0385065;REFB=-0.00439919;REVB=0.0332301;RO=73;SAF=13;SAR=13;SRF=34;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419558;STB=0.525233;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.012346;OID=.;OPOS=16639615;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:73:73:26:26:0.262626:13:13:34:39:13:13:34:39 chr7 16666725 . C T 217.18 PASS AF=0.279279;AO=31;DP=111;FAO=31;FDP=111;FR=.;FRO=80;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=-0.00466696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.661;QD=7.82639;RBI=0.00872084;REFB=-0.00482914;REVB=-0.00736699;RO=80;SAF=17;SAR=14;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173122;STB=0.510281;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0135731;OID=.;OPOS=16666725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:80:80:31:31:0.279279:14:17:45:35:14:17:45:35 chr7 16832382 . T A 462.43 PASS AF=0.494624;AO=45;DP=92;FAO=46;FDP=93;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00956766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.751;QD=19.8893;RBI=0.0372431;REFB=-4.67999e-05;REVB=0.0359932;RO=47;SAF=22;SAR=23;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584156;STB=0.526749;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=2.50669e-05;OID=.;OPOS=16832382;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:47:47:45:46:0.494624:23:22:20:27:24:22:20:27 chr7 16834551 . C A 2349.95 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00353296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.773;QD=63.9442;RBI=0.00674843;REFB=0;REVB=-0.00574974;RO=0;SAF=71;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.86469e-06;OID=.;OPOS=16834551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:147:0:0:146:147:1:75:71:0:0:76:71:0:0 chr7 16872913 . G A 240.22 PASS AF=0.3;AO=33;DP=110;FAO=33;FDP=110;FR=.;FRO=77;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=0.016755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.358;QD=8.73542;RBI=0.0365602;REFB=0.00672994;REVB=-0.0324949;RO=74;SAF=21;SAR=12;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117251;STB=0.584275;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.0156262;OID=.;OPOS=16872913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:74:77:33:33:0.3:12:21:40:34:12:21:40:37 chr7 16899197 . C T 100.74 PASS AF=0.48;AO=11;DP=24;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0214147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.568;QD=16.1191;RBI=0.0233226;REFB=-0.00455432;REVB=0.00923868;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299066;STB=0.683908;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0025522;OID=.;OPOS=16899197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:13:13:11:12:0.48:7:4:9:4:8:4:9:4 chr7 16913394 . A G 638.74 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0922196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.927;QD=59.4174;RBI=0.093619;REFB=0.0240824;REVB=0.0161265;RO=1;SAF=21;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218287;STB=0.511622;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000708782;OID=.;OPOS=16913394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:21:21:1:0:21:21:1:0 chr7 17379110 . G A 128.27 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=42;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00964528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.122;QD=12.2166;RBI=0.0160001;REFB=-0.00151309;REVB=0.012766;RO=27;SAF=9;SAR=6;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00838765;STB=0.504944;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.00281864;OID=.;OPOS=17379110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:27:15:15:0.357143:6:9:16:11:6:9:16:11 chr7 17379123 . TGAAAAAT ATGAAAAT,TGAAAA,TGAAAAT 142.0 PASS AF=0,0.219512,0.487805;AO=2,10,6;DP=41;FAO=0,9,20;FDP=41;FR=.;FRO=12;FSAF=0,6,10;FSAR=0,3,10;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0441252,0.187243,0.246257;FXX=0;HRUN=1,5,5;LEN=3,2,1;MLLD=26.4187,15.3193,8.92412;QD=13.8533;RBI=0.0549415,0.38028,0.270219;REFB=-0.0126573,-0.042254,-0.141394;REVB=0.0327342,-0.330988,-0.111248;RO=9;SAF=0,3,6;SAR=2,7,0;SRF=8;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.751971,-0.456945,0.693683;STB=0.5,0.551606,0.531219;STBP=1,0.695,0.674;TYPE=mnp,del,del;VARB=0,0.0255913,0.185378;OID=.,.,.;OPOS=17379123,17379129,17379125;OREF=TGA,AT,A;OALT=ATG,-,-;OMAPALT=ATGAAAAT,TGAAAA,TGAAAAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:49:41:41:9:12:2,10,6:0,9,20:0,0.219512,0.487805:2,7,0:0,3,6:8:1:0,3,10:0,6,10:7:5 chr7 17831806 . C T 1048.64 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246003;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.064;QD=59.9224;RBI=0.0328878;REFB=0;REVB=-0.0218273;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000772487;OID=.;OPOS=17831806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:38:31:0:0:38:32:0:0 chr7 17854532 . G T 954.36 PASS AF=0.890244;AO=66;DP=75;FAO=73;FDP=82;FR=.;FRO=9;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0142467;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=169.655;QD=46.5542;RBI=0.0221005;REFB=-0.066032;REVB=0.0168957;RO=8;SAF=28;SAR=38;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629711;STB=0.538033;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00189557;OID=.;OPOS=17854532;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:75:82:8:9:66:73:0.890244:38:28:1:7:40:33:1:8 chr7 18066569 . C A 207.31 PASS AF=0.293478;AO=27;DP=93;FAO=27;FDP=92;FR=.;FRO=65;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=-0.0161571;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5816;QD=9.01358;RBI=0.0173313;REFB=-0.0144394;REVB=-0.00627069;RO=65;SAF=8;SAR=19;SRF=25;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118293;STB=0.570464;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0259799;OID=.;OPOS=18066569;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:65:65:27:27:0.293478:19:8:25:40:19:8:25:40 chr7 18067479 . ACT A 987.35 PASS AF=0.971429;AO=66;DP=72;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00699941;FXX=0.0410903;HRUN=1;LEN=2;MLLD=160.729;QD=56.42;RBI=0.00714483;REFB=0.0643781;REVB=-0.00143417;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517236;STBP=0.138;TYPE=del;VARB=-0.001259;OID=.;OPOS=18067480;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.971429:66:72:68:70:2:40:28:0:2:5:0:38:28:0:0 chr7 18767343 . A G 301.51 PASS AF=0.333333;AO=38;DP=116;FAO=39;FDP=117;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=52;FWDB=0.0183999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.544;QD=10.3081;RBI=0.0184112;REFB=-0.00681731;REVB=-0.000644426;RO=77;SAF=17;SAR=21;SRF=26;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1309;STB=0.587089;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0141878;OID=.;OPOS=18767343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:77:78:38:39:0.333333:21:17:26:51:21:18:26:52 chr7 18977653 . G A 325.24 PASS AF=0.38;AO=37;DP=101;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.00389771;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2486;QD=13.0095;RBI=0.00528312;REFB=-0.00870225;REVB=0.0035664;RO=62;SAF=19;SAR=18;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205618;STB=0.503694;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0139529;OID=.;OPOS=18977653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:62:62:37:38:0.38:18:19:33:29:18:20:33:29 chr7 18993870 . C T 75.12 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00931004;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.36;QD=9.69244;RBI=0.0121401;REFB=0.00237748;REVB=-0.00779129;RO=21;SAF=1;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.450474;STB=0.810052;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00531704;OID=.;OPOS=18993870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:32:31:21:21:10:10:0.322581:9:1:8:13:9:1:9:12 chr7 19155074 . T C 729.0 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.027;QD=57.1761;RBI=0.0215192;REFB=0;REVB=0.0158741;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3387e-05;OID=.;OPOS=19155074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:28:22:0:0:28:23:0:0 chr7 19760985 . A G 577.03 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0976809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6999;QD=56.2953;RBI=0.113585;REFB=-0.0243475;REVB=0.0579655;RO=2;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492729;STB=0.512814;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00222323;OID=.;OPOS=19760985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:41:41:2:1:39:40:0.97561:18:21:0:2:19:21:0:1 chr7 20178175 . C T 121.58 PASS AF=0.211538;AO=7;DP=58;FAO=11;FDP=52;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=36;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0176728;FXX=0.10343;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.584;QD=9.35248;RBI=0.0236469;REFB=-0.00847644;REVB=0.0157113;RO=23;SAF=2;SAR=5;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328123;STB=0.665105;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00945936;OID=.;OPOS=20178175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:58:52:23:36:7:11:0.211538:5:2:13:10:7:4:21:15 chr7 20180717 . C G 252.61 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0109444;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.729;QD=14.8594;RBI=0.0367424;REFB=-0.0162645;REVB=-0.0350746;RO=39;SAF=17;SAR=12;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101083;STB=0.557337;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0299103;OID=.;OPOS=20180717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:39:39:29:29:0.426471:12:17:19:20:12:17:19:20 chr7 20198440 . G A 327.09 PASS AF=0.323077;AO=42;DP=129;FAO=42;FDP=130;FR=.;FRO=88;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=50;FSRR=38;FWDB=-0.0218723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.672;QD=10.0642;RBI=0.0246172;REFB=-0.0113987;REVB=-0.0112964;RO=87;SAF=19;SAR=23;SRF=49;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128469;STB=0.577895;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0248001;OID=.;OPOS=20198440;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:87:88:42:42:0.323077:23:19:49:38:23:19:50:38 chr7 20201395 . G C 207.67 PASS AF=0.290323;AO=27;DP=94;FAO=27;FDP=93;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=-0.0044435;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.682;QD=8.93216;RBI=0.0309021;REFB=-0.000502452;REVB=-0.030581;RO=65;SAF=9;SAR=18;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264609;STB=0.66175;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00242474;OID=.;OPOS=20201395;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:65:66:27:27:0.290323:18:9:36:29:18:9:37:29 chr7 20418678 . C T 681.89 PASS AF=0.464968;AO=73;DP=157;FAO=73;FDP=157;FR=.;FRO=84;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=47;FSRR=37;FWDB=-0.000613459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.829;QD=17.3731;RBI=0.00341854;REFB=-0.0132652;REVB=-0.00336305;RO=83;SAF=37;SAR=36;SRF=47;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571323;STB=0.528202;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0179396;OID=.;OPOS=20418678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:83:84:73:73:0.464968:36:37:47:36:36:37:47:37 chr7 20421490 . T C 653.24 PASS AF=0.571429;AO=63;DP=111;FAO=64;FDP=112;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.000905806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.403;QD=23.3299;RBI=0.00580255;REFB=-0.0207804;REVB=-0.00573141;RO=48;SAF=26;SAR=37;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201584;STB=0.513805;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0151402;OID=.;OPOS=20421490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:48:48:63:64:0.571429:37:26:21:27:38:26:21:27 chr7 20666235 . G C 175.96 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=0.0553467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.7552;QD=15.3006;RBI=0.059767;REFB=-0.0172849;REVB=0.0225572;RO=26;SAF=6;SAR=13;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208238;STB=0.594811;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0301506;OID=.;OPOS=20666235;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:27:19:19:0.413043:13:6:4:22:13:6:5:22 chr7 20685484 . C A 737.61 PASS AF=0.541985;AO=71;DP=131;FAO=71;FDP=131;FR=.;FRO=60;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=18;FSRR=42;FWDB=-0.0538209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1169;QD=22.5225;RBI=0.0961922;REFB=0.014676;REVB=-0.0797262;RO=56;SAF=26;SAR=45;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554108;STB=0.53323;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.0162787;OID=.;OPOS=20685484;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:56:60:71:71:0.541985:45:26:17:39:45:26:18:42 chr7 20778646 . G A 547.15 PASS AF=0.504348;AO=52;DP=110;FAO=58;FDP=115;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0150189;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.721;QD=19.0314;RBI=0.0162323;REFB=-0.016503;REVB=0.00615801;RO=54;SAF=18;SAR=34;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164782;STB=0.593717;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.017336;OID=.;OPOS=20778646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:115:54:57:52:58:0.504348:34:18:28:26:38:20:30:27 chr7 20822196 . A AC 470.59 PASS AF=1;AO=48;DP=63;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.791;QD=34.2248;RBI=0.131493;REFB=-0.0545733;REVB=0.1223;RO=13;SAF=22;SAR=26;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0926975;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0212238;OID=.;OPOS=20822197;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:63:55:55:0:24:31:0:0:8:13:22:26:9:4 chr7 20822304 . C A,CA 339.48 PASS AF=0.115385,0.884615;AO=3,22;DP=33;FAO=3,23;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=3,15;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190843,0.0548991;FXX=0.133289;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=87.4414,20.355;QD=52.2276;RBI=0.024946,0.059086;REFB=0,0;REVB=-0.0160652,0.0218459;RO=8;SAF=3,14;SAR=0,8;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.602514,-0.0608694;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0140815,6.17123e-05;OID=.,.;OPOS=20822304,20822305;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:33:26:8:0:3,22:3,23:0.115385,0.884615:0,8:3,14:6:2:0,8:3,15:0:0 chr7 20858622 . TAAAAAAAT TAAAAAA,TAAAAAAT,TTAAAAAAT 72.45 PASS AF=0.141509,0.0754717,0;AO=13,15,4;DP=111;FAO=15,8,0;FDP=106;FR=.;FRO=83;FSAF=6,5,0;FSAR=9,3,0;FSRF=62;FSRR=21;FWDB=0.091696,0.126142,-0.0128215;FXX=0.0275204;HRUN=7,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=16.7517,7.5033,17.7606;QD=2.73386;RBI=0.116556,0.14055,0.0235881;REFB=-0.023053,-0.0583597,-0.0308607;REVB=0.0719532,0.0619868,0.0197992;RO=53;SAF=5,9,3;SAR=8,6,1;SRF=40;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.444296,-0.215156,-0.00638389;STB=0.772441,0.625891,0.5;STBP=0.055,0.527,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0831322,0.116002,0;OID=.,.,.;OPOS=20858629,20858623,20858623;OREF=AT,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TAAAAAA,TAAAAAAT,TTAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.141509,0.0754717,0:13,15,4:111:15,8,0:106:83:6,5,0:9,3,0:62:21:41:53:5,9,3:8,6,1:40:13 chr7 21469695 . C T 222.65 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0307811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.725;QD=18.9489;RBI=0.0351133;REFB=-0.0160034;REVB=0.0168958;RO=24;SAF=7;SAR=15;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321466;STB=0.690807;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00883185;OID=.;OPOS=21469695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:22:22:0.468085:15:7:16:8:15:7:17:8 chr7 21599233 . C T 1013.25 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00770331;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.103;QD=59.6031;RBI=0.00771168;REFB=0;REVB=-0.000359072;RO=0;SAF=41;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21851e-05;OID=.;OPOS=21599233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:27:41:0:0:27:41:0:0 chr7 21603886 . A G 378.97 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.147461;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9061;QD=56.1433;RBI=0.153543;REFB=0;REVB=0.0427844;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191438;OID=.;OPOS=21603886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr7 21628237 . C T 1931.32 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.606;QD=61.8022;RBI=0.0140789;REFB=0;REVB=0.0054622;RO=0;SAF=65;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.89675e-06;OID=.;OPOS=21628237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:125:0:0:123:125:1:58:65:0:0:59:66:0:0 chr7 21630982 . A G 1109.91 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371032;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5516;QD=59.9952;RBI=0.0416801;REFB=0;REVB=0.0189891;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000439667;OID=.;OPOS=21630982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:40:33:0:0:40:34:0:0 chr7 21640405 . A G 1572.8 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00745995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3383;QD=59.9162;RBI=0.0480726;REFB=0;REVB=0.0474903;RO=0;SAF=43;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174373;OID=.;OPOS=21640405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:62:43:0:0:62:43:0:0 chr7 21641218 . G A 611.75 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0694868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.258;QD=61.1749;RBI=0.0706175;REFB=0;REVB=-0.0125867;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000904626;OID=.;OPOS=21641218;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:23:16:0:0:23:17:0:0 chr7 21659645 . T C 248.89 PASS AF=0.309091;AO=35;DP=110;FAO=34;FDP=110;FR=.;FRO=76;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=-0.0214271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4146;QD=9.05054;RBI=0.0227775;REFB=-0.00178186;REVB=0.00772629;RO=74;SAF=14;SAR=21;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148796;STB=0.600264;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0053687;OID=.;OPOS=21659645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:74:76:35:34:0.309091:21:14:39:35:21:13:40:36 chr7 21737768 . G A 2083.41 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4329;QD=62.659;RBI=0.0725791;REFB=0;REVB=0.0657493;RO=0;SAF=69;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391884;OID=.;OPOS=21737768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:64:69:0:0:64:69:0:0 chr7 21856151 . G A 1827.72 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00977259;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.926;QD=60.4205;RBI=0.00981607;REFB=0;REVB=0.000922837;RO=0;SAF=64;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000937962;OID=.;OPOS=21856151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:121:0:0:118:121:1:54:64:0:0:56:65:0:0 chr7 21893993 . G T 1548.34 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.828;QD=63.849;RBI=0.015905;REFB=0;REVB=-0.0109088;RO=0;SAF=41;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57279e-06;OID=.;OPOS=21893993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:55:41:0:0:55:42:0:0 chr7 21901566 . T C 2123.16 PASS AF=1;AO=133;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524275;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.367;QD=62.9085;RBI=0.0573503;REFB=0;REVB=0.0232469;RO=0;SAF=63;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.77216e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226608;OID=.;OPOS=21901566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:133:135:1:70:63:0:0:72:63:0:0 chr7 21924014 . A G 146.75 PASS AF=0.22449;AO=22;DP=98;FAO=22;FDP=98;FR=.;FRO=76;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=0.038447;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.519;QD=5.98985;RBI=0.0410509;REFB=0.000139171;REVB=-0.0143877;RO=74;SAF=8;SAR=14;SRF=30;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551229;STB=0.546832;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=-0.000148287;OID=.;OPOS=21924014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:74:76:22:22:0.22449:14:8:30:44:14:8:32:44 chr7 21939032 . C A 123.72 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0011665;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4964;QD=8.68186;RBI=0.00841815;REFB=-0.000293735;REVB=0.00833693;RO=40;SAF=11;SAR=6;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258722;STB=0.654849;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.000745134;OID=.;OPOS=21939032;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:40:17:17:0.298246:6:11:17:23:6:11:17:23 chr7 21940960 . A G 120.09 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0378271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.389;QD=9.41874;RBI=0.0378634;REFB=-0.00372843;REVB=0.00165727;RO=36;SAF=8;SAR=7;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103629;STB=0.562417;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00770447;OID=.;OPOS=21940960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:36:36:15:15:0.294118:7:8:16:20:7:8:16:20 chr7 21941375 . CTCCAGTG C 44.7 PASS AF=0.130435;AO=9;DP=66;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=44;FSRR=16;FWDB=-0.0164357;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=7;MLLD=255.411;QD=2.59132;RBI=0.0219375;REFB=-0.00587559;REVB=-0.0145301;RO=49;SAF=5;SAR=4;SRF=38;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299883;STB=0.661851;STBP=0.386;TYPE=del;VARB=0.0439561;OID=.;OPOS=21941376;OREF=TCCAGTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.130435:9:66:9:69:60:5:4:44:16:44:49:5:4:38:11 chr7 21941669 . A C 261.94 PASS AF=0.47541;AO=28;DP=59;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0285198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.436;QD=17.1762;RBI=0.0299837;REFB=-0.0105822;REVB=0.00925452;RO=31;SAF=6;SAR=22;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238049;STB=0.651443;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.012024;OID=.;OPOS=21941669;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:31:32:28:29:0.47541:22:6:13:18:23:6:14:18 chr7 22158386 . G A 147.69 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00581168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8011;QD=17.9023;RBI=0.0174072;REFB=-5.97633e-06;REVB=0.0164084;RO=15;SAF=12;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21392;STB=0.599867;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=1.53482e-05;OID=.;OPOS=22158386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:17:16:16:0.484848:4:12:8:7:4:12:10:7 chr7 22197507 . A G 1249.33 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0176468;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8012;QD=60.2085;RBI=0.0198481;REFB=0.0723982;REVB=0.0090849;RO=1;SAF=26;SAR=56;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00838273;STB=0.504424;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.00126188;OID=.;OPOS=22197507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:56:26:0:1:56:26:0:1 chr7 22202117 . G A 345.35 PASS AF=0.5;AO=35;DP=71;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00474996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.34;QD=19.186;RBI=0.00810038;REFB=-0.00468457;REVB=-0.00656155;RO=34;SAF=18;SAR=17;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126586;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00482861;OID=.;OPOS=22202117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:34:36:35:36:0.5:17:18:17:17:18:18:18:18 chr7 22787205 . G T 1713.18 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.7;QD=60.6437;RBI=0.0212223;REFB=0;REVB=0.0095623;RO=0;SAF=58;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.83763e-05;OID=.;OPOS=22787205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:113:113:1:55:58:0:0:55:58:0:0 chr7 22857682 . A G 81.22 PASS AF=0.213115;AO=13;DP=61;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.0223891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.59;QD=5.32574;RBI=0.0226488;REFB=-0.00350107;REVB=-0.00341966;RO=48;SAF=5;SAR=8;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411946;STB=0.526275;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0191872;OID=.;OPOS=22857682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:61:61:48:48:13:13:0.213115:8:5:20:28:8:5:20:28 chr7 23164526 . C G 728.87 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00814113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6256;QD=57.1665;RBI=0.0449933;REFB=0;REVB=-0.0442506;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000470331;OID=.;OPOS=23164526;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:33:17:0:0:34:17:0:0 chr7 23286355 . G GT 217.91 PASS AF=0.485714;AO=33;DP=72;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0394765;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.968;QD=12.4521;RBI=0.0684644;REFB=-0.0010857;REVB=-0.0559373;RO=38;SAF=17;SAR=16;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144581;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0011781;OID=.;OPOS=23286356;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.485714:33:72:34:70:36:17:17:18:18:99:38:17:16:19:19 chr7 23286525 . T C 461.27 PASS AF=0.614286;AO=41;DP=68;FAO=43;FDP=70;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.0245615;FXX=0.0277739;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4542;QD=26.3584;RBI=0.0313579;REFB=-0.0233397;REVB=-0.0194948;RO=27;SAF=21;SAR=20;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167124;STB=0.588745;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0168026;OID=.;OPOS=23286525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:27:27:41:43:0.614286:20:21:20:7:21:22:20:7 chr7 23300255 . C T 1145.25 PASS AF=0.572193;AO=102;DP=181;FAO=107;FDP=187;FR=.;FRO=80;FSAF=56;FSAR=51;FSRF=45;FSRR=35;FWDB=0.00304716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4197;QD=24.4972;RBI=0.0222417;REFB=-0.0275576;REVB=0.0220319;RO=78;SAF=55;SAR=47;SRF=43;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00967782;STB=0.516802;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0249085;OID=.;OPOS=23300255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:187:78:80:102:107:0.572193:47:55:43:35:51:56:45:35 chr7 23351346 . CATT AATT,C 102.09 PASS AF=0.05,0.275;AO=2,11;DP=41;FAO=2,11;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=2,7;FSAR=0,4;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00539913,0.00814174;FXX=0.0476077;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=64.8032,198.956;QD=10.2087;RBI=0.0866311,0.0273165;REFB=-0.00330891,-0.00589336;REVB=-0.0864627,0.0260749;RO=25;SAF=2,7;SAR=0,4;SRF=15;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.44242,0.0439633;STB=0.993855,0.532934;STBP=0.197,0.836;TYPE=snp,del;VARB=-0.0144495,0.00508886;OID=.,.;OPOS=23351346,23351347;OREF=C,ATT;OALT=A,-;OMAPALT=AATT,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:87:41:40:25:27:2,11:2,11:0.05,0.275:0,4:2,7:15:10:0,4:2,7:16:11 chr7 23357321 . C T 294.03 PASS AF=0.365591;AO=34;DP=93;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0150503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.907;QD=12.6464;RBI=0.0153598;REFB=-0.0153684;REVB=-0.00306786;RO=59;SAF=12;SAR=22;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176464;STB=0.601502;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0260959;OID=.;OPOS=23357321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:59:59:34:34:0.365591:22:12:30:29:22:12:30:29 chr7 23530800 . A G 568.44 PASS AF=0.607143;AO=51;DP=85;FAO=51;FDP=84;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0391898;FXX=0.0232531;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.0369;QD=27.0684;RBI=0.0393216;REFB=-0.0251855;REVB=-0.00321689;RO=31;SAF=22;SAR=29;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00851641;STB=0.509251;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0173959;OID=.;OPOS=23530800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:31:33:51:51:0.607143:29:22:13:18:29:22:15:18 chr7 23624887 . G A 1559.54 PASS AF=0.697297;AO=122;DP=177;FAO=129;FDP=185;FR=.;FRO=56;FSAF=58;FSAR=71;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.029712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.549;QD=33.7199;RBI=0.0310359;REFB=-0.0342706;REVB=-0.00896782;RO=53;SAF=53;SAR=69;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000266778;STB=0.506442;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0124756;OID=.;OPOS=23624887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:185:53:56:122:129:0.697297:69:53:23:30:71:58:24:32 chr7 23751736 . A G 193.77 PASS AF=0.328947;AO=25;DP=76;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00964772;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.667;QD=10.1982;RBI=0.0240196;REFB=-0.0121166;REVB=-0.0219968;RO=50;SAF=16;SAR=9;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185632;STB=0.602715;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.027208;OID=.;OPOS=23751736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:50:51:25:25:0.328947:9:16:24:26:9:16:25:26 chr7 23757162 . G C 487.8 PASS AF=0.527473;AO=47;DP=89;FAO=48;FDP=91;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0279963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.976;QD=21.4419;RBI=0.0467489;REFB=-0.0111822;REVB=0.0374389;RO=42;SAF=22;SAR=25;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679937;STB=0.53725;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0101215;OID=.;OPOS=23757162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:42:43:47:48:0.527473:25:22:23:19:25:23:24:19 chr7 23794029 . G A 495.85 PASS AF=0.477477;AO=53;DP=111;FAO=53;FDP=111;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0405688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2462;QD=17.8686;RBI=0.0421209;REFB=0.00046653;REVB=0.011329;RO=57;SAF=25;SAR=28;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0018606;STB=0.505792;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.000921068;OID=.;OPOS=23794029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:57:58:53:53:0.477477:28:25:27:30:28:25:28:30 chr7 23854838 . G GA 307.3 PASS AF=0.580247;AO=40;DP=85;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.145501;FXX=0.03571;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.9812;QD=15.1753;RBI=0.14557;REFB=0.00968937;REVB=-0.0044821;RO=44;SAF=17;SAR=23;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.049768;STB=0.519223;STBP=0.692;TYPE=ins;VARB=-0.00733431;OID=.;OPOS=23854839;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.580247:40:85:47:81:34:20:27:16:18:99:44:17:23:21:23 chr7 23934657 . A C 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00778222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.695;QD=7.95463;RBI=0.00863875;REFB=0.00259332;REVB=-0.00375034;RO=19;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337897;STB=0.707485;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=-0.0134536;OID=.;OPOS=23934657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:3:5:6:13:3:5:6:13 chr7 24325009 . G A 370.16 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=49;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.0473262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.907;QD=30.2171;RBI=0.0473269;REFB=-0.0164559;REVB=-0.000251819;RO=18;SAF=16;SAR=15;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270698;STB=0.647432;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0126077;OID=.;OPOS=24325009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:18:18:31:31:0.632653:15:16:2:16:15:16:2:16 chr7 24329133 . C T 332.55 PASS AF=0.666667;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=42;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0229447;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.107;QD=31.6713;RBI=0.0252476;REFB=-0.0400425;REVB=0.0105348;RO=14;SAF=9;SAR=19;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118341;STB=0.565008;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0127602;OID=.;OPOS=24329133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:14:14:28:28:0.666667:19:9:7:7:19:9:7:7 chr7 24703298 . G A 1472.58 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.755;QD=63.3368;RBI=0.0518313;REFB=0;REVB=0.0439247;RO=0;SAF=45;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06982e-05;OID=.;OPOS=24703298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:48:45:0:0:48:45:0:0 chr7 24756643 . A G 215.29 PASS AF=0.28866;AO=27;DP=97;FAO=28;FDP=97;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=51;FWDB=-0.0334121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.202;QD=8.87793;RBI=0.0334196;REFB=-0.000931073;REVB=-0.000704076;RO=69;SAF=6;SAR=21;SRF=18;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641545;STB=0.510197;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00288213;OID=.;OPOS=24756643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:69:69:27:28:0.28866:21:6:18:51:21:7:18:51 chr7 24756951 . C T 140.1 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0153456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.77;QD=12.7359;RBI=0.0184467;REFB=-0.00680778;REVB=-0.0102369;RO=28;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285067;STB=0.666465;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0159369;OID=.;OPOS=24756951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:6:10:10:18:6:10:10:18 chr7 24758753 . C T 1328.3 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00648908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.315;QD=61.7813;RBI=0.00814624;REFB=0;REVB=-0.00492475;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000620221;OID=.;OPOS=24758753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:43:42:0:0:44:42:0:0 chr7 24758795 . T C 1193.79 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.112944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8568;QD=60.445;RBI=0.113366;REFB=0;REVB=-0.00976909;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000968216;OID=.;OPOS=24758795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:41:38:0:0:41:38:0:0 chr7 24758818 . G T 994.23 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0289778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.812;QD=57.6364;RBI=0.0432733;REFB=0.0858169;REVB=-0.0321383;RO=1;SAF=33;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133132;STB=0.50704;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.00233077;OID=.;OPOS=24758818;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:35:33:0:1:35:33:0:1 chr7 24854765 . G A 402.2 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0320535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0365;QD=21.7405;RBI=0.0321332;REFB=-0.0245859;REVB=0.00226137;RO=33;SAF=16;SAR=24;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120767;STB=0.573733;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0137477;OID=.;OPOS=24854765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:34:40:40:0.540541:24:16:18:15:24:16:19:15 chr7 24888730 . G A 511.44 PASS AF=0.618421;AO=47;DP=76;FAO=47;FDP=76;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0143089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4465;QD=26.9179;RBI=0.0404303;REFB=-0.0452133;REVB=0.0378135;RO=27;SAF=24;SAR=23;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443462;STB=0.536897;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0223478;OID=.;OPOS=24888730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:27:29:47:47:0.618421:23:24:12:15:23:24:12:17 chr7 25181912 . T C 1653.01 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254936;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.872;QD=60.1094;RBI=0.0536361;REFB=0;REVB=0.0471901;RO=0;SAF=42;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000631609;OID=.;OPOS=25181912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:107:110:1:65:42:0:0:68:42:0:0 chr7 25194665 . G C 320.22 PASS AF=0.330645;AO=41;DP=124;FAO=41;FDP=124;FR=.;FRO=83;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=58;FSRR=25;FWDB=0.00679376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.041;QD=10.3298;RBI=0.0106248;REFB=-0.00145314;REVB=-0.00816897;RO=83;SAF=23;SAR=18;SRF=58;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16694;STB=0.595788;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00305898;OID=.;OPOS=25194665;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:83:83:41:41:0.330645:18:23:58:25:18:23:58:25 chr7 25194753 . C T 581.99 PASS AF=0.353846;AO=68;DP=194;FAO=69;FDP=195;FR=.;FRO=126;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=62;FSRR=64;FWDB=0.0367541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.791;QD=11.9383;RBI=0.0381943;REFB=-0.0296104;REVB=-0.0103895;RO=126;SAF=24;SAR=44;SRF=62;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163315;STB=0.596641;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0370342;OID=.;OPOS=25194753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:194:195:126:126:68:69:0.353846:44:24:62:64:45:24:62:64 chr7 25267934 . T C 594.31 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.588;QD=60.9551;RBI=0.0821942;REFB=0;REVB=0.0628012;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141139;OID=.;OPOS=25267934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr7 25267963 . G C 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0685193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5621;QD=63.8706;RBI=0.0708231;REFB=0;REVB=0.0179166;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000395188;OID=.;OPOS=25267963;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr7 25304395 . A G 1032.62 PASS AF=0.985915;AO=70;DP=72;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00570503;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.737;QD=58.1759;RBI=0.0166744;REFB=-0.0168348;REVB=0.0156681;RO=1;SAF=36;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129528;STB=0.506847;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-2.05584e-05;OID=.;OPOS=25304395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:71:1:1:70:70:0.985915:34:36:1:0:34:36:1:0 chr7 26396670 . T TATCCA 106.44 PASS AF=0.5;AO=11;DP=26;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0101869;FXX=0.11107;HRUN=0;LEN=5;MLLD=269.806;QD=17.7407;RBI=0.0151323;REFB=-0.0124786;REVB=-0.0111899;RO=13;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388826;STB=0.717016;STBP=0.049;TYPE=ins;VARB=0.0129099;OID=.;OPOS=26396671;OREF=-;OALT=ATCCA;OMAPALT=TATCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:11:26:12:24:12:9:3:4:8:99:13:8:3:4:9 chr7 26576535 . T C 981.93 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0104086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.0284;QD=56.1102;RBI=0.0107341;REFB=-0.0970374;REVB=-0.00262365;RO=2;SAF=35;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000794477;STB=0.50042;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00558971;OID=.;OPOS=26576535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:70:2:2:68:68:0.971429:33:35:1:1:33:35:1:1 chr7 26678856 . A G 84.78 PASS AF=0.240741;AO=9;DP=56;FAO=13;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0116765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4227;QD=6.27973;RBI=0.0156958;REFB=-0.0144455;REVB=0.010489;RO=41;SAF=6;SAR=3;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221007;STB=0.579586;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.176803;OID=.;OPOS=26678856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:56:54:41:41:9:13:0.240741:3:6:20:21:8:5:20:21 chr7 26685934 . T C 547.53 PASS AF=0.415493;AO=59;DP=142;FAO=59;FDP=142;FR=.;FRO=83;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=51;FSRR=32;FWDB=-0.0224536;FXX=0.0206882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9988;QD=15.4235;RBI=0.0538397;REFB=-0.0269571;REVB=0.0489341;RO=82;SAF=38;SAR=21;SRF=51;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247726;STB=0.518665;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.028732;OID=.;OPOS=26685934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:82:83:59:59:0.415493:21:38:51:31:21:38:51:32 chr7 26778406 . A G 311.93 PASS AF=0.862069;AO=25;DP=29;FAO=25;FDP=29;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0385932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.086;QD=43.0242;RBI=0.0600951;REFB=0.0233192;REVB=0.046065;RO=4;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184039;STB=0.599917;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.000657437;OID=.;OPOS=26778406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:29:29:4:4:25:25:0.862069:8:17:0:4:8:17:0:4 chr7 27135314 . C T 245.05 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455905;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7184;QD=51.5898;RBI=0.0465797;REFB=0;REVB=0.00954884;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168353;OID=.;OPOS=27135314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr7 27169093 . T G 1286.36 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180787;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.659;QD=61.9933;RBI=0.0181924;REFB=0;REVB=-0.00203055;RO=0;SAF=39;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03564e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.86897e-05;OID=.;OPOS=27169093;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:44:39:0:0:44:39:0:0 chr7 27181153 . T C 39.76 PASS AF=0.123077;AO=8;DP=65;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.00891518;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=193.339;QD=2.44696;RBI=0.019748;REFB=-0.0067242;REVB=-0.017621;RO=56;SAF=1;SAR=7;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.499062;STB=0.863601;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.020239;OID=.;OPOS=27181153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:65:65:56:57:8:8:0.123077:7:1:30:26:7:1:30:27 chr7 27186928 . C T 48.01 PASS AF=0.12987;AO=10;DP=77;FAO=10;FDP=77;FR=.;FRO=67;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=26;FWDB=-0.0269258;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.7336;QD=2.49424;RBI=0.0360309;REFB=0.00109967;REVB=-0.0239421;RO=66;SAF=2;SAR=8;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.488455;STB=0.834335;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.0139908;OID=.;OPOS=27186928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:77:77:66:67:10:10:0.12987:8:2:41:25:8:2:41:26 chr7 27196069 . A C 407.6 PASS AF=0.337931;AO=50;DP=145;FAO=49;FDP=145;FR=.;FRO=96;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=33;FSRR=63;FWDB=-0.0274583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0183;QD=11.2442;RBI=0.0280654;REFB=-0.0115169;REVB=-0.00580558;RO=92;SAF=14;SAR=36;SRF=29;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480723;STB=0.562664;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0361186;OID=.;OPOS=27196069;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:92:96:50:49:0.337931:36:14:29:63:36:13:33:63 chr7 27196113 . C T 350.92 PASS AF=0.284884;AO=49;DP=170;FAO=49;FDP=172;FR=.;FRO=123;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=54;FSRR=69;FWDB=-0.0167172;FXX=0.00578001;HRUN=5;LEN=1;MLLD=55.9382;QD=8.16088;RBI=0.0496;REFB=-0.0034779;REVB=0.0466979;RO=121;SAF=18;SAR=31;SRF=52;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791663;STB=0.553549;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00375422;OID=.;OPOS=27196113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:172:121:123:49:49:0.284884:31:18:52:69:31:18:54:69 chr7 27204732 . C A 128.7 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0523932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5263;QD=12.5558;RBI=0.0619302;REFB=-0.0168146;REVB=0.0330197;RO=26;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283348;STB=0.664337;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0271158;OID=.;OPOS=27204732;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:26:15:15:0.365854:7:8:7:19:7:8:7:19 chr7 27210428 . A AG 240.3 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=88;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.122779;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.8997;QD=11.308;RBI=0.141254;REFB=0.00494928;REVB=0.0698433;RO=60;SAF=13;SAR=11;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100623;STB=0.522404;STBP=0.718;TYPE=ins;VARB=0.00265015;OID=.;OPOS=27210429;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:24:88:40:85:45:23:17:24:21:99:60:13:11:33:27 chr7 27210430 . T G 33.79 PASS AF=0.102273;AO=10;DP=81;FAO=9;FDP=88;FR=.;FRO=79;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=-0.0196501;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=32.6784;QD=1.53608;RBI=0.0290362;REFB=-0.012513;REVB=0.0213769;RO=71;SAF=8;SAR=2;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381681;STB=0.744114;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0921892;OID=.;OPOS=27210430;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:81:88:71:79:10:9:0.102273:2:8:35:36:2:7:41:38 chr7 27279191 . T G 191.83 PASS AF=0.387097;AO=23;DP=61;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.000542424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.635;QD=12.3764;RBI=0.00432285;REFB=-0.00950353;REVB=-0.00428868;RO=38;SAF=7;SAR=16;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167315;STB=0.605249;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0157522;OID=.;OPOS=27279191;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:38:38:23:24:0.387097:16:7:17:21:17:7:17:21 chr7 27702390 . C A 1381.19 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0515539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.9951;QD=61.3862;RBI=0.0597742;REFB=0.00125967;REVB=0.0302513;RO=1;SAF=37;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126361;STB=0.506665;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000266283;OID=.;OPOS=27702390;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:52:37:1:0:52:37:1:0 chr7 27886171 . A G 1348.39 PASS AF=0.989011;AO=83;DP=86;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0662818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.418;QD=59.2697;RBI=0.0980479;REFB=-0.0927214;REVB=0.0722503;RO=2;SAF=40;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0230899;STB=0.505746;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000937993;OID=.;OPOS=27886171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:91:2:1:83:90:0.989011:43:40:2:0:47:43:1:0 chr7 28995800 . G A 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.164;QD=18.8866;RBI=0.000952084;REFB=-0.0222552;REVB=-0.000952084;RO=5;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0264738;OID=.;OPOS=28995800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:8:0:0:5:8:0:0:5 chr7 28996557 . C T 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0142059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.262;QD=14.7019;RBI=0.0152795;REFB=-0.0267222;REVB=0.00562645;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177348;STB=0.601059;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0361993;OID=.;OPOS=28996557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:27:13:15:12:12:0.444444:5:7:5:8:5:7:6:9 chr7 28996944 . T C 51.17 PASS AF=0.5;AO=8;DP=15;FAO=7;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00538068;FXX=0.0666222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.044;QD=14.62;RBI=0.0745895;REFB=-0.0185564;REVB=-0.0743952;RO=4;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.768342;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0198124;OID=.;OPOS=28996944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:14:4:7:8:7:0.5:2:6:3:1:1:6:3:4 chr7 28997141 . G C 315.35 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.039405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3118;QD=25.228;RBI=0.0528534;REFB=-0.0370973;REVB=-0.035224;RO=21;SAF=18;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170427;STB=0.585736;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0417085;OID=.;OPOS=28997141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:22:28:28:0.56:10:18:9:12:10:18:10:12 chr7 28997497 . GCCA GCA,GCAG,GGCA 704.52 PASS AF=1,0,0;AO=43,4,6;DP=54;FAO=54,0,0;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0,0;FSAR=37,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217887,-0.102803,-0.0591729;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,2,1;MLLD=21.2991,6.22209,6.39615;QD=52.1864;RBI=0.0347615,0.112126,0.136069;REFB=0,0,0;REVB=-0.0270854,-0.044762,-0.122529;RO=0;SAF=11,4,1;SAR=32,0,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.61286e-08,0,3.18042e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.000498326,0.0474936,0.0249367;OID=.,.,.;OPOS=28997498,28997499,28997498;OREF=C,CA,C;OALT=-,AG,G;OMAPALT=GCA,GCAG,GGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:43,4,6:54:54,0,0:54:0:17,0,0:37,0,0:0:0:4:0:11,4,1:32,0,5:0:0 chr7 29070320 . C T 514.03 PASS AF=0.725806;AO=45;DP=62;FAO=45;FDP=62;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00905805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4851;QD=33.1633;RBI=0.0185417;REFB=0.00382528;REVB=0.0161786;RO=17;SAF=13;SAR=32;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106467;STB=0.55765;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.000828852;OID=.;OPOS=29070320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:17:17:45:45:0.725806:32:13:8:9:32:13:8:9 chr7 29186256 . A G 1462.51 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366592;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.074;QD=58.5004;RBI=0.0368363;REFB=0;REVB=0.00360762;RO=0;SAF=30;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.52795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498062;OID=.;OPOS=29186256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:100:0:0:93:100:1:63:30:0:0:64:36:0:0 chr7 29186576 . A G 1658.02 PASS AF=0.991071;AO=109;DP=109;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0197235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.04;QD=59.215;RBI=0.0198831;REFB=-0.0508564;REVB=0.00251385;RO=0;SAF=59;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000207399;OID=.;OPOS=29186576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:112:0:1:109:111:0.991071:50:59:0:0:51:60:0:1 chr7 29523563 . G A 836.8 PASS AF=0.675676;AO=73;DP=110;FAO=75;FDP=111;FR=.;FRO=36;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00625402;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.034;QD=30.1548;RBI=0.0168679;REFB=0.00198935;REVB=-0.0156657;RO=36;SAF=44;SAR=29;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646804;STB=0.528683;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.000428801;OID=.;OPOS=29523563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:36:36:73:75:0.675676:29:44:18:18:31:44:18:18 chr7 29552213 . T C 233.37 PASS AF=0.299065;AO=32;DP=107;FAO=32;FDP=107;FR=.;FRO=75;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=29;FWDB=-0.0147265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.693;QD=8.7242;RBI=0.0150733;REFB=0.00175718;REVB=-0.00321482;RO=75;SAF=15;SAR=17;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171382;STB=0.600402;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.00493707;OID=.;OPOS=29552213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:75:75:32:32:0.299065:17:15:46:29:17:15:46:29 chr7 29605975 . C G 148.74 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.00373307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0286;QD=27.0438;RBI=0.0224153;REFB=-0.031466;REVB=0.0221022;RO=6;SAF=3;SAR=12;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272458;STB=0.529374;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00612213;OID=.;OPOS=29605975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:22:22:6:7:15:15:0.681818:12:3:1:5:12:3:1:6 chr7 29771597 . A C 485.05 PASS AF=0.485981;AO=52;DP=107;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.0230016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9102;QD=18.1326;RBI=0.048473;REFB=0.00182857;REVB=0.0426681;RO=55;SAF=29;SAR=23;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112347;STB=0.562274;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.00183344;OID=.;OPOS=29771597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:55:55:52:52:0.485981:23:29:24:31:23:29:24:31 chr7 29924072 . A G 226.23 PASS AF=0.636364;AO=20;DP=31;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0805319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.8413;QD=27.4218;RBI=0.0884778;REFB=-0.0420056;REVB=0.0366461;RO=11;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612412;STB=0.556468;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0201494;OID=.;OPOS=29924072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:31:33:11:12:20:21:0.636364:11:9:6:5:12:9:7:5 chr7 29952207 . C G 1324.19 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327575;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3601;QD=62.3151;RBI=0.060331;REFB=0;REVB=0.0506634;RO=0;SAF=48;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366077;OID=.;OPOS=29952207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:84:85:1:36:48:0:0:37:48:0:0 chr7 30538651 . T C 451.84 PASS AF=0.744681;AO=35;DP=47;FAO=35;FDP=47;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0480594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.566;QD=38.4548;RBI=0.0533831;REFB=-0.008277;REVB=0.0232389;RO=11;SAF=18;SAR=17;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026395;STB=0.503648;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00188699;OID=.;OPOS=30538651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:11:12:35:35:0.744681:17:18:5:6:17:18:6:6 chr7 30791847 . C T 478.28 PASS AF=0.32973;AO=55;DP=180;FAO=61;FDP=185;FR=.;FRO=124;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=56;FSRR=68;FWDB=-0.00511655;FXX=0.00537606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.196;QD=10.3413;RBI=0.0051427;REFB=-0.0195986;REVB=-0.000518005;RO=123;SAF=23;SAR=32;SRF=56;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449185;STB=0.504998;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0374193;OID=.;OPOS=30791847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:185:123:124:55:61:0.32973:32:23:56:67:33:28:56:68 chr7 30795331 . A G 812.86 PASS AF=0.558824;AO=73;DP=133;FAO=76;FDP=136;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.00512011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.746;QD=23.9078;RBI=0.0305756;REFB=-0.0224917;REVB=0.0301439;RO=60;SAF=31;SAR=42;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213061;STB=0.519088;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0170689;OID=.;OPOS=30795331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:136:60:60:73:76:0.558824:42:31:27:33:45:31:27:33 chr7 30795436 . T G 358.08 PASS AF=0.652174;AO=30;DP=46;FAO=30;FDP=46;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0104574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.293;QD=31.1378;RBI=0.0105255;REFB=-0.00844996;REVB=-0.00119566;RO=16;SAF=11;SAR=19;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127556;STB=0.569535;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00761899;OID=.;OPOS=30795436;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:16:16:30:30:0.652174:19:11:3:13:19:11:3:13 chr7 30825575 . C A 347.35 PASS AF=0.39604;AO=37;DP=98;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0213603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.698;QD=13.7565;RBI=0.0247194;REFB=-0.0314137;REVB=-0.0124413;RO=61;SAF=19;SAR=18;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415073;STB=0.529921;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0423075;OID=.;OPOS=30825575;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:61:61:37:40:0.39604:18:19:29:32:19:21:29:32 chr7 30831181 . C T 242.96 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=34;FWDB=0.0717174;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.769;QD=14.9516;RBI=0.0761296;REFB=-0.0150904;REVB=-0.025541;RO=37;SAF=11;SAR=17;SRF=3;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366391;STB=0.702016;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0234078;OID=.;OPOS=30831181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:37:37:28:28:0.430769:17:11:3:34:17:11:3:34 chr7 30915263 . A G 306.47 PASS AF=0.368421;AO=33;DP=95;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.0336218;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3643;QD=12.9038;RBI=0.0337089;REFB=-0.00865655;REVB=0.00242196;RO=60;SAF=14;SAR=19;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279324;STB=0.536565;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.025154;OID=.;OPOS=30915263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:60:60:33:35:0.368421:19:14:24:36:19:16:24:36 chr7 31377369 . T G 230.57 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0133735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6087;QD=12.1354;RBI=0.0233753;REFB=-0.0124425;REVB=-0.0191717;RO=48;SAF=9;SAR=19;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13699;STB=0.57921;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0279697;OID=.;OPOS=31377369;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:48:48:28:28:0.368421:19:9:21:27:19:9:21:27 chr7 31592733 . C A 993.13 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352123;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.261;QD=58.4194;RBI=0.101404;REFB=0;REVB=0.0950934;RO=0;SAF=28;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533084;OID=.;OPOS=31592733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:66:68:1:38:28:0:0:40:28:0:0 chr7 31617733 . T C 577.6 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162914;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4043;QD=60.8005;RBI=0.0990186;REFB=0;REVB=-0.0976692;RO=1;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301944;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00129869;OID=.;OPOS=31617733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:1:0:37:38:1:15:22:0:1:15:23:0:0 chr7 31618008 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.957;QD=39.2041;RBI=0.0458003;REFB=0;REVB=0.0133191;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109631;OID=.;OPOS=31618008;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr7 31682453 . C T 290.91 PASS AF=0.354167;AO=33;DP=96;FAO=34;FDP=96;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0366686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1079;QD=12.121;RBI=0.0368407;REFB=-0.00197311;REVB=0.00355692;RO=62;SAF=21;SAR=12;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175447;STB=0.607975;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00248055;OID=.;OPOS=31682453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:62:62:33:34:0.354167:12:21:30:32:12:22:30:32 chr7 31682601 . T C 269.52 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0227409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.694;QD=18.9135;RBI=0.0227431;REFB=-0.0139573;REVB=-0.000322062;RO=28;SAF=17;SAR=12;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133592;STB=0.507457;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0102019;OID=.;OPOS=31682601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:12:17:16:12:12:17:16:12 chr7 31682853 . T C 374.67 PASS AF=0.569231;AO=37;DP=66;FAO=37;FDP=65;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00589966;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8446;QD=23.0568;RBI=0.00791765;REFB=-0.00234153;REVB=0.00528046;RO=27;SAF=13;SAR=24;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105465;STB=0.567388;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00207686;OID=.;OPOS=31682853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:27:28:37:37:0.569231:24:13:13:14:24:13:14:14 chr7 31683054 . G T 354.29 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00283084;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.438;QD=21.4723;RBI=0.00544762;REFB=-0.00588103;REVB=-0.00465435;RO=30;SAF=17;SAR=19;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115617;STB=0.563741;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00489331;OID=.;OPOS=31683054;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:19:17:10:20:19:17:10:20 chr7 31683410 . G A 230.38 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.02326;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0383;QD=11.8144;RBI=0.0273389;REFB=-0.00873054;REVB=-0.0143662;RO=49;SAF=21;SAR=7;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290497;STB=0.66416;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0182246;OID=.;OPOS=31683410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:49:50:28:28:0.358974:7:21:25:24:7:21:26:24 chr7 31732089 . C G 269.0 PASS AF=0.351648;AO=32;DP=91;FAO=32;FDP=91;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0409205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0703;QD=11.8241;RBI=0.055834;REFB=-0.00879715;REVB=-0.0379862;RO=59;SAF=10;SAR=22;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211451;STB=0.622562;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0181091;OID=.;OPOS=31732089;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:59:59:32:32:0.351648:22:10:29:30:22:10:29:30 chr7 31746837 . C T 115.37 PASS AF=0.225;AO=18;DP=80;FAO=18;FDP=80;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.00665312;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.413;QD=5.76849;RBI=0.0205018;REFB=-0.0194004;REVB=-0.0193923;RO=59;SAF=7;SAR=11;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229227;STB=0.622792;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0569176;OID=.;OPOS=31746837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:59:62:18:18:0.225:11:7:34:25:11:7:34:28 chr7 31855578 . G A 877.46 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.042673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5758;QD=55.7117;RBI=0.0474134;REFB=-0.100919;REVB=0.0206651;RO=1;SAF=41;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230134;STB=0.512191;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00640036;OID=.;OPOS=31855578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:61:62:0.984127:20:41:0:1:20:42:0:1 chr7 32091215 . A T 126.19 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.037904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.839;QD=10.9728;RBI=0.0383683;REFB=-0.0144562;REVB=0.00595117;RO=30;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186167;STB=0.62053;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0291047;OID=.;OPOS=32091215;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:31:15:15:0.326087:6:9:13:17:6:9:13:18 chr7 32209425 . A G 1573.17 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00406046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.825;QD=59.9302;RBI=0.0204502;REFB=0;REVB=0.0200431;RO=0;SAF=56;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78064e-05;OID=.;OPOS=32209425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:105:0:0:103:105:1:47:56:0:0:49:56:0:0 chr7 32209459 . C T 1989.51 PASS AF=0.992366;AO=127;DP=128;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00369995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.354;QD=60.7483;RBI=0.0181848;REFB=-0.0186487;REVB=0.0178044;RO=1;SAF=72;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00856138;STB=0.504424;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-2.15492e-05;OID=.;OPOS=32209459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:128:131:1:1:127:130:0.992366:55:72:0:1:56:74:0:1 chr7 32338337 . G A 1170.22 PASS AF=0.951807;AO=79;DP=85;FAO=79;FDP=83;FR=.;FRO=4;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0309616;FXX=0.0235266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0853;QD=56.3961;RBI=0.0610003;REFB=-0.130269;REVB=0.0525587;RO=4;SAF=32;SAR=47;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00895543;STB=0.504737;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00562825;OID=.;OPOS=32338337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:85:83:4:4:79:79:0.951807:47:32:2:2:47:32:2:2 chr7 32529936 . G C 260.56 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0700159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.966;QD=24.8151;RBI=0.0727915;REFB=-0.00846278;REVB=-0.0199092;RO=18;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117313;STB=0.565163;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00540848;OID=.;OPOS=32529936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:13:11:11:7:13:11:11:7 chr7 32530105 . G C 424.32 PASS AF=0.518072;AO=39;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0747088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.7054;QD=20.4492;RBI=0.123887;REFB=-0.0298895;REVB=-0.0988258;RO=30;SAF=22;SAR=17;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103451;STB=0.610382;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0454241;OID=.;OPOS=32530105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:30:40:39:43:0.518072:17:22:13:17:18:25:14:26 chr7 32530198 . AA TC 261.37 PASS AF=0.509091;AO=27;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0199443;FXX=0.0350816;HRUN=2;LEN=2;MLLD=101.179;QD=19.0084;RBI=0.0203412;REFB=-2.22971e-05;REVB=0.00399881;RO=25;SAF=15;SAR=12;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234177;STB=0.615304;STBP=0.096;TYPE=mnp;VARB=-0.000159763;OID=.;OPOS=32530198;OREF=AA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:27:27:28:0.509091:12:15:7:18:12:16:9:18 chr7 32598630 . T A 161.42 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0268606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0672;QD=11.9567;RBI=0.0281896;REFB=-0.00763917;REVB=-0.00855331;RO=33;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114093;STB=0.574002;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0170725;OID=.;OPOS=32598630;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:33:34:20:20:0.37037:10:10:13:20:10:10:13:21 chr7 32598656 . C T 218.68 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00260044;FXX=0.0344768;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6599;QD=15.6203;RBI=0.0145632;REFB=-0.0118709;REVB=0.0143291;RO=31;SAF=11;SAR=14;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07463;STB=0.54229;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0152756;OID=.;OPOS=32598656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:31:31:25:25:0.446429:14:11:16:15:14:11:16:15 chr7 32613020 . A G 381.29 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0399191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.455;QD=22.4286;RBI=0.0403199;REFB=-0.0109069;REVB=-0.00567067;RO=30;SAF=16;SAR=22;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117038;STB=0.564507;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00628035;OID=.;OPOS=32613020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:30:38:38:0.558824:22:16:17:13:22:16:17:13 chr7 32623477 . C G 292.13 PASS AF=0.352941;AO=36;DP=102;FAO=36;FDP=102;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=0.0343575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5358;QD=11.4562;RBI=0.0344564;REFB=-0.0115468;REVB=-0.00260877;RO=66;SAF=21;SAR=15;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226976;STB=0.630155;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0343614;OID=.;OPOS=32623477;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:66:66:36:36:0.352941:15:21:25:41:15:21:25:41 chr7 32623796 . C T 992.77 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223459;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.447;QD=59.2698;RBI=0.0263908;REFB=0;REVB=0.0140403;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68077e-05;OID=.;OPOS=32623796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:68:67:1:38:30:0:0:37:30:0:0 chr7 32908287 . T C 734.36 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00608728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.489;QD=61.197;RBI=0.0249242;REFB=-0.172045;REVB=0.0241694;RO=1;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140412;STB=0.50746;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.00101291;OID=.;OPOS=32908287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:33:14:0:1:33:14:0:1 chr7 32956941 . C T 204.39 PASS AF=0.791667;AO=18;DP=23;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0165415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2388;QD=34.0644;RBI=0.0276156;REFB=-0.0301349;REVB=-0.0221133;RO=5;SAF=5;SAR=13;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227221;STB=0.607359;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0210227;OID=.;OPOS=32956941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:23:24:5:5:18:19:0.791667:13:5:4:1:13:6:4:1 chr7 33060946 . A G 94.23 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0126589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4141;QD=10.4697;RBI=0.0129951;REFB=-0.00483106;REVB=-0.00293646;RO=23;SAF=9;SAR=3;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181833;STB=0.628802;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00970584;OID=.;OPOS=33060946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:23:24:12:12:0.333333:3:9:14:9:3:9:14:10 chr7 33075573 . A G 340.67 PASS AF=0.538462;AO=34;DP=64;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0413062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.05;QD=20.9644;RBI=0.0417877;REFB=-0.00726409;REVB=0.0063256;RO=30;SAF=17;SAR=17;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198148;STB=0.613574;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00629734;OID=.;OPOS=33075573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:30:30:34:35:0.538462:17:17:8:22:17:18:8:22 chr7 33085696 . G A 460.77 PASS AF=0.677419;AO=42;DP=62;FAO=42;FDP=62;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.000416658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5762;QD=29.7272;RBI=0.0184527;REFB=0.0119716;REVB=-0.018448;RO=20;SAF=19;SAR=23;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00142736;STB=0.500775;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.00661068;OID=.;OPOS=33085696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:20:20:42:42:0.677419:23:19:9:11:23:19:9:11 chr7 33385852 . C T 286.48 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00989899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.942;QD=24.3809;RBI=0.0408819;REFB=-0.0260832;REVB=-0.0396653;RO=21;SAF=10;SAR=16;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760601;STB=0.54234;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0205653;OID=.;OPOS=33385852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:16:10:10:11:16:10:10:11 chr7 33388883 . A T 315.35 PASS AF=0.304348;AO=38;DP=134;FAO=42;FDP=138;FR=.;FRO=96;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=45;FSRR=51;FWDB=0.00419636;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.181;QD=9.14057;RBI=0.0232519;REFB=-0.016501;REVB=-0.0228701;RO=95;SAF=17;SAR=21;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320604;STB=0.528288;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0332392;OID=.;OPOS=33388883;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:138:95:96:38:42:0.304348:21:17:45:50:24:18:45:51 chr7 34006162 . C T 336.66 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=34;FWDB=0.00854815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.581;QD=17.2648;RBI=0.0105403;REFB=-0.0241883;REVB=0.00616652;RO=42;SAF=21;SAR=15;SRF=8;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366077;STB=0.702768;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0223245;OID=.;OPOS=34006162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:15:21:8:34:15:21:8:34 chr7 34009946 . C T 332.88 PASS AF=0.292994;AO=46;DP=158;FAO=46;FDP=157;FR=.;FRO=111;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=73;FWDB=-0.0542652;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.191;QD=8.48095;RBI=0.0658733;REFB=-0.00370003;REVB=-0.037344;RO=111;SAF=27;SAR=19;SRF=38;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288795;STB=0.667853;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0128479;OID=.;OPOS=34009946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:111:111:46:46:0.292994:19:27:38:73:19:27:38:73 chr7 34192762 . G C 1097.53 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.585;QD=60.1388;RBI=0.0622239;REFB=0;REVB=0.0531716;RO=0;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253644;OID=.;OPOS=34192762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:70:73:1:28:42:0:0:30:43:0:0 chr7 34818113 . A T 824.58 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0110993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2262;QD=54.0709;RBI=0.0313765;REFB=-0.035481;REVB=-0.0293478;RO=1;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200708;STB=0.520826;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00202867;OID=.;OPOS=34818113;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:1:2:59:59:0.967213:23:36:0:1:23:36:0:2 chr7 34851393 . C G 179.29 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=69;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.021479;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.688;QD=10.7037;RBI=0.0296246;REFB=-0.0132475;REVB=0.0204028;RO=44;SAF=6;SAR=17;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356954;STB=0.709099;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0495752;OID=.;OPOS=34851393;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:44:44:23:23:0.343284:17:6:25:19:17:6:25:19 chr7 34867182 . C T 262.75 PASS AF=0.527273;AO=27;DP=53;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0698221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9228;QD=19.109;RBI=0.0720969;REFB=0.0166214;REVB=0.0179678;RO=26;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119713;STB=0.564899;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.0106172;OID=.;OPOS=34867182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:26:26:27:29:0.527273:14:13:9:17:15:14:9:17 chr7 34874038 . C G 1213.21 PASS AF=0.987952;AO=77;DP=79;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0194357;FXX=0.0459717;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.732;QD=58.4678;RBI=0.0211449;REFB=-0.0418223;REVB=0.00832827;RO=1;SAF=34;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137161;STB=0.507041;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0017747;OID=.;OPOS=34874038;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:83:1:1:77:82:0.987952:43:34:1:0:47:35:1:0 chr7 34968498 . A T 230.97 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.00501292;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.97;QD=16.2086;RBI=0.0203992;REFB=-0.00886819;REVB=0.0197736;RO=29;SAF=21;SAR=5;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267405;STB=0.659549;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0125857;OID=.;OPOS=34968498;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:57:29:31:26:26:0.45614:5:21:17:12:5:21:18:13 chr7 35121274 . C T 605.56 PASS AF=0.405882;AO=69;DP=170;FAO=69;FDP=170;FR=.;FRO=101;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=48;FSRR=53;FWDB=-0.0342395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.175;QD=14.2484;RBI=0.0358044;REFB=-0.0144353;REVB=-0.0104698;RO=101;SAF=31;SAR=38;SRF=48;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276517;STB=0.515537;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0206895;OID=.;OPOS=35121274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:101:101:69:69:0.405882:38:31:48:53:38:31:48:53 chr7 35293193 . A G 180.53 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00895464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.951;QD=16.0468;RBI=0.0183647;REFB=-0.0140196;REVB=0.0160336;RO=24;SAF=6;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267085;STB=0.65451;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0205757;OID=.;OPOS=35293193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:26:19:19:0.422222:13:6:14:10:13:6:15:11 chr7 35709842 . C T 394.21 PASS AF=0.450549;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=91;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00855355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.6043;QD=17.328;RBI=0.0374841;REFB=-0.0113729;REVB=-0.0364951;RO=49;SAF=20;SAR=21;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00193759;STB=0.506699;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0171534;OID=.;OPOS=35709842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:49:50:41:41:0.450549:21:20:24:25:21:20:25:25 chr7 35840898 . G C,GC 819.17 PASS AF=0.0483871,0.935484;AO=7,51;DP=62;FAO=3,58;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=2,18;FSAR=1,40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0350335,0.0388743;FXX=0;HRUN=3,0;LEN=1,1;MLLD=82.6647,97.1229;QD=52.8498;RBI=0.0451117,0.0414522;REFB=0.134756,0.0261895;REVB=-0.0284204,-0.01439;RO=2;SAF=3,17;SAR=4,34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.174483,0.0268968;STB=0.665547,0.506171;STBP=0.558,0.616;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0372838,0.00234354;OID=.,.;OPOS=35840898,35840899;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:62:62:2:1:7,51:3,58:0.0483871,0.935484:4,34:3,17:0:2:1,40:2,18:0:1 chr7 36320821 . G A 2045.23 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.767;QD=62.4499;RBI=0.0272231;REFB=0;REVB=0.0124061;RO=0;SAF=68;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66644e-05;OID=.;OPOS=36320821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:63:68:0:0:63:68:0:0 chr7 36338749 . T C 1026.39 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00124925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.775;QD=59.5008;RBI=0.0107869;REFB=0;REVB=0.0107143;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59406e-05;OID=.;OPOS=36338749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:43:26:0:0:43:26:0:0 chr7 36339269 . C G 468.79 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0961166;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5462;QD=58.599;RBI=0.0989562;REFB=0;REVB=0.0235355;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00237758;OID=.;OPOS=36339269;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr7 36396480 . A G 421.05 PASS AF=0.723404;AO=33;DP=47;FAO=34;FDP=47;FR=.;FRO=13;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0219761;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=49.1405;QD=35.8343;RBI=0.0540391;REFB=-0.0511692;REVB=0.0493688;RO=13;SAF=21;SAR=12;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117362;STB=0.522076;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0300221;OID=.;OPOS=36396480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:13:13:33:34:0.723404:12:21:8:5:13:21:9:4 chr7 36445856 . G A 558.51 PASS AF=0.566667;AO=51;DP=93;FAO=51;FDP=90;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00684629;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.949;QD=24.8228;RBI=0.00776505;REFB=-0.00947491;REVB=-0.00366392;RO=42;SAF=23;SAR=28;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989175;STB=0.559977;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00609635;OID=.;OPOS=36445856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:90:42:39:51:51:0.566667:28:23:24:18:28:23:23:16 chr7 36552729 . A AT 577.47 PASS AF=1;AO=47;DP=60;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.228415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.4068;QD=39.8256;RBI=0.272204;REFB=0;REVB=0.148059;RO=10;SAF=34;SAR=13;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123988;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000930566;OID=.;OPOS=36552730;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:47:60:58:58:0:38:20:0:0:10:10:34:13:4:6 chr7 36552785 . A C 482.8 PASS AF=0.608108;AO=38;DP=67;FAO=45;FDP=74;FR=.;FRO=29;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00155208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.56;QD=26.0974;RBI=0.00158492;REFB=-0.0114374;REVB=0.000320963;RO=28;SAF=24;SAR=14;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105528;STB=0.576888;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00989434;OID=.;OPOS=36552785;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:74:28:29:38:45:0.608108:14:24:14:14:15:30:14:15 chr7 36552790 . G GT,T 889.33 PASS AF=0.984848,0.0151515;AO=59,4;DP=70;FAO=65,1;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=41,1;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0762885,0.0375491;FXX=0.0294074;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=21.4392,5.16656;QD=53.8989;RBI=0.0812424,0.133254;REFB=0,0;REVB=-0.0279355,-0.127854;RO=6;SAF=39,2;SAR=20,2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0620388,0.156622;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000715946,0.0618948;OID=.,.;OPOS=36552791,36552790;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:70:66:6:0:59,4:65,1:0.984848,0.0151515:20,2:39,2:2:4:24,0:41,1:0:0 chr7 36729757 . T C 905.76 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00118038;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.061;QD=58.4362;RBI=0.0111516;REFB=0;REVB=-0.0110889;RO=0;SAF=43;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.51013e-05;OID=.;OPOS=36729757;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:63:62:1:20:43:0:0:20:42:0:0 chr7 36763688 . C T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.528;QD=60.9775;RBI=0.0613555;REFB=0;REVB=0.0435035;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000400851;OID=.;OPOS=36763688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr7 37209284 . G A 693.05 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00919438;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.692;QD=63.0045;RBI=0.0105192;REFB=0;REVB=-0.00511052;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.4025e-05;OID=.;OPOS=37209284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr7 37355590 . C CT 472.98 PASS AF=1;AO=43;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.7739;QD=39.4146;RBI=0.0659622;REFB=-0.0378264;REVB=-0.0292758;RO=4;SAF=18;SAR=25;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0537167;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00813575;OID=.;OPOS=37355591;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:48:48:48:0:21:27:0:0:7:4:18:25:3:1 chr7 37907304 . T C 1195.28 PASS AF=0.952941;AO=80;DP=86;FAO=81;FDP=85;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0347555;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.991;QD=56.2487;RBI=0.0455495;REFB=-0.130582;REVB=0.0294417;RO=3;SAF=32;SAR=48;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189129;STB=0.504503;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00111075;OID=.;OPOS=37907304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:86:85:3:4:80:81:0.952941:48:32:2:1:48:33:2:2 chr7 37947103 . C T 471.02 PASS AF=0.343023;AO=58;DP=171;FAO=59;FDP=172;FR=.;FRO=113;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=61;FSRR=52;FWDB=-0.0104231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.487;QD=10.9538;RBI=0.0104396;REFB=-0.0182958;REVB=-0.000586905;RO=109;SAF=26;SAR=32;SRF=59;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105872;STB=0.553876;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0331429;OID=.;OPOS=37947103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:172:109:113:58:59:0.343023:32:26:59:50:32:27:61:52 chr7 37947164 . G T 1896.01 PASS AF=1;AO=122;DP=125;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0585352;FXX=0.0159987;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.4852;QD=61.6589;RBI=0.0611299;REFB=0;REVB=-0.017621;RO=0;SAF=63;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000607253;OID=.;OPOS=37947164;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:123:0:0:122:123:1:59:63:0:0:60:63:0:0 chr7 37951735 . G A 367.58 PASS AF=0.312102;AO=49;DP=156;FAO=49;FDP=157;FR=.;FRO=108;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=51;FSRR=57;FWDB=-0.00492856;FXX=0.00632871;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.716;QD=9.36514;RBI=0.0146878;REFB=-0.0108821;REVB=-0.0138363;RO=105;SAF=30;SAR=19;SRF=50;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161254;STB=0.596975;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0243321;OID=.;OPOS=37951735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:105:108:49:49:0.312102:19:30:50:55:19:30:51:57 chr7 37953840 . C T 1977.15 PASS AF=0.992248;AO=128;DP=130;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0138951;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2707;QD=61.307;RBI=0.0148849;REFB=-0.0161486;REVB=-0.00533731;RO=0;SAF=40;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506172;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.000482545;OID=.;OPOS=37953840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:130:129:0:1:128:128:0.992248:88:40:0:0:88:40:1:0 chr7 37961001 . C A 625.3 PASS AF=0.57732;AO=56;DP=97;FAO=56;FDP=97;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0104534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.106;QD=25.7855;RBI=0.0105721;REFB=-0.0576255;REVB=-0.00157941;RO=37;SAF=25;SAR=31;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103498;STB=0.52414;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0435643;OID=.;OPOS=37961001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:37:41:56:56:0.57732:31:25:16:21:31:25:16:25 chr7 37988589 . C T 382.64 PASS AF=0.62069;AO=34;DP=60;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0368341;FXX=0.0793525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.639;QD=26.3892;RBI=0.0426399;REFB=-0.025014;REVB=0.0214804;RO=19;SAF=15;SAR=19;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215327;STB=0.502957;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0215368;OID=.;OPOS=37988589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:19:22:34:36:0.62069:19:15:9:10:21:15:9:13 chr7 37991129 . C A 475.35 PASS AF=0.555556;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=81;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.000562837;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.204;QD=23.4743;RBI=0.0172967;REFB=0.00293966;REVB=-0.0172876;RO=36;SAF=26;SAR=19;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108347;STB=0.559576;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.00139414;OID=.;OPOS=37991129;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:36:36:45:45:0.555556:19:26:16:20:19:26:16:20 chr7 37991186 . C T 436.23 PASS AF=0.517647;AO=43;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=0.0537256;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9223;QD=20.5282;RBI=0.0563957;REFB=-0.0205282;REVB=0.0171474;RO=40;SAF=23;SAR=20;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203069;STB=0.610031;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0241734;OID=.;OPOS=37991186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:40:41:43:44:0.517647:20:23:12:28:21:23:12:29 chr7 38284794 . C T 30.35 PASS AF=0.0879121;AO=8;DP=91;FAO=8;FDP=91;FR=.;FRO=83;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=-0.00902058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4486;QD=1.33387;RBI=0.0183843;REFB=0.000496816;REVB=0.0160191;RO=80;SAF=5;SAR=3;SRF=45;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730336;STB=0.5443;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.00297162;OID=.;OPOS=38284794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:91:91:80:83:8:8:0.0879121:3:5:45:35:3:5:48:35 chr7 38289121 . C T 377.28 PASS AF=0.430108;AO=40;DP=93;FAO=40;FDP=93;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=19;FWDB=-0.0452668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6746;QD=16.2269;RBI=0.0467991;REFB=-0.00299989;REVB=-0.0118772;RO=52;SAF=18;SAR=22;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184002;STB=0.607811;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00154205;OID=.;OPOS=38289121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:53:40:40:0.430108:22:18:33:19:22:18:34:19 chr7 38295958 . C T 264.84 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0823811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2916;QD=27.1633;RBI=0.089086;REFB=-0.00531305;REVB=0.0339068;RO=15;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136281;STB=0.575103;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00212363;OID=.;OPOS=38295958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:11:13:11:4:11:13:11:4 chr7 38305043 . T C 95.9 PASS AF=0.157025;AO=19;DP=121;FAO=19;FDP=121;FR=.;FRO=102;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=50;FSRR=52;FWDB=0.00115494;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.251;QD=3.17032;RBI=0.0112339;REFB=-0.0037381;REVB=-0.0111744;RO=100;SAF=13;SAR=6;SRF=48;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260396;STB=0.665901;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0158468;OID=.;OPOS=38305043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:121:121:100:102:19:19:0.157025:6:13:48:52:6:13:50:52 chr7 38309102 . A C 322.98 PASS AF=0.486111;AO=34;DP=71;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.0343355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0526;QD=17.9434;RBI=0.058447;REFB=-0.00577729;REVB=0.0472983;RO=36;SAF=13;SAR=21;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258716;STB=0.65406;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0063125;OID=.;OPOS=38309102;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:36:37:34:35:0.486111:21:13:24:12:22:13:25:12 chr7 38331416 . C T 471.48 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0293876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.219;QD=20.9547;RBI=0.03134;REFB=-0.0200294;REVB=-0.0108888;RO=42;SAF=14;SAR=32;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242973;STB=0.636024;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0211954;OID=.;OPOS=38331416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:42:44:46:46:0.511111:32:14:24:18:32:14:25:19 chr7 38356849 . C T 327.88 PASS AF=0.353448;AO=41;DP=116;FAO=41;FDP=116;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=0.0126038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.207;QD=11.3063;RBI=0.0143839;REFB=-0.00840582;REVB=0.00693111;RO=75;SAF=13;SAR=28;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178952;STB=0.603179;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0144191;OID=.;OPOS=38356849;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:75:75:41:41:0.353448:28:13:35:40:28:13:35:40 chr7 38388735 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=321.254;QD=37.4885;RBI=0.0302176;REFB=0;REVB=0.0257161;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.85088e-05;OID=.;OPOS=38388735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr7 38388895 . A T 224.92 PASS AF=0.488889;AO=21;DP=44;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.016234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.746;QD=19.9928;RBI=0.017069;REFB=-0.0105256;REVB=-0.00527314;RO=23;SAF=12;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464258;STB=0.536049;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00895085;OID=.;OPOS=38388895;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:23:23:21:22:0.488889:9:12:12:11:9:13:12:11 chr7 38389410 . G C 556.24 PASS AF=0.487395;AO=58;DP=119;FAO=58;FDP=119;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=36;FWDB=-0.0173535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1405;QD=18.6973;RBI=0.0173576;REFB=0.00931297;REVB=0.000376397;RO=56;SAF=22;SAR=36;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210892;STB=0.516478;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.0102721;OID=.;OPOS=38389410;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:56:61:58:58:0.487395:36:22:20:36:36:22:25:36 chr7 38393319 . A G 108.27 PASS AF=0.6;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0252529;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9509;QD=21.6544;RBI=0.0466494;REFB=-0.0319561;REVB=0.0392232;RO=8;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231045;STB=0.630934;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00732103;OID=.;OPOS=38393319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:21:20:8:8:12:12:0.6:5:7:2:6:5:7:2:6 chr7 38393343 . T C 226.33 PASS AF=0.617647;AO=18;DP=33;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0304831;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.701;QD=26.6274;RBI=0.0454876;REFB=-0.0257505;REVB=0.0337624;RO=15;SAF=13;SAR=5;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372005;STB=0.663555;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0106003;OID=.;OPOS=38393343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:15:13:18:21:0.617647:5:13:4:11:6:15:4:9 chr7 38393390 . T G 364.45 PASS AF=0.590164;AO=36;DP=61;FAO=36;FDP=61;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0014009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.108;QD=23.8983;RBI=0.0240696;REFB=-0.00476322;REVB=0.0240288;RO=24;SAF=17;SAR=19;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407186;STB=0.513259;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0041735;OID=.;OPOS=38393390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:25:36:36:0.590164:19:17:10:14:19:17:11:14 chr7 38393424 . G A 591.46 PASS AF=0.568627;AO=57;DP=104;FAO=58;FDP=102;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0182454;FXX=0.0285687;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.381;QD=23.1944;RBI=0.0201396;REFB=-0.015071;REVB=-0.00852688;RO=44;SAF=31;SAR=26;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195475;STB=0.514631;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00555593;OID=.;OPOS=38393424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:102:44:44:57:58:0.568627:26:31:25:19:27:31:25:19 chr7 38393448 . G C 854.71 PASS AF=0.59542;AO=77;DP=130;FAO=78;FDP=131;FR=.;FRO=53;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=0.0117905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.038;QD=26.0979;RBI=0.0133834;REFB=-0.0166116;REVB=-0.0063326;RO=53;SAF=37;SAR=40;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216953;STB=0.509003;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0106579;OID=.;OPOS=38393448;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:53:53:77:78:0.59542:40:37:27:26:40:38:27:26 chr7 38393524 . C T 834.59 PASS AF=0.545455;AO=78;DP=143;FAO=78;FDP=143;FR=.;FRO=65;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.0106865;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.894;QD=23.3452;RBI=0.0112733;REFB=-0.00948214;REVB=0.00358967;RO=65;SAF=37;SAR=41;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066002;STB=0.536083;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00774385;OID=.;OPOS=38393524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:65:65:78:78:0.545455:41:37:36:29:41:37:36:29 chr7 38393534 . C T 770.45 PASS AF=0.521127;AO=74;DP=142;FAO=74;FDP=142;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=0.0144716;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1011;QD=21.7028;RBI=0.0242987;REFB=-0.00359356;REVB=0.0195192;RO=66;SAF=35;SAR=39;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101107;STB=0.561986;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00424944;OID=.;OPOS=38393534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:66:68:74:74:0.521127:39:35:39:27:39:35:41:27 chr7 38393592 . C A 466.99 PASS AF=0.5;AO=45;DP=92;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0144804;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.003;QD=20.304;RBI=0.0176739;REFB=-0.0138531;REVB=0.0101333;RO=46;SAF=23;SAR=22;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295233;STB=0.510896;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0154205;OID=.;OPOS=38393592;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:46:45:46:0.5:22:23:25:21:22:24:25:21 chr7 38393713 . A G 308.04 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0212096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5127;QD=20.8843;RBI=0.0229009;REFB=0.0564887;REVB=0.00863719;RO=26;SAF=23;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196994;STB=0.620085;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.010452;OID=.;OPOS=38393713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:27:32:32:0.542373:9:23:13:13:9:23:13:14 chr7 38393798 . A G 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0048309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.859;QD=9.1889;RBI=0.00636143;REFB=-0.00867471;REVB=-0.00413887;RO=24;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909731;STB=0.56486;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0175422;OID=.;OPOS=38393798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:24:25:11:11:0.305556:7:4:7:17:7:4:7:18 chr7 38398565 . G C 581.76 PASS AF=0.561224;AO=53;DP=97;FAO=55;FDP=98;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00759677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1473;QD=23.7454;RBI=0.00764841;REFB=-0.0285379;REVB=-0.000887315;RO=39;SAF=21;SAR=32;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00942365;STB=0.510634;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0203802;OID=.;OPOS=38398565;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:39:43:53:55:0.561224:32:21:15:24:32:23:19:24 chr7 38402496 . A G 451.41 PASS AF=0.517647;AO=43;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0224514;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.365;QD=21.2427;RBI=0.0231135;REFB=-0.00488945;REVB=0.00549242;RO=41;SAF=24;SAR=19;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192057;STB=0.515457;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00464967;OID=.;OPOS=38402496;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:41:41:43:44:0.517647:19:24:22:19:19:25:22:19 chr7 38431430 . A G 496.75 PASS AF=0.580247;AO=46;DP=81;FAO=47;FDP=81;FR=.;FRO=34;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00600103;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.609;QD=24.5306;RBI=0.0102341;REFB=-0.0169636;REVB=0.00829;RO=35;SAF=27;SAR=19;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355444;STB=0.5067;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.012549;OID=.;OPOS=38431430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:35:34:46:47:0.580247:19:27:19:16:20:27:19:15 chr7 38433726 . T G 297.0 PASS AF=0.757576;AO=25;DP=33;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.014761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.941;QD=36.0004;RBI=0.0267591;REFB=-0.0509005;REVB=0.0223196;RO=8;SAF=3;SAR=22;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216635;STB=0.619608;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00892992;OID=.;OPOS=38433726;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:33:33:8:8:25:25:0.757576:22:3:3:5:22:3:3:5 chr7 38467842 . A G 122.32 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0286692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.695;QD=8.43562;RBI=0.0438994;REFB=-0.00919602;REVB=-0.033245;RO=41;SAF=14;SAR=3;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288619;STB=0.677183;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0176067;OID=.;OPOS=38467842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:41:17:17:0.293103:3:14:26:15:3:14:26:15 chr7 38467923 . A G 411.0 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3842;QD=56.689;RBI=0.0548049;REFB=0;REVB=0.0389682;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000933928;OID=.;OPOS=38467923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr7 38468463 . C T 161.01 PASS AF=0.293333;AO=23;DP=76;FAO=22;FDP=75;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=16;FWDB=-0.0144047;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1056;QD=8.58716;RBI=0.0145386;REFB=-0.0100273;REVB=-0.00196843;RO=52;SAF=16;SAR=7;SRF=36;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00461648;STB=0.513387;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0274944;OID=.;OPOS=38468463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:52:53:23:22:0.293333:7:16:36:16:7:15:37:16 chr7 38468695 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.808;QD=46.8479;RBI=0.0156166;REFB=0;REVB=-0.000172211;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000162899;OID=.;OPOS=38468695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr7 38725804 . C T 1226.53 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.573;QD=61.3266;RBI=0.0391337;REFB=0;REVB=-0.00619172;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86334e-05;OID=.;OPOS=38725804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:45:34:0:0:45:35:0:0 chr7 38780883 . C T 1576.41 PASS AF=0.981651;AO=105;DP=107;FAO=107;FDP=109;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00523662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=305.673;QD=57.85;RBI=0.00650585;REFB=-0.00620355;REVB=-0.00386055;RO=2;SAF=57;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193602;STB=0.510202;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=3.48867e-05;OID=.;OPOS=38780883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:109:2:2:105:107:0.981651:48:57:0:2:48:59:0:2 chr7 38780924 . T C 1844.13 PASS AF=1;AO=119;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420796;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.634;QD=61.471;RBI=0.0435693;REFB=0;REVB=0.0112958;RO=0;SAF=54;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107452;OID=.;OPOS=38780924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:119:120:1:65:54:0:0:66:54:0:0 chr7 38796570 . G A 173.47 PASS AF=0.319444;AO=23;DP=72;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0779051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6257;QD=9.63699;RBI=0.080173;REFB=-0.0127039;REVB=-0.0189339;RO=49;SAF=12;SAR=11;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154233;STB=0.590169;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0226249;OID=.;OPOS=38796570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:49:49:23:23:0.319444:11:12:32:17:11:12:32:17 chr7 39472681 . C T 306.92 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0385842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.571;QD=18.0539;RBI=0.0406975;REFB=0.034518;REVB=0.0129439;RO=33;SAF=25;SAR=8;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166006;STB=0.599064;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.0240276;OID=.;OPOS=39472681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:35:33:33:0.485294:8:25:20:13:8:25:21:14 chr7 39472708 . A G 327.27 PASS AF=0.5;AO=33;DP=67;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00613506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.916;QD=18.7009;RBI=0.0119698;REFB=-0.0161058;REVB=-0.0102779;RO=32;SAF=26;SAR=7;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247695;STB=0.601095;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0131107;OID=.;OPOS=39472708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:70:32:35:33:35:0.5:7:26:18:14:9:26:20:15 chr7 39472846 . G A 385.39 PASS AF=0.627119;AO=37;DP=58;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0738664;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.2721;QD=26.1284;RBI=0.136005;REFB=-0.0478949;REVB=-0.114198;RO=20;SAF=19;SAR=18;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881165;STB=0.545931;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0235492;OID=.;OPOS=39472846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:20:22:37:37:0.627119:18:19:13:7:18:19:14:8 chr7 40314165 . G A 790.19 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.757;QD=63.2155;RBI=0.0549652;REFB=0;REVB=0.0437403;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283181;OID=.;OPOS=40314165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:29:20:0:0:29:21:0:0 chr7 40899967 . G C 713.47 PASS AF=1;AO=39;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416743;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.16;QD=62.0409;RBI=0.04242;REFB=0;REVB=0.00791917;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00223856;OID=.;OPOS=40899967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:39:46:1:14:25:0:0:18:28:0:0 chr7 42088222 . T C 300.15 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0380197;FXX=0.0499937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7937;QD=15.7974;RBI=0.040314;REFB=-0.0132629;REVB=0.0134061;RO=40;SAF=9;SAR=24;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143885;STB=0.594981;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0211001;OID=.;OPOS=42088222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:76:40:43:33:33:0.434211:24:9:16:24:24:9:18:25 chr7 42950640 . C G,T 1493.04 PASS AF=0.0520833,0.947917;AO=5,90;DP=95;FAO=5,91;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=3,53;FSAR=2,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376002,-0.0488764;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=13.2074,67.2787;QD=62.21;RBI=0.0377848,0.0493312;REFB=0,0;REVB=-0.00373003,-0.00668345;RO=0;SAF=3,52;SAR=2,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.28321e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.109394,-0.00639731;OID=.,.;OPOS=42950640,42950640;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:95:96:0:0:5,90:5,91:0.0520833,0.947917:2,38:3,52:0:0:2,38:3,53:0:0 chr7 42970733 . C T 1153.06 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0333191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.807;QD=60.6873;RBI=0.0524844;REFB=0;REVB=0.0405518;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57411e-05;OID=.;OPOS=42970733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:44:32:0:0:44:32:0:0 chr7 42976789 . A G 1987.53 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.622;QD=62.1104;RBI=0.0691747;REFB=0;REVB=0.0664829;RO=0;SAF=54;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164856;OID=.;OPOS=42976789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:128:0:0:126:128:1:72:54:0:0:74:54:0:0 chr7 42977091 . G A 1120.23 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00672637;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.8923;QD=60.5529;RBI=0.024549;REFB=0;REVB=0.0236095;RO=0;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.73067e-05;OID=.;OPOS=42977091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:45:29:0:0:45:29:0:0 chr7 43664280 . A G 1955.02 PASS AF=0.992188;AO=126;DP=127;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0143419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.612;QD=61.0944;RBI=0.0182976;REFB=0.00725187;REVB=0.0113627;RO=1;SAF=67;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798567;STB=0.504201;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=2.32289e-05;OID=.;OPOS=43664280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:128:1:1:126:127:0.992188:59:67:0:1:59:68:0:1 chr7 43664625 . G T 651.13 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.773;QD=62.0124;RBI=0.0350831;REFB=0;REVB=0.00805045;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108077;OID=.;OPOS=43664625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr7 43664785 . C T 820.56 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.035246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.103;QD=55.631;RBI=0.0414956;REFB=-0.0951312;REVB=-0.0218998;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000811171;OID=.;OPOS=43664785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:59:0:1:57:58:0.983051:30:27:0:0:30:28:0:1 chr7 43688245 . A ACTT 150.5 PASS AF=0.276316;AO=20;DP=79;FAO=21;FDP=76;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.00142887;FXX=0.0379699;HRUN=0;LEN=3;MLLD=267.231;QD=7.92085;RBI=0.0136271;REFB=0.00703818;REVB=-0.013552;RO=57;SAF=7;SAR=13;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176252;STB=0.642719;STBP=0.128;TYPE=ins;VARB=-0.0178862;OID=.;OPOS=43688246;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=ACTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.276316:20:79:21:76:55:7:14:29:26:99:57:7:13:28:29 chr7 43810764 . G A 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00323742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.104;QD=60.0299;RBI=0.0196457;REFB=0;REVB=0.0193772;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42334e-05;OID=.;OPOS=43810764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:37:35:0:0:37:35:0:0 chr7 43846603 . A G 258.22 PASS AF=0.32381;AO=33;DP=104;FAO=34;FDP=105;FR=.;FRO=71;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=-0.00483034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.109;QD=9.83682;RBI=0.0095027;REFB=0.00317666;REVB=0.00818347;RO=69;SAF=12;SAR=21;SRF=38;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218265;STB=0.622064;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00439618;OID=.;OPOS=43846603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:69:71:33:34:0.32381:21:12:38:31:21:13:40:31 chr7 43916128 . C CCT,T 1084.2 PASS AF=0.986486,0;AO=64,3;DP=83;FAO=73,0;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=33,0;FSAR=40,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0203226,0.00116162;FXX=0.038956;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=263.472,219.864;QD=58.6053;RBI=0.0237562,0.0142504;REFB=-0.0179737,-0.0848282;REVB=-0.0123025,-0.014203;RO=10;SAF=24,3;SAR=40,0;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0598808,0.622111;STB=0.506171,0.5;STBP=0.501,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000186353,0;OID=.,.;OPOS=43916129,43916128;OREF=-,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CCT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:74:10:1:64,3:73,0:0.986486,0:40,0:24,3:6:4:40,0:33,0:0:1 chr7 43916138 . C G 1066.16 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.054213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.954;QD=58.4198;RBI=0.055802;REFB=-0.022501;REVB=0.0132218;RO=1;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113966;STB=0.506022;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000910517;OID=.;OPOS=43916138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:41:31:0:1:41:31:0:1 chr7 43916727 . T G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0648999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.661;QD=51.1841;RBI=0.0734029;REFB=0;REVB=-0.0342927;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100143;OID=.;OPOS=43916727;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr7 43917013 . G A 1715.82 PASS AF=0.991304;AO=113;DP=114;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0574507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.773;QD=59.6808;RBI=0.058263;REFB=0.0996337;REVB=0.0096947;RO=1;SAF=47;SAR=66;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999513;STB=0.505154;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.000262872;OID=.;OPOS=43917013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:114:115:1:1:113:114:0.991304:66:47:1:0:66:48:1:0 chr7 43917274 . A G 528.87 PASS AF=1;AO=23;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.10205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8117;QD=58.763;RBI=0.10211;REFB=0;REVB=0.00349754;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00318219;OID=.;OPOS=43917274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:23:36:1:14:9:0:0:22:14:0:0 chr7 43918078 . GA G 130.83 PASS AF=0.402985;AO=26;DP=69;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.000900619;FXX=0.0289813;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.6693;QD=7.81072;RBI=0.226195;REFB=-0.0277468;REVB=0.226193;RO=39;SAF=24;SAR=2;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0.504112;SSSB=0.625907;STB=0.816744;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0558941;OID=.;OPOS=43918079;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.402985:26:69:27:67:40:24:3:19:21:99:39:24:2:18:21 chr7 43982482 . A C 2367.25 PASS AF=1;AO=143;DP=144;FAO=148;FDP=148;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00750244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.362;QD=63.9797;RBI=0.0311767;REFB=0;REVB=0.0302605;RO=0;SAF=73;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12326e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.461e-05;OID=.;OPOS=43982482;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:144:148:0:0:143:148:1:70:73:0:0:74:74:0:0 chr7 44027348 . A G 1678.75 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.050029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0695;QD=59.4248;RBI=0.0567547;REFB=-0.00710658;REVB=-0.0267991;RO=1;SAF=51;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00921867;STB=0.504853;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.000283606;OID=.;OPOS=44027348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:113:113:1:1:112:112:0.99115:61:51:1:0:61:51:1:0 chr7 44047066 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0625438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.909;QD=59.4354;RBI=0.0629831;REFB=0;REVB=-0.00742584;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000501776;OID=.;OPOS=44047066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr7 44148553 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.064522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.857;QD=58.4195;RBI=0.0663868;REFB=0;REVB=0.0156246;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000286391;OID=.;OPOS=44148553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:39:24:0:0:39:24:0:0 chr7 44180079 . A AG 303.63 PASS AF=1;AO=31;DP=42;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=11.5164;QD=32.8246;RBI=0.0693019;REFB=0;REVB=-0.0482839;RO=10;SAF=7;SAR=24;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208955;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0030065;OID=.;OPOS=44180080;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:42:37:37:0:10:27:0:0:6:10:7:24:6:4 chr7 44180651 . CG CT,TC 252.84 PASS AF=0.230769,0.358974;AO=17,2;DP=41;FAO=9,14;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=5,1;FSAR=4,13;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0308872,-0.0330974;FXX=0.0930016;HRUN=3,4;LEN=1,2;MLLD=114.613,154.774;QD=25.9324;RBI=0.120154,0.106877;REFB=-0.0132864,-0.00188326;REVB=-0.116116,-0.101623;RO=12;SAF=3,1;SAR=14,1;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.24588,0.0855427;STB=0.504494,0.866014;STBP=0.999,0.002;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0548945,-0.0328599;OID=.,.;OPOS=44180652,44180651;OREF=G,CG;OALT=T,TC;OMAPALT=CT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:41:39:12:16:17,2:9,14:0.230769,0.358974:14,1:3,1:5:7:4,13:5,1:9:7 chr7 44258963 . TG GT,TT 273.03 PASS AF=0.101852,0.351852;AO=8,14;DP=90;FAO=11,38;FDP=108;FR=.;FRO=59;FSAF=8,37;FSAR=3,1;FSRF=55;FSRR=4;FWDB=-0.00779145,0.0131705;FXX=0;HRUN=20,1;LEN=2,1;MLLD=53.7379,157.535;QD=10.1123;RBI=0.0473901,0.0132308;REFB=-0.0578702,-0.00103877;REVB=0.0467452,-0.00126195;RO=55;SAF=6,12;SAR=2,2;SRF=52;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.478417,-0.302814;STB=0.771149,0.667755;STBP=0.339,0.241;TYPE=mnp,snp;VARB=0.026025,0.0527588;OID=.,.;OPOS=44258963,44258964;OREF=TG,G;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:90:108:55:59:8,14:11,38:0.101852,0.351852:2,2:6,12:52:3:3,1:8,37:55:4 chr7 44266184 . C T 159.59 PASS AF=0.566667;AO=16;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=0.0478093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2982;QD=21.2781;RBI=0.0892918;REFB=-0.0180401;REVB=-0.0754141;RO=13;SAF=15;SAR=1;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462919;STB=0.533291;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0203718;OID=.;OPOS=44266184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:16:17:0.566667:1:15:12:1:1:16:12:1 chr7 44442296 . A C 542.24 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194667;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.631;QD=60.2489;RBI=0.0315682;REFB=0;REVB=0.0248515;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204663;OID=.;OPOS=44442296;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr7 44606098 . C T 128.12 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0356;QD=42.7057;RBI=0.0612365;REFB=0;REVB=0.0591928;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136304;OID=.;OPOS=44606098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:1:10:0:0:2:10:0:0 chr7 44608718 . C T 215.14 PASS AF=0.826087;AO=18;DP=22;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0271569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5411;QD=37.416;RBI=0.028393;REFB=-0.0746034;REVB=0.00828645;RO=2;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833329;STB=0.504582;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0106777;OID=.;OPOS=44608718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:22:23:2:4:18:19:0.826087:10:8:0:2:10:9:2:2 chr7 44620836 . C A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.416;QD=53.2772;RBI=0.0463868;REFB=0;REVB=0.0230857;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300016;OID=.;OPOS=44620836;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr7 44747221 . A T 50.94 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0177708;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.725;QD=4.85126;RBI=0.0390755;REFB=-0.00245957;REVB=-0.0348008;RO=34;SAF=4;SAR=4;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713609;STB=0.547501;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0124132;OID=.;OPOS=44747221;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:42:34:34:8:8:0.190476:4:4:19:15:4:4:19:15 chr7 44747499 . G A 244.99 PASS AF=0.6875;AO=20;DP=30;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00203068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8447;QD=30.6242;RBI=0.0282183;REFB=-0.0561417;REVB=0.0281451;RO=10;SAF=12;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517226;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0228268;OID=.;OPOS=44747499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:32:10:10:20:22:0.6875:8:12:6:4:10:12:6:4 chr7 44748451 . G A 172.46 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0220177;FXX=0.0882094;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.383;QD=22.253;RBI=0.0517756;REFB=-0.0221537;REVB=0.0468609;RO=12;SAF=5;SAR=12;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399495;STB=0.504582;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.01453;OID=.;OPOS=44748451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:12:14:17:17:0.548387:12:5:3:9:12:5:4:10 chr7 44836314 . A C,G 1079.67 PASS AF=0.0410959,0.958904;AO=3,70;DP=73;FAO=3,70;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=1,35;FSAR=2,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0431043,0.00151219;FXX=0.0135117;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=13.5041,83.308;QD=59.1598;RBI=0.0481057,0.00516446;REFB=0,0;REVB=0.0213583,-0.00493811;RO=0;SAF=1,35;SAR=2,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.16037,-0.000777028;OID=.,.;OPOS=44836314,44836314;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:73:73:0:0:3,70:3,70:0.0410959,0.958904:2,35:1,35:0:0:2,35:1,35:0:0 chr7 45004063 . T C 1088.61 PASS AF=1;AO=69;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.701;QD=59.6499;RBI=0.0233552;REFB=0;REVB=0.0180836;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.99192e-05;OID=.;OPOS=45004063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:69:73:1:34:35:0:0:36:37:0:0 chr7 45009325 . G A 724.15 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0239438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.275;QD=59.1143;RBI=0.0405661;REFB=-0.0939941;REVB=0.0327461;RO=1;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184413;STB=0.501307;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00218039;OID=.;OPOS=45009325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:49:1:2:47:47:0.959184:25:22:0:1:25:22:1:1 chr7 45009341 . A G 769.1 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0465506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4645;QD=56.9703;RBI=0.0487388;REFB=0;REVB=-0.0144401;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000611616;OID=.;OPOS=45009341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:29:25:0:0:29:25:0:0 chr7 45009723 . G A 239.42 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.975;QD=50.4035;RBI=0.0371254;REFB=0;REVB=0.0186095;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281039;OID=.;OPOS=45009723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr7 45217015 . T C 228.61 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0257408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7999;QD=11.7235;RBI=0.0258719;REFB=-0.0207353;REVB=0.00260084;RO=49;SAF=15;SAR=13;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282126;STB=0.522919;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0641271;OID=.;OPOS=45217015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:49:50:28:28:0.358974:13:15:25:24:13:15:25:25 chr7 45225838 . AA TC 132.66 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=32;FWDB=0.0203325;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=170.549;QD=9.149;RBI=0.0209151;REFB=-0.00752609;REVB=-0.00490236;RO=40;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.455497;STB=0.763106;STBP=0.026;TYPE=mnp;VARB=0.0105833;OID=.;OPOS=45225838;OREF=AA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:18:18:0.310345:7:11:8:32:7:11:8:32 chr7 45703971 . G A 359.58 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00525509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.789;QD=17.3292;RBI=0.0278578;REFB=-0.0190492;REVB=0.0273576;RO=45;SAF=17;SAR=21;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246872;STB=0.513819;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0254955;OID=.;OPOS=45703971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:21:17:19:26:21:17:19:26 chr7 45756997 . C G 877.78 PASS AF=0.607692;AO=79;DP=131;FAO=79;FDP=130;FR=.;FRO=51;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.00207072;FXX=0.00763301;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.636;QD=27.0087;RBI=0.012114;REFB=-0.0068803;REVB=-0.0119357;RO=51;SAF=36;SAR=43;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177601;STB=0.509632;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00450426;OID=.;OPOS=45756997;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:130:51:51:79:79:0.607692:43:36:22:29:43:36:22:29 chr7 45762687 . A AAAT,T 189.87 PASS AF=0.416667,0;AO=17,2;DP=54;FAO=20,0;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=5,0;FSAR=15,0;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00518788,0.0113386;FXX=0.039992;HRUN=5,5;LEN=3,1;MLLD=275.212,262.498;QD=15.8227;RBI=0.00521122,0.011501;REFB=-0.0084248,-0.00757972;REVB=-0.000492688,-0.00192557;RO=33;SAF=4,0;SAR=13,2;SRF=18;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.36736,-0.464178;STB=0.717166,0.5;STBP=0.017,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00758734,0;OID=.,.;OPOS=45762688,45762687;OREF=-,A;OALT=AAT,T;OMAPALT=AAAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:48:33:28:17,2:20,0:0.416667,0:13,2:4,0:18:15:15,0:5,0:17:11 chr7 45764099 . A G 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0140551;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=274.334;QD=22.5346;RBI=0.0143447;REFB=-0.0146346;REVB=-0.00286801;RO=15;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717531;STB=0.540151;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0116641;OID=.;OPOS=45764099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:11:8:5:10:11:8:5:10 chr7 45765234 . G T 94.22 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0167705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.569;QD=10.4684;RBI=0.0353498;REFB=-0.0079401;REVB=0.0311185;RO=24;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183569;STB=0.60991;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0160202;OID=.;OPOS=45765234;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:7:5:14:10:7:5:14:10 chr7 45932669 . A G 285.98 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=23;FWDB=0.0248412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.173;QD=20.4272;RBI=0.0249282;REFB=0.00840191;REVB=0.00208165;RO=26;SAF=6;SAR=24;SRF=3;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120318;STB=0.566225;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.00667097;OID=.;OPOS=45932669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:24:6:3:23:24:6:3:23 chr7 46732428 . A G 1629.58 PASS AF=0.990909;AO=109;DP=111;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000928886;FXX=0.0090082;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.35;QD=59.2576;RBI=0.00874099;REFB=-0.105688;REVB=0.00869149;RO=0;SAF=52;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53715e-08;STB=0.504761;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=7.60739e-05;OID=.;OPOS=46732428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:111:110:0:1:109:109:0.990909:57:52:0:0:57:52:1:0 chr7 47323456 . A G 203.71 PASS AF=0.367647;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=68;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.00227744;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.434;QD=11.9832;RBI=0.0312785;REFB=0.00146554;REVB=-0.0311955;RO=43;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103036;STB=0.559276;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.00317112;OID=.;OPOS=47323456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:43:43:25:25:0.367647:14:11:15:28:14:11:15:28 chr7 47408029 . A G 1028.64 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415458;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.239;QD=59.6313;RBI=0.0416;REFB=0;REVB=-0.00212284;RO=0;SAF=22;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104339;OID=.;OPOS=47408029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:47:22:0:0:47:22:0:0 chr7 47408443 . C G 344.55 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113472;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.44;QD=55.1272;RBI=0.0395261;REFB=0;REVB=-0.0378623;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000304641;OID=.;OPOS=47408443;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr7 47408974 . T A 740.23 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.972;QD=56.9407;RBI=0.0506581;REFB=0;REVB=0.0045593;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012756;OID=.;OPOS=47408974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr7 47481602 . G A 118.17 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.0566663;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.955;QD=11.2544;RBI=0.0770407;REFB=-0.00367622;REVB=-0.0521938;RO=27;SAF=4;SAR=10;SRF=22;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.539796;STB=0.802099;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0092113;OID=.;OPOS=47481602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:27:28:14:14:0.333333:10:4:22:5:10:4:22:6 chr7 47568718 . C T 579.55 PASS AF=0.56383;AO=53;DP=94;FAO=53;FDP=94;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=40;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=-0.0610375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.156;QD=24.6617;RBI=0.0615304;REFB=-0.0109804;REVB=0.00777299;RO=41;SAF=13;SAR=40;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142606;STB=0.578522;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00989613;OID=.;OPOS=47568718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:41:41:53:53:0.56383:40:13:16:25:40:13:16:25 chr7 47851623 . C T 200.14 PASS AF=0.5;AO=19;DP=42;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00960988;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8774;QD=20.0137;RBI=0.0262329;REFB=0.00669765;REVB=0.0244093;RO=18;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226898;STB=0.5251;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.00254519;OID=.;OPOS=47851623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:40:18:20:19:20:0.5:9:10:9:9:9:11:10:10 chr7 47852837 . C T 561.37 PASS AF=0.552381;AO=54;DP=103;FAO=58;FDP=105;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=0.00321943;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.851;QD=21.3856;RBI=0.0120685;REFB=-0.00620788;REVB=-0.0116311;RO=44;SAF=26;SAR=28;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153831;STB=0.599967;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00760064;OID=.;OPOS=47852837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:44:47:54:58:0.552381:28:26:13:31:29:29:13:34 chr7 47854956 . C T 1235.21 PASS AF=0.585859;AO=108;DP=197;FAO=116;FDP=198;FR=.;FRO=82;FSAF=63;FSAR=53;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=0.022629;FXX=0.0341447;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.064;QD=24.9537;RBI=0.0395959;REFB=-0.0262226;REVB=0.0324925;RO=70;SAF=63;SAR=45;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194997;STB=0.502718;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0175786;OID=.;OPOS=47854956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:198:70:82:108:116:0.585859:45:63:39:31:53:63:44:38 chr7 47872845 . A G 1204.31 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284306;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4625;QD=60.9775;RBI=0.0683801;REFB=0;REVB=0.0621895;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00285299;OID=.;OPOS=47872845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:79:0:0:75:79:1:45:30:0:0:47:32:0:0 chr7 47879049 . G A 749.26 PASS AF=0.454545;AO=78;DP=175;FAO=80;FDP=176;FR=.;FRO=96;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=64;FSRR=32;FWDB=-0.00210705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.239;QD=17.0285;RBI=0.0140117;REFB=-0.0144329;REVB=-0.0138524;RO=96;SAF=44;SAR=34;SRF=64;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105335;STB=0.5651;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0119285;OID=.;OPOS=47879049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:96:96:78:80:0.454545:34:44:64:32:36:44:64:32 chr7 47906069 . C T 354.14 PASS AF=0.401961;AO=41;DP=102;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.000350774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.823;QD=13.8879;RBI=0.00944983;REFB=-0.0131044;REVB=0.00944332;RO=61;SAF=13;SAR=28;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276378;STB=0.656814;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0131041;OID=.;OPOS=47906069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:61:61:41:41:0.401961:28:13:35:26:28:13:35:26 chr7 47913579 . T C 1201.79 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.823;QD=60.8501;RBI=0.0233135;REFB=0;REVB=0.0101317;RO=0;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35403e-05;OID=.;OPOS=47913579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:77:79:1:32:45:0:0:32:47:0:0 chr7 47921682 . A T 550.03 PASS AF=0.511364;AO=35;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00966753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.438;QD=25.0011;RBI=0.0441688;REFB=-0.0251314;REVB=0.0430978;RO=36;SAF=17;SAR=18;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012995;STB=0.545434;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0354596;OID=.;OPOS=47921682;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:36:36:35:45:0.511364:18:17:18:18:27:18:18:18 chr7 47925331 . C G 1113.26 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.314;QD=60.1761;RBI=0.0591233;REFB=0;REVB=0.028272;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.00667e-05;OID=.;OPOS=47925331;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:74:0:0:68:74:1:32:36:0:0:34:40:0:0 chr7 47968927 . C A 220.01 PASS AF=0.478261;AO=20;DP=44;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00374157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.382;QD=19.131;RBI=0.0117768;REFB=-0.0231091;REVB=0.0111666;RO=23;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234446;STB=0.65611;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0320064;OID=.;OPOS=47968927;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:23:24:20:22:0.478261:12:8:15:8:14:8:16:8 chr7 47971575 . A G 707.14 PASS AF=0.652174;AO=60;DP=92;FAO=60;FDP=92;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.0163885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.513;QD=30.7452;RBI=0.0325228;REFB=-0.031557;REVB=-0.0280918;RO=32;SAF=26;SAR=34;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162385;STB=0.587867;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0227344;OID=.;OPOS=47971575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:32:32:60:60:0.652174:34:26:22:10:34:26:22:10 chr7 48004962 . C T 193.43 PASS AF=0.75;AO=17;DP=23;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.00348047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.865;QD=32.2386;RBI=0.0107103;REFB=0.0184716;REVB=0.010129;RO=6;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24788;STB=0.636219;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=-0.00176518;OID=.;OPOS=48004962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:24:6:6:17:18:0.75:9:8:6:0:10:8:6:0 chr7 48016353 . G T 254.41 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.00387295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.587;QD=15.4185;RBI=0.0205066;REFB=-0.00596621;REVB=-0.0201376;RO=37;SAF=16;SAR=13;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2229;STB=0.625431;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00739227;OID=.;OPOS=48016353;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:13:16:12:25:13:16:12:25 chr7 48086077 . C T 445.64 PASS AF=0.617647;AO=42;DP=68;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0170777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.755;QD=26.2143;RBI=0.0171123;REFB=0.00654832;REVB=0.00108805;RO=26;SAF=16;SAR=26;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0309797;STB=0.516929;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.00364392;OID=.;OPOS=48086077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:26:26:42:42:0.617647:26:16:11:15:26:16:11:15 chr7 48086161 . T C 415.41 PASS AF=0.65;AO=39;DP=60;FAO=39;FDP=60;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0124765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.928;QD=27.6942;RBI=0.0197836;REFB=-0.0176028;REVB=0.0153535;RO=21;SAF=18;SAR=21;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834696;STB=0.545432;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0127501;OID=.;OPOS=48086161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:21:21:39:39:0.65:21:18:7:14:21:18:7:14 chr7 48089542 . T C 382.22 PASS AF=0.5;AO=32;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0194696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4278;QD=19.6008;RBI=0.0203428;REFB=-0.0255996;REVB=0.005896;RO=37;SAF=19;SAR=13;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277647;STB=0.514278;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0333653;OID=.;OPOS=48089542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:37:39:32:39:0.5:13:19:23:14:13:26:25:14 chr7 48089571 . C A 350.97 PASS AF=0.530303;AO=23;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.050756;FXX=0.0294074;HRUN=7;LEN=1;MLLD=157.324;QD=21.2706;RBI=0.0624632;REFB=-0.0188377;REVB=0.0364071;RO=19;SAF=15;SAR=8;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018252;STB=0.536892;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00208355;OID=.;OPOS=48089571;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:19:28:23:35:0.530303:8:15:12:7:14:21:19:9 chr7 48092486 . T C 67.39 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0364068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.119;QD=13.4787;RBI=0.036628;REFB=-0.0404019;REVB=-0.00401928;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202897;STB=0.620415;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0475936;OID=.;OPOS=48092486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:6:3:6:5:6:3:6:5 chr7 48285485 . C T 688.22 PASS AF=0.573913;AO=66;DP=115;FAO=66;FDP=115;FR=.;FRO=49;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00889192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.709;QD=23.9382;RBI=0.013029;REFB=-0.0191759;REVB=-0.00952299;RO=48;SAF=40;SAR=26;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131981;STB=0.576592;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0140729;OID=.;OPOS=48285485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:48:49:66:66:0.573913:26:40:21:27:26:40:21:28 chr7 48312674 . G A 787.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00689836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3013;QD=56.2485;RBI=0.0088261;REFB=0;REVB=-0.00550569;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00375129;OID=.;OPOS=48312674;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:32:22:0:0:32:24:0:0 chr7 48313757 . G A 141.85 PASS AF=0.4;AO=15;DP=39;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0463678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.126;QD=14.1849;RBI=0.046725;REFB=-0.00938967;REVB=-0.00576698;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12221;STB=0.586849;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0200734;OID=.;OPOS=48313757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:24:24:15:16:0.4:7:8:10:14:7:9:10:14 chr7 48313881 . T C 71.58 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.00750342;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.9516;QD=7.15785;RBI=0.00753971;REFB=0.00409626;REVB=-0.000738948;RO=30;SAF=1;SAR=9;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291137;STB=0.691834;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=-0.0268714;OID=.;OPOS=48313881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:40:40:30:30:10:10:0.25:9:1:7:23:9:1:7:23 chr7 48315796 . C A 958.53 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320852;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.922;QD=58.9865;RBI=0.0420219;REFB=0;REVB=0.0271364;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254932;OID=.;OPOS=48315796;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:38:27:0:0:38:27:0:0 chr7 48317708 . A C 119.92 PASS AF=0.211111;AO=19;DP=90;FAO=19;FDP=90;FR=.;FRO=71;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=50;FSRR=21;FWDB=-0.0104314;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.221;QD=5.32965;RBI=0.0112728;REFB=-0.00724701;REVB=-0.00427349;RO=70;SAF=13;SAR=6;SRF=49;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231878;STB=0.518499;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0205224;OID=.;OPOS=48317708;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:70:71:19:19:0.211111:6:13:49:21:6:13:50:21 chr7 48318811 . C T 487.37 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00467653;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.731;QD=59.075;RBI=0.0170356;REFB=0;REVB=0.0163812;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000146691;OID=.;OPOS=48318811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chr7 48336844 . C T 1447.77 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0454429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.289;QD=62.9466;RBI=0.045481;REFB=0;REVB=0.00186145;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112944;OID=.;OPOS=48336844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:44:48:0:0:44:48:0:0 chr7 48428715 . A T 199.94 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0038877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.02;QD=11.5909;RBI=0.00414034;REFB=-0.008362;REVB=-0.00142416;RO=44;SAF=15;SAR=10;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232611;STB=0.63418;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0150743;OID=.;OPOS=48428715;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:10:15:17:27:10:15:17:27 chr7 48443570 . G A,T 718.14 PASS AF=0.980392,0.0196078;AO=48,3;DP=51;FAO=50,1;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22,1;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0459678,-0.0704742;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=58.2401,14.684;QD=56.3244;RBI=0.0730834,0.0807418;REFB=0,0;REVB=-0.0568168,-0.0394033;RO=0;SAF=20,3;SAR=28,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.56477e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000330657,0.153155;OID=.,.;OPOS=48443570,48443570;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:51:51:0:0:48,3:50,1:0.980392,0.0196078:28,0:20,3:0:0:28,0:22,1:0:0 chr7 48450157 . T C 1571.86 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233642;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.055;QD=64.1575;RBI=0.0264491;REFB=0;REVB=0.0123963;RO=0;SAF=55;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.90433e-05;OID=.;OPOS=48450157;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:43:55:0:0:43:55:0:0 chr7 48545976 . A G 1448.46 PASS AF=0.969072;AO=94;DP=97;FAO=94;FDP=97;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00439125;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.756;QD=59.7305;RBI=0.00529892;REFB=-0.0882667;REVB=0.00296573;RO=3;SAF=33;SAR=61;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227464;STB=0.511997;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.000732672;OID=.;OPOS=48545976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:97:97:3:3:94:94:0.969072:61:33:0:3:61:33:0:3 chr7 48964322 . G T 1078.47 PASS AF=0.986667;AO=67;DP=69;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0324608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.93;QD=57.5185;RBI=0.0364808;REFB=-0.117223;REVB=0.0166476;RO=1;SAF=38;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122746;STB=0.505616;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000475667;OID=.;OPOS=48964322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:69:75:1:1:67:74:0.986667:29:38:1:0:30:44:1:0 chr7 48964751 . G A 746.8 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5696;QD=63.5577;RBI=0.0240577;REFB=0;REVB=-0.0216167;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.57576e-05;OID=.;OPOS=48964751;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr7 48965000 . G A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0416062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.307;QD=60.6093;RBI=0.0416103;REFB=0;REVB=0.000583368;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.90943e-05;OID=.;OPOS=48965000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr7 49815474 . C T 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00718094;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.039;QD=8.81107;RBI=0.0351848;REFB=-0.0128306;REVB=-0.0344442;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390901;STB=0.740006;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0174544;OID=.;OPOS=49815474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:2:4:3:8:2:4:3:8 chr7 50173777 . A G 740.7 PASS AF=1;AO=43;DP=49;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217467;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=151.985;QD=63.0381;RBI=0.0233765;REFB=0;REVB=0.0085755;RO=1;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208679;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000709387;OID=.;OPOS=50173777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:47:1:0:43:47:1:22:21:0:1:26:21:0:0 chr7 50175681 . C T 1594.37 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00631848;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.28;QD=60.1649;RBI=0.0153287;REFB=0;REVB=0.0139659;RO=0;SAF=50;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.82482e-05;OID=.;OPOS=50175681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:55:50:0:0:56:50:0:0 chr7 50436033 . A G 378.86 PASS AF=0.673077;AO=35;DP=52;FAO=35;FDP=52;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.026102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.832;QD=29.1431;RBI=0.0415332;REFB=0.00382792;REVB=-0.0323062;RO=17;SAF=18;SAR=17;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115587;STB=0.562879;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.00208151;OID=.;OPOS=50436033;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:17:17:35:35:0.673077:17:18:12:5:17:18:12:5 chr7 50471613 . G A 409.8 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.0441645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1986;QD=20.7493;RBI=0.0446023;REFB=-0.0493605;REVB=-0.00623395;RO=38;SAF=25;SAR=16;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943877;STB=0.552066;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0294076;OID=.;OPOS=50471613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:38:41:41:0.518987:16:25:27:11:16:25:27:11 chr7 50514337 . C A 261.21 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0158824;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.361;QD=16.8519;RBI=0.0230052;REFB=-0.00641982;REVB=-0.0166431;RO=34;SAF=17;SAR=12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836795;STB=0.538435;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00842986;OID=.;OPOS=50514337;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:34:33:29:29:0.467742:12:17:17:17:12:17:17:16 chr7 50544314 . C T 143.28 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0243085;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.85;QD=15.4892;RBI=0.0270919;REFB=-0.00297463;REVB=0.0119613;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703014;STB=0.54049;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00486378;OID=.;OPOS=50544314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:8:8:9:12:8:8:9:12 chr7 50611735 . T C 1152.72 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00990845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8838;QD=60.6694;RBI=0.0210555;REFB=0;REVB=-0.0185784;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.86428e-05;OID=.;OPOS=50611735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:38:38:0:0:38:38:0:0 chr7 50660404 . G A 356.09 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0721142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.597;QD=24.5582;RBI=0.072427;REFB=0.0190392;REVB=-0.00672423;RO=22;SAF=15;SAR=20;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177047;STB=0.604819;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00239724;OID=.;OPOS=50660404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:22:23:35:35:0.603448:20:15:15:7:20:15:16:7 chr7 50660438 . T C 851.12 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00939325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.608;QD=57.703;RBI=0.0325289;REFB=0;REVB=0.0311431;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20326e-05;OID=.;OPOS=50660438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr7 50660787 . G A 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00863908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.726;QD=18.7442;RBI=0.0197318;REFB=0.0483071;REVB=-0.0177401;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275654;STB=0.516083;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=-0.0129559;OID=.;OPOS=50660787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:5:2:1:3:5:2:1:3 chr7 50673029 . T C 213.3 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00809594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.24;QD=20.3145;RBI=0.0202627;REFB=-0.0276827;REVB=0.0185751;RO=21;SAF=11;SAR=9;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196241;STB=0.523895;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0228062;OID=.;OPOS=50673029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:21:20:21:0.5:9:11:12:9:10:11:12:9 chr7 51093013 . A T 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0619155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6818;QD=40.7608;RBI=0.0623924;REFB=0;REVB=-0.00769944;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00361559;OID=.;OPOS=51093013;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr7 51096036 . G C 74.23 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0184034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8212;QD=10.2383;RBI=0.0297757;REFB=-0.021372;REVB=-0.0234075;RO=19;SAF=8;SAR=2;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388745;STB=0.737945;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0411461;OID=.;OPOS=51096036;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:2:8:9:10:2:8:9:10 chr7 51096974 . C T 315.71 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=73;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00434143;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.088;QD=17.2992;RBI=0.00434212;REFB=-0.0178783;REVB=-7.71578e-05;RO=38;SAF=18;SAR=16;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00292742;STB=0.50888;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0182027;OID=.;OPOS=51096974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:39:34:34:0.465753:16:18:20:18:16:18:20:19 chr7 51097063 . T G 867.0 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.564;QD=57.7999;RBI=0.0261389;REFB=0;REVB=0.0154179;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.52592e-05;OID=.;OPOS=51097063;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:33:26:0:0:33:27:0:0 chr7 51098567 . GTCTTCT GTCT,GTCTTCA 1212.4 PASS AF=0.925926,0.0740741;AO=67,7;DP=81;FAO=75,6;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38,2;FSAR=37,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120236,0.0042309;FXX=0.0121936;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=197.653,100.532;QD=59.8716;RBI=0.0126787,0.0238707;REFB=0,0;REVB=-0.00402303,-0.0234928;RO=0;SAF=31,2;SAR=36,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00124019,0.0695495;OID=.,.;OPOS=51098568,51098573;OREF=TCT,T;OALT=-,A;OMAPALT=GTCT,GTCTTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.925926,0.0740741:67,7:81:75,6:81:0:38,2:37,4:0:0:21:0:31,2:36,5:0:0 chr7 51287470 . A G 172.12 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0223089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1211;QD=18.1175;RBI=0.0616335;REFB=0.0111262;REVB=-0.0574544;RO=19;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121163;STB=0.555494;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.00830983;OID=.;OPOS=51287470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:20:18:18:0.473684:8:10:8:11:8:10:9:11 chr7 53103371 . G T 670.15 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6506;QD=62.3391;RBI=0.103139;REFB=0;REVB=0.0794079;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00197246;OID=.;OPOS=53103371;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr7 53103382 . G T 745.0 PASS AF=0.964286;AO=52;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0384657;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.458;QD=53.2144;RBI=0.0723083;REFB=-0.113088;REVB=0.0612281;RO=1;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241422;STB=0.504949;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.000864723;OID=.;OPOS=53103382;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:56:56:1:2:52:54:0.964286:19:33:0:1:20:34:1:1 chr7 53103673 . C A 291.7 PASS AF=0.827586;AO=23;DP=29;FAO=24;FDP=29;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0130304;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.99;QD=40.2348;RBI=0.0259884;REFB=-0.0697931;REVB=0.0224856;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.574402;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00181478;OID=.;OPOS=53103673;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:29:29:0:5:23:24:0.827586:17:6:0:0:18:6:3:2 chr7 53104078 . G A 774.87 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0012935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.939;QD=56.354;RBI=0.0459878;REFB=0;REVB=0.0459696;RO=0;SAF=12;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140527;OID=.;OPOS=53104078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:55:0:0:52:55:1:40:12:0:0:43:12:0:0 chr7 53433863 . G A 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0206579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.08;QD=18.8287;RBI=0.020667;REFB=-0.0158683;REVB=-0.000614544;RO=22;SAF=12;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135421;STB=0.576846;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0202652;OID=.;OPOS=53433863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:8:12:10:12:8:12:10:12 chr7 53557963 . A G 960.2 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300467;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.986;QD=59.0892;RBI=0.0326386;REFB=0;REVB=-0.0127465;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.93929e-05;OID=.;OPOS=53557963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:63:65:1:30:33:0:0:30:35:0:0 chr7 53558015 . G T 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.953;QD=59.143;RBI=0.0539592;REFB=0;REVB=0.0517478;RO=0;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.05925e-05;OID=.;OPOS=53558015;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:32:35:0:0:32:35:0:0 chr7 54614698 . C CG 34.92 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.179421;FXX=0.0270197;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.6894;QD=3.87976;RBI=0.181123;REFB=0.00123915;REVB=0.0247686;RO=31;SAF=4;SAR=6;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139321;STB=0.517207;STBP=0.921;TYPE=ins;VARB=0.00618019;OID=.;OPOS=54614699;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.277778:10:42:10:36:26:4:6:11:15:34:31:4:6:16:15 chr7 55229255 . G A 1184.29 PASS AF=0.955556;AO=79;DP=85;FAO=86;FDP=90;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0411897;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.5021;QD=52.6352;RBI=0.0523102;REFB=-0.0560361;REVB=0.0322455;RO=4;SAF=33;SAR=46;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0076935;STB=0.502084;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00879182;OID=.;OPOS=55229255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:85:90:4:4:79:86:0.955556:46:33:2:2:47:39:2:2 chr7 55238874 . T A,G 675.37 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=40,3;DP=43;FAO=42,2;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=28,0;FSAR=14,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00253778,0.0214038;FXX=0.0434688;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=107.858,84.3974;QD=61.3974;RBI=0.01829,0.0223137;REFB=0,0;REVB=0.018113,-0.00630675;RO=0;SAF=27,1;SAR=13,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00187566,0.0649399;OID=.,.;OPOS=55238874,55238874;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:43:44:0:0:40,3:42,2:0.954545,0.0454545:13,2:27,1:0:0:14,2:28,0:0:0 chr7 55249063 . G A 147.95 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0149648;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.471;QD=10.7599;RBI=0.0195779;REFB=-0.0162285;REVB=0.0126234;RO=36;SAF=6;SAR=13;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184699;STB=0.59081;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0176282;OID=.;OPOS=55249063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:13:6:17:19:13:6:16:20 chr7 55266417 . T C 993.78 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0026804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.687;QD=57.6105;RBI=0.010938;REFB=-0.0645914;REVB=0.0106045;RO=1;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145412;STB=0.50769;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=1.44297e-05;OID=.;OPOS=55266417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:32:36:0:1:32:36:0:1 chr7 55268916 . C T 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0042028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.329;QD=16.8247;RBI=0.0233206;REFB=-0.00911983;REVB=-0.0229388;RO=28;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719406;STB=0.541137;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0115166;OID=.;OPOS=55268916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:12:9:14:14:12:9:14:14 chr7 55459563 . A G 444.5 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00374401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.714;QD=57.3546;RBI=0.0307301;REFB=0;REVB=0.0305012;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215608;OID=.;OPOS=55459563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:20:10:0:0:20:11:0:0 chr7 55499058 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00859732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.848;QD=57.2021;RBI=0.0198542;REFB=0;REVB=0.0178962;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122054;OID=.;OPOS=55499058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr7 55759146 . C T 2180.21 PASS AF=0.992857;AO=139;DP=140;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.02241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5574;QD=62.2916;RBI=0.0253688;REFB=0.133986;REVB=0.0118898;RO=1;SAF=72;SAR=67;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00704349;STB=0.503703;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-0.00116506;OID=.;OPOS=55759146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:140:1:1:139:139:0.992857:67:72:0:1:67:72:0:1 chr7 56047572 . C T 289.77 PASS AF=0.666667;AO=25;DP=38;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0180009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4223;QD=29.7203;RBI=0.0192812;REFB=-0.00704989;REVB=-0.00690888;RO=13;SAF=4;SAR=21;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150102;STB=0.557475;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00425633;OID=.;OPOS=56047572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:13:13:25:26:0.666667:21:4:4:9:21:5:4:9 chr7 56087374 . C T 32.81 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=10;FWDB=-0.00920064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8;QD=2.91665;RBI=0.0157751;REFB=0.00148707;REVB=0.0128142;RO=39;SAF=4;SAR=2;SRF=29;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109769;STB=0.578704;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.00429343;OID=.;OPOS=56087374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:39:39:6:6:0.133333:2:4:29:10:2:4:29:10 chr7 56088786 . A T 85.84 PASS AF=0.212121;AO=14;DP=65;FAO=14;FDP=66;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.00469673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.66;QD=5.20224;RBI=0.0477594;REFB=-0.00343104;REVB=-0.0475279;RO=51;SAF=5;SAR=9;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213867;STB=0.642653;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0166354;OID=.;OPOS=56088786;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:65:66:51:52:14:14:0.212121:9:5:27:24:9:5:28:24 chr7 56088789 . G A 75.77 PASS AF=0.191176;AO=13;DP=68;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.00143057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.557;QD=4.45712;RBI=0.0062266;REFB=0.000706099;REVB=0.00606004;RO=53;SAF=4;SAR=9;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318183;STB=0.704387;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00284673;OID=.;OPOS=56088789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:68:68:53:55:13:13:0.191176:9:4:30:23:9:4:31:24 chr7 56088811 . T C 81.52 PASS AF=0.191781;AO=14;DP=73;FAO=14;FDP=73;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.00909635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0044;QD=4.46688;RBI=0.0338517;REFB=0.000921691;REVB=0.0326067;RO=59;SAF=5;SAR=9;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250265;STB=0.661281;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.00447558;OID=.;OPOS=56088811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:73:73:59:59:14:14:0.191781:9:5:33:26:9:5:33:26 chr7 56088825 . T A 82.42 PASS AF=0.194444;AO=14;DP=72;FAO=14;FDP=72;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.00924436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0811;QD=4.57873;RBI=0.0270041;REFB=-0.000710554;REVB=0.0253725;RO=58;SAF=5;SAR=9;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241323;STB=0.655292;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00151293;OID=.;OPOS=56088825;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:72:72:58:58:14:14:0.194444:9:5:32:26:9:5:32:26 chr7 56088902 . C T 32.81 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0270388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.223;QD=2.91685;RBI=0.0278102;REFB=-0.0104441;REVB=-0.00650464;RO=39;SAF=1;SAR=5;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353256;STB=0.768239;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0547248;OID=.;OPOS=56088902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:39:39:6:6:0.133333:5:1:17:22:5:1:17:22 chr7 56126360 . T C 387.84 PASS AF=0.967742;AO=28;DP=29;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.103674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1245;QD=50.0432;RBI=0.107325;REFB=-0.132852;REVB=0.027754;RO=1;SAF=15;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300185;STB=0.514276;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0082621;OID=.;OPOS=56126360;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:29:31:1:1:28:30:0.967742:13:15:1:0:13:17:1:0 chr7 56136260 . C A 849.14 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115004;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.553;QD=57.5686;RBI=0.0707779;REFB=0;REVB=0.0698373;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197478;OID=.;OPOS=56136260;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:57:59:1:32:25:0:0:34:25:0:0 chr7 56149939 . G A 159.02 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00451185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4736;QD=17.191;RBI=0.0083209;REFB=-0.0184483;REVB=-0.00699146;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00286962;STB=0.511169;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0354436;OID=.;OPOS=56149939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:19:20:17:17:0.459459:9:8:9:10:9:8:9:11 chr7 56174115 . A C 594.45 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.664;QD=60.9693;RBI=0.0516386;REFB=0;REVB=0.00351167;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336352;OID=.;OPOS=56174115;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr7 56407936 . C T 112.91 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0149668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.098;QD=28.2265;RBI=0.0161266;REFB=-0.0382204;REVB=-0.00600533;RO=4;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00530229;OID=.;OPOS=56407936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:6:6:2:2:6:6:2:2 chr7 56879659 . A G 67.07 PASS AF=0.294118;AO=7;DP=31;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0208408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.272;QD=7.89039;RBI=0.0333814;REFB=-0.0351336;REVB=-0.0260764;RO=23;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366489;STB=0.551615;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0524788;OID=.;OPOS=56879659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:31:34:23:24:7:10:0.294118:5:2:6:17:8:2:6:18 chr7 57188718 . T C 333.61 PASS AF=0.38;AO=38;DP=100;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.0100312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6713;QD=13.3444;RBI=0.0111979;REFB=-0.00832349;REVB=-0.00497667;RO=62;SAF=22;SAR=16;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690897;STB=0.539425;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0167016;OID=.;OPOS=57188718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:62:62:38:38:0.38:16:22:32:30:16:22:32:30 chr7 57238635 . G A 232.13 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00394382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8999;QD=14.7381;RBI=0.00482297;REFB=-0.00945402;REVB=-0.0027762;RO=36;SAF=6;SAR=21;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237534;STB=0.636253;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0167665;OID=.;OPOS=57238635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:36:27:27:0.428571:21:6:15:21:21:6:15:21 chr7 57257162 . A C 315.84 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.000351782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.239;QD=22.5603;RBI=0.00680655;REFB=-0.00436004;REVB=0.00679746;RO=24;SAF=18;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163832;STB=0.509044;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.00287919;OID=.;OPOS=57257162;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:14:18:13:11:14:18:13:11 chr7 57265510 . AC A 381.16 PASS AF=0.627119;AO=36;DP=60;FAO=37;FDP=59;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00808923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.975;QD=25.8411;RBI=0.00905284;REFB=-0.010681;REVB=-0.00406428;RO=23;SAF=20;SAR=16;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242629;STB=0.525473;STBP=0.624;TYPE=del;VARB=0.00617237;OID=.;OPOS=57265511;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.627119:36:60:37:59:22:21:16:11:11:99:23:20:16:12:11 chr7 57528997 . T C 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0191991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.209;QD=12.3952;RBI=0.021898;REFB=-0.00920804;REVB=-0.0105317;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363118;STB=0.726279;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.015562;OID=.;OPOS=57528997;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:1:4:2:3:1:4:2:3 chr7 63225803 . T A 69.77 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0266163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.728;QD=6.8068;RBI=0.0422554;REFB=-0.0252496;REVB=-0.032819;RO=30;SAF=3;SAR=7;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459172;STB=0.519959;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0687051;OID=.;OPOS=63225803;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:40:41:30:31:10:10:0.243902:7:3:10:20:7:3:10:21 chr7 63225821 . A T 116.66 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.0138293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.615;QD=11.6661;RBI=0.0317104;REFB=-0.00775322;REVB=-0.028536;RO=26;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186027;STB=0.608879;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.017185;OID=.;OPOS=63225821;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:8:6:7:19:8:6:7:19 chr7 63225842 . A T 127.2 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.0057442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2422;QD=11.5632;RBI=0.0380589;REFB=-0.015674;REVB=-0.0376229;RO=29;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261101;STB=0.651993;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0156233;OID=.;OPOS=63225842;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:8:7:7:22:8:7:7:22 chr7 63225873 . C T 119.16 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=0.058348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.088;QD=13.2401;RBI=0.0590066;REFB=-0.00206149;REVB=0.00879149;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225438;STB=0.630085;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00289061;OID=.;OPOS=63225873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:8:6:5:17:8:6:5:17 chr7 63529956 . G A 197.7 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0387984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.781;QD=18.8286;RBI=0.0392544;REFB=-0.0242251;REVB=0.0059658;RO=22;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00423538;STB=0.502401;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0243154;OID=.;OPOS=63529956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:11:9:10:12:11:9:10:12 chr7 63537849 . G A 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0255937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.078;QD=21.5105;RBI=0.0255959;REFB=-0.0196366;REVB=-0.000334196;RO=19;SAF=8;SAR=13;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594314;STB=0.533302;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0198019;OID=.;OPOS=63537849;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:13:8:6:13:13:8:6:13 chr7 63565953 . A C 228.97 PASS AF=0.522727;AO=22;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0104999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.303;QD=20.8157;RBI=0.0179447;REFB=-0.0509932;REVB=0.0145521;RO=21;SAF=16;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278503;STB=0.662188;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0199688;OID=.;OPOS=63565953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:22:23:0.522727:6:16:9:12:6:17:9:12 chr7 63566387 . A ATGT 168.76 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.013929;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=3;MLLD=189.948;QD=14.3626;RBI=0.0139961;REFB=0.00357315;REVB=0.001369;RO=30;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252627;STB=0.528936;STBP=0.809;TYPE=ins;VARB=-0.00503866;OID=.;OPOS=63566388;OREF=-;OALT=TGT;OMAPALT=ATGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382979:18:48:18:47:29:7:11:10:19:99:30:7:11:11:19 chr7 63568887 . A ATAACT 194.99 PASS AF=0.347222;AO=24;DP=74;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0249973;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=5;MLLD=263.749;QD=10.833;RBI=0.0362827;REFB=-0.0332908;REVB=-0.0262977;RO=48;SAF=20;SAR=4;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45674;STB=0.779521;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.0531165;OID=.;OPOS=63568888;OREF=-;OALT=TAACT;OMAPALT=ATAACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347222:24:74:25:72:47:21:4:22:25:99:48:20:4:23:25 chr7 63570733 . T C 349.23 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00423358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.642;QD=20.245;RBI=0.0110351;REFB=-0.0225357;REVB=-0.0101907;RO=33;SAF=19;SAR=17;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109112;STB=0.50605;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0126949;OID=.;OPOS=63570733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:17:19:17:16:17:19:17:16 chr7 63679733 . A G 973.53 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.347;QD=59.0021;RBI=0.0834984;REFB=0;REVB=0.0795406;RO=0;SAF=25;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112674;OID=.;OPOS=63679733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:39:25:0:0:40:26:0:0 chr7 63680098 . CC TA 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0165517;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=145.985;QD=16.3859;RBI=0.0243015;REFB=-0.011695;REVB=-0.0177933;RO=7;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477578;STB=0.756168;STBP=0.041;TYPE=mnp;VARB=0.0109453;OID=.;OPOS=63680098;OREF=CC;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:7:8:9:9:0.529412:7:2:6:1:7:2:6:2 chr7 63796744 . T C 587.59 PASS AF=0.641975;AO=51;DP=81;FAO=52;FDP=81;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00735434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3951;QD=29.0166;RBI=0.0217935;REFB=0.0148193;REVB=0.0205151;RO=29;SAF=20;SAR=31;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388698;STB=0.5238;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.00462298;OID=.;OPOS=63796744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:29:29:51:52:0.641975:31:20:13:16:32:20:13:16 chr7 63808940 . A G 50.46 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.09078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.423;QD=16.8212;RBI=0.107444;REFB=0.00232743;REVB=-0.0574734;RO=5;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413035;STB=0.749164;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.000178822;OID=.;OPOS=63808940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:6:1:3:2:6:1:3:2 chr7 64152353 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.669;QD=37.4885;RBI=0.0880696;REFB=0;REVB=0.0761228;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163357;OID=.;OPOS=64152353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr7 64167308 . T C 174.08 PASS AF=0.5;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=-0.00863286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.693;QD=19.3427;RBI=0.0251188;REFB=-0.00560164;REVB=-0.0235887;RO=18;SAF=14;SAR=3;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110882;STB=0.588149;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00755766;OID=.;OPOS=64167308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:17:18:0.5:3:14:16:2:4:14:16:2 chr7 64168806 . T C 129.29 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.000965948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.007;QD=21.5489;RBI=0.0205042;REFB=-0.0189495;REVB=-0.0204815;RO=10;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736238;STB=0.541607;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.00904547;OID=.;OPOS=64168806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:7:7:4:6:7:7:4:6 chr7 64169019 . G A 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.641;QD=59.0167;RBI=0.0477061;REFB=0;REVB=0.0132382;RO=0;SAF=6;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025629;OID=.;OPOS=64169019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:28:6:0:0:28:6:0:0 chr7 64254901 . T C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.071172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.8807;QD=11.0194;RBI=0.072492;REFB=-0.00204849;REVB=-0.0137708;RO=8;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12327;STB=0.576643;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.000386512;OID=.;OPOS=64254901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:1:5:6:2:1:5:6:2 chr7 64291333 . T A 1108.59 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0148545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.627;QD=57.589;RBI=0.0149962;REFB=0.0126875;REVB=0.00205679;RO=2;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225198;STB=0.511902;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.00361312;OID=.;OPOS=64291333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:2:2:75:75:0.974026:41:34:0:2:41:34:0:2 chr7 64291976 . G A 223.15 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8797;QD=49.5888;RBI=0.0784967;REFB=0;REVB=-0.0616745;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000488934;OID=.;OPOS=64291976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr7 64291991 . T A 255.92 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127443;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.316;QD=51.1846;RBI=0.0328375;REFB=0;REVB=0.0302636;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52513e-05;OID=.;OPOS=64291991;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:18:20:1:9:9:0:0:11:9:0:0 chr7 64388086 . CTTTTC CTTT,CTTTC 48.01 PASS AF=0,0.612903;AO=9,9;DP=31;FAO=0,19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=0,3;FSAR=0,16;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00189793,0.0673716;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=131.644,7.98104;QD=6.19425;RBI=0.0148943,0.0906803;REFB=-0.00999361,-0.22032;REVB=-0.0147728,-0.0606958;RO=10;SAF=1,2;SAR=8,7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.534587,-0.36564;STB=0.5,0.745467;STBP=1,0.002;TYPE=del,del;VARB=0,0.176061;OID=.,.;OPOS=64388090,64388087;OREF=TC,T;OALT=-,-;OMAPALT=CTTT,CTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.612903:9,9:31:0,19:31:12:0,3:0,16:8:4:46:10:1,2:8,7:6:4 chr7 64389089 . A C 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0134379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7593;QD=26.6011;RBI=0.0145748;REFB=0.0264358;REVB=0.00564341;RO=2;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233526;STB=0.635964;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.00543022;OID=.;OPOS=64389089;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:7:1:1:1:7:1:1:1 chr7 64438667 . G A 35.95 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00478741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.974;QD=6.25134;RBI=0.00930293;REFB=-0.00556574;REVB=-0.00797655;RO=17;SAF=5;SAR=1;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276799;STB=0.685563;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0199972;OID=.;OPOS=64438667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:1:5:11:6:1:5:11:6 chr7 64451699 . T C 350.69 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=0.0243797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.997;QD=15.4148;RBI=0.0282604;REFB=0.00258914;REVB=0.0142927;RO=53;SAF=19;SAR=19;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146307;STB=0.582375;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=-0.00498861;OID=.;OPOS=64451699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:53:53:38:38:0.417582:19:19:19:34:19:19:19:34 chr7 64451963 . T C 295.25 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.00540693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.279;QD=20.3622;RBI=0.0306261;REFB=-0.0189517;REVB=0.030145;RO=27;SAF=22;SAR=9;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00605603;STB=0.503363;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0237285;OID=.;OPOS=64451963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:9:22:19:8:9:22:19:8 chr7 64452738 . G A 163.75 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0184207;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.204;QD=11.1014;RBI=0.0224037;REFB=-0.0143988;REVB=-0.0127515;RO=37;SAF=11;SAR=10;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.099969;STB=0.565854;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=0.0275577;OID=.;OPOS=64452738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:37:38:21:21:0.355932:10:11:16:21:10:11:16:22 chr7 64452830 . C T 642.05 PASS AF=0.485075;AO=65;DP=134;FAO=65;FDP=134;FR=.;FRO=69;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=0.0014211;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.983;QD=19.1657;RBI=0.0132987;REFB=-0.0204706;REVB=-0.0132225;RO=66;SAF=34;SAR=31;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762647;STB=0.536816;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0263695;OID=.;OPOS=64452830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:66:69:65:65:0.485075:31:34:40:26:31:34:41:28 chr7 64453136 . G A 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00867235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.965;QD=12.7301;RBI=0.0149962;REFB=-0.0269087;REVB=0.0122342;RO=12;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385795;STB=0.7268;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0421496;OID=.;OPOS=64453136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:3:6:3:9:3:6:3:9 chr7 64453615 . T C 180.77 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0191135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3145;QD=13.905;RBI=0.0409792;REFB=-0.0106224;REVB=-0.0362487;RO=31;SAF=16;SAR=5;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254925;STB=0.648035;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0275623;OID=.;OPOS=64453615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:5:16:17:14:5:16:17:14 chr7 64453634 . G A 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0290769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.101;QD=15.6455;RBI=0.0414259;REFB=0.0525749;REVB=0.0295067;RO=29;SAF=15;SAR=7;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104577;STB=0.559865;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.00896827;OID=.;OPOS=64453634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:7:15:17:12:7:15:17:12 chr7 64453635 . G C 315.56 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0225585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.977;QD=25.2444;RBI=0.0265762;REFB=-0.0125486;REVB=0.0140502;RO=22;SAF=16;SAR=12;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0908685;STB=0.550261;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00362674;OID=.;OPOS=64453635;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:12:16:15:7:12:16:15:7 chr7 64483656 . C T 248.26 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0021139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.537;QD=16.2791;RBI=0.00237936;REFB=-0.00876833;REVB=0.00109214;RO=32;SAF=17;SAR=11;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274193;STB=0.645468;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00819369;OID=.;OPOS=64483656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:33:28:28:0.459016:11:17:10:22:11:17:11:22 chr7 64864894 . C T 228.33 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.00209563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1094;QD=21.7456;RBI=0.0052771;REFB=-0.022418;REVB=-0.00484315;RO=20;SAF=8;SAR=14;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320626;STB=0.679167;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00986126;OID=.;OPOS=64864894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:14:8:15:5:14:8:15:5 chr7 64865254 . A G 621.43 PASS AF=0.5;AO=63;DP=126;FAO=63;FDP=126;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.025112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7906;QD=19.7278;RBI=0.032052;REFB=-0.00856283;REVB=0.0199179;RO=63;SAF=28;SAR=35;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434334;STB=0.523971;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00736241;OID=.;OPOS=64865254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:63:63:63:63:0.5:35:28:31:32:35:28:31:32 chr7 65279676 . A T 272.11 PASS AF=0.321429;AO=36;DP=112;FAO=36;FDP=112;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=-0.0101135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.099;QD=9.71836;RBI=0.0342108;REFB=-0.0170066;REVB=-0.0326818;RO=75;SAF=23;SAR=13;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202395;STB=0.613733;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0285916;OID=.;OPOS=65279676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:75:76:36:36:0.321429:13:23:35:40:13:23:36:40 chr7 65279757 . A T 51.59 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=86;FAO=12;FDP=90;FR=.;FRO=78;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=46;FWDB=0.00346545;FXX=0.0322546;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.077;QD=2.29297;RBI=0.015902;REFB=-0.00396061;REVB=-0.0155198;RO=64;SAF=7;SAR=1;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.542639;STB=0.850507;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0242945;OID=.;OPOS=65279757;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:86:90:64:78:8:12:0.133333:1:7:25:39:2:10:32:46 chr7 65425894 . A G 702.79 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0293841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.495;QD=59.812;RBI=0.0482202;REFB=-0.00891237;REVB=-0.038233;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00183074;OID=.;OPOS=65425894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:47:0:1:46:46:0.978723:26:20:0:0:26:20:0:1 chr7 65429359 . G A 324.8 PASS AF=0.460526;AO=35;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0187582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.58;QD=17.0948;RBI=0.0189198;REFB=-0.00557599;REVB=-0.00246731;RO=41;SAF=11;SAR=24;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154986;STB=0.587224;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.00550288;OID=.;OPOS=65429359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:41:41:35:35:0.460526:24:11:19:22:24:11:19:22 chr7 65579987 . C G 133.19 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0473338;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0256;QD=15.6695;RBI=0.0694378;REFB=0.00534343;REVB=-0.0508048;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123511;STB=0.571332;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.0133747;OID=.;OPOS=65579987;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:9:6:10:9:9:6:10:9 chr7 65842543 . C CAT,T 559.68 PASS AF=0.894737,0.105263;AO=33,4;DP=39;FAO=34,4;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13,1;FSAR=21,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00700001,0.0266619;FXX=0.0256345;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=168.556,53.7998;QD=58.9134;RBI=0.00843944,0.0293302;REFB=0,0;REVB=0.00471423,0.0122231;RO=1;SAF=13,1;SAR=20,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0227903,0.119989;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0264604,-0.0246199;OID=.,.;OPOS=65842544,65842543;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:39:38:1:0:33,4:34,4:0.894737,0.105263:20,3:13,1:0:1:21,3:13,1:0:0 chr7 65842545 . T C 563.74 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0170632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1841;QD=57.8191;RBI=0.0232698;REFB=-0.00857568;REVB=-0.0158218;RO=1;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191259;STB=0.510199;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.000347085;OID=.;OPOS=65842545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:24:14:0:1:24:14:0:1 chr7 65860213 . T TAGAG 192.76 PASS AF=0.894737;AO=16;DP=20;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0213469;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=280.472;QD=40.5816;RBI=0.0279905;REFB=-0.0228149;REVB=0.0181045;RO=3;SAF=8;SAR=8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478102;STB=0.55549;STBP=0.254;TYPE=ins;VARB=0.0024805;OID=.;OPOS=65860214;OREF=-;OALT=AGAG;OMAPALT=TAGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.894737:16:20:17:19:2:9:8:0:2:10:3:8:8:1:2 chr7 66015630 . C G 93.31 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0154039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.355;QD=19.6452;RBI=0.0166515;REFB=-0.0393912;REVB=0.00632394;RO=8;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593282;STB=0.533919;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0336831;OID=.;OPOS=66015630;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:5:6:5:3:5:6:5:3 chr7 66147057 . T C 438.62 PASS AF=0.5375;AO=40;DP=77;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.027994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.166;QD=21.9312;RBI=0.0281151;REFB=-0.0270304;REVB=-0.00260571;RO=36;SAF=11;SAR=29;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26057;STB=0.659715;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0200564;OID=.;OPOS=66147057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:80:36:37:40:43:0.5375:29:11:20:16:32:11:21:16 chr7 66463938 . G A 165.12 PASS AF=0.607143;AO=15;DP=26;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0332201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.182;QD=23.5891;RBI=0.0387697;REFB=-0.0414175;REVB=0.0199878;RO=11;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166822;STB=0.553128;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0322089;OID=.;OPOS=66463938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:26:28:11:11:15:17:0.607143:10:5:6:5:10:7:6:5 chr7 66774604 . G C 988.61 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.305;QD=58.1534;RBI=0.0310072;REFB=0;REVB=0.0183319;RO=0;SAF=45;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168339;OID=.;OPOS=66774604;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:65:68:1:20:45:0:0:20:48:0:0 chr7 66785137 . C A 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0132841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.831;QD=13.4416;RBI=0.0187397;REFB=-0.0535467;REVB=-0.0132177;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.036821;STB=0.521696;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0437045;OID=.;OPOS=66785137;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:5:5:7:6:5:5:7:6 chr7 66785634 . T A 51.46 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.00225702;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5057;QD=5.71746;RBI=0.0506533;REFB=-0.00730809;REVB=-0.050603;RO=27;SAF=2;SAR=6;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367572;STB=0.749375;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.022224;OID=.;OPOS=66785634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:27:28:8:8:0.222222:6:2:15:12:6:2:16:12 chr7 69599579 . CAT CAC,C 733.84 PASS AF=0.0491803,0.540984;AO=6,63;DP=123;FAO=6,66;FDP=122;FR=.;FRO=50;FSAF=5,25;FSAR=1,41;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=0.0117997,0.0260632;FXX=0.0239981;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=60.7497,213.444;QD=24.0603;RBI=0.0525028,0.0279897;REFB=0.00424372,-0.0142773;REVB=0.0511596,0.0102044;RO=49;SAF=5,22;SAR=1,41;SRF=17;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.521668,0.00199706;STB=0.884346,0.517912;STBP=0.108,0.675;TYPE=snp,del;VARB=0.0668691,0.0139876;OID=.,.;OPOS=69599581,69599580;OREF=T,AT;OALT=C,-;OMAPALT=CAC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0491803,0.540984:6,63:123:6,66:122:50:5,25:1,41:17:33:99:49:5,22:1,41:17:32 chr7 70254788 . G A 437.13 PASS AF=0.352941;AO=54;DP=153;FAO=54;FDP=153;FR=.;FRO=99;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=49;FSRR=50;FWDB=-0.029182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6848;QD=11.4282;RBI=0.0330356;REFB=-0.000869599;REVB=0.0154843;RO=99;SAF=20;SAR=34;SRF=49;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144319;STB=0.582681;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00127171;OID=.;OPOS=70254788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:99:99:54:54:0.352941:34:20:49:50:34:20:49:50 chr7 70257628 . TA T 61.21 PASS AF=0.509804;AO=23;DP=50;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0200011;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.44146;QD=4.80059;RBI=0.0717818;REFB=-0.0581769;REVB=-0.068939;RO=22;SAF=13;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174487;STB=0.530465;STBP=0.697;TYPE=del;VARB=0.0460745;OID=.;OPOS=70257629;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.509804:23:50:26:51:25:14:12:15:10:61:22:13:10:12:10 chr7 70597522 . C A,G 1584.19 PASS AF=0.963303,0.0366972;AO=101,4;DP=105;FAO=105,4;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=54,2;FSAR=51,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04146,0.019786;FXX=0.00909008;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=56.0577,15.2203;QD=58.1354;RBI=0.0922168,0.0222261;REFB=0,0;REVB=0.0823711,0.0101249;RO=0;SAF=52,2;SAR=49,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.10807e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00379643,-0.0107252;OID=.,.;OPOS=70597522,70597522;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:105:109:0:0:101,4:105,4:0.963303,0.0366972:49,2:52,2:0:0:51,2:54,2:0:0 chr7 70597675 . T C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0521596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4929;QD=60.9777;RBI=0.0535431;REFB=0;REVB=-0.0120932;RO=0;SAF=9;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.68708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102697;OID=.;OPOS=70597675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:30:9:0:0:30:9:0:0 chr7 71150706 . A T 471.82 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0390217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.049;QD=55.5083;RBI=0.0394448;REFB=-0.0578616;REVB=0.00576172;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.514277;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00104678;OID=.;OPOS=71150706;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:17:16:0:0:17:16:0:1 chr7 72093957 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3887;QD=53.2765;RBI=0.0178128;REFB=0;REVB=0.0102432;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520216;OID=.;OPOS=72093957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr7 72178756 . C A 1055.07 PASS AF=0.972973;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0577908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.927;QD=57.0309;RBI=0.0596206;REFB=-0.18972;REVB=0.0146575;RO=2;SAF=26;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.034987;STB=0.518513;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00318704;OID=.;OPOS=72178756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:73:74:2:2:71:72:0.972973:45:26:2:0:46:26:2:0 chr7 72193864 . T C 940.77 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00646979;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.966;QD=58.798;RBI=0.013757;REFB=0;REVB=0.0121407;RO=1;SAF=35;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133044;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67589e-05;OID=.;OPOS=72193864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:1:0:64:64:1:29:35:1:0:29:35:0:0 chr7 72193868 . G A 893.85 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0476508;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.697;QD=56.7523;RBI=0.0514721;REFB=-0.0936424;REVB=0.0194623;RO=1;SAF=34;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136847;STB=0.507244;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00101222;OID=.;OPOS=72193868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:64:63:1:1:62:62:0.984127:28:34:1:0:28:34:1:0 chr7 72286028 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00358398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.972;QD=49.5992;RBI=0.025077;REFB=0;REVB=-0.0248196;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000135947;OID=.;OPOS=72286028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr7 72312214 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00591198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.889;QD=43.486;RBI=0.0166925;REFB=0;REVB=0.0156105;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010625;OID=.;OPOS=72312214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr7 72418992 . C T 757.55 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0689813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=31.8718;QD=53.1616;RBI=0.146648;REFB=-0.0827706;REVB=0.129411;RO=1;SAF=18;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254452;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00696272;OID=.;OPOS=72418992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:53:57:1:0:52:57:1:34:18:1:0:36:21:0:0 chr7 72658255 . A G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.564;QD=40.76;RBI=0.0197415;REFB=0;REVB=-0.0046688;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264319;OID=.;OPOS=72658255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr7 72738749 . A G 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0774202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.906;QD=53.2752;RBI=0.0789924;REFB=0;REVB=0.0156817;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000759844;OID=.;OPOS=72738749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr7 72738762 . CA TG 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178821;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=140.651;QD=48.7373;RBI=0.0273203;REFB=0;REVB=0.020655;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000378749;OID=.;OPOS=72738762;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr7 72891754 . C T 193.22 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0291554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.824;QD=16.444;RBI=0.0292471;REFB=-0.0136848;REVB=0.00231457;RO=25;SAF=14;SAR=6;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228949;STB=0.522365;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.015762;OID=.;OPOS=72891754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:27:20:20:0.425532:6:14:17:8:6:14:18:9 chr7 73020301 . T C 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00604325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.175;QD=58.7803;RBI=0.00795364;REFB=0;REVB=-0.00517103;RO=0;SAF=16;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22915e-06;OID=.;OPOS=73020301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:49:16:0:0:49:16:0:0 chr7 73097654 . C T 792.61 PASS AF=0.458564;AO=83;DP=181;FAO=83;FDP=181;FR=.;FRO=98;FSAF=26;FSAR=57;FSRF=43;FSRR=55;FWDB=0.028206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9523;QD=17.5162;RBI=0.0458512;REFB=0.0286705;REVB=0.0361491;RO=97;SAF=26;SAR=57;SRF=42;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127689;STB=0.574561;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.0330015;OID=.;OPOS=73097654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:97:98:83:83:0.458564:57:26:42:55:57:26:43:55 chr7 73117765 . G A 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.00798639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.772;QD=17.8273;RBI=0.0485263;REFB=-0.024881;REVB=-0.0478646;RO=10;SAF=3;SAR=9;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496065;STB=0.795463;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0171864;OID=.;OPOS=73117765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:10:11:12:12:0.521739:9:3:9:1:9:3:10:1 chr7 73122923 . A G 1086.31 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192303;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.594;QD=59.524;RBI=0.0193457;REFB=0;REVB=0.00210973;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.63325e-05;OID=.;OPOS=73122923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:73:0:0:68:73:1:32:36:0:0:34:39:0:0 chr7 73147068 . G A 658.48 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0135223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.368;QD=56.0409;RBI=0.015687;REFB=-0.0128576;REVB=-0.00795178;RO=3;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0685794;STB=0.536569;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00129485;OID=.;OPOS=73147068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:47:3:3:44:44:0.93617:19:25:0:3:19:25:0:3 chr7 73151644 . A G 400.04 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0857259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.913;QD=53.339;RBI=0.0860236;REFB=-0.0832903;REVB=0.00715115;RO=1;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251798;STB=0.513504;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0066745;OID=.;OPOS=73151644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:18:11:0:1:18:11:0:1 chr7 73246461 . A G 305.49 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00405979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.939;QD=17.7095;RBI=0.0155041;REFB=-0.0172539;REVB=-0.0149632;RO=36;SAF=17;SAR=16;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377575;STB=0.521114;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0230837;OID=.;OPOS=73246461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:36:36:33:33:0.478261:16:17:20:16:16:17:20:16 chr7 73246496 . C T 398.99 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=87;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0267582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.068;QD=18.3442;RBI=0.0271746;REFB=-0.0190757;REVB=0.00473869;RO=46;SAF=17;SAR=24;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405352;STB=0.522625;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.019008;OID=.;OPOS=73246496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:46:46:41:41:0.471264:24:17:21:25:24:17:21:25 chr7 73246555 . C G 321.31 PASS AF=0.387097;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0317436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.393;QD=13.8198;RBI=0.0317472;REFB=-0.0135348;REVB=0.000474588;RO=57;SAF=8;SAR=28;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327341;STB=0.688411;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0243949;OID=.;OPOS=73246555;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:57:57:36:36:0.387097:28:8:28:29:28:8:28:29 chr7 73249165 . T A 130.54 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0109102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2405;QD=14.1128;RBI=0.0162645;REFB=-0.0288424;REVB=-0.0120624;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106901;STB=0.561963;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0383192;OID=.;OPOS=73249165;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:8:7:8:14:8:7:8:14 chr7 73249173 . G A 250.22 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0112989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.413;QD=26.3386;RBI=0.0124945;REFB=-0.0301234;REVB=-0.00533351;RO=15;SAF=9;SAR=14;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554829;STB=0.530779;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0244231;OID=.;OPOS=73249173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:14:9:7:8:14:9:7:8 chr7 73249299 . G C 72.02 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0279127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.698;QD=8.23032;RBI=0.0290923;REFB=-0.0186773;REVB=-0.00820002;RO=25;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230887;STB=0.514257;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0367219;OID=.;OPOS=73249299;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:5:5:12:13:5:5:12:13 chr7 73254812 . T C 90.55 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=-0.00970717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7616;QD=9.53179;RBI=0.0107125;REFB=-0.0397821;REVB=0.00453078;RO=24;SAF=2;SAR=10;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516103;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0266579;OID=.;OPOS=73254812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:38:38:24:26:12:12:0.315789:10:2:4:20:10:2:4:22 chr7 73279482 . T C 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0193546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.711;QD=15.8388;RBI=0.0335219;REFB=-0.00722133;REVB=-0.02737;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032898;STB=0.526249;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0118454;OID=.;OPOS=73279482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:6:7:8:8:0.533333:5:3:2:4:5:3:3:4 chr7 73513529 . G C 127.94 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.063806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7127;QD=20.4697;RBI=0.0647781;REFB=-0.011683;REVB=-0.0111801;RO=11;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711125;STB=0.540481;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00593761;OID=.;OPOS=73513529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:10:4:4:7:10:4:4:7 chr7 73753250 . T C 98.83 PASS AF=0.461538;AO=11;DP=25;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.0131074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.115;QD=15.2043;RBI=0.0242841;REFB=0.000869003;REVB=-0.0204429;RO=13;SAF=8;SAR=3;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.553847;STB=0.827122;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.0017616;OID=.;OPOS=73753250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:25:26:13:14:11:12:0.461538:3:8:1:12:3:9:1:13 chr7 73814749 . G C 1427.4 PASS AF=0.990196;AO=91;DP=95;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.15385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.134;QD=55.9763;RBI=0.154117;REFB=-0.0304356;REVB=0.00906474;RO=4;SAF=59;SAR=32;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00891148;STB=0.507691;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00265761;OID=.;OPOS=73814749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:102:4:1:91:101:0.990196:32:59:3:1:32:69:0:1 chr7 74149836 . TAAGA T 50.0 PASS AO=32;DP=135;LEN=4;RO=103;SAF=22;SAR=22;SRF=49;SRR=42;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=74149837;OREF=AAGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:135:103:32:22:22:49:42 chr7 74193668 . G A 222.16 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0334927;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1839;QD=24.6843;RBI=0.050274;REFB=-0.00155712;REVB=-0.0374929;RO=14;SAF=20;SAR=1;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.675802;STB=0.897462;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0017451;OID=.;OPOS=74193668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:15:21:21:0.583333:1:20:5:9:1:20:5:10 chr7 75051368 . T C 51.43 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00233971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.672;QD=18.7001;RBI=0.0297304;REFB=-0.021471;REVB=0.0296382;RO=4;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120201;STB=0.571204;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0218446;OID=.;OPOS=75051368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:6:1:1:3:6:1:1:3 chr7 75051375 . T C 51.54 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0095167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8152;QD=18.741;RBI=0.0807054;REFB=-0.000877825;REVB=-0.0801423;RO=4;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120201;STB=0.571204;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.00513285;OID=.;OPOS=75051375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:6:1:1:3:6:1:1:3 chr7 75401418 . G A 171.27 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0106097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.212;QD=12.456;RBI=0.0108879;REFB=-0.0226627;REVB=0.00244537;RO=34;SAF=15;SAR=6;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214592;STB=0.624875;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0442157;OID=.;OPOS=75401418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:6:15:18:16:6:15:18:16 chr7 75441111 . G T 115.58 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.016461;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.583;QD=30.8215;RBI=0.0301633;REFB=-0.0146674;REVB=0.0252758;RO=3;SAF=9;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177598;STB=0.599822;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00390473;OID=.;OPOS=75441111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:3:9:1:2:3:9:1:2 chr7 75442723 . G A 124.52 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=67;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.211758;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.13;QD=7.54677;RBI=0.213118;REFB=0.0894388;REVB=-0.0240441;RO=48;SAF=9;SAR=9;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125583;STB=0.575675;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.162253;OID=.;OPOS=75442723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:48:48:18:18:0.272727:9:9:19:29:9:9:19:29 chr7 75513062 . A G 663.1 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0244455;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9999;QD=56.4336;RBI=0.0469038;REFB=-0.106321;REVB=-0.0400298;RO=2;SAF=20;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446823;STB=0.513613;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00383431;OID=.;OPOS=75513062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:47:2:3:44:44:0.93617:24:20:2:0:24:20:2:1 chr7 75597545 . C T 365.68 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0723613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.3789;QD=52.2399;RBI=0.0839605;REFB=-0.147831;REVB=0.0425818;RO=1;SAF=13;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344248;STB=0.518505;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0111066;OID=.;OPOS=75597545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:28:28:1:1:27:27:0.964286:14:13:1:0:14:13:1:0 chr7 75609677 . A G 141.33 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0104459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.586;QD=21.7428;RBI=0.0251777;REFB=0.00569313;REVB=-0.0229085;RO=11;SAF=12;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167708;STB=0.595605;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=-0.00529977;OID=.;OPOS=75609677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:3:12:7:4:3:12:7:4 chr7 75614953 . T C 631.55 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-3.49341e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5631;QD=61.6147;RBI=0.0790675;REFB=0;REVB=0.0790675;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000957189;OID=.;OPOS=75614953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:16:23:0:0:18:23:0:0 chr7 75615287 . G A 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0186879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.721;QD=20.2097;RBI=0.019173;REFB=-0.00167975;REVB=0.00428592;RO=10;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256042;STB=0.644528;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00137502;OID=.;OPOS=75615287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:6:7:2:8:6:7:2:8 chr7 75621827 . A G 347.87 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000945438;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.07;QD=51.5359;RBI=0.0111032;REFB=-0.149235;REVB=-0.0110628;RO=1;SAF=16;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281249;STB=0.514275;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00162922;OID=.;OPOS=75621827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:25:26:0.962963:9:16:1:0:9:17:1:0 chr7 75629778 . T C 612.58 PASS AF=1;AO=35;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.485;QD=61.2579;RBI=0.0751681;REFB=0;REVB=0.0651738;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011712;OID=.;OPOS=75629778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:35:40:1:16:19:0:0:20:20:0:0 chr7 75630274 . T C,G 566.4 PASS AF=0.880952,0.0714286;AO=36,3;DP=41;FAO=37,3;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=21,3;FSAR=16,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00689657,-0.0262942;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=37.8351,41.9229;QD=53.9424;RBI=0.00762909,0.0379945;REFB=-0.0817338,-0.0519443;REVB=0.00326195,-0.0274262;RO=1;SAF=21,3;SAR=15,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.021769,0;STB=0.503524,0.994603;STBP=0.868,0.221;TYPE=snp,snp;VARB=0.0251905,0.215073;OID=.,.;OPOS=75630274,75630274;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:41:42:1:2:36,3:37,3:0.880952,0.0714286:15,0:21,3:1:0:16,0:21,3:1:1 chr7 75659815 . T C 1268.3 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196196;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.784;QD=61.8685;RBI=0.0277385;REFB=0;REVB=0.0196086;RO=0;SAF=30;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24139e-05;OID=.;OPOS=75659815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:52:30:0:0:52:30:0:0 chr7 75692856 . C T 419.49 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.049838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7347;QD=22.9858;RBI=0.0648042;REFB=0.011134;REVB=-0.0414217;RO=31;SAF=15;SAR=26;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171826;STB=0.588434;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00935304;OID=.;OPOS=75692856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:31:32:41:41:0.561644:26:15:18:13:26:15:18:14 chr7 75716765 . C T 63.88 PASS AF=0.16;AO=12;DP=75;FAO=12;FDP=75;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.000558169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.762;QD=3.40685;RBI=0.00981682;REFB=-0.00409616;REVB=0.00980094;RO=63;SAF=6;SAR=6;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149557;STB=0.59984;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0185066;OID=.;OPOS=75716765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:75:75:63:63:12:12:0.16:6:6:39:24:6:6:39:24 chr7 75716781 . G A 48.11 PASS AF=0.12987;AO=10;DP=76;FAO=10;FDP=77;FR=.;FRO=67;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=27;FWDB=-0.0225323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.17;QD=2.49904;RBI=0.0295163;REFB=-0.00158589;REVB=-0.0190658;RO=65;SAF=5;SAR=5;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123025;STB=0.584252;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0331825;OID=.;OPOS=75716781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:76:77:65:67:10:10:0.12987:5:5:39:26:5:5:40:27 chr7 75716789 . C A 40.81 PASS AF=0.115385;AO=9;DP=78;FAO=9;FDP=78;FR=.;FRO=69;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=28;FWDB=-0.0128501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.679;QD=2.09283;RBI=0.0234603;REFB=-0.00223214;REVB=-0.019628;RO=69;SAF=4;SAR=5;SRF=41;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177904;STB=0.629975;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0227654;OID=.;OPOS=75716789;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:78:78:69:69:9:9:0.115385:5:4:41:28:5:4:41:28 chr7 75914934 . G GC 854.14 PASS AF=1;AO=74;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.3689;QD=38.3885;RBI=0.255243;REFB=0;REVB=0.25453;RO=13;SAF=44;SAR=30;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821179;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0046953;OID=.;OPOS=75914935;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:74:90:89:89:0:50:39:0:0:16:13:44:30:4:9 chr7 76019590 . C T 265.58 PASS AF=0.594595;AO=21;DP=36;FAO=22;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0255289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.269;QD=28.7118;RBI=0.032654;REFB=-0.0627225;REVB=-0.0203608;RO=10;SAF=11;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072241;STB=0.530359;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0223987;OID=.;OPOS=76019590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:36:37:10:11:21:22:0.594595:10:11:4:6:10:12:5:6 chr7 76029673 . G A 220.45 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.0859891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5707;QD=17.9956;RBI=0.0939885;REFB=-0.00813797;REVB=0.0379434;RO=27;SAF=17;SAR=5;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.518377;STB=0.79328;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0153252;OID=.;OPOS=76029673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:5:17:6:21:5:17:6:21 chr7 76029760 . G A 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0223575;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.597;QD=11.1311;RBI=0.0454712;REFB=-0.00963503;REVB=-0.0395951;RO=17;SAF=9;SAR=1;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.466808;STB=0.790488;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0199852;OID=.;OPOS=76029760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:1:9:10:7:1:9:10:7 chr7 76069811 . T C 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.422;QD=59.8394;RBI=0.0333557;REFB=0;REVB=0.0304218;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90035e-05;OID=.;OPOS=76069811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:22:14:0:0:22:14:0:0 chr7 76112060 . C T 322.06 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0616179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.75;QD=53.6761;RBI=0.0641645;REFB=0;REVB=0.0178976;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268706;OID=.;OPOS=76112060;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:13:9:0:0:13:11:0:0 chr7 76131645 . A G 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.57;QD=63.5807;RBI=0.0515532;REFB=0;REVB=-0.0497624;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245294;OID=.;OPOS=76131645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr7 76131695 . A G 159.78 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0261133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.773;QD=11.6203;RBI=0.0261144;REFB=-0.0102394;REVB=-0.000239574;RO=35;SAF=5;SAR=15;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339246;STB=0.69882;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00432209;OID=.;OPOS=76131695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:15:5:19:16:15:5:19:16 chr7 76140023 . G A 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0157771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.19;QD=16.3858;RBI=0.0173056;REFB=-0.0232543;REVB=0.00711096;RO=8;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123876;STB=0.571284;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.035223;OID=.;OPOS=76140023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:2:7:7:1:2:7:7:1 chr7 76144455 . A C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.087361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7819;QD=46.8473;RBI=0.0895836;REFB=0;REVB=0.0198312;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100992;OID=.;OPOS=76144455;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr7 76144560 . T C 144.71 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4526;QD=44.5268;RBI=0.0542801;REFB=0;REVB=0.0024759;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000622566;OID=.;OPOS=76144560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr7 76239503 . G GC 104.25 PASS AF=0.576923;AO=13;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.124035;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.852;QD=16.0379;RBI=0.217677;REFB=0.0132327;REVB=0.178881;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3128;STB=0.662967;STBP=0.085;TYPE=ins;VARB=-0.0135909;OID=.;OPOS=76239504;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.576923:13:26:15:26:11:8:7:10:1:62:11:7:6:10:1 chr7 76240785 . CA C 197.91 PASS AF=0.436364;AO=22;DP=53;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0332294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4342;QD=14.3937;RBI=0.0480181;REFB=-0.021998;REVB=-0.0346633;RO=30;SAF=12;SAR=10;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904587;STB=0.540673;STBP=0.607;TYPE=del;VARB=0.0221;OID=.;OPOS=76240786;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.436364:22:53:24:55:31:13:11:19:12:99:30:12:10:19:11 chr7 76240888 . A G 340.77 PASS AF=0.468354;AO=36;DP=78;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00558511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.724;QD=17.2541;RBI=0.00744331;REFB=-0.0156666;REVB=0.00492031;RO=40;SAF=23;SAR=13;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880058;STB=0.540961;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0234054;OID=.;OPOS=76240888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:40:42:36:37:0.468354:13:23:22:18:14:23:23:19 chr7 76241068 . C T 317.74 PASS AF=0.322835;AO=41;DP=127;FAO=41;FDP=127;FR=.;FRO=86;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=0.00465776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8119;QD=10.0076;RBI=0.00480452;REFB=0.00644367;REVB=0.00117845;RO=86;SAF=19;SAR=22;SRF=43;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427567;STB=0.524805;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.0144218;OID=.;OPOS=76241068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:86:86:41:41:0.322835:22:19:43:43:22:19:43:43 chr7 76885769 . A G 105.65 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.118504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3366;QD=16.9034;RBI=0.130709;REFB=-0.0370562;REVB=0.0551517;RO=12;SAF=2;SAR=11;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.438003;STB=0.755275;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0565084;OID=.;OPOS=76885769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:11:2:7:5:11:2:7:5 chr7 76916819 . G A 522.45 PASS AF=0.556818;AO=49;DP=88;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0323332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3253;QD=23.7477;RBI=0.0325515;REFB=-0.0178703;REVB=-0.0037638;RO=39;SAF=17;SAR=32;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119609;STB=0.565788;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0140124;OID=.;OPOS=76916819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:39:39:49:49:0.556818:32:17:19:20:32:17:19:20 chr7 76922490 . C T 91.64 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0230796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1282;QD=9.90651;RBI=0.0428785;REFB=-0.0227977;REVB=-0.0361372;RO=25;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336519;STB=0.701429;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0277518;OID=.;OPOS=76922490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:37:37:25:25:12:12:0.324324:4:8:9:16:4:8:9:16 chr7 76984572 . G A 669.99 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0798437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.864;QD=62.3244;RBI=0.0798884;REFB=0;REVB=0.00267102;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000512697;OID=.;OPOS=76984572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:19:24:0:0:19:24:0:0 chr7 76990178 . C G 527.61 PASS AF=0.438462;AO=57;DP=127;FAO=57;FDP=130;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.0281733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.286;QD=16.2342;RBI=0.0283025;REFB=-0.0140691;REVB=0.00270091;RO=69;SAF=24;SAR=33;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137976;STB=0.517748;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.024299;OID=.;OPOS=76990178;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:130:69:73:57:57:0.438462:33:24:30:39:33:24:33:40 chr7 76991935 . C T 190.72 PASS AF=0.4;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0434346;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.769;QD=15.2573;RBI=0.0501096;REFB=0.0307571;REVB=0.0249881;RO=29;SAF=14;SAR=6;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235699;STB=0.646906;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.0375574;OID=.;OPOS=76991935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:29:30:20:20:0.4:6:14:14:15:6:14:14:16 chr7 77010682 . AAAAC A,AAAAG 113.04 PASS AF=0.44,0.08;AO=10,2;DP=28;FAO=11,2;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=3,1;FSAR=8,1;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.011561,0.0308416;FXX=0.0384468;HRUN=5,1;LEN=4,1;MLLD=218.059,108.037;QD=18.0865;RBI=0.0124222,0.033938;REFB=-0.00186848,0.00174546;REVB=0.00454481,-0.0141628;RO=12;SAF=3,1;SAR=7,1;SRF=2;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.160599,0.391215;STB=0.64024,0.855382;STBP=0.419,0.749;TYPE=del,snp;VARB=0.014501,-0.0309555;OID=.,.;OPOS=77010683,77010686;OREF=AAAC,C;OALT=-,G;OMAPALT=A,AAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44,0.08:10,2:28:11,2:25:12:3,1:8,1:1:11:94:12:3,1:7,1:2:10 chr7 77033937 . A G 205.83 PASS AF=0.421053;AO=18;DP=58;FAO=24;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0132489;FXX=0.0172384;HRUN=8;LEN=1;MLLD=297.3;QD=14.4442;RBI=0.0138039;REFB=-0.00919184;REVB=0.00387481;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212567;STB=0.535685;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00739509;OID=.;OPOS=77033937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:23:32:18:24:0.421053:9:9:11:12:12:12:18:14 chr7 77035392 . T C 191.03 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00786029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.326;QD=47.7574;RBI=0.0318148;REFB=0;REVB=0.0308285;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165775;OID=.;OPOS=77035392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr7 77053084 . T C 113.19 PASS AF=0.5;AO=12;DP=25;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0428506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7773;QD=17.4143;RBI=0.064579;REFB=0.00973665;REVB=0.0483142;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297828;STB=0.538863;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.0103865;OID=.;OPOS=77053084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:13:13:12:13:0.5:5:7:8:5:6:7:8:5 chr7 77247821 . G A 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9829;QD=62.6702;RBI=0.029043;REFB=0;REVB=-0.0165188;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43906e-05;OID=.;OPOS=77247821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr7 77256713 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.889;QD=51.9164;RBI=0.0395594;REFB=0;REVB=0.00593482;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433084;OID=.;OPOS=77256713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr7 77365770 . A G 165.94 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00830403;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.638;QD=22.1255;RBI=0.00871837;REFB=-0.00710275;REVB=-0.00265577;RO=13;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111111;STB=0.562427;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00440251;OID=.;OPOS=77365770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:9:8:8:5:9:8:8:5 chr7 77423574 . G A 261.79 PASS AF=0.447761;AO=25;DP=62;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0205853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.956;QD=15.629;RBI=0.0207353;REFB=-0.0259954;REVB=0.00248965;RO=37;SAF=7;SAR=18;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233768;STB=0.568581;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0200612;OID=.;OPOS=77423574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:67:37:37:25:30:0.447761:18:7:18:19:19:11:18:19 chr7 77525199 . T C 200.27 PASS AF=0.4;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00604356;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9579;QD=13.3513;RBI=0.0467798;REFB=-0.0109488;REVB=0.0463878;RO=35;SAF=18;SAR=6;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37691;STB=0.723946;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0339701;OID=.;OPOS=77525199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:35:36:24:24:0.4:6:18:14:21:6:18:14:22 chr7 77531113 . T C 733.84 PASS AF=0.434066;AO=79;DP=183;FAO=79;FDP=182;FR=.;FRO=103;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=50;FSRR=53;FWDB=0.00714931;FXX=0.00546418;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2082;QD=16.1284;RBI=0.0328014;REFB=-0.00680026;REVB=-0.0320127;RO=104;SAF=43;SAR=36;SRF=51;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550559;STB=0.533371;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00594488;OID=.;OPOS=77531113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:182:104:103:79:79:0.434066:36:43:51:53:36:43:50:53 chr7 77552127 . G A 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00532343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.532;QD=57.2004;RBI=0.00979327;REFB=0;REVB=0.00822005;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27359e-05;OID=.;OPOS=77552127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr7 77756580 . T C 230.18 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.000707961;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.977;QD=16.1532;RBI=0.009406;REFB=-0.0284923;REVB=0.00937932;RO=30;SAF=12;SAR=14;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366047;STB=0.529707;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0177888;OID=.;OPOS=77756580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:31:26:26:0.45614:14:12:15:15:14:12:16:15 chr7 77756724 . C T 211.74 PASS AF=0.321429;AO=27;DP=84;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=-0.00774816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.281;QD=10.083;RBI=0.00947679;REFB=-0.0156848;REVB=-0.0054567;RO=57;SAF=11;SAR=16;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236154;STB=0.637682;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0287019;OID=.;OPOS=77756724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:57:57:27:27:0.321429:16:11:35:22:16:11:35:22 chr7 80088041 . G A 534.96 PASS AF=0.529412;AO=54;DP=102;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.000184451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.158;QD=20.9788;RBI=0.00600989;REFB=-0.0096317;REVB=-0.00600706;RO=47;SAF=28;SAR=26;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475127;STB=0.52075;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0108585;OID=.;OPOS=80088041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:47:48:54:54:0.529412:26:28:27:20:26:28:27:21 chr7 80290425 . AAC A 132.61 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00880349;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=2;MLLD=270.02;QD=9.30559;RBI=0.00909719;REFB=-0.00158194;REVB=-0.0022929;RO=32;SAF=12;SAR=10;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147628;STB=0.516114;STBP=0.869;TYPE=del;VARB=0.00256041;OID=.;OPOS=80290426;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.385965:22:58:22:57:35:12:10:20:15:99:32:12:10:17:15 chr7 80374342 . A G 1788.44 PASS AF=0.97541;AO=119;DP=125;FAO=119;FDP=122;FR=.;FRO=3;FSAF=54;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00223998;FXX=0.0239981;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7554;QD=58.6375;RBI=0.00277436;REFB=-0.0170669;REVB=-0.00163693;RO=2;SAF=54;SAR=65;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00146317;STB=0.505274;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.000864668;OID=.;OPOS=80374342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:125:122:2:3:119:119:0.97541:65:54:1:1:65:54:2:1 chr7 80374438 . T C,G 1895.97 PASS AF=0.952,0.048;AO=118,6;DP=124;FAO=119,6;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=47,3;FSAR=72,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188508,-0.0143414;FXX=0.00793588;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=102.665,55.6523;QD=60.6711;RBI=0.0215086,0.0372072;REFB=0,0;REVB=0.0103569,-0.0343322;RO=0;SAF=47,3;SAR=71,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.14664e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0025296,0.0412322;OID=.,.;OPOS=80374438,80374438;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:124:125:0:0:118,6:119,6:0.952,0.048:71,3:47,3:0:0:72,3:47,3:0:0 chr7 80378319 . G C 2181.41 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111515;FXX=0.00719373;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.109;QD=63.2291;RBI=0.0112397;REFB=0;REVB=0.00140584;RO=0;SAF=60;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.91121e-06;OID=.;OPOS=80378319;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:138:0:0:138:138:1:78:60:0:0:78:60:0:0 chr7 80962963 . A T 396.64 PASS AF=0.345324;AO=47;DP=139;FAO=48;FDP=139;FR=.;FRO=91;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=50;FWDB=-0.000883184;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.39;QD=11.4141;RBI=0.00884092;REFB=-0.00247978;REVB=-0.00879669;RO=90;SAF=22;SAR=25;SRF=40;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271881;STB=0.505134;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0042514;OID=.;OPOS=80962963;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:90:91:47:48:0.345324:25:22:40:50:26:22:41:50 chr7 82581488 . T TTCA 355.97 PASS AF=0.8;AO=26;DP=38;FAO=28;FDP=35;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0131218;FXX=0.0540395;HRUN=5;LEN=3;MLLD=252.91;QD=40.6819;RBI=0.0196688;REFB=-0.00181632;REVB=0.014652;RO=9;SAF=18;SAR=8;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483149;STB=0.515684;STBP=0.717;TYPE=ins;VARB=0.000487115;OID=.;OPOS=82581489;OREF=-;OALT=TCA;OMAPALT=TTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8:26:38:28:35:7:18:10:5:2:43:9:18:8:7:2 chr7 82764425 . C G 442.33 PASS AF=1;AO=27;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.7;QD=57.0749;RBI=0.0336189;REFB=0;REVB=0.0297513;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0029288;OID=.;OPOS=82764425;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:27:31:1:15:12:0:0:19:12:0:0 chr7 83023587 . TAC T 691.0 PASS AF=1;AO=38;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477321;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=2;MLLD=178.396;QD=56.4078;RBI=0.10725;REFB=0;REVB=0.0960433;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000380452;OID=.;OPOS=83023588;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:49:49:49:0:31:18:0:0:4:0:25:13:0:0 chr7 83029430 . GT G,TG 31.49 PASS AF=0.102041,0.0408163;AO=14,4;DP=100;FAO=10,4;FDP=98;FR=.;FRO=84;FSAF=9,0;FSAR=1,4;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.0372883,-0.0318975;FXX=0.019998;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=12.8401,28.877;QD=1.28526;RBI=0.0405382,0.0346162;REFB=-0.0413763,-0.0266251;REVB=0.0159035,-0.0134473;RO=75;SAF=12,0;SAR=2,4;SRF=35;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.504068,-0.449442;STB=0.895299,0.997229;STBP=0.013,0.035;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0125241,0.135531;OID=.,.;OPOS=83029431,83029430;OREF=T,GT;OALT=-,TG;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:100:98:75:84:14,4:10,4:0.102041,0.0408163:2,4:12,0:35:40:1,4:9,0:39:45 chr7 83029438 . C T 435.23 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=105;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.0245015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.42;QD=16.4238;RBI=0.0309751;REFB=-0.0376393;REVB=-0.0189508;RO=57;SAF=27;SAR=21;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137138;STB=0.580952;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0345798;OID=.;OPOS=83029438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:57:58:48:48:0.45283:21:27:24:33:21:27:24:34 chr7 83034754 . T A 1281.39 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00999181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.15;QD=61.7539;RBI=0.0169214;REFB=0;REVB=-0.0136564;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.09559e-05;OID=.;OPOS=83034754;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:41:41:0:0:41:42:0:0 chr7 83037751 . C A 696.18 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0325231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7403;QD=60.5374;RBI=0.0418275;REFB=-0.14007;REVB=0.0263019;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00287481;OID=.;OPOS=83037751;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:23:22:0:0:23:22:1:0 chr7 83587885 . G A 105.58 PASS AF=0.258065;AO=16;DP=62;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0335652;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.6787;QD=6.81144;RBI=0.0514858;REFB=-0.0214936;REVB=-0.0390406;RO=43;SAF=7;SAR=9;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.088891;STB=0.562422;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0669303;OID=.;OPOS=83587885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:46:16:16:0.258065:9:7:22:21:9:7:24:22 chr7 83587915 . C T 199.74 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00119424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.816;QD=11.579;RBI=0.0135081;REFB=-0.00981683;REVB=0.0134552;RO=44;SAF=11;SAR=14;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414028;STB=0.523957;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0179015;OID=.;OPOS=83587915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:14:11:21:23:14:11:21:23 chr7 83590231 . G A 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0488839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9732;QD=13.753;RBI=0.0831926;REFB=0.0172782;REVB=-0.0673155;RO=23;SAF=10;SAR=5;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656827;STB=0.538409;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.0299052;OID=.;OPOS=83590231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:5:10:14:9:5:10:14:9 chr7 83590852 . T C 175.0 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0248461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6901;QD=13.7255;RBI=0.0392191;REFB=0.00895111;REVB=-0.0303448;RO=31;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257471;STB=0.646924;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.012473;OID=.;OPOS=83590852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:10:10:8:23:10:10:8:23 chr7 83606518 . G A 851.2 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.133;QD=57.7081;RBI=0.0403596;REFB=0;REVB=-0.00421998;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.22389e-05;OID=.;OPOS=83606518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr7 83610726 . C G 342.28 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00102536;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.76;QD=18.2551;RBI=0.054748;REFB=-0.00385969;REVB=0.0547384;RO=39;SAF=16;SAR=20;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0876452;STB=0.548934;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00506272;OID=.;OPOS=83610726;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:20:16:21:18:20:16:21:18 chr7 83634713 . A G 427.88 PASS AF=0.483146;AO=42;DP=88;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=-0.0102186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5123;QD=19.2303;RBI=0.0148717;REFB=-0.00139546;REVB=0.010805;RO=45;SAF=26;SAR=16;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186591;STB=0.510562;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00251596;OID=.;OPOS=83634713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:45:46:42:43:0.483146:16:26:27:18:16:27:28:18 chr7 86577206 . T C 61.45 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0834854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8179;QD=7.22985;RBI=0.0977061;REFB=-0.016459;REVB=-0.0507609;RO=22;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244319;STB=0.639684;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0679776;OID=.;OPOS=86577206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:31:34:22:25:9:9:0.264706:3:6:10:12:3:6:12:13 chr7 87082292 . G A 367.45 PASS AF=0.428571;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0138495;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3301;QD=16.1517;RBI=0.0152766;REFB=-0.0077472;REVB=-0.00644709;RO=50;SAF=18;SAR=21;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622583;STB=0.533316;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00889007;OID=.;OPOS=87082292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:91:50:52:39:39:0.428571:21:18:20:30:21:18:21:31 chr7 87138645 . A G 1417.04 PASS AF=0.968421;AO=90;DP=94;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0198186;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9076;QD=59.665;RBI=0.0227911;REFB=0.000947774;REVB=-0.0112542;RO=2;SAF=47;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000917222;STB=0.504253;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=6.76395e-05;OID=.;OPOS=87138645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:94:95:2:3:90:92:0.968421:43:47:1:1:43:49:2:1 chr7 87160618 . A C 975.06 PASS AF=0.957746;AO=67;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0240668;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.9;QD=54.9331;RBI=0.0242041;REFB=-0.0371652;REVB=0.00257451;RO=3;SAF=40;SAR=27;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341302;STB=0.518067;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00706065;OID=.;OPOS=87160618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:71:3:3:67:68:0.957746:27:40:3:0:28:40:3:0 chr7 87179601 . A G 803.52 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00250652;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.296;QD=57.3944;RBI=0.0219156;REFB=0;REVB=0.0217718;RO=0;SAF=16;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01924e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.5851e-06;OID=.;OPOS=87179601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:40:16:0:0:40:16:0:0 chr7 87229501 . T C 726.01 PASS AF=0.963636;AO=54;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00225532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2487;QD=52.8006;RBI=0.0334264;REFB=-0.0365055;REVB=-0.0333503;RO=1;SAF=12;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376506;STB=0.54165;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.000851471;OID=.;OPOS=87229501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:1:2:54:53:0.963636:42:12:1:0:42:11:2:0 chr7 87564179 . G C 180.31 PASS AF=0.545455;AO=17;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0149316;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0526;QD=21.8555;RBI=0.0245172;REFB=-0.121149;REVB=-0.0194459;RO=12;SAF=13;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942134;STB=0.597587;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0644843;OID=.;OPOS=87564179;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:12:15:17:18:0.545455:4:13:8:4:5:13:8:7 chr7 87564277 . A C 344.12 PASS AF=0.537313;AO=35;DP=66;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=0.0221245;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3954;QD=20.5446;RBI=0.027616;REFB=-0.014267;REVB=-0.0165272;RO=27;SAF=15;SAR=20;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203879;STB=0.599221;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.019314;OID=.;OPOS=87564277;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:27:31:35:36:0.537313:20:15:5:22:22:14:6:25 chr7 87813635 . C T 307.48 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00158429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.802;QD=15.5687;RBI=0.00950144;REFB=-0.0122065;REVB=0.00936842;RO=44;SAF=18;SAR=16;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161207;STB=0.514961;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.014318;OID=.;OPOS=87813635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:44:45:34:34:0.43038:16:18:24:20:16:18:25:20 chr7 87840189 . A C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00157642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.961;QD=8.8111;RBI=0.0154289;REFB=-0.0222191;REVB=-0.0153482;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141704;STB=0.58795;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0375405;OID=.;OPOS=87840189;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:7:4:3:3:7:4 chr7 87913361 . C T 689.26 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0434;QD=62.6601;RBI=0.0556387;REFB=0;REVB=0.00189037;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000706569;OID=.;OPOS=87913361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chr7 88956699 . A G 3403.6 PASS AF=1;AO=217;DP=218;FAO=219;FDP=219;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=137;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019187;FXX=0.00454525;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.053;QD=62.1663;RBI=0.0419106;REFB=-0.105398;REVB=0.0372607;RO=0;SAF=82;SAR=135;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82706e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38678e-05;OID=.;OPOS=88956699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:218:219:0:0:217:219:1:135:82:0:0:137:82:0:0 chr7 88963039 . G A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.1878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.476;QD=10.0337;RBI=0.19326;REFB=0.00436851;REVB=-0.0456159;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275355;STB=0.666109;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.0118803;OID=.;OPOS=88963039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:1:6:3:2:1:6 chr7 88964000 . C T 80.0 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0037164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.983;QD=7.27237;RBI=0.0116746;REFB=-0.000749694;REVB=-0.0110673;RO=33;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398206;STB=0.524842;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00208533;OID=.;OPOS=88964000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:44:44:33:33:11:11:0.25:7:4:11:22:7:4:11:22 chr7 88964196 . T A 318.4 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00453985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.827;QD=18.1943;RBI=0.0107355;REFB=-0.0253683;REVB=-0.00972834;RO=35;SAF=16;SAR=18;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647313;STB=0.542348;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0180532;OID=.;OPOS=88964196;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:36:34:34:0.485714:18:16:14:21:18:16:14:22 chr7 89797144 . G T 1656.76 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.248;QD=60.2459;RBI=0.0214176;REFB=0;REVB=0.013438;RO=0;SAF=79;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.42368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.24433e-05;OID=.;OPOS=89797144;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:109:110:1:30:79:0:0:30:80:0:0 chr7 89861890 . G T 274.92 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0367774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4892;QD=45.8197;RBI=0.042248;REFB=-0.210585;REVB=-0.0207923;RO=1;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298327;STB=0.517226;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0158839;OID=.;OPOS=89861890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:24:24:1:2:22:22:0.916667:15:7:0:1:15:7:1:1 chr7 89867422 . G A 552.52 PASS AF=0.60241;AO=50;DP=83;FAO=50;FDP=83;FR=.;FRO=33;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.021028;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.066;QD=26.6276;RBI=0.0884494;REFB=-0.00912265;REVB=0.0859135;RO=31;SAF=34;SAR=16;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171378;STB=0.583732;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00491998;OID=.;OPOS=89867422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:31:33:50:50:0.60241:16:34:14:17:16:34:16:17 chr7 89881239 . G C 539.72 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=40;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0223291;FXX=0.0249938;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.175;QD=55.3561;RBI=0.0378332;REFB=-0.132139;REVB=-0.0305411;RO=1;SAF=16;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283678;STB=0.503524;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00109856;OID=.;OPOS=89881239;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:39:1:2:37:37:0.948718:21:16:1:0:21:16:1:1 chr7 89906609 . C T 1190.25 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00476254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.063;QD=61.0384;RBI=0.0115058;REFB=0;REVB=0.0104738;RO=0;SAF=32;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3417e-05;OID=.;OPOS=89906609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:46:32:0:0:46:32:0:0 chr7 89912301 . G A 628.36 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000122658;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.653;QD=61.3032;RBI=0.0195814;REFB=0;REVB=0.019581;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251984;OID=.;OPOS=89912301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:14:26:0:0:15:26:0:0 chr7 89938588 . C G 1036.57 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8581;QD=59.2328;RBI=0.0540238;REFB=0;REVB=-0.00083061;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000516191;OID=.;OPOS=89938588;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:68:70:1:29:39:0:0:29:41:0:0 chr7 89983808 . T G 367.4 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.784;QD=52.4856;RBI=0.0500227;REFB=0;REVB=0.0457503;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000778782;OID=.;OPOS=89983808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:28:0:0:25:28:1:17:8:0:0:18:10:0:0 chr7 89984409 . A G 787.44 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00111138;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.068;QD=57.2685;RBI=0.0257334;REFB=0;REVB=0.0257094;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.58614e-05;OID=.;OPOS=89984409;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr7 90042857 . G T 365.84 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00641047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4867;QD=54.1979;RBI=0.00739693;REFB=0;REVB=-0.00369058;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0029793;OID=.;OPOS=90042857;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:16:10:0:0:17:10:0:0 chr7 90043182 . A G 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.004454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.895;QD=57.2375;RBI=0.0166799;REFB=0;REVB=0.0160742;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21589e-05;OID=.;OPOS=90043182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:22:34:0:0:22:34:0:0 chr7 90043304 . C T 845.28 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.588;QD=57.3071;RBI=0.0415153;REFB=0;REVB=-0.00620521;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.92593e-05;OID=.;OPOS=90043304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:31:26:0:0:32:27:0:0 chr7 90043314 . C T 803.03 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000356518;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.642;QD=57.3596;RBI=0.0153077;REFB=0;REVB=-0.0153035;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0087e-05;OID=.;OPOS=90043314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr7 90236415 . A G 585.21 PASS AF=0.930233;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=43;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00975225;FXX=0.0444346;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.054;QD=54.4377;RBI=0.0117419;REFB=-0.147615;REVB=-0.00653956;RO=3;SAF=24;SAR=16;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550961;STB=0.529397;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0021001;OID=.;OPOS=90236415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:43:43:3:3:40:40:0.930233:16:24:3:0:16:24:3:0 chr7 90338850 . C T 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0163227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.775;QD=21.0646;RBI=0.028403;REFB=-0.00963598;REVB=-0.0232443;RO=23;SAF=7;SAR=17;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179402;STB=0.592942;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.011857;OID=.;OPOS=90338850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:24:24:24:0.5:17:7:11:12:17:7:11:13 chr7 90836916 . C A 176.36 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0048111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.137;QD=20.7487;RBI=0.00813283;REFB=-0.0149227;REVB=-0.00655715;RO=16;SAF=14;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220895;STB=0.625864;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0149886;OID=.;OPOS=90836916;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:4:14:9:7:4:14:9:7 chr7 90837216 . G A 209.29 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.000809324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.34;QD=11.6272;RBI=0.00137645;REFB=-0.00982516;REVB=-0.00111337;RO=46;SAF=13;SAR=13;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240135;STB=0.513878;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0175108;OID=.;OPOS=90837216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:13:13:22:24:13:13:22:24 chr7 90838866 . G A 198.76 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0047556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.306;QD=19.3909;RBI=0.0105502;REFB=0.000426124;REVB=-0.00941758;RO=20;SAF=6;SAR=14;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191347;STB=0.598827;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.000768677;OID=.;OPOS=90838866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:20:21:20:20:0.487805:14:6:10:10:14:6:10:11 chr7 90838869 . G C 620.52 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00601806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9719;QD=60.5388;RBI=0.020793;REFB=0;REVB=0.0199031;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123969;OID=.;OPOS=90838869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:24:16:0:0:25:16:0:0 chr7 90895431 . C T 419.21 PASS AF=0.597015;AO=41;DP=67;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00415847;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.385;QD=25.0276;RBI=0.00430377;REFB=-0.0347779;REVB=-0.00110886;RO=26;SAF=16;SAR=25;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107514;STB=0.574675;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0272305;OID=.;OPOS=90895431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:26:27:41:40:0.597015:25:16:14:12:25:15:15:12 chr7 91503228 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.047372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.886;QD=13.4855;RBI=0.0489191;REFB=-0.0101421;REVB=0.0122053;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00947861;STB=0.505605;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00384986;OID=.;OPOS=91503228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:6:5:4:5:6:5 chr7 91632306 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0105608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.055;QD=56.1915;RBI=0.0268246;REFB=0;REVB=0.0246583;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102026;OID=.;OPOS=91632306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr7 91712690 . T C 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0230183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3914;QD=16.5355;RBI=0.0415446;REFB=-0.0174637;REVB=-0.0345848;RO=23;SAF=5;SAR=13;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814279;STB=0.546872;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.016298;OID=.;OPOS=91712690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:13:5:8:15:13:5:8:15 chr7 91714911 . C T 1337.5 PASS AF=0.956522;AO=88;DP=95;FAO=88;FDP=92;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0261437;FXX=0.0315756;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.413;QD=58.1521;RBI=0.0279713;REFB=0.0773658;REVB=-0.00994481;RO=4;SAF=48;SAR=40;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244552;STB=0.512919;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.00145686;OID=.;OPOS=91714911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:95:92:4:4:88:88:0.956522:40:48:1:3:40:48:1:3 chr7 91732038 . TG GT,T 79.02 PASS AF=0,0.441176;AO=3,24;DP=64;FAO=0,30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=0,12;FSAR=0,18;FSRF=29;FSRR=9;FWDB=-0.0161213,0.0697486;FXX=0.0144907;HRUN=1,7;LEN=2,1;MLLD=141.118,7.09183;QD=4.64806;RBI=0.0659085,0.250574;REFB=-0.0103837,-0.208432;REVB=-0.0639064,-0.240671;RO=30;SAF=0,8;SAR=3,16;SRF=27;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.783225,-0.515056;STB=0.5,0.694796;STBP=1,0.012;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.168809;OID=.,.;OPOS=91732038,91732039;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:80:64:68:30:38:3,24:0,30:0,0.441176:3,16:0,8:27:3:0,18:0,12:29:9 chr7 91842554 . T C 336.68 PASS AF=0.467532;AO=34;DP=75;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0185456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.651;QD=17.49;RBI=0.0192108;REFB=-0.0414917;REVB=-0.00501153;RO=40;SAF=13;SAR=21;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00751216;STB=0.51297;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0480483;OID=.;OPOS=91842554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:40:41:34:36:0.467532:21:13:15:25:22:14:15:26 chr7 92027537 . C G 292.36 PASS AF=0.392857;AO=32;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=0.0185605;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7597;QD=13.9221;RBI=0.0429266;REFB=0.00172727;REVB=0.0387066;RO=49;SAF=17;SAR=15;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655927;STB=0.515142;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00259305;OID=.;OPOS=92027537;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:49:51:32:33:0.392857:15:17:23:26:16:17:25:26 chr7 92028039 . C A 52.9 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0206801;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.514;QD=17.6332;RBI=0.149981;REFB=0.0177292;REVB=0.148548;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121017;STB=0.571224;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=-0.00494078;OID=.;OPOS=92028039;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:13:12:5:5:7:7:0.583333:4:3:3:2:4:3:3:2 chr7 92029302 . G A 1268.29 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00522565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1772;QD=60.3948;RBI=0.0233324;REFB=-0.100531;REVB=-0.0227397;RO=1;SAF=40;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116936;STB=0.506171;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.000692932;OID=.;OPOS=92029302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:43:40:1:0:43:40:1:0 chr7 92098776 . C T 393.13 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00406425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3016;QD=56.161;RBI=0.00516686;REFB=0;REVB=-0.00319035;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.92221e-05;OID=.;OPOS=92098776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr7 92099283 . C T 367.22 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=0.00183825;FXX=0.0315756;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.418;QD=15.9659;RBI=0.0107388;REFB=-0.00961225;REVB=0.0105803;RO=49;SAF=13;SAR=26;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122657;STB=0.573605;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0132177;OID=.;OPOS=92099283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:49:53:39:39:0.423913:26:13:22:27:26:13:24:29 chr7 92131289 . G T 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0354531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.51;QD=57.1773;RBI=0.0355245;REFB=0;REVB=-0.00225163;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.5308e-05;OID=.;OPOS=92131289;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr7 92163855 . G A 208.08 PASS AF=0.351351;AO=25;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=-0.00234729;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.165;QD=11.2476;RBI=0.0193868;REFB=-0.00964044;REVB=-0.0192442;RO=48;SAF=13;SAR=12;SRF=14;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257919;STB=0.657031;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.014888;OID=.;OPOS=92163855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:48:48:25:26:0.351351:12:13:14:34:12:14:14:34 chr7 92236829 . A G 269.43 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00640515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9975;QD=18.9073;RBI=0.0500837;REFB=-0.0134801;REVB=0.0496725;RO=28;SAF=11;SAR=18;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109228;STB=0.561054;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0117438;OID=.;OPOS=92236829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:18:11:14:14:18:11:14:14 chr7 92237396 . A T 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0153984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=323.651;QD=10.9409;RBI=0.0154882;REFB=-0.00093684;REVB=0.00166464;RO=19;SAF=4;SAR=7;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22826;STB=0.621079;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00140784;OID=.;OPOS=92237396;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:19:20:11:11:0.354839:7:4:11:8:7:4:11:9 chr7 92241633 . G C 138.42 PASS AF=0.340426;AO=15;DP=46;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=0.00736923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.871;QD=11.7805;RBI=0.0142624;REFB=-0.0112515;REVB=-0.0122111;RO=30;SAF=3;SAR=12;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.567232;STB=0.842495;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0108912;OID=.;OPOS=92241633;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:30:31:15:16:0.340426:12:3:22:8:13:3:23:8 chr7 92600509 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.225;QD=58.5874;RBI=0.0455337;REFB=0;REVB=0.0197338;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303796;OID=.;OPOS=92600509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr7 92733766 . C A 194.05 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0184739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.313;QD=16.8738;RBI=0.0189616;REFB=-0.00852322;REVB=-0.00427292;RO=26;SAF=3;SAR=17;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489806;STB=0.784295;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00896387;OID=.;OPOS=92733766;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:17:3:15:11:17:3:15:11 chr7 92733975 . G A 146.36 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0265189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.189;QD=16.7273;RBI=0.030845;REFB=-0.0136193;REVB=0.0157532;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158357;STB=0.50908;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.021096;OID=.;OPOS=92733975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:9:7:8:11:9:7:8:11 chr7 92734051 . C T 280.86 PASS AF=0.530612;AO=24;DP=47;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00541585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.284;QD=22.9276;RBI=0.0260193;REFB=-0.0265932;REVB=0.0254495;RO=20;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688524;STB=0.50788;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0208969;OID=.;OPOS=92734051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:20:23:24:26:0.530612:14:10:10:10:14:12:11:12 chr7 92734451 . A G 708.17 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8498;QD=62.9485;RBI=0.0408959;REFB=0;REVB=0.0375737;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000768521;OID=.;OPOS=92734451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr7 92734983 . A G 182.91 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0143265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.791;QD=17.4204;RBI=0.0143888;REFB=0.0173773;REVB=0.00133761;RO=23;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876044;STB=0.549948;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.00832868;OID=.;OPOS=92734983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:9:10:10:13:9:10:10:13 chr7 92760738 . T G 277.64 PASS AF=0.402439;AO=17;DP=84;FAO=33;FDP=82;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0554217;FXX=0.0238067;HRUN=8;LEN=1;MLLD=53.2334;QD=13.5432;RBI=0.131121;REFB=-0.0010911;REVB=-0.118833;RO=31;SAF=13;SAR=4;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793519;STB=0.558243;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00320147;OID=.;OPOS=92760738;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:31:49:17:33:0.402439:4:13:22:9:16:17:30:19 chr7 92764489 . C T 521.4 PASS AF=0.5;AO=50;DP=100;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.000322243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.455;QD=20.8559;RBI=0.0196966;REFB=-0.0105042;REVB=-0.0196939;RO=50;SAF=27;SAR=23;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548525;STB=0.530328;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0108243;OID=.;OPOS=92764489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:50:50:50:50:0.5:23:27:30:20:23:27:30:20 chr7 92764982 . C T 172.97 PASS AF=0.280899;AO=20;DP=84;FAO=25;FDP=89;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.011212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.688;QD=7.77385;RBI=0.0120463;REFB=0.00199725;REVB=-0.0044052;RO=64;SAF=7;SAR=13;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539798;STB=0.523561;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=-0.00516414;OID=.;OPOS=92764982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:89:64:64:20:25:0.280899:13:7:25:39:16:9:25:39 chr7 92970847 . C T 1136.4 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00133491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.608;QD=59.0339;RBI=0.00646313;REFB=0.00292545;REVB=-0.00632377;RO=1;SAF=36;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129635;STB=0.506848;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-8.10395e-06;OID=.;OPOS=92970847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:40:36:1:0:40:36:1:0 chr7 92985252 . T C 102.68 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0146483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.705;QD=9.33478;RBI=0.050782;REFB=-0.00595905;REVB=0.0486234;RO=31;SAF=9;SAR=4;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214295;STB=0.630788;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0136577;OID=.;OPOS=92985252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:4:9:16:15:4:9:16:15 chr7 93070811 . C T 83.52 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00192254;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6874;QD=18.5603;RBI=0.00495261;REFB=-0.0234898;REVB=-0.00456423;RO=7;SAF=1;SAR=9;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.559911;STB=0.817409;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0393566;OID=.;OPOS=93070811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:17:18:7:8:10:10:0.555556:9:1:5:2:9:1:5:3 chr7 93070867 . AG A 31.63 PASS AF=0.315789;AO=4;DP=17;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0201916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.312;QD=6.65837;RBI=0.0205811;REFB=-0.0235366;REVB=-0.00398477;RO=13;SAF=4;SAR=0;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.736642;STB=0.732613;STBP=0.226;TYPE=del;VARB=0.0467531;OID=.;OPOS=93070868;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789:4:17:6:19:13:4:2:4:9:31:13:4:0:4:9 chr7 93070870 . GAA GA,G,GAG 78.46 PASS AF=0.647059,0,0.352941;AO=6,3,4;DP=17;FAO=11,0,6;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0,4;FSAR=8,0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164862,-0.00994243,0.00367189;FXX=0;HRUN=11,11,11;LEN=1,2,1;MLLD=4.41633,7.12697,252.589;QD=18.4608;RBI=0.130458,0.0564491,0.0428497;REFB=-0.0109341,-0.0107804,-0.0149582;REVB=-0.129412,-0.0555667,-0.042692;RO=2;SAF=2,1,3;SAR=4,2,1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.173071,0.272699,0.407562;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0341725,0.0526923,0.00593117;OID=.,.,.;OPOS=93070871,93070871,93070872;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=GA,G,GAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.647059,0,0.352941:6,3,4:17:11,0,6:17:0:3,0,4:8,0,2:0:0:36:2:2,1,3:4,2,1:0:2 chr7 93116299 . A G 166.06 PASS AF=0.5;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0387967;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.708;QD=19.5365;RBI=0.03908;REFB=-0.0145178;REVB=0.00469663;RO=16;SAF=6;SAR=11;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100061;STB=0.566855;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0122366;OID=.;OPOS=93116299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:16:17:17:17:0.5:11:6:4:12:11:6:4:13 chr7 93515993 . T G 193.58 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=15;FWDB=-0.010408;FXX=0.0285633;HRUN=6;LEN=1;MLLD=155.433;QD=22.7736;RBI=0.0139626;REFB=-0.000130821;REVB=0.00930737;RO=11;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304347;STB=0.702535;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00013042;OID=.;OPOS=93515993;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:11:15:19:19:0.558824:11:8:0:11:11:8:0:15 chr7 93518486 . C T 180.51 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0229692;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.477;QD=16.0454;RBI=0.0590295;REFB=0.0361562;REVB=0.0543774;RO=25;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335463;STB=0.507035;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.0414958;OID=.;OPOS=93518486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:19:19:0.422222:10:9:11:14:10:9:12:14 chr7 94028427 . G A 143.94 PASS AF=0.25;AO=21;DP=84;FAO=21;FDP=84;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=-0.00366375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.255;QD=6.85444;RBI=0.00709817;REFB=-0.00440402;REVB=0.00607956;RO=62;SAF=8;SAR=13;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130397;STB=0.512684;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0159116;OID=.;OPOS=94028427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:62:63:21:21:0.25:13:8:23:39:13:8:23:40 chr7 94038934 . C T 1950.74 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1715;QD=61.9282;RBI=0.0198286;REFB=0;REVB=-0.00307461;RO=0;SAF=73;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.43441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52643e-05;OID=.;OPOS=94038934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:53:73:0:0:53:73:0:0 chr7 94039032 . C T 2032.21 PASS AF=0.992424;AO=130;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0118326;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.328;QD=61.5822;RBI=0.0235218;REFB=-0.0897276;REVB=0.0203289;RO=0;SAF=79;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503105;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000105683;OID=.;OPOS=94039032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:0:1:130:131:0.992424:51:79:0:0:51:80:1:0 chr7 94041937 . A C 141.81 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0172724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.158;QD=14.927;RBI=0.03028;REFB=-0.019453;REVB=0.0248705;RO=22;SAF=5;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198429;STB=0.615235;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0135587;OID=.;OPOS=94041937;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:11:5:11:11:11:5:11:11 chr7 94043239 . C G 867.6 PASS AF=0.927536;AO=63;DP=70;FAO=64;FDP=69;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0125809;FXX=0.0142837;HRUN=5;LEN=1;MLLD=272.485;QD=50.2957;RBI=0.01987;REFB=-0.00965051;REVB=0.0153799;RO=4;SAF=26;SAR=37;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672859;STB=0.527833;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.000172711;OID=.;OPOS=94043239;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:70:69:4:5:63:64:0.927536:37:26:4:0:37:27:4:1 chr7 94043274 . A G 184.82 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00238143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.791;QD=12.1196;RBI=0.0065802;REFB=-0.00853775;REVB=0.00613415;RO=38;SAF=9;SAR=14;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0038805;STB=0.50224;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.013569;OID=.;OPOS=94043274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:38:38:23:23:0.377049:14:9:15:23:14:9:15:23 chr7 94056349 . C T 244.1 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00488826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.444;QD=18.7769;RBI=0.0283132;REFB=-0.0310458;REVB=-0.027888;RO=26;SAF=17;SAR=9;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305445;STB=0.670923;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0240134;OID=.;OPOS=94056349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:9:17:8:18:9:17:8:18 chr7 94173803 . T C 409.1 PASS AF=0.410256;AO=48;DP=117;FAO=48;FDP=117;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=-0.00564006;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=271.316;QD=13.9863;RBI=0.00605148;REFB=-0.0115126;REVB=0.00219318;RO=68;SAF=33;SAR=15;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235539;STB=0.629574;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.016947;OID=.;OPOS=94173803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:68:69:48:48:0.410256:15:33:32:36:15:33:33:36 chr7 94174854 . T C 977.4 PASS AF=0.611111;AO=85;DP=144;FAO=88;FDP=144;FR=.;FRO=56;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.00568085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9342;QD=27.15;RBI=0.037274;REFB=-0.00627088;REVB=0.0368385;RO=57;SAF=43;SAR=42;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049746;STB=0.520829;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00326389;OID=.;OPOS=94174854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:57:56:85:88:0.611111:42:43:25:32:44:44:25:31 chr7 94185888 . G A 261.72 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.000584988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.403;QD=17.1618;RBI=0.00948156;REFB=-0.0111342;REVB=0.00946349;RO=32;SAF=17;SAR=12;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110572;STB=0.562101;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0135951;OID=.;OPOS=94185888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:12:17:15:17:12:17:15:17 chr7 94273994 . A G 315.15 PASS AF=0.479452;AO=33;DP=72;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.00659124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4123;QD=17.2687;RBI=0.0374553;REFB=-0.00708356;REVB=-0.0368708;RO=38;SAF=16;SAR=17;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144581;STB=0.507435;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.00866502;OID=.;OPOS=94273994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:38:38:33:35:0.479452:17:16:19:19:17:18:19:19 chr7 94294682 . C A 494.62 PASS AF=0.442623;AO=54;DP=121;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=46;FSRR=22;FWDB=-0.0148616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7987;QD=16.2169;RBI=0.0475719;REFB=-0.00397441;REVB=0.0451909;RO=67;SAF=27;SAR=27;SRF=45;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170829;STB=0.598326;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00605772;OID=.;OPOS=94294682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:67:68:54:54:0.442623:27:27:45:22:27:27:46:22 chr7 94295146 . T C 152.68 PASS AF=0.3;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0112054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.104;QD=8.72454;RBI=0.0112688;REFB=-0.0160391;REVB=0.0011933;RO=48;SAF=11;SAR=10;SRF=32;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17067;STB=0.591388;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.032813;OID=.;OPOS=94295146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:48:49:21:21:0.3:10:11:32:16:10:11:32:17 chr7 94296769 . T C 486.96 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026322;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.166;QD=59.0258;RBI=0.0536459;REFB=0;REVB=0.0467444;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1289e-05;OID=.;OPOS=94296769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:15:17:0:0:15:18:0:0 chr7 94296793 . C T 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00715021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.582;QD=11.5975;RBI=0.0222309;REFB=-0.00620403;REVB=-0.0210496;RO=21;SAF=11;SAR=1;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.590825;STB=0.862021;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0105891;OID=.;OPOS=94296793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:1:11:10:11:1:11:10:11 chr7 94297293 . GT G 562.08 PASS AF=1;AO=53;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0483351;FXX=0.0298463;HRUN=7;LEN=1;MLLD=12.8962;QD=34.5893;RBI=0.160155;REFB=-0.0290147;REVB=-0.152688;RO=1;SAF=34;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136578;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00238155;OID=.;OPOS=94297294;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:65:65:65:0:42:23:0:0:9:1:34:19:1:0 chr7 94298237 . TACAG T 194.64 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00757223;FXX=0.115362;HRUN=1;LEN=4;MLLD=243.992;QD=16.9254;RBI=0.00825779;REFB=-0.00507893;REVB=0.00329431;RO=22;SAF=5;SAR=16;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230589;STB=0.607485;STBP=0.236;TYPE=del;VARB=0.00600094;OID=.;OPOS=94298238;OREF=ACAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.456522:21:47:21:46:25:5:16:10:15:99:22:5:16:10:12 chr7 94540416 . A G 135.87 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00204243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.544;QD=9.70523;RBI=0.0223182;REFB=-0.00485782;REVB=0.0222245;RO=37;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13886;STB=0.571351;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0105186;OID=.;OPOS=94540416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:38:18:18:0.321429:9:9:14:23:9:9:15:23 chr7 94898811 . G A 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00975503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.731;QD=51.1814;RBI=0.0314524;REFB=0;REVB=-0.0299013;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.3267e-05;OID=.;OPOS=94898811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr7 94903420 . G A 255.15 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00217867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.055;QD=22.187;RBI=0.00470936;REFB=-0.0150648;REVB=-0.0041751;RO=22;SAF=16;SAR=8;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287651;STB=0.516115;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0133213;OID=.;OPOS=94903420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:8:16:14:8:8:16:14:8 chr7 94924538 . G T 241.7 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0104079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.334;QD=21.9722;RBI=0.0107655;REFB=0.00724998;REVB=-0.00275173;RO=21;SAF=7;SAR=16;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159835;STB=0.58994;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.005802;OID=.;OPOS=94924538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:16:7:10:11:16:7:10:11 chr7 94937446 . T C 224.59 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0187282;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.741;QD=14.9728;RBI=0.0193444;REFB=-0.0155695;REVB=0.00484367;RO=34;SAF=10;SAR=16;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146552;STB=0.583269;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0118077;OID=.;OPOS=94937446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:34:34:26:26:0.433333:16:10:18:16:16:10:18:16 chr7 95001555 . C T 458.13 PASS AF=0.432203;AO=51;DP=119;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=38;FWDB=-0.0491239;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7359;QD=15.5298;RBI=0.0492281;REFB=-0.00607617;REVB=0.00320218;RO=66;SAF=19;SAR=32;SRF=29;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070441;STB=0.535924;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00651363;OID=.;OPOS=95001555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:66:67:51:51:0.432203:32:19:29:37:32:19:29:38 chr7 95024046 . A G 223.37 PASS AF=0.380282;AO=26;DP=70;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0229863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.6964;QD=12.5844;RBI=0.0234215;REFB=-0.00721516;REVB=-0.0044937;RO=44;SAF=7;SAR=19;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271199;STB=0.663487;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0158312;OID=.;OPOS=95024046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:44:44:26:27:0.380282:19:7:22:22:20:7:22:22 chr7 95213059 . G A 230.5 PASS AF=0.421875;AO=18;DP=65;FAO=27;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=-0.00651151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.631;QD=14.4061;RBI=0.0131691;REFB=-0.0069971;REVB=-0.0114466;RO=33;SAF=14;SAR=4;SRF=25;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314802;STB=0.591533;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0175215;OID=.;OPOS=95213059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:33:37:18:27:0.421875:4:14:25:8:13:14:25:12 chr7 95213953 . A C 320.71 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0011983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.213;QD=21.3805;RBI=0.030121;REFB=-0.00692592;REVB=0.0300971;RO=27;SAF=21;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693877;STB=0.538438;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00388899;OID=.;OPOS=95213953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:12:21:15:12:12:21:15:12 chr7 95216394 . T G 341.12 PASS AF=0.622642;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00656944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7155;QD=25.7451;RBI=0.0616684;REFB=-0.0129388;REVB=0.0613175;RO=19;SAF=11;SAR=22;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132313;STB=0.507038;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00824125;OID=.;OPOS=95216394;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:19:20:33:33:0.622642:22:11:6:13:22:11:7:13 chr7 95216421 . G A 179.97 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0305985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2842;QD=12.6296;RBI=0.0328475;REFB=0.00416126;REVB=-0.0119455;RO=34;SAF=6;SAR=16;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010724;STB=0.509951;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=-0.0108229;OID=.;OPOS=95216421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:35:22:22:0.385965:16:6:9:25:16:6:10:25 chr7 95800820 . T C 433.29 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00550896;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.186;QD=57.7718;RBI=0.015348;REFB=0;REVB=-0.0143253;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229888;OID=.;OPOS=95800820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr7 97488569 . A T 969.19 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.779;QD=58.7385;RBI=0.0109168;REFB=0;REVB=-0.00380679;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.50262e-05;OID=.;OPOS=97488569;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr7 97775778 . A T 396.21 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0114937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0975;QD=17.8072;RBI=0.0326498;REFB=0.00754091;REVB=-0.0305598;RO=48;SAF=21;SAR=20;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284679;STB=0.515909;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=-0.0104413;OID=.;OPOS=97775778;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:20:21:26:22:20:21:26:22 chr7 97821855 . T C 197.14 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00778819;FXX=0.0212721;HRUN=5;LEN=1;MLLD=66.4572;QD=17.1423;RBI=0.00938291;REFB=-0.0240956;REVB=-0.00523289;RO=24;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165484;STB=0.535678;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0346065;OID=.;OPOS=97821855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:24:26:20:20:0.434783:12:8:10:14:12:8:12:14 chr7 97823125 . G A 222.65 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0034707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.252;QD=18.9492;RBI=0.0107172;REFB=-0.018901;REVB=0.0101397;RO=25;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615519;STB=0.534852;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0272514;OID=.;OPOS=97823125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:12:10:13:12:12:10:13:12 chr7 97823629 . A G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0323191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.491;QD=13.4559;RBI=0.0495251;REFB=-0.0101306;REVB=-0.0375261;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121912;STB=0.571303;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0127004;OID=.;OPOS=97823629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:5:6:10:5:5:6:10:5 chr7 97835276 . T C 383.82 PASS AF=0.43617;AO=42;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.00423485;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7398;QD=16.3328;RBI=0.00533395;REFB=0.00459991;REVB=0.003243;RO=51;SAF=18;SAR=24;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168526;STB=0.52463;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.00661292;OID=.;OPOS=97835276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:51:53:42:41:0.43617:24:18:21:30:23:18:21:32 chr7 97847040 . G A 224.75 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.066494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5509;QD=19.9779;RBI=0.0737134;REFB=-0.0112005;REVB=0.0318151;RO=23;SAF=12;SAR=10;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254714;STB=0.642735;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0170667;OID=.;OPOS=97847040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:10:12:6:17:10:12:6:17 chr7 97852399 . G A 1012.25 PASS AF=0.532258;AO=94;DP=181;FAO=99;FDP=186;FR=.;FRO=87;FSAF=28;FSAR=71;FSRF=49;FSRR=38;FWDB=0.0044499;FXX=0.0210515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.651;QD=21.7688;RBI=0.0131995;REFB=-0.0283864;REVB=0.0124268;RO=82;SAF=25;SAR=69;SRF=47;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284672;STB=0.641712;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0185006;OID=.;OPOS=97852399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:186:82:87:94:99:0.532258:69:25:47:35:71:28:49:38 chr7 97854393 . G A 78.09 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0295378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.825;QD=14.8744;RBI=0.0451316;REFB=-0.0170801;REVB=0.034123;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969297;STB=0.538383;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0203451;OID=.;OPOS=97854393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:21:10:11:10:10:0.47619:7:3:4:6:7:3:4:7 chr7 97863145 . G A 205.9 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0155762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.843;QD=31.6767;RBI=0.0303552;REFB=-0.00271951;REVB=0.0260542;RO=7;SAF=5;SAR=14;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175213;STB=0.597048;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.000655857;OID=.;OPOS=97863145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:19:19:0.730769:14:5:4:3:14:5:4:3 chr7 97873994 . G A 99.92 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0497697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.637;QD=15.3718;RBI=0.0508918;REFB=-0.0151688;REVB=0.0106277;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270556;STB=0.656002;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0124762;OID=.;OPOS=97873994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:7:5:10:4:7:5:10:4 chr7 97933601 . C T 255.49 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0254266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8539;QD=21.7434;RBI=0.0268212;REFB=-0.015834;REVB=0.00853632;RO=19;SAF=8;SAR=16;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642779;STB=0.566614;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0150831;OID=.;OPOS=97933601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:19:23:24:24:0.510638:16:8:5:14:16:8:5:18 chr7 98258736 . G A 268.82 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00560004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6393;QD=14.3369;RBI=0.0455379;REFB=-0.0167929;REVB=0.0451923;RO=43;SAF=16;SAR=15;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522198;STB=0.536059;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.018684;OID=.;OPOS=98258736;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:44:31:31:0.413333:15:16:20:23:15:16:20:24 chr7 98460824 . C A 840.32 PASS AF=0.938462;AO=61;DP=65;FAO=61;FDP=65;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0515677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.08;QD=51.7118;RBI=0.0680006;REFB=-0.0862256;REVB=0.0443267;RO=4;SAF=35;SAR=26;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209587;STB=0.511119;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0321275;OID=.;OPOS=98460824;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:65:65:4:4:61:61:0.938462:26:35:3:1:26:35:3:1 chr7 98647218 . C T 259.99 PASS AF=0.568182;AO=23;DP=42;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0196655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.858;QD=23.6353;RBI=0.0323574;REFB=-0.0195465;REVB=-0.0256957;RO=19;SAF=9;SAR=14;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653341;STB=0.520941;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.016467;OID=.;OPOS=98647218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:19:19:23:25:0.568182:14:9:6:13:16:9:6:13 chr7 98650051 . G C 80.24 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0474917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9956;QD=16.8927;RBI=0.0497787;REFB=0.0305366;REVB=0.014915;RO=9;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252049;STB=0.648318;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.0287683;OID=.;OPOS=98650051;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:8:2:4:5:8:2:4:5 chr7 98790669 . G C 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.016486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.833;QD=18.2489;RBI=0.0263589;REFB=-0.0176966;REVB=-0.020567;RO=12;SAF=9;SAR=4;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.480084;STB=0.771056;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0230881;OID=.;OPOS=98790669;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:4:9:1:11:4:9:1:11 chr7 98790699 . G A 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.0172254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1756;QD=18.6372;RBI=0.032138;REFB=-0.0117643;REVB=-0.0271318;RO=16;SAF=10;SAR=6;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418918;STB=0.735034;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0138038;OID=.;OPOS=98790699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:6:10:2:14:6:10:2:14 chr7 98800834 . A G 220.66 PASS AF=0.419355;AO=25;DP=61;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0383305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9165;QD=14.236;RBI=0.0383316;REFB=-0.0268231;REVB=0.000299112;RO=36;SAF=13;SAR=12;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049311;STB=0.538432;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0683932;OID=.;OPOS=98800834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:36:36:25:26:0.419355:12:13:17:19:12:14:17:19 chr7 98870997 . A G 160.26 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.357;QD=45.7873;RBI=0.0590267;REFB=0;REVB=-0.0573885;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00082573;OID=.;OPOS=98870997;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr7 98877267 . C A 920.0 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.42;QD=58.4127;RBI=0.0358592;REFB=0;REVB=0.0241582;RO=0;SAF=22;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119097;OID=.;OPOS=98877267;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:41:22:0:0:41:22:0:0 chr7 98946508 . C T 167.92 PASS AF=0.4;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0433472;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.222;QD=14.9264;RBI=0.0480468;REFB=0.00611337;REVB=0.0207247;RO=28;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432554;STB=0.534488;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=-0.00836187;OID=.;OPOS=98946508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:28:27:18:18:0.4:11:7:12:16:11:7:12:15 chr7 99032458 . C G,T 1447.4 PASS AF=0.0808081,0.919192;AO=8,91;DP=100;FAO=8,91;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=4,39;FSAR=4,52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039481,0.00802234;FXX=0.0198;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=99.074,174.34;QD=58.4809;RBI=0.044305,0.0123617;REFB=0,0;REVB=-0.0201043,-0.009405;RO=0;SAF=4,39;SAR=4,52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0881809,-0.000563753;OID=.,.;OPOS=99032458,99032458;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:27:100:99:0:0:8,91:8,91:0.0808081,0.919192:4,52:4,39:0:0:4,52:4,39:0:0 chr7 99047978 . T C 214.35 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0230424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5651;QD=45.1259;RBI=0.0238727;REFB=-0.160306;REVB=-0.00624148;RO=1;SAF=9;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483018;STB=0.526287;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00917671;OID=.;OPOS=99047978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:19:19:1:1:18:18:0.947368:9:9:1:0:9:9:1:0 chr7 99081730 . A G 1153.6 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.723;QD=60.7156;RBI=0.0249202;REFB=0;REVB=0.0131462;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.84438e-05;OID=.;OPOS=99081730;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:41:35:0:0:41:35:0:0 chr7 99101232 . TCTC T 100.75 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.000146546;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=157.995;QD=16.1192;RBI=0.0129027;REFB=-0.0155252;REVB=0.0129019;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316258;STB=0.679738;STBP=0.113;TYPE=del;VARB=0.0135296;OID=.;OPOS=99101233;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.48:12:25:12:25:13:6:6:11:2:99:13:6:6:11:2 chr7 99130875 . G A 214.88 PASS AF=0.947368;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0307719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3671;QD=45.2375;RBI=0.0315994;REFB=-0.183362;REVB=0.00718421;RO=1;SAF=11;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398535;STB=0.519978;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0108165;OID=.;OPOS=99130875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:18:19:1:1:17:18:0.947368:6:11:1:0:6:12:1:0 chr7 99145845 . C T 922.91 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0049295;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0968;QD=58.5972;RBI=0.016796;REFB=0;REVB=0.0160563;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9977e-05;OID=.;OPOS=99145845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:37:25:0:0:37:26:0:0 chr7 99217424 . G A 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00261838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.45;QD=16.9415;RBI=0.0210819;REFB=-0.0343103;REVB=0.0209187;RO=24;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132079;STB=0.575676;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0308129;OID=.;OPOS=99217424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:12:7:12:12:12:7:12:12 chr7 99227172 . A G 399.64 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.0343846;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0034;QD=23.5081;RBI=0.0362172;REFB=-0.0209434;REVB=-0.0113747;RO=29;SAF=15;SAR=24;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121443;STB=0.56647;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0338979;OID=.;OPOS=99227172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:29:29:39:39:0.573529:24:15:7:22:24:15:7:22 chr7 99306685 . C G 612.5 PASS AF=0.578431;AO=59;DP=102;FAO=59;FDP=102;FR=.;FRO=43;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0157756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3653;QD=24.0195;RBI=0.0322861;REFB=-0.0121398;REVB=0.0281695;RO=43;SAF=31;SAR=28;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615617;STB=0.533589;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0108189;OID=.;OPOS=99306685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:43:43:59:59:0.578431:28:31:26:17:28:31:26:17 chr7 99474427 . A G 110.66 PASS AF=0.341463;AO=13;DP=40;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0104395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.66;QD=10.796;RBI=0.0132295;REFB=-0.021996;REVB=-0.00812631;RO=27;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123277;STB=0.590415;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0361695;OID=.;OPOS=99474427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:27:27:13:14:0.341463:9:4:11:16:10:4:11:16 chr7 99500899 . T C 272.74 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0202431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.3156;QD=24.2431;RBI=0.0210353;REFB=0.0110668;REVB=0.00571824;RO=20;SAF=16;SAR=9;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986056;STB=0.55463;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.0127222;OID=.;OPOS=99500899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:9:16:15:5:9:16:15:5 chr7 99500911 . A G 276.81 PASS AF=0.595238;AO=24;DP=41;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00907941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.284;QD=26.3632;RBI=0.0210338;REFB=-0.0180267;REVB=0.0189732;RO=17;SAF=15;SAR=9;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017664;STB=0.503103;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0129499;OID=.;OPOS=99500911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:17:17:24:25:0.595238:9:15:11:6:9:16:11:6 chr7 99584266 . AG A,AA 71.12 PASS AF=0.388889,0.111111;AO=2,6;DP=18;FAO=7,2;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=1,2;FSAR=6,0;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0114464,0.0117901;FXX=0.09995;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=199.851,199.506;QD=15.8042;RBI=0.0312143,0.0297848;REFB=-0.00617927,-0.00465221;REVB=-0.0290399,-0.027352;RO=9;SAF=1,2;SAR=1,4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0568293,-0.219799;STB=0.82253,0.992777;STBP=0.055,0.314;TYPE=del,snp;VARB=0.00618181,0.0172875;OID=.,.;OPOS=99584267,99584267;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889,0.111111:2,6:18:7,2:18:9:1,2:6,0:6:3:32:9:1,2:1,4:5:4 chr7 99662511 . GTAGT G 119.78 PASS AF=0.4;AO=11;DP=36;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0463583;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=288.178;QD=13.6896;RBI=0.0463584;REFB=-0.0103133;REVB=8.3747e-05;RO=20;SAF=1;SAR=10;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390708;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0159652;OID=.;OPOS=99662512;OREF=TAGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:11:36:14:35:21:4:10:6:15:99:20:1:10:6:14 chr7 99669802 . A G 155.71 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.03315;FXX=0.0238039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.64;QD=15.1907;RBI=0.0360246;REFB=-0.0195869;REVB=0.0141016;RO=24;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132039;STB=0.576279;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0161964;OID=.;OPOS=99669802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:24:24:17:17:0.414634:10:7:13:11:10:7:13:11 chr7 99696797 . T C 366.8 PASS AF=0.6;AO=36;DP=60;FAO=36;FDP=60;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0330584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.335;QD=24.4533;RBI=0.0330667;REFB=-0.00922851;REVB=-0.000740196;RO=24;SAF=13;SAR=23;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224535;STB=0.623295;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00557745;OID=.;OPOS=99696797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:24:24:36:36:0.6:23:13:16:8:23:13:16:8 chr7 99709835 . AGGGGGC AGGGG,AGGGGC,AGGGGCC 672.2 PASS AF=0.901408,0,0;AO=28,11,8;DP=74;FAO=64,0,0;FDP=71;FR=.;FRO=7;FSAF=30,0,0;FSAR=34,0,0;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.131018,0.379785,0.284154;FXX=0.0533262;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=21.4514,11.2305,6.89533;QD=37.8703;RBI=0.19886,0.380675,0.309949;REFB=0.0160704,0.0875775,0.07826;REVB=0.149598,0.0260159,-0.123794;RO=14;SAF=10,6,8;SAR=18,5,0;SRF=6;SRR=8;SSEN=0.354167,0.354167,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0465494,0.11125,0.780916;STB=0.546652,0.5,0.5;STBP=0.022,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00819004,0,0;OID=.,.,.;OPOS=99709840,99709836,99709840;OREF=GC,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=AGGGG,AGGGGC,AGGGGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.901408,0,0:28,11,8:74:64,0,0:71:7:30,0,0:34,0,0:0:7:27:14:10,6,8:18,5,0:6:8 chr7 99711040 . G A 57.9 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.02393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3067;QD=13.6232;RBI=0.0740573;REFB=0.00462472;REVB=0.0700845;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162764;STB=0.596769;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00147846;OID=.;OPOS=99711040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:3:5:4:5:3:5:4:5 chr7 99747130 . G A 283.02 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.0362346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.082;QD=14.8956;RBI=0.0398414;REFB=-0.0121157;REVB=0.0165646;RO=44;SAF=14;SAR=18;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223633;STB=0.626137;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0129496;OID=.;OPOS=99747130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:18:14:29:15:18:14:29:15 chr7 99757612 . G A 88.05 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0224411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.883;QD=14.0876;RBI=0.0236437;REFB=-0.0181435;REVB=0.00744435;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233296;STB=0.654398;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.022914;OID=.;OPOS=99757612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:13:14:11:11:0.44:7:4:8:5:7:4:9:5 chr7 99757698 . T C 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00872788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.24;QD=15.1604;RBI=0.0213055;REFB=0.00170446;REVB=0.0194358;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482681;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00123508;OID=.;OPOS=99757698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:22:16:16:0.421053:8:8:9:11:8:8:11:11 chr7 99757840 . G A 111.41 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0273981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5624;QD=15.9156;RBI=0.0649811;REFB=0.00528436;REVB=0.0589228;RO=15;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199351;STB=0.615207;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00580642;OID=.;OPOS=99757840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:8:5:9:6:8:5:9:6 chr7 99758136 . T G 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0311018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.252;QD=23.0933;RBI=0.0311531;REFB=-0.0146015;REVB=-0.00178701;RO=12;SAF=3;SAR=14;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36977;STB=0.710379;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00714471;OID=.;OPOS=99758136;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:14:3:7:5:14:3:7:5 chr7 99772298 . A C 969.48 PASS AF=1;AO=57;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.78;QD=58.7566;RBI=0.0542921;REFB=0;REVB=0.036414;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.80694e-05;OID=.;OPOS=99772298;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:57:66:1:33:24:0:0:38:28:0:0 chr7 99796146 . A C 329.98 PASS AF=0.514706;AO=33;DP=65;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00519719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.435;QD=19.4107;RBI=0.0337355;REFB=-0.00707221;REVB=-0.0333328;RO=31;SAF=15;SAR=18;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219899;STB=0.587399;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00256912;OID=.;OPOS=99796146;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:31:33:33:35:0.514706:18:15:22:9:18:17:22:11 chr7 99799845 . T A 295.7 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0098094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.88;QD=12.9978;RBI=0.0242284;REFB=-0.00467713;REVB=-0.0221538;RO=56;SAF=21;SAR=13;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111253;STB=0.558847;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00582774;OID=.;OPOS=99799845;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:56:57:34:34:0.373626:13:21:29:27:13:21:30:27 chr7 99816256 . C A 134.19 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.030412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.291;QD=9.41668;RBI=0.0385178;REFB=-0.00284367;REVB=-0.0236374;RO=38;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153025;STB=0.598348;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.00782764;OID=.;OPOS=99816256;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:38:39:18:18:0.315789:8:10:16:22:8:10:16:23 chr7 99816272 . A G 137.72 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00407699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8339;QD=10.0162;RBI=0.00643431;REFB=-0.0225769;REVB=-0.0049778;RO=37;SAF=8;SAR=10;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138581;STB=0.508188;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0726691;OID=.;OPOS=99816272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:10:8:16:21:10:8:16:21 chr7 99816275 . G C 137.46 PASS AF=0.327273;AO=14;DP=51;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.000273464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.591;QD=9.99688;RBI=0.013913;REFB=-0.0188874;REVB=0.0139103;RO=36;SAF=5;SAR=9;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107635;STB=0.508188;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0367253;OID=.;OPOS=99816275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:55:36:37:14:18:0.327273:9:5:16:20:10:8:16:21 chr7 99817859 . A G 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0860828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5382;QD=13.631;RBI=0.088789;REFB=0.019312;REVB=-0.0217541;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645053;STB=0.538364;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=-0.0304507;OID=.;OPOS=99817859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:3:5:5:4:3:5:5:4 chr7 99818815 . A ACT 241.64 PASS AF=0.3125;AO=29;DP=99;FAO=30;FDP=96;FR=.;FRO=66;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=-0.00169849;FXX=0.0303;HRUN=1;LEN=2;MLLD=265.344;QD=10.0683;RBI=0.0145309;REFB=-0.0149244;REVB=-0.0144313;RO=65;SAF=10;SAR=19;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313642;STB=0.508923;STBP=0.92;TYPE=ins;VARB=0.0303048;OID=.;OPOS=99818816;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125:29:99:30:96:66:11:19:25:41:99:65:10:19:24:41 chr7 99821685 . C T 131.64 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0218797;FXX=0.0689417;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.316;QD=19.5025;RBI=0.0406789;REFB=-0.0508424;REVB=0.0342936;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973626;STB=0.555477;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0376001;OID=.;OPOS=99821685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:27:13:13:14:14:0.518519:7:7:8:5:7:7:8:5 chr7 99971313 . T C 395.91 PASS AF=0.506024;AO=37;DP=75;FAO=42;FDP=83;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0748346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.6163;QD=19.0798;RBI=0.0845592;REFB=-0.0531802;REVB=0.0393704;RO=38;SAF=16;SAR=21;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619944;STB=0.506021;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0436882;OID=.;OPOS=99971313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:83:38:41:37:42:0.506024:21:16:19:19:21:21:21:20 chr7 99971834 . A G 608.8 PASS AF=0.530435;AO=61;DP=115;FAO=61;FDP=115;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=43;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.00304642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.241;QD=21.1757;RBI=0.00853062;REFB=-0.0187541;REVB=0.00796811;RO=51;SAF=18;SAR=43;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144866;STB=0.569605;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0137238;OID=.;OPOS=99971834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:51:54:61:61:0.530435:43:18:23:28:43:18:23:31 chr7 100065639 . A AC 31.26 PASS AF=0.241379;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.00991245;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=111.146;QD=2.15592;RBI=0.0779307;REFB=-0.00231845;REVB=-0.0772977;RO=42;SAF=2;SAR=12;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.444085;STB=0.772558;STBP=0.034;TYPE=ins;VARB=0.0449931;OID=.;OPOS=100065640;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.241379:14:58:14:58:44:2:12:19:25:31:42:2:12:19:23 chr7 100175473 . T C 52.48 PASS AF=0.7;AO=5;DP=8;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0273277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.839;QD=20.9932;RBI=0.130049;REFB=-0.00601445;REVB=0.127146;RO=3;SAF=5;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599755;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00205676;OID=.;OPOS=100175473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:10:3:3:5:7:0.7:0:5:3:0:1:6:3:0 chr7 100278657 . A G 289.29 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6423;QD=52.5979;RBI=0.0502813;REFB=0;REVB=-0.00111103;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000880436;OID=.;OPOS=100278657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:5:16:0:0:5:17:0:0 chr7 100281768 . T C 49.49 PASS AF=1;AO=4;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8567;QD=32.9916;RBI=0.0152126;REFB=0;REVB=-0.00737129;RO=0;SAF=1;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.86674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00220408;OID=.;OPOS=100281768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:4:6:1:3:1:0:0:5:1:0:0 chr7 100285476 . C T 483.29 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.54;QD=58.5809;RBI=0.053443;REFB=0;REVB=0.0382346;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000680787;OID=.;OPOS=100285476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr7 100348384 . T C 254.4 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0117961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4481;QD=15.4182;RBI=0.0467007;REFB=-0.00670829;REVB=-0.0451864;RO=37;SAF=25;SAR=4;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.578912;STB=0.830223;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00741597;OID=.;OPOS=100348384;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:4:25:12:25:4:25:12:25 chr7 100361675 . G A 176.25 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0191551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0404;QD=20.7351;RBI=0.0404331;REFB=-0.0606282;REVB=0.0356078;RO=15;SAF=8;SAR=10;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334435;STB=0.668617;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0351193;OID=.;OPOS=100361675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:16:18:18:0.529412:10:8:13:2:10:8:13:3 chr7 100366284 . T C 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0118596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1248;QD=22.5865;RBI=0.0924384;REFB=-0.00851137;REVB=-0.0916744;RO=6;SAF=8;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263925;STB=0.650873;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.000234673;OID=.;OPOS=100366284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:3:8:2:4:3:8:2:4 chr7 100371100 . C A 77.85 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00229058;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2579;QD=12.4558;RBI=0.00574107;REFB=-0.00857441;REVB=0.00526433;RO=15;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181314;STB=0.608469;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0228049;OID=.;OPOS=100371100;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:25:25:15:15:10:10:0.4:7:3:7:8:7:3:7:8 chr7 100371114 . C T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0421229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.153;QD=15.3789;RBI=0.0450874;REFB=0.0157482;REVB=0.0160792;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193547;STB=0.613434;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.0158493;OID=.;OPOS=100371114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:9:3:6:8:9:3:6:8 chr7 100371358 . G A 89.29 PASS AF=0.363636;AO=11;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0298789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.87;QD=10.8226;RBI=0.0377546;REFB=-0.0370225;REVB=0.0230794;RO=22;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220022;STB=0.66073;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0541048;OID=.;OPOS=100371358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:33:33:22:21:11:12:0.363636:8:3:10:12:9:3:10:11 chr7 100371417 . G A 259.14 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00504919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.916;QD=24.1064;RBI=0.0153324;REFB=-0.0125556;REVB=0.0144771;RO=18;SAF=12;SAR=12;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12867;STB=0.558092;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00957179;OID=.;OPOS=100371417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:19:24:24:0.55814:12:12:6:12:12:12:7:12 chr7 100371474 . G A 132.61 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0303821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8742;QD=15.6014;RBI=0.0556244;REFB=-0.000188953;REVB=0.046594;RO=18;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165557;STB=0.612091;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00189818;OID=.;OPOS=100371474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:15:15:0.441176:10:5:9:9:10:5:10:9 chr7 100371476 . T TG 80.92 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0244861;FXX=0.0302939;HRUN=0;LEN=1;MLLD=194.38;QD=10.1147;RBI=0.0255256;REFB=-0.0170375;REVB=0.00721022;RO=21;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235942;STB=0.636147;STBP=0.239;TYPE=ins;VARB=0.0237942;OID=.;OPOS=100371477;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40625:13:34:13:32:19:4:9:10:9:80:21:4:9:11:10 chr7 100373077 . C G 124.79 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0211272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6381;QD=17.827;RBI=0.02257;REFB=-0.020237;REVB=0.00794014;RO=14;SAF=2;SAR=12;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409296;STB=0.739325;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0408929;OID=.;OPOS=100373077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:12:2:7:7:12:2:7:7 chr7 100373367 . G C 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.000974918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.595;QD=21.3773;RBI=0.0123369;REFB=-0.02675;REVB=-0.0122983;RO=22;SAF=9;SAR=14;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161771;STB=0.509083;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0176542;OID=.;OPOS=100373367;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:14:9:9:13:14:9:9:13 chr7 100377106 . C A 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0114023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.841;QD=9.84388;RBI=0.024582;REFB=-0.0175677;REVB=-0.0217776;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563151;STB=0.534177;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0335707;OID=.;OPOS=100377106;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:6:4:9:11:6:4:9:11 chr7 100377138 . A AGGGC 90.35 PASS AF=0.478261;AO=10;DP=24;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00760798;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=4;MLLD=118.275;QD=15.7128;RBI=0.0712172;REFB=-0.034778;REVB=-0.0708097;RO=12;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454407;STB=0.709289;STBP=0.087;TYPE=ins;VARB=0.0328205;OID=.;OPOS=100377139;OREF=-;OALT=GGGC;OMAPALT=AGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261:10:24:11:23:12:3:8:8:4:90:12:2:8:8:4 chr7 100383750 . T C 158.11 PASS AF=0.53125;AO=16;DP=31;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0161621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0593;QD=19.7634;RBI=0.0225447;REFB=-0.0331482;REVB=0.0157178;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283782;STB=0.529377;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0351139;OID=.;OPOS=100383750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:15:15:16:17:0.53125:8:8:7:8:8:9:7:8 chr7 100385714 . G A 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0322812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.276;QD=17.6437;RBI=0.0340188;REFB=-0.00154763;REVB=-0.0107331;RO=7;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193732;STB=0.613759;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.000581616;OID=.;OPOS=100385714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:7:2:3:4:7:2:3:4 chr7 100386900 . T C 860.75 PASS AF=1;AO=56;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.1625;QD=57.3832;RBI=0.0157508;REFB=0;REVB=-0.00636028;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.99641e-05;OID=.;OPOS=100386900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:56:60:1:30:26:0:0:31:29:0:0 chr7 100391644 . T C 2027.11 PASS AF=1;AO=130;DP=130;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00892213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.968;QD=62.3725;RBI=0.0213387;REFB=0;REVB=0.0193839;RO=0;SAF=83;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39275e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88248e-05;OID=.;OPOS=100391644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:130:0:0:130:130:1:47:83:0:0:47:83:0:0 chr7 100410393 . G A 226.97 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=0.00823569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.067;QD=15.6533;RBI=0.0146717;REFB=-0.00952578;REVB=-0.0121421;RO=32;SAF=10;SAR=16;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180481;STB=0.601102;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0192084;OID=.;OPOS=100410393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:16:10:7:25:16:10:7:25 chr7 100411278 . T C 632.05 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0309115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4045;QD=61.6633;RBI=0.0335636;REFB=0;REVB=0.0130764;RO=0;SAF=10;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210721;OID=.;OPOS=100411278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:31:10:0:0:31:10:0:0 chr7 100416139 . T C 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010609;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.137;QD=56.1895;RBI=0.0340214;REFB=0;REVB=0.032325;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155649;OID=.;OPOS=100416139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr7 100416250 . A G 740.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.962;QD=56.9232;RBI=0.0249261;REFB=0;REVB=-0.00851035;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.22138e-05;OID=.;OPOS=100416250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:29:22:0:0:30:22:0:0 chr7 100417364 . G A 35.94 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.041196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.155;QD=6.25104;RBI=0.0513674;REFB=-0.00986675;REVB=-0.0306839;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16883;STB=0.608351;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0247436;OID=.;OPOS=100417364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:3:3:11:6:3:3:11:6 chr7 100421538 . C T 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0208981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.971;QD=34.6655;RBI=0.0209375;REFB=-0.0155925;REVB=-0.00128332;RO=1;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990155;STB=0.555443;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00335735;OID=.;OPOS=100421538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:6:4:1:0:6:4:1:0 chr7 100424585 . CCG C,CC,CCC 473.22 PASS AF=0,1,0;AO=5,7,31;DP=43;FAO=0,34,0;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11,0;FSAR=0,23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0665619,0.066395,0.0615389;FXX=0;HRUN=9,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=195.831,198.656,196.365;QD=55.6728;RBI=0.0758059,0.0758984,0.0716669;REFB=0,0,0;REVB=-0.0362772,-0.0367733,-0.0367302;RO=0;SAF=4,2,8;SAR=1,5,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.27427e-08,3.39343e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0578475,-0.000228175,-0.0141544;OID=.,.,.;OPOS=100424586,100424587,100424587;OREF=CG,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:5,7,31:43:0,34,0:34:0:0,11,0:0,23,0:0:0:3:0:4,2,8:1,5,23:0:0 chr7 100458795 . T C 1549.23 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.712;QD=63.8858;RBI=0.0287692;REFB=0;REVB=0.0231719;RO=0;SAF=34;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=9.76468e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.01506e-05;OID=.;OPOS=100458795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:63:34:0:0:63:34:0:0 chr7 100466441 . G A 1449.67 PASS AF=0.962264;AO=101;DP=107;FAO=102;FDP=106;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0251556;FXX=0.00934492;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.63;QD=54.7044;RBI=0.0499843;REFB=-0.0330897;REVB=0.0431929;RO=3;SAF=32;SAR=69;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219029;STB=0.507565;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.000241713;OID=.;OPOS=100466441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:107:106:3:4:101:102:0.962264:69:32:2:1:69:33:2:2 chr7 100468284 . A G 1565.25 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339672;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.0875;QD=63.8879;RBI=0.0753166;REFB=0;REVB=-0.0672222;RO=0;SAF=22;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00065281;OID=.;OPOS=100468284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:76:22:0:0:76:22:0:0 chr7 100482026 . T C 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0510911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5743;QD=55.6514;RBI=0.0767477;REFB=0;REVB=-0.0572705;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0026746;OID=.;OPOS=100482026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr7 100486656 . T G 358.1 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0753;QD=55.0921;RBI=0.0162137;REFB=0;REVB=-0.00181889;RO=0;SAF=3;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000200302;OID=.;OPOS=100486656;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:23:3:0:0:23:3:0:0 chr7 100494222 . G GC 933.96 PASS AF=1;AO=82;DP=91;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282799;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=17.4984;QD=41.9759;RBI=0.0409507;REFB=0;REVB=0.0296177;RO=2;SAF=43;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236639;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000247625;OID=.;OPOS=100494223;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:82:91:89:89:0:45:44:0:0:18:2:43:39:0:2 chr7 100549573 . G T 80.62 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.020159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.76;QD=7.67787;RBI=0.0412603;REFB=-0.00985517;REVB=-0.0360004;RO=31;SAF=10;SAR=1;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.559473;STB=0.859448;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0173595;OID=.;OPOS=100549573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:42:42:31:31:11:11:0.261905:1:10:16:15:1:10:16:15 chr7 100549592 . TT AA 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00568128;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=193.826;QD=10.1407;RBI=0.0136692;REFB=0.00257698;REVB=0.0124326;RO=27;SAF=12;SAR=1;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.63137;STB=0.894048;STBP=0.003;TYPE=mnp;VARB=-0.00290586;OID=.;OPOS=100549592;OREF=TT;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:28:13:13:0.317073:1:12:12:15:1:12:12:16 chr7 100549650 . A G 308.34 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.00541398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.008;QD=15.8123;RBI=0.0269678;REFB=-0.0267257;REVB=0.0264188;RO=44;SAF=25;SAR=9;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300913;STB=0.670626;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.031618;OID=.;OPOS=100549650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:44:44:34:34:0.435897:9:25:20:24:9:25:20:24 chr7 100549697 . A G 426.26 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0102951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.172;QD=19.1576;RBI=0.0132713;REFB=-0.0267494;REVB=-0.00837491;RO=46;SAF=25;SAR=18;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563016;STB=0.531335;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0546146;OID=.;OPOS=100549697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:46:43:43:0.483146:18:25:24:22:18:25:24:22 chr7 100549703 . C T 414.36 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0386073;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.678;QD=18.8346;RBI=0.0410808;REFB=-0.030378;REVB=-0.0140394;RO=46;SAF=25;SAR=17;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704052;STB=0.539251;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0549021;OID=.;OPOS=100549703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:46:46:42:42:0.477273:17:25:24:22:17:25:24:22 chr7 100549787 . CA TG 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00189805;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=265.705;QD=13.4057;RBI=0.00582255;REFB=-0.010376;REVB=0.0055045;RO=33;SAF=9;SAR=14;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189783;STB=0.61692;STBP=0.168;TYPE=mnp;VARB=0.014944;OID=.;OPOS=100549787;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:34:23:23:0.403509:14:9:19:14:14:9:20:14 chr7 100549935 . T G 34.57 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.019318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.28;QD=4.46063;RBI=0.0195294;REFB=-0.0111092;REVB=0.00286569;RO=25;SAF=3;SAR=3;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118992;STB=0.580384;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0592709;OID=.;OPOS=100549935;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:6:6:0.193548:3:3:15:10:3:3:15:10 chr7 100549942 . T C 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0234749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.714;QD=4.30364;RBI=0.0241411;REFB=-0.00898437;REVB=0.00563197;RO=26;SAF=3;SAR=3;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914448;STB=0.562295;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0353514;OID=.;OPOS=100549942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:3:3:15:11:3:3:15:11 chr7 100549979 . C T 62.18 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.049669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.157;QD=7.77257;RBI=0.0657794;REFB=0.00029704;REVB=0.0431267;RO=23;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0391836;STB=0.524421;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00129884;OID=.;OPOS=100549979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:4:5:12:11:4:5:12:11 chr7 100550032 . C CCCT 57.75 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0109878;FXX=0.079968;HRUN=3;LEN=3;MLLD=203.631;QD=10.043;RBI=0.028934;REFB=-0.0183591;REVB=-0.0267665;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303091;STB=0.683772;STBP=0.249;TYPE=ins;VARB=0.0374939;OID=.;OPOS=100550033;OREF=-;OALT=CCT;OMAPALT=CCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826:8:25:8:23:15:5:3:5:10:57:15:5:3:5:10 chr7 100550079 . A C,G 270.93 PASS AF=0.387097,0.387097;AO=12,12;DP=31;FAO=12,12;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=7,9;FSAR=5,3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0103478,0.029551;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.89,137.646;QD=34.9582;RBI=0.0306493,0.0699121;REFB=-0.0500582,-0.025089;REVB=0.0288496,0.0633596;RO=7;SAF=7,9;SAR=5,3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0892086,0.0303269;STB=0.550377,0.517212;STBP=0.591,0.896;TYPE=snp,snp;VARB=0.0139779,-0.00104868;OID=.,.;OPOS=100550079,100550079;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:31:31:7:7:12,12:12,12:0.387097,0.387097:5,3:7,9:5:2:5,3:7,9:5:2 chr7 100550122 . AG GA,GG 84.88 PASS AF=0,0.366667;AO=2,11;DP=30;FAO=0,11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=0,4;FSAR=0,7;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.051524,-0.046376;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=123.434,62.4275;QD=11.3178;RBI=0.0574479,0.0485387;REFB=0.0128987,0.00147066;REVB=-0.0254074,-0.0143271;RO=16;SAF=2,4;SAR=0,7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.510523,-0.201167;STB=0.5,0.636116;STBP=1,0.284;TYPE=mnp,snp;VARB=0,-0.00744224;OID=.,.;OPOS=100550122,100550122;OREF=AG,A;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:85:30:30:16:19:2,11:0,11:0,0.366667:0,7:2,4:9:7:0,7:0,4:11:8 chr7 100550133 . A G 148.13 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00295489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.921;QD=17.9549;RBI=0.0135252;REFB=-0.0318065;REVB=0.0131984;RO=17;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831558;STB=0.547469;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0400231;OID=.;OPOS=100550133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:7:9:8:9:7:9:8:9 chr7 100550138 . C T 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0397839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.31;QD=19.7022;RBI=0.0432776;REFB=-0.0192873;REVB=0.0170351;RO=16;SAF=9;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251857;STB=0.514269;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00739348;OID=.;OPOS=100550138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:8:9:8:8:8:9:8:8 chr7 100550184 . C A 65.23 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0660901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3913;QD=10.872;RBI=0.0701888;REFB=-7.59284e-05;REVB=0.023634;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268092;STB=0.545351;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.0016389;OID=.;OPOS=100550184;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:14:15:9:9:0.375:6:3:5:9:6:3:6:9 chr7 100550203 . T A 45.58 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0949915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.074;QD=8.68221;RBI=0.0989059;REFB=0.00185013;REVB=-0.0275495;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277775;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0103648;OID=.;OPOS=100550203;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:13:14:7:7:0.333333:5:2:4:9:5:2:4:10 chr7 100550205 . A C 45.67 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0145774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7281;QD=8.69884;RBI=0.0256132;REFB=-0.000940252;REVB=-0.0210603;RO=14;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00162147;OID=.;OPOS=100550205;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:5:2:4:10:5:2:4:10 chr7 100551565 . AT GC 75.36 PASS AF=0.188406;AO=13;DP=70;FAO=13;FDP=69;FR=.;FRO=56;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0114632;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=2;MLLD=175.173;QD=4.36852;RBI=0.0133108;REFB=-0.00355119;REVB=0.00676549;RO=56;SAF=2;SAR=11;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.509874;STB=0.833953;STBP=0.013;TYPE=mnp;VARB=0.0244686;OID=.;OPOS=100551565;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:70:69:56:56:13:13:0.188406:11:2:31:25:11:2:31:25 chr7 100551578 . T G 64.41 PASS AF=0.162162;AO=12;DP=74;FAO=12;FDP=74;FR=.;FRO=62;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=0.0424155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4489;QD=3.48187;RBI=0.0444474;REFB=-0.00292006;REVB=0.013285;RO=61;SAF=2;SAR=10;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432524;STB=0.791554;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0210903;OID=.;OPOS=100551578;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:74:74:61:62:12:12:0.162162:10:2:30:31:10:2:30:32 chr7 100551626 . T C 51.59 PASS AF=0.126437;AO=11;DP=87;FAO=11;FDP=87;FR=.;FRO=76;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=42;FWDB=0.00191607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6849;QD=2.3718;RBI=0.0207677;REFB=0.000998878;REVB=-0.0206791;RO=75;SAF=1;SAR=10;SRF=33;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.491464;STB=0.869876;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0146696;OID=.;OPOS=100551626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:87:87:75:76:11:11:0.126437:10:1:33:42:10:1:34:42 chr7 100551637 . C CCAA 60.06 PASS AF=0.144578;AO=10;DP=88;FAO=12;FDP=83;FR=.;FRO=71;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=0.013381;FXX=0.0119033;HRUN=4;LEN=3;MLLD=219.337;QD=2.89435;RBI=0.0167306;REFB=0.000220304;REVB=-0.0100431;RO=76;SAF=1;SAR=9;SRF=34;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469859;STB=0.872721;STBP=0.007;TYPE=ins;VARB=-0.00104836;OID=.;OPOS=100551638;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=CCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.144578:10:88:12:83:71:1:11:31:40:60:76:1:9:34:42 chr7 100551646 . A G 84.11 PASS AF=0.164835;AO=15;DP=91;FAO=15;FDP=91;FR=.;FRO=76;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=0.0446728;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3021;QD=3.69728;RBI=0.0458339;REFB=-0.00527915;REVB=-0.0102515;RO=74;SAF=2;SAR=13;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426859;STB=0.80201;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00758263;OID=.;OPOS=100551646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:91:91:74:76:15:15:0.164835:13:2:31:43:13:2:33:43 chr7 100551662 . C T 93.08 PASS AF=0.186047;AO=16;DP=86;FAO=16;FDP=86;FR=.;FRO=70;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=0.0329467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.374;QD=4.32913;RBI=0.0405536;REFB=-0.00284756;REVB=-0.0236454;RO=70;SAF=5;SAR=11;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821824;STB=0.553503;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.022748;OID=.;OPOS=100551662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:86:86:70:70:16:16:0.186047:11:5:26:44:11:5:26:44 chr7 100551666 . A T 95.81 PASS AF=0.2;AO=16;DP=80;FAO=16;FDP=80;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=-0.026481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.701;QD=4.79033;RBI=0.0280518;REFB=-0.00943261;REVB=-0.00925526;RO=63;SAF=5;SAR=11;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518678;STB=0.542199;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0350701;OID=.;OPOS=100551666;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:80:80:63:64:16:16:0.2:11:5:22:41:11:5:23:41 chr7 100551687 . T C 66.79 PASS AF=0.171429;AO=12;DP=72;FAO=12;FDP=70;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=-0.0160473;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.944;QD=3.81664;RBI=0.0182682;REFB=-0.000691509;REVB=-0.00872983;RO=60;SAF=5;SAR=7;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876699;STB=0.577766;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00608666;OID=.;OPOS=100551687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:72:70:60:58:12:12:0.171429:7:5:21:39:7:5:19:39 chr7 100551692 . C T 65.89 PASS AF=0.169014;AO=12;DP=71;FAO=12;FDP=71;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=40;FWDB=0.00249634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.87;QD=3.71189;RBI=0.0240003;REFB=-0.00283014;REVB=-0.0238701;RO=57;SAF=5;SAR=7;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110382;STB=0.582996;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.00744766;OID=.;OPOS=100551692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:71:71:57:59:12:12:0.169014:7:5:19:38:7:5:19:40 chr7 100551711 . T C 139.06 PASS AF=0.285714;AO=20;DP=70;FAO=20;FDP=70;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=33;FWDB=0.00941999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.7325;QD=7.94618;RBI=0.0116328;REFB=-0.0137011;REVB=0.00682539;RO=48;SAF=8;SAR=12;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840997;STB=0.54541;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0210952;OID=.;OPOS=100551711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:48:50:20:20:0.285714:12:8:16:32:12:8:17:33 chr7 100551719 . C T 81.13 PASS AF=0.213115;AO=13;DP=61;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.00459964;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.15;QD=5.32017;RBI=0.0136071;REFB=-0.00107826;REVB=0.0128061;RO=48;SAF=5;SAR=8;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145501;STB=0.509269;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00430426;OID=.;OPOS=100551719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:61:61:48:48:13:13:0.213115:8:5:19:29:8:5:19:29 chr7 100551729 . C T 71.89 PASS AF=0.193548;AO=12;DP=62;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.00210506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.919;QD=4.63795;RBI=0.00380552;REFB=-0.00294301;REVB=0.00317028;RO=50;SAF=6;SAR=6;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995055;STB=0.56441;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0131487;OID=.;OPOS=100551729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:62:62:50:50:12:12:0.193548:6:6:21:29:6:6:21:29 chr7 100551773 . C A 69.09 PASS AF=0.196429;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00922352;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.132;QD=4.93515;RBI=0.0162741;REFB=-0.0102766;REVB=-0.0134079;RO=46;SAF=7;SAR=4;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363034;STB=0.530977;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0465068;OID=.;OPOS=100551773;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:58:56:46:45:11:11:0.196429:4:7:28:18:4:7:27:18 chr7 100551778 . G A 75.83 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0675408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2514;QD=5.83286;RBI=0.0691689;REFB=-0.010472;REVB=-0.0149191;RO=40;SAF=7;SAR=4;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0181494;STB=0.51905;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0274144;OID=.;OPOS=100551778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:51:52:40:41:11:11:0.211538:4:7:26:14:4:7:27:14 chr7 100551793 . G T 85.56 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=52;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0529209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0452;QD=6.58184;RBI=0.0665633;REFB=0.00939595;REVB=-0.0403739;RO=40;SAF=9;SAR=3;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145293;STB=0.592858;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.0398282;OID=.;OPOS=100551793;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:40:40:12:12:0.230769:3:9:26:14:3:9:26:14 chr7 100551840 . T A 78.68 PASS AF=0.280702;AO=20;DP=61;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.0377438;FXX=0.065563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.055;QD=5.52154;RBI=0.0377621;REFB=-0.0333711;REVB=0.00117804;RO=41;SAF=14;SAR=6;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546516;STB=0.731677;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0593827;OID=.;OPOS=100551840;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:61:57:41:41:20:16:0.280702:6:14:27:14:2:14:27:14 chr7 100551842 . CT TC 153.22 PASS AF=0.338983;AO=19;DP=60;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.031222;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=2;MLLD=48.6622;QD=10.3881;RBI=0.060207;REFB=0.0023883;REVB=-0.0514789;RO=37;SAF=13;SAR=6;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782864;STB=0.544701;STBP=0.655;TYPE=mnp;VARB=-0.00243329;OID=.;OPOS=100551842;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:37:39:19:20:0.338983:6:13:23:14:6:14:25:14 chr7 100551849 . A T 189.04 PASS AF=0.363636;AO=23;DP=65;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.00669715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.107;QD=11.4566;RBI=0.008282;REFB=-0.0053845;REVB=0.00487234;RO=42;SAF=15;SAR=8;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113534;STB=0.512185;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00885715;OID=.;OPOS=100551849;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:42:42:23:24:0.363636:8:15:27:15:9:15:27:15 chr7 100552017 . C T 144.0 PASS AF=0.327586;AO=17;DP=56;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0314408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.608;QD=9.93083;RBI=0.0354197;REFB=-0.0253486;REVB=-0.0163104;RO=38;SAF=11;SAR=6;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138046;STB=0.532752;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0305089;OID=.;OPOS=100552017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:38:39:17:19:0.327586:6:11:25:13:6:13:25:14 chr7 100552018 . T G 199.01 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.0154946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.752;QD=13.4924;RBI=0.0165423;REFB=-0.0157525;REVB=-0.0057936;RO=35;SAF=14;SAR=10;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144336;STB=0.582025;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.113381;OID=.;OPOS=100552018;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:10:14:25:10:10:14:25:10 chr7 100552020 . C T 212.3 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.0145438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.872;QD=14.3932;RBI=0.0347937;REFB=0.00147031;REVB=0.0316083;RO=34;SAF=14;SAR=11;SRF=25;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185992;STB=0.604999;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.00152664;OID=.;OPOS=100552020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:11:14:25:9:11:14:25:9 chr7 100552044 . T G 164.83 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.0625029;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0553;QD=13.4552;RBI=0.0835039;REFB=-0.022108;REVB=-0.0553741;RO=31;SAF=10;SAR=8;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174389;STB=0.600834;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0444068;OID=.;OPOS=100552044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:31:31:18:18:0.367347:8:10:22:9:8:10:22:9 chr7 100552094 . G C 114.76 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0197001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0563;QD=10.6752;RBI=0.145258;REFB=-0.00521315;REVB=-0.143916;RO=29;SAF=10;SAR=4;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333512;STB=0.519971;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0129082;OID=.;OPOS=100552094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:4:10:20:9:4:10:20:9 chr7 100552117 . G T 207.14 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.00226274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.085;QD=15.0644;RBI=0.0523964;REFB=-0.0161064;REVB=-0.0523475;RO=29;SAF=16;SAR=8;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025233;STB=0.527755;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0205015;OID=.;OPOS=100552117;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:29:31:24:24:0.436364:8:16:20:9:8:16:22:9 chr7 100552135 . T C 224.35 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0330312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2362;QD=15.2104;RBI=0.0427191;REFB=-0.0055379;REVB=-0.0270899;RO=33;SAF=16;SAR=10;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220016;STB=0.512456;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00489521;OID=.;OPOS=100552135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:10:16:21:12:10:16:21:12 chr7 100552251 . T C 375.13 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=44;FAO=28;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00705154;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.376;QD=35.7265;RBI=0.00714833;REFB=-0.0376712;REVB=-0.00117235;RO=12;SAF=15;SAR=11;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045005;STB=0.533309;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0160643;OID=.;OPOS=100552251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:42:12:11:26:28:0.666667:11:15:6:6:12:16:5:6 chr7 100552311 . C T 420.85 PASS AF=0.75;AO=33;DP=44;FAO=33;FDP=44;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0232025;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.367;QD=38.2588;RBI=0.025073;REFB=-0.0394112;REVB=-0.00950262;RO=9;SAF=17;SAR=16;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159666;STB=0.560403;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00778512;OID=.;OPOS=100552311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:44:44:9:11:33:33:0.75:16:17:1:8:16:17:3:8 chr7 100552338 . C T 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00188633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.993;QD=22.1889;RBI=0.014338;REFB=-0.0166771;REVB=0.0142133;RO=18;SAF=7;SAR=14;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987524;STB=0.555501;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0101312;OID=.;OPOS=100552338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:14:7:8:10:14:7:8:10 chr7 100552358 . C G 218.0 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0724841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3036;QD=23.5673;RBI=0.0729631;REFB=0.000310925;REVB=0.00834658;RO=16;SAF=8;SAR=13;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457773;STB=0.525582;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.000885991;OID=.;OPOS=100552358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:13:8:7:9:13:8:7:9 chr7 100552371 . C G 198.71 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00187553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.377;QD=19.3862;RBI=0.0145509;REFB=-0.00975302;REVB=0.0144296;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155711;STB=0.588147;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0125301;OID=.;OPOS=100552371;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:12:8:12:9:12:8:12:9 chr7 100552384 . A G 195.81 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.043489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.684;QD=17.8005;RBI=0.0533931;REFB=-0.0145333;REVB=-0.0309763;RO=24;SAF=7;SAR=13;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299605;STB=0.670236;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00870108;OID=.;OPOS=100552384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:13:7:16:8:13:7:16:8 chr7 100552390 . T C 198.84 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0143063;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6648;QD=18.0759;RBI=0.0605502;REFB=-0.0191955;REVB=0.0588358;RO=24;SAF=8;SAR=12;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251497;STB=0.642718;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0252119;OID=.;OPOS=100552390;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:24:24:20:20:0.454545:12:8:16:8:12:8:16:8 chr7 100552412 . T C 117.51 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.00485765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.984;QD=12.7034;RBI=0.00795275;REFB=-0.00557275;REVB=0.00629678;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256112;STB=0.648455;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00812079;OID=.;OPOS=100552412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:7:7:17:6:7:7:17:6 chr7 100552435 . TC AT 108.85 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.00358283;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=2;MLLD=148.859;QD=12.8064;RBI=0.0160831;REFB=-0.00948908;REVB=-0.0156789;RO=21;SAF=9;SAR=4;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156473;STB=0.590783;STBP=0.51;TYPE=mnp;VARB=0.00642877;OID=.;OPOS=100552435;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:21:21:13:13:0.382353:4:9:17:4:4:9:17:4 chr7 100552440 . C T 134.17 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.00518714;FXX=0.0270197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.802;QD=14.9074;RBI=0.0112699;REFB=-0.0112663;REVB=0.0100052;RO=21;SAF=11;SAR=4;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104278;STB=0.559925;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0162141;OID=.;OPOS=100552440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:21:21:15:15:0.416667:4:11:17:4:4:11:17:4 chr7 100552535 . GT AC 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0155286;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=99.9978;QD=14.8342;RBI=0.0168801;REFB=0.00611202;REVB=-0.00661802;RO=30;SAF=13;SAR=9;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806116;STB=0.545915;STBP=0.609;TYPE=mnp;VARB=-0.00957107;OID=.;OPOS=100552535;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:9:13:20:10:9:13:20:10 chr7 100552549 . CT AC 188.8 PASS AF=0.431373;AO=20;DP=52;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.025124;FXX=0.0192271;HRUN=5;LEN=2;MLLD=135.932;QD=14.8075;RBI=0.0265896;REFB=-0.0114843;REVB=-0.00870602;RO=27;SAF=10;SAR=10;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167792;STB=0.583869;STBP=0.328;TYPE=mnp;VARB=0.0165904;OID=.;OPOS=100552549;OREF=CT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:27:29:20:22:0.431373:10:10:18:9:10:12:20:9 chr7 100552644 . C A 180.05 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=0;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=13;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.672;QD=23.2328;RBI=0.016922;REFB=-0.018383;REVB=-0.016922;RO=13;SAF=0;SAR=18;SRF=0;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0222522;OID=.;OPOS=100552644;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:18:0:0:13:18:0:0:13 chr7 100552711 . T A 105.15 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0136709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.256;QD=13.5673;RBI=0.0140534;REFB=-0.0364934;REVB=0.00325652;RO=17;SAF=3;SAR=10;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00617278;STB=0.536854;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0166959;OID=.;OPOS=100552711;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:18:13:13:0.419355:10:3:4:13:10:3:5:13 chr7 100552713 . A G 109.92 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0249764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0827;QD=14.6557;RBI=0.0304392;REFB=-0.000498465;REVB=0.017399;RO=17;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818026;STB=0.547868;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.000911311;OID=.;OPOS=100552713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:10:3:5:12:10:3:5:12 chr7 100552727 . G C 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0359614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.706;QD=16.1723;RBI=0.0394592;REFB=-0.014923;REVB=-0.0162422;RO=20;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122295;STB=0.507033;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0211791;OID=.;OPOS=100552727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:9:7:9:11:9:7:9:11 chr7 100552738 . CA TG 134.08 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00360827;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=2;MLLD=279.959;QD=14.1141;RBI=0.00858847;REFB=-0.0117144;REVB=0.00779372;RO=23;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570906;STB=0.533289;STBP=0.776;TYPE=mnp;VARB=0.0150736;OID=.;OPOS=100552738;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:23:23:15:15:0.394737:8:7:12:11:8:7:12:11 chr7 100552915 . A C 1541.72 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114598;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.557;QD=59.8728;RBI=0.0138959;REFB=0;REVB=-0.00785927;RO=0;SAF=56;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.05199e-05;OID=.;OPOS=100552915;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:102:103:1:46:56:0:0:47:56:0:0 chr7 100552978 . T C 233.81 PASS AF=0.318681;AO=29;DP=91;FAO=29;FDP=91;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.00691731;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.014;QD=10.2774;RBI=0.00921211;REFB=-0.0122021;REVB=-0.0060839;RO=54;SAF=15;SAR=14;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00143688;STB=0.511743;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0254385;OID=.;OPOS=100552978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:62:29:29:0.318681:14:15:28:26:14:15:31:31 chr7 100552984 . T C 214.21 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=81;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.00468814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4464;QD=10.5782;RBI=0.00990322;REFB=-0.013222;REVB=0.00872325;RO=52;SAF=11;SAR=16;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843303;STB=0.550148;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0249538;OID=.;OPOS=100552984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:52:54:27:27:0.333333:16:11:25:27:16:11:26:28 chr7 100553002 . A G 173.67 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=71;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.0282444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.527;QD=9.78394;RBI=0.0522341;REFB=-0.0106222;REVB=-0.0439392;RO=48;SAF=10;SAR=13;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00317833;STB=0.501866;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0268244;OID=.;OPOS=100553002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:48:48:23:23:0.323944:13:10:21:27:13:10:21:27 chr7 100607851 . C G 322.99 PASS AF=0.559322;AO=33;DP=59;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0127819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.672;QD=21.8974;RBI=0.0236653;REFB=0.00395296;REVB=0.0199165;RO=26;SAF=11;SAR=22;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451637;STB=0.524985;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=-0.0027713;OID=.;OPOS=100607851;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:26:33:33:0.559322:22:11:10:16:22:11:10:16 chr7 100607871 . C T 40.93 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=-0.017269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.757;QD=3.63786;RBI=0.0177118;REFB=-0.00785939;REVB=0.00393594;RO=38;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371415;STB=0.746414;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0249028;OID=.;OPOS=100607871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:38:38:7:7:0.155556:3:4:10:28:3:4:10:28 chr7 100608370 . A C 239.01 PASS AF=0.457627;AO=26;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.00324025;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.579;QD=16.2042;RBI=0.00989022;REFB=-0.00965066;REVB=-0.00934437;RO=32;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158392;STB=0.577444;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0139674;OID=.;OPOS=100608370;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:32:26:27:0.457627:12:14:12:20:13:14:12:20 chr7 100608375 . G A 219.64 PASS AF=0.448276;AO=25;DP=57;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=7.26263e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.119;QD=15.1472;RBI=0.00495856;REFB=-0.00807925;REVB=0.00495803;RO=32;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18139;STB=0.589406;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0170505;OID=.;OPOS=100608375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:32:32:25:26:0.448276:11:14:12:20:12:14:12:20 chr7 100608826 . C G 122.18 PASS AF=0.326923;AO=16;DP=51;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0239894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.236;QD=9.3982;RBI=0.0240067;REFB=-0.0141692;REVB=-0.00090979;RO=35;SAF=7;SAR=9;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104392;STB=0.511614;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0357872;OID=.;OPOS=100608826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:35:35:16:17:0.326923:9:7:15:20:10:7:15:20 chr7 100608868 . A G 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00978219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.135;QD=10.1418;RBI=0.0120443;REFB=-0.00581105;REVB=-0.00702657;RO=25;SAF=4;SAR=8;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296676;STB=0.678277;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00986656;OID=.;OPOS=100608868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:8:4:15:10:8:4:15:10 chr7 100608884 . G A 44.03 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0412102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8152;QD=6.52289;RBI=0.0710568;REFB=-0.0169304;REVB=0.057886;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347455;STB=0.726722;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0531405;OID=.;OPOS=100608884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:19:20:7:7:0.259259:4:3:14:5:4:3:15:5 chr7 100610069 . C T 58.06 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0143152;FXX=0.128991;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.04;QD=8.60146;RBI=0.0195875;REFB=-0.00884125;REVB=-0.0133696;RO=19;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21811;STB=0.637927;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0264472;OID=.;OPOS=100610069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:31:27:19:19:8:8:0.296296:6:2:8:11:6:2:8:11 chr7 100612898 . T C 44.24 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00397925;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.334;QD=4.91541;RBI=0.00403384;REFB=-0.000931854;REVB=0.000661355;RO=28;SAF=2;SAR=5;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374365;STB=0.735777;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00746432;OID=.;OPOS=100612898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:37:36:28:29:7:7:0.194444:5:2:17:11:5:2:17:12 chr7 100612945 . C T 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0448633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.046;QD=6.78772;RBI=0.0448722;REFB=0.00183311;REVB=0.000894414;RO=23;SAF=1;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480729;STB=0.814633;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=-0.00182854;OID=.;OPOS=100612945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:7:1:11:12:7:1:11:12 chr7 100612952 . G A 53.12 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0140354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.869;QD=7.32721;RBI=0.0297019;REFB=-0.00769058;REVB=0.0261765;RO=21;SAF=1;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437903;STB=0.785674;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0241008;OID=.;OPOS=100612952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:7:1:9:12:7:1:9:12 chr7 100612955 . A ACTG 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0276974;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=276.046;QD=7.04801;RBI=0.0277157;REFB=-0.00788981;REVB=-0.00100767;RO=22;SAF=1;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421684;STB=0.776955;STBP=0.115;TYPE=ins;VARB=0.0153134;OID=.;OPOS=100612956;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=ACTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.266667:8:30:8:30:22:1:7:9:13:52:22:1:7:9:13 chr7 100612961 . G C 63.02 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0508491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.475;QD=8.402;RBI=0.0510451;REFB=-0.00133947;REVB=0.00446852;RO=21;SAF=1;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424997;STB=0.773451;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00146874;OID=.;OPOS=100612961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:8:1:8:13:8:1:8:13 chr7 100612969 . A G 35.61 PASS AF=0.26087;AO=5;DP=22;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0346275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.609;QD=6.19296;RBI=0.0354134;REFB=-0.0183234;REVB=-0.00741904;RO=17;SAF=1;SAR=4;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217272;STB=0.685563;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.053844;OID=.;OPOS=100612969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:22:23:17:17:5:6:0.26087:4:1:6:11:5:1:6:11 chr7 100615387 . C T 40.99 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00481056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7087;QD=3.81335;RBI=0.0260373;REFB=-0.0204197;REVB=0.025589;RO=36;SAF=2;SAR=5;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379151;STB=0.758798;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0601466;OID=.;OPOS=100615387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:43:43:36:36:7:7:0.162791:5:2:22:14:5:2:22:14 chr7 100624718 . G C 656.33 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.040679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3911;QD=55.8578;RBI=0.0507822;REFB=-0.159381;REVB=0.0303982;RO=2;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347746;STB=0.52726;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.010016;OID=.;OPOS=100624718;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:47:47:2:3:44:44:0.93617:26:18:0:2:26:18:0:3 chr7 100634476 . C G 436.03 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.108891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.5002;QD=54.5039;RBI=0.112421;REFB=-0.168269;REVB=0.0279488;RO=1;SAF=23;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019859;STB=0.510632;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0104661;OID=.;OPOS=100634476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:8:23:1:0:8:23:1:0 chr7 100634640 . T G 492.15 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0462196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.007;QD=51.805;RBI=0.058281;REFB=-0.0939723;REVB=0.0355025;RO=3;SAF=17;SAR=18;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266553;STB=0.514278;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00336559;OID=.;OPOS=100634640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:3:3:35:35:0.921053:18:17:2:1:18:17:2:1 chr7 100634964 . C A 211.62 PASS AF=0.791667;AO=19;DP=24;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0161028;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.831;QD=35.2694;RBI=0.0161581;REFB=-0.0246512;REVB=-0.00133556;RO=5;SAF=3;SAR=16;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151596;STB=0.583844;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00760532;OID=.;OPOS=100634964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:24:24:5:5:19:19:0.791667:16:3:2:3:16:3:2:3 chr7 100635205 . C T 69.19 PASS AF=0.160494;AO=13;DP=80;FAO=13;FDP=81;FR=.;FRO=68;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0373396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.325;QD=3.4169;RBI=0.0392619;REFB=-0.00870088;REVB=0.0121348;RO=67;SAF=5;SAR=8;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808822;STB=0.561308;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.024378;OID=.;OPOS=100635205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:80:81:67:68:13:13:0.160494:8:5:30:37:8:5:31:37 chr7 100635375 . A C 340.82 PASS AF=0.756757;AO=25;DP=35;FAO=28;FDP=37;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.022585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.649;QD=36.8456;RBI=0.022648;REFB=-0.0331017;REVB=0.00168827;RO=9;SAF=6;SAR=19;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294822;STB=0.630154;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00325769;OID=.;OPOS=100635375;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:37:9:9:25:28:0.756757:19:6:7:2:20:8:7:2 chr7 100635591 . C A 310.16 PASS AF=0.627907;AO=27;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0187367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.217;QD=28.8523;RBI=0.0200226;REFB=-0.0455762;REVB=0.00705964;RO=15;SAF=7;SAR=20;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159567;STB=0.604756;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0370295;OID=.;OPOS=100635591;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:16:27:27:0.627907:20:7:7:8:20:7:8:8 chr7 100635661 . T C 766.3 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.773;QD=63.8585;RBI=0.0217027;REFB=0;REVB=0.00258638;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90674e-05;OID=.;OPOS=100635661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr7 100635679 . C G 529.61 PASS AF=0.775862;AO=45;DP=58;FAO=45;FDP=58;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0398265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.301;QD=36.525;RBI=0.0485487;REFB=-0.0113744;REVB=0.0277637;RO=13;SAF=17;SAR=28;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313191;STB=0.516837;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00370442;OID=.;OPOS=100635679;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:58:58:13:13:45:45:0.775862:28:17:4:9:28:17:4:9 chr7 100637338 . G C 70.51 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0804335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.21;QD=35.2555;RBI=0.086158;REFB=0;REVB=0.0308812;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00221764;OID=.;OPOS=100637338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:8:0:0:6:8:1:2:4:0:0:2:6:0:0 chr7 100638828 . C T 236.55 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0336456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.7886;QD=15.7698;RBI=0.061768;REFB=-0.00759199;REVB=0.0518002;RO=33;SAF=20;SAR=7;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300728;STB=0.671007;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0091745;OID=.;OPOS=100638828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:7:20:15:18:7:20:15:18 chr7 100638856 . A G 937.43 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4953;QD=58.5896;RBI=0.0508077;REFB=0;REVB=0.0314771;RO=0;SAF=41;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000555659;OID=.;OPOS=100638856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:23:41:0:0:23:41:0:0 chr7 100639011 . AC A,AT 124.99 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=2,10;DP=12;FAO=1,11;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8;FSAR=1,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0967288,0.10057;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=30.1195,57.3222;QD=41.6619;RBI=0.102376,0.105141;REFB=0,0;REVB=-0.0335329,0.0306662;RO=0;SAF=1,7;SAR=1,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.115057,-0.00289483;OID=.,.;OPOS=100639012,100639012;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0833333,0.916667:2,10:12:1,11:12:0:0,8:1,3:0:0:6:0:1,7:1,3:0:0 chr7 100639040 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.456;QD=37.4885;RBI=0.0616543;REFB=0;REVB=-0.02587;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460356;OID=.;OPOS=100639040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr7 100643477 . A C 130.39 PASS AF=0.203883;AO=21;DP=103;FAO=21;FDP=103;FR=.;FRO=82;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=50;FWDB=-0.00382585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.3;QD=5.06375;RBI=0.017377;REFB=-0.00868632;REVB=-0.0169506;RO=80;SAF=11;SAR=10;SRF=30;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187521;STB=0.605408;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0278847;OID=.;OPOS=100643477;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:80:82:21:21:0.203883:10:11:30:50:10:11:32:50 chr7 100643832 . C G 58.96 PASS AF=0.191489;AO=8;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0599228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3235;QD=5.01761;RBI=0.0751299;REFB=-0.0181542;REVB=0.0453184;RO=38;SAF=7;SAR=1;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.551168;STB=0.784422;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0426241;OID=.;OPOS=100643832;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:38:38:8:9:0.191489:1:7:16:22:2:7:16:22 chr7 100647819 . C T 81.24 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0139035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.037;QD=18.0524;RBI=0.0444074;REFB=-0.0722561;REVB=0.0421748;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096204;STB=0.555446;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0423001;OID=.;OPOS=100647819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:5:5:5:3:5:5:5:3 chr7 100647875 . C A 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00630736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.782;QD=19.5232;RBI=0.0327456;REFB=-0.0137394;REVB=0.0321324;RO=12;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191154;STB=0.608543;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0166336;OID=.;OPOS=100647875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:8:6:8:4:8:6:8:4 chr7 100647920 . A C 168.84 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0559715;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5204;QD=24.1194;RBI=0.0869032;REFB=-0.0183405;REVB=0.0664782;RO=11;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115872;STB=0.564778;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0120398;OID=.;OPOS=100647920;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:9:8:7:4:9:8:7:4 chr7 100648029 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.636;QD=44.6897;RBI=0.0221498;REFB=0;REVB=-0.0186383;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000588987;OID=.;OPOS=100648029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr7 100648117 . C G 107.21 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00187983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4768;QD=22.5701;RBI=0.0223096;REFB=0.0183001;REVB=0.0222303;RO=7;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986635;STB=0.555469;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.00938909;OID=.;OPOS=100648117;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:3:9:6:1:3:9:6:1 chr7 100675976 . G A 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0244342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.921;QD=12.9746;RBI=0.0247532;REFB=-0.00416776;REVB=-0.00396066;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0857139;STB=0.550477;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00630892;OID=.;OPOS=100675976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:5:7:9:9:5:7:9:9 chr7 100678086 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00196942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6158;QD=56.7057;RBI=0.0472651;REFB=0;REVB=-0.047224;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00115892;OID=.;OPOS=100678086;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr7 100679902 . A G 122.74 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.126898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.5663;QD=14.4396;RBI=0.165917;REFB=-0.0126796;REVB=-0.10689;RO=12;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167751;STB=0.656431;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0172295;OID=.;OPOS=100679902;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:12:19:13:14:0.411765:5:8:5:7:5:9:7:12 chr7 100681359 . C G 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00250784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2869;QD=11.0921;RBI=0.024418;REFB=-0.00507679;REVB=0.0242889;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892949;STB=0.555331;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0172007;OID=.;OPOS=100681359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:3:3:3:2:3:3 chr7 100681762 . A G 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0193506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.377;QD=18.4436;RBI=0.0195379;REFB=-0.019712;REVB=0.00269868;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789468;STB=0.545372;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0298362;OID=.;OPOS=100681762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:5:6:4:5:5:6:4:5 chr7 100692680 . T G 421.71 PASS AF=0.462366;AO=43;DP=93;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0128637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.579;QD=18.1381;RBI=0.0193793;REFB=-0.0124699;REVB=-0.0144942;RO=50;SAF=14;SAR=29;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177291;STB=0.599316;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0159693;OID=.;OPOS=100692680;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:50:50:43:43:0.462366:29:14:25:25:29:14:25:25 chr7 100731505 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1599;QD=33.4282;RBI=0.107142;REFB=0;REVB=-0.0969919;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00494093;OID=.;OPOS=100731505;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr7 100731829 . T C 2197.95 PASS AF=1;AO=131;DP=135;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029698;FXX=0.0211253;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.603;QD=63.2502;RBI=0.0733008;REFB=0;REVB=0.0670152;RO=0;SAF=41;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314777;OID=.;OPOS=100731829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:135:139:0:0:131:139:1:90:41:0:0:97:42:0:0 chr7 100732321 . C T 267.88 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=29;FWDB=0.0165097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.677;QD=16.2354;RBI=0.0175967;REFB=-0.015225;REVB=-0.00608873;RO=35;SAF=17;SAR=13;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342894;STB=0.69579;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0161879;OID=.;OPOS=100732321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:36:30:30:0.454545:13:17:7:28:13:17:7:29 chr7 100804240 . T TACCTCC 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0103309;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=333.75;QD=17.8275;RBI=0.0114399;REFB=-0.0175665;REVB=0.00491347;RO=11;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321591;STB=0.518487;STBP=0.918;TYPE=ins;VARB=0.0142777;OID=.;OPOS=100804241;OREF=-;OALT=ACCTCC;OMAPALT=TACCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.521739:12:23:12:23:11:5:7:5:6:89:11:5:7:5:6 chr7 100817901 . A G 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0156275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.187;QD=19.7626;RBI=0.0172117;REFB=-0.0166389;REVB=-0.00721279;RO=25;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120722;STB=0.568206;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0176837;OID=.;OPOS=100817901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:9:14:12:13:9:14:12:13 chr7 100845051 . C T 260.07 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=0.0470353;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.2534;QD=13.0035;RBI=0.0536605;REFB=-0.0392869;REVB=-0.0258287;RO=45;SAF=19;SAR=12;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349559;STB=0.539767;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0765031;OID=.;OPOS=100845051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:45:49:31:31:0.3875:12:19:29:16:12:19:33:16 chr7 100849672 . GGGA G 116.86 PASS AF=0.472222;AO=15;DP=35;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0235336;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=225.985;QD=12.9843;RBI=0.0235742;REFB=-0.0152963;REVB=-0.00138378;RO=18;SAF=1;SAR=14;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35783;STB=0.599866;STBP=0.423;TYPE=del;VARB=0.0162742;OID=.;OPOS=100849673;OREF=GGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472222:15:35:17:36:19:2:15:4:15:99:18:1:14:4:14 chr7 101006376 . C T 284.66 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0650693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.52;QD=29.9642;RBI=0.0719219;REFB=-0.0510735;REVB=0.030639;RO=13;SAF=11;SAR=14;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155991;STB=0.585706;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0170468;OID=.;OPOS=101006376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:14:11:9:4:14:11:9:4 chr7 101006382 . C T 301.36 PASS AF=0.666667;AO=23;DP=36;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.129065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5061;QD=30.9092;RBI=0.159934;REFB=-0.0115546;REVB=0.094452;RO=13;SAF=9;SAR=14;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196671;STB=0.589322;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0118042;OID=.;OPOS=101006382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:39:13:13:23:26:0.666667:14:9:9:4:15:11:9:4 chr7 101200669 . A AG 818.51 PASS AF=1;AO=77;DP=87;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649062;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.2802;QD=38.5182;RBI=0.100497;REFB=0;REVB=-0.0767263;RO=6;SAF=44;SAR=33;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132952;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000575559;OID=.;OPOS=101200670;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:77:87:85:85:0:48:37:0:0:17:6:44:33:4:2 chr7 101200727 . G A 391.72 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0149708;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.632;QD=18.6535;RBI=0.0435898;REFB=-0.0116666;REVB=0.0409383;RO=37;SAF=21;SAR=19;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568313;STB=0.524988;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0108328;OID=.;OPOS=101200727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:37:44:40:40:0.47619:19:21:17:20:19:21:21:23 chr7 101259504 . C T 150.98 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0208162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.665;QD=11.1835;RBI=0.0263546;REFB=0.0109073;REVB=-0.0161634;RO=35;SAF=8;SAR=11;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196247;STB=0.614525;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.0240221;OID=.;OPOS=101259504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:11:8:21:14:11:8:21:14 chr7 101286843 . T C 74.93 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.168691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.38;QD=37.4656;RBI=0.189246;REFB=0;REVB=0.0857745;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.006897;OID=.;OPOS=101286843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr7 101892833 . C T 772.45 PASS AF=0.934426;AO=57;DP=61;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0156389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7318;QD=50.6521;RBI=0.0169369;REFB=-0.0220482;REVB=0.00650272;RO=4;SAF=25;SAR=32;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0237088;STB=0.512591;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0138832;OID=.;OPOS=101892833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:61:61:4:4:57:57:0.934426:32:25:1:3:32:25:1:3 chr7 101916647 . A G 651.22 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00802438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.038;QD=62.0209;RBI=0.00921684;REFB=0;REVB=-0.00453426;RO=0;SAF=36;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.45186e-06;OID=.;OPOS=101916647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:6:36:0:0:6:36:0:0 chr7 101917521 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.235;QD=55.0978;RBI=0.0881852;REFB=0;REVB=0.0793577;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143989;OID=.;OPOS=101917521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr7 101928495 . G C 728.79 PASS AF=1;AO=46;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0900289;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.043;QD=57.1603;RBI=0.0912823;REFB=0;REVB=0.015075;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260447;OID=.;OPOS=101928495;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:46:51:1:25:21:0:0:25:26:0:0 chr7 102038153 . CTGTG CG,C 129.73 PASS AF=0,1;AO=2,5;DP=10;FAO=0,12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224083,0.022471;FXX=0.076864;HRUN=1,1;LEN=3,4;MLLD=156.866,177.406;QD=43.2431;RBI=0.117328,0.130228;REFB=0,0;REVB=0.115168,0.128274;RO=0;SAF=0,3;SAR=2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.00510462;OID=.,.;OPOS=102038154,102038154;OREF=TGT,TGTG;OALT=-,-;OMAPALT=CG,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:2,5:10:0,12:12:0:0,3:0,9:0:0:4:0:0,3:2,2:0:0 chr7 102063527 . G C 268.88 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6889;QD=51.2147;RBI=0.0398613;REFB=0;REVB=-0.00441265;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014908;OID=.;OPOS=102063527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:7:13:0:0:7:14:0:0 chr7 102087202 . T C 253.19 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0635242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.116;QD=19.1084;RBI=0.0637315;REFB=0.00240576;REVB=0.00513653;RO=25;SAF=15;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030859;STB=0.527406;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.00462418;OID=.;OPOS=102087202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:26:27:27:0.509434:12:15:13:12:12:15:13:13 chr7 102108152 . C T 216.59 PASS AF=0.4;AO=25;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0557147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7985;QD=13.3286;RBI=0.0562807;REFB=-0.0162973;REVB=0.0079613;RO=37;SAF=12;SAR=13;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193857;STB=0.578255;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0258711;OID=.;OPOS=102108152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:39:25:26:0.4:13:12:11:26:14:12:13:26 chr7 102114087 . C T 162.88 PASS AF=0.53125;AO=13;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00312848;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.6833;QD=20.3599;RBI=0.0580339;REFB=-0.0362375;REVB=-0.0579495;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322932;STB=0.588131;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.031253;OID=.;OPOS=102114087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:12:15:13:17:0.53125:6:7:6:6:10:7:9:6 chr7 102119322 . T C 142.67 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0859757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.022;QD=15.0181;RBI=0.0910801;REFB=-0.0109754;REVB=-0.0300624;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124711;STB=0.526283;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0262486;OID=.;OPOS=102119322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:22:16:16:0.421053:8:8:7:12:8:8:10:12 chr7 102210320 . G C 63.68 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0108148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7567;QD=9.09734;RBI=0.0153764;REFB=-0.0105546;REVB=0.0109304;RO=19;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217768;STB=0.633843;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0293381;OID=.;OPOS=102210320;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:3:6:9:10:3:6:9:10 chr7 102235769 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00442596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3862;QD=42.1823;RBI=0.10086;REFB=0;REVB=0.100763;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00559752;OID=.;OPOS=102235769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr7 102389833 . G C 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0181547;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=197.64;QD=40.6387;RBI=0.0379623;REFB=-0.0122805;REVB=0.0333398;RO=1;SAF=3;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128919;STB=0.571319;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.000602287;OID=.;OPOS=102389833;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:11:3:1:0:11:3:1:0 chr7 102462549 . G A 890.71 PASS AF=0.578571;AO=81;DP=140;FAO=81;FDP=140;FR=.;FRO=59;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=18;FSRR=41;FWDB=-0.0110996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.755;QD=25.4488;RBI=0.0119327;REFB=-0.0102514;REVB=0.00438048;RO=59;SAF=37;SAR=44;SRF=18;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119944;STB=0.565124;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00869561;OID=.;OPOS=102462549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:59:59:81:81:0.578571:44:37:18:41:44:37:18:41 chr7 102462636 . T C 411.33 PASS AF=0.525641;AO=40;DP=77;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.0737683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.251;QD=21.0937;RBI=0.0747889;REFB=-0.0117016;REVB=-0.0123138;RO=37;SAF=17;SAR=23;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14118;STB=0.572244;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.012364;OID=.;OPOS=102462636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:37:37:40:41:0.525641:23:17:10:27:24:17:10:27 chr7 102497902 . T C 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00882294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.663;QD=25.4667;RBI=0.00981637;REFB=-0.00224157;REVB=-0.00430311;RO=3;SAF=7;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0671366;STB=0.538372;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00034009;OID=.;OPOS=102497902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:2:7:2:1:2:7:2:1 chr7 102574715 . A G 347.5 PASS AF=0.44;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.0253119;FXX=0.019604;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.0932;QD=27.7997;RBI=0.0325593;REFB=0.00902598;REVB=-0.0204797;RO=13;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309583;STB=0.663325;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0145386;OID=.;OPOS=102574715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:13:15:22:22:0.44:12:10:12:1:12:10:13:2 chr7 102574970 . C T 166.61 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=21;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0261682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2369;QD=31.7351;RBI=0.0275804;REFB=-0.0325646;REVB=-0.00871241;RO=5;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220785;STB=0.622483;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00990353;OID=.;OPOS=102574970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:21:21:5:5:16:16:0.761905:11:5:4:1:11:5:4:1 chr7 102574999 . TGAA T 115.11 PASS AF=0.358974;AO=10;DP=40;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00259602;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=3;MLLD=223.826;QD=11.8057;RBI=0.00971096;REFB=-0.00257442;REVB=-0.00935753;RO=24;SAF=8;SAR=2;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.519787;STB=0.72432;STBP=0.045;TYPE=del;VARB=0.00447879;OID=.;OPOS=102575000;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.358974:10:40:14:39:25:10:4:9:16:99:24:8:2:8:16 chr7 102665620 . C G 178.04 PASS AF=0.343284;AO=22;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0213945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.623;QD=10.6296;RBI=0.0286592;REFB=0.00136012;REVB=-0.019069;RO=45;SAF=7;SAR=15;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228313;STB=0.649392;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.0031896;OID=.;OPOS=102665620;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:44:22:23:0.343284:15:7:23:22:16:7:23:21 chr7 102668001 . A C 936.76 PASS AF=0.956522;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0093226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.606;QD=54.305;RBI=0.0132777;REFB=-0.0785099;REVB=0.00945446;RO=3;SAF=34;SAR=32;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124495;STB=0.506594;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.000667268;OID=.;OPOS=102668001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:69:3:3:66:66:0.956522:32:34:2:1:32:34:2:1 chr7 102696108 . A G 140.05 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0141114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.001;QD=20.7478;RBI=0.0876815;REFB=0.00177341;REVB=0.0865385;RO=12;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264335;STB=0.649798;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00158714;OID=.;OPOS=102696108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:10:5:8:4:10:5:8:4 chr7 102740683 . G A 456.24 PASS AF=0.916667;AO=33;DP=36;FAO=33;FDP=36;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00126278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.296;QD=50.6931;RBI=0.0186867;REFB=-0.0365489;REVB=-0.018644;RO=3;SAF=12;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00509115;STB=0.502731;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.000311824;OID=.;OPOS=102740683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:36:36:3:3:33:33:0.916667:21:12:1:2:21:12:1:2 chr7 102742144 . C T 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0432336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.096;QD=56.1903;RBI=0.043989;REFB=0;REVB=-0.00811721;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000470596;OID=.;OPOS=102742144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr7 102743893 . C T 727.22 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.138;QD=63.2366;RBI=0.0588689;REFB=0;REVB=0.0185868;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000583394;OID=.;OPOS=102743893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:28:16:0:0:30:16:0:0 chr7 102948040 . T C 343.19 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0056518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.896;QD=24.0832;RBI=0.0115677;REFB=-0.0137499;REVB=-0.010093;RO=23;SAF=18;SAR=16;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101086;STB=0.555523;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0106024;OID=.;OPOS=102948040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:34:34:0.596491:16:18:9:14:16:18:9:14 chr7 103007949 . A C 920.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.348;QD=58.4187;RBI=0.0297191;REFB=0;REVB=0.00814423;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.96646e-05;OID=.;OPOS=103007949;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:29:34:0:0:29:34:0:0 chr7 103124207 . T C 374.17 PASS AF=0.417476;AO=42;DP=103;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0221673;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6611;QD=14.5308;RBI=0.0248828;REFB=-0.0172241;REVB=0.0113032;RO=60;SAF=22;SAR=20;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00994649;STB=0.512652;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0226587;OID=.;OPOS=103124207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:60:60:42:43:0.417476:20:22:32:28:21:22:32:28 chr7 103124785 . T C 280.72 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0264668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.368;QD=28.0715;RBI=0.0294289;REFB=-0.0183385;REVB=-0.0128674;RO=14;SAF=17;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263524;STB=0.634744;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.039562;OID=.;OPOS=103124785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:15:25:25:0.625:8:17:4:10:8:17:5:10 chr7 103155705 . A G 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00253344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.319;QD=12.4823;RBI=0.0156251;REFB=-0.0128777;REVB=-0.0154183;RO=19;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256991;STB=0.651918;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0161744;OID=.;OPOS=103155705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:4:8:8:11:4:8:8:11 chr7 103251161 . G C 365.38 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00590968;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.558;QD=15.8861;RBI=0.0151955;REFB=-0.0101957;REVB=-0.0139993;RO=54;SAF=21;SAR=18;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00147355;STB=0.505048;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0142402;OID=.;OPOS=103251161;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:54:53:39:39:0.423913:18:21:29:25:18:21:29:24 chr7 104263425 . T C 160.29 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00783768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.87;QD=45.7964;RBI=0.0146113;REFB=0;REVB=0.0123313;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138556;OID=.;OPOS=104263425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr7 104536783 . C T 308.32 PASS AF=0.613636;AO=27;DP=44;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0144336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.087;QD=28.0295;RBI=0.033419;REFB=-0.0289419;REVB=0.0301414;RO=17;SAF=5;SAR=22;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169942;STB=0.594518;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0172594;OID=.;OPOS=104536783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:17:17:27:27:0.613636:22:5:6:11:22:5:6:11 chr7 104717517 . C T 108.25 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0367088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.3463;QD=13.5318;RBI=0.0422599;REFB=-0.0202898;REVB=-0.020937;RO=19;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927383;STB=0.554371;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0292109;OID=.;OPOS=104717517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:8:5:9:10:8:5:9:10 chr7 104785779 . T G 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00746405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.142;QD=18.8866;RBI=0.0119412;REFB=-0.00499699;REVB=0.00932102;RO=5;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128939;STB=0.574292;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00326141;OID=.;OPOS=104785779;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:3:5:4:1:3:5:4:1 chr7 105245754 . A G 424.59 PASS AF=0.467391;AO=42;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=15;FWDB=0.00746165;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.249;QD=18.4604;RBI=0.00965074;REFB=-0.00220915;REVB=0.0061205;RO=49;SAF=27;SAR=15;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545752;STB=0.525412;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00231291;OID=.;OPOS=105245754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:49:42:43:0.467391:15:27:34:15:15:28:34:15 chr7 105245877 . G A 267.05 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=4;FWDB=-0.0225571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.853;QD=20.1544;RBI=0.0239193;REFB=-0.015625;REVB=-0.00795673;RO=24;SAF=17;SAR=11;SRF=20;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208362;STB=0.621022;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0114332;OID=.;OPOS=105245877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:24:25:28:28:0.528302:11:17:20:4:11:17:21:4 chr7 105615406 . G A 314.98 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0032336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.297;QD=19.9987;RBI=0.024674;REFB=-0.0187534;REVB=-0.0244612;RO=29;SAF=17;SAR=16;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273066;STB=0.523063;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0102102;OID=.;OPOS=105615406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:30:33:33:0.52381:16:17:14:15:16:17:14:16 chr7 105615426 . G C 319.46 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0239495;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4929;QD=20.9484;RBI=0.0396215;REFB=-0.00470381;REVB=-0.031564;RO=28;SAF=15;SAR=18;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217468;STB=0.512041;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00403134;OID=.;OPOS=105615426;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:28:28:33:33:0.540984:18:15:12:16:18:15:12:16 chr7 105621512 . G T 1054.14 PASS AF=1;AO=60;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03184;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.134;QD=59.3884;RBI=0.0419218;REFB=0;REVB=0.0272701;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026261;OID=.;OPOS=105621512;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:60:71:1:28:32:0:0:29:42:0:0 chr7 105662699 . C T 579.03 PASS AF=0.542056;AO=58;DP=107;FAO=58;FDP=107;FR=.;FRO=49;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=13;FWDB=0.0180513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.592;QD=21.6459;RBI=0.0407617;REFB=-0.00784805;REVB=-0.0365468;RO=49;SAF=36;SAR=22;SRF=36;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104134;STB=0.556943;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00687563;OID=.;OPOS=105662699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:49:49:58:58:0.542056:22:36:36:13:22:36:36:13 chr7 105671267 . T C 374.35 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=72;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00972464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.141;QD=20.7971;RBI=0.00973196;REFB=-0.0133124;REVB=0.000377474;RO=33;SAF=15;SAR=23;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103228;STB=0.550871;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00944283;OID=.;OPOS=105671267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:34:38:38:0.527778:23:15:17:16:23:15:17:17 chr7 105848638 . T C 229.56 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00927529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.384;QD=22.3958;RBI=0.00942294;REFB=-0.0366375;REVB=-0.00166158;RO=18;SAF=9;SAR=13;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168745;STB=0.519613;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0351592;OID=.;OPOS=105848638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:18:19:22:22:0.536585:13:9:7:11:13:9:7:12 chr7 105903904 . T C 871.26 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0100421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.52;QD=56.2105;RBI=0.0171694;REFB=0.0225804;REVB=0.0139264;RO=1;SAF=35;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132969;STB=0.50704;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.00122812;OID=.;OPOS=105903904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:26:35:1:0:26:35:1:0 chr7 106508978 . A G 1989.48 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6201;QD=62.1712;RBI=0.0434917;REFB=0;REVB=-0.0259082;RO=0;SAF=73;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22713e-05;OID=.;OPOS=106508978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:55:73:0:0:55:73:0:0 chr7 106508987 . T C 2021.78 PASS AF=1;AO=129;DP=133;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176848;FXX=0.0300729;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0799;QD=62.6909;RBI=0.0272747;REFB=0;REVB=0.0207644;RO=0;SAF=69;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96393e-05;OID=.;OPOS=106508987;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:129:0:0:129:129:1:60:69:0:0:60:69:0:0 chr7 106685448 . G T 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0144749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.235;QD=7.83733;RBI=0.0713177;REFB=0.00467868;REVB=-0.0698333;RO=15;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.342331;STB=0.731059;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.0118201;OID=.;OPOS=106685448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:15:16:7:7:0.304348:2:5:6:9:2:5:6:10 chr7 106799997 . G A 68.81 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0157123;FXX=0.079968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4645;QD=11.9676;RBI=0.023152;REFB=-0.0183122;REVB=0.0170041;RO=15;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350904;STB=0.650796;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0357783;OID=.;OPOS=106799997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:25:23:15:14:9:9:0.391304:2:7:7:8:2:7:8:6 chr7 107002806 . A G 1147.93 PASS AF=0.974684;AO=76;DP=80;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0217574;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.8317;QD=58.1233;RBI=0.0281401;REFB=-0.0534459;REVB=-0.017846;RO=2;SAF=33;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00324573;STB=0.501499;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00518119;OID=.;OPOS=107002806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:79:2:2:76:77:0.974684:43:33:1:1:43:34:1:1 chr7 107188719 . G T 246.51 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0385066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3035;QD=15.9039;RBI=0.0673074;REFB=-0.00940093;REVB=-0.0552045;RO=33;SAF=15;SAR=13;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192849;STB=0.599246;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00901508;OID=.;OPOS=107188719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:33:34:28:28:0.451613:13:15:11:22:13:15:12:22 chr7 107208250 . T C 192.89 PASS AF=0.416667;AO=18;DP=46;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.01714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.141;QD=16.0743;RBI=0.0217348;REFB=-0.0218938;REVB=-0.013365;RO=28;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957581;STB=0.520813;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.030688;OID=.;OPOS=107208250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:28:28:18:20:0.416667:10:8:15:13:10:10:15:13 chr7 107414419 . A G 964.95 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00678792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.741;QD=55.9392;RBI=0.0106851;REFB=-0.118571;REVB=-0.00825196;RO=2;SAF=41;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00644175;STB=0.50341;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.000386821;OID=.;OPOS=107414419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:69:69:2:2:67:67:0.971014:26:41:1:1:26:41:1:1 chr7 107559911 . G A 740.32 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2512;QD=56.9479;RBI=0.0283418;REFB=0;REVB=-0.0264304;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000365877;OID=.;OPOS=107559911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr7 107569517 . A G 1541.93 PASS AF=1;AO=102;DP=104;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000648744;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.272;QD=59.881;RBI=0.00950908;REFB=0;REVB=0.00948692;RO=0;SAF=58;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.10385e-06;OID=.;OPOS=107569517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:103:0:0:102:103:1:44:58:0:0:45:58:0:0 chr7 107593989 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00269578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.181;QD=50.4122;RBI=0.0128766;REFB=0;REVB=0.0125913;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.05419e-05;OID=.;OPOS=107593989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr7 107599806 . C T 332.91 PASS AF=0.5;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0220043;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.63;QD=19.0235;RBI=0.022168;REFB=-0.0168951;REVB=-0.00268919;RO=35;SAF=18;SAR=17;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076861;STB=0.542763;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0137447;OID=.;OPOS=107599806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:35:35:35:0.5:17:18:15:20:17:18:15:20 chr7 107738882 . G A 466.82 PASS AF=0.365385;AO=57;DP=156;FAO=57;FDP=156;FR=.;FRO=99;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=56;FWDB=0.000508841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.496;QD=11.9698;RBI=0.0119202;REFB=-0.0110558;REVB=-0.0119093;RO=98;SAF=25;SAR=32;SRF=42;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113311;STB=0.502741;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0215923;OID=.;OPOS=107738882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:98:99:57:57:0.365385:32:25:42:56:32:25:43:56 chr7 107738948 . G A 624.98 PASS AF=0.470588;AO=64;DP=135;FAO=64;FDP=136;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=0.000701098;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.897;QD=18.3817;RBI=0.0097899;REFB=-0.0136424;REVB=-0.00976476;RO=70;SAF=23;SAR=41;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267275;STB=0.516801;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.019212;OID=.;OPOS=107738948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:70:72:64:64:0.470588:41:23:27:43:41:23:28:44 chr7 107743664 . A G 244.84 PASS AF=0.48;AO=23;DP=49;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0099591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8151;QD=19.5874;RBI=0.0336643;REFB=-0.00287346;REVB=-0.0321575;RO=25;SAF=7;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138051;STB=0.550681;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00208845;OID=.;OPOS=107743664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:25:26:23:24:0.48:16:7:11:14:16:8:11:15 chr7 107818851 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00183652;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.661;QD=57.1061;RBI=0.0155962;REFB=0;REVB=0.0154877;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34173e-05;OID=.;OPOS=107818851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr7 107824678 . A G 1266.98 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.744;QD=61.8037;RBI=0.082192;REFB=0;REVB=0.0490613;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280221;OID=.;OPOS=107824678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:82:0:0:75:82:1:34:41:0:0:35:47:0:0 chr7 107824889 . C G 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.127;QD=51.1828;RBI=0.0590435;REFB=0;REVB=0.05102;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000693079;OID=.;OPOS=107824889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:4:16:0:0:4:16:0:0 chr7 107834613 . G C 738.59 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.128639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.619;QD=54.7104;RBI=0.129157;REFB=-0.0984394;REVB=0.0115523;RO=1;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154473;STB=0.508194;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00038644;OID=.;OPOS=107834613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:30:23:0:1:30:23:0:1 chr7 107834734 . C T 902.48 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.421;QD=58.2247;RBI=0.054326;REFB=0;REVB=0.0407758;RO=0;SAF=37;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030831;OID=.;OPOS=107834734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:25:37:0:0:25:37:0:0 chr7 107838464 . G T 965.45 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.673;QD=57.6386;RBI=0.0429849;REFB=0;REVB=-0.032578;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102805;OID=.;OPOS=107838464;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:0:0:63:67:1:34:29:0:0:37:30:0:0 chr7 107849908 . G A,T 1006.41 PASS AF=0.917808,0.0547945;AO=64,4;DP=70;FAO=67,4;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=33,1;FSAR=34,3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00599928,-0.00781278;FXX=0.0135117;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=137.155,190.997;QD=55.1457;RBI=0.00797975,0.00785653;REFB=-0.085695,-0.0638536;REVB=0.00526165,0.000827943;RO=1;SAF=33,1;SAR=31,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0149923,0.119989;STB=0.514281,0.624469;STBP=0.22,0.685;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000549989,0.0232817;OID=.,.;OPOS=107849908,107849908;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:70:73:1:2:64,4:67,4:0.917808,0.0547945:31,3:33,1:0:1:34,3:33,1:0:2 chr7 107872816 . G A 367.4 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00930077;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.37;QD=18.6023;RBI=0.0097895;REFB=-0.00730704;REVB=-0.0030545;RO=40;SAF=23;SAR=15;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988884;STB=0.549462;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0170863;OID=.;OPOS=107872816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:40:41:38:38:0.481013:15:23:20:20:15:23:21:20 chr7 107875170 . T C 743.03 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00993861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.259;QD=59.4421;RBI=0.010369;REFB=0.0112528;REVB=-0.00295644;RO=1;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165072;STB=0.517234;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-6.32716e-05;OID=.;OPOS=107875170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:1:2:48:48:0.96:28:20:0:1:28:20:0:2 chr7 108131925 . GAAAAAAAT GAAAAAAAAT,GAAAAAAT,GAAAAAATA 51.75 PASS AF=0,0.375,0.0833333;AO=3,6,3;DP=25;FAO=0,9,2;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=0,4,2;FSAR=0,5,0;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0938217,0.0930062,0.0568794;FXX=0.0768935;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,2;MLLD=8.82651,12.0049,22.1611;QD=8.62464;RBI=0.254871,0.243202,0.1505;REFB=-0.0125803,0.00868189,-0.00940947;REVB=-0.236974,0.224715,0.139338;RO=12;SAF=0,3,3;SAR=3,3,0;SRF=8;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.693733,-0.177981,0.590401;STB=0.5,0.599782,0.99339;STBP=1,0.455,0.29;TYPE=ins,del,mnp;VARB=0,0.0217881,0.0486654;OID=.,.,.;OPOS=108131926,108131926,108131932;OREF=-,A,AT;OALT=A,-,TA;OMAPALT=GAAAAAAAAT,GAAAAAAT,GAAAAAATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.375,0.0833333:3,6,3:25:0,9,2:24:13:0,4,2:0,5,0:8:5:37:12:0,3,3:3,3,0:8:4 chr7 108206363 . TA T 30.19 PASS AF=0.2;AO=8;DP=80;FAO=16;FDP=80;FR=.;FRO=64;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.0193691;FXX=0.0123442;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.7655;QD=1.50939;RBI=0.275018;REFB=0.0225502;REVB=-0.274335;RO=61;SAF=1;SAR=7;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0.42;SSSB=-0.520525;STB=0.863165;STBP=0.002;TYPE=del;VARB=-0.266343;OID=.;OPOS=108206364;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:8:80:16:80:64:2:14:36:28:30:61:1:7:35:26 chr7 111382130 . C T 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0150377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.812;QD=17.4545;RBI=0.0150377;REFB=-0.00660353;REVB=1.30738e-05;RO=29;SAF=13;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00117844;STB=0.500662;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00942022;OID=.;OPOS=111382130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:14:13:14:15:14:13:14:15 chr7 112096073 . T C 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0230824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.089;QD=22.5808;RBI=0.0240392;REFB=-0.0172895;REVB=-0.00671436;RO=7;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00793731;STB=0.504497;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0125896;OID=.;OPOS=112096073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:7:5:3:4:7:5:3:4 chr7 112097121 . C T 131.98 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.00347169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.257;QD=14.6642;RBI=0.0367953;REFB=-0.0329521;REVB=-0.0366311;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168441;STB=0.607412;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0321907;OID=.;OPOS=112097121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:20:21:15:15:0.416667:8:7:6:14:8:7:6:15 chr7 112101907 . ATTTTT ATATTA,ATATTT,ATTATT,ATT,ATTTT 346.45 PASS AF=0,0.25,0.230769,0.173077,0.346154;AO=2,11,3,6,7;DP=51;FAO=0,13,12,9,18;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7,2,7,12;FSAR=0,6,10,2,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01472,-0.01276,-0.0144439,-0.0509746,-0.144355;FXX=0.0188644;HRUN=11,11,11,11,11;LEN=4,1,1,3,1;MLLD=113.521,123.59,118.488,10.2708,3.49474;QD=26.6502;RBI=0.129772,0.173882,0.148236,0.222834,0.542042;REFB=-0.0210323,-0.0283761,-0.0314319,-0.0627129,-0.0619849;REVB=-0.128934,-0.173414,-0.147531,-0.216925,-0.522467;RO=3;SAF=0,6,0,6,7;SAR=2,5,3,0,0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.666583,-0.0468493,-0.712642,0.754681,0.771117;STB=0.5,0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1,1;TYPE=mnp,snp,snp,del,del;VARB=0,0.0161274,0.00664836,0.0706454,-0.140467;OID=.,.,.,.,.;OPOS=112101909,112101909,112101910,112101908,112101908;OREF=TTTT,T,T,TTT,T;OALT=ATTA,A,A,-,-;OMAPALT=ATATTA,ATATTT,ATTATT,ATT,ATTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/5:0,0.25,0.230769,0.173077,0.346154:2,11,3,6,7:51:0,13,12,9,18:52:0:0,7,2,7,12:0,6,10,2,6:0:0:78:3:0,6,0,6,7:2,5,3,0,0:2:1 chr7 112102355 . T G 637.03 PASS AF=0.615385;AO=56;DP=91;FAO=56;FDP=91;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.012678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.486;QD=28.0015;RBI=0.0225562;REFB=-0.0176445;REVB=0.0186561;RO=35;SAF=16;SAR=40;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116559;STB=0.563613;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0103393;OID=.;OPOS=112102355;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:35:35:56:56:0.615385:40:16:15:20:40:16:15:20 chr7 112107999 . T C 99.49 PASS AF=0.26;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0165066;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0922;QD=7.95909;RBI=0.0178516;REFB=-0.00974582;REVB=-0.00679793;RO=37;SAF=5;SAR=8;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155532;STB=0.596124;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0239634;OID=.;OPOS=112107999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:37:37:13:13:0.26:8:5:19:18:8:5:19:18 chr7 112112279 . G A 242.15 PASS AF=0.473684;AO=26;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.00549886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.155;QD=16.993;RBI=0.00630044;REFB=0.00120777;REVB=-0.00307541;RO=30;SAF=16;SAR=10;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522167;STB=0.540954;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=-0.00129298;OID=.;OPOS=112112279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:30:30:26:27:0.473684:10:16:20:10:11:16:20:10 chr7 112405982 . TA T 39.74 PASS AF=0.320755;AO=21;DP=54;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.124303;FXX=0.0185151;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.12058;QD=2.99933;RBI=0.136553;REFB=-0.0943959;REVB=-0.0565297;RO=27;SAF=7;SAR=14;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18975;STB=0.584194;STBP=0.433;TYPE=del;VARB=0.0815974;OID=.;OPOS=112405983;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.320755:21:54:17:53:36:6:11:17:19:39:27:7:14:14:13 chr7 112406507 . C T 156.97 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00665989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.585;QD=16.0995;RBI=0.0147525;REFB=-0.00797113;REVB=0.0131636;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05124;STB=0.542119;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0143777;OID=.;OPOS=112406507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:22:17:17:0.435897:9:8:11:10:9:8:12:10 chr7 112459652 . T A 238.84 PASS AF=0.5;AO=22;DP=45;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0164619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.83;QD=20.7689;RBI=0.0195755;REFB=-0.0201542;REVB=0.0105928;RO=22;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040868;STB=0.522224;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0228504;OID=.;OPOS=112459652;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:22:23:22:23:0.5:12:10:9:13:13:10:9:14 chr7 112722278 . A C 270.26 PASS AF=1;AO=18;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0761806;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=125.864;QD=51.4775;RBI=0.0766164;REFB=0;REVB=0.00816044;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189068;OID=.;OPOS=112722278;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:18:21:1:7:11:0:0:7:14:0:0 chr7 112724417 . A G 772.65 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0487381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.7664;QD=61.8122;RBI=0.0498691;REFB=-0.0447569;REVB=0.0105605;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00154303;OID=.;OPOS=112724417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:0:1:48:49:0.98:25:23:0:0:26:23:0:1 chr7 112724525 . A G 428.82 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.089;QD=57.176;RBI=0.0614245;REFB=0;REVB=0.0083846;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211465;OID=.;OPOS=112724525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr7 113518434 . C A 213.85 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.033228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6118;QD=47.5221;RBI=0.034603;REFB=0;REVB=0.0096575;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00826788;OID=.;OPOS=113518434;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:7:10:0:0:7:11:0:0 chr7 113518498 . C A 335.02 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.00976298;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3645;QD=21.9684;RBI=0.0325143;REFB=0.011616;REVB=-0.0310139;RO=27;SAF=25;SAR=9;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102478;STB=0.556823;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=-0.0126771;OID=.;OPOS=113518498;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:27:27:34:34:0.557377:9:25:17:10:9:25:17:10 chr7 113518502 . A T 907.64 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=65;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0173554;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.274;QD=56.7273;RBI=0.0190398;REFB=0.0299837;REVB=-0.00782976;RO=1;SAF=42;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111104;STB=0.505745;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=1.60478e-05;OID=.;OPOS=113518502;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:64:1:1:62:63:0.984375:20:42:1:0:20:43:1:0 chr7 113519719 . A T 1013.8 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.935;QD=58.771;RBI=0.0301612;REFB=0;REVB=0.0263886;RO=0;SAF=40;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6281e-05;OID=.;OPOS=113519719;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:69:0:0:66:69:1:26:40:0:0:26:43:0:0 chr7 113519796 . C T 669.64 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0047753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7729;QD=62.2917;RBI=0.0106325;REFB=0;REVB=0.00949985;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47557e-05;OID=.;OPOS=113519796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr7 114296590 . A C 210.19 PASS AF=0.454545;AO=23;DP=57;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0225105;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.677;QD=15.2863;RBI=0.0261178;REFB=-0.0160177;REVB=-0.0132445;RO=30;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111989;STB=0.583148;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0223712;OID=.;OPOS=114296590;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:55:30:30:23:25:0.454545:12:11:11:19:12:13:11:19 chr7 114619598 . C A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129811;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=328.266;QD=49.5992;RBI=0.0152695;REFB=0;REVB=0.00804044;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.64561e-05;OID=.;OPOS=114619598;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chr7 115578124 . G T 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0946824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9824;QD=57.2006;RBI=0.113881;REFB=0;REVB=-0.0632773;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000468006;OID=.;OPOS=115578124;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr7 115892650 . T G 373.0 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.00679839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.832;QD=17.7618;RBI=0.00794628;REFB=-0.00692735;REVB=-0.00411404;RO=45;SAF=19;SAR=20;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15046;STB=0.5839;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.00611283;OID=.;OPOS=115892650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:20:19:29:16:20:19:29:16 chr7 115897392 . G C 353.12 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00547267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.733;QD=18.1087;RBI=0.0110134;REFB=-0.0218395;REVB=0.00955743;RO=40;SAF=20;SAR=17;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084181;STB=0.540519;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0224683;OID=.;OPOS=115897392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:40:41:37:37:0.474359:17:20:18:22:17:20:19:22 chr7 116146127 . C T 385.8 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0418838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.195;QD=15.588;RBI=0.0542082;REFB=-0.0069261;REVB=-0.0344132;RO=58;SAF=13;SAR=28;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234289;STB=0.632702;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0073715;OID=.;OPOS=116146127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:58:58:41:41:0.414141:28:13:31:27:28:13:31:27 chr7 116165360 . A C 266.51 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.039408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.047;QD=50.7643;RBI=0.0394552;REFB=0;REVB=-0.00192889;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00341245;OID=.;OPOS=116165360;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:11:9:0:0:12:9:0:0 chr7 116165463 . T C 233.15 PASS AF=0.807692;AO=19;DP=25;FAO=21;FDP=26;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0459142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0967;QD=35.8688;RBI=0.0500637;REFB=0.00165793;REVB=0.0199564;RO=6;SAF=17;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320844;STB=0.693202;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00174825;OID=.;OPOS=116165463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:25:26:6:5:19:21:0.807692:2:17:3:3:2:19:2:3 chr7 116364823 . CA C 270.4 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.00148693;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.006;QD=29.2322;RBI=0.00645307;REFB=-0.00840084;REVB=0.00627942;RO=13;SAF=16;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362278;STB=0.519983;STBP=0.775;TYPE=del;VARB=0.00325532;OID=.;OPOS=116364824;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.648649:24:38:24:37:13:16:8:8:5:99:13:16:8:8:5 chr7 116435768 . C T 666.03 PASS AF=0.6;AO=63;DP=105;FAO=63;FDP=105;FR=.;FRO=42;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00352897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.89;QD=25.3727;RBI=0.0282859;REFB=-0.00884023;REVB=-0.0280649;RO=41;SAF=34;SAR=29;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513645;STB=0.5321;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00810082;OID=.;OPOS=116435768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:41:42:63:63:0.6:29:34:25:16:29:34:26:16 chr7 116436022 . G A 631.0 PASS AF=0.492308;AO=63;DP=129;FAO=64;FDP=130;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=27;FWDB=0.00225726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.502;QD=19.4155;RBI=0.0414672;REFB=-0.0264995;REVB=0.0414057;RO=65;SAF=28;SAR=35;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142296;STB=0.569629;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0336442;OID=.;OPOS=116436022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:65:66:63:64:0.492308:35:28:39:26:35:29:39:27 chr7 116436097 . G A 800.42 PASS AF=0.474286;AO=83;DP=175;FAO=83;FDP=175;FR=.;FRO=92;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=51;FSRR=41;FWDB=0.0172901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.945;QD=18.2954;RBI=0.0181041;REFB=-0.0170777;REVB=0.00536757;RO=92;SAF=41;SAR=42;SRF=51;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573914;STB=0.531711;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0218497;OID=.;OPOS=116436097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:92:92:83:83:0.474286:42:41:51:41:42:41:51:41 chr7 116437606 . G A 2164.5 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00534283;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.025;QD=63.1969;RBI=0.0107626;REFB=0;REVB=0.00934281;RO=0;SAF=67;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.1715e-05;OID=.;OPOS=116437606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:135:137:0:0:135:137:1:68:67:0:0:68:69:0:0 chr7 116528240 . C T 949.52 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.532;QD=58.4319;RBI=0.0276867;REFB=0;REVB=0.00419048;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.51238e-05;OID=.;OPOS=116528240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:34:29:0:0:35:30:0:0 chr7 116596697 . A G 1259.26 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0236372;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.56;QD=61.4272;RBI=0.0259201;REFB=0;REVB=0.0106363;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000871073;OID=.;OPOS=116596697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:81:82:1:39:42:0:0:39:43:0:0 chr7 116598735 . A G 1218.41 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0189295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5426;QD=58.7185;RBI=0.050583;REFB=-0.14439;REVB=0.0469076;RO=1;SAF=39;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111412;STB=0.500447;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.00784894;OID=.;OPOS=116598735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:1:2:81:81:0.975904:42:39:0:1:42:39:1:1 chr7 116608501 . A G 1585.46 PASS AF=0.498433;AO=159;DP=320;FAO=159;FDP=319;FR=.;FRO=160;FSAF=78;FSAR=81;FSRF=56;FSRR=104;FWDB=0.00277121;FXX=0.0031249;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.128;QD=19.8803;RBI=0.00316731;REFB=-0.0161346;REVB=-0.0015337;RO=158;SAF=78;SAR=81;SRF=56;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124434;STB=0.570708;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0310126;OID=.;OPOS=116608501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:319:158:160:159:159:0.498433:81:78:56:102:81:78:56:104 chr7 116960744 . G A 134.51 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0466344;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9265;QD=15.3727;RBI=0.0502013;REFB=-0.00778726;REVB=0.0185851;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274111;STB=0.656066;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00964404;OID=.;OPOS=116960744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:8:7:4:16:8:7:4:16 chr7 117024820 . T G 126.54 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0213518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.5418;QD=11.2481;RBI=0.037532;REFB=-0.0291498;REVB=-0.0308666;RO=29;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015897;STB=0.522905;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0576909;OID=.;OPOS=117024820;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:29:30:15:15:0.333333:9:6:12:17:9:6:13:17 chr7 117160988 . A G 131.99 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00999888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.033;QD=14.6655;RBI=0.0321154;REFB=-0.00338969;REVB=0.0305192;RO=21;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296633;STB=0.517218;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00498856;OID=.;OPOS=117160988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:6:9:12:9:6:9:12:9 chr7 117170774 . G A 119.53 PASS AF=0.4;AO=13;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0223118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.445;QD=13.661;RBI=0.0256593;REFB=-0.0183395;REVB=0.0126722;RO=21;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235942;STB=0.651947;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0170132;OID=.;OPOS=117170774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:13:14:0.4:9:4:11:10:10:4:11:10 chr7 117188736 . C A 43.66 PASS AF=0.225806;AO=6;DP=32;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00436887;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.423;QD=5.63372;RBI=0.0258795;REFB=-0.00651091;REVB=0.0255081;RO=23;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181629;STB=0.523297;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0260045;OID=.;OPOS=117188736;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:31:23:24:6:7:0.225806:3:3:8:15:4:3:11:13 chr7 117199533 . G A 407.71 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0130918;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.396;QD=17.5358;RBI=0.0135538;REFB=-0.00748788;REVB=-0.0035085;RO=51;SAF=25;SAR=17;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046464;STB=0.526026;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00825876;OID=.;OPOS=117199533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:51:51:42:42:0.451613:17:25:28:23:17:25:28:23 chr7 117235055 . T G 600.51 PASS AF=0.45;AO=62;DP=139;FAO=63;FDP=140;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=32;FSRR=45;FWDB=-0.0108405;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.418;QD=17.1574;RBI=0.0133239;REFB=0.00170619;REVB=0.00774665;RO=77;SAF=27;SAR=35;SRF=32;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201721;STB=0.516124;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.000806398;OID=.;OPOS=117235055;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:140:77:77:62:63:0.45:35:27:32:45:35:28:32:45 chr7 117825681 . A G 767.49 PASS AF=0.648148;AO=69;DP=106;FAO=70;FDP=108;FR=.;FRO=38;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0173283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0061;QD=28.4257;RBI=0.0360936;REFB=0.0231703;REVB=-0.031662;RO=37;SAF=37;SAR=32;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10912;STB=0.550523;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.016359;OID=.;OPOS=117825681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:37:38:69:70:0.648148:32:37:26:11:32:38:26:12 chr7 120380961 . ATTTG A 40.27 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00815312;FXX=0.140326;HRUN=3;LEN=4;MLLD=146.61;QD=3.28723;RBI=0.0327785;REFB=-0.00729666;REVB=0.0317484;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945612;STB=0.534415;STBP=0.883;TYPE=del;VARB=0.0357808;OID=.;OPOS=120380962;OREF=TTTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.204082:10:41:10:49:39:6:4:25:14:40:13:6:4:9:4 chr7 120428799 . C A 1075.55 PASS AF=0.962025;AO=74;DP=80;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00110227;FXX=0.0124984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=133.791;QD=54.4581;RBI=0.0151196;REFB=-0.0733058;REVB=0.0150793;RO=4;SAF=37;SAR=37;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242173;STB=0.506829;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.00123392;OID=.;OPOS=120428799;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:80:79:4:3:74:76:0.962025:37:37:1:3:39:37:2:1 chr7 120704289 . C T 735.28 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.725;QD=56.5603;RBI=0.0243;REFB=0;REVB=0.0139785;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137627;OID=.;OPOS=120704289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:22:29:0:0:22:30:0:0 chr7 120740103 . G T 1598.37 PASS AF=0.990741;AO=106;DP=111;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0154956;FXX=0.0270246;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.006;QD=59.1989;RBI=0.0327538;REFB=0.0677743;REVB=0.0288565;RO=1;SAF=55;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855122;STB=0.504504;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000200631;OID=.;OPOS=120740103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:108:1:1:106:107:0.990741:51:55:1:0:52:55:1:0 chr7 120764477 . G C 74.23 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0492134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7033;QD=10.2393;RBI=0.0557878;REFB=0.00572091;REVB=0.0262739;RO=19;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236005;STB=0.514257;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.0060652;OID=.;OPOS=120764477;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:6:4:8:11:6:4:8:11 chr7 120765954 . T C 157.04 PASS AF=0.323077;AO=20;DP=64;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0248783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.886;QD=9.6641;RBI=0.0288816;REFB=-0.0042916;REVB=-0.0146702;RO=44;SAF=6;SAR=14;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112192;STB=0.539288;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00774753;OID=.;OPOS=120765954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:44:44:20:21:0.323077:14:6:17:27:14:7:17:27 chr7 120773954 . A G 108.68 PASS AF=0.5;AO=10;DP=25;FAO=12;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0142428;FXX=0.039984;HRUN=5;LEN=1;MLLD=95.0549;QD=18.1139;RBI=0.0162172;REFB=-0.0207235;REVB=-0.00775514;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130908;STB=0.631344;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0548748;OID=.;OPOS=120773954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:25:24:9:10:10:12:0.5:7:3:4:5:9:3:5:5 chr7 120776097 . C G 46.79 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00621812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.321;QD=10.3983;RBI=0.0116967;REFB=-0.00557228;REVB=-0.00990693;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205271;STB=0.624653;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00632155;OID=.;OPOS=120776097;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:3:4:4:7:3:4:4:7 chr7 120901695 . G A 1896.32 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.492;QD=61.6688;RBI=0.0178885;REFB=0;REVB=-0.00718472;RO=0;SAF=65;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24509e-06;OID=.;OPOS=120901695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:58:65:0:0:58:65:0:0 chr7 120936006 . G A 490.21 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0545272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.808;QD=56.0235;RBI=0.0552297;REFB=-0.143978;REVB=0.00878091;RO=1;SAF=15;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301451;STB=0.51612;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00126109;OID=.;OPOS=120936006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:19:15:1:0:19:15:1:0 chr7 121513561 . T G 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00795515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.5;QD=63.2845;RBI=0.0293405;REFB=0;REVB=0.0282415;RO=0;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144402;OID=.;OPOS=121513561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:21:25:0:0:21:25:0:0 chr7 121653374 . GTGA G 277.51 PASS AF=1;AO=18;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00344835;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=3;MLLD=210.692;QD=52.8586;RBI=0.00351222;REFB=0;REVB=-0.000666731;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000145368;OID=.;OPOS=121653375;OREF=TGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:22:21:21:0:8:13:0:0:4:0:8:10:0:0 chr7 121653398 . G A 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.053;QD=55.6561;RBI=0.022328;REFB=0;REVB=-0.0113746;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184762;OID=.;OPOS=121653398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr7 122078414 . T G 365.84 PASS AF=0.37931;AO=44;DP=116;FAO=44;FDP=116;FR=.;FRO=72;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=-0.00340915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.086;QD=12.6152;RBI=0.00475298;REFB=0.000101708;REVB=0.00331187;RO=72;SAF=17;SAR=27;SRF=37;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141094;STB=0.580377;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.000185075;OID=.;OPOS=122078414;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:72:72:44:44:0.37931:27:17:37:35:27:17:37:35 chr7 122303321 . C T 1008.3 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0041124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.072;QD=59.3119;RBI=0.0322063;REFB=0;REVB=-0.0319427;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.53323e-05;OID=.;OPOS=122303321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:41:26:0:0:42:26:0:0 chr7 122809234 . T C 901.66 PASS AF=0.955224;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=67;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0570233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.475;QD=53.8304;RBI=0.0825688;REFB=-0.0145301;REVB=0.0597156;RO=2;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034948;STB=0.512027;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00083272;OID=.;OPOS=122809234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:67:67:2:3:64:64:0.955224:26:38:0:2:26:38:1:2 chr7 123101559 . C T 161.28 PASS AF=0.224138;AO=26;DP=116;FAO=26;FDP=116;FR=.;FRO=90;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=-0.0500403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.171;QD=5.56137;RBI=0.0509209;REFB=-0.00834908;REVB=-0.0094286;RO=89;SAF=12;SAR=14;SRF=47;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834637;STB=0.546984;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0220878;OID=.;OPOS=123101559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:89:90:26:26:0.224138:14:12:47:42:14:12:47:43 chr7 123256427 . C T 237.07 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0412174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5412;QD=19.7561;RBI=0.0506389;REFB=-0.00446312;REVB=-0.0294181;RO=25;SAF=5;SAR=18;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170455;STB=0.597065;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.00298177;OID=.;OPOS=123256427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:18:5:9:16:18:5:9:16 chr7 123269118 . G C 339.32 PASS AF=0.530303;AO=34;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0229196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4024;QD=20.5651;RBI=0.0448822;REFB=0.0568855;REVB=0.038589;RO=31;SAF=12;SAR=22;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00178301;STB=0.508375;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=-0.0461346;OID=.;OPOS=123269118;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:34:35:0.530303:22:12:11:20:22:13:11:20 chr7 123321978 . C A 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0167549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.465;QD=11.1312;RBI=0.0188857;REFB=-0.00305584;REVB=0.00871451;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3708;STB=0.717922;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00515397;OID=.;OPOS=123321978;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:6:4:13:4:6:4:13:4 chr7 123336804 . G A 232.12 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=63;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00976843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.832;QD=14.7376;RBI=0.0107013;REFB=-0.0206557;REVB=-0.00436976;RO=34;SAF=8;SAR=19;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127622;STB=0.577219;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0178316;OID=.;OPOS=123336804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:36:27:27:0.428571:19:8:14:20:19:8:15:21 chr7 123508499 . C G 595.86 PASS AF=0.504132;AO=61;DP=121;FAO=61;FDP=121;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=0.00137291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6093;QD=19.6978;RBI=0.0412933;REFB=-0.0185911;REVB=-0.0412704;RO=57;SAF=31;SAR=30;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137965;STB=0.586459;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0182691;OID=.;OPOS=123508499;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:57:60:61:61:0.504132:30:31:20:37:30:31:20:40 chr7 123594206 . G A 398.38 PASS AF=0.545455;AO=35;DP=71;FAO=42;FDP=77;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0383341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2826;QD=20.6953;RBI=0.0720775;REFB=-0.0333416;REVB=0.0610382;RO=36;SAF=14;SAR=21;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167131;STB=0.600451;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0170395;OID=.;OPOS=123594206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:77:36:35:35:42:0.545455:21:14:21:15:26:16:21:14 chr7 124387092 . C G 400.68 PASS AF=0.493976;AO=40;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0181464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1735;QD=19.31;RBI=0.070687;REFB=-0.0375444;REVB=0.0683181;RO=43;SAF=14;SAR=26;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00118842;STB=0.508768;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0426113;OID=.;OPOS=124387092;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:42:40:41:0.493976:26:14:15:28:27:14:15:27 chr7 124486980 . T C 935.24 PASS AF=1;AO=33;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107357;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3463;QD=58.4525;RBI=0.127748;REFB=0;REVB=0.127296;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000953192;OID=.;OPOS=124486980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:33:64:1:18:15:0:0:38:26:0:0 chr7 126542667 . A T 462.49 PASS AF=0.632353;AO=43;DP=67;FAO=43;FDP=68;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0121005;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.906;QD=27.2053;RBI=0.0161908;REFB=0.0230356;REVB=0.0107573;RO=24;SAF=22;SAR=21;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035033;STB=0.526304;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.00848983;OID=.;OPOS=126542667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:24:25:43:43:0.632353:21:22:11:13:21:22:11:14 chr7 127222157 . G A 328.61 PASS AF=0.423529;AO=35;DP=83;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00438714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1047;QD=15.4641;RBI=0.0136581;REFB=-0.0164633;REVB=0.0129344;RO=46;SAF=11;SAR=24;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219089;STB=0.594987;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.018595;OID=.;OPOS=127222157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:46:49:35:36:0.423529:24:11:24:22:24:12:24:25 chr7 127222521 . G A 120.02 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0401311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5141;QD=14.1196;RBI=0.0402476;REFB=-0.0206784;REVB=-0.00306086;RO=20;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151967;STB=0.588113;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0744779;OID=.;OPOS=127222521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:7:7:13:7:7:7:13:7 chr7 127224286 . A G 164.62 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.000297037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.87;QD=16.06;RBI=0.0498973;REFB=-0.0179391;REVB=-0.0498964;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608231;STB=0.560909;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0196759;OID=.;OPOS=127224286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:22:23:17:18:0.439024:8:9:13:9:9:9:14:9 chr7 127250907 . T C 260.71 PASS AF=0.531915;AO=20;DP=45;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0290492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3114;QD=22.1883;RBI=0.130332;REFB=-0.0438339;REVB=0.127054;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16953;STB=0.597863;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0374098;OID=.;OPOS=127250907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:22:22:20:25:0.531915:9:11:16:6:12:13:16:6 chr7 127251188 . T G 61.01 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=-0.020798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.749;QD=6.59529;RBI=0.0278155;REFB=-0.00705346;REVB=-0.0184701;RO=28;SAF=6;SAR=3;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174784;STB=0.608481;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.022684;OID=.;OPOS=127251188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:28:28:9:9:0.243243:3:6:22:6:3:6:22:6 chr7 127721507 . T C 294.11 PASS AF=0.619048;AO=25;DP=41;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0121901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.538;QD=28.0105;RBI=0.0127063;REFB=-0.0294048;REVB=-0.00358511;RO=16;SAF=4;SAR=21;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281912;STB=0.661059;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0163302;OID=.;OPOS=127721507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:16:16:25:26:0.619048:21:4:7:9:22:4:7:9 chr7 128034629 . C T 178.17 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0255489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7779;QD=14.8473;RBI=0.0324428;REFB=-0.00933647;REVB=0.0199948;RO=28;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271912;STB=0.505489;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0112503;OID=.;OPOS=128034629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:29:19:19:0.395833:9:10:14:14:9:10:15:14 chr7 128098268 . GT G 703.2 PASS AF=1;AO=60;DP=66;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213366;FXX=0.0454477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.926;QD=44.6473;RBI=0.0398529;REFB=0;REVB=0.0336601;RO=1;SAF=54;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00866194;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00108369;OID=.;OPOS=128098269;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:60:66:63:63:0:57:6:0:0:12:1:54:6:1:0 chr7 128117227 . G A 253.94 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=0.0935935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0448;QD=21.612;RBI=0.0992317;REFB=0.0267297;REVB=-0.0329724;RO=23;SAF=6;SAR=18;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152541;STB=0.584552;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.024389;OID=.;OPOS=128117227;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:18:6:3:20:18:6:3:20 chr7 128133984 . G A 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.66;QD=61.3346;RBI=0.0396685;REFB=0;REVB=-0.0166231;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.29076e-05;OID=.;OPOS=128133984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr7 128140982 . T C 411.35 PASS AF=0.525641;AO=40;DP=77;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00260985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.565;QD=21.0949;RBI=0.0028274;REFB=-0.0142315;REVB=-0.0010876;RO=37;SAF=24;SAR=16;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191834;STB=0.597711;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0167676;OID=.;OPOS=128140982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:37:37:40:41:0.525641:16:24:14:23:17:24:14:23 chr7 128141865 . T C 765.59 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0013865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.605;QD=63.7993;RBI=0.0144545;REFB=0;REVB=-0.0143879;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.22165e-05;OID=.;OPOS=128141865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:28:19:0:0:28:20:0:0 chr7 128292036 . G C 74.95 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9845;QD=37.4731;RBI=0.0535895;REFB=0;REVB=-0.0405281;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000386318;OID=.;OPOS=128292036;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr7 128312463 . C G 164.77 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0108935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9942;QD=21.2609;RBI=0.0180352;REFB=-0.0163233;REVB=-0.0143736;RO=13;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985912;STB=0.572433;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0131978;OID=.;OPOS=128312463;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:13:14:17:17:0.548387:7:10:6:7:7:10:6:8 chr7 128315791 . C G 683.12 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0990128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0859;QD=52.5475;RBI=0.0990639;REFB=-0.135854;REVB=0.00318216;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.520825;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00256319;OID=.;OPOS=128315791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:0:2:50:50:0.961538:27:23:0:0:27:23:2:0 chr7 128315882 . C A 323.42 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0919634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7682;QD=53.9038;RBI=0.150238;REFB=0;REVB=0.118804;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00519909;OID=.;OPOS=128315882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr7 128317658 . C T 667.17 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0167637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.213;QD=58.0144;RBI=0.019498;REFB=-0.0769394;REVB=-0.00995736;RO=1;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208755;STB=0.521729;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00084244;OID=.;OPOS=128317658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:46:46:1:2:44:44:0.956522:22:22:0:1:22:22:0:2 chr7 128323034 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.098;QD=48.7363;RBI=0.0259095;REFB=0;REVB=0.0196743;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288077;OID=.;OPOS=128323034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr7 128359133 . C T 268.01 PASS AF=0.56;AO=25;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0113167;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.148;QD=21.441;RBI=0.0161115;REFB=-0.0407236;REVB=-0.0114679;RO=23;SAF=6;SAR=19;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159802;STB=0.538433;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0413256;OID=.;OPOS=128359133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:22:25:28:0.56:19:6:9:14:21:7:7:15 chr7 128364895 . A G 319.85 PASS AF=0.467532;AO=30;DP=78;FAO=36;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=41;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.090228;FXX=0.0128189;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.901;QD=16.6156;RBI=0.0915074;REFB=-0.0342915;REVB=-0.0152484;RO=31;SAF=16;SAR=14;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156743;STB=0.53245;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0250857;OID=.;OPOS=128364895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:31:41:30:36:0.467532:14:16:16:15:18:18:18:23 chr7 128371206 . G A 639.63 PASS AF=0.574074;AO=62;DP=106;FAO=62;FDP=108;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0158721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.756;QD=23.6901;RBI=0.0179462;REFB=-0.0241091;REVB=0.00837498;RO=42;SAF=25;SAR=37;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733364;STB=0.560586;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0142556;OID=.;OPOS=128371206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:42:46:62:62:0.574074:37:25:21:21:37:25:25:21 chr7 128388648 . G A 260.15 PASS AF=0.467742;AO=28;DP=61;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0143421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7829;QD=16.7836;RBI=0.0311082;REFB=-0.00409969;REVB=0.0276048;RO=33;SAF=11;SAR=17;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313006;STB=0.52507;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0061758;OID=.;OPOS=128388648;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:33:33:28:29:0.467742:17:11:14:19:18:11:14:19 chr7 128451353 . C CAGAGAGCCTGGGA 302.74 PASS AF=1;AO=19;DP=27;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256043;FXX=0.153787;HRUN=2;LEN=13;MLLD=379.61;QD=55.0441;RBI=0.0384205;REFB=0;REVB=0.0286453;RO=1;SAF=11;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399998;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000113349;OID=.;OPOS=128451354;OREF=-;OALT=AGAGAGCCTGGGA;OMAPALT=CAGAGAGCCTGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:27:22:22:0:13:9:0:0:3:1:11:8:1:0 chr7 128455767 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.118488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.358;QD=53.2772;RBI=0.118492;REFB=0;REVB=-0.000967541;RO=0;SAF=1;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47154e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.59657e-05;OID=.;OPOS=128455767;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:22:1:0:0:22:1:0:0 chr7 128455916 . G A 81.21 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0307716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.2991;QD=18.0458;RBI=0.068064;REFB=-0.010936;REVB=0.0607109;RO=8;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096204;STB=0.555446;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0233583;OID=.;OPOS=128455916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:5:5:5:3:5:5:5:3 chr7 128478103 . C T 286.77 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0172902;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4295;QD=20.4839;RBI=0.0356873;REFB=-0.00168374;REVB=-0.0312191;RO=26;SAF=13;SAR=17;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751062;STB=0.541639;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00340915;OID=.;OPOS=128478103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:26:26:30:30:0.535714:17:13:9:17:17:13:9:17 chr7 128480123 . C A 233.13 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0610611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.2822;QD=24.54;RBI=0.0982641;REFB=-0.0222113;REVB=0.0769894;RO=16;SAF=8;SAR=14;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423492;STB=0.523539;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0194604;OID=.;OPOS=128480123;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:14:8:5:11:14:8:5:11 chr7 128484816 . A G 341.04 PASS AF=0.468354;AO=36;DP=77;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00779211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.283;QD=17.2677;RBI=0.0148246;REFB=-0.0261688;REVB=-0.0126115;RO=40;SAF=21;SAR=15;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102801;STB=0.576113;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0212503;OID=.;OPOS=128484816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:40:42:36:37:0.468354:15:21:19:21:15:22:19:23 chr7 128486363 . C T 251.97 PASS AF=0.482759;AO=26;DP=56;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00858829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.206;QD=17.3769;RBI=0.0111792;REFB=-0.0245048;REVB=0.00715651;RO=30;SAF=18;SAR=8;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131397;STB=0.563296;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0247527;OID=.;OPOS=128486363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:30:30:26:28:0.482759:8:18:17:13:9:19:17:13 chr7 128486446 . C T 254.05 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0557892;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.21;QD=15.1669;RBI=0.056044;REFB=-0.0193592;REVB=0.0053373;RO=38;SAF=14;SAR=15;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122441;STB=0.569184;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.021632;OID=.;OPOS=128486446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:38:38:29:29:0.432836:15:14:23:15:15:14:23:15 chr7 128487866 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00830803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.481;QD=46.8475;RBI=0.0316733;REFB=0;REVB=-0.0305642;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00038947;OID=.;OPOS=128487866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr7 128487893 . G A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0537551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5518;QD=16.1981;RBI=0.0537551;REFB=0.0286617;REVB=0;RO=3;SAF=5;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00567701;OID=.;OPOS=128487893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:0:5:3:0:0:5:3:0 chr7 128491603 . T C 306.74 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0036867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.554;QD=22.7217;RBI=0.00710709;REFB=-0.0179015;REVB=-0.00607609;RO=23;SAF=13;SAR=18;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046216;STB=0.525531;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0109787;OID=.;OPOS=128491603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:18:13:11:12:18:13:11:12 chr7 128495338 . C T 257.93 PASS AF=0.518519;AO=27;DP=53;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0223993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5005;QD=19.1059;RBI=0.0418533;REFB=-0.0120072;REVB=0.0353549;RO=26;SAF=15;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826047;STB=0.535689;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0135236;OID=.;OPOS=128495338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:26:26:27:28:0.518519:12:15:12:14:13:15:12:14 chr7 128499079 . G A 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.00271285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.577;QD=13.4548;RBI=0.058318;REFB=-0.0259499;REVB=-0.0582549;RO=15;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193627;STB=0.611475;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0256674;OID=.;OPOS=128499079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:8:3:2:13:8:3:2:13 chr7 128544133 . G T 89.94 PASS AF=0.27907;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.059509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.3056;QD=8.3669;RBI=0.0595148;REFB=-0.0233067;REVB=0.000831562;RO=30;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145619;STB=0.596557;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0733427;OID=.;OPOS=128544133;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:43:43:30:31:12:12:0.27907:7:5:9:21:7:5:9:22 chr7 128607384 . G A 2020.91 PASS AF=0.970803;AO=131;DP=135;FAO=133;FDP=137;FR=.;FRO=4;FSAF=71;FSAR=62;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00264399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2038;QD=59.0045;RBI=0.0410396;REFB=-0.0164198;REVB=-0.0409543;RO=4;SAF=70;SAR=61;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263816;STB=0.513697;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00161227;OID=.;OPOS=128607384;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:135:137:4:4:131:133:0.970803:61:70:4:0:62:71:4:0 chr7 128630227 . C T 802.71 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191255;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.149;QD=57.3366;RBI=0.0269321;REFB=0;REVB=0.0189619;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163241;OID=.;OPOS=128630227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:32:23:0:0:32:24:0:0 chr7 128641226 . G C 566.23 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1812;QD=59.6031;RBI=0.0374053;REFB=0;REVB=-0.00741416;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118273;OID=.;OPOS=128641226;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:16:21:0:0:17:21:0:0 chr7 128767204 . C T 580.92 PASS AF=0.48;AO=59;DP=123;FAO=60;FDP=125;FR=.;FRO=65;FSAF=18;FSAR=42;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.070073;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.128;QD=18.5893;RBI=0.0700828;REFB=-0.0399036;REVB=0.00117413;RO=62;SAF=18;SAR=41;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223172;STB=0.631981;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0311723;OID=.;OPOS=128767204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:62:65:59:60:0.48:41:18:33:29:42:18:35:30 chr7 128767250 . G A 404.93 PASS AF=0.4375;AO=42;DP=96;FAO=42;FDP=96;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=41;FWDB=-0.00542832;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5642;QD=16.8721;RBI=0.0163255;REFB=-0.0182773;REVB=0.0153966;RO=54;SAF=20;SAR=22;SRF=13;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241615;STB=0.634382;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0194888;OID=.;OPOS=128767250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:54:54:42:42:0.4375:22:20:13:41:22:20:13:41 chr7 128767410 . A G 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00713244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7344;QD=12.0842;RBI=0.034069;REFB=-0.0139737;REVB=-0.033314;RO=29;SAF=9;SAR=7;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119587;STB=0.519207;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0263345;OID=.;OPOS=128767410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:30:16:16:0.347826:7:9:16:13:7:9:16:14 chr7 128767490 . T C 116.91 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0277816;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.237;QD=10.8749;RBI=0.0277897;REFB=0.000754793;REVB=-0.00067202;RO=27;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205041;STB=0.511611;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=-0.00455035;OID=.;OPOS=128767490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:27:29:14:14:0.325581:7:7:13:14:7:7:15:14 chr7 128767506 . T G 105.33 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0141588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2528;QD=11.0871;RBI=0.0148365;REFB=-0.00885654;REVB=0.0044329;RO=25;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644495;STB=0.538402;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0116398;OID=.;OPOS=128767506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:7:6:13:12:7:6:13:12 chr7 128804780 . C G 291.9 PASS AF=0.555556;AO=29;DP=53;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0693997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2681;QD=21.6219;RBI=0.0701232;REFB=-0.00750646;REVB=-0.0100472;RO=24;SAF=16;SAR=13;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109943;STB=0.566622;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00765871;OID=.;OPOS=128804780;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:24:24:29:30:0.555556:13:16:10:14:13:17:10:14 chr7 128846207 . G A 172.8 PASS AF=0.392857;AO=21;DP=55;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00922479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3758;QD=12.3429;RBI=0.0366736;REFB=-0.0052679;REVB=0.0354945;RO=33;SAF=14;SAR=7;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10353;STB=0.549442;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00937216;OID=.;OPOS=128846207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:33:34:21:22:0.392857:7:14:19:14:8:14:19:15 chr7 128846328 . G C 291.19 PASS AF=0.330435;AO=37;DP=115;FAO=38;FDP=115;FR=.;FRO=77;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=-0.00243086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.29;QD=10.1282;RBI=0.0135334;REFB=-0.00478109;REVB=0.0133133;RO=75;SAF=22;SAR=15;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207621;STB=0.616576;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00889474;OID=.;OPOS=128846328;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:75:77:37:38:0.330435:15:22:31:44:16:22:31:46 chr7 128853308 . C A 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00465716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.032;QD=17.4276;RBI=0.00753973;REFB=-0.0308355;REVB=0.00592945;RO=23;SAF=11;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138241;STB=0.578864;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0342956;OID=.;OPOS=128853308;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:8:11:10:13:8:11:10:13 chr7 129142694 . C G 375.76 PASS AF=1;AO=17;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.2784;QD=53.6798;RBI=0.15939;REFB=0;REVB=0.153011;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00641805;OID=.;OPOS=129142694;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:17:28:1:7:10:0:0:14:14:0:0 chr7 129297332 . T G 262.6 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0166319;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.112;QD=25.009;RBI=0.0169764;REFB=-0.0604399;REVB=-0.00340308;RO=18;SAF=8;SAR=16;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927516;STB=0.55168;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.026317;OID=.;OPOS=129297332;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:18:18:24:24:0.571429:16:8:8:10:16:8:8:10 chr7 129664312 . T C 567.56 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0122948;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.417;QD=58.211;RBI=0.0173397;REFB=0.00567636;REVB=0.0122271;RO=1;SAF=24;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191166;STB=0.509799;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.000338507;OID=.;OPOS=129664312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:37:38:0.974359:13:24:1:0:13:25:1:0 chr7 129813738 . T C 305.96 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0617616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6486;QD=27.1966;RBI=0.0893266;REFB=-0.0291763;REVB=0.0645349;RO=18;SAF=13;SAR=14;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673544;STB=0.537163;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.015096;OID=.;OPOS=129813738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:18:27:27:0.6:14:13:7:11:14:13:7:11 chr7 129916515 . T C 413.9 PASS AF=0.43;AO=41;DP=98;FAO=43;FDP=100;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.00647971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.211;QD=16.5559;RBI=0.0421793;REFB=-0.0164973;REVB=0.0416786;RO=57;SAF=17;SAR=24;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800067;STB=0.528324;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0268695;OID=.;OPOS=129916515;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:57:57:41:43:0.43:24:17:28:29:24:19:28:29 chr7 129962360 . A G 819.94 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00725615;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.229;QD=57.5395;RBI=0.00750813;REFB=0;REVB=0.00192879;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36458e-06;OID=.;OPOS=129962360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr7 129962682 . A G 708.54 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.009;QD=62.9816;RBI=0.0434993;REFB=0;REVB=0.0375107;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105283;OID=.;OPOS=129962682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr7 129984274 . A G 400.81 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371441;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9188;QD=57.2586;RBI=0.0404957;REFB=0;REVB=-0.0161312;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000515584;OID=.;OPOS=129984274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr7 129986338 . C T 526.82 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00832528;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=292.336;QD=56.9533;RBI=0.0781117;REFB=-0.162382;REVB=0.0776668;RO=1;SAF=22;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208029;STB=0.511105;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000629188;OID=.;OPOS=129986338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:14:22:1:0:14:22:1:0 chr7 129989878 . T C 728.9 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.975;QD=57.1683;RBI=0.0597958;REFB=0;REVB=0.000131322;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224938;OID=.;OPOS=129989878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr7 130002317 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.417;QD=45.8066;RBI=0.0410446;REFB=0;REVB=0.0179829;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000933337;OID=.;OPOS=130002317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr7 130021488 . G C 1329.28 PASS AF=0.941176;AO=95;DP=103;FAO=96;FDP=102;FR=.;FRO=6;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0157048;FXX=0.0097078;HRUN=5;LEN=1;MLLD=37.5232;QD=52.1287;RBI=0.0439811;REFB=-0.0342959;REVB=-0.0410816;RO=7;SAF=47;SAR=48;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284947;STB=0.509802;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00126112;OID=.;OPOS=130021488;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:103:102:7:6:95:96:0.941176:48:47:5:2:48:48:4:2 chr7 130023657 . TG T 80.55 PASS AF=0.475;AO=15;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0268672;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.3961;QD=8.05499;RBI=0.211919;REFB=0.0451027;REVB=0.210209;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385756;STB=0.504039;STBP=0.96;TYPE=del;VARB=-0.0122523;OID=.;OPOS=130023658;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.475:15:40:19:40:21:8:11:9:12:80:21:7:8:9:12 chr7 130080812 . T G 394.78 PASS AF=0.436893;AO=44;DP=103;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0196305;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.983;QD=15.3312;RBI=0.0224959;REFB=-0.0115472;REVB=-0.0109868;RO=57;SAF=20;SAR=24;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370345;STB=0.518798;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0166239;OID=.;OPOS=130080812;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:57:58:44:45:0.436893:24:20:28:29:24:21:29:29 chr7 131185995 . C A 186.03 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0233135;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.904;QD=13.7798;RBI=0.0256152;REFB=-0.010909;REVB=-0.0106123;RO=31;SAF=8;SAR=14;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343256;STB=0.686112;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0147436;OID=.;OPOS=131185995;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:31:32:22:22:0.407407:14:8:22:9:14:8:22:10 chr7 131195712 . G A 209.1 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=71;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=6;FWDB=0.0128958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1936;QD=11.6164;RBI=0.0320983;REFB=0.0015025;REVB=0.0293939;RO=43;SAF=20;SAR=6;SRF=40;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299155;STB=0.599933;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.00247811;OID=.;OPOS=131195712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:43:46:26:26:0.361111:6:20:40:3:6:20:40:6 chr7 131195959 . C T 177.19 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0362974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2216;QD=12.2202;RBI=0.0529025;REFB=-0.0042585;REVB=-0.038486;RO=36;SAF=10;SAR=12;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10817;STB=0.562443;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00988774;OID=.;OPOS=131195959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:12:10:20:16:12:10:20:16 chr7 131812922 . T C 619.85 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.8141;QD=60.4734;RBI=0.0192367;REFB=0;REVB=-0.00642821;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122733;OID=.;OPOS=131812922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:20:20:0:0:20:21:0:0 chr7 131814185 . A G 1153.59 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.737;QD=60.7152;RBI=0.0592426;REFB=0;REVB=0.0567309;RO=0;SAF=46;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.14789e-05;OID=.;OPOS=131814185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:30:46:0:0:30:46:0:0 chr7 131814529 . G A 36.79 PASS AF=0.24;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00390278;FXX=0.0384468;HRUN=5;LEN=1;MLLD=160.168;QD=5.88668;RBI=0.00672797;REFB=-0.00116407;REVB=-0.00548031;RO=18;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133793;STB=0.571184;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.001746;OID=.;OPOS=131814529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:24:25:18:19:6:6:0.24:4:2:8:10:4:2:8:11 chr7 131815310 . A G 153.48 PASS AF=0.365385;AO=18;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0448188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2861;QD=11.8063;RBI=0.0587601;REFB=-0.0139156;REVB=-0.0380003;RO=32;SAF=5;SAR=13;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193956;STB=0.594668;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.017679;OID=.;OPOS=131815310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:33:18:19:0.365385:13:5:14:18:13:6:15:18 chr7 131864591 . T C 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.000122801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.512;QD=14.2624;RBI=0.00620556;REFB=-0.00909379;REVB=-0.00620434;RO=24;SAF=3;SAR=13;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.565379;STB=0.826877;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00586006;OID=.;OPOS=131864591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:13:3:18:6:13:3:18:6 chr7 132192295 . G A 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.0120325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.063;QD=9.76073;RBI=0.0144351;REFB=-0.016334;REVB=0.00797443;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233803;STB=0.644727;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0182196;OID=.;OPOS=132192295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:2:5:6:6:2:5:6:6 chr7 132192949 . T C 328.0 PASS AF=0.5;AO=34;DP=69;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0373923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.496;QD=18.743;RBI=0.0387323;REFB=-0.0208658;REVB=-0.0100998;RO=34;SAF=20;SAR=14;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106583;STB=0.543185;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0241589;OID=.;OPOS=132192949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:34:35:34:35:0.5:14:20:16:18:15:20:17:18 chr7 132767617 . C A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1322;QD=33.4283;RBI=0.0839295;REFB=0;REVB=-0.0823373;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00972177;OID=.;OPOS=132767617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr7 133168787 . G A 681.78 PASS AF=0.659091;AO=57;DP=89;FAO=58;FDP=88;FR=.;FRO=30;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0179255;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.868;QD=30.99;RBI=0.0266418;REFB=-0.00896315;REVB=0.0197095;RO=29;SAF=33;SAR=24;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103587;STB=0.552718;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00207301;OID=.;OPOS=133168787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:29:30:57:58:0.659091:24:33:12:17:24:34:13:17 chr7 133580447 . G A 994.38 PASS AF=0.985507;AO=66;DP=67;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.050867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.154;QD=57.6452;RBI=0.0512705;REFB=-0.0786753;REVB=0.00641977;RO=1;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119621;STB=0.506327;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000692211;OID=.;OPOS=133580447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:69:1:1:66:68:0.985507:39:27:0:1:39:29:0:1 chr7 133749164 . G A 308.0 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.000675007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.935;QD=24.1571;RBI=0.01865;REFB=-0.0216208;REVB=0.0186378;RO=21;SAF=6;SAR=24;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262667;STB=0.646356;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0187939;OID=.;OPOS=133749164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:24:6:10:11:24:6:10:11 chr7 133848257 . G T 745.37 PASS AF=0.525547;AO=70;DP=136;FAO=72;FDP=137;FR=.;FRO=65;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.00766486;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0732;QD=21.7627;RBI=0.00768174;REFB=0.0129056;REVB=-0.000509012;RO=63;SAF=33;SAR=37;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371983;STB=0.51242;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.0102771;OID=.;OPOS=133848257;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:63:65:70:72:0.525547:37:33:27:36:38:34:29:36 chr7 133868507 . C T 1724.05 PASS AF=0.959016;AO=117;DP=123;FAO=117;FDP=122;FR=.;FRO=5;FSAF=63;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00830636;FXX=0.00812942;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.46;QD=56.5262;RBI=0.0215888;REFB=-0.0963865;REVB=0.0199269;RO=3;SAF=63;SAR=54;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256508;STB=0.52212;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.000782224;OID=.;OPOS=133868507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:123:122:3:5:117:117:0.959016:54:63:0:3:54:63:0:5 chr7 133906669 . C T 689.1 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.289;QD=62.6451;RBI=0.0208517;REFB=0;REVB=0.00979541;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7618e-05;OID=.;OPOS=133906669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr7 134223718 . T C 569.26 PASS AF=0.517857;AO=58;DP=112;FAO=58;FDP=112;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.00219363;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3379;QD=20.3309;RBI=0.0268841;REFB=-0.0216619;REVB=0.0267945;RO=52;SAF=22;SAR=36;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056562;STB=0.541946;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0240756;OID=.;OPOS=134223718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:52:54:58:58:0.517857:36:22:23:29:36:22:25:29 chr7 134225787 . TC T,TT 188.42 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=3,13;DP=16;FAO=1,15;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1,13;FSAR=0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288524,0.0239392;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=262.627,273.408;QD=47.1057;RBI=0.0289001,0.0239392;REFB=0,0;REVB=0.00166001,-4.51085e-05;RO=0;SAF=3,11;SAR=0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0260989,0.00359549;OID=.,.;OPOS=134225788,134225788;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0625,0.9375:3,13:16:1,15:16:0:1,13:0,2:0:0:7:0:3,11:0,2:0:0 chr7 134225827 . A G 256.31 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.12;QD=51.2617;RBI=0.0311826;REFB=0;REVB=0.00948267;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00052242;OID=.;OPOS=134225827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:20:0:0:18:20:1:4:14:0:0:4:16:0:0 chr7 134576441 . T C 600.96 PASS AF=0.90566;AO=49;DP=53;FAO=48;FDP=53;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0112959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4103;QD=45.3558;RBI=0.0186382;REFB=-0.0116647;REVB=0.0148251;RO=3;SAF=25;SAR=24;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019171;STB=0.530231;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00183825;OID=.;OPOS=134576441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:53:53:3:5:49:48:0.90566:24:25:1:2:23:25:1:4 chr7 134618710 . A G 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0194321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.95;QD=30.7897;RBI=0.0743613;REFB=0.00927405;REVB=0.0717774;RO=1;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589957;STB=0.533253;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.0041747;OID=.;OPOS=134618710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:7:1:0:1:7:1:0:1 chr7 134678253 . T A 246.69 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.011046;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.099;QD=15.9155;RBI=0.0110876;REFB=-0.00993174;REVB=0.000958783;RO=34;SAF=16;SAR=12;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126498;STB=0.571378;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0105998;OID=.;OPOS=134678253;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:12:16:15:19:12:16:15:19 chr7 134701856 . G C 1991.81 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00781875;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.784;QD=62.2442;RBI=0.00947218;REFB=0;REVB=-0.00534689;RO=0;SAF=72;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.21615e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05908e-06;OID=.;OPOS=134701856;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:56:72:0:0:56:72:0:0 chr7 134719551 . C G 1977.63 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=127;FDP=127;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00592818;FXX=0.0155027;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5229;QD=62.2876;RBI=0.0105103;REFB=0;REVB=-0.00867883;RO=0;SAF=63;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404369;OID=.;OPOS=134719551;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:127:0:0:126:127:1:63:63:0:0:63:64:0:0 chr7 134849280 . T A 948.53 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00718898;FXX=0.0144907;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.866;QD=55.7961;RBI=0.0313644;REFB=-0.0750554;REVB=0.0305294;RO=1;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171769;STB=0.517852;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00104483;OID=.;OPOS=134849280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:68:1:2:66:66:0.970588:27:39:0:1:27:39:0:2 chr7 134850465 . C T 611.32 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00221955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9967;QD=61.132;RBI=0.0860829;REFB=0;REVB=0.0860543;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000678672;OID=.;OPOS=134850465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:20:18:0:0:22:18:0:0 chr7 134850469 . A G 617.76 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182796;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.449;QD=61.7761;RBI=0.026475;REFB=0;REVB=-0.0191516;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000765094;OID=.;OPOS=134850469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:22:18:0:0:22:18:0:0 chr7 134871775 . C T 283.75 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00241854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.805;QD=23.1635;RBI=0.00434687;REFB=-0.0113309;REVB=0.00361191;RO=23;SAF=14;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159369;STB=0.588718;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0127659;OID=.;OPOS=134871775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:12:14:8:15:12:14:8:15 chr7 134879830 . G A 247.3 PASS AF=0.482143;AO=26;DP=55;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0120268;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9103;QD=17.6642;RBI=0.0156833;REFB=-0.0373962;REVB=-0.0100659;RO=28;SAF=14;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101043;STB=0.536301;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0261756;OID=.;OPOS=134879830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:28:29:26:27:0.482143:12:14:12:16:13:14:13:16 chr7 134882884 . G A 247.1 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0260372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.977;QD=24.7099;RBI=0.0469183;REFB=-0.0197823;REVB=0.0390306;RO=17;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237891;STB=0.632145;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.016432;OID=.;OPOS=134882884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:14:9:12:5:14:9:12:5 chr7 134889141 . G A 165.72 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0499477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2604;QD=14.41;RBI=0.057913;REFB=-0.0112931;REVB=-0.029311;RO=28;SAF=10;SAR=8;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552757;STB=0.531985;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0255794;OID=.;OPOS=134889141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:8:10:17:11:8:10:17:11 chr7 134891961 . G A 184.84 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0133284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.096;QD=18.4838;RBI=0.0401153;REFB=0.00406301;REVB=0.0378364;RO=21;SAF=11;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00710901;STB=0.504039;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.00395793;OID=.;OPOS=134891961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:8:11:12:9:8:11:12:9 chr7 134925411 . G A 123.1 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0309309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4034;QD=16.4137;RBI=0.0325054;REFB=0.00592424;REVB=-0.00999406;RO=16;SAF=3;SAR=11;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190475;STB=0.610938;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.0109236;OID=.;OPOS=134925411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:11:3:6:10:11:3:6:10 chr7 134943159 . G A 256.41 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00726431;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0292;QD=17.9934;RBI=0.0235919;REFB=0.0018591;REVB=0.0224457;RO=29;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156488;STB=0.508766;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=-0.00167415;OID=.;OPOS=134943159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:29:29:28:28:0.491228:14:14:14:15:14:14:14:15 chr7 135047679 . GGT G,GGG 58.7 PASS AF=0.470588,0;AO=6,2;DP=21;FAO=8,0;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2,0;FSAR=6,0;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.1627,-0.109276;FXX=0.149925;HRUN=5,4;LEN=2,1;MLLD=29.0102,18.23;QD=13.8117;RBI=0.219958,0.123031;REFB=0.0162675,0.0219756;REVB=0.148021,0.0565285;RO=12;SAF=1,2;SAR=5,0;SRF=9;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.583773,0.481962;STB=0.726689,0.5;STBP=0.104,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0130065,0;OID=.,.;OPOS=135047680,135047681;OREF=GT,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588,0:6,2:21:8,0:17:9:2,0:6,0:6:3:58:12:1,2:5,0:9:3 chr7 135047703 . T C 88.2 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8302;QD=39.1995;RBI=0.131112;REFB=0;REVB=0.0634002;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0113787;OID=.;OPOS=135047703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr7 135048804 . C T 150.14 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=-0.0160322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.149;QD=12.2566;RBI=0.0240102;REFB=-0.00425229;REVB=-0.0178734;RO=32;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155248;STB=0.589967;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00636825;OID=.;OPOS=135048804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:12:5:6:26:12:5:6:26 chr7 135095270 . A G 1788.08 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.915;QD=60.1035;RBI=0.0464672;REFB=-0.0779103;REVB=0.0271782;RO=1;SAF=61;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0082599;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322409;OID=.;OPOS=135095270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:119:119:1:0:118:119:1:57:61:0:1:58:61:0:0 chr7 135279315 . A C 204.95 PASS AF=0.446809;AO=19;DP=45;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0169796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.639;QD=17.4426;RBI=0.0268375;REFB=-0.0185135;REVB=0.0207832;RO=26;SAF=10;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122546;STB=0.508122;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0210191;OID=.;OPOS=135279315;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:26:26:19:21:0.446809:9:10:14:12:10:11:14:12 chr7 135304273 . G C 1400.66 PASS AF=0.958333;AO=90;DP=97;FAO=92;FDP=96;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0245332;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.056;QD=58.3608;RBI=0.0309093;REFB=-0.0561664;REVB=0.0188018;RO=2;SAF=50;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00231645;STB=0.501824;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.00167902;OID=.;OPOS=135304273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:97:96:2:4:90:92:0.958333:40:50:1:1:42:50:2:2 chr7 135387656 . G A 375.54 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3315;QD=55.6357;RBI=0.0593393;REFB=0;REVB=-0.0321803;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473386;OID=.;OPOS=135387656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr7 135392876 . T C 2010.08 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174682;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.068;QD=62.3281;RBI=0.0246441;REFB=0;REVB=0.0173836;RO=0;SAF=67;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04757e-05;OID=.;OPOS=135392876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:129:0:0:126:129:1:59:67:0:0:60:69:0:0 chr7 135406176 . A G 217.92 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.012906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.259;QD=13.6198;RBI=0.0132179;REFB=-0.00763082;REVB=-0.00285451;RO=38;SAF=18;SAR=8;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211603;STB=0.621386;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00914443;OID=.;OPOS=135406176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:8:18:19:19:8:18:19:19 chr7 135413626 . C T 299.78 PASS AF=0.5;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=29;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=-0.0016339;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.799;QD=18.7365;RBI=0.0119546;REFB=-0.00839941;REVB=-0.0118424;RO=31;SAF=29;SAR=3;SRF=25;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206432;STB=0.612594;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0109621;OID=.;OPOS=135413626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:31:32:32:32:0.5:3:29:25:6:3:29:26:6 chr7 135614562 . CT TC 46.64 PASS AF=0.174603;AO=11;DP=63;FAO=11;FDP=63;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.0425504;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=34.3431;QD=2.96157;RBI=0.0717575;REFB=-0.0435147;REVB=-0.0577806;RO=52;SAF=10;SAR=1;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.654362;STB=0.925225;STBP=0.005;TYPE=mnp;VARB=0.128543;OID=.;OPOS=135614562;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:63:63:52:52:11:11:0.174603:1:10:18:34:1:10:18:34 chr7 136703707 . C T 785.09 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4164;QD=57.0975;RBI=0.0165988;REFB=0;REVB=-0.0115229;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000139727;OID=.;OPOS=136703707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr7 137074760 . AT GC 260.55 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0206274;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=303.861;QD=18.9487;RBI=0.0287112;REFB=-0.0193417;REVB=0.019971;RO=27;SAF=8;SAR=20;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157068;STB=0.588169;STBP=0.211;TYPE=mnp;VARB=0.0188193;OID=.;OPOS=137074760;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:20:8:12:15:20:8:12:15 chr7 137075814 . CC TA,TC 55.99 PASS AF=0,0.1875;AO=3,11;DP=61;FAO=0,12;FDP=64;FR=.;FRO=52;FSAF=0,2;FSAR=0,10;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0498344,-0.0321725;FXX=0.0447694;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=119.953,142.502;QD=3.49941;RBI=0.0623962,0.0452381;REFB=-0.00427794,-0.00486417;REVB=-0.0375476,-0.0318028;RO=42;SAF=0,2;SAR=3,9;SRF=19;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.477585,-0.373855;STB=0.5,0.773307;STBP=1,0.054;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.18667;OID=.,.;OPOS=137075814,137075814;OREF=CC,C;OALT=TA,T;OMAPALT=TA,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:56:61:64:42:52:3,11:0,12:0,0.1875:3,9:0,2:19:23:0,10:0,2:24:28 chr7 137128830 . T C 1831.14 PASS AF=0.976;AO=120;DP=123;FAO=122;FDP=125;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00214842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1454;QD=58.5965;RBI=0.0579737;REFB=-0.114674;REVB=0.0579339;RO=3;SAF=46;SAR=74;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00245028;STB=0.501316;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0103634;OID=.;OPOS=137128830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:123:125:3:3:120:122:0.976:74:46:1:2:75:47:1:2 chr7 137564501 . C G 670.13 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.025202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7189;QD=62.3378;RBI=0.0576247;REFB=0;REVB=0.0518215;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385776;OID=.;OPOS=137564501;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr7 137600690 . C T 2736.93 PASS AF=1;AO=175;DP=175;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00531661;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6146;QD=62.5585;RBI=0.0109143;REFB=0;REVB=0.00953178;RO=0;SAF=83;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240239;OID=.;OPOS=137600690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:175:175:0:0:175:175:1:92:83:0:0:92:83:0:0 chr7 137612913 . CTGG C 763.64 PASS AF=0.949153;AO=54;DP=57;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0132778;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=281.965;QD=51.7722;RBI=0.0265938;REFB=-0.00412983;REVB=0.0230419;RO=0;SAF=33;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.70667e-08;STB=0.503175;STBP=0.902;TYPE=del;VARB=9.52602e-05;OID=.;OPOS=137612914;OREF=TGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.949153:54:57:56:59:3:34:22:2:1:11:0:33:21:0:0 chr7 137801412 . CA C,CC,CG 715.63 PASS AF=0,0.956522,0.0434783;AO=6,38,3;DP=47;FAO=0,44,2;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14,2;FSAR=0,30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474345,0.0722446,0.0200806;FXX=0.0212721;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=124.852,146.883,109.58;QD=62.2285;RBI=0.108345,0.120106,0.0832056;REFB=0,0,0;REVB=0.0974092,0.0959493,0.0807462;RO=0;SAF=0,15,2;SAR=6,23,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0176107,0.00339413,0.0388767;OID=.,.,.;OPOS=137801413,137801413,137801413;OREF=A,A,A;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.956522,0.0434783:6,38,3:47:0,44,2:46:0:0,14,2:0,30,0:0:0:9:0:0,15,2:6,23,1:0:0 chr7 138270657 . G A 164.03 PASS AF=0.38;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0120722;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.961;QD=13.1227;RBI=0.0145532;REFB=-0.0211597;REVB=-0.00812767;RO=24;SAF=9;SAR=10;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138984;STB=0.594787;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0257647;OID=.;OPOS=138270657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:24:31:19:19:0.38:10:9:8:16:10:9:10:21 chr7 138281906 . T C 234.37 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.000448943;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.506;QD=25.3372;RBI=0.0185242;REFB=-0.00413699;REVB=0.0185187;RO=15;SAF=14;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283698;STB=0.515775;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00291049;OID=.;OPOS=138281906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:22:22:0.594595:8:14:9:6:8:14:9:6 chr7 138305806 . T C 55.55 PASS AF=0.32;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00695763;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.22;QD=8.88875;RBI=0.0115163;REFB=-0.0117888;REVB=-0.00917689;RO=17;SAF=1;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35954;STB=0.730647;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0200453;OID=.;OPOS=138305806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:26:25:17:17:8:8:0.32:7:1:6:11:7:1:6:11 chr7 138347869 . C T 59.81 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.00747829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.964;QD=5.69635;RBI=0.0239641;REFB=0.0014645;REVB=-0.0227673;RO=33;SAF=6;SAR=3;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289624;STB=0.687091;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.0174056;OID=.;OPOS=138347869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:33:33:9:9:0.214286:3:6:14:19:3:6:14:19 chr7 138363767 . A G 548.88 PASS AF=0.609756;AO=46;DP=78;FAO=50;FDP=82;FR=.;FRO=32;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0101229;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.291;QD=26.7748;RBI=0.0173531;REFB=-0.0424319;REVB=0.0140946;RO=32;SAF=23;SAR=23;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937826;STB=0.54116;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0199379;OID=.;OPOS=138363767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:82:32:32:46:50:0.609756:23:23:12:20:26:24:12:20 chr7 138417718 . A G 353.42 PASS AF=0.486842;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0444058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7402;QD=18.601;RBI=0.0475698;REFB=-0.0129606;REVB=-0.017059;RO=38;SAF=8;SAR=29;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280787;STB=0.666284;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0131604;OID=.;OPOS=138417718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:39:37:37:0.486842:29:8:18:20:29:8:19:20 chr7 138417791 . A G 275.81 PASS AF=0.491803;AO=29;DP=60;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=27;FWDB=0.0276923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.422;QD=18.0858;RBI=0.0278667;REFB=-0.00652067;REVB=-0.00311341;RO=31;SAF=13;SAR=16;SRF=4;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312977;STB=0.676304;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0195421;OID=.;OPOS=138417791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:31:31:29:30:0.491803:16:13:4:27:16:14:4:27 chr7 138418910 . G A 74.48 PASS AF=0.454545;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00840155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.511;QD=13.5423;RBI=0.00871775;REFB=-0.00360533;REVB=0.00232662;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211189;STB=0.642579;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00266434;OID=.;OPOS=138418910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:21:22:12:12:9:10:0.454545:4:5:4:8:4:6:4:8 chr7 138486096 . G C 538.94 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.381;QD=59.8824;RBI=0.0269382;REFB=0;REVB=-0.000205188;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.25655e-05;OID=.;OPOS=138486096;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:13:22:0:0:13:23:0:0 chr7 138583840 . C A 1213.05 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00869594;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.378;QD=61.4204;RBI=0.0108579;REFB=0;REVB=0.00650184;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78947e-05;OID=.;OPOS=138583840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:33:46:0:0:33:46:0:0 chr7 138710903 . C G 99.28 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0468125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9776;QD=15.2739;RBI=0.046813;REFB=-0.00212295;REVB=0.000219312;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454408;STB=0.526273;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00390505;OID=.;OPOS=138710903;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:9:3:3:11:9:3:3:11 chr7 138731687 . A G 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00115378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.054;QD=11.0925;RBI=0.0547936;REFB=-0.00872924;REVB=0.0547815;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599562;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0137654;OID=.;OPOS=138731687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:6:5:5:0.454545:1:4:4:1:1:4:4:2 chr7 138732457 . G A 430.63 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0109551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.402;QD=17.7578;RBI=0.0264062;REFB=-0.0175092;REVB=-0.0240265;RO=52;SAF=28;SAR=16;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226549;STB=0.621872;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0122663;OID=.;OPOS=138732457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:53:44:44:0.453608:16:28:21:31:16:28:22:31 chr7 138732497 . G A 282.34 PASS AF=0.462687;AO=30;DP=65;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.00497002;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.424;QD=16.8562;RBI=0.0116078;REFB=-0.00189919;REVB=-0.01049;RO=33;SAF=21;SAR=9;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344246;STB=0.703356;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00410999;OID=.;OPOS=138732497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:33:36:30:31:0.462687:9:21:11:22:9:22:12:24 chr7 138740037 . G C 325.95 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.030899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0375;QD=17.3841;RBI=0.0394679;REFB=0.00276396;REVB=-0.0245553;RO=39;SAF=8;SAR=27;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156286;STB=0.598782;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.0035852;OID=.;OPOS=138740037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:40:35:35:0.466667:27:8:14:25:27:8:15:25 chr7 138831707 . C T 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00509984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.727;QD=15.1716;RBI=0.0173144;REFB=-0.015121;REVB=-0.0165463;RO=22;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733111;STB=0.565638;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.019492;OID=.;OPOS=138831707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:24:17:17:0.414634:8:9:10:12:8:9:10:14 chr7 138946026 . GA G 94.69 PASS AF=0.518987;AO=31;DP=83;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.145908;FXX=0.0705799;HRUN=7;LEN=1;MLLD=6.56082;QD=4.79431;RBI=0.225895;REFB=-0.0784805;REVB=-0.172452;RO=35;SAF=10;SAR=21;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316053;STB=0.603664;STBP=0.057;TYPE=del;VARB=0.105123;OID=.;OPOS=138946027;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.518987:31:83:41:79:38:16:25:23:15:83:35:10:21:23:12 chr7 139106990 . C A 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0194655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.772;QD=12.0517;RBI=0.024672;REFB=-0.0272138;REVB=-0.0151591;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392213;STB=0.727732;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0279854;OID=.;OPOS=139106990;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:4:5:2:11:4:5:2:11 chr7 139138870 . GT G,GG 87.7 PASS AF=0.190476,0.0952381;AO=8,4;DP=42;FAO=8,4;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=6,4;FSAR=2,0;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0119747,0.0101726;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=216.88,221.76;QD=8.35194;RBI=0.012153,0.0121324;REFB=-0.0201584,-0.0160355;REVB=0.0020739,0.00661162;RO=29;SAF=6,4;SAR=2,0;SRF=14;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.330865,0.616246;STB=0.70779,0.997216;STBP=0.215,0.03;TYPE=del,snp;VARB=0.0212189,0.0582217;OID=.,.;OPOS=139138871,139138871;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.190476,0.0952381:8,4:42:8,4:42:30:6,4:2,0:15:15:36:29:6,4:2,0:14:15 chr7 139138950 . C G 132.85 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0850896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.5689;QD=16.1034;RBI=0.10788;REFB=-0.0268467;REVB=-0.0663171;RO=18;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188278;STB=0.607861;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0276122;OID=.;OPOS=139138950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:7:8:6:12:7:8:6:12 chr7 139252780 . T C 241.58 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0162491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.141;QD=21.9616;RBI=0.0167582;REFB=-0.0309749;REVB=-0.00409907;RO=21;SAF=15;SAR=8;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736841;STB=0.541365;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.043349;OID=.;OPOS=139252780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:8:15:12:9:8:15:12:9 chr7 139415775 . G C 389.74 PASS AF=0.431579;AO=41;DP=95;FAO=41;FDP=95;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=21;FWDB=-0.0213826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0346;QD=16.41;RBI=0.0226057;REFB=-0.0332726;REVB=0.00733473;RO=52;SAF=19;SAR=22;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169453;STB=0.583336;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0537477;OID=.;OPOS=139415775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:52:54:41:41:0.431579:22:19:33:19:22:19:33:21 chr7 139653196 . A C 638.53 PASS AF=0.943396;AO=47;DP=52;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.021815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3209;QD=48.1912;RBI=0.0230006;REFB=-0.0965107;REVB=0.00728908;RO=4;SAF=18;SAR=29;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562811;STB=0.53487;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00931187;OID=.;OPOS=139653196;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:52:53:4:3:47:50:0.943396:29:18:3:1:30:20:3:0 chr7 139724358 . G A 901.31 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.971;QD=58.1492;RBI=0.028733;REFB=0;REVB=0.0148317;RO=0;SAF=42;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266497;OID=.;OPOS=139724358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:20:42:0:0:20:42:0:0 chr7 139724555 . C T 1065.4 PASS AF=0.986486;AO=69;DP=73;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0431534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2771;QD=57.5891;RBI=0.0692492;REFB=-0.0878403;REVB=0.0541594;RO=1;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150047;STB=0.507461;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000733477;OID=.;OPOS=139724555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:74:1:1:69:73:0.986486:31:38:0:1:33:40:0:1 chr7 139727135 . G A 728.13 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00170996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.352;QD=57.108;RBI=0.033716;REFB=0;REVB=0.0336727;RO=0;SAF=14;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61249e-05;OID=.;OPOS=139727135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:48:51:1:34:14:0:0:36:15:0:0 chr7 139784641 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000341469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.414;QD=62.9822;RBI=0.00817345;REFB=0;REVB=0.00816632;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01784e-05;OID=.;OPOS=139784641;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr7 139788678 . T C 38.37 PASS AF=0.4;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0400525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6288;QD=10.233;RBI=0.0416398;REFB=-0.0218058;REVB=0.0113875;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439131;STB=0.749249;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0910148;OID=.;OPOS=139788678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:15:7:9:6:6:0.4:2:4:1:6:2:4:2:7 chr7 140051722 . C T 125.67 PASS AF=0.375;AO=14;DP=39;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0481665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.613;QD=12.5668;RBI=0.0481775;REFB=-0.00821634;REVB=0.00103072;RO=25;SAF=13;SAR=1;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.662234;STB=0.902601;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0644831;OID=.;OPOS=140051722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:25:25:14:15:0.375:1:13:10:15:1:14:10:15 chr7 140051790 . T C 335.85 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00412082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.21;QD=22.3902;RBI=0.00439062;REFB=-0.00821449;REVB=0.0015154;RO=26;SAF=12;SAR=22;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121162;STB=0.56697;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00726782;OID=.;OPOS=140051790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:26:26:34:34:0.566667:22:12:13:13:22:12:13:13 chr7 140258000 . T C 754.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.972;QD=56.9348;RBI=0.0339703;REFB=0;REVB=0.0142672;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.91968e-05;OID=.;OPOS=140258000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chr7 140301731 . G T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00156269;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.561;QD=56.1916;RBI=0.0210002;REFB=0;REVB=0.020942;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84335e-05;OID=.;OPOS=140301731;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:8:20:0:0:8:20:0:0 chr7 140426257 . A G 172.66 PASS AF=0.413043;AO=18;DP=45;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0075598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.283;QD=15.0141;RBI=0.0283277;REFB=-0.00387291;REVB=0.0273003;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00460525;STB=0.508227;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00516361;OID=.;OPOS=140426257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:26:27:18:19:0.413043:7:11:16:10:8:11:16:11 chr7 140774467 . C G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0568521;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.3007;QD=14.0435;RBI=0.0627379;REFB=0.0388808;REVB=-0.0265307;RO=4;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.425125;STB=0.760793;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.0471111;OID=.;OPOS=140774467;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:1:4:1:3:1:4:1:3 chr7 141176928 . G A 234.04 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00222147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.019;QD=13.0024;RBI=0.02973;REFB=-0.0130451;REVB=0.0296469;RO=44;SAF=11;SAR=17;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180622;STB=0.510345;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0165682;OID=.;OPOS=141176928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:17:11:18:26:17:11:18:26 chr7 141176941 . C T 199.79 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0434131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0874;QD=11.5818;RBI=0.0436753;REFB=-0.026358;REVB=-0.00477839;RO=44;SAF=11;SAR=14;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034746;STB=0.520079;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0314682;OID=.;OPOS=141176941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:14:11:18:26:14:11:18:26 chr7 141439003 . C T 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00658619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.925;QD=6.57359;RBI=0.0379417;REFB=-0.0122714;REVB=-0.0373657;RO=16;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513116;STB=0.53322;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.032701;OID=.;OPOS=141439003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:2:4:10:6:2:4:10:6 chr7 141464765 . C T 990.51 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0345063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.253;QD=59.1351;RBI=0.0413058;REFB=0;REVB=0.0227043;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.88046e-05;OID=.;OPOS=141464765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chr7 141478308 . T C 805.05 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.6406;QD=64.4042;RBI=0.0531409;REFB=0;REVB=0.0420155;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00097095;OID=.;OPOS=141478308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr7 141478574 . G C,T 684.06 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=43,2;DP=45;FAO=42,3;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16,2;FSAR=26,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321394,-0.0216934;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=64.6268,162.628;QD=60.805;RBI=0.0327479,0.0255946;REFB=0,0;REVB=0.00628347,0.0135822;RO=0;SAF=16,2;SAR=27,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00287998,0.0943923;OID=.,.;OPOS=141478574,141478574;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:45:45:0:0:43,2:42,3:0.933333,0.0666667:27,0:16,2:0:0:26,1:16,2:0:0 chr7 141478800 . G A 1096.94 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00440738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.584;QD=60.106;RBI=0.0123101;REFB=0;REVB=-0.0114941;RO=0;SAF=38;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46375e-05;OID=.;OPOS=141478800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:34:38:0:0:35:38:0:0 chr7 141490238 . G T 955.09 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.035;QD=58.7746;RBI=0.0378354;REFB=0;REVB=0.0351264;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.91468e-05;OID=.;OPOS=141490238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:62:65:1:40:22:0:0:43:22:0:0 chr7 141501943 . G C 607.38 PASS AF=1;AO=32;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0670112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.6562;QD=57.8457;RBI=0.112788;REFB=0;REVB=0.0907231;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0032969;OID=.;OPOS=141501943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:32:42:1:19:13:0:0:23:19:0:0 chr7 141537735 . T G 1344.3 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0035281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.03;QD=61.807;RBI=0.0468292;REFB=0;REVB=0.0466961;RO=0;SAF=28;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292507;OID=.;OPOS=141537735;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:87:0:0:83:87:1:55:28:0:0:59:28:0:0 chr7 141537942 . T TCAA 381.26 PASS AF=1;AO=22;DP=38;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0675751;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=3;MLLD=328.442;QD=56.4823;RBI=0.0680357;REFB=0;REVB=0.00790406;RO=15;SAF=8;SAR=14;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128189;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000263481;OID=.;OPOS=141537943;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=TCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:38:27:27:0:13:14:0:0:4:15:8:14:8:7 chr7 141537945 . T A 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00717146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.578;QD=11.8144;RBI=0.0157221;REFB=-0.0251576;REVB=-0.0139912;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768092;STB=0.545386;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0373361;OID=.;OPOS=141537945;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:7:6:9:14:7:6:9:14 chr7 141672604 . T C 309.35 PASS AF=1;AO=20;DP=27;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.214004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4725;QD=51.5583;RBI=0.217809;REFB=0;REVB=0.0405314;RO=0;SAF=2;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0154212;OID=.;OPOS=141672604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:24:0:0:20:24:1:18:2:0:0:15:9:0:0 chr7 141673345 . C G 239.11 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0476134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3956;QD=45.5442;RBI=0.081683;REFB=0.0667717;REVB=0.0663708;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.517224;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.000278443;OID=.;OPOS=141673345;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:21:0:1:20:20:0.952381:14:6:0:0:14:6:0:1 chr7 141724852 . C T 257.28 PASS AF=0.405405;AO=29;DP=73;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=-0.00207962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9031;QD=13.9071;RBI=0.0461514;REFB=-0.00232712;REVB=-0.0461045;RO=44;SAF=4;SAR=25;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294166;STB=0.676162;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00398353;OID=.;OPOS=141724852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:44:44:29:30:0.405405:25:4:14:30:26:4:14:30 chr7 141727526 . G T 205.09 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.000951338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.387;QD=16.4071;RBI=0.0240196;REFB=-0.00789306;REVB=-0.0240007;RO=29;SAF=9;SAR=12;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158774;STB=0.590823;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0126159;OID=.;OPOS=141727526;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:12:9:17:12:12:9:17:12 chr7 141747658 . A G 632.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00324168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4593;QD=61.6779;RBI=0.00457455;REFB=0;REVB=-0.00322769;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.80362e-08;OID=.;OPOS=141747658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr7 141755358 . T C 513.25 PASS AF=0.482456;AO=54;DP=113;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=39;FSRR=20;FWDB=0.0105743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8728;QD=18.0089;RBI=0.0114656;REFB=-0.0275421;REVB=0.00443207;RO=59;SAF=32;SAR=22;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677014;STB=0.533321;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0423116;OID=.;OPOS=141755358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:59:59:54:55:0.482456:22:32:39:20:22:33:39:20 chr7 141767153 . C T 308.15 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00400882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.121;QD=20.8916;RBI=0.00557631;REFB=-0.0236776;REVB=-0.00387615;RO=27;SAF=21;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210572;STB=0.6169;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0192663;OID=.;OPOS=141767153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:11:21:11:16:11:21:11:16 chr7 141784326 . G C 849.63 PASS AF=0.434579;AO=92;DP=213;FAO=93;FDP=214;FR=.;FRO=121;FSAF=64;FSAR=29;FSRF=73;FSRR=48;FWDB=0.00381121;FXX=0.00465095;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0079;QD=15.8809;RBI=0.0140287;REFB=0.0124885;REVB=0.0135011;RO=116;SAF=64;SAR=28;SRF=70;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103934;STB=0.553634;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.0182987;OID=.;OPOS=141784326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:214:116:121:92:93:0.434579:28:64:70:46:29:64:73:48 chr7 141796131 . G A 773.06 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0129039;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.215;QD=55.2188;RBI=0.0129823;REFB=-0.042122;REVB=0.00142441;RO=1;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192354;STB=0.5102;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00233313;OID=.;OPOS=141796131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:56:1:1:55:55:0.982143:24:31:0:1:24:31:0:1 chr7 141857846 . A G 2774.56 PASS AF=1;AO=172;DP=174;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=91;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401587;FXX=0.00561766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.277;QD=62.702;RBI=0.0404642;REFB=0;REVB=-0.00496299;RO=0;SAF=87;SAR=85;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.71345e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6515e-05;OID=.;OPOS=141857846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:177:0:0:172:177:1:85:87:0:0:86:91:0:0 chr7 141861746 . CT C 50.13 PASS AF=0.2875;AO=20;DP=81;FAO=23;FDP=80;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.00825814;FXX=0.0123442;HRUN=6;LEN=1;MLLD=7.97236;QD=2.50638;RBI=0.262605;REFB=-0.0511228;REVB=0.262475;RO=48;SAF=11;SAR=9;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180791;STB=0.608324;STBP=0.244;TYPE=del;VARB=0.127083;OID=.;OPOS=141861747;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2875:20:81:23:80:57:12:11:21:36:50:48:11:9:19:29 chr7 141872523 . T A 1392.25 PASS AF=0.951456;AO=98;DP=104;FAO=98;FDP=103;FR=.;FRO=5;FSAF=37;FSAR=61;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00665541;FXX=0.00961446;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.042;QD=54.0681;RBI=0.0161452;REFB=-0.0153821;REVB=0.0147096;RO=4;SAF=37;SAR=61;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292062;STB=0.521581;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.000279029;OID=.;OPOS=141872523;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:104:103:4:5:98:98:0.951456:61:37:3:1:61:37:4:1 chr7 141889244 . C G 305.52 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.000256889;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.215;QD=17.711;RBI=0.0103678;REFB=0.000739736;REVB=-0.0103646;RO=35;SAF=20;SAR=13;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600035;STB=0.54198;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.000867794;OID=.;OPOS=141889244;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:35:36:33:33:0.478261:13:20:19:16:13:20:19:17 chr7 141898522 . T A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.256;QD=56.1914;RBI=0.0266722;REFB=0;REVB=0.020419;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271243;OID=.;OPOS=141898522;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr7 141920378 . A T 243.68 PASS AF=0.560976;AO=22;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00580206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.893;QD=23.774;RBI=0.126447;REFB=0.00174975;REVB=0.126314;RO=18;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995669;STB=0.588791;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.000611906;OID=.;OPOS=141920378;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:22:23:0.560976:10:12:12:6:11:12:13:5 chr7 141957504 . A G 343.25 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319873;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.392;QD=54.92;RBI=0.0428757;REFB=0;REVB=0.0285506;RO=1;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298695;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000441657;OID=.;OPOS=141957504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:1:0:23:25:1:15:8:0:1:17:8:0:0 chr7 142001030 . A G 885.4 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.602;QD=58.0588;RBI=0.0496566;REFB=0;REVB=0.0252098;RO=0;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196905;OID=.;OPOS=142001030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:22:39:0:0:22:39:0:0 chr7 142013384 . G C 1297.03 PASS AF=1;AO=81;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00108864;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.858;QD=61.7633;RBI=0.017865;REFB=0;REVB=0.0178318;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196488;OID=.;OPOS=142013384;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:81:84:1:36:45:0:0:38:46:0:0 chr7 142028355 . A G 41.5 PASS AF=0.1;AO=9;DP=99;FAO=10;FDP=100;FR=.;FRO=90;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=42;FSRR=48;FWDB=-0.00922595;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.895;QD=1.65982;RBI=0.00987464;REFB=-0.0025764;REVB=-0.00351999;RO=85;SAF=1;SAR=8;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429046;STB=0.870802;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0155271;OID=.;OPOS=142028355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:99:100:85:90:9:10:0.1:8:1:38:47:9:1:42:48 chr7 142045613 . G T 78.41 PASS AF=0.203125;AO=13;DP=64;FAO=13;FDP=64;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.00688032;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.741;QD=4.90069;RBI=0.0184965;REFB=-0.000478314;REVB=-0.0171692;RO=51;SAF=8;SAR=5;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13249;STB=0.585233;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00109448;OID=.;OPOS=142045613;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:64:64:51:51:13:13:0.203125:5:8:26:25:5:8:26:25 chr7 142045678 . ACT GTC 92.42 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.0244897;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=220.134;QD=6.26549;RBI=0.0320059;REFB=-0.00942965;REVB=-0.0206066;RO=43;SAF=8;SAR=6;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123901;STB=0.522356;STBP=0.884;TYPE=mnp;VARB=0.0355875;OID=.;OPOS=142045678;OREF=ACT;OALT=GTC;OMAPALT=GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:59:59:43:45:14:14:0.237288:6:8:25:18:6:8:27:18 chr7 142045683 . A G 92.48 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.00708483;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.612;QD=6.26967;RBI=0.00991585;REFB=-0.000222055;REVB=-0.00693753;RO=45;SAF=8;SAR=6;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359143;STB=0.522356;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.00186644;OID=.;OPOS=142045683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:59:59:45:45:14:14:0.237288:6:8:27:18:6:8:27:18 chr7 142045690 . A G 111.03 PASS AF=0.271186;AO=16;DP=59;FAO=16;FDP=59;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.00676618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.671;QD=7.52743;RBI=0.0112091;REFB=0.00178766;REVB=-0.00893658;RO=42;SAF=10;SAR=6;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373533;STB=0.515675;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=-0.00449278;OID=.;OPOS=142045690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:43:16:16:0.271186:6:10:25:17:6:10:26:17 chr7 142045692 . AC GT 112.32 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.00584314;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=296.6;QD=7.7465;RBI=0.0214245;REFB=-5.63831e-05;REVB=-0.0206123;RO=42;SAF=10;SAR=6;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00754883;STB=0.504581;STBP=0.988;TYPE=mnp;VARB=8.11431e-05;OID=.;OPOS=142045692;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:42:42:16:16:0.275862:6:10:26:16:6:10:26:16 chr7 142045802 . T C 72.47 PASS AF=0.203704;AO=11;DP=54;FAO=11;FDP=54;FR=.;FRO=43;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=29;FWDB=-0.0503693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7057;QD=5.36794;RBI=0.0606884;REFB=-0.0131778;REVB=-0.0338528;RO=43;SAF=8;SAR=3;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467005;STB=0.794553;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.057175;OID=.;OPOS=142045802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:54:54:43:43:11:11:0.203704:3:8:14:29:3:8:14:29 chr7 142045848 . T C 695.87 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0279327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.221;QD=60.5103;RBI=0.0331292;REFB=-0.121554;REVB=0.0178132;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000849751;OID=.;OPOS=142045848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:44:45:0.978261:28:16:0:0:29:16:0:1 chr7 142045897 . C T 223.86 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0357552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.756;QD=19.466;RBI=0.0357658;REFB=0.00033047;REVB=-0.000871042;RO=24;SAF=6;SAR=16;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217472;STB=0.512304;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.0003318;OID=.;OPOS=142045897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:16:6:7:17:16:6:7:17 chr7 142045899 . A G 40.92 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=0.0297954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.784;QD=3.63765;RBI=0.0377599;REFB=0.00219554;REVB=0.0231957;RO=38;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405456;STB=0.765877;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.0178614;OID=.;OPOS=142045899;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:38:38:7:7:0.155556:3:4:9:29:3:4:9:29 chr7 142045912 . A G 41.35 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.0254203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.054;QD=3.93835;RBI=0.0330305;REFB=-0.00470443;REVB=-0.0210907;RO=35;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378388;STB=0.747812;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0676758;OID=.;OPOS=142045912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:35:35:7:7:0.166667:3:4:9:26:3:4:9:26 chr7 142045924 . A G 407.91 PASS AF=0.837838;AO=31;DP=38;FAO=31;FDP=37;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0396001;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.777;QD=44.0984;RBI=0.0414874;REFB=-0.084289;REVB=0.0123708;RO=6;SAF=9;SAR=22;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128759;STB=0.569674;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0170395;OID=.;OPOS=142045924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:38:37:6:6:31:31:0.837838:22:9:4:2:22:9:4:2 chr7 142099484 . G C 65.9 PASS AF=0.217391;AO=9;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.122124;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.3923;QD=5.73044;RBI=0.122124;REFB=-0.0294622;REVB=-9.99736e-05;RO=28;SAF=8;SAR=1;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.526733;STB=0.812491;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.105861;OID=.;OPOS=142099484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:46:46:28:36:9:10:0.217391:1:8:14:14:1:9:22:14 chr7 142119831 . G A 517.07 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0301884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.015;QD=55.8993;RBI=0.075206;REFB=-0.112823;REVB=0.0688811;RO=1;SAF=17;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267214;STB=0.514278;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00252837;OID=.;OPOS=142119831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:37:1:1:35:36:0.972973:18:17:1:0:19:17:1:0 chr7 142124170 . C T 643.78 PASS AF=0.893617;AO=42;DP=47;FAO=42;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00705913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.069;QD=54.7899;RBI=0.0149879;REFB=-0.0257872;REVB=-0.0132214;RO=1;SAF=23;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199732;STB=0.508018;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.00897234;OID=.;OPOS=142124170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:47:1:3:42:42:0.893617:19:23:1:0:19:23:2:1 chr7 142124424 . T G 1262.59 PASS AF=0.988235;AO=82;DP=84;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0099433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.789;QD=59.416;RBI=0.0200374;REFB=-0.0439852;REVB=0.0173963;RO=2;SAF=36;SAR=46;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255799;STB=0.506492;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00138709;OID=.;OPOS=142124424;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:85:2:1:82:84:0.988235:46:36:2:0:46:38:1:0 chr7 142124539 . C T 39.45 PASS AF=0.129032;AO=8;DP=62;FAO=8;FDP=62;FR=.;FRO=54;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.00961606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.4755;QD=2.5454;RBI=0.0206511;REFB=-0.0106783;REVB=-0.0182757;RO=53;SAF=2;SAR=6;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317202;STB=0.724422;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.144025;OID=.;OPOS=142124539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:62:62:53:54:8:8:0.129032:6:2:27:26:6:2:27:27 chr7 142139348 . C T 804.38 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102089;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6879;QD=57.4556;RBI=0.020604;REFB=0;REVB=0.017897;RO=0;SAF=16;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01924e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000823833;OID=.;OPOS=142139348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:40:16:0:0:40:16:0:0 chr7 142139773 . C T 146.69 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0245303;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.283;QD=15.8583;RBI=0.0264134;REFB=-0.0306546;REVB=-0.00979454;RO=21;SAF=4;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294822;STB=0.671413;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0315124;OID=.;OPOS=142139773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:12:4:11:10:12:4:11:10 chr7 142139783 . C A,G 523.14 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=32,4;DP=36;FAO=32,4;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=18,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017171,-0.0505357;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=206.263,13.9932;QD=58.1264;RBI=0.0187215,0.0533347;REFB=0,0;REVB=-0.00745992,0.0170506;RO=0;SAF=14,0;SAR=18,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00147123,0.0571606;OID=.,.;OPOS=142139783,142139783;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:36:36:0:0:32,4:32,4:0.888889,0.111111:18,4:14,0:0:0:18,4:14,0:0:0 chr7 142143804 . A C 1434.38 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00727766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.432;QD=63.0495;RBI=0.0144247;REFB=0;REVB=0.0124542;RO=0;SAF=51;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79554e-06;OID=.;OPOS=142143804;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:40:51:0:0:40:51:0:0 chr7 142143879 . A T 58.65 PASS AF=0.12037;AO=13;DP=108;FAO=13;FDP=108;FR=.;FRO=95;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=52;FSRR=43;FWDB=-0.026125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8039;QD=2.17226;RBI=0.0265521;REFB=-0.00398392;REVB=-0.00474357;RO=93;SAF=4;SAR=9;SRF=51;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291875;STB=0.707551;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0139453;OID=.;OPOS=142143879;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:108:108:93:95:13:13:0.12037:9:4:51:42:9:4:52:43 chr7 142143906 . GT CC 178.58 PASS AF=0.254902;AO=26;DP=103;FAO=26;FDP=102;FR=.;FRO=76;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.00692749;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=2;MLLD=292.022;QD=7.00302;RBI=0.0277451;REFB=-0.00568577;REVB=0.0268664;RO=75;SAF=13;SAR=13;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041005;STB=0.519593;STBP=0.834;TYPE=mnp;VARB=0.0125534;OID=.;OPOS=142143906;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:75:76:26:26:0.254902:13:13:40:35:13:13:40:36 chr7 142143941 . T C 295.52 PASS AF=0.365591;AO=34;DP=93;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0211926;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.707;QD=12.7104;RBI=0.0235752;REFB=-0.00441466;REVB=0.0103277;RO=59;SAF=17;SAR=17;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0280989;STB=0.51612;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0128041;OID=.;OPOS=142143941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:59:59:34:34:0.365591:17:17:28:31:17:17:28:31 chr7 142144022 . T C 210.64 PASS AF=0.380282;AO=24;DP=68;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0259146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.902;QD=11.867;RBI=0.0260705;REFB=-0.011745;REVB=0.00284656;RO=43;SAF=10;SAR=14;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181098;STB=0.553551;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.014516;OID=.;OPOS=142144022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:43:44:24:27:0.380282:14:10:25:18:14:13:25:19 chr7 142149160 . T G 1413.6 PASS AF=0.968421;AO=91;DP=95;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0268399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.106;QD=59.5201;RBI=0.0268466;REFB=-0.0468542;REVB=0.000597816;RO=3;SAF=46;SAR=45;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104076;STB=0.505606;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.000151615;OID=.;OPOS=142149160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:95:95:3:3:91:92:0.968421:45:46:1:2:45:47:1:2 chr7 142149349 . A C 727.97 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0466154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.974;QD=63.3016;RBI=0.0470691;REFB=0;REVB=0.00651963;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.6037e-05;OID=.;OPOS=142149349;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:22:22:0:0:23:23:0:0 chr7 142162001 . A C 2158.45 PASS AF=1;AO=136;DP=136;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00336225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.806;QD=63.0204;RBI=0.00357083;REFB=0;REVB=-0.00120252;RO=0;SAF=62;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58871e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.73708e-06;OID=.;OPOS=142162001;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:136:137:0:0:136:137:1:74:62:0:0:75:62:0:0 chr7 142162148 . C T 1498.45 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00135123;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.945;QD=58.7629;RBI=0.00310209;REFB=-0.0944584;REVB=0.00279234;RO=0;SAF=49;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000660725;OID=.;OPOS=142162148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:103:102:0:0:101:102:1:52:49:0:0:53:49:0:0 chr7 142162306 . A G 676.78 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000236131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.968;QD=60.1583;RBI=0.0169104;REFB=-0.0320533;REVB=0.0169088;RO=1;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268299;STB=0.514279;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000698223;OID=.;OPOS=142162306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:17:27:0:1:17:27:0:1 chr7 142168429 . A G 682.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145206;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.09;QD=62.0208;RBI=0.0145438;REFB=0;REVB=0.00082238;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00360383;OID=.;OPOS=142168429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:44:0:0:41:44:1:27:14:0:0:27:17:0:0 chr7 142168452 . C A 863.02 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0033614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.796;QD=57.5348;RBI=0.0366868;REFB=0;REVB=0.0365325;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158444;OID=.;OPOS=142168452;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:28:30:0:0:30:30:0:0 chr7 142168662 . CG TC 621.35 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226745;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=2;MLLD=198.67;QD=62.1346;RBI=0.0365694;REFB=0;REVB=0.0286912;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00025495;OID=.;OPOS=142168662;OREF=CG;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr7 142168819 . G A 483.15 PASS AF=0.945946;AO=34;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0391001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.615;QD=52.2327;RBI=0.0654708;REFB=-0.082352;REVB=0.052513;RO=3;SAF=21;SAR=13;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449576;STB=0.535694;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0040667;OID=.;OPOS=142168819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:3:2:34:35:0.945946:13:21:1:2:13:22:0:2 chr7 142168856 . C G 321.29 PASS AF=0.83871;AO=25;DP=30;FAO=26;FDP=31;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0152448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1234;QD=41.4569;RBI=0.020105;REFB=-0.106633;REVB=-0.0131076;RO=5;SAF=14;SAR=11;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124821;STB=0.503814;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0531541;OID=.;OPOS=142168856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:30:31:5:5:25:26:0.83871:11:14:3:2:11:15:3:2 chr7 142176378 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.757;QD=61.6839;RBI=0.0335773;REFB=0;REVB=0.0303654;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000136646;OID=.;OPOS=142176378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr7 142180646 . AG CT 42.27 PASS AF=0.0890411;AO=12;DP=144;FAO=13;FDP=146;FR=.;FRO=133;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=73;FSRR=60;FWDB=-0.0257417;FXX=0.0201329;HRUN=1;LEN=2;MLLD=213.935;QD=1.15796;RBI=0.0477248;REFB=-0.00206343;REVB=-0.0401874;RO=123;SAF=11;SAR=1;SRF=71;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450298;STB=0.801846;STBP=0.042;TYPE=mnp;VARB=0.0223656;OID=.;OPOS=142180646;OREF=AG;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:144:146:123:133:12:13:0.0890411:1:11:71:52:2:11:73:60 chr7 142180704 . G T 410.27 PASS AF=0.268182;AO=59;DP=222;FAO=59;FDP=220;FR=.;FRO=161;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=69;FSRR=92;FWDB=0.00305863;FXX=0.0090086;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.537;QD=7.45953;RBI=0.0111557;REFB=-0.00614591;REVB=-0.0107282;RO=160;SAF=24;SAR=35;SRF=69;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310819;STB=0.516415;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0127601;OID=.;OPOS=142180704;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:222:220:160:161:59:59:0.268182:35:24:69:91:35:24:69:92 chr7 142180737 . T A 458.41 PASS AF=0.303483;AO=61;DP=200;FAO=61;FDP=201;FR=.;FRO=140;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=65;FSRR=75;FWDB=-0.0136268;FXX=0.00495025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.983;QD=9.12268;RBI=0.0186321;REFB=-0.0062921;REVB=-0.0127069;RO=136;SAF=23;SAR=38;SRF=62;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968803;STB=0.562658;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0355607;OID=.;OPOS=142180737;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:201:136:140:61:61:0.303483:38:23:62:74:38:23:65:75 chr7 142180770 . T C 412.88 PASS AF=0.321637;AO=54;DP=172;FAO=55;FDP=171;FR=.;FRO=116;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=48;FSRR=68;FWDB=0.00331558;FXX=0.01156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.757;QD=9.65806;RBI=0.00336829;REFB=-0.00548462;REVB=-0.000593551;RO=116;SAF=21;SAR=33;SRF=48;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305967;STB=0.509705;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0121924;OID=.;OPOS=142180770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:116:116:54:55:0.321637:33:21:48:68:33:22:48:68 chr7 142231625 . C A 217.58 PASS AF=0.552632;AO=20;DP=37;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0150901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1879;QD=22.9029;RBI=0.0445434;REFB=-0.00677264;REVB=0.0419095;RO=17;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544063;STB=0.514498;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00437817;OID=.;OPOS=142231625;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:17:17:20:21:0.552632:7:13:10:7:8:13:10:7 chr7 142231701 . G T 255.22 PASS AF=0.446154;AO=28;DP=64;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=-0.0535868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6152;QD=15.7055;RBI=0.0596677;REFB=-0.00957395;REVB=0.0262429;RO=36;SAF=16;SAR=12;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188133;STB=0.613539;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00629574;OID=.;OPOS=142231701;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:36:36:28:29:0.446154:12:16:27:9:13:16:27:9 chr7 142242478 . C G 34.54 PASS AF=0.0840336;AO=10;DP=119;FAO=10;FDP=119;FR=.;FRO=109;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=43;FSRR=66;FWDB=-0.0323931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.058;QD=1.16116;RBI=0.0328724;REFB=-0.000883273;REVB=0.00559304;RO=108;SAF=2;SAR=8;SRF=43;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251778;STB=0.708202;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0195623;OID=.;OPOS=142242478;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:119:119:108:109:10:10:0.0840336:8:2:43:65:8:2:43:66 chr7 142242511 . A G 34.07 PASS AF=0.0840336;AO=11;DP=119;FAO=10;FDP=119;FR=.;FRO=109;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=65;FWDB=-0.0483491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.3353;QD=1.14513;RBI=0.0503223;REFB=-0.000987469;REVB=-0.0139533;RO=108;SAF=3;SAR=8;SRF=43;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158812;STB=0.71548;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0106358;OID=.;OPOS=142242511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:119:119:108:109:11:10:0.0840336:8:3:43:65:8:2:44:65 chr7 142242552 . G T 80.42 PASS AF=0.15625;AO=15;DP=96;FAO=15;FDP=96;FR=.;FRO=81;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=60;FWDB=-0.031044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.817;QD=3.35062;RBI=0.0317067;REFB=-0.0024727;REVB=-0.00644861;RO=81;SAF=3;SAR=12;SRF=21;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104304;STB=0.571326;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0128285;OID=.;OPOS=142242552;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:96:96:81:81:15:15:0.15625:12:3:21:60:12:3:21:60 chr7 142247134 . T C 526.27 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00822471;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.402;QD=58.4745;RBI=0.115797;REFB=0;REVB=0.115505;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000437084;OID=.;OPOS=142247134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:34:36:1:19:15:0:0:21:15:0:0 chr7 142247263 . G A 41.64 PASS AF=0.205882;AO=6;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0229625;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.029;QD=4.89845;RBI=0.0284886;REFB=0.000608676;REVB=0.0168619;RO=28;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160511;STB=0.635956;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.00234906;OID=.;OPOS=142247263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:34:34:28:27:6:7:0.205882:4:2:13:15:5:2:12:15 chr7 142247270 . TG CA 43.07 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0597151;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=119.26;QD=5.38324;RBI=0.0623527;REFB=-0.0379499;REVB=-0.0179435;RO=22;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136586;STB=0.522871;STBP=0.912;TYPE=mnp;VARB=0.0291215;OID=.;OPOS=142247270;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:22:25:7:7:0.21875:4:3:7:15:4:3:10:15 chr7 142247288 . T C 71.99 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0181841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.615;QD=8.22734;RBI=0.0340132;REFB=-0.00972159;REVB=-0.0287443;RO=25;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115879;STB=0.571289;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0271654;OID=.;OPOS=142247288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:35:25:25:10:10:0.285714:5:5:10:15:5:5:10:15 chr7 142247347 . AT CC 73.83 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0577945;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=2;MLLD=101.207;QD=8.9487;RBI=0.0778531;REFB=-0.00828202;REVB=-0.0521622;RO=23;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628691;STB=0.538386;STBP=0.749;TYPE=mnp;VARB=0.0126983;OID=.;OPOS=142247347;OREF=AT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:34:33:23:23:10:10:0.30303:6:4:8:15:6:4:8:15 chr7 142247380 . T A 42.99 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0212998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3469;QD=5.37319;RBI=0.0308014;REFB=-0.00835358;REVB=0.0222496;RO=24;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229073;STB=0.660438;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00953716;OID=.;OPOS=142247380;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:32:32:24:25:7:7:0.21875:3:4:9:15:3:4:9:16 chr7 142250938 . T G 692.83 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484818;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.834;QD=62.9848;RBI=0.0486429;REFB=0;REVB=-0.00395543;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185495;OID=.;OPOS=142250938;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:20:23:0:0:20:24:0:0 chr7 142250988 . G A 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8319;QD=56.1872;RBI=0.0248586;REFB=0;REVB=0.0147131;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388895;OID=.;OPOS=142250988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr7 142251132 . G T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=323.471;QD=58.1421;RBI=0.0436148;REFB=0;REVB=0.0194152;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015682;OID=.;OPOS=142251132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:23:9:0:0:23:9:0:0 chr7 142326607 . C T 1538.43 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00744449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.791;QD=59.7447;RBI=0.0304634;REFB=0;REVB=0.0295398;RO=0;SAF=42;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79501e-05;OID=.;OPOS=142326607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:98:103:0:0:98:103:1:56:42:0:0:60:43:0:0 chr7 142326909 . C G 386.88 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5925;QD=55.2683;RBI=0.0715234;REFB=0;REVB=0.0696802;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119938;OID=.;OPOS=142326909;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:15:12:0:0:15:13:0:0 chr7 142334648 . A T 887.41 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00849653;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.845;QD=57.2523;RBI=0.044044;REFB=0;REVB=-0.0432166;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000505885;OID=.;OPOS=142334648;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:60:62:1:34:26:0:0:34:28:0:0 chr7 142378633 . G A 720.82 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0253401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.269;QD=60.0681;RBI=0.0420877;REFB=0.00237884;REVB=0.0336043;RO=1;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177403;STB=0.509087;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000631735;OID=.;OPOS=142378633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:46:47:0.979167:26:20:0:1:27:20:0:1 chr7 142378831 . C G 445.44 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00759906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.1;QD=57.4755;RBI=0.0604163;REFB=0;REVB=0.0599365;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030154;OID=.;OPOS=142378831;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:29:31:1:12:17:0:0:14:17:0:0 chr7 142423562 . C T 803.43 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00838713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9027;QD=55.4091;RBI=0.0510573;REFB=-0.0803674;REVB=0.0503638;RO=1;SAF=36;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021926;STB=0.511624;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00243865;OID=.;OPOS=142423562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:21:36:0:1:21:36:0:1 chr7 142458451 . A T 96.3 PASS AF=0.124324;AO=23;DP=185;FAO=23;FDP=185;FR=.;FRO=162;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=100;FSRR=62;FWDB=-0.00843395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.982;QD=2.08211;RBI=0.010645;REFB=-3.53954e-05;REVB=-0.00649492;RO=161;SAF=11;SAR=12;SRF=99;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171735;STB=0.62059;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000507024;OID=.;OPOS=142458451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:185:185:161:162:23:23:0.124324:12:11:99:62:12:11:100:62 chr7 142458697 . T A 42.14 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0255376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.812;QD=4.55549;RBI=0.0519242;REFB=-0.00837314;REVB=-0.0452101;RO=30;SAF=6;SAR=1;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.515481;STB=0.849375;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0251106;OID=.;OPOS=142458697;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:30:30:7:7:0.189189:1:6:13:17:1:6:13:17 chr7 142458700 . G T 41.98 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.025666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.57;QD=4.41866;RBI=0.0383323;REFB=0.00156035;REVB=-0.0284715;RO=31;SAF=6;SAR=1;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.525429;STB=0.856124;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.00961052;OID=.;OPOS=142458700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:1:6:13:18:1:6:13:18 chr7 142458737 . C G 61.3 PASS AF=0.25;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00167723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.351;QD=6.81109;RBI=0.00915263;REFB=-0.000452528;REVB=-0.00899764;RO=26;SAF=8;SAR=1;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.526234;STB=0.834964;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00124464;OID=.;OPOS=142458737;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:36:26:27:9:9:0.25:1:8:13:13:1:8:14:13 chr7 142458829 . A G 87.15 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.000744787;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.417;QD=6.2252;RBI=0.00968945;REFB=-0.00531487;REVB=-0.00966079;RO=43;SAF=9;SAR=4;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201939;STB=0.627703;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0182932;OID=.;OPOS=142458829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:43:43:13:13:0.232143:4:9:23:20:4:9:23:20 chr7 142458837 . A T 83.23 PASS AF=0.220339;AO=13;DP=59;FAO=13;FDP=59;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0132908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.385;QD=5.64246;RBI=0.0172744;REFB=-0.00225368;REVB=0.0110345;RO=46;SAF=9;SAR=4;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166962;STB=0.606571;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0151845;OID=.;OPOS=142458837;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:59:59:46:46:13:13:0.220339:4:9:26:20:4:9:26:20 chr7 142458841 . AT A 76.58 PASS AF=0.210526;AO=13;DP=58;FAO=12;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0198435;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.473;QD=5.37424;RBI=0.0314603;REFB=0.000723636;REVB=-0.0244128;RO=45;SAF=9;SAR=4;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151438;STB=0.574871;STBP=0.585;TYPE=del;VARB=-0.00887949;OID=.;OPOS=142458842;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.210526:13:58:12:57:45:8:4:26:19:76:45:9:4:26:19 chr7 142460335 . A G 113.35 PASS AF=0.148387;AO=23;DP=154;FAO=23;FDP=155;FR=.;FRO=132;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=72;FSRR=60;FWDB=-0.0144431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6839;QD=2.92523;RBI=0.0335989;REFB=-0.00254505;REVB=-0.0303362;RO=131;SAF=14;SAR=9;SRF=72;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076735;STB=0.555124;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0202939;OID=.;OPOS=142460335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:131:132:23:23:0.148387:9:14:72:59:9:14:72:60 chr7 142460369 . G A 88.29 PASS AF=0.131034;AO=19;DP=146;FAO=19;FDP=145;FR=.;FRO=126;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=59;FSRR=67;FWDB=0.0222719;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.66;QD=2.4355;RBI=0.023964;REFB=-0.00106897;REVB=-0.0088451;RO=124;SAF=12;SAR=7;SRF=58;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204355;STB=0.641008;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.009694;OID=.;OPOS=142460369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:146:145:124:126:19:19:0.131034:7:12:58:66:7:12:59:67 chr7 142460394 . T C 36.55 PASS AF=0.0833333;AO=10;DP=131;FAO=11;FDP=132;FR=.;FRO=121;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=54;FSRR=67;FWDB=0.0178009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7794;QD=1.10758;RBI=0.0299599;REFB=-8.06964e-05;REVB=-0.0240982;RO=119;SAF=8;SAR=2;SRF=53;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385212;STB=0.750229;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.000605911;OID=.;OPOS=142460394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:131:132:119:121:10:11:0.0833333:2:8:53:66:3:8:54:67 chr7 142460412 . A C 37.3 PASS AF=0.0900901;AO=10;DP=111;FAO=10;FDP=111;FR=.;FRO=101;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=47;FSRR=54;FWDB=-0.0313353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.313;QD=1.34401;RBI=0.049316;REFB=-0.00292389;REVB=-0.0380811;RO=101;SAF=6;SAR=4;SRF=47;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153761;STB=0.621189;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.035308;OID=.;OPOS=142460412;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:111:111:101:101:10:10:0.0900901:4:6:47:54:4:6:47:54 chr7 142460415 . T C 38.7 PASS AF=0.0934579;AO=10;DP=108;FAO=10;FDP=107;FR=.;FRO=97;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=45;FSRR=52;FWDB=-0.0341198;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.375;QD=1.4468;RBI=0.0595461;REFB=0.00108877;REVB=0.0488014;RO=98;SAF=6;SAR=4;SRF=45;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161587;STB=0.621981;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.0407836;OID=.;OPOS=142460415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:108:107:98:97:10:10:0.0934579:4:6:45:53:4:6:45:52 chr7 142479915 . T C 659.74 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00739694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.65;QD=59.9763;RBI=0.0434478;REFB=0;REVB=0.0428135;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000648114;OID=.;OPOS=142479915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:44:0:0:40:44:1:20:20:0:0:22:22:0:0 chr7 142479954 . C T 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00375552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.183;QD=57.2361;RBI=0.00377174;REFB=0;REVB=0.000349369;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12283e-06;OID=.;OPOS=142479954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:28:28:0:0:28:28:0:0 chr7 142480002 . C A 947.58 PASS AF=0.970588;AO=63;DP=65;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0178059;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.816;QD=55.7397;RBI=0.0331372;REFB=-0.153418;REVB=0.0279469;RO=1;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013302;STB=0.513509;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000811865;OID=.;OPOS=142480002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:65:68:1:2:63:66:0.970588:35:28:0:1:36:30:0:2 chr7 142480067 . CC TC,TG 600.14 PASS AF=0.95,0.05;AO=38,2;DP=40;FAO=38,2;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=22,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010462,0.0171664;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=160.785,97.4588;QD=60.0143;RBI=0.0124766,0.0174418;REFB=0,0;REVB=-0.00679797,-0.00308714;RO=0;SAF=16,0;SAR=22,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=1.66289e-05,-0.00874699;OID=.,.;OPOS=142480067,142480067;OREF=C,CC;OALT=T,TG;OMAPALT=TC,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:40:40:0:0:38,2:38,2:0.95,0.05:22,2:16,0:0:0:22,2:16,0:0:0 chr7 142495156 . T G 79.44 PASS AF=0.5;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.100101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4405;QD=15.8888;RBI=0.116219;REFB=-0.0877077;REVB=-0.0590481;RO=9;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252049;STB=0.631288;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0743793;OID=.;OPOS=142495156;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:19:20:9:10:10:10:0.5:8:2:4:5:8:2:4:6 chr7 142498732 . GAAAAAC GAACAAG 32.53 PASS AF=0.16129;AO=5;DP=32;FAO=5;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0368958;FXX=0.0312402;HRUN=5;LEN=4;MLLD=192.853;QD=4.19728;RBI=0.0372162;REFB=-0.00501705;REVB=0.00487266;RO=19;SAF=3;SAR=2;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862539;STB=0.534109;STBP=0.952;TYPE=mnp;VARB=0.00897012;OID=.;OPOS=142498735;OREF=AAAC;OALT=CAAG;OMAPALT=GAACAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.16129:5:32:5:31:25:3:2:14:11:28:19:3:2:10:9 chr7 142498833 . A T 232.45 PASS AF=0.318681;AO=29;DP=90;FAO=29;FDP=91;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=39;FWDB=0.0237997;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5411;QD=10.2175;RBI=0.0238293;REFB=0.00250503;REVB=-0.00118787;RO=59;SAF=18;SAR=11;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261998;STB=0.666062;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.0110719;OID=.;OPOS=142498833;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:59:62:29:29:0.318681:11:18:23:36:11:18:23:39 chr7 142498837 . C T 219.4 PASS AF=0.301075;AO=27;DP=94;FAO=28;FDP=93;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=42;FWDB=0.046642;FXX=0.0106372;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.9824;QD=9.43657;RBI=0.0509838;REFB=-0.000930586;REVB=0.0205883;RO=64;SAF=16;SAR=11;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272025;STB=0.67177;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00397274;OID=.;OPOS=142498837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:64:65:27:28:0.301075:11:16:23:41:11:17:23:42 chr7 142498897 . A G 277.76 PASS AF=0.340206;AO=33;DP=97;FAO=33;FDP=97;FR=.;FRO=64;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=41;FWDB=0.000362198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.723;QD=11.4539;RBI=0.0134279;REFB=-0.0199013;REVB=-0.013423;RO=63;SAF=16;SAR=17;SRF=23;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137216;STB=0.583232;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0335027;OID=.;OPOS=142498897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:63:64:33:33:0.340206:17:16:23:40:17:16:23:41 chr7 142499071 . T C 348.57 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0611876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.499;QD=17.4285;RBI=0.0611916;REFB=-0.0196418;REVB=0.000703844;RO=42;SAF=11;SAR=26;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11533;STB=0.573343;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0152018;OID=.;OPOS=142499071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:42:43:37:37:0.4625:26:11:17:25:26:11:18:25 chr7 142636663 . G A 44.21 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.105611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0487;QD=6.80202;RBI=0.107412;REFB=0.00814423;REVB=-0.0195893;RO=18;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131357;STB=0.569413;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.0131914;OID=.;OPOS=142636663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:18:19:7:7:0.269231:2:5:11:7:2:5:12:7 chr7 143016928 . C T 60.04 PASS AF=0.219512;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0550536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.789;QD=5.85759;RBI=0.0550631;REFB=-0.00375984;REVB=0.0010219;RO=31;SAF=4;SAR=5;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162634;STB=0.614725;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0129586;OID=.;OPOS=143016928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:41:41:31:32:9:9:0.219512:5:4:18:13:5:4:19:13 chr7 143017807 . G T 973.45 PASS AF=0.932432;AO=68;DP=73;FAO=69;FDP=74;FR=.;FRO=5;FSAF=52;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00121514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.901;QD=52.619;RBI=0.0171429;REFB=-0.0607086;REVB=0.0170998;RO=3;SAF=51;SAR=17;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00882022;STB=0.531145;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00101239;OID=.;OPOS=143017807;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:73:74:3:5:68:69:0.932432:17:51:2:1:17:52:2:3 chr7 143036337 . C T 368.78 PASS AF=0.464286;AO=38;DP=83;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00332816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.064;QD=17.561;RBI=0.00741425;REFB=-0.00173613;REVB=-0.00662529;RO=45;SAF=12;SAR=26;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199824;STB=0.599947;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0017103;OID=.;OPOS=143036337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:45:45:38:39:0.464286:26:12:23:22:26:13:23:22 chr7 143042837 . C T 278.86 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0221032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.794;QD=21.8715;RBI=0.0238383;REFB=-0.0191898;REVB=0.00892813;RO=23;SAF=15;SAR=13;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241209;STB=0.51339;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0193137;OID=.;OPOS=143042837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:13:15:13:10:13:15:13:10 chr7 143043240 . C T 65.96 PASS AF=0.192308;AO=11;DP=52;FAO=10;FDP=52;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=-0.0126889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3022;QD=5.07346;RBI=0.0315261;REFB=-0.0120641;REVB=0.0288598;RO=40;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873813;STB=0.509073;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.120738;OID=.;OPOS=143043240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:52:52:40:42:11:10:0.192308:7:4:12:28:7:3:13:29 chr7 143053260 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.871;QD=56.1909;RBI=0.0358921;REFB=0;REVB=0.0310009;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204363;OID=.;OPOS=143053260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr7 143088823 . T C 388.51 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.743;QD=55.5014;RBI=0.0922148;REFB=0;REVB=0.0904501;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100708;OID=.;OPOS=143088823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:8:19:0:0:9:19:0:0 chr7 143088867 . T C 255.08 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.15;QD=51.0152;RBI=0.0517623;REFB=0;REVB=0.0503565;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259185;OID=.;OPOS=143088867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:10:9:0:0:11:9:0:0 chr7 143093538 . G A 1161.95 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.3442;QD=59.5874;RBI=0.0871465;REFB=-0.00417375;REVB=-0.0747265;RO=1;SAF=31;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150214;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171032;OID=.;OPOS=143093538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:78:78:1:0:77:78:1:46:31:1:0:46:32:0:0 chr7 143097100 . A G 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0871423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5423;QD=53.91;RBI=0.0899592;REFB=0;REVB=-0.0223355;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164668;OID=.;OPOS=143097100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr7 143141475 . T C 594.35 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0788036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1852;QD=60.9586;RBI=0.0967787;REFB=0;REVB=0.0561791;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153461;OID=.;OPOS=143141475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr7 143175154 . G A 281.96 PASS AF=0.402439;AO=32;DP=79;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.024877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.811;QD=13.7541;RBI=0.0252774;REFB=-0.0147622;REVB=-0.00448128;RO=46;SAF=12;SAR=20;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878636;STB=0.546254;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0237439;OID=.;OPOS=143175154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:82:46:49:32:33:0.402439:20:12:21:25:20:13:23:26 chr7 143175345 . C T 745.04 PASS AF=0.459302;AO=77;DP=170;FAO=79;FDP=172;FR=.;FRO=93;FSAF=56;FSAR=23;FSRF=58;FSRR=35;FWDB=-0.0172908;FXX=0.00578001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.32;QD=17.3264;RBI=0.0220481;REFB=-0.0228972;REVB=-0.0136802;RO=89;SAF=55;SAR=22;SRF=56;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958546;STB=0.553308;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0308927;OID=.;OPOS=143175345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:172:89:93:77:79:0.459302:22:55:56:33:23:56:58:35 chr7 143208968 . A G 240.4 PASS AF=0.473684;AO=25;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00278992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.573;QD=16.8702;RBI=0.00751707;REFB=-0.00726039;REVB=-0.00698017;RO=21;SAF=22;SAR=3;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346564;STB=0.741727;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00882753;OID=.;OPOS=143208968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:21:30:25:27:0.473684:3:22:13:8:4:23:15:15 chr7 143556202 . C T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00496151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.926;QD=16.1986;RBI=0.0549662;REFB=-0.0389906;REVB=0.0547418;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2842;STB=0.666107;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0150295;OID=.;OPOS=143556202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:0:3:3:2:0:3 chr7 143632618 . C T 216.44 PASS AF=0.4;AO=25;DP=64;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0218355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2088;QD=13.3195;RBI=0.0221121;REFB=-0.00589652;REVB=-0.00348658;RO=38;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903866;STB=0.553805;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00966534;OID=.;OPOS=143632618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:38:39:25:26:0.4:13:12:15:23:13:13:16:23 chr7 143633297 . A G 148.13 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0194374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.7834;QD=17.9546;RBI=0.0264427;REFB=0.013723;REVB=-0.0179277;RO=17;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25653;STB=0.64687;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.011235;OID=.;OPOS=143633297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:11:5:10:7:11:5:10:7 chr7 143657801 . A G 509.65 PASS AF=0.454545;AO=54;DP=120;FAO=55;FDP=121;FR=.;FRO=66;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=0.00180699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.076;QD=16.8478;RBI=0.0223455;REFB=-0.00619116;REVB=-0.0222723;RO=66;SAF=24;SAR=30;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995543;STB=0.549532;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00959296;OID=.;OPOS=143657801;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:66:66:54:55:0.454545:30:24:36:30:30:25:36:30 chr7 143701884 . C T 73.03 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0264453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0435;QD=9.12831;RBI=0.0372483;REFB=-0.0218592;REVB=0.0262313;RO=22;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511128;STB=0.531188;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0232339;OID=.;OPOS=143701884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:5:5:10:12:5:5:10:12 chr7 143748364 . T C 485.98 PASS AF=0.567901;AO=46;DP=81;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0148766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.182;QD=23.9992;RBI=0.0233789;REFB=-0.00983736;REVB=0.0180349;RO=34;SAF=11;SAR=35;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260869;STB=0.639506;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0101282;OID=.;OPOS=143748364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:34:35:46:46:0.567901:35:11:18:16:35:11:18:17 chr7 143771408 . G C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.727;QD=60.2307;RBI=0.0348452;REFB=0;REVB=0.0298824;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112738;OID=.;OPOS=143771408;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr7 143771536 . G A 551.95 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.094;QD=59.6706;RBI=0.0245587;REFB=0;REVB=0.0190451;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109383;OID=.;OPOS=143771536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:22:13:0:0:23:14:0:0 chr7 143771557 . T C 150.29 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0126694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.235;QD=12.2685;RBI=0.014947;REFB=-0.00355335;REVB=-0.00793085;RO=32;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425208;STB=0.524971;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00590617;OID=.;OPOS=143771557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:10:7:12:20:10:7:12:20 chr7 143771937 . G C 854.4 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00784353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.661;QD=56.0261;RBI=0.0278163;REFB=-0.151298;REVB=0.0266875;RO=1;SAF=24;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192565;STB=0.510201;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000478024;OID=.;OPOS=143771937;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:36:24:1:0:36:24:1:0 chr7 143792499 . CT C 31.09 PASS AF=0.375;AO=11;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.24999;FXX=0.0302939;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.2502;QD=3.88673;RBI=0.251635;REFB=-0.0459222;REVB=0.0287231;RO=17;SAF=0;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.789836;STB=0.694073;STBP=0.132;TYPE=del;VARB=0.0671226;OID=.;OPOS=143792500;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:11:32:12:32:20:2:10:8:12:31:17:0:11:8:9 chr7 143807515 . T G 358.08 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.104;QD=55.0898;RBI=0.0826834;REFB=0;REVB=0.0807538;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000707656;OID=.;OPOS=143807515;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr7 143807518 . T C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.138;QD=55.0976;RBI=0.0194774;REFB=0;REVB=-0.00852552;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59859e-05;OID=.;OPOS=143807518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr7 143826603 . G T 733.37 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0035501;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.28;QD=63.7712;RBI=0.0113535;REFB=0;REVB=0.0107842;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015595;OID=.;OPOS=143826603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr7 143826697 . C A,G 525.83 PASS AF=0.306122,0.530612;AO=15,26;DP=49;FAO=15,26;FDP=49;FR=.;FRO=8;FSAF=15,8;FSAR=0,18;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0132601,0.0108615;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=69.255,43.2059;QD=42.9245;RBI=0.0166116,0.0132874;REFB=-0.194004,-0.00446253;REVB=0.0100057,0.00765391;RO=8;SAF=15,8;SAR=0,18;SRF=8;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.305426;STB=0.5,0.666536;STBP=1,0.004;TYPE=snp,snp;VARB=0.125996,0.0482087;OID=.,.;OPOS=143826697,143826697;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:49:49:8:8:15,26:15,26:0.306122,0.530612:0,18:15,8:8:0:0,18:15,8:8:0 chr7 143826729 . ACTT A 327.4 PASS AF=1;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00861371;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=3;MLLD=233.162;QD=54.5669;RBI=0.0273695;REFB=0;REVB=0.0259787;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.00829e-05;OID=.;OPOS=143826730;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:25:24:24:0:6:18:0:0:4:0:6:17:0:0 chr7 143884103 . G A 250.69 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0192145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.833;QD=14.5326;RBI=0.0233823;REFB=-0.0230969;REVB=0.0133243;RO=39;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654506;STB=0.544514;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0280502;OID=.;OPOS=143884103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:40:29:29:0.42029:16:13:20:19:16:13:21:19 chr7 144015434 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7734;QD=33.4267;RBI=0.0705411;REFB=0;REVB=-0.0454491;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000837785;OID=.;OPOS=144015434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr7 144015437 . C T 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00633693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.169;QD=35.5724;RBI=0.0482507;REFB=0;REVB=-0.0478327;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000940559;OID=.;OPOS=144015437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr7 144095600 . A G 179.91 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0253939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6431;QD=42.3313;RBI=0.0257726;REFB=-0.0954062;REVB=-0.00440176;RO=1;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397692;STB=0.521712;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0415529;OID=.;OPOS=144095600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:11:5:0:1:11:5:0:1 chr7 144098992 . G A 542.02 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.038445;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.2184;QD=57.0545;RBI=0.11588;REFB=0.0860844;REVB=-0.109316;RO=1;SAF=27;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445302;STB=0.523796;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.00678201;OID=.;OPOS=144098992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:10:27:0:1:10:27:0:1 chr7 144547012 . T C 355.75 PASS AF=0.480519;AO=36;DP=78;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.000679023;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.409;QD=18.4805;RBI=0.00399222;REFB=0.000152239;REVB=-0.00393405;RO=42;SAF=17;SAR=19;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00382332;STB=0.518977;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.000201954;OID=.;OPOS=144547012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:42:40:36:37:0.480519:19:17:20:22:19:18:18:22 chr7 148106477 . C G 223.33 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00966718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.81;QD=16.5432;RBI=0.0386388;REFB=-0.00478966;REVB=0.03741;RO=29;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138428;STB=0.578109;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00238542;OID=.;OPOS=148106477;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:11:14:12:17:11:14:12:17 chr7 148106490 . G A 225.21 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0213452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.836;QD=15.2683;RBI=0.0343913;REFB=-0.0100195;REVB=-0.0269656;RO=33;SAF=15;SAR=11;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150275;STB=0.58511;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0128623;OID=.;OPOS=148106490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:11:15:14:19:11:15:14:19 chr7 148113623 . ATAGTT A 241.75 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0733067;FXX=0.217297;HRUN=1;LEN=5;MLLD=221.023;QD=53.7229;RBI=0.0733075;REFB=0;REVB=-0.000328465;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000134974;OID=.;OPOS=148113624;OREF=TAGTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:20:18:18:0:8:10:0:0:3:0:8:10:0:0 chr7 148143136 . A G 1433.8 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0570236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4941;QD=63.0241;RBI=0.0607745;REFB=0;REVB=-0.0210203;RO=0;SAF=47;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.16558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00042928;OID=.;OPOS=148143136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:43:47:0:0:44:47:0:0 chr7 148481488 . G A 676.73 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0213353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.027;QD=60.1542;RBI=0.0281979;REFB=0.0324374;REVB=-0.0184371;RO=1;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191734;STB=0.510199;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.000228271;OID=.;OPOS=148481488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:24:20:0:1:24:20:0:1 chr7 148525904 . C G 715.49 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674555;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5131;QD=57.2388;RBI=0.0679887;REFB=0;REVB=-0.00849767;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000590584;OID=.;OPOS=148525904;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:19:30:0:0:19:31:0:0 chr7 148638572 . G A 1073.62 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0686053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6781;QD=57.2595;RBI=0.076231;REFB=-0.0072839;REVB=-0.0332337;RO=2;SAF=36;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255518;STB=0.51351;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.000462272;OID=.;OPOS=148638572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:75:75:2:2:73:73:0.973333:37:36:2:0:37:36:2:0 chr7 148801091 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.485;QD=39.2048;RBI=0.0290284;REFB=0;REVB=0.00430119;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015927;OID=.;OPOS=148801091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr7 148801658 . C T 239.1 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.355;QD=50.3365;RBI=0.0407011;REFB=0;REVB=0.0247411;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030535;OID=.;OPOS=148801658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:6:12:0:0:6:13:0:0 chr7 148822810 . C T 1887.16 PASS AF=1;AO=119;DP=121;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0571789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.63;QD=61.3712;RBI=0.0575593;REFB=0;REVB=0.00660691;RO=2;SAF=63;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148386;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.02227e-05;OID=.;OPOS=148822810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:123:2:0:119:123:1:56:63:2:0:58:65:0:0 chr7 148848358 . G A 280.12 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0321874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.908;QD=48.7164;RBI=0.0692009;REFB=-0.0987102;REVB=0.0612596;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519982;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000949916;OID=.;OPOS=148848358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:0:1:22:22:0.956522:12:10:0:0:12:10:0:1 chr7 148851213 . G A 323.18 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0168248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.561;QD=47.8782;RBI=0.0182695;REFB=-0.0271362;REVB=0.0071204;RO=2;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579364;STB=0.531225;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.000631985;OID=.;OPOS=148851213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:15:10:0:2:15:10:0:2 chr7 148907725 . G A 75.1 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0087053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.227;QD=11.1262;RBI=0.00873011;REFB=-0.00488368;REVB=0.00065766;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0644098;STB=0.555446;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0113035;OID=.;OPOS=148907725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:16:17:10:10:0.37037:5:5:9:7:5:5:10:7 chr7 148937136 . C A 189.46 PASS AF=0.410714;AO=21;DP=54;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.113459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.649;QD=13.5326;RBI=0.113466;REFB=-0.0175788;REVB=-0.00117005;RO=33;SAF=4;SAR=17;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167564;STB=0.568358;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0231121;OID=.;OPOS=148937136;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:33:33:21:23:0.410714:17:4:10:23:18:5:10:23 chr7 148979649 . G T 463.28 PASS AF=0.5;AO=45;DP=91;FAO=46;FDP=92;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0144266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.075;QD=20.1425;RBI=0.0165882;REFB=-0.0180532;REVB=-0.00818787;RO=44;SAF=18;SAR=27;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909987;STB=0.544727;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0226803;OID=.;OPOS=148979649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:44:46:45:46:0.5:27:18:22:22:28:18:22:24 chr7 148987044 . AGC A,ACG,AG 288.5 PASS AF=0,0,0.763158;AO=10,2,12;DP=38;FAO=0,0,29;FDP=38;FR=.;FRO=9;FSAF=0,0,27;FSAR=0,0,2;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.08952,-0.101228,0.190926;FXX=0;HRUN=1,1,2;LEN=2,2,1;MLLD=53.8277,78.7176,15.8707;QD=30.3688;RBI=0.0976477,0.110139,0.216497;REFB=-0.00611303,0.000215681,-0.0890911;REVB=-0.0390031,-0.0434,0.10207;RO=8;SAF=10,2,11;SAR=0,0,1;SRF=1;SRR=7;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.839099,0.742825,0.655168;STB=0.5,0.5,0.827924;STBP=1,1,0;TYPE=del,mnp,del;VARB=0,0,0.056748;OID=.,.,.;OPOS=148987045,148987045,148987046;OREF=GC,GC,C;OALT=-,CG,-;OMAPALT=A,ACG,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.763158:10,2,12:38:0,0,29:38:9:0,0,27:0,0,2:1:8:31:8:10,2,11:0,0,1:1:7 chr7 149112306 . A G 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00682375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.292;QD=55.0974;RBI=0.0352882;REFB=0;REVB=-0.0346222;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000265154;OID=.;OPOS=149112306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr7 149152906 . G A 223.12 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0210451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.309;QD=16.5271;RBI=0.0215437;REFB=0.000730137;REVB=-0.00460805;RO=29;SAF=14;SAR=11;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409847;STB=0.52315;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.00102735;OID=.;OPOS=149152906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:11:14:15:14:11:14:15:14 chr7 149191460 . G A 142.0 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0395962;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.362;QD=9.62721;RBI=0.0420045;REFB=-0.0139389;REVB=-0.0140187;RO=40;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172835;STB=0.601666;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0227133;OID=.;OPOS=149191460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:9:10:15:25:9:10:15:25 chr7 149243619 . C T 33.47 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=37;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00488468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.2492;QD=3.52357;RBI=0.0434017;REFB=-0.00778538;REVB=-0.0431259;RO=31;SAF=3;SAR=3;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575494;STB=0.526228;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0308444;OID=.;OPOS=149243619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:37:38:31:32:6:6:0.157895:3:3:17:14:3:3:17:15 chr7 149317053 . T C 417.73 PASS AF=0.417391;AO=47;DP=114;FAO=48;FDP=115;FR=.;FRO=67;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.00637032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3397;QD=14.5298;RBI=0.0631927;REFB=-0.00431906;REVB=0.0628708;RO=67;SAF=26;SAR=21;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634486;STB=0.528674;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.012537;OID=.;OPOS=149317053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:67:67:47:48:0.417391:21:26:33:34:22:26:33:34 chr7 149317062 . C T 716.72 PASS AF=0.581197;AO=68;DP=117;FAO=68;FDP=117;FR=.;FRO=49;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00516802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5289;QD=24.5033;RBI=0.0508227;REFB=-0.0292641;REVB=0.0505593;RO=48;SAF=33;SAR=35;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428016;STB=0.527498;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0206338;OID=.;OPOS=149317062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:48:49:68:68:0.581197:35:33:26:22:35:33:27:22 chr7 149318375 . C T 105.16 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0151641;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.945;QD=32.3562;RBI=0.0191604;REFB=0.00213414;REVB=0.011712;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571303;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=4.12619e-05;OID=.;OPOS=149318375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:0:2:11:11:0.846154:5:6:0:0:5:6:2:0 chr7 149318471 . C T 164.74 PASS AF=0.548387;AO=16;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0363492;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.9316;QD=21.2562;RBI=0.0407774;REFB=-0.0123751;REVB=0.0184807;RO=15;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833065;STB=0.502072;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0114584;OID=.;OPOS=149318471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:14:16:17:0.548387:5:11:9:6:6:11:9:5 chr7 149332825 . C T 338.52 PASS AF=0.627451;AO=32;DP=51;FAO=32;FDP=51;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0122745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.258;QD=26.5503;RBI=0.013319;REFB=-0.0318692;REVB=-0.00517023;RO=19;SAF=21;SAR=11;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056949;STB=0.531272;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0169471;OID=.;OPOS=149332825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:19:19:32:32:0.627451:11:21:11:8:11:21:11:8 chr7 149332845 . C T 282.22 PASS AF=0.56;AO=29;DP=51;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.000651091;FXX=0.019604;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.496;QD=22.5775;RBI=0.0145844;REFB=-0.0302085;REVB=-0.0145699;RO=22;SAF=19;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162857;STB=0.585736;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0163086;OID=.;OPOS=149332845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:22:22:29:28:0.56:10:19:10:12:10:18:10:12 chr7 149335542 . C T 182.84 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0220147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2079;QD=17.4136;RBI=0.0291051;REFB=0.0174421;REVB=-0.0190384;RO=23;SAF=5;SAR=14;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144918;STB=0.583241;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.0349012;OID=.;OPOS=149335542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:14:5:9:14:14:5:9:14 chr7 149344105 . A G 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0140994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.822;QD=32.8221;RBI=0.0156573;REFB=0.0458556;REVB=0.00680872;RO=1;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175672;STB=0.599759;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.000499308;OID=.;OPOS=149344105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:7:2:1:0:7:2:1:0 chr7 149426304 . AG AGC,GC 618.24 PASS AF=0.953488,0.0465116;AO=38,2;DP=44;FAO=41,2;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20,2;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526443,-0.0273294;FXX=0.0227221;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=23.5223,122.634;QD=57.5107;RBI=0.06885,0.0455209;REFB=0,0;REVB=-0.0443723,-0.0364041;RO=0;SAF=20,2;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.51048e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00175951,0.0321619;OID=.,.;OPOS=149426306,149426304;OREF=-,AG;OALT=C,GC;OMAPALT=AGC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:43:0:0:38,2:41,2:0.953488,0.0465116:18,0:20,2:0:0:21,0:20,2:0:0 chr7 149427409 . T G 1013.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00842209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7658;QD=58.7527;RBI=0.114407;REFB=0;REVB=-0.114096;RO=0;SAF=24;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000231229;OID=.;OPOS=149427409;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:44:24:0:0:45:24:0:0 chr7 149430438 . C G 296.16 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0275482;FXX=0.0169463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=175.033;QD=20.4246;RBI=0.0291348;REFB=-0.0343075;REVB=-0.00948336;RO=25;SAF=12;SAR=19;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443868;STB=0.509912;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0189288;OID=.;OPOS=149430438;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:25:27:31:31:0.534483:19:12:11:14:19:12:11:16 chr7 149462523 . C G 475.28 PASS AF=0.68254;AO=43;DP=63;FAO=43;FDP=63;FR=.;FRO=20;FSAF=37;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=1;FWDB=0.0137875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.752;QD=30.1767;RBI=0.0513292;REFB=-0.025459;REVB=-0.0494428;RO=20;SAF=37;SAR=6;SRF=19;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120194;STB=0.564679;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0144556;OID=.;OPOS=149462523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:20:20:43:43:0.68254:6:37:19:1:6:37:19:1 chr7 149462621 . T C 251.46 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=6;FWDB=0.0118195;FXX=0.112885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4386;QD=18.288;RBI=0.0177357;REFB=-0.032611;REVB=-0.0132233;RO=35;SAF=17;SAR=10;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00112893;STB=0.589063;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0344933;OID=.;OPOS=149462621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:55:35:28:27:27:0.490909:10:17:22:13:10:17:22:6 chr7 149463007 . C T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.13938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.937;QD=19.1331;RBI=0.145851;REFB=-0.070106;REVB=0.0429628;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212944;STB=0.62455;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0506676;OID=.;OPOS=149463007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:0:2:3:2:0:2 chr7 149468137 . C T 113.4 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00838984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.156;QD=9.65116;RBI=0.00946454;REFB=0.0013594;REVB=-0.00438041;RO=33;SAF=6;SAR=8;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306026;STB=0.518492;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.00299972;OID=.;OPOS=149468137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:33:14:14:0.297872:8:6:15:18:8:6:15:18 chr7 149474081 . CTG CT,GCT 234.02 PASS AF=0.590164,0;AO=54,7;DP=125;FAO=72,0;FDP=122;FR=.;FRO=50;FSAF=32,0;FSAR=40,0;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.0696082,0.0266633;FXX=0.0239981;HRUN=7,1;LEN=1,3;MLLD=7.49002,19.4748;QD=7.67277;RBI=0.104222,0.0573379;REFB=-0.129124,-0.0564803;REVB=0.0775692,0.0507612;RO=51;SAF=28,0;SAR=26,7;SRF=26;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00768002,-0.648547;STB=0.522929,0.5;STBP=0.557,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.18265,0;OID=.,.;OPOS=149474083,149474081;OREF=G,CTG;OALT=-,GCT;OMAPALT=CT,GCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:122:51:50:54,7:72,0:0.590164,0:26,7:28,0:26:25:40,0:32,0:25:25 chr7 149499142 . GC G 33.83 PASS AF=0.368421;AO=6;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.188835;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.4554;QD=7.12282;RBI=0.189947;REFB=-0.0344558;REVB=0.02053;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=3;SSEN=0.31746;SSEP=0;SSSB=-0.238861;STB=0.618737;STBP=0.517;TYPE=del;VARB=0.080572;OID=.;OPOS=149499143;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:6:19:7:19:12:4:3:9:3:33:11:3:3:8:3 chr7 149500809 . AG A,CA,TG 303.65 PASS AF=0.808511,0,0.0425532;AO=25,2,2;DP=46;FAO=38,0,2;FDP=47;FR=.;FRO=7;FSAF=30,0,0;FSAR=8,0,2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0168689,-0.0188081,-0.0290752;FXX=0.040808;HRUN=5,1,1;LEN=1,2,1;MLLD=11.5028,12.1303,74.6978;QD=25.8424;RBI=0.173193,0.0801188,0.0988878;REFB=-0.0168661,0.00476753,0.0387111;REVB=0.17237,0.0778799,-0.0945169;RO=9;SAF=23,1,0;SAR=2,1,2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0.384615,0,0;SSSB=0.499039,0.174857,-0.532037;STB=0.603656,0.5,0.992254;STBP=0.009,1,0.385;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0918129,0,0.0761918;OID=.,.,.;OPOS=149500810,149500809,149500809;OREF=G,AG,A;OALT=-,CA,T;OMAPALT=A,CA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:46:47:9:7:25,2,2:38,0,2:0.808511,0,0.0425532:2,1,2:23,1,0:3:6:8,0,2:30,0,0:2:5 chr7 149500817 . GCCCCCT GCCCCT,GCCCCTG,GGCCCCT 281.78 PASS AF=0.74,0,0;AO=22,3,4;DP=50;FAO=37,0,0;FDP=50;FR=.;FRO=13;FSAF=22,0,0;FSAR=15,0,0;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.188625,0.0236897,0.113567;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=12.302,17.6058,17.9587;QD=22.5423;RBI=0.203509,0.0249654,0.118226;REFB=-0.105996,-0.00841618,-0.0309061;REVB=0.0763985,0.00787844,-0.0328636;RO=18;SAF=13,2,1;SAR=9,1,3;SRF=13;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.112195,-0.0719389,-0.500331;STB=0.5266,0.5,0.5;STBP=0.586,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.0882042,0,0;OID=.,.,.;OPOS=149500818,149500822,149500818;OREF=C,CT,C;OALT=-,TG,G;OMAPALT=GCCCCT,GCCCCTG,GGCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.74,0,0:22,3,4:50:37,0,0:50:13:22,0,0:15,0,0:9:4:48:18:13,2,1:9,1,3:13:5 chr7 149506211 . G GC 1514.65 PASS AF=1;AO=128;DP=140;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.623;QD=44.8786;RBI=0.135373;REFB=0;REVB=0.0199113;RO=11;SAF=71;SAR=57;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681464;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00169824;OID=.;OPOS=149506212;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:128:140:135:135:0:78:57:0:0:27:11:71:57:11:0 chr7 149509419 . C T 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.132663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.636;QD=19.134;RBI=0.153359;REFB=0.0417232;REVB=0.0769385;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491618;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00341802;OID=.;OPOS=149509419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:1:1:2:3:1:1 chr7 149511902 . C T 133.85 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0314458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5986;QD=25.4946;RBI=0.0369067;REFB=0.0214499;REVB=0.01932;RO=7;SAF=7;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127549;STB=0.571328;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=-0.00320648;OID=.;OPOS=149511902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:7:7:2:5:7:7:2:5 chr7 149511985 . A G 168.88 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0137234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.87;QD=24.1263;RBI=0.0142641;REFB=-0.0259297;REVB=0.0038901;RO=11;SAF=10;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15749;STB=0.588131;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0286911;OID=.;OPOS=149511985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:7:10:4:7:7:10:4:7 chr7 149513560 . T C 168.62 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0247738;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.273;QD=15.329;RBI=0.0297927;REFB=-0.0181737;REVB=-0.0165488;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154411;STB=0.610988;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0437345;OID=.;OPOS=149513560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:26:26:18:18:0.409091:7:11:12:14:7:11:11:15 chr7 149515188 . TA T 36.02 PASS AF=0.315789;AO=5;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0741903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.6665;QD=7.58222;RBI=0.121299;REFB=-0.00751087;REVB=-0.0959653;RO=13;SAF=4;SAR=1;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247161;STB=0.538331;STBP=0.838;TYPE=del;VARB=-0.0139985;OID=.;OPOS=149515189;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.315789:5:19:6:19:13:4:2:8:5:36:13:4:1:8:5 chr7 149515754 . A G 48.38 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0260854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.873;QD=13.8233;RBI=0.0295004;REFB=-0.0172103;REVB=-0.0137778;RO=7;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0225429;OID=.;OPOS=149515754;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:5:2:2:5:5:2:2:5 chr7 149516486 . A G 235.17 PASS AF=0.4375;AO=24;DP=60;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.00908934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.593;QD=14.6983;RBI=0.0175956;REFB=-0.0300398;REVB=0.0150661;RO=35;SAF=2;SAR=22;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.400375;STB=0.58468;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0383172;OID=.;OPOS=149516486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:64:35:36:24:28:0.4375:22:2:10:25:23:5:10:26 chr7 149517978 . G T 134.14 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.00898491;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.904;QD=10.3185;RBI=0.00909534;REFB=-0.0212624;REVB=-0.00141305;RO=35;SAF=11;SAR=6;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490023;STB=0.528934;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.035837;OID=.;OPOS=149517978;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:35:35:17:17:0.326923:6:11:24:11:6:11:24:11 chr7 149518148 . A G 66.82 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0713476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.185;QD=12.7274;RBI=0.0974536;REFB=-0.0160271;REVB=-0.0663831;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769224;STB=0.516093;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0139821;OID=.;OPOS=149518148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:11:12:9:9:0.428571:5:4:4:7:5:4:5:7 chr7 149518596 . G A 100.72 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0274399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.351;QD=16.1152;RBI=0.0766171;REFB=-0.0254066;REVB=0.0715349;RO=10;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972526;STB=0.559345;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0303511;OID=.;OPOS=149518596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:10:13:12:12:0.48:7:5:3:7:7:5:4:9 chr7 149518961 . T C 782.69 PASS AF=0.482558;AO=77;DP=169;FAO=83;FDP=172;FR=.;FRO=89;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=37;FSRR=52;FWDB=-0.0113124;FXX=0.0114936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8387;QD=18.2021;RBI=0.0160255;REFB=-0.028822;REVB=0.011351;RO=90;SAF=28;SAR=49;SRF=40;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825726;STB=0.5369;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0347319;OID=.;OPOS=149518961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:172:90:89:77:83:0.482558:49:28:40:50:54:29:37:52 chr7 149522366 . T G 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00856302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.524;QD=17.3206;RBI=0.0518307;REFB=0.0171739;REVB=-0.0511185;RO=18;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221667;STB=0.512696;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.0113706;OID=.;OPOS=149522366;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:5:11:12:6:5:11:12:6 chr7 149523277 . A G 468.07 PASS AF=0.490196;AO=48;DP=100;FAO=50;FDP=102;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.00364826;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.715;QD=18.3556;RBI=0.0296588;REFB=-0.0322475;REVB=-0.0294336;RO=49;SAF=20;SAR=28;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798272;STB=0.518777;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0336424;OID=.;OPOS=149523277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:49:52:48:50:0.490196:28:20:20:29:28:22:21:31 chr7 149523584 . C T 48.22 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0342134;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.4364;QD=12.8592;RBI=0.0414037;REFB=-0.0370316;REVB=0.0233177;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308464;STB=0.685728;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.029867;OID=.;OPOS=149523584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:2:5:3:5:2:5:3:5 chr7 149543269 . C T 252.56 PASS AF=0.375;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.000539351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.731;QD=12.6279;RBI=0.002796;REFB=-0.00815388;REVB=0.00274349;RO=49;SAF=20;SAR=10;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0877402;STB=0.558518;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0179778;OID=.;OPOS=149543269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:49:50:30:30:0.375:10:20:29:20:10:20:29:21 chr7 149558443 . G C 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0578698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4232;QD=20.8936;RBI=0.0600125;REFB=-0.0580692;REVB=-0.0158929;RO=6;SAF=8;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249643;STB=0.644839;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0424213;OID=.;OPOS=149558443;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:2:8:3:3:2:8:3:3 chr7 149575848 . C T 248.46 PASS AF=0.357143;AO=29;DP=82;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.0644851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.635;QD=11.8312;RBI=0.0759484;REFB=0.0153161;REVB=0.0401228;RO=53;SAF=15;SAR=14;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00873451;STB=0.511897;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.0249935;OID=.;OPOS=149575848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:53:54:29:30:0.357143:14:15:27:26:15:15:28:26 chr7 149983565 . T C 113.99 PASS AF=0.257576;AO=17;DP=66;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.000817146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.228;QD=6.90854;RBI=0.0120169;REFB=-0.00487303;REVB=-0.0119891;RO=48;SAF=9;SAR=8;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148936;STB=0.51611;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0180854;OID=.;OPOS=149983565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:48:49:17:17:0.257576:8:9:26:22:8:9:27:22 chr7 150035183 . C T 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.0175019;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=310.784;QD=15.1968;RBI=0.0179903;REFB=-0.00593014;REVB=-0.0041636;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340658;STB=0.692085;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0119502;OID=.;OPOS=150035183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:8:6:2:16:8:6:2:16 chr7 150035526 . T G 142.25 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0290829;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.451;QD=21.0743;RBI=0.0292981;REFB=-0.00278802;REVB=0.00354437;RO=12;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552471;STB=0.531209;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.00171246;OID=.;OPOS=150035526;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:12:12:15:15:0.555556:9:6:4:8:9:6:4:8 chr7 150037660 . A G 46.1 PASS AF=0.291667;AO=8;DP=25;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0146452;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.113;QD=7.68273;RBI=0.0859725;REFB=-0.0430644;REVB=-0.0847159;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703661;STB=0.51216;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.106296;OID=.;OPOS=150037660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:25:24:16:17:8:7:0.291667:5:3:7:9:4:3:7:10 chr7 150066900 . A G 206.13 PASS AF=0.525;AO=19;DP=39;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00850965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.346;QD=20.613;RBI=0.00928152;REFB=-0.0224296;REVB=0.00370573;RO=17;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152848;STB=0.555504;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0162391;OID=.;OPOS=150066900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:17:19:19:21:0.525:9:10:12:5:9:12:13:6 chr7 150068371 . T C 1108.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0384913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.015;QD=59.9213;RBI=0.0485182;REFB=0;REVB=0.029537;RO=0;SAF=26;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213096;OID=.;OPOS=150068371;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:46:26:0:0:46:28:0:0 chr7 150068605 . G A 321.13 PASS AF=0.439024;AO=32;DP=81;FAO=36;FDP=82;FR=.;FRO=46;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0566989;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8355;QD=15.6647;RBI=0.0574217;REFB=-0.028846;REVB=0.00908223;RO=45;SAF=14;SAR=18;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00725914;STB=0.524377;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0441553;OID=.;OPOS=150068605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:45:46:32:36:0.439024:18:14:20:25:18:18:21:25 chr7 150068620 . C T 328.75 PASS AF=0.381443;AO=36;DP=96;FAO=37;FDP=97;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.0356159;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=69.3063;QD=13.5567;RBI=0.0356176;REFB=-0.0119198;REVB=0.000348811;RO=60;SAF=19;SAR=17;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427766;STB=0.516302;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0140558;OID=.;OPOS=150068620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:60:60:36:37:0.381443:17:19:34:26:17:20:34:26 chr7 150068932 . CT C,CC 202.36 PASS AF=0.235294,0.764706;AO=4,13;DP=17;FAO=4,13;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4;FSAR=4,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235585,0.0334013;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=116.584,130.465;QD=47.6142;RBI=0.0358529,0.0376748;REFB=0,0;REVB=0.0270264,0.0174284;RO=0;SAF=0,4;SAR=4,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00192585,-0.00116234;OID=.,.;OPOS=150068933,150068933;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.235294,0.764706:4,13:17:4,13:17:0:0,4:4,9:0:0:21:0:0,4:4,9:0:0 chr7 150070630 . A G 130.32 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0975383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0893;QD=43.4412;RBI=0.0976343;REFB=0;REVB=-0.0043279;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00241285;OID=.;OPOS=150070630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr7 150070663 . T C 191.12 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.37;QD=47.781;RBI=0.0680285;REFB=0;REVB=0.0663784;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000519558;OID=.;OPOS=150070663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:9:6:0:0:10:6:0:0 chr7 150070814 . G A 1098.68 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9081;QD=60.2015;RBI=0.0200077;REFB=0;REVB=0.00257036;RO=0;SAF=45;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1195e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106817;OID=.;OPOS=150070814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:28:45:0:0:28:45:0:0 chr7 150093701 . A C 780.16 PASS AF=0.982456;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00488918;FXX=0.065563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.945;QD=54.7478;RBI=0.00779656;REFB=0.0737703;REVB=0.00607307;RO=1;SAF=22;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020938;STB=0.5102;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00142771;OID=.;OPOS=150093701;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:55:57:1:1:54:56:0.982456:32:22:1:0:32:24:1:0 chr7 150171165 . G A 261.65 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0185179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.028;QD=14.7408;RBI=0.0212411;REFB=-0.00929173;REVB=0.0104053;RO=41;SAF=16;SAR=14;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00332648;STB=0.501886;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0138782;OID=.;OPOS=150171165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:14:16:22:19:14:16:22:19 chr7 150217089 . G A 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0268298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.835;QD=15.1604;RBI=0.0470258;REFB=-0.0193832;REVB=0.038621;RO=22;SAF=12;SAR=4;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.432058;STB=0.749687;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0202788;OID=.;OPOS=150217089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:4:12:7:15:4:12:7:15 chr7 150217248 . A G 1282.5 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00143939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.93;QD=61.0713;RBI=0.0203185;REFB=0;REVB=0.0202675;RO=0;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246238;OID=.;OPOS=150217248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:82:84:1:35:47:0:0:37:47:0:0 chr7 150217335 . G T 464.3 PASS AF=0.56962;AO=45;DP=79;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0101924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.186;QD=23.5088;RBI=0.0146662;REFB=0.00308513;REVB=-0.0105457;RO=34;SAF=24;SAR=21;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00308794;STB=0.501694;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=-0.00320012;OID=.;OPOS=150217335;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:34:34:45:45:0.56962:21:24:18:16:21:24:18:16 chr7 150218002 . C T 119.43 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.0148733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.045;QD=8.84645;RBI=0.0236498;REFB=-0.0194561;REVB=-0.0183874;RO=35;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215633;STB=0.647979;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0329954;OID=.;OPOS=150218002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:38:16:16:0.296296:8:8:11:24:8:8:11:27 chr7 150269542 . G T 403.13 PASS AF=0.644068;AO=38;DP=60;FAO=38;FDP=59;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0180707;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.326;QD=27.3308;RBI=0.0184823;REFB=-0.0278005;REVB=-0.00387865;RO=20;SAF=19;SAR=19;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50847;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0177305;OID=.;OPOS=150269542;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:20:21:38:38:0.644068:19:19:10:10:19:19:10:11 chr7 150324825 . C T 109.25 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0271496;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.671;QD=14.0973;RBI=0.0274512;REFB=-0.00697204;REVB=0.00405785;RO=18;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130454;STB=0.576797;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00988116;OID=.;OPOS=150324825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:10:3:6:12:10:3:6:12 chr7 150326191 . A G 194.04 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00951836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.973;QD=16.8727;RBI=0.0432729;REFB=-0.00678566;REVB=-0.0422131;RO=26;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137865;STB=0.578868;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0175395;OID=.;OPOS=150326191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:12:8:14:12:12:8:14:12 chr7 150327024 . C T 1109.0 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162603;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3449;QD=59.9457;RBI=0.0216362;REFB=0;REVB=0.0142733;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00250624;OID=.;OPOS=150327024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:30:43:0:0:30:44:0:0 chr7 150389593 . T C 198.18 PASS AF=0.4;AO=24;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00235321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.155;QD=13.2118;RBI=0.00519676;REFB=-0.00635961;REVB=0.00463344;RO=36;SAF=14;SAR=10;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880828;STB=0.550519;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0243299;OID=.;OPOS=150389593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:36:24:24:0.4:10:14:18:18:10:14:18:18 chr7 150389677 . G C 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00319512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.184;QD=16.4077;RBI=0.0200524;REFB=-0.0200607;REVB=0.0197962;RO=29;SAF=5;SAR=16;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280426;STB=0.662143;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0257843;OID=.;OPOS=150389677;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:16:5:14:15:16:5:14:15 chr7 150389856 . A G 257.71 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00207887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.701;QD=23.4284;RBI=0.0385903;REFB=-0.00800334;REVB=0.0385342;RO=19;SAF=10;SAR=14;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00357459;STB=0.507806;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00910463;OID=.;OPOS=150389856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:20:24:24:0.545455:14:10:8:11:14:10:8:12 chr7 150439500 . C T 223.58 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=24;FWDB=0.0169359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.732;QD=16.5614;RBI=0.0169367;REFB=-0.0145758;REVB=-0.000164497;RO=28;SAF=18;SAR=7;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.48309;STB=0.775875;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0191794;OID=.;OPOS=150439500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:29:25:25:0.462963:7:18:5:23:7:18:5:24 chr7 150446936 . A G 182.81 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0185552;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.766;QD=25.2149;RBI=0.028584;REFB=-0.0304485;REVB=0.0217427;RO=11;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154912;STB=0.586114;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00693245;OID=.;OPOS=150446936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:9:9:8:3:9:9:8:3 chr7 150488616 . A G 224.65 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.0117981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.072;QD=19.9688;RBI=0.0299885;REFB=-0.0167745;REVB=-0.0275702;RO=23;SAF=5;SAR=17;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072213;STB=0.540505;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0140345;OID=.;OPOS=150488616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:17:5:4:19:17:5:4:19 chr7 150491084 . T G 204.36 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0448113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5861;QD=22.7068;RBI=0.0474308;REFB=-0.0328863;REVB=-0.0155445;RO=16;SAF=17;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269954;STB=0.653668;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0222864;OID=.;OPOS=150491084;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:3:17:10:6:3:17:10:6 chr7 150500520 . C T 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00572449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.022;QD=10.3903;RBI=0.0664348;REFB=-0.0202488;REVB=-0.0661877;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239788;STB=0.660622;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0310257;OID=.;OPOS=150500520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:10:11:7:7:0.388889:3:4:8:2:3:4:9:2 chr7 150500729 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.013;QD=48.7373;RBI=0.0380173;REFB=0;REVB=0.00959446;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462635;OID=.;OPOS=150500729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr7 150501516 . A G 406.41 PASS AF=0.56;AO=38;DP=73;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0304233;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0424;QD=21.6749;RBI=0.0312263;REFB=-0.074343;REVB=0.00703585;RO=32;SAF=19;SAR=19;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517323;STB=0.517146;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0538202;OID=.;OPOS=150501516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:32:33:38:42:0.56:19:19:18:14:22:20:17:16 chr7 150553605 . C T 833.99 PASS AF=0.530612;AO=78;DP=147;FAO=78;FDP=147;FR=.;FRO=69;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=-0.0058783;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4013;QD=22.6937;RBI=0.0125459;REFB=-0.0236703;REVB=0.0110836;RO=66;SAF=31;SAR=47;SRF=41;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187438;STB=0.612269;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0272164;OID=.;OPOS=150553605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:66:69:78:78:0.530612:47:31:41:25:47:31:44:25 chr7 150555915 . A G 440.33 PASS AF=0.461538;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0179152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.333;QD=16.9358;RBI=0.0375475;REFB=-0.0328378;REVB=-0.0329979;RO=55;SAF=27;SAR=21;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367179;STB=0.5147;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.026246;OID=.;OPOS=150555915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:55:56:48:48:0.461538:21:27:33:22:21:27:33:23 chr7 150556055 . CG CC,GC 682.38 PASS AF=0.0652174,0.913043;AO=3,42;DP=47;FAO=3,42;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=1,21;FSAR=2,21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0215635,0.0365081;FXX=0.0212721;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=102.006,163.872;QD=59.3373;RBI=0.0222338,0.0371462;REFB=-0.0488885,0.0558217;REVB=-0.00541819,-0.00685559;RO=0;SAF=1,21;SAR=2,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.59939,0.511622;STBP=0.681,0.51;TYPE=snp,mnp;VARB=0.134216,0.0025829;OID=.,.;OPOS=150556056,150556055;OREF=G,CG;OALT=C,GC;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:47:46:0:1:3,42:3,42:0.0652174,0.913043:2,21:1,21:0:0:2,21:1,21:0:1 chr7 150557622 . G A 274.26 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00786617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.684;QD=17.6939;RBI=0.0123182;REFB=-0.00904014;REVB=0.00947952;RO=31;SAF=18;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10711;STB=0.568581;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0127179;OID=.;OPOS=150557622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:32:30:30:0.483871:12:18:15:16:12:18:15:17 chr7 150557665 . C G 178.42 PASS AF=0.422222;AO=15;DP=41;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.031172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.621;QD=15.8595;RBI=0.0335938;REFB=-0.0143263;REVB=0.0125239;RO=26;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00555343;STB=0.568003;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0225088;OID=.;OPOS=150557665;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:45:26:26:15:19:0.422222:8:7:12:14:8:11:12:14 chr7 150648198 . A G 73.86 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.0136152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2618;QD=10.9416;RBI=0.0582119;REFB=-0.0182975;REVB=-0.0565973;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400015;STB=0.74037;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0433373;OID=.;OPOS=150648198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:26:27:16:17:10:10:0.37037:5:5:2:14:5:5:2:15 chr7 150648789 . T C 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0368897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.532;QD=14.2416;RBI=0.0387683;REFB=-0.00140815;REVB=-0.0119218;RO=31;SAF=12;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00301997;STB=0.501729;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0011571;OID=.;OPOS=150648789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:10:12:17:14:10:12:17:14 chr7 150649531 . G A 443.0 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0201271;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.259;QD=19.9101;RBI=0.0874432;REFB=-0.0358283;REVB=0.0850953;RO=43;SAF=27;SAR=17;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175214;STB=0.596287;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0239188;OID=.;OPOS=150649531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:43:45:44:44:0.494382:17:27:18:25:18:26:18:27 chr7 150695726 . T C 330.22 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.274;QD=52.8359;RBI=0.0667916;REFB=0;REVB=-0.0607748;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00159829;OID=.;OPOS=150695726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:11:13:0:0:11:14:0:0 chr7 150696111 . T C,G 2057.32 PASS AF=0.100719,0.899281;AO=13,116;DP=129;FAO=14,125;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=1,80;FSAR=13,45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00094055,0.0174945;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=97.3697,113.404;QD=59.2033;RBI=0.0215354,0.030298;REFB=0,0;REVB=-0.0215148,0.0247368;RO=0;SAF=0,71;SAR=13,45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.28543e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0633275,0.00419183;OID=.,.;OPOS=150696111,150696111;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:51:129:139:0:0:13,116:14,125:0.100719,0.899281:13,45:0,71:0:0:13,45:1,80:0:0 chr7 150704250 . C G 523.25 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0656404;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1692;QD=59.8;RBI=0.0976611;REFB=0;REVB=-0.072312;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127762;OID=.;OPOS=150704250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr7 150714167 . C T 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00723362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.759;QD=15.2927;RBI=0.0616335;REFB=9.36969e-05;REVB=-0.0612075;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946172;STB=0.555432;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.00294431;OID=.;OPOS=150714167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:5:4:5:4:5:4:5:4 chr7 150715817 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.858;QD=33.4285;RBI=0.179663;REFB=0;REVB=0.175881;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00384614;OID=.;OPOS=150715817;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr7 150752608 . T G 958.68 PASS AF=0.985075;AO=62;DP=63;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0851661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3746;QD=57.2345;RBI=0.0973185;REFB=-0.0127187;REVB=0.0470916;RO=1;SAF=24;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019264;STB=0.508769;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0005481;OID=.;OPOS=150752608;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:67:1:1:62:66:0.985075:38:24:1:0:38:28:1:0 chr7 150761314 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312265;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.164;QD=40.7629;RBI=0.035156;REFB=0;REVB=0.0161508;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391945;OID=.;OPOS=150761314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr7 150765065 . T C 2005.26 PASS AF=0.992366;AO=128;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00994511;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.541;QD=61.2294;RBI=0.0193289;REFB=-0.0440467;REVB=0.0165741;RO=1;SAF=64;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736761;STB=0.503816;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00029037;OID=.;OPOS=150765065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:1:1:128:130:0.992366:64:64:0:1:65:65:0:1 chr7 150768786 . G A 707.53 PASS AF=0.929825;AO=53;DP=57;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00845703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.138;QD=49.6509;RBI=0.00847319;REFB=-0.111633;REVB=-0.000522985;RO=4;SAF=25;SAR=28;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00374438;STB=0.501991;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00153692;OID=.;OPOS=150768786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:57:57:4:4:53:53:0.929825:28:25:2:2:28:25:2:2 chr7 150773786 . G C 61.37 PASS AF=0.3;AO=5;DP=31;FAO=9;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.0889015;FXX=0.0624805;HRUN=7;LEN=1;MLLD=17.6572;QD=8.18253;RBI=0.122622;REFB=-0.0207973;REVB=0.0844557;RO=8;SAF=4;SAR=1;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127905;STB=0.521689;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00805331;OID=.;OPOS=150773786;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:30:8:16:5:9:0.3:1:4:7:1:1:8:14:2 chr7 150773807 . A T 507.85 PASS AF=0.878049;AO=36;DP=44;FAO=36;FDP=41;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.020751;FXX=0.0681663;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.799;QD=49.5467;RBI=0.0265434;REFB=-0.0167278;REVB=-0.0165514;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.553163;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00350917;OID=.;OPOS=150773807;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:44:41:0:5:36:36:0.878049:15:21:0:0:15:21:5:0 chr7 150779492 . G A 95.58 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0344467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4924;QD=11.5851;RBI=0.118156;REFB=-0.012086;REVB=0.113023;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311229;STB=0.682645;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0266942;OID=.;OPOS=150779492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:5:7:6:15:5:7:6:15 chr7 150916228 . G A 623.85 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0338072;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.381;QD=59.4139;RBI=0.0478083;REFB=-0.0792959;REVB=0.0338039;RO=1;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164662;STB=0.508768;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.000716189;OID=.;OPOS=150916228;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:42:1:1:41:41:0.97619:28:13:0:1:28:13:0:1 chr7 150921202 . TGAGA TGA,TGAGG 305.51 PASS AF=0.541667,0.0416667;AO=25,2;DP=48;FAO=26,2;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=14,0;FSAR=12,2;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0124155,-0.0120774;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=246.031,238.239;QD=25.4594;RBI=0.0125904,0.0140126;REFB=-0.020372,-0.0158508;REVB=-0.00209168,-0.00710552;RO=18;SAF=14,0;SAR=11,2;SRF=8;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0873892,-0.499987;STB=0.538432,0.994143;STBP=0.58,0.175;TYPE=del,snp;VARB=0.0155905,0.0151778;OID=.,.;OPOS=150921203,150921206;OREF=GA,A;OALT=-,G;OMAPALT=TGA,TGAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.541667,0.0416667:25,2:48:26,2:48:20:14,0:12,2:9:11:99:18:14,0:11,2:8:10 chr7 150921950 . A G 1372.82 PASS AF=0.957895;AO=90;DP=95;FAO=91;FDP=95;FR=.;FRO=4;FSAF=62;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00842081;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5872;QD=57.8031;RBI=0.0227152;REFB=-0.065726;REVB=0.0210967;RO=4;SAF=62;SAR=28;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630307;STB=0.532251;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00280423;OID=.;OPOS=150921950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:95:95:4:4:90:91:0.957895:28:62:0:4:29:62:0:4 chr7 150931268 . C G 1080.44 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0392142;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7857;QD=60.0247;RBI=0.0408126;REFB=0;REVB=0.0113102;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000165827;OID=.;OPOS=150931268;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:70:72:1:33:37:0:0:35:37:0:0 chr7 150934975 . C G 888.57 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0304192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=313.154;QD=56.417;RBI=0.0311413;REFB=-0.0185034;REVB=-0.00666744;RO=1;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125907;STB=0.506665;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000250707;OID=.;OPOS=150934975;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:37:25:0:1:37:25:0:1 chr7 151049231 . C T 148.95 PASS AF=0.28;AO=21;DP=73;FAO=21;FDP=75;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=-0.0190417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.047;QD=7.94421;RBI=0.0207987;REFB=-0.00740495;REVB=-0.00836642;RO=52;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330358;STB=0.67881;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0106734;OID=.;OPOS=151049231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:52:54:21:21:0.28:9:12:15:37:9:12:17:37 chr7 151097314 . A G 817.05 PASS AF=0.48;AO=84;DP=176;FAO=84;FDP=175;FR=.;FRO=91;FSAF=30;FSAR=54;FSRF=35;FSRR=56;FWDB=-0.044591;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.71;QD=18.6754;RBI=0.0453044;REFB=0.000210279;REVB=0.00800806;RO=89;SAF=30;SAR=54;SRF=33;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137884;STB=0.515415;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.000451181;OID=.;OPOS=151097314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:175:89:91:84:84:0.48:54:30:33:56:54:30:35:56 chr7 151097323 . A G 770.57 PASS AF=0.484848;AO=80;DP=163;FAO=80;FDP=165;FR=.;FRO=85;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=29;FSRR=56;FWDB=-0.0209906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.988;QD=18.6806;RBI=0.0290413;REFB=-0.0124404;REVB=-0.0200697;RO=79;SAF=31;SAR=49;SRF=26;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563935;STB=0.525417;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0113574;OID=.;OPOS=151097323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:165:79:85:80:80:0.484848:49:31:26:53:49:31:29:56 chr7 151106066 . C T 769.41 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000491374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.464;QD=56.9934;RBI=0.0367977;REFB=0;REVB=0.0367944;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37803e-05;OID=.;OPOS=151106066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr7 151133271 . G A 708.53 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.501;QD=62.9802;RBI=0.0301763;REFB=0;REVB=-0.00353166;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.98519e-05;OID=.;OPOS=151133271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr7 151168534 . G A 438.43 PASS AF=0.640625;AO=41;DP=64;FAO=41;FDP=64;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.000830266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.603;QD=27.4017;RBI=0.0110381;REFB=0.000686799;REVB=0.0110069;RO=22;SAF=19;SAR=22;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00571927;STB=0.505357;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.000449622;OID=.;OPOS=151168534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:22:23:41:41:0.640625:22:19:10:12:22:19:11:12 chr7 151597368 . G A 104.78 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0131273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2445;QD=11.0291;RBI=0.0693625;REFB=-0.0784324;REVB=-0.0681089;RO=24;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175995;STB=0.620497;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0801222;OID=.;OPOS=151597368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:25:13:13:0.342105:4:9:13:11:4:9:13:12 chr7 151613438 . G A 192.48 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0149747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.406;QD=16.0397;RBI=0.0371299;REFB=-0.00731533;REVB=-0.0339763;RO=27;SAF=5;SAR=15;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360537;STB=0.69979;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0135884;OID=.;OPOS=151613438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:27:28:20:20:0.416667:15:5:16:11:15:5:16:12 chr7 151680072 . T C 646.23 PASS AF=0.577982;AO=63;DP=109;FAO=63;FDP=109;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.000487459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1145;QD=23.7148;RBI=0.0658877;REFB=-0.0691804;REVB=0.0658859;RO=46;SAF=24;SAR=39;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780584;STB=0.542636;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0501183;OID=.;OPOS=151680072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:46:46:63:63:0.577982:39:24:22:24:39:24:22:24 chr7 151680175 . C T 314.86 PASS AF=0.411765;AO=34;DP=84;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=40;FWDB=-0.000570608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.52;QD=14.817;RBI=0.0404164;REFB=0.00252264;REVB=0.0404123;RO=50;SAF=9;SAR=25;SRF=10;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919686;STB=0.545931;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.0038477;OID=.;OPOS=151680175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:50:50:34:35:0.411765:25:9:10:40:26:9:10:40 chr7 151684256 . A G 445.93 PASS AF=0.628571;AO=41;DP=64;FAO=44;FDP=70;FR=.;FRO=26;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0187437;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=47.0541;QD=25.4817;RBI=0.0480966;REFB=-0.0352395;REVB=0.044294;RO=23;SAF=25;SAR=16;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000734152;STB=0.524379;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0248259;OID=.;OPOS=151684256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:70:23:26:41:44:0.628571:16:25:14:9:18:26:17:9 chr7 151722338 . G A 838.12 PASS AF=0.450777;AO=87;DP=193;FAO=87;FDP=193;FR=.;FRO=106;FSAF=61;FSAR=26;FSRF=65;FSRR=41;FWDB=0.00905157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.392;QD=17.3703;RBI=0.0101281;REFB=-0.0071527;REVB=0.00454405;RO=105;SAF=61;SAR=26;SRF=65;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922631;STB=0.55506;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0089108;OID=.;OPOS=151722338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:193:105:106:87:87:0.450777:26:61:65:40:26:61:65:41 chr7 151722388 . A G 747.06 PASS AF=0.445055;AO=76;DP=179;FAO=81;FDP=182;FR=.;FRO=101;FSAF=56;FSAR=25;FSRF=53;FSRR=48;FWDB=0.0101706;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.438;QD=16.419;RBI=0.0105572;REFB=-0.0202341;REVB=0.00283082;RO=98;SAF=52;SAR=24;SRF=53;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15626;STB=0.600004;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0172897;OID=.;OPOS=151722388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:182:98:101:76:81:0.445055:24:52:53:45:25:56:53:48 chr7 151873853 . C T 105.69 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.098307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8225;QD=11.4263;RBI=0.099688;REFB=0.00421918;REVB=0.0165358;RO=24;SAF=2;SAR=11;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227947;STB=0.638466;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.0106718;OID=.;OPOS=151873853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:11:2:7:17:11:2:7:17 chr7 151874498 . C T 154.77 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00614779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.009;QD=14.7401;RBI=0.0353772;REFB=-0.0179607;REVB=-0.0348389;RO=25;SAF=13;SAR=4;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.392194;STB=0.728333;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0218114;OID=.;OPOS=151874498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:4:13:10:15:4:13:10:15 chr7 151945007 . C T 966.19 PASS AF=0.455357;AO=102;DP=225;FAO=102;FDP=224;FR=.;FRO=122;FSAF=97;FSAR=5;FSRF=118;FSRR=4;FWDB=-0.00872302;FXX=0.00444425;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.599;QD=17.2533;RBI=0.0267001;REFB=-0.00451529;REVB=0.025235;RO=120;SAF=97;SAR=5;SRF=116;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902922;STB=0.551839;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00556948;OID=.;OPOS=151945007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:224:120:122:102:102:0.455357:5:97:116:4:5:97:118:4 chr7 151945012 . GAAAAT GAAA,GAAAT 94.14 PASS AF=0.187773,0.00436681;AO=38,26;DP=231;FAO=43,1;FDP=229;FR=.;FRO=185;FSAF=38,1;FSAR=5,0;FSRF=181;FSRR=4;FWDB=-0.0275464,-0.0692965;FXX=0.0129305;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=22.0127,11.9167;QD=1.6444;RBI=0.206313,0.131118;REFB=-0.0569401,-0.0679909;REVB=-0.204465,-0.11131;RO=142;SAF=32,25;SAR=6,1;SRF=142;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.368573,0.368573;SSSB=-0.635631,-0.68005;STB=0.761941,0.981062;STBP=0.15,0.621;TYPE=del,del;VARB=0.175825,0.013612;OID=.,.;OPOS=151945016,151945013;OREF=AT,A;OALT=-,-;OMAPALT=GAAA,GAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.187773,0.00436681:38,26:231:43,1:229:185:38,1:5,0:181:4:88:142:32,25:6,1:142:0 chr7 151945071 . G GT 286.03 PASS AF=0.203036;AO=105;DP=539;FAO=107;FDP=527;FR=.;FRO=420;FSAF=49;FSAR=58;FSRF=180;FSRR=240;FWDB=0.079396;FXX=0.0131084;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.543;QD=2.17099;RBI=0.101662;REFB=0.012776;REVB=-0.0634943;RO=426;SAF=49;SAR=56;SRF=182;SRR=244;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051653;STB=0.523665;STBP=0.564;TYPE=ins;VARB=-0.0499049;OID=.;OPOS=151945072;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.203036:105:539:107:527:420:49:58:180:240:99:426:49:56:182:244 chr7 151945101 . G C 55.5 PASS AF=0.0618557;AO=29;DP=484;FAO=30;FDP=485;FR=.;FRO=455;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=189;FSRR=266;FWDB=-0.0160212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1866;QD=0.457769;RBI=0.0581414;REFB=-0.00093445;REVB=0.0558905;RO=455;SAF=5;SAR=24;SRF=189;SRR=266;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280933;STB=0.769032;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0135965;OID=.;OPOS=151945101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:484:485:455:455:29:30:0.0618557:24:5:189:266:25:5:189:266 chr7 151945140 . C T 666.44 PASS AF=0.295455;AO=91;DP=308;FAO=91;FDP=308;FR=.;FRO=217;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=77;FSRR=140;FWDB=-0.0284892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5393;QD=8.65505;RBI=0.0474276;REFB=-0.0104749;REVB=-0.0379176;RO=217;SAF=42;SAR=49;SRF=77;SRR=140;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132236;STB=0.576496;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0281531;OID=.;OPOS=151945140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:308:308:217:217:91:91:0.295455:49:42:77:140:49:42:77:140 chr7 151945167 . G T 555.01 PASS AF=0.364641;AO=66;DP=182;FAO=66;FDP=181;FR=.;FRO=115;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=37;FSRR=78;FWDB=0.0163148;FXX=0.0054942;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.346;QD=12.2654;RBI=0.0167633;REFB=-0.00431571;REVB=-0.00385186;RO=114;SAF=30;SAR=36;SRF=37;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149106;STB=0.586395;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00747166;OID=.;OPOS=151945167;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:114:115:66:66:0.364641:36:30:37:77:36:30:37:78 chr7 151945204 . G A 106.33 PASS AF=0.239437;AO=16;DP=70;FAO=17;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=43;FWDB=-0.00303881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8175;QD=5.99042;RBI=0.00344274;REFB=-0.00946247;REVB=-0.00161806;RO=52;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45249;STB=0.772548;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.043277;OID=.;OPOS=151945204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:52:54:16:17:0.239437:7:9:10:42:7:10:11:43 chr7 151962176 . T A 217.87 PASS AF=0.20904;AO=35;DP=175;FAO=37;FDP=177;FR=.;FRO=140;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=63;FSRR=77;FWDB=-0.011405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.732;QD=4.92362;RBI=0.0207001;REFB=-0.0100261;REVB=-0.0172748;RO=140;SAF=19;SAR=16;SRF=63;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11838;STB=0.55011;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0337294;OID=.;OPOS=151962176;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:177:140:140:35:37:0.20904:16:19:63:77:18:19:63:77 chr7 151970856 . T A 1878.36 PASS AF=0.639535;AO=165;DP=261;FAO=165;FDP=258;FR=.;FRO=93;FSAF=73;FSAR=92;FSRF=42;FSRR=51;FWDB=-0.0111334;FXX=0.0190107;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.646;QD=29.1219;RBI=0.0153165;REFB=-0.0210363;REVB=0.0105187;RO=92;SAF=73;SAR=92;SRF=42;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00949645;STB=0.503354;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00459215;OID=.;OPOS=151970856;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:258:92:93:165:165:0.639535:92:73:42:50:92:73:42:51 chr7 151970859 . C T 55.34 PASS AF=0.0787402;AO=20;DP=253;FAO=20;FDP=254;FR=.;FRO=234;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=110;FSRR=124;FWDB=-0.015979;FXX=0.00392141;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.065;QD=0.871541;RBI=0.0288315;REFB=-0.0029944;REVB=-0.0239985;RO=226;SAF=6;SAR=14;SRF=105;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194448;STB=0.66215;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0423299;OID=.;OPOS=151970859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:253:254:226:234:20:20:0.0787402:14:6:105:121:14:6:110:124 chr7 152099906 . T A 942.24 PASS AF=0.635659;AO=82;DP=130;FAO=82;FDP=129;FR=.;FRO=47;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=14;FWDB=0.00395888;FXX=0.0300729;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.878;QD=29.2166;RBI=0.0190043;REFB=-0.0277471;REVB=0.0185874;RO=47;SAF=44;SAR=38;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11335;STB=0.561167;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0151137;OID=.;OPOS=152099906;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:47:47:82:82:0.635659:38:44:33:14:38:44:33:14 chr7 152099917 . G A 997.93 PASS AF=0.644444;AO=83;DP=130;FAO=87;FDP=135;FR=.;FRO=48;FSAF=47;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=0.00137428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.467;QD=29.5683;RBI=0.005156;REFB=-0.0158161;REVB=0.00496948;RO=47;SAF=44;SAR=39;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102003;STB=0.54557;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00699327;OID=.;OPOS=152099917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:135:47:48:83:87:0.644444:39:44:32:15:40:47:32:16 chr7 152099924 . T C 996.11 PASS AF=0.651515;AO=86;DP=132;FAO=86;FDP=132;FR=.;FRO=46;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=0.0251332;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.245;QD=30.1852;RBI=0.0320917;REFB=-0.0212094;REVB=0.019955;RO=46;SAF=45;SAR=41;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980993;STB=0.552862;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00817935;OID=.;OPOS=152099924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:46:46:86:86:0.651515:41:45:31:15:41:45:31:15 chr7 152099948 . C A 44.85 PASS AF=0.0967742;AO=12;DP=124;FAO=12;FDP=124;FR=.;FRO=112;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=61;FSRR=51;FWDB=-0.01403;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.264;QD=1.44692;RBI=0.0157886;REFB=-0.00395923;REVB=-0.00724155;RO=112;SAF=7;SAR=5;SRF=61;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460908;STB=0.53546;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.0317306;OID=.;OPOS=152099948;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:124:124:112:112:12:12:0.0967742:5:7:61:51:5:7:61:51 chr7 154429560 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00875392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.512;QD=61.684;RBI=0.0107083;REFB=0;REVB=-0.00616746;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9931e-06;OID=.;OPOS=154429560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr7 154667628 . A G 204.17 PASS AF=0.571429;AO=18;DP=33;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0231728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0031;QD=23.334;RBI=0.0233381;REFB=-0.0324518;REVB=-0.00277249;RO=14;SAF=11;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197662;STB=0.564039;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0465689;OID=.;OPOS=154667628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:14:15:18:20:0.571429:7:11:5:9:9:11:6:9 chr7 154667643 . G A 202.02 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00977371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.068;QD=21.2648;RBI=0.0105978;REFB=-0.0383201;REVB=-0.00409737;RO=18;SAF=11;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134987;STB=0.575841;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.027818;OID=.;OPOS=154667643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:9:11:7:11:9:11:7:11 chr7 154679447 . G A 972.88 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.032928;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6442;QD=58.9626;RBI=0.033174;REFB=0;REVB=0.00403209;RO=0;SAF=27;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.11442e-06;OID=.;OPOS=154679447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:65:66:1:38:27:0:0:38:28:0:0 chr7 154685612 . G T 95.62 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0616473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0327;QD=11.59;RBI=0.0617003;REFB=-0.0204847;REVB=-0.00255683;RO=21;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055847;STB=0.533277;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0243888;OID=.;OPOS=154685612;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:8:4:8:13:8:4:8:13 chr7 154862621 . T A 483.06 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7735;QD=58.5531;RBI=0.0367704;REFB=0;REVB=-0.0184677;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127511;OID=.;OPOS=154862621;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr7 154989054 . C T 1029.82 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0456541;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6866;QD=59.6999;RBI=0.0714951;REFB=0;REVB=-0.0550204;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00107732;OID=.;OPOS=154989054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:40:29:0:0:40:29:0:0 chr7 154990003 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00894626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.104;QD=56.7061;RBI=0.00961971;REFB=0;REVB=0.003536;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013882;OID=.;OPOS=154990003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr7 155150472 . G A 725.25 PASS AF=0.981132;AO=49;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00668735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.561;QD=54.7355;RBI=0.0863263;REFB=-0.0879499;REVB=0.0860669;RO=1;SAF=32;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144816;STB=0.507689;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00068305;OID=.;OPOS=155150472;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:49:52:0.981132:17:32:1:0:20:32:1:0 chr7 155150559 . AA AG,GG 1046.57 PASS AF=0.958333,0.0416667;AO=64,3;DP=72;FAO=69,3;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=34,1;FSAR=35,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00531701,-0.010313;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=43.7645,212.741;QD=58.1427;RBI=0.0593667,0.0166814;REFB=0,0;REVB=-0.0591281,-0.0131115;RO=0;SAF=33,1;SAR=31,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00560037,0.0361855;OID=.,.;OPOS=155150560,155150559;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:72:72:0:0:64,3:69,3:0.958333,0.0416667:31,2:33,1:0:0:35,2:34,1:0:0 chr7 155150602 . T C 767.97 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00221968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.838;QD=56.8864;RBI=0.0437367;REFB=0;REVB=0.0436804;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.62341e-05;OID=.;OPOS=155150602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:54:0:0:50:54:1:23:27:0:0:26:28:0:0 chr7 155150765 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.628;QD=59.0187;RBI=0.0624725;REFB=0;REVB=0.0578758;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185346;OID=.;OPOS=155150765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:10:24:0:0:10:24:0:0 chr7 155151018 . G A 317.25 PASS AF=1;AO=20;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.169955;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.552;QD=50.7603;RBI=0.217931;REFB=0;REVB=0.136416;RO=3;SAF=14;SAR=6;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0890795;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0139112;OID=.;OPOS=155151018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:24:25:3:0:20:25:1:6:14:3:0:8:17:0:0 chr7 155151095 . T C 191.27 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.546;QD=47.8185;RBI=0.0586168;REFB=0;REVB=0.0522855;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214651;OID=.;OPOS=155151095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:4:11:0:0:4:12:0:0 chr7 155151194 . G A 766.4 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.892;QD=63.8668;RBI=0.0739251;REFB=0;REVB=0.0569446;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000736654;OID=.;OPOS=155151194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:21:27:0:0:21:27:0:0 chr7 155151307 . A G 487.09 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00571124;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.647;QD=59.0407;RBI=0.0229249;REFB=0;REVB=0.0222021;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146397;OID=.;OPOS=155151307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr7 155151367 . G T 513.9 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511316;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.012;QD=58.7314;RBI=0.153097;REFB=0;REVB=0.144306;RO=0;SAF=27;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00295198;OID=.;OPOS=155151367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:8:27:0:0:8:27:0:0 chr7 155151369 . C T 474.18 PASS AF=0.918919;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0333838;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.67;QD=51.2627;RBI=0.0414889;REFB=-0.120534;REVB=0.0246343;RO=2;SAF=26;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346205;STB=0.527257;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00460752;OID=.;OPOS=155151369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:37:2:3:34:34:0.918919:8:26:2:0:8:26:3:0 chr7 155151432 . AT A,AC 281.04 PASS AF=0.590909,0.409091;AO=5,17;DP=22;FAO=13,9;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10,5;FSAR=3,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.107773,-0.109578;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=71.9015,72.3264;QD=51.0973;RBI=0.108126,0.11533;REFB=0,0;REVB=0.00873362,-0.0359676;RO=0;SAF=4,11;SAR=1,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0050215,0.0633019;OID=.,.;OPOS=155151433,155151433;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=A,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.590909,0.409091:5,17:22:13,9:22:0:10,5:3,4:0:0:47:0:4,11:1,6:0:0 chr7 155151437 . G A 219.67 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0762428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4872;QD=39.9405;RBI=0.0762902;REFB=-0.203975;REVB=-0.00268882;RO=2;SAF=14;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518128;STB=0.5664;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0290521;OID=.;OPOS=155151437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:22:22:2:3:19:19:0.863636:5:14:1:1:5:14:1:2 chr7 155255332 . T C 185.78 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.00381097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2766;QD=19.0544;RBI=0.00392505;REFB=0.00301231;REVB=0.000939456;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164384;STB=0.592501;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.0064075;OID=.;OPOS=155255332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:8:11:15:5:8:11:15:5 chr7 155503920 . A T 717.63 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8438;QD=62.4027;RBI=0.067746;REFB=0;REVB=0.0490449;RO=0;SAF=11;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111947;OID=.;OPOS=155503920;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:44:46:1:33:11:0:0:35:11:0:0 chr7 155755826 . A G 144.72 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0184251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.968;QD=15.6456;RBI=0.045783;REFB=-0.0209045;REVB=-0.0419118;RO=21;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358526;STB=0.703359;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0325387;OID=.;OPOS=155755826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:7:9:4:17:7:9:4:17 chr7 155757502 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.649;QD=54.516;RBI=0.0545622;REFB=0;REVB=-0.0139296;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040938;OID=.;OPOS=155757502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr7 156432955 . G A 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.028532;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.097;QD=25.4655;RBI=0.035003;REFB=0.0376797;REVB=-0.0202763;RO=3;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157021;STB=0.588061;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.0113858;OID=.;OPOS=156432955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:7:2:0:3:7:2:0:3 chr7 156469133 . C G 511.14 PASS AF=0.424242;AO=55;DP=130;FAO=56;FDP=132;FR=.;FRO=76;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=61;FWDB=0.0220456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5612;QD=15.4892;RBI=0.0221355;REFB=-0.0201929;REVB=0.00199352;RO=73;SAF=23;SAR=32;SRF=15;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234586;STB=0.641335;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0191061;OID=.;OPOS=156469133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:73:76:55:56:0.424242:32:23:15:58:32:24:15:61 chr7 156469179 . C T 408.03 PASS AF=0.532468;AO=40;DP=76;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.007006;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.018;QD=21.1965;RBI=0.00702792;REFB=-0.0440876;REVB=-0.000554665;RO=34;SAF=18;SAR=22;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114761;STB=0.543017;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0394291;OID=.;OPOS=156469179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:34:36:40:41:0.532468:22:18:20:14:22:19:20:16 chr7 156469190 . A G 385.38 PASS AF=0.52;AO=37;DP=73;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=-0.0101704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.848;QD=20.5538;RBI=0.0155238;REFB=-0.0206418;REVB=0.0117283;RO=36;SAF=17;SAR=20;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182508;STB=0.609404;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0213502;OID=.;OPOS=156469190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:36:36:37:39:0.52:20:17:24:12:22:17:24:12 chr7 156664783 . C T 223.66 PASS AF=0.617647;AO=20;DP=33;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0136487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.533;QD=26.313;RBI=0.0255806;REFB=-0.0208511;REVB=-0.0216351;RO=13;SAF=7;SAR=13;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033284;STB=0.511101;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0174059;OID=.;OPOS=156664783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:13:13:20:21:0.617647:13:7:4:9:14:7:4:9 chr7 156664907 . T A 124.9 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0281814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.924;QD=17.8423;RBI=0.0409809;REFB=-0.0116169;REVB=-0.0297531;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106175;STB=0.574366;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00705829;OID=.;OPOS=156664907;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:14:14:14:0.5:8:6:4:9:8:6:4:10 chr7 156761818 . G A 208.91 PASS AF=0.362319;AO=24;DP=68;FAO=25;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.000780725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2798;QD=12.111;RBI=0.0154688;REFB=-0.0183989;REVB=-0.0154491;RO=33;SAF=12;SAR=12;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107802;STB=0.547382;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0250989;OID=.;OPOS=156761818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:33:42:24:25:0.362319:12:12:20:13:12:13:25:17 chr7 156762224 . G C 255.3 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.000985855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4948;QD=13.2622;RBI=0.0134161;REFB=-0.0165621;REVB=0.0133799;RO=47;SAF=11;SAR=19;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264899;STB=0.651143;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0268468;OID=.;OPOS=156762224;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:47:47:30:30:0.38961:19:11:29:18:19:11:29:18 chr7 156762248 . G A 368.05 PASS AF=0.409524;AO=43;DP=105;FAO=43;FDP=105;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.00917326;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=196.202;QD=14.0208;RBI=0.0093652;REFB=0.00345997;REVB=-0.00188638;RO=60;SAF=20;SAR=23;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704307;STB=0.539601;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00454457;OID=.;OPOS=156762248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:60:62:43:43:0.409524:23:20:32:28:23:20:33:29 chr7 156801700 . G T 316.82 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00295788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.999;QD=20.4399;RBI=0.00298317;REFB=0.00346204;REVB=-0.00038763;RO=29;SAF=19;SAR=14;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500356;STB=0.527761;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=-0.00496113;OID=.;OPOS=156801700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:14:19:15:14:14:19:15:14 chr7 157061474 . T C 315.56 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.01003;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.245;QD=17.2911;RBI=0.0274888;REFB=-0.00617438;REVB=0.0255936;RO=39;SAF=20;SAR=14;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730374;STB=0.540959;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00809779;OID=.;OPOS=157061474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:39:39:34:34:0.465753:14:20:20:19:14:20:20:19 chr7 157162035 . T G 272.29 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00886977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.544;QD=17.2883;RBI=0.00939825;REFB=0.00142086;REVB=-0.00310712;RO=33;SAF=18;SAR=12;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13698;STB=0.576871;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.00146904;OID=.;OPOS=157162035;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:12:18:15:18:12:18:15:18 chr7 157162068 . T C 1061.25 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=76;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0238966;FXX=0.0263123;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.425;QD=57.3651;RBI=0.0278914;REFB=0.0101186;REVB=0.0143834;RO=2;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277991;STB=0.514702;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.000356381;OID=.;OPOS=157162068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:74:2:2:72:72:0.972973:33:39:0:2:33:39:0:2 chr7 157162103 . A G 473.29 PASS AF=0.576923;AO=45;DP=78;FAO=45;FDP=78;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0111829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2463;QD=24.271;RBI=0.0181681;REFB=-0.0337447;REVB=0.0143186;RO=32;SAF=21;SAR=24;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072639;STB=0.546055;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.028073;OID=.;OPOS=157162103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:32:33:45:45:0.576923:24:21:18:14:24:21:19:14 chr7 157318712 . C T 632.15 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00364211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.654;QD=61.6735;RBI=0.0344738;REFB=0;REVB=0.0342808;RO=0;SAF=10;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.99242e-05;OID=.;OPOS=157318712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:31:10:0:0:31:10:0:0 chr7 157414064 . G A 327.33 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0132987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.069;QD=17.6935;RBI=0.031021;REFB=-0.011818;REVB=-0.0280259;RO=39;SAF=18;SAR=17;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120202;STB=0.567069;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0171118;OID=.;OPOS=157414064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:17:18:25:14:17:18:25:14 chr7 157931119 . A G 1208.65 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.993;QD=61.1976;RBI=0.0186436;REFB=0;REVB=0.00077115;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63062e-05;OID=.;OPOS=157931119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:43:35:0:0:43:36:0:0 chr7 157931144 . C T 781.21 PASS AF=0.920635;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=63;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0471117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.452;QD=49.6006;RBI=0.110876;REFB=-0.190847;REVB=0.100369;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.519993;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00350584;OID=.;OPOS=157931144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:61:63:0:5:58:58:0.920635:31:27:0:0:32:26:1:4 chr7 157959636 . G A 340.68 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.24;QD=54.5092;RBI=0.0708587;REFB=0;REVB=0.0687621;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236895;OID=.;OPOS=157959636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:12:12:0:0:13:12:0:0 chr7 157959911 . A G 593.95 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7308;QD=59.3949;RBI=0.0764675;REFB=0;REVB=0.0568565;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000915627;OID=.;OPOS=157959911;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:40:0:0:36:40:1:15:21:0:0:18:22:0:0 chr7 157985149 . C G 594.68 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0614166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5303;QD=56.6359;RBI=0.0999212;REFB=-0.150487;REVB=0.0788178;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51999;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0129326;OID=.;OPOS=157985149;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:2:40:40:0.952381:24:16:0:0:24:16:0:2 chr7 158263331 . T C 84.26 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=52;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00880001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.0422;QD=6.48131;RBI=0.0455995;REFB=-0.0162334;REVB=-0.0447423;RO=40;SAF=7;SAR=5;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102016;STB=0.564408;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0484763;OID=.;OPOS=158263331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:52:52:40:40:12:12:0.230769:5:7:20:20:5:7:20:20 chr7 158263336 . G C 85.7 PASS AF=0.230769;AO=11;DP=51;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0162922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.07;QD=6.59194;RBI=0.0205987;REFB=-0.00951281;REVB=-0.0126044;RO=39;SAF=7;SAR=4;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153506;STB=0.564408;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0301916;OID=.;OPOS=158263336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:51:52:39:40:11:12:0.230769:4:7:20:19:5:7:20:20 chr7 158263344 . T A 87.45 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00200548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.973;QD=6.85891;RBI=0.0306738;REFB=-0.0103764;REVB=-0.0306082;RO=38;SAF=7;SAR=5;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101433;STB=0.554364;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0278222;OID=.;OPOS=158263344;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:51:51:38:39:12:12:0.235294:5:7:19:19:5:7:20:19 chr7 158384305 . CTGTG C 104.89 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.00337292;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=4;MLLD=291.288;QD=9.53517;RBI=0.00409998;REFB=-0.00528641;REVB=-0.00233093;RO=31;SAF=9;SAR=4;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200445;STB=0.512176;STBP=0.978;TYPE=del;VARB=0.0139932;OID=.;OPOS=158384306;OREF=TGTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.295455:13:46:13:44:31:9:4:21:10:99:31:9:4:21:10 chr7 158524504 . G A 714.47 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022976;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.849;QD=56.0369;RBI=0.0238167;REFB=0;REVB=0.00627216;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13886e-05;OID=.;OPOS=158524504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:48:51:1:20:28:0:0:21:30:0:0 chr7 158526494 . TG CA,TA 793.62 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=2,54;DP=56;FAO=2,54;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=2,21;FSAR=0,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210513,0.00645812;FXX=0.0344768;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=14.6295,58.9931;QD=56.6868;RBI=0.0315283,0.0457935;REFB=0,0;REVB=-0.0234707,-0.0453359;RO=0;SAF=2,21;SAR=0,33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.70667e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0834097,-0.00161285;OID=.,.;OPOS=158526494,158526495;OREF=TG,G;OALT=CA,A;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:56:56:0:0:2,54:2,54:0.0357143,0.964286:0,33:2,21:0:0:0,33:2,21:0:0 chr7 158526880 . G A 677.95 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0262513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9368;QD=58.9522;RBI=0.0448823;REFB=-0.0695342;REVB=0.0364045;RO=2;SAF=11;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276275;STB=0.507243;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00224853;OID=.;OPOS=158526880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:2:1:44:45:0.978261:33:11:0:2:34:11:0:1 chr7 158528233 . A G 976.0 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158118;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6855;QD=59.1515;RBI=0.0197885;REFB=0;REVB=-0.0118984;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63291e-05;OID=.;OPOS=158528233;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:27:39:0:0:27:39:0:0 chr7 158534372 . G A 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0314355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.012;QD=36.3482;RBI=0.0317608;REFB=0.0290595;REVB=0.00453376;RO=1;SAF=7;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599362;STB=0.533274;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.000720841;OID=.;OPOS=158534372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:4:7:1:0:4:7:1:0 chr7 158534381 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00685861;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=176.157;QD=42.1826;RBI=0.00705822;REFB=0;REVB=0.00166674;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.27702e-05;OID=.;OPOS=158534381;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr7 158536267 . T C 259.55 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112553;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.224;QD=51.9103;RBI=0.0255159;REFB=0;REVB=-0.0228993;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000336909;OID=.;OPOS=158536267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr7 158536334 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.615;QD=48.7371;RBI=0.0510567;REFB=0;REVB=0.0492198;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201486;OID=.;OPOS=158536334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr7 158536344 . GA G,GG 231.86 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=4,13;DP=20;FAO=1,18;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=1,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0325107,-0.0426881;FXX=0.049975;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=20.3554,32.0924;QD=48.8126;RBI=0.185904,0.0739037;REFB=0,0;REVB=-0.183039,0.0603282;RO=0;SAF=1,5;SAR=3,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,-3.60098e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0777961,0.0342366;OID=.,.;OPOS=158536345,158536345;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0526316,0.947368:4,13:20:1,18:19:0:0,6:1,12:0:0:5:0:1,5:3,8:0:0 chr7 158536376 . A C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00436318;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.809;QD=43.4862;RBI=0.00450556;REFB=0;REVB=0.00112372;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.08499e-05;OID=.;OPOS=158536376;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr7 158536388 . A C 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361408;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.4826;QD=42.1787;RBI=0.0363718;REFB=0;REVB=0.00409316;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000679741;OID=.;OPOS=158536388;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr7 158536408 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.123;QD=39.2068;RBI=0.0271315;REFB=0;REVB=-0.0140623;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182609;OID=.;OPOS=158536408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr7 158536411 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.014;QD=39.2067;RBI=0.0623952;REFB=0;REVB=-0.059544;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00168552;OID=.;OPOS=158536411;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr7 158672476 . C G 253.46 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9929;QD=48.2788;RBI=0.0502167;REFB=-0.0405886;REVB=0.0442092;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.003479;OID=.;OPOS=158672476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:20:21:0:0:20:21:1:14:6:0:0:15:6:0:0 chr7 158672619 . A G 223.11 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.905;QD=49.5805;RBI=0.0970001;REFB=0;REVB=-0.0939398;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000765016;OID=.;OPOS=158672619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr7 158715219 . A G 1135.81 PASS AF=0.987342;AO=76;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0753052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.8755;QD=57.5096;RBI=0.0933363;REFB=-0.134331;REVB=0.0551433;RO=2;SAF=26;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185522;STB=0.504761;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00339692;OID=.;OPOS=158715219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:2:1:76:78:0.987342:50:26:0:2:52:26:0:1 chr7 158719084 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.458;QD=55.6561;RBI=0.0168182;REFB=0;REVB=-0.00390839;RO=0;SAF=23;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78592e-05;OID=.;OPOS=158719084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:4:23:0:0:4:23:0:0 chr7 158827326 . G A 116.25 PASS AF=0.411765;AO=12;DP=32;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0457174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1227;QD=13.676;RBI=0.0992688;REFB=0.000309218;REVB=0.0881148;RO=20;SAF=11;SAR=1;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.630954;STB=0.888815;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00497716;OID=.;OPOS=158827326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:20:20:12:14:0.411765:1:11:8:12:1:13:8:12 chr7 158851234 . T G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00750713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.626;QD=51.9167;RBI=0.0292506;REFB=0;REVB=0.0282708;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.35733e-05;OID=.;OPOS=158851234;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr7 158896517 . G A 214.2 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00376343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5904;QD=14.7724;RBI=0.0100263;REFB=-0.00730937;REVB=-0.0092932;RO=32;SAF=15;SAR=10;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249719;STB=0.648533;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0078397;OID=.;OPOS=158896517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:33:25:25:0.431034:10:15:11:21:10:15:11:22 chr7 158902567 . G A 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0113421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.315;QD=17.3212;RBI=0.0116972;REFB=0.00610764;REVB=0.00286048;RO=18;SAF=6;SAR=10;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990533;STB=0.556384;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.00651558;OID=.;OPOS=158902567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:10:6:5:13:10:6:5:13 chr8 577101 . A G 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00852045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6729;QD=53.9047;RBI=0.00855114;REFB=0;REVB=0.000723908;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138011;OID=.;OPOS=577101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr8 607766 . C G 145.22 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0722898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4;QD=44.6827;RBI=0.0748133;REFB=0;REVB=-0.019267;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00223065;OID=.;OPOS=607766;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr8 608018 . C T 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0247899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.467;QD=34.6664;RBI=0.0288445;REFB=-0.0325052;REVB=0.0147468;RO=1;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687795;STB=0.538386;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000885151;OID=.;OPOS=608018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:4:6:1:0:4:6:1:0 chr8 608034 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.94;QD=45.8068;RBI=0.037573;REFB=0;REVB=0.0358157;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143363;OID=.;OPOS=608034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr8 609879 . AT CC 198.25 PASS AF=1;AO=14;DP=18;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196274;FXX=0.111049;HRUN=2;LEN=2;MLLD=115.705;QD=49.563;RBI=0.0203286;REFB=0;REVB=0.00529281;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.92755e-05;OID=.;OPOS=609879;OREF=AT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:18:16:0:0:14:16:1:7:7:0:0:9:7:0:0 chr8 618728 . A G 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.703;QD=59.8368;RBI=0.0471769;REFB=0;REVB=0.0431654;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240577;OID=.;OPOS=618728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr8 939076 . G C 112.9 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0706862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6418;QD=28.2249;RBI=0.0949678;REFB=-0.00413406;REVB=-0.063422;RO=4;SAF=10;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341036;STB=0.694072;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00106703;OID=.;OPOS=939076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:2:10:1:3:2:10:1:3 chr8 943504 . G C 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0165538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.622;QD=30.789;RBI=0.024344;REFB=-0.023136;REVB=-0.0178494;RO=1;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286738;STB=0.666169;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00715916;OID=.;OPOS=943504;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:1:7:0:1:1:7:0:1 chr8 977316 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.718;QD=37.4879;RBI=0.0256568;REFB=0;REVB=-0.0209516;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.19323e-05;OID=.;OPOS=977316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr8 977340 . C T 72.88 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0196706;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.335;QD=18.2201;RBI=0.0377783;REFB=-0.039371;REVB=0.0322532;RO=7;SAF=7;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193732;STB=0.613759;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0368615;OID=.;OPOS=977340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:17:16:7:7:9:9:0.5625:2:7:4:3:2:7:4:3 chr8 978573 . A G 169.29 PASS AF=0.68;AO=16;DP=24;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0348489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.783;QD=27.0865;RBI=0.0612977;REFB=-0.0718671;REVB=-0.0504278;RO=8;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381514;STB=0.512181;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0300095;OID=.;OPOS=978573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:25:8:8:16:17:0.68:7:9:5:3:7:10:5:3 chr8 1514009 . C A 224.19 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00501616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6097;QD=42.7036;RBI=0.0174786;REFB=0.0611699;REVB=0.0167434;RO=2;SAF=6;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366475;STB=0.519979;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.0698328;OID=.;OPOS=1514009;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:13:6:1:1:13:6:1:1 chr8 1616718 . A G 202.25 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0522938;FXX=0.0526039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.482;QD=44.9442;RBI=0.0726681;REFB=-0.0376223;REVB=0.050458;RO=1;SAF=7;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609958;STB=0.533294;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00181499;OID=.;OPOS=1616718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:18:1:1:17:17:0.944444:10:7:1:0:10:7:1:0 chr8 1808256 . A G 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00120992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.443;QD=8.89998;RBI=0.0292925;REFB=-0.0178418;REVB=-0.0292675;RO=24;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144506;STB=0.585213;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0361414;OID=.;OPOS=1808256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:24:26:11:11:0.297297:5:6:10:14:5:6:11:15 chr8 1817367 . G A 105.06 PASS AF=0.246154;AO=16;DP=65;FAO=16;FDP=65;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.00230827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2647;QD=6.465;RBI=0.0294615;REFB=-0.00305693;REVB=-0.029371;RO=48;SAF=7;SAR=9;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101457;STB=0.56997;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00900349;OID=.;OPOS=1817367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:48:49:16:16:0.246154:9:7:25:23:9:7:26:23 chr8 1876631 . C T 41.61 PASS AF=0.140351;AO=7;DP=56;FAO=8;FDP=57;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.000133756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8211;QD=2.92006;RBI=0.0148003;REFB=-0.00805536;REVB=-0.0147997;RO=48;SAF=5;SAR=2;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167223;STB=0.547824;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.032256;OID=.;OPOS=1876631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:56:57:48:49:7:8:0.140351:2:5:28:20:3:5:28:21 chr8 1900911 . C T 56.74 PASS AF=0.173077;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0127906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.777;QD=4.36433;RBI=0.0183947;REFB=-0.00816545;REVB=-0.0132199;RO=42;SAF=6;SAR=3;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122872;STB=0.57517;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0675654;OID=.;OPOS=1900911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:52:52:42:43:9:9:0.173077:3:6:24:18:3:6:25:18 chr8 1905132 . G A 217.83 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.000918348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.485;QD=30.0448;RBI=0.0386995;REFB=-0.0307828;REVB=0.0386886;RO=9;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.059495;STB=0.532839;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0186431;OID=.;OPOS=1905132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:29:29:9:9:20:20:0.689655:11:9:5:4:11:9:5:4 chr8 1906630 . G T 623.5 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00367753;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.811;QD=59.3807;RBI=0.027842;REFB=0.00492146;REVB=0.027598;RO=1;SAF=20;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228826;STB=0.512189;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=3.60604e-05;OID=.;OPOS=1906630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:1:1:41:41:0.97619:21:20:1:0:21:20:1:0 chr8 1953194 . T G 175.74 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.553;QD=46.8634;RBI=0.0326868;REFB=0;REVB=-0.0143174;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39022e-05;OID=.;OPOS=1953194;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:2:12:0:0:3:12:0:0 chr8 1953222 . GC G,GT 174.39 PASS AF=0.0666667,0.933333;AO=5,10;DP=15;FAO=1,14;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=1,11;FSAR=0,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00525109,0.0248365;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=51.6172,63.9271;QD=46.5036;RBI=0.0218207,0.0411103;REFB=0,0;REVB=-0.0211795,0.0327598;RO=0;SAF=4,8;SAR=1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0461789,0.0337802;OID=.,.;OPOS=1953223,1953223;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0666667,0.933333:5,10:15:1,14:15:0:1,11:0,3:0:0:4:0:4,8:1,2:0:0 chr8 1953566 . AC A,AA 702.61 PASS AF=0.02,0.98;AO=6,44;DP=51;FAO=1,49;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,34;FSAR=1,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557903,0.0306772;FXX=0.019604;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=144.976,164.954;QD=56.2091;RBI=0.0625547,0.0448791;REFB=0,0;REVB=0.0282937,0.0327574;RO=0;SAF=5,30;SAR=1,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.18042e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0451874,0.00112703;OID=.,.;OPOS=1953567,1953567;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.02,0.98:6,44:51:1,49:50:0:0,34:1,15:0:0:4:0:5,30:1,14:0:0 chr8 1953642 . CAG AAC,C 405.43 PASS AF=0.0689655,0.931034;AO=2,25;DP=30;FAO=2,27;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=2,19;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00322205,-0.00812477;FXX=0.0644953;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=173.105,206.638;QD=55.9215;RBI=0.0200461,0.0367031;REFB=0,0;REVB=0.0197854,0.0357926;RO=0;SAF=2,19;SAR=0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0086482,0.00132564;OID=.,.;OPOS=1953642,1953643;OREF=CAG,AG;OALT=AAC,-;OMAPALT=AAC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:30:29:0:0:2,25:2,27:0.0689655,0.931034:0,6:2,19:0:0:0,8:2,19:0:0 chr8 1953759 . A T 310.93 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.6894;QD=51.8212;RBI=0.0357963;REFB=0;REVB=-0.0103904;RO=1;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440445;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000867503;OID=.;OPOS=1953759;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:1:0:23:24:1:10:13:0:1:11:13:0:0 chr8 1954237 . G C 832.34 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00145711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.76;QD=57.4026;RBI=0.0227376;REFB=0;REVB=0.0226909;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20782e-05;OID=.;OPOS=1954237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr8 1954587 . G A 122.94 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00170369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.636;QD=40.9799;RBI=0.0166399;REFB=0;REVB=0.0165524;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371625;OID=.;OPOS=1954587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:1:10:0:0:1:11:0:0 chr8 2021421 . G T 42.65 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.012764;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.556;QD=4.48931;RBI=0.0226688;REFB=-0.0173725;REVB=-0.0187338;RO=32;SAF=4;SAR=3;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275699;STB=0.534786;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0879872;OID=.;OPOS=2021421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:39:38:32:31:7:7:0.184211:3:4:19:13:3:4:19:12 chr8 2040337 . T C 972.82 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0919298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1276;QD=58.9588;RBI=0.0995671;REFB=0;REVB=-0.0382429;RO=0;SAF=24;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00126503;OID=.;OPOS=2040337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:42:24:0:0:42:24:0:0 chr8 2048811 . A C 751.12 PASS AF=0.964912;AO=53;DP=55;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0117048;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.092;QD=52.71;RBI=0.0443533;REFB=-0.0811481;REVB=0.0427809;RO=2;SAF=22;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409165;STB=0.521731;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.000921281;OID=.;OPOS=2048811;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:57:2:2:53:55:0.964912:31:22:2:0:33:22:2:0 chr8 2054171 . C T 294.24 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00899224;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7848;QD=26.7492;RBI=0.0213684;REFB=-0.0271497;REVB=-0.0193842;RO=17;SAF=8;SAR=18;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128754;STB=0.586138;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.00254595;OID=.;OPOS=2054171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:44:17:18:26:26:0.590909:18:8:8:9:18:8:9:9 chr8 2148550 . G A 276.84 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161068;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.907;QD=52.7312;RBI=0.0173692;REFB=0;REVB=-0.00650085;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000170185;OID=.;OPOS=2148550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr8 2148771 . C T 175.59 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6743;QD=46.825;RBI=0.0785328;REFB=0;REVB=-0.0524815;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.9433e-05;OID=.;OPOS=2148771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr8 2792964 . ATTTTTTTG ATTTTTTG,ATTTTTTGT 82.03 PASS AF=0.515152,0.030303;AO=15,2;DP=35;FAO=17,1;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=11,1;FSAR=6,0;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0566963,-0.0565146;FXX=0.0294031;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=8.83136,93.7059;QD=9.9426;RBI=0.177113,0.0570864;REFB=-0.106731,-0.00421981;REVB=0.167794,0.00805943;RO=13;SAF=9,2;SAR=6,0;SRF=3;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.294963,0.67888;STB=0.646886,0.99258;STBP=0.09,0.244;TYPE=del,mnp;VARB=0.155807,0.0812498;OID=.,.;OPOS=2792965,2792971;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=ATTTTTTG,ATTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.515152,0.030303:15,2:35:17,1:33:15:11,1:6,0:5:10:47:13:9,2:6,0:3:10 chr8 2795430 . T G 52.77 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0790561;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8685;QD=6.20788;RBI=0.0792988;REFB=0.00893354;REVB=-0.00619969;RO=26;SAF=2;SAR=6;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387222;STB=0.749375;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=-0.0347127;OID=.;OPOS=2795430;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:34:34:26:26:8:8:0.235294:6:2:15:11:6:2:15:11 chr8 2795835 . T C 632.16 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.771;QD=61.6743;RBI=0.0262308;REFB=0;REVB=0.0241998;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248626;OID=.;OPOS=2795835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr8 2820745 . G C 1324.3 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00837965;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.029;QD=62.3201;RBI=0.0399674;REFB=0;REVB=0.0390791;RO=0;SAF=56;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.20959e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14148e-05;OID=.;OPOS=2820745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:85:85:1:29:56:0:0:29:56:0:0 chr8 2820778 . G A 295.51 PASS AF=0.369565;AO=34;DP=93;FAO=34;FDP=92;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=45;FSRR=13;FWDB=-0.0265777;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7908;QD=12.8483;RBI=0.0466353;REFB=-0.0268175;REVB=0.0383208;RO=57;SAF=19;SAR=15;SRF=44;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247487;STB=0.643357;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0502322;OID=.;OPOS=2820778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:57:58:34:34:0.369565:15:19:44:13:15:19:45:13 chr8 2832139 . C G 1024.49 PASS AF=0.972603;AO=66;DP=67;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.02454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.852;QD=56.1364;RBI=0.0246911;REFB=-0.0259444;REVB=0.00272765;RO=0;SAF=14;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.531241;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00040052;OID=.;OPOS=2832139;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:67:73:0:2:66:71:0.972603:52:14:0:0:56:15:2:0 chr8 2909992 . G A 876.07 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00166285;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.569;QD=56.5206;RBI=0.00562535;REFB=-0.0830685;REVB=0.00537396;RO=1;SAF=40;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116565;STB=0.506171;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000199773;OID=.;OPOS=2909992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:62:1:1:61:61:0.983871:21:40:1:0:21:40:1:0 chr8 2910020 . A G 837.15 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0081293;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8341;QD=57.7345;RBI=0.00881468;REFB=0;REVB=-0.00340781;RO=0;SAF=37;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.99197e-05;OID=.;OPOS=2910020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:20:37:0:0:21:37:0:0 chr8 2965244 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.716;QD=53.9112;RBI=0.0245492;REFB=0;REVB=-0.0140744;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4779e-05;OID=.;OPOS=2965244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr8 3224561 . T C 187.27 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00382125;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.391;QD=26.7527;RBI=0.00411917;REFB=0.014559;REVB=0.00153807;RO=10;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359018;STB=0.519978;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=-0.00603484;OID=.;OPOS=3224561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:29:28:10:10:18:18:0.642857:8:10:5:5:8:10:5:5 chr8 3351147 . G A 446.14 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5977;QD=57.5664;RBI=0.0362889;REFB=0;REVB=0.0335101;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214299;OID=.;OPOS=3351147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr8 3351195 . C A 618.03 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.268;QD=58.86;RBI=0.0214576;REFB=0;REVB=0.0162846;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303545;OID=.;OPOS=3351195;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:42:0:0:38:42:1:21:17:0:0:24:18:0:0 chr8 3470808 . G A 64.99 PASS AF=0.188679;AO=10;DP=53;FAO=10;FDP=53;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.00489355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.848;QD=4.90477;RBI=0.00515587;REFB=0.00160871;REVB=0.00162362;RO=43;SAF=5;SAR=5;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428885;STB=0.528246;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.00761024;OID=.;OPOS=3470808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:53:43:43:10:10:0.188679:5:5:20:23:5:5:20:23 chr8 3558050 . G A 589.56 PASS AF=0.931818;AO=40;DP=44;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0281402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.313;QD=53.5961;RBI=0.0331643;REFB=-0.0707743;REVB=0.0175498;RO=3;SAF=14;SAR=26;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00239326;STB=0.500616;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00299155;OID=.;OPOS=3558050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:44:44:3:3:40:41:0.931818:26:14:1:2:27:14:1:2 chr8 6272399 . G T 290.83 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0528435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7926;QD=21.5426;RBI=0.0538865;REFB=0.0123383;REVB=-0.0105508;RO=22;SAF=11;SAR=19;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106245;STB=0.561655;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.0108645;OID=.;OPOS=6272399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:22:24:30:30:0.555556:19:11:11:11:19:11:12:12 chr8 6296550 . G T 711.34 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00890837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.159;QD=52.692;RBI=0.0243206;REFB=-0.176004;REVB=-0.0226304;RO=2;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348587;STB=0.518511;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00406879;OID=.;OPOS=6296550;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:26:26:0:2:26:26:0:2 chr8 6302183 . G C 195.49 PASS AF=0.818182;AO=17;DP=23;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0269504;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5309;QD=35.5433;RBI=0.0319455;REFB=-0.0312292;REVB=-0.017152;RO=4;SAF=10;SAR=7;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152167;STB=0.583245;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00935916;OID=.;OPOS=6302183;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:23:22:4:4:17:18:0.818182:7:10:4:0:8:10:4:0 chr8 6302418 . A G 239.35 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0641335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8186;QD=50.3898;RBI=0.0714131;REFB=0;REVB=-0.0314122;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472611;OID=.;OPOS=6302418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr8 6302671 . C T 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0041275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.655;QD=8.24621;RBI=0.00841849;REFB=-0.00599343;REVB=-0.00733722;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18924;STB=0.616134;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0208538;OID=.;OPOS=6302671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:4:3:4:11:4:3:4:11 chr8 6319260 . T C 49.97 PASS AF=0.186047;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00304722;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.118;QD=4.64822;RBI=0.0932176;REFB=-0.016551;REVB=-0.0931678;RO=28;SAF=1;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.525481;STB=0.819782;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0789469;OID=.;OPOS=6319260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:43:28:35:8:8:0.186047:7:1:15:13:7:1:16:19 chr8 6319284 . T C 50.64 PASS AF=0.2;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0437686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3292;QD=5.06364;RBI=0.0455173;REFB=-0.00715612;REVB=-0.0124953;RO=31;SAF=2;SAR=6;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226652;STB=0.642475;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0172256;OID=.;OPOS=6319284;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:40:31:32:8:8:0.2:6:2:13:18:6:2:13:19 chr8 6338306 . C A 83.51 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.0130094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2408;QD=6.30241;RBI=0.0213148;REFB=0.00782518;REVB=-0.0168842;RO=41;SAF=5;SAR=7;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347757;STB=0.7144;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.0288874;OID=.;OPOS=6338306;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:41:41:12:12:0.226415:7:5:29:12:7:5:29:12 chr8 6389889 . C G 1003.28 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0158829;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7679;QD=56.5228;RBI=0.0168687;REFB=-0.00590588;REVB=0.00568223;RO=1;SAF=29;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160211;STB=0.516662;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.000647592;OID=.;OPOS=6389889;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:72:71:1:2:69:69:0.971831:40:29:1:0:40:29:2:0 chr8 6474473 . C G 537.86 PASS AF=0.712121;AO=47;DP=66;FAO=47;FDP=66;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0218049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.165;QD=32.5977;RBI=0.037633;REFB=-0.0316192;REVB=0.0306724;RO=19;SAF=14;SAR=33;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136345;STB=0.57388;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00894961;OID=.;OPOS=6474473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:19:19:47:47:0.712121:33:14:10:9:33:14:10:9 chr8 6478986 . C T 128.32 PASS AF=0.538462;AO=15;DP=27;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0975213;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.826;QD=19.7409;RBI=0.108244;REFB=-0.0571134;REVB=0.0469713;RO=12;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126749;STB=0.58609;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.070078;OID=.;OPOS=6478986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:27:26:12:12:15:14:0.538462:6:9:9:3:6:8:9:3 chr8 6479042 . C T 208.75 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.101303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.335;QD=25.3031;RBI=0.112668;REFB=-0.0469241;REVB=0.049313;RO=13;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816629;STB=0.545409;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0191567;OID=.;OPOS=6479042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:10:10:8:5:10:10:8:5 chr8 6500544 . C T 293.32 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0142816;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.628;QD=23.0056;RBI=0.0201576;REFB=-0.0130979;REVB=0.0142255;RO=21;SAF=11;SAR=18;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183733;STB=0.611336;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.010166;OID=.;OPOS=6500544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:22:29:29:0.568627:18:11:13:8:18:11:14:8 chr8 6615663 . A G 212.37 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0651917;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4668;QD=49.9683;RBI=0.0666895;REFB=0;REVB=0.0140544;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00185108;OID=.;OPOS=6615663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr8 6615754 . G A 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0154795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.596;QD=24.4124;RBI=0.0431149;REFB=-0.0037728;REVB=0.0402403;RO=5;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0215005;STB=0.512173;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00194287;OID=.;OPOS=6615754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:7:4:2:3:7:4:2:3 chr8 6673377 . CA C 272.07 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.264;QD=51.8221;RBI=0.0520154;REFB=0;REVB=0.00922638;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000560713;OID=.;OPOS=6673378;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:21:21:21:0:9:12:0:0:4:0:9:12:0:0 chr8 6690276 . T C 386.9 PASS AF=0.686275;AO=35;DP=51;FAO=35;FDP=51;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.032508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0961;QD=30.3452;RBI=0.0391795;REFB=0.0179957;REVB=0.0218692;RO=16;SAF=22;SAR=13;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367651;STB=0.519989;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.0122888;OID=.;OPOS=6690276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:16:16:35:35:0.686275:13:22:11:5:13:22:11:5 chr8 6735300 . T A 380.62 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00811214;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.448;QD=56.3881;RBI=0.0122713;REFB=0;REVB=0.00920752;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000520298;OID=.;OPOS=6735300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:12:14:0:0:12:15:0:0 chr8 6793540 . C T 428.9 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0250184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.564;QD=57.186;RBI=0.0523461;REFB=0;REVB=-0.0459804;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000280224;OID=.;OPOS=6793540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr8 6793581 . A G 133.83 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0816417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0994;QD=25.4916;RBI=0.0817082;REFB=-0.0120719;REVB=-0.00329613;RO=7;SAF=2;SAR=12;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00972025;OID=.;OPOS=6793581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:12:2:1:6:12:2:1:6 chr8 7154917 . A C 464.46 PASS AF=0.688525;AO=42;DP=61;FAO=42;FDP=61;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0339102;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1947;QD=30.4561;RBI=0.0364457;REFB=-0.0187043;REVB=-0.0133563;RO=18;SAF=16;SAR=26;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685484;STB=0.546903;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00329328;OID=.;OPOS=7154917;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:18:19:42:42:0.688525:26:16:9:9:26:16:10:9 chr8 7215694 . A G 271.29 PASS AF=0.316239;AO=35;DP=116;FAO=37;FDP=117;FR=.;FRO=80;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=45;FWDB=0.0928435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0415;QD=9.27485;RBI=0.0939687;REFB=-0.00319204;REVB=0.014498;RO=79;SAF=14;SAR=21;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523307;STB=0.522553;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0108431;OID=.;OPOS=7215694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:79:80:35:37:0.316239:21:14:35:44:22:15:35:45 chr8 7217172 . G A 134.7 PASS AF=0.181818;AO=24;DP=135;FAO=24;FDP=132;FR=.;FRO=108;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=73;FWDB=-0.0180137;FXX=0.0222206;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.492;QD=4.08174;RBI=0.0181453;REFB=-0.0043313;REVB=0.00218081;RO=106;SAF=18;SAR=6;SRF=33;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.52033;STB=0.81701;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0325902;OID=.;OPOS=7217172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:132:106:108:24:24:0.181818:6:18:33:73:6:18:35:73 chr8 7218632 . C T 64.67 PASS AF=0.111111;AO=16;DP=144;FAO=16;FDP=144;FR=.;FRO=128;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=89;FSRR=39;FWDB=-0.00747885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7432;QD=1.79642;RBI=0.0420151;REFB=0.00332757;REVB=-0.0413441;RO=128;SAF=11;SAR=5;SRF=89;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111586;STB=0.50812;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.0358818;OID=.;OPOS=7218632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:144:144:128:128:16:16:0.111111:5:11:89:39:5:11:89:39 chr8 7308729 . G C 135.14 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0552174;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.036;QD=15.8987;RBI=0.0552578;REFB=-0.0158024;REVB=-0.00211278;RO=19;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259769;STB=0.648464;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0397833;OID=.;OPOS=7308729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:19:19:15:15:0.441176:7:8:5:14:7:8:5:14 chr8 7718187 . T G 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0177918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.656;QD=26.3058;RBI=0.0446472;REFB=-0.0213241;REVB=-0.0409491;RO=13;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117234;STB=0.564911;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0199632;OID=.;OPOS=7718187;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:10:11:9:4:10:11:9:4 chr8 7718266 . A T 160.48 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0021977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.259;QD=45.8519;RBI=0.0407095;REFB=0;REVB=0.0406501;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104354;OID=.;OPOS=7718266;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:12:14:1:7:5:0:0:9:5:0:0 chr8 7720995 . T C 49.54 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0924767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.749;QD=15.2436;RBI=0.117871;REFB=0.0297815;REVB=0.0730857;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218735;STB=0.627576;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.0229282;OID=.;OPOS=7720995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:4:3:1:5:4:3:1:5 chr8 8098577 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00398564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.246;QD=58.5877;RBI=0.0152925;REFB=0;REVB=-0.014764;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107173;OID=.;OPOS=8098577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr8 8176221 . C T 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0153701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.594;QD=8.69804;RBI=0.025953;REFB=-0.010284;REVB=-0.0209121;RO=14;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37647;STB=0.732681;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0150297;OID=.;OPOS=8176221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:2:5:5:9:2:5:5:9 chr8 8176554 . C T 101.39 PASS AF=0.254237;AO=15;DP=59;FAO=15;FDP=59;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=-0.00537264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.47;QD=6.87411;RBI=0.039144;REFB=-0.0152301;REVB=-0.0387736;RO=44;SAF=5;SAR=10;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257952;STB=0.658878;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0538136;OID=.;OPOS=8176554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:44:44:15:15:0.254237:10:5:24:20:10:5:24:20 chr8 8234077 . G C 206.76 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0865909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4618;QD=48.6495;RBI=0.0948304;REFB=0;REVB=0.0386629;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00186056;OID=.;OPOS=8234077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr8 8234192 . G C 82.29 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0135572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.5663;QD=32.9173;RBI=0.0372139;REFB=-0.157942;REVB=0.0346566;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538378;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0195046;OID=.;OPOS=8234192;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:10:10:0:1:9:9:0.9:6:3:0:0:6:3:0:1 chr8 8234218 . CG TA 145.33 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000717501;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=206.235;QD=44.7157;RBI=0.0279009;REFB=0;REVB=0.0278917;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000296421;OID=.;OPOS=8234218;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:8:4:0:0:9:4:0:0 chr8 8234714 . CG GT,TG 255.25 PASS AF=0.1,0.9;AO=2,18;DP=21;FAO=2,18;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2,13;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116483,0.000407084;FXX=0.0475964;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=116.43,108.739;QD=51.05;RBI=0.0248702,0.0241878;REFB=0,0;REVB=0.0219737,0.0241844;RO=0;SAF=2,13;SAR=0,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0395733,0.00636185;OID=.,.;OPOS=8234714,8234714;OREF=CG,C;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:21:20:0:0:2,18:2,18:0.1,0.9:0,5:2,13:0:0:0,5:2,13:0:0 chr8 8238940 . G A 449.65 PASS AF=0.65625;AO=41;DP=63;FAO=42;FDP=64;FR=.;FRO=22;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0197144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.619;QD=28.1028;RBI=0.0754198;REFB=-0.0106433;REVB=-0.0727976;RO=21;SAF=27;SAR=14;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120672;STB=0.551862;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00458187;OID=.;OPOS=8238940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:21:22:41:42:0.65625:14:27:10:11:15:27:11:11 chr8 8440074 . G A 333.02 PASS AF=0.75;AO=25;DP=36;FAO=27;FDP=36;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00145926;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.628;QD=37.0022;RBI=0.0183436;REFB=-0.00819252;REVB=0.0182855;RO=9;SAF=9;SAR=16;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205477;STB=0.588168;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00159562;OID=.;OPOS=8440074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:36:36:9:9:25:27:0.75:16:9:7:2:18:9:6:3 chr8 8560602 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.166154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4162;QD=33.428;RBI=0.219171;REFB=0;REVB=0.142929;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0293474;OID=.;OPOS=8560602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr8 8560909 . G C 555.42 PASS AF=0.974359;AO=36;DP=37;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0171437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.6;QD=56.9662;RBI=0.051731;REFB=-0.128892;REVB=0.0488077;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252932;STB=0.513506;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00137762;OID=.;OPOS=8560909;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:39:1:1:36:38:0.974359:18:18:1:0:20:18:1:0 chr8 8561399 . G T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00117655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.039;QD=47.8222;RBI=0.0100176;REFB=0;REVB=0.00994825;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.38538e-05;OID=.;OPOS=8561399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr8 8561442 . A G 160.23 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00956888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7665;QD=45.7797;RBI=0.0237318;REFB=0;REVB=0.0217172;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145784;OID=.;OPOS=8561442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr8 8561452 . A G 118.3 PASS AF=0.923077;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0153383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.502;QD=36.4003;RBI=0.0188498;REFB=0.0633345;REVB=-0.0109568;RO=1;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177567;STB=0.571302;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.000440313;OID=.;OPOS=8561452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:13:1:1:11:12:0.923077:2:9:0:1:3:9:0:1 chr8 8643582 . C G 329.34 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00238166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9795;QD=50.6673;RBI=0.040719;REFB=-0.0988702;REVB=-0.0406493;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.518504;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00541856;OID=.;OPOS=8643582;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:12:13:0:0:12:13:1:0 chr8 8747894 . A G 782.8 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0223749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7922;QD=56.9307;RBI=0.0274077;REFB=0;REVB=-0.0158287;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00032989;OID=.;OPOS=8747894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:32:23:0:0:32:23:0:0 chr8 8819186 . T A 388.18 PASS AF=0.637931;AO=36;DP=57;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0105481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.622;QD=26.7709;RBI=0.0138084;REFB=-0.0215454;REVB=0.00891123;RO=21;SAF=22;SAR=14;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278477;STB=0.643435;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00874333;OID=.;OPOS=8819186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:21:21:36:37:0.637931:14:22:4:17:15:22:4:17 chr8 9145082 . T C 485.25 PASS AF=0.788462;AO=41;DP=52;FAO=41;FDP=52;FR=.;FRO=11;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0230312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.531;QD=37.3269;RBI=0.0312;REFB=-0.0314645;REVB=0.0210476;RO=9;SAF=21;SAR=20;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226911;STB=0.507039;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.00549843;OID=.;OPOS=9145082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:9:11:41:41:0.788462:20:21:4:5:20:21:6:5 chr8 9414159 . G C 47.23 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=16;FSRR=0;FWDB=0.0209532;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.157;QD=8.21427;RBI=0.0209532;REFB=-0.0161679;REVB=0;RO=16;SAF=7;SAR=0;SRF=16;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0272593;OID=.;OPOS=9414159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:24:23:16:16:7:7:0.304348:0:7:16:0:0:7:16:0 chr8 9414502 . C G 311.89 PASS AF=0.72973;AO=25;DP=38;FAO=27;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0168589;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.75;QD=33.7181;RBI=0.0326245;REFB=-0.0275841;REVB=-0.0279309;RO=9;SAF=12;SAR=13;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714191;STB=0.558839;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0139462;OID=.;OPOS=9414502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:38:37:9:10:25:27:0.72973:13:12:3:6:13:14:3:7 chr8 9414503 . T C 53.74 PASS AF=0.243243;AO=8;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.033462;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4864;QD=5.81027;RBI=0.0340736;REFB=-0.00213581;REVB=-0.00642696;RO=28;SAF=2;SAR=6;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348809;STB=0.747854;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0218401;OID=.;OPOS=9414503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:37:37:28:28:8:9:0.243243:6:2:15:13:7:2:15:13 chr8 9414642 . G A 395.42 PASS AF=0.857143;AO=30;DP=36;FAO=30;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0105515;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.108;QD=45.1913;RBI=0.0462698;REFB=-0.0130096;REVB=0.0450506;RO=6;SAF=10;SAR=20;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.056577;STB=0.541638;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00405112;OID=.;OPOS=9414642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:36:35:6:5:30:30:0.857143:20:10:3:3:20:10:3:2 chr8 9415168 . G A 304.85 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00771034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.895;QD=53.0167;RBI=0.0269364;REFB=0;REVB=0.0258093;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325426;OID=.;OPOS=9415168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:7:14:0:0:8:15:0:0 chr8 9415390 . G A 121.71 PASS AF=0.26087;AO=18;DP=69;FAO=18;FDP=69;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0108919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.956;QD=7.05566;RBI=0.0130366;REFB=-0.00608999;REVB=0.00716374;RO=51;SAF=8;SAR=10;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102908;STB=0.562631;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0184561;OID=.;OPOS=9415390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:51:51:18:18:0.26087:10:8:27:24:10:8:27:24 chr8 9415815 . C G 412.76 PASS AF=0.861111;AO=31;DP=37;FAO=31;FDP=36;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0359278;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4128;QD=45.862;RBI=0.0598365;REFB=-0.0200926;REVB=-0.0478497;RO=5;SAF=15;SAR=16;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734463;STB=0.539543;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00249404;OID=.;OPOS=9415815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:37:36:5:5:31:31:0.861111:16:15:1:4:16:15:1:4 chr8 9577940 . T C 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0055174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.305;QD=63.8691;RBI=0.0256827;REFB=0;REVB=-0.0250831;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.5088e-05;OID=.;OPOS=9577940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr8 9634475 . T C 88.84 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00239844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3891;QD=6.4611;RBI=0.00604121;REFB=-0.000217877;REVB=-0.0055447;RO=41;SAF=4;SAR=9;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281274;STB=0.668307;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.000179281;OID=.;OPOS=9634475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:54:55:41:42:13:13:0.236364:9:4:22:19:9:4:22:20 chr8 9734267 . A C 88.22 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311294;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.404;QD=39.2068;RBI=0.0319495;REFB=0;REVB=0.00719217;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140274;OID=.;OPOS=9734267;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:3:5:0:0:4:5:0:0 chr8 10211175 . C T 291.1 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=-0.023411;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4681;QD=19.0883;RBI=0.0254068;REFB=0.000546914;REVB=-0.00987075;RO=30;SAF=20;SAR=11;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353122;STB=0.695887;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00180934;OID=.;OPOS=10211175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:30:30:31:31:0.508197:11:20:7:23:11:20:7:23 chr8 10285810 . T C 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00684558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.232;QD=16.4268;RBI=0.0265286;REFB=-0.0188929;REVB=0.0256301;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13078;STB=0.593059;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0111036;OID=.;OPOS=10285810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:10:11:11:11:0.5:6:5:3:7:6:5:3:8 chr8 10285825 . T G 145.21 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.8338;QD=44.6806;RBI=0.0693486;REFB=0;REVB=0.0648924;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016124;OID=.;OPOS=10285825;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr8 10383138 . G A 71.38 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0251269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.376;QD=7.71672;RBI=0.0291658;REFB=-0.0151368;REVB=-0.0148083;RO=27;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452153;STB=0.528244;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0357146;OID=.;OPOS=10383138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:7:3:9:18:7:3:9:18 chr8 10383226 . C G 88.81 PASS AF=0.769231;AO=5;DP=12;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0142696;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=138.074;QD=27.3253;RBI=0.0147893;REFB=0.035042;REVB=0.00388587;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951258;STB=0.545359;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.0175185;OID=.;OPOS=10383226;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:13:1:3:5:10:0.769231:4:1:0:1:8:2:1:2 chr8 10390452 . C T 540.99 PASS AF=0.803571;AO=45;DP=56;FAO=45;FDP=56;FR=.;FRO=11;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.000570681;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.875;QD=38.6424;RBI=0.0142498;REFB=0.00800059;REVB=-0.0142383;RO=11;SAF=25;SAR=20;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103421;STB=0.555531;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00124617;OID=.;OPOS=10390452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:56:56:11:11:45:45:0.803571:20:25:3:8:20:25:3:8 chr8 10396054 . A C 656.04 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387136;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3422;QD=62.4795;RBI=0.0427267;REFB=0;REVB=-0.0180783;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143021;OID=.;OPOS=10396054;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr8 10464885 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.343;QD=48.7373;RBI=0.0518495;REFB=0;REVB=0.0501025;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000442101;OID=.;OPOS=10464885;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr8 10465399 . T A 45.06 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00254604;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.171;QD=20.026;RBI=0.00254604;REFB=0.00696679;REVB=0;RO=2;SAF=6;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0101734;OID=.;OPOS=10465399;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:10:9:2:3:6:6:0.666667:0:6:2:0:0:6:3:0 chr8 10467124 . G C 103.58 PASS AF=0.238806;AO=16;DP=67;FAO=16;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=36;FSRR=15;FWDB=-0.027763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.271;QD=6.18374;RBI=0.0281349;REFB=-0.00589956;REVB=-0.0045597;RO=51;SAF=4;SAR=12;SRF=36;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.522382;STB=0.81598;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0230094;OID=.;OPOS=10467124;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:51:51:16:16:0.238806:12:4:36:15:12:4:36:15 chr8 10467207 . C A 1004.76 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385448;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.402;QD=59.1034;RBI=0.0920783;REFB=0;REVB=0.0836224;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000655338;OID=.;OPOS=10467207;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:30:37:0:0:31:37:0:0 chr8 10467627 . T C 61.39 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00299238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.125;QD=18.8879;RBI=0.0242732;REFB=0.000392332;REVB=0.024088;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661115;STB=0.538366;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-1.19277e-05;OID=.;OPOS=10467627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:4:4:3:2:4:4:3:2 chr8 10467629 . T TTTC 55.34 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0220242;FXX=0.076864;HRUN=4;LEN=3;MLLD=214.3;QD=18.4453;RBI=0.0292644;REFB=-0.0220037;REVB=-0.0192702;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121017;STB=0.51216;STBP=0.999;TYPE=ins;VARB=0.0123917;OID=.;OPOS=10467630;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.583333:7:12:7:12:5:4:3:3:2:29:5:4:3:2:3 chr8 10467637 . T C 72.98 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0304961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6006;QD=20.8511;RBI=0.0310145;REFB=-0.0672258;REVB=0.00564709;RO=5;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964512;STB=0.555432;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0399759;OID=.;OPOS=10467637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:5:4:3:2:5:4:3:2 chr8 10468353 . G C 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0186207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9088;QD=7.6279;RBI=0.0193027;REFB=-0.0047172;REVB=-0.0050856;RO=20;SAF=6;SAR=2;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718033;STB=0.545336;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0103236;OID=.;OPOS=10468353;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:2:6:14:6:2:6:14:6 chr8 10469817 . G A 137.95 PASS AF=0.221053;AO=21;DP=95;FAO=21;FDP=95;FR=.;FRO=74;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=-0.0135971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.939;QD=5.80848;RBI=0.0138462;REFB=-0.00907049;REVB=0.00261444;RO=71;SAF=13;SAR=8;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0718412;STB=0.541626;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0551046;OID=.;OPOS=10469817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:71:74:21:21:0.221053:8:13:40:31:8:13:42:32 chr8 10474042 . T G 475.5 PASS AF=0.8;AO=33;DP=42;FAO=36;FDP=45;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.043377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.465;QD=42.2671;RBI=0.046015;REFB=-0.0391661;REVB=0.0153563;RO=9;SAF=8;SAR=25;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0476305;STB=0.506509;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0113006;OID=.;OPOS=10474042;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:45:9:9:33:36:0.8:25:8:3:6:25:11:3:6 chr8 10530218 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.174;QD=52.6119;RBI=0.059043;REFB=0;REVB=0.0166815;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000964584;OID=.;OPOS=10530218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr8 10754511 . C T 170.55 PASS AF=0.255319;AO=24;DP=93;FAO=24;FDP=94;FR=.;FRO=70;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=-0.108358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3802;QD=7.25753;RBI=0.110382;REFB=-0.0146466;REVB=-0.0210388;RO=68;SAF=9;SAR=15;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656918;STB=0.541631;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0451541;OID=.;OPOS=10754511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:68:70:24:24:0.255319:15:9:29:39:15:9:30:40 chr8 10920326 . C T 724.9 PASS AF=0.714286;AO=60;DP=84;FAO=60;FDP=84;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.095838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6006;QD=34.5189;RBI=0.0958938;REFB=-0.0303964;REVB=-0.00327077;RO=24;SAF=20;SAR=40;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251094;STB=0.513509;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0121607;OID=.;OPOS=10920326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:24:24:60:60:0.714286:40:20:7:17:40:20:7:17 chr8 10995997 . G A 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0824118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.2704;QD=11.6336;RBI=0.0933053;REFB=-0.0123389;REVB=-0.0437513;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167304;STB=0.5998;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0287872;OID=.;OPOS=10995997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:6:4:9:7:6:4:9:7 chr8 11162496 . A C 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.709;QD=62.6694;RBI=0.0236868;REFB=0;REVB=-0.00559306;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.59465e-05;OID=.;OPOS=11162496;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr8 11172430 . A G 161.45 PASS AF=0.30137;AO=22;DP=73;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=1;FSRF=36;FSRR=15;FWDB=-0.00347124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.028;QD=8.84637;RBI=0.0224967;REFB=0.00576841;REVB=-0.0222272;RO=46;SAF=21;SAR=1;SRF=35;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.50909;STB=0.85451;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00487511;OID=.;OPOS=11172430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:51:22:22:0.30137:1:21:35:11:1:21:36:15 chr8 11184937 . G A 761.91 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148926;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5733;QD=63.4927;RBI=0.0149879;REFB=0;REVB=-0.00168704;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00250097;OID=.;OPOS=11184937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:46:48:1:32:14:0:0:34:14:0:0 chr8 11188742 . GC AT,GT 414.44 PASS AF=0.0344828,0.965517;AO=2,28;DP=31;FAO=1,28;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163473,0.0479995;FXX=0.0644953;HRUN=2,3;LEN=2,1;MLLD=100.505,108.688;QD=57.1635;RBI=0.0317063,0.0545621;REFB=0,0;REVB=0.0271672,0.0259435;RO=0;SAF=0,14;SAR=2,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0570829,-0.0010224;OID=.,.;OPOS=11188742,11188743;OREF=GC,C;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:31:29:0:0:2,28:1,28:0.0344828,0.965517:2,14:0,14:0:0:1,14:0,14:0:0 chr8 11188752 . G A 380.01 PASS AF=0.878788;AO=29;DP=33;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0153613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.868;QD=46.0618;RBI=0.0610009;REFB=-0.0280872;REVB=0.059035;RO=3;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898838;STB=0.532337;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00121841;OID=.;OPOS=11188752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:33:33:3:4:29:29:0.878788:14:15:0:3:14:15:1:3 chr8 11189315 . T TC 81.25 PASS AF=1;AO=3;DP=14;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0990514;FXX=0.230592;HRUN=0;LEN=1;MLLD=35.5753;QD=32.4995;RBI=0.146382;REFB=0;REVB=0.107779;RO=10;SAF=2;SAR=1;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37802;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0528455;OID=.;OPOS=11189316;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:3:14:10:10:0:5:5:0:0:3:10:2:1:3:7 chr8 11189316 . G C 92.18 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00497632;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7104;QD=28.3631;RBI=0.0360941;REFB=-0.11188;REVB=0.0357494;RO=3;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29369;STB=0.666324;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0208191;OID=.;OPOS=11189316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:14:13:3:3:10:10:0.769231:7:3:3:0:7:3:3:0 chr8 11189488 . T C 601.17 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0359062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.17;QD=58.6506;RBI=0.0360539;REFB=-0.067438;REVB=-0.00326027;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.511106;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000230333;OID=.;OPOS=11189488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:22:18:0:0:22:18:0:1 chr8 11189535 . T C 193.02 PASS AF=1;AO=14;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0844786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0443;QD=45.4165;RBI=0.115252;REFB=0;REVB=0.0783992;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0210038;OID=.;OPOS=11189535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:14:17:1:5:9:0:0:6:11:0:0 chr8 11204165 . C T 289.3 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9082;QD=52.5991;RBI=0.0819478;REFB=0;REVB=-0.0800104;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00144051;OID=.;OPOS=11204165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr8 11204184 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00634385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.088;QD=48.7373;RBI=0.0189789;REFB=0;REVB=0.0178872;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.15865e-05;OID=.;OPOS=11204184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr8 11301753 . A C 1380.81 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268774;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6112;QD=62.764;RBI=0.0319618;REFB=0;REVB=-0.0172964;RO=0;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114218;OID=.;OPOS=11301753;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:45:43:0:0:45:43:0:0 chr8 11414237 . T C 689.32 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.115078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.2977;QD=62.6657;RBI=0.120746;REFB=0;REVB=0.0365595;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000979338;OID=.;OPOS=11414237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:25:18:0:0:26:18:0:0 chr8 11417275 . G T 295.46 PASS AF=0.827586;AO=24;DP=30;FAO=24;FDP=29;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00132595;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.938;QD=40.7537;RBI=0.0115272;REFB=0.000569749;REVB=0.0114507;RO=4;SAF=15;SAR=9;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102244;STB=0.575158;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=-0.000174523;OID=.;OPOS=11417275;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:30:29:4:5:24:24:0.827586:9:15:1:3:9:15:1:4 chr8 11418385 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0073231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.019;QD=53.2767;RBI=0.0132646;REFB=0;REVB=-0.0110599;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.55024e-05;OID=.;OPOS=11418385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr8 11418773 . C T 580.07 PASS AF=0.952381;AO=39;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0714139;FXX=0.0232504;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.2994;QD=55.2446;RBI=0.0714248;REFB=-0.150479;REVB=-0.00124545;RO=3;SAF=21;SAR=18;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017257;STB=0.522716;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0164375;OID=.;OPOS=11418773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:42:42:3:2:39:40:0.952381:18:21:2:1:19:21:2:0 chr8 11421793 . C T 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00131392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.142;QD=51.1803;RBI=0.0191301;REFB=0;REVB=0.0190849;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91908e-05;OID=.;OPOS=11421793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr8 11619261 . T A 937.78 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7023;QD=58.6109;RBI=0.123954;REFB=0;REVB=0.109218;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184349;OID=.;OPOS=11619261;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:37:25:0:0:39:25:0:0 chr8 11619334 . C T 1153.38 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0665792;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8979;QD=60.7044;RBI=0.0784129;REFB=0;REVB=0.0414221;RO=0;SAF=29;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000864174;OID=.;OPOS=11619334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:47:29:0:0:47:29:0:0 chr8 11619986 . C T 255.1 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.367;QD=51.019;RBI=0.0309042;REFB=0;REVB=-0.00864931;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265243;OID=.;OPOS=11619986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr8 11620315 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00744145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.941;QD=59.434;RBI=0.00774123;REFB=0;REVB=-0.00213342;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.37411e-05;OID=.;OPOS=11620315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr8 11621351 . C G 223.16 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.747;QD=49.5904;RBI=0.0388835;REFB=0;REVB=0.0187954;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000624869;OID=.;OPOS=11621351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr8 11621450 . G A 259.92 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129336;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.887;QD=51.9845;RBI=0.0457565;REFB=0;REVB=-0.0438905;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000235906;OID=.;OPOS=11621450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr8 11637163 . T A 36.18 PASS AF=0.181818;AO=5;DP=31;FAO=6;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.014249;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1118;QD=4.38563;RBI=0.0563675;REFB=-0.0118113;REVB=-0.0545368;RO=13;SAF=3;SAR=2;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152232;STB=0.545305;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=-0.00501804;OID=.;OPOS=11637163;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:31:33:13:27:5:6:0.181818:2:3:6:7:3:3:15:12 chr8 11683653 . T C 724.17 PASS AF=0.981132;AO=44;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00835856;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=321.701;QD=54.654;RBI=0.00840619;REFB=-0.153834;REVB=0.000893661;RO=0;SAF=8;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.42054e-08;STB=0.506327;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.000286181;OID=.;OPOS=11683653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:0:1:44:52:0.981132:36:8:0:0:39:13:0:1 chr8 11689119 . G C 460.63 PASS AF=0.677419;AO=42;DP=62;FAO=42;FDP=62;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0360191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3128;QD=29.7178;RBI=0.0381174;REFB=-0.0376105;REVB=-0.0124723;RO=19;SAF=9;SAR=33;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120896;STB=0.580704;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0181357;OID=.;OPOS=11689119;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:19:20:42:42:0.677419:33:9:7:12:33:9:8:12 chr8 11701842 . A C 323.15 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268271;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.8877;QD=53.859;RBI=0.0416917;REFB=0;REVB=0.0319139;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135798;OID=.;OPOS=11701842;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr8 11701887 . CTG C,CT,CTA 210.57 PASS AF=0.645161,0,0;AO=17,4,2;DP=34;FAO=20,0,0;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=13,0,0;FSAR=7,0,0;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00500999,-0.00420713,-0.0214627;FXX=0.0605877;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=224.396,216.897,41.3491;QD=27.1702;RBI=0.0320122,0.0358992,0.0225514;REFB=0.0179547,0.0174074,-0.0233532;REVB=0.0316177,0.0356518,0.00692231;RO=11;SAF=12,2,0;SAR=5,2,2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.126934,-0.0492666,-0.585255;STB=0.539752,0.5,0.5;STBP=0.565,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00971892,0,0;OID=.,.,.;OPOS=11701888,11701889,11701889;OREF=TG,G,G;OALT=-,-,A;OMAPALT=C,CT,CTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.645161,0,0:17,4,2:34:20,0,0:31:11:13,0,0:7,0,0:6:5:86:11:12,2,0:5,2,2:6:5 chr8 11705677 . C G 232.23 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00342371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.008;QD=23.8189;RBI=0.00355248;REFB=-0.00826075;REVB=-0.000947794;RO=17;SAF=17;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276289;STB=0.655493;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0064008;OID=.;OPOS=11705677;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:5:17:8:9:5:17:8:9 chr8 11706581 . T G 314.14 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00823735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.441;QD=30.6477;RBI=0.0267362;REFB=-0.0233663;REVB=0.0254356;RO=14;SAF=8;SAR=19;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230698;STB=0.627086;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0101447;OID=.;OPOS=11706581;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:14:14:27:27:0.658537:19:8:9:5:19:8:9:5 chr8 11710888 . G C 249.28 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0292667;FXX=0.0312402;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.688;QD=32.1648;RBI=0.0292668;REFB=-0.045878;REVB=4.4392e-05;RO=9;SAF=14;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454273;STB=0.524977;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0443578;OID=.;OPOS=11710888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:31:31:9:9:22:22:0.709677:8:14:5:4:8:14:5:4 chr8 11793447 . T C 1200.64 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0807214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5478;QD=60.792;RBI=0.0825587;REFB=0;REVB=0.01732;RO=0;SAF=24;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438216;OID=.;OPOS=11793447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:55:24:0:0:55:24:0:0 chr8 11832079 . A G 613.77 PASS AF=0.913043;AO=42;DP=46;FAO=42;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.000888097;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=242.459;QD=53.3711;RBI=0.0111172;REFB=-0.0432535;REVB=-0.0110817;RO=3;SAF=25;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336959;STB=0.508561;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.000435685;OID=.;OPOS=11832079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:46:46:3:4:42:42:0.913043:17:25:1:2:17:25:2:2 chr8 11872239 . C A 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.194118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8597;QD=51.1815;RBI=0.206129;REFB=0;REVB=0.069333;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00868169;OID=.;OPOS=11872239;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr8 11994957 . T C 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0399995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=322.89;QD=26.0262;RBI=0.0427812;REFB=-0.0103372;REVB=0.0151745;RO=1;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171372;STB=0.599655;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00293441;OID=.;OPOS=11994957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:2:4:0:1:2:4:0:1 chr8 11995274 . G A 130.43 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00520002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7529;QD=43.4761;RBI=0.0173832;REFB=0;REVB=0.0165872;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407434;OID=.;OPOS=11995274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr8 12516729 . T G 191.23 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8711;QD=47.8066;RBI=0.0433511;REFB=0;REVB=0.0381561;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00221915;OID=.;OPOS=12516729;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr8 12516857 . T C 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.106856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.026;QD=8.89957;RBI=0.107327;REFB=-0.0145146;REVB=0.0100385;RO=25;SAF=7;SAR=4;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00447929;STB=0.513345;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0363642;OID=.;OPOS=12516857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:25:26:11:11:0.297297:4:7:16:9:4:7:17:9 chr8 12580049 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0488397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.176;QD=35.5758;RBI=0.0503123;REFB=0;REVB=0.0120838;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00129402;OID=.;OPOS=12580049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr8 12809667 . A T 1556.07 PASS AF=0.717514;AO=127;DP=177;FAO=127;FDP=177;FR=.;FRO=50;FSAF=37;FSAR=90;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.00253024;FXX=0.00561766;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.106;QD=35.1655;RBI=0.0062803;REFB=-0.017731;REVB=0.00574804;RO=46;SAF=37;SAR=90;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107027;STB=0.56735;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00682984;OID=.;OPOS=12809667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:177:177:46:50:127:127:0.717514:90:37:22:24:90:37:25:25 chr8 12809700 . G A 1431.85 PASS AF=0.732919;AO=118;DP=161;FAO=118;FDP=161;FR=.;FRO=43;FSAF=33;FSAR=85;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.012969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.717;QD=35.5738;RBI=0.0326322;REFB=-0.0255294;REVB=0.0299444;RO=42;SAF=33;SAR=85;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100095;STB=0.551319;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0121628;OID=.;OPOS=12809700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:42:43:118:118:0.732919:85:33:19:23:85:33:19:24 chr8 12878637 . A G 464.9 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2809;QD=58.1128;RBI=0.0289565;REFB=0;REVB=-0.0271362;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000191559;OID=.;OPOS=12878637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr8 12878677 . T C 287.2 PASS AF=0.714286;AO=23;DP=34;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0173422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.462;QD=32.8223;RBI=0.0563749;REFB=-0.0416097;REVB=0.0536412;RO=10;SAF=4;SAR=19;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252618;STB=0.615283;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0273835;OID=.;OPOS=12878677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:35:10:10:23:25:0.714286:19:4:5:5:20:5:5:5 chr8 12878807 . T G 535.76 PASS AF=0.8125;AO=39;DP=49;FAO=39;FDP=48;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00291358;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.291;QD=44.6467;RBI=0.00303841;REFB=-0.00810412;REVB=-0.000861964;RO=9;SAF=13;SAR=26;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0843236;STB=0.545431;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00208425;OID=.;OPOS=12878807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:49:48:9:9:39:39:0.8125:26:13:5:4:26:13:5:4 chr8 12879062 . T C 227.14 PASS AF=0.8;AO=20;DP=25;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.00891689;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.275;QD=36.3422;RBI=0.0156953;REFB=-0.0093832;REVB=0.0129164;RO=5;SAF=15;SAR=5;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131402;STB=0.571363;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00228307;OID=.;OPOS=12879062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:25:25:5:5:20:20:0.8:5:15:5:0:5:15:5:0 chr8 12879099 . G A 280.87 PASS AF=0.75;AO=24;DP=32;FAO=24;FDP=32;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00777519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.086;QD=35.1089;RBI=0.00876346;REFB=0.00274092;REVB=0.00404286;RO=8;SAF=13;SAR=11;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969632;STB=0.552867;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.000564227;OID=.;OPOS=12879099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:8:8:24:24:0.75:11:13:6:2:11:13:6:2 chr8 12879198 . A T 58.08 PASS AF=0.1875;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0274808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.308;QD=4.84027;RBI=0.0325495;REFB=-0.0201602;REVB=-0.0174436;RO=38;SAF=4;SAR=5;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131381;STB=0.575869;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0509314;OID=.;OPOS=12879198;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:48:38:39:9:9:0.1875:5:4:21:17:5:4:21:18 chr8 12879334 . T C 226.25 PASS AF=0.724138;AO=20;DP=29;FAO=21;FDP=29;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0710384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6523;QD=31.2066;RBI=0.0765302;REFB=-0.0519722;REVB=0.0284676;RO=8;SAF=10;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064822;STB=0.528026;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0277574;OID=.;OPOS=12879334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:8:8:20:21:0.724138:10:10:3:5:11:10:3:5 chr8 12888908 . T G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0678163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.906;QD=53.2762;RBI=0.0707498;REFB=0;REVB=0.0201614;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00085288;OID=.;OPOS=12888908;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr8 12941709 . C A 274.87 PASS AF=0.821429;AO=23;DP=28;FAO=23;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0276736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.432;QD=39.2673;RBI=0.0360289;REFB=-0.0108114;REVB=0.0230706;RO=5;SAF=10;SAR=13;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546704;STB=0.529755;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00226331;OID=.;OPOS=12941709;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:28:28:5:5:23:23:0.821429:13:10:3:2:13:10:3:2 chr8 12943065 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.62;QD=37.4885;RBI=0.0212255;REFB=0;REVB=-0.0169322;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.50002e-05;OID=.;OPOS=12943065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr8 12957475 . C T 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0078867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.659;QD=7.12497;RBI=0.0121326;REFB=-0.0131089;REVB=0.0092195;RO=18;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.542292;STB=0.84604;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0245671;OID=.;OPOS=12957475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:1:6:7:11:1:6:7:11 chr8 12960281 . T C 97.96 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0172398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.892;QD=7.1242;RBI=0.0173009;REFB=-0.00430974;REVB=-0.00145258;RO=41;SAF=7;SAR=7;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441658;STB=0.527234;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0178014;OID=.;OPOS=12960281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:41:41:14:14:0.254545:7:7:22:19:7:7:22:19 chr8 12990422 . A G 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.014598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.282;QD=19.134;RBI=0.0322696;REFB=0.023851;REVB=0.0287789;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121807;STB=0.62455;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.0209696;OID=.;OPOS=12990422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:1:2:5:5:0.714286:3:2:0:1:3:2:0:2 chr8 13072177 . C T 263.23 PASS AF=0.529412;AO=26;DP=50;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.00193631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.328;QD=20.6454;RBI=0.0141147;REFB=-0.0128604;REVB=0.0139812;RO=23;SAF=17;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154054;STB=0.58327;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0085216;OID=.;OPOS=13072177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:23:24:26:27:0.529412:9:17:11:12:9:18:12:12 chr8 13356802 . G A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0613112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6826;QD=16.6264;RBI=0.0690409;REFB=-0.0290401;REVB=-0.0317425;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305023;STB=0.676026;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0329173;OID=.;OPOS=13356802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:9:4:9:5:9:4:9:5 chr8 13356818 . TT CG,CT 396.8 PASS AF=0.413793,0.586207;AO=12,17;DP=29;FAO=12,17;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=4,9;FSAR=8,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00136738,-0.000150083;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=158.465,209.425;QD=54.7316;RBI=0.00726809,0.00951694;REFB=0,0;REVB=0.00713831,0.00951576;RO=0;SAF=4,9;SAR=8,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.126e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00133008,0.000202099;OID=.,.;OPOS=13356818,13356818;OREF=TT,T;OALT=CG,C;OMAPALT=CG,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:97:29:29:0:0:12,17:12,17:0.413793,0.586207:8,8:4,9:0:0:8,8:4,9:0:0 chr8 13357340 . G C 247.06 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0185989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.085;QD=24.7061;RBI=0.0212281;REFB=0.0025359;REVB=-0.010233;RO=17;SAF=14;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107644;STB=0.559947;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.00219762;OID=.;OPOS=13357340;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:9:14:8:9:9:14:8:9 chr8 13424583 . C T 528.64 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.581;QD=58.7375;RBI=0.023554;REFB=0;REVB=0.0203238;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.6664e-05;OID=.;OPOS=13424583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:20:15:0:0:21:15:0:0 chr8 13425353 . T A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.407;QD=51.1843;RBI=0.0310184;REFB=0;REVB=0.00704352;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371561;OID=.;OPOS=13425353;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr8 13947703 . C T 138.27 PASS AF=0.3;AO=20;DP=68;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.0025858;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4651;QD=7.90138;RBI=0.00258611;REFB=-0.00897266;REVB=-4.03817e-05;RO=48;SAF=16;SAR=4;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.5192;STB=0.736832;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0596351;OID=.;OPOS=13947703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:48:49:20:21:0.3:4:16:17:31:6:15:18:31 chr8 15978063 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.539;QD=56.1916;RBI=0.0302843;REFB=0;REVB=-0.00936826;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.84033e-05;OID=.;OPOS=15978063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr8 15978641 . CT AT,C 97.89 PASS AF=0.12,0.44;AO=3,11;DP=25;FAO=3,11;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=0,9;FSAR=3,2;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00914964,-0.113872;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=128.922,15.1629;QD=15.6621;RBI=0.0408971,0.123359;REFB=-0.0241571,-0.0783552;REVB=-0.0398605,0.04744;RO=8;SAF=0,10;SAR=3,1;SRF=1;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.576989,0.651019;STB=0.994777,0.788919;STBP=0.244,0.014;TYPE=snp,del;VARB=0.0772068,0.0984217;OID=.,.;OPOS=15978641,15978642;OREF=C,T;OALT=A,-;OMAPALT=AT,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:55:25:25:8:11:3,11:3,11:0.12,0.44:3,1:0,10:1:7:3,2:0,9:3:8 chr8 16043667 . C T 103.71 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00208535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.293;QD=10.1184;RBI=0.0818274;REFB=-0.00952463;REVB=-0.0818009;RO=26;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172223;STB=0.626672;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0167113;OID=.;OPOS=16043667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:26:28:13:13:0.317073:5:8:12:14:5:8:12:16 chr8 16927250 . A C 284.67 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0844211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.18;QD=29.9648;RBI=0.0844673;REFB=-0.0122379;REVB=-0.00279499;RO=13;SAF=5;SAR=20;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973405;STB=0.553801;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00828337;OID=.;OPOS=16927250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:20:5:4:9:20:5:4:9 chr8 17079358 . A G 392.2 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00832219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.879;QD=54.0968;RBI=0.0502366;REFB=0;REVB=0.0495424;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000707862;OID=.;OPOS=17079358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:29:0:0:26:29:1:13:13:0:0:14:15:0:0 chr8 17092164 . G T 867.83 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00599844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7254;QD=57.8555;RBI=0.0165192;REFB=0;REVB=0.0153916;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105074;OID=.;OPOS=17092164;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr8 17125768 . T C 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.832;QD=53.2752;RBI=0.0498419;REFB=0;REVB=0.0384686;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000659271;OID=.;OPOS=17125768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr8 17142065 . C T 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.37;QD=55.0975;RBI=0.0294054;REFB=0;REVB=0.0244105;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116852;OID=.;OPOS=17142065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr8 17157259 . G A 594.2 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.076;QD=60.9434;RBI=0.0252184;REFB=0;REVB=-0.00733435;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.83467e-05;OID=.;OPOS=17157259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr8 17230644 . G C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00828521;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.953;QD=63.583;RBI=0.00837706;REFB=0;REVB=0.00123712;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.44751e-06;OID=.;OPOS=17230644;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr8 17270763 . G C 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0105938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.567;QD=22.9576;RBI=0.0119668;REFB=-0.0307197;REVB=-0.00556561;RO=11;SAF=6;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0810739;STB=0.545399;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0210617;OID=.;OPOS=17270763;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:10:6:3:8:10:6:3:8 chr8 17270787 . A G 340.69 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.472;QD=54.5109;RBI=0.0633646;REFB=0;REVB=-0.00744059;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158617;OID=.;OPOS=17270787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:19:6:0:0:19:6:0:0 chr8 17270837 . G C 74.15 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0720098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5713;QD=22.8148;RBI=0.0824204;REFB=-0.0452595;REVB=0.0400962;RO=4;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300734;STB=0.517203;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0281762;OID=.;OPOS=17270837;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:5:4:2:2:5:4:2:2 chr8 17412140 . G C 158.55 PASS AF=0.285714;AO=22;DP=77;FAO=22;FDP=77;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.00558126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.671;QD=8.23626;RBI=0.0128801;REFB=-0.0117828;REVB=0.011608;RO=54;SAF=11;SAR=11;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662029;STB=0.532438;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0342013;OID=.;OPOS=17412140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:54:55:22:22:0.285714:11:11:24:30:11:11:25:30 chr8 17415862 . A C 407.32 PASS AF=0.673469;AO=33;DP=49;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00488783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.393;QD=33.2503;RBI=0.0337841;REFB=-0.045424;REVB=0.0334286;RO=16;SAF=14;SAR=19;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834462;STB=0.54554;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.019278;OID=.;OPOS=17415862;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:16:16:33:33:0.673469:19:14:9:7:19:14:9:7 chr8 17424920 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114472;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.182;QD=39.2043;RBI=0.0413358;REFB=0;REVB=0.0397192;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100736;OID=.;OPOS=17424920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr8 17486282 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0706909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.793;QD=51.9165;RBI=0.0713805;REFB=0;REVB=0.00989789;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000710634;OID=.;OPOS=17486282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr8 17500223 . T C 88.7 PASS AF=0.197368;AO=15;DP=76;FAO=15;FDP=76;FR=.;FRO=61;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=39;FWDB=-0.00767068;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2104;QD=4.66855;RBI=0.0117806;REFB=-0.00265139;REVB=-0.00894109;RO=61;SAF=2;SAR=13;SRF=22;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374125;STB=0.749605;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00965912;OID=.;OPOS=17500223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:76:76:61:61:15:15:0.197368:13:2:22:39:13:2:22:39 chr8 17502900 . CTGATTGATTG CTGATTG,CTGATTGATT 257.9 PASS AF=0.586207,0.206897;AO=17,5;DP=29;FAO=17,6;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=8,1;FSAR=9,5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0215359,-0.0861707;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=235.873,63.2005;QD=35.5723;RBI=0.0215841,0.0870375;REFB=-0.0255188,0.0282428;REVB=-0.00144269,-0.0122529;RO=6;SAF=8,1;SAR=9,4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0139023,-0.308675;STB=0.507683,0.713468;STBP=0.922,0.202;TYPE=del,del;VARB=0.000253749,0.00541453;OID=.,.;OPOS=17502901,17502910;OREF=TGAT,G;OALT=-,-;OMAPALT=CTGATTG,CTGATTGATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.586207,0.206897:17,5:29:17,6:29:6:8,1:9,5:3:3:40:6:8,1:9,4:3:3 chr8 17503125 . C T 683.51 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0414425;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.6912;QD=49.7097;RBI=0.0419851;REFB=-0.140563;REVB=-0.00672791;RO=1;SAF=22;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209274;STB=0.531903;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00507294;OID=.;OPOS=17503125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:55:55:1:3:52:52:0.945455:30:22:1:0:30:22:3:0 chr8 17503205 . G A 309.96 PASS AF=0.551724;AO=31;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00604401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.24;QD=21.3766;RBI=0.0281936;REFB=-0.0018774;REVB=-0.0275381;RO=23;SAF=12;SAR=19;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726312;STB=0.560006;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00210409;OID=.;OPOS=17503205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:26:31:32:0.551724:19:12:11:12:19:13:14:12 chr8 17503269 . AG AC,CA 497.01 PASS AF=0.941176,0.0588235;AO=32,2;DP=35;FAO=32,2;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=16,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.056,-0.00576533;FXX=0.0285633;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=96.1641,130.489;QD=58.4718;RBI=0.080985,0.037678;REFB=0,0;REVB=0.0585027,0.0372343;RO=0;SAF=16,0;SAR=16,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00136558,0.035674;OID=.,.;OPOS=17503270,17503269;OREF=G,AG;OALT=C,CA;OMAPALT=AC,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:35:34:0:0:32,2:32,2:0.941176,0.0588235:16,2:16,0:0:0:16,2:16,0:0:0 chr8 17503501 . G A 1186.55 PASS AF=0.746154;AO=95;DP=130;FAO=97;FDP=130;FR=.;FRO=33;FSAF=35;FSAR=62;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.001402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.419;QD=36.5092;RBI=0.0362331;REFB=0.000584437;REVB=0.036206;RO=33;SAF=35;SAR=60;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162185;STB=0.587948;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.000304116;OID=.;OPOS=17503501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:33:33:95:97:0.746154:60:35:23:10:62:35:23:10 chr8 17541999 . T C 113.32 PASS AF=0.3;AO=13;DP=49;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0338563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.907;QD=9.06517;RBI=0.0400991;REFB=-0.0227223;REVB=-0.021487;RO=35;SAF=7;SAR=6;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0625855;STB=0.580537;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0437068;OID=.;OPOS=17541999;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:35:35:13:15:0.3:6:7:17:18:6:9:17:18 chr8 17581155 . C T 408.48 PASS AF=0.57971;AO=38;DP=67;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00634013;FXX=0.0142837;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.39;QD=23.6801;RBI=0.00648492;REFB=-0.0020142;REVB=0.0013627;RO=27;SAF=15;SAR=23;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389416;STB=0.524638;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00133375;OID=.;OPOS=17581155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:27:29:38:40:0.57971:23:15:12:15:23:17:14:15 chr8 17611959 . T G 871.29 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0203755;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.014;QD=56.2119;RBI=0.0410496;REFB=-0.0770546;REVB=0.0356359;RO=1;SAF=38;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122592;STB=0.506327;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00240223;OID=.;OPOS=17611959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:62:1:1:60:61:0.983871:22:38:1:0:22:39:1:0 chr8 17739538 . T C 353.72 PASS AF=0.725;AO=29;DP=40;FAO=29;FDP=40;FR=.;FRO=11;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0128529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.44;QD=35.3721;RBI=0.0166877;REFB=-0.0377571;REVB=0.0106434;RO=11;SAF=21;SAR=8;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613332;STB=0.533311;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.016216;OID=.;OPOS=17739538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:11:11:29:29:0.725:8:21:9:2:8:21:9:2 chr8 17743020 . G A 300.42 PASS AF=0.757576;AO=25;DP=34;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00809782;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.678;QD=36.4142;RBI=0.00809785;REFB=-0.0431482;REVB=-2.34634e-05;RO=8;SAF=11;SAR=14;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137277;STB=0.57482;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0110262;OID=.;OPOS=17743020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:34:33:8:8:25:25:0.757576:14:11:6:2:14:11:6:2 chr8 17796382 . AC GT,TC 301.57 PASS AF=0.782609,0.217391;AO=18,5;DP=24;FAO=18,5;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9,2;FSAR=9,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161676,0.0139968;FXX=0.0416493;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=189.73,177.034;QD=52.4465;RBI=0.017146,0.0140276;REFB=0,0;REVB=0.00570911,0.000929385;RO=0;SAF=9,2;SAR=9,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.000876844,0.0512082;OID=.,.;OPOS=17796382,17796382;OREF=AC,A;OALT=GT,T;OMAPALT=GT,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:24:23:0:0:18,5:18,5:0.782609,0.217391:9,3:9,2:0:0:9,3:9,2:0:0 chr8 17814915 . A G 472.8 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00614908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.675;QD=55.6233;RBI=0.00662139;REFB=-0.0816138;REVB=-0.00245592;RO=1;SAF=11;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405767;STB=0.521726;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.000508024;OID=.;OPOS=17814915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:34:34:1:1:33:33:0.970588:22:11:1:0:22:11:1:0 chr8 17817553 . G T 464.31 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00597821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.743;QD=58.0381;RBI=0.0270728;REFB=0;REVB=0.0264045;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.97922e-05;OID=.;OPOS=17817553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:19:12:0:0:19:13:0:0 chr8 17820714 . A T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2273;QD=49.5987;RBI=0.0295592;REFB=0;REVB=-0.0227416;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011023;OID=.;OPOS=17820714;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr8 17872191 . G T 344.49 PASS AF=0.634615;AO=31;DP=50;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00483767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.151;QD=26.4991;RBI=0.0122356;REFB=-0.00897941;REVB=-0.0112387;RO=17;SAF=23;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241329;STB=0.62492;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00387154;OID=.;OPOS=17872191;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:17:19:31:33:0.634615:8:23:7:10:9:24:8:11 chr8 17885406 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0749;QD=35.5759;RBI=0.0278216;REFB=0;REVB=0.015837;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000556799;OID=.;OPOS=17885406;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr8 17918934 . A G 3041.52 PASS AF=0.994819;AO=187;DP=191;FAO=192;FDP=193;FR=.;FRO=1;FSAF=98;FSAR=94;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0605895;FXX=0.0102559;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6361;QD=63.0368;RBI=0.076005;REFB=-0.090498;REVB=0.0458875;RO=1;SAF=95;SAR=92;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00498592;STB=0.502538;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000720411;OID=.;OPOS=17918934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:191:193:1:1:187:192:0.994819:92:95:1:0:94:98:1:0 chr8 17928811 . C T 111.79 PASS AF=0.246377;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=69;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=0.0325981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7451;QD=6.48077;RBI=0.0500702;REFB=0.00565887;REVB=0.0380052;RO=50;SAF=6;SAR=11;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611141;STB=0.525705;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.0108514;OID=.;OPOS=17928811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:50:52:17:17:0.246377:11:6:20:30:11:6:20:32 chr8 17930734 . C A 31.49 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.00162252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8489;QD=2.42233;RBI=0.0506307;REFB=0.0121134;REVB=-0.0506047;RO=45;SAF=5;SAR=1;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.484072;STB=0.861988;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=-0.020568;OID=.;OPOS=17930734;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:52:45:46:6:6:0.115385:1:5:18:27:1:5:18:28 chr8 18077007 . G C 490.11 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0334606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.956;QD=56.013;RBI=0.0390507;REFB=-0.110744;REVB=0.0201333;RO=1;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017647;STB=0.509428;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.000730979;OID=.;OPOS=18077007;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:26:8:0:1:26:8:0:1 chr8 18080644 . A T 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00516324;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=204.191;QD=45.8032;RBI=0.0066116;REFB=0;REVB=-0.00412968;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.39529e-05;OID=.;OPOS=18080644;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr8 18080651 . A C,T 168.0 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=12,2;DP=14;FAO=14,1;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0;FSAR=10,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1562,-0.02413;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=66.1835,107.383;QD=44.7989;RBI=0.182854,0.0262677;REFB=0,0;REVB=0.0950636,0.0103796;RO=0;SAF=3,0;SAR=9,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00940595,0.0781542;OID=.,.;OPOS=18080651,18080651;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:14:15:0:0:12,2:14,1:0.933333,0.0666667:9,2:3,0:0:0:10,1:4,0:0:0 chr8 18080747 . T G 225.49 PASS AF=0.8;AO=21;DP=25;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00230991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2261;QD=36.0779;RBI=0.0201889;REFB=-0.034731;REVB=0.0200563;RO=4;SAF=17;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223574;STB=0.608576;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0345157;OID=.;OPOS=18080747;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:25:25:4:5:21:20:0.8:4:17:1:3:4:16:2:3 chr8 18080923 . G A 546.75 PASS AF=0.926829;AO=38;DP=41;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00704089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5851;QD=53.3411;RBI=0.00720483;REFB=-0.0669913;REVB=0.00152822;RO=3;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800838;STB=0.542834;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00168735;OID=.;OPOS=18080923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:41:41:3:3:38:38:0.926829:16:22:0:3:16:22:0:3 chr8 18257795 . C T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.000651551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.586;QD=11.0198;RBI=0.0113744;REFB=0.00986222;REVB=0.0113558;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912889;STB=0.555379;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.0136555;OID=.;OPOS=18257795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:2:6:4:2:2:6 chr8 18258103 . G A 74.46 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0216864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4211;QD=22.9116;RBI=0.0442538;REFB=-0.0121824;REVB=0.0385759;RO=3;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236511;STB=0.608433;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00681271;OID=.;OPOS=18258103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:3:4:9:9:0.692308:7:2:2:1:7:2:2:2 chr8 18258315 . AG A,AA 285.7 PASS AF=0.0454545,0.954545;AO=4,18;DP=22;FAO=1,21;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378706,0.034098;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=226.406,239.089;QD=51.9463;RBI=0.0526354,0.045916;REFB=0,0;REVB=0.0365555,0.0307507;RO=0;SAF=2,5;SAR=2,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0263006,0.00298945;OID=.,.;OPOS=18258316,18258316;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0454545,0.954545:4,18:22:1,21:22:0:0,7:1,14:0:0:5:0:2,5:2,13:0:0 chr8 18388177 . T G 425.72 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187021;FXX=0.0937207;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5764;QD=58.7193;RBI=0.0353759;REFB=0;REVB=0.030028;RO=0;SAF=19;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00270971;OID=.;OPOS=18388177;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:10:19:0:0:10:19:0:0 chr8 18457957 . A G 502.73 PASS AF=1;AO=33;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00562396;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=43.0424;QD=47.8789;RBI=0.16539;REFB=-0.0575819;REVB=0.165294;RO=5;SAF=20;SAR=13;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101473;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00834396;OID=.;OPOS=18457957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:39:42:5:0:33:42:1:13:20:1:4:17:25:0:0 chr8 18620570 . T C 32.36 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=27;FWDB=-0.0584776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.2104;QD=2.6416;RBI=0.0787295;REFB=-0.00480802;REVB=-0.0527134;RO=42;SAF=1;SAR=5;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273452;STB=0.725638;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0219917;OID=.;OPOS=18620570;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:49:42:43:6:6:0.122449:5:1:15:27:5:1:16:27 chr8 18729459 . T C 524.64 PASS AF=0.8;AO=44;DP=55;FAO=44;FDP=55;FR=.;FRO=11;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00599305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.886;QD=38.1557;RBI=0.0135341;REFB=-0.0387249;REVB=-0.0121349;RO=11;SAF=26;SAR=18;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174282;STB=0.509365;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0113081;OID=.;OPOS=18729459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:55:55:11:11:44:44:0.8:18:26:6:5:18:26:6:5 chr8 18729496 . G A 239.63 PASS AF=0.75;AO=21;DP=28;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00583178;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.369;QD=34.2321;RBI=0.0156993;REFB=-0.0397162;REVB=0.0145759;RO=5;SAF=12;SAR=9;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130694;STB=0.536048;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00846436;OID=.;OPOS=18729496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:28:28:5:7:21:21:0.75:9:12:1:4:9:12:3:4 chr8 18729816 . C CA 566.97 PASS AF=1;AO=6;DP=52;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102263;FXX=0.020829;HRUN=0;LEN=1;MLLD=98.6712;QD=48.2531;RBI=0.10575;REFB=-0.0831524;REVB=0.0269289;RO=45;SAF=5;SAR=1;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.520185;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00115317;OID=.;OPOS=18729817;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:52:47:47:0:21:26:0:0:3:45:5:1:16:29 chr8 18729817 . GT AG 575.35 PASS AF=0.875;AO=40;DP=47;FAO=42;FDP=48;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.102412;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=146.741;QD=47.9457;RBI=0.109331;REFB=-0.112352;REVB=0.0382766;RO=7;SAF=15;SAR=25;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137317;STB=0.558254;STBP=0.05;TYPE=mnp;VARB=0.00406232;OID=.;OPOS=18729817;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:48:7:6:40:42:0.875:25:15:6:1:26:16:5:1 chr8 19190491 . A G 481.04 PASS AF=0.782609;AO=24;DP=48;FAO=36;FDP=46;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0126009;FXX=0.041658;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.46;QD=41.8294;RBI=0.0224592;REFB=-0.0612348;REVB=0.0185913;RO=10;SAF=4;SAR=20;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316211;STB=0.533962;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0150459;OID=.;OPOS=19190491;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:48:46:10:10:24:36:0.782609:20:4:6:4:20:16:6:4 chr8 19192332 . G T 267.99 PASS AF=0.766667;AO=23;DP=30;FAO=23;FDP=30;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0281338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.04;QD=35.7325;RBI=0.036753;REFB=-0.0253944;REVB=0.0236489;RO=7;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304347;STB=0.666518;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0122663;OID=.;OPOS=19192332;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:7:7:23:23:0.766667:7:16:0:7:7:16:0:7 chr8 19218745 . A G 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0183331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5095;QD=28.5373;RBI=0.105712;REFB=-0.083297;REVB=-0.10411;RO=1;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971198;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0127223;OID=.;OPOS=19218745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:3:4:1:0:3:4:1:0 chr8 19218766 . A G 102.07 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.100188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6043;QD=29.1628;RBI=0.102296;REFB=-0.0181046;REVB=-0.0206629;RO=3;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125323;STB=0.507029;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.010614;OID=.;OPOS=19218766;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:7:4:1:2:7:4:1:2 chr8 19221664 . G C 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00545663;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=298.356;QD=53.3625;RBI=0.029756;REFB=0.00157604;REVB=0.0292515;RO=1;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238907;STB=0.512812;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=5.40713e-05;OID=.;OPOS=19221664;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:19:10:0:1:19:10:0:1 chr8 19316086 . G A 1030.41 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00164872;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3018;QD=59.7339;RBI=0.0297253;REFB=0;REVB=0.0296796;RO=0;SAF=30;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211961;OID=.;OPOS=19316086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:67:69:1:37:30:0:0:39:30:0:0 chr8 19362768 . C T 609.99 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.043;QD=60.9991;RBI=0.081261;REFB=0;REVB=0.079071;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356648;OID=.;OPOS=19362768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:40:0:0:37:40:1:18:19:0:0:18:22:0:0 chr8 19677915 . G A 158.91 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=2.66847e-05;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.627;QD=11.3505;RBI=0.00642478;REFB=-8.40862e-06;REVB=0.00642473;RO=35;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255556;STB=0.652282;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.000549759;OID=.;OPOS=19677915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:35:36:20:20:0.357143:11:9:8:27:11:9:8:28 chr8 19824071 . A G 884.38 PASS AF=0.728155;AO=74;DP=104;FAO=75;FDP=103;FR=.;FRO=28;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00895202;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.408;QD=34.3449;RBI=0.00895976;REFB=-0.0111482;REVB=-0.000372288;RO=27;SAF=41;SAR=33;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178766;STB=0.506686;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00429925;OID=.;OPOS=19824071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:27:28:74:75:0.728155:33:41:14:13:33:42:15:13 chr8 20008206 . G A 44.01 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00283451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.732;QD=6.28678;RBI=0.0205594;REFB=-0.0156297;REVB=0.020363;RO=20;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157867;STB=0.574264;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0415989;OID=.;OPOS=20008206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:28:28:20:21:7:7:0.25:4:3:6:14:4:3:7:14 chr8 20036713 . A G 693.6 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393659;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.185;QD=63.0546;RBI=0.0420634;REFB=0;REVB=0.0148209;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166941;OID=.;OPOS=20036713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:21:22:0:0:22:22:0:0 chr8 20038466 . T G 137.94 PASS AF=0.736842;AO=15;DP=18;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0613411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9959;QD=29.0407;RBI=0.0613714;REFB=-0.0375811;REVB=-0.00192695;RO=3;SAF=3;SAR=12;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298628;STB=0.777322;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00412343;OID=.;OPOS=20038466;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:18:19:3:5:15:14:0.736842:12:3:3:0:12:2:5:0 chr8 20068163 . T G 1138.8 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139526;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.976;QD=60.7363;RBI=0.0445332;REFB=0;REVB=0.042291;RO=0;SAF=30;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011526;OID=.;OPOS=20068163;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:43:30:0:0:45:30:0:0 chr8 21456275 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.846;QD=53.2768;RBI=0.0383587;REFB=0;REVB=0.0284712;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.76024e-05;OID=.;OPOS=21456275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr8 21550800 . A T 229.02 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259599;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.223;QD=50.8931;RBI=0.0703204;REFB=0;REVB=0.0653532;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109449;OID=.;OPOS=21550800;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr8 21766900 . G A 594.14 PASS AF=0.757576;AO=50;DP=66;FAO=50;FDP=66;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=-0.00716892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.299;QD=36.0087;RBI=0.015597;REFB=-0.00854177;REVB=0.0138518;RO=16;SAF=13;SAR=37;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826832;STB=0.544318;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00103627;OID=.;OPOS=21766900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:16:16:50:50:0.757576:37:13:2:14:37:13:2:14 chr8 21767275 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.931;QD=33.4284;RBI=0.0326289;REFB=0;REVB=0.0137262;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000525554;OID=.;OPOS=21767275;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr8 21833965 . C T 408.28 PASS AF=0.8;AO=31;DP=39;FAO=32;FDP=40;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.011246;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.993;QD=40.8279;RBI=0.0115828;REFB=-0.024409;REVB=-0.0027728;RO=8;SAF=17;SAR=14;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778383;STB=0.544137;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00334845;OID=.;OPOS=21833965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:39:40:8:8:31:32:0.8:14:17:6:2:15:17:6:2 chr8 21846586 . G C 428.95 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.098;QD=57.1932;RBI=0.0170806;REFB=0;REVB=0.010092;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110515;OID=.;OPOS=21846586;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr8 21862551 . A G 272.52 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00272324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0996;QD=51.9078;RBI=0.0383136;REFB=0;REVB=0.0382167;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000629874;OID=.;OPOS=21862551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr8 21927460 . C G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0067132;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.999;QD=53.9112;RBI=0.00916478;REFB=0;REVB=0.00623908;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.45157e-06;OID=.;OPOS=21927460;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr8 21939435 . C T 551.6 PASS AF=0.886364;AO=39;DP=44;FAO=39;FDP=44;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0581998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3037;QD=50.1453;RBI=0.0646125;REFB=-0.0681613;REVB=0.0280635;RO=4;SAF=16;SAR=23;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289526;STB=0.524896;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0213897;OID=.;OPOS=21939435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:44:44:4:5:39:39:0.886364:23:16:1:3:23:16:1:4 chr8 21955116 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0716716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5638;QD=42.1819;RBI=0.141417;REFB=0;REVB=0.12191;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00273713;OID=.;OPOS=21955116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr8 21956108 . A G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.197;QD=57.2016;RBI=0.0154876;REFB=0;REVB=0.00284201;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.6247e-05;OID=.;OPOS=21956108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr8 21967304 . C T 543.74 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0979266;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.7652;QD=57.2357;RBI=0.108599;REFB=-0.0971278;REVB=-0.0469486;RO=1;SAF=10;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445302;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00372929;OID=.;OPOS=21967304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:38:38:1:0:37:38:1:27:10:1:0:27:11:0:0 chr8 21967309 . A C 516.23 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00999227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3783;QD=57.3584;RBI=0.0100626;REFB=0;REVB=0.00118752;RO=0;SAF=9;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000556877;OID=.;OPOS=21967309;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:36:36:0:0:36:36:1:27:9:0:0:27:9:0:0 chr8 21984650 . A G 353.68 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0828977;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.5548;QD=54.4131;RBI=0.11684;REFB=0;REVB=-0.0823379;RO=0;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219843;OID=.;OPOS=21984650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:24:26:1:20:4:0:0:20:6:0:0 chr8 21984944 . A AT 184.94 PASS AF=0.944444;AO=2;DP=19;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0537478;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=191.058;QD=41.0971;RBI=0.0548568;REFB=-0.0366297;REVB=-0.0109749;RO=17;SAF=2;SAR=0;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423265;STB=0.517221;STBP=0.649;TYPE=ins;VARB=0.00243911;OID=.;OPOS=21984945;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.944444:2:19:17:18:1:14:3:1:0:6:17:2:0:14:3 chr8 21984945 . C T 158.28 PASS AF=0.833333;AO=15;DP=18;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.011799;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=218.025;QD=35.1742;RBI=0.0187145;REFB=-0.0529707;REVB=-0.0145264;RO=2;SAF=12;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701688;STB=0.555487;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000777823;OID=.;OPOS=21984945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:18:18:2:3:15:15:0.833333:3:12:2:0:3:12:3:0 chr8 22021289 . C T 493.15 PASS AF=0.787234;AO=36;DP=47;FAO=37;FDP=47;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00716203;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.531;QD=41.9704;RBI=0.0109251;REFB=-0.0660879;REVB=0.00824999;RO=10;SAF=19;SAR=17;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0514324;STB=0.524125;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0150564;OID=.;OPOS=22021289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:10:10:36:37:0.787234:17:19:4:6:18:19:4:6 chr8 22021883 . G A 54.54 PASS AF=0.228571;AO=7;DP=34;FAO=8;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0205317;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.25;QD=6.23265;RBI=0.0262861;REFB=-0.00965496;REVB=0.0164136;RO=18;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0812293;STB=0.503807;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0334954;OID=.;OPOS=22021883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:34:35:18:27:7:8:0.228571:4:3:9:9:5:3:10:17 chr8 22021934 . G A 60.96 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0125133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2203;QD=6.58983;RBI=0.0300286;REFB=-0.00734895;REVB=0.0272972;RO=27;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0902426;STB=0.567755;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0247598;OID=.;OPOS=22021934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:37:37:27:28:9:9:0.243243:5:4:10:17:5:4:10:18 chr8 22079355 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000220943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.471;QD=44.6898;RBI=0.0151518;REFB=0;REVB=0.0151502;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011524;OID=.;OPOS=22079355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr8 22105502 . T C 317.05 PASS AF=0.892857;AO=24;DP=27;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00482505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.485;QD=45.2932;RBI=0.0555981;REFB=-0.0212471;REVB=0.0553884;RO=3;SAF=11;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042859;STB=0.524476;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00490769;OID=.;OPOS=22105502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:28:3:3:24:25:0.892857:13:11:2:1:14:11:2:1 chr8 22108611 . A C 291.51 PASS AF=0.714286;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0725204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7409;QD=33.3157;RBI=0.0790443;REFB=-0.0302906;REVB=0.0314452;RO=10;SAF=13;SAR=12;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114515;STB=0.562593;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00634646;OID=.;OPOS=22108611;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:10:10:25:25:0.714286:12:13:3:7:12:13:3:7 chr8 22140656 . C T 411.2 PASS AF=0.673469;AO=32;DP=49;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00721919;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.416;QD=33.5673;RBI=0.0164713;REFB=0.00146133;REVB=0.014805;RO=16;SAF=15;SAR=17;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950852;STB=0.545651;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=-0.000881843;OID=.;OPOS=22140656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:16:16:32:33:0.673469:17:15:10:6:17:16:10:6 chr8 22147412 . A G 275.66 PASS AF=0.705882;AO=24;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.027345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.857;QD=32.431;RBI=0.0291875;REFB=-0.0271607;REVB=0.010206;RO=10;SAF=14;SAR=10;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203777;STB=0.611559;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00877066;OID=.;OPOS=22147412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:10:10:24:24:0.705882:10:14:2:8:10:14:2:8 chr8 22262321 . T C,G 874.93 PASS AF=0.983871,0.016129;AO=57,3;DP=60;FAO=61,1;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32,1;FSAR=29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00690371,-0.00921999;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=115.499,83.6473;QD=56.4471;RBI=0.0153975,0.0232573;REFB=0,0;REVB=-0.0137631,-0.0213517;RO=0;SAF=29,2;SAR=28,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00162232,0.0329851;OID=.,.;OPOS=22262321,22262321;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:60:62:0:0:57,3:61,1:0.983871,0.016129:28,1:29,2:0:0:29,0:32,1:0:0 chr8 22262418 . A G 537.95 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.024;QD=59.7722;RBI=0.0231112;REFB=0;REVB=0.00646928;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.73699e-05;OID=.;OPOS=22262418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:25:11:0:0:25:11:0:0 chr8 22279010 . G GGGA 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211415;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=165.221;QD=52.6132;RBI=0.0280729;REFB=0;REVB=0.0184696;RO=2;SAF=12;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709998;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000187025;OID=.;OPOS=22279011;OREF=-;OALT=GGA;OMAPALT=GGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:24:22:22:0:12:10:0:0:4:2:12:10:2:0 chr8 22428658 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.201;QD=37.4885;RBI=0.039195;REFB=0;REVB=-0.0343371;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00101173;OID=.;OPOS=22428658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr8 22442661 . A G 145.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7721;QD=44.7559;RBI=0.0633438;REFB=0;REVB=0.0284405;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00198728;OID=.;OPOS=22442661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:6:6:0:0:6:7:0:0 chr8 22482851 . A C 158.34 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.079;QD=45.2403;RBI=0.0465475;REFB=0;REVB=0.0213548;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00390136;OID=.;OPOS=22482851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:9:4:0:0:10:4:0:0 chr8 22491980 . G T 727.9 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.462;QD=63.296;RBI=0.0199185;REFB=0;REVB=0.0138353;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119537;OID=.;OPOS=22491980;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:25:20:0:0:25:21:0:0 chr8 22492052 . G A 564.54 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00691426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.7;QD=57.9017;RBI=0.00856812;REFB=-0.0778553;REVB=-0.0050602;RO=1;SAF=11;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406685;STB=0.521727;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.000263163;OID=.;OPOS=22492052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:37:38:0.974359:26:11:1:0:27:11:1:0 chr8 22548790 . G T 45.86 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0194403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.267;QD=9.17226;RBI=0.101855;REFB=-0.0247663;REVB=0.0999822;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351603;STB=0.711799;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.051817;OID=.;OPOS=22548790;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:4:3:10:3:4:3:10:3 chr8 22570901 . C T 207.02 PASS AF=0.296703;AO=27;DP=91;FAO=27;FDP=91;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0205846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.235;QD=9.09968;RBI=0.0219937;REFB=-0.0055316;REVB=0.00774561;RO=64;SAF=15;SAR=12;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662605;STB=0.539187;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0318791;OID=.;OPOS=22570901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:64:64:27:27:0.296703:12:15:32:32:12:15:32:32 chr8 22570907 . GT G 78.86 PASS AF=0.27957;AO=32;DP=93;FAO=26;FDP=93;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.12208;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.3642;QD=3.392;RBI=0.12264;REFB=-0.0503798;REVB=-0.0117064;RO=54;SAF=17;SAR=15;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0.3125;SSSB=0.0947895;STB=0.522371;STBP=0.802;TYPE=del;VARB=0.0822265;OID=.;OPOS=22570908;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27957:32:93:26:93:67:14:12:34:33:78:54:17:15:24:30 chr8 22570935 . T C 233.32 PASS AF=0.299065;AO=32;DP=107;FAO=32;FDP=107;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=43;FWDB=0.00670917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2486;QD=8.72215;RBI=0.00676397;REFB=0.00195297;REVB=-0.000859327;RO=75;SAF=16;SAR=16;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874546;STB=0.55137;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.00450369;OID=.;OPOS=22570935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:75:75:32:32:0.299065:16:16:32:43:16:16:32:43 chr8 22571018 . A G 135.76 PASS AF=0.253165;AO=20;DP=79;FAO=20;FDP=79;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=40;FWDB=-0.01843;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.306;QD=6.87396;RBI=0.0190242;REFB=5.37722e-05;REVB=0.00471758;RO=59;SAF=10;SAR=10;SRF=19;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22071;STB=0.632788;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.000258113;OID=.;OPOS=22571018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:59:59:20:20:0.253165:10:10:19:40:10:10:19:40 chr8 22785159 . G A 632.18 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0278192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.627;QD=61.6757;RBI=0.0298474;REFB=0;REVB=0.0108146;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.14114e-05;OID=.;OPOS=22785159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr8 22864622 . T C 483.04 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.344;QD=58.5507;RBI=0.0371018;REFB=0;REVB=-0.0258574;RO=0;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000606601;OID=.;OPOS=22864622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:8:24:0:0:9:24:0:0 chr8 22875909 . A G 95.51 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0213863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.68;QD=34.7294;RBI=0.039152;REFB=-0.0731748;REVB=0.0327949;RO=1;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811734;STB=0.545364;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00205567;OID=.;OPOS=22875909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:5:5:1:0:5:5:1:0 chr8 22886020 . A G 712.67 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.065;QD=60.6526;RBI=0.0458217;REFB=0;REVB=0.0216626;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000602675;OID=.;OPOS=22886020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:47:0:0:43:47:1:21:22:0:0:23:24:0:0 chr8 22900701 . G A 168.67 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0112097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.177;QD=16.0642;RBI=0.0195289;REFB=-0.00875085;REVB=0.0159913;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0414175;STB=0.523783;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00648918;OID=.;OPOS=22900701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:9:9:13:11:9:9:13:11 chr8 22926312 . G GA 138.8 PASS AF=1;AO=2;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512705;FXX=0.0666222;HRUN=0;LEN=1;MLLD=210.048;QD=39.6559;RBI=0.0553585;REFB=0;REVB=-0.020878;RO=13;SAF=2;SAR=0;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.513867;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000479671;OID=.;OPOS=22926313;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:15:14:14:0:9:5:0:0:4:13:2:0:8:5 chr8 22926313 . G A 133.14 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0284239;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.47;QD=35.5043;RBI=0.0440154;REFB=-0.123844;REVB=0.0336071;RO=2;SAF=8;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100543;STB=0.555473;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00168442;OID=.;OPOS=22926313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:15:15:2:2:13:13:0.866667:5:8:2:0:5:8:2:0 chr8 22960704 . G C 1137.64 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.2211;QD=59.0983;RBI=0.0697074;REFB=0;REVB=0.036079;RO=2;SAF=31;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0027272;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000973333;OID=.;OPOS=22960704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:77:2:0:69:77:1:38:31:1:1:43:34:0:0 chr8 22960873 . G C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.734;QD=52.6132;RBI=0.0428558;REFB=0;REVB=-0.0415992;RO=0;SAF=20;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.81035e-05;OID=.;OPOS=22960873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:2:20:0:0:2:20:0:0 chr8 22974450 . T C 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5356;QD=35.5696;RBI=0.043701;REFB=0;REVB=-0.043701;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00323199;OID=.;OPOS=22974450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr8 23001988 . A G 533.3 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026879;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6984;QD=59.2557;RBI=0.0915238;REFB=0;REVB=-0.0874879;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000744701;OID=.;OPOS=23001988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:34:36:1:19:15:0:0:20:16:0:0 chr8 23049291 . TC T,TT 330.6 PASS AF=0.12,0.88;AO=3,22;DP=25;FAO=3,22;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4;FSAR=3,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404005,0.032035;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=160.122,179.247;QD=52.8966;RBI=0.0689893,0.0589361;REFB=0,0;REVB=0.0559225,0.0494694;RO=0;SAF=0,4;SAR=3,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0231957,0.00178844;OID=.,.;OPOS=23049292,23049292;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.12,0.88:3,22:25:3,22:25:0:0,4:3,18:0:0:10:0:0,4:3,18:0:0 chr8 23059324 . C G 306.2 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0506913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6036;QD=53.2528;RBI=0.0526568;REFB=0;REVB=0.0142527;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159353;OID=.;OPOS=23059324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr8 23060256 . T C 785.4 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0305;QD=64.1141;RBI=0.0245278;REFB=0;REVB=-0.00246463;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000312077;OID=.;OPOS=23060256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr8 23146095 . A G 380.03 PASS AF=0.789474;AO=30;DP=38;FAO=30;FDP=38;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0128528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.485;QD=40.0026;RBI=0.0131389;REFB=-0.0186534;REVB=-0.00272704;RO=8;SAF=13;SAR=17;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733718;STB=0.539685;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00551986;OID=.;OPOS=23146095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:38:38:8:8:30:30:0.789474:17:13:2:6:17:13:2:6 chr8 23147564 . G A 375.78 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0886256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.918;QD=55.6715;RBI=0.151284;REFB=0;REVB=0.122607;RO=0;SAF=19;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00532654;OID=.;OPOS=23147564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:7:19:0:0:7:20:0:0 chr8 23148930 . A G 961.87 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00150555;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.867;QD=59.1923;RBI=0.0223594;REFB=0;REVB=0.0223086;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212445;OID=.;OPOS=23148930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:28:37:0:0:28:37:0:0 chr8 23148940 . G A 1026.34 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00819374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.015;QD=59.4982;RBI=0.0136835;REFB=0;REVB=0.0109591;RO=0;SAF=40;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31924e-05;OID=.;OPOS=23148940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:29:40:0:0:29:40:0:0 chr8 23148978 . G T 707.33 PASS AF=0.753247;AO=57;DP=75;FAO=58;FDP=77;FR=.;FRO=19;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0669152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3182;QD=36.7442;RBI=0.0669235;REFB=0.0395135;REVB=0.00105055;RO=17;SAF=33;SAR=24;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300714;STB=0.502512;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=-0.0163152;OID=.;OPOS=23148978;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:17:19:57:58:0.753247:24:33:11:6:25:33:11:8 chr8 23150878 . T G 1134.93 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5999;QD=60.5298;RBI=0.063307;REFB=0;REVB=0.0358986;RO=0;SAF=23;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000432683;OID=.;OPOS=23150878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:51:23:0:0:52:23:0:0 chr8 23152334 . A C,G 471.11 PASS AF=0.0909091,0.909091;AO=3,30;DP=33;FAO=3,30;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=3,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331212,0.0328991;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=146.495,135.628;QD=57.104;RBI=0.0556051,0.0380116;REFB=0,0;REVB=-0.0446644,0.0190402;RO=0;SAF=0,11;SAR=3,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0901047,-0.000303754;OID=.,.;OPOS=23152334,23152334;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:33:33:0:0:3,30:3,30:0.0909091,0.909091:3,19:0,11:0:0:3,19:0,11:0:0 chr8 23153022 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.237;QD=57.1773;RBI=0.0405676;REFB=0;REVB=0.00778245;RO=0;SAF=14;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154188;OID=.;OPOS=23153022;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:37:14:0:0:37:14:0:0 chr8 23154982 . C T 165.11 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298028;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.158;QD=47.1738;RBI=0.0534325;REFB=0;REVB=0.0443489;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000804748;OID=.;OPOS=23154982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:4:9:0:0:4:10:0:0 chr8 23154989 . T G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00637257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.218;QD=49.5991;RBI=0.045385;REFB=0;REVB=0.0449353;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043122;OID=.;OPOS=23154989;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr8 23167353 . T G 217.26 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00979176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3784;QD=48.2802;RBI=0.032507;REFB=0;REVB=0.0309972;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00448659;OID=.;OPOS=23167353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:11:6:0:0:11:7:0:0 chr8 23186007 . T C 554.46 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0392671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.483;QD=55.4458;RBI=0.0404736;REFB=0.000982806;REVB=-0.00980863;RO=2;SAF=17;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00497733;STB=0.502658;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.000179411;OID=.;OPOS=23186007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:21:17:1:1:21:17:1:1 chr8 23190941 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00416216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.273;QD=59.8393;RBI=0.0623312;REFB=0;REVB=-0.0621921;RO=0;SAF=26;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00015043;OID=.;OPOS=23190941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:10:26:0:0:10:26:0:0 chr8 23225745 . C T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0203895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.208;QD=11.0192;RBI=0.0227767;REFB=-0.0138381;REVB=0.0101512;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162008;STB=0.599657;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0333614;OID=.;OPOS=23225745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:4:4:4:2:4:4 chr8 23392733 . C T 443.64 PASS AF=0.727273;AO=40;DP=55;FAO=40;FDP=55;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0494257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4075;QD=32.265;RBI=0.0563608;REFB=-0.0519213;REVB=0.0270858;RO=15;SAF=14;SAR=26;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0274223;STB=0.514844;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0211755;OID=.;OPOS=23392733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:15:15:40:40:0.727273:26:14:6:9:26:14:6:9 chr8 23423697 . G A 80.0 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.42;QD=7.27295;RBI=0.0168532;REFB=-0.0122729;REVB=0.0103508;RO=33;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0739671;STB=0.546136;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0399314;OID=.;OPOS=23423697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:33:33:11:11:0.25:6:5:13:20:6:5:13:20 chr8 23429329 . T C 159.78 PASS AF=0.244681;AO=23;DP=94;FAO=23;FDP=94;FR=.;FRO=71;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=-0.0385099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0141;QD=6.79914;RBI=0.0949751;REFB=0.0289838;REVB=0.0868174;RO=71;SAF=9;SAR=14;SRF=27;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143789;STB=0.508764;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.0857443;OID=.;OPOS=23429329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:71:71:23:23:0.244681:14:9:27:44:14:9:27:44 chr8 23431407 . A G 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0129809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.277;QD=14.6579;RBI=0.0131579;REFB=-0.0189215;REVB=0.00215085;RO=17;SAF=2;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439484;STB=0.760549;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0234463;OID=.;OPOS=23431407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:11:2:9:8:11:2:9:8 chr8 23432326 . T A 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0518391;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.635;QD=46.0581;RBI=0.0518444;REFB=-0.0381824;REVB=0.000745372;RO=1;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340907;STB=0.518499;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.000316589;OID=.;OPOS=23432326;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:13:6:0:1:13:6:0:1 chr8 23432776 . A C 526.78 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0209186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.425;QD=56.9494;RBI=0.0288179;REFB=-0.0583543;REVB=0.0198213;RO=1;SAF=19;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239982;STB=0.512813;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000324918;OID=.;OPOS=23432776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:17:19:1:0:17:19:1:0 chr8 24170985 . C T 95.2 PASS AF=0.223881;AO=15;DP=68;FAO=15;FDP=67;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0164664;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.963;QD=5.68339;RBI=0.0193465;REFB=-0.00188639;REVB=-0.010156;RO=51;SAF=12;SAR=3;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387664;STB=0.752886;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00346137;OID=.;OPOS=24170985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:68:67:51:52:15:15:0.223881:3:12:26:25:3:12:26:26 chr8 24171051 . C T 31.35 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0312737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8877;QD=2.45886;RBI=0.174026;REFB=-0.00972894;REVB=-0.171193;RO=38;SAF=4;SAR=2;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198605;STB=0.708194;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.086369;OID=.;OPOS=24171051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:50:51:38:45:6:6:0.117647:2:4:19:19:2:4:19:26 chr8 24208847 . G A 1102.8 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137259;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.155;QD=60.4275;RBI=0.0195557;REFB=0;REVB=0.0139292;RO=0;SAF=46;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.48079e-05;OID=.;OPOS=24208847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:71:73:1:25:46:0:0:26:47:0:0 chr8 24211278 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.346;QD=43.4862;RBI=0.0229522;REFB=0;REVB=0.000674419;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.49519e-05;OID=.;OPOS=24211278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr8 24211331 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.368;QD=47.8223;RBI=0.033358;REFB=0;REVB=-0.0114156;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215012;OID=.;OPOS=24211331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr8 24211884 . A ATGTC 338.07 PASS AF=0.596491;AO=31;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00976293;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=222.009;QD=23.7245;RBI=0.00979579;REFB=-0.0370457;REVB=-0.000801614;RO=23;SAF=14;SAR=17;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013118;STB=0.514514;STBP=0.824;TYPE=ins;VARB=0.0137047;OID=.;OPOS=24211885;OREF=-;OALT=TGTC;OMAPALT=ATGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.596491:31:57:34:57:23:16:18:10:13:99:23:14:17:10:13 chr8 24211889 . T TGTC 41.12 PASS AF=0.150943;AO=7;DP=56;FAO=8;FDP=53;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0157441;FXX=0.0185151;HRUN=0;LEN=3;MLLD=241.046;QD=3.10327;RBI=0.0167586;REFB=-0.00585508;REVB=-0.00574237;RO=48;SAF=2;SAR=5;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190782;STB=0.662723;STBP=0.367;TYPE=ins;VARB=0.0445083;OID=.;OPOS=24211890;OREF=-;OALT=GTC;OMAPALT=TGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.150943:7:56:8:53:45:2:6:19:26:41:48:2:5:21:27 chr8 24774683 . C A 729.23 PASS AF=0.979167;AO=45;DP=46;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0133179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.9058;QD=60.7691;RBI=0.0192703;REFB=-0.0799133;REVB=0.0139276;RO=1;SAF=17;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268394;STB=0.513508;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00179512;OID=.;OPOS=24774683;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:48:1:1:45:47:0.979167:28:17:1:0:29:18:1:0 chr8 24776423 . C T 222.99 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0472229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4504;QD=49.5524;RBI=0.0718897;REFB=0;REVB=-0.0542044;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00345941;OID=.;OPOS=24776423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr8 24813409 . G A 420.73 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0688442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.209;QD=49.4974;RBI=0.0813403;REFB=-0.0205147;REVB=0.0433213;RO=3;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681581;STB=0.536562;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0027808;OID=.;OPOS=24813409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:34:3:3:31:31:0.911765:19:12:0:3:19:12:0:3 chr8 25159885 . G A 53.4 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0746553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6849;QD=7.91144;RBI=0.0837286;REFB=-0.0154003;REVB=0.0379087;RO=19;SAF=1;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379343;STB=0.745926;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.04364;OID=.;OPOS=25159885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:7:1:7:12:7:1:7:12 chr8 25182969 . C A,T 460.31 PASS AF=0.0810811,0.837838;AO=3,31;DP=37;FAO=3,31;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=3,21;FSAR=0,10;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0245335,0.000108831;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.8542,214.323;QD=49.7627;RBI=0.0609431,0.0169836;REFB=-0.079807,0.0186013;REVB=0.0557869,0.0169833;RO=3;SAF=3,21;SAR=0,10;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0621254;STB=0.5,0.533312;STBP=1,0.305;TYPE=snp,snp;VARB=0.0316186,-0.00148851;OID=.,.;OPOS=25182969,25182969;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:14:37:37:3:3:3,31:3,31:0.0810811,0.837838:0,10:3,21:3:0:0,10:3,21:3:0 chr8 25203021 . CA C,CG 351.44 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=3,23;DP=26;FAO=1,25;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341414,0.0389056;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=150.778,171.236;QD=54.0681;RBI=0.0341973,0.0390875;REFB=0,0;REVB=-0.00195409,-0.00376692;RO=0;SAF=1,10;SAR=2,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00509253,0.00142667;OID=.,.;OPOS=25203022,25203022;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0384615,0.961538:3,23:26:1,25:26:0:0,11:1,14:0:0:6:0:1,10:2,13:0:0 chr8 25222165 . A G 387.39 PASS AF=0.775;AO=30;DP=39;FAO=31;FDP=40;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00910877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.443;QD=38.7386;RBI=0.0250074;REFB=-0.0245326;REVB=0.0232895;RO=9;SAF=10;SAR=20;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520841;STB=0.530666;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00972713;OID=.;OPOS=25222165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:40:9:9:30:31:0.775:20:10:4:5:21:10:4:5 chr8 25230168 . C T 270.85 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0451365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.5761;QD=30.0943;RBI=0.0684772;REFB=-0.0619214;REVB=-0.0514958;RO=11;SAF=13;SAR=11;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101609;STB=0.541632;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0318073;OID=.;OPOS=25230168;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:36:36:11:12:24:24:0.666667:11:13:4:7:11:13:5:7 chr8 25234858 . A G 630.96 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7104;QD=61.557;RBI=0.139238;REFB=0;REVB=0.025272;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0027734;OID=.;OPOS=25234858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr8 25267622 . A G 255.87 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0680317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.567;QD=51.1734;RBI=0.0693204;REFB=0;REVB=0.0133042;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000918549;OID=.;OPOS=25267622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr8 25280800 . C G 523.89 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223633;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.186;QD=59.8728;RBI=0.0224756;REFB=0;REVB=0.00224424;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.56865e-06;OID=.;OPOS=25280800;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr8 25323777 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00625642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.164;QD=50.4134;RBI=0.0168605;REFB=0;REVB=0.0156567;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117972;OID=.;OPOS=25323777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr8 26240646 . A G 135.27 PASS AF=0.1875;AO=24;DP=123;FAO=24;FDP=128;FR=.;FRO=104;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=48;FSRR=56;FWDB=-0.0158253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.006;QD=4.22712;RBI=0.0258047;REFB=-0.00653406;REVB=-0.0203824;RO=99;SAF=13;SAR=11;SRF=44;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123081;STB=0.564797;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0295004;OID=.;OPOS=26240646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:128:99:104:24:24:0.1875:11:13:44:55:11:13:48:56 chr8 26362201 . A T 313.33 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00316323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.7268;QD=50.1324;RBI=0.011655;REFB=-0.0529507;REVB=-0.0112175;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533305;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00194801;OID=.;OPOS=26362201;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:7:17:0:0:7:17:0:1 chr8 26481771 . T C 551.47 PASS AF=0.758065;AO=47;DP=62;FAO=47;FDP=62;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=-0.0302887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4506;QD=35.5786;RBI=0.03083;REFB=0.00602431;REVB=-0.00575199;RO=15;SAF=20;SAR=27;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137628;STB=0.573858;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.00298598;OID=.;OPOS=26481771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:62:62:15:15:47:47:0.758065:27:20:2:13:27:20:2:13 chr8 26628028 . A G 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.707;QD=63.2842;RBI=0.0469657;REFB=0;REVB=0.0236383;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198665;OID=.;OPOS=26628028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr8 26636906 . T A 42.12 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0271034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0255;QD=5.43542;RBI=0.0673216;REFB=-0.009495;REVB=0.0616247;RO=24;SAF=5;SAR=2;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168956;STB=0.611908;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0499397;OID=.;OPOS=26636906;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:31:31:24:24:7:7:0.225806:2:5:14:10:2:5:14:10 chr8 26636925 . T C 404.07 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5148;QD=53.8757;RBI=0.0236878;REFB=-0.137333;REVB=0.0133968;RO=1;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404293;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00437285;OID=.;OPOS=26636925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:30:30:1:0:28:30:1:11:17:0:1:13:17:0:0 chr8 26716715 . G A 378.48 PASS AF=0.584615;AO=37;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00264176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.526;QD=23.2912;RBI=0.0136887;REFB=-0.0174574;REVB=-0.0134313;RO=27;SAF=16;SAR=21;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00936804;STB=0.501228;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0129005;OID=.;OPOS=26716715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:37:38:0.584615:21:16:12:15:21:17:12:15 chr8 26944733 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000815798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.503;QD=58.5878;RBI=0.0068589;REFB=0;REVB=0.00681021;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47197e-05;OID=.;OPOS=26944733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr8 27101204 . T A 1114.28 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-7.65577e-05;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.077;QD=57.8844;RBI=0.0241142;REFB=-0.0338564;REVB=0.0241141;RO=2;SAF=41;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00231214;STB=0.501222;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.000527999;OID=.;OPOS=27101204;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:78:77:2:2:75:75:0.974026:34:41:1:1:34:41:1:1 chr8 27101206 . A C 1157.42 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0187786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3072;QD=59.3549;RBI=0.0720369;REFB=0.090721;REVB=-0.0695463;RO=1;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133301;STB=0.50704;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.00425847;OID=.;OPOS=27101206;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:35:42:0:1:35:42:0:1 chr8 27147716 . A C 54.34 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0132915;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=180.911;QD=8.69441;RBI=0.0228573;REFB=0.00490024;REVB=0.0185955;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153202;STB=0.606499;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.0171744;OID=.;OPOS=27147716;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:16:17:8:8:0.32:5:3:4:12:5:3:4:13 chr8 27255128 . T C 110.4 PASS AF=0.202247;AO=18;DP=88;FAO=18;FDP=89;FR=.;FRO=71;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=0.00361867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.585;QD=4.96162;RBI=0.0059813;REFB=-0.016285;REVB=-0.00476248;RO=70;SAF=5;SAR=13;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188452;STB=0.616321;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0329505;OID=.;OPOS=27255128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:70:71:18:18:0.202247:13:5:29:41:13:5:29:42 chr8 27255146 . G A 128.63 PASS AF=0.215054;AO=20;DP=93;FAO=20;FDP=93;FR=.;FRO=73;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=46;FWDB=-0.00569886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.663;QD=5.53244;RBI=0.0218306;REFB=-0.00700671;REVB=-0.0210736;RO=73;SAF=8;SAR=12;SRF=27;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398575;STB=0.524862;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0315666;OID=.;OPOS=27255146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:73:73:20:20:0.215054:12:8:27:46:12:8:27:46 chr8 27255263 . A G 64.62 PASS AF=0.180328;AO=11;DP=61;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=39;FWDB=-0.00960101;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.864;QD=4.2376;RBI=0.0106211;REFB=-0.000210374;REVB=0.00454191;RO=50;SAF=6;SAR=5;SRF=11;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.409909;STB=0.756087;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.000805661;OID=.;OPOS=27255263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:61:61:50:50:11:11:0.180328:5:6:11:39:5:6:11:39 chr8 27289870 . GCCCCCCA GCCCCA,GCCCCCA,GCCCCCAG 584.96 PASS AF=0,0.914894,0.0851064;AO=10,32,8;DP=96;FAO=0,86,8;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=0,41,8;FSAR=0,45,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0913666,-0.178319,-0.0814832;FXX=0.0208312;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,2;MLLD=9.45844,7.7902,14.3959;QD=24.892;RBI=0.340274,0.678462,0.288055;REFB=0.0178885,0.0100772,0.00846639;REVB=0.327778,0.654609,0.27629;RO=29;SAF=10,24,7;SAR=0,8,1;SRF=2;SRR=27;SSEN=0.494118,0.494118,0;SSEP=0.625,0.625,0;SSSB=0.863791,0.547341,0.783606;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=-0.00593522,-0.00396441,0.0953682;OID=.,.,.;OPOS=27289871,27289871,27289876;OREF=CC,C,CA;OALT=-,-,AG;OMAPALT=GCCCCA,GCCCCCA,GCCCCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.914894,0.0851064:10,32,8:96:0,86,8:94:0:0,41,8:0,45,0:0:0:12:29:10,24,7:0,8,1:2:27 chr8 27315876 . A G 83.24 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0265192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.581;QD=6.28205;RBI=0.0551849;REFB=-0.00887195;REVB=-0.0483953;RO=39;SAF=3;SAR=9;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305813;STB=0.680093;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0722524;OID=.;OPOS=27315876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:39:41:12:12:0.226415:9:3:19:20:9:3:19:22 chr8 27315900 . A G 100.36 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0315458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.759;QD=8.19225;RBI=0.0316792;REFB=-0.00842358;REVB=-0.00290449;RO=36;SAF=3;SAR=10;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31512;STB=0.696539;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0169526;OID=.;OPOS=27315900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:36:36:13:13:0.265306:10:3:17:19:10:3:17:19 chr8 27324822 . T C 229.25 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.00365507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.486;QD=29.5806;RBI=0.0136732;REFB=-0.00905755;REVB=0.0131757;RO=9;SAF=6;SAR=15;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12406;STB=0.578245;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00363106;OID=.;OPOS=27324822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:9:10:21:21:0.677419:15:6:1:8:15:6:1:9 chr8 27324844 . G A 215.71 PASS AF=0.689655;AO=19;DP=28;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0495991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8147;QD=29.7535;RBI=0.050237;REFB=0.0385813;REVB=-0.00798091;RO=9;SAF=6;SAR=13;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146742;STB=0.585578;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=-0.0162611;OID=.;OPOS=27324844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:29:9:9:19:20:0.689655:13:6:1:8:13:7:1:8 chr8 27328511 . G A 199.72 PASS AF=0.818182;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0222227;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.048;QD=36.3121;RBI=0.0251111;REFB=-0.0649757;REVB=0.0116928;RO=4;SAF=10;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185841;STB=0.510193;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0189226;OID=.;OPOS=27328511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:22:22:4:4:18:18:0.818182:8:10:2:2:8:10:2:2 chr8 27462481 . A G 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0199685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.813;QD=59.4314;RBI=0.0199851;REFB=0;REVB=-0.00081422;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119604;OID=.;OPOS=27462481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr8 27516746 . C T 52.83 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00849253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.956;QD=7.04416;RBI=0.00945113;REFB=-0.00439248;REVB=-0.00414739;RO=22;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246752;STB=0.655357;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0155695;OID=.;OPOS=27516746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:5:3:13:9:5:3:13:9 chr8 27528446 . T C 34.91 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.018683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.907;QD=23.2711;RBI=0.0580804;REFB=-0.172224;REVB=-0.0549935;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00556165;OID=.;OPOS=27528446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:1:4:1:0:1:4:1:0 chr8 27591164 . C T 636.04 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4774;QD=60.5752;RBI=0.149947;REFB=0;REVB=0.0655483;RO=0;SAF=10;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00332282;OID=.;OPOS=27591164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:38:42:1:28:10:0:0:31:11:0:0 chr8 27592828 . G A 1101.4 PASS AF=0.986842;AO=71;DP=74;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0198083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0734;QD=57.9684;RBI=0.0998256;REFB=-0.0327898;REVB=0.0978406;RO=1;SAF=40;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116761;STB=0.505881;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00407762;OID=.;OPOS=27592828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:76:1:1:71:75:0.986842:31:40:1:0:33:42:1:0 chr8 27631179 . A C 267.51 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.788;QD=50.955;RBI=0.0451685;REFB=0;REVB=0.0256854;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000687421;OID=.;OPOS=27631179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:8:11:0:0:9:12:0:0 chr8 27737198 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00133958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.611;QD=60.6097;RBI=0.00317254;REFB=0;REVB=0.00287586;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.04808e-06;OID=.;OPOS=27737198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr8 27767231 . C G 673.54 PASS AF=0.958333;AO=43;DP=45;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00871165;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=111.14;QD=56.128;RBI=0.0306095;REFB=0.0318342;REVB=0.0293436;RO=2;SAF=12;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720279;STB=0.535698;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.000255955;OID=.;OPOS=27767231;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:48:2:2:43:46:0.958333:31:12:2:0:33:13:2:0 chr8 27886903 . C T 330.87 PASS AF=0.615385;AO=31;DP=51;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0407724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.974;QD=25.4516;RBI=0.0605403;REFB=-0.0624366;REVB=-0.044752;RO=19;SAF=17;SAR=14;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153798;STB=0.524257;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0395952;OID=.;OPOS=27886903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:19:20:31:32:0.615385:14:17:10:9:14:18:10:10 chr8 27915830 . T C 899.61 PASS AF=0.929577;AO=65;DP=71;FAO=66;FDP=71;FR=.;FRO=5;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0388461;FXX=0.013887;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.7858;QD=50.682;RBI=0.0520252;REFB=-0.0959044;REVB=0.0346064;RO=6;SAF=41;SAR=24;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221936;STB=0.501585;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00934905;OID=.;OPOS=27915830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:71:71:6:5:65:66:0.929577:24:41:3:3:25:41:3:2 chr8 27918057 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.873;QD=56.7066;RBI=0.0411236;REFB=0;REVB=0.0398568;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43663e-05;OID=.;OPOS=27918057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr8 27925204 . T C 376.39 PASS AF=1;AO=22;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0735576;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.19;QD=55.7619;RBI=0.0739715;REFB=0;REVB=0.00781416;RO=1;SAF=18;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250044;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00502846;OID=.;OPOS=27925204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:1:0:22:27:1:4:18:1:0:4:23:0:0 chr8 27925796 . A T 104.74 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00831511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.432;QD=9.97523;RBI=0.0085827;REFB=-0.00933149;REVB=-0.00212642;RO=28;SAF=4;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188841;STB=0.604576;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0229512;OID=.;OPOS=27925796;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:29:13:13:0.309524:9:4:13:15:9:4:13:16 chr8 27927849 . C G 335.64 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0366636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.992;QD=49.7239;RBI=0.0387719;REFB=-0.00733942;REVB=0.0126111;RO=1;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026521;STB=0.514275;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00442952;OID=.;OPOS=27927849;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:27:1:1:25:26:0.962963:17:8:0:1:17:9:0:1 chr8 28040712 . G A 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00973585;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.17;QD=27.1541;RBI=0.0138817;REFB=-0.0120804;REVB=-0.00989518;RO=6;SAF=7;SAR=7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894563;STB=0.549929;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00525841;OID=.;OPOS=28040712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:7:7:2:4:7:7:2:4 chr8 28286174 . T G 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.862;QD=57.6774;RBI=0.0322973;REFB=0;REVB=0.0268454;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00056e-05;OID=.;OPOS=28286174;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr8 28304769 . C T 329.28 PASS AF=0.75;AO=27;DP=37;FAO=27;FDP=36;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0217153;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1331;QD=36.5872;RBI=0.0237214;REFB=-0.0138581;REVB=-0.00954731;RO=9;SAF=7;SAR=20;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161157;STB=0.588166;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00109033;OID=.;OPOS=28304769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:37:36:9:9:27:27:0.75:20:7:5:4:20:7:5:4 chr8 28574803 . G A 62.06 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=7.57473e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.272;QD=7.52264;RBI=0.0237036;REFB=-0.0173744;REVB=-0.0237035;RO=23;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011285;STB=0.520503;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0515743;OID=.;OPOS=28574803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:23:24:9:9:0.272727:5:4:10:13:5:4:10:14 chr8 28638411 . AGGG AGG,AGGA 96.59 PASS AF=0.411765,0.0588235;AO=8,2;DP=31;FAO=14,2;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=1,0;FSAR=13,2;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0298312,0.03871;FXX=0.0285633;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=18.6168,25.7801;QD=11.3639;RBI=0.109316,0.0459754;REFB=0.0169953,-0.00958136;REVB=-0.105167,-0.0248048;RO=17;SAF=1,0;SAR=7,2;SRF=11;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.587761,-0.594792;STB=0.885705,0.995527;STBP=0.002,0.094;TYPE=del,snp;VARB=-0.0486851,0.0694366;OID=.,.;OPOS=28638412,28638414;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=AGG,AGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765,0.0588235:8,2:31:14,2:34:18:1,0:13,2:11:7:84:17:1,0:7,2:11:6 chr8 28984042 . T C 255.23 PASS AF=0.785714;AO=22;DP=28;FAO=22;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00245109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.332;QD=36.4611;RBI=0.0148769;REFB=-0.031235;REVB=0.0146736;RO=5;SAF=9;SAR=13;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133547;STB=0.590826;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00818995;OID=.;OPOS=28984042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:5:6:22:22:0.785714:13:9:4:1:13:9:5:1 chr8 29005093 . AGC GCT,GGC 207.32 PASS AF=0,0.588235;AO=2,20;DP=35;FAO=0,20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=0,5;FSAR=0,15;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00346785,0.0192336;FXX=0.0285633;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=22.6296,44.4247;QD=24.39;RBI=0.0187252,0.0367976;REFB=0.0018693,-0.00309625;REVB=-0.0184013,-0.0313709;RO=12;SAF=2,5;SAR=0,15;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.593836,-0.137574;STB=0.5,0.62056;STBP=1,0.107;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.00347831;OID=.,.;OPOS=29005093,29005093;OREF=AGC,A;OALT=GCT,G;OMAPALT=GCT,GGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:35:34:12:14:2,20:0,20:0,0.588235:0,15:2,5:5:7:0,15:0,5:7:7 chr8 29048391 . T C 231.45 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00990412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.948;QD=30.8605;RBI=0.0903818;REFB=-0.075516;REVB=0.0898375;RO=9;SAF=12;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00880871;STB=0.50485;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0139222;OID=.;OPOS=29048391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:30:9:9:21:21:0.7:9:12:5:4:9:12:5:4 chr8 29927300 . C G 482.93 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.889;QD=58.5372;RBI=0.0476868;REFB=0;REVB=-0.0212292;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.13091e-05;OID=.;OPOS=29927300;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:19:13:0:0:19:14:0:0 chr8 29927321 . A G 464.54 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.405;QD=58.0668;RBI=0.0715438;REFB=0;REVB=0.0503229;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410273;OID=.;OPOS=29927321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:18:13:0:0:19:13:0:0 chr8 29965519 . T C 296.99 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3286;QD=51.651;RBI=0.0541631;REFB=0;REVB=0.0462896;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00339923;OID=.;OPOS=29965519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:12:10:0:0:13:10:0:0 chr8 29989564 . A G 648.09 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2503;QD=61.7225;RBI=0.0547644;REFB=0;REVB=0.00748002;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000542017;OID=.;OPOS=29989564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:39:42:1:22:17:0:0:23:19:0:0 chr8 29996158 . A G 409.85 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00158367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.119;QD=56.5304;RBI=0.0490061;REFB=0;REVB=0.0489805;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116077;OID=.;OPOS=29996158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:14:13:0:0:16:13:0:0 chr8 29996256 . T C 375.51 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00644805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.26;QD=55.6313;RBI=0.0360686;REFB=0;REVB=0.0354875;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233848;OID=.;OPOS=29996256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr8 30423886 . C CAG,G 353.69 PASS AF=0.589286,0.0357143;AO=33,2;DP=57;FAO=33,2;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=12,0;FSAR=21,2;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00358909,0.00627571;FXX=0.0175408;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=118.191,166.222;QD=25.2634;RBI=0.0126204,0.0130598;REFB=-0.00098883,-0.00299784;REVB=-0.0120993,-0.0114531;RO=21;SAF=12,0;SAR=21,2;SRF=6;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.060804,-0.427552;STB=0.533314,0.992688;STBP=0.608,0.354;TYPE=ins,snp;VARB=0.00934364,-0.0780387;OID=.,.;OPOS=30423887,30423886;OREF=-,C;OALT=AG,G;OMAPALT=CAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:21:21:33,2:33,2:0.589286,0.0357143:21,2:12,0:6:15:21,2:12,0:6:15 chr8 30503371 . C T 151.8 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00423493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0608;QD=30.3598;RBI=0.0141243;REFB=-0.0605622;REVB=0.0134745;RO=5;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149253;STB=0.582673;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0205915;OID=.;OPOS=30503371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:8:7:4:1:8:7:4:1 chr8 30608976 . C T 632.15 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0224849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3585;QD=61.6731;RBI=0.0322235;REFB=0;REVB=0.0230821;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44393e-06;OID=.;OPOS=30608976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:13:27:0:0:14:27:0:0 chr8 30620840 . G GT 353.13 PASS AF=1;AO=31;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0632362;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.8411;QD=37.1718;RBI=0.103303;REFB=0;REVB=-0.0816859;RO=4;SAF=16;SAR=15;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00342731;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00448846;OID=.;OPOS=30620841;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:31:38:38:38:0:18:20:0:0:6:4:16:15:2:2 chr8 30695226 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.714;QD=33.4285;RBI=0.0650081;REFB=0;REVB=-0.0371987;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146136;OID=.;OPOS=30695226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr8 30924557 . C T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.917;QD=60.6095;RBI=0.0400588;REFB=0;REVB=0.0333169;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026942;OID=.;OPOS=30924557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr8 30973957 . G T 867.84 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.03;QD=57.8562;RBI=0.018927;REFB=0;REVB=-0.00512374;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.99511e-05;OID=.;OPOS=30973957;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:38:22:0:0:38:22:0:0 chr8 30999280 . G T 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.507;QD=62.0219;RBI=0.0148211;REFB=0;REVB=-0.00222866;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45643e-05;OID=.;OPOS=30999280;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr8 32453358 . G A 75.62 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00904553;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3373;QD=10.0831;RBI=0.0154897;REFB=-0.0117366;REVB=-0.0125741;RO=20;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32941;STB=0.6996;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0297211;OID=.;OPOS=32453358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:32:30:20:20:10:10:0.333333:7:3:12:8:7:3:12:8 chr8 32621844 . G T 125.91 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0515612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5275;QD=18.6528;RBI=0.053611;REFB=-0.0114534;REVB=-0.0146827;RO=13;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106175;STB=0.560356;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.00416345;OID=.;OPOS=32621844;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:8:6:4:9:8:6:4:9 chr8 32663420 . A G 963.61 PASS AF=0.985294;AO=64;DP=66;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0205652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.846;QD=56.6829;RBI=0.0207529;REFB=-0.0574607;REVB=0.00278477;RO=1;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122684;STB=0.506327;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000171724;OID=.;OPOS=32663420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:68:1:1:64:67:0.985294:38:26:0:1:39:28:0:1 chr8 33246538 . A G 234.99 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0184506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.282;QD=15.409;RBI=0.0203654;REFB=-0.025285;REVB=-0.00862134;RO=34;SAF=14;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01824;STB=0.51032;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0279326;OID=.;OPOS=33246538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:13:14:17:17:13:14:17:17 chr8 33246591 . G C 127.11 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.00544838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.487;QD=11.5555;RBI=0.0259976;REFB=-0.00693911;REVB=-0.0254202;RO=28;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232083;STB=0.644596;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.025019;OID=.;OPOS=33246591;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:29:15:15:0.340909:7:8:9:19:7:8:9:20 chr8 33246685 . G A 72.01 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0408968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3255;QD=8.2302;RBI=0.0409004;REFB=-0.00212582;REVB=-0.000541622;RO=25;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302951;STB=0.687482;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00222004;OID=.;OPOS=33246685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:3:7:11:14:3:7:11:14 chr8 33313329 . G A 369.3 PASS AF=0.610169;AO=36;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0162661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.962;QD=25.037;RBI=0.0232231;REFB=-0.0274408;REVB=-0.0165749;RO=23;SAF=18;SAR=18;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154542;STB=0.50847;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0119399;OID=.;OPOS=33313329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:23:23:36:36:0.610169:18:18:12:11:18:18:12:11 chr8 33356074 . A G 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0300335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.142;QD=19.967;RBI=0.0303394;REFB=-0.0169296;REVB=-0.0042975;RO=26;SAF=9;SAR=20;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106383;STB=0.559398;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0171394;OID=.;OPOS=33356074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:20:9:11:15:20:9:11:15 chr8 33369944 . T C 267.06 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0186429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8543;QD=20.1554;RBI=0.0192151;REFB=0.0389719;REVB=0.00465446;RO=25;SAF=12;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00985787;STB=0.505491;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.0344896;OID=.;OPOS=33369944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:16:12:11:14:16:12:11:14 chr8 33369994 . A G 221.6 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0124182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2673;QD=18.4664;RBI=0.0167399;REFB=0.0366928;REVB=-0.0112255;RO=25;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00369256;STB=0.512184;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.0427283;OID=.;OPOS=33369994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:26:22:22:0.458333:14:8:9:16:14:8:10:16 chr8 33416189 . G A 690.04 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0337;QD=54.1211;RBI=0.0815693;REFB=-0.0664595;REVB=0.0775776;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00481847;OID=.;OPOS=33416189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:50:51:0:0:49:51:1:23:26:0:0:25:26:0:0 chr8 33416222 . C T 752.19 PASS AF=0.979592;AO=46;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0208249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2035;QD=61.4031;RBI=0.0208274;REFB=-0.105042;REVB=-0.000328051;RO=2;SAF=23;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5102;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0111564;OID=.;OPOS=33416222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:2:1:46:48:0.979592:23:23:1:1:24:24:0:1 chr8 33437926 . C T 638.21 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00157894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.484;QD=59.3686;RBI=0.00777616;REFB=0;REVB=0.00761417;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127641;OID=.;OPOS=33437926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:43:0:0:39:43:1:14:25:0:0:16:27:0:0 chr8 33573577 . A G 130.65 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0848273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7381;QD=43.5489;RBI=0.106504;REFB=0;REVB=0.0644012;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00760565;OID=.;OPOS=33573577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:7:4:0:0:7:5:0:0 chr8 36767024 . T C 146.08 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.0113473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.738;QD=8.98932;RBI=0.0128888;REFB=-0.00387596;REVB=-0.00611222;RO=45;SAF=6;SAR=14;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451224;STB=0.526854;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.00991969;OID=.;OPOS=36767024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:45:45:20:20:0.307692:14:6:15:30:14:6:15:30 chr8 36788479 . A G 566.93 PASS AF=0.537736;AO=57;DP=107;FAO=57;FDP=106;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0227589;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6362;QD=21.3934;RBI=0.031017;REFB=-0.0166986;REVB=0.0210734;RO=46;SAF=27;SAR=30;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039168;STB=0.535702;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0157177;OID=.;OPOS=36788479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:46:49:57:57:0.537736:30:27:24:22:30:27:27:22 chr8 37635649 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.85;QD=64.4152;RBI=0.0140951;REFB=0;REVB=0.00834103;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.08993e-05;OID=.;OPOS=37635649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:33:17:0:0:33:17:0:0 chr8 37672471 . A G 93.83 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0341275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8165;QD=10.1435;RBI=0.0440826;REFB=-0.0161878;REVB=0.0279033;RO=25;SAF=9;SAR=3;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975932;STB=0.559218;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0356193;OID=.;OPOS=37672471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:3:9:17:8:3:9:17:8 chr8 37728017 . A G 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1802;QD=60.2287;RBI=0.0497101;REFB=0;REVB=0.0145783;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498551;OID=.;OPOS=37728017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr8 37728019 . T G 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0729136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1033;QD=60.6071;RBI=0.073912;REFB=0;REVB=-0.0121077;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00145009;OID=.;OPOS=37728019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr8 37730366 . G A 144.66 PASS AF=0.338983;AO=18;DP=57;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=0.00543628;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7771;QD=9.80738;RBI=0.0294764;REFB=-0.0233388;REVB=0.0289707;RO=39;SAF=8;SAR=10;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281718;STB=0.65657;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0459119;OID=.;OPOS=37730366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:39:39:18:20:0.338983:10:8:27:12:11:9:27:12 chr8 37730368 . G A 868.15 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.0304;QD=57.8764;RBI=0.051004;REFB=0;REVB=0.0483553;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453945;OID=.;OPOS=37730368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:23:37:0:0:23:37:0:0 chr8 37963239 . C T 243.51 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.0229474;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.47;QD=14.9849;RBI=0.0239593;REFB=-0.00720213;REVB=-0.00688937;RO=35;SAF=3;SAR=25;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317796;STB=0.695654;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.011338;OID=.;OPOS=37963239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:35:37:28:28:0.430769:25:3:10:25:25:3:11:26 chr8 37979919 . G C 400.92 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00408336;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.684;QD=53.4564;RBI=0.0444214;REFB=-0.140761;REVB=0.0442334;RO=1;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442673;STB=0.521724;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00113257;OID=.;OPOS=37979919;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:28:29:0.966667:10:18:0:1:11:18:0:1 chr8 37985897 . A G 192.9 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0106878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7031;QD=13.7782;RBI=0.0459016;REFB=-0.0316343;REVB=-0.04464;RO=33;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13115;STB=0.574897;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0322003;OID=.;OPOS=37985897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:11:12:13:20:11:12:13:20 chr8 37996327 . G A 205.99 PASS AF=0.296703;AO=27;DP=91;FAO=27;FDP=91;FR=.;FRO=64;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0347591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5953;QD=9.05445;RBI=0.0580862;REFB=-0.0111888;REVB=-0.0465383;RO=62;SAF=13;SAR=14;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353925;STB=0.508966;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0344532;OID=.;OPOS=37996327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:62:64:27:27:0.296703:14:13:28:34:14:13:30:34 chr8 38005835 . T C 771.42 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256857;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.566;QD=57.1425;RBI=0.038001;REFB=0;REVB=0.0280057;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142819;OID=.;OPOS=38005835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr8 38369493 . A G 315.76 PASS AF=0.472222;AO=33;DP=71;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=7;FWDB=-0.00381526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.553;QD=17.5421;RBI=0.0210411;REFB=-0.0139398;REVB=0.0206924;RO=38;SAF=22;SAR=11;SRF=31;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171973;STB=0.603361;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0179577;OID=.;OPOS=38369493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:38:38:33:34:0.472222:11:22:31:7:12:22:31:7 chr8 38458371 . G T 382.3 PASS AF=0.368;AO=45;DP=124;FAO=46;FDP=125;FR=.;FRO=79;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.00185115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.44;QD=12.2334;RBI=0.00914528;REFB=-0.00209116;REVB=0.00895597;RO=79;SAF=27;SAR=18;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174924;STB=0.604832;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.00465495;OID=.;OPOS=38458371;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:79:79:45:46:0.368:18:27:35:44:18:28:35:44 chr8 38458552 . G GTCT 1458.41 PASS AF=1;AO=92;DP=106;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012838;FXX=0.0388312;HRUN=0;LEN=3;MLLD=183.94;QD=58.9256;RBI=0.0480993;REFB=0;REVB=0.0463544;RO=3;SAF=56;SAR=36;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247176;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=5.87003e-05;OID=.;OPOS=38458553;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=GTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:92:106:99:99:0:62:37:0:0:8:3:56:36:3:0 chr8 38458659 . C T 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409762;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.33;QD=59.1432;RBI=0.0410224;REFB=0;REVB=-0.00194638;RO=0;SAF=42;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.93036e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.97954e-05;OID=.;OPOS=38458659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:25:42:0:0:25:42:0:0 chr8 38827185 . GCCT GCGT,GCT,GCTG 1107.61 PASS AF=0,1,0;AO=4,67,5;DP=82;FAO=0,81,0;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=0,36,0;FSAR=0,45,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119695,0.0816679,-0.0168683;FXX=0.0121936;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,2;MLLD=17.2346,20.9042,142.835;QD=54.6967;RBI=0.0267778,0.152944,0.0232545;REFB=0,0,0;REVB=0.0239537,0.129314,-0.0160073;RO=2;SAF=4,32,0;SAR=0,35,5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0.319864,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.767801,0.0262374,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.0037399,0;OID=.,.,.;OPOS=38827187,38827186,38827187;OREF=C,C,CT;OALT=G,-,TG;OMAPALT=GCGT,GCT,GCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:4,67,5:82:0,81,0:81:0:0,36,0:0,45,0:0:0:6:2:4,32,0:0,35,5:0:2 chr8 38835666 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.08;QD=50.4132;RBI=0.0422552;REFB=0;REVB=-0.0041644;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000351041;OID=.;OPOS=38835666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr8 38848850 . C T 804.19 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309;QD=64.335;RBI=0.0251721;REFB=0;REVB=0.022233;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76573e-05;OID=.;OPOS=38848850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:50:0:0:46:50:1:19:27:0:0:20:30:0:0 chr8 38912091 . G A 183.07 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0277593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.981;QD=13.3143;RBI=0.0290894;REFB=-0.0102589;REVB=-0.00869564;RO=33;SAF=12;SAR=10;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0141424;OID=.;OPOS=38912091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:10:12:18:15:10:12:18:15 chr8 38934777 . G A 561.27 PASS AF=0.475806;AO=54;DP=119;FAO=59;FDP=124;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.0171448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.205;QD=18.1055;RBI=0.0232388;REFB=-0.0264993;REVB=0.0156874;RO=64;SAF=26;SAR=28;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787504;STB=0.523802;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0291122;OID=.;OPOS=38934777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:124:64:65:54:59:0.475806:28:26:36:28:29:30:36:29 chr8 38964647 . G A 747.03 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00441722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.48;QD=63.5769;RBI=0.00447106;REFB=0;REVB=-0.000691802;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.23895e-05;OID=.;OPOS=38964647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr8 38965271 . C T 1537.15 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0281192;FXX=0.0101;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.699;QD=62.7407;RBI=0.0491534;REFB=-0.113646;REVB=0.0403158;RO=0;SAF=62;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.81934e-08;STB=0.503999;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000181091;OID=.;OPOS=38965271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:98:0:1:97:97:0.989796:35:62:0:0:35:62:1:0 chr8 39080632 . C G 1870.05 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.434;QD=61.3131;RBI=0.0260349;REFB=0;REVB=-0.0198124;RO=0;SAF=64;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.18541e-06;OID=.;OPOS=39080632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:122:0:0:120:122:1:56:64:0:0:57:65:0:0 chr8 39311600 . C T 1826.76 PASS AF=0.96124;AO=123;DP=129;FAO=124;FDP=129;FR=.;FRO=5;FSAF=56;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0029761;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6911;QD=56.6438;RBI=0.0469061;REFB=0.00630274;REVB=-0.0468116;RO=4;SAF=56;SAR=67;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275168;STB=0.517728;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.000248811;OID=.;OPOS=39311600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:129:129:4:5:123:124:0.96124:67:56:0:4:68:56:0:5 chr8 39312886 . G A 355.47 PASS AF=0.398148;AO=40;DP=104;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=22;FWDB=-0.0012631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7297;QD=13.1655;RBI=0.0282105;REFB=-0.0136992;REVB=0.0281822;RO=61;SAF=20;SAR=20;SRF=42;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20187;STB=0.616806;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0183009;OID=.;OPOS=39312886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:108:61:65:40:43:0.398148:20:20:42:19:23:20:43:22 chr8 39312965 . CA C 323.08 PASS AF=0.552381;AO=55;DP=105;FAO=58;FDP=105;FR=.;FRO=47;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.0241504;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.6961;QD=12.3077;RBI=0.133234;REFB=0.0497046;REVB=0.131027;RO=41;SAF=32;SAR=23;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0.320755;SSSB=0.0166661;STB=0.532983;STBP=0.466;TYPE=del;VARB=0.00043953;OID=.;OPOS=39312966;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.552381:55:105:58:105:47:35:23:25:22:99:41:32:23:23:18 chr8 39331031 . T C 171.44 PASS AF=0.404255;AO=18;DP=46;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.023439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.347;QD=14.5909;RBI=0.0243061;REFB=-0.00604699;REVB=-0.00643432;RO=28;SAF=2;SAR=16;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464827;STB=0.714025;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00541334;OID=.;OPOS=39331031;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:28:28:18:19:0.404255:16:2:12:16:16:3:12:16 chr8 39331093 . T C 150.39 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00902704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.799;QD=12.277;RBI=0.0184234;REFB=-0.0158528;REVB=0.0160603;RO=31;SAF=4;SAR=13;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236358;STB=0.653436;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0133316;OID=.;OPOS=39331093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:31:32:17:17:0.346939:13:4:13:18:13:4:14:18 chr8 39836627 . G A 41.36 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=-0.0305354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.521;QD=3.93919;RBI=0.0307649;REFB=-0.00342553;REVB=0.00375054;RO=34;SAF=3;SAR=4;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174727;STB=0.599734;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0144703;OID=.;OPOS=39836627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:42:34:35:7:7:0.166667:4:3:10:24:4:3:11:24 chr8 39872866 . A C 871.64 PASS AF=1;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0098847;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4863;QD=57.1567;RBI=0.0110556;REFB=0;REVB=0.00495169;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00584102;OID=.;OPOS=39872866;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:60:61:1:37:23:0:0:38:23:0:0 chr8 39873478 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161112;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.089;QD=44.6893;RBI=0.0184555;REFB=0;REVB=-0.00900204;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000591378;OID=.;OPOS=39873478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chr8 39873483 . TT AA 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233586;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=247.958;QD=42.1826;RBI=0.0314365;REFB=0;REVB=0.0210388;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000170934;OID=.;OPOS=39873483;OREF=TT;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr8 40011079 . G A 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.294;QD=55.6524;RBI=0.042314;REFB=0;REVB=-0.0330377;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.7046e-05;OID=.;OPOS=40011079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr8 40012464 . CTTTTTC CTTTTC,CTTTTCA 33.58 PASS AF=0.259259,0.0740741;AO=6,2;DP=26;FAO=7,2;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=2,0;FSAR=5,2;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.18972,0.178647;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=11.3555,17.8594;QD=4.97453;RBI=0.218297,0.194279;REFB=-0.0328971,-0.0494321;REVB=0.10798,0.0763533;RO=15;SAF=0,0;SAR=6,2;SRF=9;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.753745,-0.583083;STB=0.697101,0.995035;STBP=0.218,0.172;TYPE=del,mnp;VARB=0.0278563,0.117853;OID=.,.;OPOS=40012465,40012469;OREF=T,TC;OALT=-,CA;OMAPALT=CTTTTC,CTTTTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259259,0.0740741:6,2:26:7,2:27:18:2,0:5,2:10:8:25:15:0,0:6,2:9:6 chr8 40012684 . C G 766.33 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.098;QD=55.7328;RBI=0.0492098;REFB=0;REVB=0.00338441;RO=0;SAF=14;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029192;OID=.;OPOS=40012684;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:55:0:0:50:55:1:36:14:0:0:40:15:0:0 chr8 41132742 . A T 285.41 PASS AF=0.675676;AO=24;DP=36;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00134496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.754;QD=30.855;RBI=0.0142576;REFB=0.000737955;REVB=-0.0141941;RO=11;SAF=18;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824285;STB=0.53974;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.000634307;OID=.;OPOS=41132742;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:36:37:11:12:24:25:0.675676:6:18:7:4:6:19:8:4 chr8 41391704 . A G 1700.47 PASS AF=0.991228;AO=113;DP=115;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0143726;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5018;QD=59.6655;RBI=0.0148747;REFB=-0.0580711;REVB=-0.00383202;RO=1;SAF=59;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00798018;STB=0.504201;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.000149638;OID=.;OPOS=41391704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:114:1:1:113:113:0.991228:54:59:1:0:54:59:1:0 chr8 41512581 . CACAGCAGAGTCTAT C 33.22 PASS AF=0.5;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00478762;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=14;MLLD=471.468;QD=13.2887;RBI=0.0294393;REFB=0.00770039;REVB=-0.0290474;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0744193;STB=0.599599;STBP=0.681;TYPE=del;VARB=-0.00740964;OID=.;OPOS=41512582;OREF=ACAGCAGAGTCTAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:5:11:5:10:5:2:3:3:2:29:4:2:3:2:2 chr8 41517958 . A AG 1341.91 PASS AF=1;AO=120;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=85;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0657817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=13.9;QD=38.0684;RBI=0.067109;REFB=0;REVB=-0.0132809;RO=18;SAF=43;SAR=77;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108551;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00109847;OID=.;OPOS=41517959;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:120:141:141:141:0:56:85:0:0:28:18:43:77:14:4 chr8 41519462 . A G 386.21 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.771;QD=55.1726;RBI=0.059341;REFB=0;REVB=0.0583999;RO=0;SAF=6;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311218;OID=.;OPOS=41519462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:21:6:0:0:22:6:0:0 chr8 41521663 . T C 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6737;QD=64.4138;RBI=0.013363;REFB=0;REVB=-0.00148608;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125956;OID=.;OPOS=41521663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:25:25:0:0:25:25:0:0 chr8 41553928 . C G 301.73 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.00406656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.831;QD=25.1438;RBI=0.0392482;REFB=0.00431556;REVB=0.039037;RO=20;SAF=11;SAR=16;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258696;STB=0.632123;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00629034;OID=.;OPOS=41553928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:21:27:27:0.5625:16:11:15:5:16:11:15:6 chr8 41787705 . CTCATT C 95.35 PASS AF=0.909091;AO=9;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0211155;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=290.744;QD=34.6738;RBI=0.0320618;REFB=-0.0585094;REVB=0.0241267;RO=1;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175672;STB=0.57128;STBP=0.275;TYPE=del;VARB=0.00531957;OID=.;OPOS=41787706;OREF=TCATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.909091:9:11:10:11:1:3:7:1:0:6:1:2:7:1:0 chr8 42013563 . T G,TATG 616.32 PASS AF=0.0416667,0.854167;AO=2,41;DP=49;FAO=2,41;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=2,12;FSAR=0,29;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00764843,0.00433357;FXX=0.020404;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=53.5077,242.067;QD=51.3597;RBI=0.00840087,0.00495635;REFB=-0.00248737,-0.0406905;REVB=-0.00347506,-0.00240533;RO=4;SAF=2,13;SAR=0,28;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.569412,-0.0803563;STB=0.99138,0.563075;STBP=0.427,0.037;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0509144,0.00399472;OID=.,.;OPOS=42013563,42013564;OREF=T,-;OALT=G,ATG;OMAPALT=G,TATG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:26:49:48:4:5:2,41:2,41:0.0416667,0.854167:0,28:2,13:3:1:0,29:2,12:4:1 chr8 42044954 . G A 230.57 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-8.9678e-06;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.143;QD=14.1888;RBI=0.0197318;REFB=-0.0170919;REVB=0.0197318;RO=36;SAF=11;SAR=16;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256598;STB=0.643472;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0311983;OID=.;OPOS=42044954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:36:38:27:27:0.415385:16:11:24:12:16:11:25:13 chr8 42296993 . C T 325.36 PASS AF=0.568966;AO=33;DP=58;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0118952;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.681;QD=22.4388;RBI=0.0352508;REFB=-0.0353422;REVB=-0.0331831;RO=24;SAF=25;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230751;STB=0.621811;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0180453;OID=.;OPOS=42296993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:24:25:33:33:0.568966:8:25:12:12:8:25:13:12 chr8 42882555 . A ATTTGT,ATTTGTT 812.74 PASS AF=0.820513,0;AO=46,11;DP=82;FAO=64,0;FDP=78;FR=.;FRO=14;FSAF=29,0;FSAR=35,0;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00456011,-0.00328925;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=5,6;MLLD=249.664,242.209;QD=41.6787;RBI=0.0148998,0.0266019;REFB=-0.0445921,-0.0371885;REVB=-0.0141848,-0.0263977;RO=18;SAF=24,1;SAR=22,10;SRF=13;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.105203,-0.674382;STB=0.534126,0.5;STBP=0.202,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00542586,0.00397172;OID=.,.;OPOS=42882556,42882556;OREF=-,-;OALT=TTTGT,TTTGTT;OMAPALT=ATTTGT,ATTTGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.820513,0:46,11:82:64,0:78:14:29,0:35,0:9:5:79:18:24,1:22,10:13:5 chr8 43054553 . T C 747.05 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00475737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.792;QD=63.579;RBI=0.00503501;REFB=0;REVB=0.00164887;RO=0;SAF=36;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.08836e-05;OID=.;OPOS=43054553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:11:36:0:0:11:36:0:0 chr8 46952121 . G A 34.02 PASS AF=0.101266;AO=8;DP=79;FAO=8;FDP=79;FR=.;FRO=71;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.00247198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2168;QD=1.72244;RBI=0.00328454;REFB=-0.00302469;REVB=-0.00216276;RO=71;SAF=2;SAR=6;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370232;STB=0.78115;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0357884;OID=.;OPOS=46952121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:79:79:71:71:8:8:0.101266:6:2:41:30:6:2:41:30 chr8 46952145 . T C 32.21 PASS AF=0.104478;AO=7;DP=67;FAO=7;FDP=67;FR=.;FRO=60;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.00930551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0751;QD=1.92285;RBI=0.00931861;REFB=0.00380515;REVB=0.000494026;RO=60;SAF=2;SAR=5;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318695;STB=0.743132;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=-0.0289419;OID=.;OPOS=46952145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:67:67:60:60:7:7:0.104478:5:2:34:26:5:2:34:26 chr8 46952148 . G C 32.62 PASS AF=0.106061;AO=7;DP=66;FAO=7;FDP=66;FR=.;FRO=59;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0465364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.635;QD=1.97723;RBI=0.0546842;REFB=-0.00125154;REVB=-0.0287182;RO=58;SAF=2;SAR=5;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322644;STB=0.737736;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0137257;OID=.;OPOS=46952148;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:66:66:58:59:7:7:0.106061:5:2:33:25:5:2:33:26 chr8 47979781 . G C 1062.29 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9009;QD=59.8475;RBI=0.0209925;REFB=0;REVB=-0.00915645;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0002492;OID=.;OPOS=47979781;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:41:30:0:0:41:30:0:0 chr8 48102786 . C T 358.05 PASS AF=0.636364;AO=35;DP=55;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0170383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9625;QD=26.0399;RBI=0.0223717;REFB=0.0065658;REVB=0.0144978;RO=20;SAF=13;SAR=22;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549934;STB=0.530103;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.00603246;OID=.;OPOS=48102786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:20:35:35:0.636364:22:13:9:11:22:13:9:11 chr8 48102987 . A G 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00678793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.994;QD=14.0791;RBI=0.00685481;REFB=-0.00048028;REVB=0.000955245;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228527;STB=0.633918;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00046486;OID=.;OPOS=48102987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:4:8:7:9:4:8:7:9 chr8 48104722 . G T 198.65 PASS AF=0.390625;AO=23;DP=63;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0291823;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6369;QD=12.4156;RBI=0.035254;REFB=-0.00837699;REVB=-0.0197798;RO=38;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209856;STB=0.59744;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0156228;OID=.;OPOS=48104722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:38:39:23:25:0.390625:10:13:14:24:12:13:14:25 chr8 48585975 . T C 520.41 PASS AF=0.6;AO=48;DP=80;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.0256357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5516;QD=26.0207;RBI=0.0359853;REFB=0.0104893;REVB=0.0252537;RO=32;SAF=22;SAR=26;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189125;STB=0.603051;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00178208;OID=.;OPOS=48585975;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:32:32:48:48:0.6:26:22:23:9:26:22:23:9 chr8 48710955 . A G 144.15 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00138975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0309;QD=24.0254;RBI=0.0234571;REFB=-0.00195876;REVB=0.0234158;RO=9;SAF=5;SAR=10;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156502;STB=0.588114;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00218153;OID=.;OPOS=48710955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:10:5:5:4:10:5:5:4 chr8 48805816 . A AG,G 398.29 PASS AF=0.6,0.4;AO=12,14;DP=31;FAO=18,12;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=5,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.065763,0.0307028;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=23.61,27.7313;QD=53.1054;RBI=0.0681053,0.0331873;REFB=0,0;REVB=-0.0177075,0.0125992;RO=5;SAF=11,1;SAR=1,13;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.553229,-0.184459;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00311569,0.0211187;OID=.,.;OPOS=48805817,48805816;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:81:31:30:5:0:12,14:18,12:0.6,0.4:1,13:11,1:1:4:5,12:13,0:0:0 chr8 48885436 . T A 784.9 PASS AF=0.95;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00833791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.485;QD=52.3267;RBI=0.0269246;REFB=-0.206179;REVB=0.025601;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.524582;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00201919;OID=.;OPOS=48885436;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:0:3:57:57:0.95:29:28:0:0:29:28:0:3 chr8 50242991 . G T 246.48 PASS AF=0.52;AO=25;DP=51;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00578328;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.749;QD=19.7186;RBI=0.0151707;REFB=-0.0097079;REVB=0.0140251;RO=24;SAF=10;SAR=15;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015115;STB=0.503152;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.00778082;OID=.;OPOS=50242991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:24:24:25:26:0.52:15:10:10:14:15:11:10:14 chr8 51571172 . G A 553.7 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0657533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8728;QD=59.8591;RBI=0.0808959;REFB=0;REVB=0.0471238;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139134;OID=.;OPOS=51571172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:19:17:0:0:19:18:0:0 chr8 52321243 . T C 851.57 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.002;QD=57.7332;RBI=0.0518444;REFB=0;REVB=0.0144799;RO=0;SAF=16;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.75589e-05;OID=.;OPOS=52321243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:59:0:0:55:59:1:39:16:0:0:39:20:0:0 chr8 52321686 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00217095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.945;QD=56.7064;RBI=0.0075718;REFB=0;REVB=-0.0072539;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.46318e-05;OID=.;OPOS=52321686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr8 52325767 . TC GC,GT 788.08 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=54,2;DP=56;FAO=54,2;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29,0;FSAR=25,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295376,0.0111958;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=163.143,170.427;QD=56.2911;RBI=0.0304236,0.0349754;REFB=0,0;REVB=-0.00728896,-0.0331351;RO=0;SAF=29,0;SAR=25,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=8.61377e-05,0.00179132;OID=.,.;OPOS=52325767,52325767;OREF=T,TC;OALT=G,GT;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:56:56:0:0:54,2:54,2:0.964286,0.0357143:25,2:29,0:0:0:25,2:29,0:0:0 chr8 52325796 . G A 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0663765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0821;QD=57.1039;RBI=0.0782714;REFB=0;REVB=-0.0414799;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00125157;OID=.;OPOS=52325796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:28:27:0:0:28:27:0:0 chr8 52730521 . C T 1120.83 PASS AF=0.974359;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00703815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6218;QD=57.4785;RBI=0.0259439;REFB=-0.100672;REVB=0.024971;RO=2;SAF=28;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00663701;STB=0.503617;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00275283;OID=.;OPOS=52730521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:78:2:2:75:76:0.974359:47:28:1:1:48:28:1:1 chr8 52730864 . T C 324.58 PASS AF=0.8125;AO=26;DP=32;FAO=26;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.038865;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.723;QD=40.572;RBI=0.0389241;REFB=-0.0347201;REVB=0.00214462;RO=6;SAF=14;SAR=12;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133438;STB=0.507241;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00937832;OID=.;OPOS=52730864;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:6:6:26:26:0.8125:12:14:3:3:12:14:3:3 chr8 52731494 . G A 38.56 PASS AF=0.132075;AO=6;DP=52;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0316244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6179;QD=2.91041;RBI=0.0421127;REFB=-0.00294541;REVB=-0.0278097;RO=46;SAF=4;SAR=2;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171137;STB=0.673644;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0149304;OID=.;OPOS=52731494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:52:53:46:46:6:7:0.132075:2:4:24:22:2:5:24:22 chr8 52731975 . C A 61.55 PASS AF=0.257143;AO=6;DP=32;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0148204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.889;QD=7.03479;RBI=0.0200419;REFB=-0.00265138;REVB=-0.013492;RO=24;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536394;STB=0.541572;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0111232;OID=.;OPOS=52731975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:32:35:24:26:6:9:0.257143:2:4:15:9:3:6:16:10 chr8 52731980 . C G 34.02 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00904192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.038;QD=3.88755;RBI=0.00950204;REFB=-0.00212844;REVB=-0.00292105;RO=29;SAF=3;SAR=3;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187708;STB=0.628172;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0118869;OID=.;OPOS=52731980;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:35:35:29:29:6:6:0.171429:3:3:19:10:3:3:19:10 chr8 52731999 . C T 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00745694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.127;QD=7.5263;RBI=0.019432;REFB=0.000726376;REVB=-0.0179443;RO=24;SAF=6;SAR=3;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10346;STB=0.565068;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.00283236;OID=.;OPOS=52731999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:3:6:14:10:3:6:14:10 chr8 52732914 . T C 155.69 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0502078;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.1914;QD=22.2418;RBI=0.0510764;REFB=-0.0292852;REVB=-0.00937984;RO=11;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165224;STB=0.571341;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.015471;OID=.;OPOS=52732914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:11:12:16:16:0.571429:8:8:8:3:8:8:8:4 chr8 52733050 . T A 94.19 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00354556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.616;QD=10.4656;RBI=0.0194709;REFB=-0.0084539;REVB=0.0191454;RO=24;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481035;STB=0.528799;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0172161;OID=.;OPOS=52733050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:7:5:9:15:7:5:9:15 chr8 52746153 . C T 323.08 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00083044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.958;QD=16.7834;RBI=0.0341475;REFB=-0.00239185;REVB=-0.0341374;RO=42;SAF=23;SAR=12;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136385;STB=0.576757;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0018623;OID=.;OPOS=52746153;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:12:23:22:20:12:23:22:20 chr8 53537316 . AA GA,GG 835.12 PASS AF=0.934426,0.0491803;AO=57,3;DP=63;FAO=57,3;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=28,0;FSAR=29,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00811269,-0.0138058;FXX=0.031741;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=66.7208,146.999;QD=54.7616;RBI=0.0308265,0.0141982;REFB=-0.00193209,-0.0068164;REVB=-0.0297399,-0.00331484;RO=1;SAF=28,0;SAR=29,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0159856,0;STB=0.508472,0.5;STBP=0.515,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000631779,0.00182417;OID=.,.;OPOS=53537316,53537316;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:63:61:1:1:57,3:57,3:0.934426,0.0491803:29,3:28,0:0:1:29,3:28,0:0:1 chr8 53555069 . A G 1053.15 PASS AF=0.948052;AO=73;DP=77;FAO=73;FDP=77;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.054501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4307;QD=54.7093;RBI=0.055267;REFB=-0.111554;REVB=0.00916967;RO=2;SAF=31;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295377;STB=0.503999;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.00321902;OID=.;OPOS=53555069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:77:77:2:4:73:73:0.948052:42:31:2:0:42:31:2:2 chr8 53586706 . A G 817.56 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.501;QD=57.3724;RBI=0.0455008;REFB=0;REVB=0.0272784;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150638;OID=.;OPOS=53586706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:23:33:0:0:24:33:0:0 chr8 54745538 . C G 568.31 PASS AF=0.621951;AO=50;DP=82;FAO=51;FDP=82;FR=.;FRO=31;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00398722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9498;QD=27.7224;RBI=0.0135151;REFB=0.0097097;REVB=-0.0129136;RO=31;SAF=31;SAR=19;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143749;STB=0.580645;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00753632;OID=.;OPOS=54745538;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:31:31:50:51:0.621951:19:31:13:18:19:32:13:18 chr8 55049131 . A G 137.43 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0623146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8637;QD=11.4527;RBI=0.0715388;REFB=-0.0236995;REVB=-0.0351382;RO=32;SAF=3;SAR=13;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233191;STB=0.640648;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0467265;OID=.;OPOS=55049131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:13:3:11:21:13:3:11:21 chr8 55539057 . G A 188.31 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00696348;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.618;QD=18.8312;RBI=0.0109217;REFB=-0.0043369;REVB=0.00841392;RO=20;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122806;STB=0.583694;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00227693;OID=.;OPOS=55539057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:21:19:19:0.475:12:7:10:10:12:7:11:10 chr8 55541450 . G A 165.98 PASS AF=0.354839;AO=21;DP=61;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.0378373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.513;QD=10.7081;RBI=0.0380288;REFB=-0.0102647;REVB=0.00381168;RO=37;SAF=9;SAR=12;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122761;STB=0.561348;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0166134;OID=.;OPOS=55541450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:37:40:21:22:0.354839:12:9:20:17:12:10:22:18 chr8 55541513 . T C 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0001298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.734;QD=11.2612;RBI=0.0109339;REFB=-0.00733834;REVB=-0.0109331;RO=30;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121034;STB=0.571338;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0147611;OID=.;OPOS=55541513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:9:6:9:21:9:6:9:21 chr8 55541617 . A G 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.02501;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.379;QD=15.1664;RBI=0.0262701;REFB=-0.00852329;REVB=-0.00803865;RO=20;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0148978;OID=.;OPOS=55541617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:9:6:8:12:9:6:8:12 chr8 55632762 . C T 603.77 PASS AF=0.55;AO=53;DP=98;FAO=55;FDP=100;FR=.;FRO=45;FSAF=36;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.000844712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.912;QD=24.1508;RBI=0.0044266;REFB=-0.0114076;REVB=0.00434526;RO=45;SAF=35;SAR=18;SRF=26;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074747;STB=0.5373;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.00900712;OID=.;OPOS=55632762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:45:45:53:55:0.55:18:35:26:19:19:36:26:19 chr8 55682294 . T C 49.21 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0460496;FXX=0.0285633;HRUN=5;LEN=1;MLLD=27.4851;QD=5.78911;RBI=0.0848264;REFB=-0.0660859;REVB=-0.0712387;RO=18;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194397;STB=0.630675;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.15786;OID=.;OPOS=55682294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:35:34:18:25:7:7:0.205882:2:5:10:8:2:5:14:11 chr8 56076708 . TTGC T 123.54 PASS AF=0.515152;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.0046798;FXX=0.0571265;HRUN=3;LEN=3;MLLD=290.654;QD=14.974;RBI=0.0317663;REFB=-0.00923788;REVB=0.0314197;RO=17;SAF=11;SAR=5;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228265;STB=0.630119;STBP=0.225;TYPE=del;VARB=0.00880398;OID=.;OPOS=56076709;OREF=TGC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.515152:16:35:17:33:16:11:6:14:2:99:17:11:5:15:2 chr8 56076791 . G A 190.86 PASS AF=0.363636;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=66;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0218357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8501;QD=11.5672;RBI=0.0232576;REFB=-0.0137869;REVB=0.00800736;RO=41;SAF=16;SAR=8;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123038;STB=0.565162;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0336678;OID=.;OPOS=56076791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:41:42:24:24:0.363636:8:16:23:18:8:16:24:18 chr8 56686224 . T C 669.36 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00386352;FXX=0.0377287;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4406;QD=52.4985;RBI=0.0144121;REFB=-0.0434903;REVB=0.0138846;RO=1;SAF=14;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132589;STB=0.513883;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00331604;OID=.;OPOS=56686224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:51:1:2:49:49:0.960784:35:14:0:1:35:14:0:2 chr8 56821700 . T G 1012.21 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00230462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.509;QD=57.8407;RBI=0.0214079;REFB=-0.210456;REVB=0.0212835;RO=1;SAF=43;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108681;STB=0.505745;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0014964;OID=.;OPOS=56821700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:26:43:1:0:26:43:1:0 chr8 56821795 . T G 999.27 PASS AF=1;AO=60;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.259;QD=58.7806;RBI=0.0308964;REFB=0;REVB=0.0205301;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000979344;OID=.;OPOS=56821795;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:60:68:1:27:33:0:0:32:36:0:0 chr8 56821809 . C T 792.89 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0122666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.487;QD=53.7553;RBI=0.0216467;REFB=-0.156827;REVB=-0.0178357;RO=1;SAF=29;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159856;STB=0.500297;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.000657274;OID=.;OPOS=56821809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:59:59:1:2:57:57:0.966102:28:29:1:0:28:29:1:1 chr8 56821945 . G A 803.42 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00510302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.506;QD=55.4085;RBI=0.0489135;REFB=0.0192022;REVB=0.0486466;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511107;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=8.949e-05;OID=.;OPOS=56821945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:22:35:0:0:22:35:0:1 chr8 57074194 . T C 551.77 PASS AF=0.440299;AO=59;DP=133;FAO=59;FDP=134;FR=.;FRO=75;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=33;FSRR=42;FWDB=-0.0143514;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.743;QD=16.4708;RBI=0.024756;REFB=-0.0121806;REVB=0.0201717;RO=73;SAF=28;SAR=31;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497945;STB=0.519434;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.012918;OID=.;OPOS=57074194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:73:75:59:59:0.440299:31:28:31:42:31:28:33:42 chr8 57129291 . A T 237.39 PASS AF=0.405797;AO=25;DP=67;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0150345;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.455;QD=13.7619;RBI=0.0151858;REFB=-0.0160759;REVB=-0.0021386;RO=42;SAF=8;SAR=17;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073512;STB=0.516928;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0251741;OID=.;OPOS=57129291;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:42:41:25:28:0.405797:17:8:16:26:17:11:15:26 chr8 57285647 . T G 429.42 PASS AF=0.483146;AO=43;DP=89;FAO=43;FDP=89;FR=.;FRO=46;FSAF=34;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.00262749;FXX=0.0111099;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2447;QD=19.2999;RBI=0.0122128;REFB=-0.0250988;REVB=-0.0119268;RO=46;SAF=34;SAR=9;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338142;STB=0.68994;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0245219;OID=.;OPOS=57285647;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:46:46:43:43:0.483146:9:34:22:24:9:34:22:24 chr8 57294571 . C G 88.04 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00324283;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.072;QD=11.3602;RBI=0.0160815;REFB=-0.00989658;REVB=0.0157512;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119577;STB=0.561292;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0162176;OID=.;OPOS=57294571;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:31:31:15:20:11:11:0.354839:5:6:8:7:5:6:9:11 chr8 57353979 . C T 166.36 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0153883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4392;QD=9.7859;RBI=0.0177445;REFB=-0.0174617;REVB=0.00883566;RO=45;SAF=11;SAR=11;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381186;STB=0.529385;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0444989;OID=.;OPOS=57353979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:45:46:22:22:0.323529:11:11:24:21:11:11:25:21 chr8 57829649 . G T 137.62 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0506809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.429;QD=39.3195;RBI=0.0727998;REFB=-0.0308226;REVB=-0.0522614;RO=1;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603742;STB=0.533282;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.000505462;OID=.;OPOS=57829649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:7:6:0:1:7:6:0:1 chr8 58039269 . A G 508.38 PASS AF=0.482143;AO=50;DP=108;FAO=54;FDP=112;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0193617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.643;QD=18.1564;RBI=0.0247851;REFB=-0.0213691;REVB=-0.0154733;RO=54;SAF=31;SAR=19;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080424;STB=0.549981;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0192012;OID=.;OPOS=58039269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:112:54:58:50:54:0.482143:19:31:29:25:21:33:30:28 chr8 59060275 . A G 207.95 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00614282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.705;QD=13.4159;RBI=0.0163344;REFB=0.00439938;REVB=0.0151353;RO=33;SAF=13;SAR=12;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00485689;STB=0.519984;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=-0.0037969;OID=.;OPOS=59060275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:37:25:25:0.403226:12:13:17:16:12:13:18:19 chr8 59360029 . G A 439.5 PASS AF=0.465347;AO=46;DP=99;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=-0.0127257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4613;QD=17.4058;RBI=0.0443299;REFB=-0.00633197;REVB=0.042464;RO=50;SAF=19;SAR=27;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916815;STB=0.539948;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00630324;OID=.;OPOS=59360029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:50:54:46:47:0.465347:27:19:16:34:28:19:18:36 chr8 59496490 . A G 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0151231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.98;QD=13.4594;RBI=0.0239485;REFB=-0.00567205;REVB=0.0185693;RO=26;SAF=10;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948443;STB=0.555485;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00682215;OID=.;OPOS=59496490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:6:10:14:12:6:10:14:12 chr8 59508134 . T C 201.64 PASS AF=0.309524;AO=26;DP=84;FAO=26;FDP=84;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0421799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7096;QD=9.602;RBI=0.0495662;REFB=-0.0016129;REVB=0.0260319;RO=58;SAF=14;SAR=12;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00468988;STB=0.50276;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00498057;OID=.;OPOS=59508134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:58:58:26:26:0.309524:12:14:31:27:12:14:31:27 chr8 59512334 . G A 1302.06 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0052416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.341;QD=62.003;RBI=0.0500162;REFB=0;REVB=0.0497408;RO=0;SAF=61;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.90195e-05;OID=.;OPOS=59512334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:23:61:0:0:23:61:0:0 chr8 59547804 . C A 225.49 PASS AF=0.341463;AO=28;DP=82;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0163532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.217;QD=10.9996;RBI=0.0206497;REFB=-0.0163925;REVB=-0.0126089;RO=53;SAF=11;SAR=17;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153834;STB=0.583567;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0277399;OID=.;OPOS=59547804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:53:54:28:28:0.341463:17:11:28:25:17:11:28:26 chr8 61178574 . T C 724.02 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00830667;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.465;QD=54.6431;RBI=0.0105776;REFB=0.0135146;REVB=-0.00654869;RO=1;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200378;STB=0.510634;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00031185;OID=.;OPOS=61178574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:23:29:0:1:23:29:0:1 chr8 61735201 . A C 693.77 PASS AF=0.507463;AO=68;DP=137;FAO=68;FDP=134;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.0115625;FXX=0.0289834;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.574;QD=20.7095;RBI=0.0191166;REFB=-0.016712;REVB=-0.0152234;RO=63;SAF=30;SAR=38;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072589;STB=0.529169;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0154921;OID=.;OPOS=61735201;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:134:63:66:68:68:0.507463:38:30:33:30:38:30:33:33 chr8 62489334 . C T 131.3 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0234164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.196;QD=14.1946;RBI=0.0269152;REFB=-0.000488354;REVB=-0.0132703;RO=22;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175409;STB=0.510191;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.000936859;OID=.;OPOS=62489334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:10:5:7:15:10:5:7:15 chr8 62490978 . T C 170.4 PASS AF=0.349206;AO=21;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0207874;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.486;QD=10.8192;RBI=0.0401466;REFB=-0.0191738;REVB=-0.0343457;RO=41;SAF=9;SAR=12;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228864;STB=0.615283;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0186671;OID=.;OPOS=62490978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:41:41:21:22:0.349206:12:9:26:15:12:10:26:15 chr8 62491037 . G C 267.09 PASS AF=0.631579;AO=23;DP=37;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00680656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2614;QD=28.1147;RBI=0.0203721;REFB=-0.000102509;REVB=0.0192014;RO=14;SAF=13;SAR=10;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236474;STB=0.633512;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00042296;OID=.;OPOS=62491037;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:14:14:23:24:0.631579:10:13:3:11:10:14:3:11 chr8 62491943 . G A 68.08 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0871601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3184;QD=14.3337;RBI=0.0879057;REFB=-0.0107921;REVB=-0.0114253;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443365;STB=0.749604;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0188303;OID=.;OPOS=62491943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:5:4:0:10:5:4:0:10 chr8 62491985 . A G 30.09 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.103004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7035;QD=10.0312;RBI=0.103422;REFB=-0.0566171;REVB=-0.00928458;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112423;STB=0.571121;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0709345;OID=.;OPOS=62491985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:2:5:4:1:2:5 chr8 62544428 . G T 401.25 PASS AF=0.518987;AO=39;DP=77;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0285423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0756;QD=20.3167;RBI=0.0422927;REFB=-0.00233675;REVB=-0.0312091;RO=38;SAF=15;SAR=24;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658473;STB=0.549782;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0023815;OID=.;OPOS=62544428;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:38:38:39:41:0.518987:24:15:12:26:24:17:12:26 chr8 62595068 . C T 83.48 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00572349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.403;QD=9.82147;RBI=0.00594617;REFB=-0.00147203;REVB=0.001612;RO=23;SAF=7;SAR=4;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192138;STB=0.511607;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00251836;OID=.;OPOS=62595068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:23:23:11:11:0.323529:4:7:15:8:4:7:15:8 chr8 63659635 . G A 576.86 PASS AF=0.442029;AO=61;DP=138;FAO=61;FDP=138;FR=.;FRO=77;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=0.0324213;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4888;QD=16.7205;RBI=0.0344695;REFB=0.000855621;REVB=0.011705;RO=77;SAF=28;SAR=33;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734339;STB=0.54097;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.000460033;OID=.;OPOS=63659635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:77:77:61:61:0.442029:33:28:41:36:33:28:41:36 chr8 63775855 . CT C 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0217009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.947;QD=27.1542;RBI=0.0277763;REFB=-0.0218715;REVB=-0.0173377;RO=6;SAF=7;SAR=7;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179486;STB=0.599863;STBP=0.174;TYPE=del;VARB=0.011617;OID=.;OPOS=63775856;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.7:14:20:14:20:6:7:7:5:1:36:6:7:7:5:1 chr8 63902715 . T G 113.11 PASS AF=0.5;AO=12;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0218052;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=217.172;QD=17.4015;RBI=0.0319079;REFB=-0.0260708;REVB=-0.0232948;RO=8;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0220958;OID=.;OPOS=63902715;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:8:13:12:13:0.5:6:6:4:4:7:6:6:7 chr8 63942717 . C T 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.100394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.405;QD=11.3328;RBI=0.102965;REFB=-0.0118091;REVB=-0.0228642;RO=25;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563079;STB=0.535161;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0184772;OID=.;OPOS=63942717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:41:25:27:14:14:0.341463:8:6:12:13:8:6:13:14 chr8 63951237 . C T 242.59 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.00222551;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6722;QD=16.73;RBI=0.0375172;REFB=-0.0158192;REVB=0.0374511;RO=30;SAF=12;SAR=15;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173063;STB=0.603103;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00970303;OID=.;OPOS=63951237;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:30:31:27:27:0.465517:15:12:8:22:15:12:8:23 chr8 63951312 . A G 72.45 PASS AF=0.34375;AO=9;DP=30;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0012141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0642;QD=9.05608;RBI=0.025267;REFB=-0.0133709;REVB=-0.0252379;RO=20;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184246;STB=0.593392;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0758212;OID=.;OPOS=63951312;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:30:32:20:21:9:11:0.34375:6:3:4:16:7:4:5:16 chr8 63978658 . TAAAAAAAAT TAAAAAAAT,TAAAAAAATA,TAAAAAAT 253.49 PASS AF=1,0,0;AO=24,3,6;DP=38;FAO=39,0,0;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0,0;FSAR=16,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.132873,-0.139226,-0.0642459;FXX=0.0249938;HRUN=8,8,8;LEN=1,2,2;MLLD=8.4025,9.77233,9.15918;QD=25.999;RBI=0.136053,0.139367,0.0665144;REFB=0,0,0;REVB=-0.0292421,-0.00626749,-0.0172227;RO=4;SAF=12,3,5;SAR=12,0,1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0658368,0.642277,0.0921951;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,del;VARB=-0.00399744,0.0226133,0.0118476;OID=.,.,.;OPOS=63978659,63978666,63978659;OREF=A,AT,AA;OALT=-,TA,-;OMAPALT=TAAAAAAAT,TAAAAAAATA,TAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0,0:24,3,6:38:39,0,0:39:0:23,0,0:16,0,0:0:0:4:4:12,3,5:12,0,1:3:1 chr8 64098729 . A AG 925.47 PASS AF=1;AO=62;DP=66;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265101;FXX=0.0307645;HRUN=0;LEN=1;MLLD=203.34;QD=58.7597;RBI=0.044573;REFB=0;REVB=0.0358325;RO=2;SAF=20;SAR=42;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119127;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000316836;OID=.;OPOS=64098730;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:62:66:63:63:0:21:42:0:0:5:2:20:42:1:1 chr8 64147448 . C T 177.32 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.011568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.758;QD=12.2291;RBI=0.0116094;REFB=-0.0108019;REVB=-0.000979514;RO=36;SAF=10;SAR=12;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137611;STB=0.579368;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0161488;OID=.;OPOS=64147448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:36:36:22:22:0.37931:12:10:21:15:12:10:21:15 chr8 65290650 . C T 134.0 PASS AF=0.416667;AO=14;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00279114;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.659;QD=14.8888;RBI=0.0142787;REFB=-0.0237865;REVB=0.0140033;RO=22;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404825;STB=0.547446;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0496925;OID=.;OPOS=65290650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:21:14:15:0.416667:10:4:7:15:11:4:7:14 chr8 65488962 . G A 105.8 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0193776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.655;QD=11.4374;RBI=0.0350904;REFB=-0.00318004;REVB=-0.0292548;RO=24;SAF=8;SAR=5;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111117;STB=0.506598;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00376207;OID=.;OPOS=65488962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:5:8:15:9:5:8:15:9 chr8 66635839 . AT A,ATT,TA 47.43 PASS AF=0.132743,0,0.0221239;AO=43,33,9;DP=231;FAO=30,0,5;FDP=226;FR=.;FRO=191;FSAF=10,0,5;FSAR=20,0,0;FSRF=69;FSRR=122;FWDB=0.0773313,-0.083899,-0.029043;FXX=0.0216441;HRUN=8,8,1;LEN=1,1,2;MLLD=6.66539,8.42597,19.7597;QD=0.839424;RBI=0.197486,0.195478,0.137964;REFB=-0.037572,0.0256425,-0.015331;REVB=0.181716,-0.176557,0.134872;RO=125;SAF=11,8,9;SAR=32,25,0;SRF=45;SRR=80;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.153205,-0.177756,0.617866;STB=0.526649,0.5,0.998494;STBP=0.801,1,0.002;TYPE=del,ins,mnp;VARB=0.0398295,0,-0.10263;OID=.,.,.;OPOS=66635840,66635840,66635839;OREF=T,-,AT;OALT=-,T,TA;OMAPALT=A,ATT,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:231:226:125:191:43,33,9:30,0,5:0.132743,0,0.0221239:32,25,0:11,8,9:45:80:20,0,0:10,0,5:69:122 chr8 67341378 . G A 920.03 PASS AF=0.575342;AO=79;DP=141;FAO=84;FDP=146;FR=.;FRO=62;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.000299141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.162;QD=25.2062;RBI=0.0292289;REFB=-0.0415287;REVB=0.0292274;RO=62;SAF=41;SAR=38;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00230612;STB=0.511902;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0303835;OID=.;OPOS=67341378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:146:62:62:79:84:0.575342:38:41:32:30:43:41:32:30 chr8 67342077 . G A 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0105231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.808;QD=14.3341;RBI=0.011685;REFB=-0.023506;REVB=-0.00507992;RO=10;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934302;STB=0.555425;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.010577;OID=.;OPOS=67342077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:2:7:7:3:2:7:7:3 chr8 67357597 . C T 410.99 PASS AF=0.313953;AO=55;DP=173;FAO=54;FDP=172;FR=.;FRO=118;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=58;FSRR=60;FWDB=-0.00772603;FXX=0.00578001;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.611;QD=9.5579;RBI=0.01195;REFB=-0.00920405;REVB=0.00911651;RO=118;SAF=22;SAR=33;SRF=58;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109338;STB=0.571684;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0209072;OID=.;OPOS=67357597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:172:118:118:55:54:0.313953:33:22:58:60:33:21:58:60 chr8 67380528 . T C 340.93 PASS AF=0.440476;AO=35;DP=82;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.000204846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.09;QD=16.2347;RBI=0.0259254;REFB=0.00190308;REVB=0.0259246;RO=47;SAF=16;SAR=19;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758806;STB=0.540519;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.0099364;OID=.;OPOS=67380528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:47:47:35:37:0.440476:19:16:25:22:20:17:25:22 chr8 68421768 . G C 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0350605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.302;QD=9.44481;RBI=0.037796;REFB=-0.0231625;REVB=-0.0141174;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33738;STB=0.749062;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0452884;OID=.;OPOS=68421768;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:9:10:6:6:0.375:5:1:4:5:5:1:5:5 chr8 68494981 . C CATT 1817.0 PASS AF=0.903448;AO=128;DP=151;FAO=131;FDP=145;FR=.;FRO=14;FSAF=50;FSAR=81;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00982506;FXX=0.0397325;HRUN=1;LEN=3;MLLD=246.727;QD=50.1242;RBI=0.00989698;REFB=0.000516124;REVB=-0.00119098;RO=14;SAF=48;SAR=80;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799526;STB=0.540525;STBP=0.004;TYPE=ins;VARB=-4.0291e-05;OID=.;OPOS=68494982;OREF=-;OALT=ATT;OMAPALT=CATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.903448:128:151:131:145:14:50:81:11:3:50:14:48:80:11:3 chr8 68864728 . G A 232.33 PASS AF=0.511111;AO=20;DP=42;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.0425179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.212;QD=20.6515;RBI=0.0471752;REFB=-0.0378692;REVB=0.0204385;RO=20;SAF=8;SAR=12;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194256;STB=0.612677;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0435449;OID=.;OPOS=68864728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:45:20:22:20:23:0.511111:12:8:4:16:14:9:4:18 chr8 69009268 . C T 383.08 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.00615947;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.585;QD=17.0258;RBI=0.0130464;REFB=-0.00988078;REVB=-0.0115008;RO=48;SAF=21;SAR=19;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0366995;STB=0.530711;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0082188;OID=.;OPOS=69009268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:48:50:40:40:0.444444:19:21:27:21:19:21:29:21 chr8 69012364 . G A 229.43 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00268257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.423;QD=14.1186;RBI=0.0320468;REFB=-0.0108517;REVB=-0.0319343;RO=38;SAF=12;SAR=15;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084158;STB=0.54791;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0130894;OID=.;OPOS=69012364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:15:12:20:18:15:12:20:18 chr8 69020496 . T C 282.85 PASS AF=0.625;AO=26;DP=41;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0640113;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5678;QD=28.2846;RBI=0.0660944;REFB=-0.0308423;REVB=0.0164628;RO=15;SAF=8;SAR=18;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197964;STB=0.505716;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0118418;OID=.;OPOS=69020496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:15:15:26:25:0.625:18:8:5:10:17:8:5:10 chr8 69434195 . T C 224.1 PASS AF=0.5;AO=14;DP=41;FAO=21;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.107599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.049;QD=21.3427;RBI=0.110009;REFB=-0.0397827;REVB=0.0228972;RO=20;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122474;STB=0.510628;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0346674;OID=.;OPOS=69434195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:20:20:14:21:0.5:6:8:9:11:12:9:9:11 chr8 69730432 . G A,T 282.52 PASS AF=0.863636,0.136364;AO=19,3;DP=22;FAO=19,3;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13,2;FSAR=6,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121356,0.036566;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=82.169,133.871;QD=51.3667;RBI=0.0169128,0.0420836;REFB=0,0;REVB=-0.01178,-0.0208317;RO=0;SAF=13,2;SAR=6,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.851e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00277682,0.0960238;OID=.,.;OPOS=69730432,69730432;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:22:22:0:0:19,3:19,3:0.863636,0.136364:6,1:13,2:0:0:6,1:13,2:0:0 chr8 69730488 . G C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00113043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.843;QD=54.5165;RBI=0.0159226;REFB=0;REVB=0.0158824;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106129;OID=.;OPOS=69730488;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr8 70072423 . G A 280.24 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0133583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.939;QD=16.7308;RBI=0.0279744;REFB=0.00255971;REVB=-0.0245789;RO=32;SAF=20;SAR=11;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137254;STB=0.581109;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00285657;OID=.;OPOS=70072423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:36:31:31:0.462687:11:20:16:16:11:20:18:18 chr8 70539523 . G A 95.47 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0105885;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0928;QD=10.6073;RBI=0.0434235;REFB=0.000644069;REVB=-0.0421127;RO=24;SAF=3;SAR=9;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415999;STB=0.749583;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.0040436;OID=.;OPOS=70539523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:36:36:24:24:12:12:0.333333:9:3:15:9:9:3:15:9 chr8 70571313 . G A 124.91 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0370451;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7279;QD=16.654;RBI=0.0442789;REFB=-0.00711114;REVB=0.0242546;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347727;STB=0.504847;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0120434;OID=.;OPOS=70571313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:15:16:14:14:0.466667:8:6:7:8:8:6:7:9 chr8 70571531 . G A 111.03 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0428002;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.866;QD=14.8041;RBI=0.0471333;REFB=-0.0207491;REVB=-0.0197406;RO=17;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861396;STB=0.550186;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0368643;OID=.;OPOS=70571531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:17:17:13:13:0.433333:8:5:8:9:8:5:8:9 chr8 70573004 . G A 205.92 PASS AF=0.382353;AO=24;DP=67;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.00523103;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.708;QD=12.1131;RBI=0.00726217;REFB=-0.0214249;REVB=-0.0050374;RO=41;SAF=12;SAR=12;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200972;STB=0.639097;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0253356;OID=.;OPOS=70573004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:41:42:24:26:0.382353:12:12:13:28:12:14:13:29 chr8 70584628 . T C 574.6 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00728687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5487;QD=60.4836;RBI=0.0432077;REFB=0;REVB=0.0425888;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000601868;OID=.;OPOS=70584628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr8 70602299 . A G 240.12 PASS AF=0.807692;AO=19;DP=24;FAO=21;FDP=26;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0384525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.937;QD=36.941;RBI=0.119371;REFB=-0.00792261;REVB=0.113008;RO=5;SAF=6;SAR=13;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195171;STB=0.609646;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0195669;OID=.;OPOS=70602299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:24:26:5:5:19:21:0.807692:13:6:4:1:15:6:4:1 chr8 70602341 . A G 1760.36 PASS AF=0.959677;AO=119;DP=125;FAO=119;FDP=124;FR=.;FRO=5;FSAF=65;FSAR=54;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00197716;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.058;QD=56.7857;RBI=0.0449086;REFB=-0.00122973;REVB=0.0448651;RO=5;SAF=65;SAR=54;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00415143;STB=0.502188;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=6.39283e-05;OID=.;OPOS=70602341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:125:124:5:5:119:119:0.959677:54:65:3:2:54:65:3:2 chr8 70744812 . G A 253.59 PASS AF=0.362069;AO=18;DP=58;FAO=21;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0448018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.8018;QD=17.4888;RBI=0.0451132;REFB=-0.0186825;REVB=-0.0052911;RO=23;SAF=17;SAR=1;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.629336;STB=0.83022;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0335629;OID=.;OPOS=70744812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:26:18:21:0.362069:1:17:12:11:2:19:12:14 chr8 70964399 . A G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000508988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.69;QD=59.8394;RBI=0.0039356;REFB=0;REVB=-0.00390255;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.33048e-05;OID=.;OPOS=70964399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr8 70967607 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.024;QD=53.2768;RBI=0.062245;REFB=0;REVB=-0.0141314;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000674042;OID=.;OPOS=70967607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr8 70978690 . C T 293.27 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.022863;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.1392;QD=23.0014;RBI=0.0229871;REFB=-0.00610865;REVB=0.00238525;RO=21;SAF=15;SAR=14;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103328;STB=0.546527;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00252392;OID=.;OPOS=70978690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:22:29:29:0.568627:14:15:8:13:14:15:9:13 chr8 71039118 . C G 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00650213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.049;QD=17.9408;RBI=0.00784421;REFB=-0.00934688;REVB=0.00438792;RO=22;SAF=13;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18428;STB=0.605364;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0144046;OID=.;OPOS=71039118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:6:13:11:11:6:13:11:11 chr8 71486568 . G C 41.69 PASS AF=0.5;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0259456;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7819;QD=13.898;RBI=0.0396076;REFB=-0.034586;REVB=0.0299264;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145035;STB=0.587932;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0399492;OID=.;OPOS=71486568;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:12:6:6:6:6:0.5:4:2:3:3:4:2:3:3 chr8 71619267 . TATAG T 295.72 PASS AF=0.365591;AO=33;DP=94;FAO=34;FDP=93;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=0.00480838;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=4;MLLD=268.42;QD=12.7192;RBI=0.00573401;REFB=-0.00479017;REVB=0.00312384;RO=52;SAF=20;SAR=13;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234871;STB=0.634251;STBP=0.054;TYPE=del;VARB=0.00965281;OID=.;OPOS=71619268;OREF=ATAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.365591:33:94:34:93:59:20:14:22:37:99:52:20:13:20:32 chr8 72111599 . A G 785.32 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.302;QD=64.1079;RBI=0.024701;REFB=0;REVB=0.0166999;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127448;OID=.;OPOS=72111599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr8 72129009 . G A 235.77 PASS AF=0.333333;AO=29;DP=87;FAO=29;FDP=87;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0146155;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.335;QD=10.84;RBI=0.0147143;REFB=-0.00685754;REVB=0.00170256;RO=56;SAF=13;SAR=16;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386533;STB=0.558006;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.012916;OID=.;OPOS=72129009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:56:58:29:29:0.333333:16:13:27:29:17:12:29:29 chr8 72211295 . T C 1131.14 PASS AF=0.535354;AO=102;DP=195;FAO=106;FDP=198;FR=.;FRO=92;FSAF=44;FSAR=62;FSRF=42;FSRR=50;FWDB=0.0282583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.038;QD=22.8513;RBI=0.0283283;REFB=-0.0142701;REVB=0.00198991;RO=91;SAF=41;SAR=61;SRF=41;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431263;STB=0.519684;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0105984;OID=.;OPOS=72211295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:198:91:92:102:106:0.535354:61:41:41:50:62:44:42:50 chr8 72754502 . G A 43.84 PASS AF=0.25;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0145256;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.765;QD=6.26341;RBI=0.018364;REFB=-0.0103063;REVB=0.0112358;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.347455;STB=0.672809;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.022761;OID=.;OPOS=72754502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:27:28:19:21:7:7:0.25:4:3:14:5:4:3:14:7 chr8 72755647 . C CT 85.37 PASS AF=0.538462;AO=13;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.0451227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.2403;QD=13.1341;RBI=0.168872;REFB=-0.00948573;REVB=-0.162732;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334806;STB=0.692073;STBP=0.048;TYPE=ins;VARB=0.00564604;OID=.;OPOS=72755648;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:13:26:14:26:12:7:7:11:1:74:12:7:6:11:1 chr8 72914433 . CTTTT CTTTC,CTTTTC,CTTT 83.91 PASS AF=0.25,0.5,0.25;AO=5,3,2;DP=16;FAO=3,6,3;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,3;FSAR=3,6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136412,-0.0143188,-0.107823;FXX=0.199867;HRUN=16,0,16;LEN=1,1,1;MLLD=120.478,122.317,6.07271;QD=27.97;RBI=0.0754426,0.0702125,0.201097;REFB=-0.0251371,-0.0248251,-0.243684;REVB=-0.0741991,-0.068737,-0.169748;RO=1;SAF=0,0,2;SAR=5,3,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.767767,-0.727144,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,ins,del;VARB=-0.0780883,0.035862,0.0728945;OID=.,.,.;OPOS=72914437,72914438,72914434;OREF=T,-,T;OALT=C,C,-;OMAPALT=CTTTC,CTTTTC,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.25,0.5,0.25:5,3,2:16:3,6,3:12:0:0,0,3:3,6,0:0:0:15:1:0,0,2:5,3,0:1:0 chr8 72935008 . C T 786.76 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0225983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.115;QD=55.2114;RBI=0.0272336;REFB=0.0127899;REVB=0.0151983;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.507244;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=1.67753e-05;OID=.;OPOS=72935008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:56:56:0.982456:22:34:0:0:22:34:1:0 chr8 72935039 . C T 1055.64 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111775;FXX=0.0666578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.019;QD=60.3225;RBI=0.0361544;REFB=0;REVB=0.0343832;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469446;OID=.;OPOS=72935039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:70:0:0:67:70:1:27:40:0:0:29:41:0:0 chr8 72935045 . G C 1233.58 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00884709;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0062;QD=61.6789;RBI=0.0322828;REFB=0;REVB=0.0310469;RO=0;SAF=47;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000535752;OID=.;OPOS=72935045;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:80:0:0:80:80:1:33:47:0:0:33:47:0:0 chr8 72936145 . T C 210.7 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0196019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.499;QD=19.1545;RBI=0.0388349;REFB=-0.0283303;REVB=0.0335248;RO=23;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353336;STB=0.519981;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0168524;OID=.;OPOS=72936145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:12:9:9:14:12:9:9:14 chr8 72942210 . G T 115.35 PASS AF=0.464286;AO=12;DP=27;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0266957;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.831;QD=16.4788;RBI=0.0283481;REFB=-0.0124705;REVB=-0.00953719;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953953;STB=0.573658;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0169477;OID=.;OPOS=72942210;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:15:15:12:13:0.464286:6:6:9:6:7:6:9:6 chr8 72966002 . G A 189.75 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=67;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.00890496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0014;QD=11.3282;RBI=0.0254127;REFB=-0.0103925;REVB=-0.0238014;RO=43;SAF=16;SAR=8;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298842;STB=0.673124;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0165843;OID=.;OPOS=72966002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:43:24:24:0.358209:8:16:17:26:8:16:17:26 chr8 72975801 . T G 857.85 PASS AF=0.939394;AO=62;DP=66;FAO=62;FDP=66;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0169536;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=263.032;QD=51.9911;RBI=0.0174589;REFB=-0.145874;REVB=0.0041703;RO=2;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262147;STB=0.503971;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.000721589;OID=.;OPOS=72975801;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:66:66:2:4:62:62:0.939394:35:27:0:2:35:27:2:2 chr8 72977703 . C T 251.8 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0187595;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.491;QD=12.2827;RBI=0.0484238;REFB=-0.0226627;REVB=-0.0446424;RO=51;SAF=19;SAR=11;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744017;STB=0.550222;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0448565;OID=.;OPOS=72977703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:51:52:30:30:0.365854:11:19:29:22:11:19:29:23 chr8 72981318 . G A 209.52 PASS AF=0.376812;AO=25;DP=70;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=0.00118488;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.776;QD=12.1463;RBI=0.0106029;REFB=-0.0101061;REVB=-0.0105365;RO=39;SAF=14;SAR=11;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104483;STB=0.583918;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0164238;OID=.;OPOS=72981318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:39:43:25:26:0.376812:11:14:18:21:11:15:19:24 chr8 72981327 . A G 1069.75 PASS AF=0.986301;AO=73;DP=74;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00600007;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.237;QD=58.6162;RBI=0.0160367;REFB=0.0280087;REVB=-0.0148719;RO=0;SAF=36;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89682e-08;STB=0.506847;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.000651066;OID=.;OPOS=72981327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:73:0:1:73:72:0.986301:37:36:0:0:36:36:0:1 chr8 73982161 . A G 57.71 PASS AF=0.152778;AO=10;DP=67;FAO=11;FDP=72;FR=.;FRO=61;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.0284139;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4529;QD=3.20618;RBI=0.0288764;REFB=-0.0146271;REVB=-0.00514792;RO=56;SAF=3;SAR=7;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230506;STB=0.704283;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0582062;OID=.;OPOS=73982161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:67:72:56:61:10:11:0.152778:7:3:27:29:8:3:31:30 chr8 74005131 . A G 903.57 PASS AF=0.546584;AO=87;DP=161;FAO=88;FDP=161;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=56;FSRF=17;FSRR=56;FWDB=-0.0410025;FXX=0.00617246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0256;QD=22.4488;RBI=0.0576041;REFB=0.0156242;REVB=-0.0404602;RO=70;SAF=31;SAR=56;SRF=15;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132378;STB=0.566357;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.0162505;OID=.;OPOS=74005131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:70:73:87:88:0.546584:56:31:15:55:56:32:17:56 chr8 74169337 . T C 739.69 PASS AF=0.740741;AO=59;DP=81;FAO=60;FDP=81;FR=.;FRO=21;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0186948;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0258;QD=36.5278;RBI=0.0210599;REFB=0.0699917;REVB=0.00969663;RO=22;SAF=34;SAR=25;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152961;STB=0.572696;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.0225218;OID=.;OPOS=74169337;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:22:21:59:60:0.740741:25:34:6:16:26:34:6:15 chr8 74234185 . G A 356.12 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00328356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.685;QD=24.5603;RBI=0.0153304;REFB=-0.0142883;REVB=-0.0149746;RO=22;SAF=12;SAR=23;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019409;STB=0.517117;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.017887;OID=.;OPOS=74234185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:22:23:35:35:0.603448:23:12:7:15:23:12:7:16 chr8 74527996 . C T 760.1 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.766;QD=55.2798;RBI=0.0217652;REFB=-0.0702657;REVB=0.00753075;RO=1;SAF=25;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184775;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000840671;OID=.;OPOS=74527996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:55:55:1:0:54:55:1:29:25:1:0:29:26:0:0 chr8 74581290 . A AG 1175.71 PASS AF=1;AO=75;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594331;FXX=0.0361402;HRUN=0;LEN=1;MLLD=160.889;QD=58.7854;RBI=0.0631836;REFB=-0.0356127;REVB=0.0214448;RO=2;SAF=47;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197079;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000227727;OID=.;OPOS=74581291;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:75:80:80:80:0:49:31:0:0:5:2:47:28:2:0 chr8 74888616 . G C 212.84 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=40;FWDB=0.0126083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4742;QD=10.7768;RBI=0.0620645;REFB=-0.0266742;REVB=0.0607703;RO=52;SAF=9;SAR=18;SRF=12;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139045;STB=0.579945;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0529477;OID=.;OPOS=74888616;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:52:52:27:27:0.341772:18:9:12:40:18:9:12:40 chr8 74893821 . A G 148.59 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00196314;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.342;QD=11.6543;RBI=0.0124371;REFB=-0.017699;REVB=-0.0122812;RO=33;SAF=7;SAR=11;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205391;STB=0.620257;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0329525;OID=.;OPOS=74893821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:33:33:18:18:0.352941:11:7:19:14:11:7:19:14 chr8 74893850 . C G 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.015422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.875;QD=12.7911;RBI=0.0188959;REFB=-0.00508712;REVB=0.0109185;RO=23;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20862;STB=0.621458;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0149973;OID=.;OPOS=74893850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:7:7:16:7:7:7:16:7 chr8 74893880 . C A,T 508.6 PASS AF=0.0571429,0.942857;AO=2,32;DP=34;FAO=2,33;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=2,22;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00644428,0.00635429;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=119.709,162.866;QD=58.126;RBI=0.0108736,0.0145281;REFB=0,0;REVB=-0.00875822,-0.0130648;RO=0;SAF=2,21;SAR=0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0525109,-0.00219388;OID=.,.;OPOS=74893880,74893880;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:35:0:0:2,32:2,33:0.0571429,0.942857:0,11:2,21:0:0:0,11:2,22:0:0 chr8 74894627 . G A 87.52 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0445142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.368;QD=13.4642;RBI=0.0473298;REFB=-0.00977072;REVB=0.016081;RO=15;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291871;STB=0.517209;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00801975;OID=.;OPOS=74894627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:9:2:3:12:9:2:3:12 chr8 74917084 . A G 1341.29 PASS AF=0.988636;AO=85;DP=86;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-8.71838e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.4386;QD=60.9678;RBI=0.0191486;REFB=-0.0275179;REVB=-0.0191484;RO=0;SAF=26;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504064;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00029112;OID=.;OPOS=74917084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:88:0:1:85:87:0.988636:59:26:0:0:61:26:0:1 chr8 74960935 . G A 188.82 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.0643376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.897;QD=11.107;RBI=0.0658595;REFB=-0.00418588;REVB=-0.0140763;RO=40;SAF=7;SAR=17;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220974;STB=0.537324;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00655746;OID=.;OPOS=74960935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:44:24:24:0.352941:17:7:11:29:17:7:15:29 chr8 75262798 . G C 1563.08 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221683;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6523;QD=63.7992;RBI=0.0416905;REFB=0;REVB=0.0353081;RO=0;SAF=28;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108273;OID=.;OPOS=75262798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:69:28:0:0:69:29:0:0 chr8 75274141 . T G 537.37 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.949;QD=59.7082;RBI=0.0160969;REFB=0;REVB=0.000782941;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.84678e-05;OID=.;OPOS=75274141;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:24:11:0:0:25:11:0:0 chr8 75460784 . T G,TG 1326.35 PASS AF=0,0.990099;AO=7,79;DP=160;FAO=0,100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=0,40;FSAR=0,60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0121092,-0.0266676;FXX=0.0194156;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=7.99274,21.4276;QD=52.5288;RBI=0.0146172,0.0272045;REFB=-0.0983857,-0.0593777;REVB=0.00818717,0.00537816;RO=63;SAF=4,29;SAR=3,50;SRF=59;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.602452,-0.439202;STB=0.5,0.506172;STBP=1,0.27;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00372742;OID=.,.;OPOS=75460784,75460785;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:160:101:63:1:7,79:0,100:0,0.990099:3,50:4,29:59:4:0,60:0,40:1:0 chr8 75460789 . A AG 1014.76 PASS AF=1;AO=87;DP=100;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0691313;FXX=0.0434735;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.9166;QD=46.1254;RBI=0.0711795;REFB=0;REVB=0.0169524;RO=11;SAF=34;SAR=53;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141195;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000848473;OID=.;OPOS=75460790;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:87:100:88:88:0:35:53:0:0:18:11:34:53:5:6 chr8 75614617 . A G 676.68 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0433377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6854;QD=60.1492;RBI=0.0730633;REFB=-0.0532335;REVB=0.0588226;RO=1;SAF=29;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015927;STB=0.508471;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00639954;OID=.;OPOS=75614617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:15:29:1:0:15:29:1:0 chr8 75664694 . CA C 791.72 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.317;QD=63.3372;RBI=0.0636089;REFB=0;REVB=0.0467829;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000132035;OID=.;OPOS=75664695;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:47:50:50:0:27:23:0:0:4:0:26:20:0:0 chr8 75737636 . C T 501.56 PASS AF=0.490741;AO=53;DP=108;FAO=53;FDP=108;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.00466962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0045;QD=18.5762;RBI=0.00471567;REFB=-0.0136281;REVB=0.000657462;RO=55;SAF=28;SAR=25;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134136;STB=0.574182;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0177991;OID=.;OPOS=75737636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:55:55:53:53:0.490741:25:28:21:34:25:28:21:34 chr8 76452313 . G A 301.27 PASS AF=0.4;AO=32;DP=83;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=0.0387694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.285;QD=14.1774;RBI=0.0515477;REFB=-0.014657;REVB=0.0339721;RO=51;SAF=17;SAR=15;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211537;STB=0.599944;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0247958;OID=.;OPOS=76452313;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:51:51:32:34:0.4:15:17:17:34:17:17:17:34 chr8 76468282 . G A 930.91 PASS AF=0.434783;AO=100;DP=232;FAO=100;FDP=230;FR=.;FRO=130;FSAF=55;FSAR=45;FSRF=78;FSRR=52;FWDB=-0.0509402;FXX=0.00862032;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8711;QD=16.1898;RBI=0.0509517;REFB=-0.0126973;REVB=-0.00108422;RO=125;SAF=55;SAR=45;SRF=75;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508638;STB=0.528705;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0178057;OID=.;OPOS=76468282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:230:125:130:100:100:0.434783:45:55:75:50:45:55:78:52 chr8 76476396 . G A 242.27 PASS AF=0.322581;AO=30;DP=93;FAO=30;FDP=93;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.0207795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0961;QD=10.4201;RBI=0.0570079;REFB=0.00313877;REVB=-0.0530859;RO=63;SAF=6;SAR=24;SRF=28;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333013;STB=0.69729;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00927569;OID=.;OPOS=76476396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:63:63:30:30:0.322581:24:6:28:35:24:6:28:35 chr8 76476457 . G A 120.24 PASS AF=0.253521;AO=18;DP=71;FAO=18;FDP=71;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0503362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.978;QD=6.77432;RBI=0.0546567;REFB=-0.0070918;REVB=0.0212983;RO=52;SAF=5;SAR=13;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194768;STB=0.628519;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.016696;OID=.;OPOS=76476457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:52:53:18:18:0.253521:13:5:22:30:13:5:23:30 chr8 76478768 . C T 1149.07 PASS AF=0.325167;AO=143;DP=445;FAO=146;FDP=449;FR=.;FRO=303;FSAF=73;FSAR=73;FSRF=130;FSRR=173;FWDB=-0.0138436;FXX=0.00222217;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.142;QD=10.2367;RBI=0.0142185;REFB=-0.00780597;REVB=-0.00324353;RO=301;SAF=71;SAR=72;SRF=128;SRR=173;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844066;STB=0.547878;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0172354;OID=.;OPOS=76478768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:445:449:301:303:143:146:0.325167:72:71:128:173:73:73:130:173 chr8 77048522 . A G 238.22 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0160135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.074;QD=20.2742;RBI=0.0253752;REFB=-0.0105686;REVB=0.0196843;RO=23;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115602;STB=0.553459;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00421665;OID=.;OPOS=77048522;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:24:23:23:0.489362:12:11:14:9:12:11:14:10 chr8 77048621 . C A 384.27 PASS AF=0.43617;AO=40;DP=94;FAO=41;FDP=94;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.00886383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.734;QD=16.3519;RBI=0.0125807;REFB=6.46666e-05;REVB=-0.00892792;RO=48;SAF=13;SAR=27;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0975392;STB=0.538129;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-3.38623e-05;OID=.;OPOS=77048621;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:53:40:41:0.43617:27:13:20:28:28:13:20:33 chr8 77690563 . T C 1896.34 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00807482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.073;QD=61.6696;RBI=0.0128539;REFB=0;REVB=0.0100011;RO=0;SAF=51;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88007e-06;OID=.;OPOS=77690563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:72:51:0:0:72:51:0:0 chr8 77745635 . G A 966.22 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.675;QD=57.6849;RBI=0.0294289;REFB=0;REVB=0.0101938;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00477682;OID=.;OPOS=77745635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:67:0:0:63:67:1:30:33:0:0:33:34:0:0 chr8 77764207 . G A,C 267.08 PASS AF=0.904762,0.0952381;AO=19,2;DP=21;FAO=19,2;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9,1;FSAR=10,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00861979,-0.0254343;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=106.092,66.9906;QD=50.8728;RBI=0.00900269,0.0277575;REFB=0,0;REVB=0.0025976,-0.0111165;RO=0;SAF=9,1;SAR=10,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.33753e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00450968,0.0366103;OID=.,.;OPOS=77764207,77764207;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:21:21:0:0:19,2:19,2:0.904762,0.0952381:10,1:9,1:0:0:10,1:9,1:0:0 chr8 77777564 . A G 184.28 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0242147;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.144;QD=11.7;RBI=0.0244316;REFB=-0.0153848;REVB=0.00324885;RO=38;SAF=11;SAR=12;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0800708;STB=0.529629;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.011947;OID=.;OPOS=77777564;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:38:40:23:23:0.365079:12:11:21:17:12:11:21:19 chr8 77778999 . CAT C 443.76 PASS AF=1;AO=29;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00231191;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=277.211;QD=55.4698;RBI=0.0197957;REFB=0;REVB=0.0196602;RO=0;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000272029;OID=.;OPOS=77779000;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:32:32:32:0:8:24:0:0:4:0:7:22:0:0 chr8 77895865 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.577;QD=59.0174;RBI=0.0276388;REFB=0;REVB=0.022746;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108619;OID=.;OPOS=77895865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr8 77912148 . G A 420.53 PASS AF=0.512195;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=82;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0629996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4357;QD=20.5134;RBI=0.0670509;REFB=0.0109473;REVB=-0.0229535;RO=40;SAF=17;SAR=25;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150538;STB=0.583391;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.0113671;OID=.;OPOS=77912148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:40:40:42:42:0.512195:25:17:23:17:25:17:23:17 chr8 77912230 . G T 95.95 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0154292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.685;QD=22.5756;RBI=0.0186371;REFB=0.0185944;REVB=-0.0104537;RO=6;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886587;STB=0.550468;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.0157508;OID=.;OPOS=77912230;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:7:4:3:3:7:4:3:3 chr8 79610710 . A G 693.42 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440263;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.422;QD=63.0386;RBI=0.0518025;REFB=0;REVB=0.027298;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276543;OID=.;OPOS=79610710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:27:17:0:0:27:17:0:0 chr8 81905397 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.54;QD=50.4132;RBI=0.0293108;REFB=0;REVB=0.00693755;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426467;OID=.;OPOS=81905397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr8 82355621 . A G 480.81 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.012902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3314;QD=53.4234;RBI=0.0684861;REFB=-0.00931287;REVB=-0.0672598;RO=2;SAF=22;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166044;STB=0.508892;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00263941;OID=.;OPOS=82355621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:12:22:1:1:12:22:1:1 chr8 82357112 . T C 2165.85 PASS AF=0.992806;AO=138;DP=140;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000885797;FXX=0.00714235;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.863;QD=62.3266;RBI=0.00794068;REFB=-0.065276;REVB=0.00789112;RO=1;SAF=78;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00785783;STB=0.504132;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000107199;OID=.;OPOS=82357112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:140:139:1:1:138:138:0.992806:60:78:0:1:60:78:0:1 chr8 82633452 . C G 674.03 PASS AF=0.980392;AO=48;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00725779;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.654;QD=52.8648;RBI=0.0328878;REFB=-0.157953;REVB=0.032077;RO=0;SAF=38;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36352e-08;STB=0.52173;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00100605;OID=.;OPOS=82633452;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:51:0:1:48:50:0.980392:10:38:0:0:11:39:0:1 chr8 85833168 . A G 377.97 PASS AF=0.64;AO=32;DP=50;FAO=32;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0140264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8426;QD=30.2375;RBI=0.0417737;REFB=-0.0244424;REVB=0.0393484;RO=18;SAF=10;SAR=22;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172057;STB=0.594533;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0339908;OID=.;OPOS=85833168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:18:18:32:32:0.64:22:10:10:8:22:10:10:8 chr8 85833439 . A G 347.73 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.00382307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.768;QD=19.8702;RBI=0.0135943;REFB=-0.0153665;REVB=-0.0130457;RO=34;SAF=17;SAR=19;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0793245;STB=0.543976;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0091621;OID=.;OPOS=85833439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:19:17:13:21:19:17:13:21 chr8 86041573 . GA G 34.55 PASS AF=0.342105;AO=10;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.143894;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=9.13156;QD=3.63673;RBI=0.147898;REFB=-0.0515064;REVB=-0.0341814;RO=24;SAF=4;SAR=6;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0.384106;SSSB=-0.115678;STB=0.537756;STBP=0.743;TYPE=del;VARB=0.0600406;OID=.;OPOS=86041574;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.342105:10:38:13:38:25:5:8:11:14:34:24:4:6:12:12 chr8 86057894 . GTATT G 125.32 PASS AF=0.3125;AO=14;DP=48;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0143994;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=4;MLLD=224.33;QD=10.4431;RBI=0.0243053;REFB=-0.0133887;REVB=-0.0195808;RO=29;SAF=7;SAR=7;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0974191;STB=0.529373;STBP=0.789;TYPE=del;VARB=0.0309134;OID=.;OPOS=86057895;OREF=TATT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125:14:48:15:48:33:8:7:19:14:99:29:7:7:17:12 chr8 86126827 . C CAACATT,T 963.27 PASS AF=0.837209,0;AO=67,5;DP=88;FAO=72,0;FDP=86;FR=.;FRO=14;FSAF=27,0;FSAR=45,0;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.00629961,-0.0568679;FXX=0.0227247;HRUN=2,1;LEN=6,1;MLLD=226.109,50.0392;QD=44.8032;RBI=0.0194131,0.0596562;REFB=-0.0106993,0.043935;REVB=0.0183625,0.0180251;RO=14;SAF=27,0;SAR=40,5;SRF=12;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.148143,-0.807466;STB=0.580334,0.5;STBP=0,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00280359,0;OID=.,.;OPOS=86126828,86126827;OREF=-,C;OALT=AACATT,T;OMAPALT=CAACATT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:88:86:14:14:67,5:72,0:0.837209,0:40,5:27,0:12:2:45,0:27,0:12:2 chr8 87076520 . C A 220.75 PASS AF=0.454545;AO=24;DP=54;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0116842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.304;QD=16.0547;RBI=0.0121732;REFB=-0.012281;REVB=0.00341586;RO=29;SAF=14;SAR=10;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311821;STB=0.514694;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0131875;OID=.;OPOS=87076520;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:29:30:24:25:0.454545:10:14:16:13:11:14:16:14 chr8 87235273 . C T 478.87 PASS AF=0.6;AO=44;DP=74;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0257147;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9751;QD=25.5399;RBI=0.0261508;REFB=-0.051558;REVB=-0.00475582;RO=30;SAF=13;SAR=31;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0040351;STB=0.505202;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0361523;OID=.;OPOS=87235273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:30:30:44:45:0.6:31:13:9:21:31:14:9:21 chr8 87549857 . A G 299.09 PASS AF=0.44;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0394548;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.497;QD=15.9512;RBI=0.0395386;REFB=0.00605048;REVB=-0.00257241;RO=42;SAF=12;SAR=21;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274693;STB=0.654584;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00702554;OID=.;OPOS=87549857;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:42:42:33:33:0.44:21:12:27:15:21:12:27:15 chr8 87587121 . CAT C 687.2 PASS AF=0.564103;AO=66;DP=119;FAO=66;FDP=117;FR=.;FRO=51;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0197109;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=2;MLLD=134.258;QD=23.4938;RBI=0.0266332;REFB=-0.010671;REVB=-0.017911;RO=51;SAF=36;SAR=30;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012886;STB=0.50704;STBP=0.856;TYPE=del;VARB=0.00860968;OID=.;OPOS=87587122;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.564103:66:119:66:117:51:36:30:27:24:99:51:36:30:27:24 chr8 87588198 . T C 609.44 PASS AF=0.5;AO=62;DP=124;FAO=62;FDP=124;FR=.;FRO=62;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=27;FWDB=0.00220764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.0296;QD=19.6594;RBI=0.0413189;REFB=0.0280293;REVB=-0.0412599;RO=62;SAF=37;SAR=25;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301443;STB=0.516643;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=-0.0300465;OID=.;OPOS=87588198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:62:62:62:62:0.5:25:37:35:27:25:37:35:27 chr8 87588248 . T C 402.9 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00982319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3964;QD=22.0766;RBI=0.0106694;REFB=-0.0357476;REVB=-0.00416422;RO=33;SAF=27;SAR=13;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892767;STB=0.549334;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0378604;OID=.;OPOS=87588248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:13:27:19:14:13:27:19:14 chr8 87666251 . T G 859.81 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.957;QD=56.381;RBI=0.0198932;REFB=-0.0748106;REVB=0.00886941;RO=1;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145205;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231407;OID=.;OPOS=87666251;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:61:61:1:0:60:61:1:32:28:0:1:33:28:0:0 chr8 87679303 . A C 1806.95 PASS AF=0.983607;AO=120;DP=122;FAO=120;FDP=122;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0287122;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.0709;QD=59.2442;RBI=0.0288196;REFB=-0.147465;REVB=0.00248528;RO=0;SAF=54;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500828;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00233386;OID=.;OPOS=87679303;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:122:122:0:2:120:120:0.983607:66:54:0:0:66:54:1:1 chr8 88622043 . T G 719.95 PASS AF=1;AO=45;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00476888;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.893;QD=61.2721;RBI=0.0757455;REFB=0;REVB=0.0755952;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011063;OID=.;OPOS=88622043;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:45:47:1:25:20:0:0:27:20:0:0 chr8 89081730 . T C 1257.65 PASS AF=0.976471;AO=82;DP=85;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.124748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2408;QD=59.1834;RBI=0.125405;REFB=-0.0332934;REVB=-0.0128193;RO=1;SAF=25;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185631;STB=0.505086;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0021407;OID=.;OPOS=89081730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:85:85:1:2:82:83:0.976471:57:25:1:0:57:26:1:1 chr8 90965521 . G C 161.89 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0214426;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.564;QD=17.0414;RBI=0.0679155;REFB=-0.00630622;REVB=-0.0644417;RO=20;SAF=10;SAR=7;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11188;STB=0.545402;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00425756;OID=.;OPOS=90965521;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:20:21:17:17:0.447368:7:10:14:6:7:10:14:7 chr8 91940446 . C T 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.000986296;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.604;QD=13.368;RBI=0.0049191;REFB=-0.00421865;REVB=-0.00481921;RO=31;SAF=12;SAR=6;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131818;STB=0.507684;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00783998;OID=.;OPOS=91940446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:6:12:21:10:6:12:21:10 chr8 92021036 . C T 152.68 PASS AF=0.414634;AO=16;DP=43;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0391736;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6023;QD=14.8959;RBI=0.0391825;REFB=-0.0234617;REVB=-0.0008332;RO=24;SAF=4;SAR=12;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552468;STB=0.543673;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0281485;OID=.;OPOS=92021036;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:24:24:16:17:0.414634:12:4:7:17:13:4:7:17 chr8 92083424 . A G 335.75 PASS AF=0.566667;AO=34;DP=60;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.000390747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2887;QD=22.3836;RBI=0.0122495;REFB=-0.0278627;REVB=0.0122432;RO=25;SAF=9;SAR=25;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663134;STB=0.51922;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0192698;OID=.;OPOS=92083424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:26:34:34:0.566667:25:9:5:20:25:9:6:20 chr8 92136728 . C T 483.07 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.00291989;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.452;QD=20.1281;RBI=0.0106197;REFB=-0.0126062;REVB=-0.0102104;RO=48;SAF=30;SAR=17;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186473;STB=0.608884;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0105284;OID=.;OPOS=92136728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:48:49:47:47:0.489583:17:30:21:27:17:30:21:28 chr8 92407524 . G A 228.17 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0531593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5611;QD=13.8284;RBI=0.0574403;REFB=-0.0142566;REVB=-0.0217594;RO=39;SAF=12;SAR=15;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00897579;STB=0.505116;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0175919;OID=.;OPOS=92407524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:15:12:17:22:15:12:17:22 chr8 92409697 . G A 109.81 PASS AF=0.393939;AO=14;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00876363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3341;QD=13.3103;RBI=0.0274706;REFB=0.0125403;REVB=-0.0260352;RO=19;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253154;STB=0.623565;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.0155591;OID=.;OPOS=92409697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:20:14:13:0.393939:4:10:9:10:4:9:10:10 chr8 94739345 . A G 1384.89 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.011665;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.787;QD=61.5506;RBI=0.0262387;REFB=0.00820392;REVB=0.0235031;RO=1;SAF=42;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997727;STB=0.505262;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-3.45471e-05;OID=.;OPOS=94739345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:47:42:0:1:47:42:0:1 chr8 94744813 . C T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0614705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3361;QD=56.7058;RBI=0.102427;REFB=0;REVB=-0.0819313;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00318099;OID=.;OPOS=94744813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr8 94745050 . T C 613.28 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00346696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.125;QD=61.328;RBI=0.043723;REFB=0;REVB=0.0435854;RO=0;SAF=29;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010305;OID=.;OPOS=94745050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:11:29:0:0:11:29:0:0 chr8 94745386 . G T 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1253;QD=59.4332;RBI=0.0310958;REFB=0;REVB=-0.0292794;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000275511;OID=.;OPOS=94745386;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr8 94752754 . G A 1820.83 PASS AF=0.991736;AO=116;DP=119;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0445945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.024;QD=60.1927;RBI=0.0451808;REFB=-0.122606;REVB=0.007255;RO=1;SAF=57;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00825902;STB=0.504347;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=6.61956e-05;OID=.;OPOS=94752754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:121:1:1:116:120:0.991736:59:57:1:0:63:57:1:0 chr8 94794620 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.89;QD=60.61;RBI=0.038656;REFB=0;REVB=-0.0116831;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.49425e-05;OID=.;OPOS=94794620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr8 94808165 . A G 309.55 PASS AF=0.435897;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.00571597;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2869;QD=15.8741;RBI=0.0545805;REFB=-0.00491824;REVB=-0.0542804;RO=44;SAF=14;SAR=20;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263774;STB=0.514858;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00602483;OID=.;OPOS=94808165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:44:44:34:34:0.435897:20:14:17:27:20:14:17:27 chr8 94935937 . T C 375.61 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6743;QD=55.6454;RBI=0.0394392;REFB=0;REVB=-0.0141526;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166039;OID=.;OPOS=94935937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr8 94936532 . G C 965.22 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151253;FXX=0.0441112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.2;QD=59.3978;RBI=0.0157444;REFB=0;REVB=0.00437162;RO=0;SAF=21;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.70255e-05;OID=.;OPOS=94936532;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:65:0:0:65:65:1:44:21:0:0:44:21:0:0 chr8 95143172 . T G 375.36 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.738;QD=55.6093;RBI=0.0335215;REFB=0;REVB=0.0250573;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.73913e-06;OID=.;OPOS=95143172;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr8 95143186 . C G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.204;QD=55.6557;RBI=0.0305394;REFB=0;REVB=0.0242503;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.88277e-05;OID=.;OPOS=95143186;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr8 95158382 . C T 863.29 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00109048;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.794;QD=57.5527;RBI=0.026016;REFB=0;REVB=0.0259931;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80425e-05;OID=.;OPOS=95158382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:36:24:0:0:36:24:0:0 chr8 95523385 . T C 344.86 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0173887;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6704;QD=16.2288;RBI=0.0800157;REFB=-0.0254219;REVB=0.0781034;RO=48;SAF=14;SAR=23;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104175;STB=0.558733;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0220912;OID=.;OPOS=95523385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:48:37:37:0.435294:23:14:23:25:23:14:23:25 chr8 95680229 . C T 331.69 PASS AF=0.369369;AO=41;DP=110;FAO=41;FDP=111;FR=.;FRO=70;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=-0.0610497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.1123;QD=11.9529;RBI=0.0615547;REFB=-0.00727674;REVB=0.00786828;RO=69;SAF=18;SAR=23;SRF=43;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200314;STB=0.617795;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0116601;OID=.;OPOS=95680229;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:69:70:41:41:0.369369:23:18:43:26:23:18:44:26 chr8 95690579 . T C 689.39 PASS AF=0.63;AO=63;DP=101;FAO=63;FDP=100;FR=.;FRO=37;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=0.0368156;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.5401;QD=27.5757;RBI=0.0452082;REFB=-0.0307053;REVB=-0.0262373;RO=37;SAF=35;SAR=28;SRF=8;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228507;STB=0.623594;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0114625;OID=.;OPOS=95690579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:37:37:63:63:0.63:28:35:8:29:28:35:8:29 chr8 95719387 . A T 182.75 PASS AF=0.315789;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=34;FWDB=0.00387843;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.912;QD=9.61822;RBI=0.0362484;REFB=-0.00415232;REVB=-0.0360403;RO=52;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179983;STB=0.605179;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0135634;OID=.;OPOS=95719387;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:52:52:24:24:0.315789:12:12:18:34:12:12:18:34 chr8 95877787 . T C 1438.71 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143772;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.581;QD=63.2399;RBI=0.0313965;REFB=0;REVB=0.0279112;RO=0;SAF=47;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67694e-06;OID=.;OPOS=95877787;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:91:0:0:91:91:1:44:47:0:0:44:47:0:0 chr8 95888307 . C T 786.16 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00958639;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.4546;QD=64.1761;RBI=0.0506665;REFB=0;REVB=-0.0497514;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00031746;OID=.;OPOS=95888307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:48:49:1:18:30:0:0:19:30:0:0 chr8 95918288 . C T 397.89 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137713;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.713;QD=56.8415;RBI=0.049578;REFB=0;REVB=0.047627;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573793;OID=.;OPOS=95918288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr8 95938422 . C A 836.43 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00138202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.441;QD=55.7618;RBI=0.0193863;REFB=-0.135327;REVB=0.019337;RO=1;SAF=20;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119466;STB=0.506327;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.000315623;OID=.;OPOS=95938422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:59:59:0.983333:39:20:0:1:39:20:0:1 chr8 95942244 . G A 758.84 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0110396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.208;QD=53.2522;RBI=0.0308321;REFB=-0.0596325;REVB=0.028788;RO=2;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376688;STB=0.519993;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00511218;OID=.;OPOS=95942244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:2:2:55:55:0.964912:24:31:0:2:24:31:0:2 chr8 95951916 . GTGAC G 769.51 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00147115;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=257.42;QD=57.0008;RBI=0.00646431;REFB=0;REVB=-0.00629468;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.79298e-05;OID=.;OPOS=95951917;OREF=TGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:52:54:54:54:0:27:27:0:0:4:0:27:25:0:0 chr8 96053782 . GCTC GC,GCT 989.1 PASS AF=0.884058,0.115942;AO=53,10;DP=68;FAO=61,8;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=22,4;FSAR=39,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00476452,0.00412573;FXX=0.0142837;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=194.436,181.588;QD=57.3391;RBI=0.00887271,0.0108749;REFB=0,0;REVB=0.00748494,0.0100619;RO=0;SAF=19,4;SAR=34,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.97342e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00471223,0.0150252;OID=.,.;OPOS=96053783,96053785;OREF=CT,C;OALT=-,-;OMAPALT=GC,GCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.884058,0.115942:53,10:68:61,8:69:0:22,4:39,4:0:0:39:0:19,4:34,6:0:0 chr8 97605800 . C T 273.56 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.0096788;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.656;QD=14.9896;RBI=0.0220055;REFB=-0.0139672;REVB=-0.0197627;RO=42;SAF=18;SAR=13;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342014;STB=0.519374;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0202122;OID=.;OPOS=97605800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:42:42:31:31:0.424658:13:18:23:19:13:18:23:19 chr8 97614625 . G A 86.98 PASS AF=0.44;AO=10;DP=24;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0181256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.715;QD=13.9162;RBI=0.026094;REFB=-0.0143177;REVB=0.0187713;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044472;STB=0.50393;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0206688;OID=.;OPOS=97614625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:24:25:14:14:10:11:0.44:6:4:5:9:7:4:5:9 chr8 97614661 . T A 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0307561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.299;QD=18.6375;RBI=0.0346611;REFB=0.00265642;REVB=-0.0159829;RO=15;SAF=5;SAR=11;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204358;STB=0.535353;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=-0.00314554;OID=.;OPOS=97614661;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:16:16:16:0.5:11:5:5:10:11:5:6:10 chr8 97847358 . G T 1377.3 PASS AF=0.978947;AO=90;DP=94;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.030527;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.8781;QD=57.9916;RBI=0.0319438;REFB=-0.106624;REVB=-0.00940775;RO=3;SAF=39;SAR=51;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144828;STB=0.5015;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00400644;OID=.;OPOS=97847358;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:94:95:3:2:90:93:0.978947:51:39:2:1:53:40:1:1 chr8 98289986 . C T 1751.99 PASS AF=1;AO=115;DP=116;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397487;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.141;QD=60.9388;RBI=0.0595478;REFB=0;REVB=0.0443394;RO=0;SAF=66;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.49054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013949;OID=.;OPOS=98289986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:115:0:0:115:115:1:49:66:0:0:49:66:0:0 chr8 98725970 . G A 160.93 PASS AF=0.566667;AO=16;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.00605378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.022;QD=21.4577;RBI=0.0138016;REFB=-0.0138748;REVB=0.0124031;RO=12;SAF=2;SAR=14;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776876;STB=0.53567;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00948711;OID=.;OPOS=98725970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:12:13:16:17:0.566667:14:2:1:11:15:2:2:11 chr8 98787994 . A G 211.18 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341361;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.059;QD=49.6885;RBI=0.0341362;REFB=0;REVB=7.8668e-05;RO=0;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.47932e-06;OID=.;OPOS=98787994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:15:2:0:0:15:2:0:0 chr8 98788033 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2678;QD=37.4885;RBI=0.0118928;REFB=0;REVB=0.0118928;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000852112;OID=.;OPOS=98788033;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr8 98827531 . G A 53.76 PASS AF=0.190476;AO=4;DP=21;FAO=4;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=2;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00602206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.992;QD=10.2409;RBI=0.00752757;REFB=0.00125132;REVB=-0.00451654;RO=13;SAF=2;SAR=2;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128996;STB=0.587808;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0106358;OID=.;OPOS=98827531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:21:21:13:13:4:4:0.190476:2:2:5:8:2:2:5:8 chr8 98827551 . G C 141.33 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0350274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3739;QD=21.7425;RBI=0.0698842;REFB=-0.000155523;REVB=-0.0604722;RO=11;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148112;STB=0.583226;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.000901677;OID=.;OPOS=98827551;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:8:7:3:8:8:7:3:8 chr8 98943446 . T C 920.15 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5365;QD=57.5097;RBI=0.0294447;REFB=0;REVB=-0.0256546;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000257163;OID=.;OPOS=98943446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:61:64:1:38:23:0:0:38:26:0:0 chr8 98954012 . T C 851.05 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0309;QD=57.6983;RBI=0.0200426;REFB=0;REVB=-0.013166;RO=0;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.81289e-05;OID=.;OPOS=98954012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:22:36:0:0:23:36:0:0 chr8 98991221 . A G 261.83 PASS AF=0.474576;AO=18;DP=60;FAO=28;FDP=59;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=29;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00336084;FXX=0.0166639;HRUN=7;LEN=1;MLLD=124.922;QD=17.7509;RBI=0.0262976;REFB=-0.0136432;REVB=0.0260819;RO=18;SAF=4;SAR=14;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237804;STB=0.574657;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0196844;OID=.;OPOS=98991221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:18:29:18:28:0.474576:14:4:8:10:20:8:12:17 chr8 99006736 . C T 311.64 PASS AF=0.421687;AO=34;DP=82;FAO=35;FDP=83;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0222784;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4932;QD=15.0187;RBI=0.0239291;REFB=0.00514485;REVB=-0.0087336;RO=47;SAF=9;SAR=25;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211079;STB=0.610621;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.00451022;OID=.;OPOS=99006736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:47:48:34:35:0.421687:25:9:21:26:25:10:22:26 chr8 99006748 . C T 322.39 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0312606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.903;QD=16.5327;RBI=0.0327564;REFB=-0.0104622;REVB=-0.00978575;RO=43;SAF=11;SAR=24;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159452;STB=0.589955;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0120204;OID=.;OPOS=99006748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:24:11:20:23:24:11:20:23 chr8 99030280 . T C 204.42 PASS AF=0.284211;AO=26;DP=95;FAO=27;FDP=95;FR=.;FRO=68;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=-0.00099666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6489;QD=8.60709;RBI=0.0269266;REFB=-0.0131464;REVB=0.0269081;RO=67;SAF=14;SAR=12;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198324;STB=0.607205;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0253513;OID=.;OPOS=99030280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:67:68:26:27:0.284211:12:14:25:42:13:14:25:43 chr8 99039774 . C T 663.73 PASS AF=0.453333;AO=68;DP=150;FAO=68;FDP=150;FR=.;FRO=82;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=47;FWDB=0.00144037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.554;QD=17.6994;RBI=0.00238279;REFB=-0.0084473;REVB=-0.00189817;RO=82;SAF=33;SAR=35;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576622;STB=0.532039;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00947986;OID=.;OPOS=99039774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:82:82:68:68:0.453333:35:33:35:47:35:33:35:47 chr8 99045399 . CT CC,C 86.24 PASS AF=0.0869565,0.304348;AO=4,12;DP=46;FAO=4,14;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=3,12;FSAR=1,2;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.10669,-0.187822;FXX=0.0212721;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=29.3132,14.0944;QD=7.4994;RBI=0.106693,0.189092;REFB=-0.0373027,-0.0930095;REVB=0.000734327,-0.0218794;RO=28;SAF=3,12;SAR=1,0;SRF=6;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.561081,0.836361;STB=0.88334,0.888395;STBP=0.334,0;TYPE=snp,del;VARB=0.109232,0.0860442;OID=.,.;OPOS=99045400,99045400;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0869565,0.304348:4,12:46:4,14:46:28:3,12:1,2:6:22:63:28:3,12:1,0:6:22 chr8 99045978 . A C 156.34 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0251545;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.7406;QD=14.8895;RBI=0.0263308;REFB=0.00638714;REVB=0.00778219;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309204;STB=0.677312;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.0127068;OID=.;OPOS=99045978;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:25:25:17:17:0.404762:7:10:7:18:7:10:7:18 chr8 99205612 . C T 669.31 PASS AF=0.528;AO=66;DP=125;FAO=66;FDP=125;FR=.;FRO=59;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0101758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.81;QD=21.418;RBI=0.0151634;REFB=-0.00677215;REVB=-0.011242;RO=58;SAF=42;SAR=24;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164376;STB=0.5868;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00549953;OID=.;OPOS=99205612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:58:59:66:66:0.528:24:42:26:32:24:42:27:32 chr8 99207034 . G A 116.12 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.038552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4818;QD=11.329;RBI=0.045119;REFB=0.00124915;REVB=-0.0234406;RO=26;SAF=10;SAR=4;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325109;STB=0.683184;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00440601;OID=.;OPOS=99207034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:27:14:14:0.341463:4:10:11:15:4:10:12:15 chr8 99208190 . A C 293.76 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0225082;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.851;QD=18.9525;RBI=0.0240343;REFB=-0.00701824;REVB=-0.00842792;RO=31;SAF=17;SAR=14;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115227;STB=0.564274;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00664248;OID=.;OPOS=99208190;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:31:31:31:0.5:14:17:13:18:14:17:13:18 chr8 99234772 . T G 280.88 PASS AF=0.438356;AO=29;DP=71;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.00385045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3934;QD=15.3908;RBI=0.00878061;REFB=-0.0292457;REVB=0.00789133;RO=40;SAF=12;SAR=17;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151333;STB=0.584319;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0243807;OID=.;OPOS=99234772;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:40:41:29:32:0.438356:17:12:11:29:18:14:12:29 chr8 99441904 . G T 1089.72 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137618;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.756;QD=59.7109;RBI=0.0301291;REFB=0;REVB=0.0268025;RO=0;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107279;OID=.;OPOS=99441904;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:73:0:0:69:73:1:26:43:0:0:28:45:0:0 chr8 100133706 . T G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.308;QD=61.6839;RBI=0.0212317;REFB=0;REVB=0.0134315;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.7037e-05;OID=.;OPOS=100133706;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr8 100865836 . G A 248.63 PASS AF=0.509434;AO=26;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00488534;FXX=0.0185151;HRUN=4;LEN=1;MLLD=227.745;QD=18.7644;RBI=0.0134318;REFB=-0.0170648;REVB=-0.0125118;RO=26;SAF=10;SAR=16;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507457;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0148754;OID=.;OPOS=100865836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:26:27:0.509434:16:10:10:16:17:10:10:16 chr8 100899793 . G A 222.92 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0318863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.422;QD=16.5126;RBI=0.0367637;REFB=-0.0160009;REVB=0.0182983;RO=29;SAF=16;SAR=9;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157335;STB=0.508878;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.0203704;OID=.;OPOS=100899793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:29:25:25:0.462963:9:16:19:10:9:16:19:10 chr8 100975001 . C CG 425.24 PASS AF=1;AO=4;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516677;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=140.486;QD=54.8702;RBI=0.0551731;REFB=0;REVB=0.0193525;RO=28;SAF=2;SAR=2;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000156316;OID=.;OPOS=100975002;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:32:31:31:0:15:16:0:0:4:28:2:2:14:14 chr8 100975002 . A G 345.72 PASS AF=0.870968;AO=27;DP=31;FAO=27;FDP=31;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0176802;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=153.852;QD=44.6088;RBI=0.0178668;REFB=-0.0820294;REVB=0.00257518;RO=4;SAF=13;SAR=14;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00442566;STB=0.502391;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00142044;OID=.;OPOS=100975002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:31:31:4:4:27:27:0.870968:14:13:2:2:14:13:2:2 chr8 101153024 . G A 1101.89 PASS AF=0.986667;AO=71;DP=73;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0115926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.14;QD=58.7676;RBI=0.0119678;REFB=-0.0149814;REVB=-0.00297332;RO=1;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150093;STB=0.507934;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000324276;OID=.;OPOS=101153024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:75:1:1:71:74:0.986667:31:40:0:1:31:43:0:1 chr8 101252680 . T C 941.82 PASS AF=1;AO=61;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193099;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.694;QD=57.958;RBI=0.0464068;REFB=0;REVB=0.0421985;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000749804;OID=.;OPOS=101252680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:61:65:1:26:35:0:0:29:36:0:0 chr8 101253184 . G A 1320.63 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.154;QD=62.1474;RBI=0.0250975;REFB=0;REVB=0.0226442;RO=0;SAF=37;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.18648e-05;OID=.;OPOS=101253184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:48:37:0:0:48:37:0:0 chr8 101608919 . T C 290.43 PASS AF=0.566038;AO=29;DP=54;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00511669;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.859;QD=21.919;RBI=0.00517074;REFB=0.00627985;REVB=0.000745709;RO=22;SAF=17;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325014;STB=0.515615;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.010916;OID=.;OPOS=101608919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:22:23:29:30:0.566038:12:17:12:10:12:18:13:10 chr8 101648164 . C G 293.15 PASS AF=0.361702;AO=34;DP=94;FAO=34;FDP=94;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=39;FWDB=0.0375094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3217;QD=12.4743;RBI=0.039653;REFB=-0.00517094;REVB=0.0128609;RO=60;SAF=22;SAR=12;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323166;STB=0.684876;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0113108;OID=.;OPOS=101648164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:60:60:34:34:0.361702:12:22:21:39:12:22:21:39 chr8 101718932 . C G 77.27 PASS AF=0.215686;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=51;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0101218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3925;QD=6.0607;RBI=0.0513031;REFB=-0.0207931;REVB=-0.0502947;RO=40;SAF=8;SAR=3;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110163;STB=0.571293;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0266811;OID=.;OPOS=101718932;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:51:51:40:40:11:11:0.215686:3:8:26:14:3:8:26:14 chr8 101718965 . G A 85.64 PASS AF=0.230769;AO=12;DP=52;FAO=12;FDP=52;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.00552937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.763;QD=6.58755;RBI=0.0209929;REFB=-0.00186002;REVB=-0.0202516;RO=40;SAF=9;SAR=3;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177287;STB=0.613434;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00876516;OID=.;OPOS=101718965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:52:52:40:40:12:12:0.230769:3:9:25:15:3:9:25:15 chr8 101718968 . C T 92.87 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.010941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5283;QD=7.00926;RBI=0.0115045;REFB=-0.00104886;REVB=-0.00355632;RO=39;SAF=10;SAR=3;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187123;STB=0.63136;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00203351;OID=.;OPOS=101718968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:39:40:13:13:0.245283:3:10:25:14:3:10:25:15 chr8 101718987 . G A 68.21 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0503193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.079;QD=5.56823;RBI=0.0589051;REFB=0.00696627;REVB=-0.0306231;RO=39;SAF=9;SAR=1;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.479874;STB=0.826243;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.0480974;OID=.;OPOS=101718987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:39:39:10:10:0.204082:1:9:23:16:1:9:23:16 chr8 101719004 . G A 48.91 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0270221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9856;QD=4.16254;RBI=0.0305068;REFB=-0.00743766;REVB=0.0141587;RO=38;SAF=7;SAR=1;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.451113;STB=0.812008;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0442128;OID=.;OPOS=101719004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:47:47:38:39:8:8:0.170213:1:7:21:17:1:7:22:17 chr8 101721727 . G A 30.67 PASS AF=0.0696203;AO=11;DP=157;FAO=11;FDP=158;FR=.;FRO=147;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=74;FSRR=73;FWDB=-0.00425203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.571;QD=0.776561;RBI=0.0231939;REFB=-0.000684198;REVB=-0.0228008;RO=146;SAF=7;SAR=4;SRF=74;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140569;STB=0.624338;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.013143;OID=.;OPOS=101721727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:157:158:146:147:11:11:0.0696203:4:7:74:72:4:7:74:73 chr8 101721756 . A C 32.91 PASS AF=0.0705882;AO=12;DP=172;FAO=12;FDP=170;FR=.;FRO=158;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=78;FSRR=80;FWDB=-0.0148624;FXX=0.01734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.902;QD=0.774466;RBI=0.0282239;REFB=-0.00472969;REVB=-0.0239937;RO=157;SAF=7;SAR=5;SRF=77;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10097;STB=0.583195;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0612137;OID=.;OPOS=101721756;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:172:170:157:158:12:12:0.0705882:5:7:77:80:5:7:78:80 chr8 101721812 . G A 51.41 PASS AF=0.0821256;AO=17;DP=206;FAO=17;FDP=207;FR=.;FRO=190;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=98;FSRR=92;FWDB=-0.0241905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.076;QD=0.993353;RBI=0.0384813;REFB=-0.00320903;REVB=0.0299271;RO=189;SAF=13;SAR=4;SRF=98;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290648;STB=0.7373;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.025241;OID=.;OPOS=101721812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:206:207:189:190:17:17:0.0821256:4:13:98:91:4:13:98:92 chr8 101721817 . T C 56.81 PASS AF=0.0869565;AO=18;DP=207;FAO=18;FDP=207;FR=.;FRO=189;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=97;FSRR=92;FWDB=0.0365423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8859;QD=1.09784;RBI=0.037355;REFB=0.00315823;REVB=-0.00774971;RO=188;SAF=13;SAR=5;SRF=96;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251116;STB=0.696077;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.0339007;OID=.;OPOS=101721817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:207:207:188:189:18:18:0.0869565:5:13:96:92:5:13:97:92 chr8 101721839 . C A 54.49 PASS AF=0.0880829;AO=17;DP=193;FAO=17;FDP=193;FR=.;FRO=176;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=88;FSRR=88;FWDB=-0.0126304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.096;QD=1.1294;RBI=0.0131546;REFB=0.000877716;REVB=-0.00367631;RO=173;SAF=13;SAR=4;SRF=88;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306641;STB=0.747203;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00790812;OID=.;OPOS=101721839;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:193:193:173:176:17:17:0.0880829:4:13:88:85:4:13:88:88 chr8 101721870 . G A 40.96 PASS AF=0.08125;AO=13;DP=158;FAO=13;FDP=160;FR=.;FRO=147;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=69;FSRR=78;FWDB=0.00178275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.293;QD=1.02407;RBI=0.0227721;REFB=-0.00134456;REVB=-0.0227022;RO=141;SAF=10;SAR=3;SRF=63;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362739;STB=0.773222;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0192649;OID=.;OPOS=101721870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:158:160:141:147:13:13:0.08125:3:10:63:78:3:10:69:78 chr8 101721899 . C A 39.05 PASS AF=0.0827586;AO=12;DP=145;FAO=12;FDP=145;FR=.;FRO=133;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=62;FSRR=71;FWDB=-0.0365421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2874;QD=1.07721;RBI=0.0392785;REFB=0.00169556;REVB=-0.014404;RO=131;SAF=10;SAR=2;SRF=61;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417306;STB=0.834685;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0264052;OID=.;OPOS=101721899;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:145:145:131:133:12:12:0.0827586:2:10:61:70:2:10:62:71 chr8 101970394 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00455396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.181;QD=48.7368;RBI=0.011377;REFB=0;REVB=0.0104258;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115494;OID=.;OPOS=101970394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr8 102150411 . G A 342.76 PASS AF=0.5;AO=34;DP=70;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0101842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.75;QD=19.0424;RBI=0.0125571;REFB=-0.00955292;REVB=-0.00734604;RO=35;SAF=21;SAR=13;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148261;STB=0.585939;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0110803;OID=.;OPOS=102150411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:35:36:34:36:0.5:13:21:16:19:13:23:17:19 chr8 102209357 . A T 724.9 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.588;QD=55.7617;RBI=0.0282754;REFB=0;REVB=-0.0228828;RO=1;SAF=16;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132664;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.90433e-06;OID=.;OPOS=102209357;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:1:0:51:52:1:35:16:0:1:36:16:0:0 chr8 102504974 . C G 313.22 PASS AF=1;AO=22;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.461;QD=50.1146;RBI=0.0379368;REFB=-0.159346;REVB=0.0333032;RO=1;SAF=7;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615001;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170196;OID=.;OPOS=102504974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:24:25:1:0:22:25:1:15:7:1:0:16:9:0:0 chr8 102656413 . A G 414.6 PASS AF=0.466667;AO=42;DP=92;FAO=42;FDP=90;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00652428;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.569;QD=18.4267;RBI=0.011506;REFB=-0.00531595;REVB=0.00947747;RO=49;SAF=20;SAR=22;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327862;STB=0.523798;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00694233;OID=.;OPOS=102656413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:49:48:42:42:0.466667:22:20:25:24:22:20:25:23 chr8 103250839 . C CG 128.06 PASS AF=0.347222;AO=23;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.00842344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.398;QD=7.11447;RBI=0.0313659;REFB=-0.0080479;REVB=0.0302136;RO=48;SAF=9;SAR=14;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454584;STB=0.526295;STBP=0.753;TYPE=ins;VARB=0.0155162;OID=.;OPOS=103250840;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347222:23:72:25:72:47:10:15:17:30:99:48:9:14:17:31 chr8 103250930 . C T 214.53 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0105264;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0773;QD=16.5026;RBI=0.0630863;REFB=-0.0177822;REVB=0.0622019;RO=28;SAF=13;SAR=11;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169033;STB=0.595007;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0226065;OID=.;OPOS=103250930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:28:28:24:24:0.461538:11:13:20:8:11:13:20:8 chr8 103306033 . T C 281.66 PASS AF=0.469697;AO=30;DP=65;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=5.27187e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.324;QD=17.0702;RBI=0.00690439;REFB=-0.00697838;REVB=0.00690419;RO=35;SAF=13;SAR=17;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158674;STB=0.59527;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0103386;OID=.;OPOS=103306033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:35:35:30:31:0.469697:17:13:21:14:18:13:21:14 chr8 103572992 . C G 65.66 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.020831;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.693;QD=11.4188;RBI=0.021004;REFB=-0.0227836;REVB=-0.00268977;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170594;STB=0.533905;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0253696;OID=.;OPOS=103572992;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:13:14:9:9:0.391304:4:5:7:6:4:5:7:7 chr8 103573010 . CTGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG TTGCAGCCCGTGCAGCCCCTGCAGCCCC 49.67 PASS AF=0.352941;AO=3;DP=19;FAO=6;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0014358;FXX=0.105208;HRUN=4;LEN=28;MLLD=377.325;QD=11.6871;RBI=0.0433378;REFB=-0.0256047;REVB=-0.0433141;RO=4;SAF=3;SAR=0;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.782218;STB=0.768453;STBP=0.131;TYPE=mnp;VARB=0.0460234;OID=.;OPOS=103573010;OREF=CTGCAACCCCTGCAGCCCCTGCAACCCG;OALT=TTGCAGCCCGTGCAGCCCCTGCAGCCCC;OMAPALT=TTGCAGCCCGTGCAGCCCCTGCAGCCCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:19:17:4:10:3:6:0.352941:0:3:0:4:2:4:2:8 chr8 103663814 . G A 97.0 PASS AF=0.6875;AO=9;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0571353;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.4898;QD=24.2509;RBI=0.128627;REFB=-0.124601;REVB=0.115241;RO=2;SAF=6;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586432;STB=0.512173;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0682869;OID=.;OPOS=103663814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:2:5:9:11:0.6875:3:6:1:1:4:7:3:2 chr8 104081226 . A G 510.86 PASS AF=0.860465;AO=37;DP=43;FAO=37;FDP=43;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0156372;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.347;QD=47.5215;RBI=0.0186748;REFB=-0.089291;REVB=0.0102092;RO=5;SAF=24;SAR=13;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373122;STB=0.502761;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.00114983;OID=.;OPOS=104081226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:43:43:5:6:37:37:0.860465:13:24:4:1:13:24:4:2 chr8 104082307 . C T 228.15 PASS AF=0.305263;AO=29;DP=95;FAO=29;FDP=95;FR=.;FRO=66;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.0152165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.156;QD=9.60633;RBI=0.0161668;REFB=-0.0255853;REVB=-0.00546112;RO=66;SAF=15;SAR=14;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109643;STB=0.564356;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0477558;OID=.;OPOS=104082307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:66:66:29:29:0.305263:14:15:28:38:14:15:28:38 chr8 104312341 . A G 936.64 PASS AF=0.956522;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0042697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.672;QD=54.2977;RBI=0.00601629;REFB=-0.0188005;REVB=0.00423857;RO=3;SAF=40;SAR=26;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233044;STB=0.512348;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00131612;OID=.;OPOS=104312341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:69:3:3:66:66:0.956522:26:40:1:2:26:40:1:2 chr8 104337096 . A G 1453.35 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.088;QD=63.1893;RBI=0.0248291;REFB=0;REVB=0.00366255;RO=0;SAF=53;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.05984e-05;OID=.;OPOS=104337096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:92:0:0:91:92:1:38:53:0:0:39:53:0:0 chr8 104337367 . A C 361.35 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0203376;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2563;QD=49.8419;RBI=0.0221119;REFB=-0.00966947;REVB=0.00867874;RO=1;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371713;STB=0.503873;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00031589;OID=.;OPOS=104337367;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:29:1:2:27:27:0.931034:12:15:0:1:12:15:1:1 chr8 104343686 . G A 1203.46 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=83;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0545633;FXX=0.0361402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9056;QD=60.1731;RBI=0.0560815;REFB=-0.0345781;REVB=0.0129606;RO=1;SAF=41;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122951;STB=0.506492;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00181124;OID=.;OPOS=104343686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:80:1:1:79:79:0.9875:38:41:0:1:38:41:0:1 chr8 104343822 . A G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.872;QD=63.5821;RBI=0.0149107;REFB=0;REVB=0.000697105;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.58833e-05;OID=.;OPOS=104343822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr8 104394744 . T C 2966.25 PASS AF=0.989691;AO=189;DP=195;FAO=192;FDP=194;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=113;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0391596;FXX=0.00512794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2383;QD=61.1597;RBI=0.065302;REFB=-0.15287;REVB=0.0522578;RO=0;SAF=78;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504385;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00332505;OID=.;OPOS=104394744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:195:194:0:2:189:192:0.989691:111:78:0:0:113:79:0:2 chr8 104934028 . G A 334.31 PASS AF=0.341463;AO=42;DP=123;FAO=42;FDP=123;FR=.;FRO=81;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=55;FWDB=0.00638367;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.975;QD=10.8717;RBI=0.00958567;REFB=-0.0122721;REVB=-0.00715079;RO=77;SAF=16;SAR=26;SRF=23;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101514;STB=0.542694;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.020979;OID=.;OPOS=104934028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:77:81:42:42:0.341463:26:16:23:54:26:16:26:55 chr8 104948882 . C T 111.65 PASS AF=0.184466;AO=19;DP=102;FAO=19;FDP=103;FR=.;FRO=84;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=55;FWDB=-0.00546323;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5027;QD=4.33609;RBI=0.0571805;REFB=-0.0073223;REVB=-0.0569189;RO=82;SAF=13;SAR=6;SRF=27;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427343;STB=0.758605;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0164144;OID=.;OPOS=104948882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:82:84:19:19:0.184466:6:13:27:55:6:13:29:55 chr8 105105846 . C T 138.27 PASS AF=0.306452;AO=19;DP=62;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00240527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.847;QD=8.92086;RBI=0.00241721;REFB=-0.00028867;REVB=0.000239991;RO=43;SAF=4;SAR=15;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404342;STB=0.742847;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0010573;OID=.;OPOS=105105846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:43:43:19:19:0.306452:15:4:23:20:15:4:23:20 chr8 105106882 . T G 36.36 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.00832495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2034;QD=6.92647;RBI=0.0215104;REFB=-0.00472585;REVB=-0.0198341;RO=15;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0623591;STB=0.540398;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0536219;OID=.;OPOS=105106882;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:5:1:3:12:5:1:3:12 chr8 105261725 . G A 276.73 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0147541;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3689;QD=13.1774;RBI=0.0421255;REFB=-0.00720402;REVB=-0.0394573;RO=52;SAF=14;SAR=18;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263058;STB=0.515051;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.010478;OID=.;OPOS=105261725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:52:32:32:0.380952:18:14:24:28:18:14:24:28 chr8 105263979 . C T 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0416394;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=285.14;QD=56.4879;RBI=0.0484651;REFB=0.0857707;REVB=0.0247997;RO=1;SAF=8;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170157;STB=0.509086;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.000226936;OID=.;OPOS=105263979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:27:8:0:1:27:8:0:1 chr8 105392021 . A G 861.48 PASS AF=0.544218;AO=79;DP=145;FAO=80;FDP=147;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=50;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=-0.0102933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.817;QD=23.4416;RBI=0.0209647;REFB=0.0110337;REVB=-0.0182638;RO=66;SAF=30;SAR=49;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905224;STB=0.555541;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00915521;OID=.;OPOS=105392021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:147:66:67:79:80:0.544218:49:30:32:34:50:30:33:34 chr8 105459614 . G A 244.29 PASS AF=0.386667;AO=28;DP=74;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.00371193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.501;QD=13.0289;RBI=0.0107422;REFB=-0.0106551;REVB=0.0100805;RO=46;SAF=13;SAR=15;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00845102;STB=0.516118;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0172488;OID=.;OPOS=105459614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:46:46:28:29:0.386667:15:13:21:25:15:14:21:25 chr8 106815994 . GGTTATGTTATT GGTTATT,GGTTATTTTTTA 199.82 PASS AF=0.456522,0;AO=18,3;DP=52;FAO=21,0;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=9,0;FSAR=12,0;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00070238,-0.00146543;FXX=0.061212;HRUN=1,1;LEN=5,6;MLLD=246.9,174.173;QD=17.3753;RBI=0.0299986,0.0194823;REFB=-0.0115137,-0.0152389;REVB=0.0299904,-0.0194271;RO=20;SAF=9,0;SAR=9,3;SRF=13;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.138956,-0.655715;STB=0.528275,0.5;STBP=0.728,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0146581,0;OID=.,.;OPOS=106815995,106816000;OREF=GTTAT,GTTATT;OALT=-,TTTTTA;OMAPALT=GGTTATT,GGTTATTTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.456522,0:18,3:52:21,0:46:25:9,0:12,0:12:13:99:20:9,0:9,3:13:7 chr8 107710044 . T A 395.89 PASS AF=0.460674;AO=40;DP=88;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.053827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5427;QD=17.7928;RBI=0.0562037;REFB=-0.000410849;REVB=-0.0161714;RO=47;SAF=19;SAR=21;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013889;STB=0.519771;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00105209;OID=.;OPOS=107710044;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:47:48:40:41:0.460674:21:19:23:24:22:19:24:24 chr8 107754473 . G A 565.23 PASS AF=0.710145;AO=49;DP=69;FAO=49;FDP=69;FR=.;FRO=20;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0293027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6214;QD=32.7668;RBI=0.0293027;REFB=0.0175073;REVB=-8.3907e-06;RO=20;SAF=30;SAR=19;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034854;STB=0.518831;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.00586104;OID=.;OPOS=107754473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:20:20:49:49:0.710145:19:30:11:9:19:30:11:9 chr8 107764454 . GT G,GTA 658.39 PASS AF=0.925926,0.0740741;AO=2,3;DP=9;FAO=50,4;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=27,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500164,0.0321067;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=156.679,73.8362;QD=48.7693;RBI=0.126222,0.0322059;REFB=0,0;REVB=0.115889,0.00252536;RO=2;SAF=1,0;SAR=1,3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.390188,-0.74993;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,ins;VARB=0.0147102,0.118558;OID=.,.;OPOS=107764455,107764456;OREF=T,-;OALT=-,A;OMAPALT=G,GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.925926,0.0740741:2,3:9:50,4:54:0:23,0:27,4:0:0:18:2:1,0:1,3:2:0 chr8 107782335 . G A 109.48 PASS AF=0.277778;AO=14;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0112991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3581;QD=8.10992;RBI=0.0245048;REFB=-0.00635523;REVB=0.0217444;RO=38;SAF=7;SAR=7;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533289;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0227318;OID=.;OPOS=107782335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:39:14:15:0.277778:7:7:19:19:8:7:20:19 chr8 107782395 . G A 92.1 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0557438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9443;QD=8.98525;RBI=0.0810047;REFB=-0.0147325;REVB=0.0587741;RO=29;SAF=6;SAR=6;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181326;STB=0.609582;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0397403;OID=.;OPOS=107782395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:29:29:12:12:0.292683:6:6:19:10:6:6:19:10 chr8 108970367 . A G 566.45 PASS AF=0.447761;AO=60;DP=134;FAO=60;FDP=134;FR=.;FRO=74;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.00437687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.177;QD=16.9088;RBI=0.00637358;REFB=-0.0018518;REVB=-0.00463309;RO=74;SAF=34;SAR=26;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126923;STB=0.507075;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00276838;OID=.;OPOS=108970367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:74:74:60:60:0.447761:26:34:41:33:26:34:41:33 chr8 109455863 . C T 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0386977;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.325;QD=28.6827;RBI=0.0546099;REFB=-0.0675806;REVB=0.0385321;RO=2;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176689;STB=0.599781;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0159103;OID=.;OPOS=109455863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:5:4:2:0:5:4:2:0 chr8 110255497 . AAT A,AAA 102.21 PASS AF=0.684211,0;AO=7,7;DP=27;FAO=13,0;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=2,0;FSAR=11,0;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.222533,0.234189;FXX=0.239904;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=20.0357,8.33569;QD=21.517;RBI=0.222535,0.255298;REFB=0.00923533,-0.00326845;REVB=0.00102659,0.10165;RO=9;SAF=1,0;SAR=6,7;SRF=2;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.131013,-0.731311;STB=0.50768,0.5;STBP=0.997,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0210567,0;OID=.,.;OPOS=110255498,110255499;OREF=AT,T;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.684211,0:7,7:27:13,0:19:6:2,0:11,0:1:5:40:9:1,0:6,7:2:7 chr8 110657514 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.408;QD=57.2021;RBI=0.0485467;REFB=0;REVB=0.03059;RO=0;SAF=4;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9955e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018249;OID=.;OPOS=110657514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:26:4:0:0:26:4:0:0 chr8 111946844 . G C 612.31 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000839521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6081;QD=61.231;RBI=0.0247399;REFB=0;REVB=0.0247256;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000382905;OID=.;OPOS=111946844;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr8 113241088 . T G 731.8 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308839;FXX=0.0212721;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.079;QD=63.635;RBI=0.0320149;REFB=0;REVB=0.00843434;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.73973e-05;OID=.;OPOS=113241088;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr8 113364696 . A G 41.5 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0414031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2511;QD=4.04902;RBI=0.0584826;REFB=-0.00948306;REVB=0.0413037;RO=33;SAF=3;SAR=4;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429905;STB=0.539457;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0625565;OID=.;OPOS=113364696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:41:33:34:7:7:0.170732:4:3:13:20:4:3:13:21 chr8 113516207 . CTG ACT,CT,CTA 556.24 PASS AF=0,1,0;AO=2,19,10;DP=36;FAO=0,37,0;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7,0;FSAR=0,30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195805,0.0211271,0.0257895;FXX=0.0512689;HRUN=1,1,1;LEN=3,1,1;MLLD=154.297,170.55,167.517;QD=60.134;RBI=0.0259179,0.0299729,0.0258327;REFB=0,0,0;REVB=0.0169807,0.0212608,0.00149372;RO=0;SAF=1,5,0;SAR=1,14,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,0.000182989,-0.0399406;OID=.,.,.;OPOS=113516207,113516209,113516209;OREF=CTG,G,G;OALT=ACT,-,A;OMAPALT=ACT,CT,CTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:36:37:0:0:2,19,10:0,37,0:0,1,0:1,14,10:1,5,0:0:0:0,30,0:0,7,0:0:0 chr8 114186003 . T C 881.28 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015004;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.77;QD=57.7891;RBI=0.0237363;REFB=0;REVB=0.0183928;RO=0;SAF=39;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000749269;OID=.;OPOS=114186003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:59:61:1:20:39:0:0:21:40:0:0 chr8 116423424 . T C 370.8 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.011573;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.941;QD=51.1444;RBI=0.0234977;REFB=-0.047032;REVB=0.0204501;RO=1;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281787;STB=0.514276;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000936943;OID=.;OPOS=116423424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:27:28:0.965517:16:11:0:1:17:11:0:1 chr8 116423490 . A T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00992768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.168;QD=57.6807;RBI=0.0490855;REFB=0;REVB=0.0480711;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294797;OID=.;OPOS=116423490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:22:9:0:0:22:9:0:0 chr8 116424270 . A AC,C 306.06 PASS AF=0.652174,0.347826;AO=10,14;DP=25;FAO=15,8;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8,5;FSAR=7,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00770727,-0.0156226;FXX=0.079968;HRUN=0,9;LEN=1,1;MLLD=247.604,246.875;QD=53.227;RBI=0.00871165,0.0161869;REFB=0,0;REVB=-0.0040609,-0.00423672;RO=0;SAF=4,8;SAR=6,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0010194,0.00854013;OID=.,.;OPOS=116424271,116424270;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:25:23:0:0:10,14:15,8:0.652174,0.347826:6,6:4,8:0:0:7,3:8,5:0:0 chr8 116635872 . T A,TA 966.28 PASS AF=0.0555556,0.930556;AO=3,60;DP=74;FAO=4,67;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=3,26;FSAR=1,41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00178195,-0.00493124;FXX=0.0136968;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=7.84389,24.7616;QD=53.6819;RBI=0.0762768,0.0153254;REFB=0.0238427,-0.00461827;REVB=0.0762559,-0.0145104;RO=5;SAF=3,26;SAR=0,34;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.743083,0.0345739;STB=0.665771,0.506022;STBP=0.288,0.501;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0718957,-0.00361921;OID=.,.;OPOS=116635872,116635873;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:74:72:5:1:3,60:4,67:0.0555556,0.930556:0,34:3,26:1:4:1,41:3,26:0:1 chr8 117035009 . C T 45.75 PASS AF=0.120482;AO=10;DP=82;FAO=10;FDP=83;FR=.;FRO=73;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.0473513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0488;QD=2.20459;RBI=0.0602189;REFB=-0.000575516;REVB=-0.0372045;RO=71;SAF=4;SAR=6;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281113;STB=0.522343;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.00197744;OID=.;OPOS=117035009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:82:83:71:73:10:10:0.120482:6:4:30:41:6:4:31:42 chr8 117791733 . T C 385.01 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.064;QD=55.001;RBI=0.0452589;REFB=0;REVB=0.0419042;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00398157;OID=.;OPOS=117791733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:11:15:0:0:12:16:0:0 chr8 117858389 . G A 253.4 PASS AF=0.329787;AO=31;DP=94;FAO=31;FDP=94;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.0129047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8738;QD=10.7829;RBI=0.0170832;REFB=-0.0160723;REVB=-0.011194;RO=62;SAF=18;SAR=13;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.074837;STB=0.538597;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0261004;OID=.;OPOS=117858389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:62:63:31:31:0.329787:13:18:32:30:13:18:33:30 chr8 118030465 . C G 87.65 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0690406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.819;QD=14.0242;RBI=0.0699602;REFB=-0.0407623;REVB=-0.0113062;RO=14;SAF=2;SAR=9;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498728;STB=0.529356;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0465155;OID=.;OPOS=118030465;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:25:14:14:11:11:0.44:9:2:3:11:9:2:3:11 chr8 118184783 . C T 360.92 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0160886;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.216;QD=17.3939;RBI=0.0190081;REFB=-0.00804333;REVB=0.0101225;RO=45;SAF=17;SAR=21;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018838;STB=0.510551;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00912391;OID=.;OPOS=118184783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:45:45:38:38:0.457831:21:17:21:24:21:17:21:24 chr8 118184784 . G A 436.56 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0284645;FXX=0.0232531;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.928;QD=20.7887;RBI=0.0343356;REFB=0.00509152;REVB=0.0192017;RO=41;SAF=20;SAR=23;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448909;STB=0.524835;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.00361959;OID=.;OPOS=118184784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:41:41:43:43:0.511905:23:20:17:24:23:20:17:24 chr8 118819578 . C T 248.18 PASS AF=0.510204;AO=21;DP=45;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0143621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.358;QD=20.2596;RBI=0.0169567;REFB=-0.023298;REVB=0.00901439;RO=24;SAF=4;SAR=17;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349334;STB=0.619464;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0203935;OID=.;OPOS=118819578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:49:24:24:21:25:0.510204:17:4:12:12:18:7:12:12 chr8 119207140 . A G 464.9 PASS AF=0.363057;AO=57;DP=157;FAO=57;FDP=157;FR=.;FRO=100;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=52;FSRR=48;FWDB=-0.00324791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.46;QD=11.8445;RBI=0.0116865;REFB=-0.00365916;REVB=0.0112261;RO=97;SAF=34;SAR=23;SRF=50;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912624;STB=0.549618;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0072464;OID=.;OPOS=119207140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:97:100:57:57:0.363057:23:34:50:47:23:34:52:48 chr8 119209213 . G A 422.99 PASS AF=0.458333;AO=40;DP=92;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0211923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.673;QD=17.6244;RBI=0.0280118;REFB=-0.0141285;REVB=0.0183179;RO=50;SAF=14;SAR=26;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154271;STB=0.604789;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0228064;OID=.;OPOS=119209213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:96:50:52:40:44:0.458333:26:14:25:25:30:14:26:26 chr8 119391791 . T C 422.78 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0218422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5276;QD=18.3818;RBI=0.0406713;REFB=-0.0134551;REVB=0.0343085;RO=49;SAF=30;SAR=13;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923848;STB=0.551699;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0197161;OID=.;OPOS=119391791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:49:49:43:43:0.467391:13:30:30:19:13:30:30:19 chr8 119964052 . G C 2650.75 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=101;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00027064;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.619;QD=62.0058;RBI=0.0252029;REFB=0;REVB=0.0252014;RO=0;SAF=100;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.01746e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411997;OID=.;OPOS=119964052;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:170:171:0:0:170:171:1:70:100:0:0:70:101:0:0 chr8 120594802 . A G 1339.75 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.277;QD=62.3139;RBI=0.0133152;REFB=0;REVB=-0.000394084;RO=0;SAF=28;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32122e-06;OID=.;OPOS=120594802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:58:28:0:0:58:28:0:0 chr8 120596023 . A G 498.05 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.908;QD=58.594;RBI=0.0255997;REFB=0;REVB=0.0153141;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134386;OID=.;OPOS=120596023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:17:15:0:0:18:16:0:0 chr8 120903471 . C CA 1666.55 PASS AF=1;AO=104;DP=115;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295552;FXX=0.00884877;HRUN=0;LEN=1;MLLD=206.391;QD=59.5197;RBI=0.0572156;REFB=0;REVB=0.048991;RO=7;SAF=52;SAR=52;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00852859;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=6.55225e-05;OID=.;OPOS=120903472;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:104:115:112:112:0:57:55:0:0:9:7:52:52:4:3 chr8 121013770 . A G 353.99 PASS AF=0.480519;AO=37;DP=78;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00235421;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.997;QD=18.389;RBI=0.0124738;REFB=-0.0138841;REVB=0.0122496;RO=38;SAF=24;SAR=13;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678682;STB=0.554366;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0167829;OID=.;OPOS=121013770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:38:40:37:37:0.480519:13:24:22:16:13:24:22:18 chr8 121061879 . G A 822.95 PASS AF=0.494118;AO=83;DP=169;FAO=84;FDP=170;FR=.;FRO=86;FSAF=25;FSAR=59;FSRF=36;FSRR=50;FWDB=0.0278639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.626;QD=19.3635;RBI=0.0329022;REFB=-0.0109023;REVB=0.0174974;RO=85;SAF=25;SAR=58;SRF=35;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114166;STB=0.569085;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00929304;OID=.;OPOS=121061879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:170:85:86:83:84:0.494118:58:25:35:50:59:25:36:50 chr8 121210069 . T C 311.54 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0181307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.109;QD=22.2525;RBI=0.01922;REFB=-0.0212645;REVB=-0.00637858;RO=24;SAF=16;SAR=16;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323374;STB=0.517846;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.02288;OID=.;OPOS=121210069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:16:16:11:13:16:16:11:13 chr8 121215991 . T C 574.97 PASS AF=0.537037;AO=57;DP=106;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=44;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0266131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.378;QD=21.295;RBI=0.0266232;REFB=-0.0168352;REVB=-0.000733121;RO=47;SAF=13;SAR=44;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238655;STB=0.639769;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0174808;OID=.;OPOS=121215991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:108:47:50:57:58:0.537037:44:13:22:25:44:14:25:25 chr8 121228679 . A C 1130.72 PASS AF=0.561497;AO=103;DP=185;FAO=105;FDP=187;FR=.;FRO=82;FSAF=65;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=0.0390603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3806;QD=24.1865;RBI=0.0720693;REFB=-0.0235705;REVB=0.0605664;RO=81;SAF=63;SAR=40;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117657;STB=0.564613;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.016557;OID=.;OPOS=121228679;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:187:81:82:103:105:0.561497:40:63:38:43:40:65:39:43 chr8 121256150 . T C 249.9 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0635533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4208;QD=16.6602;RBI=0.102005;REFB=0.00670876;REVB=-0.0797875;RO=30;SAF=17;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161223;STB=0.607066;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.0130844;OID=.;OPOS=121256150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:32:28:28:0.466667:11:17:13:17:11:17:13:19 chr8 121259861 . CG CA,C 1444.1 PASS AF=0.705036,0.244604;AO=89,21;DP=150;FAO=98,34;FDP=139;FR=.;FRO=7;FSAF=45,16;FSAR=53,18;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00464509,-0.0800821;FXX=0.0794649;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=156.194,10.9314;QD=41.5569;RBI=0.00907809,0.109243;REFB=-0.0454251,-0.176703;REVB=-0.00779967,-0.0743023;RO=9;SAF=42,7;SAR=47,14;SRF=7;SRR=2;SSEN=0,0.450091;SSEP=0,0;SSSB=-0.0530414,-0.247058;STB=0.51707,0.541523;STBP=0.209,0.281;TYPE=snp,del;VARB=0.019622,-0.0545859;OID=.,.;OPOS=121259862,121259862;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.705036,0.244604:89,21:150:98,34:139:7:45,16:53,18:5:2:99:9:42,7:47,14:7:2 chr8 121383048 . T C 657.62 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0647601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.801;QD=59.7835;RBI=0.0662143;REFB=-0.0184426;REVB=-0.0138011;RO=1;SAF=7;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132274;STB=0.507039;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00410909;OID=.;OPOS=121383048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:44:1:1:42:43:0.977273:35:7:0:1:35:8:0:1 chr8 121530190 . A G 1108.67 PASS AF=0.974026;AO=74;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0223236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.769;QD=57.593;RBI=0.0270699;REFB=0.00340604;REVB=0.0153114;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.50052;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-7.19834e-05;OID=.;OPOS=121530190;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:0:2:74:75:0.974026:35:39:0:0:36:39:1:1 chr8 124027562 . C T 180.09 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.0276665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.612;QD=11.0821;RBI=0.0277147;REFB=-0.0151886;REVB=0.00163341;RO=42;SAF=15;SAR=8;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399104;STB=0.523235;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0364128;OID=.;OPOS=124027562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:23:23:0.353846:8:15:26:16:8:15:26:16 chr8 124027628 . T C 688.92 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3733;QD=62.6289;RBI=0.0717563;REFB=0;REVB=0.0388522;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00093012;OID=.;OPOS=124027628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr8 124138855 . G A 100.74 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0287143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.379;QD=16.1189;RBI=0.0297395;REFB=-0.00779819;REVB=-0.00774123;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103051;STB=0.559345;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00901679;OID=.;OPOS=124138855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:7:5:4:9:7:5:4:9 chr8 124138891 . G A 87.31 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0111777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.471;QD=13.4329;RBI=0.0167871;REFB=-0.0171989;REVB=-0.0125246;RO=15;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121912;STB=0.571303;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0163616;OID=.;OPOS=124138891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:6:5:5:10:6:5:5:10 chr8 124140634 . T C 280.26 PASS AF=0.517241;AO=25;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0270549;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=187.209;QD=19.3285;RBI=0.0274465;REFB=-0.00353372;REVB=-0.00461972;RO=21;SAF=13;SAR=12;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0358603;STB=0.583469;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00130515;OID=.;OPOS=124140634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:21:28:25:30:0.517241:12:13:10:11:13:17:11:17 chr8 124142489 . T C 203.85 PASS AF=0.409836;AO=24;DP=62;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0308311;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.858;QD=13.3671;RBI=0.0507408;REFB=-0.0097802;REVB=0.0402997;RO=36;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116505;STB=0.576963;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0128677;OID=.;OPOS=124142489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:36:36:24:25:0.409836:12:12:14:22:12:13:14:22 chr8 124169554 . G A 670.0 PASS AF=0.560345;AO=65;DP=116;FAO=65;FDP=116;FR=.;FRO=51;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.00100083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.261;QD=23.1033;RBI=0.0125285;REFB=-0.0118415;REVB=-0.0124884;RO=49;SAF=36;SAR=29;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303715;STB=0.524136;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00856309;OID=.;OPOS=124169554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:49:51:65:65:0.560345:29:36:29:20:29:36:31:20 chr8 124440174 . A G 193.74 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0103604;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.497;QD=22.793;RBI=0.021397;REFB=0.0159768;REVB=-0.0187214;RO=14;SAF=8;SAR=11;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107503;STB=0.571356;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.010035;OID=.;OPOS=124440174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:14:15:19:19:0.558824:11:8:4:10:11:8:4:11 chr8 124448736 . A G 220.86 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0189764;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.877;QD=17.3223;RBI=0.0200247;REFB=-0.0152588;REVB=-0.00639417;RO=27;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617012;STB=0.534854;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0146387;OID=.;OPOS=124448736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:27:27:24:24:0.470588:14:10:13:14:14:10:13:14 chr8 124448804 . T A 235.82 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0425742;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.4254;QD=15.4637;RBI=0.0433512;REFB=0.00151609;REVB=-0.00817113;RO=34;SAF=11;SAR=16;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634844;STB=0.535953;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.00236062;OID=.;OPOS=124448804;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:34:34:27:27:0.442623:16:11:16:18:16:11:16:18 chr8 124449466 . C T 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00574502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.401;QD=15.882;RBI=0.0139906;REFB=-0.0457057;REVB=-0.0127566;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185184;STB=0.608469;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0368595;OID=.;OPOS=124449466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:3:7:5:5:3:7:5:5 chr8 124453543 . T A 215.6 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0257579;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=34.9832;QD=16.5843;RBI=0.0339034;REFB=-0.0224016;REVB=0.0220448;RO=23;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0161976;STB=0.506573;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0225187;OID=.;OPOS=124453543;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:28:24:24:0.461538:10:14:13:10:10:14:16:12 chr8 124525483 . C T 571.89 PASS AF=0.438849;AO=61;DP=139;FAO=61;FDP=139;FR=.;FRO=78;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=37;FSRR=41;FWDB=-0.014078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6506;QD=16.4573;RBI=0.0146362;REFB=0.00464321;REVB=0.00400358;RO=78;SAF=36;SAR=25;SRF=37;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117345;STB=0.565558;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.0066414;OID=.;OPOS=124525483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:78:78:61:61:0.438849:25:36:37:41:25:36:37:41 chr8 124594546 . T C 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00982383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.089;QD=19.9283;RBI=0.0406006;REFB=-0.0123225;REVB=-0.0393942;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209806;STB=0.61886;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0123095;OID=.;OPOS=124594546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:6:6:7:2:6:6:7:2 chr8 124658203 . T C 173.9 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0913854;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2623;QD=18.3057;RBI=0.102387;REFB=0.0123437;REVB=-0.0461723;RO=21;SAF=3;SAR=15;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478513;STB=0.783969;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0149736;OID=.;OPOS=124658203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:21:20:18:18:0.473684:15:3:13:8:15:3:13:7 chr8 124663895 . G A 257.33 PASS AF=0.4;AO=30;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.00128882;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.249;QD=13.7241;RBI=0.0176559;REFB=-0.0224541;REVB=-0.0176088;RO=45;SAF=14;SAR=16;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143087;STB=0.581175;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0244494;OID=.;OPOS=124663895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:30:30:0.4:16:14:15:30:16:14:15:30 chr8 124663987 . C G 108.89 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0420732;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.373;QD=24.1973;RBI=0.0474359;REFB=-0.0285779;REVB=-0.0219093;RO=6;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225437;STB=0.624825;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0156283;OID=.;OPOS=124663987;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:18:18:6:6:12:12:0.666667:9:3:0:6:9:3:0:6 chr8 124749610 . C T 874.02 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0547518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3264;QD=57.3128;RBI=0.058583;REFB=0;REVB=-0.0208376;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000954234;OID=.;OPOS=124749610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:24:36:0:0:25:36:0:0 chr8 124824826 . G A 1157.33 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0335944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.115;QD=59.3505;RBI=0.0336025;REFB=0.0327778;REVB=0.000737414;RO=0;SAF=41;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52206e-08;STB=0.506023;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.000924719;OID=.;OPOS=124824826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:36:41:0:0:36:41:1:0 chr8 124987478 . T C 408.55 PASS AF=0.384;AO=48;DP=125;FAO=48;FDP=125;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=0.00115133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.768;QD=13.0735;RBI=0.00506416;REFB=-0.0130922;REVB=-0.00493155;RO=77;SAF=24;SAR=24;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211405;STB=0.511995;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.014848;OID=.;OPOS=124987478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:77:77:48:48:0.384:24:24:40:37:24:24:40:37 chr8 125035788 . G C 376.9 PASS AF=1;AO=13;DP=25;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.106297;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.189;QD=53.8425;RBI=0.130917;REFB=0;REVB=0.0764202;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173035;OID=.;OPOS=125035788;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:28:0:0:13:28:1:2:11:0:0:16:12:0:0 chr8 125061895 . G A 2205.51 PASS AF=1;AO=132;DP=133;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.148;QD=62.5675;RBI=0.0452592;REFB=0;REVB=0.0124149;RO=0;SAF=69;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84083e-05;OID=.;OPOS=125061895;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:133:141:0:0:132:141:1:63:69:0:0:67:74:0:0 chr8 125072425 . CT C,CC 759.44 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=5,40;DP=45;FAO=2,46;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=2,21;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643224,0.0654353;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=198.983,213.591;QD=63.287;RBI=0.0972237,0.0894132;REFB=0,0;REVB=0.0729045,0.0609339;RO=0;SAF=3,17;SAR=2,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,6.4817e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=3.02831e-05,0.00315478;OID=.,.;OPOS=125072426,125072426;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0416667,0.958333:5,40:45:2,46:48:0:2,21:0,25:0:0:7:0:3,17:2,23:0:0 chr8 125076589 . T G 1408.89 PASS AF=0.94898;AO=91;DP=98;FAO=93;FDP=98;FR=.;FRO=5;FSAF=62;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0272472;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0114;QD=57.5056;RBI=0.0621769;REFB=-0.121035;REVB=0.0558888;RO=3;SAF=61;SAR=30;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228481;STB=0.507691;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00795498;OID=.;OPOS=125076589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:98:98:3:5:91:93:0.94898:30:61:1:2:31:62:4:1 chr8 125107201 . G A 268.88 PASS AF=0.333333;AO=34;DP=101;FAO=34;FDP=102;FR=.;FRO=68;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=-0.00585872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.553;QD=10.5443;RBI=0.0150078;REFB=0.00545269;REVB=0.013817;RO=67;SAF=10;SAR=24;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224356;STB=0.626788;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00840169;OID=.;OPOS=125107201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:67:68:34:34:0.333333:24:10:32:35:24:10:32:36 chr8 125107207 . C T 278.52 PASS AF=0.343137;AO=34;DP=100;FAO=35;FDP=102;FR=.;FRO=67;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=0.019451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.75;QD=10.9223;RBI=0.0246984;REFB=0.00292284;REVB=-0.0152208;RO=64;SAF=10;SAR=24;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21237;STB=0.636282;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00917383;OID=.;OPOS=125107207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:64:67:34:35:0.343137:24:10:30:34:25:10:32:35 chr8 125323850 . C A 402.29 PASS AF=0.482759;AO=35;DP=79;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.0015285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.354;QD=18.4959;RBI=0.00982291;REFB=-0.0140366;REVB=0.00970326;RO=38;SAF=10;SAR=25;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264505;STB=0.629858;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0152614;OID=.;OPOS=125323850;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:87:38:45:35:42:0.482759:25:10:21:17:28:14:26:19 chr8 125463250 . T C 451.94 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=93;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.0032914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.767;QD=19.4383;RBI=0.00331647;REFB=-0.0111727;REVB=-0.000406995;RO=48;SAF=18;SAR=27;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359494;STB=0.519991;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0132377;OID=.;OPOS=125463250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:48:45:45:0.483871:27:18:21:27:27:18:21:27 chr8 125465203 . T A 64.04 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0351098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.782;QD=9.48712;RBI=0.0460591;REFB=-0.00761456;REVB=0.0298117;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0213545;OID=.;OPOS=125465203;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:6:3:6:12:6:3:6:12 chr8 125498547 . C T 140.63 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.000382237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.222;QD=9.37527;RBI=0.0246281;REFB=-0.00447467;REVB=-0.0246252;RO=38;SAF=9;SAR=10;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595016;STB=0.542862;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.00909183;OID=.;OPOS=125498547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:41:19:19:0.316667:10:9:20:18:10:9:22:19 chr8 125499363 . G A 330.84 PASS AF=0.35;AO=41;DP=117;FAO=42;FDP=120;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=-0.00319078;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.496;QD=11.0279;RBI=0.00349429;REFB=0.00045596;REVB=0.00142443;RO=76;SAF=16;SAR=25;SRF=38;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125985;STB=0.578909;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.00114643;OID=.;OPOS=125499363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:120:76:78:41:42:0.35:25:16:38:38:26:16:39:39 chr8 125528135 . G A 312.12 PASS AF=0.336134;AO=40;DP=119;FAO=40;FDP=119;FR=.;FRO=79;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=-0.0547311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.647;QD=10.4914;RBI=0.055801;REFB=-0.00179566;REVB=-0.0108749;RO=77;SAF=22;SAR=18;SRF=42;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0052365;STB=0.512272;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00355587;OID=.;OPOS=125528135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:77:79:40:40:0.336134:18:22:42:35:18:22:42:37 chr8 125579973 . C T 353.74 PASS AF=0.614035;AO=34;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0130584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.045;QD=24.8238;RBI=0.0189916;REFB=-0.0263971;REVB=-0.0137897;RO=20;SAF=19;SAR=15;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107371;STB=0.579954;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0337187;OID=.;OPOS=125579973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:20:22:34:35:0.614035:15:19:8:12:15:20:8:14 chr8 125579990 . C T 354.31 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00431047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1025;QD=21.4732;RBI=0.0477559;REFB=-0.00604596;REVB=-0.0475609;RO=30;SAF=18;SAR=18;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137335;STB=0.575716;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00366808;OID=.;OPOS=125579990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:18:18:10:20:18:18:10:20 chr8 125990008 . G A 214.9 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=0.0198634;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.853;QD=12.8298;RBI=0.0306826;REFB=-0.00531845;REVB=-0.0233852;RO=41;SAF=18;SAR=8;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.43351;STB=0.746548;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0187899;OID=.;OPOS=125990008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:41:41:26:26:0.38806:8:18:11:30:8:18:11:30 chr8 126010805 . G C 165.81 PASS AF=0.338462;AO=22;DP=65;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=9;FWDB=0.0161955;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.4032;QD=10.2036;RBI=0.0262822;REFB=-0.018719;REVB=0.0206992;RO=42;SAF=15;SAR=7;SRF=33;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144338;STB=0.588263;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.038262;OID=.;OPOS=126010805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:43:22:22:0.338462:7:15:33:9:7:15:34:9 chr8 126012245 . A C 198.06 PASS AF=0.282609;AO=26;DP=92;FAO=26;FDP=92;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=46;FWDB=-0.00198454;FXX=0.0416623;HRUN=5;LEN=1;MLLD=130.996;QD=8.61119;RBI=0.00209255;REFB=-0.00504976;REVB=0.000663621;RO=64;SAF=13;SAR=13;SRF=18;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265849;STB=0.641204;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0100536;OID=.;OPOS=126012245;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:64:66:26:26:0.282609:13:13:18:46:13:13:20:46 chr8 126283111 . G T 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.00475763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.178;QD=19.5232;RBI=0.0322091;REFB=-0.0071274;REVB=0.0318558;RO=11;SAF=7;SAR=7;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321845;STB=0.692073;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00192653;OID=.;OPOS=126283111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:11:12:14:14:0.538462:7:7:1:10:7:7:1:11 chr8 126449406 . C T 520.34 PASS AF=0.451613;AO=56;DP=124;FAO=56;FDP=124;FR=.;FRO=68;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.0256175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.447;QD=16.7852;RBI=0.02735;REFB=-0.0159374;REVB=0.00957944;RO=68;SAF=33;SAR=23;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890203;STB=0.549661;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0156155;OID=.;OPOS=126449406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:68:68:56:56:0.451613:23:33:34:34:23:33:34:34 chr8 127683774 . G T 225.36 PASS AF=0.440678;AO=25;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0165479;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.62;QD=15.2783;RBI=0.0167379;REFB=-0.00366134;REVB=0.00251471;RO=33;SAF=7;SAR=18;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361368;STB=0.710115;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00136249;OID=.;OPOS=127683774;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:25:26:0.440678:18:7:21:12:19:7:21:12 chr8 127683850 . T C 535.19 PASS AF=0.529412;AO=54;DP=102;FAO=54;FDP=102;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00959341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.648;QD=20.988;RBI=0.0153898;REFB=-0.0229947;REVB=-0.0120338;RO=48;SAF=27;SAR=27;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178114;STB=0.5098;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0333428;OID=.;OPOS=127683850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:48:48:54:54:0.529412:27:27:23:25:27:27:23:25 chr8 128428581 . G T 404.96 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=107;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=0.0409607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.507;QD=15.1386;RBI=0.0409787;REFB=-0.00597893;REVB=0.0012134;RO=61;SAF=23;SAR=23;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749312;STB=0.542038;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.00736539;OID=.;OPOS=128428581;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:61:61:46:46:0.429907:23:23:35:26:23:23:35:26 chr8 128428638 . G A 591.27 PASS AF=0.430464;AO=65;DP=151;FAO=65;FDP=151;FR=.;FRO=86;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=55;FSRR=31;FWDB=0.00118897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.027;QD=15.6628;RBI=0.00561213;REFB=-0.00541312;REVB=0.00548474;RO=86;SAF=34;SAR=31;SRF=55;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119927;STB=0.566859;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0073731;OID=.;OPOS=128428638;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:86:86:65:65:0.430464:31:34:55:31:31:34:55:31 chr8 128428656 . A C 825.27 PASS AF=0.536424;AO=81;DP=151;FAO=81;FDP=151;FR=.;FRO=70;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=34;FWDB=-0.00142284;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=71.5694;QD=21.8614;RBI=0.00880733;REFB=-0.0285682;REVB=-0.00869164;RO=64;SAF=50;SAR=31;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977524;STB=0.549345;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0216725;OID=.;OPOS=128428656;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:64:70:81:81:0.536424:31:50:32:32:31:50:36:34 chr8 128428751 . A G 543.41 PASS AF=0.581395;AO=50;DP=86;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0110833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.305;QD=25.275;RBI=0.0484319;REFB=0.00973295;REVB=0.0471466;RO=36;SAF=32;SAR=18;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112024;STB=0.561378;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.007648;OID=.;OPOS=128428751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:36:36:50:50:0.581395:18:32:18:18:18:32:18:18 chr8 128428795 . G A 332.62 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00993833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3663;QD=16.4256;RBI=0.0186437;REFB=-0.0182893;REVB=-0.015774;RO=45;SAF=19;SAR=17;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00550742;STB=0.503095;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.028557;OID=.;OPOS=128428795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:17:19:24:21:17:19:24:21 chr8 128428823 . G C 318.61 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0058512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.103;QD=15.7338;RBI=0.0187706;REFB=-0.00788291;REVB=0.0178353;RO=46;SAF=21;SAR=14;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584271;STB=0.532976;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0124477;OID=.;OPOS=128428823;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:14:21:25:21:14:21:25:21 chr8 128429262 . G C 137.58 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0986495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7891;QD=39.3087;RBI=0.108823;REFB=0.02501;REVB=0.0459424;RO=1;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533084;STB=0.529367;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.0101506;OID=.;OPOS=128429262;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:8:5:0:1:8:5:0:1 chr8 128429510 . G A 35.94 PASS AF=0.26087;AO=5;DP=22;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0196177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1875;QD=6.24996;RBI=0.0254658;REFB=0.0217601;REVB=-0.0162374;RO=17;SAF=4;SAR=1;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33945;STB=0.761737;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.0592003;OID=.;OPOS=128429510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:22:23:17:17:5:6:0.26087:1:4:9:8:1:5:9:8 chr8 128429519 . G A 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00624832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.156;QD=8.6914;RBI=0.0186769;REFB=0.00172701;REVB=-0.0176007;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107891;STB=0.56684;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00399926;OID=.;OPOS=128429519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:3:5:9:8:3:5:9:8 chr8 128429660 . T C 698.94 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0189758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5727;QD=54.819;RBI=0.0211192;REFB=-0.00540351;REVB=0.00927035;RO=1;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171119;STB=0.509087;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000933469;OID=.;OPOS=128429660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:51:1:1:49:50:0.980392:27:22:0:1:27:23:0:1 chr8 128429721 . T C 92.96 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=39;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0217019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.669;QD=9.53462;RBI=0.0217615;REFB=4.43161e-05;REVB=0.00160873;RO=27;SAF=6;SAR=6;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148748;STB=0.589599;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.000240365;OID=.;OPOS=128429721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:39:39:27:27:12:12:0.307692:6:6:10:17:6:6:10:17 chr8 128429732 . C T 62.36 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0237207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.905;QD=7.79511;RBI=0.0410933;REFB=0.0018322;REVB=-0.0335557;RO=23;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399941;STB=0.744603;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.00560849;OID=.;OPOS=128429732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:3:6:7:16:3:6:7:16 chr8 128429779 . T G 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000217363;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.478;QD=28.5377;RBI=0.00222276;REFB=0.00111976;REVB=0.00221211;RO=1;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2842;STB=0.666107;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-9.14471e-05;OID=.;OPOS=128429779;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:6:1:1:0:6:1:1:0 chr8 128430501 . C T 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0243716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.511;QD=14.0438;RBI=0.024627;REFB=-0.00929805;REVB=-0.00353731;RO=4;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268008;STB=0.665923;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0232606;OID=.;OPOS=128430501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:1:4:2:2:1:4:2:2 chr8 128430872 . A AATG 53.27 PASS AF=0.275862;AO=7;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.010366;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=249.659;QD=7.34729;RBI=0.0120503;REFB=-0.00246667;REVB=0.00614459;RO=21;SAF=6;SAR=1;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402521;STB=0.785674;STBP=0.101;TYPE=ins;VARB=0.00738833;OID=.;OPOS=128430873;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=AATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275862:7:29:8:29:21:7:1:12:9:53:21:6:1:12:9 chr8 128431768 . A G 204.22 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.00111535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.91;QD=12.5672;RBI=0.00841183;REFB=-0.00910498;REVB=-0.00833756;RO=40;SAF=17;SAR=8;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348141;STB=0.699601;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0121972;OID=.;OPOS=128431768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:8:17:14:26:8:17:14:26 chr8 128747953 . G T 289.29 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0842372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0203;QD=52.5985;RBI=0.100388;REFB=0;REVB=0.0546066;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00270379;OID=.;OPOS=128747953;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:17:5:0:0:17:5:0:0 chr8 129011513 . T C 257.18 PASS AF=0.446154;AO=28;DP=67;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=25;FWDB=0.0546711;FXX=0.0714184;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.783;QD=15.8261;RBI=0.0546818;REFB=-0.00783975;REVB=0.00107748;RO=31;SAF=8;SAR=20;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00526098;STB=0.503103;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0129735;OID=.;OPOS=129011513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:31:36:28:29:0.446154:20:8:9:22:20:9:11:25 chr8 129021179 . G A 275.97 PASS AF=0.565217;AO=24;DP=48;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0131587;FXX=0.041658;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.622;QD=23.9973;RBI=0.0209837;REFB=-0.00323955;REVB=-0.0163452;RO=19;SAF=11;SAR=13;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723735;STB=0.527006;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.00328691;OID=.;OPOS=129021179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:19:20:24:26:0.565217:13:11:7:12:14:12:8:12 chr8 129022785 . T C 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.001;QD=64.1524;RBI=0.0244233;REFB=0;REVB=0.0128563;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128324;OID=.;OPOS=129022785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:28:21:0:0:28:21:0:0 chr8 129022816 . G A 306.74 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00540858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.563;QD=22.7217;RBI=0.0242416;REFB=-0.0237308;REVB=0.0236306;RO=23;SAF=9;SAR=22;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126668;STB=0.570212;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00824696;OID=.;OPOS=129022816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:22:9:10:13:22:9:10:13 chr8 129022818 . T A 306.69 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0280105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.185;QD=22.7176;RBI=0.051174;REFB=-0.00683448;REVB=0.0428274;RO=23;SAF=9;SAR=22;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126668;STB=0.570212;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00299675;OID=.;OPOS=129022818;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:22:9:10:13:22:9:10:13 chr8 130760850 . A G 399.06 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0200875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.172;QD=23.8243;RBI=0.0201569;REFB=-0.0115669;REVB=0.00167153;RO=28;SAF=18;SAR=21;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252885;STB=0.513882;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0106503;OID=.;OPOS=130760850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:28:39:39:0.58209:21:18:12:16:21:18:12:16 chr8 130762291 . G A 681.67 PASS AF=0.554622;AO=66;DP=120;FAO=66;FDP=119;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0123359;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.514;QD=22.9132;RBI=0.0203277;REFB=-0.011196;REVB=-0.0161567;RO=49;SAF=24;SAR=42;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119043;STB=0.559087;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00808219;OID=.;OPOS=130762291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:49:53:66:66:0.554622:42:24:25:24:42:24:26:27 chr8 131124559 . T C 695.67 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00671473;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.65;QD=54.5623;RBI=0.0240455;REFB=-0.0462017;REVB=0.0230889;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000999072;OID=.;OPOS=131124559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:0:1:49:50:0.980392:28:21:0:0:29:21:0:1 chr8 131140180 . G A 544.36 PASS AF=0.734375;AO=47;DP=63;FAO=47;FDP=64;FR=.;FRO=17;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0179041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.902;QD=34.0227;RBI=0.0182411;REFB=-0.0125667;REVB=-0.00349003;RO=16;SAF=23;SAR=24;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638599;STB=0.541815;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00300919;OID=.;OPOS=131140180;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:16:17:47:47:0.734375:24:23:10:6:24:23:11:6 chr8 131921956 . A G 598.5 PASS AF=0.516949;AO=59;DP=117;FAO=61;FDP=118;FR=.;FRO=57;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=0.0218222;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.881;QD=20.2882;RBI=0.0218368;REFB=-0.00489504;REVB=0.000799343;RO=57;SAF=27;SAR=32;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107805;STB=0.557753;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00436291;OID=.;OPOS=131921956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:57:57:59:61:0.516949:32:27:33:24:33:28:33:24 chr8 132936405 . C T 209.14 PASS AF=0.42623;AO=24;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0115706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.098;QD=13.7139;RBI=0.0206183;REFB=-0.00896569;REVB=-0.0170657;RO=35;SAF=8;SAR=16;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106132;STB=0.526295;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0121344;OID=.;OPOS=132936405;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:24:26:0.42623:16:8:15:20:16:10:15:20 chr8 132947786 . C T 113.16 PASS AF=0.290909;AO=15;DP=54;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0243224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.387;QD=8.22966;RBI=0.036583;REFB=-0.0151317;REVB=-0.0273265;RO=38;SAF=5;SAR=10;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456406;STB=0.507237;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0286634;OID=.;OPOS=132947786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:38:39:15:16:0.290909:10:5:14:24:10:6:15:24 chr8 133025044 . C T 251.51 PASS AF=0.316327;AO=31;DP=98;FAO=31;FDP=98;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.00178475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.696;QD=10.2657;RBI=0.0175772;REFB=-0.00654533;REVB=-0.0174864;RO=66;SAF=22;SAR=9;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289503;STB=0.674731;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0167884;OID=.;OPOS=133025044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:66:67:31:31:0.316327:9:22:31:35:9:22:31:36 chr8 133047071 . G A 441.26 PASS AF=0.465347;AO=47;DP=100;FAO=47;FDP=101;FR=.;FRO=54;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.00247502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.051;QD=17.4757;RBI=0.0063686;REFB=-0.0152184;REVB=0.00586799;RO=53;SAF=25;SAR=22;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110819;STB=0.556465;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0231043;OID=.;OPOS=133047071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:53:54:47:47:0.465347:22:25:22:31:22:25:23:31 chr8 133048593 . C T 80.98 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.00874238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8181;QD=8.30582;RBI=0.0212871;REFB=-0.00825529;REVB=0.0194091;RO=25;SAF=5;SAR=6;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300102;STB=0.681521;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.050904;OID=.;OPOS=133048593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:39:39:25:28:11:11:0.282051:6:5:18:7:6:5:20:8 chr8 133048619 . T C 800.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170843;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.919;QD=57.1646;RBI=0.0171059;REFB=0;REVB=-0.000859421;RO=0;SAF=37;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.39824e-05;OID=.;OPOS=133048619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:19:37:0:0:19:37:0:0 chr8 133053309 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00910684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.341;QD=61.3357;RBI=0.0318719;REFB=0;REVB=0.0305431;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105349;OID=.;OPOS=133053309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr8 133053318 . T C 582.47 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00951321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.293;QD=58.2472;RBI=0.0101337;REFB=-0.127046;REVB=0.00349163;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.512814;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000896652;OID=.;OPOS=133053318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:39:39:0.975:19:20:0:0:19:20:0:1 chr8 133067315 . G A 547.04 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0221942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.031;QD=57.5835;RBI=0.0400995;REFB=-0.150323;REVB=0.0333974;RO=1;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240105;STB=0.512814;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00105615;OID=.;OPOS=133067315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:38:38:1:1:37:37:0.973684:19:18:0:1:19:18:0:1 chr8 133089975 . A G 1201.42 PASS AF=0.952941;AO=81;DP=86;FAO=81;FDP=85;FR=.;FRO=4;FSAF=50;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0110845;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.234;QD=56.5375;RBI=0.0856684;REFB=-0.0432487;REVB=-0.0849483;RO=4;SAF=50;SAR=31;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363844;STB=0.519226;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00502402;OID=.;OPOS=133089975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:86:85:4:4:81:81:0.952941:31:50:4:0:31:50:4:0 chr8 133101818 . G A 1209.42 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00627675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.641;QD=61.2363;RBI=0.00661806;REFB=0;REVB=-0.00209788;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.39601e-05;OID=.;OPOS=133101818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:38:40:0:0:39:40:0:0 chr8 133107830 . T C 1564.15 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267064;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.109;QD=63.198;RBI=0.044515;REFB=0;REVB=0.035614;RO=0;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149651;OID=.;OPOS=133107830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:99:0:0:95:99:1:45:50:0:0:49:50:0:0 chr8 133111166 . T C 243.58 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00420338;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.623;QD=22.1432;RBI=0.025426;REFB=-0.00922036;REVB=-0.0250761;RO=21;SAF=13;SAR=10;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195478;STB=0.609282;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00611808;OID=.;OPOS=133111166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:21:21:23:23:0.522727:10:13:7:14:10:13:7:14 chr8 133111181 . G A 270.04 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0236015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.061;QD=22.9821;RBI=0.0238159;REFB=-0.0130188;REVB=0.00318902;RO=22;SAF=13;SAR=12;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130674;STB=0.572824;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.020924;OID=.;OPOS=133111181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:12:13:8:14:12:13:8:14 chr8 133112392 . G A 500.58 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.309;QD=58.8915;RBI=0.0429282;REFB=0;REVB=0.0150401;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.55057e-05;OID=.;OPOS=133112392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:18:14:0:0:18:16:0:0 chr8 133113531 . A T 565.83 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0296701;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=79.5458;QD=53.8887;RBI=0.0298798;REFB=-0.166503;REVB=-0.00353395;RO=2;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360381;STB=0.528288;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00374979;OID=.;OPOS=133113531;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:42:42:2:3:39:39:0.928571:25:14:0:2:25:14:0:3 chr8 133723166 . A G 370.64 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.00800718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.865;QD=17.2391;RBI=0.0153664;REFB=-0.00885069;REVB=-0.0131154;RO=47;SAF=19;SAR=20;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105731;STB=0.559161;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00705238;OID=.;OPOS=133723166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:20:19:28:19:20:19:28:19 chr8 133769554 . TGA T 528.28 PASS AF=0.536842;AO=43;DP=95;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0203087;FXX=0.0306091;HRUN=1;LEN=2;MLLD=120.177;QD=22.2434;RBI=0.0215403;REFB=-0.0226012;REVB=0.00717907;RO=42;SAF=17;SAR=26;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359474;STB=0.504423;STBP=0.941;TYPE=del;VARB=0.0137795;OID=.;OPOS=133769555;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.536842:43:95:51:95:44:19:32:16:28:99:42:17:26:15:27 chr8 133844508 . C T 568.36 PASS AF=0.487603;AO=59;DP=121;FAO=59;FDP=121;FR=.;FRO=62;FSAF=41;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=-0.000853369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.662;QD=18.7886;RBI=0.017669;REFB=0.00558111;REVB=-0.0176484;RO=62;SAF=41;SAR=18;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859527;STB=0.547693;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.00346324;OID=.;OPOS=133844508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:62:62:59:59:0.487603:18:41:38:24:18:41:38:24 chr8 133844598 . C T 684.07 PASS AF=0.466216;AO=69;DP=148;FAO=69;FDP=148;FR=.;FRO=79;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=0.0153385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7982;QD=18.4884;RBI=0.023194;REFB=-0.0275696;REVB=0.0173981;RO=79;SAF=32;SAR=37;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0774369;STB=0.542934;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0271732;OID=.;OPOS=133844598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:148:79:79:69:69:0.466216:37:32:43:36:37:32:43:36 chr8 133858712 . G A 577.11 PASS AF=0.555556;AO=52;DP=97;FAO=55;FDP=99;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.00840277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.595;QD=23.3174;RBI=0.0130452;REFB=-0.019088;REVB=0.00997846;RO=43;SAF=19;SAR=33;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162737;STB=0.592615;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0229994;OID=.;OPOS=133858712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:99:43:44:52:55:0.555556:33:19:24:19:36:19:24:20 chr8 133859877 . G T 204.74 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.000931193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6217;QD=22.749;RBI=0.00960324;REFB=-0.0329952;REVB=0.00955799;RO=15;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766705;STB=0.555501;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0149267;OID=.;OPOS=133859877;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:16:20:20:0.555556:10:10:9:6:10:10:10:6 chr8 133900252 . T G 990.42 PASS AF=0.985507;AO=66;DP=67;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0375892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.924;QD=57.4157;RBI=0.0382674;REFB=-0.0381207;REVB=0.00717244;RO=0;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000189172;OID=.;OPOS=133900252;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:69:0:1:66:68:0.985507:30:36:0:0:30:38:0:1 chr8 133900386 . T C 651.4 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00169597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.495;QD=62.0379;RBI=0.0454614;REFB=0;REVB=0.0454298;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194454;OID=.;OPOS=133900386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:22:19:0:0:23:19:0:0 chr8 133909974 . ATGC CGTG,GTGC 299.97 PASS AF=0.304348,0.695652;AO=2,15;DP=23;FAO=7,16;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7,0;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120845,0.0225605;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=40.1194,63.8834;QD=52.1678;RBI=0.127298,0.0226516;REFB=0,0;REVB=-0.0400142,-0.00202934;RO=0;SAF=2,0;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0103495,-0.000485685;OID=.,.;OPOS=133909974,133909974;OREF=ATGC,A;OALT=CGTG,G;OMAPALT=CGTG,GTGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:41:23:23:0:0:2,15:7,16:0.304348,0.695652:0,15:2,0:0:0:0,16:7,0:0:0 chr8 133920518 . A G 420.64 PASS AF=0.488889;AO=40;DP=87;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0228477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.137;QD=18.6951;RBI=0.0239969;REFB=-0.0206707;REVB=-0.00733741;RO=43;SAF=20;SAR=20;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324344;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0226124;OID=.;OPOS=133920518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:43:46:40:44:0.488889:20:20:20:23:22:22:23:23 chr8 133931748 . T C 315.67 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.00154517;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.124;QD=17.2972;RBI=0.00511012;REFB=-0.0205725;REVB=0.00487091;RO=39;SAF=19;SAR=15;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140987;STB=0.578943;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0206985;OID=.;OPOS=133931748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:39:39:34:34:0.465753:15:19:16:23:15:19:16:23 chr8 133975283 . G A 245.52 PASS AF=0.392157;AO=13;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0135245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.756;QD=19.2564;RBI=0.0164011;REFB=-0.0306824;REVB=0.00927819;RO=25;SAF=6;SAR=7;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23931;STB=0.599904;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0396561;OID=.;OPOS=133975283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:13:20:0.392157:7:6:17:8:10:10:17:8 chr8 134108453 . C T 335.81 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.026618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3602;QD=14.6003;RBI=0.0284342;REFB=0.0227767;REVB=0.00999949;RO=54;SAF=19;SAR=18;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528844;STB=0.535192;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.0316246;OID=.;OPOS=134108453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:55:37:37:0.402174:18:19:25:29:18:19:25:30 chr8 134108546 . T C 416.11 PASS AF=0.446602;AO=46;DP=103;FAO=46;FDP=103;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=-0.00539036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.042;QD=16.1596;RBI=0.00999121;REFB=-0.00328389;REVB=0.00841239;RO=55;SAF=25;SAR=21;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156605;STB=0.576971;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00397493;OID=.;OPOS=134108546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:55:57:46:46:0.446602:21:25:21:34:21:25:23:34 chr8 134114771 . C T 82.7 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0175416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.883;QD=9.18876;RBI=0.0245173;REFB=-0.00676645;REVB=-0.0171287;RO=23;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267055;STB=0.679509;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0194299;OID=.;OPOS=134114771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:23:25:11:11:0.305556:5:6:7:16:5:6:7:18 chr8 134125682 . G A 112.14 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0105712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.08;QD=8.46358;RBI=0.0667222;REFB=-0.00653803;REVB=-0.0658794;RO=38;SAF=5;SAR=10;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142056;STB=0.586548;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0171911;OID=.;OPOS=134125682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:38:15:15:0.283019:10:5:17:21:10:5:17:21 chr8 134474148 . C T 300.84 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.00768381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0268;QD=14.1573;RBI=0.0119644;REFB=-0.0033128;REVB=-0.00917097;RO=50;SAF=19;SAR=15;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103554;STB=0.564578;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.00553347;OID=.;OPOS=134474148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:51:34:34:0.4:15:19:23:27:15:19:23:28 chr8 135522364 . A G 456.55 PASS AF=0.484211;AO=45;DP=95;FAO=46;FDP=95;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0282099;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1259;QD=19.2233;RBI=0.0355783;REFB=-0.00862106;REVB=-0.0216798;RO=46;SAF=17;SAR=28;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114543;STB=0.572991;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0140187;OID=.;OPOS=135522364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:46:49:45:46:0.484211:28:17:23:23:28:18:26:23 chr8 135524797 . G T 341.59 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=-0.0131114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.448;QD=18.4643;RBI=0.0160096;REFB=-0.0232911;REVB=-0.00918689;RO=38;SAF=15;SAR=21;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177074;STB=0.598035;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0230613;OID=.;OPOS=135524797;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:38:38:36:36:0.486486:21:15:9:29:21:15:9:29 chr8 135649848 . G A 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0496637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.162;QD=18.3009;RBI=0.0498903;REFB=-0.0171363;REVB=-0.00475035;RO=23;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267609;STB=0.515207;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0283697;OID=.;OPOS=135649848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:11:9:11:12:11:9:11:12 chr8 136659426 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=373.524;QD=52.6132;RBI=0.0147914;REFB=0;REVB=0.00337656;RO=0;SAF=2;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.33364e-05;OID=.;OPOS=136659426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:20:2:0:0:20:2:0:0 chr8 139143942 . A G 831.21 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00426557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.2812;QD=52.7754;RBI=0.0145511;REFB=-0.072816;REVB=-0.0139118;RO=3;SAF=20;SAR=40;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00249983;OID=.;OPOS=139143942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:63:3:3:60:60:0.952381:40:20:1:2:40:20:1:2 chr8 139144914 . G A 503.51 PASS AF=0.436508;AO=54;DP=122;FAO=55;FDP=126;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=38;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.0405771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.071;QD=15.9845;RBI=0.0415064;REFB=-0.0244257;REVB=0.0087339;RO=68;SAF=17;SAR=37;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210104;STB=0.633859;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0328956;OID=.;OPOS=139144914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:126:68:71:54:55:0.436508:37:17:35:33:38:17:38:33 chr8 139164570 . C T 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0197851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.773;QD=9.47549;RBI=0.0201321;REFB=0.0179405;REVB=-0.0037215;RO=21;SAF=9;SAR=1;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.526382;STB=0.831141;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0150191;OID=.;OPOS=139164570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:1:9:11:10:1:9:11:10 chr8 139165272 . T C 283.24 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0024872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.631;QD=14.9074;RBI=0.0114964;REFB=-0.014331;REVB=0.0112241;RO=44;SAF=17;SAR=15;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00873681;STB=0.504947;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0196391;OID=.;OPOS=139165272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:15:17:23:21:15:17:23:21 chr8 139165289 . T C 332.72 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.00649529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4376;QD=16.4304;RBI=0.0591158;REFB=-0.0199124;REVB=0.0587579;RO=45;SAF=19;SAR=17;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164976;STB=0.509273;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0225386;OID=.;OPOS=139165289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:17:19:23:22:17:19:23:22 chr8 139626176 . C G 1336.17 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117112;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9563;QD=62.1474;RBI=0.0117371;REFB=0;REVB=-0.000778753;RO=0;SAF=47;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419872;OID=.;OPOS=139626176;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:38:47:0:0:38:48:0:0 chr8 139647260 . CCA C,CC,CCG 234.19 PASS AF=0,0.210526,0.789474;AO=2,2,15;DP=19;FAO=0,4,15;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,2;FSAR=0,4,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397306,0.0431817,0.0259004;FXX=0;HRUN=3,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=151.176,171.616,182.489;QD=49.3038;RBI=0.0417575,0.0453925,0.0318213;REFB=0,0,0;REVB=0.0128518,0.0139936,0.0184868;RO=0;SAF=0,0,2;SAR=2,2,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0.411054,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0194374,0.0676629,-0.00861339;OID=.,.,.;OPOS=139647261,139647262,139647262;OREF=CA,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=C,CC,CCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.210526,0.789474:2,2,15:19:0,4,15:19:0:0,0,2:0,4,13:0:0:13:0:0,0,2:2,2,13:0:0 chr8 139672671 . T C 575.62 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00574332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.138;QD=60.5919;RBI=0.0260013;REFB=0;REVB=0.025359;RO=0;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230903;OID=.;OPOS=139672671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:13:25:0:0:13:25:0:0 chr8 139697478 . T C 5496.39 PASS AF=0.991667;AO=346;DP=362;FAO=357;FDP=360;FR=.;FRO=3;FSAF=182;FSAR=175;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0579455;FXX=0.0270263;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4913;QD=61.071;RBI=0.0600486;REFB=-0.0568719;REVB=0.0157528;RO=0;SAF=173;SAR=173;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504249;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.000892554;OID=.;OPOS=139697478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:362:360:0:3:346:357:0.991667:173:173:0:0:175:182:0:3 chr8 139712323 . A G 769.77 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214977;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.143;QD=64.1479;RBI=0.0266588;REFB=0;REVB=0.0157651;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190419;OID=.;OPOS=139712323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:47:48:1:22:25:0:0:23:25:0:0 chr8 139749758 . G T 263.53 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0234692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.595;QD=19.5208;RBI=0.0247589;REFB=0.00544599;REVB=-0.0078866;RO=25;SAF=8;SAR=20;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280779;STB=0.649606;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0055324;OID=.;OPOS=139749758;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:25:26:28:28:0.518519:20:8:15:10:20:8:15:11 chr8 139767379 . C T 506.81 PASS AF=0.539326;AO=48;DP=90;FAO=48;FDP=89;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0186547;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.998;QD=22.7778;RBI=0.0187198;REFB=-0.0283525;REVB=-0.00155934;RO=41;SAF=30;SAR=18;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350055;STB=0.51928;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0291444;OID=.;OPOS=139767379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:41:41:48:48:0.539326:18:30:24:17:18:30:24:17 chr8 139768085 . G A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.3;QD=53.9103;RBI=0.0315678;REFB=0;REVB=-0.0189634;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71615e-05;OID=.;OPOS=139768085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr8 139838912 . T C 885.2 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.008295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.37;QD=58.046;RBI=0.0251069;REFB=0;REVB=0.0236971;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140221;OID=.;OPOS=139838912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:33:27:0:0:34:27:0:0 chr8 140630990 . A G 141.86 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0309256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3513;QD=11.126;RBI=0.030994;REFB=-0.0126811;REVB=-0.00205817;RO=32;SAF=7;SAR=10;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200075;STB=0.616303;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0226345;OID=.;OPOS=140630990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:34:17:17:0.333333:10:7:19:13:10:7:20:14 chr8 140945896 . G A 159.0 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0156928;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.27;QD=11.3574;RBI=0.0359998;REFB=-0.0136012;REVB=-0.0323994;RO=35;SAF=9;SAR=11;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10129;STB=0.54995;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0361978;OID=.;OPOS=140945896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:35:36:20:20:0.357143:11:9:19:16:11:9:19:17 chr8 141310644 . G A 321.53 PASS AF=0.371429;AO=38;DP=106;FAO=39;FDP=105;FR=.;FRO=66;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=0.0320496;FXX=0.0366939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.566;QD=12.2488;RBI=0.0327866;REFB=0.00867971;REVB=-0.00691233;RO=60;SAF=14;SAR=24;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109548;STB=0.562915;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.00961137;OID=.;OPOS=141310644;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:60:66:38:39:0.371429:24:14:28:32:25:14:30:36 chr8 141461062 . G A 140.09 PASS AF=0.28169;AO=19;DP=70;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0449112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2012;QD=7.89241;RBI=0.0887582;REFB=-0.00971012;REVB=0.0765572;RO=51;SAF=10;SAR=9;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905593;STB=0.535176;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0341847;OID=.;OPOS=141461062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:51:51:19:20:0.28169:9:10:23:28:10:10:23:28 chr8 141461185 . A G 96.59 PASS AF=0.388889;AO=10;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.00545032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.411;QD=10.7326;RBI=0.0197409;REFB=-0.0198872;REVB=-0.0189736;RO=21;SAF=10;SAR=0;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.771197;STB=0.613864;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0566514;OID=.;OPOS=141461185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:36:36:21:22:10:14:0.388889:0:10:11:10:4:10:12:10 chr8 141461266 . A G 295.12 PASS AF=0.425;AO=32;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.0303972;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1425;QD=14.7561;RBI=0.0417179;REFB=-0.0305391;REVB=-0.0285726;RO=41;SAF=23;SAR=9;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712384;STB=0.529588;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0481996;OID=.;OPOS=141461266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:46:32:34:0.425:9:23:27:14:11:23:29:17 chr8 141525327 . A G 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0162526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.041;QD=26.8491;RBI=0.0172767;REFB=-0.0133529;REVB=0.00585988;RO=7;SAF=4;SAR=11;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110509;STB=0.561957;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00478379;OID=.;OPOS=141525327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:11:4:3:4:11:4:3:4 chr8 141551407 . G A 1124.18 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.046387;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7013;QD=59.1674;RBI=0.0869562;REFB=-0.00940018;REVB=0.0735501;RO=1;SAF=29;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160347;STB=0.508472;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.000631641;OID=.;OPOS=141551407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:46:29:1:0:46:29:1:0 chr8 141679817 . T C 632.99 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524855;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.506;QD=61.7553;RBI=0.0551262;REFB=0;REVB=0.0168572;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371862;OID=.;OPOS=141679817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:24:16:0:0:24:17:0:0 chr8 142138860 . C G 42.07 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0502648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6529;QD=18.6976;RBI=0.0518674;REFB=-0.0907192;REVB=-0.0127939;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0119471;OID=.;OPOS=142138860;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:2:4:2:1:2:4:2:1 chr8 142146708 . T C 519.97 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00765266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.903;QD=59.4254;RBI=0.0183346;REFB=0;REVB=0.0166612;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14716e-05;OID=.;OPOS=142146708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:21:12:0:0:23:12:0:0 chr8 142152442 . A G 1273.45 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307506;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.471;QD=62.1193;RBI=0.036224;REFB=0;REVB=0.0191464;RO=0;SAF=31;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246059;OID=.;OPOS=142152442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:51:31:0:0:50:32:0:0 chr8 142154291 . G A 1134.22 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0737;QD=60.4917;RBI=0.0400128;REFB=0;REVB=0.0151282;RO=0;SAF=25;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205025;OID=.;OPOS=142154291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:48:25:0:0:48:27:0:0 chr8 142161032 . A C 1044.09 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137925;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.19;QD=59.6625;RBI=0.0139292;REFB=0;REVB=-0.00194699;RO=0;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83063e-05;OID=.;OPOS=142161032;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:26:43:0:0:27:43:0:0 chr8 142161873 . C T 783.06 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0781839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1287;QD=62.6446;RBI=0.126778;REFB=0;REVB=0.0997995;RO=0;SAF=15;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161155;OID=.;OPOS=142161873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:48:50:1:33:15:0:0:33:17:0:0 chr8 142161888 . G A 785.62 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00522229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3997;QD=64.1323;RBI=0.0194571;REFB=0;REVB=0.0187431;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.84165e-05;OID=.;OPOS=142161888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:32:17:0:0:32:17:0:0 chr8 142200467 . G A 861.57 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341842;FXX=0.0483793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.508;QD=58.4115;RBI=0.0508542;REFB=0;REVB=0.0376509;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388565;OID=.;OPOS=142200467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:30:29:0:0:30:29:0:0 chr8 142202856 . C T 300.92 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.712;QD=52.3333;RBI=0.0759258;REFB=0;REVB=0.034785;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409861;OID=.;OPOS=142202856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr8 142202884 . T C 334.08 PASS AF=0.896552;AO=20;DP=27;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0135903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.596;QD=46.0798;RBI=0.0223532;REFB=0.0253173;REVB=0.0177474;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.54051;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.00290306;OID=.;OPOS=142202884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:29:0:3:20:26:0.896552:14:6:0:0:17:9:0:3 chr8 142204326 . C G 419.76 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.757;QD=55.9677;RBI=0.0690726;REFB=0;REVB=0.0656458;RO=0;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240521;OID=.;OPOS=142204326;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:30:0:0:27:30:1:7:20:0:0:8:22:0:0 chr8 142218119 . G A 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00116558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.673;QD=53.2743;RBI=0.11656;REFB=0;REVB=0.116554;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111456;OID=.;OPOS=142218119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr8 142221361 . C G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.2;QD=58.5878;RBI=0.0314877;REFB=0;REVB=0.0219105;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9586e-05;OID=.;OPOS=142221361;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr8 142222374 . A G 1398.33 PASS AF=1;AO=88;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181451;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1828;QD=62.1482;RBI=0.0220274;REFB=0;REVB=-0.0124885;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158264;OID=.;OPOS=142222374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:88:90:1:51:37:0:0:53:37:0:0 chr8 142222445 . T C,G 1881.11 PASS AF=0.9375,0.046875;AO=120,5;DP=128;FAO=120,6;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=45,1;FSAR=75,5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0429246,-0.0237226;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=89.4983,17.8662;QD=58.7846;RBI=0.0508284,0.032351;REFB=-0.0739426,0.0359162;REVB=0.0272213,0.0219961;RO=2;SAF=45,1;SAR=75,4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0206398,-0.413629;STB=0.510868,0.749058;STBP=0.082,0.073;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00398193,0.0577739;OID=.,.;OPOS=142222445,142222445;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:128:128:2:2:120,5:120,6:0.9375,0.046875:75,4:45,1:2:0:75,5:45,1:2:0 chr8 142228809 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.04604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8058;QD=48.7357;RBI=0.049745;REFB=0;REVB=-0.0188385;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00158069;OID=.;OPOS=142228809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr8 142228909 . G A 104.62 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.119754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.062;QD=32.1907;RBI=0.12747;REFB=-0.0534304;REVB=0.043675;RO=2;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128043;STB=0.571303;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.017223;OID=.;OPOS=142228909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:6:5:0:2:6:5:0:2 chr8 142229891 . A G 2221.54 PASS AF=0.992958;AO=140;DP=142;FAO=141;FDP=142;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0396536;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.838;QD=62.5787;RBI=0.0396553;REFB=0.106564;REVB=0.000362213;RO=1;SAF=53;SAR=87;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00543424;STB=0.502824;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.000355586;OID=.;OPOS=142229891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:142:142:1:1:140:141:0.992958:87:53:0:1:88:53:0:1 chr8 142266691 . A C 1429.61 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.458;QD=62.1572;RBI=0.0474705;REFB=0;REVB=0.0462567;RO=0;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.17737e-05;OID=.;OPOS=142266691;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:92:0:0:87:92:1:38:49:0:0:43:49:0:0 chr8 142437934 . C T 308.26 PASS AF=0.702703;AO=26;DP=38;FAO=26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0633359;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.397;QD=33.3251;RBI=0.06344;REFB=-0.0689268;REVB=0.00363384;RO=11;SAF=11;SAR=15;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116267;STB=0.563625;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0178369;OID=.;OPOS=142437934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:38:37:11:11:26:26:0.702703:15:11:7:4:15:11:7:4 chr8 142441642 . A G 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.004566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.131;QD=9.49167;RBI=0.0175547;REFB=-0.0225058;REVB=-0.0169505;RO=18;SAF=1;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.372062;STB=0.736195;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0493059;OID=.;OPOS=142441642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:8:1:6:12:8:1:6:12 chr8 142458039 . C T 362.53 PASS AF=0.528571;AO=36;DP=69;FAO=37;FDP=70;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0125384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9732;QD=20.716;RBI=0.0744165;REFB=0.00104153;REVB=-0.0733526;RO=33;SAF=15;SAR=21;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474912;STB=0.52057;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=-0.00199538;OID=.;OPOS=142458039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:33:33:36:37:0.528571:21:15:12:21:22:15:12:21 chr8 142459814 . C T 1102.77 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.016138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.237;QD=58.8144;RBI=0.020725;REFB=-0.0191664;REVB=0.0130034;RO=1;SAF=18;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255519;STB=0.51351;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-3.1643e-05;OID=.;OPOS=142459814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:56:18:1:0:56:18:1:0 chr8 142476529 . G A 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0109855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.08;QD=22.9576;RBI=0.0450768;REFB=-0.018291;REVB=0.0437177;RO=11;SAF=3;SAR=13;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437595;STB=0.748351;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0104485;OID=.;OPOS=142476529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:13:3:8:3:13:3:8:3 chr8 142476555 . A G 157.32 PASS AF=0.472222;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0209926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.348;QD=17.48;RBI=0.0334749;REFB=-0.0255588;REVB=-0.0260746;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308742;STB=0.665418;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0499644;OID=.;OPOS=142476555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:18:19:16:17:0.472222:7:9:4:14:8:9:4:15 chr8 142476611 . G A 283.59 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=-0.00364839;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.464;QD=19.5577;RBI=0.00593035;REFB=-0.0149867;REVB=-0.00467528;RO=27;SAF=13;SAR=17;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224194;STB=0.629462;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0123169;OID=.;OPOS=142476611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:28:30:30:0.517241:17:13:5:22:17:13:5:23 chr8 142477517 . G A 298.4 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=79;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0189617;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.098;QD=15.3026;RBI=0.0277739;REFB=-0.0160082;REVB=0.0202939;RO=44;SAF=16;SAR=17;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107059;STB=0.553456;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0239603;OID=.;OPOS=142477517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:44:45:33:33:0.423077:17:16:26:18:17:16:26:19 chr8 142477553 . T C 411.48 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=12;FWDB=-0.011867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5993;QD=18.4935;RBI=0.0386551;REFB=-0.00380449;REVB=0.0367885;RO=45;SAF=18;SAR=24;SRF=33;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277848;STB=0.662427;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0050154;OID=.;OPOS=142477553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:45:47:42:42:0.47191:24:18:33:12:24:18:35:12 chr8 142477563 . C T 392.54 PASS AF=0.465909;AO=40;DP=87;FAO=41;FDP=88;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=12;FWDB=0.0436622;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9983;QD=17.8429;RBI=0.0467704;REFB=-0.0196093;REVB=0.0167655;RO=44;SAF=20;SAR=20;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21467;STB=0.636302;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0234586;OID=.;OPOS=142477563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:44:47:40:41:0.465909:20:20:32:12:21:20:35:12 chr8 142477588 . C T 434.65 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=9;FWDB=0.0247402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1463;QD=20.947;RBI=0.0248856;REFB=-0.0200591;REVB=0.0026864;RO=40;SAF=21;SAR=22;SRF=31;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249878;STB=0.637266;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0132117;OID=.;OPOS=142477588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:40:40:43:43:0.518072:22:21:31:9:22:21:31:9 chr8 142477592 . G A 436.39 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=0.0601775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0821;QD=21.2873;RBI=0.0619672;REFB=0.023221;REVB=0.0147851;RO=39;SAF=21;SAR=22;SRF=30;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241798;STB=0.632768;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0136516;OID=.;OPOS=142477592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:22:21:30:9:22:21:30:9 chr8 142477614 . C T 351.6 PASS AF=0.513889;AO=36;DP=71;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=0.00496321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.788;QD=19.5332;RBI=0.00639113;REFB=-0.00789399;REVB=-0.00402655;RO=35;SAF=19;SAR=17;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221237;STB=0.615031;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0116006;OID=.;OPOS=142477614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:35:35:36:37:0.513889:17:19:27:8:17:20:27:8 chr8 142488837 . G A 786.92 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000857316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.402;QD=55.2224;RBI=0.0406332;REFB=0.00186421;REVB=0.0406242;RO=1;SAF=18;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254704;STB=0.513509;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000101256;OID=.;OPOS=142488837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:38:18:1:0:38:18:1:0 chr8 142490079 . G A 1194.51 PASS AF=1;AO=54;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=51;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.769;QD=59.7254;RBI=0.0551346;REFB=0;REVB=0.0206815;RO=1;SAF=42;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376506;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199603;OID=.;OPOS=142490079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:1:0:54:80:1:12:42:0:1:29:51:0:0 chr8 142490080 . T A 123.91 PASS AF=0.234568;AO=19;DP=81;FAO=19;FDP=81;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=46;FSRR=16;FWDB=-0.00112036;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=86.5553;QD=6.11875;RBI=0.0314647;REFB=0.00378523;REVB=0.0314448;RO=62;SAF=5;SAR=14;SRF=46;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.545651;STB=0.826103;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00504601;OID=.;OPOS=142490080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:62:62:19:19:0.234568:14:5:46:16:14:5:46:16 chr8 142490120 . G T 805.62 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0180833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.3831;QD=55.5599;RBI=0.036896;REFB=-0.147463;REVB=0.0321607;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511624;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.002047;OID=.;OPOS=142490120;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:58:0:1:56:57:0.982759:21:35:0:0:21:36:0:1 chr8 143413136 . C T 980.52 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000951298;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.95;QD=58.5387;RBI=0.029243;REFB=0;REVB=0.0292275;RO=0;SAF=41;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.08511e-05;OID=.;OPOS=143413136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:65:67:1:24:41:0:0:26:41:0:0 chr8 143425720 . T C 747.05 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00881942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.242;QD=63.5786;RBI=0.0307285;REFB=0;REVB=0.0294357;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118713;OID=.;OPOS=143425720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr8 143427177 . GC G,GG 719.94 PASS AF=0.0392157,0.960784;AO=7,43;DP=51;FAO=2,49;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=2,33;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296817,0.022988;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=180.849,198.496;QD=56.4655;RBI=0.0929521,0.10202;REFB=0,0;REVB=0.0880857,0.0993963;RO=0;SAF=2,33;SAR=5,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.029958,0.00111597;OID=.,.;OPOS=143427178,143427178;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0392157,0.960784:7,43:51:2,49:51:0:2,33:0,16:0:0:7:0:2,33:5,10:0:0 chr8 143436034 . A G 563.55 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0177016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.864;QD=57.7996;RBI=0.0304517;REFB=0.108143;REVB=0.0247782;RO=0;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50847;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.000175436;OID=.;OPOS=143436034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:39:0:1:37:38:0.974359:28:9:0:0:29:9:0:1 chr8 143603418 . G C 1241.62 PASS AF=0.987952;AO=81;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0472383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.701;QD=59.8371;RBI=0.0495124;REFB=0.0335999;REVB=0.0148331;RO=2;SAF=46;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00315386;STB=0.507041;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00302832;OID=.;OPOS=143603418;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:2:1:81:82:0.987952:35:46:1:1:35:47:0:1 chr8 143695144 . G A 837.2 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0276012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.579;QD=55.8135;RBI=0.0734706;REFB=-0.0186293;REVB=0.0680889;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.509088;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000207205;OID=.;OPOS=143695144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:0:1:59:59:0.983333:32:27:0:0:32:27:1:0 chr8 143695678 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.13;QD=39.2068;RBI=0.0105481;REFB=0;REVB=0.0105481;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13134e-05;OID=.;OPOS=143695678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr8 143695680 . A G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.7487;QD=14.0444;RBI=0.0310468;REFB=-0.0877985;REVB=0.0310468;RO=3;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0680919;OID=.;OPOS=143695680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:3:4:5:5:0.555556:5:0:0:3:5:0:0:4 chr8 143746087 . CCA C 629.89 PASS AF=0.920635;AO=57;DP=60;FAO=58;FDP=63;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00773256;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=271.962;QD=39.9928;RBI=0.00987024;REFB=-0.0133852;REVB=-0.00613426;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516746;STBP=0.376;TYPE=del;VARB=0.000625737;OID=.;OPOS=143746088;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.920635:57:60:58:63:5:23:35:3:2:8:0:23:34:0:0 chr8 143762870 . A AG 48.38 PASS AF=0.15261;AO=49;DP=266;FAO=38;FDP=249;FR=.;FRO=211;FSAF=33;FSAR=5;FSRF=91;FSRR=120;FWDB=-0.0432171;FXX=0.00796781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=13.5171;QD=0.777205;RBI=0.053917;REFB=-0.0585029;REVB=-0.0322385;RO=213;SAF=43;SAR=6;SRF=92;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.585986;STB=0.869142;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0797775;OID=.;OPOS=143762871;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.15261:49:266:38:249:211:33:5:91:120:48:213:43:6:92:121 chr8 143808951 . C T 61.23 PASS AF=1;AO=5;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0996768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.851;QD=34.9889;RBI=0.142595;REFB=0;REVB=0.101969;RO=0;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00888697;OID=.;OPOS=143808951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:5:7:1:3:2:0:0:5:2:0:0 chr8 143867905 . C T 99.22 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00388845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.149;QD=14.6998;RBI=0.0280261;REFB=-0.00177868;REVB=-0.0277551;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268155;STB=0.629428;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00140976;OID=.;OPOS=143867905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:15:12:12:0.444444:6:6:3:11:6:6:4:11 chr8 143922620 . C T 380.09 PASS AF=0.421569;AO=43;DP=102;FAO=43;FDP=102;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.00838562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4071;QD=14.9054;RBI=0.0248001;REFB=-0.0176225;REVB=-0.0233394;RO=59;SAF=23;SAR=20;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00975253;STB=0.505492;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0181832;OID=.;OPOS=143922620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:59:59:43:43:0.421569:20:23:31:28:20:23:31:28 chr8 143957163 . C G 116.02 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00808244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7368;QD=11.3191;RBI=0.00831608;REFB=-0.0269338;REVB=0.00195739;RO=26;SAF=6;SAR=8;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20259;STB=0.629957;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0289694;OID=.;OPOS=143957163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:27:14:14:0.341463:8:6:16:10:8:6:17:10 chr8 143959188 . G T 98.81 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=37;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0103413;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.557;QD=10.134;RBI=0.0224047;REFB=-0.0282167;REVB=0.0198754;RO=26;SAF=5;SAR=5;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447464;STB=0.551103;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0718223;OID=.;OPOS=143959188;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:37:39:26:26:10:13:0.333333:5:5:14:12:7:6:14:12 chr8 143959250 . T C 850.94 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0203061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1557;QD=57.691;RBI=0.0614444;REFB=0;REVB=-0.0579921;RO=0;SAF=15;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000427174;OID=.;OPOS=143959250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:44:15:0:0:44:15:0:0 chr8 143960597 . G A 182.33 PASS AF=0.580645;AO=16;DP=30;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.111454;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7009;QD=23.526;RBI=0.117093;REFB=-0.0181581;REVB=0.0358987;RO=13;SAF=5;SAR=11;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645261;STB=0.501885;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.015904;OID=.;OPOS=143960597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:13:13:16:18:0.580645:11:5:5:8:11:7:5:8 chr8 143961005 . T C 625.84 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00772166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.095;QD=61.058;RBI=0.0255754;REFB=0;REVB=0.0243819;RO=0;SAF=28;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16526e-05;OID=.;OPOS=143961005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:41:0:0:37:41:1:9:28:0:0:11:30:0:0 chr8 143994041 . C T 344.32 PASS AF=0.468354;AO=36;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00476427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.947;QD=17.4338;RBI=0.0264221;REFB=-0.0161282;REVB=-0.025989;RO=42;SAF=23;SAR=13;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686117;STB=0.543835;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0134097;OID=.;OPOS=143994041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:36:37:0.468354:13:23:24:18:13:24:24:18 chr8 143994702 . G T 246.07 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0531448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.479;QD=46.8706;RBI=0.0878734;REFB=-0.108007;REVB=0.0699811;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533299;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00292024;OID=.;OPOS=143994702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:0:1:20:20:0.952381:7:13:0:0:7:13:0:1 chr8 143995761 . C T 351.28 PASS AF=0.417582;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=91;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.00457138;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.721;QD=15.4408;RBI=0.0142419;REFB=-0.0189049;REVB=0.0134883;RO=53;SAF=11;SAR=27;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145646;STB=0.582688;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0270239;OID=.;OPOS=143995761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:53:53:38:38:0.417582:27:11:22:31:27:11:22:31 chr8 143996539 . T C 467.95 PASS AF=0.460177;AO=51;DP=113;FAO=52;FDP=113;FR=.;FRO=61;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=43;FWDB=-0.0229257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2653;QD=16.5645;RBI=0.0484072;REFB=-0.00773663;REVB=-0.0426342;RO=61;SAF=32;SAR=19;SRF=18;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317096;STB=0.678541;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0128518;OID=.;OPOS=143996539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:61:61:51:52:0.460177:19:32:18:43:19:33:18:43 chr8 143996553 . G A 467.21 PASS AF=0.516854;AO=42;DP=85;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=0.0466451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.026;QD=20.9981;RBI=0.0466715;REFB=-0.0123851;REVB=0.00156925;RO=42;SAF=26;SAR=16;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294504;STB=0.666277;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.012563;OID=.;OPOS=143996553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:89:42:43:42:46:0.516854:16:26:12:30:17:29:12:31 chr8 143997877 . C G 143.79 PASS AF=0.327586;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=58;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.00122459;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.404;QD=9.91627;RBI=0.02145;REFB=-0.013394;REVB=-0.021415;RO=41;SAF=9;SAR=10;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184382;STB=0.594498;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0301601;OID=.;OPOS=143997877;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:41:39:19:19:0.327586:10:9:26:15:10:9:24:15 chr8 144124609 . T C 84.03 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0244716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6275;QD=10.1857;RBI=0.0244817;REFB=-0.0127805;REVB=-0.000703043;RO=21;SAF=6;SAR=4;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138194;STB=0.593059;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0253745;OID=.;OPOS=144124609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:33:33:21:22:10:11:0.333333:4:6:15:6:5:6:15:7 chr8 144239859 . A G 457.77 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.004392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9206;QD=18.3106;RBI=0.00750638;REFB=0.00347955;REVB=0.00608737;RO=54;SAF=24;SAR=22;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568148;STB=0.531698;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.00421232;OID=.;OPOS=144239859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:54:46:46:0.46:22:24:25:29:22:24:25:29 chr8 144240257 . C G 714.54 PASS AF=0.493421;AO=74;DP=152;FAO=75;FDP=152;FR=.;FRO=77;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=31;FSRR=46;FWDB=0.0445887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7414;QD=18.8036;RBI=0.0532356;REFB=0.0180931;REVB=0.0290839;RO=77;SAF=44;SAR=30;SRF=30;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188764;STB=0.593009;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.0162528;OID=.;OPOS=144240257;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:77:77:74:75:0.493421:30:44:30:47:31:44:31:46 chr8 144295154 . C T 44.31 PASS AF=0.368421;AO=6;DP=18;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0142957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.467;QD=9.32818;RBI=0.0245775;REFB=-0.017226;REVB=-0.0199922;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181968;STB=0.545324;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0241541;OID=.;OPOS=144295154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:18:19:12:12:6:7:0.368421:2:4:6:6:3:4:6:6 chr8 144295782 . G T 582.21 PASS AF=0.552381;AO=57;DP=104;FAO=58;FDP=105;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0510963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1819;QD=22.1794;RBI=0.118828;REFB=0.0117005;REVB=0.107282;RO=46;SAF=24;SAR=33;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651809;STB=0.543985;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00747755;OID=.;OPOS=144295782;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:46:47:57:58:0.552381:33:24:23:23:34:24:24:23 chr8 144332012 . T C 194.69 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0610416;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3717;QD=16.5693;RBI=0.0653061;REFB=-0.0171859;REVB=-0.0232123;RO=27;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12016;STB=0.568896;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.012145;OID=.;OPOS=144332012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:27:27:20:20:0.425532:8:12:13:14:8:12:13:14 chr8 144332082 . T C 204.51 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0130818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.653;QD=22.7238;RBI=0.0130838;REFB=-0.0307364;REVB=0.000229303;RO=16;SAF=5;SAR=15;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32223;STB=0.681625;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0434169;OID=.;OPOS=144332082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:15:5:10:6:15:5:10:6 chr8 144333315 . G A 463.27 PASS AF=0.416;AO=52;DP=125;FAO=52;FDP=125;FR=.;FRO=73;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=33;FWDB=-0.00728295;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.642;QD=14.8247;RBI=0.0197721;REFB=-0.0230757;REVB=0.0183819;RO=72;SAF=32;SAR=20;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786879;STB=0.5408;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0385011;OID=.;OPOS=144333315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:72:73:52:52:0.416:20:32:39:33:20:32:40:33 chr8 144333434 . G A 227.04 PASS AF=0.402985;AO=25;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.0522615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.756;QD=13.5546;RBI=0.0536908;REFB=-0.0477712;REVB=0.012306;RO=38;SAF=14;SAR=11;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306869;STB=0.669409;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0506682;OID=.;OPOS=144333434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:40:25:27:0.402985:11:14:10:28:11:16:12:28 chr8 144351632 . A G 935.36 PASS AF=1;AO=50;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122056;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.293;QD=58.4599;RBI=0.0272531;REFB=0;REVB=0.0243671;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186234;OID=.;OPOS=144351632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:50:64:1:19:31:0:0:29:35:0:0 chr8 144357213 . G C 80.26 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0263251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.929;QD=16.8974;RBI=0.0272739;REFB=-0.0121597;REVB=0.0071313;RO=8;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345755;STB=0.721216;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.010425;OID=.;OPOS=144357213;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:8:9:10:10:0.526316:7:3:6:2:7:3:7:2 chr8 144378184 . C G 123.95 PASS AF=0.722222;AO=10;DP=20;FAO=13;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0352313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.529;QD=27.5433;RBI=0.0770953;REFB=-0.0325482;REVB=0.0685744;RO=6;SAF=8;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354335;STB=0.64263;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0177786;OID=.;OPOS=144378184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:18:6:5:10:13:0.722222:2:8:2:4:4:9:1:4 chr8 144391924 . CT TC 86.38 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.011164;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=113.779;QD=12.3398;RBI=0.0477701;REFB=-0.0215409;REVB=0.0464473;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522142;STB=0.530977;STBP=0.808;TYPE=mnp;VARB=0.0331943;OID=.;OPOS=144391924;OREF=CT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:7:4:7:10:7:4:7:10 chr8 144391930 . G A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=10;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0165705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.539;QD=12.3281;RBI=0.025171;REFB=-0.0080997;REVB=-0.0189472;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154872;STB=0.530977;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0119442;OID=.;OPOS=144391930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:16:17:10:11:0.392857:7:3:7:9:7:4:7:10 chr8 144392368 . G A 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0490572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.942;QD=16.4543;RBI=0.0884761;REFB=0.0334623;REVB=0.0736302;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648362;STB=0.538337;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.0158052;OID=.;OPOS=144392368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:1:3:4:2:1:3 chr8 144409934 . C A 543.9 PASS AF=0.407895;AO=62;DP=152;FAO=62;FDP=152;FR=.;FRO=90;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=51;FSRR=39;FWDB=0.0117035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.416;QD=14.3131;RBI=0.0118998;REFB=-0.00519148;REVB=0.00215241;RO=90;SAF=36;SAR=26;SRF=51;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150671;STB=0.508472;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00694462;OID=.;OPOS=144409934;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:90:90:62:62:0.407895:26:36:51:39:26:36:51:39 chr8 144409938 . A AG 338.49 PASS AF=0.415493;AO=54;DP=149;FAO=59;FDP=142;FR=.;FRO=83;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=38;FWDB=-0.0376729;FXX=0.0138879;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.2261;QD=9.535;RBI=0.037723;REFB=0.00788546;REVB=0.00194306;RO=91;SAF=32;SAR=22;SRF=50;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487603;STB=0.541006;STBP=0.471;TYPE=ins;VARB=-0.0180503;OID=.;OPOS=144409939;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.415493:54:149:59:142:83:36:23:45:38:99:91:32:22:50:41 chr8 144460883 . C G 122.25 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.04152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5787;QD=15.774;RBI=0.0420007;REFB=-0.0148219;REVB=-0.00633644;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403838;STB=0.523331;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0156089;OID=.;OPOS=144460883;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:6:8:9:8:6:8:9:8 chr8 144620183 . T C 340.49 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00524793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.556;QD=54.478;RBI=0.0237483;REFB=0;REVB=0.0231612;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263287;OID=.;OPOS=144620183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:8:16:0:0:8:17:0:0 chr8 144623574 . T C 1589.9 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0239155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.304;QD=58.8853;RBI=0.0364516;REFB=-0.0588208;REVB=-0.0275094;RO=1;SAF=48;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797715;STB=0.504201;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=7.25046e-05;OID=.;OPOS=144623574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:1:1:107:107:0.990741:59:48:0:1:59:48:0:1 chr8 144642178 . T C 809.31 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0181121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.082;QD=54.8685;RBI=0.0238863;REFB=-0.041136;REVB=0.0155726;RO=1;SAF=2;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00850063;STB=0.504423;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.000246529;OID=.;OPOS=144642178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:57:58:0.983051:55:2:0:1:56:2:0:1 chr8 144642596 . T C 145.12 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0887327;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.1534;QD=44.6518;RBI=0.104744;REFB=0;REVB=-0.0556582;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148749;OID=.;OPOS=144642596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:3:10:0:0:3:10:0:0 chr8 144642626 . A G 222.99 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.821;QD=49.5526;RBI=0.0435238;REFB=0;REVB=-0.0421914;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000343848;OID=.;OPOS=144642626;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr8 144649968 . C T 1225.74 PASS AF=1;AO=80;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130916;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6953;QD=59.792;RBI=0.0723272;REFB=-0.0950302;REVB=0.0711325;RO=1;SAF=40;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116896;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187593;OID=.;OPOS=144649968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:82:1:0:80:82:1:40:40:1:0:40:42:0:0 chr8 144650342 . G A 131.17 PASS AF=0.823529;AO=13;DP=16;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00516265;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.671;QD=30.8627;RBI=0.0227917;REFB=-0.0507875;REVB=0.0221993;RO=3;SAF=10;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471602;STB=0.530076;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00808606;OID=.;OPOS=144650342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:16:17:3:3:13:14:0.823529:3:10:2:1:3:11:2:1 chr8 144654249 . G A 1216.39 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0402395;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.009;QD=60.0688;RBI=0.0411142;REFB=-0.11327;REVB=0.00843567;RO=0;SAF=45;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.30416e-08;STB=0.505493;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=4.1351e-05;OID=.;OPOS=144654249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:81:0:1:80:80:0.987654:35:45:0:0:35:45:1:0 chr8 144654255 . A G 1193.92 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000730256;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7483;QD=61.2268;RBI=0.0464633;REFB=0;REVB=-0.0464576;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000399819;OID=.;OPOS=144654255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:34:44:0:0:34:44:0:0 chr8 144654594 . G T 182.72 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0452058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6579;QD=42.9936;RBI=0.0542168;REFB=-0.0141629;REVB=0.0299316;RO=1;SAF=13;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338952;STB=0.518496;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0193506;OID=.;OPOS=144654594;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:3:13:1:0:3:13:1:0 chr8 144654693 . G C 570.35 PASS AF=0.901961;AO=43;DP=48;FAO=46;FDP=51;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00264709;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=144.864;QD=44.7331;RBI=0.0719899;REFB=-0.135459;REVB=0.0719412;RO=4;SAF=26;SAR=17;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243634;STB=0.501319;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00274882;OID=.;OPOS=144654693;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:48:51:4:5:43:46:0.901961:17:26:3:1:19:27:3:2 chr8 144658711 . G A 697.92 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0367711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1664;QD=54.7387;RBI=0.0378535;REFB=-0.128248;REVB=0.00898747;RO=1;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014941;STB=0.507933;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00386397;OID=.;OPOS=144658711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:51:1:1:49:50:0.980392:31:18:0:1:31:19:0:1 chr8 144662353 . G A 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503622;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.28;QD=59.8394;RBI=0.0582256;REFB=0;REVB=0.0292209;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199593;OID=.;OPOS=144662353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:26:10:0:0:26:10:0:0 chr8 144671244 . C A 503.14 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0111323;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.119;QD=54.393;RBI=0.0542848;REFB=-0.0944708;REVB=0.0531311;RO=1;SAF=8;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549101;STB=0.520331;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00410824;OID=.;OPOS=144671244;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:37:1:2:35:35:0.945946:27:8:1:0:27:8:1:1 chr8 144671685 . G C 310.64 PASS AF=1;AO=20;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363514;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.094;QD=54.0249;RBI=0.121018;REFB=0;REVB=0.11543;RO=1;SAF=18;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182146;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000899145;OID=.;OPOS=144671685;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:1:0:20:23:1:2:18:0:1:4:19:0:0 chr8 144671922 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.577;QD=33.4284;RBI=0.076435;REFB=0;REVB=0.0752572;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0027859;OID=.;OPOS=144671922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr8 144681777 . G T 1029.25 PASS AF=0.961039;AO=66;DP=70;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00858614;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=49.8981;QD=53.4675;RBI=0.118359;REFB=-0.0992833;REVB=0.118047;RO=3;SAF=25;SAR=41;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533817;STB=0.526309;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0108234;OID=.;OPOS=144681777;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:70:77:3:3:66:74:0.961039:41:25:3:0:47:27:3:0 chr8 144682311 . G C 1910.39 PASS AF=0.969697;AO=126;DP=131;FAO=128;FDP=132;FR=.;FRO=4;FSAF=61;FSAR=67;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.017044;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.137;QD=57.8906;RBI=0.0212549;REFB=-0.0135513;REVB=0.0126993;RO=5;SAF=61;SAR=65;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840029;STB=0.508296;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=5.69827e-05;OID=.;OPOS=144682311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:131:132:5:4:126:128:0.969697:65:61:3:2:67:61:3:1 chr8 144688736 . C G 526.79 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00560769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.157;QD=56.9505;RBI=0.0483719;REFB=-0.0743578;REVB=0.0480457;RO=1;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283532;STB=0.515143;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00110642;OID=.;OPOS=144688736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:16:20:0:1:16:20:0:1 chr8 144694890 . G C 496.38 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0541292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.2195;QD=56.7288;RBI=0.0554549;REFB=0;REVB=-0.0120528;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001072;OID=.;OPOS=144694890;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:13:20:0:0:14:21:0:0 chr8 144697041 . A G 215.32 PASS AF=1;AO=6;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0603095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.352;QD=43.0643;RBI=0.1005;REFB=0;REVB=0.0803925;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128245;OID=.;OPOS=144697041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:6:20:1:0:6:0:0:13:7:0:0 chr8 144732363 . T C 595.05 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0539205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6493;QD=61.031;RBI=0.0542732;REFB=0;REVB=-0.00617778;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00041765;OID=.;OPOS=144732363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:24:14:0:0:24:15:0:0 chr8 144732418 . A G 554.54 PASS AF=0.95;AO=37;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0209353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.229;QD=55.4537;RBI=0.0249417;REFB=0.0027008;REVB=-0.0135573;RO=2;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406887;STB=0.520822;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-7.8914e-05;OID=.;OPOS=144732418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:37:38:0.95:22:15:0:2:23:15:0:2 chr8 144735977 . T C 753.95 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0648425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.181;QD=56.9017;RBI=0.0661392;REFB=0;REVB=0.0130325;RO=1;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140615;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193335;OID=.;OPOS=144735977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:1:0:52:53:1:33:19:0:1:34:19:0:0 chr8 144774233 . T C 176.5 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00861572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.854;QD=14.1198;RBI=0.0116077;REFB=-0.00584164;REVB=0.00777865;RO=31;SAF=6;SAR=13;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120712;STB=0.570362;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00664818;OID=.;OPOS=144774233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:13:6:13:18:13:6:13:18 chr8 144775871 . C A 109.9 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.00750375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.105;QD=14.6531;RBI=0.0323488;REFB=-0.0140887;REVB=-0.0314664;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228757;STB=0.631394;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0230039;OID=.;OPOS=144775871;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:6:7:13:4:6:7:13:4 chr8 144776109 . A G 289.22 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.596;QD=52.5851;RBI=0.0291609;REFB=0;REVB=-0.0143179;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000468585;OID=.;OPOS=144776109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr8 144789910 . G A 110.18 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0138666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.293;QD=15.1978;RBI=0.0245237;REFB=-0.0295169;REVB=0.020227;RO=15;SAF=10;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313219;STB=0.701422;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0300655;OID=.;OPOS=144789910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:16:13:13:0.448276:3:10:7:8:3:10:7:9 chr8 144801243 . C T 1103.64 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.034654;FXX=0.0128189;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.405;QD=57.332;RBI=0.0397077;REFB=-0.109872;REVB=0.0193857;RO=0;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510867;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000348547;OID=.;OPOS=144801243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:77:0:2:75:75:0.974026:30:45:0:0:30:45:2:0 chr8 144803185 . C T 216.22 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0825889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9271;QD=22.1769;RBI=0.0830879;REFB=-0.0570034;REVB=0.00909241;RO=17;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517698;STB=0.540502;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.015267;OID=.;OPOS=144803185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:18:21:21:0.538462:11:10:7:10:11:10:7:11 chr8 144808747 . G A 160.49 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.208649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.356;QD=45.8552;RBI=0.213545;REFB=0;REVB=0.0454671;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0117869;OID=.;OPOS=144808747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:10:3:0:0:10:4:0:0 chr8 144811338 . C G 557.03 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.42;QD=60.2192;RBI=0.0276551;REFB=0;REVB=0.0185968;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177895;OID=.;OPOS=144811338;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr8 144874957 . G A 112.47 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.011559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.992;QD=16.6628;RBI=0.0324188;REFB=-0.0243539;REVB=-0.0302881;RO=13;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133159;STB=0.556731;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0213677;OID=.;OPOS=144874957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:14:13:13:0.481481:6:7:5:8:6:7:6:8 chr8 144885580 . A G 2022.09 PASS AF=0.985294;AO=128;DP=130;FAO=134;FDP=136;FR=.;FRO=2;FSAF=75;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0691242;FXX=0.00729874;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7677;QD=59.4734;RBI=0.0778986;REFB=-0.0162917;REVB=-0.0359171;RO=2;SAF=72;SAR=56;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166667;STB=0.508332;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00259533;OID=.;OPOS=144885580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:130:136:2:2:128:134:0.985294:56:72:0:2:59:75:0:2 chr8 144886809 . C T 121.2 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.000730976;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.642;QD=14.6914;RBI=0.00291176;REFB=-0.0212685;REVB=-0.00281851;RO=16;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0786514;STB=0.507032;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0344093;OID=.;OPOS=144886809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:19:14:14:0.424242:5:9:9:7:5:9:12:7 chr8 144889172 . A G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.137;QD=57.3857;RBI=0.0409077;REFB=0;REVB=0.0205628;RO=0;SAF=14;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106348;OID=.;OPOS=144889172;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:43:14:0:0:43:14:0:0 chr8 144890873 . A T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.465;QD=60.6094;RBI=0.0264624;REFB=0;REVB=0.0264624;RO=0;SAF=0;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.45092e-05;OID=.;OPOS=144890873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:38:0:0:0:38:0:0:0 chr8 144894496 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.326;QD=58.5877;RBI=0.0421319;REFB=0;REVB=0.0122258;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251817;OID=.;OPOS=144894496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr8 144895553 . G A 581.89 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0867589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.92;QD=58.189;RBI=0.103471;REFB=-0.0255131;REVB=0.056383;RO=1;SAF=24;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191347;STB=0.510199;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00569125;OID=.;OPOS=144895553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:15:24:1:0:15:24:1:0 chr8 144904690 . A G 223.12 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0286125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3814;QD=42.4982;RBI=0.0330074;REFB=-0.0180861;REVB=0.0164564;RO=2;SAF=8;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141082;STB=0.507684;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00793218;OID=.;OPOS=144904690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:11:8:1:1:11:8:1:1 chr8 144919268 . C CG 33.57 PASS AF=0.375;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00223061;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=32.1787;QD=8.39124;RBI=0.0601757;REFB=-0.0358902;REVB=-0.0601344;RO=12;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403885;STB=0.794397;STBP=0.091;TYPE=ins;VARB=0.178116;OID=.;OPOS=144919269;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:6:18:6:16:10:5:1:4:6:33:12:5:1:6:6 chr8 144921374 . AG A 31.45 PASS AF=0.533333;AO=6;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.000347519;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.5855;QD=8.38608;RBI=0.088674;REFB=-0.0734185;REVB=0.0886733;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521684;STBP=0.959;TYPE=del;VARB=0.0912959;OID=.;OPOS=144921375;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333:6:15:8:15:7:2:6:2:5:30:6:2:4:2:4 chr8 144940222 . A C 306.16 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.0104125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.114;QD=15.3079;RBI=0.0292668;REFB=-0.0233369;REVB=-0.0273519;RO=46;SAF=7;SAR=27;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403639;STB=0.730181;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0213027;OID=.;OPOS=144940222;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:27:7:26:20:27:7:26:20 chr8 144940230 . G C 466.41 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=36;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0141652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.644;QD=19.8472;RBI=0.0149456;REFB=-0.0225072;REVB=0.00476631;RO=48;SAF=10;SAR=36;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340654;STB=0.690741;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0284371;OID=.;OPOS=144940230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:48:46:46:0.489362:36:10:26:22:36:10:26:22 chr8 144940290 . C G 108.52 PASS AF=0.147436;AO=21;DP=155;FAO=23;FDP=156;FR=.;FRO=133;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=52;FSRR=81;FWDB=-0.00519445;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1658;QD=2.7825;RBI=0.0089312;REFB=-0.0127753;REVB=-0.00726527;RO=133;SAF=8;SAR=13;SRF=52;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133044;STB=0.539533;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0489328;OID=.;OPOS=144940290;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:156:133:133:21:23:0.147436:13:8:52:81:15:8:52:81 chr8 144940300 . G A 1085.45 PASS AF=0.642384;AO=97;DP=151;FAO=97;FDP=151;FR=.;FRO=54;FSAF=37;FSAR=60;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=0.00974481;FXX=0.013071;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.745;QD=28.7537;RBI=0.0180913;REFB=-0.0224647;REVB=0.0152425;RO=52;SAF=37;SAR=60;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377873;STB=0.518385;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0101038;OID=.;OPOS=144940300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:52:54:97:97:0.642384:60:37:17:35:60:37:18:36 chr8 144940331 . C T 79.35 PASS AF=0.125874;AO=18;DP=143;FAO=18;FDP=143;FR=.;FRO=125;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=49;FSRR=76;FWDB=-0.000673205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.235;QD=2.21952;RBI=0.00636317;REFB=-0.00418461;REVB=-0.00632746;RO=123;SAF=7;SAR=11;SRF=49;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123615;STB=0.502854;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0459752;OID=.;OPOS=144940331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:143:143:123:125:18:18:0.125874:11:7:49:74:11:7:49:76 chr8 144941419 . C T 313.23 PASS AF=0.764706;AO=26;DP=34;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0349574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.584;QD=36.8508;RBI=0.0371562;REFB=0.00686213;REVB=0.0125922;RO=8;SAF=12;SAR=14;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148488;STB=0.580585;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.00214024;OID=.;OPOS=144941419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:8:8:26:26:0.764706:14:12:1:7:14:12:1:7 chr8 144992862 . A G 134.05 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0134482;FXX=0.079968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.802;QD=23.3134;RBI=0.0147353;REFB=-0.0213594;REVB=0.00602279;RO=10;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301131;STB=0.538399;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0134919;OID=.;OPOS=144992862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:23:10:8:12:12:0.521739:4:8:7:3:4:8:6:2 chr8 144993377 . A G 306.69 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.0108219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6315;QD=22.718;RBI=0.0684682;REFB=0.00233262;REVB=-0.0676076;RO=23;SAF=23;SAR=8;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00281894;STB=0.501557;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.00513176;OID=.;OPOS=144993377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:8:23:17:6:8:23:17:6 chr8 144999837 . C T 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0192119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2847;QD=16.8228;RBI=0.0196047;REFB=0.00648541;REVB=0.00390467;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935942;STB=0.55539;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=-0.00304748;OID=.;OPOS=144999837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:2:5:3:2:2:5:3:2 chr8 145005789 . C T 127.74 PASS AF=0.518519;AO=12;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00115359;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.914;QD=18.9245;RBI=0.00150764;REFB=-0.0250093;REVB=-0.000970675;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256705;STB=0.553115;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0235363;OID=.;OPOS=145005789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:13:12:14:0.518519:4:8:6:9:6:8:6:7 chr8 145057852 . C T 243.33 PASS AF=0.430769;AO=27;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.0720474;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2851;QD=14.9739;RBI=0.119004;REFB=0.012531;REVB=0.094716;RO=37;SAF=15;SAR=12;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124785;STB=0.543328;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.0102385;OID=.;OPOS=145057852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:27:28:0.430769:12:15:16:21:13:15:17:20 chr8 145057868 . A G 358.36 PASS AF=0.487179;AO=37;DP=77;FAO=38;FDP=78;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.00143505;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2305;QD=18.3776;RBI=0.0521292;REFB=-0.0268019;REVB=-0.0521094;RO=40;SAF=23;SAR=14;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162079;STB=0.580448;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0547989;OID=.;OPOS=145057868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:40:40:37:38:0.487179:14:23:18:22:15:23:18:22 chr8 145058539 . T C 67.38 PASS AF=0.45;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0565088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1873;QD=13.4763;RBI=0.0655222;REFB=-0.0122847;REVB=-0.0331649;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400842;STB=0.698535;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0170994;OID=.;OPOS=145058539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:20:10:11:9:9:0.45:4:5:1:9:4:5:2:9 chr8 145059425 . T C 129.0 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.00111287;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.527;QD=19.8456;RBI=0.038236;REFB=-0.00194679;REVB=-0.0382198;RO=12;SAF=7;SAR=7;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27317;STB=0.653647;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.000618059;OID=.;OPOS=145059425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:7:7:2:10:7:7:2:10 chr8 145060112 . G A 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0212331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.308;QD=22.9575;RBI=0.0217205;REFB=-0.00112517;REVB=0.00457542;RO=11;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810739;STB=0.545399;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.000468487;OID=.;OPOS=145060112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:6:10:8:3:6:10:8:3 chr8 145066886 . A G 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.833;QD=60.6083;RBI=0.0241053;REFB=0;REVB=-0.0184659;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000194711;OID=.;OPOS=145066886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr8 145086876 . T C 44.97 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00535614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.5768;QD=7.82171;RBI=0.0289569;REFB=-0.0348506;REVB=-0.0284572;RO=16;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183097;STB=0.616089;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0581499;OID=.;OPOS=145086876;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:23:23:16:16:7:7:0.304348:5:2:7:9:5:2:7:9 chr8 145107795 . G A 707.32 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.661;QD=55.4757;RBI=0.0224805;REFB=0;REVB=0.0107454;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120012;OID=.;OPOS=145107795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:51:51:0:0:50:51:1:30:20:0:0:30:21:0:0 chr8 145112198 . TGGGCT TGGCT,TGGCTG,TGGGCGT 41.4 PASS AF=0,0.05,0.133333;AO=14,3,7;DP=60;FAO=0,3,8;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=0,0,7;FSAR=0,3,1;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.224091,-0.136996,-0.0424874;FXX=0;HRUN=3,3,0;LEN=1,3,1;MLLD=18.2103,33.269,136.648;QD=2.75977;RBI=0.763781,0.401449,0.122719;REFB=-0.0329182,-0.0300755,-0.00297453;REVB=-0.730168,-0.37735,-0.115129;RO=28;SAF=2,0,7;SAR=12,3,0;SRF=23;SRR=5;SSEN=0.641975,0,0;SSEP=0.386139,0,0;SSSB=-0.684387,-0.726352,0.632097;STB=0.5,0.996938,0.813916;STBP=1,0.045,0.097;TYPE=del,mnp,ins;VARB=0,0.139681,0.178692;OID=.,.,.;OPOS=145112199,145112201,145112203;OREF=G,GCT,-;OALT=-,CTG,G;OMAPALT=TGGCT,TGGCTG,TGGGCGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.05,0.133333:14,3,7:60:0,3,8:60:49:0,0,7:0,3,1:28:21:34:28:2,0,7:12,3,0:23:5 chr8 145150832 . A G 160.31 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0648485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.411;QD=45.8026;RBI=0.0648495;REFB=0;REVB=-0.000357861;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000911337;OID=.;OPOS=145150832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:10:3:0:0:10:4:0:0 chr8 145154282 . G A 157.84 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00748704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.855;QD=16.6152;RBI=0.0129572;REFB=-0.0303155;REVB=0.0105751;RO=21;SAF=6;SAR=11;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339228;STB=0.693475;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0316736;OID=.;OPOS=145154282;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:11:6:15:6:11:6:15:6 chr8 145160646 . T C 433.25 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260693;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.398;QD=57.7669;RBI=0.0267338;REFB=0;REVB=0.00592337;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267602;OID=.;OPOS=145160646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr8 145161823 . G A 77.35 PASS AF=0.75;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0406346;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=125.553;QD=25.7847;RBI=0.0407535;REFB=-0.167369;REVB=0.00311148;RO=1;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984833;STB=0.636074;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00469552;OID=.;OPOS=145161823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:11:12:1:3:9:9:0.75:4:5:0:1:4:5:0:3 chr8 145161896 . T C 368.68 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8837;QD=54.6193;RBI=0.0821241;REFB=0;REVB=0.0530023;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157389;OID=.;OPOS=145161896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:9:16:0:0:9:18:0:0 chr8 145163414 . C G 597.25 PASS AF=0.97561;AO=41;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0078273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6975;QD=58.2679;RBI=0.0289015;REFB=-0.150431;REVB=-0.0278214;RO=0;SAF=30;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523797;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0197882;OID=.;OPOS=145163414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:41:40:0.97561:11:30:0:0:10:30:0:1 chr8 145163477 . GGC G,GG,GGG 191.48 PASS AF=0.909091,0.0454545,0;AO=5,12,3;DP=24;FAO=20,1,0;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=11,0,0;FSAR=9,1,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.275245,-0.101564,-0.384083;FXX=0.0832986;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=18.75,12.847,7.15753;QD=34.8137;RBI=0.275279,0.14993,0.40352;REFB=-0.0752591,0.174254,0.299212;REVB=0.00432658,0.11029,0.123727;RO=2;SAF=1,8,1;SAR=4,4,2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0.418605,0,0;SSEP=0,0.533333,0;SSSB=-0.190062,0.0471732,-0.111102;STB=0.521717,0.989913,0.5;STBP=0.536,0.496,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0394061,-0.0502264,0;OID=.,.,.;OPOS=145163478,145163479,145163479;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.909091,0.0454545,0:5,12,3:24:20,1,0:22:1:11,0,0:9,1,0:1:0:6:2:1,8,1:4,4,2:1:1 chr8 145163647 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.8;QD=35.5759;RBI=0.045273;REFB=0;REVB=-0.00650599;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000997603;OID=.;OPOS=145163647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr8 145164847 . A G 255.75 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2353;QD=51.1505;RBI=0.13124;REFB=0;REVB=-0.128119;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00520058;OID=.;OPOS=145164847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr8 145166134 . C G 740.81 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0934998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.886;QD=63.048;RBI=0.0967651;REFB=0;REVB=0.0249251;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000263919;OID=.;OPOS=145166134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:25:20:0:0:25:22:0:0 chr8 145168611 . A G 493.23 PASS AF=0.728814;AO=42;DP=60;FAO=43;FDP=59;FR=.;FRO=16;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.00746214;FXX=0.0327815;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.534;QD=33.4391;RBI=0.0141329;REFB=-0.0559608;REVB=0.0120024;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.622028;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00196513;OID=.;OPOS=145168611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:0:16:42:43:0.728814:17:25:0:0:18:25:2:14 chr8 145170440 . A C,G 925.49 PASS AF=0.939394,0.0454545;AO=57,8;DP=66;FAO=62,3;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=29,1;FSAR=33,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0149809,-0.0404748;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=148.607,26.8003;QD=56.0901;RBI=0.0171031,0.0837842;REFB=0.0747766,0.0249243;REVB=0.0082515,-0.0733593;RO=0;SAF=24,6;SAR=33,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.25003e-08,5.58669e-08;STB=0.508472,0.665547;STBP=0.3,0.558;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000422705,0.16656;OID=.,.;OPOS=145170440,145170440;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:66:66:0:1:57,8:62,3:0.939394,0.0454545:33,2:24,6:0:0:33,2:29,1:1:0 chr8 145170704 . A T 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1;QD=50.4103;RBI=0.110821;REFB=0;REVB=-0.0399133;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00224611;OID=.;OPOS=145170704;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr8 145223288 . C T 450.81 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0754185;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.422;QD=58.1686;RBI=0.0766533;REFB=0;REVB=0.0137028;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445113;OID=.;OPOS=145223288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr8 145578296 . A G 701.12 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.008312;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.061;QD=58.4265;RBI=0.0761582;REFB=-0.0342001;REVB=0.0757033;RO=2;SAF=30;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303164;STB=0.516122;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.00248993;OID=.;OPOS=145578296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:2:2:46:46:0.958333:16:30:2:0:16:30:2:0 chr8 145603114 . A C 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00236856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.031;QD=63.2849;RBI=0.0170491;REFB=0;REVB=0.0168838;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.85436e-05;OID=.;OPOS=145603114;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:28:18:0:0:28:18:0:0 chr8 145618597 . G A 84.4 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0547693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.097;QD=33.7606;RBI=0.0602512;REFB=-0.179858;REVB=-0.0251103;RO=1;SAF=6;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684198;STB=0.538378;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00403534;OID=.;OPOS=145618597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:10:10:1:1:9:9:0.9:3:6:1:0:3:6:1:0 chr8 145623963 . G A 539.13 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.229;QD=59.9031;RBI=0.0867436;REFB=0;REVB=0.0688851;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000539743;OID=.;OPOS=145623963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:20:15:0:0:20:16:0:0 chr8 145640411 . A G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.03252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.162;QD=61.3364;RBI=0.0333527;REFB=0;REVB=0.00740603;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.27965e-05;OID=.;OPOS=145640411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:27:13:0:0:27:13:0:0 chr8 145661320 . G A 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0415971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.865;QD=15.8821;RBI=0.0432851;REFB=-0.0131368;REVB=-0.0119698;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188678;STB=0.608497;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0145336;OID=.;OPOS=145661320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:6:4:2:8:6:4:2:8 chr8 145661675 . G A 69.62 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0806564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.0953;QD=16.3804;RBI=0.0895556;REFB=-0.00757873;REVB=0.0389198;RO=7;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657708;STB=0.518476;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0145481;OID=.;OPOS=145661675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:7:8:9:9:0.529412:2:7:5:2:2:7:6:2 chr8 145665516 . T C 72.69 PASS AF=0.30303;AO=9;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00174258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.154;QD=8.81034;RBI=0.0285191;REFB=-0.0205061;REVB=-0.0284658;RO=23;SAF=6;SAR=3;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072486;STB=0.506316;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0548284;OID=.;OPOS=145665516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:9:10:0.30303:3:6:14:9:4:6:14:9 chr8 145666109 . C CG 57.91 PASS AF=0.5;AO=4;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00853674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=7.93989;QD=6.81321;RBI=0.00966924;REFB=-0.0638958;REVB=0.00454074;RO=30;SAF=3;SAR=1;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148646;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.137618;OID=.;OPOS=145666110;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:4:34:17:34:17:11:6:11:6:40:30:3:1:19:11 chr8 145666111 . T G 108.34 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0469223;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.008;QD=12.7454;RBI=0.0694116;REFB=-0.0120707;REVB=-0.0511494;RO=20;SAF=8;SAR=5;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950368;STB=0.533929;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0110574;OID=.;OPOS=145666111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:21:13:13:0.382353:5:8:14:6:5:8:14:7 chr8 145689915 . G A 154.68 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0394709;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.608;QD=8.96681;RBI=0.0636342;REFB=-0.0116051;REVB=0.0499135;RO=47;SAF=5;SAR=16;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341113;STB=0.710899;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.038361;OID=.;OPOS=145689915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:47:48:21:21:0.304348:16:5:24:23:16:5:25:23 chr8 145690308 . C T 149.69 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00534264;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.101;QD=9.6577;RBI=0.0259775;REFB=-0.0112466;REVB=-0.0254222;RO=41;SAF=11;SAR=9;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433092;STB=0.533947;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0240157;OID=.;OPOS=145690308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:41:42:20:20:0.322581:9:11:21:20:9:11:21:21 chr8 145690348 . G A 129.85 PASS AF=0.267606;AO=19;DP=72;FAO=19;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.0176602;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2342;QD=7.31544;RBI=0.0202035;REFB=-0.0167032;REVB=-0.00981321;RO=48;SAF=12;SAR=7;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00839541;STB=0.542011;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0550358;OID=.;OPOS=145690348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:48:52:19:19:0.267606:7:12:30:18:7:12:30:22 chr8 145690396 . A C 192.06 PASS AF=0.320513;AO=24;DP=77;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0257035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6513;QD=9.84932;RBI=0.0466009;REFB=-0.00853291;REVB=-0.0388713;RO=52;SAF=17;SAR=7;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212329;STB=0.628978;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0174204;OID=.;OPOS=145690396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:52:53:24:25:0.320513:7:17:28:24:7:18:29:24 chr8 145693720 . A G 549.73 PASS AF=0.4;AO=60;DP=150;FAO=60;FDP=150;FR=.;FRO=90;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=51;FSRR=39;FWDB=-0.0297019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.788;QD=14.6593;RBI=0.0300656;REFB=-0.0151039;REVB=0.00466214;RO=87;SAF=28;SAR=32;SRF=50;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11332;STB=0.559768;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0249406;OID=.;OPOS=145693720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:87:90:60:60:0.4:32:28:50:37:32:28:51:39 chr8 145723419 . T G 231.2 PASS AF=0.329545;AO=28;DP=87;FAO=29;FDP=88;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=-0.00733219;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7663;QD=10.509;RBI=0.0395272;REFB=-0.0106791;REVB=-0.0388412;RO=52;SAF=19;SAR=9;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269311;STB=0.655065;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0137432;OID=.;OPOS=145723419;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:52:59:28:29:0.329545:9:19:23:29:10:19:25:34 chr8 145724275 . T C 113.2 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=47;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.036996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.585;QD=9.6339;RBI=0.0392015;REFB=-0.022988;REVB=-0.0129635;RO=32;SAF=6;SAR=8;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118442;STB=0.560888;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0540868;OID=.;OPOS=145724275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:32:33:14:14:0.297872:8:6:17:15:8:6:17:16 chr8 145729727 . C A 376.18 PASS AF=0.4;AO=40;DP=110;FAO=46;FDP=115;FR=.;FRO=69;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=50;FWDB=-0.0064912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.804;QD=13.0844;RBI=0.0165108;REFB=-0.0437139;REVB=-0.0151812;RO=66;SAF=13;SAR=27;SRF=19;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471704;STB=0.505384;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0713156;OID=.;OPOS=145729727;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:115:66:69:40:46:0.4:27:13:19:47:33:13:19:50 chr8 145737636 . A G 127.71 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0224828;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9967;QD=11.8797;RBI=0.0265711;REFB=-0.00204742;REVB=-0.0141615;RO=28;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723332;STB=0.542799;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00262702;OID=.;OPOS=145737636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:6:9:15:13:6:9:15:13 chr8 145738767 . CG CC,C 362.24 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=2,25;DP=28;FAO=2,26;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9;FSAR=2,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609802,-0.0254027;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=11.691,26.7153;QD=51.7482;RBI=0.0785078,0.0933505;REFB=0,0;REVB=-0.0494458,-0.0898277;RO=0;SAF=0,8;SAR=2,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.00578438,-0.00826181;OID=.,.;OPOS=145738768,145738768;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0714286,0.928571:2,25:28:2,26:28:0:0,9:2,17:0:0:9:0:0,8:2,17:0:0 chr8 145741702 . C G 90.55 PASS AF=0.52381;AO=9;DP=18;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0305887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.199;QD=17.2482;RBI=0.0461862;REFB=-0.0448737;REVB=0.0346049;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195767;STB=0.567442;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0217064;OID=.;OPOS=145741702;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:18:21:9:10:9:11:0.52381:6:3:5:4:7:4:5:5 chr8 145741765 . G A 120.83 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00320968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8361;QD=14.6462;RBI=0.051825;REFB=-0.00439785;REVB=0.0517255;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183534;STB=0.605916;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00762088;OID=.;OPOS=145741765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:7:7:13:6:7:7:13:6 chr8 145741887 . TGGGGGCC TGGGGCCA,TGGGGCC,TGGGGGC 462.1 PASS AF=0.107143,0.892857,0;AO=2,5,10;DP=50;FAO=6,50,0;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=0,33,0;FSAR=6,17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143026,0.871562,-0.376719;FXX=0.0175408;HRUN=5,5,5;LEN=3,1,1;MLLD=186.706,9.95474,9.85786;QD=33.0071;RBI=0.065295,0.91482,0.491943;REFB=0.0716555,0.0606409,0.0635705;REVB=-0.0637093,-0.277984,-0.316372;RO=19;SAF=0,0,10;SAR=2,5,0;SRF=18;SRR=1;SSEN=0,0.305556,0;SSEP=0,0,0.305263;SSSB=-0.803185,-0.843224,0.711841;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,del;VARB=0.236523,-0.0179623,0;OID=.,.,.;OPOS=145741892,145741888,145741893;OREF=GCC,G,C;OALT=CCA,-,-;OMAPALT=TGGGGCCA,TGGGGCC,TGGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.107143,0.892857,0:2,5,10:50:6,50,0:56:0:0,33,0:6,17,0:0:0:26:19:0,0,10:2,5,0:18:1 chr8 145742514 . A G 546.78 PASS AF=0.395062;AO=63;DP=161;FAO=64;FDP=162;FR=.;FRO=98;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=-0.026044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2244;QD=13.5007;RBI=0.050009;REFB=0.001222;REVB=-0.042692;RO=98;SAF=25;SAR=38;SRF=50;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123853;STB=0.573506;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.00320468;OID=.;OPOS=145742514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:162:98:98:63:64:0.395062:38:25:50:48:39:25:50:48 chr8 145745182 . T C 277.73 PASS AF=0.333333;AO=36;DP=102;FAO=36;FDP=108;FR=.;FRO=72;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=52;FSRR=20;FWDB=-0.0790722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.9763;QD=10.2863;RBI=0.0796785;REFB=-0.0183737;REVB=-0.00981042;RO=66;SAF=23;SAR=13;SRF=46;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726601;STB=0.562251;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0368397;OID=.;OPOS=145745182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:108:66:72:36:36:0.333333:13:23:46:20:13:23:52:20 chr8 145747920 . T G 71.66 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00319519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.574;QD=19.1089;RBI=0.0285354;REFB=-0.00312443;REVB=0.028356;RO=6;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122922;STB=0.571265;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00133202;OID=.;OPOS=145747920;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:3:6:3:3:3:6:3:3 chr8 145755230 . C G 34.27 PASS AF=0.3;AO=2;DP=9;FAO=3;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=0;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0206868;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=17.0741;QD=13.7096;RBI=0.0521091;REFB=-0.15779;REVB=0.047827;RO=2;SAF=0;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.062431;OID=.;OPOS=145755230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:9:10:2:4:2:3:0.3:2:0:0:2:3:0:0:4 chr8 145770706 . CGGGA CGGA,CGGG,GCGGA 80.4 PASS AF=0.363636,0,0;AO=8,5,3;DP=33;FAO=12,0,0;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=11,0,0;FSAR=1,0,0;FSRF=19;FSRR=2;FWDB=-0.0171982,-0.21247,-0.032913;FXX=0;HRUN=3,5,1;LEN=1,1,2;MLLD=22.8946,17.7636,31.4633;QD=9.74565;RBI=0.15122,0.418746,0.227568;REFB=-0.0356232,-0.0350391,0.00525765;REVB=-0.150239,-0.360839,-0.225176;RO=15;SAF=8,5,3;SAR=0,0,0;SRF=14;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.697711,0.612181,0.503005;STB=0.523768,0.5,0.5;STBP=0.947,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0361322,0,0.0782971;OID=.,.,.;OPOS=145770707,145770710,145770706;OREF=G,A,CG;OALT=-,-,GC;OMAPALT=CGGA,CGGG,GCGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:15:21:8,5,3:12,0,0:0.363636,0,0:0,0,0:8,5,3:14:1:1,0,0:11,0,0:19:2 chr8 145947776 . G A 128.02 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0129692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.425;QD=20.4823;RBI=0.0130908;REFB=-0.0155324;REVB=0.00177982;RO=11;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126338;STB=0.57133;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0105168;OID=.;OPOS=145947776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:6:8:8:3:6:8:8:3 chr8 145999616 . CTTT C 407.94 PASS AF=0.632911;AO=47;DP=80;FAO=50;FDP=79;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00184378;FXX=0.0246883;HRUN=3;LEN=3;MLLD=154.862;QD=20.6552;RBI=0.0123361;REFB=0.0113413;REVB=0.0121976;RO=27;SAF=25;SAR=22;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586278;STB=0.526305;STBP=0.552;TYPE=del;VARB=-0.00519923;OID=.;OPOS=145999617;OREF=TTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.632911:47:80:50:79:29:26:24:13:16:99:27:25:22:12:15 chr8 146010776 . T C 246.5 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00509585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.606;QD=17.9273;RBI=0.0218162;REFB=-0.0166664;REVB=0.0212127;RO=28;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829605;STB=0.546524;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0140727;OID=.;OPOS=146010776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:15:12:15:13:15:12:15:13 chr8 146010817 . C A 669.58 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00151322;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.06;QD=52.5162;RBI=0.00330923;REFB=0.00424013;REVB=0.00294299;RO=2;SAF=20;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00699852;STB=0.503721;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.000221001;OID=.;OPOS=146010817;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:51:2:2:49:49:0.960784:29:20:1:1:29:20:1:1 chr8 146045868 . T C 698.92 PASS AF=0.980392;AO=51;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00550547;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.145;QD=54.8169;RBI=0.00773398;REFB=-0.0434331;REVB=-0.00543178;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.507933;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000149188;OID=.;OPOS=146045868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:0:1:51:50:0.980392:19:32:0:0:19:31:1:0 chr8 146056367 . G A 567.1 PASS AF=0.55914;AO=51;DP=94;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=39;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00574677;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.317;QD=24.3913;RBI=0.00777223;REFB=-0.0155601;REVB=0.0052328;RO=41;SAF=12;SAR=39;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300594;STB=0.654482;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0066003;OID=.;OPOS=146056367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:41:41:51:52:0.55914:39:12:23:18:39:13:23:18 chr8 146067054 . G A 711.7 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0562684;FXX=0.0370302;HRUN=3;LEN=1;MLLD=238.471;QD=54.7461;RBI=0.0606023;REFB=-0.0324574;REVB=0.0225055;RO=1;SAF=17;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268896;STB=0.51428;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000416991;OID=.;OPOS=146067054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:52:1:1:51:51:0.980769:34:17:1:0:34:17:1:0 chr8 146068322 . C T 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00346313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.919;QD=13.3343;RBI=0.00534118;REFB=0.00615777;REVB=-0.00406631;RO=39;SAF=15;SAR=11;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121228;STB=0.569342;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=-0.00941255;OID=.;OPOS=146068322;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:11:15:18:21:11:15:18:21 chr8 146068594 . T C 483.3 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5371;QD=58.5813;RBI=0.0512104;REFB=0;REVB=0.0395126;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000842338;OID=.;OPOS=146068594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:23:10:0:0:23:10:0:0 chr8 146076708 . C T 415.81 PASS AF=0.438776;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.0462109;FXX=0.0101;HRUN=5;LEN=1;MLLD=54.2879;QD=16.9718;RBI=0.048814;REFB=-0.00672227;REVB=-0.0157276;RO=52;SAF=22;SAR=21;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124106;STB=0.572612;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0121791;OID=.;OPOS=146076708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:98:52:55:43:43:0.438776:21:22:20:32:21:22:21:34 chr8 146115367 . A G 875.67 PASS AF=1;AO=56;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244613;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4983;QD=55.5983;RBI=0.0305264;REFB=0;REVB=0.0182622;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0165629;OID=.;OPOS=146115367;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:56:63:1:31:25:0:0:33:30:0:0 chr8 146156167 . C T 230.82 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0187981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.722;QD=18.842;RBI=0.0197888;REFB=-0.0168014;REVB=0.00618284;RO=26;SAF=9;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104113;STB=0.558932;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0174056;OID=.;OPOS=146156167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:14:9:13:13:14:9:13:13 chr8 146156247 . C A 266.55 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=-0.0129091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.447;QD=15.9133;RBI=0.0176508;REFB=-0.0227625;REVB=-0.0120377;RO=36;SAF=19;SAR=11;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359169;STB=0.706259;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0388593;OID=.;OPOS=146156247;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:37:30:30:0.447761:11:19:9:27:11:19:9:28 chr8 146157339 . T C 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0438172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.797;QD=22.9154;RBI=0.0670184;REFB=0.0287052;REVB=-0.0507101;RO=4;SAF=8;SAR=1;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.476297;STB=0.779728;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0220068;OID=.;OPOS=146157339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:1:8:1:3:1:8:1:3 chr8 146171437 . A G 107.54 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0115924;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.283;QD=11.949;RBI=0.0275452;REFB=-0.0248845;REVB=-0.0249871;RO=23;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239631;STB=0.64263;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0458934;OID=.;OPOS=146171437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:23:23:13:13:0.361111:4:9:11:12:4:9:11:12 chr8 146229161 . T A 608.57 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0203069;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.85;QD=59.3731;RBI=0.0203122;REFB=0.0139491;REVB=-0.000463673;RO=1;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240441;STB=0.512814;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.000600446;OID=.;OPOS=146229161;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:41:1:1:40:40:0.97561:19:21:0:1:19:21:0:1 chr9 154795 . T C 923.93 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107512;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.837;QD=58.6621;RBI=0.0221294;REFB=0;REVB=0.0193422;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152582;OID=.;OPOS=154795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:29:33:0:0:30:33:0:0 chr9 162405 . C G 120.2 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192371;FXX=0.0832639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.4216;QD=43.7084;RBI=0.0194838;REFB=0;REVB=-0.0030911;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103125;OID=.;OPOS=162405;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr9 163985 . A G 42.46 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0139761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.116;QD=5.47829;RBI=0.0140769;REFB=-0.00319248;REVB=0.00168091;RO=24;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307772;STB=0.709819;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0103871;OID=.;OPOS=163985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:31:31:24:24:7:7:0.225806:6:1:8:16:6:1:8:16 chr9 286593 . C A 584.99 PASS AF=0.552381;AO=57;DP=105;FAO=58;FDP=105;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=-0.0361794;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2643;QD=22.2851;RBI=0.0382479;REFB=-0.0155729;REVB=-0.0124076;RO=47;SAF=17;SAR=40;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000367379;STB=0.502569;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.014582;OID=.;OPOS=286593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:47:47:57:58:0.552381:40:17:14:33:41:17:14:33 chr9 312104 . G A 211.05 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00868946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0156;QD=19.6329;RBI=0.0263797;REFB=0.0120443;REVB=0.0249074;RO=21;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849174;STB=0.559943;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.0033501;OID=.;OPOS=312104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:22:21:21:0.488372:12:9:11:10:12:9:12:10 chr9 334337 . A G 432.7 PASS AF=0.422414;AO=49;DP=116;FAO=49;FDP=116;FR=.;FRO=67;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=-0.00811723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.53;QD=14.9205;RBI=0.0341402;REFB=-0.00256057;REVB=0.0331612;RO=66;SAF=31;SAR=18;SRF=39;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045212;STB=0.530888;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00147884;OID=.;OPOS=334337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:66:67:49:49:0.422414:18:31:39:27:18:31:39:28 chr9 407019 . C T 356.13 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0106322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.671;QD=16.5644;RBI=0.0130338;REFB=-0.0168704;REVB=-0.00753907;RO=45;SAF=19;SAR=19;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322602;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0228226;OID=.;OPOS=407019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:48:38:38:0.44186:19:19:24:21:19:19:24:24 chr9 429719 . T C 733.13 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0227786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.623;QD=61.0938;RBI=0.061618;REFB=0.0309618;REVB=0.057253;RO=1;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229327;STB=0.51219;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=6.77323e-05;OID=.;OPOS=429719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:20:27:0:1:20:27:0:1 chr9 433978 . A G 730.85 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00491141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.087;QD=53.1527;RBI=0.0111641;REFB=0.0985495;REVB=-0.0100257;RO=2;SAF=31;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00597873;STB=0.511107;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.0012782;OID=.;OPOS=433978;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:55:55:2:1:53:54:0.981818:22:31:1:1:22:32:0:1 chr9 441952 . G A 674.56 PASS AF=0.980392;AO=45;DP=47;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.026117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.629;QD=52.9062;RBI=0.04013;REFB=-0.144983;REVB=0.0304683;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.510634;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00322363;OID=.;OPOS=441952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:51:0:1:45:50:0.980392:26:19:0:0:27:23:1:0 chr9 676954 . T C 252.77 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0118658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.941;QD=21.0643;RBI=0.0178655;REFB=-0.0247855;REVB=0.0133558;RO=24;SAF=8;SAR=16;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0282139;OID=.;OPOS=676954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:16:8:8:16:16:8:8:16 chr9 742342 . A G 374.91 PASS AF=1;AO=25;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7339;QD=55.5418;RBI=0.0774983;REFB=0;REVB=0.0756474;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00497157;OID=.;OPOS=742342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:25:27:1:9:16:0:0:11:16:0:0 chr9 841971 . T A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0522534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.945;QD=43.4862;RBI=0.0565227;REFB=0;REVB=0.0215499;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000676434;OID=.;OPOS=841971;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr9 991114 . A G 182.7 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00115357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5161;QD=13.287;RBI=0.0247527;REFB=0.00940167;REVB=0.0247258;RO=33;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110906;STB=0.563579;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=-0.0115943;OID=.;OPOS=991114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:11:11:13:20:11:11:13:20 chr9 1056728 . G C 737.58 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0267111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.481;QD=52.6843;RBI=0.0277241;REFB=-0.0748337;REVB=-0.00742574;RO=2;SAF=22;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409266;STB=0.521731;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.000456936;OID=.;OPOS=1056728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:2:2:54:54:0.964286:32:22:2:0:32:22:2:0 chr9 2029199 . G A 724.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.222;QD=56.8174;RBI=0.0239608;REFB=0;REVB=0.019676;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48943e-05;OID=.;OPOS=2029199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:48:51:1:28:20:0:0:29:22:0:0 chr9 2101545 . T A 81.2 PASS AF=0.275;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0118762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2531;QD=8.11963;RBI=0.0242454;REFB=-0.00874455;REVB=0.0211375;RO=29;SAF=7;SAR=4;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619944;STB=0.538391;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0233343;OID=.;OPOS=2101545;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:29:29:11:11:0.275:4:7:17:12:4:7:17:12 chr9 2717922 . C G 304.85 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.231;QD=53.0182;RBI=0.0893974;REFB=0;REVB=0.0878166;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340738;OID=.;OPOS=2717922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:10:11:0:0:12:11:0:0 chr9 2718534 . C G 306.22 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00188473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.241;QD=53.2559;RBI=0.068651;REFB=0;REVB=-0.0686252;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00122242;OID=.;OPOS=2718534;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr9 3824936 . T A 157.44 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.358;QD=44.9822;RBI=0.0175323;REFB=0;REVB=0.0175323;RO=0;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80585e-05;OID=.;OPOS=3824936;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:14:0:0:11:14:1:11:0:0:0:14:0:0:0 chr9 4564432 . G A 213.44 PASS AF=0.329268;AO=27;DP=81;FAO=27;FDP=82;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.0278635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.344;QD=10.4117;RBI=0.0344475;REFB=-0.00177223;REVB=0.0202547;RO=54;SAF=13;SAR=14;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845628;STB=0.554915;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00621383;OID=.;OPOS=4564432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:54:55:27:27:0.329268:14:13:30:24:14:13:31:24 chr9 4576680 . T C 284.13 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00966561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.948;QD=18.3311;RBI=0.058679;REFB=-0.0233892;REVB=0.0578775;RO=30;SAF=12;SAR=19;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10208;STB=0.549807;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0278834;OID=.;OPOS=4576680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:31:31:31:0.5:19:12:15:15:19:12:15:16 chr9 4622453 . T C 262.97 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0273641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.566;QD=47.8134;RBI=0.0418483;REFB=-0.00712215;REVB=0.031662;RO=1;SAF=9;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485363;STB=0.526291;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000670715;OID=.;OPOS=4622453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:12:9:1:0:12:9:1:0 chr9 4625429 . T C 797.85 PASS AF=0.95082;AO=56;DP=60;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0458559;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5801;QD=52.3178;RBI=0.0547419;REFB=-0.113272;REVB=0.0298983;RO=3;SAF=23;SAR=33;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576144;STB=0.528292;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00655954;OID=.;OPOS=4625429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:60:61:3:3:56:58:0.95082:33:23:3:0:33:25:3:0 chr9 4629170 . T TAAA,TAAAA 253.11 PASS AF=0,1;AO=6,13;DP=26;FAO=0,22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0404052,-0.0309256;FXX=0.153787;HRUN=1,1;LEN=3,4;MLLD=39.636,51.8685;QD=46.0193;RBI=0.11557,0.0865805;REFB=0,0;REVB=0.108277,0.080869;RO=7;SAF=0,4;SAR=6,9;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.767038,-0.176469;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.000177137;OID=.,.;OPOS=4629171,4629171;OREF=-,-;OALT=AAA,AAAA;OMAPALT=TAAA,TAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:6,13:26:0,22:22:0:0,7:0,15:0:0:5:7:0,4:6,9:4:3 chr9 4664829 . T C 248.61 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00488562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.605;QD=25.4981;RBI=0.00675118;REFB=-0.0160606;REVB=0.00465931;RO=16;SAF=13;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486154;STB=0.527003;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0121766;OID=.;OPOS=4664829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:16:16:23:23:0.589744:10:13:8:8:10:13:8:8 chr9 4711440 . T A 219.57 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0546729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.0972;QD=17.9243;RBI=0.0602557;REFB=-0.0226124;REVB=0.0253303;RO=27;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620852;STB=0.535284;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0231851;OID=.;OPOS=4711440;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:12:10:14:13:12:10:14:13 chr9 4860300 . A G 335.39 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=0.0439629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2943;QD=16.9819;RBI=0.100349;REFB=-0.00535639;REVB=0.0902059;RO=43;SAF=22;SAR=14;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0065802;STB=0.503691;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00867321;OID=.;OPOS=4860300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:14:22:26:17:14:22:26:17 chr9 5050706 . C T 443.13 PASS AF=0.52381;AO=42;DP=83;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=0.0126943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0771;QD=21.1015;RBI=0.0532567;REFB=-0.0340736;REVB=-0.0517217;RO=37;SAF=21;SAR=21;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573126;STB=0.547598;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0259063;OID=.;OPOS=5050706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:37:40:42:44:0.52381:21:21:16:21:22:22:16:24 chr9 5081780 . G A 232.34 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.00279128;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=93.9252;QD=12.5588;RBI=0.011509;REFB=-0.00160586;REVB=-0.0111654;RO=46;SAF=12;SAR=16;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124338;STB=0.571378;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00207077;OID=.;OPOS=5081780;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:46:28:28:0.378378:16:12:25:21:16:12:25:21 chr9 5092466 . G A 282.39 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0107278;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7366;QD=19.4754;RBI=0.0246733;REFB=-0.00814865;REVB=-0.022219;RO=28;SAF=13;SAR=17;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180103;STB=0.600162;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0071959;OID=.;OPOS=5092466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:28:28:30:30:0.517241:17:13:18:10:17:13:18:10 chr9 5094034 . G A 144.78 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.00481028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.565;QD=15.6522;RBI=0.0083611;REFB=-0.0142841;REVB=-0.0068388;RO=20;SAF=5;SAR=11;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325678;STB=0.69875;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0180658;OID=.;OPOS=5094034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:21:16:16:0.432432:11:5:13:7:11:5:14:7 chr9 5095049 . ATAGAG A 78.16 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00539748;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=5;MLLD=276.215;QD=13.0273;RBI=0.00544446;REFB=-0.0179566;REVB=0.00071373;RO=14;SAF=9;SAR=1;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.519327;STB=0.81741;STBP=0.031;TYPE=del;VARB=0.0227237;OID=.;OPOS=5095050;OREF=TAGAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:10:25:10:24:14:9:1:7:7:78:14:9:1:7:7 chr9 5095095 . A C 174.08 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00496918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.891;QD=19.3423;RBI=0.00853734;REFB=0.00153629;REVB=-0.00694215;RO=18;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152434;STB=0.585896;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.00149478;OID=.;OPOS=5095095;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:8:10:13:5:8:10:13:5 chr9 5095167 . A C 154.87 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0234847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.912;QD=22.943;RBI=0.030076;REFB=-0.0186285;REVB=0.0187891;RO=11;SAF=3;SAR=13;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180487;STB=0.602508;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00615706;OID=.;OPOS=5095167;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:13:3:4:7:13:3:4:7 chr9 5095191 . T A 153.56 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00133056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.23;QD=21.9366;RBI=0.00205422;REFB=-0.024112;REVB=0.00156507;RO=12;SAF=3;SAR=13;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159532;STB=0.590785;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0174607;OID=.;OPOS=5095191;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:13:3:4:8:13:3:4:8 chr9 5096433 . A G 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.000749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.801;QD=16.2717;RBI=0.0190286;REFB=-0.00568644;REVB=0.0190138;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043351;STB=0.524966;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0100079;OID=.;OPOS=5096433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:9:6:8:10:9:6:8:10 chr9 5098223 . T C 223.59 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.020374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3386;QD=26.3047;RBI=0.0444622;REFB=0.0383743;REVB=-0.0395194;RO=13;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101145;STB=0.505613;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=-0.0262109;OID=.;OPOS=5098223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:11:10:6:7:11:10:6:7 chr9 5109431 . G A 246.11 PASS AF=0.5;AO=25;DP=52;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0318638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.6026;QD=18.2303;RBI=0.0318809;REFB=-0.00737188;REVB=0.00104181;RO=27;SAF=14;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106526;STB=0.536959;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00846758;OID=.;OPOS=5109431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:27:27:25:27:0.5:11:14:12:15:13:14:12:15 chr9 5109485 . G T 209.66 PASS AF=0.6;AO=19;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0183836;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.533;QD=23.9617;RBI=0.0194776;REFB=-0.004616;REVB=0.00643585;RO=14;SAF=7;SAR=12;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131062;STB=0.589663;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00778804;OID=.;OPOS=5109485;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:19:21:0.6:12:7:3:11:12:9:3:11 chr9 5231712 . T A 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0309035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0837;QD=10.1733;RBI=0.0322956;REFB=-0.0186786;REVB=-0.0093795;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228861;STB=0.644611;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0262615;OID=.;OPOS=5231712;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:5:1:3:6:5:1:3:6 chr9 5335470 . C T 511.66 PASS AF=0.474576;AO=54;DP=118;FAO=56;FDP=118;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0205612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.739;QD=17.3444;RBI=0.0241666;REFB=0.00191186;REVB=-0.0126988;RO=62;SAF=17;SAR=37;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189341;STB=0.599834;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=-0.00184165;OID=.;OPOS=5335470;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:62:62:54:56:0.474576:37:17:31:31:38:18:31:31 chr9 5557672 . T C 1492.34 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000676567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4782;QD=58.5229;RBI=0.00245458;REFB=-0.0353395;REVB=-0.0023595;RO=1;SAF=53;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886705;STB=0.504672;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00101931;OID=.;OPOS=5557672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:100:101:0.990196:47:53:1:0:48:53:1:0 chr9 5557708 . T C 432.79 PASS AF=0.418803;AO=49;DP=117;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=45;FSRR=23;FWDB=0.00287248;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.805;QD=14.7961;RBI=0.0644014;REFB=-0.00308732;REVB=0.0643373;RO=67;SAF=20;SAR=29;SRF=44;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251446;STB=0.644387;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0100938;OID=.;OPOS=5557708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:67:68:49:49:0.418803:29:20:44:23:29:20:45:23 chr9 5732483 . T C 1084.01 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0188582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.642;QD=58.5952;RBI=0.12105;REFB=-0.107986;REVB=0.119572;RO=1;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133212;STB=0.50704;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000627846;OID=.;OPOS=5732483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:74:1:1:72:73:0.986486:35:37:0:1:35:38:0:1 chr9 5762600 . G A 350.2 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00741823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.033;QD=28.0163;RBI=0.0155177;REFB=-0.0319389;REVB=0.0136297;RO=20;SAF=10;SAR=20;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165649;STB=0.591486;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0235322;OID=.;OPOS=5762600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:20:20:30:30:0.6:20:10:11:9:20:10:11:9 chr9 5774225 . T G 1936.89 PASS AF=0.969697;AO=128;DP=132;FAO=128;FDP=132;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=89;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0134007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.591;QD=58.6935;RBI=0.0394348;REFB=-0.103831;REVB=0.037088;RO=4;SAF=39;SAR=89;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208764;STB=0.510987;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00207057;OID=.;OPOS=5774225;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:132:132:4:4:128:128:0.969697:89:39:0:4:89:39:0:4 chr9 5909152 . T G 164.77 PASS AF=0.377358;AO=19;DP=52;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0294192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.684;QD=12.4351;RBI=0.0394199;REFB=-0.0239887;REVB=-0.0262382;RO=33;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00560478;STB=0.509269;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0382375;OID=.;OPOS=5909152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:33:33:19:20:0.377358:12:7:12:21:13:7:12:21 chr9 5968416 . A G 46.02 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00340244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.376;QD=9.20374;RBI=0.0141745;REFB=-0.00419581;REVB=0.0137601;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740731;STB=0.54533;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00524476;OID=.;OPOS=5968416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:20:20:13:13:7:7:0.35:2:5:10:3:2:5:10:3 chr9 5969249 . A G 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0252071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.307;QD=11.1978;RBI=0.0254062;REFB=-0.0179037;REVB=0.00317506;RO=22;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.366444;STB=0.716638;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0393901;OID=.;OPOS=5969249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:4:8:7:15:4:8:7:15 chr9 6007500 . G A 403.66 PASS AF=0.425926;AO=46;DP=108;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=0.0117505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.152;QD=14.9503;RBI=0.0229214;REFB=-0.00597302;REVB=0.0196804;RO=60;SAF=30;SAR=16;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038895;STB=0.534303;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00766578;OID=.;OPOS=6007500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:60:62:46:46:0.425926:16:30:37:23:16:30:37:25 chr9 6007767 . C A 34.82 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0334824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.867;QD=23.2165;RBI=0.166659;REFB=-0.030736;REVB=0.163261;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0102436;OID=.;OPOS=6007767;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:1:4:1:0:1:4:1:0 chr9 6012734 . A C 112.9 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0486905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.166;QD=28.2253;RBI=0.049163;REFB=-0.0127245;REVB=0.00679931;RO=4;SAF=6;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111553;STB=0.562397;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.008083;OID=.;OPOS=6012734;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:6:6:1:3:6:6:1:3 chr9 6015011 . T C 435.96 PASS AF=0.621212;AO=41;DP=66;FAO=41;FDP=66;FR=.;FRO=25;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00607157;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.891;QD=26.4219;RBI=0.0512744;REFB=0.000869481;REVB=0.0509136;RO=25;SAF=25;SAR=16;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518656;STB=0.528288;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.000384196;OID=.;OPOS=6015011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:25:25:41:41:0.621212:16:25:17:8:16:25:17:8 chr9 6253571 . C T 483.81 PASS AF=0.560976;AO=45;DP=81;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0173553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7373;QD=23.6006;RBI=0.0328203;REFB=-0.0315522;REVB=-0.0278562;RO=36;SAF=16;SAR=29;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197312;STB=0.517214;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0243477;OID=.;OPOS=6253571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:36:36:45:46:0.560976:29:16:12:24:29:17:12:24 chr9 6328946 . A AC 168.56 PASS AF=1;AO=2;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107627;FXX=0.0587889;HRUN=0;LEN=1;MLLD=51.9558;QD=42.1404;RBI=0.12188;REFB=0;REVB=0.0571939;RO=15;SAF=2;SAR=0;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.736637;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00301607;OID=.;OPOS=6328947;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:17:16:16:0:3:13:0:0:3:15:2:0:2:13 chr9 6328947 . T C 184.52 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6829;QD=43.4165;RBI=0.125494;REFB=-0.0533107;REVB=0.0300452;RO=1;SAF=2;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180145;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00588604;OID=.;OPOS=6328947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:17:17:1:0:15:17:1:13:2:1:0:13:4:0:0 chr9 6329888 . A G 642.72 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0765418;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.723;QD=59.7881;RBI=0.0911435;REFB=-0.117062;REVB=0.0494821;RO=1;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284313;STB=0.515144;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00150511;OID=.;OPOS=6329888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:43:43:1:1:42:42:0.976744:16:26:0:1:16:26:0:1 chr9 6330321 . T A 166.39 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00436087;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.313;QD=14.79;RBI=0.0276269;REFB=0.00645132;REVB=-0.0272805;RO=26;SAF=14;SAR=4;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285067;STB=0.679782;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00750669;OID=.;OPOS=6330321;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:27:18:18:0.4:4:14:14:12:4:14:14:13 chr9 6330915 . G A 868.78 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000287465;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.333;QD=57.9184;RBI=0.00212506;REFB=0;REVB=0.00210553;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174387;OID=.;OPOS=6330915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:59:60:1:29:30:0:0:30:30:0:0 chr9 6468447 . A G 192.98 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0227112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.629;QD=13.7844;RBI=0.0247678;REFB=-0.0136675;REVB=0.00988152;RO=33;SAF=9;SAR=14;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219509;STB=0.62547;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0197416;OID=.;OPOS=6468447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:14:9:20:13:14:9:20:13 chr9 6469651 . A G 179.43 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0140569;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.258;QD=10.5548;RBI=0.0152026;REFB=-0.0153573;REVB=-0.00578989;RO=45;SAF=10;SAR=13;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144993;STB=0.537243;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0225938;OID=.;OPOS=6469651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:45:23:23:0.338235:13:10:19:26:12:11:19:26 chr9 6469657 . G GGT 95.58 PASS AF=0.25;AO=9;DP=73;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.139604;FXX=0.154908;HRUN=2;LEN=2;MLLD=108.808;QD=6.37228;RBI=0.139668;REFB=-0.0513945;REVB=-0.00423951;RO=53;SAF=6;SAR=3;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321387;STB=0.571338;STBP=0.575;TYPE=ins;VARB=0.135639;OID=.;OPOS=6469658;OREF=-;OALT=GT;OMAPALT=GGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:9:73:15:60:45:6:9:14:31:95:53:6:3:21:32 chr9 6469705 . C T 192.43 PASS AF=0.333333;AO=25;DP=75;FAO=25;FDP=75;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=44;FWDB=-0.0130909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9181;QD=10.2627;RBI=0.0132713;REFB=-0.00301832;REVB=0.00218085;RO=48;SAF=6;SAR=19;SRF=6;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203926;STB=0.62368;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0106898;OID=.;OPOS=6469705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:48:50:25:25:0.333333:19:6:6:42:19:6:6:44 chr9 6506038 . C T 194.32 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.000174317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.107;QD=24.2903;RBI=0.0214677;REFB=-0.0272321;REVB=0.021467;RO=13;SAF=13;SAR=6;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683169;STB=0.503813;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.023584;OID=.;OPOS=6506038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:6:13:9:4:6:13:9:4 chr9 6984172 . G A 192.9 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.021542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.445;QD=23.3812;RBI=0.0220392;REFB=-0.020973;REVB=0.00465489;RO=14;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089129;STB=0.549788;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0131052;OID=.;OPOS=6984172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:9:10:9:5:9:10:9:5 chr9 7046917 . A G 190.67 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0512016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5137;QD=15.2537;RBI=0.0555845;REFB=-0.00149775;REVB=0.021634;RO=29;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00179105;STB=0.510071;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00154297;OID=.;OPOS=7046917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:30:20:20:0.4:11:9:13:16:11:9:14:16 chr9 7103816 . C T 1487.15 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00603931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.952;QD=58.3197;RBI=0.00870281;REFB=-0.111121;REVB=-0.00626624;RO=0;SAF=34;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73428e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000988067;OID=.;OPOS=7103816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:100:102:0:0:99:102:1:65:34:0:0:65:37:0:0 chr9 7798435 . C T 216.12 PASS AF=0.458333;AO=21;DP=47;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0228726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.36;QD=18.0099;RBI=0.0229189;REFB=-0.0139536;REVB=-0.00145626;RO=24;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100444;STB=0.520814;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0169104;OID=.;OPOS=7798435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:24:26:21:22:0.458333:11:10:14:10:11:11:14:12 chr9 7798518 . G C 395.41 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.000853923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1879;QD=17.574;RBI=0.0339875;REFB=-0.0393289;REVB=0.0339768;RO=49;SAF=28;SAR=13;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118684;STB=0.566633;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.035751;OID=.;OPOS=7798518;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:49:41:41:0.455556:13:28:28:21:13:28:28:21 chr9 7799494 . G T 55.56 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0283565;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.3031;QD=9.25934;RBI=0.0308918;REFB=-0.00129068;REVB=-0.0122559;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10912;STB=0.599733;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.000630295;OID=.;OPOS=7799494;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:25:24:15:16:8:8:0.333333:6:2:5:10:6:2:6:10 chr9 7799606 . C A 75.1 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0270667;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.582;QD=10.0135;RBI=0.0279277;REFB=-0.0150381;REVB=-0.00688087;RO=21;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238798;STB=0.631357;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0323874;OID=.;OPOS=7799606;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:31:30:21:20:10:10:0.333333:7:3:3:18:7:3:3:17 chr9 7799653 . G T 52.32 PASS AF=0.411765;AO=5;DP=18;FAO=7;FDP=17;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0466686;FXX=0.0555247;HRUN=5;LEN=1;MLLD=109.477;QD=12.3112;RBI=0.0477509;REFB=-0.0408557;REVB=-0.010109;RO=8;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216791;STB=0.531821;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0370917;OID=.;OPOS=7799653;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:18:17:8:9:5:7:0.411765:4:1:3:5:5:2:3:6 chr9 8389364 . C G 2161.7 PASS AF=0.978873;AO=139;DP=142;FAO=139;FDP=142;FR=.;FRO=3;FSAF=61;FSAR=78;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0345442;FXX=0.0138879;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.412;QD=60.893;RBI=0.0396745;REFB=-0.106533;REVB=0.0195133;RO=3;SAF=61;SAR=78;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00430356;STB=0.502264;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.000408078;OID=.;OPOS=8389364;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:142:142:3:3:139:139:0.978873:78:61:1:2:78:61:1:2 chr9 8454566 . T C 162.19 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0531497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6048;QD=12.014;RBI=0.0593737;REFB=0.0242431;REVB=0.0264641;RO=34;SAF=8;SAR=12;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232932;STB=0.634904;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=-0.0382573;OID=.;OPOS=8454566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:12:8:21:13:12:8:21:13 chr9 8485834 . G A 483.43 PASS AF=0.472727;AO=52;DP=110;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=40;FSRR=18;FWDB=-0.0152701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.493;QD=17.5794;RBI=0.0182938;REFB=-0.0320649;REVB=-0.010074;RO=58;SAF=31;SAR=21;SRF=40;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0942305;STB=0.552203;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0403849;OID=.;OPOS=8485834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:58:58:52:52:0.472727:21:31:40:18:21:31:40:18 chr9 8485928 . G A 511.65 PASS AF=0.407143;AO=57;DP=140;FAO=57;FDP=140;FR=.;FRO=83;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=51;FSRR=32;FWDB=0.0474027;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.8643;QD=14.6186;RBI=0.049909;REFB=-0.0180143;REVB=0.0156172;RO=80;SAF=28;SAR=29;SRF=49;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126025;STB=0.572868;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0364946;OID=.;OPOS=8485928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:80:83:57:57:0.407143:29:28:49:31:29:28:51:32 chr9 8486482 . T C 367.79 PASS AF=0.475;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00176687;FXX=0.0361402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.656;QD=18.3897;RBI=0.00838814;REFB=0.0106179;REVB=0.00819994;RO=42;SAF=12;SAR=26;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184403;STB=0.603319;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.00968096;OID=.;OPOS=8486482;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:80:42:42:38:38:0.475:26:12:21:21:26:12:21:21 chr9 8518143 . T C 476.77 PASS AF=0.479592;AO=47;DP=98;FAO=47;FDP=98;FR=.;FRO=51;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=36;FSRR=15;FWDB=0.0252533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.403;QD=19.4601;RBI=0.0300841;REFB=-0.0129934;REVB=-0.0163502;RO=49;SAF=30;SAR=17;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564178;STB=0.538889;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.015771;OID=.;OPOS=8518143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:51:47:47:0.479592:17:30:34:15:17:30:36:15 chr9 9442211 . G A 101.41 PASS AF=0.5;AO=11;DP=23;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0163843;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=241.593;QD=16.9017;RBI=0.016453;REFB=-0.0155166;REVB=-0.00150192;RO=12;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657668;STB=0.55254;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0254594;OID=.;OPOS=9442211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:23:24:12:12:11:12:0.5:8:3:4:8:9:3:4:8 chr9 9442274 . A G 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0215772;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.58;QD=15.6262;RBI=0.0294238;REFB=-0.00626909;REVB=0.0200047;RO=27;SAF=4;SAR=15;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165428;STB=0.59622;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00925169;OID=.;OPOS=9442274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:15:4:9:18:15:4:9:18 chr9 12764879 . C T 356.63 PASS AF=0.380531;AO=42;DP=113;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=43;FWDB=0.0009589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.564;QD=12.6241;RBI=0.0234068;REFB=-0.0243024;REVB=-0.0233872;RO=70;SAF=18;SAR=24;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483894;STB=0.535533;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0311975;OID=.;OPOS=12764879;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:70:70:42:43:0.380531:24:18:27:43:24:19:27:43 chr9 12775889 . A G 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0814762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5222;QD=35.5708;RBI=0.109792;REFB=0;REVB=-0.0735923;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279223;OID=.;OPOS=12775889;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr9 13105959 . T G 956.96 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.107;QD=57.9977;RBI=0.0801926;REFB=0;REVB=0.0761622;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131608;OID=.;OPOS=13105959;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:26:38:0:0:27:39:0:0 chr9 13112116 . A G 2086.18 PASS AF=0.985401;AO=134;DP=137;FAO=135;FDP=137;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0307236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.489;QD=60.9103;RBI=0.0741477;REFB=-0.108941;REVB=-0.0674829;RO=2;SAF=57;SAR=77;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163839;STB=0.508473;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00118851;OID=.;OPOS=13112116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:137:137:2:2:134:135:0.985401:77:57:2:0:77:58:2:0 chr9 13150531 . T C 1415.43 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00932867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.425;QD=62.908;RBI=0.0341555;REFB=0;REVB=0.0328569;RO=0;SAF=62;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.01361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.30058e-05;OID=.;OPOS=13150531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:28:62:0:0:28:62:0:0 chr9 13176312 . C T 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.244;QD=58.6002;RBI=0.0141883;REFB=0;REVB=0.00935854;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.82885e-06;OID=.;OPOS=13176312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr9 13408341 . C G 283.41 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.000931659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.698;QD=17.4405;RBI=0.00819583;REFB=-0.00237481;REVB=0.00814271;RO=33;SAF=13;SAR=18;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116669;STB=0.557962;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00185628;OID=.;OPOS=13408341;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:34:31:31:0.476923:18:13:18:15:18:13:18:16 chr9 14086771 . A T 40.84 PASS AF=0.227273;AO=2;DP=20;FAO=5;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0162171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.884;QD=7.42534;RBI=0.0200606;REFB=-0.0244109;REVB=0.0118082;RO=14;SAF=2;SAR=0;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.576453;STB=0.550814;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.075348;OID=.;OPOS=14086771;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:20:22:14:15:2:5:0.227273:0:2:6:8:3:2:7:8 chr9 14086779 . G T 42.16 PASS AF=0.304348;AO=9;DP=22;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00962623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.019;QD=7.33192;RBI=0.0166571;REFB=-0.00854983;REVB=0.0135939;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312786;STB=0.866454;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0272829;OID=.;OPOS=14086779;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:22:23:10:16:9:7:0.304348:4:5:2:8:1:6:5:11 chr9 14737506 . T G 784.38 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0514876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.836;QD=64.0311;RBI=0.052381;REFB=0;REVB=-0.00963297;RO=0;SAF=30;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000818432;OID=.;OPOS=14737506;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:19:30:0:0:19:30:0:0 chr9 14747723 . G A 609.55 PASS AF=0.521008;AO=61;DP=117;FAO=62;FDP=119;FR=.;FRO=57;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.00262503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.619;QD=20.4891;RBI=0.0120632;REFB=-0.0216285;REVB=-0.0117741;RO=55;SAF=31;SAR=30;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108907;STB=0.546204;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0161394;OID=.;OPOS=14747723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:55:57:61:62:0.521008:30:31:21:34:31:31:23:34 chr9 14770658 . G T 891.88 PASS AF=0.459596;AO=89;DP=196;FAO=91;FDP=198;FR=.;FRO=107;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=45;FSRR=62;FWDB=0.019376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.102;QD=18.0177;RBI=0.0211726;REFB=-0.0212135;REVB=0.00853517;RO=106;SAF=48;SAR=41;SRF=45;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112216;STB=0.557571;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.02355;OID=.;OPOS=14770658;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:198:106:107:89:91:0.459596:41:48:45:61:43:48:45:62 chr9 14775853 . A G 1335.58 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.381;QD=62.1198;RBI=0.0395513;REFB=0;REVB=0.0346531;RO=0;SAF=52;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129094;OID=.;OPOS=14775853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:33:52:0:0:34:52:0:0 chr9 14775859 . G A 425.36 PASS AF=0.477778;AO=43;DP=90;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0203925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.619;QD=18.9047;RBI=0.0265625;REFB=-0.0183504;REVB=-0.017021;RO=47;SAF=28;SAR=15;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137917;STB=0.57697;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0242312;OID=.;OPOS=14775859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:47:43:43:0.477778:15:28:24:23:15:28:24:23 chr9 14776140 . C T 338.31 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=0.0418678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7272;QD=17.5745;RBI=0.0436387;REFB=-0.020793;REVB=0.0123057;RO=41;SAF=20;SAR=16;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269114;STB=0.649639;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0262581;OID=.;OPOS=14776140;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:41:41:36:36:0.467532:16:20:11:30:16:20:11:30 chr9 14801710 . C A 687.43 PASS AF=0.540323;AO=67;DP=124;FAO=67;FDP=124;FR=.;FRO=57;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0124073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.916;QD=22.175;RBI=0.0245522;REFB=-0.0238935;REVB=0.0211865;RO=56;SAF=26;SAR=41;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139713;STB=0.580826;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0153636;OID=.;OPOS=14801710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:56:57:67:67:0.540323:41:26:31:25:41:26:32:25 chr9 14816829 . G C 91.77 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00923639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.123;QD=8.74016;RBI=0.0193872;REFB=0.00106472;REVB=0.0170456;RO=30;SAF=1;SAR=11;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.680212;STB=0.915972;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00855527;OID=.;OPOS=14816829;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:11:1:20:10:11:1:20:10 chr9 14824799 . G A 439.73 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0273887;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.504;QD=19.1188;RBI=0.0355872;REFB=-0.0136154;REVB=-0.0227224;RO=48;SAF=20;SAR=24;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100995;STB=0.556188;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0176646;OID=.;OPOS=14824799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:48:48:44:44:0.478261:24:20:27:21:24:20:27:21 chr9 14846036 . C G 234.99 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.026323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.526;QD=15.4088;RBI=0.0354574;REFB=-0.0118803;REVB=0.0237556;RO=34;SAF=15;SAR=12;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169273;STB=0.595598;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0139408;OID=.;OPOS=14846036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:12:15:13:21:12:15:13:21 chr9 14859356 . T C 350.4 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0482939;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8127;QD=22.9773;RBI=0.0484379;REFB=-0.0305153;REVB=-0.00373129;RO=26;SAF=19;SAR=16;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629778;STB=0.550953;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.020744;OID=.;OPOS=14859356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:16:19:12:14:16:19:11:15 chr9 15186860 . ATT ATA,AT,ATTT 31.1 PASS AF=0.0833333,0.194444,0;AO=3,8,4;DP=36;FAO=3,7,0;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=0,3,0;FSAR=3,4,0;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=0.0105835,0.128726,-0.12798;FXX=0.0270197;HRUN=6,6,6;LEN=1,1,1;MLLD=254.144,9.43426,9.22545;QD=3.45605;RBI=0.032257,0.133876,0.128227;REFB=-0.0070975,-0.0869061,0.0668347;REVB=-0.0304714,-0.0367751,-0.00794532;RO=19;SAF=0,3,4;SAR=3,5,0;SRF=15;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.727768,-0.446746,0.57201;STB=0.997706,0.726722,0.5;STBP=0.008,0.236,1;TYPE=snp,del,ins;VARB=0.203811,0.0985394,0.0633986;OID=.,.,.;OPOS=15186862,15186861,15186861;OREF=T,T,-;OALT=A,-,T;OMAPALT=ATA,AT,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0833333,0.194444,0:3,8,4:36:3,7,0:36:26:0,3,0:3,4,0:19:7:15:19:0,3,4:3,5,0:15:4 chr9 15188106 . T C 342.83 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0397413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.255;QD=18.7852;RBI=0.0429134;REFB=-0.0225493;REVB=0.0161923;RO=37;SAF=14;SAR=22;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0911475;STB=0.550832;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.025397;OID=.;OPOS=15188106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:22:14:18:19:22:14:18:19 chr9 15307090 . C T 478.29 PASS AF=0.464286;AO=51;DP=110;FAO=52;FDP=112;FR=.;FRO=60;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.00770855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.424;QD=17.0818;RBI=0.0203633;REFB=-0.0246773;REVB=0.0188479;RO=56;SAF=29;SAR=22;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986284;STB=0.548846;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0263667;OID=.;OPOS=15307090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:56:60:51:52:0.464286:22:29:26:30:23:29:28:32 chr9 15431952 . A C 510.97 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=96;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00425546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.527;QD=21.2905;RBI=0.0118495;REFB=-6.14825e-05;REVB=0.0110591;RO=47;SAF=14;SAR=35;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140903;STB=0.578198;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.000101262;OID=.;OPOS=15431952;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:47:47:49:49:0.510417:35:14:20:27:35:14:20:27 chr9 15464898 . C A 194.01 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0630542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8706;QD=16.8706;RBI=0.0682938;REFB=0.0249333;REVB=-0.026234;RO=26;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269621;STB=0.515403;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.0358935;OID=.;OPOS=15464898;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:11:9:11:15:11:9:11:15 chr9 15591372 . T A 163.7 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.00147673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.608;QD=13.3636;RBI=0.0148186;REFB=-0.00715012;REVB=-0.0147449;RO=31;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136855;STB=0.579355;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0141912;OID=.;OPOS=15591372;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:10:8:10:21:10:8:10:21 chr9 15591489 . CA C 30.5 PASS AF=0.214286;AO=12;DP=57;FAO=12;FDP=56;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0138967;FXX=0.0175408;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.3848;QD=2.17876;RBI=0.0285019;REFB=-0.0224605;REVB=0.0248846;RO=42;SAF=10;SAR=2;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.543193;STB=0.842466;STBP=0.013;TYPE=del;VARB=0.0609697;OID=.;OPOS=15591490;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.214286:12:57:12:56:44:10:2:17:27:30:42:10:2:16:26 chr9 15784631 . A G 412.7 PASS AF=0.711538;AO=37;DP=52;FAO=37;FDP=52;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.00891621;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.505;QD=31.746;RBI=0.00891747;REFB=0.00824875;REVB=0.000149559;RO=15;SAF=15;SAR=22;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116275;STB=0.562881;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.00227828;OID=.;OPOS=15784631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:15:15:37:37:0.711538:22:15:3:12:22:15:3:12 chr9 15922137 . A G 493.14 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=99;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00703791;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.713;QD=20.128;RBI=0.00876734;REFB=-0.0280843;REVB=0.0052282;RO=49;SAF=31;SAR=17;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0914507;STB=0.546544;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0347292;OID=.;OPOS=15922137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:49:50:48:48:0.489796:17:31:27:22:17:31:28:22 chr9 16410956 . G C 88.25 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0818034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.169;QD=39.2239;RBI=0.103258;REFB=0;REVB=0.0630106;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00276325;OID=.;OPOS=16410956;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:5:3:0:0:5:4:0:0 chr9 16411463 . G T 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.100976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7861;QD=59.4321;RBI=0.101248;REFB=0;REVB=-0.00741656;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.001809;OID=.;OPOS=16411463;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr9 16417431 . G A 1578.59 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4338;QD=59.5694;RBI=0.024413;REFB=0;REVB=0.0194;RO=0;SAF=46;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220045;OID=.;OPOS=16417431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:106:0:0:103:106:1:57:46:0:0:59:47:0:0 chr9 16418440 . TGGCCCCTCAA T 482.45 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154153;FXX=0.0465008;HRUN=2;LEN=10;MLLD=237.735;QD=47.0679;RBI=0.0169959;REFB=0;REVB=-0.00715747;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-2.58968e-05;OID=.;OPOS=16418441;OREF=GGCCCCTCAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:40:41:41:0:13:28:0:0:9:0:13:27:0:0 chr9 16418658 . C T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0590785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8089;QD=14.9781;RBI=0.0714553;REFB=0.00876676;REVB=-0.0401945;RO=10;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108107;STB=0.517207;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=-0.00901451;OID=.;OPOS=16418658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:11:10:10:0.47619:3:7:8:2:3:7:8:3 chr9 16436800 . G A 538.81 PASS AF=0.52381;AO=55;DP=105;FAO=55;FDP=105;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0119185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.616;QD=20.5262;RBI=0.012036;REFB=-0.0210759;REVB=0.00167832;RO=50;SAF=28;SAR=27;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0942488;STB=0.551849;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0165097;OID=.;OPOS=16436800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:50:50:55:55:0.52381:27:28:20:30:27:28:20:30 chr9 16685539 . T C 238.0 PASS AF=1;AO=16;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.104795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9961;QD=50.1042;RBI=0.1052;REFB=0;REVB=-0.00921661;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00191582;OID=.;OPOS=16685539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:16:19:1:9:7:0:0:9:10:0:0 chr9 17001122 . C A 809.57 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.393;QD=55.8321;RBI=0.0379977;REFB=0;REVB=0.0179248;RO=0;SAF=40;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01924e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106175;OID=.;OPOS=17001122;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:58:0:0:56:58:1:16:40:0:0:17:41:0:0 chr9 17001200 . C A 1529.81 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.262;QD=63.742;RBI=0.0338409;REFB=0;REVB=0.031276;RO=0;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30922e-05;OID=.;OPOS=17001200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:48:48:0:0:48:48:0:0 chr9 17001216 . A C 1449.51 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164795;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.712;QD=63.0223;RBI=0.017875;REFB=0;REVB=0.00692394;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00065861;OID=.;OPOS=17001216;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:91:92:1:47:44:0:0:48:44:0:0 chr9 17053994 . G A 124.96 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00356948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0852;QD=17.8514;RBI=0.00411443;REFB=-0.0537594;REVB=0.0020463;RO=14;SAF=2;SAR=12;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506809;STB=0.794705;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0277403;OID=.;OPOS=17053994;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:12:2:9:5:12:2:9:5 chr9 17054142 . A G 138.33 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0980885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1874;QD=11.7726;RBI=0.0987684;REFB=0.00531196;REVB=0.0115694;RO=29;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832081;STB=0.584304;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.0129453;OID=.;OPOS=17054142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:29:31:16:16:0.340426:12:4:9:20:12:4:11:20 chr9 17273731 . A G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00185811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.1;QD=13.4559;RBI=0.00489794;REFB=0.00574578;REVB=-0.00453181;RO=14;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0957667;STB=0.585202;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.00593519;OID=.;OPOS=17273731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:14:15:11:11:0.423077:3:8:9:5:3:8:9:6 chr9 17273754 . A C 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.000214337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.21;QD=14.6497;RBI=0.00775979;REFB=-0.00657684;REVB=-0.00775683;RO=19;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045221;STB=0.526278;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00790834;OID=.;OPOS=17273754;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:6:8:10:9:6:8:10:9 chr9 17342383 . C T 604.7 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00386006;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.975;QD=58.9951;RBI=0.00709494;REFB=-0.103306;REVB=0.00595298;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00342152;OID=.;OPOS=17342383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:41:0:1:40:40:0.97561:20:20:0:0:20:20:1:0 chr9 17394996 . T C 651.21 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00792279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.041;QD=62.0199;RBI=0.0236171;REFB=0;REVB=0.0222486;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.07207e-05;OID=.;OPOS=17394996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:22:19:0:0:23:19:0:0 chr9 17409366 . G A 770.62 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0151202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.066;QD=55.0446;RBI=0.0179918;REFB=0.115227;REVB=0.00975104;RO=1;SAF=16;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011936;STB=0.506327;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.00140997;OID=.;OPOS=17409366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:39:16:0:1:39:16:0:1 chr9 18504916 . T A 153.89 PASS AF=0.365385;AO=18;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00137928;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.074;QD=11.8375;RBI=0.0102239;REFB=-0.0178452;REVB=0.0101305;RO=31;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181006;STB=0.61588;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0351965;OID=.;OPOS=18504916;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:33:18:19:0.365385:8:10:12:19:8:11:13:20 chr9 18651156 . C T 250.27 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0152649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2468;QD=20.0214;RBI=0.0264724;REFB=-0.0168137;REVB=-0.021628;RO=26;SAF=14;SAR=10;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678662;STB=0.538163;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.00972299;OID=.;OPOS=18651156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:10:14:17:9:10:14:17:9 chr9 18651282 . A G 276.59 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00359525;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.027;QD=15.1554;RBI=0.0163332;REFB=-0.0143257;REVB=0.0159326;RO=42;SAF=14;SAR=17;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734077;STB=0.541566;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0250802;OID=.;OPOS=18651282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:17:14:22:20:17:14:22:20 chr9 18776840 . A C 501.57 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.85;QD=59.0088;RBI=0.0958416;REFB=0;REVB=-0.0947687;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000652445;OID=.;OPOS=18776840;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr9 18777368 . T C 253.58 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00330437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.805;QD=17.4883;RBI=0.0566996;REFB=-0.0150875;REVB=-0.0566032;RO=29;SAF=19;SAR=9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187664;STB=0.6152;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0197909;OID=.;OPOS=18777368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:30:28:28:0.482759:9:19:14:15:9:19:14:16 chr9 18887908 . G C 259.61 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=-0.00379826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8366;QD=11.9361;RBI=0.0041886;REFB=-0.0150084;REVB=-0.00176567;RO=56;SAF=22;SAR=9;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248191;STB=0.64389;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0233044;OID=.;OPOS=18887908;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:56:56:31:31:0.356322:9:22:28:28:9:22:28:28 chr9 18928312 . C G 349.78 PASS AF=0.469136;AO=35;DP=78;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00432108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.138;QD=17.2731;RBI=0.0473318;REFB=-0.000865483;REVB=0.0471342;RO=41;SAF=23;SAR=12;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146282;STB=0.550871;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00181681;OID=.;OPOS=18928312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:41:43:35:38:0.469136:12:23:21:20:15:23:22:21 chr9 18950787 . G A 391.08 PASS AF=0.364341;AO=46;DP=128;FAO=47;FDP=129;FR=.;FRO=82;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=53;FSRR=29;FWDB=-0.0109392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2262;QD=12.1265;RBI=0.0183141;REFB=0.00120193;REVB=-0.0146882;RO=73;SAF=21;SAR=25;SRF=46;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186179;STB=0.612099;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00366979;OID=.;OPOS=18950787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:73:82:46:47:0.364341:25:21:46:27:25:22:53:29 chr9 19058743 . G C 320.29 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.00647536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.701;QD=16.0146;RBI=0.0138224;REFB=-0.0179393;REVB=0.0122119;RO=45;SAF=15;SAR=20;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522648;STB=0.529395;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0236089;OID=.;OPOS=19058743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:45:35:35:0.4375:20:15:17:28:20:15:17:28 chr9 19058821 . A G 310.46 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0228141;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=56.9329;QD=16.3398;RBI=0.0239203;REFB=0.0142754;REVB=0.00719015;RO=42;SAF=16;SAR=18;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112935;STB=0.563344;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.0231436;OID=.;OPOS=19058821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:18:16:15:27:18:16:15:27 chr9 19060046 . C T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0544994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2321;QD=15.2621;RBI=0.0554095;REFB=-0.0386674;REVB=-0.0100013;RO=16;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112115;STB=0.565116;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.027031;OID=.;OPOS=19060046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:5:8:8:8:5:8:8:8 chr9 19063765 . A G 303.66 PASS AF=0.395349;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0208209;FXX=0.0337041;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.01;QD=14.1239;RBI=0.0222674;REFB=-0.00660699;REVB=0.00789473;RO=51;SAF=16;SAR=18;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0826072;STB=0.552493;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00881892;OID=.;OPOS=19063765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:86:51:52:34:34:0.395349:18:16:28:23:18:16:29:23 chr9 19089643 . T G 241.16 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0443787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4627;QD=14.6156;RBI=0.0444888;REFB=0.0289631;REVB=-0.00312801;RO=38;SAF=17;SAR=11;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00199619;STB=0.501133;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=-0.0351742;OID=.;OPOS=19089643;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:11:17:23:15:11:17:23:15 chr9 19461193 . G T 456.34 PASS AF=0.480392;AO=47;DP=99;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=0.00150295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7721;QD=17.8958;RBI=0.0702602;REFB=-0.0107649;REVB=-0.0702441;RO=52;SAF=21;SAR=26;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175879;STB=0.589484;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0112398;OID=.;OPOS=19461193;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:52:53:47:49:0.480392:26:21:33:19:27:22:33:20 chr9 19492973 . A G 357.79 PASS AF=0.545455;AO=36;DP=66;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0273779;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.489;QD=21.6841;RBI=0.0413417;REFB=-0.0162208;REVB=-0.0309772;RO=30;SAF=16;SAR=20;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00926141;STB=0.505117;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.013538;OID=.;OPOS=19492973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:30:36:36:0.545455:20:16:13:17:20:16:13:17 chr9 19576949 . T G 940.9 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0317849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.525;QD=57.024;RBI=0.0331127;REFB=-0.0476542;REVB=0.00928311;RO=1;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160106;STB=0.508472;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000356808;OID=.;OPOS=19576949;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:29:36:0:1:29:36:0:1 chr9 19622268 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0653175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.87;QD=49.5979;RBI=0.0732433;REFB=0;REVB=0.0331391;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000399258;OID=.;OPOS=19622268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr9 20418323 . T C 189.64 PASS AF=0.42;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00344588;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.313;QD=15.1713;RBI=0.00654953;REFB=-0.0169047;REVB=-0.00556976;RO=29;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153116;STB=0.508764;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0191538;OID=.;OPOS=20418323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:29:29:21:21:0.42:12:9:12:17:12:9:12:17 chr9 20786994 . G C 345.09 PASS AF=0.468354;AO=33;DP=74;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0324964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.947;QD=17.4729;RBI=0.0333917;REFB=-0.00400849;REVB=-0.00768066;RO=40;SAF=16;SAR=17;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147654;STB=0.505476;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0046979;OID=.;OPOS=20786994;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:79:40:42:33:37:0.468354:17:16:20:20:18:19:22:20 chr9 20866974 . C G 1153.39 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3005;QD=60.7047;RBI=0.0245588;REFB=0;REVB=0.014528;RO=0;SAF=48;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276416;OID=.;OPOS=20866974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:28:48:0:0:28:48:0:0 chr9 20885204 . A G 614.75 PASS AF=0.480916;AO=62;DP=129;FAO=63;FDP=131;FR=.;FRO=68;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.024254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.399;QD=18.7711;RBI=0.0278311;REFB=-0.0150828;REVB=-0.0136497;RO=65;SAF=34;SAR=28;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108614;STB=0.551766;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0203241;OID=.;OPOS=20885204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:131:65:68:62:63:0.480916:28:34:28:37:28:35:31:37 chr9 20953049 . A G 260.33 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0247877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.486;QD=16.7952;RBI=0.0270218;REFB=-0.0191111;REVB=-0.0107585;RO=32;SAF=10;SAR=19;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122275;STB=0.562086;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.016201;OID=.;OPOS=20953049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:32:33:29:29:0.467742:19:10:15:17:19:10:15:18 chr9 20988426 . A G 724.06 PASS AF=0.959184;AO=45;DP=48;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0111091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.426;QD=59.1069;RBI=0.0167551;REFB=-0.0104417;REVB=-0.0125427;RO=2;SAF=19;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469262;STB=0.523799;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.000951631;OID=.;OPOS=20988426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:49:2:2:45:47:0.959184:26:19:2:0:27:20:2:0 chr9 21029330 . T C 421.66 PASS AF=0.96875;AO=28;DP=29;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.019911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.902;QD=52.7078;RBI=0.0225353;REFB=0.0485339;REVB=0.0105543;RO=1;SAF=18;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251595;STB=0.51162;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.000289807;OID=.;OPOS=21029330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:32:1:1:28:31:0.96875:10:18:1:0:10:21:1:0 chr9 21166407 . T G 412.76 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=68;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0285539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5324;QD=24.2797;RBI=0.0318756;REFB=0.0153737;REVB=-0.0141679;RO=28;SAF=12;SAR=28;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128411;STB=0.507039;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.0106067;OID=.;OPOS=21166407;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:28:28:40:40:0.588235:28:12:8:20:28:12:8:20 chr9 21166659 . ACC AC,ACT 612.16 PASS AF=0.0232558,0.953488;AO=5,36;DP=42;FAO=1,41;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=1,17;FSAR=0,24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000621993,0.10768;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=19.2724,39.212;QD=56.9446;RBI=0.0239346,0.108078;REFB=-0.0476372,-0.0499783;REVB=0.0239265,0.00927238;RO=1;SAF=3,14;SAR=2,22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.121807,-0.0322556;STB=0.5,0.514279;STBP=1,0.301;TYPE=del,snp;VARB=0.0415075,0.00905751;OID=.,.;OPOS=21166660,21166661;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=AC,ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0232558,0.953488:5,36:42:1,41:43:1:1,17:0,24:1:0:7:1:3,14:2,22:1:0 chr9 21351168 . T C 310.78 PASS AF=0.382022;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=89;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=-0.0130077;FXX=0.0631512;HRUN=7;LEN=1;MLLD=111.624;QD=13.9678;RBI=0.0149636;REFB=-0.0140688;REVB=-0.00739672;RO=48;SAF=15;SAR=19;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115115;STB=0.572556;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0282127;OID=.;OPOS=21351168;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:89:48:55:34:34:0.382022:19:15:16:32:19:15:18:37 chr9 21481482 . TG CA,TA 363.23 PASS AF=0.0740741,0.925926;AO=2,24;DP=27;FAO=2,25;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=2,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169707,0.0459282;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=68.0593,111.174;QD=53.8117;RBI=0.0176051,0.0610112;REFB=0,0;REVB=0.00468358,0.0401617;RO=0;SAF=0,15;SAR=2,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0353344,-0.00131308;OID=.,.;OPOS=21481482,21481483;OREF=TG,G;OALT=CA,A;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:27:27:0:0:2,24:2,25:0.0740741,0.925926:2,9:0,15:0:0:2,9:0,16:0:0 chr9 21482181 . C A,G 1481.41 PASS AF=0.0408163,0.959184;AO=5,90;DP=96;FAO=4,94;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=1,59;FSAR=3,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0026032,0.023658;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=216.91,94.5439;QD=60.4658;RBI=0.0118527,0.0280976;REFB=-0.0592061,-0.0696956;REVB=-0.0115633,0.0151583;RO=0;SAF=2,56;SAR=3,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.483e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0201692,0.00365204;OID=.,.;OPOS=21482181,21482181;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:96:98:0:0:5,90:4,94:0.0408163,0.959184:3,34:2,56:0:0:3,35:1,59:0:0 chr9 21482238 . AAAT A 1394.74 PASS AF=0.991525;AO=103;DP=119;FAO=117;FDP=118;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0166291;FXX=0.0483832;HRUN=3;LEN=3;MLLD=231.08;QD=47.2793;RBI=0.0475571;REFB=-0.103712;REVB=0.0445551;RO=1;SAF=53;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00886897;STB=0.504201;STBP=0.501;TYPE=del;VARB=0.000151221;OID=.;OPOS=21482239;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.991525:103:119:117:118:1:59:58:1:0:19:1:53:50:1:0 chr9 21699406 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7195;QD=52.6128;RBI=0.0280547;REFB=0;REVB=0.0187452;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110359;OID=.;OPOS=21699406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr9 21699444 . C G,T 495.22 PASS AF=0.0294118,0.970588;AO=2,32;DP=34;FAO=1,33;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=1,17;FSAR=0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0082441,0.0374995;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=155.886,66.3367;QD=58.2608;RBI=0.0401124,0.0395924;REFB=0,0;REVB=-0.0392561,0.0127023;RO=0;SAF=1,17;SAR=1,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.113155,0.00111727;OID=.,.;OPOS=21699444,21699444;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:34:34:0:0:2,32:1,33:0.0294118,0.970588:1,15:1,17:0:0:0,16:1,17:0:0 chr9 21816758 . G A 183.15 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0129119;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.175;QD=16.6499;RBI=0.0174611;REFB=-0.00804756;REVB=-0.0117546;RO=24;SAF=12;SAR=7;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210735;STB=0.610052;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00857724;OID=.;OPOS=21816758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:25:19:19:0.431818:7:12:10:14:7:12:11:14 chr9 21968199 . C G 765.27 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.060348;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6192;QD=56.6869;RBI=0.0688716;REFB=0;REVB=-0.0331876;RO=0;SAF=37;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00108872;OID=.;OPOS=21968199;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:17:37:0:0:17:37:0:0 chr9 22029445 . G A 282.1 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0168512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.821;QD=22.5679;RBI=0.0250644;REFB=-0.00385356;REVB=-0.0185543;RO=24;SAF=13;SAR=13;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00447124;OID=.;OPOS=22029445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:13:13:12:12:13:13:12:12 chr9 24543732 . C T 187.73 PASS AF=0.444444;AO=18;DP=43;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.094636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2787;QD=16.6875;RBI=0.101269;REFB=-0.0228497;REVB=-0.0360467;RO=25;SAF=5;SAR=13;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976554;STB=0.538422;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0178129;OID=.;OPOS=24543732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:25:25:18:20:0.444444:13:5:9:16:14:6:9:16 chr9 24545513 . G A 1072.49 PASS AF=0.973333;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0185761;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=143.704;QD=57.1996;RBI=0.0270059;REFB=-0.0377115;REVB=0.0196023;RO=1;SAF=49;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192984;STB=0.519994;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00015401;OID=.;OPOS=24545513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:75:1:2:73:73:0.973333:24:49:0:1:24:49:0:2 chr9 24545957 . G C 260.55 PASS AF=0.509091;AO=27;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0125513;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.43;QD=18.9487;RBI=0.0135061;REFB=-0.00358474;REVB=-0.00498787;RO=27;SAF=5;SAR=22;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469922;STB=0.767571;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00283873;OID=.;OPOS=24545957;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:27:28:0.509091:22:5:18:9:23:5:18:9 chr9 24905556 . A G 1212.84 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0113687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.444;QD=59.8932;RBI=0.0182889;REFB=0.0565831;REVB=0.014326;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.505262;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.0001589;OID=.;OPOS=24905556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:1:80:80:0.987654:47:33:0:0:47:33:0:1 chr9 25678640 . T A 840.04 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108957;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.62;QD=57.9339;RBI=0.112733;REFB=0;REVB=0.0289324;RO=0;SAF=21;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169073;OID=.;OPOS=25678640;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:58:0:0:58:58:1:37:21:0:0:37:21:0:0 chr9 26116150 . G T 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0561864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.989;QD=52.6106;RBI=0.0565119;REFB=0;REVB=0.00605644;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000245685;OID=.;OPOS=26116150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:16:6:0:0:16:6:0:0 chr9 26892654 . G A 144.17 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00387888;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7393;QD=24.0285;RBI=0.0146986;REFB=-0.0242463;REVB=-0.0141775;RO=9;SAF=8;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132903;STB=0.574487;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0101016;OID=.;OPOS=26892654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:7:8:3:6:7:8:3:6 chr9 26895808 . A G 289.07 PASS AF=0.694444;AO=25;DP=36;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00066522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.629;QD=32.1184;RBI=0.0507874;REFB=-0.00793047;REVB=-0.050783;RO=11;SAF=9;SAR=16;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158638;STB=0.587085;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00281754;OID=.;OPOS=26895808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:11:11:25:25:0.694444:16:9:7:4:16:9:7:4 chr9 26978170 . A G 404.16 PASS AF=0.455446;AO=39;DP=95;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=0.00489848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.686;QD=16.0062;RBI=0.0053163;REFB=-0.0217508;REVB=-0.00206591;RO=53;SAF=26;SAR=13;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168627;STB=0.56538;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0246502;OID=.;OPOS=26978170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:101:53:55:39:46:0.455446:13:26:27:26:18:28:27:28 chr9 26978259 . A G 245.99 PASS AF=0.340909;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=40;FWDB=-0.0111091;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.021;QD=11.1811;RBI=0.0154652;REFB=-0.00495943;REVB=0.0107592;RO=57;SAF=11;SAR=19;SRF=18;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633551;STB=0.540807;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0116365;OID=.;OPOS=26978259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:57:58:30:30:0.340909:19:11:18:39:19:11:18:40 chr9 27183463 . A C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.958;QD=57.6805;RBI=0.0339885;REFB=0;REVB=0.0278838;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179977;OID=.;OPOS=27183463;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr9 27202870 . A G 181.36 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00492026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.023;QD=32.9747;RBI=0.00536675;REFB=-0.0347109;REVB=0.00214314;RO=5;SAF=5;SAR=12;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477925;STB=0.526285;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0112459;OID=.;OPOS=27202870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:22:22:5:5:17:17:0.772727:12:5:1:4:12:5:1:4 chr9 27213580 . T C 212.18 PASS AF=0.45098;AO=22;DP=50;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.00501292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.297;QD=16.6419;RBI=0.0313946;REFB=-0.00733241;REVB=0.0309918;RO=28;SAF=12;SAR=10;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208991;STB=0.626841;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0129473;OID=.;OPOS=27213580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:28:28:22:23:0.45098:10:12:21:7:11:12:21:7 chr9 27220066 . G A 266.09 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.0374535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.356;QD=15.8857;RBI=0.0493129;REFB=-0.0260673;REVB=-0.0320779;RO=36;SAF=22;SAR=8;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208809;STB=0.502536;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0377533;OID=.;OPOS=27220066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:37:30:30:0.447761:8:22:27:9:8:22:27:10 chr9 27230152 . G A 292.41 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=-0.0215532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.027;QD=14.6205;RBI=0.043929;REFB=-0.00929303;REVB=-0.0382782;RO=47;SAF=17;SAR=16;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180747;STB=0.60205;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0112124;OID=.;OPOS=27230152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:16:17:16:31:16:17:16:31 chr9 27328886 . C A 470.2 PASS AF=0.45614;AO=42;DP=104;FAO=52;FDP=114;FR=.;FRO=62;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=0.0205308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.973;QD=16.4983;RBI=0.0205335;REFB=-0.013461;REVB=-0.0003352;RO=55;SAF=15;SAR=27;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175917;STB=0.520966;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0181657;OID=.;OPOS=27328886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:114:55:62:42:52:0.45614:27:15:29:26:28:24:31:31 chr9 27328964 . C T 782.34 PASS AF=0.503145;AO=80;DP=160;FAO=80;FDP=159;FR=.;FRO=79;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=0.00520504;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.897;QD=19.6815;RBI=0.00526751;REFB=-0.0104716;REVB=-0.000808852;RO=77;SAF=41;SAR=39;SRF=30;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109494;STB=0.559515;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0107452;OID=.;OPOS=27328964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:159:77:79:80:80:0.503145:39:41:30:47:39:41:31:48 chr9 27524731 . A G 420.04 PASS AF=0.967742;AO=26;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000911525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1989;QD=54.1985;RBI=0.096223;REFB=-0.0107531;REVB=0.0962186;RO=1;SAF=7;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617811;STB=0.53331;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00135989;OID=.;OPOS=27524731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:26:30:0.967742:19:7:1:0:23:7:1:0 chr9 32069857 . T G 327.35 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0439491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7515;QD=50.3615;RBI=0.0999825;REFB=0.000998865;REVB=-0.0898052;RO=1;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370602;STB=0.519984;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.00135851;OID=.;OPOS=32069857;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:26:1:1:24:25:0.961538:12:12:0:1:12:13:0:1 chr9 32425910 . A G 647.06 PASS AF=0.462687;AO=61;DP=136;FAO=62;FDP=134;FR=.,HEALED;FRO=67;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.0244202;FXX=0.0147048;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3916;QD=19.3152;RBI=0.0268785;REFB=-0.027476;REVB=-0.0112298;RO=66;SAF=32;SAR=29;SRF=27;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108059;STB=0.550882;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0245757;OID=.;OPOS=32425910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:134:66:67:61:62:0.462687:29:32:27:39:30:32:28:39 chr9 32436014 . A G 316.36 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=29;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.0301217;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.779;QD=22.5972;RBI=0.030628;REFB=-0.0118143;REVB=0.00554618;RO=23;SAF=29;SAR=3;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21764;STB=0.616936;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.00810984;OID=.;OPOS=32436014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:23:24:32:32:0.571429:3:29:18:5:3:29:19:5 chr9 32450187 . T C 359.15 PASS AF=0.763158;AO=27;DP=36;FAO=29;FDP=38;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00359588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.299;QD=37.8054;RBI=0.046354;REFB=-0.0535592;REVB=0.0462143;RO=9;SAF=18;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109876;STB=0.543366;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.021741;OID=.;OPOS=32450187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:36:38:9:9:27:29:0.763158:9:18:4:5:11:18:4:5 chr9 32459450 . T G 278.83 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.000430997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.577;QD=16.4016;RBI=0.00968487;REFB=-0.00762814;REVB=0.00967528;RO=37;SAF=12;SAR=19;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175521;STB=0.59879;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0165316;OID=.;OPOS=32459450;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:19:12:21:16:19:12:21:16 chr9 32485280 . A G 40.3 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0394951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.591;QD=14.6539;RBI=0.0471227;REFB=0.0283392;REVB=-0.0257039;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247547;STB=0.651594;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.0468772;OID=.;OPOS=32485280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:5:1:2:3:5:1:2:3 chr9 32487521 . T C 573.03 PASS AF=0.540816;AO=53;DP=98;FAO=53;FDP=98;FR=.;FRO=45;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00992067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.442;QD=23.3891;RBI=0.0140484;REFB=-0.0177235;REVB=0.0099467;RO=45;SAF=26;SAR=27;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00140156;STB=0.50077;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0152948;OID=.;OPOS=32487521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:45:45:53:53:0.540816:27:26:22:23:27:26:22:23 chr9 32498291 . A G 583.3 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00673812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.751;QD=59.8258;RBI=0.0556298;REFB=0;REVB=0.0552202;RO=0;SAF=28;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316621;OID=.;OPOS=32498291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:10:28:0:0:11:28:0:0 chr9 32568024 . A G 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0332147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.318;QD=17.6438;RBI=0.0336105;REFB=0.000325826;REVB=0.00514268;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152681;STB=0.616187;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000171525;OID=.;OPOS=32568024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:6:7:9:9:0.5625:4:5:2:4:4:5:2:5 chr9 32568168 . A T 158.11 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0176009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.739;QD=17.0927;RBI=0.0176959;REFB=-0.0136858;REVB=-0.00183111;RO=20;SAF=5;SAR=12;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614792;STB=0.535273;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0112127;OID=.;OPOS=32568168;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:12:5:7:13:12:5:7:13 chr9 32568457 . G T 36.6 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0190382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8783;QD=7.32073;RBI=0.0250616;REFB=-0.0242512;REVB=-0.0162982;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187917;STB=0.620278;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0588284;OID=.;OPOS=32568457;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:2:4:7:7:2:4:7:7 chr9 32785399 . C T 1552.26 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00729851;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.185;QD=64.0107;RBI=0.0483293;REFB=0;REVB=-0.047775;RO=0;SAF=40;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000207098;OID=.;OPOS=32785399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:96:97:1:56:40:0:0:57:40:0:0 chr9 32785888 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0066776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=322.335;QD=48.7373;RBI=0.0184161;REFB=0;REVB=0.0171628;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43008e-05;OID=.;OPOS=32785888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr9 32786553 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.703;QD=47.8223;RBI=0.0229621;REFB=0;REVB=9.64595e-05;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151939;OID=.;OPOS=32786553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr9 32786586 . G T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.292;QD=53.2772;RBI=0.0377781;REFB=0;REVB=0.00614196;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010997;OID=.;OPOS=32786586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr9 32786653 . G T 289.68 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.052;QD=52.6685;RBI=0.0433786;REFB=0;REVB=0.00133868;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139058;OID=.;OPOS=32786653;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:9:12:0:0:9:13:0:0 chr9 32820257 . C T 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00108878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154;QD=62.9786;RBI=0.0149356;REFB=0;REVB=-0.0148958;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.17453e-05;OID=.;OPOS=32820257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr9 33026572 . T C 274.17 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=25;FWDB=0.0513388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5598;QD=17.6886;RBI=0.0513626;REFB=-0.0023475;REVB=-0.00156482;RO=30;SAF=12;SAR=18;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196305;STB=0.601336;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00212839;OID=.;OPOS=33026572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:30:32:30:30:0.483871:18:12:6:24:18:12:7:25 chr9 33240225 . G A 341.84 PASS AF=0.430233;AO=37;DP=86;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=13;FWDB=-0.00756723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.906;QD=15.8995;RBI=0.0231607;REFB=-0.0185189;REVB=0.0218896;RO=49;SAF=10;SAR=27;SRF=36;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456639;STB=0.756261;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0150546;OID=.;OPOS=33240225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:49:37:37:0.430233:27:10:36:13:27:10:36:13 chr9 33352826 . C A,CAAA 216.26 PASS AF=0.0363636,0.436364;AO=5,19;DP=57;FAO=2,24;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=2,12;FSAR=0,12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.045015,-0.0326631;FXX=0.0350816;HRUN=1,0;LEN=1,3;MLLD=35.7376,157.547;QD=15.7277;RBI=0.0802058,0.0326658;REFB=-0.00642922,0.00415668;REVB=-0.0663823,-0.000421937;RO=31;SAF=5,9;SAR=0,10;SRF=15;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.649995,-0.0108965;STB=0.994882,0.509426;STBP=0.181,0.917;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0321551,-0.00558356;OID=.,.;OPOS=33352826,33352827;OREF=C,-;OALT=A,AAA;OMAPALT=A,CAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:57:55:31:29:5,19:2,24:0.0363636,0.436364:0,10:5,9:15:16:0,12:2,12:14:15 chr9 33395195 . T TG 282.77 PASS AF=1;AO=4;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175166;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=87.4603;QD=45.2434;RBI=0.0175454;REFB=0;REVB=0.00100449;RO=21;SAF=4;SAR=0;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.651925;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=6.29715e-06;OID=.;OPOS=33395196;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:25:25:25:0:14:11:0:0:4:21:4:0:10:11 chr9 33395196 . A G 313.09 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0431073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.27;QD=50.094;RBI=0.0434329;REFB=-0.158045;REVB=-0.00530762;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343222;STB=0.518503;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00211933;OID=.;OPOS=33395196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:11:13:1:0:11:13:1:0 chr9 33442952 . G A 651.63 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.215;QD=62.0598;RBI=0.0564054;REFB=0;REVB=0.0533526;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301041;OID=.;OPOS=33442952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:21:19:0:0:21:21:0:0 chr9 33447424 . C G 3540.07 PASS AF=0.995652;AO=227;DP=231;FAO=229;FDP=230;FR=.;FRO=1;FSAF=105;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.019426;FXX=0.00432882;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.647;QD=61.5664;RBI=0.0244466;REFB=-0.110789;REVB=0.0148414;RO=3;SAF=105;SAR=122;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115716;STB=0.502008;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000137977;OID=.;OPOS=33447424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:231:230:3:1:227:229:0.995652:122:105:0:3:124:105:0:1 chr9 33461567 . A G 37.59 PASS AF=0.352941;AO=5;DP=16;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0279894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.401;QD=8.84491;RBI=0.0326667;REFB=-0.000783858;REVB=-0.0168436;RO=11;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154572;STB=0.529314;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.000205865;OID=.;OPOS=33461567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:17:11:11:5:6:0.352941:2:3:5:6:3:3:5:6 chr9 33461574 . C T 35.72 PASS AF=0.315789;AO=5;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0225488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.085;QD=7.52045;RBI=0.0498977;REFB=-0.0163768;REVB=-0.0445122;RO=13;SAF=3;SAR=2;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152232;STB=0.526228;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0403562;OID=.;OPOS=33461574;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:19:19:13:13:5:6:0.315789:2:3:6:7:3:3:6:7 chr9 33466219 . A C 213.83 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0237317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.423;QD=20.8611;RBI=0.0279175;REFB=-0.0156122;REVB=0.0147035;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227679;STB=0.512808;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0142608;OID=.;OPOS=33466219;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:11:10:9:11:11:10:9:11 chr9 33524684 . G A 633.1 PASS AF=1;AO=31;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.361;QD=61.7656;RBI=0.0605217;REFB=0;REVB=0.0560301;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0006987;OID=.;OPOS=33524684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:31:41:1:19:12:0:0:26:15:0:0 chr9 33566234 . C T 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.020913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.229;QD=18.6371;RBI=0.0327804;REFB=0.000180881;REVB=0.0252429;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137855;STB=0.592908;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.000118157;OID=.;OPOS=33566234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:16:16:16:0.5:7:9:6:9:7:9:6:10 chr9 33568789 . T G 261.55 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=0.00453115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.964;QD=14.7352;RBI=0.00671352;REFB=-0.00965688;REVB=0.00495379;RO=38;SAF=10;SAR=20;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938856;STB=0.550986;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0128848;OID=.;OPOS=33568789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:41:30:30:0.422535:20:10:16:22:20:10:17:24 chr9 33572347 . T C 177.2 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00945712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8898;QD=21.4789;RBI=0.0269247;REFB=0.00964527;REVB=0.0252092;RO=15;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189201;STB=0.605948;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.00652849;OID=.;OPOS=33572347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:9:9:11:4:9:9:11:4 chr9 33618358 . A G 295.66 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0147485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.522;QD=17.9186;RBI=0.0147875;REFB=-0.0159153;REVB=-0.00107258;RO=34;SAF=12;SAR=20;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118498;STB=0.566364;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.0138469;OID=.;OPOS=33618358;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:32:32:0.484848:20:12:17:17:20:12:17:17 chr9 33618460 . A T 541.49 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525597;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.661;QD=60.1653;RBI=0.056842;REFB=0;REVB=0.0216448;RO=0;SAF=5;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023625;OID=.;OPOS=33618460;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:30:5:0:0:31:5:0:0 chr9 33618497 . G A 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0314376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6347;QD=57.1993;RBI=0.0334819;REFB=0;REVB=0.0115201;RO=0;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000231378;OID=.;OPOS=33618497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:23:7:0:0:23:7:0:0 chr9 33625185 . C T 1098.96 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.597;QD=60.2168;RBI=0.0357118;REFB=0;REVB=0.0125507;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55617e-05;OID=.;OPOS=33625185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:73:0:0:66:73:1:32:34:0:0:34:39:0:0 chr9 33794797 . TGA T 41.37 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0203744;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=2;MLLD=234.26;QD=3.44783;RBI=0.0510657;REFB=-0.0165519;REVB=-0.0468251;RO=40;SAF=5;SAR=2;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315065;STB=0.696399;STBP=0.302;TYPE=del;VARB=0.0623276;OID=.;OPOS=33794798;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.145833:7:49:7:48:41:5:2:20:21:41:40:5:2:18:22 chr9 33794809 . G A 38.42 PASS AF=0.12963;AO=7;DP=54;FAO=7;FDP=54;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0189588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3858;QD=2.84585;RBI=0.0213176;REFB=0.0111325;REVB=0.00974702;RO=47;SAF=5;SAR=2;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292566;STB=0.713675;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.0232234;OID=.;OPOS=33794809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:54:54:47:47:7:7:0.12963:2:5:22:25:2:5:22:25 chr9 33794812 . G T 43.17 PASS AF=0.135593;AO=8;DP=58;FAO=8;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0156701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.121;QD=2.92676;RBI=0.0188614;REFB=0.000506091;REVB=-0.0104976;RO=50;SAF=6;SAR=2;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329695;STB=0.729846;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00608845;OID=.;OPOS=33794812;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:58:59:50:51:8:8:0.135593:2:6:24:26:2:6:25:26 chr9 33796690 . TGAG T 326.82 PASS AF=0.363636;AO=39;DP=115;FAO=40;FDP=110;FR=.;FRO=70;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=31;FWDB=-0.0109104;FXX=0.0517197;HRUN=1;LEN=3;MLLD=266.177;QD=11.8845;RBI=0.0136549;REFB=-0.0113604;REVB=-0.00821091;RO=68;SAF=21;SAR=18;SRF=38;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227802;STB=0.504593;STBP=0.944;TYPE=del;VARB=0.0188987;OID=.;OPOS=33796691;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:39:115:40:110:70:22:18:39:31:99:68:21:18:38:30 chr9 33796799 . A T 44.14 PASS AF=0.11236;AO=10;DP=91;FAO=10;FDP=89;FR=.;FRO=79;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=46;FWDB=-0.0193776;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.052;QD=1.98384;RBI=0.0193806;REFB=-0.00027638;REVB=0.000342114;RO=79;SAF=3;SAR=7;SRF=33;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150198;STB=0.612903;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00152605;OID=.;OPOS=33796799;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:91:89:79:79:10:10:0.11236:7:3:33:46:7:3:33:46 chr9 33798016 . CA CG,TG 419.12 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=27,2;DP=30;FAO=28,2;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10,1;FSAR=18,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237432,0.0221432;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,2;MLLD=115.772,102.425;QD=55.8824;RBI=0.0262828,0.0252274;REFB=0,0;REVB=0.0112715,-0.0120872;RO=0;SAF=9,1;SAR=18,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00114777,-0.00975417;OID=.,.;OPOS=33798017,33798016;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:30:30:0:0:27,2:28,2:0.933333,0.0666667:18,1:9,1:0:0:18,1:10,1:0:0 chr9 33917490 . TTAAAAAAT TAAAAAT,TAAAAATAC,TTAAAAACA,TTTAAAAAC,TTTAAAAAT 184.85 PASS AF=0.304348,0.217391,0.347826,0,0;AO=3,3,2,2,2;DP=28;FAO=7,5,8,0,0;FDP=23;FR=.;FRO=3;FSAF=2,5,1,0,0;FSAR=5,0,7,0,0;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0956888,-0.0478381,-0.0156341,0.0158467,0.124619;FXX=0.11534;HRUN=7,7,6,6,6;LEN=2,8,2,7,1;MLLD=13.9547,131.581,83.7021,81.5171,5.13152;QD=32.1484;RBI=0.114139,0.0482119,0.0157774,0.0167334,0.147867;REFB=-0.0942359,0.00574645,-0.0183645,-0.00619639,-0.115415;REVB=0.0622203,-0.0059918,0.00212136,-0.00537468,0.0795919;RO=3;SAF=1,3,0,0,0;SAR=2,0,2,2,2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0,0.712642,-0.599865,-0.599865,-0.599865;STB=0.517191,0.996984,0.608384,0.5,0.5;STBP=0.975,0.029,0.402,1,1;TYPE=del,mnp,mnp,mnp,snp;VARB=0.0668938,-0.0141372,-9.19245e-05,0.236774,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=33917491,33917491,33917497,33917492,33917492;OREF=TA,TAAAAAAT,AT,AAAAAAT,A;OALT=-,AAAAATAC,CA,TAAAAAC,T;OMAPALT=TAAAAAT,TAAAAATAC,TTAAAAACA,TTTAAAAAC,TTTAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.304348,0.217391,0.347826,0,0:3,3,2,2,2:28:7,5,8,0,0:23:3:2,5,1,0,0:5,0,7,0,0:1:2:51:3:1,3,0,0,0:2,0,2,2,2:1:2 chr9 33927899 . G A 1467.21 PASS AF=0.980769;AO=101;DP=104;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0397101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.274;QD=56.4313;RBI=0.0526994;REFB=-0.214938;REVB=0.0346458;RO=3;SAF=49;SAR=52;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00831281;STB=0.509432;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00287971;OID=.;OPOS=33927899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:104:3:2:101:102:0.980769:52:49:1:2:52:50:0:2 chr9 33935736 . A G 801.1 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00480715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.93;QD=57.2211;RBI=0.0477413;REFB=0;REVB=0.0474987;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159845;OID=.;OPOS=33935736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr9 33941759 . T C 417.41 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=90;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.00437265;FXX=0.0329634;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.458;QD=18.9731;RBI=0.0135518;REFB=-0.00851479;REVB=0.012827;RO=45;SAF=17;SAR=25;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00459579;STB=0.504482;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00641856;OID=.;OPOS=33941759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:45:46:42:42:0.477273:25:17:18:27:25:17:19:27 chr9 33971740 . A G 150.02 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0105308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.799;QD=16.2184;RBI=0.0114296;REFB=-0.000757944;REVB=-0.00444274;RO=20;SAF=11;SAR=5;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447755;STB=0.72867;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00155047;OID=.;OPOS=33971740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:20:16:17:0.459459:5:11:4:16:6:11:4:16 chr9 34017106 . C T 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0161587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.103;QD=14.1386;RBI=0.0341481;REFB=0.00376248;REVB=0.0300831;RO=20;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308058;STB=0.67625;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00575628;OID=.;OPOS=34017106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:7:7:4:16:7:7:4:16 chr9 34107505 . C T 226.55 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0124409;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.371;QD=13.5251;RBI=0.0202286;REFB=0.00746945;REVB=0.0159506;RO=39;SAF=18;SAR=9;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218512;STB=0.632553;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0118582;OID=.;OPOS=34107505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:40:27:27:0.402985:9:18:18:21:9:18:18:22 chr9 34206206 . G A 288.52 PASS AF=0.545455;AO=29;DP=54;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00509303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.452;QD=20.9833;RBI=0.0242372;REFB=0.0071589;REVB=-0.0236961;RO=25;SAF=12;SAR=17;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0894955;STB=0.555518;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=-0.00621764;OID=.;OPOS=34206206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:25:25:29:30:0.545455:17:12:13:12:18:12:13:12 chr9 34251943 . G C 171.92 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.0497733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1774;QD=18.0964;RBI=0.0734168;REFB=-0.0586227;REVB=0.053969;RO=20;SAF=15;SAR=3;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283788;STB=0.516111;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.031411;OID=.;OPOS=34251943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:3:15:17:3:3:15:17:3 chr9 34252466 . GCTAACTAAC GCTAAC,GCTAACTA 641.52 PASS AF=1,0;AO=31,5;DP=40;FAO=43,0;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00526816,0.00689107;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=4,2;MLLD=228.167,65.6;QD=59.6762;RBI=0.0270042,0.0278809;REFB=0,0;REVB=0.0264854,-0.0270158;RO=0;SAF=9,1;SAR=22,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.15349e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.000256425,0;OID=.,.;OPOS=34252467,34252474;OREF=CTAA,AC;OALT=-,-;OMAPALT=GCTAAC,GCTAACTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:31,5:40:43,0:43:0:13,0:30,0:0:0:4:0:9,1:22,4:0:0 chr9 34256347 . C T 145.56 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0259493;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.1;QD=16.1728;RBI=0.0343977;REFB=-0.0138836;REVB=0.0225795;RO=20;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871019;STB=0.549939;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0150096;OID=.;OPOS=34256347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:7:9:13:7:7:9:13:7 chr9 34257095 . G A 432.03 PASS AF=0.666667;AO=39;DP=59;FAO=40;FDP=60;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0101495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.547;QD=28.8019;RBI=0.0307055;REFB=-0.0196825;REVB=0.0289796;RO=20;SAF=11;SAR=28;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154513;STB=0.58666;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0108302;OID=.;OPOS=34257095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:20:20:39:40:0.666667:28:11:10:10:29:11:10:10 chr9 34310927 . T C 341.82 PASS AF=0.430233;AO=35;DP=84;FAO=37;FDP=86;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.00575925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.562;QD=15.8988;RBI=0.0492228;REFB=-0.00734181;REVB=0.0488847;RO=49;SAF=19;SAR=16;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00848191;STB=0.506013;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00872356;OID=.;OPOS=34310927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:49:49:35:37:0.430233:16:19:27:22:17:20:27:22 chr9 34311020 . T C 192.0 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0141131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.362;QD=11.8155;RBI=0.016956;REFB=-0.0157121;REVB=0.0093982;RO=41;SAF=14;SAR=10;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249487;STB=0.514424;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0179906;OID=.;OPOS=34311020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:10:14:23:18:10:14:23:18 chr9 34370020 . T A 89.31 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0333339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.5269;QD=23.8171;RBI=0.0872567;REFB=-0.189059;REVB=0.0806386;RO=4;SAF=9;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518926;STB=0.529356;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.105601;OID=.;OPOS=34370020;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:15:15:4:4:11:11:0.733333:2:9:3:1:2:9:3:1 chr9 34371788 . A T 842.37 PASS AF=0.693878;AO=67;DP=97;FAO=68;FDP=98;FR=.;FRO=30;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0092456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.316;QD=34.3823;RBI=0.0304006;REFB=-0.0488658;REVB=0.0289605;RO=28;SAF=28;SAR=39;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654922;STB=0.548098;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0258079;OID=.;OPOS=34371788;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:28:30:67:68:0.693878:39:28:15:13:40:28:17:13 chr9 34372783 . G C 501.57 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.505;QD=59.0082;RBI=0.0618631;REFB=0;REVB=0.0534432;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249037;OID=.;OPOS=34372783;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr9 34372873 . C G 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00155377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.436;QD=59.017;RBI=0.00685924;REFB=0;REVB=0.00668095;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12552e-05;OID=.;OPOS=34372873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:10:24:0:0:10:24:0:0 chr9 34372931 . T A 260.44 PASS AF=0.333333;AO=34;DP=101;FAO=34;FDP=102;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=-0.01452;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.495;QD=10.2132;RBI=0.0194542;REFB=-0.0094592;REVB=-0.0129475;RO=67;SAF=13;SAR=21;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00690132;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0200283;OID=.;OPOS=34372931;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:67:68:34:34:0.333333:21:13:26:41:21:13:26:42 chr9 34379692 . C T 549.61 PASS AF=0.554348;AO=50;DP=92;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00214533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3603;QD=23.8961;RBI=0.0359739;REFB=0.00781731;REVB=-0.0359099;RO=40;SAF=13;SAR=37;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280533;STB=0.639961;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0096738;OID=.;OPOS=34379692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:40:41:50:51:0.554348:37:13:23:17:37:14:23:18 chr9 34382726 . A G 475.82 PASS AF=0.528736;AO=46;DP=85;FAO=46;FDP=87;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0267363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1766;QD=21.8769;RBI=0.0494543;REFB=-0.0480433;REVB=-0.0416041;RO=37;SAF=23;SAR=23;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109571;STB=0.505745;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0311388;OID=.;OPOS=34382726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:37:41:46:46:0.528736:23:23:18:19:23:23:20:21 chr9 34397545 . A G 397.58 PASS AF=0.519481;AO=40;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=7;FWDB=-0.0322514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.069;QD=20.6535;RBI=0.036522;REFB=0.00662923;REVB=-0.0171378;RO=37;SAF=28;SAR=12;SRF=30;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121365;STB=0.566744;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00366136;OID=.;OPOS=34397545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:40:40:0.519481:12:28:30:7:12:28:30:7 chr9 34478671 . G A 231.1 PASS AF=0.578947;AO=15;DP=39;FAO=22;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0420479;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.019;QD=24.3258;RBI=0.0420486;REFB=-0.0281497;REVB=-0.000253278;RO=15;SAF=12;SAR=3;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.483869;STB=0.616009;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0383541;OID=.;OPOS=34478671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:15:16:15:22:0.578947:3:12:4:11:9:13:5:11 chr9 34514426 . C A 160.09 PASS AF=0.33871;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0259516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7715;QD=10.3281;RBI=0.0400081;REFB=-0.0135256;REVB=-0.0304494;RO=41;SAF=7;SAR=14;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233711;STB=0.63723;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0331375;OID=.;OPOS=34514426;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:41:21:21:0.33871:14:7:22:19:14:7:22:19 chr9 34521148 . G A 850.25 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221123;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.615;QD=55.7539;RBI=0.0221222;REFB=0;REVB=0.000662274;RO=0;SAF=43;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.41485e-05;OID=.;OPOS=34521148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:58:61:1:15:43:0:0:16:45:0:0 chr9 34622389 . A C 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9736;QD=56.1865;RBI=0.0185812;REFB=0;REVB=-0.00408267;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000519175;OID=.;OPOS=34622389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr9 34709541 . G C 44.54 PASS AF=0.134328;AO=9;DP=66;FAO=9;FDP=67;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.0110691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.493;QD=2.65904;RBI=0.0413781;REFB=-0.00146848;REVB=-0.0398701;RO=55;SAF=5;SAR=4;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188307;STB=0.620655;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0862689;OID=.;OPOS=34709541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:66:67:55:58:9:9:0.134328:4:5:22:33:4:5:24:34 chr9 34726671 . G A 868.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.132;QD=57.8839;RBI=0.0398075;REFB=0;REVB=0.0322347;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170801;OID=.;OPOS=34726671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:26:33:0:0:26:34:0:0 chr9 34835861 . C G 135.94 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0020038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3277;QD=17.5404;RBI=0.00200583;REFB=-0.00274775;REVB=9.03012e-05;RO=15;SAF=5;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0638684;STB=0.523777;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.00213309;OID=.;OPOS=34835861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:16:15:15:0.483871:10:5:6:9:10:5:6:10 chr9 34978431 . G A 301.3 PASS AF=0.458333;AO=32;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.00674139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.285;QD=16.7388;RBI=0.0148018;REFB=-0.00911966;REVB=0.0131775;RO=39;SAF=18;SAR=14;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528687;STB=0.522103;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0129465;OID=.;OPOS=34978431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:32:33:0.458333:14:18:24:15:14:19:24:15 chr9 35043291 . G T 498.79 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00283271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.1859;QD=58.681;RBI=0.0375687;REFB=0;REVB=0.0374617;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000708863;OID=.;OPOS=35043291;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chr9 35044493 . T A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00671073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.501;QD=40.7629;RBI=0.00904647;REFB=0;REVB=-0.0060667;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.20578e-06;OID=.;OPOS=35044493;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr9 35049508 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.835;QD=45.8068;RBI=0.0240904;REFB=0;REVB=0.00888883;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191923;OID=.;OPOS=35049508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr9 35062972 . C T 728.92 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.174;QD=57.1698;RBI=0.0688807;REFB=0;REVB=0.066755;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293428;OID=.;OPOS=35062972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr9 35089432 . AG A 167.26 PASS AF=0.954545;AO=13;DP=23;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.128736;FXX=0.0434594;HRUN=2;LEN=1;MLLD=13.3709;QD=30.4112;RBI=0.184657;REFB=0.0400806;REVB=-0.132383;RO=2;SAF=11;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0.285418;SSSB=0.14104;STB=0.526291;STBP=0.292;TYPE=del;VARB=0.00998552;OID=.;OPOS=35089433;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.954545:13:23:21:22:1:12:9:0:1:4:2:11:2:1:1 chr9 35105257 . G A 1521.61 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0181884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8736;QD=61.4791;RBI=0.0573467;REFB=-0.216781;REVB=0.0543859;RO=2;SAF=56;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00303283;STB=0.501599;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00237928;OID=.;OPOS=35105257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:2:2:97:97:0.979798:41:56:1:1:41:56:1:1 chr9 35107858 . C T 293.18 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126691;FXX=0.0434594;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.127;QD=53.3059;RBI=0.0137527;REFB=0;REVB=0.00535083;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.92477e-06;OID=.;OPOS=35107858;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr9 35480564 . T C 737.98 PASS AF=0.421053;AO=80;DP=190;FAO=80;FDP=190;FR=.;FRO=110;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=47;FSRR=63;FWDB=-0.00883059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.008;QD=15.5364;RBI=0.00945056;REFB=-0.021179;REVB=-0.00336655;RO=109;SAF=34;SAR=46;SRF=47;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00653039;STB=0.501345;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0275786;OID=.;OPOS=35480564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:190:109:110:80:80:0.421053:46:34:47:62:46:34:47:63 chr9 35482075 . T C 265.63 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.00155356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.452;QD=13.2815;RBI=0.0147904;REFB=-0.015047;REVB=-0.0147086;RO=48;SAF=24;SAR=7;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327525;STB=0.684324;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0164382;OID=.;OPOS=35482075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:49:31:31:0.3875:7:24:24:24:7:24:25:24 chr9 35482149 . C T 243.69 PASS AF=0.326087;AO=30;DP=93;FAO=30;FDP=92;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.032446;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5937;QD=10.5951;RBI=0.0348618;REFB=0.00233227;REVB=0.0127515;RO=62;SAF=17;SAR=13;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132628;STB=0.577261;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.0048662;OID=.;OPOS=35482149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:62:62:30:30:0.326087:13:17:28:34:13:17:28:34 chr9 35546735 . A G 306.28 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.321;QD=53.266;RBI=0.0364791;REFB=0;REVB=0.0291002;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421609;OID=.;OPOS=35546735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr9 35559213 . C T 228.34 PASS AF=0.480769;AO=24;DP=51;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00859939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.87;QD=17.5645;RBI=0.0336009;REFB=-0.0232953;REVB=0.0324819;RO=27;SAF=10;SAR=14;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164399;STB=0.59992;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0281395;OID=.;OPOS=35559213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:27:27:24:25:0.480769:14:10:16:11:15:10:16:11 chr9 35606884 . G A 322.96 PASS AF=0.507463;AO=33;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0259618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.664;QD=19.2811;RBI=0.0279305;REFB=9.16915e-05;REVB=-0.0103003;RO=32;SAF=20;SAR=13;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399079;STB=0.521606;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-6.25876e-05;OID=.;OPOS=35606884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:33:33:34:0.507463:13:20:18:14:13:21:19:14 chr9 35657853 . G A 226.19 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0114064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.958;QD=13.3052;RBI=0.0199301;REFB=-0.0374422;REVB=-0.0163433;RO=41;SAF=11;SAR=16;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0860379;STB=0.549243;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0294821;OID=.;OPOS=35657853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:16:11:20:21:16:11:20:21 chr9 35660990 . A G 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00129114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.296;QD=60.2295;RBI=0.018246;REFB=0;REVB=-0.0182003;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110513;OID=.;OPOS=35660990;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr9 35663228 . GG CA,CG 357.06 PASS AF=0.0714286,0.892857;AO=2,25;DP=28;FAO=2,25;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=0,8;FSAR=2,17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0146375,-0.00921568;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=139.507,91.2638;QD=51.0078;RBI=0.0177891,0.0486578;REFB=-0.000907819,-0.0955191;REVB=0.0101092,0.0477771;RO=1;SAF=0,8;SAR=2,17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.026521;STB=0.5,0.514274;STBP=1,0.599;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0353923,0.00495719;OID=.,.;OPOS=35663228,35663228;OREF=GG,G;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:28:28:1:1:2,25:2,25:0.0714286,0.892857:2,17:0,8:0:1:2,17:0,8:0:1 chr9 35674053 . G A 784.99 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.713;QD=64.0804;RBI=0.0588413;REFB=0;REVB=0.0374379;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385083;OID=.;OPOS=35674053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:18:30:0:0:18:31:0:0 chr9 35704150 . C T 129.82 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00644461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.145;QD=43.2747;RBI=0.00702496;REFB=0;REVB=0.0027959;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103352;OID=.;OPOS=35704150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr9 35737041 . G A 207.9 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=45;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0125284;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.973;QD=17.6938;RBI=0.0240904;REFB=-0.0131447;REVB=-0.0205764;RO=18;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976358;STB=0.520588;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0284545;OID=.;OPOS=35737041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:18:26:20:21:0.446809:12:8:7:11:13:8:9:17 chr9 35753170 . C A 430.64 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0122572;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=272.144;QD=53.83;RBI=0.0264419;REFB=-0.0993779;REVB=0.0234294;RO=1;SAF=9;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489889;STB=0.526298;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.000328384;OID=.;OPOS=35753170;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:32:32:1:1:30:31:0.96875:21:9:1:0:22:9:1:0 chr9 35841783 . G A 539.22 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0880293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.931;QD=55.3042;RBI=0.0905229;REFB=-0.0762965;REVB=0.0211005;RO=2;SAF=16;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549974;STB=0.514278;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0024408;OID=.;OPOS=35841783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:39:39:2:1:37:38:0.974359:21:16:2:0:21:17:1:0 chr9 35910690 . G A 173.86 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0359266;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8473;QD=18.3009;RBI=0.0434171;REFB=-0.0346812;REVB=0.0243788;RO=20;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418177;STB=0.523783;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0328884;OID=.;OPOS=35910690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:20:20:18:18:0.473684:8:10:12:8:8:10:12:8 chr9 35957355 . G A 223.17 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0142709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.556;QD=16.531;RBI=0.0171587;REFB=-0.0242902;REVB=0.00952697;RO=27;SAF=15;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14441;STB=0.563858;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0245329;OID=.;OPOS=35957355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:27:29:25:25:0.462963:10:15:12:15:10:15:14:15 chr9 35957669 . T C 38.03 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0539095;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7398;QD=8.0063;RBI=0.0693896;REFB=0.00416668;REVB=-0.0436884;RO=13;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144953;STB=0.592275;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.0239212;OID=.;OPOS=35957669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:19:19:13:13:6:6:0.315789:2:4:7:6:2:4:7:6 chr9 35958047 . T C 112.9 PASS AF=0.35;AO=13;DP=38;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=-0.00797641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.761;QD=11.2896;RBI=0.010982;REFB=-0.0172419;REVB=-0.00754854;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305393;STB=0.663922;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0303866;OID=.;OPOS=35958047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:25:26:13:14:0.35:6:7:20:5:6:8:21:5 chr9 36066899 . T C 724.07 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00475182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.001;QD=54.6471;RBI=0.0165648;REFB=-0.00825447;REVB=0.0158686;RO=1;SAF=21;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218994;STB=0.511623;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=5.86228e-05;OID=.;OPOS=36066899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:31:21:1:0:31:21:1:0 chr9 36085307 . C T 490.57 PASS AF=1;AO=33;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.796;QD=54.508;RBI=0.0595078;REFB=-0.159333;REVB=0.0047787;RO=1;SAF=16;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283046;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00422106;OID=.;OPOS=36085307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:36:36:1:0:33:36:1:17:16:1:0:18:18:0:0 chr9 36087876 . G A 1852.61 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.406;QD=61.2432;RBI=0.105002;REFB=0;REVB=0.0193407;RO=0;SAF=63;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20366e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237408;OID=.;OPOS=36087876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:121:0:0:115:121:1:52:63:0:0:54:67:0:0 chr9 36169894 . A G 231.06 PASS AF=0.464286;AO=25;DP=55;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.026624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.577;QD=16.5042;RBI=0.0283216;REFB=-0.0295836;REVB=-0.0096581;RO=30;SAF=10;SAR=15;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16114;STB=0.598262;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0189457;OID=.;OPOS=36169894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:30:30:25:26:0.464286:15:10:17:13:16:10:17:13 chr9 36674842 . C T 519.95 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00530267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9426;QD=59.423;RBI=0.0836986;REFB=0;REVB=-0.0835305;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000883519;OID=.;OPOS=36674842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr9 36840621 . T TA 137.62 PASS AF=1;AO=5;DP=35;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0812566;FXX=0.281162;HRUN=1;LEN=1;MLLD=10.5694;QD=23.9338;RBI=0.116946;REFB=0;REVB=0.0841059;RO=30;SAF=5;SAR=0;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.636787;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0241056;OID=.;OPOS=36840622;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:35:23:23:0:18:5:0:0:4:30:5:0:16:14 chr9 36840623 . G A 442.24 PASS AF=1;AO=27;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.245462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6533;QD=55.2796;RBI=0.253255;REFB=0;REVB=0.062344;RO=5;SAF=14;SAR=13;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140229;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00326476;OID=.;OPOS=36840623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:5:0:27:32:1:13:14:5:0:13:19:0:0 chr9 37428583 . C T 173.9 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0175514;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.331;QD=18.3054;RBI=0.0234297;REFB=-0.0258906;REVB=0.015521;RO=19;SAF=5;SAR=13;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330252;STB=0.677709;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0215728;OID=.;OPOS=37428583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:19:20:18:18:0.473684:13:5:12:7:13:5:12:8 chr9 37429814 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.993;QD=48.7357;RBI=0.0681095;REFB=0;REVB=-0.000453433;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107158;OID=.;OPOS=37429814;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:8:8:0:0:9:8:0:0 chr9 37439785 . G GAAAC 219.09 PASS AF=0.714286;AO=18;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00199222;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=4;MLLD=257.194;QD=31.2981;RBI=0.0154883;REFB=-0.0441792;REVB=0.0153597;RO=8;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100229;STB=0.565151;STBP=0.264;TYPE=ins;VARB=0.0108273;OID=.;OPOS=37439786;OREF=-;OALT=AAAC;OMAPALT=GAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.714286:18:28:20:28:8:8:12:5:3:54:8:8:10:5:3 chr9 37440201 . AAT AAA,AA,A 45.76 PASS AF=0,0,0.258065;AO=2,5,6;DP=34;FAO=0,0,8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=0,0,6;FSAR=0,0,2;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00800286,-0.154486,-0.169078;FXX=0.0882094;HRUN=8,8,6;LEN=1,1,2;MLLD=13.644,8.08262,18.6733;QD=5.90445;RBI=0.144288,0.166066,0.191223;REFB=-0.0154383,-0.0407905,-0.0220635;REVB=-0.144066,-0.0609254,0.0893234;RO=14;SAF=1,2,5;SAR=1,3,1;SRF=8;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0725367,-0.189489,0.34828;STB=0.5,0.5,0.711313;STBP=1,1,0.177;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.023294,0.0180181;OID=.,.,.;OPOS=37440203,37440203,37440202;OREF=T,T,AT;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAA,AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0,0.258065:2,5,6:34:0,0,8:31:23:0,0,6:0,0,2:11:12:43:14:1,2,5:1,3,1:8:6 chr9 37441808 . A G 578.97 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.285;QD=59.3814;RBI=0.053123;REFB=0;REVB=-0.00779476;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00131289;OID=.;OPOS=37441808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:21:16:0:0:21:18:0:0 chr9 37486603 . A G 186.89 PASS AF=0.513514;AO=18;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=-0.023714;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7067;QD=20.2041;RBI=0.0245237;REFB=-0.0083891;REVB=0.00624986;RO=17;SAF=3;SAR=15;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809187;STB=0.54541;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0170561;OID=.;OPOS=37486603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:18:18:19:0.513514:15:3:2:15:16:3:2:16 chr9 37503124 . G A 1455.24 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0436308;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9363;QD=61.9252;RBI=0.0514379;REFB=-0.0281063;REVB=0.0272435;RO=1;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938488;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153784;OID=.;OPOS=37503124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:90:94:1:0:89:94:1:50:39:0:1:50:44:0:0 chr9 37537557 . G A 147.43 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0780997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8897;QD=36.8574;RBI=0.15892;REFB=-0.0585939;REVB=0.138405;RO=2;SAF=8;SAR=6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100822;STB=0.555478;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0309984;OID=.;OPOS=37537557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:14:14:0.875:6:8:2:0:6:8:2:0 chr9 37692654 . A C 282.35 PASS AF=0.362637;AO=33;DP=91;FAO=33;FDP=91;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=9;FSRF=46;FSRR=12;FWDB=-0.00641143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.408;QD=12.4109;RBI=0.00646261;REFB=-0.00529052;REVB=-0.000811695;RO=56;SAF=24;SAR=9;SRF=46;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141335;STB=0.555524;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00960416;OID=.;OPOS=37692654;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:56:58:33:33:0.362637:9:24:46:10:9:24:46:12 chr9 37729786 . C T 459.25 PASS AF=0.439655;AO=50;DP=116;FAO=51;FDP=116;FR=.;FRO=65;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.0138008;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.0412;QD=15.8362;RBI=0.0146768;REFB=-0.027109;REVB=0.00499469;RO=65;SAF=25;SAR=25;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00775838;STB=0.501183;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0270653;OID=.;OPOS=37729786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:65:65:50:51:0.439655:25:25:33:32:25:26:33:32 chr9 37731007 . C T 161.56 PASS AF=0.344262;AO=20;DP=60;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.026576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8256;QD=10.594;RBI=0.03408;REFB=-0.00770766;REVB=0.0213346;RO=40;SAF=5;SAR=15;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226408;STB=0.643362;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.022434;OID=.;OPOS=37731007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:40:40:20:21:0.344262:15:5:17:23:16:5:17:23 chr9 37740669 . C T 220.92 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0161972;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.192;QD=18.0345;RBI=0.0209347;REFB=-0.000304955;REVB=0.0132632;RO=27;SAF=7;SAR=15;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238047;STB=0.635711;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.000481477;OID=.;OPOS=37740669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:15:7:15:12:15:7:15:12 chr9 37974743 . T C 833.5 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.137;QD=57.4827;RBI=0.0215392;REFB=0;REVB=0.0187338;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.65939e-05;OID=.;OPOS=37974743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:31:26:0:0:31:27:0:0 chr9 38395940 . T C 883.44 PASS AF=0.969231;AO=50;DP=68;FAO=63;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.083197;FXX=0.0441112;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.5774;QD=54.3655;RBI=0.10183;REFB=-0.0124373;REVB=0.0587166;RO=0;SAF=37;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.32377e-08;STB=0.509431;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.000698935;OID=.;OPOS=38395940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:65:0:1:50:63:0.969231:13:37:0:0:26:37:0:1 chr9 38396065 . G T 465.08 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.354;QD=58.1345;RBI=0.0492515;REFB=0;REVB=0.0425191;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466847;OID=.;OPOS=38396065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr9 38396502 . G A 519.99 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00784399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.733;QD=59.4277;RBI=0.0171576;REFB=0;REVB=-0.0152596;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.84928e-05;OID=.;OPOS=38396502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr9 38397355 . G C 115.96 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6544;QD=42.1655;RBI=0.0377989;REFB=0;REVB=0.0358602;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000737222;OID=.;OPOS=38397355;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr9 38397915 . G A 79.09 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372021;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.975;QD=39.5458;RBI=0.0740372;REFB=0;REVB=0.0640118;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00264947;OID=.;OPOS=38397915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr9 38528531 . T C 601.15 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00438824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.573;QD=58.6486;RBI=0.0389101;REFB=-0.0676612;REVB=0.0386618;RO=1;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267872;STB=0.514279;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00123385;OID=.;OPOS=38528531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:17:23:0:1:17:23:0:1 chr9 38593864 . TA T,TG,TT 562.48 PASS AF=0.878378,0.0135135,0.0135135;AO=33,4,4;DP=70;FAO=65,1,1;FDP=74;FR=.;FRO=7;FSAF=15,1,0;FSAR=50,0,1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0827101,-0.0616137,0.0947009;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=13.953,52.9546,9.77453;QD=30.4045;RBI=0.258427,0.0683087,0.174477;REFB=-0.17994,-0.0423222,-0.091468;REVB=0.244834,0.0294929,0.14654;RO=22;SAF=0,4,0;SAR=33,0,4;SRF=8;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.854035,0.689182,-0.596482;STB=0.561778,0.985273,0.992551;STBP=0.007,0.522,0.268;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.138454,-0.00215943,-0.00113882;OID=.,.,.;OPOS=38593865,38593865,38593865;OREF=A,A,A;OALT=-,G,T;OMAPALT=T,TG,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.878378,0.0135135,0.0135135:33,4,4:70:65,1,1:74:7:15,1,0:50,0,1:5:2:12:22:0,4,0:33,0,4:8:14 chr9 38615698 . C T 602.45 PASS AF=0.504132;AO=61;DP=122;FAO=61;FDP=121;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0109429;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0957;QD=19.9157;RBI=0.0805879;REFB=0.00129769;REVB=-0.0798415;RO=60;SAF=27;SAR=34;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218316;STB=0.512044;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.00174427;OID=.;OPOS=38615698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:60:60:61:61:0.504132:34:27:28:32:34:27:28:32 chr9 38621344 . G A 133.46 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.000808538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.937;QD=15.7007;RBI=0.0176303;REFB=-0.0408555;REVB=0.0176118;RO=19;SAF=11;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171752;STB=0.599859;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0458793;OID=.;OPOS=38621344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:4:11:11:8:4:11:11:8 chr9 39118205 . G T 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.3036;QD=44.6867;RBI=0.064246;REFB=0;REVB=-0.056254;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000567862;OID=.;OPOS=39118205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr9 39118207 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0697118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4158;QD=44.6889;RBI=0.0731073;REFB=0;REVB=-0.0220214;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023927;OID=.;OPOS=39118207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr9 39133031 . C A 88.99 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0628388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8825;QD=27.3814;RBI=0.199663;REFB=-0.0345214;REVB=0.189517;RO=3;SAF=9;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128039;STB=0.5713;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0257097;OID=.;OPOS=39133031;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:1:9:3:0:1:9:3:0 chr9 39287976 . C T 35.21 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=20;FWDB=-0.0550965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.924;QD=5.21594;RBI=0.0571339;REFB=-0.00366732;REVB=-0.0151216;RO=21;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.509367;STB=0.799463;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00644256;OID=.;OPOS=39287976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:4:2:1:20:4:2:1:20 chr9 40503085 . A G 920.49 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00378919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.981;QD=58.4439;RBI=0.0132382;REFB=0;REVB=0.0126843;RO=0;SAF=17;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14905e-05;OID=.;OPOS=40503085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:45:17:0:0:45:18:0:0 chr9 40784183 . A G 686.99 PASS AF=1;AO=34;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.529;QD=62.4536;RBI=0.0490149;REFB=0;REVB=-0.0121639;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352135;OID=.;OPOS=40784183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:34:44:1:16:18:0:0:20:24:0:0 chr9 43685298 . G T 319.96 PASS AF=0.8125;AO=26;DP=32;FAO=26;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0144805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1598;QD=39.9944;RBI=0.0166759;REFB=-0.0228347;REVB=-0.00827052;RO=6;SAF=12;SAR=14;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.07083;STB=0.538432;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00920297;OID=.;OPOS=43685298;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:6:6:26:26:0.8125:14:12:4:2:14:12:4:2 chr9 43709732 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0267482;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.148;QD=35.5757;RBI=0.0334904;REFB=0;REVB=-0.020153;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000585195;OID=.;OPOS=43709732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr9 43818062 . T A 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00924144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.93;QD=55.0973;RBI=0.0368406;REFB=0;REVB=0.0356626;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144769;OID=.;OPOS=43818062;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr9 66457051 . G A 31.82 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=13;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00457791;FXX=0.076864;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.475;QD=10.6081;RBI=0.0391667;REFB=-0.0114994;REVB=-0.0388982;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115149;STB=0.571156;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.01356;OID=.;OPOS=66457051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:13:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:5:2:2:3:5:2 chr9 66457216 . A G 32.35 PASS AF=0.625;AO=4;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0336024;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.418;QD=16.1751;RBI=0.0362093;REFB=-0.00632393;REVB=-0.0134904;RO=3;SAF=2;SAR=2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357477;STB=0.666107;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00130187;OID=.;OPOS=66457216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:4:5:0.625:2:2:0:3:3:2:0:3 chr9 66457451 . T C 32.48 PASS AF=0.125;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0105037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.407;QD=2.70695;RBI=0.0105061;REFB=0.000560376;REVB=0.000225181;RO=40;SAF=3;SAR=3;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293755;STB=0.541529;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=-0.00222913;OID=.;OPOS=66457451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:48:40:42:6:6:0.125:3:3:21:19:3:3:23:19 chr9 66457460 . G A 32.15 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00682851;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.228;QD=2.52178;RBI=0.0157131;REFB=-0.00291654;REVB=-0.0141518;RO=47;SAF=3;SAR=3;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122958;STB=0.529314;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0221054;OID=.;OPOS=66457460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:53:51:47:45:6:6:0.117647:3:3:24:23:3:3:24:21 chr9 66457465 . T G 116.95 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0108849;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.943;QD=9.17224;RBI=0.0394703;REFB=-0.0126737;REVB=-0.0379397;RO=36;SAF=6;SAR=9;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181256;STB=0.60923;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0324198;OID=.;OPOS=66457465;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:36:36:15:15:0.294118:9:6:20:16:9:6:20:16 chr9 66457480 . G A 57.45 PASS AF=0.169492;AO=9;DP=59;FAO=10;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0408318;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4689;QD=3.89494;RBI=0.108689;REFB=0.00540416;REVB=0.100728;RO=48;SAF=4;SAR=5;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878119;STB=0.510617;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.0181359;OID=.;OPOS=66457480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:59:59:48:49:9:10:0.169492:5:4:18:30:6:4:19:30 chr9 66457498 . G T 68.74 PASS AF=0.179104;AO=12;DP=70;FAO=12;FDP=67;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0137549;FXX=0.042851;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.11;QD=4.10358;RBI=0.0348969;REFB=-0.0103263;REVB=-0.0320717;RO=55;SAF=3;SAR=9;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20989;STB=0.640774;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0365865;OID=.;OPOS=66457498;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:70:67:55:55:12:12:0.179104:9:3:22:33:9:3:22:33 chr9 66457549 . A T 76.53 PASS AF=0.168675;AO=13;DP=89;FAO=14;FDP=83;FR=.;FRO=69;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=-0.0180879;FXX=0.0978155;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.678;QD=3.68822;RBI=0.0489145;REFB=-0.0124226;REVB=-0.0454473;RO=66;SAF=5;SAR=8;SRF=24;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279731;STB=0.508463;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0501412;OID=.;OPOS=66457549;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:89:83:66:69:13:14:0.168675:8:5:24:42:9:5:24:45 chr9 66457585 . G T 68.47 PASS AF=0.170732;AO=12;DP=81;FAO=14;FDP=82;FR=.;FRO=68;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=45;FWDB=-0.0227673;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.752;QD=3.3398;RBI=0.0231631;REFB=-0.00708288;REVB=0.00426331;RO=68;SAF=7;SAR=5;SRF=23;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3;STB=0.633969;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0185732;OID=.;OPOS=66457585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:81:82:68:68:12:14:0.170732:5:7:23:45:7:7:23:45 chr9 66457594 . A G 431.59 PASS AF=0.594203;AO=39;DP=74;FAO=41;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=24;FWDB=0.000730684;FXX=0.0920931;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.72;QD=25.0194;RBI=0.00919819;REFB=-0.036573;REVB=0.00916912;RO=27;SAF=21;SAR=18;SRF=3;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31464;STB=0.65805;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0160523;OID=.;OPOS=66457594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:69:27:27:39:41:0.594203:18:21:3:24:20:21:3:24 chr9 66457601 . G T 38.8 PASS AF=0.0972222;AO=4;DP=74;FAO=7;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.0234455;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.036;QD=2.15545;RBI=0.0292441;REFB=-0.00525781;REVB=-0.0174794;RO=47;SAF=3;SAR=1;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271569;STB=0.535171;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0545917;OID=.;OPOS=66457601;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:74:72:47:64:4:7:0.0972222:1:3:23:24:4:3:25:39 chr9 66457636 . T A 67.17 PASS AF=0.196078;AO=10;DP=51;FAO=10;FDP=51;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.00312791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.733;QD=5.26798;RBI=0.0429516;REFB=-0.0269497;REVB=0.0428376;RO=41;SAF=8;SAR=2;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.571795;STB=0.860502;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0355428;OID=.;OPOS=66457636;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:51:41:41:10:10:0.196078:2:8:12:29:2:8:12:29 chr9 66457652 . C T 79.46 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=-0.034586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.149;QD=7.22381;RBI=0.0436044;REFB=-0.00598642;REVB=-0.0265547;RO=33;SAF=9;SAR=2;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.623347;STB=0.876688;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0354953;OID=.;OPOS=66457652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:44:44:33:33:11:11:0.25:2:9:8:25:2:9:8:25 chr9 66458150 . C T 45.79 PASS AF=0.120482;AO=10;DP=81;FAO=10;FDP=83;FR=.;FRO=73;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=50;FSRR=23;FWDB=-0.0280037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.597;QD=2.20688;RBI=0.0324594;REFB=-0.0014775;REVB=-0.0164135;RO=69;SAF=5;SAR=5;SRF=48;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246145;STB=0.66236;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0193958;OID=.;OPOS=66458150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:81:83:69:73:10:10:0.120482:5:5:48:21:5:5:50:23 chr9 66458195 . TC GA,GC 47.41 PASS AF=0.047619,0.0833333;AO=3,7;DP=84;FAO=4,7;FDP=84;FR=.;FRO=73;FSAF=1,5;FSAR=3,2;FSRF=45;FSRR=28;FWDB=-0.019702,-0.0169229;FXX=0.0232531;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=173.827,73.2446;QD=2.25781;RBI=0.0208195,0.0188443;REFB=0.000149331,-0.00446713;REVB=-0.00672921,-0.00829011;RO=69;SAF=1,5;SAR=2,2;SRF=42;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.222407,0.130148;STB=0.815185,0.599701;STBP=0.314,0.667;TYPE=mnp,snp;VARB=0.020604,0.00834639;OID=.,.;OPOS=66458195,66458195;OREF=TC,T;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:27:84:84:69:73:3,7:4,7:0.047619,0.0833333:2,2:1,5:42:27:3,2:1,5:45:28 chr9 66458231 . GC G 245.7 PASS AF=0.666667;AO=32;DP=51;FAO=34;FDP=51;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=-0.0038809;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.127;QD=19.2705;RBI=0.0591439;REFB=0.0325055;REVB=0.0590164;RO=15;SAF=21;SAR=11;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192921;STB=0.597648;STBP=0.093;TYPE=del;VARB=-0.00189042;OID=.;OPOS=66458232;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:32:51:34:51:17:21:13:15:2:88:15:21:11:14:1 chr9 66499220 . C T 272.75 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0129302;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7456;QD=14.7431;RBI=0.0308993;REFB=-0.0116954;REVB=-0.0280638;RO=42;SAF=18;SAR=13;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154143;STB=0.59369;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0312262;OID=.;OPOS=66499220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:42:43:31:31:0.418919:13:18:18:24:13:18:18:25 chr9 68415338 . A C 77.38 PASS AF=0.159574;AO=15;DP=95;FAO=15;FDP=94;FR=.;FRO=79;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=49;FWDB=-0.0429845;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.866;QD=3.2927;RBI=0.043411;REFB=-0.0134533;REVB=0.00607016;RO=79;SAF=9;SAR=6;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271591;STB=0.678788;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0388155;OID=.;OPOS=68415338;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:95:94:79:79:15:15:0.159574:6:9:30:49:6:9:30:49 chr9 68415355 . C T 72.24 PASS AF=0.115385;AO=9;DP=81;FAO=9;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.0427626;FXX=0.0370325;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1639;QD=3.70443;RBI=0.0617338;REFB=-0.00627416;REVB=-0.0445243;RO=64;SAF=3;SAR=6;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740937;STB=0.554331;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0572794;OID=.;OPOS=68415355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:81:78:64:64:9:9:0.115385:6:3:25:39:6:3:25:39 chr9 68415386 . G A 63.64 PASS AF=0.169492;AO=10;DP=59;FAO=10;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=-0.0789457;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.2339;QD=4.31481;RBI=0.0791296;REFB=-0.0229391;REVB=0.00539168;RO=49;SAF=3;SAR=7;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0379289;STB=0.506012;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.102363;OID=.;OPOS=68415386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:59:59:49:49:10:10:0.169492:7:3:16:33:7:3:15:34 chr9 68415387 . GA AT,GT 338.76 PASS AF=0.117647,0.529412;AO=6,27;DP=52;FAO=6,27;FDP=51;FR=.;FRO=18;FSAF=2,9;FSAR=4,18;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.1137,-0.0910149;FXX=0.0192271;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=55.474,123.991;QD=26.5694;RBI=0.113711,0.0915074;REFB=0.00912648,-0.0277514;REVB=0.00156431,0.00948105;RO=17;SAF=2,9;SAR=4,18;SRF=7;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0954119,-0.0603127;STB=0.5453,0.524572;STBP=0.83,0.723;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0209696,0.0184405;OID=.,.;OPOS=68415387,68415388;OREF=GA,A;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:52:51:17:18:6,27:6,27:0.117647,0.529412:4,18:2,9:7:10:4,18:2,9:7:11 chr9 68415394 . T A 47.33 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=42;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00434257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.385;QD=4.30235;RBI=0.0147433;REFB=-0.00304313;REVB=-0.0140892;RO=36;SAF=0;SAR=6;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.624888;STB=0.631227;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0131421;OID=.;OPOS=68415394;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:42:44:36:36:6:8:0.181818:6:0:14:22:6:2:14:22 chr9 68415397 . T C 92.51 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00458387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.825;QD=9.25131;RBI=0.00486701;REFB=-0.0124727;REVB=0.00163583;RO=24;SAF=3;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257001;STB=0.66637;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0130055;OID=.;OPOS=68415397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:24:28:12:12:0.3:9:3:11:13:9:3:13:15 chr9 69002304 . C G 35.58 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.000274335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0684;QD=5.69256;RBI=0.0389931;REFB=-0.00697003;REVB=-0.0389922;RO=19;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303651;STB=0.519934;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0151313;OID=.;OPOS=69002304;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:3:3:9:10:3:3:9:10 chr9 69002317 . T C 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0529167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1321;QD=7.52625;RBI=0.0944327;REFB=-0.000916712;REVB=-0.0782135;RO=24;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328209;STB=0.520503;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00188569;OID=.;OPOS=69002317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:4:5:14:10:4:5:14:10 chr9 70999315 . T C 292.53 PASS AF=0.478261;AO=29;DP=64;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.011452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.964;QD=16.9583;RBI=0.012547;REFB=-0.00432575;REVB=0.00512617;RO=35;SAF=13;SAR=16;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365264;STB=0.53994;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00434938;OID=.;OPOS=70999315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:69:35:36:29:33:0.478261:16:13:17:18:19:14:18:18 chr9 71396746 . A G,T 351.13 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=23,2;DP=25;FAO=25,1;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11,1;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0965004,-0.0130414;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=108.623,150.706;QD=54.0192;RBI=0.108885,0.0484533;REFB=0,0;REVB=0.0504351,-0.0466653;RO=0;SAF=10,1;SAR=13,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0044002,0.0883875;OID=.,.;OPOS=71396746,71396746;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:25:26:0:0:23,2:25,1:0.961538,0.0384615:13,1:10,1:0:0:14,0:11,1:0:0 chr9 71396859 . C G 256.43 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0114641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.399;QD=22.7941;RBI=0.0205603;REFB=-0.0178078;REVB=0.0170675;RO=21;SAF=14;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168354;STB=0.594018;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0159457;OID=.;OPOS=71396859;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:10:14:8:13:10:14:8:13 chr9 71397734 . A G 230.59 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00597309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.325;QD=46.1183;RBI=0.00601402;REFB=-0.141142;REVB=-0.000700444;RO=1;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399998;STB=0.521716;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0027894;OID=.;OPOS=71397734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:20:20:1:1:19:19:0.95:11:8:0:1:11:8:0:1 chr9 71397747 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.2;QD=44.6897;RBI=0.0382095;REFB=0;REVB=-0.00466987;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573511;OID=.;OPOS=71397747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr9 71628207 . G C 244.95 PASS AF=0.666667;AO=21;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0061118;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.262;QD=29.6912;RBI=0.0221882;REFB=-0.010518;REVB=0.0213299;RO=12;SAF=9;SAR=12;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0645196;STB=0.515745;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00529831;OID=.;OPOS=71628207;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:33:33:12:11:21:22:0.666667:12:9:4:8:13:9:4:7 chr9 71841018 . A G 225.48 PASS AF=0.29;AO=29;DP=100;FAO=29;FDP=100;FR=.;FRO=71;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=56;FWDB=-0.00455128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.513;QD=9.01927;RBI=0.00676999;REFB=-0.0062261;REVB=-0.00501186;RO=68;SAF=15;SAR=14;SRF=13;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.393283;STB=0.714163;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0172567;OID=.;OPOS=71841018;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:68:71:29:29:0.29:14:15:13:55:14:15:15:56 chr9 71843023 . C A 262.59 PASS AF=0.517241;AO=24;DP=54;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=-0.00308175;FXX=0.0169463;HRUN=6;LEN=1;MLLD=49.5514;QD=18.1094;RBI=0.113461;REFB=-0.0895043;REVB=0.113419;RO=20;SAF=15;SAR=9;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159947;STB=0.588987;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0384374;OID=.;OPOS=71843023;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:58:20:28:24:30:0.517241:9:15:16:4:10:20:23:5 chr9 71862975 . C T 438.14 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.012451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.197;QD=19.0497;RBI=0.0179698;REFB=-0.00614926;REVB=0.0129571;RO=48;SAF=22;SAR=22;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195249;STB=0.510865;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00643457;OID=.;OPOS=71862975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:48:44:44:0.478261:22:22:23:25:22:22:23:25 chr9 71862987 . G A 455.63 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=100;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.00217151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.602;QD=18.0448;RBI=0.011938;REFB=-0.00162149;REVB=0.0117389;RO=52;SAF=26;SAR=22;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128411;STB=0.566119;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00177777;OID=.;OPOS=71862987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:52:53:48:48:0.475248:22:26:21:31:22:26:22:31 chr9 72003036 . T C 489.13 PASS AF=0.621622;AO=45;DP=73;FAO=46;FDP=74;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=36;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0184442;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.176;QD=26.4392;RBI=0.028337;REFB=-0.00578072;REVB=0.0215126;RO=27;SAF=9;SAR=36;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609386;STB=0.536407;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00231335;OID=.;OPOS=72003036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:27:28:45:46:0.621622:36:9:7:20:36:10:8:20 chr9 72131577 . A C 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0147474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.739;QD=10.8849;RBI=0.0148834;REFB=6.20326e-05;REVB=-0.00200739;RO=15;SAF=2;SAR=7;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.558375;STB=0.829854;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.000139642;OID=.;OPOS=72131577;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:7:2:12:3:7:2:12:3 chr9 72373624 . A G 1377.48 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.101;QD=62.6126;RBI=0.019366;REFB=0;REVB=-0.00229115;RO=0;SAF=25;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.92455e-05;OID=.;OPOS=72373624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:63:25:0:0:63:25:0:0 chr9 72472831 . C T 479.95 PASS AF=0.485714;AO=51;DP=105;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.00634497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.625;QD=18.2838;RBI=0.0253968;REFB=0.00666988;REVB=0.0245914;RO=54;SAF=26;SAR=25;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00909031;STB=0.505041;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.00508226;OID=.;OPOS=72472831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:54:54:51:51:0.485714:25:26:27:27:25:26:27:27 chr9 72741247 . C T 95.0 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0176312;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.812;QD=10.2705;RBI=0.0192886;REFB=-0.00166583;REVB=0.00782255;RO=24;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138666;STB=0.570018;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00890768;OID=.;OPOS=72741247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:38:37:24:25:12:12:0.324324:5:7:11:13:5:7:12:13 chr9 72741312 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.845;QD=53.2771;RBI=0.0564449;REFB=0;REVB=-0.0413797;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.54811e-05;OID=.;OPOS=72741312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr9 72755128 . TAAAG T,TG 166.38 PASS AF=0,0.453125;AO=10,19;DP=64;FAO=0,29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=0,11;FSAR=0,18;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00842431,0.0277823;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=4,3;MLLD=189.937,91.5116;QD=10.3987;RBI=0.0125454,0.030381;REFB=0.00288118,-0.00172044;REVB=-0.00929616,-0.0122942;RO=31;SAF=0,11;SAR=10,8;SRF=18;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.770486,-0.00185945;STB=0.5,0.635202;STBP=1,0.064;TYPE=del,del;VARB=0,0.00477429;OID=.,.;OPOS=72755129,72755129;OREF=AAAG,AAA;OALT=-,-;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.453125:10,19:64:0,29:64:35:0,11:0,18:22:13:99:31:0,11:10,8:18:13 chr9 72758595 . TTA T,TAA 45.65 PASS AF=0.136364,0;AO=12,7;DP=101;FAO=12,0;FDP=88;FR=.;FRO=76;FSAF=8,0;FSAR=4,0;FSRF=28;FSRR=48;FWDB=-0.0429173,-0.0498978;FXX=0.0222198;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=22.4741,19.9044;QD=2.07499;RBI=0.0800402,0.117089;REFB=-0.0207753,0.0060272;REVB=0.0675614,0.105925;RO=72;SAF=8,6;SAR=4,1;SRF=30;SRR=42;SSEN=0,0;SSEP=0.344262,0;SSSB=0.303125,0.475999;STB=0.742488,0.5;STBP=0.082,1;TYPE=del,snp;VARB=0.117642,0;OID=.,.;OPOS=72758596,72758596;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.136364,0:12,7:101:12,0:88:76:8,0:4,0:28:48:46:72:8,6:4,1:30:42 chr9 72803559 . C A 229.18 PASS AF=0.363636;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=77;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=-0.0216342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.69;QD=11.9054;RBI=0.0296344;REFB=-0.0106071;REVB=-0.0202524;RO=49;SAF=8;SAR=20;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535213;STB=0.530951;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0243189;OID=.;OPOS=72803559;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:49:49:28:28:0.363636:20:8:16:33:20:8:16:33 chr9 72841360 . A T 309.78 PASS AF=0.466667;AO=31;DP=73;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0950291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.0189;QD=16.5215;RBI=0.0952925;REFB=-0.0217047;REVB=-0.00707956;RO=41;SAF=7;SAR=24;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32512;STB=0.645459;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0132851;OID=.;OPOS=72841360;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:41:40:31:35:0.466667:24:7:21:20:26:9:20:20 chr9 72897434 . G A 126.77 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0300898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1405;QD=8.04883;RBI=0.0360969;REFB=-0.0053169;REVB=-0.0199396;RO=45;SAF=13;SAR=5;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312792;STB=0.688997;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00715913;OID=.;OPOS=72897434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:45:45:18:18:0.285714:5:13:21:24:5:13:21:24 chr9 72897440 . T C 147.06 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.0100263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.524;QD=9.19103;RBI=0.0150769;REFB=0.00239381;REVB=0.0112599;RO=44;SAF=15;SAR=5;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379227;STB=0.725574;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00453219;OID=.;OPOS=72897440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:44:20:20:0.3125:5:15:19:25:5:15:19:25 chr9 72914990 . C CA 217.74 PASS AF=0.463415;AO=36;DP=84;FAO=38;FDP=82;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=0.122003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.5556;QD=10.6216;RBI=0.122252;REFB=-0.000805399;REVB=-0.00780247;RO=48;SAF=22;SAR=14;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295942;STB=0.673014;STBP=0.004;TYPE=ins;VARB=0.00474172;OID=.;OPOS=72914991;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.463415:36:84:38:82:44:23:15:12:32:99:48:22:14:15:33 chr9 73150984 . C T 1248.63 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00304197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7684;QD=60.9089;RBI=0.0161231;REFB=0;REVB=0.0158336;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.72691e-05;OID=.;OPOS=73150984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:82:0:0:77:82:1:44:33:0:0:47:35:0:0 chr9 73151715 . C T 937.42 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00684938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.119;QD=58.5886;RBI=0.00685584;REFB=0;REVB=0.00029747;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.16598e-05;OID=.;OPOS=73151715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr9 73151970 . C T 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00151831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.703;QD=60.5473;RBI=0.0314233;REFB=0;REVB=0.0313866;RO=0;SAF=25;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36408e-05;OID=.;OPOS=73151970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:50:25:0:0:50:25:0:0 chr9 73240431 . T G 137.73 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0154048;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4818;QD=17.772;RBI=0.0214059;REFB=-0.0199142;REVB=0.0148629;RO=16;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147222;STB=0.584302;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.032311;OID=.;OPOS=73240431;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:16:16:15:15:0.483871:9:6:9:7:9:6:9:7 chr9 73376414 . G T 443.74 PASS AF=0.45;AO=45;DP=100;FAO=45;FDP=100;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=0.0012524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.593;QD=17.7494;RBI=0.0191726;REFB=0.00538706;REVB=-0.0191317;RO=55;SAF=28;SAR=17;SRF=20;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252025;STB=0.640783;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00482582;OID=.;OPOS=73376414;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:55:55:45:45:0.45:17:28:20:35:17:28:20:35 chr9 73391369 . T C 176.65 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0215867;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=276.613;QD=14.132;RBI=0.0276044;REFB=-0.0138956;REVB=-0.0172052;RO=31;SAF=10;SAR=9;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04531;STB=0.526288;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0236663;OID=.;OPOS=73391369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:9:10:15:16:9:10:15:16 chr9 73408518 . T G 3773.54 PASS AF=0.976654;AO=250;DP=258;FAO=251;FDP=257;FR=.;FRO=6;FSAF=168;FSAR=83;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0340853;FXX=0.00387582;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.365;QD=58.7322;RBI=0.0373267;REFB=-0.0406421;REVB=0.0152143;RO=5;SAF=168;SAR=82;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139727;STB=0.504337;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00153878;OID=.;OPOS=73408518;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:258:257:5:6:250:251:0.976654:82:168:5:0:83:168:5:1 chr9 74834384 . C T 338.16 PASS AF=0.591837;AO=30;DP=50;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0013962;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.455;QD=27.6045;RBI=0.0109575;REFB=-0.0116394;REVB=-0.0108681;RO=17;SAF=18;SAR=12;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274069;STB=0.667471;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00731423;OID=.;OPOS=74834384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:17:20:30:29:0.591837:12:18:3:14:11:18:4:16 chr9 74846104 . A G 304.05 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.00655858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.025;QD=17.3742;RBI=0.0109049;REFB=-0.0175208;REVB=-0.00871214;RO=37;SAF=11;SAR=22;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127065;STB=0.571384;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0179186;OID=.;OPOS=74846104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:22:11:17:20:22:11:17:20 chr9 74975136 . T C 825.3 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.035301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3555;QD=54.1177;RBI=0.0360651;REFB=-0.134621;REVB=0.00738451;RO=2;SAF=20;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0110628;STB=0.505866;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0108562;OID=.;OPOS=74975136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:59:59:0.967213:39:20:1:1:39:20:1:1 chr9 74979391 . G C 203.24 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.00093843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.927;QD=21.9715;RBI=0.0333635;REFB=-0.0353958;REVB=-0.0333503;RO=17;SAF=17;SAR=3;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122345;STB=0.569302;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0231841;OID=.;OPOS=74979391;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:3:17:13:4:3:17:13:4 chr9 75540504 . T A 278.12 PASS AF=0.455882;AO=29;DP=66;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0340654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.631;QD=16.3598;RBI=0.03415;REFB=-0.00895275;REVB=0.00240283;RO=37;SAF=11;SAR=18;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589402;STB=0.536562;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0209253;OID=.;OPOS=75540504;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:37:37:29:31:0.455882:18:11:12:25:19:12:12:25 chr9 75545882 . G A 958.68 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000390284;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=294.129;QD=57.2344;RBI=0.0160193;REFB=0.0144403;REVB=0.0160145;RO=1;SAF=39;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119601;STB=0.506327;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=1.43703e-05;OID=.;OPOS=75545882;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:65:66:0.985075:26:39:1:0:27:39:1:0 chr9 75775235 . A G 255.68 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00933911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.66;QD=17.9427;RBI=0.00934221;REFB=-0.0126606;REVB=-0.000240636;RO=29;SAF=15;SAR=13;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781199;STB=0.543695;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0145857;OID=.;OPOS=75775235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:13:15:18:11:13:15:18:11 chr9 77376647 . T C 496.96 PASS AF=0.416667;AO=55;DP=132;FAO=55;FDP=132;FR=.;FRO=77;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=-0.000310463;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.166;QD=15.0594;RBI=0.00326088;REFB=-0.0152154;REVB=0.00324607;RO=77;SAF=31;SAR=24;SRF=28;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205396;STB=0.615072;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0286177;OID=.;OPOS=77376647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:77:77:55:55:0.416667:24:31:28:49:24:31:28:49 chr9 77377410 . C T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0250539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0049;QD=12.782;RBI=0.0419968;REFB=0.0277609;REVB=-0.0337051;RO=14;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168645;STB=0.5998;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=-0.0193746;OID=.;OPOS=77377410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:6:4:8:6:6:4:8:6 chr9 77391060 . T C 178.33 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0211135;FXX=0.0285633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=209.615;QD=20.98;RBI=0.0289618;REFB=-0.0146652;REVB=-0.0198244;RO=16;SAF=3;SAR=15;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185423;STB=0.605929;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0126606;OID=.;OPOS=77391060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:15:3:5:11:15:3:5:11 chr9 77397519 . T C 354.3 PASS AF=0.377193;AO=43;DP=114;FAO=43;FDP=114;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=0.0132133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.323;QD=12.4315;RBI=0.0168031;REFB=-0.0041536;REVB=-0.0103804;RO=71;SAF=22;SAR=21;SRF=39;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412622;STB=0.523487;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0051984;OID=.;OPOS=77397519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:71:71:43:43:0.377193:21:22:39:32:21:22:39:32 chr9 77407636 . C T 1116.97 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00440664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.019;QD=60.3767;RBI=0.0126952;REFB=0;REVB=-0.0119059;RO=0;SAF=41;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.45801e-06;OID=.;OPOS=77407636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:33:41:0:0:33:41:0:0 chr9 77436641 . G A 320.1 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0266333;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.917;QD=20.9903;RBI=0.0267368;REFB=-0.0260072;REVB=-0.00235015;RO=21;SAF=16;SAR=17;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027583;STB=0.525881;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0239017;OID=.;OPOS=77436641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:21:28:33:33:0.540984:17:16:11:10:17:16:12:16 chr9 77472604 . T C 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00924992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.829;QD=15.2589;RBI=0.0199017;REFB=-0.0230366;REVB=-0.0176215;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767769;STB=0.545327;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0195786;OID=.;OPOS=77472604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:4:2:3:4:4:2 chr9 77502160 . G A 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0340531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5211;QD=15.3786;RBI=0.0340876;REFB=-0.0138276;REVB=-0.00153401;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781007;STB=0.545378;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00502176;OID=.;OPOS=77502160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:7:5:7:7:7:5:7:7 chr9 77563087 . C T 181.16 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0240536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.414;QD=11.3226;RBI=0.0383483;REFB=-0.0219945;REVB=-0.0298666;RO=41;SAF=7;SAR=16;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239916;STB=0.639874;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0566368;OID=.;OPOS=77563087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:16:7:21:20:16:7:21:20 chr9 77684690 . A C 779.76 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5294;QD=55.6974;RBI=0.0693802;REFB=0;REVB=0.0638652;RO=1;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177852;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135068;OID=.;OPOS=77684690;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:1:0:55:56:1:26:29:0:1:27:29:0:0 chr9 77761642 . T C 227.95 PASS AF=0.35443;AO=28;DP=79;FAO=28;FDP=79;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.0348749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.107;QD=11.5418;RBI=0.04277;REFB=-0.0120058;REVB=0.024759;RO=51;SAF=14;SAR=14;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14274;STB=0.582221;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.018036;OID=.;OPOS=77761642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:51:28:28:0.35443:14:14:32:19:14:14:32:19 chr9 78773953 . G A 250.39 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.000280391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.912;QD=20.0309;RBI=0.0154487;REFB=-0.00947374;REVB=-0.0154462;RO=26;SAF=16;SAR=8;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132254;STB=0.507456;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0131533;OID=.;OPOS=78773953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:8:16:17:9:8:16:17:9 chr9 78790153 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0733669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0353;QD=42.1811;RBI=0.0822068;REFB=0;REVB=0.0370844;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00218889;OID=.;OPOS=78790153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr9 78790187 . G C 76.65 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0425079;FXX=0.181653;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0137;QD=34.0688;RBI=0.0450329;REFB=-0.00312525;REVB=0.0148675;RO=1;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589957;STB=0.533253;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00856177;OID=.;OPOS=78790187;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:11:9:1:1:8:8:0.888889:7:1:0:1:7:1:0:1 chr9 78790197 . C A 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0859016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.913;QD=21.8421;RBI=0.104498;REFB=-0.000476597;REVB=0.0595046;RO=2;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144764;STB=0.583085;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.00170044;OID=.;OPOS=78790197;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:5:1:0:2:5:1:0:2 chr9 78790202 . C A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00257923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9978;QD=19.134;RBI=0.00302624;REFB=-0.00672185;REVB=0.00158293;RO=2;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171367;STB=0.59965;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00548053;OID=.;OPOS=78790202;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:4:1:0:2:4:1:0:2 chr9 78969059 . C A 189.29 PASS AF=0.396552;AO=20;DP=56;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.00612199;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.867;QD=13.0544;RBI=0.029038;REFB=-0.020992;REVB=0.0283853;RO=36;SAF=16;SAR=4;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194932;STB=0.526839;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0341842;OID=.;OPOS=78969059;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:36:35:20:23:0.396552:4:16:24:12:7:16:23:12 chr9 79009106 . A C 404.76 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.833;QD=55.829;RBI=0.0485068;REFB=0;REVB=0.0181354;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12291e-05;OID=.;OPOS=79009106;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:20:8:0:0:21:8:0:0 chr9 79118661 . A G 942.97 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00819583;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.271;QD=58.9355;RBI=0.0306843;REFB=0;REVB=0.0295695;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030074;OID=.;OPOS=79118661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr9 79119752 . C T 195.55 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.033838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.37;QD=17.7774;RBI=0.0344256;REFB=-0.0222459;REVB=-0.00633345;RO=24;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323679;STB=0.518415;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0284192;OID=.;OPOS=79119752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:11:9:10:14:11:9:10:14 chr9 79121085 . G T 1604.4 PASS AF=0.991071;AO=107;DP=109;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0141049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.4372;QD=57.2999;RBI=0.0264966;REFB=0.12358;REVB=-0.0224303;RO=2;SAF=32;SAR=75;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124884;STB=0.503144;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.00124342;OID=.;OPOS=79121085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:109:112:2:1:107:111:0.991071:75:32:0:2:79:32:0:1 chr9 79121783 . G A 138.02 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00471059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.064;QD=11.7463;RBI=0.0442165;REFB=0.00495726;REVB=-0.0439648;RO=30;SAF=7;SAR=9;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178133;STB=0.614034;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.0136095;OID=.;OPOS=79121783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:31:16:16:0.340426:9:7:18:12:9:7:19:12 chr9 79121906 . C T 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0542717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9379;QD=51.9133;RBI=0.0608364;REFB=0;REVB=0.027489;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000334071;OID=.;OPOS=79121906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr9 79186750 . G T 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0345992;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.303;QD=21.1692;RBI=0.0355594;REFB=-0.00988975;REVB=0.00820775;RO=2;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422723;STB=0.799037;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00403861;OID=.;OPOS=79186750;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:2:3:7:7:0.7:1:6:0:2:1:6:0:3 chr9 79186765 . C G 169.59 PASS AF=0.8;AO=16;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0257373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.175;QD=33.9172;RBI=0.0375095;REFB=-0.0478306;REVB=0.0272865;RO=4;SAF=12;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112675;STB=0.562418;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00829296;OID=.;OPOS=79186765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:20:20:4:4:16:16:0.8:4:12:2:2:4:12:2:2 chr9 79186781 . T C 174.11 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0120493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9151;QD=27.8577;RBI=0.0190012;REFB=-0.0215331;REVB=-0.0146922;RO=7;SAF=13;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212956;STB=0.604519;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0108864;OID=.;OPOS=79186781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:7:8:17:17:0.68:4:13:3:4:4:13:4:4 chr9 79186787 . C T 35.17 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.010322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.945;QD=5.21074;RBI=0.0165646;REFB=0.00727354;REVB=0.0129554;RO=21;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648388;STB=0.542719;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.0161523;OID=.;OPOS=79186787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:2:4:15:6:2:4:15:6 chr9 79186820 . A C 288.79 PASS AF=0.694444;AO=25;DP=36;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0163957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1632;QD=32.0876;RBI=0.0336408;REFB=0.0234466;REVB=-0.0293749;RO=11;SAF=19;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148982;STB=0.582103;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=-0.0128983;OID=.;OPOS=79186820;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:11:11:25:25:0.694444:6:19:6:5:6:19:6:5 chr9 79318375 . GGTGACAGCCTGCAAC G 50.0 PASS AO=69;DP=93;LEN=15;RO=24;SAF=39;SAR=30;SRF=14;SRR=10;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=79318376;OREF=GTGACAGCCTGCAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:93:24:69:30:39:14:10 chr9 79318471 . C T 872.86 PASS AF=0.915493;AO=63;DP=71;FAO=65;FDP=71;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0234946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.436;QD=49.1754;RBI=0.0238945;REFB=-0.0111561;REVB=0.0043536;RO=6;SAF=33;SAR=30;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.003905;STB=0.50065;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00527634;OID=.;OPOS=79318471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:71:71:6:6:63:65:0.915493:30:33:3:3:32:33:3:3 chr9 79318677 . T C 1337.59 PASS AF=0.946809;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=94;FR=.;FRO=5;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00955735;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.8493;QD=56.9186;RBI=0.0165758;REFB=0.0230207;REVB=0.013543;RO=3;SAF=47;SAR=42;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292894;STB=0.503838;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-0.00289749;OID=.;OPOS=79318677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:92:94:3:5:89:89:0.946809:42:47:3:0:42:47:3:2 chr9 79318998 . A G 223.15 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4793;QD=49.5885;RBI=0.0302311;REFB=0;REVB=-0.00488503;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000647636;OID=.;OPOS=79318998;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr9 79320095 . T G 859.29 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361242;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.93;QD=56.3466;RBI=0.0369645;REFB=0;REVB=0.00783699;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000849115;OID=.;OPOS=79320095;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:58:61:1:30:28:0:0:30:31:0:0 chr9 79320640 . C T 784.95 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274089;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.48;QD=57.0869;RBI=0.0494751;REFB=0;REVB=0.041189;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498825;OID=.;OPOS=79320640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:22:32:0:0:23:32:0:0 chr9 79320847 . G C 321.62 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.183;QD=53.6027;RBI=0.0257457;REFB=0;REVB=0.00702868;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012141;OID=.;OPOS=79320847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:14:9:0:0:14:10:0:0 chr9 79321276 . T C 631.46 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8583;QD=61.6057;RBI=0.0448652;REFB=0;REVB=0.0428117;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315338;OID=.;OPOS=79321276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr9 79322674 . A G 1048.25 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0715832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5796;QD=58.2362;RBI=0.0732227;REFB=-0.120319;REVB=0.015408;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00189962;OID=.;OPOS=79322674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:72:0:1:70:71:0.986111:34:36:0:0:35:36:1:0 chr9 79322720 . A G 656.66 PASS AF=0.977778;AO=42;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00123444;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.1566;QD=58.3695;RBI=0.00637603;REFB=0.033707;REVB=0.00625539;RO=1;SAF=17;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268094;STB=0.512815;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=-9.68481e-05;OID=.;OPOS=79322720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:1:1:42:44:0.977778:25:17:1:0:25:19:1:0 chr9 79324439 . A G 1396.35 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.727;QD=62.7573;RBI=0.051566;REFB=0;REVB=0.013718;RO=0;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.1011e-05;OID=.;OPOS=79324439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:50:39:0:0:50:39:0:0 chr9 79324955 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.329;QD=54.5173;RBI=0.03708;REFB=0;REVB=0.00890743;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194398;OID=.;OPOS=79324955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr9 79325297 . T G 1749.19 PASS AF=1;AO=114;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.23;QD=60.8414;RBI=0.0312157;REFB=0;REVB=0.0245201;RO=0;SAF=57;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.68635e-05;OID=.;OPOS=79325297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:114:115:1:57:57:0:0:57:58:0:0 chr9 79325615 . A G 538.47 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0882348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5556;QD=59.8299;RBI=0.0893974;REFB=0;REVB=-0.0143706;RO=0;SAF=9;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00160633;OID=.;OPOS=79325615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:27:9:0:0:27:9:0:0 chr9 79325759 . C T 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00951931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.973;QD=62.9821;RBI=0.0159487;REFB=0;REVB=0.0127963;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.30612e-05;OID=.;OPOS=79325759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr9 79465435 . C T 412.8 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0131386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.772;QD=15.8768;RBI=0.0186573;REFB=-0.00581196;REVB=-0.0132465;RO=58;SAF=22;SAR=24;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0388052;STB=0.52173;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00801605;OID=.;OPOS=79465435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:58:46:46:0.442308:24:22:30:28:24:22:30:28 chr9 79471995 . T C 352.09 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.684;QD=54.1679;RBI=0.0453754;REFB=0;REVB=0.00452881;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349168;OID=.;OPOS=79471995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:10:15:0:0:11:15:0:0 chr9 79986057 . A G 675.8 PASS AF=1;AO=41;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4296;QD=61.4363;RBI=0.0191422;REFB=0;REVB=-0.000697616;RO=1;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191513;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000570419;OID=.;OPOS=79986057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:1:0:41:44:1:24:17:0:1:27:17:0:0 chr9 80250143 . C T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.012657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.646;QD=14.9787;RBI=0.0209955;REFB=-0.0444903;REVB=0.0167514;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185184;STB=0.63608;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0355587;OID=.;OPOS=80250143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:11:10:10:0.47619:7:3:5:5:7:3:6:5 chr9 80335288 . C T 239.43 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00815189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.177;QD=50.4069;RBI=0.0190817;REFB=0;REVB=0.0172527;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56641e-05;OID=.;OPOS=80335288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr9 80912114 . T TC 256.45 PASS AF=1;AO=4;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155356;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=36.9059;QD=37.9927;RBI=0.299974;REFB=0;REVB=-0.299571;RO=23;SAF=2;SAR=2;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176754;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00552358;OID=.;OPOS=80912115;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:27:27:27:0:17:10:0:0:5:23:2:2:15:8 chr9 80912115 . G C 323.1 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0286296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.6211;QD=47.8673;RBI=0.0832029;REFB=-0.00472683;REVB=-0.0781221;RO=2;SAF=15;SAR=10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579364;STB=0.531225;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00111637;OID=.;OPOS=80912115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:10:15:2:0:10:15:2:0 chr9 82187750 . A G 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00755554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.197;QD=60.6102;RBI=0.0148229;REFB=0;REVB=-0.0127528;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.92648e-05;OID=.;OPOS=82187750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr9 83179630 . G A 172.54 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.03281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.615;QD=18.1619;RBI=0.0365053;REFB=-0.00550682;REVB=-0.0160044;RO=20;SAF=12;SAR=5;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418481;STB=0.742594;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0132987;OID=.;OPOS=83179630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:17:18:0.473684:5:12:5:15:5:13:5:15 chr9 83179857 . C T 318.25 PASS AF=0.375;AO=35;DP=96;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=-0.0223659;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.158;QD=13.2602;RBI=0.0269691;REFB=-0.0210586;REVB=-0.0150698;RO=59;SAF=12;SAR=23;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205093;STB=0.59947;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0321284;OID=.;OPOS=83179857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:59:60:35:36:0.375:23:12:31:28:23:13:31:29 chr9 84267147 . T C 317.0 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.00627896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.7659;QD=17.8592;RBI=0.0138615;REFB=0.00146623;REVB=0.0123578;RO=37;SAF=15;SAR=19;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19152;STB=0.606818;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00142848;OID=.;OPOS=84267147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:19:15:24:13:19:15:24:13 chr9 84340199 . G A 136.9 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00297358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3842;QD=17.6639;RBI=0.0268336;REFB=-0.00805229;REVB=0.0266684;RO=16;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212664;STB=0.622055;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0186012;OID=.;OPOS=84340199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:10:5:9:7:10:5:9:7 chr9 84547433 . C T 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.00914157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0436;QD=9.84433;RBI=0.00940036;REFB=0.0135427;REVB=-0.00219056;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248226;STB=0.646805;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.0116551;OID=.;OPOS=84547433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:6:4:4:16:6:4:4:16 chr9 84607758 . T A 519.91 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0700511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.72;QD=59.4187;RBI=0.0762571;REFB=0;REVB=0.0301327;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161675;OID=.;OPOS=84607758;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr9 85627408 . G A 418.05 PASS AF=0.447619;AO=45;DP=108;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.028;FXX=0.0540492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.52;QD=15.9257;RBI=0.0331983;REFB=-0.00530868;REVB=0.0178361;RO=52;SAF=14;SAR=31;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156771;STB=0.582053;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00851395;OID=.;OPOS=85627408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:105:52:58:45:47:0.447619:31:14:24:28:33:14:25:33 chr9 86258685 . A C 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0030548;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=198.961;QD=21.0076;RBI=0.00993087;REFB=-0.0302852;REVB=-0.00944936;RO=17;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592254;STB=0.533299;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0218052;OID=.;OPOS=86258685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:11:8:6:11:11:8:6:11 chr9 86278913 . C T 538.93 PASS AF=0.471074;AO=57;DP=121;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.00427777;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.014;QD=17.8159;RBI=0.009751;REFB=-0.00582762;REVB=-0.00876258;RO=63;SAF=29;SAR=28;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000790579;STB=0.503625;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.00650399;OID=.;OPOS=86278913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:63:64:57:57:0.471074:28:29:32:31:28:29:33:31 chr9 86284178 . C A 245.08 PASS AF=0.444444;AO=26;DP=61;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.00811534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.989;QD=15.5605;RBI=0.0168851;REFB=-0.0105677;REVB=-0.014807;RO=32;SAF=14;SAR=12;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375774;STB=0.563591;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.011556;OID=.;OPOS=86284178;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:32:35:26:28:0.444444:12:14:16:16:12:16:16:19 chr9 86327898 . C T 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00410768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.038;QD=19.3436;RBI=0.00412949;REFB=-0.0205792;REVB=0.000423859;RO=18;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195856;STB=0.610988;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0141365;OID=.;OPOS=86327898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:11:7:11:7:11:7:11:7 chr9 86465131 . T C 411.11 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.014792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.603;QD=18.4769;RBI=0.0275862;REFB=0.00295841;REVB=0.0232851;RO=47;SAF=16;SAR=26;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222963;STB=0.624274;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00398492;OID=.;OPOS=86465131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:47:47:42:42:0.47191:26:16:29:18:26:16:29:18 chr9 86468715 . A T 247.3 PASS AF=0.459016;AO=27;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.000438905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.52;QD=16.2163;RBI=0.0235886;REFB=-0.00728967;REVB=-0.0235845;RO=33;SAF=13;SAR=14;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00327958;STB=0.508191;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0120185;OID=.;OPOS=86468715;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:27:28:0.459016:14:13:16:17:14:14:16:17 chr9 86607917 . C G 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.01423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.268;QD=14.7663;RBI=0.0155368;REFB=-0.00738783;REVB=0.00623698;RO=33;SAF=10;SAR=15;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116676;STB=0.56638;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00857813;OID=.;OPOS=86607917;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:15:10:17:16:15:10:17:16 chr9 86617265 . A G 850.66 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.66;QD=57.672;RBI=0.0349025;REFB=0;REVB=0.0289522;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169082;OID=.;OPOS=86617265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr9 86618231 . T TA 166.99 PASS AF=1;AO=4;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0767893;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=7.20117;QD=23.856;RBI=0.0801907;REFB=0;REVB=-0.0231075;RO=24;SAF=1;SAR=3;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330642;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00210599;OID=.;OPOS=86618232;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:29:28:28:0:14:14:0:0:4:24:1:3:13:11 chr9 86618233 . C A,T 398.79 PASS AF=0.827586,0.172414;AO=23,5;DP=28;FAO=24,5;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13,2;FSAR=11,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141738,0.0617035;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=52.8053,24.4895;QD=55.0056;RBI=0.0246157,0.0726919;REFB=0,0;REVB=-0.0201254,-0.038429;RO=0;SAF=12,2;SAR=11,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0022648,0.0721094;OID=.,.;OPOS=86618233,86618233;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:26:28:29:0:0:23,5:24,5:0.827586,0.172414:11,3:12,2:0:0:11,3:13,2:0:0 chr9 86917165 . C T 144.74 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=-0.0235145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.085;QD=15.6474;RBI=0.0271448;REFB=-0.0281607;REVB=-0.0135613;RO=21;SAF=9;SAR=7;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260042;STB=0.647524;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0573235;OID=.;OPOS=86917165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:7:9:17:4:7:9:17:4 chr9 86920236 . T C 269.52 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00560745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.638;QD=18.9134;RBI=0.0169147;REFB=-0.00271563;REVB=-0.0159582;RO=28;SAF=10;SAR=19;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229766;STB=0.512812;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00251637;OID=.;OPOS=86920236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:19:10:9:19:19:10:9:19 chr9 87488521 . G A 391.04 PASS AF=0.966667;AO=26;DP=28;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0196977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.536;QD=52.1385;RBI=0.0197171;REFB=-0.0805457;REVB=0.000873375;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518506;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.000453395;OID=.;OPOS=87488521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:30:0:1:26:29:0.966667:12:14:0:0:13:16:0:1 chr9 88275838 . T A 476.33 PASS AF=0.445378;AO=53;DP=117;FAO=53;FDP=119;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=-0.0377509;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.0056;QD=16.011;RBI=0.0406022;REFB=-0.0158994;REVB=0.0149468;RO=64;SAF=27;SAR=26;SRF=22;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162462;STB=0.580615;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0190279;OID=.;OPOS=88275838;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:64:66:53:53:0.445378:26:27:22:42:26:27:24:42 chr9 88692336 . C T 989.33 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00530548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2635;QD=54.9627;RBI=0.0284206;REFB=-0.110679;REVB=0.027921;RO=3;SAF=50;SAR=19;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00569841;STB=0.503017;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0273253;OID=.;OPOS=88692336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:72:3:3:69:69:0.958333:19:50:2:1:19:50:2:1 chr9 88694179 . G T 410.77 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.5588;QD=56.6576;RBI=0.114066;REFB=0;REVB=0.0486025;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136828;OID=.;OPOS=88694179;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:21:8:0:0:21:8:0:0 chr9 88903656 . C T 243.81 PASS AF=0.4375;AO=27;DP=63;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.000899832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.564;QD=15.2381;RBI=0.00226662;REFB=-0.0191711;REVB=-0.00208036;RO=36;SAF=12;SAR=15;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839832;STB=0.556014;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0180827;OID=.;OPOS=88903656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:36:36:27:28:0.4375:15:12:19:17:16:12:19:17 chr9 89772284 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.8;QD=44.6894;RBI=0.0265175;REFB=0;REVB=-0.0069696;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297123;OID=.;OPOS=89772284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr9 90265015 . C T 471.92 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000929603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.027;QD=55.5195;RBI=0.00331303;REFB=-0.0240317;REVB=0.00317994;RO=1;SAF=8;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054844;STB=0.529393;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.000215263;OID=.;OPOS=90265015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:25:8:1:0:25:8:1:0 chr9 90322023 . G A 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00165603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.744;QD=56.9556;RBI=0.0199675;REFB=0;REVB=0.0198987;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2667e-05;OID=.;OPOS=90322023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr9 90343780 . A C 382.7 PASS AF=0.878788;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.030193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6742;QD=46.3873;RBI=0.0324565;REFB=-0.0789786;REVB=-0.0119083;RO=3;SAF=13;SAR=16;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960411;STB=0.536662;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0101395;OID=.;OPOS=90343780;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:32:33:3:4:29:29:0.878788:16:13:3:0:16:13:3:1 chr9 90388370 . G A 189.69 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0384896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4332;QD=15.1751;RBI=0.0559327;REFB=-0.0224872;REVB=0.0405835;RO=30;SAF=10;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346842;STB=0.51998;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0353851;OID=.;OPOS=90388370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:10:10:16:14:10:10:16:14 chr9 90388539 . T A 726.8 PASS AF=0.963636;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0883983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.92;QD=52.8582;RBI=0.0885544;REFB=-0.00362277;REVB=0.00525518;RO=2;SAF=21;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427606;STB=0.521731;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000226271;OID=.;OPOS=90388539;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:55:2:2:52:53:0.963636:31:21:2:0:31:22:2:0 chr9 90396135 . G A 365.89 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0307761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.766;QD=21.523;RBI=0.0341744;REFB=-0.0244523;REVB=-0.0148567;RO=31;SAF=20;SAR=17;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142739;STB=0.578565;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00456632;OID=.;OPOS=90396135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:17:20:22:9:17:20:22:9 chr9 90500405 . A C 170.54 PASS AF=0.302632;AO=22;DP=76;FAO=23;FDP=76;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=35;FWDB=0.0030689;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.815;QD=8.97606;RBI=0.0117988;REFB=-0.0100218;REVB=-0.0113927;RO=54;SAF=8;SAR=14;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152443;STB=0.538429;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0212106;OID=.;OPOS=90500405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:54:53:22:23:0.302632:14:8:19:35:14:9:18:35 chr9 90501280 . G A 281.66 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=0.0158864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.218;QD=17.0701;RBI=0.0160355;REFB=-0.00158837;REVB=0.00218124;RO=34;SAF=11;SAR=20;SRF=7;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161052;STB=0.57632;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00189096;OID=.;OPOS=90501280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:35:31:31:0.469697:20:11:7:27:20:11:8:27 chr9 90501448 . C A 362.36 PASS AF=0.413462;AO=40;DP=100;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=41;FWDB=0.00997167;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4802;QD=13.937;RBI=0.0273143;REFB=-0.0223277;REVB=0.0254291;RO=56;SAF=18;SAR=22;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156327;STB=0.594564;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0196681;OID=.;OPOS=90501448;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:104:56:61:40:43:0.413462:22:18:17:39:22:21:20:41 chr9 90502458 . T A 125.16 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0196225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.3636;QD=15.1706;RBI=0.0288372;REFB=-0.0269621;REVB=-0.0211315;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316188;STB=0.518194;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0416258;OID=.;OPOS=90502458;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:8:7:9:9:8:7:9:9 chr9 90503734 . C T 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0621544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8372;QD=21.1691;RBI=0.0923019;REFB=-0.0610184;REVB=-0.0682384;RO=3;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505826;STB=0.529328;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0266435;OID=.;OPOS=90503734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:4:3:1:2:4:3:1:2 chr9 90534206 . T C 72.4 PASS AF=0.196721;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=61;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0499278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9755;QD=4.74764;RBI=0.0524565;REFB=0.00211754;REVB=-0.0160902;RO=48;SAF=10;SAR=2;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365154;STB=0.751163;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.0095539;OID=.;OPOS=90534206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:48:49:12:12:0.196721:2:10:28:20:2:10:28:21 chr9 90582224 . G A 90.53 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=35;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0274819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.156;QD=10.0584;RBI=0.0389416;REFB=-0.012545;REVB=0.0275897;RO=24;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.416598;STB=0.712077;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0135571;OID=.;OPOS=90582224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:35:36:24:24:11:12:0.333333:4:7:6:18:5:7:6:18 chr9 90588903 . C T 208.75 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.170432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1727;QD=18.1519;RBI=0.175813;REFB=0.000205314;REVB=0.0431637;RO=24;SAF=8;SAR=13;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915012;STB=0.559765;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00600335;OID=.;OPOS=90588903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:25:21:21:0.456522:13:8:7:17:13:8:7:18 chr9 90744786 . T A 137.61 PASS AF=0.928571;AO=12;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0273191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7085;QD=39.3176;RBI=0.0341368;REFB=-0.00725899;REVB=0.0204691;RO=1;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430526;STB=0.523774;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.000297787;OID=.;OPOS=90744786;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:12:13:0.928571:10:2:0:1:10:3:0:1 chr9 90744936 . T C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00387837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1018;QD=11.0194;RBI=0.0254476;REFB=-0.00284036;REVB=0.0251503;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271446;STB=0.666111;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.00202021;OID=.;OPOS=90744936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:5:3:4:2:5:3 chr9 90746125 . G T 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0066321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.787;QD=43.4844;RBI=0.035015;REFB=0;REVB=-0.0343812;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000239551;OID=.;OPOS=90746125;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr9 90746922 . A G 118.92 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00331191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.262;QD=33.9782;RBI=0.00331191;REFB=-0.0203441;REVB=0;RO=2;SAF=12;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0128054;OID=.;OPOS=90746922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:0:12:2:0:0:12:2:0 chr9 90747509 . G C 471.49 PASS AF=0.970588;AO=30;DP=32;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0225577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6856;QD=55.4696;RBI=0.157738;REFB=-0.0431489;REVB=0.156116;RO=1;SAF=12;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0372625;STB=0.519988;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0032666;OID=.;OPOS=90747509;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:34:1:1:30:33:0.970588:18:12:1:0:21:12:1:0 chr9 90989209 . C T 48.19 PASS AF=0.5;AO=5;DP=13;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0452869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.318;QD=13.7687;RBI=0.0544613;REFB=0.00796779;REVB=0.030251;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115149;STB=0.639615;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.00446446;OID=.;OPOS=90989209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:13:14:7:7:5:7:0.5:2:3:5:2:4:3:5:2 chr9 91652414 . A T 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.01085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.026;QD=10.7533;RBI=0.0184838;REFB=-0.0107229;REVB=0.0149642;RO=26;SAF=6;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128007;STB=0.576354;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0436687;OID=.;OPOS=91652414;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:7:6:15:11:7:6:15:11 chr9 91656963 . T C 390.65 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0205135;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.71;QD=18.8265;RBI=0.0245224;REFB=-0.00496814;REVB=-0.0134367;RO=42;SAF=27;SAR=13;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0087049;STB=0.513929;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00487875;OID=.;OPOS=91656963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:42:43:40:40:0.481928:13:27:28:14:13:27:28:15 chr9 91978397 . C T 241.16 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.00257443;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.6875;QD=17.5389;RBI=0.0281516;REFB=-0.00562155;REVB=0.0280336;RO=28;SAF=8;SAR=19;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516986;STB=0.528905;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00676442;OID=.;OPOS=91978397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:19:8:7:21:19:8:7:21 chr9 91978783 . G A 247.36 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0110243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.11;QD=13.7422;RBI=0.0136453;REFB=-0.0146198;REVB=0.00804108;RO=42;SAF=11;SAR=18;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027833;STB=0.524606;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0288622;OID=.;OPOS=91978783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:42:43:29:29:0.402778:18:11:17:25:18:11:18:25 chr9 93641151 . T C 453.35 PASS AF=0.45045;AO=49;DP=110;FAO=50;FDP=111;FR=.;FRO=61;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0242012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.49;QD=16.3368;RBI=0.0257735;REFB=-0.00993227;REVB=-0.00886428;RO=61;SAF=24;SAR=25;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00199097;STB=0.506491;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0100813;OID=.;OPOS=93641151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:61:61:49:50:0.45045:25:24:30:31:26:24:30:31 chr9 94456643 . G C 670.41 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00474792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7931;QD=58.2968;RBI=0.0294461;REFB=-0.192756;REVB=0.0290608;RO=2;SAF=19;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00566436;STB=0.503017;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00266677;OID=.;OPOS=94456643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:2:2:44:44:0.956522:25:19:1:1:25:19:1:1 chr9 94456705 . T A 525.49 PASS AF=1;AO=24;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=29.1539;QD=56.8094;RBI=0.12563;REFB=0;REVB=0.00843757;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0040825;OID=.;OPOS=94456705;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:24:37:1:12:12:0:0:17:20:0:0 chr9 94456714 . C T 500.86 PASS AF=1;AO=26;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.39;QD=58.925;RBI=0.0250644;REFB=0;REVB=0.0177238;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00491619;OID=.;OPOS=94456714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:26:34:1:10:16:0:0:15:19:0:0 chr9 94486320 . A AT 141.89 PASS AF=0.952381;AO=3;DP=25;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0903212;FXX=0.124948;HRUN=0;LEN=1;MLLD=65.2137;QD=27.0257;RBI=0.0917993;REFB=-0.0209455;REVB=0.0164067;RO=22;SAF=1;SAR=2;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521252;STB=0.599885;STBP=0.077;TYPE=ins;VARB=0.0106603;OID=.;OPOS=94486321;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.952381:3:25:20:21:1:18:2:0:1:7:22:1:2:18:4 chr9 94486321 . C G,T 288.9 PASS AF=0.125,0.833333;AO=3,20;DP=24;FAO=3,20;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=1,17;FSAR=2,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00497919,0.0199311;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=42.2508,97.5455;QD=48.1501;RBI=0.00507117,0.0299323;REFB=-0.0709279,-0.0652499;REVB=0.000961497,0.0223315;RO=0;SAF=1,17;SAR=2,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.59939,0.57135;STBP=0.681,0.105;TYPE=snp,snp;VARB=0.000381773,0.0142155;OID=.,.;OPOS=94486321,94486321;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:24:24:0:1:3,20:3,20:0.125,0.833333:2,3:1,17:0:0:2,3:1,17:0:1 chr9 94495608 . T C 65.69 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.105426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6561;QD=11.4242;RBI=0.107666;REFB=-0.00604825;REVB=-0.0218496;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270169;STB=0.660046;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0195721;OID=.;OPOS=94495608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:4:5:4:10:4:5:4:10 chr9 94518328 . C T 205.41 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00213952;FXX=0.059988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.257;QD=17.4819;RBI=0.014147;REFB=-0.00701591;REVB=-0.0139843;RO=25;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799634;STB=0.53438;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0227007;OID=.;OPOS=94518328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:47:25:26:21:21:0.446809:11:10:14:11:11:10:14:12 chr9 95219248 . A G 804.13 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7221;QD=64.3304;RBI=0.0175793;REFB=0;REVB=0.0127651;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232518;OID=.;OPOS=95219248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:33:17:0:0:33:17:0:0 chr9 95219597 . G A 599.06 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237459;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.965;QD=61.4423;RBI=0.03224;REFB=0;REVB=-0.0218071;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002973;OID=.;OPOS=95219597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr9 95237024 . CTCATCA C,CTCA 256.93 PASS AF=0.619048,0.380952;AO=9,6;DP=21;FAO=13,8;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7,4;FSAR=6,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276774,0.0920579;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=6,3;MLLD=147.919,99.6474;QD=48.9391;RBI=0.0305793,0.103343;REFB=0,0;REVB=0.0130021,0.046959;RO=0;SAF=5,3;SAR=4,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0483604,0.0149745;OID=.,.;OPOS=95237025,95237025;OREF=TCATCA,TCA;OALT=-,-;OMAPALT=C,CTCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.619048,0.380952:9,6:21:13,8:21:0:7,4:6,4:0:0:52:0:5,3:4,3:0:0 chr9 95284982 . T G 1449.74 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305468;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.745;QD=63.0323;RBI=0.0356624;REFB=0;REVB=0.0184038;RO=0;SAF=44;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145372;OID=.;OPOS=95284982;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:0:0:89:92:1:45:44:0:0:45:47:0:0 chr9 95380726 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.383;QD=47.822;RBI=0.018217;REFB=0;REVB=0.011961;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.57677e-05;OID=.;OPOS=95380726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr9 95400370 . G A 297.72 PASS AF=0.484848;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.000609844;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.772;QD=18.0435;RBI=0.0201623;REFB=-0.0259667;REVB=0.0201531;RO=32;SAF=10;SAR=22;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632908;STB=0.556925;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0220568;OID=.;OPOS=95400370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:32:34:32:32:0.484848:22:10:12:20:22:10:14:20 chr9 95780465 . A G 1502.16 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00360968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.659;QD=59.4916;RBI=0.0142483;REFB=0;REVB=0.0137835;RO=0;SAF=46;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277353;OID=.;OPOS=95780465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:54:46:0:0:54:47:0:0 chr9 95838070 . G C 367.56 PASS AF=0.423913;AO=39;DP=92;FAO=39;FDP=92;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=0.00243658;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.908;QD=15.981;RBI=0.102448;REFB=-0.0186859;REVB=-0.102419;RO=53;SAF=25;SAR=14;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158195;STB=0.589372;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0265415;OID=.;OPOS=95838070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:53:53:39:39:0.423913:14:25:26:27:14:25:26:27 chr9 95840256 . A G 251.43 PASS AF=0.405405;AO=29;DP=73;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.00109238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.419;QD=13.5908;RBI=0.00210675;REFB=-0.0348908;REVB=0.00180142;RO=44;SAF=6;SAR=23;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287402;STB=0.671014;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0336039;OID=.;OPOS=95840256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:44:44:29:30:0.405405:23:6:19:25:24:6:19:25 chr9 95887320 . G T 411.05 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.216;QD=56.6965;RBI=0.053953;REFB=0;REVB=0.0156395;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000716776;OID=.;OPOS=95887320;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chr9 96015256 . C T 464.78 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.054;QD=58.0979;RBI=0.120899;REFB=0;REVB=0.00429916;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000488619;OID=.;OPOS=96015256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr9 96021312 . G A 695.86 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0819024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.598;QD=60.5091;RBI=0.0865478;REFB=0.039039;REVB=0.0279736;RO=1;SAF=7;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012211;STB=0.506491;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=6.06348e-05;OID=.;OPOS=96021312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:38:7:0:1:38:7:0:1 chr9 96031195 . G C 318.76 PASS AF=0.507042;AO=31;DP=69;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0123322;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3623;QD=17.958;RBI=0.0232094;REFB=-0.0370389;REVB=-0.019662;RO=32;SAF=9;SAR=22;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571667;STB=0.552578;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0321389;OID=.;OPOS=96031195;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:32:35:31:36:0.507042:22:9:11:21:25:11:14:21 chr9 96051521 . A G 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.537;QD=43.4826;RBI=0.0401378;REFB=0;REVB=-0.0270964;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10106e-05;OID=.;OPOS=96051521;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr9 96097747 . C G,T 522.29 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=3,33;DP=37;FAO=3,33;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=3,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.031776,0.0466503;FXX=0.0270197;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=13.6139,211.292;QD=58.032;RBI=0.043694,0.0687598;REFB=0,0;REVB=0.0299908,0.050514;RO=0;SAF=0,16;SAR=3,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.60901e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.175493,-0.000968548;OID=.,.;OPOS=96097747,96097747;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:37:36:0:0:3,33:3,33:0.0833333,0.916667:3,17:0,16:0:0:3,17:0,16:0:0 chr9 96209943 . T C 490.15 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0323312;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.015;QD=56.0172;RBI=0.0470428;REFB=-0.105151;REVB=0.0341719;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.512813;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000380327;OID=.;OPOS=96209943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:15:19:0:0:15:19:1:0 chr9 96214927 . AG A,AA 222.88 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=7,11;DP=18;FAO=1,17;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=1,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312239,0.0301838;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=195.15,214.595;QD=49.5278;RBI=0.102188,0.1186;REFB=0,0;REVB=0.0973007,0.114695;RO=0;SAF=0,7;SAR=7,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0518578,0.000252893;OID=.,.;OPOS=96214928,96214928;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0555556,0.944444:7,11:18:1,17:18:0:0,7:1,10:0:0:3:0:0,7:7,4:0:0 chr9 96238578 . C T 766.34 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00375021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.47;QD=63.862;RBI=0.00821065;REFB=0;REVB=-0.00730415;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.57258e-06;OID=.;OPOS=96238578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr9 96328303 . T C 420.7 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=82;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0576912;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7529;QD=20.7752;RBI=0.0587092;REFB=-0.0172007;REVB=-0.0108853;RO=39;SAF=21;SAR=21;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111535;STB=0.50617;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0196756;OID=.;OPOS=96328303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:39:39:42:42:0.518519:21:21:19:20:21:21:19:20 chr9 97055376 . G A 666.65 PASS AF=0.944444;AO=48;DP=52;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.040092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.317;QD=49.3813;RBI=0.10077;REFB=-0.0348014;REVB=0.0924516;RO=3;SAF=16;SAR=32;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803818;STB=0.538446;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00390106;OID=.;OPOS=97055376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:54:3:3:48:51:0.944444:32:16:3:0:33:18:3:0 chr9 97062852 . A T 246.96 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0570123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.815;QD=24.6959;RBI=0.0578199;REFB=-0.0295564;REVB=0.00962989;RO=17;SAF=14;SAR=9;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237891;STB=0.632145;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0363802;OID=.;OPOS=97062852;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:9:14:5:12:9:14:5:12 chr9 97062981 . C T 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0648795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0802;QD=50.4085;RBI=0.0672764;REFB=0;REVB=0.0177979;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00169495;OID=.;OPOS=97062981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chr9 97080944 . GAGA G 276.03 PASS AF=1;AO=18;DP=24;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00549697;FXX=0.230681;HRUN=1;LEN=3;MLLD=211.288;QD=55.2064;RBI=0.0394679;REFB=0;REVB=-0.0390832;RO=5;SAF=4;SAR=14;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272391;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000101802;OID=.;OPOS=97080945;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:24:20:20:0:4:16:0:0:3:5:4:14:4:1 chr9 97080948 . A G 35.3 PASS AF=0.24;AO=5;DP=26;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.00251716;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.448;QD=5.64725;RBI=0.0257396;REFB=0.000678006;REVB=-0.0256162;RO=19;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.60981;STB=0.808722;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.031365;OID=.;OPOS=97080948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:25:19:19:5:6:0.24:1:4:4:15:2:4:4:15 chr9 97080953 . A C 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0177176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.642;QD=5.44271;RBI=0.0233719;REFB=-0.00403302;REVB=-0.0152424;RO=19;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.496436;STB=0.81738;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0196239;OID=.;OPOS=97080953;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:19:20:6:6:0.230769:2:4:4:15:2:4:4:16 chr9 97081010 . T G 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0193545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.867;QD=7.32289;RBI=0.0296572;REFB=0.000277515;REVB=-0.0224711;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331207;STB=0.709008;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.00115148;OID=.;OPOS=97081010;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:2:4:5:9:2:4:5:9 chr9 97082699 . G A,C 405.71 PASS AF=0.870968,0.0967742;AO=27,3;DP=31;FAO=27,3;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=18,3;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.050302,0.0420663;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=216.505,177.247;QD=52.3499;RBI=0.0508186,0.0482634;REFB=0.0277274,-0.00212952;REVB=-0.00722737,-0.0236598;RO=0;SAF=18,3;SAR=9,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.526296,0.994936;STBP=0.282,0.122;TYPE=snp,snp;VARB=0.00146721,0.110088;OID=.,.;OPOS=97082699,97082699;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:31:31:0:1:27,3:27,3:0.870968,0.0967742:9,0:18,3:0:0:9,0:18,3:0:1 chr9 97083422 . C T 163.86 PASS AF=0.548387;AO=16;DP=30;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0734912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.0656;QD=21.1436;RBI=0.0828205;REFB=-0.0687593;REVB=0.0381873;RO=13;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106458;STB=0.559932;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0425684;OID=.;OPOS=97083422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:13:14:16:17:0.548387:9:7:4:9:10:7:4:10 chr9 97087857 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0641185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1273;QD=33.4278;RBI=0.189841;REFB=0;REVB=0.178685;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.021729;OID=.;OPOS=97087857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:1:5:0:0:1:5:0:0 chr9 97325725 . CA AC,CG 191.23 PASS AF=0,0.416667;AO=2,19;DP=48;FAO=0,20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=0,8;FSAR=0,12;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0148675,-0.00136522;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=2,1;MLLD=75.4729,240.248;QD=15.9358;RBI=0.0148711,0.00314285;REFB=-0.00261354,-0.00498407;REVB=0.00032352,-0.00283085;RO=26;SAF=2,8;SAR=0,11;SRF=16;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.431571,-0.1937;STB=0.5,0.639208;STBP=1,0.113;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.00461279;OID=.,.;OPOS=97325725,97325726;OREF=CA,A;OALT=AC,G;OMAPALT=AC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:48:48:26:28:2,19:0,20:0,0.416667:0,11:2,8:16:10:0,12:0,8:18:10 chr9 97349666 . C G 461.26 PASS AF=0.719298;AO=41;DP=53;FAO=41;FDP=57;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0301344;FXX=0.0499917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.616;QD=32.3692;RBI=0.0311916;REFB=-0.0313492;REVB=0.00805214;RO=12;SAF=22;SAR=19;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119924;STB=0.527836;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0144365;OID=.;OPOS=97349666;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:57:12:16:41:41:0.719298:19:22:3:9:19:22:7:9 chr9 97365720 . T C 725.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.586;QD=55.7689;RBI=0.0124104;REFB=0;REVB=-0.0064009;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.49435e-05;OID=.;OPOS=97365720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:19:32:0:0:19:33:0:0 chr9 97369149 . C T 936.41 PASS AF=0.956522;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0326997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4511;QD=54.2845;RBI=0.03634;REFB=-0.0220461;REVB=-0.0158533;RO=2;SAF=31;SAR=35;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295067;STB=0.508584;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00443732;OID=.;OPOS=97369149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:68:69:2:3:66:66:0.956522:35:31:2:0:35:31:2:1 chr9 97369151 . G A 126.49 PASS AF=0.283582;AO=18;DP=67;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0210556;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.393;QD=7.55147;RBI=0.0229408;REFB=-0.00427169;REVB=0.00910729;RO=48;SAF=11;SAR=7;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231061;STB=0.614788;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.016583;OID=.;OPOS=97369151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:48:48:18:19:0.283582:7:11:20:28:8:11:20:28 chr9 97768286 . T C 805.02 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.288;QD=64.4018;RBI=0.0365842;REFB=0;REVB=0.0350774;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07543e-05;OID=.;OPOS=97768286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr9 97849090 . A G 82.62 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0276073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.492;QD=9.17982;RBI=0.0496596;REFB=-0.00796248;REVB=-0.0412785;RO=25;SAF=4;SAR=7;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307595;STB=0.68595;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.021859;OID=.;OPOS=97849090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:25:25:11:11:0.305556:7:4:16:9:7:4:16:9 chr9 97849137 . CA C 224.56 PASS AF=1;AO=20;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128102;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.8331;QD=37.4273;RBI=0.237857;REFB=0;REVB=0.200415;RO=2;SAF=2;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0.346667;SSEP=0;SSSB=0.048536;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0218226;OID=.;OPOS=97849138;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:24:24:24:0:4:20:0:0:4:2:2:18:0:2 chr9 98209594 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00675611;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=320.544;QD=43.4862;RBI=0.0240369;REFB=0;REVB=0.0230679;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.84517e-05;OID=.;OPOS=98209594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr9 98221994 . A G 364.3 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0026552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7537;QD=21.1189;RBI=0.0622197;REFB=-0.000464051;REVB=-0.062163;RO=32;SAF=17;SAR=20;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00783326;STB=0.504332;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.000751509;OID=.;OPOS=98221994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:20:17:15:17:20:17:15:17 chr9 98231061 . G A 292.32 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0131549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.121;QD=27.1929;RBI=0.0199292;REFB=-0.0128934;REVB=0.0149707;RO=16;SAF=13;SAR=13;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863483;STB=0.558095;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.00975016;OID=.;OPOS=98231061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:16:17:26:26:0.604651:13:13:6:10:13:13:6:11 chr9 98638288 . A G 1080.53 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.437;QD=60.0296;RBI=0.0282087;REFB=0;REVB=-0.0090531;RO=0;SAF=46;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.50978e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.19872e-05;OID=.;OPOS=98638288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:25:46:0:0:26:46:0:0 chr9 98729382 . A C 1279.08 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510891;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3554;QD=61.6425;RBI=0.0517829;REFB=0;REVB=0.0084481;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255848;OID=.;OPOS=98729382;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:80:83:1:38:42:0:0:40:43:0:0 chr9 98997810 . C T 429.65 PASS AF=0.583333;AO=41;DP=73;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.000614341;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.07;QD=23.8692;RBI=0.026354;REFB=-0.0269428;REVB=0.0263469;RO=30;SAF=16;SAR=25;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019155;STB=0.516567;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0157783;OID=.;OPOS=98997810;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:30:30:41:42:0.583333:25:16:11:19:25:17:11:19 chr9 99525909 . T C 97.89 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0195175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.17;QD=13.5027;RBI=0.0231915;REFB=-0.00881045;REVB=0.0125264;RO=17;SAF=3;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302407;STB=0.678928;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0186445;OID=.;OPOS=99525909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:9:3:9:8:9:3:9:8 chr9 99537071 . T C 176.21 PASS AF=0.323944;AO=23;DP=72;FAO=23;FDP=71;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.00586777;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5635;QD=9.9274;RBI=0.0161496;REFB=-0.00984638;REVB=0.0150458;RO=49;SAF=16;SAR=7;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107612;STB=0.569021;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0149597;OID=.;OPOS=99537071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:49:48:23:23:0.323944:7:16:30:19:7:16:29:19 chr9 99538365 . G A 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.049707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.431;QD=15.1962;RBI=0.0508159;REFB=-0.0157416;REVB=0.010558;RO=26;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177953;STB=0.603057;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0278054;OID=.;OPOS=99538365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:6:12:13:13:6:12:13:13 chr9 99581811 . C T 331.98 PASS AF=0.539683;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=63;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0118175;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.543;QD=21.0781;RBI=0.0227481;REFB=-0.0150543;REVB=-0.0194377;RO=29;SAF=18;SAR=16;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152674;STB=0.584367;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0100988;OID=.;OPOS=99581811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:29:34:34:0.539683:16:18:10:19:16:18:10:19 chr9 99581916 . C G 217.79 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00116311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.23;QD=16.7532;RBI=0.0258715;REFB=-0.00166783;REVB=-0.0258454;RO=28;SAF=4;SAR=20;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362079;STB=0.708135;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00946119;OID=.;OPOS=99581916;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:20:4:13:15:20:4:13:15 chr9 99694397 . C G 132.04 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0410716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.0413;QD=22.0069;RBI=0.0589298;REFB=-0.0304299;REVB=0.0422594;RO=9;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164121;STB=0.611608;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0230854;OID=.;OPOS=99694397;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:24:24:9:10:14:14:0.583333:6:8:3:6:6:8:3:7 chr9 99698725 . TGAG T 108.62 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0202886;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=189.006;QD=13.577;RBI=0.03586;REFB=-0.022587;REVB=0.0295688;RO=17;SAF=8;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218026;STB=0.540919;STBP=0.752;TYPE=del;VARB=0.0320269;OID=.;OPOS=99698726;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40625:12:32:13:32:19:9:4:12:7:99:17:8:4:11:6 chr9 100053194 . G A 296.56 PASS AF=0.377778;AO=34;DP=90;FAO=34;FDP=90;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.0593207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.469;QD=13.1803;RBI=0.059775;REFB=-0.00826033;REVB=0.00735609;RO=55;SAF=16;SAR=18;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372558;STB=0.515103;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0126894;OID=.;OPOS=100053194;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:56:34:34:0.377778:18:16:24:31:18:16:25:31 chr9 100071728 . G A 546.02 PASS AF=0.536842;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0777281;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5907;QD=22.9904;RBI=0.0802146;REFB=-0.00432046;REVB=0.0198175;RO=43;SAF=31;SAR=20;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10162;STB=0.540605;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00484003;OID=.;OPOS=100071728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:43:44:51:51:0.536842:20:31:21:22:20:31:23:21 chr9 100074446 . C T 228.78 PASS AF=0.536585;AO=21;DP=40;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0551334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0627;QD=22.3201;RBI=0.0596897;REFB=-0.0342522;REVB=-0.0228729;RO=19;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423572;STB=0.533303;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.029421;OID=.;OPOS=100074446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:19:19:21:22:0.536585:10:11:9:10:10:12:9:10 chr9 100087345 . A G 276.47 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0642908;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3287;QD=52.6613;RBI=0.0657696;REFB=0;REVB=-0.0138686;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000767869;OID=.;OPOS=100087345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr9 100087436 . A G 33.85 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0255953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.247;QD=3.98285;RBI=0.0332076;REFB=-0.0118299;REVB=-0.0211573;RO=28;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278798;STB=0.691682;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0657472;OID=.;OPOS=100087436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:34:34:28:28:6:6:0.176471:2:4:12:16:2:4:12:16 chr9 100105735 . T C 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.833;QD=58.4196;RBI=0.0453303;REFB=0;REVB=0.00730623;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107531;OID=.;OPOS=100105735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:37:26:0:0:37:26:0:0 chr9 100105782 . C G 344.86 PASS AF=0.5;AO=35;DP=71;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00204359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.929;QD=19.1588;RBI=0.00622183;REFB=-0.0275345;REVB=-0.00587664;RO=35;SAF=13;SAR=22;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106326;STB=0.558219;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0243008;OID=.;OPOS=100105782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:35:36:35:36:0.5:22:13:17:18:23:13:17:19 chr9 100122291 . T C 508.73 PASS AF=0.594937;AO=47;DP=79;FAO=47;FDP=79;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0232829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7126;QD=25.7586;RBI=0.0401171;REFB=-0.00694756;REVB=-0.0326693;RO=32;SAF=16;SAR=31;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101863;STB=0.555788;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0051132;OID=.;OPOS=100122291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:32:32:47:47:0.594937:31:16:15:17:31:16:15:17 chr9 100139161 . A G 410.68 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8111;QD=56.645;RBI=0.0248981;REFB=0;REVB=0.0122881;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000737105;OID=.;OPOS=100139161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr9 100388119 . G T 513.61 PASS AF=0.462185;AO=55;DP=119;FAO=55;FDP=119;FR=.;FRO=64;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.00292828;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.768;QD=17.2642;RBI=0.0029857;REFB=-0.00716176;REVB=0.0005827;RO=64;SAF=32;SAR=23;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139628;STB=0.577695;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0112445;OID=.;OPOS=100388119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:64:64:55:55:0.462185:23:32:28:36:23:32:28:36 chr9 100616583 . T C 167.5 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00941495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3766;QD=41.8753;RBI=0.0291563;REFB=-0.0917926;REVB=0.0275944;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529373;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00628377;OID=.;OPOS=100616583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:0:1:15:15:0.9375:8:7:0:0:8:7:0:1 chr9 100617375 . T C 1401.68 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00915601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.931;QD=62.2969;RBI=0.0159689;REFB=0;REVB=0.0130833;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000739813;OID=.;OPOS=100617375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:90:0:0:88:90:1:47:41:0:0:48:42:0:0 chr9 100617433 . A C 232.96 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=-0.0158262;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9374;QD=14.7908;RBI=0.0167666;REFB=-0.00411956;REVB=0.00553631;RO=36;SAF=12;SAR=15;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115266;STB=0.565171;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.00206184;OID=.;OPOS=100617433;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:36:36:27:27:0.428571:15:12:12:24:15:12:12:24 chr9 100617479 . G T 238.2 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00411472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5814;QD=20.2723;RBI=0.0397999;REFB=-0.016443;REVB=0.0395867;RO=24;SAF=5;SAR=18;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263426;STB=0.64997;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0188838;OID=.;OPOS=100617479;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:18:5:11:13:18:5:11:13 chr9 100617583 . T C 146.61 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0110913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.422;QD=10.4718;RBI=0.0262695;REFB=-0.01036;REVB=-0.0238132;RO=37;SAF=16;SAR=3;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41242;STB=0.747366;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0101661;OID=.;OPOS=100617583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:3:16:20:17:3:16:20:17 chr9 100617949 . T C 209.38 PASS AF=0.567568;AO=19;DP=35;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0164614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2585;QD=22.6362;RBI=0.0166387;REFB=-0.0358389;REVB=-0.00242204;RO=15;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00553291;STB=0.510299;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0190798;OID=.;OPOS=100617949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:15:16:19:21:0.567568:9:10:8:7:11:10:8:8 chr9 100618578 . C T 73.28 PASS AF=0.588235;AO=9;DP=16;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0282564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.4174;QD=17.2413;RBI=0.0605629;REFB=-0.00768131;REVB=-0.0535672;RO=7;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186168;STB=0.620002;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00345641;OID=.;OPOS=100618578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:16:17:7:7:9:10:0.588235:3:6:3:4:3:7:3:4 chr9 100672338 . C T 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0188212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.675;QD=14.6578;RBI=0.0191172;REFB=-0.0124356;REVB=-0.003351;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112273;STB=0.56561;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0104497;OID=.;OPOS=100672338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:9:4:7:10:9:4:7:10 chr9 100675816 . A G 339.91 PASS AF=0.622222;AO=25;DP=46;FAO=28;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0211011;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.564;QD=30.2143;RBI=0.0260619;REFB=-0.00771936;REVB=0.0152959;RO=13;SAF=7;SAR=18;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387335;STB=0.507687;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00379215;OID=.;OPOS=100675816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:13:15:25:28:0.622222:18:7:3:10:21:7:4:11 chr9 100684719 . A C 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0066634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.788;QD=14.0976;RBI=0.0140193;REFB=-0.00772532;REVB=-0.0123345;RO=18;SAF=9;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148003;STB=0.586817;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00980378;OID=.;OPOS=100684719;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:4:9:10:8:4:9:10:8 chr9 100684757 . A G 199.82 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00654975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.876;QD=19.9815;RBI=0.0221081;REFB=-0.0508313;REVB=-0.0211156;RO=20;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138568;STB=0.578454;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0341834;OID=.;OPOS=100684757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:7:13:10:10:7:13:10:10 chr9 100819192 . C T 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0134032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0594;QD=17.2277;RBI=0.0350626;REFB=-0.00840394;REVB=-0.0323997;RO=6;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325838;STB=0.6918;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0108438;OID=.;OPOS=100819192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:6:2:4:2:6:2:4:2 chr9 100823084 . T C 259.16 PASS AF=0.326923;AO=33;DP=103;FAO=34;FDP=104;FR=.;FRO=70;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=-0.0021412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.111;QD=9.96781;RBI=0.0183223;REFB=-0.0140465;REVB=-0.0181967;RO=67;SAF=10;SAR=23;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213614;STB=0.628423;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0308592;OID=.;OPOS=100823084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:67:70:33:34:0.326923:23:10:32:35:24:10:33:37 chr9 100843417 . A G 267.82 PASS AF=0.432432;AO=24;DP=66;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0166042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.758;QD=14.4766;RBI=0.0305942;REFB=-0.0147771;REVB=0.0256964;RO=37;SAF=11;SAR=13;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298407;STB=0.565488;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.024035;OID=.;OPOS=100843417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:74:37:42:24:32:0.432432:13:11:18:19:21:11:19:23 chr9 100854765 . C G 203.24 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0099748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4179;QD=21.972;RBI=0.0470518;REFB=-0.010156;REVB=0.0459824;RO=17;SAF=6;SAR=14;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00574418;STB=0.503223;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.0179864;OID=.;OPOS=100854765;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:14:6:5:12:14:6:5:12 chr9 101068580 . G A 605.89 PASS AF=0.54955;AO=60;DP=111;FAO=61;FDP=111;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.00432239;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.753;QD=21.8338;RBI=0.0189449;REFB=-0.0307611;REVB=0.0184453;RO=50;SAF=27;SAR=33;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582154;STB=0.535024;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0203251;OID=.;OPOS=101068580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:50:50:60:61:0.54955:33:27:26:24:34:27:26:24 chr9 101340301 . A C 391.15 PASS AF=0.364341;AO=47;DP=128;FAO=47;FDP=129;FR=.;FRO=82;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=46;FWDB=-0.0494197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.117;QD=12.1285;RBI=0.0520911;REFB=-0.00788285;REVB=-0.0164676;RO=80;SAF=33;SAR=14;SRF=34;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31244;STB=0.672023;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.023938;OID=.;OPOS=101340301;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:80:82:47:47:0.364341:14:33:34:46:14:33:36:46 chr9 101533220 . C T 108.04 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00340768;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.932;QD=13.0959;RBI=0.00577993;REFB=-0.0217897;REVB=-0.00466855;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064306;STB=0.537678;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0182354;OID=.;OPOS=101533220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:7:6:8:12:7:6:8:12 chr9 101552584 . G A 223.6 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.0116476;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.395;QD=26.306;RBI=0.0346283;REFB=-0.00780196;REVB=-0.0326107;RO=13;SAF=15;SAR=6;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118223;STB=0.565159;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00630852;OID=.;OPOS=101552584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:6:15:11:2:6:15:11:2 chr9 101611335 . G C 184.73 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0422736;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5275;QD=10.2626;RBI=0.05999;REFB=-0.00162946;REVB=-0.0425646;RO=48;SAF=13;SAR=11;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165188;STB=0.596252;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.000971326;OID=.;OPOS=101611335;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:48:48:24:24:0.333333:11:13:19:29:11:13:19:29 chr9 101611545 . A G 122.78 PASS AF=0.22619;AO=19;DP=84;FAO=19;FDP=84;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=33;FWDB=-0.0277875;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.7;QD=5.84658;RBI=0.0298407;REFB=-0.0150845;REVB=0.0108776;RO=65;SAF=11;SAR=8;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108165;STB=0.567225;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0572012;OID=.;OPOS=101611545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:65:65:19:19:0.22619:8:11:32:33:8:11:32:33 chr9 101748234 . G A 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00712912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.877;QD=19.523;RBI=0.0157943;REFB=0.00407315;REVB=0.0140938;RO=11;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00546547;STB=0.529369;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.00353398;OID=.;OPOS=101748234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:11:12:14:14:0.538462:9:5:4:7:9:5:5:7 chr9 101767245 . G A 94.55 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0392434;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.401;QD=9.95281;RBI=0.0431423;REFB=-0.0116586;REVB=0.0179223;RO=26;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180169;STB=0.607312;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0175034;OID=.;OPOS=101767245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:38:38:26:26:12:12:0.315789:7:5:7:19:7:5:7:19 chr9 101767315 . G A 67.03 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0077222;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=166.866;QD=12.7678;RBI=0.0224161;REFB=-0.00756615;REVB=0.021044;RO=11;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370366;STB=0.713701;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0117329;OID=.;OPOS=101767315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:21:11:12:9:9:0.428571:8:1:4:7:8:1:4:8 chr9 101784438 . A G 491.8 PASS AF=0.490566;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.00850578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.707;QD=18.5583;RBI=0.00862795;REFB=-0.0175648;REVB=0.00144678;RO=51;SAF=28;SAR=24;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783013;STB=0.547808;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0151399;OID=.;OPOS=101784438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:51:54:52:52:0.490566:24:28:23:28:24:28:24:30 chr9 101832264 . T G 51.76 PASS AF=0.310345;AO=8;DP=25;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0550643;FXX=0;HRUN=12;LEN=1;MLLD=26.211;QD=7.13975;RBI=0.125161;REFB=-0.0753069;REVB=0.112398;RO=17;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136257;STB=0.611381;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.105277;OID=.;OPOS=101832264;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:25:29:17:20:8:9:0.310345:6:2:6:11:7:2:7:13 chr9 101890227 . C T 765.0 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.9;QD=56.6668;RBI=0.0333827;REFB=0;REVB=0.0067785;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.86436e-05;OID=.;OPOS=101890227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:34:18:0:0:34:20:0:0 chr9 101890980 . A G 1288.14 PASS AF=0.988235;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0233457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.296;QD=60.6182;RBI=0.0336198;REFB=-0.114183;REVB=0.0241923;RO=1;SAF=32;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145697;STB=0.507461;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000251696;OID=.;OPOS=101890980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:84:85:1:1:83:84:0.988235:51:32:1:0:51:33:1:0 chr9 101913699 . G GTTT,T 2115.62 PASS AF=0.254902,0.745098;AO=16,101;DP=144;FAO=39,114;FDP=153;FR=.;FRO=0;FSAF=10,59;FSAR=29,55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170026,0.009255;FXX=0.0192295;HRUN=5,1;LEN=3,1;MLLD=26.1315,225.506;QD=55.3105;RBI=0.0270628,0.0130864;REFB=0,0;REVB=0.0210549,0.00925201;RO=9;SAF=3,51;SAR=13,50;SRF=7;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.429548,-0.0422432;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0501465,0.00411723;OID=.,.;OPOS=101913700,101913699;OREF=-,G;OALT=TTT,T;OMAPALT=GTTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:144:153:9:0:16,101:39,114:0.254902,0.745098:13,50:3,51:7:2:29,55:10,59:0:0 chr9 101947879 . ATGT A 664.15 PASS AF=1;AO=44;DP=53;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142718;FXX=0.148121;HRUN=1;LEN=3;MLLD=292.494;QD=57.7519;RBI=0.0146088;REFB=0;REVB=-0.00311955;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00278315;OID=.;OPOS=101947880;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:44:53:46:46:0:23:23:0:0:4:0:23:21:0:0 chr9 102068344 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4715;QD=35.5758;RBI=0.0630095;REFB=0;REVB=-0.0611056;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00373673;OID=.;OPOS=102068344;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr9 102068770 . T C 946.9 PASS AF=0.970588;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0249429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.274;QD=55.7;RBI=0.054481;REFB=-0.130054;REVB=0.0484359;RO=2;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325534;STB=0.517236;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00252907;OID=.;OPOS=102068770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:2:2:66:66:0.970588:28:38:0:2:28:38:0:2 chr9 102068832 . G A 2074.15 PASS AF=0.978417;AO=132;DP=136;FAO=136;FDP=139;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=72;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0682408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4526;QD=59.6878;RBI=0.104125;REFB=-0.0559466;REVB=0.0786457;RO=3;SAF=62;SAR=70;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00834216;STB=0.511449;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00752073;OID=.;OPOS=102068832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:136:139:3:3:132:136:0.978417:70:62:2:1:72:64:3:0 chr9 102732237 . T C 109.28 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00479966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.661;QD=14.1;RBI=0.00579957;REFB=-0.014804;REVB=0.0032555;RO=18;SAF=2;SAR=11;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421697;STB=0.751109;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.01546;OID=.;OPOS=102732237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:11:2:9:9:11:2:9:9 chr9 103060386 . T G 1042.75 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3016;QD=59.5855;RBI=0.0462437;REFB=0;REVB=0.0447715;RO=0;SAF=34;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042473;OID=.;OPOS=103060386;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:35:34:0:0:36:34:0:0 chr9 103064530 . G A 691.1 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.735;QD=61.4314;RBI=0.0192768;REFB=0;REVB=0.0080506;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000525807;OID=.;OPOS=103064530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:29:14:0:0:31:14:0:0 chr9 103348208 . A T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.881;QD=57.2024;RBI=0.0282505;REFB=0;REVB=-0.00466209;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010258;OID=.;OPOS=103348208;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr9 104133628 . C T 500.41 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.933;QD=58.872;RBI=0.088512;REFB=0;REVB=0.0873431;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0007451;OID=.;OPOS=104133628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:20:12:0:0:22:12:0:0 chr9 104309445 . T C 139.11 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0065487;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8897;QD=11.8393;RBI=0.0724133;REFB=-0.00957787;REVB=0.0721166;RO=30;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02918;STB=0.530687;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0221749;OID=.;OPOS=104309445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:31:16:16:0.340426:10:6:12:18:10:6:13:18 chr9 104324545 . G A 310.63 PASS AF=0.447368;AO=34;DP=76;FAO=34;FDP=76;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00696267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.184;QD=16.3489;RBI=0.00769684;REFB=-0.0108044;REVB=0.00328064;RO=42;SAF=17;SAR=17;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0121309;OID=.;OPOS=104324545;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:42:34:34:0.447368:17:17:21:21:17:17:21:21 chr9 104335682 . C T 474.13 PASS AF=0.388489;AO=53;DP=138;FAO=54;FDP=139;FR=.;FRO=85;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=0.00757974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.036;QD=13.644;RBI=0.00757982;REFB=0.00150667;REVB=-3.37116e-05;RO=84;SAF=36;SAR=17;SRF=36;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275884;STB=0.656507;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00352178;OID=.;OPOS=104335682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:84:85:53:54:0.388489:17:36:36:48:17:37:37:48 chr9 104385712 . A G 235.22 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0772628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3148;QD=25.4296;RBI=0.0785703;REFB=-0.0646554;REVB=0.0142743;RO=14;SAF=8;SAR=14;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048372;STB=0.515775;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0362223;OID=.;OPOS=104385712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:14:15:22:22:0.594595:14:8:6:8:14:8:6:9 chr9 104449063 . C T 831.11 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0079279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.761;QD=55.4074;RBI=0.0115892;REFB=0;REVB=0.00845334;RO=0;SAF=40;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00257397;OID=.;OPOS=104449063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:60:0:0:57:60:1:17:40:0:0:20:40:0:0 chr9 104499575 . T C 494.57 PASS AF=0.45;AO=50;DP=117;FAO=54;FDP=120;FR=.;FRO=66;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.0403454;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.018;QD=16.4856;RBI=0.0403924;REFB=0.000802349;REVB=0.00194697;RO=64;SAF=23;SAR=27;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0402097;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0021176;OID=.;OPOS=104499575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:120:64:66:50:54:0.45:27:23:32:32:27:27:33:33 chr9 105018910 . A C 55.41 PASS AF=0.363636;AO=7;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0210469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.537;QD=10.0751;RBI=0.0248226;REFB=-0.00423591;REVB=0.0131602;RO=14;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37647;STB=0.666263;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00474253;OID=.;OPOS=105018910;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:7:8:0.363636:2:5:5:9:3:5:5:9 chr9 105763912 . T C 264.84 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0303751;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8235;QD=15.3533;RBI=0.0304134;REFB=-0.0122263;REVB=0.00152667;RO=39;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180467;STB=0.601847;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0116778;OID=.;OPOS=105763912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:13:17:15:24:13:17:15:24 chr9 105767330 . AG GA 43.97 PASS AF=0.333333;AO=3;DP=16;FAO=5;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.046177;FXX=0.062461;HRUN=7;LEN=2;MLLD=32.2936;QD=11.7255;RBI=0.0749031;REFB=-0.0111214;REVB=0.058976;RO=8;SAF=3;SAR=0;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.819744;STB=0.832474;STBP=0.235;TYPE=mnp;VARB=0.116098;OID=.;OPOS=105767330;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:16:15:8:8:3:5:0.333333:0:3:0:8:2:3:0:8 chr9 105780618 . G A 2002.35 PASS AF=0.992366;AO=126;DP=127;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0653143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.169;QD=61.1405;RBI=0.0894465;REFB=-0.10636;REVB=0.0611123;RO=1;SAF=54;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0065543;STB=0.503267;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00206517;OID=.;OPOS=105780618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:127:131:1:1:126:130:0.992366:72:54:0:1:76:54:0:1 chr9 106896809 . G A 874.91 PASS AF=0.392;AO=97;DP=249;FAO=98;FDP=250;FR=.;FRO=152;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=69;FSRR=83;FWDB=0.000131475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.546;QD=13.9986;RBI=0.0194404;REFB=-0.0042234;REVB=-0.0194399;RO=152;SAF=50;SAR=47;SRF=69;SRR=83;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666847;STB=0.540334;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00601598;OID=.;OPOS=106896809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:250:152:152:97:98:0.392:47:50:69:83:47:51:69:83 chr9 107266596 . T C 1000.67 PASS AF=0.945946;AO=70;DP=74;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00782153;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=257.762;QD=54.0901;RBI=0.0105979;REFB=-0.0202025;REVB=0.0071512;RO=2;SAF=51;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471928;STB=0.515395;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000265864;OID=.;OPOS=107266596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:74:74:2:4:70:70:0.945946:19:51:0:2:19:51:2:2 chr9 107266774 . C G 1361.73 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235301;FXX=0.0113623;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.844;QD=62.6082;RBI=0.0390824;REFB=0;REVB=0.0312052;RO=0;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.04961e-07;OID=.;OPOS=107266774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:87:0:0:86:87:1:48:38:0:0:48:39:0:0 chr9 107266844 . A G 1078.0 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.517;QD=59.8887;RBI=0.110989;REFB=0;REVB=0.00405543;RO=0;SAF=20;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.28744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196804;OID=.;OPOS=107266844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:72:0:0:69:72:1:49:20:0:0:49:23:0:0 chr9 107266943 . G A 526.78 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00710405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.837;QD=56.9491;RBI=0.00763773;REFB=-0.1405;REVB=-0.00280489;RO=1;SAF=15;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301788;STB=0.51612;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00357643;OID=.;OPOS=107266943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:21:15:1:0:21:15:1:0 chr9 107267304 . C T 1622.46 PASS AF=1;AO=104;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153677;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0764;QD=59.5396;RBI=0.0496047;REFB=0;REVB=-0.0471641;RO=0;SAF=47;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000903371;OID=.;OPOS=107267304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:109:0:0:104:109:1:57:47:0:0:59:50:0:0 chr9 107331504 . C A 874.99 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0230389;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.892;QD=56.4509;RBI=0.023687;REFB=-0.0306662;REVB=0.00550301;RO=1;SAF=37;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125883;STB=0.506664;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000104677;OID=.;OPOS=107331504;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:62:1:1:61:61:0.983871:24:37:1:0:24:37:1:0 chr9 107360766 . AGGT AGG,TAGG 673.6 PASS AF=1,0;AO=33,3;DP=45;FAO=44,0;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26,0;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649564,0.0607043;FXX=0.0222173;HRUN=1,1;LEN=1,4;MLLD=173.368,156.902;QD=61.2366;RBI=0.0712007,0.0643641;REFB=0,0;REVB=0.0291582,0.0213945;RO=0;SAF=19,1;SAR=14,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.71297e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.000297625,0;OID=.,.;OPOS=107360769,107360766;OREF=T,AGGT;OALT=-,TAGG;OMAPALT=AGG,TAGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:33,3:44,0:1,0:14,2:19,1:0:0:18,0:26,0:0:0 chr9 107360826 . A G 935.99 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00378224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3343;QD=58.4991;RBI=0.00446239;REFB=0;REVB=-0.00236804;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.13853e-05;OID=.;OPOS=107360826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr9 107360851 . T C 836.88 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00855659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.678;QD=55.7918;RBI=0.0510226;REFB=-0.065054;REVB=0.0503;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.000655426;OID=.;OPOS=107360851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:0:1:59:59:0.983333:29:30:0:0:29:30:0:1 chr9 107360922 . A G 1571.01 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00112124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7066;QD=62.8405;RBI=0.00854283;REFB=-0.142482;REVB=0.00846893;RO=0;SAF=35;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503875;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00160908;OID=.;OPOS=107360922;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:100:0:1:99:99:0.99:64:35:0:0:64:35:0:1 chr9 107361129 . C T 786.96 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0236783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3362;QD=55.2253;RBI=0.0364723;REFB=-0.128078;REVB=0.0277411;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.508194;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00311622;OID=.;OPOS=107361129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:56:56:0.982456:26:30:0:0:26:30:1:0 chr9 107361439 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00678695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.349;QD=37.4881;RBI=0.015084;REFB=0;REVB=-0.0134708;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000320597;OID=.;OPOS=107361439;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr9 107361451 . GC AG 59.45 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111181;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=200.229;QD=33.9711;RBI=0.226752;REFB=0;REVB=0.197624;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00429968;OID=.;OPOS=107361451;OREF=GC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr9 107361460 . G A 62.18 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.6075;QD=35.5328;RBI=0.0663199;REFB=0;REVB=0.0460761;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0081829;OID=.;OPOS=107361460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr9 107361599 . G C 519.36 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4275;QD=59.3551;RBI=0.0244101;REFB=0;REVB=-0.00799505;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00044133;OID=.;OPOS=107361599;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr9 107361710 . G A 1474.68 PASS AF=0.989474;AO=92;DP=94;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0188547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4987;QD=62.0919;RBI=0.0188708;REFB=0.04049;REVB=0.000778134;RO=1;SAF=40;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903006;STB=0.504586;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-3.50637e-05;OID=.;OPOS=107361710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:95:1:1:92:94:0.989474:52:40:0:1:54:40:0:1 chr9 107367008 . T C 1387.47 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=64;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0151106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.767;QD=60.3247;RBI=0.0195293;REFB=-0.0567292;REVB=0.0123719;RO=2;SAF=64;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145812;STB=0.507691;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.000936298;OID=.;OPOS=107367008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:2:2:90:90:0.978261:26:64:2:0:26:64:2:0 chr9 107367390 . GATGTTA GA,GAT 449.33 PASS AF=0,1;AO=5,26;DP=31;FAO=0,31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281535,0.0494462;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=5,4;MLLD=237.256,262.492;QD=57.9782;RBI=0.031419,0.0546776;REFB=0,0;REVB=0.0139476,0.0233391;RO=0;SAF=5,13;SAR=0,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000374995;OID=.,.;OPOS=107367391,107367393;OREF=ATGTT,GTTA;OALT=-,-;OMAPALT=GA,GAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:5,26:31:0,31:31:0:0,18:0,13:0:0:4:0:5,13:0,13:0:0 chr9 107367431 . A T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.752;QD=44.6891;RBI=0.0569284;REFB=0;REVB=0.0498998;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152751;OID=.;OPOS=107367431;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr9 107367612 . C T 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.322;QD=63.2866;RBI=0.0159675;REFB=0;REVB=0.00686352;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.15791e-05;OID=.;OPOS=107367612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr9 107367664 . AGC A 182.06 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00175758;FXX=0.166574;HRUN=1;LEN=2;MLLD=175.017;QD=48.549;RBI=0.00741435;REFB=0;REVB=-0.00720302;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000126065;OID=.;OPOS=107367665;OREF=GC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:16:15:15:0:10:5:0:0:3:0:9:5:0:0 chr9 107367841 . A T 922.53 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0149503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.198;QD=56.7713;RBI=0.0173551;REFB=-0.00606625;REVB=0.00881407;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-4.08953e-05;OID=.;OPOS=107367841;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:33:31:0:0:33:31:0:1 chr9 107380177 . A G 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.020511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.638;QD=40.6387;RBI=0.0374402;REFB=-0.113425;REVB=-0.0313219;RO=1;SAF=7;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060556;STB=0.533286;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0122337;OID=.;OPOS=107380177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:7:7:1:0:7:7:1:0 chr9 107380215 . T A 175.54 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00348156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.74;QD=46.8115;RBI=0.0718189;REFB=0;REVB=0.0717345;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000663896;OID=.;OPOS=107380215;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr9 107380414 . C A 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.63;QD=55.0968;RBI=0.0498062;REFB=0;REVB=-0.0276654;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174315;OID=.;OPOS=107380414;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr9 107456933 . C A,T 688.24 PASS AF=0.0392157,0.941176;AO=2,48;DP=51;FAO=2,48;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=1,17;FSAR=1,31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0554693,-0.0310447;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=68.0431,113.548;QD=53.9797;RBI=0.0598951,0.0383701;REFB=-0.0854151,-0.0129988;REVB=-0.0225962,-0.0225497;RO=1;SAF=1,17;SAR=1,31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.25849,0.0149366;STB=0.665164,0.507933;STBP=0.662,0.537;TYPE=snp,snp;VARB=0.116265,-0.00212522;OID=.,.;OPOS=107456933,107456933;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:51:51:1:1:2,48:2,48:0.0392157,0.941176:1,31:1,17:0:1:1,31:1,17:0:1 chr9 107457326 . T C 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.000206773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.27;QD=12.8688;RBI=0.0239834;REFB=-0.0055263;REVB=0.0239825;RO=32;SAF=5;SAR=16;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174875;STB=0.595089;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0118604;OID=.;OPOS=107457326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:33:21:21:0.388889:16:5:12:20:16:5:12:21 chr9 107457532 . C T 423.44 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000978815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0058;QD=56.4587;RBI=0.0248549;REFB=0;REVB=0.0248357;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000652681;OID=.;OPOS=107457532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:17:12:0:0:17:13:0:0 chr9 107457725 . G A 544.24 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00943914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.156;QD=57.2885;RBI=0.014107;REFB=-0.176956;REVB=0.0104837;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252932;STB=0.512814;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.000145319;OID=.;OPOS=107457725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:37:38:1:1:36:37:0.973684:18:18:1:0:18:19:1:0 chr9 107510145 . G C 343.51 PASS AF=0.962963;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0130326;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=56.017;QD=50.8902;RBI=0.0247307;REFB=-0.115966;REVB=0.0210181;RO=1;SAF=5;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840195;STB=0.545418;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00578441;OID=.;OPOS=107510145;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:27:1:1:25:26:0.962963:20:5:1:0:21:5:1:0 chr9 107515214 . G A 1386.94 PASS AF=0.978261;AO=90;DP=92;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00841051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.606;QD=60.3017;RBI=0.0100809;REFB=-0.00683418;REVB=0.00555761;RO=2;SAF=51;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182229;STB=0.509613;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.000544759;OID=.;OPOS=107515214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:92:2:2:90:90:0.978261:39:51:2:0:39:51:2:0 chr9 107533159 . A G 2023.49 PASS AF=1;AO=129;DP=130;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0395709;FXX=0.00757518;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3613;QD=61.7861;RBI=0.0402858;REFB=0;REVB=0.0075559;RO=1;SAF=68;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693782;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018776;OID=.;OPOS=107533159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:130:131:1:0:129:131:1:61:68:1:0:61:70:0:0 chr9 107562804 . T C 298.75 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00179762;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=299.642;QD=23.8999;RBI=0.00281;REFB=0.00416204;REVB=-0.00215978;RO=22;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958142;STB=0.541636;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=-0.00300239;OID=.;OPOS=107562804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:23:27:27:0.54:13:14:14:8:13:14:14:9 chr9 107568705 . C T 392.87 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0276146;FXX=0.0454494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.584;QD=18.7082;RBI=0.0304154;REFB=-0.0513569;REVB=0.0127489;RO=43;SAF=17;SAR=23;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00608923;STB=0.503648;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0397236;OID=.;OPOS=107568705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:84:43:44:40:40:0.47619:23:17:18:25:23:17:19:25 chr9 107586753 . T C 233.44 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0178756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.687;QD=16.9776;RBI=0.0306018;REFB=0.00630148;REVB=0.0248382;RO=29;SAF=13;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161346;STB=0.509084;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.00765361;OID=.;OPOS=107586753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:13:13:15:14:13:13:15:14 chr9 107588033 . C T 214.02 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0137188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.812;QD=20.8796;RBI=0.017295;REFB=-0.0073363;REVB=-0.0105314;RO=20;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110453;STB=0.562003;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0073048;OID=.;OPOS=107588033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:10:11:13:7:10:11:13:7 chr9 107591272 . G T 242.7 PASS AF=0.444444;AO=27;DP=62;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00244076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.619;QD=15.4096;RBI=0.0223759;REFB=-0.0169584;REVB=-0.0222424;RO=35;SAF=12;SAR=15;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126032;STB=0.579129;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0198167;OID=.;OPOS=107591272;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:35:35:27:28:0.444444:15:12:20:15:16:12:20:15 chr9 107620867 . C T 190.66 PASS AF=0.352113;AO=24;DP=71;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0786016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.8744;QD=10.7416;RBI=0.0793301;REFB=-0.000797369;REVB=-0.0107264;RO=45;SAF=9;SAR=15;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10592;STB=0.565318;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00424965;OID=.;OPOS=107620867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:45:46:24:25:0.352113:15:9:21:24:16:9:21:25 chr9 107624029 . C T 470.82 PASS AF=0.440678;AO=52;DP=118;FAO=52;FDP=118;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.00271101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.583;QD=15.9601;RBI=0.0293408;REFB=-0.0173557;REVB=0.0292152;RO=66;SAF=22;SAR=30;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473274;STB=0.52648;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.014371;OID=.;OPOS=107624029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:66:66:52:52:0.440678:30:22:31:35:30:22:31:35 chr9 108152199 . G A 739.08 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00255125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.541;QD=54.7466;RBI=0.00264124;REFB=-0.00374;REVB=-0.000683567;RO=1;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165303;STB=0.508769;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=2.18789e-06;OID=.;OPOS=108152199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:28:25:0:1:28:25:0:1 chr9 108296786 . A G 271.36 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0130918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.842;QD=23.5966;RBI=0.0168317;REFB=-0.0166492;REVB=0.0105788;RO=21;SAF=17;SAR=8;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0327146;STB=0.518204;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00468366;OID=.;OPOS=108296786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:8:17:15:6:8:17:15:6 chr9 108366734 . G A 459.56 PASS AF=0.605634;AO=41;DP=70;FAO=43;FDP=71;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0167991;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4792;QD=25.8906;RBI=0.0181311;REFB=0.0129147;REVB=-0.00682099;RO=25;SAF=16;SAR=25;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00709271;STB=0.506326;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=-0.00493726;OID=.;OPOS=108366734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:25:28:41:43:0.605634:25:16:10:15:27:16:10:18 chr9 108380355 . C A 325.91 PASS AF=0.5;AO=31;DP=66;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.00601607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.4721;QD=18.6236;RBI=0.0129995;REFB=-0.00809961;REVB=0.0115236;RO=33;SAF=6;SAR=25;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211662;STB=0.615312;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0101999;OID=.;OPOS=108380355;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:70:33:35:31:35:0.5:25:6:12:21:28:7:13:22 chr9 108425267 . C T 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.824;QD=60.2293;RBI=0.030814;REFB=0;REVB=0.0287353;RO=0;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145711;OID=.;OPOS=108425267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:28:9:0:0:28:9:0:0 chr9 108536426 . AT A 430.29 PASS AF=1;AO=35;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.104698;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=17.0202;QD=43.0287;RBI=0.179107;REFB=0;REVB=-0.14532;RO=0;SAF=5;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00771495;OID=.;OPOS=108536427;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:40:40:40:0:6:34:0:0:8:0:5:30:0:0 chr9 109689859 . T C 230.3 PASS AF=0.479167;AO=22;DP=47;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0187386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.962;QD=19.1919;RBI=0.0256396;REFB=-0.0209935;REVB=-0.0175001;RO=23;SAF=14;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185585;STB=0.568206;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0289819;OID=.;OPOS=109689859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:23:25:22:23:0.479167:8:14:10:13:9:14:12:13 chr9 109691676 . A G 35.75 PASS AF=0.25;AO=5;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00473092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.744;QD=5.95779;RBI=0.0499379;REFB=-0.013093;REVB=-0.0497133;RO=18;SAF=4;SAR=1;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194673;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0378751;OID=.;OPOS=109691676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:5:6:0.25:1:4:12:6:2:4:12:6 chr9 110249505 . C T 234.92 PASS AF=0.638889;AO=20;DP=33;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0744745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.5484;QD=26.1027;RBI=0.0811685;REFB=-0.0459733;REVB=0.0322781;RO=13;SAF=12;SAR=8;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257122;STB=0.634729;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0576361;OID=.;OPOS=110249505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:36:13:13:20:23:0.638889:8:12:3:10:9:14:3:10 chr9 111617341 . A G 1510.63 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.99;QD=63.6055;RBI=0.0171556;REFB=0;REVB=-0.00887902;RO=0;SAF=43;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.44995e-05;OID=.;OPOS=111617341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:52:43:0:0:52:43:0:0 chr9 111618602 . A G 556.86 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5523;QD=60.2008;RBI=0.056636;REFB=0;REVB=-0.0275404;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211237;OID=.;OPOS=111618602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:26:11:0:0:26:11:0:0 chr9 111618926 . A G 747.9 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.668;QD=55.4003;RBI=0.0412641;REFB=0;REVB=0.031344;RO=1;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149535;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440379;OID=.;OPOS=111618926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:1:0:52:54:1:31:21:0:1:33:21:0:0 chr9 111625913 . A G 611.44 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000416179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.81;QD=58.2325;RBI=0.0307306;REFB=-0.101719;REVB=0.0307277;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00709039;OID=.;OPOS=111625913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:40:41:0.97619:20:20:0:0:21:20:1:0 chr9 111641825 . G A 113.83 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0024897;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.271;QD=9.89825;RBI=0.00313831;REFB=-0.00167909;REVB=0.0019106;RO=32;SAF=9;SAR=5;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168476;STB=0.601763;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00350637;OID=.;OPOS=111641825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:5:9:16:16:5:9:16:16 chr9 111644396 . G A 137.71 PASS AF=0.4;AO=15;DP=39;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0187468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.303;QD=13.7713;RBI=0.0202146;REFB=-0.0107776;REVB=0.00756223;RO=24;SAF=11;SAR=4;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223804;STB=0.642666;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0208024;OID=.;OPOS=111644396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:24:24:15:16:0.4:4:11:13:11:4:12:13:11 chr9 111651620 . A T 304.15 PASS AF=0.362745;AO=37;DP=102;FAO=37;FDP=102;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.00869374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0163;QD=11.9276;RBI=0.0306182;REFB=0.0021186;REVB=0.029358;RO=65;SAF=11;SAR=26;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26219;STB=0.651001;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.00173609;OID=.;OPOS=111651620;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:65:65:37:37:0.362745:26:11:34:31:26:11:34:31 chr9 111659439 . T C 243.34 PASS AF=0.5;AO=26;DP=52;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00676686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.0349;QD=18.7188;RBI=0.0142186;REFB=-0.000901641;REVB=0.0125052;RO=26;SAF=17;SAR=9;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274328;STB=0.653728;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00157667;OID=.;OPOS=111659439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:26:26:26:0.5:9:17:9:17:9:17:9:17 chr9 111659483 . T G 368.66 PASS AF=0.535211;AO=37;DP=70;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0193761;FXX=0.0273935;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.951;QD=20.7695;RBI=0.0194004;REFB=-0.0223711;REVB=0.000969943;RO=33;SAF=21;SAR=16;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191119;STB=0.503369;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0256027;OID=.;OPOS=111659483;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:33:33:37:38:0.535211:16:21:18:15:17:21:18:15 chr9 111679872 . G A 301.65 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0104266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0339;QD=25.1377;RBI=0.0258012;REFB=-0.0092884;REVB=-0.0236006;RO=21;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0418422;STB=0.523203;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.00763388;OID=.;OPOS=111679872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:13:14:12:9:13:14:12:9 chr9 111688828 . C T 253.2 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0054674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.799;QD=19.1095;RBI=0.00859112;REFB=-0.00949734;REVB=-0.00662683;RO=25;SAF=16;SAR=11;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154929;STB=0.59275;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00615425;OID=.;OPOS=111688828;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:26:27:27:0.509434:11:16:19:6:11:16:20:6 chr9 111754288 . T C 724.37 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000738712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.686;QD=54.6694;RBI=0.0161919;REFB=-0.147538;REVB=0.0161751;RO=1;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209274;STB=0.511107;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000608751;OID=.;OPOS=111754288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:22:30:0:1:22:30:0:1 chr9 111781789 . A G 331.42 PASS AF=0.492958;AO=34;DP=70;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0445298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0606;QD=18.6718;RBI=0.0453968;REFB=0.0052767;REVB=0.00882999;RO=34;SAF=14;SAR=20;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274007;STB=0.520698;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=-0.00621814;OID=.;OPOS=111781789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:34:36:34:35:0.492958:20:14:13:21:21:14:13:23 chr9 111782670 . G A 134.14 PASS AF=0.454545;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.116251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.596;QD=16.2596;RBI=0.124732;REFB=-0.000282122;REVB=0.0452097;RO=17;SAF=11;SAR=3;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.513914;STB=0.744698;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=-0.00271596;OID=.;OPOS=111782670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:17:18:14:15:0.454545:3:11:4:13:4:11:5:13 chr9 111935013 . CAAAAAAAA CAAAAAAA,CAAAAAA,CAAAAAAAT 69.53 PASS AF=0.647059,0,0.176471;AO=9,2,3;DP=17;FAO=11,0,3;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=6,0,2;FSAR=5,0,1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0650195,-0.0370678,-0.0109503;FXX=0;HRUN=9,9,9;LEN=1,2,1;MLLD=6.9041,9.76775,214.535;QD=16.3601;RBI=0.0930627,0.0508257,0.0130556;REFB=0.00391721,0.00893446,-0.00466266;REVB=-0.0665818,-0.034774,-0.00710923;RO=3;SAF=5,1,2;SAR=4,1,1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0496942,-0.142842,0;STB=0.526268,0.5,0.5;STBP=0.804,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0467256,-0.0118956,-0.00969515;OID=.,.,.;OPOS=111935014,111935014,111935021;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=CAAAAAAA,CAAAAAA,CAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.647059,0,0.176471:9,2,3:17:11,0,3:17:3:6,0,2:5,0,1:2:1:17:3:5,1,2:4,1,1:2:1 chr9 111938926 . C T 412.75 PASS AF=0.525641;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=78;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.000807183;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.902;QD=21.1669;RBI=0.00469013;REFB=-0.0150026;REVB=-0.00462015;RO=35;SAF=20;SAR=21;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256187;STB=0.500625;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.011693;OID=.;OPOS=111938926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:35:37:41:41:0.525641:21:20:16:19:21:20:18:19 chr9 111945049 . T G 1341.68 PASS AF=0.988889;AO=84;DP=85;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0247805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.8899;QD=59.6301;RBI=0.0343989;REFB=-0.00746904;REVB=0.0238581;RO=1;SAF=33;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00919817;STB=0.504424;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00144779;OID=.;OPOS=111945049;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:85:90:1:1:84:89:0.988889:51:33:0:1:56:33:0:1 chr9 111956599 . G A 384.71 PASS AF=0.405405;AO=44;DP=110;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.0150943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.768;QD=13.8635;RBI=0.0211333;REFB=-0.0141018;REVB=0.0147912;RO=66;SAF=20;SAR=24;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483287;STB=0.533184;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0249096;OID=.;OPOS=111956599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:66:66:44:45:0.405405:24:20:33:33:25:20:33:33 chr9 112069477 . T A 175.06 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00504349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.147;QD=20.0073;RBI=0.00545266;REFB=-0.0268743;REVB=-0.00207236;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123057;STB=0.569543;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0320916;OID=.;OPOS=112069477;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:10:8:10:7:10:8:10:7 chr9 112219474 . C G 353.32 PASS AF=0.625;AO=28;DP=48;FAO=30;FDP=48;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0199006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.019;QD=29.4431;RBI=0.0246006;REFB=-0.0146641;REVB=0.0144623;RO=18;SAF=16;SAR=12;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129509;STB=0.579778;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00836213;OID=.;OPOS=112219474;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:18:18:28:30:0.625:12:16:7:11:12:18:7:11 chr9 112629397 . G A,T 421.92 PASS AF=0.84375,0.125;AO=26,5;DP=32;FAO=27,4;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=13,1;FSAR=14,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0134467,-0.0627779;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=107.983,62.5928;QD=52.7404;RBI=0.0221714,0.0630146;REFB=0.056003,-0.099041;REVB=0.0176284,-0.00545612;RO=1;SAF=12,2;SAR=14,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0320266,0.121807;STB=0.517229,0.571096;STBP=0.533,0.672;TYPE=snp,snp;VARB=0.000932286,-0.00195887;OID=.,.;OPOS=112629397,112629397;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:32:32:1:1:26,5:27,4:0.84375,0.125:14,3:12,2:0:1:14,3:13,1:0:1 chr9 112629858 . A G 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.984;QD=59.4343;RBI=0.0521222;REFB=0;REVB=0.0508491;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153667;OID=.;OPOS=112629858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr9 112713075 . C CA 376.26 PASS AF=1;AO=33;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0243053;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.0723;QD=40.6772;RBI=0.0906962;REFB=0;REVB=-0.0873788;RO=3;SAF=10;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00555534;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00280395;OID=.;OPOS=112713076;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:38:37:37:0:10:27:0:0:7:3:10:23:1:2 chr9 112899361 . A C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0052924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.305;QD=58.5866;RBI=0.0414423;REFB=0;REVB=0.041103;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320544;OID=.;OPOS=112899361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:10:23:0:0:10:23:0:0 chr9 112900199 . T C 223.1 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00310774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1757;QD=16.5261;RBI=0.020553;REFB=-0.00715537;REVB=0.0203166;RO=26;SAF=12;SAR=13;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122443;STB=0.538431;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00725505;OID=.;OPOS=112900199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:29:25:25:0.462963:13:12:16:10:13:12:16:13 chr9 112900785 . A G 50.35 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.10306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8586;QD=16.7821;RBI=0.104265;REFB=-0.0132018;REVB=0.0158057;RO=5;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171168;STB=0.599732;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0211819;OID=.;OPOS=112900785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:4:3:1:4:4:3:1:4 chr9 112931646 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00138617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2473;QD=55.6551;RBI=0.0080881;REFB=0;REVB=0.00796843;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212373;OID=.;OPOS=112931646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr9 112932329 . G A 594.23 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00960978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.231;QD=60.9467;RBI=0.0167712;REFB=0;REVB=0.013745;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.90964e-05;OID=.;OPOS=112932329;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:39:0:0:36:39:1:18:18:0:0:21:18:0:0 chr9 112960852 . C T 339.18 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=-0.0156884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.859;QD=17.8516;RBI=0.0157642;REFB=-0.00231774;REVB=-0.00154383;RO=39;SAF=7;SAR=29;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415178;STB=0.740382;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00264446;OID=.;OPOS=112960852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:40:36:36:0.473684:29:7:23:16:29:7:24:16 chr9 112960858 . T C 1008.18 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276017;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.7165;QD=59.3046;RBI=0.0290898;REFB=0;REVB=0.0091849;RO=0;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189558;OID=.;OPOS=112960858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:37:31:0:0:37:31:0:0 chr9 112960869 . A G 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0191085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.105;QD=55.4102;RBI=0.0336228;REFB=-0.0150333;REVB=-0.0276651;RO=1;SAF=25;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184904;STB=0.5098;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000484954;OID=.;OPOS=112960869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:32:25:1:0:32:25:1:0 chr9 112963504 . A G 885.31 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.969;QD=58.0531;RBI=0.0216556;REFB=0;REVB=0.00720204;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.1077e-05;OID=.;OPOS=112963504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:33:28:0:0:33:28:0:0 chr9 112963702 . G A 102.5 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00275473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.884;QD=17.8264;RBI=0.00353935;REFB=0.0443363;REVB=-0.00222226;RO=11;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183634;STB=0.605879;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.0165259;OID=.;OPOS=112963702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:8:4:6:5:8:4:6:5 chr9 113006420 . A G 1088.0 PASS AF=1;AO=36;DP=77;FAO=74;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=55;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00568124;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4159;QD=58.8109;RBI=0.0302498;REFB=0;REVB=-0.0297115;RO=0;SAF=31;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00159115;OID=.;OPOS=113006420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:74:0:0:36:74:1:5:31:0:0:19:55:0:0 chr9 113128561 . TGAGGGTAG T 58.47 PASS AF=0.18;AO=9;DP=51;FAO=9;FDP=50;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00895754;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=8;MLLD=314.067;QD=4.67737;RBI=0.0173489;REFB=-0.00666932;REVB=-0.0148575;RO=37;SAF=5;SAR=4;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0841328;STB=0.594507;STBP=0.556;TYPE=del;VARB=0.0389835;OID=.;OPOS=113128562;OREF=GAGGGTAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.18:9:51:9:50:41:5:4:18:23:58:37:5:4:18:19 chr9 113132221 . G A 319.84 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.00794861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0425;QD=18.5414;RBI=0.0116354;REFB=-0.0114505;REVB=0.00849716;RO=34;SAF=15;SAR=19;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268649;STB=0.521273;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00921594;OID=.;OPOS=113132221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:35:34:34:0.492754:19:15:14:20:19:15:14:21 chr9 113166697 . T A 2070.72 PASS AF=1;AO=131;DP=133;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00802443;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.197;QD=62.7491;RBI=0.0184471;REFB=0;REVB=0.0166103;RO=0;SAF=66;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85891e-05;OID=.;OPOS=113166697;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:132:0:0:131:132:1:65:66:0:0:66:66:0:0 chr9 113169630 . TG CA 557.79 PASS AF=1;AO=34;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266082;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=2;MLLD=127.995;QD=60.3019;RBI=0.0461662;REFB=0;REVB=0.037727;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000331182;OID=.;OPOS=113169630;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:34:37:1:17:17:0:0:20:17:0:0 chr9 113208250 . T G 817.75 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.238;QD=56.3964;RBI=0.0535163;REFB=0;REVB=-0.0019203;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.00987e-05;OID=.;OPOS=113208250;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:28:28:0:0:29:29:0:0 chr9 113538122 . G A 359.48 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.000225356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.172;QD=17.3244;RBI=0.0150591;REFB=-0.0146027;REVB=0.0150574;RO=45;SAF=21;SAR=17;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00286223;STB=0.501603;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0213685;OID=.;OPOS=113538122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:17:21:25:20:17:21:25:20 chr9 113636353 . T G 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0153475;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.54;QD=12.9748;RBI=0.0179614;REFB=-0.00592756;REVB=-0.0093308;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151078;STB=0.588097;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00659652;OID=.;OPOS=113636353;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:5:7:13:5:5:7:13:5 chr9 113636486 . G C 132.54 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0802117;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6504;QD=21.2063;RBI=0.0802159;REFB=-0.0681164;REVB=0.000825142;RO=10;SAF=2;SAR=12;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195175;STB=0.654289;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0466691;OID=.;OPOS=113636486;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:25:25:10:11:14:14:0.56:12:2:3:7:12:2:4:7 chr9 113637854 . G A 139.28 PASS AF=0.681818;AO=14;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0196007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.9716;QD=25.323;RBI=0.100815;REFB=-0.0232945;REVB=0.0988909;RO=8;SAF=3;SAR=11;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334373;STB=0.540484;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0299516;OID=.;OPOS=113637854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:8:7:14:15:0.681818:11:3:2:6:12:3:2:5 chr9 114089882 . C T 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0142076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.325;QD=11.2611;RBI=0.0142749;REFB=-0.011042;REVB=0.00138432;RO=29;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31539;STB=0.676237;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0164071;OID=.;OPOS=114089882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:30:15:15:0.333333:5:10:11:18:5:10:12:18 chr9 114090279 . A G 87.4 PASS AF=0.423077;AO=12;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0461058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4041;QD=13.4454;RBI=0.0464055;REFB=-0.0568845;REVB=-0.00526539;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574537;STB=0.571303;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0422303;OID=.;OPOS=114090279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:14:15:12:11:0.423077:7:5:5:9:6:5:5:10 chr9 114365338 . C T 85.28 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0063439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.881;QD=11.3709;RBI=0.0545859;REFB=-0.00470798;REVB=-0.054216;RO=19;SAF=8;SAR=3;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118643;STB=0.571292;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00816531;OID=.;OPOS=114365338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:3:8:12:7:3:8:12:7 chr9 114411945 . G T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00106438;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=223.577;QD=60.9786;RBI=0.00360667;REFB=0;REVB=0.00344604;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.77154e-06;OID=.;OPOS=114411945;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:16:23:0:0:16:23:0:0 chr9 114454544 . T C 1376.38 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5963;QD=62.5625;RBI=0.0308009;REFB=0;REVB=0.0107761;RO=0;SAF=44;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125414;OID=.;OPOS=114454544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:44:44:0:0:44:44:0:0 chr9 114454580 . A G 1285.64 PASS AF=0.988235;AO=81;DP=83;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0149597;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.82;QD=60.5005;RBI=0.0160719;REFB=-0.0929862;REVB=-0.00587489;RO=0;SAF=40;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17427e-08;STB=0.505881;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-7.45354e-05;OID=.;OPOS=114454580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:85:0:1:81:84:0.988235:41:40:0:0:42:42:0:1 chr9 114462322 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.44;QD=57.8849;RBI=0.0296887;REFB=0;REVB=0.0242953;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.67129e-05;OID=.;OPOS=114462322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chr9 114464487 . T C 654.61 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109482;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4638;QD=62.3436;RBI=0.0697788;REFB=0;REVB=0.0689145;RO=0;SAF=11;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000338854;OID=.;OPOS=114464487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:31:11:0:0:31:11:0:0 chr9 114470127 . A G 91.8 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0249806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6618;QD=8.74304;RBI=0.0268405;REFB=-0.00421706;REVB=0.00981739;RO=27;SAF=3;SAR=9;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395111;STB=0.731313;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0135817;OID=.;OPOS=114470127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:27:30:12:12:0.285714:9:3:16:11:9:3:17:13 chr9 114490308 . T C 814.63 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000542126;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.958;QD=56.1812;RBI=0.00911245;REFB=-0.109508;REVB=-0.00909631;RO=1;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145113;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000783164;OID=.;OPOS=114490308;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:59:58:1:0:57:58:1:32:25:0:1:33:25:0:0 chr9 114803286 . C T 236.58 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0073201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2117;QD=15.7722;RBI=0.0460525;REFB=-0.00456634;REVB=-0.045467;RO=32;SAF=12;SAR=15;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201471;STB=0.620352;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00673976;OID=.;OPOS=114803286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:33:27:27:0.45:15:12:21:11:15:12:22:11 chr9 114980967 . T C 394.51 PASS AF=1;AO=21;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517301;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=32.638;QD=52.6011;RBI=0.0820584;REFB=-0.00433293;REVB=-0.0636991;RO=1;SAF=13;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341946;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.11867e-05;OID=.;OPOS=114980967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:30:30:1:0:21:30:1:8:13:1:0:12:18:0:0 chr9 114982463 . T C 730.71 PASS AF=1;AO=46;DP=49;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.542;QD=56.2083;RBI=0.0328273;REFB=0;REVB=-0.00484298;RO=1;SAF=25;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218604;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6886e-05;OID=.;OPOS=114982463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:52:1:0:46:52:1:21:25:0:1:26:26:0:0 chr9 114982549 . C T 885.39 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.721;QD=58.0584;RBI=0.0170424;REFB=0;REVB=0.012251;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.93168e-05;OID=.;OPOS=114982549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:35:26:0:0:35:26:0:0 chr9 115024796 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00948417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.94;QD=62.0219;RBI=0.00963251;REFB=0;REVB=0.00168398;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48301e-05;OID=.;OPOS=115024796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr9 115034899 . A T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00139264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.365;QD=60.61;RBI=0.0299743;REFB=0;REVB=0.029942;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.58858e-05;OID=.;OPOS=115034899;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:15:23:0:0:15:23:0:0 chr9 115095743 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.926;QD=59.0184;RBI=0.0387684;REFB=0;REVB=0.0336391;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13008e-05;OID=.;OPOS=115095743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr9 115216321 . A G 196.24 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=-0.00146847;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.248;QD=10.7529;RBI=0.00880649;REFB=-0.0158285;REVB=-0.00868319;RO=47;SAF=17;SAR=8;SRF=31;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260156;STB=0.509992;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.033445;OID=.;OPOS=115216321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:48:25:25:0.342466:8:17:31:16:8:17:32:16 chr9 115567184 . T C 868.5 PASS AF=0.926471;AO=63;DP=69;FAO=63;FDP=68;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0507086;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.8763;QD=51.0881;RBI=0.0647095;REFB=-0.0904674;REVB=0.040199;RO=5;SAF=29;SAR=34;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194347;STB=0.510316;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0106528;OID=.;OPOS=115567184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:69:68:5:5:63:63:0.926471:34:29:3:2:34:29:3:2 chr9 115580008 . G C 989.07 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0268265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.688;QD=59.0488;RBI=0.0291739;REFB=0;REVB=-0.0114654;RO=0;SAF=46;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.35088e-05;OID=.;OPOS=115580008;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:20:46:0:0:20:47:0:0 chr9 115600848 . T C 1246.08 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00300564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.079;QD=61.5351;RBI=0.0138728;REFB=0;REVB=0.0135433;RO=0;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0368e-05;OID=.;OPOS=115600848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:38:42:0:0:39:42:0:0 chr9 115617061 . T C 870.39 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.641;QD=57.075;RBI=0.0305088;REFB=0;REVB=0.00404152;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95466e-05;OID=.;OPOS=115617061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:58:61:1:30:28:0:0:31:30:0:0 chr9 115632969 . A G 1584.45 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0705905;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.86;QD=59.7906;RBI=0.0767333;REFB=0;REVB=0.030083;RO=0;SAF=40;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205257;OID=.;OPOS=115632969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:104:106:1:64:40:0:0:65:41:0:0 chr9 115635641 . C G 1825.77 PASS AF=1;AO=118;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124947;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.339;QD=61.3706;RBI=0.0164967;REFB=0;REVB=0.0107714;RO=0;SAF=68;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.08833e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98394e-05;OID=.;OPOS=115635641;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:118:119:1:50:68:0:0:51:68:0:0 chr9 115652881 . G T 145.64 PASS AF=1;AO=11;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0884918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1643;QD=44.8125;RBI=0.0947279;REFB=0;REVB=0.0338019;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00234197;OID=.;OPOS=115652881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:11:13:1:6:5:0:0:6:7:0:0 chr9 115818949 . A T 112.18 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0376182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.7316;QD=16.6199;RBI=0.0440015;REFB=-0.00969985;REVB=-0.0228255;RO=13;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265234;STB=0.664572;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00686246;OID=.;OPOS=115818949;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:13:14:13:13:0.481481:6:7:3:10:6:7:3:11 chr9 115925104 . C T 451.77 PASS AF=0.446429;AO=50;DP=112;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.0034089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.091;QD=16.1345;RBI=0.0221707;REFB=-0.0063845;REVB=-0.0219071;RO=60;SAF=27;SAR=23;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262993;STB=0.522718;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.010752;OID=.;OPOS=115925104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:60:62:50:50:0.446429:23:27:34:26:23:27:36:26 chr9 115926197 . TG T 697.08 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0369961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=23.7096;QD=46.4723;RBI=0.151492;REFB=0;REVB=-0.146905;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.677419;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00360943;OID=.;OPOS=115926198;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:58:60:60:60:0:31:29:0:0:12:0:30:28:0:0 chr9 115926263 . C G 266.52 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0170943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.773;QD=15.9114;RBI=0.0221221;REFB=-0.0235452;REVB=-0.0140417;RO=36;SAF=14;SAR=16;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488379;STB=0.534114;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0377045;OID=.;OPOS=115926263;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:37:30:30:0.447761:16:14:15:21:16:14:15:22 chr9 115928275 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.531;QD=62.3509;RBI=0.0320481;REFB=0;REVB=0.0233915;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.53865e-05;OID=.;OPOS=115928275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr9 115931692 . A G 255.65 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0203955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0252;QD=15.7325;RBI=0.0869773;REFB=0.00636388;REVB=-0.0845522;RO=35;SAF=10;SAR=19;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143156;STB=0.574415;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.011745;OID=.;OPOS=115931692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:36:29:29:0.446154:19:10:17:18:19:10:17:19 chr9 115931703 . G A 357.99 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00349087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.258;QD=22.3741;RBI=0.0126067;REFB=0.00673745;REVB=0.0121138;RO=28;SAF=17;SAR=19;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922166;STB=0.55076;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.0038431;OID=.;OPOS=115931703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:36:36:0.5625:19:17:10:18:19:17:10:18 chr9 115950706 . A C 253.61 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00423885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.97;QD=17.4901;RBI=0.0217842;REFB=-0.0186153;REVB=-0.0213678;RO=29;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156488;STB=0.517229;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0207005;OID=.;OPOS=115950706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:30:28:28:0.482759:14:14:14:15:14:14:14:16 chr9 116085423 . G A 195.56 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.128317;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.8298;QD=12.6167;RBI=0.132133;REFB=-0.00174911;REVB=0.0315225;RO=36;SAF=7;SAR=17;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840197;STB=0.554301;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00788614;OID=.;OPOS=116085423;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:38:24:24:0.387097:17:7:13:23:17:7:14:24 chr9 116132334 . C T 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0205777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.024;QD=20.0174;RBI=0.0507456;REFB=-0.00419475;REVB=0.0463861;RO=16;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156805;STB=0.599893;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00634902;OID=.;OPOS=116132334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:17:18:18:0.514286:9:9:11:5:9:9:12:5 chr9 116152891 . A G 207.31 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.00574536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.657;QD=24.3894;RBI=0.0103577;REFB=-0.0372549;REVB=-0.00861815;RO=14;SAF=7;SAR=13;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11484;STB=0.563698;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0255526;OID=.;OPOS=116152891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:13:7:3:11:13:7:3:11 chr9 116152940 . G A 206.59 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0066212;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.288;QD=22.9541;RBI=0.00674509;REFB=0.0103425;REVB=-0.00128685;RO=16;SAF=8;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307373;STB=0.517224;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.00728932;OID=.;OPOS=116152940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:16:16:20:20:0.555556:12:8:7:9:12:8:7:9 chr9 116153900 . A G 557.07 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.146;QD=60.224;RBI=0.0456365;REFB=0;REVB=0.0315422;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306819;OID=.;OPOS=116153900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr9 116191244 . G A 237.08 PASS AF=0.405797;AO=27;DP=68;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.00877051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.95;QD=13.7438;RBI=0.0104871;REFB=-0.00880039;REVB=0.00574953;RO=41;SAF=8;SAR=19;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554349;STB=0.539187;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.025593;OID=.;OPOS=116191244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:41:41:27:28:0.405797:19:8:14:27:20:8:14:27 chr9 116346287 . C T 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.000515322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3536;QD=14.0792;RBI=0.0728204;REFB=-0.0252407;REVB=0.0728185;RO=16;SAF=2;SAR=10;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209717;STB=0.624765;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0383764;OID=.;OPOS=116346287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:10:2:5:11:10:2:5:11 chr9 116356373 . G C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.602;QD=64.4147;RBI=0.0383589;REFB=0;REVB=0.00917009;RO=0;SAF=15;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.87758e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019876;OID=.;OPOS=116356373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:35:15:0:0:35:15:0:0 chr9 116356516 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.832;QD=33.4285;RBI=0.0477598;REFB=0;REVB=-0.0312252;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177105;OID=.;OPOS=116356516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr9 116356529 . C G 50.31 PASS AF=1;AO=4;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00539991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=410.231;QD=33.5405;RBI=0.062128;REFB=0;REVB=0.0618929;RO=0;SAF=3;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000228391;OID=.;OPOS=116356529;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:4:6:1:1:3:0:0:3:3:0:0 chr9 116764283 . C T 178.94 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00905085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.23;QD=15.2292;RBI=0.0101754;REFB=-0.0129099;REVB=-0.00464981;RO=26;SAF=6;SAR=13;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195552;STB=0.615987;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.01327;OID=.;OPOS=116764283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:28:19:19:0.404255:13:6:13:13:13:6:14:14 chr9 116770776 . C T 103.92 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.025007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.031;QD=15.3961;RBI=0.0251558;REFB=-0.00163694;REVB=-0.00273231;RO=12;SAF=8;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784743;STB=0.514262;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0510407;OID=.;OPOS=116770776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:14:12:12:0.444444:4:8:7:5:4:8:9:5 chr9 116770785 . G A 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0234708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.077;QD=15.2624;RBI=0.027035;REFB=-0.0156206;REVB=-0.0134168;RO=16;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00534704;STB=0.503101;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0203681;OID=.;OPOS=116770785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:4:9:11:5:4:9:11:5 chr9 116791161 . T C 281.55 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0134863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.731;QD=15.4273;RBI=0.0141392;REFB=-0.0169243;REVB=-0.00424678;RO=39;SAF=17;SAR=15;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191958;STB=0.592127;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0150735;OID=.;OPOS=116791161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:41:32:32:0.438356:15:17:13:26:15:17:15:26 chr9 116813001 . T C 950.55 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0494799;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6412;QD=54.3171;RBI=0.0546912;REFB=0.0121048;REVB=-0.0232994;RO=3;SAF=25;SAR=42;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533904;STB=0.528293;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.00180147;OID=.;OPOS=116813001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:70:3:3:67:67:0.957143:42:25:3:0:42:25:3:0 chr9 116822510 . G A 1090.6 PASS AF=0.458824;AO=116;DP=255;FAO=117;FDP=255;FR=.;FRO=138;FSAF=62;FSAR=55;FSRF=68;FSRR=70;FWDB=0.0123685;FXX=0.0039061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.463;QD=17.1074;RBI=0.0135023;REFB=-0.012627;REVB=0.00541584;RO=138;SAF=62;SAR=54;SRF=68;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041038;STB=0.520131;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0144988;OID=.;OPOS=116822510;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:255:138:138:116:117:0.458824:54:62:68:70:55:62:68:70 chr9 116823275 . GCCCCCG GCCCCG,GCCCCGC 82.85 PASS AF=0.246575,0.0821918;AO=26,6;DP=76;FAO=18,6;FDP=73;FR=.;FRO=49;FSAF=16,6;FSAR=2,0;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.256025,-0.0858974;FXX=0.0394685;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=10.5561,73.7035;QD=4.53978;RBI=0.278036,0.086979;REFB=-0.146108,-0.017656;REVB=0.10842,0.0136741;RO=30;SAF=25,6;SAR=1,0;SRF=7;SRR=23;SSEN=0.423729,0;SSEP=0,0;SSSB=0.784775,0.77419;STB=0.858822,0.998307;STBP=0.002,0.002;TYPE=del,mnp;VARB=0.113708,0.0842171;OID=.,.;OPOS=116823276,116823280;OREF=C,CG;OALT=-,GC;OMAPALT=GCCCCG,GCCCCGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.246575,0.0821918:26,6:76:18,6:73:49:16,6:2,0:22:27:49:30:25,6:1,0:7:23 chr9 116854176 . C T 565.77 PASS AF=0.408805;AO=65;DP=159;FAO=65;FDP=159;FR=.;FRO=94;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=38;FSRR=56;FWDB=0.0136292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4855;QD=14.2333;RBI=0.0136539;REFB=-0.0298392;REVB=-0.000821406;RO=94;SAF=40;SAR=25;SRF=38;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221296;STB=0.624239;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0429735;OID=.;OPOS=116854176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:94:94:65:65:0.408805:25:40:38:56:25:40:38:56 chr9 116854854 . G A 86.17 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00776769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.707;QD=12.3097;RBI=0.00776829;REFB=-0.00687987;REVB=9.67965e-05;RO=17;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27891;STB=0.666349;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0143871;OID=.;OPOS=116854854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:3:8:8:9:3:8:8:9 chr9 117044537 . TG T,TT 1032.08 PASS AF=0.0694444,0.916667;AO=11,59;DP=71;FAO=5,66;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=3,35;FSAR=2,31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0564136,0.057954;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=174.125,192.734;QD=57.3378;RBI=0.0857395,0.0916249;REFB=-0.0720545,-0.0687539;REVB=0.0645659,0.070968;RO=1;SAF=8,30;SAR=3,29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.052924,-0.0154685;STB=0.571154,0.50704;STBP=0.62,0.504;TYPE=del,snp;VARB=0.00270554,0.00158202;OID=.,.;OPOS=117044538,117044538;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0694444,0.916667:11,59:71:5,66:72:1:3,35:2,31:1:0:13:1:8,30:3,29:1:0 chr9 117044751 . T C 758.67 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00568062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.225;QD=56.198;RBI=0.0203235;REFB=0;REVB=0.0195135;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.80906e-05;OID=.;OPOS=117044751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:51:54:1:26:25:0:0:28:26:0:0 chr9 117051020 . A G 726.75 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=339.31;QD=56.9999;RBI=0.0430379;REFB=0;REVB=0.0276616;RO=0;SAF=11;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89988e-05;OID=.;OPOS=117051020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:48:51:1:37:11:0:0:40:11:0:0 chr9 117063378 . C T 381.45 PASS AF=0.41;AO=40;DP=99;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0159404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.296;QD=15.2578;RBI=0.0190766;REFB=-0.0149845;REVB=-0.0104797;RO=57;SAF=16;SAR=24;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185694;STB=0.600147;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00816997;OID=.;OPOS=117063378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:57:59:40:41:0.41:24:16:33:24:25:16:33:26 chr9 117064345 . G A 616.88 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00873972;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.997;QD=61.6883;RBI=0.0365364;REFB=0;REVB=0.0354757;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272672;OID=.;OPOS=117064345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:12:28:0:0:12:28:0:0 chr9 117071744 . A G 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0396688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2001;QD=12.3943;RBI=0.0583441;REFB=0.0046174;REVB=-0.0427834;RO=24;SAF=5;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200212;STB=0.618149;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.0140124;OID=.;OPOS=117071744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:9:5:13:11:9:5:13:11 chr9 117085526 . G A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0193864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.778;QD=16.6271;RBI=0.0446425;REFB=0.00446014;REVB=-0.0402135;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967639;STB=0.555473;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.00465646;OID=.;OPOS=117085526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:5:8:10:4:5:8:10:4 chr9 117085635 . T C 350.76 PASS AF=0.931034;AO=19;DP=30;FAO=27;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.148013;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=32.4045;QD=48.3811;RBI=0.153778;REFB=0.0589019;REVB=0.0417116;RO=4;SAF=1;SAR=18;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235789;STB=0.511619;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.00382889;OID=.;OPOS=117085635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:30:29:4:1:19:27:0.931034:18:1:1:3:21:6:0:1 chr9 117093939 . G C 321.34 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0139647;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=253.972;QD=18.9024;RBI=0.0143801;REFB=-0.0135687;REVB=0.00343144;RO=33;SAF=19;SAR=15;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118902;STB=0.558789;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.014918;OID=.;OPOS=117093939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:34:34:34:0.5:15:19:14:19:15:19:15:19 chr9 117103973 . A G 212.81 PASS AF=0.5;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0264058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.971;QD=20.2677;RBI=0.0348619;REFB=-0.0232245;REVB=-0.0227615;RO=20;SAF=5;SAR=16;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123014;STB=0.589144;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0150858;OID=.;OPOS=117103973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:20:21:21:21:0.5:16:5:7:13:16:5:8:13 chr9 117122202 . C T 79.94 PASS AF=0.218182;AO=12;DP=55;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0166596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.145;QD=5.81354;RBI=0.0167009;REFB=-0.00458161;REVB=-0.00117445;RO=42;SAF=5;SAR=7;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15952;STB=0.609429;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0128508;OID=.;OPOS=117122202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:55:55:42:43:12:12:0.218182:7:5:23:19:7:5:24:19 chr9 117124731 . G A 112.29 PASS AF=0.481481;AO=12;DP=26;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0450771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4547;QD=16.6348;RBI=0.0598415;REFB=-0.00516784;REVB=0.0393581;RO=14;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.095208;STB=0.569509;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.00796088;OID=.;OPOS=117124731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:14:14:12:13:0.481481:4:8:8:6:4:9:8:6 chr9 117166338 . G C 273.62 PASS AF=0.916667;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00205117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.524;QD=45.6027;RBI=0.0200255;REFB=-0.17204;REVB=0.0199202;RO=2;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543643;STB=0.529386;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0076101;OID=.;OPOS=117166338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:2:2:22:22:0.916667:16:6:0:2:16:6:0:2 chr9 117185612 . G C 279.87 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.0145693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2834;QD=16.7089;RBI=0.0462516;REFB=0.010387;REVB=0.043897;RO=36;SAF=16;SAR=15;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118256;STB=0.56627;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.00951808;OID=.;OPOS=117185612;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:15:16:23:13:15:16:23:13 chr9 117186677 . A G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.741;QD=63.5819;RBI=0.0379897;REFB=0;REVB=0.0268583;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167735;OID=.;OPOS=117186677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr9 117188566 . C T 1447.46 PASS AF=0.980952;AO=96;DP=102;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0165877;FXX=0.0366939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.857;QD=55.1412;RBI=0.0561203;REFB=-0.197894;REVB=0.0536129;RO=0;SAF=60;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508195;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00095093;OID=.;OPOS=117188566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:105:0:2:96:103:0.980952:36:60:0:0:43:60:2:0 chr9 117188567 . G T 37.67 PASS AF=0.0909091;AO=6;DP=106;FAO=10;FDP=110;FR=.;FRO=100;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=62;FSRR=38;FWDB=0.0233146;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.1475;QD=1.36987;RBI=0.0488249;REFB=-0.00392312;REVB=0.0428988;RO=100;SAF=0;SAR=6;SRF=62;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.562085;STB=0.922711;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00541307;OID=.;OPOS=117188567;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:106:110:100:100:6:10:0.0909091:6:0:62:38:9:1:62:38 chr9 117377843 . G C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.165;QD=57.6807;RBI=0.0542483;REFB=0;REVB=0.0323055;RO=0;SAF=7;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000310061;OID=.;OPOS=117377843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:24:7:0:0:24:7:0:0 chr9 117428960 . T C 483.3 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9198;QD=58.5823;RBI=0.039611;REFB=0;REVB=0.0204741;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000493607;OID=.;OPOS=117428960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr9 117430524 . G A 605.85 PASS AF=0.447552;AO=40;DP=147;FAO=64;FDP=143;FR=.,HEALED;FRO=79;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=0.0427076;FXX=0.027209;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.398;QD=16.9469;RBI=0.0469919;REFB=-0.0108786;REVB=0.0196036;RO=47;SAF=27;SAR=13;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105695;STB=0.553522;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0102737;OID=.;OPOS=117430524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:143:47:79:40:64:0.447552:13:27:27:20:24:40:42:37 chr9 117430611 . A T 1509.38 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.011782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.537;QD=58.6166;RBI=0.0484457;REFB=-0.122474;REVB=-0.0469911;RO=0;SAF=54;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.03919e-08;STB=0.504586;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000242248;OID=.;OPOS=117430611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:103:103:0:1:102:102:0.990291:48:54:0:0:48:54:1:0 chr9 117433685 . C T 2064.83 PASS AF=0.978261;AO=134;DP=137;FAO=135;FDP=138;FR=.;FRO=3;FSAF=70;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0219109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9875;QD=59.8502;RBI=0.0596349;REFB=0.0439494;REVB=-0.0554638;RO=3;SAF=70;SAR=64;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00601707;STB=0.503225;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.0024619;OID=.;OPOS=117433685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:137:138:3:3:134:135:0.978261:64:70:2:1:65:70:2:1 chr9 117791664 . C T 585.04 PASS AF=0.582418;AO=53;DP=91;FAO=53;FDP=91;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00164506;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.57;QD=25.716;RBI=0.0091052;REFB=-0.0170624;REVB=-0.00895535;RO=38;SAF=27;SAR=26;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875418;STB=0.547808;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0108564;OID=.;OPOS=117791664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:38:38:53:53:0.582418:26:27:15:23:26:27:15:23 chr9 117792583 . C G 1396.28 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0081497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8875;QD=62.754;RBI=0.0356176;REFB=0;REVB=0.0346727;RO=0;SAF=50;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154276;OID=.;OPOS=117792583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:39:50:0:0:39:50:0:0 chr9 117797597 . T C 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=-0.00427864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.867;QD=15.172;RBI=0.00912218;REFB=-0.0103144;REVB=0.00805651;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239621;STB=0.637242;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0124137;OID=.;OPOS=117797597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:9:8:17:7:9:8:17:7 chr9 117808785 . T A 469.17 PASS AF=0.445378;AO=51;DP=118;FAO=53;FDP=119;FR=.;FRO=66;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=43;FSRR=23;FWDB=0.000260959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.114;QD=15.7703;RBI=0.00934105;REFB=-0.0114449;REVB=0.00933741;RO=65;SAF=28;SAR=23;SRF=42;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995086;STB=0.548854;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0146284;OID=.;OPOS=117808785;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:65:66:51:53:0.445378:23:28:42:23:23:30:43:23 chr9 117835931 . G A 263.12 PASS AF=0.378049;AO=30;DP=78;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0249502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.161;QD=12.8352;RBI=0.0349588;REFB=-0.0218454;REVB=0.024487;RO=47;SAF=20;SAR=10;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105885;STB=0.560683;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0348799;OID=.;OPOS=117835931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:82:47:51:30:31:0.378049:10:20:27:20:10:21:30:21 chr9 117846570 . C T 939.79 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00816703;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.226;QD=58.737;RBI=0.0161217;REFB=0;REVB=0.0139;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5095e-05;OID=.;OPOS=117846570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:30:33:0:0:30:34:0:0 chr9 117848197 . C T 164.06 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0317146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.573;QD=29.8286;RBI=0.0334301;REFB=-0.0498638;REVB=-0.0105714;RO=6;SAF=10;SAR=6;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113101;STB=0.562425;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0153873;OID=.;OPOS=117848197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:6:6:16:16:0.727273:6:10:5:1:6:10:5:1 chr9 117848394 . TG CC,CG 776.94 PASS AF=0.02,0.98;AO=2,41;DP=50;FAO=1,49;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22;FSAR=1,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489089,0.0783166;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=139.92,162.778;QD=62.1553;RBI=0.0600994,0.0866875;REFB=0,0;REVB=0.0349265,0.0371651;RO=0;SAF=1,17;SAR=1,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,6.2194e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0571662,0.000176721;OID=.,.;OPOS=117848394,117848394;OREF=TG,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:50:50:0:0:2,41:1,49:0.02,0.98:1,24:1,17:0:0:1,27:0,22:0:0 chr9 118163563 . C T 1454.22 PASS AF=0.980392;AO=99;DP=102;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0126379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8502;QD=57.0283;RBI=0.0227784;REFB=-0.0413049;REVB=0.0189509;RO=2;SAF=33;SAR=66;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00702325;STB=0.503487;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00454255;OID=.;OPOS=118163563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:102:2:2:99:100:0.980392:66:33:1:1:66:34:1:1 chr9 119158814 . T C 243.13 PASS AF=0.482143;AO=25;DP=54;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0297047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.982;QD=17.3666;RBI=0.0298079;REFB=-0.0217286;REVB=0.00247827;RO=29;SAF=18;SAR=7;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361827;STB=0.666543;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0309304;OID=.;OPOS=119158814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:29:29:25:27:0.482143:7:18:10:19:9:18:10:19 chr9 119160791 . T C 37.36 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0211495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.4521;QD=8.79089;RBI=0.037786;REFB=-0.00509699;REVB=-0.0313127;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471991;STB=0.784921;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0237252;OID=.;OPOS=119160791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:4:2:9:2:4:2:9:2 chr9 119162545 . C A 191.83 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=-0.0110871;FXX=0.0666519;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.831;QD=18.2696;RBI=0.0126444;REFB=-0.0078294;REVB=-0.00607934;RO=23;SAF=11;SAR=8;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210156;STB=0.618553;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0202585;OID=.;OPOS=119162545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:8:11:18:5:8:11:18:5 chr9 119163989 . A G 1235.48 PASS AF=0.590426;AO=111;DP=188;FAO=111;FDP=188;FR=.;FRO=77;FSAF=60;FSAR=51;FSRF=43;FSRR=34;FWDB=0.0597349;FXX=0.00529073;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2362;QD=26.2868;RBI=0.0672435;REFB=-0.0361053;REVB=0.0308776;RO=73;SAF=60;SAR=51;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257375;STB=0.507388;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0230276;OID=.;OPOS=119163989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:188:73:77:111:111:0.590426:51:60:42:31:51:60:43:34 chr9 119199820 . C G 114.57 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0473611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.903;QD=10.6578;RBI=0.0646795;REFB=-0.0125555;REVB=-0.0440495;RO=29;SAF=3;SAR=11;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187386;STB=0.613557;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0527095;OID=.;OPOS=119199820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:11:3:10:19:11:3:10:19 chr9 119462112 . C T 740.04 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.519;QD=56.926;RBI=0.0353078;REFB=0;REVB=-0.00519867;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61069e-05;OID=.;OPOS=119462112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:35:17:0:0:35:17:0:0 chr9 119463189 . T C 556.44 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.601;QD=60.1558;RBI=0.0154803;REFB=0;REVB=-0.0104817;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.20834e-06;OID=.;OPOS=119463189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr9 119495697 . T C 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00036725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.076;QD=59.1432;RBI=0.00675824;REFB=0;REVB=0.00674825;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08719e-06;OID=.;OPOS=119495697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:38:29:0:0:38:29:0:0 chr9 119770480 . C T 1245.39 PASS AF=0.91;AO=91;DP=101;FAO=91;FDP=100;FR=.;FRO=9;FSAF=42;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.00577461;FXX=0.0196059;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.707;QD=49.8157;RBI=0.00589826;REFB=-0.0380255;REVB=0.00120138;RO=8;SAF=42;SAR=49;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713544;STB=0.542047;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.000943624;OID=.;OPOS=119770480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:101:100:8:9:91:91:0.91:49:42:0:8:49:42:0:9 chr9 120039299 . T C 1487.05 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00204174;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.837;QD=63.2788;RBI=0.0411878;REFB=0;REVB=0.0411371;RO=0;SAF=46;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65181e-05;OID=.;OPOS=120039299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:92:94:1:46:46:0:0:48:46:0:0 chr9 120053695 . G A 409.12 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00329481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.843;QD=17.9832;RBI=0.0120265;REFB=-0.0324225;REVB=0.0115663;RO=49;SAF=16;SAR=26;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479636;STB=0.526822;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.0371065;OID=.;OPOS=120053695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:49:49:42:42:0.461538:26:16:21:28:26:16:21:28 chr9 120053776 . T C 1096.72 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00823961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.814;QD=60.0941;RBI=0.0252684;REFB=0;REVB=0.0238873;RO=0;SAF=27;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91327e-05;OID=.;OPOS=120053776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:73:0:0:72:73:1:45:27:0:0:46:27:0:0 chr9 120470358 . G A 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.398;QD=59.0176;RBI=0.0466065;REFB=0;REVB=0.00818658;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242251;OID=.;OPOS=120470358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr9 122001000 . G A 280.65 PASS AF=0.358696;AO=32;DP=91;FAO=33;FDP=92;FR=.;FRO=59;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.0123467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.92;QD=12.2023;RBI=0.0126061;REFB=-0.00973941;REVB=-0.00254401;RO=59;SAF=15;SAR=17;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125543;STB=0.517481;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0104406;OID=.;OPOS=122001000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:59:59:32:33:0.358696:17:15:27:32:17:16:27:32 chr9 123170733 . C G 345.46 PASS AF=0.870968;AO=27;DP=31;FAO=27;FDP=31;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0258995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.677;QD=44.5748;RBI=0.0344722;REFB=-0.0962442;REVB=0.0227497;RO=3;SAF=10;SAR=17;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578511;STB=0.517753;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00500446;OID=.;OPOS=123170733;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:31:31:3:4:27:27:0.870968:17:10:2:1:17:10:2:2 chr9 123220829 . A G 396.59 PASS AF=0.460674;AO=41;DP=89;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00333618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.258;QD=17.8244;RBI=0.00677589;REFB=-0.0158779;REVB=-0.00589768;RO=48;SAF=23;SAR=18;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390754;STB=0.521849;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0201589;OID=.;OPOS=123220829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:48:41:41:0.460674:18:23:25:23:18:23:25:23 chr9 123291036 . C G 250.58 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0126684;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.425;QD=14.319;RBI=0.0129483;REFB=-0.00873385;REVB=0.00267747;RO=40;SAF=16;SAR=13;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501554;STB=0.53458;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00848527;OID=.;OPOS=123291036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:40:41:29:29:0.414286:13:16:24:16:13:16:25:16 chr9 123301346 . T G 124.75 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=0.00071546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.722;QD=10.1839;RBI=0.00617569;REFB=-0.0166761;REVB=0.00613411;RO=31;SAF=7;SAR=8;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23715;STB=0.662903;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0347682;OID=.;OPOS=123301346;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:34:15:15:0.306122:8:7:21:10:8:7:24:10 chr9 123342259 . C A 298.57 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0621438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.575;QD=51.9246;RBI=0.0635627;REFB=0;REVB=0.0133553;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000666272;OID=.;OPOS=123342259;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:8:14:0:0:8:15:0:0 chr9 123342275 . A G 223.15 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.090963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6502;QD=49.588;RBI=0.0913911;REFB=0;REVB=-0.00883507;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192044;OID=.;OPOS=123342275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:4:14:0:0:4:14:0:0 chr9 123671520 . G A 291.3 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.87;QD=50.6607;RBI=0.0563218;REFB=0;REVB=-0.0110323;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0026847;OID=.;OPOS=123671520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:10:11:0:0:10:13:0:0 chr9 123673771 . G T 254.65 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0162834;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.916;QD=15.6706;RBI=0.0318371;REFB=-0.0303315;REVB=-0.0273578;RO=35;SAF=14;SAR=15;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108768;STB=0.567724;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.046069;OID=.;OPOS=123673771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:35:36:29:29:0.446154:15:14:13:22:15:14:13:23 chr9 123675801 . G A 223.59 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0288634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.958;QD=26.305;RBI=0.0294376;REFB=-0.0280405;REVB=-0.0057857;RO=13;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095604;STB=0.553022;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0154696;OID=.;OPOS=123675801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:11:10:8:5:11:10:8:5 chr9 123725971 . C T 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0309258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.735;QD=14.2413;RBI=0.0364571;REFB=-0.0221199;REVB=-0.019306;RO=31;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494202;STB=0.528276;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0313088;OID=.;OPOS=123725971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:11:11:14:17:11:11:14:17 chr9 123734287 . GAAAC G 74.38 PASS AF=0.393939;AO=12;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0177627;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=275.181;QD=9.01568;RBI=0.0178818;REFB=-0.00278666;REVB=0.00205977;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218026;STB=0.562401;STBP=0.61;TYPE=del;VARB=0.00621216;OID=.;OPOS=123734288;OREF=AAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.393939:12:33:13:33:20:4:9:8:12:74:17:4:8:6:11 chr9 123769200 . C T 250.24 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0049072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2976;QD=20.0194;RBI=0.00494988;REFB=-0.00714155;REVB=-0.000648586;RO=26;SAF=13;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032853;STB=0.518503;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0106351;OID=.;OPOS=123769200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:11:13:15:11:11:13:15:11 chr9 123780005 . G A 389.56 PASS AF=0.427184;AO=45;DP=103;FAO=44;FDP=103;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0429342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7759;QD=15.1287;RBI=0.0504838;REFB=-0.0205492;REVB=-0.0265569;RO=58;SAF=19;SAR=26;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147086;STB=0.572906;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0283626;OID=.;OPOS=123780005;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:58:59:45:44:0.427184:26:19:33:25:25:19:33:26 chr9 123783934 . T C 212.63 PASS AF=0.423729;AO=23;DP=58;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.00108389;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.622;QD=14.4152;RBI=0.00397216;REFB=-0.0125584;REVB=0.00382142;RO=35;SAF=6;SAR=17;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104538;STB=0.530253;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0142521;OID=.;OPOS=123783934;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:35:34:23:25:0.423729:17:6:12:23:18:7:11:23 chr9 123800218 . C T 320.75 PASS AF=0.391304;AO=35;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.0304015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7955;QD=13.9457;RBI=0.0321895;REFB=-0.0150058;REVB=-0.0105788;RO=56;SAF=13;SAR=22;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103735;STB=0.565537;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0298795;OID=.;OPOS=123800218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:56:35:36:0.391304:22:13:26:30:23:13:26:30 chr9 123850770 . G A 303.73 PASS AF=0.414634;AO=33;DP=81;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00526398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.331;QD=14.8162;RBI=0.0226563;REFB=0.000396074;REVB=-0.0220363;RO=47;SAF=16;SAR=17;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173874;STB=0.505033;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.000726998;OID=.;OPOS=123850770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:47:48:33:34:0.414634:17:16:22:25:18:16:23:25 chr9 123860689 . C T 375.71 PASS AF=0.587302;AO=37;DP=63;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00207368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.524;QD=23.8546;RBI=0.0351006;REFB=-0.0125007;REVB=-0.0350393;RO=26;SAF=22;SAR=15;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432987;STB=0.523797;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00897464;OID=.;OPOS=123860689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:26:37:37:0.587302:15:22:14:12:15:22:14:12 chr9 123917020 . T A 652.64 PASS AF=0.619565;AO=57;DP=92;FAO=57;FDP=92;FR=.;FRO=35;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.017733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.907;QD=28.3756;RBI=0.0182368;REFB=-0.0234882;REVB=0.00425711;RO=35;SAF=25;SAR=32;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00712821;STB=0.503875;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0140555;OID=.;OPOS=123917020;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:35:35:57:57:0.619565:32:25:15:20:32:25:15:20 chr9 124043867 . C T 330.55 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0125923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.912;QD=23.6105;RBI=0.112726;REFB=0.000767628;REVB=0.112021;RO=22;SAF=23;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190658;STB=0.598047;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-1.33095e-05;OID=.;OPOS=124043867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:23:33:33:0.589286:10:23:10:12:10:23:11:12 chr9 124044995 . C T 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00128339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.597;QD=11.2569;RBI=0.0104782;REFB=-0.0100839;REVB=-0.0103993;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434779;STB=0.526249;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0100258;OID=.;OPOS=124044995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:3:5:7:5:3:5:7:5 chr9 124045949 . GTTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTC GTTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTC,GTTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCAT 318.1 PASS AF=0.869565,0.130435;AO=14,3;DP=28;FAO=20,3;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10,3;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0765161,0.0566077;FXX=0.257981;HRUN=1,2;LEN=4,2;MLLD=99.4994,66.0383;QD=55.3211;RBI=0.104266,0.0633635;REFB=0,0;REVB=0.0708285,0.0284693;RO=0;SAF=7,3;SAR=7,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0.0242528,-0.0063811;OID=.,.;OPOS=124045950,124045983;OREF=TTCA,TC;OALT=-,-;OMAPALT=GTTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTC,GTTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCATTCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.869565,0.130435:14,3:28:20,3:23:0:10,3:10,0:0:0:18:0:7,3:7,0:0:0 chr9 124046722 . C T 195.19 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0488489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.939;QD=25.1851;RBI=0.04885;REFB=-0.0510814;REVB=-0.000333587;RO=11;SAF=6;SAR=13;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101095;STB=0.543679;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0122899;OID=.;OPOS=124046722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:11:12:19:19:0.612903:13:6:5:6:13:6:5:7 chr9 124046830 . CT CC,C 365.15 PASS AF=0.172414,0.827586;AO=5,22;DP=29;FAO=5,24;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=2,12;FSAR=3,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214046,-0.0539169;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=12.8614,23.4799;QD=50.365;RBI=0.0456911,0.172878;REFB=0,0;REVB=-0.0403673,-0.164255;RO=0;SAF=2,12;SAR=3,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.0399898,0.00468336;OID=.,.;OPOS=124046831,124046831;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.172414,0.827586:5,22:29:5,24:29:0:2,12:3,12:0:0:24:0:2,12:3,10:0:0 chr9 124083614 . C T 175.58 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=59;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.00679278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.223;QD=11.7053;RBI=0.0105371;REFB=0.00269561;REVB=0.00805539;RO=37;SAF=14;SAR=8;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165755;STB=0.588703;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00535295;OID=.;OPOS=124083614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:37:38:22:22:0.366667:8:14:18:19:8:14:19:19 chr9 124218133 . C T 1069.0 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196376;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.869;QD=60.2253;RBI=0.0220423;REFB=0;REVB=0.0100113;RO=0;SAF=29;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.08333e-05;OID=.;OPOS=124218133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:71:71:1:42:29:0:0:42:29:0:0 chr9 124257091 . C T 364.27 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.164384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2604;QD=52.0392;RBI=0.168012;REFB=-0.0553307;REVB=-0.0347275;RO=1;SAF=2;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182464;STB=0.509797;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00494934;OID=.;OPOS=124257091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:25:2:0:1:25:2:0:1 chr9 124521260 . G A 291.05 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0232686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.747;QD=26.4587;RBI=0.0249283;REFB=-0.00355798;REVB=-0.00894378;RO=18;SAF=17;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1611;STB=0.589346;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00308904;OID=.;OPOS=124521260;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:9:17:8:10:9:17:8:10 chr9 124547616 . C T 177.08 PASS AF=0.338235;AO=23;DP=68;FAO=23;FDP=68;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.00429784;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.155;QD=10.4166;RBI=0.0158742;REFB=-0.00704127;REVB=-0.0152813;RO=45;SAF=8;SAR=15;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306034;STB=0.67824;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.017789;OID=.;OPOS=124547616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:45:45:23:23:0.338235:15:8:28:17:15:8:28:17 chr9 124751741 . GTTTTTG GGTTTTG,GTTTT,GTTTTG 33.0 PASS AF=0,0.16,0;AO=2,9,7;DP=56;FAO=0,8,0;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=0,2,0;FSAR=0,6,0;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0472057,0.0879601,0.0487755;FXX=0.019604;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=25.7428,20.6499,10.3667;QD=2.64028;RBI=0.145412,0.203101,0.276109;REFB=-0.0199337,-0.0350441,-0.0463677;REVB=-0.137536,-0.183065,-0.271767;RO=31;SAF=0,1,1;SAR=2,8,6;SRF=17;SRR=14;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.301887,0.301887;SSSB=-0.474592,-0.560525,-0.500933;STB=0.5,0.666223,0.5;STBP=1,0.368,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.139113,0;OID=.,.,.;OPOS=124751742,124751746,124751742;OREF=T,TG,T;OALT=G,-,-;OMAPALT=GGTTTTG,GTTTT,GTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.16,0:2,9,7:56:0,8,0:50:42:0,2,0:0,6,0:18:24:32:31:0,1,1:2,8,6:17:14 chr9 124914613 . C T 338.13 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00870502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.398;QD=22.9242;RBI=0.00872429;REFB=-0.00769492;REVB=-0.000579524;RO=25;SAF=14;SAR=20;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844015;STB=0.546531;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.00333917;OID=.;OPOS=124914613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:20:14:13:12:20:14:13:12 chr9 125133479 . T C 774.13 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0911756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.611;QD=63.1939;RBI=0.0926016;REFB=0;REVB=0.0161881;RO=0;SAF=14;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000864075;OID=.;OPOS=125133479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:34:14:0:0:34:15:0:0 chr9 125239253 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00980982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.549;QD=52.613;RBI=0.0101592;REFB=0;REVB=-0.00264129;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129096;OID=.;OPOS=125239253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr9 125273574 . G A 1996.95 PASS AF=0.984848;AO=128;DP=130;FAO=130;FDP=132;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0180004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.6691;QD=60.5136;RBI=0.0263606;REFB=-0.0226669;REVB=0.0192578;RO=1;SAF=68;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693745;STB=0.500468;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.000432308;OID=.;OPOS=125273574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:130:132:1:2:128:130:0.984848:60:68:1:0:61:69:1:1 chr9 125289083 . A G 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.063;QD=54.5147;RBI=0.0534276;REFB=0;REVB=-0.035924;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74796e-05;OID=.;OPOS=125289083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr9 125289521 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.987;QD=51.184;RBI=0.0177607;REFB=0;REVB=0.0108457;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174846;OID=.;OPOS=125289521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr9 125315542 . C T 771.82 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00346051;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.638;QD=57.1714;RBI=0.0172822;REFB=0;REVB=0.0169322;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00059701;OID=.;OPOS=125315542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:25:28:0:0:25:29:0:0 chr9 125315557 . T C 809.83 PASS AF=0.966667;AO=57;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0114037;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.066;QD=53.9883;RBI=0.0797994;REFB=-0.099452;REVB=0.0789804;RO=2;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349001;STB=0.518512;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00347634;OID=.;OPOS=125315557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:57:58:0.966667:26:31:0:2:26:32:0:2 chr9 125315778 . G C 1079.56 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0210706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0828;QD=59.9753;RBI=0.031557;REFB=0;REVB=0.0234921;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47283e-05;OID=.;OPOS=125315778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr9 125316033 . T C 445.21 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0208258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.653;QD=52.3781;RBI=0.0564114;REFB=-0.0164733;REVB=0.0524264;RO=1;SAF=14;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321794;STB=0.533312;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.000620045;OID=.;OPOS=125316033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:1:2:32:32:0.941176:18:14:1:0:18:14:2:0 chr9 125316042 . T C 494.92 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.254;QD=56.5623;RBI=0.0327148;REFB=-0.0409231;REVB=-0.0190376;RO=1;SAF=15;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301451;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000727389;OID=.;OPOS=125316042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:35:35:1:0:34:35:1:19:15:1:0:19:16:0:0 chr9 125316179 . T G 1061.62 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6976;QD=59.8095;RBI=0.0342894;REFB=0;REVB=0.00252747;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223863;OID=.;OPOS=125316179;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:40:30:0:0:40:31:0:0 chr9 125316350 . C T 1562.79 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107672;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5619;QD=64.4448;RBI=0.0313481;REFB=0;REVB=-0.029441;RO=0;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00208521;OID=.;OPOS=125316350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:97:0:0:97:97:1:46:51:0:0:46:51:0:0 chr9 125316455 . C T 711.51 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0675367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.237;QD=61.8702;RBI=0.0688741;REFB=0;REVB=-0.0135068;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460388;OID=.;OPOS=125316455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:44:46:1:19:25:0:0:21:25:0:0 chr9 125330125 . C G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9451;QD=49.5984;RBI=0.0181976;REFB=0;REVB=0.00581434;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000430092;OID=.;OPOS=125330125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr9 125330184 . A C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.13545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3459;QD=44.6898;RBI=0.139285;REFB=0;REVB=-0.0324593;RO=0;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00075e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00751452;OID=.;OPOS=125330184;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:12:1:0:0:12:1:0:0 chr9 125330325 . C G 446.49 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.247;QD=57.6112;RBI=0.0265656;REFB=0;REVB=-0.0184807;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36514e-06;OID=.;OPOS=125330325;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:16:14:0:0:17:14:0:0 chr9 125330678 . T G 1708.97 PASS AF=0.991304;AO=113;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00608034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.342;QD=59.4424;RBI=0.0177936;REFB=-0.0104206;REVB=0.0167225;RO=0;SAF=49;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34554e-08;STB=0.503816;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00023298;OID=.;OPOS=125330678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:0:1:113:114:0.991304:64:49:0:0:65:49:0:1 chr9 125330739 . G A 1712.86 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00172747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2708;QD=60.6322;RBI=0.0019105;REFB=0;REVB=-0.000816013;RO=0;SAF=41;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.92392e-06;OID=.;OPOS=125330739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:112:113:1:71:41:0:0:71:42:0:0 chr9 125377087 . A G 762.58 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.7039;QD=63.5482;RBI=0.0276196;REFB=0;REVB=-0.00754942;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178802;OID=.;OPOS=125377087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr9 125377505 . A G 441.28 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.886;QD=56.9391;RBI=0.0375423;REFB=0;REVB=0.0227132;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000394388;OID=.;OPOS=125377505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:14:16:0:0:14:17:0:0 chr9 125377734 . A G 172.47 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0105621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.81;QD=18.6456;RBI=0.0130576;REFB=-0.0072122;REVB=0.00767737;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515135;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0107165;OID=.;OPOS=125377734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:19:18:18:0.486486:10:8:8:10:10:8:9:10 chr9 125378014 . T G 70.69 PASS AF=0.3125;AO=9;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00510626;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.911;QD=8.83566;RBI=0.00736271;REFB=-0.0122057;REVB=0.00530431;RO=23;SAF=8;SAR=1;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.596596;STB=0.887344;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0444676;OID=.;OPOS=125378014;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:32:32:23:22:9:10:0.3125:1:8:9:14:1:9:8:14 chr9 125390874 . A C 991.97 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.339;QD=59.2219;RBI=0.0449088;REFB=0;REVB=0.00366225;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.64371e-05;OID=.;OPOS=125390874;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:67:0:0:62:67:1:31:31:0:0:31:36:0:0 chr9 125391026 . A C 784.35 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.185;QD=57.0434;RBI=0.0292107;REFB=0;REVB=0.0226324;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.39454e-05;OID=.;OPOS=125391026;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:53:55:1:31:22:0:0:31:24:0:0 chr9 125391127 . C T 289.18 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00546049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4872;QD=52.578;RBI=0.0516168;REFB=0;REVB=0.0513272;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000419237;OID=.;OPOS=125391127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr9 125391241 . G A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0048047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.854;QD=60.6098;RBI=0.0348531;REFB=0;REVB=0.0345204;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177218;OID=.;OPOS=125391241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr9 125391369 . A G 195.96 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0371594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8029;QD=25.2852;RBI=0.0429152;REFB=-0.029141;REVB=-0.0214683;RO=11;SAF=7;SAR=12;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138297;STB=0.5877;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.013477;OID=.;OPOS=125391369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:30:31:11:12:19:19:0.612903:12:7:2:9:12:7:2:10 chr9 125391677 . T C 215.43 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=-0.00614637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.835;QD=13.0564;RBI=0.0140832;REFB=-0.0245828;REVB=0.0126711;RO=40;SAF=7;SAR=19;SRF=9;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616435;STB=0.535142;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0448379;OID=.;OPOS=125391677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:40:26:26:0.393939:19:7:9:31:19:7:9:31 chr9 125437611 . T C 233.7 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00313829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.93;QD=24.5999;RBI=0.016273;REFB=-0.0201966;REVB=-0.0159675;RO=15;SAF=6;SAR=16;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540279;STB=0.520691;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0135628;OID=.;OPOS=125437611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:16:22:22:0.578947:16:6:5:10:16:6:5:11 chr9 125486968 . G A 1959.3 PASS AF=0.984615;AO=123;DP=125;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.054795;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.842;QD=60.2861;RBI=0.0559611;REFB=0.00879971;REVB=0.0113644;RO=2;SAF=40;SAR=83;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00603852;STB=0.502659;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=5.1715e-05;OID=.;OPOS=125486968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:125:130:2:2:123:128:0.984615:83:40:1:1:84:44:1:1 chr9 125512193 . C A 1130.47 PASS AF=1;AO=63;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.164992;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4993;QD=60.2918;RBI=0.175411;REFB=0;REVB=0.0595531;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00683597;OID=.;OPOS=125512193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:63:75:1:38:25:0:0:41:34:0:0 chr9 125512575 . G A 207.09 PASS AF=1;AO=14;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0605884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.381;QD=48.7279;RBI=0.0701344;REFB=0;REVB=0.0353253;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000713373;OID=.;OPOS=125512575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:14:17:1:10:4:0:0:10:7:0:0 chr9 125512770 . T C 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0340623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.418;QD=53.906;RBI=0.0536935;REFB=0;REVB=0.0415061;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13159e-05;OID=.;OPOS=125512770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr9 125512788 . G A 519.53 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7182;QD=59.3753;RBI=0.0537115;REFB=0;REVB=0.0471665;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000702111;OID=.;OPOS=125512788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr9 125512795 . G C 654.65 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.444;QD=60.8973;RBI=0.0329419;REFB=0;REVB=-0.0144656;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000848823;OID=.;OPOS=125512795;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:28:13:0:0:28:15:0:0 chr9 125512826 . G A 911.67 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0386556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.637;QD=55.2528;RBI=0.0394776;REFB=-0.152937;REVB=0.00801387;RO=2;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230303;STB=0.512191;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00376479;OID=.;OPOS=125512826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:40:24:0:2:40:24:0:2 chr9 125524836 . A G,T 936.88 PASS AF=0.953846,0.0461538;AO=62,3;DP=65;FAO=62,3;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=38,3;FSAR=24,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00498768,-0.00810581;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=94.2351,7.25633;QD=57.6542;RBI=0.00685901,0.0328349;REFB=0,0;REVB=-0.00470841,-0.0318187;RO=0;SAF=38,3;SAR=24,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000880664,0.163634;OID=.,.;OPOS=125524836,125524836;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:65:65:0:0:62,3:62,3:0.953846,0.0461538:24,0:38,3:0:0:24,0:38,3:0:0 chr9 125563110 . C T 217.72 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00272412;FXX=0.0465008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.015;QD=21.2407;RBI=0.00272448;REFB=-0.00514851;REVB=-4.42496e-05;RO=18;SAF=9;SAR=12;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081208;STB=0.539531;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00519162;OID=.;OPOS=125563110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:41:18:20:21:21:0.512195:12:9:6:12:12:9:7:13 chr9 125581316 . A G 39.3 PASS AF=0.0701754;AO=8;DP=116;FAO=8;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=97;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=42;FSRR=55;FWDB=0.0683928;FXX=0.0172399;HRUN=7;LEN=1;MLLD=26.5557;QD=1.37901;RBI=0.0956207;REFB=-0.0344085;REVB=0.0668263;RO=71;SAF=4;SAR=4;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107206;STB=0.561753;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.120456;OID=.;OPOS=125581316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:116:114:71:97:8:8:0.0701754:4:4:29:42:4:4:42:55 chr9 125637471 . A T 613.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00792159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.456;QD=61.3315;RBI=0.0412996;REFB=0;REVB=0.0405328;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307974;OID=.;OPOS=125637471;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr9 125637648 . T C 464.71 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1106;QD=58.0884;RBI=0.0574573;REFB=0;REVB=0.0500467;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000458704;OID=.;OPOS=125637648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr9 125642151 . G A 100.77 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0940319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.496;QD=16.1235;RBI=0.0942839;REFB=-0.0215184;REVB=0.0068891;RO=13;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410576;STB=0.52377;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0318625;OID=.;OPOS=125642151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:7:5:6:7:7:5:6:7 chr9 125652757 . G A 367.16 PASS AF=0.434783;AO=38;DP=93;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=34;FSRR=18;FWDB=-0.0159162;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.672;QD=15.9634;RBI=0.016311;REFB=-0.0142722;REVB=0.00356712;RO=50;SAF=17;SAR=21;SRF=33;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212219;STB=0.627211;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0219932;OID=.;OPOS=125652757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:50:52:38:40:0.434783:21:17:33:17:23:17:34:18 chr9 125672326 . G A 43.57 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.041114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.9268;QD=6.00981;RBI=0.0450434;REFB=-0.00816637;REVB=0.0183997;RO=21;SAF=2;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283315;STB=0.699421;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0245804;OID=.;OPOS=125672326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:29:21:22:7:7:0.241379:5:2:11:10:5:2:12:10 chr9 125782663 . A G 497.2 PASS AF=0.559524;AO=47;DP=84;FAO=47;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=-0.00146201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.177;QD=23.6763;RBI=0.00222735;REFB=-0.00682284;REVB=0.00168037;RO=37;SAF=19;SAR=28;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256972;STB=0.640738;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00500453;OID=.;OPOS=125782663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:37:37:47:47:0.559524:28:19:27:10:28:19:27:10 chr9 125866070 . G C 565.75 PASS AF=0.577778;AO=51;DP=89;FAO=52;FDP=90;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0109434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.488;QD=25.1444;RBI=0.0124661;REFB=-0.00936373;REVB=0.0059705;RO=38;SAF=26;SAR=25;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540164;STB=0.52529;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00554861;OID=.;OPOS=125866070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:38:38:51:52:0.577778:25:26:22:16:25:27:22:16 chr9 125878316 . G A 228.57 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0111156;FXX=0.0769034;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.216;QD=25.3966;RBI=0.0123864;REFB=-0.00423016;REVB=0.00546495;RO=15;SAF=11;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572686;STB=0.531885;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00212419;OID=.;OPOS=125878316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:36:15:15:21:21:0.583333:10:11:9:6:10:11:9:6 chr9 126028395 . C G 944.85 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=67;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.050826;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.51;QD=57.2638;RBI=0.060127;REFB=-0.123635;REVB=0.0321245;RO=1;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160078;STB=0.508194;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000514538;OID=.;OPOS=126028395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:66:1:1:64:65:0.984848:29:35:0:1:30:35:0:1 chr9 126125318 . C A 840.71 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00236814;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4229;QD=56.0471;RBI=0.0771713;REFB=-0.14167;REVB=0.0771349;RO=1;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145145;STB=0.50746;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0037142;OID=.;OPOS=126125318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:58:59:0.983333:32:26:0:1:33:26:0:1 chr9 126128211 . T C 127.27 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0143238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.601;QD=9.25606;RBI=0.0163177;REFB=-0.0155193;REVB=0.0078164;RO=38;SAF=7;SAR=10;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727272;STB=0.543427;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0455167;OID=.;OPOS=126128211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:10:7:18:20:10:7:18:20 chr9 126128253 . G C 81.77 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0347932;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.247;QD=8.60783;RBI=0.0484748;REFB=-0.0493023;REVB=0.0337526;RO=26;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0080845;STB=0.519196;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0810214;OID=.;OPOS=126128253;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:26:27:11:11:0.289474:6:5:12:14:6:5:13:14 chr9 126129904 . C T 1008.75 PASS AF=0.430233;AO=111;DP=259;FAO=111;FDP=258;FR=.;FRO=147;FSAF=46;FSAR=65;FSRF=77;FSRR=70;FWDB=0.0135458;FXX=0.00769201;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6939;QD=15.6396;RBI=0.0320149;REFB=-0.00342769;REVB=-0.0290081;RO=143;SAF=46;SAR=65;SRF=74;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105346;STB=0.562819;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00432206;OID=.;OPOS=126129904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:258:143:147:111:111:0.430233:65:46:74:69:65:46:77:70 chr9 126131161 . G A 124.9 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.031618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.58;QD=17.8432;RBI=0.0356;REFB=-0.044712;REVB=0.0163604;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629108;STB=0.536031;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0227187;OID=.;OPOS=126131161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:6:8:7:7:6:8:7:7 chr9 126133547 . T C 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.6;QD=35.5737;RBI=0.128781;REFB=0;REVB=0.0581139;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.003201;OID=.;OPOS=126133547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr9 126134542 . G A 319.84 PASS AF=0.492754;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.0173017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.615;QD=18.5413;RBI=0.0265856;REFB=-0.028744;REVB=0.0201852;RO=34;SAF=13;SAR=21;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145911;STB=0.569393;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.024875;OID=.;OPOS=126134542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:35:34:34:0.492754:21:13:8:26:21:13:9:26 chr9 126136247 . A G 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0268542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1887;QD=11.4395;RBI=0.111707;REFB=0.00557171;REVB=-0.108431;RO=23;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149372;STB=0.576152;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.0541247;OID=.;OPOS=126136247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:24:13:13:0.351351:5:8:11:12:5:8:12:12 chr9 126142990 . AT AG,A 113.57 PASS AF=0,0.473684;AO=2,14;DP=38;FAO=0,18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=0,7;FSAR=0,11;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00970729,0.0301268;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=42.083,14.5429;QD=11.9549;RBI=0.114471,0.179856;REFB=-0.0113535,-0.0436324;REVB=-0.114058,-0.177314;RO=17;SAF=0,7;SAR=2,7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0,0.449456;SSEP=0,0;SSSB=-0.594792,-0.139967;STB=0.5,0.585703;STBP=1,0.329;TYPE=snp,del;VARB=0,0.0420817;OID=.,.;OPOS=126142991,126142991;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=AG,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.473684:2,14:38:0,18:38:20:0,7:0,11:11:9:99:17:0,7:2,7:11:6 chr9 126143429 . C CTCTT 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00503688;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=288.401;QD=13.4559;RBI=0.019347;REFB=-7.4582e-06;REVB=0.0186799;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771943;STB=0.545372;STBP=0.746;TYPE=ins;VARB=0.000131862;OID=.;OPOS=126143430;OREF=-;OALT=TCTT;OMAPALT=CTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423077:11:26:11:26:15:6:5:7:8:87:15:6:5:7:8 chr9 126770250 . C G 633.58 PASS AF=0.437126;AO=61;DP=157;FAO=73;FDP=167;FR=.;FRO=94;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=35;FSRR=59;FWDB=0.00451994;FXX=0.017646;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.581;QD=15.1755;RBI=0.014997;REFB=-0.0165765;REVB=0.0142996;RO=94;SAF=28;SAR=33;SRF=34;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106591;STB=0.553198;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0210576;OID=.;OPOS=126770250;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:167:94:94:61:73:0.437126:33:28:34:60:39:34:35:59 chr9 126783433 . G C 318.46 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0320882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.655;QD=20.5457;RBI=0.0324917;REFB=-0.0047344;REVB=-0.00510448;RO=27;SAF=12;SAR=21;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246377;STB=0.651072;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00248281;OID=.;OPOS=126783433;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:27:29:33:33:0.532258:21:12:18:9:21:12:20:9 chr9 127101924 . C T 1251.07 PASS AF=0.924731;AO=86;DP=90;FAO=86;FDP=93;FR=.;FRO=7;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0163135;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8197;QD=53.8096;RBI=0.0761429;REFB=0.00972668;REVB=-0.0743748;RO=4;SAF=38;SAR=48;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163909;STB=0.522931;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.00316594;OID=.;OPOS=127101924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:90:93:4:7:86:86:0.924731:48:38:1:3:48:38:1:6 chr9 127113660 . A G 523.91 PASS AF=0.661972;AO=47;DP=71;FAO=47;FDP=71;FR=.;FRO=24;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00626138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.898;QD=29.516;RBI=0.00689795;REFB=0.00413728;REVB=0.00289428;RO=24;SAF=28;SAR=19;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034684;STB=0.518831;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=-0.00251139;OID=.;OPOS=127113660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:24:24:47:47:0.661972:19:28:13:11:19:28:13:11 chr9 127113732 . C T 85.72 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0324635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.806;QD=6.01512;RBI=0.0325268;REFB=-0.00192481;REVB=-0.00202883;RO=44;SAF=5;SAR=8;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248985;STB=0.655851;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00935606;OID=.;OPOS=127113732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:57:57:44:44:13:13:0.22807:8:5:26:18:8:5:26:18 chr9 127220392 . G C 167.9 PASS AF=0.418605;AO=17;DP=42;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0436874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5789;QD=15.6181;RBI=0.0772531;REFB=0.0223619;REVB=0.0637139;RO=25;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11529;STB=0.581307;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=-0.0210179;OID=.;OPOS=127220392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:25:25:17:18:0.418605:9:8:9:16:9:9:9:16 chr9 127220938 . G C 182.92 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0101375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7409;QD=13.3031;RBI=0.0105471;REFB=-0.0248549;REVB=0.00291066;RO=33;SAF=12;SAR=10;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129855;STB=0.574259;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0575319;OID=.;OPOS=127220938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:10:12:22:11:10:12:22:11 chr9 127220952 . T C 335.92 PASS AF=0.611111;AO=33;DP=54;FAO=33;FDP=54;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0125359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.526;QD=24.8826;RBI=0.0134372;REFB=-0.0158512;REVB=-0.00483833;RO=21;SAF=23;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136061;STB=0.574953;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0145546;OID=.;OPOS=127220952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:21:21:33:33:0.611111:10:23:11:10:10:23:11:10 chr9 127228596 . A G 393.29 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00731718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.509;QD=56.1842;RBI=0.0150404;REFB=0;REVB=0.0131405;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115912;OID=.;OPOS=127228596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr9 127230891 . G A 1277.59 PASS AF=0.966292;AO=84;DP=88;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0452906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.683;QD=57.4199;RBI=0.0465443;REFB=-0.143994;REVB=-0.01073;RO=4;SAF=41;SAR=43;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439952;STB=0.517237;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00139751;OID=.;OPOS=127230891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:88:89:4:3:84:86:0.966292:43:41:4:0:44:42:3:0 chr9 127231774 . C G 317.0 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0140914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6973;QD=45.286;RBI=0.0381112;REFB=-0.184715;REVB=-0.0354104;RO=2;SAF=9;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206975;STB=0.534926;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0185729;OID=.;OPOS=127231774;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:2:3:25:25:0.892857:16:9:1:1:16:9:2:1 chr9 127238930 . AC A 52.16 PASS AF=0.4;AO=7;DP=21;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0644617;FXX=0.0475964;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.7633;QD=10.4328;RBI=0.265718;REFB=-0.0597389;REVB=0.25778;RO=11;SAF=7;SAR=0;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.769917;STB=0.822616;STBP=0.031;TYPE=del;VARB=0.0956923;OID=.;OPOS=127238931;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:7:21:8:20:12:7:1:5:7:51:11:7:0:5:6 chr9 127262802 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.423;QD=35.5759;RBI=0.0635989;REFB=0;REVB=0.0611893;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102715;OID=.;OPOS=127262802;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr9 127369679 . C T 254.07 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0250663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.186;QD=21.623;RBI=0.0266143;REFB=-0.0375633;REVB=0.00894438;RO=22;SAF=10;SAR=14;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130086;STB=0.580461;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0229948;OID=.;OPOS=127369679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:22:23:24:24:0.510638:14:10:6:16:14:10:6:17 chr9 127557300 . C T 98.29 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.019868;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1227;QD=13.1057;RBI=0.0226863;REFB=-0.0161449;REVB=0.0109514;RO=18;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.078786;OID=.;OPOS=127557300;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:30:30:18:18:12:12:0.4:6:6:9:9:6:6:9:9 chr9 127563364 . G A 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.044;QD=55.0953;RBI=0.101163;REFB=0;REVB=0.0939224;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000913634;OID=.;OPOS=127563364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr9 127566378 . A C,G 350.72 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=2,24;DP=26;FAO=2,24;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=2,13;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00445208,0.00167022;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=126.463,95.7454;QD=53.9576;RBI=0.00813661,0.0593014;REFB=0,0;REVB=0.00681054,-0.0592779;RO=0;SAF=2,13;SAR=0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0436639,-0.0161745;OID=.,.;OPOS=127566378,127566378;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:26:26:0:0:2,24:2,24:0.0769231,0.923077:0,11:2,13:0:0:0,11:2,13:0:0 chr9 127616537 . A G 113.93 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0144557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5837;QD=18.229;RBI=0.0715601;REFB=-0.0482739;REVB=-0.0700848;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379419;STB=0.521706;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0385818;OID=.;OPOS=127616537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:7:6:5:7:7:6:5:7 chr9 127618776 . A G 109.81 PASS AF=0.433333;AO=12;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0182366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5067;QD=14.6415;RBI=0.0872367;REFB=-0.0445291;REVB=-0.0853092;RO=17;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113103;STB=0.583204;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0815332;OID=.;OPOS=127618776;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:12:13:0.433333:5:7:8:9:5:8:8:9 chr9 127618839 . C G 651.17 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0572;QD=62.0158;RBI=0.0300286;REFB=0;REVB=0.0140676;RO=0;SAF=22;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619491;OID=.;OPOS=127618839;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:20:22:0:0:20:22:0:0 chr9 127642136 . A T 193.11 PASS AF=0.423077;AO=20;DP=50;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0266107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.418;QD=14.8547;RBI=0.0266523;REFB=-0.0137204;REVB=-0.00148824;RO=28;SAF=3;SAR=17;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407848;STB=0.661725;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0226326;OID=.;OPOS=127642136;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:28:30:20:22:0.423077:17:3:13:15:17:5:14:16 chr9 127661645 . G A 199.43 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.025385;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6076;QD=13.5208;RBI=0.0259339;REFB=-0.0128514;REVB=0.00530757;RO=35;SAF=13;SAR=11;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028483;STB=0.516298;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0278954;OID=.;OPOS=127661645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:11:13:18:17:11:13:18:17 chr9 127674200 . A C 919.56 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.713;QD=58.3845;RBI=0.0191864;REFB=0;REVB=0.0128666;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.45367e-05;OID=.;OPOS=127674200;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:32:30:0:0:33:30:0:0 chr9 127764305 . G A 72.35 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0825362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.872;QD=8.51198;RBI=0.082669;REFB=0.0124407;REVB=0.00468404;RO=24;SAF=2;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452148;STB=0.779908;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=-0.0423335;OID=.;OPOS=127764305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:8:2:14:10:8:2:14:10 chr9 127962916 . G A 92.94 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0148397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.391;QD=16.8975;RBI=0.0391657;REFB=-0.0568765;REVB=0.0362455;RO=8;SAF=10;SAR=1;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258419;STB=0.612006;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0408732;OID=.;OPOS=127962916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:22:22:8:11:11:11:0.5:1:10:6:2:1:10:9:2 chr9 128072273 . G C 920.08 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7621;QD=58.4177;RBI=0.0407098;REFB=0;REVB=0.00766475;RO=0;SAF=38;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378644;OID=.;OPOS=128072273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:25:38:0:0:25:38:0:0 chr9 128074807 . T C 666.92 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0181415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.019;QD=57.9932;RBI=0.0329109;REFB=-0.0177869;REVB=-0.0274593;RO=1;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170841;STB=0.505195;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00678567;OID=.;OPOS=128074807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:1:2:44:44:0.956522:27:17:0:1:27:17:1:1 chr9 128199873 . C T 286.52 PASS AF=0.463768;AO=31;DP=68;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0238117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2816;QD=16.6098;RBI=0.0301424;REFB=0.0138215;REVB=0.0184814;RO=37;SAF=9;SAR=22;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980968;STB=0.539852;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=-0.0156219;OID=.;OPOS=128199873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:37:37:31:32:0.463768:22:9:14:23:22:10:14:23 chr9 128728459 . A G,T 400.26 PASS AF=0.931034,0.0689655;AO=27,2;DP=29;FAO=27,2;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=6,0;FSAR=21,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270245,0.0210555;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=110.288,95.3767;QD=55.2086;RBI=0.0277508,0.0212692;REFB=0,0;REVB=0.00630709,0.00300704;RO=0;SAF=6,0;SAR=21,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00407723,0.198834;OID=.,.;OPOS=128728459,128728459;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:29:29:0:0:27,2:27,2:0.931034,0.0689655:21,2:6,0:0:0:21,2:6,0:0:0 chr9 129102840 . G A 112.96 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0102279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.214;QD=9.41339;RBI=0.0179879;REFB=0.00514728;REVB=-0.0147971;RO=31;SAF=1;SAR=13;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.659012;STB=0.91603;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.01921;OID=.;OPOS=129102840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:34:14:14:0.291667:13:1:18:13:13:1:21:13 chr9 129143435 . A G 234.79 PASS AF=0.547619;AO=22;DP=41;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00147087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.117;QD=22.3608;RBI=0.0165433;REFB=-0.0106533;REVB=0.0164778;RO=16;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142054;STB=0.549957;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0146943;OID=.;OPOS=129143435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:16:19:22:23:0.547619:11:11:11:5:11:12:12:7 chr9 129265715 . C G 772.75 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0171113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6502;QD=61.8201;RBI=0.0745493;REFB=-0.0552541;REVB=0.0725589;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511623;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0013952;OID=.;OPOS=129265715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:0:1:49:49:0.98:21:28:0:0:21:28:0:1 chr9 129453229 . A G 305.59 PASS AF=0.478261;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.00481598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.393;QD=17.7151;RBI=0.00482777;REFB=-0.0388906;REVB=-0.000337184;RO=34;SAF=14;SAR=19;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116327;STB=0.504048;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.032762;OID=.;OPOS=129453229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:36:33:33:0.478261:19:14:14:20:19:14:15:21 chr9 129460914 . A G 127.88 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0295511;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.175;QD=18.9454;RBI=0.0345238;REFB=-0.0150414;REVB=-0.01785;RO=13;SAF=4;SAR=10;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147527;STB=0.583225;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0125802;OID=.;OPOS=129460914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:10:4:2:11:10:4:2:11 chr9 129595667 . C T 122.05 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0455014;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0893;QD=8.41718;RBI=0.0459949;REFB=0.0103279;REVB=0.00671959;RO=36;SAF=4;SAR=13;SRF=12;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140295;STB=0.61276;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.0266199;OID=.;OPOS=129595667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:36:41:17:17:0.293103:13:4:12:24:13:4:15:26 chr9 129595895 . T C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00724184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.389;QD=59.0187;RBI=0.0170054;REFB=0;REVB=0.0153864;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.51995e-05;OID=.;OPOS=129595895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr9 129597065 . C T 96.02 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0284037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.337;QD=12.0019;RBI=0.04177;REFB=-0.0027356;REVB=-0.0306262;RO=20;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.463673;STB=0.768842;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0130889;OID=.;OPOS=129597065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:4:8:4:16:4:8:4:16 chr9 129598644 . TAAA T 212.63 PASS AF=0.5;AO=28;DP=63;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0144066;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=3;MLLD=256.279;QD=13.2896;RBI=0.0156978;REFB=-0.00992449;REVB=0.00623451;RO=31;SAF=13;SAR=15;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119173;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00994458;OID=.;OPOS=129598645;OREF=AAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:28:63:32:64:32:14:18:14:18:99:31:13:15:14:17 chr9 129599706 . A G 187.81 PASS AF=0.527778;AO=18;DP=35;FAO=19;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00547347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.331;QD=20.8682;RBI=0.0247855;REFB=-0.0166562;REVB=-0.0241735;RO=12;SAF=14;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177215;STB=0.666481;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0128178;OID=.;OPOS=129599706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:12:17:18:19:0.527778:4:14:7:5:5:14:7:10 chr9 129600133 . T A 77.39 PASS AF=1;AO=11;DP=18;FAO=8;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.190324;FXX=0.38432;HRUN=16;LEN=1;MLLD=16.7664;QD=38.6968;RBI=0.208256;REFB=0;REVB=-0.0845431;RO=3;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468493;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.226662;OID=.;OPOS=129600133;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:18:8:3:0:11:8:1:6:5:1:2:0:8:0:0 chr9 129643296 . G T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0180112;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2882;QD=14.9793;RBI=0.0426837;REFB=-0.0287621;REVB=-0.0386975;RO=11;SAF=1;SAR=9;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.465938;STB=0.781906;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0250693;OID=.;OPOS=129643296;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:9:1:5:6:9:1:5:6 chr9 129645251 . C T 442.75 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00125211;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.938;QD=22.7053;RBI=0.00780889;REFB=-0.0188196;REVB=0.00770785;RO=35;SAF=27;SAR=16;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119621;STB=0.565937;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0116946;OID=.;OPOS=129645251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:43:43:0.551282:16:27:17:18:16:27:17:18 chr9 129646763 . GTTTTTTTTTTTA GTTTTTTTTTTA,GTTTTTTTTTTTG 353.17 PASS AF=0.446429,0.553571;AO=7,11;DP=62;FAO=25,31;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=12,17;FSAR=13,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144709,0.00371485;FXX=0.0967586;HRUN=11,3;LEN=1,1;MLLD=3.64074,151.865;QD=25.2262;RBI=0.289048,0.00792899;REFB=0.338235,-0.0138717;REVB=-0.288686,0.00700492;RO=8;SAF=5,7;SAR=2,4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.206125,0.104359;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.395331,0.00994484;OID=.,.;OPOS=129646764,129646775;OREF=T,A;OALT=-,G;OMAPALT=GTTTTTTTTTTA,GTTTTTTTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.446429,0.553571:7,11:62:25,31:56:0:12,17:13,14:0:0:99:8:5,7:2,4:4:4 chr9 129752239 . C T 337.93 PASS AF=0.576271;AO=33;DP=58;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0169542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.882;QD=22.9106;RBI=0.017145;REFB=-0.0170809;REVB=0.00255088;RO=25;SAF=20;SAR=13;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221893;STB=0.612583;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0258448;OID=.;OPOS=129752239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:25:25:33:34:0.576271:13:20:8:17:14:20:8:17 chr9 129831658 . T TA 742.35 PASS AF=1;AO=8;DP=69;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643554;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.399;QD=47.1334;RBI=0.094785;REFB=0;REVB=-0.0695887;RO=61;SAF=1;SAR=7;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.496384;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00295839;OID=.;OPOS=129831659;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:69:63:63:0:31:32:0:0:14:61:1:7:33:28 chr9 129831659 . T A 700.95 PASS AF=0.833333;AO=57;DP=68;FAO=55;FDP=66;FR=.;FRO=11;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.000433033;FXX=0.0294074;HRUN=9;LEN=1;MLLD=225.23;QD=42.4819;RBI=0.0119018;REFB=-0.101258;REVB=0.0118939;RO=10;SAF=30;SAR=27;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632369;STB=0.52422;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.000713894;OID=.;OPOS=129831659;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:68:66:10:11:57:55:0.833333:27:30:3:7:27:28:4:7 chr9 129854199 . G A 103.24 PASS AF=0.263158;AO=15;DP=58;FAO=15;FDP=57;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0195674;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9955;QD=7.24467;RBI=0.0272677;REFB=-0.00590054;REVB=0.0189907;RO=42;SAF=4;SAR=11;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127538;STB=0.578837;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00838692;OID=.;OPOS=129854199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:42:42:15:15:0.263158:11:4:15:27:11:4:15:27 chr9 129982045 . T TC 35.43 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.0211795;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=32.2917;QD=5.66909;RBI=0.0261016;REFB=-0.0102838;REVB=-0.0152552;RO=15;SAF=6;SAR=3;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168645;STB=0.762262;STBP=0.112;TYPE=ins;VARB=0.047442;OID=.;OPOS=129982046;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.36:9:25:9:25:16:4:5:14:2:35:15:6:3:12:3 chr9 130242166 . A G 254.28 PASS AF=0.52;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0580799;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6957;QD=20.3423;RBI=0.0585285;REFB=-0.0222898;REVB=-0.00723225;RO=23;SAF=16;SAR=10;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00593157;STB=0.516117;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0174871;OID=.;OPOS=130242166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:23:24:26:26:0.52:10:16:14:9:10:16:14:10 chr9 130259618 . A C 178.72 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0466421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8431;QD=22.3403;RBI=0.0602252;REFB=-0.0026844;REVB=-0.0380997;RO=14;SAF=4;SAR=14;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681316;STB=0.538417;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.000873212;OID=.;OPOS=130259618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:14:4:4:10:14:4:4:10 chr9 130341253 . A G 210.77 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600694;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0056;QD=49.5937;RBI=0.0656184;REFB=0;REVB=-0.0264093;RO=0;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334383;OID=.;OPOS=130341253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:15:2:0:0:15:2:0:0 chr9 130475011 . T C 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2427;QD=62.3479;RBI=0.127847;REFB=0;REVB=0.124864;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126996;OID=.;OPOS=130475011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr9 130475442 . A C 1816.35 PASS AF=1;AO=118;DP=122;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0418891;FXX=0.0327842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0011;QD=61.5713;RBI=0.0493551;REFB=0;REVB=-0.0261005;RO=0;SAF=56;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353863;OID=.;OPOS=130475442;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:118:0:0:118:118:1:62:56:0:0:62:56:0:0 chr9 130477768 . G A 582.39 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0116076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.191;QD=58.2393;RBI=0.0120798;REFB=-0.0990487;REVB=0.00334463;RO=1;SAF=15;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302234;STB=0.516121;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000595132;OID=.;OPOS=130477768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:24:15:1:0:24:15:1:0 chr9 130489558 . A G 1153.32 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00996258;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.868;QD=60.701;RBI=0.0260958;REFB=0;REVB=-0.0241193;RO=0;SAF=42;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.62206e-05;OID=.;OPOS=130489558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:74:76:1:32:42:0:0:33:43:0:0 chr9 130489743 . A G 323.61 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=373.976;QD=53.9344;RBI=0.13142;REFB=0;REVB=0.00980983;RO=0;SAF=2;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123809;OID=.;OPOS=130489743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:21:2:0:0:21:3:0:0 chr9 130493513 . A G 753.89 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0137329;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.226;QD=61.5424;RBI=0.0294793;REFB=-0.0342432;REVB=0.0260852;RO=1;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154257;STB=0.508193;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=5.94422e-05;OID=.;OPOS=130493513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:49:49:1:1:48:48:0.979592:30:18:0:1:30:18:0:1 chr9 130494811 . T C 453.83 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0110705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.741;QD=55.0095;RBI=0.0138107;REFB=-0.0591215;REVB=0.00825714;RO=1;SAF=18;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252339;STB=0.513505;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00306411;OID=.;OPOS=130494811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:14:18:1:0:14:18:1:0 chr9 130494957 . T C 1156.31 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0235954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.68;QD=59.2978;RBI=0.0491621;REFB=-0.146466;REVB=0.0431296;RO=1;SAF=36;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129652;STB=0.506848;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00438741;OID=.;OPOS=130494957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:41:36:1:0:41:36:1:0 chr9 130495633 . C G 737.28 PASS AF=0.878788;AO=56;DP=66;FAO=58;FDP=66;FR=.;FRO=8;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0387119;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=185.904;QD=44.6836;RBI=0.0469318;REFB=-0.193887;REVB=0.0265326;RO=6;SAF=28;SAR=28;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.060613;STB=0.517235;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.00157618;OID=.;OPOS=130495633;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:66:66:6:8:56:58:0.878788:28:28:1:5:28:30:3:5 chr9 130500927 . C T 286.53 PASS AF=0.526316;AO=29;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0167126;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.468;QD=20.1071;RBI=0.0338602;REFB=-0.0176779;REVB=0.0294483;RO=27;SAF=13;SAR=16;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289143;STB=0.523061;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0127451;OID=.;OPOS=130500927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:29:30:0.526316:16:13:13:14:17:13:13:14 chr9 130504070 . G A 1388.73 PASS AF=0.960396;AO=97;DP=102;FAO=97;FDP=101;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0254939;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.727;QD=54.9992;RBI=0.0405396;REFB=-0.0127566;REVB=0.0315202;RO=4;SAF=52;SAR=45;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403054;STB=0.521272;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.000337489;OID=.;OPOS=130504070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:102:101:4:4:97:97:0.960396:45:52:0:4:45:52:0:4 chr9 130536717 . G A 445.92 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.975;QD=57.5385;RBI=0.0306933;REFB=0;REVB=0.0233606;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98152e-05;OID=.;OPOS=130536717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:20:10:0:0:21:10:0:0 chr9 130630639 . A G 989.17 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00140705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1457;QD=59.0548;RBI=0.141541;REFB=0;REVB=0.141534;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363782;OID=.;OPOS=130630639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:67:0:0:61:67:1:28:33:0:0:34:33:0:0 chr9 130647583 . T C 1275.77 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3101;QD=61.4828;RBI=0.0112951;REFB=0;REVB=0.000390246;RO=0;SAF=51;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.1383e-05;OID=.;OPOS=130647583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:31:51:0:0:32:51:0:0 chr9 130648680 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.576;QD=50.4133;RBI=0.0281889;REFB=0;REVB=0.0228927;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123889;OID=.;OPOS=130648680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr9 130670310 . A G 189.75 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.301;QD=47.4385;RBI=0.0362611;REFB=0;REVB=0.00821168;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191715;OID=.;OPOS=130670310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:3:11:0:0:3:13:0:0 chr9 130690412 . G C 282.29 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=22;FWDB=-0.0210656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.921;QD=22.5829;RBI=0.021203;REFB=-0.0216514;REVB=-0.00241007;RO=24;SAF=4;SAR=22;SRF=2;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129251;STB=0.571379;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0203483;OID=.;OPOS=130690412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:22:4:2:22:22:4:2:22 chr9 130698029 . G C 127.05 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.038176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.621;QD=9.2403;RBI=0.0569348;REFB=-0.0052932;REVB=-0.0422393;RO=37;SAF=5;SAR=12;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234073;STB=0.64993;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0288088;OID=.;OPOS=130698029;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:38:17:17:0.309091:12:5:18:19:12:5:19:19 chr9 130698043 . A G 139.53 PASS AF=0.311475;AO=18;DP=60;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0236909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.155;QD=9.14946;RBI=0.0249739;REFB=-0.019553;REVB=-0.00790155;RO=41;SAF=4;SAR=14;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28979;STB=0.628762;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0433194;OID=.;OPOS=130698043;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:41:42:18:19:0.311475:14:4:18:23:14:5:18:24 chr9 130703789 . G A 155.36 PASS AF=0.472222;AO=15;DP=35;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0123996;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0567;QD=17.2617;RBI=0.102875;REFB=-0.000797227;REVB=0.102125;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221869;STB=0.584318;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0039572;OID=.;OPOS=130703789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:19:19:15:17:0.472222:6:9:7:12:8:9:7:12 chr9 130707081 . A G 209.28 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0422591;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.632;QD=13.7233;RBI=0.0459554;REFB=-0.0194942;REVB=-0.0180573;RO=36;SAF=7;SAR=18;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189149;STB=0.608732;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0191176;OID=.;OPOS=130707081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:18:7:16:20:18:7:16:20 chr9 130829039 . A G 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.143;QD=48.732;RBI=0.057349;REFB=0;REVB=-0.0405856;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.39064e-06;OID=.;OPOS=130829039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr9 130860866 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.695;QD=58.0608;RBI=0.0351576;REFB=0;REVB=0.0315113;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79336e-05;OID=.;OPOS=130860866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr9 130864676 . T C 495.18 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0487646;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.8558;QD=56.5921;RBI=0.056543;REFB=-0.0800845;REVB=0.0286204;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.51612;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00204146;OID=.;OPOS=130864676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:35:0:1:34:34:0.971429:15:19:0:0:15:19:0:1 chr9 130869499 . A T 771.91 PASS AF=1;AO=38;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504922;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.576;QD=57.1782;RBI=0.0538243;REFB=0;REVB=0.018644;RO=0;SAF=9;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165282;OID=.;OPOS=130869499;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:38:54:1:29:9:0:0:37:17:0:0 chr9 130883511 . C T 1695.15 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.537;QD=60.541;RBI=0.027163;REFB=0;REVB=0.0150797;RO=0;SAF=52;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12964e-05;OID=.;OPOS=130883511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:112:0:0:111:112:1:59:52:0:0:60:52:0:0 chr9 130912857 . C T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0260347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.618;QD=12.7387;RBI=0.0283332;REFB=-0.0182967;REVB=0.0111786;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162764;STB=0.571247;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0330609;OID=.;OPOS=130912857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:9:10:8:8:0.444444:3:5:4:5:3:5:5:5 chr9 130984755 . C T 633.08 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.807;QD=61.7637;RBI=0.0477279;REFB=0;REVB=0.0439553;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153114;OID=.;OPOS=130984755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:24:15:0:0:26:15:0:0 chr9 131019738 . T C 127.27 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0102071;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.771;QD=18.181;RBI=0.023174;REFB=0.00231633;REVB=-0.020805;RO=14;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190444;STB=0.609216;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=-0.00202666;OID=.;OPOS=131019738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:9:5:8:6:9:5:8:6 chr9 131019933 . G T 190.25 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0524345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9535;QD=21.743;RBI=0.057658;REFB=-0.0277536;REVB=-0.0239807;RO=16;SAF=6;SAR=13;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543015;STB=0.530579;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0308104;OID=.;OPOS=131019933;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:13:6:6:10:13:6:6:10 chr9 131027963 . A G 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.014024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.129;QD=15.8818;RBI=0.0230913;REFB=-0.000915832;REVB=-0.0183449;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000868837;OID=.;OPOS=131027963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:5:5:5:5:5:5 chr9 131028226 . G A 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0228137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.966;QD=16.6267;RBI=0.0238479;REFB=0.00906915;REVB=0.00694687;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162012;STB=0.59308;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.0100768;OID=.;OPOS=131028226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:7:6:9:5:7:6:9:5 chr9 131079513 . GAAAC G 118.98 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0219514;FXX=0.0526223;HRUN=3;LEN=4;MLLD=267.824;QD=8.8132;RBI=0.021975;REFB=-0.00247472;REVB=0.00101712;RO=27;SAF=5;SAR=15;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122729;STB=0.579461;STBP=0.429;TYPE=del;VARB=0.00362979;OID=.;OPOS=131079514;OREF=AAAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37037:20:50:20:54:34:5:15:12:22:99:27:5:15:7:20 chr9 131085373 . G C 276.54 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143798;FXX=0.0454339;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.745;QD=52.6747;RBI=0.0165198;REFB=0;REVB=-0.00813177;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.2791e-05;OID=.;OPOS=131085373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr9 131088214 . G A 90.87 PASS AF=0.255319;AO=11;DP=45;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0231102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.046;QD=7.73347;RBI=0.0259347;REFB=-0.0150957;REVB=-0.0117699;RO=34;SAF=7;SAR=4;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166334;STB=0.637448;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0436058;OID=.;OPOS=131088214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:47:34:35:11:12:0.255319:4:7:17:17:4:8:17:18 chr9 131112576 . G A 82.62 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.046745;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.522;QD=8.47346;RBI=0.058351;REFB=-0.0178551;REVB=0.0349249;RO=27;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00838598;STB=0.522347;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0428594;OID=.;OPOS=131112576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:40:39:27:28:11:11:0.282051:7:4:10:17:7:4:11:17 chr9 131196704 . G A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0155346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.218;QD=12.7389;RBI=0.0281315;REFB=-0.0139596;REVB=0.0234533;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489183;STB=0.788796;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0101381;OID=.;OPOS=131196704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:6:2:8:2:6:2:8:2 chr9 131199576 . A C 110.11 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0173129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.907;QD=15.1881;RBI=0.0735323;REFB=-0.0321648;REVB=-0.0714651;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777998;STB=0.522347;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0288638;OID=.;OPOS=131199576;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:30:29:16:15:11:11:0.37931:7:4:7:9:7:4:6:9 chr9 131235321 . A G 338.64 PASS AF=1;AO=22;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.076494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.825;QD=54.183;RBI=0.0765347;REFB=0;REVB=0.002496;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253221;OID=.;OPOS=131235321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:22:25:1:16:6:0:0:18:7:0:0 chr9 131247176 . C T 96.52 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0188907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.3579;QD=24.1288;RBI=0.0360226;REFB=-0.0932717;REVB=0.030672;RO=5;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202199;STB=0.615162;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0123249;OID=.;OPOS=131247176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:8:3:3:2:8:3:3:2 chr9 131285955 . A G 250.38 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0135161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.503;QD=20.0302;RBI=0.0222958;REFB=-0.00330535;REVB=-0.0177318;RO=25;SAF=11;SAR=13;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197324;STB=0.501676;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.00276838;OID=.;OPOS=131285955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:26:24:24:0.48:13:11:12:13:13:11:12:14 chr9 131303522 . G A 216.01 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.00877326;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.868;QD=10.9374;RBI=0.0132459;REFB=0.00505867;REVB=-0.00992384;RO=51;SAF=14;SAR=13;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566975;STB=0.525851;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=-0.00951604;OID=.;OPOS=131303522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:51:52:27:27:0.341772:13:14:29:22:13:14:29:23 chr9 131346218 . A C 1269.4 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.181;QD=61.1761;RBI=0.0591663;REFB=0;REVB=0.0177309;RO=0;SAF=38;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128472;OID=.;OPOS=131346218;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:83:0:0:79:83:1:41:38:0:0:44:39:0:0 chr9 131360750 . C T 169.79 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0427128;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.141;QD=16.5647;RBI=0.0428616;REFB=-0.0173041;REVB=-0.00356866;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140082;STB=0.567493;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.036212;OID=.;OPOS=131360750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:22:23:18:18:0.439024:8:10:9:13:8:10:10:13 chr9 131375701 . A G 670.15 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00687028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.065;QD=62.3391;RBI=0.0260776;REFB=0;REVB=0.0251563;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149197;OID=.;OPOS=131375701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr9 131379967 . C T 189.49 PASS AF=0.42;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.000642482;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.251;QD=15.1595;RBI=0.0106818;REFB=-0.00718306;REVB=0.0106624;RO=28;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211651;STB=0.610066;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0116135;OID=.;OPOS=131379967;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:28:29:21:21:0.42:9:12:10:18:9:12:11:18 chr9 131388761 . G A 764.17 PASS AF=0.503401;AO=74;DP=147;FAO=74;FDP=147;FR=.;FRO=73;FSAF=20;FSAR=54;FSRF=21;FSRR=52;FWDB=0.026859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2374;QD=20.7937;RBI=0.026933;REFB=-0.00751234;REVB=0.00199509;RO=73;SAF=20;SAR=54;SRF=21;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196761;STB=0.510841;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0050362;OID=.;OPOS=131388761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:73:73:74:74:0.503401:54:20:21:52:54:20:21:52 chr9 131390472 . C A 38.6 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.026812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.675;QD=11.0274;RBI=0.0269258;REFB=-0.00891738;REVB=0.00247339;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.613938;STB=0.868462;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0189175;OID=.;OPOS=131390472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:5:1:7:1:5:1:7:1 chr9 131397066 . C T 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0814567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.914;QD=17.3779;RBI=0.0876689;REFB=-0.0156312;REVB=0.0324137;RO=10;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274137;STB=0.657836;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.031274;OID=.;OPOS=131397066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:4:7:3:7:4:7:3:7 chr9 131397479 . G A 446.77 PASS AF=0.457944;AO=49;DP=107;FAO=49;FDP=107;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.00446446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.36;QD=16.7018;RBI=0.0303276;REFB=-0.037081;REVB=0.0299972;RO=58;SAF=28;SAR=21;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13624;STB=0.575969;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0264425;OID=.;OPOS=131397479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:58:58:49:49:0.457944:21:28:25:33:21:28:25:33 chr9 131398636 . C T 117.61 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0656229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8439;QD=12.3799;RBI=0.066512;REFB=-0.0108376;REVB=0.0108388;RO=24;SAF=6;SAR=8;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251089;STB=0.646858;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0193788;OID=.;OPOS=131398636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:8:6:16:8:8:6:16:8 chr9 131403096 . A G 79.21 PASS AF=0.323529;AO=10;DP=33;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.00477363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.887;QD=9.31857;RBI=0.0274288;REFB=-0.0131999;REVB=-0.0270102;RO=23;SAF=5;SAR=5;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225143;STB=0.659417;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0212174;OID=.;OPOS=131403096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:33:34:23:23:10:11:0.323529:5:5:16:7:6:5:16:7 chr9 131465167 . A G 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0547024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3656;QD=50.4074;RBI=0.065181;REFB=0;REVB=-0.035443;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0029793;OID=.;OPOS=131465167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr9 131479023 . T C 748.79 PASS AF=0.964912;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0194226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.069;QD=52.5464;RBI=0.0310575;REFB=-0.0950071;REVB=0.0242349;RO=2;SAF=38;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163057;STB=0.508823;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0034013;OID=.;OPOS=131479023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:57:2:2:54:55:0.964912:16:38:1:1:16:39:1:1 chr9 131483749 . T A 520.06 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00266042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.295;QD=59.4351;RBI=0.0120455;REFB=0;REVB=0.011748;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.28764e-05;OID=.;OPOS=131483749;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:22:12:0:0:22:13:0:0 chr9 131492849 . CT C,CC 208.63 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=2,15;DP=18;FAO=1,16;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=1,5;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529083,0.0686449;FXX=0.0555247;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=198.546,214.732;QD=49.0883;RBI=0.052917,0.0686713;REFB=0,0;REVB=-0.000959842,-0.00190397;RO=1;SAF=2,4;SAR=0,11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.100822;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000102404,0.000573524;OID=.,.;OPOS=131492850,131492850;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0588235,0.941176:2,15:18:1,16:17:0:1,5:0,11:0:0:5:1:2,4:0,11:1:0 chr9 131515582 . C T 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0434971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0012;QD=12.7293;RBI=0.0534539;REFB=-0.00797095;REVB=-0.0310697;RO=12;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0535863;STB=0.531844;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0142318;OID=.;OPOS=131515582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:4:5:6:6:4:5:6:6 chr9 131565554 . T C 288.79 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0312614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.532;QD=16.2698;RBI=0.0329059;REFB=-0.027583;REVB=0.0102722;RO=39;SAF=15;SAR=17;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142436;STB=0.580003;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0443121;OID=.;OPOS=131565554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:17:15:24:15:17:15:24:15 chr9 131585069 . A G 64.04 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0131834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.091;QD=9.48813;RBI=0.0138193;REFB=0.00078721;REVB=-0.00414392;RO=18;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406201;STB=0.743692;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=-0.00248702;OID=.;OPOS=131585069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:3:6:5:13:3:6:5:13 chr9 131586374 . G A 140.71 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.107609;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0341;QD=20.101;RBI=0.108121;REFB=-0.0316688;REVB=0.0105027;RO=13;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178105;STB=0.59988;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0242122;OID=.;OPOS=131586374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:13:13:15:15:0.535714:5:10:11:2:5:10:11:2 chr9 131588652 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.646;QD=45.8052;RBI=0.111821;REFB=0;REVB=-0.104536;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00162626;OID=.;OPOS=131588652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr9 131588888 . G C 199.11 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0238025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3149;QD=27.4634;RBI=0.0400183;REFB=0.0188003;REVB=-0.03217;RO=10;SAF=12;SAR=7;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322616;STB=0.678264;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00655008;OID=.;OPOS=131588888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:29:29:10:10:19:19:0.655172:7:12:1:9:7:12:1:9 chr9 131670457 . T C 276.49 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0104018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.005;QD=26.3326;RBI=0.0118018;REFB=0.00466123;REVB=-0.00557545;RO=16;SAF=14;SAR=11;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173339;STB=0.583267;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.0024334;OID=.;OPOS=131670457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:17:25:25:0.595238:11:14:5:11:11:14:6:11 chr9 131670919 . T C 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00148082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9163;QD=19.3684;RBI=0.0428581;REFB=-0.084988;REVB=0.0428325;RO=7;SAF=7;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302492;STB=0.674342;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0422317;OID=.;OPOS=131670919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:3:7:2:5:3:7:2:5 chr9 131689361 . G A 279.34 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.0307949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.777;QD=18.9383;RBI=0.0311673;REFB=-0.0253796;REVB=-0.00480336;RO=29;SAF=15;SAR=15;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16765;STB=0.59316;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0197968;OID=.;OPOS=131689361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:29:30:30:0.508475:15:15:9:20:15:15:9:20 chr9 131702891 . A G 248.47 PASS AF=0.5;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0859707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5028;QD=18.4051;RBI=0.120696;REFB=-0.00472787;REVB=-0.0847143;RO=26;SAF=17;SAR=10;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215813;STB=0.629534;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00141947;OID=.;OPOS=131702891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:26:27:27:27:0.5:10:17:10:16:10:17:10:17 chr9 131721164 . C T 194.91 PASS AF=0.267327;AO=27;DP=93;FAO=27;FDP=101;FR=.;FRO=74;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=42;FWDB=-0.00935581;FXX=0.00980296;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.168;QD=7.71912;RBI=0.0213401;REFB=-0.0059337;REVB=-0.0191799;RO=65;SAF=11;SAR=16;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00982662;STB=0.51884;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0196079;OID=.;OPOS=131721164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:101:65:74:27:27:0.267327:16:11:27:38:16:11:32:42 chr9 131767668 . A C 101.08 PASS AF=0.375;AO=10;DP=33;FAO=12;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.241402;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.549;QD=12.6353;RBI=0.243678;REFB=-0.0260909;REVB=-0.0332276;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18415;STB=0.530676;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0245383;OID=.;OPOS=131767668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:33:32:13:19:10:12:0.375:7:3:2:11:7:5:7:12 chr9 131771505 . C T 130.98 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00179954;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=156.142;QD=10.273;RBI=0.00267418;REFB=-0.00919367;REVB=0.0019781;RO=34;SAF=11;SAR=5;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123758;STB=0.56631;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0262269;OID=.;OPOS=131771505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:34:35:16:16:0.313725:5:11:20:14:5:11:21:14 chr9 131823611 . T C 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0217013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6289;QD=12.7373;RBI=0.0692834;REFB=0.00262708;REVB=-0.0657969;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295637;STB=0.675253;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.00655137;OID=.;OPOS=131823611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:5:3:7:3:5:3:7:3 chr9 131852500 . T G 416.62 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.00371549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.535;QD=19.6056;RBI=0.0156948;REFB=-0.00172059;REVB=0.0152487;RO=42;SAF=23;SAR=19;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430792;STB=0.518301;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00161759;OID=.;OPOS=131852500;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:43:42:42:0.494118:19:23:21:21:19:23:22:21 chr9 131857687 . C G 154.86 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0354784;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7204;QD=15.1078;RBI=0.0549225;REFB=-0.0129719;REVB=-0.0419258;RO=24;SAF=4;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173705;STB=0.601295;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0195266;OID=.;OPOS=131857687;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:13:4:9:15:13:4:9:15 chr9 131860901 . G T 700.23 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0221189;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.469;QD=59.5941;RBI=0.032299;REFB=-0.0348324;REVB=0.0235368;RO=1;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170902;STB=0.508768;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000265364;OID=.;OPOS=131860901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:45:46:0.978723:27:18:0:1:28:18:0:1 chr9 132375432 . C T 155.29 PASS AF=0.33871;AO=18;DP=61;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0108186;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.097;QD=10.0186;RBI=0.0112055;REFB=-0.00544333;REVB=-0.00291922;RO=41;SAF=8;SAR=10;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022292;STB=0.539898;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0102016;OID=.;OPOS=132375432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:41:41:18:21:0.33871:10:8:19:22:13:8:18:23 chr9 132377898 . GCC CGC,GC,GCT 146.76 PASS AF=0,0.342857,0.171429;AO=2,7,7;DP=36;FAO=0,12,6;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=0,1,2;FSAR=0,11,4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0119366,-0.0356292,-0.0298305;FXX=0.0277701;HRUN=1,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=80.364,20.6424,29.5806;QD=16.7727;RBI=0.0906154,0.10041,0.0960037;REFB=0.0294073,0.0991978,0.10428;REVB=-0.0898257,-0.0938764,-0.0912516;RO=16;SAF=0,1,1;SAR=2,6,6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0.271975,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.534299,-0.455337,-0.455337;STB=0.5,0.83124,0.605698;STBP=1,0.017,0.557;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0258376,-0.0732734,0.0741236;OID=.,.,.;OPOS=132377898,132377899,132377900;OREF=GC,C,C;OALT=CG,-,T;OMAPALT=CGC,GC,GCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:72:36:35:16:17:2,7,7:0,12,6:0,0.342857,0.171429:2,6,6:0,1,1:8:8:0,11,4:0,1,2:8:9 chr9 132400480 . G A 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0306309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.101;QD=15.5714;RBI=0.0365653;REFB=-0.0357344;REVB=-0.0199692;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190272;STB=0.60957;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0351198;OID=.;OPOS=132400480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:5:6:9:3:5:6:9:3 chr9 132402908 . C G 750.35 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0617;QD=56.6298;RBI=0.0212641;REFB=0;REVB=-0.0054784;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000201637;OID=.;OPOS=132402908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr9 132573536 . G T 760.4 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0362323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4349;QD=63.3669;RBI=0.0511033;REFB=0;REVB=-0.0360384;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.20444e-06;OID=.;OPOS=132573536;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:26:21:0:0:26:22:0:0 chr9 132585058 . G A 1422.56 PASS AF=0.958763;AO=93;DP=97;FAO=93;FDP=97;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=54;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0283206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.759;QD=58.6621;RBI=0.0332382;REFB=-0.0529006;REVB=0.0173987;RO=0;SAF=39;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.96098e-08;STB=0.513933;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00026208;OID=.;OPOS=132585058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:97:97:0:4:93:93:0.958763:54:39:0:0:54:39:3:1 chr9 132591372 . T G 184.88 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.293;QD=46.2196;RBI=0.0149549;REFB=0;REVB=0.0071047;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113689;OID=.;OPOS=132591372;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:6:9:0:0:7:9:0:0 chr9 132591425 . C T 220.26 PASS AF=0.95;AO=16;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0901314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.8275;QD=44.0526;RBI=0.0931107;REFB=-0.107235;REVB=0.0233653;RO=1;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481057;STB=0.526288;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0176729;OID=.;OPOS=132591425;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:20:20:1:1:16:19:0.95:9:7:0:1:9:10:0:1 chr9 132591509 . A G 365.42 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0314061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6375;QD=52.2032;RBI=0.0345807;REFB=-0.0897849;REVB=0.0144736;RO=1;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442286;STB=0.523792;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00332533;OID=.;OPOS=132591509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:10:17:0:1:10:17:0:1 chr9 132597021 . C T 4400.79 PASS AF=0.986014;AO=283;DP=286;FAO=282;FDP=286;FR=.;FRO=4;FSAF=92;FSAR=190;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00937443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3501;QD=61.5496;RBI=0.0103892;REFB=-0.0578943;REVB=0.00447839;RO=1;SAF=92;SAR=191;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00249028;STB=0.502759;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00196718;OID=.;OPOS=132597021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:286:286:1:4:283:282:0.986014:191:92:0:1:190:92:2:2 chr9 132618578 . T C 426.61 PASS AF=1;AO=25;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0646279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.675;QD=56.8808;RBI=0.0658734;REFB=0;REVB=0.0127492;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000505805;OID=.;OPOS=132618578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:25:30:1:12:13:0:0:12:18:0:0 chr9 132620364 . T C 320.58 PASS AF=0.961538;AO=18;DP=23;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0521806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.387;QD=49.3192;RBI=0.0574146;REFB=0.0849064;REVB=0.0239505;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.52379;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00240263;OID=.;OPOS=132620364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:26:0:1:18:25:0.961538:12:6:0:0:15:10:1:0 chr9 132623293 . C T 239.28 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00229241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.678;QD=50.3745;RBI=0.113112;REFB=0;REVB=0.113089;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201176;OID=.;OPOS=132623293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:11:7:0:0:12:7:0:0 chr9 132623868 . T C 937.13 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.459;QD=58.5709;RBI=0.063898;REFB=0;REVB=0.0598422;RO=0;SAF=23;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106133;OID=.;OPOS=132623868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:40:23:0:0:40:24:0:0 chr9 132631680 . T C 446.83 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.25;QD=57.6552;RBI=0.0525901;REFB=0;REVB=0.0335949;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.29886e-05;OID=.;OPOS=132631680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr9 132636030 . CA C,CG 218.45 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=3,15;DP=18;FAO=1,17;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1,9;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464344,0.0460271;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.7123,84.0081;QD=48.544;RBI=0.106155,0.0694002;REFB=0,0;REVB=-0.0954604,-0.0519413;RO=0;SAF=3,7;SAR=0,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0391103,0.0355268;OID=.,.;OPOS=132636031,132636031;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0555556,0.944444:3,15:18:1,17:18:0:1,9:0,8:0:0:5:0:3,7:0,8:0:0 chr9 132636033 . TG CG,GC 207.04 PASS AF=0.823529,0.176471;AO=14,3;DP=18;FAO=14,3;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7,3;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0442822,-0.0586873;FXX=0.0555247;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=134.803,108.184;QD=48.7157;RBI=0.0507775,0.0593449;REFB=0,0;REVB=0.0248484,0.00881023;RO=0;SAF=7,3;SAR=7,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00428482,0.152366;OID=.,.;OPOS=132636033,132636033;OREF=T,TG;OALT=C,GC;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:18:17:0:0:14,3:14,3:0.823529,0.176471:7,0:7,3:0:0:7,0:7,3:0:0 chr9 132636937 . AG A 30.75 PASS AF=0.411765;AO=4;DP=16;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0488501;FXX=0.0555247;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.2654;QD=7.23532;RBI=0.0746785;REFB=-0.0936551;REVB=-0.0564849;RO=10;SAF=1;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0.388889;SSSB=-0.282644;STB=0.542251;STBP=0.727;TYPE=del;VARB=0.129801;OID=.;OPOS=132636938;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:4:16:7:17:10:3:4:5:5:30:10:1:3:5:5 chr9 132637712 . G A 105.84 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.01872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.452;QD=21.1689;RBI=0.0504047;REFB=-0.0124509;REVB=-0.0467995;RO=8;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124999;STB=0.571306;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00599108;OID=.;OPOS=132637712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:4:8:4:4:4:8:4:4 chr9 132649662 . A G 672.16 PASS AF=1;AO=40;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0440409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.738;QD=62.5262;RBI=0.0555929;REFB=0;REVB=0.0339259;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61234e-05;OID=.;OPOS=132649662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:40:43:1:27:13:0:0:27:16:0:0 chr9 132662786 . C T 220.17 PASS AF=0.567568;AO=20;DP=36;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.104121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2623;QD=23.8023;RBI=0.128969;REFB=-0.0235387;REVB=0.0761041;RO=16;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495686;STB=0.53724;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0185911;OID=.;OPOS=132662786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:16:16:20:21:0.567568:10:10:7:9:10:11:7:9 chr9 132686186 . A G 628.44 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138165;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.143;QD=61.3116;RBI=0.0171982;REFB=0;REVB=-0.0102412;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000318114;OID=.;OPOS=132686186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:40:41:1:26:14:0:0:26:15:0:0 chr9 132872686 . A G 632.24 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2846;QD=61.6817;RBI=0.0614882;REFB=0;REVB=0.055953;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105155;OID=.;OPOS=132872686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:12:28:0:0:13:28:0:0 chr9 132883161 . C CCTT 1271.11 PASS AF=0.903846;AO=87;DP=106;FAO=94;FDP=104;FR=.;FRO=10;FSAF=40;FSAR=54;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00362303;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=221.281;QD=48.8889;RBI=0.043871;REFB=-0.0959035;REVB=0.0437212;RO=12;SAF=37;SAR=50;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749567;STB=0.526769;STBP=0.094;TYPE=ins;VARB=0.00635639;OID=.;OPOS=132883162;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.903846:87:106:94:104:10:40:54:7:3:39:12:37:50:9:3 chr9 132904268 . G A 221.97 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0157586;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.283;QD=25.3677;RBI=0.0205847;REFB=-0.0288796;REVB=0.0132437;RO=14;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138639;STB=0.576852;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.014524;OID=.;OPOS=132904268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:14:14:21:21:0.6:10:11:10:4:10:11:10:4 chr9 132904345 . G A 296.65 PASS AF=0.58;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=0.0270159;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4904;QD=23.7319;RBI=0.0379031;REFB=-0.0382239;REVB=0.0265855;RO=20;SAF=15;SAR=14;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212194;STB=0.603548;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0291594;OID=.;OPOS=132904345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:20:21:29:29:0.58:14:15:16:4:14:15:16:5 chr9 132904442 . G A 374.22 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0243453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.24;QD=18.0349;RBI=0.0286533;REFB=-0.0242453;REVB=0.0151102;RO=44;SAF=19;SAR=20;SRF=29;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162941;STB=0.590724;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0279474;OID=.;OPOS=132904442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:20:19:29:15:20:19:29:15 chr9 133048501 . G A 771.3 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424618;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.596;QD=57.1333;RBI=0.0429322;REFB=0;REVB=0.00633764;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259408;OID=.;OPOS=133048501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr9 133284305 . C G 146.42 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00978224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.095;QD=16.7341;RBI=0.0134473;REFB=-0.0354209;REVB=0.00922695;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119416;STB=0.568183;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0355201;OID=.;OPOS=133284305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:9:7:6:13:9:7:6:13 chr9 133284310 . G A 175.51 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0226388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.378;QD=21.2744;RBI=0.0234595;REFB=-0.0172851;REVB=0.00615092;RO=15;SAF=5;SAR=13;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172371;STB=0.597587;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0116587;OID=.;OPOS=133284310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:13:5:7:8:13:5:7:8 chr9 133294244 . G A 179.71 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0164589;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.245;QD=20.5377;RBI=0.0385923;REFB=-0.052287;REVB=0.0349066;RO=15;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221291;STB=0.653674;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0348569;OID=.;OPOS=133294244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:15:17:18:18:0.514286:12:6:9:6:12:6:11:6 chr9 133305012 . G A 270.69 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0515024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.427;QD=16.9182;RBI=0.0516607;REFB=-0.0203569;REVB=-0.00404057;RO=33;SAF=11;SAR=19;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170228;STB=0.588615;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0210751;OID=.;OPOS=133305012;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:33:34:30:30:0.46875:19:11:18:15:19:11:18:16 chr9 133346920 . A G 904.75 PASS AF=0.970149;AO=62;DP=65;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0508785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.986;QD=54.0146;RBI=0.0513697;REFB=-0.11914;REVB=0.00708673;RO=1;SAF=22;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209743;STB=0.519225;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00458358;OID=.;OPOS=133346920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:65:67:1:2:62:65:0.970149:40:22:1:0:40:25:2:0 chr9 133553993 . C T 638.75 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0222733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.814;QD=59.4183;RBI=0.0265902;REFB=-0.0653343;REVB=-0.0145238;RO=1;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218287;STB=0.511622;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000334964;OID=.;OPOS=133553993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:21:21:0:1:21:21:0:1 chr9 133558282 . A G 919.04 PASS AF=0.955882;AO=65;DP=68;FAO=65;FDP=68;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0143205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.916;QD=54.0609;RBI=0.0203959;REFB=-0.0455842;REVB=0.0145229;RO=2;SAF=31;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00130335;STB=0.50635;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00135869;OID=.;OPOS=133558282;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:68:68:2:3:65:65:0.955882:34:31:1:1:34:31:1:2 chr9 133710804 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00678511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.485;QD=52.6125;RBI=0.0504302;REFB=0;REVB=0.0499717;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108441;OID=.;OPOS=133710804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr9 133710819 . T TC 635.45 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659399;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=37.6617;QD=57.7678;RBI=0.0728966;REFB=0;REVB=0.031078;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000592425;OID=.;OPOS=133710820;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:44:44:44:0:27:17:0:0:4:0:27:16:0:0 chr9 133760509 . C T 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0403959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7651;QD=10.2401;RBI=0.0406401;REFB=-0.0420153;REVB=0.00444778;RO=18;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487512;STB=0.514257;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0418789;OID=.;OPOS=133760509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:18:19:10:10:0.344828:4:6:10:8:4:6:11:8 chr9 133787225 . A G 817.05 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00955606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.206;QD=57.3367;RBI=0.0286809;REFB=0;REVB=0.0270421;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77502e-05;OID=.;OPOS=133787225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr9 133884820 . T G 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00415408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3998;QD=43.4847;RBI=0.0617216;REFB=0;REVB=-0.0615817;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0018055;OID=.;OPOS=133884820;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr9 133911598 . A G 721.67 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.047;QD=56.6013;RBI=0.0282127;REFB=0;REVB=0.00486044;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248745;OID=.;OPOS=133911598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:29:20:0:0:31:20:0:0 chr9 133911706 . C T 219.0 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00351159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.001;QD=23.6751;RBI=0.0184081;REFB=-0.0265097;REVB=0.0180701;RO=15;SAF=10;SAR=11;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141818;STB=0.564042;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0210636;OID=.;OPOS=133911706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:16:21:21:0.567568:11:10:10:5:11:10:10:6 chr9 133924451 . C T 50.46 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0145421;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=190.124;QD=16.8199;RBI=0.0238811;REFB=0.000639331;REVB=-0.018943;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237226;STB=0.640603;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00070086;OID=.;OPOS=133924451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:5:2:3:2:5:2:3:2 chr9 133927878 . A G 602.42 PASS AF=0.521739;AO=60;DP=117;FAO=60;FDP=115;FR=.;FRO=55;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=19;FWDB=-0.00917706;FXX=0.0336106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.282;QD=20.9536;RBI=0.0153153;REFB=-0.00884485;REVB=0.0122614;RO=57;SAF=29;SAR=31;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130761;STB=0.581503;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00935661;OID=.;OPOS=133927878;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:57:55:60:60:0.521739:31:29:36:21:31:29:36:19 chr9 133928345 . C T 117.44 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0474953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.08;QD=21.3535;RBI=0.0475562;REFB=-0.00772101;REVB=0.00240557;RO=9;SAF=2;SAR=11;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873908;STB=0.549918;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00141268;OID=.;OPOS=133928345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:11:2:2:7:11:2:2:7 chr9 133936571 . C G 500.36 PASS AF=0.945946;AO=34;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00689692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4214;QD=54.0925;RBI=0.0171258;REFB=-0.0108897;REVB=0.0156756;RO=1;SAF=20;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022804;STB=0.522714;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00330702;OID=.;OPOS=133936571;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:37:37:1:2:34:35:0.945946:14:20:1:0:14:21:2:0 chr9 133946909 . G A 155.23 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0223574;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.512;QD=9.26745;RBI=0.0234795;REFB=0.000113579;REVB=-0.00717181;RO=44;SAF=16;SAR=5;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349358;STB=0.721583;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.000334566;OID=.;OPOS=133946909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:44:46:21:21:0.313433:5:16:21:23:5:16:21:25 chr9 133946915 . C G 188.88 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=68;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0118738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.616;QD=11.1108;RBI=0.0350603;REFB=-0.00748236;REVB=-0.0329885;RO=44;SAF=17;SAR=7;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26913;STB=0.657081;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00878233;OID=.;OPOS=133946915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:44:44:24:24:0.352941:7:17:21:23:7:17:21:23 chr9 133948049 . A G 1426.21 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.927;QD=62.6907;RBI=0.0591956;REFB=0;REVB=0.0117023;RO=0;SAF=38;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.78619e-05;OID=.;OPOS=133948049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:91:0:0:88:91:1:50:38:0:0:51:40:0:0 chr9 133962930 . C T 294.14 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0377223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.887;QD=22.1995;RBI=0.0464162;REFB=-0.0248836;REVB=0.0270462;RO=23;SAF=16;SAR=14;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144754;STB=0.579947;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0298211;OID=.;OPOS=133962930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:14:16:8:15:14:16:8:15 chr9 133963008 . G A 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00584376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.609;QD=19.3697;RBI=0.030641;REFB=-0.0538217;REVB=-0.0300786;RO=15;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142741;STB=0.581392;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0510637;OID=.;OPOS=133963008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:11:5:7:8:11:5:7:8 chr9 133986980 . T G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000786824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.664;QD=47.8224;RBI=0.00354272;REFB=0;REVB=-0.00345424;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.47768e-05;OID=.;OPOS=133986980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr9 133987060 . G A 219.29 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00159956;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.145;QD=39.8706;RBI=0.00267792;REFB=-0.0490133;REVB=-0.00214771;RO=1;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540538;STB=0.578864;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.000993058;OID=.;OPOS=133987060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:22:1:3:19:19:0.863636:8:11:0:1:8:11:0:3 chr9 133996460 . T G 152.71 PASS AF=0.882353;AO=7;DP=16;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0059438;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.0414;QD=35.9309;RBI=0.168529;REFB=0.0240566;REVB=0.168424;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.562417;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000576427;OID=.;OPOS=133996460;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:17:0:2:7:15:0.882353:3:4:0:0:7:8:0:2 chr9 133996503 . T A 246.53 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0441876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.176;QD=46.9586;RBI=0.0495952;REFB=0.0738264;REVB=0.0225198;RO=1;SAF=7;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061324;STB=0.533299;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.000278747;OID=.;OPOS=133996503;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:13:7:1:0:13:7:1:0 chr9 134020092 . C T 594.89 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.8421;QD=61.0146;RBI=0.0432374;REFB=0;REVB=0.0359071;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549169;OID=.;OPOS=134020092;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:16:22:0:0:16:23:0:0 chr9 134108925 . T G 310.61 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00633506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.009;QD=23.4422;RBI=0.00703351;REFB=0.0168834;REVB=0.00305568;RO=22;SAF=17;SAR=14;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138348;STB=0.576222;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0142355;OID=.;OPOS=134108925;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:14:17:8:14:14:17:8:14 chr9 134133539 . G T 650.2 PASS AF=1;AO=37;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307369;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.169;QD=61.9236;RBI=0.0437203;REFB=0;REVB=0.0310919;RO=0;SAF=27;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67388e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166563;OID=.;OPOS=134133539;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:37:42:1:10:27:0:0:11:31:0:0 chr9 134136416 . G A 114.62 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0318616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4508;QD=15.2825;RBI=0.0321635;REFB=-0.0376527;REVB=-0.00439636;RO=15;SAF=11;SAR=3;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193613;STB=0.527357;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.035605;OID=.;OPOS=134136416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:16:14:14:0.466667:3:11:12:3:3:11:12:4 chr9 134136515 . A G 763.5 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017846;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.492;QD=63.6249;RBI=0.0552663;REFB=0;REVB=-0.0523057;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045592;OID=.;OPOS=134136515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:24:23:0:0:25:23:0:0 chr9 134136677 . A G 654.75 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421191;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.878;QD=62.3568;RBI=0.0455872;REFB=0;REVB=-0.0174406;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.03333e-05;OID=.;OPOS=134136677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr9 134183379 . C T 1126.22 PASS AF=0.987342;AO=74;DP=77;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0314794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.068;QD=57.0238;RBI=0.0773406;REFB=-0.0857521;REVB=0.0706442;RO=2;SAF=46;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325921;STB=0.508472;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.00111942;OID=.;OPOS=134183379;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:77:79:2:1:74:78:0.987342:28:46:0:2:29:49:0:1 chr9 134183503 . T C 888.56 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0221377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.576;QD=56.4163;RBI=0.0534855;REFB=0.043923;REVB=0.048689;RO=1;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145261;STB=0.50769;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-4.82162e-05;OID=.;OPOS=134183503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:32:30:0:1:32:30:0:1 chr9 134346315 . T C 689.17 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9622;QD=62.6519;RBI=0.0559738;REFB=0;REVB=-0.0549063;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000769589;OID=.;OPOS=134346315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr9 134350323 . C G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.676;QD=49.599;RBI=0.0640927;REFB=0;REVB=0.0443316;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000496593;OID=.;OPOS=134350323;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr9 134350458 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00802183;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=123.723;QD=60.6102;RBI=0.0461418;REFB=0;REVB=0.0454392;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171319;OID=.;OPOS=134350458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr9 134350647 . T C 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00787659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.683;QD=55.6512;RBI=0.0199306;REFB=0;REVB=0.0183081;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167859;OID=.;OPOS=134350647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr9 134351065 . G T 169.17 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.151048;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=32.7789;QD=42.2929;RBI=0.164936;REFB=-0.0407911;REVB=0.0662453;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0198394;OID=.;OPOS=134351065;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:16:16:0:0:15:16:1:11:4:0:0:11:5:0:0 chr9 134373770 . G C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00661978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5853;QD=52.6123;RBI=0.0389492;REFB=0;REVB=-0.0383826;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000811888;OID=.;OPOS=134373770;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr9 134385436 . A G 501.64 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.984;QD=59.0161;RBI=0.0180537;REFB=0;REVB=-0.0025556;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000110465;OID=.;OPOS=134385436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:24:9:0:0:25:9:0:0 chr9 134386744 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00249216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.817;QD=59.4356;RBI=0.0409498;REFB=0;REVB=0.0408739;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106668;OID=.;OPOS=134386744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr9 134387488 . T C 360.01 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225758;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.795;QD=55.386;RBI=0.0226867;REFB=0;REVB=0.00224039;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353303;OID=.;OPOS=134387488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr9 134401335 . C T 284.1 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0512512;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6503;QD=49.4079;RBI=0.0591518;REFB=-0.156655;REVB=0.0295339;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517226;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0033234;OID=.;OPOS=134401335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:23:0:1:22:22:0.956522:14:8:0:0:14:8:0:1 chr9 134406071 . C G 200.47 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.022055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.347;QD=47.1703;RBI=0.0264602;REFB=0;REVB=0.0146191;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133455;OID=.;OPOS=134406071;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:10:6:0:0:11:6:0:0 chr9 134497321 . C T 282.9 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=59;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.00792601;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.567;QD=19.51;RBI=0.0194967;REFB=-0.030934;REVB=-0.0178129;RO=27;SAF=19;SAR=11;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312074;STB=0.679974;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.04628;OID=.;OPOS=134497321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:27:28:30:30:0.517241:11:19:7:20:11:19:7:21 chr9 134600816 . G A 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0368324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.122;QD=10.6346;RBI=0.0380462;REFB=0.00130362;REVB=0.00953373;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198042;STB=0.618767;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.00201554;OID=.;OPOS=134600816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:4:4:4:9:4:4:4:9 chr9 134658234 . G A 224.09 PASS AF=0.470588;AO=23;DP=50;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0328336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.313;QD=17.5755;RBI=0.0417207;REFB=-0.0116186;REVB=0.0257404;RO=27;SAF=4;SAR=19;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331487;STB=0.695465;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0111083;OID=.;OPOS=134658234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:27:27:23:24:0.470588:19:4:12:15:20:4:12:15 chr9 135102254 . C T 583.73 PASS AF=0.526786;AO=58;DP=111;FAO=59;FDP=112;FR=.;FRO=53;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.0112533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.106;QD=20.8475;RBI=0.0261155;REFB=-0.0289303;REVB=-0.0235666;RO=53;SAF=37;SAR=21;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142859;STB=0.510983;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0289205;OID=.;OPOS=135102254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:53:53:58:59:0.526786:21:37:33:20:21:38:33:20 chr9 135105944 . G A 160.45 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0204622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.145;QD=18.3369;RBI=0.0470367;REFB=-0.0148933;REVB=0.0423527;RO=18;SAF=11;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281066;STB=0.659813;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0250409;OID=.;OPOS=135105944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:6:11:6:12:6:11:6:12 chr9 135105964 . A G 518.01 PASS AF=0.973684;AO=28;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0163741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5847;QD=54.5271;RBI=0.0163744;REFB=0.128461;REVB=-9.00123e-05;RO=1;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251595;STB=0.513506;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00161405;OID=.;OPOS=135105964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:28:37:0.973684:18:10:0:1:18:19:0:1 chr9 135114365 . G A 734.23 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0302754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.901;QD=61.1862;RBI=0.0302928;REFB=-0.0228386;REVB=-0.00102568;RO=1;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268575;STB=0.51428;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00104597;OID=.;OPOS=135114365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:17:30:0:1:17:30:0:1 chr9 135139826 . T C 241.79 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204214;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.663;QD=50.9042;RBI=0.0280501;REFB=0;REVB=0.0192295;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305219;OID=.;OPOS=135139826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:5:13:0:0:5:14:0:0 chr9 135139901 . T C 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000234602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.609;QD=47.8195;RBI=0.0171984;REFB=0;REVB=0.0171968;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549345;OID=.;OPOS=135139901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr9 135172412 . A G 955.2 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.907;QD=58.7815;RBI=0.0229835;REFB=0;REVB=-0.00484701;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.45094e-05;OID=.;OPOS=135172412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr9 135173685 . T C 689.81 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00256937;FXX=0.020829;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.0538;QD=58.7072;RBI=0.0352229;REFB=-0.150461;REVB=-0.0351291;RO=2;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303064;STB=0.516122;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00403736;OID=.;OPOS=135173685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:30:15:0:2:30:15:0:2 chr9 135203838 . G A 372.22 PASS AF=0.645833;AO=31;DP=48;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0127508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.272;QD=31.018;RBI=0.0131848;REFB=-0.0240587;REVB=-0.00335501;RO=17;SAF=13;SAR=18;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720515;STB=0.539484;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0179572;OID=.;OPOS=135203838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:17:17:31:31:0.645833:18:13:9:8:18:13:9:8 chr9 135205006 . G C 104.24 PASS AF=0.371429;AO=12;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0194657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.988;QD=11.9128;RBI=0.033912;REFB=-0.0178249;REVB=-0.027769;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306025;STB=0.663562;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.01929;OID=.;OPOS=135205006;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:22:12:13:0.371429:6:6:4:15:6:7:6:16 chr9 135263573 . G T 725.41 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.017764;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2615;QD=54.7477;RBI=0.0235127;REFB=-0.0826528;REVB=0.0154041;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511107;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00125496;OID=.;OPOS=135263573;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:51:52:0.981132:29:22:0:0:30:22:1:0 chr9 135273607 . C G 455.38 PASS AF=0.55;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=80;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0162067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.711;QD=22.7692;RBI=0.0174192;REFB=-0.010177;REVB=-0.00638525;RO=36;SAF=29;SAR=15;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204255;STB=0.612624;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0116688;OID=.;OPOS=135273607;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:36:36:44:44:0.55:15:29:15:21:15:29:15:21 chr9 135276861 . G A 192.91 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0108327;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.07;QD=11.8714;RBI=0.0585168;REFB=-0.0166505;REVB=0.0575054;RO=41;SAF=11;SAR=13;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482706;STB=0.527863;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0225878;OID=.;OPOS=135276861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:41:41:24:24:0.369231:13:11:17:24:13:11:17:24 chr9 135277301 . A G 89.0 PASS AF=0.769231;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=13;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.013369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.139;QD=27.3837;RBI=0.0193221;REFB=-0.0392598;REVB=0.0139504;RO=3;SAF=9;SAR=1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394666;STB=0.729154;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0378761;OID=.;OPOS=135277301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:13:3:3:10:10:0.769231:1:9:1:2:1:9:1:2 chr9 135277341 . C A 61.59 PASS AF=0.615385;AO=7;DP=12;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0780315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.694;QD=18.9498;RBI=0.0787593;REFB=-0.0590951;REVB=0.0106826;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237226;STB=0.651766;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0436688;OID=.;OPOS=135277341;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:12:13:5:5:7:8:0.615385:2:5:2:3:2:6:2:3 chr9 135285840 . C T 65.31 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0262961;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6702;QD=9.67519;RBI=0.0512149;REFB=-0.0175845;REVB=-0.0439487;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.4213;STB=0.747591;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0349865;OID=.;OPOS=135285840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:28:27:18:18:9:9:0.333333:4:5:3:15:4:5:3:15 chr9 135296997 . TGAGAATCCTGGGTTCTCATGCTCTGGTTTCTCTTCAAATCGTATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAGATTTCTGTG T 50.0 PASS AO=60;DP=64;LEN=76;RO=4;SAF=30;SAR=30;SRF=2;SRR=2;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=135296998;OREF=GAGAATCCTGGGTTCTCATGCTCTGGTTTCTCTTCAAATCGTATAAATCTTTCGCCTTTTACTAAAGATTTCTGTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 1/1:99:64:4:60:30:30:2:2 chr9 135297013 . T TTCTC 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=395.577;QD=33.4285;RBI=0.0165326;REFB=0;REVB=0.0165326;RO=33;SAF=0;SAR=6;SRF=32;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.867071;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=9.94091e-05;OID=.;OPOS=135297014;OREF=-;OALT=TCTC;OMAPALT=TTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:39:6:6:0:0:6:0:0:4:33:0:6:32:1 chr9 135297016 . T G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.334;QD=33.4285;RBI=0.0110304;REFB=0;REVB=-0.0110304;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00023045;OID=.;OPOS=135297016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr9 135357713 . C T 196.73 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0182554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.304;QD=18.3002;RBI=0.0190747;REFB=-0.0105314;REVB=0.00553024;RO=20;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442434;STB=0.534849;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0202036;OID=.;OPOS=135357713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:23:20:20:0.465116:10:10:9:11:10:10:10:13 chr9 135374764 . G A,C 1025.66 PASS AF=0.957746,0.0422535;AO=67,4;DP=71;FAO=68,3;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36,3;FSAR=32,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472001,-0.0403305;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=185.47,12.6488;QD=57.7836;RBI=0.0576604,0.0839609;REFB=0,0;REVB=0.0331191,-0.0736403;RO=0;SAF=36,3;SAR=31,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000154967,0.177879;OID=.,.;OPOS=135374764,135374764;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:71:71:0:0:67,4:68,3:0.957746,0.0422535:31,1:36,3:0:0:32,0:36,3:0:0 chr9 135374898 . T C 2010.95 PASS AF=0.992366;AO=128;DP=129;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0162273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3928;QD=61.4029;RBI=0.0276303;REFB=0.0152112;REVB=-0.0223632;RO=1;SAF=69;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00798641;STB=0.504201;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.000308962;OID=.;OPOS=135374898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:129:131:1:1:128:130:0.992366:59:69:0:1:59:71:0:1 chr9 135448320 . C A 743.34 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238374;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.888;QD=61.945;RBI=0.0245429;REFB=0;REVB=0.00584241;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227383;OID=.;OPOS=135448320;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:46:48:1:31:15:0:0:31:17:0:0 chr9 135470414 . T C 1435.72 PASS AF=0.99;AO=98;DP=101;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000443985;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.98;QD=57.4288;RBI=0.00548946;REFB=-0.0496135;REVB=0.00547147;RO=1;SAF=60;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123176;STB=0.506492;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.000203427;OID=.;OPOS=135470414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:101:100:1:1:98:99:0.99:38:60:0:1:38:61:0:1 chr9 135521303 . C T 139.29 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=38;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.042953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5508;QD=14.2861;RBI=0.117905;REFB=-0.0470969;REVB=-0.109803;RO=23;SAF=12;SAR=3;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.481969;STB=0.787503;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0323458;OID=.;OPOS=135521303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:23:15:16:0.410256:3:12:8:15:3:13:8:15 chr9 135554566 . G A 251.42 PASS AF=0.426471;AO=28;DP=67;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00410196;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0294;QD=14.7892;RBI=0.0087847;REFB=-0.0213661;REVB=0.00776819;RO=38;SAF=12;SAR=16;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463095;STB=0.507671;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0288796;OID=.;OPOS=135554566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:38:39:28:29:0.426471:16:12:18:20:16:13:18:21 chr9 135763816 . C T 357.23 PASS AF=0.486842;AO=36;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0119358;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.605;QD=18.8013;RBI=0.0182028;REFB=-0.0171069;REVB=-0.0137433;RO=38;SAF=11;SAR=25;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143579;STB=0.575994;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0183756;OID=.;OPOS=135763816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:39:36:37:0.486842:25:11:17:21:25:12:18:21 chr9 135767185 . C T 391.5 PASS AF=0.482353;AO=35;DP=78;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00161522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.164;QD=18.4235;RBI=0.0190149;REFB=-0.0111815;REVB=0.0189462;RO=40;SAF=17;SAR=18;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611477;STB=0.578248;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0152524;OID=.;OPOS=135767185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:85:40:44:35:41:0.482353:18:17:22:18:23:18:26:18 chr9 135782221 . T C 186.79 PASS AF=0.5;AO=18;DP=37;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.12567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5368;QD=19.6625;RBI=0.138263;REFB=0.00790447;REVB=0.0576512;RO=19;SAF=2;SAR=16;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322625;STB=0.693627;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00188219;OID=.;OPOS=135782221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:19:19:18:19:0.5:16:2:6:13:17:2:6:13 chr9 135786904 . A G 396.35 PASS AF=0.622951;AO=38;DP=61;FAO=38;FDP=61;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0138506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.764;QD=25.9902;RBI=0.017017;REFB=-0.0132339;REVB=-0.00988639;RO=23;SAF=18;SAR=20;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269347;STB=0.514724;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0118683;OID=.;OPOS=135786904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:23:23:38:38:0.622951:20:18:10:13:20:18:10:13 chr9 135821099 . C T 141.86 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0962839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.734;QD=11.1263;RBI=0.0967972;REFB=-0.0192103;REVB=-0.00995502;RO=33;SAF=4;SAR=13;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137681;STB=0.575127;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0410222;OID=.;OPOS=135821099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:34:17:17:0.333333:13:4:11:22:13:4:11:23 chr9 135961809 . T C 538.47 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00701164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.871;QD=59.8299;RBI=0.0159263;REFB=0;REVB=0.0142998;RO=0;SAF=3;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89668e-05;OID=.;OPOS=135961809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:33:3:0:0:33:3:0:0 chr9 135968511 . C CTG 360.7 PASS AF=0.447059;AO=37;DP=86;FAO=38;FDP=85;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0052809;FXX=0.0229859;HRUN=2;LEN=2;MLLD=275.063;QD=16.9744;RBI=0.0136691;REFB=-0.0170032;REVB=-0.0126078;RO=45;SAF=18;SAR=19;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630451;STB=0.514918;STBP=0.809;TYPE=ins;VARB=0.0246876;OID=.;OPOS=135968512;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.447059:37:86:38:85:47:18:20:21:26:99:45:18:19:19:26 chr9 135974079 . G C 102.57 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0164003;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.161;QD=8.91921;RBI=0.0185375;REFB=-0.00533159;REVB=0.00864116;RO=33;SAF=8;SAR=5;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084448;STB=0.551644;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0179864;OID=.;OPOS=135974079;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:33:33:13:13:0.282609:5:8:18:15:5:8:18:15 chr9 135974100 . G A 101.53 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0217177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.72;QD=8.64048;RBI=0.0264398;REFB=0.000995772;REVB=0.0150799;RO=34;SAF=9;SAR=4;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13406;STB=0.582602;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.00305223;OID=.;OPOS=135974100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:34:34:13:13:0.276596:4:9:20:14:4:9:20:14 chr9 135985796 . C T 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0430996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3045;QD=18.4432;RBI=0.0547322;REFB=-0.0295651;REVB=0.0337349;RO=9;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0967735;STB=0.555457;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0239473;OID=.;OPOS=135985796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:5:6:6:3:5:6:6:3 chr9 136004699 . G A 209.33 PASS AF=0.361111;AO=26;DP=72;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.00553751;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.163;QD=11.6294;RBI=0.00559202;REFB=0.00115974;REVB=0.000778869;RO=46;SAF=10;SAR=16;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333704;STB=0.69122;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.0015505;OID=.;OPOS=136004699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:46:26:26:0.361111:16:10:32:14:16:10:32:14 chr9 136031346 . A G 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0269766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.006;QD=18.1184;RBI=0.0418052;REFB=-0.0288543;REVB=0.0319364;RO=20;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104911;STB=0.559813;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0258284;OID=.;OPOS=136031346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:11:7:10:10:11:7:10:10 chr9 136037742 . G A 159.58 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0223893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4386;QD=11.606;RBI=0.0426045;REFB=-0.0327491;REVB=0.0362472;RO=34;SAF=8;SAR=12;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459067;STB=0.537276;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0575145;OID=.;OPOS=136037742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:34:35:20:20:0.363636:12:8:15:19:12:8:16:19 chr9 136081283 . C T 54.49 PASS AF=0.113043;AO=13;DP=111;FAO=13;FDP=115;FR=.;FRO=102;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=72;FSRR=30;FWDB=0.00038723;FXX=0.0336106;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.1239;QD=1.89521;RBI=0.0223547;REFB=-0.0120076;REVB=-0.0223513;RO=98;SAF=5;SAR=8;SRF=70;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394361;STB=0.763934;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0636858;OID=.;OPOS=136081283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:111:115:98:102:13:13:0.113043:8:5:70:28:8:5:72:30 chr9 136081289 . T C 70.0 PASS AF=0.129032;AO=15;DP=124;FAO=16;FDP=124;FR=.;FRO=108;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=74;FSRR=34;FWDB=-0.0254445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.881;QD=2.25806;RBI=0.0349927;REFB=-0.00511442;REVB=-0.0240222;RO=104;SAF=7;SAR=8;SRF=73;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29613;STB=0.66111;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0270501;OID=.;OPOS=136081289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:124:124:104:108:15:16:0.129032:8:7:73:31:8:8:74:34 chr9 136081356 . T G 53.99 PASS AF=0.123711;AO=12;DP=97;FAO=12;FDP=97;FR=.;FRO=85;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=-0.0505032;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.746;QD=2.22643;RBI=0.0533064;REFB=-0.0035814;REVB=-0.0170589;RO=85;SAF=7;SAR=5;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00859814;STB=0.506163;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0526481;OID=.;OPOS=136081356;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:97:97:85:85:12:12:0.123711:5:7:49:36:5:7:49:36 chr9 136081362 . G A 66.61 PASS AF=0.147727;AO=12;DP=89;FAO=13;FDP=88;FR=.;FRO=75;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=43;FSRR=32;FWDB=-0.0503593;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.685;QD=3.02788;RBI=0.0509121;REFB=-0.00149458;REVB=-0.00748219;RO=75;SAF=8;SAR=4;SRF=43;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121199;STB=0.537147;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0405377;OID=.;OPOS=136081362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:89:88:75:75:12:13:0.147727:4:8:43:32:5:8:43:32 chr9 136083580 . T G 163.31 PASS AF=0.35;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00179961;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.475;QD=10.8876;RBI=0.0154496;REFB=-0.0124784;REVB=0.0153444;RO=39;SAF=5;SAR=16;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132892;STB=0.578234;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0229678;OID=.;OPOS=136083580;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:39:39:21:21:0.35:16:5:13:26:16:5:13:26 chr9 136131188 . C T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00119179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.096;QD=15.2625;RBI=0.0169126;REFB=-0.0196774;REVB=-0.0168706;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194659;STB=0.613455;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0275971;OID=.;OPOS=136131188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:9:4:8:8:9:4:8:8 chr9 136131289 . C T 154.97 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00181921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.933;QD=22.9579;RBI=0.00565453;REFB=-0.0210303;REVB=0.00535389;RO=9;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0045353;STB=0.544131;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0143989;OID=.;OPOS=136131289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:9:11:16:16:0.592593:9:7:4:5:9:7:6:5 chr9 136131315 . C G 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0162545;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=261.877;QD=19.3434;RBI=0.0173494;REFB=-0.00161678;REVB=0.00606576;RO=18;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492501;STB=0.527919;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00142765;OID=.;OPOS=136131315;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:8:10:9:9:8:10:9:9 chr9 136131322 . G T 176.66 PASS AF=0.529412;AO=17;DP=32;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0295846;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.223;QD=20.7832;RBI=0.0307165;REFB=-0.0135227;REVB=0.00826163;RO=15;SAF=11;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208164;STB=0.582689;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.00896398;OID=.;OPOS=136131322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:15:16:17:18:0.529412:6:11:6:9:7:11:7:9 chr9 136131347 . G A 194.82 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0101788;FXX=0.020404;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.061;QD=16.2347;RBI=0.0275074;REFB=-0.00433924;REVB=0.0255548;RO=27;SAF=10;SAR=10;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243613;STB=0.6457;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0110756;OID=.;OPOS=136131347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:27:28:20:20:0.416667:10:10:20:7:10:10:21:7 chr9 136131415 . C T 249.59 PASS AF=0.491228;AO=27;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0007583;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9202;QD=17.5154;RBI=0.0470087;REFB=-0.0412375;REVB=0.0470026;RO=25;SAF=19;SAR=8;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273289;STB=0.638967;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0391449;OID=.;OPOS=136131415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:29:27:28:0.491228:8:19:10:15:9:19:12:17 chr9 136131437 . C T 182.98 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0387011;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3959;QD=14.3515;RBI=0.0387016;REFB=0.0021999;REVB=0.000191584;RO=29;SAF=9;SAR=12;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192667;STB=0.618674;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00185612;OID=.;OPOS=136131437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:29:30:21:21:0.411765:12:9:18:11:12:9:19:11 chr9 136131461 . G A 272.76 PASS AF=0.54717;AO=28;DP=54;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00224237;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4532;QD=20.586;RBI=0.0367901;REFB=-0.00141376;REVB=0.0367217;RO=24;SAF=18;SAR=10;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256721;STB=0.646495;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00385476;OID=.;OPOS=136131461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:24:24:28:29:0.54717:10:18:8:16:10:19:8:16 chr9 136131472 . A T 203.38 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0488552;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.829;QD=15.6447;RBI=0.0506869;REFB=-0.0111235;REVB=-0.0135027;RO=29;SAF=7;SAR=16;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314411;STB=0.678959;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0209794;OID=.;OPOS=136131472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:29:29:23:23:0.442308:16:7:18:11:16:7:18:11 chr9 136131592 . G C 423.21 PASS AF=0.577465;AO=41;DP=71;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0238952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.119;QD=23.843;RBI=0.0261343;REFB=-0.0281912;REVB=-0.0105841;RO=29;SAF=17;SAR=24;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276321;STB=0.50638;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.022201;OID=.;OPOS=136131592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:29:30:41:41:0.577465:24:17:11:18:24:17:12:18 chr9 136132873 . T C 1172.66 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0419858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.952;QD=60.9177;RBI=0.0422952;REFB=0;REVB=0.00510578;RO=0;SAF=28;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2284e-05;OID=.;OPOS=136132873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:48:28:0:0:48:29:0:0 chr9 136132907 . GT GTC,TC 246.95 PASS AF=0.464286,0.0357143;AO=24,3;DP=58;FAO=26,2;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=5,0;FSAR=21,2;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.0231518,0.0294507;FXX=0.0175408;HRUN=0,4;LEN=1,2;MLLD=276.863,271.672;QD=17.6395;RBI=0.0292247,0.03616;REFB=-0.0125553,-0.0124399;REVB=0.0178348,0.0209811;RO=28;SAF=5,0;SAR=19,3;SRF=6;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00853146,-0.459277;STB=0.517923,0.992096;STBP=0.851,0.369;TYPE=ins,mnp;VARB=0.011114,0.00714608;OID=.,.;OPOS=136132909,136132907;OREF=-,GT;OALT=C,TC;OMAPALT=GTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:28:28:24,3:26,2:0.464286,0.0357143:19,3:5,0:6:22:21,2:5,0:6:22 chr9 136133506 . A G 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=0.004865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.877;QD=12.9747;RBI=0.0224493;REFB=-0.000199354;REVB=-0.0219158;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=15;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.450197;STB=0.765276;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.000379185;OID=.;OPOS=136133506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:17:18:12:12:0.4:7:5:15:2:7:5:16:2 chr9 136135237 . AT GC 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0055616;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=128.585;QD=20.6011;RBI=0.0387524;REFB=-0.00408522;REVB=-0.0383512;RO=19;SAF=15;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267648;STB=0.652011;STBP=0.08;TYPE=mnp;VARB=0.00422785;OID=.;OPOS=136135237;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:5:15:9:10:5:15:9:10 chr9 136136770 . A C 121.31 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00297902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.8706;QD=9.70469;RBI=0.0352463;REFB=-0.00662507;REVB=-0.0351202;RO=31;SAF=1;SAR=14;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.652604;STB=0.916056;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0170233;OID=.;OPOS=136136770;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:35:15:15:0.3:14:1:17:14:14:1:21:14 chr9 136177993 . G A 219.82 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.00114599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.311;QD=11.8821;RBI=0.0159887;REFB=-0.00168547;REVB=-0.0159476;RO=47;SAF=11;SAR=16;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.052767;STB=0.530376;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00390091;OID=.;OPOS=136177993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:16:11:17:30:16:11:17:30 chr9 136199466 . G A 568.16 PASS AF=0.444444;AO=59;DP=136;FAO=60;FDP=135;FR=.;FRO=75;FSAF=37;FSAR=23;FSRF=48;FSRR=27;FWDB=0.0160485;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.639;QD=16.8343;RBI=0.0229339;REFB=-0.0287767;REVB=-0.0163832;RO=75;SAF=37;SAR=22;SRF=48;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138608;STB=0.513793;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0368218;OID=.;OPOS=136199466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:75:75:59:60:0.444444:22:37:48:27:23:37:48:27 chr9 136199503 . G A 553.19 PASS AF=0.408163;AO=60;DP=148;FAO=60;FDP=147;FR=.;FRO=87;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=58;FSRR=29;FWDB=-0.0079373;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7093;QD=15.0529;RBI=0.0132964;REFB=-0.0203815;REVB=-0.0106674;RO=86;SAF=34;SAR=26;SRF=57;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104488;STB=0.561219;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0429571;OID=.;OPOS=136199503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:86:87:60:60:0.408163:26:34:57:29:26:34:58:29 chr9 136219594 . G A 237.48 PASS AF=0.4;AO=27;DP=69;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0106886;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.003;QD=13.57;RBI=0.0284426;REFB=0.00167693;REVB=-0.0263579;RO=42;SAF=14;SAR=13;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00562994;STB=0.507167;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.000643099;OID=.;OPOS=136219594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:42:42:27:28:0.4:13:14:22:20:13:15:22:20 chr9 136227260 . A G 470.07 PASS AF=0.485437;AO=47;DP=100;FAO=50;FDP=103;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.0185043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.64;QD=18.2552;RBI=0.040559;REFB=-0.0354273;REVB=0.0360919;RO=52;SAF=17;SAR=30;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0802039;STB=0.552049;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0384886;OID=.;OPOS=136227260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:103:52:53:47:50:0.485437:30:17:23:29:33:17:23:30 chr9 136229833 . C G 437.21 PASS AF=0.583333;AO=42;DP=72;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0741297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6429;QD=24.2894;RBI=0.0769987;REFB=-0.0507556;REVB=0.0208231;RO=30;SAF=22;SAR=20;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686447;STB=0.537631;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0387563;OID=.;OPOS=136229833;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:30:30:42:42:0.583333:20:22:13:17:20:22:13:17 chr9 136268038 . C T 558.51 PASS AF=0.491525;AO=58;DP=117;FAO=58;FDP=118;FR=.;FRO=60;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.00551244;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7654;QD=18.9325;RBI=0.0272114;REFB=-0.0318036;REVB=0.0266472;RO=57;SAF=36;SAR=22;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211138;STB=0.612637;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0279657;OID=.;OPOS=136268038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:57:60:58:58:0.491525:22:36:22:35:22:36:24:36 chr9 136277480 . A G 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.961;QD=60.978;RBI=0.0572152;REFB=0;REVB=0.0529777;RO=0;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179123;OID=.;OPOS=136277480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:15:24:0:0:15:24:0:0 chr9 136291063 . C T 1090.38 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0159009;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.951;QD=57.3884;RBI=0.0379645;REFB=-0.00403437;REVB=0.0344741;RO=2;SAF=44;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210174;STB=0.511108;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.000102803;OID=.;OPOS=136291063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:30:44:2:0:30:44:2:0 chr9 136295284 . T TC 331.07 PASS AF=1;AO=8;DP=59;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.238982;FXX=0.0169463;HRUN=5;LEN=1;MLLD=7.43173;QD=22.8322;RBI=0.244003;REFB=0;REVB=0.049247;RO=51;SAF=6;SAR=2;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.472515;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000173686;OID=.;OPOS=136295285;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:59:58:58:0:22:36:0:0:7:51:6:2:17:34 chr9 136295290 . A C 779.12 PASS AF=1;AO=52;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298102;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=29.3679;QD=51.9412;RBI=0.0634913;REFB=0.0232754;REVB=0.056058;RO=2;SAF=21;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00695;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00272579;OID=.;OPOS=136295290;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:60:60:2:0:52:60:1:31:21:1:1:37:23:0:0 chr9 136304497 . A G 772.84 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=2.89271e-05;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8866;QD=63.0893;RBI=0.0266894;REFB=0;REVB=-0.0266894;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573275;OID=.;OPOS=136304497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:18:29:0:0:18:31:0:0 chr9 136308542 . C T 1147.47 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634871;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6051;QD=60.3931;RBI=0.0637669;REFB=0;REVB=-0.00596648;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000578754;OID=.;OPOS=136308542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:44:31:0:0:44:32:0:0 chr9 136328657 . T C 508.37 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0978965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.989;QD=56.4852;RBI=0.104087;REFB=0.0542453;REVB=0.0353614;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.511105;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.000728966;OID=.;OPOS=136328657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:22:13:0:0:22:13:0:1 chr9 136340199 . GT G,GG 522.05 PASS AF=0.0277778,0.972222;AO=9,28;DP=37;FAO=1,35;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=1,15;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103194,0.00734709;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=179.176,190.677;QD=58.0052;RBI=0.106267,0.103545;REFB=0,0;REVB=0.105764,0.103284;RO=0;SAF=1,15;SAR=8,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0143789,0.00271846;OID=.,.;OPOS=136340200,136340200;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0277778,0.972222:9,28:37:1,35:36:0:1,15:0,20:0:0:5:0:1,15:8,13:0:0 chr9 136379890 . A G 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0332857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.221;QD=9.47554;RBI=0.0332933;REFB=0.00118608;REVB=0.000713365;RO=21;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101142;STB=0.561915;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=-0.00385682;OID=.;OPOS=136379890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:7:3:8:13:7:3:8:13 chr9 136412170 . C T 197.62 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00540149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.146;QD=18.8209;RBI=0.00549475;REFB=-0.0294638;REVB=0.00100803;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041964;STB=0.523786;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0298664;OID=.;OPOS=136412170;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:10:10:12:10:10:10:12:10 chr9 136412236 . A T 260.54 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00940486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.689;QD=18.9485;RBI=0.00997211;REFB=-0.00475596;REVB=0.00331534;RO=27;SAF=12;SAR=16;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795805;STB=0.544471;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00435786;OID=.;OPOS=136412236;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:16:12:14:13:16:12:14:13 chr9 136412255 . A C 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00607925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.574;QD=18.0871;RBI=0.0255655;REFB=-0.00706787;REVB=-0.0248322;RO=27;SAF=11;SAR=15;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.053717;STB=0.530168;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00789073;OID=.;OPOS=136412255;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:15:11:13:14:15:11:13:14 chr9 136518097 . A G 1331.89 PASS AF=0.957895;AO=85;DP=86;FAO=91;FDP=95;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0214527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.058;QD=56.0796;RBI=0.0216521;REFB=-0.0557046;REVB=-0.00293235;RO=1;SAF=52;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141381;STB=0.50258;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00642993;OID=.;OPOS=136518097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:86:95:1:4:85:91:0.957895:33:52:0:1:40:51:2:2 chr9 136536679 . G A 651.05 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.743;QD=62.0045;RBI=0.0983944;REFB=0;REVB=0.096125;RO=0;SAF=27;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531051;OID=.;OPOS=136536679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:15:27:0:0:15:27:0:0 chr9 136536793 . C G 738.82 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0134422;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=67.4089;QD=54.7276;RBI=0.0141211;REFB=-0.161126;REVB=-0.00432585;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00200015;OID=.;OPOS=136536793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:28:25:0:0:28:25:0:1 chr9 136555629 . T C 192.01 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0173941;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.343;QD=20.2117;RBI=0.026537;REFB=-0.0388323;REVB=0.0200414;RO=19;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229316;STB=0.629295;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0263215;OID=.;OPOS=136555629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:19:19:19:19:0.5:11:8:13:6:11:8:13:6 chr9 136559460 . C T 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.040996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.331;QD=17.8402;RBI=0.0423977;REFB=0.0103329;REVB=0.010812;RO=14;SAF=1;SAR=13;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.6086;STB=0.859646;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00586996;OID=.;OPOS=136559460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:13:1:8:6:13:1:8:6 chr9 136628770 . T C 257.49 PASS AF=0.426471;AO=24;DP=67;FAO=29;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0257291;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.811;QD=15.1462;RBI=0.0276312;REFB=-0.0140526;REVB=0.0100744;RO=29;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978671;STB=0.502536;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0301266;OID=.;OPOS=136628770;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:29:39:24:29:0.426471:13:11:13:16:15:14:19:20 chr9 137005023 . C T 523.02 PASS AF=0.505051;AO=50;DP=99;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0232625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.509;QD=21.1322;RBI=0.0326195;REFB=-0.0504994;REVB=0.0228667;RO=49;SAF=28;SAR=22;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010392;STB=0.505745;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0439163;OID=.;OPOS=137005023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:49:49:50:50:0.505051:22:28:28:21:22:28:28:21 chr9 137271318 . C A 668.58 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0352958;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=77.9338;QD=59.4294;RBI=0.0478801;REFB=-0.0545583;REVB=0.0323529;RO=1;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229007;STB=0.51219;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00143889;OID=.;OPOS=137271318;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:44:45:1:1:43:44:0.977778:20:23:0:1:20:24:0:1 chr9 137330560 . C T 518.53 PASS AF=1;AO=32;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0782769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.511;QD=59.2601;RBI=0.0801289;REFB=0;REVB=0.017128;RO=0;SAF=6;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549634;OID=.;OPOS=137330560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:32:35:1:26:6:0:0:26:9:0:0 chr9 137332311 . T G 1742.72 PASS AF=1;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122731;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.131;QD=61.1481;RBI=0.0658582;REFB=0;REVB=0.0647045;RO=0;SAF=49;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29464e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279998;OID=.;OPOS=137332311;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:114:0:0:114:114:1:65:49:0:0:65:49:0:0 chr9 137619195 . C T 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00410318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.35;QD=26.6376;RBI=0.0426423;REFB=-0.0185669;REVB=0.0424444;RO=8;SAF=7;SAR=9;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115989;STB=0.564438;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0105563;OID=.;OPOS=137619195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:8:8:16:16:0.666667:9:7:2:6:9:7:2:6 chr9 137630587 . T C 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0144311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7928;QD=5.37712;RBI=0.0460144;REFB=0.0156369;REVB=0.0436929;RO=25;SAF=1;SAR=6;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.511756;STB=0.840106;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.0490824;OID=.;OPOS=137630587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:6:1:14:11:6:1:14:11 chr9 137676843 . C T 164.81 PASS AF=0.387755;AO=18;DP=51;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00463338;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.191;QD=13.4535;RBI=0.00553326;REFB=-0.000619525;REVB=0.00302469;RO=29;SAF=7;SAR=11;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137967;STB=0.602511;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00101011;OID=.;OPOS=137676843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:29:30:18:19:0.387755:11:7:15:14:12:7:16:14 chr9 137686906 . C T 268.96 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0180014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.095;QD=16.5517;RBI=0.0242075;REFB=-0.0153923;REVB=-0.016185;RO=35;SAF=17;SAR=13;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118506;STB=0.566376;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0159616;OID=.;OPOS=137686906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:13:17:24:11:13:17:24:11 chr9 137690318 . A T 162.24 PASS AF=0.551724;AO=15;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0102844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5556;QD=22.3772;RBI=0.0535895;REFB=-0.00259204;REVB=0.0525934;RO=8;SAF=3;SAR=12;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151007;STB=0.633959;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00428392;OID=.;OPOS=137690318;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:29:29:8:12:15:16:0.551724:12:3:3:5:13:3:5:7 chr9 137707834 . G A 326.15 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.00530994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.22;QD=20.0705;RBI=0.00989353;REFB=-0.0110058;REVB=0.00834785;RO=31;SAF=14;SAR=20;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140698;STB=0.577692;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0130216;OID=.;OPOS=137707834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:20:14:8:23:20:14:8:23 chr9 137708934 . T G 150.08 PASS AF=0.461538;AO=15;DP=36;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0291699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2588;QD=15.3927;RBI=0.0301215;REFB=-0.00451765;REVB=0.00751117;RO=20;SAF=11;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297472;STB=0.68605;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0210212;OID=.;OPOS=137708934;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:39:20:21:15:18:0.461538:4:11:9:11:4:14:10:11 chr9 137711997 . G C 164.59 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0944176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.3517;QD=11.3508;RBI=0.0944641;REFB=-0.0167837;REVB=0.00296473;RO=36;SAF=6;SAR=15;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356193;STB=0.714082;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0255766;OID=.;OPOS=137711997;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:36:37:21:21:0.362069:15:6:22:14:15:6:23:14 chr9 137735592 . G A 327.32 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0274304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.916;QD=17.6927;RBI=0.027831;REFB=-0.0178851;REVB=-0.00470511;RO=38;SAF=13;SAR=22;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295211;STB=0.50705;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0225297;OID=.;OPOS=137735592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:38:39:35:35:0.472973:22:13:13:25:22:13:14:25 chr9 137775139 . A G 340.9 PASS AF=0.493151;AO=35;DP=72;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0383254;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4576;QD=18.6797;RBI=0.126004;REFB=0.00287156;REVB=-0.120034;RO=37;SAF=18;SAR=17;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491867;STB=0.520264;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.00611727;OID=.;OPOS=137775139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:37:37:35:36:0.493151:17:18:21:16:17:19:21:16 chr9 137775155 . T C 299.78 PASS AF=0.507937;AO=33;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0084869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.077;QD=19.0333;RBI=0.0120123;REFB=0.00317964;REVB=-0.00850104;RO=30;SAF=16;SAR=17;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442793;STB=0.508469;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.00325348;OID=.;OPOS=137775155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:31:33:32:0.507937:17:16:13:17:17:15:14:17 chr9 137775212 . G A 194.86 PASS AF=0.444444;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0145724;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.301;QD=17.3208;RBI=0.111388;REFB=0.0325812;REVB=0.11043;RO=24;SAF=6;SAR=14;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819599;STB=0.538422;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=-0.0423331;OID=.;OPOS=137775212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:20:20:0.444444:14:6:9:15:14:6:9:16 chr9 137779026 . C T 346.17 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00537107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.797;QD=19.5026;RBI=0.0270379;REFB=-0.000849287;REVB=0.0264991;RO=35;SAF=27;SAR=9;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187633;STB=0.60498;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.000773868;OID=.;OPOS=137779026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:35:35:36:36:0.507042:9:27:20:15:9:27:20:15 chr9 137801314 . A G 715.15 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0846433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.755;QD=57.2117;RBI=0.0856659;REFB=-0.0209299;REVB=-0.0131966;RO=3;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0721518;STB=0.538445;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00658957;OID=.;OPOS=137801314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:50:50:3:3:47:47:0.94:18:29:0:3:18:29:0:3 chr9 137801416 . T C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.2632;QD=56.1908;RBI=0.0161762;REFB=0;REVB=0.00397865;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021744;OID=.;OPOS=137801416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr9 137801800 . T C 1414.61 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7768;QD=62.8715;RBI=0.0131062;REFB=0;REVB=-0.00729033;RO=0;SAF=41;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85168e-05;OID=.;OPOS=137801800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:49:41:0:0:49:41:0:0 chr9 137804360 . A G 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.040076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3168;QD=45.8035;RBI=0.105856;REFB=0;REVB=-0.0979763;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00579962;OID=.;OPOS=137804360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr9 137809685 . C A 63.08 PASS AF=0.3;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0119344;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=165.306;QD=8.41102;RBI=0.0169702;REFB=-0.0116117;REVB=0.0120647;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325653;STB=0.522338;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.03176;OID=.;OPOS=137809685;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:30:19:21:9:9:0.3:4:5:10:9:4:5:11:10 chr9 137968919 . G GAA 1140.46 PASS AF=1;AO=68;DP=78;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00799999;FXX=0.0259707;HRUN=0;LEN=2;MLLD=244.346;QD=60.8244;RBI=0.0334867;REFB=0;REVB=0.0325171;RO=1;SAF=35;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133132;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=2.96171e-05;OID=.;OPOS=137968920;OREF=-;OALT=AA;OMAPALT=GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:68:78:75:75:0:38:37:0:0:6:1:35:33:1:0 chr9 137978552 . A G 785.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00493088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0104;QD=64.151;RBI=0.0113036;REFB=0;REVB=-0.0101715;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.43667e-05;OID=.;OPOS=137978552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr9 137982127 . T C 1011.1 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-8.18245e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.43;QD=58.6142;RBI=0.042809;REFB=0;REVB=0.0428089;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262866;OID=.;OPOS=137982127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:33:34:0:0:34:35:0:0 chr9 138236212 . T G 1224.37 PASS AF=0.987805;AO=73;DP=75;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00151763;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.489;QD=59.7256;RBI=0.0202371;REFB=0.00643245;REVB=0.0201801;RO=0;SAF=20;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504201;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-2.10765e-05;OID=.;OPOS=138236212;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:82:0:1:73:81:0.987805:53:20:0:0:59:22:0:1 chr9 138376649 . T C 340.67 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3047;QD=54.5073;RBI=0.0636506;REFB=0;REVB=0.0595902;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00212001;OID=.;OPOS=138376649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr9 138376972 . A G 207.1 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168649;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.483;QD=48.7293;RBI=0.0580879;REFB=0;REVB=-0.0555858;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153714;OID=.;OPOS=138376972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr9 138377657 . T C,G 1248.89 PASS AF=0.97561,0.0243902;AO=78,3;DP=81;FAO=80,2;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=45,1;FSAR=35,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160911,-0.01756;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=147.771,63.3563;QD=60.9214;RBI=0.0688019,0.0213779;REFB=0,0;REVB=0.0668938,-0.0121927;RO=0;SAF=45,1;SAR=33,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000924534,0.0294179;OID=.,.;OPOS=138377657,138377657;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:81:82:0:0:78,3:80,2:0.97561,0.0243902:33,2:45,1:0:0:35,1:45,1:0:0 chr9 138377852 . TA T,TG 697.13 PASS AF=0.0222222,0.977778;AO=5,40;DP=46;FAO=1,44;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=1,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0652769,0.0106023;FXX=0.0217344;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=102.9,125.406;QD=61.9671;RBI=0.0687528,0.0341322;REFB=0,0;REVB=0.0215842,0.0324438;RO=0;SAF=0,24;SAR=5,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0235742,0.00519049;OID=.,.;OPOS=138377853,138377853;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0222222,0.977778:5,40:46:1,44:45:0:0,24:1,20:0:0:7:0:0,24:5,16:0:0 chr9 138377915 . G A 117.3 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0257008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9646;QD=21.327;RBI=0.0378473;REFB=-0.017127;REVB=-0.0277829;RO=9;SAF=10;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0972524;STB=0.555466;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0124395;OID=.;OPOS=138377915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:3:10:6:3:3:10:6:3 chr9 138378856 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.651;QD=57.5445;RBI=0.0596311;REFB=0;REVB=-0.0497109;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.8314e-05;OID=.;OPOS=138378856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr9 138379002 . T G 306.25 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.675;QD=53.2611;RBI=0.059333;REFB=0;REVB=-0.0500742;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.99068e-05;OID=.;OPOS=138379002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr9 138379059 . G T 302.97 PASS AF=0.641026;AO=20;DP=39;FAO=25;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0175728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.2419;QD=31.0733;RBI=0.140554;REFB=-0.0656282;REVB=0.139451;RO=12;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116779;STB=0.505613;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0461704;OID=.;OPOS=138379059;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:39:39:12:12:20:25:0.641026:12:8:5:7:15:10:5:7 chr9 138379419 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0707839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.971;QD=13.4856;RBI=0.0806381;REFB=-0.0271195;REVB=0.0386284;RO=11;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0937493;STB=0.555432;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0231851;OID=.;OPOS=138379419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:5:4:6:5:5:4:6:5 chr9 138380264 . T C 123.14 PASS AF=0.466667;AO=13;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0251963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.799;QD=16.418;RBI=0.0265393;REFB=-0.0171319;REVB=-0.00833543;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503595;STB=0.526279;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0279696;OID=.;OPOS=138380264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:16:13:14:0.466667:9:4:6:11:9:5:5:11 chr9 138380334 . T C 204.23 PASS AF=0.555556;AO=18;DP=34;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00403529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.246;QD=22.6916;RBI=0.00551196;REFB=-0.0291489;REVB=-0.00375475;RO=16;SAF=4;SAR=14;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163633;STB=0.605944;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0278987;OID=.;OPOS=138380334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:36:16:16:18:20:0.555556:14:4:6:10:16:4:6:10 chr9 138380593 . G T 54.62 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0174658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.278;QD=9.10394;RBI=0.0416997;REFB=-0.0215959;REVB=0.0378657;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178816;STB=0.583131;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0365578;OID=.;OPOS=138380593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:15:16:8:8:0.333333:4:4:5:10:4:4:6:10 chr9 138391299 . T A 103.89 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=37;FAO=12;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00390056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.515;QD=11.5435;RBI=0.00422435;REFB=-0.00620809;REVB=-0.00162197;RO=22;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351349;STB=0.569262;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0546396;OID=.;OPOS=138391299;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:37:36:22:23:8:12:0.333333:2:6:10:12:5:7:11:12 chr9 138440525 . C G 309.44 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=0.0149136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.511;QD=17.1911;RBI=0.0171975;REFB=-0.00815294;REVB=0.00856385;RO=38;SAF=19;SAR=15;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122203;STB=0.568143;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0163699;OID=.;OPOS=138440525;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:15:19:26:12:15:19:26:12 chr9 138440527 . T C 289.62 PASS AF=0.450704;AO=31;DP=70;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0326588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.662;QD=16.3164;RBI=0.0326592;REFB=-0.0054847;REVB=0.000147879;RO=38;SAF=19;SAR=12;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469577;STB=0.509428;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0107165;OID=.;OPOS=138440527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:38:39:31:32:0.450704:12:19:25:13:12:20:25:14 chr9 138440641 . T C 733.23 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.68;QD=55.3379;RBI=0.0291576;REFB=0;REVB=0.00454665;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.29559e-05;OID=.;OPOS=138440641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:25:27:0:0:26:27:0:0 chr9 138456155 . C A 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00582033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.178;QD=16.6158;RBI=0.0105221;REFB=-0.0154992;REVB=-0.00876572;RO=21;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00979338;STB=0.505611;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0181239;OID=.;OPOS=138456155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:12:5:6:15:12:5:6:15 chr9 138457475 . CT C 103.75 PASS AF=0.368421;AO=13;DP=40;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0548045;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.74;QD=10.9214;RBI=0.0554423;REFB=7.04835e-05;REVB=-0.00838583;RO=24;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207314;STB=0.546155;STBP=0.709;TYPE=del;VARB=5.40138e-05;OID=.;OPOS=138457476;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:13:40:14:38:24:5:9:7:17:99:24:4:9:7:17 chr9 138458462 . C T 466.54 PASS AF=0.410853;AO=53;DP=128;FAO=53;FDP=129;FR=.;FRO=76;FSAF=13;FSAR=40;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=0.0813868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6156;QD=14.4663;RBI=0.0825241;REFB=0.00409227;REVB=0.0136536;RO=75;SAF=13;SAR=40;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31401;STB=0.682038;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00447767;OID=.;OPOS=138458462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:75:76:53:53:0.410853:40:13:39:36:40:13:40:36 chr9 138458570 . C T 652.59 PASS AF=0.457516;AO=72;DP=155;FAO=70;FDP=153;FR=.;FRO=83;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=50;FSRR=33;FWDB=0.00516806;FXX=0.0129024;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.004;QD=17.0611;RBI=0.00809692;REFB=-0.010301;REVB=-0.00623308;RO=81;SAF=36;SAR=36;SRF=49;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100407;STB=0.547962;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0132465;OID=.;OPOS=138458570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:153:81:83:72:70:0.457516:36:36:49:32:34:36:50:33 chr9 138516346 . CA C,CC 245.24 PASS AF=0.490909,0;AO=22,4;DP=57;FAO=27,0;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=11,0;FSAR=16,0;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0607293,0.0619674;FXX=0.0517152;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=227.075,223.188;QD=17.8358;RBI=0.0607711,0.0619898;REFB=-0.0257266,-0.0255579;REVB=-0.00225329,-0.00166773;RO=29;SAF=6,4;SAR=16,0;SRF=11;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.124398,0.658353;STB=0.526741,0.5;STBP=0.711,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0292793,0;OID=.,.;OPOS=138516347,138516347;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.490909,0:22,4:57:27,0:55:28:11,0:16,0:10:18:99:29:6,4:16,0:11:18 chr9 138518010 . A G 1062.82 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.752;QD=59.8771;RBI=0.0251669;REFB=0;REVB=0.0190935;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82262e-05;OID=.;OPOS=138518010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:37:33:0:0:37:34:0:0 chr9 138523332 . C A 1107.93 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0048294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.91;QD=59.8879;RBI=0.0335604;REFB=0;REVB=0.0332111;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.03876e-05;OID=.;OPOS=138523332;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:74:0:0:71:74:1:40:31:0:0:42:32:0:0 chr9 138586198 . G A 266.69 PASS AF=0.92;AO=20;DP=26;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00866516;FXX=0.0384468;HRUN=6;LEN=1;MLLD=220.136;QD=42.6698;RBI=0.0365857;REFB=0.0405828;REVB=0.0355447;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.518202;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.000637643;OID=.;OPOS=138586198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:26:25:0:2:20:23:0.92:6:14:0:0:7:16:1:1 chr9 138586966 . GC AA 1010.5 PASS AF=1;AO=66;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160528;FXX=0.0144907;HRUN=4;LEN=2;MLLD=128.45;QD=59.4411;RBI=0.0224986;REFB=0;REVB=0.0157637;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00105433;OID=.;OPOS=138586966;OREF=GC;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:66:68:1:40:26:0:0:41:27:0:0 chr9 138590928 . C T 98.01 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0221523;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.2579;QD=14.0015;RBI=0.0234116;REFB=-0.0258804;REVB=-0.00757495;RO=16;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0955706;STB=0.555467;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0228614;OID=.;OPOS=138590928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:4:8:12:4:4:8:12:4 chr9 138591266 . A G 186.67 PASS AF=0.423077;AO=20;DP=50;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.00547902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.561;QD=14.3592;RBI=0.0114205;REFB=-0.00351172;REVB=-0.0100204;RO=28;SAF=2;SAR=18;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.562997;STB=0.798011;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00765135;OID=.;OPOS=138591266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:28:30:20:22:0.423077:18:2:15:13:19:3:17:13 chr9 138644203 . T C 198.35 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0659148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5226;QD=44.0778;RBI=0.0663424;REFB=-0.0125763;REVB=0.00752065;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533294;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.000419671;OID=.;OPOS=138644203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:7:10:0:0:7:10:0:1 chr9 138662273 . G A 623.67 PASS AF=0.534483;AO=62;DP=115;FAO=62;FDP=116;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=0.00636536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.84;QD=21.5057;RBI=0.00802136;REFB=-0.0274104;REVB=0.00488103;RO=52;SAF=18;SAR=44;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548221;STB=0.533759;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0235673;OID=.;OPOS=138662273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:52:54:62:62:0.534483:44:18:18:34:44:18:19:35 chr9 138817000 . T C 45.54 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0606633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7927;QD=26.0249;RBI=0.0668295;REFB=-0.032259;REVB=0.0280383;RO=1;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962265;STB=0.555378;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00477904;OID=.;OPOS=138817000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:2:4:1:0:2:4:1:0 chr9 138817003 . C G 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0707719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.152;QD=26.0262;RBI=0.076922;REFB=0.0085364;REVB=0.0301384;RO=1;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962265;STB=0.555378;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00165127;OID=.;OPOS=138817003;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:2:4:1:0:2:4:1:0 chr9 138838140 . T C 374.96 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.143;QD=55.5491;RBI=0.0181784;REFB=0;REVB=-0.00989142;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42673e-05;OID=.;OPOS=138838140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr9 138898893 . C G 1010.43 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00935823;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.692;QD=59.4372;RBI=0.0478885;REFB=0;REVB=0.0469652;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010971;OID=.;OPOS=138898893;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr9 138899253 . G GCA 45.45 PASS AF=0.857143;AO=5;DP=8;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0231742;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=50.3474;QD=25.9717;RBI=0.0296878;REFB=0.00113372;REVB=-0.0185558;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165639;STB=0.599655;STBP=0.252;TYPE=ins;VARB=-0.00330256;OID=.;OPOS=138899254;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:5:8:6:7:1:2:4:1:0:6:3:2:3:2:1 chr9 139100805 . T C 312.57 PASS AF=0.492754;AO=32;DP=68;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0275979;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.529;QD=18.1199;RBI=0.0280067;REFB=-0.00915415;REVB=-0.00476728;RO=31;SAF=16;SAR=16;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712517;STB=0.521428;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00840504;OID=.;OPOS=139100805;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:31:35:32:34:0.492754:16:16:13:18:18:16:15:20 chr9 139118673 . T C 297.2 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0215418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.677;QD=18.2891;RBI=0.0377652;REFB=0.0167033;REVB=-0.0310187;RO=33;SAF=9;SAR=23;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148226;STB=0.583187;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=-0.0153109;OID=.;OPOS=139118673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:23:9:14:19:23:9:14:19 chr9 139142808 . T C 303.25 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182312;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8893;QD=52.7396;RBI=0.0540254;REFB=0;REVB=0.0508564;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00378376;OID=.;OPOS=139142808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:12:10:0:0:13:10:0:0 chr9 139235526 . C A 160.39 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0249415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.834;QD=16.8833;RBI=0.0266722;REFB=-0.0272195;REVB=0.00945127;RO=20;SAF=2;SAR=15;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23312;STB=0.628566;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0427696;OID=.;OPOS=139235526;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:20:21:17:17:0.447368:15:2:5:15:15:2:5:16 chr9 139235606 . G C 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0619859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.318;QD=11.9536;RBI=0.0629766;REFB=-0.0197588;REVB=0.0111265;RO=11;SAF=1;SAR=7;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244273;STB=0.650717;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0221619;OID=.;OPOS=139235606;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:7:1:3:8:7:1:3:8 chr9 139252495 . G A,C 1921.56 PASS AF=0.960938,0.03125;AO=119,7;DP=128;FAO=123,4;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=47,4;FSAR=76,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0512636,0.0163006;FXX=0.00775134;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=86.7789,122.156;QD=60.0487;RBI=0.0690895,0.0193629;REFB=-0.0152418,-0.0193037;REVB=0.0463185,-0.0104505;RO=0;SAF=43,7;SAR=76,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.21358e-08,0;STB=0.503267,0.995941;STBP=0.509,0.099;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00214235,0.093896;OID=.,.;OPOS=139252495,139252495;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:128:128:0:1:119,7:123,4:0.960938,0.03125:76,0:43,7:0:0:76,0:47,4:0:1 chr9 139256468 . C G 349.82 PASS AF=0.44186;AO=37;DP=84;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.00666254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.794;QD=16.2708;RBI=0.00753793;REFB=-0.02203;REVB=-0.00352575;RO=47;SAF=17;SAR=20;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720684;STB=0.537877;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0226024;OID=.;OPOS=139256468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:47:48:37:38:0.44186:20:17:25:22:20:18:26:22 chr9 139256541 . C T 359.21 PASS AF=0.402778;AO=24;DP=73;FAO=29;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.000847723;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.603;QD=19.9561;RBI=0.00650322;REFB=-0.026804;REVB=0.00644773;RO=20;SAF=13;SAR=11;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261792;STB=0.655984;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.032868;OID=.;OPOS=139256541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:20:22:24:29:0.402778:11:13:17:3:16:13:18:4 chr9 139261991 . A G 124.15 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0710328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6256;QD=27.5886;RBI=0.075741;REFB=0.0197267;REVB=-0.0262875;RO=5;SAF=6;SAR=7;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132375;STB=0.573803;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.013248;OID=.;OPOS=139261991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:7:6:1:4:7:6:1:4 chr9 139266405 . G A 186.48 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0024008;FXX=0.0312451;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.08;QD=12.0309;RBI=0.0504147;REFB=-0.00848725;REVB=-0.0503575;RO=37;SAF=15;SAR=8;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182212;STB=0.62221;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0125791;OID=.;OPOS=139266405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:37:39:23:23:0.370968:8:15:18:19:8:15:18:21 chr9 139266496 . C T 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00405211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.579;QD=16.728;RBI=0.00406026;REFB=-0.0141978;REVB=-0.000257126;RO=19;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345603;STB=0.519831;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0162375;OID=.;OPOS=139266496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:7:9:10:9:7:9:10:9 chr9 139272058 . A G 182.09 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.03476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3588;QD=16.9381;RBI=0.038562;REFB=-0.00647613;REVB=0.0166965;RO=24;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777901;STB=0.544507;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0163282;OID=.;OPOS=139272058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:11:8:12:12:11:8:12:12 chr9 139273402 . C T 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.425;QD=43.4846;RBI=0.0897818;REFB=0;REVB=0.0891175;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000468226;OID=.;OPOS=139273402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr9 139279173 . G A 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0278619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.374;QD=16.1723;RBI=0.0283219;REFB=-0.011528;REVB=-0.00508387;RO=20;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217118;STB=0.624844;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0145475;OID=.;OPOS=139279173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:10:6:12:8:10:6:12:8 chr9 139289825 . A G 73.42 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00655879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.884;QD=9.47297;RBI=0.0511268;REFB=-0.0158299;REVB=-0.0507043;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285136;STB=0.548291;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0385045;OID=.;OPOS=139289825;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:19:21:10:10:0.322581:5:5:10:9:5:5:12:9 chr9 139301960 . G A 255.93 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00591173;FXX=0.0333278;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.884;QD=17.6504;RBI=0.00619882;REFB=-0.0217838;REVB=0.00186463;RO=28;SAF=11;SAR=17;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521723;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0228493;OID=.;OPOS=139301960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:28:30:28:28:0.482759:17:11:11:17:17:11:13:17 chr9 139324740 . C T 83.01 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0177103;FXX=0.0256345;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.734;QD=8.73819;RBI=0.0190502;REFB=-0.00530529;REVB=-0.00701825;RO=26;SAF=7;SAR=4;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159583;STB=0.586047;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0121212;OID=.;OPOS=139324740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:39:38:26:27:11:11:0.289474:4:7:13:13:4:7:14:13 chr9 139326304 . G A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00673406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.933;QD=10.0334;RBI=0.0269206;REFB=-0.0449834;REVB=0.0260648;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115149;STB=0.571156;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0562647;OID=.;OPOS=139326304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:2:5:3:2:2:5 chr9 139327034 . A G 318.13 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.010431;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3215;QD=20.199;RBI=0.0534221;REFB=-0.0423928;REVB=-0.0523938;RO=26;SAF=14;SAR=19;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00095115;STB=0.536492;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0263201;OID=.;OPOS=139327034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:26:30:33:33:0.52381:19:14:11:15:19:14:15:15 chr9 139327439 . A G 68.04 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0583454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2673;QD=14.3247;RBI=0.0799257;REFB=-0.014088;REVB=-0.0546254;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241623;STB=0.642535;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0171117;OID=.;OPOS=139327439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:3:6:4:6:3:6:4:6 chr9 139328551 . T C 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00148244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.262;QD=22.9154;RBI=0.0694901;REFB=-0.0364182;REVB=0.0694743;RO=4;SAF=8;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34935;STB=0.705321;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0228125;OID=.;OPOS=139328551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:1:8:2:2:1:8:2:2 chr9 139343718 . TC T,TT 369.07 PASS AF=0.037037,0.962963;AO=3,23;DP=26;FAO=1,26;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=1,8;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.170946,0.146231;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=202.74,213.153;QD=54.6774;RBI=0.170997,0.146304;REFB=0,0;REVB=0.00418859,0.00463302;RO=0;SAF=2,6;SAR=1,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,2.9951e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00177375,0.00238335;OID=.,.;OPOS=139343719,139343719;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.037037,0.962963:3,23:26:1,26:27:0:1,8:0,18:0:0:7:0:2,6:1,17:0:0 chr9 139371234 . G A 280.76 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0290896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.666;QD=28.0763;RBI=0.0294087;REFB=-0.0332161;REVB=-0.00432052;RO=15;SAF=10;SAR=15;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198481;STB=0.608616;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0239289;OID=.;OPOS=139371234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:15:10:2:13:15:10:2:13 chr9 139371786 . A C 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00728893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.393;QD=18.8866;RBI=0.00729154;REFB=-0.0329897;REVB=-0.000195088;RO=5;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128939;STB=0.574292;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0278394;OID=.;OPOS=139371786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:3:5:4:1:3:5:4:1 chr9 139389432 . C T 235.45 PASS AF=0.547619;AO=22;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0353295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.399;QD=22.4233;RBI=0.0449398;REFB=-0.020942;REVB=-0.0277742;RO=20;SAF=18;SAR=4;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202261;STB=0.627503;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0251887;OID=.;OPOS=139389432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:19:22:23:0.547619:4:18:13:7:4:19:12:7 chr9 139391636 . G A 1502.84 PASS AF=0.979592;AO=96;DP=98;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00748478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.445;QD=61.3402;RBI=0.0276405;REFB=-0.105522;REVB=0.0266078;RO=1;SAF=50;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010198;STB=0.510636;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.000244212;OID=.;OPOS=139391636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:98:1:2:96:96:0.979592:46:50:0:1:46:50:0:2 chr9 139397707 . G A 639.21 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0456496;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.182;QD=59.4611;RBI=0.0596845;REFB=-0.104183;REVB=0.0384494;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509429;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00150565;OID=.;OPOS=139397707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:26:16:0:0:26:16:0:1 chr9 139407932 . A G 446.95 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0506;QD=57.671;RBI=0.0855708;REFB=0;REVB=-0.081986;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000647834;OID=.;OPOS=139407932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr9 139418260 . A G 110.4 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00267163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7519;QD=40.1461;RBI=0.0378518;REFB=0;REVB=0.0377574;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206636;OID=.;OPOS=139418260;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:6:4:0:0:7:4:0:0 chr9 139616742 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.7;QD=45.8065;RBI=0.0416557;REFB=0;REVB=-0.00589601;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217815;OID=.;OPOS=139616742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr9 139621326 . G A 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00273609;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.601;QD=8.69805;RBI=0.016234;REFB=-0.000773386;REVB=-0.0160018;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152225;STB=0.594327;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0016496;OID=.;OPOS=139621326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:3:4:6:8:3:4:6:8 chr9 139634495 . G A 345.52 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=58;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00701864;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.185;QD=24.2467;RBI=0.027872;REFB=-0.0256078;REVB=-0.0269738;RO=22;SAF=15;SAR=19;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0424216;STB=0.515111;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0208978;OID=.;OPOS=139634495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:22:23:34:34:0.596491:19:15:11:11:19:15:11:12 chr9 139635430 . C T 201.34 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0126665;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.915;QD=28.7635;RBI=0.0212247;REFB=-0.00973467;REVB=0.0170308;RO=9;SAF=5;SAR=14;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195052;STB=0.608574;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00559072;OID=.;OPOS=139635430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:14:5:5:4:14:5:5:4 chr9 139639650 . G A 267.87 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=66;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.00706776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.06;QD=16.2347;RBI=0.00837983;REFB=-0.00145539;REVB=-0.00450204;RO=35;SAF=15;SAR=15;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178528;STB=0.59085;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00105367;OID=.;OPOS=139639650;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:36:30:30:0.454545:15:15:11:24:15:15:12:24 chr9 139648918 . T G 37.54 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0288652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.974;QD=8.83309;RBI=0.0290441;REFB=-0.0157533;REVB=-0.00321845;RO=11;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272391;STB=0.675005;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0356577;OID=.;OPOS=139648918;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:1:5:7:4:1:5:7:4 chr9 139649580 . G A 124.2 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0715705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7201;QD=17.1316;RBI=0.0812626;REFB=-0.0241045;REVB=0.0384874;RO=14;SAF=11;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294207;STB=0.658433;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0271975;OID=.;OPOS=139649580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:15:14:14:0.482759:3:11:7:7:3:11:8:7 chr9 139649612 . C A 213.61 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.00456897;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.135;QD=20.8397;RBI=0.00646223;REFB=-0.0323523;REVB=-0.00457;RO=20;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210923;STB=0.617545;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0339675;OID=.;OPOS=139649612;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:9:12:16:4:9:12:16:4 chr9 139650060 . C A 136.67 PASS AF=0.327273;AO=12;DP=54;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0142377;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=39.7226;QD=9.93934;RBI=0.0152583;REFB=-0.00511951;REVB=0.00548662;RO=26;SAF=5;SAR=7;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222004;STB=0.619586;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0111213;OID=.;OPOS=139650060;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:26:37:12:18:0.327273:7:5:16:10:11:7:21:16 chr9 139652329 . G C 270.35 PASS AF=0.46875;AO=30;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0135171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.331;QD=16.8968;RBI=0.0152012;REFB=-0.0330424;REVB=0.00695437;RO=34;SAF=13;SAR=17;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173058;STB=0.597043;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.019142;OID=.;OPOS=139652329;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:30:30:0.46875:17:13:21:13:17:13:21:13 chr9 139652338 . C G 287.73 PASS AF=0.484848;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0181001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.1349;QD=17.4383;RBI=0.0361384;REFB=0.00467335;REVB=0.0312789;RO=33;SAF=20;SAR=11;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206895;STB=0.610617;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.000681945;OID=.;OPOS=139652338;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:33:34:31:32:0.484848:11:20:14:19:12:20:14:20 chr9 139656670 . T C 805.4 PASS AF=0.966667;AO=57;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0339221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.062;QD=53.6931;RBI=0.0461361;REFB=0.017487;REVB=0.0312702;RO=1;SAF=28;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016546;STB=0.516661;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.000646413;OID=.;OPOS=139656670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:1:2:57:58:0.966667:29:28:1:0:29:29:2:0 chr9 139656706 . A C 1034.9 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120975;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.892;QD=58.3045;RBI=0.0134042;REFB=0;REVB=0.00577265;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103696;OID=.;OPOS=139656706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:71:0:0:66:71:1:36:30:0:0:38:33:0:0 chr9 139657834 . G C 824.03 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00857495;FXX=0.0327815;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.894;QD=55.8662;RBI=0.0502725;REFB=-0.0242518;REVB=0.0495358;RO=1;SAF=41;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113688;STB=0.506022;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.000929965;OID=.;OPOS=139657834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:17:41:1:0:17:41:1:0 chr9 139690840 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.03;QD=59.8383;RBI=0.0638503;REFB=0;REVB=0.0532588;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154843;OID=.;OPOS=139690840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr9 139700605 . T C 603.37 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00668929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.0287;QD=60.3373;RBI=0.0195444;REFB=0;REVB=0.018364;RO=0;SAF=28;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034434;OID=.;OPOS=139700605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:11:28:0:0:11:29:0:0 chr9 139701108 . A C 410.94 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0915181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7191;QD=56.6819;RBI=0.12232;REFB=0;REVB=-0.0811578;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0035283;OID=.;OPOS=139701108;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr9 139726239 . A G 720.63 PASS AF=0.981818;AO=49;DP=51;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0321363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.3731;QD=52.4093;RBI=0.0406198;REFB=-0.103245;REVB=-0.0248441;RO=2;SAF=24;SAR=25;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0007528;STB=0.509088;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00619333;OID=.;OPOS=139726239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:51:55:2:1:49:54:0.981818:25:24:1:1:27:27:1:0 chr9 139732331 . G C 1130.9 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380571;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.912;QD=59.5212;RBI=0.0380571;REFB=0;REVB=-4.23882e-05;RO=0;SAF=43;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000476863;OID=.;OPOS=139732331;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:75:76:1:32:43:0:0:32:44:0:0 chr9 139739642 . CTG C,CCG 303.39 PASS AF=0.0434783,0.956522;AO=3,20;DP=23;FAO=1,22;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=1,7;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330858,0.0468159;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=92.9674,124.583;QD=52.7626;RBI=0.0464687,0.0577467;REFB=0,0;REVB=0.0326292,0.0338077;RO=0;SAF=3,5;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0213299,0.00583639;OID=.,.;OPOS=139739643,139739643;OREF=TG,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0434783,0.956522:3,20:23:1,22:23:0:1,7:0,15:0:0:4:0:3,5:0,15:0:0 chr9 139747739 . T A 180.82 PASS AF=0.580645;AO=19;DP=32;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0385067;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2019;QD=23.3317;RBI=0.0393566;REFB=-0.048478;REVB=0.00813505;RO=13;SAF=11;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195537;STB=0.57135;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0313173;OID=.;OPOS=139747739;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:13:13:19:18:0.580645:8:11:4:9:8:10:5:8 chr9 139749067 . C T 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.457;QD=63.5819;RBI=0.107145;REFB=0;REVB=0.0315506;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000673491;OID=.;OPOS=139749067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:31:16:0:0:31:16:0:0 chr9 139752899 . T G 272.34 PASS AF=1;AO=14;DP=18;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0861143;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.827;QD=51.8747;RBI=0.0879908;REFB=0;REVB=0.0180753;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00838106;OID=.;OPOS=139752899;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:21:0:0:14:21:1:11:3:0:0:12:9:0:0 chr9 139848688 . C T 716.54 PASS AF=0.547619;AO=68;DP=125;FAO=69;FDP=126;FR=.;FRO=57;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.0140342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.176;QD=22.7472;RBI=0.0160271;REFB=-0.0119703;REVB=-0.00774002;RO=56;SAF=36;SAR=32;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497506;STB=0.533971;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00921347;OID=.;OPOS=139848688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:56:57:68:69:0.547619:32:36:33:23:33:36:34:23 chr9 139864341 . A G 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0461266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.843;QD=22.9154;RBI=0.0640682;REFB=-0.0167838;REVB=-0.0444642;RO=4;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162954;STB=0.593016;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0154457;OID=.;OPOS=139864341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:4:5:1:3:4:5:1:3 chr9 139872048 . A G 1555.9 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.363;QD=59.8424;RBI=0.039376;REFB=0;REVB=-0.0362565;RO=0;SAF=68;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.01589e-05;OID=.;OPOS=139872048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:36:68:0:0:36:68:0:0 chr9 139878317 . C T 207.69 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.126841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8603;QD=25.1742;RBI=0.128907;REFB=-0.0489284;REVB=-0.0229854;RO=13;SAF=9;SAR=11;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10307;STB=0.55722;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0460748;OID=.;OPOS=139878317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:11:9:4:9:11:9:4:9 chr9 139878622 . T C 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0113148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.479;QD=15.2586;RBI=0.0149705;REFB=-0.0427665;REVB=0.00980266;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329175;STB=0.6871;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0297908;OID=.;OPOS=139878622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:5:2:0:6:5:2:0:6 chr9 139878828 . T C 224.35 PASS AF=0.6;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0209547;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.953;QD=25.6399;RBI=0.0211282;REFB=-0.00481062;REVB=-0.00270239;RO=13;SAF=6;SAR=15;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474927;STB=0.536049;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00260953;OID=.;OPOS=139878828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:13:14:21:21:0.6:15:6:3:10:15:6:3:11 chr9 139902166 . G A 159.83 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0157531;FXX=0.0454442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.2128;QD=15.2221;RBI=0.0259853;REFB=-0.0278197;REVB=-0.0206658;RO=21;SAF=7;SAR=10;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129296;STB=0.557457;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0348608;OID=.;OPOS=139902166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:21:25:17:17:0.404762:10:7:6:15:10:7:8:17 chr9 139902214 . A G 650.41 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.943;QD=61.9435;RBI=0.0805953;REFB=0;REVB=-0.0647751;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000234866;OID=.;OPOS=139902214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr9 139904037 . A G 91.42 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0289894;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.608;QD=15.8993;RBI=0.0496083;REFB=-0.0284999;REVB=-0.0402566;RO=12;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148551;STB=0.586989;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0237517;OID=.;OPOS=139904037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:24:23:12:12:11:11:0.478261:3:8:7:5:3:8:7:5 chr9 139906359 . G A 141.32 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0025924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.699;QD=13.459;RBI=0.0314609;REFB=-0.00730267;REVB=0.0313539;RO=26;SAF=11;SAR=5;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.458197;STB=0.763592;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0105488;OID=.;OPOS=139906359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:5:11:6:20:5:11:6:20 chr9 139912484 . A G 164.49 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=7.44348e-05;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.371;QD=46.9963;RBI=0.0697983;REFB=0;REVB=0.0697982;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000785775;OID=.;OPOS=139912484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr9 139913239 . T G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.598;QD=57.5453;RBI=0.0345595;REFB=0;REVB=0.0219239;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12865e-05;OID=.;OPOS=139913239;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr9 139923265 . A G 688.31 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.252;QD=62.5734;RBI=0.0594848;REFB=0;REVB=0.0582367;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171515;OID=.;OPOS=139923265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:44:0:0:41:44:1:14:27:0:0:15:29:0:0 chr9 139926402 . T C 320.17 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0511864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4621;QD=47.4321;RBI=0.0543028;REFB=-0.0177078;REVB=-0.0181315;RO=2;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084107;STB=0.545418;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00658872;OID=.;OPOS=139926402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:10:15:0:2:10:15:0:2 chr9 139929384 . C T 79.93 PASS AF=0.384615;AO=9;DP=28;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.00694019;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=379.06;QD=12.2964;RBI=0.0105544;REFB=-0.00418237;REVB=0.00795161;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509073;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00580767;OID=.;OPOS=139929384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:28:26:15:16:9:10:0.384615:6:3:5:10:7:3:5:11 chr9 139935624 . TG TC,T 89.59 PASS AF=0,0.52381;AO=2,16;DP=41;FAO=0,22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=0,12;FSAR=0,10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0130464,-0.0249685;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=39.9274,9.31498;QD=8.53263;RBI=0.0817368,0.0317137;REFB=-0.019359,-0.160896;REVB=-0.0806889,-0.0195533;RO=16;SAF=0,9;SAR=2,7;SRF=9;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.560396,0;STB=0.5,0.521719;STBP=1,0.811;TYPE=snp,del;VARB=0.0411766,0.195969;OID=.,.;OPOS=139935625,139935625;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=TC,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.52381:2,16:41:0,22:42:20:0,12:0,10:10:10:84:16:0,9:2,7:9:7 chr9 139937795 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0702226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.586;QD=61.3357;RBI=0.0732787;REFB=0;REVB=0.0209416;RO=0;SAF=8;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000251755;OID=.;OPOS=139937795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:32:8:0:0:32:8:0:0 chr9 139937799 . G A 613.28 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3467;QD=61.3275;RBI=0.025714;REFB=0;REVB=-0.0176944;RO=0;SAF=8;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.7624e-06;OID=.;OPOS=139937799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:32:8:0:0:32:8:0:0 chr9 139943549 . G A 247.15 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0645464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.708;QD=47.0768;RBI=0.0763263;REFB=-0.161792;REVB=0.0407366;RO=1;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0484648;STB=0.526289;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00362971;OID=.;OPOS=139943549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:1:1:20:20:0.952381:9:11:0:1:9:11:0:1 chr9 139973820 . C T 1377.21 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=86;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9967;QD=62.6005;RBI=0.0329209;REFB=0;REVB=-0.0228004;RO=0;SAF=2;SAR=86;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000260627;OID=.;OPOS=139973820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:86:2:0:0:86:2:0:0 chr9 139981627 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0602167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.077;QD=43.4862;RBI=0.0604048;REFB=0;REVB=0.00476314;RO=0;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000691072;OID=.;OPOS=139981627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:11:1:0:0:11:1:0:0 chr9 139996641 . C A 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.112668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.549;QD=26.0261;RBI=0.168511;REFB=-0.0573453;REVB=0.125307;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123249;STB=0.571194;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0122837;OID=.;OPOS=139996641;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:3:3:0:1:3:3:0:1 chr9 140002989 . T C 770.49 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0549922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6741;QD=55.0347;RBI=0.0575739;REFB=-0.052542;REVB=0.0170472;RO=1;SAF=21;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219106;STB=0.511107;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000951409;OID=.;OPOS=140002989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:1:1:54:55:0.982143:33:21:1:0:33:22:1:0 chr9 140003427 . A G 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00755188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.096;QD=58.5853;RBI=0.015396;REFB=0;REVB=0.0134166;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.00082e-05;OID=.;OPOS=140003427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr9 140006202 . G A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00809188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.726;QD=49.5986;RBI=0.0465349;REFB=0;REVB=0.0458259;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000508698;OID=.;OPOS=140006202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr9 140006425 . C G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.157235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.586;QD=42.1821;RBI=0.159391;REFB=0;REVB=0.0261236;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00150703;OID=.;OPOS=140006425;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr9 140120396 . C T 159.67 PASS AF=1;AO=13;DP=17;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0822803;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5373;QD=45.6186;RBI=0.0979407;REFB=0;REVB=0.0531256;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00212425;OID=.;OPOS=140120396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:14:0:0:13:14:1:6:7:0:0:6:8:0:0 chr9 140123132 . C G 122.9 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00323413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.932;QD=16.3862;RBI=0.0337743;REFB=-0.0022479;REVB=-0.0336191;RO=16;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180327;STB=0.603627;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00235217;OID=.;OPOS=140123132;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:8:6:10:6:8:6:10:6 chr9 140128085 . T C 632.23 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5736;QD=61.6808;RBI=0.021866;REFB=0;REVB=-0.0172852;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000196504;OID=.;OPOS=140128085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr9 140130606 . A T 306.3 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0355;QD=53.2692;RBI=0.0172623;REFB=0;REVB=0.0115098;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.64771e-05;OID=.;OPOS=140130606;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr9 140139757 . G A 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2736;QD=37.4869;RBI=0.098025;REFB=0;REVB=0.0948843;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00292334;OID=.;OPOS=140139757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr9 140147152 . C G 482.92 PASS AF=0.897436;AO=35;DP=39;FAO=35;FDP=39;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0247744;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.5214;QD=49.5303;RBI=0.0340331;REFB=-0.247311;REVB=0.0233341;RO=3;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.084785;STB=0.55879;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0227821;OID=.;OPOS=140147152;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:39:39:3:4:35:35:0.897436:15:20:0:3:15:20:0:4 chr9 140167022 . G A 791.53 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0890949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.66;QD=63.3222;RBI=0.090173;REFB=0;REVB=0.0139019;RO=0;SAF=14;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0004934;OID=.;OPOS=140167022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:34:14:0:0:35:15:0:0 chr9 140176294 . G T 88.22 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197189;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.466;QD=39.2068;RBI=0.0200325;REFB=0;REVB=-0.00353085;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101286;OID=.;OPOS=140176294;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:8:9:1:2:6:0:0:2:7:0:0 chr9 140177040 . A T 745.01 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0579334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6852;QD=63.4047;RBI=0.0697009;REFB=0;REVB=-0.0387549;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00138657;OID=.;OPOS=140177040;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:27:19:0:0:28:19:0:0 chr9 140242634 . G C 438.01 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0237201;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.1231;QD=19.0441;RBI=0.0241745;REFB=0.00031408;REVB=0.00466512;RO=46;SAF=19;SAR=25;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432223;STB=0.535876;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000416798;OID=.;OPOS=140242634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:46:48:44:44:0.478261:25:19:22:24:25:19:24:24 chr9 140243844 . C T 152.93 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0135231;FXX=0.079968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.659;QD=26.596;RBI=0.0326504;REFB=0.00140656;REVB=0.0297183;RO=8;SAF=10;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111206;STB=0.562414;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00211781;OID=.;OPOS=140243844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:23:23:8:8:15:15:0.652174:5:10:4:4:5:10:4:4 chr9 140245792 . C T 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.00467549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.08;QD=10.9412;RBI=0.00646626;REFB=-0.0146083;REVB=0.0044668;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760866;STB=0.561292;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0211094;OID=.;OPOS=140245792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:19:20:11:11:0.354839:6:5:10:9:6:5:11:9 chr9 140247143 . T G 731.52 PASS AF=0.96;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00724061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7215;QD=58.5214;RBI=0.0225683;REFB=-0.0750522;REVB=-0.0213753;RO=2;SAF=34;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026866;STB=0.51428;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00313623;OID=.;OPOS=140247143;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:50:2:2:47:48:0.96:13:34:2:0:14:34:2:0 chr9 140250817 . C CT 185.58 PASS AF=1;AO=10;DP=47;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154191;FXX=0.437409;HRUN=0;LEN=1;MLLD=108.167;QD=27.4929;RBI=0.0217466;REFB=0;REVB=0.0153351;RO=37;SAF=8;SAR=2;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229612;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00742657;OID=.;OPOS=140250818;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:10:47:27:27:0:25:2:0:0:4:37:8:2:24:13 chr9 140250818 . C G,T 737.93 PASS AF=0.166667,0.833333;AO=10,38;DP=48;FAO=8,40;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=8,25;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264977,-0.0229019;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=27.6927,111.234;QD=61.494;RBI=0.0265828,0.0561557;REFB=0,0;REVB=0.00212514,0.0512734;RO=0;SAF=8,25;SAR=2,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.090704,-0.00322577;OID=.,.;OPOS=140250818,140250818;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:48:48:48:0:0:10,38:8,40:0.166667,0.833333:2,13:8,25:0:0:0,15:8,25:0:0 chr9 140262426 . C T 111.41 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0113707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.528;QD=15.9157;RBI=0.0323481;REFB=0.00788266;REVB=0.0302837;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185092;STB=0.592666;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=-0.00481561;OID=.;OPOS=140262426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:15:13:13:0.464286:9:4:7:7:9:4:7:8 chr9 140277794 . T C 450.2 PASS AF=0.442478;AO=50;DP=113;FAO=50;FDP=113;FR=.;FRO=63;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.0232202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.981;QD=15.9363;RBI=0.0312517;REFB=-0.027583;REVB=-0.0209163;RO=62;SAF=29;SAR=21;SRF=36;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00065574;STB=0.504895;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0335909;OID=.;OPOS=140277794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:62:63:50:50:0.442478:21:29:36:26:21:29:36:27 chr9 140277826 . C T 401.04 PASS AF=0.436893;AO=45;DP=103;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.0232964;FXX=0.00961446;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.3883;QD=15.5743;RBI=0.026874;REFB=-0.000176328;REVB=-0.0133975;RO=56;SAF=26;SAR=19;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777924;STB=0.544245;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=2.5601e-05;OID=.;OPOS=140277826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:56:58:45:45:0.436893:19:26:28:28:19:26:29:29 chr9 140330976 . T C 919.38 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.655;QD=58.3732;RBI=0.132638;REFB=0;REVB=-0.132124;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000225204;OID=.;OPOS=140330976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr9 140332478 . A G 506.46 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309712;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.053;QD=59.5838;RBI=0.0309974;REFB=0;REVB=0.0012726;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000335646;OID=.;OPOS=140332478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr9 140356422 . G C 605.09 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.014195;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.044;QD=59.0334;RBI=0.0345229;REFB=-0.0867207;REVB=0.0314696;RO=1;SAF=29;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407263;STB=0.521728;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00336614;OID=.;OPOS=140356422;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:41:1:1:40:40:0.97561:11:29:0:1:11:29:0:1 chr9 140357972 . A G 428.94 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1854;QD=57.1924;RBI=0.0359426;REFB=0;REVB=0.0129773;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000592578;OID=.;OPOS=140357972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr9 140374861 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0580828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.034;QD=60.6095;RBI=0.0597252;REFB=0;REVB=-0.0139099;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000503661;OID=.;OPOS=140374861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr9 140392615 . CG CA,TA 490.81 PASS AF=0.942857,0.0571429;AO=30,2;DP=36;FAO=33,2;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=14,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0956582,-0.00997896;FXX=0.0277701;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=73.4509,153.228;QD=56.0927;RBI=0.0956809,0.0189413;REFB=0,0;REVB=0.00208516,-0.0160995;RO=0;SAF=17,0;SAR=13,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.63861e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00475586,0.0647009;OID=.,.;OPOS=140392616,140392615;OREF=G,CG;OALT=A,TA;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:36:35:0:0:30,2:33,2:0.942857,0.0571429:13,2:17,0:0:0:14,2:19,0:0:0 chr9 140414410 . C T 451.72 PASS AF=0.589041;AO=43;DP=73;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0191702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.58;QD=24.752;RBI=0.0267248;REFB=-0.0235022;REVB=0.0186204;RO=30;SAF=20;SAR=23;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00116831;STB=0.50064;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0399086;OID=.;OPOS=140414410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:30:30:43:43:0.589041:23:20:14:16:23:20:14:16 chr9 140473099 . C G 69.24 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0233479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7514;QD=30.7724;RBI=0.0259098;REFB=-0.0366472;REVB=0.0112335;RO=1;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174483;STB=0.599732;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0438897;OID=.;OPOS=140473099;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:2:6:0:1:2:6:0:1 chr9 140777306 . C G 349.17 PASS AF=0.408602;AO=37;DP=92;FAO=38;FDP=93;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0573458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4773;QD=15.0181;RBI=0.0582147;REFB=-0.019882;REVB=-0.0100209;RO=55;SAF=18;SAR=19;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145137;STB=0.516121;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0260246;OID=.;OPOS=140777306;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:55:55:37:38:0.408602:19:18:26:29:19:19:26:29 chr9 140786918 . T C 701.23 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0115219;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4417;QD=50.9984;RBI=0.0210131;REFB=-0.234482;REVB=0.0175726;RO=2;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030369;STB=0.50502;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0117299;OID=.;OPOS=140786918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:55:55:2:3:52:52:0.945455:30:22:0:2:30:22:1:2 chr9 140881314 . A C 443.4 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.574;QD=57.2128;RBI=0.0763353;REFB=0;REVB=0.0656245;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256156;OID=.;OPOS=140881314;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:12:17:0:0:13:18:0:0 chr9 140911670 . C T 330.37 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0167202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.338;QD=50.8263;RBI=0.0297774;REFB=-0.080763;REVB=-0.02464;RO=1;SAF=11;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403161;STB=0.521722;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00217943;OID=.;OPOS=140911670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:14:11:1:0:14:11:1:0 chr9 141016262 . T G 1111.04 PASS AF=0.986842;AO=74;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00710705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7197;QD=58.4759;RBI=0.0145918;REFB=-0.0471133;REVB=0.0127441;RO=1;SAF=49;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00955829;STB=0.504949;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.000739875;OID=.;OPOS=141016262;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:74:75:0.986842:25:49:1:0:25:50:1:0 chr9 141069563 . A G 144.78 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.331;QD=44.5462;RBI=0.130803;REFB=0;REVB=0.0412218;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220542;OID=.;OPOS=141069563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:7:5:0:0:7:6:0:0 chr9 141069905 . C T 74.46 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0282709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.745;QD=22.9104;RBI=0.0454;REFB=-0.012929;REVB=-0.0355234;RO=4;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221916;STB=0.624758;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00561995;OID=.;OPOS=141069905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:6:3:0:4:6:3:0:4 chr9 141070283 . T C 272.54 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.776;QD=51.9128;RBI=0.0329961;REFB=0;REVB=0.0157085;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032519;OID=.;OPOS=141070283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:8:12:0:0:8:13:0:0 chr9 141070335 . T G 142.15 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8556;QD=43.7372;RBI=0.0539405;REFB=0;REVB=0.0166301;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00680415;OID=.;OPOS=141070335;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:5:7:0:0:5:8:0:0 chr9 141070916 . G A 137.59 PASS AF=0.928571;AO=11;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0445592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.004;QD=39.3101;RBI=0.0474814;REFB=-0.0871516;REVB=0.0164001;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526276;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00867461;OID=.;OPOS=141070916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:0:1:11:13:0.928571:7:4:0:0:9:4:0:1 chr9 141071438 . A G 801.31 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0704071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.549;QD=57.2365;RBI=0.0708397;REFB=0;REVB=0.00781726;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77813e-05;OID=.;OPOS=141071438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:36:19:0:0:37:19:0:0 chr9 141071475 . C G 1018.03 PASS AF=0.972222;AO=71;DP=72;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.019968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1315;QD=56.5573;RBI=0.0670548;REFB=0.006664;REVB=-0.0640127;RO=1;SAF=26;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103937;STB=0.511108;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00166941;OID=.;OPOS=141071475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:72:1:2:71:70:0.972222:45:26:0:1:44:26:0:2 chr9 141107536 . GGCAGCAGCAGCA G 207.18 PASS AF=0.574468;AO=25;DP=37;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0122588;FXX=0.0961354;HRUN=2;LEN=12;MLLD=283.789;QD=17.6321;RBI=0.0262233;REFB=-0.0121;REVB=0.0231816;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.523792;STBP=0.711;TYPE=del;VARB=0.011244;OID=.;OPOS=141107537;OREF=GCAGCAGCAGCA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.574468:25:37:27:47:20:15:12:10:10:99:0:14:11:0:0 chr10 94545 . C T 35.04 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0123787;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.364;QD=5.00557;RBI=0.0203918;REFB=-0.000788363;REVB=-0.0162047;RO=22;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248483;STB=0.666112;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00284446;OID=.;OPOS=94545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:4:2:12:10:4:2:12:10 chr10 294953 . A G 126.93 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00487772;FXX=0.0713776;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2293;QD=39.0548;RBI=0.0305961;REFB=-0.033523;REVB=-0.0302048;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599814;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00103372;OID=.;OPOS=294953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:13:0:1:12:12:0.923077:2:10:0:0:2:10:0:1 chr10 299082 . A T 50.13 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7683;QD=33.4181;RBI=0.034172;REFB=0;REVB=-0.034172;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00351563;OID=.;OPOS=299082;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr10 328042 . G A 206.05 PASS AF=0.947368;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0269843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.928;QD=43.3781;RBI=0.0523338;REFB=-0.0931988;REVB=0.0448406;RO=1;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398535;STB=0.519978;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00363458;OID=.;OPOS=328042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:19:1:1:17:18:0.947368:11:6:0:1:12:6:0:1 chr10 429977 . G A 261.4 PASS AF=0.666667;AO=23;DP=35;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0179617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.511;QD=29.044;RBI=0.0539773;REFB=-0.0247321;REVB=-0.0509012;RO=7;SAF=10;SAR=13;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119318;STB=0.514007;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.012565;OID=.;OPOS=429977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:35:36:7:12:23:24:0.666667:13:10:5:2:13:11:5:7 chr10 436226 . T C 384.14 PASS AF=0.72093;AO=31;DP=43;FAO=31;FDP=43;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0123054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.13;QD=35.7343;RBI=0.012426;REFB=0.0052724;REVB=-0.00172648;RO=12;SAF=14;SAR=17;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0616674;STB=0.533515;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00195546;OID=.;OPOS=436226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:43:12:12:31:31:0.72093:17:14:4:8:17:14:4:8 chr10 445061 . C T 279.56 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00204313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.842;QD=48.6194;RBI=0.0622228;REFB=-0.0766939;REVB=0.0621893;RO=1;SAF=11;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401764;STB=0.521719;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00822579;OID=.;OPOS=445061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:11:11:1:0:11:11:1:0 chr10 459940 . G A 126.54 PASS AF=0.764706;AO=13;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0310011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.62;QD=29.7748;RBI=0.0495779;REFB=-0.0513559;REVB=0.0386898;RO=4;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29784;STB=0.666405;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0193561;OID=.;OPOS=459940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:13:13:0.764706:9:4:4:0:9:4:4:0 chr10 696237 . G A 462.41 PASS AF=0.971429;AO=31;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0285083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.582;QD=52.8464;RBI=0.0482276;REFB=-0.119463;REVB=0.0388995;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517231;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000863424;OID=.;OPOS=696237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:31:34:0.971429:11:20:0:0:14:20:0:1 chr10 1018585 . T G 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.194;QD=59.016;RBI=0.0204686;REFB=0;REVB=-0.00782442;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.43671e-05;OID=.;OPOS=1018585;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr10 1046712 . G A 790.78 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00308289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.051;QD=55.4933;RBI=0.0700689;REFB=0;REVB=0.0700011;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000345896;OID=.;OPOS=1046712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:57:0:0:54:57:1:22:32:0:0:25:32:0:0 chr10 1081882 . T C 82.2 PASS AF=0.216667;AO=13;DP=60;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.014579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.953;QD=5.48001;RBI=0.0145913;REFB=0.00152288;REVB=0.000597943;RO=47;SAF=6;SAR=7;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717298;STB=0.545386;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=-0.00677371;OID=.;OPOS=1081882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:60:60:47:47:13:13:0.216667:7:6:19:28:7:6:19:28 chr10 1089616 . T C 362.52 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00351275;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.888;QD=55.7723;RBI=0.00938594;REFB=0;REVB=-0.00870382;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000451203;OID=.;OPOS=1089616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr10 1142208 . T C 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.391;QD=63.2843;RBI=0.0301341;REFB=0;REVB=0.0160877;RO=0;SAF=13;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107933;OID=.;OPOS=1142208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:33:13:0:0:33:13:0:0 chr10 1149586 . C T 43.62 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.016991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.483;QD=6.01609;RBI=0.0197768;REFB=-0.0159042;REVB=-0.0101206;RO=22;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0837426;STB=0.554299;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0400104;OID=.;OPOS=1149586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:4:3:11:11:4:3:11:11 chr10 1175894 . A G 46.92 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0666342;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7061;QD=3.83012;RBI=0.0669712;REFB=-0.017561;REVB=-0.00671024;RO=41;SAF=1;SAR=7;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480652;STB=0.839069;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.119776;OID=.;OPOS=1175894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:49:49:41:41:8:8:0.163265:7:1:20:21:7:1:20:21 chr10 1175939 . C T 346.27 PASS AF=0.777778;AO=28;DP=36;FAO=28;FDP=36;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0394708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.767;QD=38.4746;RBI=0.0446113;REFB=-0.0451329;REVB=0.02079;RO=8;SAF=13;SAR=15;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0888223;STB=0.548159;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0116137;OID=.;OPOS=1175939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:8:8:28:28:0.777778:15:13:2:6:15:13:2:6 chr10 1230874 . C T 1250.63 PASS AF=0.683544;AO=108;DP=159;FAO=108;FDP=158;FR=.;FRO=50;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=12;FSRR=38;FWDB=0.0504209;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6107;QD=31.6614;RBI=0.0525015;REFB=-0.0548305;REVB=0.0146334;RO=47;SAF=47;SAR=61;SRF=11;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117793;STB=0.563852;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0325616;OID=.;OPOS=1230874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:47:50:108:108:0.683544:61:47:11:36:61:47:12:38 chr10 1230968 . C T 228.92 PASS AF=0.308511;AO=29;DP=94;FAO=29;FDP=94;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=45;FWDB=0.0599554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.621;QD=9.74141;RBI=0.0599866;REFB=-0.0152196;REVB=0.00193496;RO=65;SAF=5;SAR=24;SRF=20;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225349;STB=0.634816;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0504733;OID=.;OPOS=1230968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:65:65:29:29:0.308511:24:5:20:45:24:5:20:45 chr10 3143643 . A C 261.81 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.479;QD=49.8676;RBI=0.0473403;REFB=0;REVB=0.0351488;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000631356;OID=.;OPOS=3143643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:7:13:0:0:7:14:0:0 chr10 3154461 . G A 403.82 PASS AF=0.744186;AO=32;DP=43;FAO=32;FDP=43;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.011299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.787;QD=37.565;RBI=0.0153915;REFB=-0.02993;REVB=0.0104514;RO=11;SAF=15;SAR=17;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093432;STB=0.55063;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0095335;OID=.;OPOS=3154461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:11:11:32:32:0.744186:17:15:3:8:17:15:3:8 chr10 3155620 . A G 83.92 PASS AF=0.272727;AO=11;DP=43;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00455514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4327;QD=7.62922;RBI=0.0511162;REFB=-0.0104733;REVB=-0.0509129;RO=32;SAF=5;SAR=6;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205287;STB=0.515478;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0438703;OID=.;OPOS=3155620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:43:44:32:32:11:12:0.272727:6:5:14:18:7:5:14:18 chr10 3155698 . C T 166.61 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=21;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0096645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.104;QD=31.7355;RBI=0.0172387;REFB=-0.0193309;REVB=-0.0142748;RO=5;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216229;STB=0.618907;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0103403;OID=.;OPOS=3155698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:21:21:5:5:16:16:0.761905:8:8:0:5:8:8:0:5 chr10 3172121 . C T 33.13 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0143911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.815;QD=3.15493;RBI=0.0147072;REFB=-0.00127214;REVB=-0.00303268;RO=32;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137895;STB=0.57601;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0217069;OID=.;OPOS=3172121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:32:36:6:6:0.142857:4:2:11:21:4:2:15:21 chr10 3178804 . G A 493.89 PASS AF=0.741379;AO=43;DP=59;FAO=43;FDP=58;FR=.;FRO=15;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0340756;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.464;QD=34.0615;RBI=0.0352014;REFB=-0.00361314;REVB=-0.00883116;RO=15;SAF=25;SAR=18;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119441;STB=0.564486;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00163758;OID=.;OPOS=3178804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:15:15:43:43:0.741379:18:25:5:10:18:25:5:10 chr10 3178815 . G C 138.19 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00730245;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.783;QD=10.2363;RBI=0.00731348;REFB=-0.0284155;REVB=-0.00040148;RO=26;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359716;STB=0.574487;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0486514;OID=.;OPOS=3178815;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:26:33:15:15:0.277778:8:7:13:13:8:7:19:14 chr10 3179703 . C T 139.43 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.0395962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9046;QD=9.14297;RBI=0.0396601;REFB=-0.0299736;REVB=0.00225045;RO=42;SAF=12;SAR=7;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445405;STB=0.52648;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.028798;OID=.;OPOS=3179703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:42:42:19:19:0.311475:7:12:25:17:7:12:25:17 chr10 3179708 . A G 139.78 PASS AF=0.311475;AO=17;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0186774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.006;QD=9.16562;RBI=0.0600522;REFB=-0.0232525;REVB=-0.0570738;RO=32;SAF=10;SAR=7;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195142;STB=0.52648;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0579921;OID=.;OPOS=3179708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:42:17:19:0.311475:7:10:24:8:7:12:25:17 chr10 3179738 . G A 479.29 PASS AF=0.666667;AO=43;DP=66;FAO=44;FDP=66;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0120036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.279;QD=29.0477;RBI=0.0191793;REFB=-0.0352767;REVB=0.0149585;RO=22;SAF=19;SAR=24;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120884;STB=0.560412;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0243717;OID=.;OPOS=3179738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:22:22:43:44:0.666667:24:19:14:8:24:20:14:8 chr10 3180227 . T C 36.12 PASS AF=0.12069;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=58;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.0415065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.141;QD=2.4913;RBI=0.047479;REFB=-0.0033743;REVB=-0.0230536;RO=49;SAF=5;SAR=2;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133165;STB=0.604083;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0188924;OID=.;OPOS=3180227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:58:58:49:51:7:7:0.12069:2:5:30:19:2:5:31:20 chr10 3180298 . C T 449.66 PASS AF=0.825;AO=28;DP=40;FAO=33;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0167488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.465;QD=44.9661;RBI=0.071844;REFB=-0.0619696;REVB=0.0698644;RO=6;SAF=12;SAR=16;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782055;STB=0.53269;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0178035;OID=.;OPOS=3180298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:6:6:28:33:0.825:16:12:4:2:18:15:4:2 chr10 3180316 . T C 465.28 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8003;QD=58.16;RBI=0.0888567;REFB=0;REVB=0.0874208;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000780729;OID=.;OPOS=3180316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:29:32:1:15:14:0:0:17:15:0:0 chr10 3189380 . C T 42.38 PASS AF=0.259259;AO=6;DP=26;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0158983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.358;QD=6.27855;RBI=0.047743;REFB=-0.011186;REVB=0.0450182;RO=20;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.044619;STB=0.599733;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0363721;OID=.;OPOS=3189380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:26:27:20:20:6:7:0.259259:2:4:14:6:3:4:14:6 chr10 3190265 . A G 35.37 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0526182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4354;QD=5.44124;RBI=0.054899;REFB=-0.0127183;REVB=-0.0156598;RO=20;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42192;STB=0.784679;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0395556;OID=.;OPOS=3190265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:1:5:10:10:1:5:10:10 chr10 3197856 . C G 93.78 PASS AF=0.324324;AO=11;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0140324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.353;QD=10.1384;RBI=0.0145333;REFB=-0.0012814;REVB=-0.00378285;RO=25;SAF=2;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.387776;STB=0.752215;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00155547;OID=.;OPOS=3197856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:11:12:0.324324:9:2:12:13:10:2:12:13 chr10 3200292 . G A 61.26 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0314587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.024;QD=6.80714;RBI=0.031591;REFB=0.00795432;REVB=-0.00288775;RO=26;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202753;STB=0.527888;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.0155559;OID=.;OPOS=3200292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:26:27:9:9:0.25:4:5:14:12:4:5:14:13 chr10 3202065 . T C 103.28 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0102922;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.672;QD=7.94434;RBI=0.0453176;REFB=-0.0170688;REVB=-0.0441334;RO=35;SAF=12;SAR=2;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417724;STB=0.775058;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0228259;OID=.;OPOS=3202065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:35:38:14:14:0.269231:2:12:20:15:2:12:21:17 chr10 3206027 . A G 74.7 PASS AF=0.20339;AO=12;DP=59;FAO=12;FDP=59;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=0.00101307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.248;QD=5.0642;RBI=0.00293415;REFB=-0.00206738;REVB=0.00275371;RO=45;SAF=7;SAR=5;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212231;STB=0.510187;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00788679;OID=.;OPOS=3206027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:59:59:45:47:12:12:0.20339:5:7:27:18:5:7:28:19 chr10 3208557 . A G 120.08 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00164965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.713;QD=14.1267;RBI=0.0207806;REFB=-0.0230653;REVB=0.020715;RO=19;SAF=3;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300166;STB=0.666405;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0225326;OID=.;OPOS=3208557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:20:14:14:0.411765:11:3:9:10:11:3:9:11 chr10 3214369 . A G 81.61 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0393825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.38;QD=8.37023;RBI=0.0433268;REFB=-0.00707154;REVB=0.018062;RO=28;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135506;STB=0.583184;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.015536;OID=.;OPOS=3214369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:5:6:12:16:5:6:12:16 chr10 4872887 . C A 115.7 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=0.0320271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.573;QD=11.0194;RBI=0.0391615;REFB=-0.00899486;REVB=-0.0225364;RO=28;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169479;STB=0.599867;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0121861;OID=.;OPOS=4872887;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:28:14:14:0.333333:8:6:8:20:8:6:8:20 chr10 4872911 . C T 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0173492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.549;QD=14.4904;RBI=0.0244546;REFB=-0.0059694;REVB=-0.0172347;RO=30;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120594;STB=0.569309;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0102854;OID=.;OPOS=4872911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:12:7:8:22:12:7:8:22 chr10 4875591 . A G 170.04 PASS AF=0.252632;AO=24;DP=95;FAO=24;FDP=95;FR=.;FRO=71;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=43;FSRR=28;FWDB=0.014385;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.7945;QD=7.15945;RBI=0.0176859;REFB=-0.000651344;REVB=0.0102889;RO=68;SAF=8;SAR=16;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308329;STB=0.698469;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00272899;OID=.;OPOS=4875591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:68:71:24:24:0.252632:16:8:40:28:16:8:43:28 chr10 4875664 . G A 87.57 PASS AF=0.211268;AO=14;DP=70;FAO=15;FDP=71;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.0356254;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7224;QD=4.93347;RBI=0.0394181;REFB=-0.000246728;REVB=0.0168705;RO=56;SAF=5;SAR=9;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243115;STB=0.672668;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.00076789;OID=.;OPOS=4875664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:70:71:56:56:14:15:0.211268:9:5:31:25:10:5:31:25 chr10 4881935 . A G 164.68 PASS AF=0.219512;AO=27;DP=123;FAO=27;FDP=123;FR=.;FRO=96;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=57;FWDB=0.0414045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6233;QD=5.35535;RBI=0.0432196;REFB=-0.00477639;REVB=0.0123938;RO=94;SAF=11;SAR=16;SRF=39;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00973605;STB=0.500935;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.0265272;OID=.;OPOS=4881935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:94:96:27:27:0.219512:16:11:39:55:16:11:39:57 chr10 4884642 . T C 76.75 PASS AF=0.168675;AO=14;DP=83;FAO=14;FDP=83;FR=.;FRO=69;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.00693901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.049;QD=3.69865;RBI=0.0082969;REFB=-0.00265066;REVB=-0.00454849;RO=69;SAF=7;SAR=7;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454285;STB=0.530078;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0122574;OID=.;OPOS=4884642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:83:83:69:69:14:14:0.168675:7:7:32:37:7:7:32:37 chr10 5019872 . ATTTTTTTTT ATTTTTTTT,ATTTTTTTTTC 51.4 PASS AF=0.24,0.28;AO=5,5;DP=26;FAO=6,7;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=3,4;FSAR=3,3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0546894,0.0254183;FXX=0.0740466;HRUN=9,1;LEN=1,1;MLLD=7.76854,21.0964;QD=8.22393;RBI=0.0720929,0.0289619;REFB=-0.102885,0.0231327;REVB=0.046973,-0.0138818;RO=12;SAF=2,2;SAR=3,3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.283121,-0.283121;STB=0.555373,0.50767;STBP=0.755,0.995;TYPE=del,ins;VARB=0.144267,-0.041086;OID=.,.;OPOS=5019873,5019882;OREF=T,-;OALT=-,C;OMAPALT=ATTTTTTTT,ATTTTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.24,0.28:5,5:26:6,7:25:12:3,4:3,3:7:5:39:12:2,2:3,3:8:4 chr10 5019959 . G A 79.86 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0141967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.952;QD=18.7911;RBI=0.0147079;REFB=-0.0340165;REVB=-0.0038438;RO=6;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325838;STB=0.666221;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0117187;OID=.;OPOS=5019959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:17:17:6:7:8:8:0.470588:2:6:2:4:2:6:3:4 chr10 5046957 . A T 96.0 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0169921;FXX=0.076864;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.575;QD=32;RBI=0.0207278;REFB=-0.105891;REVB=0.0118706;RO=2;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220927;STB=0.624739;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00154737;OID=.;OPOS=5046957;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:12:2:2:10:10:0.833333:7:3:2:0:7:3:2:0 chr10 5120157 . G T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.673;QD=42.1826;RBI=0.02941;REFB=0;REVB=0.0255353;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000513043;OID=.;OPOS=5120157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr10 5136651 . C G 1139.05 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0162022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.078;QD=59.1713;RBI=0.0202843;REFB=0.0724042;REVB=0.0122042;RO=1;SAF=41;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114027;STB=0.506023;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.000200373;OID=.;OPOS=5136651;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:35:41:1:0:35:41:1:0 chr10 5139685 . G A 543.36 PASS AF=0.973684;AO=31;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0314649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.044;QD=57.1958;RBI=0.0318336;REFB=-0.0134368;REVB=0.00483093;RO=1;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252169;STB=0.512189;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000577452;OID=.;OPOS=5139685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:31:37:0.973684:18:13:0:1:20:17:0:1 chr10 5149703 . G A 266.13 PASS AF=0.766667;AO=22;DP=31;FAO=23;FDP=30;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.000896853;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.076;QD=35.4835;RBI=0.00288681;REFB=-0.0247557;REVB=0.00274396;RO=7;SAF=13;SAR=9;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886294;STB=0.501474;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00436527;OID=.;OPOS=5149703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:31:30:7:7:22:23:0.766667:9:13:4:3:10:13:4:3 chr10 5197881 . A G 83.52 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0688075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9175;QD=20.8794;RBI=0.0710286;REFB=-0.0104445;REVB=0.0176237;RO=6;SAF=9;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10769;STB=0.562362;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0170041;OID=.;OPOS=5197881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:1:9:5:1:1:9:5:1 chr10 5199934 . G C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.140551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8907;QD=46.8466;RBI=0.150358;REFB=0;REVB=0.0534128;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00835644;OID=.;OPOS=5199934;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr10 5246584 . C A 397.23 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168072;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.757;QD=56.7475;RBI=0.0168088;REFB=0;REVB=0.000226312;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137505;OID=.;OPOS=5246584;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr10 5255025 . A G 615.96 PASS AF=0.822581;AO=49;DP=60;FAO=51;FDP=62;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0418809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.85;QD=39.7392;RBI=0.0429643;REFB=-0.115934;REVB=-0.00958717;RO=6;SAF=16;SAR=33;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00157991;STB=0.563305;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00629668;OID=.;OPOS=5255025;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:60:62:6:11:49:51:0.822581:33:16:2:4:35:16:7:4 chr10 5435918 . G A 33.09 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0301639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9133;QD=3.22814;RBI=0.061186;REFB=-0.0109312;REVB=0.053234;RO=35;SAF=3;SAR=3;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169113;STB=0.512155;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0786253;OID=.;OPOS=5435918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:3:3:17:18:3:3:17:18 chr10 5436259 . CA C,CG 625.64 PASS AF=0.0487805,0.95122;AO=9,32;DP=41;FAO=2,39;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=2,10;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0851359,0.120213;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=202.781,227.018;QD=61.0377;RBI=0.0852877,0.120214;REFB=0,0;REVB=0.00508713,0.000308107;RO=0;SAF=9,3;SAR=0,29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0257985,0.000660094;OID=.,.;OPOS=5436260,5436260;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0487805,0.95122:9,32:41:2,39:41:0:2,10:0,29:0:0:6:0:9,3:0,29:0:0 chr10 5437365 . A G 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.459;QD=57.6787;RBI=0.0400097;REFB=0;REVB=-0.0306417;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.19362e-05;OID=.;OPOS=5437365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr10 5446794 . C T 465.01 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4579;QD=58.1256;RBI=0.0270542;REFB=0;REVB=-0.021604;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000510805;OID=.;OPOS=5446794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr10 5471200 . C T 923.04 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0217676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0597;QD=56.8021;RBI=0.0218149;REFB=-0.0871206;REVB=-0.00143654;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.506665;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00114877;OID=.;OPOS=5471200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:37:27:0:0:37:27:0:1 chr10 5495218 . T C 373.44 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.915;QD=55.3249;RBI=0.0198467;REFB=0;REVB=0.0163729;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12397e-05;OID=.;OPOS=5495218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:16:10:0:0:16:11:0:0 chr10 5499704 . TA T,TT 786.23 PASS AF=1,0;AO=31,22;DP=61;FAO=58,0;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=20,0;FSAR=38,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0336469,-0.0380677;FXX=0.0333278;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.066,121.892;QD=54.2226;RBI=0.0551576,0.0529083;REFB=0,0;REVB=0.0437063,0.0367443;RO=5;SAF=4,15;SAR=27,7;SRF=1;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0393045,0.174862;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000869281,0.0301175;OID=.,.;OPOS=5499705,5499705;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:31,22:61:58,0:58:0:20,0:38,0:0:0:4:5:4,15:27,7:1:4 chr10 5567366 . G A 443.56 PASS AF=0.66129;AO=41;DP=62;FAO=41;FDP=62;FR=.;FRO=21;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0305285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.2252;QD=28.6166;RBI=0.0306061;REFB=-0.0381397;REVB=0.00217858;RO=21;SAF=27;SAR=14;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090165;STB=0.549128;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0168871;OID=.;OPOS=5567366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:21:21:41:41:0.66129:14:27:11:10:14:27:11:10 chr10 5567695 . G A 715.64 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407818;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.025;QD=57.251;RBI=0.0560349;REFB=0;REVB=0.0384286;RO=0;SAF=33;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254895;OID=.;OPOS=5567695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:16:33:0:0:17:33:0:0 chr10 5567967 . G T 486.42 PASS AF=0.755102;AO=37;DP=49;FAO=37;FDP=49;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0275541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.691;QD=39.7082;RBI=0.0336104;REFB=-0.0301662;REVB=0.0192466;RO=11;SAF=14;SAR=23;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112739;STB=0.551971;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00995872;OID=.;OPOS=5567967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:11:12:37:37:0.755102:23:14:7:4:23:14:7:5 chr10 5673528 . G A 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0473137;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.038;QD=12.7817;RBI=0.0489077;REFB=0.0062353;REVB=0.0123848;RO=14;SAF=8;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119127;STB=0.571275;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.00790644;OID=.;OPOS=5673528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:2:8:10:4:2:8:10:4 chr10 5682070 . C T 218.57 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.00946588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.747;QD=31.2241;RBI=0.0116578;REFB=-0.0125291;REVB=-0.00680451;RO=8;SAF=13;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148599;STB=0.582005;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00647985;OID=.;OPOS=5682070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:8:8:20:20:0.714286:7:13:3:5:7:13:3:5 chr10 5781628 . T G 453.43 PASS AF=0.969697;AO=33;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0233389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5563;QD=54.9613;RBI=0.0458281;REFB=0.110995;REVB=-0.03944;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.513505;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00684271;OID=.;OPOS=5781628;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:33:32:0.969697:19:14:0:0:18:14:0:1 chr10 5781969 . A T 272.48 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5915;QD=51.9005;RBI=0.0213204;REFB=0;REVB=-0.0119839;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00083999;OID=.;OPOS=5781969;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:5:16:0:0:5:16:0:0 chr10 5784151 . A G 263.97 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0543671;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.257;QD=50.2799;RBI=0.0670817;REFB=0;REVB=0.039296;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184897;OID=.;OPOS=5784151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:8:12:0:0:9:12:0:0 chr10 5788608 . G C 130.59 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.495;QD=43.5295;RBI=0.0523014;REFB=0;REVB=0.011184;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000552653;OID=.;OPOS=5788608;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:2:9:0:0:2:10:0:0 chr10 5790420 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0714731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.899;QD=45.8063;RBI=0.0715452;REFB=0;REVB=0.00321157;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128224;OID=.;OPOS=5790420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr10 5799613 . A G 853.15 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0042487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0889;QD=55.9443;RBI=0.0428278;REFB=0.0850562;REVB=-0.0426166;RO=1;SAF=30;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154718;STB=0.508194;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.00239305;OID=.;OPOS=5799613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:30:30:1:0:30:30:1:0 chr10 5804531 . G A 282.58 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.775;QD=51.3779;RBI=0.0255891;REFB=0;REVB=0.0120406;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184217;OID=.;OPOS=5804531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:11:10:0:0:12:10:0:0 chr10 5808086 . G A 775.83 PASS AF=0.965517;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0237494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.784;QD=53.5052;RBI=0.0263408;REFB=-0.0298822;REVB=0.0113933;RO=2;SAF=32;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285525;STB=0.515146;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.000676289;OID=.;OPOS=5808086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:58:2:2:55:56:0.965517:23:32:2:0:24:32:2:0 chr10 5853817 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00425814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.247;QD=43.4862;RBI=0.00549838;REFB=0;REVB=-0.00347856;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.7326e-06;OID=.;OPOS=5853817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr10 5920121 . T C 138.45 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323106;FXX=0.142755;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.793;QD=46.1483;RBI=0.0379122;REFB=0;REVB=-0.0198333;RO=0;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000523014;OID=.;OPOS=5920121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:14:12:0:0:12:12:1:1:11:0:0:1:11:0:0 chr10 5925971 . C A 256.48 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.017186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.483;QD=44.606;RBI=0.0288129;REFB=0.00166387;REVB=-0.0231263;RO=2;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920274;STB=0.549952;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.000101527;OID=.;OPOS=5925971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:9:12:0:2:9:12:0:2 chr10 6001696 . C T 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0180682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=366.463;QD=22.5809;RBI=0.0389464;REFB=-0.00271201;REVB=0.0345016;RO=7;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325033;STB=0.685386;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0014704;OID=.;OPOS=6001696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:9:3:5:2:9:3:5:2 chr10 6002368 . T G 558.21 PASS AF=0.649351;AO=50;DP=77;FAO=50;FDP=77;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0317051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0375;QD=28.9979;RBI=0.0330137;REFB=-0.0360129;REVB=-0.00920253;RO=27;SAF=23;SAR=27;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107567;STB=0.558289;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0252455;OID=.;OPOS=6002368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:27:27:50:50:0.649351:27:23:8:19:27:23:8:19 chr10 6008172 . C T 344.55 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215967;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.041;QD=55.1286;RBI=0.0492621;REFB=0;REVB=0.0442756;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000382856;OID=.;OPOS=6008172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr10 6191735 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.612;QD=50.4132;RBI=0.0328565;REFB=0;REVB=0.0249224;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000951359;OID=.;OPOS=6191735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr10 6287695 . G A 147.43 PASS AF=0.789474;AO=11;DP=15;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.104884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.27;QD=31.0369;RBI=0.106646;REFB=-0.00450617;REVB=0.0193069;RO=4;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185599;STB=0.546039;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.00146212;OID=.;OPOS=6287695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:15:19:4:4:11:15:0.789474:7:4:3:1:7:8:3:1 chr10 6392848 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00654064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.915;QD=55.0987;RBI=0.041547;REFB=0;REVB=0.0410289;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137115;OID=.;OPOS=6392848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr10 6393009 . A G 272.0 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4874;QD=51.8093;RBI=0.0316067;REFB=0;REVB=-0.0283545;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00124164;OID=.;OPOS=6393009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:11:9:0:0:11:10:0:0 chr10 6393260 . C G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.8;QD=51.1837;RBI=0.0709358;REFB=0;REVB=0.0321082;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000667495;OID=.;OPOS=6393260;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr10 6393706 . ACAGGCAGGCAGGCAGG ACAGGCAGGCAGG,ACAGGCAGGCAGGTGGT 241.86 PASS AF=0.75,0.25;AO=9,5;DP=20;FAO=15,5;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0;FSAR=11,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117583,0.00261695;FXX=0.0475964;HRUN=1,1;LEN=4,4;MLLD=145.342,150.345;QD=48.3724;RBI=0.0383555,0.0103511;REFB=0,0;REVB=0.0365087,0.0100148;RO=0;SAF=2,0;SAR=7,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.000111363,0.0154427;OID=.,.;OPOS=6393707,6393719;OREF=CAGG,CAGG;OALT=-,TGGT;OMAPALT=ACAGGCAGGCAGG,ACAGGCAGGCAGGTGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.75,0.25:9,5:20:15,5:20:0:4,0:11,5:0:0:29:0:2,0:7,5:0:0 chr10 7285632 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.898;QD=59.0184;RBI=0.0309525;REFB=0;REVB=-0.0133546;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156687;OID=.;OPOS=7285632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr10 7605067 . C T 755.45 PASS AF=0.865672;AO=58;DP=67;FAO=58;FDP=67;FR=.;FRO=9;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0182029;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=144.783;QD=45.1014;RBI=0.0284224;REFB=-0.0817263;REVB=0.0218286;RO=3;SAF=23;SAR=35;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259884;STB=0.537308;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00200989;OID=.;OPOS=7605067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:67:67:3:9:58:58:0.865672:35:23:2:1:35:23:6:3 chr10 7605077 . TC T 779.89 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0112509;FXX=0.0441112;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.8947;QD=47.9932;RBI=0.13583;REFB=0;REVB=-0.135363;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.213368;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00279638;OID=.;OPOS=7605078;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:64:66:65:65:0:27:38:0:0:14:0:27:37:0:0 chr10 7605101 . A G 1150.59 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7247;QD=60.5571;RBI=0.126522;REFB=0;REVB=-0.0618559;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000429373;OID=.;OPOS=7605101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:45:30:0:0:45:31:0:0 chr10 7618501 . A G 236.23 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0086257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.835;QD=17.4983;RBI=0.0125656;REFB=-0.0489663;REVB=0.00913737;RO=28;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286889;STB=0.516117;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0257606;OID=.;OPOS=7618501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:11:15:17:11:11:15:17:11 chr10 7618615 . G A 115.63 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=27;FWDB=-0.00151999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.4;QD=7.22705;RBI=0.019426;REFB=-0.0145919;REVB=-0.0193664;RO=46;SAF=10;SAR=7;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208276;STB=0.618045;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0627423;OID=.;OPOS=7618615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:46:47:17:17:0.265625:7:10:19:27:7:10:20:27 chr10 7618686 . T G 58.58 PASS AF=0.236842;AO=7;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.00440867;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.96;QD=6.16624;RBI=0.0174642;REFB=-0.0125078;REVB=0.0168986;RO=30;SAF=3;SAR=4;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322673;STB=0.681453;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0485868;OID=.;OPOS=7618686;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:38:38:30:29:7:9:0.236842:4:3:21:9:5:4:20:9 chr10 7621932 . C T 91.81 PASS AF=0.285714;AO=12;DP=42;FAO=12;FDP=42;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00317518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.665;QD=8.74368;RBI=0.0188269;REFB=-0.0192829;REVB=0.0185572;RO=30;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428424;STB=0.526271;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0620398;OID=.;OPOS=7621932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:30:30:12:12:0.285714:8:4:11:19:8:4:11:19 chr10 7679393 . C T 471.13 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00489047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5403;QD=55.4272;RBI=0.0580848;REFB=-0.000681107;REVB=-0.0578786;RO=1;SAF=26;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176365;STB=0.509428;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.00049577;OID=.;OPOS=7679393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:7:26:1:0:7:26:1:0 chr10 7763661 . A G 1288.61 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237771;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.801;QD=62.1018;RBI=0.0352758;REFB=0;REVB=0.0260582;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.61645e-05;OID=.;OPOS=7763661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:38:45:0:0:38:45:0:0 chr10 7780646 . C G 363.29 PASS AF=0.396396;AO=42;DP=110;FAO=44;FDP=111;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=39;FWDB=0.00118511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.2179;QD=13.0915;RBI=0.0281226;REFB=0.00937532;REVB=0.0280976;RO=66;SAF=22;SAR=20;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106841;STB=0.563007;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.0153317;OID=.;OPOS=7780646;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:66:67:42:44:0.396396:20:22:28:38:21:23:28:39 chr10 7797903 . C CAACT 168.99 PASS AF=0.933333;AO=12;DP=18;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00520023;FXX=0.210416;HRUN=2;LEN=4;MLLD=197.312;QD=45.0647;RBI=0.00532037;REFB=-0.0939786;REVB=-0.00112427;RO=1;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069361;STB=0.538406;STBP=0.326;TYPE=ins;VARB=0.00209673;OID=.;OPOS=7797904;OREF=-;OALT=AACT;OMAPALT=CAACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.933333:12:18:14:15:1:8:6:0:1:7:1:6:6:0:1 chr10 7798033 . A T 270.04 PASS AF=0.722222;AO=19;DP=35;FAO=26;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0789877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=25.391;QD=30.0047;RBI=0.188606;REFB=-0.0534694;REVB=0.171269;RO=7;SAF=6;SAR=13;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102225;STB=0.594516;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0250371;OID=.;OPOS=7798033;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:35:36:7:10:19:26:0.722222:13:6:1:6:20:6:5:5 chr10 8116079 . C T 135.88 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00686447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.922;QD=9.70578;RBI=0.0108944;REFB=-0.00948423;REVB=-0.00845975;RO=38;SAF=6;SAR=12;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253564;STB=0.650433;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0157279;OID=.;OPOS=8116079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:12:6:21:17:12:6:21:17 chr10 11299735 . A T 754.98 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00330949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.77;QD=62.9154;RBI=0.0198597;REFB=0;REVB=0.019582;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012446;OID=.;OPOS=11299735;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:28:19:0:0:29:19:0:0 chr10 11330436 . G A 270.13 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0131925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.582;QD=22.99;RBI=0.0383972;REFB=-0.0165724;REVB=0.0360597;RO=22;SAF=21;SAR=4;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153403;STB=0.586516;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0108042;OID=.;OPOS=11330436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:4:21:16:6:4:21:16:6 chr10 11356160 . C T 1268.14 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276434;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.732;QD=61.1151;RBI=0.0283509;REFB=0;REVB=-0.0062942;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321176;OID=.;OPOS=11356160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:79:83:1:43:36:0:0:43:40:0:0 chr10 11373418 . A ATC 578.66 PASS AF=0.65;AO=43;DP=82;FAO=52;FDP=80;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0101621;FXX=0.0361402;HRUN=1;LEN=2;MLLD=200.788;QD=28.933;RBI=0.0353609;REFB=-0.00388768;REVB=-0.0338693;RO=28;SAF=22;SAR=21;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432052;STB=0.538447;STBP=0.365;TYPE=ins;VARB=0.00152713;OID=.;OPOS=11373419;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=ATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.65:43:82:52:80:28:24:28:16:12:99:28:22:21:16:12 chr10 11373420 . G C 90.03 PASS AF=0.189873;AO=15;DP=86;FAO=15;FDP=79;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-2.47483e-05;FXX=0.0813859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2823;QD=4.55843;RBI=0.0872178;REFB=-0.0119359;REVB=-0.0872178;RO=57;SAF=12;SAR=3;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.455937;STB=0.811475;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00825011;OID=.;OPOS=11373420;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:86:79:57:64:15:15:0.189873:3:12:25:32:3:12:26:38 chr10 11502653 . TAA TA,TAT 69.14 PASS AF=0.4375,0;AO=20,3;DP=48;FAO=21,0;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=6,0;FSAR=15,0;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.136671,-0.0495113;FXX=0.039992;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=9.57764,127.854;QD=5.76188;RBI=0.197867,0.109365;REFB=-0.0749181,-0.0126992;REVB=-0.143081,-0.0975154;RO=19;SAF=9,0;SAR=11,3;SRF=11;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.111128,-0.629797;STB=0.696779,0.5;STBP=0.033,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0141585,0;OID=.,.;OPOS=11502654,11502655;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TA,TAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375,0:20,3:48:21,0:48:27:6,0:15,0:17:10:68:19:9,0:11,3:11:8 chr10 11504313 . C T 747.04 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0618848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.943;QD=63.578;RBI=0.100759;REFB=0;REVB=-0.079515;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00185984;OID=.;OPOS=11504313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr10 11505175 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=352.998;QD=33.4285;RBI=0.0716279;REFB=0;REVB=0.0665496;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451696;OID=.;OPOS=11505175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr10 11789382 . G A 526.76 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00182854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1245;QD=56.9473;RBI=0.0082746;REFB=0.0348577;REVB=-0.00807003;RO=1;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322556;STB=0.517232;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00126439;OID=.;OPOS=11789382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:14:22:0:1:14:22:0:1 chr10 11789405 . G A 631.49 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0045584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7131;QD=61.6092;RBI=0.0249404;REFB=0;REVB=0.0245203;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103026;OID=.;OPOS=11789405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:39:41:1:17:22:0:0:17:24:0:0 chr10 11797436 . T C 684.23 PASS AF=0.944444;AO=50;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0192978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9163;QD=50.6839;RBI=0.0200462;REFB=-0.157618;REVB=-0.00542641;RO=3;SAF=29;SAR=21;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462435;STB=0.524581;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00533357;OID=.;OPOS=11797436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:3:3:50:51:0.944444:21:29:3:0:22:29:3:0 chr10 11797467 . G A 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00656676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.472;QD=57.3858;RBI=0.0676355;REFB=0;REVB=0.067316;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189415;OID=.;OPOS=11797467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr10 11805249 . T C 113.82 PASS AF=0.257576;AO=17;DP=66;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=0.0133034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.7386;QD=6.89831;RBI=0.029135;REFB=-0.00733531;REVB=-0.0259204;RO=48;SAF=5;SAR=12;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0832764;STB=0.562042;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0219371;OID=.;OPOS=11805249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:48:49:17:17:0.257576:12:5:17:31:12:5:18:31 chr10 11805339 . C T 432.19 PASS AF=0.56;AO=41;DP=74;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0148678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.081;QD=23.05;RBI=0.019462;REFB=-0.0228192;REVB=-0.0125585;RO=33;SAF=11;SAR=30;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223985;STB=0.626651;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0130722;OID=.;OPOS=11805339;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:33:33:41:42:0.56:30:11:17:16:31:11:17:16 chr10 11805354 . A G 976.33 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00469864;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.754;QD=59.1716;RBI=0.0179993;REFB=0;REVB=0.0173752;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31397e-05;OID=.;OPOS=11805354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:40:26:0:0:40:26:0:0 chr10 11805357 . G A 965.31 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0935878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2054;QD=57.6305;RBI=0.108227;REFB=0;REVB=0.0543539;RO=1;SAF=26;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178214;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0024337;OID=.;OPOS=11805357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:1:0:65:67:1:39:26:1:0:40:27:0:0 chr10 11911625 . C T 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0919242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.262;QD=7.83601;RBI=0.0920411;REFB=-0.0299913;REVB=-0.00463918;RO=16;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343725;STB=0.723385;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0480434;OID=.;OPOS=11911625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:6:1:6:10:6:1:6:10 chr10 12071110 . G A 349.8 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00613343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.534;QD=17.7112;RBI=0.0174085;REFB=-0.0127465;REVB=-0.0162923;RO=42;SAF=23;SAR=14;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499523;STB=0.527962;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.02036;OID=.;OPOS=12071110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:42:42:37:37:0.468354:14:23:24:18:14:23:24:18 chr10 12111090 . T C 1506.4 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0388819;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7052;QD=63.4273;RBI=0.0497991;REFB=0;REVB=0.0311151;RO=0;SAF=48;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.40008e-05;OID=.;OPOS=12111090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:47:48:0:0:47:48:0:0 chr10 12131081 . T G 268.67 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0083448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5318;QD=22.3894;RBI=0.0114137;REFB=-0.0031763;REVB=-0.007787;RO=23;SAF=18;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189681;STB=0.606652;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=0.0064838;OID=.;OPOS=12131081;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:7:18:12:11:7:18:12:11 chr10 12143105 . C G 333.88 PASS AF=0.514706;AO=34;DP=68;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.00155075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.055;QD=19.6399;RBI=0.0333215;REFB=-0.0119175;REVB=-0.0332854;RO=33;SAF=21;SAR=13;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198584;STB=0.599943;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0111281;OID=.;OPOS=12143105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:33:34:35:0.514706:13:21:13:20:14:21:13:20 chr10 12148259 . A C 726.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.579;QD=63.1759;RBI=0.0271394;REFB=0;REVB=-0.00116703;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.78862e-05;OID=.;OPOS=12148259;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:29:16:0:0:30:16:0:0 chr10 12148286 . T C 715.92 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000349537;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.8244;QD=57.2738;RBI=0.0342375;REFB=0;REVB=0.0342357;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342579;OID=.;OPOS=12148286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:32:18:0:0:32:18:0:0 chr10 12149939 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00422487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.123;QD=48.7373;RBI=0.0101978;REFB=0;REVB=0.0092815;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21109e-05;OID=.;OPOS=12149939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr10 12191933 . C T 233.39 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=-0.0274455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.529;QD=12.7885;RBI=0.0297387;REFB=-0.00626809;REVB=-0.0114513;RO=44;SAF=11;SAR=17;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167838;STB=0.599934;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0146822;OID=.;OPOS=12191933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:45:28:28:0.383562:17:11:11:33:17:11:11:34 chr10 12209752 . T C 346.08 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0139575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.666;QD=19.4972;RBI=0.0156835;REFB=-0.00308104;REVB=0.00715276;RO=34;SAF=11;SAR=25;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183645;STB=0.596704;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00173456;OID=.;OPOS=12209752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:35:36:36:0.507042:25:11:17:17:25:11:17:18 chr10 12212186 . T A 163.76 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00422566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.43;QD=13.3678;RBI=0.00453343;REFB=-0.00587316;REVB=0.00164187;RO=31;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0078536;STB=0.504582;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0105153;OID=.;OPOS=12212186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:10:8:14:17:10:8:14:17 chr10 12292344 . A G 120.83 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0346159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.128;QD=14.6458;RBI=0.0346548;REFB=-0.0207812;REVB=-0.00164082;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171518;STB=0.599854;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0246108;OID=.;OPOS=12292344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:9:5:10:9:9:5:10:9 chr10 12292454 . A G 135.94 PASS AF=0.327273;AO=17;DP=54;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=30;FWDB=0.00232769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.547;QD=9.88648;RBI=0.0101633;REFB=-0.00703324;REVB=-0.00989311;RO=36;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277604;STB=0.680683;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0302983;OID=.;OPOS=12292454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:36:37:17:18:0.327273:10:7:7:29:10:8:7:30 chr10 12695177 . A G 950.17 PASS AF=0.896104;AO=65;DP=77;FAO=69;FDP=77;FR=.;FRO=8;FSAF=22;FSAR=47;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.018412;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=158.332;QD=49.3593;RBI=0.0195024;REFB=-0.022488;REVB=-0.00642996;RO=0;SAF=20;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521325;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00133497;OID=.;OPOS=12695177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:77:77:0:8:65:69:0.896104:45:20:0:0:47:22:4:4 chr10 12867598 . C G 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0258428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2265;QD=17.9407;RBI=0.0469195;REFB=-0.0151157;REVB=-0.0391611;RO=21;SAF=5;SAR=14;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129554;STB=0.592042;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.021865;OID=.;OPOS=12867598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:22:19:19:0.463415:14:5:8:13:14:5:9:13 chr10 12940455 . A G 491.18 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00122525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7351;QD=57.7854;RBI=0.015286;REFB=0;REVB=0.0152368;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.56119e-05;OID=.;OPOS=12940455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:31:34:1:20:11:0:0:20:14:0:0 chr10 13152400 . T A 176.91 PASS AF=0.387755;AO=18;DP=48;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00622746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.352;QD=14.442;RBI=0.0160764;REFB=-0.0049213;REVB=0.0148213;RO=30;SAF=6;SAR=12;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185813;STB=0.618918;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00643861;OID=.;OPOS=13152400;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:30:30:18:19:0.387755:12:6:15:15:13:6:15:15 chr10 13158262 . C T 191.59 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00898924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.498;QD=47.8981;RBI=0.0699218;REFB=0;REVB=0.0693415;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438074;OID=.;OPOS=13158262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:8:7:0:0:9:7:0:0 chr10 13166076 . A G 610.96 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0367607;FXX=0.0465008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.441;QD=59.6058;RBI=0.0438934;REFB=0.0165679;REVB=-0.0239851;RO=1;SAF=10;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158949;STB=0.508193;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.000843782;OID=.;OPOS=13166076;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:41:1:1:39:40:0.97561:29:10:0:1:30:10:0:1 chr10 13206233 . A T 1075.14 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.047405;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.027;QD=58.9116;RBI=0.0525773;REFB=0;REVB=0.0227408;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010612;OID=.;OPOS=13206233;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:72:73:0:0:71:73:1:37:34:0:0:37:36:0:0 chr10 13214427 . A G 171.21 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00703508;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.536;QD=17.56;RBI=0.00963322;REFB=-0.0106241;REVB=0.00658077;RO=21;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0389249;STB=0.52223;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.012795;OID=.;OPOS=13214427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:11:7:9:12:11:7:9:12 chr10 13224970 . G A 152.74 PASS AF=0.352941;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0259321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5341;QD=11.9793;RBI=0.0259623;REFB=-0.0111246;REVB=0.0012513;RO=33;SAF=7;SAR=11;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173367;STB=0.601637;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0183011;OID=.;OPOS=13224970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:33:33:18:18:0.352941:11:7:18:15:11:7:18:15 chr10 13230950 . C T 194.85 PASS AF=0.380952;AO=22;DP=61;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0219637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.171;QD=12.3715;RBI=0.0220976;REFB=-0.0172146;REVB=-0.00242906;RO=39;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1479;STB=0.606211;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0216167;OID=.;OPOS=13230950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:39:39:22:24:0.380952:10:12:16:23:10:14:16:23 chr10 13275553 . T G 175.68 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.38;QD=46.848;RBI=0.0387317;REFB=0;REVB=0.0368716;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407604;OID=.;OPOS=13275553;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:9:5:0:0:9:6:0:0 chr10 13337588 . G A 501.1 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.843;QD=58.9529;RBI=0.0164722;REFB=0;REVB=-0.0128421;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.47725e-06;OID=.;OPOS=13337588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:20:13:0:0:20:14:0:0 chr10 13350198 . G C 223.32 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00718543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1102;QD=26.2729;RBI=0.00720207;REFB=-0.00340299;REVB=0.000489396;RO=13;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762441;STB=0.542332;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00248095;OID=.;OPOS=13350198;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:13:21:21:0.617647:12:9:7:6:12:9:7:6 chr10 13364914 . C G 555.63 PASS AF=0.597701;AO=41;DP=86;FAO=52;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.11177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.07;QD=25.5463;RBI=0.111781;REFB=-0.0133487;REVB=0.00153424;RO=34;SAF=25;SAR=16;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084959;STB=0.579035;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00612954;OID=.;OPOS=13364914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:34:35:41:52:0.597701:16:25:24:10:25:27:25:10 chr10 13375906 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00995272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.069;QD=56.9383;RBI=0.0115686;REFB=0;REVB=0.00589721;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.10699e-05;OID=.;OPOS=13375906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr10 13481427 . T A 725.07 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0295417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9077;QD=59.1893;RBI=0.0503647;REFB=-0.237567;REVB=0.0407908;RO=2;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521576;STB=0.527766;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00917862;OID=.;OPOS=13481427;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:49:49:2:2:47:47:0.959184:17:30:0:2:17:30:0:2 chr10 13494594 . T C 1320.83 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00131494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.975;QD=62.1565;RBI=0.0207809;REFB=0;REVB=0.0207393;RO=0;SAF=31;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.322e-05;OID=.;OPOS=13494594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:54:31:0:0:54:31:0:0 chr10 13542069 . T A 273.05 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.032491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.18;QD=17.6161;RBI=0.0384303;REFB=-0.00605245;REVB=0.0205238;RO=31;SAF=20;SAR=10;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284588;STB=0.666556;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0113616;OID=.;OPOS=13542069;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:32:30:30:0.483871:10:20:11:20:10:20:11:21 chr10 13633835 . A G 1044.13 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339078;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4979;QD=59.6646;RBI=0.0610134;REFB=0;REVB=-0.0507237;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122279;OID=.;OPOS=13633835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:33:36:0:0:33:37:0:0 chr10 13685766 . G A 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.851;QD=51.915;RBI=0.0248059;REFB=0;REVB=0.0212014;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189619;OID=.;OPOS=13685766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr10 13687890 . G A 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0673452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.873;QD=9.19976;RBI=0.0689269;REFB=-0.0130908;REVB=0.0146815;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413404;STB=0.752737;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0142261;OID=.;OPOS=13687890;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:5:2:9:4:5:2:9:4 chr10 13735947 . A G 201.29 PASS AF=0.313253;AO=26;DP=84;FAO=26;FDP=83;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=-0.0156443;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.175;QD=9.70085;RBI=0.0432505;REFB=-0.013542;REVB=-0.0403219;RO=55;SAF=8;SAR=18;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118107;STB=0.560118;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0318135;OID=.;OPOS=13735947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:55:57:26:26:0.313253:18:8:22:33:18:8:22:35 chr10 14705417 . T C 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0275158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8492;QD=15.9167;RBI=0.0276419;REFB=-0.00911677;REVB=-0.00263714;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372597;STB=0.710954;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00851562;OID=.;OPOS=14705417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:6:7:2:13:6:7:2:13 chr10 14705494 . G C 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0147098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5945;QD=11.369;RBI=0.0188937;REFB=-0.00356719;REVB=0.0118573;RO=19;SAF=2;SAR=9;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36558;STB=0.722175;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00735222;OID=.;OPOS=14705494;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:9:2:9:10:9:2:9:10 chr10 14976414 . G A 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00982917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.982;QD=24.293;RBI=0.0274856;REFB=-0.0163365;REVB=0.025668;RO=13;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885881;STB=0.504945;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0126074;OID=.;OPOS=14976414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:9:10:7:6:9:10:7:6 chr10 15008492 . A AC 141.52 PASS AF=0.538462;AO=5;DP=42;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0363209;FXX=0.0487686;HRUN=0;LEN=1;MLLD=236.931;QD=14.5152;RBI=0.04023;REFB=-0.0098589;REVB=-0.0172988;RO=37;SAF=0;SAR=5;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.618262;STB=0.58201;STBP=0.295;TYPE=ins;VARB=0.0152863;OID=.;OPOS=15008493;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:5:42:21:39:18:8:13:10:8:99:37:0:5:18:19 chr10 15008493 . A C 145.57 PASS AF=0.4;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0115986;FXX=0.0476077;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.164;QD=14.5569;RBI=0.0135134;REFB=-0.0201353;REVB=0.00693432;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861018;STB=0.549938;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0243204;OID=.;OPOS=15008493;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:40:24:24:16:16:0.4:8:8:10:14:8:8:10:14 chr10 15573050 . A G 1659.56 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.48;QD=60.3475;RBI=0.0648387;REFB=0;REVB=0.0589139;RO=0;SAF=46;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176122;OID=.;OPOS=15573050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:64:46:0:0:64:46:0:0 chr10 15713667 . C A,G 241.29 PASS AF=0.1,0.9;AO=3,15;DP=19;FAO=2,18;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=2,5;FSAR=0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0427645,-0.0309419;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=59.0995,160.67;QD=48.2587;RBI=0.043836,0.0478345;REFB=0,0;REVB=-0.00963317,0.0364793;RO=0;SAF=3,4;SAR=0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.33019e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0436131,-0.00194744;OID=.,.;OPOS=15713667,15713667;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:19:20:0:0:3,15:2,18:0.1,0.9:0,11:3,4:0:0:0,13:2,5:0:0 chr10 16547058 . A G 1189.14 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.484;QD=60.9817;RBI=0.0170393;REFB=0;REVB=0.00210786;RO=0;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96145e-05;OID=.;OPOS=16547058;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:46:31:0:0:47:31:0:0 chr10 16562600 . G A 524.76 PASS AF=0.495495;AO=54;DP=110;FAO=55;FDP=111;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.0127166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.975;QD=18.9101;RBI=0.0318878;REFB=-0.00772447;REVB=0.0292424;RO=56;SAF=20;SAR=34;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202987;STB=0.615215;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00358124;OID=.;OPOS=16562600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:56:56:54:55:0.495495:34:20:33:23:35:20:33:23 chr10 16794623 . C T 366.94 PASS AF=0.438202;AO=39;DP=89;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0354907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.359;QD=16.4915;RBI=0.0441962;REFB=-0.0112985;REVB=0.0263384;RO=50;SAF=15;SAR=24;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21472;STB=0.620628;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.011596;OID=.;OPOS=16794623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:50:50:39:39:0.438202:24:15:30:20:24:15:30:20 chr10 16796919 . C A 277.0 PASS AF=0.449275;AO=30;DP=68;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0164465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.322;QD=16.0581;RBI=0.0264861;REFB=-0.0125052;REVB=0.0207612;RO=37;SAF=17;SAR=13;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157056;STB=0.601606;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0106714;OID=.;OPOS=16796919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:37:38:30:31:0.449275:13:17:15:22:13:18:15:23 chr10 16882518 . T C 394.51 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00474464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.864;QD=19.9753;RBI=0.00903228;REFB=-0.0280373;REVB=0.00768573;RO=38;SAF=20;SAR=20;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925934;STB=0.544282;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0221565;OID=.;OPOS=16882518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:38:39:40:40:0.506329:20:20:15:23:20:20:16:23 chr10 16918972 . A G 405.53 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0278781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.999;QD=22.5296;RBI=0.0283131;REFB=-0.0193049;REVB=0.00494388;RO=32;SAF=18;SAR=22;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0907465;STB=0.549975;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0142347;OID=.;OPOS=16918972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:40:40:0.555556:22:18:18:14:22:18:18:14 chr10 16943371 . G C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.643;QD=62.671;RBI=0.0210802;REFB=0;REVB=0.0113499;RO=0;SAF=10;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74446e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.45875e-06;OID=.;OPOS=16943371;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:34:10:0:0:34:10:0:0 chr10 16967359 . CAAA CAA,CAAC 207.62 PASS AF=0.705882,0.294118;AO=5,5;DP=34;FAO=24,10;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.776264,0.125778;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=6.10372,175.456;QD=24.4263;RBI=0.78168,0.156108;REFB=-0.063646,-0.00918044;REVB=0.0918549,0.0924655;RO=16;SAF=5,0;SAR=0,5;SRF=16;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.859581;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0688842,0.000900353;OID=.,.;OPOS=16967360,16967362;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=CAA,CAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.705882,0.294118:5,5:34:24,10:34:0:24,0:0,10:0:0:67:16:5,0:0,5:16:0 chr10 16967401 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.461;QD=59.4355;RBI=0.0296442;REFB=0;REVB=-0.0195381;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70122e-05;OID=.;OPOS=16967401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr10 16979606 . G T 61.74 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0577793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5385;QD=7.26398;RBI=0.0584766;REFB=-0.0207331;REVB=-0.00900362;RO=25;SAF=5;SAR=4;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152022;STB=0.594396;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0507373;OID=.;OPOS=16979606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:4:5:17:8:4:5:17:8 chr10 16979661 . T C 113.4 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0377214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.839;QD=7.95762;RBI=0.0381927;REFB=-0.00632904;REVB=0.00598182;RO=39;SAF=8;SAR=8;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136281;STB=0.578851;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0631083;OID=.;OPOS=16979661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:39:41:16:16:0.280702:8:8:24:15:8:8:25:16 chr10 16982061 . C T 231.05 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00659642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.097;QD=16.5039;RBI=0.00700931;REFB=-0.0410458;REVB=0.00237015;RO=30;SAF=15;SAR=11;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225367;STB=0.512702;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0300534;OID=.;OPOS=16982061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:11:15:18:12:11:15:18:12 chr10 16990552 . G A 482.69 PASS AF=0.490385;AO=51;DP=97;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=43;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=0.0170379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.3732;QD=18.5649;RBI=0.0297738;REFB=-0.0154987;REVB=0.024417;RO=46;SAF=8;SAR=43;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3123;STB=0.67507;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0126667;OID=.;OPOS=16990552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:104:46:53:51:51:0.490385:43:8:19:27:43:8:21:32 chr10 17024503 . G A 202.13 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0102133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.398;QD=12.0673;RBI=0.0378972;REFB=-0.0129207;REVB=-0.036495;RO=42;SAF=15;SAR=10;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135598;STB=0.57825;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0217131;OID=.;OPOS=17024503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:42:42:25:25:0.373134:10:15:20:22:10:15:20:22 chr10 17024615 . A T 114.73 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0315722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.143;QD=10.4299;RBI=0.032444;REFB=-0.00264025;REVB=0.00747054;RO=30;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072975;STB=0.543563;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.00493739;OID=.;OPOS=17024615;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:8:6:11:19:8:6:11:19 chr10 17085932 . C T 174.06 PASS AF=0.272727;AO=24;DP=88;FAO=24;FDP=88;FR=.;FRO=64;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0242986;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.22;QD=7.91184;RBI=0.0243484;REFB=-0.0073994;REVB=0.00155737;RO=64;SAF=10;SAR=14;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640062;STB=0.538429;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0265748;OID=.;OPOS=17085932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:64:64:24:24:0.272727:14:10:30:34:14:10:30:34 chr10 17113563 . C T 377.35 PASS AF=0.407407;AO=44;DP=108;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.00435266;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7585;QD=13.9759;RBI=0.0150841;REFB=-0.0305932;REVB=-0.0144425;RO=64;SAF=19;SAR=25;SRF=28;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00606571;STB=0.503426;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.0452488;OID=.;OPOS=17113563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:64:64:44:44:0.407407:25:19:28:36:25:19:28:36 chr10 17147521 . G T 1152.95 PASS AF=0.951807;AO=78;DP=83;FAO=79;FDP=83;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0128852;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8017;QD=55.5637;RBI=0.0739491;REFB=0.00293893;REVB=-0.0728179;RO=3;SAF=41;SAR=37;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333785;STB=0.510577;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.00341018;OID=.;OPOS=17147521;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:83:83:3:4:78:79:0.951807:37:41:3:0:37:42:3:1 chr10 17156151 . A G 1046.74 PASS AF=0.96;AO=71;DP=76;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0185356;FXX=0.0131562;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.16;QD=55.8261;RBI=0.0195149;REFB=-0.0776155;REVB=0.00610437;RO=3;SAF=27;SAR=44;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00381799;STB=0.501779;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.000383407;OID=.;OPOS=17156151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:75:3:3:71:72:0.96:44:27:1:2:45:27:1:2 chr10 17187634 . G C 188.7 PASS AF=0.415094;AO=21;DP=52;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00953653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.243;QD=14.2415;RBI=0.0236119;REFB=-0.00374517;REVB=0.0216004;RO=31;SAF=12;SAR=9;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242671;STB=0.52546;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00580428;OID=.;OPOS=17187634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:31:31:21:22:0.415094:9:12:17:14:9:13:17:14 chr10 17204187 . G A 51.0 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0624205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4131;QD=5.36823;RBI=0.0636782;REFB=0.000124392;REVB=-0.0125936;RO=30;SAF=6;SAR=2;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443855;STB=0.786825;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-0.00648732;OID=.;OPOS=17204187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:38:38:30:30:8:8:0.210526:2:6:11:19:2:6:11:19 chr10 17204247 . A T 48.8 PASS AF=0.777778;AO=6;DP=8;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0157362;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=120.792;QD=21.6908;RBI=0.0678366;REFB=0.0718827;REVB=0.0659862;RO=2;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284202;STB=0.666171;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.000362684;OID=.;OPOS=17204247;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:8:9:2:2:6:7:0.777778:4:2:2:0:5:2:2:0 chr10 17210822 . A C 133.85 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00503988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.466;QD=25.4947;RBI=0.0134305;REFB=-0.0262023;REVB=0.0124491;RO=7;SAF=7;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424322;STB=0.523776;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0207096;OID=.;OPOS=17210822;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:7:7:3:4:7:7:3:4 chr10 17216556 . C T 144.02 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0525448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7886;QD=15.1602;RBI=0.12593;REFB=0.0429093;REVB=0.114444;RO=22;SAF=12;SAR=4;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357915;STB=0.708061;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.0505218;OID=.;OPOS=17216556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:22:22:16:16:0.421053:4:12:9:13:4:12:9:13 chr10 17256270 . TTA T,TAA 204.36 PASS AF=0.402299,0;AO=12,17;DP=104;FAO=35,0;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=28,0;FSAR=7,0;FSRF=14;FSRR=38;FWDB=-0.22142,-0.151618;FXX=0.112233;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=20.6937,14.3613;QD=9.39573;RBI=0.227251,0.160492;REFB=-0.0136871,0.0207621;REVB=0.0511507,0.052628;RO=62;SAF=10,17;SAR=2,0;SRF=27;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.494734,0.776259;STB=0.810637,0.5;STBP=0,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0283405,0.0561269;OID=.,.;OPOS=17256271,17256271;OREF=TA,T;OALT=-,A;OMAPALT=T,TAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.402299,0:12,17:104:35,0:87:52:28,0:7,0:14:38:99:62:10,17:2,0:27:35 chr10 17256340 . T A 82.43 PASS AF=0.173469;AO=16;DP=93;FAO=17;FDP=98;FR=.;FRO=81;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=49;FSRR=32;FWDB=-0.000547194;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=30.5145;QD=3.36465;RBI=0.00907528;REFB=-0.0204636;REVB=0.00905877;RO=77;SAF=1;SAR=15;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.662044;STB=0.942884;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.109675;OID=.;OPOS=17256340;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:93:98:77:81:16:17:0.173469:15:1:45:32:16:1:49:32 chr10 17256343 . TTA T,TTT 231.85 PASS AF=0.622642,0;AO=19,23;DP=111;FAO=33,0;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=25,0;FSAR=8,0;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0543613,-0.0126451;FXX=0.345636;HRUN=5,6;LEN=2,1;MLLD=15.3252,10.1371;QD=17.4979;RBI=0.150842,0.314072;REFB=-0.135136,0.0689547;REVB=-0.140706,-0.313818;RO=43;SAF=15,0;SAR=4,23;SRF=20;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.404342,-0.812635;STB=0.574665,0.5;STBP=0.21,1;TYPE=del,snp;VARB=0.180137,-0.159704;OID=.,.;OPOS=17256344,17256345;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.622642,0:19,23:111:33,0:53:20:25,0:8,0:12:8:99:43:15,0:4,23:20:23 chr10 17256349 . A T 49.09 PASS AF=0.103175;AO=6;DP=123;FAO=13;FDP=126;FR=.;FRO=113;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=72;FWDB=-0.0163179;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=202.848;QD=1.55841;RBI=0.0277074;REFB=-0.00049905;REVB=-0.0223926;RO=113;SAF=1;SAR=5;SRF=41;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212717;STB=0.856463;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0103074;OID=.;OPOS=17256349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:123:126:113:113:6:13:0.103175:5:1:41:72:12:1:41:72 chr10 17256354 . ATT ATA,AT 1095.26 PASS AF=0.274194,0.717742;AO=32,51;DP=125;FAO=34,89;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=0,30;FSAR=34,59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0654712,0.876158;FXX=0.00799936;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=204.251,13.0329;QD=35.3308;RBI=0.0657878,0.876202;REFB=-0.00230501,-0.0902437;REVB=-0.00644639,0.00875524;RO=29;SAF=0,5;SAR=32,46;SRF=21;SRR=8;SSEN=0,0.448276;SSEP=0,0;SSSB=-0.872199,-0.5709;STB=0.5,0.504201;STBP=1,0.611;TYPE=snp,del;VARB=0.035306,0.0122357;OID=.,.;OPOS=17256356,17256355;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.274194,0.717742:32,51:125:34,89:124:1:0,30:34,59:0:1:99:29:0,5:32,46:21:8 chr10 17636309 . G A 161.51 PASS AF=0.344262;AO=21;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.025094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3429;QD=10.591;RBI=0.0306328;REFB=-0.00331609;REVB=0.0175686;RO=40;SAF=7;SAR=14;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193474;STB=0.613525;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00678969;OID=.;OPOS=17636309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:21:21:0.344262:14:7:20:20:14:7:20:20 chr10 17891705 . A G 1752.82 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135451;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.293;QD=60.9675;RBI=0.0135516;REFB=0;REVB=0.000419652;RO=1;SAF=30;SAR=83;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00568716;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17599e-05;OID=.;OPOS=17891705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:114:115:1:0:113:115:1:83:30:0:1:84:31:0:0 chr10 18122716 . A G 630.0 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.024846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8097;QD=57.2725;RBI=0.0289478;REFB=-0.148054;REVB=-0.0148543;RO=1;SAF=32;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0446315;STB=0.545432;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00427523;OID=.;OPOS=18122716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:44:44:1:2:42:42:0.954545:10:32:0:1:10:32:0:2 chr10 18242304 . T C 670.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.408;QD=62.3458;RBI=0.0306767;REFB=0;REVB=-0.0194081;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88477e-05;OID=.;OPOS=18242304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr10 18242311 . A G 287.87 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0457842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1123;QD=25.0322;RBI=0.0505361;REFB=-0.0278261;REVB=-0.021394;RO=20;SAF=7;SAR=19;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315665;STB=0.676015;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00974375;OID=.;OPOS=18242311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:19:7:13:7:19:7:13:7 chr10 18266989 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.384;QD=48.7371;RBI=0.0135975;REFB=0;REVB=-0.000977042;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.51657e-05;OID=.;OPOS=18266989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr10 18829981 . A ATGTT 670.12 PASS AF=0.811594;AO=49;DP=71;FAO=56;FDP=69;FR=.;FRO=13;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0210532;FXX=0.028165;HRUN=1;LEN=4;MLLD=191.866;QD=38.8476;RBI=0.0211828;REFB=-0.0254102;REVB=0.00233948;RO=15;SAF=24;SAR=25;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769985;STB=0.542901;STBP=0.147;TYPE=ins;VARB=0.00473356;OID=.;OPOS=18829982;OREF=-;OALT=TGTT;OMAPALT=ATGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.811594:49:71:56:69:13:26:30:9:4:76:15:24:25:10:5 chr10 18965160 . G A 206.24 PASS AF=0.390625;AO=24;DP=65;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.0232236;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.578;QD=12.8902;RBI=0.0542382;REFB=-0.0162107;REVB=-0.0490148;RO=39;SAF=14;SAR=10;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289892;STB=0.650253;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0179708;OID=.;OPOS=18965160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:39:39:24:25:0.390625:10:14:12:27:11:14:12:27 chr10 19492832 . A C 713.6 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.776;QD=54.8925;RBI=0.0587853;REFB=-0.125016;REVB=0.014835;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135596;OID=.;OPOS=19492832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:51:52:0:0:50:52:1:28:22:0:0:29:23:0:0 chr10 19498278 . G A 940.79 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021827;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=337.62;QD=58.7996;RBI=0.0299953;REFB=0;REVB=0.0205742;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.74871e-05;OID=.;OPOS=19498278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:27:37:0:0:27:37:0:0 chr10 19640982 . C T 207.65 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0259327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2351;QD=15.1015;RBI=0.0259665;REFB=-0.000254301;REVB=0.00132382;RO=31;SAF=13;SAR=11;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0891288;STB=0.550639;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.000297609;OID=.;OPOS=19640982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:11:13:14:17:11:13:14:17 chr10 19676553 . A G 287.58 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.00217656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.875;QD=13.5333;RBI=0.00565117;REFB=-0.0109929;REVB=-0.0052152;RO=51;SAF=25;SAR=8;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212572;STB=0.630167;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0232459;OID=.;OPOS=19676553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:52:33:33:0.388235:8:25:30:21:8:25:30:22 chr10 19676561 . G A 293.88 PASS AF=0.373626;AO=34;DP=91;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=0.0154389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.84;QD=12.9176;RBI=0.0155057;REFB=-0.0106402;REVB=0.00143735;RO=57;SAF=25;SAR=9;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154889;STB=0.589298;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0156898;OID=.;OPOS=19676561;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:57:57:34:34:0.373626:9:25:35:22:9:25:35:22 chr10 19678286 . C T 479.58 PASS AF=0.489583;AO=47;DP=97;FAO=47;FDP=96;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.0113929;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.485;QD=19.9826;RBI=0.0143285;REFB=-0.0340492;REVB=0.00868954;RO=49;SAF=20;SAR=27;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357634;STB=0.519827;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0326338;OID=.;OPOS=19678286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:49:49:47:47:0.489583:27:20:19:30:27:20:19:30 chr10 19678497 . G A 249.56 PASS AF=0.5;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0225433;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.128;QD=18.486;RBI=0.0258676;REFB=-0.0209598;REVB=0.012686;RO=27;SAF=7;SAR=20;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34759;STB=0.695501;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0097035;OID=.;OPOS=19678497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:27:27:27:27:0.5:20:7:17:10:20:7:17:10 chr10 19778056 . G A 496.96 PASS AF=0.504587;AO=49;DP=103;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=13;FSRR=41;FWDB=0.0655696;FXX=0.0180164;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.8392;QD=18.2371;RBI=0.0939622;REFB=-0.0235902;REVB=0.0673017;RO=53;SAF=18;SAR=31;SRF=13;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128126;STB=0.550355;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0181717;OID=.;OPOS=19778056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:109:53:54:49:55:0.504587:31:18:13:40:37:18:13:41 chr10 19778072 . A G 1237.49 PASS AF=0.97619;AO=81;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00830295;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.093;QD=58.928;RBI=0.0131348;REFB=0.0327268;REVB=0.0101777;RO=2;SAF=27;SAR=54;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00852539;STB=0.504586;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.000102059;OID=.;OPOS=19778072;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:2:2:81:82:0.97619:54:27:1:1:55:27:1:1 chr10 19780543 . C T 260.48 PASS AF=0.416667;AO=29;DP=71;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0283837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7984;QD=14.4713;RBI=0.028929;REFB=-0.0115784;REVB=0.00559035;RO=41;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140505;STB=0.560845;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0319736;OID=.;OPOS=19780543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:41:42:29:30:0.416667:13:16:17:24:14:16:18:24 chr10 19896830 . C A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.035;QD=60.9786;RBI=0.0177991;REFB=0;REVB=0.00839451;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.27673e-05;OID=.;OPOS=19896830;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr10 20036606 . T G 136.46 PASS AF=0.441176;AO=14;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00490027;FXX=0.0555401;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.268;QD=16.0537;RBI=0.00637866;REFB=-0.00422362;REVB=0.00408347;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.045221;STB=0.503932;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00320625;OID=.;OPOS=20036606;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:14:15:0.441176:8:6:9:10:8:7:9:10 chr10 20036607 . TCCTAGGTTCTATAGGAA T 69.78 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0147532;FXX=0.151469;HRUN=2;LEN=17;MLLD=422.949;QD=9.96831;RBI=0.015169;REFB=-0.0100129;REVB=-0.00352748;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105065;STB=0.567442;STBP=0.649;TYPE=del;VARB=0.0141376;OID=.;OPOS=20036608;OREF=CCTAGGTTCTATAGGAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392857:11:31:11:28:17:4:7:8:9:69:15:4:7:7:8 chr10 20036627 . G C 86.56 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00169113;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.43;QD=10.183;RBI=0.0114681;REFB=-0.0110019;REVB=-0.0113427;RO=22;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202168;STB=0.636116;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0222918;OID=.;OPOS=20036627;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:34:34:22:23:11:11:0.323529:7:4:12:10:7:4:13:10 chr10 20036630 . CCT ATA 86.44 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0423774;FXX=0.0571265;HRUN=2;LEN=3;MLLD=114.692;QD=10.4772;RBI=0.0559531;REFB=-0.00413372;REVB=-0.0365363;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226644;STB=0.650002;STBP=0.234;TYPE=mnp;VARB=0.00932715;OID=.;OPOS=20036630;OREF=CCT;OALT=ATA;OMAPALT=ATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:33:33:21:22:11:11:0.333333:7:4:12:9:7:4:13:9 chr10 20036634 . C G 104.71 PASS AF=0.309524;AO=12;DP=39;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0155209;FXX=0.0232504;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.014;QD=9.97205;RBI=0.0162497;REFB=-0.0103917;REVB=-0.00481194;RO=26;SAF=4;SAR=8;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390771;STB=0.767548;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0237632;OID=.;OPOS=20036634;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:42:26:29:12:13:0.309524:8:4:18:8:9:4:21:8 chr10 20357116 . C T 150.18 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00600572;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.194;QD=15.4029;RBI=0.0148147;REFB=-0.0122243;REVB=-0.0135427;RO=22;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390899;STB=0.522697;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0141853;OID=.;OPOS=20357116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:22:22:15:15:0.384615:9:6:8:14:9:6:8:14 chr10 20500592 . T C 419.16 PASS AF=0.439252;AO=47;DP=107;FAO=47;FDP=107;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.00694209;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.9;QD=15.6695;RBI=0.00697959;REFB=-0.0144644;REVB=-0.000722571;RO=58;SAF=30;SAR=17;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17444;STB=0.607487;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0206339;OID=.;OPOS=20500592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:58:60:47:47:0.439252:17:30:27:31:17:30:27:33 chr10 20506418 . G A 356.01 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0172806;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.556;QD=18.9871;RBI=0.0210559;REFB=0.00453832;REVB=0.0120306;RO=36;SAF=24;SAR=13;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233108;STB=0.617582;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00666442;OID=.;OPOS=20506418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:36:38:37:37:0.493333:13:24:14:22:13:24:16:22 chr10 20534333 . A G 754.62 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0224748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7247;QD=54.8818;RBI=0.0328689;REFB=-0.0541383;REVB=0.0239843;RO=1;SAF=14;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116387;STB=0.506171;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00121652;OID=.;OPOS=20534333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:40:14:0:1:40:14:0:1 chr10 21071191 . G C 199.48 PASS AF=0.431373;AO=21;DP=50;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00159406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.266;QD=15.6455;RBI=0.0068229;REFB=-0.00487782;REVB=0.00663408;RO=27;SAF=13;SAR=8;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505244;STB=0.50957;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00656128;OID=.;OPOS=21071191;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:27:29:21:22:0.431373:8:13:18:9:8:14:18:11 chr10 21074344 . A G 234.91 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00219778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9046;QD=15.404;RBI=0.0776803;REFB=0.0288691;REVB=0.0776492;RO=34;SAF=15;SAR=12;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259652;STB=0.514695;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.013122;OID=.;OPOS=21074344;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:12:15:18:16:12:15:18:16 chr10 21074455 . T C 604.55 PASS AF=0.550459;AO=60;DP=109;FAO=60;FDP=109;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=-0.00323189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.088;QD=22.1853;RBI=0.00657246;REFB=-0.00913146;REVB=0.00572294;RO=49;SAF=20;SAR=40;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102478;STB=0.556272;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00768587;OID=.;OPOS=21074455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:49:49:60:60:0.550459:40:20:22:27:40:20:22:27 chr10 21108377 . C T 337.34 PASS AF=0.38835;AO=39;DP=102;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=-0.0161291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.591;QD=13.1004;RBI=0.0486612;REFB=-0.0153788;REVB=-0.0459104;RO=63;SAF=19;SAR=20;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125605;STB=0.563076;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.030638;OID=.;OPOS=21108377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:63:63:39:40:0.38835:20:19:38:25:20:20:38:25 chr10 21157621 . G T 363.35 PASS AF=0.372881;AO=44;DP=118;FAO=44;FDP=118;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=41;FWDB=-0.0485328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0027;QD=12.3169;RBI=0.0744819;REFB=-0.0172885;REVB=-0.0564989;RO=73;SAF=25;SAR=19;SRF=33;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127057;STB=0.576445;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0340916;OID=.;OPOS=21157621;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:73:74:44:44:0.372881:19:25:33:40:19:25:33:41 chr10 21414892 . C G 326.26 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00192179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.992;QD=20.0774;RBI=0.021012;REFB=0.00796561;REVB=-0.020924;RO=30;SAF=14;SAR=16;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121255;STB=0.567524;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.0136627;OID=.;OPOS=21414892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:30:30:0.461538:16:14:10:20:16:14:10:20 chr10 21415006 . T C 667.86 PASS AF=0.503759;AO=68;DP=135;FAO=67;FDP=133;FR=.;FRO=66;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.0154851;FXX=0.0148137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.675;QD=20.0859;RBI=0.0163316;REFB=-0.0237766;REVB=0.00518955;RO=65;SAF=36;SAR=32;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00564181;STB=0.503596;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0204503;OID=.;OPOS=21415006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:133:65:66:68:67:0.503759:32:36:34:31:32:35:34:32 chr10 21435340 . ACACT A 112.51 PASS AF=0.28;AO=14;DP=50;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00671471;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=219.789;QD=9.00094;RBI=0.00681406;REFB=-0.00147664;REVB=-0.0011593;RO=34;SAF=8;SAR=6;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151459;STB=0.59078;STBP=0.428;TYPE=del;VARB=0.00478439;OID=.;OPOS=21435341;OREF=CACT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28:14:50:14:50:36:8:6:16:20:99:34:8:6:15:19 chr10 21807000 . TTA T,TTT 44.06 PASS AF=0.4375,0;AO=5,5;DP=24;FAO=7,0;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2,0;FSAR=5,0;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0551528,-0.0991898;FXX=0.0587889;HRUN=7,6;LEN=2,1;MLLD=23.8357,11.9248;QD=11.0143;RBI=0.055324,0.0991899;REFB=0.120987,-0.065081;REVB=0.00434932,4.71273e-05;RO=11;SAF=1,0;SAR=4,5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.218963,-0.694031;STB=0.531821,0.5;STBP=0.824,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.144266,0;OID=.,.;OPOS=21807001,21807002;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375,0:5,5:24:7,0:16:9:2,0:5,0:3:6:44:11:1,0:4,5:4:7 chr10 21845795 . A T 377.88 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0444004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.84;QD=21.5933;RBI=0.0444906;REFB=-0.00222622;REVB=0.00283202;RO=32;SAF=21;SAR=17;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696035;STB=0.538441;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00288138;OID=.;OPOS=21845795;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:32:32:38:38:0.542857:17:21:15:17:17:21:15:17 chr10 22498749 . A T 1931.21 PASS AF=1;AO=125;DP=125;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7107;QD=61.7988;RBI=0.0307512;REFB=0;REVB=0.0193095;RO=0;SAF=62;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189487;OID=.;OPOS=22498749;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:125:0:0:125:125:1:63:62:0:0:63:62:0:0 chr10 22825596 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0535338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.911;QD=45.8063;RBI=0.0865607;REFB=0;REVB=0.0680212;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434764;OID=.;OPOS=22825596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr10 23003226 . A G 517.37 PASS AF=0.5;AO=49;DP=99;FAO=50;FDP=100;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0133289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9961;QD=20.6947;RBI=0.0394505;REFB=-0.0286513;REVB=-0.0371306;RO=50;SAF=24;SAR=25;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00893296;STB=0.509996;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0202778;OID=.;OPOS=23003226;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:50:50:49:50:0.5:25:24:24:26:25:25:24:26 chr10 23297301 . C T 738.02 PASS AF=0.496732;AO=76;DP=158;FAO=76;FDP=153;FR=.;FRO=77;FSAF=15;FSAR=61;FSRF=24;FSRR=53;FWDB=-0.00453112;FXX=0.0316436;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.914;QD=19.2946;RBI=0.0199785;REFB=-0.0042935;REVB=-0.0194579;RO=75;SAF=15;SAR=61;SRF=22;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124429;STB=0.581782;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00372891;OID=.;OPOS=23297301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:153:75:77:76:76:0.496732:61:15:22:53:61:15:24:53 chr10 23393091 . A G 313.08 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.000851954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.47;QD=16.9233;RBI=0.0121645;REFB=-0.0122711;REVB=0.0121346;RO=40;SAF=20;SAR=14;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861273;STB=0.548358;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0156385;OID=.;OPOS=23393091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:14:20:20:20:14:20:20:20 chr10 23482634 . GT G,GC 85.79 PASS AF=0.777778,0.222222;AO=4,4;DP=9;FAO=7,2;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4,1;FSAR=3,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00250207,-0.00191685;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=180.543,176.446;QD=38.1308;RBI=0.0341826,0.0208945;REFB=0,0;REVB=0.0340909,0.0208064;RO=0;SAF=2,2;SAR=2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00160981,-0.0271445;OID=.,.;OPOS=23482635,23482635;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.777778,0.222222:4,4:9:7,2:9:0:4,1:3,1:0:0:9:0:2,2:2,2:0:0 chr10 23556110 . A G 491.25 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0173102;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=119.81;QD=51.7103;RBI=0.0308077;REFB=0.0348492;REVB=0.0254847;RO=1;SAF=18;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252795;STB=0.512041;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=-0.00125231;OID=.;OPOS=23556110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:1:3:35:35:0.921053:17:18:1:0:17:18:2:1 chr10 23633566 . C A 1362.95 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00771111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.645;QD=61.2562;RBI=0.0613056;REFB=-0.134169;REVB=0.0608187;RO=1;SAF=43;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104146;STB=0.505493;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.000364053;OID=.;OPOS=23633566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:45:43:0:1:45:43:0:1 chr10 23688486 . T C 53.58 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0407173;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.284;QD=17.8586;RBI=0.0530348;REFB=-0.0107959;REVB=0.0339823;RO=5;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413035;STB=0.749164;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.013081;OID=.;OPOS=23688486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:13:12:5:5:7:7:0.583333:6:1:3:2:6:1:3:2 chr10 23688521 . T C 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0215389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.972;QD=18.8866;RBI=0.0224052;REFB=-2.27088e-05;REVB=0.00616983;RO=4;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171168;STB=0.651766;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.000164602;OID=.;OPOS=23688521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:4:5:8:8:0.615385:6:2:2:2:6:2:3:2 chr10 23688542 . T A 43.08 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00430878;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=21.62;QD=12.3078;RBI=0.00465663;REFB=-0.0356765;REVB=0.00176596;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.505365;STB=0.756614;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0423995;OID=.;OPOS=23688542;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:14:14:5:7:6:6:0.428571:5:1:4:1:5:1:4:3 chr10 24813282 . G C 97.29 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00601028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9944;QD=12.9718;RBI=0.0157262;REFB=0.0118679;REVB=0.0145324;RO=18;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292886;STB=0.517213;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.0171354;OID=.;OPOS=24813282;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:5:7:11:7:5:7:11:7 chr10 24813327 . A G 181.73 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00970144;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7679;QD=16.1536;RBI=0.0426454;REFB=-0.0012894;REVB=0.0415273;RO=25;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124752;STB=0.559379;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0019537;OID=.;OPOS=24813327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:26:19:19:0.422222:10:9:15:10:10:9:15:11 chr10 24832885 . C T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0103271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.754;QD=12.7388;RBI=0.0293342;REFB=-0.00872011;REVB=0.0274563;RO=10;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45078;STB=0.776954;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0225849;OID=.;OPOS=24832885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:1:7:5:5:1:7:5:5 chr10 24833137 . C T 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0266496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6288;QD=15.2622;RBI=0.0399875;REFB=-0.0153877;REVB=0.0298127;RO=16;SAF=3;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233108;STB=0.636714;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0316846;OID=.;OPOS=24833137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:10:3:7:9:10:3:7:9 chr10 24879281 . A G 972.64 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00907392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.566;QD=58.0681;RBI=0.0104483;REFB=0;REVB=0.00517993;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.65394e-05;OID=.;OPOS=24879281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:67:0:0:62:67:1:26:36:0:0:27:40:0:0 chr10 24929141 . G A 601.16 PASS AF=0.396552;AO=69;DP=173;FAO=69;FDP=174;FR=.;FRO=105;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=34;FSRR=71;FWDB=-0.00795079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.088;QD=13.8197;RBI=0.0143914;REFB=-0.0187041;REVB=0.0119957;RO=104;SAF=25;SAR=44;SRF=34;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414962;STB=0.525491;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.02751;OID=.;OPOS=24929141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:174:104:105:69:69:0.396552:44:25:34:70:44:25:34:71 chr10 25312689 . A G 751.7 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7956;QD=56.7319;RBI=0.0809157;REFB=0;REVB=-0.0569265;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20102e-05;OID=.;OPOS=25312689;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:33:19:0:0:33:20:0:0 chr10 25313818 . C T 116.11 PASS AF=1;AO=9;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0284524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.6282;QD=42.2229;RBI=0.0877454;REFB=0;REVB=0.0830043;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00464947;OID=.;OPOS=25313818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:9:11:1:6:3:0:0:7:4:0:0 chr10 25314536 . GAA GA,GAC 328.86 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=15,12;DP=28;FAO=26,1;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18,1;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0659433,-0.14673;FXX=0.0357015;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=18.1493,6.21699;QD=48.7195;RBI=0.0858647,0.385563;REFB=0,0;REVB=0.0549929,-0.356552;RO=0;SAF=15,4;SAR=0,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00712758,0.0425146;OID=.,.;OPOS=25314537,25314538;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=GA,GAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.962963,0.037037:15,12:28:26,1:27:0:18,1:8,0:0:0:4:0:15,4:0,8:0:0 chr10 25314637 . G C 1066.17 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0144248;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.264;QD=58.4202;RBI=0.0183011;REFB=-0.0406137;REVB=0.0112629;RO=1;SAF=43;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108712;STB=0.505616;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=2.8338e-05;OID=.;OPOS=25314637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:73:1:1:71:72:0.986301:28:43:1:0:28:44:1:0 chr10 25755615 . G A 52.86 PASS AF=0.258065;AO=7;DP=30;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0039487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.671;QD=6.82113;RBI=0.0130383;REFB=-0.00351634;REVB=0.012426;RO=23;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588231;STB=0.516089;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0126895;OID=.;OPOS=25755615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:31:23:23:7:8:0.258065:3:4:12:11:4:4:12:11 chr10 25888180 . A G 34.71 PASS AF=0.428571;AO=5;DP=13;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.013296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4282;QD=9.91589;RBI=0.0593775;REFB=-0.0284053;REVB=-0.0578697;RO=8;SAF=1;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.430337;STB=0.788428;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0713014;OID=.;OPOS=25888180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:13:14:8:8:5:6:0.428571:4:1:5:3:5:1:5:3 chr10 26355906 . G A 251.16 PASS AF=0.491228;AO=27;DP=56;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0167661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9509;QD=17.625;RBI=0.0295409;REFB=-0.0136567;REVB=-0.0243221;RO=29;SAF=20;SAR=7;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591297;STB=0.539297;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.028849;OID=.;OPOS=26355906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:29:29:27:28:0.491228:7:20:20:9:7:21:20:9 chr10 26355992 . A G 438.43 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0466189;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.724;QD=50.1058;RBI=0.0477262;REFB=-0.0495219;REVB=0.010221;RO=3;SAF=13;SAR=19;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962375;STB=0.551691;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00103854;OID=.;OPOS=26355992;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:35:35:3:3:32:32:0.914286:19:13:3:0:19:13:3:0 chr10 26357747 . CG CA,TA 365.44 PASS AF=0.592593,0.407407;AO=16,12;DP=30;FAO=16,11;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8,4;FSAR=8,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200426,-0.00605255;FXX=0.0999667;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=94.7358,94.8708;QD=54.1395;RBI=0.0201044,0.0396832;REFB=0,0;REVB=-0.00157515,-0.0392189;RO=0;SAF=8,4;SAR=8,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00777839,-0.00262562;OID=.,.;OPOS=26357748,26357747;OREF=G,CG;OALT=A,TA;OMAPALT=CA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:86:30:27:0:0:16,12:16,11:0.592593,0.407407:8,8:8,4:0:0:8,7:8,4:0:0 chr10 26446312 . G A 359.4 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0157051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.979;QD=19.9668;RBI=0.0159579;REFB=-0.00149193;REVB=0.00282926;RO=35;SAF=20;SAR=17;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481119;STB=0.526697;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00132598;OID=.;OPOS=26446312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:35:35:37:37:0.513889:17:20:17:18:17:20:17:18 chr10 26462790 . G A 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.039977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6284;QD=6.5726;RBI=0.0529998;REFB=-0.00832073;REVB=-0.0347968;RO=16;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141582;STB=0.590616;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0282514;OID=.;OPOS=26462790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:3:3:6:10:3:3:6:10 chr10 26463043 . A T 39.77 PASS AF=0.4;AO=3;DP=14;FAO=6;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00826139;FXX=0.062461;HRUN=7;LEN=1;MLLD=275.852;QD=10.6065;RBI=0.0163292;REFB=0.00603627;REVB=-0.0140852;RO=9;SAF=3;SAR=0;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.640421;STB=0.571184;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=-0.0189344;OID=.;OPOS=26463043;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:14:15:9:9:3:6:0.4:0:3:5:4:2:4:5:4 chr10 26463130 . C A 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.049523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.72;QD=55.0946;RBI=0.0528247;REFB=0;REVB=-0.0183828;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00072252;OID=.;OPOS=26463130;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr10 26505822 . G A 336.13 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=9;FWDB=0.0812824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5791;QD=17.2376;RBI=0.103199;REFB=-0.0190084;REVB=0.0635864;RO=42;SAF=19;SAR=17;SRF=33;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255084;STB=0.641438;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0145411;OID=.;OPOS=26505822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:17:19:33:9:17:19:33:9 chr10 26991067 . CG C 216.88 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=36.1171;QD=48.1948;RBI=0.0261624;REFB=0;REVB=-0.00772533;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00129376;OID=.;OPOS=26991068;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:18:18:18:0:5:13:0:0:4:0:4:13:0:0 chr10 26993597 . AT A,TA 180.45 PASS AF=0.555556,0;AO=20,3;DP=45;FAO=25,0;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=16,0;FSAR=9,0;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0502698,-0.0895076;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=12.6705,11.6076;QD=16.0403;RBI=0.244116,0.141128;REFB=-0.0201235,0.00272871;REVB=0.238884,0.109112;RO=16;SAF=15,3;SAR=5,0;SRF=3;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.445968,0.745916;STB=0.650057,0.5;STBP=0.031,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0570772,0;OID=.,.;OPOS=26993598,26993597;OREF=T,AT;OALT=-,TA;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:45:45:16:20:20,3:25,0:0.555556,0:5,0:15,3:3:13:9,0:16,0:6:14 chr10 27377283 . A T 747.1 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.934;QD=63.583;RBI=0.032747;REFB=0;REVB=0.0280979;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.6136e-05;OID=.;OPOS=27377283;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:23:23:0:0:24:23:0:0 chr10 27389197 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.628;QD=48.7354;RBI=0.0243242;REFB=0;REVB=0.0204034;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09327e-05;OID=.;OPOS=27389197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr10 27400861 . G A 519.8 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00052838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5557;QD=59.4054;RBI=0.00449065;REFB=0;REVB=0.00445946;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77314e-05;OID=.;OPOS=27400861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr10 27459670 . C T 230.47 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000780428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.925;QD=46.0947;RBI=0.008734;REFB=-0.030479;REVB=0.00869906;RO=1;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437955;STB=0.523785;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000469732;OID=.;OPOS=27459670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:20:20:1:1:19:19:0.95:10:9:0:1:10:9:0:1 chr10 27475444 . T C 505.73 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131853;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.698;QD=59.497;RBI=0.0150145;REFB=0;REVB=0.00718196;RO=1;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217449;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020071;OID=.;OPOS=27475444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:1:0:34:34:1:21:13:0:1:21:13:0:0 chr10 27475693 . T C 558.43 PASS AF=0.906977;AO=39;DP=43;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0269782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.369;QD=51.9466;RBI=0.0269844;REFB=-0.0279197;REVB=0.000579185;RO=2;SAF=15;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111001;STB=0.511272;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.000854068;OID=.;OPOS=27475693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:43:43:2:4:39:39:0.906977:24:15:1:1:24:15:2:2 chr10 27508758 . T C 819.15 PASS AF=0.967742;AO=58;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0203922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8895;QD=52.8485;RBI=0.0375701;REFB=-0.123072;REVB=0.0315542;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.516661;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.00559482;OID=.;OPOS=27508758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:62:0:2:58:60:0.967742:31:27:0:0:31:29:2:0 chr10 27687225 . A G 359.51 PASS AF=0.513889;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.000640145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.145;QD=19.9728;RBI=0.00136258;REFB=-0.00639274;REVB=-0.00120284;RO=34;SAF=22;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831712;STB=0.553746;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00538113;OID=.;OPOS=27687225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:34:35:37:37:0.513889:15:22:17:17:15:22:17:18 chr10 27687775 . T C 740.27 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.562;QD=56.9437;RBI=0.0305667;REFB=0;REVB=0.0221266;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153586;OID=.;OPOS=27687775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:19:33:0:0:19:33:0:0 chr10 27687965 . A G 84.93 PASS AF=0.354839;AO=10;DP=30;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.138493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0523;QD=10.9582;RBI=0.1391;REFB=-0.0107439;REVB=-0.0129768;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581876;STB=0.568741;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.039888;OID=.;OPOS=27687965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:30:31:20:20:10:11:0.354839:6:4:7:13:6:5:7:13 chr10 27687994 . A G 36.86 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0301145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.645;QD=7.76049;RBI=0.0314715;REFB=-0.0119538;REVB=0.00914167;RO=13;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298785;STB=0.683679;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0408576;OID=.;OPOS=27687994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:3:3:3:10:3:3:3:10 chr10 27692205 . G A 364.38 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=94;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.00712496;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.831;QD=15.6724;RBI=0.0487248;REFB=-0.0184315;REVB=-0.048201;RO=54;SAF=19;SAR=20;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702581;STB=0.539627;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0262645;OID=.;OPOS=27692205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:54:54:39:39:0.419355:20:19:30:24:20:19:30:24 chr10 27692279 . A C,G 1280.63 PASS AF=0.44186,0.55814;AO=38,48;DP=86;FAO=38,48;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=17,23;FSAR=21,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452235,0.036618;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=142.042,148.338;QD=59.5644;RBI=0.0550929,0.0423621;REFB=0,0;REVB=0.0314652,0.0212996;RO=0;SAF=17,23;SAR=21,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.53998e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00488848,0.00143992;OID=.,.;OPOS=27692279,27692279;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:86:86:0:0:38,48:38,48:0.44186,0.55814:21,25:17,23:0:0:21,25:17,23:0:0 chr10 28225726 . G T 120.59 PASS AF=0.206186;AO=18;DP=96;FAO=20;FDP=97;FR=.;FRO=77;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.0121439;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.547;QD=4.97291;RBI=0.0133655;REFB=-0.00823267;REVB=0.00558226;RO=77;SAF=9;SAR=9;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00819222;STB=0.555043;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0328646;OID=.;OPOS=28225726;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:77:77:18:20:0.206186:9:9:39:38:11:9:40:37 chr10 28228865 . A G 306.9 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00894609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.203;QD=18.0531;RBI=0.0349735;REFB=-0.00959474;REVB=-0.0338099;RO=34;SAF=20;SAR=13;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984634;STB=0.563086;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0113826;OID=.;OPOS=28228865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:34:35:33:33:0.485294:13:20:17:17:13:20:17:18 chr10 28260151 . A G 1457.3 PASS AF=1;AO=99;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.087;QD=57.7147;RBI=0.031284;REFB=-0.146413;REVB=-0.00256146;RO=1;SAF=54;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870378;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000826958;OID=.;OPOS=28260151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:101:1:0:99:101:1:45:54:1:0:45:56:0:0 chr10 28345418 . T C 222.08 PASS AF=0.433333;AO=25;DP=59;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0098897;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.59;QD=14.8055;RBI=0.0108659;REFB=-0.00372017;REVB=0.0045014;RO=34;SAF=13;SAR=12;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00954085;STB=0.505151;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00625901;OID=.;OPOS=28345418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:34:34:25:26:0.433333:12:13:18:16:12:14:18:16 chr10 28378613 . G A 387.51 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=2.29988e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.776;QD=18.4526;RBI=0.0297301;REFB=-0.00894284;REVB=-0.0297301;RO=43;SAF=27;SAR=13;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000615802;STB=0.50408;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00901619;OID=.;OPOS=28378613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:44:40:40:0.47619:13:27:29:14:13:27:30:14 chr10 28378758 . T C 859.75 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0215372;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=220.991;QD=54.5873;RBI=0.024708;REFB=-0.101466;REVB=0.0121091;RO=1;SAF=25;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185059;STB=0.519224;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.000229324;OID=.;OPOS=28378758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:1:2:61:61:0.968254:36:25:1:0:36:25:2:0 chr10 28697166 . T C 856.59 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161252;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.102;QD=58.0739;RBI=0.0162994;REFB=0;REVB=0.00237667;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.37598e-05;OID=.;OPOS=28697166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:23:36:0:0:23:36:0:0 chr10 28909299 . GT G 469.71 PASS AF=1;AO=39;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0354678;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.5155;QD=41.7519;RBI=0.101585;REFB=-0.0541551;REVB=-0.0951917;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00526545;OID=.;OPOS=28909300;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:46:45:45:0:21:24:0:0:6:0:16:23:0:0 chr10 28971525 . CT C 62.32 PASS AF=0.5;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.134307;FXX=0.0475964;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.3104;QD=12.4634;RBI=0.17993;REFB=0.0874094;REVB=0.119735;RO=8;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207482;STB=0.631356;STBP=0.411;TYPE=del;VARB=-0.0617215;OID=.;OPOS=28971526;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:9:21:10:20:10:3:7:1:9:54:8:3:6:1:7 chr10 29162241 . A G 931.46 PASS AF=0.605839;AO=83;DP=138;FAO=83;FDP=137;FR=.;FRO=54;FSAF=46;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0384223;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.037;QD=27.1959;RBI=0.0389125;REFB=-0.0368066;REVB=0.00615728;RO=52;SAF=46;SAR=37;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524923;STB=0.528822;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.022297;OID=.;OPOS=29162241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:52:54:83:83:0.605839:37:46:25:27:37:46:26:28 chr10 29163413 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0349525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.144;QD=51.1845;RBI=0.0403954;REFB=0;REVB=-0.0202514;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000325458;OID=.;OPOS=29163413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr10 29578084 . A G 545.14 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0253383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2502;QD=57.3827;RBI=0.0281118;REFB=0.023448;REVB=-0.0121756;RO=0;SAF=27;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67388e-08;STB=0.509086;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.0017938;OID=.;OPOS=29578084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:37:37:0.973684:10:27:0:0:10:27:1:0 chr10 29746346 . C CTGTT,T 151.73 PASS AF=0.375,0.05;AO=14,2;DP=42;FAO=15,2;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9,2;FSAR=6,0;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00448828,0.0259946;FXX=0.0476077;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=201.094,57.0332;QD=15.1727;RBI=0.0285571,0.0260141;REFB=-0.0188945,0.00470566;REVB=0.0282022,0.00100728;RO=25;SAF=8,2;SAR=6,0;SRF=10;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.184235,0.529207;STB=0.624835,0.995628;STBP=0.218,0.101;TYPE=ins,snp;VARB=0.0243283,-0.009353;OID=.,.;OPOS=29746347,29746346;OREF=-,C;OALT=TGTT,T;OMAPALT=CTGTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:40:25:23:14,2:15,2:0.375,0.05:6,0:8,2:10:15:6,0:9,2:9:14 chr10 29747417 . C T 253.15 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.000901158;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.006;QD=20.665;RBI=0.00178333;REFB=-0.00814322;REVB=0.00153888;RO=24;SAF=12;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510196;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.00751063;OID=.;OPOS=29747417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:24:25:24:24:0.489796:12:12:12:12:12:12:12:13 chr10 29754609 . T C 169.94 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00229999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.1;QD=16.9935;RBI=0.0121473;REFB=-0.00422476;REVB=0.0119276;RO=21;SAF=10;SAR=8;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155444;STB=0.597599;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00753445;OID=.;OPOS=29754609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:18:18:0.45:8:10:15:6:8:10:16:6 chr10 29759225 . A G 482.86 PASS AF=0.490385;AO=51;DP=104;FAO=51;FDP=104;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0256075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5562;QD=18.5714;RBI=0.0521708;REFB=-0.0266663;REVB=-0.0454538;RO=52;SAF=26;SAR=25;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261503;STB=0.519056;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0260862;OID=.;OPOS=29759225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:52:53:51:51:0.490385:25:26:28:24:25:26:29:24 chr10 29784072 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0278867;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.473;QD=37.4885;RBI=0.0800658;REFB=0;REVB=0.0750524;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000697249;OID=.;OPOS=29784072;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr10 29784114 . T C 66.53 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482474;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.385;QD=38.0151;RBI=0.0676787;REFB=0;REVB=-0.0474616;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64365e-05;OID=.;OPOS=29784114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr10 29822032 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00425162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.281;QD=47.8223;RBI=0.0375148;REFB=0;REVB=-0.0372731;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000585728;OID=.;OPOS=29822032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:3:13:0:0:3:13:0:0 chr10 29839864 . A C 1309.36 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0141312;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5881;QD=60.9006;RBI=0.0332948;REFB=-0.071004;REVB=-0.0301472;RO=0;SAF=35;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504949;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000405104;OID=.;OPOS=29839864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:86:0:1:85:85:0.988372:50:35:0:0:50:35:0:1 chr10 30000844 . T G 399.55 PASS AF=0.547945;AO=36;DP=69;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0162297;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.948;QD=21.8932;RBI=0.107566;REFB=-0.0111343;REVB=0.106334;RO=33;SAF=14;SAR=22;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187779;STB=0.605483;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0144563;OID=.;OPOS=30000844;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:73:33:33:36:40:0.547945:22:14:20:13:25:15:20:13 chr10 30629226 . G A 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00300035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.595;QD=60.2271;RBI=0.0152188;REFB=0;REVB=0.0149201;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133932;OID=.;OPOS=30629226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:11:26:0:0:11:26:0:0 chr10 30728101 . T C 411.42 PASS AF=0.47191;AO=42;DP=89;FAO=42;FDP=89;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0191297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.985;QD=18.4908;RBI=0.0433183;REFB=-0.0016862;REVB=0.0388655;RO=45;SAF=22;SAR=20;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00887331;STB=0.50429;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0019124;OID=.;OPOS=30728101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:45:47:42:42:0.47191:20:22:24:21:20:22:25:22 chr10 30728250 . A G 494.67 PASS AF=0.495238;AO=51;DP=104;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0165017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.416;QD=18.8447;RBI=0.0168023;REFB=-0.0161262;REVB=0.00316427;RO=53;SAF=21;SAR=30;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108169;STB=0.563612;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.013772;OID=.;OPOS=30728250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:53:53:51:52:0.495238:30:21:28:25:31:21:28:25 chr10 30918549 . G C 251.55 PASS AF=0.282258;AO=33;DP=125;FAO=35;FDP=124;FR=.;FRO=89;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=58;FSRR=31;FWDB=0.019228;FXX=0.0236202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.314;QD=8.11439;RBI=0.0292863;REFB=-0.00690143;REVB=-0.0220901;RO=92;SAF=17;SAR=16;SRF=60;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171041;STB=0.579721;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.015781;OID=.;OPOS=30918549;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:92:89:33:35:0.282258:16:17:60:32:16:19:58:31 chr10 30918597 . T C 96.68 PASS AF=0.17;AO=17;DP=101;FAO=17;FDP=100;FR=.;FRO=83;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=50;FSRR=33;FWDB=-0.0343569;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2595;QD=3.8672;RBI=0.036485;REFB=0.00138327;REVB=-0.0122783;RO=83;SAF=9;SAR=8;SRF=51;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109375;STB=0.561166;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=-0.0107147;OID=.;OPOS=30918597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:101:100:83:83:17:17:0.17:8:9:51:32:8:9:50:33 chr10 30989188 . G C 805.86 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0649539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.004;QD=64.4689;RBI=0.0652545;REFB=0;REVB=-0.00625629;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.60197e-05;OID=.;OPOS=30989188;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:26:22:0:0:26:24:0:0 chr10 30993448 . G A 405.34 PASS AF=0.609375;AO=37;DP=63;FAO=39;FDP=64;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0146812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.835;QD=25.3339;RBI=0.0287136;REFB=-0.0181104;REVB=0.0246766;RO=25;SAF=17;SAR=20;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144092;STB=0.50847;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0220783;OID=.;OPOS=30993448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:25:25:37:39:0.609375:20:17:11:14:21:18:11:14 chr10 31138817 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.894;QD=52.6132;RBI=0.025181;REFB=0;REVB=0.0158837;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110455;OID=.;OPOS=31138817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr10 31146643 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.033;QD=59.8391;RBI=0.0270143;REFB=0;REVB=0.00561565;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164019;OID=.;OPOS=31146643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:26:10:0:0:26:10:0:0 chr10 31651824 . T C 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=3.65183e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.965;QD=21.0139;RBI=0.028352;REFB=-0.00603862;REVB=-0.028352;RO=7;SAF=7;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238684;STB=0.636115;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00353948;OID=.;OPOS=31651824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:4:7:2:5:4:7:2:5 chr10 31816596 . C T 220.1 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0133637;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7702;QD=13.9745;RBI=0.044862;REFB=0.00610411;REVB=-0.0428253;RO=36;SAF=10;SAR=16;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341666;STB=0.545419;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.021126;OID=.;OPOS=31816596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:36:37:26:26:0.412698:16:10:15:21:16:10:17:20 chr10 32045045 . A C 305.25 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00630345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.391;QD=53.0869;RBI=0.0250864;REFB=0;REVB=0.0242816;RO=0;SAF=5;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58081e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199308;OID=.;OPOS=32045045;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:17:5:0:0:18:5:0:0 chr10 32095666 . T C 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.00115485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.134;QD=16.6157;RBI=0.0238322;REFB=-0.0106197;REVB=-0.0238042;RO=21;SAF=8;SAR=9;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182072;STB=0.603658;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0133096;OID=.;OPOS=32095666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:9:8:6:15:9:8:6:15 chr10 32120678 . C T 206.14 PASS AF=0.714286;AO=18;DP=26;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0264782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.4925;QD=29.4486;RBI=0.0574164;REFB=-0.029428;REVB=0.0509465;RO=8;SAF=11;SAR=7;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812834;STB=0.521717;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0329716;OID=.;OPOS=32120678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:28:8:8:18:20:0.714286:7:11:5:3:9:11:5:3 chr10 32128611 . A G 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.00120289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.656;QD=17.8403;RBI=0.036675;REFB=-0.0200261;REVB=-0.0366553;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0281278;OID=.;OPOS=32128611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:6:8:8:6:6:8:8:6 chr10 32141460 . T C 195.7 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00952988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.239;QD=17.7904;RBI=0.011444;REFB=-0.000989613;REVB=0.00633607;RO=24;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00804904;STB=0.504583;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00168311;OID=.;OPOS=32141460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:9:11:13:11:9:11:13:11 chr10 32345710 . G A 1871.11 PASS AF=0.976378;AO=124;DP=128;FAO=124;FDP=127;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0104923;FXX=0.00781189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9041;QD=58.9327;RBI=0.0104923;REFB=0.0119535;REVB=-2.47198e-05;RO=3;SAF=53;SAR=71;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00431467;STB=0.502271;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.000147378;OID=.;OPOS=32345710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:128:127:3:3:124:124:0.976378:71:53:1:2:71:53:1:2 chr10 32974969 . A G 351.01 PASS AF=0.9;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0364227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.7387;QD=46.801;RBI=0.038105;REFB=5.96577e-06;REVB=0.0111972;RO=2;SAF=13;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00237327;STB=0.518505;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.000568015;OID=.;OPOS=32974969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:30:30:2:3:27:27:0.9:14:13:1:1:14:13:2:1 chr10 33018351 . G C 1900.63 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202446;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.699;QD=61.809;RBI=0.0226751;REFB=0;REVB=0.0102137;RO=0;SAF=44;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.28124e-05;OID=.;OPOS=33018351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:123:0:0:121:123:1:77:44:0:0:77:46:0:0 chr10 33123774 . T C 172.0 PASS AF=0.45;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00374453;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.112;QD=17.2004;RBI=0.00917937;REFB=-0.00459691;REVB=-0.00838089;RO=22;SAF=13;SAR=5;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273901;STB=0.657554;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00331795;OID=.;OPOS=33123774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:22:22:18:18:0.45:5:13:10:12:5:13:10:12 chr10 33123824 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0576302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.917;QD=56.1916;RBI=0.061916;REFB=0;REVB=0.0226352;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353804;OID=.;OPOS=33123824;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr10 33137551 . T C 253.93 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0110336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.466;QD=21.6109;RBI=0.0148227;REFB=0.00230449;REVB=-0.00989803;RO=23;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553909;STB=0.531058;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=-0.00325297;OID=.;OPOS=33137551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:11:13:11:12:11:13:11:12 chr10 33143396 . G A 691.07 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00660161;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7048;QD=62.8241;RBI=0.00736183;REFB=0;REVB=0.00325811;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160733;OID=.;OPOS=33143396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:29:15:0:0:29:15:0:0 chr10 33190285 . G A 44.01 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0092014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.094;QD=6.51992;RBI=0.0583787;REFB=-0.0240582;REVB=-0.057649;RO=20;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157867;STB=0.599733;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0471958;OID=.;OPOS=33190285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:4:3:6:14:4:3:6:14 chr10 33190567 . C A 98.99 PASS AF=0.375;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00524679;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=341.329;QD=12.3737;RBI=0.00559074;REFB=-0.00887886;REVB=0.00193068;RO=19;SAF=2;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.510538;STB=0.794926;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0201313;OID=.;OPOS=33190567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:33:32:19:20:12:12:0.375:10:2:12:7:10:2:12:8 chr10 33209266 . G T 305.1 PASS AF=0.419753;AO=34;DP=81;FAO=34;FDP=81;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.00560369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.693;QD=15.0664;RBI=0.0277286;REFB=-0.0150471;REVB=-0.0271565;RO=47;SAF=22;SAR=12;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16671;STB=0.594538;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0183063;OID=.;OPOS=33209266;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:47:47:34:34:0.419753:12:22:23:24:12:22:23:24 chr10 33211227 . T G 58.63 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0340021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1677;QD=5.21121;RBI=0.0525709;REFB=-0.0175053;REVB=0.0400944;RO=35;SAF=6;SAR=3;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3479;STB=0.713833;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0816064;OID=.;OPOS=33211227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:45:45:35:36:9:9:0.2:3:6:13:22:3:6:14:22 chr10 33217110 . G A 565.72 PASS AF=0.547368;AO=52;DP=97;FAO=52;FDP=95;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=0.0117177;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.445;QD=23.8196;RBI=0.0139022;REFB=-0.0344743;REVB=0.0074811;RO=43;SAF=25;SAR=27;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00627212;STB=0.503444;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0229924;OID=.;OPOS=33217110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:95:43:43:52:52:0.547368:27:25:21:22:27:25:21:22 chr10 33466566 . C T 282.28 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0402801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.171;QD=22.5823;RBI=0.0410807;REFB=-0.012047;REVB=-0.00807078;RO=24;SAF=8;SAR=18;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213204;STB=0.619577;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0104908;OID=.;OPOS=33466566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:18:8:13:11:18:8:13:11 chr10 33466843 . T C 77.93 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0756425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.9346;QD=16.4072;RBI=0.134511;REFB=-0.0549378;REVB=0.111226;RO=9;SAF=1;SAR=9;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437098;STB=0.762054;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0536278;OID=.;OPOS=33466843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:9:1:4:5:9:1:4:5 chr10 33468014 . T C 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.020729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.927;QD=13.6296;RBI=0.0231999;REFB=-8.19549e-05;REVB=0.0104185;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200579;STB=0.620366;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.000525999;OID=.;OPOS=33468014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:6:2:4:5:6:2:4:5 chr10 33468896 . G T 178.14 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0704117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1557;QD=14.8454;RBI=0.083194;REFB=0.00466614;REVB=0.0443107;RO=28;SAF=16;SAR=3;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.558893;STB=0.818251;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0073644;OID=.;OPOS=33468896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:28:29:19:19:0.395833:3:16:9:19:3:16:10:19 chr10 33469181 . A G 185.59 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=4;FWDB=-0.01927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.711;QD=13.7477;RBI=0.034824;REFB=-0.0144871;REVB=0.0290065;RO=32;SAF=9;SAR=13;SRF=28;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.462096;STB=0.758485;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0233243;OID=.;OPOS=33469181;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:13:9:28:4:13:9:28:4 chr10 33495267 . C T 299.22 PASS AF=0.563636;AO=30;DP=54;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0407498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.232;QD=21.7616;RBI=0.0413522;REFB=-0.0182163;REVB=-0.00703269;RO=24;SAF=17;SAR=13;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153037;STB=0.575214;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0166358;OID=.;OPOS=33495267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:24:24:30:31:0.563636:13:17:9:15:14:17:9:15 chr10 33502240 . C T 316.66 PASS AF=0.4;AO=35;DP=89;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0309114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4538;QD=14.0738;RBI=0.0340293;REFB=-0.0119031;REVB=0.0142295;RO=54;SAF=21;SAR=14;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146924;STB=0.589725;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0247267;OID=.;OPOS=33502240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:54:54:35:36:0.4:14:21:25:29:14:22:25:29 chr10 33510663 . G A 453.0 PASS AF=0.483871;AO=45;DP=94;FAO=45;FDP=93;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0289514;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.517;QD=19.4838;RBI=0.0299239;REFB=-0.0102025;REVB=0.00756658;RO=48;SAF=21;SAR=24;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664442;STB=0.536887;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0123732;OID=.;OPOS=33510663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:48:48:45:45:0.483871:24:21:19:29:24:21:19:29 chr10 33510768 . G A 161.06 PASS AF=0.30137;AO=18;DP=74;FAO=22;FDP=73;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=-0.0152784;FXX=0.0640943;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.065;QD=8.82491;RBI=0.0155487;REFB=-0.00919869;REVB=0.00288666;RO=44;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107722;STB=0.526634;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0163435;OID=.;OPOS=33510768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:44:51:18:22:0.30137:9:9:18:26:13:9:19:32 chr10 33552695 . CA CG,TG 794.64 PASS AF=0.745763,0.237288;AO=44,15;DP=59;FAO=44,14;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=14,8;FSAR=30,6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00498526,-0.0164718;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=66.2061,237.1;QD=53.8741;RBI=0.0209569,0.0165422;REFB=-0.160962,-0.133189;REVB=0.0203553,-0.00152488;RO=0;SAF=14,8;SAR=30,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.508193,0.538406;STBP=0.608,0.326;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00376435,0.0136207;OID=.,.;OPOS=33552696,33552695;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:92:59:59:0:1:44,15:44,14:0.745763,0.237288:30,7:14,8:0:0:30,6:14,8:0:1 chr10 33577361 . G A 406.5 PASS AF=0.451613;AO=42;DP=93;FAO=42;FDP=93;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=0.0526498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9034;QD=17.4837;RBI=0.053759;REFB=0.00888724;REVB=-0.0108642;RO=51;SAF=12;SAR=30;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35833;STB=0.700838;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00981578;OID=.;OPOS=33577361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:51:51:42:42:0.451613:30:12:33:18:30:12:33:18 chr10 34591402 . C T 139.51 PASS AF=0.355556;AO=15;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0172717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3202;QD=12.4008;RBI=0.0261251;REFB=0.00350781;REVB=0.0196013;RO=29;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0561997;STB=0.551467;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.00574091;OID=.;OPOS=34591402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:15:16:0.355556:7:8:14:15:7:9:14:15 chr10 34688287 . G A 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00759423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5585;QD=57.1056;RBI=0.0530112;REFB=0;REVB=-0.0524644;RO=0;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000521477;OID=.;OPOS=34688287;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:31:24:0:0:31:24:0:0 chr10 35896957 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.774;QD=33.4284;RBI=0.0614343;REFB=0;REVB=0.0539884;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107992;OID=.;OPOS=35896957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr10 36723415 . C A 202.26 PASS AF=0.412698;AO=23;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0102601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.815;QD=12.8421;RBI=0.0108584;REFB=-0.0103623;REVB=-0.00355448;RO=31;SAF=13;SAR=10;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492149;STB=0.523791;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0194721;OID=.;OPOS=36723415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:37:23:26:0.412698:10:13:19:12:13:13:20:17 chr10 36812362 . C T 293.31 PASS AF=0.357895;AO=34;DP=96;FAO=34;FDP=95;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.025522;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8906;QD=12.3499;RBI=0.0255272;REFB=-0.0131822;REVB=-0.000518165;RO=61;SAF=19;SAR=15;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544905;STB=0.531291;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0201484;OID=.;OPOS=36812362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:61:61:34:34:0.357895:15:19:37:24:15:19:37:24 chr10 36812855 . C T 469.17 PASS AF=0.463636;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=0.0145772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.609;QD=17.0607;RBI=0.0151513;REFB=-0.00880217;REVB=-0.004131;RO=59;SAF=23;SAR=28;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228809;STB=0.512742;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0114701;OID=.;OPOS=36812855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:59:59:51:51:0.463636:28:23:28:31:28:23:28:31 chr10 36812879 . A G 531.56 PASS AF=0.482759;AO=56;DP=116;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.017969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.335;QD=18.3295;RBI=0.0183412;REFB=-0.0114968;REVB=0.00367605;RO=59;SAF=27;SAR=29;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227588;STB=0.508017;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0120677;OID=.;OPOS=36812879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:59:60:56:56:0.482759:29:27:27:32:29:27:28:32 chr10 37490191 . A ATG 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=35;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00631429;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=273.111;QD=4.01762;RBI=0.0247611;REFB=-0.00411168;REVB=-0.0239424;RO=29;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101503;STB=0.55301;STBP=0.796;TYPE=ins;VARB=0.0242954;OID=.;OPOS=37490192;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=ATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.176471:6:35:6:34:28:2:4:11:17:34:29:2:4:12:17 chr10 37508450 . A C 630.97 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.999;QD=61.5579;RBI=0.0580563;REFB=0;REVB=0.00192578;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343742;OID=.;OPOS=37508450;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:39:41:1:23:16:0:0:24:17:0:0 chr10 37890955 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.991;QD=47.8214;RBI=0.027697;REFB=0;REVB=0.0181231;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213862;OID=.;OPOS=37890955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr10 37891465 . G T 657.23 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0601334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4129;QD=55.9346;RBI=0.0776233;REFB=0.0413434;REVB=-0.0490852;RO=3;SAF=29;SAR=15;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0427167;STB=0.548365;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.00860066;OID=.;OPOS=37891465;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:47:3:3:44:44:0.93617:15:29:1:2:14:30:0:3 chr10 37891576 . G A 832.81 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0709;QD=57.435;RBI=0.0299419;REFB=0;REVB=-0.0206944;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000414471;OID=.;OPOS=37891576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:29:28:0:0:29:29:0:0 chr10 38239494 . ATTTTTT ATTTTTC,ATTTTT 183.25 PASS AF=0.652174,0.347826;AO=2,3;DP=22;FAO=15,8;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418688,0.404774;FXX=0;HRUN=14,14;LEN=1,1;MLLD=91.2873,2.20507;QD=31.8691;RBI=0.220426,0.635125;REFB=-0.00632951,-0.0610501;REVB=0.216414,0.48943;RO=1;SAF=0,3;SAR=2,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.697199,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.000655597,0.157823;OID=.,.;OPOS=38239500,38239495;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=ATTTTTC,ATTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.652174,0.347826:2,3:22:15,8:23:0:0,8:15,0:0:0:31:1:0,3:2,0:1:0 chr10 42907201 . G A 1069.53 PASS AF=1;AO=69;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0770545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.993;QD=57.8123;RBI=0.0772526;REFB=0;REVB=-0.00552884;RO=1;SAF=27;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171851;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000965329;OID=.;OPOS=42907201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:1:0:69:74:1:42:27:1:0:43:31:0:0 chr10 42907260 . T C 569.63 PASS AF=0.975;AO=37;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0740596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.672;QD=56.9625;RBI=0.0839085;REFB=0.124764;REVB=0.0394438;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51999;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.00234856;OID=.;OPOS=42907260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:37:39:0.975:25:12:0:0:27:12:1:0 chr10 42920832 . G A 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.735;QD=59.0187;RBI=0.0301502;REFB=0;REVB=0.00991277;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.77512e-05;OID=.;OPOS=42920832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr10 42920884 . C T 358.4 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0185326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.976;QD=55.139;RBI=0.0217081;REFB=0;REVB=0.0113041;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.42571e-05;OID=.;OPOS=42920884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:24:26:1:14:10:0:0:14:12:0:0 chr10 42941685 . T TA 142.46 PASS AF=1;AO=15;DP=21;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0048542;FXX=0.09995;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.8573;QD=31.6577;RBI=0.124057;REFB=0;REVB=0.123962;RO=5;SAF=4;SAR=11;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173409;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0135497;OID=.;OPOS=42941686;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:21:18:18:0:6:12:0:0:3:5:4:11:3:2 chr10 42949664 . A T 799.27 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1975;QD=57.0905;RBI=0.0760776;REFB=0;REVB=0.041768;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000621643;OID=.;OPOS=42949664;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:54:56:1:26:28:0:0:27:29:0:0 chr10 43078525 . A G 274.2 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.028492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1541;QD=19.9416;RBI=0.0285307;REFB=0.0196866;REVB=-0.00148514;RO=24;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00828149;STB=0.506325;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.0325518;OID=.;OPOS=43078525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:26:29:29:0.527273:13:16:13:11:13:16:14:12 chr10 43089156 . C T 239.32 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0023345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8399;QD=20.81;RBI=0.0195513;REFB=0.00849664;REVB=-0.0194115;RO=20;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10094;STB=0.586393;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.0375253;OID=.;OPOS=43089156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:23:23:23:0.5:12:11:12:8:12:11:15:8 chr10 43089965 . G A 622.31 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353494;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.144;QD=60.7136;RBI=0.0353843;REFB=0;REVB=-0.00156972;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00228023;OID=.;OPOS=43089965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:17:22:0:0:17:24:0:0 chr10 43281089 . T C 328.64 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00994094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.496;QD=18.0079;RBI=0.0187737;REFB=-0.01655;REVB=-0.0159257;RO=38;SAF=22;SAR=13;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195151;STB=0.609114;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0205796;OID=.;OPOS=43281089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:13:22:16:22:13:22:16:22 chr10 43287148 . G A 160.49 PASS AF=0.409091;AO=17;DP=43;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0178529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9578;QD=14.5902;RBI=0.0271424;REFB=-0.00789977;REVB=-0.0204447;RO=24;SAF=15;SAR=2;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181529;STB=0.639816;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0141158;OID=.;OPOS=43287148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:26:17:18:0.409091:2:15:19:5:2:16:20:6 chr10 43289407 . G A 439.79 PASS AF=0.608696;AO=41;DP=66;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00575941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.522;QD=25.4952;RBI=0.00631192;REFB=-0.0072171;REVB=0.00258254;RO=25;SAF=12;SAR=29;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548515;STB=0.543304;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00420854;OID=.;OPOS=43289407;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:69:25:27:41:42:0.608696:29:12:9:16:29:13:11:16 chr10 43595968 . A G 1008.41 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4218;QD=59.3181;RBI=0.0585005;REFB=0;REVB=0.039201;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000455561;OID=.;OPOS=43595968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:40:28:0:0:40:28:0:0 chr10 43606687 . A G 783.78 PASS AF=0.446154;AO=80;DP=187;FAO=87;FDP=195;FR=.;FRO=108;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=62;FSRR=46;FWDB=-0.0066074;FXX=0.0151508;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.018;QD=16.0774;RBI=0.0093395;REFB=-0.0125955;REVB=0.00660065;RO=99;SAF=31;SAR=49;SRF=53;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148994;STB=0.575776;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.018107;OID=.;OPOS=43606687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:195:99:108:80:87:0.446154:49:31:53:46:49:38:62:46 chr10 43606856 . G A 269.04 PASS AF=0.5;AO=28;DP=59;FAO=29;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0161455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5507;QD=18.5545;RBI=0.0242366;REFB=-0.0161291;REVB=-0.0180758;RO=21;SAF=12;SAR=16;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378587;STB=0.572816;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0136516;OID=.;OPOS=43606856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:21:29:28:29:0.5:16:12:8:13:17:12:8:21 chr10 43613843 . G T 340.72 PASS AF=0.367521;AO=40;DP=114;FAO=43;FDP=117;FR=.;FRO=74;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=46;FWDB=0.0197105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.051;QD=11.6486;RBI=0.0204495;REFB=-0.0351341;REVB=0.00544788;RO=72;SAF=17;SAR=23;SRF=27;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579838;STB=0.526347;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0580594;OID=.;OPOS=43613843;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:117:72:74:40:43:0.367521:23:17:27:45:25:18:28:46 chr10 43623812 . C T 472.49 PASS AF=0.444444;AO=52;DP=117;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=0.00474482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.2531;QD=16.1536;RBI=0.0364821;REFB=-0.0256383;REVB=-0.0361722;RO=65;SAF=23;SAR=29;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155828;STB=0.586973;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0240443;OID=.;OPOS=43623812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:65:65:52:52:0.444444:29:23:39:26:29:23:39:26 chr10 43624833 . T C 515.2 PASS AF=0.459016;AO=53;DP=119;FAO=56;FDP=122;FR=.;FRO=66;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.0152899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.443;QD=16.8916;RBI=0.0230721;REFB=-0.0221751;REVB=0.0172784;RO=65;SAF=26;SAR=27;SRF=32;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.001719;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.022969;OID=.;OPOS=43624833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:122:65:66:53:56:0.459016:27:26:32:33:28:28:33:33 chr10 43678796 . C T 355.81 PASS AF=0.560606;AO=36;DP=65;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0150429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.729;QD=21.5642;RBI=0.0420515;REFB=-0.0473438;REVB=0.0392688;RO=28;SAF=15;SAR=21;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12335;STB=0.579858;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0484858;OID=.;OPOS=43678796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:28:29:36:37:0.560606:21:15:16:12:22:15:17:12 chr10 43690189 . G A 990.59 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.418;QD=59.14;RBI=0.0230924;REFB=0;REVB=0.0168151;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39274e-05;OID=.;OPOS=43690189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr10 43691691 . C T 117.22 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0194978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8412;QD=12.0225;RBI=0.0278709;REFB=-0.00345777;REVB=-0.0199154;RO=24;SAF=6;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164728;STB=0.608543;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0062045;OID=.;OPOS=43691691;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:25:14:14:0.358974:8:6:14:10:8:6:15:10 chr10 43837352 . A G,T 503.22 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=31,3;DP=35;FAO=32,4;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19,3;FSAR=13,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00271729,0.00184406;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=228.388,193.575;QD=55.9134;RBI=0.0206303,0.0264734;REFB=0,0;REVB=0.0204506,0.0264091;RO=1;SAF=19,3;SAR=12,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0372894,0.727144;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00330143,0.0115187;OID=.,.;OPOS=43837352,43837352;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:35:36:1:0:31,3:32,4:0.888889,0.111111:12,0:19,3:0:1:13,1:19,3:0:0 chr10 43977143 . C T 183.02 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=63;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.000236573;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.492;QD=11.6204;RBI=0.0377127;REFB=-0.00758494;REVB=-0.037712;RO=40;SAF=12;SAR=11;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160304;STB=0.592514;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0111561;OID=.;OPOS=43977143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:40:23:23:0.365079:11:12:15:25:11:12:15:25 chr10 43978087 . A G 622.12 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9129;QD=60.6944;RBI=0.0105226;REFB=0;REVB=0.00196186;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016523;OID=.;OPOS=43978087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:22:18:0:0:23:18:0:0 chr10 44052903 . A C 154.76 PASS AF=0.388889;AO=15;DP=55;FAO=21;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0125537;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.302;QD=11.4637;RBI=0.0234749;REFB=-0.0189967;REVB=0.0198362;RO=32;SAF=2;SAR=13;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.517087;STB=0.601326;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0454252;OID=.;OPOS=44052903;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:32:33:15:21:0.388889:13:2:17:15:13:8:18:15 chr10 44053013 . G C 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0230391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.872;QD=15.6536;RBI=0.0249778;REFB=-0.012469;REVB=0.00964832;RO=32;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091482;STB=0.551685;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0132302;OID=.;OPOS=44053013;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:13:13:13:19:13:13:13:19 chr10 44053193 . C A 99.92 PASS AF=0.48;AO=10;DP=23;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0070069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.794;QD=15.9872;RBI=0.00981189;REFB=0.00409032;REVB=0.00686853;RO=13;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945612;STB=0.559345;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.0029852;OID=.;OPOS=44053193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:23:25:13:13:10:12:0.48:4:6:9:4:5:7:9:4 chr10 44053585 . C T 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00776396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.101;QD=5.95778;RBI=0.0269688;REFB=-0.00192339;REVB=-0.0258271;RO=18;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368509;STB=0.736115;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00680094;OID=.;OPOS=44053585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:2:4:6:12:2:4:6:12 chr10 44111806 . G A 127.73 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0109551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.013;QD=13.1007;RBI=0.011974;REFB=-0.0425448;REVB=0.0048335;RO=23;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101896;STB=0.546014;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0423596;OID=.;OPOS=44111806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:24:15:15:0.384615:7:8:10:13:7:8:11:13 chr10 44285777 . T C 280.3 PASS AF=0.54717;AO=28;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0224404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.406;QD=21.155;RBI=0.0224975;REFB=-0.00528904;REVB=0.00160125;RO=23;SAF=16;SAR=12;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142746;STB=0.592433;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00249;OID=.;OPOS=44285777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:24:28:29:0.54717:12:16:17:6:13:16:18:6 chr10 44788758 . G A 1807.81 PASS AF=0.991736;AO=117;DP=120;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0150809;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.134;QD=59.7624;RBI=0.0235605;REFB=0.0620364;REVB=0.0181016;RO=1;SAF=67;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00940386;STB=0.504761;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000296403;OID=.;OPOS=44788758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:121:1:1:117:120:0.991736:50:67:0:1:52:68:0:1 chr10 45430462 . C T 145.49 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0154347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.01;QD=16.1652;RBI=0.0210919;REFB=-0.0112948;REVB=0.0143749;RO=20;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122295;STB=0.507033;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0170622;OID=.;OPOS=45430462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:7:9:11:9:7:9:11:9 chr10 45473317 . C T 346.13 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.019418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.544;QD=19.5005;RBI=0.03735;REFB=-0.0248088;REVB=0.0319055;RO=34;SAF=21;SAR=15;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219505;STB=0.506021;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0293892;OID=.;OPOS=45473317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:35:36:36:0.507042:15:21:19:15:15:21:20:15 chr10 45478092 . A G 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0495826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9855;QD=10.6346;RBI=0.0515924;REFB=-0.0180735;REVB=0.0142599;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752617;STB=0.545344;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0251978;OID=.;OPOS=45478092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:5:3:4:9:5:3:4:9 chr10 45920526 . G A 356.12 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0724103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.703;QD=24.5596;RBI=0.0728858;REFB=-0.00529416;REVB=0.00831147;RO=23;SAF=9;SAR=26;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816898;STB=0.544979;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.00280352;OID=.;OPOS=45920526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:35:35:0.603448:26:9:8:15:26:9:8:15 chr10 46962004 . C T 43.01 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0398052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.44;QD=5.37623;RBI=0.0398156;REFB=-0.0064689;REVB=0.000913716;RO=25;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15473;STB=0.601483;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0543945;OID=.;OPOS=46962004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:3:4:11:14:3:4:11:14 chr10 46965018 . C G 273.14 PASS AF=0.415584;AO=31;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00935163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4275;QD=14.189;RBI=0.292665;REFB=0.033148;REVB=0.292515;RO=46;SAF=13;SAR=18;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108021;STB=0.574769;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.114158;OID=.;OPOS=46965018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:45:31:32:0.415584:18:13:24:22:19:13:24:21 chr10 46965727 . G A 93.09 PASS AF=0.27907;AO=11;DP=43;FAO=12;FDP=43;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00902866;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.11;QD=8.65956;RBI=0.00903436;REFB=-0.013833;REVB=-0.000320866;RO=31;SAF=6;SAR=5;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816562;STB=0.581263;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0605413;OID=.;OPOS=46965727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:43:43:31:31:11:12:0.27907:5:6:19:12:6:6:19:12 chr10 46967672 . C T 227.59 PASS AF=0.578947;AO=21;DP=39;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.00186753;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.23;QD=23.9565;RBI=0.00676741;REFB=-0.0114196;REVB=0.00650463;RO=15;SAF=11;SAR=10;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240871;STB=0.631468;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00443614;OID=.;OPOS=46967672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:15:16:21:22:0.578947:10:11:3:12:11:11:3:13 chr10 46970792 . G C 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0150813;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.156;QD=16.199;RBI=0.0222381;REFB=-0.0491059;REVB=-0.0163427;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361596;STB=0.713517;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0241892;OID=.;OPOS=46970792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:3:0:3:2:3:0 chr10 46998894 . G A 431.65 PASS AF=0.76;AO=37;DP=51;FAO=38;FDP=50;FR=.;FRO=12;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0394537;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5145;QD=34.5321;RBI=0.111032;REFB=-0.0898951;REVB=0.103786;RO=12;SAF=22;SAR=15;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439984;STB=0.52613;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.012147;OID=.;OPOS=46998894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:51:50:12:12:37:38:0.76:15:22:6:6:15:23:6:6 chr10 46998995 . C G 152.72 PASS AF=0.328125;AO=20;DP=63;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0150219;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.078;QD=9.54468;RBI=0.019512;REFB=-0.0325026;REVB=0.0124524;RO=42;SAF=8;SAR=12;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0889874;STB=0.540502;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0570605;OID=.;OPOS=46998995;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:42:43:20:21:0.328125:12:8:20:22:12:9:21:22 chr10 46998999 . G A 440.23 PASS AF=0.650794;AO=41;DP=63;FAO=41;FDP=63;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0437959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4571;QD=27.9511;RBI=0.047901;REFB=-0.00606876;REVB=0.0194016;RO=21;SAF=20;SAR=21;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369354;STB=0.511622;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00718456;OID=.;OPOS=46998999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:21:22:41:41:0.650794:21:20:9:12:21:20:10:12 chr10 46999019 . G A 389.83 PASS AF=0.679245;AO=36;DP=53;FAO=36;FDP=53;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00406318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.011;QD=29.4214;RBI=0.0423614;REFB=-0.0655958;REVB=0.0421661;RO=17;SAF=19;SAR=17;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000965518;STB=0.500525;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0299487;OID=.;OPOS=46999019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:17:17:36:36:0.679245:17:19:9:8:17:19:9:8 chr10 46999030 . C T 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0156285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.847;QD=10.1573;RBI=0.0261515;REFB=-0.0207386;REVB=0.0209678;RO=30;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511095;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0399981;OID=.;OPOS=46999030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:31:14:14:0.311111:7:7:15:15:7:7:16:15 chr10 46999151 . T C 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0239966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.186;QD=23.0936;RBI=0.0255949;REFB=-0.029196;REVB=0.00890306;RO=11;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192334;STB=0.628663;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0323295;OID=.;OPOS=46999151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:11:12:17:17:0.586207:12:5:6:5:12:5:7:5 chr10 46999178 . A C 122.33 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0116085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.199;QD=15.7844;RBI=0.0118017;REFB=-0.0109945;REVB=0.00212661;RO=17;SAF=9;SAR=5;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32343;STB=0.685842;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0145888;OID=.;OPOS=46999178;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:5:9:5:12:5:9:5:12 chr10 46999189 . CA CG,TG 434.09 PASS AF=0.451613,0.548387;AO=14,18;DP=32;FAO=14,17;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9,5;FSAR=5,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00445999,0.0136982;FXX=0.0312402;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=118.336,185.833;QD=56.0111;RBI=0.00878557,0.0150862;REFB=0,0;REVB=0.00756933,0.00632085;RO=0;SAF=9,6;SAR=5,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00996657,0.00945115;OID=.,.;OPOS=46999190,46999189;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:32:31:0:0:14,18:14,17:0.451613,0.548387:5,12:9,6:0:0:5,12:9,5:0:0 chr10 46999198 . G T 173.88 PASS AF=0.529412;AO=17;DP=33;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0138984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.481;QD=20.4567;RBI=0.0156822;REFB=-0.0247448;REVB=0.00726397;RO=16;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340071;STB=0.666481;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0265747;OID=.;OPOS=46999198;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:16:16:17:18:0.529412:12:5:11:5:12:6:11:5 chr10 46999465 . A G 111.33 PASS AF=0.75;AO=11;DP=15;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0943327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.787;QD=27.8335;RBI=0.0944151;REFB=0.00349808;REVB=0.00394415;RO=4;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254731;STB=0.642627;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.001086;OID=.;OPOS=46999465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:16:4:4:11:12:0.75:5:6:0:4:5:7:0:4 chr10 46999577 . G T 80.16 PASS AF=0.588235;AO=9;DP=16;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0259073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.559;QD=18.8616;RBI=0.0827883;REFB=-0.0330424;REVB=0.0786302;RO=7;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174375;STB=0.581939;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0185992;OID=.;OPOS=46999577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:17:7:7:9:10:0.588235:3:6:6:1:3:7:6:1 chr10 46999596 . G A 130.1 PASS AF=0.608696;AO=12;DP=21;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0728355;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.1508;QD=22.6255;RBI=0.118673;REFB=0.078988;REVB=0.0936923;RO=9;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152892;STB=0.611368;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.0451513;OID=.;OPOS=46999596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:21:23:9:9:12:14:0.608696:3:9:8:1:5:9:8:1 chr10 46999604 . A G 287.94 PASS AF=0.92;AO=21;DP=23;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00587616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.099;QD=46.0703;RBI=0.0844775;REFB=0.00671121;REVB=0.0842729;RO=1;SAF=17;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263952;STB=0.527754;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.00123061;OID=.;OPOS=46999604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:25:1:2:21:23:0.92:4:17:1:0:6:17:2:0 chr10 46999732 . G A 579.08 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=100;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0101014;FXX=0.029997;HRUN=6;LEN=1;MLLD=162.421;QD=23.8798;RBI=0.0198933;REFB=-0.00790234;REVB=0.0171378;RO=42;SAF=22;SAR=31;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0502148;STB=0.527321;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00704723;OID=.;OPOS=46999732;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:97:42:44:53:53:0.546392:31:22:20:22:32:21:20:24 chr10 46999747 . T C 375.9 PASS AF=0.423077;AO=43;DP=102;FAO=44;FDP=104;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=42;FWDB=-0.0442659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3591;QD=14.4577;RBI=0.0687507;REFB=-0.0186602;REVB=-0.052604;RO=59;SAF=14;SAR=29;SRF=17;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04464;STB=0.51219;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0286578;OID=.;OPOS=46999747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:104:59:60:43:44:0.423077:29:14:17:42:30:14:18:42 chr10 46999922 . G T 223.97 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0167703;FXX=0.0937207;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.8;QD=30.8926;RBI=0.0340273;REFB=-0.028497;REVB=0.0296077;RO=12;SAF=9;SAR=11;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198661;STB=0.60844;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.012043;OID=.;OPOS=46999922;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:32:29:12:9:20:20:0.689655:11:9:2:10:11:9:1:8 chr10 47000004 . T C 598.12 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0098413;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9454;QD=61.3456;RBI=0.0824071;REFB=0;REVB=-0.0818173;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00106822;OID=.;OPOS=47000004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr10 47000071 . G A 251.05 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0165597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.137;QD=19.6898;RBI=0.0226037;REFB=-0.00812311;REVB=-0.0153852;RO=25;SAF=12;SAR=14;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162916;STB=0.590703;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0127087;OID=.;OPOS=47000071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:14:12:7:18:14:12:7:18 chr10 47000079 . T C 266.17 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00972611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.218;QD=21.2932;RBI=0.0126933;REFB=-0.0276296;REVB=-0.00815621;RO=25;SAF=7;SAR=18;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197993;STB=0.611713;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0240121;OID=.;OPOS=47000079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:18:7:12:13:18:7:12:13 chr10 47000146 . C T 108.56 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=0.0104137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.493;QD=13.5697;RBI=0.0303223;REFB=-0.0420219;REVB=-0.028478;RO=19;SAF=2;SAR=11;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103755;STB=0.559916;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0586424;OID=.;OPOS=47000146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:11:2:2:17:11:2:2:17 chr10 47000188 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5218;QD=46.8479;RBI=0.0758531;REFB=0;REVB=-0.0674251;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000814917;OID=.;OPOS=47000188;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr10 47000239 . C T 72.95 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0167513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.8327;QD=20.8418;RBI=0.103512;REFB=-0.0178721;REVB=0.102147;RO=5;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289354;STB=0.666296;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0257797;OID=.;OPOS=47000239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:6:3:4:1:6:3:4:1 chr10 47000321 . G A 462.53 PASS AF=0.619718;AO=41;DP=67;FAO=44;FDP=71;FR=.;FRO=27;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0102455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.151;QD=26.0581;RBI=0.0427744;REFB=-0.0195975;REVB=0.0415292;RO=25;SAF=31;SAR=10;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1349;STB=0.564427;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.00749436;OID=.;OPOS=47000321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:71:25:27:41:44:0.619718:10:31:15:10:13:31:15:12 chr10 47000366 . C G 558.53 PASS AF=0.586207;AO=50;DP=86;FAO=51;FDP=87;FR=.;FRO=36;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0222572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6108;QD=25.6795;RBI=0.0276387;REFB=-0.0169012;REVB=0.0163864;RO=35;SAF=31;SAR=19;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125696;STB=0.557377;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0095691;OID=.;OPOS=47000366;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:35:36:50:51:0.586207:19:31:16:19:20:31:17:19 chr10 47000374 . T C 574.05 PASS AF=0.577778;AO=52;DP=90;FAO=52;FDP=90;FR=.;FRO=38;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0229674;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.824;QD=25.5134;RBI=0.025676;REFB=-0.0163035;REVB=-0.0114784;RO=37;SAF=33;SAR=19;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117069;STB=0.570451;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0156442;OID=.;OPOS=47000374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:37:38:52:52:0.577778:19:33:18:19:19:33:18:20 chr10 47000381 . T C 1372.25 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0312837;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.0808;QD=60.3186;RBI=0.0313104;REFB=-0.129787;REVB=0.00129275;RO=1;SAF=47;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111504;STB=0.500619;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0033987;OID=.;OPOS=47000381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:91:1:2:89:89:0.978022:42:47:0:1:42:47:1:1 chr10 47000426 . T C 1669.52 PASS AF=1;AO=110;DP=112;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0628;QD=59.0979;RBI=0.0298125;REFB=0;REVB=0.0249379;RO=0;SAF=50;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49535e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.76793e-05;OID=.;OPOS=47000426;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:113:0:0:110:113:1:60:50:0:0:62:51:0:0 chr10 47000487 . G A 589.94 PASS AF=0.55102;AO=54;DP=97;FAO=54;FDP=98;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.00762796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.233;QD=24.0793;RBI=0.008146;REFB=-0.00749793;REVB=0.00285858;RO=43;SAF=20;SAR=34;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187718;STB=0.503246;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00654137;OID=.;OPOS=47000487;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:43:44:54:54:0.55102:34:20:15:28:34:20:16:28 chr10 47000547 . G T 353.9 PASS AF=0.583333;AO=34;DP=61;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00916175;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.907;QD=23.5936;RBI=0.0141701;REFB=0.00155793;REVB=-0.0108099;RO=25;SAF=12;SAR=22;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279969;STB=0.523207;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=-0.000812748;OID=.;OPOS=47000547;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:25:25:34:35:0.583333:22:12:8:17:22:13:8:17 chr10 47000728 . T C 257.34 PASS AF=0.416667;AO=26;DP=69;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.00475813;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.397;QD=14.2965;RBI=0.00991044;REFB=-0.0184153;REVB=-0.00869351;RO=43;SAF=7;SAR=19;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369557;STB=0.654102;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0259575;OID=.;OPOS=47000728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:43:42:26:30:0.416667:19:7:26:17:20:10:25:17 chr10 47000765 . C T 161.4 PASS AF=0.255556;AO=23;DP=90;FAO=23;FDP=90;FR=.;FRO=67;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.0531801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2673;QD=7.17352;RBI=0.0543209;REFB=-0.0153631;REVB=0.0110744;RO=67;SAF=15;SAR=8;SRF=32;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216741;STB=0.631618;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0531298;OID=.;OPOS=47000765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:67:67:23:23:0.255556:8:15:32:35:8:15:32:35 chr10 47000863 . A G 984.47 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0645;QD=58.7744;RBI=0.0280986;REFB=0;REVB=-0.0021407;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.16017e-05;OID=.;OPOS=47000863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:64:67:1:34:30:0:0:34:33:0:0 chr10 47000873 . T A,G 929.24 PASS AF=0.515152,0.484848;AO=34,30;DP=64;FAO=34,32;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=14,18;FSAR=20,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00969948,-0.0112063;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=46.7548,163.423;QD=56.3178;RBI=0.0210151,0.0201657;REFB=0,0;REVB=0.0186428,0.0167653;RO=0;SAF=14,18;SAR=20,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.48532e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00166976,0.0191079;OID=.,.;OPOS=47000873,47000873;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:64:66:0:0:34,30:34,32:0.515152,0.484848:20,12:14,18:0:0:20,14:14,18:0:0 chr10 47000898 . C T 237.56 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0194936;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.39;QD=13.7713;RBI=0.0233798;REFB=-0.020014;REVB=-0.0129079;RO=40;SAF=18;SAR=10;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250816;STB=0.636077;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0218078;OID=.;OPOS=47000898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:41:28:28:0.405797:10:18:16:24:10:18:17:24 chr10 47001032 . G A 260.36 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0133526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.149;QD=24.796;RBI=0.0238566;REFB=-0.0401851;REVB=0.0197698;RO=17;SAF=6;SAR=18;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096536;STB=0.573465;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0240938;OID=.;OPOS=47001032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:18:24:24:0.571429:18:6:6:11:18:6:7:11 chr10 47001098 . C T 156.33 PASS AF=0.425;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0195297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.281;QD=15.6327;RBI=0.0196551;REFB=-0.0317628;REVB=-0.00221663;RO=22;SAF=7;SAR=10;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131602;STB=0.563723;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0214313;OID=.;OPOS=47001098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:22:23:17:17:0.425:10:7:12:10:10:7:12:11 chr10 47001371 . C G 893.58 PASS AF=0.984127;AO=59;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0161907;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.994;QD=56.735;RBI=0.0232254;REFB=-0.125662;REVB=0.0166517;RO=1;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159925;STB=0.508194;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.000425792;OID=.;OPOS=47001371;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:59:62:0.984127:29:30:0:1:30:32:0:1 chr10 47001409 . G A 476.7 PASS AF=0.494949;AO=49;DP=99;FAO=49;FDP=99;FR=.;FRO=50;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=0.00470636;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.673;QD=19.2606;RBI=0.0335867;REFB=-0.00137337;REVB=0.0332553;RO=50;SAF=30;SAR=19;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104775;STB=0.558115;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00492035;OID=.;OPOS=47001409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:50:50:49:49:0.494949:19:30:25:25:19:30:25:25 chr10 47001485 . A T 278.17 PASS AF=0.285714;AO=38;DP=136;FAO=38;FDP=133;FR=.;FRO=95;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=59;FWDB=-0.00934421;FXX=0.0220572;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.769;QD=8.36596;RBI=0.0220516;REFB=-0.00932864;REVB=-0.019974;RO=94;SAF=18;SAR=20;SRF=36;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110999;STB=0.56831;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0285075;OID=.;OPOS=47001485;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:133:94:95:38:38:0.285714:20:18:36:58:20:18:36:59 chr10 47001504 . G T 711.1 PASS AF=0.510949;AO=66;DP=133;FAO=70;FDP=137;FR=.;FRO=67;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=0.0459671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.639;QD=20.7619;RBI=0.047181;REFB=-0.0129092;REVB=0.0106337;RO=67;SAF=25;SAR=41;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00549072;STB=0.520877;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0139687;OID=.;OPOS=47001504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:137:67:67:66:70:0.510949:41:25:25:42:41:29:25:42 chr10 47001543 . C T 723.22 PASS AF=0.481013;AO=76;DP=158;FAO=76;FDP=158;FR=.;FRO=82;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=30;FSRR=52;FWDB=-0.00746479;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1833;QD=18.3095;RBI=0.00797553;REFB=-0.0170059;REVB=-0.00280818;RO=80;SAF=26;SAR=50;SRF=28;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00812127;STB=0.513569;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0208708;OID=.;OPOS=47001543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:80:82:76:76:0.481013:50:26:28:52:50:26:30:52 chr10 47001786 . A C 207.62 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=8;FWDB=-0.00860781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.079;QD=15.0998;RBI=0.0231521;REFB=-0.0205012;REVB=0.0214924;RO=31;SAF=13;SAR=11;SRF=23;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205494;STB=0.615773;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0206233;OID=.;OPOS=47001786;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:11:13:23:8:11:13:23:8 chr10 47001946 . T C 289.46 PASS AF=0.555556;AO=27;DP=51;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0265514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.223;QD=21.4416;RBI=0.0265633;REFB=-0.0105576;REVB=-0.000797147;RO=24;SAF=16;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114445;STB=0.563867;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.010127;OID=.;OPOS=47001946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:24:24:27:30:0.555556:11:16:11:13:12:18:11:13 chr10 47001953 . G GT,T 242.16 PASS AF=0.622642,0;AO=6,2;DP=53;FAO=33,0;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=20,0;FSAR=13,0;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0851464,0.0705374;FXX=0;HRUN=0,3;LEN=1,1;MLLD=66.5209,65.3897;QD=18.2764;RBI=0.0852034,0.0717618;REFB=-0.0651025,-0.0433249;REVB=0.00311604,0.0131997;RO=45;SAF=5,1;SAR=1,1;SRF=25;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.353792,-0.0434315;STB=0.521932,0.5;STBP=0.679,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0346878,0.0436963;OID=.,.;OPOS=47001954,47001953;OREF=-,G;OALT=T,T;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:45:20:6,2:33,0:0.622642,0:1,1:5,1:25:20:13,0:20,0:11:9 chr10 47001954 . C T 213.5 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00772877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.239;QD=16.1129;RBI=0.0336668;REFB=-0.0435706;REVB=-0.0327677;RO=29;SAF=14;SAR=10;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00285481;STB=0.501617;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0241605;OID=.;OPOS=47001954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:10:14:17:12:10:14:17:12 chr10 47001955 . C G 35.27 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=55;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0688193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5092;QD=2.56497;RBI=0.0777105;REFB=-0.00850619;REVB=-0.0360947;RO=47;SAF=6;SAR=2;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231481;STB=0.666223;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.144837;OID=.;OPOS=47001955;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:55:55:47:47:8:8:0.145455:2:6:27:20:2:6:27:20 chr10 47001984 . G A 711.63 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0219719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6048;QD=52.7134;RBI=0.0513098;REFB=-0.0809337;REVB=0.0463673;RO=1;SAF=35;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268968;STB=0.507244;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00169916;OID=.;OPOS=47001984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:54:54:1:2:52:52:0.962963:17:35:0:1:17:35:1:1 chr10 47002079 . T C 386.08 PASS AF=0.527027;AO=37;DP=74;FAO=39;FDP=74;FR=.;FRO=35;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00185287;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0789;QD=20.8691;RBI=0.0552254;REFB=-0.0493193;REVB=0.0551943;RO=33;SAF=19;SAR=18;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00139524;STB=0.511476;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0383694;OID=.;OPOS=47002079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:35:37:39:0.527027:18:19:17:16:18:21:18:17 chr10 47002118 . T A 266.86 PASS AF=0.382716;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0067224;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.961;QD=13.1784;RBI=0.0333208;REFB=-0.0165809;REVB=0.0326356;RO=47;SAF=17;SAR=14;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107118;STB=0.57873;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0232963;OID=.;OPOS=47002118;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:81:47:50:31:31:0.382716:14:17:21:26:14:17:21:29 chr10 47002127 . T C,G 1357.43 PASS AF=0.94382,0.0561798;AO=82,6;DP=88;FAO=84,5;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=37,3;FSAR=47,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173095,0.0191549;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=153.243,95.5792;QD=61.0081;RBI=0.0440269,0.0382278;REFB=0,0;REVB=0.0404815,0.0330826;RO=0;SAF=36,3;SAR=46,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.14462e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000652435,0.0381112;OID=.,.;OPOS=47002127,47002127;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:88:89:0:0:82,6:84,5:0.94382,0.0561798:46,3:36,3:0:0:47,2:37,3:0:0 chr10 47002135 . A G 635.15 PASS AF=0.608696;AO=56;DP=91;FAO=56;FDP=92;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0155286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.521;QD=27.6151;RBI=0.0480395;REFB=-0.00775966;REVB=-0.0454605;RO=35;SAF=25;SAR=31;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127888;STB=0.500785;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00464174;OID=.;OPOS=47002135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:35:36:56:56:0.608696:31:25:15:20:31:25:16:20 chr10 47002501 . T A 210.47 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.00932985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.685;QD=26.3092;RBI=0.0945879;REFB=0.000223619;REVB=0.0941267;RO=12;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286323;STB=0.658384;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.000621518;OID=.;OPOS=47002501;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:32:32:12:12:20:20:0.625:12:8:10:2:12:8:10:2 chr10 47002529 . C G 58.55 PASS AF=0.1875;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00394905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.588;QD=4.87906;RBI=0.0140969;REFB=-0.00680469;REVB=-0.0135325;RO=38;SAF=8;SAR=1;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.612477;STB=0.90351;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0139204;OID=.;OPOS=47002529;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:48:48:38:39:9:9:0.1875:1:8:14:24:1:8:14:25 chr10 47002542 . C A 741.36 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00688528;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.523;QD=54.9156;RBI=0.0191866;REFB=-0.106087;REVB=0.0179086;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.000463868;OID=.;OPOS=47002542;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:54:0:1:53:53:0.981481:25:28:0:0:25:28:0:1 chr10 47002606 . G A 345.48 PASS AF=0.507042;AO=36;DP=71;FAO=36;FDP=71;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0236323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0062;QD=19.4634;RBI=0.0308455;REFB=-0.0181955;REVB=0.0198233;RO=34;SAF=14;SAR=22;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150387;STB=0.590786;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0291439;OID=.;OPOS=47002606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:35:36:36:0.507042:22:14:19:15:22:14:20:15 chr10 47002617 . T C 370.28 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0215399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7606;QD=19.7482;RBI=0.0243653;REFB=0.00593305;REVB=-0.0113886;RO=36;SAF=16;SAR=22;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943244;STB=0.546075;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=-0.00503418;OID=.;OPOS=47002617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:37:38:38:0.506667:22:16:19:17:22:16:19:18 chr10 47002724 . G A 214.32 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0620508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9073;QD=12.795;RBI=0.0621094;REFB=-0.0158967;REVB=-0.00269781;RO=39;SAF=12;SAR=14;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805682;STB=0.545836;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0344246;OID=.;OPOS=47002724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:39:41:26:26:0.38806:14:12:21:18:14:12:22:19 chr10 47002757 . A G 749.61 PASS AF=0.966102;AO=50;DP=55;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0102577;FXX=0.0327815;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7415;QD=50.8207;RBI=0.0265483;REFB=-0.170435;REVB=0.0244866;RO=3;SAF=22;SAR=28;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115312;STB=0.516123;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0105643;OID=.;OPOS=47002757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:55:59:3:2:50:57:0.966102:28:22:1:2:30:27:0:2 chr10 47002792 . T C 156.91 PASS AF=0.278481;AO=22;DP=78;FAO=22;FDP=79;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0228738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2844;QD=7.94469;RBI=0.0230649;REFB=-0.00532395;REVB=-0.00296346;RO=55;SAF=5;SAR=17;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342971;STB=0.709026;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0262433;OID=.;OPOS=47002792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:55:57:22:22:0.278481:17:5:27:28:17:5:28:29 chr10 47002911 . A AC 409.48 PASS AF=1;AO=12;DP=66;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0918411;FXX=0.0156226;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.82206;QD=25.9988;RBI=0.193999;REFB=0;REVB=-0.170882;RO=53;SAF=4;SAR=8;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177157;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000559487;OID=.;OPOS=47002912;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:66:63:63:0:28:35:0:0:7:53:4:8:25:28 chr10 47002917 . T C 916.22 PASS AF=1;AO=53;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.0229;QD=56.3827;RBI=0.0242937;REFB=0;REVB=-0.00469674;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000320071;OID=.;OPOS=47002917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:53:65:1:31:22:0:0:36:29:0:0 chr10 47002937 . A G 277.46 PASS AF=0.5;AO=28;DP=58;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0141375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.023;QD=18.4972;RBI=0.0679134;REFB=-0.0113824;REVB=-0.0664256;RO=30;SAF=16;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969617;STB=0.567522;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0101505;OID=.;OPOS=47002937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:30:30:28:30:0.5:12:16:14:16:12:18:14:16 chr10 47002942 . C G 283.64 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0583709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.383;QD=19.9042;RBI=0.0754158;REFB=-0.00132117;REVB=-0.0477533;RO=27;SAF=20;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196676;STB=0.609681;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00136897;OID=.;OPOS=47002942;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:10:20:12:15:10:20:12:15 chr10 47003115 . C T 425.82 PASS AF=0.418803;AO=29;DP=115;FAO=49;FDP=117;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=20;FSRR=48;FWDB=-0.063528;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5584;QD=14.5581;RBI=0.087682;REFB=-0.00899967;REVB=-0.0604344;RO=49;SAF=9;SAR=20;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0943182;STB=0.521044;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0122392;OID=.;OPOS=47003115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:49:68:29:49:0.418803:20:9:19:30:36:13:20:48 chr10 47003177 . A G 405.68 PASS AF=0.446809;AO=42;DP=94;FAO=42;FDP=94;FR=.;FRO=52;FSAF=8;FSAR=34;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=-0.00308823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.209;QD=17.263;RBI=0.0132568;REFB=-0.0154305;REVB=0.0128921;RO=52;SAF=8;SAR=34;SRF=15;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140179;STB=0.579218;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0191096;OID=.;OPOS=47003177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:52:42:42:0.446809:34:8:15:37:34:8:15:37 chr10 47003215 . T C 283.65 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.000649561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.974;QD=19.9056;RBI=0.00586158;REFB=-0.0261107;REVB=-0.00582548;RO=27;SAF=8;SAR=22;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106121;STB=0.559281;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.025881;OID=.;OPOS=47003215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:22:8:10:17:22:8:10:17 chr10 47003229 . C G 264.69 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0157436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.345;QD=20.7602;RBI=0.0170261;REFB=0.00165439;REVB=-0.00648291;RO=24;SAF=6;SAR=21;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124287;STB=0.569713;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.00121778;OID=.;OPOS=47003229;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:21:6:8:16:21:6:8:16 chr10 47003250 . C T 184.31 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.016589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.494;QD=18.431;RBI=0.0170475;REFB=-0.00622164;REVB=0.00392728;RO=21;SAF=6;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159169;STB=0.59081;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00461872;OID=.;OPOS=47003250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:13:6:10:11:13:6:10:11 chr10 47003615 . C T 292.43 PASS AF=0.555556;AO=29;DP=53;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0125086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.794;QD=21.6611;RBI=0.0271226;REFB=-0.00970166;REVB=-0.024066;RO=24;SAF=20;SAR=9;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296387;STB=0.649899;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00688015;OID=.;OPOS=47003615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:24:24:29:30:0.555556:9:20:8:16:10:20:8:16 chr10 47003896 . C T 187.65 PASS AF=0.383333;AO=22;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.00675965;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.532;QD=12.5101;RBI=0.00994162;REFB=-0.00628136;REVB=0.00728992;RO=37;SAF=9;SAR=13;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114017;STB=0.54872;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00895945;OID=.;OPOS=47003896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:22:23:0.383333:13:9:19:18:13:10:19:18 chr10 47004068 . T C 260.47 PASS AF=0.416667;AO=29;DP=71;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=10;FWDB=-0.0193674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.006;QD=14.4704;RBI=0.0194299;REFB=-0.008451;REVB=0.00155722;RO=42;SAF=16;SAR=13;SRF=32;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229098;STB=0.636281;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0187031;OID=.;OPOS=47004068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:42:42:29:30:0.416667:13:16:32:10:14:16:32:10 chr10 47004182 . G A 340.12 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0338358;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=102.23;QD=48.5884;RBI=0.063003;REFB=-0.211573;REVB=0.0531461;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.52939;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00403491;OID=.;OPOS=47004182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:0:2:26:26:0.928571:10:16:0:0:10:16:2:0 chr10 47004217 . T C 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00728047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.851;QD=16.627;RBI=0.00869472;REFB=-0.0106849;REVB=0.00475321;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230746;STB=0.631394;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0225631;OID=.;OPOS=47004217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:11:3:6:7:11:3 chr10 47004289 . C T 142.68 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0606893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1809;QD=22.8283;RBI=0.0620214;REFB=-0.00220208;REVB=0.0127856;RO=10;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237195;STB=0.513351;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00580484;OID=.;OPOS=47004289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:8:7:5:5:8:7:5:5 chr10 47004355 . C CA 153.52 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00762398;FXX=0.0312402;HRUN=0;LEN=1;MLLD=205.551;QD=19.8085;RBI=0.010252;REFB=-0.0124705;REVB=0.00685408;RO=15;SAF=9;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137855;STB=0.578216;STBP=0.381;TYPE=ins;VARB=0.0163891;OID=.;OPOS=47004356;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.516129:16:31:16:31:15:9:7:6:9:99:15:9:7:6:9 chr10 47004362 . C T 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00454835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.439;QD=22.7246;RBI=0.0484696;REFB=0.0131142;REVB=0.0482557;RO=16;SAF=13;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221394;STB=0.624168;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00238545;OID=.;OPOS=47004362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:7:13:6:10:7:13:6:10 chr10 47004633 . CA TG 200.02 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0264173;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=160.211;QD=23.5314;RBI=0.0326277;REFB=0.00170771;REVB=-0.0191492;RO=13;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705339;STB=0.524448;STBP=0.819;TYPE=mnp;VARB=-0.00231096;OID=.;OPOS=47004633;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:14:18:18:0.529412:8:10:6:7:8:10:7:7 chr10 47004702 . A G 181.41 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0306283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0544;QD=24.1875;RBI=0.0431646;REFB=0.00679556;REVB=-0.0304154;RO=12;SAF=13;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238389;STB=0.633989;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00881348;OID=.;OPOS=47004702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:5:13:5:7:5:13:5:7 chr10 47004971 . A G 356.17 PASS AF=0.645833;AO=29;DP=46;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.08375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.054;QD=29.6805;RBI=0.083988;REFB=0.00208831;REVB=0.00631893;RO=15;SAF=8;SAR=21;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137819;STB=0.549967;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=-0.000227071;OID=.;OPOS=47004971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:15:17:29:31:0.645833:21:8:7:8:22:9:7:10 chr10 47004994 . A G 188.87 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00488147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.135;QD=29.0565;RBI=0.00580209;REFB=-0.00708776;REVB=-0.00313615;RO=8;SAF=4;SAR=14;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194507;STB=0.608565;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00194809;OID=.;OPOS=47004994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:26:26:8:8:18:18:0.692308:14:4:4:4:14:4:4:4 chr10 47005224 . C T 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0121545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.427;QD=9.11036;RBI=0.0348636;REFB=-0.025182;REVB=-0.0326762;RO=16;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703661;STB=0.543368;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0402488;OID=.;OPOS=47005224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:5:3:7:9:5:3:7:9 chr10 47005267 . C T 294.97 PASS AF=0.619048;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00221069;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.908;QD=28.0926;RBI=0.00822355;REFB=-0.0162166;REVB=0.00792084;RO=15;SAF=13;SAR=13;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110804;STB=0.547583;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.00490679;OID=.;OPOS=47005267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:15:16:26:26:0.619048:13:13:5:10:13:13:6:10 chr10 47005466 . C T 818.26 PASS AF=0.632479;AO=74;DP=117;FAO=74;FDP=117;FR=.;FRO=43;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0526565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.494;QD=27.9746;RBI=0.0528682;REFB=-0.0160472;REVB=-0.00472633;RO=42;SAF=36;SAR=38;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408874;STB=0.526309;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0109438;OID=.;OPOS=47005466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:42:43:74:74:0.632479:38:36:23:19:38:36:24:19 chr10 47005504 . T C 350.15 PASS AF=0.330827;AO=44;DP=131;FAO=44;FDP=133;FR=.;FRO=89;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=51;FSRR=38;FWDB=-0.00982309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.8;QD=10.5307;RBI=0.0146275;REFB=-0.0190489;REVB=0.0108383;RO=84;SAF=25;SAR=19;SRF=47;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100443;STB=0.50331;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0298911;OID=.;OPOS=47005504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:133:84:89:44:44:0.330827:19:25:47:37:19:25:51:38 chr10 47005575 . C T 696.1 PASS AF=0.558333;AO=67;DP=120;FAO=67;FDP=120;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=44;FSRF=21;FSRR=32;FWDB=-0.00683329;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.313;QD=23.2034;RBI=0.00863512;REFB=-0.00773654;REVB=0.00527934;RO=52;SAF=23;SAR=44;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361645;STB=0.525508;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00716467;OID=.;OPOS=47005575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:52:53:67:67:0.558333:44:23:20:32:44:23:21:32 chr10 47005611 . CAGA C 255.48 PASS AF=0.39726;AO=25;DP=68;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0314722;FXX=0.0640943;HRUN=1;LEN=3;MLLD=232.629;QD=13.9989;RBI=0.0330055;REFB=-0.00810614;REVB=-0.00994293;RO=38;SAF=6;SAR=19;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101941;STB=0.517958;STBP=0.841;TYPE=del;VARB=0.0115061;OID=.;OPOS=47005612;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.39726:25:68:29:73:44:10:19:14:30:99:38:6:19:12:26 chr10 47087474 . C T 1690.51 PASS AF=0.95082;AO=118;DP=122;FAO=116;FDP=122;FR=.;FRO=6;FSAF=46;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0165021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8471;QD=55.4265;RBI=0.0180473;REFB=-0.0119957;REVB=0.0073066;RO=4;SAF=46;SAR=72;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00719199;STB=0.503252;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00207285;OID=.;OPOS=47087474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:122:122:4:6:118:116:0.95082:72:46:2:2:70:46:2:4 chr10 47087501 . C T 74.06 PASS AF=0.135593;AO=16;DP=118;FAO=16;FDP=118;FR=.;FRO=102;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=63;FWDB=0.0354848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.23;QD=2.51057;RBI=0.0366375;REFB=-0.00167589;REVB=-0.00911801;RO=102;SAF=6;SAR=10;SRF=39;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00974064;STB=0.506748;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0112244;OID=.;OPOS=47087501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:118:118:102:102:16:16:0.135593:10:6:39:63:10:6:39:63 chr10 47087608 . T C 1379.27 PASS AF=0.989362;AO=88;DP=93;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0194083;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.355;QD=58.6923;RBI=0.079172;REFB=-0.109598;REVB=0.0767562;RO=4;SAF=33;SAR=55;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332217;STB=0.504131;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00120412;OID=.;OPOS=47087608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:94:4:1:88:93:0.989362:55:33:0:4:60:33:0:1 chr10 47087680 . C T 1080.98 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=75;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0549419;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3847;QD=58.4314;RBI=0.0616139;REFB=-0.0645289;REVB=0.0278867;RO=1;SAF=34;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137071;STB=0.50704;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000988904;OID=.;OPOS=47087680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:74:1:1:72:73:0.986486:38:34:1:0:38:35:1:0 chr10 47087731 . C T 884.67 PASS AF=0.985294;AO=63;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.1845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4149;QD=52.0395;RBI=0.184503;REFB=-0.201;REVB=-0.000950147;RO=5;SAF=22;SAR=41;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959808;STB=0.509431;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0152646;OID=.;OPOS=47087731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:68:68:5:1:63:67:0.985294:41:22:5:0:41:26:1:0 chr10 47087830 . G A 704.97 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.033235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.188;QD=58.7477;RBI=0.0339351;REFB=-0.0255945;REVB=0.00685769;RO=1;SAF=19;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240991;STB=0.50373;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00227899;OID=.;OPOS=47087830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:1:2:46:46:0.958333:27:19:1:0:27:19:1:1 chr10 47416908 . A G 2898.35 PASS AF=0.480583;AO=292;DP=615;FAO=297;FDP=618;FR=.;FRO=321;FSAF=203;FSAR=94;FSRF=172;FSRR=149;FWDB=-0.00336135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.131;QD=18.7595;RBI=0.0693234;REFB=-0.00712451;REVB=0.0692419;RO=319;SAF=201;SAR=91;SRF=170;SRR=149;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16028;STB=0.583224;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00584549;OID=.;OPOS=47416908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:615:618:319:321:292:297:0.480583:91:201:170:149:94:203:172:149 chr10 47747159 . G C 63.66 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.086;QD=31.8282;RBI=0.0751759;REFB=-0.0452908;REVB=0.0479879;RO=1;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674964;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00233516;OID=.;OPOS=47747159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:8:8:1:0:7:8:1:1:6:1:0:1:7:0:0 chr10 47911590 . GT AG 203.13 PASS AF=1;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115255;FXX=0.157812;HRUN=2;LEN=2;MLLD=181.992;QD=50.7828;RBI=0.0144259;REFB=0;REVB=0.00867587;RO=0;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000140609;OID=.;OPOS=47911590;OREF=GT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:19:16:0:0:16:16:1:14:2:0:0:14:2:0:0 chr10 48370595 . G A 1024.95 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0635079;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.2475;QD=55.4029;RBI=0.130817;REFB=-0.213372;REVB=0.114367;RO=0;SAF=24;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515785;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00733776;OID=.;OPOS=48370595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:74:74:0:3:71:71:0.959459:47:24:0:0:46:25:0:3 chr10 48373123 . G A 115.47 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.040013;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.527;QD=13.5842;RBI=0.041929;REFB=-0.0326645;REVB=0.0125301;RO=20;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349512;STB=0.669184;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0381034;OID=.;OPOS=48373123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:13:14:0.411765:4:9:7:13:5:9:7:13 chr10 48373576 . T C 327.67 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0308947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9751;QD=30.4813;RBI=0.0481874;REFB=-0.0294679;REVB=0.0369804;RO=15;SAF=12;SAR=16;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624528;STB=0.534222;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00857174;OID=.;OPOS=48373576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:15:28:28:0.651163:16:12:5:10:16:12:5:10 chr10 48373580 . A G 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.104976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0931;QD=10.1577;RBI=0.109281;REFB=-0.00499833;REVB=-0.0303707;RO=31;SAF=4;SAR=10;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206102;STB=0.624812;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00620883;OID=.;OPOS=48373580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:10:4:14:17:10:4:14:17 chr10 48373663 . C T 236.7 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00110139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.4041;QD=19.725;RBI=0.0208237;REFB=-0.0108712;REVB=-0.0207946;RO=23;SAF=15;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197977;STB=0.613282;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0217192;OID=.;OPOS=48373663;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:23:25:23:23:0.479167:8:15:10:13:8:15:11:14 chr10 49420008 . T C 157.41 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0258124;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7299;QD=9.68701;RBI=0.0260203;REFB=-0.011614;REVB=-0.00328306;RO=45;SAF=8;SAR=13;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127102;STB=0.58201;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.024423;OID=.;OPOS=49420008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:45:44:21:21:0.323077:13:8:22:23:13:8:22:22 chr10 49659083 . GC G,GG 263.54 PASS AF=0.787879,0.181818;AO=20,6;DP=34;FAO=26,6;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=20,0;FSAR=6,6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.19722,0.138586;FXX=0.0294031;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=11.3221,13.3455;QD=31.9446;RBI=0.236008,0.20667;REFB=-0.0700101,-0.103751;REVB=0.129631,0.153318;RO=7;SAF=16,0;SAR=4,6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.150406,-0.767038;STB=0.538431,0.5;STBP=0.152,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0480747,0.0235665;OID=.,.;OPOS=49659084,49659084;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.787879,0.181818:20,6:34:26,6:33:1:20,0:6,6:0:1:22:7:16,0:4,6:4:3 chr10 49659559 . C T 471.56 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.173;QD=57.1589;RBI=0.0615027;REFB=0;REVB=0.0379294;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198236;OID=.;OPOS=49659559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:31:33:1:10:21:0:0:11:22:0:0 chr10 49659637 . T C 49.15 PASS AF=0.32;AO=7;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00872708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.101;QD=7.86444;RBI=0.0302513;REFB=-0.0107063;REVB=-0.0289652;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177312;STB=0.559852;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0356116;OID=.;OPOS=49659637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:25:25:17:17:7:8:0.32:3:4:7:10:4:4:7:10 chr10 49659644 . A G 138.82 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00113201;FXX=0.0869187;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.22;QD=26.442;RBI=0.020185;REFB=-0.0392714;REVB=0.0201532;RO=7;SAF=5;SAR=9;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454578;STB=0.52551;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.023198;OID=.;OPOS=49659644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:23:21:7:7:14:14:0.666667:9:5:3:4:9:5:3:4 chr10 49667795 . T C 779.45 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00132379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.087;QD=56.6873;RBI=0.0473178;REFB=0;REVB=0.0472993;RO=0;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140663;OID=.;OPOS=49667795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:53:55:1:24:29:0:0:25:30:0:0 chr10 49687800 . G A 52.43 PASS AF=0.466667;AO=6;DP=13;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00328552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.181;QD=13.9804;RBI=0.00370642;REFB=-0.0200445;REVB=-0.0017155;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.624625;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0271607;OID=.;OPOS=49687800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:13:15:6:8:6:7:0.466667:4:2:2:4:5:2:4:4 chr10 49860258 . A G 693.29 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.225;QD=61.6254;RBI=0.0534268;REFB=0;REVB=0.0514721;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.01503e-05;OID=.;OPOS=49860258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:42:45:1:22:20:0:0:24:21:0:0 chr10 49998824 . C T 270.79 PASS AF=0.359551;AO=32;DP=89;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0148432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3041;QD=12.1704;RBI=0.0157727;REFB=-0.0057787;REVB=0.00533452;RO=57;SAF=20;SAR=12;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151484;STB=0.587337;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0180235;OID=.;OPOS=49998824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:57:57:32:32:0.359551:12:20:28:29:12:20:28:29 chr10 50013402 . T C 1075.21 PASS AF=0.961039;AO=71;DP=72;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0210358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.886;QD=55.8549;RBI=0.0223724;REFB=0.00667741;REVB=-0.00761706;RO=1;SAF=31;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150093;STB=0.521121;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.00026142;OID=.;OPOS=50013402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:72:77:1:3:71:74:0.961039:40:31:1:0:40:34:3:0 chr10 50025396 . G A 727.64 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.386;QD=63.2729;RBI=0.0595901;REFB=0;REVB=0.0208532;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224401;OID=.;OPOS=50025396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr10 50038800 . A G 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0213099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.175;QD=62.9828;RBI=0.0215665;REFB=0;REVB=0.00331698;RO=0;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.13054e-05;OID=.;OPOS=50038800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:20:25:0:0:20:25:0:0 chr10 50083111 . T C 1441.8 PASS AF=0.95;AO=95;DP=100;FAO=95;FDP=100;FR=.;FRO=5;FSAF=34;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00349389;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.3642;QD=57.6722;RBI=0.0036299;REFB=-0.0455091;REVB=-0.000984319;RO=4;SAF=34;SAR=61;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00900828;STB=0.508629;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00255306;OID=.;OPOS=50083111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:100:100:4:5:95:95:0.95:61:34:1:3:61:34:1:4 chr10 50109902 . G A 557.09 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.287;QD=60.2264;RBI=0.0668265;REFB=0;REVB=-0.0230253;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000611194;OID=.;OPOS=50109902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr10 50121784 . T C 1549.05 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00517624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7958;QD=63.8784;RBI=0.0731772;REFB=0;REVB=0.0729939;RO=0;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000330677;OID=.;OPOS=50121784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:46:51:0:0:46:51:0:0 chr10 50122181 . C A 689.27 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.8756;QD=62.6611;RBI=0.0300072;REFB=0;REVB=-0.00713426;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000299261;OID=.;OPOS=50122181;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr10 50178246 . C T 672.41 PASS AF=0.52381;AO=65;DP=126;FAO=66;FDP=126;FR=.;FRO=60;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=41;FSRR=19;FWDB=0.00770678;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.797;QD=21.3464;RBI=0.0249585;REFB=0.00308862;REVB=0.0237388;RO=60;SAF=30;SAR=35;SRF=41;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192072;STB=0.607671;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00246216;OID=.;OPOS=50178246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:60:60:65:66:0.52381:35:30:41:19:36:30:41:19 chr10 50184949 . C T 121.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00129118;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.681;QD=12.8154;RBI=0.0180754;REFB=-0.000139992;REVB=0.0180292;RO=24;SAF=11;SAR=3;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214869;STB=0.62837;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00208886;OID=.;OPOS=50184949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:3:11:15:9:3:11:15:9 chr10 50186415 . C T 249.63 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0209971;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=140.938;QD=16.6421;RBI=0.0336174;REFB=-0.0183278;REVB=-0.0262535;RO=29;SAF=18;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150253;STB=0.562454;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.0208575;OID=.;OPOS=50186415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:32:28:28:0.466667:10:18:14:15:10:18:17:15 chr10 50227785 . T C 1089.04 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.608;QD=58.8669;RBI=0.0435105;REFB=-0.0316965;REVB=0.0146793;RO=0;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000432459;OID=.;OPOS=50227785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:74:74:0:0:73:74:1:47:26:0:0:47:27:0:0 chr10 50315893 . A G 382.2 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=78;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.034275;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7247;QD=19.6001;RBI=0.0356553;REFB=0.00753898;REVB=-0.00982477;RO=38;SAF=17;SAR=22;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807432;STB=0.538696;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.0122369;OID=.;OPOS=50315893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:38:39:39:39:0.5:22:17:20:18:22:17:20:19 chr10 50339925 . G A 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0284422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.489;QD=30.7898;RBI=0.0294362;REFB=0.000181604;REVB=-0.00758495;RO=1;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080241;STB=0.545344;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.000659442;OID=.;OPOS=50339925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:3:5:1:0:3:5:1:0 chr10 50340304 . C A 50.89 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0206071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.141;QD=5.08855;RBI=0.0206944;REFB=0.000867019;REVB=-0.00189824;RO=32;SAF=5;SAR=3;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152349;STB=0.60101;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-0.00422535;OID=.;OPOS=50340304;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:32:32:8:8:0.2:3:5:16:16:3:5:16:16 chr10 50341954 . A G 305.15 PASS AF=0.492754;AO=32;DP=67;FAO=34;FDP=69;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0170778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.226;QD=17.6898;RBI=0.0253312;REFB=-0.0299833;REVB=-0.0187089;RO=35;SAF=16;SAR=16;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133228;STB=0.522171;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0308119;OID=.;OPOS=50341954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:35:35:32:34:0.492754:16:16:17:18:16:18:17:18 chr10 50374819 . T C 96.66 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0329492;FXX=0.0526177;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.7543;QD=10.7405;RBI=0.0340591;REFB=-0.0203105;REVB=0.00862401;RO=26;SAF=3;SAR=9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30396;STB=0.655971;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0520342;OID=.;OPOS=50374819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:38:36:26:24:12:12:0.333333:9:3:13:13:9:3:11:13 chr10 50531604 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.949;QD=49.5992;RBI=0.0348174;REFB=0;REVB=0.026627;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404729;OID=.;OPOS=50531604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr10 50533617 . T C 191.28 PASS AF=1;AO=13;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9522;QD=47.8205;RBI=0.061089;REFB=0;REVB=0.014227;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120543;OID=.;OPOS=50533617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:13:16:1:8:5:0:0:10:6:0:0 chr10 50534598 . CG CA,C 161.86 PASS AF=0.578947,0.263158;AO=11,3;DP=19;FAO=11,5;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=9,5;FSAR=2,0;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0289815,-0.071291;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=87.5925,26.7706;QD=34.0757;RBI=0.0529864,0.0861841;REFB=0.014138,-0.00508009;REVB=0.044358,-0.0484283;RO=3;SAF=9,3;SAR=2,0;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0.552795;SSSB=0.376076,0.767807;STB=0.713847,0.997492;STBP=0.023,0.007;TYPE=snp,del;VARB=0.0122174,-0.0187917;OID=.,.;OPOS=50534599,50534599;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=CA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.578947,0.263158:11,3:19:11,5:19:3:9,5:2,0:0:3:25:3:9,3:2,0:0:3 chr10 50534862 . T C 241.41 PASS AF=0.371795;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=78;FR=.;FRO=49;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.088596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.54;QD=12.3797;RBI=0.0889511;REFB=-0.0143208;REVB=0.0079403;RO=47;SAF=4;SAR=25;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348757;STB=0.723088;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0291398;OID=.;OPOS=50534862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:47:49:29:29:0.371795:25:4:17:30:25:4:19:30 chr10 50535186 . C T 373.6 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=64;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=26;FWDB=0.0722201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.703;QD=23.3498;RBI=0.0722202;REFB=-0.0315803;REVB=9.49027e-05;RO=26;SAF=17;SAR=20;SRF=1;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33216;STB=0.68468;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0227097;OID=.;OPOS=50535186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:26:27:37:37:0.578125:20:17:1:25:20:17:1:26 chr10 50678317 . C G 314.59 PASS AF=0.411765;AO=35;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0178665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.496;QD=14.8041;RBI=0.0236407;REFB=-0.00474593;REVB=0.0154812;RO=50;SAF=12;SAR=23;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641654;STB=0.536422;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00853448;OID=.;OPOS=50678317;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:50:35:35:0.411765:23:12:20:30:23:12:20:30 chr10 50683438 . T C 814.84 PASS AF=0.50303;AO=84;DP=165;FAO=83;FDP=165;FR=.;FRO=82;FSAF=52;FSAR=31;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.037137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.768;QD=19.7538;RBI=0.0381265;REFB=-0.0250899;REVB=0.00863005;RO=80;SAF=52;SAR=32;SRF=43;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751792;STB=0.552759;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0168012;OID=.;OPOS=50683438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:80:82:84:83:0.50303:32:52:43:37:31:52:43:39 chr10 50723684 . G A 1045.68 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00441947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.644;QD=58.9114;RBI=0.0171965;REFB=0;REVB=0.0166189;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000531598;OID=.;OPOS=50723684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:68:71:1:41:27:0:0:42:29:0:0 chr10 50724016 . C T 554.38 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.427;QD=59.933;RBI=0.0157954;REFB=0;REVB=0.00774863;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16604e-05;OID=.;OPOS=50724016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:20:16:0:0:21:16:0:0 chr10 50732280 . C T 151.24 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.00502702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.439;QD=20.1646;RBI=0.0256564;REFB=-0.0342601;REVB=0.0251591;RO=13;SAF=6;SAR=10;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305895;STB=0.685263;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0320272;OID=.;OPOS=50732280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:14:16:16:0.533333:10:6:10:3:10:6:11:3 chr10 50740626 . C T 234.97 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0453209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3996;QD=15.4077;RBI=0.0454731;REFB=-0.0203698;REVB=-0.00371816;RO=34;SAF=15;SAR=12;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925015;STB=0.552201;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0213883;OID=.;OPOS=50740626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:12:15:22:12:12:15:22:12 chr10 50740876 . G C 114.24 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0626879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.774;QD=10.1549;RBI=0.0626884;REFB=0.00225221;REVB=0.00025488;RO=31;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2436;STB=0.644255;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.0095661;OID=.;OPOS=50740876;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:7:7:9:22:7:7:9:22 chr10 50820345 . C A 804.88 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.511;QD=64.3905;RBI=0.0480732;REFB=0;REVB=0.0170052;RO=0;SAF=40;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155869;OID=.;OPOS=50820345;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:10:40:0:0:10:40:0:0 chr10 50856652 . G A 432.71 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00610553;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.583;QD=57.6948;RBI=0.0314904;REFB=0;REVB=0.0308929;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234145;OID=.;OPOS=50856652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr10 50863147 . T C 1071.77 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.159;QD=59.5427;RBI=0.0282488;REFB=0;REVB=0.0231267;RO=0;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4225e-05;OID=.;OPOS=50863147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:28:43:0:0:28:44:0:0 chr10 50872912 . C T 952.6 PASS AF=0.931507;AO=69;DP=73;FAO=68;FDP=73;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.013332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2282;QD=52.1972;RBI=0.0135644;REFB=-0.0178713;REVB=-0.00250006;RO=2;SAF=32;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248661;STB=0.532458;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0127655;OID=.;OPOS=50872912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:73:73:2:5:69:68:0.931507:37:32:0:2:36:32:0:5 chr10 50901938 . C T 335.39 PASS AF=0.455696;AO=35;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.00611915;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.268;QD=16.9815;RBI=0.00674438;REFB=-0.0150515;REVB=0.00283596;RO=43;SAF=17;SAR=18;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202307;STB=0.503879;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0263728;OID=.;OPOS=50901938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:35:36:0.455696:18:17:20:23:19:17:20:23 chr10 50916484 . A G 801.28 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.836;QD=57.2345;RBI=0.0330282;REFB=0;REVB=0.0114882;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.41661e-05;OID=.;OPOS=50916484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr10 50942763 . C T 669.94 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4939;QD=62.3199;RBI=0.0318528;REFB=0;REVB=-0.00628873;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000270783;OID=.;OPOS=50942763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr10 50960209 . G A 583.54 PASS AF=1;AO=35;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00218502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.454;QD=59.85;RBI=0.0732679;REFB=0;REVB=0.0732353;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264111;OID=.;OPOS=50960209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:35:39:1:23:12:0:0:26:13:0:0 chr10 50966601 . A AC 40.35 PASS AF=0.32;AO=5;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0636227;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.89;QD=6.45544;RBI=0.076637;REFB=-0.00545137;REVB=-0.0427245;RO=20;SAF=0;SAR=5;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.686038;STB=0.845217;STBP=0.03;TYPE=ins;VARB=0.0190181;OID=.;OPOS=50966602;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32:5:25:8:25:17:1:7:10:7:40:20:0:5:10:10 chr10 51051653 . T C 199.72 PASS AF=0.4;AO=22;DP=60;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0180404;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.578;QD=13.3149;RBI=0.0262888;REFB=-0.0152144;REVB=-0.0191218;RO=37;SAF=15;SAR=7;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192045;STB=0.634211;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.022485;OID=.;OPOS=51051653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:36:22:24:0.4:7:15:19:18:7:17:18:18 chr10 51465552 . A T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.505;QD=37.4885;RBI=0.0607804;REFB=0;REVB=-0.023761;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210691;OID=.;OPOS=51465552;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr10 51549545 . G T 834.87 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.985;QD=57.5771;RBI=0.0115083;REFB=0;REVB=-0.00227989;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.78948e-05;OID=.;OPOS=51549545;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:58:0:0:54:58:1:23:31:0:0:24:34:0:0 chr10 51568378 . T G 390.64 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.000198127;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.198;QD=19.0555;RBI=0.00341164;REFB=-0.0235956;REVB=0.00340589;RO=41;SAF=28;SAR=12;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270895;STB=0.646078;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0270626;OID=.;OPOS=51568378;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:41:42:40:40:0.487805:12:28:17:24:12:28:18:24 chr10 51623866 . A G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0292592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.737;QD=23.2187;RBI=0.050547;REFB=-0.134208;REVB=-0.0412177;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277405;STB=0.66592;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0155679;OID=.;OPOS=51623866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:1:0:4:1:1:0 chr10 51631812 . A G 48.85 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0212616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0167;QD=13.9571;RBI=0.0399483;REFB=-0.00987619;REVB=0.0338203;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135151;STB=0.581152;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0155797;OID=.;OPOS=51631812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:2:5:4:3:2:5:4:3 chr10 51827763 . A G 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00670969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.983;QD=52.6103;RBI=0.0667287;REFB=0;REVB=0.0663905;RO=0;SAF=20;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80459e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00028765;OID=.;OPOS=51827763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:2:20:0:0:2:20:0:0 chr10 52002980 . T G 202.8 PASS AF=0.446809;AO=18;DP=44;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.000465031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.102;QD=17.2595;RBI=0.00682325;REFB=-0.0220734;REVB=-0.00680739;RO=26;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.096183;STB=0.53438;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0248639;OID=.;OPOS=52002980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:26:26:18:21:0.446809:10:8:14:12:11:10:14:12 chr10 52005153 . A G 299.11 PASS AF=0.35514;AO=37;DP=107;FAO=38;FDP=107;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.01004;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.491;QD=11.1815;RBI=0.0397184;REFB=-0.0249169;REVB=-0.0384284;RO=69;SAF=17;SAR=20;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377274;STB=0.521642;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0465202;OID=.;OPOS=52005153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:69:69:37:38:0.35514:20:17:34:35:20:18:35:34 chr10 52103707 . A G 439.16 PASS AF=0.583333;AO=42;DP=73;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0129066;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.033;QD=24.3976;RBI=0.0219219;REFB=-0.0138165;REVB=-0.0177197;RO=30;SAF=25;SAR=17;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00375637;STB=0.502059;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0131632;OID=.;OPOS=52103707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:30:30:42:42:0.583333:17:25:18:12:17:25:18:12 chr10 52566594 . G C 644.77 PASS AF=0.492424;AO=64;DP=131;FAO=65;FDP=132;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=25;FSRR=42;FWDB=0.0213368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3088;QD=19.5384;RBI=0.030449;REFB=-0.0330091;REVB=0.0217228;RO=66;SAF=25;SAR=39;SRF=25;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011458;STB=0.506171;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0313398;OID=.;OPOS=52566594;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:132:66:67:64:65:0.492424:39:25:25:41:40:25:25:42 chr10 52573698 . G A 684.84 PASS AF=0.446429;AO=73;DP=166;FAO=75;FDP=168;FR=.;FRO=93;FSAF=30;FSAR=45;FSRF=34;FSRR=59;FWDB=-0.00258198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.369;QD=16.3058;RBI=0.00307403;REFB=-0.00185795;REVB=-0.00166824;RO=91;SAF=30;SAR=43;SRF=33;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503065;STB=0.519995;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.00211639;OID=.;OPOS=52573698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:168:91:93:73:75:0.446429:43:30:33:58:45:30:34:59 chr10 53059406 . T C 166.56 PASS AF=0.252632;AO=23;DP=94;FAO=24;FDP=95;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=49;FWDB=0.000851576;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.798;QD=7.01318;RBI=0.0162406;REFB=-0.0023518;REVB=0.0162182;RO=69;SAF=14;SAR=9;SRF=20;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379875;STB=0.696311;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00977424;OID=.;OPOS=53059406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:69:71:23:24:0.252632:9:14:20:49:10:14:22:49 chr10 54405572 . A G 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.364;QD=48.7331;RBI=0.0236616;REFB=0;REVB=0.0180302;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324089;OID=.;OPOS=54405572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr10 54528266 . G C 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0450832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.53;QD=10.2397;RBI=0.0450926;REFB=-0.0137375;REVB=0.000918979;RO=19;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200623;STB=0.621967;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0521589;OID=.;OPOS=54528266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:7:3:9:10:7:3:9:10 chr10 55568972 . T G 841.07 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0541113;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.578;QD=56.0712;RBI=0.0776434;REFB=-0.0586834;REVB=0.0556818;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.50769;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000583265;OID=.;OPOS=55568972;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:60:0:1:59:59:0.983333:27:32:0:0:27:32:1:0 chr10 55582905 . G T 867.04 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00414542;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.542;QD=55.05;RBI=0.0048205;REFB=-0.128607;REVB=0.00246022;RO=2;SAF=33;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00247062;STB=0.50746;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000256742;OID=.;OPOS=55582905;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:63:63:2:1:61:62:0.984127:28:33:1:1:29:33:1:0 chr10 55590946 . CAGAC TAGAT 646.85 PASS AF=1;AO=2;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116083;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=5;MLLD=72.0572;QD=56.248;RBI=0.190161;REFB=0;REVB=0.150618;RO=0;SAF=1;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0061596;OID=.;OPOS=55590946;OREF=CAGAC;OALT=TAGAT;OMAPALT=TAGAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:2:46:1:1:1:0:0:30:16:0:0 chr10 55755491 . C T 301.41 PASS AF=0.5625;AO=26;DP=47;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.00207216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.404;QD=25.1173;RBI=0.00877811;REFB=-0.00830983;REVB=-0.00853003;RO=20;SAF=12;SAR=14;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16979;STB=0.607401;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00801396;OID=.;OPOS=55755491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:20:21:26:27:0.5625:14:12:5:15:14:13:5:16 chr10 55949151 . G A 902.67 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00834377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7864;QD=58.2371;RBI=0.0250923;REFB=0;REVB=-0.0236644;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.35045e-05;OID=.;OPOS=55949151;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:26:35:0:0:27:35:0:0 chr10 55955444 . T G 851.23 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.458;QD=57.7107;RBI=0.0913086;REFB=0;REVB=0.0894211;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322494;OID=.;OPOS=55955444;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:23:36:0:0:23:36:0:0 chr10 56335031 . A G 568.66 PASS AF=0.975;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0105087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.033;QD=56.8658;RBI=0.0307769;REFB=0.0266199;REVB=-0.0289272;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.511622;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.000300119;OID=.;OPOS=56335031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:0:1:38:39:0.975:21:17:0:0:21:18:0:1 chr10 56335067 . A G 716.88 PASS AF=0.835821;AO=58;DP=69;FAO=56;FDP=67;FR=.;FRO=11;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00284342;FXX=0.0289813;HRUN=11;LEN=1;MLLD=191.212;QD=42.7986;RBI=0.0103348;REFB=-0.0624746;REVB=-0.0099359;RO=5;SAF=25;SAR=33;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00472654;STB=0.501347;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.000447441;OID=.;OPOS=56335067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:69:67:5:11:58:56:0.835821:33:25:2:3:31:25:5:6 chr10 56345303 . T C 246.74 PASS AF=0.952381;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0319415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.759;QD=46.9986;RBI=0.0581566;REFB=-0.0531915;REVB=0.0485997;RO=1;SAF=7;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612242;STB=0.533299;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00862378;OID=.;OPOS=56345303;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:21:1:1:19:20:0.952381:12:7:1:0:13:7:1:0 chr10 56345335 . T C 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6489;QD=49.5943;RBI=0.0369661;REFB=0;REVB=-0.0211602;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140465;OID=.;OPOS=56345335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:15:3:0:0:15:3:0:0 chr10 57327576 . C T 140.54 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0419136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8339;QD=31.2307;RBI=0.0510906;REFB=0.00194794;REVB=0.0292147;RO=4;SAF=6;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289969;STB=0.516106;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00129694;OID=.;OPOS=57327576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:18:18:4:4:14:14:0.777778:8:6:2:2:8:6:2:2 chr10 57358667 . G A 286.5 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00935132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=271.112;QD=24.3827;RBI=0.0126276;REFB=-0.00215856;REVB=0.00848576;RO=21;SAF=13;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573847;STB=0.53189;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00279284;OID=.;OPOS=57358667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:13:13:12:9:13:13:12:9 chr10 57359697 . C T 167.13 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=24;FWDB=0.0143504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0907;QD=15.1934;RBI=0.126151;REFB=-0.00733749;REVB=-0.125332;RO=25;SAF=10;SAR=8;SRF=2;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.471845;STB=0.769005;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00256522;OID=.;OPOS=57359697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:26:18:18:0.409091:8:10:2:23:8:10:2:24 chr10 57359819 . T C 265.91 PASS AF=0.543478;AO=22;DP=43;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.0391036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7239;QD=23.1224;RBI=0.0391123;REFB=-0.00851829;REVB=-0.000826278;RO=21;SAF=10;SAR=12;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239271;STB=0.633704;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.01279;OID=.;OPOS=57359819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:46:21:21:22:25:0.543478:12:10:4:17:13:12:4:17 chr10 57360079 . G T 115.01 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0248614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4632;QD=19.1687;RBI=0.0597989;REFB=-0.0319161;REVB=0.0543858;RO=11;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513374;STB=0.529366;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0311446;OID=.;OPOS=57360079;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:4:9:7:4:4:9:7:4 chr10 58118630 . T C 1027.98 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6635;QD=58.7418;RBI=0.0654853;REFB=0;REVB=0.0446257;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372894;OID=.;OPOS=58118630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:70:0:0:65:70:1:37:28:0:0:38:32:0:0 chr10 58120988 . C A 329.37 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0614249;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.517;QD=15.6844;RBI=0.0616427;REFB=-0.0144455;REVB=-0.0051763;RO=48;SAF=23;SAR=13;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12421;STB=0.570208;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0240096;OID=.;OPOS=58120988;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:48:48:36:36:0.428571:13:23:25:23:13:23:25:23 chr10 59956041 . C T 857.96 PASS AF=0.968254;AO=60;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0267941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8957;QD=54.4736;RBI=0.0270848;REFB=0.00496904;REVB=0.00395744;RO=1;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165565;STB=0.516661;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=1.01427e-05;OID=.;OPOS=59956041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:1:2:60:61:0.968254:28:32:0:1:29:32:0:2 chr10 60573753 . G T 370.23 PASS AF=0.413462;AO=40;DP=101;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.0025477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.229;QD=14.2395;RBI=0.0406742;REFB=-0.0372471;REVB=0.0405943;RO=59;SAF=23;SAR=17;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528515;STB=0.503595;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0353997;OID=.;OPOS=60573753;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:104:59:61:40:43:0.413462:17:23:31:28:20:23:33:28 chr10 60577393 . T C 279.02 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.050624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.162;QD=15.501;RBI=0.0535508;REFB=-0.0259782;REVB=-0.0174612;RO=38;SAF=22;SAR=10;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377211;STB=0.699189;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0376102;OID=.;OPOS=60577393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:38:40:32:32:0.444444:10:22:11:27:10:22:13:27 chr10 61005244 . G C 283.12 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.033904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9614;QD=17.4225;RBI=0.0678663;REFB=0.000821216;REVB=0.0587908;RO=34;SAF=13;SAR=18;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183835;STB=0.60289;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.000994825;OID=.;OPOS=61005244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:18:13:21:13:18:13:21:13 chr10 61122268 . T TTA 366.57 PASS AF=1;AO=26;DP=30;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535206;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=2;MLLD=164.776;QD=56.3954;RBI=0.0539115;REFB=0;REVB=0.00648003;RO=4;SAF=18;SAR=8;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168067;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000662179;OID=.;OPOS=61122269;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:30:26:26:0:18:8:0:0:4:4:18:8:3:1 chr10 61549657 . AT A 493.7 PASS AF=1;AO=42;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.3989;QD=42.9306;RBI=0.102409;REFB=0;REVB=0.0892633;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00503542;OID=.;OPOS=61549658;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:45:46:46:0:16:30:0:0:9:0:14:28:0:0 chr10 61551428 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.049422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.637;QD=57.201;RBI=0.0497241;REFB=0;REVB=0.00547292;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000229452;OID=.;OPOS=61551428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr10 61552692 . G T 815.49 PASS AF=0.951613;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0280858;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.684;QD=52.612;RBI=0.0284237;REFB=-0.11641;REVB=-0.00436984;RO=1;SAF=24;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192526;STB=0.512961;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.00071107;OID=.;OPOS=61552692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:62:62:1:3:59:59:0.951613:35:24:1:0:35:24:2:1 chr10 61552774 . C T 347.46 PASS AF=1;AO=24;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3968;QD=51.4748;RBI=0.116269;REFB=-0.0986591;REVB=0.113051;RO=1;SAF=19;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839257;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00849554;OID=.;OPOS=61552774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:26:27:1:0:24:27:1:5:19:0:1:7:20:0:0 chr10 61665886 . C A 662.62 PASS AF=0.503817;AO=66;DP=132;FAO=66;FDP=131;FR=.;FRO=65;FSAF=47;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.0174467;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.153;QD=20.2327;RBI=0.0340627;REFB=-0.0367752;REVB=-0.0292554;RO=58;SAF=47;SAR=19;SRF=29;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199041;STB=0.641554;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0260526;OID=.;OPOS=61665886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:58:65:66:66:0.503817:19:47:29:29:19:47:29:36 chr10 61719159 . C T 499.78 PASS AF=0.505155;AO=46;DP=94;FAO=49;FDP=97;FR=.;FRO=48;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00265647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.543;QD=20.6094;RBI=0.00460847;REFB=-0.0126979;REVB=0.00376579;RO=47;SAF=33;SAR=13;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226825;STB=0.591359;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0177766;OID=.;OPOS=61719159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:97:47:48:46:49:0.505155:13:33:23:24:16:33:24:24 chr10 61719232 . A AT 565.44 PASS AF=1;AO=68;DP=85;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048083;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=9.91735;QD=29.7598;RBI=0.112573;REFB=0;REVB=-0.101788;RO=13;SAF=45;SAR=23;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408517;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000848386;OID=.;OPOS=61719233;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:68:85:76:76:0:48:28:0:0:13:13:45:23:7:6 chr10 61840347 . G A 144.87 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0188044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.504;QD=10.1661;RBI=0.0302829;REFB=-0.01022;REVB=0.0237371;RO=36;SAF=8;SAR=11;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149661;STB=0.604287;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0276948;OID=.;OPOS=61840347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:38:19:19:0.333333:11:8:20:16:11:8:22:16 chr10 61841573 . CTTTTC CTTT,CTTTC,CTTTCC 594.82 PASS AF=0.0217391,0.978261,0;AO=5,37,3;DP=50;FAO=1,45,0;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7,0;FSAR=1,38,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.133484,-0.157273,-0.0104581;FXX=0.061212;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=6.2265,16.8683,4.21059;QD=51.7234;RBI=0.203273,0.22999,0.0276083;REFB=0,0,0;REVB=-0.153303,-0.167811,-0.0255509;RO=0;SAF=1,6,1;SAR=4,31,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.422397,0.422397,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.107869,-0.00707218,0;OID=.,.,.;OPOS=61841577,61841574,61841577;OREF=TC,T,T;OALT=-,-,C;OMAPALT=CTTT,CTTTC,CTTTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0217391,0.978261,0:5,37,3:50:1,45,0:46:0:0,7,0:1,38,0:0:0:4:0:1,6,1:4,31,2:0:0 chr10 62023781 . G A 507.95 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.0127159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5365;QD=20.7328;RBI=0.0155444;REFB=-0.0166263;REVB=-0.00894055;RO=48;SAF=13;SAR=36;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964312;STB=0.549877;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0123512;OID=.;OPOS=62023781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:48:49:49:49:0.5:36:13:17:31:36:13:17:32 chr10 62631110 . G A 107.57 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00610126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4446;QD=13.4468;RBI=0.0474318;REFB=-0.0159756;REVB=-0.0470378;RO=19;SAF=10;SAR=3;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11174;STB=0.56593;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0248912;OID=.;OPOS=62631110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:3:10:13:6:3:10:13:6 chr10 63172694 . A G 241.14 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0173878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6553;QD=14.6147;RBI=0.0469307;REFB=0.0090317;REVB=-0.0435907;RO=38;SAF=20;SAR=8;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12636;STB=0.572085;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.00948123;OID=.;OPOS=63172694;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:8:20:23:15:8:20:23:15 chr10 63422751 . CTGG CTGGGGCCGACCCCGGCA,CTGGGGGCCGACCCCGGCA,GGCA 609.18 PASS AF=0.305556,0.402778,0.0972222;AO=18,15,7;DP=78;FAO=22,29,7;FDP=72;FR=.;FRO=14;FSAF=21,16,7;FSAR=1,13,0;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0266099,0.0444484,-0.0245638;FXX=0.0769132;HRUN=5,5,3;LEN=14,15,4;MLLD=185.384,186.585,269.082;QD=33.8436;RBI=0.0272403,0.0446269,0.0306601;REFB=-0.00948878,-0.00661033,-0.013164;REVB=-0.00582673,-0.00398787,-0.0183484;RO=14;SAF=17,3,7;SAR=1,12,0;SRF=6;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.634343,-0.247399,0.76724;STB=0.889353,0.563156,0.998368;STBP=0,0.246,0.001;TYPE=ins,ins,mnp;VARB=0.052399,0.00547125,0.0336197;OID=.,.,.;OPOS=63422755,63422755,63422751;OREF=-,-,CTGG;OALT=GGCCGACCCCGGCA,GGGCCGACCCCGGCA,GGCA;OMAPALT=CTGGGGCCGACCCCGGCA,CTGGGGGCCGACCCCGGCA,GGCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:75:78:72:14:14:18,15,7:22,29,7:0.305556,0.402778,0.0972222:1,12,0:17,3,7:6:8:1,13,0:21,16,7:5:9 chr10 63450379 . G A 78.64 PASS AF=0.47619;AO=11;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.0036086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2292;QD=14.9783;RBI=0.0248625;REFB=-0.0468061;REVB=-0.0245993;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310257;STB=0.713935;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0488095;OID=.;OPOS=63450379;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:11:11:10:0.47619:6:5:1:9:5:5:1:10 chr10 63520698 . T C 1017.82 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294188;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.636;QD=58.161;RBI=0.0341429;REFB=-0.10277;REVB=0.0173283;RO=1;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122766;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418582;OID=.;OPOS=63520698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:70:70:1:0:68:70:1:38:30:0:1:39:31:0:0 chr10 63851054 . CGGAGGAT CGGAT,CGGATGAC,CGGATGAT 85.12 PASS AF=0.473684,0,0.105263;AO=8,3,2;DP=22;FAO=9,0,2;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=2,0,2;FSAR=7,0,0;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.121081,-0.0400806,0.00295482;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=3,4,1;MLLD=106.778,117.841,46.7745;QD=17.9207;RBI=0.121772,0.0452013,0.0097718;REFB=0.025796,0.00674404,0.00997383;REVB=-0.0129576,-0.0208975,0.00931435;RO=8;SAF=2,0,2;SAR=6,3,0;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-0.602514,0.684179;STB=0.518476,0.5,0.996007;STBP=0.988,1,0.102;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.000215261,0,0.0163801;OID=.,.,.;OPOS=63851055,63851058,63851058;OREF=GGA,GGAT,G;OALT=-,TGAC,T;OMAPALT=CGGAT,CGGATGAC,CGGATGAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684,0,0.105263:8,3,2:22:9,0,2:19:8:2,0,2:7,0,0:2:6:60:8:2,0,2:6,3,0:2:6 chr10 63851958 . G A 109.1 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0338646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.67;QD=24.2445;RBI=0.0350526;REFB=-0.0430447;REVB=-0.00904825;RO=6;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500226;STB=0.528254;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0142118;OID=.;OPOS=63851958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:5:7:3:3:5:7:3:3 chr10 63954188 . G A 309.96 PASS AF=0.5;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0118918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.684;QD=18.7851;RBI=0.0174993;REFB=-0.0293051;REVB=-0.0128379;RO=32;SAF=15;SAR=18;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067889;STB=0.530368;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0287904;OID=.;OPOS=63954188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:32:33:33:33:0.5:18:15:17:15:18:15:17:16 chr10 63958112 . T C 206.95 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0437944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.766;QD=17.2461;RBI=0.0441211;REFB=0.00112083;REVB=-0.00536007;RO=26;SAF=13;SAR=8;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191115;STB=0.618934;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.000910537;OID=.;OPOS=63958112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:27:21:21:0.4375:8:13:11:15:8:13:11:16 chr10 63977980 . C T 384.83 PASS AF=0.41;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0243203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5796;QD=15.3932;RBI=0.0491137;REFB=-0.00670769;REVB=-0.0426694;RO=59;SAF=14;SAR=27;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18068;STB=0.602383;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0130593;OID=.;OPOS=63977980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:59:59:41:41:0.41:27:14:30:29:27:14:30:29 chr10 63995983 . C T 1583.74 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158499;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.25;QD=59.7639;RBI=0.0392773;REFB=0;REVB=-0.0359373;RO=0;SAF=58;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.02599e-05;OID=.;OPOS=63995983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:105:106:1:47:58:0:0:48:58:0:0 chr10 64415184 . A G 1551.54 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0619358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.973;QD=59.6745;RBI=0.0699095;REFB=0;REVB=0.0324236;RO=0;SAF=49;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95759e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180791;OID=.;OPOS=64415184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:54:49:0:0:55:49:0:0 chr10 64416220 . C T 1513.89 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300435;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.485;QD=63.7426;RBI=0.0377622;REFB=0;REVB=-0.0228774;RO=0;SAF=42;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.78047e-06;OID=.;OPOS=64416220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:96:95:1:54:42:0:0:53:42:0:0 chr10 64565011 . G A 293.13 PASS AF=0.407407;AO=32;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0179797;FXX=0.0240935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4005;QD=14.4754;RBI=0.0308222;REFB=-0.0109576;REVB=-0.0250347;RO=48;SAF=15;SAR=17;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120319;STB=0.575847;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0188725;OID=.;OPOS=64565011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:48:48:32:33:0.407407:17:15:28:20:18:15:28:20 chr10 64566572 . T C 292.33 PASS AF=0.958333;AO=22;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.018698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.786;QD=48.7221;RBI=0.0356452;REFB=0.086188;REVB=0.0303474;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519983;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00158587;OID=.;OPOS=64566572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:0:1:22:23:0.958333:11:11:0:0:12:11:0:1 chr10 64567364 . C T 1827.15 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=122;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00026817;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3888;QD=60.4017;RBI=0.00896433;REFB=-0.0111982;REVB=0.00896032;RO=1;SAF=63;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00826089;STB=0.504347;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=2.78009e-05;OID=.;OPOS=64567364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:121:1:1:120:120:0.991736:57:63:0:1:57:63:0:1 chr10 64567938 . C T 301.71 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.115;QD=52.4718;RBI=0.0278818;REFB=0;REVB=0.0190875;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00051848;OID=.;OPOS=64567938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:13:9:0:0:14:9:0:0 chr10 64572093 . T C 145.61 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0131691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.374;QD=16.1793;RBI=0.0155244;REFB=-0.00914359;REVB=-0.00822074;RO=20;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482681;STB=0.527743;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00898733;OID=.;OPOS=64572093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:8:8:9:11:8:8:9:11 chr10 64573771 . C T 328.98 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.415;QD=52.6371;RBI=0.0603262;REFB=0;REVB=0.0344497;RO=0;SAF=19;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000589801;OID=.;OPOS=64573771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:5:19:0:0:5:20:0:0 chr10 64869942 . A G 81.97 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.0439716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.471;QD=8.62815;RBI=0.0801233;REFB=-0.0132246;REVB=0.0669794;RO=26;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.527911;STB=0.820028;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0246089;OID=.;OPOS=64869942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:26:27:11:11:0.289474:3:8:6:20:3:8:6:21 chr10 64945364 . G A 236.83 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0271088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6848;QD=26.314;RBI=0.0369182;REFB=0.0123937;REVB=-0.0250613;RO=14;SAF=4;SAR=18;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111828;STB=0.562439;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.0316795;OID=.;OPOS=64945364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:18:4:4:10:18:4:4:10 chr10 64967445 . A T 955.14 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00686208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8343;QD=58.7776;RBI=0.014704;REFB=0;REVB=0.0130046;RO=0;SAF=36;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145216;OID=.;OPOS=64967445;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:29:36:0:0:29:36:0:0 chr10 64967950 . ACTAAAC A 156.21 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=-0.0200109;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=6;MLLD=207.953;QD=24.0316;RBI=0.0324466;REFB=-0.033579;REVB=-0.025541;RO=9;SAF=10;SAR=6;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322451;STB=0.694216;STBP=0.015;TYPE=del;VARB=0.0159666;OID=.;OPOS=64967951;OREF=CTAAAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.615385:16:28:16:26:10:10:6:1:9:76:9:10:6:1:8 chr10 64974380 . G C 74.67 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0134241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0113;QD=10.6677;RBI=0.0268143;REFB=0.0118852;REVB=0.0232121;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222825;STB=0.63354;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.0572754;OID=.;OPOS=64974380;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:6:4:11:7:6:4:11:7 chr10 68040240 . G T 149.06 PASS AF=0.533333;AO=15;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.00624385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7799;QD=19.8742;RBI=0.00782683;REFB=-0.0452139;REVB=-0.0047195;RO=14;SAF=10;SAR=5;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197765;STB=0.598847;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0202411;OID=.;OPOS=68040240;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:15:16:0.533333:5:10:12:2:5:11:12:2 chr10 68040325 . C T 767.17 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.659;QD=63.9311;RBI=0.0371631;REFB=0;REVB=0.0334468;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.37127e-05;OID=.;OPOS=68040325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:0:0:45:48:1:25:20:0:0:25:23:0:0 chr10 68685929 . G C 308.49 PASS AF=0.96;AO=23;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0179737;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.783;QD=49.359;RBI=0.0223187;REFB=-0.108762;REVB=0.0132315;RO=1;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615783;STB=0.515139;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.000836227;OID=.;OPOS=68685929;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:23:24:0.96:7:16:0:1:8:16:1:0 chr10 69571336 . G A 255.3 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0421852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0459;QD=17.916;RBI=0.0445143;REFB=-0.0253342;REVB=-0.0142101;RO=28;SAF=17;SAR=11;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507241;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.0291127;OID=.;OPOS=69571336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:29:28:28:0.491228:11:17:17:11:11:17:18:11 chr10 69666598 . T C 377.4 PASS AF=0.631579;AO=36;DP=58;FAO=36;FDP=57;FR=.;FRO=21;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0170824;FXX=0.0338926;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1765;QD=26.4843;RBI=0.0170969;REFB=-0.0784418;REVB=-0.000703546;RO=22;SAF=19;SAR=17;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820548;STB=0.553906;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.049389;OID=.;OPOS=69666598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:22:21:36:36:0.631579:17:19:9:13:17:19:8:13 chr10 69676830 . T C 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00875484;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.784;QD=15.2557;RBI=0.00892725;REFB=0.00294037;REVB=-0.00174604;RO=30;SAF=7;SAR=13;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161392;STB=0.593266;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.00428482;OID=.;OPOS=69676830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:13:7:15:15:13:7:15:15 chr10 69773841 . G A 459.57 PASS AF=0.373239;AO=53;DP=141;FAO=53;FDP=142;FR=.;FRO=89;FSAF=16;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=47;FWDB=-0.107754;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.1011;QD=12.9455;RBI=0.107779;REFB=-0.00192695;REVB=-0.0023342;RO=86;SAF=16;SAR=37;SRF=41;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204319;STB=0.614855;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00429688;OID=.;OPOS=69773841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:86:89:53:53:0.373239:37:16:41:45:37:16:42:47 chr10 69917921 . C T 349.88 PASS AF=0.4;AO=37;DP=96;FAO=38;FDP=95;FR=.,HEALED;FRO=57;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0433708;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.431;QD=14.7317;RBI=0.0436295;REFB=-0.0130558;REVB=0.004745;RO=36;SAF=18;SAR=19;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.062159;STB=0.521053;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0531391;OID=.;OPOS=69917921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:36:57:37:38:0.4:19:18:15:21:20:18:29:28 chr10 69917925 . T C 345.15 PASS AF=0.391753;AO=38;DP=97;FAO=38;FDP=97;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.011243;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=279.063;QD=14.233;RBI=0.0112498;REFB=-0.00591513;REVB=-0.000389768;RO=59;SAF=18;SAR=20;SRF=29;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191118;STB=0.510864;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0091305;OID=.;OPOS=69917925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:59:59:38:38:0.391753:20:18:29:30:20:18:29:30 chr10 69926097 . T C 130.64 PASS AF=0.46875;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0285655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8229;QD=16.3301;RBI=0.039356;REFB=-0.0129814;REVB=-0.0270723;RO=16;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09589;STB=0.555478;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0166197;OID=.;OPOS=69926097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:16:17:14:15:0.46875:4:10:10:6:4:11:11:6 chr10 69926334 . C G 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0123491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.324;QD=17.8403;RBI=0.0130147;REFB=-0.0109078;REVB=-0.00410861;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12462;STB=0.571326;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0101468;OID=.;OPOS=69926334;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:6:8:6:8:6:8:6:8 chr10 69933921 . G A 202.25 PASS AF=0.373134;AO=24;DP=66;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00940037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.43;QD=12.0749;RBI=0.0113704;REFB=-0.0286117;REVB=-0.00639673;RO=41;SAF=11;SAR=13;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212591;STB=0.532348;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0169658;OID=.;OPOS=69933921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:41:42:24:25:0.373134:13:11:18:23:13:12:18:24 chr10 69933969 . G A 273.42 PASS AF=0.372093;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0201044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.32;QD=12.7172;RBI=0.0204506;REFB=0.00274945;REVB=-0.00374709;RO=54;SAF=15;SAR=17;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678208;STB=0.538832;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-0.00526322;OID=.;OPOS=69933969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:54:54:32:32:0.372093:17:15:22:32:17:15:22:32 chr10 69934258 . C G 422.77 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.985;QD=56.3695;RBI=0.0435636;REFB=0;REVB=0.0108563;RO=0;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290613;OID=.;OPOS=69934258;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:22:7:0:0:22:8:0:0 chr10 69948844 . T C 2277.66 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=149;FDP=149;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00330797;FXX=0.0132442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.03;QD=61.1452;RBI=0.0170776;REFB=0;REVB=-0.0167541;RO=0;SAF=74;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128968;OID=.;OPOS=69948844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:147:149:0:0:147:149:1:73:74:0:0:75:74:0:0 chr10 69959242 . C A 2252.74 PASS AF=0.986842;AO=150;DP=152;FAO=150;FDP=152;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=88;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000394234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.509;QD=59.2826;RBI=0.019296;REFB=-0.0661898;REVB=0.019292;RO=1;SAF=62;SAR=88;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760983;STB=0.507935;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.000357462;OID=.;OPOS=69959242;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:152:152:1:2:150:150:0.986842:88:62:1:0:88:62:2:0 chr10 69991853 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00266311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.804;QD=40.7629;RBI=0.0296433;REFB=0;REVB=-0.0295235;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000286393;OID=.;OPOS=69991853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr10 70051810 . A G 699.96 PASS AF=0.75;AO=59;DP=78;FAO=57;FDP=76;FR=.;FRO=19;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00344229;FXX=0.0256377;HRUN=8;LEN=1;MLLD=245.898;QD=36.84;RBI=0.00401995;REFB=-0.00610784;REVB=0.0020762;RO=19;SAF=26;SAR=33;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151578;STB=0.513432;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.000826626;OID=.;OPOS=70051810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:19:19:59:57:0.75:33:26:9:10:33:24:9:10 chr10 70051811 . A G 39.44 PASS AF=0.109756;AO=9;DP=82;FAO=9;FDP=82;FR=.;FRO=73;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=43;FWDB=-0.00893832;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=91.4836;QD=1.92399;RBI=0.00906534;REFB=-0.00427196;REVB=-0.0015122;RO=73;SAF=5;SAR=4;SRF=30;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170561;STB=0.626396;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00795027;OID=.;OPOS=70051811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:82:82:73:73:9:9:0.109756:4:5:30:43:4:5:30:43 chr10 70051928 . A G 1400.4 PASS AF=0.989011;AO=59;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0184809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.661;QD=61.5562;RBI=0.0416337;REFB=-0.000542595;REVB=0.0373071;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504853;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=9.66404e-05;OID=.;OPOS=70051928;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:0:1:59:90:0.989011:22:37:0:0:51:39:0:1 chr10 70102936 . T A 713.34 PASS AF=1;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0914876;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2517;QD=54.8726;RBI=0.0921009;REFB=-0.0821748;REVB=-0.0106111;RO=1;SAF=23;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200325;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00309551;OID=.;OPOS=70102936;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:53:52:1:0:51:52:1:28:23:1:0:28:24:0:0 chr10 70103272 . G C 525.87 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0187792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3307;QD=56.8503;RBI=0.0296229;REFB=0.0762199;REVB=0.0229098;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252932;STB=0.513506;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.00384878;OID=.;OPOS=70103272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:18:18:1:0:18:18:1:0 chr10 70105560 . G A 770.9 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0828675;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3519;QD=57.1036;RBI=0.0828789;REFB=0;REVB=-0.00137474;RO=0;SAF=3;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19725e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277327;OID=.;OPOS=70105560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:51:3:0:0:51:3:0:0 chr10 70123848 . TC AT 119.28 PASS AF=0.240506;AO=17;DP=79;FAO=19;FDP=79;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.00609634;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=215.058;QD=6.03923;RBI=0.0108476;REFB=-0.00235151;REVB=-0.0089725;RO=60;SAF=13;SAR=4;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293353;STB=0.655756;STBP=0.145;TYPE=mnp;VARB=0.0073833;OID=.;OPOS=70123848;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:60:60:17:19:0.240506:4:13:33:27:5:14:33:27 chr10 70139206 . C T 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00634165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.139;QD=13.2053;RBI=0.00646258;REFB=-0.0163768;REVB=0.00124438;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145035;STB=0.587932;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0165178;OID=.;OPOS=70139206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:3:3:4:2:3:3 chr10 70332580 . A G 435.66 PASS AF=0.96875;AO=28;DP=30;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0465234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.609;QD=54.4573;RBI=0.0537308;REFB=-0.10058;REVB=0.0268808;RO=1;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442673;STB=0.519987;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000906044;OID=.;OPOS=70332580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:32:1:1:28:31:0.96875:10:18:0:1:12:19:0:1 chr10 70405855 . A G 101.64 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0885;QD=40.6567;RBI=0.0339827;REFB=0;REVB=-0.0232119;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.14626e-05;OID=.;OPOS=70405855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr10 70495544 . T C 727.4 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1313;QD=63.2523;RBI=0.0478679;REFB=0;REVB=0.0456439;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042502;OID=.;OPOS=70495544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr10 70502288 . G A 926.58 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00381471;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.662;QD=58.8303;RBI=0.00489852;REFB=0;REVB=0.00307303;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.0749e-05;OID=.;OPOS=70502288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:63:0:0:63:63:1:35:28:0:0:35:28:0:0 chr10 70534744 . A C 130.46 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00770695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.523;QD=43.4861;RBI=0.0402808;REFB=0;REVB=0.0395366;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00075364;OID=.;OPOS=70534744;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:11:12:1:6:5:0:0:6:6:0:0 chr10 70641860 . T C 968.09 PASS AF=0.957746;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0127762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3465;QD=54.5405;RBI=0.0272637;REFB=-0.149044;REVB=0.0240848;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508959;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00317666;OID=.;OPOS=70641860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:71:0:3:67:68:0.957746:36:31:0:0:37:31:2:1 chr10 70696713 . C T 1256.19 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00954624;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.646;QD=60.5393;RBI=0.0404446;REFB=-0.0487308;REVB=0.0393019;RO=0;SAF=50;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48373e-05;OID=.;OPOS=70696713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:84:83:0:0:82:83:1:32:50:0:0:33:50:0:0 chr10 70700944 . A G 668.67 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0396435;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.97;QD=60.7879;RBI=0.064937;REFB=0;REVB=-0.0514315;RO=0;SAF=11;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61286e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000878285;OID=.;OPOS=70700944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:32:11:0:0:32:12:0:0 chr10 70748784 . G A 707.11 PASS AF=0.958333;AO=45;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0230759;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.004;QD=58.926;RBI=0.0604536;REFB=0.0102011;REVB=0.0558762;RO=2;SAF=19;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469262;STB=0.523799;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.000156537;OID=.;OPOS=70748784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:2:2:45:46:0.958333:26:19:2:0:26:20:2:0 chr10 70856852 . G A 840.85 PASS AF=0.652174;AO=75;DP=115;FAO=75;FDP=115;FR=.;FRO=40;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0282364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.904;QD=29.247;RBI=0.0304727;REFB=-0.0315388;REVB=0.0114584;RO=39;SAF=37;SAR=38;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201547;STB=0.515077;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.01405;OID=.;OPOS=70856852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:39:40:75:75:0.652174:38:37:18:21:38:37:18:22 chr10 70940191 . C T 304.18 PASS AF=0.310078;AO=40;DP=129;FAO=40;FDP=129;FR=.;FRO=89;FSAF=4;FSAR=36;FSRF=38;FSRR=51;FWDB=0.0520317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0562;QD=9.43178;RBI=0.0815893;REFB=0.00862184;REVB=0.0628452;RO=89;SAF=4;SAR=36;SRF=38;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.520026;STB=0.812713;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0193261;OID=.;OPOS=70940191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:89:89:40:40:0.310078:36:4:38:51:36:4:38:51 chr10 70960052 . AT A 75.65 PASS AF=0.541667;AO=11;DP=23;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0722977;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=12.835;QD=12.6085;RBI=0.0855491;REFB=-0.0539542;REVB=0.045735;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0.427097;SSEP=0;SSSB=0.307182;STB=0.653857;STBP=0.129;TYPE=del;VARB=0.0628474;OID=.;OPOS=70960053;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.541667:11:23:13:24:11:8:5:3:8:47:11:7:4:3:8 chr10 70992664 . C T 1660.67 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488746;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3863;QD=60.3879;RBI=0.0538772;REFB=0;REVB=0.022672;RO=0;SAF=53;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265729;OID=.;OPOS=70992664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:110:0:0:109:110:1:56:53:0:0:56:54:0:0 chr10 71018660 . T C 1280.0 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00888672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.141;QD=61.6867;RBI=0.0170331;REFB=0;REVB=0.0145311;RO=0;SAF=26;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.27358e-06;OID=.;OPOS=71018660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:80:83:1:54:26:0:0:56:27:0:0 chr10 71026510 . C A 1643.31 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1042;QD=59.7568;RBI=0.0734884;REFB=0;REVB=0.0316301;RO=0;SAF=54;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000354058;OID=.;OPOS=71026510;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:110:0:0:106:110:1:52:54:0:0:52:58:0:0 chr10 71055459 . T C 269.18 PASS AF=1;AO=8;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0955107;FXX=0;HRUN=11;LEN=1;MLLD=66.0711;QD=51.2717;RBI=0.0966679;REFB=0;REVB=0.0149126;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000357469;OID=.;OPOS=71055459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:8:21:1:5:3:0:0:13:8:0:0 chr10 71060610 . A G 393.2 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7312;QD=56.1714;RBI=0.0244244;REFB=0;REVB=0.0155288;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.31736e-05;OID=.;OPOS=71060610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr10 71060621 . C T 101.79 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.023767;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.514;QD=15.6593;RBI=0.0277851;REFB=-0.00325186;REVB=0.0143924;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198033;STB=0.57564;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00310316;OID=.;OPOS=71060621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:13:14:12:12:0.461538:8:4:2:11:8:4:3:11 chr10 71060634 . G A 375.29 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.799;QD=55.5981;RBI=0.0196376;REFB=0;REVB=-0.00842362;RO=0;SAF=6;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.56227e-05;OID=.;OPOS=71060634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:21:6:0:0:21:6:0:0 chr10 71098295 . T A 1501.18 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2945;QD=59.4528;RBI=0.0523724;REFB=0;REVB=0.0511571;RO=0;SAF=48;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256907;OID=.;OPOS=71098295;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:100:101:1:52:48:0:0:52:49:0:0 chr10 71103597 . C G 790.28 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0468793;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.312;QD=55.4579;RBI=0.0474263;REFB=-0.0667682;REVB=0.00718284;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.507244;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000642443;OID=.;OPOS=71103597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:0:1:56:56:0.982456:22:34:0:0:22:34:1:0 chr10 71142420 . G A 1269.36 PASS AF=1;AO=63;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.189594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.287;QD=60.4457;RBI=0.218156;REFB=0;REVB=0.107916;RO=1;SAF=21;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111125;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00267778;OID=.;OPOS=71142420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:84:84:1:0:63:84:1:42:21:0:1:45:39:0:0 chr10 71168685 . A T 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00914871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.711;QD=64.4147;RBI=0.0435532;REFB=0;REVB=0.0425815;RO=0;SAF=36;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104997;OID=.;OPOS=71168685;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:14:36:0:0:14:36:0:0 chr10 71332204 . A G 119.62 PASS AF=0.25;AO=18;DP=72;FAO=18;FDP=72;FR=.;FRO=54;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=36;FWDB=-0.0111087;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.035;QD=6.64526;RBI=0.0113265;REFB=-0.00429971;REVB=-0.00221085;RO=54;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206196;STB=0.62487;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0140449;OID=.;OPOS=71332204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:54:54:18:18:0.25:9:9:18:36:9:9:18:36 chr10 71390392 . C T 695.82 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0324499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3529;QD=60.5061;RBI=0.0466849;REFB=-0.0728689;REVB=0.0335631;RO=1;SAF=36;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128795;STB=0.506846;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00587193;OID=.;OPOS=71390392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:9:36:1:0:9:36:1:0 chr10 71392557 . C G,T 655.36 PASS AF=0.0930233,0.906977;AO=3,40;DP=43;FAO=4,39;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=4,21;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0530486,0.0156382;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=52.5658,143.238;QD=60.9639;RBI=0.0550973,0.0179869;REFB=0,0;REVB=-0.0148848,-0.00888681;RO=0;SAF=3,22;SAR=0,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.19993e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0503774,-0.00309325;OID=.,.;OPOS=71392557,71392557;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:43:43:0:0:3,40:4,39:0.0930233,0.906977:0,18:3,22:0:0:0,18:4,21:0:0 chr10 71392692 . T C 1528.59 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=107;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0497085;FXX=0.0280348;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.012;QD=58.7919;RBI=0.0607397;REFB=0.0380254;REVB=0.0349052;RO=1;SAF=43;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109066;STB=0.505746;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=-0.000569495;OID=.;OPOS=71392692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:104:1:1:103:103:0.990385:60:43:1:0:60:43:1:0 chr10 71562437 . G A 602.26 PASS AF=0.875;AO=42;DP=48;FAO=42;FDP=48;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0426616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.916;QD=50.188;RBI=0.0519388;REFB=-0.147815;REVB=0.0296247;RO=1;SAF=17;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268094;STB=0.53352;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00540643;OID=.;OPOS=71562437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:48:48:1:6:42:42:0.875:25:17:1:0:25:17:4:2 chr10 71620403 . G A 176.28 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.0133473;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.808;QD=20.7387;RBI=0.0164266;REFB=-0.0081483;REVB=0.00957511;RO=15;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265967;STB=0.657382;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00860868;OID=.;OPOS=71620403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:16:18:18:0.529412:8:10:13:2:8:10:14:2 chr10 71620436 . A AC,C 527.26 PASS AF=0.977273,0;AO=34,5;DP=45;FAO=43,0;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=27,0;FSAR=16,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0920013,-0.0189573;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=19.2538,12.7893;QD=47.9324;RBI=0.120525,0.058797;REFB=-0.0529651,-0.0255386;REVB=-0.077859,-0.0556571;RO=6;SAF=20,4;SAR=14,1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0715396,-0.0477139;STB=0.509087,0.5;STBP=0.521,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0167852,0;OID=.,.;OPOS=71620437,71620436;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:45:44:6:1:34,5:43,0:0.977273,0:14,1:20,4:5:1:16,0:27,0:1:0 chr10 71637832 . A G 626.96 PASS AF=0.558559;AO=61;DP=112;FAO=62;FDP=111;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00746514;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.775;QD=22.593;RBI=0.0225446;REFB=-0.0211147;REVB=-0.0212727;RO=44;SAF=24;SAR=37;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306309;STB=0.509753;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0166766;OID=.;OPOS=71637832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:44:49:61:62:0.558559:37:24:19:25:38:24:20:29 chr10 71640255 . G A 55.07 PASS AF=0.214286;AO=8;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0132744;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.359;QD=5.24522;RBI=0.082253;REFB=-0.0163051;REVB=0.0811748;RO=30;SAF=7;SAR=1;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.547317;STB=0.856269;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0290638;OID=.;OPOS=71640255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:42:42:30:33:8:9:0.214286:1:7:13:17:1:8:16:17 chr10 71657272 . A G 941.02 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0114624;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.272;QD=57.0313;RBI=0.0199132;REFB=-0.0100222;REVB=-0.0162834;RO=1;SAF=34;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013692;STB=0.507244;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=2.20362e-05;OID=.;OPOS=71657272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:31:34:1:0:31:34:1:0 chr10 71658512 . G A 1128.3 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00380235;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.88;QD=60.989;RBI=0.00433764;REFB=0;REVB=-0.0020874;RO=0;SAF=33;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000757434;OID=.;OPOS=71658512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:41:33:0:0:41:33:0:0 chr10 71678058 . C G 474.29 PASS AF=0.56962;AO=45;DP=79;FAO=45;FDP=79;FR=.;FRO=34;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.025885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0015;QD=24.0146;RBI=0.0854206;REFB=0.00695993;REVB=-0.0814042;RO=32;SAF=29;SAR=16;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00980371;STB=0.501228;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=-0.006573;OID=.;OPOS=71678058;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:32:34:45:45:0.56962:16:29:21:11:16:29:22:12 chr10 71682458 . C A 208.35 PASS AF=0.303371;AO=27;DP=89;FAO=27;FDP=89;FR=.;FRO=62;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=-0.00604698;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.403;QD=9.364;RBI=0.026632;REFB=-0.00378345;REVB=-0.0259365;RO=62;SAF=18;SAR=9;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147329;STB=0.587235;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00810636;OID=.;OPOS=71682458;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:62:62:27:27:0.303371:9:18:34:28:9:18:34:28 chr10 71876382 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.245;QD=57.0003;RBI=0.0167902;REFB=0;REVB=-0.000796009;RO=0;SAF=42;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68527e-05;OID=.;OPOS=71876382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:12:42:0:0:12:42:0:0 chr10 71905569 . C A 64.31 PASS AF=0.727273;AO=7;DP=10;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.026934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.664;QD=23.3864;RBI=0.0491416;REFB=-0.0331852;REVB=0.041103;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505826;STB=0.545342;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0104202;OID=.;OPOS=71905569;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:11:3:3:7:8:0.727273:3:4:2:1:4:4:2:1 chr10 72043389 . T G 460.21 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.396;QD=57.5264;RBI=0.0358879;REFB=0;REVB=0.00227799;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124733;OID=.;OPOS=72043389;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:23:8:0:0:23:9:0:0 chr10 72179746 . C T 610.53 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0484332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.184;QD=56.7933;RBI=0.0546922;REFB=-0.125407;REVB=0.025406;RO=2;SAF=13;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018273;STB=0.509748;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00131565;OID=.;OPOS=72179746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:43:43:2:2:41:41:0.953488:28:13:1:1:28:13:1:1 chr10 72181460 . G T 862.23 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000530634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6624;QD=57.4822;RBI=0.0295007;REFB=0;REVB=-0.0294959;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.60853e-05;OID=.;OPOS=72181460;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:32:28:0:0:32:28:0:0 chr10 72195439 . T C 325.65 PASS AF=0.961538;AO=11;DP=27;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0173808;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2554;QD=50.1007;RBI=0.0173861;REFB=-0.120772;REVB=0.000429148;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516116;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0152497;OID=.;OPOS=72195439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:27:26:0:1:11:25:0.961538:9:2:0:0:10:15:1:0 chr10 72289701 . G A 265.1 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00276567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.739;QD=27.1897;RBI=0.0260981;REFB=-0.0328837;REVB=0.0259512;RO=14;SAF=18;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901511;STB=0.540948;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0162503;OID=.;OPOS=72289701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:14:15:24:24:0.615385:6:18:9:5:6:18:10:5 chr10 72289778 . C T 178.95 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0124524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.995;QD=15.2297;RBI=0.012505;REFB=-0.0347363;REVB=0.00114587;RO=28;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453538;STB=0.526168;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0473326;OID=.;OPOS=72289778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:8:11:15:13:8:11:15:13 chr10 72307101 . C T 1659.39 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0442159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.704;QD=60.3415;RBI=0.0471176;REFB=0;REVB=0.0162796;RO=0;SAF=38;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83262e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.04248e-05;OID=.;OPOS=72307101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:72:38:0:0:72:38:0:0 chr10 72324143 . A G 2201.66 PASS AF=0.911765;AO=155;DP=170;FAO=155;FDP=170;FR=.;FRO=15;FSAF=67;FSAR=88;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0191208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.635;QD=51.8037;RBI=0.0362264;REFB=0.00770487;REVB=-0.0307692;RO=15;SAF=67;SAR=88;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284585;STB=0.515014;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.00490914;OID=.;OPOS=72324143;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:170:170:15:15:155:155:0.911765:88:67:9:6:88:67:9:6 chr10 72358577 . G A 336.27 PASS AF=0.316547;AO=41;DP=136;FAO=44;FDP=139;FR=.;FRO=95;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=55;FWDB=0.00951218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3114;QD=9.67676;RBI=0.04645;REFB=-0.0135289;REVB=0.0454656;RO=94;SAF=21;SAR=20;SRF=40;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103121;STB=0.538621;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0325947;OID=.;OPOS=72358577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:139:94:95:41:44:0.316547:20:21:40:54:23:21:40:55 chr10 72500762 . CT C,CC 1028.24 PASS AF=0.957143,0.0428571;AO=22,44;DP=67;FAO=67,3;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=26,1;FSAR=41,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318025,0.11621;FXX=0.0277739;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=170.388,161.806;QD=58.7564;RBI=0.107554,0.171716;REFB=0,0;REVB=-0.102745,-0.126418;RO=0;SAF=22,1;SAR=0,43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000719252,0.0662051;OID=.,.;OPOS=72500763,72500763;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.957143,0.0428571:22,44:67:67,3:70:0:26,1:41,2:0:0:8:0:22,1:0,43:0:0 chr10 72500863 . C G 1349.73 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=90;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0315019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.085;QD=59.9882;RBI=0.0382646;REFB=-0.132079;REVB=0.0217213;RO=1;SAF=27;SAR=61;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00770624;STB=0.508063;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.000884266;OID=.;OPOS=72500863;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:90:1:2:88:88:0.977778:61:27:0:1:61:27:0:2 chr10 72503344 . G A 2375.81 PASS AF=0.964286;AO=159;DP=166;FAO=162;FDP=168;FR=.;FRO=6;FSAF=114;FSAR=48;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0131624;FXX=0.0232545;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.925;QD=56.5669;RBI=0.0484655;REFB=-0.115164;REVB=0.046644;RO=4;SAF=112;SAR=47;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00255773;STB=0.505576;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000248365;OID=.;OPOS=72503344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:166:168:4:6:159:162:0.964286:47:112:3:1:48:114:5:1 chr10 72517830 . G A 543.91 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298956;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4007;QD=60.4339;RBI=0.106786;REFB=0;REVB=0.102516;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00299572;OID=.;OPOS=72517830;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:14:21:0:0:15:21:0:0 chr10 72518009 . A G 1510.98 PASS AF=0.954955;AO=105;DP=110;FAO=106;FDP=111;FR=.;FRO=5;FSAF=36;FSAR=70;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.000871491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9493;QD=54.4497;RBI=0.0201718;REFB=0.0483152;REVB=0.0201529;RO=4;SAF=35;SAR=70;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0511986;STB=0.522774;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00264579;OID=.;OPOS=72518009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:110:111:4:5:105:106:0.954955:70:35:4:0:70:36:4:1 chr10 72520660 . T C 887.18 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.055;QD=57.2376;RBI=0.0545431;REFB=0;REVB=-0.0532538;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166816;OID=.;OPOS=72520660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:62:0:0:59:62:1:30:29:0:0:32:30:0:0 chr10 72535007 . C T 734.19 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.054543;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.918;QD=61.1828;RBI=0.0561683;REFB=-0.0830887;REVB=0.0134143;RO=0;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517234;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00198269;OID=.;OPOS=72535007;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:33:14:0:0:33:14:1:0 chr10 72619205 . C T 2370.77 PASS AF=1;AO=151;DP=154;FAO=157;FDP=157;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.403;QD=60.4017;RBI=0.0359635;REFB=0;REVB=0.0213167;RO=0;SAF=61;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84104e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020969;OID=.;OPOS=72619205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:154:157:0:0:151:157:1:90:61:0:0:92:65:0:0 chr10 73044580 . G A 1295.52 PASS AF=0.712418;AO=108;DP=149;FAO=109;FDP=153;FR=.;FRO=44;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0121144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.277;QD=33.8698;RBI=0.0162565;REFB=-0.0245391;REVB=-0.0108404;RO=38;SAF=57;SAR=51;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135567;STB=0.513141;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0106666;OID=.;OPOS=73044580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:153:38:44:108:109:0.712418:51:57:19:19:52:57:21:23 chr10 73059651 . A G 206.4 PASS AF=0.390625;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=-0.026682;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.692;QD=12.8999;RBI=0.0274632;REFB=-0.00230157;REVB=0.00650374;RO=39;SAF=6;SAR=19;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0924283;STB=0.553353;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00181721;OID=.;OPOS=73059651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:39:25:25:0.390625:19:6:12:27:19:6:12:27 chr10 73270906 . T C 1067.89 PASS AF=0.986301;AO=67;DP=71;FAO=72;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=22;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0179416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.234;QD=58.5147;RBI=0.0239787;REFB=-0.0301532;REVB=0.0159084;RO=1;SAF=22;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103874;STB=0.504949;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.000126019;OID=.;OPOS=73270906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:73:1:1:67:72:0.986301:45:22:0:1:50:22:0:1 chr10 73270982 . G A 272.55 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558077;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.164;QD=51.9142;RBI=0.0560311;REFB=0;REVB=-0.00499906;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315424;OID=.;OPOS=73270982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:15:5:0:0:16:5:0:0 chr10 73434888 . G C 397.99 PASS AF=0.672727;AO=37;DP=55;FAO=37;FDP=55;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0338457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9664;QD=28.9445;RBI=0.0456821;REFB=0.0101142;REVB=-0.0306809;RO=18;SAF=10;SAR=27;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00570126;STB=0.503104;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.00612929;OID=.;OPOS=73434888;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:18:18:37:37:0.672727:27:10:5:13:27:10:5:13 chr10 73455201 . T C 135.24 PASS AF=0.206612;AO=24;DP=117;FAO=25;FDP=121;FR=.;FRO=96;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=51;FSRR=45;FWDB=-0.0919584;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.25;QD=4.47079;RBI=0.0942977;REFB=-0.00159506;REVB=-0.020874;RO=93;SAF=10;SAR=14;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126087;STB=0.572124;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00857624;OID=.;OPOS=73455201;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:121:93:96:24:25:0.206612:14:10:48:45:14:11:51:45 chr10 73455273 . T C 130.51 PASS AF=0.191667;AO=23;DP=120;FAO=23;FDP=120;FR=.;FRO=97;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=49;FSRR=48;FWDB=-0.0470761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.376;QD=4.35016;RBI=0.0472577;REFB=0.00135669;REVB=0.00413883;RO=97;SAF=12;SAR=11;SRF=49;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210825;STB=0.513404;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.00526885;OID=.;OPOS=73455273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:97:97:23:23:0.191667:11:12:49:48:11:12:49:48 chr10 73492079 . A G 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0448881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1258;QD=56.9557;RBI=0.0451383;REFB=0;REVB=-0.004746;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510002;OID=.;OPOS=73492079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr10 73501556 . G A 827.94 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0805532;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.015;QD=54.291;RBI=0.0830499;REFB=0.00976362;REVB=-0.0202107;RO=2;SAF=32;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00263806;STB=0.501399;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.000117358;OID=.;OPOS=73501556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:62:61:2:2:59:59:0.967213:27:32:1:1:27:32:1:1 chr10 73520632 . A C 1546.06 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3234;QD=63.755;RBI=0.0392101;REFB=0;REVB=0.0342621;RO=0;SAF=38;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173819;OID=.;OPOS=73520632;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:58:38:0:0:59:38:0:0 chr10 73521371 . C T 155.26 PASS AF=0.1875;AO=26;DP=143;FAO=27;FDP=144;FR=.;FRO=117;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=66;FSRR=51;FWDB=-0.00977455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.166;QD=4.31269;RBI=0.0331076;REFB=-0.013893;REVB=-0.0316319;RO=116;SAF=15;SAR=11;SRF=65;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0215711;STB=0.523742;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0564752;OID=.;OPOS=73521371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:116:117:26:27:0.1875:11:15:65:51:11:16:66:51 chr10 73533177 . A G 449.2 PASS AF=0.636364;AO=41;DP=66;FAO=42;FDP=66;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0178246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.727;QD=27.2241;RBI=0.0199623;REFB=-0.0176207;REVB=0.00898755;RO=24;SAF=11;SAR=30;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054372;STB=0.532534;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00737864;OID=.;OPOS=73533177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:24:24:41:42:0.636364:30:11:8:16:31:11:8:16 chr10 73537614 . G A 737.26 PASS AF=0.740741;AO=60;DP=81;FAO=60;FDP=81;FR=.;FRO=21;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00661075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1827;QD=36.4079;RBI=0.00663296;REFB=-0.0684348;REVB=-0.000542364;RO=21;SAF=39;SAR=21;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163167;STB=0.508769;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0198051;OID=.;OPOS=73537614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:21:21:60:60:0.740741:21:39:13:8:21:39:13:8 chr10 73537978 . C T 143.19 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0290557;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2809;QD=12.1864;RBI=0.0325434;REFB=-0.0170802;REVB=-0.0146575;RO=30;SAF=11;SAR=5;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106637;STB=0.577159;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0261555;OID=.;OPOS=73537978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:30:31:16:16:0.340426:5:11:18:12:5:11:18:13 chr10 73544086 . G A 1046.07 PASS AF=0.935897;AO=73;DP=78;FAO=73;FDP=78;FR=.;FRO=5;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0253237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.689;QD=53.6448;RBI=0.031958;REFB=-0.215262;REVB=0.0194942;RO=1;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141179;STB=0.503369;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00147281;OID=.;OPOS=73544086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:78:78:1:5:73:73:0.935897:33:40:0:1:33:40:3:2 chr10 73550969 . G A 2369.16 PASS AF=1;AO=151;DP=151;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0626227;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1987;QD=60.7476;RBI=0.0797534;REFB=0;REVB=0.0493862;RO=0;SAF=85;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319474;OID=.;OPOS=73550969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:156:0:0:151:156:1:66:85:0:0:67:89:0:0 chr10 73558886 . G A 657.5 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0381586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.337;QD=50.5772;RBI=0.0439675;REFB=-0.0598601;REVB=0.0218417;RO=3;SAF=20;SAR=29;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00840864;STB=0.504473;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.00224121;OID=.;OPOS=73558886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:3:3:49:49:0.942308:29:20:1:2:29:20:1:2 chr10 73558952 . C T 971.37 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00087878;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.318;QD=54.7248;RBI=0.0263355;REFB=-0.0564127;REVB=0.0263208;RO=1;SAF=24;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192841;STB=0.514384;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.000221214;OID=.;OPOS=73558952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:71:1:3:68:68:0.957746:44:24:1:0:44:24:2:1 chr10 73562744 . G A 1077.29 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.7303;QD=59.8497;RBI=0.0256782;REFB=0;REVB=0.00667723;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150543;OID=.;OPOS=73562744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:33:39:0:0:33:39:0:0 chr10 73576307 . C T 689.37 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.898;QD=62.6701;RBI=0.060708;REFB=0;REVB=0.032156;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227927;OID=.;OPOS=73576307;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr10 73610982 . G A 3187.68 PASS AF=0.990476;AO=208;DP=211;FAO=208;FDP=210;FR=.;FRO=2;FSAF=98;FSAR=110;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0107254;FXX=0.00473911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.194;QD=60.7177;RBI=0.0107672;REFB=-0.0995593;REVB=-0.000947281;RO=2;SAF=98;SAR=110;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00962134;STB=0.50505;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=2.9149e-07;OID=.;OPOS=73610982;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:211:210:2:2:208:208:0.990476:110:98:2:0:110:98:2:0 chr10 73822343 . T C 91.11 PASS AF=0.272727;AO=13;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0136957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.575;QD=8.28276;RBI=0.0173032;REFB=-0.0039723;REVB=-0.0105749;RO=30;SAF=10;SAR=3;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103632;STB=0.557043;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0112361;OID=.;OPOS=73822343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:30:32:13:12:0.272727:3:10:21:9:3:9:22:10 chr10 74237247 . C CT,T 1944.64 PASS AF=1,0;AO=112,5;DP=133;FAO=131,0;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=70,0;FSAR=61,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295271,0.0021617;FXX=0.0150365;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=25.4884,152.224;QD=59.3782;RBI=0.113463,0.0398199;REFB=0,0;REVB=-0.109554,-0.0397611;RO=12;SAF=63,1;SAR=49,4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0116008,-0.356344;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00171446,0;OID=.,.;OPOS=74237248,74237247;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:131:12:0:112,5:131,0:1,0:49,4:63,1:6:6:61,0:70,0:0:0 chr10 74830335 . A G 101.53 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00601158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.504;QD=8.64047;RBI=0.00638613;REFB=-0.00675886;REVB=0.00215491;RO=33;SAF=6;SAR=7;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629486;STB=0.527826;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0148838;OID=.;OPOS=74830335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:34:13:13:0.276596:7:6:17:16:7:6:17:17 chr10 74834651 . T C 96.91 PASS AF=0.238095;AO=15;DP=60;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0215072;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.145;QD=6.15289;RBI=0.0665672;REFB=-0.0172672;REVB=-0.062997;RO=45;SAF=9;SAR=6;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824441;STB=0.57682;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0460256;OID=.;OPOS=74834651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:60:63:45:48:15:15:0.238095:6:9:24:21:6:9:24:24 chr10 74894375 . T C 231.84 PASS AF=0.234177;AO=36;DP=157;FAO=37;FDP=158;FR=.;FRO=121;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=57;FSRR=64;FWDB=0.0143283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.48;QD=5.86946;RBI=0.03036;REFB=-0.00452109;REVB=0.0267662;RO=120;SAF=24;SAR=12;SRF=56;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254087;STB=0.65872;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0108983;OID=.;OPOS=74894375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:120:121:36:37:0.234177:12:24:56:64:12:25:57:64 chr10 74896664 . T C 61.42 PASS AF=0.178571;AO=10;DP=56;FAO=10;FDP=56;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0144563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2327;QD=4.38717;RBI=0.016859;REFB=-0.00413319;REVB=0.00867422;RO=46;SAF=4;SAR=6;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1238;STB=0.582568;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0220037;OID=.;OPOS=74896664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:56:56:46:46:10:10:0.178571:6:4:23:23:6:4:23:23 chr10 74897816 . C T 64.06 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0111165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1346;QD=9.48986;RBI=0.0473679;REFB=-0.00512986;REVB=0.046045;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128484;STB=0.578767;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0122586;OID=.;OPOS=74897816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:6:3:8:10:6:3:8:10 chr10 74899111 . A G 165.82 PASS AF=0.284091;AO=21;DP=89;FAO=25;FDP=88;FR=.,HEALED;FRO=63;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=50;FSRR=13;FWDB=-0.153115;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=29.801;QD=7.53707;RBI=0.235698;REFB=-0.0470492;REVB=-0.179191;RO=33;SAF=21;SAR=0;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.794745;STB=0.619608;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.114834;OID=.;OPOS=74899111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:33:63:21:25:0.284091:0:21:24:9:3:22:50:13 chr10 74899134 . C G 179.8 PASS AF=0.254545;AO=27;DP=110;FAO=28;FDP=110;FR=.;FRO=82;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=57;FSRR=25;FWDB=-0.0543431;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9598;QD=6.53804;RBI=0.0547149;REFB=-0.00222366;REVB=0.00636756;RO=79;SAF=23;SAR=4;SRF=55;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279455;STB=0.6822;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00690706;OID=.;OPOS=74899134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:79:82:27:28:0.254545:4:23:55:24:4:24:57:25 chr10 74916173 . T A 381.35 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=0.02845;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6758;QD=22.1073;RBI=0.0381167;REFB=-0.00090386;REVB=0.0253669;RO=31;SAF=19;SAR=19;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224503;STB=0.623127;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0009173;OID=.;OPOS=74916173;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:19:19:24:7:19:19:24:7 chr10 74923562 . C T 363.86 PASS AF=0.292398;AO=50;DP=171;FAO=50;FDP=171;FR=.;FRO=121;FSAF=14;FSAR=36;FSRF=83;FSRR=38;FWDB=-0.0121728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.398;QD=8.51143;RBI=0.0127863;REFB=-0.000505665;REVB=0.00391331;RO=121;SAF=14;SAR=36;SRF=83;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467881;STB=0.771101;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000543381;OID=.;OPOS=74923562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:121:121:50:50:0.292398:36:14:83:38:36:14:83:38 chr10 74934442 . C T 91.2 PASS AF=0.272727;AO=13;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00441262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.637;QD=8.29124;RBI=0.050304;REFB=0.000688896;REVB=-0.0501101;RO=30;SAF=10;SAR=3;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302151;STB=0.758446;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00304557;OID=.;OPOS=74934442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:30:32:13:12:0.272727:3:10:16:14:2:10:17:15 chr10 74995086 . C T 288.57 PASS AF=0.34;AO=34;DP=100;FAO=34;FDP=100;FR=.;FRO=66;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=48;FWDB=0.0362488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.632;QD=11.5428;RBI=0.037687;REFB=-0.00582752;REVB=-0.0103119;RO=66;SAF=12;SAR=22;SRF=18;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104348;STB=0.559966;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0138826;OID=.;OPOS=74995086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:66:66:34:34:0.34:22:12:18:48:22:12:18:48 chr10 75000698 . T C 71.54 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0192679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.62;QD=7.94933;RBI=0.0465511;REFB=-0.00115331;REVB=-0.0423763;RO=26;SAF=1;SAR=9;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.383761;STB=0.749375;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00713357;OID=.;OPOS=75000698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:9:1:8:18:9:1:8:18 chr10 75000739 . G A 92.91 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.0208061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.936;QD=7.01173;RBI=0.02758;REFB=-0.00626238;REVB=0.0181042;RO=40;SAF=2;SAR=11;SRF=11;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220316;STB=0.641007;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0166414;OID=.;OPOS=75000739;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:40:40:13:13:0.245283:11:2:11:29:11:2:11:29 chr10 75009107 . T A 105.3 PASS AF=0.342105;AO=12;DP=37;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00428421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.686;QD=11.0838;RBI=0.00689218;REFB=-0.00310714;REVB=0.00539886;RO=25;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336519;STB=0.713963;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00684731;OID=.;OPOS=75009107;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:25:25:12:13:0.342105:4:8:9:16:4:9:9:16 chr10 75035257 . T C 154.99 PASS AF=0.223214;AO=25;DP=112;FAO=25;FDP=112;FR=.;FRO=87;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=46;FWDB=0.0163883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5455;QD=5.53549;RBI=0.0458084;REFB=-0.000118242;REVB=0.0427766;RO=87;SAF=13;SAR=12;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611934;STB=0.537773;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00212136;OID=.;OPOS=75035257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:87:87:25:25:0.223214:12:13:41:46:12:13:41:46 chr10 75056863 . A C 207.99 PASS AF=0.228571;AO=32;DP=138;FAO=32;FDP=140;FR=.;FRO=108;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=64;FSRR=44;FWDB=0.00230427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.341;QD=5.94266;RBI=0.00383202;REFB=-0.0073376;REVB=0.00306181;RO=106;SAF=13;SAR=19;SRF=64;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244657;STB=0.641019;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0286954;OID=.;OPOS=75056863;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:106:108:32:32:0.228571:19:13:64:42:19:13:64:44 chr10 75095253 . G A 356.14 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=-0.085868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.013;QD=16.5645;RBI=0.086131;REFB=-0.0212662;REVB=-0.00672558;RO=47;SAF=16;SAR=22;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171208;STB=0.590197;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0197167;OID=.;OPOS=75095253;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:48:38:38:0.44186:22:16:28:19:22:16:28:20 chr10 75148116 . A G 266.99 PASS AF=0.336842;AO=31;DP=94;FAO=32;FDP=95;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.00231286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.721;QD=11.2415;RBI=0.0169891;REFB=-0.00633549;REVB=-0.016831;RO=63;SAF=9;SAR=22;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211443;STB=0.605009;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0119087;OID=.;OPOS=75148116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:63:63:31:32:0.336842:22:9:29:34:22:10:29:34 chr10 75289359 . C A 141.02 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=71;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.0137311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6869;QD=7.94489;RBI=0.0154609;REFB=-0.0213723;REVB=-0.0071061;RO=51;SAF=12;SAR=8;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859411;STB=0.551672;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0484301;OID=.;OPOS=75289359;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:51:51:20:20:0.28169:8:12:27:24:8:12:27:24 chr10 75404673 . A T 211.76 PASS AF=0.321429;AO=26;DP=83;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.0073857;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.5;QD=10.0838;RBI=0.0384315;REFB=-0.0151185;REVB=-0.0377152;RO=57;SAF=20;SAR=6;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333356;STB=0.703979;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0252255;OID=.;OPOS=75404673;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:57:57:26:27:0.321429:6:20:29:28:6:21:29:28 chr10 75533448 . A G 432.6 PASS AF=0.630769;AO=41;DP=65;FAO=41;FDP=65;FR=.;FRO=24;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0415203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.493;QD=26.6217;RBI=0.0656341;REFB=-0.0745832;REVB=-0.050832;RO=22;SAF=26;SAR=15;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601237;STB=0.51999;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0486904;OID=.;OPOS=75533448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:22:24:41:41:0.630769:15:26:12:10:15:26:14:10 chr10 75552538 . C T 121.29 PASS AF=0.764706;AO=12;DP=17;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0209245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.549;QD=28.5386;RBI=0.0216608;REFB=-0.0349658;REVB=-0.00559975;RO=4;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255539;STB=0.642641;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0215779;OID=.;OPOS=75552538;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:17:4:4:12:13:0.764706:5:7:0:4:5:8:0:4 chr10 75558867 . G A 270.92 PASS AF=0.300813;AO=37;DP=123;FAO=37;FDP=123;FR=.;FRO=86;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=46;FWDB=0.0518452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.047;QD=8.8105;RBI=0.0540288;REFB=-0.00426197;REVB=0.0152048;RO=86;SAF=25;SAR=12;SRF=40;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255467;STB=0.650142;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00985069;OID=.;OPOS=75558867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:86:86:37:37:0.300813:12:25:40:46:12:25:40:46 chr10 75632760 . C T 309.02 PASS AF=0.297101;AO=38;DP=135;FAO=41;FDP=138;FR=.;FRO=97;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=45;FSRR=52;FWDB=0.0157083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.77;QD=8.95702;RBI=0.0267177;REFB=-0.010293;REVB=0.0216121;RO=93;SAF=15;SAR=23;SRF=42;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703548;STB=0.517676;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0208296;OID=.;OPOS=75632760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:138:93:97:38:41:0.297101:23:15:42:51:23:18:45:52 chr10 75673101 . T C 347.04 PASS AF=0.681818;AO=29;DP=44;FAO=30;FDP=44;FR=.;FRO=14;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0057355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2761;QD=31.5492;RBI=0.029787;REFB=-0.0275128;REVB=-0.0292296;RO=15;SAF=20;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192829;STB=0.58059;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00643465;OID=.;OPOS=75673101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:15:14:29:30:0.681818:9:20:6:9:10:20:6:8 chr10 75830742 . A G 47.85 PASS AF=0.120879;AO=11;DP=90;FAO=11;FDP=91;FR=.;FRO=80;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=50;FWDB=-0.0427744;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.294;QD=2.10319;RBI=0.0450527;REFB=0.0175047;REVB=0.0141454;RO=79;SAF=10;SAR=1;SRF=30;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.607002;STB=0.926577;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.141472;OID=.;OPOS=75830742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:90:91:79:80:11:11:0.120879:1:10:30:49:1:10:30:50 chr10 75865065 . G A 744.27 PASS AF=0.717647;AO=60;DP=84;FAO=61;FDP=85;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0122165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5316;QD=35.0245;RBI=0.0173479;REFB=-0.0290667;REVB=0.0123169;RO=24;SAF=21;SAR=39;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107674;STB=0.553735;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00752147;OID=.;OPOS=75865065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:24:24:60:61:0.717647:39:21:13:11:39:22:13:11 chr10 75871735 . C G 847.02 PASS AF=0.669643;AO=66;DP=105;FAO=75;FDP=112;FR=.;FRO=37;FSAF=42;FSAR=33;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.0132777;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.964;QD=30.2506;RBI=0.0444845;REFB=-0.0335658;REVB=0.0424567;RO=36;SAF=39;SAR=27;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202866;STB=0.594876;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0150028;OID=.;OPOS=75871735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:112:36:37:66:75:0.669643:27:39:10:26:33:42:10:27 chr10 75878915 . C CTA 201.82 PASS AF=0.44;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0341799;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=2;MLLD=236.591;QD=16.1458;RBI=0.0348384;REFB=-0.0105518;REVB=0.00674173;RO=29;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672903;STB=0.551678;STBP=0.551;TYPE=ins;VARB=0.0196014;OID=.;OPOS=75878916;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=CTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44:22:51:22:50:28:9:13:9:19:99:29:9:13:10:19 chr10 75883134 . C CTT,T 450.64 PASS AF=0.547945,0.0547945;AO=36,4;DP=74;FAO=40,4;FDP=73;FR=.;FRO=29;FSAF=8,2;FSAR=32,2;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00148524,0.0140005;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=188.762,154.31;QD=24.6926;RBI=0.00531868,0.0171275;REFB=-0.0090947,0.00390468;REVB=0.00510709,-0.00986603;RO=29;SAF=6,2;SAR=30,2;SRF=18;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.438971,-0.137282;STB=0.707369,0.605556;STBP=0.001,0.669;TYPE=ins,snp;VARB=0.00682252,0.074849;OID=.,.;OPOS=75883135,75883134;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:29:29:36,4:40,4:0.547945,0.0547945:30,2:6,2:18:11:32,2:8,2:18:11 chr10 75936611 . C T 771.1 PASS AF=0.724138;AO=62;DP=87;FAO=63;FDP=87;FR=.;FRO=24;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0126714;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.354;QD=35.4528;RBI=0.060567;REFB=-0.0546501;REVB=0.0592266;RO=22;SAF=32;SAR=30;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365415;STB=0.520811;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0205387;OID=.;OPOS=75936611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:22:24:62:63:0.724138:30:32:13:9:31:32:14:10 chr10 76790612 . TG T 280.07 PASS AF=0.820513;AO=29;DP=39;FAO=32;FDP=39;FR=.;FRO=7;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0263249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.8949;QD=28.7246;RBI=0.142433;REFB=0.0174993;REVB=0.13998;RO=9;SAF=20;SAR=9;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0.464789;SSSB=0.0116433;STB=0.540959;STBP=0.344;TYPE=del;VARB=0.0054849;OID=.;OPOS=76790613;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.820513:29:39:32:39:7:21:11:6:1:20:9:20:9:6:3 chr10 76854564 . C T 216.2 PASS AF=0.256;AO=32;DP=125;FAO=32;FDP=125;FR=.;FRO=93;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=0.00250292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.039;QD=6.91831;RBI=0.00803724;REFB=-0.00989986;REVB=0.00763758;RO=93;SAF=13;SAR=19;SRF=46;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11033;STB=0.566406;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0323824;OID=.;OPOS=76854564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:93:93:32:32:0.256:19:13:46:47:19:13:46:47 chr10 76855412 . G A 242.5 PASS AF=0.305556;AO=33;DP=108;FAO=33;FDP=108;FR=.;FRO=75;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.0161551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.014;QD=8.98156;RBI=0.0165018;REFB=-0.0153159;REVB=0.0033647;RO=75;SAF=12;SAR=21;SRF=35;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126064;STB=0.574125;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0255786;OID=.;OPOS=76855412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:75:75:33:33:0.305556:21:12:35:40:21:12:35:40 chr10 76861680 . T C 159.4 PASS AF=0.231481;AO=25;DP=108;FAO=25;FDP=108;FR=.;FRO=83;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=-0.003344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5664;QD=5.90378;RBI=0.00788386;REFB=-0.00527221;REVB=-0.00713953;RO=81;SAF=11;SAR=14;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0674087;STB=0.541633;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0248378;OID=.;OPOS=76861680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:81:83:25:25:0.231481:14:11:40:41:14:11:41:42 chr10 76867899 . T C 103.04 PASS AF=0.204819;AO=17;DP=83;FAO=17;FDP=83;FR=.;FRO=66;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=44;FWDB=-0.0329571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7834;QD=4.96576;RBI=0.0380148;REFB=-0.0154805;REVB=-0.018946;RO=66;SAF=5;SAR=12;SRF=22;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570746;STB=0.53638;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0589614;OID=.;OPOS=76867899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:66:66:17:17:0.204819:12:5:22:44:12:5:22:44 chr10 79253630 . G T 3401.04 PASS AF=0.918605;AO=236;DP=259;FAO=237;FDP=258;FR=.;FRO=21;FSAF=126;FSAR=111;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0753256;FXX=0.0152666;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7548;QD=52.7294;RBI=0.0784985;REFB=-0.0397295;REVB=0.0220922;RO=20;SAF=125;SAR=111;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118556;STB=0.508414;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00307886;OID=.;OPOS=79253630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:259:258:20:21:236:237:0.918605:111:125:9:11:111:126:9:12 chr10 79550544 . C T 1204.46 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.177;QD=60.9854;RBI=0.038518;REFB=0;REVB=-0.0294796;RO=0;SAF=36;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.5239e-05;OID=.;OPOS=79550544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:43:36:0:0:43:36:0:0 chr10 79552248 . C T 2872.49 PASS AF=0.894273;AO=201;DP=225;FAO=203;FDP=227;FR=.;FRO=24;FSAF=107;FSAR=96;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0373196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.358;QD=50.6166;RBI=0.0386457;REFB=-0.030577;REVB=-0.0100367;RO=24;SAF=107;SAR=94;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188426;STB=0.510392;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00430893;OID=.;OPOS=79552248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:225:227:24:24:201:203:0.894273:94:107:15:9:96:107:15:9 chr10 79579222 . G A 1556.93 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=100;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00112503;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.419;QD=62.9063;RBI=0.0197109;REFB=-0.0780329;REVB=0.0196788;RO=0;SAF=53;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504672;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000220205;OID=.;OPOS=79579222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:99:0:1:98:98:0.989899:45:53:0:0:45:53:1:0 chr10 79584178 . G C 1480.22 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0361898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.251;QD=58.6227;RBI=0.0461425;REFB=0.00158851;REVB=0.0286256;RO=1;SAF=43;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109042;STB=0.505746;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000113034;OID=.;OPOS=79584178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:57:43:1:0:57:43:1:0 chr10 79606441 . A C 4388.64 PASS AF=0.972696;AO=283;DP=292;FAO=285;FDP=293;FR=.;FRO=8;FSAF=141;FSAR=144;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0120848;FXX=0.0101348;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.096;QD=59.9131;RBI=0.0122669;REFB=-0.0330401;REVB=-0.00210599;RO=6;SAF=140;SAR=143;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195827;STB=0.50327;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.000644281;OID=.;OPOS=79606441;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:292:293:6:8:283:285:0.972696:143:140:0:6:144:141:3:5 chr10 79616605 . T C 8150.24 PASS AF=1;AO=505;DP=512;FAO=517;FDP=517;FR=.;FRO=0;FSAF=200;FSAR=317;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299811;FXX=0.0152378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.523;QD=63.0579;RBI=0.0400464;REFB=-0.0432079;REVB=0.0265489;RO=1;SAF=192;SAR=313;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00248034;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.21894e-05;OID=.;OPOS=79616605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:39:512:517:1:0:505:517:1:313:192:1:0:317:200:0:0 chr10 79628875 . A G 2676.58 PASS AF=0.988506;AO=172;DP=178;FAO=172;FDP=174;FR=.;FRO=2;FSAF=120;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00982615;FXX=0.0386719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.857;QD=61.5305;RBI=0.0345942;REFB=-0.177582;REVB=0.0331694;RO=1;SAF=121;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00391778;STB=0.504132;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00140208;OID=.;OPOS=79628875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:178:174:1:2:172:172:0.988506:51:121:1:0:52:120:2:0 chr10 79672275 . G A 732.67 PASS AF=0.863636;AO=54;DP=65;FAO=57;FDP=66;FR=.;FRO=9;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0106187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0173;QD=44.404;RBI=0.0732187;REFB=-0.00785294;REVB=-0.0724446;RO=9;SAF=31;SAR=23;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0050614;STB=0.503267;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.000244603;OID=.;OPOS=79672275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:65:66:9:9:54:57:0.863636:23:31:5:4:24:33:5:4 chr10 79760818 . A G 3615.29 PASS AF=0.865772;AO=254;DP=298;FAO=258;FDP=298;FR=.;FRO=40;FSAF=100;FSAR=158;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0195238;FXX=0.00666644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.249;QD=48.5274;RBI=0.0236416;REFB=-0.0458153;REVB=0.0133321;RO=37;SAF=97;SAR=157;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128555;STB=0.512287;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00718336;OID=.;OPOS=79760818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:298:298:37:40:254:258:0.865772:157:97:16:21:158:100:19:21 chr10 79762028 . G A 4587.21 PASS AF=0.905172;AO=314;DP=348;FAO=315;FDP=348;FR=.;FRO=33;FSAF=146;FSAR=169;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.00260281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.672;QD=52.7266;RBI=0.0141332;REFB=-0.012961;REVB=-0.0138914;RO=33;SAF=145;SAR=169;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344568;STB=0.518234;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.000976479;OID=.;OPOS=79762028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:348:348:33:33:314:315:0.905172:169:145:9:24:169:146:9:24 chr10 79793688 . C T 45.22 PASS AF=0.0747664;AO=16;DP=213;FAO=16;FDP=214;FR=.;FRO=198;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=93;FSRR=105;FWDB=-0.00212474;FXX=0.00925883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6239;QD=0.845246;RBI=0.0144707;REFB=-0.00296223;REVB=0.0143138;RO=192;SAF=6;SAR=10;SRF=90;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106898;STB=0.589173;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0271381;OID=.;OPOS=79793688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:213:214:192:198:16:16:0.0747664:10:6:90:102:10:6:93:105 chr10 79814319 . T C 392.25 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0211119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.66;QD=50.6124;RBI=0.0399467;REFB=-0.0460156;REVB=0.0339121;RO=2;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517006;STB=0.527759;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000673619;OID=.;OPOS=79814319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:17:12:0:2:17:12:0:2 chr10 80310465 . T C 978.59 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0129821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.641;QD=57.564;RBI=0.0148769;REFB=-0.138414;REVB=0.00726545;RO=0;SAF=43;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505745;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.00031825;OID=.;OPOS=80310465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:67:68:0:1:67:67:0.985294:24:43:0:0:24:43:1:0 chr10 80310636 . G A 11148.9 PASS AF=1;AO=694;DP=703;FAO=709;FDP=709;FR=.;FRO=0;FSAF=414;FSAR=295;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0044115;FXX=0.00839149;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.402;QD=62.8995;RBI=0.00474062;REFB=-0.0178437;REVB=-0.00173555;RO=2;SAF=410;SAR=284;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000515326;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.38421e-05;OID=.;OPOS=80310636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:43:703:709:2:0:694:709:1:284:410:1:1:295:414:0:0 chr10 81045207 . T C 5940.6 PASS AF=0.912088;AO=410;DP=454;FAO=415;FDP=455;FR=.;FRO=40;FSAF=159;FSAR=256;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00463542;FXX=0.00219293;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.41;QD=52.2251;RBI=0.0227101;REFB=-0.0377648;REVB=0.022232;RO=36;SAF=155;SAR=255;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00276706;STB=0.501567;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00395673;OID=.;OPOS=81045207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:454:455:36:40:410:415:0.912088:255:155:13:23:256:159:16:24 chr10 81045280 . T C 7417.26 PASS AF=0.915921;AO=510;DP=559;FAO=512;FDP=559;FR=.;FRO=47;FSAF=178;FSAR=334;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0781374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2293;QD=53.0752;RBI=0.0781823;REFB=0.0060722;REVB=0.00265081;RO=49;SAF=177;SAR=333;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00372726;STB=0.501301;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.000766555;OID=.;OPOS=81045280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:559:559:49:47:510:512:0.915921:333:177:18:31:334:178:17:30 chr10 81051960 . G A 5914.83 PASS AF=0.913832;AO=401;DP=445;FAO=403;FDP=441;FR=.;FRO=38;FSAF=107;FSAR=296;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0104063;FXX=0.0112105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.799;QD=53.6493;RBI=0.0107386;REFB=-0.0170733;REVB=0.00265056;RO=33;SAF=106;SAR=295;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00716874;STB=0.502641;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00133694;OID=.;OPOS=81051960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:445:441:33:38:401:403:0.913832:295:106:10:23:296:107:11:27 chr10 81053475 . G A 2032.74 PASS AF=0.946309;AO=140;DP=150;FAO=141;FDP=149;FR=.;FRO=8;FSAF=72;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0548924;FXX=0.0132442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3566;QD=54.5702;RBI=0.0575364;REFB=-0.145922;REVB=0.0172413;RO=8;SAF=71;SAR=69;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0519989;STB=0.527393;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00280978;OID=.;OPOS=81053475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:150:149:8:8:140:141:0.946309:69:71:0:8:69:72:0:8 chr10 81145701 . G C 1755.1 PASS AF=0.959677;AO=119;DP=124;FAO=119;FDP=124;FR=.;FRO=5;FSAF=103;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00193043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7413;QD=56.6161;RBI=0.0153244;REFB=-0.0786028;REVB=0.0152023;RO=3;SAF=103;SAR=16;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811229;STB=0.553159;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0132898;OID=.;OPOS=81145701;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:124:124:3:5:119:119:0.959677:16:103:0:3:16:103:1:4 chr10 81267012 . T TG 45.18 PASS AF=0.196429;AO=7;DP=58;FAO=11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.0418159;FXX=0.0344768;HRUN=0;LEN=1;MLLD=142.315;QD=3.22739;RBI=0.065764;REFB=-0.00401546;REVB=-0.0507576;RO=45;SAF=1;SAR=6;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474728;STB=0.888913;STBP=0.01;TYPE=ins;VARB=0.130311;OID=.;OPOS=81267013;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.196429:7:58:11:56:45:1:10:24:21:45:45:1:6:24:21 chr10 81273507 . GAAAAAAAAAAAA GAAAAAAAAAAA,GAAAAAAAAAAAG 103.02 PASS AF=0.64,0.32;AO=9,6;DP=28;FAO=16,8;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=2,7;FSAR=14,1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0023859,0.0251839;FXX=0.107105;HRUN=15,15;LEN=1,1;MLLD=2.68302,214.41;QD=16.4839;RBI=0.0511772,0.025432;REFB=-0.271583,-0.0154037;REVB=0.0511215,0.00354366;RO=4;SAF=0,5;SAR=9,1;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.559127;STB=0.51722,0.666169;STBP=0.64,0.095;TYPE=del,snp;VARB=0.0263469,0.0123029;OID=.,.;OPOS=81273508,81273519;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=GAAAAAAAAAAA,GAAAAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.64,0.32:9,6:28:16,8:25:1:2,7:14,1:0:1:60:4:0,5:9,1:0:4 chr10 81275626 . G T 58.75 PASS AF=0.0903614;AO=8;DP=160;FAO=15;FDP=166;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=150;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=81;FSRR=69;FWDB=0.00707114;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.877;QD=1.41567;RBI=0.00713838;REFB=-0.00135513;REVB=-0.000977463;RO=100;SAF=6;SAR=2;SRF=45;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319137;STB=0.685481;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0196335;OID=.;OPOS=81275626;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:160:166:100:150:8:15:0.0903614:2:6:45:55:4:11:81:69 chr10 81317045 . G T 223.47 PASS AF=0.0940476;AO=76;DP=835;FAO=79;FDP=840;FR=.;FRO=761;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=367;FSRR=394;FWDB=-0.0108747;FXX=0.00237527;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3999;QD=1.06413;RBI=0.0178816;REFB=-0.00231383;REVB=0.0141947;RO=755;SAF=37;SAR=39;SRF=363;SRR=392;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0072958;STB=0.521791;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0237204;OID=.;OPOS=81317045;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:835:840:755:761:76:79:0.0940476:39:37:363:392:39:40:367:394 chr10 81319214 . G T 92.01 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0287287;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.0061;QD=8.97682;RBI=0.0292295;REFB=-0.00162122;REVB=-0.00538794;RO=27;SAF=7;SAR=5;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550851;STB=0.527381;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.00184501;OID=.;OPOS=81319214;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:27:29:12:12:0.292683:5:7:17:10:5:7:18:11 chr10 81319423 . C T 3429.93 PASS AF=0.995516;AO=220;DP=223;FAO=222;FDP=223;FR=.;FRO=1;FSAF=114;FSAR=108;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0849661;FXX=0.00446409;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.6;QD=61.5234;RBI=0.092147;REFB=-0.0889354;REVB=0.0356626;RO=1;SAF=113;SAR=107;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00443222;STB=0.502304;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00026888;OID=.;OPOS=81319423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:223:223:1:1:220:222:0.995516:107:113:0:1:108:114:0:1 chr10 81319483 . A G 2980.78 PASS AF=0.994737;AO=188;DP=189;FAO=189;FDP=190;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0127709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.127;QD=62.7533;RBI=0.0141849;REFB=0.00725895;REVB=0.00617382;RO=1;SAF=85;SAR=103;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00460077;STB=0.502415;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-1.56299e-05;OID=.;OPOS=81319483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:189:190:1:1:188:189:0.994737:103:85:0:1:103:86:0:1 chr10 81371698 . C T 85.77 PASS AF=0.104348;AO=24;DP=227;FAO=24;FDP=230;FR=.;FRO=206;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=80;FSRR=126;FWDB=-0.00197833;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.043;QD=1.4917;RBI=0.0263519;REFB=-0.00130743;REVB=-0.0262775;RO=202;SAF=9;SAR=15;SRF=78;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144266;STB=0.512662;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0172899;OID=.;OPOS=81371698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:227:230:202:206:24:24:0.104348:15:9:78:124:15:9:80:126 chr10 81373674 . T C 4281.41 PASS AF=0.90303;AO=294;DP=331;FAO=298;FDP=330;FR=.;FRO=32;FSAF=163;FSAR=135;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=-0.014778;FXX=0.00900874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9029;QD=51.8959;RBI=0.0200093;REFB=-0.0439665;REVB=0.01349;RO=31;SAF=163;SAR=131;SRF=6;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656525;STB=0.534936;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00347105;OID=.;OPOS=81373674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:331:330:31:32:294:298:0.90303:131:163:6:25:135:163:6:26 chr10 81701722 . T C 766.2 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0853935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3848;QD=63.8502;RBI=0.085614;REFB=0;REVB=-0.00613986;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000428284;OID=.;OPOS=81701722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr10 81841692 . G T 692.97 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307435;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.098;QD=62.9973;RBI=0.0325864;REFB=0;REVB=0.0108032;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99435e-05;OID=.;OPOS=81841692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:45:44:1:25:20:0:0:24:20:0:0 chr10 81915136 . T C 323.76 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0418028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7443;QD=53.9595;RBI=0.114395;REFB=0;REVB=0.106483;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0018382;OID=.;OPOS=81915136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:16:7:0:0:17:7:0:0 chr10 81917708 . A G 240.38 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0249747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2531;QD=28.2802;RBI=0.0455177;REFB=-0.0312088;REVB=-0.0380542;RO=12;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291635;STB=0.516114;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0133778;OID=.;OPOS=81917708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:12:10:6:6:12:10:6:6 chr10 81926702 . G A 639.05 PASS AF=0.622222;AO=56;DP=90;FAO=56;FDP=90;FR=.;FRO=34;FSAF=36;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.001119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.239;QD=28.4024;RBI=0.00652796;REFB=-0.0276469;REVB=0.00643134;RO=33;SAF=36;SAR=20;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113094;STB=0.568081;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0135412;OID=.;OPOS=81926702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:33:34:56:56:0.622222:20:36:16:17:20:36:16:18 chr10 82012599 . T C 46.9 PASS AF=0.75;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0554256;FXX=0.110988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.183;QD=23.4514;RBI=0.0604415;REFB=-0.0725716;REVB=0.0241078;RO=3;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146968;STB=0.624528;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.015498;OID=.;OPOS=82012599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:9:8:3:2:6:6:0.75:1:5:2:1:1:5:1:1 chr10 82012748 . G A 41.48 PASS AF=0.666667;AO=5;DP=8;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0221791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1991;QD=18.4354;RBI=0.0796401;REFB=-0.0667405;REVB=0.0764894;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361596;STB=0.66617;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0768065;OID=.;OPOS=82012748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:9:3:3:5:6:0.666667:2:3:0:3:3:3:0:3 chr10 82012954 . A G 112.18 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=0.0112676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5;QD=16.6197;RBI=0.0265279;REFB=-0.0379971;REVB=0.0240161;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.464746;STB=0.761572;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0179801;OID=.;OPOS=82012954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:8:5:13:1:8:5:13:1 chr10 82012967 . G T 112.82 PASS AF=0.5;AO=12;DP=25;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=1;FWDB=-0.00963054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.874;QD=17.3562;RBI=0.02265;REFB=-0.0312357;REVB=0.0205007;RO=12;SAF=4;SAR=8;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474801;STB=0.751054;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0556943;OID=.;OPOS=82012967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:12:13:12:13:0.5:8:4:11:1:8:5:12:1 chr10 82013119 . G A 501.13 PASS AF=0.878049;AO=36;DP=42;FAO=36;FDP=41;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0191998;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.015;QD=48.8911;RBI=0.0239907;REFB=-0.0482131;REVB=-0.0143847;RO=5;SAF=27;SAR=9;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152762;STB=0.508192;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00845901;OID=.;OPOS=82013119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:42:41:5:5:36:36:0.878049:9:27:4:1:9:27:4:1 chr10 82013146 . T C 48.32 PASS AF=0.156863;AO=8;DP=51;FAO=8;FDP=51;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=0.00880098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.776;QD=3.78946;RBI=0.0366944;REFB=0.00300891;REVB=-0.0356233;RO=42;SAF=4;SAR=4;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176254;STB=0.627153;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.00678094;OID=.;OPOS=82013146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:42:43:8:8:0.156863:4:4:27:15:4:4:28:15 chr10 82033594 . G A 127.35 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0471119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.323;QD=9.26159;RBI=0.0474625;REFB=-0.0241134;REVB=0.00575843;RO=37;SAF=6;SAR=11;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275492;STB=0.671381;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0325624;OID=.;OPOS=82033594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:38:17:17:0.309091:11:6:22:15:11:6:23:15 chr10 82034842 . A G 650.49 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0782365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.5539;QD=61.9518;RBI=0.105704;REFB=0;REVB=0.0710798;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023191;OID=.;OPOS=82034842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:39:42:1:27:12:0:0:28:14:0:0 chr10 82034854 . T C 690.15 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.865;QD=62.7406;RBI=0.0307028;REFB=0;REVB=0.0271787;RO=0;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161135;OID=.;OPOS=82034854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:29:13:0:0:30:14:0:0 chr10 82040052 . A G 182.71 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0686718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8025;QD=42.9904;RBI=0.0848709;REFB=-0.106548;REVB=-0.0498724;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538413;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00819498;OID=.;OPOS=82040052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:0:1:16:16:0.941176:6:10:0:0:6:10:0:1 chr10 82095968 . T G 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0262208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.099;QD=48.7306;RBI=0.0275683;REFB=0;REVB=0.00851357;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.15093e-05;OID=.;OPOS=82095968;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr10 82192713 . T A 140.02 PASS AF=0.777778;AO=13;DP=17;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0100524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.183;QD=31.1165;RBI=0.0407734;REFB=0.0225178;REVB=0.0395148;RO=4;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199112;STB=0.613864;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.00785917;OID=.;OPOS=82192713;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:18:4:4:13:14:0.777778:9:4:3:1:10:4:3:1 chr10 82363340 . C A 1347.02 PASS AF=0.988636;AO=86;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.05361;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.824;QD=61.2284;RBI=0.0540362;REFB=0.0125251;REVB=0.00677393;RO=1;SAF=45;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104125;STB=0.505493;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-7.01637e-07;OID=.;OPOS=82363340;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:88:88:1:1:86:87:0.988636:41:45:1:0:42:45:1:0 chr10 82363404 . A C,G 1061.38 PASS AF=0.0277778,0.972222;AO=3,69;DP=72;FAO=2,70;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=0,35;FSAR=2,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327784,-0.0149427;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=170.62,56.9234;QD=58.9654;RBI=0.0351699,0.0193253;REFB=0,0;REVB=-0.0127476,-0.0122548;RO=0;SAF=1,34;SAR=2,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0816302,-0.000916283;OID=.,.;OPOS=82363404,82363404;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:72:72:0:0:3,69:2,70:0.0277778,0.972222:2,35:1,34:0:0:2,35:0,35:0:0 chr10 82369219 . T A 466.09 PASS AF=0.769231;AO=37;DP=50;FAO=40;FDP=52;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0348758;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1351;QD=35.8534;RBI=0.0778789;REFB=-0.030333;REVB=0.0696334;RO=12;SAF=16;SAR=21;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688723;STB=0.536946;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00909253;OID=.;OPOS=82369219;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:50:52:12:12:37:40:0.769231:21:16:7:5:23:17:7:5 chr10 84745256 . C T 213.87 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0246716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8044;QD=28.5165;RBI=0.0465098;REFB=-0.0380138;REVB=-0.0394267;RO=10;SAF=8;SAR=12;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121951;STB=0.567499;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0221849;OID=.;OPOS=84745256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:20:20:0.666667:12:8:6:4:12:8:6:4 chr10 85909909 . A T 82.21 PASS AF=0.164835;AO=15;DP=91;FAO=15;FDP=91;FR=.;FRO=76;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=40;FSRR=36;FWDB=-0.00528152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.596;QD=3.61361;RBI=0.0264882;REFB=-0.002756;REVB=-0.0259564;RO=76;SAF=11;SAR=4;SRF=40;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272586;STB=0.682975;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0116576;OID=.;OPOS=85909909;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:91:91:76:76:15:15:0.164835:4:11:40:36:4:11:40:36 chr10 85960395 . A G 211.58 PASS AF=0.791667;AO=19;DP=24;FAO=19;FDP=24;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0484599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2187;QD=35.264;RBI=0.0524229;REFB=-0.101129;REVB=0.0199951;RO=5;SAF=9;SAR=10;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479404;STB=0.526288;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0185346;OID=.;OPOS=85960395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:24:24:5:5:19:19:0.791667:10:9:3:2:10:9:3:2 chr10 85974236 . T C 625.28 PASS AF=0.862069;AO=49;DP=57;FAO=50;FDP=58;FR=.;FRO=8;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0258995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.283;QD=43.123;RBI=0.0263857;REFB=-0.126579;REVB=0.00504161;RO=8;SAF=22;SAR=27;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464521;STB=0.522812;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0126198;OID=.;OPOS=85974236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:57:58:8:8:49:50:0.862069:27:22:5:3:27:23:5:3 chr10 85978939 . G A 591.04 PASS AF=0.84;AO=41;DP=50;FAO=42;FDP=50;FR=.;FRO=8;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0225771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4045;QD=47.2829;RBI=0.0374259;REFB=-0.00147573;REVB=-0.0298491;RO=8;SAF=22;SAR=19;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270947;STB=0.512518;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.000488252;OID=.;OPOS=85978939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:50:8:8:41:42:0.84:19:22:5:3:19:23:5:3 chr10 85981801 . T G 135.92 PASS AF=0.7;AO=11;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00673987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.743;QD=27.1835;RBI=0.00992239;REFB=-0.0271406;REVB=0.00728203;RO=6;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161641;STB=0.57366;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0089118;OID=.;OPOS=85981801;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:11:14:0.7:8:3:3:3:10:4:3:3 chr10 85981842 . A G 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0233869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.305;QD=26.5998;RBI=0.0412553;REFB=-0.0676512;REVB=-0.0339861;RO=1;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080241;STB=0.526249;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0164867;OID=.;OPOS=85981842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:1:2:8:8:0.8:3:5:1:0:3:5:1:1 chr10 85981889 . G A 35.1 PASS AF=0.461538;AO=5;DP=12;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0337646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.061;QD=10.8004;RBI=0.0660669;REFB=-0.00462269;REVB=-0.0567872;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115149;STB=0.61502;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0126841;OID=.;OPOS=85981889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:12:13:7:7:5:6:0.461538:3:2:2:5:3:3:2:5 chr10 85984323 . G A 181.78 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0708215;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.922;QD=25.9685;RBI=0.0768694;REFB=-0.0690998;REVB=-0.0298869;RO=8;SAF=5;SAR=13;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142222;STB=0.564029;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0354275;OID=.;OPOS=85984323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:26:28:8:10:18:18:0.642857:13:5:4:4:12:6:5:5 chr10 85984423 . C T 494.82 PASS AF=0.803922;AO=41;DP=51;FAO=41;FDP=51;FR=.;FRO=10;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00397526;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.334;QD=38.8096;RBI=0.0285299;REFB=0.00226384;REVB=0.0282516;RO=10;SAF=16;SAR=25;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415901;STB=0.522377;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.00045048;OID=.;OPOS=85984423;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:51:10:10:41:41:0.803922:25:16:5:5:25:16:5:5 chr10 85984723 . G A 199.36 PASS AF=0.655172;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=29;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00339711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.597;QD=27.4981;RBI=0.00679115;REFB=-0.0257237;REVB=0.00588042;RO=10;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163744;STB=0.509081;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.011434;OID=.;OPOS=85984723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:10:10:19:19:0.655172:9:10:5:5:9:10:5:5 chr10 85993836 . A G 264.78 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.481;QD=50.4345;RBI=0.0247713;REFB=0;REVB=-0.0112628;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283796;OID=.;OPOS=85993836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:11:9:0:0:11:10:0:0 chr10 85993910 . G A 430.78 PASS AF=0.804878;AO=33;DP=41;FAO=33;FDP=41;FR=.;FRO=8;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.00670455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.447;QD=42.0271;RBI=0.0208961;REFB=-0.0142104;REVB=0.0197913;RO=8;SAF=19;SAR=14;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162259;STB=0.587576;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00671542;OID=.;OPOS=85993910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:8:8:33:33:0.804878:14:19:1:7:14:19:1:7 chr10 85997105 . G T 647.75 PASS AF=0.739726;AO=52;DP=71;FAO=54;FDP=73;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=40;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.111645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.642;QD=35.4931;RBI=0.113469;REFB=-0.0163423;REVB=0.0202592;RO=19;SAF=12;SAR=40;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183594;STB=0.583199;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.00511199;OID=.;OPOS=85997105;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:19:19:52:54:0.739726:40:12:10:9:40:14:10:9 chr10 86004873 . T C 133.14 PASS AF=0.608696;AO=15;DP=24;FAO=14;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.039352;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.872;QD=23.1553;RBI=0.039464;REFB=-0.0584982;REVB=0.00297083;RO=6;SAF=10;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.559359;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.055832;OID=.;OPOS=86004873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:23:6:9:15:14:0.608696:5:10:4:2:5:9:7:2 chr10 86274871 . C T 97.61 PASS AF=0.173469;AO=17;DP=98;FAO=17;FDP=98;FR=.;FRO=81;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=-0.0047682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.904;QD=3.98422;RBI=0.00508379;REFB=-0.00275086;REVB=0.00176329;RO=79;SAF=6;SAR=11;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240349;STB=0.665288;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0161452;OID=.;OPOS=86274871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:98:98:79:81:17:17:0.173469:11:6:43:36:11:6:45:36 chr10 87359877 . TA T 34.79 PASS AF=0.533333;AO=6;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00880245;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=11.9157;QD=9.27709;RBI=0.229628;REFB=0.0585242;REVB=0.22946;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631528;STB=0.53325;STBP=0.813;TYPE=del;VARB=-0.00739593;OID=.;OPOS=87359878;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333:6:15:8:15:7:4:4:4:3:33:7:3:3:4:3 chr10 88126072 . G A 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0558573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.05;QD=30.5917;RBI=0.072315;REFB=-0.00836698;REVB=0.0459284;RO=2;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305955;STB=0.517207;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0033495;OID=.;OPOS=88126072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:4:6:1:1:4:6:1:1 chr10 88203068 . T C 277.41 PASS AF=0.851852;AO=22;DP=26;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0110559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.828;QD=41.0976;RBI=0.059207;REFB=-0.0286849;REVB=0.0581656;RO=4;SAF=17;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00908927;STB=0.507036;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0093014;OID=.;OPOS=88203068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:26:27:4:4:22:23:0.851852:5:17:3:1:5:18:3:1 chr10 88422116 . C T 174.05 PASS AF=0.272727;AO=24;DP=88;FAO=24;FDP=88;FR=.;FRO=64;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=42;FWDB=0.0209677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.519;QD=7.91144;RBI=0.0232478;REFB=-0.0185067;REVB=-0.0100408;RO=63;SAF=21;SAR=3;SRF=21;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.640849;STB=0.879577;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0236204;OID=.;OPOS=88422116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:63:64:24:24:0.272727:3:21:21:42:3:21:22:42 chr10 88439899 . G A 205.9 PASS AF=0.730769;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.01941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.41;QD=31.6765;RBI=0.022161;REFB=0.00869789;REVB=-0.0106939;RO=7;SAF=7;SAR=12;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17212;STB=0.59494;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=-0.00285863;OID=.;OPOS=88439899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:7:7:19:19:0.730769:12:7:5:2:12:7:5:2 chr10 88649360 . C T 52.12 PASS AF=0.242424;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=33;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.000452634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.829;QD=6.31769;RBI=0.0254876;REFB=-0.000444239;REVB=-0.0254836;RO=24;SAF=2;SAR=6;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265732;STB=0.660587;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00133147;OID=.;OPOS=88649360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:24:25:8:8:0.242424:6:2:11:13:6:2:11:14 chr10 88683890 . T A 233.75 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0625554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.441;QD=46.7497;RBI=0.0644381;REFB=-0.0643326;REVB=0.0154626;RO=1;SAF=5;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830155;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0068457;OID=.;OPOS=88683890;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:18:20:1:0:17:20:1:12:5:1:0:12:8:0:0 chr10 88696622 . C G 60.25 PASS AF=0.225;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00417333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.138;QD=6.02521;RBI=0.00431585;REFB=0.00479065;REVB=-0.00109995;RO=30;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054457;STB=0.545355;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.0188938;OID=.;OPOS=88696622;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:40:30:31:9:9:0.225:5:4:12:18:5:4:12:19 chr10 88702350 . G C 97.11 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0821894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7577;QD=38.8434;RBI=0.106844;REFB=0;REVB=0.0682688;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0113145;OID=.;OPOS=88702350;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:6:3:0:0:7:3:0:0 chr10 88717140 . T A 575.63 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0474629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7551;QD=60.5927;RBI=0.081177;REFB=0;REVB=0.0658557;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144351;OID=.;OPOS=88717140;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:11:27:0:0:11:27:0:0 chr10 88717154 . C T 367.8 PASS AF=0.688889;AO=30;DP=45;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0082358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.183;QD=32.6935;RBI=0.0469965;REFB=-0.0402269;REVB=0.0462693;RO=13;SAF=20;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774947;STB=0.547914;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0184062;OID=.;OPOS=88717154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:13:14:30:31:0.688889:10:20:7:6:11:20:7:7 chr10 88730106 . C T 112.83 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0581897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4199;QD=28.2082;RBI=0.0975677;REFB=0.0527168;REVB=0.0783161;RO=4;SAF=3;SAR=9;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98772e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.013473;OID=.;OPOS=88730106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:9:3:1:3:9:3:1:3 chr10 88730177 . A G 41.19 PASS AF=0.461538;AO=4;DP=12;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0441555;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.226;QD=12.6754;RBI=0.11431;REFB=-0.0136966;REVB=0.105437;RO=7;SAF=2;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213092;STB=0.699353;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0313032;OID=.;OPOS=88730177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:12:13:7:7:4:6:0.461538:2:2:5:2:4:2:5:2 chr10 88730312 . T C 130.56 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.011181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3198;QD=18.6513;RBI=0.02375;REFB=-0.012843;REVB=0.0209534;RO=10;SAF=9;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110077;STB=0.507453;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0437072;OID=.;OPOS=88730312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:10:13:14:15:0.535714:5:9:5:5:6:9:8:5 chr10 88768253 . A G 392.21 PASS AF=0.882353;AO=29;DP=33;FAO=30;FDP=34;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0561274;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5643;QD=46.1428;RBI=0.0774059;REFB=-0.123548;REVB=0.0533046;RO=4;SAF=16;SAR=13;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452925;STB=0.525675;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00837477;OID=.;OPOS=88768253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:33:34:4:4:29:30:0.882353:13:16:3:1:14:16:3:1 chr10 88768657 . C T 299.08 PASS AF=0.684211;AO=26;DP=38;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00435723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2357;QD=31.4823;RBI=0.0274641;REFB=-0.0275659;REVB=0.0271162;RO=12;SAF=12;SAR=14;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117718;STB=0.564467;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0152074;OID=.;OPOS=88768657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:12:12:26:26:0.684211:14:12:8:4:14:12:8:4 chr10 88782084 . A G 124.15 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00639952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5966;QD=27.5888;RBI=0.0136216;REFB=-0.0148025;REVB=-0.0120248;RO=4;SAF=10;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257639;STB=0.679313;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00350866;OID=.;OPOS=88782084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:4:5:13:13:0.722222:3:10:1:3:3:10:1:4 chr10 88782151 . C T 67.78 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0499998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.205;QD=30.124;RBI=0.0858707;REFB=-0.102433;REVB=0.0698126;RO=1;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125393;STB=0.571246;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0147695;OID=.;OPOS=88782151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:3:5:0:1:3:5:0:1 chr10 88939962 . T C 90.68 PASS AF=0.173913;AO=16;DP=92;FAO=16;FDP=92;FR=.;FRO=76;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=-0.00500638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.365;QD=3.94255;RBI=0.00754105;REFB=-0.00151881;REVB=0.00563947;RO=76;SAF=3;SAR=13;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390868;STB=0.760909;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00477309;OID=.;OPOS=88939962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:92:92:76:76:16:16:0.173913:13:3:36:40:13:3:36:40 chr10 88992641 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.019;QD=35.5759;RBI=0.0421277;REFB=0;REVB=0.023147;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00063861;OID=.;OPOS=88992641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr10 89117971 . C T 44.17 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0571823;FXX=0.0370233;HRUN=4;LEN=1;MLLD=176.23;QD=6.79597;RBI=0.0576262;REFB=-0.00563905;REVB=-0.00713866;RO=17;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322841;STB=0.7597;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0266938;OID=.;OPOS=89117971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:26:17:19:7:7:0.269231:6:1:6:11:6:1:8:11 chr10 89267957 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195807;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.357;QD=63.8718;RBI=0.0262159;REFB=0;REVB=-0.0174318;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98377e-06;OID=.;OPOS=89267957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:22:25:0:0:23:25:0:0 chr10 89420789 . A G 739.05 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0579117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.995;QD=54.7446;RBI=0.0580218;REFB=-0.0878258;REVB=0.00357173;RO=1;SAF=21;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219051;STB=0.511624;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000703632;OID=.;OPOS=89420789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:32:21:1:0:32:21:1:0 chr10 89463480 . G A 103.17 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0463029;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.211;QD=8.42182;RBI=0.0484164;REFB=-0.011147;REVB=-0.0141488;RO=36;SAF=4;SAR=9;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107079;STB=0.566328;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0444833;OID=.;OPOS=89463480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:36:36:13:13:0.265306:9:4:14:22:9:4:14:22 chr10 89513452 . C T 975.69 PASS AF=0.757009;AO=80;DP=106;FAO=81;FDP=107;FR=.;FRO=26;FSAF=37;FSAR=44;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0394682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3704;QD=36.4745;RBI=0.0408178;REFB=-0.0127466;REVB=-0.0104093;RO=26;SAF=36;SAR=44;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124816;STB=0.508263;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00352624;OID=.;OPOS=89513452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:26:26:80:81:0.757009:44:36:11:15:44:37:11:15 chr10 89720907 . T G 698.84 PASS AF=0.6;AO=66;DP=110;FAO=66;FDP=110;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0499282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6671;QD=25.4123;RBI=0.0510222;REFB=-0.00401861;REVB=0.0105093;RO=44;SAF=20;SAR=46;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106654;STB=0.558165;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00304972;OID=.;OPOS=89720907;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:44:44:66:66:0.6:46:20:19:25:46:20:19:25 chr10 90305177 . C T 143.83 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00349326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.435;QD=44.2549;RBI=0.0435009;REFB=0;REVB=0.0433604;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00070964;OID=.;OPOS=90305177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:5:7:0:0:6:7:0:0 chr10 90342837 . C G 1737.53 PASS AF=0.95935;AO=118;DP=123;FAO=118;FDP=123;FR=.;FRO=5;FSAF=64;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0581151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6618;QD=56.505;RBI=0.0615786;REFB=-0.0908126;REVB=0.0203605;RO=5;SAF=64;SAR=54;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110471;STB=0.505823;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00941513;OID=.;OPOS=90342837;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:123:123:5:5:118:118:0.95935:54:64:2:3:54:64:2:3 chr10 90356598 . A G 1326.05 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00963335;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4119;QD=62.4021;RBI=0.0242708;REFB=0;REVB=-0.0222771;RO=0;SAF=20;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.01904e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104186;OID=.;OPOS=90356598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:65:20:0:0:65:20:0:0 chr10 90433345 . T A 466.96 PASS AF=0.594595;AO=44;DP=73;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0148282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.199;QD=25.2409;RBI=0.0193223;REFB=-0.0189659;REVB=-0.0123885;RO=29;SAF=22;SAR=22;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626481;STB=0.540522;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0131678;OID=.;OPOS=90433345;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:29:30:44:44:0.594595:22:22:17:12:22:22:18:12 chr10 90530660 . C A 266.68 PASS AF=0.329897;AO=32;DP=96;FAO=32;FDP=97;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.032006;FXX=0.010203;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5584;QD=10.9971;RBI=0.0337561;REFB=0.0147719;REVB=0.010728;RO=63;SAF=24;SAR=8;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.423785;STB=0.738069;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0342098;OID=.;OPOS=90530660;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:63:65:32:32:0.329897:8:24:24:39:8:24:26:39 chr10 90580144 . C T 1356.52 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.258;QD=62.3688;RBI=0.0302447;REFB=0;REVB=-0.0174709;RO=0;SAF=53;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28615e-05;OID=.;OPOS=90580144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:86:87:1:33:53:0:0:34:53:0:0 chr10 90585819 . G A 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.167;QD=56.7041;RBI=0.0552151;REFB=0;REVB=-0.0523576;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000505175;OID=.;OPOS=90585819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr10 90749256 . G A 998.83 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175318;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.944;QD=59.6318;RBI=0.0325577;REFB=0;REVB=0.0274342;RO=0;SAF=46;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.35909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019057;OID=.;OPOS=90749256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:67:0:0:67:67:1:21:46:0:0:21:46:0:0 chr10 90771829 . T C 198.72 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110883;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.6172;QD=46.7578;RBI=0.112207;REFB=0;REVB=0.0171853;RO=0;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0100534;OID=.;OPOS=90771829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:14:2:0:0:15:2:0:0 chr10 90966546 . C T 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=0.004734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.708;QD=11.1977;RBI=0.0097786;REFB=-0.028414;REVB=0.0085563;RO=22;SAF=4;SAR=8;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.532976;STB=0.806616;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0251004;OID=.;OPOS=90966546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:8:4:19:3:8:4:19:3 chr10 90966996 . C G 104.54 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00842261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4809;QD=19.9124;RBI=0.0126283;REFB=-0.0319955;REVB=-0.00940927;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125311;STB=0.571312;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0462689;OID=.;OPOS=90966996;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:6:6:3:6:6:6:3:6 chr10 91007359 . GT G,GG 567.07 PASS AF=0.0526316,0.947368;AO=8,31;DP=39;FAO=2,36;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=2,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337639,0.051418;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=197.604,215.909;QD=59.6912;RBI=0.0347202,0.0514484;REFB=0,0;REVB=0.00809291,0.00176862;RO=0;SAF=6,17;SAR=2,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.58669e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0115275,0.00118825;OID=.,.;OPOS=91007360,91007360;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0526316,0.947368:8,31:39:2,36:38:0:0,23:2,13:0:0:9:0:6,17:2,14:0:0 chr10 91066460 . T A 283.58 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00955784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.347;QD=19.9;RBI=0.0108879;REFB=-0.00418635;REVB=0.00521477;RO=27;SAF=8;SAR=22;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106121;STB=0.559281;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00631739;OID=.;OPOS=91066460;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:22:8:10:17:22:8:10:17 chr10 91066769 . C A 851.46 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0202329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.432;QD=57.7262;RBI=0.020428;REFB=0;REVB=-0.00281639;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.65471e-05;OID=.;OPOS=91066769;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:26:32:0:0:26:33:0:0 chr10 91067595 . C G 526.53 PASS AF=0.453846;AO=54;DP=126;FAO=59;FDP=130;FR=.;FRO=71;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=0.014768;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.177;QD=16.2011;RBI=0.0267485;REFB=-0.00666222;REVB=0.0223022;RO=69;SAF=33;SAR=21;SRF=35;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106537;STB=0.557673;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00793257;OID=.;OPOS=91067595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:130:69:71:54:59:0.453846:21:33:35:34:23:36:36:35 chr10 91099943 . C G 266.08 PASS AF=0.5;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.025553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.976;QD=21.2867;RBI=0.02568;REFB=-0.0171708;REVB=-0.00255115;RO=24;SAF=15;SAR=10;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228882;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0274856;OID=.;OPOS=91099943;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:24:25:25:25:0.5:10:15:15:9:10:15:15:10 chr10 91100068 . C A 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0758565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.068;QD=28.6825;RBI=0.0815894;REFB=-0.0455487;REVB=0.0300437;RO=2;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12691;STB=0.571279;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0168635;OID=.;OPOS=91100068;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:6:3:0:2:6:3:0:2 chr10 91143529 . T A 279.2 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=0.0035702;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.009;QD=16.1852;RBI=0.0139698;REFB=-0.00811549;REVB=-0.0135059;RO=37;SAF=14;SAR=17;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163258;STB=0.598086;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00726569;OID=.;OPOS=91143529;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:38:31:31:0.449275:17:14:23:14:17:14:24:14 chr10 91162497 . A G 211.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00778813;FXX=0.0555247;HRUN=6;LEN=1;MLLD=247.985;QD=49.6934;RBI=0.0555164;REFB=0;REVB=0.0549674;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178136;OID=.;OPOS=91162497;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:18:17:1:5:13:0:0:4:13:0:0 chr10 91162677 . C T 222.66 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0156646;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.1;QD=24.74;RBI=0.0402228;REFB=-0.0190741;REVB=-0.0370471;RO=15;SAF=9;SAR=12;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176686;STB=0.598332;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0393054;OID=.;OPOS=91162677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:15:15:21:21:0.583333:12:9:10:5:12:9:10:5 chr10 91172555 . AAG A,AA,AAA 123.42 PASS AF=0,0.382353,0.0588235;AO=4,7,2;DP=34;FAO=0,13,2;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=0,9,1;FSAR=0,4,1;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0278416,0.0328541,0.0338588;FXX=0;HRUN=2,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=239.644,249.411,250.814;QD=14.52;RBI=0.028082,0.0329897,0.0344998;REFB=-0.0158513,-0.0134883,-0.0108071;REVB=-0.00366664,0.00298895,0.00661948;RO=20;SAF=4,3,1;SAR=0,4,1;SRF=9;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.665097,-0.025065,0.0484995;STB=0.5,0.664765,0.570734;STBP=1,0.141,0.853;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0114644,0.0210732,0.0147004;OID=.,.,.;OPOS=91172556,91172557,91172557;OREF=AG,G,G;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.382353,0.0588235:4,7,2:34:0,13,2:34:19:0,9,1:0,4,1:8:11:80:20:4,3,1:0,4,1:9:11 chr10 91174566 . G T 322.88 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00353672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=312.085;QD=19.2766;RBI=0.0188355;REFB=-0.0136155;REVB=-0.0185005;RO=33;SAF=16;SAR=18;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0928608;STB=0.551633;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0138321;OID=.;OPOS=91174566;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:33:33:34:34:0.507463:18:16:19:14:18:16:19:14 chr10 91178000 . C T 252.1 PASS AF=0.758621;AO=22;DP=29;FAO=22;FDP=29;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.013897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.822;QD=34.7719;RBI=0.0346932;REFB=-0.0244071;REVB=-0.0317882;RO=7;SAF=18;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160839;STB=0.588697;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00901899;OID=.;OPOS=91178000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:7:7:22:22:0.758621:4:18:4:3:4:18:4:3 chr10 91343924 . ATTTTTTTA ATTTTTT,ATTTTTTA,ATTTTTTAA,ATTTTTTTT 52.66 PASS AF=0.45,0,0,0;AO=5,4,2,2;DP=24;FAO=9,0,0,0;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3,0,0,0;FSAR=6,0,0,0;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.141916,-0.020938,0.112652,-0.111914;FXX=0;HRUN=7,7,7,7;LEN=2,1,1,1;MLLD=19.476,9.38683,10.7939,11.7597;QD=10.5321;RBI=0.283004,0.284257,0.115144,0.113477;REFB=-0.0194411,-0.00694665,0.0105797,-0.0133894;REVB=0.244849,0.283485,0.0238278,-0.018769;RO=9;SAF=2,1,2,0;SAR=3,3,0,2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.046104,-0.225088,0.602534,-0.565098;STB=0.571265,0.5,0.5,0.5;STBP=0.606,1,1,1;TYPE=del,del,snp,snp;VARB=0.0300375,0,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=91343931,91343925,91343931,91343932;OREF=TA,T,T,A;OALT=-,-,A,T;OMAPALT=ATTTTTT,ATTTTTTA,ATTTTTTAA,ATTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45,0,0,0:5,4,2,2:24:9,0,0,0:20:11:3,0,0,0:6,0,0,0:5:6:51:9:2,1,2,0:3,3,0,2:4:5 chr10 91352966 . G A 1818.15 PASS AF=1;AO=119;DP=121;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0766;QD=60.104;RBI=0.0468065;REFB=-0.0565749;REVB=0.0432142;RO=0;SAF=65;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133378;OID=.;OPOS=91352966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:121:121:0:0:119:121:1:54:65:0:0:56:65:0:0 chr10 91468925 . C G 54.77 PASS AF=0.363636;AO=7;DP=23;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0315111;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.104;QD=9.95766;RBI=0.0323067;REFB=-0.0129041;REVB=-0.00712564;RO=14;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311218;STB=0.624687;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.047691;OID=.;OPOS=91468925;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:22:14:14:7:8:0.363636:2:5:6:8:3:5:6:8 chr10 91470834 . A C 138.72 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0676822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3181;QD=19.8177;RBI=0.0993598;REFB=-0.013753;REVB=0.0727426;RO=13;SAF=12;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329436;STB=0.689375;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0191371;OID=.;OPOS=91470834;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:3:12:6:7:3:12:6:7 chr10 91487649 . A T 220.62 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0131765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2138;QD=18.0095;RBI=0.0159974;REFB=-0.0181979;REVB=-0.00907164;RO=26;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00672291;STB=0.514912;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0295381;OID=.;OPOS=91487649;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:27:22:22:0.44898:12:10:12:14:12:10:13:14 chr10 91488979 . A T 260.89 PASS AF=0.428571;AO=29;DP=69;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00531134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.978;QD=14.9079;RBI=0.0222258;REFB=-0.00937699;REVB=-0.0215818;RO=40;SAF=10;SAR=19;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033632;STB=0.526298;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0134182;OID=.;OPOS=91488979;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:40:40:29:30:0.428571:19:10:15:25:20:10:15:25 chr10 91497207 . A G 711.17 PASS AF=0.534884;AO=69;DP=129;FAO=69;FDP=129;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=47;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.0330477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.895;QD=22.0518;RBI=0.0341727;REFB=-0.0131903;REVB=0.00869604;RO=60;SAF=22;SAR=47;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076654;STB=0.542114;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0101581;OID=.;OPOS=91497207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:60:60:69:69:0.534884:47:22:24:36:47:22:24:36 chr10 91497912 . A G 202.08 PASS AF=0.325;AO=26;DP=80;FAO=26;FDP=80;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=47;FWDB=-0.0319592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5902;QD=10.1041;RBI=0.0319679;REFB=-0.0149982;REVB=0.000747908;RO=53;SAF=8;SAR=18;SRF=7;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272244;STB=0.65813;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0488155;OID=.;OPOS=91497912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:53:54:26:26:0.325:18:8:7:46:18:8:7:47 chr10 91498127 . T C 538.5 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.645;QD=59.8337;RBI=0.0278178;REFB=0;REVB=-0.00922036;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117257;OID=.;OPOS=91498127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr10 91522481 . A G 247.68 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0109881;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.105;QD=15.9791;RBI=0.0111067;REFB=-0.0069204;REVB=0.0016185;RO=34;SAF=15;SAR=13;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632489;STB=0.535689;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.0089615;OID=.;OPOS=91522481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:34:34:28:28:0.451613:13:15:16:18:13:15:16:18 chr10 91738556 . C A 1345.59 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=88;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0095157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5181;QD=61.1632;RBI=0.00981089;REFB=-0.131602;REVB=-0.00238853;RO=0;SAF=31;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00429e-08;STB=0.504424;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00192077;OID=.;OPOS=91738556;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:88:88:0:1:87:87:0.988636:56:31:0:0:56:31:0:1 chr10 91923501 . G A 722.88 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00106036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0389;QD=54.5566;RBI=0.0122257;REFB=0.0434962;REVB=0.0121797;RO=1;SAF=18;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254383;STB=0.512816;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.000794109;OID=.;OPOS=91923501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:1:1:51:52:0.981132:33:18:1:0:33:19:1:0 chr10 92503619 . T C 175.89 PASS AF=0.5;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0255007;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5775;QD=19.543;RBI=0.0333957;REFB=-0.035508;REVB=0.0215635;RO=16;SAF=5;SAR=13;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152225;STB=0.594959;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.017101;OID=.;OPOS=92503619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:16:18:18:18:0.5:13:5:7:9:13:5:8:10 chr10 93608142 . G A 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0420162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.4323;QD=13.0885;RBI=0.0548861;REFB=-0.00573524;REVB=0.0353146;RO=27;SAF=11;SAR=5;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19185;STB=0.612857;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00898955;OID=.;OPOS=93608142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:5:11:14:13:5:11:14:13 chr10 93667635 . C T 669.47 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.656;QD=62.2764;RBI=0.0387995;REFB=0;REVB=0.0133398;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000140951;OID=.;OPOS=93667635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr10 93841227 . A G 908.33 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0908487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.774;QD=57.6716;RBI=0.0941971;REFB=0;REVB=0.0248918;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371643;OID=.;OPOS=93841227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:59:63:1:32:27:0:0:34:29:0:0 chr10 94246992 . C A 105.47 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0373418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5868;QD=8.11295;RBI=0.0622354;REFB=-0.000907882;REVB=-0.049788;RO=38;SAF=6;SAR=8;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415535;STB=0.525388;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0052797;OID=.;OPOS=94246992;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:38:38:14:14:0.269231:8:6:15:23:8:6:15:23 chr10 94450061 . G A 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.388;QD=21.1692;RBI=0.00448936;REFB=-0.0356139;REVB=-0.00448936;RO=3;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0217002;OID=.;OPOS=94450061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:7:0:0:3:7:0:0:3 chr10 94594565 . G A 314.3 PASS AF=0.515625;AO=33;DP=65;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=7;FWDB=-0.0497066;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7042;QD=19.6436;RBI=0.0555271;REFB=0.00776317;REVB=0.0247491;RO=30;SAF=14;SAR=19;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287535;STB=0.664731;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00721836;OID=.;OPOS=94594565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:30:31:33:33:0.515625:19:14:23:7:19:14:24:7 chr10 94695617 . C T 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00245807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.598;QD=64.4134;RBI=0.0115233;REFB=0;REVB=-0.0112581;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.7788e-05;OID=.;OPOS=94695617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:19:31:0:0:19:31:0:0 chr10 94714427 . C G 567.21 PASS AF=0.454545;AO=60;DP=132;FAO=60;FDP=132;FR=.;FRO=72;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=48;FWDB=0.0163976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4391;QD=17.1883;RBI=0.0222406;REFB=-0.00582244;REVB=0.0150254;RO=72;SAF=36;SAR=24;SRF=24;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257253;STB=0.642811;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00656679;OID=.;OPOS=94714427;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:72:72:60:60:0.454545:24:36:24:48:24:36:24:48 chr10 95072906 . T C 961.41 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00576535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.719;QD=58.2672;RBI=0.0112172;REFB=0;REVB=0.00962223;RO=0;SAF=23;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121962;OID=.;OPOS=95072906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:42:23:0:0:42:24:0:0 chr10 95083039 . C T 484.36 PASS AF=0.472727;AO=52;DP=111;FAO=52;FDP=110;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=45;FSRF=18;FSRR=40;FWDB=0.00545488;FXX=0.0090082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.948;QD=17.613;RBI=0.0141714;REFB=-0.00354594;REVB=-0.0130795;RO=56;SAF=7;SAR=45;SRF=17;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261477;STB=0.654001;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00457077;OID=.;OPOS=95083039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:56:58:52:52:0.472727:45:7:17:39:45:7:18:40 chr10 95168634 . A G 357.27 PASS AF=0.380531;AO=43;DP=113;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=44;FSRR=26;FWDB=-0.0382187;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9814;QD=12.6467;RBI=0.039154;REFB=-0.00767633;REVB=-0.00850686;RO=69;SAF=20;SAR=23;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185784;STB=0.600281;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0186011;OID=.;OPOS=95168634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:69:70:43:43:0.380531:23:20:44:25:23:20:44:26 chr10 95216623 . A G 246.59 PASS AF=0.547619;AO=21;DP=44;FAO=23;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0141608;FXX=0.0454442;HRUN=6;LEN=1;MLLD=270.566;QD=23.485;RBI=0.0145057;REFB=-0.0268949;REVB=0.00314441;RO=11;SAF=14;SAR=7;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819794;STB=0.516115;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0106412;OID=.;OPOS=95216623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:42:11:19:21:23:0.547619:7:14:6:5:8:15:13:6 chr10 95237963 . A G 488.89 PASS AF=0.485981;AO=52;DP=107;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0321309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2183;QD=18.2763;RBI=0.0634563;REFB=-0.00171627;REVB=-0.0547202;RO=55;SAF=25;SAR=27;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0243714;STB=0.513508;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.00168534;OID=.;OPOS=95237963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:55:55:52:52:0.485981:27:25:25:30:27:25:25:30 chr10 95262981 . A G 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0719202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4586;QD=60.2274;RBI=0.0975423;REFB=0;REVB=0.0658937;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00235816;OID=.;OPOS=95262981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr10 95279506 . A T 801.3 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00147509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.95;QD=57.2356;RBI=0.0255542;REFB=0;REVB=0.0255116;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.95926e-05;OID=.;OPOS=95279506;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr10 95279653 . A G 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0041139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5981;QD=59.4317;RBI=0.010585;REFB=0;REVB=0.00975288;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.56813e-05;OID=.;OPOS=95279653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr10 95360449 . C T 32.81 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00512457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.932;QD=2.91669;RBI=0.00832232;REFB=-0.0153951;REVB=0.00655742;RO=39;SAF=2;SAR=4;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212266;STB=0.656191;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0694171;OID=.;OPOS=95360449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:39:39:6:6:0.133333:4:2:20:19:4:2:20:19 chr10 95381773 . T A 371.58 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=76;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.00807689;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.608;QD=19.8174;RBI=0.0308777;REFB=-0.0181665;REVB=-0.0298026;RO=38;SAF=21;SAR=17;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233716;STB=0.636734;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.019355;OID=.;OPOS=95381773;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:38:37:38:38:0.506667:17:21:11:27:17:21:10:27 chr10 95389041 . G A 150.5 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0177199;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.822;QD=11.1478;RBI=0.0182121;REFB=-0.00331045;REVB=-0.00420555;RO=35;SAF=6;SAR=13;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28632;STB=0.667805;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00529615;OID=.;OPOS=95389041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:13:6:20:15:13:6:20:15 chr10 95389083 . A G 149.78 PASS AF=0.358491;AO=18;DP=52;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00717628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.976;QD=11.3042;RBI=0.0104937;REFB=-0.0144829;REVB=-0.00765631;RO=34;SAF=4;SAR=14;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341931;STB=0.665043;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0241862;OID=.;OPOS=95389083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:34:34:18:19:0.358491:14:4:17:17:14:5:17:17 chr10 95395364 . C G 138.94 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00270188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.967;QD=19.8483;RBI=0.0247327;REFB=-0.00663407;REVB=-0.0245847;RO=13;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114631;STB=0.56513;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00570243;OID=.;OPOS=95395364;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:6:9:6:7:6:9:6:7 chr10 95433124 . A G 145.41 PASS AF=0.432432;AO=15;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00265375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.342;QD=15.7203;RBI=0.00760041;REFB=0.00191065;REVB=-0.00712206;RO=21;SAF=5;SAR=10;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525853;STB=0.503593;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.00267001;OID=.;OPOS=95433124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:21:21:15:16:0.432432:10:5:8:13:10:6:8:13 chr10 95454681 . G C 195.52 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0197808;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.32;QD=16.6396;RBI=0.0504594;REFB=-0.0151151;REVB=-0.0464205;RO=26;SAF=11;SAR=9;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162302;STB=0.602005;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0177408;OID=.;OPOS=95454681;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:26:27:20:20:0.425532:9:11:10:16:9:11:10:17 chr10 95458141 . A G 134.22 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.0100901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.964;QD=16.2693;RBI=0.0101674;REFB=-0.0223944;REVB=0.00125145;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346962;STB=0.697433;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0241051;OID=.;OPOS=95458141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:9:6:14:4:9:6:14:4 chr10 95459817 . C T 313.86 PASS AF=0.338983;AO=39;DP=117;FAO=40;FDP=118;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0234716;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1364;QD=10.6392;RBI=0.0605667;REFB=-0.0180994;REVB=-0.0558338;RO=77;SAF=18;SAR=21;SRF=35;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00808505;STB=0.500856;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0348027;OID=.;OPOS=95459817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:77:78:39:40:0.338983:21:18:35:42:22:18:35:43 chr10 95552653 . T C 614.13 PASS AF=0.913043;AO=42;DP=46;FAO=42;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0570192;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=75.299;QD=53.4029;RBI=0.0598705;REFB=-0.20379;REVB=0.0182562;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.543458;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00857927;OID=.;OPOS=95552653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:46:46:0:4:42:42:0.913043:21:21:0:0:21:21:0:4 chr10 95557114 . A AT 36.25 PASS AF=0.3125;AO=7;DP=34;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0588175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.4756;QD=4.53087;RBI=0.0688959;REFB=-0.0263222;REVB=0.0358768;RO=26;SAF=0;SAR=7;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.726948;STB=0.842945;STBP=0.021;TYPE=ins;VARB=0.0371133;OID=.;OPOS=95557115;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3125:7:34:10:32:22:1:9:11:11:36:26:0:7:14:12 chr10 95718600 . T C 316.45 PASS AF=0.486111;AO=33;DP=70;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.027176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.951;QD=17.5807;RBI=0.0530078;REFB=-0.0190451;REVB=0.0455114;RO=36;SAF=19;SAR=14;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713565;STB=0.543975;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.037045;OID=.;OPOS=95718600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:36:37:33:35:0.486111:14:19:18:18:15:20:18:19 chr10 95720490 . C T 374.23 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0124862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.408;QD=18.0353;RBI=0.0124951;REFB=-0.00610039;REVB=0.000473326;RO=44;SAF=22;SAR=17;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0612663;STB=0.534229;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00555508;OID=.;OPOS=95720490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:44:44:39:39:0.46988:17:22:22:22:17:22:22:22 chr10 95720501 . T C 427.35 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=-0.012747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.249;QD=16.9248;RBI=0.0183953;REFB=-0.00940403;REVB=0.0132628;RO=50;SAF=25;SAR=21;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408504;STB=0.508874;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00938233;OID=.;OPOS=95720501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:50:55:46:46:0.455446:21:25:25:25:21:25:29:26 chr10 95791613 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00553629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.443;QD=56.7062;RBI=0.0340327;REFB=0;REVB=0.0335794;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157746;OID=.;OPOS=95791613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr10 95791763 . G A 686.18 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00724396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.522;QD=62.3795;RBI=0.020925;REFB=0;REVB=0.0196312;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.28668e-05;OID=.;OPOS=95791763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:27:16:0:0:28:16:0:0 chr10 96104665 . T G 707.23 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0512574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.104;QD=53.3756;RBI=0.0793534;REFB=-0.150592;REVB=0.0605776;RO=1;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015962;STB=0.508471;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00230652;OID=.;OPOS=96104665;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:1:1:51:52:0.981132:29:22:0:1:29:23:0:1 chr10 96114835 . G A 414.46 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433073;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9047;QD=57.1667;RBI=0.0505239;REFB=0;REVB=-0.0260219;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000370059;OID=.;OPOS=96114835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:27:29:1:14:13:0:0:14:15:0:0 chr10 96163039 . C G 92.6 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0170702;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.912;QD=33.6714;RBI=0.0170702;REFB=0.110436;REVB=0;RO=1;SAF=10;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00598813;OID=.;OPOS=96163039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:0:10:1:0:0:10:1:0 chr10 96305729 . T C 754.95 PASS AF=0.949153;AO=54;DP=58;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00130823;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.351;QD=51.1832;RBI=0.0053676;REFB=-0.176329;REVB=0.00520573;RO=2;SAF=15;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184547;STB=0.504226;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00127548;OID=.;OPOS=96305729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:58:59:2:3:54:56:0.949153:39:15:1:1:41:15:1:2 chr10 96313960 . A C 1233.84 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00233589;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.608;QD=61.6922;RBI=0.0338426;REFB=0;REVB=0.0337619;RO=0;SAF=21;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000210108;OID=.;OPOS=96313960;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:59:21:0:0:59:21:0:0 chr10 96493058 . C T 972.75 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8483;QD=58.9549;RBI=0.0234579;REFB=0;REVB=0.014232;RO=0;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160712;OID=.;OPOS=96493058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:24:42:0:0:24:42:0:0 chr10 96541616 . G A 544.59 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00422305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.305;QD=58.8749;RBI=0.00424129;REFB=0;REVB=0.000392921;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000524434;OID=.;OPOS=96541616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:22:14:0:0:23:14:0:0 chr10 96602622 . C T 1434.25 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.808;QD=63.044;RBI=0.0355569;REFB=0;REVB=0.0302645;RO=0;SAF=57;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.33118e-05;OID=.;OPOS=96602622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:32:57:0:0:34:57:0:0 chr10 96827178 . T C 83.46 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00535464;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.307;QD=8.78528;RBI=0.0064615;REFB=-0.0152178;REVB=0.00361646;RO=27;SAF=7;SAR=4;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139846;STB=0.586047;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0449139;OID=.;OPOS=96827178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:39:38:27:27:11:11:0.289474:4:7:14:13:4:7:14:13 chr10 97071749 . C T 45.36 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00617726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.363;QD=8.24637;RBI=0.010175;REFB=-0.0109689;REVB=0.00808533;RO=15;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185114;STB=0.615062;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0197988;OID=.;OPOS=97071749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:3:4:6:9:3:4:6:9 chr10 97072008 . T C 489.87 PASS AF=0.971429;AO=35;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0123298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6804;QD=55.9853;RBI=0.0274402;REFB=0.0188702;REVB=0.0245141;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511105;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.000142321;OID=.;OPOS=97072008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:35:34:0.971429:23:12:0:0:22:12:0:1 chr10 97106165 . T C 619.54 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0101971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.0093;QD=59.0034;RBI=0.0418642;REFB=0.00160039;REVB=0.0406033;RO=0;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508193;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.000293218;OID=.;OPOS=97106165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:30:11:0:0:30:11:0:1 chr10 97127462 . C A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.152;QD=50.4135;RBI=0.0215127;REFB=0;REVB=-0.0155217;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.10276e-06;OID=.;OPOS=97127462;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr10 97141523 . G A 731.96 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118815;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.486;QD=63.649;RBI=0.0130262;REFB=0;REVB=-0.0053396;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180605;OID=.;OPOS=97141523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr10 97174164 . A G 289.73 PASS AF=0.604651;AO=25;DP=42;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00528794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.714;QD=26.9515;RBI=0.00634285;REFB=-0.0549927;REVB=-0.00350277;RO=16;SAF=20;SAR=5;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220894;STB=0.619063;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0358447;OID=.;OPOS=97174164;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:16:17:25:26:0.604651:5:20:9:7:5:21:10:7 chr10 97192324 . A G 2682.13 PASS AF=0.988636;AO=173;DP=176;FAO=174;FDP=176;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=102;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0011527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8494;QD=60.9574;RBI=0.00761812;REFB=-0.0187425;REVB=-0.00753041;RO=3;SAF=71;SAR=102;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196831;STB=0.506849;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.000158279;OID=.;OPOS=97192324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:176:176:3:2:173:174:0.988636:102:71:3:0:102:72:2:0 chr10 97447373 . A T 2050.57 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=134;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0194838;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.671;QD=61.6714;RBI=0.0535436;REFB=-0.0644722;REVB=0.0498729;RO=0;SAF=73;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.88567e-08;STB=0.504201;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000184058;OID=.;OPOS=97447373;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:133:0:1:132:132:0.992481:59:73:0:0:59:73:0:1 chr10 97698370 . C T 247.12 PASS AF=0.451613;AO=27;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.0445423;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.237;QD=15.9431;RBI=0.0458865;REFB=-0.00821464;REVB=-0.0110254;RO=35;SAF=11;SAR=16;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374231;STB=0.542827;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00963308;OID=.;OPOS=97698370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:34:27:28:0.451613:16:11:13:22:16:12:12:22 chr10 97817650 . G T 325.84 PASS AF=0.507463;AO=34;DP=69;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00199315;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.755;QD=19.4529;RBI=0.0190677;REFB=-0.022548;REVB=0.0189633;RO=31;SAF=16;SAR=18;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667685;STB=0.521955;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0204726;OID=.;OPOS=97817650;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:31:33:34:34:0.507463:18:16:17:14:18:16:17:16 chr10 97818692 . T C 218.43 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00513701;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=115.903;QD=31.2035;RBI=0.0407944;REFB=-0.00551619;REVB=-0.0404697;RO=8;SAF=12;SAR=8;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0135425;STB=0.507455;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.00724868;OID=.;OPOS=97818692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:8:8:20:20:0.714286:8:12:5:3:8:12:5:3 chr10 97918320 . A G 106.83 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00103641;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.213;QD=12.2091;RBI=0.00989092;REFB=-0.000843356;REVB=-0.00983647;RO=21;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984012;STB=0.573876;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00212618;OID=.;OPOS=97918320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:22:13:13:0.371429:5:8:11:10:5:8:11:11 chr10 97918915 . A C 155.49 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0140141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.309;QD=15.1699;RBI=0.0222659;REFB=-0.00930703;REVB=-0.0173025;RO=24;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124646;STB=0.507196;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0166823;OID=.;OPOS=97918915;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:8:9:13:11:8:9:13:11 chr10 97920062 . G A 327.54 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.00907064;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.532;QD=20.156;RBI=0.00907711;REFB=-0.00356639;REVB=-0.000342728;RO=31;SAF=17;SAR=17;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208906;STB=0.61532;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00273241;OID=.;OPOS=97920062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:31:31:34:34:0.523077:17:17:8:23:17:17:8:23 chr10 97920099 . T TC 847.57 PASS AF=1;AO=71;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0369597;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.5012;QD=45.2036;RBI=0.136465;REFB=0;REVB=0.131365;RO=3;SAF=25;SAR=46;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00157686;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00188298;OID=.;OPOS=97920100;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:71:75:75:75:0:26:49:0:0:16:3:25:46:1:2 chr10 97969621 . G A 349.81 PASS AF=0.468354;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.0440277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3454;QD=17.7121;RBI=0.0457196;REFB=-0.0187495;REVB=0.0123227;RO=40;SAF=26;SAR=11;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0570407;STB=0.536914;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0286816;OID=.;OPOS=97969621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:42:37:37:0.468354:11:26:26:14:11:26:27:15 chr10 97990583 . A G 214.03 PASS AF=0.488372;AO=16;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0285836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.707;QD=19.9098;RBI=0.0662469;REFB=-0.0427768;REVB=0.0597631;RO=22;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910968;STB=0.515137;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0406688;OID=.;OPOS=97990583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:16:21:0.488372:8:8:9:13:13:8:9:13 chr10 98064363 . G A 417.2 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0212519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.511;QD=17.2041;RBI=0.0251059;REFB=-0.0108387;REVB=-0.0133665;RO=52;SAF=16;SAR=27;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910101;STB=0.552646;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0083731;OID=.;OPOS=98064363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:52:54:43:43:0.443299:27:16:24:28:27:16:25:29 chr10 98078127 . C T 1035.91 PASS AF=0.986842;AO=71;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00999814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4617;QD=54.5216;RBI=0.0627575;REFB=-0.104005;REVB=0.061956;RO=4;SAF=53;SAR=18;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941766;STB=0.511108;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0167709;OID=.;OPOS=98078127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:76:76:4:1:71:75:0.986842:18:53:0:4:22:53:0:1 chr10 98078239 . A G 1053.8 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0317717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6232;QD=56.9623;RBI=0.0318157;REFB=-0.0359099;REVB=0.00167271;RO=1;SAF=37;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126112;STB=0.500376;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.00111759;OID=.;OPOS=98078239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:1:2:72:72:0.972973:35:37:1:0:35:37:1:1 chr10 98133483 . G A 342.05 PASS AF=0.425287;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=0.0114462;FXX=0.0113623;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.366;QD=15.7263;RBI=0.0213774;REFB=-0.00396868;REVB=0.0180549;RO=50;SAF=15;SAR=22;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137874;STB=0.577819;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00487955;OID=.;OPOS=98133483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:50:50:37:37:0.425287:22:15:27:23:22:15:27:23 chr10 98287261 . G C 289.51 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00724211;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=237.861;QD=46.3223;RBI=0.0286122;REFB=0.0249818;REVB=0.0276805;RO=2;SAF=10;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839258;STB=0.545415;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.000130301;OID=.;OPOS=98287261;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:13:10:2:0:13:10:2:0 chr10 98319495 . TAAA TA,T 223.04 PASS AF=0.961538,0;AO=6,5;DP=27;FAO=25,0;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=14,0;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.274102,-0.18277;FXX=0.103413;HRUN=8,8;LEN=2,3;MLLD=14.9107,13.6536;QD=34.3135;RBI=0.275135,0.183476;REFB=0.00437135,0.00355421;REVB=0.0238146,0.0160816;RO=0;SAF=2,3;SAR=4,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.521722,0.5;STBP=0.314,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00101647,-0.00778362;OID=.,.;OPOS=98319496,98319496;OREF=AA,AAA;OALT=-,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.961538,0:6,5:27:25,0:26:1:14,0:11,0:0:1:3:0:2,3:4,2:0:0 chr10 98380277 . C T 766.72 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0033;QD=56.7943;RBI=0.0616769;REFB=0;REVB=0.0061229;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00053043;OID=.;OPOS=98380277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:25:28:0:0:25:29:0:0 chr10 98386558 . G A 1136.67 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361587;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8051;QD=60.6223;RBI=0.0361729;REFB=0;REVB=-0.00101363;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000663979;OID=.;OPOS=98386558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chr10 98469693 . C T 716.02 PASS AF=0.547619;AO=68;DP=126;FAO=69;FDP=126;FR=.;FRO=57;FSAF=51;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.00514996;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.087;QD=22.7307;RBI=0.00863492;REFB=-0.0129597;REVB=-0.00693107;RO=57;SAF=50;SAR=18;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257308;STB=0.643199;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0194158;OID=.;OPOS=98469693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:57:57:68:69:0.547619:18:50:26:31:18:51:26:31 chr10 98741293 . A G 292.01 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00618007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.443;QD=21.6302;RBI=0.0094828;REFB=-0.0232084;REVB=0.00719238;RO=23;SAF=9;SAR=21;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818959;STB=0.538435;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0146568;OID=.;OPOS=98741293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:24:30:30:0.555556:21:9:9:14:21:9:9:15 chr10 98742021 . C T 169.09 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0140225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2857;QD=13.0066;RBI=0.0800415;REFB=0.0368402;REVB=0.0788037;RO=31;SAF=12;SAR=8;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0868637;STB=0.557322;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.0377016;OID=.;OPOS=98742021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:32:20:20:0.384615:8:12:21:10:8:12:22:10 chr10 98742605 . C T 283.64 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0198532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.221;QD=19.9047;RBI=0.0210927;REFB=-0.0105031;REVB=-0.00712416;RO=26;SAF=9;SAR=21;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181949;STB=0.594529;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00688386;OID=.;OPOS=98742605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:27:30:30:0.526316:21:9:13:13:21:9:13:14 chr10 98762051 . T G 256.3 PASS AF=0.531915;AO=23;DP=44;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.00109432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.146;QD=21.8123;RBI=0.0232039;REFB=-0.0286644;REVB=0.0231781;RO=21;SAF=3;SAR=20;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102152;STB=0.600591;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0301257;OID=.;OPOS=98762051;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:21:22:23:25:0.531915:20:3:4:17:22:3:5:17 chr10 98808866 . C G 523.8 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216332;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.295;QD=59.8632;RBI=0.0220064;REFB=0;REVB=0.00403564;RO=0;SAF=7;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34585e-05;OID=.;OPOS=98808866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:28:7:0:0:28:7:0:0 chr10 98819317 . A G 739.9 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211728;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.878;QD=56.9157;RBI=0.0216946;REFB=0;REVB=0.00472969;RO=0;SAF=15;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.10957e-05;OID=.;OPOS=98819317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:37:15:0:0:37:15:0:0 chr10 98901433 . C T 3760.47 PASS AF=0.98374;AO=239;DP=245;FAO=242;FDP=246;FR=.;FRO=4;FSAF=122;FSAR=120;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00054504;FXX=0.00404842;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2894;QD=61.1459;RBI=0.0113491;REFB=-0.0293937;REVB=0.0113361;RO=1;SAF=122;SAR=117;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00405621;STB=0.504132;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.000938219;OID=.;OPOS=98901433;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:245:246:1:4:239:242:0.98374:117:122:0:1:120:122:1:3 chr10 98901438 . T C 244.71 PASS AF=0.172691;AO=28;DP=251;FAO=43;FDP=249;FR=.,HEALED;FRO=206;FSAF=11;FSAR=32;FSRF=112;FSRR=94;FWDB=-0.0306215;FXX=0.00796781;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.934;QD=3.93117;RBI=0.0306215;REFB=-0.0179128;REVB=-2.54458e-05;RO=187;SAF=11;SAR=17;SRF=93;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132559;STB=0.73946;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0662554;OID=.;OPOS=98901438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:249:187:206:28:43:0.172691:17:11:93:94:32:11:112:94 chr10 98901463 . T C 98.14 PASS AF=0.100694;AO=29;DP=288;FAO=29;FDP=288;FR=.;FRO=259;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=121;FSRR=138;FWDB=-0.025771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9137;QD=1.36311;RBI=0.0363119;REFB=-0.0126129;REVB=-0.0255814;RO=257;SAF=22;SAR=7;SRF=120;SRR=137;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354167;STB=0.760975;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.077387;OID=.;OPOS=98901463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:288:288:257:259:29:29:0.100694:7:22:120:137:7:22:121:138 chr10 98901472 . C T 35.13 PASS AF=0.0604027;AO=18;DP=299;FAO=18;FDP=298;FR=.;FRO=280;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=133;FSRR=147;FWDB=-0.0653153;FXX=0.00666644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.682;QD=0.471573;RBI=0.0871613;REFB=-0.00323346;REVB=-0.0577149;RO=276;SAF=14;SAR=4;SRF=131;SRR=145;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316999;STB=0.782072;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.104178;OID=.;OPOS=98901472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:299:298:276:280:18:18:0.0604027:4:14:131:145:4:14:133:147 chr10 99006083 . G A 63.26 PASS AF=0.3;AO=10;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0560607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.733;QD=8.43466;RBI=0.0569229;REFB=0.00211171;REVB=0.00986981;RO=20;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165876;STB=0.545355;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.00662724;OID=.;OPOS=99006083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:20:21:10:9:0.3:5:5:7:13:5:4:8:13 chr10 99019177 . A G 1549.2 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.394;QD=63.8845;RBI=0.0294017;REFB=0;REVB=0.025628;RO=0;SAF=41;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42634e-05;OID=.;OPOS=99019177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:96:97:1:55:41:0:0:55:42:0:0 chr10 99080246 . CT C 528.92 PASS AF=1;AO=49;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0094496;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.0434;QD=37.7801;RBI=0.037994;REFB=0;REVB=0.0368002;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0017043;OID=.;OPOS=99080247;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:57:56:56:0:34:22:0:0:11:0:31:18:0:0 chr10 99080871 . G T 37.16 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0437796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7258;QD=8.25714;RBI=0.0453347;REFB=0.0271688;REVB=0.011772;RO=11;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730921;STB=0.565012;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.0543357;OID=.;OPOS=99080871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:11:12:6:6:0.333333:4:2:3:8:4:2:3:9 chr10 99080981 . G T 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0485068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4583;QD=21.8408;RBI=0.132009;REFB=0.0416812;REVB=-0.122774;RO=2;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772509;STB=0.545299;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.0258023;OID=.;OPOS=99080981;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:2:4:1:1:2:4:1:1 chr10 99081531 . G GA 35.61 PASS AF=0.4;AO=5;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0393739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=25.7092;QD=9.49514;RBI=0.0505049;REFB=0.0273187;REVB=0.0316298;RO=10;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253419;STB=0.713469;STBP=0.251;TYPE=ins;VARB=-0.0178535;OID=.;OPOS=99081532;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:5:15:6:15:9:1:5:4:5:35:10:1:4:4:6 chr10 99116903 . C T 109.94 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0103994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.962;QD=14.6581;RBI=0.0143981;REFB=-0.00480942;REVB=0.0099578;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226252;STB=0.632221;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.015506;OID=.;OPOS=99116903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:9:4:9:8:9:4:9:8 chr10 99118382 . T C 231.07 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0214427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.038;QD=16.5047;RBI=0.0325507;REFB=-0.0236955;REVB=-0.02449;RO=30;SAF=16;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481806;STB=0.5272;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0204968;OID=.;OPOS=99118382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:10:16:17:13:10:16:17:13 chr10 99126249 . G A 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0143723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.481;QD=14.8338;RBI=0.0339855;REFB=-0.0267758;REVB=0.0307969;RO=30;SAF=16;SAR=6;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217009;STB=0.62488;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0278019;OID=.;OPOS=99126249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:6:16:16:14:6:16:16:14 chr10 99129230 . T C 136.87 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00839169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.712;QD=18.2486;RBI=0.0204251;REFB=-0.0122756;REVB=0.0186216;RO=14;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119455;STB=0.538412;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0153169;OID=.;OPOS=99129230;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:15:15:15:0.5:5:10:11:3:5:10:11:4 chr10 99139140 . G A 162.19 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0280375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0535;QD=12.0138;RBI=0.0445898;REFB=-0.0175118;REVB=0.034672;RO=34;SAF=7;SAR=13;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104228;STB=0.560722;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0432986;OID=.;OPOS=99139140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:34:34:20:20:0.37037:13:7:15:19:13:7:15:19 chr10 99141205 . AG GA,GG 197.57 PASS AF=0,0.416667;AO=2,19;DP=50;FAO=0,20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=0,13;FSAR=0,7;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0182294,-0.00942785;FXX=0.039992;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=118.575,161.778;QD=16.4643;RBI=0.0182892,0.0121723;REFB=-0.0225912,-0.020079;REVB=-0.00147894,-0.00769932;RO=27;SAF=2,12;SAR=0,7;SRF=9;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.5571,0.298318;STB=0.5,0.686811;STBP=1,0.032;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0275787;OID=.,.;OPOS=99141205,99141205;OREF=AG,A;OALT=GA,G;OMAPALT=GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:50:48:27:28:2,19:0,20:0,0.416667:0,7:2,12:9:18:0,7:0,13:9:19 chr10 99141484 . C T 133.35 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0105716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9213;QD=12.4045;RBI=0.0163213;REFB=-0.0201926;REVB=0.0124349;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0815884;STB=0.53484;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0362485;OID=.;OPOS=99141484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:27:16:16:0.372093:8:8:11:15:8:8:12:15 chr10 99155984 . G A 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0038134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.509;QD=15.1664;RBI=0.0515937;REFB=-0.0273876;REVB=-0.0514526;RO=19;SAF=11;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317787;STB=0.673227;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0213115;OID=.;OPOS=99155984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:20:15:15:0.428571:4:11:8:11:4:11:9:11 chr10 99160152 . A G 266.31 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00879156;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.368;QD=18.0548;RBI=0.0228662;REFB=-0.00976653;REVB=-0.0211085;RO=28;SAF=12;SAR=17;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139034;STB=0.561278;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0138604;OID=.;OPOS=99160152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:28:30:29:29:0.491525:17:12:16:12:17:12:16:14 chr10 99160965 . A G 696.66 PASS AF=0.913793;AO=53;DP=58;FAO=53;FDP=58;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0180366;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.5;QD=48.0455;RBI=0.0315401;REFB=-0.0278277;REVB=-0.0258738;RO=5;SAF=28;SAR=25;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116549;STB=0.506203;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0216861;OID=.;OPOS=99160965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:58:58:5:5:53:53:0.913793:25:28:3:2:25:28:3:2 chr10 99179206 . C T 121.65 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0437349;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.474;QD=10.8129;RBI=0.0459157;REFB=-0.0207297;REVB=-0.0139827;RO=29;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561997;STB=0.522225;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.0321896;OID=.;OPOS=99179206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:30:15:15:0.333333:8:7:15:14:8:7:15:15 chr10 99205686 . A G 202.59 PASS AF=0.45098;AO=20;DP=48;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0152432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.146;QD=15.8893;RBI=0.0176739;REFB=-0.0199011;REVB=0.00894497;RO=27;SAF=6;SAR=14;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080528;STB=0.554864;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.0247781;OID=.;OPOS=99205686;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:51:27:28:20:23:0.45098:14:6:10:17:16:7:11:17 chr10 99205731 . A G 273.28 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0722956;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3512;QD=23.7638;RBI=0.0724037;REFB=-9.36622e-05;REVB=0.00395494;RO=22;SAF=9;SAR=16;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081648;STB=0.537543;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0012331;OID=.;OPOS=99205731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:22:21:25:25:0.543478:16:9:6:16:16:9:6:15 chr10 99219885 . G A 217.86 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00995016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.942;QD=16.7581;RBI=0.0306872;REFB=-0.016489;REVB=-0.0290293;RO=27;SAF=8;SAR=16;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214701;STB=0.631467;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0213316;OID=.;OPOS=99219885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:28:24:24:0.461538:16:8:15:12:16:8:16:12 chr10 99220707 . C T 77.13 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0718701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5266;QD=13.4141;RBI=0.0721812;REFB=-0.0276598;REVB=-0.00669496;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370123;STB=0.717521;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0287994;OID=.;OPOS=99220707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:7:3:9:4:7:3:9:4 chr10 99240048 . C T 162.46 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0116008;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.025;QD=12.9971;RBI=0.012255;REFB=-0.0105258;REVB=0.00395074;RO=31;SAF=11;SAR=7;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343717;STB=0.511615;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0205285;OID=.;OPOS=99240048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:32:18:18:0.36:7:11:18:13:7:11:19:13 chr10 99240758 . G C 1877.01 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.91;QD=61.5413;RBI=0.033917;REFB=0;REVB=0.0180707;RO=0;SAF=68;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.82975e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.35812e-05;OID=.;OPOS=99240758;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:121:122:1:53:68:0:0:53:69:0:0 chr10 99337572 . G A 374.12 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=0.014322;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7373;QD=20.4995;RBI=0.0290476;REFB=-0.0195389;REVB=0.0252714;RO=35;SAF=16;SAR=22;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273111;STB=0.650628;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0216989;OID=.;OPOS=99337572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:35:35:38:38:0.520548:22:16:26:9:22:16:26:9 chr10 99350017 . G C 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0403269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.704;QD=6.92902;RBI=0.0422048;REFB=-0.0138533;REVB=-0.0124492;RO=14;SAF=1;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.571422;STB=0.868463;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0481393;OID=.;OPOS=99350017;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:14:15:6:6:0.285714:5:1:10:4:5:1:11:4 chr10 99350128 . A G 282.28 PASS AF=0.52;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0206841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.181;QD=22.5823;RBI=0.0232823;REFB=-0.00969;REVB=-0.0106881;RO=23;SAF=7;SAR=19;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336606;STB=0.680637;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.013843;OID=.;OPOS=99350128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:23:24:26:26:0.52:19:7:15:8:19:7:15:9 chr10 99358901 . G A 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0117631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6281;QD=19.8494;RBI=0.0129224;REFB=-0.0336945;REVB=-0.00534957;RO=13;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677684;STB=0.538411;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0324582;OID=.;OPOS=99358901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:8:7:5:8:8:7:5:8 chr10 99371344 . C A 627.91 PASS AF=0.516393;AO=63;DP=122;FAO=63;FDP=122;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.00992292;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.388;QD=20.5871;RBI=0.0132651;REFB=-0.0171745;REVB=0.00880331;RO=58;SAF=26;SAR=37;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136708;STB=0.571294;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0167656;OID=.;OPOS=99371344;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:58:59:63:63:0.516393:37:26:33:25:37:26:33:26 chr10 99376092 . T C 274.38 PASS AF=0.336538;AO=35;DP=103;FAO=35;FDP=104;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=-0.0915134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.45;QD=10.553;RBI=0.0924068;REFB=-0.000633987;REVB=0.0128185;RO=66;SAF=15;SAR=20;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198964;STB=0.61782;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=-0.000386553;OID=.;OPOS=99376092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:66:69:35:35:0.336538:20:15:40:26:20:15:42:27 chr10 99376152 . A G 212.1 PASS AF=0.329412;AO=24;DP=81;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=-0.00534694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.472;QD=9.98098;RBI=0.0175035;REFB=-0.0114987;REVB=-0.0166668;RO=54;SAF=10;SAR=14;SRF=35;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266488;STB=0.679678;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0290526;OID=.;OPOS=99376152;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:85:54:57:24:28:0.329412:14:10:35:19:18:10:36:21 chr10 99393234 . G A 448.31 PASS AF=0.434783;AO=50;DP=115;FAO=50;FDP=115;FR=.;FRO=65;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=0.00124122;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.194;QD=15.5935;RBI=0.00125711;REFB=-0.0127793;REVB=0.000199251;RO=65;SAF=32;SAR=18;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100667;STB=0.505641;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0180441;OID=.;OPOS=99393234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:65:65:50:50:0.434783:18:32:41:24:18:32:41:24 chr10 99410790 . T C 206.33 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=13;FWDB=-0.0287599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1755;QD=13.1002;RBI=0.0288009;REFB=-0.0223684;REVB=-0.00153677;RO=37;SAF=7;SAR=18;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384332;STB=0.726176;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0431929;OID=.;OPOS=99410790;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:38:25:25:0.396825:18:7:24:13:18:7:25:13 chr10 99422648 . A G,T 525.63 PASS AF=0.85,0.1;AO=33,3;DP=39;FAO=34,4;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=25,3;FSAR=9,1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0556976,0.00384982;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=60.8094,183.747;QD=52.5629;RBI=0.0987872,0.00695308;REFB=-0.129054,-0.208501;REVB=0.0815885,-0.00579001;RO=0;SAF=25,2;SAR=8,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.51922,0.624469;STBP=0.509,0.679;TYPE=snp,snp;VARB=0.00122826,0.189618;OID=.,.;OPOS=99422648,99422648;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:39:40:0:2:33,3:34,4:0.85,0.1:8,1:25,2:0:0:9,1:25,3:2:0 chr10 99434760 . C T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00435021;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.827;QD=14.3338;RBI=0.0388802;REFB=-0.00563945;REVB=0.0386361;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15627;STB=0.592381;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00971595;OID=.;OPOS=99434760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:6:3:5:5:6:3:5:5 chr10 99435006 . G T 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0401552;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.639;QD=8.8108;RBI=0.056667;REFB=-0.013334;REVB=-0.0399839;RO=11;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22268;STB=0.639526;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0496777;OID=.;OPOS=99435006;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:2:4:5:6:2:4:5:6 chr10 99439541 . G C 817.65 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0919554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.5099;QD=57.3789;RBI=0.102749;REFB=0;REVB=0.0458439;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000539383;OID=.;OPOS=99439541;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:33:24:0:0:33:24:0:0 chr10 99969568 . A G 207.61 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00670822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.759;QD=13.3941;RBI=0.0373229;REFB=-0.0114866;REVB=0.0367151;RO=37;SAF=10;SAR=15;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174696;STB=0.59992;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0283341;OID=.;OPOS=99969568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:15:10:21:16:15:10:21:16 chr10 99991408 . A G 1158.68 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=79;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0387204;FXX=0.0370325;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.383;QD=59.4195;RBI=0.0408939;REFB=0.0735453;REVB=0.0131545;RO=0;SAF=32;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.000551775;OID=.;OPOS=99991408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:78:0:1:76:77:0.987179:44:32:0:0:45:32:1:0 chr10 100017453 . T G 116.69 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0422141;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3551;QD=18.6703;RBI=0.0527193;REFB=-0.0139784;REVB=-0.03158;RO=11;SAF=11;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400481;STB=0.755275;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0124738;OID=.;OPOS=100017453;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:25:25:11:12:13:13:0.52:2:11:5:6:2:11:5:7 chr10 100018844 . G A 593.72 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0147996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4544;QD=60.8938;RBI=0.0554681;REFB=0;REVB=0.0534572;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451771;OID=.;OPOS=100018844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr10 100144782 . C T 168.46 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0266393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.378;QD=16.0433;RBI=0.0372432;REFB=-0.00907583;REVB=-0.0260269;RO=23;SAF=11;SAR=7;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253998;STB=0.655273;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0269909;OID=.;OPOS=100144782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:24:18:18:0.428571:7:11:8:15:7:11:8:16 chr10 100147060 . A G 150.66 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=33;FWDB=-0.00760754;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.183;QD=9.72004;RBI=0.0428213;REFB=-0.00590438;REVB=-0.0421401;RO=39;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246256;STB=0.638177;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00938782;OID=.;OPOS=100147060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:39:42:20:20:0.322581:12:8:8:31:12:8:9:33 chr10 100148176 . A G 78.63 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0455687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9786;QD=14.9773;RBI=0.0759242;REFB=0.00466269;REVB=0.0607288;RO=11;SAF=1;SAR=9;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.623631;STB=0.870147;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.00667719;OID=.;OPOS=100148176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:9:1:8:3:9:1:8:3 chr10 100167396 . G A 283.09 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=0.0194156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.479;QD=23.109;RBI=0.0433387;REFB=-0.0201563;REVB=0.0387463;RO=23;SAF=9;SAR=17;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170878;STB=0.594429;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0125253;OID=.;OPOS=100167396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:26:26:0.530612:17:9:4:19:17:9:4:19 chr10 100184062 . CC AG 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0260983;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=171.665;QD=20.0176;RBI=0.026169;REFB=-0.00487928;REVB=0.00192242;RO=17;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723083;STB=0.540938;STBP=0.658;TYPE=mnp;VARB=0.00577724;OID=.;OPOS=100184062;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:7:11:9:8:7:11:9:8 chr10 100190920 . G A 168.75 PASS AF=0.375;AO=20;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.00246787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1877;QD=12.0534;RBI=0.0423334;REFB=-0.0176068;REVB=0.0422614;RO=35;SAF=12;SAR=8;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126087;STB=0.553795;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0570743;OID=.;OPOS=100190920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:20:21:0.375:8:12:17:18:9:12:17:18 chr10 100195130 . G A 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.00486362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.056;QD=25.2766;RBI=0.0126166;REFB=-0.0244349;REVB=-0.0116414;RO=12;SAF=10;SAR=9;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190875;STB=0.605953;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.018191;OID=.;OPOS=100195130;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:9:10:3:9:9:10:3:9 chr10 101090428 . T G 820.38 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0711503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2778;QD=53.7956;RBI=0.0733124;REFB=-0.0498824;REVB=-0.0176733;RO=1;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219355;STB=0.505134;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0105042;OID=.;OPOS=101090428;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:1:2:59:59:0.967213:21:38:0:1:21:38:1:1 chr10 101124797 . C T 336.65 PASS AF=0.406593;AO=36;DP=91;FAO=37;FDP=91;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=0.0596276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.416;QD=14.7979;RBI=0.0598388;REFB=-0.00714238;REVB=-0.00502309;RO=54;SAF=13;SAR=23;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321581;STB=0.500326;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0123846;OID=.;OPOS=101124797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:54:36:37:0.406593:23:13:18:36:24:13:19:35 chr10 101293035 . C A 289.97 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0133488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2714;QD=25.7748;RBI=0.0139552;REFB=-0.0232975;REVB=0.00406898;RO=19;SAF=6;SAR=20;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180499;STB=0.600775;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0128497;OID=.;OPOS=101293035;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:20:6:8:11:20:6:8:11 chr10 101295863 . A G 123.38 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0133978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.592;QD=16.4507;RBI=0.0147551;REFB=-0.0243751;REVB=-0.00618162;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239999;STB=0.63619;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0159312;OID=.;OPOS=101295863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:6:8:13:3:6:8:13:3 chr10 101473218 . A G 152.17 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00159748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6314;QD=20.9895;RBI=0.0949332;REFB=-0.0334424;REVB=-0.0949197;RO=13;SAF=4;SAR=12;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314716;STB=0.679007;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0222361;OID=.;OPOS=101473218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:12:4:8:5:12:4:8:5 chr10 101542578 . C T 146.36 PASS AF=0.457143;AO=15;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0218421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.284;QD=16.7269;RBI=0.0361985;REFB=3.77579e-06;REVB=-0.0288662;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123511;STB=0.548326;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.000323206;OID=.;OPOS=101542578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:15:16:0.457143:9:6:10:9:9:7:10:9 chr10 101544447 . A T 1717.76 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312388;FXX=0.00861995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.093;QD=59.7482;RBI=0.0317269;REFB=-0.080642;REVB=0.00554373;RO=1;SAF=62;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00759727;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44264e-05;OID=.;OPOS=101544447;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:115:115:1:0:113:115:1:51:62:1:0:50:65:0:0 chr10 101604207 . C T 250.36 PASS AF=0.42029;AO=29;DP=69;FAO=29;FDP=69;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0171267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.488;QD=14.5135;RBI=0.0267146;REFB=-0.00109221;REVB=-0.0205024;RO=40;SAF=15;SAR=14;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19593;STB=0.610652;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00313124;OID=.;OPOS=101604207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:40:40:29:29:0.42029:14:15:13:27:14:15:13:27 chr10 101639796 . G A 359.27 PASS AF=0.403846;AO=42;DP=104;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=0.0122806;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.914;QD=13.8181;RBI=0.0148445;REFB=-0.0280681;REVB=0.00833954;RO=62;SAF=15;SAR=27;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121558;STB=0.568932;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0361855;OID=.;OPOS=101639796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:62:62:42:42:0.403846:27:15:29:33:27:15:29:33 chr10 101639877 . A C 473.28 PASS AF=0.516854;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=89;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00336809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.663;QD=21.2712;RBI=0.0182189;REFB=-0.00921888;REVB=0.0179048;RO=42;SAF=25;SAR=21;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787251;STB=0.549027;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00901396;OID=.;OPOS=101639877;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:42:43:46:46:0.516854:21:25:19:23:21:25:19:24 chr10 101645498 . T C 170.15 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0602024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.734;QD=17.0154;RBI=0.0608742;REFB=-0.000211574;REVB=0.00901877;RO=22;SAF=12;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124324;STB=0.571347;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.000828015;OID=.;OPOS=101645498;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:6:12:12:10:6:12:12:10 chr10 101657880 . G A 93.56 PASS AF=0.266667;AO=11;DP=43;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0182267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3931;QD=8.31677;RBI=0.0334436;REFB=-0.0161883;REVB=0.0280403;RO=31;SAF=8;SAR=3;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709828;STB=0.54921;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0328706;OID=.;OPOS=101657880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:43:45:31:33:11:12:0.266667:3:8:21:10:3:9:23:10 chr10 101689378 . G C 258.08 PASS AF=0.545455;AO=23;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0112314;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.569;QD=23.4615;RBI=0.0375733;REFB=-0.0114062;REVB=-0.0358553;RO=20;SAF=14;SAR=9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363841;STB=0.512185;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.00734531;OID=.;OPOS=101689378;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:20:23:24:0.545455:9:14:13:7:9:15:13:7 chr10 101716484 . G A 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00727777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.565;QD=18.7441;RBI=0.0898924;REFB=-0.0261202;REVB=0.0895973;RO=4;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275654;STB=0.516083;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0222375;OID=.;OPOS=101716484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:2:5:3:1:2:5:3:1 chr10 101823396 . C T 153.46 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=-0.0154156;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.524;QD=8.89636;RBI=0.0159292;REFB=-0.00592625;REVB=0.00401225;RO=48;SAF=11;SAR=10;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209968;STB=0.512454;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0138433;OID=.;OPOS=101823396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:48:21:21:0.304348:10:11:26:22:10:11:26:22 chr10 101937969 . A G 135.45 PASS AF=0.857143;AO=10;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0266369;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=238.134;QD=38.6991;RBI=0.027432;REFB=0.0180753;REVB=0.00655668;RO=1;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596689;STB=0.526273;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.00116065;OID=.;OPOS=101937969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:14:14:1:1:10:12:0.857143:7:3:0:1:9:3:0:1 chr10 101977883 . C T 753.96 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00260856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.32;QD=56.9026;RBI=0.00614138;REFB=0;REVB=0.00555985;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71486e-05;OID=.;OPOS=101977883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:27:25:0:0:28:25:0:0 chr10 102006625 . G A 419.44 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0061254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.509;QD=17.6606;RBI=0.0109408;REFB=-0.0030684;REVB=-0.0090653;RO=52;SAF=31;SAR=12;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288684;STB=0.662245;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0040475;OID=.;OPOS=102006625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:52:52:43:43:0.452632:12:31:23:29:12:31:23:29 chr10 102006681 . C T 308.51 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.00994547;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.512;QD=18.1479;RBI=0.0379363;REFB=-0.0105594;REVB=-0.0366095;RO=34;SAF=12;SAR=21;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180803;STB=0.608629;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0132658;OID=.;OPOS=102006681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:34:35:33:33:0.485294:21:12:19:15:21:12:20:15 chr10 102016044 . C T 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=0.0100111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.572;QD=13.5054;RBI=0.0118319;REFB=-0.00312021;REVB=-0.0063065;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394367;STB=0.726451;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00874707;OID=.;OPOS=102016044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:7:5:14:3:7:5:14:3 chr10 102046380 . T G 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=16;FWDB=0.00516894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4672;QD=7.4648;RBI=0.0425578;REFB=-0.0100762;REVB=-0.0422427;RO=17;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244991;STB=0.646739;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0198683;OID=.;OPOS=102046380;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:6:1:1:16:6:1:1:16 chr10 102048208 . G T 373.42 PASS AF=0.412371;AO=40;DP=97;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.0226117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.143;QD=15.3987;RBI=0.0236444;REFB=-0.0163297;REVB=0.00691159;RO=55;SAF=14;SAR=26;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131864;STB=0.565799;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0141754;OID=.;OPOS=102048208;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:57:40:40:0.412371:26:14:26:29:26:14:26:31 chr10 102050242 . C A 305.36 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0129048;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0224;QD=25.9879;RBI=0.0131957;REFB=0.0383081;REVB=-0.00275567;RO=20;SAF=3;SAR=24;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705423;STB=0.539295;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=-0.0263938;OID=.;OPOS=102050242;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:20:20:27:27:0.574468:24:3:3:17:24:3:3:17 chr10 102056745 . C T 249.72 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00970018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.407;QD=18.4976;RBI=0.0150196;REFB=-0.0285809;REVB=0.0114672;RO=27;SAF=19;SAR=8;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147148;STB=0.582758;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.026329;OID=.;OPOS=102056745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:8:19:15:12:8:19:15:12 chr10 102107251 . C G 402.56 PASS AF=0.401709;AO=47;DP=117;FAO=47;FDP=117;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=49;FWDB=-0.0233668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1525;QD=13.7626;RBI=0.0739667;REFB=-0.0102081;REVB=0.0701788;RO=69;SAF=26;SAR=21;SRF=20;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273376;STB=0.64832;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0160876;OID=.;OPOS=102107251;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:69:70:47:47:0.401709:21:26:20:49:21:26:21:49 chr10 102116311 . A C 464.43 PASS AF=0.47;AO=46;DP=99;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0016356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.809;QD=18.577;RBI=0.024312;REFB=-0.0110426;REVB=-0.0242569;RO=52;SAF=26;SAR=20;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152956;STB=0.572851;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0142248;OID=.;OPOS=102116311;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:52:53:46:47:0.47:20:26:21:31:21:26:22:31 chr10 102295836 . C G 275.02 PASS AF=0.373626;AO=33;DP=89;FAO=34;FDP=91;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.0547861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.404;QD=12.0886;RBI=0.0717424;REFB=-0.0269285;REVB=-0.0463191;RO=56;SAF=8;SAR=25;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410629;STB=0.713209;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0333175;OID=.;OPOS=102295836;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:56:57:33:34:0.373626:25:8:34:22:25:9:34:23 chr10 102672919 . CCG C 80.12 PASS AF=0.52381;AO=8;DP=23;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.137241;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=26.5352;QD=15.2611;RBI=0.157659;REFB=-0.0487297;REVB=0.0775966;RO=14;SAF=8;SAR=0;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.734908;STB=0.701294;STBP=0.172;TYPE=del;VARB=0.0726477;OID=.;OPOS=102672920;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52381:8:23:11:21:10:10:1:7:3:63:14:8:0:10:4 chr10 102685848 . CTTTTTTA CTTTTT,CTTTTTA,CTTTTTAA 31.97 PASS AF=0.136986,0,0;AO=12,10,10;DP=90;FAO=10,0,0;FDP=73;FR=.;FRO=63;FSAF=3,0,0;FSAR=7,0,0;FSRF=39;FSRR=24;FWDB=-0.217385,-0.26779,-0.0797178;FXX=0.0266631;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=19.2012,10.0032,17.4265;QD=1.752;RBI=0.23358,0.270104,0.145189;REFB=-0.0487526,-0.0465772,0.000725365;REVB=-0.0854588,0.0352813,0.121346;RO=42;SAF=5,8,10;SAR=7,2,0;SRF=20;SRR=22;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0736415,0.412458,0.732671;STB=0.759212,0.5,0.5;STBP=0.089,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.185703,0,0;OID=.,.,.;OPOS=102685854,102685849,102685854;OREF=TA,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=CTTTTT,CTTTTTA,CTTTTTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.136986,0,0:12,10,10:90:10,0,0:73:63:3,0,0:7,0,0:39:24:32:42:5,8,10:7,2,0:20:22 chr10 102734778 . C G 216.1 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00495128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.898;QD=15.1648;RBI=0.0443716;REFB=0.00804526;REVB=-0.0440944;RO=30;SAF=17;SAR=8;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118934;STB=0.589669;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.00815549;OID=.;OPOS=102734778;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:30:32:25:25:0.438596:8:17:17:13:8:17:17:15 chr10 102745062 . G T 534.05 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=108;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.0125712;FXX=0.0092584;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.8637;QD=19.9646;RBI=0.0577302;REFB=0.0129854;REVB=-0.0563449;RO=51;SAF=31;SAR=24;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394675;STB=0.525721;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.00649031;OID=.;OPOS=102745062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:51:52:55:55:0.514019:24:31:31:20:24:31:32:20 chr10 102746503 . C T 92.22 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0148039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.461;QD=18.4438;RBI=0.0241074;REFB=0.000680409;REVB=-0.0190266;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789468;STB=0.545372;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=-0.00110408;OID=.;OPOS=102746503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:6:5:5:4:6:5:5:4 chr10 102750623 . T C 292.41 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00970253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.7366;QD=14.6205;RBI=0.00981126;REFB=-0.00422411;REVB=-0.00145664;RO=46;SAF=17;SAR=16;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601961;STB=0.540067;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00677615;OID=.;OPOS=102750623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:47:33:33:0.4125:16:17:21:25:16:17:21:26 chr10 102750783 . C A 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0343214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.422;QD=18.8865;RBI=0.0431331;REFB=-0.0246242;REVB=0.0261248;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258785;STB=0.651766;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0258695;OID=.;OPOS=102750783;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:3:2:6:2:3:2 chr10 102766574 . A G 268.75 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0333294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.863;QD=22.396;RBI=0.0460718;REFB=-0.0118027;REVB=-0.0318083;RO=23;SAF=12;SAR=13;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229346;STB=0.627224;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.024617;OID=.;OPOS=102766574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:13:12:5:18:13:12:5:18 chr10 102770082 . T G 592.31 PASS AF=0.395604;AO=62;DP=173;FAO=72;FDP=182;FR=.;FRO=110;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=65;FSRR=45;FWDB=0.00218393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.635;QD=13.0178;RBI=0.0483242;REFB=-0.0358562;REVB=0.0482748;RO=110;SAF=25;SAR=37;SRF=65;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209113;STB=0.587855;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0516069;OID=.;OPOS=102770082;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:182:110:110:62:72:0.395604:37:25:65:45:40:32:65:45 chr10 102770327 . A G 62.24 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0738939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.971;QD=8.03093;RBI=0.158265;REFB=-0.0157889;REVB=-0.139955;RO=22;SAF=3;SAR=6;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337792;STB=0.707889;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0365642;OID=.;OPOS=102770327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:6:3:14:8:6:3:14:8 chr10 102798962 . C A 458.97 PASS AF=0.511364;AO=45;DP=88;FAO=45;FDP=88;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00721;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.438;QD=20.8621;RBI=0.0120886;REFB=-0.015635;REVB=-0.00970305;RO=43;SAF=22;SAR=23;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622175;STB=0.534398;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0111036;OID=.;OPOS=102798962;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:43:43:45:45:0.511364:23:22:18:25:23:22:18:25 chr10 102824349 . G C 232.88 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.044129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2983;QD=16.9364;RBI=0.0545423;REFB=-0.0312142;REVB=0.0320545;RO=29;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240421;STB=0.513542;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.048429;OID=.;OPOS=102824349;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:11:15:16:13:11:15:16:13 chr10 103124606 . A G 6262.58 PASS AF=0.922581;AO=428;DP=466;FAO=429;FDP=465;FR=.;FRO=36;FSAF=115;FSAR=314;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0142826;FXX=0.00214588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.236;QD=53.8716;RBI=0.0147425;REFB=-0.0138083;REVB=-0.00365359;RO=36;SAF=114;SAR=314;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381175;STB=0.519769;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00022665;OID=.;OPOS=103124606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:466:465:36:36:428:429:0.922581:314:114:17:19:314:115:17:19 chr10 103124647 . A G 6538.86 PASS AF=0.904762;AO=456;DP=505;FAO=456;FDP=504;FR=.;FRO=48;FSAF=128;FSAR=328;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0154182;FXX=0.00198016;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6289;QD=51.8957;RBI=0.0154864;REFB=-0.030215;REVB=-0.00145194;RO=48;SAF=128;SAR=328;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0435568;STB=0.522932;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00311559;OID=.;OPOS=103124647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:505:504:48:48:456:456:0.904762:328:128:23:25:328:128:23:25 chr10 103124696 . T C 5185.5 PASS AF=0.893204;AO=351;DP=397;FAO=368;FDP=412;FR=.;FRO=44;FSAF=114;FSAR=254;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0315025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.323;QD=50.3446;RBI=0.0315262;REFB=-0.00886647;REVB=0.00122346;RO=44;SAF=111;SAR=240;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224947;STB=0.509493;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00079159;OID=.;OPOS=103124696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:397:412:44:44:351:368:0.893204:240:111:18:26:254:114:17:27 chr10 103124715 . A G 4009.7 PASS AF=0.892744;AO=268;DP=303;FAO=283;FDP=317;FR=.;FRO=34;FSAF=98;FSAR=185;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0598061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.198;QD=50.5956;RBI=0.0598146;REFB=-0.0693845;REVB=-0.00100391;RO=33;SAF=84;SAR=184;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264856;STB=0.511161;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00405098;OID=.;OPOS=103124715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:303:317:33:34:268:283:0.892744:184:84:14:19:185:98:15:19 chr10 103124726 . A G 3103.79 PASS AF=0.875486;AO=221;DP=255;FAO=225;FDP=257;FR=.;FRO=32;FSAF=83;FSAR=142;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0600639;FXX=0.011538;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.899;QD=48.3081;RBI=0.0612587;REFB=-0.04161;REVB=0.0120401;RO=32;SAF=79;SAR=142;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207362;STB=0.509129;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00285742;OID=.;OPOS=103124726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:257:32:32:221:225:0.875486:142:79:14:18:142:83:14:18 chr10 103124736 . C T 2102.21 PASS AF=0.832461;AO=148;DP=179;FAO=159;FDP=191;FR=.;FRO=32;FSAF=62;FSAR=97;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.00101014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7055;QD=44.0253;RBI=0.00986892;REFB=-0.022423;REVB=0.00981708;RO=30;SAF=62;SAR=86;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00470266;STB=0.508343;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00643598;OID=.;OPOS=103124736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:191:30:32:148:159:0.832461:86:62:13:17:97:62:14:18 chr10 103124746 . G A 1481.31 PASS AF=0.794326;AO=111;DP=140;FAO=112;FDP=141;FR=.;FRO=29;FSAF=42;FSAR=70;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00186666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9663;QD=42.0229;RBI=0.00483889;REFB=-0.0176446;REVB=-0.00446435;RO=29;SAF=41;SAR=70;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184518;STB=0.508473;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.00486197;OID=.;OPOS=103124746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:29:29:111:112:0.794326:70:41:12:17:70:42:12:17 chr10 103360518 . GCCCT GCCT,GCCTA 78.21 PASS AF=0.5,0;AO=10,2;DP=29;FAO=15,0;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=2,0;FSAR=13,0;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0191783,-0.0174634;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=12.3622,77.8195;QD=10.4276;RBI=0.167662,0.061693;REFB=-0.177198,-0.0152004;REVB=0.166561,0.0591697;RO=16;SAF=2,0;SAR=8,2;SRF=8;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0.396318,0;SSSB=-0.352803,-0.534299;STB=0.76429,0.5;STBP=0.013,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.189898,0;OID=.,.;OPOS=103360519,103360521;OREF=C,CT;OALT=-,TA;OMAPALT=GCCT,GCCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0:10,2:29:15,0:30:15:2,0:13,0:8:7:75:16:2,0:8,2:8:8 chr10 103368654 . T C 107.69 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0465224;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0458;QD=11.9651;RBI=0.0519392;REFB=-0.00926164;REVB=0.0230944;RO=23;SAF=10;SAR=3;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103286;STB=0.561697;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0142723;OID=.;OPOS=103368654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:23:23:13:13:0.361111:3:10:16:7:3:10:16:7 chr10 103825747 . G A,C 408.43 PASS AF=0.903226,0.0645161;AO=28,2;DP=31;FAO=28,2;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=11,0;FSAR=17,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.027716,0.000705906;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=217.575,159.008;QD=52.7011;RBI=0.0339289,0.00778076;REFB=-0.137202,-0.0793214;REVB=0.0195701,0.00774867;RO=0;SAF=11,0;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.31638e-08,0;STB=0.521723,0.993266;STBP=0.277,0.232;TYPE=snp,snp;VARB=0.00047271,0.0760417;OID=.,.;OPOS=103825747,103825747;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:31:31:0:1:28,2:28,2:0.903226,0.0645161:17,2:11,0:0:0:17,2:11,0:1:0 chr10 103904763 . TCCCCCCCCG TCCCCCCCG,TCCCCCCCGC,TTCCCCCCCG 430.41 PASS AF=0.984127,0,0.015873;AO=39,3,3;DP=65;FAO=62,0,1;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0,0;FSAR=31,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300835,-0.0948821,0.0564933;FXX=0.0307645;HRUN=8,8,8;LEN=1,2,1;MLLD=9.11797,9.81932,9.69953;QD=27.3277;RBI=0.107799,0.121439,0.220656;REFB=0,0,0;REVB=0.103516,0.0757944,0.213301;RO=7;SAF=20,3,2;SAR=19,0,1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0238743,0.684179,0.240731;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.00251754,0,-0.0180721;OID=.,.,.;OPOS=103904764,103904771,103904764;OREF=C,CG,C;OALT=-,GC,T;OMAPALT=TCCCCCCCG,TCCCCCCCGC,TTCCCCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.984127,0,0.015873:39,3,3:65:62,0,1:63:0:31,0,0:31,0,1:0:0:3:7:20,3,2:19,0,1:3:4 chr10 103991381 . G A 755.69 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7683;QD=62.9739;RBI=0.0685213;REFB=0;REVB=0.0557807;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134428;OID=.;OPOS=103991381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:20:26:0:0:21:27:0:0 chr10 104136469 . T C 772.33 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00901894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.12;QD=61.7866;RBI=0.0365473;REFB=0.0440869;REVB=0.035417;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00107101;OID=.;OPOS=104136469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:0:1:49:49:0.98:20:29:0:0:20:29:1:0 chr10 104160434 . A G 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.082;QD=56.1891;RBI=0.015986;REFB=0;REVB=0.00852148;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.41295e-05;OID=.;OPOS=104160434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:7:21:0:0:7:21:0:0 chr10 104161191 . C T 112.16 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0265387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.723;QD=16.6169;RBI=0.038114;REFB=-0.00861151;REVB=0.0273565;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230409;STB=0.632566;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0126951;OID=.;OPOS=104161191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:5:8:5:9:5:8:5:9 chr10 104162720 . G A 77.17 PASS AF=0.533333;AO=7;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.1372;QD=20.5798;RBI=0.0089357;REFB=-0.00821142;REVB=0.0089357;RO=4;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0116064;OID=.;OPOS=104162720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:15:15:4:4:7:8:0.533333:7:0:0:4:8:0:0:4 chr10 104229785 . C T 786.67 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0309867;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.341;QD=55.205;RBI=0.037766;REFB=-0.0704514;REVB=0.0215893;RO=1;SAF=21;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219211;STB=0.511624;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000172255;OID=.;OPOS=104229785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:35:21:1:0:35:21:1:0 chr10 104231054 . A G 690.01 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.306;QD=62.7284;RBI=0.052167;REFB=0;REVB=0.0333149;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215446;OID=.;OPOS=104231054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:21:21:0:0:22:22:0:0 chr10 104236457 . C T 538.47 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2382;QD=59.8304;RBI=0.0556734;REFB=0;REVB=-0.0440321;RO=0;SAF=8;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00133541;OID=.;OPOS=104236457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:28:8:0:0:28:8:0:0 chr10 104239100 . T C 785.13 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.812;QD=57.1004;RBI=0.0443536;REFB=0;REVB=0.0321825;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174439;OID=.;OPOS=104239100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr10 104389932 . T G 1484.58 PASS AF=1;AO=82;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.731;QD=63.1737;RBI=0.0664845;REFB=0;REVB=0.0328307;RO=0;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223137;OID=.;OPOS=104389932;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:82:94:1:37:45:0:0:41:53:0:0 chr10 104435746 . C T 756.12 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0245981;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.054;QD=61.7237;RBI=0.0343078;REFB=-0.0377998;REVB=-0.0239156;RO=1;SAF=20;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229327;STB=0.511623;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=5.82061e-05;OID=.;OPOS=104435746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:47:48:0.979592:27:20:1:0:27:21:1:0 chr10 104474046 . CCCT C 226.72 PASS AF=0.440476;AO=31;DP=52;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0158014;FXX=0.115777;HRUN=3;LEN=3;MLLD=193.986;QD=10.7964;RBI=0.019892;REFB=-0.01884;REVB=-0.0120833;RO=0;SAF=4;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.239583;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.618977;STBP=0.078;TYPE=del;VARB=0.0291357;OID=.;OPOS=104474047;OREF=CCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.440476:31:52:37:84:47:8:29:18:29:99:0:4:27:0:0 chr10 104572520 . AGGGGGCA AGGGGCA,AGGGGCAG 158.34 PASS AF=0.73913,0.26087;AO=6,3;DP=22;FAO=17,6;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10,6;FSAR=7,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.183606,-0.0221132;FXX=0.0416493;HRUN=5,5;LEN=1,3;MLLD=9.83125,152.248;QD=27.5369;RBI=0.658778,0.0490786;REFB=0,0;REVB=0.632675,0.0438146;RO=8;SAF=5,3;SAR=1,0;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.542893,0.73181;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.154086,-0.0704731;OID=.,.;OPOS=104572521,104572525;OREF=G,GCA;OALT=-,CAG;OMAPALT=AGGGGCA,AGGGGCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.73913,0.26087:6,3:22:17,6:23:0:10,6:7,0:0:0:22:8:5,3:1,0:2:6 chr10 104574329 . A T 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0598229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.6;QD=10.3791;RBI=0.0610243;REFB=-0.0145629;REVB=-0.0120492;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295642;STB=0.689278;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0169674;OID=.;OPOS=104574329;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:15:16:9:9:0.36:4:5:4:11:4:5:4:12 chr10 104596924 . C A 425.73 PASS AF=0.37037;AO=50;DP=135;FAO=50;FDP=135;FR=.;FRO=85;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=-0.00845309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.172;QD=12.6142;RBI=0.0167807;REFB=-0.00962267;REVB=-0.0144961;RO=80;SAF=20;SAR=30;SRF=38;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0830564;STB=0.560217;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0172645;OID=.;OPOS=104596924;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:80:85:50:50:0.37037:30:20:38:42:30:20:42:43 chr10 104596981 . G A 529.4 PASS AF=0.402778;AO=58;DP=143;FAO=58;FDP=144;FR=.;FRO=86;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=38;FSRR=48;FWDB=0.011498;FXX=0.0136977;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.539;QD=14.7054;RBI=0.0155761;REFB=-0.0146635;REVB=0.0105076;RO=83;SAF=26;SAR=32;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00263874;STB=0.503875;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0227493;OID=.;OPOS=104596981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:83:86:58:58:0.402778:32:26:37:46:32:26:38:48 chr10 104661484 . T C 315.48 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00609046;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.236;QD=22.5343;RBI=0.00609336;REFB=-0.00221629;REVB=0.000188131;RO=24;SAF=11;SAR=21;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612805;STB=0.533877;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00181269;OID=.;OPOS=104661484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:21:11:10:14:21:11:10:14 chr10 104814162 . T C 348.09 PASS AF=0.381818;AO=42;DP=110;FAO=42;FDP=110;FR=.;FRO=68;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=34;FWDB=-0.00656391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0897;QD=12.6578;RBI=0.0113519;REFB=-0.0136785;REVB=0.00926182;RO=67;SAF=23;SAR=19;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435845;STB=0.529525;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0190224;OID=.;OPOS=104814162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:67:68:42:42:0.381818:19:23:34:33:19:23:34:34 chr10 104836940 . C T 193.49 PASS AF=0.75;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0182948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.3534;QD=32.2475;RBI=0.0187683;REFB=-0.0516115;REVB=-0.00418938;RO=6;SAF=9;SAR=9;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151457;STB=0.583243;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0117604;OID=.;OPOS=104836940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:6:6:18:18:0.75:9:9:1:5:9:9:1:5 chr10 104837816 . G A 361.04 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=82;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0324193;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8728;QD=17.8292;RBI=0.034583;REFB=-0.0120334;REVB=0.0120405;RO=41;SAF=17;SAR=21;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00785737;STB=0.509503;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0109651;OID=.;OPOS=104837816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:41:43:38:38:0.469136:21:17:18:23:21:17:20:23 chr10 104849468 . G A 344.21 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=85;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.00440223;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.911;QD=16.1981;RBI=0.0095657;REFB=-0.0334;REVB=-0.00849252;RO=47;SAF=15;SAR=22;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16816;STB=0.588862;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0381262;OID=.;OPOS=104849468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:47:48:37:37:0.435294:22:15:27:20:22:15:27:21 chr10 104851396 . G T 247.52 PASS AF=0.426471;AO=28;DP=67;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0304728;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.538;QD=14.56;RBI=0.0318256;REFB=-0.0142415;REVB=0.00918003;RO=35;SAF=9;SAR=19;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238725;STB=0.508922;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0238681;OID=.;OPOS=104851396;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:35:39:28:29:0.426471:19:9:12:23:19:10:14:25 chr10 104855670 . G A 111.36 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0423041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7023;QD=15.9081;RBI=0.103058;REFB=-0.0121001;REVB=-0.0939748;RO=15;SAF=5;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257566;STB=0.648425;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0300314;OID=.;OPOS=104855670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:8:5:10:5:8:5:10:5 chr10 104934709 . T C 265.41 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0286477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.997;QD=27.2218;RBI=0.0292236;REFB=-0.0222805;REVB=-0.00577326;RO=15;SAF=14;SAR=10;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173099;STB=0.595665;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00496287;OID=.;OPOS=104934709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:10:14:5:10:10:14:5:10 chr10 105215016 . A G 214.14 PASS AF=0.488889;AO=21;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0170002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.247;QD=19.0345;RBI=0.0251647;REFB=-0.0291852;REVB=-0.0185542;RO=23;SAF=12;SAR=9;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353336;STB=0.509425;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0343282;OID=.;OPOS=105215016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:21:22:0.488889:9:12:14:9:9:13:14:9 chr10 105218252 . A G 629.5 PASS AF=0.575472;AO=61;DP=106;FAO=61;FDP=106;FR=.;FRO=45;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.000910984;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.09;QD=23.7546;RBI=0.00370644;REFB=-0.0163758;REVB=-0.00359274;RO=42;SAF=35;SAR=26;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737108;STB=0.555192;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.008592;OID=.;OPOS=105218252;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:42:45:61:61:0.575472:26:35:20:22:26:35:20:25 chr10 105218254 . C T 610.31 PASS AF=0.560748;AO=60;DP=107;FAO=60;FDP=107;FR=.;FRO=47;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.0525167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3296;QD=22.8153;RBI=0.0591731;REFB=-0.0161759;REVB=0.0272663;RO=47;SAF=35;SAR=25;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110378;STB=0.560419;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0106808;OID=.;OPOS=105218254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:47:47:60:60:0.560748:25:35:21:26:25:35:21:26 chr10 105218359 . T C 427.27 PASS AF=0.458333;AO=43;DP=94;FAO=44;FDP=96;FR=.;FRO=52;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=0.00565757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6945;QD=17.803;RBI=0.0149779;REFB=-0.0069129;REVB=-0.0138683;RO=51;SAF=31;SAR=12;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224854;STB=0.625732;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0094892;OID=.;OPOS=105218359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:51:52:43:44:0.458333:12:31:26:25:12:32:27:25 chr10 105233110 . C T 319.16 PASS AF=0.58;AO=27;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0144693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0531;QD=25.5324;RBI=0.161466;REFB=0.0167855;REVB=0.160816;RO=23;SAF=19;SAR=8;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899533;STB=0.533728;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=-0.00945455;OID=.;OPOS=105233110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:21:27:29:0.58:8:19:14:9:9:20:13:8 chr10 105362179 . G A 225.96 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00458388;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.045;QD=26.5842;RBI=0.0539637;REFB=0.00730142;REVB=0.0537686;RO=13;SAF=12;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12859;STB=0.57136;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00274017;OID=.;OPOS=105362179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:13:13:21:21:0.617647:9:12:5:8:9:12:5:8 chr10 105362209 . T C 465.05 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.635;QD=58.1315;RBI=0.0702545;REFB=0;REVB=-0.0417831;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.43893e-05;OID=.;OPOS=105362209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr10 105657316 . G C 715.52 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382042;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.106;QD=57.2417;RBI=0.0509341;REFB=0;REVB=0.0336856;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158344;OID=.;OPOS=105657316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:49:50:1:26:23:0:0:27:23:0:0 chr10 105659826 . T C 1460.72 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0235156;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.577;QD=62.1583;RBI=0.0440916;REFB=-0.0729893;REVB=0.0372972;RO=1;SAF=52;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011423;STB=0.506023;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000483198;OID=.;OPOS=105659826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:94:1:1:93:93:0.989362:41:52:0:1:41:52:0:1 chr10 105762591 . G A 1162.27 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0404585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.734;QD=60.3777;RBI=0.0473935;REFB=0;REVB=0.0246832;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.70116e-05;OID=.;OPOS=105762591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:37:39:0:0:37:40:0:0 chr10 105796819 . A G 446.64 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4724;QD=57.6309;RBI=0.0588199;REFB=0;REVB=-0.0506793;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00171189;OID=.;OPOS=105796819;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr10 105882765 . A G 781.56 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0693786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.904;QD=63.8005;RBI=0.0702835;REFB=0;REVB=0.0112416;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181131;OID=.;OPOS=105882765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:24:23:0:0:26:23:0:0 chr10 105905239 . T C 385.24 PASS AF=0.389831;AO=44;DP=116;FAO=46;FDP=118;FR=.;FRO=72;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.00654947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.953;QD=13.0591;RBI=0.0107751;REFB=-0.0060326;REVB=0.00855617;RO=71;SAF=17;SAR=27;SRF=35;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11812;STB=0.553668;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0102759;OID=.;OPOS=105905239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:71:72:44:46:0.389831:27:17:35:36:27:19:36:36 chr10 106022829 . AGAG A 286.07 PASS AF=0.557692;AO=28;DP=51;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.00907692;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=274.681;QD=22.0054;RBI=0.0120552;REFB=-0.0316014;REVB=0.00793331;RO=22;SAF=5;SAR=23;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115841;STB=0.534859;STBP=0.667;TYPE=del;VARB=0.0203428;OID=.;OPOS=106022830;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.557692:28:51:29:52:23:6:23:6:17:99:22:5:23:6:16 chr10 106028157 . G T 127.0 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0025022;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.125;QD=11.2891;RBI=0.018866;REFB=-0.0293587;REVB=0.0186994;RO=29;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593827;STB=0.58812;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0616667;OID=.;OPOS=106028157;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:30:15:15:0.333333:8:7:12:17:7:8:12:18 chr10 106039185 . A G 348.66 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00919219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.93;QD=17.4329;RBI=0.0270235;REFB=-0.01473;REVB=-0.0254121;RO=43;SAF=15;SAR=22;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103315;STB=0.557885;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0173374;OID=.;OPOS=106039185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:22:15:22:21:22:15:22:21 chr10 106075419 . AG A 212.58 PASS AF=0.689655;AO=28;DP=63;FAO=40;FDP=58;FR=.;FRO=18;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.101583;FXX=0.0937354;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.0088;QD=14.6608;RBI=0.247009;REFB=-0.103329;REVB=0.225154;RO=25;SAF=23;SAR=5;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0.333333;SSSB=0.497028;STB=0.608641;STBP=0.029;TYPE=del;VARB=0.105436;OID=.;OPOS=106075420;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.689655:28:63:40:58:18:25:15:5:13:43:25:23:5:7:18 chr10 106907440 . C T 414.29 PASS AF=0.455446;AO=43;DP=95;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0620492;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.839;QD=16.4077;RBI=0.0734426;REFB=-0.0320179;REVB=0.03929;RO=50;SAF=22;SAR=21;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184387;STB=0.552837;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0397994;OID=.;OPOS=106907440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:101:50:55:43:46:0.455446:21:22:16:34:24:22:21:34 chr10 108338917 . T C 507.18 PASS AF=0.436508;AO=53;DP=124;FAO=55;FDP=126;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=0.0032791;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.997;QD=16.101;RBI=0.0117133;REFB=-0.0153807;REVB=0.011245;RO=68;SAF=30;SAR=23;SRF=44;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084029;STB=0.542507;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0201923;OID=.;OPOS=108338917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:126:68:71:53:55:0.436508:23:30:44:24:25:30:44:27 chr10 108380213 . G A 2264.29 PASS AF=1;AO=143;DP=145;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00688872;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.924;QD=62.8969;RBI=0.040327;REFB=-0.106713;REVB=0.0397343;RO=1;SAF=83;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00785936;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000627659;OID=.;OPOS=108380213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:145:144:1:0:143:144:1:60:83:0:1:61:83:0:0 chr10 108389111 . A G 323.25 PASS AF=0.330645;AO=41;DP=123;FAO=41;FDP=124;FR=.;FRO=83;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=54;FSRR=29;FWDB=0.00922716;FXX=0.00799936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.666;QD=10.4274;RBI=0.012592;REFB=-0.00774974;REVB=0.00856842;RO=82;SAF=29;SAR=12;SRF=54;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655532;STB=0.544143;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.014673;OID=.;OPOS=108389111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:82:83:41:41:0.330645:12:29:54:28:12:29:54:29 chr10 108729824 . C T 1392.07 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=90;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0124841;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3079;QD=61.1898;RBI=0.0308563;REFB=-0.00900404;REVB=-0.028218;RO=0;SAF=54;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507041;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=5.5238e-05;OID=.;OPOS=108729824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:91:0:1:89:90:0.989011:35:54:0:0:35:55:0:1 chr10 111625016 . A G 448.73 PASS AF=0.438596;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=-0.000163502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.849;QD=15.7449;RBI=0.00262533;REFB=-0.00460671;REVB=0.00262024;RO=63;SAF=23;SAR=27;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0950449;STB=0.55736;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00564302;OID=.;OPOS=111625016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:63:64:50:50:0.438596:27:23:35:28:27:23:36:28 chr10 111702528 . A T 383.29 PASS AF=0.419048;AO=44;DP=105;FAO=44;FDP=105;FR=.;FRO=61;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0175094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7411;QD=14.6015;RBI=0.0195622;REFB=0.0133055;REVB=-0.0087235;RO=61;SAF=18;SAR=26;SRF=29;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06964;STB=0.539258;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.0139903;OID=.;OPOS=111702528;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:61:61:44:44:0.419048:26:18:29:32:26:18:29:32 chr10 112044841 . TTAAAAC T,TT 71.12 PASS AF=0,0.416667;AO=3,6;DP=18;FAO=0,10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=0,5;FSAR=0,5;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0173632,0.0180883;FXX=0.039984;HRUN=3,4;LEN=6,5;MLLD=165.95,169.52;QD=11.8529;RBI=0.0207559,0.0190447;REFB=-0.0200909,-0.0207102;REVB=0.0113721,0.00595917;RO=0;SAF=3,1;SAR=0,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0.31058;SSEP=0,0;SSSB=0,3.18042e-08;STB=0.5,0.66637;STBP=1,0.207;TYPE=del,del;VARB=0,0.0251029;OID=.,.;OPOS=112044842,112044843;OREF=TAAAAC,AAAAC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.416667:3,6:18:0,10:24:14:0,5:0,5:11:3:70:0:3,1:0,5:0:0 chr10 112266822 . GC AT 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027004;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=175.757;QD=62.3509;RBI=0.0290719;REFB=0;REVB=0.0107683;RO=0;SAF=10;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000173344;OID=.;OPOS=112266822;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:33:10:0:0:33:10:0:0 chr10 112361870 . A G 955.17 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0844932;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.729;QD=58.7795;RBI=0.0912892;REFB=0;REVB=0.0345632;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000964215;OID=.;OPOS=112361870;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:33:31:0:0:34:31:0:0 chr10 112402492 . G C,T 888.22 PASS AF=0.538462,0.446154;AO=35,29;DP=65;FAO=35,29;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=8,13;FSAR=27,16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00941125,0.0019851;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=44.3249,102.399;QD=54.6597;RBI=0.0479516,0.0114617;REFB=-0.0662894,-0.129172;REVB=-0.047019,-0.0112885;RO=0;SAF=8,13;SAR=27,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.509086,0.515141;STBP=0.632,0.529;TYPE=snp,snp;VARB=0.014407,0.0243867;OID=.,.;OPOS=112402492,112402492;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:65:65:0:1:35,29:35,29:0.538462,0.446154:27,16:8,13:0:0:27,16:8,13:0:1 chr10 112572458 . G C 587.75 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00435233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.0691;QD=60.2823;RBI=0.0144462;REFB=0;REVB=0.013775;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00312097;OID=.;OPOS=112572458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:37:39:1:17:20:0:0:17:22:0:0 chr10 112641053 . A G 681.12 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000109992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.963;QD=59.2274;RBI=0.00180889;REFB=-0.0024472;REVB=0.00180554;RO=2;SAF=32;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230992;STB=0.507689;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.000305919;OID=.;OPOS=112641053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:2:1:44:45:0.978261:12:32:1:1:13:32:1:0 chr10 112658018 . CTTTTTTTTT CTTTTTTTTC,CTTTTTTTT 236.59 PASS AF=0.588235,0.411765;AO=10,5;DP=35;FAO=20,14;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13,11;FSAR=7,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00848374,0.159673;FXX=0.105235;HRUN=10,10;LEN=1,1;MLLD=212.152,5.61413;QD=27.8342;RBI=0.0195285,0.243695;REFB=-0.00723281,0.00831326;REVB=-0.0175894,-0.184097;RO=6;SAF=8,5;SAR=2,0;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.034987,0.694502;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.00120748,0.117142;OID=.,.;OPOS=112658027,112658019;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CTTTTTTTTC,CTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.588235,0.411765:10,5:35:20,14:34:0:13,11:7,3:0:0:75:6:8,5:2,0:5:1 chr10 112839368 . C A 285.56 PASS AF=0.530612;AO=25;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.033644;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.7467;QD=23.311;RBI=0.0401865;REFB=-0.00911397;REVB=0.0219781;RO=23;SAF=15;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142568;STB=0.58592;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0108198;OID=.;OPOS=112839368;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:25:26:0.530612:10:15:10:13:10:16:10:13 chr10 112839579 . A G 101.43 PASS AF=0.305556;AO=8;DP=38;FAO=11;FDP=36;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=23;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0112418;FXX=0.0526177;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.814;QD=11.2697;RBI=0.0138075;REFB=-0.00782543;REVB=-0.00801669;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351886;STB=0.72686;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0146114;OID=.;OPOS=112839579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:38:36:17:23:8:11:0.305556:3:5:5:12:3:8:9:14 chr10 112839601 . C A 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.00969858;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.703;QD=15.626;RBI=0.0351291;REFB=-0.0329574;REVB=-0.0337638;RO=23;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236387;STB=0.635683;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0338763;OID=.;OPOS=112839601;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:7:10:8:15:7:10:8:15 chr10 112839903 . A G 183.09 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0119597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.691;QD=25.2536;RBI=0.0125254;REFB=-0.0155707;REVB=0.00372179;RO=11;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308902;STB=0.517222;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0219463;OID=.;OPOS=112839903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:9:9:6:5:9:9:6:5 chr10 113913222 . T C 750.34 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.633;QD=62.5287;RBI=0.0361424;REFB=0;REVB=0.0345124;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179666;OID=.;OPOS=113913222;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:0:0:45:48:1:18:27:0:0:20:28:0:0 chr10 113913351 . C T 291.36 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0201766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.439;QD=16.8903;RBI=0.0223612;REFB=-0.00446478;REVB=-0.00963985;RO=37;SAF=9;SAR=23;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311873;STB=0.675716;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00436342;OID=.;OPOS=113913351;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:37:32:32:0.463768:23:9:22:15:23:9:22:15 chr10 113917085 . T A 1224.21 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=84;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0221896;FXX=0.0465062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.661;QD=59.7174;RBI=0.0231497;REFB=0.0925668;REVB=0.00659782;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506171;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000447348;OID=.;OPOS=113917085;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:82:0:1:80:81:0.987805:39:41:0:0:40:41:0:1 chr10 113920465 . G A 2111.35 PASS AF=0.992857;AO=133;DP=139;FAO=139;FDP=140;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0529502;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2049;QD=60.3243;RBI=0.0809909;REFB=-0.124667;REVB=0.0612846;RO=1;SAF=51;SAR=82;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092285;STB=0.502994;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00307314;OID=.;OPOS=113920465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:139:140:1:1:133:139:0.992857:82:51:1:0:83:56:0:1 chr10 113935379 . T C 288.88 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143742;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.8004;QD=52.5239;RBI=0.0484648;REFB=0;REVB=-0.0462841;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00115946;OID=.;OPOS=113935379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr10 113940329 . T C 712.07 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0793894;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.259;QD=63.2951;RBI=0.0892803;REFB=0;REVB=0.0408447;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00098548;OID=.;OPOS=113940329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr10 114053546 . C G 438.51 PASS AF=0.42735;AO=50;DP=117;FAO=50;FDP=117;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.00158906;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7133;QD=14.9917;RBI=0.0368477;REFB=-0.0100451;REVB=0.0368134;RO=67;SAF=23;SAR=27;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333021;STB=0.518689;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0160351;OID=.;OPOS=114053546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:67:67:50:50:0.42735:27:23:33:34:27:23:33:34 chr10 114186624 . G A 1353.56 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0011917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3585;QD=62.2326;RBI=0.0213282;REFB=0;REVB=-0.0212948;RO=0;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.56235e-05;OID=.;OPOS=114186624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:43:43:0:0:43:44:0:0 chr10 114186983 . C G 238.1 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.00970111;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5844;QD=13.8027;RBI=0.0343789;REFB=-0.0134264;REVB=0.0329817;RO=41;SAF=14;SAR=14;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381219;STB=0.521724;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0204865;OID=.;OPOS=114186983;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:14:14:19:22:14:14:19:22 chr10 114925369 . C A 298.43 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=19;FWDB=0.0978583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.2636;QD=25.398;RBI=0.098017;REFB=-0.0217988;REVB=0.00557457;RO=20;SAF=3;SAR=24;SRF=1;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133896;STB=0.573285;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0176549;OID=.;OPOS=114925369;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:24:3:1:19:24:3:1:19 chr10 115334124 . C T 1066.12 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0747063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.343;QD=58.4173;RBI=0.0754049;REFB=-0.0645478;REVB=-0.0102404;RO=0;SAF=53;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15237e-08;STB=0.512817;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00152682;OID=.;OPOS=115334124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:0:1:72:72:0.986301:19:53:0:0:19:53:0:1 chr10 115370254 . A G 732.09 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.789;QD=56.3149;RBI=0.0351688;REFB=0;REVB=-0.00210156;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000760524;OID=.;OPOS=115370254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:23:27:0:0:25:27:0:0 chr10 115370274 . T C 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6196;QD=56.9552;RBI=0.0216894;REFB=0;REVB=-0.00854688;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.03677e-05;OID=.;OPOS=115370274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr10 115375528 . C A,G 1674.84 PASS AF=0.827586,0.163793;AO=96,19;DP=116;FAO=96,19;FDP=116;FR=.;FRO=1;FSAF=68,0;FSAR=28,19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0315452,-0.0409492;FXX=0.00854628;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=135.808,20.5059;QD=57.7529;RBI=0.0438546,0.0471516;REFB=-0.0562321,-0.0461888;REVB=0.0304651,0.023376;RO=1;SAF=68,0;SAR=28,19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00692389,-0.85711;STB=0.503649,0.998978;STBP=0.608,0.015;TYPE=snp,snp;VARB=0.000431812,0.147105;OID=.,.;OPOS=115375528,115375528;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:98:116:116:1:1:96,19:96,19:0.827586,0.163793:28,19:68,0:1:0:28,19:68,0:1:0 chr10 115389356 . G A 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.035486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5374;QD=15.6998;RBI=0.0465817;REFB=0.0121586;REVB=0.0301762;RO=19;SAF=13;SAR=2;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474207;STB=0.779565;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0142922;OID=.;OPOS=115389356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:2:13:9:10:2:13:9:10 chr10 115389366 . G A 172.09 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0322232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9425;QD=18.1152;RBI=0.0352337;REFB=0.00511359;REVB=-0.0142507;RO=19;SAF=13;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197068;STB=0.628881;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.0208575;OID=.;OPOS=115389366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:20:18:18:0.473684:5:13:10:9:5:13:10:10 chr10 115393929 . G A 580.13 PASS AF=0.569892;AO=53;DP=93;FAO=53;FDP=93;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00898872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.999;QD=24.952;RBI=0.0192326;REFB=-0.0344192;REVB=-0.0170028;RO=40;SAF=25;SAR=28;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614761;STB=0.533645;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0278103;OID=.;OPOS=115393929;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:40:40:53:53:0.569892:28:25:22:18:28:25:22:18 chr10 115405615 . T C 1319.14 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9398;QD=62.0769;RBI=0.04254;REFB=0;REVB=-0.0172157;RO=0;SAF=42;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.53186e-05;OID=.;OPOS=115405615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:83:85:1:41:42:0:0:41:44:0:0 chr10 115405664 . C T 851.2 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2706;QD=57.7083;RBI=0.0108714;REFB=0;REVB=-0.000555248;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.88776e-05;OID=.;OPOS=115405664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr10 115410234 . T C 547.52 PASS AF=0.533333;AO=55;DP=104;FAO=56;FDP=105;FR=.;FRO=49;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.00913941;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.401;QD=20.858;RBI=0.0277932;REFB=-0.020414;REVB=0.0262476;RO=48;SAF=35;SAR=20;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103681;STB=0.506327;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0172536;OID=.;OPOS=115410234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:48:49:55:56:0.533333:20:35:30:18:21:35:30:19 chr10 115411614 . A G 691.43 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339598;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6334;QD=61.4605;RBI=0.0348041;REFB=0;REVB=-0.00761982;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0091358;OID=.;OPOS=115411614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:43:45:1:18:25:0:0:18:27:0:0 chr10 115417289 . G A 1274.07 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0030252;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.011;QD=62.1499;RBI=0.0136473;REFB=0;REVB=0.0133077;RO=1;SAF=35;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976579;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202642;OID=.;OPOS=115417289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:82:1:0:83:82:1:48:35:0:1:48:34:0:0 chr10 115439530 . G C 268.84 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0526413;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.1705;QD=26.2278;RBI=0.118599;REFB=-0.0375577;REVB=-0.106276;RO=15;SAF=15;SAR=10;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09231;STB=0.564304;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0252509;OID=.;OPOS=115439530;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:15:16:25:25:0.609756:10:15:7:8:10:15:7:9 chr10 115439569 . C T 815.64 PASS AF=0.951613;AO=59;DP=62;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0221166;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.305;QD=52.6221;RBI=0.0502794;REFB=-0.122516;REVB=0.0451539;RO=2;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362549;STB=0.511987;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.000782317;OID=.;OPOS=115439569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:62:62:2:3:59:59:0.951613:25:34:0:2:25:34:1:2 chr10 115451781 . C T 583.56 PASS AF=0.495868;AO=60;DP=121;FAO=60;FDP=121;FR=.;FRO=61;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=-0.00281334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.189;QD=19.2913;RBI=0.0380617;REFB=0.003426;REVB=-0.0379576;RO=60;SAF=22;SAR=38;SRF=21;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163313;STB=0.512235;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.00363832;OID=.;OPOS=115451781;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:60:61:60:60:0.495868:38:22:21:39:38:22:21:40 chr10 115489152 . C G 189.31 PASS AF=0.418182;AO=22;DP=54;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00700502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.35;QD=13.7681;RBI=0.00725917;REFB=0.0109317;REVB=-0.00190399;RO=32;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322703;STB=0.530779;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.0173047;OID=.;OPOS=115489152;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:32:32:22:23:0.418182:11:11:15:17:11:12:15:17 chr10 115489167 . G A 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00507032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.608;QD=18.1541;RBI=0.0200657;REFB=-0.00518292;REVB=-0.0194145;RO=24;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753841;STB=0.555502;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00649985;OID=.;OPOS=115489167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:25:21:21:0.456522:8:13:13:11:8:13:13:12 chr10 115525175 . T C 281.65 PASS AF=0.526316;AO=29;DP=56;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=0.00473787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.616;QD=19.7651;RBI=0.00509787;REFB=-0.0121884;REVB=-0.00188171;RO=27;SAF=15;SAR=14;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286964;STB=0.649032;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0141164;OID=.;OPOS=115525175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:27:27:29:30:0.526316:14:15:5:22:15:15:5:22 chr10 115529576 . T A 212.38 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00447119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.886;QD=14.3986;RBI=0.0117272;REFB=-0.0367536;REVB=0.0108414;RO=33;SAF=13;SAR=12;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654089;STB=0.545295;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0381787;OID=.;OPOS=115529576;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:33:34:25:25:0.423729:12:13:15:18:12:13:15:19 chr10 115609830 . TTA T,TT,TTT 114.95 PASS AF=0.333333,0,0;AO=10,11,4;DP=84;FAO=28,0,0;FDP=84;FR=.;FRO=56;FSAF=24,0,0;FSAR=4,0,0;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.032957,-0.0631043,-0.0923233;FXX=0.0232531;HRUN=6,7,7;LEN=2,1,1;MLLD=15.5042,8.18795,11.3029;QD=5.47386;RBI=0.0365679,0.149801,0.189142;REFB=-0.0177519,0.0128928,0.0299634;REVB=0.0158445,-0.13586,-0.165079;RO=40;SAF=9,4,4;SAR=1,7,0;SRF=23;SRR=17;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.491052,-0.255362,0.538458;STB=0.739525,0.5,0.5;STBP=0.015,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0453579,-0.0189736,0;OID=.,.,.;OPOS=115609831,115609832,115609832;OREF=TA,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0,0:10,11,4:84:28,0,0:84:56:24,0,0:4,0,0:33:23:99:40:9,4,4:1,7,0:23:17 chr10 115609915 . C G 1029.95 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0209262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.025;QD=58.0256;RBI=0.0275181;REFB=-0.0285325;REVB=-0.0178701;RO=1;SAF=30;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154963;STB=0.507934;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0018533;OID=.;OPOS=115609915;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:69:70:0.985915:39:30:1:0:39:31:1:0 chr10 115618430 . T C 491.63 PASS AF=0.442623;AO=52;DP=120;FAO=54;FDP=122;FR=.;FRO=68;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=0.00722072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.575;QD=16.119;RBI=0.00729299;REFB=-0.0155056;REVB=0.00102412;RO=67;SAF=23;SAR=29;SRF=35;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807516;STB=0.547428;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.020415;OID=.;OPOS=115618430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:67:68:52:54:0.442623:29:23:35:32:30:24:36:32 chr10 115675025 . G A 357.78 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0532924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6229;QD=55.0435;RBI=0.0547598;REFB=0;REVB=0.0125918;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000762404;OID=.;OPOS=115675025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr10 115805056 . G C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.78;QD=33.4285;RBI=0.0429278;REFB=0;REVB=0.011097;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000717802;OID=.;OPOS=115805056;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr10 115805637 . TTC T,TT 51.59 PASS AF=0.392857,0;AO=8,5;DP=29;FAO=11,0;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=9,0;FSAR=2,0;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=0.0928681,-0.0358713;FXX=0.0344709;HRUN=7,5;LEN=2,1;MLLD=19.9586,10.1204;QD=7.36964;RBI=0.212075,0.0760918;REFB=-0.0898274,-0.141206;REVB=-0.19066,0.067106;RO=14;SAF=7,5;SAR=1,0;SRF=13;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.148467,0.619859;STB=0.649141,0.5;STBP=0.414,1;TYPE=del,del;VARB=0.16127,0.00476531;OID=.,.;OPOS=115805638,115805639;OREF=TC,C;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392857,0:8,5:29:11,0:28:17:9,0:2,0:16:1:48:14:7,5:1,0:13:1 chr10 115910861 . C T 554.1 PASS AF=0.479339;AO=58;DP=121;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.00964729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.742;QD=18.3173;RBI=0.0832935;REFB=-0.0101016;REVB=-0.0827329;RO=61;SAF=33;SAR=25;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262958;STB=0.515471;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0103885;OID=.;OPOS=115910861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:61:63:58:58:0.479339:25:33:33:28:25:33:34:29 chr10 116060387 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00685936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.458;QD=57.2026;RBI=0.0155966;REFB=0;REVB=0.0140072;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5419e-05;OID=.;OPOS=116060387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr10 116073696 . C T 1171.9 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.049;QD=60.8781;RBI=0.0186643;REFB=0;REVB=-0.00433225;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98031e-05;OID=.;OPOS=116073696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:38:39:0:0:38:39:0:0 chr10 116085784 . C CCCG 857.73 PASS AF=1;AO=56;DP=63;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00825468;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=3;MLLD=167.882;QD=57.1819;RBI=0.0302014;REFB=0;REVB=-0.0290514;RO=3;SAF=16;SAR=40;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437413;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-3.2818e-06;OID=.;OPOS=116085785;OREF=-;OALT=CCG;OMAPALT=CCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:56:63:60:60:0:17:43:0:0:5:3:16:40:2:1 chr10 116183731 . T G 154.24 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0330195;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5005;QD=13.7101;RBI=0.055234;REFB=-0.00734523;REVB=-0.0442776;RO=27;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505211;STB=0.518303;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0123443;OID=.;OPOS=116183731;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:27:28:17:17:0.377778:9:8:14:13:9:8:14:14 chr10 116183816 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.229;QD=45.8068;RBI=0.0161694;REFB=0;REVB=0.0123857;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013131;OID=.;OPOS=116183816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr10 116931101 . C CTT,T 268.83 PASS AF=0.761905,0.238095;AO=14,5;DP=22;FAO=16,5;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6,2;FSAR=10,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339984,-0.0232034;FXX=0.0454339;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=39.3164,207.581;QD=51.2057;RBI=0.0370571,0.0265279;REFB=0,0;REVB=-0.0147425,-0.0128583;RO=3;SAF=5,2;SAR=9,3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.103575,-0.165639;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0035833,0.0322179;OID=.,.;OPOS=116931102,116931101;OREF=-,C;OALT=TT,T;OMAPALT=CTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:22:21:3:0:14,5:16,5:0.761905,0.238095:9,3:5,2:2:1:10,3:6,2:0:0 chr10 117075175 . G A 1048.22 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00501215;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.937;QD=59.8985;RBI=0.0124176;REFB=0;REVB=0.0113611;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.0657e-05;OID=.;OPOS=117075175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:68:70:1:31:37:0:0:31:39:0:0 chr10 117823739 . A G 850.2 PASS AF=0.953846;AO=60;DP=63;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00814718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.597;QD=52.32;RBI=0.0163266;REFB=-0.133045;REVB=-0.0141486;RO=3;SAF=30;SAR=30;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014959;STB=0.508438;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0015416;OID=.;OPOS=117823739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:63:65:3:3:60:62:0.953846:30:30:2:1:32:30:2:1 chr10 117849353 . T C 296.71 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0343799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8438;QD=18.5443;RBI=0.0412975;REFB=-0.0419084;REVB=0.0228802;RO=31;SAF=13;SAR=19;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475764;STB=0.532767;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.042955;OID=.;OPOS=117849353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:31:32:32:32:0.5:19:13:11:20:19:13:11:21 chr10 117884950 . G A 199.92 PASS AF=0.362319;AO=24;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.00262143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.572;QD=11.5895;RBI=0.00739499;REFB=-0.00908095;REVB=0.00691476;RO=43;SAF=10;SAR=14;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785921;STB=0.539846;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0136979;OID=.;OPOS=117884950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:43:44:24:25:0.362319:14:10:15:28:15:10:15:29 chr10 118228763 . T C 610.63 PASS AF=0.470149;AO=64;DP=133;FAO=63;FDP=134;FR=.;FRO=71;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=0.0439659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5425;QD=18.2277;RBI=0.0561487;REFB=-0.0041161;REVB=-0.0349238;RO=68;SAF=39;SAR=25;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205616;STB=0.514141;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00688206;OID=.;OPOS=118228763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:68:71:64:63:0.470149:25:39:40:28:25:38:41:30 chr10 118231305 . A G 436.4 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00894007;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.019;QD=21.2879;RBI=0.0236889;REFB=-0.0120553;REVB=0.0219372;RO=39;SAF=24;SAR=19;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00520509;STB=0.502876;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00873839;OID=.;OPOS=118231305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:19:24:22:17:19:24:22:17 chr10 118231360 . G A 969.9 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127503;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.834;QD=58.782;RBI=0.0403491;REFB=0;REVB=0.0382816;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348982;OID=.;OPOS=118231360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:32:33:0:0:33:33:0:0 chr10 118231362 . TA T,TG 916.37 PASS AF=0.2,0.8;AO=15,45;DP=66;FAO=13,52;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=13,20;FSAR=0,32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000264618,-0.00254287;FXX=0.0151492;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=198.032,211.713;QD=56.3919;RBI=0.0225933,0.0149207;REFB=0,0;REVB=0.0225918,0.0147024;RO=0;SAF=13,15;SAR=2,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00368932,-0.000108534;OID=.,.;OPOS=118231363,118231363;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.2,0.8:15,45:66:13,52:65:0:13,20:0,32:0:0:56:0:13,15:2,30:0:0 chr10 118236610 . T A 159.87 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0131713;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.896;QD=16.828;RBI=0.0136958;REFB=-0.0164859;REVB=-0.00375402;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05124;STB=0.529377;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0225028;OID=.;OPOS=118236610;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:21:21:17:17:0.447368:8:9:10:11:8:9:10:11 chr10 118313265 . T C 532.5 PASS AF=0.486957;AO=56;DP=113;FAO=56;FDP=115;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=0.0232912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5783;QD=18.5216;RBI=0.044238;REFB=-0.0202444;REVB=0.0376101;RO=57;SAF=26;SAR=30;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121503;STB=0.556305;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0220613;OID=.;OPOS=118313265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:57:59:56:56:0.486957:30:26:19:38:30:26:21:38 chr10 118363642 . T C 2134.88 PASS AF=1;AO=136;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01905;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9596;QD=62.7906;RBI=0.0307625;REFB=0;REVB=0.0241543;RO=0;SAF=59;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178409;OID=.;OPOS=118363642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:0:0:136:136:1:77:59:0:0:77:59:0:0 chr10 118364967 . G C 214.89 PASS AF=0.333333;AO=27;DP=82;FAO=27;FDP=81;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.0216106;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.955;QD=10.6119;RBI=0.0266481;REFB=-0.00670664;REVB=-0.0155918;RO=53;SAF=13;SAR=14;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160346;STB=0.598111;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0274751;OID=.;OPOS=118364967;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:53:54:27:27:0.333333:14:13:33:20:14:13:34:20 chr10 118380511 . A G 223.42 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.659;QD=49.6482;RBI=0.0319223;REFB=0;REVB=0.0240662;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346885;OID=.;OPOS=118380511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:4:13:0:0:5:13:0:0 chr10 118383461 . AGA AGAG,GAG 1607.08 PASS AF=1,0;AO=101,7;DP=115;FAO=112,0;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=65,0;FSAR=47,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.147063,0.0285881;FXX=0.0175423;HRUN=1,4;LEN=1,3;MLLD=25.1095,8.91275;QD=57.3956;RBI=0.201431,0.0574713;REFB=0,0;REVB=0.137649,0.0498565;RO=5;SAF=59,4;SAR=42,3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00145727,-0.0206743;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0033295,0;OID=.,.;OPOS=118383464,118383461;OREF=-,AGA;OALT=G,GAG;OMAPALT=AGAG,GAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:115:112:5:0:101,7:112,0:1,0:42,3:59,4:3:2:47,0:65,0:0:0 chr10 118387282 . AG A,GG 224.74 PASS AF=0.357143,0.5;AO=7,14;DP=29;FAO=10,14;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=1,3;FSAR=9,11;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.216947,-0.150173;FXX=0.0344709;HRUN=3,1;LEN=1,1;MLLD=15.2637,132.126;QD=32.1055;RBI=0.248253,0.150207;REFB=0.0192578,-0.0944635;REVB=-0.120678,0.00318676;RO=3;SAF=0,3;SAR=7,11;SRF=3;SRR=0;SSEN=0.367647,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.812474,-0.297839;STB=0.781904,0.646828;STBP=0.023,0.052;TYPE=del,snp;VARB=-0.0611224,0.0239141;OID=.,.;OPOS=118387283,118387282;OREF=G,A;OALT=-,G;OMAPALT=A,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:66:29:28:3:4:7,14:10,14:0.357143,0.5:7,11:0,3:3:0:9,11:1,3:3:1 chr10 118616110 . C T 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.016886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.583;QD=19.6681;RBI=0.0203775;REFB=-0.0273802;REVB=0.0114064;RO=19;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.018781;OID=.;OPOS=118616110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:9:10:10:9:9:10:10:9 chr10 118620459 . A C 561.25 PASS AF=0.5;AO=58;DP=116;FAO=58;FDP=116;FR=.;FRO=58;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.00632603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5269;QD=19.3534;RBI=0.0112835;REFB=-0.0064366;REVB=0.0093434;RO=56;SAF=29;SAR=29;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477132;STB=0.525853;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00668068;OID=.;OPOS=118620459;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:56:58:58:58:0.5:29:29:25:31:29:29:26:32 chr10 118890573 . T C 700.5 PASS AF=1;AO=37;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0919256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6507;QD=62.2668;RBI=0.0930162;REFB=0;REVB=-0.0142023;RO=0;SAF=9;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000778045;OID=.;OPOS=118890573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:37:45:1:28:9:0:0:30:15:0:0 chr10 118927196 . C G 766.55 PASS AF=0.561538;AO=72;DP=129;FAO=73;FDP=130;FR=.;FRO=57;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.0244918;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=55.8362;QD=23.5861;RBI=0.0246787;REFB=-0.0154165;REVB=0.00303227;RO=55;SAF=40;SAR=32;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358822;STB=0.51557;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0222444;OID=.;OPOS=118927196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:55:57:72:73:0.561538:32:40:33:22:32:41:34:23 chr10 119026566 . T C 1200.03 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000839129;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.874;QD=60.0016;RBI=0.0374165;REFB=-0.0745981;REVB=0.037407;RO=0;SAF=24;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.01268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00077405;OID=.;OPOS=119026566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:79:80:0:0:78:80:1:54:24:0:0:56:24:0:0 chr10 119768551 . C T 1352.09 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00851929;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.991;QD=61.4587;RBI=0.015097;REFB=-0.0933575;REVB=-0.0124636;RO=1;SAF=63;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00746289;STB=0.503936;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.000248914;OID=.;OPOS=119768551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:88:1:1:87:87:0.988636:24:63:1:0:24:63:1:0 chr10 120069611 . T C 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0513529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.292;QD=48.6259;RBI=0.0514197;REFB=0.103243;REVB=0.00262088;RO=1;SAF=10;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439896;STB=0.523788;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-0.000533251;OID=.;OPOS=120069611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:12:10:1:0:12:10:1:0 chr10 120081852 . G C 351.81 PASS AF=0.587302;AO=33;DP=58;FAO=37;FDP=63;FR=.;FRO=26;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0161489;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.393;QD=22.3374;RBI=0.0173134;REFB=-0.0264111;REVB=-0.00624238;RO=25;SAF=23;SAR=10;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301877;STB=0.654366;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0441517;OID=.;OPOS=120081852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:63:25:26:33:37:0.587302:10:23:8:17:12:25:8:18 chr10 120353910 . T C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.9;QD=57.2024;RBI=0.0507461;REFB=0;REVB=0.0132675;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337391;OID=.;OPOS=120353910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr10 120791060 . A C 239.34 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=6.02694e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.574;QD=50.3876;RBI=0.00672791;REFB=0;REVB=0.00672764;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.15901e-05;OID=.;OPOS=120791060;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr10 120791778 . TAAATACC T 356.57 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0031041;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=7;MLLD=315.271;QD=47.5421;RBI=0.00521384;REFB=0;REVB=0.00418911;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-7.82459e-07;OID=.;OPOS=120791779;OREF=AAATACC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:30:30:30:0:15:15:0:0:6:0:15:14:0:0 chr10 120792297 . G GCTA 662.81 PASS AF=0.828125;AO=53;DP=65;FAO=53;FDP=64;FR=.;FRO=11;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00396703;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=293.756;QD=41.4258;RBI=0.0100746;REFB=-0.00554941;REVB=0.00926065;RO=12;SAF=20;SAR=33;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131832;STB=0.56202;STBP=0.042;TYPE=ins;VARB=0.0010492;OID=.;OPOS=120792298;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=GCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.828125:53:65:53:64:11:20:33:8:3:62:12:20:33:9:3 chr10 120792684 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.503;QD=52.6132;RBI=0.0587243;REFB=0;REVB=0.0469844;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000412489;OID=.;OPOS=120792684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr10 120792703 . C A 531.01 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000675417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.016;QD=59.0014;RBI=0.000780913;REFB=0;REVB=0.000391966;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.33703e-05;OID=.;OPOS=120792703;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:34:36:1:14:20:0:0:15:21:0:0 chr10 120820528 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.1088;QD=47.8218;RBI=0.081581;REFB=0;REVB=0.0806565;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00253132;OID=.;OPOS=120820528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:3:13:0:0:3:13:0:0 chr10 120828969 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0796988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.811;QD=56.1913;RBI=0.0856085;REFB=0;REVB=0.0312557;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000678156;OID=.;OPOS=120828969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:15:12:0:0:15:13:0:0 chr10 120896027 . G A,T 738.02 PASS AF=0.963636,0.0363636;AO=49,2;DP=51;FAO=53,2;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27,1;FSAR=26,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246983,0.0117073;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=87.6381,156.722;QD=53.6741;RBI=0.0314903,0.0117088;REFB=0,0;REVB=-0.0195354,-0.000185015;RO=0;SAF=23,1;SAR=26,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00165862,0.119186;OID=.,.;OPOS=120896027,120896027;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:51:55:0:0:49,2:53,2:0.963636,0.0363636:26,1:23,1:0:0:26,1:27,1:0:0 chr10 120909785 . C T 854.31 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00219768;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.725;QD=57.9195;RBI=0.00329432;REFB=0;REVB=0.00245413;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96399e-06;OID=.;OPOS=120909785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:33:25:0:0:34:25:0:0 chr10 120917445 . G A 753.77 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.648;QD=56.8883;RBI=0.0592832;REFB=0;REVB=0.0501783;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138804;OID=.;OPOS=120917445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:31:20:0:0:33:20:0:0 chr10 120919246 . T C 327.43 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363348;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.827;QD=54.5712;RBI=0.0442478;REFB=0;REVB=0.0252518;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364536;OID=.;OPOS=120919246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr10 120920588 . T C 563.78 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0522287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0057;QD=57.8239;RBI=0.061496;REFB=-0.113783;REVB=-0.0324641;RO=1;SAF=12;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374416;STB=0.519989;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00472828;OID=.;OPOS=120920588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:26:12:1:0:26:12:1:0 chr10 120933324 . G A 313.29 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00983724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.44;QD=50.1258;RBI=0.0442748;REFB=-0.141219;REVB=-0.0431681;RO=0;SAF=2;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.48349e-08;STB=0.511102;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00548073;OID=.;OPOS=120933324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:22:2:0:0:22:2:0:1 chr10 121199310 . T C 271.71 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.0178563;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0951;QD=14.4912;RBI=0.0229191;REFB=-0.0322133;REVB=-0.014368;RO=44;SAF=15;SAR=16;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149222;STB=0.584363;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0446182;OID=.;OPOS=121199310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:44:44:31:31:0.413333:16:15:15:29:16:15:15:29 chr10 121334007 . TA T,TTAA 39.57 PASS AF=0,0.28;AO=6,4;DP=26;FAO=0,7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=0,2;FSAR=0,5;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0830913,0.132208;FXX=0.0384468;HRUN=6,5;LEN=1,2;MLLD=15.6374,22.0771;QD=6.33078;RBI=0.283476,0.157794;REFB=-0.00591089,0.00807588;REVB=-0.271025,0.0861393;RO=14;SAF=0,0;SAR=6,4;SRF=7;SRR=7;SSEN=0.419355,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.734683,-0.675955;STB=0.5,0.507022;STBP=1,1;TYPE=del,ins;VARB=0,0.00748858;OID=.,.;OPOS=121334008,121334008;OREF=A,-;OALT=-,TA;OMAPALT=T,TTAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.28:6,4:26:0,7:25:18:0,2:0,5:5:13:39:14:0,0:6,4:7:7 chr10 121436362 . A G 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0241674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.496;QD=17.9528;RBI=0.0241733;REFB=-0.00826515;REVB=-0.00053256;RO=28;SAF=17;SAR=10;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121395;STB=0.568194;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00590902;OID=.;OPOS=121436362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:10:17:14:14:10:17:14:14 chr10 121551581 . A C 204.95 PASS AF=0.317647;AO=26;DP=86;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=0.00826683;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.38;QD=9.6446;RBI=0.0121816;REFB=-0.00869496;REVB=0.00894709;RO=56;SAF=17;SAR=9;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.058575;STB=0.534457;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0197044;OID=.;OPOS=121551581;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:56:58:26:27:0.317647:9:17:34:22:9:18:36:22 chr10 121579040 . T C 188.71 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00060102;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.057;QD=14.242;RBI=0.0219083;REFB=-0.00696461;REVB=-0.0219;RO=31;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444422;STB=0.52546;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.009121;OID=.;OPOS=121579040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:13:9:14:17:13:9:14:17 chr10 121586827 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0650833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.641;QD=47.8224;RBI=0.068437;REFB=0;REVB=-0.021161;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288805;OID=.;OPOS=121586827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:12:3:0:0:12:4:0:0 chr10 121588537 . A G 754.64 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0119445;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.687;QD=54.883;RBI=0.020918;REFB=-0.0420913;REVB=0.0171725;RO=1;SAF=27;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017135;STB=0.509088;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=4.8844e-05;OID=.;OPOS=121588537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:27:27:1:0:27:27:1:0 chr10 121588554 . T A 632.86 PASS AF=0.923077;AO=48;DP=52;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0146457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4883;QD=48.6811;RBI=0.0341661;REFB=-0.0367416;REVB=-0.0308679;RO=4;SAF=23;SAR=25;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390914;STB=0.520825;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0122154;OID=.;OPOS=121588554;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:52:52:4:4:48:48:0.923077:25:23:3:1:25:23:3:1 chr10 121589402 . T G 359.96 PASS AF=0.571429;AO=36;DP=63;FAO=36;FDP=63;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00336014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.7155;QD=22.8544;RBI=0.0119161;REFB=0.00967097;REVB=0.0114325;RO=27;SAF=19;SAR=17;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079958;STB=0.543976;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.00560514;OID=.;OPOS=121589402;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:27:27:36:36:0.571429:17:19:17:10:17:19:17:10 chr10 121602732 . C T 496.55 PASS AF=0.5;AO=52;DP=103;FAO=52;FDP=104;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.0461133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7865;QD=19.098;RBI=0.101166;REFB=0.0140575;REVB=-0.0900455;RO=51;SAF=24;SAR=28;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957293;STB=0.547987;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.0134682;OID=.;OPOS=121602732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:51:52:52:52:0.5:28:24:29:22:28:24:29:23 chr10 121618382 . T A 173.7 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0150776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4214;QD=19.2997;RBI=0.0419663;REFB=-0.0280129;REVB=-0.0391642;RO=18;SAF=5;SAR=13;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114369;STB=0.565142;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0420755;OID=.;OPOS=121618382;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:13:5:7:11:13:5:7:11 chr10 121671651 . T C 373.89 PASS AF=0.365854;AO=44;DP=123;FAO=45;FDP=123;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.0125251;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.893;QD=12.1589;RBI=0.0326888;REFB=-0.0149995;REVB=0.030194;RO=78;SAF=22;SAR=22;SRF=36;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429826;STB=0.517358;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0216823;OID=.;OPOS=121671651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:78:78:44:45:0.365854:22:22:36:42:23:22:36:42 chr10 121679013 . A G 1391.93 PASS AF=0.942857;AO=98;DP=106;FAO=99;FDP=105;FR=.;FRO=6;FSAF=35;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00623738;FXX=0.0277752;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.537;QD=53.0259;RBI=0.0116869;REFB=-0.148615;REVB=0.00988331;RO=3;SAF=35;SAR=63;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00146043;STB=0.501263;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.000651627;OID=.;OPOS=121679013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:106:105:3:6:98:99:0.942857:63:35:1:2:64:35:2:4 chr10 121685559 . G A 95.61 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0104368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.252;QD=11.5894;RBI=0.02375;REFB=-0.00710583;REVB=-0.0213339;RO=21;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254625;STB=0.515126;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0166916;OID=.;OPOS=121685559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:6:6:11:10:6:6:11:10 chr10 121693246 . A G 140.7 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00980802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.99;QD=13.088;RBI=0.011233;REFB=-0.00916058;REVB=-0.00547568;RO=27;SAF=12;SAR=4;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236483;STB=0.639812;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0119049;OID=.;OPOS=121693246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:4:12:15:12:4:12:15:12 chr10 121718112 . C T 185.8 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0124885;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2213;QD=10.9296;RBI=0.0125069;REFB=-0.0213527;REVB=-0.000679741;RO=43;SAF=5;SAR=19;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228372;STB=0.644928;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0491364;OID=.;OPOS=121718112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:43:44:24:24:0.352941:19:5:16:27:19:5:17:27 chr10 122216804 . G A 587.51 PASS AF=0.735294;AO=49;DP=67;FAO=50;FDP=68;FR=.;FRO=18;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00356791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.146;QD=34.5597;RBI=0.065576;REFB=-0.0395502;REVB=0.0654789;RO=16;SAF=30;SAR=19;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365824;STB=0.518511;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0147136;OID=.;OPOS=122216804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:16:18:49:50:0.735294:19:30:11:5:20:30:12:6 chr10 122348969 . C T 266.85 PASS AF=0.631579;AO=23;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0864876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0288;QD=28.0894;RBI=0.104011;REFB=-0.0314868;REVB=0.0577778;RO=15;SAF=13;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252838;STB=0.537747;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0285191;OID=.;OPOS=122348969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:14:23:24:0.631579:10:13:9:6:11:13:9:5 chr10 122358342 . G C 954.9 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8893;QD=58.7628;RBI=0.0531179;REFB=0;REVB=0.0421757;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397577;OID=.;OPOS=122358342;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:38:26:0:0:39:26:0:0 chr10 122358604 . C T 208.68 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00983211;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.706;QD=46.374;RBI=0.0417098;REFB=0;REVB=0.0405344;RO=1;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316306;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000841881;OID=.;OPOS=122358604;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:18:18:1:0:17:18:1:14:3:0:1:15:3:0:0 chr10 122358876 . TGA T 148.19 PASS AF=0.533333;AO=15;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0261514;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=228.079;QD=19.7586;RBI=0.0425545;REFB=-0.0176803;REVB=0.0335707;RO=13;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175363;STB=0.627028;STBP=0.161;TYPE=del;VARB=0.0164023;OID=.;OPOS=122358877;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.533333:15:30:16:30:14:5:11:8:6:99:13:5:10:7:6 chr10 122359040 . A G 103.26 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0224414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2234;QD=13.7679;RBI=0.0344565;REFB=-0.0243468;REVB=0.0261463;RO=17;SAF=8;SAR=5;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161764;STB=0.593087;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0891707;OID=.;OPOS=122359040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:5:8:13:4:5:8:13:4 chr10 122359580 . C A 257.3 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.00189086;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.185;QD=16.0811;RBI=0.00211903;REFB=-0.0108742;REVB=-0.000956534;RO=32;SAF=4;SAR=25;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298492;STB=0.634421;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0121654;OID=.;OPOS=122359580;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:32:35:29:29:0.453125:25:4:11:21:24:5:12:23 chr10 122624679 . G A 519.08 PASS AF=0.592593;AO=48;DP=81;FAO=48;FDP=81;FR=.;FRO=33;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.00603422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4222;QD=25.6337;RBI=0.0119822;REFB=-0.0143979;REVB=-0.0103519;RO=33;SAF=31;SAR=17;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14813;STB=0.581112;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0111762;OID=.;OPOS=122624679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:33:33:48:48:0.592593:17:31:15:18:17:31:15:18 chr10 122645376 . A T 100.61 PASS AF=0.382353;AO=11;DP=32;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.14122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.981;QD=11.8366;RBI=0.14178;REFB=-0.0154926;REVB=-0.0125897;RO=21;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237364;STB=0.538402;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0406911;OID=.;OPOS=122645376;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:34:21:21:11:13:0.382353:6:5:10:11:6:7:10:11 chr10 122645421 . G A 75.63 PASS AF=0.37037;AO=9;DP=26;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0532753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4996;QD=11.2049;RBI=0.0536302;REFB=-0.0210715;REVB=-0.00615892;RO=17;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126056;STB=0.612698;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.024157;OID=.;OPOS=122645421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:27:17:17:9:10:0.37037:6:3:4:13:6:4:4:13 chr10 122663585 . G A 286.26 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0283612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.312;QD=18.1754;RBI=0.029076;REFB=-0.00254976;REVB=0.00640755;RO=32;SAF=16;SAR=15;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430214;STB=0.524038;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00293772;OID=.;OPOS=122663585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:32:32:31:31:0.492063:15:16:15:17:15:16:15:17 chr10 123298158 . T C 3220.65 PASS AF=1;AO=206;DP=207;FAO=208;FDP=208;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.387;QD=61.9356;RBI=0.0417995;REFB=0;REVB=0.0372458;RO=0;SAF=93;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09609e-05;OID=.;OPOS=123298158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:207:208:0:0:206:208:1:113:93:0:0:115:93:0:0 chr10 123353299 . G A 768.12 PASS AF=0.439153;AO=82;DP=188;FAO=83;FDP=189;FR=.;FRO=106;FSAF=47;FSAR=36;FSRF=58;FSRR=48;FWDB=0.022516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5148;QD=16.2564;RBI=0.0244003;REFB=-0.00285212;REVB=0.00940237;RO=106;SAF=47;SAR=35;SRF=58;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026764;STB=0.510867;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00294949;OID=.;OPOS=123353299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:106:106:82:83:0.439153:35:47:58:48:36:47:58:48 chr10 123549691 . T G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00752448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.824;QD=56.1909;RBI=0.0225859;REFB=0;REVB=0.0212956;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08946e-05;OID=.;OPOS=123549691;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr10 123596254 . T C 367.04 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.047209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.739;QD=54.3765;RBI=0.0617792;REFB=0;REVB=0.0398495;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00064064;OID=.;OPOS=123596254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:25:27:1:19:6:0:0:20:7:0:0 chr10 123673339 . T C 712.29 PASS AF=0.980769;AO=49;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00740774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.715;QD=54.7913;RBI=0.0484229;REFB=-0.136435;REVB=0.0478529;RO=1;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200211;STB=0.5098;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00123468;OID=.;OPOS=123673339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:51:52:1:1:49:51:0.980769:23:26:0:1:25:26:0:1 chr10 123810060 . G A 134.47 PASS AF=0.517241;AO=14;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0213772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7941;QD=18.547;RBI=0.0216499;REFB=0.047085;REVB=0.00342493;RO=14;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188032;STB=0.618031;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.0229244;OID=.;OPOS=123810060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:14:15:0.517241:7:7:4:10:7:8:4:10 chr10 123844558 . A G 139.88 PASS AF=0.576923;AO=13;DP=24;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0137026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.874;QD=21.5197;RBI=0.0172925;REFB=-0.0289353;REVB=0.0105484;RO=10;SAF=6;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125864;STB=0.557303;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0233498;OID=.;OPOS=123844558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:24:26:10:11:13:15:0.576923:7:6:3:7:9:6:3:8 chr10 123845322 . T C,G 713.87 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=44,2;DP=46;FAO=44,2;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=34,2;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00533882,-0.00288495;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=92.9701,48.8993;QD=62.0754;RBI=0.0775291,0.0472407;REFB=0,0;REVB=0.077345,0.0471526;RO=0;SAF=34,2;SAR=10,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.74446e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000650487,0.126539;OID=.,.;OPOS=123845322,123845322;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:46:46:0:0:44,2:44,2:0.956522,0.0434783:10,0:34,2:0:0:10,0:34,2:0:0 chr10 123970530 . T C 1448.41 PASS AF=1;AO=82;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.05087;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.553;QD=62.2971;RBI=0.061856;REFB=0;REVB=0.0351911;RO=0;SAF=47;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.58593e-05;OID=.;OPOS=123970530;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:82:93:1:35:47:0:0:45:48:0:0 chr10 123970531 . G C 47.54 PASS AF=0.108911;AO=11;DP=101;FAO=11;FDP=101;FR=.;FRO=90;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=53;FSRR=37;FWDB=-0.013994;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.9704;QD=1.88263;RBI=0.0283928;REFB=-0.0387092;REVB=-0.0247046;RO=90;SAF=2;SAR=9;SRF=53;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.469876;STB=0.842685;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0501727;OID=.;OPOS=123970531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:101:101:90:90:11:11:0.108911:9:2:53:37:9:2:53:37 chr10 123970569 . C T 526.75 PASS AF=0.464;AO=52;DP=119;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=34;FWDB=0.00269502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1132;QD=16.8561;RBI=0.0317587;REFB=-0.00684014;REVB=-0.0316441;RO=67;SAF=23;SAR=29;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508426;STB=0.533285;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00929523;OID=.;OPOS=123970569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:125:67:67:52:58:0.464:29:23:33:34:33:25:33:34 chr10 123970587 . C T 549.34 PASS AF=0.460317;AO=58;DP=129;FAO=58;FDP=126;FR=.;FRO=68;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=0.0189227;FXX=0.023254;HRUN=6;LEN=1;MLLD=60.6378;QD=17.4394;RBI=0.0195898;REFB=0.000870844;REVB=0.0050689;RO=58;SAF=25;SAR=33;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064339;STB=0.526972;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.000160283;OID=.;OPOS=123970587;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:126:58:68:58:58:0.460317:33:25:21:37:33:25:26:42 chr10 123970722 . T A 318.76 PASS AF=0.540984;AO=33;DP=61;FAO=33;FDP=61;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0804811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3764;QD=20.9022;RBI=0.0805084;REFB=-0.0167661;REVB=-0.00209754;RO=28;SAF=10;SAR=23;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116398;STB=0.564691;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0103577;OID=.;OPOS=123970722;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:28:33:33:0.540984:23:10:12:16:23:10:12:16 chr10 123976391 . C A 974.08 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=72;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.000999537;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.525;QD=54.8778;RBI=0.00487963;REFB=-0.144809;REVB=-0.00477616;RO=3;SAF=26;SAR=42;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238606;STB=0.512638;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00183039;OID=.;OPOS=123976391;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:71:3:3:68:68:0.957746:42:26:2:1:42:26:2:1 chr10 123996934 . G A 171.16 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0275678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.772;QD=17.5551;RBI=0.0291918;REFB=0.00713597;REVB=0.0096009;RO=21;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494516;STB=0.52827;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=-0.0145079;OID=.;OPOS=123996934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:6:12:13:8:6:12:13:8 chr10 123997018 . G A 167.49 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0254185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6466;QD=16.3407;RBI=0.0445402;REFB=-0.0231728;REVB=0.0365749;RO=23;SAF=11;SAR=6;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00559472;STB=0.509081;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0339015;OID=.;OPOS=123997018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:17:18:0.439024:6:11:15:8:6:12:15:8 chr10 124036328 . G A 199.74 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0012589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.482;QD=13.5418;RBI=0.0162256;REFB=-0.0116309;REVB=-0.0161767;RO=33;SAF=11;SAR=13;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270131;STB=0.500711;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0244104;OID=.;OPOS=124036328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:59:33:35:24:24:0.40678:13:11:16:17:13:11:16:19 chr10 124066731 . T G 182.89 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00291255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5263;QD=17.4181;RBI=0.0212039;REFB=-0.00599548;REVB=-0.0210029;RO=22;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248086;STB=0.50251;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.00945858;OID=.;OPOS=124066731;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:23:19:19:0.452381:9:10:11:11:9:10:12:11 chr10 124089036 . G A 1074.05 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=76;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0331041;FXX=0.0263123;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.775;QD=58.0568;RBI=0.0346318;REFB=-0.0565503;REVB=0.0101723;RO=2;SAF=38;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02424;STB=0.506327;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000211484;OID=.;OPOS=124089036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:76:74:2:1:72:73:0.986486:34:38:2:0:34:39:1:0 chr10 124089075 . G A 300.18 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.013994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0211;QD=16.4481;RBI=0.0200371;REFB=-0.0177603;REVB=0.0143406;RO=39;SAF=19;SAR=14;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0614186;STB=0.541921;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0226298;OID=.;OPOS=124089075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:40:33:33:0.452055:14:19:20:19:14:19:20:20 chr10 124094467 . T C 116.92 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0367215;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.457;QD=9.17005;RBI=0.0405513;REFB=-0.00583442;REVB=-0.017203;RO=35;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197962;STB=0.627739;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.018095;OID=.;OPOS=124094467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:35:36:15:15:0.294118:6:9:15:20:6:9:15:21 chr10 124096035 . T C 54.99 PASS AF=0.380952;AO=7;DP=20;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0164481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.373;QD=10.4749;RBI=0.0167682;REFB=-0.0095803;REVB=-0.00326064;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272725;STB=0.618767;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00904427;OID=.;OPOS=124096035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:20:21:13:13:7:8:0.380952:3:4:4:9:4:4:4:9 chr10 124096041 . T C 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.000677208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.941;QD=14.7987;RBI=0.0164027;REFB=-0.0300399;REVB=-0.0163887;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572116;STB=0.533274;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.00996033;OID=.;OPOS=124096041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:7:4:4:9:7:4:4:9 chr10 124096061 . A C 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00361072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.956;QD=13.5055;RBI=0.00641641;REFB=-0.00468528;REVB=0.00530405;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00503811;STB=0.502954;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.00590902;OID=.;OPOS=124096061;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:7:5:7:10:7:5:7:10 chr10 124183697 . T G 32.49 PASS AF=0.0941176;AO=9;DP=87;FAO=8;FDP=85;FR=.;FRO=77;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=49;FSRR=28;FWDB=0.00020518;FXX=0.0229859;HRUN=22;LEN=1;MLLD=146.677;QD=1.52873;RBI=0.0320087;REFB=0.000616947;REVB=-0.0320081;RO=72;SAF=2;SAR=7;SRF=45;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454572;STB=0.817488;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=-0.00611108;OID=.;OPOS=124183697;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:87:85:72:77:9:8:0.0941176:7:2:45:27:6:2:49:28 chr10 124183698 . T G 103.57 PASS AF=0.184783;AO=14;DP=93;FAO=17;FDP=92;FR=.;FRO=75;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=-0.00177621;FXX=0.0107515;HRUN=22;LEN=1;MLLD=147.548;QD=4.50305;RBI=0.0316566;REFB=0.0021487;REVB=-0.0316067;RO=74;SAF=9;SAR=5;SRF=45;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04635;STB=0.509922;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=-0.00681884;OID=.;OPOS=124183698;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:74:75:14:17:0.184783:5:9:45:29:7:10:45:30 chr10 124183699 . T G 60.05 PASS AF=0.134021;AO=12;DP=97;FAO=13;FDP=97;FR=.;FRO=84;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=52;FSRR=32;FWDB=-0.00143779;FXX=0.010203;HRUN=22;LEN=1;MLLD=169.545;QD=2.47629;RBI=0.0156495;REFB=0.000122844;REVB=-0.0155833;RO=84;SAF=5;SAR=7;SRF=52;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244706;STB=0.694842;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.000726009;OID=.;OPOS=124183699;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:97:97:84:84:12:13:0.134021:7:5:52:32:8:5:52:32 chr10 124183732 . T C 3025.85 PASS AF=1;AO=189;DP=191;FAO=192;FDP=192;FR=.;FRO=0;FSAF=92;FSAR=100;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00370356;FXX=0.0103087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.446;QD=63.0386;RBI=0.0204845;REFB=-0.10397;REVB=-0.020147;RO=0;SAF=91;SAR=98;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.74328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000993868;OID=.;OPOS=124183732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:191:192:0:0:189:192:1:98:91:0:0:100:92:0:0 chr10 124189197 . A G 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0650953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3111;QD=62.35;RBI=0.0660847;REFB=0;REVB=0.0113924;RO=0;SAF=38;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000921365;OID=.;OPOS=124189197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:5:38:0:0:5:38:0:0 chr10 124214448 . G T 766.34 PASS AF=0.965517;AO=55;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0186124;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.892;QD=52.8512;RBI=0.0319678;REFB=0.000578773;REVB=0.0259908;RO=2;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254704;STB=0.513509;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000151279;OID=.;OPOS=124214448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:55:56:0.965517:36:19:0:2:36:20:0:2 chr10 124320355 . G A 236.59 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=9;FWDB=-0.0194545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.895;QD=15.7728;RBI=0.0260123;REFB=-0.0173566;REVB=-0.0172673;RO=30;SAF=17;SAR=10;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722501;STB=0.559303;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.016831;OID=.;OPOS=124320355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:33:27:27:0.45:10:17:21:9:10:17:24:9 chr10 124329710 . C A 163.74 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0121447;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.684;QD=13.3665;RBI=0.0163006;REFB=-0.01904;REVB=-0.0108727;RO=31;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206939;STB=0.620634;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0299433;OID=.;OPOS=124329710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:7:11:13:18:7:11:13:18 chr10 124329746 . A T 113.64 PASS AF=0.297872;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=47;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0114428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.34;QD=9.67123;RBI=0.0115513;REFB=-0.00566673;REVB=-0.00157965;RO=29;SAF=11;SAR=3;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403805;STB=0.763018;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0145532;OID=.;OPOS=124329746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:29:33:14:14:0.297872:3:11:13:16:3:11:14:19 chr10 124330427 . C T 288.32 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-0.00109824;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7376;QD=13.8948;RBI=0.0163919;REFB=-0.00273747;REVB=-0.016355;RO=50;SAF=19;SAR=14;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00459779;STB=0.516315;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0130451;OID=.;OPOS=124330427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:33:33:0.39759:14:19:29:21:13:20:29:21 chr10 124330459 . G A 433.69 PASS AF=0.567568;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=74;FR=.;FRO=32;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0023559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.917;QD=23.4429;RBI=0.00941845;REFB=0.0081597;REVB=-0.00911904;RO=32;SAF=27;SAR=15;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414789;STB=0.522811;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.0061865;OID=.;OPOS=124330459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:32:32:42:42:0.567568:15:27:19:13:15:27:19:13 chr10 124331867 . C T 2029.92 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0166269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.485;QD=61.5128;RBI=0.0166647;REFB=1.33328e-05;REVB=-0.00112255;RO=1;SAF=61;SAR=70;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00772787;STB=0.504064;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=1.35391e-05;OID=.;OPOS=124331867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:1:1:131:131:0.992424:70:61:1:0:70:61:1:0 chr10 124339332 . T C 1296.39 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3345;QD=61.7331;RBI=0.0257173;REFB=0;REVB=0.00442142;RO=0;SAF=34;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.55485e-05;OID=.;OPOS=124339332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:49:34:0:0:49:35:0:0 chr10 124348643 . G A 392.11 PASS AF=0.420561;AO=45;DP=107;FAO=45;FDP=107;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.0213884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.429;QD=14.6582;RBI=0.0228738;REFB=-0.0117275;REVB=-0.00810823;RO=62;SAF=22;SAR=23;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0550927;STB=0.530989;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0168758;OID=.;OPOS=124348643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:62:62:45:45:0.420561:23:22:27:35:23:22:27:35 chr10 124351013 . C T 359.61 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.026785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2286;QD=14.9839;RBI=0.028134;REFB=0.00472343;REVB=0.00860727;RO=57;SAF=17;SAR=22;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05371;STB=0.530362;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.00516587;OID=.;OPOS=124351013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:57:57:39:39:0.40625:22:17:22:35:22:17:22:35 chr10 124351954 . G A 506.87 PASS AF=0.545455;AO=48;DP=88;FAO=48;FDP=88;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0214973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.581;QD=23.0393;RBI=0.0297315;REFB=-0.0194237;REVB=0.0205385;RO=40;SAF=21;SAR=27;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313332;STB=0.517234;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.00645925;OID=.;OPOS=124351954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:40:40:48:48:0.545455:27:21:19:21:27:21:19:21 chr10 124353100 . C T 165.19 PASS AF=0.27381;AO=23;DP=84;FAO=23;FDP=84;FR=.;FRO=61;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=-0.0188515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.9;QD=7.86622;RBI=0.0190561;REFB=0.000764484;REVB=-0.00278481;RO=61;SAF=13;SAR=10;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205529;STB=0.62273;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.00258819;OID=.;OPOS=124353100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:61:61:23:23:0.27381:10:13:24:37:10:13:24:37 chr10 124357536 . T A 675.45 PASS AF=0.515385;AO=66;DP=129;FAO=67;FDP=130;FR=.;FRO=63;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=24;FSRR=39;FWDB=0.0698148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3524;QD=20.783;RBI=0.0745593;REFB=-0.00910288;REVB=-0.0261722;RO=63;SAF=24;SAR=42;SRF=24;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016504;STB=0.50404;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.00986688;OID=.;OPOS=124357536;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:63:63:66:67:0.515385:42:24:24:39:42:25:24:39 chr10 124358420 . C G 530.71 PASS AF=0.448819;AO=56;DP=126;FAO=57;FDP=127;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=39;FWDB=0.0427269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4433;QD=16.7154;RBI=0.0627443;REFB=0.00583491;REVB=0.0459485;RO=70;SAF=27;SAR=29;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392103;STB=0.526685;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=-0.00778978;OID=.;OPOS=124358420;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:127:70:70:56:57:0.448819:29:27:31:39:29:28:31:39 chr10 124358483 . G A 561.29 PASS AF=0.536082;AO=52;DP=95;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0482418;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.486;QD=23.1458;RBI=0.0527113;REFB=-0.0133286;REVB=-0.0212417;RO=43;SAF=20;SAR=32;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107398;STB=0.560237;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0158439;OID=.;OPOS=124358483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:43:45:52:52:0.536082:32:20:22:21:32:20:23:22 chr10 124377608 . A G 313.1 PASS AF=0.393258;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=89;FR=.;FRO=54;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=45;FWDB=0.0226528;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.285;QD=14.0718;RBI=0.0257635;REFB=-0.0116077;REVB=-0.0122722;RO=53;SAF=6;SAR=29;SRF=9;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00302207;STB=0.505117;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0206088;OID=.;OPOS=124377608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:53:54:35:35:0.393258:29:6:9:44:29:6:9:45 chr10 124377837 . T C 479.93 PASS AF=0.485714;AO=51;DP=105;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00688818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.304;QD=18.2831;RBI=0.0251619;REFB=-0.0145371;REVB=0.0242007;RO=54;SAF=19;SAR=32;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872909;STB=0.548481;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0159343;OID=.;OPOS=124377837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:54:54:51:51:0.485714:32:19:25:29:32:19:25:29 chr10 124379794 . G A 428.6 PASS AF=0.342282;AO=51;DP=150;FAO=51;FDP=149;FR=.;FRO=98;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=40;FSRR=58;FWDB=0.0125019;FXX=0.00666622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.113;QD=11.506;RBI=0.0138958;REFB=0.0124408;REVB=0.00606582;RO=98;SAF=23;SAR=28;SRF=40;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498379;STB=0.528583;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=-0.0270524;OID=.;OPOS=124379794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:149:98:98:51:51:0.342282:28:23:40:58:28:23:40:58 chr10 124380676 . C A 441.15 PASS AF=0.445455;AO=45;DP=106;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0034395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.103;QD=16.0418;RBI=0.0222287;REFB=-0.0240409;REVB=0.021961;RO=61;SAF=17;SAR=28;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119758;STB=0.584042;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0294197;OID=.;OPOS=124380676;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:110:61:61:45:49:0.445455:28:17:30:31:32:17:30:31 chr10 124402677 . A G 310.39 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0232504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0888;QD=21.4061;RBI=0.0346052;REFB=-0.0163105;REVB=-0.0256308;RO=26;SAF=21;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13337;STB=0.573984;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0115351;OID=.;OPOS=124402677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:11:21:13:13:11:21:13:13 chr10 124457452 . C T 1539.0 PASS AF=0.990654;AO=103;DP=106;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0273454;FXX=0.0272702;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.99;QD=57.5327;RBI=0.0307757;REFB=-0.170379;REVB=0.01412;RO=2;SAF=39;SAR=64;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00465408;STB=0.503816;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00337971;OID=.;OPOS=124457452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:106:107:2:1:103:106:0.990654:64:39:1:1:65:41:0:1 chr10 124457906 . C T 622.15 PASS AF=0.529915;AO=62;DP=118;FAO=62;FDP=117;FR=.;FRO=55;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=0.00414105;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.545;QD=21.2699;RBI=0.013589;REFB=-0.00595086;REVB=-0.0129426;RO=54;SAF=27;SAR=35;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105858;STB=0.561359;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00532189;OID=.;OPOS=124457906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:54:55:62:62:0.529915:35:27:17:37:35:27:17:38 chr10 124457969 . C G 149.42 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0477251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6124;QD=9.63965;RBI=0.0534113;REFB=0.0240551;REVB=-0.0239809;RO=42;SAF=5;SAR=15;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333147;STB=0.698067;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.0728846;OID=.;OPOS=124457969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:42:20:20:0.322581:15:5:22:20:15:5:22:20 chr10 124459139 . T C 277.34 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00851608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4525;QD=18.4892;RBI=0.00852244;REFB=0.01515;REVB=-0.000329342;RO=30;SAF=14;SAR=16;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300353;STB=0.516767;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=-0.0149764;OID=.;OPOS=124459139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:16:14:13:17:16:14:13:17 chr10 124596428 . C T 125.21 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=68;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.017313;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.646;QD=7.58847;RBI=0.0173371;REFB=-0.0131058;REVB=0.000912734;RO=47;SAF=10;SAR=8;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104502;STB=0.555494;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0383041;OID=.;OPOS=124596428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:47:48:18:18:0.272727:8:10:22:25:8:10:23:25 chr10 124600798 . C A 233.39 PASS AF=0.333333;AO=28;DP=87;FAO=29;FDP=87;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.0233803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9478;QD=10.7306;RBI=0.0241446;REFB=-0.0108167;REVB=-0.00602683;RO=57;SAF=16;SAR=12;SRF=20;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249655;STB=0.635425;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0235759;OID=.;OPOS=124600798;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:57:58:28:29:0.333333:12:16:20:37:13:16:20:38 chr10 124600834 . G C 190.85 PASS AF=0.358209;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=67;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=-0.0667675;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.101;QD=11.3942;RBI=0.0690472;REFB=-0.00899344;REVB=-0.0175962;RO=42;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139014;STB=0.567847;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0121669;OID=.;OPOS=124600834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:42:43:24:24:0.358209:15:9:11:31:15:9:12:31 chr10 124605303 . C T 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00698502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.537;QD=11.3324;RBI=0.0112803;REFB=-0.00795862;REVB=0.00885743;RO=27;SAF=9;SAR=5;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101276;STB=0.560351;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0158999;OID=.;OPOS=124605303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:5:9:15:12:5:9:15:12 chr10 124610027 . G A 475.27 PASS AF=0.474747;AO=48;DP=99;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0135791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6548;QD=19.2028;RBI=0.0475665;REFB=-0.0138839;REVB=-0.0455871;RO=51;SAF=18;SAR=30;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735419;STB=0.532454;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0167844;OID=.;OPOS=124610027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:51:52:48:47:0.474747:30:18:23:28:29:18:23:29 chr10 124647973 . C T 424.16 PASS AF=0.428571;AO=48;DP=112;FAO=48;FDP=112;FR=.;FRO=64;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=-0.00842294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.298;QD=15.1484;RBI=0.0172148;REFB=-0.00519829;REVB=0.0150135;RO=64;SAF=31;SAR=17;SRF=40;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022981;STB=0.512908;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00683336;OID=.;OPOS=124647973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:64:64:48:48:0.428571:17:31:40:24:17:31:40:24 chr10 124712463 . C T 338.24 PASS AF=0.37963;AO=41;DP=108;FAO=41;FDP=108;FR=.;FRO=67;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.0353238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2548;QD=12.5273;RBI=0.0644032;REFB=0.0190068;REVB=0.0538516;RO=67;SAF=23;SAR=18;SRF=38;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00684712;STB=0.503899;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=-0.0252871;OID=.;OPOS=124712463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:67:67:41:41:0.37963:18:23:38:29:18:23:38:29 chr10 124740079 . G A 640.62 PASS AF=0.629213;AO=56;DP=86;FAO=56;FDP=89;FR=.;FRO=33;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.0276706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.337;QD=28.792;RBI=0.0281802;REFB=-0.0353269;REVB=0.00533519;RO=30;SAF=31;SAR=25;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131521;STB=0.508334;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0197146;OID=.;OPOS=124740079;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:89:30:33:56:56:0.629213:25:31:16:14:25:31:19:14 chr10 124742792 . G A 512.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.945;QD=58.5875;RBI=0.038607;REFB=0;REVB=0.0348576;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000677586;OID=.;OPOS=124742792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:10:24:0:0:10:25:0:0 chr10 124742858 . G A 226.02 PASS AF=0.397059;AO=26;DP=66;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0480077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5621;QD=13.2953;RBI=0.0550723;REFB=-0.0058206;REVB=-0.0269855;RO=39;SAF=22;SAR=4;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359075;STB=0.705343;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00863827;OID=.;OPOS=124742858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:68:39:41:26:27:0.397059:4:22:23:16:4:23:25:16 chr10 124742895 . G C 1036.09 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0354224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.089;QD=56.7721;RBI=0.0377971;REFB=-0.00951755;REVB=0.0131863;RO=1;SAF=43;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165877;STB=0.503025;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.000220275;OID=.;OPOS=124742895;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:1:2:71:71:0.972603:28:43:0:1:28:43:1:1 chr10 124816515 . C G 182.91 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.030891;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0227;QD=16.6284;RBI=0.0322737;REFB=0.000308827;REVB=-0.00934564;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164133;STB=0.593728;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00271523;OID=.;OPOS=124816515;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:25:25:19:19:0.431818:9:10:9:16:9:10:9:16 chr10 125426412 . A G 202.0 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0169565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.501;QD=21.2633;RBI=0.0170978;REFB=-0.0079521;REVB=-0.00219412;RO=18;SAF=14;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228507;STB=0.629079;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00660812;OID=.;OPOS=125426412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:6:14:8:10:6:14:8:10 chr10 125426565 . G C 1260.25 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00957772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9359;QD=61.4757;RBI=0.0167693;REFB=0;REVB=0.013765;RO=0;SAF=29;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51863e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01466e-05;OID=.;OPOS=125426565;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:82:0:0:80:82:1:51:29:0:0:52:30:0:0 chr10 125449015 . G A 747.05 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0507356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0728;QD=63.579;RBI=0.0507361;REFB=0;REVB=0.000231766;RO=0;SAF=38;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000244041;OID=.;OPOS=125449015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:9:38:0:0:9:38:0:0 chr10 125450857 . C G 574.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0980305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.939;QD=60.4329;RBI=0.124716;REFB=0;REVB=0.0770973;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000775935;OID=.;OPOS=125450857;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:21:16:0:0:22:16:0:0 chr10 125506302 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00436481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.401;QD=60.61;RBI=0.0303127;REFB=0;REVB=0.0299968;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.68767e-05;OID=.;OPOS=125506302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr10 125521533 . G A 139.7 PASS AF=0.363636;AO=15;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00934615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.625;QD=12.6997;RBI=0.0308593;REFB=-0.00552814;REVB=0.0294099;RO=25;SAF=8;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.05679;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0082959;OID=.;OPOS=125521533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:28:15:16:0.363636:7:8:12:13:8:8:14:14 chr10 125521590 . G A 62.68 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0228414;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.712;QD=8.08735;RBI=0.0335805;REFB=0.00174441;REVB=0.0246155;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905072;STB=0.53948;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.0127835;OID=.;OPOS=125521590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:19:22:9:9:0.290323:5:4:10:9:5:4:11:11 chr10 125528048 . G A 1988.19 PASS AF=0.977778;AO=128;DP=136;FAO=132;FDP=135;FR=.;FRO=3;FSAF=58;FSAR=74;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0267527;FXX=0.0217376;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.024;QD=58.9095;RBI=0.0316648;REFB=-0.0809362;REVB=0.0169397;RO=3;SAF=55;SAR=73;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252113;STB=0.512603;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.000419388;OID=.;OPOS=125528048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:136:135:3:3:128:132:0.977778:73:55:3:0:74:58:3:0 chr10 125601975 . G A 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0157522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.698;QD=15.2623;RBI=0.0379627;REFB=-0.00575933;REVB=-0.0345403;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112115;STB=0.565116;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00511977;OID=.;OPOS=125601975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:8:5:8:8:8:5:8:8 chr10 125804385 . A G 314.89 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00738527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.43;QD=19.9928;RBI=0.0100376;REFB=-0.0309555;REVB=-0.0067979;RO=30;SAF=12;SAR=21;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333037;STB=0.518507;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0194168;OID=.;OPOS=125804385;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:21:12:12:18:21:12:12:18 chr10 126089434 . G A 84.01 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0243644;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.45;QD=8.6168;RBI=0.0245533;REFB=-0.00209598;REVB=-0.0030399;RO=28;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279152;STB=0.67093;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0130102;OID=.;OPOS=126089434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:40:39:28:28:11:11:0.282051:4:7:11:17:4:7:11:17 chr10 126172863 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.375;QD=57.2025;RBI=0.0444581;REFB=0;REVB=-0.0208456;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015684;OID=.;OPOS=126172863;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr10 126517989 . G A 358.03 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.00133072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1775;QD=19.6179;RBI=0.0320141;REFB=-0.0425103;REVB=-0.0319865;RO=36;SAF=21;SAR=16;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085047;STB=0.547257;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0315709;OID=.;OPOS=126517989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:16:21:17:19:16:21:17:19 chr10 126674093 . T C 557.08 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00766635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.469;QD=60.2246;RBI=0.0538973;REFB=0;REVB=0.0533492;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214352;OID=.;OPOS=126674093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:17:20:0:0:17:20:0:0 chr10 126674227 . C CT 671.63 PASS AF=1;AO=78;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025685;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=9.32798;QD=28.2792;RBI=0.168427;REFB=0.0366619;REVB=-0.166457;RO=7;SAF=32;SAR=46;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257464;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000566746;OID=.;OPOS=126674228;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:78:93:95:95:0:39:56:0:0:13:7:32:46:4:3 chr10 126677239 . GAAGAA G 211.2 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0123303;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=5;MLLD=253.361;QD=49.6934;RBI=0.0172231;REFB=0;REVB=-0.0120248;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000106873;OID=.;OPOS=126677240;OREF=AAGAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:17:17:17:0:11:6:0:0:4:0:11:6:0:0 chr10 126683087 . T C 41.84 PASS AF=0.104167;AO=9;DP=95;FAO=10;FDP=96;FR=.;FRO=86;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=53;FSRR=33;FWDB=-0.00683741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.049;QD=1.74351;RBI=0.0356847;REFB=-0.00255817;REVB=0.0350235;RO=86;SAF=3;SAR=6;SRF=53;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31793;STB=0.6864;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0399768;OID=.;OPOS=126683087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:95:96:86:86:9:10:0.104167:6:3:53:33:6:4:53:33 chr10 126683123 . A C 57.55 PASS AF=0.135417;AO=12;DP=91;FAO=13;FDP=96;FR=.;FRO=83;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=-0.0982712;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.2844;QD=2.39791;RBI=0.0985076;REFB=-0.00682383;REVB=-0.00682052;RO=79;SAF=3;SAR=9;SRF=44;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37316;STB=0.726373;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0400069;OID=.;OPOS=126683123;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:91:96:79:83:12:13:0.135417:9:3:44:35:9:4:48:35 chr10 126683150 . AC AT,GT 43.78 PASS AF=0.0813953,0.0465116;AO=6,4;DP=87;FAO=7,4;FDP=86;FR=.;FRO=75;FSAF=2,1;FSAR=5,3;FSRF=45;FSRR=30;FWDB=-0.00349202,0.00635525;FXX=0.0114929;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=69.1882,114.93;QD=2.03633;RBI=0.0404965,0.0439866;REFB=0.0024518,0.00116185;REVB=-0.0403457,-0.0435251;RO=74;SAF=1,1;SAR=5,3;SRF=44;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.436781,-0.305616;STB=0.769781,0.805642;STBP=0.179,0.289;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00123364,-0.0187313;OID=.,.;OPOS=126683151,126683150;OREF=C,AC;OALT=T,GT;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:87:86:74:75:6,4:7,4:0.0813953,0.0465116:5,3:1,1:44:30:5,3:2,1:45:30 chr10 126683162 . C T 61.29 PASS AF=0.148148;AO=12;DP=81;FAO=12;FDP=81;FR=.;FRO=69;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=42;FSRR=27;FWDB=-0.0243912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.571;QD=3.0266;RBI=0.0244632;REFB=-0.00459302;REVB=0.00187516;RO=69;SAF=4;SAR=8;SRF=42;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332121;STB=0.724058;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0176931;OID=.;OPOS=126683162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:81:81:69:69:12:12:0.148148:8:4:42:27:8:4:42:27 chr10 126683190 . C A 57.62 PASS AF=0.166667;AO=10;DP=60;FAO=10;FDP=60;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0164494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.151;QD=3.84123;RBI=0.0176445;REFB=0.000329822;REVB=-0.00638342;RO=48;SAF=3;SAR=7;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364429;STB=0.752693;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00149562;OID=.;OPOS=126683190;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:60:60:48:50:10:10:0.166667:7:3:29:19:7:3:31:19 chr10 126683197 . T C 30.79 PASS AF=0.111111;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=54;FR=.;FRO=48;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00798302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.262;QD=2.28096;RBI=0.0171442;REFB=-0.00204777;REVB=-0.0151721;RO=46;SAF=2;SAR=4;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24157;STB=0.698153;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0342831;OID=.;OPOS=126683197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:54:54:46:48:6:6:0.111111:4:2:25:21:4:2:27:21 chr10 126691608 . C T 36.74 PASS AF=0.14;AO=5;DP=49;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=12;FWDB=-0.0016517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.28;QD=2.93949;RBI=0.0103508;REFB=-0.00959189;REVB=-0.0102182;RO=44;SAF=2;SAR=3;SRF=32;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36932;STB=0.636017;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0496024;OID=.;OPOS=126691608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:49:50:44:43:5:7:0.14:3:2:32:12:3:4:31:12 chr10 126691631 . T A 40.65 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.00818607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.795;QD=3.45978;RBI=0.00864797;REFB=-0.00111558;REVB=-0.0027885;RO=39;SAF=3;SAR=4;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222348;STB=0.662287;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00419238;OID=.;OPOS=126691631;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:39:40:7:7:0.148936:4:3:24:15:4:3:25:15 chr10 126691634 . T A 33.29 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0230115;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.69;QD=2.95879;RBI=0.0333124;REFB=-0.0074853;REVB=-0.024087;RO=39;SAF=3;SAR=3;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137516;STB=0.599681;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0317306;OID=.;OPOS=126691634;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:46:45:39:39:6:6:0.133333:3:3:24:15:3:3:24:15 chr10 126714714 . G C 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0498778;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.692;QD=12.737;RBI=0.0508299;REFB=-0.0142098;REVB=0.00979204;RO=10;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763832;STB=0.545344;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0178758;OID=.;OPOS=126714714;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:5:3:3:7:5:3:3:7 chr10 126714966 . A G 39.05 PASS AF=0.461538;AO=5;DP=12;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0127934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1172;QD=12.0166;RBI=0.098583;REFB=-0.0210672;REVB=-0.0977494;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115149;STB=0.529316;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00467016;OID=.;OPOS=126714966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:12:13:7:7:5:6:0.461538:2:3:5:2:2:4:5:2 chr10 126715154 . A G 225.82 PASS AF=0.617647;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0107158;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.881;QD=26.5672;RBI=0.0114473;REFB=-0.0394191;REVB=0.00402656;RO=13;SAF=12;SAR=9;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231308;STB=0.627981;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0272302;OID=.;OPOS=126715154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:13:13:21:21:0.617647:9:12:3:10:9:12:3:10 chr10 126715629 . C T 169.2 PASS AF=0.375;AO=20;DP=57;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0315858;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4266;QD=12.0858;RBI=0.046917;REFB=-0.00657203;REVB=0.0346922;RO=35;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254582;STB=0.656575;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.023738;OID=.;OPOS=126715629;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:35:35:20:21:0.375:9:11:11:24:9:12:11:24 chr10 126727602 . T A 36.96 PASS AF=0.0892857;AO=10;DP=112;FAO=10;FDP=112;FR=.;FRO=102;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=73;FWDB=-0.0232014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.518;QD=1.31988;RBI=0.0248517;REFB=0.000420048;REVB=0.00890507;RO=101;SAF=1;SAR=9;SRF=29;SRR=72;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311105;STB=0.76638;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=-0.00326463;OID=.;OPOS=126727602;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:112:112:101:102:10:10:0.0892857:9:1:29:72:9:1:29:73 chr10 126727604 . T C 32.4 PASS AF=0.0810811;AO=11;DP=111;FAO=9;FDP=111;FR=.;FRO=102;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=73;FWDB=-0.0659144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1324;QD=1.16743;RBI=0.068142;REFB=-0.00223036;REVB=-0.0172807;RO=99;SAF=2;SAR=9;SRF=28;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160899;STB=0.746989;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0362233;OID=.;OPOS=126727604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:111:111:99:102:11:9:0.0810811:9:2:28:71:8:1:29:73 chr10 126727630 . T G 30.65 PASS AF=0.0869565;AO=8;DP=96;FAO=8;FDP=92;FR=.;FRO=84;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=63;FWDB=0.00454148;FXX=0.0416623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.582;QD=1.33239;RBI=0.0126542;REFB=-0.00139448;REVB=0.0118111;RO=82;SAF=2;SAR=6;SRF=21;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00909442;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0180355;OID=.;OPOS=126727630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:96:92:82:84:8:8:0.0869565:6:2:21:61:6:2:21:63 chr10 127265374 . T C 562.76 PASS AF=0.535354;AO=51;DP=96;FAO=53;FDP=99;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0300447;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.543;QD=22.7376;RBI=0.0443862;REFB=-0.0304931;REVB=0.0326718;RO=44;SAF=19;SAR=32;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525093;STB=0.537698;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0153464;OID=.;OPOS=127265374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:99:44:46:51:53:0.535354:32:19:19:25:34:19:20:26 chr10 127445408 . G T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5225;QD=44.6895;RBI=0.10232;REFB=0;REVB=-0.0990117;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00593044;OID=.;OPOS=127445408;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr10 127462525 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.328;QD=44.6895;RBI=0.0523852;REFB=0;REVB=0.0189906;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158131;OID=.;OPOS=127462525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr10 127579210 . T C 413.16 PASS AF=0.368421;AO=49;DP=133;FAO=49;FDP=133;FR=.;FRO=84;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=0.0133054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.137;QD=12.4258;RBI=0.0139339;REFB=-0.00725014;REVB=0.00413741;RO=83;SAF=26;SAR=23;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537488;STB=0.534342;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0139092;OID=.;OPOS=127579210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:83:84:49:49:0.368421:23:26:40:43:23:26:40:44 chr10 127579238 . G T 179.47 PASS AF=0.214815;AO=29;DP=135;FAO=29;FDP=135;FR=.;FRO=106;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=59;FSRR=47;FWDB=-0.00941917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.742;QD=5.31751;RBI=0.00979649;REFB=-0.00482425;REVB=-0.00269265;RO=106;SAF=12;SAR=17;SRF=59;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179698;STB=0.611064;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0282417;OID=.;OPOS=127579238;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:106:106:29:29:0.214815:17:12:59:47:17:12:59:47 chr10 127724778 . A G 423.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.739;QD=56.4865;RBI=0.0688643;REFB=0;REVB=0.0672656;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349209;OID=.;OPOS=127724778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:30:0:0:27:30:1:9:18:0:0:11:19:0:0 chr10 127730728 . C T 339.22 PASS AF=0.473684;AO=36;DP=76;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0194879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.072;QD=17.8536;RBI=0.0311849;REFB=-0.0250839;REVB=-0.0243458;RO=40;SAF=28;SAR=8;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303322;STB=0.671129;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0193814;OID=.;OPOS=127730728;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:40:40:36:36:0.473684:8:28:20:20:8:28:20:20 chr10 127753478 . G A 101.88 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00110571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.189;QD=8.85943;RBI=0.0118149;REFB=-0.000263804;REVB=0.0117631;RO=33;SAF=6;SAR=7;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117568;STB=0.571322;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.000680615;OID=.;OPOS=127753478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:7:6:12:21:7:6:12:21 chr10 127789698 . T C 664.03 PASS AF=0.511628;AO=65;DP=127;FAO=66;FDP=129;FR=.;FRO=63;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.000610351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.517;QD=20.5899;RBI=0.0350495;REFB=-0.000195048;REVB=0.0350442;RO=61;SAF=40;SAR=25;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232851;STB=0.517573;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.000222435;OID=.;OPOS=127789698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:129:61:63:65:66:0.511628:25:40:36:25:26:40:36:27 chr10 127834139 . T G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.399;QD=48.7373;RBI=0.0133071;REFB=0;REVB=0.000390844;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21936e-05;OID=.;OPOS=127834139;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr10 128019025 . C G 543.54 PASS AF=0.513761;AO=56;DP=109;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.00618149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.7364;QD=19.9463;RBI=0.0265658;REFB=-0.00798646;REVB=0.0258366;RO=52;SAF=28;SAR=28;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672413;STB=0.54127;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.00622969;OID=.;OPOS=128019025;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:52:53:56:56:0.513761:28:28:30:22:28:28:31:22 chr10 128192985 . C T 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00971973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.683;QD=5.37736;RBI=0.0253025;REFB=0.00278173;REVB=-0.0233612;RO=25;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108265;STB=0.571225;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.00996955;OID=.;OPOS=128192985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:3:4:12:13:3:4:12:13 chr10 128202435 . T C 223.46 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00946451;FXX=0.020404;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.0129;QD=18.6216;RBI=0.0137707;REFB=0.0031265;REVB=0.0100028;RO=21;SAF=18;SAR=4;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.433027;STB=0.762452;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00286852;OID=.;OPOS=128202435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:26:22:22:0.458333:4:18:8:13:4:18:10:16 chr10 128926013 . A G 1377.52 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.161;QD=62.6146;RBI=0.027742;REFB=0;REVB=0.0168594;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67496e-05;OID=.;OPOS=128926013;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:51:37:0:0:51:37:0:0 chr10 128974621 . C T 129.47 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0327699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.33;QD=32.3681;RBI=0.0330221;REFB=-0.00201056;REVB=0.00407324;RO=3;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244184;STB=0.636146;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.000723455;OID=.;OPOS=128974621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:13:13:0.8125:4:9:0:3:4:9:0:3 chr10 129216658 . T C 371.65 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00793598;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.995;QD=20.0893;RBI=0.0425633;REFB=-0.0391338;REVB=-0.0418169;RO=35;SAF=20;SAR=18;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392371;STB=0.527882;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0304255;OID=.;OPOS=129216658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:35:36:38:38:0.513514:18:20:20:15:18:20:21:15 chr10 129242515 . G A 275.45 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0162461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.497;QD=25.6228;RBI=0.0164603;REFB=-0.0227607;REVB=0.00264686;RO=17;SAF=5;SAR=20;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155182;STB=0.607501;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0148047;OID=.;OPOS=129242515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:18:25:25:0.581395:20:5:6:11:20:5:7:11 chr10 129249662 . G A 754.45 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0157676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.174;QD=54.8689;RBI=0.0576704;REFB=-0.131944;REVB=0.0554731;RO=1;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184728;STB=0.5098;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00240337;OID=.;OPOS=129249662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:1:1:53:54:0.981818:25:28:0:1:25:29:0:1 chr10 129249676 . C T 255.55 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0219448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.73;QD=17.9332;RBI=0.0384777;REFB=-0.0223055;REVB=0.0316063;RO=28;SAF=17;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978324;STB=0.546942;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0200167;OID=.;OPOS=129249676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:29:28:28:0.491228:11:17:14:14:11:17:15:14 chr10 129249693 . G A 336.17 PASS AF=0.566667;AO=33;DP=59;FAO=34;FDP=60;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.000144138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.852;QD=22.4116;RBI=0.0707872;REFB=-0.0397603;REVB=0.070787;RO=23;SAF=20;SAR=13;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974276;STB=0.522075;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.026398;OID=.;OPOS=129249693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:23:26:33:34:0.566667:13:20:11:12:14:20:14:12 chr10 129249701 . C G 848.39 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.071853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9214;QD=57.5178;RBI=0.0985586;REFB=0;REVB=0.0674607;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157992;OID=.;OPOS=129249701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:26:31:0:0:26:33:0:0 chr10 129534478 . A AGCGCGGC 54.15 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172752;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=7;MLLD=290.082;QD=36.1013;RBI=0.01999;REFB=0;REVB=-0.0100581;RO=0;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000339098;OID=.;OPOS=129534479;OREF=-;OALT=GCGCGGC;OMAPALT=AGCGCGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:5:6:6:6:0:5:1:0:0:3:0:4:1:0:0 chr10 129534679 . T C 1190.53 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.927;QD=61.053;RBI=0.0590695;REFB=0;REVB=0.0568175;RO=0;SAF=47;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010784;OID=.;OPOS=129534679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:78:0:0:72:78:1:25:47:0:0:31:47:0:0 chr10 129534739 . C G 1389.73 PASS AF=0.933962;AO=99;DP=106;FAO=99;FDP=106;FR=.;FRO=7;FSAF=33;FSAR=66;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00826221;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.208;QD=52.4425;RBI=0.019819;REFB=-0.235244;REVB=-0.0180147;RO=3;SAF=33;SAR=66;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411828;STB=0.517479;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0137718;OID=.;OPOS=129534739;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:106:106:3:7:99:99:0.933962:66:33:3:0:66:33:4:3 chr10 129534864 . A C 803.81 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03837;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.944;QD=57.415;RBI=0.0384407;REFB=0;REVB=0.00233063;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60886e-05;OID=.;OPOS=129534864;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:33:23:0:0:33:23:0:0 chr10 129845902 . G A 200.58 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0200097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.856;QD=17.0705;RBI=0.0668425;REFB=-0.0239163;REVB=0.0637772;RO=26;SAF=8;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15506;STB=0.588392;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0401556;OID=.;OPOS=129845902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:13:8:14:12:13:8:14:12 chr10 129866449 . C G 183.9 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0933199;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7599;QD=17.9412;RBI=0.113337;REFB=-0.017463;REVB=0.0643168;RO=21;SAF=13;SAR=6;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032624;STB=0.527245;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.02409;OID=.;OPOS=129866449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:22:19:19:0.463415:6:13:15:6:6:13:16:6 chr10 129871690 . A G 230.18 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0592777;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.2101;QD=21.9215;RBI=0.0668112;REFB=-0.0395044;REVB=-0.0308205;RO=20;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170322;STB=0.595155;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0221057;OID=.;OPOS=129871690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:20:20:22:22:0.52381:11:11:14:6:11:11:14:6 chr10 129882401 . CG AC,TG 238.12 PASS AF=0,0.4;AO=4,27;DP=71;FAO=0,28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=0,17;FSAR=0,11;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.104032,-0.000938496;FXX=0.0140825;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=32.0907,87.1475;QD=13.6068;RBI=0.157903,0.0527093;REFB=-0.0294922,-0.00103297;REVB=-0.118788,-0.052701;RO=38;SAF=0,17;SAR=4,10;SRF=23;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.62073,0.0265774;STB=0.5,0.536816;STBP=1,0.661;TYPE=mnp,snp;VARB=0,0.0119852;OID=.,.;OPOS=129882401,129882401;OREF=CG,C;OALT=AC,T;OMAPALT=AC,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:71:70:38:42:4,27:0,28:0,0.4:4,10:0,17:23:15:0,11:0,17:23:19 chr10 129883370 . A G 1177.76 PASS AF=0.515556;AO=116;DP=225;FAO=116;FDP=225;FR=.;FRO=109;FSAF=60;FSAR=56;FSRF=58;FSRR=51;FWDB=0.0220931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9861;QD=20.9379;RBI=0.0221114;REFB=-0.0182374;REVB=-0.000899792;RO=105;SAF=60;SAR=56;SRF=58;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306084;STB=0.507214;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0161079;OID=.;OPOS=129883370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:105:109:116:116:0.515556:56:60:58:47:56:60:58:51 chr10 129883933 . C T 228.34 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0228131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.154;QD=21.7465;RBI=0.0231156;REFB=-3.82681e-05;REVB=0.00372723;RO=20;SAF=13;SAR=9;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202833;STB=0.613632;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.000130558;OID=.;OPOS=129883933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:20:20:22:22:0.52381:9:13:7:13:9:13:7:13 chr10 129899543 . C T 342.69 PASS AF=0.368421;AO=42;DP=114;FAO=42;FDP=114;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=29;FWDB=0.0085054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.075;QD=12.024;RBI=0.00851924;REFB=-0.00849079;REVB=0.000485276;RO=72;SAF=20;SAR=22;SRF=43;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133385;STB=0.576024;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0145879;OID=.;OPOS=129899543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:72:72:42:42:0.368421:22:20:43:29:22:20:43:29 chr10 129899578 . T C 1792.22 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=120;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0236241;FXX=0.00833264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.285;QD=60.2426;RBI=0.0439522;REFB=0.0246255;REVB=0.0370634;RO=1;SAF=59;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0079824;STB=0.504201;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=4.72001e-05;OID=.;OPOS=129899578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:120:119:1:1:118:118:0.991597:59:59:1:0:59:59:1:0 chr10 129899778 . G C 1212.15 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00114812;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7007;QD=61.3747;RBI=0.0529009;REFB=0;REVB=0.0528884;RO=0;SAF=50;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287284;OID=.;OPOS=129899778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:29:50:0:0:29:50:0:0 chr10 129899922 . T C 193.18 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0318001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7008;QD=16.4412;RBI=0.0345131;REFB=0.00785282;REVB=0.013413;RO=27;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311812;STB=0.517839;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=-0.00945675;OID=.;OPOS=129899922;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:12:8:10:17:12:8:10:17 chr10 129901393 . T C 2143.71 PASS AF=1;AO=134;DP=134;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341872;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.705;QD=63.0503;RBI=0.0498761;REFB=0;REVB=0.0363161;RO=0;SAF=59;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.98129e-05;OID=.;OPOS=129901393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:136:0:0:134:136:1:75:59:0:0:76:60:0:0 chr10 129901570 . C T 499.66 PASS AF=0.486239;AO=53;DP=109;FAO=53;FDP=109;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.0151141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.596;QD=18.336;RBI=0.0152924;REFB=-0.012904;REVB=-0.00232834;RO=55;SAF=21;SAR=32;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0381929;STB=0.517235;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00864641;OID=.;OPOS=129901570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:55:56:53:53:0.486239:32:21:24:31:32:21:24:32 chr10 129901722 . G A 754.41 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208093;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.666;QD=56.9362;RBI=0.0224065;REFB=0;REVB=0.00830795;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.19126e-05;OID=.;OPOS=129901722;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:32:21:0:0:32:21:0:0 chr10 129901726 . C T 779.13 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00405326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.539;QD=56.6639;RBI=0.072767;REFB=0;REVB=0.0726541;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223784;OID=.;OPOS=129901726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:55:0:0:51:55:1:32:19:0:0:35:20:0:0 chr10 129901825 . T C 993.36 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0100164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.465;QD=57.5862;RBI=0.0112961;REFB=0.0214669;REVB=0.00522235;RO=1;SAF=40;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116708;STB=0.506171;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-6.09432e-05;OID=.;OPOS=129901825;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:28:40:1:0:28:40:1:0 chr10 129901946 . T G 1344.74 PASS AF=1;AO=83;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0453118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.016;QD=61.8269;RBI=0.0663476;REFB=0;REVB=0.0484649;RO=1;SAF=44;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106431;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186981;OID=.;OPOS=129901946;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:1:0:83:87:1:39:44:1:0:39:48:0:0 chr10 129902158 . C T 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.802;QD=54.5151;RBI=0.0311807;REFB=0;REVB=0.0219605;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.13889e-06;OID=.;OPOS=129902158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr10 129902281 . G A 282.14 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0120447;FXX=0.0416493;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.914;QD=49.0683;RBI=0.0120969;REFB=-0.00772433;REVB=0.0011225;RO=1;SAF=9;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486023;STB=0.526292;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000776055;OID=.;OPOS=129902281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:23:1:1:22:22:0.956522:13:9:1:0:13:9:1:0 chr10 129903016 . T C 911.76 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0138778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.419;QD=55.2583;RBI=0.0361231;REFB=0.0592018;REVB=0.0333509;RO=2;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255165;STB=0.513509;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.000453018;OID=.;OPOS=129903016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:36:28:0:2:36:28:0:2 chr10 129903094 . G T 194.09 PASS AF=0.380952;AO=23;DP=62;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.088539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9168;QD=12.3233;RBI=0.0904721;REFB=-0.0145422;REVB=0.0186023;RO=36;SAF=11;SAR=12;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228673;STB=0.627017;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00861617;OID=.;OPOS=129903094;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:36:39:23:24:0.380952:12:11:25:11:13:11:26:13 chr10 129904474 . G A 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00826243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.327;QD=21.5109;RBI=0.00839864;REFB=-0.0372304;REVB=0.00150644;RO=18;SAF=7;SAR=14;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503607;STB=0.54541;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0228417;OID=.;OPOS=129904474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:19:21:21:0.525:14:7:7:11:14:7:8:11 chr10 129904477 . C T 563.78 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0153285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.746;QD=57.8235;RBI=0.0159462;REFB=-0.0259729;REVB=0.00439536;RO=1;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199387;STB=0.510633;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.000317419;OID=.;OPOS=129904477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:23:15:0:1:23:15:0:1 chr10 129905429 . C T 547.91 PASS AF=0.495652;AO=57;DP=115;FAO=57;FDP=115;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.0613681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3503;QD=19.0577;RBI=0.0660472;REFB=-0.00565279;REVB=-0.0244168;RO=58;SAF=27;SAR=30;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133584;STB=0.573745;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00432965;OID=.;OPOS=129905429;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:58:58:57:57:0.495652:30:27:36:22:30:27:36:22 chr10 129906364 . G A 234.57 PASS AF=0.472727;AO=26;DP=55;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00740832;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.24;QD=17.0597;RBI=0.0113451;REFB=-0.0083235;REVB=0.00859231;RO=29;SAF=17;SAR=9;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197452;STB=0.611423;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.016687;OID=.;OPOS=129906364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:29:26:26:0.472727:9:17:13:16:9:17:13:16 chr10 129906468 . C T 1713.26 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.369;QD=60.6463;RBI=0.0225179;REFB=0;REVB=0.0140758;RO=0;SAF=55;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34603e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59502e-05;OID=.;OPOS=129906468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:113:0:0:112:113:1:57:55:0:0:58:55:0:0 chr10 129907544 . G C 148.05 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000510678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1468;QD=42.2995;RBI=0.0892372;REFB=0;REVB=0.0892357;RO=1;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695995;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00433469;OID=.;OPOS=129907544;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:1:0:13:14:1:6:7:0:1:7:7:0:0 chr10 129910475 . T G 209.33 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=6;FWDB=-0.0171035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.17;QD=13.7265;RBI=0.0195949;REFB=-0.0359995;REVB=0.00956195;RO=36;SAF=19;SAR=6;SRF=30;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111689;STB=0.563172;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0393712;OID=.;OPOS=129910475;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:6:19:30:6:6:19:30:6 chr10 129911856 . C G 785.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.148;QD=64.15;RBI=0.037492;REFB=0;REVB=0.00215517;RO=0;SAF=12;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.53232e-05;OID=.;OPOS=129911856;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:37:12:0:0:37:12:0:0 chr10 129913960 . A T 1089.47 PASS AF=0.986486;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00739367;FXX=0.0133316;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.938;QD=58.8901;RBI=0.00915692;REFB=-0.0457748;REVB=-0.00540211;RO=1;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133212;STB=0.506847;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000230628;OID=.;OPOS=129913960;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:74:1:1:72:73:0.986486:35:37:0:1:36:37:0:1 chr10 129917559 . AT AC,GC 313.78 PASS AF=0.476923,0.0461538;AO=31,3;DP=65;FAO=31,3;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=13,2;FSAR=18,1;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00343633,-0.00699677;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=90.4475,134.347;QD=19.3097;RBI=0.0243496,0.0125631;REFB=-0.0155074,-0.00877566;REVB=-0.0241059,-0.0104343;RO=31;SAF=13,2;SAR=18,1;SRF=13;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.249832;STB=0.5,0.715615;STBP=1,0.515;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0306206,0.0489636;OID=.,.;OPOS=129917560,129917559;OREF=T,AT;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:31,3:31,3:0.476923,0.0461538:18,1:13,2:13:18:18,1:13,2:13:18 chr10 129921195 . A T 586.64 PASS AF=0.504202;AO=60;DP=118;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.00815163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.583;QD=19.7189;RBI=0.0119096;REFB=-0.0214434;REVB=0.00868272;RO=58;SAF=29;SAR=31;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159075;STB=0.512766;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0182779;OID=.;OPOS=129921195;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:58:59:60:60:0.504202:31:29:27:31:31:29:27:32 chr10 131506192 . C T 1222.92 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00872588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.356;QD=61.1459;RBI=0.0238226;REFB=0;REVB=-0.022167;RO=0;SAF=27;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.22878e-05;OID=.;OPOS=131506192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:52:27:0:0:52:28:0:0 chr10 131506283 . C T 766.98 PASS AF=0.965517;AO=54;DP=56;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0204452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.267;QD=52.8954;RBI=0.020448;REFB=-0.0459042;REVB=0.000344148;RO=1;SAF=14;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324675;STB=0.510105;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000879701;OID=.;OPOS=131506283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:58:1:2:54:56:0.965517:40:14:1:0:41:15:1:1 chr10 131565064 . A G 387.56 PASS AF=0.575758;AO=38;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00706227;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.502;QD=23.4885;RBI=0.0440205;REFB=-0.0245995;REVB=-0.0434503;RO=28;SAF=21;SAR=17;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0683424;STB=0.53758;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0128849;OID=.;OPOS=131565064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:38:38:0.575758:17:21:13:15:17:21:13:15 chr10 131565170 . A G 329.69 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0170431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0238;QD=18.3161;RBI=0.0757439;REFB=-0.0103695;REVB=-0.0738016;RO=37;SAF=16;SAR=19;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229716;STB=0.512813;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0193249;OID=.;OPOS=131565170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:19:16:16:21:19:16:16:21 chr10 133607904 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.749;QD=42.1826;RBI=0.0485712;REFB=0;REVB=0.0277867;RO=0;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000907242;OID=.;OPOS=133607904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:9:2:0:0:9:2:0:0 chr10 133607947 . T G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.134552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.635;QD=40.7628;RBI=0.134997;REFB=0;REVB=0.0109495;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00339804;OID=.;OPOS=133607947;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr10 133608210 . A G 817.74 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00956779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5134;QD=57.3854;RBI=0.0115087;REFB=0;REVB=0.00639583;RO=0;SAF=10;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.2194e-05;OID=.;OPOS=133608210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:46:10:0:0:47:10:0:0 chr10 133608237 . G A,C 804.76 PASS AF=0.964912,0.0350877;AO=55,2;DP=57;FAO=55,2;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=42,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395733,0.0164179;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=63.9413,134.93;QD=56.4744;RBI=0.0599205,0.0175904;REFB=0,0;REVB=0.0449936,-0.00631464;RO=0;SAF=13,0;SAR=42,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.70796e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00248272,0.0877196;OID=.,.;OPOS=133608237,133608237;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:57:57:0:0:55,2:55,2:0.964912,0.0350877:42,2:13,0:0:0:42,2:13,0:0:0 chr10 133608291 . TT GG 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263862;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=89.9852;QD=56.1916;RBI=0.039405;REFB=0;REVB=-0.0292664;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.58002e-05;OID=.;OPOS=133608291;OREF=TT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr10 133608495 . A T 769.07 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8041;QD=56.9685;RBI=0.0639465;REFB=0;REVB=0.0547668;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000552162;OID=.;OPOS=133608495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:30:22:0:0:32:22:0:0 chr10 133761285 . G A 308.15 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0393635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4004;QD=18.397;RBI=0.0395691;REFB=-0.0298419;REVB=0.00402846;RO=34;SAF=15;SAR=18;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393878;STB=0.521965;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.046676;OID=.;OPOS=133761285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:18:15:14:20:18:15:14:20 chr10 133948634 . T C 523.78 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200155;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.291;QD=59.8607;RBI=0.0208761;REFB=0;REVB=0.00593231;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134896;OID=.;OPOS=133948634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr10 133954011 . C T 1630.62 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135507;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.905;QD=60.3935;RBI=0.0254678;REFB=0;REVB=0.0215635;RO=0;SAF=59;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.99664e-05;OID=.;OPOS=133954011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:107:108:1:48:59:0:0:49:59:0:0 chr10 133955427 . A G 344.91 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=62;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00126738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.933;QD=21.8991;RBI=0.0206392;REFB=-0.0132839;REVB=0.0206003;RO=26;SAF=16;SAR=19;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00342368;STB=0.503195;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0110654;OID=.;OPOS=133955427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:26:28:35:35:0.555556:19:16:12:14:19:16:13:15 chr10 133961494 . C T 260.49 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=0.0374423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170;QD=14.4719;RBI=0.0430009;REFB=-0.0132313;REVB=0.0211459;RO=42;SAF=18;SAR=12;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12846;STB=0.572985;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0210848;OID=.;OPOS=133961494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:12:18:20:22:12:18:20:22 chr10 133963466 . A G 1230.63 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133188;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0964;QD=61.5314;RBI=0.0285195;REFB=0;REVB=-0.0252184;RO=0;SAF=43;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.56958e-05;OID=.;OPOS=133963466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:37:43:0:0:37:43:0:0 chr10 133980571 . G A 43.47 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0466154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9454;QD=6.68823;RBI=0.0633123;REFB=-0.0175908;REVB=0.0428421;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107842;STB=0.569413;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0748423;OID=.;OPOS=133980571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:26:26:19:19:7:7:0.269231:2:5:12:7:2:5:12:7 chr10 133981682 . G A 600.71 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0348165;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.929;QD=58.606;RBI=0.03596;REFB=-0.0246709;REVB=0.00899642;RO=1;SAF=17;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267872;STB=0.514279;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000240069;OID=.;OPOS=133981682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:23:17:1:0:23:17:1:0 chr10 134013990 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.268;QD=46.8477;RBI=0.113188;REFB=0;REVB=0.0286917;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132569;OID=.;OPOS=134013990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr10 134017295 . A G 552.62 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9162;QD=59.7422;RBI=0.0166235;REFB=0;REVB=-0.00324638;RO=0;SAF=30;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132361;OID=.;OPOS=134017295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:5:30:0:0:5:32:0:0 chr10 134017388 . C G 373.44 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0102112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.868;QD=17.5735;RBI=0.0103308;REFB=-0.0375982;REVB=-0.00156757;RO=43;SAF=15;SAR=24;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206726;STB=0.620877;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0412047;OID=.;OPOS=134017388;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:43:46:39:39:0.458824:24:15:26:17:24:15:28:18 chr10 134018834 . C T 534.79 PASS AF=0.491228;AO=56;DP=114;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=0.00178527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.905;QD=18.7644;RBI=0.0140481;REFB=-0.0104172;REVB=-0.0139342;RO=57;SAF=24;SAR=32;SRF=35;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168206;STB=0.588497;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0140546;OID=.;OPOS=134018834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:57:58:56:56:0.491228:32:24:35:22:32:24:35:23 chr10 134036193 . A G 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00240014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6866;QD=55.6507;RBI=0.0409087;REFB=0;REVB=-0.0408383;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000724879;OID=.;OPOS=134036193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr10 134062574 . G A 1435.99 PASS AF=0.961538;AO=99;DP=104;FAO=100;FDP=104;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0391822;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.519;QD=55.2302;RBI=0.0547185;REFB=-0.102252;REVB=0.0381951;RO=3;SAF=41;SAR=58;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00464643;STB=0.503154;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00316008;OID=.;OPOS=134062574;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:104:104:3:4:99:100:0.961538:58:41:1:2:58:42:2:2 chr10 134143942 . C T 207.18 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.663;QD=48.7491;RBI=0.0258745;REFB=0;REVB=0.0194738;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134189;OID=.;OPOS=134143942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:10:6:0:0:10:7:0:0 chr10 134143985 . GC TT 239.12 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241647;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=224.35;QD=50.3418;RBI=0.0266537;REFB=0;REVB=0.0112467;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-4.56786e-05;OID=.;OPOS=134143985;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:9:9:0:0:10:9:0:0 chr10 134144005 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.833;QD=49.5981;RBI=0.0639063;REFB=0;REVB=0.0468099;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000576253;OID=.;OPOS=134144005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr10 134145136 . A G 345.32 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.4;QD=51.1591;RBI=0.0472409;REFB=-0.100152;REVB=0.0383663;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0100395;OID=.;OPOS=134145136;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:25:27:0:0:25:27:1:14:11:0:0:16:11:0:0 chr10 134145138 . C G 347.63 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0660168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5538;QD=51.5008;RBI=0.0718853;REFB=0.0221726;REVB=-0.0284479;RO=1;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029965;STB=0.516117;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.000375083;OID=.;OPOS=134145138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:15:11:0:1:15:11:0:1 chr10 134145166 . T C 230.26 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.034504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.621;QD=46.052;RBI=0.0346636;REFB=0.00332237;REVB=-0.00332246;RO=1;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437955;STB=0.523785;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.000832573;OID=.;OPOS=134145166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:10:9:0:1:10:9:0:1 chr10 134145293 . G T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4462;QD=44.6891;RBI=0.0245753;REFB=0;REVB=0.0191948;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000831054;OID=.;OPOS=134145293;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr10 134145336 . G T 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0265201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0252;QD=34.6641;RBI=0.0804516;REFB=-0.00200587;REVB=0.0759548;RO=1;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596689;STB=0.533268;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00615491;OID=.;OPOS=134145336;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:7:3:0:1:7:3:0:1 chr10 134151154 . G A 408.34 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0189069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.362;QD=20.4169;RBI=0.0286699;REFB=0.000413308;REVB=0.021552;RO=39;SAF=17;SAR=24;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191898;STB=0.510633;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.000321239;OID=.;OPOS=134151154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:39:41:41:0.5125:24:17:17:22:24:17:17:22 chr10 134161633 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.516;QD=56.1902;RBI=0.0134218;REFB=0;REVB=0.00827525;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.56845e-05;OID=.;OPOS=134161633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr10 134218269 . C T 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.0483407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.771;QD=18.3449;RBI=0.049293;REFB=-0.0305147;REVB=-0.00964247;RO=18;SAF=7;SAR=10;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302852;STB=0.668951;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.020758;OID=.;OPOS=134218269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:10:7:2:16:10:7:2:16 chr10 134598628 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00745221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.179;QD=56.1896;RBI=0.0222654;REFB=0;REVB=0.0209813;RO=0;SAF=5;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.39272e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146864;OID=.;OPOS=134598628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:23:5:0:0:23:5:0:0 chr10 134622408 . T C 689.54 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0893892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.098;QD=62.6851;RBI=0.101545;REFB=0;REVB=0.0481754;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000469059;OID=.;OPOS=134622408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:29:14:0:0:30:14:0:0 chr10 134623959 . T C 498.65 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.902;QD=58.6645;RBI=0.0257303;REFB=0;REVB=-0.0183935;RO=1;SAF=18;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252499;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.74248e-05;OID=.;OPOS=134623959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:1:0:33:34:1:15:18:1:0:15:19:0:0 chr10 134624504 . C T 1356.18 PASS AF=0.977778;AO=88;DP=92;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0696928;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.139;QD=60.2749;RBI=0.0710423;REFB=-0.140154;REVB=-0.0137814;RO=2;SAF=47;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00144179;STB=0.500761;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0015695;OID=.;OPOS=134624504;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:90:2:2:88:88:0.977778:41:47:1:1:41:47:1:1 chr10 134777790 . G A 1139.86 PASS AF=0.918605;AO=79;DP=87;FAO=79;FDP=86;FR=.;FRO=7;FSAF=32;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0093556;FXX=0.0114929;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.457;QD=53.0167;RBI=0.0305967;REFB=-0.139927;REVB=0.0291313;RO=6;SAF=32;SAR=47;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130913;STB=0.501983;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.0013462;OID=.;OPOS=134777790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:87:86:6:7:79:79:0.918605:47:32:3:3:47:32:3:4 chr10 134884516 . G A 538.21 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2079;QD=59.8009;RBI=0.0222584;REFB=0;REVB=0.0149697;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.27417e-05;OID=.;OPOS=134884516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr10 134884546 . A G 545.14 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0737618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9377;QD=57.3829;RBI=0.11198;REFB=0;REVB=0.0842537;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166347;OID=.;OPOS=134884546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:16:21:0:0:16:22:0:0 chr10 134884595 . G A 792.37 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0321117;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=137.385;QD=53.72;RBI=0.0378018;REFB=-0.119291;REVB=0.0199452;RO=2;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324906;STB=0.516661;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.000572584;OID=.;OPOS=134884595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:58:59:2:2:56:57:0.966102:28:28:0:2:29:28:0:2 chr10 134884610 . C G 905.09 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00176132;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4688;QD=56.5679;RBI=0.0555966;REFB=-0.0540683;REVB=0.0555687;RO=1;SAF=32;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145261;STB=0.50769;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0068953;OID=.;OPOS=134884610;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:1:1:62:63:0.984375:30:32:1:0:31:32:1:0 chr10 134886618 . G C 514.02 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0091511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.236;QD=58.7447;RBI=0.0383967;REFB=0;REVB=0.0372902;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55485e-05;OID=.;OPOS=134886618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:15:19:0:0:16:19:0:0 chr10 134902396 . C G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00231564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1842;QD=47.8201;RBI=0.0548481;REFB=0;REVB=-0.0547992;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00131039;OID=.;OPOS=134902396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr10 134902398 . C T 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0009998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.166;QD=47.82;RBI=0.004894;REFB=0;REVB=-0.00479078;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.62984e-05;OID=.;OPOS=134902398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr10 134942166 . A G 1568.21 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3511;QD=64.0086;RBI=0.0145897;REFB=0;REVB=-0.0087973;RO=0;SAF=49;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31715e-06;OID=.;OPOS=134942166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:49:49:0:0:49:49:0:0 chr10 134942832 . G A 538.47 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192896;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.07;QD=59.8303;RBI=0.0587358;REFB=0;REVB=0.055478;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379168;OID=.;OPOS=134942832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr10 135051543 . T C 207.81 PASS AF=1;AO=13;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.287;QD=48.8972;RBI=0.081484;REFB=0;REVB=0.0780816;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00090608;OID=.;OPOS=135051543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:13:17:1:6:7:0:0:8:9:0:0 chr10 135051562 . A G 221.57 PASS AF=1;AO=13;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0619269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9908;QD=49.2377;RBI=0.0806929;REFB=0;REVB=0.0517339;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0137624;OID=.;OPOS=135051562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:13:18:1:7:6:0:0:12:6:0:0 chr10 135061112 . C T 262.11 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100602;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.423;QD=52.4217;RBI=0.104697;REFB=0;REVB=0.0289935;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000960199;OID=.;OPOS=135061112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr10 135076596 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00346018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.908;QD=51.9165;RBI=0.0465543;REFB=0;REVB=0.0464256;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000504278;OID=.;OPOS=135076596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr10 135082346 . A G 726.85 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0077697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.9389;QD=52.8617;RBI=0.0526712;REFB=0.0212752;REVB=-0.052095;RO=2;SAF=31;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00597873;STB=0.503175;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.00981524;OID=.;OPOS=135082346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:53:53:0.963636:22:31:1:1:22:31:1:1 chr10 135084232 . C CAGA 1449.14 PASS AF=0.927928;AO=101;DP=113;FAO=103;FDP=111;FR=.;FRO=8;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.00815222;FXX=0.0263135;HRUN=1;LEN=3;MLLD=243.8;QD=52.2214;RBI=0.0481304;REFB=-0.0793576;REVB=0.0474349;RO=9;SAF=44;SAR=57;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706113;STB=0.531822;STBP=0.016;TYPE=ins;VARB=0.00601569;OID=.;OPOS=135084233;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.927928:101:113:103:111:8:45:58:7:1:25:9:44:57:8:1 chr10 135084322 . A G 1625.67 PASS AF=0.990909;AO=108;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.112771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2106;QD=59.1153;RBI=0.116274;REFB=0.0846496;REVB=-0.0283265;RO=1;SAF=44;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00735954;STB=0.503816;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.0117003;OID=.;OPOS=135084322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:108:109:0.990909:64:44:0:1:65:44:0:1 chr10 135085321 . C T 330.36 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0179647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.468;QD=50.8238;RBI=0.0649258;REFB=-0.0987147;REVB=-0.0623909;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51281;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00155881;OID=.;OPOS=135085321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:25:25:0.961538:6:19:0:0:6:19:1:0 chr10 135085426 . A G 442.77 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349815;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.688;QD=55.3466;RBI=0.0352311;REFB=0;REVB=-0.00418601;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000770237;OID=.;OPOS=135085426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:30:32:1:11:19:0:0:11:21:0:0 chr10 135085754 . G A 1816.56 PASS AF=1;AO=119;DP=124;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289624;FXX=0.0241916;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.418;QD=60.0517;RBI=0.0312553;REFB=-0.0346993;REVB=0.0117504;RO=1;SAF=22;SAR=97;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210958;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.17457e-05;OID=.;OPOS=135085754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:124:121:1:0:119:121:1:97:22:1:0:97:24:0:0 chr10 135087521 . G A 560.89 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271001;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.138;QD=60.6366;RBI=0.0280286;REFB=0;REVB=-0.00715467;RO=0;SAF=28;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.49119e-05;OID=.;OPOS=135087521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:9:28:0:0:9:28:0:0 chr10 135089035 . A G 923.25 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527535;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8531;QD=58.619;RBI=0.0566123;REFB=0;REVB=0.0205432;RO=0;SAF=21;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348773;OID=.;OPOS=135089035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:63:63:1:42:21:0:0:42:21:0:0 chr10 135097434 . A G 213.11 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.901;QD=44.8643;RBI=0.0452277;REFB=-0.120111;REVB=0.0330304;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100071;OID=.;OPOS=135097434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:18:19:0:0:17:19:1:7:10:0:0:9:10:0:0 chr10 135098672 . G A 411.07 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00667669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.148;QD=56.699;RBI=0.0722405;REFB=0;REVB=0.0719313;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000651295;OID=.;OPOS=135098672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr10 135098830 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.58;QD=56.7065;RBI=0.0376022;REFB=0;REVB=0.00848542;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.20597e-05;OID=.;OPOS=135098830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr10 135098843 . GCC CTG,GCT 306.61 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=2,20;DP=25;FAO=2,22;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=2,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0477648,-0.0419679;FXX=0.039984;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=126.611,151.415;QD=51.1023;RBI=0.0568871,0.0618193;REFB=0,0;REVB=0.0308976,0.0453908;RO=0;SAF=0,12;SAR=2,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0342407,0.00509938;OID=.,.;OPOS=135098843,135098845;OREF=GCC,C;OALT=CTG,T;OMAPALT=CTG,GCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:25:24:0:0:2,20:2,22:0.0833333,0.916667:2,8:0,12:0:0:2,10:0,12:0:0 chr10 135160950 . C T 182.4 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.105721;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.5798;QD=42.9173;RBI=0.11644;REFB=-0.156729;REVB=0.0487991;RO=1;SAF=1;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295327;STB=0.516109;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0212094;OID=.;OPOS=135160950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:15:1:0:1:15:1:0:1 chr10 135165790 . A G 488.83 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0322894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.463;QD=55.866;RBI=0.0483411;REFB=-0.0745247;REVB=-0.0359757;RO=1;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322195;STB=0.517231;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000638138;OID=.;OPOS=135165790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:14:20:0:1:14:20:0:1 chr10 135180430 . A G 1549.2 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00390304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.534;QD=63.8845;RBI=0.0237136;REFB=0;REVB=-0.0233902;RO=0;SAF=37;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.19287e-05;OID=.;OPOS=135180430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:59:37:0:0:59:38:0:0 chr10 135184126 . G A 1521.85 PASS AF=0.938596;AO=107;DP=114;FAO=107;FDP=114;FR=.;FRO=7;FSAF=64;FSAR=43;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00585099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.606;QD=53.3982;RBI=0.033559;REFB=-0.0451035;REVB=0.033045;RO=7;SAF=64;SAR=43;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315449;STB=0.516646;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00386441;OID=.;OPOS=135184126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:114:114:7:7:107:107:0.938596:43:64:6:1:43:64:6:1 chr10 135186806 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.19805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.352;QD=50.4131;RBI=0.198113;REFB=0;REVB=0.00499194;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117188;OID=.;OPOS=135186806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:16:3:0:0:16:3:0:0 chr10 135204950 . C G 365.1 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0340697;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.152;QD=52.1569;RBI=0.0604312;REFB=-0.103857;REVB=0.0499118;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.51514;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00165137;OID=.;OPOS=135204950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:11:16:0:0:11:16:1:0 chr10 135205009 . C G 560.73 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289387;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=259.273;QD=60.619;RBI=0.0301825;REFB=0;REVB=0.00857501;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.95694e-05;OID=.;OPOS=135205009;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:12:24:0:0:12:25:0:0 chr10 135233541 . A G 1343.33 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00233048;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.579;QD=62.4805;RBI=0.00498114;REFB=0;REVB=-0.00440234;RO=0;SAF=62;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50399e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.99353e-05;OID=.;OPOS=135233541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:86:0:0:86:86:1:24:62:0:0:24:62:0:0 chr10 135271789 . C T 958.68 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00605942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.729;QD=57.2344;RBI=0.0352565;REFB=-0.0814713;REVB=0.0347318;RO=1;SAF=49;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00954688;STB=0.505049;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.000707015;OID=.;OPOS=135271789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:17:49:1:0:17:49:1:0 chr10 135278193 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0414518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.192;QD=35.5758;RBI=0.0449464;REFB=0;REVB=0.017376;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000341724;OID=.;OPOS=135278193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr10 135279810 . T G 538.42 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.892;QD=59.8248;RBI=0.0278692;REFB=0;REVB=0.0132652;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.6154e-05;OID=.;OPOS=135279810;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr10 135280765 . C T 1365.52 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0199318;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.549;QD=61.3716;RBI=0.0305715;REFB=-0.0318561;REVB=0.0231806;RO=1;SAF=48;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00977072;STB=0.505153;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000707445;OID=.;OPOS=135280765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:40:48:1:0:40:48:1:0 chr10 135347397 . T C 922.54 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00646621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0641;QD=56.7718;RBI=0.00858162;REFB=-0.00395394;REVB=-0.00564202;RO=1;SAF=34;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136897;STB=0.507244;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000183685;OID=.;OPOS=135347397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:30:34:1:0:30:34:1:0 chr10 135351362 . T C 165.72 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0506551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.694;QD=14.4107;RBI=0.0510709;REFB=0.004342;REVB=0.00650395;RO=28;SAF=6;SAR=12;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182115;STB=0.60594;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.00421168;OID=.;OPOS=135351362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:12:6:14:14:12:6:14:14 chr10 135381623 . T C 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00536299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.935;QD=16.4263;RBI=0.0216506;REFB=-0.0145799;REVB=-0.0209758;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455781;STB=0.546136;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0182279;OID=.;OPOS=135381623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:10:11:11:11:0.5:6:5:4:6:6:5:4:7 chr10 135381766 . C T 85.11 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0687417;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.845;QD=22.6961;RBI=0.0749468;REFB=-0.0371616;REVB=-0.0298595;RO=1;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471711;STB=0.608515;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0285447;OID=.;OPOS=135381766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:15:15:1:5:10:10:0.666667:9:1:0:1:9:1:0:5 chr10 135381927 . T G 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0104739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.689;QD=10.8847;RBI=0.020397;REFB=-0.00837124;REVB=-0.0175024;RO=15;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0750523;STB=0.545351;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0128929;OID=.;OPOS=135381927;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:3:6:9:6:3:6:9:6 chr10 135440203 . A T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0296747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.983;QD=12.0157;RBI=0.0551537;REFB=0.0224107;REVB=-0.0464902;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413635;STB=0.756614;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.0144446;OID=.;OPOS=135440203;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:1:5:3:4:1:5:3:4 chr11 193863 . T C 757.15 PASS AF=0.753086;AO=61;DP=81;FAO=61;FDP=81;FR=.;FRO=20;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00137264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.105;QD=37.39;RBI=0.00518999;REFB=-0.0387071;REVB=0.00500518;RO=20;SAF=35;SAR=26;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344879;STB=0.518512;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0154467;OID=.;OPOS=193863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:20:20:61:61:0.753086:26:35:10:10:26:35:10:10 chr11 193865 . T G 249.94 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.00565967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9288;QD=12.192;RBI=0.0059068;REFB=-0.000596143;REVB=-0.00169069;RO=52;SAF=16;SAR=14;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484606;STB=0.52785;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00152413;OID=.;OPOS=193865;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:52:30:30:0.365854:14:16:30:22:14:16:30:22 chr11 197337 . G A 523.1 PASS AF=0.585366;AO=48;DP=85;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00606725;FXX=0.03529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.302;QD=25.5169;RBI=0.0205405;REFB=-0.00980289;REVB=0.019624;RO=28;SAF=14;SAR=34;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796723;STB=0.570571;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00704616;OID=.;OPOS=197337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:82:28:34:48:48:0.585366:34:14:11:17:34:14:15:19 chr11 204523 . CATTTCT C 216.93 PASS AF=0.454545;AO=22;DP=52;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0146663;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=6;MLLD=266.722;QD=15.7767;RBI=0.0290775;REFB=-0.00802372;REVB=-0.0251078;RO=24;SAF=16;SAR=6;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11149;STB=0.586136;STBP=0.255;TYPE=del;VARB=0.0101059;OID=.;OPOS=204524;OREF=ATTTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.454545:22:52:25:55:30:17:8:16:14:99:24:16:6:15:9 chr11 224204 . C T 340.09 PASS AF=0.736842;AO=28;DP=38;FAO=28;FDP=38;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0140919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.407;QD=35.7989;RBI=0.0181936;REFB=-0.0519664;REVB=-0.0115077;RO=10;SAF=12;SAR=16;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115006;STB=0.562457;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0156931;OID=.;OPOS=224204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:10:10:28:28:0.736842:16:12:2:8:16:12:2:8 chr11 237087 . A G 568.29 PASS AF=0.542857;AO=57;DP=106;FAO=57;FDP=105;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0120125;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.033;QD=21.6491;RBI=0.0547967;REFB=-0.0299996;REVB=-0.0534638;RO=48;SAF=23;SAR=34;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819366;STB=0.545004;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0250613;OID=.;OPOS=237087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:48:48:57:57:0.542857:34:23:24:24:34:23:24:24 chr11 244106 . A G 281.19 PASS AF=0.565217;AO=25;DP=43;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0398382;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.2528;QD=24.4515;RBI=0.0626487;REFB=-0.00340045;REVB=-0.0483505;RO=18;SAF=12;SAR=13;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150997;STB=0.505047;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.000871578;OID=.;OPOS=244106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:46:18:20:25:26:0.565217:13:12:9:9:14:12:9:11 chr11 244108 . A G 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00631667;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=265.386;QD=23.7582;RBI=0.00641505;REFB=-0.0130219;REVB=0.00111913;RO=22;SAF=12;SAR=14;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0435819;STB=0.524253;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0167431;OID=.;OPOS=244108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:14:12:9:13:14:12:9:13 chr11 244115 . G A 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0225259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.308;QD=23.7579;RBI=0.0282892;REFB=-0.0206797;REVB=0.0171133;RO=21;SAF=11;SAR=15;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00451556;STB=0.514695;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0313363;OID=.;OPOS=244115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:22:26:26:0.541667:15:11:9:12:15:11:10:12 chr11 244129 . C T 257.88 PASS AF=0.5;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0381376;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1069;QD=21.4899;RBI=0.038494;REFB=-0.0565004;REVB=-0.00522583;RO=23;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933852;STB=0.543441;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.046222;OID=.;OPOS=244129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:23:24:24:24:0.5:15:9:11:12:15:9:11:13 chr11 244141 . G A 262.78 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0181738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.489;QD=21.0227;RBI=0.0226452;REFB=-0.0172743;REVB=-0.0135098;RO=25;SAF=9;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753369;STB=0.542338;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.023428;OID=.;OPOS=244141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:16:9:11:14:16:9:11:14 chr11 244167 . C T 210.77 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0229213;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.773;QD=19.161;RBI=0.0351769;REFB=-0.00508485;REVB=-0.0266838;RO=22;SAF=4;SAR=17;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300579;STB=0.664629;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0221632;OID=.;OPOS=244167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:22:23:21:21:0.477273:17:4:10:12:17:4:10:13 chr11 244171 . T C 196.74 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00865931;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.338;QD=18.3009;RBI=0.0161544;REFB=-0.0191894;REVB=-0.0136375;RO=23;SAF=4;SAR=16;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275592;STB=0.658647;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0237332;OID=.;OPOS=244171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:16:4:10:13:16:4:10:13 chr11 244197 . T C 110.64 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.000372873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.081;QD=15.2603;RBI=0.00469512;REFB=-0.00657159;REVB=-0.00468029;RO=16;SAF=3;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170437;STB=0.599834;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00219561;OID=.;OPOS=244197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:10:3:6:10:10:3:6:10 chr11 244414 . C T 310.26 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.000789777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2457;QD=21.397;RBI=0.0185499;REFB=-0.00390325;REVB=-0.0185331;RO=25;SAF=21;SAR=11;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210427;STB=0.501193;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.00289663;OID=.;OPOS=244414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:25:26:32:32:0.551724:11:21:17:8:11:21:17:9 chr11 244490 . ATACCTTTTAG A 209.93 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0169603;FXX=0.13459;HRUN=1;LEN=10;MLLD=283.4;QD=18.6607;RBI=0.0176523;REFB=-0.00352113;REVB=0.00489426;RO=19;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280213;STB=0.510195;STBP=0.896;TYPE=del;VARB=0.0036442;OID=.;OPOS=244491;OREF=TACCTTTTAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.488889:22:47:22:45:23:12:10:13:10:99:19:12:10:11:8 chr11 280221 . A C 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.233;QD=13.2053;RBI=0.0422859;REFB=-0.0136915;REVB=-0.0422859;RO=6;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0461786;OID=.;OPOS=280221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:6:0:0:6:6:0:0:6 chr11 280816 . AT TC 529.24 PASS AF=0.661972;AO=47;DP=72;FAO=47;FDP=71;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0223737;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=2;MLLD=117.938;QD=29.8163;RBI=0.0392578;REFB=-0.0163218;REVB=-0.0322582;RO=22;SAF=22;SAR=25;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987666;STB=0.552877;STBP=0.218;TYPE=mnp;VARB=0.00922454;OID=.;OPOS=280816;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:22:24:47:47:0.661972:25:22:14:8:25:22:15:9 chr11 284538 . T C 73.76 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=31;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0254203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7477;QD=8.94002;RBI=0.0456578;REFB=-0.022752;REVB=-0.0379269;RO=22;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195702;STB=0.530331;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0606622;OID=.;OPOS=284538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:33:22:22:9:11:0.333333:6:3:11:11:6:5:11:11 chr11 299411 . C G 193.43 PASS AF=0.347826;AO=15;DP=44;FAO=16;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0189859;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=248.69;QD=16.8203;RBI=0.0287218;REFB=-0.0168536;REVB=-0.0215518;RO=13;SAF=6;SAR=9;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222825;STB=0.620116;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0127489;OID=.;OPOS=299411;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:13:15:15:16:0.347826:9:6:2:11:9:7:3:12 chr11 308290 . T C 327.17 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.052317;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6457;QD=54.5285;RBI=0.0550677;REFB=0;REVB=0.0171865;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00094032;OID=.;OPOS=308290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr11 308311 . CGAT CGAC,GACC 390.41 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=26,2;DP=29;FAO=26,2;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9,2;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102629,0.0011889;FXX=0.0344709;HRUN=1,5;LEN=1,4;MLLD=124.773,88.9052;QD=55.7728;RBI=0.0108199,0.00133714;REFB=0,0;REVB=-0.00342684,-0.000611928;RO=0;SAF=9,2;SAR=17,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000915099,0.119406;OID=.,.;OPOS=308314,308311;OREF=T,CGAT;OALT=C,GACC;OMAPALT=CGAC,GACC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:29:28:0:0:26,2:26,2:0.928571,0.0714286:17,0:9,2:0:0:17,0:9,2:0:0 chr11 308362 . T TC 261.07 PASS AF=1;AO=4;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.071893;FXX=0.0384468;HRUN=0;LEN=1;MLLD=106.45;QD=41.7709;RBI=0.0725405;REFB=0;REVB=-0.00966998;RO=22;SAF=0;SAR=4;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.63949;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000673966;OID=.;OPOS=308363;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:26:25:25:0:11:14:0:0:3:22:0:4:11:11 chr11 308363 . G C 356.52 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.053387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.796;QD=54.8491;RBI=0.0539054;REFB=0;REVB=0.00745772;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00031456;OID=.;OPOS=308363;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr11 308426 . G C 322.87 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2417;QD=53.8114;RBI=0.0575596;REFB=0;REVB=-0.056118;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00110332;OID=.;OPOS=308426;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr11 309127 . A G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0496263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.071;QD=63.5821;RBI=0.0511064;REFB=0;REVB=0.0122104;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236163;OID=.;OPOS=309127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr11 314207 . C G 1110.29 PASS AF=0.987179;AO=69;DP=74;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0478186;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.5869;QD=56.9381;RBI=0.0685158;REFB=0.0145702;REVB=0.0490693;RO=3;SAF=40;SAR=29;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198212;STB=0.505746;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.00888714;OID=.;OPOS=314207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:74:78:3:1:69:77:0.987179:29:40:1:2:34:43:1:0 chr11 320772 . A G 579.4 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342059;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.19;QD=60.9897;RBI=0.0585073;REFB=0;REVB=-0.0474663;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.83582e-05;OID=.;OPOS=320772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr11 400040 . A G 290.7 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0106565;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.771;QD=21.1417;RBI=0.014087;REFB=-0.026673;REVB=-0.00921317;RO=25;SAF=15;SAR=15;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163806;STB=0.509085;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.017566;OID=.;OPOS=400040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:15:15:12:13:15:15:12:13 chr11 400109 . A G 254.13 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.169;QD=50.8252;RBI=0.0188364;REFB=0;REVB=0.0188364;RO=0;SAF=0;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018157;OID=.;OPOS=400109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:19:0:0:0:20:0:0:0 chr11 403749 . C T 124.02 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=66;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0145532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.438;QD=7.5163;RBI=0.0211282;REFB=-0.00505898;REVB=-0.0153168;RO=48;SAF=9;SAR=9;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150966;STB=0.590811;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0125113;OID=.;OPOS=403749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:48:48:18:18:0.272727:9:9:18:30:9:9:18:30 chr11 403980 . G A 539.99 PASS AF=0.657534;AO=48;DP=70;FAO=48;FDP=73;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.000832943;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.711;QD=29.5885;RBI=0.0162328;REFB=-0.0489035;REVB=-0.0162114;RO=22;SAF=22;SAR=26;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155146;STB=0.561977;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0256211;OID=.;OPOS=403980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:22:25:48:48:0.657534:26:22:16:6:26:22:16:9 chr11 404317 . C T 114.34 PASS AF=0.52;AO=12;DP=24;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0875323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8575;QD=18.2943;RBI=0.0968842;REFB=-0.0203539;REVB=0.0415288;RO=12;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144308;STB=0.558193;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0246033;OID=.;OPOS=404317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:12:12:12:13:0.52:7:5:7:5:7:6:7:5 chr11 404468 . G A 67.37 PASS AF=0.176471;AO=12;DP=68;FAO=12;FDP=68;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.0200768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4461;QD=3.96298;RBI=0.0267116;REFB=-0.0132233;REVB=0.0176191;RO=56;SAF=3;SAR=9;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4479;STB=0.791214;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0659582;OID=.;OPOS=404468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:68:68:56:56:12:12:0.176471:9:3:35:21:9:3:35:21 chr11 406043 . G A 1414.33 PASS AF=1;AO=81;DP=83;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.753;QD=62.1682;RBI=0.0330691;REFB=0;REVB=-0.0116323;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36061e-05;OID=.;OPOS=406043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:83:91:0:0:81:91:1:40:41:0:0:47:44:0:0 chr11 428385 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.086;QD=33.4285;RBI=0.0190803;REFB=0;REVB=0.00672826;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000520189;OID=.;OPOS=428385;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr11 428489 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.593;QD=35.5758;RBI=0.0392598;REFB=0;REVB=0.0104295;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000838792;OID=.;OPOS=428489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr11 429659 . C T 341.06 PASS AF=0.637931;AO=32;DP=54;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00996766;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0304;QD=23.5216;RBI=0.0394243;REFB=-0.0310582;REVB=0.0381435;RO=19;SAF=22;SAR=10;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19309;STB=0.560873;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0826109;OID=.;OPOS=429659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:58:19:21:32:37:0.637931:10:22:8:11:15:22:9:12 chr11 431757 . C T 308.58 PASS AF=0.384615;AO=35;DP=91;FAO=35;FDP=91;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.0473558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.85;QD=13.5637;RBI=0.0509519;REFB=-0.0137678;REVB=0.0188023;RO=55;SAF=16;SAR=19;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621747;STB=0.540105;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0289918;OID=.;OPOS=431757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:56:35:35:0.384615:19:16:22:33:19:16:22:34 chr11 431834 . A G 575.66 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.124783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.856;QD=60.5959;RBI=0.124921;REFB=0;REVB=0.00588428;RO=0;SAF=3;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.093e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00047153;OID=.;OPOS=431834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:34:3:0:0:35:3:0:0 chr11 433387 . A G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00504527;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.337;QD=59.6795;RBI=0.0050554;REFB=0;REVB=-0.000319895;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.16411e-06;OID=.;OPOS=433387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:29:41:0:0:29:41:0:0 chr11 490484 . A G 34.55 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0401057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.004;QD=4.45756;RBI=0.046001;REFB=-0.0157345;REVB=-0.0225304;RO=25;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322386;STB=0.709101;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0724486;OID=.;OPOS=490484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:25:25:6:6:0.193548:3:3:6:19:3:3:6:19 chr11 540719 . G A 108.22 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00390908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.973;QD=14.4288;RBI=0.0606651;REFB=-0.0047141;REVB=0.060539;RO=16;SAF=5;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112115;STB=0.583204;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.00566343;OID=.;OPOS=540719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:17:13:13:0.433333:8:5:8:8:8:5:9:8 chr11 549959 . C T 605.21 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0257761;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.968;QD=59.045;RBI=0.0451379;REFB=-0.169468;REVB=0.0370543;RO=1;SAF=23;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199479;STB=0.510199;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00132015;OID=.;OPOS=549959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:39:40:0.97561:16:23:1:0:16:24:1:0 chr11 551753 . G A 2045.48 PASS AF=0.978102;AO=130;DP=137;FAO=134;FDP=137;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0137302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.066;QD=59.7221;RBI=0.0551051;REFB=-0.0668325;REVB=0.0533671;RO=3;SAF=46;SAR=84;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166689;STB=0.508379;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00051179;OID=.;OPOS=551753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:137:137:3:3:130:134:0.978102:84:46:0:3:88:46:0:3 chr11 554166 . C G 734.27 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0470627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.821;QD=61.1893;RBI=0.0491711;REFB=0.0911682;REVB=-0.0142444;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.000700295;OID=.;OPOS=554166;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:48:0:1:46:47:0.979167:24:22:0:0:24:23:1:0 chr11 554214 . G C 758.2 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0867966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0961;QD=63.1834;RBI=0.0868024;REFB=0;REVB=-0.00100171;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106696;OID=.;OPOS=554214;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:20:27:0:0:21:27:0:0 chr11 556521 . C G 526.52 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0350743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7626;QD=56.9215;RBI=0.0389832;REFB=-0.0758747;REVB=0.0170143;RO=1;SAF=24;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191068;STB=0.510198;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00182913;OID=.;OPOS=556521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:12:24:1:0:12:24:1:0 chr11 556857 . G C 545.83 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0213781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.34;QD=57.4552;RBI=0.0681593;REFB=-0.00124947;REVB=0.0647199;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513506;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00032652;OID=.;OPOS=556857;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:38:0:1:36:37:0.973684:19:17:0:0:19:18:1:0 chr11 557989 . C T 1520.4 PASS AF=0.979798;AO=99;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0838925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8749;QD=61.4304;RBI=0.0897269;REFB=0.0282051;REVB=0.0318271;RO=0;SAF=54;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511361;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.000187919;OID=.;OPOS=557989;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:0:2:99:97:0.979798:45:54:0:0:43:54:0:2 chr11 558884 . C T 311.23 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.539;QD=49.7973;RBI=0.0776307;REFB=0;REVB=0.0643311;RO=1;SAF=13;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342828;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00298261;OID=.;OPOS=558884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:24:25:1:0:23:25:1:10:13:1:0:11:14:0:0 chr11 559016 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00897749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.742;QD=48.7363;RBI=0.0124079;REFB=0;REVB=0.0085651;RO=0;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258457;OID=.;OPOS=559016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:4:13:0:0:4:13:0:0 chr11 562219 . C G 48.62 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00256088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.1169;QD=4.86211;RBI=0.00511922;REFB=-0.00471451;REVB=-0.00443264;RO=32;SAF=6;SAR=2;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437053;STB=0.785041;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0267598;OID=.;OPOS=562219;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:40:40:32:32:8:8:0.2:2:6:12:20:2:6:12:20 chr11 562514 . G A 106.31 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00198663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.852;QD=11.8122;RBI=0.00312989;REFB=-0.0180244;REVB=-0.00241858;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0180844;STB=0.510713;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0274024;OID=.;OPOS=562514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:7:6:11:12:7:6:11:12 chr11 610277 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5767;QD=45.8054;RBI=0.024496;REFB=0;REVB=-0.00459753;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000499625;OID=.;OPOS=610277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr11 614864 . C T 563.94 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.054206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.32;QD=57.84;RBI=0.0585223;REFB=-0.0715948;REVB=0.0220583;RO=1;SAF=24;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191259;STB=0.510199;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.000760762;OID=.;OPOS=614864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:14:24:1:0:14:24:1:0 chr11 616970 . A T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.422;QD=55.6561;RBI=0.0237928;REFB=0;REVB=0.0217391;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105872;OID=.;OPOS=616970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr11 617537 . C T 699.04 PASS AF=0.9;AO=53;DP=61;FAO=54;FDP=60;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0496329;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1826;QD=46.6029;RBI=0.0508511;REFB=-0.0253697;REVB=0.0110638;RO=5;SAF=24;SAR=29;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00863861;STB=0.511274;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00517255;OID=.;OPOS=617537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:61:60:5:6:53:54:0.9:29:24:2:3:30:24:2:4 chr11 617967 . C G 1135.74 PASS AF=1;AO=74;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549728;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.104;QD=58.9993;RBI=0.0574886;REFB=0;REVB=0.0168206;RO=2;SAF=36;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000672969;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188907;OID=.;OPOS=617967;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:77:77:2:0:74:77:1:38:36:1:1:39:38:0:0 chr11 618998 . G A 599.07 PASS AF=0.891304;AO=39;DP=49;FAO=41;FDP=46;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.10468;FXX=0.061212;HRUN=5;LEN=1;MLLD=79.1879;QD=52.0934;RBI=0.115988;REFB=-0.00629599;REVB=0.0499535;RO=1;SAF=3;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128491;STB=0.694396;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00153585;OID=.;OPOS=618998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:49:46:1:5:39:41:0.891304:36:3:0:1:38:3:4:1 chr11 619789 . T G 269.88 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.5;QD=51.4063;RBI=0.0563626;REFB=0;REVB=0.0461955;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.6653e-05;OID=.;OPOS=619789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:12:8:0:0:13:8:0:0 chr11 704583 . A G 238.73 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0576072;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.8935;QD=50.2597;RBI=0.0581128;REFB=0;REVB=0.00764909;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0011624;OID=.;OPOS=704583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:8:10:0:0:9:10:0:0 chr11 704604 . GA G 144.22 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474998;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=37.8497;QD=44.3753;RBI=0.0476923;REFB=0;REVB=0.00427998;RO=1;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0818676;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00145956;OID=.;OPOS=704605;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:14:13:13:0:7:6:0:0:4:1:7:5:0:1 chr11 771034 . A G 546.78 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0871901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8192;QD=57.5562;RBI=0.0875074;REFB=-0.168418;REVB=0.00744503;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00403265;OID=.;OPOS=771034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:36:38:0:1:36:37:0.973684:17:19:0:0:17:20:1:0 chr11 772490 . G A 791.83 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0460428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1971;QD=53.6834;RBI=0.0814896;REFB=0.110049;REVB=0.0672355;RO=2;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294565;STB=0.51562;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.00240799;OID=.;OPOS=772490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:31:26:0:2:31:26:0:2 chr11 802379 . T C 37.14 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0898793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7989;QD=8.25298;RBI=0.102596;REFB=-0.0134129;REVB=-0.0494737;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946031;STB=0.559795;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0119009;OID=.;OPOS=802379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:5:7:4:2:5:7 chr11 804212 . C A 205.52 PASS AF=0.390625;AO=24;DP=65;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0316405;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.12;QD=12.8447;RBI=0.0391465;REFB=-0.0409747;REVB=-0.0230505;RO=35;SAF=13;SAR=11;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311596;STB=0.511269;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0550968;OID=.;OPOS=804212;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:35:39:24:25:0.390625:11:13:20:15:12:13:21:18 chr11 823809 . C G 308.42 PASS AF=0.55814;AO=22;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=22;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0163367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=32.7536;QD=28.6903;RBI=0.0483774;REFB=-0.0602582;REVB=-0.0455356;RO=11;SAF=20;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462813;STB=0.785408;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00232266;OID=.;OPOS=823809;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:43:43:11:12:22:24:0.55814:2:20:5:6:2:22:5:7 chr11 828916 . G A 796.72 PASS AF=0.9375;AO=57;DP=62;FAO=60;FDP=64;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0510684;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.494;QD=49.7952;RBI=0.0624598;REFB=-0.144032;REVB=0.0359617;RO=2;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314166;STB=0.502091;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00283104;OID=.;OPOS=828916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:62:64:2:4:57:60:0.9375:29:28:0:2:32:28:2:2 chr11 829539 . A G 1375.56 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0148181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.77;QD=60.464;RBI=0.0150252;REFB=-0.0820791;REVB=0.00248638;RO=2;SAF=31;SAR=58;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160613;STB=0.504201;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000269332;OID=.;OPOS=829539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:91:91:2:1:89:90:0.989011:58:31:0:2:59:31:0:1 chr11 830487 . C T 198.38 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0761959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.265;QD=44.0854;RBI=0.0797948;REFB=-0.0409654;REVB=0.0236937;RO=0;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95117e-08;STB=0.599866;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.000479915;OID=.;OPOS=830487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:15:2:0:0:15:2:1:0 chr11 830670 . G T 433.87 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0650861;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.491;QD=57.8499;RBI=0.0816004;REFB=0;REVB=0.0492182;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000597647;OID=.;OPOS=830670;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:12:17:0:0:13:17:0:0 chr11 831122 . C T 658.7 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.217;QD=61.2748;RBI=0.0499511;REFB=0;REVB=0.0393509;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016218;OID=.;OPOS=831122;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:43:0:0:40:43:1:16:24:0:0:16:27:0:0 chr11 837582 . G A 1098.61 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.3374;QD=60.1975;RBI=0.0511815;REFB=0;REVB=0.027341;RO=0;SAF=38;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529907;OID=.;OPOS=837582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:35:38:0:0:35:38:0:0 chr11 840477 . A G 200.43 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.11237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.325;QD=47.1597;RBI=0.112374;REFB=0;REVB=-0.000952236;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0121774;OID=.;OPOS=840477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:12:4:0:0:12:5:0:0 chr11 862652 . T C 508.32 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00301907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.7363;QD=56.4796;RBI=0.0767314;REFB=-0.0314906;REVB=-0.076672;RO=1;SAF=24;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190966;STB=0.510198;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00484693;OID=.;OPOS=862652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:11:24:1:0:11:24:1:0 chr11 865614 . C T 140.14 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0200832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.281;QD=10.3806;RBI=0.0212086;REFB=-0.0150295;REVB=-0.00681695;RO=36;SAF=11;SAR=7;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157967;STB=0.593257;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0169141;OID=.;OPOS=865614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:36:18:18:0.333333:7:11:17:19:7:11:17:19 chr11 870446 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329971;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.104;QD=62.671;RBI=0.0386522;REFB=0;REVB=0.0201292;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010173;OID=.;OPOS=870446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr11 900929 . C G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.742;QD=48.7372;RBI=0.0272993;REFB=0;REVB=0.0239324;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.69841e-05;OID=.;OPOS=900929;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr11 903070 . G C 501.5 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00377578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.089;QD=59.0005;RBI=0.0563406;REFB=0;REVB=0.056214;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289983;OID=.;OPOS=903070;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr11 993907 . C G 73.43 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0552546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.737;QD=9.47474;RBI=0.0893153;REFB=-0.0446042;REVB=-0.0701723;RO=21;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790598;STB=0.547852;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.107158;OID=.;OPOS=993907;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:6:4:7:14:6:4:7:14 chr11 1016614 . G T 264.0 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=27;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.048334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.297;QD=15.3045;RBI=0.0490544;REFB=0.00994811;REVB=0.00837566;RO=39;SAF=3;SAR=27;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396869;STB=0.730772;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=-0.0227819;OID=.;OPOS=1016614;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:27:3:13:26:27:3:13:26 chr11 1016618 . G C 359.49 PASS AF=0.485714;AO=33;DP=71;FAO=34;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=3;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0123379;FXX=0.0140825;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.705;QD=20.5424;RBI=0.0126593;REFB=-0.0334968;REVB=-0.00283456;RO=25;SAF=2;SAR=31;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.556595;STB=0.742968;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0298365;OID=.;OPOS=1016618;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:25:30:33:34:0.485714:31:2:11:14:31:3:11:19 chr11 1016704 . C A 61.48 PASS AF=0.126126;AO=11;DP=103;FAO=14;FDP=111;FR=.;FRO=97;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=83;FWDB=0.0261769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3495;QD=2.21556;RBI=0.0459814;REFB=-0.00829535;REVB=-0.0378029;RO=92;SAF=1;SAR=10;SRF=14;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163668;STB=0.6698;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0615677;OID=.;OPOS=1016704;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:103:111:92:97:11:14:0.126126:10:1:14:78:13:1:14:83 chr11 1016713 . T C 93.62 PASS AF=0.160714;AO=17;DP=112;FAO=18;FDP=112;FR=.;FRO=94;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=79;FWDB=0.0348204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.603;QD=3.34343;RBI=0.0374398;REFB=-0.0184682;REVB=-0.0137578;RO=93;SAF=1;SAR=16;SRF=15;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318296;STB=0.738774;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0758791;OID=.;OPOS=1016713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:112:112:93:94:17:18:0.160714:16:1:15:78:17:1:15:79 chr11 1016722 . T G 48.14 PASS AF=0.106195;AO=11;DP=112;FAO=12;FDP=113;FR=.;FRO=101;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=85;FWDB=-0.0176219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.524;QD=1.70409;RBI=0.0213977;REFB=-0.00735539;REVB=-0.012138;RO=98;SAF=1;SAR=10;SRF=14;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142416;STB=0.660449;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0453538;OID=.;OPOS=1016722;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:112:113:98:101:11:12:0.106195:10:1:14:84:11:1:16:85 chr11 1016724 . A G 155.07 PASS AF=0.223214;AO=25;DP=112;FAO=25;FDP=112;FR=.;FRO=87;FSAF=2;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=72;FWDB=-0.0534062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.684;QD=5.5383;RBI=0.0550874;REFB=-0.0115212;REVB=-0.0135054;RO=86;SAF=2;SAR=23;SRF=15;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271504;STB=0.672806;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0287084;OID=.;OPOS=1016724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:86:87:25:25:0.223214:23:2:15:71:23:2:15:72 chr11 1016776 . C G 218.89 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=86;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=-0.0206018;FXX=0.229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.812;QD=13.0683;RBI=0.0361269;REFB=-0.0258056;REVB=-0.0296769;RO=38;SAF=6;SAR=19;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681127;STB=0.518444;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0189238;OID=.;OPOS=1016776;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:67:38:42:25:25:0.373134:19:6:11:27:19:6:11:31 chr11 1016795 . C G 58.54 PASS AF=0.142857;AO=14;DP=84;FAO=12;FDP=84;FR=.;FRO=72;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=52;FWDB=-0.0218515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.09;QD=2.78761;RBI=0.101224;REFB=-0.012338;REVB=-0.098837;RO=65;SAF=2;SAR=12;SRF=20;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289772;STB=0.639272;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0925731;OID=.;OPOS=1016795;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:84:84:65:72:14:12:0.142857:12:2:20:45:10:2:20:52 chr11 1016809 . G T 124.41 PASS AF=0.2375;AO=18;DP=78;FAO=19;FDP=80;FR=.;FRO=61;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=0.00103511;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.196;QD=6.2205;RBI=0.0186658;REFB=-0.0195638;REVB=-0.0186371;RO=58;SAF=1;SAR=17;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.593369;STB=0.884716;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0641928;OID=.;OPOS=1016809;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:58:61:18:19:0.2375:17:1:23:35:18:1:23:38 chr11 1016810 . G T 45.9 PASS AF=0.119048;AO=10;DP=83;FAO=10;FDP=84;FR=.;FRO=74;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=50;FWDB=-0.00171971;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=139.027;QD=2.18558;RBI=0.0454653;REFB=-0.0132668;REVB=-0.0454328;RO=65;SAF=1;SAR=9;SRF=24;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421145;STB=0.791532;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0679647;OID=.;OPOS=1016810;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:83:84:65:74:10:10:0.119048:9:1:24:41:9:1:24:50 chr11 1016819 . G T 33.93 PASS AF=0.0740741;AO=12;DP=162;FAO=12;FDP=162;FR=.;FRO=150;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=124;FWDB=-0.00486656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.504;QD=0.837848;RBI=0.0540965;REFB=-0.0156684;REVB=-0.0538772;RO=150;SAF=1;SAR=11;SRF=26;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202464;STB=0.68711;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.145178;OID=.;OPOS=1016819;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:162:162:150:150:12:12:0.0740741:11:1:26:124:11:1:26:124 chr11 1016825 . G A 91.14 PASS AF=0.113861;AO=23;DP=202;FAO=23;FDP=202;FR=.;FRO=179;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=156;FWDB=-0.00785593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5807;QD=1.80476;RBI=0.0385843;REFB=-0.00415247;REVB=-0.037776;RO=179;SAF=5;SAR=18;SRF=23;SRR=156;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197154;STB=0.633094;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0350759;OID=.;OPOS=1016825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:202:202:179:179:23:23:0.113861:18:5:23:156:18:5:23:156 chr11 1016834 . G A 177.66 PASS AF=0.162996;AO=37;DP=229;FAO=37;FDP=227;FR=.;FRO=190;FSAF=7;FSAR=30;FSRF=28;FSRR=162;FWDB=0.019837;FXX=0.00873324;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9157;QD=3.13063;RBI=0.0512318;REFB=-0.0136066;REVB=0.0472355;RO=176;SAF=7;SAR=30;SRF=28;SRR=148;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067347;STB=0.561373;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0954633;OID=.;OPOS=1016834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:229:227:176:190:37:37:0.162996:30:7:28:148:30:7:28:162 chr11 1016869 . AGG CAG,CAT,TGG 403.06 PASS AF=0,0,0.31875;AO=14,12,51;DP=184;FAO=0,0,51;FDP=160;FR=.;FRO=109;FSAF=0,0,15;FSAR=0,0,36;FSRF=19;FSRR=90;FWDB=0.00706002,0.0157832,0.00813787;FXX=0.130428;HRUN=2,2,2;LEN=2,3,1;MLLD=117.897,159.896,92.0295;QD=10.0764;RBI=0.00730636,0.0160245,0.0207932;REFB=-0.00504609,-0.00629499,-0.0101876;REVB=-0.00188121,-0.00277012,-0.0191346;RO=90;SAF=1,2,15;SAR=13,10,36;SRF=19;SRR=71;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.336539,-0.0866866,0.118994;STB=0.5,0.5,0.6069;STBP=1,1,0.142;TYPE=mnp,mnp,snp;VARB=0,0,0.0171685;OID=.,.,.;OPOS=1016869,1016869,1016869;OREF=AG,AGG,A;OALT=CA,CAT,T;OMAPALT=CAG,CAT,TGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:184:160:90:109:14,12,51:0,0,51:0,0,0.31875:13,10,36:1,2,15:19:71:0,0,36:0,0,15:19:90 chr11 1016887 . G A 35.34 PASS AF=0.080292;AO=11;DP=137;FAO=11;FDP=137;FR=.;FRO=126;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=88;FWDB=-0.0148478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.549;QD=1.03169;RBI=0.0202547;REFB=-0.00392854;REVB=-0.0137766;RO=125;SAF=1;SAR=10;SRF=38;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334368;STB=0.798498;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0352992;OID=.;OPOS=1016887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:137:137:125:126:11:11:0.080292:10:1:38:87:10:1:38:88 chr11 1016889 . GG AA,GA 448.77 PASS AF=0.139344,0.295082;AO=16,35;DP=121;FAO=17,36;FDP=122;FR=.;FRO=69;FSAF=4,12;FSAR=13,24;FSRF=21;FSRR=48;FWDB=0.00641429,0.0113405;FXX=0.0161277;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=134.327,171.828;QD=14.7138;RBI=0.0150262,0.0260061;REFB=-0.0143617,-0.0233847;REVB=-0.0135883,-0.0234033;RO=66;SAF=4,11;SAR=12,24;SRF=21;SRR=45;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.10501,-0.00510427;STB=0.571089,0.521727;STBP=0.575,0.77;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0316036,0.0317173;OID=.,.;OPOS=1016889,1016890;OREF=GG,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:121:122:66:69:16,35:17,36:0.139344,0.295082:12,24:4,11:21:45:13,24:4,12:21:48 chr11 1016892 . G A 30.14 PASS AF=0.0782609;AO=9;DP=116;FAO=9;FDP=115;FR=.;FRO=106;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=70;FWDB=0.0118696;FXX=0.00861995;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.8979;QD=1.04825;RBI=0.0165489;REFB=0.00422213;REVB=0.0115316;RO=107;SAF=2;SAR=7;SRF=36;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15006;STB=0.633011;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.0566923;OID=.;OPOS=1016892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:116:115:107:106:9:9:0.0782609:7:2:36:71:7:2:36:70 chr11 1016894 . G A 95.43 PASS AF=0.165138;AO=18;DP=110;FAO=18;FDP=109;FR=.;FRO=91;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=61;FWDB=-0.00887628;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.812;QD=3.502;RBI=0.00887628;REFB=-0.0141225;REVB=2.9473e-06;RO=91;SAF=6;SAR=12;SRF=30;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00522604;STB=0.503444;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0817241;OID=.;OPOS=1016894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:110:109:91:91:18:18:0.165138:12:6:30:61:12:6:30:61 chr11 1016914 . G T 367.54 PASS AF=0.46875;AO=24;DP=66;FAO=30;FDP=64;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=24;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=1;FWDB=0.0242835;FXX=0.0302984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.7156;QD=22.9711;RBI=0.0596264;REFB=-0.0168933;REVB=0.0544575;RO=22;SAF=10;SAR=14;SRF=21;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442129;STB=0.745815;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0312397;OID=.;OPOS=1016914;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:22:24:24:30:0.46875:14:10:21:1:19:11:23:1 chr11 1016928 . C G 733.32 PASS AF=0.890625;AO=55;DP=63;FAO=57;FDP=64;FR=.;FRO=7;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0382113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.566;QD=45.8324;RBI=0.0632148;REFB=-0.0717563;REVB=0.0503588;RO=7;SAF=24;SAR=31;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325964;STB=0.500843;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00854376;OID=.;OPOS=1016928;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:63:64:7:7:55:57:0.890625:31:24:2:5:33:24:3:4 chr11 1016933 . C T 221.82 PASS AF=0.369863;AO=27;DP=73;FAO=27;FDP=73;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0212286;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.003;QD=12.1546;RBI=0.0299241;REFB=-0.0243729;REVB=-0.0210903;RO=43;SAF=10;SAR=17;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249211;STB=0.500544;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0517618;OID=.;OPOS=1016933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:46:27:27:0.369863:17:10:15:28:17:10:17:29 chr11 1016957 . T G 83.0 PASS AF=0.220339;AO=12;DP=61;FAO=13;FDP=59;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=-0.0262774;FXX=0.0327815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.246;QD=5.62738;RBI=0.0278376;REFB=-0.00634708;REVB=-0.00918865;RO=44;SAF=2;SAR=10;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155587;STB=0.630918;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.013613;OID=.;OPOS=1016957;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:61:59:44:46:12:13:0.220339:10:2:11:33:11:2:12:34 chr11 1016960 . G T 67.44 PASS AF=0.186441;AO=11;DP=59;FAO=11;FDP=59;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=39;FWDB=-0.0499502;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2672;QD=4.57221;RBI=0.0506985;REFB=0.000468392;REVB=-0.00867853;RO=47;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360721;STB=0.72784;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00732484;OID=.;OPOS=1016960;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:59:59:47:48:11:11:0.186441:6:5:9:38:6:5:9:39 chr11 1017023 . G A 47.85 PASS AF=0.0977444;AO=13;DP=133;FAO=13;FDP=133;FR=.;FRO=120;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=110;FWDB=-0.0210401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.423;QD=1.43895;RBI=0.0400351;REFB=-0.0120584;REVB=-0.0340605;RO=118;SAF=1;SAR=12;SRF=10;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308938;STB=0.519654;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0888948;OID=.;OPOS=1017023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:133:133:118:120:13:13:0.0977444:12:1:10:108:12:1:10:110 chr11 1017029 . T G 698.65 PASS AF=0.492958;AO=69;DP=143;FAO=70;FDP=142;FR=.;FRO=72;FSAF=6;FSAR=64;FSRF=5;FSRR=67;FWDB=0.0112449;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6913;QD=19.6804;RBI=0.0654757;REFB=-0.0392447;REVB=-0.0645028;RO=74;SAF=6;SAR=63;SRF=5;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606033;STB=0.527509;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0471911;OID=.;OPOS=1017029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:142:74:72:69:70:0.492958:63:6:5:69:64:6:5:67 chr11 1017036 . G A 82.95 PASS AF=0.136986;AO=18;DP=146;FAO=20;FDP=146;FR=.,HEALED;FRO=126;FSAF=1;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=118;FWDB=-0.0121069;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.851;QD=2.27249;RBI=0.0150443;REFB=-0.0152209;REVB=-0.0089304;RO=95;SAF=1;SAR=17;SRF=7;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940942;STB=0.555134;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0699197;OID=.;OPOS=1017036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:146:146:95:126:18:20:0.136986:17:1:7:88:19:1:8:118 chr11 1017041 . GT TG 50.07 PASS AF=0.0898204;AO=15;DP=168;FAO=15;FDP=167;FR=.;FRO=152;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=141;FWDB=-0.00284858;FXX=0.00595203;HRUN=2;LEN=2;MLLD=136.725;QD=1.19936;RBI=0.0441573;REFB=-0.00328456;REVB=-0.0440654;RO=149;SAF=1;SAR=14;SRF=10;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00209744;STB=0.520096;STBP=0.918;TYPE=mnp;VARB=0.0597465;OID=.;OPOS=1017041;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:168:167:149:152:15:15:0.0898204:14:1:10:139:14:1:11:141 chr11 1017045 . G T 95.23 PASS AF=0.128655;AO=22;DP=171;FAO=22;FDP=171;FR=.;FRO=149;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=138;FWDB=-0.00677157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.06;QD=2.22763;RBI=0.0587572;REFB=-0.00451262;REVB=-0.0583657;RO=147;SAF=3;SAR=19;SRF=11;SRR=136;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209635;STB=0.63898;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0344791;OID=.;OPOS=1017045;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:171:171:147:149:22:22:0.128655:19:3:11:136:19:3:11:138 chr11 1017069 . G A 310.74 PASS AF=0.25;AO=46;DP=185;FAO=46;FDP=184;FR=.;FRO=138;FSAF=5;FSAR=41;FSRF=13;FSRR=125;FWDB=0.00379624;FXX=0.00540511;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7641;QD=6.75514;RBI=0.0037974;REFB=-0.00937126;REVB=-9.39934e-05;RO=138;SAF=5;SAR=41;SRF=13;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0492976;STB=0.529325;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00895035;OID=.;OPOS=1017069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:184:138:138:46:46:0.25:41:5:13:125:41:5:13:125 chr11 1017084 . G A 306.87 PASS AF=0.247312;AO=46;DP=181;FAO=46;FDP=186;FR=.;FRO=140;FSAF=4;FSAR=42;FSRF=17;FSRR=123;FWDB=-0.014372;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.311;QD=6.59938;RBI=0.0373255;REFB=-0.0172741;REVB=-0.0344476;RO=132;SAF=4;SAR=42;SRF=15;SRR=117;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932961;STB=0.57195;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.064484;OID=.;OPOS=1017084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:186:132:140:46:46:0.247312:42:4:15:117:42:4:17:123 chr11 1017110 . C T 171.42 PASS AF=0.164103;AO=34;DP=193;FAO=32;FDP=195;FR=.;FRO=163;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=138;FWDB=0.0185549;FXX=0.0533955;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.597;QD=3.51638;RBI=0.0192562;REFB=-0.0123373;REVB=-0.00514943;RO=155;SAF=9;SAR=25;SRF=25;SRR=130;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196769;STB=0.649409;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0647341;OID=.;OPOS=1017110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:193:195:155:163:34:32:0.164103:25:9:25:130:23:9:25:138 chr11 1017112 . GT CC,GC 419.19 PASS AF=0.151832,0.162304;AO=30,41;DP=209;FAO=29,31;FDP=191;FR=.;FRO=131;FSAF=8,5;FSAR=21,26;FSRF=21;FSRR=110;FWDB=0.0107375,0.0129105;FXX=0.0861203;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=139.031,112.863;QD=8.77888;RBI=0.0120935,0.0129107;REFB=-0.012639,-0.013863;REVB=0.00556412,8.17109e-05;RO=126;SAF=9,5;SAR=21,36;SRF=21;SRR=105;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.234721,-0.114916;STB=0.632392,0.501474;STBP=0.227,0.991;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0393953,0.0084763;OID=.,.;OPOS=1017112,1017113;OREF=GT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:209:191:126:131:30,41:29,31:0.151832,0.162304:21,36:9,5:21:105:21,26:8,5:21:110 chr11 1017135 . G A 100.15 PASS AF=0.114537;AO=26;DP=227;FAO=26;FDP=227;FR=.;FRO=201;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=167;FWDB=0.0609589;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.176;QD=1.7648;RBI=0.0665542;REFB=-0.00242105;REVB=-0.0267109;RO=198;SAF=5;SAR=21;SRF=34;SRR=164;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432173;STB=0.534369;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0379037;OID=.;OPOS=1017135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:227:227:198:201:26:26:0.114537:21:5:34:164:21:5:34:167 chr11 1017154 . T G 103.54 PASS AF=0.118721;AO=25;DP=219;FAO=26;FDP=219;FR=.;FRO=193;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=163;FWDB=-0.0317048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.1;QD=1.89106;RBI=0.0440772;REFB=-0.00526591;REVB=-0.0306203;RO=192;SAF=3;SAR=22;SRF=29;SRR=163;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808947;STB=0.576245;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0184127;OID=.;OPOS=1017154;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:219:192:193:25:26:0.118721:22:3:29:163:23:3:30:163 chr11 1017158 . G T 83.21 PASS AF=0.107477;AO=22;DP=212;FAO=23;FDP=214;FR=.;FRO=191;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=162;FWDB=0.0269046;FXX=0.00465095;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.622;QD=1.55525;RBI=0.0318131;REFB=-0.000366328;REVB=0.0169768;RO=189;SAF=3;SAR=19;SRF=29;SRR=160;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415152;STB=0.539593;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00846047;OID=.;OPOS=1017158;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:212:214:189:191:22:23:0.107477:19:3:29:160:20:3:29:162 chr11 1017161 . C T 61.44 PASS AF=0.0900474;AO=18;DP=211;FAO=19;FDP=211;FR=.;FRO=192;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=164;FWDB=-0.0194185;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.583;QD=1.1647;RBI=0.0419447;REFB=-0.00511903;REVB=-0.0371791;RO=180;SAF=3;SAR=15;SRF=27;SRR=153;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371422;STB=0.521214;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.0317641;OID=.;OPOS=1017161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:211:211:180:192:18:19:0.0900474:15:3:27:153:16:3:28:164 chr11 1017173 . G A 482.54 PASS AF=0.319372;AO=61;DP=191;FAO=61;FDP=191;FR=.;FRO=130;FSAF=8;FSAR=53;FSRF=22;FSRR=108;FWDB=0.0202932;FXX=0.00520806;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.227;QD=10.1056;RBI=0.0217267;REFB=-0.0201657;REVB=-0.00776094;RO=130;SAF=8;SAR=53;SRF=22;SRR=108;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899212;STB=0.552449;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0480966;OID=.;OPOS=1017173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:130:130:61:61:0.319372:53:8:22:108:53:8:22:108 chr11 1017183 . G T 195.87 PASS AF=0.2;AO=33;DP=168;FAO=34;FDP=170;FR=.;FRO=136;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=120;FWDB=0.00916754;FXX=0.00584761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7545;QD=4.6086;RBI=0.012161;REFB=-0.00561431;REVB=-0.00799043;RO=135;SAF=9;SAR=24;SRF=16;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305769;STB=0.676088;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0224382;OID=.;OPOS=1017183;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:170:135:136:33:34:0.2:24:9:16:119:25:9:16:120 chr11 1017220 . T C 455.38 PASS AF=0.455357;AO=51;DP=112;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=56;FWDB=0.0258845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.755;QD=16.2637;RBI=0.0420738;REFB=-0.0354153;REVB=-0.0331692;RO=61;SAF=15;SAR=36;SRF=5;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287708;STB=0.657094;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0956129;OID=.;OPOS=1017220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:61:61:51:51:0.455357:36:15:5:56:36:15:5:56 chr11 1017231 . A G 423.53 PASS AF=0.460784;AO=44;DP=99;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=5;FSRR=50;FWDB=0.014309;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.426;QD=16.6089;RBI=0.0151259;REFB=-0.0287517;REVB=-0.0049037;RO=54;SAF=13;SAR=31;SRF=5;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274996;STB=0.640796;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.043493;OID=.;OPOS=1017231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:102:54:55:44:47:0.460784:31:13:5:49:34:13:5:50 chr11 1017239 . CG TA 368.36 PASS AF=0.410526;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=51;FWDB=0.050311;FXX=0.049995;HRUN=2;LEN=2;MLLD=181.485;QD=15.5098;RBI=0.0512488;REFB=-0.0231671;REVB=-0.00975885;RO=54;SAF=12;SAR=27;SRF=4;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330317;STB=0.670899;STBP=0.048;TYPE=mnp;VARB=0.0242437;OID=.;OPOS=1017239;OREF=CG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:95:54:56:39:39:0.410526:27:12:4:50:27:12:5:51 chr11 1017314 . TGGGGT TGGG,TGGGT,TGGTGT 794.21 PASS AF=0,0.566265,0.409639;AO=14,17,31;DP=85;FAO=0,47,34;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=0,4,0;FSAR=0,43,34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.418283,0.679902,0.0816296;FXX=0.0235266;HRUN=4,4,4;LEN=2,1,1;MLLD=11.1748,10.1789,134.792;QD=38.2753;RBI=0.441423,0.679921,0.0882909;REFB=0.0207196,0.019135,-0.00820102;REVB=-0.141045,0.0052005,-0.0336434;RO=11;SAF=0,0,0;SAR=14,17,31;SRF=4;SRR=7;SSEN=0.368421,0.368421,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.813783,-0.828766,-0.863794;STB=0.5,0.511359,0.5;STBP=1,0.625,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,-0.033208,0.0652309;OID=.,.,.;OPOS=1017318,1017315,1017317;OREF=GT,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=TGGG,TGGGT,TGGTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.566265,0.409639:14,17,31:85:0,47,34:83:2:0,4,0:0,43,34:0:2:99:11:0,0,0:14,17,31:4:7 chr11 1017325 . A C 79.71 PASS AF=0.145455;AO=16;DP=110;FAO=16;FDP=110;FR=.;FRO=94;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=93;FWDB=0.0772845;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0087;QD=2.89866;RBI=0.0875746;REFB=-0.0117473;REVB=-0.0411876;RO=93;SAF=3;SAR=13;SRF=1;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.639207;STB=0.859309;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0703381;OID=.;OPOS=1017325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:110:110:93:94:16:16:0.145455:13:3:1:92:13:3:1:93 chr11 1017337 . TC CA 132.82 PASS AF=0.180451;AO=24;DP=132;FAO=24;FDP=133;FR=.;FRO=109;FSAF=2;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=104;FWDB=-0.0137449;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=137.297;QD=3.99456;RBI=0.0348269;REFB=-0.00732987;REVB=-0.0319999;RO=105;SAF=2;SAR=22;SRF=5;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185022;STB=0.620611;STBP=0.512;TYPE=mnp;VARB=0.0441726;OID=.;OPOS=1017337;OREF=TC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:105:109:24:24:0.180451:22:2:5:100:22:2:5:104 chr11 1017363 . C G 39.87 PASS AF=0.0909091;AO=11;DP=114;FAO=11;FDP=121;FR=.;FRO=110;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=95;FWDB=-0.0093936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.317;QD=1.31785;RBI=0.0578724;REFB=-0.00545208;REVB=-0.057105;RO=103;SAF=2;SAR=9;SRF=15;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787789;STB=0.576054;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.054302;OID=.;OPOS=1017363;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:114:121:103:110:11:11:0.0909091:9:2:15:88:9:2:15:95 chr11 1017381 . G C 177.77 PASS AF=0.260417;AO=25;DP=96;FAO=25;FDP=96;FR=.;FRO=71;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=56;FWDB=0.00822065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.052;QD=7.4069;RBI=0.0128924;REFB=-0.00433047;REVB=0.00993154;RO=70;SAF=7;SAR=18;SRF=15;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10644;STB=0.56669;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0188271;OID=.;OPOS=1017381;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:70:71:25:25:0.260417:18:7:15:55:18:7:15:56 chr11 1017384 . G C 237.38 PASS AF=0.326087;AO=29;DP=92;FAO=30;FDP=92;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=48;FWDB=0.0171831;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.417;QD=10.321;RBI=0.017184;REFB=-0.0125662;REVB=-0.000178476;RO=60;SAF=8;SAR=21;SRF=14;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638576;STB=0.536375;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0253642;OID=.;OPOS=1017384;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:60:62:29:30:0.326087:21:8:14:46:22:8:14:48 chr11 1017421 . G T 188.7 PASS AF=0.276596;AO=12;DP=49;FAO=13;FDP=47;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=24;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0302507;FXX=0.040808;HRUN=3;LEN=1;MLLD=36.9053;QD=16.0596;RBI=0.0561312;REFB=-0.0517625;REVB=-0.0472823;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.524998;STB=0.725472;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0270353;OID=.;OPOS=1017421;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:47:18:24:12:13:0.276596:8:4:16:2:9:4:16:8 chr11 1017440 . C T 130.54 PASS AF=0.203883;AO=21;DP=103;FAO=21;FDP=103;FR=.;FRO=82;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=66;FWDB=0.0172786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.536;QD=5.06934;RBI=0.0308013;REFB=-0.0197027;REVB=-0.0254985;RO=81;SAF=3;SAR=18;SRF=16;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122453;STB=0.575679;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0577605;OID=.;OPOS=1017440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:81:82:21:21:0.203883:18:3:16:65:18:3:16:66 chr11 1017443 . C G 259.28 PASS AF=0.347826;AO=31;DP=103;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=48;FWDB=0.00308148;FXX=0.106786;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8222;QD=11.2731;RBI=0.0384635;REFB=-0.0439588;REVB=-0.0383399;RO=59;SAF=5;SAR=26;SRF=12;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817272;STB=0.550326;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.04813;OID=.;OPOS=1017443;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:92:59:60:31:32:0.347826:26:5:12:47:27:5:12:48 chr11 1017464 . T C 30.72 PASS AF=0.101449;AO=7;DP=72;FAO=7;FDP=69;FR=.;FRO=62;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=50;FWDB=0.0521246;FXX=0.0416609;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2875;QD=1.78096;RBI=0.0522042;REFB=-0.00624623;REVB=-0.00288159;RO=62;SAF=2;SAR=5;SRF=12;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149269;STB=0.610836;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0557259;OID=.;OPOS=1017464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:72:69:62:62:7:7:0.101449:5:2:12:50:5:2:12:50 chr11 1017556 . G A 40.79 PASS AF=0.0777778;AO=14;DP=178;FAO=14;FDP=180;FR=.;FRO=166;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=153;FWDB=-0.00601266;FXX=0.00552456;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7915;QD=0.90647;RBI=0.0188832;REFB=-0.000474155;REVB=0.0179003;RO=164;SAF=2;SAR=12;SRF=13;SRR=151;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194473;STB=0.6469;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00789185;OID=.;OPOS=1017556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:178:180:164:166:14:14:0.0777778:12:2:13:151:12:2:13:153 chr11 1017575 . C T 51.15 PASS AF=0.104839;AO=13;DP=125;FAO=13;FDP=124;FR=.;FRO=111;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=97;FWDB=-0.0450789;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.533;QD=1.64999;RBI=0.0477482;REFB=-0.00554345;REVB=-0.0157411;RO=109;SAF=2;SAR=11;SRF=13;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0896885;STB=0.550948;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0360747;OID=.;OPOS=1017575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:125:124:109:111:13:13:0.104839:11:2:13:96:11:2:14:97 chr11 1017691 . C G 276.07 PASS AF=0.339806;AO=35;DP=98;FAO=35;FDP=103;FR=.;FRO=68;FSAF=2;FSAR=33;FSRF=11;FSRR=57;FWDB=-0.0563419;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.426;QD=10.721;RBI=0.0691373;REFB=-0.04033;REVB=-0.0400694;RO=61;SAF=2;SAR=33;SRF=12;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397459;STB=0.704281;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.068159;OID=.;OPOS=1017691;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:103:61:68:35:35:0.339806:33:2:12:49:33:2:11:57 chr11 1017744 . T C 48.5 PASS AF=0.0909091;AO=14;DP=152;FAO=14;FDP=154;FR=.;FRO=140;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=114;FWDB=0.00308118;FXX=0.0128197;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.4;QD=1.2597;RBI=0.0044294;REFB=-0.00202646;REVB=-0.00318213;RO=138;SAF=1;SAR=13;SRF=25;SRR=113;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26599;STB=0.733874;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0277453;OID=.;OPOS=1017744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:152:154:138:140:14:14:0.0909091:13:1:25:113:13:1:26:114 chr11 1017746 . T G 223.64 PASS AF=0.228758;AO=35;DP=154;FAO=35;FDP=153;FR=.;FRO=118;FSAF=5;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=97;FWDB=0.016412;FXX=0.00649309;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.3307;QD=5.84679;RBI=0.0170068;REFB=-0.00485189;REVB=0.00445852;RO=114;SAF=5;SAR=30;SRF=21;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958869;STB=0.551206;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0332893;OID=.;OPOS=1017746;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:114:118:35:35:0.228758:30:5:21:93:30:5:21:97 chr11 1017767 . G C 136.25 PASS AF=0.171233;AO=25;DP=146;FAO=25;FDP=146;FR=.;FRO=121;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=91;FWDB=-0.022554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.191;QD=3.73282;RBI=0.0286019;REFB=-0.00661052;REVB=-0.0175893;RO=120;SAF=8;SAR=17;SRF=30;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109523;STB=0.572132;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0429675;OID=.;OPOS=1017767;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:120:121:25:25:0.171233:17:8:30:90:17:8:30:91 chr11 1017773 . G A 92.62 PASS AF=0.130719;AO=21;DP=153;FAO=20;FDP=153;FR=.;FRO=133;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=99;FWDB=-0.035629;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6467;QD=2.42141;RBI=0.0356757;REFB=-0.00813894;REVB=-0.00182579;RO=131;SAF=5;SAR=16;SRF=34;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360416;STB=0.506487;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0675323;OID=.;OPOS=1017773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:153:153:131:133:21:20:0.130719:16:5:34:97:15:5:34:99 chr11 1017783 . A G 799.38 PASS AF=0.517007;AO=76;DP=149;FAO=76;FDP=147;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=57;FSRF=22;FSRR=49;FWDB=-0.0216641;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.226;QD=21.7519;RBI=0.0320791;REFB=-0.0147944;REVB=-0.0236588;RO=71;SAF=19;SAR=57;SRF=21;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520041;STB=0.537108;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0171407;OID=.;OPOS=1017783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:147:71:71:76:76:0.517007:57:19:21:50:57:19:22:49 chr11 1017789 . A C 72.25 PASS AF=0.111801;AO=18;DP=158;FAO=18;FDP=161;FR=.;FRO=143;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=42;FSRR=101;FWDB=-0.00259587;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7948;QD=1.79499;RBI=0.0182204;REFB=-0.00242966;REVB=-0.0180345;RO=134;SAF=5;SAR=13;SRF=40;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310661;STB=0.517339;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0352336;OID=.;OPOS=1017789;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:158:161:134:143:18:18:0.111801:13:5:40:94:13:5:42:101 chr11 1017793 . T G 72.9 PASS AF=0.113208;AO=18;DP=160;FAO=18;FDP=159;FR=.;FRO=141;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=95;FWDB=0.0326074;FXX=0.00624961;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5976;QD=1.83395;RBI=0.0356163;REFB=0.00710979;REVB=-0.0143274;RO=141;SAF=1;SAR=17;SRF=46;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.475877;STB=0.876511;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0547277;OID=.;OPOS=1017793;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:160:159:141:141:18:18:0.113208:17:1:46:95:17:1:46:95 chr11 1017797 . C G 75.35 PASS AF=0.118012;AO=15;DP=159;FAO=19;FDP=161;FR=.;FRO=142;FSAF=1;FSAR=18;FSRF=47;FSRR=95;FWDB=-0.0243349;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.851;QD=1.87213;RBI=0.0265128;REFB=-0.00732713;REVB=-0.0105233;RO=142;SAF=1;SAR=14;SRF=47;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429414;STB=0.883811;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0615684;OID=.;OPOS=1017797;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:159:161:142:142:15:19:0.118012:14:1:47:95:18:1:47:95 chr11 1017833 . C T 113.41 PASS AF=0.143713;AO=23;DP=168;FAO=24;FDP=167;FR=.;FRO=143;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=115;FWDB=-0.0102462;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.132;QD=2.71641;RBI=0.0429245;REFB=-0.0132186;REVB=-0.0416837;RO=138;SAF=9;SAR=14;SRF=27;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298017;STB=0.645219;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0672449;OID=.;OPOS=1017833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:167:138:143:23:24:0.143713:14:9:27:111:16:8:28:115 chr11 1017844 . TC CG,TG 580.89 PASS AF=0.0931677,0.335404;AO=14,53;DP=160;FAO=15,54;FDP=161;FR=.;FRO=92;FSAF=6,4;FSAR=9,50;FSRF=25;FSRR=67;FWDB=-0.0249127,-0.121285;FXX=0.035926;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=132.695,177.788;QD=14.4321;RBI=0.0249747,0.121671;REFB=-0.0337366,-0.0307074;REVB=-0.00175899,-0.00968586;RO=87;SAF=5,3;SAR=9,50;SRF=22;SRR=65;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.153612,-0.478868;STB=0.620264,0.755872;STBP=0.369,0;TYPE=mnp,snp;VARB=0.044635,0.0373097;OID=.,.;OPOS=1017844,1017845;OREF=TC,C;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:160:161:87:92:14,53:15,54:0.0931677,0.335404:9,50:5,3:22:65:9,50:6,4:25:67 chr11 1017858 . A G 511.1 PASS AF=0.378049;AO=60;DP=163;FAO=62;FDP=164;FR=.;FRO=102;FSAF=8;FSAR=54;FSRF=28;FSRR=74;FWDB=-0.0287277;FXX=0.0120475;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4034;QD=12.4658;RBI=0.0472858;REFB=-0.0504656;REVB=-0.0375588;RO=98;SAF=7;SAR=53;SRF=27;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301594;STB=0.654928;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.067976;OID=.;OPOS=1017858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:164:98:102:60:62:0.378049:53:7:27:71:54:8:28:74 chr11 1017883 . C A 191.02 PASS AF=0.20915;AO=32;DP=156;FAO=32;FDP=153;FR=.;FRO=121;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=32;FSRR=89;FWDB=-0.0247423;FXX=0.0496864;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7894;QD=4.99393;RBI=0.0258477;REFB=-0.0238774;REVB=0.00747799;RO=115;SAF=6;SAR=26;SRF=31;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148242;STB=0.588736;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.0602982;OID=.;OPOS=1017883;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:153:115:121:32:32:0.20915:26:6:31:84:26:6:32:89 chr11 1017891 . GCATGGGT GCGTGGGT,GTGCGGGG,TGATGGGT 107.83 PASS AF=0.115942,0.0507246,0;AO=16,7,13;DP=161;FAO=16,7,0;FDP=138;FR=.,HEALED;FRO=115;FSAF=1,2,0;FSAR=15,5,0;FSRF=30;FSRR=85;FWDB=0.00272827,0.00181332,-0.00714247;FXX=0.142848;HRUN=1,1,1;LEN=1,7,2;MLLD=112.313,183.708,72.0091;QD=3.12559;RBI=0.0742951,0.0351224,0.0711618;REFB=-0.00297998,-0.00209226,-0.00829389;REVB=-0.074245,-0.0350756,-0.0708024;RO=90;SAF=1,2,2;SAR=15,5,11;SRF=26;SRR=64;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.458761,-0.00411562,-0.231663;STB=0.822469,0.52933,0.5;STBP=0.041,0.897,1;TYPE=snp,mnp,mnp;VARB=0.0582187,0.0303983,0;OID=.,.,.;OPOS=1017893,1017892,1017891;OREF=A,CATGGGT,GC;OALT=G,TGCGGGG,TG;OMAPALT=GCGTGGGT,GTGCGGGG,TGATGGGT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:161:138:90:115:16,7,13:16,7,0:0.115942,0.0507246,0:15,5,11:1,2,2:26:64:15,5,0:1,2,0:30:85 chr11 1017899 . A T 38.43 PASS AF=0.0764706;AO=13;DP=170;FAO=13;FDP=170;FR=.;FRO=157;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=119;FWDB=-0.0112327;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.022;QD=0.904196;RBI=0.0268588;REFB=-0.00635002;REVB=-0.0243971;RO=140;SAF=2;SAR=11;SRF=34;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153137;STB=0.628347;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0522215;OID=.;OPOS=1017899;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:170:170:140:157:13:13:0.0764706:11:2:34:106:11:2:38:119 chr11 1017917 . A T 31.12 PASS AF=0.0705128;AO=11;DP=157;FAO=11;FDP=156;FR=.;FRO=145;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=113;FWDB=-0.0381407;FXX=0.00636902;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.284;QD=0.797871;RBI=0.0510517;REFB=-0.000758506;REVB=-0.0339347;RO=142;SAF=2;SAR=9;SRF=30;SRR=112;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498192;STB=0.556255;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.00931337;OID=.;OPOS=1017917;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:157:156:142:145:11:11:0.0705128:9:2:30:112:9:2:32:113 chr11 1017921 . C T 93.27 PASS AF=0.134228;AO=19;DP=152;FAO=20;FDP=149;FR=.;FRO=129;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=99;FWDB=-0.032289;FXX=0.0324654;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1433;QD=2.50389;RBI=0.0333174;REFB=-0.00603497;REVB=-0.00821377;RO=122;SAF=2;SAR=17;SRF=26;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243604;STB=0.710849;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0409442;OID=.;OPOS=1017921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:152:149:122:129:19:20:0.134228:17:2:26:96:18:2:30:99 chr11 1017935 . A G 298.0 PASS AF=0.330435;AO=38;DP=124;FAO=38;FDP=115;FR=.;FRO=77;FSAF=5;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=61;FWDB=-0.0744661;FXX=0.0725748;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48;QD=10.3652;RBI=0.088768;REFB=-0.0236435;REVB=-0.0483173;RO=75;SAF=5;SAR=33;SRF=15;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14763;STB=0.595816;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0380719;OID=.;OPOS=1017935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:115:75:77:38:38:0.330435:33:5:15:60:33:5:16:61 chr11 1017945 . A G 51.15 PASS AF=0.109091;AO=12;DP=100;FAO=12;FDP=110;FR=.;FRO=98;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=76;FWDB=-0.0779985;FXX=0.0090082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.2456;QD=1.86011;RBI=0.109259;REFB=-0.012101;REVB=-0.0765102;RO=88;SAF=1;SAR=11;SRF=22;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338624;STB=0.743596;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0794899;OID=.;OPOS=1017945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:100:110:88:98:12:12:0.109091:11:1:22:66:11:1:22:76 chr11 1017955 . C T 30.5 PASS AF=0.0869565;AO=8;DP=92;FAO=8;FDP=92;FR=.;FRO=84;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=65;FWDB=-0.057328;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.943;QD=1.32627;RBI=0.0654371;REFB=-0.00474726;REVB=-0.0315517;RO=83;SAF=3;SAR=5;SRF=19;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201231;STB=0.655923;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0595825;OID=.;OPOS=1017955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:92:92:83:84:8:8:0.0869565:5:3:19:64:5:3:19:65 chr11 1017974 . C G 59.4 PASS AF=0.169492;AO=11;DP=59;FAO=10;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=-0.0723461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.156;QD=4.02704;RBI=0.108715;REFB=-0.00736486;REVB=-0.0811478;RO=47;SAF=2;SAR=9;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276096;STB=0.654828;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0641256;OID=.;OPOS=1017974;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:59:59:47:49:11:10:0.169492:9:2:17:30:8:2:17:32 chr11 1017979 . G A 51.19 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0246531;FXX=0.0434688;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.378;QD=4.65375;RBI=0.0431755;REFB=-0.0172719;REVB=-0.035445;RO=36;SAF=1;SAR=7;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.450348;STB=0.814169;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0594919;OID=.;OPOS=1017979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:45:44:36:36:8:8:0.181818:7:1:16:20:7:1:16:20 chr11 1017988 . G T 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00422107;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=169.093;QD=7.62908;RBI=0.00568858;REFB=-0.0233604;REVB=0.00381346;RO=20;SAF=2;SAR=6;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442792;STB=0.7752;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0441657;OID=.;OPOS=1017988;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:6:2:13:7:6:2:13:7 chr11 1018262 . GT CA 33.12 PASS AF=0.272727;AO=3;DP=12;FAO=3;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=1;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.113304;FXX=0.153728;HRUN=1;LEN=2;MLLD=106.214;QD=12.0453;RBI=0.12352;REFB=-0.0331438;REVB=0.0491872;RO=5;SAF=1;SAR=2;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.462295;STB=0.635588;STBP=0.798;TYPE=mnp;VARB=0.0657146;OID=.;OPOS=1018262;OREF=GT;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:12:11:5:6:3:3:0.272727:2:1:0:5:2:1:1:5 chr11 1018295 . T C 89.89 PASS AF=0.44;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0414946;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.894;QD=14.3829;RBI=0.0502371;REFB=-0.0531215;REVB=0.028319;RO=14;SAF=2;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228385;STB=0.636086;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0268942;OID=.;OPOS=1018295;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:26:25:14:14:11:11:0.44:9:2:5:9:9:2:5:9 chr11 1018419 . G A 36.43 PASS AF=0.0978261;AO=9;DP=92;FAO=9;FDP=92;FR=.;FRO=83;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=70;FWDB=-0.0461176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.58;QD=1.58401;RBI=0.048617;REFB=-0.00884865;REVB=-0.0153876;RO=81;SAF=1;SAR=8;SRF=13;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118467;STB=0.58925;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0527357;OID=.;OPOS=1018419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:92:92:81:83:9:9:0.0978261:8:1:13:68:8:1:13:70 chr11 1018456 . G A 57.59 PASS AF=0.152778;AO=11;DP=72;FAO=11;FDP=72;FR=.;FRO=61;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=53;FWDB=0.0233924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.781;QD=3.19943;RBI=0.0247438;REFB=-0.00664878;REVB=-0.00806549;RO=61;SAF=2;SAR=9;SRF=8;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119614;STB=0.579311;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0435126;OID=.;OPOS=1018456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:72:72:61:61:11:11:0.152778:9:2:8:53:9:2:8:53 chr11 1018483 . C G 75.46 PASS AF=0.192308;AO=15;DP=77;FAO=15;FDP=78;FR=.;FRO=63;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=56;FWDB=-0.107054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=39.7985;QD=3.86996;RBI=0.159978;REFB=-0.049375;REVB=-0.11888;RO=56;SAF=2;SAR=13;SRF=7;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229965;STB=0.541125;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.14995;OID=.;OPOS=1018483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:77:78:56:63:15:15:0.192308:13:2:7:49:13:2:7:56 chr11 1018496 . G T 176.97 PASS AF=0.202703;AO=15;DP=74;FAO=15;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=38;FWDB=-0.0268896;FXX=0.0133316;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.557;QD=9.56594;RBI=0.0687002;REFB=-0.0370445;REVB=-0.0632192;RO=33;SAF=2;SAR=13;SRF=5;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0431419;STB=0.528461;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.065592;OID=.;OPOS=1018496;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:33:43:15:15:0.202703:13:2:5:28:13:2:5:38 chr11 1018523 . A G 47.66 PASS AF=0.12987;AO=10;DP=77;FAO=10;FDP=77;FR=.;FRO=67;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=63;FWDB=-0.0138505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.6882;QD=2.47606;RBI=0.0570475;REFB=-0.0182654;REVB=-0.0553406;RO=66;SAF=1;SAR=9;SRF=4;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166866;STB=0.6152;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0786652;OID=.;OPOS=1018523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:77:77:66:67:10:10:0.12987:9:1:4:62:9:1:4:63 chr11 1019375 . C T 361.28 PASS AF=0.330882;AO=44;DP=135;FAO=45;FDP=136;FR=.;FRO=91;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=34;FSRR=57;FWDB=-0.000498854;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.974;QD=10.626;RBI=0.0311218;REFB=-0.0227329;REVB=-0.0311178;RO=90;SAF=24;SAR=20;SRF=34;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193115;STB=0.619916;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0366715;OID=.;OPOS=1019375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:136:90:91:44:45:0.330882:20:24:34:56:20:25:34:57 chr11 1075747 . T C 562.06 PASS AF=0.553191;AO=48;DP=91;FAO=52;FDP=94;FR=.;FRO=42;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=0.0162375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.931;QD=23.9176;RBI=0.016293;REFB=-0.0236663;REVB=0.00134378;RO=42;SAF=33;SAR=15;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0029368;STB=0.500959;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0163031;OID=.;OPOS=1075747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:94:42:42:48:52:0.553191:15:33:29:13:16:36:29:13 chr11 1080576 . G A 187.85 PASS AF=0.411765;AO=20;DP=50;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.00535142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.578;QD=14.7331;RBI=0.00819816;REFB=-0.00793068;REVB=-0.00621064;RO=29;SAF=10;SAR=10;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232609;STB=0.60482;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.015976;OID=.;OPOS=1080576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:29:30:20:21:0.411765:10:10:8:21:11:10:9:21 chr11 1081074 . T C 105.33 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0402888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.33;QD=11.0871;RBI=0.0403108;REFB=0.00243423;REVB=-0.00133014;RO=24;SAF=9;SAR=4;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219898;STB=0.645339;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00737758;OID=.;OPOS=1081074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:25:13:13:0.342105:4:9:12:12:4:9:12:13 chr11 1081112 . G C 94.02 PASS AF=0.307692;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=39;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00856718;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4497;QD=9.64278;RBI=0.0106705;REFB=0.00463457;REVB=-0.00636101;RO=28;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556225;STB=0.545378;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.01039;OID=.;OPOS=1081112;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:40:39:28:27:12:12:0.307692:5:7:15:13:5:7:14:13 chr11 1081151 . T C 59.43 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0597671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9394;QD=6.99119;RBI=0.0663475;REFB=0.00507835;REVB=-0.0288078;RO=24;SAF=5;SAR=4;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112516;STB=0.555432;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=-0.0356015;OID=.;OPOS=1081151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:34:34:24:25:9:9:0.264706:4:5:11:13:4:5:12:13 chr11 1081757 . G C 90.1 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00543822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.997;QD=7.66787;RBI=0.0139229;REFB=0.00311227;REVB=0.0128169;RO=34;SAF=8;SAR=4;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135648;STB=0.596849;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.00867825;OID=.;OPOS=1081757;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:34:35:12:12:0.255319:4:8:19:15:4:8:19:16 chr11 1083293 . T C 111.97 PASS AF=0.28;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=50;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0937325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7666;QD=8.95718;RBI=0.0938973;REFB=-0.0070513;REVB=-0.00556032;RO=34;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103357;STB=0.539943;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.00891318;OID=.;OPOS=1083293;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:34:36:14:14:0.28:7:7:14:20:7:7:16:20 chr11 1084821 . T C 238.9 PASS AF=0.304762;AO=32;DP=106;FAO=32;FDP=105;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=39;FWDB=0.00213747;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.822;QD=9.10095;RBI=0.0220173;REFB=-0.00978535;REVB=0.0219133;RO=69;SAF=19;SAR=13;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11905;STB=0.589091;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0152694;OID=.;OPOS=1084821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:69:73:32:32:0.304762:13:19:34:35:13:19:34:39 chr11 1087972 . C T 164.96 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0123604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.599;QD=14.0388;RBI=0.0162657;REFB=-0.0167113;REVB=0.0105732;RO=28;SAF=13;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214985;STB=0.617277;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0286304;OID=.;OPOS=1087972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:29:18:18:0.382979:5:13:15:13:5:13:16:13 chr11 1092726 . C T 32.77 PASS AF=0.833333;AO=3;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.208079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.6118;QD=21.8445;RBI=0.208079;REFB=-0.144549;REVB=0;RO=3;SAF=3;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0498913;OID=.;OPOS=1092726;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:3:1:3:5:0.833333:0:3:3:0:0:5:1:0 chr11 1094690 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.815;QD=47.8222;RBI=0.102648;REFB=0;REVB=-0.00583378;RO=0;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108339;OID=.;OPOS=1094690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:14:2:0:0:14:2:0:0 chr11 1094748 . A AC 91.65 PASS AF=0.823529;AO=2;DP=18;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0359519;FXX=0.0555247;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.3971;QD=21.5643;RBI=0.0830183;REFB=0.0458799;REVB=-0.0748298;RO=15;SAF=1;SAR=1;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033478;STB=0.517217;STBP=0.796;TYPE=ins;VARB=-0.00930624;OID=.;OPOS=1094749;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.823529:2:18:14:17:3:6:8:1:2:9:15:1:1:7:8 chr11 1094752 . CAA CA,CAC,CCA 341.15 PASS AF=0.153846,0,0.846154;AO=3,8,15;DP=26;FAO=4,0,22;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0,11;FSAR=2,0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168589,-0.0313881,0.0171983;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=21.9614,6.29731,30.8277;QD=52.4843;RBI=0.0571526,0.224895,0.167824;REFB=0,0,0;REVB=0.0546094,-0.222694,0.166941;RO=0;SAF=3,1,9;SAR=0,7,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-4.78849e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0415486,0,0.0206151;OID=.,.,.;OPOS=1094753,1094754,1094753;OREF=A,A,A;OALT=-,C,C;OMAPALT=CA,CAC,CCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.153846,0,0.846154:3,8,15:26:4,0,22:26:0:2,0,11:2,0,11:0:0:14:0:3,1,9:0,7,6:0:0 chr11 1096494 . T C 1268.66 PASS AF=0.988235;AO=77;DP=78;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0382732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.215;QD=59.7017;RBI=0.0503451;REFB=0.0127032;REVB=0.0327076;RO=1;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155135;STB=0.50769;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=4.7214e-05;OID=.;OPOS=1096494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:85:1:1:77:84:0.988235:30:47:0:1:32:52:0:1 chr11 1101649 . T C 835.43 PASS AF=0.983871;AO=58;DP=61;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0502974;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.8127;QD=53.8988;RBI=0.0661403;REFB=0.0699662;REVB=0.0429501;RO=2;SAF=29;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=9.17212e-05;OID=.;OPOS=1101649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:61:62:2:1:58:61:0.983871:29:29:1:1:30:31:0:1 chr11 1158073 . T C 1549.23 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.746;QD=63.886;RBI=0.025595;REFB=0;REVB=0.00603504;RO=0;SAF=51;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16045e-05;OID=.;OPOS=1158073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:96:97:1:45:51:0:0:46:51:0:0 chr11 1161315 . T C 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.589;QD=55.0957;RBI=0.0464188;REFB=0;REVB=0.0292651;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352626;OID=.;OPOS=1161315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr11 1212877 . A G 195.84 PASS AF=0.241935;AO=30;DP=124;FAO=30;FDP=124;FR=.;FRO=94;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=64;FSRR=30;FWDB=-0.00952289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.329;QD=6.31745;RBI=0.00965916;REFB=-0.0165306;REVB=0.00161675;RO=92;SAF=16;SAR=14;SRF=64;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20912;STB=0.613964;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0444942;OID=.;OPOS=1212877;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:92:94:30:30:0.241935:14:16:64:28:14:16:64:30 chr11 1212878 . C G 34.08 PASS AF=0.0852713;AO=11;DP=127;FAO=11;FDP=129;FR=.;FRO=118;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=75;FSRR=43;FWDB=0.0395572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.0699;QD=1.05664;RBI=0.0451168;REFB=-0.0128368;REVB=-0.0216968;RO=115;SAF=5;SAR=6;SRF=75;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228909;STB=0.661798;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.108907;OID=.;OPOS=1212878;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:127:129:115:118:11:11:0.0852713:6:5:75:40:6:5:75:43 chr11 1212902 . C G 51.14 PASS AF=0.134831;AO=12;DP=87;FAO=12;FDP=89;FR=.;FRO=77;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=-0.00910745;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7382;QD=2.29849;RBI=0.0539377;REFB=-0.0247744;REVB=-0.0531632;RO=73;SAF=6;SAR=6;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254113;STB=0.505609;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.169787;OID=.;OPOS=1212902;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:87:89:73:77:12:12:0.134831:6:6:38:35:6:6:38:39 chr11 1212921 . C T 62.77 PASS AF=0.153846;AO=12;DP=83;FAO=12;FDP=78;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=0.00431556;FXX=0.0602337;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.435;QD=3.21891;RBI=0.0188307;REFB=-0.00519424;REVB=-0.0183295;RO=65;SAF=9;SAR=3;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391151;STB=0.768315;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0544955;OID=.;OPOS=1212921;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:83:78:65:66:12:12:0.153846:3:9:28:37:3:9:28:38 chr11 1212927 . C A 40.25 PASS AF=0.116883;AO=9;DP=78;FAO=9;FDP=77;FR=.;FRO=68;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.0150085;FXX=0.0128189;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5019;QD=2.09084;RBI=0.0426797;REFB=-0.00986311;REVB=0.0399538;RO=62;SAF=1;SAR=8;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48499;STB=0.874506;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0980398;OID=.;OPOS=1212927;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:78:77:62:68:9:9:0.116883:8:1:30:32:8:1:35:33 chr11 1212943 . C T 38.36 PASS AF=0.112676;AO=8;DP=70;FAO=8;FDP=71;FR=.;FRO=63;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=25;FWDB=0.016487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0428;QD=2.16135;RBI=0.0179236;REFB=-0.00410473;REVB=0.00703103;RO=62;SAF=2;SAR=6;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396555;STB=0.794021;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.028765;OID=.;OPOS=1212943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:70:71:62:63:8:8:0.112676:6:2:37:25:6:2:38:25 chr11 1212954 . C A 32.06 PASS AF=0.109375;AO=6;DP=63;FAO=7;FDP=64;FR=.;FRO=57;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.0278172;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.687;QD=2.00398;RBI=0.0279873;REFB=-0.0137111;REVB=0.00308076;RO=56;SAF=2;SAR=4;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339281;STB=0.689165;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.120355;OID=.;OPOS=1212954;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:63:64:56:57:6:7:0.109375:4:2:36:20:4:3:37:20 chr11 1213174 . A G 59.81 PASS AF=0.214286;AO=9;DP=42;FAO=9;FDP=42;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=33;FWDB=0.00398343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.866;QD=5.69644;RBI=0.0100701;REFB=-0.0138476;REVB=-0.00924875;RO=29;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.70099;STB=0.902092;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0215959;OID=.;OPOS=1213174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:29:33:9:9:0.214286:4:5:0:29:4:5:0:33 chr11 1213177 . C T 59.59 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=34;FWDB=-0.00688658;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.795;QD=5.54336;RBI=0.0263225;REFB=-0.00324321;REVB=-0.0254057;RO=34;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.725625;STB=0.90442;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0105141;OID=.;OPOS=1213177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:43:34:34:9:9:0.209302:4:5:0:34:4:5:0:34 chr11 1213204 . C G 58.95 PASS AF=0.191489;AO=9;DP=47;FAO=9;FDP=47;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=37;FWDB=0.112061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.286;QD=5.01685;RBI=0.113172;REFB=0.000181047;REVB=-0.0158155;RO=38;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.696975;STB=0.894834;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-0.000302132;OID=.;OPOS=1213204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:47:38:38:9:9:0.191489:4:5:1:37:4:5:1:37 chr11 1246941 . A G 125.74 PASS AF=0.357143;AO=14;DP=41;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0137853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.81;QD=11.9749;RBI=0.0138182;REFB=-0.000501237;REVB=0.000953378;RO=27;SAF=9;SAR=5;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592259;STB=0.551653;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00120586;OID=.;OPOS=1246941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:27:27:14:15:0.357143:5:9:16:11:5:10:16:11 chr11 1247458 . C T 352.54 PASS AF=0.349206;AO=44;DP=126;FAO=44;FDP=126;FR=.;FRO=82;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=0.0286796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.0924;QD=11.1918;RBI=0.02883;REFB=-0.0234439;REVB=-0.00294043;RO=79;SAF=22;SAR=22;SRF=31;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120942;STB=0.563464;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0426277;OID=.;OPOS=1247458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:79:82:44:44:0.349206:22:22:31:48:22:22:33:49 chr11 1253942 . T C 61.01 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0298123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.201;QD=6.59551;RBI=0.0406576;REFB=-0.0191118;REVB=-0.0276453;RO=28;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160387;STB=0.510182;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0731078;OID=.;OPOS=1253942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:28:28:9:9:0.243243:6:3:9:19:6:3:9:19 chr11 1253969 . A G 34.71 PASS AF=0.2;AO=5;DP=29;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.000829416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.976;QD=4.62823;RBI=0.00917607;REFB=-0.00134659;REVB=-0.00913851;RO=24;SAF=2;SAR=3;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199371;STB=0.69944;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00502374;OID=.;OPOS=1253969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:30:24:24:5:6:0.2:3:2:6:18:3:3:6:18 chr11 1258217 . T G 33.06 PASS AF=0.097561;AO=8;DP=82;FAO=8;FDP=82;FR=.;FRO=74;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.0275764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.465;QD=1.61287;RBI=0.037518;REFB=-0.00408557;REVB=-0.0254389;RO=73;SAF=3;SAR=5;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213102;STB=0.658296;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.072646;OID=.;OPOS=1258217;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:82:82:73:74:8:8:0.097561:5:3:41:32:5:3:41:33 chr11 1258226 . C T 52.27 PASS AF=0.129412;AO=11;DP=85;FAO=11;FDP=85;FR=.;FRO=74;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=32;FWDB=-0.0171252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.255;QD=2.45975;RBI=0.028544;REFB=-0.00551629;REVB=-0.0228361;RO=74;SAF=4;SAR=7;SRF=42;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245836;STB=0.673334;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0370598;OID=.;OPOS=1258226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:85:85:74:74:11:11:0.129412:7:4:42:32:7:4:42:32 chr11 1258240 . CA TG 67.56 PASS AF=0.151163;AO=13;DP=86;FAO=13;FDP=86;FR=.;FRO=73;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=-0.00886335;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=2;MLLD=210.965;QD=3.14212;RBI=0.00944587;REFB=-0.0135777;REVB=0.00326578;RO=72;SAF=5;SAR=8;SRF=40;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211108;STB=0.647665;STBP=0.277;TYPE=mnp;VARB=0.0516061;OID=.;OPOS=1258240;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:86:86:72:73:13:13:0.151163:8:5:40:32:8:5:41:32 chr11 1258283 . G A 76.41 PASS AF=0.164706;AO=14;DP=85;FAO=14;FDP=85;FR=.;FRO=71;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=32;FWDB=-0.0019211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.153;QD=3.5958;RBI=0.00725044;REFB=-0.0081844;REVB=-0.0069913;RO=70;SAF=7;SAR=7;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0717418;STB=0.541118;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0273263;OID=.;OPOS=1258283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:85:85:70:71:14:14:0.164706:7:7:39:31:7:7:39:32 chr11 1258286 . C T 77.81 PASS AF=0.175;AO=14;DP=80;FAO=14;FDP=80;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.00954595;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.878;QD=3.89034;RBI=0.0201531;REFB=-0.0081916;REVB=-0.0177489;RO=66;SAF=7;SAR=7;SRF=36;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570049;STB=0.537447;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0411315;OID=.;OPOS=1258286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:80:80:66:66:14:14:0.175:7:7:36:30:7:7:36:30 chr11 1258295 . A G 77.94 PASS AF=0.175;AO=14;DP=80;FAO=14;FDP=80;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=36;FSRR=30;FWDB=-0.0231033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.26;QD=3.89715;RBI=0.0274628;REFB=-0.00744324;REVB=-0.0148474;RO=64;SAF=7;SAR=7;SRF=36;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784331;STB=0.537447;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0436496;OID=.;OPOS=1258295;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:80:80:64:66:14:14:0.175:7:7:36:28:7:7:36:30 chr11 1262312 . G A 673.35 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111284;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1145;QD=62.6368;RBI=0.0327373;REFB=0;REVB=0.0307878;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00059041;OID=.;OPOS=1262312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr11 1264823 . T C 181.05 PASS AF=0.941176;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.109162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.972;QD=42.6009;RBI=0.109162;REFB=-0.000938421;REVB=0.000206866;RO=1;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364168;STB=0.519975;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.000438053;OID=.;OPOS=1264823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:17:1:1:14:16:0.941176:12:2:0:1:12:4:0:1 chr11 1267960 . A G 61.12 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5848;QD=34.9279;RBI=0.0224408;REFB=0;REVB=-0.0224408;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000975709;OID=.;OPOS=1267960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:6:0:0:0:7:0:0:0 chr11 1276327 . G A 170.56 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0219053;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.791;QD=10.8293;RBI=0.023925;REFB=-0.0121126;REVB=-0.00962097;RO=40;SAF=13;SAR=9;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742444;STB=0.536049;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0215205;OID=.;OPOS=1276327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:41:22:22:0.349206:9:13:21:19:9:13:22:19 chr11 1309956 . C T 259.0 PASS AF=0.5;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=28;FWDB=0.0154342;FXX=0.0344768;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.219;QD=18.4997;RBI=0.0156803;REFB=0.000360533;REVB=0.00276717;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.759118;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.000211035;OID=.;OPOS=1309956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:0:28:28:28:0.5:13:15:0:0:13:15:0:28 chr11 1501670 . G C 938.23 PASS AF=0.984848;AO=62;DP=64;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00247024;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8599;QD=56.8627;RBI=0.00991653;REFB=-0.0565712;REVB=-0.00960393;RO=1;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178116;STB=0.509088;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0009342;OID=.;OPOS=1501670;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:66:1:1:62:65:0.984848:26:36:0:1:27:38:0:1 chr11 1502097 . A G 954.8 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=9.08582e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.017;QD=58.7568;RBI=0.0146116;REFB=0;REVB=-0.0146113;RO=0;SAF=33;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.28681e-05;OID=.;OPOS=1502097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:32:33:0:0:32:33:0:0 chr11 1507731 . A G 69.42 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0160919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.376;QD=30.8543;RBI=0.0480821;REFB=-0.157611;REVB=0.0453094;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555418;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00242631;OID=.;OPOS=1507731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:9:0:1:8:8:0.888889:4:4:0:0:4:4:1:0 chr11 1629693 . C T 59.49 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.252269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.168;QD=15.8651;RBI=0.255193;REFB=-0.0259482;REVB=-0.0385218;RO=4;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220925;STB=0.521684;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.052079;OID=.;OPOS=1629693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:15:15:4:7:8:8:0.533333:6:2:0:4:6:2:2:5 chr11 1652021 . C A 80.78 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.0157182;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=107.865;QD=7.69317;RBI=0.0214831;REFB=-0.0140784;REVB=0.0146446;RO=28;SAF=4;SAR=7;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240661;STB=0.67901;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0485313;OID=.;OPOS=1652021;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:39:42:28:31:11:11:0.261905:7:4:16:12:7:4:19:12 chr11 1853107 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.308;QD=33.4285;RBI=0.0163422;REFB=0;REVB=-0.0114646;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.01162e-06;OID=.;OPOS=1853107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr11 1855854 . G C 1947.46 PASS AF=0.921569;AO=137;DP=150;FAO=141;FDP=153;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=123;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0.034942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.162;QD=50.9139;RBI=0.0746502;REFB=-0.213342;REVB=0.0659675;RO=3;SAF=18;SAR=119;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118337;STB=0.523253;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00584583;OID=.;OPOS=1855854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:150:153:3:12:137:141:0.921569:119:18:0:3:123:18:0:12 chr11 1857173 . T C 660.36 PASS AF=1;AO=32;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0458353;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.273;QD=62.8911;RBI=0.0467968;REFB=0;REVB=0.00943751;RO=0;SAF=7;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.96067e-05;OID=.;OPOS=1857173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:32:42:1:25:7:0:0:30:12:0:0 chr11 1857747 . T C 1212.51 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0053246;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8442;QD=61.3927;RBI=0.00747316;REFB=0;REVB=0.00524374;RO=0;SAF=48;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.88248e-06;OID=.;OPOS=1857747;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:0:0:79:79:1:31:48:0:0:31:48:0:0 chr11 1857751 . C G 1263.38 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9198;QD=61.6282;RBI=0.065778;REFB=0;REVB=0.0595754;RO=0;SAF=50;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.35858e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0006684;OID=.;OPOS=1857751;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:31:50:0:0:32:50:0:0 chr11 1858572 . C T 147.64 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0767476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.472;QD=36.9101;RBI=0.0915876;REFB=-0.0822484;REVB=-0.049981;RO=2;SAF=11;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0900727;STB=0.549925;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0119149;OID=.;OPOS=1858572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:16:16:2:2:14:14:0.875:3:11:1:1:3:11:1:1 chr11 1861760 . T C 754.38 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.379;QD=56.9346;RBI=0.0564404;REFB=0;REVB=0.0477637;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43698e-05;OID=.;OPOS=1861760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:26:27:0:0:26:27:0:0 chr11 1874404 . C T 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00213273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.421;QD=17.1564;RBI=0.0279089;REFB=-0.0421273;REVB=0.0278273;RO=19;SAF=12;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792681;STB=0.535273;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.048393;OID=.;OPOS=1874404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:20:17:17:0.459459:5:12:12:7:5:12:13:7 chr11 1887806 . T A,C 577.91 PASS AF=0.897436,0.102564;AO=35,4;DP=39;FAO=35,4;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=1,1;FSAR=34,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015719,0.0154691;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=136.498,101.843;QD=59.2731;RBI=0.0157561,0.0258331;REFB=0,0;REVB=-0.00108178,-0.0206894;RO=0;SAF=1,1;SAR=34,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00401304,0.06179;OID=.,.;OPOS=1887806,1887806;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:39:39:0:0:35,4:35,4:0.897436,0.102564:34,3:1,1:0:0:34,3:1,1:0:0 chr11 1890990 . G A 162.33 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0582426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.662;QD=38.1964;RBI=0.0596336;REFB=-0.072063;REVB=0.0128051;RO=1;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434393;STB=0.52171;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0018986;OID=.;OPOS=1890990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:1:2:15:15:0.882353:10:5:0:1:10:5:1:1 chr11 1891722 . C T 357.35 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0158947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.061;QD=49.2902;RBI=0.051979;REFB=-0.045601;REVB=-0.0494892;RO=1;SAF=21;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713041;STB=0.526861;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00274305;OID=.;OPOS=1891722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:1:2:27:27:0.931034:6:21:0:1:6:21:1:1 chr11 1902768 . G A 728.27 PASS AF=0.507143;AO=71;DP=140;FAO=71;FDP=140;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=18;FSRR=51;FWDB=0.0132427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.028;QD=20.8076;RBI=0.0328777;REFB=-0.0574174;REVB=0.0300927;RO=65;SAF=24;SAR=47;SRF=15;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108785;STB=0.543677;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0366131;OID=.;OPOS=1902768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:65:69:71:71:0.507143:47:24:15:50:47:24:18:51 chr11 1911115 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.496;QD=45.8056;RBI=0.0336365;REFB=0;REVB=0.0173434;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00084186;OID=.;OPOS=1911115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr11 1946542 . G T 72.02 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.0370475;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.643;QD=8.23075;RBI=0.0380462;REFB=-0.00454014;REVB=-0.00866007;RO=25;SAF=1;SAR=9;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234454;STB=0.650241;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0186271;OID=.;OPOS=1946542;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:9:1:5:20:9:1:5:20 chr11 1959707 . C T 81.53 PASS AF=0.222222;AO=12;DP=54;FAO=12;FDP=54;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0103578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.925;QD=6.03889;RBI=0.0124536;REFB=-0.0100322;REVB=-0.00691428;RO=40;SAF=2;SAR=10;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.566226;STB=0.852384;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0156442;OID=.;OPOS=1959707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:54:54:40:42:12:12:0.222222:10:2:26:14:10:2:27:15 chr11 1974029 . G A 156.43 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.025627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.809;QD=24.0668;RBI=0.0258302;REFB=-0.0138251;REVB=0.00323395;RO=9;SAF=6;SAR=10;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469743;STB=0.510191;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00899404;OID=.;OPOS=1974029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:9:10:16:16:0.615385:10:6:4:5:10:6:4:6 chr11 1993975 . C A 794.69 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622414;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.969;QD=56.7638;RBI=0.0637081;REFB=0;REVB=0.0135915;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00036352;OID=.;OPOS=1993975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:54:56:1:30:24:0:0:31:25:0:0 chr11 2016619 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.078;QD=37.4885;RBI=0.0913683;REFB=0;REVB=-0.0873032;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00122415;OID=.;OPOS=2016619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr11 2016659 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.191;QD=39.2048;RBI=0.065817;REFB=0;REVB=0.0584866;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000940201;OID=.;OPOS=2016659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr11 2016662 . T C 88.16 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.138;QD=39.1804;RBI=0.0665714;REFB=0;REVB=-0.0637863;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00169502;OID=.;OPOS=2016662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr11 2017017 . A C 464.98 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00774419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4121;QD=58.123;RBI=0.0450351;REFB=0;REVB=-0.0443643;RO=0;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000379562;OID=.;OPOS=2017017;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:8:24:0:0:8:24:0:0 chr11 2017110 . C G 1441.44 PASS AF=0.989247;AO=92;DP=94;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0133073;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4087;QD=61.9973;RBI=0.0134746;REFB=-0.0373933;REVB=0.00211702;RO=0;SAF=35;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504347;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000727315;OID=.;OPOS=2017110;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:93:0:1:92:92:0.989247:57:35:0:0:57:35:0:1 chr11 2017439 . C G 817.94 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193805;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0679;QD=57.3991;RBI=0.0325549;REFB=0;REVB=0.0261575;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373188;OID=.;OPOS=2017439;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:30:26:0:0:31:26:0:0 chr11 2018336 . A T 738.48 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.049;QD=62.8497;RBI=0.04677;REFB=0;REVB=0.0172916;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166663;OID=.;OPOS=2018336;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:19:27:0:0:19:28:0:0 chr11 2018449 . A C,G 288.67 PASS AF=0.125,0.833333;AO=3,20;DP=24;FAO=3,20;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=3,10;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.116639,0.0154022;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.0705,199.51;QD=48.1114;RBI=0.118331,0.0160048;REFB=-0.0249501,-0.141821;REVB=0.01994,-0.00435028;RO=1;SAF=3,10;SAR=0,10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.727144,0.0438656;STB=0.994936,0.523786;STBP=0.122,0.532;TYPE=snp,snp;VARB=0.0584599,0.00316068;OID=.,.;OPOS=2018449,2018449;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:24:24:1:1:3,20:3,20:0.125,0.833333:0,10:3,10:0:1:0,10:3,10:0:1 chr11 2018853 . G A 1513.4 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032629;FXX=0.0288434;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.557;QD=59.9366;RBI=0.0349651;REFB=0;REVB=0.0125661;RO=0;SAF=49;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.79839e-05;OID=.;OPOS=2018853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:103:101:0:0:101:101:1:52:49:0:0:52:49:0:0 chr11 2167543 . T G 128.05 PASS AF=0.7;AO=13;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0294603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.635;QD=25.6106;RBI=0.0609876;REFB=-0.0313057;REVB=0.0534001;RO=4;SAF=8;SAR=5;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180627;STB=0.564429;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00831925;OID=.;OPOS=2167543;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:20:20:4:6:13:14:0.7:5:8:4:0:5:9:5:1 chr11 2167618 . A G 105.91 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0271738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1292;QD=21.1831;RBI=0.0507139;REFB=-0.048221;REVB=-0.0428192;RO=8;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0276455;OID=.;OPOS=2167618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:20:8:8:12:12:0.6:9:3:2:6:9:3:2:6 chr11 2168375 . G C 74.52 PASS AF=0.384615;AO=9;DP=25;FAO=10;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0756416;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=36.0366;QD=11.4646;RBI=0.0760398;REFB=0.00147528;REVB=0.00777204;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171427;STB=0.516097;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.0113083;OID=.;OPOS=2168375;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:25:26:11:16:9:10:0.384615:6:3:2:9:6:4:6:10 chr11 2181060 . T G 84.84 PASS AF=0.9;AO=8;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0260879;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.114;QD=33.9362;RBI=0.0595061;REFB=-0.0353348;REVB=-0.0534827;RO=2;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426219;STB=0.666218;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.001249;OID=.;OPOS=2181060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:10:10:2:1:8:9:0.9:1:7:0:2:1:8:0:1 chr11 2190951 . C T 616.12 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0402227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2302;QD=58.6781;RBI=0.05871;REFB=-0.15847;REVB=0.0427668;RO=0;SAF=10;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.09277e-08;STB=0.523798;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00316197;OID=.;OPOS=2190951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:42:0:1:41:41:0.97619:31:10:0:0:31:10:1:0 chr11 2191000 . G A 43.41 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0301627;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.976;QD=5.78838;RBI=0.0302701;REFB=-0.00449483;REVB=0.00254693;RO=22;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164666;STB=0.645671;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00877752;OID=.;OPOS=2191000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:30:22:23:7:7:0.233333:6:1:5:17:6:1:6:17 chr11 2201700 . GCCCG CGCCC,GCCC,GCC,GCCG 62.97 PASS AF=0.0294118,0.382353,0,0;AO=2,11,4,6;DP=36;FAO=1,13,0,0;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=0,2,0,0;FSAR=1,11,0,0;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=-0.0660528,-0.120312,-0.254823,-0.372951;FXX=0.0555401;HRUN=1,3,3,3;LEN=5,1,2,1;MLLD=163.741,14.2986,24.1595,18.9382;QD=7.40872;RBI=0.117274,0.125447,0.285264,0.468613;REFB=-0.00933934,-0.121231,-0.0611156,0.00201473;REVB=-0.0969037,0.0355245,-0.128222,-0.283735;RO=11;SAF=0,2,2,6;SAR=2,9,2,0;SRF=9;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0.510577,0.510577;SSSB=-0.711767,-0.548442,-0.365295,0.691118;STB=0.996197,0.881337,0.5,0.5;STBP=0.073,0.003,1,1;TYPE=mnp,del,del,del;VARB=0.0550422,0.162381,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=2201700,2201704,2201703,2201701;OREF=GCCCG,G,CG,C;OALT=CGCCC,-,-,-;OMAPALT=CGCCC,GCCC,GCC,GCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:60:36:34:11:20:2,11,4,6:1,13,0,0:0.0294118,0.382353,0,0:2,9,2,0:0,2,2,6:9:2:1,11,0,0:0,2,0,0:17:3 chr11 2246115 . T A 66.62 PASS AF=0.107345;AO=20;DP=171;FAO=19;FDP=177;FR=.;FRO=158;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=87;FSRR=71;FWDB=0.00736027;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.9234;QD=1.50563;RBI=0.0107229;REFB=-0.00184691;REVB=-0.0077979;RO=150;SAF=19;SAR=1;SRF=82;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.572757;STB=0.924536;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0392565;OID=.;OPOS=2246115;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:171:177:150:158:20:19:0.107345:1:19:82:68:1:18:87:71 chr11 2291982 . T A 57.92 PASS AF=0.272727;AO=8;DP=32;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00966585;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2377;QD=7.02045;RBI=0.01524;REFB=-0.0383159;REVB=0.0117825;RO=21;SAF=3;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118826;STB=0.510181;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0532839;OID=.;OPOS=2291982;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:32:33:21:24:8:9:0.272727:5:3:10:11:5:4:11:13 chr11 2291989 . A AC,ACG 40.76 PASS AF=0.228571,0;AO=5,4;DP=36;FAO=8,0;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=1,0;FSAR=7,0;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0374204,-0.02146;FXX=0;HRUN=0,0;LEN=1,2;MLLD=46.9488,54.9767;QD=4.65793;RBI=0.0460194,0.0398495;REFB=-0.0060766,-0.00625513;REVB=0.0267861,0.0335775;RO=26;SAF=1,0;SAR=4,4;SRF=12;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.329908,-0.608689;STB=0.784207,0.5;STBP=0.12,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.108817,0;OID=.,.;OPOS=2291990,2291990;OREF=-,-;OALT=C,CG;OMAPALT=AC,ACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.228571,0:5,4:36:8,0:35:27:1,0:7,0:11:16:41:26:1,0:4,4:12:14 chr11 2292080 . G A 189.05 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0427736;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.801;QD=20.4374;RBI=0.0464076;REFB=-0.0232706;REVB=-0.0180024;RO=18;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0328183;STB=0.518499;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0325092;OID=.;OPOS=2292080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:12:7:6:12:12:7:6:12 chr11 2323022 . C T 260.37 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.115744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4462;QD=24.797;RBI=0.122892;REFB=-0.00188592;REVB=0.0413009;RO=18;SAF=5;SAR=19;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231558;STB=0.629983;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00438309;OID=.;OPOS=2323022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:19:5:8:10:19:5:8:10 chr11 2323029 . T C 632.53 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.558;QD=61.7102;RBI=0.0366483;REFB=0;REVB=-0.0067083;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34047e-05;OID=.;OPOS=2323029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:27:13:0:0:28:13:0:0 chr11 2324041 . A G 364.24 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00236496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.565;QD=52.0341;RBI=0.048473;REFB=-0.0672801;REVB=-0.0484153;RO=1;SAF=14;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0320562;STB=0.517229;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000732992;OID=.;OPOS=2324041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:13:14:1:0:13:14:1:0 chr11 2324692 . C T 540.74 PASS AF=0.581395;AO=47;DP=83;FAO=50;FDP=86;FR=.;FRO=36;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0448269;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6248;QD=25.1509;RBI=0.0486142;REFB=-0.0524659;REVB=-0.0188119;RO=36;SAF=26;SAR=21;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020266;STB=0.505143;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.0287581;OID=.;OPOS=2324692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:36:36:47:50:0.581395:21:26:19:17:23:27:19:17 chr11 2329995 . C T 629.12 PASS AF=0.954545;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0519605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4812;QD=57.1923;RBI=0.0520357;REFB=0.00642611;REVB=-0.00279666;RO=1;SAF=27;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170712;STB=0.507039;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.000313381;OID=.;OPOS=2329995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:1:2:42:42:0.954545:15:27:1:0:15:27:1:1 chr11 2330563 . C T 1447.86 PASS AF=0.959184;AO=94;DP=98;FAO=94;FDP=98;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.072308;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.429;QD=59.0965;RBI=0.0805858;REFB=-0.127055;REVB=-0.0355757;RO=0;SAF=43;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.522218;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00143283;OID=.;OPOS=2330563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:98:98:0:4:94:94:0.959184:51:43:0:0:51:43:4:0 chr11 2343016 . C T 416.16 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5778;QD=55.4877;RBI=0.0502105;REFB=0;REVB=0.047979;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101035;OID=.;OPOS=2343016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:20:9:0:0:21:9:0:0 chr11 2424684 . A C 431.8 PASS AF=1;AO=15;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.629;QD=57.5737;RBI=0.114644;REFB=0;REVB=0.11318;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000715719;OID=.;OPOS=2424684;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:15:30:1:5:10:0:0:17:13:0:0 chr11 2427291 . A C 369.09 PASS AF=0.564516;AO=23;DP=62;FAO=35;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=-0.00421764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.6278;QD=23.8122;RBI=0.0822201;REFB=-0.015061;REVB=-0.0821119;RO=22;SAF=6;SAR=17;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153698;STB=0.607962;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0328964;OID=.;OPOS=2427291;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:22:23:23:35:0.564516:17:6:3:19:22:13:3:20 chr11 2435946 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.302;QD=39.2067;RBI=0.0250676;REFB=0;REVB=-0.0213265;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000498261;OID=.;OPOS=2435946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr11 2435956 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.093;QD=42.1826;RBI=0.0461478;REFB=0;REVB=0.0261294;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119812;OID=.;OPOS=2435956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:1:10:0:0:1:10:0:0 chr11 2439542 . A G 663.11 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00902261;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.835;QD=60.2826;RBI=0.0198973;REFB=0.0475081;REVB=-0.017734;RO=1;SAF=20;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229007;STB=0.512189;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.000278183;OID=.;OPOS=2439542;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:44:1:1:43:43:0.977273:23:20:1:0:23:20:1:0 chr11 2439767 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.423;QD=55.6552;RBI=0.025817;REFB=0;REVB=0.0125453;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103225;OID=.;OPOS=2439767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr11 2870108 . A G 990.63 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00704521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.334;QD=59.1423;RBI=0.0108744;REFB=0;REVB=0.00828358;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91136e-06;OID=.;OPOS=2870108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:31:36:0:0:31:36:0:0 chr11 2920666 . C T 1421.56 PASS AF=0.959184;AO=92;DP=96;FAO=94;FDP=98;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.042157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.8043;QD=58.0228;RBI=0.0587693;REFB=-0.0739225;REVB=0.0409466;RO=4;SAF=52;SAR=40;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00523047;STB=0.502194;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00150644;OID=.;OPOS=2920666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:96:98:4:4:92:94:0.959184:40:52:2:2:42:52:2:2 chr11 2924610 . G A 643.29 PASS AF=0.768116;AO=53;DP=68;FAO=53;FDP=69;FR=.;FRO=16;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.04349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.875;QD=37.2921;RBI=0.0434902;REFB=-0.0291083;REVB=0.00013065;RO=15;SAF=24;SAR=29;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606424;STB=0.525526;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00556352;OID=.;OPOS=2924610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:68:69:15:16:53:53:0.768116:29:24:9:6:29:24:9:7 chr11 2929552 . A G 212.61 PASS AF=0.5;AO=20;DP=41;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0105266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.237;QD=20.2485;RBI=0.0111565;REFB=-0.011607;REVB=-0.00369584;RO=17;SAF=9;SAR=11;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182204;STB=0.5479;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00848331;OID=.;OPOS=2929552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:17:21:20:21:0.5:11:9:4:13:11:10:8:13 chr11 2999507 . G T 240.86 PASS AF=0.465517;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0254784;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.98;QD=16.6109;RBI=0.0254981;REFB=-0.00467062;REVB=-0.00100113;RO=30;SAF=13;SAR=14;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484632;STB=0.535688;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00454173;OID=.;OPOS=2999507;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:30:31:27:27:0.465517:14:13:16:14:14:13:17:14 chr11 3022456 . T A 298.27 PASS AF=0.325;AO=39;DP=122;FAO=39;FDP=120;FR=.;FRO=81;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=45;FSRR=36;FWDB=0.0083263;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5709;QD=9.94218;RBI=0.0155415;REFB=-0.00855985;REVB=0.0131229;RO=80;SAF=26;SAR=13;SRF=44;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143152;STB=0.579839;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0136458;OID=.;OPOS=3022456;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:120:80:81:39:39:0.325:13:26:44:36:13:26:45:36 chr11 3028140 . G A 156.4 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0329875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.991;QD=24.0612;RBI=0.0384889;REFB=-0.0223663;REVB=0.0198298;RO=10;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15703;STB=0.588123;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.014837;OID=.;OPOS=3028140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:10:10:16:16:0.615385:10:6:6:4:10:6:6:4 chr11 3061780 . C T 479.64 PASS AF=0.6;AO=43;DP=75;FAO=45;FDP=75;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0157724;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7218;QD=25.5809;RBI=0.0567917;REFB=-0.00559336;REVB=0.0545576;RO=26;SAF=19;SAR=24;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013745;STB=0.513363;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0158891;OID=.;OPOS=3061780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:26:30:43:45:0.6:24:19:12:14:24:21:15:15 chr11 3109403 . A G 107.12 PASS AF=0.631579;AO=11;DP=18;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0130049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.154;QD=22.5509;RBI=0.0180032;REFB=-0.052104;REVB=-0.0124494;RO=7;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0795615;STB=0.526272;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0170991;OID=.;OPOS=3109403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:19:7:7:11:12:0.631579:5:6:3:4:6:6:3:4 chr11 3109408 . C T 122.12 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0205035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.999;QD=25.7101;RBI=0.0472373;REFB=-0.0133513;REVB=0.0425555;RO=6;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729992;STB=0.540921;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00968245;OID=.;OPOS=3109408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:7:6:2:4:7:6:2:4 chr11 3243346 . C T 74.47 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0201388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3863;QD=22.9138;RBI=0.0824699;REFB=-0.0600141;REVB=0.0799732;RO=4;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221916;STB=0.624758;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0341487;OID=.;OPOS=3243346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:3:6:4:0:3:6:4:0 chr11 3243367 . G T 42.25 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00624665;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.878;QD=18.7764;RBI=0.00934515;REFB=-0.082383;REVB=0.00695063;RO=3;SAF=5;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146968;STB=0.58791;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0155001;OID=.;OPOS=3243367;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:1:5:2:1:1:5:2:1 chr11 3243427 . T C 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0128516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6607;QD=13.9593;RBI=0.0677222;REFB=0.00366488;REVB=-0.0664916;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456174;STB=0.76852;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=-0.00495871;OID=.;OPOS=3243427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:2:5:1:6:2:5:1:6 chr11 3243638 . A G 307.01 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.0116393;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.732;QD=26.6962;RBI=0.0120912;REFB=-0.0207458;REVB=0.0032744;RO=20;SAF=7;SAR=20;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116794;STB=0.557482;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0132222;OID=.;OPOS=3243638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:20:19:27:27:0.586957:20:7:3:17:20:7:3:16 chr11 3243665 . C T 269.38 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=0.0709992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8257;QD=18.904;RBI=0.0719107;REFB=-0.024706;REVB=-0.0114134;RO=28;SAF=7;SAR=22;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0792828;STB=0.544013;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0220545;OID=.;OPOS=3243665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:28:28:29:29:0.508772:22:7:5:23:22:7:5:23 chr11 3243673 . G C 251.66 PASS AF=0.474576;AO=27;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=25;FWDB=0.0238098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2338;QD=17.0614;RBI=0.0279488;REFB=-0.0105804;REVB=0.0146367;RO=31;SAF=6;SAR=21;SRF=6;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404425;STB=0.516472;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0116097;OID=.;OPOS=3243673;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:31:31:27:28:0.474576:21:6:6:25:22:6:6:25 chr11 3243832 . C A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0264907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=332.067;QD=13.2053;RBI=0.0267395;REFB=-0.00637488;REVB=0.00363891;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372539;STB=0.713771;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00946382;OID=.;OPOS=3243832;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:0:6:4:2:0:6 chr11 3243909 . G A 42.57 PASS AF=0.466667;AO=4;DP=16;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0252523;FXX=0.062461;HRUN=6;LEN=1;MLLD=78.1772;QD=11.3517;RBI=0.100904;REFB=-0.0531128;REVB=-0.0976928;RO=7;SAF=4;SAR=0;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.694548;STB=0.749165;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00868846;OID=.;OPOS=3243909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:16:15:7:8:4:7:0.466667:0:4:4:3:1:6:4:4 chr11 3244005 . TC T 806.52 PASS AF=1;AO=69;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0889085;FXX=0.0123442;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.9574;QD=40.326;RBI=0.181849;REFB=0;REVB=-0.158633;RO=2;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219783;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-5.22903e-05;OID=.;OPOS=3244006;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:69:79:80:80:0:28:52:0:0:14:2:27:42:0:2 chr11 3249829 . G A 223.71 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0306126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.02;QD=14.9138;RBI=0.0591452;REFB=-0.033109;REVB=0.0506065;RO=34;SAF=16;SAR=10;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175047;STB=0.599406;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0470396;OID=.;OPOS=3249829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:10:16:15:19:10:16:15:19 chr11 3361087 . T C 37.09 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0138374;FXX=0.0714031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0146;QD=5.70633;RBI=0.0314409;REFB=-0.00260375;REVB=0.0282322;RO=20;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116726;STB=0.576673;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0115345;OID=.;OPOS=3361087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:28:26:20:20:6:6:0.230769:3:3:8:12:3:3:8:12 chr11 3381369 . G C 386.27 PASS AF=0.64;AO=32;DP=50;FAO=32;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0198278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.322;QD=30.9013;RBI=0.0202491;REFB=-0.0247347;REVB=-0.00410879;RO=18;SAF=16;SAR=16;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365033;STB=0.519988;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00916239;OID=.;OPOS=3381369;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:18:18:32:32:0.64:16:16:8:10:16:16:8:10 chr11 3400237 . G T 493.25 PASS AF=0.575;AO=44;DP=79;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0264444;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.646;QD=24.6624;RBI=0.0264675;REFB=-0.0389894;REVB=0.00110499;RO=34;SAF=29;SAR=15;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109814;STB=0.542572;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0198206;OID=.;OPOS=3400237;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:34:34:44:46:0.575:15:29:18:16:16:30:19:15 chr11 3436490 . CCA CCG,TCG 238.77 PASS AF=0.684211,0.315789;AO=10,6;DP=20;FAO=13,6;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10,2;FSAR=3,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.105297,-0.047424;FXX=0.049975;HRUN=1,2;LEN=1,3;MLLD=90.9791,64.3421;QD=50.2667;RBI=0.124469,0.0599851;REFB=0,0;REVB=0.0663694,0.0367311;RO=0;SAF=10,2;SAR=0,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0331146,-0.0417768;OID=.,.;OPOS=3436492,3436490;OREF=A,CCA;OALT=G,TCG;OMAPALT=CCG,TCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:37:20:19:0:0:10,6:13,6:0.684211,0.315789:0,4:10,2:0:0:3,4:10,2:0:0 chr11 3661140 . T C 725.78 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.647;QD=61.7682;RBI=0.0414759;REFB=0;REVB=0.0396565;RO=0;SAF=28;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145177;OID=.;OPOS=3661140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:43:47:0:0:43:47:1:15:28:0:0:18:29:0:0 chr11 3661585 . A ATGG 267.4 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0257596;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=217.567;QD=42.7834;RBI=0.0258262;REFB=-0.0250328;REVB=0.00185256;RO=3;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954175;STB=0.551678;STBP=0.194;TYPE=ins;VARB=0.00458861;OID=.;OPOS=3661586;OREF=-;OALT=TGG;OMAPALT=ATGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.88:22:25:22:25:3:9:13:0:3:14:3:9:13:0:3 chr11 3663021 . G A 146.89 PASS AF=0.457143;AO=15;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0250578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.8027;QD=16.7878;RBI=0.0372207;REFB=0.0081728;REVB=0.0275224;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209193;STB=0.631421;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=-0.00926663;OID=.;OPOS=3663021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:15:16:0.457143:8:7:13:6:9:7:13:6 chr11 4113200 . A G 131.75 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0412014;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8006;QD=13.1754;RBI=0.0423814;REFB=-0.0322262;REVB=-0.00993108;RO=23;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257187;STB=0.646868;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0542207;OID=.;OPOS=4113200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:25:15:15:0.375:6:9:8:15:6:9:9:16 chr11 4159466 . G A 785.79 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.445;QD=64.1461;RBI=0.0174301;REFB=0;REVB=0.0142726;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116623;OID=.;OPOS=4159466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr11 4389404 . AG A 877.85 PASS AF=1;AO=70;DP=74;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0707336;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.2486;QD=44.4483;RBI=0.101369;REFB=0;REVB=0.0726116;RO=0;SAF=22;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000624107;OID=.;OPOS=4389405;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:70:74:79:79:0:23:56:0:0:17:0:22:48:0:0 chr11 4411241 . C T 303.99 PASS AF=0.33913;AO=39;DP=115;FAO=39;FDP=115;FR=.;FRO=76;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=44;FSRR=32;FWDB=0.0384449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5722;QD=10.5735;RBI=0.0623036;REFB=-0.00949084;REVB=0.0490279;RO=74;SAF=21;SAR=18;SRF=43;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489798;STB=0.527013;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.020838;OID=.;OPOS=4411241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:74:76:39:39:0.33913:18:21:43:31:18:21:44:32 chr11 4592708 . C CAG 439.48 PASS AF=0.396825;AO=50;DP=129;FAO=50;FDP=126;FR=.;FRO=76;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=39;FSRR=37;FWDB=-0.00223369;FXX=0.023254;HRUN=1;LEN=2;MLLD=244.342;QD=13.9516;RBI=0.0274982;REFB=0.000416128;REVB=-0.0274073;RO=75;SAF=23;SAR=27;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637574;STB=0.532091;STBP=0.566;TYPE=ins;VARB=-0.000794775;OID=.;OPOS=4592709;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.396825:50:129:50:126:76:23:27:39:37:99:75:23:27:39:36 chr11 4608542 . C T 172.92 PASS AF=0.403846;AO=20;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0250704;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.607;QD=13.3017;RBI=0.025582;REFB=-0.0187293;REVB=-0.0050908;RO=31;SAF=9;SAR=11;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136781;STB=0.561985;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0294592;OID=.;OPOS=4608542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:20:21:0.403846:11:9:18:13:11:10:18:13 chr11 4615234 . A G 275.94 PASS AF=0.793103;AO=23;DP=30;FAO=23;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0264331;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.161;QD=38.0609;RBI=0.0279437;REFB=-0.0160652;REVB=-0.00906295;RO=6;SAF=18;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.061953;STB=0.533868;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00393663;OID=.;OPOS=4615234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:30:29:6:6:23:23:0.793103:5:18:4:2:5:18:4:2 chr11 4615390 . C T 714.0 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0146784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3526;QD=60.7659;RBI=0.0209327;REFB=-0.0509827;REVB=0.0149239;RO=1;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268486;STB=0.514279;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00134154;OID=.;OPOS=4615390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:17:29:0:1:17:29:0:1 chr11 4615508 . C G 133.9 PASS AF=0.2;AO=23;DP=115;FAO=23;FDP=115;FR=.;FRO=92;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=43;FSRR=49;FWDB=-0.00842057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1436;QD=4.65743;RBI=0.0368239;REFB=0.00854692;REVB=-0.0358482;RO=92;SAF=8;SAR=15;SRF=43;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156181;STB=0.598972;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=-0.0373742;OID=.;OPOS=4615508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:92:92:23:23:0.2:15:8:43:49:15:8:43:49 chr11 4675379 . A G 171.26 PASS AF=0.306667;AO=23;DP=75;FAO=23;FDP=75;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.00896938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.862;QD=9.13368;RBI=0.012136;REFB=-0.0161096;REVB=0.00817519;RO=52;SAF=14;SAR=9;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194512;STB=0.614929;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0233785;OID=.;OPOS=4675379;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:52:52:23:23:0.306667:9:14:23:29:9:14:23:29 chr11 4703165 . C A 398.07 PASS AF=0.526316;AO=40;DP=76;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0239582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.354;QD=20.9512;RBI=0.0309906;REFB=-0.0179594;REVB=-0.0196576;RO=36;SAF=26;SAR=14;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134503;STB=0.574547;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0175308;OID=.;OPOS=4703165;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:36:40:40:0.526316:14:26:18:18:14:26:18:18 chr11 4703321 . G A 123.26 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0223786;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.006;QD=15.4077;RBI=0.0236567;REFB=-0.0142455;REVB=0.00767045;RO=17;SAF=4;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.297983;STB=0.687798;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0251009;OID=.;OPOS=4703321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:17:18:14:14:0.4375:10:4:10:7:10:4:11:7 chr11 4703654 . A G 251.92 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.00902398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.081;QD=12.9192;RBI=0.00905991;REFB=-0.0147947;REVB=0.000806143;RO=46;SAF=18;SAR=12;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219262;STB=0.624284;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0184349;OID=.;OPOS=4703654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:46:48:30:30:0.384615:12:18:18:28:12:18:19:29 chr11 4703762 . G T 317.59 PASS AF=0.387097;AO=30;DP=93;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=41;FWDB=0.0275605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4013;QD=13.6598;RBI=0.0622204;REFB=0.00949659;REVB=0.0557835;RO=48;SAF=16;SAR=14;SRF=15;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235795;STB=0.634339;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.0166689;OID=.;OPOS=4703762;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:48:57:30:36:0.387097:14:16:15:33:18:18:16:41 chr11 4928621 . G A 1169.55 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9586;QD=60.7559;RBI=0.0150901;REFB=0;REVB=0.00783613;RO=0;SAF=36;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112762;OID=.;OPOS=4928621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:39:36:0:0:39:38:0:0 chr11 4929061 . C G 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00595866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2454;QD=54.5161;RBI=0.0382786;REFB=0;REVB=0.037812;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000622559;OID=.;OPOS=4929061;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr11 4945229 . G A 270.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9921;QD=51.5978;RBI=0.106456;REFB=0;REVB=0.101771;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00213138;OID=.;OPOS=4945229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:9:11:0:0:10:11:0:0 chr11 4964753 . A G 1512.55 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00276842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.435;QD=59.903;RBI=0.00873264;REFB=0;REVB=-0.0082822;RO=0;SAF=40;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.11177e-05;OID=.;OPOS=4964753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:61:40:0:0:61:40:0:0 chr11 4965301 . G T 973.69 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00657525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6108;QD=57.2759;RBI=0.00695273;REFB=-0.0890495;REVB=-0.00225978;RO=1;SAF=30;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154913;STB=0.508194;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0184194;OID=.;OPOS=4965301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:37:30:1:0:37:30:1:0 chr11 4967468 . G A 1861.34 PASS AF=0.984127;AO=123;DP=126;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00154113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.558;QD=59.0902;RBI=0.0366591;REFB=-0.10073;REVB=0.0366267;RO=2;SAF=76;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197837;STB=0.501886;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.000447771;OID=.;OPOS=4967468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:126:126:2:2:123:124:0.984127:47:76:0:2:48:76:1:1 chr11 4968198 . C A 234.84 PASS AF=0.869565;AO=19;DP=23;FAO=20;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0214691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6922;QD=40.8424;RBI=0.0761339;REFB=0.00752229;REVB=-0.0730442;RO=1;SAF=6;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705879;STB=0.50239;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.00694829;OID=.;OPOS=4968198;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:23:23:1:3:19:20:0.869565:13:6:1:0:13:7:1:2 chr11 4976086 . C T 659.6 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500234;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1551;QD=62.8191;RBI=0.0764456;REFB=0;REVB=0.0578065;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00262121;OID=.;OPOS=4976086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr11 4976291 . G A 258.67 PASS AF=0.3125;AO=33;DP=110;FAO=35;FDP=112;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=49;FWDB=0.0207423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.585;QD=9.2383;RBI=0.0224986;REFB=-0.00376609;REVB=-0.00871465;RO=77;SAF=15;SAR=18;SRF=28;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110871;STB=0.565452;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00946396;OID=.;OPOS=4976291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:77:77:33:35:0.3125:18:15:28:49:19:16:28:49 chr11 4976554 . A G 337.66 PASS AF=0.962963;AO=24;DP=26;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0611773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9219;QD=50.0235;RBI=0.0707766;REFB=-0.015035;REVB=0.0355902;RO=1;SAF=17;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264929;STB=0.513503;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00291653;OID=.;OPOS=4976554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:27:1:1:24:26:0.962963:7:17:1:0:8:18:1:0 chr11 4976811 . C A 123.14 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00453027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.1989;QD=37.8903;RBI=0.0723477;REFB=0.044997;REVB=-0.0722057;RO=1;SAF=1;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393232;STB=0.521703;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.0244326;OID=.;OPOS=4976811;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:11:1:0:1:11:1:0:1 chr11 5010905 . A G 1126.73 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00161091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.964;QD=57.781;RBI=0.037259;REFB=0.0629928;REVB=0.0372241;RO=2;SAF=46;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00533581;STB=0.50282;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.000479447;OID=.;OPOS=5010905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:30:46:1:1:30:46:1:1 chr11 5020416 . A G 342.33 PASS AF=0.378378;AO=37;DP=110;FAO=42;FDP=111;FR=.;FRO=69;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=26;FWDB=0.0504338;FXX=0.0263135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.015;QD=12.3363;RBI=0.0505142;REFB=-0.0218718;REVB=0.00284795;RO=71;SAF=13;SAR=24;SRF=43;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286873;STB=0.619234;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0223928;OID=.;OPOS=5020416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:71:69:37:42:0.378378:24:13:43:28:24:18:43:26 chr11 5021055 . C G 286.67 PASS AF=0.306452;AO=38;DP=125;FAO=38;FDP=124;FR=.;FRO=86;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=52;FWDB=-0.0163628;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.837;QD=9.2473;RBI=0.0169893;REFB=-0.0142225;REVB=-0.00457107;RO=86;SAF=19;SAR=19;SRF=34;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124476;STB=0.572543;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0234491;OID=.;OPOS=5021055;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:86:86:38:38:0.306452:19:19:34:52:19:19:34:52 chr11 5079946 . C T 1124.32 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.916;QD=59.9635;RBI=0.0251499;REFB=0;REVB=0.00821393;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.98916e-05;OID=.;OPOS=5079946;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:75:0:0:70:75:1:36:34:0:0:39:36:0:0 chr11 5080359 . G A 100.96 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0192858;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.256;QD=14.9567;RBI=0.0222326;REFB=-0.00353898;REVB=-0.0110611;RO=15;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738293;STB=0.542788;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00361583;OID=.;OPOS=5080359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:8:4:4:11:8:4:4:11 chr11 5141902 . T C 521.25 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0159824;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.794;QD=54.8687;RBI=0.0353142;REFB=-0.094154;REVB=0.0314906;RO=1;SAF=21;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021769;STB=0.504502;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.000770279;OID=.;OPOS=5141902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:38:1:2:36:36:0.947368:15:21:1:0:15:21:1:1 chr11 5141980 . A G 566.39 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559999;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.899;QD=59.6198;RBI=0.0643488;REFB=0;REVB=0.0316982;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137743;OID=.;OPOS=5141980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:36:38:1:22:14:0:0:24:14:0:0 chr11 5142134 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.584;QD=53.2772;RBI=0.0472461;REFB=0;REVB=0.0356967;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277485;OID=.;OPOS=5142134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr11 5142270 . T G 1376.03 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0039478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.535;QD=62.5467;RBI=0.0297779;REFB=0;REVB=0.0295151;RO=0;SAF=34;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.68294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.9681e-05;OID=.;OPOS=5142270;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:88:88:1:54:34:0:0:54:34:0:0 chr11 5142530 . C T 155.43 PASS AF=0.333333;AO=20;DP=62;FAO=21;FDP=63;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00335128;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.41;QD=9.86885;RBI=0.00725487;REFB=-0.00280976;REVB=-0.00643444;RO=36;SAF=14;SAR=6;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109958;STB=0.572844;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00429819;OID=.;OPOS=5142530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:36:42:20:21:0.333333:6:14:22:14:6:15:26:16 chr11 5142549 . T C 1263.92 PASS AF=0.988235;AO=80;DP=81;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0262522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.6;QD=59.4784;RBI=0.0297995;REFB=-0.0729578;REVB=0.0141009;RO=0;SAF=53;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.000533611;OID=.;OPOS=5142549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:85:0:1:80:84:0.988235:27:53:0:0:28:56:1:0 chr11 5142671 . A G 393.61 PASS AF=0.396552;AO=44;DP=116;FAO=46;FDP=116;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=38;FSRR=32;FWDB=0.0215475;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.148;QD=13.5728;RBI=0.0242704;REFB=-0.0119086;REVB=-0.0111694;RO=66;SAF=15;SAR=29;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206218;STB=0.605956;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0223012;OID=.;OPOS=5142671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:66:70:44:46:0.396552:29:15:35:31:29:17:38:32 chr11 5153261 . A G 646.15 PASS AF=0.6;AO=56;DP=94;FAO=57;FDP=95;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.000413603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.6421;QD=27.2061;RBI=0.044111;REFB=-0.0127921;REVB=-0.0441091;RO=38;SAF=25;SAR=31;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594719;STB=0.535304;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0115965;OID=.;OPOS=5153261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:38:38:56:57:0.6:31:25:20:18:32:25:20:18 chr11 5172786 . A G 1149.87 PASS AF=1;AO=61;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00230045;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.312;QD=60.5192;RBI=0.0342021;REFB=0;REVB=0.0341246;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265639;OID=.;OPOS=5172786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:61:76:1:38:23:0:0:53:23:0:0 chr11 5173149 . C A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.000766035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.85;QD=15.2573;RBI=0.0466996;REFB=0.0196732;REVB=-0.0466933;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0441607;STB=0.526239;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.0104178;OID=.;OPOS=5173149;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:5:2:2:4:5:2:2:4 chr11 5221645 . C A,CA 325.99 PASS AF=0.96,0.04;AO=22,3;DP=25;FAO=24,1;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14,1;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0041603,-0.00241706;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=267.212,259.974;QD=52.1577;RBI=0.0115751,0.00700894;REFB=0,0;REVB=0.0108016,0.00657898;RO=0;SAF=13,2;SAR=9,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.2029e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.00149366,-0.055514;OID=.,.;OPOS=5221645,5221646;OREF=C,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:25:25:0:0:22,3:24,1:0.96,0.04:9,1:13,2:0:0:10,0:14,1:0:0 chr11 5221721 . G A 34.94 PASS AF=0.214286;AO=5;DP=27;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0062154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.116;QD=4.99149;RBI=0.00862592;REFB=0.00233977;REVB=0.00598125;RO=21;SAF=3;SAR=2;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143796;STB=0.633691;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=-0.0188438;OID=.;OPOS=5221721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:27:28:21:22:5:6:0.214286:2:3:10:11:2:4:11:11 chr11 5221825 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000115229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.129;QD=47.822;RBI=0.0124022;REFB=0;REVB=0.0124017;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76202e-05;OID=.;OPOS=5221825;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr11 5248243 . A G 767.31 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.389;QD=56.8377;RBI=0.0207016;REFB=0;REVB=-0.0166736;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.44109e-05;OID=.;OPOS=5248243;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:29:24:0:0:30:24:0:0 chr11 5269583 . GTGA AGAG 1181.96 PASS AF=1;AO=75;DP=80;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150112;FXX=0.0493766;HRUN=1;LEN=4;MLLD=281.861;QD=61.4006;RBI=0.0192319;REFB=0;REVB=0.012022;RO=0;SAF=50;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00190944;OID=.;OPOS=5269583;OREF=GTGA;OALT=AGAG;OMAPALT=AGAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:77:0:0:75:77:1:25:50:0:0:27:50:0:0 chr11 5322737 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00591323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.286;QD=55.0985;RBI=0.017539;REFB=0;REVB=-0.0165121;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.57104e-05;OID=.;OPOS=5322737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr11 5323071 . C T 1023.49 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122437;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=311.735;QD=59.333;RBI=0.0143168;REFB=0;REVB=0.00742042;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.48558e-06;OID=.;OPOS=5323071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:43:26:0:0:43:26:0:0 chr11 5344772 . T C 595.51 PASS AF=0.675325;AO=51;DP=76;FAO=52;FDP=77;FR=.;FRO=25;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.0316926;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.494;QD=30.9356;RBI=0.0317093;REFB=-0.0342057;REVB=-0.00103022;RO=25;SAF=31;SAR=20;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24511;STB=0.626987;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0153949;OID=.;OPOS=5344772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:25:25:51:52:0.675325:20:31:5:20:21:31:5:20 chr11 5344847 . A G 327.49 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0211253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4694;QD=22.9818;RBI=0.0252521;REFB=-0.0172795;REVB=-0.0138345;RO=23;SAF=17;SAR=16;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124557;STB=0.558819;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0163028;OID=.;OPOS=5344847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:24:33:33:0.578947:16:17:8:15:16:17:9:15 chr11 5344902 . C G 191.83 PASS AF=0.512821;AO=19;DP=38;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00393448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.755;QD=19.6744;RBI=0.0167599;REFB=-0.0150936;REVB=-0.0162915;RO=18;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704129;STB=0.537238;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0250854;OID=.;OPOS=5344902;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:18:19:19:20:0.512821:10:9:10:8:11:9:10:9 chr11 5345128 . G A 237.43 PASS AF=0.594595;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00594407;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.385;QD=25.6678;RBI=0.0182019;REFB=-0.0145214;REVB=-0.017204;RO=16;SAF=10;SAR=12;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130074;STB=0.522368;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0108102;OID=.;OPOS=5345128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:16:15:22:22:0.594595:12:10:7:9:12:10:6:9 chr11 5345170 . A G 210.46 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.166;QD=26.3071;RBI=0.0303094;REFB=-0.0296545;REVB=0.000756733;RO=12;SAF=10;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562357;STB=0.531219;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0229612;OID=.;OPOS=5345170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:10:10:5:7:10:10:5:7 chr11 5345486 . G A 559.91 PASS AF=0.632911;AO=42;DP=73;FAO=50;FDP=79;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00742764;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.721;QD=28.3497;RBI=0.00954298;REFB=-0.0121843;REVB=0.00599155;RO=29;SAF=19;SAR=23;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227908;STB=0.523456;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00847165;OID=.;OPOS=5345486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:79:29:29:42:50:0.632911:23:19:14:15:29:21:14:15 chr11 5372863 . T A 329.49 PASS AF=0.307143;AO=43;DP=141;FAO=43;FDP=140;FR=.;FRO=97;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=51;FSRR=46;FWDB=0.0101551;FXX=0.0070917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.823;QD=9.41393;RBI=0.0254725;REFB=-0.00160318;REVB=0.0233607;RO=97;SAF=24;SAR=19;SRF=51;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387374;STB=0.522602;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00375901;OID=.;OPOS=5372863;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:97:97:43:43:0.307143:19:24:51:46:19:24:51:46 chr11 5373114 . G A 461.46 PASS AF=0.375;AO=52;DP=139;FAO=54;FDP=144;FR=.;FRO=90;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=50;FSRR=40;FWDB=0.0017449;FXX=0.0204068;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.271;QD=12.8184;RBI=0.00189414;REFB=-0.0197539;REVB=0.00073693;RO=78;SAF=24;SAR=28;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681151;STB=0.546184;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0219228;OID=.;OPOS=5373114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:144:78:90:52:54:0.375:28:24:41:37:28:26:50:40 chr11 5411031 . C T 36.36 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.00594873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.9036;QD=7.27274;RBI=0.0418251;REFB=-0.0495403;REVB=-0.0413999;RO=14;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159998;STB=0.599699;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.103521;OID=.;OPOS=5411031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:4:2:3:11:4:2:3:11 chr11 5411239 . T C 178.22 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0246085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.637;QD=14.8515;RBI=0.0276372;REFB=-0.00589003;REVB=0.0125793;RO=29;SAF=6;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219646;STB=0.627448;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0134441;OID=.;OPOS=5411239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:13:6:15:14:13:6:15:14 chr11 5411395 . C A 413.7 PASS AF=0.445545;AO=45;DP=101;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=0.0172335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.825;QD=16.3842;RBI=0.0487589;REFB=-0.0168595;REVB=0.0456119;RO=56;SAF=18;SAR=27;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187073;STB=0.604697;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0176068;OID=.;OPOS=5411395;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:56:56:45:45:0.445545:27:18:33:23:27:18:33:23 chr11 5411398 . T G 416.57 PASS AF=0.435185;AO=47;DP=108;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=-0.033291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3645;QD=15.4284;RBI=0.0342084;REFB=-0.00760021;REVB=0.007869;RO=61;SAF=19;SAR=28;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218237;STB=0.622171;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0166577;OID=.;OPOS=5411398;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:61:61:47:47:0.435185:28:19:38:23:28:19:38:23 chr11 5411579 . GT AC 324.85 PASS AF=0.409091;AO=35;DP=87;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.000532376;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=2;MLLD=191.756;QD=14.7661;RBI=0.0125266;REFB=-0.0143764;REVB=0.0125152;RO=52;SAF=23;SAR=12;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191297;STB=0.614108;STBP=0.082;TYPE=mnp;VARB=0.013555;OID=.;OPOS=5411579;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:52:52:35:36:0.409091:12:23:25:27:12:24:25:27 chr11 5424050 . G A 154.31 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=68;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=0.00112911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6423;QD=9.0772;RBI=0.0186945;REFB=-0.00852679;REVB=0.0186604;RO=47;SAF=14;SAR=7;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258535;STB=0.653318;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0138524;OID=.;OPOS=5424050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:47:47:21:21:0.308824:7:14:21:26:7:14:21:26 chr11 5443442 . G C 750.63 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129722;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0671;QD=63.8837;RBI=0.0447884;REFB=0;REVB=0.0428686;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216436;OID=.;OPOS=5443442;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr11 5443700 . C T 1194.03 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00929435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.522;QD=59.7017;RBI=0.00945756;REFB=-0.11101;REVB=-0.00174945;RO=1;SAF=28;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166052;STB=0.50877;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.000191435;OID=.;OPOS=5443700;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:51:28:1:0:51:28:1:0 chr11 5443739 . T C 842.85 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0262062;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=284.706;QD=54.3771;RBI=0.0292737;REFB=-0.127516;REVB=0.0130455;RO=2;SAF=20;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448734;STB=0.523801;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.000451286;OID=.;OPOS=5443739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:62:2:2:60:60:0.967742:40:20:2:0:40:20:2:0 chr11 5443867 . C T 446.85 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0749477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3085;QD=57.6582;RBI=0.0778587;REFB=0;REVB=-0.0210908;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000610675;OID=.;OPOS=5443867;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr11 5443887 . T C 296.35 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.003065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.938;QD=49.3913;RBI=0.0349177;REFB=-0.0893329;REVB=0.0347829;RO=1;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402265;STB=0.52172;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00197845;OID=.;OPOS=5443887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:11:12:0:1:11:12:0:1 chr11 5443893 . G A 260.41 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147458;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9018;QD=52.082;RBI=0.0449428;REFB=0;REVB=0.0424549;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00386254;OID=.;OPOS=5443893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr11 5443963 . G A 223.13 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.757;QD=49.5852;RBI=0.0158182;REFB=0;REVB=-0.00872633;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176676;OID=.;OPOS=5443963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr11 5443969 . A C 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.045857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2562;QD=27.1542;RBI=0.0471414;REFB=-0.0188242;REVB=-0.0109291;RO=6;SAF=5;SAR=9;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115941;STB=0.564429;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00978429;OID=.;OPOS=5443969;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:9:5:1:5:9:5:1:5 chr11 5444061 . G A 766.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.004;QD=63.8688;RBI=0.019928;REFB=0;REVB=0.00931001;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132381;OID=.;OPOS=5444061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:28:20:0:0:28:20:0:0 chr11 5444136 . C T 1770.77 PASS AF=1;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000893357;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6821;QD=61.061;RBI=0.00551598;REFB=0;REVB=-0.00544315;RO=0;SAF=60;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.7833e-05;OID=.;OPOS=5444136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:116:0:0:116:116:1:56:60:0:0:56:60:0:0 chr11 5444353 . T C 455.21 PASS AF=0.944444;AO=33;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0507911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.928;QD=50.5786;RBI=0.0672845;REFB=-0.00442051;REVB=0.0441302;RO=3;SAF=15;SAR=18;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190151;STB=0.503309;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00456261;OID=.;OPOS=5444353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:36:36:3:2:33:34:0.944444:18:15:1:2:19:15:1:1 chr11 5510284 . A G 1450.82 PASS AF=0.978947;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0351526;FXX=0.0206164;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.634;QD=61.0873;RBI=0.0351527;REFB=0.00836921;REVB=6.48052e-05;RO=2;SAF=44;SAR=48;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00087825;STB=0.50034;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=6.07702e-05;OID=.;OPOS=5510284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:95:2:2:92:93:0.978947:48:44:1:1:48:45:1:1 chr11 5510497 . T C 1717.8 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0211521;FXX=0.00861995;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3305;QD=59.7496;RBI=0.0338838;REFB=-0.0151069;REVB=0.0264707;RO=1;SAF=49;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0072498;STB=0.503816;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000281602;OID=.;OPOS=5510497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:116:115:1:1:114:114:0.991304:65:49:0:1:65:49:0:1 chr11 5510626 . T C 1256.49 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.235;QD=61.2923;RBI=0.0219224;REFB=0;REVB=0.0192353;RO=0;SAF=53;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50795e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.12619e-05;OID=.;OPOS=5510626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:82:0:0:81:82:1:28:53:0:0:28:54:0:0 chr11 5510925 . AGTG AGTA,GTAA 453.01 PASS AF=0.96875,0.03125;AO=26,2;DP=33;FAO=31,1;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11,1;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117072,-0.0123342;FXX=0.0302939;HRUN=1,8;LEN=1,4;MLLD=76.5546,51.7039;QD=56.6261;RBI=0.0127582,0.0219093;REFB=0,0;REVB=-0.00507087,-0.0181076;RO=0;SAF=10,1;SAR=16,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=7.71087e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00325703,0.0899014;OID=.,.;OPOS=5510928,5510925;OREF=G,AGTG;OALT=A,GTAA;OMAPALT=AGTA,GTAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:33:32:0:0:26,2:31,1:0.96875,0.03125:16,1:10,1:0:0:20,0:11,1:0:0 chr11 5529865 . G A 745.65 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.822;QD=63.4592;RBI=0.017795;REFB=0;REVB=0.0122824;RO=0;SAF=13;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.3757e-05;OID=.;OPOS=5529865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:46:47:1:33:13:0:0:34:13:0:0 chr11 5536537 . A C 1474.5 PASS AF=0.990291;AO=100;DP=102;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0942862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7483;QD=57.262;RBI=0.0946042;REFB=0.031738;REVB=-0.00775014;RO=2;SAF=50;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185951;STB=0.504761;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.00454698;OID=.;OPOS=5536537;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:103:2:1:100:102:0.990291:50:50:0:2:52:50:0:1 chr11 5536848 . G A 1636.33 PASS AF=0.957627;AO=108;DP=116;FAO=113;FDP=118;FR=.;FRO=5;FSAF=47;FSAR=66;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0170166;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.787;QD=55.4688;RBI=0.0201634;REFB=-0.0351144;REVB=0.0108165;RO=5;SAF=44;SAR=64;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166702;STB=0.508003;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.000344548;OID=.;OPOS=5536848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:116:118:5:5:108:113:0.957627:64:44:3:2:66:47:3:2 chr11 5566030 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.454;QD=56.7056;RBI=0.0553514;REFB=0;REVB=0.0291846;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300165;OID=.;OPOS=5566030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr11 5566365 . T C 999.24 PASS AF=0.971831;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0187364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.963;QD=56.2955;RBI=0.115292;REFB=-0.097496;REVB=0.113759;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51562;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00100528;OID=.;OPOS=5566365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:71:71:0:2:69:69:0.971831:31:38:0:0:31:38:0:2 chr11 5602275 . A G 670.11 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00563723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.3661;QD=62.3355;RBI=0.0144594;REFB=0;REVB=-0.0133153;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000280018;OID=.;OPOS=5602275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr11 5602438 . T A 434.34 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0218847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2975;QD=54.2926;RBI=0.124761;REFB=-0.0908822;REVB=0.122827;RO=1;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372894;STB=0.519987;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00384366;OID=.;OPOS=5602438;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:12:19:0:1:12:19:0:1 chr11 5602605 . G A 807.99 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184725;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.89;QD=57.7138;RBI=0.0451053;REFB=0;REVB=0.0411492;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000691575;OID=.;OPOS=5602605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr11 5602615 . A G 785.17 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0755823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6224;QD=57.1034;RBI=0.07747;REFB=0;REVB=-0.0169977;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573382;OID=.;OPOS=5602615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr11 5602679 . T C 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.828;QD=64.153;RBI=0.0623511;REFB=0;REVB=0.0410255;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383382;OID=.;OPOS=5602679;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr11 5602790 . A G 1425.08 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00402875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.856;QD=62.641;RBI=0.0153828;REFB=0;REVB=0.0148459;RO=0;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.24663e-05;OID=.;OPOS=5602790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:45:45:0:0:46:45:0:0 chr11 5602927 . CG C,CC 1877.82 PASS AF=0.134328,0.828358;AO=22,108;DP=131;FAO=18,111;FDP=134;FR=.;FRO=5;FSAF=12,46;FSAR=6,65;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0390201,0.0431132;FXX=0.0147048;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=195.182,211.11;QD=56.0543;RBI=0.0577372,0.057618;REFB=-0.0101288,-0.00171569;REVB=0.0425561,0.0382243;RO=0;SAF=16,41;SAR=6,67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.17051e-08,-3.81585e-08;STB=0.586119,0.525769;STBP=0.154,0.01;TYPE=del,snp;VARB=-0.00106822,0.00133065;OID=.,.;OPOS=5602928,5602928;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.134328,0.828358:22,108:131:18,111:134:5:12,46:6,65:5:0:58:0:16,41:6,67:0:0 chr11 5602930 . T C 46.58 PASS AF=0.105634;AO=26;DP=142;FAO=15;FDP=142;FR=.;FRO=127;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=56;FSRR=71;FWDB=-0.0085785;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=31.4073;QD=1.31204;RBI=0.0444058;REFB=-0.047845;REVB=0.0435693;RO=116;SAF=18;SAR=8;SRF=46;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367503;STB=0.581982;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.220513;OID=.;OPOS=5602930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:142:142:116:127:26:15:0.105634:8:18:46:70:7:8:56:71 chr11 5602968 . G A 2040.94 PASS AF=0.964029;AO=132;DP=140;FAO=134;FDP=139;FR=.;FRO=5;FSAF=59;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0142974;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.232;QD=58.7322;RBI=0.0356468;REFB=-0.129565;REVB=0.0326539;RO=5;SAF=57;SAR=75;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306325;STB=0.516127;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.000596351;OID=.;OPOS=5602968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:140:139:5:5:132:134:0.964029:75:57:0:5:75:59:0:5 chr11 5625847 . A G 769.46 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462805;FXX=0.020404;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.723;QD=64.1215;RBI=0.0470082;REFB=0;REVB=-0.00823885;RO=0;SAF=12;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.24595e-05;OID=.;OPOS=5625847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:36:12:0:0:36:12:0:0 chr11 5629607 . G A 227.39 PASS AF=0.215909;AO=37;DP=175;FAO=38;FDP=176;FR=.;FRO=138;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=65;FSRR=73;FWDB=0.034846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.635;QD=5.16788;RBI=0.0353882;REFB=-0.00856063;REVB=0.0061706;RO=138;SAF=9;SAR=28;SRF=65;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311769;STB=0.70028;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0246271;OID=.;OPOS=5629607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:176:138:138:37:38:0.215909:28:9:65:73:29:9:65:73 chr11 5632212 . G A 3332.39 PASS AF=0.940928;AO=220;DP=236;FAO=223;FDP=237;FR=.;FRO=14;FSAF=97;FSAR=126;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.00925919;FXX=0.0206603;HRUN=5;LEN=1;MLLD=159.762;QD=56.2428;RBI=0.0233112;REFB=-0.0558004;REVB=0.0213934;RO=13;SAF=97;SAR=123;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351639;STB=0.520958;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.000675138;OID=.;OPOS=5632212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:236:237:13:14:220:223:0.940928:123:97:10:3:126:97:11:3 chr11 5664831 . C A 366.52 PASS AF=0.469136;AO=36;DP=80;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0121833;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.104;QD=18.0997;RBI=0.0126951;REFB=-0.0328385;REVB=0.00356845;RO=43;SAF=19;SAR=17;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105621;STB=0.543187;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0276966;OID=.;OPOS=5664831;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:43:43:36:38:0.469136:17:19:18:25:19:19:18:25 chr11 5688940 . C T 87.5 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0527931;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.54;QD=13.4612;RBI=0.0672408;REFB=-0.0259381;REVB=-0.0416439;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200253;STB=0.636116;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0140634;OID=.;OPOS=5688940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:26:14:15:11:11:0.423077:4:7:6:8:4:7:6:9 chr11 5688948 . A G 87.95 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0511571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0354;QD=14.0714;RBI=0.0579583;REFB=-0.0189965;REVB=-0.0272418;RO=14;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17847;STB=0.604131;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0263311;OID=.;OPOS=5688948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:25:14:14:11:11:0.44:5:6:5:9:5:6:5:9 chr11 5691191 . C T 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00809086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.034;QD=51.9146;RBI=0.0715529;REFB=0;REVB=-0.071094;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000632072;OID=.;OPOS=5691191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr11 5691214 . A C 244.99 PASS AF=0.666667;AO=23;DP=34;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00440588;FXX=0.0294031;HRUN=6;LEN=1;MLLD=251.819;QD=29.6963;RBI=0.0189646;REFB=-0.0147582;REVB=0.0184457;RO=10;SAF=7;SAR=16;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231076;STB=0.612139;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00667193;OID=.;OPOS=5691214;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:34:33:10:11:23:22:0.666667:16:7:7:3:15:7:7:4 chr11 5700340 . T C 380.36 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0756601;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.193;QD=56.35;RBI=0.0767235;REFB=0;REVB=0.01273;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109052;OID=.;OPOS=5700340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr11 5701074 . C A 270.4 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0531889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1461;QD=23.5126;RBI=0.0546454;REFB=0.000663028;REVB=0.0125323;RO=21;SAF=15;SAR=10;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253505;STB=0.640916;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.000994369;OID=.;OPOS=5701074;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:10:15:6:15:10:15:6:15 chr11 5701409 . G C 48.18 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0603967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.1877;QD=12.848;RBI=0.0604177;REFB=-0.0342242;REVB=0.0015916;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206125;STB=0.624625;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0140361;OID=.;OPOS=5701409;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:4:4:5:2:4:4 chr11 5717762 . T C 222.03 PASS AF=0.318182;AO=28;DP=89;FAO=28;FDP=88;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.0118645;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7904;QD=10.0923;RBI=0.0245579;REFB=0.0129735;REVB=0.0215017;RO=60;SAF=17;SAR=11;SRF=28;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164172;STB=0.596179;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=-0.0132595;OID=.;OPOS=5717762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:60:60:28:28:0.318182:11:17:28:32:11:17:28:32 chr11 5718517 . G A 576.54 PASS AF=0.365591;AO=68;DP=187;FAO=68;FDP=186;FR=.;FRO=118;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=47;FSRR=71;FWDB=-0.0109886;FXX=0.00534731;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9894;QD=12.3987;RBI=0.0511329;REFB=-0.00416917;REVB=-0.0499382;RO=117;SAF=35;SAR=33;SRF=47;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125672;STB=0.573568;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00751979;OID=.;OPOS=5718517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:186:117:118:68:68:0.365591:33:35:47:70:33:35:47:71 chr11 5719750 . G C 188.26 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.00644005;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.6179;QD=14.7653;RBI=0.0233853;REFB=-0.01492;REVB=-0.022481;RO=26;SAF=7;SAR=14;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241107;STB=0.602639;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0215152;OID=.;OPOS=5719750;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:51:26:30:21:21:0.411765:14:7:15:11:14:7:15:15 chr11 5757785 . C T 330.59 PASS AF=0.682927;AO=27;DP=40;FAO=28;FDP=41;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.00433401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.535;QD=32.2526;RBI=0.0398283;REFB=-0.0180146;REVB=0.0395918;RO=12;SAF=10;SAR=17;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224722;STB=0.52863;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00816502;OID=.;OPOS=5757785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:12:13:27:28:0.682927:17:10:4:8:17:11:4:9 chr11 5758062 . T C 348.32 PASS AF=0.385321;AO=42;DP=109;FAO=42;FDP=109;FR=.;FRO=67;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=28;FWDB=0.0366832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8086;QD=12.7824;RBI=0.0367471;REFB=-0.00635152;REVB=0.00216695;RO=65;SAF=24;SAR=18;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144461;STB=0.506699;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0115003;OID=.;OPOS=5758062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:65:67:42:42:0.385321:18:24:38:27:18:24:39:28 chr11 5758118 . A C 1207.33 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.102;QD=61.1307;RBI=0.0235654;REFB=0;REVB=0.0132104;RO=0;SAF=41;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75379e-05;OID=.;OPOS=5758118;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:79:0:0:75:79:1:34:41:0:0:35:44:0:0 chr11 5776287 . C T 3479.48 PASS AF=1;AO=222;DP=224;FAO=224;FDP=224;FR=.;FRO=0;FSAF=126;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142437;FXX=0.0344813;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.154;QD=62.1335;RBI=0.0232315;REFB=-0.0848492;REVB=0.0183527;RO=2;SAF=124;SAR=98;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00762259;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000857014;OID=.;OPOS=5776287;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:224:224:2:0:222:224:1:98:124:2:0:98:126:0:0 chr11 5776470 . T C,G 855.56 PASS AF=0.05,0.95;AO=3,58;DP=61;FAO=3,57;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=1,39;FSAR=2,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141013,0.00614953;FXX=0.0163908;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=183.655,65.5673;QD=57.0376;RBI=0.0269679,0.0328301;REFB=0,0;REVB=-0.0229874,0.032249;RO=0;SAF=2,39;SAR=1,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.47594e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.137518,-0.00128544;OID=.,.;OPOS=5776470,5776470;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:61:60:0:0:3,58:3,57:0.05,0.95:1,19:2,39:0:0:2,18:1,39:0:0 chr11 5776623 . A T 757.9 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00510023;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.896;QD=55.1198;RBI=0.033639;REFB=-0.0296507;REVB=0.0332501;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.507689;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.000270062;OID=.;OPOS=5776623;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:56:55:0:1:54:54:0.981818:22:32:0:0:22:32:1:0 chr11 5799138 . G A 315.58 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.00889209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.652;QD=22.9513;RBI=0.0108184;REFB=-0.0448122;REVB=-0.00616179;RO=23;SAF=17;SAR=15;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00723531;STB=0.503988;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0261788;OID=.;OPOS=5799138;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:15:17:12:11:15:17:12:11 chr11 5809308 . A T 1698.58 PASS AF=1;AO=112;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198079;FXX=0.00884877;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.962;QD=60.6636;RBI=0.0296982;REFB=0;REVB=-0.0221276;RO=0;SAF=40;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64229e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000164083;OID=.;OPOS=5809308;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:112:0:0:112:112:1:72:40:0:0:72:40:0:0 chr11 5809548 . G A 749.97 PASS AF=0.982143;AO=52;DP=53;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0218566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9704;QD=53.5691;RBI=0.101045;REFB=-0.120005;REVB=0.0986524;RO=0;SAF=34;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19096e-08;STB=0.512191;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00381863;OID=.;OPOS=5809548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:53:56:0:1:52:55:0.982143:18:34:0:0:20:35:0:1 chr11 5841856 . C T 377.72 PASS AF=0.542857;AO=38;DP=70;FAO=38;FDP=70;FR=.;FRO=32;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0310923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.654;QD=21.5841;RBI=0.0312129;REFB=0.00198588;REVB=-0.00274112;RO=30;SAF=26;SAR=12;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461565;STB=0.546194;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.0015968;OID=.;OPOS=5841856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:30:32:38:38:0.542857:12:26:19:11:12:26:19:13 chr11 5842310 . T G 726.72 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0149261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.388;QD=52.8522;RBI=0.0223067;REFB=-0.0562591;REVB=0.0165771;RO=2;SAF=37;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247893;STB=0.513153;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00170096;OID=.;OPOS=5842310;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:53:53:0.963636:16:37:2:0:16:37:2:0 chr11 5842356 . A G 611.3 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00236753;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.283;QD=61.1299;RBI=0.00593319;REFB=0;REVB=-0.00544036;RO=0;SAF=30;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.16267e-05;OID=.;OPOS=5842356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:40:40:0:0:40:40:1:10:30:0:0:10:30:0:0 chr11 5862532 . A C 211.87 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.00566682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.458;QD=16.6176;RBI=0.00957525;REFB=-0.0140768;REVB=0.00771833;RO=28;SAF=7;SAR=16;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0640672;STB=0.536201;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0138895;OID=.;OPOS=5862532;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:16:7:7:21:16:7:7:21 chr11 5862653 . T C 603.21 PASS AF=0.693333;AO=52;DP=75;FAO=52;FDP=75;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0163559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.131;QD=32.1713;RBI=0.0165616;REFB=0.00413851;REVB=-0.00260215;RO=23;SAF=19;SAR=33;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067609;STB=0.536571;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=-0.00172153;OID=.;OPOS=5862653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:23:23:52:52:0.693333:33:19:11:12:33:19:11:12 chr11 5862731 . A G 494.58 PASS AF=0.589744;AO=46;DP=78;FAO=46;FDP=78;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=-0.00352778;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.024;QD=25.363;RBI=0.057784;REFB=0.00323881;REVB=-0.0576762;RO=32;SAF=17;SAR=29;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260166;STB=0.642242;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00430835;OID=.;OPOS=5862731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:32:32:46:46:0.589744:29:17:23:9:29:17:23:9 chr11 5862780 . T C 399.78 PASS AF=0.639344;AO=39;DP=61;FAO=39;FDP=61;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.101397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5819;QD=26.2151;RBI=0.106096;REFB=0.00500269;REVB=-0.0312253;RO=22;SAF=14;SAR=25;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272236;STB=0.64846;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00569329;OID=.;OPOS=5862780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:22:22:39:39:0.639344:25:14:17:5:25:14:17:5 chr11 5862845 . A G 186.85 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00603896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.003;QD=19.6688;RBI=0.0126775;REFB=2.03611e-05;REVB=-0.0111468;RO=18;SAF=6;SAR=13;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346933;STB=0.684017;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-4.04547e-05;OID=.;OPOS=5862845;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:19:19:19:0.5:13:6:13:5:13:6:13:6 chr11 5862937 . C A 371.97 PASS AF=0.62069;AO=36;DP=58;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00777143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.924;QD=25.653;RBI=0.00839862;REFB=-0.0173177;REVB=0.00318461;RO=21;SAF=11;SAR=25;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284289;STB=0.648617;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00829752;OID=.;OPOS=5862937;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:21:22:36:36:0.62069:25:11:15:6:25:11:15:7 chr11 5862984 . G C 415.67 PASS AF=0.467391;AO=42;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.00776959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.41;QD=18.0726;RBI=0.0111913;REFB=-0.00585543;REVB=0.00805467;RO=48;SAF=13;SAR=29;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174693;STB=0.597298;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00172311;OID=.;OPOS=5862984;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:49:42:43:0.467391:29:13:23:25:30:13:23:26 chr11 5863013 . T C 488.95 PASS AF=0.481481;AO=52;DP=110;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=-0.00238375;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.408;QD=18.1091;RBI=0.010322;REFB=-0.0272659;REVB=0.010043;RO=55;SAF=19;SAR=33;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693547;STB=0.544211;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0226703;OID=.;OPOS=5863013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:108:55:56:52:52:0.481481:33:19:24:31:33:19:25:31 chr11 5863113 . G A 668.05 PASS AF=0.581818;AO=64;DP=111;FAO=64;FDP=110;FR=.;FRO=46;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0241741;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.332;QD=24.2929;RBI=0.0250897;REFB=-0.00425158;REVB=-0.00671596;RO=46;SAF=26;SAR=38;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396045;STB=0.521605;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00332359;OID=.;OPOS=5863113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:46:46:64:64:0.581818:38:26:21:25:38:26:21:25 chr11 5877979 . T A 176.75 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0034925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.24;QD=14.1402;RBI=0.00923201;REFB=0.000675163;REVB=-0.00854591;RO=31;SAF=8;SAR=11;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301587;STB=0.673299;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.00104847;OID=.;OPOS=5877979;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:11:8:22:9:11:8:22:9 chr11 5906048 . G A 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00432524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5475;QD=60.9768;RBI=0.0340944;REFB=0;REVB=0.0338189;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284204;OID=.;OPOS=5906048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr11 5906073 . G T 446.96 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163444;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.514;QD=57.6724;RBI=0.0170386;REFB=0;REVB=-0.00481399;RO=0;SAF=10;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113578;OID=.;OPOS=5906073;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:21:10:0:0:21:10:0:0 chr11 5906143 . T C 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00495564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.212;QD=10.0752;RBI=0.0556701;REFB=0.00742936;REVB=0.0554491;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912387;STB=0.535624;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.0217914;OID=.;OPOS=5906143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:13:14:8:8:0.363636:5:3:6:7:5:3:6:8 chr11 5906192 . A C 375.68 PASS AF=1;AO=22;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00938893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.702;QD=55.656;RBI=0.0489462;REFB=0;REVB=0.0480372;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.58216e-05;OID=.;OPOS=5906192;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:22:27:1:9:13:0:0:10:17:0:0 chr11 5906203 . T G 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0125628;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=238.807;QD=16.2711;RBI=0.0129335;REFB=-0.00800302;REVB=-0.00307431;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240435;STB=0.637277;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00776108;OID=.;OPOS=5906203;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:8:7:13:5:8:7:13:5 chr11 5906205 . G A 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0164403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2078;QD=22.5346;RBI=0.0191027;REFB=0.0211861;REVB=-0.00972781;RO=15;SAF=14;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237349;STB=0.633996;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=-0.0118737;OID=.;OPOS=5906205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:5:14:7:8:5:14:7:8 chr11 5906291 . T C 160.7 PASS AF=0.208;AO=26;DP=119;FAO=26;FDP=125;FR=.;FRO=99;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=53;FSRR=46;FWDB=-0.0344012;FXX=0.0234357;HRUN=7;LEN=1;MLLD=58.1129;QD=5.14228;RBI=0.0387695;REFB=-0.00855627;REVB=-0.0178782;RO=93;SAF=12;SAR=14;SRF=48;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688128;STB=0.558238;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0663147;OID=.;OPOS=5906291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:125:93:99:26:26:0.208:14:12:48:45:14:12:53:46 chr11 5968728 . T C 278.2 PASS AF=0.313559;AO=34;DP=116;FAO=37;FDP=118;FR=.;FRO=81;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=53;FSRR=28;FWDB=-0.0683685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2299;QD=9.43037;RBI=0.0686219;REFB=-0.00602627;REVB=-0.00589185;RO=81;SAF=25;SAR=9;SRF=53;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115532;STB=0.561849;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00760177;OID=.;OPOS=5968728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:81:81:34:37:0.313559:9:25:53:28:10:27:53:28 chr11 5989293 . G A 373.33 PASS AF=0.660377;AO=35;DP=54;FAO=35;FDP=53;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.0135794;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8225;QD=28.1755;RBI=0.0434001;REFB=-0.0155897;REVB=0.041221;RO=19;SAF=15;SAR=20;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229275;STB=0.634846;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0100611;OID=.;OPOS=5989293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:19:18:35:35:0.660377:20:15:15:4:20:15:15:3 chr11 5989415 . C T 493.86 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00725411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.101;QD=22.9704;RBI=0.0104113;REFB=-0.0161531;REVB=0.00746815;RO=38;SAF=31;SAR=16;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934593;STB=0.546746;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0130424;OID=.;OPOS=5989415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:39:47:47:0.546512:16:31:21:17:16:31:22:17 chr11 6007272 . A G 820.13 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000822506;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.854;QD=57.5529;RBI=0.00765451;REFB=0;REVB=-0.0076102;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.81376e-05;OID=.;OPOS=6007272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:36:21:0:0:36:21:0:0 chr11 6007613 . T G 609.12 PASS AF=0.92;AO=46;DP=51;FAO=46;FDP=50;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00833967;FXX=0.019604;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.7;QD=48.7299;RBI=0.0255075;REFB=-0.043122;REVB=-0.0241056;RO=4;SAF=22;SAR=24;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407579;STB=0.52173;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00546058;OID=.;OPOS=6007613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:51:50:4:4:46:46:0.92:24:22:3:1:24:22:3:1 chr11 6007680 . A G 759.51 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00572542;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.798;QD=57.3213;RBI=0.0334806;REFB=0;REVB=0.0329874;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385234;OID=.;OPOS=6007680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr11 6007743 . A G 575.78 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5663;QD=60.6083;RBI=0.0417038;REFB=0;REVB=-0.0298106;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.70412e-06;OID=.;OPOS=6007743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr11 6048617 . G A 173.58 PASS AF=0.319444;AO=23;DP=72;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=32;FWDB=0.0389796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6745;QD=9.64338;RBI=0.0392206;REFB=-0.0105808;REVB=0.00434113;RO=49;SAF=15;SAR=8;SRF=17;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343648;STB=0.700768;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.022278;OID=.;OPOS=6048617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:49:49:23:23:0.319444:8:15:17:32:8:15:17:32 chr11 6129837 . C T 265.63 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0358031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9413;QD=22.1357;RBI=0.0861529;REFB=-0.032651;REVB=0.0783611;RO=23;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15984;STB=0.588879;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0433031;OID=.;OPOS=6129837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:11:14:17:6:11:14:17:6 chr11 6173346 . G T 199.43 PASS AF=0.678571;AO=17;DP=26;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0281791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.996;QD=28.4904;RBI=0.0281793;REFB=-0.03858;REVB=9.47065e-05;RO=9;SAF=13;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302678;STB=0.64419;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0289846;OID=.;OPOS=6173346;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:26:28:9:9:17:19:0.678571:4:13:3:6:5:14:3:6 chr11 6173364 . T A 374.96 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379668;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7399;QD=55.5498;RBI=0.100483;REFB=0;REVB=-0.0930345;RO=1;SAF=16;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281527;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00139436;OID=.;OPOS=6173364;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:1:0:26:27:1:10:16:1:0:10:17:0:0 chr11 6221169 . A G 1362.76 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0466626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.548;QD=61.2477;RBI=0.0485001;REFB=-0.0577965;REVB=0.0132234;RO=1;SAF=56;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0083879;STB=0.504424;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00012864;OID=.;OPOS=6221169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:1:1:88:88:0.988764:32:56:1:0:32:56:1:0 chr11 6221214 . T A 421.21 PASS AF=0.452632;AO=43;DP=95;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=16;FWDB=-0.0153293;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8096;QD=17.7351;RBI=0.0423118;REFB=-0.0226359;REVB=0.0394373;RO=51;SAF=22;SAR=21;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17105;STB=0.599365;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0260843;OID=.;OPOS=6221214;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:51:52:43:43:0.452632:21:22:35:16:21:22:36:16 chr11 6221427 . T C 327.41 PASS AF=0.651163;AO=25;DP=40;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0188811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.194;QD=30.4571;RBI=0.0274686;REFB=-0.0172753;REVB=0.0199507;RO=14;SAF=8;SAR=17;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127451;STB=0.572465;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0109854;OID=.;OPOS=6221427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:14:15:25:28:0.651163:17:8:7:7:20:8:7:8 chr11 6231731 . C T 675.96 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395488;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.459;QD=62.8803;RBI=0.039573;REFB=0;REVB=0.00138604;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.1831e-05;OID=.;OPOS=6231731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr11 6243804 . A G 1562.18 PASS AF=1;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00871371;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.404;QD=60.0837;RBI=0.00875445;REFB=0;REVB=-0.000843607;RO=0;SAF=47;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.3572e-05;OID=.;OPOS=6243804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:104:0:0:104:104:1:57:47:0:0:57:47:0:0 chr11 6340525 . A T 510.24 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505595;FXX=0.0810592;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.413;QD=60.0283;RBI=0.0506866;REFB=0;REVB=0.00358755;RO=0;SAF=5;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027753;OID=.;OPOS=6340525;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:29:5:0:0:29:5:0:0 chr11 6340706 . A G 854.28 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0140136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.042;QD=56.0184;RBI=0.0214273;REFB=-0.137799;REVB=0.0162095;RO=0;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.89445e-08;STB=0.509801;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000715155;OID=.;OPOS=6340706;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:25:35:0:0:25:35:0:1 chr11 6411930 . CCTGGTGCTGGCG C,CCTGGCGCTGGCG 370.9 PASS AF=0.259259,0.740741;AO=7,18;DP=29;FAO=7,20;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=5,12;FSAR=2,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000410039,0.0156543;FXX=0.0689417;HRUN=2,1;LEN=12,1;MLLD=198.808,65.8726;QD=54.948;RBI=0.00596951,0.0430617;REFB=0,0;REVB=-0.00595541,0.0401155;RO=0;SAF=5,11;SAR=2,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.308614,0;SSEP=0,0;SSSB=3.27427e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0388162,0.0115278;OID=.,.;OPOS=6411931,6411935;OREF=CTGGTGCTGGCG,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCTGGCGCTGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.259259,0.740741:7,18:29:7,20:27:0:5,12:2,8:0:0:45:0:5,11:2,7:0:0 chr11 6415539 . C T 468.1 PASS AF=0.54878;AO=45;DP=82;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0208722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.909;QD=22.8343;RBI=0.0310248;REFB=-0.0178444;REVB=0.022954;RO=37;SAF=27;SAR=18;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0501778;STB=0.527626;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00922673;OID=.;OPOS=6415539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:37:37:45:45:0.54878:18:27:20:17:18:27:20:17 chr11 6549779 . A C 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00941295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.66;QD=57.7122;RBI=0.00963509;REFB=0;REVB=-0.00205699;RO=0;SAF=39;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4719e-06;OID=.;OPOS=6549779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:20:39:0:0:20:39:0:0 chr11 6549916 . C T 149.03 PASS AF=0.318182;AO=20;DP=65;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0179137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6395;QD=9.03181;RBI=0.101299;REFB=0.00258192;REVB=0.0997021;RO=39;SAF=14;SAR=6;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19529;STB=0.624878;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.0244032;OID=.;OPOS=6549916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:39:45:20:21:0.318182:6:14:21:18:7:14:22:23 chr11 6549995 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0867869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.034;QD=56.7061;RBI=0.0870248;REFB=0;REVB=0.00643011;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000479639;OID=.;OPOS=6549995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr11 6550004 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.839;QD=51.9157;RBI=0.0224154;REFB=0;REVB=-0.0156934;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82341e-06;OID=.;OPOS=6550004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr11 6550309 . G A 964.63 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00256993;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.385;QD=55.9205;RBI=0.00537605;REFB=-0.0480241;REVB=0.00472201;RO=1;SAF=34;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136967;STB=0.514281;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.000527742;OID=.;OPOS=6550309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:1:2:67:67:0.971014:33:34:1:0:33:34:2:0 chr11 6555365 . A G 545.79 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0510029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8075;QD=57.4514;RBI=0.0694055;REFB=0.0246821;REVB=0.0470726;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.515143;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000333477;OID=.;OPOS=6555365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:38:0:1:36:37:0.973684:20:16:0:0:21:16:1:0 chr11 6567895 . C CTGCCCCTACTGCA,CTGCCCTACTGCA 197.6 PASS AF=0,0.73913;AO=3,14;DP=29;FAO=0,17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=0,14;FSAR=0,3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0186807,-0.0107061;FXX=0.233256;HRUN=1,1;LEN=13,12;MLLD=223.766,229.821;QD=34.3653;RBI=0.0228746,0.0156815;REFB=-0.0148483,-0.0199353;REVB=-0.0132014,-0.0114581;RO=6;SAF=2,12;SAR=1,2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.176469;STB=0.5,0.564434;STBP=1,0.422;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.00699717;OID=.,.;OPOS=6567896,6567896;OREF=-,-;OALT=TGCCCCTACTGCA,TGCCCTACTGCA;OMAPALT=CTGCCCCTACTGCA,CTGCCCTACTGCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.73913:3,14:29:0,17:23:6:0,14:0,3:4:2:42:6:2,12:1,2:4:2 chr11 6585007 . G A 765.17 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1222;QD=63.7645;RBI=0.0585441;REFB=0;REVB=-0.0203904;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264044;OID=.;OPOS=6585007;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:22:24:0:0:22:26:0:0 chr11 6622714 . G A 993.01 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255491;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7444;QD=59.2844;RBI=0.0348842;REFB=0;REVB=0.0237519;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000367824;OID=.;OPOS=6622714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:33:34:0:0:33:34:0:0 chr11 6626049 . G A 316.74 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00755269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1907;QD=20.4345;RBI=0.00982347;REFB=0.00751589;REVB=0.00628151;RO=29;SAF=15;SAR=18;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110707;STB=0.561366;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00662003;OID=.;OPOS=6626049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:18:15:17:12:18:15:17:12 chr11 6626072 . C A 360.88 PASS AF=0.521127;AO=36;DP=70;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0111642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.685;QD=20.3311;RBI=0.0114836;REFB=-0.00348242;REVB=-0.00268928;RO=33;SAF=16;SAR=20;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113047;STB=0.560608;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00408648;OID=.;OPOS=6626072;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:33:34:36:37:0.521127:20:16:19:14:21:16:19:15 chr11 6629665 . C T 637.15 PASS AF=0.601942;AO=59;DP=101;FAO=62;FDP=103;FR=.;FRO=41;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=0.0209916;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3211;QD=24.7438;RBI=0.0330734;REFB=-0.0201313;REVB=-0.0255578;RO=35;SAF=32;SAR=27;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0193595;STB=0.508009;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.015156;OID=.;OPOS=6629665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:35:41:59:62:0.601942:27:32:18:17:29:33:21:20 chr11 6630028 . TC CT,T 902.27 PASS AF=0,1;AO=4,66;DP=95;FAO=0,91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=0,54;FSAR=0,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013175,0.261353;FXX=0.0421008;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=10.4858,13.8421;QD=39.6601;RBI=0.0443293,0.262343;REFB=-0.0266142,-0.0140237;REVB=-0.0423262,-0.0227699;RO=16;SAF=2,34;SAR=2,32;SRF=14;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0.650794;SSSB=-0.473676,-0.132287;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0112505;OID=.,.;OPOS=6630028,6630029;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:95:91:16:0:4,66:0,91:0,1:2,32:2,34:14:2:0,37:0,54:0:0 chr11 6630833 . G A 686.49 PASS AF=0.568966;AO=66;DP=115;FAO=66;FDP=116;FR=.;FRO=50;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0288024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.205;QD=23.6722;RBI=0.0290777;REFB=-0.0134977;REVB=-0.00399171;RO=48;SAF=33;SAR=33;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160834;STB=0.517236;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.00830971;OID=.;OPOS=6630833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:48:50:66:66:0.568966:33:33:25:23:33:33:27:23 chr11 6634149 . C T 1396.42 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00804779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.009;QD=62.7604;RBI=0.00901252;REFB=0;REVB=0.00405693;RO=0;SAF=45;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57715e-05;OID=.;OPOS=6634149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:44:45:0:0:44:45:0:0 chr11 6634189 . G A 263.8 PASS AF=0.378049;AO=31;DP=82;FAO=31;FDP=82;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00657027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.284;QD=12.8683;RBI=0.01928;REFB=0.00419588;REVB=-0.0181259;RO=50;SAF=21;SAR=10;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280867;STB=0.655623;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00787926;OID=.;OPOS=6634189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:51:31:31:0.378049:10:21:21:29:10:21:22:29 chr11 6636106 . T A 338.46 PASS AF=0.514706;AO=35;DP=70;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.033125;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3913;QD=19.9092;RBI=0.0823253;REFB=0.00121343;REVB=-0.075367;RO=31;SAF=23;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180611;STB=0.602034;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00314003;OID=.;OPOS=6636106;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:31:33:35:35:0.514706:12:23:14:17:12:23:15:18 chr11 6638506 . A T 250.91 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00897078;FXX=0.0266631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.912;QD=13.7487;RBI=0.00976625;REFB=-0.0149707;REVB=-0.00386068;RO=42;SAF=18;SAR=11;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128185;STB=0.574416;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0229681;OID=.;OPOS=6638506;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:42:44:29:29:0.39726:11:18:21:21:11:18:22:22 chr11 6648424 . G A 227.21 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00290185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.061;QD=28.4009;RBI=0.0342617;REFB=-0.0361637;REVB=-0.0341386;RO=11;SAF=13;SAR=8;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114434;STB=0.506323;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.03074;OID=.;OPOS=6648424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:8:13:7:4:8:13:7:4 chr11 6648573 . T C 190.95 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00784186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6113;QD=30.5514;RBI=0.038308;REFB=0.0315956;REVB=0.0374968;RO=7;SAF=6;SAR=12;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200424;STB=0.610984;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.00451779;OID=.;OPOS=6648573;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:12:6:5:2:12:6:5:2 chr11 6652618 . C T 214.98 PASS AF=0.46;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.037175;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.866;QD=17.1983;RBI=0.0379198;REFB=-0.017106;REVB=0.00747878;RO=27;SAF=8;SAR=15;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965803;STB=0.55441;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0225844;OID=.;OPOS=6652618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:27:27:23:23:0.46:15:8:7:20:15:8:7:20 chr11 6655433 . G A 559.69 PASS AF=0.675676;AO=49;DP=73;FAO=50;FDP=74;FR=.;FRO=24;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00057886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.638;QD=30.2536;RBI=0.0290346;REFB=-0.020382;REVB=0.0290288;RO=24;SAF=26;SAR=23;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0577145;STB=0.534188;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00746202;OID=.;OPOS=6655433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:24:24:49:50:0.675676:23:26:15:9:24:26:15:9 chr11 6737979 . T C 791.96 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0207116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4273;QD=53.6925;RBI=0.0238886;REFB=-0.152573;REVB=-0.0119036;RO=2;SAF=38;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024177;STB=0.512816;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00624611;OID=.;OPOS=6737979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:19:38:2:0:19:38:2:0 chr11 6739109 . G A 1151.84 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2164;QD=60.6233;RBI=0.0542407;REFB=0;REVB=-0.0524094;RO=0;SAF=27;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000612478;OID=.;OPOS=6739109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:49:27:0:0:49:27:0:0 chr11 6739405 . TAA TA,TAG 1165.62 PASS AF=0.113924,0.886076;AO=9,69;DP=80;FAO=9,70;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=3,44;FSAR=6,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238681,0.027866;FXX=0.0124984;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=28.3729,51.1443;QD=59.0187;RBI=0.0570584,0.0318178;REFB=0,0;REVB=-0.0518264,0.0153577;RO=0;SAF=3,44;SAR=6,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0357319,-0.00912326;OID=.,.;OPOS=6739406,6739407;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=TA,TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.113924,0.886076:9,69:80:9,70:79:0:3,44:6,26:0:0:38:0:3,44:6,25:0:0 chr11 6739814 . C T 601.46 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0625097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.842;QD=60.1459;RBI=0.0762372;REFB=0;REVB=0.0436423;RO=1;SAF=25;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183679;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000633486;OID=.;OPOS=6739814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:1:0:37:40:1:12:25:1:0:13:27:0:0 chr11 6739822 . T C 575.52 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6221;QD=60.5806;RBI=0.0669575;REFB=0;REVB=-0.0642412;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000703294;OID=.;OPOS=6739822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:11:27:0:0:11:27:0:0 chr11 6740308 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.088;QD=63.872;RBI=0.0356375;REFB=0;REVB=0.0309016;RO=0;SAF=36;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.68815e-05;OID=.;OPOS=6740308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:12:36:0:0:12:36:0:0 chr11 6790106 . T C 2242.03 PASS AF=0.993007;AO=142;DP=144;FAO=142;FDP=143;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00415046;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5094;QD=62.714;RBI=0.00505085;REFB=-0.0660804;REVB=0.00287834;RO=1;SAF=67;SAR=75;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0062981;STB=0.503311;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.000223953;OID=.;OPOS=6790106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:144:143:1:1:142:142:0.993007:75:67:0:1:75:67:0:1 chr11 6807243 . G A 288.34 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00193422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.075;QD=52.4259;RBI=0.00205001;REFB=0;REVB=0.000679228;RO=0;SAF=3;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19038e-05;OID=.;OPOS=6807243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:18:3:0:0:18:4:0:0 chr11 6816778 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0015371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.86;QD=55.0983;RBI=0.00554314;REFB=0;REVB=0.00532576;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.51202e-05;OID=.;OPOS=6816778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr11 6816875 . G A 740.25 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000925921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.863;QD=56.9427;RBI=0.0145263;REFB=0;REVB=0.0144967;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18724e-05;OID=.;OPOS=6816875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr11 6867894 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.073;QD=53.2771;RBI=0.0137088;REFB=0;REVB=0.00759622;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129348;OID=.;OPOS=6867894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr11 6891704 . T C 692.98 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0579652;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1892;QD=62.998;RBI=0.0580203;REFB=0;REVB=0.00252812;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013686;OID=.;OPOS=6891704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr11 6898663 . G A 538.45 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00585947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.898;QD=59.828;RBI=0.0337499;REFB=0;REVB=0.0332373;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108159;OID=.;OPOS=6898663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr11 6913244 . A G 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.581;QD=58.1381;RBI=0.0497249;REFB=0;REVB=0.00762861;RO=0;SAF=7;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042746;OID=.;OPOS=6913244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:25:7:0:0:25:7:0:0 chr11 6942476 . C A 194.08 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0497425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.528;QD=24.2605;RBI=0.0720228;REFB=-0.0330487;REVB=-0.0520862;RO=13;SAF=12;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235442;STB=0.63144;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0210587;OID=.;OPOS=6942476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:7:12:4:9:7:12:4:9 chr11 6942695 . C T 307.3 PASS AF=0.366337;AO=37;DP=105;FAO=37;FDP=101;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0166147;FXX=0.0471654;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.564;QD=12.1702;RBI=0.0181303;REFB=-0.0079809;REVB=0.00725675;RO=63;SAF=23;SAR=14;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179096;STB=0.607489;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00938287;OID=.;OPOS=6942695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:101:63:64:37:37:0.366337:14:23:29:34:14:23:29:35 chr11 6942726 . G C 436.17 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.0710202;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.2553;QD=21.2765;RBI=0.0716975;REFB=-0.0103475;REVB=0.00983124;RO=39;SAF=13;SAR=30;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258972;STB=0.643554;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00459798;OID=.;OPOS=6942726;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:30:13:23:16:30:13:23:16 chr11 6953858 . A G 152.15 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0410284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1209;QD=30.4289;RBI=0.0433492;REFB=0.0250689;REVB=0.0139938;RO=5;SAF=3;SAR=12;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127659;STB=0.571326;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.00251006;OID=.;OPOS=6953858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:12:3:2:3:12:3:2:3 chr11 6976988 . A T 124.78 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.000873741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.252;QD=17.8253;RBI=0.0238321;REFB=-0.00697522;REVB=-0.0238161;RO=14;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732887;STB=0.542107;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00216404;OID=.;OPOS=6976988;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:4:10:9:5:4:10:9:5 chr11 6976996 . C T 178.95 PASS AF=0.580645;AO=16;DP=30;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0125355;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.452;QD=23.09;RBI=0.0125494;REFB=-0.0298125;REVB=-0.000589994;RO=13;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00810966;STB=0.523783;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0224999;OID=.;OPOS=6976996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:13:13:16:18:0.580645:6:10:8:5:6:12:8:5 chr11 7022159 . CA C,CG 1039.83 PASS AF=0.0140845,0.985915;AO=12,59;DP=72;FAO=1,70;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=1,29;FSAR=0,41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598479,0.0210933;FXX=0.013887;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.836,150.976;QD=58.5822;RBI=0.0698154,0.0547949;REFB=0,0;REVB=0.0359503,0.0505723;RO=0;SAF=1,29;SAR=11,30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.23983e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0817457,0.00184595;OID=.,.;OPOS=7022160,7022160;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0140845,0.985915:12,59:72:1,70:71:0:1,29:0,41:0:0:3:0:1,29:11,30:0:0 chr11 7022531 . A T 1264.6 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.803;QD=61.6876;RBI=0.0182128;REFB=0;REVB=0.0105493;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79639e-05;OID=.;OPOS=7022531;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:44:38:0:0:44:38:0:0 chr11 7022717 . T C 1043.63 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00260778;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.748;QD=59.6357;RBI=0.027106;REFB=0;REVB=0.0269803;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165401;OID=.;OPOS=7022717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:43:27:0:0:43:27:0:0 chr11 7059960 . A C 770.62 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0227592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.016;QD=55.0443;RBI=0.0227705;REFB=0.0562261;REVB=-0.000717497;RO=1;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132799;STB=0.50704;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.000493241;OID=.;OPOS=7059960;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:35:20:0:1:35:20:0:1 chr11 7063755 . C T 1220.34 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00775853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.203;QD=61.0168;RBI=0.014266;REFB=0;REVB=0.0119717;RO=0;SAF=46;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96447e-05;OID=.;OPOS=7063755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:33:46:0:0:33:47:0:0 chr11 7071027 . G A 143.39 PASS AF=0.294118;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.0527828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2992;QD=8.43451;RBI=0.0548639;REFB=0.0055495;REVB=-0.0149675;RO=46;SAF=10;SAR=10;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514691;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.0143484;OID=.;OPOS=7071027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:46:48:20:20:0.294118:10:10:23:23:10:10:25:23 chr11 7071031 . G A 913.14 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8874;QD=57.9769;RBI=0.0600251;REFB=0;REVB=-0.0330366;RO=0;SAF=30;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362283;OID=.;OPOS=7071031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:32:30:0:0:32:31:0:0 chr11 7079038 . G A 2326.87 PASS AF=1;AO=152;DP=152;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179457;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.05;QD=60.4383;RBI=0.0184614;REFB=0;REVB=-0.00433284;RO=0;SAF=65;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77834e-05;OID=.;OPOS=7079038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:152:154:0:0:152:154:1:87:65:0:0:88:66:0:0 chr11 7110363 . G A 1642.31 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.739;QD=60.2681;RBI=0.0192855;REFB=0;REVB=0.00833769;RO=0;SAF=51;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46238e-05;OID=.;OPOS=7110363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:57:51:0:0:57:52:0:0 chr11 7324475 . T C 521.52 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.388;QD=59.602;RBI=0.105063;REFB=0;REVB=-0.00298064;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307474;OID=.;OPOS=7324475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:35:0:0:31:35:1:20:11:0:0:20:15:0:0 chr11 7439264 . C T 408.94 PASS AF=0.461538;AO=42;DP=91;FAO=42;FDP=91;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0168928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.731;QD=17.9753;RBI=0.017379;REFB=0.0120847;REVB=0.00408185;RO=48;SAF=23;SAR=19;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0257442;STB=0.509221;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=-0.0120681;OID=.;OPOS=7439264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:48:49:42:42:0.461538:19:23:25:23:19:23:26:23 chr11 7441737 . T C 340.31 PASS AF=0.358333;AO=42;DP=121;FAO=43;FDP=120;FR=.;FRO=77;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=41;FWDB=0.0170992;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3327;QD=11.3438;RBI=0.0172839;REFB=-0.00545372;REVB=0.00251992;RO=76;SAF=23;SAR=19;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830262;STB=0.558113;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00665726;OID=.;OPOS=7441737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:120:76:77:42:43:0.358333:19:23:36:40:19:24:36:41 chr11 7488666 . C G 206.59 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.00819441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.864;QD=11.018;RBI=0.0229791;REFB=-0.0130037;REVB=-0.0214683;RO=46;SAF=16;SAR=10;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434994;STB=0.502163;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0189901;OID=.;OPOS=7488666;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:46:49:26:26:0.346667:10:16:30:16:10:16:30:19 chr11 7488872 . C T 883.71 PASS AF=0.54717;AO=86;DP=158;FAO=87;FDP=159;FR=.;FRO=72;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=22;FSRR=50;FWDB=0.00845127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8164;QD=22.2316;RBI=0.0341447;REFB=-0.0192473;REVB=0.0330823;RO=71;SAF=39;SAR=47;SRF=21;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133886;STB=0.566207;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0262775;OID=.;OPOS=7488872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:159:71:72:86:87:0.54717:47:39:21:50:48:39:22:50 chr11 7488927 . A C 866.69 PASS AF=0.544304;AO=82;DP=155;FAO=86;FDP=158;FR=.;FRO=72;FSAF=39;FSAR=47;FSRF=28;FSRR=44;FWDB=0.0376555;FXX=0.00628891;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.577;QD=21.9417;RBI=0.0503126;REFB=-0.0543029;REVB=0.0333679;RO=72;SAF=37;SAR=45;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0419625;STB=0.529853;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0469883;OID=.;OPOS=7488927;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:158:72:72:82:86:0.544304:45:37:29:43:47:39:28:44 chr11 7489819 . A C 257.75 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0385456;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.297;QD=19.8266;RBI=0.0538312;REFB=-0.0166751;REVB=0.037577;RO=24;SAF=9;SAR=18;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113324;STB=0.575285;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.011677;OID=.;OPOS=7489819;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:25:27:27:0.519231:18:9:11:13:18:9:12:13 chr11 7619518 . T C 1862.27 PASS AF=1;AO=121;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00807868;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.602;QD=61.5628;RBI=0.00972915;REFB=0;REVB=0.00542139;RO=0;SAF=73;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.99806e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.17751e-07;OID=.;OPOS=7619518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:121:0:0:121:121:1:48:73:0:0:48:73:0:0 chr11 7619549 . G A 251.59 PASS AF=0.326316;AO=30;DP=95;FAO=31;FDP=95;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=-0.0707921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6724;QD=10.5932;RBI=0.0710425;REFB=-0.0150817;REVB=-0.00595877;RO=62;SAF=12;SAR=18;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242661;STB=0.656817;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.026506;OID=.;OPOS=7619549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:62:64:30:31:0.326316:18:12:38:24:19:12:40:24 chr11 7662732 . C T 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0161882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.257;QD=12.7913;RBI=0.0251802;REFB=-0.028235;REVB=0.0192869;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12178;STB=0.558056;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0273979;OID=.;OPOS=7662732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:23:14:14:0.378378:8:6:12:10:8:6:12:11 chr11 7670440 . A G 1595.68 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2823;QD=63.8274;RBI=0.026443;REFB=0;REVB=0.0242014;RO=0;SAF=53;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105995;OID=.;OPOS=7670440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:100:0:0:97:100:1:44:53:0:0:46:54:0:0 chr11 7673015 . G A 675.24 PASS AF=0.580357;AO=63;DP=110;FAO=65;FDP=112;FR=.;FRO=47;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.000481848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.972;QD=24.1158;RBI=0.0194154;REFB=-0.0245141;REVB=0.0194094;RO=46;SAF=21;SAR=42;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137385;STB=0.584561;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0192445;OID=.;OPOS=7673015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:46:47:63:65:0.580357:42:21:23:23:44:21:24:23 chr11 7686602 . G GTGTT,T 519.16 PASS AF=0.944444,0.0555556;AO=33,2;DP=36;FAO=34,2;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15,2;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.035197,0.00821069;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=4,1;MLLD=242.774,59.1808;QD=57.684;RBI=0.0387818,0.0292705;REFB=0,0;REVB=-0.0162851,-0.0280954;RO=0;SAF=15,2;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.64315e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000610815,0.0309637;OID=.,.;OPOS=7686603,7686602;OREF=-,G;OALT=TGTT,T;OMAPALT=GTGTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:36:36:0:0:33,2:34,2:0.944444,0.0555556:18,0:15,2:0:0:19,0:15,2:0:0 chr11 7686674 . T C 923.5 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0110636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8285;QD=56.8306;RBI=0.0111197;REFB=-0.0711544;REVB=0.00111543;RO=1;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154834;STB=0.508194;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000833732;OID=.;OPOS=7686674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:30:34:0:1:30:34:0:1 chr11 7687146 . G A 165.05 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.00720778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.411;QD=14.0466;RBI=0.0155213;REFB=-0.000913395;REVB=0.0137462;RO=29;SAF=7;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275788;STB=0.516031;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00124332;OID=.;OPOS=7687146;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:11:7:12:17:11:7:12:17 chr11 7687715 . T C 1368.62 PASS AF=0.978022;AO=89;DP=91;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.019333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.831;QD=60.1591;RBI=0.0332238;REFB=-0.0278753;REVB=0.0270196;RO=2;SAF=42;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220304;STB=0.511625;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.000103802;OID=.;OPOS=7687715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:91:91:2:2:89:89:0.978022:47:42:2:0:47:42:2:0 chr11 7710877 . C T 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.541;QD=58.9622;RBI=0.0394444;REFB=0;REVB=0.0346286;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018685;OID=.;OPOS=7710877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr11 7712471 . C T 1090.38 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0161877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.521;QD=57.3882;RBI=0.0168864;REFB=-0.0166349;REVB=0.00480736;RO=1;SAF=27;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00996047;STB=0.510414;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=1.72377e-05;OID=.;OPOS=7712471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:1:2:74:74:0.973684:47:27:0:1:47:27:0:2 chr11 7716855 . T A 2367.56 PASS AF=0.987421;AO=157;DP=159;FAO=157;FDP=159;FR=.;FRO=2;FSAF=115;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0141209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1649;QD=59.5613;RBI=0.0446013;REFB=-0.00774675;REVB=-0.0423069;RO=2;SAF=115;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00820216;STB=0.50431;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.000256785;OID=.;OPOS=7716855;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:159:159:2:2:157:157:0.987421:42:115:2:0:42:115:2:0 chr11 7717209 . AA TT 106.1 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241499;FXX=0.0908265;HRUN=25;LEN=2;MLLD=241.828;QD=42.4395;RBI=0.0241499;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=10;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000122004;OID=.;OPOS=7717209;OREF=AA;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:10:10:1:0:10:0:0:0:10:0:0 chr11 7717212 . A G 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0173863;FXX=0;HRUN=25;LEN=1;MLLD=229.483;QD=34.6655;RBI=0.0173863;REFB=0.0117388;REVB=0;RO=1;SAF=10;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00130846;OID=.;OPOS=7717212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:0:10:1:0:0:10:1:0 chr11 7717214 . AAA GCC 109.97 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119911;FXX=0.166528;HRUN=25;LEN=3;MLLD=234.885;QD=43.9879;RBI=0.0119911;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=10;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=1.15467e-05;OID=.;OPOS=7717214;OREF=AAA;OALT=GCC;OMAPALT=GCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:12:10:0:0:10:10:1:0:10:0:0:0:10:0:0 chr11 7717219 . A T 184.65 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=21;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.012692;FXX=0;HRUN=25;LEN=1;MLLD=240.387;QD=35.1707;RBI=0.019067;REFB=-0.0506896;REVB=0.0142289;RO=4;SAF=13;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117877;STB=0.565136;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00359195;OID=.;OPOS=7717219;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:21:21:4:4:17:17:0.809524:4:13:2:2:4:13:2:2 chr11 7721870 . G A 2464.99 PASS AF=0.983051;AO=164;DP=177;FAO=174;FDP=177;FR=.;FRO=3;FSAF=80;FSAR=94;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0622505;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.1157;QD=55.7059;RBI=0.128246;REFB=-0.247623;REVB=0.112124;RO=12;SAF=78;SAR=86;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293126;STB=0.503527;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.013773;OID=.;OPOS=7721870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:177:177:12:3:164:174:0.983051:86:78:3:9:94:80:2:1 chr11 7727886 . C T 1077.12 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.778;QD=59.8401;RBI=0.0320632;REFB=0;REVB=0.0124121;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.84938e-05;OID=.;OPOS=7727886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:40:31:0:0:41:31:0:0 chr11 7750310 . C T 533.96 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0133546;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.566;QD=23.2155;RBI=0.0223982;REFB=-0.0280527;REVB=-0.0179814;RO=42;SAF=23;SAR=27;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923611;STB=0.550761;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.023996;OID=.;OPOS=7750310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:42:42:50:50:0.543478:27:23:24:18:27:23:24:18 chr11 7846962 . C T 293.2 PASS AF=0.525424;AO=30;DP=58;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-5.40859e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.216;QD=19.8782;RBI=0.00194989;REFB=-0.00724647;REVB=0.00194914;RO=27;SAF=5;SAR=25;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212049;STB=0.617911;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00872156;OID=.;OPOS=7846962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:27:28:30:31:0.525424:25:5:9:18:26:5:9:19 chr11 7847208 . T C 766.41 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0073588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.393;QD=63.8672;RBI=0.0398356;REFB=0;REVB=-0.03915;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190959;OID=.;OPOS=7847208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:30:18:0:0:30:18:0:0 chr11 7847465 . CA C,CG 118.62 PASS AF=0.181818,0.818182;AO=4,8;DP=13;FAO=2,9;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1,4;FSAR=1,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0907692,0.110593;FXX=0.0832639;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=155.773,170.99;QD=43.1355;RBI=0.102345,0.119028;REFB=0,0;REVB=-0.0472814,-0.0440107;RO=0;SAF=3,2;SAR=1,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.86674e-08,-5.58669e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0168763,0.0126659;OID=.,.;OPOS=7847466,7847466;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.181818,0.818182:4,8:13:2,9:11:0:1,4:1,5:0:0:9:0:3,2:1,6:0:0 chr11 7847472 . C T 119.38 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0813354;FXX=0.0832639;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.493;QD=43.41;RBI=0.0833979;REFB=0;REVB=-0.0184326;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0010381;OID=.;OPOS=7847472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr11 7871011 . A G 1901.8 PASS AF=1;AO=102;DP=127;FAO=126;FDP=126;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=66;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00739865;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9086;QD=60.3745;RBI=0.0157424;REFB=0;REVB=0.0138954;RO=0;SAF=57;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.87995e-05;OID=.;OPOS=7871011;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:126:0:0:102:126:1:45:57:0:0:60:66:0:0 chr11 7871012 . T G 77.23 PASS AF=0.132812;AO=17;DP=128;FAO=17;FDP=128;FR=.;FRO=111;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=65;FSRR=46;FWDB=0.000700023;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=73.7358;QD=2.41352;RBI=0.0654966;REFB=-0.00633924;REVB=0.0654929;RO=111;SAF=2;SAR=15;SRF=65;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.569463;STB=0.891305;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0104752;OID=.;OPOS=7871012;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:128:128:111:111:17:17:0.132812:15:2:65:46:15:2:65:46 chr11 7949350 . A G 2286.48 PASS AF=1;AO=146;DP=148;FAO=150;FDP=150;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00600748;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.266;QD=60.9729;RBI=0.00649731;REFB=0;REVB=-0.00247492;RO=0;SAF=77;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.96699e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.3998e-05;OID=.;OPOS=7949350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:148:150:0:0:146:150:1:69:77:0:0:71:79:0:0 chr11 7949791 . A C 52.24 PASS AF=0.285714;AO=5;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.000954003;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=32.9946;QD=7.46335;RBI=0.0706058;REFB=-0.0433085;REVB=0.0705993;RO=15;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.555549;STB=0.707485;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0403734;OID=.;OPOS=7949791;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:28:28:15:19:5:8:0.285714:1:4:4:11:3:5:6:13 chr11 7949860 . G A 84.33 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00428075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.089;QD=10.5414;RBI=0.0224936;REFB=-0.0154832;REVB=-0.0220825;RO=21;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126689;STB=0.576329;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0370526;OID=.;OPOS=7949860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:4:7:11:10:4:7:11:10 chr11 7950024 . A G 289.16 PASS AF=0.604651;AO=25;DP=42;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0148699;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.7227;QD=26.8986;RBI=0.0417314;REFB=-0.0169385;REVB=-0.0389923;RO=17;SAF=14;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150531;STB=0.572898;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0109148;OID=.;OPOS=7950024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:17:17:25:26:0.604651:11:14:6:11:12:14:6:11 chr11 7961130 . C T 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0167145;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.856;QD=21.5109;RBI=0.0218947;REFB=-0.00861293;REVB=0.0141423;RO=19;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00212294;STB=0.501192;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00697748;OID=.;OPOS=7961130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:11:10:9:10:11:10:9:10 chr11 8014479 . C T 64.55 PASS AF=0.375;AO=8;DP=23;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00965972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.985;QD=10.7585;RBI=0.0278279;REFB=-0.00932001;REVB=0.0260976;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354635;STB=0.513987;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0153587;OID=.;OPOS=8014479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:23:24:15:15:8:9:0.375:4:4:8:7:4:5:8:7 chr11 8061231 . G A 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0245418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.167;QD=18.638;RBI=0.02679;REFB=-0.0191997;REVB=0.0107428;RO=16;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658609;STB=0.537338;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0169088;OID=.;OPOS=8061231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:11:5:4:12:11:5:4:12 chr11 8115699 . T C 464.98 PASS AF=0.592105;AO=43;DP=76;FAO=45;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0673548;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.733;QD=24.4728;RBI=0.0704559;REFB=-0.0666775;REVB=0.0206729;RO=30;SAF=23;SAR=20;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240024;STB=0.510381;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0346804;OID=.;OPOS=8115699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:30:31:43:45:0.592105:20:23:17:13:20:25:18:13 chr11 8123499 . G A 318.79 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=29;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0105713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.302;QD=23.1844;RBI=0.0109207;REFB=-0.0148283;REVB=0.00274035;RO=23;SAF=29;SAR=3;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367329;STB=0.707155;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0126481;OID=.;OPOS=8123499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:3:29:15:8:3:29:15:8 chr11 8127495 . T C 486.06 PASS AF=0.481481;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=35;FWDB=0.0239997;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.5962;QD=18.0021;RBI=0.0674481;REFB=0.00317265;REVB=-0.0630338;RO=53;SAF=20;SAR=32;SRF=19;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253358;STB=0.505277;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.00431011;OID=.;OPOS=8127495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:53:56:52:52:0.481481:32:20:19:34:32:20:21:35 chr11 8159892 . G T 437.73 PASS AF=0.375;AO=51;DP=136;FAO=51;FDP=136;FR=.;FRO=85;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=52;FSRR=33;FWDB=-0.0123125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.403;QD=12.8744;RBI=0.0226308;REFB=-0.0178788;REVB=-0.0189882;RO=85;SAF=20;SAR=31;SRF=52;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238825;STB=0.635483;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0438817;OID=.;OPOS=8159892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:85:85:51:51:0.375:31:20:52:33:31:20:52:33 chr11 8174966 . G A 106.5 PASS AF=0.235294;AO=16;DP=69;FAO=16;FDP=68;FR=.;FRO=52;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=-0.0237248;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.319;QD=6.26481;RBI=0.0261686;REFB=-0.00454852;REVB=-0.0110422;RO=50;SAF=6;SAR=10;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293546;STB=0.678358;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.021152;OID=.;OPOS=8174966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:50:52:16:16:0.235294:10:6:31:19:10:6:32:20 chr11 8251921 . G C 434.02 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0170594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.296;QD=16.3782;RBI=0.0206608;REFB=-0.0411692;REVB=-0.0116554;RO=58;SAF=25;SAR=23;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054143;STB=0.530231;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0425764;OID=.;OPOS=8251921;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:58:58:48:48:0.45283:23:25:27:31:23:25:27:31 chr11 8284860 . G T 97.63 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0322492;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.132;QD=13.4664;RBI=0.0368414;REFB=-0.022527;REVB=0.0178122;RO=17;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147429;STB=0.6205;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0797484;OID=.;OPOS=8284860;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:29:17:17:12:12:0.413793:6:6:11:6:6:6:12:5 chr11 8435077 . CA TC 802.97 PASS AF=0.613445;AO=73;DP=122;FAO=73;FDP=119;FR=.;FRO=46;FSAF=27;FSAR=46;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0186985;FXX=0.0245881;HRUN=1;LEN=2;MLLD=139.601;QD=26.9906;RBI=0.0210673;REFB=-0.0222814;REVB=-0.00970536;RO=46;SAF=27;SAR=46;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0808396;STB=0.543907;STBP=0.281;TYPE=mnp;VARB=0.0151133;OID=.;OPOS=8435077;OREF=CA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:119:46:46:73:73:0.613445:46:27:22:24:46:27:22:24 chr11 8486310 . C A 471.77 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=89;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0117954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.591;QD=20.9675;RBI=0.0135637;REFB=-0.0341513;REVB=0.00669659;RO=42;SAF=21;SAR=25;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582563;STB=0.543459;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.037605;OID=.;OPOS=8486310;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:42:44:46:46:0.511111:25:21:22:20:25:21:24:20 chr11 8646441 . GGC G,GG 174.19 PASS AF=0,0.756098;AO=5,12;DP=42;FAO=0,31;FDP=41;FR=.;FRO=10;FSAF=0,18;FSAR=0,13;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0305987,0.266946;FXX=0.0465008;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=12.8691,10.9476;QD=16.9945;RBI=0.135032,0.287516;REFB=0.00135884,-0.189181;REVB=-0.13152,0.106796;RO=19;SAF=2,8;SAR=3,4;SRF=15;SRR=4;SSEN=0.286088,0;SSEP=0,0.428571;SSSB=-0.443446,-0.15385;STB=0.5,0.53016;STBP=1,0.527;TYPE=del,del;VARB=0.0144889,0.128043;OID=.,.;OPOS=8646442,8646443;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.756098:5,12:42:0,31:41:10:0,18:0,13:7:3:21:19:2,8:3,4:15:4 chr11 8646670 . T G 358.83 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0188579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.189;QD=25.181;RBI=0.0940578;REFB=-0.0144588;REVB=-0.092148;RO=22;SAF=12;SAR=23;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149675;STB=0.58223;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00764125;OID=.;OPOS=8646670;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:22:35:35:0.614035:23:12:12:10:23:12:12:10 chr11 8646763 . G C 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.000383559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.034;QD=20.7535;RBI=0.0187833;REFB=-0.0229073;REVB=0.0187794;RO=12;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27002;STB=0.653837;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0242271;OID=.;OPOS=8646763;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:11:4:7:5:11:4:7:5 chr11 8693405 . G A 735.73 PASS AF=0.693182;AO=61;DP=88;FAO=61;FDP=88;FR=.;FRO=27;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00880946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.476;QD=33.4422;RBI=0.0185667;REFB=-0.0183103;REVB=-0.0163436;RO=27;SAF=33;SAR=28;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759766;STB=0.54097;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00804671;OID=.;OPOS=8693405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:27:27:61:61:0.693182:28:33:11:16:28:33:11:16 chr11 8788168 . A T 785.17 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.694;QD=57.1031;RBI=0.0201247;REFB=0;REVB=0.00984942;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.85789e-05;OID=.;OPOS=8788168;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:20:35:0:0:20:35:0:0 chr11 8788225 . A C 742.25 PASS AF=1;AO=36;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.226;QD=63.1702;RBI=0.0554886;REFB=0;REVB=0.0259027;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00682954;OID=.;OPOS=8788225;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:36:47:1:18:18:0:0:22:25:0:0 chr11 8866808 . C G 303.23 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0170698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3525;QD=25.8068;RBI=0.0250036;REFB=-0.0112718;REVB=0.0182703;RO=19;SAF=18;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.071558;STB=0.531226;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00567569;OID=.;OPOS=8866808;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:20:27:27:0.574468:9:18:11:8:9:18:12:8 chr11 8938934 . C T 421.09 PASS AF=0.672414;AO=39;DP=58;FAO=39;FDP=58;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0614253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3315;QD=29.0408;RBI=0.0618817;REFB=-0.0478936;REVB=0.00750165;RO=19;SAF=19;SAR=20;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023564;STB=0.512814;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0224055;OID=.;OPOS=8938934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:19:19:39:39:0.672414:20:19:10:9:20:19:10:9 chr11 8942942 . C T 1033.5 PASS AF=0.635714;AO=89;DP=141;FAO=89;FDP=140;FR=.;FRO=51;FSAF=33;FSAR=56;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.00588472;FXX=0.0070917;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.237;QD=29.5286;RBI=0.00929002;REFB=-0.0196939;REVB=0.0071885;RO=50;SAF=33;SAR=56;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0347611;STB=0.523359;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.00910997;OID=.;OPOS=8942942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:140:50:51:89:89:0.635714:56:33:21:29:56:33:22:29 chr11 8942999 . G A 2216.28 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.867;QD=63.3224;RBI=0.0519609;REFB=0;REVB=-0.0150188;RO=0;SAF=48;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.88596e-05;OID=.;OPOS=8942999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:140:0:0:138:140:1:90:48:0:0:90:50:0:0 chr11 8947021 . A G 344.46 PASS AF=1;AO=15;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.233714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7314;QD=55.1142;RBI=0.260278;REFB=0;REVB=-0.114554;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00317266;OID=.;OPOS=8947021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:15:25:1:9:6:0:0:9:16:0:0 chr11 8947179 . G A 390.0 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=71;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00650805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.823;QD=21.6665;RBI=0.00655455;REFB=-0.027467;REVB=0.000779411;RO=31;SAF=14;SAR=25;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787636;STB=0.560506;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0202937;OID=.;OPOS=8947179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:31:33:39:39:0.541667:25:14:14:17:25:14:16:17 chr11 8947283 . G C 205.52 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0514809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.1016;QD=11.1094;RBI=0.0539044;REFB=-0.0302962;REVB=0.0159814;RO=47;SAF=12;SAR=14;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310136;STB=0.524981;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0555546;OID=.;OPOS=8947283;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:48:26:26:0.351351:14:12:23:24:14:12:24:24 chr11 8948680 . A T 131.27 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.029874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2228;QD=8.89973;RBI=0.0387857;REFB=-0.00251088;REVB=-0.0247362;RO=41;SAF=4;SAR=14;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108959;STB=0.565579;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00823509;OID=.;OPOS=8948680;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:41:41:18:18:0.305085:14:4:12:29:14:4:12:29 chr11 8959370 . G A 799.18 PASS AF=0.698925;AO=64;DP=92;FAO=65;FDP=93;FR=.;FRO=28;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.00470557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.323;QD=34.3732;RBI=0.0108682;REFB=-0.019756;REVB=0.00979674;RO=28;SAF=38;SAR=26;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716652;STB=0.540734;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00799906;OID=.;OPOS=8959370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:28:28:64:65:0.698925:26:38:20:8:27:38:20:8 chr11 8959511 . T G 500.65 PASS AF=0.823529;AO=39;DP=50;FAO=42;FDP=51;FR=.;FRO=9;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0307402;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.332;QD=39.2663;RBI=0.0317361;REFB=-0.168466;REVB=0.00788793;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.533566;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00688874;OID=.;OPOS=8959511;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:50:51:0:9:39:42:0.823529:18:21:0:0:20:22:3:6 chr11 8959545 . C A 177.49 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=0.00872181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.9681;QD=14.489;RBI=0.0450051;REFB=-0.00547211;REVB=-0.0441519;RO=30;SAF=2;SAR=17;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.638313;STB=0.873408;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00602686;OID=.;OPOS=8959545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:17:2:20:10:17:2:20:10 chr11 9005036 . T A 1320.34 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.043;QD=62.1337;RBI=0.0250754;REFB=0;REVB=0.000213005;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21363e-05;OID=.;OPOS=9005036;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:46:38:0:0:46:39:0:0 chr11 9009175 . A G 123.45 PASS AF=0.538462;AO=13;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0590707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9303;QD=18.9928;RBI=0.0608735;REFB=0.0175324;REVB=-0.0147049;RO=10;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696635;STB=0.555479;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.00939296;OID=.;OPOS=9009175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:10:12:13:14:0.538462:8:5:3:7:9:5:3:9 chr11 9045960 . T A 928.41 PASS AF=0.583333;AO=82;DP=143;FAO=84;FDP=144;FR=.;FRO=60;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0252738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.267;QD=25.7892;RBI=0.0252837;REFB=-0.0201559;REVB=0.000706665;RO=59;SAF=36;SAR=46;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066836;STB=0.53195;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0155816;OID=.;OPOS=9045960;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:59:60:82:84:0.583333:46:36:31:28:47:37:31:29 chr11 9052423 . A C 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.067;QD=64.4144;RBI=0.131287;REFB=0;REVB=0.0302077;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451318;OID=.;OPOS=9052423;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:33:17:0:0:33:17:0:0 chr11 9069046 . G A 533.26 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0266822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.409;QD=23.1853;RBI=0.0276226;REFB=-0.0293141;REVB=0.00714601;RO=41;SAF=22;SAR=28;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595719;STB=0.527596;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0196116;OID=.;OPOS=9069046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:41:42:50:50:0.543478:28:22:21:20:28:22:21:21 chr11 9316937 . G A 852.89 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0588203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.271;QD=56.8593;RBI=0.0747244;REFB=0;REVB=0.046086;RO=0;SAF=15;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000864527;OID=.;OPOS=9316937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:60:0:0:56:60:1:41:15:0:0:44:16:0:0 chr11 9406349 . T C 1568.95 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.49;QD=59.2058;RBI=0.0506475;REFB=0;REVB=0.0147102;RO=0;SAF=31;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50672e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.20374e-05;OID=.;OPOS=9406349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:75:31:0:0:75:31:0:0 chr11 9537904 . G C 256.55 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00106069;FXX=0.0212721;HRUN=4;LEN=1;MLLD=156.356;QD=22.3086;RBI=0.0200364;REFB=-0.00516771;REVB=0.0200083;RO=22;SAF=10;SAR=14;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18642;STB=0.60423;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00307308;OID=.;OPOS=9537904;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:22:22:24:24:0.521739:14:10:14:8:14:10:14:8 chr11 9602477 . A G 201.98 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0213129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.068;QD=21.2606;RBI=0.0271339;REFB=-0.0142717;REVB=-0.0167931;RO=18;SAF=16;SAR=4;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0950562;STB=0.553789;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0142013;OID=.;OPOS=9602477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:4:16:13:5:4:16:13:5 chr11 9607032 . A G 618.65 PASS AF=0.554545;AO=61;DP=109;FAO=61;FDP=110;FR=.;FRO=49;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0117515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4437;QD=22.4965;RBI=0.0682307;REFB=-0.0139691;REVB=-0.0672111;RO=48;SAF=39;SAR=22;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117017;STB=0.560255;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00930092;OID=.;OPOS=9607032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:48:49:61:61:0.554545:22:39:24:24:22:39:25:24 chr11 9769483 . C T 871.44 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00446234;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2602;QD=58.096;RBI=0.0228347;REFB=0;REVB=-0.0223944;RO=0;SAF=16;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6631e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010268;OID=.;OPOS=9769483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:44:16:0:0:44:16:0:0 chr11 9771886 . TCAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACA TCAAAACAAAACAAAAACAAAACA,TCAAAACAAAACAAAACAAAAC,TCAAAACAAAACAAAACAAAACA 202.2 PASS AF=0.0588235,0.0588235,0.882353;AO=2,2,7;DP=18;FAO=1,1,15;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,7;FSAR=1,0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00184724,0.00622121,0.00538689;FXX=0.0555247;HRUN=1,4,4;LEN=4,6,5;MLLD=152.76,155.161,164.46;QD=47.5759;RBI=0.0165717,0.0189275,0.0201766;REFB=0,0,0;REVB=0.0164684,0.0178758,0.0194442;RO=0;SAF=1,1,2;SAR=1,1,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-3.27427e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=-0.0791273,-0.0226068,0.00398065;OID=.,.,.;OPOS=9771899,9771908,9771887;OREF=AAAC,AAAACA,CAAAA;OALT=-,-,-;OMAPALT=TCAAAACAAAACAAAAACAAAACA,TCAAAACAAAACAAAACAAAAC,TCAAAACAAAACAAAACAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0588235,0.0588235,0.882353:2,2,7:18:1,1,15:17:0:0,1,7:1,0,8:0:0:6:0:1,1,2:1,1,5:0:0 chr11 9800601 . G A 632.06 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.124;QD=61.6642;RBI=0.0369694;REFB=0;REVB=-0.010312;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58568e-05;OID=.;OPOS=9800601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:18:22:0:0:18:23:0:0 chr11 9800821 . T C 687.27 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000911048;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3636;QD=61.0904;RBI=0.0378443;REFB=-0.0959861;REVB=0.0378334;RO=1;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028453;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158504;OID=.;OPOS=9800821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:46:45:1:0:44:45:1:16:28:0:1:17:28:0:0 chr11 9853777 . G C 188.63 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.00861968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8269;QD=14.2365;RBI=0.00862976;REFB=-0.00455628;REVB=-0.000416916;RO=31;SAF=10;SAR=12;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0629699;STB=0.53605;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00798846;OID=.;OPOS=9853777;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:12:10:16:15:12:10:16:15 chr11 10328747 . T TC 586.36 PASS AF=1;AO=48;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00146102;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.6683;QD=30.4605;RBI=0.139262;REFB=0.0172213;REVB=-0.139254;RO=21;SAF=32;SAR=16;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00375501;OID=.;OPOS=10328748;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:77:77:77:0:48:29:0:0:9:21:32:16:14:7 chr11 10521764 . T C 1105.83 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00319889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.433;QD=59.7747;RBI=0.0282185;REFB=0;REVB=0.0280366;RO=1;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119732;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20492e-05;OID=.;OPOS=10521764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:1:0:72:74:1:39:33:0:1:40:34:0:0 chr11 10530491 . G A 203.08 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.00235259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.241;QD=12.3076;RBI=0.0200659;REFB=-0.0124286;REVB=0.0199276;RO=39;SAF=18;SAR=7;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0982432;STB=0.545417;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0243055;OID=.;OPOS=10530491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:41:25:25:0.378788:7:18:25:14:7:18:27:14 chr11 10555589 . A G 1550.27 PASS AF=0.989899;AO=96;DP=97;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00729728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0652;QD=62.6372;RBI=0.0093857;REFB=-0.0200447;REVB=-0.00590263;RO=1;SAF=54;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870172;STB=0.504424;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00225322;OID=.;OPOS=10555589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:99:1:1:96:98:0.989899:42:54:1:0:42:56:1:0 chr11 10597081 . G A 454.54 PASS AF=0.421488;AO=51;DP=122;FAO=51;FDP=121;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=0.0105083;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.151;QD=15.026;RBI=0.0182154;REFB=-0.0253241;REVB=-0.0148788;RO=63;SAF=25;SAR=26;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0645998;STB=0.522181;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0305018;OID=.;OPOS=10597081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:121:63:70:51:51:0.421488:26:25:35:28:26:25:37:33 chr11 10597887 . C G 498.45 PASS AF=0.613333;AO=46;DP=75;FAO=46;FDP=75;FR=.;FRO=29;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0202773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.14;QD=26.584;RBI=0.0310559;REFB=-0.0633122;REVB=-0.0235224;RO=28;SAF=29;SAR=17;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172496;STB=0.518168;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0474756;OID=.;OPOS=10597887;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:28:29:46:46:0.613333:17:29:17:11:17:29:17:12 chr11 10647702 . G A 420.26 PASS AF=0.37037;AO=48;DP=134;FAO=50;FDP=135;FR=.;FRO=85;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=48;FSRR=37;FWDB=-0.0170903;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.876;QD=12.4521;RBI=0.0185894;REFB=-0.0162501;REVB=0.00731344;RO=85;SAF=24;SAR=24;SRF=49;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856229;STB=0.55317;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0285477;OID=.;OPOS=10647702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:85:85:48:50:0.37037:24:24:49:36:26:24:48:37 chr11 10650329 . C T 86.02 PASS AF=0.3;AO=11;DP=39;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00278405;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6687;QD=8.60153;RBI=0.0363947;REFB=0.000585527;REVB=-0.036288;RO=27;SAF=5;SAR=6;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158746;STB=0.549917;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00568897;OID=.;OPOS=10650329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:39:40:27:28:11:12:0.3:6:5:16:11:6:6:16:12 chr11 10655609 . C T 1600.39 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1327;QD=59.8276;RBI=0.0401033;REFB=0;REVB=0.00278563;RO=0;SAF=46;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025651;OID=.;OPOS=10655609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:60:46:0:0:61:46:0:0 chr11 10673739 . T C,G 3985.24 PASS AF=0.927481,0.0725191;AO=240,21;DP=261;FAO=243,19;FDP=262;FR=.;FRO=0;FSAF=84,19;FSAR=159,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00720947,-0.0320494;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=201.498,65.8171;QD=60.8434;RBI=0.0158155,0.0331056;REFB=0,0;REVB=0.0140767,-0.00829537;RO=0;SAF=81,21;SAR=159,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000638165,0.0413768;OID=.,.;OPOS=10673739,10673739;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:261:262:0:0:240,21:243,19:0.927481,0.0725191:159,0:81,21:0:0:159,0:84,19:0:0 chr11 10715124 . T C 831.53 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.137;QD=57.347;RBI=0.0336039;REFB=0;REVB=0.0289053;RO=1;SAF=33;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140785;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20927e-05;OID=.;OPOS=10715124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:1:0:57:58:1:24:33:1:0:24:34:0:0 chr11 10786142 . C T 362.94 PASS AF=0.419355;AO=39;DP=93;FAO=39;FDP=93;FR=.;FRO=54;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.00448233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8102;QD=15.6104;RBI=0.024301;REFB=-0.0200765;REVB=-0.023884;RO=54;SAF=29;SAR=10;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293862;STB=0.666979;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0234469;OID=.;OPOS=10786142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:54:54:39:39:0.419355:10:29:26:28:10:29:26:28 chr11 10786175 . C T 572.51 PASS AF=0.548077;AO=57;DP=104;FAO=57;FDP=104;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=15;FWDB=0.00996712;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.3374;QD=22.0196;RBI=0.0100318;REFB=0.0150571;REVB=-0.00113695;RO=47;SAF=27;SAR=30;SRF=32;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169837;STB=0.592933;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.0102388;OID=.;OPOS=10786175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:47:47:57:57:0.548077:30:27:32:15:30:27:32:15 chr11 10822350 . C T 2092.47 PASS AF=0.992593;AO=134;DP=135;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00146413;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.502;QD=61.9991;RBI=0.0269636;REFB=-0.0597574;REVB=0.0269238;RO=0;SAF=65;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503597;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000115715;OID=.;OPOS=10822350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:135:135:0:1:134:134:0.992593:69:65:0:0:69:65:0:1 chr11 10823079 . TA CA,CG 769.73 PASS AF=0.959184,0.0408163;AO=47,2;DP=49;FAO=47,2;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=25,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00516207,0.00240474;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=112.221,123.488;QD=62.8352;RBI=0.0488112,0.00960983;REFB=0,0;REVB=0.0485375,0.00930409;RO=0;SAF=22,0;SAR=25,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00119553,-0.0248152;OID=.,.;OPOS=10823079,10823079;OREF=T,TA;OALT=C,CG;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:49:49:0:0:47,2:47,2:0.959184,0.0408163:25,2:22,0:0:0:25,2:22,0:0:0 chr11 10828361 . C A 991.15 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0545887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0224;QD=56.6369;RBI=0.0638601;REFB=0.0962958;REVB=-0.0331388;RO=1;SAF=31;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126038;STB=0.506665;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.00125133;OID=.;OPOS=10828361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:1:1:68:69:0.985714:37:31:0:1:37:32:0:1 chr11 11292700 . G C 1490.59 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00518013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.607;QD=63.4296;RBI=0.0402974;REFB=0;REVB=0.0399631;RO=0;SAF=52;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110372;OID=.;OPOS=11292700;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:42:52:0:0:42:52:0:0 chr11 11354346 . T C 531.74 PASS AF=0.64;AO=48;DP=75;FAO=48;FDP=75;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.000720091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.229;QD=28.3596;RBI=0.0199569;REFB=-0.0242529;REVB=0.0199439;RO=27;SAF=24;SAR=24;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110439;STB=0.559975;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0141764;OID=.;OPOS=11354346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:27:27:48:48:0.64:24:24:18:9:24:24:18:9 chr11 11373508 . T C 668.86 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3551;QD=60.8053;RBI=0.0816106;REFB=0;REVB=0.0761044;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220691;OID=.;OPOS=11373508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:42:44:1:23:19:0:0:24:20:0:0 chr11 11373587 . A G 1422.31 PASS AF=0.989583;AO=54;DP=94;FAO=95;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0673452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.563;QD=59.263;RBI=0.0843783;REFB=0;REVB=0.0508362;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000736373;OID=.;OPOS=11373587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:96:0:0:54:95:0.989583:31:23:0:0:52:43:0:0 chr11 11373635 . C T 1652.78 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4819;QD=60.1011;RBI=0.0349597;REFB=0;REVB=0.0317494;RO=0;SAF=49;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015013;OID=.;OPOS=11373635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:61:49:0:0:61:49:0:0 chr11 11373808 . T G 1540.92 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.921;QD=59.8417;RBI=0.0468951;REFB=0;REVB=-0.0427398;RO=0;SAF=49;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.30882e-05;OID=.;OPOS=11373808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:53:49:0:0:53:50:0:0 chr11 11373925 . A C 946.01 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0316063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3579;QD=55.6478;RBI=0.036932;REFB=0.00401101;REVB=-0.0191053;RO=2;SAF=38;SAR=28;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00430369;STB=0.508769;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00106847;OID=.;OPOS=11373925;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:68:68:2:1:66:67:0.985294:28:38:1:1:28:39:0:1 chr11 11373960 . C T 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.485;QD=60.0307;RBI=0.0156519;REFB=0;REVB=0.00615851;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.96592e-05;OID=.;OPOS=11373960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:32:40:0:0:32:40:0:0 chr11 11374016 . T A 1415.87 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.476;QD=62.9275;RBI=0.0325169;REFB=0;REVB=-0.0043762;RO=0;SAF=40;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60505e-05;OID=.;OPOS=11374016;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:90:0:0:89:90:1:49:40:0:0:49:41:0:0 chr11 11374283 . T G 2754.62 PASS AF=0.972973;AO=179;DP=185;FAO=180;FDP=185;FR=.;FRO=5;FSAF=106;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0177985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.301;QD=59.5593;RBI=0.0211224;REFB=-0.0491625;REVB=0.0113742;RO=5;SAF=105;SAR=74;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00992552;STB=0.505261;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.000879265;OID=.;OPOS=11374283;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:185:185:5:5:179:180:0.972973:74:105:2:3:74:106:2:3 chr11 11913585 . G T 1524.91 PASS AF=0.981132;AO=104;DP=106;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00781641;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=302.224;QD=57.5439;RBI=0.0110504;REFB=0.0302372;REVB=-0.00781126;RO=2;SAF=51;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00034436;STB=0.500181;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.000403061;OID=.;OPOS=11913585;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:106:106:2:2:104:104:0.981132:53:51:1:1:53:51:1:1 chr11 11986061 . T C 1185.02 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.44;QD=60.7701;RBI=0.0522276;REFB=0;REVB=-0.0239402;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.6662e-05;OID=.;OPOS=11986061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:37:39:0:0:37:41:0:0 chr11 12246233 . G C 773.97 PASS AF=0.65;AO=65;DP=100;FAO=65;FDP=100;FR=.;FRO=35;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0284198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8656;QD=30.9589;RBI=0.0466488;REFB=-0.00190684;REVB=-0.0369923;RO=35;SAF=39;SAR=26;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756694;STB=0.540971;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000663543;OID=.;OPOS=12246233;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:35:35:65:65:0.65:26:39:17:18:26:39:17:18 chr11 12285090 . C T 259.15 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0223851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.344;QD=24.1067;RBI=0.0224114;REFB=-0.00951211;REVB=-0.00108531;RO=19;SAF=16;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161318;STB=0.590087;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00769474;OID=.;OPOS=12285090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:8:16:9:10:8:16:9:10 chr11 12315186 . G A 682.46 PASS AF=0.648352;AO=57;DP=90;FAO=59;FDP=91;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=39;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0287413;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.149;QD=29.9982;RBI=0.0374983;REFB=-0.0304272;REVB=-0.0240844;RO=30;SAF=18;SAR=39;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0623685;STB=0.535703;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0121984;OID=.;OPOS=12315186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:30:32:57:59:0.648352:39:18:7:23:39:20:8:24 chr11 12315407 . G C 306.31 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00812161;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9238;QD=53.271;RBI=0.0188543;REFB=0;REVB=0.0170154;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000235092;OID=.;OPOS=12315407;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr11 12315716 . C T 351.95 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0565803;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.21;QD=50.278;RBI=0.0611173;REFB=0.0132107;REVB=0.0231083;RO=1;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0488217;STB=0.523792;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00031567;OID=.;OPOS=12315716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:28:28:1:1:26:27:0.964286:9:17:0:1:10:17:0:1 chr11 12315848 . C T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0581911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7466;QD=12.3961;RBI=0.0658844;REFB=0.0147079;REVB=-0.0308959;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.471002;STB=0.776909;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.0117941;OID=.;OPOS=12315848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:5:0:3:2:5:0 chr11 12315891 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.989;QD=53.9108;RBI=0.0368473;REFB=0;REVB=0.00835089;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226707;OID=.;OPOS=12315891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chr11 12315915 . A G 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0106784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.546;QD=19.8495;RBI=0.0171473;REFB=-0.0289322;REVB=-0.0134165;RO=13;SAF=8;SAR=7;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197984;STB=0.611511;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0228187;OID=.;OPOS=12315915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:7:8:10:3:7:8:10:3 chr11 12534707 . G A 619.06 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.019721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.046;QD=58.9581;RBI=0.0380287;REFB=-0.0486372;REVB=0.0325156;RO=1;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284198;STB=0.515144;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00155449;OID=.;OPOS=12534707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:16:25:0:1:16:25:0:1 chr11 12903443 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.613;QD=60.6101;RBI=0.0273925;REFB=0;REVB=0.0245886;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.04185e-05;OID=.;OPOS=12903443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:19:19:0:0:19:19:0:0 chr11 13398129 . T A 1714.86 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00385849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.372;QD=60.1705;RBI=0.060929;REFB=0;REVB=0.0608067;RO=0;SAF=58;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10436e-05;OID=.;OPOS=13398129;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:114:0:0:105:114:1:47:58:0:0:53:61:0:0 chr11 13929046 . T A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00686575;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=317.759;QD=44.6898;RBI=0.0146262;REFB=0;REVB=-0.0129146;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.78218e-05;OID=.;OPOS=13929046;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr11 14101493 . G GC 660.23 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0741173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.1065;QD=46.3322;RBI=0.108165;REFB=0;REVB=0.0787794;RO=2;SAF=27;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00116172;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00355431;OID=.;OPOS=14101494;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:56:58:57:57:0:27:30:0:0:12:2:27:29:1:1 chr11 14632570 . A C 680.16 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.419;QD=61.8322;RBI=0.0462019;REFB=0;REVB=0.0165824;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180164;OID=.;OPOS=14632570;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:24:19:0:0:25:19:0:0 chr11 14810762 . A G 1190.07 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00512216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.895;QD=61.0291;RBI=0.00620468;REFB=0;REVB=0.00350165;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48418e-06;OID=.;OPOS=14810762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:78:0:0:76:78:1:40:36:0:0:40:38:0:0 chr11 14825540 . C T 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0186186;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.707;QD=4.30363;RBI=0.0200613;REFB=-0.00959529;REVB=-0.00747009;RO=26;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137902;STB=0.593449;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0352194;OID=.;OPOS=14825540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:3:3:10:16:3:3:10:16 chr11 14913575 . G A 2574.41 PASS AF=0.988235;AO=168;DP=171;FAO=168;FDP=170;FR=.;FRO=2;FSAF=94;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0470826;FXX=0.00584761;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.806;QD=60.5745;RBI=0.0626322;REFB=-0.0665888;REVB=0.041304;RO=2;SAF=94;SAR=74;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126871;STB=0.506666;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.000425758;OID=.;OPOS=14913575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:171:170:2:2:168:168:0.988235:74:94:0:2:74:94:0:2 chr11 14991539 . T C 1552.46 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0228972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3245;QD=62.7258;RBI=0.0475944;REFB=-0.115829;REVB=-0.0417247;RO=1;SAF=55;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109026;STB=0.505746;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00381931;OID=.;OPOS=14991539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:43:55:0:1:43:55:0:1 chr11 15199957 . T C 611.84 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.702;QD=61.1835;RBI=0.0519792;REFB=0;REVB=0.0239275;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116717;OID=.;OPOS=15199957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:22:17:0:0:22:18:0:0 chr11 16077334 . A T 32.36 PASS AF=0.0583942;AO=10;DP=136;FAO=8;FDP=137;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=126;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=72;FSRR=54;FWDB=-0.00716256;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.431;QD=0.944687;RBI=0.0231522;REFB=0.000401674;REVB=-0.0220164;RO=91;SAF=9;SAR=1;SRF=48;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.469972;STB=0.828822;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.00482039;OID=.;OPOS=16077334;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:136:137:91:126:10:8:0.0583942:1:9:48:43:1:7:72:54 chr11 16872822 . C G 261.09 PASS AF=0.364706;AO=31;DP=85;FAO=31;FDP=85;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.0301838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4905;QD=12.2866;RBI=0.0327854;REFB=0.0224049;REVB=-0.0127992;RO=54;SAF=15;SAR=16;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.058655;STB=0.533716;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.021139;OID=.;OPOS=16872822;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:54:54:31:31:0.364706:16:15:29:25:16:15:29:25 chr11 17035718 . A G 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0728729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4983;QD=35.569;RBI=0.0740484;REFB=0;REVB=0.0131418;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153603;OID=.;OPOS=17035718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr11 17110907 . TAA TTG 184.69 PASS AF=0.349206;AO=18;DP=64;FAO=22;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=39;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0471162;FXX=0.0156226;HRUN=4;LEN=2;MLLD=113.139;QD=11.7261;RBI=0.0827876;REFB=-0.00474137;REVB=-0.0680724;RO=34;SAF=5;SAR=13;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200868;STB=0.623731;STBP=0.203;TYPE=mnp;VARB=-0.000881601;OID=.;OPOS=17110908;OREF=AA;OALT=TG;OMAPALT=TTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.349206:18:64:22:63:39:5:17:15:24:99:34:5:13:15:19 chr11 17172133 . T C 335.54 PASS AF=0.386139;AO=39;DP=101;FAO=39;FDP=101;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=0.0249214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.663;QD=13.2888;RBI=0.0252667;REFB=-0.0232404;REVB=0.0041634;RO=61;SAF=23;SAR=16;SRF=37;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187165;STB=0.51476;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0347156;OID=.;OPOS=17172133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:61:62:39:39:0.386139:16:23:37:24:16:23:38:24 chr11 17191019 . A G 238.71 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0216946;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2859;QD=20.3155;RBI=0.0235273;REFB=0.00164445;REVB=-0.00910382;RO=23;SAF=14;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155866;STB=0.598427;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.00646661;OID=.;OPOS=17191019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:23:24:23:23:0.489362:9:14:10:13:9:14:10:14 chr11 17333663 . G A 289.56 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.561;QD=50.3581;RBI=0.0547725;REFB=0;REVB=0.0533453;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00205475;OID=.;OPOS=17333663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:23:23:0:0:22:23:1:16:6:0:0:17:6:0:0 chr11 17339127 . T C 243.93 PASS AF=0.909091;AO=21;DP=23;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00457141;FXX=0.0434594;HRUN=5;LEN=1;MLLD=196.317;QD=44.3501;RBI=0.022801;REFB=-0.11153;REVB=0.022338;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555499;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0017951;OID=.;OPOS=17339127;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:23:22:0:2:21:20:0.909091:9:12:0:0:8:12:0:2 chr11 17351683 . C G 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0804369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.128;QD=12.7389;RBI=0.0806755;REFB=0.00946074;REVB=0.0062001;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38401;STB=0.721775;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.0100607;OID=.;OPOS=17351683;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:1:9:4:4:1:9 chr11 17352467 . CAAAAAAAATTACA CAAAAAAAAATTACA,CAAAAAAAATT,CAAAAAAATTACA 110.81 PASS AF=0.0930233,0.302326,0;AO=5,6,5;DP=43;FAO=4,13,0;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=1,7,0;FSAR=3,6,0;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.245042,0.00554622,-0.264646;FXX=0;HRUN=8,1,8;LEN=1,3,1;MLLD=6.23198,282.077,6.28216;QD=10.3083;RBI=0.254337,0.0193277,0.27389;REFB=-0.0449463,-0.00415083,0.0384545;REVB=-0.0681321,0.0185148,0.0705589;RO=16;SAF=2,4,3;SAR=3,2,2;SRF=6;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0298557,0.320963,0.251248;STB=0.695398,0.551103,0.5;STBP=0.488,0.667,1;TYPE=ins,del,del;VARB=-0.117014,0.0124793,0.0324405;OID=.,.,.;OPOS=17352468,17352478,17352468;OREF=-,ACA,A;OALT=A,-,-;OMAPALT=CAAAAAAAAATTACA,CAAAAAAAATT,CAAAAAAATTACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0930233,0.302326,0:5,6,5:43:4,13,0:43:26:1,7,0:3,6,0:12:14:99:16:2,4,3:3,2,2:6:10 chr11 17408251 . G A 45.86 PASS AF=0.35;AO=6;DP=19;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00087158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.911;QD=9.17142;RBI=0.122005;REFB=-0.00225197;REVB=0.122001;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469701;STB=0.571224;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.00951081;OID=.;OPOS=17408251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:19:20:11:13:6:7:0.35:3:3:6:5:4:3:7:6 chr11 17408404 . C T 260.29 PASS AF=0.360465;AO=31;DP=86;FAO=31;FDP=86;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=42;FWDB=0.00571832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.274;QD=12.1066;RBI=0.0268374;REFB=-0.0221541;REVB=-0.0262211;RO=54;SAF=14;SAR=17;SRF=12;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267287;STB=0.642719;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0231922;OID=.;OPOS=17408404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:54:55:31:31:0.360465:17:14:12:42:17:14:13:42 chr11 17408630 . C T 330.34 PASS AF=0.651163;AO=27;DP=43;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.00498163;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.895;QD=30.7293;RBI=0.0164919;REFB=-0.0375331;REVB=-0.0157215;RO=15;SAF=14;SAR=13;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119959;STB=0.558099;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00836717;OID=.;OPOS=17408630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:15:15:27:28:0.651163:13:14:5:10:14:14:5:10 chr11 17409069 . G A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00204964;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.538;QD=11.9197;RBI=0.00463855;REFB=-0.00676142;REVB=0.00416114;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263271;STB=0.6599;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00563175;OID=.;OPOS=17409069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:2:5:4:5:2:5:4:5 chr11 17409572 . T C 104.85 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0142039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.955;QD=10.7533;RBI=0.0143112;REFB=-0.0166664;REVB=-0.00174902;RO=25;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0365364;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0299163;OID=.;OPOS=17409572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:26:13:13:0.333333:9:4:7:18:9:4:8:18 chr11 17418477 . C A 164.75 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0111693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5307;QD=14.0214;RBI=0.0236271;REFB=-0.0367401;REVB=-0.0208204;RO=29;SAF=13;SAR=5;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163357;STB=0.595575;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0566149;OID=.;OPOS=17418477;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:5:13:17:12:5:13:17:12 chr11 17448704 . G A 595.3 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=43;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.019637;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.978;QD=56.6952;RBI=0.0315364;REFB=-0.064818;REVB=0.0246765;RO=2;SAF=14;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146324;STB=0.507809;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.000616321;OID=.;OPOS=17448704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:42:2:2:40:40:0.952381:26:14:1:1:26:14:1:1 chr11 17496516 . A G 151.01 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0179489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.074;QD=21.5727;RBI=0.0233301;REFB=-0.00743472;REVB=-0.014904;RO=11;SAF=12;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306175;STB=0.736787;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00414941;OID=.;OPOS=17496516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:27:28:11:12:16:16:0.571429:4:12:4:7:3:13:4:8 chr11 17519742 . C G 403.04 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0493298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4681;QD=52.0053;RBI=0.0784151;REFB=-0.0918046;REVB=0.0609549;RO=2;SAF=23;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0517134;STB=0.510631;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00537922;OID=.;OPOS=17519742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:2:1:29:30:0.967742:6:23:1:1:7:23:1:0 chr11 17542439 . T C 214.4 PASS AF=0.382353;AO=25;DP=70;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00611304;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.863;QD=12.6115;RBI=0.0350576;REFB=-0.00934507;REVB=0.0345205;RO=40;SAF=17;SAR=8;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122001;STB=0.582024;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0132914;OID=.;OPOS=17542439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:40:42:25:26:0.382353:8:17:23:17:8:18:24:18 chr11 17547920 . C T 281.43 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00991662;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.694;QD=16.8015;RBI=0.0444943;REFB=-0.0161104;REVB=0.0433751;RO=36;SAF=10;SAR=21;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703017;STB=0.539588;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0208642;OID=.;OPOS=17547920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:21:10:14:22:21:10:14:22 chr11 17614750 . A T 218.93 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0257895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.594;QD=23.6682;RBI=0.0306188;REFB=-0.0455291;REVB=0.016505;RO=15;SAF=6;SAR=15;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20341;STB=0.603345;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0359146;OID=.;OPOS=17614750;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:16:21:21:0.567568:15:6:8:7:15:6:8:8 chr11 17627613 . G C 404.28 PASS AF=0.703704;AO=33;DP=49;FAO=38;FDP=54;FR=.;FRO=16;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0257294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.953;QD=29.9466;RBI=0.0263975;REFB=-0.0352235;REVB=0.00590133;RO=16;SAF=24;SAR=9;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295158;STB=0.508231;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0133567;OID=.;OPOS=17627613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:54:16:16:33:38:0.703704:9:24:11:5:11:27:11:5 chr11 17799345 . C T 355.16 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.00144763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.155;QD=18.9417;RBI=0.00759061;REFB=-0.0201699;REVB=-0.00745129;RO=38;SAF=28;SAR=9;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1679;STB=0.59411;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0190279;OID=.;OPOS=17799345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:38:38:37:37:0.493333:9:28:23:15:9:28:23:15 chr11 17948311 . T C 705.79 PASS AF=0.946429;AO=52;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00437295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.478;QD=50.4137;RBI=0.00860915;REFB=-0.0874032;REVB=0.00741585;RO=2;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.040906;STB=0.51264;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0085316;OID=.;OPOS=17948311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:56:56:2:3:52:53:0.946429:22:30:0:2:23:30:1:2 chr11 18105213 . G T 318.62 PASS AF=0.4;AO=38;DP=89;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0121243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7965;QD=14.161;RBI=0.0414517;REFB=-0.0049361;REVB=-0.0396389;RO=42;SAF=14;SAR=24;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.082597;STB=0.55693;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0106367;OID=.;OPOS=18105213;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:42:54:38:36:0.4:24:14:19:23:22:14:26:28 chr11 18159162 . TGTCATCA T,TGTCATCG 835.7 PASS AF=0.338983,0.661017;AO=20,32;DP=65;FAO=20,39;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=9,28;FSAR=11,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00557829,0.0183281;FXX=0.0922935;HRUN=1,1;LEN=7,1;MLLD=103.658,115.511;QD=56.6576;RBI=0.027334,0.0535187;REFB=0,0;REVB=0.0267588,-0.0502826;RO=0;SAF=9,25;SAR=11,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.0487e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0214308,0.000438839;OID=.,.;OPOS=18159163,18159169;OREF=GTCATCA,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TGTCATCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.338983,0.661017:20,32:65:20,39:59:0:9,28:11,11:0:0:99:0:9,25:11,7:0:0 chr11 18159254 . A G 1118.64 PASS AF=0.939024;AO=76;DP=83;FAO=77;FDP=82;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00425381;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.975;QD=54.568;RBI=0.0278902;REFB=-0.0427326;REVB=-0.0275639;RO=5;SAF=29;SAR=47;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267842;STB=0.513403;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00282613;OID=.;OPOS=18159254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:83:82:5:5:76:77:0.939024:47:29:3:2:47:30:3:2 chr11 18194827 . C G 168.4 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00459005;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.484;QD=15.3091;RBI=0.0121812;REFB=-0.0107053;REVB=0.0112833;RO=26;SAF=6;SAR=12;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288549;STB=0.666481;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0224141;OID=.;OPOS=18194827;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:26:26:18:18:0.409091:12:6:16:10:12:6:16:10 chr11 18194878 . T G 239.94 PASS AF=0.5;AO=26;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00814676;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9163;QD=17.7736;RBI=0.0202463;REFB=0.00645323;REVB=0.018535;RO=27;SAF=8;SAR=18;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327704;STB=0.687881;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.00797393;OID=.;OPOS=18194878;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:26:27:0.5:18:8:18:9:19:8:18:9 chr11 18194944 . T A 251.56 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0269016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.012;QD=20.5354;RBI=0.0271019;REFB=-0.0124461;REVB=0.00328875;RO=25;SAF=15;SAR=9;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239076;STB=0.634406;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0162792;OID=.;OPOS=18194944;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:9:15:9:16:9:15:9:16 chr11 18194964 . A G 236.62 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00987749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3149;QD=19.7186;RBI=0.0453081;REFB=-0.0155584;REVB=-0.0442183;RO=24;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132543;STB=0.563123;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0194088;OID=.;OPOS=18194964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:25:23:23:0.479167:12:11:15:9:12:11:15:10 chr11 18195051 . T C 850.88 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0417383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=105.937;QD=57.6865;RBI=0.0480783;REFB=0;REVB=0.0238628;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.50154e-05;OID=.;OPOS=18195051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:22:37:0:0:22:37:0:0 chr11 18195448 . C T 432.05 PASS AF=0.444444;AO=44;DP=99;FAO=44;FDP=99;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=0.0136407;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.908;QD=17.4566;RBI=0.021055;REFB=-0.0166373;REVB=0.0160388;RO=54;SAF=14;SAR=30;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170538;STB=0.505793;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0157584;OID=.;OPOS=18195448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:54:55:44:44:0.444444:30:14:18:36:30:14:18:37 chr11 18210580 . C T 311.75 PASS AF=0.52381;AO=32;DP=62;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0410642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4207;QD=19.7939;RBI=0.111797;REFB=-0.0485167;REVB=0.103982;RO=29;SAF=18;SAR=14;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509675;STB=0.5263;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0372652;OID=.;OPOS=18210580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:29:30:32:33:0.52381:14:18:18:11:15:18:18:12 chr11 18231749 . T G 48.08 PASS AF=0.275862;AO=7;DP=27;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0123601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6436;QD=6.63209;RBI=0.0170969;REFB=-0.0438294;REVB=0.0118124;RO=20;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265835;STB=0.689572;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0679527;OID=.;OPOS=18231749;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:27:29:20:21:7:8:0.275862:6:1:6:14:7:1:6:15 chr11 18253176 . C T 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0466773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.232;QD=7.12546;RBI=0.0518145;REFB=-0.0195486;REVB=0.0224937;RO=17;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112877;STB=0.590651;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0153596;OID=.;OPOS=18253176;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:17:18:7:7:0.28:4:3:9:8:4:3:10:8 chr11 18267027 . C T 1096.97 PASS AF=0.974026;AO=73;DP=75;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00207818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.279;QD=56.9853;RBI=0.00900594;REFB=-0.135208;REVB=0.00876289;RO=2;SAF=45;SAR=28;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205583;STB=0.510635;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00140911;OID=.;OPOS=18267027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:75:77:2:2:73:75:0.974026:28:45:2:0:29:46:2:0 chr11 18267463 . A G 178.91 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0165047;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7553;QD=14.6046;RBI=0.0299884;REFB=-0.0604043;REVB=-0.0250379;RO=29;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261106;STB=0.640878;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.049891;OID=.;OPOS=18267463;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:29:30:19:19:0.387755:7:12:11:18:7:12:12:18 chr11 18267471 . A G 317.46 PASS AF=0.591837;AO=25;DP=47;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.000785986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.382;QD=25.9151;RBI=0.000834049;REFB=-0.0393064;REVB=-0.00027904;RO=20;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198771;STB=0.626884;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0209726;OID=.;OPOS=18267471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:20:20:25:29:0.591837:15:10:13:7:19:10:13:7 chr11 18267478 . G A 58.52 PASS AF=0.1875;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0150406;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6894;QD=4.8765;RBI=0.024547;REFB=0.00263666;REVB=-0.0193993;RO=39;SAF=4;SAR=5;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210541;STB=0.513987;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=-0.0243113;OID=.;OPOS=18267478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:48:48:39:39:9:9:0.1875:5:4:18:21:5:4:18:21 chr11 18291321 . T C 620.91 PASS AF=0.529915;AO=61;DP=116;FAO=62;FDP=117;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.00743036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.969;QD=21.2276;RBI=0.00755644;REFB=-0.0202929;REVB=0.00137459;RO=55;SAF=28;SAR=33;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355764;STB=0.515908;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0151899;OID=.;OPOS=18291321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:55:55:61:62:0.529915:33:28:23:32:34:28:23:32 chr11 18301129 . AG GA 35.57 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0213426;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=187.204;QD=5.69063;RBI=0.0218447;REFB=-0.000328827;REVB=-0.00465665;RO=18;SAF=1;SAR=5;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370753;STB=0.736808;STBP=0.233;TYPE=mnp;VARB=0.00120526;OID=.;OPOS=18301129;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:18:19:6:6:0.24:5:1:8:10:5:1:8:11 chr11 18319180 . G T 205.19 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.000162293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.187;QD=15.7835;RBI=0.0104162;REFB=-0.00311767;REVB=0.0104149;RO=29;SAF=13;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812293;STB=0.546178;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00328818;OID=.;OPOS=18319180;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:10:13:14:15:10:13:14:15 chr11 18327684 . G T 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00271431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.789;QD=52.6096;RBI=0.00463248;REFB=0;REVB=-0.00375398;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.24845e-06;OID=.;OPOS=18327684;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr11 18388128 . G C 158.69 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0220692;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.202;QD=17.1555;RBI=0.0260557;REFB=0.00714123;REVB=0.0138509;RO=20;SAF=4;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238057;STB=0.63756;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.00555233;OID=.;OPOS=18388128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:13:4:9:11:13:4:9:11 chr11 18422487 . C A 395.84 PASS AF=0.493827;AO=40;DP=81;FAO=40;FDP=81;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=-0.00845728;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4808;QD=19.5478;RBI=0.0126917;REFB=-0.00131982;REVB=0.00946325;RO=36;SAF=21;SAR=19;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116187;STB=0.59223;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00284725;OID=.;OPOS=18422487;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:36:41:40:40:0.493827:19:21:14:22:19:21:14:27 chr11 18424451 . C T 1157.18 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00525601;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.567;QD=60.9044;RBI=0.0140396;REFB=0;REVB=0.0130186;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.7151e-05;OID=.;OPOS=18424451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:36:40:0:0:36:40:0:0 chr11 18424487 . A G 960.94 PASS AF=0.971014;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=69;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0063758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.538;QD=55.7064;RBI=0.00903513;REFB=-0.102245;REVB=-0.00640177;RO=2;SAF=35;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00122819;STB=0.50065;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.000901266;OID=.;OPOS=18424487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:69:69:2:2:67:67:0.971014:32:35:1:1:32:35:1:1 chr11 18467821 . T C 1172.01 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354905;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.754;QD=60.8836;RBI=0.0362669;REFB=0;REVB=0.00746401;RO=0;SAF=21;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.42054e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56367e-05;OID=.;OPOS=18467821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:56:21:0:0:56:21:0:0 chr11 18487305 . C G 196.67 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00205564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.938;QD=18.2948;RBI=0.0237113;REFB=-0.00759426;REVB=0.023622;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204483;STB=0.511616;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00507716;OID=.;OPOS=18487305;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:10:10:11:12:10:10:11:12 chr11 18555901 . C G 124.14 PASS AF=0.3;AO=15;DP=50;FAO=15;FDP=50;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0126114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.916;QD=9.93081;RBI=0.0126858;REFB=0.00023893;REVB=0.00137169;RO=34;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989432;STB=0.547108;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.000428055;OID=.;OPOS=18555901;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:35:15:15:0.3:8:7:13:21:8:7:14:21 chr11 18555949 . T C 120.98 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0155465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.637;QD=8.20203;RBI=0.0157587;REFB=-0.00743856;REVB=-0.00257747;RO=42;SAF=8;SAR=9;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107528;STB=0.564442;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0202123;OID=.;OPOS=18555949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:42:17:17:0.288136:9:8:16:26:9:8:16:26 chr11 18633971 . G A 1553.46 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187968;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.101;QD=64.0601;RBI=0.030726;REFB=0;REVB=0.0243058;RO=0;SAF=45;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000219235;OID=.;OPOS=18633971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:52:45:0:0:52:45:0:0 chr11 18731004 . C G 285.99 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0126629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.175;QD=21.9989;RBI=0.0381382;REFB=-0.0212244;REVB=0.0359746;RO=23;SAF=19;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147819;STB=0.582115;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0107071;OID=.;OPOS=18731004;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:10:19:11:12:10:19:11:12 chr11 18735396 . G T 101.58 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0366666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.947;QD=16.9307;RBI=0.0429802;REFB=-0.00928962;REVB=-0.0224245;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282867;STB=0.661906;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00887783;OID=.;OPOS=18735396;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:5:7:3:9:5:7:3:9 chr11 18735465 . G A 291.3 PASS AF=0.463768;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00919098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.7209;QD=16.8871;RBI=0.0114371;REFB=-0.0129616;REVB=-0.0068069;RO=36;SAF=15;SAR=17;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761845;STB=0.548918;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0335141;OID=.;OPOS=18735465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:36:37:32:32:0.463768:17:15:14:22:17:15:14:23 chr11 18735947 . T C 136.97 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0461245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.331;QD=18.2629;RBI=0.0462194;REFB=-0.0225885;REVB=0.00295985;RO=15;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0178981;OID=.;OPOS=18735947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:9:6:6:9:9:6:6:9 chr11 18737095 . C T 401.93 PASS AF=0.6875;AO=32;DP=47;FAO=33;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0252116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.782;QD=33.4943;RBI=0.0360317;REFB=-0.0379101;REVB=-0.0257421;RO=15;SAF=12;SAR=20;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261906;STB=0.519988;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0244516;OID=.;OPOS=18737095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:15:15:32:33:0.6875:20:12:5:10:20:13:5:10 chr11 18738281 . C T 210.58 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0282045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.574;QD=19.1439;RBI=0.0545043;REFB=-0.0180495;REVB=-0.0466393;RO=23;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518517;STB=0.529383;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0206683;OID=.;OPOS=18738281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:8:13:13:10:8:13:13:10 chr11 18738329 . C T 312.94 PASS AF=0.515625;AO=32;DP=63;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.00228304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.842;QD=19.5586;RBI=0.00647387;REFB=-0.0326087;REVB=-0.00605795;RO=31;SAF=19;SAR=13;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119597;STB=0.502423;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0270719;OID=.;OPOS=18738329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:31:31:32:33:0.515625:13:19:18:13:14:19:18:13 chr11 18743180 . C G 432.43 PASS AF=0.511905;AO=43;DP=85;FAO=43;FDP=84;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00640089;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.074;QD=20.5921;RBI=0.0300878;REFB=-0.0168765;REVB=0.029399;RO=41;SAF=25;SAR=18;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125926;STB=0.569728;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.015267;OID=.;OPOS=18743180;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:41:41:43:43:0.511905:18:25:18:23:18:25:18:23 chr11 18764026 . G C 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0221313;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=187.031;QD=19.6461;RBI=0.0432749;REFB=-0.0402009;REVB=0.0371876;RO=3;SAF=10;SAR=1;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117458;STB=0.540461;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0211377;OID=.;OPOS=18764026;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:18:19:3:8:11:11:0.578947:1:10:3:0:1:10:7:1 chr11 18955744 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8835;QD=33.4264;RBI=0.0196025;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175061;OID=.;OPOS=18955744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr11 19077755 . A C 632.88 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.808;QD=61.7447;RBI=0.0272146;REFB=0;REVB=0.0123102;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124006;OID=.;OPOS=19077755;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:28:12:0:0:29:12:0:0 chr11 19077765 . T C 692.96 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140678;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.69;QD=62.9961;RBI=0.0214619;REFB=0;REVB=-0.0162083;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104021;OID=.;OPOS=19077765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chr11 19077904 . T G 508.6 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0607405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.266;QD=56.5114;RBI=0.0637443;REFB=-0.170493;REVB=0.0193374;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.511105;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0023287;OID=.;OPOS=19077904;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:22:13:0:0:22:13:0:1 chr11 19167850 . A G 453.39 PASS AF=0.48913;AO=45;DP=92;FAO=45;FDP=92;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0425219;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.508;QD=19.7127;RBI=0.0425891;REFB=-0.0125131;REVB=0.00239259;RO=47;SAF=15;SAR=30;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209277;STB=0.616488;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0122707;OID=.;OPOS=19167850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:47:45:45:0.48913:30:15:26:21:30:15:26:21 chr11 19245854 . T C 746.98 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00693258;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.236;QD=63.5728;RBI=0.025335;REFB=0;REVB=0.0243681;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010887;OID=.;OPOS=19245854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:29:18:0:0:29:18:0:0 chr11 19263369 . CCTTTTTT CCTTTTTC,CCTTTT,TTTTCTTT 412.02 PASS AF=0.31746,0.666667,0.015873;AO=4,9,3;DP=66;FAO=20,42,1;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=0,37,0;FSAR=20,5,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171415,0.172734,0.039274;FXX=0.124983;HRUN=15,15,2;LEN=1,2,5;MLLD=124.361,7.17689,31.0512;QD=26.16;RBI=0.0172352,0.176671,0.054185;REFB=0.0501103,0.121448,0.0404541;REVB=-0.00179395,-0.0370879,-0.0373305;RO=4;SAF=0,9,0;SAR=4,0,3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.794086,0,-0.782218;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0837035,-0.107201,0.202466;OID=.,.,.;OPOS=19263376,19263371,19263369;OREF=T,TT,CCTTT;OALT=C,-,TTTTC;OMAPALT=CCTTTTTC,CCTTTT,TTTTCTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:66:63:4:0:4,9,3:20,42,1:0.31746,0.666667,0.015873:4,0,3:0,9,0:4:0:20,5,1:0,37,0:0:0 chr11 19612775 . C T 620.38 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0537091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.402;QD=59.0834;RBI=0.0664629;REFB=-0.144146;REVB=-0.0391491;RO=0;SAF=27;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517233;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0018672;OID=.;OPOS=19612775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:42:0:1:41:41:0.97619:14:27:0:0:14:27:0:1 chr11 19854088 . G A 496.58 PASS AF=0.51;AO=51;DP=101;FAO=51;FDP=100;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0288493;FXX=0.0196059;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3705;QD=19.8631;RBI=0.0435027;REFB=-0.00799363;REVB=-0.0325608;RO=50;SAF=31;SAR=20;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626852;STB=0.549095;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00796116;OID=.;OPOS=19854088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:100:50:49:51:51:0.51:20:31:27:23:20:31:25:24 chr11 19901632 . G A 141.41 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0193045;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4868;QD=12.8555;RBI=0.0256543;REFB=-0.00955546;REVB=0.0168961;RO=27;SAF=8;SAR=8;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139475;STB=0.568098;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0141323;OID=.;OPOS=19901632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:27:28:16:16:0.363636:8:8:17:10:8:8:17:11 chr11 19955194 . G C 318.42 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=55;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=19;FWDB=-0.0674801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.094;QD=23.1578;RBI=0.0693017;REFB=-0.0301407;REVB=0.0157848;RO=23;SAF=12;SAR=20;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171518;STB=0.593854;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0186287;OID=.;OPOS=19955194;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:32:32:0.581818:20:12:4:19:20:12:4:19 chr11 19955500 . A G 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0136893;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.857;QD=18.9666;RBI=0.0136954;REFB=-0.00994478;REVB=0.000407986;RO=24;SAF=9;SAR=13;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.046491;STB=0.516883;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0118491;OID=.;OPOS=19955500;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:22:22:0.468085:13:9:11:13:13:9:11:14 chr11 19970501 . T C 446.89 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.074773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9512;QD=57.6628;RBI=0.0770449;REFB=0;REVB=0.018572;RO=0;SAF=24;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000650417;OID=.;OPOS=19970501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:7:24:0:0:7:24:0:0 chr11 19970558 . T C 519.42 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.098;QD=59.3627;RBI=0.0139635;REFB=0;REVB=-0.00526571;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.74379e-05;OID=.;OPOS=19970558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:16:18:0:0:16:19:0:0 chr11 19970579 . C T 768.94 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0145;QD=62.7702;RBI=0.0335493;REFB=0;REVB=0.0149446;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.93205e-05;OID=.;OPOS=19970579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:28:19:0:0:28:21:0:0 chr11 20065673 . G T 728.97 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00264241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.713;QD=57.1739;RBI=0.063434;REFB=0;REVB=0.0633789;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115901;OID=.;OPOS=20065673;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:34:17:0:0:34:17:0:0 chr11 20065779 . C G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0903563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.093;QD=46.8467;RBI=0.105039;REFB=0;REVB=-0.0535624;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015444;OID=.;OPOS=20065779;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr11 20067063 . AC AT,GT 564.04 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=36,2;DP=38;FAO=36,2;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=20,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455929,0.031798;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=88.1011,73.2821;QD=59.3727;RBI=0.0526866,0.0320139;REFB=0,0;REVB=0.0264039,0.00371131;RO=0;SAF=16,0;SAR=20,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.9376e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000943048,0.0177764;OID=.,.;OPOS=20067064,20067063;OREF=C,AC;OALT=T,GT;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:38:38:0:0:36,2:36,2:0.947368,0.0526316:20,2:16,0:0:0:20,2:16,0:0:0 chr11 20089792 . G C 597.98 PASS AF=0.516949;AO=60;DP=117;FAO=61;FDP=118;FR=.;FRO=57;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0133213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3694;QD=20.2706;RBI=0.0168742;REFB=-0.0152266;REVB=-0.0103576;RO=57;SAF=32;SAR=28;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.083624;STB=0.541457;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0134315;OID=.;OPOS=20089792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:118:57:57:60:61:0.516949:28:32:25:32:29:32:25:32 chr11 20089944 . T C 377.81 PASS AF=0.513514;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.0096818;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.566;QD=20.4222;RBI=0.0100536;REFB=-0.00352467;REVB=-0.00270893;RO=36;SAF=16;SAR=22;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132373;STB=0.573097;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00457981;OID=.;OPOS=20089944;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:36:36:38:38:0.513514:22:16:10:26:22:16:10:26 chr11 20099112 . A T 823.83 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00339352;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.359;QD=57.8127;RBI=0.0174672;REFB=0;REVB=0.0171344;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.25153e-05;OID=.;OPOS=20099112;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:32:25:0:0:32:25:0:0 chr11 20099541 . C T 288.91 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5173;QD=52.5284;RBI=0.0762305;REFB=0;REVB=0.0599738;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154845;OID=.;OPOS=20099541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:10:11:0:0:11:11:0:0 chr11 20101704 . C T 1270.42 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249276;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.045;QD=61.9717;RBI=0.0400117;REFB=0;REVB=0.0312978;RO=0;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.78336e-05;OID=.;OPOS=20101704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:47:35:0:0:47:35:0:0 chr11 20101744 . C A 929.16 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0158691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5064;QD=58.0724;RBI=0.0205545;REFB=0;REVB=-0.0130636;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323728;OID=.;OPOS=20101744;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:62:64:1:35:27:0:0:37:27:0:0 chr11 20104669 . G A 187.49 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0224942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.432;QD=14.7051;RBI=0.0239128;REFB=-0.00863535;REVB=-0.00811353;RO=30;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584954;STB=0.53355;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0161963;OID=.;OPOS=20104669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:10:11:14:16:10:11:14:16 chr11 20112417 . A C 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00886024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.715;QD=16.4079;RBI=0.00978485;REFB=-0.0108236;REVB=-0.00415205;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635824;STB=0.536364;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0159895;OID=.;OPOS=20112417;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:11:10:12:17:11:10:12:17 chr11 20112492 . G A 134.17 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00496012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.561;QD=9.41569;RBI=0.0185582;REFB=-0.0138648;REVB=-0.017883;RO=39;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163348;STB=0.596388;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0223313;OID=.;OPOS=20112492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:18:18:0.315789:9:9:14:25:9:9:14:25 chr11 20117232 . T C 543.0 PASS AF=0.515152;AO=52;DP=100;FAO=51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0125616;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.697;QD=21.9395;RBI=0.0125647;REFB=-0.0200967;REVB=-0.00028149;RO=48;SAF=28;SAR=24;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335732;STB=0.523876;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0234237;OID=.;OPOS=20117232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:48:48:52:51:0.515152:24:28:24:24:23:28:24:24 chr11 20124914 . A C 834.3 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000207001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.599;QD=57.5376;RBI=0.0470102;REFB=0;REVB=-0.0470097;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000204959;OID=.;OPOS=20124914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr11 20139937 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309281;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=299.684;QD=59.4356;RBI=0.0319753;REFB=0;REVB=0.008116;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47339e-05;OID=.;OPOS=20139937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr11 20140387 . A G 897.21 PASS AF=0.970588;AO=62;DP=65;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.056182;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.6941;QD=52.7769;RBI=0.062426;REFB=-0.109492;REVB=0.0272138;RO=3;SAF=24;SAR=38;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254744;STB=0.519994;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00521035;OID=.;OPOS=20140387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:65:68:3:2:62:66:0.970588:38:24:2:1:42:24:2:0 chr11 20140471 . A G 832.07 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0159239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.6488;QD=52.8295;RBI=0.0296755;REFB=-0.122236;REVB=0.0250413;RO=3;SAF=25;SAR=35;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00770425;STB=0.504086;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00505493;OID=.;OPOS=20140471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:63:3:3:60:60:0.952381:35:25:1:2:35:25:1:2 chr11 20142377 . GTCAC G 527.51 PASS AF=1;AO=34;DP=37;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00990251;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=4;MLLD=295.228;QD=60.2865;RBI=0.0237308;REFB=0;REVB=0.021566;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.3668e-05;OID=.;OPOS=20142378;OREF=TCAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:37:35:35:0:20:15:0:0:4:0:19:15:0:0 chr11 20142448 . T C 723.69 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0721933;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.0709;QD=59.0767;RBI=0.0727156;REFB=-0.012247;REVB=0.00869918;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519223;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=-0.000426524;OID=.;OPOS=20142448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:49:0:2:47:47:0.959184:22:25:0:0:22:25:2:0 chr11 20404613 . T G 720.04 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0455482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.162;QD=56.474;RBI=0.066374;REFB=0;REVB=0.0482792;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116003;OID=.;OPOS=20404613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:51:0:0:45:51:1:19:26:0:0:21:30:0:0 chr11 20429454 . T C 766.18 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00423163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.494;QD=53.7672;RBI=0.0227027;REFB=0.00244736;REVB=0.0223048;RO=2;SAF=28;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00761039;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262618;OID=.;OPOS=20429454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:49:57:2:0:47:57:1:19:28:1:1:27:30:0:0 chr11 20529886 . G A 1476.23 PASS AF=0.989474;AO=93;DP=93;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0106948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.695;QD=62.157;RBI=0.0213385;REFB=0.0612542;REVB=-0.0184649;RO=0;SAF=52;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90048e-08;STB=0.504672;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-1.5475e-05;OID=.;OPOS=20529886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:95:0:1:93:94:0.989474:41:52:0:0:41:53:1:0 chr11 20622975 . G A 159.63 PASS AF=0.586207;AO=15;DP=27;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0752093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.5877;QD=22.0182;RBI=0.0980027;REFB=-1.83416e-05;REVB=0.0628338;RO=12;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156055;STB=0.557311;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00561249;OID=.;OPOS=20622975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:27:29:12:12:15:17:0.586207:7:8:4:8:9:8:4:8 chr11 20623042 . T C 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=5;FWDB=0.00309961;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.196;QD=21.0649;RBI=0.00659704;REFB=-0.0353715;REVB=-0.00582352;RO=24;SAF=19;SAR=5;SRF=19;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0383453;OID=.;OPOS=20623042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:5:19:19:5:5:19:19:5 chr11 20623156 . C G 717.25 PASS AF=1;AO=43;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0410231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8801;QD=56.255;RBI=0.233843;REFB=0;REVB=0.230217;RO=1;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253725;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00282648;OID=.;OPOS=20623156;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:1:0:43:51:1:18:25:0:1:26:25:0:0 chr11 20639400 . A G,T 708.37 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=44,2;DP=46;FAO=44,2;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27,2;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214606,-0.0767041;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=51.3387,83.035;QD=61.5978;RBI=0.0328109,0.0843397;REFB=0,0;REVB=-0.0248193,-0.0350666;RO=0;SAF=27,2;SAR=17,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.54734e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00077119,0.219926;OID=.,.;OPOS=20639400,20639400;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:46:46:0:0:44,2:44,2:0.956522,0.0434783:17,0:27,2:0:0:17,0:27,2:0:0 chr11 20673867 . G A 1952.21 PASS AF=1;AO=125;DP=129;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434024;FXX=0.038165;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.596;QD=61.975;RBI=0.0452088;REFB=0;REVB=0.0126517;RO=0;SAF=61;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112334;OID=.;OPOS=20673867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:129:126:0:0:125:126:1:64:61:0:0:64:62:0:0 chr11 20805286 . G A 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0230317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.807;QD=41.8678;RBI=0.0404236;REFB=-0.0790348;REVB=-0.0332207;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523778;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00771414;OID=.;OPOS=20805286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:0:1:15:15:0.9375:5:10:0:0:5:10:1:0 chr11 21305927 . T C 1044.28 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.941;QD=59.6732;RBI=0.0477729;REFB=0;REVB=0.0389347;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203765;OID=.;OPOS=21305927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:34:36:0:0:34:36:0:0 chr11 21581805 . C T 457.84 PASS AF=0.552941;AO=39;DP=77;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0549391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5801;QD=21.5452;RBI=0.0666179;REFB=0.0320238;REVB=0.037678;RO=36;SAF=19;SAR=20;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370966;STB=0.54943;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.00398864;OID=.;OPOS=21581805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:85:36:38:39:47:0.552941:20:19:16:20:22:25:16:22 chr11 22242729 . T C 252.55 PASS AF=0.375;AO=30;DP=80;FAO=30;FDP=80;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0415486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.723;QD=12.6277;RBI=0.0440862;REFB=-0.00842613;REVB=0.0147415;RO=50;SAF=12;SAR=18;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228176;STB=0.51308;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0167514;OID=.;OPOS=22242729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:50:50:30:30:0.375:18:12:19:31:18:12:19:31 chr11 22647366 . G A 97.17 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.00798729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.28;QD=13.4025;RBI=0.0255809;REFB=-0.0198209;REVB=0.024302;RO=15;SAF=9;SAR=3;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208684;STB=0.533276;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0199083;OID=.;OPOS=22647366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:28:29:15:17:12:12:0.413793:3:9:11:4:3:9:12:5 chr11 22696450 . GA G,GG 1098.25 PASS AF=0.0131579,0.986842;AO=9,65;DP=76;FAO=1,75;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=1,37;FSAR=0,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00926554,0.0133642;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=86.2768,101.254;QD=57.8028;RBI=0.0307839,0.0135877;REFB=0,0;REVB=-0.0293564,0.0024544;RO=0;SAF=0,37;SAR=9,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.99207e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0319246,0.00789566;OID=.,.;OPOS=22696451,22696451;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0131579,0.986842:9,65:76:1,75:76:0:1,37:0,38:0:0:3:0:0,37:9,28:0:0 chr11 22709973 . C A 1628.1 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142217;FXX=0.00917347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0512;QD=60.3001;RBI=0.0180639;REFB=0;REVB=-0.0111378;RO=0;SAF=48;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243062;OID=.;OPOS=22709973;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:108:0:0:106:108:1:58:48:0:0:59:49:0:0 chr11 22834189 . C T 380.63 PASS AF=0.444444;AO=39;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=-0.0118358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.895;QD=16.9168;RBI=0.0476316;REFB=-0.0173949;REVB=-0.0461377;RO=50;SAF=16;SAR=23;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117027;STB=0.572555;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.026269;OID=.;OPOS=22834189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:39:40:0.444444:23:16:15:35:23:17:15:35 chr11 22881002 . C T 215.94 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0403266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.258;QD=15.1538;RBI=0.0853874;REFB=-0.0157322;REVB=-0.0752647;RO=32;SAF=14;SAR=11;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241388;STB=0.636259;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0226481;OID=.;OPOS=22881002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:11:14:10:22:11:14:10:22 chr11 24759855 . G A 207.41 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0285373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6447;QD=15.0846;RBI=0.0287197;REFB=-0.00829866;REVB=0.00323205;RO=29;SAF=17;SAR=7;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32448;STB=0.685114;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0134305;OID=.;OPOS=24759855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:29:31:24:24:0.436364:7:17:11:18:7:17:12:19 chr11 24784862 . A T 725.6 PASS AF=0.530303;AO=70;DP=134;FAO=70;FDP=132;FR=.;FRO=62;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.0223374;FXX=0.0149243;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.59;QD=21.9878;RBI=0.0255281;REFB=-0.024259;REVB=0.0123581;RO=64;SAF=30;SAR=40;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00594956;STB=0.512192;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0203617;OID=.;OPOS=24784862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:132:64:62:70:70:0.530303:40:30:27:37:40:30:25:37 chr11 25098938 . G C 248.19 PASS AF=0.31;AO=30;DP=98;FAO=31;FDP=100;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=51;FWDB=-0.00869008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9744;QD=9.92758;RBI=0.01176;REFB=-0.000250687;REVB=-0.00792339;RO=68;SAF=5;SAR=25;SRF=18;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176152;STB=0.568135;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.000502961;OID=.;OPOS=25098938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:68:69:30:31:0.31:25:5:18:50:25:6:18:51 chr11 26481611 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000746318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.883;QD=51.1846;RBI=0.0374209;REFB=0;REVB=0.0374134;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013226;OID=.;OPOS=26481611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr11 26568966 . A G 839.76 PASS AF=0.538961;AO=82;DP=153;FAO=83;FDP=154;FR=.;FRO=71;FSAF=38;FSAR=45;FSRF=37;FSRR=34;FWDB=-0.0118804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9669;QD=21.8119;RBI=0.031827;REFB=-0.0230359;REVB=-0.0295265;RO=71;SAF=38;SAR=44;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0489919;STB=0.529239;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0167829;OID=.;OPOS=26568966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:71:71:82:83:0.538961:44:38:37:34:45:38:37:34 chr11 26621117 . A C 470.62 PASS AF=0.398496;AO=53;DP=133;FAO=53;FDP=133;FR=.;FRO=80;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=54;FWDB=-0.000619636;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.331;QD=14.1538;RBI=0.025918;REFB=-0.015529;REVB=-0.0259106;RO=80;SAF=19;SAR=34;SRF=26;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393292;STB=0.522165;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0236378;OID=.;OPOS=26621117;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:80:80:53:53:0.398496:34:19:26:54:34:19:26:54 chr11 26656563 . C T 306.46 PASS AF=0.441558;AO=32;DP=75;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0206545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.631;QD=15.92;RBI=0.0208504;REFB=0.000904892;REVB=-0.00285113;RO=43;SAF=20;SAR=12;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00314477;STB=0.506079;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.00078301;OID=.;OPOS=26656563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:43:43:32:34:0.441558:12:20:27:16:13:21:27:16 chr11 26677947 . C T 562.58 PASS AF=0.553191;AO=52;DP=94;FAO=52;FDP=94;FR=.;FRO=42;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.001701;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.1643;QD=23.9394;RBI=0.0306491;REFB=0.0109089;REVB=-0.0306018;RO=42;SAF=34;SAR=18;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923526;STB=0.550768;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.00727425;OID=.;OPOS=26677947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:42:42:52:52:0.553191:18:34:23:19:18:34:23:19 chr11 26692733 . T C 360.84 PASS AF=0.405941;AO=41;DP=101;FAO=41;FDP=101;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0305748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5646;QD=14.2906;RBI=0.030634;REFB=0.0144389;REVB=0.00190287;RO=59;SAF=19;SAR=22;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00607601;STB=0.508017;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.0225848;OID=.;OPOS=26692733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:59:60:41:41:0.405941:22:19:27:32:22:19:27:33 chr11 26692742 . G A 348.67 PASS AF=0.395833;AO=38;DP=98;FAO=38;FDP=96;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0188146;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.071;QD=14.528;RBI=0.0286226;REFB=0.00721937;REVB=-0.02157;RO=57;SAF=17;SAR=21;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280331;STB=0.511056;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.010325;OID=.;OPOS=26692742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:96:57:58:38:38:0.395833:21:17:27:30:21:17:27:31 chr11 26694979 . A G 162.89 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=6;FWDB=-0.00179873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5736;QD=13.031;RBI=0.0207043;REFB=-0.00731591;REVB=-0.020626;RO=32;SAF=8;SAR=10;SRF=26;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396404;STB=0.726285;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.011072;OID=.;OPOS=26694979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:10:8:26:6:10:8:26:6 chr11 26702664 . C T 1215.03 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00127771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7147;QD=60.7517;RBI=0.0480636;REFB=0;REVB=-0.0480466;RO=0;SAF=32;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367764;OID=.;OPOS=26702664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:80:0:0:78:80:1:46:32:0:0:47:33:0:0 chr11 26705310 . A G 107.49 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00556904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.15;QD=12.6454;RBI=0.0454287;REFB=-0.00479544;REVB=-0.0450861;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910385;STB=0.567464;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0133598;OID=.;OPOS=26705310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:20:21:13:13:0.382353:6:7:9:11:6:7:9:12 chr11 26732923 . A G 407.6 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.816;QD=56.2206;RBI=0.019921;REFB=0;REVB=-0.011601;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272871;OID=.;OPOS=26732923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:15:13:0:0:16:13:0:0 chr11 26734209 . C T 1277.99 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0274766;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.218;QD=59.4412;RBI=0.0318016;REFB=0.00486916;REVB=0.0160119;RO=2;SAF=44;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021042;STB=0.511108;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-8.17492e-05;OID=.;OPOS=26734209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:2:2:84:84:0.976744:40:44:2:0:40:44:2:0 chr11 27076977 . C T 101.6 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.00973715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4496;QD=8.83514;RBI=0.0197449;REFB=0.0124702;REVB=0.017177;RO=33;SAF=7;SAR=6;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442909;STB=0.526986;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.0257616;OID=.;OPOS=27076977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:33:33:13:13:0.282609:6:7:19:14:6:7:19:14 chr11 27077118 . C T 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00987036;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.915;QD=56.9381;RBI=0.0237767;REFB=0;REVB=0.0216311;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.8452e-05;OID=.;OPOS=27077118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr11 27388910 . T C 249.29 PASS AF=0.365854;AO=30;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00263967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.327;QD=12.1605;RBI=0.0126173;REFB=-0.00947367;REVB=0.0123381;RO=52;SAF=13;SAR=17;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136633;STB=0.578554;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0154605;OID=.;OPOS=27388910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:52:30:30:0.365854:17:13:29:23:17:13:29:23 chr11 27390089 . T C 862.15 PASS AF=0.984127;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0141932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.095;QD=54.7397;RBI=0.0400161;REFB=0.102998;REVB=-0.0374144;RO=1;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145205;STB=0.507244;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-6.33492e-06;OID=.;OPOS=27390089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:63:1:1:60:62:0.984127:32:28:0:1:34:28:0:1 chr11 27406844 . G A 261.01 PASS AF=0.529412;AO=26;DP=50;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0105615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.394;QD=20.4712;RBI=0.0227796;REFB=-0.016148;REVB=-0.0201833;RO=24;SAF=20;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336554;STB=0.692914;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0266733;OID=.;OPOS=27406844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:24:24:26:27:0.529412:6:20:10:14:6:21:10:14 chr11 27517670 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.398;QD=46.848;RBI=0.039181;REFB=0;REVB=0.0182653;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328754;OID=.;OPOS=27517670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr11 27679662 . T C 594.33 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.551;QD=60.9568;RBI=0.0777765;REFB=0;REVB=0.0722317;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285274;OID=.;OPOS=27679662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr11 27679916 . C T 115.31 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0087156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.781;QD=8.23615;RBI=0.00944233;REFB=-0.00221152;REVB=-0.00363262;RO=38;SAF=7;SAR=9;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164317;STB=0.614398;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00647226;OID=.;OPOS=27679916;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:40:16:16:0.285714:9:7:22:16:9:7:24:16 chr11 27680744 . A T 579.33 PASS AF=0.611765;AO=52;DP=85;FAO=52;FDP=85;FR=.;FRO=33;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0137736;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.2295;QD=27.2626;RBI=0.0363812;REFB=-0.00860031;REVB=-0.0336731;RO=33;SAF=29;SAR=23;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951959;STB=0.55186;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0079015;OID=.;OPOS=27680744;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:33:33:52:52:0.611765:23:29:14:19:23:29:14:19 chr11 28134974 . C A 374.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00792126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.604;QD=55.4737;RBI=0.0166871;REFB=0;REVB=0.0146872;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.53186e-05;OID=.;OPOS=28134974;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:27:0:0:24:27:1:10:14:0:0:12:15:0:0 chr11 30255185 . C T 112.32 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00261339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.49;QD=7.74598;RBI=0.0265747;REFB=-0.00831149;REVB=-0.0264459;RO=41;SAF=9;SAR=7;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031083;STB=0.510903;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0261948;OID=.;OPOS=30255185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:42:16:16:0.275862:7:9:22:19:7:9:23:19 chr11 30432220 . A T 501.46 PASS AF=0.379747;AO=60;DP=158;FAO=60;FDP=158;FR=.;FRO=98;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=50;FSRR=48;FWDB=-0.0438498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6496;QD=12.6952;RBI=0.0641277;REFB=-0.00528012;REVB=0.0467926;RO=96;SAF=26;SAR=34;SRF=48;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0729596;STB=0.547906;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00780237;OID=.;OPOS=30432220;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:96:98:60:60:0.379747:34:26:48:48:34:26:50:48 chr11 31327316 . C T 349.35 PASS AF=0.468354;AO=38;DP=79;FAO=37;FDP=79;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.00963332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9278;QD=17.6887;RBI=0.0542391;REFB=-0.0140283;REVB=0.0533768;RO=41;SAF=12;SAR=26;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215757;STB=0.611449;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0218149;OID=.;OPOS=31327316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:42:38:37:0.468354:26:12:22:19:25:12:22:20 chr11 31458730 . T G 222.97 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00409326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0833;QD=49.548;RBI=0.0588397;REFB=0;REVB=0.0586972;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103632;OID=.;OPOS=31458730;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr11 31812408 . GCT CTG 33.58 PASS AF=0.135593;AO=11;DP=60;FAO=8;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=15;FWDB=-0.0923839;FXX=0.0166639;HRUN=5;LEN=3;MLLD=22.323;QD=2.2763;RBI=0.0925221;REFB=-0.0330477;REVB=-0.00505466;RO=41;SAF=9;SAR=2;SRF=29;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187474;STB=0.548261;STBP=0.88;TYPE=mnp;VARB=0.151123;OID=.;OPOS=31812408;OREF=GCT;OALT=CTG;OMAPALT=CTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:60:59:41:51:11:8:0.135593:2:9:29:12:2:6:36:15 chr11 32124579 . C T 237.68 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.000201288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.862;QD=18.6412;RBI=0.012778;REFB=-0.00501329;REVB=-0.0127765;RO=26;SAF=17;SAR=8;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335444;STB=0.688324;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00571924;OID=.;OPOS=32124579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:8:17:8:18:8:17:8:18 chr11 32124978 . T C 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0241994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6581;QD=12.482;RBI=0.0281446;REFB=-0.0148458;REVB=-0.0143703;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401846;STB=0.523769;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0199704;OID=.;OPOS=32124978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:8:4:7:12:8:4:7:12 chr11 32125961 . C T 105.48 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00963877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.496;QD=8.11399;RBI=0.0185521;REFB=-0.00567277;REVB=0.0158516;RO=37;SAF=8;SAR=6;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101049;STB=0.571327;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0102733;OID=.;OPOS=32125961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:38:14:14:0.269231:6:8:18:19:6:8:18:20 chr11 32134168 . ATTTTTTATTTTA ATTTTTATTTTA,ATTTTTATTTTAT,ATTTTTTATTTTTA,TATTTTTATTTTA 126.11 PASS AF=0.333333,0.3,0.133333,0.0333333;AO=7,6,5,2;DP=30;FAO=10,9,4,1;FDP=30;FR=.;FRO=6;FSAF=9,9,3,1;FSAR=1,0,1,0;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.175582,-0.101242,-0.14492,-0.074044;FXX=0.0322477;HRUN=6,6,4,1;LEN=1,7,1,2;MLLD=9.86405,48.6695,11.3796,15.4762;QD=16.8151;RBI=0.183192,0.104767,0.23749,0.183314;REFB=-0.160206,-0.0741631,-0.130704,-0.0305343;REVB=0.0522515,-0.026945,0.188149,0.167694;RO=6;SAF=7,6,4,2;SAR=0,0,1,0;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.74229,0.721447,-0.0477139,0.524163;STB=0.6248,0.5,0.749235,0.5;STBP=0.687,1,0.815,1;TYPE=del,mnp,ins,mnp;VARB=0.109871,0.0649938,0.17315,0.00639633;OID=.,.,.,.;OPOS=32134169,32134174,32134176,32134168;OREF=T,TATTTTA,-,AT;OALT=-,ATTTTAT,T,TA;OMAPALT=ATTTTTATTTTA,ATTTTTATTTTAT,ATTTTTTATTTTTA,TATTTTTATTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:39:30:30:6:6:7,6,5,2:10,9,4,1:0.333333,0.3,0.133333,0.0333333:0,0,1,0:7,6,4,2:5:1:1,0,1,0:9,9,3,1:6:0 chr11 32417945 . T C 902.37 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1003;QD=58.2176;RBI=0.0379929;REFB=0;REVB=-0.0312551;RO=0;SAF=20;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000395723;OID=.;OPOS=32417945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:42:20:0:0:42:20:0:0 chr11 32449661 . G A 950.81 PASS AF=1;AO=60;DP=63;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6018;QD=56.7648;RBI=0.233256;REFB=0;REVB=0.229642;RO=3;SAF=50;SAR=10;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122382;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00248268;OID=.;OPOS=32449661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:67:3:0:60:67:1:10:50:0:3:16:51:0:0 chr11 32722315 . A AT 620.64 PASS AF=1;AO=12;DP=104;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106923;FXX=0.0202;HRUN=4;LEN=1;MLLD=9.17819;QD=25.5935;RBI=0.198884;REFB=0;REVB=-0.167697;RO=83;SAF=8;SAR=4;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213032;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00522563;OID=.;OPOS=32722316;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:12:104:97:97:0:48:49:0:0:12:83:8:4:41:42 chr11 32722320 . A T 831.38 PASS AF=0.77451;AO=70;DP=96;FAO=79;FDP=102;FR=.;FRO=23;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.105915;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=26.248;QD=32.6029;RBI=0.106802;REFB=-0.10575;REVB=-0.0137382;RO=25;SAF=32;SAR=38;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505705;STB=0.521863;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0267709;OID=.;OPOS=32722320;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:102:25:23:70:79:0.77451:38:32:14:11:42:37:13:10 chr11 32954344 . G A 1196.26 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0282635;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.75;QD=61.3468;RBI=0.028332;REFB=0;REVB=0.00196901;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000106753;OID=.;OPOS=32954344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:78:0:0:78:78:1:44:34:0:0:44:34:0:0 chr11 32956244 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.0889;QD=47.8217;RBI=0.0539196;REFB=0;REVB=0.0471761;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00271258;OID=.;OPOS=32956244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr11 32956620 . A G 745.07 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.698;QD=62.0895;RBI=0.049957;REFB=0;REVB=-0.00271009;RO=1;SAF=22;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208969;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564229;OID=.;OPOS=32956620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:1:0:47:48:1:25:22:1:0:25:23:0:0 chr11 33053107 . C T 191.99 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00175474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.689;QD=11.8145;RBI=0.0501446;REFB=-0.0101995;REVB=-0.0501139;RO=41;SAF=10;SAR=14;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131093;STB=0.575772;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0254232;OID=.;OPOS=33053107;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:14:10:22:19:14:10:22:19 chr11 33065394 . C T 232.92 PASS AF=0.411765;AO=27;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.0134103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.263;QD=13.7012;RBI=0.0166291;REFB=0.0113034;REVB=-0.0098331;RO=40;SAF=10;SAR=17;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00517774;STB=0.511054;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.0212438;OID=.;OPOS=33065394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:27:28:0.411765:17:10:15:25:17:11:15:25 chr11 33076191 . T C 170.05 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.059856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.259;QD=17.0045;RBI=0.0607447;REFB=-0.00747591;REVB=-0.0103526;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.276419;STB=0.657439;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0224066;OID=.;OPOS=33076191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:7:11:7:15:7:11:7:15 chr11 33078251 . A T 414.48 PASS AF=0.539474;AO=41;DP=76;FAO=41;FDP=76;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.00307398;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.416;QD=21.8145;RBI=0.00810233;REFB=-0.0181383;REVB=0.00749656;RO=33;SAF=20;SAR=21;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144609;STB=0.59075;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0131934;OID=.;OPOS=33078251;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:35:41:41:0.539474:21:20:22:11:21:20:24:11 chr11 33107250 . G A 250.03 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0325288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4847;QD=14.2872;RBI=0.0336945;REFB=-0.00151698;REVB=-0.00878624;RO=41;SAF=13;SAR=16;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409371;STB=0.523274;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00104735;OID=.;OPOS=33107250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:16:13:20:21:16:13:20:21 chr11 33108630 . T C 534.25 PASS AF=0.491228;AO=56;DP=114;FAO=56;FDP=114;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=3.53325e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.0492;QD=18.7457;RBI=0.0216503;REFB=0.0224815;REVB=0.0216503;RO=58;SAF=28;SAR=28;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951856;STB=0.552613;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.0213875;OID=.;OPOS=33108630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:58:58:56:56:0.491228:28:28:23:35:28:28:23:35 chr11 33360386 . G A 206.44 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0109266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0401;QD=24.2866;RBI=0.0185963;REFB=-0.0336673;REVB=0.0150476;RO=14;SAF=8;SAR=12;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0898413;STB=0.549951;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.017668;OID=.;OPOS=33360386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:12:8:4:10:12:8:4:10 chr11 33564123 . T C 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0130106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.324;QD=9.91659;RBI=0.0182705;REFB=-0.00702566;REVB=-0.0128271;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21557;STB=0.629974;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0149703;OID=.;OPOS=33564123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:5:4:11:6:5:4:11:6 chr11 33604885 . C T 137.89 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00106359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.733;QD=11.4909;RBI=0.00119083;REFB=-0.0148244;REVB=-0.000535575;RO=32;SAF=11;SAR=5;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252834;STB=0.650345;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0374806;OID=.;OPOS=33604885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:32:32:16:16:0.333333:5:11:15:17:5:11:15:17 chr11 33604960 . C T 167.92 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0691528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.799;QD=15.6205;RBI=0.0733171;REFB=-0.0127466;REVB=0.0243576;RO=25;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0534255;STB=0.530796;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0178705;OID=.;OPOS=33604960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:11:7:11:14:11:7:11:14 chr11 33631376 . T C 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0161668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.489;QD=11.8142;RBI=0.0282734;REFB=-0.0010451;REVB=-0.0231953;RO=22;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427439;STB=0.758672;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00156503;OID=.;OPOS=33631376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:23:13:13:0.361111:4:9:6:16:4:9:6:17 chr11 33640104 . A C 223.62 PASS AF=0.448276;AO=25;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00665939;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.86;QD=15.4222;RBI=0.0187913;REFB=-0.0239865;REVB=0.0175717;RO=32;SAF=15;SAR=10;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22048;STB=0.610153;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0358092;OID=.;OPOS=33640104;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:25:26:0.448276:10:15:12:20:11:15:12:20 chr11 33667333 . A G 83.37 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0115763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.043;QD=9.80805;RBI=0.0157885;REFB=-0.00333039;REVB=-0.0107362;RO=22;SAF=6;SAR=5;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509707;STB=0.5434;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00579431;OID=.;OPOS=33667333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:22:23:11:11:0.323529:5:6:13:9:5:6:14:9 chr11 33775982 . A G 104.1 PASS AF=0.351351;AO=16;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0105491;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=56.5419;QD=11.2545;RBI=0.0323027;REFB=-0.000312553;REVB=-0.0305316;RO=21;SAF=10;SAR=6;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367177;STB=0.767072;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00219228;OID=.;OPOS=33775982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:24:16:13:0.351351:6:10:5:16:4:9:6:18 chr11 33881016 . T C 468.54 PASS AF=1;AO=23;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134429;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.601;QD=56.7923;RBI=0.139126;REFB=0;REVB=0.0358424;RO=0;SAF=2;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000629025;OID=.;OPOS=33881016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:23:33:1:21:2:0:0:22:11:0:0 chr11 34093349 . ATTTTTTA ATTTTTA,ATTTTTAT 749.91 PASS AF=1,0;AO=58,7;DP=86;FAO=83,0;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=30,0;FSAR=53,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.162156,-0.107228;FXX=0.0348797;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=11.8488,4.56881;QD=36.1402;RBI=0.297013,0.108302;REFB=0.0448651,-0.051852;REVB=0.248841,0.0152149;RO=6;SAF=23,2;SAR=35,5;SRF=0;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0.368421,0;SSSB=0.074297,0.329175;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00146861,-0.00335299;OID=.,.;OPOS=34093350,34093355;OREF=T,TA;OALT=-,AT;OMAPALT=ATTTTTA,ATTTTTAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:58,7:86:83,0:83:0:30,0:53,0:0:0:3:6:23,2:35,5:0:6 chr11 34122369 . G T 1482.44 PASS AF=0.979381;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0125792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.054;QD=61.1314;RBI=0.0160656;REFB=-0.0305959;REVB=0.00999338;RO=2;SAF=50;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185879;STB=0.509802;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00113665;OID=.;OPOS=34122369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:97:2:2:95:95:0.979381:45:50:2:0:45:50:2:0 chr11 34152939 . T C 946.68 PASS AF=0.984848;AO=66;DP=67;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00883754;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.529;QD=57.3745;RBI=0.0531636;REFB=-0.140947;REVB=0.0524239;RO=1;SAF=35;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133089;STB=0.507244;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000729861;OID=.;OPOS=34152939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:67:66:1:1:66:65:0.984848:31:35:1:0:31:34:1:0 chr11 34154641 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.5296;QD=47.8222;RBI=0.0136032;REFB=0;REVB=0.00306555;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358991;OID=.;OPOS=34154641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr11 34378381 . G C 673.86 PASS AF=0.503704;AO=67;DP=135;FAO=68;FDP=135;FR=.;FRO=67;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=21;FSRR=46;FWDB=0.0196554;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3684;QD=19.9663;RBI=0.0271078;REFB=-0.0435236;REVB=0.0186681;RO=63;SAF=27;SAR=40;SRF=21;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064741;STB=0.544115;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0433849;OID=.;OPOS=34378381;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:63:67:67:68:0.503704:40:27:21:42:41:27:21:46 chr11 34482908 . C T 821.0 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.10177;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.839;QD=55.6611;RBI=0.106011;REFB=-0.126478;REVB=0.0296882;RO=1;SAF=26;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177934;STB=0.509431;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00192691;OID=.;OPOS=34482908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:1:1:57:58:0.983051:31:26:1:0:32:26:1:0 chr11 34501596 . A G 742.57 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.59;QD=63.1977;RBI=0.0444151;REFB=0;REVB=0.00734661;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189895;OID=.;OPOS=34501596;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:26:20:0:0:26:21:0:0 chr11 34643955 . G A 440.81 PASS AF=0.409836;AO=48;DP=120;FAO=50;FDP=122;FR=.;FRO=72;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=30;FWDB=0.0359997;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.759;QD=14.4528;RBI=0.0388938;REFB=-0.0143707;REVB=-0.0147225;RO=64;SAF=31;SAR=17;SRF=42;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116357;STB=0.548812;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0282965;OID=.;OPOS=34643955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:122:64:72:48:50:0.409836:17:31:42:22:17:33:42:30 chr11 34668143 . C T 547.47 PASS AF=0.573034;AO=45;DP=84;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.047749;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.67;QD=24.6052;RBI=0.0481309;REFB=-0.0417778;REVB=0.00605103;RO=38;SAF=12;SAR=33;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150512;STB=0.55116;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.026679;OID=.;OPOS=34668143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:89:38:38:45:51:0.573034:33:12:16:22:35:16:16:22 chr11 34680400 . T A 101.52 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0210373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.547;QD=8.64031;RBI=0.0363092;REFB=0.00258532;REVB=-0.0295938;RO=33;SAF=8;SAR=5;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262498;STB=0.501727;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00433011;OID=.;OPOS=34680400;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:34:13:13:0.276596:5:8:21:12:5:8:21:13 chr11 34680634 . G A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00147983;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.073;QD=59.8388;RBI=0.0105691;REFB=0;REVB=0.010465;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.86986e-05;OID=.;OPOS=34680634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr11 34680853 . G T 763.97 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.349;QD=56.5906;RBI=0.0307236;REFB=0;REVB=0.0267238;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.53454e-05;OID=.;OPOS=34680853;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:50:54:1:23:27:0:0:26:28:0:0 chr11 34909926 . T G 1329.51 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00178195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.486;QD=61.8379;RBI=0.0147461;REFB=0;REVB=0.014638;RO=0;SAF=27;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.38583e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.67767e-06;OID=.;OPOS=34909926;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:86:0:0:84:86:1:57:27:0:0:58:28:0:0 chr11 34910397 . C T 750.55 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.374;QD=62.546;RBI=0.0394222;REFB=0;REVB=0.0173086;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302031;OID=.;OPOS=34910397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:46:48:1:28:18:0:0:29:19:0:0 chr11 34918375 . A G 747.05 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0047003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.286;QD=63.5789;RBI=0.0124585;REFB=0;REVB=0.0115378;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.62234e-05;OID=.;OPOS=34918375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:32:14:0:0:33:14:0:0 chr11 34937813 . G A 708.15 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.173;QD=62.9464;RBI=0.0209279;REFB=0;REVB=0.0163921;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126395;OID=.;OPOS=34937813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr11 34937931 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00550302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.854;QD=42.1823;RBI=0.0141006;REFB=0;REVB=0.0129825;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.19247e-05;OID=.;OPOS=34937931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:10:1:0:0:10:1:0:0 chr11 34938265 . C T 1280.81 PASS AF=0.945055;AO=86;DP=91;FAO=86;FDP=91;FR=.;FRO=5;FSAF=63;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00990564;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.363;QD=56.2996;RBI=0.0308707;REFB=-0.0473623;REVB=0.0292383;RO=1;SAF=63;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201497;STB=0.504748;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.000953763;OID=.;OPOS=34938265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:91:91:1:5:86:86:0.945055:23:63:0:1:23:63:4:1 chr11 34963416 . T C 1047.79 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292937;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.467;QD=59.8737;RBI=0.0458074;REFB=0;REVB=0.0352164;RO=0;SAF=36;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95612e-05;OID=.;OPOS=34963416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:33:36:0:0:33:37:0:0 chr11 34991727 . T C 692.94 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126456;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3244;QD=62.9942;RBI=0.0141319;REFB=0;REVB=0.00630848;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231774;OID=.;OPOS=34991727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:31:13:0:0:31:13:0:0 chr11 34999745 . C G 542.23 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00796304;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.897;QD=60.248;RBI=0.00821842;REFB=0;REVB=0.00203284;RO=0;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.96648e-05;OID=.;OPOS=34999745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:21:15:0:0:21:15:0:0 chr11 35017205 . G T 661.63 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.075;QD=60.1482;RBI=0.0607014;REFB=-0.129859;REVB=-0.0431959;RO=1;SAF=26;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177216;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00210106;OID=.;OPOS=35017205;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:44:1:0:43:44:1:17:26:1:0:17:27:0:0 chr11 35017363 . C A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0388634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.109;QD=43.4851;RBI=0.0400985;REFB=0;REVB=0.0098757;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000224157;OID=.;OPOS=35017363;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr11 35226155 . A G 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368132;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.294;QD=57.5452;RBI=0.0380635;REFB=0;REVB=0.00967539;RO=0;SAF=15;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.41829e-05;OID=.;OPOS=35226155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:43:15:0:0:43:15:0:0 chr11 35229673 . T C 802.63 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00132815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.646;QD=57.331;RBI=0.091879;REFB=0;REVB=0.0918694;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000390448;OID=.;OPOS=35229673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:54:56:1:31:23:0:0:33:23:0:0 chr11 35282334 . T C 98.24 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0108038;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2477;QD=11.5576;RBI=0.0318536;REFB=-0.00221991;REVB=0.0299654;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198826;STB=0.617462;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00921317;OID=.;OPOS=35282334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:36:34:22:22:12:12:0.352941:6:6:7:15:6:6:7:15 chr11 35308369 . T C 358.13 PASS AF=0.452381;AO=38;DP=84;FAO=38;FDP=84;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.000948519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.272;QD=17.0538;RBI=0.00276539;REFB=-0.0256399;REVB=-0.00259763;RO=45;SAF=21;SAR=17;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00286223;STB=0.506976;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0280664;OID=.;OPOS=35308369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:46:38:38:0.452381:17:21:25:20:17:21:26:20 chr11 35327748 . C T 510.19 PASS AF=0.55814;AO=48;DP=86;FAO=48;FDP=86;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.012001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.778;QD=23.7297;RBI=0.0347335;REFB=-0.0148127;REVB=0.0325943;RO=38;SAF=17;SAR=31;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164984;STB=0.590734;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0104143;OID=.;OPOS=35327748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:38:48:48:0.55814:31:17:21:17:31:17:21:17 chr11 36103228 . A G 682.16 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00561495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.412;QD=62.0143;RBI=0.00827497;REFB=0;REVB=0.00607844;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00124452;OID=.;OPOS=36103228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:42:44:1:22:20:0:0:23:21:0:0 chr11 36293048 . G A 127.73 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=0.0149433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.601;QD=11.8818;RBI=0.021948;REFB=-0.00637787;REVB=0.0160752;RO=28;SAF=8;SAR=7;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122836;STB=0.572233;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0152768;OID=.;OPOS=36293048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:7:8:18:10:7:8:18:10 chr11 36422701 . C T 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.032682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.503;QD=7.83692;RBI=0.0364534;REFB=-0.0170459;REVB=0.0161474;RO=16;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613202;STB=0.538354;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0442663;OID=.;OPOS=36422701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:3:4:10:6:3:4:10:6 chr11 36422712 . A G 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00242073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3841;QD=7.46488;RBI=0.0446957;REFB=0.00656605;REVB=-0.0446301;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192881;STB=0.51216;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=-0.0176642;OID=.;OPOS=36422712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:3:4:10:7:3:4:10:7 chr11 36422792 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.505;QD=46.848;RBI=0.0165581;REFB=0;REVB=0.0114256;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.62699e-06;OID=.;OPOS=36422792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr11 36472800 . A G 260.63 PASS AF=0.38961;AO=29;DP=82;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0565648;FXX=0.0609682;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.8363;QD=13.5394;RBI=0.0630338;REFB=-0.00331104;REVB=-0.0278152;RO=46;SAF=11;SAR=18;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108927;STB=0.577249;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00297808;OID=.;OPOS=36472800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:77:46:47:29:30:0.38961:18:11:22:24:19:11:23:24 chr11 36484208 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.082;QD=59.4353;RBI=0.0520197;REFB=0;REVB=0.0499034;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203719;OID=.;OPOS=36484208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr11 36595600 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3239;QD=37.4878;RBI=0.1075;REFB=0;REVB=0.00262942;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0080781;OID=.;OPOS=36595600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr11 36597313 . A G 192.95 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0119804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.3786;QD=23.3883;RBI=0.0253655;REFB=-0.038774;REVB=0.0223579;RO=14;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199634;STB=0.51117;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0161408;OID=.;OPOS=36597313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:9:10:7:7:9:10:7:7 chr11 36600718 . AT A,GA 35.6 PASS AF=0.215385,0;AO=9,3;DP=66;FAO=14,0;FDP=65;FR=.;FRO=51;FSAF=11,0;FSAR=3,0;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=-0.112263,-0.0756135;FXX=0.0298463;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=9.09079,23.7863;QD=2.1909;RBI=0.120558,0.0782397;REFB=-0.0708493,-0.0299578;REVB=0.043946,-0.0201007;RO=45;SAF=7,3;SAR=2,0;SRF=24;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.320458,0.472411;STB=0.695897,0.5;STBP=0.141,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0352781,0;OID=.,.;OPOS=36600719,36600718;OREF=T,AT;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:66:65:45:51:9,3:14,0:0.215385,0:2,0:7,3:24:21:3,0:11,0:29:22 chr11 36601170 . G A 945.25 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00052856;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.764;QD=57.2877;RBI=0.00250949;REFB=0;REVB=0.0024532;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000940634;OID=.;OPOS=36601170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:63:66:1:34:29:0:0:37:29:0:0 chr11 40136434 . C T 433.3 PASS AF=0.448598;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=107;FR=.;FRO=59;FSAF=34;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=41;FWDB=0.00328179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.615;QD=16.198;RBI=0.0158059;REFB=-0.0237042;REVB=-0.0154615;RO=58;SAF=34;SAR=14;SRF=18;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387098;STB=0.719694;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0173219;OID=.;OPOS=40136434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:58:59:48:48:0.448598:14:34:18:40:14:34:18:41 chr11 40137543 . T C 1509.5 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0122037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.604;QD=62.2475;RBI=0.0277158;REFB=-0.0227438;REVB=0.0248844;RO=0;SAF=37;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.87092e-08;STB=0.504201;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=8.75694e-05;OID=.;OPOS=40137543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:97:0:1:95:96:0.989691:58:37:0:0:59:37:0:1 chr11 43391648 . C T 173.02 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0136737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.124;QD=11.3454;RBI=0.0143718;REFB=-0.00644906;REVB=0.00442493;RO=39;SAF=14;SAR=8;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00555109;STB=0.503223;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.00695632;OID=.;OPOS=43391648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:8:14:25:14:8:14:25:14 chr11 43911365 . T C 788.76 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00204715;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.299;QD=57.3647;RBI=0.0113315;REFB=0;REVB=0.011145;RO=0;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014429;OID=.;OPOS=43911365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:35:20:0:0:35:20:0:0 chr11 43918806 . G A 1325.59 PASS AF=0.576744;AO=124;DP=215;FAO=124;FDP=215;FR=.;FRO=91;FSAF=68;FSAR=56;FSRF=52;FSRR=39;FWDB=0.00679085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7455;QD=24.6621;RBI=0.0111055;REFB=-0.0221931;REVB=-0.00878728;RO=87;SAF=68;SAR=56;SRF=51;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291422;STB=0.509862;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0204243;OID=.;OPOS=43918806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:87:91:124:124:0.576744:56:68:51:36:56:68:52:39 chr11 43923096 . C T 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.0111544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.335;QD=15.6261;RBI=0.0114062;REFB=-0.0119628;REVB=-0.00238349;RO=26;SAF=10;SAR=9;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251679;STB=0.650208;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0177079;OID=.;OPOS=43923096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:27:19:19:0.413043:9:10:20:6:9:10:21:6 chr11 43940644 . G T 803.54 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0174275;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.79;QD=55.4167;RBI=0.0174388;REFB=-0.140809;REVB=0.000627065;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512191;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00057621;OID=.;OPOS=43940644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:37:20:0:0:37:20:1:0 chr11 43946967 . A G 1522.79 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0133289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2964;QD=58.5689;RBI=0.0283621;REFB=0.112454;REVB=-0.025035;RO=1;SAF=45;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811129;STB=0.504273;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.00162153;OID=.;OPOS=43946967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:58:45:0:1:58:45:0:1 chr11 43947990 . T C 214.21 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00689969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6759;QD=45.097;RBI=0.0177434;REFB=0.0141934;REVB=-0.0163469;RO=1;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611153;STB=0.533296;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00140355;OID=.;OPOS=43947990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:7:11:0:1:7:11:0:1 chr11 44080210 . T C 244.88 PASS AF=0.39726;AO=28;DP=72;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=-0.000835555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.145;QD=13.418;RBI=0.00686332;REFB=-0.00380048;REVB=0.00681227;RO=44;SAF=10;SAR=18;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359059;STB=0.689029;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00944464;OID=.;OPOS=44080210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:44:44:28:29:0.39726:18:10:31:13:18:11:31:13 chr11 44096238 . G A 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0311324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.666;QD=10.8854;RBI=0.0326002;REFB=-0.0117971;REVB=-0.0096717;RO=15;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547831;STB=0.533255;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0146937;OID=.;OPOS=44096238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:8:1:2:13:8:1:2:13 chr11 44286566 . G A 169.15 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0237706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.047;QD=12.082;RBI=0.0244405;REFB=-0.00939446;REVB=0.00568334;RO=33;SAF=7;SAR=14;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136176;STB=0.56404;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.019607;OID=.;OPOS=44286566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:35:21:21:0.375:14:7:15:18:14:7:15:20 chr11 44297054 . T C 1319.69 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.592;QD=62.103;RBI=0.0376281;REFB=0;REVB=0.0353245;RO=0;SAF=32;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.35769e-05;OID=.;OPOS=44297054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:53:32:0:0:53:32:0:0 chr11 44331309 . G A 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0227573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8403;QD=26.0259;RBI=0.201288;REFB=0.0870641;REVB=0.199998;RO=1;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171372;STB=0.599655;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.000881645;OID=.;OPOS=44331309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:2:4:0:1:2:4:0:1 chr11 44331509 . C G 418.0 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0201304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.535;QD=53.9354;RBI=0.020167;REFB=-0.113613;REVB=-0.00121458;RO=1;SAF=14;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321345;STB=0.51723;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.000710156;OID=.;OPOS=44331509;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:16:14:1:0:16:14:1:0 chr11 44636833 . G A 595.66 PASS AF=0.469697;AO=57;DP=127;FAO=62;FDP=132;FR=.;FRO=70;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=48;FWDB=-0.00117233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.775;QD=18.0504;RBI=0.00922699;REFB=-0.0180132;REVB=0.00915221;RO=69;SAF=22;SAR=35;SRF=21;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867191;STB=0.549933;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0176663;OID=.;OPOS=44636833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:132:69:70:57:62:0.469697:35:22:21:48:37:25:22:48 chr11 44636839 . C T 675.37 PASS AF=0.515625;AO=66;DP=133;FAO=66;FDP=128;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=46;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.0206994;FXX=0.0447728;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5201;QD=21.1052;RBI=0.0207387;REFB=-0.0123692;REVB=0.00127646;RO=62;SAF=20;SAR=46;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0841681;STB=0.546422;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00928339;OID=.;OPOS=44636839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:128:62:62:66:66:0.515625:46:20:24:38:46:20:24:38 chr11 44640640 . C G 1821.84 PASS AF=1;AO=119;DP=119;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.537;QD=61.2383;RBI=0.0178185;REFB=0;REVB=0.0118563;RO=0;SAF=56;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71749e-05;OID=.;OPOS=44640640;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:119:0:0:119:119:1:63:56:0:0:63:56:0:0 chr11 44924950 . GC G,GA,GG 1470.2 PASS AF=1,0,0;AO=85,4,10;DP=100;FAO=101,0,0;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=48,0,0;FSAR=53,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350539,0.0313044,-0.00598018;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=97.9457,75.7227,82.4005;QD=58.2259;RBI=0.0350545,0.0313064,0.00685673;REFB=0,0,0;REVB=0.000206009,0.000355196,-0.00335444;RO=0;SAF=40,2,4;SAR=45,2,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-5.79153e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-2.32277e-05,0,0.0279848;OID=.,.,.;OPOS=44924951,44924951,44924951;OREF=C,C,C;OALT=-,A,G;OMAPALT=G,GA,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:85,4,10:100:101,0,0:101:0:48,0,0:53,0,0:0:0:8:0:40,2,4:45,2,6:0:0 chr11 44940828 . G A 464.63 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.648;QD=58.0786;RBI=0.0150153;REFB=0;REVB=0.00965178;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142039;OID=.;OPOS=44940828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr11 45234363 . C T 96.89 PASS AF=0.6875;AO=10;DP=15;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0294147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.662;QD=24.2234;RBI=0.0302504;REFB=-0.0548391;REVB=0.00706115;RO=4;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51721;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.02886;OID=.;OPOS=45234363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:15:16:4:5:10:11:0.6875:5:5:2:2:6:5:2:3 chr11 45672261 . A G 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=-0.018745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.882;QD=11.1977;RBI=0.055632;REFB=-0.010961;REVB=-0.0523789;RO=22;SAF=5;SAR=7;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422857;STB=0.745032;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0261437;OID=.;OPOS=45672261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:7:5:18:4:7:5:18:4 chr11 45834198 . T C 707.42 PASS AF=0.979592;AO=28;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0209285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.775;QD=57.7489;RBI=0.0262685;REFB=0.0511002;REVB=-0.0158754;RO=0;SAF=1;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511623;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.000571863;OID=.;OPOS=45834198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:28:48:0.979592:27:1:0:0:27:21:1:0 chr11 45848227 . A G 31.08 PASS AF=0.1;AO=7;DP=71;FAO=7;FDP=70;FR=.;FRO=63;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.0137579;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.777;QD=1.77576;RBI=0.0144493;REFB=-0.00225272;REVB=0.0044162;RO=64;SAF=3;SAR=4;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994525;STB=0.585124;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0187077;OID=.;OPOS=45848227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:71:70:64:63:7:7:0.1:4:3:33:31:4:3:33:30 chr11 45848232 . T C 30.67 PASS AF=0.0985915;AO=7;DP=71;FAO=7;FDP=71;FR=.;FRO=64;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=-0.0405875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1863;QD=1.72769;RBI=0.0432277;REFB=-0.00740325;REVB=-0.0148757;RO=63;SAF=3;SAR=4;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730224;STB=0.564332;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0393966;OID=.;OPOS=45848232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:71:71:63:64:7:7:0.0985915:4:3:31:32:4:3:32:32 chr11 45848271 . A G 33.49 PASS AF=0.109375;AO=7;DP=64;FAO=7;FDP=64;FR=.;FRO=57;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.00959674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.434;QD=2.09325;RBI=0.0174445;REFB=-0.00293466;REVB=-0.0145675;RO=56;SAF=3;SAR=4;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124538;STB=0.601483;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0235199;OID=.;OPOS=45848271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:64:64:56:57:7:7:0.109375:4:3:30:26:4:3:31:26 chr11 45868849 . GC CG,GCG 333.48 PASS AF=0,1;AO=2,21;DP=28;FAO=0,27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00978641,0.0957241;FXX=0.0357015;HRUN=5,3;LEN=2,1;MLLD=13.6716,19.4386;QD=49.4048;RBI=0.0130231,0.103324;REFB=0,0;REVB=0.00859228,-0.0388928;RO=0;SAF=1,5;SAR=1,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.78933e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0,0.00257977;OID=.,.;OPOS=45868849,45868851;OREF=GC,-;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:28:27:0:0:2,21:0,27:0,1:1,16:1,5:0:0:0,19:0,8:0:0 chr11 45903613 . A C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.345;QD=48.7372;RBI=0.0746122;REFB=0;REVB=-0.0611238;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000288033;OID=.;OPOS=45903613;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr11 45935384 . A G 769.44 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000226247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.674;QD=56.9955;RBI=0.0372507;REFB=0;REVB=-0.03725;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000163842;OID=.;OPOS=45935384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr11 45937267 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.238;QD=37.4885;RBI=0.0701973;REFB=0;REVB=0.0427713;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00378675;OID=.;OPOS=45937267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr11 45949534 . C T 605.73 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8596;QD=57.6889;RBI=0.0244472;REFB=-0.0838607;REVB=0.0106475;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00299719;OID=.;OPOS=45949534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:42:0:0:39:42:1:16:23:0:0:16:26:0:0 chr11 46334392 . GCCCCTA GCCCTA,GCCCTAG 35.85 PASS AF=0.305556,0;AO=9,2;DP=36;FAO=11,0;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=1,0;FSAR=10,0;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0509154,-0.010764;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,3;MLLD=16.2498,134.842;QD=3.9835;RBI=0.105969,0.0899215;REFB=-0.0887368,-0.00780983;REVB=-0.0929353,-0.0892749;RO=21;SAF=1,0;SAR=8,2;SRF=14;SRR=7;SSEN=0.441176,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.628202,-0.585199;STB=0.898712,0.5;STBP=0.002,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0953756,0;OID=.,.;OPOS=46334393,46334396;OREF=C,CTA;OALT=-,TAG;OMAPALT=GCCCTA,GCCCTAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.305556,0:9,2:36:11,0:36:25:1,0:10,0:16:9:36:21:1,0:8,2:14:7 chr11 46342081 . TGGGGT TGGGT,TGGGTC 627.71 PASS AF=0.980769,0.0192308;AO=46,2;DP=54;FAO=51,1;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28,0;FSAR=23,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.136462,-0.0468719;FXX=0.0370302;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=18.5623,41.4823;QD=48.2856;RBI=0.148229,0.0504504;REFB=0,0;REVB=0.0578783,-0.0186621;RO=1;SAF=26,0;SAR=20,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0229252,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.000475182,0.0171875;OID=.,.;OPOS=46342082,46342085;OREF=G,GT;OALT=-,TC;OMAPALT=TGGGT,TGGGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.980769,0.0192308:46,2:54:51,1:52:0:28,0:23,1:0:0:4:1:26,0:20,2:0:1 chr11 46342259 . A AG 297.64 PASS AF=1;AO=26;DP=30;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.193419;FXX=0.0666445;HRUN=2;LEN=1;MLLD=20.8712;QD=42.52;RBI=0.23008;REFB=0;REVB=-0.124602;RO=3;SAF=22;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592724;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00294833;OID=.;OPOS=46342260;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:30:28:28:0:24:4:0:0:5:3:22:4:3:0 chr11 46401517 . A G 204.75 PASS AF=0.351351;AO=23;DP=71;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0407169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.036;QD=11.0677;RBI=0.0421378;REFB=-0.0105732;REVB=-0.0108504;RO=47;SAF=12;SAR=11;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127193;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0165386;OID=.;OPOS=46401517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:74:47:48:23:26:0.351351:11:12:24:23:13:13:24:24 chr11 46702920 . T C 1139.08 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00630424;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.916;QD=59.1731;RBI=0.00796801;REFB=0.0269299;REVB=-0.00487297;RO=1;SAF=33;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141235;STB=0.507461;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-1.11074e-05;OID=.;OPOS=46702920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:77:1:1:76:76:0.987013:43:33:1:0:43:33:1:0 chr11 46724716 . CAGTGGTGACAGA C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0296962;FXX=0;HRUN=1;LEN=12;MLLD=397.448;QD=12.73;RBI=0.0297207;REFB=-0.0114448;REVB=-0.00120624;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13278;STB=0.578773;STBP=0.532;TYPE=del;VARB=0.0143275;OID=.;OPOS=46724717;OREF=AGTGGTGACAGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:9:21:9:21:12:4:5:7:5:66:12:4:5:7:5 chr11 46745003 . C T 299.93 PASS AF=0.571429;AO=26;DP=48;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0401143;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.473;QD=24.4838;RBI=0.0402287;REFB=-0.028578;REVB=-0.00303069;RO=20;SAF=16;SAR=10;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532607;STB=0.520695;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0204912;OID=.;OPOS=46745003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:20:21:26:28:0.571429:10:16:11:9:12:16:11:10 chr11 46801502 . T C 269.34 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.294;QD=51.3031;RBI=0.0295993;REFB=0;REVB=-0.0208997;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000246597;OID=.;OPOS=46801502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:5:15:0:0:6:15:0:0 chr11 46879973 . A G 163.25 PASS AF=0.5;AO=16;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0247717;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.14;QD=19.2053;RBI=0.0256958;REFB=-0.0150955;REVB=-0.00682897;RO=17;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0349675;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0266227;OID=.;OPOS=46879973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:16:17:0.5:6:10:10:7:7:10:10:7 chr11 46879990 . T C 464.86 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00981237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.379;QD=58.1079;RBI=0.0340877;REFB=0;REVB=0.0326448;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274802;OID=.;OPOS=46879990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr11 46890165 . C T 186.65 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00316186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.2;QD=27.6511;RBI=0.00356508;REFB=-0.0022997;REVB=0.00164694;RO=8;SAF=12;SAR=6;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137618;STB=0.542811;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.000885801;OID=.;OPOS=46890165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:8:9:18:18:0.666667:6:12:7:1:6:12:7:2 chr11 46890197 . G A 109.93 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0133804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.038;QD=14.6578;RBI=0.0561006;REFB=-0.0269977;REVB=0.0544816;RO=17;SAF=11;SAR=2;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279998;STB=0.66637;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00965591;OID=.;OPOS=46890197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:2:11:11:6:2:11:11:6 chr11 46893108 . T C 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.014428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0482;QD=14.7661;RBI=0.0345078;REFB=-0.00211782;REVB=-0.0313467;RO=33;SAF=5;SAR=20;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364204;STB=0.709493;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00172584;OID=.;OPOS=46893108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:20:5:17:16:20:5:17:16 chr11 46897446 . G A 653.89 PASS AF=0.433735;AO=72;DP=166;FAO=72;FDP=166;FR=.;FRO=94;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=-0.00586237;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.664;QD=15.7564;RBI=0.0100402;REFB=-0.0228451;REVB=0.00815097;RO=93;SAF=35;SAR=37;SRF=43;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240358;STB=0.510218;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0263241;OID=.;OPOS=46897446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:166:93:94:72:72:0.433735:37:35:43:50:37:35:44:50 chr11 46898771 . T C 207.04 PASS AF=0.296703;AO=27;DP=91;FAO=27;FDP=91;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.00065971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.518;QD=9.10065;RBI=0.0313376;REFB=-0.00474234;REVB=0.0313307;RO=63;SAF=9;SAR=18;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10115;STB=0.555513;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0240859;OID=.;OPOS=46898771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:63:64:27:27:0.296703:18:9:26:37:18:9:26:38 chr11 46914583 . T C 640.55 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0655411;FXX=0.0465008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5453;QD=62.4923;RBI=0.0790732;REFB=0;REVB=-0.0442372;RO=1;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302497;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00136537;OID=.;OPOS=46914583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:1:0:41:41:1:15:26:0:1:15:26:0:0 chr11 46914598 . A G 546.78 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019483;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6132;QD=60.7529;RBI=0.0205823;REFB=0;REVB=-0.00663646;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000859058;OID=.;OPOS=46914598;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:36:0:0:36:36:1:13:23:0:0:13:23:0:0 chr11 46969616 . T C 961.8 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015646;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.35;QD=59.1877;RBI=0.0579334;REFB=0;REVB=0.0557807;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116743;OID=.;OPOS=46969616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:62:65:1:35:27:0:0:36:29:0:0 chr11 47188314 . T C 691.22 PASS AF=1;AO=40;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0731189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.359;QD=62.8378;RBI=0.0739329;REFB=0;REVB=-0.0109407;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142311;OID=.;OPOS=47188314;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:40:44:1:23:17:0:0:24:20:0:0 chr11 47194286 . T C 222.83 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.011316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.802;QD=18.9644;RBI=0.027737;REFB=-0.0372277;REVB=0.0253236;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137902;STB=0.507805;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0197019;OID=.;OPOS=47194286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:10:12:14:11:10:12:14:11 chr11 47196982 . C T 88.09 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0285507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.096;QD=14.0936;RBI=0.0286475;REFB=-0.00504657;REVB=-0.0023537;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250796;STB=0.514679;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00831134;OID=.;OPOS=47196982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:6:5:6:8:6:5:6:8 chr11 47201041 . C T 55.0 PASS AF=0.28125;AO=8;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0314216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0412;QD=6.8748;RBI=0.0320932;REFB=-0.017587;REVB=0.00653104;RO=22;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.586017;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0389732;OID=.;OPOS=47201041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:32:32:22:23:8:9:0.28125:4:4:11:11:5:4:13:10 chr11 47238522 . T C 869.72 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0844867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9016;QD=57.0307;RBI=0.0863756;REFB=0;REVB=0.0179648;RO=0;SAF=18;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49224e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00172258;OID=.;OPOS=47238522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:41:18:0:0:41:20:0:0 chr11 47259668 . T C 285.98 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00293969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.182;QD=21.9986;RBI=0.0165107;REFB=-0.00253149;REVB=-0.0162469;RO=23;SAF=21;SAR=8;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691588;STB=0.538434;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00200072;OID=.;OPOS=47259668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:8:21:15:8:8:21:15:8 chr11 47266808 . T G 185.81 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0229396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.79;QD=19.0573;RBI=0.0232273;REFB=-0.0156238;REVB=-0.00364465;RO=19;SAF=14;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210822;STB=0.610468;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0119586;OID=.;OPOS=47266808;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:20:19:19:0.487179:5:14:10:9:5:14:11:9 chr11 47269159 . T C 303.0 PASS AF=0.409639;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=83;FR=.;FRO=49;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.016492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9062;QD=14.6026;RBI=0.0359671;REFB=0.00484778;REVB=-0.0319632;RO=48;SAF=24;SAR=10;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141585;STB=0.588553;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.00828657;OID=.;OPOS=47269159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:48:49:34:34:0.409639:10:24:28:20:10:24:28:21 chr11 47270255 . C T 340.97 PASS AF=0.522388;AO=29;DP=69;FAO=35;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=32;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.023529;FXX=0.042851;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.6262;QD=20.3563;RBI=0.067418;REFB=-0.0545828;REVB=-0.0631789;RO=20;SAF=14;SAR=15;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496776;STB=0.541827;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0421118;OID=.;OPOS=47270255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:20:32:29:35:0.522388:15:14:11:9:15:20:21:11 chr11 47282024 . C T 182.49 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0016542;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7437;QD=15.8686;RBI=0.0157333;REFB=0.00999316;REVB=0.0156461;RO=27;SAF=7;SAR=12;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298318;STB=0.670966;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00705303;OID=.;OPOS=47282024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:46:27:27:19:19:0.413043:12:7:18:9:12:7:18:9 chr11 47298360 . G A 185.5 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0338197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.876;QD=13.7408;RBI=0.0338815;REFB=-0.0121247;REVB=0.00204507;RO=31;SAF=15;SAR=7;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242561;STB=0.631456;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0169219;OID=.;OPOS=47298360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:32:22:22:0.407407:7:15:14:17:7:15:15:17 chr11 47303275 . T C 131.99 PASS AF=0.416667;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0338835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.444;QD=14.6652;RBI=0.0344764;REFB=-0.00769075;REVB=-0.00636627;RO=21;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287743;STB=0.677197;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0142812;OID=.;OPOS=47303275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:21:21:14:15:0.416667:6:8:6:15:6:9:6:15 chr11 47306585 . G A 267.18 PASS AF=0.631579;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.00339996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.68;QD=28.1245;RBI=0.0123008;REFB=-0.011265;REVB=-0.0118216;RO=14;SAF=10;SAR=14;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287595;STB=0.657994;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0122344;OID=.;OPOS=47306585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:14:24:24:0.631579:14:10:12:2:14:10:12:2 chr11 47331116 . T C 769.47 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00633399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.665;QD=56.9975;RBI=0.0137827;REFB=0;REVB=-0.0122411;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.1702e-05;OID=.;OPOS=47331116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:22:32:0:0:22:32:0:0 chr11 47346145 . G A 268.77 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0190128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.23;QD=22.3978;RBI=0.019492;REFB=-0.0154981;REVB=0.00429567;RO=23;SAF=10;SAR=15;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686647;STB=0.53843;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0173205;OID=.;OPOS=47346145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:15:10:11:12:15:10:11:12 chr11 47354787 . C T 274.55 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0099995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.36;QD=19.9671;RBI=0.0122232;REFB=-0.0215208;REVB=0.00702963;RO=25;SAF=12;SAR=17;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223811;STB=0.523061;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0152235;OID=.;OPOS=47354787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:26:29:29:0.527273:17:12:11:14:17:12:12:14 chr11 47364762 . A G 410.84 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.619;QD=56.6673;RBI=0.0295171;REFB=0;REVB=0.0212038;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45344e-06;OID=.;OPOS=47364762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr11 47431728 . A G 271.2 PASS AF=0.884615;AO=22;DP=24;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0118018;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.446;QD=41.7236;RBI=0.0194294;REFB=-0.154631;REVB=0.0154344;RO=2;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709998;STB=0.516764;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0144477;OID=.;OPOS=47431728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:24:26:2:3:22:23:0.884615:12:10:0:2:12:11:1:2 chr11 47460306 . A G 207.02 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0500852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0679;QD=17.2513;RBI=0.0635825;REFB=-0.0159058;REVB=-0.039169;RO=24;SAF=9;SAR=12;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177586;STB=0.577569;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0108473;OID=.;OPOS=47460306;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:27:21:21:0.4375:12:9:6:18:12:9:8:19 chr11 47469439 . A G 438.38 PASS AF=0.372263;AO=50;DP=138;FAO=51;FDP=137;FR=.;FRO=86;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=57;FWDB=-0.0289912;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.707;QD=12.7994;RBI=0.0370849;REFB=-0.0136051;REVB=-0.0231258;RO=85;SAF=22;SAR=28;SRF=29;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112988;STB=0.573118;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0237714;OID=.;OPOS=47469439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:85:86:50:51:0.372263:28:22:29:56:28:23:29:57 chr11 47579119 . A T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0639932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.549;QD=56.1914;RBI=0.0657404;REFB=0;REVB=0.0150554;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000227176;OID=.;OPOS=47579119;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:21:7:0:0:21:7:0:0 chr11 47593945 . A C 786.22 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00262799;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.27;QD=64.1814;RBI=0.0711744;REFB=0;REVB=0.0711259;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144323;OID=.;OPOS=47593945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:47:49:1:26:21:0:0:27:22:0:0 chr11 47609867 . G A 847.04 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0281028;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=125.762;QD=54.648;RBI=0.0506562;REFB=-0.221053;REVB=0.042146;RO=1;SAF=27;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171579;STB=0.501628;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00154268;OID=.;OPOS=47609867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:63:62:1:2:60:60:0.967742:33:27:1:0:33:27:1:1 chr11 47701528 . C A 877.56 PASS AF=0.984127;AO=60;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00714445;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.078;QD=55.7184;RBI=0.00810504;REFB=-0.0619711;REVB=0.00382733;RO=1;SAF=27;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171579;STB=0.508769;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00112226;OID=.;OPOS=47701528;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:1:1:60:62:0.984127:33:27:1:0:34:28:1:0 chr11 47748509 . T C 737.92 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00615376;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3997;QD=54.6607;RBI=0.0364631;REFB=-0.199138;REVB=0.03594;RO=1;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177765;STB=0.50943;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00265384;OID=.;OPOS=47748509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:54:54:1:1:53:53:0.981481:26:27:0:1:26:27:0:1 chr11 47834592 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.183;QD=52.6132;RBI=0.0576678;REFB=0;REVB=0.00391883;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000479192;OID=.;OPOS=47834592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr11 48118347 . T TA 372.81 PASS AF=1;AO=33;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.115914;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.1333;QD=42.6063;RBI=0.168884;REFB=0;REVB=-0.122824;RO=1;SAF=23;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198849;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0111795;OID=.;OPOS=48118348;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:36:35:35:0:25:10:0:0:7:1:23:10:1:0 chr11 48145247 . T C 1208.94 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.529;QD=61.2123;RBI=0.0554742;REFB=0;REVB=0.0496785;RO=0;SAF=48;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116012;OID=.;OPOS=48145247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:31:48:0:0:31:48:0:0 chr11 48166267 . G C 868.5 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.447;QD=57.8999;RBI=0.027902;REFB=0;REVB=0.0158958;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59579e-05;OID=.;OPOS=48166267;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:35:24:0:0:36:24:0:0 chr11 48190383 . A T 763.21 PASS AF=0.982143;AO=52;DP=53;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00824273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.231;QD=54.5151;RBI=0.0235612;REFB=-0.0295135;REVB=0.0220723;RO=1;SAF=23;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200378;STB=0.5102;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000619835;OID=.;OPOS=48190383;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:56:1:1:52:55:0.982143:29:23:1:0:31:24:1:0 chr11 48190527 . T C 739.91 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0741158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.184;QD=56.9163;RBI=0.0755978;REFB=0;REVB=0.0148958;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000621497;OID=.;OPOS=48190527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr11 48238421 . T G 1766.97 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0666043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.497;QD=60.9299;RBI=0.0692341;REFB=0;REVB=0.0189006;RO=0;SAF=61;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18616e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168878;OID=.;OPOS=48238421;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:115:116:1:54:61:0:0:54:62:0:0 chr11 48267589 . A G 88.23 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4492;QD=39.2154;RBI=0.117411;REFB=0;REVB=-0.00726487;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00496684;OID=.;OPOS=48267589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:5:3:0:0:5:4:0:0 chr11 48285842 . A G 860.12 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.896;QD=57.3414;RBI=0.0769376;REFB=0;REVB=0.0757021;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122443;OID=.;OPOS=48285842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:60:0:0:54:60:1:22:32:0:0:28:32:0:0 chr11 48285855 . GC G,GT 758.8 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=9,42;DP=57;FAO=2,54;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=2,26;FSAR=0,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-1.07519e-05,0.027592;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.859,82.1604;QD=54.1997;RBI=0.0526666,0.0366202;REFB=0,0;REVB=0.0526666,0.0240774;RO=0;SAF=1,23;SAR=8,19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00954217,-6.10771e-05;OID=.,.;OPOS=48285856,48285856;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0357143,0.964286:9,42:57:2,54:56:0:2,26:0,28:0:0:8:0:1,23:8,19:0:0 chr11 48285857 . G T 52.41 PASS AF=0.157895;AO=9;DP=57;FAO=9;FDP=57;FR=.;FRO=48;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.00123007;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=75.328;QD=3.6781;RBI=0.0362347;REFB=-0.0236757;REVB=0.0362138;RO=48;SAF=1;SAR=8;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.55772;STB=0.884508;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.014714;OID=.;OPOS=48285857;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:57:57:48:48:9:9:0.157895:8:1:27:21:8:1:27:21 chr11 48285981 . CCTT C 407.61 PASS AF=0.923077;AO=34;DP=38;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0191967;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=3;MLLD=246.196;QD=41.8063;RBI=0.0192498;REFB=-0.0808266;REVB=0.00142836;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517232;STBP=0.475;TYPE=del;VARB=0.00112764;OID=.;OPOS=48285982;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.923077:34:38:36:39:3:20:16:1:2:7:0:17:17:0:0 chr11 48286231 . T A 223.38 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.523;QD=49.6405;RBI=0.0313537;REFB=0;REVB=0.0273614;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174552;OID=.;OPOS=48286231;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:6:11:0:0:7:11:0:0 chr11 48286256 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.316;QD=50.4135;RBI=0.0241361;REFB=0;REVB=0.0191783;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47366e-05;OID=.;OPOS=48286256;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr11 48346513 . T C 38.77 PASS AF=0.119403;AO=8;DP=67;FAO=8;FDP=67;FR=.;FRO=59;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.00175498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4704;QD=2.31474;RBI=0.00902851;REFB=-0.00136391;REVB=0.00885629;RO=58;SAF=1;SAR=7;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.508289;STB=0.877295;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0130435;OID=.;OPOS=48346513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:67:67:58:59:8:8:0.119403:7:1:32:26:7:1:33:26 chr11 48346535 . G C 42.07 PASS AF=0.121622;AO=8;DP=72;FAO=9;FDP=74;FR=.;FRO=65;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0753583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.419;QD=2.27393;RBI=0.0773735;REFB=-0.00881499;REVB=-0.0175436;RO=63;SAF=2;SAR=6;SRF=36;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371164;STB=0.701321;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.052422;OID=.;OPOS=48346535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:72:74:63:65:8:9:0.121622:6:2:36:27:6:3:37:28 chr11 48346541 . A T 42.36 PASS AF=0.121622;AO=9;DP=74;FAO=9;FDP=74;FR=.;FRO=65;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=0.0282686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1444;QD=2.28988;RBI=0.0560948;REFB=-0.000683518;REVB=-0.0484511;RO=65;SAF=3;SAR=6;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261743;STB=0.689852;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00159726;OID=.;OPOS=48346541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:74:74:65:65:9:9:0.121622:6:3:36:29:6:3:36:29 chr11 48346547 . C T 61.42 PASS AF=0.15;AO=12;DP=79;FAO=12;FDP=80;FR=.;FRO=68;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.012723;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.882;QD=3.07084;RBI=0.0191535;REFB=0.000443432;REVB=0.0143171;RO=67;SAF=4;SAR=8;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302852;STB=0.709343;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00275392;OID=.;OPOS=48346547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:79:80:67:68:12:12:0.15:8:4:39:28:8:4:40:28 chr11 48346579 . C A 55.92 PASS AF=0.122642;AO=12;DP=105;FAO=13;FDP=106;FR=.;FRO=93;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=44;FWDB=-0.013228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.817;QD=2.11036;RBI=0.0137301;REFB=-0.00557927;REVB=0.00367885;RO=93;SAF=6;SAR=6;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325185;STB=0.557076;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0549944;OID=.;OPOS=48346579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:105:106:93:93:12:13:0.122642:6:6:49:44:7:6:49:44 chr11 48346588 . A C 72.45 PASS AF=0.131148;AO=16;DP=122;FAO=16;FDP=122;FR=.;FRO=106;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=61;FSRR=45;FWDB=-0.0136162;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.746;QD=2.37533;RBI=0.0139003;REFB=-0.00492608;REVB=-0.00279619;RO=106;SAF=6;SAR=10;SRF=61;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245631;STB=0.669795;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0282706;OID=.;OPOS=48346588;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:122:122:106:106:16:16:0.131148:10:6:61:45:10:6:61:45 chr11 48346604 . T G 136.11 PASS AF=0.183206;AO=23;DP=132;FAO=24;FDP=131;FR=.,HEALED;FRO=107;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=66;FSRR=41;FWDB=-0.00138037;FXX=0.0150365;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.889;QD=4.15614;RBI=0.0311283;REFB=-0.00584585;REVB=-0.0310977;RO=81;SAF=11;SAR=12;SRF=54;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237314;STB=0.595343;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0360252;OID=.;OPOS=48346604;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:131:81:107:23:24:0.183206:12:11:54:27:12:12:66:41 chr11 48346615 . G A 199.75 PASS AF=0.209877;AO=33;DP=162;FAO=34;FDP=162;FR=.;FRO=128;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=71;FSRR=57;FWDB=-0.00358925;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.5521;QD=4.93209;RBI=0.00516576;REFB=-0.00301727;REVB=0.00371516;RO=120;SAF=15;SAR=18;SRF=69;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152115;STB=0.588989;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.010657;OID=.;OPOS=48346615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:120:128:33:34:0.209877:18:15:69:51:19:15:71:57 chr11 48346660 . TTTGCTGATC T 138.8 PASS AF=0.228571;AO=35;DP=187;FAO=40;FDP=175;FR=.;FRO=135;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=71;FSRR=64;FWDB=0.00218908;FXX=0.0384594;HRUN=5;LEN=9;MLLD=262.864;QD=3.17261;RBI=0.0234181;REFB=-0.00362267;REVB=-0.0233156;RO=119;SAF=17;SAR=18;SRF=64;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0657721;STB=0.53921;STBP=0.599;TYPE=del;VARB=0.0131938;OID=.;OPOS=48346661;OREF=TTGCTGATC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.228571:35:187:40:175:135:19:21:71:64:99:119:17:18:64:55 chr11 48346681 . G A 399.47 PASS AF=0.267281;AO=58;DP=215;FAO=58;FDP=217;FR=.;FRO=159;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=82;FSRR=77;FWDB=0.0126898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.784;QD=7.36351;RBI=0.0268693;REFB=-0.00937517;REVB=-0.0236839;RO=157;SAF=29;SAR=29;SRF=81;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0196662;STB=0.511517;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0172323;OID=.;OPOS=48346681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:217:157:159:58:58:0.267281:29:29:81:76:29:29:82:77 chr11 48346729 . G C 260.71 PASS AF=0.222222;AO=41;DP=188;FAO=42;FDP=189;FR=.;FRO=147;FSAF=7;FSAR=35;FSRF=66;FSRR=81;FWDB=-0.00517669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.361;QD=5.51771;RBI=0.0119487;REFB=-0.00466804;REVB=-0.0107691;RO=147;SAF=6;SAR=35;SRF=66;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.450593;STB=0.758698;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0173235;OID=.;OPOS=48346729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:147:147:41:42:0.222222:35:6:66:81:35:7:66:81 chr11 48346791 . C T 198.9 PASS AF=0.252033;AO=29;DP=123;FAO=31;FDP=123;FR=.;FRO=92;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=0.00304656;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.57;QD=6.46838;RBI=0.00714066;REFB=-0.00806468;REVB=-0.00645814;RO=90;SAF=5;SAR=24;SRF=41;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405996;STB=0.72026;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0193874;OID=.;OPOS=48346791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:90:92:29:31:0.252033:24:5:41:49:25:6:41:51 chr11 48346822 . A C 122.73 PASS AF=0.20202;AO=20;DP=99;FAO=20;FDP=99;FR=.;FRO=79;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=-0.0066795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.337;QD=4.95886;RBI=0.0162127;REFB=0.00558581;REVB=0.0147728;RO=78;SAF=4;SAR=16;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322654;STB=0.71338;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=-0.0253094;OID=.;OPOS=48346822;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:78:79:20:20:0.20202:16:4:33:45:16:4:34:45 chr11 48346843 . C T 65.21 PASS AF=0.160494;AO=12;DP=80;FAO=13;FDP=81;FR=.;FRO=68;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=38;FWDB=-0.0150605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.018;QD=3.22009;RBI=0.0173182;REFB=-0.00490937;REVB=-0.00854994;RO=66;SAF=4;SAR=8;SRF=30;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156103;STB=0.548943;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0183112;OID=.;OPOS=48346843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:80:81:66:68:12:13:0.160494:8:4:30:36:8:5:30:38 chr11 48346916 . G C 140.25 PASS AF=0.201681;AO=24;DP=119;FAO=24;FDP=119;FR=.;FRO=95;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=48;FSRR=47;FWDB=-0.0274877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.388;QD=4.71442;RBI=0.0298935;REFB=-0.00995246;REVB=-0.0117493;RO=94;SAF=14;SAR=10;SRF=47;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106091;STB=0.562712;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0274101;OID=.;OPOS=48346916;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:94:95:24:24:0.201681:10:14:47:47:10:14:48:47 chr11 48346924 . T C 167.42 PASS AF=0.22314;AO=27;DP=120;FAO=27;FDP=121;FR=.;FRO=94;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=48;FSRR=46;FWDB=0.0260754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2591;QD=5.5345;RBI=0.0398362;REFB=0.00594838;REVB=0.0301164;RO=93;SAF=16;SAR=11;SRF=47;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110596;STB=0.564308;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=-0.0217783;OID=.;OPOS=48346924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:121:93:94:27:27:0.22314:11:16:47:46:11:16:48:46 chr11 48346932 . G A 183.63 PASS AF=0.228346;AO=29;DP=127;FAO=29;FDP=127;FR=.;FRO=98;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=53;FSRR=45;FWDB=0.00433851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.055;QD=5.78346;RBI=0.0153588;REFB=-0.00239761;REVB=-0.0147333;RO=97;SAF=18;SAR=11;SRF=52;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108922;STB=0.563399;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00658435;OID=.;OPOS=48346932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:97:98:29:29:0.228346:11:18:52:45:11:18:53:45 chr11 48346961 . AA TG 273.53 PASS AF=0.271429;AO=38;DP=138;FAO=38;FDP=140;FR=.;FRO=102;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=54;FSRR=48;FWDB=-0.0239371;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=200.577;QD=7.81526;RBI=0.0324791;REFB=-0.0108151;REVB=-0.0219523;RO=100;SAF=23;SAR=15;SRF=53;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937684;STB=0.556422;STBP=0.422;TYPE=mnp;VARB=0.0283304;OID=.;OPOS=48346961;OREF=AA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:140:100:102:38:38:0.271429:15:23:53:47:15:23:54:48 chr11 48346999 . T G 346.27 PASS AF=0.321168;AO=44;DP=137;FAO=44;FDP=137;FR=.;FRO=93;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=47;FWDB=0.0136408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9488;QD=10.1099;RBI=0.0137094;REFB=-0.0165157;REVB=-0.00136981;RO=91;SAF=27;SAR=17;SRF=44;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153101;STB=0.581976;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0401787;OID=.;OPOS=48346999;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:91:93:44:44:0.321168:17:27:44:47:17:27:46:47 chr11 48347014 . G A 336.25 PASS AF=0.335938;AO=42;DP=128;FAO=43;FDP=128;FR=.;FRO=85;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=45;FSRR=40;FWDB=0.0811743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.485;QD=10.5079;RBI=0.0815202;REFB=-0.00297961;REVB=0.00750201;RO=85;SAF=25;SAR=17;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775853;STB=0.55111;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0188686;OID=.;OPOS=48347014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:85:85:42:43:0.335938:17:25:45:40:17:26:45:40 chr11 48347023 . C T 319.5 PASS AF=0.344262;AO=37;DP=117;FAO=42;FDP=122;FR=.;FRO=80;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=0.00642988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.466;QD=10.4755;RBI=0.00767994;REFB=-0.00741932;REVB=-0.00419977;RO=78;SAF=23;SAR=14;SRF=41;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114847;STB=0.571508;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0173719;OID=.;OPOS=48347023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:122:78:80:37:42:0.344262:14:23:41:37:16:26:41:39 chr11 48347067 . C T 322.92 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00899427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.651;QD=14.1942;RBI=0.01068;REFB=-0.0299025;REVB=-0.00575887;RO=55;SAF=23;SAR=13;SRF=28;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142399;STB=0.581129;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0357002;OID=.;OPOS=48347067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:55:55:36:36:0.395604:13:23:28:27:13:23:28:27 chr11 48347100 . C T 197.44 PASS AF=0.373134;AO=25;DP=66;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0317709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.111;QD=11.7872;RBI=0.0418923;REFB=-0.0114006;REVB=0.0273053;RO=41;SAF=14;SAR=11;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00106759;STB=0.507276;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0276589;OID=.;OPOS=48347100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:41:42:25:25:0.373134:11:14:23:18:11:14:24:18 chr11 48347124 . A G 275.35 PASS AF=0.508475;AO=29;DP=58;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.016148;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.918;QD=18.6679;RBI=0.0922026;REFB=-0.0729581;REVB=-0.0907775;RO=29;SAF=15;SAR=14;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930683;STB=0.526179;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0621057;OID=.;OPOS=48347124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:29:29:29:30:0.508475:14:15:18:11:14:16:17:12 chr11 48347130 . C G 286.79 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0216804;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0925;QD=23.8991;RBI=0.0235179;REFB=-0.000767134;REVB=0.00911329;RO=22;SAF=12;SAR=14;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143066;STB=0.579557;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00132521;OID=.;OPOS=48347130;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:14:12:14:8:14:12:14:8 chr11 48347140 . T C 250.12 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00379819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7879;QD=20.0097;RBI=0.0234237;REFB=-0.0155962;REVB=0.0231137;RO=26;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142266;STB=0.579935;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0104215;OID=.;OPOS=48347140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:12:12:17:9:12:12:17:9 chr11 48347142 . C T 250.37 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.00311494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.548;QD=20.0292;RBI=0.0232123;REFB=-0.0153689;REVB=-0.0230024;RO=25;SAF=12;SAR=12;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127161;STB=0.579935;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0128501;OID=.;OPOS=48347142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:26:24:24:0.48:12:12:16:9:12:12:17:9 chr11 48347144 . T C 251.28 PASS AF=0.48;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=-0.0263333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.66;QD=20.1023;RBI=0.0302383;REFB=-0.00182157;REVB=0.0148632;RO=25;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163737;STB=0.59992;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.000876399;OID=.;OPOS=48347144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:25:26:24:24:0.48:12:12:17:8:12:12:18:8 chr11 48347267 . T C 328.72 PASS AF=0.37;AO=37;DP=100;FAO=37;FDP=100;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.0117769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.31;QD=13.1488;RBI=0.0126827;REFB=-0.00172336;REVB=-0.00470682;RO=62;SAF=17;SAR=20;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445044;STB=0.520596;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.00676323;OID=.;OPOS=48347267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:62:63:37:37:0.37:20:17:31:31:20:17:31:32 chr11 48347306 . G T 225.07 PASS AF=0.295238;AO=29;DP=104;FAO=31;FDP=105;FR=.;FRO=74;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.000648636;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.663;QD=8.57422;RBI=0.00135751;REFB=-0.00529418;REVB=0.00119252;RO=72;SAF=12;SAR=17;SRF=35;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0878659;STB=0.571382;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0140623;OID=.;OPOS=48347306;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:72:74:29:31:0.295238:17:12:35:37:19:12:36:38 chr11 48347342 . G A 149.4 PASS AF=0.236559;AO=22;DP=93;FAO=22;FDP=93;FR=.;FRO=71;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.0461171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.436;QD=6.42562;RBI=0.0509626;REFB=-0.0108802;REVB=-0.0216885;RO=71;SAF=5;SAR=17;SRF=38;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396232;STB=0.744927;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0318906;OID=.;OPOS=48347342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:71:71:22:22:0.236559:17:5:38:33:17:5:38:33 chr11 48347346 . A T 111.8 PASS AF=0.204545;AO=17;DP=87;FAO=18;FDP=88;FR=.;FRO=70;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=-0.0159806;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.004;QD=5.08184;RBI=0.0429947;REFB=-0.014226;REVB=-0.0399144;RO=69;SAF=2;SAR=15;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.54725;STB=0.863828;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0629985;OID=.;OPOS=48347346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:69:70:17:18:0.204545:15:2:36:33:16:2:37:33 chr11 48347358 . C T 92.72 PASS AF=0.192771;AO=15;DP=81;FAO=16;FDP=83;FR=.;FRO=67;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.044083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3397;QD=4.46859;RBI=0.0496413;REFB=0.00250552;REVB=0.0228243;RO=61;SAF=1;SAR=14;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.612165;STB=0.842342;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00169674;OID=.;OPOS=48347358;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:81:83:61:67:15:16:0.192771:14:1:30:31:14:2:34:33 chr11 48347363 . C T 95.83 PASS AF=0.2;AO=16;DP=80;FAO=16;FDP=80;FR=.;FRO=64;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.0471508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.257;QD=4.79152;RBI=0.0481593;REFB=-0.00189784;REVB=-0.00980405;RO=64;SAF=2;SAR=14;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.492537;STB=0.823073;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0070564;OID=.;OPOS=48347363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:80:80:64:64:16:16:0.2:14:2:30:34:14:2:30:34 chr11 48347392 . T C 40.37 PASS AF=0.14;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0190636;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.59;QD=3.22994;RBI=0.0190899;REFB=0.00181086;REVB=0.00100049;RO=42;SAF=1;SAR=6;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37041;STB=0.785279;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.0162835;OID=.;OPOS=48347392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:50:42:43:7:7:0.14:6:1:17:25:6:1:18:25 chr11 48347419 . A G 33.26 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0627946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1622;QD=3.24476;RBI=0.0729678;REFB=-0.00433678;REVB=0.0371637;RO=35;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012582;STB=0.509061;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0380012;OID=.;OPOS=48347419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:4:2:12:23:4:2:12:23 chr11 48347492 . G A 37.77 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0320542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.102;QD=9.44183;RBI=0.037634;REFB=-0.0177983;REVB=-0.0197193;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173695;STB=0.608323;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0252982;OID=.;OPOS=48347492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:4:2:5:5:4:2:5:5 chr11 48347498 . A T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0310096;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.384;QD=11.0198;RBI=0.0363139;REFB=-0.0227205;REVB=-0.0188971;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271446;STB=0.666111;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0336578;OID=.;OPOS=48347498;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:5:3:4:2:5:3 chr11 48366958 . T G 181.44 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.000107706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.462;QD=12.9597;RBI=0.0256299;REFB=-0.0101326;REVB=0.0256297;RO=33;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158109;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00501491;OID=.;OPOS=48366958;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:34:22:22:0.392857:11:11:16:17:11:11:17:17 chr11 48366971 . GG CA 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.000465243;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=312.454;QD=12.1431;RBI=0.00396529;REFB=-0.00856456;REVB=-0.0039379;RO=33;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121719;STB=0.507092;STBP=0.958;TYPE=mnp;VARB=0.0134996;OID=.;OPOS=48366971;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:10:9:16:17:10:9:16:17 chr11 48367050 . T TAG 61.87 PASS AF=0.225;AO=9;DP=41;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0109595;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=2;MLLD=226.414;QD=6.18666;RBI=0.0116684;REFB=-0.00707107;REVB=0.00400507;RO=31;SAF=3;SAR=6;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222664;STB=0.643743;STBP=0.372;TYPE=ins;VARB=0.0186726;OID=.;OPOS=48367051;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.225:9:41:9:40:31:3:6:16:15:61:31:3:6:16:15 chr11 48367073 . A C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00101189;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.442;QD=60.9786;RBI=0.0239476;REFB=0;REVB=0.0239262;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96405e-05;OID=.;OPOS=48367073;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr11 48367097 . A G 51.03 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0279151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.611;QD=5.37206;RBI=0.0332362;REFB=-0.00148119;REVB=0.0180386;RO=30;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726847;STB=0.547824;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00439612;OID=.;OPOS=48367097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:30:30:8:8:0.210526:5:3:13:17:5:3:13:17 chr11 48367190 . A T 60.52 PASS AF=0.28125;AO=8;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00670081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.815;QD=7.56465;RBI=0.00723907;REFB=-0.00816535;REVB=-0.00273922;RO=23;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.490844;STB=0.817531;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0125166;OID=.;OPOS=48367190;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:32:32:23:23:8:9:0.28125:2:6:7:16:2:7:7:16 chr11 48367195 . C T 72.72 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.009191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.556;QD=8.55504;RBI=0.0104807;REFB=-0.0154583;REVB=0.00503691;RO=24;SAF=8;SAR=2;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.551882;STB=0.834547;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0186996;OID=.;OPOS=48367195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:2:8:7:17:2:8:7:17 chr11 48367249 . C T 120.5 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.013648;FXX=0.0681663;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.369;QD=11.7564;RBI=0.0225133;REFB=-0.00448646;REVB=-0.0179048;RO=27;SAF=10;SAR=4;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0622529;STB=0.537135;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00987236;OID=.;OPOS=48367249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:41:27:27:14:14:0.341463:4:10:18:9:4:10:18:9 chr11 48367252 . G A 139.74 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0308399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4672;QD=12.7039;RBI=0.0434469;REFB=0.00573664;REVB=0.0306028;RO=27;SAF=11;SAR=5;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256496;STB=0.506571;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=-0.0184672;OID=.;OPOS=48367252;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:28:16:16:0.363636:5:11:18:9:5:11:19:9 chr11 48367311 . T C 165.98 PASS AF=0.362069;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.026273;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7794;QD=11.4469;RBI=0.0289007;REFB=0.0116305;REVB=0.0120406;RO=37;SAF=13;SAR=8;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100489;STB=0.558086;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.021198;OID=.;OPOS=48367311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:37:37:21:21:0.362069:8:13:26:11:8:13:26:11 chr11 48367363 . C T 143.88 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.0267085;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.6558;QD=8.3407;RBI=0.0475825;REFB=-0.000871345;REVB=-0.0393795;RO=48;SAF=12;SAR=8;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00513579;STB=0.509082;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00173623;OID=.;OPOS=48367363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:48:49:20:20:0.289855:8:12:29:19:8:12:30:19 chr11 48367387 . C T 78.55 PASS AF=0.203125;AO=13;DP=63;FAO=13;FDP=64;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=27;FWDB=0.094585;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5941;QD=4.90938;RBI=0.101431;REFB=-0.00838778;REVB=0.0366323;RO=50;SAF=7;SAR=6;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723149;STB=0.553874;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0371468;OID=.;OPOS=48367387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:63:64:50:51:13:13:0.203125:6:7:24:26:6:7:24:27 chr11 48367419 . G A 56.78 PASS AF=0.173077;AO=9;DP=52;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0138962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.209;QD=4.36797;RBI=0.016633;REFB=-0.00631563;REVB=-0.00914074;RO=42;SAF=4;SAR=5;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390639;STB=0.517203;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0286693;OID=.;OPOS=48367419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:52:52:42:43:9:9:0.173077:5:4:20:22:5:4:20:23 chr11 48367424 . C G 49.32 PASS AF=0.173077;AO=7;DP=50;FAO=9;FDP=52;FR=.;FRO=43;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0316502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.991;QD=3.79392;RBI=0.0376378;REFB=0.000894451;REVB=-0.0203684;RO=43;SAF=2;SAR=5;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223464;STB=0.517203;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=-0.00802446;OID=.;OPOS=48367424;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:50:52:43:43:7:9:0.173077:5:2:20:23:5:4:20:23 chr11 48367455 . G A 41.07 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.000601506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=288.343;QD=3.73334;RBI=0.00805141;REFB=-0.00129344;REVB=-0.00802891;RO=37;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286493;STB=0.519943;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00556297;OID=.;OPOS=48367455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:44:37:37:7:7:0.159091:4:3:15:22:4:3:15:22 chr11 48373748 . C G 51.24 PASS AF=0.216216;AO=8;DP=37;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.024601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2769;QD=5.5397;RBI=0.0248176;REFB=0.00640077;REVB=0.00327125;RO=28;SAF=6;SAR=2;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104561;STB=0.589924;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.0709183;OID=.;OPOS=48373748;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:37:37:28:29:8:8:0.216216:2:6:19:9:2:6:19:10 chr11 48373770 . T A 60.27 PASS AF=0.225;AO=9;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.00758597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=296.375;QD=6.02722;RBI=0.0176356;REFB=-0.00260784;REVB=0.0159207;RO=31;SAF=6;SAR=3;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146496;STB=0.509413;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0205124;OID=.;OPOS=48373770;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:40:31:31:9:9:0.225:3:6:21:10:3:6:21:10 chr11 48373797 . C T 69.67 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0071339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.737;QD=6.48131;RBI=0.0223164;REFB=-4.20312e-05;REVB=-0.0211455;RO=32;SAF=7;SAR=3;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176605;STB=0.502757;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000558909;OID=.;OPOS=48373797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:32:33:10:10:0.232558:3:7:22:10:3:7:23:10 chr11 48373805 . G A 79.7 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0521915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4073;QD=7.08422;RBI=0.0544673;REFB=0.00268525;REVB=0.01558;RO=34;SAF=8;SAR=3;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316824;STB=0.519963;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=-0.0268246;OID=.;OPOS=48373805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:34:34:11:11:0.244444:3:8:24:10:3:8:24:10 chr11 48373815 . A G 100.76 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=0.0384431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9291;QD=8.22523;RBI=0.0410668;REFB=-0.013111;REVB=0.0144432;RO=36;SAF=10;SAR=3;SRF=27;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314899;STB=0.51945;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0515254;OID=.;OPOS=48373815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:36:36:13:13:0.265306:3:10:27:9:3:10:27:9 chr11 48373817 . C T 100.76 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=9;FWDB=-0.0020509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.1;QD=8.225;RBI=0.00406981;REFB=-0.00168461;REVB=0.00351528;RO=35;SAF=10;SAR=3;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426127;STB=0.51945;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00703456;OID=.;OPOS=48373817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:36:13:13:0.265306:3:10:26:9:3:10:27:9 chr11 48373820 . A C 31.78 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=9;FWDB=0.0119356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.172;QD=2.49285;RBI=0.0265588;REFB=-0.00819209;REVB=0.0237258;RO=44;SAF=4;SAR=2;SRF=36;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236513;STB=0.644758;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0476249;OID=.;OPOS=48373820;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:44:45:6:6:0.117647:2:4:36:8:2:4:36:9 chr11 48373827 . G A 114.84 PASS AF=0.261538;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=65;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=10;FWDB=-0.0141296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.189;QD=7.06706;RBI=0.0147691;REFB=-0.0102429;REVB=-0.00429893;RO=48;SAF=14;SAR=3;SRF=38;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624733;STB=0.538414;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.00930597;OID=.;OPOS=48373827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:48:48:17:17:0.261538:3:14:38:10:3:14:38:10 chr11 48373885 . A G 240.26 PASS AF=0.3;AO=33;DP=110;FAO=33;FDP=110;FR=.;FRO=77;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=35;FWDB=0.00187643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.525;QD=8.73669;RBI=0.0057257;REFB=-0.00640374;REVB=-0.0054095;RO=76;SAF=14;SAR=19;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15188;STB=0.584564;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0200822;OID=.;OPOS=48373885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:76:77:33:33:0.3:19:14:42:34:19:14:42:35 chr11 48373900 . A G 227.47 PASS AF=0.288288;AO=32;DP=111;FAO=32;FDP=111;FR=.;FRO=79;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=0.0183194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.4727;QD=8.19706;RBI=0.0235834;REFB=-0.00703401;REVB=-0.0148519;RO=79;SAF=13;SAR=19;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151087;STB=0.589341;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0189561;OID=.;OPOS=48373900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:79:79:32:32:0.288288:19:13:42:37:19:13:42:37 chr11 48373936 . A G 238.95 PASS AF=0.306122;AO=29;DP=98;FAO=30;FDP=98;FR=.;FRO=68;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=31;FSRR=37;FWDB=-0.0599488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2042;QD=9.75315;RBI=0.0609509;REFB=-0.0217051;REVB=0.0110067;RO=68;SAF=10;SAR=19;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138072;STB=0.589866;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0376804;OID=.;OPOS=48373936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:68:68:29:30:0.306122:19:10:31:37:20:10:31:37 chr11 48373976 . T G 216.01 PASS AF=0.304348;AO=27;DP=92;FAO=28;FDP=92;FR=.;FRO=64;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=40;FWDB=-0.00383386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.199;QD=9.39171;RBI=0.0268316;REFB=-0.0126995;REVB=-0.0265563;RO=64;SAF=7;SAR=20;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161003;STB=0.603817;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0248204;OID=.;OPOS=48373976;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:64:64:27:28:0.304348:20:7:24:40:21:7:24:40 chr11 48373986 . A G 210.34 PASS AF=0.313953;AO=27;DP=86;FAO=27;FDP=86;FR=.;FRO=59;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.0937986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.425;QD=9.7834;RBI=0.0937986;REFB=-0.0212456;REVB=-5.52206e-05;RO=58;SAF=7;SAR=20;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184326;STB=0.616823;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0290235;OID=.;OPOS=48373986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:58:59:27:27:0.313953:20:7:23:35:20:7:24:35 chr11 48387098 . A C 49.97 PASS AF=0.15;AO=9;DP=61;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.0116453;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.407;QD=3.33124;RBI=0.0191514;REFB=-0.0089457;REVB=-0.015204;RO=52;SAF=5;SAR=4;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0507343;STB=0.52824;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.031197;OID=.;OPOS=48387098;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:61:60:52:51:9:9:0.15:4:5:31:21:4:5:30:21 chr11 48387107 . T C 43.21 PASS AF=0.135593;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0156813;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.338;QD=2.92974;RBI=0.0299157;REFB=-0.00495772;REVB=-0.0254763;RO=48;SAF=4;SAR=4;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101338;STB=0.542268;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0441071;OID=.;OPOS=48387107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:56:59:48:51:8:8:0.135593:4:4:28:20:4:4:28:23 chr11 48387115 . G A 42.57 PASS AF=0.133333;AO=8;DP=60;FAO=8;FDP=60;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00953258;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.125;QD=2.83773;RBI=0.0212306;REFB=-0.0069388;REVB=-0.0189702;RO=52;SAF=4;SAR=4;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023137;STB=0.516625;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0499429;OID=.;OPOS=48387115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:60:60:52:52:8:8:0.133333:4:4:27:25:4:4:27:25 chr11 48387118 . G A 43.07 PASS AF=0.135593;AO=8;DP=59;FAO=8;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.0376384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.742;QD=2.91995;RBI=0.0397014;REFB=-0.00237273;REVB=-0.0126314;RO=51;SAF=4;SAR=4;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118086;STB=0.508453;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0349005;OID=.;OPOS=48387118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:59:59:51:51:8:8:0.135593:4:4:25:26:4:4:25:26 chr11 48387186 . A G 445.17 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0394229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3498;QD=52.3731;RBI=0.0459856;REFB=-0.0437811;REVB=0.023675;RO=2;SAF=15;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00343954;STB=0.501844;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00744429;OID=.;OPOS=48387186;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:2:2:32:32:0.941176:17:15:1:1:17:15:1:1 chr11 48387301 . G A 70.48 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00165822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.162;QD=7.04839;RBI=0.0197327;REFB=-0.00489562;REVB=0.0196629;RO=30;SAF=6;SAR=4;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119979;STB=0.575605;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.020278;OID=.;OPOS=48387301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:30:30:10:10:0.25:4:6:15:15:4:6:15:15 chr11 48387335 . C A 69.7 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=47;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.00147718;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.024;QD=6.06053;RBI=0.0199455;REFB=-0.0127042;REVB=0.0198907;RO=37;SAF=5;SAR=5;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494034;STB=0.521696;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0395271;OID=.;OPOS=48387335;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:47:46:37:36:10:10:0.217391:5:5:20:17:5:5:19:17 chr11 48387370 . A G 88.3 PASS AF=0.245283;AO=12;DP=49;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00260172;FXX=0.036357;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.376;QD=6.66437;RBI=0.0164191;REFB=0.00413319;REVB=-0.0162117;RO=37;SAF=7;SAR=5;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524397;STB=0.510188;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.017253;OID=.;OPOS=48387370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:49:53:37:40:12:13:0.245283:5:7:20:17:6:7:21:19 chr11 48387424 . G T 190.38 PASS AF=0.316456;AO=24;DP=77;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00656527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.51;QD=9.63961;RBI=0.00770618;REFB=-0.00549238;REVB=-0.00403514;RO=48;SAF=12;SAR=12;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526295;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.00581464;OID=.;OPOS=48387424;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:48:54:24:25:0.316456:12:12:24:24:13:12:28:26 chr11 48387490 . G A 189.72 PASS AF=0.352941;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.00333535;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.248;QD=11.1601;RBI=0.00355547;REFB=-0.00401816;REVB=0.00123158;RO=44;SAF=14;SAR=10;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241007;STB=0.639311;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0235634;OID=.;OPOS=48387490;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:44:44:24:24:0.352941:10:14:16:28:10:14:16:28 chr11 48387506 . A G 144.3 PASS AF=0.322581;AO=18;DP=60;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0056035;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5848;QD=9.30969;RBI=0.0421821;REFB=-0.00983274;REVB=-0.0418082;RO=41;SAF=11;SAR=7;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22674;STB=0.64985;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0221095;OID=.;OPOS=48387506;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:41:42:18:20:0.322581:7:11:17:24:7:13:18:24 chr11 48387526 . G T 128.89 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00445071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.852;QD=8.45163;RBI=0.017136;REFB=-0.00395932;REVB=0.0165479;RO=43;SAF=11;SAR=7;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224471;STB=0.634087;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00817084;OID=.;OPOS=48387526;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:43:18:18:0.295082:7:11:18:25:7:11:18:25 chr11 48387535 . T C 116.28 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0201193;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9649;QD=8.45693;RBI=0.024476;REFB=-0.0129482;REVB=0.0139388;RO=39;SAF=10;SAR=6;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221504;STB=0.633318;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0323914;OID=.;OPOS=48387535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:39:39:16:16:0.290909:6:10:17:22:6:10:17:22 chr11 48387540 . G T 126.88 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0325044;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.872;QD=9.22725;RBI=0.0325088;REFB=0.00173054;REVB=0.000532285;RO=39;SAF=11;SAR=6;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245749;STB=0.655137;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00273453;OID=.;OPOS=48387540;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:39:38:17:17:0.309091:6:11:17:22:6:11:16:22 chr11 48387960 . T C 56.83 PASS AF=0.12766;AO=12;DP=95;FAO=12;FDP=94;FR=.;FRO=82;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=52;FWDB=0.0561425;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7578;QD=2.4184;RBI=0.0589272;REFB=-0.00439765;REVB=0.0179005;RO=82;SAF=7;SAR=5;SRF=30;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263511;STB=0.682938;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0545443;OID=.;OPOS=48387960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:95:94:82:82:12:12:0.12766:5:7:30:52:5:7:30:52 chr11 48387978 . T A 44.51 PASS AF=0.114943;AO=10;DP=87;FAO=10;FDP=87;FR=.;FRO=77;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=47;FWDB=-0.0290819;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.222;QD=2.04664;RBI=0.0291645;REFB=-8.7095e-05;REVB=-0.00219344;RO=75;SAF=3;SAR=7;SRF=28;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976817;STB=0.587603;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.000494242;OID=.;OPOS=48387978;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:87:87:75:77:10:10:0.114943:7:3:28:47:7:3:30:47 chr11 48387983 . T C 69.36 PASS AF=0.160494;AO=13;DP=82;FAO=13;FDP=81;FR=.;FRO=68;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=0.0142287;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8691;QD=3.42532;RBI=0.0277968;REFB=-0.0114481;REVB=0.023879;RO=68;SAF=6;SAR=7;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120492;STB=0.580152;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0659466;OID=.;OPOS=48387983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:82:81:68:68:13:13:0.160494:7:6:25:43:7:6:25:43 chr11 48510654 . A C 1266.58 PASS AF=0.988372;AO=80;DP=83;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00403322;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.014;QD=58.9107;RBI=0.00730401;REFB=0.0325079;REVB=-0.00608947;RO=1;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119854;STB=0.506171;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00758439;OID=.;OPOS=48510654;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:86:1:1:80:85:0.988372:39:41:0:1:40:45:0:1 chr11 48510777 . G A 1404.82 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338428;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.311;QD=63.138;RBI=0.0496539;REFB=0;REVB=0.0363343;RO=0;SAF=36;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143016;OID=.;OPOS=48510777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:87:89:1:51:36:0:0:52:37:0:0 chr11 49000423 . C G 1300.8 PASS AF=0.966292;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0373047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.129;QD=58.463;RBI=0.0380518;REFB=-0.0342108;REVB=-0.00750339;RO=3;SAF=45;SAR=41;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00917579;STB=0.504846;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.00156193;OID=.;OPOS=49000423;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:89:89:3:3:86:86:0.966292:41:45:2:1:41:45:2:1 chr11 49000522 . C T 959.11 PASS AF=0.985294;AO=62;DP=63;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0642319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.0906;QD=56.4181;RBI=0.0678481;REFB=0.012114;REVB=0.0218546;RO=1;SAF=24;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012264;STB=0.506022;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000502718;OID=.;OPOS=49000522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:63:68:1:1:62:67:0.985294:38:24:0:1:41:26:0:1 chr11 49000530 . T G 325.23 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=65;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0247536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.681;QD=20.014;RBI=0.033737;REFB=0.00287896;REVB=0.0229226;RO=31;SAF=15;SAR=19;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07607;STB=0.542144;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00337255;OID=.;OPOS=49000530;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:31:31:34:34:0.523077:19:15:11:20:19:15:11:20 chr11 49055751 . T C 256.13 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8179;QD=51.2253;RBI=0.0766525;REFB=0;REVB=0.068579;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00237946;OID=.;OPOS=49055751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:18:20:1:9:9:0:0:9:11:0:0 chr11 49059362 . C A 1057.67 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.217;QD=58.7595;RBI=0.0257571;REFB=0;REVB=0.00528147;RO=1;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145478;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202639;OID=.;OPOS=49059362;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:72:72:1:0:71:72:1:32:39:0:1:33:39:0:0 chr11 49075605 . G A 753.51 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00446903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.957;QD=61.5113;RBI=0.024055;REFB=-0.0674961;REVB=0.0236362;RO=1;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284913;STB=0.515145;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000765623;OID=.;OPOS=49075605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:16:32:0:1:16:32:0:1 chr11 49080616 . T C 959.53 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225431;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3026;QD=58.1531;RBI=0.0257891;REFB=0;REVB=0.0125254;RO=0;SAF=38;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229729;OID=.;OPOS=49080616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:65:66:1:27:38:0:0:28:38:0:0 chr11 49598178 . G A 370.46 PASS AF=0.453488;AO=40;DP=87;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0148349;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9934;QD=17.2306;RBI=0.0187272;REFB=-0.0271202;REVB=0.0114296;RO=46;SAF=19;SAR=21;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0861687;STB=0.561466;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0235844;OID=.;OPOS=49598178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:46:47:40:39:0.453488:21:19:26:20:21:18:27:20 chr11 49598207 . T C 362.52 PASS AF=0.493506;AO=39;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00499921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.456;QD=18.8321;RBI=0.0215963;REFB=-0.0312066;REVB=-0.0210098;RO=38;SAF=15;SAR=24;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196655;STB=0.598988;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0286043;OID=.;OPOS=49598207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:39:39:38:0.493506:24:15:23:15:23:15:23:16 chr11 49598209 . T C 1120.56 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0329974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5381;QD=58.9769;RBI=0.0344261;REFB=0.0273567;REVB=-0.0098147;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506848;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.00198486;OID=.;OPOS=49598209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:0:1:75:75:0.986842:38:37:0:0:39:36:1:0 chr11 49830142 . G T 1345.31 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231862;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.308;QD=62.5725;RBI=0.0257143;REFB=0;REVB=0.0111187;RO=0;SAF=34;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248064;OID=.;OPOS=49830142;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:84:86:1:50:34:0:0:50:36:0:0 chr11 49974371 . G A 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00435398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.665;QD=53.9107;RBI=0.0145296;REFB=0;REVB=-0.0138619;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.44142e-05;OID=.;OPOS=49974371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr11 49974931 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.256;QD=51.1846;RBI=0.0530793;REFB=0;REVB=0.0446031;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447849;OID=.;OPOS=49974931;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr11 50003191 . C A 284.86 PASS AF=0.375;AO=32;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=0.0231193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6456;QD=12.9482;RBI=0.025602;REFB=0.000819754;REVB=-0.0109982;RO=55;SAF=14;SAR=18;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138318;STB=0.58677;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.000345861;OID=.;OPOS=50003191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:55:55:32:33:0.375:18:14:31:24:19:14:31:24 chr11 51516000 . C T 328.18 PASS AF=0.523077;AO=34;DP=67;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0427491;FXX=0.0298463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.9847;QD=20.1955;RBI=0.0684032;REFB=-0.0343321;REVB=0.0533996;RO=33;SAF=19;SAR=15;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0924207;STB=0.566357;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0310985;OID=.;OPOS=51516000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:65:33:31:34:34:0.523077:15:19:15:18:15:19:13:18 chr11 51516036 . G A 224.41 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0148525;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.532;QD=19.0992;RBI=0.0179463;REFB=-0.0277461;REVB=0.0100734;RO=25;SAF=13;SAR=9;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17861;STB=0.601065;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0276903;OID=.;OPOS=51516036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:25:25:22:22:0.468085:9:13:10:15:9:13:10:15 chr11 55111238 . C A 461.68 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.0180669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.914;QD=21.4736;RBI=0.018089;REFB=-0.00518069;REVB=0.000892276;RO=41;SAF=21;SAR=24;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153082;STB=0.584216;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00787531;OID=.;OPOS=55111238;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:41:41:45:45:0.523256:24:21:12:29:24:21:12:29 chr11 55111584 . A T 168.1 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00722702;FXX=0.0149231;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.602;QD=10.1882;RBI=0.00797875;REFB=0.000217863;REVB=0.0033809;RO=43;SAF=11;SAR=11;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394316;STB=0.515138;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.000507942;OID=.;OPOS=55111584;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:43:44:22:22:0.333333:11:11:23:20:11:11:23:21 chr11 55135435 . C T 299.45 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=87;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=37;FWDB=0.0235595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.422;QD=13.6113;RBI=0.0459822;REFB=-0.000776026;REVB=-0.0394882;RO=52;SAF=15;SAR=19;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147399;STB=0.580065;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00174515;OID=.;OPOS=55135435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:52:54:34:34:0.386364:19:15:16:36:19:15:17:37 chr11 55322211 . A G 442.03 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0124809;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=251.011;QD=19.8665;RBI=0.0131972;REFB=-0.00634666;REVB=-0.00428867;RO=44;SAF=25;SAR=19;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0414726;STB=0.529155;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.00625152;OID=.;OPOS=55322211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:45:44:44:0.494382:19:25:23:21:19:25:23:22 chr11 55339652 . C T 313.05 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0138313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3646;QD=16.9217;RBI=0.0428566;REFB=-0.00936259;REVB=-0.0405634;RO=40;SAF=16;SAR=18;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763689;STB=0.542832;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0100665;OID=.;OPOS=55339652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:40:40:34:34:0.459459:18:16:22:18:18:16:22:18 chr11 55339798 . C T 338.05 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=87;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.00544012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6904;QD=15.1934;RBI=0.0469799;REFB=-0.0132893;REVB=-0.0466639;RO=49;SAF=26;SAR=11;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812859;STB=0.570214;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0179438;OID=.;OPOS=55339798;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:89:49:52:37:37:0.41573:11:26:31:18:11:26:31:21 chr11 55339829 . A G 1024.23 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=74;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0200355;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.271;QD=56.9019;RBI=0.0305722;REFB=0.0238165;REVB=0.023092;RO=2;SAF=45;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205497;STB=0.510866;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-9.51307e-05;OID=.;OPOS=55339829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:72:2:2:70:70:0.972222:25:45:2:0:25:45:2:0 chr11 55340379 . T C 401.97 PASS AF=0.540541;AO=40;DP=74;FAO=40;FDP=74;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0274412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.737;QD=21.7279;RBI=0.0494308;REFB=0.0203765;REVB=0.0411143;RO=34;SAF=17;SAR=23;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0385453;STB=0.521281;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=-0.0163692;OID=.;OPOS=55340379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:34:40:40:0.540541:23:17:16:18:23:17:16:18 chr11 55433040 . T C 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0011962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.241;QD=24.3281;RBI=0.0011962;REFB=0.0047792;REVB=0;RO=2;SAF=7;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00116903;OID=.;OPOS=55433040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:0:7:2:0:0:7:2:0 chr11 55541098 . G A 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.515;QD=59.0179;RBI=0.0282162;REFB=0;REVB=-0.0221938;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000331579;OID=.;OPOS=55541098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr11 55541284 . G A 87.19 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0171952;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0981;QD=12.0266;RBI=0.0353315;REFB=-0.0110249;REVB=0.0308648;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172666;STB=0.620033;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.051277;OID=.;OPOS=55541284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:30:29:17:18:11:11:0.37931:7:4:9:8:7:4:10:8 chr11 55563776 . T G 1001.14 PASS AF=1;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361439;FXX=0.042851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.001;QD=59.7696;RBI=0.051247;REFB=0;REVB=0.03633;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97498e-05;OID=.;OPOS=55563776;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chr11 55563900 . T C 36.16 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.000241821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.46;QD=6.57366;RBI=0.00412182;REFB=-0.00881599;REVB=0.00411472;RO=16;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320963;STB=0.705222;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0203755;OID=.;OPOS=55563900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:2:4:6:10:2:4:6:10 chr11 55587117 . T A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.92;QD=50.4135;RBI=0.0400134;REFB=0;REVB=-0.0243866;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000999966;OID=.;OPOS=55587117;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr11 55587457 . G A 763.79 PASS AF=0.590164;AO=71;DP=123;FAO=72;FDP=122;FR=.;FRO=50;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0329159;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1236;QD=25.0422;RBI=0.0336731;REFB=-0.00286027;REVB=-0.00710097;RO=50;SAF=33;SAR=38;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496316;STB=0.538063;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.00226762;OID=.;OPOS=55587457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:50:50:71:72:0.590164:38:33:20:30:38:34:19:31 chr11 55587511 . A G 1352.34 PASS AF=0.96;AO=93;DP=99;FAO=96;FDP=100;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=63;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0146219;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.91;QD=54.0935;RBI=0.0146316;REFB=-0.106126;REVB=0.000533418;RO=4;SAF=30;SAR=63;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376213;STB=0.517804;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00112603;OID=.;OPOS=55587511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:99:100:4:4:93:96:0.96:63:30:3:1:63:33:3:1 chr11 55587914 . A G 113.06 PASS AF=0.4375;AO=13;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00306008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.068;QD=14.1323;RBI=0.02208;REFB=-0.0249502;REVB=0.0218669;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932572;STB=0.571326;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0358286;OID=.;OPOS=55587914;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:13:14:0.4375:7:6:10:8:8:6:10:8 chr11 55606302 . G T 1061.46 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.363;QD=59.8006;RBI=0.0132423;REFB=0;REVB=-0.00845255;RO=0;SAF=47;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04186e-06;OID=.;OPOS=55606302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:23:47:0:0:24:47:0:0 chr11 55607071 . G A 190.52 PASS AF=0.423077;AO=21;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0254296;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9563;QD=14.6552;RBI=0.0257684;REFB=0.000874481;REVB=0.00416496;RO=30;SAF=3;SAR=18;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253721;STB=0.655008;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.000292576;OID=.;OPOS=55607071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:21:22:0.423077:18:3:9:21:19:3:9:21 chr11 55652963 . A G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.833;QD=40.7605;RBI=0.0703502;REFB=0;REVB=0.0570005;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201577;OID=.;OPOS=55652963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr11 55652971 . C A 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00474495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.559;QD=34.6659;RBI=0.0353151;REFB=-0.116038;REVB=0.0349949;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538386;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00281988;OID=.;OPOS=55652971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:0:1:10:10:0.909091:6:4:0:0:6:4:0:1 chr11 55653164 . G A 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0292011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.037;QD=21.1724;RBI=0.0341502;REFB=-0.0134387;REVB=-0.017707;RO=8;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146341;STB=0.583194;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00538741;OID=.;OPOS=55653164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:5:7:3:5:5:7:3:5 chr11 55656483 . T A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0434666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.644;QD=52.6125;RBI=0.0453332;REFB=0;REVB=0.0128746;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186702;OID=.;OPOS=55656483;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr11 55681494 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.126;QD=47.8222;RBI=0.0461778;REFB=0;REVB=0.0333246;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010396;OID=.;OPOS=55681494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr11 55681865 . T C 420.72 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00906606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.724;QD=23.3736;RBI=0.017666;REFB=-0.0222128;REVB=0.0151623;RO=30;SAF=16;SAR=25;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345192;STB=0.527413;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0166974;OID=.;OPOS=55681865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:30:31:41:41:0.569444:25:16:13:17:25:16:14:17 chr11 55746891 . GC AC,AT 2035.62 PASS AF=0.962121,0.0378788;AO=124,5;DP=135;FAO=127,5;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=56,5;FSAR=71,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00238404,-0.0188587;FXX=0.0222206;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=98.3037,77.4228;QD=61.6855;RBI=0.00366305,0.0314112;REFB=0,0;REVB=0.00278106,-0.02512;RO=0;SAF=55,5;SAR=69,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.000702058,-0.0280475;OID=.,.;OPOS=55746891,55746891;OREF=G,GC;OALT=A,AT;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:135:132:0:0:124,5:127,5:0.962121,0.0378788:69,0:55,5:0:0:71,0:56,5:0:0 chr11 55761221 . C T 834.35 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.376;QD=57.5411;RBI=0.0408149;REFB=0;REVB=0.0253513;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406808;OID=.;OPOS=55761221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr11 55761738 . T G 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.344;QD=57.1773;RBI=0.0368852;REFB=0;REVB=0.00673064;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.24031e-05;OID=.;OPOS=55761738;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:33:18:0:0:33:18:0:0 chr11 55798152 . G A 400.2 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.014069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.169;QD=53.3599;RBI=0.0170468;REFB=-0.00403984;REVB=-0.00962581;RO=1;SAF=18;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251798;STB=0.513504;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-9.21292e-05;OID=.;OPOS=55798152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:11:18:1:0:11:18:1:0 chr11 55798259 . G T 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.037013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.433;QD=18.2482;RBI=0.0401382;REFB=-0.00490316;REVB=0.0155278;RO=12;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101714;STB=0.558193;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0102758;OID=.;OPOS=55798259;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:6:7:5:7:6:7:5:7 chr11 55872657 . A C 98.51 PASS AF=0.186813;AO=16;DP=94;FAO=17;FDP=91;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.0129565;FXX=0.0319115;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.836;QD=4.3299;RBI=0.0135057;REFB=-0.00933681;REVB=-0.00381217;RO=73;SAF=6;SAR=10;SRF=39;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199992;STB=0.603992;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0466021;OID=.;OPOS=55872657;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:94:91:73:74:16:17:0.186813:10:6:39:34:10:7:40:34 chr11 55872876 . C T 2136.81 PASS AF=0.960784;AO=146;DP=153;FAO=147;FDP=153;FR=.;FRO=6;FSAF=79;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0441357;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.226;QD=55.8643;RBI=0.0469581;REFB=-0.0903348;REVB=0.0160345;RO=4;SAF=78;SAR=68;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144587;STB=0.508038;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.000526923;OID=.;OPOS=55872876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:153:153:4:6:146:147:0.960784:68:78:1:3:68:79:2:4 chr11 55873024 . A G 943.91 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000558466;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.705;QD=58.9942;RBI=0.00644345;REFB=0;REVB=-0.0064192;RO=0;SAF=41;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332235;OID=.;OPOS=55873024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:64:0:0:64:64:1:23:41:0:0:23:41:0:0 chr11 55873334 . A G 211.51 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0349177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1863;QD=16.9204;RBI=0.0392687;REFB=-0.017864;REVB=-0.0179663;RO=28;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905762;STB=0.551613;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0266379;OID=.;OPOS=55873334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:13:9:14:14:13:9:14:14 chr11 55873368 . G A 695.32 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1611;QD=60.4624;RBI=0.03682;REFB=0;REVB=0.0311616;RO=1;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191664;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00325755;OID=.;OPOS=55873368;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:1:0:43:46:1:24:19:0:1:27:19:0:0 chr11 55889895 . C T 238.64 PASS AF=0.4;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=8;FWDB=-0.00780258;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.593;QD=13.6363;RBI=0.0403949;REFB=-0.000620976;REVB=-0.0396342;RO=40;SAF=17;SAR=11;SRF=32;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222984;STB=0.634531;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00102551;OID=.;OPOS=55889895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:40:42:28:28:0.4:11:17:32:8:11:17:34:8 chr11 55890257 . C T 1124.84 PASS AF=0.928571;AO=78;DP=84;FAO=78;FDP=84;FR=.;FRO=6;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00896823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.133;QD=53.5638;RBI=0.0124205;REFB=0.0843208;REVB=-0.00859307;RO=6;SAF=31;SAR=47;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605274;STB=0.532067;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0032621;OID=.;OPOS=55890257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:84:84:6:6:78:78:0.928571:47:31:5:1:47:31:5:1 chr11 55904382 . A C 372.33 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.0299166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1842;QD=17.7298;RBI=0.0299225;REFB=-0.0174457;REVB=-0.000592379;RO=43;SAF=21;SAR=18;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906112;STB=0.550249;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0055995;OID=.;OPOS=55904382;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:43:45:39:39:0.464286:18:21:19:24:18:21:20:25 chr11 55904828 . A G 277.6 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00633401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.522;QD=20.563;RBI=0.0101602;REFB=-0.0175867;REVB=0.00794424;RO=25;SAF=17;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223811;STB=0.512442;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0169691;OID=.;OPOS=55904828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:12:17:14:11:12:17:14:11 chr11 55905078 . C T 307.22 PASS AF=0.551724;AO=31;DP=59;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0200307;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.529;QD=21.1872;RBI=0.0242903;REFB=-0.0181207;REVB=0.0137401;RO=26;SAF=11;SAR=20;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264909;STB=0.504584;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0178315;OID=.;OPOS=55905078;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:26:26:31:32:0.551724:20:11:10:16:20:12:10:16 chr11 55944474 . G A 122.31 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.00834699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8005;QD=15.7818;RBI=0.011613;REFB=0.0152887;REVB=0.00807404;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253949;STB=0.644971;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.00718513;OID=.;OPOS=55944474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:7:7:4:13:7:7:4:13 chr11 55999950 . G C 238.48 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0218319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8459;QD=27.2552;RBI=0.0920472;REFB=-0.0402517;REVB=0.0894206;RO=13;SAF=13;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170347;STB=0.509425;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.025807;OID=.;OPOS=55999950;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:9:13:8:5:9:13:8:5 chr11 56000403 . C G 975.97 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00414949;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.22;QD=59.1498;RBI=0.0583188;REFB=0;REVB=0.058171;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126185;OID=.;OPOS=56000403;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr11 56000451 . G A 182.1 PASS AF=0.4;AO=21;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00709102;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.948;QD=13.2438;RBI=0.00712917;REFB=-0.0154756;REVB=0.000736566;RO=31;SAF=16;SAR=5;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254925;STB=0.622105;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0199186;OID=.;OPOS=56000451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:33:21:22:0.4:5:16:17:14:6:16:18:15 chr11 56000471 . G A 88.04 PASS AF=0.292683;AO=11;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0373722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3382;QD=8.58924;RBI=0.0622336;REFB=-0.0173032;REVB=-0.0497629;RO=29;SAF=7;SAR=4;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143044;STB=0.609981;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0481655;OID=.;OPOS=56000471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:41:41:29:29:11:12:0.292683:4:7:15:14:4:8:15:14 chr11 56000600 . G T 56.9 PASS AF=0.363636;AO=6;DP=23;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0250797;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.948;QD=10.3458;RBI=0.0250962;REFB=-0.00173708;REVB=0.000911144;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946031;STB=0.631226;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00138334;OID=.;OPOS=56000600;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:23:22:12:14:6:8:0.363636:4:2:5:7:6:2:6:8 chr11 56019925 . T G 394.26 PASS AF=0.424528;AO=45;DP=106;FAO=45;FDP=106;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.00160269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.192;QD=14.8776;RBI=0.0143783;REFB=-0.0105835;REVB=0.0142887;RO=60;SAF=30;SAR=15;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917769;STB=0.557797;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0114085;OID=.;OPOS=56019925;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:60:61:45:45:0.424528:15:30:35:25:15:30:35:26 chr11 56043604 . A G 447.94 PASS AF=0.478723;AO=44;DP=93;FAO=45;FDP=94;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0110232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.684;QD=19.0613;RBI=0.0229597;REFB=-0.0265049;REVB=-0.0201404;RO=47;SAF=21;SAR=23;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882561;STB=0.542162;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0325263;OID=.;OPOS=56043604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:47:49:44:45:0.478723:23:21:18:29:23:22:20:29 chr11 56043702 . G C 393.3 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.398;QD=56.1859;RBI=0.053812;REFB=0;REVB=0.0348941;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034592;OID=.;OPOS=56043702;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:16:11:0:0:16:12:0:0 chr11 56058197 . G A 446.18 PASS AF=0.565789;AO=43;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.;FRO=33;FSAF=34;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.00360395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.926;QD=23.483;RBI=0.0139876;REFB=-0.0118547;REVB=0.0135153;RO=32;SAF=34;SAR=9;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111844;STB=0.557349;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00874568;OID=.;OPOS=56058197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:32:33:43:43:0.565789:9:34:22:10:9:34:23:10 chr11 56086147 . T G 464.28 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1398;QD=58.0351;RBI=0.116681;REFB=0;REVB=0.0459651;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00302227;OID=.;OPOS=56086147;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr11 56113516 . T C 507.67 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=37;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00478464;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.37;QD=56.4075;RBI=0.145036;REFB=-0.0465669;REVB=0.144957;RO=1;SAF=21;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217449;STB=0.511621;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00398347;OID=.;OPOS=56113516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:36:1:1:34:35:0.972222:13:21:1:0:14:21:1:0 chr11 56113575 . A G 196.58 PASS AF=0.393443;AO=22;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00777108;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.177;QD=12.8904;RBI=0.00978277;REFB=-0.0212788;REVB=0.00594247;RO=37;SAF=16;SAR=6;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304759;STB=0.6584;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0236389;OID=.;OPOS=56113575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:22:24:0.393443:6:16:17:20:7:17:17:20 chr11 56113593 . C A 248.42 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00205325;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.459;QD=13.9953;RBI=0.0479631;REFB=-0.0121633;REVB=-0.0479191;RO=42;SAF=21;SAR=8;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.341388;STB=0.694947;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0206851;OID=.;OPOS=56113593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:42:42:29:29:0.408451:8:21:17:25:8:21:17:25 chr11 56127746 . A G 275.67 PASS AF=0.705882;AO=24;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0178422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.968;QD=32.4313;RBI=0.030441;REFB=-0.034101;REVB=0.0246639;RO=10;SAF=15;SAR=9;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043459;STB=0.52379;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0123464;OID=.;OPOS=56127746;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:10:10:24:24:0.705882:9:15:7:3:9:15:7:3 chr11 56128524 . C T 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0160489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.773;QD=20.0169;RBI=0.0299369;REFB=-0.00410285;REVB=-0.0252716;RO=17;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144681;STB=0.58123;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.00297217;OID=.;OPOS=56128524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:11:7:4:13:11:7:4:13 chr11 56143156 . C T 707.16 PASS AF=0.61;AO=61;DP=100;FAO=61;FDP=100;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0202028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.977;QD=28.2865;RBI=0.031029;REFB=-0.00437383;REVB=0.023551;RO=39;SAF=19;SAR=42;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193735;STB=0.605662;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00191622;OID=.;OPOS=56143156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:39:39:61:61:0.61:42:19:22:17:42:19:22:17 chr11 56143158 . A G 676.48 PASS AF=0.602041;AO=58;DP=97;FAO=59;FDP=98;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00087707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.526;QD=27.6113;RBI=0.00209965;REFB=-0.0169209;REVB=0.00190769;RO=39;SAF=18;SAR=40;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199902;STB=0.602241;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.013703;OID=.;OPOS=56143158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:39:39:58:59:0.602041:40:18:22:17:40:19:22:17 chr11 56143592 . C T 173.02 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.00645017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.161;QD=11.3457;RBI=0.0188023;REFB=-0.022783;REVB=-0.0176613;RO=39;SAF=19;SAR=3;SRF=28;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258194;STB=0.6534;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.033195;OID=.;OPOS=56143592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:3:19:28:11:3:19:28:11 chr11 56143690 . C A 50.41 PASS AF=0.195122;AO=8;DP=41;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0876295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6544;QD=4.91784;RBI=0.0883533;REFB=-0.0112822;REVB=0.0112854;RO=33;SAF=7;SAR=1;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313878;STB=0.718966;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0928137;OID=.;OPOS=56143690;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:33:33:8:8:0.195122:1:7:23:10:1:7:23:10 chr11 56143696 . C T 31.09 PASS AF=0.159091;AO=6;DP=44;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-5.07871e-05;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.923;QD=2.82636;RBI=0.0137846;REFB=-0.0189002;REVB=-0.0137845;RO=38;SAF=5;SAR=1;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198916;STB=0.691663;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.140399;OID=.;OPOS=56143696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:44:44:38:37:6:7:0.159091:1:5:27:11:1:6:26:11 chr11 56184888 . G A 395.3 PASS AF=0.436893;AO=43;DP=101;FAO=45;FDP=103;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.00407288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.117;QD=15.3516;RBI=0.00685398;REFB=-0.00498704;REVB=0.0055126;RO=57;SAF=19;SAR=24;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503769;STB=0.534543;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00638813;OID=.;OPOS=56184888;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:57:58:43:45:0.436893:24:19:28:29:26:19:28:30 chr11 56185345 . A G 161.38 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00691934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.686;QD=18.9864;RBI=0.0272258;REFB=-0.0301587;REVB=0.0263319;RO=17;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521373;STB=0.529582;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0313645;OID=.;OPOS=56185345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:8:9:10:7:8:9:10:7 chr11 56237478 . A C 34.65 PASS AF=0.171429;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=35;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.048744;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9494;QD=3.96008;RBI=0.0489995;REFB=-0.00950473;REVB=0.00499676;RO=29;SAF=2;SAR=4;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181457;STB=0.627018;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0498876;OID=.;OPOS=56237478;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:36:35:29:29:6:6:0.171429:4:2:14:15:4:2:14:15 chr11 56258664 . GA G 31.44 PASS AF=0.26087;AO=9;DP=22;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.150957;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.0669;QD=5.46776;RBI=0.151028;REFB=-0.082141;REVB=0.00460043;RO=13;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121026;STB=0.585943;STBP=0.665;TYPE=del;VARB=0.127706;OID=.;OPOS=56258665;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26087:9:22:6:23:17:4:2:13:4:31:13:7:2:10:3 chr11 56294275 . T C 238.62 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=-0.0243254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6335;QD=14.0363;RBI=0.0310402;REFB=0.00203601;REVB=-0.0192813;RO=40;SAF=11;SAR=17;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103524;STB=0.55865;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.00647467;OID=.;OPOS=56294275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:17:11:12:28:17:11:12:28 chr11 56294338 . G A 1171.11 PASS AF=0.975904;AO=79;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0210949;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.364;QD=56.439;RBI=0.0579987;REFB=-0.157674;REVB=0.0540264;RO=4;SAF=28;SAR=51;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0356914;STB=0.509257;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00155252;OID=.;OPOS=56294338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:83:83:4:2:79:81:0.975904:51:28:0:4:53:28:0:2 chr11 56294431 . G T 500.73 PASS AF=0.521739;AO=48;DP=92;FAO=48;FDP=92;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00114163;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.244;QD=21.7707;RBI=0.0101999;REFB=-0.00373353;REVB=0.0101358;RO=36;SAF=15;SAR=33;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322959;STB=0.638751;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0030884;OID=.;OPOS=56294431;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:36:44:48:48:0.521739:33:15:26:10:33:15:26:18 chr11 56310222 . C T 93.31 PASS AF=0.578947;AO=10;DP=18;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0163176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6957;QD=19.6438;RBI=0.082226;REFB=-0.0368248;REVB=-0.0805907;RO=8;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283851;STB=0.67464;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.00663092;OID=.;OPOS=56310222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:18:19:8:8:10:11:0.578947:2:8:4:4:2:9:4:4 chr11 56344993 . C A 274.3 PASS AF=0.43662;AO=28;DP=68;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.0057357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.493;QD=15.4535;RBI=0.0181914;REFB=-0.01198;REVB=0.0172635;RO=39;SAF=11;SAR=17;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185706;STB=0.52226;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0133008;OID=.;OPOS=56344993;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:71:39:40:28:31:0.43662:17:11:16:23:19:12:17:23 chr11 56380134 . C G 194.64 PASS AF=0.384615;AO=21;DP=61;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00335472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.881;QD=11.9778;RBI=0.00937526;REFB=-0.00822746;REVB=0.00875451;RO=40;SAF=12;SAR=9;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163177;STB=0.533966;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0136783;OID=.;OPOS=56380134;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:65:40:40:21:25:0.384615:9:12:17:23:13:12:17:23 chr11 56431216 . C T 316.74 PASS AF=0.367347;AO=36;DP=98;FAO=36;FDP=98;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=37;FWDB=0.0290737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.584;QD=12.9283;RBI=0.0301834;REFB=-0.00943177;REVB=-0.00810943;RO=62;SAF=23;SAR=13;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258868;STB=0.648171;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0212956;OID=.;OPOS=56431216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:62:62:36:36:0.367347:13:23:25:37:13:23:25:37 chr11 56467881 . T C 242.94 PASS AF=0.305556;AO=32;DP=107;FAO=33;FDP=108;FR=.;FRO=75;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=-0.00736706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7918;QD=8.99785;RBI=0.0463058;REFB=0.00403016;REVB=0.045716;RO=74;SAF=20;SAR=12;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166542;STB=0.588181;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.00831503;OID=.;OPOS=56467881;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:74:75:32:33:0.305556:12:20:36:38:13:20:36:39 chr11 56467926 . A G 392.02 PASS AF=0.327044;AO=51;DP=154;FAO=52;FDP=159;FR=.;FRO=107;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=53;FSRR=54;FWDB=-0.0389693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9287;QD=9.86216;RBI=0.0577097;REFB=-0.00887862;REVB=-0.0425653;RO=103;SAF=33;SAR=18;SRF=52;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16968;STB=0.609822;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0190654;OID=.;OPOS=56467926;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:159:103:107:51:52:0.327044:18:33:52:51:18:34:53:54 chr11 56467945 . G T 95.45 PASS AF=0.129412;AO=22;DP=170;FAO=22;FDP=170;FR=.;FRO=148;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=78;FSRR=70;FWDB=-0.00309297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.603;QD=2.24582;RBI=0.0121398;REFB=-0.00111573;REVB=-0.0117392;RO=145;SAF=12;SAR=10;SRF=75;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355608;STB=0.516114;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0124518;OID=.;OPOS=56467945;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:170:170:145:148:22:22:0.129412:10:12:75:70:10:12:78:70 chr11 56468020 . TG CA,CG 990.17 PASS AF=0.287671,0.342466;AO=38,48;DP=143;FAO=42,50;FDP=146;FR=.;FRO=54;FSAF=25,24;FSAR=17,26;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.019267,-0.0076164;FXX=0.0135126;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=142.338,101.101;QD=27.1279;RBI=0.0212408,0.00763114;REFB=-0.0255083,-0.042653;REVB=-0.00894157,0.000474041;RO=50;SAF=23,24;SAR=15,24;SRF=25;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.108115,0;STB=0.554409,0.510388;STBP=0.363,0.814;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0378302,0.0146188;OID=.,.;OPOS=56468020,56468020;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:143:146:50:54:38,48:42,50:0.287671,0.342466:15,24:23,24:25:25:17,26:25,24:27:27 chr11 56468044 . T G 720.61 PASS AF=0.581197;AO=67;DP=116;FAO=68;FDP=117;FR=.;FRO=49;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.00697489;FXX=0.0168053;HRUN=6;LEN=1;MLLD=230.729;QD=24.6363;RBI=0.00823248;REFB=0.0017584;REVB=-0.00437317;RO=42;SAF=33;SAR=34;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285161;STB=0.532383;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=-0.00141035;OID=.;OPOS=56468044;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:42:49:67:68:0.581197:34:33:19:23:35:33:20:29 chr11 56468047 . AC AT,GT 1657.53 PASS AF=0.318584,0.681416;AO=36,77;DP=117;FAO=36,77;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=14,38;FSAR=22,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210982,0.0207366;FXX=0.0341851;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=112.333,192.964;QD=58.6735;RBI=0.0215651,0.0222751;REFB=0,0;REVB=-0.0044629,-0.00813463;RO=0;SAF=14,38;SAR=22,39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.5078e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00386635,0.00480576;OID=.,.;OPOS=56468048,56468047;OREF=C,AC;OALT=T,GT;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:117:113:0:0:36,77:36,77:0.318584,0.681416:22,39:14,38:0:0:22,39:14,38:0:0 chr11 56468111 . C T 338.28 PASS AF=0.38835;AO=39;DP=101;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=-0.00114043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.844;QD=13.1369;RBI=0.00124965;REFB=-0.0156991;REVB=0.00051092;RO=61;SAF=17;SAR=22;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0953564;STB=0.560672;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0152233;OID=.;OPOS=56468111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:61:63:39:40:0.38835:22:17:32:29:23:17:33:30 chr11 56468155 . T G 90.5 PASS AF=0.170213;AO=16;DP=94;FAO=16;FDP=94;FR=.;FRO=78;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=0.00203042;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.136;QD=3.8509;RBI=0.0115639;REFB=-0.00521874;REVB=-0.0113842;RO=77;SAF=6;SAR=10;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182333;STB=0.572853;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0241986;OID=.;OPOS=56468155;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:94:94:77:78:16:16:0.170213:10:6:40:37:9:7:41:37 chr11 56468198 . A G 415.24 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0722265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.124;QD=19.3136;RBI=0.0899444;REFB=-0.0147734;REVB=-0.0536034;RO=42;SAF=22;SAR=20;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500555;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.0155064;OID=.;OPOS=56468198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:42:44:42:42:0.488372:20:22:22:20:20:22:23:21 chr11 56468200 . C T 388.66 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=83;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0288614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0659;QD=18.7306;RBI=0.0392532;REFB=0.014867;REVB=0.0266051;RO=43;SAF=22;SAR=18;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141706;STB=0.507894;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=-0.0125312;OID=.;OPOS=56468200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:43:40:40:0.481928:18:22:23:20:18:22:23:20 chr11 56468202 . G A 387.39 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=0.00456223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.697;QD=18.8971;RBI=0.0154867;REFB=-0.0322991;REVB=0.0147995;RO=42;SAF=23;SAR=17;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0256524;STB=0.514279;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0445782;OID=.;OPOS=56468202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:17:23:23:19:17:23:23:19 chr11 56468212 . G A 404.45 PASS AF=0.547945;AO=39;DP=72;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.00947545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.157;QD=22.1617;RBI=0.0458392;REFB=-0.0329886;REVB=0.0448492;RO=33;SAF=21;SAR=18;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00584106;STB=0.502074;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00856688;OID=.;OPOS=56468212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:33:33:39:40:0.547945:18:21:18:15:18:22:18:15 chr11 56468259 . C T 335.56 PASS AF=0.538462;AO=32;DP=66;FAO=35;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.024489;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.678;QD=20.6499;RBI=0.0253229;REFB=-0.0913485;REVB=0.00644508;RO=21;SAF=17;SAR=15;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397002;STB=0.542349;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0370579;OID=.;OPOS=56468259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:21:30:32:35:0.538462:15:17:10:11:16:19:19:11 chr11 56468368 . C T 228.68 PASS AF=0.266129;AO=33;DP=125;FAO=33;FDP=124;FR=.;FRO=91;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=0.00176848;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.639;QD=7.37673;RBI=0.0349511;REFB=-0.00865074;REVB=-0.0349063;RO=91;SAF=19;SAR=14;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100183;STB=0.559885;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0167219;OID=.;OPOS=56468368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:124:91:91:33:33:0.266129:14:19:45:46:14:19:45:46 chr11 56468403 . G A 207.5 PASS AF=0.254098;AO=31;DP=122;FAO=31;FDP=122;FR=.;FRO=91;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=46;FWDB=0.00359718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.579;QD=6.80319;RBI=0.0054696;REFB=0.00175535;REVB=0.0041203;RO=91;SAF=17;SAR=14;SRF=45;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0667885;STB=0.540228;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=-0.013166;OID=.;OPOS=56468403;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:91:91:31:31:0.254098:14:17:45:46:14:17:45:46 chr11 56468416 . G A 163.22 PASS AF=0.230088;AO=26;DP=113;FAO=26;FDP=113;FR=.;FRO=87;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=46;FSRR=41;FWDB=0.0706042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.7597;QD=5.77771;RBI=0.0913527;REFB=-0.0109122;REVB=0.0579685;RO=87;SAF=14;SAR=12;SRF=46;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122435;STB=0.507518;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0453916;OID=.;OPOS=56468416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:87:87:26:26:0.230088:12:14:46:41:12:14:46:41 chr11 56468448 . AA GT 157.35 PASS AF=0.227273;AO=25;DP=111;FAO=25;FDP=110;FR=.;FRO=85;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=44;FWDB=-0.017282;FXX=0.0090082;HRUN=4;LEN=2;MLLD=139.892;QD=5.72197;RBI=0.0172905;REFB=0.00021094;REVB=-0.000543678;RO=83;SAF=12;SAR=13;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00241464;STB=0.501819;STBP=0.976;TYPE=mnp;VARB=0.000124105;OID=.;OPOS=56468448;OREF=AA;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:83:85:25:25:0.227273:13:12:40:43:13:12:41:44 chr11 56468452 . A C 177.77 PASS AF=0.252336;AO=27;DP=107;FAO=27;FDP=107;FR=.;FRO=80;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.0258004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1817;QD=6.64555;RBI=0.0294751;REFB=-0.00356514;REVB=0.0142521;RO=80;SAF=16;SAR=11;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100036;STB=0.560571;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0128487;OID=.;OPOS=56468452;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:80:80:27:27:0.252336:11:16:41:39:11:16:41:39 chr11 56468493 . A G 653.19 PASS AF=0.601942;AO=58;DP=99;FAO=62;FDP=103;FR=.;FRO=41;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0481389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.132;QD=25.3665;RBI=0.0482354;REFB=-0.0191247;REVB=0.00304938;RO=41;SAF=31;SAR=27;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00160327;STB=0.51127;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0142963;OID=.;OPOS=56468493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:103:41:41:58:62:0.601942:27:31:22:19:27:35:22:19 chr11 56468554 . A C 746.4 PASS AF=0.525547;AO=72;DP=137;FAO=72;FDP=137;FR=.;FRO=65;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=45;FSRR=20;FWDB=-0.0204572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8857;QD=21.7927;RBI=0.0289823;REFB=-0.0300227;REVB=-0.02053;RO=65;SAF=41;SAR=31;SRF=45;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110408;STB=0.560421;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0275781;OID=.;OPOS=56468554;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:65:65:72:72:0.525547:31:41:45:20:31:41:45:20 chr11 56468560 . TA CG 745.05 PASS AF=0.537879;AO=71;DP=136;FAO=71;FDP=132;FR=.;FRO=61;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=42;FSRR=19;FWDB=0.0125702;FXX=0.0294096;HRUN=1;LEN=2;MLLD=155.984;QD=22.5772;RBI=0.0144439;REFB=-0.0256937;REVB=-0.00711455;RO=59;SAF=41;SAR=30;SRF=41;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101754;STB=0.553442;STBP=0.211;TYPE=mnp;VARB=0.0316842;OID=.;OPOS=56468560;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:132:59:61:71:71:0.537879:30:41:41:18:30:41:42:19 chr11 56468637 . C T 358.21 PASS AF=0.304348;AO=48;DP=161;FAO=49;FDP=161;FR=.;FRO=112;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=68;FSRR=44;FWDB=-0.0145297;FXX=0.0122692;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.708;QD=8.89973;RBI=0.0150114;REFB=-0.0228985;REVB=0.00377218;RO=109;SAF=25;SAR=23;SRF=67;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112955;STB=0.553769;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0431333;OID=.;OPOS=56468637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:109:112:48:49:0.304348:23:25:67:42:23:26:68:44 chr11 56468646 . C T 315.39 PASS AF=0.277778;AO=45;DP=162;FAO=45;FDP=162;FR=.;FRO=117;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=69;FSRR=48;FWDB=-0.0222158;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.368;QD=7.78741;RBI=0.0241127;REFB=0.00165082;REVB=0.00937448;RO=113;SAF=26;SAR=19;SRF=68;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300557;STB=0.508877;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=-0.00411328;OID=.;OPOS=56468646;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:162:113:117:45:45:0.277778:19:26:68:45:19:26:69:48 chr11 56468694 . C T 172.67 PASS AF=0.236842;AO=27;DP=114;FAO=27;FDP=114;FR=.;FRO=87;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=51;FSRR=36;FWDB=-0.0430631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6602;QD=6.05852;RBI=0.0463386;REFB=-0.0205637;REVB=-0.0171123;RO=87;SAF=14;SAR=13;SRF=51;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852089;STB=0.551889;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0436989;OID=.;OPOS=56468694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:87:87:27:27:0.236842:13:14:51:36:13:14:51:36 chr11 56468699 . T A 170.62 PASS AF=0.245283;AO=26;DP=106;FAO=26;FDP=106;FR=.;FRO=80;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=0.00716373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0121;QD=6.43863;RBI=0.0081229;REFB=-0.0150677;REVB=-0.00382916;RO=79;SAF=14;SAR=12;SRF=48;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871369;STB=0.547023;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.026249;OID=.;OPOS=56468699;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:79:80:26:26:0.245283:12:14:48:31:12:14:48:32 chr11 56468704 . T C 169.25 PASS AF=0.247423;AO=23;DP=96;FAO=24;FDP=97;FR=.;FRO=73;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=-0.0140468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4082;QD=6.97953;RBI=0.019405;REFB=-0.0144252;REVB=-0.013388;RO=73;SAF=12;SAR=11;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670388;STB=0.556654;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0297492;OID=.;OPOS=56468704;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:73:73:23:24:0.247423:11:12:42:31:12:12:42:31 chr11 56468720 . T C 149.59 PASS AF=0.276316;AO=21;DP=78;FAO=21;FDP=76;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0146939;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.315;QD=7.87314;RBI=0.0156955;REFB=-0.0132506;REVB=-0.00551716;RO=57;SAF=11;SAR=10;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394429;STB=0.536886;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0257171;OID=.;OPOS=56468720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:76:57:55:21:21:0.276316:10:11:28:29:10:11:26:29 chr11 56508525 . A G 205.87 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0173841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.7346;QD=23.5283;RBI=0.0244331;REFB=-0.0261511;REVB=-0.0171688;RO=15;SAF=5;SAR=15;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247208;STB=0.639195;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0158949;OID=.;OPOS=56508525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:15:5:8:7:15:5:8:7 chr11 56508541 . C T 84.67 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0599893;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6798;QD=9.96065;RBI=0.0633156;REFB=-0.0197867;REVB=-0.0202523;RO=23;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192138;STB=0.511607;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0328825;OID=.;OPOS=56508541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:34:34:23:23:11:11:0.323529:7:4:8:15:7:4:8:15 chr11 56510672 . T C 74.97 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00411082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.685;QD=37.4865;RBI=0.00416453;REFB=0;REVB=-0.00066669;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.83651e-05;OID=.;OPOS=56510672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:6:1:0:0:6:2:0:0 chr11 56511160 . A G 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00534827;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.635;QD=12.0517;RBI=0.0136856;REFB=-0.00695182;REVB=0.0125973;RO=13;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167732;STB=0.599782;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00867552;OID=.;OPOS=56511160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:4:5:5:8:4:5:5:8 chr11 56570067 . A G 46.51 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00745716;FXX=0.0370233;HRUN=3;LEN=1;MLLD=203.61;QD=7.15606;RBI=0.0800579;REFB=-0.0101502;REVB=-0.0797099;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409635;STB=0.526239;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0373578;OID=.;OPOS=56570067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:26:26:19:19:7:7:0.269231:2:5:13:6:2:5:13:6 chr11 56756399 . G T 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.00898976;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7516;QD=12.413;RBI=0.00984223;REFB=-0.00362501;REVB=-0.0040067;RO=37;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037694;STB=0.52172;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00914558;OID=.;OPOS=56756399;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:37:37:23:23:0.383333:11:12:18:19:11:12:18:19 chr11 56756664 . G A 192.24 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0280879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5033;QD=15.0777;RBI=0.037981;REFB=-0.0100919;REVB=-0.0255661;RO=27;SAF=14;SAR=8;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289475;STB=0.645259;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00754012;OID=.;OPOS=56756664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:29:22:22:0.431373:8:14:9:18:8:14:11:18 chr11 56949691 . G A 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0100113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.234;QD=23.0879;RBI=0.0415329;REFB=-0.012781;REVB=0.0403083;RO=18;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536082;STB=0.529927;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0120173;OID=.;OPOS=56949691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:18:18:22:22:0.55:10:12:11:7:10:12:11:7 chr11 56954846 . C T 581.58 PASS AF=0.558824;AO=55;DP=101;FAO=57;FDP=102;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00945179;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.753;QD=22.8071;RBI=0.0158904;REFB=-0.0322489;REVB=0.0127737;RO=45;SAF=27;SAR=28;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564382;STB=0.538131;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0326044;OID=.;OPOS=56954846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:45:45:55:57:0.558824:28:27:19:26:28:29:19:26 chr11 56956516 . G A 144.9 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=57;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0840881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3496;QD=10.1681;RBI=0.0844501;REFB=-0.0150326;REVB=-0.00781145;RO=36;SAF=6;SAR=13;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272208;STB=0.676393;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0193625;OID=.;OPOS=56956516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:38:19:19:0.333333:13:6:20:16:13:6:22:16 chr11 57004344 . G T 157.0 PASS AF=0.485714;AO=15;DP=33;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.00212659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.666;QD=17.9428;RBI=0.0249639;REFB=-0.0351528;REVB=0.0248731;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220733;STB=0.629996;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.03547;OID=.;OPOS=57004344;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:17:18:15:17:0.485714:8:7:4:13:9:8:4:14 chr11 57004577 . C T 349.41 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0490012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6827;QD=20.5535;RBI=0.0490466;REFB=-0.0488568;REVB=-0.00210996;RO=32;SAF=23;SAR=13;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122738;STB=0.568104;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.062449;OID=.;OPOS=57004577;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:13:23:16:16:13:23:16:16 chr11 57077464 . T C 668.66 PASS AF=0.960784;AO=48;DP=52;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.030742;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0874;QD=52.4435;RBI=0.0390492;REFB=0.104438;REVB=-0.0240785;RO=2;SAF=18;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999722;STB=0.504624;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.00620913;OID=.;OPOS=57077464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:51:2:2:48:49:0.960784:30:18:1:1:30:19:1:1 chr11 57097557 . CAA CA,CAC 50.31 PASS AF=0.191489,0.0425532;AO=6,2;DP=45;FAO=9,2;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=3,0;FSAR=6,2;FSRF=30;FSRR=6;FWDB=0.0875942,0.0169526;FXX=0.020829;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.9725,192.796;QD=4.28131;RBI=0.101214,0.0528983;REFB=-0.0392451,-0.0072047;REVB=-0.0507101,-0.0501083;RO=33;SAF=3,0;SAR=3,2;SRF=28;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0.311927,0;SSSB=-0.461264,-0.677817;STB=0.845633,0.997897;STBP=0.059,0.009;TYPE=del,snp;VARB=0.0727528,0.224629;OID=.,.;OPOS=57097558,57097559;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=CA,CAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.191489,0.0425532:6,2:45:9,2:47:36:3,0:6,2:30:6:40:33:3,0:3,2:28:5 chr11 57144356 . G A 122.96 PASS AF=0.196078;AO=20;DP=102;FAO=20;FDP=102;FR=.;FRO=82;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.0399166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.781;QD=4.82187;RBI=0.048426;REFB=-0.00308314;REVB=0.0274179;RO=81;SAF=9;SAR=11;SRF=37;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00865002;STB=0.500989;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0163127;OID=.;OPOS=57144356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:81:82:20:20:0.196078:11:9:37:44:11:9:37:45 chr11 57147016 . A G 1044.36 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00511968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.145;QD=59.6774;RBI=0.0194406;REFB=0;REVB=0.0187544;RO=0;SAF=44;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.86659e-05;OID=.;OPOS=57147016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:69:70:1:25:44:0:0:26:44:0:0 chr11 57148175 . A G 769.43 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00960455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.266;QD=56.9949;RBI=0.0271836;REFB=0;REVB=-0.0254303;RO=0;SAF=13;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.81937e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172573;OID=.;OPOS=57148175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:41:13:0:0:41:13:0:0 chr11 57155001 . G A 2249.04 PASS AF=0.979592;AO=144;DP=147;FAO=144;FDP=147;FR=.;FRO=3;FSAF=73;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0169862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.615;QD=61.1984;RBI=0.0179132;REFB=-0.0484438;REVB=0.00568805;RO=1;SAF=73;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00646993;STB=0.503543;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.000981631;OID=.;OPOS=57155001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:147:147:1:3:144:144:0.979592:71:73:1:0:71:73:1:2 chr11 57155288 . T C 2143.97 PASS AF=1;AO=135;DP=137;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=81;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245446;FXX=0.00729874;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.659;QD=63.0579;RBI=0.0405866;REFB=0;REVB=0.0323239;RO=0;SAF=80;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78419e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85331e-05;OID=.;OPOS=57155288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:137:136:0:0:135:136:1:55:80:0:0:55:81:0:0 chr11 57313469 . C G 2175.22 PASS AF=0.882022;AO=157;DP=178;FAO=157;FDP=178;FR=.;FRO=21;FSAF=65;FSAR=92;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0127727;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.9562;QD=48.8813;RBI=0.0172911;REFB=-0.114823;REVB=0.011655;RO=20;SAF=65;SAR=92;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476111;STB=0.527429;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00853028;OID=.;OPOS=57313469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:178:178:20:21:157:157:0.882022:92:65:4:16:92:65:4:17 chr11 57353983 . T G 152.4 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0133969;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=358.307;QD=40.6387;RBI=0.0255858;REFB=0.0478593;REVB=0.0217981;RO=1;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179609;STB=0.599839;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00243262;OID=.;OPOS=57353983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:2:12:0:1:2:12:0:1 chr11 57391106 . G C 102.51 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00832247;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.2757;QD=17.827;RBI=0.0307223;REFB=1.31644e-05;REVB=-0.0295736;RO=11;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341189;STB=0.697328;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.000741032;OID=.;OPOS=57391106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:9:3:7:4:9:3:7:4 chr11 57463500 . T C 662.34 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3065;QD=60.2123;RBI=0.0214503;REFB=0;REVB=0.0172694;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00278855;OID=.;OPOS=57463500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:22:20:0:0:22:22:0:0 chr11 57468129 . T C 1572.16 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644044;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.223;QD=64.1696;RBI=0.0653108;REFB=0;REVB=0.0108434;RO=0;SAF=33;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107466;OID=.;OPOS=57468129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:65:33:0:0:65:33:0:0 chr11 57571232 . C T 658.53 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00310807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.192;QD=61.2584;RBI=0.0208688;REFB=0;REVB=-0.0206361;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291077;OID=.;OPOS=57571232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:24:18:0:0:25:18:0:0 chr11 57794197 . C G 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=5.4668e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.049;QD=14.2621;RBI=0.0163383;REFB=-0.00920712;REVB=-0.0163382;RO=21;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260625;STB=0.649829;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0172021;OID=.;OPOS=57794197;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:24:16:16:0.4:8:8:5:16:8:8:6:18 chr11 57798723 . A G 630.86 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.889;QD=61.5472;RBI=0.0288938;REFB=0;REVB=0.0183604;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199042;OID=.;OPOS=57798723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:25:14:0:0:25:16:0:0 chr11 57798942 . A G 726.9 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=8.62204e-05;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.91;QD=57.0115;RBI=0.00758397;REFB=0;REVB=0.00758348;RO=0;SAF=7;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.78882e-06;OID=.;OPOS=57798942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:44:7:0:0:44:7:0:0 chr11 57947264 . C G 696.88 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0351582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.419;QD=52.5944;RBI=0.0406035;REFB=-0.0700105;REVB=0.0203112;RO=2;SAF=36;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174612;STB=0.50928;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.000552279;OID=.;OPOS=57947264;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:2:2:51:51:0.962264:15:36:1:1:15:36:1:1 chr11 57948952 . G A 244.89 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0624124;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.453;QD=51.5557;RBI=0.0774471;REFB=0;REVB=0.0458557;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00146268;OID=.;OPOS=57948952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:13:6:0:0 chr11 57958775 . C T 1191.48 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0216595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.256;QD=59.5742;RBI=0.0255292;REFB=-0.0993918;REVB=0.0135131;RO=1;SAF=47;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00996677;STB=0.505262;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000368012;OID=.;OPOS=57958775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:79:79:0.9875:32:47:1:0:32:47:1:0 chr11 57958972 . C A 567.25 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00419283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1005;QD=59.7109;RBI=0.00889934;REFB=0;REVB=-0.00784975;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166465;OID=.;OPOS=57958972;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:20:17:0:0:21:17:0:0 chr11 57971195 . G A 616.91 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520818;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4913;QD=61.6905;RBI=0.052622;REFB=0;REVB=0.00752113;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000421702;OID=.;OPOS=57971195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr11 57971201 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0390003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.103;QD=62.3506;RBI=0.0663785;REFB=0;REVB=-0.053713;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00053076;OID=.;OPOS=57971201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr11 57982229 . A G,T 787.72 PASS AF=0.982143,0.0178571;AO=52,2;DP=54;FAO=55,1;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28,1;FSAR=27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00553666,-0.0157663;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=142.866,100.82;QD=56.2654;RBI=0.0219555,0.0192122;REFB=0,0;REVB=0.021246,0.0109787;RO=0;SAF=27,2;SAR=25,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00047312,0.0416873;OID=.,.;OPOS=57982229,57982229;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:54:56:0:0:52,2:55,1:0.982143,0.0178571:25,0:27,2:0:0:27,0:28,1:0:0 chr11 57982584 . T C 1354.05 PASS AF=0.928571;AO=91;DP=98;FAO=91;FDP=98;FR=.;FRO=7;FSAF=40;FSAR=51;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0181318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9404;QD=55.2674;RBI=0.0193695;REFB=-0.109107;REVB=0.00681289;RO=4;SAF=40;SAR=51;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450698;STB=0.509535;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00447782;OID=.;OPOS=57982584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:98:98:4:7:91:91:0.928571:51:40:4:0:51:40:4:3 chr11 57982620 . A G 1381.34 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0107291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.803;QD=61.3928;RBI=0.0110241;REFB=0.0739415;REVB=0.00253314;RO=1;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938488;STB=0.504949;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000224333;OID=.;OPOS=57982620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:50:39:0:1:50:39:0:1 chr11 57982726 . G T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.415;QD=60.609;RBI=0.0359031;REFB=0;REVB=0.0230329;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168475;OID=.;OPOS=57982726;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr11 57982763 . A G 330.43 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0282029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.827;QD=50.8357;RBI=0.0533695;REFB=-0.0253701;REVB=0.0453089;RO=1;SAF=13;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343588;STB=0.518504;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00143233;OID=.;OPOS=57982763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:12:13:1:0:12:13:1:0 chr11 57982832 . T A 279.57 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0292307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7929;QD=48.6212;RBI=0.0329099;REFB=-0.156128;REVB=0.0151204;RO=1;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542958;STB=0.529385;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00813442;OID=.;OPOS=57982832;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:1:1:22:22:0.956522:8:14:0:1:8:14:0:1 chr11 57982896 . G T 937.61 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00765665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.53;QD=58.6004;RBI=0.0108399;REFB=0;REVB=-0.0076733;RO=0;SAF=44;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.08994e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.72133e-05;OID=.;OPOS=57982896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:19:44:0:0:20:44:0:0 chr11 57983194 . A G 402.19 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0721286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.278;QD=55.4745;RBI=0.0721293;REFB=0;REVB=-0.000329558;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352674;OID=.;OPOS=57983194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:27:29:1:17:10:0:0:19:10:0:0 chr11 57996312 . C G 965.72 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.875;QD=58.5284;RBI=0.0145377;REFB=0;REVB=-0.00316485;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164726;OID=.;OPOS=57996312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:40:24:0:0:42:24:0:0 chr11 58034543 . C T 834.41 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000146205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.179;QD=57.5453;RBI=0.00737245;REFB=0;REVB=-0.007371;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.92772e-05;OID=.;OPOS=58034543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:26:31:0:0:26:32:0:0 chr11 58123152 . T C 711.15 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0169039;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.39;QD=54.7039;RBI=0.0462156;REFB=-0.139178;REVB=0.0430132;RO=1;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165215;STB=0.508768;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000666361;OID=.;OPOS=58123152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:52:1:1:51:51:0.980769:28:23:0:1:28:23:0:1 chr11 58125620 . T C 785.76 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0170091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.555;QD=64.1435;RBI=0.0473252;REFB=0;REVB=-0.0441629;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000117546;OID=.;OPOS=58125620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:17:32:0:0:17:32:0:0 chr11 58126305 . A T 663.01 PASS AF=0.9;AO=45;DP=50;FAO=45;FDP=50;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0127516;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=308.406;QD=53.041;RBI=0.0132228;REFB=-0.00987232;REVB=-0.00349839;RO=5;SAF=17;SAR=28;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119899;STB=0.564074;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000548556;OID=.;OPOS=58126305;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:50:50:5:5:45:45:0.9:28:17:5:0:28:17:5:0 chr11 58207204 . A G 1026.17 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.882;QD=59.488;RBI=0.0321986;REFB=0;REVB=0.0205557;RO=0;SAF=23;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12765e-05;OID=.;OPOS=58207204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:46:23:0:0:46:23:0:0 chr11 58275175 . G C 218.03 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00363092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.631;QD=15.5733;RBI=0.0259109;REFB=-0.035658;REVB=0.0256553;RO=31;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16085;STB=0.590838;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0331149;OID=.;OPOS=58275175;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:12:13:11:20:12:13:11:20 chr11 58318619 . C G 1061.36 PASS AF=0.936709;AO=74;DP=79;FAO=74;FDP=79;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0090562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.694;QD=53.7396;RBI=0.00924566;REFB=-0.0419353;REVB=-0.00186212;RO=2;SAF=29;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205611;STB=0.526309;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.000879611;OID=.;OPOS=58318619;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:79:79:2:5:74:74:0.936709:45:29:0:2:45:29:0:5 chr11 58478084 . T C 3339.46 PASS AF=0.990868;AO=215;DP=219;FAO=217;FDP=219;FR=.;FRO=2;FSAF=94;FSAR=123;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00141287;FXX=0.00454525;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6672;QD=60.9946;RBI=0.0193765;REFB=-0.0638546;REVB=0.019325;RO=2;SAF=93;SAR=122;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00120602;STB=0.500621;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0014335;OID=.;OPOS=58478084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:219:219:2:2:215:217:0.990868:122:93:1:1:123:94:1:1 chr11 58491921 . A T 458.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.266;QD=57.2523;RBI=0.0653263;REFB=0;REVB=0.059495;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000834407;OID=.;OPOS=58491921;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:13:17:0:0:14:18:0:0 chr11 58602309 . C T 508.6 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00869144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4534;QD=56.5106;RBI=0.0202661;REFB=0.0615658;REVB=0.0183078;RO=1;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267214;STB=0.514278;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.00117034;OID=.;OPOS=58602309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:36:36:1:1:35:35:0.972222:17:18:0:1:17:18:0:1 chr11 58892173 . C A 112.26 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0256147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.003;QD=16.6312;RBI=0.0339411;REFB=-0.0192265;REVB=-0.0222685;RO=13;SAF=9;SAR=4;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27476;STB=0.676026;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0328888;OID=.;OPOS=58892173;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:14:13:13:0.481481:4:9:5:8:4:9:5:9 chr11 58973982 . GTA G 170.59 PASS AF=0.882353;AO=10;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0967656;FXX=0.149925;HRUN=1;LEN=2;MLLD=172.912;QD=40.1383;RBI=0.103567;REFB=-0.114635;REVB=0.0369123;RO=2;SAF=2;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292303;STB=0.624816;STBP=0.04;TYPE=del;VARB=0.00483069;OID=.;OPOS=58973983;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.882353:10:17:15:17:2:3:12:2:0:11:2:2:8:2:0 chr11 58978940 . C T 146.0 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.030653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1843;QD=8.9847;RBI=0.0436418;REFB=0.00685696;REVB=-0.0310645;RO=44;SAF=14;SAR=6;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192463;STB=0.623633;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=-0.0116889;OID=.;OPOS=58978940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:44:45:20:20:0.307692:6:14:24:20:6:14:24:21 chr11 58982071 . C T 268.43 PASS AF=0.530612;AO=24;DP=48;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0173028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.221;QD=21.9125;RBI=0.0595631;REFB=-0.0177249;REVB=0.0569945;RO=24;SAF=10;SAR=14;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148268;STB=0.605597;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0342435;OID=.;OPOS=58982071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:24:23:24:26:0.530612:14:10:14:10:16:10:14:9 chr11 59058590 . C G 1482.94 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00687716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.413;QD=63.1036;RBI=0.0460512;REFB=0;REVB=0.0455348;RO=0;SAF=48;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.9258e-05;OID=.;OPOS=59058590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:92:94:1:44:48:0:0:45:49:0:0 chr11 59132798 . G C 248.99 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.000236993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8268;QD=14.2277;RBI=0.00959101;REFB=-0.043245;REVB=0.00958808;RO=41;SAF=14;SAR=15;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804427;STB=0.545691;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0369267;OID=.;OPOS=59132798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:15:14:23:18:15:14:23:18 chr11 59132882 . A G 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0106058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.168;QD=11.1317;RBI=0.0348056;REFB=-0.00386861;REVB=-0.0331504;RO=17;SAF=8;SAR=2;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383311;STB=0.732826;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00953839;OID=.;OPOS=59132882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:2:8:8:9:2:8:8:9 chr11 59211188 . G A 725.72 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.027872;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1343;QD=54.7716;RBI=0.0283436;REFB=-0.0940394;REVB=0.00514876;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000463235;OID=.;OPOS=59211188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:24:28:0:0:24:28:1:0 chr11 59211265 . T C 190.6 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.634;QD=47.6505;RBI=0.0553952;REFB=0;REVB=0.0215235;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000873157;OID=.;OPOS=59211265;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr11 59224720 . A G 1489.76 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0327634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.765;QD=58.4219;RBI=0.0359432;REFB=-0.0874141;REVB=-0.0147809;RO=1;SAF=55;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00854764;STB=0.504424;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.000371081;OID=.;OPOS=59224720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:101:102:1:1:100:101:0.990196:45:55:1:0:45:56:1:0 chr11 59271637 . T C 387.81 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=16;FWDB=-0.00489637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.804;QD=15.992;RBI=0.011432;REFB=-0.0204934;REVB=0.0103304;RO=56;SAF=29;SAR=12;SRF=40;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00865823;STB=0.504876;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0282892;OID=.;OPOS=59271637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:56:56:41:41:0.42268:12:29:40:16:12:29:40:16 chr11 59323951 . G A 1644.41 PASS AF=0.973913;AO=111;DP=115;FAO=112;FDP=115;FR=.;FRO=3;FSAF=49;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00670569;FXX=0.00861995;HRUN=4;LEN=1;MLLD=242.345;QD=57.1969;RBI=0.016407;REFB=-0.0537608;REVB=0.0149741;RO=3;SAF=49;SAR=62;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113861;STB=0.506063;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=4.17368e-05;OID=.;OPOS=59323951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:115:115:3:3:111:112:0.973913:62:49:2:1:63:49:2:1 chr11 59362554 . CTTTTTT CTTTTT,CTTTTTG 143.91 PASS AF=0.73913,0.0434783;AO=12,3;DP=22;FAO=17,1;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=3,1;FSAR=14,0;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0568995,0.0531832;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=14.4578,10.4459;QD=25.0279;RBI=0.17354,0.0898142;REFB=0.134189,-0.0649299;REVB=0.163947,-0.072375;RO=4;SAF=2,1;SAR=10,2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0.446429,0;SSSB=-0.219728,-0.149914;STB=0.578412,0.990101;STBP=0.282,0.486;TYPE=del,snp;VARB=-0.0252874,-0.00824718;OID=.,.;OPOS=59362555,59362560;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=CTTTTT,CTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.73913,0.0434783:12,3:22:17,1:23:5:3,1:14,0:2:3:21:4:2,1:10,2:2:2 chr11 59480951 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00504878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.498;QD=56.7066;RBI=0.00611246;REFB=0;REVB=-0.00344558;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73663e-06;OID=.;OPOS=59480951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr11 59603364 . G A 360.81 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=97;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.0132383;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1;QD=15.0339;RBI=0.0183715;REFB=-0.0202651;REVB=0.0127381;RO=57;SAF=22;SAR=17;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400255;STB=0.522667;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0259188;OID=.;OPOS=59603364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:57:57:39:39:0.40625:17:22:30:27:17:22:30:27 chr11 59814173 . G A 221.82 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0121926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6332;QD=18.4849;RBI=0.0162704;REFB=-0.0149705;REVB=-0.0107735;RO=26;SAF=12;SAR=10;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678553;STB=0.538427;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0145045;OID=.;OPOS=59814173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:10:12:16:10:10:12:16:10 chr11 59946302 . C T 519.03 PASS AF=1;AO=26;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0147867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.634;QD=59.3178;RBI=0.0411528;REFB=0;REVB=0.0384045;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000984333;OID=.;OPOS=59946302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:26:35:1:15:11:0:0:16:19:0:0 chr11 59947252 . C T 1065.32 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00804168;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.076;QD=60.0183;RBI=0.00951739;REFB=0;REVB=-0.00509039;RO=0;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84888e-06;OID=.;OPOS=59947252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:34:37:0:0:34:37:0:0 chr11 60050125 . A G 387.3 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0020071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.781;QD=23.834;RBI=0.0322029;REFB=-0.0143162;REVB=-0.0321403;RO=26;SAF=17;SAR=21;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106062;STB=0.548362;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00848164;OID=.;OPOS=60050125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:26:27:38:38:0.584615:21:17:8:18:21:17:9:18 chr11 60070176 . A G 1156.92 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016941;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3034;QD=60.8903;RBI=0.0170139;REFB=0;REVB=0.00157292;RO=0;SAF=47;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.51163e-05;OID=.;OPOS=60070176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:29:47:0:0:29:47:0:0 chr11 60073597 . C T 1786.29 PASS AF=0.967742;AO=120;DP=123;FAO=120;FDP=124;FR=.;FRO=4;FSAF=65;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.033762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6999;QD=57.6223;RBI=0.0347861;REFB=0.0184175;REVB=0.00837866;RO=3;SAF=65;SAR=55;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583217;STB=0.501353;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=-0.00315523;OID=.;OPOS=60073597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:123:124:3:4:120:120:0.967742:55:65:2:1:55:65:2:2 chr11 60105366 . T C 316.04 PASS AF=0.411765;AO=34;DP=85;FAO=35;FDP=85;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.00603167;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.518;QD=14.8725;RBI=0.00613005;REFB=0.00104018;REVB=0.00109382;RO=50;SAF=22;SAR=12;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219739;STB=0.611876;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.00132339;OID=.;OPOS=60105366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:50:50:34:35:0.411765:12:22:22:28:13:22:22:28 chr11 60152563 . T A 553.59 PASS AF=0.479339;AO=58;DP=121;FAO=58;FDP=121;FR=.;FRO=63;FSAF=38;FSAR=20;FSRF=44;FSRR=19;FWDB=0.00676564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.08;QD=18.3005;RBI=0.0247606;REFB=-0.0157593;REVB=0.0238184;RO=63;SAF=38;SAR=20;SRF=44;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457207;STB=0.525296;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0174066;OID=.;OPOS=60152563;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:63:63:58:58:0.479339:20:38:44:19:20:38:44:19 chr11 60152584 . G A 560.29 PASS AF=0.460938;AO=58;DP=129;FAO=59;FDP=128;FR=.;FRO=69;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=49;FSRR=20;FWDB=0.00871539;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0527;QD=17.5092;RBI=0.0150546;REFB=0.00111714;REVB=-0.0122753;RO=69;SAF=39;SAR=19;SRF=49;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425468;STB=0.520141;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.000801356;OID=.;OPOS=60152584;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:69:69:58:59:0.460938:19:39:49:20:19:40:49:20 chr11 60157107 . T G 135.65 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00275299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.257;QD=13.5645;RBI=0.00802227;REFB=-0.0136743;REVB=-0.00753511;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134352;STB=0.578837;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0234079;OID=.;OPOS=60157107;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:14:14:0.35:7:7:15:9:7:7:15:9 chr11 60157166 . C T 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0401426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.252;QD=7.52631;RBI=0.0406039;REFB=-0.0101373;REVB=-0.0061031;RO=24;SAF=2;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305426;STB=0.694188;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0270129;OID=.;OPOS=60157166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:7:2:11:13:7:2:11:13 chr11 60165352 . ATT A 196.67 PASS AF=0.349057;AO=36;DP=113;FAO=37;FDP=106;FR=.;FRO=69;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=31;FSRR=38;FWDB=0.00839789;FXX=0.0619414;HRUN=2;LEN=2;MLLD=178.366;QD=7.42133;RBI=0.0247793;REFB=-0.0139475;REVB=-0.0233128;RO=69;SAF=18;SAR=18;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577474;STB=0.541729;STBP=0.521;TYPE=del;VARB=0.0251357;OID=.;OPOS=60165353;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.349057:36:113:37:106:69:19:18:31:38:99:69:18:18:31:38 chr11 60172087 . C T 88.78 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00541391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.856;QD=14.797;RBI=0.0781584;REFB=-0.00653316;REVB=-0.0779707;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533274;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0148821;OID=.;OPOS=60172087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:13:11:11:0.458333:4:7:7:4:4:7:9:4 chr11 60173360 . A G 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00403817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.598;QD=16.8228;RBI=0.0297597;REFB=0.00368061;REVB=-0.0294844;RO=5;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171168;STB=0.599732;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.0028191;OID=.;OPOS=60173360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:3:4:4:1:3:4:4:1 chr11 60182970 . A T 33.51 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00983628;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.624;QD=3.43666;RBI=0.009842;REFB=-0.00230679;REVB=-0.000335621;RO=33;SAF=2;SAR=4;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2829;STB=0.699355;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.00832502;OID=.;OPOS=60182970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:33:33:6:6:0.153846:4:2:19:14:4:2:19:14 chr11 60184191 . G A 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0110541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.814;QD=12.7386;RBI=0.0110542;REFB=-0.00678596;REVB=-4.00428e-05;RO=10;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418021;STB=0.749374;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0157002;OID=.;OPOS=60184191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:2:6:3:7:2:6:3:7 chr11 60198328 . C T 175.59 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.070995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7604;QD=13.7714;RBI=0.0729526;REFB=0.0167604;REVB=0.0167866;RO=30;SAF=13;SAR=7;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194944;STB=0.603934;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=-0.0215424;OID=.;OPOS=60198328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:31:20:20:0.392157:7:13:14:16:7:13:15:16 chr11 60264947 . C T 199.87 PASS AF=0.396825;AO=24;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0181875;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1324;QD=12.6901;RBI=0.0841746;REFB=-0.0237802;REVB=0.0821862;RO=36;SAF=14;SAR=10;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0880828;STB=0.504501;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0393872;OID=.;OPOS=60264947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:36:38:24:25:0.396825:10:14:18:18:11:14:21:17 chr11 60265002 . C T 253.92 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.00158418;FXX=0.0999857;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.831;QD=16.1218;RBI=0.0272815;REFB=-0.0137574;REVB=-0.0272355;RO=28;SAF=15;SAR=13;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190094;STB=0.605987;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0117662;OID=.;OPOS=60265002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:63:28:35:28:28:0.444444:13:15:9:19:13:15:12:23 chr11 60285575 . A G 1423.92 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00765673;FXX=0.0618493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.73;QD=62.5898;RBI=0.00810961;REFB=0;REVB=0.00267213;RO=0;SAF=34;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.68294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240437;OID=.;OPOS=60285575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:88:91:1:54:34:0:0:56:35:0:0 chr11 60291413 . C T 594.45 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116587;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.162;QD=60.9687;RBI=0.0242853;REFB=0;REVB=-0.0213038;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.18525e-05;OID=.;OPOS=60291413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr11 60474530 . A C 155.82 PASS AF=0.425;AO=16;DP=43;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0020042;FXX=0.0908884;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.085;QD=15.5824;RBI=0.0164861;REFB=0.00303281;REVB=0.0163639;RO=26;SAF=12;SAR=4;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25178;STB=0.662379;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.00356261;OID=.;OPOS=60474530;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:40:26:23:16:17:0.425:4:12:14:12:5:12:10:13 chr11 60531264 . A G 901.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.375;QD=58.157;RBI=0.0185238;REFB=0;REVB=-0.0119541;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03862e-06;OID=.;OPOS=60531264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:27:34:0:0:28:34:0:0 chr11 60559805 . A G,T 489.93 PASS AF=0.941176,0.0588235;AO=32,2;DP=34;FAO=32,2;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=16,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204959,0.0657958;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=68.9523,55.2145;QD=57.6383;RBI=0.0231772,0.0661094;REFB=0,0;REVB=0.0108214,-0.00643084;RO=0;SAF=16,0;SAR=16,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00333794,0.0986233;OID=.,.;OPOS=60559805,60559805;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:34:34:0:0:32,2:32,2:0.941176,0.0588235:16,2:16,0:0:0:16,2:16,0:0:0 chr11 60609972 . A G 369.61 PASS AF=0.5;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=76;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.00453907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.255;QD=19.4533;RBI=0.0046369;REFB=0.00899665;REVB=0.000947492;RO=37;SAF=17;SAR=21;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162883;STB=0.581156;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00779815;OID=.;OPOS=60609972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:37:38:38:38:0.5:21:17:10:27:21:17:11:27 chr11 60610065 . G A 252.99 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00543799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.853;QD=15.1039;RBI=0.0124912;REFB=-0.00700948;REVB=0.0112454;RO=38;SAF=10;SAR=19;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818304;STB=0.546427;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00990205;OID=.;OPOS=60610065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:19:10:16:22:19:10:16:22 chr11 60620585 . A G 353.3 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.969;QD=54.3531;RBI=0.0356712;REFB=0;REVB=-0.032174;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03249e-05;OID=.;OPOS=60620585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:9:16:0:0:10:16:0:0 chr11 60620590 . C G 375.63 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0530604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2055;QD=55.6492;RBI=0.0787795;REFB=0;REVB=-0.0582306;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00264562;OID=.;OPOS=60620590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr11 60635091 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00871852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4171;QD=40.7628;RBI=0.0616111;REFB=0;REVB=-0.0609911;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00323399;OID=.;OPOS=60635091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr11 60637164 . C T 30.55 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=16;FAO=5;FDP=15;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00873124;FXX=0.062461;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.152;QD=8.14623;RBI=0.0103801;REFB=-0.00294462;REVB=-0.00561362;RO=10;SAF=1;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429227;STB=0.776626;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00810048;OID=.;OPOS=60637164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:16:15:10:10:5:5:0.333333:4:1:6:4:4:1:6:4 chr11 60638461 . C T 517.54 PASS AF=0.510204;AO=49;DP=97;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.00309928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.815;QD=21.1242;RBI=0.00330382;REFB=-0.0117361;REVB=-0.00114439;RO=47;SAF=27;SAR=22;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548272;STB=0.529593;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0107625;OID=.;OPOS=60638461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:47:48:49:50:0.510204:22:27:23:24:22:28:24:24 chr11 60638470 . A G 1354.39 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.296;QD=62.2708;RBI=0.027307;REFB=0;REVB=-0.019613;RO=0;SAF=42;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.8781e-07;OID=.;OPOS=60638470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:44:42:0:0:45:42:0:0 chr11 60666341 . G A 97.41 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0220362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.162;QD=11.8078;RBI=0.0320869;REFB=-0.0203906;REVB=0.0233233;RO=20;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287731;STB=0.66073;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.0242768;OID=.;OPOS=60666341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:33:33:20:21:12:12:0.363636:9:3:10:10:9:3:10:11 chr11 60673868 . T C 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0967824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.466;QD=9.4449;RBI=0.0975012;REFB=-0.0159134;REVB=-0.0118175;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539613;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0181496;OID=.;OPOS=60673868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:9:10:6:6:0.375:3:3:4:5:3:3:5:5 chr11 60689445 . T C 1028.86 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.200326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.274;QD=57.9638;RBI=0.200559;REFB=0;REVB=0.00965698;RO=0;SAF=1;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9503e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000541171;OID=.;OPOS=60689445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:55:71:0:0:55:71:1:54:1:0:0:54:17:0:0 chr11 60695301 . C A 976.41 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0430039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.524;QD=57.4358;RBI=0.04996;REFB=0.00333734;REVB=0.0254295;RO=1;SAF=29;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016016;STB=0.508472;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=6.2349e-05;OID=.;OPOS=60695301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:38:29:1:0:38:29:1:0 chr11 60698054 . G A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0312857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.944;QD=16.8839;RBI=0.0342773;REFB=-0.0140131;REVB=-0.0140048;RO=17;SAF=4;SAR=11;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379435;STB=0.521711;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.026559;OID=.;OPOS=60698054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:11:4:4:13:11:4:4:13 chr11 60701136 . C G 233.47 PASS AF=0.472727;AO=23;DP=54;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.0236915;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=227.97;QD=16.9797;RBI=0.0292961;REFB=-0.0194474;REVB=-0.017233;RO=21;SAF=15;SAR=8;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344262;STB=0.68989;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0330209;OID=.;OPOS=60701136;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:21:29:23:26:0.472727:8:15:5:16:10:16:7:22 chr11 60703777 . G A 177.45 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.022348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.875;QD=21.5094;RBI=0.0443646;REFB=-0.00822953;REVB=0.0383248;RO=15;SAF=7;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118771;STB=0.566935;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00898571;OID=.;OPOS=60703777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:11:7:8:7:11:7:8:7 chr11 60704213 . C T 562.16 PASS AF=0.55914;AO=51;DP=92;FAO=52;FDP=93;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0227554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4377;QD=24.179;RBI=0.0244938;REFB=-0.0106448;REVB=0.00906287;RO=41;SAF=25;SAR=26;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101335;STB=0.550916;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0090393;OID=.;OPOS=60704213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:41:41:51:52:0.55914:26:25:15:26:27:25:15:26 chr11 60705454 . A G 740.13 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3963;QD=54.8242;RBI=0.064863;REFB=0;REVB=-0.0239553;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209992;OID=.;OPOS=60705454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:36:16:0:0:36:18:0:0 chr11 60714084 . CG C 32.96 PASS AF=0.470588;AO=7;DP=18;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00213499;FXX=0.0555247;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.2899;QD=7.75434;RBI=0.00875079;REFB=-0.108421;REVB=-0.00848635;RO=9;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45597;STB=0.791595;STBP=0.06;TYPE=del;VARB=0.118135;OID=.;OPOS=60714085;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:7:18:8:17:9:1:7:5:4:32:9:1:6:5:4 chr11 60785352 . A G 275.13 PASS AF=0.557692;AO=25;DP=48;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00391171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.564;QD=21.1634;RBI=0.00414609;REFB=-0.00860811;REVB=-0.00137427;RO=23;SAF=7;SAR=18;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329749;STB=0.620606;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0124297;OID=.;OPOS=60785352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:52:23:23:25:29:0.557692:18:7:15:8:18:11:15:8 chr11 60785464 . G A 173.85 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.049238;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.893;QD=18.3003;RBI=0.0527924;REFB=-0.0309308;REVB=-0.0190435;RO=20;SAF=2;SAR=16;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41094;STB=0.740412;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0217911;OID=.;OPOS=60785464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:16:2:8:12:16:2:8:12 chr11 60892606 . A G 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.11788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5979;QD=57.1998;RBI=0.11979;REFB=0;REVB=0.0213047;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00291903;OID=.;OPOS=60892606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr11 60893235 . C T 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.913;QD=61.3354;RBI=0.0120915;REFB=0;REVB=-0.00065556;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.75629e-05;OID=.;OPOS=60893235;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr11 60899767 . A G 340.6 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0741272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5924;QD=54.4965;RBI=0.0741273;REFB=0;REVB=0.0001077;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00116773;OID=.;OPOS=60899767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:6:19:0:0:6:19:0:0 chr11 61106892 . G C 445.67 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0932446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6435;QD=57.5062;RBI=0.104092;REFB=0;REVB=-0.0462672;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000958121;OID=.;OPOS=61106892;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:16:14:0:0:17:14:0:0 chr11 61108974 . G A 435.84 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.113261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3212;QD=54.4801;RBI=0.136746;REFB=-0.0477335;REVB=0.0766238;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.511104;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0063675;OID=.;OPOS=61108974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:22:9:0:0:22:9:0:1 chr11 61112802 . C T 664.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.474;QD=61.7857;RBI=0.0339141;REFB=0;REVB=0.0314744;RO=0;SAF=29;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294723;OID=.;OPOS=61112802;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:43:0:0:41:43:1:12:29:0:0:13:30:0:0 chr11 61165280 . G A 1157.74 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00189098;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2349;QD=59.3711;RBI=0.0386737;REFB=-0.0497531;REVB=0.0386275;RO=1;SAF=48;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00975903;STB=0.505153;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000815431;OID=.;OPOS=61165280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:78:1:1:77:77:0.987179:29:48:1:0:29:48:1:0 chr11 61165731 . C CA 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100687;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=292.902;QD=49.5992;RBI=0.0319685;REFB=0;REVB=0.0303415;RO=1;SAF=9;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483018;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000239462;OID=.;OPOS=61165732;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:19:18:18:0:9:9:0:0:4:1:9:9:1:0 chr11 61165741 . G C 223.15 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00329532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.867;QD=49.5878;RBI=0.0473383;REFB=0;REVB=0.0472235;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000249076;OID=.;OPOS=61165741;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr11 61166306 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6004;QD=48.7369;RBI=0.0356651;REFB=0;REVB=0.0209197;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166076;OID=.;OPOS=61166306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr11 61179285 . G A 952.29 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00307716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.341;QD=58.6027;RBI=0.00487326;REFB=0;REVB=0.00377886;RO=0;SAF=38;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.21924e-05;OID=.;OPOS=61179285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:26:38:0:0:26:39:0:0 chr11 61204361 . A C 1154.26 PASS AF=0.975;AO=75;DP=77;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0399689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.641;QD=57.7129;RBI=0.0659843;REFB=-0.0314532;REVB=0.0525015;RO=2;SAF=32;SAR=43;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286516;STB=0.515148;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00453626;OID=.;OPOS=61204361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:77:80:2:2:75:78:0.975:43:32:2:0:46:32:2:0 chr11 61249383 . C A 785.32 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00216927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6622;QD=64.1076;RBI=0.03623;REFB=0;REVB=0.036165;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234936;OID=.;OPOS=61249383;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chr11 61487690 . G A 287.32 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0495389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.4206;QD=15.9623;RBI=0.050023;REFB=-0.0023923;REVB=-0.00694243;RO=40;SAF=14;SAR=18;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061997;STB=0.534943;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00298638;OID=.;OPOS=61487690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:18:14:20:20:18:14:20:20 chr11 61495744 . C T 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00925343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.039;QD=11.5971;RBI=0.00956172;REFB=-0.00696654;REVB=-0.00240845;RO=21;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130543;STB=0.507759;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.012223;OID=.;OPOS=61495744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:7:5:9:12:7:5:9:12 chr11 61505168 . G A 901.22 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.853;QD=57.2206;RBI=0.0227719;REFB=0;REVB=0.0113119;RO=1;SAF=29;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159989;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165564;OID=.;OPOS=61505168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:1:0:61:63:1:32:29:1:0:32:31:0:0 chr11 61524974 . G A 196.93 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00670523;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.07;QD=12.9137;RBI=0.00683042;REFB=-0.0048035;REVB=-0.00130176;RO=37;SAF=16;SAR=8;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141147;STB=0.581326;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.00565536;OID=.;OPOS=61524974;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:8:16:20:17:8:16:20:17 chr11 61534872 . A C 707.54 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9293;QD=55.4933;RBI=0.0527167;REFB=0;REVB=0.0266748;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503579;OID=.;OPOS=61534872;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:47:51:1:21:26:0:0:23:28:0:0 chr11 61551356 . T C 119.99 PASS AF=0.451613;AO=12;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0302929;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.649;QD=15.4821;RBI=0.0334236;REFB=-0.0176106;REVB=0.0141237;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259872;STB=0.580533;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0339902;OID=.;OPOS=61551356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:16:17:12:14:0.451613:5:7:5:11:7:7:6:11 chr11 61582708 . T C 47.12 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0854477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7991;QD=11.0878;RBI=0.0984701;REFB=-0.0321602;REVB=0.0489391;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164676;STB=0.599717;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0211279;OID=.;OPOS=61582708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:6:4:4:3:6:4 chr11 61593816 . C T 127.69 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0449783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9676;QD=11.878;RBI=0.0469973;REFB=-0.0273049;REVB=0.0136272;RO=28;SAF=10;SAR=5;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299448;STB=0.676689;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0608364;OID=.;OPOS=61593816;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:5:10:11:17:5:10:11:17 chr11 61719387 . T C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2998;QD=56.7046;RBI=0.0300694;REFB=0;REVB=0.0107709;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000866758;OID=.;OPOS=61719387;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr11 61722645 . C A 638.55 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0275547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.109;QD=59.3996;RBI=0.0620941;REFB=-0.110796;REVB=0.0556454;RO=1;SAF=11;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149055;STB=0.507933;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00205102;OID=.;OPOS=61722645;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:31:11:0:1:31:11:0:1 chr11 61730234 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.317;QD=50.4134;RBI=0.0504616;REFB=0;REVB=0.00461664;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369222;OID=.;OPOS=61730234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr11 61895741 . A G 286.8 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00558032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.276;QD=31.0049;RBI=0.0060867;REFB=-0.0239572;REVB=0.00243064;RO=12;SAF=7;SAR=18;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148766;STB=0.582021;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.00909123;OID=.;OPOS=61895741;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:12:12:25:25:0.675676:18:7:6:6:18:7:6:6 chr11 61897359 . C T 238.11 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0222693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4519;QD=20.2646;RBI=0.0409748;REFB=-0.0186032;REVB=-0.034395;RO=24;SAF=13;SAR=10;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134234;STB=0.57558;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.018781;OID=.;OPOS=61897359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:10:13:10:14:10:13:10:14 chr11 61897566 . C T 161.76 PASS AF=0.548387;AO=16;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0495185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.94;QD=20.8727;RBI=0.0658402;REFB=-0.0345858;REVB=0.0433917;RO=14;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106233;STB=0.569637;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0191046;OID=.;OPOS=61897566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:16:17:0.548387:10:6:7:7:11:6:7:7 chr11 61897579 . C T 182.36 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0356941;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.644;QD=25.1533;RBI=0.0458683;REFB=-0.0288955;REVB=0.0288069;RO=11;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688812;STB=0.538419;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0156842;OID=.;OPOS=61897579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:10:8:6:5:10:8:6:5 chr11 61906374 . T C 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0829355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6463;QD=49.5947;RBI=0.0832491;REFB=0;REVB=0.007219;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00141111;OID=.;OPOS=61906374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr11 61908440 . T C 114.04 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0562319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.656;QD=9.30959;RBI=0.0681226;REFB=-0.00721534;REVB=-0.0384534;RO=35;SAF=8;SAR=6;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100947;STB=0.561316;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0182095;OID=.;OPOS=61908440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:14:14:0.285714:6:8:17:18:6:8:17:18 chr11 61913196 . G T 118.72 PASS AF=0.619048;AO=12;DP=20;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.035753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.633;QD=22.6128;RBI=0.0492439;REFB=-0.0542254;REVB=0.0338628;RO=8;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146341;STB=0.561949;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0465407;OID=.;OPOS=61913196;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:21:8:8:12:13:0.619048:5:7:3:5:6:7:3:5 chr11 62010863 . C T 1491.7 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=312.116;QD=63.4766;RBI=0.0167112;REFB=0;REVB=0.0101122;RO=0;SAF=45;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.24393e-05;OID=.;OPOS=62010863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:49:45:0:0:49:45:0:0 chr11 62160723 . C T 162.87 PASS AF=0.355932;AO=20;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0100963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.426;QD=11.0421;RBI=0.0117463;REFB=-0.00513319;REVB=-0.00600331;RO=38;SAF=11;SAR=9;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143438;STB=0.596063;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0103814;OID=.;OPOS=62160723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:38:38:20:21:0.355932:9:11:16:22:9:12:16:22 chr11 62160729 . G A 191.99 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=65;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=0.00538426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.048;QD=11.8147;RBI=0.0567366;REFB=-0.0213381;REVB=0.0564806;RO=41;SAF=15;SAR=9;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203532;STB=0.617662;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0321976;OID=.;OPOS=62160729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:41:24:24:0.369231:9:15:18:23:9:15:18:23 chr11 62236219 . T C 46.5 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00954087;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.509;QD=8.08677;RBI=0.0182769;REFB=-0.00438504;REVB=-0.015589;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793713;STB=0.549857;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00433707;OID=.;OPOS=62236219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:24:23:16:16:7:7:0.304348:4:3:8:8:4:3:8:8 chr11 62292882 . G T 960.01 PASS AF=0.971831;AO=66;DP=70;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-7.32383e-05;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.7;QD=54.0853;RBI=0.0124101;REFB=-0.215517;REVB=0.0124099;RO=3;SAF=40;SAR=26;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00521385;STB=0.511901;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0118646;OID=.;OPOS=62292882;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:71:3:2:66:69:0.971831:26:40:2:1:28:41:2:0 chr11 62293822 . C T 200.41 PASS AF=0.313253;AO=26;DP=83;FAO=26;FDP=83;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=18;FWDB=-0.0115412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.989;QD=9.65842;RBI=0.0118349;REFB=-0.0211813;REVB=0.00262022;RO=56;SAF=15;SAR=11;SRF=39;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147299;STB=0.577203;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0341964;OID=.;OPOS=62293822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:56:57:26:26:0.313253:11:15:39:17:11:15:39:18 chr11 62342915 . G A 253.05 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=0.0498726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.848;QD=15.1073;RBI=0.0499956;REFB=-0.00364453;REVB=0.00350493;RO=38;SAF=21;SAR=8;SRF=28;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160667;STB=0.509085;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.00363636;OID=.;OPOS=62342915;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:8:21:28:10:8:21:28:10 chr11 62378635 . TGCCCCCT CTGCCCCT,TCGCCCCT,TGCCCCT,TGCCCCTC 157.1 PASS AF=0,0,0.604651,0.0232558;AO=3,2,13,3;DP=43;FAO=0,0,26,1;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=0,0,15,1;FSAR=0,0,11,0;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0366495,0.0378503,0.261578,0.0158097;FXX=0;HRUN=1,1,5,5;LEN=3,2,1,2;MLLD=19.4633,59.2181,10.9658,14.0854;QD=14.6136;RBI=0.0366535,0.0648005,0.27083,0.123627;REFB=-0.0836798,-0.02762,-0.159974,-0.110581;REVB=-0.000544803,-0.0525971,0.0701833,0.122612;RO=17;SAF=0,0,8,3;SAR=3,2,5,0;SRF=14;SRR=3;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.749989,-0.701363,-0.230989,0.514261;STB=0.5,0.5,0.594526,0.983935;STBP=1,1,0.15,0.54;TYPE=mnp,mnp,del,mnp;VARB=0,0,0.145065,0.0968223;OID=.,.,.,.;OPOS=62378635,62378636,62378637,62378641;OREF=TGC,GC,C,CT;OALT=CTG,CG,-,TC;OMAPALT=CTGCCCCT,TCGCCCCT,TGCCCCT,TGCCCCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:63:43:43:17:16:3,2,13,3:0,0,26,1:0,0,0.604651,0.0232558:3,2,5,0:0,0,8,3:14:3:0,0,11,0:0,0,15,1:13:3 chr11 62383715 . G C 88.01 PASS AF=1;AO=4;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.147115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.171;QD=39.1139;RBI=0.147545;REFB=0;REVB=-0.0112559;RO=0;SAF=1;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.86674e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00844544;OID=.;OPOS=62383715;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:4:9:1:3:1:0:0:8:1:0:0 chr11 62417045 . A T 327.34 PASS AF=0.472973;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0186626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.084;QD=17.6938;RBI=0.0226378;REFB=-0.026741;REVB=-0.0128132;RO=39;SAF=14;SAR=21;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107897;STB=0.560405;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0294183;OID=.;OPOS=62417045;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:39:39:35:35:0.472973:21:14:20:19:21:14:20:19 chr11 62430659 . T A,C 632.7 PASS AF=0.880952,0.119048;AO=37,5;DP=42;FAO=37,5;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=20,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346249,0.0284281;FXX=0.0232504;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=174.175,140.708;QD=60.2572;RBI=0.0413201,0.0284626;REFB=0,0;REVB=0.0225492,0.00140182;RO=0;SAF=17,0;SAR=20,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.71161e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00117563,0.0302354;OID=.,.;OPOS=62430659,62430659;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:25:42:42:0:0:37,5:37,5:0.880952,0.119048:20,5:17,0:0:0:20,5:17,0:0:0 chr11 62439569 . G A 770.62 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0125405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.44;QD=55.0442;RBI=0.0436301;REFB=-0.0412447;REVB=0.041789;RO=1;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145046;STB=0.507689;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00105489;OID=.;OPOS=62439569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:32:23:0:1:32:23:0:1 chr11 62563353 . G A 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155266;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.531;QD=59.0178;RBI=0.019071;REFB=0;REVB=0.0110736;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.35908e-05;OID=.;OPOS=62563353;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr11 62564009 . T C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00949525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5235;QD=12.7299;RBI=0.0245996;REFB=-0.00483678;REVB=0.0226931;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0865477;STB=0.551606;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0144399;OID=.;OPOS=62564009;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:6:3:5:7:6:3:5:7 chr11 62609112 . A G 623.75 PASS AF=0.54386;AO=62;DP=114;FAO=62;FDP=114;FR=.;FRO=52;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8114;QD=21.886;RBI=0.0295043;REFB=0.0124703;REVB=-0.0269089;RO=52;SAF=28;SAR=34;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0882414;STB=0.548371;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.0139902;OID=.;OPOS=62609112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:52:52:62:62:0.54386:34:28:29:23:34:28:29:23 chr11 62609171 . TATT CTGC,TGCT 2025.23 PASS AF=0.720588,0.0931373;AO=131,19;DP=208;FAO=147,19;FDP=204;FR=.;FRO=38;FSAF=52,7;FSAR=95,12;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0081022,-0.00352105;FXX=0.0192298;HRUN=1,1;LEN=4,2;MLLD=194.612,170.236;QD=39.7103;RBI=0.0468097,0.0704584;REFB=-0.0622211,-0.0757652;REVB=0.0461032,0.0703703;RO=34;SAF=48,7;SAR=83,12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0548371,-0.147759;STB=0.543532,0.623246;STBP=0.013,0.2;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.01502,0.0065194;OID=.,.;OPOS=62609171,62609172;OREF=TATT,AT;OALT=CTGC,GC;OMAPALT=CTGC,TGCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:204:34:38:131,19:147,19:0.720588,0.0931373:83,12:48,7:17:17:95,12:52,7:21:17 chr11 62609196 . T C 30.66 PASS AF=0.0614035;AO=14;DP=227;FAO=14;FDP=228;FR=.;FRO=214;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=89;FSRR=125;FWDB=-0.00650141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.649;QD=0.53786;RBI=0.0113065;REFB=-0.00174321;REVB=-0.00925034;RO=213;SAF=4;SAR=10;SRF=88;SRR=125;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141854;STB=0.632455;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0307994;OID=.;OPOS=62609196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:227:228:213:214:14:14:0.0614035:10:4:88:125:10:4:89:125 chr11 62652779 . C T 155.73 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=12;FWDB=0.012667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.3395;QD=10.928;RBI=0.0329349;REFB=0.00936592;REVB=0.0304016;RO=34;SAF=12;SAR=8;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538761;STB=0.552188;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.0175736;OID=.;OPOS=62652779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:37:20:20:0.350877:8:12:22:12:8:12:25:12 chr11 62766431 . A T 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0216292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.188;QD=10.0752;RBI=0.0357593;REFB=-0.0184982;REVB=-0.0284764;RO=14;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135085;STB=0.583112;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0330638;OID=.;OPOS=62766431;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:2:6:9:5:2:6:9:5 chr11 62847453 . T C 239.67 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.034835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.135;QD=18.0886;RBI=0.0370197;REFB=-0.0112205;REVB=-0.0125292;RO=27;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904817;STB=0.550858;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0121198;OID=.;OPOS=62847453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:16:10:13:14:16:10:13:14 chr11 62848445 . A G 141.65 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.00200627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0822;QD=9.60357;RBI=0.0730672;REFB=-0.0207015;REVB=-0.0730396;RO=40;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144292;STB=0.585019;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0387677;OID=.;OPOS=62848445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:9:10:16:24:9:10:16:24 chr11 62848487 . A C 157.74 PASS AF=0.365385;AO=18;DP=51;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0122665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.839;QD=12.1337;RBI=0.0209111;REFB=-0.0229818;REVB=0.0169353;RO=33;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274843;STB=0.639862;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0336214;OID=.;OPOS=62848487;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:33:33:18:19:0.365385:8:10:10:23:9:10:10:23 chr11 62848568 . C G 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=25;FWDB=-0.00178323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5196;QD=8.6271;RBI=0.0164686;REFB=0.0203893;REVB=0.0163718;RO=27;SAF=1;SAR=10;SRF=2;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0633674;STB=0.538396;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.0476564;OID=.;OPOS=62848568;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:10:1:2:25:10:1:2:25 chr11 62863518 . A G 805.08 PASS AF=0.9;AO=57;DP=64;FAO=63;FDP=70;FR=.;FRO=7;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.00273892;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=46.981;QD=46.0044;RBI=0.00602879;REFB=-0.137761;REVB=0.00537072;RO=7;SAF=28;SAR=29;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716952;STB=0.538031;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00680828;OID=.;OPOS=62863518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:64:70:7:7:57:63:0.9:29:28:1:6:30:33:1:6 chr11 62886319 . G C 524.67 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222794;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2918;QD=59.9627;RBI=0.0259457;REFB=0;REVB=-0.0132968;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298854;OID=.;OPOS=62886319;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr11 62902172 . A C 672.93 PASS AF=0.960784;AO=48;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0302252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.438;QD=52.7788;RBI=0.0343688;REFB=-0.199028;REVB=0.0163599;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502856;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00152271;OID=.;OPOS=62902172;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:51:51:0:2:48:49:0.960784:21:27:0:0:21:28:1:1 chr11 62910849 . T C 1231.43 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.017757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.565;QD=60.0698;RBI=0.0223562;REFB=0.0159988;REVB=0.0135827;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.506848;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-3.19192e-06;OID=.;OPOS=62910849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:1:81:81:0.987805:36:45:0:0:36:45:0:1 chr11 62911079 . G C 688.83 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.852;QD=62.6213;RBI=0.0430507;REFB=0;REVB=0.0274227;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312596;OID=.;OPOS=62911079;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chr11 62931484 . T C 1542.41 PASS AF=1;AO=101;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121521;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.565;QD=59.8993;RBI=0.0466674;REFB=0;REVB=0.0450575;RO=0;SAF=51;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117713;OID=.;OPOS=62931484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:101:103:1:50:51:0:0:51:52:0:0 chr11 62951221 . C G 1100.73 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0609368;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4122;QD=60.3142;RBI=0.0731764;REFB=0;REVB=0.0405153;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451691;OID=.;OPOS=62951221;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:34:39:0:0:34:39:0:0 chr11 62984868 . T C 652.12 PASS AF=0.909091;AO=50;DP=55;FAO=50;FDP=55;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0038868;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.418;QD=47.4267;RBI=0.0888539;REFB=0.00384259;REVB=0.0887688;RO=5;SAF=18;SAR=32;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114259;STB=0.560951;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00870306;OID=.;OPOS=62984868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:55:55:5:5:50:50:0.909091:32:18:5:0:32:18:5:0 chr11 62985544 . C T 344.69 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.047358;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3481;QD=55.1499;RBI=0.074446;REFB=0;REVB=0.0574407;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000548429;OID=.;OPOS=62985544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:15:10:0:0:15:10:0:0 chr11 63129876 . T G 636.4 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317955;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.812;QD=62.0874;RBI=0.0319805;REFB=0;REVB=0.00343537;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.5021e-05;OID=.;OPOS=63129876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:24:16:0:0:24:17:0:0 chr11 63233710 . A G 502.54 PASS AF=0.443548;AO=35;DP=126;FAO=55;FDP=124;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=69;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.0239958;FXX=0.0158718;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.1072;QD=16.211;RBI=0.190339;REFB=-0.0328492;REVB=0.18882;RO=51;SAF=29;SAR=6;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240033;STB=0.531627;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0439824;OID=.;OPOS=63233710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:124:51:69:35:55:0.443548:6:29:34:17:24:31:35:34 chr11 63258416 . T C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.435;QD=56.9566;RBI=0.0222938;REFB=0;REVB=0.0195018;RO=0;SAF=36;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.09611e-05;OID=.;OPOS=63258416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:16:36:0:0:16:36:0:0 chr11 63313644 . T C 1784.38 PASS AF=0.967742;AO=118;DP=122;FAO=120;FDP=124;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=81;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00801634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.9244;QD=57.5606;RBI=0.0285237;REFB=-0.171692;REVB=0.0273741;RO=3;SAF=37;SAR=81;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191519;STB=0.506403;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00232847;OID=.;OPOS=63313644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:122:124:3:4:118:120:0.967742:81:37:2:1:81:39:2:2 chr11 63413962 . AAAAT A 741.38 PASS AF=0.930556;AO=51;DP=73;FAO=67;FDP=72;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0194877;FXX=0.0526247;HRUN=4;LEN=4;MLLD=244.009;QD=41.1879;RBI=0.0196871;REFB=-0.0507186;REVB=-0.00279473;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.524596;STBP=0.14;TYPE=del;VARB=0.00352045;OID=.;OPOS=63413963;OREF=AAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.930556:51:73:67:72:5:30:37:4:1:6:0:22:29:0:0 chr11 63487386 . T C 851.8 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0030537;FXX=0.0312451;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.499;QD=54.9548;RBI=0.0136577;REFB=-0.163687;REVB=0.0133119;RO=2;SAF=19;SAR=41;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224661;STB=0.511901;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=4.14089e-05;OID=.;OPOS=63487386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:63:62:2:2:60:60:0.967742:41:19:0:2:41:19:0:2 chr11 63585804 . C A 144.17 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0323345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.318;QD=24.028;RBI=0.034518;REFB=0.00530612;REVB=0.0120818;RO=9;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0468954;STB=0.526281;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00162233;OID=.;OPOS=63585804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:6:9:6:3:6:9:6:3 chr11 63661820 . C T 613.17 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.85;QD=61.3167;RBI=0.0431421;REFB=0;REVB=-0.00517963;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.90312e-05;OID=.;OPOS=63661820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:19:20:0:0:19:21:0:0 chr11 63673603 . CTG C 66.43 PASS AF=1;AO=6;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127278;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=2;MLLD=157.207;QD=37.9573;RBI=0.132287;REFB=0;REVB=0.036059;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00316121;OID=.;OPOS=63673604;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:8:7:7:0:5:2:0:0:4:0:4:2:0:0 chr11 63681513 . T C 768.71 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9491;QD=56.9412;RBI=0.10224;REFB=0;REVB=0.0995582;RO=0;SAF=37;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.33586e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000970673;OID=.;OPOS=63681513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:16:37:0:0:17:37:0:0 chr11 63738043 . ATTTTTG ATTTTG,ATTTTGA 30.0 PASS AF=0.222222,0.111111;AO=4,2;DP=18;FAO=4,2;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1,0;FSAR=3,2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.022017,0.0459852;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=20.6187,37.1297;QD=6.66624;RBI=0.110354,0.046988;REFB=-0.0196408,-0.0176423;REVB=-0.108135,-0.00965595;RO=12;SAF=1,0;SAR=3,2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.365665,-0.593836;STB=0.748752,0.995029;STBP=0.325,0.166;TYPE=del,mnp;VARB=0.0479324,0.0335539;OID=.,.;OPOS=63738044,63738048;OREF=T,TG;OALT=-,GA;OMAPALT=ATTTTG,ATTTTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222,0.111111:4,2:18:4,2:18:12:1,0:3,2:7:5:19:12:1,0:3,2:7:5 chr11 63883985 . T C 178.0 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.0748025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.991;QD=10.6268;RBI=0.0753139;REFB=0.0050731;REVB=-0.00876161;RO=40;SAF=11;SAR=12;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00357888;STB=0.529158;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=-0.0158227;OID=.;OPOS=63883985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:40:44:23:23:0.343284:12:11:19:21:12:11:23:21 chr11 63884027 . C T 181.27 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0266076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1801;QD=16.4792;RBI=0.0306532;REFB=-0.00931404;REVB=0.0152203;RO=25;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00627176;STB=0.503593;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0111133;OID=.;OPOS=63884027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:9:10:13:12:9:10:13:12 chr11 63884453 . C T 384.81 PASS AF=0.52;AO=39;DP=75;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0182154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9945;QD=20.5234;RBI=0.0355052;REFB=-0.0129118;REVB=0.0304765;RO=36;SAF=18;SAR=21;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12904;STB=0.571392;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.0116589;OID=.;OPOS=63884453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:36:39:39:0.52:21:18:22:14:21:18:22:14 chr11 63884474 . C T 293.68 PASS AF=0.477612;AO=32;DP=67;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0354853;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8927;QD=17.5331;RBI=0.0354898;REFB=-0.0269051;REVB=-0.000565384;RO=35;SAF=17;SAR=15;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425018;STB=0.523795;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0382664;OID=.;OPOS=63884474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:35:32:32:0.477612:15:17:17:18:15:17:17:18 chr11 63885305 . C T 120.35 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.112092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.626;QD=24.0699;RBI=0.11223;REFB=-0.0684973;REVB=0.00557724;RO=7;SAF=9;SAR=4;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261482;STB=0.647765;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0289592;OID=.;OPOS=63885305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:4:9:2:5:4:9:2:5 chr11 63885632 . A G 544.25 PASS AF=0.973684;AO=38;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0561599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9753;QD=57.2891;RBI=0.0730417;REFB=-0.121167;REVB=0.0467029;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.514278;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00508269;OID=.;OPOS=63885632;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:0:1:38:37:0.973684:18:20:0:0:17:20:0:1 chr11 63885704 . C T 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0776407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.346;QD=12.7821;RBI=0.0802114;REFB=0.00611023;REVB=0.0201441;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290505;STB=0.517207;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.00988557;OID=.;OPOS=63885704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:4:6:8:6:4:6:8:6 chr11 63886539 . C T 462.56 PASS AF=0.474227;AO=46;DP=97;FAO=46;FDP=97;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.032638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.657;QD=19.0746;RBI=0.0326919;REFB=-0.0154975;REVB=-0.00187664;RO=49;SAF=24;SAR=22;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296588;STB=0.516585;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0162204;OID=.;OPOS=63886539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:49:51:46:46:0.474227:22:24:24:25:22:24:25:26 chr11 63988045 . G A 241.39 PASS AF=0.5;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.00495488;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.397;QD=19.3115;RBI=0.0100346;REFB=-0.0389973;REVB=0.00872594;RO=21;SAF=17;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138224;STB=0.625315;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0229398;OID=.;OPOS=63988045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:21:25:25:25:0.5:8:17:11:10:8:17:11:14 chr11 63988102 . C T 246.57 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.00789115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.056;QD=15.9077;RBI=0.0101177;REFB=-0.0149078;REVB=0.00633222;RO=34;SAF=13;SAR=15;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148193;STB=0.583465;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0153319;OID=.;OPOS=63988102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:15:13:21:13:15:13:21:13 chr11 63991801 . T C 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0226018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.72;QD=18.6439;RBI=0.0293733;REFB=-0.0209941;REVB=0.0187603;RO=13;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21949;STB=0.624826;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0169846;OID=.;OPOS=63991801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:6:8:4:9:6:8:4:9 chr11 63994692 . T C 317.63 PASS AF=0.460526;AO=32;DP=73;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0224058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.689;QD=16.7174;RBI=0.0291883;REFB=-0.00888502;REVB=0.0187065;RO=40;SAF=6;SAR=26;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246572;STB=0.619643;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00965859;OID=.;OPOS=63994692;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:40:41:32:35:0.460526:26:6:15:25:28:7:15:26 chr11 63994696 . T C 898.29 PASS AF=0.87013;AO=68;DP=77;FAO=67;FDP=77;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=52;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0127677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3587;QD=46.6645;RBI=0.0221726;REFB=-0.00716626;REVB=0.0181277;RO=9;SAF=16;SAR=52;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150981;STB=0.59618;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.022744;OID=.;OPOS=63994696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:77:77:9:10:68:67:0.87013:52:16:7:2:52:15:8:2 chr11 63997329 . A G 1153.55 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00195986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.483;QD=60.7133;RBI=0.00237393;REFB=0;REVB=-0.00133958;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14501e-06;OID=.;OPOS=63997329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:43:33:0:0:43:33:0:0 chr11 63997338 . T C 1187.37 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.938;QD=60.8906;RBI=0.0659389;REFB=0;REVB=0.0557798;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142563;OID=.;OPOS=63997338;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:78:0:0:75:78:1:44:31:0:0:46:32:0:0 chr11 64004643 . C G 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0212185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.584;QD=7.52621;RBI=0.0281189;REFB=-0.00502922;REVB=-0.0184513;RO=23;SAF=4;SAR=5;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336475;STB=0.713877;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0236368;OID=.;OPOS=64004643;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:23:24:9:9:0.272727:5:4:17:6:5:4:18:6 chr11 64011441 . T C 737.61 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.077046;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.441;QD=62.7756;RBI=0.0797285;REFB=0;REVB=0.0205072;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000380918;OID=.;OPOS=64011441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:31:15:0:0:32:15:0:0 chr11 64012225 . G C 152.86 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.552;QD=43.6729;RBI=0.239055;REFB=0;REVB=0.23685;RO=1;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0998765;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00605582;OID=.;OPOS=64012225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:1:0:12:14:1:4:8:0:1:6:8:0:0 chr11 64022459 . A G 1106.08 PASS AF=1;AO=57;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.348;QD=59.7883;RBI=0.0496742;REFB=0;REVB=0.0380235;RO=0;SAF=12;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135665;OID=.;OPOS=64022459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:57:74:1:45:12:0:0:49:25:0:0 chr11 64034866 . G A 99.92 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0429945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.982;QD=15.3722;RBI=0.045992;REFB=-0.0310246;REVB=-0.016332;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270556;STB=0.656002;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.018463;OID=.;OPOS=64034866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:4:10:5:7:4:10 chr11 64034911 . G A 87.05 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.00417895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.357;QD=12.8963;RBI=0.0379946;REFB=-0.00121345;REVB=0.0377641;RO=15;SAF=2;SAR=9;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.659388;STB=0.866892;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00360923;OID=.;OPOS=64034911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:27:27:15:16:11:11:0.407407:9:2:14:1:9:2:14:2 chr11 64068310 . C T 96.05 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.00545224;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.571;QD=11.3001;RBI=0.00660479;REFB=-0.0120633;REVB=0.00372777;RO=20;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189795;STB=0.631383;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0272222;OID=.;OPOS=64068310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:35:34:20:22:12:12:0.352941:5:7:15:5:5:7:17:5 chr11 64081445 . G A 378.49 PASS AF=0.434783;AO=40;DP=92;FAO=40;FDP=92;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0149021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.647;QD=16.4562;RBI=0.0149603;REFB=0.00974991;REVB=0.00131921;RO=51;SAF=25;SAR=15;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156815;STB=0.583291;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.0105153;OID=.;OPOS=64081445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:51:52:40:40:0.434783:15:25:24:27:15:25:25:27 chr11 64084113 . A G 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.26;QD=57.1056;RBI=0.0218089;REFB=0;REVB=0.0174378;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75088e-05;OID=.;OPOS=64084113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr11 64085785 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0538557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.718;QD=58.141;RBI=0.0558845;REFB=0;REVB=0.014921;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428458;OID=.;OPOS=64085785;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:24:8:0:0:24:8:0:0 chr11 64110805 . A G 49.51 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0457462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.625;QD=15.2347;RBI=0.0462724;REFB=-0.0188604;REVB=0.00695866;RO=6;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560707;STB=0.533237;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0184322;OID=.;OPOS=64110805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:4:3:3:3:4:3:3:3 chr11 64116843 . A C 165.45 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.236805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9421;QD=44.1198;RBI=0.236806;REFB=0;REVB=0.000511625;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00400632;OID=.;OPOS=64116843;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:13:15:1:9:4:0:0:10:5:0:0 chr11 64359274 . C T 56.29 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0344892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.52;QD=11.2582;RBI=0.0521814;REFB=-0.00181066;REVB=0.0391586;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.432428;STB=0.74953;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00175889;OID=.;OPOS=64359274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:4:4:1:11:4:4:1:11 chr11 64367325 . A G 1232.45 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0445848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.691;QD=60.1193;RBI=0.0588123;REFB=0;REVB=0.0383548;RO=0;SAF=25;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000682062;OID=.;OPOS=64367325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:73:82:0:0:73:82:1:48:25:0:0:55:27:0:0 chr11 64367862 . T C 122.96 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=46;FAO=15;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=3;FWDB=0.00413821;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.9464;QD=10.9297;RBI=0.0186309;REFB=-0.0372841;REVB=-0.0181655;RO=28;SAF=5;SAR=5;SRF=25;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.495983;STB=0.692114;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.131496;OID=.;OPOS=64367862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:46:45:28:29:10:15:0.333333:5:5:25:3:5:10:26:3 chr11 64453268 . G A 435.83 PASS AF=0.52439;AO=43;DP=82;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.00695158;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.177;QD=21.26;RBI=0.00900642;REFB=-0.0592887;REVB=0.00572636;RO=39;SAF=22;SAR=21;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197447;STB=0.608647;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0372617;OID=.;OPOS=64453268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:39:43:43:0.52439:21:22:11:28:21:22:11:28 chr11 64496357 . G T 249.04 PASS AF=0.357143;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=0.00642153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.501;QD=11.8591;RBI=0.0213402;REFB=-0.0200248;REVB=0.0203511;RO=52;SAF=17;SAR=13;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259984;STB=0.635427;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0421877;OID=.;OPOS=64496357;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:52:54:30:30:0.357143:13:17:17:35:13:17:19:35 chr11 64507680 . A C 272.51 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3234;QD=51.9063;RBI=0.0278958;REFB=0;REVB=0.0252071;RO=0;SAF=17;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000256862;OID=.;OPOS=64507680;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:4:17:0:0:4:17:0:0 chr11 64511050 . G C 169.15 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.00366205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.303;QD=12.0824;RBI=0.0170792;REFB=-0.0214088;REVB=-0.016682;RO=35;SAF=7;SAR=14;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287522;STB=0.666508;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0430943;OID=.;OPOS=64511050;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:14:7:21:14:14:7:21:14 chr11 64519062 . T C 46.3 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0232784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7649;QD=9.74678;RBI=0.11856;REFB=-0.00583356;REVB=0.116252;RO=12;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324104;STB=0.69515;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0188206;OID=.;OPOS=64519062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:3:4:3:9:3:4:3:9 chr11 64543926 . CG CGT,GT 222.76 PASS AF=0.4,0.05;AO=24,3;DP=60;FAO=24,3;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=6,3;FSAR=18,0;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0303522,-0.0388214;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=28.0038,198.645;QD=14.8506;RBI=0.0588781,0.0396439;REFB=0.0118614,0.000208113;REVB=0.0504517,-0.00803325;RO=33;SAF=6,3;SAR=18,0;SRF=16;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.266613,0.539787;STB=0.653328,0.9965;STBP=0.062,0.086;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.0364606,0.00407444;OID=.,.;OPOS=64543928,64543926;OREF=-,CG;OALT=T,GT;OMAPALT=CGT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:24,3:24,3:0.4,0.05:18,0:6,3:16:17:18,0:6,3:16:17 chr11 64559898 . T C 255.72 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.148;QD=51.1429;RBI=0.0562745;REFB=0;REVB=0.0465017;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115638;OID=.;OPOS=64559898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr11 64572018 . T C 145.68 PASS AF=0.425;AO=15;DP=38;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0748284;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8499;QD=14.5681;RBI=0.0753716;REFB=-0.0253767;REVB=0.00903241;RO=21;SAF=2;SAR=13;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359446;STB=0.63882;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0404462;OID=.;OPOS=64572018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:40:21:23:15:17:0.425:13:2:8:13:14:3:8:15 chr11 64572557 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.318;QD=58.141;RBI=0.065096;REFB=0;REVB=0.0639138;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000689828;OID=.;OPOS=64572557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr11 64591679 . G A 238.37 PASS AF=0.95;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0288177;FXX=0.0908678;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.98;QD=47.674;RBI=0.0402717;REFB=-0.0221799;REVB=-0.028131;RO=0;SAF=16;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571347;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00348564;OID=.;OPOS=64591679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:20:0:1:19:19:0.95:3:16:0:0:3:16:0:1 chr11 64601933 . T C 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.114393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.414;QD=12.0153;RBI=0.114991;REFB=-0.00325994;REVB=-0.0117039;RO=7;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210115;STB=0.624638;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.000772799;OID=.;OPOS=64601933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:4:2:1:6:4:2:1:6 chr11 64606177 . C T 264.97 PASS AF=0.54902;AO=27;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.107992;FXX=0.0377287;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.697;QD=20.782;RBI=0.112375;REFB=-0.0389536;REVB=0.0310787;RO=22;SAF=19;SAR=8;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209694;STB=0.508879;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0237053;OID=.;OPOS=64606177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:23:27:28:0.54902:8:19:15:7:9:19:16:7 chr11 64621162 . CA C 50.53 PASS AF=0.566667;AO=11;DP=28;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0621089;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.99463;QD=6.73704;RBI=0.0677246;REFB=-0.0500129;REVB=0.0270019;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343697;STB=0.503932;STBP=0.978;TYPE=del;VARB=0.0691215;OID=.;OPOS=64621163;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.566667:11:28:17:30:13:9:8:7:6:44:12:6:5:7:5 chr11 64621856 . A G 237.86 PASS AF=1;AO=15;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.13;QD=50.0764;RBI=0.0652306;REFB=0;REVB=0.0614656;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00364192;OID=.;OPOS=64621856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:15:19:1:8:7:0:0:11:8:0:0 chr11 64622869 . G C 769.7 PASS AF=0.982143;AO=53;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0107069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.181;QD=54.9788;RBI=0.0382163;REFB=-0.063461;REVB=-0.0366858;RO=0;SAF=27;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00474226;OID=.;OPOS=64622869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:0:1:53:55:0.982143:26:27:0:0:27:28:0:1 chr11 64645871 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.856;QD=62.0219;RBI=0.0271412;REFB=0;REVB=0.0164108;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.19995e-05;OID=.;OPOS=64645871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:30:12:0:0:30:12:0:0 chr11 64664233 . C T 138.51 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.0173468;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.085;QD=10.8636;RBI=0.0199479;REFB=-0.011866;REVB=0.00984921;RO=31;SAF=3;SAR=14;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424802;STB=0.765283;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0136028;OID=.;OPOS=64664233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:31:34:17:17:0.333333:14:3:16:15:14:3:18:16 chr11 64677293 . G C 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.076224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4031;QD=28.5375;RBI=0.0931636;REFB=0.0055353;REVB=0.0535664;RO=1;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124421;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.00999211;OID=.;OPOS=64677293;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:3:4:0:1:3:4:0:1 chr11 64680819 . G A 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.583;QD=52.6113;RBI=0.0495856;REFB=0;REVB=0.044703;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000635955;OID=.;OPOS=64680819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr11 64695360 . G A 773.87 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0154461;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.066;QD=55.2766;RBI=0.0314006;REFB=-0.026269;REVB=-0.0273389;RO=1;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140721;STB=0.50746;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000154446;OID=.;OPOS=64695360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:56:1:1:55:55:0.982143:33:22:0:1:33:22:0:1 chr11 64789194 . T C 370.16 PASS AF=0.448276;AO=37;DP=86;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.0176974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.959;QD=17.019;RBI=0.0179641;REFB=-0.0140942;REVB=-0.003084;RO=46;SAF=26;SAR=11;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579156;STB=0.52541;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0150134;OID=.;OPOS=64789194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:46:48:37:39:0.448276:11:26:30:16:13:26:30:18 chr11 64799998 . T C 289.77 PASS AF=0.470588;AO=32;DP=68;FAO=32;FDP=68;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00744542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.123;QD=17.0452;RBI=0.0102553;REFB=-0.0125177;REVB=-0.0070525;RO=35;SAF=14;SAR=18;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150822;STB=0.591184;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0150339;OID=.;OPOS=64799998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:36:32:32:0.470588:18:14:21:14:18:14:22:14 chr11 64807294 . G A 518.76 PASS AF=0.578313;AO=48;DP=85;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0147641;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.413;QD=25.0005;RBI=0.0203225;REFB=-0.0374243;REVB=-0.0139652;RO=34;SAF=24;SAR=24;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892111;STB=0.542151;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0445533;OID=.;OPOS=64807294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:83:34:35:48:48:0.578313:24:24:13:21:24:24:14:21 chr11 64820695 . T G 617.49 PASS AF=0.488372;AO=63;DP=128;FAO=63;FDP=129;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.000734266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.111;QD=19.147;RBI=0.056417;REFB=-0.0278297;REVB=-0.0564122;RO=65;SAF=31;SAR=32;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284918;STB=0.511807;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0237737;OID=.;OPOS=64820695;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:65:66:63:63:0.488372:32:31:34:31:32:31:34:32 chr11 64822078 . G A 49.23 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0320081;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3264;QD=13.129;RBI=0.0394869;REFB=-0.011191;REVB=-0.0231235;RO=8;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490059;STB=0.529329;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0102263;OID=.;OPOS=64822078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:16:15:8:8:7:7:0.466667:3:4:5:3:3:4:5:3 chr11 64833935 . G A 416.35 PASS AF=0.434343;AO=43;DP=100;FAO=43;FDP=99;FR=.;FRO=56;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=44;FWDB=0.0160031;FXX=0.009999;HRUN=5;LEN=1;MLLD=254.884;QD=16.8224;RBI=0.0161003;REFB=-0.00404898;REVB=-0.00176707;RO=51;SAF=22;SAR=21;SRF=12;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268778;STB=0.666908;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00502844;OID=.;OPOS=64833935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:51:56:43:43:0.434343:21:22:12:39:21:22:12:44 chr11 64852421 . T C 121.86 PASS AF=0.4;AO=13;DP=34;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0130819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1492;QD=13.9269;RBI=0.0182508;REFB=0.0025581;REVB=0.0127262;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119826;STB=0.514265;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00469488;OID=.;OPOS=64852421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:20:21:13:14:0.4:7:6:9:11:7:7:10:11 chr11 64855464 . T G 92.95 PASS AF=0.145695;AO=26;DP=151;FAO=22;FDP=151;FR=.;FRO=129;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=60;FSRR=69;FWDB=-0.0534267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8398;QD=2.46215;RBI=0.0687066;REFB=-0.0150352;REVB=-0.0431994;RO=120;SAF=2;SAR=24;SRF=57;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.587502;STB=0.933894;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.146532;OID=.;OPOS=64855464;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:151:151:120:129:26:22:0.145695:24:2:57:63:21:1:60:69 chr11 64855986 . A G 70.5 PASS AF=0.25;AO=10;DP=40;FAO=10;FDP=40;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.0462437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.329;QD=7.04964;RBI=0.0487092;REFB=-0.00135484;REVB=0.0153005;RO=30;SAF=3;SAR=7;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.483426;STB=0.794951;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00194292;OID=.;OPOS=64855986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:30:30:10:10:0.25:7:3:22:8:7:3:22:8 chr11 64878661 . T C 427.4 PASS AF=0.939394;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.03827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6383;QD=51.8064;RBI=0.054283;REFB=-0.0443096;REVB=0.0384974;RO=2;SAF=6;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13229;STB=0.571379;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0105356;OID=.;OPOS=64878661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:33:2:2:30:31:0.939394:24:6:2:0:25:6:2:0 chr11 64882789 . C T 122.79 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0135293;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7314;QD=13.6428;RBI=0.0336286;REFB=-0.0130369;REVB=-0.030787;RO=23;SAF=11;SAR=3;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181298;STB=0.584975;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0232494;OID=.;OPOS=64882789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:23:22:14:14:0.388889:3:11:15:8:3:11:15:7 chr11 64884052 . G A 356.02 PASS AF=0.638298;AO=30;DP=47;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0198877;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.156;QD=30.2998;RBI=0.0220389;REFB=-0.0330442;REVB=-0.00949683;RO=16;SAF=12;SAR=18;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024645;STB=0.526298;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0176584;OID=.;OPOS=64884052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:16:17:30:30:0.638298:18:12:7:9:18:12:8:9 chr11 64895202 . A G 147.3 PASS AF=0.345455;AO=18;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=8;FWDB=-0.0221577;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=313.727;QD=10.7125;RBI=0.0248393;REFB=-0.0133511;REVB=-0.0112261;RO=37;SAF=14;SAR=4;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00995223;STB=0.511352;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.024301;OID=.;OPOS=64895202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:36:18:19:0.345455:4:14:29:8:4:15:28:8 chr11 64900270 . G T 401.97 PASS AF=0.488095;AO=41;DP=84;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.0456003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.976;QD=19.1415;RBI=0.0745601;REFB=-0.00861134;REVB=0.05899;RO=42;SAF=20;SAR=21;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185881;STB=0.595402;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0122401;OID=.;OPOS=64900270;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:43:41:41:0.488095:21:20:12:30:21:20:13:30 chr11 64972286 . G C 254.67 PASS AF=0.491525;AO=25;DP=56;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00206809;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.528;QD=17.2657;RBI=0.0137044;REFB=-0.0540589;REVB=0.0135474;RO=30;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192871;STB=0.508766;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0553385;OID=.;OPOS=64972286;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:59:30:30:25:29:0.491525:13:12:15:15:15:14:15:15 chr11 64981472 . G C 167.08 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.015272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3325;QD=15.1894;RBI=0.0270499;REFB=0.00785209;REVB=0.0223262;RO=26;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211975;STB=0.62176;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.015173;OID=.;OPOS=64981472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:8:10:9:17:8:10:9:17 chr11 64981853 . G T 97.04 PASS AF=0.521739;AO=11;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00245477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8013;QD=16.8771;RBI=0.0254707;REFB=-0.00554684;REVB=0.0253521;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521703;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0173356;OID=.;OPOS=64981853;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:11:12:0.521739:5:6:6:5:6:6:6:5 chr11 64990041 . G C 149.63 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0335254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.548;QD=11.9704;RBI=0.0336001;REFB=-0.0109233;REVB=0.00223907;RO=32;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239663;STB=0.647171;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0285044;OID=.;OPOS=64990041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:33:17:17:0.34:8:9:10:22:8:9:10:23 chr11 65000719 . C T 149.11 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0212298;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=159.746;QD=18.6382;RBI=0.0263128;REFB=-0.0146236;REVB=0.0155454;RO=16;SAF=11;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329008;STB=0.687265;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0085824;OID=.;OPOS=65000719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:5:11:5:11:5:11:5:11 chr11 65004301 . G T 251.06 PASS AF=0.410959;AO=28;DP=71;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0279782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3904;QD=13.7567;RBI=0.0302254;REFB=-0.0255308;REVB=0.0114365;RO=43;SAF=21;SAR=7;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.256444;STB=0.605896;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0297223;OID=.;OPOS=65004301;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:43:43:28:30:0.410959:7:21:23:20:9:21:23:20 chr11 65004309 . C T 272.78 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0175673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.309;QD=14.947;RBI=0.0195018;REFB=-0.0162709;REVB=0.00846826;RO=42;SAF=21;SAR=10;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165869;STB=0.594277;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0304058;OID=.;OPOS=65004309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:10:21:22:20:10:21:22:20 chr11 65064690 . G A 141.23 PASS AF=0.5;AO=13;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00965205;FXX=0.0624805;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.383;QD=18.8305;RBI=0.0197102;REFB=-0.0361623;REVB=-0.0171852;RO=13;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200611;STB=0.599867;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0516292;OID=.;OPOS=65064690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:15:13:15:0.5:5:8:5:8:6:9:6:9 chr11 65089792 . G C 287.85 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0281397;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.4578;QD=46.0553;RBI=0.0358543;REFB=-0.172208;REVB=0.0222191;RO=2;SAF=11;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076973;STB=0.541631;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0148923;OID=.;OPOS=65089792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:12:11:2:0:12:11:2:0 chr11 65124992 . A T 166.63 PASS AF=0.4;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0246873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.263;QD=14.8117;RBI=0.0370237;REFB=-0.0188945;REVB=-0.0275914;RO=26;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364109;STB=0.534488;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0282332;OID=.;OPOS=65124992;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:26:27:18:18:0.4:11:7:11:15:11:7:12:15 chr11 65144075 . T C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0399212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.529;QD=63.8719;RBI=0.0402381;REFB=0;REVB=0.00504018;RO=0;SAF=9;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156682;OID=.;OPOS=65144075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:39:9:0:0:39:9:0:0 chr11 65180883 . A G 833.33 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.888;QD=56.4971;RBI=0.0243454;REFB=0;REVB=0.0206838;RO=1;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140815;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.46963e-05;OID=.;OPOS=65180883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:59:59:1:0:58:59:1:33:25:0:1:34:25:0:0 chr11 65211940 . C A 343.44 PASS AF=0.506849;AO=33;DP=69;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00190701;FXX=0.0135117;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.3141;QD=18.8185;RBI=0.0687914;REFB=-0.05034;REVB=0.0687649;RO=36;SAF=23;SAR=10;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145363;STB=0.534037;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0451554;OID=.;OPOS=65211940;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:73:36:36:33:37:0.506849:10:23:20:16:14:23:20:16 chr11 65211979 . G A 327.32 PASS AF=0.418605;AO=37;DP=86;FAO=36;FDP=86;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0399593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5898;QD=15.2241;RBI=0.0899544;REFB=-0.0211604;REVB=0.0805919;RO=49;SAF=17;SAR=20;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106733;STB=0.509133;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0304219;OID=.;OPOS=65211979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:49:50:37:36:0.418605:20:17:22:27:20:16:23:27 chr11 65222952 . T C 684.86 PASS AF=0.980392;AO=48;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00467579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.887;QD=53.7147;RBI=0.0176533;REFB=-0.068203;REVB=0.0170228;RO=1;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218744;STB=0.508768;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-1.18254e-05;OID=.;OPOS=65222952;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:48:50:0.980392:21:27:0:1:22:28:1:0 chr11 65307852 . G A 99.21 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0433552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7714;QD=14.6972;RBI=0.044677;REFB=-0.00418051;REVB=0.010787;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317486;STB=0.518488;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00332808;OID=.;OPOS=65307852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:6:6:7:8:6:6:7:8 chr11 65347636 . G C 632.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.441;QD=61.6776;RBI=0.0641795;REFB=0;REVB=0.0613144;RO=0;SAF=33;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.8059e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000620693;OID=.;OPOS=65347636;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:8:33:0:0:8:33:0:0 chr11 65349756 . T G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.768;QD=39.2068;RBI=0.109816;REFB=0;REVB=-0.00433713;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00072635;OID=.;OPOS=65349756;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:6:3:0:0:6:3:0:0 chr11 65349849 . A T 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0740929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3078;QD=35.5711;RBI=0.0740929;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00594432;OID=.;OPOS=65349849;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr11 65383896 . G C 1150.88 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1204;QD=60.5724;RBI=0.0539791;REFB=0;REVB=-0.0498675;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00050004;OID=.;OPOS=65383896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:32:44:0:0:32:44:0:0 chr11 65385606 . A G 693.33 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205752;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5755;QD=63.0295;RBI=0.0307543;REFB=0;REVB=-0.0228581;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164753;OID=.;OPOS=65385606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:28:16:0:0:28:16:0:0 chr11 65387378 . T A 785.69 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5951;QD=64.1379;RBI=0.0227371;REFB=0;REVB=-0.0111905;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000298164;OID=.;OPOS=65387378;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr11 65405699 . C T 677.03 PASS AF=0.977778;AO=40;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=39;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0303157;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.076;QD=60.1802;RBI=0.0753883;REFB=-0.0748578;REVB=0.0690242;RO=0;SAF=36;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3999e-08;STB=0.506326;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00227462;OID=.;OPOS=65405699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:40:44:0.977778:4:36:0:0:5:39:1:0 chr11 65423082 . G A 1113.63 PASS AF=0.987013;AO=73;DP=74;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00820894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4422;QD=57.8509;RBI=0.030197;REFB=-0.102188;REVB=-0.0290598;RO=1;SAF=42;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111301;STB=0.505746;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00689185;OID=.;OPOS=65423082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:77:1:1:73:76:0.987013:31:42:1:0:33:43:1:0 chr11 65487790 . CCTT C 377.27 PASS AF=0.942857;AO=31;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-7.70877e-05;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=3;MLLD=214.348;QD=43.1166;RBI=0.00257767;REFB=-0.0603801;REVB=-0.00257652;RO=0;SAF=8;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39343e-08;STB=0.513177;STBP=0.527;TYPE=del;VARB=0.00424506;OID=.;OPOS=65487791;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.942857:31:35:33:35:2:10:23:1:1:5:0:8:23:0:0 chr11 65546857 . A C 267.21 PASS AF=0.5;AO=29;DP=58;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0416161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.578;QD=18.4282;RBI=0.0489672;REFB=-0.0274728;REVB=-0.0258049;RO=29;SAF=19;SAR=10;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336776;STB=0.518843;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0414098;OID=.;OPOS=65546857;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:29:29:29:29:0.5:10:19:18:11:10:19:18:11 chr11 65547333 . G A 396.8 PASS AF=0.5;AO=38;DP=80;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.0371413;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.428;QD=19.3558;RBI=0.0403448;REFB=-0.0141612;REVB=0.0157553;RO=36;SAF=14;SAR=24;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214168;STB=0.586247;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0086739;OID=.;OPOS=65547333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:36:41:38:41:0.5:24:14:22:14:25:16:23:18 chr11 65547455 . C A 227.17 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00373033;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.991;QD=21.1321;RBI=0.00689711;REFB=-0.0205037;REVB=0.00580127;RO=21;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594698;STB=0.533447;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.014344;OID=.;OPOS=65547455;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:13:9:10:11:13:9:10:11 chr11 65563503 . A T 65.59 PASS AF=0.391304;AO=5;DP=19;FAO=9;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.013286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.311;QD=11.4068;RBI=0.0483165;REFB=-0.0230834;REVB=0.0464539;RO=11;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247279;STB=0.599791;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0320327;OID=.;OPOS=65563503;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:19:23:11:14:5:9:0.391304:2:3:4:7:5:4:4:10 chr11 65617113 . AGGGGGT AGGGGT,AGGGGTC 355.18 PASS AF=1,0;AO=20,6;DP=27;FAO=28,0;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342714,-0.194618;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=20.7523,113.824;QD=50.7406;RBI=0.231599,0.196015;REFB=0,0;REVB=-0.229049,-0.0233606;RO=0;SAF=6,6;SAR=14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.5931e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00862448,0;OID=.,.;OPOS=65617114,65617118;OREF=G,GT;OALT=-,TC;OMAPALT=AGGGGT,AGGGGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:20,6:27:28,0:28:0:13,0:15,0:0:0:4:0:6,6:14,0:0:0 chr11 65623519 . G A 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0176213;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=129.317;QD=9.25771;RBI=0.017924;REFB=0.00554645;REVB=0.00328011;RO=26;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00744569;STB=0.533841;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=-0.00440125;OID=.;OPOS=65623519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:26:28:12:12:0.3:5:7:15:11:5:7:15:13 chr11 65624934 . A C 277.34 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00619246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.347;QD=26.4135;RBI=0.00646047;REFB=-0.026086;REVB=-0.00184148;RO=17;SAF=12;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360994;STB=0.519984;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0181884;OID=.;OPOS=65624934;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:13:12:9:8:13:12:9:8 chr11 65625824 . T C 213.42 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0101108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.573;QD=16.1073;RBI=0.0101479;REFB=-0.0266631;REVB=-0.000865974;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192655;STB=0.582598;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0235485;OID=.;OPOS=65625824;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:27:29:24:24:0.45283:13:11:7:20:13:11:9:20 chr11 65628334 . G A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.000630688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.59;QD=11.9196;RBI=0.0548047;REFB=-0.0298871;REVB=0.0548011;RO=9;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525367;STB=0.531821;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.022973;OID=.;OPOS=65628334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:2:5:6:3:2:5:6:3 chr11 65629932 . T C 63.7 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0153827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.56;QD=9.10001;RBI=0.0303854;REFB=-0.00890834;REVB=-0.0262039;RO=19;SAF=3;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323733;STB=0.697248;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.00689086;OID=.;OPOS=65629932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:6:3:12:7:6:3:12:7 chr11 65629934 . G C 53.41 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0193104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0577;QD=7.6305;RBI=0.0411564;REFB=-0.00349817;REVB=-0.0363449;RO=20;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252565;STB=0.657509;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.000965822;OID=.;OPOS=65629934;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:5:3:12:8:5:3:12:8 chr11 65631167 . C T 147.73 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.00133305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.718;QD=9.23323;RBI=0.00413433;REFB=-0.0113033;REVB=0.00391352;RO=44;SAF=15;SAR=5;SRF=30;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984898;STB=0.558762;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0205279;OID=.;OPOS=65631167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:44:20:20:0.3125:5:15:30:14:5:15:30:14 chr11 65631973 . G A 266.88 PASS AF=0.528302;AO=28;DP=53;FAO=28;FDP=53;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0132357;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.937;QD=20.1422;RBI=0.0239822;REFB=-0.0263434;REVB=0.019999;RO=25;SAF=14;SAR=14;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847192;STB=0.547136;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0323036;OID=.;OPOS=65631973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:25:28:28:0.528302:14:14:15:10:14:14:15:10 chr11 65632262 . G T 215.09 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0134888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.996;QD=21.5092;RBI=0.0162666;REFB=-0.0319714;REVB=0.00909137;RO=19;SAF=7;SAR=14;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171111;STB=0.596397;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0270735;OID=.;OPOS=65632262;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:14:7:10:9:14:7:10:9 chr11 65636053 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.861;QD=51.9167;RBI=0.0242209;REFB=0;REVB=0.0157581;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212458;OID=.;OPOS=65636053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr11 65649774 . A G 464.85 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0693916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.264;QD=58.1066;RBI=0.0740563;REFB=0;REVB=0.0258678;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000609466;OID=.;OPOS=65649774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr11 65649984 . T C 63.46 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00615419;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.824;QD=7.93261;RBI=0.0135982;REFB=-0.0102739;REVB=-0.0121259;RO=23;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236878;STB=0.645951;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.045967;OID=.;OPOS=65649984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:33:32:23:23:9:9:0.28125:4:5:8:15:4:5:8:15 chr11 65655393 . G C 264.74 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0613848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.986;QD=20.7642;RBI=0.0613922;REFB=-0.0174457;REVB=0.000950835;RO=24;SAF=7;SAR=20;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118402;STB=0.56632;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0139841;OID=.;OPOS=65655393;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:20:7:9:15:20:7:9:15 chr11 65659947 . C T 334.46 PASS AF=0.538462;AO=33;DP=62;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.000407778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.341;QD=20.5819;RBI=0.0039986;REFB=-0.0207935;REVB=0.00397775;RO=27;SAF=13;SAR=20;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118329;STB=0.532449;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0148963;OID=.;OPOS=65659947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:27:30:33:35:0.538462:20:13:7:20:21:14:10:20 chr11 65664346 . T C 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0386004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.354;QD=48.6257;RBI=0.0386004;REFB=-0.0661684;REVB=3.23041e-05;RO=1;SAF=15;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298327;STB=0.516115;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.000574998;OID=.;OPOS=65664346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:7:15:1:0:7:15:1:0 chr11 65684929 . C T 601.15 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0327324;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=307.647;QD=58.6486;RBI=0.0328418;REFB=0.0288116;REVB=0.00267796;RO=1;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176923;STB=0.509086;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-2.17786e-05;OID=.;OPOS=65684929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:39:40:0.97561:26:13:0:1:27:13:0:1 chr11 65685225 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.017;QD=55.0986;RBI=0.059548;REFB=0;REVB=-0.057938;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000364677;OID=.;OPOS=65685225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr11 65713207 . T C 574.98 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6368;QD=60.5238;RBI=0.0148498;REFB=0;REVB=-0.00922988;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126164;OID=.;OPOS=65713207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr11 65727301 . A G 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0191114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.017;QD=13.5043;RBI=0.0283456;REFB=0.00356025;REVB=0.0209338;RO=17;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353727;STB=0.708727;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.0138763;OID=.;OPOS=65727301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:9:3:10:7:9:3:10:7 chr11 65732651 . G A 257.81 PASS AF=0.394737;AO=30;DP=74;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0146205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.759;QD=13.5688;RBI=0.0235321;REFB=-0.0299936;REVB=-0.0184391;RO=43;SAF=11;SAR=19;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105999;STB=0.556738;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0554543;OID=.;OPOS=65732651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:43:46:30:30:0.394737:19:11:20:23:19:11:21:25 chr11 65735174 . G C 38.63 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0336022;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.579;QD=11.036;RBI=0.0373957;REFB=-0.0270913;REVB=-0.0164115;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361323;STB=0.713701;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.014587;OID=.;OPOS=65735174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:3:3:1:7:3:3:1:7 chr11 65793454 . C T 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00781842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=315.17;QD=22.5809;RBI=0.0131305;REFB=0.00704848;REVB=0.0105491;RO=7;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139548;STB=0.578819;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.00379187;OID=.;OPOS=65793454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:6:6:5:2:6:6:5:2 chr11 65793797 . G A 330.82 PASS AF=0.45679;AO=34;DP=78;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=-0.0266569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.738;QD=16.3368;RBI=0.0683665;REFB=-0.00074176;REVB=0.0629554;RO=44;SAF=16;SAR=18;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226695;STB=0.616642;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00163287;OID=.;OPOS=65793797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:81:44:44:34:37:0.45679:18:16:11:33:20:17:11:33 chr11 65809875 . C A 305.33 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.00911307;FXX=0.0161264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.443;QD=20.0214;RBI=0.0175599;REFB=-0.0159699;REVB=-0.0150101;RO=29;SAF=8;SAR=24;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101531;STB=0.556664;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0178881;OID=.;OPOS=65809875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:24:8:10:19:24:8:10:19 chr11 65810209 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.576;QD=33.428;RBI=0.0408023;REFB=0;REVB=0.018262;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000883947;OID=.;OPOS=65810209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr11 65810749 . T C 44.23 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00393761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.374;QD=6.8053;RBI=0.0291792;REFB=-0.00624289;REVB=-0.0289123;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435122;STB=0.772481;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0332669;OID=.;OPOS=65810749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:2:5:6:13:2:5:6:13 chr11 65820673 . A G 1352.94 PASS AF=0.977778;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0746062;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8655;QD=60.1308;RBI=0.083707;REFB=-0.0259368;REVB=0.0379575;RO=1;SAF=40;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116984;STB=0.511902;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.000860112;OID=.;OPOS=65820673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:90:1:2:87:88:0.977778:47:40:1:0:47:41:2:0 chr11 65826704 . G A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00369059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.364;QD=19.134;RBI=0.027499;REFB=-0.0285841;REVB=-0.0272502;RO=2;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281149;STB=0.666029;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0113087;OID=.;OPOS=65826704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:2:3:0:2:2:3:0:2 chr11 65868310 . T A 706.68 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0206266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7271;QD=62.8158;RBI=0.0670346;REFB=0;REVB=-0.0637823;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00114558;OID=.;OPOS=65868310;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr11 65985000 . A C 674.94 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00365768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.2503;QD=59.9943;RBI=0.00375224;REFB=-0.0526746;REVB=-0.000837069;RO=1;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208679;STB=0.511106;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000472815;OID=.;OPOS=65985000;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:43:44:0.977778:22:21:0:1:22:22:0:1 chr11 66006323 . G C 84.66 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00773164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1266;QD=10.2619;RBI=0.0452723;REFB=-0.00212784;REVB=0.0446072;RO=21;SAF=2;SAR=9;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374554;STB=0.744731;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00855768;OID=.;OPOS=66006323;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:33:33:21:22:11:11:0.333333:9:2:10:11:9:2:11:11 chr11 66010633 . T C 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0144545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.867;QD=59.0159;RBI=0.0236948;REFB=0;REVB=-0.0187753;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119739;OID=.;OPOS=66010633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:10:24:0:0:10:24:0:0 chr11 66031660 . C T 65.78 PASS AF=0.391304;AO=8;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0131798;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.727;QD=11.4392;RBI=0.0132984;REFB=-0.00235063;REVB=0.00177254;RO=14;SAF=1;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354271;STB=0.604686;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00396229;OID=.;OPOS=66031660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:8:9:0.391304:7:1:5:9:7:2:5:9 chr11 66033430 . C T 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.000575221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.546;QD=11.1041;RBI=0.0166679;REFB=0.012157;REVB=-0.0166579;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258458;STB=0.655317;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.0127497;OID=.;OPOS=66033430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:7:3:4:3:7:3 chr11 66035286 . CA C,CT 546.79 PASS AF=1,0;AO=34,3;DP=37;FAO=37,0;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358033,0.0335736;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=47.2624,23.2916;QD=59.1123;RBI=0.153903,0.0727575;REFB=0,0;REVB=-0.149681,-0.0645482;RO=0;SAF=16,1;SAR=18,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00180847,0;OID=.,.;OPOS=66035287,66035287;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:34,3:37:37,0:37:0:17,0:20,0:0:0:4:0:16,1:18,2:0:0 chr11 66083129 . T C 156.0 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.088;QD=44.5711;RBI=0.0278691;REFB=0;REVB=0.0237855;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126392;OID=.;OPOS=66083129;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:5:8:0:0:5:9:0:0 chr11 66083781 . CG AC,AG,CA 418.29 PASS AF=0,0.0666667,0.933333;AO=2,2,23;DP=29;FAO=0,2,28;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,20;FSAR=0,1,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0296873,0.00242852,0.0159623;FXX=0;HRUN=5,5,1;LEN=2,1,1;MLLD=105.985,105.849,124.643;QD=55.7723;RBI=0.0657199,0.0829475,0.0290723;REFB=0,0,0;REVB=-0.0586325,-0.0829119,0.0242982;RO=0;SAF=2,1,16;SAR=0,1,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,snp;VARB=0,0.084693,-0.000288371;OID=.,.,.;OPOS=66083781,66083781,66083782;OREF=CG,C,G;OALT=AC,A,A;OMAPALT=AC,AG,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:8:29:30:0:0:2,2,23:0,2,28:0,0.0666667,0.933333:0,1,7:2,1,16:0:0:0,1,8:0,1,20:0:0 chr11 66099987 . C T 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.43;QD=53.9093;RBI=0.0349238;REFB=0;REVB=0.0266563;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261482;OID=.;OPOS=66099987;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr11 66100152 . T C 789.86 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8572;QD=63.189;RBI=0.095833;REFB=0;REVB=0.0942645;RO=0;SAF=18;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00310694;OID=.;OPOS=66100152;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:47:50:1:29:18:0:0:32:18:0:0 chr11 66107674 . A G 470.46 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120455;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.257;QD=58.8071;RBI=0.0228398;REFB=0;REVB=0.0194053;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206241;OID=.;OPOS=66107674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:13:18:0:0:13:19:0:0 chr11 66131149 . C T 171.52 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0174514;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.066;QD=42.8791;RBI=0.0197016;REFB=-0.128714;REVB=-0.00914342;RO=1;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338159;STB=0.518494;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00102648;OID=.;OPOS=66131149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:16:1:1:15:15:0.9375:13:2:0:1:13:2:0:1 chr11 66161072 . C T 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0955356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3723;QD=56.1896;RBI=0.104828;REFB=0;REVB=-0.0431493;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000684301;OID=.;OPOS=66161072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:10:18:0:0:10:18:0:0 chr11 66192180 . GA G 82.88 PASS AF=0.6875;AO=10;DP=15;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0616442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.5913;QD=20.7198;RBI=0.274091;REFB=-0.0428021;REVB=-0.267069;RO=5;SAF=1;SAR=9;SRF=4;SRR=1;SSEN=0.59901;SSEP=0;SSSB=-0.54297;STB=0.81895;STBP=0.005;TYPE=del;VARB=0.0171297;OID=.;OPOS=66192181;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6875:10:15:11:16:5:1:10:4:1:21:5:1:9:4:1 chr11 66240882 . T C 255.83 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.000531681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.539;QD=22.7404;RBI=0.00176538;REFB=-0.0156913;REVB=0.00168341;RO=21;SAF=14;SAR=10;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282307;STB=0.656915;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0154132;OID=.;OPOS=66240882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:10:14:5:16:10:14:5:16 chr11 66249926 . C T 269.51 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=57;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0132034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.254;QD=18.9132;RBI=0.0167405;REFB=-0.00819316;REVB=-0.0102916;RO=27;SAF=15;SAR=14;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947963;STB=0.560875;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0088625;OID=.;OPOS=66249926;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:28:29:29:0.508772:14:15:11:16:14:15:11:17 chr11 66254085 . G T 269.63 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0177362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.589;QD=22.9472;RBI=0.0183867;REFB=0.00378736;REVB=-0.00484744;RO=22;SAF=13;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167715;STB=0.509362;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.0071535;OID=.;OPOS=66254085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:12:13:11:11:12:13:11:11 chr11 66272142 . A G 358.11 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00538834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.52;QD=22.3816;RBI=0.00548153;REFB=-0.00925269;REVB=-0.00100646;RO=28;SAF=12;SAR=24;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210673;STB=0.511621;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00701401;OID=.;OPOS=66272142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:28:28:36:36:0.5625:24:12:10:18:24:12:10:18 chr11 66272237 . G A 281.59 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.077375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.978;QD=23.9648;RBI=0.0774129;REFB=-0.0293563;REVB=-0.00242224;RO=21;SAF=11;SAR=15;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348814;STB=0.519378;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0223001;OID=.;OPOS=66272237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:15:11:8:13:15:11:8:13 chr11 66282095 . G A 134.72 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0283423;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.584;QD=15.3967;RBI=0.0335019;REFB=-0.00079225;REVB=0.0178631;RO=20;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122839;STB=0.571331;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00277993;OID=.;OPOS=66282095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:10:5:9:11:10:5:9:11 chr11 66297363 . C T 162.51 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0345737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4805;QD=19.6987;RBI=0.0470959;REFB=0.00164216;REVB=0.0319793;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193005;STB=0.608575;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.000942582;OID=.;OPOS=66297363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:9:8:4:12:9:8:4:12 chr11 66313203 . T C 45.33 PASS AF=0.583333;AO=6;DP=11;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.063724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.513;QD=15.1103;RBI=0.0637387;REFB=-0.0128724;REVB=-0.00137029;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279564;STB=0.640603;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0741057;OID=.;OPOS=66313203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:12:4:5:6:7:0.583333:4:2:3:1:5:2:3:2 chr11 66327673 . G A 251.85 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0245978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9497;QD=14.8149;RBI=0.0526339;REFB=-0.00816908;REVB=0.0465326;RO=39;SAF=14;SAR=15;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030399;STB=0.517229;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00703258;OID=.;OPOS=66327673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:39:29:29:0.426471:15:14:20:19:15:14:20:19 chr11 66328095 . T C 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00931161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.381;QD=15.6509;RBI=0.0361752;REFB=-0.0214693;REVB=-0.0349562;RO=21;SAF=10;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102765;STB=0.559365;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0275659;OID=.;OPOS=66328095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:6:10:11:10:6:10:11:10 chr11 66328719 . T C 235.13 PASS AF=0.490566;AO=24;DP=51;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00282763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.147;QD=17.746;RBI=0.0321471;REFB=-0.025269;REVB=0.0320225;RO=26;SAF=15;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187882;STB=0.609779;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.023418;OID=.;OPOS=66328719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:26:27:24:26:0.490566:9:15:11:15:9:17:12:15 chr11 66329732 . A G 143.6 PASS AF=0.344828;AO=19;DP=57;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0243718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9976;QD=9.90329;RBI=0.0377285;REFB=-0.0236542;REVB=0.0288003;RO=38;SAF=10;SAR=9;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299249;STB=0.534448;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0349006;OID=.;OPOS=66329732;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:38:38:19:20:0.344828:9:10:21:17:10:10:21:17 chr11 66331000 . A G 122.66 PASS AF=0.375;AO=14;DP=39;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.00810576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.96;QD=12.2662;RBI=0.0182088;REFB=-0.00471319;REVB=-0.0163051;RO=25;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650817;STB=0.516756;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00829739;OID=.;OPOS=66331000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:25:25:14:15:0.375:7:7:14:11:7:8:14:11 chr11 66331458 . A G 154.76 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0362726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8646;QD=14.7388;RBI=0.0430518;REFB=1.17086e-05;REVB=-0.0231895;RO=24;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173098;STB=0.588131;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0002312;OID=.;OPOS=66331458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:25:17:17:0.404762:7:10:10:14:7:10:11:14 chr11 66333598 . C T 171.13 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0178325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7839;QD=17.5517;RBI=0.0287178;REFB=-0.000814641;REVB=-0.0225104;RO=21;SAF=6;SAR=12;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.351501;STB=0.699785;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.000904317;OID=.;OPOS=66333598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:12:6:15:6:12:6:15:6 chr11 66335548 . A G 167.45 PASS AF=0.4;AO=16;DP=43;FAO=18;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.00893437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.463;QD=14.8845;RBI=0.0163411;REFB=-0.0258416;REVB=-0.0136824;RO=16;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.525396;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0386859;OID=.;OPOS=66335548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:16:27:16:18:0.4:10:6:6:10:12:6:8:19 chr11 66358126 . C T 357.39 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0114502;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.053;QD=24.6474;RBI=0.0134887;REFB=-0.0328146;REVB=-0.00713001;RO=23;SAF=18;SAR=17;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573695;STB=0.531478;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0219948;OID=.;OPOS=66358126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:23:23:35:35:0.603448:17:18:10:13:17:18:10:13 chr11 66360206 . C A 367.24 PASS AF=0.448276;AO=38;DP=86;FAO=39;FDP=87;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=0.116667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.217;QD=16.8845;RBI=0.117269;REFB=-0.0200675;REVB=-0.0118687;RO=48;SAF=18;SAR=20;SRF=14;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184279;STB=0.595621;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0308699;OID=.;OPOS=66360206;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:48:48:38:39:0.448276:20:18:14:34:21:18:14:34 chr11 66408033 . C G 186.64 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00765821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.578;QD=27.6507;RBI=0.0079767;REFB=0.028855;REVB=0.00223148;RO=9;SAF=8;SAR=10;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0111275;OID=.;OPOS=66408033;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:10:8:4:5:10:8:4:5 chr11 66408071 . G C 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0231611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.011;QD=15.5715;RBI=0.0258481;REFB=-0.0169004;REVB=-0.0114757;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198913;STB=0.615787;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0152526;OID=.;OPOS=66408071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:7:4:7:5:7:4:7:5 chr11 66458980 . G A 337.44 PASS AF=0.507246;AO=34;DP=71;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00486372;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.064;QD=19.5618;RBI=0.0412646;REFB=-0.015783;REVB=0.040977;RO=34;SAF=21;SAR=13;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160377;STB=0.594038;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.01635;OID=.;OPOS=66458980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:69:34:34:34:35:0.507246:13:21:15:19:13:22:15:19 chr11 66460527 . C T 236.1 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=4;FWDB=-0.00736402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.162;QD=19.2735;RBI=0.0331857;REFB=-0.0132764;REVB=0.0323583;RO=25;SAF=16;SAR=7;SRF=21;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170956;STB=0.601731;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0155149;OID=.;OPOS=66460527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:26:23:23:0.469388:7:16:21:4:7:16:22:4 chr11 66468469 . A G 211.38 PASS AF=0.461538;AO=22;DP=51;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00119091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3874;QD=16.2601;RBI=0.053956;REFB=-0.0205522;REVB=-0.0539428;RO=28;SAF=7;SAR=15;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287731;STB=0.624896;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0345485;OID=.;OPOS=66468469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:28:28:22:24:0.461538:15:7:17:11:15:9:17:11 chr11 66620239 . C T 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00589757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.064;QD=22.5855;RBI=0.00888551;REFB=-0.00456347;REVB=-0.00664612;RO=6;SAF=7;SAR=4;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190712;STB=0.608495;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0037303;OID=.;OPOS=66620239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:4:7:2:4:4:7:2:4 chr11 66772345 . C CA 31.1 PASS AF=0.363636;AO=6;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.037646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.1284;QD=5.65401;RBI=0.140078;REFB=-0.0612583;REVB=0.134924;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184421;STB=0.726821;STBP=0.157;TYPE=ins;VARB=0.136785;OID=.;OPOS=66772346;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:6:22:8:22:14:4:4:12:2:31:15:4:2:12:3 chr11 66834252 . C T 208.39 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0139297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.777;QD=11.4185;RBI=0.022195;REFB=-0.00238472;REVB=0.0172796;RO=47;SAF=13;SAR=13;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828657;STB=0.547909;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.00387619;OID=.;OPOS=66834252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:13:13:27:20:13:13:27:20 chr11 66837965 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.823;QD=63.2866;RBI=0.0372568;REFB=0;REVB=0.0324911;RO=0;SAF=13;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96421e-05;OID=.;OPOS=66837965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:33:13:0:0:33:13:0:0 chr11 66995603 . T C 906.16 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176872;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.044;QD=58.4621;RBI=0.0190759;REFB=0;REVB=0.00714506;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.6213e-05;OID=.;OPOS=66995603;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr11 67050292 . G A 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0282536;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.555;QD=10.3903;RBI=0.0407057;REFB=-0.00651713;REVB=0.0293034;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.396358;STB=0.749166;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0102129;OID=.;OPOS=67050292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:6:1:5:6:6:1:5:6 chr11 67057599 . C T 181.29 PASS AF=0.4;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00255293;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8118;QD=13.1848;RBI=0.0485753;REFB=-0.0153076;REVB=-0.0485081;RO=33;SAF=7;SAR=15;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330132;STB=0.689484;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0360743;OID=.;OPOS=67057599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:33:33:22:22:0.4:15:7:21:12:15:7:21:12 chr11 67068859 . T C 283.61 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0291604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9706;QD=51.5653;RBI=0.0292238;REFB=0;REVB=0.00192464;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000352146;OID=.;OPOS=67068859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr11 67071584 . C G 1149.3 PASS AF=0.9875;AO=77;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.106336;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2882;QD=57.465;RBI=0.107554;REFB=0.0598325;REVB=-0.0161392;RO=1;SAF=19;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242528;STB=0.504272;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=-0.00066369;OID=.;OPOS=67071584;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:80:80:1:1:77:79:0.9875:58:19:1:0:58:21:0:1 chr11 67072382 . C T 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0367247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.35;QD=14.7978;RBI=0.0380895;REFB=-0.00234331;REVB=0.0101048;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188581;STB=0.626645;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00458078;OID=.;OPOS=67072382;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:12:13:11:11:0.458333:5:6:4:8:5:6:4:9 chr11 67079177 . G A 508.22 PASS AF=0.533333;AO=48;DP=91;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.0260115;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.9164;QD=22.5873;RBI=0.0573049;REFB=-0.0205534;REVB=0.0510613;RO=41;SAF=30;SAR=18;SRF=13;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255716;STB=0.645544;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0185212;OID=.;OPOS=67079177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:41:42:48:48:0.533333:18:30:13:28:18:30:13:29 chr11 67130122 . A G 118.35 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00495629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.272;QD=12.7943;RBI=0.0232693;REFB=-0.0119625;REVB=-0.0227354;RO=23;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132719;STB=0.578199;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0197621;OID=.;OPOS=67130122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:9:5:11:12:9:5:11:12 chr11 67165015 . T C 62.21 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0365837;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7658;QD=7.7767;RBI=0.0772324;REFB=-0.0100854;REVB=-0.0680182;RO=23;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138392;STB=0.586017;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0396;OID=.;OPOS=67165015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:32:23:23:9:9:0.28125:4:5:10:13:4:5:10:13 chr11 67171736 . C T 274.34 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.033065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2796;QD=19.952;RBI=0.0367225;REFB=-0.00921526;REVB=0.0159764;RO=26;SAF=13;SAR=16;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109023;STB=0.560659;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00769489;OID=.;OPOS=67171736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:26:26:29:29:0.527273:16:13:15:11:16:13:15:11 chr11 67177278 . G A 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.446;QD=60.6091;RBI=0.0470903;REFB=0;REVB=0.0331511;RO=0;SAF=11;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.2326e-06;OID=.;OPOS=67177278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:27:11:0:0:27:11:0:0 chr11 67186271 . C A 247.34 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0392589;FXX=0.0350816;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.454;QD=17.9883;RBI=0.0407893;REFB=-0.0341993;REVB=0.0110683;RO=28;SAF=16;SAR=11;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180682;STB=0.601267;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0349927;OID=.;OPOS=67186271;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:28:28:27:27:0.490909:11:16:11:17:11:16:11:17 chr11 67186453 . C A 167.16 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0856309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.307;QD=15.1961;RBI=0.0882321;REFB=-0.0162181;REVB=0.021266;RO=26;SAF=5;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.282199;STB=0.663788;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0113289;OID=.;OPOS=67186453;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:13:5:14:12:13:5:14:12 chr11 67191449 . T C 217.87 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00386744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.755;QD=13.617;RBI=0.00653988;REFB=-0.0110997;REVB=-0.00527379;RO=38;SAF=13;SAR=13;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821258;STB=0.546839;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0207189;OID=.;OPOS=67191449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:13:13:22:16:13:13:22:16 chr11 67192555 . G A 215.55 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.0428483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.758;QD=10.9138;RBI=0.0529269;REFB=-0.00260447;REVB=0.031069;RO=51;SAF=14;SAR=13;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142043;STB=0.587623;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0134353;OID=.;OPOS=67192555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:51:52:27:27:0.341772:13:14:20:31:13:14:20:32 chr11 67200298 . C T 195.64 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0255699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0447;QD=25.244;RBI=0.0311568;REFB=-0.0291809;REVB=0.0178024;RO=12;SAF=5;SAR=14;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606122;STB=0.533862;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0258136;OID=.;OPOS=67200298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:14:5:4:8:14:5:4:8 chr11 67200819 . C T 132.65 PASS AF=0.535714;AO=14;DP=27;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0213689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0224;QD=18.9505;RBI=0.0313503;REFB=-0.0239409;REVB=0.0229393;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324097;STB=0.533289;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0522991;OID=.;OPOS=67200819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:13:13:14:15:0.535714:7:7:7:6:8:7:7:6 chr11 67209515 . C T 224.9 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0256789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.018;QD=19.991;RBI=0.0261193;REFB=-0.019193;REVB=0.00477585;RO=21;SAF=11;SAR=11;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186975;STB=0.599913;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0258374;OID=.;OPOS=67209515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:23:22:22:0.488889:11:11:6:15:11:11:7:16 chr11 67220015 . C T 57.92 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0333324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.9413;QD=13.6292;RBI=0.033787;REFB=-0.036491;REVB=-0.00552332;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153362;STB=0.589955;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0135011;OID=.;OPOS=67220015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:5:3:2:7:5:3:2:7 chr11 67257037 . C T 274.21 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.010719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3064;QD=24.9285;RBI=0.0144915;REFB=-0.00613525;REVB=-0.00975225;RO=19;SAF=19;SAR=6;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257142;STB=0.643943;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00657414;OID=.;OPOS=67257037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:6:19:9:10:6:19:9:10 chr11 67257823 . C A 279.47 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.091425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0461;QD=48.6034;RBI=0.0914335;REFB=-0.0457389;REVB=0.00124608;RO=1;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298327;STB=0.516115;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.015983;OID=.;OPOS=67257823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:15:7:0:1:15:7:0:1 chr11 67258391 . A G 422.33 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188485;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.123;QD=56.3104;RBI=0.0972161;REFB=0;REVB=0.0953714;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125899;OID=.;OPOS=67258391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:28:30:1:19:9:0:0:21:9:0:0 chr11 67263767 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.72;QD=46.8479;RBI=0.0255692;REFB=0;REVB=0.0188416;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.21081e-06;OID=.;OPOS=67263767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr11 67288594 . C T 237.15 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.00520235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.124;QD=19.7627;RBI=0.0104433;REFB=-0.0385911;REVB=0.0090553;RO=25;SAF=14;SAR=9;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296536;STB=0.666528;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.018747;OID=.;OPOS=67288594;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:9:14:7:18:9:14:7:18 chr11 67351585 . C G 106.79 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.00585761;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1707;QD=10.6794;RBI=0.0357474;REFB=-0.0282082;REVB=-0.0352642;RO=26;SAF=12;SAR=1;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357548;STB=0.7495;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0276503;OID=.;OPOS=67351585;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:27:13:13:0.325:1:12:20:6:1:12:20:7 chr11 67430698 . G A 590.9 PASS AF=0.5;AO=60;DP=121;FAO=61;FDP=122;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=-0.0046536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.692;QD=19.3739;RBI=0.0163023;REFB=-0.00850917;REVB=0.015624;RO=60;SAF=20;SAR=40;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0334983;STB=0.517946;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.00831275;OID=.;OPOS=67430698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:60:61:60:61:0.5:40:20:22:38:40:21:23:38 chr11 67430762 . T C 420.9 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=77;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.00480152;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.414;QD=22.4479;RBI=0.0106528;REFB=-0.0236317;REVB=0.0095093;RO=32;SAF=21;SAR=20;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134;STB=0.585183;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0142602;OID=.;OPOS=67430762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:32:34:41:41:0.546667:20:21:11:21:20:21:11:23 chr11 67431914 . G A 651.22 PASS AF=0.619565;AO=57;DP=92;FAO=57;FDP=92;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=0.00734845;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.06;QD=28.3137;RBI=0.0127886;REFB=-0.0139746;REVB=0.0104665;RO=35;SAF=20;SAR=37;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274228;STB=0.649071;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00620921;OID=.;OPOS=67431914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:35:35:57:57:0.619565:37:20:26:9:37:20:26:9 chr11 67432791 . A G 187.54 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00426787;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9322;QD=20.2741;RBI=0.0271275;REFB=-0.0214942;REVB=-0.0267897;RO=18;SAF=4;SAR=15;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249963;STB=0.642691;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0238317;OID=.;OPOS=67432791;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:15:4:8:10:15:4:8:10 chr11 67432804 . T C 579.58 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257335;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.813;QD=61.0088;RBI=0.0279441;REFB=0;REVB=0.010893;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297386;OID=.;OPOS=67432804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr11 67432854 . T C 752.88 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0294648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.027;QD=61.4596;RBI=0.0346291;REFB=-0.0260613;REVB=0.0181934;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511623;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.000440269;OID=.;OPOS=67432854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:27:21:0:0:27:21:1:0 chr11 67434416 . C A 100.24 PASS AF=0.461538;AO=10;DP=24;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00486512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=309.901;QD=15.4219;RBI=0.0165006;REFB=-0.0167672;REVB=0.015767;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703453;STB=0.506568;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0208179;OID=.;OPOS=67434416;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:26:14:14:10:12:0.461538:5:5:6:8:7:5:6:8 chr11 67564162 . A G 106.86 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0197024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.632;QD=12.2127;RBI=0.0225591;REFB=-0.013295;REVB=0.0109878;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136893;STB=0.580663;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0254609;OID=.;OPOS=67564162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:7:6:13:9:7:6:13:9 chr11 67564197 . T C 445.58 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.89;QD=57.4941;RBI=0.0458164;REFB=0;REVB=0.0408482;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311259;OID=.;OPOS=67564197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:15:15:0:0:16:15:0:0 chr11 67564238 . C T 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0108879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.72;QD=14.7988;RBI=0.0223663;REFB=-0.0232346;REVB=0.0195373;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947925;STB=0.555453;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0190512;OID=.;OPOS=67564238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:7:4:6:7:7:4:6:7 chr11 67564241 . C T 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00866337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.116;QD=15.5704;RBI=0.0150816;REFB=-0.00607361;REVB=0.012345;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504152;STB=0.529358;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00543816;OID=.;OPOS=67564241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:7:4:5:7:7:4:5:7 chr11 67564293 . T A 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0754638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.08;QD=16.4544;RBI=0.0807926;REFB=-0.00920434;REVB=0.0288557;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28888;STB=0.666218;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0135792;OID=.;OPOS=67564293;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:4:2:0:4:4:2:0:4 chr11 67572698 . G T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351167;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.022;QD=51.9156;RBI=0.0464299;REFB=0;REVB=0.0303736;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313372;OID=.;OPOS=67572698;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr11 67663113 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219364;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.103;QD=42.1826;RBI=0.0407205;REFB=0;REVB=0.0343068;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000736034;OID=.;OPOS=67663113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr11 67663116 . T A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.725;QD=42.1825;RBI=0.038798;REFB=0;REVB=0.0367955;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000832413;OID=.;OPOS=67663116;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr11 67663181 . G A 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0220015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4352;QD=26.6015;RBI=0.0458337;REFB=0.00683126;REVB=0.0402077;RO=2;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218484;STB=0.624686;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.000826828;OID=.;OPOS=67663181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:5:3:2:0:5:3:2:0 chr11 67765163 . A AG,G 650.88 PASS AF=0.98,0.02;AO=44,2;DP=52;FAO=49,1;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=35,0;FSAR=14,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105909,0.0253184;FXX=0.019604;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=24.3587,12.0805;QD=52.0706;RBI=0.19586,0.0569926;REFB=0,0;REVB=0.164755,0.0510601;RO=4;SAF=34,1;SAR=10,1;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.108432,0.237547;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00775928,-0.0702733;OID=.,.;OPOS=67765164,67765163;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:52:50:4:0:44,2:49,1:0.98,0.02:10,1:34,1:1:3:14,1:35,0:0:0 chr11 67786064 . A AC,C 974.86 PASS AF=1,0;AO=60,9;DP=75;FAO=70,0;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0;FSAR=58,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0715265,-0.124517;FXX=0.0410903;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=21.227,4.49028;QD=55.7063;RBI=0.0763869,0.145982;REFB=0,0;REVB=0.0268127,-0.0761995;RO=6;SAF=9,2;SAR=51,7;SRF=1;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00556295,0.057902;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00171053,0;OID=.,.;OPOS=67786065,67786064;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:70:6:0:60,9:70,0:1,0:51,7:9,2:1:5:58,0:12,0:0:0 chr11 67789293 . G GC 583.39 PASS AF=1;AO=62;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0471233;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=12.2585;QD=36.4621;RBI=0.0501048;REFB=0;REVB=0.0170259;RO=2;SAF=28;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00287932;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=2.36949e-05;OID=.;OPOS=67789294;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:62:65:64:64:0:29:35:0:0:13:2:28:34:1:1 chr11 67803215 . G A 700.06 PASS AF=0.539683;AO=68;DP=125;FAO=68;FDP=126;FR=.;FRO=58;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.0167083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.9451;QD=22.2242;RBI=0.0167275;REFB=-0.0305097;REVB=0.000800339;RO=57;SAF=31;SAR=37;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295657;STB=0.512438;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0287522;OID=.;OPOS=67803215;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:57:58:68:68:0.539683:37:31:28:29:37:31:28:30 chr11 67814979 . G C 1045.02 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1791;QD=58.0568;RBI=0.113026;REFB=0;REVB=-0.00143873;RO=1;SAF=34;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136989;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00450386;OID=.;OPOS=67814979;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:72:1:0:68:72:1:34:34:1:0:34:38:0:0 chr11 67848901 . G A 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0125884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.564;QD=7.27142;RBI=0.0209226;REFB=0.00430944;REVB=0.0167119;RO=25;SAF=6;SAR=3;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176808;STB=0.511087;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=-0.0100258;OID=.;OPOS=67848901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:3:6:17:8:3:6:17:8 chr11 67957518 . A T 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.763;QD=59.6784;RBI=0.0392724;REFB=0;REVB=0.00542816;RO=0;SAF=24;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.69565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100685;OID=.;OPOS=67957518;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:46:24:0:0:46:24:0:0 chr11 68030015 . C T 101.53 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.379;QD=40.6128;RBI=0.290479;REFB=0;REVB=0.268147;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00638026;OID=.;OPOS=68030015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:0:9:0:0:1:9:0:0 chr11 68171013 . T C 1363.75 PASS AF=0.950495;AO=96;DP=102;FAO=96;FDP=101;FR=.;FRO=5;FSAF=44;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0385738;FXX=0.00980296;HRUN=5;LEN=1;MLLD=126.618;QD=54.0099;RBI=0.0424573;REFB=-0.0642372;REVB=0.0177394;RO=5;SAF=44;SAR=52;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00550888;STB=0.502909;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.000376241;OID=.;OPOS=68171013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:102:101:5:5:96:96:0.950495:52:44:2:3:52:44:2:3 chr11 68192690 . G A 1260.17 PASS AF=0.976471;AO=80;DP=83;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0298952;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.934;QD=59.302;RBI=0.0553115;REFB=-0.105048;REVB=0.0465364;RO=1;SAF=36;SAR=44;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106396;STB=0.510414;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00141028;OID=.;OPOS=68192690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:83:85:1:2:80:83:0.976471:44:36:0:1:47:36:0:2 chr11 68549340 . A G 356.15 PASS AF=0.553846;AO=36;DP=65;FAO=36;FDP=65;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00215392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.923;QD=21.917;RBI=0.00254586;REFB=-0.0191393;REVB=0.00135722;RO=29;SAF=22;SAR=14;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498131;STB=0.527516;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0179583;OID=.;OPOS=68549340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:29:29:36:36:0.553846:14:22:16:13:14:22:16:13 chr11 68560780 . C T 430.95 PASS AF=0.418803;AO=49;DP=117;FAO=49;FDP=117;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=0.00956221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.253;QD=14.7335;RBI=0.00956317;REFB=-0.00271616;REVB=0.000135495;RO=68;SAF=20;SAR=29;SRF=27;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119053;STB=0.506693;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00360994;OID=.;OPOS=68560780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:68:68:49:49:0.418803:29:20:27:41:29:20:27:41 chr11 68748003 . T C 1508.15 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.934;QD=63.5011;RBI=0.0328647;REFB=0;REVB=0.0215075;RO=0;SAF=47;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.9733e-06;OID=.;OPOS=68748003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:48:47:0:0:48:47:0:0 chr11 68822739 . T C 863.86 PASS AF=1;AO=50;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.312;QD=57.5906;RBI=0.095616;REFB=0;REVB=0.0935509;RO=0;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133992;OID=.;OPOS=68822739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:50:60:1:27:23:0:0:36:24:0:0 chr11 68834968 . T C 310.49 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157885;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.54;QD=53.999;RBI=0.0277838;REFB=0;REVB=0.0228617;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000263261;OID=.;OPOS=68834968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr11 68840160 . A G 236.27 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=54;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0056452;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.697;QD=17.5012;RBI=0.00818454;REFB=-0.0112324;REVB=-0.00592608;RO=28;SAF=13;SAR=13;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0988874;STB=0.555513;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.013667;OID=.;OPOS=68840160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:28:28:26:26:0.481481:13:13:11:17:13:13:11:17 chr11 68840397 . T C 60.66 PASS AF=0.391304;AO=8;DP=22;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0231719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.496;QD=10.5491;RBI=0.0234592;REFB=-0.0197495;REVB=-0.00366028;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135085;STB=0.604686;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.113242;OID=.;OPOS=68840397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:22:23:14:14:8:9:0.391304:6:2:5:9:7:2:5:9 chr11 68840412 . C G 77.29 PASS AF=0.434783;AO=9;DP=22;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0241215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.31;QD=13.4417;RBI=0.0290066;REFB=-0.038238;REVB=-0.0161101;RO=13;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403072;STB=0.636061;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0314663;OID=.;OPOS=68840412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:23:13:13:9:10:0.434783:8:1:5:8:8:2:5:8 chr11 68851414 . T C 1101.8 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0249095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.216;QD=58.7628;RBI=0.036153;REFB=0.0232505;REVB=-0.0262022;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.506492;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000664408;OID=.;OPOS=68851414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:0:1:74:74:0.986667:38:36:0:0:38:36:0:1 chr11 68851466 . G T 237.47 PASS AF=0.304762;AO=31;DP=104;FAO=32;FDP=105;FR=.;FRO=73;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=46;FWDB=0.0413568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.351;QD=9.04654;RBI=0.0462045;REFB=-0.016376;REVB=0.0206028;RO=69;SAF=15;SAR=16;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109817;STB=0.590421;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0270602;OID=.;OPOS=68851466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:69:73:31:32:0.304762:16:15:27:42:16:16:27:46 chr11 68855363 . G A 427.58 PASS AF=0.286432;AO=57;DP=199;FAO=57;FDP=199;FR=.;FRO=142;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=65;FSRR=77;FWDB=-0.0295327;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=184.844;QD=8.59453;RBI=0.0315498;REFB=-0.00962036;REVB=-0.0111;RO=141;SAF=34;SAR=23;SRF=65;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164624;STB=0.598873;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0228354;OID=.;OPOS=68855363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:141:142:57:57:0.286432:23:34:65:76:23:34:65:77 chr11 69063136 . C T 572.18 PASS AF=0.684932;AO=50;DP=73;FAO=50;FDP=73;FR=.;FRO=23;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0103993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.025;QD=31.3525;RBI=0.046199;REFB=0.00833622;REVB=0.0450133;RO=23;SAF=30;SAR=20;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209888;STB=0.511359;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.0039946;OID=.;OPOS=69063136;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:23:23:50:50:0.684932:20:30:13:10:20:30:13:10 chr11 69063393 . T C 453.82 PASS AF=0.706897;AO=41;DP=59;FAO=41;FDP=58;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0347858;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.603;QD=31.298;RBI=0.0382212;REFB=-0.0234674;REVB=0.015837;RO=16;SAF=19;SAR=22;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836862;STB=0.553665;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00716088;OID=.;OPOS=69063393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:16:17:41:41:0.706897:22:19:10:6:22:19:11:6 chr11 69063572 . A G 277.63 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0179321;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.358;QD=25.8263;RBI=0.018989;REFB=-0.0189903;REVB=-0.00624666;RO=18;SAF=10;SAR=15;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984477;STB=0.554413;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.0210349;OID=.;OPOS=69063572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:15:10:5:13:15:10:5:13 chr11 69063984 . C T 330.52 PASS AF=0.615385;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0607912;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1622;QD=25.4249;RBI=0.0611639;REFB=0.01824;REVB=-0.0067419;RO=20;SAF=15;SAR=17;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0568793;STB=0.53123;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.00402596;OID=.;OPOS=69063984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:20:20:32:32:0.615385:17:15:11:9:17:15:11:9 chr11 69933905 . C T 364.32 PASS AF=0.481013;AO=37;DP=78;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=9;FWDB=0.0266343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9884;QD=18.4467;RBI=0.0293588;REFB=-0.0061279;REVB=0.0123514;RO=41;SAF=18;SAR=19;SRF=32;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276973;STB=0.656954;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00387369;OID=.;OPOS=69933905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:41:41:37:38:0.481013:19:18:32:9:20:18:32:9 chr11 70007311 . A G 361.65 PASS AF=0.636364;AO=34;DP=53;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00925924;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1779;QD=26.3019;RBI=0.0384061;REFB=0.0150957;REVB=-0.0372733;RO=19;SAF=17;SAR=17;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0862717;STB=0.549503;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=-0.00929341;OID=.;OPOS=70007311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:19:20:34:35:0.636364:17:17:12:7:17:18:13:7 chr11 70007392 . A G 527.4 PASS AF=0.661972;AO=47;DP=71;FAO=47;FDP=71;FR=.;FRO=24;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0133006;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.642;QD=29.7125;RBI=0.0179785;REFB=-0.0337266;REVB=-0.0120963;RO=24;SAF=30;SAR=17;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366221;STB=0.519889;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0145514;OID=.;OPOS=70007392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:24:24:47:47:0.661972:17:30:14:10:17:30:14:10 chr11 70016247 . T G,TG 523.66 PASS AF=0,0.5;AO=6,48;DP=149;FAO=0,71;FDP=142;FR=.;FRO=71;FSAF=0,37;FSAR=0,34;FSRF=22;FSRR=49;FWDB=0.0136537,0.0469689;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=19.3755,17.1215;QD=14.751;RBI=0.0136543,0.174517;REFB=-0.0149764,-0.0258378;REVB=0.000131998,0.168078;RO=94;SAF=2,33;SAR=4,15;SRF=25;SRR=69;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0816889,0.45932;STB=0.5,0.604856;STBP=1,0.018;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0339225;OID=.,.;OPOS=70016247,70016248;OREF=T,-;OALT=G,G;OMAPALT=G,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:149:142:94:71:6,48:0,71:0,0.5:4,15:2,33:25:69:0,34:0,37:22:49 chr11 70253475 . C T 335.29 PASS AF=0.372727;AO=40;DP=110;FAO=41;FDP=110;FR=.;FRO=69;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=0.000742231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.363;QD=12.1924;RBI=0.0168823;REFB=-0.0263326;REVB=-0.016866;RO=69;SAF=24;SAR=16;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197918;STB=0.618317;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0315647;OID=.;OPOS=70253475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:69:69:40:41:0.372727:16:24:29:40:16:25:29:40 chr11 70282629 . A C 123.78 PASS AF=0.307692;AO=15;DP=53;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.00664913;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.286;QD=9.52169;RBI=0.0192736;REFB=-0.0155698;REVB=-0.0180903;RO=36;SAF=7;SAR=8;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261609;STB=0.538414;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0145764;OID=.;OPOS=70282629;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:36:36:15:16:0.307692:8:7:16:20:8:8:16:20 chr11 70314264 . T C 35.59 PASS AF=0.230769;AO=4;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0742497;FXX=0.0370233;HRUN=11;LEN=1;MLLD=22.0662;QD=5.47569;RBI=0.124417;REFB=-0.0130003;REVB=-0.0998329;RO=11;SAF=2;SAR=2;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253419;STB=0.615021;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0211241;OID=.;OPOS=70314264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:26:26:11:20:4:6:0.230769:2:2:8:3:3:3:13:7 chr11 71146248 . AAGCAAGGAACAG A 64.9 PASS AF=0.254545;AO=13;DP=59;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0182525;FXX=0.0517152;HRUN=4;LEN=12;MLLD=395.258;QD=4.71996;RBI=0.0196685;REFB=-0.00499409;REVB=-0.00732768;RO=37;SAF=7;SAR=6;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943789;STB=0.562411;STBP=0.615;TYPE=del;VARB=0.0157663;OID=.;OPOS=71146249;OREF=AGCAAGGAACAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.254545:13:59:14:55:41:8:6:20:21:64:37:7:6:17:20 chr11 71146577 . G A 191.35 PASS AF=0.678571;AO=18;DP=27;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0339956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.6842;QD=27.3352;RBI=0.0595701;REFB=-0.0430492;REVB=0.0489172;RO=9;SAF=10;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669182;STB=0.526288;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0346334;OID=.;OPOS=71146577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:27:28:9:9:18:19:0.678571:8:10:4:5:9:10:4:5 chr11 71146691 . A G 728.92 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00019279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.408;QD=57.1703;RBI=0.0143898;REFB=0;REVB=0.0143885;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.45523e-05;OID=.;OPOS=71146691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr11 71146952 . G A 522.24 PASS AF=0.902439;AO=37;DP=41;FAO=37;FDP=41;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0102771;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=275.21;QD=50.9501;RBI=0.0350122;REFB=-0.131761;REVB=0.0334699;RO=1;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406685;STB=0.57688;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.000758278;OID=.;OPOS=71146952;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:41:41:1:4:37:37:0.902439:11:26:0:1:11:26:0:4 chr11 71152461 . A G 1134.15 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00140752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.923;QD=60.4881;RBI=0.0175892;REFB=0;REVB=0.0175328;RO=0;SAF=28;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97041e-05;OID=.;OPOS=71152461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:47:28:0:0:47:28:0:0 chr11 71155129 . G A 593.11 PASS AF=0.402367;AO=68;DP=169;FAO=68;FDP=169;FR=.;FRO=101;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=45;FSRR=56;FWDB=0.00603279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.296;QD=14.0382;RBI=0.0131413;REFB=0.00123312;REVB=-0.0116747;RO=101;SAF=38;SAR=30;SRF=45;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120136;STB=0.567538;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.002007;OID=.;OPOS=71155129;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:101:101:68:68:0.402367:30:38:45:56:30:38:45:56 chr11 71155153 . A G 2331.21 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=76;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0112;QD=63.8688;RBI=0.0247821;REFB=0;REVB=0.00325531;RO=0;SAF=76;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.96177e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53939e-05;OID=.;OPOS=71155153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:146:0:0:146:146:1:70:76:0:0:70:76:0:0 chr11 71155171 . C T 1003.62 PASS AF=0.630435;AO=86;DP=137;FAO=87;FDP=138;FR=.;FRO=51;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.00936997;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.133;QD=29.0904;RBI=0.0268144;REFB=-0.0370639;REVB=0.025124;RO=51;SAF=37;SAR=49;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956991;STB=0.548894;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.024577;OID=.;OPOS=71155171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:51:51:86:87:0.630435:49:37:29:22:49:38:29:22 chr11 71169547 . G C 628.73 PASS AF=0.575472;AO=61;DP=107;FAO=61;FDP=106;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00245493;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6612;QD=23.7257;RBI=0.0402866;REFB=-0.0317067;REVB=-0.0402117;RO=44;SAF=27;SAR=34;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618251;STB=0.529256;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0235748;OID=.;OPOS=71169547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:44:45:61:61:0.575472:34:27:23:21:34:27:23:22 chr11 71174553 . C T 109.94 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0443436;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.107;QD=14.6588;RBI=0.0448062;REFB=-0.00886667;REVB=0.00642184;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170731;STB=0.59984;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0109977;OID=.;OPOS=71174553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:9:4:8:9:9:4:8:9 chr11 71183474 . C T 195.79 PASS AF=0.421053;AO=22;DP=55;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0102531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.591;QD=13.7397;RBI=0.0341174;REFB=-0.0173405;REVB=0.0325403;RO=33;SAF=14;SAR=8;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192285;STB=0.599916;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0250778;OID=.;OPOS=71183474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:33:33:22:24:0.421053:8:14:15:18:9:15:15:18 chr11 71183477 . C T 185.85 PASS AF=0.403509;AO=22;DP=56;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00990173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3476;QD=13.0423;RBI=0.0239449;REFB=-0.0267186;REVB=-0.0218017;RO=34;SAF=13;SAR=9;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127557;STB=0.58326;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0429689;OID=.;OPOS=71183477;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:34:34:22:23:0.403509:9:13:16:18:9:14:16:18 chr11 71184678 . A C 2370.96 PASS AF=0.993631;AO=155;DP=157;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=63;FSAR=93;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0587345;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.541;QD=60.4067;RBI=0.066431;REFB=-0.0685398;REVB=0.0310378;RO=0;SAF=63;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63964e-08;STB=0.502673;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000563329;OID=.;OPOS=71184678;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:157:0:1:155:156:0.993631:92:63:0:0:93:63:0:1 chr11 71185479 . T C 1373.05 PASS AF=1;AO=87;DP=90;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237451;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.122;QD=62.4113;RBI=0.030132;REFB=0;REVB=0.0185501;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367452;OID=.;OPOS=71185479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:88:0:0:87:88:1:45:42:0:0:45:43:0:0 chr11 71185518 . T C 1647.18 PASS AF=0.982301;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0109651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.879;QD=58.3072;RBI=0.0189199;REFB=-0.137749;REVB=0.0154185;RO=1;SAF=47;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00736083;STB=0.507691;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00484895;OID=.;OPOS=71185518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:113:1:2:111:111:0.982301:64:47:0:1:64:47:0:2 chr11 71189436 . T C 983.68 PASS AF=1;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00909848;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=296.852;QD=59.6171;RBI=0.0130697;REFB=0;REVB=0.00938269;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162949;OID=.;OPOS=71189436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:66:0:0:66:66:1:37:29:0:0:37:29:0:0 chr11 71191817 . C T 134.55 PASS AF=0.25974;AO=19;DP=77;FAO=20;FDP=77;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=-0.0153606;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.919;QD=6.98962;RBI=0.0223094;REFB=-0.011684;REVB=-0.016179;RO=57;SAF=7;SAR=12;SRF=34;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275075;STB=0.678806;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0397629;OID=.;OPOS=71191817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:57:57:19:20:0.25974:12:7:34:23:13:7:34:23 chr11 71192439 . C A 162.19 PASS AF=0.235849;AO=25;DP=106;FAO=25;FDP=106;FR=.;FRO=81;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=41;FWDB=-0.00754849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.091;QD=6.12054;RBI=0.0382179;REFB=-0.017341;REVB=-0.037465;RO=81;SAF=14;SAR=11;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0826997;STB=0.55064;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.0463238;OID=.;OPOS=71192439;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:81:81:25:25:0.235849:11:14:40:41:11:14:40:41 chr11 71249386 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0483509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.323;QD=45.8067;RBI=0.0485606;REFB=0;REVB=0.00450755;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000769431;OID=.;OPOS=71249386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr11 71260243 . T C 337.99 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=-0.0139755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.318;QD=28.7652;RBI=0.0163622;REFB=-0.0266333;REVB=0.00850929;RO=18;SAF=11;SAR=18;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343947;STB=0.688263;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.017169;OID=.;OPOS=71260243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:29:29:0.617021:18:11:16:2:18:11:16:2 chr11 71260296 . G A 301.38 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0792819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6622;QD=25.1154;RBI=0.0811481;REFB=0.0142814;REVB=0.0173028;RO=21;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20294;STB=0.612475;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=-0.00835773;OID=.;OPOS=71260296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:21:21:27:27:0.5625:16:11:14:7:16:11:14:7 chr11 71276632 . T C 76.65 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.000189616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.825;QD=12.7746;RBI=0.00646156;REFB=0.00474366;REVB=-0.00645878;RO=13;SAF=2;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227183;STB=0.621953;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=-0.013419;OID=.;OPOS=71276632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:13:14:10:10:0.416667:8:2:5:8:8:2:5:9 chr11 71277598 . A C 1060.59 PASS AF=0.666667;AO=89;DP=134;FAO=90;FDP=135;FR=.;FRO=45;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00143643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.895;QD=31.4249;RBI=0.0115211;REFB=-0.0251687;REVB=0.0114312;RO=45;SAF=47;SAR=42;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659346;STB=0.537011;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0142537;OID=.;OPOS=71277598;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:45:45:89:90:0.666667:42:47:19:26:42:48:19:26 chr11 71277647 . CCGCT C 297.01 PASS AF=0.616667;AO=34;DP=55;FAO=37;FDP=60;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0439571;FXX=0.0322529;HRUN=2;LEN=4;MLLD=290.799;QD=19.8005;RBI=0.0439597;REFB=-0.0098763;REVB=0.000471421;RO=19;SAF=9;SAR=25;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419844;STB=0.528287;STBP=0.638;TYPE=del;VARB=0.0057947;OID=.;OPOS=71277648;OREF=CGCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.616667:34:55:37:60:23:12:25:6:17:99:19:9:25:6:13 chr11 71279936 . A C 103.93 PASS AF=0.258065;AO=15;DP=62;FAO=16;FDP=62;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0408766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.313;QD=6.70501;RBI=0.0832104;REFB=-0.00720961;REVB=-0.0724781;RO=47;SAF=9;SAR=6;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00540493;STB=0.529624;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0167935;OID=.;OPOS=71279936;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:47:46:15:16:0.258065:6:9:28:19:6:10:27:19 chr11 71279950 . T C 228.88 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0509236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2072;QD=13.8718;RBI=0.0511073;REFB=-0.0226044;REVB=-0.00432878;RO=39;SAF=19;SAR=8;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237832;STB=0.636258;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0489861;OID=.;OPOS=71279950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:8:19:19:20:8:19:19:20 chr11 71318195 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.13987;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.362;QD=35.5757;RBI=0.142347;REFB=0;REVB=0.0264435;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00472533;OID=.;OPOS=71318195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr11 71507152 . T G 358.55 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.21;QD=55.1608;RBI=0.0272162;REFB=0;REVB=-0.0212552;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.35875e-05;OID=.;OPOS=71507152;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:7:18:0:0:7:19:0:0 chr11 71640096 . C T 46.19 PASS AF=0.352941;AO=3;DP=18;FAO=6;FDP=17;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=7;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0337715;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2849;QD=10.8692;RBI=0.232583;REFB=-0.0546693;REVB=-0.230119;RO=7;SAF=2;SAR=1;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371415;STB=0.809724;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0162481;OID=.;OPOS=71640096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:18:17:7:7:3:6:0.352941:1:2:2:5:1:5:2:5 chr11 71707489 . T C 357.98 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.75;QD=55.0736;RBI=0.036781;REFB=0;REVB=0.0172151;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163792;OID=.;OPOS=71707489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:17:8:0:0:18:8:0:0 chr11 71708013 . G A 782.07 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.626;QD=55.8622;RBI=0.0339978;REFB=0;REVB=0.0176209;RO=1;SAF=11;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113527;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.15931e-05;OID=.;OPOS=71708013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:56:1:0:52:56:1:41:11:0:1:44:12:0:0 chr11 71714526 . G C 1184.14 PASS AF=0.911111;AO=81;DP=89;FAO=82;FDP=90;FR=.;FRO=8;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0149176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.253;QD=52.6284;RBI=0.0598935;REFB=-0.160339;REVB=0.058006;RO=8;SAF=41;SAR=40;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0646194;STB=0.533325;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00127022;OID=.;OPOS=71714526;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:89:90:8:8:81:82:0.911111:40:41:1:7:41:41:1:7 chr11 71808804 . GGC G,GAG 39.61 PASS AF=0.151515,0.0606061;AO=5,2;DP=34;FAO=5,2;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=2,2;FSAR=3,0;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.119358,-0.0745396;FXX=0.0294031;HRUN=5,5;LEN=2,2;MLLD=32.1213,151.969;QD=4.8008;RBI=0.158588,0.0779362;REFB=-0.0220825,-0.00333332;REVB=-0.104422,-0.0227572;RO=23;SAF=2,2;SAR=3,0;SRF=14;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.239764,0.450372;STB=0.674341,0.993638;STBP=0.492,0.203;TYPE=del,mnp;VARB=0.0567478,0.131581;OID=.,.;OPOS=71808805,71808805;OREF=GC,GC;OALT=-,AG;OMAPALT=G,GAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.151515,0.0606061:5,2:34:5,2:33:26:2,2:3,0:16:10:28:23:2,2:3,0:14:9 chr11 71932677 . C A 720.35 PASS AF=0.570248;AO=66;DP=118;FAO=69;FDP=121;FR=.;FRO=52;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=44;FSRR=8;FWDB=0.0206525;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.07;QD=23.8131;RBI=0.0288233;REFB=-0.0262066;REVB=0.0201062;RO=51;SAF=35;SAR=31;SRF=44;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273349;STB=0.631675;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0224762;OID=.;OPOS=71932677;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:121:51:52:66:69:0.570248:31:35:44:7:31:38:44:8 chr11 71939792 . CG GC 50.92 PASS AF=0.1875;AO=12;DP=67;FAO=12;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.117319;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=21.8064;QD=3.18233;RBI=0.139848;REFB=-0.050971;REVB=-0.0761164;RO=42;SAF=11;SAR=1;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.719193;STB=0.933318;STBP=0.002;TYPE=mnp;VARB=0.158234;OID=.;OPOS=71939792;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:67:64:42:52:12:12:0.1875:1:11:11:31:1:11:17:35 chr11 71941212 . A G 139.17 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0118169;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9708;QD=12.1017;RBI=0.0329553;REFB=-0.015568;REVB=-0.0307638;RO=29;SAF=9;SAR=7;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119587;STB=0.502759;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0493458;OID=.;OPOS=71941212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:30:16:16:0.347826:7:9:16:13:7:9:17:13 chr11 71945332 . A G 102.74 PASS AF=0.270833;AO=12;DP=47;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.000233932;FXX=0.039992;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.7826;QD=8.56157;RBI=0.0114423;REFB=-0.0124108;REVB=0.0114399;RO=28;SAF=4;SAR=8;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114002;STB=0.532597;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0174651;OID=.;OPOS=71945332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:28:35:12:13:0.270833:8:4:7:21:8:5:12:23 chr11 72040784 . T C 71.3 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0340379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.9198;QD=8.14856;RBI=0.0344427;REFB=0.00520697;REVB=0.00526526;RO=25;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302951;STB=0.687482;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=-0.0224359;OID=.;OPOS=72040784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:35:25:25:10:10:0.285714:3:7:11:14:3:7:11:14 chr11 72281941 . A G 1240.53 PASS AF=0.954023;AO=83;DP=88;FAO=83;FDP=87;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0656941;FXX=0.0224694;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.07;QD=57.036;RBI=0.0660862;REFB=-0.0491743;REVB=0.00718835;RO=3;SAF=36;SAR=47;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015616;STB=0.503098;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.000247183;OID=.;OPOS=72281941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:88:87:3:4:83:83:0.954023:47:36:2:1:47:36:2:2 chr11 72287350 . A G 116.15 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.2827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.961;QD=42.2351;RBI=0.282758;REFB=0;REVB=-0.00575221;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00211145;OID=.;OPOS=72287350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:10:11:1:10:0:0:0:10:1:0:0 chr11 72288599 . G A 290.52 PASS AF=0.346939;AO=33;DP=97;FAO=34;FDP=98;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=23;FWDB=-0.0197653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.983;QD=11.8578;RBI=0.0462335;REFB=-0.003484;REVB=0.0417955;RO=64;SAF=11;SAR=22;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343229;STB=0.683365;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00760838;OID=.;OPOS=72288599;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:64:64:33:34:0.346939:22:11:41:23:22:12:41:23 chr11 72289291 . T C 300.29 PASS AF=0.55102;AO=26;DP=48;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0125412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.508;QD=24.5138;RBI=0.0303158;REFB=-0.0236097;REVB=0.0276002;RO=22;SAF=13;SAR=13;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18776;STB=0.594445;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0155526;OID=.;OPOS=72289291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:22:22:26:27:0.55102:13:13:16:6:13:14:16:6 chr11 72290629 . G A 35.03 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0239818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.672;QD=5.0044;RBI=0.0413598;REFB=-0.00650384;REVB=0.0336972;RO=22;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239764;STB=0.666032;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0238288;OID=.;OPOS=72290629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:5:1:7:15:5:1:7:15 chr11 72291927 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.886;QD=53.2766;RBI=0.030055;REFB=0;REVB=0.0276487;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.57433e-05;OID=.;OPOS=72291927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr11 72293602 . A G 1448.7 PASS AF=0.980198;AO=99;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0314172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.168;QD=57.3744;RBI=0.0464512;REFB=-0.040772;REVB=0.0342151;RO=2;SAF=45;SAR=54;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172427;STB=0.509089;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00203834;OID=.;OPOS=72293602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:2:2:99:99:0.980198:54:45:0:2:54:45:0:2 chr11 72295502 . T C 1135.13 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00290533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.134;QD=60.54;RBI=0.0136677;REFB=0;REVB=-0.0133553;RO=0;SAF=39;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.65556e-05;OID=.;OPOS=72295502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:36:39:0:0:36:39:0:0 chr11 72295906 . A G 169.18 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0625821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5361;QD=45.1159;RBI=0.0632516;REFB=0;REVB=0.00917805;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00617003;OID=.;OPOS=72295906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:12:2:0:0:13:2:0:0 chr11 72301503 . G A 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0292425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.965;QD=5.68925;RBI=0.0615437;REFB=-0.00489202;REVB=0.0541526;RO=19;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335001;STB=0.717261;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0182598;OID=.;OPOS=72301503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:2:4:7:12:2:4:7:12 chr11 72408055 . G C 350.15 PASS AF=0.59322;AO=34;DP=58;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0117572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.813;QD=23.7389;RBI=0.0268716;REFB=-0.0500078;REVB=0.024163;RO=24;SAF=25;SAR=9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263845;STB=0.648499;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0238027;OID=.;OPOS=72408055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:24:24:34:35:0.59322:9:25:10:14:9:26:10:14 chr11 72408657 . C T 262.66 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0209351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.151;QD=15.009;RBI=0.0229075;REFB=-0.0121662;REVB=-0.00929916;RO=39;SAF=20;SAR=10;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161793;STB=0.5858;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0156107;OID=.;OPOS=72408657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:39:40:30:30:0.428571:10:20:20:19:10:20:21:19 chr11 72532569 . G T 449.98 PASS AF=0.891892;AO=33;DP=37;FAO=33;FDP=37;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0443995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0091;QD=48.6466;RBI=0.0480467;REFB=0.0324992;REVB=0.0183623;RO=4;SAF=25;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677233;STB=0.536458;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=-0.00674602;OID=.;OPOS=72532569;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:37:37:4:4:33:33:0.891892:8:25:2:2:8:25:2:2 chr11 72532621 . T G 539.17 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.259;QD=59.9076;RBI=0.0219137;REFB=0;REVB=0.0024018;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.43762e-05;OID=.;OPOS=72532621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:11:24:0:0:12:24:0:0 chr11 72532708 . C T 347.86 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0145189;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=152.273;QD=51.5345;RBI=0.0149505;REFB=-0.0386852;REVB=-0.00356634;RO=1;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029965;STB=0.516117;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000205234;OID=.;OPOS=72532708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:15:11:0:1:15:11:0:1 chr11 72945341 . C T 2190.91 PASS AF=0.967532;AO=149;DP=154;FAO=149;FDP=154;FR=.;FRO=5;FSAF=70;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0139088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0059;QD=56.9068;RBI=0.0142328;REFB=-0.0476689;REVB=0.00301961;RO=4;SAF=70;SAR=79;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109711;STB=0.5088;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00549274;OID=.;OPOS=72945341;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:154:154:4:5:149:149:0.967532:79:70:1:3:79:70:1:4 chr11 72946020 . C T 745.38 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0695632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.443;QD=63.4361;RBI=0.0751059;REFB=0;REVB=0.0283171;RO=0;SAF=33;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255745;OID=.;OPOS=72946020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:14:33:0:0:14:33:0:0 chr11 72946140 . G C 130.34 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3934;QD=43.4463;RBI=0.0216899;REFB=0;REVB=-0.0165847;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127796;OID=.;OPOS=72946140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:2:10:0:0:2:10:0:0 chr11 73387057 . TTAAGTA T 103.64 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=73;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=-0.00869635;FXX=0.0416609;HRUN=3;LEN=6;MLLD=221.512;QD=6.00816;RBI=0.013619;REFB=0.00314874;REVB=-0.010481;RO=44;SAF=4;SAR=17;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.440973;STB=0.754714;STBP=0.008;TYPE=del;VARB=-0.00563412;OID=.;OPOS=73387058;OREF=TAAGTA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.304348:21:73:21:69:48:4:17:25:23:99:44:4:17:24:20 chr11 73390769 . TGGGAA TGGAA,TGGG 30.54 PASS AF=0,0.205882;AO=4,4;DP=38;FAO=0,7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=0,2;FSAR=0,5;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0133579,-0.0419486;FXX=0.105235;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=16.0695,35.8554;QD=3.59295;RBI=0.126235,0.10005;REFB=0.0191351,-0.0084352;REVB=-0.125526,-0.090831;RO=20;SAF=1,2;SAR=3,2;SRF=10;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.293445,0;STB=0.5,0.607154;STBP=1,0.636;TYPE=del,del;VARB=0.0214088,0.0334093;OID=.,.;OPOS=73390770,73390773;OREF=G,AA;OALT=-,-;OMAPALT=TGGAA,TGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.205882:4,4:38:0,7:34:27:0,2:0,5:11:16:29:20:1,2:3,2:10:10 chr11 73441772 . A C 316.3 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0103172;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=226.871;QD=45.1862;RBI=0.02287;REFB=0.0881489;REVB=0.0204106;RO=3;SAF=10;SAR=15;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543333;STB=0.529388;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.00388671;OID=.;OPOS=73441772;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:3:3:25:25:0.892857:15:10:2:1:15:10:2:1 chr11 73543548 . CTTG CCTG,CTGA 300.07 PASS AF=0.327273,0;AO=19,2;DP=55;FAO=18,0;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=2,0;FSAR=16,0;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=-0.0461535,0.0470637;FXX=0.017854;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=30.5952,19.1613;QD=21.8229;RBI=0.0762784,0.0580596;REFB=0.002164,-0.00685522;REVB=-0.060731,-0.033999;RO=20;SAF=4,2;SAR=15,0;SRF=3;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0876407,0.713883;STB=0.592476,0.5;STBP=0.487,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0161224,0;OID=.,.;OPOS=73543549,73543550;OREF=T,TG;OALT=C,GA;OMAPALT=CCTG,CTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.327273,0:19,2:55:18,0:55:21:2,0:16,0:4:17:99:20:4,2:15,0:3:17 chr11 73543621 . T C 242.93 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=-0.00136918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.783;QD=22.5985;RBI=0.0105808;REFB=-0.0219026;REVB=0.0104919;RO=20;SAF=7;SAR=16;SRF=2;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223223;STB=0.622945;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0115939;OID=.;OPOS=73543621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:16:7:2:18:16:7:2:18 chr11 73620537 . C G 1130.14 PASS AF=0.590909;AO=103;DP=176;FAO=104;FDP=176;FR=.,HEALED;FRO=71;FSAF=49;FSAR=55;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=-0.00536727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.908;QD=25.6849;RBI=0.0941994;REFB=-0.0965616;REVB=-0.0940464;RO=39;SAF=49;SAR=54;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715671;STB=0.537143;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0269957;OID=.;OPOS=73620537;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:176:176:39:71:103:104:0.590909:54:49:24:15:55:49:27:44 chr11 73670645 . T C 2033.01 PASS AF=0.992424;AO=131;DP=133;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0263989;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.674;QD=61.6063;RBI=0.0292271;REFB=0.0452929;REVB=0.0125427;RO=1;SAF=64;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736859;STB=0.503875;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.000235103;OID=.;OPOS=73670645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:132:1:1:131:131:0.992424:67:64:1:0:67:64:1:0 chr11 73687897 . C T 600.44 PASS AF=0.55;AO=54;DP=99;FAO=55;FDP=100;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.000874316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.563;QD=24.0176;RBI=0.00275516;REFB=-0.0121867;REVB=-0.00261276;RO=45;SAF=23;SAR=31;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0895291;STB=0.552313;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0110051;OID=.;OPOS=73687897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:45:45:54:55:0.55:31:23:24:21:32:23:24:21 chr11 73689104 . G A 445.56 PASS AF=0.714286;AO=35;DP=49;FAO=35;FDP=49;FR=.;FRO=14;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0511377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6189;QD=36.3724;RBI=0.0596968;REFB=-0.00535184;REVB=0.0308001;RO=14;SAF=20;SAR=15;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777468;STB=0.542145;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0038067;OID=.;OPOS=73689104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:14:14:35:35:0.714286:15:20:10:4:15:20:10:4 chr11 73715542 . G A 239.33 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0122441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.658;QD=20.8114;RBI=0.0431924;REFB=-0.0245446;REVB=0.0414206;RO=22;SAF=8;SAR=15;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138651;STB=0.590471;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0229406;OID=.;OPOS=73715542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:23:23:23:0.5:15:8:11:11:15:8:12:11 chr11 73717254 . A G 293.62 PASS AF=0.525424;AO=30;DP=58;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.0556589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.497;QD=19.9067;RBI=0.0557106;REFB=-0.0132393;REVB=0.00239931;RO=27;SAF=16;SAR=14;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138086;STB=0.589964;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0203755;OID=.;OPOS=73717254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:27:28:30:31:0.525424:14:16:10:17:14:17:10:18 chr11 73785326 . T C 660.74 PASS AF=0.691358;AO=56;DP=81;FAO=56;FDP=81;FR=.;FRO=25;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.00898963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.091;QD=32.6291;RBI=0.0119584;REFB=-0.0219497;REVB=0.00788607;RO=25;SAF=32;SAR=24;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298556;STB=0.516123;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0120615;OID=.;OPOS=73785326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:25:25:56:56:0.691358:24:32:13:12:24:32:13:12 chr11 73806443 . C T 191.21 PASS AF=0.431373;AO=21;DP=49;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=24;FWDB=0.0389636;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.302;QD=14.997;RBI=0.0390921;REFB=-0.0356026;REVB=-0.00316665;RO=26;SAF=12;SAR=9;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394542;STB=0.72571;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0229841;OID=.;OPOS=73806443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:26:29:21:22:0.431373:9:12:4:22:9:13:5:24 chr11 73825503 . T C 1099.91 PASS AF=0.630872;AO=93;DP=148;FAO=94;FDP=149;FR=.;FRO=55;FSAF=56;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0148487;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.332;QD=29.5278;RBI=0.0162713;REFB=-0.0134632;REVB=0.00665356;RO=54;SAF=55;SAR=38;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634438;STB=0.53278;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00743863;OID=.;OPOS=73825503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:54:55:93:94:0.630872:38:55:27:27:38:56:28:27 chr11 73879583 . G T 83.95 PASS AF=0.220339;AO=13;DP=59;FAO=13;FDP=59;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0380265;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.24;QD=5.69168;RBI=0.0380767;REFB=-0.0106826;REVB=0.00195487;RO=45;SAF=5;SAR=8;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00889113;STB=0.505486;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0257397;OID=.;OPOS=73879583;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:59:59:45:46:13:13:0.220339:8:5:17:28:8:5:18:28 chr11 73978243 . G A 457.61 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00433099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.523;QD=23.467;RBI=0.00450287;REFB=-0.0343057;REVB=0.00123221;RO=33;SAF=22;SAR=22;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118292;STB=0.512815;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0326979;OID=.;OPOS=73978243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:33:34:44:44:0.564103:22:22:17:16:22:22:18:16 chr11 73988167 . C T 667.75 PASS AF=0.6;AO=63;DP=106;FAO=63;FDP=105;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=0.0262238;FXX=0.0186898;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.038;QD=25.4382;RBI=0.0266487;REFB=0.00923035;REVB=0.00473982;RO=42;SAF=31;SAR=32;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.093254;STB=0.550709;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=-0.00589727;OID=.;OPOS=73988167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:42:42:63:63:0.6:32:31:26:16:32:31:26:16 chr11 74043707 . AG A,AA,AT 908.04 PASS AF=0,0.969231,0.0307692;AO=13,49,3;DP=65;FAO=0,63,2;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27,1;FSAR=0,36,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175002,0.0864889,0.0743363;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=114.893,123.152,93.6795;QD=55.8793;RBI=0.0211023,0.0873469,0.0754888;REFB=0,0,0;REVB=0.011792,0.0122129,0.0131401;RO=0;SAF=5,21,2;SAR=8,28,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.60098e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00732962,0.0023118,0.00729502;OID=.,.,.;OPOS=74043708,74043708,74043708;OREF=G,G,G;OALT=-,A,T;OMAPALT=A,AA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.969231,0.0307692:13,49,3:65:0,63,2:65:0:0,27,1:0,36,1:0:0:5:0:5,21,2:8,28,1:0:0 chr11 74046975 . C T 1382.1 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00211335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.538;QD=61.4268;RBI=0.00727799;REFB=0.000495987;REVB=0.00696441;RO=1;SAF=46;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108942;STB=0.505746;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000159125;OID=.;OPOS=74046975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:1:1:89:89:0.988889:43:46:0:1:43:46:0:1 chr11 74049569 . A G 1525.69 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6239;QD=59.831;RBI=0.0343032;REFB=0;REVB=-0.0314559;RO=0;SAF=55;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05013e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.31181e-05;OID=.;OPOS=74049569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:47:55:0:0:47:55:0:0 chr11 74053547 . C T 1210.67 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100822;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.704;QD=61.2999;RBI=0.0109739;REFB=0;REVB=0.0043332;RO=0;SAF=33;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.2647e-06;OID=.;OPOS=74053547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:78:79:1:45:33:0:0:45:34:0:0 chr11 74109166 . A G 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0327659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.164;QD=17.8403;RBI=0.0327907;REFB=-0.00316556;REVB=0.0012758;RO=13;SAF=11;SAR=3;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10776;STB=0.549925;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.00256761;OID=.;OPOS=74109166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:14:14:14:0.5:3:11:9:4:3:11:10:4 chr11 74110353 . A G 207.3 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00489308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.273;QD=24.3887;RBI=0.0448582;REFB=-0.00609487;REVB=0.0445906;RO=14;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698218;STB=0.538884;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00567547;OID=.;OPOS=74110353;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:9:11:9:5:9:11:9:5 chr11 74168411 . A G 51.73 PASS AF=0.144928;AO=10;DP=68;FAO=10;FDP=69;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.00450418;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7018;QD=2.99863;RBI=0.0382066;REFB=-0.000550183;REVB=0.0379402;RO=58;SAF=5;SAR=5;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423728;STB=0.53616;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00575004;OID=.;OPOS=74168411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:68:69:58:59:10:10:0.144928:5:5:31:27:5:5:32:27 chr11 74203308 . T A 267.66 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00820457;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8733;QD=15.9797;RBI=0.0217838;REFB=-0.017306;REVB=0.0201796;RO=37;SAF=18;SAR=12;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0221706;STB=0.512492;STBP=0.888;TYPE=snp;VARB=0.0208837;OID=.;OPOS=74203308;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:37:37:30:30:0.447761:12:18:23:14:12:18:23:14 chr11 74204269 . T G 993.88 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024722;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.162;QD=59.336;RBI=0.0597861;REFB=0;REVB=0.0544353;RO=0;SAF=17;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023058;OID=.;OPOS=74204269;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:50:17:0:0:50:17:0:0 chr11 74208029 . C T 751.15 PASS AF=0.55814;AO=71;DP=129;FAO=72;FDP=129;FR=.;FRO=57;FSAF=34;FSAR=38;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=-0.0192975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.14;QD=23.2914;RBI=0.0196797;REFB=-0.0148354;REVB=0.00385929;RO=57;SAF=33;SAR=38;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078618;STB=0.539344;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.009742;OID=.;OPOS=74208029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:57:57:71:72:0.55814:38:33:32:25:38:34:32:25 chr11 74208214 . G A 97.78 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0226941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.612;QD=13.4874;RBI=0.0508936;REFB=-0.00200912;REVB=-0.0455537;RO=17;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412202;STB=0.738765;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.000899321;OID=.;OPOS=74208214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:4:8:4:13:4:8:4:13 chr11 74208592 . G T 239.32 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00213274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1345;QD=18.0621;RBI=0.0872571;REFB=-0.0443474;REVB=0.0872311;RO=25;SAF=9;SAR=17;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123582;STB=0.550858;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0586109;OID=.;OPOS=74208592;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:25:27:26:26:0.490566:17:9:12:13:16:10:13:14 chr11 74396330 . C T 484.75 PASS AF=0.716667;AO=43;DP=60;FAO=43;FDP=60;FR=.;FRO=17;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00231042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.915;QD=32.3168;RBI=0.00906666;REFB=-0.00465616;REVB=0.00876734;RO=17;SAF=22;SAR=21;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401891;STB=0.521729;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00249426;OID=.;OPOS=74396330;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:17:17:43:43:0.716667:21:22:10:7:21:22:10:7 chr11 74408740 . C T 739.09 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0748995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6056;QD=54.7473;RBI=0.0752838;REFB=-0.104508;REVB=0.00759688;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00228092;OID=.;OPOS=74408740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:29:24:0:0:29:24:0:1 chr11 74413872 . A G 664.44 PASS AF=0.511628;AO=66;DP=130;FAO=66;FDP=129;FR=.;FRO=63;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=0.0102185;FXX=0.00769172;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1856;QD=20.6029;RBI=0.102819;REFB=0.0319214;REVB=-0.10231;RO=64;SAF=44;SAR=22;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259086;STB=0.508668;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=-0.0310265;OID=.;OPOS=74413872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:129:64:63:66:66:0.511628:22:44:41:23:22:44:41:22 chr11 74419357 . C T 415.88 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=75;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0357435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3108;QD=22.1802;RBI=0.0452;REFB=-0.0116792;REVB=0.0276666;RO=34;SAF=25;SAR=16;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140517;STB=0.57752;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0181412;OID=.;OPOS=74419357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:34:34:41:41:0.546667:16:25:15:19:16:25:15:19 chr11 74546905 . G A 275.7 PASS AF=0.641026;AO=22;DP=36;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0265918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.7;QD=28.2765;RBI=0.0439467;REFB=-0.0400326;REVB=0.0349883;RO=13;SAF=14;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22193;STB=0.572539;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.015197;OID=.;OPOS=74546905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:39:13:14:22:25:0.641026:8:14:4:9:11:14:5:9 chr11 74551126 . T G 115.51 PASS AF=0.177966;AO=22;DP=116;FAO=21;FDP=118;FR=.;FRO=97;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=51;FWDB=-0.00280199;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.674;QD=3.9156;RBI=0.0156727;REFB=-0.001118;REVB=-0.0154202;RO=92;SAF=9;SAR=13;SRF=42;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612266;STB=0.578178;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.00638761;OID=.;OPOS=74551126;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:118:92:97:22:21:0.177966:13:9:42:50:13:8:46:51 chr11 74553074 . C T 261.29 PASS AF=0.538462;AO=27;DP=53;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0242826;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.204;QD=20.0994;RBI=0.0350055;REFB=-0.0253923;REVB=-0.0252139;RO=25;SAF=10;SAR=17;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981079;STB=0.531227;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0238732;OID=.;OPOS=74553074;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:25:24:27:28:0.538462:17:10:12:13:17:11:11:13 chr11 74660631 . G A 277.63 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=12;FWDB=-0.0206496;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.174;QD=15.8645;RBI=0.0307024;REFB=-0.0259067;REVB=-0.0227208;RO=39;SAF=16;SAR=15;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17614;STB=0.598825;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0283054;OID=.;OPOS=74660631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:39:39:31:31:0.442857:15:16:27:12:15:16:27:12 chr11 74679321 . G A 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.103975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.691;QD=10.1729;RBI=0.10589;REFB=-0.00340226;REVB=0.0200458;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539613;STB=0.533223;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00260649;OID=.;OPOS=74679321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:3:3:5:4:3:3:5:4 chr11 74705696 . T C 128.2 PASS AF=0.357143;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0692331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.653;QD=12.2092;RBI=0.0745764;REFB=-0.0218763;REVB=-0.0277203;RO=26;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153548;STB=0.571338;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0464686;OID=.;OPOS=74705696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:26:27:15:15:0.357143:9:6:7:19:9:6:8:19 chr11 74862391 . A G 499.26 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=90.2538;QD=57.0588;RBI=0.10484;REFB=-0.0583661;REVB=0.0147467;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0028599;OID=.;OPOS=74862391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:33:35:0:0:32:35:1:11:21:0:0:12:23:0:0 chr11 74873754 . GCACAGAAAA G 261.33 PASS AF=0.705882;AO=20;DP=31;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00182825;FXX=0;HRUN=1;LEN=9;MLLD=270.292;QD=30.7447;RBI=0.0020683;REFB=-0.03284;REVB=0.000967143;RO=9;SAF=12;SAR=8;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393933;STB=0.535685;STBP=0.547;TYPE=del;VARB=0.0142614;OID=.;OPOS=74873755;OREF=CACAGAAAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.705882:20:31:24:34:10:14:10:7:3:71:9:12:8:6:3 chr11 74880370 . G A 468.51 PASS AF=0.542169;AO=42;DP=80;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00444818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.382;QD=22.579;RBI=0.0328146;REFB=-0.0348697;REVB=0.0325117;RO=32;SAF=18;SAR=24;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017983;STB=0.51175;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0215365;OID=.;OPOS=74880370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:83:32:38:42:45:0.542169:24:18:13:19:26:19:17:21 chr11 74883577 . G A 379.34 PASS AF=0.679245;AO=34;DP=51;FAO=36;FDP=53;FR=.;FRO=17;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.023179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.665;QD=28.6296;RBI=0.0394235;REFB=-0.0381274;REVB=0.0318896;RO=16;SAF=15;SAR=19;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00218898;STB=0.500525;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0169845;OID=.;OPOS=74883577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:16:17:34:36:0.679245:19:15:7:9:19:17:8:9 chr11 74904362 . T C 1788.19 PASS AF=0.991597;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0365081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.157;QD=60.1072;RBI=0.03905;REFB=-0.0098633;REVB=0.0138584;RO=0;SAF=64;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504586;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=6.4879e-05;OID=.;OPOS=74904362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:118:119:0:1:118:118:0.991597:54:64:0:0:54:64:0:1 chr11 74977087 . GGCC G,GGC,GG 517.8 PASS AF=0,0.628571,0.371429;AO=14,30,11;DP=73;FAO=0,44,26;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22,8;FSAR=0,22,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183535,-0.0157401,-0.00473257;FXX=0.0277739;HRUN=4,5,5;LEN=3,1,2;MLLD=13.3745,10.9695,13.8988;QD=29.5886;RBI=0.154052,0.115255,0.0586145;REFB=0.123829,0.14777,0.143763;REVB=-0.152955,-0.114175,-0.0584231;RO=3;SAF=0,18,6;SAR=14,12,5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.30137,0.30137;SSSB=-0.839249,-0.0117651,-0.0468493;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.0138341,-0.0598041,0.0389936;OID=.,.,.;OPOS=74977088,74977089,74977089;OREF=GCC,C,CC;OALT=-,-,-;OMAPALT=G,GGC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.628571,0.371429:14,30,11:73:0,44,26:70:0:0,22,8:0,22,18:0:0:65:3:0,18,6:14,12,5:2:1 chr11 74995350 . C T 525.78 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038947;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5101;QD=60.0887;RBI=0.0409981;REFB=0;REVB=0.0128051;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00295242;OID=.;OPOS=74995350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr11 75145952 . A G 786.02 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00994431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.911;QD=64.1649;RBI=0.0234189;REFB=0;REVB=0.0212028;RO=1;SAF=36;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128881;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.17386e-05;OID=.;OPOS=75145952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:1:0:47:49:1:11:36:1:0:11:38:0:0 chr11 75152243 . C T 266.7 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0615757;FXX=0.0908678;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.937;QD=53.3408;RBI=0.0672392;REFB=0;REVB=0.0270102;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000659598;OID=.;OPOS=75152243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr11 75160575 . G A 2067.83 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0191733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7465;QD=61.7264;RBI=0.0700108;REFB=-0.134586;REVB=0.0673342;RO=1;SAF=57;SAR=76;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00826592;STB=0.504347;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000698298;OID=.;OPOS=75160575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:134:1:1:133:133:0.992537:76:57:1:0:76:57:1:0 chr11 75277582 . C T 268.6 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0661631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.822;QD=22.3831;RBI=0.0694903;REFB=-0.0190514;REVB=0.0212449;RO=23;SAF=10;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307934;STB=0.517228;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0110598;OID=.;OPOS=75277582;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:15:10:10:13:15:10:10:13 chr11 75277628 . A G 569.36 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0143681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.756;QD=59.9324;RBI=0.0451646;REFB=0;REVB=0.0428182;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.85338e-05;OID=.;OPOS=75277628;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:22:15:0:0:23:15:0:0 chr11 75277992 . C T 140.11 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.00906269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.756;QD=12.7371;RBI=0.0141144;REFB=-0.013016;REVB=-0.0108205;RO=27;SAF=8;SAR=8;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261522;STB=0.658912;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0146383;OID=.;OPOS=75277992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:28:16:16:0.363636:8:8:20:7:8:8:21:7 chr11 75298797 . A G 242.55 PASS AF=0.509091;AO=26;DP=54;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0581908;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.4365;QD=17.6398;RBI=0.063039;REFB=-0.0468005;REVB=0.0242434;RO=28;SAF=9;SAR=17;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0630546;STB=0.514276;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0389843;OID=.;OPOS=75298797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:28:27:26:28:0.509091:17:9:8:20:19:9:8:19 chr11 75431106 . C T 194.68 PASS AF=0.418182;AO=22;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0203379;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.014;QD=14.1589;RBI=0.0225884;REFB=-0.0328016;REVB=-0.00982896;RO=30;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.067306;STB=0.566872;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0445775;OID=.;OPOS=75431106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:32:22:23:0.418182:11:11:13:17:11:12:13:19 chr11 75946552 . G A 1313.28 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.203;QD=61.8015;RBI=0.0225941;REFB=0;REVB=0.00197606;RO=0;SAF=47;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34733e-05;OID=.;OPOS=75946552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:83:85:1:36:47:0:0:37:48:0:0 chr11 76115231 . G A 188.18 PASS AF=0.475;AO=20;DP=41;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0105951;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.572;QD=18.8178;RBI=0.0256998;REFB=-0.0252754;REVB=0.0234142;RO=19;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199125;STB=0.578864;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0241176;OID=.;OPOS=76115231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:19:21:20:19:0.475:12:8:12:7:11:8:12:9 chr11 76207633 . G A 637.02 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00929206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.96;QD=59.2579;RBI=0.012137;REFB=-0.0215905;REVB=0.00780798;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.00118307;OID=.;OPOS=76207633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:0:1:41:42:0.976744:22:19:0:0:22:20:1:0 chr11 76246960 . T C 151.62 PASS AF=0.25;AO=22;DP=88;FAO=22;FDP=88;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.00271848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.637;QD=6.89174;RBI=0.0295938;REFB=-0.00223403;REVB=0.0294687;RO=64;SAF=9;SAR=13;SRF=32;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112236;STB=0.557479;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00465035;OID=.;OPOS=76246960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:64:66:22:22:0.25:13:9:32:32:13:9:32:34 chr11 76262357 . TTA T,TTT 76.61 PASS AF=0.323529,0;AO=9,8;DP=46;FAO=11,0;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=6,0;FSAR=5,0;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.012011,0.0544359;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=28.7771,19.9763;QD=9.0134;RBI=0.158409,0.139028;REFB=-0.0126576,-0.0141908;REVB=-0.157953,-0.127928;RO=28;SAF=5,1;SAR=4,7;SRF=19;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.152973,-0.622872;STB=0.604217,0.5;STBP=0.447,1;TYPE=del,snp;VARB=0.019388,0;OID=.,.;OPOS=76262358,76262359;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323529,0:9,8:46:11,0:34:23:6,0:5,0:16:7:77:28:5,1:4,7:19:9 chr11 76368553 . A G 842.9 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0555191;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6522;QD=54.3806;RBI=0.0589732;REFB=0.00487916;REVB=-0.0198864;RO=3;SAF=22;SAR=38;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287393;STB=0.521732;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.000204358;OID=.;OPOS=76368553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:63:62:3:2:60:60:0.967742:38:22:2:1:38:22:2:0 chr11 76368639 . A C 293.0 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0241814;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.922;QD=14.6501;RBI=0.0471212;REFB=-0.0150471;REVB=-0.0404434;RO=47;SAF=16;SAR=17;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0838925;STB=0.5475;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0214929;OID=.;OPOS=76368639;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:47:47:33:33:0.4125:17:16:19:28:17:16:19:28 chr11 76370792 . A G 647.19 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.007;QD=61.6376;RBI=0.0250386;REFB=0;REVB=0.00608509;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.1322e-05;OID=.;OPOS=76370792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:21:20:0:0:21:21:0:0 chr11 76372052 . A G 357.81 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.22;QD=55.048;RBI=0.0647345;REFB=0;REVB=-0.0624652;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000331433;OID=.;OPOS=76372052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr11 76372418 . T C 289.32 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00458295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0483;QD=52.6037;RBI=0.015674;REFB=0;REVB=0.014989;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218608;OID=.;OPOS=76372418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr11 76400254 . T C 1435.17 PASS AF=0.96875;AO=89;DP=92;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=53;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0253621;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2086;QD=59.799;RBI=0.0286312;REFB=-0.066835;REVB=-0.0132858;RO=3;SAF=38;SAR=51;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359498;STB=0.518068;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00241526;OID=.;OPOS=76400254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:92:96:3:3:89:93:0.96875:51:38:3:0:53:40:3:0 chr11 76418737 . A G 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.115179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6022;QD=54.5154;RBI=0.115217;REFB=0;REVB=0.00294117;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00273209;OID=.;OPOS=76418737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr11 76423406 . G A 472.87 PASS AF=0.656716;AO=43;DP=67;FAO=44;FDP=67;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00742072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3222;QD=28.2308;RBI=0.047843;REFB=-0.0348205;REVB=0.047264;RO=24;SAF=16;SAR=27;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310703;STB=0.526;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0204539;OID=.;OPOS=76423406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:24:23:43:44:0.656716:27:16:10:14:28:16:10:13 chr11 76507692 . T A 1963.76 PASS AF=0.992188;AO=125;DP=130;FAO=127;FDP=128;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0318147;FXX=0.0303007;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0874;QD=61.3676;RBI=0.0415413;REFB=-0.0226419;REVB=0.0267116;RO=1;SAF=54;SAR=71;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00664556;STB=0.503496;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00329999;OID=.;OPOS=76507692;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:130:128:1:1:125:127:0.992188:71:54:0:1:71:56:0:1 chr11 76637651 . G A 1399.93 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0233808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6504;QD=61.5356;RBI=0.0242547;REFB=-0.0197206;REVB=0.00645205;RO=1;SAF=47;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0099782;STB=0.505262;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000134217;OID=.;OPOS=76637651;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:43:47:1:0:43:47:1:0 chr11 76637680 . G A 1170.23 PASS AF=1;AO=63;DP=79;FAO=77;FDP=77;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113286;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.124;QD=60.7912;RBI=0.113299;REFB=0;REVB=0.00168818;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101724;OID=.;OPOS=76637680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:77:0:0:63:77:1:35:28:0:0:37:40:0:0 chr11 76687399 . A C 1257.21 PASS AF=0.914894;AO=86;DP=94;FAO=86;FDP=94;FR=.;FRO=8;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00289967;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.869;QD=53.4983;RBI=0.0151974;REFB=-0.00850147;REVB=0.0149182;RO=8;SAF=43;SAR=43;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401823;STB=0.521272;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.000282497;OID=.;OPOS=76687399;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:94:94:8:8:86:86:0.914894:43:43:2:6:43:43:2:6 chr11 76701606 . G A 1434.08 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.35;QD=63.0366;RBI=0.0223242;REFB=0;REVB=-0.0179713;RO=0;SAF=35;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.23173e-06;OID=.;OPOS=76701606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:56:35:0:0:56:35:0:0 chr11 76709795 . G A 752.38 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00868597;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.188;QD=64.0325;RBI=0.0234649;REFB=0;REVB=0.021798;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.15096e-05;OID=.;OPOS=76709795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr11 76732308 . G A 1153.07 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000939188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.378;QD=60.688;RBI=0.00133323;REFB=0;REVB=0.000946274;RO=0;SAF=37;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28311e-07;OID=.;OPOS=76732308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:39:37:0:0:39:37:0:0 chr11 76732949 . T C 402.89 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196274;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=87.1115;QD=55.5708;RBI=0.0290745;REFB=0;REVB=0.0214497;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00134983;OID=.;OPOS=76732949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:11:16:0:0:11:18:0:0 chr11 76733024 . A G 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00811782;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.217;QD=48.6263;RBI=0.0187759;REFB=-0.118289;REVB=0.0169304;RO=1;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439896;STB=0.523788;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00101044;OID=.;OPOS=76733024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:10:12:0:1:10:12:0:1 chr11 76751541 . CT C 254.5 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.048954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.1657;QD=50.9005;RBI=0.0715698;REFB=0;REVB=-0.0522086;RO=0;SAF=16;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00562773;OID=.;OPOS=76751542;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:20:20:20:0:17:3:0:0:4:0:16:2:0:0 chr11 76751584 . CT C 795.27 PASS AF=1;AO=56;DP=59;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00330798;FXX=0.0508388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.455;QD=56.8049;RBI=0.0124215;REFB=0;REVB=0.0119729;RO=0;SAF=49;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.74973e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.06395e-05;OID=.;OPOS=76751585;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:56:59:56:56:0:48:8:0:0:4:0:49:7:0:0 chr11 76751587 . G A 564.76 PASS AF=0.79661;AO=46;DP=58;FAO=47;FDP=59;FR=.;FRO=12;FSAF=39;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=0;FWDB=0.0309712;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4015;QD=38.2889;RBI=0.0630091;REFB=-0.0127975;REVB=0.0548719;RO=12;SAF=39;SAR=7;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124941;STB=0.566641;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00217776;OID=.;OPOS=76751587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:58:59:12:12:46:47:0.79661:7:39:12:0:8:39:12:0 chr11 76751603 . CT C 916.11 PASS AF=1;AO=72;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0884744;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.4248;QD=46.3855;RBI=0.114603;REFB=0;REVB=-0.072843;RO=1;SAF=59;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00795037;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0023549;OID=.;OPOS=76751604;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:72:79:79:79:0:64:15:0:0:16:1:59:13:1:0 chr11 76799004 . T C 785.16 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00264291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.088;QD=57.1027;RBI=0.0551483;REFB=0;REVB=0.055085;RO=0;SAF=32;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54813e-05;OID=.;OPOS=76799004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:23:32:0:0:23:32:0:0 chr11 76814110 . G A 479.87 PASS AF=0.592105;AO=45;DP=73;FAO=45;FDP=76;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.0528425;FXX=0.0129853;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.477;QD=25.2562;RBI=0.0565739;REFB=-0.0440724;REVB=-0.0202059;RO=28;SAF=18;SAR=27;SRF=8;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854047;STB=0.561771;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0371412;OID=.;OPOS=76814110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:28:31:45:45:0.592105:27:18:8:20:27:18:8:23 chr11 76827360 . A G 214.73 PASS AF=0.3375;AO=27;DP=80;FAO=27;FDP=80;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.00879923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.464;QD=10.7363;RBI=0.069124;REFB=-0.014895;REVB=-0.0685616;RO=52;SAF=8;SAR=19;SRF=18;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653316;STB=0.547456;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.0282071;OID=.;OPOS=76827360;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:52:53:27:27:0.3375:19:8:18:34:19:8:19:34 chr11 76836864 . G A 3056.34 PASS AF=0.962441;AO=204;DP=214;FAO=205;FDP=213;FR=.;FRO=8;FSAF=111;FSAR=94;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0241464;FXX=0.00930189;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.431;QD=57.3961;RBI=0.0258694;REFB=-0.0719759;REVB=0.00928314;RO=6;SAF=110;SAR=94;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112543;STB=0.506288;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.000247277;OID=.;OPOS=76836864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:214:213:6:8:204:205:0.962441:94:110:2:4:94:111:3:5 chr11 76853783 . T C 209.64 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.00083374;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.176;QD=11.4871;RBI=0.0234144;REFB=-0.0233632;REVB=-0.0233995;RO=43;SAF=16;SAR=10;SRF=16;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259722;STB=0.647192;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0227073;OID=.;OPOS=76853783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:47:26:26:0.356164:10:16:16:27:10:16:18:29 chr11 76928149 . A G 643.76 PASS AF=0.319392;AO=84;DP=263;FAO=84;FDP=263;FR=.;FRO=179;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=97;FSRR=82;FWDB=-0.0195486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241;QD=9.79109;RBI=0.0210565;REFB=-0.00852416;REVB=-0.00782476;RO=179;SAF=32;SAR=52;SRF=97;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190922;STB=0.610014;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0158942;OID=.;OPOS=76928149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:263:179:179:84:84:0.319392:52:32:97:82:52:32:97:82 chr11 76954812 . T C 96.69 PASS AF=0.205128;AO=16;DP=78;FAO=16;FDP=78;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=41;FWDB=0.0217784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.566;QD=4.9587;RBI=0.0232361;REFB=0.00136698;REVB=0.00810045;RO=61;SAF=6;SAR=10;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643939;STB=0.531212;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=-0.00749173;OID=.;OPOS=76954812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:78:78:61:62:16:16:0.205128:10:6:20:41:10:6:21:41 chr11 76954833 . G A 90.33 PASS AF=0.205479;AO=15;DP=73;FAO=15;FDP=73;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=39;FWDB=-0.0118605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.728;QD=4.9498;RBI=0.0123079;REFB=-0.00797925;REVB=0.00328804;RO=58;SAF=5;SAR=10;SRF=19;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00809209;STB=0.505148;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0274762;OID=.;OPOS=76954833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:73:73:58:58:15:15:0.205479:10:5:19:39:10:5:19:39 chr11 76979550 . T C 373.05 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0252573;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.644;QD=20.4411;RBI=0.0253155;REFB=-0.0161495;REVB=0.00171479;RO=35;SAF=19;SAR=19;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618152;STB=0.534229;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0141356;OID=.;OPOS=76979550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:35:38:38:0.520548:19:19:15:20:19:19:15:20 chr11 76979586 . T G 186.2 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0019795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.404;QD=12.4136;RBI=0.00213828;REFB=-0.0162943;REVB=0.000808588;RO=36;SAF=7;SAR=16;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190883;STB=0.620046;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.021301;OID=.;OPOS=76979586;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:37:23:23:0.383333:16:7:17:19:16:7:18:19 chr11 77033699 . A G 980.83 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.618;QD=58.5568;RBI=0.0475167;REFB=0;REVB=0.00544563;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408627;OID=.;OPOS=77033699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:39:27:0:0:39:28:0:0 chr11 77412851 . A G 381.38 PASS AF=0.377358;AO=29;DP=107;FAO=40;FDP=106;FR=.,HEALED;FRO=61;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=-0.00164577;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.108;QD=14.3918;RBI=0.00803617;REFB=-0.0095259;REVB=-0.00786584;RO=59;SAF=22;SAR=7;SRF=40;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11673;STB=0.592684;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0182841;OID=.;OPOS=77412851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:59:61:29:40:0.377358:7:22:40:19:9:31:40:21 chr11 77553638 . T C 113.41 PASS AF=0.280702;AO=15;DP=56;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0108167;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.632;QD=7.95883;RBI=0.0108617;REFB=-0.00795198;REVB=-0.000987685;RO=41;SAF=8;SAR=7;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253626;STB=0.536378;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0223836;OID=.;OPOS=77553638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:41:41:15:16:0.280702:7:8:21:20:7:9:21:20 chr11 77597486 . C T 150.26 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0346242;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.197;QD=9.85324;RBI=0.0462043;REFB=-0.0140029;REVB=-0.0305941;RO=41;SAF=5;SAR=15;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344267;STB=0.704134;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0410392;OID=.;OPOS=77597486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:41:20:20:0.327869:15:5:22:19:15:5:22:19 chr11 77597567 . C T 106.32 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00983495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.215;QD=11.813;RBI=0.0117098;REFB=-0.000579725;REVB=-0.00635551;RO=23;SAF=2;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.524939;STB=0.814297;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00126125;OID=.;OPOS=77597567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:11:2:14:9:11:2:14:9 chr11 77597794 . G C 79.24 PASS AF=0.275;AO=10;DP=39;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0372228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.277;QD=7.92411;RBI=0.0377472;REFB=-0.00718457;REVB=0.00627035;RO=28;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295107;STB=0.533271;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0185262;OID=.;OPOS=77597794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:39:40:28:29:10:11:0.275:7:3:9:19:8:3:9:20 chr11 77629132 . A AT 254.83 PASS AF=1;AO=22;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.476;QD=44.3191;RBI=0.116418;REFB=0;REVB=-0.0585711;RO=2;SAF=11;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768812;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00246821;OID=.;OPOS=77629133;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:24:23:23:0:12:11:0:0:5:2:11:11:2:0 chr11 77635882 . A C 277.95 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.00607783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.507;QD=13.7259;RBI=0.0150502;REFB=-0.0169721;REVB=-0.0137683;RO=49;SAF=18;SAR=14;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341882;STB=0.519489;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0274724;OID=.;OPOS=77635882;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:49:32:32:0.395062:14:18:26:23:14:18:26:23 chr11 77727379 . T C 86.22 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0234298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.601;QD=12.317;RBI=0.0334407;REFB=-0.00541684;REVB=-0.0238605;RO=17;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498174;STB=0.52936;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00879774;OID=.;OPOS=77727379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:8:3:4:13:8:3:4:13 chr11 77734209 . T C 436.66 PASS AF=0.722222;AO=39;DP=54;FAO=39;FDP=54;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0372682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.326;QD=32.3456;RBI=0.0410264;REFB=-0.00954052;REVB=-0.0171537;RO=15;SAF=14;SAR=25;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588498;STB=0.531898;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00329469;OID=.;OPOS=77734209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:15:15:39:39:0.722222:25:14:7:8:25:14:7:8 chr11 77790653 . T C 1135.83 PASS AF=0.590909;AO=102;DP=174;FAO=104;FDP=176;FR=.;FRO=72;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=32;FSRR=40;FWDB=-0.0161712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.07;QD=25.8142;RBI=0.0450399;REFB=-0.00961943;REVB=-0.0420367;RO=72;SAF=53;SAR=49;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572564;STB=0.534499;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0033841;OID=.;OPOS=77790653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:176:72:72:102:104:0.590909:49:53:32:40:49:55:32:40 chr11 77813941 . T C 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00191104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.675;QD=10.1734;RBI=0.0048353;REFB=-0.00574463;REVB=-0.00444162;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114905;STB=0.571184;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.00851248;OID=.;OPOS=77813941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:2:4:5:4:2:4:5:4 chr11 77825320 . T C 512.65 PASS AF=0.514851;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=0.0244077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.6671;QD=20.3029;RBI=0.0273091;REFB=-0.0182196;REVB=-0.0122495;RO=49;SAF=16;SAR=36;SRF=15;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00162066;STB=0.500894;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0143719;OID=.;OPOS=77825320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:49:49:52:52:0.514851:36:16:15:34:36:16:15:34 chr11 77882393 . T C 324.78 PASS AF=0.372727;AO=37;DP=107;FAO=41;FDP=110;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.00276549;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.197;QD=11.8101;RBI=0.00371106;REFB=-0.0116084;REVB=-0.00247468;RO=68;SAF=17;SAR=20;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375272;STB=0.533317;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0229719;OID=.;OPOS=77882393;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:110:68:69:37:41:0.372727:20:17:29:39:21:20:30:39 chr11 77921527 . G C 863.17 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.717;QD=57.5444;RBI=0.0355099;REFB=0;REVB=0.0156206;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65282e-05;OID=.;OPOS=77921527;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:60:0:0:55:60:1:27:28:0:0:28:32:0:0 chr11 78277277 . A G 366.09 PASS AF=0.62069;AO=36;DP=58;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.000453154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.205;QD=25.2475;RBI=0.0119965;REFB=-0.0160102;REVB=-0.0119879;RO=21;SAF=16;SAR=20;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010838;STB=0.503874;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0120744;OID=.;OPOS=78277277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:21:22:36:36:0.62069:20:16:9:12:20:16:10:12 chr11 78279790 . T G 629.15 PASS AF=0.589474;AO=56;DP=93;FAO=56;FDP=95;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.00347331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.864;QD=26.4905;RBI=0.00610251;REFB=0.00594701;REVB=-0.00501764;RO=35;SAF=22;SAR=34;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125734;STB=0.537217;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.00509175;OID=.;OPOS=78279790;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:35:39:56:56:0.589474:34:22:8:27:34:22:12:27 chr11 78290350 . G A 546.21 PASS AF=0.518519;AO=56;DP=108;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.00533197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1993;QD=20.23;RBI=0.0101449;REFB=-0.0117483;REVB=-0.00863076;RO=52;SAF=26;SAR=30;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00241309;STB=0.501329;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00645668;OID=.;OPOS=78290350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:52:52:56:56:0.518519:30:26:24:28:30:26:24:28 chr11 78364513 . A G 570.42 PASS AF=0.621951;AO=51;DP=83;FAO=51;FDP=82;FR=.;FRO=31;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0213221;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.975;QD=27.8252;RBI=0.0225128;REFB=0.0134998;REVB=-0.00722465;RO=31;SAF=34;SAR=17;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892216;STB=0.548653;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.00625291;OID=.;OPOS=78364513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:31:31:51:51:0.621951:17:34:17:14:17:34:17:14 chr11 78372536 . G A 975.31 PASS AF=0.597403;AO=88;DP=150;FAO=92;FDP=154;FR=.;FRO=62;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.0454389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.201;QD=25.3327;RBI=0.0456213;REFB=-0.0299505;REVB=0.00407489;RO=60;SAF=40;SAR=48;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713666;STB=0.532602;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.017761;OID=.;OPOS=78372536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:154:60:62:88:92:0.597403:48:40:33:27:49:43:34:28 chr11 81264998 . G T 733.09 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00234899;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.381;QD=63.7469;RBI=0.0153204;REFB=0;REVB=0.0151393;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115688;OID=.;OPOS=81264998;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:24:22:0:0:24:22:0:0 chr11 82443672 . C G 109.99 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00128619;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.2588;QD=14.6652;RBI=0.0386392;REFB=-0.00280167;REVB=-0.0386177;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213164;STB=0.603905;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.000215592;OID=.;OPOS=82443672;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:17:13:13:0.433333:7:6:11:5:7:6:11:6 chr11 82443750 . CGGGGGGCA CGGGGGCAG 66.92 PASS AF=0.285714;AO=3;DP=14;FAO=4;FDP=14;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=4;FSAF=2;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.165331;FXX=0;HRUN=6;LEN=3;MLLD=17.8988;QD=19.1206;RBI=0.167469;REFB=-0.110964;REVB=-0.0266769;RO=2;SAF=1;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111102;STB=0.624412;STBP=0.615;TYPE=mnp;VARB=0.0860164;OID=.;OPOS=82443756;OREF=GCA;OALT=CAG;OMAPALT=CGGGGGCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:3:14:4:14:4:2:2:3:1:20:2:1:2:1:1 chr11 82443817 . G A 89.82 PASS AF=0.44;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0703853;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4832;QD=14.3718;RBI=0.0713362;REFB=0.0129866;REVB=-0.0116086;RO=15;SAF=8;SAR=3;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00751908;STB=0.509074;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.0136599;OID=.;OPOS=82443817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:26:25:15:14:11:11:0.44:3:8:11:4:3:8:10:4 chr11 82535963 . C T 154.09 PASS AF=0.344828;AO=20;DP=58;FAO=20;FDP=58;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=12;FWDB=-0.0137779;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.593;QD=10.6266;RBI=0.0371361;REFB=-0.0103326;REVB=-0.0344857;RO=38;SAF=11;SAR=9;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155462;STB=0.59034;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0310645;OID=.;OPOS=82535963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:38:38:20:20:0.344828:9:11:26:12:9:11:26:12 chr11 82643760 . G T 372.24 PASS AF=0.645833;AO=30;DP=47;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.012384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7632;QD=31.0202;RBI=0.0193322;REFB=-0.0395057;REVB=0.0148449;RO=16;SAF=9;SAR=21;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00940122;STB=0.566457;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0159784;OID=.;OPOS=82643760;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:16:17:30:31:0.645833:21:9:5:11:23:8:7:10 chr11 82644904 . G A 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0247198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.498;QD=16.4544;RBI=0.0303868;REFB=-0.0215302;REVB=-0.0176718;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194334;STB=0.66611;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00952237;OID=.;OPOS=82644904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:3:4:6:6:0.6:2:4:1:2:2:4:1:3 chr11 82880258 . G T 154.35 PASS AF=0.395349;AO=16;DP=41;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0812139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.3483;QD=14.3581;RBI=0.161563;REFB=-0.0233723;REVB=0.139667;RO=25;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628047;STB=0.505488;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0352525;OID=.;OPOS=82880258;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:25:26:16:17:0.395349:8:8:11:14:9:8:12:14 chr11 82984984 . ATT AAT,ATA,AT 823.7 PASS AF=0.857143,0,0.142857;AO=39,3,15;DP=60;FAO=54,0,9;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24,0,4;FSAR=30,0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336264,0.00904992,-0.0298638;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=23.2535,90.4602,20.178;QD=52.2985;RBI=0.0715331,0.0137141,0.0549984;REFB=0,0,0;REVB=0.0631367,-0.0103041,-0.0461842;RO=0;SAF=17,0,6;SAR=22,3,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,del;VARB=0.0174408,0,-0.0462037;OID=.,.,.;OPOS=82984985,82984986,82984985;OREF=T,T,T;OALT=A,A,-;OMAPALT=AAT,ATA,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.857143,0,0.142857:39,3,15:60:54,0,9:63:0:24,0,4:30,0,5:0:0:30:0:17,0,6:22,3,9:0:0 chr11 82996986 . A C 1145.16 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0136982;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.7;QD=57.9827;RBI=0.0241931;REFB=-0.0626423;REVB=0.0199416;RO=2;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197128;STB=0.510414;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000249612;OID=.;OPOS=82996986;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:79:79:2:2:77:77:0.974684:47:30:0:2:47:30:0:2 chr11 85195025 . A C 891.42 PASS AF=0.775281;AO=69;DP=89;FAO=69;FDP=89;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=45;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00851135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.441;QD=40.0638;RBI=0.0306063;REFB=0.026824;REVB=-0.029399;RO=20;SAF=24;SAR=45;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112252;STB=0.560148;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.0149795;OID=.;OPOS=85195025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:20:20:69:69:0.775281:45:24:12:8:45:24:12:8 chr11 85195075 . T C 1215.28 PASS AF=0.798319;AO=95;DP=120;FAO=95;FDP=119;FR=.;FRO=24;FSAF=32;FSAR=63;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.00982985;FXX=0.00833264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.524;QD=40.8497;RBI=0.0102824;REFB=0.007771;REVB=0.0030169;RO=24;SAF=32;SAR=63;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100623;STB=0.553676;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00208315;OID=.;OPOS=85195075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:24:24:95:95:0.798319:63:32:14:10:63:32:14:10 chr11 85195154 . A T 1267.87 PASS AF=0.88;AO=88;DP=99;FAO=88;FDP=100;FR=.;FRO=12;FSAF=39;FSAR=49;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0374436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.555;QD=50.7149;RBI=0.0746431;REFB=-0.0890459;REVB=0.0645723;RO=11;SAF=39;SAR=49;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598704;STB=0.536978;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0138212;OID=.;OPOS=85195154;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:99:100:11:12:88:88:0.88:49:39:8:3:49:39:9:3 chr11 85195185 . T C 602.5 PASS AF=0.857143;AO=48;DP=57;FAO=48;FDP=56;FR=.;FRO=8;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0212208;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.952;QD=43.0358;RBI=0.0213137;REFB=-0.0252895;REVB=0.00198846;RO=8;SAF=22;SAR=26;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779029;STB=0.541649;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00290698;OID=.;OPOS=85195185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:57:56:8:8:48:48:0.857143:26:22:6:2:26:22:6:2 chr11 85195190 . CA GG 494.67 PASS AF=0.945946;AO=32;DP=35;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0178769;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=2;MLLD=214.209;QD=53.4781;RBI=0.0478376;REFB=0.00320731;REVB=0.0443718;RO=2;SAF=16;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.054844;STB=0.529395;STBP=0.159;TYPE=mnp;VARB=0.000428297;OID=.;OPOS=85195190;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:37:2:2:32:35:0.945946:16:16:2:0:19:16:2:0 chr11 85195226 . T C 127.07 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0253281;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.972;QD=39.0976;RBI=0.0379136;REFB=-0.0330196;REVB=0.0282122;RO=1;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818676;STB=0.545378;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00293127;OID=.;OPOS=85195226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:13:1:1:12:12:0.923077:7:5:1:0:7:5:1:0 chr11 85372787 . C G 509.67 PASS AF=0.737705;AO=44;DP=59;FAO=45;FDP=61;FR=.;FRO=16;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0228623;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.5971;QD=33.421;RBI=0.0274768;REFB=-0.0115243;REVB=0.0152411;RO=15;SAF=18;SAR=26;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278925;STB=0.527015;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00484615;OID=.;OPOS=85372787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:15:16:44:45:0.737705:26:18:7:8:27:18:8:8 chr11 85435730 . C T 1502.74 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00696284;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.782;QD=58.9311;RBI=0.0380459;REFB=0;REVB=-0.0374034;RO=0;SAF=40;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.69774e-05;OID=.;OPOS=85435730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:102:0:0:97:102:1:57:40:0:0:59:43:0:0 chr11 85436352 . G A 1673.59 PASS AF=0.991304;AO=109;DP=113;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0167933;FXX=0.0336106;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.87;QD=58.2118;RBI=0.0168887;REFB=-0.0518825;REVB=0.00179252;RO=2;SAF=58;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00110254;STB=0.504273;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000289523;OID=.;OPOS=85436352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:113:115:2:1:109:114:0.991304:51:58:1:1:56:58:1:0 chr11 85436394 . T C 1729.76 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0019807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.301;QD=60.6932;RBI=0.0285047;REFB=0;REVB=0.0284358;RO=0;SAF=58;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.11351e-06;OID=.;OPOS=85436394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:114:0:0:112:114:1:54:58:0:0:56:58:0:0 chr11 85436500 . T C 805.17 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.646;QD=64.4134;RBI=0.0210514;REFB=0;REVB=-0.010797;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137197;OID=.;OPOS=85436500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:16:34:0:0:16:34:0:0 chr11 85436699 . A G 1507.05 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0102409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.97;QD=58.5261;RBI=0.0211857;REFB=0.0377963;REVB=0.0185462;RO=1;SAF=52;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00958391;STB=0.50495;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.000358634;OID=.;OPOS=85436699;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:103:1:1:101:102:0.990291:49:52:0:1:50:52:0:1 chr11 85436868 . G C 816.13 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00376885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.038;QD=56.2849;RBI=0.0135694;REFB=0;REVB=0.0130355;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.46281e-05;OID=.;OPOS=85436868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:58:0:0:56:58:1:31:25:0:0:33:25:0:0 chr11 85437405 . T C 309.11 PASS AF=0.613636;AO=26;DP=43;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0996062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.081;QD=28.1006;RBI=0.0997357;REFB=-0.0348779;REVB=0.00508094;RO=15;SAF=10;SAR=16;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188229;STB=0.614273;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0228661;OID=.;OPOS=85437405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:15:17:26:27:0.613636:16:10:10:5:16:11:12:5 chr11 85437896 . A C,G 635.93 PASS AF=0.0612245,0.897959;AO=3,44;DP=49;FAO=3,44;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=2,21;FSAR=1,23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.01905,0.0116537;FXX=0.039208;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=140.723,51.5885;QD=51.9125;RBI=0.0302952,0.0368119;REFB=-0.0868831,-0.201748;REVB=0.0235562,0.0349185;RO=2;SAF=2,21;SAR=1,23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.272699,-0.0426567;STB=0.665762,0.522717;STBP=0.695,0.272;TYPE=snp,snp;VARB=0.00943529,0.0183189;OID=.,.;OPOS=85437896,85437896;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:49:49:2:2:3,44:3,44:0.0612245,0.897959:1,23:2,21:2:0:1,23:2,21:2:0 chr11 85447611 . T C 1453.41 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.072878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2449;QD=63.1917;RBI=0.0761363;REFB=0;REVB=0.022035;RO=0;SAF=54;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475738;OID=.;OPOS=85447611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:0:0:90:92:1:36:54:0:0:38:54:0:0 chr11 85456703 . T C 1785.17 PASS AF=0.983471;AO=117;DP=121;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0219121;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5882;QD=59.0138;RBI=0.0269645;REFB=0.0532388;REVB=-0.0157144;RO=3;SAF=55;SAR=62;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00935698;STB=0.500488;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-0.00280187;OID=.;OPOS=85456703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:121:3:2:117:119:0.983471:62:55:2:1:63:56:1:1 chr11 85564860 . A AAAAAAT 92.9 PASS AF=0.174757;AO=14;DP=112;FAO=18;FDP=103;FR=.;FRO=85;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=56;FWDB=-0.0295772;FXX=0.0636306;HRUN=6;LEN=6;MLLD=200.03;QD=3.60772;RBI=0.0327546;REFB=-0.00343157;REVB=-0.0140732;RO=94;SAF=2;SAR=12;SRF=35;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.349392;STB=0.774628;STBP=0.03;TYPE=ins;VARB=0.0170909;OID=.;OPOS=85564861;OREF=-;OALT=AAAAAT;OMAPALT=AAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.174757:14:112:18:103:85:2:16:29:56:92:94:2:12:35:59 chr11 85565311 . T TA 243.36 PASS AF=0.640625;AO=37;DP=65;FAO=41;FDP=64;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0171613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.9582;QD=15.21;RBI=0.0703302;REFB=0.0529965;REVB=-0.0682043;RO=24;SAF=12;SAR=25;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624568;STB=0.523713;STBP=0.658;TYPE=ins;VARB=-0.042208;OID=.;OPOS=85565312;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.640625:37:65:41:64:23:13:28:6:17:99:24:12:25:6:18 chr11 85565864 . G A 747.23 PASS AF=0.5;AO=72;DP=145;FAO=73;FDP=146;FR=.;FRO=73;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=45;FSRR=28;FWDB=-0.00604462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.263;QD=20.4721;RBI=0.0276572;REFB=-0.0160093;REVB=0.0269886;RO=68;SAF=43;SAR=29;SRF=44;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0462566;STB=0.514215;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0172441;OID=.;OPOS=85565864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:146:68:73:72:73:0.5:29:43:44:24:30:43:45:28 chr11 85630389 . T C 544.49 PASS AF=0.636364;AO=49;DP=77;FAO=49;FDP=77;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0233623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.033;QD=28.2851;RBI=0.0316636;REFB=-0.0182198;REVB=-0.0213726;RO=26;SAF=19;SAR=30;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236001;STB=0.501951;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0118028;OID=.;OPOS=85630389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:26:28:49:49:0.636364:30:19:11:15:30:19:11:17 chr11 85692181 . A C 228.15 PASS AF=0.329545;AO=28;DP=87;FAO=29;FDP=88;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.0214744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5406;QD=10.3704;RBI=0.0372378;REFB=-0.00547316;REVB=-0.030422;RO=59;SAF=12;SAR=16;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208186;STB=0.607209;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0110113;OID=.;OPOS=85692181;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:59:59:28:29:0.329545:16:12:36:23:16:13:36:23 chr11 85718641 . T C 333.83 PASS AF=0.369369;AO=41;DP=111;FAO=41;FDP=111;FR=.;FRO=70;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=48;FWDB=0.0713731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.6547;QD=12.0301;RBI=0.0745754;REFB=-0.00143744;REVB=0.0216189;RO=70;SAF=17;SAR=24;SRF=22;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117244;STB=0.566635;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00374201;OID=.;OPOS=85718641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:70:70:41:41:0.369369:24:17:22:48:24:17:22:48 chr11 85725937 . C T 985.91 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.899;QD=58.8602;RBI=0.0498987;REFB=0;REVB=0.0384709;RO=0;SAF=42;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014736;OID=.;OPOS=85725937;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:67:0:0:64:67:1:22:42:0:0:25:42:0:0 chr11 85968623 . C T 90.05 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0542654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.158;QD=7.66404;RBI=0.0543344;REFB=-0.011193;REVB=-0.00273704;RO=35;SAF=3;SAR=9;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301484;STB=0.689321;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0469237;OID=.;OPOS=85968623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:35:35:12:12:0.255319:9:3:17:18:9:3:17:18 chr11 86098680 . T C 1352.66 PASS AF=0.967742;AO=89;DP=93;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0346193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0034;QD=58.1788;RBI=0.0672942;REFB=-0.0694018;REVB=0.0577063;RO=4;SAF=46;SAR=43;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00137364;STB=0.50502;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0147017;OID=.;OPOS=86098680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:93:93:4:3:89:90:0.967742:43:46:2:2:44:46:2:1 chr11 86175193 . A G 1286.6 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178661;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.305;QD=62.0047;RBI=0.0181995;REFB=0;REVB=-0.00346775;RO=0;SAF=29;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21176e-05;OID=.;OPOS=86175193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:54:29:0:0:54:29:0:0 chr11 86660886 . G A 2178.12 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000197431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.737;QD=63.134;RBI=0.0106053;REFB=0;REVB=-0.0106035;RO=0;SAF=66;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18932e-05;OID=.;OPOS=86660886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:72:66:0:0:72:66:0:0 chr11 87013438 . G A 163.79 PASS AF=0.230088;AO=26;DP=113;FAO=26;FDP=113;FR=.;FRO=87;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=57;FWDB=-0.00913417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.206;QD=5.79786;RBI=0.00995268;REFB=-0.00544409;REVB=-0.00395256;RO=87;SAF=9;SAR=17;SRF=30;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00183721;STB=0.501128;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0196281;OID=.;OPOS=87013438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:87:87:26:26:0.230088:17:9:30:57:17:9:30:57 chr11 87032287 . G C 165.22 PASS AF=0.27381;AO=23;DP=84;FAO=23;FDP=84;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=21;FWDB=-0.0061171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.915;QD=7.86752;RBI=0.0298516;REFB=-0.00502383;REVB=-0.0292182;RO=61;SAF=12;SAR=11;SRF=40;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16501;STB=0.598245;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0133214;OID=.;OPOS=87032287;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:61:61:23:23:0.27381:11:12:40:21:11:12:40:21 chr11 87908448 . A G 311.23 PASS AF=0.327869;AO=40;DP=124;FAO=40;FDP=122;FR=.;FRO=82;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=0.0214273;FXX=0.0161277;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2513;QD=10.2042;RBI=0.0552432;REFB=0.00531488;REVB=-0.0509184;RO=83;SAF=21;SAR=19;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919692;STB=0.549444;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.0120007;OID=.;OPOS=87908448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:122:83:82:40:40:0.327869:19:21:37:46:19:21:37:45 chr11 87908563 . G A 246.68 PASS AF=0.344828;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=0.0212514;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6863;QD=11.3417;RBI=0.0275984;REFB=-0.0139801;REVB=0.0176083;RO=56;SAF=12;SAR=18;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133743;STB=0.583277;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0213269;OID=.;OPOS=87908563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:56:57:30:30:0.344828:18:12:29:27:18:12:30:27 chr11 88045583 . A G 1553.75 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0179137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.552;QD=58.6322;RBI=0.0185538;REFB=-0.00943044;REVB=-0.00483155;RO=1;SAF=51;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00870753;STB=0.504586;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.000148352;OID=.;OPOS=88045583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:54:51:0:1:54:51:0:1 chr11 88242024 . T G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.653;QD=33.4285;RBI=0.0164225;REFB=0;REVB=-0.00792768;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.54543e-05;OID=.;OPOS=88242024;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr11 88338113 . T C 259.14 PASS AF=0.55814;AO=23;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0076588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.595;QD=24.1061;RBI=0.0102677;REFB=0.00301534;REVB=0.00683875;RO=19;SAF=9;SAR=14;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687588;STB=0.52567;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=-0.00205701;OID=.;OPOS=88338113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:23:24:0.55814:14:9:9:10:14:10:9:10 chr11 88645129 . T A 619.96 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0165744;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=270.894;QD=59.0438;RBI=0.0176772;REFB=-0.0332816;REVB=0.00614596;RO=1;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170644;STB=0.509086;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.000123167;OID=.;OPOS=88645129;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:27:14:0:1:27:14:0:1 chr11 88911351 . G A 225.53 PASS AF=0.341463;AO=28;DP=82;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=0.0278154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.19;QD=11.0016;RBI=0.0280053;REFB=0.00124268;REVB=0.00325537;RO=54;SAF=10;SAR=18;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0823509;STB=0.547936;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.00204682;OID=.;OPOS=88911351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:54:54:28:28:0.341463:18:10:23:31:18:10:23:31 chr11 89060002 . G A 191.62 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.00134315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.231;QD=15.6425;RBI=0.00145727;REFB=-0.00667759;REVB=-0.000565337;RO=29;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0986438;STB=0.556467;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0273388;OID=.;OPOS=89060002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:12:8:9:20:12:8:9:20 chr11 89133449 . C T 1638.32 PASS AF=0.990991;AO=109;DP=111;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0367377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.457;QD=59.0387;RBI=0.0372695;REFB=-0.119104;REVB=0.00627372;RO=1;SAF=61;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00978674;STB=0.505154;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000521081;OID=.;OPOS=89133449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:111:1:1:109:110:0.990991:48:61:0:1:48:62:0:1 chr11 89531540 . C T 733.69 PASS AF=0.916667;AO=55;DP=61;FAO=55;FDP=60;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0274682;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.602;QD=48.9126;RBI=0.0274824;REFB=0.0556751;REVB=-0.000883686;RO=5;SAF=27;SAR=28;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170854;STB=0.509088;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.00236347;OID=.;OPOS=89531540;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:61:60:5:5:55:55:0.916667:28:27:3:2:28:27:3:2 chr11 89531619 . A G 35.2 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0260983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3854;QD=5.21551;RBI=0.0279298;REFB=0.0018758;REVB=0.00994735;RO=21;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277816;STB=0.518457;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.0128225;OID=.;OPOS=89531619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:3:3:10:11:3:3:10:11 chr11 89774236 . C G 340.08 PASS AF=0.736842;AO=28;DP=38;FAO=28;FDP=38;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0117395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4772;QD=35.7974;RBI=0.0339342;REFB=0.00418026;REVB=-0.0318389;RO=10;SAF=9;SAR=19;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011921;STB=0.506489;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.00233764;OID=.;OPOS=89774236;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:10:10:28:28:0.736842:19:9:3:7:19:9:3:7 chr11 89774448 . G A 84.19 PASS AF=0.189873;AO=13;DP=77;FAO=15;FDP=79;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=0.0218693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3118;QD=4.26267;RBI=0.0960619;REFB=-0.00585765;REVB=0.0935394;RO=64;SAF=9;SAR=4;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227039;STB=0.569138;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0345603;OID=.;OPOS=89774448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:77:79:64:64:13:15:0.189873:4:9:33:31:6:9:33:31 chr11 89868755 . G A 591.76 PASS AF=0.563107;AO=58;DP=103;FAO=58;FDP=103;FR=.;FRO=45;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00468223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.374;QD=22.981;RBI=0.0306328;REFB=-0.00164466;REVB=-0.0302728;RO=45;SAF=27;SAR=31;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348259;STB=0.519049;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.000612108;OID=.;OPOS=89868755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:45:45:58:58:0.563107:31:27:19:26:31:27:19:26 chr11 89880604 . G A 426.92 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0237643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.924;QD=21.8934;RBI=0.0280616;REFB=-0.0168351;REVB=-0.0149235;RO=35;SAF=17;SAR=25;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202768;STB=0.505686;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0096026;OID=.;OPOS=89880604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:36:42:42:0.538462:25:17:15:20:25:17:15:21 chr11 89916080 . G C 626.87 PASS AF=0.477612;AO=63;DP=135;FAO=64;FDP=134;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=40;FSRR=30;FWDB=-0.0215495;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.368;QD=18.7124;RBI=0.0217966;REFB=-0.00968196;REVB=0.00327315;RO=65;SAF=28;SAR=35;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15615;STB=0.569811;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0114954;OID=.;OPOS=89916080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:65:70:63:64:0.477612:35:28:40:25:36:28:40:30 chr11 89935586 . G T 499.04 PASS AF=0.388889;AO=56;DP=144;FAO=56;FDP=144;FR=.;FRO=88;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=48;FWDB=-0.0127203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8528;QD=13.8622;RBI=0.0451714;REFB=-0.00194543;REVB=-0.0433434;RO=87;SAF=31;SAR=25;SRF=39;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113098;STB=0.560404;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00609003;OID=.;OPOS=89935586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:87:88:56:56:0.388889:25:31:39:48:25:31:40:48 chr11 89939442 . T TA 46.68 PASS AF=0.35;AO=5;DP=44;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0586274;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.347;QD=4.66793;RBI=0.110587;REFB=-0.0911846;REVB=-0.0937673;RO=38;SAF=3;SAR=2;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202053;STB=0.574895;STBP=0.493;TYPE=ins;VARB=0.143807;OID=.;OPOS=89939443;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35:5:44:14:40:26:7:7:10:16:46:38:3:2:16:22 chr11 89939448 . G A 116.5 PASS AF=0.35;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.102576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.4429;QD=11.6503;RBI=0.142121;REFB=-0.0158856;REVB=-0.098369;RO=25;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126125;STB=0.503644;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0247957;OID=.;OPOS=89939448;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:25:26:14:14:0.35:8:6:11:14:8:6:11:15 chr11 91545212 . C G 135.62 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=54;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=29;FWDB=-0.0471149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.6185;QD=9.68693;RBI=0.0546612;REFB=-0.0348924;REVB=0.0277134;RO=36;SAF=7;SAR=11;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174663;STB=0.613921;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0748981;OID=.;OPOS=91545212;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:36:38:18:18:0.321429:11:7:9:27:11:7:9:29 chr11 92087789 . A T 762.72 PASS AF=0.684783;AO=63;DP=92;FAO=63;FDP=92;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0248548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.717;QD=33.1619;RBI=0.0294861;REFB=-0.00583962;REVB=0.0158641;RO=29;SAF=21;SAR=42;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115591;STB=0.56248;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00214425;OID=.;OPOS=92087789;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:29:29:63:63:0.684783:42:21:15:14:42:21:15:14 chr11 92088177 . C T 266.87 PASS AF=0.526316;AO=27;DP=54;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.010647;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.875;QD=18.7277;RBI=0.0267831;REFB=-0.0231882;REVB=-0.024576;RO=27;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660356;STB=0.526298;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.00998708;OID=.;OPOS=92088177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:57:27:27:27:30:0.526316:13:14:12:15:15:15:12:15 chr11 92531356 . A G 591.05 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00337184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=320.221;QD=60.6206;RBI=0.0394516;REFB=0;REVB=0.0393073;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141327;OID=.;OPOS=92531356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:16:22:0:0:17:22:0:0 chr11 92532677 . T C 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00202904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2221;QD=49.5958;RBI=0.00388192;REFB=0;REVB=0.00330943;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64171e-05;OID=.;OPOS=92532677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr11 92534442 . A G 560.76 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034765;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.596;QD=60.6231;RBI=0.0368306;REFB=0;REVB=0.012161;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.00262e-05;OID=.;OPOS=92534442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:22:14:0:0:23:14:0:0 chr11 92573911 . G T 672.25 PASS AF=0.727273;AO=56;DP=77;FAO=56;FDP=77;FR=.;FRO=21;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0178517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.088;QD=34.922;RBI=0.0214932;REFB=-0.0212123;REVB=-0.0119698;RO=21;SAF=31;SAR=25;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00916003;STB=0.50493;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.00888099;OID=.;OPOS=92573911;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:21:21:56:56:0.727273:25:31:12:9:25:31:12:9 chr11 92590448 . A G 1825.66 PASS AF=0.991736;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0167755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.702;QD=60.3525;RBI=0.0181396;REFB=-0.0778055;REVB=0.00690124;RO=0;SAF=51;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503597;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000304388;OID=.;OPOS=92590448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:121:0:1:120:120:0.991736:69:51:0:0:69:51:0:1 chr11 92623877 . G A 32.19 PASS AF=0.0941176;AO=8;DP=85;FAO=8;FDP=85;FR=.;FRO=77;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.0128739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.22;QD=1.51502;RBI=0.0131932;REFB=-0.00131948;REVB=0.00288481;RO=77;SAF=2;SAR=6;SRF=40;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309375;STB=0.744946;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0168125;OID=.;OPOS=92623877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:85:85:77:77:8:8:0.0941176:6:2:40:37:6:2:40:37 chr11 92627848 . A G 1918.19 PASS AF=1;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114432;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.437;QD=61.8773;RBI=0.0148261;REFB=0;REVB=0.00942696;RO=0;SAF=56;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74925e-05;OID=.;OPOS=92627848;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:124:0:0:124:124:1:68:56:0:0:68:56:0:0 chr11 92629305 . C T 73.5 PASS AF=0.153846;AO=14;DP=90;FAO=14;FDP=91;FR=.;FRO=77;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=40;FWDB=-0.0485572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6115;QD=3.23092;RBI=0.0503541;REFB=-0.00448448;REVB=-0.0133317;RO=76;SAF=8;SAR=6;SRF=36;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122003;STB=0.576693;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0216902;OID=.;OPOS=92629305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:90:91:76:77:14:14:0.153846:6:8:36:40:6:8:37:40 chr11 92718127 . G C 258.76 PASS AF=0.814815;AO=22;DP=27;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00613168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.799;QD=38.3353;RBI=0.00691486;REFB=-0.0309124;REVB=0.00319653;RO=5;SAF=10;SAR=12;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495379;STB=0.527002;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.00249454;OID=.;OPOS=92718127;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:27:27:5:5:22:22:0.814815:12:10:3:2:12:10:3:2 chr11 93211764 . A G 1492.44 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0313161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3837;QD=58.527;RBI=0.0316654;REFB=-0.00304382;REVB=-0.00469054;RO=1;SAF=57;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109042;STB=0.505746;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000212579;OID=.;OPOS=93211764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:102:1:1:100:101:0.990196:43:57:0:1:43:58:0:1 chr11 93212254 . C T 1072.76 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331496;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.075;QD=60.4369;RBI=0.0415758;REFB=0;REVB=0.0250928;RO=0;SAF=23;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011048;OID=.;OPOS=93212254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:71:0:0:71:71:1:48:23:0:0:48:23:0:0 chr11 93402096 . C A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0863573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.889;QD=51.9153;RBI=0.0865741;REFB=0;REVB=0.0061232;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000254149;OID=.;OPOS=93402096;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:12:9:0:0:12:9:0:0 chr11 93408831 . G A 714.67 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00980502;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.104;QD=53.9373;RBI=0.0131345;REFB=-0.085183;REVB=-0.00873931;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.509087;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-8.10991e-05;OID=.;OPOS=93408831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:54:53:0:1:51:52:0.981132:25:26:0:0:25:27:1:0 chr11 93425159 . C A 2351.83 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6671;QD=61.0866;RBI=0.0299852;REFB=0;REVB=0.0113755;RO=0;SAF=70;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63018e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.13744e-05;OID=.;OPOS=93425159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:154:0:0:153:154:1:83:70:0:0:83:71:0:0 chr11 93462607 . A T 1493.71 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0291677;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.535;QD=63.5622;RBI=0.0317302;REFB=0;REVB=0.012492;RO=0;SAF=36;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237516;OID=.;OPOS=93462607;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:94:0:0:94:94:1:58:36:0:0:58:36:0:0 chr11 93464175 . A C 1080.85 PASS AF=0.961039;AO=73;DP=77;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0371551;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.987;QD=56.1482;RBI=0.0434521;REFB=-0.104468;REVB=0.0225296;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.519475;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00129222;OID=.;OPOS=93464175;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:77:77:0:3:73:74:0.961039:36:37:0:0:37:37:0:3 chr11 93474570 . T A,TGCGTGA 1177.36 PASS AF=0.0471698,0.820755;AO=5,81;DP=113;FAO=5,87;FDP=106;FR=.;FRO=14;FSAF=2,42;FSAR=3,45;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=-0.0151749,-0.0132901;FXX=0.0363603;HRUN=1,1;LEN=1,6;MLLD=60.6718,184.361;QD=44.4286;RBI=0.0242934,0.0198537;REFB=-0.0251363,-0.0722907;REVB=0.0189708,0.0147493;RO=17;SAF=2,37;SAR=3,44;SRF=16;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.625486,-0.156819;STB=0.848222,0.561593;STBP=0.319,0.003;TYPE=snp,ins;VARB=0.0213657,0.0109424;OID=.,.;OPOS=93474570,93474571;OREF=T,-;OALT=A,GCGTGA;OMAPALT=A,TGCGTGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:69:113:106:17:14:5,81:5,87:0.0471698,0.820755:3,44:2,37:16:1:3,45:2,42:13:1 chr11 93517874 . C G 1099.55 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.09325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.74;QD=59.4349;RBI=0.0953199;REFB=0;REVB=0.0197565;RO=0;SAF=11;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96503e-05;OID=.;OPOS=93517874;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:74:0:0:71:74:1:60:11:0:0:61:13:0:0 chr11 93517886 . G C 712.66 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.18903;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.77;QD=54.8198;RBI=0.191308;REFB=-0.0301644;REVB=0.029435;RO=0;SAF=10;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.12541e-08;STB=0.506022;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.000913781;OID=.;OPOS=93517886;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:41:10:0:0:41:10:0:1 chr11 93797619 . A G 899.91 PASS AF=0.928571;AO=63;DP=68;FAO=65;FDP=70;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0237154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9508;QD=51.4235;RBI=0.0823658;REFB=-0.144471;REVB=0.0788777;RO=5;SAF=27;SAR=36;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241435;STB=0.512278;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00463215;OID=.;OPOS=93797619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:68:70:5:5:63:65:0.928571:36:27:3:2:37:28:3:2 chr11 93845511 . A G 1498.77 PASS AF=1;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471929;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.164;QD=59.9507;RBI=0.0603391;REFB=0;REVB=0.0375983;RO=0;SAF=60;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.91155e-05;OID=.;OPOS=93845511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:100:0:0:100:100:1:40:60:0:0:40:60:0:0 chr11 93862493 . A C 1177.38 PASS AF=0.857143;AO=90;DP=105;FAO=90;FDP=105;FR=.;FRO=15;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0717831;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.98;QD=44.8527;RBI=0.0757637;REFB=0.025851;REVB=-0.0242346;RO=15;SAF=52;SAR=38;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666254;STB=0.535385;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.00406078;OID=.;OPOS=93862493;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:105:105:15:15:90:90:0.857143:38:52:5:10:38:52:5:10 chr11 93913036 . A G 213.59 PASS AF=0.192708;AO=37;DP=192;FAO=37;FDP=192;FR=.;FRO=155;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=59;FSRR=96;FWDB=0.00561343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.241;QD=4.44987;RBI=0.0563473;REFB=-0.00843838;REVB=-0.056067;RO=155;SAF=18;SAR=19;SRF=59;SRR=96;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137532;STB=0.585859;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0367256;OID=.;OPOS=93913036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:155:155:37:37:0.192708:19:18:59:96:19:18:59:96 chr11 94225807 . C T 491.68 PASS AF=0.770833;AO=37;DP=48;FAO=37;FDP=48;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00736592;FXX=0.020404;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.585;QD=40.9736;RBI=0.0276805;REFB=-0.0185073;REVB=-0.0266824;RO=11;SAF=19;SAR=18;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635184;STB=0.53429;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0077789;OID=.;OPOS=94225807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:48:48:11:11:37:37:0.770833:18:19:4:7:18:19:4:7 chr11 94225920 . C T 818.26 PASS AF=0.790123;AO=64;DP=81;FAO=64;FDP=81;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0233859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4786;QD=40.4081;RBI=0.02349;REFB=-0.0188029;REVB=0.00220912;RO=17;SAF=12;SAR=52;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046455;STB=0.524797;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00412577;OID=.;OPOS=94225920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:17:17:64:64:0.790123:52:12:2:15:52:12:2:15 chr11 94231847 . G A 51.09 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=43;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.019186;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.324;QD=4.8655;RBI=0.0466634;REFB=-0.00224531;REVB=-0.0425367;RO=34;SAF=3;SAR=5;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220655;STB=0.646697;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00697394;OID=.;OPOS=94231847;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:43:42:34:34:8:8:0.190476:5:3:19:15:5:3:19:15 chr11 94245740 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00573666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.245;QD=62.6704;RBI=0.00597648;REFB=0;REVB=-0.00167602;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.64489e-05;OID=.;OPOS=94245740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chr11 94261255 . C G 2011.11 PASS AF=0.992366;AO=130;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.016239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.565;QD=61.4079;RBI=0.0230604;REFB=-0.095712;REVB=0.016373;RO=1;SAF=72;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00655546;STB=0.503448;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000157377;OID=.;OPOS=94261255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:1:1:130:130:0.992366:58:72:1:0:58:72:1:0 chr11 94282014 . G A 657.75 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00229308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.091;QD=59.7958;RBI=0.0415583;REFB=-0.0477582;REVB=0.041495;RO=1;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253725;STB=0.513507;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00140844;OID=.;OPOS=94282014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:18:25:0:1:18:25:0:1 chr11 94320237 . T C 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.809;QD=62.6682;RBI=0.0475938;REFB=0;REVB=0.0318237;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106065;OID=.;OPOS=94320237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr11 94322352 . AG TA 708.76 PASS AF=1;AO=46;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254109;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=2;MLLD=237.829;QD=56.701;RBI=0.0349862;REFB=0;REVB=0.0240483;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00122361;OID=.;OPOS=94322352;OREF=AG;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:46:50:1:31:15:0:0:32:18:0:0 chr11 94326765 . G C 1475.75 PASS AF=0.989474;AO=94;DP=95;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0237333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3643;QD=62.1367;RBI=0.0343787;REFB=-0.0998593;REVB=-0.0248723;RO=1;SAF=60;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00783785;STB=0.504131;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00152229;OID=.;OPOS=94326765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:1:1:94:94:0.989474:34:60:1:0:34:60:1:0 chr11 94337220 . C T 1025.88 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.391;QD=59.4716;RBI=0.0166106;REFB=0;REVB=0.00305884;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54998e-05;OID=.;OPOS=94337220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:38:30:0:0:39:30:0:0 chr11 94533373 . C T 128.94 PASS AF=0.131004;AO=30;DP=232;FAO=30;FDP=229;FR=.;FRO=199;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=106;FSRR=93;FWDB=-0.00731788;FXX=0.0171666;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.375;QD=2.25218;RBI=0.0101278;REFB=-0.00181161;REVB=-0.00700145;RO=186;SAF=16;SAR=14;SRF=99;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.001373;STB=0.500584;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0123957;OID=.;OPOS=94533373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:229:186:199:30:30:0.131004:14:16:99:87:14:16:106:93 chr11 94602414 . C T 93.37 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0214493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.452;QD=19.6576;RBI=0.0305561;REFB=-0.0272565;REVB=0.0217623;RO=8;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276816;STB=0.659488;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0106059;OID=.;OPOS=94602414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:19:19:8:8:11:11:0.578947:8:3:5:3:8:3:5:3 chr11 94699507 . A AT,T 1382.5 PASS AF=0.989474,0.0105263;AO=81,5;DP=95;FAO=94,1;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=45,0;FSAR=49,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0579443,-0.00905927;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=24.5163,239.435;QD=58.2104;RBI=0.12082,0.0186545;REFB=0,0;REVB=0.106019,-0.0163071;RO=7;SAF=36,4;SAR=45,1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0192622,0.260267;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00338218,0.105845;OID=.,.;OPOS=94699508,94699507;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:95:95:7:0:81,5:94,1:0.989474,0.0105263:45,1:36,4:4:3:49,1:45,0:0:0 chr11 94731759 . G A 632.56 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.316;QD=61.7136;RBI=0.040129;REFB=0;REVB=0.0369233;RO=0;SAF=28;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342294;OID=.;OPOS=94731759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:12:28:0:0:13:28:0:0 chr11 94758838 . C T 1078.86 PASS AF=0.9375;AO=75;DP=80;FAO=75;FDP=80;FR=.;FRO=5;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00934333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.101;QD=53.943;RBI=0.0304411;REFB=-0.0284877;REVB=0.0289717;RO=5;SAF=45;SAR=30;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00588511;OID=.;OPOS=94758838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:80:80:5:5:75:75:0.9375:30:45:3:2:30:45:3:2 chr11 94800902 . G GC 1243.82 PASS AF=1;AO=105;DP=113;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0926872;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.4085;QD=44.422;RBI=0.0953402;REFB=0;REVB=0.0223344;RO=5;SAF=55;SAR=50;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00658027;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000827826;OID=.;OPOS=94800903;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:105:113:112:112:0:59:53:0:0:24:5:55:50:3:2 chr11 94906286 . A C 96.0 PASS AF=0.647059;AO=4;DP=13;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.000540966;FXX=0;HRUN=13;LEN=1;MLLD=158.908;QD=22.5893;RBI=0.000561737;REFB=-0.055552;REVB=0.000151342;RO=0;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.844314;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.000936014;OID=.;OPOS=94906286;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:13:17:0:6:4:11:0.647059:4:0:0:0:10:1:5:1 chr11 95502128 . G C 391.82 PASS AF=0.794872;AO=23;DP=38;FAO=31;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0194933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.445;QD=40.1865;RBI=0.027574;REFB=0.00707731;REVB=0.0195022;RO=8;SAF=9;SAR=14;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530421;STB=0.540414;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.00695144;OID=.;OPOS=95502128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:38:39:8:8:23:31:0.794872:14:9:4:4:21:10:4:4 chr11 95512060 . A G 965.09 PASS AF=0.818182;AO=72;DP=90;FAO=72;FDP=88;FR=.;FRO=16;FSAF=45;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0467793;FXX=0.0222198;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5735;QD=43.8676;RBI=0.0512083;REFB=-0.0140081;REVB=0.0208323;RO=15;SAF=45;SAR=27;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037777;STB=0.512192;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.00394717;OID=.;OPOS=95512060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:90:88:15:16:72:72:0.818182:27:45:11:4:27:45:11:5 chr11 95521648 . A G 842.66 PASS AF=0.888889;AO=63;DP=72;FAO=64;FDP=72;FR=.;FRO=8;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0546676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8311;QD=46.8146;RBI=0.0757625;REFB=-0.0570342;REVB=0.0524539;RO=9;SAF=35;SAR=28;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263287;STB=0.521046;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0190894;OID=.;OPOS=95521648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:72:72:9:8:63:64:0.888889:28:35:4:5:28:36:3:5 chr11 95528714 . C T 594.78 PASS AF=0.803279;AO=49;DP=61;FAO=49;FDP=61;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0106133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.406;QD=39.0022;RBI=0.0106199;REFB=0.0188729;REVB=-0.00037422;RO=12;SAF=15;SAR=34;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618549;STB=0.533105;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=-0.00569971;OID=.;OPOS=95528714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:61:61:12:12:49:49:0.803279:34:15:2:10:34:15:2:10 chr11 95564259 . A G 420.38 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0567611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3771;QD=49.4561;RBI=0.0786784;REFB=-0.0568664;REVB=-0.0544837;RO=3;SAF=16;SAR=15;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024758;STB=0.513299;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00612416;OID=.;OPOS=95564259;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:34:3:3:31:31:0.911765:15:16:2:1:15:16:2:1 chr11 95580926 . G A 1248.11 PASS AF=0.827586;AO=96;DP=116;FAO=96;FDP=116;FR=.;FRO=20;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.000646874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=314.875;QD=43.0383;RBI=0.0136955;REFB=-0.0148328;REVB=-0.0136802;RO=20;SAF=47;SAR=49;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681733;STB=0.536232;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0027282;OID=.;OPOS=95580926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:20:20:96:96:0.827586:49:47:14:6:49:47:14:6 chr11 95657111 . T G 556.89 PASS AF=0.79661;AO=46;DP=59;FAO=47;FDP=59;FR=.;FRO=12;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.043113;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0431;QD=37.755;RBI=0.043269;REFB=-0.102773;REVB=-0.00367159;RO=12;SAF=20;SAR=26;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732008;STB=0.536897;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0195105;OID=.;OPOS=95657111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:59:59:12:12:46:47:0.79661:26:20:3:9:27:20:3:9 chr11 95712897 . G T 127.23 PASS AF=0.136585;AO=28;DP=205;FAO=28;FDP=205;FR=.;FRO=177;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=77;FSRR=100;FWDB=-0.0185608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.694;QD=2.48262;RBI=0.0201981;REFB=-0.00270114;REVB=-0.00796598;RO=177;SAF=9;SAR=19;SRF=77;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15146;STB=0.60399;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0159782;OID=.;OPOS=95712897;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:205:205:177:177:28:28:0.136585:19:9:77:100:19:9:77:100 chr11 95713024 . G A 130.52 PASS AF=0.162338;AO=25;DP=155;FAO=25;FDP=154;FR=.;FRO=129;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=60;FSRR=69;FWDB=-0.0294437;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.547;QD=3.39022;RBI=0.0327111;REFB=-0.00934754;REVB=-0.0142508;RO=128;SAF=4;SAR=21;SRF=59;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426297;STB=0.788479;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0527881;OID=.;OPOS=95713024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:128:129:25:25:0.162338:21:4:59:69:21:4:60:69 chr11 95825383 . C T 94.47 PASS AF=0.5;AO=12;DP=23;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0133307;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.568;QD=17.1757;RBI=0.118117;REFB=-0.0948887;REVB=0.117362;RO=11;SAF=1;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.551328;STB=0.822802;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0684322;OID=.;OPOS=95825383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:22:11:11:12:11:0.5:11:1:6:5:10:1:6:5 chr11 96125435 . CTT CTC,C 1150.26 PASS AF=0.0510204,0.806122;AO=5,79;DP=99;FAO=5,79;FDP=98;FR=.;FRO=14;FSAF=0,32;FSAR=5,47;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.00452455,-0.0385069;FXX=0.0101;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=239.595,40.7001;QD=46.9493;RBI=0.0188717,0.0404033;REFB=0.00465436,0.00581429;REVB=-0.0183213,0.0122329;RO=12;SAF=0,32;SAR=5,47;SRF=2;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.650907,0.0622128;STB=0.996405,0.541585;STBP=0.237,0.061;TYPE=snp,del;VARB=-0.0168759,-0.00385995;OID=.,.;OPOS=96125437,96125436;OREF=T,TT;OALT=C,-;OMAPALT=CTC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0510204,0.806122:5,79:99:5,79:98:14:0,32:5,47:2:12:69:12:0,32:5,47:2:10 chr11 96126361 . A G 571.05 PASS AF=0.851852;AO=46;DP=54;FAO=46;FDP=54;FR=.;FRO=8;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0248738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3038;QD=42.3001;RBI=0.0249079;REFB=-0.0670944;REVB=-0.0013035;RO=8;SAF=26;SAR=20;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884049;STB=0.547244;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00498816;OID=.;OPOS=96126361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:54:54:8:8:46:46:0.851852:20:26:7:1:20:26:7:1 chr11 97716872 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0855899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.267;QD=48.7373;RBI=0.0886689;REFB=0;REVB=0.0231633;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000578011;OID=.;OPOS=97716872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr11 98991112 . C T 31.09 PASS AF=0.0898876;AO=8;DP=89;FAO=8;FDP=89;FR=.;FRO=81;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=0.0175915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.678;QD=1.39744;RBI=0.0272677;REFB=0.000394448;REVB=-0.0208342;RO=81;SAF=2;SAR=6;SRF=34;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207476;STB=0.670353;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.00388932;OID=.;OPOS=98991112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:89:89:81:81:8:8:0.0898876:6:2:34:47:6:2:34:47 chr11 100226883 . T A 72.96 PASS AF=0.121429;AO=17;DP=140;FAO=17;FDP=140;FR=.;FRO=123;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=48;FSRR=75;FWDB=-0.00230065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.541;QD=2.08449;RBI=0.0213854;REFB=-0.00270946;REVB=-0.0212613;RO=123;SAF=13;SAR=4;SRF=48;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443561;STB=0.807692;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0220051;OID=.;OPOS=100226883;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:140:140:123:123:17:17:0.121429:4:13:48:75:4:13:48:75 chr11 100512794 . G A 794.99 PASS AF=0.735632;AO=63;DP=86;FAO=64;FDP=87;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0130004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0452;QD=36.5515;RBI=0.0634609;REFB=0.0137322;REVB=0.062115;RO=22;SAF=23;SAR=40;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458466;STB=0.533476;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00588211;OID=.;OPOS=100512794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:22:23:63:64:0.735632:40:23:10:12:41:23:11:12 chr11 100814570 . A G 1842.6 PASS AF=1;AO=118;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=75;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019103;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.461;QD=61.4198;RBI=0.0193102;REFB=0;REVB=-0.00282098;RO=0;SAF=44;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22492e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19146e-05;OID=.;OPOS=100814570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:118:120:1:74:44:0:0:75:45:0:0 chr11 100846936 . A G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.611;QD=57.68;RBI=0.0179872;REFB=0;REVB=0.00314306;RO=0;SAF=23;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39343e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103054;OID=.;OPOS=100846936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:8:23:0:0:8:23:0:0 chr11 100847050 . A G 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.876;QD=54.5142;RBI=0.0462361;REFB=0;REVB=-0.00117109;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024017;OID=.;OPOS=100847050;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr11 100847069 . G A 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00995566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.835;QD=52.6113;RBI=0.0499361;REFB=0;REVB=0.0489337;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369145;OID=.;OPOS=100847069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr11 100859439 . G A 669.77 PASS AF=0.918367;AO=45;DP=49;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0173458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.877;QD=54.6749;RBI=0.0206781;REFB=0.0013103;REVB=0.0112565;RO=4;SAF=25;SAR=20;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0085961;STB=0.504585;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-8.68463e-05;OID=.;OPOS=100859439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:49:49:4:4:45:45:0.918367:20:25:2:2:20:25:2:2 chr11 100863096 . A G 921.79 PASS AF=0.929577;AO=66;DP=71;FAO=66;FDP=71;FR=.;FRO=5;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00784081;FXX=0.013887;HRUN=5;LEN=1;MLLD=164.7;QD=51.9319;RBI=0.0228598;REFB=-0.00915456;REVB=0.0214731;RO=5;SAF=31;SAR=35;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173392;STB=0.510306;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.000420229;OID=.;OPOS=100863096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:71:71:5:5:66:66:0.929577:35:31:3:2:36:30:3:2 chr11 100863354 . C A 1587.48 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00273644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2015;QD=64.1408;RBI=0.0156986;REFB=0;REVB=-0.0154583;RO=0;SAF=41;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.15148e-05;OID=.;OPOS=100863354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:58:41:0:0:58:41:0:0 chr11 100864367 . G A 1589.83 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.278;QD=59.9937;RBI=0.023667;REFB=0;REVB=0.0161314;RO=0;SAF=32;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48461e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.98806e-05;OID=.;OPOS=100864367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:73:32:0:0:73:33:0:0 chr11 100909991 . T C 772.72 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.018628;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.991;QD=55.1941;RBI=0.0225001;REFB=-0.00177429;REVB=0.0126196;RO=1;SAF=26;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177852;STB=0.509431;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=9.95576e-05;OID=.;OPOS=100909991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:29:26:1:0:29:26:1:0 chr11 100921665 . C A 3021.23 PASS AF=0.994792;AO=176;DP=177;FAO=191;FDP=192;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=117;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0293047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.652;QD=62.9422;RBI=0.0346589;REFB=-0.0322865;REVB=0.018506;RO=1;SAF=66;SAR=110;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00430819;STB=0.502127;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000179805;OID=.;OPOS=100921665;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:177:192:1:1:176:191:0.994792:110:66:0:1:117:74:0:1 chr11 101771248 . G A 805.0 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.895;QD=64.3996;RBI=0.0286916;REFB=0;REVB=0.0255498;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85734e-05;OID=.;OPOS=101771248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr11 101826949 . T C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.971;QD=58.5862;RBI=0.027838;REFB=0;REVB=0.00696519;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113625;OID=.;OPOS=101826949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr11 101832478 . G T 74.19 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6321;QD=37.0943;RBI=0.0615855;REFB=0;REVB=-0.0199047;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00327544;OID=.;OPOS=101832478;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:2:5:0:0:3:5:0:0 chr11 101832590 . C A 162.41 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0453744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.644;QD=38.2134;RBI=0.0559046;REFB=-0.138032;REVB=0.0326572;RO=2;SAF=8;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101074;STB=0.555483;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00455548;OID=.;OPOS=101832590;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:15:15:0.882353:7:8:2:0:7:8:2:0 chr11 101832607 . A AC 146.13 PASS AF=0.882353;AO=2;DP=19;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0762599;FXX=0.105208;HRUN=0;LEN=1;MLLD=184.028;QD=34.3843;RBI=0.0764757;REFB=0.0266435;REVB=-0.00574202;RO=15;SAF=2;SAR=0;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.554201;STB=0.562417;STBP=0.244;TYPE=ins;VARB=-0.00684387;OID=.;OPOS=101832608;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.882353:2:19:15:17:2:7:8:2:0:11:15:2:0:7:8 chr11 101832608 . T C 143.95 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0386705;FXX=0.0526039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.305;QD=31.9891;RBI=0.0386816;REFB=0.0513006;REVB=0.000922541;RO=4;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225438;STB=0.624826;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.015741;OID=.;OPOS=101832608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:4:4:14:14:0.777778:8:6:4:0:8:6:4:0 chr11 101832670 . G A 112.9 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0107465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.399;QD=28.2251;RBI=0.0110666;REFB=-0.0571862;REVB=-0.00264216;RO=4;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111553;STB=0.562397;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.017789;OID=.;OPOS=101832670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:6:6:3:1:6:6:3:1 chr11 101833644 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.001898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=283.613;QD=55.0986;RBI=0.0199893;REFB=0;REVB=0.019899;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88702e-05;OID=.;OPOS=101833644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chr11 101857758 . G A 323.1 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00472135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.535;QD=53.8492;RBI=0.0149283;REFB=0;REVB=0.014162;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027308;OID=.;OPOS=101857758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:13:10:0:0:13:11:0:0 chr11 102199611 . AT A,TT 117.71 PASS AF=0.4,0.6;AO=4,4;DP=22;FAO=8,12;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6,9;FSAR=2,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108287,0.0211426;FXX=0.130378;HRUN=10,1;LEN=1,1;MLLD=3.26557,179.194;QD=23.5411;RBI=0.115414,0.134154;REFB=-0.00353337,-0.0258194;REVB=-0.0399296,0.132477;RO=4;SAF=4,4;SAR=0,0;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.755207,0.755207;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0183408,0.0104402;OID=.,.;OPOS=102199612,102199611;OREF=T,A;OALT=-,T;OMAPALT=A,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:46:22:20:4:0:4,4:8,12:0.4,0.6:0,0:4,4:1:3:2,3:6,9:0:0 chr11 102272884 . C T 2123.53 PASS AF=0.904192;AO=150;DP=167;FAO=151;FDP=167;FR=.;FRO=16;FSAF=55;FSAR=96;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0369613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.226;QD=50.863;RBI=0.0464499;REFB=-0.03992;REVB=0.0281328;RO=16;SAF=55;SAR=95;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380636;STB=0.520278;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00294922;OID=.;OPOS=102272884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:167:167:16:16:150:151:0.904192:95:55:9:7:96:55:9:7 chr11 102398593 . C T 149.96 PASS AF=0.177632;AO=27;DP=153;FAO=27;FDP=152;FR=.;FRO=125;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=64;FSRR=61;FWDB=-0.0126301;FXX=0.0129862;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8375;QD=3.94639;RBI=0.0558414;REFB=-0.00320287;REVB=-0.0543943;RO=119;SAF=14;SAR=13;SRF=60;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182979;STB=0.505362;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.011178;OID=.;OPOS=102398593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:152:119:125:27:27:0.177632:13:14:60:59:13:14:64:61 chr11 102477377 . G T 720.77 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.142794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4679;QD=56.5311;RBI=0.156069;REFB=0;REVB=0.0629877;RO=0;SAF=11;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143372;OID=.;OPOS=102477377;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:38:11:0:0:38:13:0:0 chr11 102477395 . A G 656.12 PASS AF=0.956522;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.048308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.054;QD=57.0535;RBI=0.0487267;REFB=-0.1776;REVB=0.00637409;RO=2;SAF=9;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935087;STB=0.549976;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0018671;OID=.;OPOS=102477395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:45:46:2:2:43:44:0.956522:34:9:2:0:35:9:2:0 chr11 102495998 . T G 896.07 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0627943;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0007;QD=57.8112;RBI=0.0787984;REFB=0;REVB=-0.0476033;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000360548;OID=.;OPOS=102495998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:31:30:0:0:32:30:0:0 chr11 102563739 . C T 1923.28 PASS AF=0.962406;AO=126;DP=131;FAO=128;FDP=133;FR=.;FRO=5;FSAF=60;FSAR=68;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.000954495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.2384;QD=57.8429;RBI=0.0239457;REFB=0.0435407;REVB=-0.0239266;RO=5;SAF=58;SAR=68;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101742;STB=0.50495;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.000689616;OID=.;OPOS=102563739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:131:133:5:5:126:128:0.962406:68:58:3:2:68:60:3:2 chr11 102567207 . T A 715.3 PASS AF=0.94;AO=46;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0118706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.101;QD=57.2238;RBI=0.0438596;REFB=-0.00284537;REVB=0.0422226;RO=3;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654464;STB=0.533319;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=5.87558e-05;OID=.;OPOS=102567207;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:50:50:3:3:46:47:0.94:20:26:0:3:21:26:0:3 chr11 102576358 . T C 1206.39 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.889;QD=61.0832;RBI=0.0446313;REFB=0;REVB=0.0431795;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.01159e-05;OID=.;OPOS=102576358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:35:44:0:0:35:44:0:0 chr11 102576375 . G A 31.07 PASS AF=0.0898876;AO=8;DP=89;FAO=8;FDP=89;FR=.;FRO=81;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.00541904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9481;QD=1.39642;RBI=0.0399712;REFB=-0.00021996;REVB=-0.0396021;RO=80;SAF=5;SAR=3;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128757;STB=0.598043;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000668566;OID=.;OPOS=102576375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:89:89:80:81:8:8:0.0898876:3:5:41:39:3:5:42:39 chr11 102587062 . G A 43.14 PASS AF=0.125;AO=9;DP=72;FAO=9;FDP=72;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=-0.0208621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2787;QD=2.39686;RBI=0.0211927;REFB=-0.00200521;REVB=0.00372886;RO=63;SAF=8;SAR=1;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.54634;STB=0.893404;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0122508;OID=.;OPOS=102587062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:72:72:63:63:9:9:0.125:1:8:27:36:1:8:27:36 chr11 102593248 . T C 1489.84 PASS AF=0.817518;AO=112;DP=137;FAO=112;FDP=137;FR=.;FRO=25;FSAF=60;FSAR=52;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0254665;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.2152;QD=43.499;RBI=0.068762;REFB=0.00909357;REVB=-0.0638723;RO=23;SAF=60;SAR=52;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185;STB=0.510202;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=-0.00278984;OID=.;OPOS=102593248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:23:25:112:112:0.817518:52:60:11:12:52:60:12:13 chr11 102595492 . G A 563.4 PASS AF=0.851852;AO=44;DP=55;FAO=46;FDP=54;FR=.;FRO=8;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.000159368;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.559;QD=41.7336;RBI=0.0171824;REFB=-0.00911874;REVB=-0.0171817;RO=8;SAF=26;SAR=18;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991956;STB=0.550549;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.000838677;OID=.;OPOS=102595492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:55:54:8:8:44:46:0.851852:18:26:2:6:19:27:2:6 chr11 102666316 . T C 805.01 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.797;QD=64.4007;RBI=0.0269726;REFB=0;REVB=0.0121636;RO=0;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143178;OID=.;OPOS=102666316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:30:20:0:0:30:20:0:0 chr11 102709425 . A G 1158.66 PASS AF=0.873684;AO=78;DP=91;FAO=83;FDP=95;FR=.;FRO=12;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0893418;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.18;QD=48.7857;RBI=0.0953788;REFB=-0.0647552;REVB=0.0333941;RO=12;SAF=32;SAR=46;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200238;STB=0.509998;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0110641;OID=.;OPOS=102709425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:91:95:12:12:78:83:0.873684:46:32:4:8:49:34:4:8 chr11 102713465 . A G 1241.57 PASS AF=0.913978;AO=84;DP=92;FAO=85;FDP=93;FR=.;FRO=8;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0151952;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.172;QD=53.4009;RBI=0.0152044;REFB=-0.0351869;REVB=-0.000529162;RO=8;SAF=38;SAR=46;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0695134;STB=0.53693;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00159731;OID=.;OPOS=102713465;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:92:93:8:8:84:85:0.913978:46:38:7:1:47:38:7:1 chr11 102713620 . T C 685.92 PASS AF=0.92;AO=46;DP=50;FAO=46;FDP=50;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.000196427;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=61.3809;QD=54.8735;RBI=0.00303235;REFB=-0.0557938;REVB=0.00302598;RO=2;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408345;STB=0.52173;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0104041;OID=.;OPOS=102713620;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:50:50:2:4:46:46:0.92:22:24:0:2:22:24:1:3 chr11 102738793 . G GT,GTT 707.55 PASS AF=0,1;AO=60,8;DP=76;FAO=0,70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=0,27;FSAR=0,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0922889,0.0481845;FXX=0.0277739;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=11.341,16.5512;QD=40.4311;RBI=0.131544,0.0679646;REFB=0,0;REVB=-0.0937374,-0.0479316;RO=8;SAF=24,3;SAR=36,5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0228971,-0.108737;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.0034362;OID=.,.;OPOS=102738794,102738794;OREF=-,-;OALT=T,TT;OMAPALT=GT,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:60,8:76:0,70:70:0:0,27:0,43:0:0:14:8:24,3:36,5:4:4 chr11 102738795 . G T 1045.92 PASS AF=0.986111;AO=67;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0249346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5815;QD=58.1067;RBI=0.0506614;REFB=-0.0149975;REVB=-0.0441004;RO=3;SAF=24;SAR=43;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554775;STB=0.509431;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.000202506;OID=.;OPOS=102738795;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:3:1:67:71:0.986111:43:24:3:0:45:26:1:0 chr11 102962832 . G C 1176.93 PASS AF=0.858491;AO=89;DP=105;FAO=91;FDP=106;FR=.;FRO=15;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00963187;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.442;QD=44.4125;RBI=0.0228419;REFB=-0.0481396;REVB=0.0207118;RO=14;SAF=42;SAR=47;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00721161;STB=0.507052;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00811819;OID=.;OPOS=102962832;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:105:106:14:15:89:91:0.858491:47:42:7:7:47:44:8:7 chr11 103029516 . A G 59.77 PASS AF=0.141176;AO=12;DP=85;FAO=12;FDP=85;FR=.;FRO=73;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.00818144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.019;QD=2.81286;RBI=0.00842432;REFB=-0.00471181;REVB=-0.00200826;RO=73;SAF=6;SAR=6;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935814;STB=0.5646;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0306141;OID=.;OPOS=103029516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:85:85:73:73:12:12:0.141176:6:6:31:42:6:6:31:42 chr11 103047007 . C A 118.86 PASS AF=0.157534;AO=23;DP=146;FAO=23;FDP=146;FR=.;FRO=123;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=63;FSRR=60;FWDB=-0.00566931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.351;QD=3.25636;RBI=0.010106;REFB=0.0100756;REVB=-0.00836606;RO=120;SAF=8;SAR=15;SRF=61;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206098;STB=0.639517;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0555544;OID=.;OPOS=103047007;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:120:123:23:23:0.157534:15:8:61:59:15:8:63:60 chr11 103057048 . A G 105.9 PASS AF=0.132597;AO=24;DP=182;FAO=24;FDP=181;FR=.;FRO=157;FSAF=21;FSAR=3;FSRF=92;FSRR=65;FWDB=-0.0054899;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.15;QD=2.34037;RBI=0.00677417;REFB=-0.00108743;REVB=0.00396867;RO=156;SAF=21;SAR=3;SRF=92;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426671;STB=0.807854;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00654147;OID=.;OPOS=103057048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:156:157:24:24:0.132597:3:21:92:64:3:21:92:65 chr11 103058126 . C T 128.18 PASS AF=0.260274;AO=18;DP=73;FAO=19;FDP=73;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=-0.0309652;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.543;QD=7.02355;RBI=0.0323744;REFB=-0.0118863;REVB=0.00944765;RO=53;SAF=8;SAR=10;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215261;STB=0.650553;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0286647;OID=.;OPOS=103058126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:53:54:18:19:0.260274:10:8:33:20:11:8:34:20 chr11 103082590 . G A 48.78 PASS AF=0.0809524;AO=16;DP=209;FAO=17;FDP=210;FR=.;FRO=193;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=87;FSRR=106;FWDB=-0.0325568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.899;QD=0.929212;RBI=0.0333046;REFB=-0.00181692;REVB=-0.00701784;RO=193;SAF=11;SAR=5;SRF=87;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.262459;STB=0.67672;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0239476;OID=.;OPOS=103082590;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:209:210:193:193:16:17:0.0809524:5:11:87:106:6:11:87:106 chr11 103158278 . C T 74.05 PASS AF=0.183099;AO=13;DP=71;FAO=13;FDP=71;FR=.;FRO=58;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.00294092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4544;QD=4.17209;RBI=0.0511076;REFB=0.00392646;REVB=-0.0510229;RO=58;SAF=10;SAR=3;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402564;STB=0.763783;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.0290313;OID=.;OPOS=103158278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:71:71:58:58:13:13:0.183099:3:10:26:32:3:10:26:32 chr11 103229027 . T C 531.55 PASS AF=0.843137;AO=42;DP=52;FAO=43;FDP=51;FR=.;FRO=8;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.000656971;FXX=0.0377287;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7951;QD=41.69;RBI=0.00310626;REFB=0.0106915;REVB=0.003036;RO=8;SAF=23;SAR=19;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516643;STB=0.525102;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.00160795;OID=.;OPOS=103229027;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:52:51:8:8:42:43:0.843137:19:23:3:5:20:23:3:5 chr11 103275028 . C CT 390.43 PASS AF=1;AO=9;DP=75;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021839;FXX=0.0563301;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.62289;QD=23.3095;RBI=0.0292595;REFB=0.0554312;REVB=-0.0194724;RO=65;SAF=3;SAR=6;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855099;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00998201;OID=.;OPOS=103275029;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:75:67:67:0:29:38:0:0:5:65:3:6:26:39 chr11 103275034 . G T 981.57 PASS AF=1;AO=55;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00661165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=30.465;QD=56.9026;RBI=0.0624184;REFB=0;REVB=0.0620673;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0026321;OID=.;OPOS=103275034;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:69:0:0:55:69:1:29:26:0:0:38:31:0:0 chr11 103277984 . G T 753.58 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.2665;QD=56.874;RBI=0.0653092;REFB=0;REVB=0.0541063;RO=0;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022884;OID=.;OPOS=103277984;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:36:17:0:0:36:17:0:0 chr11 103278048 . G C 34.4 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=63;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.0301285;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.477;QD=2.21938;RBI=0.0513949;REFB=-0.00395817;REVB=-0.0416378;RO=54;SAF=4;SAR=3;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2345;STB=0.66324;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0314605;OID=.;OPOS=103278048;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:63:62:54:55:7:7:0.112903:3:4:20:34:3:4:21:34 chr11 103278082 . AC A,AG 769.58 PASS AF=0.102041,0.897959;AO=13,36;DP=49;FAO=5,44;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=1,14;FSAR=4,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267003,0.0266403;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=122.858,132.424;QD=62.8224;RBI=0.0341636,0.0533862;REFB=0,0;REVB=0.0213131,0.0462643;RO=0;SAF=3,12;SAR=10,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00262244,0.00894218;OID=.,.;OPOS=103278083,103278083;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.102041,0.897959:13,36:49:5,44:49:0:1,14:4,30:0:0:12:0:3,12:10,24:0:0 chr11 103278129 . C CTCTA 370.96 PASS AF=0.931034;AO=26;DP=33;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0212764;FXX=0.121175;HRUN=2;LEN=4;MLLD=297.495;QD=51.1662;RBI=0.0215168;REFB=0.0344049;REVB=0.00320762;RO=3;SAF=5;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042154;STB=0.534386;STBP=0.339;TYPE=ins;VARB=-0.00150833;OID=.;OPOS=103278130;OREF=-;OALT=TCTA;OMAPALT=CTCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.931034:26:33:27:29:2:5:22:1:1:10:3:5:21:1:2 chr11 103279098 . C T 1556.06 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4603;QD=59.8485;RBI=0.0392816;REFB=0;REVB=-0.0361265;RO=0;SAF=53;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.95161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000225779;OID=.;OPOS=103279098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:50:53:0:0:50:54:0:0 chr11 103778154 . C T 1614.54 PASS AF=0.826667;AO=123;DP=149;FAO=124;FDP=150;FR=.;FRO=26;FSAF=52;FSAR=72;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0101232;FXX=0.013157;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.053;QD=43.0544;RBI=0.0115125;REFB=-0.0160494;REVB=0.00548257;RO=26;SAF=52;SAR=71;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390162;STB=0.519997;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00333109;OID=.;OPOS=103778154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:26:26:123:124:0.826667:71:52:8:18:72:52:8:18 chr11 103780455 . A G 1007.68 PASS AF=0.860465;AO=73;DP=85;FAO=74;FDP=86;FR=.;FRO=12;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0719363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8888;QD=46.869;RBI=0.0772037;REFB=0.0174004;REVB=0.0280282;RO=12;SAF=39;SAR=34;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312751;STB=0.515414;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=-0.00205761;OID=.;OPOS=103780455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:85:86:12:12:73:74:0.860465:34:39:5:7:35:39:5:7 chr11 103908968 . C T 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00601769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.478;QD=3.5401;RBI=0.0169222;REFB=-0.00317025;REVB=-0.0158161;RO=31;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218433;STB=0.666112;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0207538;OID=.;OPOS=103908968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:31:32:6:6:0.157895:2:4:15:16:2:4:15:17 chr11 103909897 . A G 54.47 PASS AF=0.275862;AO=9;DP=30;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.058969;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.26;QD=7.51336;RBI=0.0596228;REFB=-0.0146956;REVB=0.00880581;RO=21;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142856;STB=0.640677;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0254746;OID=.;OPOS=103909897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:30:29:21:21:9:8:0.275862:5:4:12:9:5:3:12:9 chr11 104758035 . G A 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00273603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2824;QD=61.6819;RBI=0.0344428;REFB=0;REVB=0.034334;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341902;OID=.;OPOS=104758035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr11 104761100 . T C 594.64 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.488;QD=60.9886;RBI=0.0641094;REFB=0;REVB=0.0610883;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247278;OID=.;OPOS=104761100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:15:23:0:0:16:23:0:0 chr11 104761206 . C T 871.45 PASS AF=0.984375;AO=61;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0324265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9495;QD=54.4656;RBI=0.0383189;REFB=0.0418067;REVB=-0.0204172;RO=3;SAF=34;SAR=27;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398444;STB=0.506847;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.000361279;OID=.;OPOS=104761206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:64:64:3:1:61:63:0.984375:27:34:3:0:27:36:1:0 chr11 104763117 . G A 1620.75 PASS AF=0.990909;AO=108;DP=110;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0185032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.704;QD=58.9365;RBI=0.0269909;REFB=0.0448817;REVB=0.0196505;RO=1;SAF=50;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939877;STB=0.504853;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-5.22064e-05;OID=.;OPOS=104763117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:110:1:1:108:109:0.990909:58:50:1:0:58:51:1:0 chr11 104763716 . A G 1432.89 PASS AF=0.96875;AO=93;DP=96;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0208109;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.855;QD=59.7037;RBI=0.0210107;REFB=-0.135665;REVB=0.00289064;RO=1;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00998082;STB=0.515461;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.000526102;OID=.;OPOS=104763716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:96:96:1:3:93:93:0.96875:47:46:0:1:47:46:0:3 chr11 104768000 . G A,T 988.41 PASS AF=0.9,0.1;AO=61,7;DP=68;FAO=63,7;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=17,4;FSAR=46,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00578468,0.00882526;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=63.5387,28.2953;QD=56.4804;RBI=0.0643024,0.0116779;REFB=0,0;REVB=0.0640416,-0.00764768;RO=0;SAF=17,4;SAR=44,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-6.89926e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00123708,0.0920699;OID=.,.;OPOS=104768000,104768000;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:28:68:70:0:0:61,7:63,7:0.9,0.1:44,3:17,4:0:0:46,3:17,4:0:0 chr11 104768098 . T C 1215.85 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0102781;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3345;QD=60.0418;RBI=0.026097;REFB=-0.0627116;REVB=0.0239878;RO=1;SAF=25;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00853178;STB=0.504503;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00022639;OID=.;OPOS=104768098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:81:1:1:80:80:0.987654:55:25:0:1:55:25:0:1 chr11 104819327 . T C 1324.74 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00840813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.886;QD=60.9075;RBI=0.0125508;REFB=0;REVB=-0.00931806;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137092;OID=.;OPOS=104819327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:87:0:0:85:87:1:43:42:0:0:44:43:0:0 chr11 104839222 . A G 801.27 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.629;QD=57.2337;RBI=0.0196547;REFB=0;REVB=0.0032641;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.53978e-05;OID=.;OPOS=104839222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr11 104869708 . G C 1454.02 PASS AF=0.99;AO=97;DP=101;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0023688;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.823;QD=58.1608;RBI=0.00689865;REFB=0.00338665;REVB=0.00647921;RO=0;SAF=53;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=5.22226e-05;OID=.;OPOS=104869708;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:100:0:1:97:99:0.99:44:53:0:0:44:55:0:1 chr11 104874009 . GAT GA,TGA 38.28 PASS AF=0.481481,0;AO=8,2;DP=30;FAO=13,0;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6,0;FSAR=7,0;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.000559807,-0.0187552;FXX=0.128991;HRUN=8,1;LEN=1,3;MLLD=7.41194,17.2445;QD=5.67039;RBI=0.0161039,0.0187574;REFB=-0.094116,-0.0435554;REVB=0.0160942,0.000286455;RO=12;SAF=3,2;SAR=5,0;SRF=3;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.139534,0.671794;STB=0.592887,0.5;STBP=0.374,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.101714,0;OID=.,.;OPOS=104874011,104874009;OREF=T,GAT;OALT=-,TGA;OMAPALT=GA,TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:30:27:12:14:8,2:13,0:0.481481,0:5,0:3,2:3:9:7,0:6,0:4:10 chr11 104877927 . T C 59.9 PASS AF=0.109489;AO=15;DP=136;FAO=15;FDP=137;FR=.;FRO=122;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=65;FSRR=57;FWDB=-0.0108784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.39;QD=1.74889;RBI=0.022653;REFB=-0.00271213;REVB=0.01987;RO=121;SAF=7;SAR=8;SRF=65;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854373;STB=0.558603;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0205313;OID=.;OPOS=104877927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:136:137:121:122:15:15:0.109489:8:7:65:56:8:7:65:57 chr11 105223502 . T C 50.57 PASS AF=0.122222;AO=11;DP=90;FAO=11;FDP=90;FR=.;FRO=79;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.0266798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0144;QD=2.24736;RBI=0.0337387;REFB=-0.00223912;REVB=-0.0206515;RO=79;SAF=9;SAR=2;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429114;STB=0.810902;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0164637;OID=.;OPOS=105223502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:90:90:79:79:11:11:0.122222:2:9:37:42:2:9:37:42 chr11 105782654 . C T 3102.98 PASS AF=0.863118;AO=226;DP=263;FAO=227;FDP=263;FR=.;FRO=36;FSAF=112;FSAR=115;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.020825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.645;QD=47.1936;RBI=0.0247762;REFB=-0.0236188;REVB=0.0134231;RO=34;SAF=111;SAR=115;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415687;STB=0.521924;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00268472;OID=.;OPOS=105782654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:263:263:34:36:226:227:0.863118:115:111:11:23:115:112:12:24 chr11 105852683 . AC A 866.96 PASS AF=0.747368;AO=71;DP=97;FAO=71;FDP=95;FR=.;FRO=24;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0170062;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0476;QD=36.5036;RBI=0.0280027;REFB=-0.0408807;REVB=-0.0222472;RO=24;SAF=34;SAR=37;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491605;STB=0.52634;STBP=0.383;TYPE=del;VARB=0.015798;OID=.;OPOS=105852684;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.747368:71:97:71:95:24:34:37:9:15:99:24:34:37:9:15 chr11 106647222 . G A 64.38 PASS AF=0.173913;AO=11;DP=67;FAO=12;FDP=69;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=-0.0534281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0094;QD=3.73215;RBI=0.0607349;REFB=-0.000697493;REVB=-0.0288819;RO=56;SAF=3;SAR=8;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327306;STB=0.67279;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00150297;OID=.;OPOS=106647222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:67:69:56:57:11:12:0.173913:8:3:30:26:8:4:31:26 chr11 106849400 . G A 1822.07 PASS AF=0.975806;AO=121;DP=127;FAO=121;FDP=124;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=71;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00359413;FXX=0.0236202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.508;QD=58.7765;RBI=0.0142113;REFB=-0.0711584;REVB=-0.0137493;RO=3;SAF=50;SAR=71;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00378674;STB=0.501994;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-2.45178e-05;OID=.;OPOS=106849400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:127:124:3:3:121:121:0.975806:71:50:1:2:71:50:1:2 chr11 107197640 . T C 662.87 PASS AF=0.866667;AO=52;DP=60;FAO=52;FDP=60;FR=.;FRO=8;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0193689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.328;QD=44.1913;RBI=0.0321383;REFB=0.000810439;REVB=0.025646;RO=8;SAF=25;SAR=27;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671557;STB=0.535838;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.00010282;OID=.;OPOS=107197640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:60:60:8:8:52:52:0.866667:27:25:6:2:27:25:6:2 chr11 107313745 . G C 63.03 PASS AF=0.174603;AO=11;DP=63;FAO=11;FDP=63;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0125204;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.176;QD=4.00167;RBI=0.0126917;REFB=-0.000967856;REVB=0.00207836;RO=50;SAF=5;SAR=6;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181979;STB=0.510186;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00588902;OID=.;OPOS=107313745;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:63:63:50:52:11:11:0.174603:6:5:22:28:6:5:23:29 chr11 107381765 . G A 166.83 PASS AF=0.8;AO=16;DP=20;FAO=16;FDP=20;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.000758016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.451;QD=33.3652;RBI=0.0149527;REFB=-0.0381058;REVB=-0.0149335;RO=4;SAF=5;SAR=11;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266665;STB=0.514688;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00925751;OID=.;OPOS=107381765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:20:20:4:4:16:16:0.8:11:5:1:3:11:5:1:3 chr11 107420530 . A G 577.76 PASS AF=0.854167;AO=41;DP=48;FAO=41;FDP=48;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.00926436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.913;QD=48.1462;RBI=0.0150124;REFB=-0.023825;REVB=0.0118129;RO=7;SAF=13;SAR=28;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00988554;STB=0.505298;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0052363;OID=.;OPOS=107420530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:7:7:41:41:0.854167:28:13:2:5:28:13:2:5 chr11 107578721 . C G 976.43 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0899452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.022;QD=57.4369;RBI=0.0917673;REFB=-0.0748021;REVB=0.0181961;RO=0;SAF=22;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511108;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00066492;OID=.;OPOS=107578721;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:67:67:0.985294:45:22:0:0:45:22:1:0 chr11 107917087 . A G 446.98 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0042151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7075;QD=57.6745;RBI=0.0227595;REFB=0;REVB=-0.0223658;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000370106;OID=.;OPOS=107917087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr11 108044091 . T A 454.2 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0766945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6751;QD=55.0543;RBI=0.0862509;REFB=-0.129793;REVB=0.0394612;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513505;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0104971;OID=.;OPOS=108044091;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:33:33:0:1:32:32:0.969697:18:14:0:0:18:14:0:1 chr11 108106477 . G T 516.9 PASS AF=0.77193;AO=44;DP=57;FAO=44;FDP=57;FR=.;FRO=13;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00194932;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.105;QD=36.2739;RBI=0.0141775;REFB=-0.0312227;REVB=0.0140428;RO=13;SAF=29;SAR=15;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556913;STB=0.530012;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.010671;OID=.;OPOS=108106477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:57:57:13:13:44:44:0.77193:15:29:7:6:15:29:7:6 chr11 108183167 . A G 560.75 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0899807;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.173;QD=60.6213;RBI=0.093957;REFB=0;REVB=0.0270444;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000299054;OID=.;OPOS=108183167;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr11 108380335 . T C 743.22 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00717994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.253;QD=59.4574;RBI=0.0171173;REFB=-0.167791;REVB=-0.0155387;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504346;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00152261;OID=.;OPOS=108380335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:0:2:48:48:0.96:29:19:0:0:29:19:1:1 chr11 108381247 . C T 1358.61 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.154;QD=62.465;RBI=0.0160689;REFB=0;REVB=0.0107099;RO=0;SAF=31;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00429e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.52945e-06;OID=.;OPOS=108381247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:56:31:0:0:56:31:0:0 chr11 108384207 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.133;QD=59.8385;RBI=0.0430967;REFB=0;REVB=0.030028;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186015;OID=.;OPOS=108384207;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr11 109296550 . A G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0244546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.638;QD=47.8188;RBI=0.116864;REFB=0;REVB=-0.114277;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00573991;OID=.;OPOS=109296550;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr11 109298127 . T G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.949;QD=55.656;RBI=0.0443321;REFB=0;REVB=0.0360832;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152811;OID=.;OPOS=109298127;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr11 111164651 . T C 872.42 PASS AF=0.781609;AO=66;DP=88;FAO=68;FDP=87;FR=.;FRO=19;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.00336302;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.41;QD=40.1112;RBI=0.00631995;REFB=-0.0143654;REVB=-0.00535087;RO=18;SAF=23;SAR=43;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885715;STB=0.548338;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.00386319;OID=.;OPOS=111164651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:18:19:66:68:0.781609:43:23:10:8:43:25:11:8 chr11 111167557 . A C 323.36 PASS AF=0.925926;AO=24;DP=26;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0207959;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.534;QD=47.9044;RBI=0.0405658;REFB=-0.0431351;REVB=0.0348297;RO=1;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544279;STB=0.515139;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00407742;OID=.;OPOS=111167557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:27:1:2:24:25:0.925926:8:16:0:1:8:17:1:1 chr11 111167776 . C G 531.7 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0190465;FXX=0.0263089;HRUN=5;LEN=1;MLLD=190.456;QD=57.4812;RBI=0.037578;REFB=-0.0884493;REVB=0.0323934;RO=1;SAF=14;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322556;STB=0.517232;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000415325;OID=.;OPOS=111167776;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:22:14:1:0:22:14:1:0 chr11 111167792 . T G 297.86 PASS AF=0.8125;AO=24;DP=31;FAO=26;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0465729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.2136;QD=37.2325;RBI=0.0539146;REFB=-0.0982197;REVB=0.0271617;RO=6;SAF=10;SAR=14;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316742;STB=0.517313;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.021878;OID=.;OPOS=111167792;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:31:32:6:6:24:26:0.8125:14:10:2:4:15:11:2:4 chr11 111168767 . C T 780.67 PASS AF=0.775;AO=62;DP=80;FAO=62;FDP=80;FR=.;FRO=18;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0138521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6113;QD=39.0333;RBI=0.013873;REFB=-0.00162187;REVB=-0.000761582;RO=17;SAF=32;SAR=30;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655113;STB=0.528597;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00087489;OID=.;OPOS=111168767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:17:18:62:62:0.775:30:32:6:11:30:32:7:11 chr11 111179054 . A G 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0783224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.26;QD=30.7904;RBI=0.0882327;REFB=-0.0358268;REVB=0.0406277;RO=1;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978599;STB=0.555418;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.01416;OID=.;OPOS=111179054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:4:4:0:1:4:4:0:1 chr11 111327213 . G A 271.74 PASS AF=1;AO=19;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.225;QD=51.7593;RBI=0.101765;REFB=0;REVB=0.000563461;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000673412;OID=.;OPOS=111327213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:19:21:1:14:5:0:0:14:7:0:0 chr11 111368047 . G T 734.16 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0243455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.231;QD=61.1801;RBI=0.0297484;REFB=-0.0618552;REVB=-0.0170958;RO=1;SAF=19;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024107;STB=0.512815;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00169888;OID=.;OPOS=111368047;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:28:19:1:0:28:19:1:0 chr11 111420364 . A G 1574.98 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343639;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.322;QD=64.2848;RBI=0.0455664;REFB=0;REVB=0.0299236;RO=0;SAF=35;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107284;OID=.;OPOS=111420364;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:63:35:0:0:63:35:0:0 chr11 111431656 . GAAT G 702.42 PASS AF=0.88;AO=62;DP=75;FAO=66;FDP=75;FR=.;FRO=9;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0166125;FXX=0.0740649;HRUN=2;LEN=3;MLLD=253.67;QD=37.4622;RBI=0.017263;REFB=-0.0417132;REVB=-0.00469422;RO=0;SAF=41;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99858e-08;STB=0.503936;STBP=0.855;TYPE=del;VARB=0.00669318;OID=.;OPOS=111431657;OREF=AAT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.88:62:75:66:75:9:42:24:6:3:19:0:41:21:0:0 chr11 111553893 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553704;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.93;QD=42.1801;RBI=0.0669701;REFB=0;REVB=0.0376711;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00151066;OID=.;OPOS=111553893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr11 111692019 . C G 525.4 PASS AF=0.762712;AO=45;DP=59;FAO=45;FDP=59;FR=.;FRO=14;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0741342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.067;QD=35.6204;RBI=0.0754638;REFB=-0.0178341;REVB=-0.0141032;RO=13;SAF=29;SAR=16;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177338;STB=0.588104;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0126207;OID=.;OPOS=111692019;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:59:59:13:14:45:45:0.762712:16:29:3:10:16:29:4:10 chr11 111724133 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9995;QD=53.911;RBI=0.0300219;REFB=0;REVB=-0.00810041;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000651578;OID=.;OPOS=111724133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr11 111749349 . A T 801.27 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.539;QD=57.2335;RBI=0.0193461;REFB=0;REVB=0.01392;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22003e-05;OID=.;OPOS=111749349;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr11 111784183 . T C 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.011657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.112;QD=26.6015;RBI=0.121957;REFB=-0.0384447;REVB=-0.121399;RO=2;SAF=7;SAR=1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110633;STB=0.562356;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0167587;OID=.;OPOS=111784183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:1:7:2:0:1:7:2:0 chr11 111795085 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.02;QD=45.8067;RBI=0.0310203;REFB=0;REVB=0.00550855;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000212866;OID=.;OPOS=111795085;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr11 111848531 . C T 520.64 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.174;QD=59.5018;RBI=0.118665;REFB=0;REVB=0.0372454;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115178;OID=.;OPOS=111848531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:17:16:0:0:17:18:0:0 chr11 111853106 . G GC 263.65 PASS AF=1;AO=28;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.14749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=11.6401;QD=34.0195;RBI=0.147754;REFB=0;REVB=0.00883376;RO=3;SAF=9;SAR=19;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132186;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00823347;OID=.;OPOS=111853107;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:31:31:31:0:11:20:0:0:6:3:9:19:3:0 chr11 111896324 . C T 716.38 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217369;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.769;QD=57.31;RBI=0.0387419;REFB=0;REVB=0.0320693;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.45719e-05;OID=.;OPOS=111896324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr11 111908162 . T C 715.59 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=6.28335e-05;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7396;QD=63.6076;RBI=0.0110868;REFB=0;REVB=-0.0110866;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.88688e-05;OID=.;OPOS=111908162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr11 111916647 . G A 483.27 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9301;QD=58.5786;RBI=0.0197697;REFB=0;REVB=0.000948023;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000241072;OID=.;OPOS=111916647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr11 111956989 . C A 1117.38 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.198;QD=60.3986;RBI=0.0453105;REFB=0;REVB=0.0432891;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.09781e-05;OID=.;OPOS=111956989;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:74:0:0:72:74:1:31:41:0:0:33:41:0:0 chr11 112040027 . A G 91.48 PASS AF=0.211268;AO=15;DP=70;FAO=15;FDP=71;FR=.;FRO=56;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.00543657;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.7713;QD=5.15382;RBI=0.00898839;REFB=-0.00598091;REVB=-0.00715785;RO=55;SAF=8;SAR=7;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526666;STB=0.526281;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0208555;OID=.;OPOS=112040027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:70:71:55:56:15:15:0.211268:7:8:27:28:7:8:28:28 chr11 112065434 . T C 858.65 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00292962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.338;QD=57.243;RBI=0.0107889;REFB=0;REVB=0.0103835;RO=0;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105902;OID=.;OPOS=112065434;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:30:29:0:0:30:30:0:0 chr11 112088499 . A C 1390.19 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=92;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0124649;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1502;QD=61.1072;RBI=0.113981;REFB=0.0452924;REVB=0.113297;RO=1;SAF=47;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00997727;STB=0.505153;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000171942;OID=.;OPOS=112088499;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:91:1:1:89:90:0.989011:42:47:1:0:42:48:1:0 chr11 112123095 . A G 593.4 PASS AF=0.78125;AO=49;DP=63;FAO=50;FDP=64;FR=.;FRO=14;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00683214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6456;QD=37.0873;RBI=0.0594203;REFB=0.0216977;REVB=-0.0590262;RO=14;SAF=22;SAR=27;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385521;STB=0.522718;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.00674709;OID=.;OPOS=112123095;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:63:64:14:14:49:50:0.78125:27:22:5:9:27:23:5:9 chr11 112223299 . G A 438.53 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.643;QD=56.5851;RBI=0.0321674;REFB=0;REVB=0.0137792;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401527;OID=.;OPOS=112223299;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:10:20:0:0:10:21:0:0 chr11 112832339 . GCCA GC,GCA 167.37 PASS AF=0,1;AO=2,13;DP=15;FAO=0,15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.130449,0.00223899;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=4.37896,21.5239;QD=44.6316;RBI=0.133161,0.0245462;REFB=0,0;REVB=0.0267358,-0.0244438;RO=0;SAF=2,8;SAR=0,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.60098e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,-0.00177881;OID=.,.;OPOS=112832341,112832340;OREF=CA,C;OALT=-,-;OMAPALT=GC,GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:2,13:15:0,15:15:0:0,10:0,5:0:0:4:0:2,8:0,5:0:0 chr11 112832353 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.718;QD=45.8068;RBI=0.0118141;REFB=0;REVB=-0.00546773;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.40235e-05;OID=.;OPOS=112832353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr11 112832358 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00766493;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.244;QD=45.8068;RBI=0.00905151;REFB=0;REVB=0.00481442;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.01967e-05;OID=.;OPOS=112832358;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr11 113103996 . T G 873.71 PASS AF=0.714286;AO=69;DP=98;FAO=70;FDP=98;FR=.;FRO=28;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0518931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3843;QD=35.6618;RBI=0.0524097;REFB=-0.0219354;REVB=0.00734029;RO=27;SAF=31;SAR=38;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00255488;STB=0.508233;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0297838;OID=.;OPOS=113103996;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:27:28:69:70:0.714286:38:31:12:15:38:32:12:16 chr11 113111501 . T C 137.6 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0283873;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4236;QD=39.314;RBI=0.0286406;REFB=-0.0272234;REVB=-0.00380063;RO=1;SAF=2;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17901;STB=0.599828;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00189034;OID=.;OPOS=113111501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:11:2:1:0:11:2:1:0 chr11 113113515 . G A 820.53 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0478815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.433;QD=55.6292;RBI=0.0494284;REFB=-0.0326976;REVB=0.012269;RO=1;SAF=31;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149715;STB=0.507934;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000960135;OID=.;OPOS=113113515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:1:1:57:58:0.983051:26:31:1:0:27:31:1:0 chr11 113200709 . G A 1494.92 PASS AF=0.971698;AO=103;DP=106;FAO=103;FDP=106;FR=.;FRO=3;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0255938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.73;QD=56.4121;RBI=0.0265933;REFB=-0.0315623;REVB=-0.0072222;RO=3;SAF=48;SAR=55;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251758;STB=0.513272;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=9.55798e-05;OID=.;OPOS=113200709;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:106:106:3:3:103:103:0.971698:55:48:0:3:55:48:0:3 chr11 113212553 . T C 755.07 PASS AF=0.981818;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.015161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.947;QD=54.914;RBI=0.0202505;REFB=0.0518729;REVB=-0.0134248;RO=1;SAF=36;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285241;STB=0.51428;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00159938;OID=.;OPOS=113212553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:55:1:1:52:54:0.981818:16:36:0:1:17:37:0:1 chr11 113264272 . T C 1030.39 PASS AF=0.891566;AO=73;DP=83;FAO=74;FDP=83;FR=.;FRO=9;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00173884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.007;QD=49.6576;RBI=0.0607919;REFB=-0.0223153;REVB=0.0607671;RO=9;SAF=36;SAR=37;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100697;STB=0.504562;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00277388;OID=.;OPOS=113264272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:83:83:9:9:73:74:0.891566:37:36:4:5:38:36:4:5 chr11 113264470 . A C 297.05 PASS AF=0.757576;AO=25;DP=33;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0169004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.114;QD=36.0061;RBI=0.0170168;REFB=-0.0442481;REVB=0.00198662;RO=8;SAF=11;SAR=14;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0867619;STB=0.547227;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0117897;OID=.;OPOS=113264470;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:8:8:25:25:0.757576:14:11:2:6:14:11:2:6 chr11 113266821 . G A 59.14 PASS AF=0.2;AO=8;DP=44;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.00113391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.423;QD=5.25708;RBI=0.0207212;REFB=0.000927627;REVB=0.0206902;RO=35;SAF=2;SAR=6;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550848;STB=0.551614;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=-0.00594702;OID=.;OPOS=113266821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:45:35:36:8:9:0.2:6:2:10:25:6:3:10:26 chr11 113270015 . G C 71.71 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0670359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8662;QD=7.96759;RBI=0.0681877;REFB=0.00347093;REVB=-0.0124801;RO=26;SAF=7;SAR=3;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282484;STB=0.675777;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0248574;OID=.;OPOS=113270015;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:3:7:12:14:3:7:12:14 chr11 113270374 . C T 1366.85 PASS AF=0.988764;AO=86;DP=88;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0174147;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.642;QD=61.4316;RBI=0.0857137;REFB=-0.107748;REVB=0.0839259;RO=1;SAF=54;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00869391;STB=0.504586;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0003801;OID=.;OPOS=113270374;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:88:89:1:1:86:88:0.988764:32:54:1:0:34:54:1:0 chr11 113270828 . G A 45.17 PASS AF=0.132353;AO=9;DP=70;FAO=9;FDP=68;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.00861701;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.561;QD=2.65729;RBI=0.019366;REFB=-0.002662;REVB=-0.0173433;RO=61;SAF=6;SAR=3;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.321399;STB=0.716524;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0144349;OID=.;OPOS=113270828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:70:68:61:59:9:9:0.132353:3:6:24:37:3:6:24:35 chr11 113561025 . G A 194.73 PASS AF=0.217687;AO=32;DP=147;FAO=32;FDP=147;FR=.;FRO=115;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=70;FSRR=45;FWDB=0.0139925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0993;QD=5.29884;RBI=0.0149415;REFB=-0.00580604;REVB=0.00524013;RO=114;SAF=17;SAR=15;SRF=70;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106637;STB=0.561253;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0276777;OID=.;OPOS=113561025;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:114:115:32:32:0.217687:15:17:70:44:15:17:70:45 chr11 113561054 . A G 2312.01 PASS AF=1;AO=144;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.421;QD=63.7796;RBI=0.0307813;REFB=0;REVB=0.00492325;RO=0;SAF=73;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.88412e-05;OID=.;OPOS=113561054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:144:145:1:71:73:0:0:71:74:0:0 chr11 113561057 . A G 2133.23 PASS AF=0.972414;AO=139;DP=145;FAO=141;FDP=145;FR=.;FRO=4;FSAF=71;FSAR=70;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00842259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2215;QD=58.8477;RBI=0.0124299;REFB=-0.0995909;REVB=0.00914121;RO=4;SAF=70;SAR=69;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263902;STB=0.506799;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00549886;OID=.;OPOS=113561057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:145:145:4:4:139:141:0.972414:69:70:4:0:70:71:3:1 chr11 113565252 . C T 443.38 PASS AF=0.7;AO=35;DP=50;FAO=35;FDP=50;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0419777;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=163.842;QD=35.4701;RBI=0.0745386;REFB=-0.0442816;REVB=0.0615945;RO=12;SAF=16;SAR=19;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595591;STB=0.562607;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0129926;OID=.;OPOS=113565252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:12:15:35:35:0.7:19:16:7:5:19:16:10:5 chr11 113570405 . T C 116.33 PASS AF=1;AO=9;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.471;QD=42.3032;RBI=0.113334;REFB=0;REVB=0.109555;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00224454;OID=.;OPOS=113570405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:9:11:1:8:1:0:0:10:1:0:0 chr11 113576932 . A G 444.78 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0666475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0396;QD=57.3912;RBI=0.0901561;REFB=0;REVB=0.0607144;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011986;OID=.;OPOS=113576932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr11 113670052 . T A 785.7 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00317236;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.659;QD=64.1388;RBI=0.0199443;REFB=0;REVB=0.0196904;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.263e-05;OID=.;OPOS=113670052;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr11 113679119 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4338;QD=50.4117;RBI=0.0238382;REFB=0;REVB=0.0182366;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000908239;OID=.;OPOS=113679119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:11:7:0:0:11:8:0:0 chr11 113698002 . C T 398.45 PASS AF=0.815789;AO=28;DP=35;FAO=31;FDP=38;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.000429458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.811;QD=41.9418;RBI=0.0303276;REFB=-0.031659;REVB=0.0303245;RO=6;SAF=14;SAR=14;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0543191;STB=0.52217;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00583693;OID=.;OPOS=113698002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:38:6:7:28:31:0.815789:14:14:4:2:17:14:4:3 chr11 113803028 . A C 670.98 PASS AF=0.695122;AO=55;DP=80;FAO=57;FDP=82;FR=.;FRO=25;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0845623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.863;QD=32.7308;RBI=0.0868582;REFB=-0.0145091;REVB=0.0198386;RO=22;SAF=26;SAR=29;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00966978;STB=0.519546;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0054666;OID=.;OPOS=113803028;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:22:25:55:57:0.695122:29:26:10:12:31:26:13:12 chr11 113803104 . G A 72.97 PASS AF=0.178082;AO=13;DP=73;FAO=13;FDP=73;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=-0.016894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.879;QD=3.99833;RBI=0.0370925;REFB=0.00475218;REVB=-0.0330219;RO=60;SAF=7;SAR=6;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068743;STB=0.545194;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.031787;OID=.;OPOS=113803104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:73:73:60:60:13:13:0.178082:6:7:29:31:6:7:29:31 chr11 113846077 . C T 1220.07 PASS AF=0.786885;AO=96;DP=122;FAO=96;FDP=122;FR=.;FRO=26;FSAF=66;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.032224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.67;QD=40.0022;RBI=0.034197;REFB=-0.070916;REVB=0.0114476;RO=25;SAF=66;SAR=30;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388303;STB=0.526863;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0227216;OID=.;OPOS=113846077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:25:26:96:96:0.786885:30:66:15:10:30:66:15:11 chr11 114393652 . C T 88.71 PASS AF=0.197368;AO=15;DP=76;FAO=15;FDP=76;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=38;FWDB=0.00705392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.187;QD=4.66902;RBI=0.0109042;REFB=-0.00221127;REVB=0.00831525;RO=60;SAF=6;SAR=9;SRF=23;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218347;STB=0.519311;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0103876;OID=.;OPOS=114393652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:76:76:60:61:15:15:0.197368:9:6:23:37:9:6:23:38 chr11 114393801 . ATTTTTTC ATTTTCTC,ATTTTTC,ATTTTTCT 352.32 PASS AF=0.119403,0.880597,0;AO=4,10,6;DP=68;FAO=8,59,0;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=8,18,0;FSAR=0,41,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0618237,-0.0651786,-0.309761;FXX=0.0147037;HRUN=6,6,6;LEN=1,1,2;MLLD=143.383,6.9092,11.9323;QD=21.034;RBI=0.109083,0.777914,0.426761;REFB=-0.0121905,-0.00903536,-0.00518809;REVB=0.0898719,0.775179,0.293553;RO=29;SAF=4,3,6;SAR=0,7,0;SRF=3;SRR=26;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.407407,0;SSSB=0.805039,0.341279,0.830765;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.0590888,0.0261361,0.0212128;OID=.,.,.;OPOS=114393806,114393802,114393807;OREF=T,T,TC;OALT=C,-,CT;OMAPALT=ATTTTCTC,ATTTTTC,ATTTTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.119403,0.880597,0:4,10,6:68:8,59,0:67:0:8,18,0:0,41,0:0:0:35:29:4,3,6:0,7,0:3:26 chr11 114421857 . T C 40.5 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.0123204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.281;QD=3.44666;RBI=0.0202822;REFB=-0.00440592;REVB=0.0161113;RO=39;SAF=1;SAR=6;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30195;STB=0.717218;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0297018;OID=.;OPOS=114421857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:39:40:7:7:0.148936:6:1:13:26:6:1:13:27 chr11 114421861 . G A 49.34 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0673429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8112;QD=4.19905;RBI=0.0674374;REFB=-0.00596916;REVB=0.00356992;RO=38;SAF=1;SAR=7;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354431;STB=0.747348;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.044625;OID=.;OPOS=114421861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:47:38:39:8:8:0.170213:7:1:13:25:7:1:13:26 chr11 114421909 . T C 41.36 PASS AF=0.166667;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=42;FR=.;FRO=35;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.0752505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.174;QD=3.93858;RBI=0.0763866;REFB=0.000594251;REVB=0.0131257;RO=35;SAF=1;SAR=6;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283195;STB=0.705191;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.00162823;OID=.;OPOS=114421909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:42:42:35:35:7:7:0.166667:6:1:11:24:6:1:11:24 chr11 114441943 . G A 90.41 PASS AF=0.220588;AO=15;DP=67;FAO=15;FDP=68;FR=.;FRO=53;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0420074;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.6033;QD=5.31819;RBI=0.0535339;REFB=-0.000542978;REVB=-0.0331852;RO=46;SAF=5;SAR=10;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156921;STB=0.63981;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00123222;OID=.;OPOS=114441943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:67:68:46:53:15:15:0.220588:10:5:21:25:10:5:27:26 chr11 114569054 . A G 1166.77 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0830215;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7111;QD=60.6116;RBI=0.0868683;REFB=0;REVB=0.0255641;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490535;OID=.;OPOS=114569054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:77:0:0:72:77:1:30:42:0:0:33:44:0:0 chr11 116661826 . T C 1188.77 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00953826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.644;QD=60.9627;RBI=0.0216417;REFB=0;REVB=0.0194264;RO=0;SAF=47;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09191e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04421e-05;OID=.;OPOS=116661826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:78:0:0:74:78:1:27:47:0:0:28:50:0:0 chr11 116662579 . C T 724.15 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00916857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.508;QD=59.1142;RBI=0.0123142;REFB=-0.0897497;REVB=0.00822046;RO=2;SAF=18;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00947167;STB=0.505039;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.000843473;OID=.;OPOS=116662579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:49:2:2:47:47:0.959184:29:18:1:1:29:18:1:1 chr11 116692334 . C T 409.9 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.774;QD=56.538;RBI=0.0929857;REFB=0;REVB=0.0835926;RO=0;SAF=21;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00064039;OID=.;OPOS=116692334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:6:21:0:0:8:21:0:0 chr11 116693464 . C T 946.77 PASS AF=0.970588;AO=65;DP=68;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0437593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.068;QD=55.6924;RBI=0.0484027;REFB=-0.0292621;REVB=-0.0206869;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513509;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000930761;OID=.;OPOS=116693464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:68:68:0:2:65:66:0.970588:35:30:0:0:36:30:0:2 chr11 116701535 . T C 509.06 PASS AF=0.972222;AO=26;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0105557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.437;QD=56.5619;RBI=0.0471894;REFB=0.0139008;REVB=0.0459937;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514278;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=-0.000331496;OID=.;OPOS=116701535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:36:36:0:1:26:35:0.972222:15:11:0:0:17:18:0:1 chr11 116734418 . ATTTTTT ATTTTT,ATTTTTC 115.28 PASS AF=0.525,0.075;AO=11,4;DP=33;FAO=21,3;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=10,2;FSAR=11,1;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0233971,0.0345206;FXX=0.0243843;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=9.57827,20.0367;QD=11.5278;RBI=0.100235,0.0364162;REFB=-0.16698,-0.111947;REVB=-0.0974657,-0.011596;RO=15;SAF=6,3;SAR=5,1;SRF=12;SRR=3;SSEN=0.480916,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.263079,-0.0806035;STB=0.643638,0.651338;STBP=0.057,0.792;TYPE=del,snp;VARB=0.161501,0.0327241;OID=.,.;OPOS=116734419,116734424;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=ATTTTT,ATTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.525,0.075:11,4:33:21,3:40:16:10,2:11,1:13:3:50:15:6,3:5,1:12:3 chr11 117042377 . G A 142.97 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=-0.0368869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.309;QD=10.7899;RBI=0.0368917;REFB=-0.0253245;REVB=0.000594851;RO=35;SAF=4;SAR=14;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171299;STB=0.602028;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0398764;OID=.;OPOS=117042377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:35:35:18:18:0.339623:14:4:12:23:14:4:12:23 chr11 117053433 . C A 45.52 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=55;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=38;FWDB=0.0823074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1133;QD=3.31048;RBI=0.082321;REFB=-0.00184725;REVB=0.0014921;RO=47;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406275;STB=0.76316;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0380585;OID=.;OPOS=117053433;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:55:55:47:47:8:8:0.145455:4:4:9:38:4:4:9:38 chr11 117074109 . G A 32.11 PASS AF=0.12;AO=6;DP=49;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0467538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.237;QD=2.56896;RBI=0.0469054;REFB=-0.00258168;REVB=-0.00376853;RO=42;SAF=3;SAR=3;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839715;STB=0.539868;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0286164;OID=.;OPOS=117074109;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:49:50:42:44:6:6:0.12:3:3:18:24:3:3:20:24 chr11 117076875 . G A 50.73 PASS AF=0.152542;AO=9;DP=59;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00600944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4816;QD=3.43958;RBI=0.0188086;REFB=0.000854449;REVB=0.0178227;RO=50;SAF=4;SAR=5;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14053;STB=0.596803;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=-0.00630874;OID=.;OPOS=117076875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:59:59:50:50:9:9:0.152542:5:4:28:22:5:4:28:22 chr11 117077034 . A G 711.82 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514649;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6138;QD=63.2726;RBI=0.0549031;REFB=0;REVB=-0.0191237;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440501;OID=.;OPOS=117077034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr11 117156552 . T C 40.66 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.00806565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.124;QD=3.46001;RBI=0.0193537;REFB=-0.00245826;REVB=-0.0175929;RO=36;SAF=4;SAR=3;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146695;STB=0.547038;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00875357;OID=.;OPOS=117156552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:36:40:7:7:0.148936:3:4:21:15:3:4:25:15 chr11 117160347 . A G 756.52 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0180708;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.904;QD=61.7569;RBI=0.0185775;REFB=-0.0366344;REVB=-0.00430915;RO=1;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020015;STB=0.510634;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000287786;OID=.;OPOS=117160347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:49:1:1:48:48:0.979592:23:25:0:1:23:25:0:1 chr11 117163824 . C G 119.5 PASS AF=0.213483;AO=19;DP=89;FAO=19;FDP=89;FR=.;FRO=70;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=42;FSRR=28;FWDB=-0.00660321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5374;QD=5.37068;RBI=0.0248113;REFB=0.00272029;REVB=0.0239164;RO=70;SAF=14;SAR=5;SRF=42;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192871;STB=0.622504;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=-0.00859021;OID=.;OPOS=117163824;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:70:70:19:19:0.213483:5:14:42:28:5:14:42:28 chr11 117225982 . C T 34.69 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00548036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9817;QD=5.33677;RBI=0.00834626;REFB=-0.024967;REVB=-0.00629489;RO=20;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176379;STB=0.615021;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.126994;OID=.;OPOS=117225982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:26:26:20:20:6:6:0.230769:3:3:13:7:3:3:13:7 chr11 117252489 . T C 2291.93 PASS AF=1;AO=106;DP=151;FAO=151;FDP=151;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=95;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491365;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.242;QD=60.7134;RBI=0.0598561;REFB=0;REVB=0.0341812;RO=0;SAF=65;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93175e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00198941;OID=.;OPOS=117252489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:151:151:0:0:106:151:1:41:65:0:0:56:95:0:0 chr11 117266312 . C G 777.74 PASS AF=0.794872;AO=62;DP=78;FAO=62;FDP=78;FR=.;FRO=16;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0018939;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.266;QD=39.8838;RBI=0.0131637;REFB=-0.046027;REVB=0.0130267;RO=16;SAF=30;SAR=32;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301417;STB=0.516124;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0110333;OID=.;OPOS=117266312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:78:78:16:16:62:62:0.794872:32:30:9:7:32:30:9:7 chr11 117267884 . A G 838.49 PASS AF=0.792683;AO=64;DP=82;FAO=65;FDP=82;FR=.;FRO=17;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0514426;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8765;QD=40.9017;RBI=0.0591844;REFB=-0.053782;REVB=-0.0292652;RO=17;SAF=39;SAR=25;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401586;STB=0.519994;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0119371;OID=.;OPOS=117267884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:17:17:64:65:0.792683:25:39:12:5:25:40:12:5 chr11 117303108 . T C 59.11 PASS AF=0.179104;AO=12;DP=67;FAO=12;FDP=67;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0129147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.123;QD=3.52879;RBI=0.036207;REFB=-0.00673366;REVB=-0.0338254;RO=55;SAF=4;SAR=8;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303558;STB=0.698707;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.050065;OID=.;OPOS=117303108;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:67:67:55:55:12:12:0.179104:8:4:32:23:8:4:32:23 chr11 117303858 . T C 421.32 PASS AF=0.72549;AO=37;DP=50;FAO=37;FDP=51;FR=.;FRO=14;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00115901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.697;QD=33.0445;RBI=0.00702734;REFB=-0.0199294;REVB=0.0069311;RO=13;SAF=25;SAR=12;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325881;STB=0.510199;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.00681438;OID=.;OPOS=117303858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:13:14:37:37:0.72549:12:25:8:5:12:25:9:5 chr11 117335722 . T C 884.79 PASS AF=0.984375;AO=59;DP=60;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0413703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.8466;QD=55.2993;RBI=0.0690664;REFB=-0.109804;REVB=0.0553051;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.509088;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00386602;OID=.;OPOS=117335722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:64:0:1:59:63:0.984375:26:33:0:0:27:36:0:1 chr11 117376413 . G A 107.38 PASS AF=0.272727;AO=15;DP=55;FAO=15;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0153278;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.5099;QD=7.80955;RBI=0.0159749;REFB=-0.00181335;REVB=0.00450067;RO=40;SAF=14;SAR=1;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.527949;STB=0.839407;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00880125;OID=.;OPOS=117376413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:40:40:15:15:0.272727:1:14:26:14:1:14:26:14 chr11 117392110 . A G 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.0212084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.081;QD=24.1271;RBI=0.0225955;REFB=-0.0184626;REVB=-0.00779492;RO=11;SAF=4;SAR=13;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155324;STB=0.585897;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.0035255;OID=.;OPOS=117392110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:13:4:1:10:13:4:1:10 chr11 117403235 . G T 726.12 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.767;QD=63.1407;RBI=0.0132583;REFB=0;REVB=-0.00838935;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28241e-06;OID=.;OPOS=117403235;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:28:17:0:0:29:17:0:0 chr11 117774291 . A C 689.1 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00763116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3845;QD=62.6454;RBI=0.0135923;REFB=0;REVB=-0.011248;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000268932;OID=.;OPOS=117774291;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:20:24:0:0:20:24:0:0 chr11 117781435 . A G 429.03 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.264;QD=57.2034;RBI=0.0785393;REFB=0;REVB=0.0479326;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395034;OID=.;OPOS=117781435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:15:14:0:0:15:15:0:0 chr11 117789242 . C G 771.9 PASS AF=0.867647;AO=59;DP=68;FAO=59;FDP=68;FR=.;FRO=9;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0523641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.7758;QD=45.4061;RBI=0.0579683;REFB=-0.0407189;REVB=-0.0248662;RO=9;SAF=31;SAR=28;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0751864;STB=0.540056;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00524246;OID=.;OPOS=117789242;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:68:68:9:9:59:59:0.867647:28:31:2:7:28:31:2:7 chr11 117864047 . A G 273.05 PASS AF=0.685714;AO=24;DP=33;FAO=24;FDP=35;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0264436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.442;QD=31.2057;RBI=0.0377939;REFB=-0.0690805;REVB=0.0270022;RO=9;SAF=10;SAR=14;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125104;STB=0.597076;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0502155;OID=.;OPOS=117864047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:33:35:9:11:24:24:0.685714:14:10:6:3:14:10:8:3 chr11 117864113 . G A 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.00274283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.254;QD=8.81184;RBI=0.0163859;REFB=-0.00194774;REVB=-0.0161547;RO=23;SAF=6;SAR=4;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628691;STB=0.538386;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00598945;OID=.;OPOS=117864113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:4:6:15:8:4:6:15:8 chr11 117864846 . A G 58.32 PASS AF=0.183673;AO=8;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.000636392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1387;QD=4.76095;RBI=0.0247134;REFB=-0.00634727;REVB=-0.0247052;RO=38;SAF=1;SAR=7;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380763;STB=0.778467;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0330564;OID=.;OPOS=117864846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:49:49:38:40:8:9:0.183673:7:1:14:24:8:1:14:26 chr11 117869670 . A C,G 219.93 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=3,15;DP=18;FAO=1,17;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=1,10;FSAR=0,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244118,0.0264981;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.1443,97.5385;QD=48.8734;RBI=0.0256575,0.0344714;REFB=0,0;REVB=0.00789771,0.0220483;RO=0;SAF=2,9;SAR=1,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0109857,0.00184794;OID=.,.;OPOS=117869670,117869670;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:18:18:0:0:3,15:1,17:0.0555556,0.944444:1,6:2,9:0:0:0,7:1,10:0:0 chr11 117896135 . C T 186.03 PASS AF=0.142857;AO=41;DP=287;FAO=41;FDP=287;FR=.;FRO=246;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=117;FSRR=129;FWDB=-0.0181726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.444;QD=2.59275;RBI=0.0206658;REFB=-0.00275971;REVB=0.00984036;RO=244;SAF=18;SAR=23;SRF=115;SRR=129;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416811;STB=0.531572;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.021015;OID=.;OPOS=117896135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:287:287:244:246:41:41:0.142857:23:18:115:129:23:18:117:129 chr11 117965595 . C T 320.05 PASS AF=0.8125;AO=26;DP=32;FAO=26;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00173243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4143;QD=40.0063;RBI=0.00464629;REFB=0.0111311;REVB=0.00431123;RO=6;SAF=10;SAR=16;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187992;STB=0.510196;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=-0.000872633;OID=.;OPOS=117965595;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:6:6:26:26:0.8125:16:10:2:4:16:10:2:4 chr11 117965602 . C T 34.53 PASS AF=0.193548;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=31;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0425423;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.9656;QD=4.4553;RBI=0.0425518;REFB=-0.00410594;REVB=0.00090017;RO=24;SAF=2;SAR=4;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536394;STB=0.557941;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0123295;OID=.;OPOS=117965602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:24:25:6:6:0.193548:4:2:9:15:4:2:10:15 chr11 117982495 . T A,G 729.28 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=2,50;DP=52;FAO=2,50;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=0,23;FSAR=2,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372592,0.0123327;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=93.9398,236.387;QD=56.0985;RBI=0.0418872,0.0188928;REFB=0,0;REVB=0.0191386,0.0143124;RO=0;SAF=0,23;SAR=2,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0146245,-0.000237862;OID=.,.;OPOS=117982495,117982495;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:52:52:0:0:2,50:2,50:0.0384615,0.961538:2,27:0,23:0:0:2,27:0,23:0:0 chr11 117988082 . T C 709.04 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000842849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.059;QD=52.5211;RBI=0.0529034;REFB=-0.0597305;REVB=-0.0528967;RO=2;SAF=38;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0626402;STB=0.53332;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.000152285;OID=.;OPOS=117988082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:14:38:0:2:14:38:0:2 chr11 118012039 . T C 76.44 PASS AF=0.275;AO=10;DP=39;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.01515;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.616;QD=7.6435;RBI=0.0154217;REFB=-0.00782572;REVB=-0.00288205;RO=29;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161743;STB=0.633582;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0585995;OID=.;OPOS=118012039;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:39:40:29:29:10:11:0.275:6:4:8:21:6:5:8:21 chr11 118074337 . A G 453.73 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0314439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8302;QD=54.9976;RBI=0.0314954;REFB=-0.080022;REVB=-0.00179986;RO=1;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345573;STB=0.518507;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00395402;OID=.;OPOS=118074337;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:13:19:0:1:13:19:0:1 chr11 118081345 . A T 1396.08 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00282;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.079;QD=62.7451;RBI=0.00964052;REFB=0;REVB=0.00921885;RO=0;SAF=45;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.39218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.66606e-06;OID=.;OPOS=118081345;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:88:89:1:43:45:0:0:43:46:0:0 chr11 118083664 . A G 1485.78 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.0601;QD=63.2245;RBI=0.026032;REFB=0;REVB=0.0177159;RO=0;SAF=44;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.50561e-06;OID=.;OPOS=118083664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:50:44:0:0:50:44:0:0 chr11 118107805 . A G 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.471;QD=57.2369;RBI=0.0293695;REFB=0;REVB=0.0123518;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113036;OID=.;OPOS=118107805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr11 118110977 . T C 1958.17 PASS AF=0.984615;AO=128;DP=130;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0259841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.9501;QD=60.2512;RBI=0.0542952;REFB=-0.0706114;REVB=-0.0476738;RO=2;SAF=71;SAR=57;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163796;STB=0.508619;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.000493404;OID=.;OPOS=118110977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:130:130:2:2:128:128:0.984615:57:71:0:2:57:71:0:2 chr11 118179197 . A G 468.27 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0667157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.231;QD=56.7601;RBI=0.0691813;REFB=0;REVB=0.0183045;RO=1;SAF=12;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373149;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000612728;OID=.;OPOS=118179197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:1:0:32:33:1:20:12:1:0:20:13:0:0 chr11 118182829 . T A 247.97 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.43;QD=49.5938;RBI=0.0542573;REFB=0;REVB=0.0528861;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188348;OID=.;OPOS=118182829;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:16:3:0:0:16:4:0:0 chr11 118393396 . A G 1215.38 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325881;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.547;QD=61.5382;RBI=0.0325971;REFB=0;REVB=-0.000765942;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144261;OID=.;OPOS=118393396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:44:35:0:0:44:35:0:0 chr11 118404804 . G A 73.81 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0373256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6217;QD=9.84084;RBI=0.0493877;REFB=-0.0129082;REVB=-0.032341;RO=19;SAF=6;SAR=4;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300856;STB=0.662027;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0267887;OID=.;OPOS=118404804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:19:20:10:10:0.333333:4:6:6:13:4:6:7:13 chr11 118505676 . GT G 763.83 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4305;QD=53.6023;RBI=0.0718857;REFB=0;REVB=-0.0610564;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-7.33852e-05;OID=.;OPOS=118505677;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:56:57:57:0:31:26:0:0:4:0:30:24:0:0 chr11 118509668 . A G 754.31 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0497304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.152;QD=56.9294;RBI=0.0754215;REFB=0;REVB=-0.0567035;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00117643;OID=.;OPOS=118509668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr11 118514625 . C T 136.73 PASS AF=0.875;AO=13;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0380751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.357;QD=34.1833;RBI=0.0647775;REFB=-0.00162867;REVB=0.0524063;RO=2;SAF=1;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698093;STB=0.535665;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.000649106;OID=.;OPOS=118514625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:13:14:0.875:12:1:0:2:13:1:0:2 chr11 118529069 . G C 50.12 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2454;QD=33.4161;RBI=0.0684677;REFB=0;REVB=0.0684677;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00706671;OID=.;OPOS=118529069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr11 118529078 . G C 50.13 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4141;QD=33.4171;RBI=0.109698;REFB=0;REVB=0.109698;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0105291;OID=.;OPOS=118529078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr11 118529127 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0586944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.391;QD=37.4884;RBI=0.0640445;REFB=0;REVB=0.0256255;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000428692;OID=.;OPOS=118529127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr11 118530611 . T C 783.23 PASS AF=0.857143;AO=60;DP=70;FAO=60;FDP=70;FR=.;FRO=10;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0370135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0368;QD=44.7558;RBI=0.0372102;REFB=-0.0191363;REVB=0.003821;RO=10;SAF=30;SAR=30;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267924;STB=0.514281;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00242286;OID=.;OPOS=118530611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:70:70:10:10:60:60:0.857143:30:30:6:4:30:30:6:4 chr11 118534082 . C T 977.2 PASS AF=0.787234;AO=73;DP=93;FAO=74;FDP=94;FR=.;FRO=20;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00143708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.095;QD=41.5829;RBI=0.0573948;REFB=-0.00477702;REVB=0.0573768;RO=20;SAF=34;SAR=39;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013829;STB=0.508668;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0013975;OID=.;OPOS=118534082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:20:20:73:74:0.787234:39:34:10:10:40:34:10:10 chr11 118621825 . G GT 398.53 PASS AF=1;AO=42;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.074849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=12.3279;QD=33.211;RBI=0.218841;REFB=0;REVB=0.205643;RO=1;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253627;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00521695;OID=.;OPOS=118621826;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:46:48:48:0:28:20:0:0:9:1:24:18:0:1 chr11 118622744 . G A 390.07 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0212798;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4002;QD=52.0099;RBI=0.0216358;REFB=-0.149908;REVB=-0.00390861;RO=2;SAF=12;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00901772;STB=0.515141;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00907567;OID=.;OPOS=118622744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:30:30:2:1:28:29:0.966667:16:12:1:1:16:13:0:1 chr11 118757061 . A G 37.86 PASS AF=0.212121;AO=2;DP=28;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0152878;FXX=0;HRUN=16;LEN=1;MLLD=146.434;QD=4.58867;RBI=0.0152886;REFB=0.00302027;REVB=-0.00015746;RO=0;SAF=1;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.832324;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=-0.00355331;OID=.;OPOS=118757061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:28:33:0:26:2:7:0.212121:1:1:0:0:1:6:12:14 chr11 118768121 . CCG CCC,CC,C,GCC 71.31 PASS AF=0.03125,0.125,0.21875,0.03125;AO=3,6,6,2;DP=33;FAO=1,4,7,1;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=0,0,1,0;FSAR=1,4,6,1;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0285771,-0.0619662,-0.0957612,-0.0968697;FXX=0.0302939;HRUN=3,3,3,3;LEN=1,1,2,3;MLLD=22.7246,14.3771,25.3725,178.753;QD=8.91427;RBI=0.0397509,0.171776,0.163245,0.163135;REFB=-0.0344575,-0.12631,-0.0931667,-0.00120169;REVB=-0.0276313,-0.16021,-0.132207,-0.13126;RO=15;SAF=0,1,1,0;SAR=3,5,5,2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.589173,-0.323033,-0.323033,-0.504245;STB=0.987286,0.996534,0.72651,0.987286;STBP=0.495,0.092,0.238,0.495;TYPE=snp,del,del,mnp;VARB=0.0911085,0.0325971,0.180317,0.13069;OID=.,.,.,.;OPOS=118768123,118768123,118768122,118768121;OREF=G,G,CG,CCG;OALT=C,-,-,GCC;OMAPALT=CCC,CC,C,GCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:31:33:32:15:19:3,6,6,2:1,4,7,1:0.03125,0.125,0.21875,0.03125:3,5,5,2:0,1,1,0:6:9:1,4,6,1:0,0,1,0:7:12 chr11 118769442 . A G 1014.59 PASS AF=0.860465;AO=74;DP=86;FAO=74;FDP=86;FR=.;FRO=12;FSAF=23;FSAR=51;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00731594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.779;QD=47.19;RBI=0.00809622;REFB=-0.0235801;REVB=-0.00346781;RO=12;SAF=23;SAR=51;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104184;STB=0.555501;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00486857;OID=.;OPOS=118769442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:86:86:12:12:74:74:0.860465:51:23:8:4:51:23:8:4 chr11 118769658 . G A 458.42 PASS AF=0.942857;AO=32;DP=34;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0164566;FXX=0.0277701;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.034;QD=52.3907;RBI=0.0367278;REFB=-0.0776776;REVB=0.0328346;RO=2;SAF=6;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132481;STB=0.571382;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00634561;OID=.;OPOS=118769658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:35:2:2:32:33:0.942857:26:6:2:0:27:6:2:0 chr11 118828942 . A G 287.67 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=27;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0205599;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.603;QD=44.2566;RBI=0.0210273;REFB=-0.0269908;REVB=0.00440899;RO=3;SAF=6;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197633;STB=0.51072;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00613086;OID=.;OPOS=118828942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:26:3:3:23:23:0.884615:17:6:1:2:17:6:1:2 chr11 118865465 . C T 214.2 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0089063;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=81.3764;QD=45.0943;RBI=0.0880429;REFB=-0.00677894;REVB=0.0875912;RO=1;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296514;STB=0.516111;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.000700506;OID=.;OPOS=118865465;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:15:3:0:1:15:3:0:1 chr11 118872404 . T C 781.85 PASS AF=0.794872;AO=60;DP=76;FAO=62;FDP=78;FR=.;FRO=16;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00737229;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8454;QD=40.095;RBI=0.0223806;REFB=-0.0355722;REVB=0.0211315;RO=16;SAF=30;SAR=30;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737423;STB=0.538449;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0119155;OID=.;OPOS=118872404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:76:78:16:16:60:62:0.794872:30:30:5:11:31:31:5:11 chr11 118898435 . AC A 399.63 PASS AF=1;AO=32;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.8863;QD=45.6719;RBI=0.0970431;REFB=0;REVB=0.0926956;RO=1;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207543;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00474467;OID=.;OPOS=118898436;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:35:35:35:0:12:23:0:0:7:1:10:22:0:1 chr11 118919206 . T C 651.12 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0876;QD=62.0117;RBI=0.0618671;REFB=0;REVB=0.0324478;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000547643;OID=.;OPOS=118919206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr11 118925341 . G A 508.92 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0175302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.371;QD=56.5461;RBI=0.029345;REFB=-0.167895;REVB=0.0235334;RO=1;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239852;STB=0.512813;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0010685;OID=.;OPOS=118925341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:19:16:0:1:19:16:0:1 chr11 118927013 . T TC 401.0 PASS AF=0.959184;AO=39;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000285748;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.7613;QD=32.7343;RBI=0.0496559;REFB=-0.0855782;REVB=0.0496551;RO=9;SAF=17;SAR=22;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11911;STB=0.52173;STBP=0.174;TYPE=ins;VARB=0.0279924;OID=.;OPOS=118927014;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.959184:39:49:47:49:2:22:25:2:0:4:9:17:22:7:2 chr11 118947634 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.07;QD=44.6896;RBI=0.0235895;REFB=0;REVB=-0.0151583;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.27455e-05;OID=.;OPOS=118947634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr11 118962230 . G T 48.75 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0621042;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.3379;QD=4.14912;RBI=0.0621276;REFB=-0.0177247;REVB=-0.00170253;RO=36;SAF=2;SAR=6;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370587;STB=0.724696;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0160578;OID=.;OPOS=118962230;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:45:47:36:39:8:8:0.170213:6:2:20:16:6:2:20:19 chr11 118967758 . T C 494.03 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00632331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9919;QD=58.1207;RBI=0.00651962;REFB=0;REVB=-0.00158781;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241219;OID=.;OPOS=118967758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:25:8:0:0:25:9:0:0 chr11 119005088 . C T 289.27 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0681161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6401;QD=52.5938;RBI=0.118014;REFB=0;REVB=0.0963717;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000586176;OID=.;OPOS=119005088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr11 119005124 . TCCCCCAG TCCCCAGT 90.01 PASS AF=0.846154;AO=3;DP=15;FAO=11;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0353092;FXX=0.133244;HRUN=5;LEN=3;MLLD=101.217;QD=27.6951;RBI=0.0410663;REFB=-0.00597327;REVB=0.0209692;RO=10;SAF=3;SAR=0;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.831614;STB=0.533274;STBP=0.64;TYPE=mnp;VARB=0.0088692;OID=.;OPOS=119005129;OREF=CAG;OALT=AGT;OMAPALT=TCCCCAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.846154:3:15:11:13:1:4:7:0:1:6:10:3:0:0:10 chr11 119005132 . C T 85.09 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00510064;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.269;QD=22.6896;RBI=0.015938;REFB=0.00118371;REVB=0.0150998;RO=5;SAF=1;SAR=9;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.54297;STB=0.817409;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.000103441;OID=.;OPOS=119005132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:15:15:5:5:10:10:0.666667:9:1:4:1:9:1:4:1 chr11 119043656 . C T 1033.21 PASS AF=0.972603;AO=70;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0189985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.719;QD=56.6142;RBI=0.0258277;REFB=-0.114779;REVB=0.0174965;RO=1;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122803;STB=0.512817;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.000337501;OID=.;OPOS=119043656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:1:2:70:71:0.972603:38:32:0:1:38:33:0:2 chr11 119052826 . C A 3777.45 PASS AF=1;AO=237;DP=241;FAO=237;FDP=237;FR=.;FRO=0;FSAF=113;FSAR=124;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.087658;FXX=0.0206603;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5315;QD=63.7544;RBI=0.116975;REFB=0;REVB=0.0774543;RO=0;SAF=113;SAR=124;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02618e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137892;OID=.;OPOS=119052826;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:241:237:0:0:237:237:1:124:113:0:0:124:113:0:0 chr11 119054488 . C T 508.04 PASS AF=0.77551;AO=37;DP=49;FAO=38;FDP=49;FR=.;FRO=11;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0279519;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.712;QD=41.4728;RBI=0.0284336;REFB=-0.0757373;REVB=0.00521168;RO=12;SAF=23;SAR=14;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133706;STB=0.562467;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0274666;OID=.;OPOS=119054488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:49:49:12:11:37:38:0.77551:14:23:4:8:14:24:4:7 chr11 119059403 . C CA 537.21 PASS AF=1;AO=6;DP=49;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115271;FXX=0.173875;HRUN=0;LEN=1;MLLD=75.0909;QD=56.5485;RBI=0.118006;REFB=0;REVB=0.0252615;RO=37;SAF=3;SAR=3;SRF=32;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.491559;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000270419;OID=.;OPOS=119059404;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:49:38:38:0:32:6:0:0:3:37:3:3:32:5 chr11 119059404 . G A,T 556.13 PASS AF=0.782609,0.130435;AO=32,5;DP=42;FAO=36,6;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=33,0;FSAR=3,6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.012651,-0.0191092;FXX=0.0212721;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=93.9483,40.5147;QD=48.3592;RBI=0.0185957,0.0191362;REFB=-0.0668155,-0.168564;REVB=0.0136292,0.0010164;RO=4;SAF=29,0;SAR=3,5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.087248,-0.7737;STB=0.54997,0.997659;STBP=0.211,0.013;TYPE=snp,snp;VARB=0.0039209,0.041356;OID=.,.;OPOS=119059404,119059404;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:35:42:46:4:4:32,5:36,6:0.782609,0.130435:3,5:29,0:3:1:3,6:33,0:3:1 chr11 119063908 . C T 283.96 PASS AF=0.774194;AO=24;DP=31;FAO=24;FDP=31;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0526693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.689;QD=36.6404;RBI=0.0717663;REFB=-0.0482661;REVB=0.0487478;RO=7;SAF=15;SAR=9;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105786;STB=0.557476;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00797901;OID=.;OPOS=119063908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:31:31:7:7:24:24:0.774194:9:15:6:1:9:15:6:1 chr11 119065709 . G C 411.03 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0390384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3013;QD=56.6932;RBI=0.0478033;REFB=0;REVB=-0.0275891;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00145154;OID=.;OPOS=119065709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr11 119213303 . C T 70.14 PASS AF=0.173333;AO=12;DP=74;FAO=13;FDP=75;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=-0.00135437;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.013;QD=3.7406;RBI=0.0139642;REFB=-0.00577929;REVB=-0.0138983;RO=61;SAF=11;SAR=1;SRF=40;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.454991;STB=0.720917;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0236467;OID=.;OPOS=119213303;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:74:75:61:62:12:13:0.173333:1:11:40:21:2:11:40:22 chr11 119216231 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00254094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.47;QD=56.7064;RBI=0.0110163;REFB=0;REVB=0.0107192;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.49771e-05;OID=.;OPOS=119216231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr11 119229964 . G A 823.74 PASS AF=0.764706;AO=65;DP=85;FAO=65;FDP=85;FR=.;FRO=20;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.017923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.217;QD=38.7644;RBI=0.0239416;REFB=-0.0249317;REVB=0.0158735;RO=20;SAF=26;SAR=39;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133201;STB=0.571406;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0109569;OID=.;OPOS=119229964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:20:20:65:65:0.764706:39:26:14:6:39:26:14:6 chr11 119252199 . T G 214.69 PASS AF=0.186364;AO=39;DP=218;FAO=41;FDP=220;FR=.;FRO=179;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=93;FSRR=86;FWDB=-0.0432243;FXX=0.00452468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.941;QD=3.90348;RBI=0.0437683;REFB=-0.00892294;REVB=-0.00687884;RO=169;SAF=26;SAR=13;SRF=92;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163717;STB=0.61638;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0602035;OID=.;OPOS=119252199;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:220:169:179:39:41:0.186364:13:26:92:77:14:27:93:86 chr11 119290034 . G C 227.58 PASS AF=0.95;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00101903;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=249.669;QD=45.5159;RBI=0.00169703;REFB=-0.0544094;REVB=-0.00135701;RO=1;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831815;STB=0.53842;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00244884;OID=.;OPOS=119290034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:20:1:1:18:19:0.95:5:13:0:1:6:13:0:1 chr11 119508844 . C T 93.17 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0146457;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.983;QD=17.7459;RBI=0.0205992;REFB=0.00492506;REVB=-0.0144855;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281505;STB=0.660746;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=-0.00579737;OID=.;OPOS=119508844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:22:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:8:2:6:5:8:2 chr11 119510644 . A C 3056.73 PASS AF=0.994845;AO=193;DP=194;FAO=193;FDP=194;FR=.;FRO=1;FSAF=105;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0112077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0829;QD=63.0254;RBI=0.0210508;REFB=0.00567299;REVB=0.0178192;RO=0;SAF=105;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.57911e-08;STB=0.502825;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.000123328;OID=.;OPOS=119510644;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:194:194:0:1:193:193:0.994845:88:105:0:0:88:105:0:1 chr11 119879327 . C T 430.47 PASS AF=0.729167;AO=34;DP=48;FAO=35;FDP=48;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0224877;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.613;QD=35.8724;RBI=0.0232636;REFB=-0.044025;REVB=-0.005958;RO=12;SAF=18;SAR=16;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260701;STB=0.519844;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=0.0196095;OID=.;OPOS=119879327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:12:13:34:35:0.729167:16:18:7:5:16:19:8:5 chr11 119879425 . T C 641.51 PASS AF=0.955556;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00273589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.655;QD=57.0232;RBI=0.0336081;REFB=-0.0487269;REVB=0.0334965;RO=2;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031281;STB=0.516122;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00107801;OID=.;OPOS=119879425;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:45:2:2:42:43:0.955556:29:13:0:2:30:13:0:2 chr11 119993897 . CCT C 441.94 PASS AF=0.931818;AO=39;DP=43;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0630753;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=255.886;QD=40.1764;RBI=0.0631257;REFB=-0.0787131;REVB=0.0025225;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.536568;STBP=0.141;TYPE=del;VARB=0.00238158;OID=.;OPOS=119993898;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.931818:39:43:41:44:3:19:22:3:0:6:0:19:20:0:0 chr11 119999191 . A G 536.91 PASS AF=0.829787;AO=39;DP=47;FAO=39;FDP=47;FR=.;FRO=8;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0524973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.44;QD=45.6948;RBI=0.0640706;REFB=-0.030524;REVB=-0.0367297;RO=8;SAF=29;SAR=10;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562871;STB=0.530176;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00931067;OID=.;OPOS=119999191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:47:8:8:39:39:0.829787:10:29:7:1:10:29:7:1 chr11 120042082 . G A 252.15 PASS AF=0.758621;AO=22;DP=29;FAO=22;FDP=29;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0122058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.188;QD=34.7787;RBI=0.0124901;REFB=-0.0204185;REVB=-0.00264953;RO=6;SAF=11;SAR=11;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0653716;STB=0.517226;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.00567592;OID=.;OPOS=120042082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:6:7:22:22:0.758621:11:11:2:4:11:11:3:4 chr11 120042087 . T C 239.5 PASS AF=0.777778;AO=21;DP=27;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00434226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7223;QD=35.4814;RBI=0.0384356;REFB=-0.00835215;REVB=0.0381895;RO=6;SAF=11;SAR=10;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771741;STB=0.542213;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00322679;OID=.;OPOS=120042087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:6:6:21:21:0.777778:10:11:2:4:10:11:2:4 chr11 120099658 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.156;QD=57.8847;RBI=0.111602;REFB=0;REVB=-0.110024;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000176385;OID=.;OPOS=120099658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:24:35:0:0:24:36:0:0 chr11 120099679 . G A 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.597;QD=62.1622;RBI=0.0325256;REFB=0;REVB=0.0219416;RO=0;SAF=57;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.97666e-05;OID=.;OPOS=120099679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:28:57:0:0:28:57:0:0 chr11 120099791 . C T 1281.74 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.669;QD=61.0351;RBI=0.0640478;REFB=0;REVB=0.0393166;RO=0;SAF=50;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236695;OID=.;OPOS=120099791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:84:0:0:80:84:1:30:50:0:0:30:54:0:0 chr11 120100597 . G A 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.047;QD=59.018;RBI=0.0142706;REFB=0;REVB=0.00752275;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.04735e-05;OID=.;OPOS=120100597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr11 120111041 . G C 115.91 PASS AF=1;AO=8;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.674;QD=42.1486;RBI=0.210785;REFB=0;REVB=0.205624;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000963435;OID=.;OPOS=120111041;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:8:11:1:0:8:0:0:2:9:0:0 chr11 120175749 . A G 859.81 PASS AF=0.984127;AO=56;DP=58;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0366492;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7422;QD=54.5913;RBI=0.0468138;REFB=-0.0198062;REVB=0.0291266;RO=1;SAF=34;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136677;STB=0.506847;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00264429;OID=.;OPOS=120175749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:63:1:1:56:62:0.984127:22:34:1:0:26:36:1:0 chr11 120190066 . TAAAAAAAAG TAAAAAAA,TAAAAAAAG,TAAAAAAAGG 140.29 PASS AF=0.245399,0.00613497,0;AO=22,29,10;DP=181;FAO=40,1,0;FDP=163;FR=.;FRO=122;FSAF=16,1,0;FSAR=24,0,0;FSRF=77;FSRR=45;FWDB=-0.0410131,0.0417141,0.0760167;FXX=0.0523225;HRUN=8,8,8;LEN=2,1,1;MLLD=15.9108,7.85115,11.4312;QD=3.44263;RBI=0.0579532,0.243099,0.210222;REFB=-0.0250028,-0.0203677,0.00328886;REVB=-0.0409451,-0.239493,-0.195996;RO=81;SAF=8,15,7;SAR=14,14,3;SRF=56;SRR=25;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.396128,-0.218523,0.0121364;STB=0.668984,0.98762,0.5;STBP=0.016,0.482,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0597741,0.00948209,0;OID=.,.,.;OPOS=120190074,120190067,120190074;OREF=AG,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=TAAAAAAA,TAAAAAAAG,TAAAAAAAGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.245399,0.00613497,0:22,29,10:181:40,1,0:163:122:16,1,0:24,0,0:77:45:99:81:8,15,7:14,14,3:56:25 chr11 120190137 . ATTTTTTTTTC ATTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTC,GATTTTTTTTT,TTTTTTTCGTT 236.96 PASS AF=0.179487,0.5,0,0.0769231;AO=13,15,3,3;DP=81;FAO=14,39,0,6;FDP=78;FR=.;FRO=19;FSAF=9,25,0,0;FSAR=5,14,0,6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00784665,0.240859,0.00661595,-0.0419466;FXX=0.0823433;HRUN=1,9,1,1;LEN=1,1,11,11;MLLD=154.367,5.15196,156.924,86.4066;QD=12.1519;RBI=0.00819677,0.240872,0.00687799,0.0426474;REFB=-0.0020287,-0.229309,-0.000734639,0.0148334;REVB=-0.00237005,0.00251351,-0.00188042,-0.0076994;RO=19;SAF=8,10,1,0;SAR=5,5,2,3;SRF=11;SRR=8;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.0385393,0.0917711,-0.262973,-0.629797;STB=0.507032,0.503354,0.5,0.998268;STBP=0.974,0.974,1,0.005;TYPE=snp,ins,mnp,mnp;VARB=0.0310333,-0.015911,0,0.0688002;OID=.,.,.,.;OPOS=120190147,120190138,120190137,120190137;OREF=C,-,ATTTTTTTTTC,ATTTTTTTTTC;OALT=T,T,GATTTTTTTTT,TTTTTTTCGTT;OMAPALT=ATTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTC,GATTTTTTTTT,TTTTTTTCGTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:92:81:78:19:19:13,15,3,3:14,39,0,6:0.179487,0.5,0,0.0769231:5,5,2,3:8,10,1,0:11:8:5,14,0,6:9,25,0,0:12:7 chr11 120292570 . T A 591.25 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.561;QD=60.6408;RBI=0.0493777;REFB=0;REVB=0.0349438;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118262;OID=.;OPOS=120292570;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:20:17:0:0:21:18:0:0 chr11 120317134 . T A 184.53 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=21;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00374369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.17;QD=35.149;RBI=0.0299626;REFB=-0.0259236;REVB=-0.0297278;RO=4;SAF=11;SAR=6;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546481;STB=0.530084;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00559952;OID=.;OPOS=120317134;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:21:21:4:4:17:17:0.809524:6:11:2:2:6:11:2:2 chr11 120355230 . A G 80.8 PASS AF=0.213115;AO=13;DP=62;FAO=13;FDP=61;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00870719;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4077;QD=5.29804;RBI=0.0112954;REFB=0.00620725;REVB=-0.0071952;RO=47;SAF=8;SAR=5;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156261;STB=0.607429;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.0258408;OID=.;OPOS=120355230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:62:61:47:48:13:13:0.213115:5:8:23:24:5:8:23:25 chr11 120745874 . C T 529.21 PASS AF=0.730159;AO=46;DP=63;FAO=46;FDP=63;FR=.;FRO=17;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0104163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.802;QD=33.6008;RBI=0.0104265;REFB=-0.0298729;REVB=-0.00046275;RO=16;SAF=27;SAR=19;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081812;STB=0.550305;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00727011;OID=.;OPOS=120745874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:16:17:46:46:0.730159:19:27:12:4:19:27:13:4 chr11 120776001 . G A 624.46 PASS AF=1;AO=34;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325517;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.186;QD=62.4458;RBI=0.0996625;REFB=0;REVB=0.0941966;RO=0;SAF=27;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119702;OID=.;OPOS=120776001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:34:40:1:7:27:0:0:13:27:0:0 chr11 120823608 . G A 994.59 PASS AF=0.80198;AO=79;DP=98;FAO=81;FDP=101;FR=.;FRO=20;FSAF=28;FSAR=53;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0172915;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.829;QD=39.3899;RBI=0.0191773;REFB=-0.0203027;REVB=0.00829289;RO=19;SAF=26;SAR=53;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160784;STB=0.5118;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00445856;OID=.;OPOS=120823608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:101:19:20:79:81:0.80198:53:26:7:12:53:28:8:12 chr11 120827609 . A G 484.29 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0438095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9978;QD=53.8096;RBI=0.0526092;REFB=-0.110749;REVB=-0.0291282;RO=2;SAF=20;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00942795;STB=0.517231;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0141065;OID=.;OPOS=120827609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:36:36:2:1:34:35:0.972222:14:20:1:1:14:21:0:1 chr11 120989335 . A G 428.89 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.435;QD=57.1853;RBI=0.0726897;REFB=0;REVB=0.0718482;RO=0;SAF=24;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266185;OID=.;OPOS=120989335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:6:24:0:0:6:24:0:0 chr11 120996292 . A G 1080.55 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00478848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.641;QD=60.0308;RBI=0.0287101;REFB=0;REVB=0.0283079;RO=0;SAF=27;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32518e-05;OID=.;OPOS=120996292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:45:27:0:0:45:27:0:0 chr11 121000774 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00822551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.212;QD=55.0979;RBI=0.0153086;REFB=0;REVB=0.0129111;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.91708e-05;OID=.;OPOS=121000774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr11 121000784 . T C 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7089;QD=58.5854;RBI=0.0419549;REFB=0;REVB=0.0404793;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000480389;OID=.;OPOS=121000784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr11 121032978 . G A 601.5 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.504;QD=60.1498;RBI=0.0295069;REFB=0;REVB=-0.0191555;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023303;OID=.;OPOS=121032978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:23:16:0:0:24:16:0:0 chr11 121403229 . T C 1339.76 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.979;QD=62.3144;RBI=0.0214237;REFB=0;REVB=-0.0103634;RO=0;SAF=35;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.36941e-06;OID=.;OPOS=121403229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:86:86:1:51:35:0:0:51:35:0:0 chr11 121437819 . C G 574.12 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024022;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.771;QD=60.4331;RBI=0.0355863;REFB=0;REVB=0.026255;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203414;OID=.;OPOS=121437819;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:19:18:0:0:20:18:0:0 chr11 121448090 . T G 40.38 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=35;FWDB=-0.0203356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.542;QD=3.29628;RBI=0.0255343;REFB=-0.000910915;REVB=-0.0154423;RO=42;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375353;STB=0.744726;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0102281;OID=.;OPOS=121448090;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:42:42:7:7:0.142857:4:3:7:35:4:3:7:35 chr11 121456962 . C T 202.36 PASS AF=0.782609;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0244596;FXX=0.079968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.762;QD=35.1922;RBI=0.0255473;REFB=0.00514718;REVB=-0.0073749;RO=5;SAF=14;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189265;STB=0.604812;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.00366989;OID=.;OPOS=121456962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:25:23:5:5:18:18:0.782609:4:14:2:3:4:14:2:3 chr11 121475922 . T A 53.3 PASS AF=0.151515;AO=10;DP=65;FAO=10;FDP=66;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.00612186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.734;QD=3.2303;RBI=0.0130755;REFB=-0.00635699;REVB=-0.0115539;RO=55;SAF=6;SAR=4;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458916;STB=0.540291;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.032007;OID=.;OPOS=121475922;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:65:66:55:56:10:10:0.151515:4:6:31:24:4:6:31:25 chr11 121491782 . G A 1135.04 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00586088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9407;QD=60.5353;RBI=0.0466859;REFB=0;REVB=-0.0463166;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185263;OID=.;OPOS=121491782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:35:40:0:0:35:40:0:0 chr11 122022927 . C T 638.8 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0227921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.218;QD=59.4232;RBI=0.0355587;REFB=0.0274489;REVB=-0.0272937;RO=1;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170712;STB=0.509087;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00414153;OID=.;OPOS=122022927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:27:15:0:1:27:15:0:1 chr11 122322268 . A C 1227.38 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00965111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.462;QD=61.3688;RBI=0.0326145;REFB=0;REVB=-0.0311538;RO=0;SAF=21;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018146;OID=.;OPOS=122322268;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:59:21:0:0:59:21:0:0 chr11 122430682 . C A 1026.33 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.381;QD=59.4972;RBI=0.0316864;REFB=0;REVB=0.0261559;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105393;OID=.;OPOS=122430682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:41:27:0:0:42:27:0:0 chr11 122665437 . A G 608.53 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.781;QD=57.9556;RBI=0.0441513;REFB=0;REVB=0.0307886;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149013;OID=.;OPOS=122665437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:42:0:0:37:42:1:13:24:0:0:13:29:0:0 chr11 122671963 . T A 755.09 PASS AF=0.865672;AO=58;DP=67;FAO=58;FDP=67;FR=.;FRO=9;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0161859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.811;QD=45.0801;RBI=0.0161902;REFB=-0.0146874;REVB=0.000374507;RO=9;SAF=24;SAR=34;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0365495;STB=0.519487;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00462946;OID=.;OPOS=122671963;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:67:67:9:9:58:58:0.865672:34:24:5:4:34:24:5:4 chr11 122738261 . A G 41.98 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00578745;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.322;QD=4.41849;RBI=0.0218163;REFB=-0.00450701;REVB=-0.0210347;RO=31;SAF=2;SAR=5;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13539;STB=0.592941;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0194639;OID=.;OPOS=122738261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:5:2:12:19:5:2:12:19 chr11 122742028 . C G 166.07 PASS AF=0.727273;AO=14;DP=20;FAO=16;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0255108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.384;QD=30.1952;RBI=0.0255549;REFB=-0.031975;REVB=-0.00150095;RO=4;SAF=8;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128461;STB=0.606611;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0076532;OID=.;OPOS=122742028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:20:22:4:6:14:16:0.727273:6:8:1:3:7:9:1:5 chr11 122805487 . A G 633.27 PASS AF=0.822581;AO=51;DP=63;FAO=51;FDP=62;FR=.;FRO=11;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0250594;FXX=0.0158705;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.269;QD=40.856;RBI=0.0251236;REFB=-0.0266249;REVB=-0.00179585;RO=11;SAF=22;SAR=29;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.054036;STB=0.528904;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00585431;OID=.;OPOS=122805487;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:63:62:11:11:51:51:0.822581:29:22:3:8:29:22:3:8 chr11 122928622 . A G 308.37 PASS AF=1;AO=19;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.161637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.237;QD=53.6292;RBI=0.162608;REFB=0;REVB=-0.0177421;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00170206;OID=.;OPOS=122928622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:19:23:1:16:3:0:0:15:8:0:0 chr11 122929624 . A G 1268.67 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0148138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.458;QD=60.4127;RBI=0.0148333;REFB=0.000505054;REVB=-0.000761278;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=1.53302e-05;OID=.;OPOS=122929624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:0:1:83:83:0.988095:47:36:0:0:47:36:0:1 chr11 122930127 . G GCGAGT 75.98 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0053693;FXX=0.181653;HRUN=1;LEN=5;MLLD=266.884;QD=33.7708;RBI=0.052055;REFB=-0.0211147;REVB=-0.0517773;RO=1;SAF=6;SAR=2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679981;STB=0.538369;STBP=0.638;TYPE=ins;VARB=0.00198524;OID=.;OPOS=122930128;OREF=-;OALT=CGAGT;OMAPALT=GCGAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.888889:8:10:8:9:1:6:2:1:0:7:1:6:2:1:0 chr11 122931379 . G C 304.18 PASS AF=0.806452;AO=24;DP=30;FAO=25;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0429285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.331;QD=39.2487;RBI=0.0434123;REFB=-0.00907616;REVB=-0.00646277;RO=6;SAF=12;SAR=12;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503873;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.00180685;OID=.;OPOS=122931379;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:31:6:6:24:25:0.806452:12:12:3:3:12:13:3:3 chr11 122943801 . AT A,AC 519.01 PASS AF=0.222222,0.777778;AO=10,25;DP=36;FAO=8,28;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=1,16;FSAR=7,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00366855,0.00203736;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=160.506,167.87;QD=57.6676;RBI=0.0167029,0.0375202;REFB=0,0;REVB=0.0162951,0.0374648;RO=0;SAF=1,15;SAR=9,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.8593e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0030779,0.00620496;OID=.,.;OPOS=122943802,122943802;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=A,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.222222,0.777778:10,25:36:8,28:36:0:1,16:7,12:0:0:36:0:1,15:9,10:0:0 chr11 122955402 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0270495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.562;QD=55.0986;RBI=0.0271549;REFB=0;REVB=-0.00239082;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195135;OID=.;OPOS=122955402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr11 123065683 . C T 245.14 PASS AF=0.337079;AO=30;DP=89;FAO=30;FDP=89;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=0.0483566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8379;QD=11.0174;RBI=0.0577343;REFB=-0.00910595;REVB=0.031542;RO=59;SAF=10;SAR=20;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330079;STB=0.691052;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0132792;OID=.;OPOS=123065683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:59:59:30:30:0.337079:20:10:37:22:20:10:37:22 chr11 123598941 . T C 117.42 PASS AF=0.171875;AO=22;DP=128;FAO=22;FDP=128;FR=.;FRO=106;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=51;FSRR=55;FWDB=0.00283149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.092;QD=3.66928;RBI=0.01958;REFB=-0.00624324;REVB=-0.0193742;RO=105;SAF=16;SAR=6;SRF=50;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324084;STB=0.70808;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0224104;OID=.;OPOS=123598941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:105:106:22:22:0.171875:6:16:50:55:6:16:51:55 chr11 123676231 . G T 82.72 PASS AF=0.197183;AO=13;DP=70;FAO=14;FDP=71;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=0.00359672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.86;QD=4.66049;RBI=0.00785213;REFB=-0.00527262;REVB=-0.00697994;RO=57;SAF=6;SAR=7;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588673;STB=0.507032;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0238403;OID=.;OPOS=123676231;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:70:71:57:57:13:14:0.197183:7:6:29:28:7:7:29:28 chr11 123753937 . A G 107.33 PASS AF=0.223684;AO=17;DP=76;FAO=17;FDP=76;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0104485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.535;QD=5.64894;RBI=0.0159584;REFB=-0.00712959;REVB=-0.0120622;RO=57;SAF=5;SAR=12;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273222;STB=0.659999;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0160344;OID=.;OPOS=123753937;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:57:59:17:17:0.223684:12:5:29:28:12:5:29:30 chr11 123754844 . T C 446.04 PASS AF=0.941176;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00467621;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.233;QD=52.4753;RBI=0.0495572;REFB=-0.0103861;REVB=0.0493361;RO=2;SAF=18;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490584;STB=0.526299;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00119619;OID=.;OPOS=123754844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:34:2:2:31:32:0.941176:13:18:2:0:14:18:2:0 chr11 123777302 . T G 101.59 PASS AF=0.265306;AO=12;DP=48;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.000204754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.648;QD=8.29287;RBI=0.00192475;REFB=-0.00547141;REVB=0.00191383;RO=36;SAF=6;SAR=6;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.528258;STBP=0.811;TYPE=snp;VARB=0.0194771;OID=.;OPOS=123777302;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:36:36:12:13:0.265306:6:6:18:18:6:7:18:18 chr11 123777861 . T C 72.46 PASS AF=0.175676;AO=13;DP=74;FAO=13;FDP=74;FR=.;FRO=61;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=30;FSRR=31;FWDB=0.0263656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.284;QD=3.91671;RBI=0.0324702;REFB=-0.000777698;REVB=-0.0189518;RO=61;SAF=6;SAR=7;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378437;STB=0.524962;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00471993;OID=.;OPOS=123777861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:74:74:61:61:13:13:0.175676:7:6:30:31:7:6:30:31 chr11 123777986 . T C 56.21 PASS AF=0.16129;AO=10;DP=62;FAO=10;FDP=62;FR=.;FRO=52;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0162018;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.084;QD=3.62632;RBI=0.0230619;REFB=-0.0036676;REVB=-0.0164119;RO=52;SAF=1;SAR=9;SRF=19;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431088;STB=0.810053;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0185562;OID=.;OPOS=123777986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:62:62:52:52:10:10:0.16129:9:1:19:33:9:1:19:33 chr11 123778031 . G A 49.56 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.00815732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.941;QD=4.3093;RBI=0.0140488;REFB=-0.00184229;REVB=0.011438;RO=35;SAF=1;SAR=7;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292241;STB=0.733168;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00943683;OID=.;OPOS=123778031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:46:35:38:8:8:0.173913:7:1:10:25:7:1:12:26 chr11 123886307 . CA TG 128.12 PASS AF=0.253333;AO=19;DP=76;FAO=19;FDP=75;FR=.;FRO=56;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.00418265;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=2;MLLD=114.949;QD=6.83309;RBI=0.00480252;REFB=-0.00225389;REVB=0.00236001;RO=55;SAF=11;SAR=8;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194155;STB=0.623662;STBP=0.23;TYPE=mnp;VARB=0.00715981;OID=.;OPOS=123886307;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:55:56:19:19:0.253333:8:11:23:32:8:11:23:33 chr11 123886681 . A G 78.8 PASS AF=0.216667;AO=12;DP=59;FAO=13;FDP=60;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0240289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3495;QD=5.25329;RBI=0.0415419;REFB=-0.0180114;REVB=0.0338872;RO=47;SAF=7;SAR=5;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116295;STB=0.538402;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0439224;OID=.;OPOS=123886681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:59:60:47:47:12:13:0.216667:5:7:23:24:6:7:23:24 chr11 123886865 . T A 148.37 PASS AF=0.211864;AO=25;DP=118;FAO=25;FDP=118;FR=.;FRO=93;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=51;FSRR=42;FWDB=0.000229177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.5647;QD=5.02957;RBI=0.0170532;REFB=-0.0205421;REVB=0.0170517;RO=93;SAF=20;SAR=5;SRF=51;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355753;STB=0.725671;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0762209;OID=.;OPOS=123886865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:93:93:25:25:0.211864:5:20:51:42:5:20:51:42 chr11 123886984 . A G 135.45 PASS AF=0.25641;AO=18;DP=74;FAO=20;FDP=78;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.00738533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.233;QD=6.94615;RBI=0.0235753;REFB=-0.00254279;REVB=-0.0223887;RO=55;SAF=15;SAR=3;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.520719;STB=0.82148;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00923099;OID=.;OPOS=123886984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:78:55:58:18:20:0.25641:3:15:23:32:3:17:26:32 chr11 123901175 . C A 118.58 PASS AF=0.204301;AO=19;DP=93;FAO=19;FDP=93;FR=.;FRO=74;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=48;FWDB=0.0442281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1512;QD=5.10037;RBI=0.0445123;REFB=-0.00664674;REVB=-0.00502257;RO=73;SAF=9;SAR=10;SRF=26;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150994;STB=0.598525;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0246011;OID=.;OPOS=123901175;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:73:74:19:19:0.204301:10:9:26:47:10:9:26:48 chr11 123909026 . C T 97.65 PASS AF=0.222222;AO=18;DP=80;FAO=18;FDP=81;FR=.;FRO=63;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=-0.144022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8794;QD=4.82218;RBI=0.164814;REFB=-0.015008;REVB=-0.0801339;RO=55;SAF=14;SAR=4;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29676;STB=0.68432;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0783651;OID=.;OPOS=123909026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:80:81:55:63:18:18:0.222222:4:14:31:24:4:14:36:27 chr11 123909637 . G T 79.72 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0154686;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=240.919;QD=7.08599;RBI=0.0391174;REFB=-0.00604525;REVB=-0.035929;RO=33;SAF=10;SAR=1;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.516566;STB=0.845805;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0126721;OID=.;OPOS=123909637;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:33:34:11:11:0.244444:1:10:19:14:1:10:19:15 chr11 123909671 . G A 95.42 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0871645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1107;QD=7.34004;RBI=0.0872115;REFB=-0.00769876;REVB=0.00286449;RO=39;SAF=10;SAR=3;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359186;STB=0.725187;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.043155;OID=.;OPOS=123909671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:39:39:13:13:0.25:3:10:19:20:3:10:19:20 chr11 124015994 . CA TA,TG 729.27 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=50,2;DP=52;FAO=50,2;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32,0;FSAR=18,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431077,-0.030946;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=124.677,126.824;QD=56.0979;RBI=0.0443304,0.0474362;REFB=0,0;REVB=-0.0103399,-0.0359519;RO=0;SAF=32,0;SAR=18,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0021963,-0.01559;OID=.,.;OPOS=124015994,124015994;OREF=C,CA;OALT=T,TG;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:52:52:0:0:50,2:50,2:0.961538,0.0384615:18,2:32,0:0:0:18,2:32,0:0:0 chr11 124056377 . T C 50.32 PASS AF=0.138889;AO=10;DP=73;FAO=10;FDP=72;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=0.00185932;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1399;QD=2.79568;RBI=0.0902354;REFB=0.0100621;REVB=-0.0902162;RO=63;SAF=5;SAR=5;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291097;STB=0.527722;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.0775165;OID=.;OPOS=124056377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:73:72:63:62:10:10:0.138889:5:5:33:30:5:5:33:29 chr11 124056566 . G A 61.24 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0065407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.524;QD=6.80485;RBI=0.0231693;REFB=0.00300713;REVB=0.0222269;RO=27;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.379561;STB=0.736357;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=-0.010858;OID=.;OPOS=124056566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:3:6:9:18:3:6:9:18 chr11 124056787 . G A 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0598012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1421;QD=3.53996;RBI=0.059825;REFB=-0.0119177;REVB=-0.0016867;RO=31;SAF=4;SAR=2;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25372;STB=0.689037;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0443028;OID=.;OPOS=124056787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:31:32:6:6:0.157895:2:4:14:17:2:4:14:18 chr11 124095647 . A C 548.99 PASS AF=0.793103;AO=46;DP=58;FAO=46;FDP=58;FR=.;FRO=12;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0718108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4673;QD=37.8616;RBI=0.0720412;REFB=-0.0617608;REVB=0.00575675;RO=12;SAF=17;SAR=29;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530416;STB=0.528514;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0167219;OID=.;OPOS=124095647;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:58:58:12:12:46:46:0.793103:29:17:6:6:29:17:6:6 chr11 124095884 . A G 161.04 PASS AF=0.727273;AO=14;DP=23;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.01967;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.75;QD=29.2808;RBI=0.0408132;REFB=0.00221326;REVB=0.0357604;RO=5;SAF=10;SAR=4;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181457;STB=0.59989;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.000255323;OID=.;OPOS=124095884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:23:22:5:6:14:16:0.727273:4:10:5:0:4:12:6:0 chr11 124096247 . G A 118.82 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.00451929;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.574;QD=22.6316;RBI=0.0114671;REFB=-0.0144545;REVB=-0.010539;RO=8;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321478;STB=0.680587;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0115987;OID=.;OPOS=124096247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:8:5:7:1:8:5:7:1 chr11 124096275 . T C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0194708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8495;QD=11.9196;RBI=0.0229828;REFB=-0.0184516;REVB=0.0122105;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.520396;STB=0.805709;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0442842;OID=.;OPOS=124096275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:8:1:5:2:8:1 chr11 124096277 . G A 50.14 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=-0.0535075;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6715;QD=13.3711;RBI=0.054547;REFB=-0.00995839;REVB=-0.0105981;RO=8;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.575869;STB=0.832591;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00521286;OID=.;OPOS=124096277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:15:15:8:8:7:7:0.466667:5:2:8:0:5:2:8:0 chr11 124121199 . G C 1811.89 PASS AF=1;AO=118;DP=121;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00552664;FXX=0.0247913;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.809;QD=61.4201;RBI=0.00552669;REFB=0;REVB=-2.35948e-05;RO=0;SAF=75;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25592e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259722;OID=.;OPOS=124121199;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:118:0:0:118:118:1:43:75:0:0:43:75:0:0 chr11 124134743 . G A 428.82 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2264;QD=57.176;RBI=0.110705;REFB=0;REVB=-0.0952753;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000886048;OID=.;OPOS=124134743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr11 124135009 . G A 678.07 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00373444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.714;QD=60.2731;RBI=0.0088184;REFB=0;REVB=0.00798863;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130187;OID=.;OPOS=124135009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:41:45:1:15:26:0:0:16:29:0:0 chr11 124135438 . G A 750.47 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=59;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00100729;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9603;QD=51.7565;RBI=0.045059;REFB=-0.0494203;REVB=-0.0450478;RO=4;SAF=29;SAR=26;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285377;STB=0.524581;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0242444;OID=.;OPOS=124135438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:58:4:3:55:55:0.948276:26:29:3:1:26:29:3:0 chr11 124135481 . C T 1048.53 PASS AF=0.986301;AO=70;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0887278;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0896;QD=57.4537;RBI=0.0937979;REFB=-0.104885;REVB=0.0304208;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00313257;OID=.;OPOS=124135481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:0:1:70:72:0.986301:33:37:0:0:35:37:0:1 chr11 124135662 . A G 345.73 PASS AF=0.870968;AO=27;DP=31;FAO=27;FDP=31;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00363457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.18;QD=44.6103;RBI=0.00446902;REFB=0.0160982;REVB=-0.00260039;RO=4;SAF=10;SAR=17;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328476;STB=0.517753;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.00101108;OID=.;OPOS=124135662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:31:31:4:4:27:27:0.870968:17:10:2:2:17:10:2:2 chr11 124179835 . C T 78.07 PASS AF=0.142857;AO=16;DP=112;FAO=16;FDP=112;FR=.;FRO=96;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=53;FSRR=43;FWDB=0.0093644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1412;QD=2.78838;RBI=0.0165468;REFB=-0.00117145;REVB=-0.013642;RO=92;SAF=10;SAR=6;SRF=53;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638072;STB=0.564434;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00897629;OID=.;OPOS=124179835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:112:112:92:96:16:16:0.142857:6:10:53:39:6:10:53:43 chr11 124180282 . A C 78.13 PASS AF=0.22;AO=11;DP=50;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0226828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.007;QD=6.25039;RBI=0.023538;REFB=-0.0129111;REVB=0.00628728;RO=39;SAF=5;SAR=6;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164004;STB=0.604132;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0287593;OID=.;OPOS=124180282;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:39:39:11:11:0.22:6:5:23:16:6:5:23:16 chr11 124189944 . A G 68.6 PASS AF=0.192982;AO=11;DP=57;FAO=11;FDP=57;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.00343856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.829;QD=4.81374;RBI=0.0142621;REFB=-0.0116146;REVB=-0.0138414;RO=46;SAF=2;SAR=9;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232537;STB=0.656332;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0607117;OID=.;OPOS=124189944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:57:57:46:46:11:11:0.192982:9:2:15:31:9:2:15:31 chr11 124252422 . G A 40.38 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=49;FAO=7;FDP=49;FR=.;FRO=42;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00712487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.586;QD=3.29623;RBI=0.00997615;REFB=-0.00210298;REVB=0.00698283;RO=41;SAF=4;SAR=3;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0127465;STB=0.520651;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.012835;OID=.;OPOS=124252422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:41:42:7:7:0.142857:3:4:23:18:3:4:23:19 chr11 124253147 . A G 81.61 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00292033;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.2019;QD=8.37053;RBI=0.00299138;REFB=0.0121355;REVB=0.000648064;RO=28;SAF=1;SAR=10;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.545044;STB=0.847727;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.0312132;OID=.;OPOS=124253147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:28:28:11:11:0.282051:10:1:13:15:10:1:13:15 chr11 124253161 . G A 93.32 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.162589;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.4846;QD=9.82365;RBI=0.162922;REFB=-0.0146177;REVB=-0.0104057;RO=23;SAF=2;SAR=10;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31983;STB=0.7218;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0211022;OID=.;OPOS=124253161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:35:38:23:26:12:12:0.315789:10:2:9:14:10:2:11:15 chr11 124253170 . G A 93.39 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0203328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.096;QD=9.83032;RBI=0.020732;REFB=0.00543453;REVB=0.00404848;RO=26;SAF=2;SAR=10;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.358684;STB=0.7218;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=-0.0102539;OID=.;OPOS=124253170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:10:2:11:15:10:2:11:15 chr11 124253181 . T C 105.81 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00456744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.67;QD=11.4386;RBI=0.0116825;REFB=-0.019377;REVB=-0.0107526;RO=24;SAF=2;SAR=11;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408339;STB=0.748252;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0239354;OID=.;OPOS=124253181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:11:2:11:13:11:2:11:13 chr11 124266906 . C T 33.15 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0280512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.103;QD=3.15727;RBI=0.0541221;REFB=-0.00510459;REVB=-0.0462853;RO=35;SAF=2;SAR=4;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118454;STB=0.57601;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0373353;OID=.;OPOS=124266906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:35:36:6:6:0.142857:4:2:15:20:4:2:15:21 chr11 124294236 . A G 448.1 PASS AF=0.75;AO=39;DP=52;FAO=39;FDP=52;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0173405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.127;QD=34.4694;RBI=0.0368514;REFB=-0.0198563;REVB=0.0325167;RO=13;SAF=16;SAR=23;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0605145;STB=0.532712;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00664593;OID=.;OPOS=124294236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:13:13:39:39:0.75:23:16:7:6:23:16:7:6 chr11 124294349 . C A 379.25 PASS AF=0.769231;AO=30;DP=40;FAO=30;FDP=39;FR=.;FRO=9;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0114064;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.677;QD=38.8974;RBI=0.0132954;REFB=-0.0392575;REVB=0.0068308;RO=9;SAF=21;SAR=9;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167418;STB=0.509085;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.00968921;OID=.;OPOS=124294349;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:40:39:9:9:30:30:0.769231:9:21:6:3:9:21:6:3 chr11 124294377 . A G 333.1 PASS AF=0.794118;AO=27;DP=34;FAO=27;FDP=34;FR=.;FRO=7;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0266788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8229;QD=39.1882;RBI=0.0551006;REFB=-0.0123691;REVB=-0.0482112;RO=7;SAF=19;SAR=8;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721683;STB=0.539056;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00930962;OID=.;OPOS=124294377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:7:7:27:27:0.794118:8:19:6:1:8:19:6:1 chr11 124440362 . C G 431.19 PASS AF=0.804878;AO=33;DP=41;FAO=33;FDP=41;FR=.;FRO=8;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.000819555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.62;QD=42.0669;RBI=0.0145333;REFB=-0.0342871;REVB=0.0145101;RO=8;SAF=18;SAR=15;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165258;STB=0.508923;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00811164;OID=.;OPOS=124440362;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:8:8:33:33:0.804878:15:18:4:4:15:18:4:4 chr11 124440617 . C T 778.97 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0034372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.449;QD=63.5893;RBI=0.00720229;REFB=0;REVB=0.00632919;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.36004e-05;OID=.;OPOS=124440617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:22:25:0:0:23:26:0:0 chr11 124487338 . C T 438.03 PASS AF=0.689655;AO=40;DP=58;FAO=40;FDP=58;FR=.;FRO=18;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0144064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.082;QD=30.2092;RBI=0.0153597;REFB=-0.00290179;REVB=-0.005327;RO=15;SAF=20;SAR=20;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840336;STB=0.534466;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00115599;OID=.;OPOS=124487338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:15:18:40:40:0.689655:20:20:5:10:20:20:7:11 chr11 124742365 . G A 499.42 PASS AF=0.721311;AO=44;DP=61;FAO=44;FDP=61;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.029884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2055;QD=32.7486;RBI=0.0974506;REFB=-0.0319203;REVB=0.0927555;RO=17;SAF=12;SAR=32;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120509;STB=0.56534;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0194996;OID=.;OPOS=124742365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:17:17:44:44:0.721311:32:12:8:9:32:12:8:9 chr11 124747837 . G A 620.07 PASS AF=0.833333;AO=50;DP=60;FAO=50;FDP=60;FR=.;FRO=10;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0100062;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.997;QD=41.3382;RBI=0.0126518;REFB=-0.0436497;REVB=0.00774233;RO=10;SAF=25;SAR=25;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311377;STB=0.51666;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0139646;OID=.;OPOS=124747837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:60:60:10:10:50:50:0.833333:25:25:6:4:25:25:6:4 chr11 124756995 . G A 147.41 PASS AF=0.875;AO=12;DP=17;FAO=14;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.177167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.347;QD=36.8522;RBI=0.17719;REFB=-0.0229489;REVB=-0.00282795;RO=3;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903656;STB=0.583212;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0178572;OID=.;OPOS=124756995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:16:3:2:12:14:0.875:5:7:1:2:5:9:0:2 chr11 124766128 . A G 1158.08 PASS AF=0.770492;AO=92;DP=122;FAO=94;FDP=122;FR=.;FRO=28;FSAF=50;FSAR=44;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0296347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.358;QD=37.9698;RBI=0.0387243;REFB=-0.0476253;REVB=-0.0249269;RO=24;SAF=50;SAR=42;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156105;STB=0.507346;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0113443;OID=.;OPOS=124766128;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:24:28:92:94:0.770492:42:50:14:10:44:50:14:14 chr11 124767067 . T C 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0441481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4318;QD=26.6016;RBI=0.0494465;REFB=-0.0674266;REVB=-0.0222688;RO=2;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14689;STB=0.583138;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0228239;OID=.;OPOS=124767067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:5:3:0:2:5:3:0:2 chr11 124789755 . T C 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.222;QD=57.1057;RBI=0.0248132;REFB=0;REVB=-0.0162951;RO=0;SAF=15;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000152918;OID=.;OPOS=124789755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:40:15:0:0:40:15:0:0 chr11 124793682 . T C 660.53 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0151195;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9837;QD=60.0486;RBI=0.0725538;REFB=-0.08856;REVB=0.070961;RO=1;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184156;STB=0.509799;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00159333;OID=.;OPOS=124793682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:25:18:0:1:25:18:0:1 chr11 124951311 . T C 390.04 PASS AF=0.756098;AO=25;DP=41;FAO=31;FDP=41;FR=.;FRO=10;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00872113;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=231.223;QD=38.0526;RBI=0.012872;REFB=0.00450846;REVB=0.00946731;RO=1;SAF=15;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299354;STB=0.506325;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=-0.000504875;OID=.;OPOS=124951311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:1:10:25:31:0.756098:10:15:1:0:10:21:7:3 chr11 124955032 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.092;QD=55.6557;RBI=0.0410609;REFB=0;REVB=0.0335772;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000461426;OID=.;OPOS=124955032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:12:14:0:0:13:14:0:0 chr11 124972518 . A G 75.28 PASS AF=0.188406;AO=13;DP=69;FAO=13;FDP=69;FR=.;FRO=56;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=-0.00993772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.094;QD=4.36433;RBI=0.0250416;REFB=0.00519416;REVB=0.0229853;RO=56;SAF=6;SAR=7;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114282;STB=0.574166;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.0229275;OID=.;OPOS=124972518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:69:69:56:56:13:13:0.188406:7:6:31:25:7:6:31:25 chr11 124972522 . T C 66.07 PASS AF=0.169014;AO=12;DP=71;FAO=12;FDP=71;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0056048;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.18;QD=3.72204;RBI=0.0194489;REFB=-0.0031664;REVB=-0.0186238;RO=56;SAF=6;SAR=6;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667373;STB=0.535153;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0304711;OID=.;OPOS=124972522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:71:71:56:59:12:12:0.169014:6:6:31:25:6:6:32:27 chr11 125003004 . A G 574.05 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.158;QD=58.8768;RBI=0.0572954;REFB=0;REVB=0.0201487;RO=0;SAF=8;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000443676;OID=.;OPOS=125003004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:39:0:0:36:39:1:28:8:0:0:30:9:0:0 chr11 125301587 . T C 947.41 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.029;QD=58.3022;RBI=0.0396475;REFB=0;REVB=-0.0336295;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000711481;OID=.;OPOS=125301587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:63:65:1:37:26:0:0:39:26:0:0 chr11 125301633 . A G 76.05 PASS AF=0.191176;AO=13;DP=69;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=-0.0029035;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.152;QD=4.47338;RBI=0.00688535;REFB=0.000856411;REVB=-0.00624322;RO=55;SAF=3;SAR=10;SRF=22;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24095;STB=0.659364;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=-0.00319455;OID=.;OPOS=125301633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:69:68:55:55:13:13:0.191176:10:3:22:33:10:3:22:33 chr11 125303194 . C A 82.97 PASS AF=0.168539;AO=15;DP=89;FAO=15;FDP=89;FR=.;FRO=74;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=48;FSRR=26;FWDB=0.029883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.139;QD=3.72888;RBI=0.0307848;REFB=0.00212746;REVB=0.00739683;RO=74;SAF=2;SAR=13;SRF=48;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.608017;STB=0.892384;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.00566964;OID=.;OPOS=125303194;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:89:89:74:74:15:15:0.168539:13:2:48:26:13:2:48:26 chr11 125326026 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1694;QD=39.2041;RBI=0.0212607;REFB=0;REVB=-0.0212607;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000623751;OID=.;OPOS=125326026;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr11 125452300 . A AC 560.57 PASS AF=0.984615;AO=56;DP=68;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0749997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.2557;QD=34.4969;RBI=0.0750374;REFB=-0.00737557;REVB=-0.00237851;RO=9;SAF=20;SAR=36;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085094;STB=0.511108;STBP=0.289;TYPE=ins;VARB=0.00486269;OID=.;OPOS=125452301;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.984615:56:68:64:65:1:22:42:1:0:7:9:20:36:6:3 chr11 125479363 . G A 653.37 PASS AF=0.80303;AO=53;DP=66;FAO=53;FDP=66;FR=.;FRO=13;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00761643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.264;QD=39.5982;RBI=0.00823287;REFB=0.00212062;REVB=-0.00312571;RO=13;SAF=33;SAR=20;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0907752;STB=0.548675;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.000309062;OID=.;OPOS=125479363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:66:66:13:13:53:53:0.80303:20:33:5:8:20:33:5:8 chr11 125479496 . C T 334.5 PASS AF=0.591837;AO=29;DP=49;FAO=29;FDP=49;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00736796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.453;QD=27.306;RBI=0.0147645;REFB=-0.0147134;REVB=-0.0127947;RO=20;SAF=18;SAR=11;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201008;STB=0.610956;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00968821;OID=.;OPOS=125479496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:20:20:29:29:0.591837:11:18:7:13:11:18:7:13 chr11 125525195 . A G 1504.65 PASS AF=0.979592;AO=94;DP=97;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0022706;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.239;QD=61.4143;RBI=0.00454243;REFB=-0.0306327;REVB=-0.00393422;RO=0;SAF=42;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511625;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.000501666;OID=.;OPOS=125525195;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:98:0:2:94:96:0.979592:52:42:0:0:54:42:2:0 chr11 125617610 . A G 489.03 PASS AF=0.804348;AO=35;DP=45;FAO=37;FDP=46;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0120278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.02;QD=42.5244;RBI=0.0127669;REFB=-0.000164998;REVB=0.00428093;RO=9;SAF=11;SAR=24;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558401;STB=0.526301;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=7.81478e-05;OID=.;OPOS=125617610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:46:9:9:35:37:0.804348:24:11:4:5:25:12:4:5 chr11 125648503 . G A 650.9 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.042392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.503;QD=61.9905;RBI=0.0458853;REFB=0;REVB=-0.0175607;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000173952;OID=.;OPOS=125648503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:17:24:0:0:18:24:0:0 chr11 125707761 . A C 613.43 PASS AF=0.875;AO=45;DP=53;FAO=49;FDP=56;FR=.;FRO=7;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00922177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.975;QD=43.8166;RBI=0.0286019;REFB=-0.00194296;REVB=0.0270745;RO=7;SAF=31;SAR=14;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00747629;STB=0.505821;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.000577652;OID=.;OPOS=125707761;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:53:56:7:7:45:49:0.875:14:31:5:2:16:33:5:2 chr11 125708198 . C T 466.48 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343758;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.239;QD=58.3102;RBI=0.037834;REFB=0;REVB=0.0158026;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.23143e-05;OID=.;OPOS=125708198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:13:18:0:0:13:19:0:0 chr11 125708293 . T G 40.33 PASS AF=0.14;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0227323;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.067;QD=3.22677;RBI=0.0258123;REFB=-0.00225858;REVB=0.0122277;RO=43;SAF=1;SAR=6;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422124;STB=0.811921;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0246318;OID=.;OPOS=125708293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:50:43:43:7:7:0.14:6:1:20:23:6:1:20:23 chr11 125763746 . C G 1479.93 PASS AF=0.833333;AO=110;DP=132;FAO=110;FDP=132;FR=.;FRO=22;FSAF=51;FSAR=59;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0211013;FXX=0.00751823;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4775;QD=44.8463;RBI=0.0375078;REFB=-0.00848335;REVB=0.0310091;RO=21;SAF=51;SAR=59;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0542721;STB=0.532131;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00112592;OID=.;OPOS=125763746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:21:22:110:110:0.833333:59:51:6:15:59:51:6:16 chr11 125766044 . C A 501.19 PASS AF=0.822222;AO=37;DP=45;FAO=37;FDP=45;FR=.;FRO=8;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0160622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.836;QD=44.5505;RBI=0.0229188;REFB=-0.043148;REVB=-0.0163487;RO=8;SAF=21;SAR=16;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0619735;STB=0.533316;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00995255;OID=.;OPOS=125766044;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:45:8:8:37:37:0.822222:16:21:6:2:16:21:6:2 chr11 125766173 . A C 463.44 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0312169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.203;QD=52.9644;RBI=0.0351208;REFB=-0.0108437;REVB=0.0160928;RO=2;SAF=9;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.030063;STB=0.516119;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.000445951;OID=.;OPOS=125766173;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:2:2:33:33:0.942857:24:9:1:1:24:9:1:1 chr11 125769354 . T C 316.55 PASS AF=0.658537;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=41;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.00946308;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.667;QD=30.8824;RBI=0.0149583;REFB=-0.0185765;REVB=0.0115845;RO=15;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0768494;STB=0.530663;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0118334;OID=.;OPOS=125769354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:15:14:27:27:0.658537:14:13:9:6:14:13:8:6 chr11 125788678 . T C 2252.7 PASS AF=0.986842;AO=150;DP=152;FAO=150;FDP=152;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00410161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.433;QD=59.2816;RBI=0.019866;REFB=-0.026791;REVB=0.019438;RO=2;SAF=68;SAR=82;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00117801;STB=0.500619;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000415348;OID=.;OPOS=125788678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:152:152:2:2:150:150:0.986842:82:68:1:1:82:68:1:1 chr11 125813527 . G A 73.53 PASS AF=0.206897;AO=10;DP=56;FAO=12;FDP=58;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=0.0154996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.17;QD=5.07131;RBI=0.017022;REFB=-0.00874223;REVB=0.00703654;RO=46;SAF=4;SAR=6;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709198;STB=0.53211;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0355516;OID=.;OPOS=125813527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:56:58:46:46:10:12:0.206897:6:4:21:25:7:5:21:25 chr11 125830970 . A T 557.05 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.161;QD=60.2215;RBI=0.0162276;REFB=0;REVB=0.00828854;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.4987e-05;OID=.;OPOS=125830970;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:25:12:0:0:25:12:0:0 chr11 125848261 . C T 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00628586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.938;QD=58.1404;RBI=0.0403683;REFB=0;REVB=-0.0398759;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00018145;OID=.;OPOS=125848261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr11 125871735 . C T 57.42 PASS AF=0.130435;AO=12;DP=92;FAO=12;FDP=92;FR=.;FRO=80;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=48;FWDB=0.00543065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.013;QD=2.49631;RBI=0.0128393;REFB=0.00185652;REVB=-0.0116343;RO=80;SAF=6;SAR=6;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123919;STB=0.586816;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.0108365;OID=.;OPOS=125871735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:92:92:80:80:12:12:0.130435:6:6:32:48:6:6:32:48 chr11 125885001 . C A 663.9 PASS AF=0.866667;AO=52;DP=60;FAO=52;FDP=60;FR=.;FRO=8;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0244443;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3464;QD=44.2602;RBI=0.0545703;REFB=0.00521164;REVB=-0.0487893;RO=8;SAF=21;SAR=31;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880828;STB=0.547041;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=-0.000783216;OID=.;OPOS=125885001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:60:60:8:8:52:52:0.866667:31:21:6:2:31:21:6:2 chr11 125889526 . C T 872.41 PASS AF=0.807229;AO=66;DP=82;FAO=67;FDP=83;FR=.;FRO=16;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0172847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9177;QD=42.044;RBI=0.0223841;REFB=-0.0460213;REVB=0.0142228;RO=16;SAF=37;SAR=29;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473406;STB=0.523767;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.017976;OID=.;OPOS=125889526;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:82:83:16:16:66:67:0.807229:29:37:11:5:29:38:11:5 chr11 125891269 . C T 1051.61 PASS AF=0.804124;AO=78;DP=97;FAO=78;FDP=97;FR=.;FRO=19;FSAF=48;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.00401596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.825;QD=43.3654;RBI=0.0042694;REFB=-0.00033596;REVB=0.00144908;RO=18;SAF=48;SAR=30;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140864;STB=0.580624;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=5.15866e-05;OID=.;OPOS=125891269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:18:19:78:78:0.804124:30:48:4:14:30:48:4:15 chr11 126074192 . A G 390.84 PASS AF=0.679245;AO=36;DP=53;FAO=36;FDP=53;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0459662;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.7384;QD=29.4975;RBI=0.0463211;REFB=-0.0232161;REVB=0.00572308;RO=14;SAF=19;SAR=17;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511899;STB=0.537152;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0119734;OID=.;OPOS=126074192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:14:17:36:36:0.679245:17:19:6:8:17:19:7:10 chr11 126081403 . T C 1148.33 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00385894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.509;QD=58.8889;RBI=0.0178717;REFB=0.106057;REVB=-0.0174501;RO=0;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=-0.000365029;OID=.;OPOS=126081403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:0:1:77:77:0.987179:30:47:0:0:29:48:0:1 chr11 126137086 . CT CC,C 39.46 PASS AF=0,0.326923;AO=4,15;DP=51;FAO=0,17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=0,7;FSAR=0,10;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0204362,-0.132846;FXX=0.0714158;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=13.8294,7.29273;QD=3.03543;RBI=0.0236002,0.162629;REFB=-0.0901265,-0.133576;REVB=-0.0118038,0.093809;RO=26;SAF=0,6;SAR=4,9;SRF=13;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.622216,-0.109202;STB=0.5,0.550399;STBP=1,0.596;TYPE=snp,del;VARB=0.0512641,0.157933;OID=.,.;OPOS=126137087,126137087;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.326923:4,15:51:0,17:52:35:0,7:0,10:17:18:39:26:0,6:4,9:13:13 chr11 126139100 . T C 671.42 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0191308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.376;QD=52.6602;RBI=0.0273831;REFB=-0.0395306;REVB=0.0195921;RO=2;SAF=33;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144603;STB=0.507689;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00270603;OID=.;OPOS=126139100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:16:33:1:1:16:33:1:1 chr11 126139313 . T A 551.57 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.125008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1651;QD=56.5713;RBI=0.12522;REFB=-0.114347;REVB=-0.00728404;RO=1;SAF=16;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283678;STB=0.512189;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00650531;OID=.;OPOS=126139313;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:39:1:1:37:38:0.974359:21:16:1:0:20:18:0:1 chr11 126174038 . C T 97.96 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.00326426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6251;QD=7.124;RBI=0.00828292;REFB=0.00921896;REVB=-0.00761258;RO=40;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120707;STB=0.581704;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.0321903;OID=.;OPOS=126174038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:40:41:14:14:0.254545:7:7:16:24:7:7:16:25 chr11 126174164 . C T 502.87 PASS AF=0.758621;AO=39;DP=53;FAO=44;FDP=58;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0527881;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0959;QD=34.6804;RBI=0.0788356;REFB=-0.0195692;REVB=0.0585532;RO=14;SAF=11;SAR=28;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0417089;STB=0.511623;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0274642;OID=.;OPOS=126174164;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:58:14:14:39:44:0.758621:28:11:3:11:33:11:3:11 chr11 126176578 . G A 741.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025435;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.84;QD=57.0011;RBI=0.025669;REFB=0;REVB=-0.00345839;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264218;OID=.;OPOS=126176578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:31:20:0:0:31:21:0:0 chr11 126228403 . G C 943.84 PASS AF=0.884615;AO=69;DP=78;FAO=69;FDP=78;FR=.;FRO=9;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0465907;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.914;QD=48.4018;RBI=0.0466632;REFB=-0.021203;REVB=0.00260056;RO=8;SAF=21;SAR=48;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162007;STB=0.503936;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.00214184;OID=.;OPOS=126228403;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:78:78:8:9:69:69:0.884615:48:21:3:5:48:21:3:6 chr11 126277216 . C T 594.45 PASS AF=0.842105;AO=48;DP=57;FAO=48;FDP=57;FR=.;FRO=9;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0214728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.091;QD=41.7156;RBI=0.0219984;REFB=-0.0558445;REVB=0.00478019;RO=9;SAF=20;SAR=28;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0596744;STB=0.531902;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0110081;OID=.;OPOS=126277216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:57:57:9:9:48:48:0.842105:28:20:2:7:28:20:2:7 chr11 126278075 . C T 362.79 PASS AF=0.783784;AO=28;DP=36;FAO=29;FDP=37;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0227075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.753;QD=39.2208;RBI=0.0252261;REFB=-0.0209321;REVB=-0.0109874;RO=8;SAF=11;SAR=17;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118397;STB=0.565772;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.005636;OID=.;OPOS=126278075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:37:8:8:28:29:0.783784:17:11:1:7:17:12:1:7 chr11 126278203 . T C 38.31 PASS AF=0.117647;AO=8;DP=67;FAO=8;FDP=68;FR=.;FRO=60;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=-0.0579353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.545;QD=2.25331;RBI=0.0669228;REFB=-0.00324124;REVB=-0.0334986;RO=59;SAF=6;SAR=2;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362535;STB=0.760228;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0293269;OID=.;OPOS=126278203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:67:68:59:60:8:8:0.117647:2:6:26:33:2:6:27:33 chr11 126294817 . G A 327.35 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042208;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9188;QD=54.5589;RBI=0.0629614;REFB=0;REVB=0.0467185;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000735701;OID=.;OPOS=126294817;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:11:12:0:0:11:13:0:0 chr11 126310271 . C T 295.41 PASS AF=0.857143;AO=24;DP=28;FAO=24;FDP=28;FR=.;FRO=4;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00343131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.092;QD=42.2018;RBI=0.0311398;REFB=-0.0650782;REVB=0.0309502;RO=4;SAF=11;SAR=13;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555403;STB=0.530096;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0100685;OID=.;OPOS=126310271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:28:28:4:4:24:24:0.857143:13:11:1:3:13:11:1:3 chr11 126870418 . C T 471.1 PASS AF=0.894737;AO=34;DP=39;FAO=34;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0130704;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.353;QD=49.5892;RBI=0.0189779;REFB=-0.0442534;REVB=0.0137596;RO=4;SAF=23;SAR=11;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165751;STB=0.508892;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00564286;OID=.;OPOS=126870418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:39:38:4:4:34:34:0.894737:11:23:3:1:11:23:3:1 chr11 128328913 . G A 610.94 PASS AF=0.722222;AO=52;DP=72;FAO=52;FDP=72;FR=.;FRO=20;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00768163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2307;QD=33.9409;RBI=0.0173943;REFB=-0.0492026;REVB=-0.0156062;RO=20;SAF=25;SAR=27;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112658;STB=0.56068;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0207724;OID=.;OPOS=128328913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:20:20:52:52:0.722222:27:25:14:6:27:25:14:6 chr11 128333503 . T C 395.79 PASS AF=0.882353;AO=30;DP=34;FAO=30;FDP=34;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0039059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.756;QD=46.5632;RBI=0.0387423;REFB=-0.0243479;REVB=-0.0385449;RO=4;SAF=15;SAR=15;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0545978;STB=0.529392;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00285234;OID=.;OPOS=128333503;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:34:34:4:4:30:30:0.882353:15:15:3:1:15:15:3:1 chr11 128708009 . G A 383.55 PASS AF=0.810811;AO=30;DP=37;FAO=30;FDP=37;FR=.;FRO=7;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0235284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.704;QD=41.4653;RBI=0.0253726;REFB=-0.0067274;REVB=0.00949633;RO=7;SAF=19;SAR=11;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231323;STB=0.512516;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0011951;OID=.;OPOS=128708009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:37:37:7:7:30:30:0.810811:11:19:4:3:11:19:4:3 chr11 128781339 . T C 1107.23 PASS AF=1;AO=72;DP=75;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311332;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.654;QD=60.6702;RBI=0.0365695;REFB=0;REVB=0.0191846;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211462;OID=.;OPOS=128781339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:73:0:0:72:73:1:40:32:0:0:40:33:0:0 chr11 128781978 . T G 575.13 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2993;QD=60.5404;RBI=0.0513178;REFB=0;REVB=0.0244672;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110241;OID=.;OPOS=128781978;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr11 128782002 . T C 770.64 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0098156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.898;QD=55.0458;RBI=0.00991817;REFB=-0.105193;REVB=0.00142269;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.508471;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000566538;OID=.;OPOS=128782002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:26:29:0:0:26:29:1:0 chr11 128782012 . C G 798.83 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00520037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9683;QD=57.059;RBI=0.0420587;REFB=0;REVB=0.0417359;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166546;OID=.;OPOS=128782012;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr11 128787554 . C T 134.62 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.106647;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6969;QD=44.8747;RBI=0.111014;REFB=0;REVB=0.0308314;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00706575;OID=.;OPOS=128787554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr11 128842873 . T C 507.04 PASS AF=0.9;AO=36;DP=41;FAO=36;FDP=40;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0111061;FXX=0.0243843;HRUN=4;LEN=1;MLLD=321.699;QD=50.7043;RBI=0.0204761;REFB=-0.0372908;REVB=0.0172025;RO=4;SAF=21;SAR=15;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159362;STB=0.508542;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00432972;OID=.;OPOS=128842873;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:41:40:4:4:36:36:0.9:15:21:2:2:15:21:2:2 chr11 129312660 . C T 801.25 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6049;QD=57.2318;RBI=0.0298444;REFB=0;REVB=0.0170147;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463167;OID=.;OPOS=129312660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:24:32:0:0:24:32:0:0 chr11 129321818 . T G 75.3 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0256808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.282;QD=25.1008;RBI=0.0345096;REFB=-0.0809483;REVB=-0.0230523;RO=3;SAF=8;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198601;STB=0.615086;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0039439;OID=.;OPOS=129321818;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:1:8:2:1:1:8:2:1 chr11 129746707 . G T 128.29 PASS AF=0.208333;AO=20;DP=96;FAO=20;FDP=96;FR=.;FRO=76;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=58;FSRR=18;FWDB=-0.00652668;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.766;QD=5.34529;RBI=0.0110589;REFB=-0.00507004;REVB=0.00892754;RO=71;SAF=9;SAR=11;SRF=53;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369793;STB=0.738283;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0232872;OID=.;OPOS=129746707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:71:76:20:20:0.208333:11:9:53:18:11:9:58:18 chr11 129752447 . T C 46.41 PASS AF=0.123457;AO=10;DP=79;FAO=10;FDP=81;FR=.;FRO=71;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.0206898;FXX=0.0121936;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.293;QD=2.29177;RBI=0.0219376;REFB=-0.00996216;REVB=0.00729304;RO=69;SAF=7;SAR=3;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222267;STB=0.650851;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0574648;OID=.;OPOS=129752447;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:79:81:69:71:10:10:0.123457:3:7:36:33:3:7:38:33 chr11 129785615 . C T 30.22 PASS AF=0.0909091;AO=4;DP=55;FAO=5;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.0579985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.9947;QD=2.19808;RBI=0.0731366;REFB=-0.00493513;REVB=-0.0445549;RO=40;SAF=3;SAR=1;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271492;STB=0.60859;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.0189482;OID=.;OPOS=129785615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:55:55:40:48:4:5:0.0909091:1:3:20:20:2:3:23:25 chr11 129801043 . C T 81.46 PASS AF=0.131387;AO=18;DP=138;FAO=18;FDP=137;FR=.;FRO=119;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=45;FSRR=74;FWDB=-0.00419987;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2393;QD=2.3784;RBI=0.00927115;REFB=0.000603508;REVB=-0.00826531;RO=118;SAF=5;SAR=13;SRF=45;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144501;STB=0.598963;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=-0.00580177;OID=.;OPOS=129801043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:138:137:118:119:18:18:0.131387:13:5:45:73:13:5:45:74 chr11 129830796 . C T 43.38 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00474117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.6892;QD=5.78433;RBI=0.00853689;REFB=-0.0015049;REVB=0.00709929;RO=23;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109374;STB=0.571225;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00811164;OID=.;OPOS=129830796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:4:3:12:11:4:3:12:11 chr11 129873028 . C T 116.57 PASS AF=0.145251;AO=26;DP=179;FAO=26;FDP=179;FR=.;FRO=153;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=70;FSRR=83;FWDB=-0.0204353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8798;QD=2.60484;RBI=0.0476585;REFB=-0.0042867;REVB=-0.043055;RO=152;SAF=20;SAR=6;SRF=70;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.394464;STB=0.767035;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0256647;OID=.;OPOS=129873028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:152:153:26:26:0.145251:6:20:70:82:6:20:70:83 chr11 129970126 . C T 46.82 PASS AF=0.106796;AO=11;DP=103;FAO=11;FDP=103;FR=.;FRO=92;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=51;FSRR=41;FWDB=-0.0469851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1186;QD=1.81844;RBI=0.0498929;REFB=-0.0102512;REVB=-0.0167841;RO=92;SAF=8;SAR=3;SRF=51;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217138;STB=0.665092;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0643674;OID=.;OPOS=129970126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:103:103:92:92:11:11:0.106796:3:8:51:41:3:8:51:41 chr11 130066335 . C T 208.4 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0703424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.853;QD=41.6802;RBI=0.0703428;REFB=0.0159598;REVB=0.000231745;RO=2;SAF=5;SAR=13;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0493825;STB=0.526996;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.000101279;OID=.;OPOS=130066335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:2:2:18:18:0.9:13:5:1:1:13:5:1:1 chr11 130109776 . C G 69.63 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0144206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6834;QD=6.47709;RBI=0.0292624;REFB=0.0165609;REVB=-0.0254624;RO=31;SAF=3;SAR=7;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229267;STB=0.626602;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=-0.0725223;OID=.;OPOS=130109776;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:41:43:31:33:10:10:0.232558:7:3:15:16:7:3:15:18 chr11 130271678 . T G 508.93 PASS AF=0.796296;AO=41;DP=52;FAO=43;FDP=54;FR=.;FRO=11;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0129248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.066;QD=37.6987;RBI=0.0131458;REFB=0.0100895;REVB=0.00240034;RO=11;SAF=27;SAR=14;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.086317;STB=0.549219;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.00190201;OID=.;OPOS=130271678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:52:54:11:11:41:43:0.796296:14:27:5:6:14:29:5:6 chr11 130275762 . T C 42.36 PASS AF=0.121622;AO=9;DP=74;FAO=9;FDP=74;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.0220052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.471;QD=2.28979;RBI=0.029606;REFB=-0.0115096;REVB=-0.0198063;RO=65;SAF=5;SAR=4;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094226;STB=0.56871;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0662066;OID=.;OPOS=130275762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:74:74:65:65:9:9:0.121622:4:5:31:34:4:5:31:34 chr11 130281488 . G A 612.73 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.114878;FXX=0.0465008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.797;QD=59.7781;RBI=0.123848;REFB=-0.00783891;REVB=0.0462767;RO=1;SAF=10;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158949;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313751;OID=.;OPOS=130281488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:41:41:1:0:39:41:1:29:10:0:1:31:10:0:0 chr11 130297748 . G C 191.29 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.76;QD=47.8224;RBI=0.0676417;REFB=0;REVB=0.0668462;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0005696;OID=.;OPOS=130297748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:10:5:0:0:11:5:0:0 chr11 130319224 . T TG 118.01 PASS AF=0.472727;AO=23;DP=61;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0148084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.3377;QD=8.58285;RBI=0.125423;REFB=-0.0784274;REVB=0.124546;RO=38;SAF=11;SAR=12;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221649;STB=0.601032;STBP=0.175;TYPE=ins;VARB=0.108615;OID=.;OPOS=130319225;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472727:23:61:26:55:29:12:14:19:10:99:38:11:12:26:12 chr11 130340962 . A G 818.18 PASS AF=0.790123;AO=64;DP=81;FAO=64;FDP=81;FR=.;FRO=17;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0457606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.786;QD=40.4041;RBI=0.0554276;REFB=-0.0179945;REVB=-0.031276;RO=16;SAF=30;SAR=34;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117441;STB=0.500387;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0054317;OID=.;OPOS=130340962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:16:17:64:64:0.790123:34:30:7:9:34:30:8:9 chr11 130750642 . A C 587.34 PASS AF=0.884615;AO=46;DP=52;FAO=46;FDP=52;FR=.;FRO=6;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00672157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.3;QD=45.1796;RBI=0.00992334;REFB=-0.00127183;REVB=0.00730022;RO=5;SAF=27;SAR=19;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351604;STB=0.510305;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0012641;OID=.;OPOS=130750642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:5:6:46:46:0.884615:19:27:2:3:19:27:3:3 chr11 130775688 . C T 730.28 PASS AF=0.863636;AO=51;DP=61;FAO=57;FDP=66;FR=.;FRO=9;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0475759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.392;QD=44.2591;RBI=0.0560769;REFB=-0.057919;REVB=0.0296844;RO=9;SAF=23;SAR=28;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334572;STB=0.521546;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00600193;OID=.;OPOS=130775688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:61:66:9:9:51:57:0.863636:28:23:3:6:29:28:3:6 chr11 130775782 . C T 635.88 PASS AF=0.836066;AO=51;DP=61;FAO=51;FDP=61;FR=.;FRO=10;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0157708;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=277.738;QD=41.6972;RBI=0.0222117;REFB=-0.0258818;REVB=0.0156411;RO=10;SAF=25;SAR=26;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276645;STB=0.514795;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0042283;OID=.;OPOS=130775782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:61:61:10:10:51:51:0.836066:26:25:4:6:26:25:4:6 chr11 130776524 . T C 278.21 PASS AF=0.727273;AO=24;DP=33;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0185411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.867;QD=33.722;RBI=0.0776762;REFB=-0.0392063;REVB=-0.0754309;RO=8;SAF=9;SAR=15;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11787;STB=0.581326;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0137898;OID=.;OPOS=130776524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:8:9:24:24:0.727273:15:9:5:3:15:9:6:3 chr11 130776613 . A G 255.68 PASS AF=0.657143;AO=23;DP=35;FAO=23;FDP=35;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0578168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.333;QD=29.2201;RBI=0.0587609;REFB=-0.013004;REVB=-0.0104915;RO=12;SAF=5;SAR=18;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162265;STB=0.590079;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00637974;OID=.;OPOS=130776613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:12:12:23:23:0.657143:18:5:5:7:18:5:5:7 chr11 130777886 . G A 675.58 PASS AF=0.678161;AO=56;DP=86;FAO=59;FDP=87;FR=.;FRO=28;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00735341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.522;QD=31.061;RBI=0.0294006;REFB=-0.0499832;REVB=0.0284662;RO=27;SAF=28;SAR=28;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0557005;STB=0.526431;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0224728;OID=.;OPOS=130777886;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:27:28:56:59:0.678161:28:28:11:16:31:28:11:17 chr11 130780015 . C T 695.16 PASS AF=0.833333;AO=55;DP=66;FAO=55;FDP=66;FR=.;FRO=11;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0120904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.088;QD=42.1307;RBI=0.0422527;REFB=-0.0232366;REVB=0.0404859;RO=11;SAF=29;SAR=26;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0341879;STB=0.518266;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00628415;OID=.;OPOS=130780015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:66:66:11:11:55:55:0.833333:26:29:7:4:26:29:7:4 chr11 130780225 . C A 741.6 PASS AF=0.95;AO=55;DP=60;FAO=57;FDP=60;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0571458;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.8826;QD=49.44;RBI=0.0730081;REFB=-0.203142;REVB=0.0454372;RO=1;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149647;STB=0.511541;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0150885;OID=.;OPOS=130780225;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:60:60:1:3:55:57:0.95:31:24:0:1:32:25:2:1 chr11 130784396 . G A 586.23 PASS AF=0.777778;AO=49;DP=63;FAO=49;FDP=63;FR=.;FRO=14;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.00620342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.792;QD=37.2211;RBI=0.0168668;REFB=-0.0226828;REVB=0.0156846;RO=14;SAF=26;SAR=23;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159465;STB=0.585551;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00506242;OID=.;OPOS=130784396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:63:63:14:14:49:49:0.777778:23:26:2:12:23:26:2:12 chr11 130784488 . A G 633.4 PASS AF=0.822581;AO=51;DP=62;FAO=51;FDP=62;FR=.;FRO=11;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0135414;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0501;QD=40.8646;RBI=0.063021;REFB=-0.0247116;REVB=-0.061549;RO=11;SAF=26;SAR=25;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183079;STB=0.5098;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00600186;OID=.;OPOS=130784488;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:62:62:11:11:51:51:0.822581:25:26:5:6:25:26:5:6 chr11 130784616 . T C 62.41 PASS AF=0.666667;AO=7;DP=11;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0207688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.497;QD=20.8022;RBI=0.0210593;REFB=-0.0269522;REVB=-0.00348534;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275654;STB=0.545344;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0107031;OID=.;OPOS=130784616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:11:12:4:4:7:8:0.666667:5:2:1:3:5:3:1:3 chr11 130784694 . C T 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0178092;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.686;QD=24.8032;RBI=0.0299375;REFB=0.020438;REVB=0.0240642;RO=4;SAF=8;SAR=2;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329371;STB=0.689234;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00337971;OID=.;OPOS=130784694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:2:8:1:3:2:8:1:3 chr11 130784707 . C T 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0228785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.21;QD=20.838;RBI=0.0646775;REFB=-0.00634093;REVB=-0.0604959;RO=4;SAF=8;SAR=1;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.476297;STB=0.815495;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.000959652;OID=.;OPOS=130784707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:4:5:9:9:0.642857:1:8:1:3:1:8:1:4 chr11 130784754 . C G 196.37 PASS AF=0.782609;AO=18;DP=23;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0333911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9005;QD=34.1513;RBI=0.0337237;REFB=0.0292206;REVB=-0.0047245;RO=4;SAF=15;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273812;STB=0.686037;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0075736;OID=.;OPOS=130784754;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:23:23:4:5:18:18:0.782609:3:15:1:3:3:15:1:4 chr11 130784971 . C G 371.57 PASS AF=0.852941;AO=29;DP=34;FAO=29;FDP=34;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.000283905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.405;QD=43.7143;RBI=0.031715;REFB=0.0284102;REVB=0.0317137;RO=5;SAF=8;SAR=21;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262006;STB=0.514129;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=-0.00219191;OID=.;OPOS=130784971;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:34:34:5:5:29:29:0.852941:21:8:1:4:21:8:1:4 chr11 130785205 . G A 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.053268;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3423;QD=15.2923;RBI=0.0565517;REFB=0.0167262;REVB=0.0189901;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0131228;OID=.;OPOS=130785205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:6:3:3:6:6:3:3:6 chr11 130785304 . T C 320.2 PASS AF=0.8125;AO=26;DP=32;FAO=26;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0099522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.92;QD=40.025;RBI=0.0157001;REFB=-0.0210685;REVB=0.0121427;RO=6;SAF=20;SAR=6;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318002;STB=0.517228;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00194155;OID=.;OPOS=130785304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:6:6:26:26:0.8125:6:20:5:1:6:20:5:1 chr11 131531000 . T C 1575.56 PASS AF=1;AO=88;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=54;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00346904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.4;QD=63.0224;RBI=0.00662697;REFB=0;REVB=0.00564645;RO=0;SAF=49;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00205308;OID=.;OPOS=131531000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:88:100:1:39:49:0:0:46:54:0:0 chr11 131531015 . T G 1647.31 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0201824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.887;QD=58.8324;RBI=0.0227068;REFB=0.0527211;REVB=0.0104053;RO=1;SAF=57;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00887305;STB=0.504586;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=-4.70067e-05;OID=.;OPOS=131531015;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:112:1:1:110:111:0.991071:53:57:0:1:54:57:0:1 chr11 131531223 . A G 1050.7 PASS AF=0.948052;AO=73;DP=77;FAO=73;FDP=77;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0506978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9594;QD=54.582;RBI=0.0635015;REFB=-0.0268379;REVB=-0.0382383;RO=4;SAF=33;SAR=40;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200505;STB=0.510612;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.0157094;OID=.;OPOS=131531223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:77:77:4:4:73:73:0.948052:40:33:1:3:40:33:1:3 chr11 131531564 . A T 1304.5 PASS AF=0.988372;AO=84;DP=85;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0111351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.415;QD=60.6746;RBI=0.030013;REFB=-0.0798872;REVB=-0.027871;RO=1;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123019;STB=0.506328;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000133734;OID=.;OPOS=131531564;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:86:1:1:84:85:0.988372:38:46:0:1:39:46:0:1 chr11 131531720 . C T 745.11 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.213;QD=63.4137;RBI=0.0455464;REFB=0;REVB=-0.0437623;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000122971;OID=.;OPOS=131531720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr11 132177633 . A C 653.77 PASS AF=0.708861;AO=52;DP=78;FAO=56;FDP=79;FR=.;FRO=23;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00177097;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.333;QD=33.1022;RBI=0.0122074;REFB=-0.0128041;REVB=-0.0120783;RO=21;SAF=23;SAR=29;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00742844;STB=0.508641;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00427122;OID=.;OPOS=132177633;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:21:23:52:56:0.708861:29:23:9:12:30:26:10:13 chr11 133306894 . C G 73.95 PASS AF=0.183099;AO=13;DP=71;FAO=13;FDP=71;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0735992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0444;QD=4.16595;RBI=0.074168;REFB=0.00447927;REVB=0.00916707;RO=57;SAF=5;SAR=8;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218296;STB=0.634988;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=-0.0195336;OID=.;OPOS=133306894;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:71:71:57:58:13:13:0.183099:8:5:32:25:8:5:32:26 chr11 133714472 . C T 152.14 PASS AF=0.75;AO=15;DP=20;FAO=15;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0156909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.836;QD=30.4272;RBI=0.018536;REFB=-0.0290436;REVB=-0.00986809;RO=5;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265485;STB=0.646868;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0191123;OID=.;OPOS=133714472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:20:5:5:15:15:0.75:9:6:5:0:9:6:5:0 chr11 133714522 . G A 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00368554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.29;QD=26.5708;RBI=0.00705209;REFB=-0.0788659;REVB=0.00601238;RO=4;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353219;STB=0.699626;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.00205086;OID=.;OPOS=133714522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:8:3:4:0:8:3:4:0 chr11 133788992 . T C 44.05 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0243169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.302;QD=6.5264;RBI=0.0385893;REFB=-0.00576199;REVB=-0.0299636;RO=20;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0856982;STB=0.555391;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0359049;OID=.;OPOS=133788992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:5:2:7:13:5:2:7:13 chr11 133805585 . C T 696.69 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.026508;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=202.31;QD=52.5802;RBI=0.0275818;REFB=-0.000842819;REVB=0.00762123;RO=1;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165215;STB=0.517235;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=5.58398e-05;OID=.;OPOS=133805585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:1:2:51:51:0.962264:28:23:0:1:28:23:0:2 chr11 133814191 . A G 1396.86 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00320555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.68;QD=62.7802;RBI=0.00385016;REFB=0;REVB=-0.00213265;RO=0;SAF=47;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59137e-06;OID=.;OPOS=133814191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:41:47:0:0:42:47:0:0 chr11 134018656 . T C 416.8 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0473641;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.569;QD=57.4889;RBI=0.0617747;REFB=0;REVB=0.039658;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363692;OID=.;OPOS=134018656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr11 134021477 . G T 463.41 PASS AF=0.942857;AO=33;DP=35;FAO=33;FDP=35;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0298385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.783;QD=52.9607;RBI=0.0305086;REFB=0.0765074;REVB=0.00635901;RO=1;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252499;STB=0.5263;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.000830903;OID=.;OPOS=134021477;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:35:35:1:2:33:33:0.942857:18:15:0:1:18:15:0:2 chr11 134047243 . T C 1156.82 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0463871;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.0228;QD=60.8851;RBI=0.0603224;REFB=0;REVB=-0.038562;RO=0;SAF=33;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66218e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000497889;OID=.;OPOS=134047243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:76:76:1:43:33:0:0:43:33:0:0 chr11 134182375 . G A 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.512;QD=62.9823;RBI=0.0964178;REFB=0;REVB=0.0942211;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038728;OID=.;OPOS=134182375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:24:21:0:0:24:21:0:0 chr11 134208765 . T C 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.00915056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.486;QD=6.92898;RBI=0.0158681;REFB=-0.00909579;REVB=0.0129639;RO=14;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.468168;STB=0.799199;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0105827;OID=.;OPOS=134208765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:14:15:6:6:0.285714:2:4:3:11:2:4:3:12 chr11 134226278 . C T 140.6 PASS AF=0.316667;AO=19;DP=60;FAO=19;FDP=60;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0209832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.832;QD=9.37327;RBI=0.0225086;REFB=-0.0117998;REVB=-0.00814498;RO=41;SAF=4;SAR=15;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.446885;STB=0.766133;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0241738;OID=.;OPOS=134226278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:41:41:19:19:0.316667:15:4:24:17:15:4:24:17 chr11 134244123 . C G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149611;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.316;QD=49.5992;RBI=0.0218371;REFB=0;REVB=0.0159068;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139383;OID=.;OPOS=134244123;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr11 134249321 . T C 602.68 PASS AF=1;AO=31;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235726;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.469;QD=60.268;RBI=0.087795;REFB=0;REVB=0.0845712;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155048;OID=.;OPOS=134249321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:31:40:1:13:18:0:0:22:18:0:0 chr12 78795 . C G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0863029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4322;QD=14.0427;RBI=0.128074;REFB=0.0118865;REVB=0.0946292;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425125;STB=0.760793;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00866667;OID=.;OPOS=78795;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:3:1:4:1:3:1 chr12 90902 . C T 397.79 PASS AF=0.285714;AO=54;DP=188;FAO=54;FDP=189;FR=.;FRO=135;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=65;FSRR=70;FWDB=0.0394478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.68;QD=8.41886;RBI=0.0403364;REFB=-0.0159923;REVB=-0.00842038;RO=134;SAF=26;SAR=28;SRF=64;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00470856;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0347199;OID=.;OPOS=90902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:189:134:135:54:54:0.285714:28:26:64:70:28:26:65:70 chr12 90914 . C T 675.97 PASS AF=0.414365;AO=75;DP=182;FAO=75;FDP=181;FR=.;FRO=106;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=58;FSRR=48;FWDB=-0.000630535;FXX=0.0054942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.306;QD=14.9385;RBI=0.020614;REFB=-0.0155455;REVB=0.0206043;RO=106;SAF=31;SAR=44;SRF=58;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140251;STB=0.578584;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0291095;OID=.;OPOS=90914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:106:106:75:75:0.414365:44:31:58:48:44:31:58:48 chr12 92119 . T C 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.109524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.651;QD=10.7151;RBI=0.116231;REFB=-0.0236565;REVB=-0.0389106;RO=29;SAF=2;SAR=12;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39585;STB=0.742956;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0398511;OID=.;OPOS=92119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:12:2:12:17:12:2:12:17 chr12 92991 . C G 151.52 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0450492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2526;QD=12.8952;RBI=0.046595;REFB=-0.00925716;REVB=0.0119022;RO=30;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549036;STB=0.53222;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00953438;OID=.;OPOS=92991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:11:6:12:18:11:6:12:18 chr12 235022 . C T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127732;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=205.699;QD=54.5174;RBI=0.0184155;REFB=0;REVB=0.0132657;RO=0;SAF=20;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07494e-05;OID=.;OPOS=235022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:5:20:0:0:5:20:0:0 chr12 280349 . C A 2720.74 PASS AF=0.978142;AO=178;DP=183;FAO=179;FDP=183;FR=.;FRO=4;FSAF=95;FSAR=84;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0185367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.7165;QD=59.4698;RBI=0.0424617;REFB=-0.0375011;REVB=0.038202;RO=4;SAF=95;SAR=83;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.001416;STB=0.500674;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.000790036;OID=.;OPOS=280349;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:183:183:4:4:178:179:0.978142:83:95:2:2:84:95:2:2 chr12 284058 . T C 190.71 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0891825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.896;QD=47.6783;RBI=0.0891826;REFB=0;REVB=-0.000144594;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113597;OID=.;OPOS=284058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:13:2:0:0:13:3:0:0 chr12 311949 . A G 904.54 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00331477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6223;QD=56.5339;RBI=0.0534497;REFB=0.0677452;REVB=-0.0533468;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509801;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.00176498;OID=.;OPOS=311949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:38:25:0:0:38:25:1:0 chr12 393500 . TT AA,TA 352.88 PASS AF=0.0377358,0.698113;AO=2,15;DP=53;FAO=2,37;FDP=53;FR=.;FRO=14;FSAF=1,14;FSAR=1,23;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0470921,-0.0884015;FXX=0;HRUN=12,12;LEN=2,1;MLLD=19.7699,18.4115;QD=26.6324;RBI=0.0825564,0.153485;REFB=-0.0448393,-0.0836564;REVB=-0.0678078,-0.12547;RO=2;SAF=2,6;SAR=0,9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.639851,-0.0221381;STB=0.623834,0.506211;STBP=0.757,0.919;TYPE=mnp,snp;VARB=0.146532,0.0172172;OID=.,.;OPOS=393500,393501;OREF=TT,T;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:84:53:53:2:14:2,15:2,37:0.0377358,0.698113:0,9:2,6:1:1:1,23:1,14:5:9 chr12 406292 . G A 1408.66 PASS AF=0.98;AO=95;DP=102;FAO=98;FDP=100;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00771758;FXX=0.0196059;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.743;QD=56.3463;RBI=0.0114434;REFB=-0.12076;REVB=0.00844928;RO=3;SAF=42;SAR=53;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131813;STB=0.511626;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=1.92779e-05;OID=.;OPOS=406292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:102:100:3:2:95:98:0.98:53:42:2:1:56:42:2:0 chr12 427575 . A G 1108.48 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171228;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.839;QD=59.9178;RBI=0.0298892;REFB=0;REVB=-0.0244984;RO=0;SAF=29;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132471;OID=.;OPOS=427575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:44:29:0:0:44:30:0:0 chr12 657404 . G A 197.76 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.00389752;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.343;QD=10.9868;RBI=0.0148689;REFB=-0.014839;REVB=0.014349;RO=46;SAF=11;SAR=14;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0913378;STB=0.559952;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0267293;OID=.;OPOS=657404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:47:25:25:0.347222:14:11:24:22:14:11:25:22 chr12 661656 . A G 252.95 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0169349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6811;QD=15.1013;RBI=0.0221163;REFB=-0.00953717;REVB=-0.0142246;RO=38;SAF=20;SAR=9;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149281;STB=0.584866;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0131411;OID=.;OPOS=661656;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:9:20:21:17:9:20:21:17 chr12 662448 . T C 551.3 PASS AF=0.453846;AO=58;DP=130;FAO=59;FDP=130;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=0.00428103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.331;QD=16.9632;RBI=0.00710993;REFB=-0.028256;REVB=0.00567661;RO=70;SAF=32;SAR=26;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229049;STB=0.513309;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0278858;OID=.;OPOS=662448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:70:71:58:59:0.453846:26:32:37:33:26:33:38:33 chr12 662838 . T C 65.52 PASS AF=0.375;AO=8;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.000660145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.74;QD=10.9197;RBI=0.00222066;REFB=-0.0102824;REVB=-0.00212027;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354635;STB=0.555432;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0125261;OID=.;OPOS=662838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:8:9:0.375:4:4:7:8:4:5:7:8 chr12 862989 . T C 1898.5 PASS AF=0.992;AO=124;DP=125;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0588328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.949;QD=60.7519;RBI=0.0633123;REFB=-0.0514901;REVB=-0.0233911;RO=1;SAF=64;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00785291;STB=0.504132;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=4.51643e-05;OID=.;OPOS=862989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:125:125:1:1:124:124:0.992:60:64:0:1:60:64:0:1 chr12 939302 . A G 859.14 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0624421;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.965;QD=56.3367;RBI=0.0630654;REFB=-0.0609597;REVB=0.00884462;RO=0;SAF=19;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31043e-08;STB=0.512816;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.000448745;OID=.;OPOS=939302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:61:0:1:60:60:0.983607:41:19:0:0:41:19:1:0 chr12 974404 . T C 438.74 PASS AF=0.5375;AO=40;DP=78;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=41;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00666552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.223;QD=21.9371;RBI=0.0132525;REFB=-0.0126885;REVB=0.0114543;RO=37;SAF=2;SAR=38;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.630401;STB=0.86436;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0111845;OID=.;OPOS=974404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:37:37:40:43:0.5375:38:2:17:20:41:2:17:20 chr12 977338 . A T 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0318178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.545;QD=23.2362;RBI=0.0366498;REFB=-0.0235034;REVB=-0.0181888;RO=13;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455938;STB=0.525519;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0144801;OID=.;OPOS=977338;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:8:10:8:5:8:10:8:5 chr12 977995 . G T 425.94 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=32;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00657225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8485;QD=21.8428;RBI=0.00657377;REFB=-0.0111711;REVB=0.000141224;RO=36;SAF=32;SAR=10;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130325;STB=0.572281;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0304868;OID=.;OPOS=977995;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:10:32:23:13:10:32:23:13 chr12 987482 . G A 152.5 PASS AF=0.365385;AO=18;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0523564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.959;QD=11.7304;RBI=0.0526813;REFB=0.0104871;REVB=-0.00584236;RO=33;SAF=7;SAR=11;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745745;STB=0.521627;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.0131635;OID=.;OPOS=987482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:18:19:0.365385:11:7:15:18:11:8:15:18 chr12 990911 . GA CG,GC 1509.22 PASS AF=0.0412371,0.958763;AO=4,81;DP=98;FAO=4,93;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=4,39;FSAR=0,54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254919,0.0123343;FXX=0.010203;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=61.7247,103.19;QD=62.2358;RBI=0.0257538,0.0518294;REFB=0,0;REVB=0.00366387,-0.0503404;RO=0;SAF=4,35;SAR=0,46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,6.46682e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0483146,0.00245524;OID=.,.;OPOS=990911,990912;OREF=GA,A;OALT=CG,C;OMAPALT=CG,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:98:97:0:0:4,81:4,93:0.0412371,0.958763:0,46:4,35:0:0:0,54:4,39:0:0 chr12 993930 . C T 446.33 PASS AF=0.438596;AO=50;DP=114;FAO=50;FDP=114;FR=.;FRO=64;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.00540481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.751;QD=15.6607;RBI=0.0243679;REFB=-0.0239834;REVB=0.023761;RO=62;SAF=24;SAR=26;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121651;STB=0.502459;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0333573;OID=.;OPOS=993930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:62:64:50:50:0.438596:26:24:29:33:26:24:31:33 chr12 994487 . G C 854.15 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00655323;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.098;QD=57.9087;RBI=0.0125698;REFB=0;REVB=0.0107263;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.09682e-06;OID=.;OPOS=994487;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:26:32:0:0:27:32:0:0 chr12 998365 . G T 394.39 PASS AF=0.506329;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=79;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0140048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3689;QD=19.9692;RBI=0.0349535;REFB=-0.00459942;REVB=0.0320252;RO=39;SAF=21;SAR=19;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336619;STB=0.518673;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.00563688;OID=.;OPOS=998365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:39:39:40:40:0.506329:19:21:19:20:19:21:19:20 chr12 1017197 . C T 428.96 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00142237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8234;QD=57.1951;RBI=0.0019515;REFB=0;REVB=-0.00133612;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.41052e-06;OID=.;OPOS=1017197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr12 1020506 . C CACTA 446.05 PASS AF=0.38806;AO=48;DP=134;FAO=52;FDP=134;FR=.;FRO=82;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=37;FWDB=-0.00683588;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=185.076;QD=13.3148;RBI=0.0122872;REFB=-0.0105924;REVB=-0.0102101;RO=82;SAF=31;SAR=17;SRF=46;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989872;STB=0.542195;STBP=0.453;TYPE=ins;VARB=0.0180772;OID=.;OPOS=1020507;OREF=-;OALT=ACTA;OMAPALT=CACTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.38806:48:134:52:134:82:32:20:45:37:99:82:31:17:46:36 chr12 1902766 . T G 328.47 PASS AF=0.328125;AO=39;DP=125;FAO=42;FDP=128;FR=.;FRO=86;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=0.00555772;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=194.703;QD=10.2645;RBI=0.0193666;REFB=-0.00879296;REVB=-0.018552;RO=84;SAF=16;SAR=23;SRF=34;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00667124;STB=0.518365;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0217375;OID=.;OPOS=1902766;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:128:84:86:39:42:0.328125:23:16:34:50:26:16:35:51 chr12 1955786 . G A 291.97 PASS AF=0.555556;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0148134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.926;QD=21.6275;RBI=0.0172063;REFB=-0.0237449;REVB=0.00875323;RO=24;SAF=10;SAR=20;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107976;STB=0.559959;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0270862;OID=.;OPOS=1955786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:24:24:30:30:0.555556:20:10:11:13:20:10:11:13 chr12 1965369 . G A 680.58 PASS AF=0.523438;AO=66;DP=131;FAO=67;FDP=128;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.0502919;FXX=0.022899;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1178;QD=21.2682;RBI=0.0504444;REFB=-0.00967116;REVB=0.00392014;RO=63;SAF=30;SAR=36;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0193188;STB=0.505415;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.00817832;OID=.;OPOS=1965369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:128:63:61:66:67:0.523438:36:30:30:33:37:30:28:33 chr12 1995403 . T C 2483.89 PASS AF=0.993865;AO=162;DP=165;FAO=162;FDP=163;FR=.;FRO=1;FSAF=102;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0147208;FXX=0.0180712;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.894;QD=60.9544;RBI=0.0814887;REFB=-0.0308101;REVB=0.080148;RO=0;SAF=102;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4491e-08;STB=0.502439;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0002302;OID=.;OPOS=1995403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:165:163:0:1:162:162:0.993865:60:102:0:0:60:102:1:0 chr12 2062323 . T TTGC 369.44 PASS AF=0.68;AO=27;DP=73;FAO=34;FDP=50;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.028667;FXX=0.122785;HRUN=2;LEN=3;MLLD=114.147;QD=29.5552;RBI=0.0578929;REFB=-0.172639;REVB=0.050297;RO=44;SAF=9;SAR=18;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278905;STB=0.588183;STBP=0.069;TYPE=ins;VARB=0.0832195;OID=.;OPOS=2062324;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=TTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.68:27:73:34:50:16:14:20:11:5:99:44:9:18:26:18 chr12 2694638 . C T 308.36 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00975118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.932;QD=18.4098;RBI=0.010896;REFB=-0.0156137;REVB=0.00486174;RO=34;SAF=15;SAR=18;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0946641;STB=0.552814;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0188951;OID=.;OPOS=2694638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:18:15:19:15:18:15:19:15 chr12 2721137 . C T 424.46 PASS AF=0.44898;AO=42;DP=96;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=13;FWDB=0.0230569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.506;QD=17.3251;RBI=0.0234731;REFB=-0.018124;REVB=-0.00440049;RO=52;SAF=31;SAR=11;SRF=39;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153328;STB=0.522663;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0264841;OID=.;OPOS=2721137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:98:52:54:42:44:0.44898:11:31:39:13:12:32:41:13 chr12 2750893 . C T 890.29 PASS AF=0.558442;AO=85;DP=153;FAO=86;FDP=154;FR=.;FRO=68;FSAF=53;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=0.0157074;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.503;QD=23.1245;RBI=0.0169013;REFB=-0.0245803;REVB=0.00623949;RO=67;SAF=53;SAR=32;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203576;STB=0.610092;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0179216;OID=.;OPOS=2750893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:67:68:85:86:0.558442:32:53:25:42:33:53:25:43 chr12 2788879 . G A 280.32 PASS AF=0.508475;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00346412;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.336;QD=19.0048;RBI=0.0110253;REFB=-0.00564463;REVB=0.0104669;RO=29;SAF=18;SAR=12;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745867;STB=0.541639;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00665513;OID=.;OPOS=2788879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:29:29:30:30:0.508475:12:18:15:14:12:18:15:14 chr12 2791130 . C T 337.58 PASS AF=0.352941;AO=42;DP=120;FAO=42;FDP=119;FR=.;FRO=77;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=51;FWDB=0.018803;FXX=0.00833264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.151;QD=11.3473;RBI=0.020415;REFB=-0.00749498;REVB=-0.00795102;RO=77;SAF=27;SAR=15;SRF=26;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335388;STB=0.691414;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.009796;OID=.;OPOS=2791130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:77:77:42:42:0.352941:15:27:26:51:15:27:26:51 chr12 2791132 . A G 350.61 PASS AF=0.361345;AO=42;DP=119;FAO=43;FDP=119;FR=.;FRO=76;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=51;FWDB=-0.0255293;FXX=0.00833264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.079;QD=11.7853;RBI=0.032244;REFB=-0.00565217;REVB=-0.019696;RO=76;SAF=26;SAR=16;SRF=26;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304057;STB=0.684886;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0169723;OID=.;OPOS=2791132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:76:76:42:43:0.361345:16:26:26:50:16:27:25:51 chr12 2791205 . A G 1558.08 PASS AF=0.939655;AO=109;DP=116;FAO=109;FDP=116;FR=.;FRO=7;FSAF=50;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0287412;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.591;QD=53.7269;RBI=0.0287428;REFB=-0.0301236;REVB=0.000304496;RO=7;SAF=50;SAR=59;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199479;STB=0.510528;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=0.000710206;OID=.;OPOS=2791205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:116:116:7:7:109:109:0.939655:59:50:2:5:59:50:2:5 chr12 2801469 . C CT 124.96 PASS AF=0.407407;AO=35;DP=119;FAO=44;FDP=108;FR=.;FRO=64;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.00994809;FXX=0.00917347;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.77697;QD=4.62814;RBI=0.13554;REFB=-0.0653601;REVB=-0.135174;RO=73;SAF=23;SAR=12;SRF=42;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101203;STB=0.559558;STBP=0.329;TYPE=ins;VARB=0.0266927;OID=.;OPOS=2801470;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407:35:119:44:108:64:27:17:33:31:99:73:23:12:42:31 chr12 2944024 . G C 418.08 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00190204;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.221;QD=19.9088;RBI=0.0115661;REFB=-0.016133;REVB=0.0114087;RO=42;SAF=22;SAR=20;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064762;STB=0.535901;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0167509;OID=.;OPOS=2944024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:20:22:25:17:20:22:25:17 chr12 2944134 . GA G 82.0 PASS AF=0.666667;AO=11;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.246952;FXX=0.0357015;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.3573;QD=12.1486;RBI=0.289256;REFB=-0.10052;REVB=0.150612;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233296;STB=0.537149;STBP=0.635;TYPE=del;VARB=0.147411;OID=.;OPOS=2944135;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:11:27:18:27:9:8:10:5:4:32:13:4:7:8:5 chr12 2968169 . A G 189.98 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.02;QD=47.4951;RBI=0.0386026;REFB=0;REVB=0.023539;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177526;OID=.;OPOS=2968169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:16:0:0:14:16:1:9:5:0:0:10:6:0:0 chr12 2968458 . T C 552.47 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0613556;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.9296;QD=55.2465;RBI=0.0617045;REFB=0.0167327;REVB=0.00655219;RO=2;SAF=24;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131768;STB=0.507039;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.00537669;OID=.;OPOS=2968458;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:14:24:1:1:14:24:1:1 chr12 2996174 . A G 499.1 PASS AF=0.457627;AO=54;DP=118;FAO=54;FDP=118;FR=.;FRO=64;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=43;FSRR=21;FWDB=-0.0085235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.253;QD=16.9185;RBI=0.0201621;REFB=-0.010683;REVB=0.0182719;RO=64;SAF=26;SAR=28;SRF=43;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184831;STB=0.602583;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.015;OID=.;OPOS=2996174;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:64:64:54:54:0.457627:28:26:43:21:28:26:43:21 chr12 2997397 . G A 275.7 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0291324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6804;QD=25.6469;RBI=0.03134;REFB=-0.0154565;REVB=-0.0115541;RO=18;SAF=9;SAR=16;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11746;STB=0.564804;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0103513;OID=.;OPOS=2997397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:16:9:4:14:16:9:4:14 chr12 3310439 . C T 1103.32 PASS AF=0.986842;AO=70;DP=71;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0299312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.649;QD=58.0693;RBI=0.0430293;REFB=-0.0508632;REVB=0.0309134;RO=0;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506492;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=7.75474e-05;OID=.;OPOS=3310439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:71:76:0:1:70:75:0.986842:34:36:0:0:38:37:0:1 chr12 3391032 . T G 432.09 PASS AF=0.5;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=86;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.0214466;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.551;QD=20.0972;RBI=0.0333353;REFB=-0.0276207;REVB=-0.0255203;RO=38;SAF=18;SAR=25;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00213543;STB=0.535403;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0216873;OID=.;OPOS=3391032;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:43:43:43:0.5:25:18:16:22:25:18:21:22 chr12 3392558 . C T 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0365724;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.97;QD=16.898;RBI=0.0477698;REFB=0.0208917;REVB=0.0307313;RO=9;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128055;STB=0.574318;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.00533388;OID=.;OPOS=3392558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:6:4:5:4:6:4:5:4 chr12 3409277 . C T 757.69 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00776951;FXX=0.036357;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.744;QD=57.1839;RBI=0.0175158;REFB=0;REVB=0.0156984;RO=0;SAF=30;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3304e-05;OID=.;OPOS=3409277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:53:0:0:53:53:1:23:30:0:0:23:30:0:0 chr12 3701464 . GAG AAG,GGA 172.83 PASS AF=0.392857,0;AO=18,4;DP=63;FAO=22,0;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=13,0;FSAR=9,0;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0192183,0.0580459;FXX=0.111093;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=46.5166,27.2407;QD=12.345;RBI=0.0211781,0.0975676;REFB=-0.00888202,-0.0652138;REVB=-0.00889773,-0.0784227;RO=22;SAF=11,0;SAR=7,4;SRF=8;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.235552,-0.596482;STB=0.674379,0.5;STBP=0.061,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0151222,0;OID=.,.;OPOS=3701464,3701465;OREF=G,AG;OALT=A,GA;OMAPALT=AAG,GGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:56:22:34:18,4:22,0:0.392857,0:7,4:11,0:8:14:9,0:13,0:10:24 chr12 3749874 . T C 1410.97 PASS AF=0.989247;AO=89;DP=91;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0232986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.252;QD=60.6869;RBI=0.0374303;REFB=-0.131392;REVB=0.029295;RO=1;SAF=54;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133474;STB=0.506492;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000231074;OID=.;OPOS=3749874;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:91:93:1:1:89:92:0.989247:35:54:0:1:38:54:0:1 chr12 3763413 . C T 786.14 PASS AF=0.62069;AO=72;DP=116;FAO=72;FDP=116;FR=.;FRO=44;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.0149987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.135;QD=27.1084;RBI=0.0179366;REFB=-0.0062666;REVB=-0.00983676;RO=44;SAF=38;SAR=34;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828816;STB=0.544921;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.00345941;OID=.;OPOS=3763413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:44:44:72:72:0.62069:34:38:18:26:34:38:18:26 chr12 3835401 . G A 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=8.47453e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1866;QD=39.2067;RBI=0.0412707;REFB=0;REVB=-0.0412706;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00251957;OID=.;OPOS=3835401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr12 3921166 . CTT C,CT 216.88 PASS AF=0,1;AO=9,28;DP=45;FAO=0,43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0763585,-0.146693;FXX=0.0444346;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=9.51408,8.19399;QD=20.1747;RBI=0.0803704,0.156224;REFB=-0.0383959,-0.0374194;REVB=0.0250753,0.0537315;RO=5;SAF=6,9;SAR=3,19;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0455969,-0.0863074;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00299345,-0.00154734;OID=.,.;OPOS=3921167,3921167;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1:9,28:45:0,43:43:0:0,18:0,25:0:0:3:5:6,9:3,19:3:2 chr12 4411094 . C CT,T 67.54 PASS AF=0.357143,0.0357143;AO=10,9;DP=64;FAO=20,2;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=11,0;FSAR=9,2;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.208684,-0.0153674;FXX=0.0175408;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=7.59701,216.739;QD=4.82446;RBI=0.29794,0.0167339;REFB=-0.154655,-0.004653;REVB=0.212648,0.0066232;RO=40;SAF=7,7;SAR=3,2;SRF=17;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.332696,0.42752;STB=0.622145,0.993408;STBP=0.197,0.316;TYPE=ins,snp;VARB=0.10781,0.0167537;OID=.,.;OPOS=4411095,4411094;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:64:56:40:34:10,9:20,2:0.357143,0.0357143:3,2:7,7:17:23:9,2:11,0:12:22 chr12 4414126 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.055787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.965;QD=43.4861;RBI=0.0626902;REFB=0;REVB=0.0285983;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00195648;OID=.;OPOS=4414126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr12 4461485 . G A 851.18 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.079;QD=57.7073;RBI=0.0205566;REFB=0;REVB=0.0126451;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20917e-05;OID=.;OPOS=4461485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:27:31:0:0:28:31:0:0 chr12 4478080 . T A 152.78 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0106669;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.317;QD=11.5304;RBI=0.0155593;REFB=-0.011301;REVB=0.0113273;RO=35;SAF=7;SAR=12;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370683;STB=0.509544;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0222633;OID=.;OPOS=4478080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:35:34:19:19:0.358491:12:7:14:21:12:7:13:21 chr12 4553332 . A G 429.96 PASS AF=0.44898;AO=43;DP=97;FAO=44;FDP=98;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.0472363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8746;QD=17.5492;RBI=0.074379;REFB=0.00236942;REVB=0.0574541;RO=54;SAF=27;SAR=16;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166604;STB=0.597678;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00317778;OID=.;OPOS=4553332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:54:54:43:44:0.44898:16:27:25:29:16:28:25:29 chr12 4553383 . A G 270.03 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.0222765;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.944;QD=15.0014;RBI=0.0322662;REFB=-0.0219079;REVB=0.0233424;RO=41;SAF=19;SAR=12;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268939;STB=0.65162;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0212715;OID=.;OPOS=4553383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:12:19:14:27:12:19:14:27 chr12 4554548 . G C 1423.54 PASS AF=0.980392;AO=92;DP=94;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0308613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.7734;QD=55.8252;RBI=0.0593447;REFB=-0.000822564;REVB=0.050689;RO=2;SAF=31;SAR=61;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152889;STB=0.507461;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00325883;OID=.;OPOS=4554548;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:102:2:2:92:100:0.980392:61:31:0:2:66:34:0:2 chr12 4702173 . C T 137.25 PASS AF=0.301587;AO=19;DP=63;FAO=19;FDP=63;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0156541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.4616;QD=8.71409;RBI=0.0313138;REFB=0.00373462;REVB=-0.0271202;RO=43;SAF=7;SAR=12;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296419;STB=0.681635;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.0148878;OID=.;OPOS=4702173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:44:19:19:0.301587:12:7:27:16:12:7:28:16 chr12 4705317 . C T 308.23 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=67;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00825094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0666;QD=18.4018;RBI=0.0157636;REFB=0.00480182;REVB=-0.0134318;RO=34;SAF=17;SAR=16;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397967;STB=0.522199;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.00513292;OID=.;OPOS=4705317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:34:33:33:0.492537:16:17:19:15:16:17:19:15 chr12 4716513 . C T 260.51 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00588386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.607;QD=14.473;RBI=0.0314312;REFB=-0.0350006;REVB=-0.0308756;RO=39;SAF=20;SAR=10;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211531;STB=0.615306;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0366366;OID=.;OPOS=4716513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:39:42:30:30:0.416667:10:20:18:21:10:20:20:22 chr12 4716572 . C A 237.65 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0459759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2512;QD=18.6395;RBI=0.047447;REFB=-0.0121538;REVB=0.0117234;RO=26;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.092369;STB=0.551958;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0096311;OID=.;OPOS=4716572;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:10:15:13:13:10:15:13:13 chr12 4735734 . T C 782.12 PASS AF=0.51634;AO=79;DP=152;FAO=79;FDP=153;FR=.;FRO=74;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=0.0151822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.436;QD=20.4476;RBI=0.0169183;REFB=-0.00660484;REVB=-0.00746521;RO=73;SAF=48;SAR=31;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114269;STB=0.559822;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00816066;OID=.;OPOS=4735734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:73:74:79:79:0.51634:31:48:35:38:31:48:36:38 chr12 4735737 . A G 886.97 PASS AF=0.486667;AO=72;DP=151;FAO=73;FDP=150;FR=.,HEALED;FRO=59;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=49;FSRR=10;FWDB=0.023673;FXX=0.00662208;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.3879;QD=23.6525;RBI=0.0742823;REFB=-0.00641475;REVB=-0.0704091;RO=51;SAF=33;SAR=39;SRF=49;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376442;STB=0.665273;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0176737;OID=.;OPOS=4735737;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:150:51:59:72:73:0.486667:39:33:49:2:40:33:49:10 chr12 4735894 . G A 280.95 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0124957;FXX=0.0238067;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8531;QD=13.7048;RBI=0.0211439;REFB=-0.0098634;REVB=-0.0170565;RO=51;SAF=21;SAR=11;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263696;STB=0.64507;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0240701;OID=.;OPOS=4735894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:51:50:32:32:0.390244:11:21:21:30:11:21:21:29 chr12 4736086 . A G 176.73 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00138623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7793;QD=13.338;RBI=0.0038342;REFB=0.000869751;REVB=-0.00357484;RO=32;SAF=8;SAR=13;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283195;STB=0.662416;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.0022168;OID=.;OPOS=4736086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:13:8:21:11:13:8:21:11 chr12 4736495 . C T 1560.34 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.207;QD=59.4413;RBI=0.0348506;REFB=0;REVB=0.0312356;RO=0;SAF=52;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.16305e-05;OID=.;OPOS=4736495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:105:0:0:101:105:1:49:52:0:0:53:52:0:0 chr12 4736631 . A G 2211.7 PASS AF=0.986577;AO=147;DP=149;FAO=147;FDP=149;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0263386;FXX=0.0132442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.063;QD=59.3744;RBI=0.045683;REFB=-0.0054732;REVB=-0.0373257;RO=2;SAF=56;SAR=91;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00321893;STB=0.501692;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00129773;OID=.;OPOS=4736631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:149:149:2:2:147:147:0.986577:91:56:1:1:91:56:1:1 chr12 4736677 . G C,T 1822.51 PASS AF=0.934426,0.0655738;AO=111,9;DP=121;FAO=114,8;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=50,0;FSAR=64,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197227,-0.0170809;FXX=0.00812942;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=61.8704,156.284;QD=59.7543;RBI=0.0197935,0.0178369;REFB=0,0;REVB=-0.00167278,-0.00513755;RO=0;SAF=47,1;SAR=64,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00127913,0.127429;OID=.,.;OPOS=4736677,4736677;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:121:122:0:0:111,9:114,8:0.934426,0.0655738:64,8:47,1:0:0:64,8:50,0:0:0 chr12 4736690 . A G 1812.29 PASS AF=1;AO=118;DP=122;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237865;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4427;QD=59.9103;RBI=0.025844;REFB=0;REVB=0.0101053;RO=3;SAF=46;SAR=72;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299659;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000735961;OID=.;OPOS=4736690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:122:121:3:0:118:121:1:72:46:3:0:72:49:0:0 chr12 4737318 . A G 439.06 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217192;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.094;QD=58.5419;RBI=0.0221585;REFB=0;REVB=-0.00439037;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143089;OID=.;OPOS=4737318;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:28:30:1:14:14:0:0:16:14:0:0 chr12 4737459 . C T 806.6 PASS AF=0.936508;AO=59;DP=63;FAO=59;FDP=63;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0408431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.898;QD=51.2126;RBI=0.0418269;REFB=-0.152965;REVB=0.00901872;RO=3;SAF=27;SAR=32;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114273;STB=0.513304;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00193527;OID=.;OPOS=4737459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:63:63:3:4:59:59:0.936508:32:27:1:2:32:27:1:3 chr12 4737715 . C T 473.04 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=91;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00729953;FXX=0.0109878;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.688;QD=21.0239;RBI=0.0171971;REFB=-0.01316;REVB=0.015571;RO=43;SAF=24;SAR=22;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00885025;STB=0.510634;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0118739;OID=.;OPOS=4737715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:43:44:46:46:0.511111:22:24:22:21:22:24:22:22 chr12 4740515 . A T 650.75 PASS AF=0.37931;AO=77;DP=203;FAO=77;FDP=203;FR=.;FRO=126;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=62;FSRR=64;FWDB=0.00508325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.07;QD=12.8226;RBI=0.00509064;REFB=-0.0117459;REVB=-0.000274179;RO=120;SAF=36;SAR=41;SRF=59;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261477;STB=0.515256;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0159422;OID=.;OPOS=4740515;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:203:120:126:77:77:0.37931:41:36:59:61:41:36:62:64 chr12 4794351 . A G 611.58 PASS AF=0.435374;AO=64;DP=147;FAO=64;FDP=147;FR=.;FRO=83;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=22;FSRR=61;FWDB=-0.0147653;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.697;QD=16.6416;RBI=0.0162244;REFB=-0.00696542;REVB=0.00672431;RO=80;SAF=30;SAR=34;SRF=22;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197722;STB=0.617116;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0103953;OID=.;OPOS=4794351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:80:83:64:64:0.435374:34:30:22:58:34:30:22:61 chr12 4919267 . A G 69.51 PASS AF=0.888889;AO=6;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0371436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.743;QD=30.8934;RBI=0.0371436;REFB=-0.0502804;REVB=0;RO=1;SAF=6;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00595848;OID=.;OPOS=4919267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:6:8:0.888889:0:6:1:0:0:8:1:0 chr12 4921228 . T C 511.44 PASS AF=0.430769;AO=56;DP=130;FAO=56;FDP=130;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=0.0204548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7207;QD=15.7366;RBI=0.0352512;REFB=-0.0188752;REVB=0.0287097;RO=74;SAF=26;SAR=30;SRF=39;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637713;STB=0.535702;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0283771;OID=.;OPOS=4921228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:74:74:56:56:0.430769:30:26:39:35:30:26:39:35 chr12 4921301 . T C 286.8 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0106499;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.237;QD=20.4854;RBI=0.0358951;REFB=-0.00629455;REVB=-0.0342788;RO=26;SAF=20;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115024;STB=0.564059;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.00407801;OID=.;OPOS=4921301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:26:26:30:30:0.535714:10:20:14:12:10:20:14:12 chr12 4921689 . C T 277.02 PASS AF=0.430556;AO=31;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.0241872;FXX=0.0270234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1874;QD=15.3898;RBI=0.0745075;REFB=-0.0224467;REVB=-0.0704723;RO=41;SAF=21;SAR=10;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199999;STB=0.613496;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0297123;OID=.;OPOS=4921689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:31:31:0.430556:10:21:20:21:10:21:20:21 chr12 4922030 . C G 1010.38 PASS AF=0.507772;AO=98;DP=196;FAO=98;FDP=193;FR=.;FRO=95;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=53;FSRR=42;FWDB=0.0116486;FXX=0.0153053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.673;QD=20.9406;RBI=0.0116507;REFB=-0.03517;REVB=-0.000221748;RO=94;SAF=52;SAR=46;SRF=52;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020253;STB=0.513499;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0292703;OID=.;OPOS=4922030;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:196:193:94:95:98:98:0.507772:46:52:52:42:46:52:53:42 chr12 4922734 . A G 221.37 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=0.0192944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.202;QD=14.5157;RBI=0.0215586;REFB=-0.00775085;REVB=-0.00961766;RO=35;SAF=7;SAR=19;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0937315;STB=0.552903;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00853712;OID=.;OPOS=4922734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:19:7:7:28:19:7:7:28 chr12 4923049 . T C 407.25 PASS AF=0.5125;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=80;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.0153221;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.4589;QD=20.3623;RBI=0.0180546;REFB=0.0062254;REVB=-0.00954998;RO=36;SAF=16;SAR=25;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102828;STB=0.556769;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.00895974;OID=.;OPOS=4923049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:36:39:41:41:0.5125:25:16:10:26:25:16:11:28 chr12 4923364 . T C 375.42 PASS AF=0.47561;AO=38;DP=82;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0176355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.919;QD=18.3133;RBI=0.019642;REFB=-0.0225603;REVB=-0.00864852;RO=43;SAF=9;SAR=29;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184009;STB=0.607417;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0229156;OID=.;OPOS=4923364;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:43:43:38:39:0.47561:29:9:17:26:30:9:17:26 chr12 4923697 . G T 708.75 PASS AF=0.450867;AO=71;DP=166;FAO=78;FDP=173;FR=.;FRO=95;FSAF=51;FSAR=27;FSRF=54;FSRR=41;FWDB=0.00268769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.823;QD=16.3873;RBI=0.00297196;REFB=-0.00850726;REVB=-0.00126841;RO=93;SAF=47;SAR=24;SRF=53;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100436;STB=0.550201;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0102091;OID=.;OPOS=4923697;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:173:93:95:71:78:0.450867:24:47:53:40:27:51:54:41 chr12 5021228 . T C 289.7 PASS AF=0.402439;AO=32;DP=82;FAO=33;FDP=82;FR=.;FRO=49;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.0432182;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.741;QD=14.1317;RBI=0.0442537;REFB=-0.00518393;REVB=-0.00951718;RO=49;SAF=25;SAR=7;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287377;STB=0.670109;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00958273;OID=.;OPOS=5021228;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:49:49:32:33:0.402439:7:25:27:22:7:26:27:22 chr12 5021840 . C G 250.43 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00217649;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.919;QD=20.0347;RBI=0.0169458;REFB=-0.0120145;REVB=-0.0168055;RO=26;SAF=13;SAR=11;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00297501;STB=0.501676;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0146401;OID=.;OPOS=5021840;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:11:13:14:12:11:13:14:12 chr12 5021984 . T A 412.14 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00296688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6276;QD=56.847;RBI=0.0322026;REFB=0;REVB=0.0320656;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000487889;OID=.;OPOS=5021984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:16:11:0:0:18:11:0:0 chr12 5022438 . C T 138.97 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.025972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.982;QD=12.0842;RBI=0.0320732;REFB=-0.0057934;REVB=-0.0188187;RO=30;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424159;STB=0.524969;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.0103565;OID=.;OPOS=5022438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:9:7:12:18:9:7:12:18 chr12 5023713 . T C 305.38 PASS AF=0.485294;AO=32;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=9;FWDB=0.000579132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.387;QD=17.9636;RBI=0.0157309;REFB=-0.00623053;REVB=0.0157203;RO=35;SAF=17;SAR=15;SRF=26;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202286;STB=0.618082;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0048466;OID=.;OPOS=5023713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:32:33:0.485294:15:17:26:9:16:17:26:9 chr12 5023959 . A T 73.82 PASS AF=0.261905;AO=9;DP=41;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00188877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3793;QD=7.03005;RBI=0.00320657;REFB=-0.02181;REVB=-0.00259126;RO=31;SAF=4;SAR=5;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200854;STB=0.615182;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0974852;OID=.;OPOS=5023959;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:41:42:31:31:9:11:0.261905:5:4:19:12:6:5:19:12 chr12 5024303 . GCCCCCCCG GCCCCCCG,GCCCCCCGT,GCCCCCCTG,GCCCCCG 241.45 PASS AF=0.131579,0.0263158,0.0526316,0.578947;AO=4,2,2,21;DP=39;FAO=5,1,2,22;FDP=38;FR=.;FRO=8;FSAF=3,1,2,10;FSAR=2,0,0,12;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.000636066,-0.00641095,0.0102322,0.000444897;FXX=0.0256345;HRUN=7,7,7,7;LEN=1,2,1,2;MLLD=8.14598,19.7636,60.0384,16.618;QD=25.416;RBI=0.122516,0.102316,0.0105687,0.0666498;REFB=-0.14027,-0.0654664,-0.0477379,-0.08099;REVB=0.122514,0.102115,0.00264555,0.0666483;RO=6;SAF=3,2,2,9;SAR=1,0,0,12;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.254893,0.606693,0.606693,-0.0294417;STB=0.635829,0.991208,0.99502,0.521453;STBP=0.446,0.288,0.184,0.721;TYPE=del,mnp,snp,del;VARB=0.220798,0.0517476,-0.0234207,0.0115653;OID=.,.,.,.;OPOS=5024304,5024310,5024310,5024304;OREF=C,CG,C,CC;OALT=-,GT,T,-;OMAPALT=GCCCCCCG,GCCCCCCGT,GCCCCCCTG,GCCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/4:0.131579,0.0263158,0.0526316,0.578947:4,2,2,21:39:5,1,2,22:38:8:3,1,2,10:2,0,0,12:3:5:33:6:3,2,2,9:1,0,0,12:3:3 chr12 5025094 . T C 254.69 PASS AF=0.317757;AO=34;DP=108;FAO=34;FDP=107;FR=.;FRO=73;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=58;FSRR=15;FWDB=-0.00443762;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.798;QD=9.52114;RBI=0.00451268;REFB=-0.00735688;REVB=-0.000819625;RO=70;SAF=23;SAR=11;SRF=56;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177708;STB=0.598336;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0205514;OID=.;OPOS=5025094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:70:73:34:34:0.317757:11:23:56:14:11:23:58:15 chr12 5154462 . T C 776.95 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0514817;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0631;QD=57.552;RBI=0.0550415;REFB=0;REVB=0.0194732;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00058914;OID=.;OPOS=5154462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chr12 5155663 . A T 877.97 PASS AF=0.612403;AO=79;DP=129;FAO=79;FDP=129;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=56;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=-0.0348382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.073;QD=27.224;RBI=0.0409984;REFB=-0.00661204;REVB=0.021614;RO=50;SAF=23;SAR=56;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901674;STB=0.549007;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00336789;OID=.;OPOS=5155663;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:50:50:79:79:0.612403:56:23:20:30:56:23:20:30 chr12 5603632 . G A 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0435324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.728;QD=11.8307;RBI=0.0470656;REFB=0.000183098;REVB=0.0178912;RO=18;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201747;STB=0.620033;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.000991779;OID=.;OPOS=5603632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:4:7:8:10:4:7:8:10 chr12 5671866 . T A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.100562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.813;QD=10.0333;RBI=0.106941;REFB=-0.0224063;REVB=-0.0363834;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621951;STB=0.517172;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0299664;OID=.;OPOS=5671866;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:12:6:7:5:5:0.416667:2:3:4:2:2:3:4:3 chr12 5674754 . G A 613.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00771197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.477;QD=61.3322;RBI=0.042488;REFB=0;REVB=0.0417822;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109481;OID=.;OPOS=5674754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr12 6030302 . T C 126.91 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00244378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.082;QD=19.5245;RBI=0.0490519;REFB=-0.0115495;REVB=-0.048991;RO=12;SAF=12;SAR=2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246078;STB=0.642621;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00719644;OID=.;OPOS=6030302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:2:12:8:4:2:12:8:4 chr12 6030405 . A G 470.33 PASS AF=0.611111;AO=43;DP=73;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0276474;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2359;QD=26.1294;RBI=0.0833583;REFB=-0.0536326;REVB=-0.0786398;RO=25;SAF=20;SAR=23;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100756;STB=0.503815;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0294625;OID=.;OPOS=6030405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:25:28:43:44:0.611111:23:20:12:13:24:20:13:15 chr12 6030437 . A G 553.08 PASS AF=0.617284;AO=51;DP=82;FAO=50;FDP=81;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0235963;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.819;QD=27.3125;RBI=0.0236144;REFB=-0.00592578;REVB=-0.000922301;RO=31;SAF=22;SAR=29;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369349;STB=0.524877;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00290433;OID=.;OPOS=6030437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:31:31:51:50:0.617284:29:22:15:16:29:21:15:16 chr12 6054395 . A G 368.04 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0176075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.271;QD=29.4433;RBI=0.017608;REFB=-0.0113056;REVB=-0.000138367;RO=19;SAF=11;SAR=20;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102205;STB=0.505614;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00663754;OID=.;OPOS=6054395;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:20:11:7:12:20:11:7:12 chr12 6061069 . T G 262.12 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0121196;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.146;QD=25.5723;RBI=0.0159398;REFB=-0.00834145;REVB=-0.0103534;RO=17;SAF=9;SAR=15;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118729;STB=0.565982;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00619429;OID=.;OPOS=6061069;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:15:9:9:8:15:9:9:8 chr12 6091000 . A G 2068.57 PASS AF=0.992593;AO=132;DP=134;FAO=134;FDP=135;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0298865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.368;QD=61.2909;RBI=0.0350444;REFB=-0.0841864;REVB=0.0183003;RO=1;SAF=69;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00683895;STB=0.503496;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000373901;OID=.;OPOS=6091000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:135:1:1:132:134:0.992593:63:69:1:0:63:71:1:0 chr12 6127535 . T G 42.67 PASS AF=0.0903226;AO=12;DP=154;FAO=14;FDP=155;FR=.;FRO=141;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=77;FSRR=64;FWDB=-0.0146788;FXX=0.012738;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.089;QD=1.10115;RBI=0.0177901;REFB=-0.00339138;REVB=-0.0100507;RO=138;SAF=9;SAR=3;SRF=74;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249631;STB=0.590734;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0395974;OID=.;OPOS=6127535;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:154:155:138:141:12:14:0.0903226:3:9:74:64:5:9:77:64 chr12 6127891 . C A 181.83 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0138577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8064;QD=15.1521;RBI=0.0419771;REFB=-0.034989;REVB=-0.0396237;RO=28;SAF=14;SAR=6;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216429;STB=0.62487;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0448934;OID=.;OPOS=6127891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:6:14:14:14:6:14:14:14 chr12 6127919 . T G 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00571906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.328;QD=15.172;RBI=0.0062647;REFB=-0.0294197;REVB=0.00255712;RO=24;SAF=11;SAR=6;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234768;STB=0.635677;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0328192;OID=.;OPOS=6127919;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:6:11:10:14:6:11:10:14 chr12 6127943 . A G 444.85 PASS AF=0.941176;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00210528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.315;QD=52.335;RBI=0.00358896;REFB=-0.0687464;REVB=0.00290662;RO=1;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266551;STB=0.501844;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00112512;OID=.;OPOS=6127943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:34:1:2:31:32:0.941176:17:14:0:1:17:15:1:1 chr12 6128443 . T C,G 563.92 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=36,2;DP=38;FAO=36,2;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15,2;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103016,-0.0376814;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=51.7344,144.06;QD=59.3602;RBI=0.039978,0.0388096;REFB=0,0;REVB=0.0386279,0.00928958;RO=0;SAF=15,2;SAR=21,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00711051,0.0720779;OID=.,.;OPOS=6128443,6128443;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:38:38:0:0:36,2:36,2:0.947368,0.0526316:21,0:15,2:0:0:21,0:15,2:0:0 chr12 6143984 . T C 1008.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.089;QD=59.3226;RBI=0.0331388;REFB=0;REVB=0.0270874;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.24398e-05;OID=.;OPOS=6143984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr12 6172202 . T C 2834.22 PASS AF=1;AO=170;DP=170;FAO=180;FDP=180;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0480959;FXX=0.00552456;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.493;QD=62.9828;RBI=0.0526477;REFB=0;REVB=0.0214139;RO=0;SAF=83;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.85022e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.9486e-05;OID=.;OPOS=6172202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:170:180:0:0:170:180:1:87:83:0:0:87:93:0:0 chr12 6204902 . CA C 753.09 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00622262;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.9805;QD=55.7842;RBI=0.0193156;REFB=0;REVB=-0.0182858;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000111948;OID=.;OPOS=6204903;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:55:54:54:0:32:22:0:0:4:0:32:21:0:0 chr12 6219682 . G A 488.28 PASS AF=0.534091;AO=46;DP=87;FAO=47;FDP=88;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00766617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.221;QD=22.1945;RBI=0.0223927;REFB=-0.0188372;REVB=0.0210395;RO=41;SAF=16;SAR=30;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227382;STB=0.616992;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0116159;OID=.;OPOS=6219682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:41:41:46:47:0.534091:30:16:25:16:30:17:25:16 chr12 6344600 . C A 1884.62 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000902893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.439;QD=61.2885;RBI=0.011805;REFB=0;REVB=0.0117705;RO=0;SAF=59;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113478;OID=.;OPOS=6344600;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:123:0:0:118:123:1:59:59:0:0:61:62:0:0 chr12 6421495 . G A 679.01 PASS AF=0.470588;AO=72;DP=152;FAO=72;FDP=153;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=-0.0142144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.482;QD=17.7519;RBI=0.019844;REFB=-0.0058049;REVB=0.0138468;RO=79;SAF=30;SAR=42;SRF=39;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738174;STB=0.534874;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0063768;OID=.;OPOS=6421495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:79:81:72:72:0.470588:42:30:39:40:42:30:39:42 chr12 6427052 . C T 357.66 PASS AF=0.387387;AO=43;DP=112;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=50;FWDB=0.089401;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.8889;QD=12.8886;RBI=0.100292;REFB=-0.0398567;REVB=0.0454521;RO=67;SAF=17;SAR=26;SRF=18;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148227;STB=0.586702;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0636673;OID=.;OPOS=6427052;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:67:68:43:43:0.387387:26:17:18:49:26:17:18:50 chr12 6428116 . T G 357.29 PASS AF=0.393939;AO=38;DP=99;FAO=39;FDP=99;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=-0.0128037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.123;QD=14.4358;RBI=0.0158333;REFB=-0.0169921;REVB=-0.00931442;RO=60;SAF=19;SAR=19;SRF=35;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089735;STB=0.542835;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.021456;OID=.;OPOS=6428116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:60:60:38:39:0.393939:19:19:35:25:19:20:35:25 chr12 6439470 . A G 676.71 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000132184;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.792;QD=60.152;RBI=0.0215033;REFB=-0.0924117;REVB=0.0215029;RO=1;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164853;STB=0.508768;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00254786;OID=.;OPOS=6439470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:28:16:0:1:28:16:0:1 chr12 6442346 . A G 526.49 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00443551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2458;QD=56.9181;RBI=0.0313674;REFB=0.0345401;REVB=-0.0310522;RO=1;SAF=8;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164281;STB=0.508767;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=-0.00220496;OID=.;OPOS=6442346;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:28:8:0:1:28:8:0:1 chr12 6457062 . T C 1587.37 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0704961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.216;QD=64.1362;RBI=0.0707142;REFB=0;REVB=-0.00554918;RO=0;SAF=39;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000243557;OID=.;OPOS=6457062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:60:39:0:0:60:39:0:0 chr12 6484709 . T C 897.44 PASS AF=1;AO=30;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117107;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.8;QD=56.0899;RBI=0.117531;REFB=0;REVB=0.00997338;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105617;OID=.;OPOS=6484709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:30:64:1:21:9:0:0:22:42:0:0 chr12 6495275 . C A 859.96 PASS AF=0.913043;AO=63;DP=69;FAO=63;FDP=69;FR=.;FRO=6;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0488871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.111;QD=49.853;RBI=0.0596487;REFB=-0.0538226;REVB=0.0341763;RO=6;SAF=33;SAR=30;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.003905;STB=0.502074;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00645022;OID=.;OPOS=6495275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:69:69:6:6:63:63:0.913043:30:33:3:3:30:33:3:3 chr12 6500105 . T G 190.46 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.36;QD=47.6139;RBI=0.046358;REFB=0;REVB=0.0309205;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000682966;OID=.;OPOS=6500105;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:13:2:0:0:14:2:0:0 chr12 6560473 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.456;QD=51.9166;RBI=0.031187;REFB=0;REVB=0.0122717;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112995;OID=.;OPOS=6560473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr12 6562753 . A G 755.4 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015595;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.134;QD=57.0109;RBI=0.0284143;REFB=0;REVB=0.0237522;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447242;OID=.;OPOS=6562753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:31:21:0:0:31:22:0:0 chr12 6562810 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0542259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.381;QD=56.1915;RBI=0.0563486;REFB=0;REVB=0.0153204;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000160891;OID=.;OPOS=6562810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr12 6572048 . A G 738.09 PASS AF=0.96;AO=49;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0503006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7433;QD=59.0469;RBI=0.0556999;REFB=-0.0260942;REVB=-0.0239236;RO=1;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014941;STB=0.506349;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00998121;OID=.;OPOS=6572048;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:1:2:49:48:0.96:31:18:0:1:31:17:1:1 chr12 6618871 . C T 226.82 PASS AF=0.95;AO=12;DP=13;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.117891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.322;QD=45.3645;RBI=0.218362;REFB=0.00443182;REVB=0.183803;RO=1;SAF=9;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475628;STB=0.519979;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0190366;OID=.;OPOS=6618871;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:13:20:1:1:12:19:0.95:3:9:1:0:7:12:1:0 chr12 6619284 . C G 1105.84 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.1;QD=59.7753;RBI=0.0319884;REFB=0;REVB=-0.00593611;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173593;OID=.;OPOS=6619284;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:72:74:1:41:31:0:0:41:33:0:0 chr12 6619402 . T C 1080.4 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00157411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.305;QD=60.022;RBI=0.0329091;REFB=0;REVB=0.0328714;RO=0;SAF=52;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59129e-05;OID=.;OPOS=6619402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:20:52:0:0:20:52:0:0 chr12 6631169 . C A 537.33 PASS AF=0.948718;AO=35;DP=37;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.101803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8106;QD=55.1109;RBI=0.102902;REFB=0.039193;REVB=-0.0149994;RO=1;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190966;STB=0.519989;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.000875333;OID=.;OPOS=6631169;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:39:1:2:35:37:0.948718:24:11:0:1:24:13:0:2 chr12 6637845 . T C 728.15 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000254782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4036;QD=63.3175;RBI=0.0236939;REFB=0;REVB=0.0236926;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145231;OID=.;OPOS=6637845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:28:17:0:0:28:18:0:0 chr12 6639088 . A G 1974.99 PASS AF=1;AO=128;DP=129;FAO=129;FDP=129;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7186;QD=61.2399;RBI=0.0379754;REFB=0;REVB=0.00846741;RO=0;SAF=57;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139836;OID=.;OPOS=6639088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:129:129:0:0:128:129:1:71:57:0:0:72:57:0:0 chr12 6639981 . C G 742.28 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.023472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.0475;QD=59.3826;RBI=0.0676139;REFB=-0.031329;REVB=-0.063409;RO=2;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375989;STB=0.519992;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.000456318;OID=.;OPOS=6639981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:24:24:0:2:24:24:0:2 chr12 6643991 . C G 96.73 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=2;FWDB=-0.0124018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.143;QD=12.4808;RBI=0.0353474;REFB=-0.00111256;REVB=0.0331004;RO=19;SAF=3;SAR=9;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.602259;STB=0.84461;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0053056;OID=.;OPOS=6643991;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:9:3:17:2:9:3:17:2 chr12 6646320 . T C 947.16 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4261;QD=57.4037;RBI=0.0325711;REFB=0;REVB=0.0293268;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199045;OID=.;OPOS=6646320;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:63:66:1:32:31:0:0:33:33:0:0 chr12 6647109 . T C 820.17 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.110393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.494;QD=55.6047;RBI=0.112091;REFB=-0.0663639;REVB=0.0194384;RO=1;SAF=19;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241769;STB=0.512816;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=8.25671e-05;OID=.;OPOS=6647109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:39:19:1:0:39:19:1:0 chr12 6711147 . C A 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00206275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.336;QD=24.3281;RBI=0.0315214;REFB=-0.0428161;REVB=-0.0314539;RO=2;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955799;STB=0.55539;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00541075;OID=.;OPOS=6711147;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:2:5:1:1:2:5:1:1 chr12 6715527 . G A 30.98 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00116911;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9462;QD=12.3907;RBI=0.0232363;REFB=0.0176591;REVB=-0.0232069;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389209;STB=0.726606;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.0204735;OID=.;OPOS=6715527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:3:2:0:5:3:2:0:5 chr12 6836852 . A G 259.46 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=64;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=24;FWDB=0.0119108;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0388;QD=16.4733;RBI=0.0120755;REFB=-0.0351675;REVB=-0.00198786;RO=34;SAF=12;SAR=17;SRF=10;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121524;STB=0.568084;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0249115;OID=.;OPOS=6836852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:34:34:29:29:0.460317:17:12:10:24:17:12:10:24 chr12 6838576 . G A 564.65 PASS AF=0.508772;AO=58;DP=114;FAO=58;FDP=114;FR=.;FRO=56;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.0018063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6598;QD=19.8121;RBI=0.0140015;REFB=-0.00679165;REVB=0.0138845;RO=56;SAF=29;SAR=29;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795588;STB=0.543845;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00608241;OID=.;OPOS=6838576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:56:56:58:58:0.508772:29:29:33:23:29:29:33:23 chr12 6839913 . C T 147.99 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0161927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2897;QD=17.9384;RBI=0.074888;REFB=-0.00301225;REVB=0.0731164;RO=17;SAF=4;SAR=12;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938147;STB=0.553129;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.00479893;OID=.;OPOS=6839913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:12:4:3:14:12:4:3:14 chr12 6858126 . G A 684.01 PASS AF=0.475862;AO=69;DP=145;FAO=69;FDP=145;FR=.;FRO=76;FSAF=19;FSAR=50;FSRF=25;FSRR=51;FWDB=0.000623031;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4008;QD=18.8692;RBI=0.0236135;REFB=-0.0110089;REVB=0.0236053;RO=76;SAF=19;SAR=50;SRF=25;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0614472;STB=0.5341;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0165487;OID=.;OPOS=6858126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:76:76:69:69:0.475862:50:19:25:51:50:19:25:51 chr12 6887020 . T C 1510.04 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.555;QD=63.5804;RBI=0.0415114;REFB=0;REVB=0.0326869;RO=0;SAF=52;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.67486e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.28317e-05;OID=.;OPOS=6887020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:43:52:0:0:43:52:0:0 chr12 6926363 . T C 1182.09 PASS AF=0.968421;AO=56;DP=95;FAO=92;FDP=95;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.154642;FXX=0.0104156;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.6233;QD=49.772;RBI=0.154642;REFB=-0.184886;REVB=-0.000104876;RO=0;SAF=3;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502262;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00803705;OID=.;OPOS=6926363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:95:95:0:3:56:92:0.968421:53:3:0:0:55:37:1:2 chr12 6928075 . T C 599.36 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.499;QD=59.9355;RBI=0.0529136;REFB=0;REVB=0.0186609;RO=0;SAF=12;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244008;OID=.;OPOS=6928075;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:40:0:0:37:40:1:25:12:0:0:27:13:0:0 chr12 6928586 . CA AG 1969.88 PASS AF=0.956835;AO=131;DP=140;FAO=133;FDP=139;FR=.;FRO=6;FSAF=65;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0788744;FXX=0.00714235;HRUN=4;LEN=2;MLLD=49.9671;QD=56.6871;RBI=0.078948;REFB=-0.0507436;REVB=-0.00340698;RO=3;SAF=64;SAR=67;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208022;STB=0.521124;STBP=0.034;TYPE=mnp;VARB=0.00768083;OID=.;OPOS=6928586;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:140:139:3:6:131:133:0.956835:67:64:0:3:68:65:0:6 chr12 6939850 . A G 1009.21 PASS AF=1;AO=65;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0445295;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.026;QD=58.5048;RBI=0.0445484;REFB=0;REVB=0.00129869;RO=0;SAF=26;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.26601e-06;OID=.;OPOS=6939850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:69:0:0:65:69:1:39:26:0:0:43:26:0:0 chr12 6941021 . G A 257.76 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.000399333;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.984;QD=23.4331;RBI=0.00928704;REFB=-0.00930358;REVB=-0.00927845;RO=19;SAF=20;SAR=4;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123907;STB=0.562444;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0108714;OID=.;OPOS=6941021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:20:24:24:0.545455:4:20:14:5:4:20:15:5 chr12 6942823 . A G 1105.25 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405578;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.332;QD=60.5616;RBI=0.0406515;REFB=0;REVB=0.00275911;RO=0;SAF=46;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53603e-05;OID=.;OPOS=6942823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:26:46:0:0:26:47:0:0 chr12 6946247 . G T 122.32 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.0165889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.714;QD=15.7838;RBI=0.0259751;REFB=-0.00832228;REVB=0.0199879;RO=17;SAF=3;SAR=11;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151949;STB=0.586357;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.00735098;OID=.;OPOS=6946247;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:11:3:2:15:11:3:2:15 chr12 6946718 . G A 303.13 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.0247754;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2748;QD=19.557;RBI=0.0271691;REFB=-0.0269002;REVB=-0.0111506;RO=30;SAF=19;SAR=13;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0980022;STB=0.554338;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0182986;OID=.;OPOS=6946718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:30:30:32:32:0.516129:13:19:21:9:13:19:21:9 chr12 6948468 . T C 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0366406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.24;QD=10.9407;RBI=0.0396077;REFB=-0.00544235;REVB=-0.0150412;RO=20;SAF=8;SAR=3;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261699;STB=0.657925;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0184945;OID=.;OPOS=6948468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:3:8:10:10:3:8:10:10 chr12 6950930 . AT A 207.83 PASS AF=0.507246;AO=33;DP=68;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0118043;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=20.1656;QD=12.0483;RBI=0.0341234;REFB=0.0404177;REVB=0.0320167;RO=33;SAF=11;SAR=22;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884589;STB=0.536783;STBP=0.552;TYPE=del;VARB=-0.0300168;OID=.;OPOS=6950931;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.507246:33:68:35:69:34:12:23:14:20:99:33:11:22:14:19 chr12 6954812 . C T 486.39 PASS AF=0.495146;AO=51;DP=101;FAO=51;FDP=103;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=0.0133242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.013;QD=18.8887;RBI=0.020118;REFB=-0.00377493;REVB=0.0150731;RO=50;SAF=24;SAR=27;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799271;STB=0.543882;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00444731;OID=.;OPOS=6954812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:103:50:52:51:51:0.495146:27:24:28:22:27:24:29:23 chr12 6954875 . C T 439.73 PASS AF=0.483516;AO=44;DP=91;FAO=44;FDP=91;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0149168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.716;QD=19.3288;RBI=0.0187477;REFB=-0.031903;REVB=0.0113562;RO=46;SAF=19;SAR=25;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0632574;STB=0.540998;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0272484;OID=.;OPOS=6954875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:46:47:44:44:0.483516:25:19:23:23:25:19:24:23 chr12 6965194 . A G 529.14 PASS AF=0.42446;AO=55;DP=136;FAO=59;FDP=139;FR=.;FRO=80;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=51;FWDB=0.00319941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.962;QD=15.2271;RBI=0.0115633;REFB=-0.0191319;REVB=0.0111119;RO=77;SAF=29;SAR=26;SRF=29;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155716;STB=0.593091;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0188814;OID=.;OPOS=6965194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:139:77:80:55:59:0.42446:26:29:29:48:28:31:29:51 chr12 6976688 . A G 452.41 PASS AF=0.418033;AO=51;DP=122;FAO=51;FDP=122;FR=.;FRO=71;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=37;FWDB=-0.00921581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.774;QD=14.8332;RBI=0.0282697;REFB=-0.0285581;REVB=-0.0267254;RO=69;SAF=33;SAR=18;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163259;STB=0.600754;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0424564;OID=.;OPOS=6976688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:69:71:51:51:0.418033:18:33:34:35:18:33:34:37 chr12 6980442 . G A 191.57 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0180239;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0513;QD=21.8941;RBI=0.0608301;REFB=-0.040719;REVB=0.0580985;RO=16;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136709;STB=0.507684;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0360387;OID=.;OPOS=6980442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:8:11:9:7:8:11:9:7 chr12 6980482 . C T 115.75 PASS AF=0.5;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.031727;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.378;QD=17.808;RBI=0.0640371;REFB=-0.0233513;REVB=-0.055625;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135944;STB=0.578191;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0176789;OID=.;OPOS=6980482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:13:13:13:13:0.5:8:5:7:6:8:5:7:6 chr12 7015707 . G T 484.1 PASS AF=0.409091;AO=54;DP=133;FAO=54;FDP=132;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=60;FSRR=18;FWDB=0.0278875;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.828;QD=14.6696;RBI=0.0279241;REFB=0.00137708;REVB=0.0014276;RO=77;SAF=33;SAR=21;SRF=59;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179674;STB=0.602743;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00288263;OID=.;OPOS=7015707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:132:77:78:54:54:0.409091:21:33:59:18:21:33:60:18 chr12 7026307 . G C 283.15 PASS AF=0.457143;AO=31;DP=69;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0686585;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.498;QD=16.1801;RBI=0.0743095;REFB=-0.060462;REVB=0.0284239;RO=37;SAF=18;SAR=13;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410178;STB=0.523708;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0505778;OID=.;OPOS=7026307;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:37:38:31:32:0.457143:13:18:23:14:14:18:23:15 chr12 7047017 . A G 66.29 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0307979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.404;QD=12.0529;RBI=0.0570249;REFB=-0.0288195;REVB=0.0479931;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167732;STB=0.599782;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.028601;OID=.;OPOS=7047017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:5:4:8:5:5:4:8:5 chr12 7053007 . T C 220.95 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.000236964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.059;QD=18.0365;RBI=0.00628025;REFB=-0.000924994;REVB=-0.00627577;RO=27;SAF=12;SAR=10;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203692;STB=0.615283;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.00118464;OID=.;OPOS=7053007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:10:12:9:18:10:12:9:18 chr12 7055860 . T C 1185.94 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.371;QD=60.8173;RBI=0.023678;REFB=0;REVB=0.00877296;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74197e-05;OID=.;OPOS=7055860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:43:34:0:0:44:34:0:0 chr12 7065635 . T C 1088.83 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0540137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.585;QD=58.0711;RBI=0.0640194;REFB=-0.0441699;REVB=0.0343657;RO=1;SAF=30;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155053;STB=0.508194;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000895647;OID=.;OPOS=7065635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:73:74:0.986667:43:30:1:0:44:30:1:0 chr12 7079215 . T G 501.34 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0467551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.527;QD=58.9805;RBI=0.0471913;REFB=0;REVB=-0.00640129;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000269232;OID=.;OPOS=7079215;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:13:21:0:0:13:21:0:0 chr12 7080212 . T C,G 714.82 PASS AF=0.941176,0.0588235;AO=47,4;DP=51;FAO=48,3;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18,2;FSAR=30,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0118906,-0.0384449;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=133.501,12.7837;QD=56.0642;RBI=0.0774391,0.0525729;REFB=0,0;REVB=0.0765208,-0.0358594;RO=0;SAF=18,2;SAR=29,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000407493,0.012557;OID=.,.;OPOS=7080212,7080212;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:51:51:0:0:47,4:48,3:0.941176,0.0588235:29,2:18,2:0:0:30,1:18,2:0:0 chr12 7241055 . A G 717.04 PASS AF=0.47205;AO=75;DP=161;FAO=76;FDP=161;FR=.;FRO=85;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=51;FSRR=34;FWDB=-0.000768619;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.106;QD=17.8147;RBI=0.00298756;REFB=-0.00795662;REVB=-0.00288699;RO=86;SAF=38;SAR=37;SRF=51;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834257;STB=0.545979;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00643434;OID=.;OPOS=7241055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:86:85:75:76:0.47205:37:38:51:35:37:39:51:34 chr12 7242204 . C T 520.6 PASS AF=0.466667;AO=54;DP=118;FAO=56;FDP=120;FR=.;FRO=64;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=42;FSRR=22;FWDB=0.0744342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9968;QD=17.3533;RBI=0.134281;REFB=0.01735;REVB=0.111763;RO=64;SAF=23;SAR=31;SRF=42;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221437;STB=0.628987;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.018128;OID=.;OPOS=7242204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:120:64:64:54:56:0.466667:31:23:42:22:33:23:42:22 chr12 7249598 . T C 427.14 PASS AF=0.52439;AO=42;DP=83;FAO=43;FDP=82;FR=.;FRO=39;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.016983;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.095;QD=20.8359;RBI=0.0296278;REFB=-0.0176188;REVB=0.0242773;RO=38;SAF=27;SAR=15;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127962;STB=0.556838;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0143817;OID=.;OPOS=7249598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:38:39:42:43:0.52439:15:27:19:19:16:27:20:19 chr12 7254669 . A C 181.49 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00580895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7885;QD=24.1984;RBI=0.00665235;REFB=-0.0152437;REVB=0.0032419;RO=12;SAF=5;SAR=13;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250895;STB=0.514003;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.00986128;OID=.;OPOS=7254669;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:30:12:12:18:18:0.6:13:5:3:9:13:5:3:9 chr12 7280880 . C G 895.44 PASS AF=0.464286;AO=90;DP=195;FAO=91;FDP=196;FR=.;FRO=105;FSAF=59;FSAR=32;FSRF=59;FSRR=46;FWDB=-0.00763606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.301;QD=18.2742;RBI=0.0107382;REFB=-0.0119363;REVB=0.00754974;RO=103;SAF=58;SAR=32;SRF=59;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734854;STB=0.549285;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0140034;OID=.;OPOS=7280880;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:196:103:105:90:91:0.464286:32:58:59:44:32:59:59:46 chr12 7281317 . C T 283.11 PASS AF=0.370787;AO=33;DP=89;FAO=33;FDP=89;FR=.;FRO=56;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=0.0175302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7964;QD=12.7239;RBI=0.0371927;REFB=-0.00361883;REVB=-0.0328022;RO=56;SAF=18;SAR=15;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147013;STB=0.584128;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00688079;OID=.;OPOS=7281317;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:56:56:33:33:0.370787:15:18:23:33:15:18:23:33 chr12 7287956 . C T 488.57 PASS AF=0.373418;AO=59;DP=157;FAO=59;FDP=158;FR=.;FRO=99;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=40;FSRR=59;FWDB=0.00370455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.79;QD=12.3689;RBI=0.0198945;REFB=-0.00861071;REVB=-0.0195465;RO=98;SAF=35;SAR=24;SRF=40;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20215;STB=0.617389;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0106494;OID=.;OPOS=7287956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:158:98:99:59:59:0.373418:24:35:40:58:24:35:40:59 chr12 7309199 . G A 59.76 PASS AF=0.533333;AO=6;DP=14;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0161534;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.604;QD=15.9353;RBI=0.0312388;REFB=-0.0207485;REVB=0.0267382;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413635;STB=0.776953;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0117166;OID=.;OPOS=7309199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:15:7:7:6:8:0.533333:5:1:4:3:7:1:4:3 chr12 7309471 . C A 192.85 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0174549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.381;QD=14.8344;RBI=0.0206982;REFB=-0.00586979;REVB=0.0111239;RO=30;SAF=17;SAR=5;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.370694;STB=0.713533;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0263363;OID=.;OPOS=7309471;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:5:17:13:17:5:17:13:17 chr12 7309473 . G C 180.84 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0291326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.85;QD=13.9106;RBI=0.0295616;REFB=-0.00292208;REVB=0.0050179;RO=30;SAF=16;SAR=5;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.360021;STB=0.700992;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.014328;OID=.;OPOS=7309473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:31:21:21:0.403846:5:16:13:17:5:16:14:17 chr12 7463241 . A T 707.3 PASS AF=0.46875;AO=75;DP=161;FAO=75;FDP=160;FR=.;FRO=85;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=0.0152806;FXX=0.0123449;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.464;QD=17.6826;RBI=0.0175949;REFB=-0.0111051;REVB=-0.00872254;RO=85;SAF=36;SAR=39;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771899;STB=0.542702;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0125913;OID=.;OPOS=7463241;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:160:85:85:75:75:0.46875:39:36:34:51:39:36:34:51 chr12 7551022 . A T 936.71 PASS AF=0.956522;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0366423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.166;QD=54.3017;RBI=0.0394893;REFB=-0.0557338;REVB=0.0147223;RO=3;SAF=32;SAR=34;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422543;STB=0.522381;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00180828;OID=.;OPOS=7551022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:69:3:3:66:66:0.956522:34:32:3:0:34:32:3:0 chr12 7551050 . A C 1400.8 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0135517;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.015;QD=61.5738;RBI=0.0262062;REFB=-0.11714;REVB=0.0224302;RO=1;SAF=51;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119978;STB=0.506328;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00022933;OID=.;OPOS=7551050;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:1:1:90:90:0.989011:39:51:0:1:39:51:0:1 chr12 7556143 . C T 135.05 PASS AF=0.292308;AO=19;DP=65;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00938849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.913;QD=8.3108;RBI=0.0181048;REFB=-0.0137527;REVB=0.0154803;RO=45;SAF=10;SAR=9;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345895;STB=0.512182;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0279304;OID=.;OPOS=7556143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:45:46:19:19:0.292308:9:10:25:20:9:10:25:21 chr12 7585971 . A G 1491.27 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.466;QD=63.4584;RBI=0.0547604;REFB=0;REVB=0.0437876;RO=0;SAF=46;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73299e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159621;OID=.;OPOS=7585971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:48:46:0:0:48:46:0:0 chr12 7649484 . T C 525.94 PASS AF=0.543478;AO=50;DP=92;FAO=50;FDP=92;FR=.;FRO=42;FSAF=38;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.000100649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7772;QD=22.8671;RBI=0.00238149;REFB=-0.0261805;REVB=0.00237936;RO=41;SAF=38;SAR=12;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175364;STB=0.60505;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0341129;OID=.;OPOS=7649484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:41:42:50:50:0.543478:12:38:24:17:12:38:24:18 chr12 7772997 . G A 627.69 PASS AF=0.484848;AO=64;DP=132;FAO=64;FDP=132;FR=.;FRO=68;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.0168259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.931;QD=19.0209;RBI=0.0699951;REFB=-0.0333858;REVB=0.0679427;RO=68;SAF=44;SAR=20;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173098;STB=0.596083;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0281688;OID=.;OPOS=7772997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:68:68:64:64:0.484848:20:44:35:33:20:44:35:33 chr12 7773058 . C A 563.25 PASS AF=0.428571;AO=61;DP=151;FAO=66;FDP=154;FR=.;FRO=88;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=32;FSRR=56;FWDB=-0.0150817;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.717;QD=14.6299;RBI=0.0199493;REFB=-0.0275729;REVB=0.0130581;RO=87;SAF=41;SAR=20;SRF=31;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327739;STB=0.645312;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0230469;OID=.;OPOS=7773058;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:154:87:88:61:66:0.428571:20:41:31:56:25:41:32:56 chr12 7773096 . T C 467.54 PASS AF=0.433333;AO=52;DP=120;FAO=52;FDP=120;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=25;FSRR=43;FWDB=0.0477036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5266;QD=15.5846;RBI=0.0544804;REFB=-0.0209585;REVB=0.026315;RO=67;SAF=29;SAR=23;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184024;STB=0.606424;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0174602;OID=.;OPOS=7773096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:67:68:52:52:0.433333:23:29:25:42:23:29:25:43 chr12 7803646 . G A 493.74 PASS AF=0.494845;AO=48;DP=97;FAO=48;FDP=97;FR=.;FRO=49;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.000121767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.592;QD=20.3604;RBI=0.00843639;REFB=-0.0186595;REVB=0.00843551;RO=47;SAF=29;SAR=19;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855857;STB=0.548594;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0167171;OID=.;OPOS=7803646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:47:49:48:48:0.494845:19:29:24:23:19:29:25:24 chr12 7805236 . C G 379.47 PASS AF=0.550725;AO=37;DP=68;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00657122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2825;QD=21.9983;RBI=0.0552809;REFB=-0.0325102;REVB=-0.054889;RO=31;SAF=20;SAR=17;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733571;STB=0.533519;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0232927;OID=.;OPOS=7805236;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:31:31:37:38:0.550725:17:20:14:17:18:20:14:17 chr12 7842932 . C T 342.07 PASS AF=0.38;AO=38;DP=100;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.0238023;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.8865;QD=13.6829;RBI=0.0238298;REFB=-0.00283915;REVB=0.00114293;RO=59;SAF=17;SAR=21;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293146;STB=0.522763;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00616983;OID=.;OPOS=7842932;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:59:62:38:38:0.38:21:17:28:31:21:17:30:32 chr12 7843276 . AT A 44.76 PASS AF=0.45;AO=8;DP=19;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.0804889;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.7648;QD=8.95114;RBI=0.0993877;REFB=-0.0270028;REVB=0.0583047;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0.429712;SSSB=0.409453;STB=0.744243;STBP=0.11;TYPE=del;VARB=0.0317428;OID=.;OPOS=7843277;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45:8:19:9:20:11:5:4:1:10:44:11:4:4:1:10 chr12 7867847 . G C 532.49 PASS AF=0.422535;AO=55;DP=137;FAO=60;FDP=142;FR=.;FRO=82;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=50;FSRR=32;FWDB=-0.00142181;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7603;QD=14.9996;RBI=0.0421654;REFB=-0.0125473;REVB=0.0421414;RO=76;SAF=27;SAR=28;SRF=49;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158961;STB=0.563359;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0227077;OID=.;OPOS=7867847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:142:76:82:55:60:0.422535:28:27:49:27:30:30:50:32 chr12 7966823 . CA C 584.93 PASS AF=0.453901;AO=58;DP=144;FAO=64;FDP=141;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=49;FSRR=28;FWDB=-0.0386276;FXX=0.0275843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.201;QD=16.5937;RBI=0.0390251;REFB=-0.0178189;REVB=-0.00555605;RO=77;SAF=27;SAR=31;SRF=49;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172984;STB=0.599048;STBP=0.045;TYPE=del;VARB=0.0219746;OID=.;OPOS=7966824;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.453901:58:144:64:141:77:29:35:49:28:99:77:27:31:49:28 chr12 7966958 . C T 685.43 PASS AF=0.721519;AO=57;DP=79;FAO=57;FDP=79;FR=.;FRO=22;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.00200582;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.814;QD=34.7055;RBI=0.0231508;REFB=-0.000224047;REVB=0.0230637;RO=22;SAF=25;SAR=32;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155241;STB=0.508357;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.000123129;OID=.;OPOS=7966958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:22:22:57:57:0.721519:32:25:9:13:32:25:9:13 chr12 7966975 . C T 62.28 PASS AF=0.149425;AO=13;DP=87;FAO=13;FDP=87;FR=.;FRO=74;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=48;FWDB=0.0355541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.1042;QD=2.86363;RBI=0.0380506;REFB=-0.00629458;REVB=0.0135558;RO=74;SAF=11;SAR=2;SRF=26;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.575845;STB=0.880891;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0327586;OID=.;OPOS=7966975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:87:87:74:74:13:13:0.149425:2:11:26:48:2:11:26:48 chr12 7982416 . ACCCC ACCCG,ACCC 48.18 PASS AF=0.0196078,0.235294;AO=3,12;DP=51;FAO=1,12;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=0,8;FSAR=1,4;FSRF=5;FSRR=33;FWDB=-0.0384307,-0.0363413;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=112.106,15.4116;QD=3.77879;RBI=0.0411553,0.0368106;REFB=-0.00306023,-0.0619761;REVB=0.0147255,0.00585913;RO=36;SAF=0,8;SAR=3,4;SRF=5;SRR=31;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.40172,0.586932;STB=0.983075,0.850187;STBP=0.572,0.021;TYPE=snp,del;VARB=0.102712,0.144534;OID=.,.;OPOS=7982420,7982417;OREF=C,C;OALT=G,-;OMAPALT=ACCCG,ACCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0196078,0.235294:3,12:51:1,12:51:38:0,8:1,4:5:33:44:36:0,8:3,4:5:31 chr12 7999950 . C T 100.2 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0310429;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1845;QD=13.8205;RBI=0.0329134;REFB=-0.0171814;REVB=-0.0109376;RO=17;SAF=9;SAR=3;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24777;STB=0.612045;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.0209768;OID=.;OPOS=7999950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:17:17:12:12:0.413793:3:9:9:8:3:9:10:7 chr12 8043688 . G C 1572.57 PASS AF=0.990654;AO=105;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0165637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.074;QD=58.7876;RBI=0.0226556;REFB=-0.102275;REVB=0.015457;RO=1;SAF=37;SAR=68;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126523;STB=0.506665;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.000150247;OID=.;OPOS=8043688;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:105:106:0.990654:68:37:1:0:69:37:1:0 chr12 8048235 . C A 48.52 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.118584;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3231;QD=13.8634;RBI=0.119202;REFB=-0.0282386;REVB=0.0121203;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235769;STB=0.639615;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0186593;OID=.;OPOS=8048235;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:3:4:2:5:3:4:2:5 chr12 8074055 . T C 53.88 PASS AF=0.0803571;AO=16;DP=225;FAO=18;FDP=224;FR=.;FRO=206;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=102;FSRR=104;FWDB=-0.00335673;FXX=0.0218331;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.715;QD=0.96208;RBI=0.0118007;REFB=-0.00425503;REVB=-0.0113132;RO=204;SAF=4;SAR=12;SRF=102;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279779;STB=0.650433;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0485822;OID=.;OPOS=8074055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:225:224:204:206:16:18:0.0803571:12:4:102:102:12:6:102:104 chr12 8278181 . A T 834.3 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0598109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.07;QD=57.5378;RBI=0.0766136;REFB=0;REVB=0.047878;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316744;OID=.;OPOS=8278181;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr12 8329833 . G A 35.2 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0519105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7267;QD=5.21467;RBI=0.0556431;REFB=-0.0118673;REVB=-0.0200365;RO=21;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22433;STB=0.649495;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0339795;OID=.;OPOS=8329833;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:2:4:10:11:2:4:10:11 chr12 8374770 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.082;QD=42.1826;RBI=0.0566656;REFB=0;REVB=0.0545063;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000936338;OID=.;OPOS=8374770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr12 8374781 . C CACG 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0275582;FXX=0;HRUN=0;LEN=3;MLLD=272.703;QD=21.1692;RBI=0.0276769;REFB=-0.00945177;REVB=0.0025609;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448465;STB=0.529328;STBP=0.794;TYPE=ins;VARB=0.00384937;OID=.;OPOS=8374782;OREF=-;OALT=ACG;OMAPALT=CACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.7:7:11:7:10:3:3:4:1:2:15:4:3:4:2:2 chr12 8375112 . G T 31.33 PASS AF=0.115385;AO=5;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0364156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2883;QD=2.41006;RBI=0.0527998;REFB=-0.00430415;REVB=0.0382324;RO=47;SAF=1;SAR=4;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385875;STB=0.842637;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0187065;OID=.;OPOS=8375112;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:47:46:5:6:0.115385:4:1:26:21:5:1:26:20 chr12 8376110 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.917;QD=63.583;RBI=0.0267786;REFB=0;REVB=0.0225321;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.03514e-05;OID=.;OPOS=8376110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:20:26:0:0:20:27:0:0 chr12 8637403 . G T 1134.1 PASS AF=0.47541;AO=112;DP=239;FAO=116;FDP=244;FR=.;FRO=128;FSAF=43;FSAR=73;FSRF=52;FSRR=76;FWDB=-0.0207133;FXX=0.00408147;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.804;QD=18.5919;RBI=0.0258066;REFB=-0.0268299;REVB=0.0153929;RO=123;SAF=42;SAR=70;SRF=48;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015365;STB=0.519784;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.030861;OID=.;OPOS=8637403;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:239:244:123:128:112:116:0.47541:70:42:48:75:73:43:52:76 chr12 8693333 . G A 158.34 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00245954;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4049;QD=17.118;RBI=0.0239724;REFB=0.0149154;REVB=0.0238459;RO=18;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0350497;STB=0.527365;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=-0.028783;OID=.;OPOS=8693333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:20:17:17:0.459459:6:11:11:7:6:11:12:8 chr12 8757481 . G A 1739.69 PASS AF=0.991453;AO=113;DP=114;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.017705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3068;QD=59.4765;RBI=0.044412;REFB=0.127861;REVB=0.0407303;RO=0;SAF=54;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29304e-08;STB=0.504424;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000613285;OID=.;OPOS=8757481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:114:117:0:1:113:116:0.991453:59:54:0:0:60:56:1:0 chr12 8808006 . T C 154.07 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0108001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.656;QD=14.3322;RBI=0.0192571;REFB=-0.0161676;REVB=-0.0159434;RO=25;SAF=12;SAR=5;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389921;STB=0.715196;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0261228;OID=.;OPOS=8808006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:25:26:17:17:0.395349:5:12:8:17:5:12:9:17 chr12 8926011 . T C 3329.38 PASS AF=1;AO=212;DP=212;FAO=214;FDP=214;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00515321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.226;QD=62.2314;RBI=0.0520927;REFB=0;REVB=0.0518371;RO=0;SAF=86;SAR=126;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.69504e-05;OID=.;OPOS=8926011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:212:214:0:0:212:214:1:126:86:0:0:126:88:0:0 chr12 9004512 . G A 1432.86 PASS AF=1;AO=88;DP=90;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.281;QD=62.2984;RBI=0.0600342;REFB=0;REVB=0.00849296;RO=1;SAF=38;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123069;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138912;OID=.;OPOS=9004512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:92:1:0:88:92:1:50:38:1:0:51:41:0:0 chr12 9004892 . C A 754.55 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0129193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.101;QD=54.8765;RBI=0.0331706;REFB=-0.0502028;REVB=0.0305513;RO=1;SAF=30;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154512;STB=0.508194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00468836;OID=.;OPOS=9004892;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:24:30:1:0:24:30:1:0 chr12 9010671 . G A 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.014587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.689;QD=22.398;RBI=0.0154372;REFB=-0.00600126;REVB=-0.00505244;RO=19;SAF=9;SAR=13;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981695;STB=0.555006;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00359606;OID=.;OPOS=9010671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:13:9:10:9:13:9:10:9 chr12 9013755 . C T 134.53 PASS AF=0.207921;AO=21;DP=101;FAO=21;FDP=101;FR=.;FRO=80;FSAF=1;FSAR=20;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=-0.00639034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.714;QD=5.32802;RBI=0.0562068;REFB=-0.00179646;REVB=-0.0558423;RO=79;SAF=1;SAR=20;SRF=48;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.715303;STB=0.949173;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0229987;OID=.;OPOS=9013755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:79:80:21:21:0.207921:20:1:48:31:20:1:48:32 chr12 9016573 . A G 1274.64 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00212696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.157;QD=59.2855;RBI=0.0353348;REFB=-0.0213509;REVB=-0.0352707;RO=1;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101866;STB=0.501117;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-9.7475e-05;OID=.;OPOS=9016573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:1:2:84:84:0.976744:46:38:0:1:46:38:1:1 chr12 9020489 . A G 483.32 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.739;QD=58.5844;RBI=0.0153232;REFB=0;REVB=0.0077126;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.69281e-05;OID=.;OPOS=9020489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:10:23:0:0:10:23:0:0 chr12 9020912 . A G 785.85 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0443626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.4736;QD=64.151;RBI=0.0444211;REFB=0;REVB=0.00227764;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000304824;OID=.;OPOS=9020912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:30:19:0:0:30:19:0:0 chr12 9070366 . T A 343.58 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00974188;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.925;QD=18.5717;RBI=0.0239941;REFB=-0.00936406;REVB=0.0219274;RO=37;SAF=15;SAR=21;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0397141;STB=0.5298;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0142202;OID=.;OPOS=9070366;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:37:38:36:36:0.486486:21:15:17:20:21:15:18:20 chr12 9074259 . C T 237.55 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0324102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.042;QD=18.631;RBI=0.0330178;REFB=-0.0136482;REVB=-0.00630464;RO=25;SAF=24;SAR=1;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.632582;STB=0.880306;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0137067;OID=.;OPOS=9074259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:26:25:25:0.490196:1:24:15:10:1:24:15:11 chr12 9086898 . A G 865.9 PASS AF=0.505814;AO=87;DP=172;FAO=87;FDP=172;FR=.;FRO=85;FSAF=55;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=43;FWDB=-0.0163186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.297;QD=20.1371;RBI=0.0361998;REFB=-0.00156286;REVB=0.032313;RO=81;SAF=55;SAR=32;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125758;STB=0.570602;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00131491;OID=.;OPOS=9086898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:172:81:85:87:87:0.505814:32:55:40:41:32:55:42:43 chr12 9093001 . G A 131.47 PASS AF=0.369565;AO=12;DP=43;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00601564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.759;QD=11.432;RBI=0.00671669;REFB=-0.0569049;REVB=-0.00298765;RO=31;SAF=12;SAR=0;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.764042;STB=0.885033;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0356609;OID=.;OPOS=9093001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:46:31:29:12:17:0.369565:0:12:17:14:1:16:15:14 chr12 9142297 . T C 161.81 PASS AF=0.37037;AO=19;DP=54;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.055959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.63;QD=11.9857;RBI=0.0578406;REFB=0.00636616;REVB=-0.0146327;RO=32;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733497;STB=0.543353;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.0194343;OID=.;OPOS=9142297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:34:19:20:0.37037:10:9:13:19:11:9:13:21 chr12 9161648 . T C 201.95 PASS AF=0.373134;AO=24;DP=67;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=0.00121849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.15;QD=12.0566;RBI=0.0143779;REFB=-0.0147998;REVB=0.0143262;RO=41;SAF=9;SAR=15;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454404;STB=0.529912;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0257073;OID=.;OPOS=9161648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:41:42:24:25:0.373134:15:9:17:24:16:9:17:25 chr12 9248233 . T C 2233.33 PASS AF=1;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=86;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1591;QD=63.3568;RBI=0.0189558;REFB=0;REVB=0.0124305;RO=0;SAF=86;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.16182e-05;OID=.;OPOS=9248233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:141:141:0:0:141:141:1:55:86:0:0:55:86:0:0 chr12 9305473 . T C 2853.54 PASS AF=1;AO=182;DP=184;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=80;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-7.14781e-05;FXX=0.010869;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.074;QD=62.7152;RBI=0.0163019;REFB=-0.0261632;REVB=0.0163018;RO=0;SAF=80;SAR=102;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09609e-05;OID=.;OPOS=9305473;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:184:182:0:0:182:182:1:102:80:0:0:102:80:0:0 chr12 9307373 . T G 2369.64 PASS AF=0.975758;AO=155;DP=159;FAO=161;FDP=165;FR=.;FRO=4;FSAF=57;FSAR=104;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0137289;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.3652;QD=57.4458;RBI=0.0458397;REFB=-0.0938923;REVB=0.0437355;RO=4;SAF=56;SAR=99;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0071722;STB=0.503859;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0021174;OID=.;OPOS=9307373;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:159:165:4:4:155:161:0.975758:99:56:2:2:104:57:2:2 chr12 9312951 . G A 393.06 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00414015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.289;QD=19.6531;RBI=0.00436253;REFB=-0.0269488;REVB=-0.00137508;RO=38;SAF=20;SAR=20;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023126;STB=0.512494;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0382896;OID=.;OPOS=9312951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:38:40:40:40:0.5:20:20:20:18:20:20:21:19 chr12 9315209 . A G 756.37 PASS AF=0.549618;AO=72;DP=131;FAO=72;FDP=131;FR=.;FRO=59;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.00625955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.481;QD=23.0953;RBI=0.00629233;REFB=0.00545083;REVB=-0.000641429;RO=59;SAF=37;SAR=35;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0462983;STB=0.525316;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.00397344;OID=.;OPOS=9315209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:59:59:72:72:0.549618:35:37:27:32:35:37:27:32 chr12 9316773 . T C 435.32 PASS AF=0.390625;AO=50;DP=123;FAO=50;FDP=128;FR=.;FRO=78;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=47;FWDB=-0.0434436;FXX=0.0153834;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.4743;QD=13.6036;RBI=0.0538432;REFB=-0.0336186;REVB=-0.0318079;RO=73;SAF=21;SAR=29;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246792;STB=0.51417;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0396355;OID=.;OPOS=9316773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:128:73:78:50:50:0.390625:29:21:29:44:29:21:31:47 chr12 9317784 . A G 532.76 PASS AF=0.514286;AO=54;DP=105;FAO=54;FDP=105;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=39;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0017897;FXX=0.0454504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.226;QD=20.2955;RBI=0.0210353;REFB=-0.0166472;REVB=0.020959;RO=50;SAF=15;SAR=39;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124188;STB=0.575616;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0258206;OID=.;OPOS=9317784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:50:51:54:54:0.514286:39:15:20:30:39:15:21:30 chr12 9317885 . G A 193.11 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=-0.00524462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.802;QD=13.7933;RBI=0.00831829;REFB=-0.0336993;REVB=-0.00645662;RO=33;SAF=8;SAR=15;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164408;STB=0.593054;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.039864;OID=.;OPOS=9317885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:15:8:7:26:15:8:7:26 chr12 9345273 . A G 1907.03 PASS AF=0.992366;AO=57;DP=131;FAO=130;FDP=131;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=43;FSAR=87;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0118254;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4066;QD=58.23;RBI=0.0423208;REFB=-0.0128167;REVB=0.040635;RO=1;SAF=41;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028559;STB=0.502857;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.000237072;OID=.;OPOS=9345273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:131:131:1:1:57:130:0.992366:16:41:0:1:87:43:0:1 chr12 9346792 . G C 318.37 PASS AF=0.351145;AO=42;DP=131;FAO=46;FDP=131;FR=.;FRO=85;FSAF=34;FSAR=12;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=-0.00198789;FXX=0.0223864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.8488;QD=9.72123;RBI=0.0331111;REFB=-0.0507704;REVB=-0.0330513;RO=79;SAF=33;SAR=9;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.449003;STB=0.717887;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.116414;OID=.;OPOS=9346792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:79:85:42:46:0.351145:9:33:32:47:12:34:35:50 chr12 9439294 . T C 779.06 PASS AF=0.455556;AO=82;DP=180;FAO=82;FDP=180;FR=.;FRO=98;FSAF=37;FSAR=45;FSRF=51;FSRR=47;FWDB=-0.000487188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.503;QD=17.3124;RBI=0.000612442;REFB=-0.00179566;REVB=0.000371124;RO=96;SAF=37;SAR=45;SRF=51;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779433;STB=0.537742;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00232672;OID=.;OPOS=9439294;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:180:96:98:82:82:0.455556:45:37:51:45:45:37:51:47 chr12 9447492 . T C 30.66 PASS AF=0.0985915;AO=7;DP=71;FAO=7;FDP=71;FR=.;FRO=64;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=-0.00939946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.19;QD=1.72756;RBI=0.0108303;REFB=-0.00195024;REVB=-0.0053801;RO=63;SAF=3;SAR=4;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549591;STB=0.550462;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.0325615;OID=.;OPOS=9447492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:71:71:63:64:7:7:0.0985915:4:3:30:33:4:3:31:33 chr12 9572819 . C T 109.03 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00395503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.458;QD=36.3434;RBI=0.0364783;REFB=-0.0823409;REVB=0.0362632;RO=1;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690901;STB=0.538392;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00903322;OID=.;OPOS=9572819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:6:5:0:1:6:5:0:1 chr12 9573130 . C T 827.54 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.024171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.233;QD=54.2651;RBI=0.0602991;REFB=-0.152187;REVB=0.0552426;RO=2;SAF=37;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248227;STB=0.513153;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00070908;OID=.;OPOS=9573130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:61:61:2:2:59:59:0.967213:22:37:2:0:22:37:2:0 chr12 9573224 . C T 1234.81 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=83;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.06072;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.156;QD=60.2344;RBI=0.0613385;REFB=-0.0546138;REVB=0.00868866;RO=1;SAF=56;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00838085;STB=0.504347;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00280692;OID=.;OPOS=9573224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:82:1:1:80:81:0.987805:24:56:1:0:24:57:1:0 chr12 9574002 . C T 891.7 PASS AF=1;AO=57;DP=65;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149337;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.827;QD=57.5293;RBI=0.0398317;REFB=0;REVB=0.0369262;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469708;OID=.;OPOS=9574002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:62:0:0:57:62:1:24:33:0:0:30:32:0:0 chr12 9574042 . C A 989.64 PASS AF=0.985714;AO=67;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0444572;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.57;QD=56.5507;RBI=0.0468826;REFB=-0.101847;REVB=0.014884;RO=2;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277783;STB=0.507244;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00224173;OID=.;OPOS=9574042;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:70:70:2:1:67:69:0.985714:33:34:0:2:34:35:0:1 chr12 9578197 . A T 943.67 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00504307;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6679;QD=58.9792;RBI=0.0212378;REFB=0;REVB=0.0206304;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.29953e-05;OID=.;OPOS=9578197;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr12 9580395 . C G 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.327;QD=26.0305;RBI=0.036412;REFB=0.114919;REVB=0.036412;RO=1;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00280383;OID=.;OPOS=9580395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:6:0:0:1:6:0:0:1 chr12 9583324 . G A 108.46 PASS AF=1;AO=9;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434993;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.535;QD=39.4407;RBI=0.115309;REFB=0;REVB=0.10679;RO=1;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0984833;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00513132;OID=.;OPOS=9583324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:1:0:9:11:1:4:5:0:1:6:5:0:0 chr12 9585578 . C T 239.68 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0548579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.438;QD=50.4589;RBI=0.0606576;REFB=0;REVB=0.0258835;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000492946;OID=.;OPOS=9585578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:9:9:0:0:9:10:0:0 chr12 9597776 . G A 2056.8 PASS AF=0.938356;AO=137;DP=147;FAO=137;FDP=146;FR=.;FRO=9;FSAF=53;FSAR=84;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.00380826;FXX=0.00680226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.334;QD=56.3507;RBI=0.0108999;REFB=-0.0991925;REVB=0.010213;RO=9;SAF=53;SAR=84;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203939;STB=0.510747;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00121639;OID=.;OPOS=9597776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:147:146:9:9:137:137:0.938356:84:53:2:7:84:53:2:7 chr12 9750669 . A G 1629.26 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026223;FXX=0.0181802;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.576;QD=60.3428;RBI=0.0265333;REFB=0;REVB=-0.00404549;RO=0;SAF=49;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71411e-05;OID=.;OPOS=9750669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:108:0:0:108:108:1:59:49:0:0:59:49:0:0 chr12 9833524 . C G 1283.17 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.408;QD=61.8395;RBI=0.0415669;REFB=0;REVB=-0.00230559;RO=0;SAF=49;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.69637e-05;OID=.;OPOS=9833524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:34:49:0:0:34:49:0:0 chr12 9833628 . C G,T 721.9 PASS AF=0.0196078,0.980392;AO=2,49;DP=51;FAO=1,50;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,3;FSAR=1,47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142655,0.013151;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=208.256,79.9836;QD=56.6196;RBI=0.0145327,0.0297033;REFB=0,0;REVB=0.00277389,0.0266334;RO=0;SAF=0,3;SAR=2,46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.157716,8.1496e-05;OID=.,.;OPOS=9833628,9833628;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:51:51:0:0:2,49:1,50:0.0196078,0.980392:2,46:0,3:0:0:1,47:0,3:0:0 chr12 9885707 . A ATAAGT 814.17 PASS AF=0.777778;AO=62;DP=88;FAO=63;FDP=81;FR=.;FRO=18;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0074664;FXX=0.0689576;HRUN=1;LEN=5;MLLD=254.099;QD=40.2061;RBI=0.0111552;REFB=0.00336917;REVB=0.00828796;RO=21;SAF=35;SAR=27;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194503;STB=0.512461;STBP=0.679;TYPE=ins;VARB=-0.0010044;OID=.;OPOS=9885708;OREF=-;OALT=TAAGT;OMAPALT=ATAAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.777778:62:88:63:81:18:35:28:9:9:99:21:35:27:11:10 chr12 9905690 . A G 1769.14 PASS AF=0.96748;AO=117;DP=123;FAO=119;FDP=123;FR=.;FRO=4;FSAF=46;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0120189;FXX=0.00806387;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.677;QD=57.533;RBI=0.0337496;REFB=-0.0665993;REVB=0.031537;RO=1;SAF=45;SAR=72;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00655121;STB=0.504691;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.0017989;OID=.;OPOS=9905690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:123:123:1:4:117:119:0.96748:72:45:0:1:73:46:1:3 chr12 9906151 . GAAAAAC AGAAAAC,GAAAAC,GAAAACA 196.5 PASS AF=0,0.74,0.08;AO=4,26,3;DP=56;FAO=0,37,4;FDP=50;FR=.;FRO=9;FSAF=0,8,4;FSAR=0,29,0;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.049552,0.0145813,-0.00395604;FXX=0.107124;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,2;MLLD=20.6584,7.4724,18.3564;QD=15.72;RBI=0.15139,0.0189776,0.0723266;REFB=-0.0426799,-0.153708,-0.0945345;REVB=-0.14305,0.0121465,0.0722183;RO=13;SAF=0,3,3;SAR=4,23,0;SRF=7;SRR=6;SSEN=0,0.461538,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.691137,-0.402695,0.620235;STB=0.5,0.561255,0.996927;STBP=1,0.146,0.04;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.142821,-0.108106;OID=.,.,.;OPOS=9906151,9906152,9906156;OREF=GA,A,AC;OALT=AG,-,CA;OMAPALT=AGAAAAC,GAAAAC,GAAAACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:23:56:50:13:9:4,26,3:0,37,4:0,0.74,0.08:4,23,0:0,3,3:7:6:0,29,0:0,8,4:4:5 chr12 9985915 . G T 267.86 PASS AF=0.454545;AO=28;DP=65;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00870745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.62;QD=16.234;RBI=0.0127458;REFB=-0.0161167;REVB=-0.00930782;RO=36;SAF=13;SAR=15;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355488;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0185282;OID=.;OPOS=9985915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:36:36:28:30:0.454545:15:13:18:18:15:15:18:18 chr12 9994445 . GTGT G 818.28 PASS AF=1;AO=54;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151901;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=3;MLLD=286.522;QD=57.4233;RBI=0.0184841;REFB=0;REVB=0.0105321;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.34968e-05;OID=.;OPOS=9994446;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:58:57:57:0:22:35:0:0:5:0:21:33:0:0 chr12 10015177 . A G 376.21 PASS AF=0.527778;AO=39;DP=73;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0219046;FXX=0.0136968;HRUN=5;LEN=1;MLLD=168.368;QD=20.9004;RBI=0.0219656;REFB=-0.00493097;REVB=-0.0016371;RO=34;SAF=13;SAR=26;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456112;STB=0.535401;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00390387;OID=.;OPOS=10015177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:34:34:39:38:0.527778:26:13:13:21:26:12:13:21 chr12 10041364 . G A 569.55 PASS AF=0.451128;AO=60;DP=134;FAO=60;FDP=133;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=28;FSRR=45;FWDB=-0.01313;FXX=0.00746213;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.147;QD=17.1294;RBI=0.0325538;REFB=-0.0127358;REVB=-0.0297884;RO=70;SAF=27;SAR=33;SRF=27;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634018;STB=0.537096;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0149776;OID=.;OPOS=10041364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:70:73:60:60:0.451128:33:27:27:43:33:27:28:45 chr12 10046052 . C A 412.88 PASS AF=0.438776;AO=42;DP=97;FAO=43;FDP=98;FR=.;FRO=55;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=-0.0117327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0589;QD=16.8523;RBI=0.0118143;REFB=0.00451889;REVB=-0.00138685;RO=55;SAF=23;SAR=19;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129599;STB=0.578557;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.0104138;OID=.;OPOS=10046052;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:55:55:42:43:0.438776:19:23:37:18:20:23:37:18 chr12 10136672 . G A 1130.46 PASS AF=1;AO=63;DP=78;FAO=76;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.847;QD=59.4979;RBI=0.0260071;REFB=0;REVB=-0.000938011;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135169;OID=.;OPOS=10136672;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:76:0:0:63:76:1:31:32:0:0:39:37:0:0 chr12 10137557 . A C 613.8 PASS AF=0.913043;AO=42;DP=46;FAO=42;FDP=46;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-1.47311e-06;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=214.809;QD=53.3737;RBI=0.00595424;REFB=-0.0160068;REVB=-0.00595424;RO=3;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573815;STB=0.539981;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.000413743;OID=.;OPOS=10137557;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:46:46:3:4:42:42:0.913043:23:19:0:3:23:19:0:4 chr12 10149406 . T C 303.32 PASS AF=0.4;AO=33;DP=86;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0216423;FXX=0.0229859;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4705;QD=14.2738;RBI=0.0248503;REFB=-0.00919855;REVB=-0.0122127;RO=53;SAF=21;SAR=12;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100417;STB=0.54997;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00673882;OID=.;OPOS=10149406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:53:51:33:34:0.4:12:21:29:24:12:22:29:22 chr12 10149851 . C T 1922.06 PASS AF=0.984375;AO=126;DP=128;FAO=126;FDP=128;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=76;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00308564;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.498;QD=60.0645;RBI=0.00923002;REFB=-0.0083715;REVB=0.00869897;RO=2;SAF=50;SAR=76;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00319687;STB=0.501682;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.000149594;OID=.;OPOS=10149851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:128:128:2:2:126:126:0.984375:76:50:1:1:76:50:1:1 chr12 10150961 . G A 336.76 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=38;FWDB=0.0167244;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6082;QD=14.967;RBI=0.0271499;REFB=-0.0274515;REVB=0.0213872;RO=52;SAF=23;SAR=14;SRF=14;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352404;STB=0.692032;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.041559;OID=.;OPOS=10150961;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:52:53:37:37:0.411111:14:23:14:38:14:23:15:38 chr12 10150974 . A G 312.07 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=40;FWDB=0.009003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.815;QD=14.1848;RBI=0.0107681;REFB=-0.018343;REVB=0.00590741;RO=52;SAF=22;SAR=13;SRF=12;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.401029;STB=0.719195;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0203939;OID=.;OPOS=10150974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:52:53:35:35:0.397727:13:22:12:40:13:22:13:40 chr12 10151642 . T C 1871.88 PASS AF=0.961832;AO=122;DP=127;FAO=126;FDP=131;FR=.;FRO=5;FSAF=62;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0297598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0413;QD=57.1566;RBI=0.0676851;REFB=-0.124418;REVB=0.0607917;RO=0;SAF=62;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.64881e-08;STB=0.518794;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00268386;OID=.;OPOS=10151642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:127:131:0:5:122:126:0.961832:60:62:0:0:64:62:0:5 chr12 10165469 . A G 2839.46 PASS AF=0.994505;AO=180;DP=183;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=78;FSAR=103;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00661106;FXX=0.0162153;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.563;QD=62.4057;RBI=0.0294925;REFB=-0.0785014;REVB=0.028742;RO=1;SAF=78;SAR=102;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00606439;STB=0.503184;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000348624;OID=.;OPOS=10165469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:183:182:1:1:180:181:0.994505:102:78:1:0:103:78:1:0 chr12 10167277 . G C 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.031;QD=57.1048;RBI=0.0542071;REFB=0;REVB=0.0514516;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109849;OID=.;OPOS=10167277;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr12 10206925 . A G 213.27 PASS AF=0.284314;AO=29;DP=102;FAO=29;FDP=102;FR=.;FRO=73;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=-0.00966148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.159;QD=8.3635;RBI=0.00988358;REFB=0.000765362;REVB=0.0020835;RO=72;SAF=15;SAR=14;SRF=32;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08738;STB=0.556266;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-0.00266045;OID=.;OPOS=10206925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:72:73:29:29:0.284314:14:15:32:40:14:15:32:41 chr12 10236797 . A G 220.95 PASS AF=0.287037;AO=31;DP=107;FAO=31;FDP=108;FR=.;FRO=77;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=-0.0136571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.693;QD=8.18338;RBI=0.0137391;REFB=-0.0130742;REVB=0.0014994;RO=76;SAF=16;SAR=15;SRF=37;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351565;STB=0.516119;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.03128;OID=.;OPOS=10236797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:76:77:31:31:0.287037:15:16:37:39:15:16:38:39 chr12 10236824 . C T 239.05 PASS AF=0.297297;AO=33;DP=111;FAO=33;FDP=111;FR=.;FRO=78;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.00211795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.924;QD=8.61442;RBI=0.00419937;REFB=0.000796061;REVB=-0.00362616;RO=78;SAF=17;SAR=16;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333777;STB=0.519639;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.0020319;OID=.;OPOS=10236824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:78:78:33:33:0.297297:16:17:38:40:16:17:38:40 chr12 10236921 . G T 129.59 PASS AF=0.321429;AO=17;DP=53;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00978328;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.9323;QD=9.25654;RBI=0.0485495;REFB=-0.0372569;REVB=-0.0475536;RO=36;SAF=9;SAR=8;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968805;STB=0.553513;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0760466;OID=.;OPOS=10236921;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:56:36:38:17:18:0.321429:8:9:16:20:9:9:16:22 chr12 10236942 . C G 91.11 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00506994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.634;QD=8.28241;RBI=0.0113255;REFB=-0.00549226;REVB=-0.0101273;RO=32;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14841;STB=0.590763;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0131168;OID=.;OPOS=10236942;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:44:44:32:32:12:12:0.272727:6:6:12:20:6:6:12:20 chr12 10251445 . C G 341.5 PASS AF=0.422222;AO=37;DP=90;FAO=38;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.0496627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.1678;QD=15.1778;RBI=0.195242;REFB=-0.0715684;REVB=-0.18882;RO=27;SAF=13;SAR=24;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321669;STB=0.533316;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0955235;OID=.;OPOS=10251445;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:27:52:37:38:0.422222:24:13:21:6:24:14:22:30 chr12 10271055 . T C 386.83 PASS AF=0.454545;AO=39;DP=90;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=16;FWDB=0.0128154;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.372;QD=17.5832;RBI=0.0162363;REFB=-0.0175569;REVB=-0.00996903;RO=49;SAF=26;SAR=13;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150794;STB=0.505159;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0204281;OID=.;OPOS=10271055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:49:48:39:40:0.454545:13:26:32:17:13:27:32:16 chr12 10366088 . C T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0466367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.095;QD=12.3962;RBI=0.0478711;REFB=-0.0488472;REVB=0.0108011;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20967;STB=0.630995;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0094561;OID=.;OPOS=10366088;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:4:1:2:3:4:1:2:3 chr12 10367240 . CTT CT,CTC 603.75 PASS AF=0.546392,0.0618557;AO=52,6;DP=96;FAO=53,6;FDP=97;FR=.;FRO=38;FSAF=25,1;FSAR=28,5;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00965124,0.0083183;FXX=0.010203;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.4142,24.0524;QD=24.8968;RBI=0.0110609,0.0139824;REFB=-0.000745902,-0.0079254;REVB=0.0054035,-0.0112389;RO=36;SAF=24,1;SAR=28,5;SRF=16;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0128935,-0.364367;STB=0.5102,0.774853;STBP=0.827,0.214;TYPE=del,snp;VARB=0.0044537,-0.048654;OID=.,.;OPOS=10367241,10367242;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CT,CTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.546392,0.0618557:52,6:96:53,6:97:38:25,1:28,5:17:21:99:36:24,1:28,5:16:20 chr12 10367376 . C T 334.97 PASS AF=0.455696;AO=35;DP=80;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=22;FWDB=-0.02743;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3283;QD=16.9604;RBI=0.0275041;REFB=0.014685;REVB=-0.00201682;RO=42;SAF=19;SAR=16;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018603;STB=0.536703;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=-0.0300766;OID=.;OPOS=10367376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:42:43:35:36:0.455696:16:19:22:20:16:20:21:22 chr12 10462052 . T G 2083.55 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.803;QD=62.6633;RBI=0.118266;REFB=0;REVB=0.0279883;RO=0;SAF=66;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000259487;OID=.;OPOS=10462052;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:67:66:0:0:67:66:0:0 chr12 10467533 . T A 981.53 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.474;QD=58.5989;RBI=0.0511915;REFB=0;REVB=-0.00571495;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126498;OID=.;OPOS=10467533;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:36:30:0:0:36:31:0:0 chr12 10525740 . C T 1809.81 PASS AF=0.991667;AO=119;DP=121;FAO=119;FDP=120;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0146966;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.9;QD=60.3271;RBI=0.0154633;REFB=-0.0881942;REVB=0.00480848;RO=1;SAF=64;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736426;STB=0.503875;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000143267;OID=.;OPOS=10525740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:120:1:1:119:119:0.991667:55:64:1:0:55:64:1:0 chr12 10532111 . T G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=310.551;QD=48.7373;RBI=0.0357124;REFB=0;REVB=-0.0168108;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71553e-05;OID=.;OPOS=10532111;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr12 10532326 . T C 1418.68 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00426762;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.101;QD=63.0526;RBI=0.0165319;REFB=0;REVB=0.0159716;RO=0;SAF=51;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.24868e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349836;OID=.;OPOS=10532326;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:39:51:0:0:39:51:0:0 chr12 10560957 . T C 1622.32 PASS AF=0.965217;AO=91;DP=111;FAO=111;FDP=115;FR=.;FRO=4;FSAF=65;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0299079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1515;QD=56.4285;RBI=0.030581;REFB=-0.0162949;REVB=-0.00638063;RO=0;SAF=49;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505902;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000248945;OID=.;OPOS=10560957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:111:115:0:4:91:111:0.965217:42:49:0:0:46:65:3:1 chr12 10562025 . C T 2273.82 PASS AF=0.987097;AO=152;DP=155;FAO=153;FDP=155;FR=.;FRO=2;FSAF=98;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.015254;FXX=0.012738;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.611;QD=58.6793;RBI=0.0166776;REFB=-0.0534281;REVB=0.00674235;RO=1;SAF=97;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00487913;STB=0.50505;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=5.08849e-05;OID=.;OPOS=10562025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:155:155:1:2:152:153:0.987097:55:97:1:0:55:98:2:0 chr12 10562089 . A C,T 3815.3 PASS AF=0.963415,0.0365854;AO=232,11;DP=243;FAO=237,9;FDP=246;FR=.;FRO=0;FSAF=136,3;FSAR=101,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233861,-0.0163288;FXX=0.00404842;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=199.768,46.9723;QD=62.0375;RBI=0.0332854,0.0583723;REFB=0,0;REVB=-0.0236856,-0.0560419;RO=0;SAF=135,4;SAR=97,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.23743e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000189545,0.0977289;OID=.,.;OPOS=10562089,10562089;OREF=A,A;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:243:246:0:0:232,11:237,9:0.963415,0.0365854:97,7:135,4:0:0:101,6:136,3:0:0 chr12 10570965 . C G 2622.0 PASS AF=1;AO=166;DP=169;FAO=171;FDP=171;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=94;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342516;FXX=0.0284075;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8662;QD=61.3332;RBI=0.056353;REFB=0;REVB=0.0447491;RO=1;SAF=77;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00531737;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00211107;OID=.;OPOS=10570965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:169:171:1:0:166:171:1:89:77:0:1:94:77:0:0 chr12 10571042 . A G 2803.61 PASS AF=0.989011;AO=180;DP=184;FAO=180;FDP=182;FR=.;FRO=2;FSAF=70;FSAR=110;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0347247;FXX=0.010869;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9398;QD=61.6177;RBI=0.0632286;REFB=-0.0725764;REVB=0.0528399;RO=1;SAF=70;SAR=110;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00675239;STB=0.507041;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.000693272;OID=.;OPOS=10571042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:184:182:1:2:180:180:0.989011:110:70:1:0:110:70:2:0 chr12 10571091 . T G 2312.57 PASS AF=1;AO=144;DP=144;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=99;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00997364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.703;QD=63.795;RBI=0.0131517;REFB=0;REVB=-0.00857289;RO=0;SAF=45;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0033e-06;OID=.;OPOS=10571091;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:144:145:0:0:144:145:1:99:45:0:0:99:46:0:0 chr12 10571106 . G C 1884.21 PASS AF=1;AO=122;DP=124;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=81;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00248493;FXX=0.0161277;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.804;QD=61.7775;RBI=0.00390173;REFB=0;REVB=-0.00300809;RO=0;SAF=41;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.16374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.59625e-05;OID=.;OPOS=10571106;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:124:122:0:0:122:122:1:81:41:0:0:81:41:0:0 chr12 10572982 . A G 2393.34 PASS AF=1;AO=156;DP=158;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.070281;FXX=0.0188667;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2386;QD=61.3677;RBI=0.0703292;REFB=0;REVB=0.00260237;RO=0;SAF=97;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191625;OID=.;OPOS=10572982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:158:156:0:0:156:156:1:59:97:0:0:59:97:0:0 chr12 10573094 . CA GG 1143.79 PASS AF=1;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00660759;FXX=0.0384566;HRUN=2;LEN=2;MLLD=295.006;QD=61.0023;RBI=0.0114706;REFB=0;REVB=-0.00937632;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=8.52718e-06;OID=.;OPOS=10573094;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chr12 10587111 . A G 13914.7 PASS AF=1;AO=898;DP=924;FAO=901;FDP=901;FR=.;FRO=0;FSAF=481;FSAR=420;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00582018;FXX=0.0269975;HRUN=5;LEN=1;MLLD=287.955;QD=61.7743;RBI=0.00617647;REFB=-0.00889741;REVB=-0.00206744;RO=22;SAF=480;SAR=418;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000501622;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.27807e-05;OID=.;OPOS=10587111;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:924:901:22:0:898:901:1:418:480:12:10:420:481:0:0 chr12 10587631 . C T 1444.34 PASS AF=0.99;AO=98;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0121036;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.974;QD=57.7735;RBI=0.0353291;REFB=-0.0933504;REVB=0.033191;RO=1;SAF=45;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886572;STB=0.504672;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000764549;OID=.;OPOS=10587631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:98:99:0.99:53:45:0:1:53:46:0:1 chr12 10588530 . C G 1025.12 PASS AF=0.382166;AO=118;DP=315;FAO=120;FDP=314;FR=.;FRO=194;FSAF=44;FSAR=76;FSRF=101;FSRR=93;FWDB=-0.0303566;FXX=0.0031745;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3973;QD=13.0588;RBI=0.0374245;REFB=0.00693122;REVB=0.0218877;RO=195;SAF=43;SAR=75;SRF=102;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178608;STB=0.597079;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0105939;OID=.;OPOS=10588530;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:315:314:195:194:118:120:0.382166:75:43:102:93:76:44:101:93 chr12 10588581 . T C 673.09 PASS AF=0.363229;AO=81;DP=223;FAO=81;FDP=223;FR=.;FRO=142;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=48;FSRR=94;FWDB=0.0213068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.455;QD=12.0734;RBI=0.0234344;REFB=-0.0133778;REVB=-0.00975657;RO=141;SAF=41;SAR=40;SRF=47;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194041;STB=0.606778;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0177463;OID=.;OPOS=10588581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:223:141:142:81:81:0.363229:40:41:47:94:40:41:48:94 chr12 10603670 . T C 3120.5 PASS AF=0.903766;AO=213;DP=236;FAO=216;FDP=239;FR=.;FRO=23;FSAF=100;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=23;FWDB=0.00888556;FXX=0.0244888;HRUN=5;LEN=1;MLLD=165.16;QD=52.2259;RBI=0.0167601;REFB=-0.112599;REVB=0.0142109;RO=22;SAF=97;SAR=116;SRF=0;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822403;STB=0.545094;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00185648;OID=.;OPOS=10603670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:236:239:22:23:213:216:0.903766:116:97:0:22:116:100:0:23 chr12 10658507 . G A 860.01 PASS AF=0.449275;AO=93;DP=206;FAO=93;FDP=207;FR=.;FRO=114;FSAF=47;FSAR=46;FSRF=69;FSRR=45;FWDB=0.00171341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.202;QD=16.6185;RBI=0.0114931;REFB=-0.0197134;REVB=0.0113647;RO=112;SAF=47;SAR=46;SRF=67;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0916848;STB=0.55507;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0281425;OID=.;OPOS=10658507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:207:112:114:93:93:0.449275:46:47:67:45:46:47:69:45 chr12 10659228 . A T 1093.66 PASS AF=0.347938;AO=134;DP=388;FAO=135;FDP=388;FR=.;FRO=253;FSAF=62;FSAR=73;FSRF=109;FSRR=144;FWDB=0.0115004;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.5429;QD=11.2749;RBI=0.0184524;REFB=-0.00475583;REVB=0.0144303;RO=243;SAF=62;SAR=72;SRF=104;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398294;STB=0.518716;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00783368;OID=.;OPOS=10659228;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:388:388:243:253:134:135:0.347938:72:62:104:139:73:62:109:144 chr12 10659438 . T C 4239.98 PASS AF=1;AO=266;DP=267;FAO=270;FDP=270;FR=.;FRO=0;FSAF=106;FSAR=164;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00822946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.225;QD=62.8145;RBI=0.0239837;REFB=0;REVB=0.0225277;RO=0;SAF=106;SAR=160;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.54751e-06;OID=.;OPOS=10659438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:23:267:270:0:0:266:270:1:160:106:0:0:164:106:0:0 chr12 10659964 . C G 1635.3 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00874898;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.067;QD=60.5666;RBI=0.0233616;REFB=0;REVB=0.0216615;RO=0;SAF=56;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82211e-06;OID=.;OPOS=10659964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:108:0:0:107:108:1:51:56:0:0:52:56:0:0 chr12 10675250 . G C 872.19 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248105;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3584;QD=58.1462;RBI=0.0260038;REFB=0;REVB=0.00778678;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367406;OID=.;OPOS=10675250;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:28:30:0:0:30:30:0:0 chr12 10675295 . G A 184.73 PASS AF=0.487805;AO=15;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0271506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.6897;QD=18.022;RBI=0.0699113;REFB=-0.0253339;REVB=-0.0644238;RO=18;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109898;STB=0.536549;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0276755;OID=.;OPOS=10675295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:21:15:20:0.487805:9:6:7:11:10:10:9:12 chr12 10763205 . T C 87.45 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0344013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.152;QD=13.4545;RBI=0.0356457;REFB=0.00369452;REVB=-0.00933644;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291961;STB=0.67093;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.00842512;OID=.;OPOS=10763205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:7:4:10:5:7:4:10:5 chr12 10763236 . G C 676.45 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0761611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6513;QD=60.1285;RBI=0.0764333;REFB=-0.0282481;REVB=-0.00644453;RO=1;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184224;STB=0.509799;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=-0.000185778;OID=.;OPOS=10763236;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:25:19:0:1:25:19:0:1 chr12 10771779 . C T 1088.82 PASS AF=0.225885;AO=171;DP=800;FAO=185;FDP=819;FR=.;FRO=634;FSAF=86;FSAR=99;FSRF=364;FSRR=270;FWDB=-0.00135751;FXX=0.00606789;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.976;QD=5.31778;RBI=0.00426416;REFB=-0.00674186;REVB=0.0040423;RO=626;SAF=77;SAR=94;SRF=361;SRR=265;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16215;STB=0.583993;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0242779;OID=.;OPOS=10771779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:800:819:626:634:171:185:0.225885:94:77:361:265:99:86:364:270 chr12 10782115 . T C 808.21 PASS AF=0.616667;AO=72;DP=120;FAO=74;FDP=120;FR=.;FRO=46;FSAF=46;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0336361;FXX=0.0163921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.709;QD=26.9402;RBI=0.0432239;REFB=-0.00924417;REVB=-0.0271463;RO=46;SAF=44;SAR=28;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144277;STB=0.581587;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00780205;OID=.;OPOS=10782115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:46:46:72:74:0.616667:28:44:19:27:28:46:19:27 chr12 10783729 . A G 401.57 PASS AF=0.328859;AO=49;DP=149;FAO=49;FDP=149;FR=.;FRO=100;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=62;FSRR=38;FWDB=0.00179586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.9018;QD=10.7805;RBI=0.0104589;REFB=0.00778506;REVB=0.0103035;RO=99;SAF=27;SAR=22;SRF=61;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771814;STB=0.547214;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.0150079;OID=.;OPOS=10783729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:99:100:49:49:0.328859:22:27:61:38:22:27:62:38 chr12 10856219 . C T 85.77 PASS AF=0.212121;AO=14;DP=66;FAO=14;FDP=66;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=0.0649322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.11;QD=5.1983;RBI=0.0664239;REFB=-0.00435776;REVB=-0.0139981;RO=52;SAF=5;SAR=9;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415413;STB=0.526279;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0307534;OID=.;OPOS=10856219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:66:66:52:52:14:14:0.212121:9:5:17:35:9:5:17:35 chr12 10871667 . A G 2140.83 PASS AF=0.966887;AO=145;DP=151;FAO=146;FDP=151;FR=.;FRO=5;FSAF=71;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.038467;FXX=0.0194793;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.911;QD=56.7107;RBI=0.110473;REFB=-0.165221;REVB=0.10356;RO=5;SAF=71;SAR=74;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183604;STB=0.509491;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.00563498;OID=.;OPOS=10871667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:151:151:5:5:145:146:0.966887:74:71:1:4:75:71:1:4 chr12 10958658 . T C 2182.08 PASS AF=1;AO=138;DP=139;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=73;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100972;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.87;QD=63.2487;RBI=0.0569484;REFB=0;REVB=0.0560461;RO=0;SAF=73;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.43793e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22478e-05;OID=.;OPOS=10958658;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:139:138:0:0:138:138:1:65:73:0:0:65:73:0:0 chr12 10959031 . C T 2195.1 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221659;FXX=0.0141834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.69;QD=63.1683;RBI=0.0223223;REFB=0;REVB=-0.00263744;RO=0;SAF=75;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243327;OID=.;OPOS=10959031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:139:0:0:138:139:1:63:75:0:0:64:75:0:0 chr12 10962085 . G A 940.64 PASS AF=0.595745;AO=83;DP=140;FAO=84;FDP=141;FR=.;FRO=57;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.0126668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.497;QD=26.6847;RBI=0.0168185;REFB=-0.0111629;REVB=0.0110641;RO=57;SAF=32;SAR=51;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141561;STB=0.504503;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00694063;OID=.;OPOS=10962085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:57:57:83:84:0.595745:51:32:23:34:51:33:23:34 chr12 10962115 . A G 1302.4 PASS AF=1;AO=83;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0794082;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0412;QD=61.2896;RBI=0.0814701;REFB=0;REVB=0.0182131;RO=0;SAF=32;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000657395;OID=.;OPOS=10962115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:83:85:1:51:32:0:0:53:32:0:0 chr12 10978402 . G A,T 411.15 PASS AF=0.870968,0.129032;AO=25,4;DP=29;FAO=27,4;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=13,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118205,-0.0203286;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=186.834,37.8471;QD=53.0522;RBI=0.0165149,0.024172;REFB=0,0;REVB=0.0115333,-0.013078;RO=0;SAF=12,0;SAR=13,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.94263e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00371047,0.0184287;OID=.,.;OPOS=10978402,10978402;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:29:31:0:0:25,4:27,4:0.870968,0.129032:13,4:12,0:0:0:13,4:14,0:0:0 chr12 10999708 . T C 1785.73 PASS AF=0.991597;AO=117;DP=117;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=74;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00684006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.176;QD=60.0244;RBI=0.0431424;REFB=-0.00124339;REVB=0.0425967;RO=0;SAF=74;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503355;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=4.96207e-05;OID=.;OPOS=10999708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:119:0:1:117:118:0.991597:43:74:0:0:44:74:1:0 chr12 10999780 . C T 1674.1 PASS AF=1;AO=110;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=87;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00950748;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3586;QD=60.328;RBI=0.0160443;REFB=0;REVB=0.0129239;RO=0;SAF=86;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.08045e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76704e-05;OID=.;OPOS=10999780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:110:111:1:24:86:0:0:24:87:0:0 chr12 11061122 . T C 1012.1 PASS AF=0.985714;AO=67;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0281166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.388;QD=57.8344;RBI=0.0622133;REFB=-0.0687743;REVB=0.0554973;RO=1;SAF=29;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016016;STB=0.508472;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00282477;OID=.;OPOS=11061122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:67:69:0.985714:38:29:1:0:40:29:1:0 chr12 11083356 . A G 558.68 PASS AF=0.238356;AO=87;DP=363;FAO=87;FDP=365;FR=.;FRO=278;FSAF=35;FSAR=52;FSRF=154;FSRR=124;FWDB=-0.031172;FXX=0.00273217;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0143;QD=6.12256;RBI=0.0320283;REFB=-0.00178467;REVB=0.00735623;RO=276;SAF=35;SAR=52;SRF=152;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187331;STB=0.614685;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00517544;OID=.;OPOS=11083356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:363:365:276:278:87:87:0.238356:52:35:152:124:52:35:154:124 chr12 11083677 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.901;QD=63.2867;RBI=0.0312036;REFB=0;REVB=0.00559643;RO=0;SAF=15;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135014;OID=.;OPOS=11083677;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:31:15:0:0:31:15:0:0 chr12 11091432 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00497747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.667;QD=61.684;RBI=0.018469;REFB=0;REVB=0.0177857;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.22357e-05;OID=.;OPOS=11091432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr12 11138683 . C T 1534.67 PASS AF=0.963636;AO=106;DP=110;FAO=106;FDP=110;FR=.;FRO=4;FSAF=56;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00382368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.956;QD=55.8061;RBI=0.0182257;REFB=0.000856212;REVB=0.0178201;RO=4;SAF=56;SAR=50;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192267;STB=0.510139;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-6.24405e-06;OID=.;OPOS=11138683;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:110:110:4:4:106:106:0.963636:50:56:1:3:50:56:1:3 chr12 11138852 . C T 2392.95 PASS AF=0.993671;AO=157;DP=160;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.03371;FXX=0.0186324;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.745;QD=60.5809;RBI=0.033748;REFB=-0.158653;REVB=0.00160075;RO=0;SAF=69;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47484e-08;STB=0.503597;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00145099;OID=.;OPOS=11138852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:160:158:0:1:157:157:0.993671:88:69:0:0:88:69:1:0 chr12 11149711 . C A 1321.43 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.22;QD=62.185;RBI=0.0328771;REFB=0;REVB=0.0225174;RO=0;SAF=40;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000224908;OID=.;OPOS=11149711;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:44:40:0:0:44:41:0:0 chr12 11149720 . A G 1535.03 PASS AF=0.989796;AO=97;DP=98;FAO=97;FDP=98;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00165387;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.336;QD=62.6543;RBI=0.013152;REFB=-0.148149;REVB=-0.0130476;RO=1;SAF=51;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092091;STB=0.504853;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-3.89714e-05;OID=.;OPOS=11149720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:98:98:1:1:97:97:0.989796:46:51:1:0:46:51:1:0 chr12 11149769 . T C 1635.04 PASS AF=1;AO=105;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156014;FXX=0.0270246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.819;QD=60.5571;RBI=0.0726266;REFB=0;REVB=0.0709311;RO=0;SAF=58;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001895;OID=.;OPOS=11149769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:105:108:1:47:58:0:0:50:58:0:0 chr12 11150033 . G T 1891.41 PASS AF=0.991935;AO=106;DP=128;FAO=123;FDP=124;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=66;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290807;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.016;QD=61.0131;RBI=0.0442943;REFB=0;REVB=0.0334111;RO=0;SAF=54;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00287024;OID=.;OPOS=11150033;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:128:124:0:0:106:123:0.991935:52:54:0:0:57:66:0:0 chr12 11150046 . G T 1778.72 PASS AF=0.97541;AO=119;DP=122;FAO=119;FDP=122;FR=.;FRO=3;FSAF=67;FSAR=52;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0011774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3004;QD=58.3187;RBI=0.00876709;REFB=-0.0145736;REVB=0.00868767;RO=2;SAF=67;SAR=52;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00200993;STB=0.502591;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0036627;OID=.;OPOS=11150046;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:122:122:2:3:119:119:0.97541:52:67:1:1:52:67:2:1 chr12 11150054 . C T 1479.98 PASS AF=0.913793;AO=105;DP=115;FAO=106;FDP=116;FR=.;FRO=10;FSAF=60;FSAR=46;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0196779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.25;QD=51.0338;RBI=0.0236625;REFB=0.0190494;REVB=0.0131415;RO=10;SAF=60;SAR=45;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0286492;STB=0.514509;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00215288;OID=.;OPOS=11150054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:115:116:10:10:105:106:0.913793:45:60:4:6:46:60:4:6 chr12 11150214 . G A 590.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.368;QD=60.567;RBI=0.083217;REFB=0;REVB=-0.0774518;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000758765;OID=.;OPOS=11150214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr12 11150319 . T C 145.17 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00262931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.173;QD=44.668;RBI=0.0250564;REFB=0;REVB=-0.0249181;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000277307;OID=.;OPOS=11150319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr12 11174282 . T C 34.66 PASS AF=0.0840336;AO=10;DP=119;FAO=10;FDP=119;FR=.;FRO=109;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=67;FSRR=42;FWDB=-0.00121202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.355;QD=1.16502;RBI=0.00516483;REFB=-0.00289519;REVB=-0.0050206;RO=109;SAF=4;SAR=6;SRF=67;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240137;STB=0.68897;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0196714;OID=.;OPOS=11174282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:119:119:109:109:10:10:0.0840336:6:4:67:42:6:4:67:42 chr12 11174302 . A G 49.87 PASS AF=0.0933333;AO=14;DP=150;FAO=14;FDP=150;FR=.;FRO=136;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=79;FSRR=57;FWDB=0.00596997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.859;QD=1.3299;RBI=0.0149716;REFB=-0.0022985;REVB=-0.0137299;RO=136;SAF=6;SAR=8;SRF=79;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17765;STB=0.635328;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0205104;OID=.;OPOS=11174302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:150:150:136:136:14:14:0.0933333:8:6:79:57:8:6:79:57 chr12 11174327 . C T 55.26 PASS AF=0.0941176;AO=16;DP=170;FAO=16;FDP=170;FR=.;FRO=154;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=86;FSRR=68;FWDB=0.00415407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.406;QD=1.30014;RBI=0.0223413;REFB=-0.00255077;REVB=-0.0219517;RO=154;SAF=6;SAR=10;SRF=86;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214279;STB=0.662626;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.0230121;OID=.;OPOS=11174327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:170:170:154:154:16:16:0.0941176:10:6:86:68:10:6:86:68 chr12 11174372 . C G 83.13 PASS AF=0.119048;AO=21;DP=169;FAO=20;FDP=168;FR=.;FRO=148;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=73;FSRR=75;FWDB=-0.0267494;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2985;QD=1.97926;RBI=0.0542674;REFB=-0.00694986;REVB=-0.0472167;RO=146;SAF=9;SAR=12;SRF=73;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893557;STB=0.538148;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0325143;OID=.;OPOS=11174372;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:169:168:146:148:21:20:0.119048:12:9:73:73:11:9:73:75 chr12 11174380 . C T 76.31 PASS AF=0.113095;AO=19;DP=168;FAO=19;FDP=168;FR=.;FRO=149;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=74;FSRR=75;FWDB=-0.0225441;FXX=0.011764;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146;QD=1.81684;RBI=0.0230606;REFB=-0.00552108;REVB=-0.0048535;RO=139;SAF=8;SAR=11;SRF=70;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102357;STB=0.567225;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0404579;OID=.;OPOS=11174380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:168:168:139:149:19:19:0.113095:11:8:70:69:11:8:74:75 chr12 11174390 . G A 70.93 PASS AF=0.110429;AO=18;DP=164;FAO=18;FDP=163;FR=.;FRO=145;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=72;FSRR=73;FWDB=0.000406781;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.879;QD=1.74072;RBI=0.021374;REFB=-0.00112355;REVB=-0.0213701;RO=143;SAF=8;SAR=10;SRF=72;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072282;STB=0.546396;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0173454;OID=.;OPOS=11174390;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:164:163:143:145:18:18:0.110429:10:8:72:71:10:8:72:73 chr12 11174397 . T A 69.53 PASS AF=0.108434;AO=18;DP=163;FAO=18;FDP=166;FR=.;FRO=148;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=76;FSRR=72;FWDB=0.00224921;FXX=0.00598767;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.265;QD=1.67542;RBI=0.0180035;REFB=-0.000427934;REVB=-0.0178624;RO=144;SAF=8;SAR=10;SRF=73;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763915;STB=0.561429;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0040801;OID=.;OPOS=11174397;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:163:166:144:148:18:18:0.108434:10:8:73:71:10:8:76:72 chr12 11174416 . A G 68.21 PASS AF=0.106509;AO=18;DP=170;FAO=18;FDP=169;FR=.;FRO=151;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=77;FSRR=74;FWDB=0.0143491;FXX=0.00588201;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7227;QD=1.61443;RBI=0.0381121;REFB=0.00341197;REVB=0.0353077;RO=152;SAF=8;SAR=10;SRF=77;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0753438;STB=0.558411;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.0296997;OID=.;OPOS=11174416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:170:169:152:151:18:18:0.106509:10:8:77:75:10:8:77:74 chr12 11174753 . G A 627.24 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.611;QD=61.1944;RBI=0.039849;REFB=0;REVB=0.0255245;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.14928e-05;OID=.;OPOS=11174753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:41:0:0:37:41:1:18:19:0:0:18:23:0:0 chr12 11183042 . C G 35.8 PASS AF=0.0602007;AO=18;DP=299;FAO=18;FDP=299;FR=.;FRO=281;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=178;FSRR=103;FWDB=0.0297577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5031;QD=0.478958;RBI=0.040282;REFB=-0.000666507;REVB=-0.0271499;RO=280;SAF=5;SAR=13;SRF=178;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362016;STB=0.803696;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0177876;OID=.;OPOS=11183042;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:299:299:280:281:18:18:0.0602007:13:5:178:102:13:5:178:103 chr12 11183046 . C T 30.43 PASS AF=0.0561056;AO=16;DP=307;FAO=17;FDP=303;FR=.;FRO=286;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=182;FSRR=104;FWDB=-0.0419404;FXX=0.0162332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1106;QD=0.401722;RBI=0.0490981;REFB=-0.00203511;REVB=0.0255271;RO=290;SAF=5;SAR=11;SRF=181;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301568;STB=0.794319;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0242434;OID=.;OPOS=11183046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:307:303:290:286:16:17:0.0561056:11:5:181:109:12:5:182:104 chr12 11183451 . A T 2277.59 PASS AF=0.993103;AO=144;DP=145;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=86;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00760153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.245;QD=62.8301;RBI=0.0307848;REFB=-0.0911386;REVB=-0.0298315;RO=0;SAF=86;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.000233497;OID=.;OPOS=11183451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:145:145:0:1:144:144:0.993103:58:86:0:0:58:86:0:1 chr12 11183576 . T C 50.03 PASS AF=0.102362;AO=13;DP=127;FAO=13;FDP=127;FR=.;FRO=114;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=60;FSRR=54;FWDB=-0.00481056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9488;QD=1.57584;RBI=0.0192155;REFB=-0.00338366;REVB=-0.0186036;RO=113;SAF=6;SAR=7;SRF=59;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721976;STB=0.557882;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.033348;OID=.;OPOS=11183576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:127:127:113:114:13:13:0.102362:7:6:59:54:7:6:60:54 chr12 11183642 . A G 77.8 PASS AF=0.147059;AO=15;DP=101;FAO=15;FDP=102;FR=.;FRO=87;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=50;FSRR=37;FWDB=0.00310779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5854;QD=3.05115;RBI=0.00911036;REFB=-0.00696352;REVB=-0.0085639;RO=84;SAF=8;SAR=7;SRF=49;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0635153;STB=0.535573;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.031689;OID=.;OPOS=11183642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:101:102:84:87:15:15:0.147059:7:8:49:35:7:8:50:37 chr12 11183676 . C T 88.64 PASS AF=0.164948;AO=16;DP=96;FAO=16;FDP=97;FR=.;FRO=81;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=43;FSRR=38;FWDB=-0.0165463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.702;QD=3.65512;RBI=0.0210854;REFB=-0.00221537;REVB=-0.0130697;RO=79;SAF=9;SAR=7;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0231751;STB=0.526625;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0143037;OID=.;OPOS=11183676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:96:97:79:81:16:16:0.164948:7:9:43:36:7:9:43:38 chr12 11183697 . C A 75.37 PASS AF=0.15625;AO=15;DP=97;FAO=15;FDP=96;FR=.;FRO=81;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=39;FSRR=42;FWDB=-0.0137093;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1277;QD=3.14024;RBI=0.0232023;REFB=-0.0061694;REVB=-0.018719;RO=80;SAF=9;SAR=6;SRF=40;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126131;STB=0.599867;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0449384;OID=.;OPOS=11183697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:97:96:80:81:15:15:0.15625:6:9:40:40:6:9:39:42 chr12 11183708 . T C 44.6 PASS AF=0.11236;AO=10;DP=91;FAO=10;FDP=89;FR=.;FRO=79;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=41;FWDB=0.00863114;FXX=0.0430061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8487;QD=2.00433;RBI=0.0159203;REFB=-0.000645762;REVB=0.0133776;RO=66;SAF=7;SAR=3;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247425;STB=0.694868;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0186644;OID=.;OPOS=11183708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:91:89:66:79:10:10:0.11236:3:7:33:33:3:7:38:41 chr12 11183722 . A C 67.06 PASS AF=0.147727;AO=13;DP=88;FAO=13;FDP=88;FR=.;FRO=75;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=40;FSRR=35;FWDB=-0.0121983;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=73.223;QD=3.04835;RBI=0.021466;REFB=-0.00475839;REVB=0.0176632;RO=75;SAF=8;SAR=5;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103912;STB=0.571317;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.036574;OID=.;OPOS=11183722;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:88:88:75:75:13:13:0.147727:5:8:40:35:5:8:40:35 chr12 11183752 . T C 44.12 PASS AF=0.128571;AO=9;DP=70;FAO=9;FDP=70;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0150438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.513;QD=2.52125;RBI=0.0185815;REFB=-0.00199895;REVB=-0.0109068;RO=61;SAF=7;SAR=2;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.337489;STB=0.746096;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0107696;OID=.;OPOS=11183752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:70:70:61:61:9:9:0.128571:2:7:31:30:2:7:31:30 chr12 11244166 . G C 1246.16 PASS AF=0.94382;AO=83;DP=89;FAO=84;FDP=89;FR=.;FRO=5;FSAF=36;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00986635;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.485;QD=56.0071;RBI=0.00998529;REFB=-0.00151989;REVB=-0.00153658;RO=5;SAF=35;SAR=48;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00238902;STB=0.501639;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.000136605;OID=.;OPOS=11244166;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:89:89:5:5:83:84:0.94382:48:35:2:3:48:36:2:3 chr12 11244194 . T C 1165.64 PASS AF=0.963415;AO=78;DP=81;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00526635;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.126;QD=56.8607;RBI=0.0102153;REFB=0.0431615;REVB=-0.00875319;RO=3;SAF=37;SAR=41;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0099094;STB=0.505412;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.000876073;OID=.;OPOS=11244194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:81:82:3:3:78:79:0.963415:41:37:1:2:41:38:1:2 chr12 11244725 . C G 756.74 PASS AF=0.949153;AO=54;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0320242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.823;QD=51.3046;RBI=0.0389486;REFB=-0.0147543;REVB=-0.0221685;RO=2;SAF=28;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0012472;STB=0.506697;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.00191032;OID=.;OPOS=11244725;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:59:59:2:3:54:56:0.949153:26:28:1:1:26:30:2:1 chr12 11338613 . CA GG,GT 745.84 PASS AF=0.979167,0.0208333;AO=47,2;DP=49;FAO=47,1;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=30,1;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00071726,0.00035943;FXX=0.020404;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=291.389,240.405;QD=62.1534;RBI=0.0238305,0.0270985;REFB=0,0;REVB=0.0238197,0.0270961;RO=0;SAF=31,1;SAR=16,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.00115321,-0.0106556;OID=.,.;OPOS=11338613,11338613;OREF=CA,CA;OALT=GG,GT;OMAPALT=GG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:49:48:0:0:47,2:47,1:0.979167,0.0208333:16,1:31,1:0:0:17,0:30,1:0:0 chr12 11338781 . C A 2647.94 PASS AF=0.99422;AO=172;DP=173;FAO=172;FDP=173;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=115;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0402449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.897;QD=61.2241;RBI=0.0666385;REFB=0.0696426;REVB=-0.0531135;RO=1;SAF=57;SAR=115;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00412129;STB=0.502164;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.000769377;OID=.;OPOS=11338781;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:173:173:1:1:172:172:0.99422:115:57:0:1:115:57:0:1 chr12 11338957 . A G 566.01 PASS AF=0.928571;AO=39;DP=42;FAO=39;FDP=42;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0418997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6081;QD=53.9057;RBI=0.0439558;REFB=-0.149599;REVB=-0.0132865;RO=3;SAF=10;SAR=29;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133756;STB=0.507151;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0108201;OID=.;OPOS=11338957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:42:42:3:3:39:39:0.928571:29:10:1:2:29:10:1:2 chr12 11338983 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.546;QD=55.0982;RBI=0.0135436;REFB=0;REVB=-0.00562728;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.47501e-05;OID=.;OPOS=11338983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:20:6:0:0:20:6:0:0 chr12 11339020 . T A 74.92 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00970678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.707;QD=37.4603;RBI=0.0230836;REFB=0;REVB=0.0209435;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020841;OID=.;OPOS=11339020;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:5:2:0:0:6:2:0:0 chr12 11418954 . A G 1475.97 PASS AF=1;AO=98;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00891856;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.577;QD=59.0386;RBI=0.0341695;REFB=0;REVB=0.0329851;RO=0;SAF=45;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000911554;OID=.;OPOS=11418954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:98:100:1:53:45:0:0:55:45:0:0 chr12 11420206 . C T 416.0 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0266379;FXX=0.048187;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6748;QD=21.0634;RBI=0.0390695;REFB=-0.0373216;REVB=-0.0285805;RO=36;SAF=22;SAR=19;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194031;STB=0.617395;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0346645;OID=.;OPOS=11420206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:79:36:38:41:41:0.518987:19:22:11:25:19:22:11:27 chr12 11420375 . G A 88.44 PASS AF=1;AO=7;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.18;QD=39.3077;RBI=0.172539;REFB=0;REVB=0.0745552;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00272222;OID=.;OPOS=11420375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:7:9:1:6:1:0:0:7:2:0:0 chr12 11461292 . C G 48.85 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.813;QD=32.5677;RBI=0.0397912;REFB=0;REVB=-0.0364712;RO=0;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149271;OID=.;OPOS=11461292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:5:6:1:2:3:0:0:2:4:0:0 chr12 11462275 . A G 775.31 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0130071;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.539;QD=53.4699;RBI=0.0153814;REFB=-0.0426462;REVB=0.00820999;RO=2;SAF=27;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00116172;STB=0.500616;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.000537832;OID=.;OPOS=11462275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:29:27:1:1:29:27:1:1 chr12 11992168 . G A 758.06 PASS AF=0.516556;AO=75;DP=149;FAO=78;FDP=151;FR=.;FRO=73;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=32;FSRR=41;FWDB=0.00431574;FXX=0.00657851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.818;QD=20.081;RBI=0.00603904;REFB=0.00325349;REVB=-0.00422427;RO=69;SAF=41;SAR=34;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122519;STB=0.560827;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.00299327;OID=.;OPOS=11992168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:151:69:73:75:78:0.516556:34:41:28:41:34:44:32:41 chr12 12044392 . ATTATATATATAT ATTATATATATATA,ATTATATATATATAT,TATATATATATAT 1364.65 PASS AF=0.414894,0.478723,0.106383;AO=36,45,9;DP=116;FAO=39,45,10;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=19,22,10;FSAR=20,23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00778125,-0.00798561,0.0262902;FXX=0.059994;HRUN=0,0,1;LEN=1,2,2;MLLD=211.141,212.153,40.5094;QD=58.07;RBI=0.0309869,0.0343382,0.077026;REFB=0,0,0;REVB=0.029994,0.0333968,0.0724005;RO=12;SAF=16,27,9;SAR=20,18,0;SRF=7;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0644226,0.00678699,0.774946;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,mnp;VARB=-3.11675e-05,0.0128229,0.00912919;OID=.,.,.;OPOS=12044405,12044394,12044392;OREF=-,-,AT;OALT=A,TA,TA;OMAPALT=ATTATATATATATA,ATTATATATATATAT,TATATATATATAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:116:94:12:0:36,45,9:39,45,10:0.414894,0.478723,0.106383:20,18,0:16,27,9:7:5:20,23,0:19,22,10:0:0 chr12 12045264 . G T 1165.95 PASS AF=0.987342;AO=74;DP=75;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0846165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.225;QD=59.0355;RBI=0.0900984;REFB=-0.0700618;REVB=0.0309481;RO=0;SAF=20;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.808e-08;STB=0.504586;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00128476;OID=.;OPOS=12045264;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:79:0:1:74:78:0.987342:54:20:0:0:54:24:0:1 chr12 12230938 . C G 157.12 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.00656758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.247;QD=9.66867;RBI=0.0156497;REFB=-0.00527148;REVB=-0.0142049;RO=43;SAF=7;SAR=14;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283255;STB=0.673305;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00603704;OID=.;OPOS=12230938;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:44:21:21:0.323077:14:7:25:18:14:7:26:18 chr12 12274317 . TGG TG,TGT 540.44 PASS AF=0.901099,0.0989011;AO=18,9;DP=93;FAO=82,9;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=56,0;FSAR=26,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.15033,0.111259;FXX=0.0319115;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=7.55767,223.569;QD=23.7557;RBI=1.15353,0.117752;REFB=0.0416098,-0.0139518;REVB=0.0859239,-0.0385608;RO=54;SAF=0,0;SAR=18,9;SRF=48;SRR=6;SSEN=0.75,0;SSEP=0.309524,0;SSSB=-0.868758,-0.837508;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0325922,0.10851;OID=.,.;OPOS=12274318,12274319;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=TG,TGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.901099,0.0989011:18,9:93:82,9:91:0:56,0:26,9:0:0:37:54:0,0:18,9:48:6 chr12 12301898 . C T 1758.61 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0456762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0626;QD=59.6139;RBI=0.0484524;REFB=0;REVB=0.0161654;RO=0;SAF=49;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175058;OID=.;OPOS=12301898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:111:118:0:0:111:118:1:62:49:0:0:62:56:0:0 chr12 12496086 . C T 514.65 PASS AF=0.504673;AO=53;DP=105;FAO=54;FDP=107;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.0033827;FXX=0.0272702;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.945;QD=19.2392;RBI=0.0550012;REFB=-0.017389;REVB=-0.054897;RO=50;SAF=20;SAR=33;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180245;STB=0.598555;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.027324;OID=.;OPOS=12496086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:107:50:53:53:54:0.504673:33:20:29:21:34:20:30:23 chr12 12630669 . C T 117.47 PASS AF=0.636364;AO=4;DP=14;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0929869;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.3059;QD=21.3581;RBI=0.127677;REFB=-0.113408;REVB=0.0874925;RO=0;SAF=2;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571326;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0848708;OID=.;OPOS=12630669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:14:22:0:8:4:14:0.636364:2:2:0:0:6:8:3:5 chr12 12814818 . C T 1589.84 PASS AF=0.973214;AO=108;DP=111;FAO=109;FDP=112;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=70;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0268718;FXX=0.00884877;HRUN=3;LEN=1;MLLD=107.72;QD=56.7799;RBI=0.0427513;REFB=-0.0260616;REVB=-0.0332503;RO=3;SAF=39;SAR=69;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.035115;STB=0.518515;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.000356568;OID=.;OPOS=12814818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:111:112:3:3:108:109:0.973214:69:39:3:0:70:39:3:0 chr12 12941884 . C T 1082.4 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000287253;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.747;QD=60.1334;RBI=0.0127903;REFB=0;REVB=0.0127871;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.04719e-05;OID=.;OPOS=12941884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:71:72:1:44:27:0:0:44:28:0:0 chr12 12967127 . C T 1106.19 PASS AF=0.780702;AO=88;DP=113;FAO=89;FDP=114;FR=.;FRO=25;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.00230788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7345;QD=38.8138;RBI=0.0180688;REFB=-0.00778446;REVB=-0.0179208;RO=25;SAF=36;SAR=52;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.055983;STB=0.530948;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00206104;OID=.;OPOS=12967127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:25:25:88:89:0.780702:52:36:7:18:52:37:7:18 chr12 13028652 . CA C,CG 236.32 PASS AF=0.157895,0.842105;AO=3,15;DP=19;FAO=3,16;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=2,2;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382085,0.0473974;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=175.121,191.615;QD=49.7515;RBI=0.0405047,0.0495696;REFB=0,0;REVB=0.0134442,0.0145131;RO=0;SAF=2,1;SAR=1,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00740878,0.00576014;OID=.,.;OPOS=13028653,13028653;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.157895,0.842105:3,15:19:3,16:19:0:2,2:1,14:0:0:10:0:2,1:1,14:0:0 chr12 13061294 . C T 89.5 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00967077;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.331;QD=13.7692;RBI=0.00976804;REFB=-0.00885896;REVB=0.00137508;RO=14;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415147;STB=0.726859;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0160291;OID=.;OPOS=13061294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:27:26:14:15:11:11:0.423077:8:3:10:4:8:3:10:5 chr12 13208552 . C T 905.84 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0279826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2996;QD=56.615;RBI=0.06365;REFB=-0.0837817;REVB=0.057169;RO=1;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017815;STB=0.509431;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00173137;OID=.;OPOS=13208552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:26:37:0:1:26:37:0:1 chr12 13221606 . T C 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.3027;QD=57.1757;RBI=0.0363844;REFB=0;REVB=-0.0187881;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000313302;OID=.;OPOS=13221606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr12 13243647 . A G 510.9 PASS AF=0.714286;AO=45;DP=63;FAO=45;FDP=63;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0033734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.829;QD=32.4381;RBI=0.0165966;REFB=-0.0161942;REVB=-0.0162501;RO=17;SAF=14;SAR=31;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183434;STB=0.592918;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00398913;OID=.;OPOS=13243647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:17:18:45:45:0.714286:31:14:11:6:31:14:11:7 chr12 13349823 . C T 1120.43 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325815;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2481;QD=60.5636;RBI=0.0345017;REFB=0;REVB=0.0113497;RO=0;SAF=36;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.79579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000262305;OID=.;OPOS=13349823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:38:36:0:0:38:36:0:0 chr12 13364435 . A G 55.32 PASS AF=0.136364;AO=11;DP=88;FAO=12;FDP=88;FR=.;FRO=76;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=29;FSRR=47;FWDB=-0.00938416;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=189.227;QD=2.51471;RBI=0.011218;REFB=-0.00177994;REVB=-0.00614662;RO=76;SAF=10;SAR=1;SRF=29;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.609099;STB=0.862122;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0237755;OID=.;OPOS=13364435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:88:88:76:76:11:12:0.136364:1:10:29:47:2:10:29:47 chr12 13369196 . C T 198.94 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0523729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8023;QD=11.3678;RBI=0.0624696;REFB=-0.0181454;REVB=-0.034052;RO=45;SAF=16;SAR=9;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309318;STB=0.678433;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0316705;OID=.;OPOS=13369196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:45:25:25:0.357143:9:16:16:29:9:16:16:29 chr12 13369574 . A G 108.73 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.0206741;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.324;QD=8.05439;RBI=0.020749;REFB=-0.00269371;REVB=0.00176143;RO=39;SAF=8;SAR=7;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0677712;STB=0.541093;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00387151;OID=.;OPOS=13369574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:39:39:15:15:0.277778:7:8:23:16:7:8:23:16 chr12 13525603 . T G 119.99 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0338614;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.964;QD=14.117;RBI=0.0342203;REFB=-0.00795311;REVB=0.00494265;RO=20;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191809;STB=0.610474;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0181907;OID=.;OPOS=13525603;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:8:6:5:15:8:6:5:15 chr12 13526328 . G T 94.1 PASS AF=0.223881;AO=15;DP=67;FAO=15;FDP=67;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.0236917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2137;QD=5.61813;RBI=0.0268675;REFB=-0.00678655;REVB=-0.0126714;RO=51;SAF=10;SAR=5;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529844;STB=0.543419;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.0262829;OID=.;OPOS=13526328;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:67:67:51:52:15:15:0.223881:5:10:32:19:5:10:32:20 chr12 13593879 . G A 699.38 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0175803;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.289;QD=60.8157;RBI=0.0242827;REFB=0.0445809;REVB=0.0167505;RO=1;SAF=24;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191802;STB=0.5102;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000226618;OID=.;OPOS=13593879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:46:1:1:45:45:0.978261:21:24:1:0:21:24:1:0 chr12 13717508 . G A 472.62 PASS AF=0.716667;AO=42;DP=61;FAO=43;FDP=60;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0174291;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.481;QD=31.5079;RBI=0.0558542;REFB=-0.00548268;REVB=0.0530653;RO=17;SAF=14;SAR=28;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11238;STB=0.562839;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.00503557;OID=.;OPOS=13717508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:17:17:42:43:0.716667:28:14:9:8:29:14:9:8 chr12 14587301 . A G 220.94 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0162434;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=279.355;QD=18.0356;RBI=0.0220153;REFB=-0.00815207;REVB=-0.0148603;RO=27;SAF=6;SAR=16;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354625;STB=0.702102;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00800538;OID=.;OPOS=14587301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:16:6:17:10:16:6:17:10 chr12 14656768 . G C 301.72 PASS AF=0.404762;AO=34;DP=84;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=9;FWDB=5.21637e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4491;QD=14.3677;RBI=0.0481154;REFB=-0.0130685;REVB=0.0481153;RO=50;SAF=21;SAR=13;SRF=41;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242549;STB=0.635577;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0200696;OID=.;OPOS=14656768;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:50:50:34:34:0.404762:13:21:41:9:13:21:41:9 chr12 14659204 . T TAGGAAAC 251.54 PASS AF=0.322917;AO=29;DP=96;FAO=31;FDP=96;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=0.00644603;FXX=0;HRUN=1;LEN=7;MLLD=261.534;QD=10.481;RBI=0.0110558;REFB=-0.00141163;REVB=-0.00898223;RO=64;SAF=8;SAR=21;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172447;STB=0.594531;STBP=0.249;TYPE=ins;VARB=0.00327913;OID=.;OPOS=14659205;OREF=-;OALT=AGGAAAC;OMAPALT=TAGGAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.322917:29:96:31:96:65:9:22:27:38:99:64:8:21:26:38 chr12 14664595 . A G 81.84 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0425632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.511;QD=8.61508;RBI=0.0466961;REFB=-0.0130268;REVB=0.0192066;RO=27;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554208;STB=0.533919;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0655807;OID=.;OPOS=14664595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:6:5:11:16:6:5:11:16 chr12 14688644 . C T 1556.43 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00694504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.393;QD=59.8629;RBI=0.00714539;REFB=0;REVB=-0.0016802;RO=0;SAF=39;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.35949e-05;OID=.;OPOS=14688644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:65:39:0:0:65:39:0:0 chr12 14794062 . G A 1568.77 PASS AF=0.964286;AO=108;DP=112;FAO=108;FDP=112;FR=.;FRO=4;FSAF=52;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=8.88e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7461;QD=56.0276;RBI=0.000539742;REFB=-0.0806264;REVB=-0.000532387;RO=4;SAF=52;SAR=56;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00125585;STB=0.500662;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0100234;OID=.;OPOS=14794062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:112:112:4:4:108:108:0.964286:56:52:2:2:56:52:2:2 chr12 14827463 . AATC A 1239.3 PASS AF=1;AO=100;DP=108;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189107;FXX=0.0648088;HRUN=2;LEN=3;MLLD=331.553;QD=49.0812;RBI=0.0199925;REFB=0;REVB=-0.00648743;RO=0;SAF=61;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39894e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.88335e-05;OID=.;OPOS=14827464;OREF=ATC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:100:108:101:101:0:62:39:0:0:22:0:61:39:0:0 chr12 14829893 . A C 4601.14 PASS AF=0.990099;AO=296;DP=301;FAO=300;FDP=303;FR=.;FRO=3;FSAF=140;FSAR=160;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0650361;FXX=0.00655716;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.9074;QD=60.7412;RBI=0.0695584;REFB=0.00947435;REVB=0.0246714;RO=4;SAF=140;SAR=156;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000689097;STB=0.501988;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=-0.000590484;OID=.;OPOS=14829893;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:301:303:4:3:296:300:0.990099:156:140:2:2:160:140:2:1 chr12 14926504 . A G 167.45 PASS AF=0.333333;AO=21;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.00191218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.386;QD=10.1485;RBI=0.0150374;REFB=0.000110034;REVB=-0.0149153;RO=44;SAF=6;SAR=15;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259907;STB=0.662567;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=-0.000426244;OID=.;OPOS=14926504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:21:22:0.333333:15:6:22:22:16:6:22:22 chr12 14929721 . C T 287.12 PASS AF=0.78125;AO=25;DP=32;FAO=25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0137736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0952;QD=35.8904;RBI=0.0424699;REFB=0.0112331;REVB=-0.0401744;RO=7;SAF=13;SAR=12;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938976;STB=0.551082;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=-0.0059994;OID=.;OPOS=14929721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:7:7:25:25:0.78125:12:13:2:5:12:13:2:5 chr12 14929872 . A G 1487.96 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.3;QD=63.3172;RBI=0.0498987;REFB=0;REVB=0.0154349;RO=0;SAF=54;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159883;OID=.;OPOS=14929872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:93:94:1:39:54:0:0:40:54:0:0 chr12 15081897 . A C 972.75 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00703237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.649;QD=58.9547;RBI=0.0977734;REFB=0;REVB=-0.0975202;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000292049;OID=.;OPOS=15081897;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:27:39:0:0:27:39:0:0 chr12 15103605 . A G 1609.71 PASS AF=0.990826;AO=105;DP=106;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0736419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5109;QD=59.0718;RBI=0.0787493;REFB=-0.0220593;REVB=0.0278985;RO=0;SAF=62;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000595495;OID=.;OPOS=15103605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:109:0:1:105:108:0.990826:43:62:0:0:43:65:0:1 chr12 15733669 . G A 331.91 PASS AF=0.385417;AO=37;DP=96;FAO=37;FDP=96;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=36;FWDB=-0.0294738;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.934;QD=13.8297;RBI=0.0306322;REFB=0.00422276;REVB=0.00834429;RO=58;SAF=18;SAR=19;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969814;STB=0.559607;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.00984502;OID=.;OPOS=15733669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:58:59:37:37:0.385417:19:18:23:35:19:18:23:36 chr12 16189694 . T A 849.78 PASS AF=0.644068;AO=76;DP=118;FAO=76;FDP=118;FR=.;FRO=42;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0299662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.604;QD=28.8061;RBI=0.0299966;REFB=-0.0141994;REVB=-0.00134926;RO=41;SAF=39;SAR=37;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164457;STB=0.513154;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00829776;OID=.;OPOS=16189694;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:41:42:76:76:0.644068:37:39:20:21:37:39:20:22 chr12 16347308 . G A 647.31 PASS AF=0.592593;AO=61;DP=107;FAO=64;FDP=108;FR=.;FRO=44;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0105669;FXX=0.0357111;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5221;QD=23.9746;RBI=0.0149185;REFB=-0.0166554;REVB=-0.010531;RO=39;SAF=35;SAR=26;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011732;STB=0.52127;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00934759;OID=.;OPOS=16347308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:39:44:61:64:0.592593:26:35:23:16:28:36:27:17 chr12 16369828 . A T 990.63 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.832;QD=59.1419;RBI=0.0269725;REFB=0;REVB=0.0247897;RO=0;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.23394e-05;OID=.;OPOS=16369828;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:37:29:0:0:37:30:0:0 chr12 16397677 . G A 1701.29 PASS AF=0.982759;AO=114;DP=116;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00304045;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.769;QD=58.6653;RBI=0.00327843;REFB=-0.0702177;REVB=-0.00122628;RO=1;SAF=52;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00759775;STB=0.500762;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000280607;OID=.;OPOS=16397677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:116:116:1:2:114:114:0.982759:62:52:0:1:62:52:1:1 chr12 16397734 . C A 774.61 PASS AF=0.683168;AO=67;DP=99;FAO=69;FDP=101;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=48;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0526614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6781;QD=30.6776;RBI=0.0564558;REFB=-0.0067502;REVB=-0.0203478;RO=32;SAF=20;SAR=47;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115311;STB=0.558663;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00460885;OID=.;OPOS=16397734;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:101:32:32:67:69:0.683168:47:20:15:17:48:21:15:17 chr12 16430284 . G A 923.43 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0550748;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.809;QD=58.6304;RBI=0.0569321;REFB=0;REVB=0.0144231;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.26468e-05;OID=.;OPOS=16430284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:62:63:1:30:32:0:0:30:33:0:0 chr12 18435398 . GCCC G 74.37 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.045191;FXX=0;HRUN=4;LEN=3;MLLD=52.8916;QD=12.3953;RBI=0.075222;REFB=-0.0114729;REVB=-0.0601342;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0.472222;SSSB=-0.00872281;STB=0.523321;STBP=0.869;TYPE=del;VARB=0.0139131;OID=.;OPOS=18435399;OREF=CCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.458333:10:24:11:24:13:3:8:4:9:74:13:3:7:4:9 chr12 18435452 . C T 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00612532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.304;QD=15.5706;RBI=0.0378951;REFB=0.012368;REVB=-0.0373968;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343697;STB=0.519964;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.0143009;OID=.;OPOS=18435452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:6:5:5:7:6:5:5:7 chr12 18649057 . C T 298.1 PASS AF=0.54386;AO=31;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=6;FWDB=-0.0089356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.358;QD=20.9196;RBI=0.0098442;REFB=-0.00507514;REVB=0.00413078;RO=26;SAF=18;SAR=13;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164872;STB=0.590854;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00334557;OID=.;OPOS=18649057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:26:26:31:31:0.54386:13:18:20:6:13:18:20:6 chr12 18837160 . A G 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00397756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.413;QD=9.47556;RBI=0.00890456;REFB=-0.0173403;REVB=0.00796682;RO=21;SAF=7;SAR=3;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191115;STB=0.511605;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0293343;OID=.;OPOS=18837160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:3:7:15:6:3:7:15:6 chr12 19329493 . T C 428.96 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.634;QD=57.1944;RBI=0.105116;REFB=0;REVB=0.00530638;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000866206;OID=.;OPOS=19329493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:22:8:0:0:22:8:0:0 chr12 19456594 . G C 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00446794;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.032;QD=21.9446;RBI=0.0199687;REFB=-0.0213444;REVB=0.0194624;RO=12;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182627;STB=0.510296;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0187067;OID=.;OPOS=19456594;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:5:11:8:4:5:11:8:4 chr12 19877449 . A G 747.74 PASS AF=0.353846;AO=92;DP=260;FAO=92;FDP=260;FR=.;FRO=168;FSAF=35;FSAR=57;FSRF=80;FSRR=88;FWDB=-0.00601092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.295;QD=11.5036;RBI=0.00772753;REFB=-0.00852067;REVB=-0.0048563;RO=164;SAF=35;SAR=57;SRF=79;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117147;STB=0.563614;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0161443;OID=.;OPOS=19877449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:260:260:164:168:92:92:0.353846:57:35:79:85:57:35:80:88 chr12 20704503 . CG C 228.62 PASS AF=0.373333;AO=54;DP=151;FAO=56;FDP=150;FR=.;FRO=94;FSAF=3;FSAR=53;FSRF=47;FSRR=47;FWDB=-0.075552;FXX=0.00662208;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.569;QD=6.09651;RBI=0.0760474;REFB=-0.0317202;REVB=-0.00866642;RO=89;SAF=0;SAR=54;SRF=45;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.843386;STB=0.898125;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0516882;OID=.;OPOS=20704504;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.373333:54:151:56:150:94:3:53:47:47:99:89:0:54:45:44 chr12 20704509 . T G 379.85 PASS AF=0.32;AO=47;DP=149;FAO=48;FDP=150;FR=.;FRO=102;FSAF=3;FSAR=45;FSRF=50;FSRR=52;FWDB=-0.0599615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.947;QD=10.1294;RBI=0.0718806;REFB=-0.00976267;REVB=-0.0396414;RO=98;SAF=3;SAR=44;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.644717;STB=0.891055;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0484792;OID=.;OPOS=20704509;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:98:102:47:48:0.32:44:3:47:51:45:3:50:52 chr12 20766559 . C T 1189.66 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.465;QD=61.0082;RBI=0.0535144;REFB=0;REVB=0.00226799;RO=0;SAF=22;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.29633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.12318e-05;OID=.;OPOS=20766559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:55:22:0:0:56:22:0:0 chr12 20968665 . GTTTA G 215.03 PASS AF=1;AO=13;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00584878;FXX=0.105208;HRUN=3;LEN=4;MLLD=130.486;QD=50.5949;RBI=0.017308;REFB=0;REVB=-0.0162898;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-6.75716e-05;OID=.;OPOS=20968666;OREF=TTTA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:16:17:17:0:14:3:0:0:3:0:10:3:0:0 chr12 21054369 . G A 674.08 PASS AF=0.570175;AO=65;DP=114;FAO=65;FDP=114;FR=.;FRO=49;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0165086;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.313;QD=23.6521;RBI=0.0170482;REFB=-0.0248543;REVB=0.00425549;RO=49;SAF=28;SAR=37;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145781;STB=0.50796;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0175023;OID=.;OPOS=21054369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:49:49:65:65:0.570175:37:28:22:27:37:28:22:27 chr12 21176135 . T C 2855.16 PASS AF=0.994536;AO=182;DP=186;FAO=182;FDP=183;FR=.;FRO=1;FSAF=87;FSAR=95;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00780353;FXX=0.0213892;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9527;QD=62.4079;RBI=0.13753;REFB=-0.0548201;REVB=0.137308;RO=1;SAF=87;SAR=95;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0054411;STB=0.502857;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.000542405;OID=.;OPOS=21176135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:186:183:1:1:182:182:0.994536:95:87:1:0:95:87:1:0 chr12 21201663 . G A 752.86 PASS AF=0.351852;AO=91;DP=266;FAO=95;FDP=270;FR=.;FRO=175;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=62;FSRR=113;FWDB=0.00391632;FXX=0.0036899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.486;QD=11.1535;RBI=0.0222237;REFB=-0.0170842;REVB=0.0218759;RO=172;SAF=39;SAR=52;SRF=61;SRR=111;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088048;STB=0.571686;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0302452;OID=.;OPOS=21201663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:266:270:172:175:91:95:0.351852:52:39:61:111:51:44:62:113 chr12 21243001 . C T 217.63 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=3;FWDB=-0.0117883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.888;QD=22.9083;RBI=0.0133072;REFB=-0.0035982;REVB=-0.00617396;RO=17;SAF=6;SAR=15;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421356;STB=0.735075;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.000725652;OID=.;OPOS=21243001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:15:6:14:3:15:6:14:3 chr12 21329738 . A G 171.56 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0199421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.7561;QD=16.7373;RBI=0.064647;REFB=-0.008512;REVB=0.0614943;RO=22;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0651628;STB=0.526731;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0155492;OID=.;OPOS=21329738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:22:23:18:18:0.439024:7:11:12:10:7:11:13:10 chr12 21331549 . T C 796.88 PASS AF=0.606557;AO=73;DP=123;FAO=74;FDP=122;FR=.;FRO=48;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.033461;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1285;QD=26.1272;RBI=0.0468965;REFB=-0.0574094;REVB=0.0328579;RO=49;SAF=34;SAR=39;SRF=27;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630042;STB=0.52702;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0331165;OID=.;OPOS=21331549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:49:48:73:74:0.606557:39:34:27:22:39:35:26:22 chr12 21331599 . T C 391.31 PASS AF=0.352941;AO=47;DP=136;FAO=48;FDP=136;FR=.;FRO=88;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=54;FWDB=-0.00231447;FXX=0.00729874;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.704;QD=11.5091;RBI=0.0103513;REFB=-0.00833678;REVB=0.0100893;RO=88;SAF=23;SAR=24;SRF=34;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117683;STB=0.573499;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0233149;OID=.;OPOS=21331599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:88:88:47:48:0.352941:24:23:34:54:24:24:34:54 chr12 21331625 . C T 721.79 PASS AF=0.59322;AO=64;DP=113;FAO=70;FDP=118;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00227499;FXX=0.00840265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4652;QD=24.4673;RBI=0.00287229;REFB=-0.0148765;REVB=0.00175341;RO=49;SAF=29;SAR=35;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454719;STB=0.523419;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.0128344;OID=.;OPOS=21331625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:118:49:48:64:70:0.59322:35:29:25:24:39:31:24:24 chr12 21654831 . G T 781.32 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.746;QD=56.8235;RBI=0.0660973;REFB=0;REVB=0.0443854;RO=0;SAF=13;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138164;OID=.;OPOS=21654831;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:55:0:0:52:55:1:39:13:0:0:40:15:0:0 chr12 21679455 . TTA T 35.06 PASS AF=0.290323;AO=6;DP=38;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=21;FWDB=-0.0521732;FXX=0.184162;HRUN=6;LEN=2;MLLD=25.9683;QD=4.52333;RBI=0.151339;REFB=-0.0412598;REVB=0.142061;RO=18;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.784524;STB=0.872237;STBP=0.094;TYPE=del;VARB=0.127003;OID=.;OPOS=21679456;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.290323:6:38:9:31:22:6:3:1:21:35:18:5:1:0:18 chr12 21712574 . C A,T 784.66 PASS AF=0.0178571,0.982143;AO=2,53;DP=55;FAO=1,55;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=1,30;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00292756,0.00257487;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=35.8889,71.6174;QD=56.0474;RBI=0.0346258,0.0058133;REFB=0,0;REVB=0.0345018,0.00521195;RO=0;SAF=1,30;SAR=1,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.72004e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.12287,-0.00657648;OID=.,.;OPOS=21712574,21712574;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:55:56:0:0:2,53:1,55:0.0178571,0.982143:1,23:1,30:0:0:0,25:1,30:0:0 chr12 21713402 . T C 1544.12 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.183;QD=63.6752;RBI=0.0284977;REFB=0;REVB=0.000205258;RO=0;SAF=34;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90759e-05;OID=.;OPOS=21713402;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:0:0:95:97:1:61:34:0:0:63:34:0:0 chr12 21797029 . A G 799.13 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592895;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.617;QD=57.0807;RBI=0.0694668;REFB=0;REVB=0.0361993;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000502622;OID=.;OPOS=21797029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:56:0:0:52:56:1:35:17:0:0:37:19:0:0 chr12 22017422 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00622946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.431;QD=40.7629;RBI=0.0568386;REFB=0;REVB=0.0564962;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135408;OID=.;OPOS=22017422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr12 22063115 . A G 1797.25 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.34;QD=60.9239;RBI=0.0638847;REFB=0;REVB=0.0576782;RO=0;SAF=62;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.33846e-05;OID=.;OPOS=22063115;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:112:118:0:0:112:118:1:50:62:0:0:54:64:0:0 chr12 22213786 . C T 358.04 PASS AF=0.5625;AO=35;DP=63;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00773919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.925;QD=22.3777;RBI=0.0085805;REFB=-0.010059;REVB=-0.00370539;RO=28;SAF=13;SAR=22;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135856;STB=0.579092;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.01692;OID=.;OPOS=22213786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:28:28:35:36:0.5625:22:13:15:13:23:13:15:13 chr12 22346402 . C T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00419454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.119;QD=60.6099;RBI=0.00491263;REFB=0;REVB=-0.00255729;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21732e-06;OID=.;OPOS=22346402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr12 22354921 . A G 156.26 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00196633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=229.141;QD=15.626;RBI=0.0136668;REFB=-0.0163831;REVB=-0.0135246;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608231;STB=0.520686;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0186379;OID=.;OPOS=22354921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:23:17:17:0.425:9:8:9:13:9:8:10:13 chr12 22478425 . A G 1055.05 PASS AF=0.948052;AO=73;DP=78;FAO=73;FDP=77;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0264109;FXX=0.0128189;HRUN=5;LEN=1;MLLD=196.127;QD=54.808;RBI=0.0266601;REFB=-0.125168;REVB=-0.00363661;RO=1;SAF=30;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155053;STB=0.518067;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00109613;OID=.;OPOS=22478425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:78:77:1:4:73:73:0.948052:43:30:1:0:43:30:3:1 chr12 22602796 . A G 320.55 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0344224;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8654;QD=22.8961;RBI=0.0511962;REFB=0.0105111;REVB=0.0378965;RO=23;SAF=17;SAR=16;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0700466;STB=0.538522;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00583034;OID=.;OPOS=22602796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:23:23:33:33:0.589286:16:17:14:9:16:17:14:9 chr12 22625238 . A G 323.79 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0151968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.302;QD=28.7817;RBI=0.015691;REFB=-0.00277107;REVB=-0.00390708;RO=14;SAF=20;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555514;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.00123028;OID=.;OPOS=22625238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:14:17:28:28:0.622222:8:20:10:4:8:20:10:7 chr12 22625661 . A G 811.22 PASS AF=0.646018;AO=72;DP=112;FAO=73;FDP=113;FR=.;FRO=40;FSAF=37;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00119774;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.19;QD=28.7158;RBI=0.0178371;REFB=-0.0115485;REVB=0.0177969;RO=39;SAF=37;SAR=35;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032693;STB=0.51528;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00775039;OID=.;OPOS=22625661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:39:40:72:73:0.646018:35:37:22:17:36:37:22:18 chr12 22814036 . A G 770.32 PASS AF=0.673684;AO=64;DP=95;FAO=64;FDP=95;FR=.;FRO=31;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0136806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7507;QD=32.4346;RBI=0.0177344;REFB=-0.0402277;REVB=-0.011285;RO=31;SAF=36;SAR=28;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10611;STB=0.557294;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0347778;OID=.;OPOS=22814036;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:31:31:64:64:0.673684:28:36:12:19:28:36:12:19 chr12 22841092 . A C 271.3 PASS AF=0.350515;AO=31;DP=96;FAO=34;FDP=97;FR=.;FRO=63;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=36;FSRR=27;FWDB=0.0412303;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=36.0232;QD=11.1878;RBI=0.0436434;REFB=-0.0131496;REVB=0.0143112;RO=42;SAF=18;SAR=13;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177617;STB=0.527456;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0505471;OID=.;OPOS=22841092;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:42:63:31:34:0.350515:13:18:17:25:16:18:36:27 chr12 24859899 . G A 1446.87 PASS AF=0.970874;AO=100;DP=103;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0241015;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.128;QD=56.1893;RBI=0.0345994;REFB=-0.0958615;REVB=0.0248241;RO=3;SAF=39;SAR=61;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022757;STB=0.511998;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.000244652;OID=.;OPOS=24859899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:103:103:3:3:100:100:0.970874:61:39:0:3:61:39:0:3 chr12 24964383 . T C 91.0 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0198582;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.438;QD=7.74499;RBI=0.0204867;REFB=0.000218124;REVB=-0.00503532;RO=35;SAF=7;SAR=5;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150623;STB=0.593484;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=-0.000311868;OID=.;OPOS=24964383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:47:47:35:35:12:12:0.255319:5:7:16:19:5:7:16:19 chr12 24964523 . C T 182.64 PASS AF=0.32;AO=24;DP=75;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.00706939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4864;QD=9.74076;RBI=0.0218736;REFB=-0.00377349;REVB=0.0206997;RO=51;SAF=14;SAR=10;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174837;STB=0.602564;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0046094;OID=.;OPOS=24964523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:51:51:24:24:0.32:10:14:22:29:10:14:22:29 chr12 24967846 . A G 195.89 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.000220518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.628;QD=25.2766;RBI=0.000502195;REFB=0.00192311;REVB=0.000451189;RO=12;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190875;STB=0.605953;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.00130797;OID=.;OPOS=24967846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:10:9:9:3:10:9:9:3 chr12 24968131 . G A 130.45 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.413;QD=43.4826;RBI=0.0412956;REFB=0;REVB=0.0376548;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599668;OID=.;OPOS=24968131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:4:7:0:0:4:8:0:0 chr12 24968150 . A C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00497311;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.053;QD=49.5992;RBI=0.047097;REFB=0;REVB=0.0468337;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020641;OID=.;OPOS=24968150;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr12 24970708 . G A 945.98 PASS AF=1;AO=57;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0266789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5854;QD=58.2139;RBI=0.049156;REFB=0;REVB=-0.0412862;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000510799;OID=.;OPOS=24970708;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:57:65:1:29:28:0:0:36:29:0:0 chr12 24970709 . T A 32.68 PASS AF=0.106061;AO=7;DP=66;FAO=7;FDP=66;FR=.;FRO=59;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0199623;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=56.2634;QD=1.98058;RBI=0.0488409;REFB=-0.071941;REVB=0.0445751;RO=59;SAF=1;SAR=6;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409324;STB=0.823646;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0603236;OID=.;OPOS=24970709;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:66:66:59:59:7:7:0.106061:6:1:28:31:6:1:28:31 chr12 25054891 . G A 1194.1 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305152;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7688;QD=61.2361;RBI=0.0370084;REFB=0;REVB=-0.0209392;RO=0;SAF=40;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000521768;OID=.;OPOS=25054891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:38:40:0:0:38:40:0:0 chr12 25148755 . C G 1052.11 PASS AF=0.903614;AO=75;DP=83;FAO=75;FDP=83;FR=.;FRO=8;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0109133;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=93.7004;QD=50.7041;RBI=0.0169482;REFB=-0.115631;REVB=-0.0129669;RO=3;SAF=44;SAR=31;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436078;STB=0.533063;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00352638;OID=.;OPOS=25148755;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:83:83:3:8:75:75:0.903614:31:44:0:3:31:44:2:6 chr12 25242595 . C G 1047.72 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00494126;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.552;QD=59.8696;RBI=0.0125222;REFB=0;REVB=-0.0115061;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000411776;OID=.;OPOS=25242595;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:37:33:0:0:37:33:0:0 chr12 25243115 . G C,T 586.78 PASS AF=0.95122,0.0487805;AO=34,3;DP=37;FAO=39,2;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=25,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509357,0.0121309;FXX=0.0238039;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=90.5817,75.6386;QD=57.2468;RBI=0.0558987,0.0130787;REFB=0,0;REVB=0.0230265,-0.00488815;RO=0;SAF=9,1;SAR=25,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00286396,0.104926;OID=.,.;OPOS=25243115,25243115;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:37:41:0:0:34,3:39,2:0.95122,0.0487805:25,2:9,1:0:0:25,2:14,0:0:0 chr12 25261735 . G T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0519174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.571;QD=44.6897;RBI=0.0534004;REFB=0;REVB=0.0124976;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109689;OID=.;OPOS=25261735;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr12 25343516 . C T 179.81 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0331439;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0077;QD=47.9491;RBI=0.0561302;REFB=0;REVB=-0.0453;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00298434;OID=.;OPOS=25343516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chr12 25357574 . CAA C 546.85 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381379;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=2;MLLD=162.439;QD=47.5518;RBI=0.0464266;REFB=0;REVB=0.026475;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000206978;OID=.;OPOS=25357575;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:45:47:46:46:0:19:27:0:0:10:0:19:26:0:0 chr12 25357628 . TA T 398.76 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4775;QD=55.0012;RBI=0.0157382;REFB=0;REVB=0.0106049;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.50808e-06;OID=.;OPOS=25357629;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:29:29:29:0:12:17:0:0:4:0:12:17:0:0 chr12 25361091 . T C 1936.16 PASS AF=0.992126;AO=126;DP=127;FAO=126;FDP=127;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00662396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.006;QD=60.9813;RBI=0.0401851;REFB=-0.0348753;REVB=0.0396354;RO=1;SAF=60;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0071454;STB=0.503759;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=6.60455e-05;OID=.;OPOS=25361091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:127:127:1:1:126:126:0.992126:66:60:0:1:66:60:0:1 chr12 25362217 . A G 1347.78 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160731;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.543;QD=62.6875;RBI=0.0221306;REFB=0;REVB=0.0152124;RO=0;SAF=43;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5809e-05;OID=.;OPOS=25362217;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:86:0:0:86:86:1:43:43:0:0:43:43:0:0 chr12 25362465 . G A 350.22 PASS AF=1;AO=21;DP=27;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00899444;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.701;QD=56.0359;RBI=0.042146;REFB=0;REVB=0.041175;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427041;OID=.;OPOS=25362465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:25:0:0:21:25:1:8:13:0:0:11:14:0:0 chr12 25362552 . A C 754.39 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4934;QD=56.9351;RBI=0.0301846;REFB=0;REVB=0.0276774;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63522e-05;OID=.;OPOS=25362552;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr12 25368462 . C T 1324.89 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0316727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.558;QD=60.9143;RBI=0.0328807;REFB=-0.0342618;REVB=0.00883065;RO=1;SAF=34;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01373;STB=0.507245;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.000611907;OID=.;OPOS=25368462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:52:34:1:0:52:34:1:0 chr12 25557226 . C T 125.47 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00784334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.024;QD=8.9619;RBI=0.0205631;REFB=-0.0129229;REVB=-0.0190085;RO=39;SAF=11;SAR=6;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101532;STB=0.560902;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0238419;OID=.;OPOS=25557226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:39:17:17:0.303571:6:11:22:17:6:11:22:17 chr12 25593912 . AC A 88.19 PASS AF=0.413793;AO=20;DP=59;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=25;FWDB=0.152468;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=11.5726;QD=6.08186;RBI=0.201098;REFB=0.0173215;REVB=-0.131126;RO=31;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=21;SSEN=0.48834;SSEP=0;SSSB=0.0320977;STB=0.546629;STBP=0.598;TYPE=del;VARB=-0.00331033;OID=.;OPOS=25593913;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413793:20:59:24:58:34:8:16:9:25:88:31:7:13:10:21 chr12 25671759 . T A 1529.72 PASS AF=1;AO=97;DP=98;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345827;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6225;QD=56.6564;RBI=0.139246;REFB=0;REVB=0.134883;RO=0;SAF=56;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.55487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0153101;OID=.;OPOS=25671759;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:98:108:0:0:97:108:1:41:56:0:0:52:56:0:0 chr12 25699436 . C T 311.21 PASS AF=0.301471;AO=41;DP=136;FAO=41;FDP=136;FR=.;FRO=95;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=46;FSRR=49;FWDB=-0.0100926;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.759;QD=9.15323;RBI=0.0103663;REFB=-0.00699361;REVB=-0.00236651;RO=95;SAF=17;SAR=24;SRF=46;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839984;STB=0.549195;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0156119;OID=.;OPOS=25699436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:95:95:41:41:0.301471:24:17:46:49:24:17:46:49 chr12 26217567 . T C 733.6 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162316;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.922;QD=63.7909;RBI=0.0176512;REFB=0;REVB=-0.00693551;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202344;OID=.;OPOS=26217567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr12 26491838 . G A 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.095;QD=62.9823;RBI=0.0285904;REFB=0;REVB=0.0239339;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.46513e-05;OID=.;OPOS=26491838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr12 26784850 . G A 210.32 PASS AF=0.277778;AO=30;DP=108;FAO=30;FDP=108;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=0.000463385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.532;QD=7.78958;RBI=0.0588915;REFB=-0.0138523;REVB=0.0588896;RO=75;SAF=18;SAR=12;SRF=39;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978759;STB=0.545424;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.037598;OID=.;OPOS=26784850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:75:78:30:30:0.277778:12:18:39:36:12:18:42:36 chr12 26806955 . G A 341.05 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00162635;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=275.543;QD=20.9875;RBI=0.00209817;REFB=0.00153535;REVB=-0.00132562;RO=30;SAF=17;SAR=18;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158996;STB=0.508798;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.00134284;OID=.;OPOS=26806955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:30:30:35:35:0.538462:18:17:14:16:18:17:14:16 chr12 26809316 . G A 149.73 PASS AF=0.222222;AO=24;DP=107;FAO=24;FDP=108;FR=.;FRO=84;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=45;FSRR=39;FWDB=-0.018289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.392;QD=5.54551;RBI=0.0220782;REFB=-0.00345759;REVB=0.0123676;RO=83;SAF=12;SAR=12;SRF=44;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378067;STB=0.527755;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0142926;OID=.;OPOS=26809316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:108:83:84:24:24:0.222222:12:12:44:39:12:12:45:39 chr12 26810777 . T C 303.54 PASS AF=0.307692;AO=40;DP=129;FAO=40;FDP=130;FR=.;FRO=90;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=-0.0208629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.247;QD=9.33979;RBI=0.0216572;REFB=-0.0101669;REVB=-0.00581171;RO=89;SAF=19;SAR=21;SRF=43;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0096502;STB=0.501927;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0208865;OID=.;OPOS=26810777;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:130:89:90:40:40:0.307692:21:19:43:46:21:19:43:47 chr12 26810816 . T G 273.23 PASS AF=0.327434;AO=35;DP=112;FAO=37;FDP=113;FR=.;FRO=76;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.0241687;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.3587;QD=9.67168;RBI=0.0392336;REFB=-0.00439373;REVB=0.0309054;RO=74;SAF=17;SAR=18;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306717;STB=0.500722;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0093511;OID=.;OPOS=26810816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:74:76:35:37:0.327434:18:17:34:40:20:17:35:41 chr12 26834804 . T TACTC 323.64 PASS AF=0.344538;AO=39;DP=124;FAO=41;FDP=119;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.00722758;FXX=0.0403193;HRUN=1;LEN=4;MLLD=303.938;QD=10.8785;RBI=0.00836183;REFB=-0.0120312;REVB=0.00420504;RO=79;SAF=22;SAR=17;SRF=41;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525758;STB=0.507201;STBP=0.917;TYPE=ins;VARB=0.0236591;OID=.;OPOS=26834805;OREF=-;OALT=ACTC;OMAPALT=TACTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344538:39:124:41:119:78:22:19:41:37:99:79:22:17:41:38 chr12 27064232 . C T 1377.52 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00793334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.401;QD=62.6146;RBI=0.0101291;REFB=0;REVB=0.00629774;RO=0;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.579e-06;OID=.;OPOS=27064232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:38:49:0:0:38:50:0:0 chr12 27165684 . G A 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0193543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.804;QD=10.0752;RBI=0.0484461;REFB=-0.0211325;REVB=0.0444121;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410879;STB=0.74415;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0224917;OID=.;OPOS=27165684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:14:14:8:8:0.363636:5:3:11:3:5:3:11:3 chr12 27175640 . A G 1078.96 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0019757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.814;QD=59.9424;RBI=0.140501;REFB=0;REVB=-0.140487;RO=0;SAF=37;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00127741;OID=.;OPOS=27175640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:35:37:0:0:35:37:0:0 chr12 27234878 . G A 339.14 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0813693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.703;QD=20.554;RBI=0.0815593;REFB=-0.00494763;REVB=-0.00556325;RO=30;SAF=9;SAR=26;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792805;STB=0.53869;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00470249;OID=.;OPOS=27234878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:31:35:35:0.530303:26:9:10:20:26:9:10:21 chr12 27234914 . G A 339.28 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.00293344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.783;QD=20.5621;RBI=0.0107763;REFB=-0.00680023;REVB=0.0103694;RO=30;SAF=12;SAR=23;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218395;STB=0.506217;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00509546;OID=.;OPOS=27234914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:30:31:35:35:0.530303:23:12:11:19:23:12:11:20 chr12 27470866 . G A 514.34 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000687599;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.414;QD=57.1489;RBI=0.0140688;REFB=-0.063955;REVB=-0.014052;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.512813;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000905371;OID=.;OPOS=27470866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:37:36:0:1:35:35:0.972222:19:16:0:0:19:16:0:1 chr12 27627805 . G A 247.62 PASS AF=0.340909;AO=30;DP=88;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.0410589;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.285;QD=11.2554;RBI=0.0412833;REFB=0.00104984;REVB=-0.00429827;RO=58;SAF=9;SAR=21;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804647;STB=0.546843;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.00289839;OID=.;OPOS=27627805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:58:58:30:30:0.340909:21:9:21:37:21:9:21:37 chr12 27641473 . G A 302.63 PASS AF=0.684211;AO=26;DP=38;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0618027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.377;QD=31.8553;RBI=0.0689197;REFB=-0.0475572;REVB=0.0305018;RO=12;SAF=11;SAR=15;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186925;STB=0.602332;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.014097;OID=.;OPOS=27641473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:12:12:26:26:0.684211:15:11:9:3:15:11:9:3 chr12 27648710 . C T 423.08 PASS AF=0.569444;AO=41;DP=72;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.00695689;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.204;QD=23.5042;RBI=0.0149134;REFB=-0.0222786;REVB=0.0131913;RO=30;SAF=16;SAR=25;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162784;STB=0.596408;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0160396;OID=.;OPOS=27648710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:30:31:41:41:0.569444:25:16:18:12:25:16:19:12 chr12 27648786 . A G 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0518269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.234;QD=24.0272;RBI=0.0574648;REFB=-0.0232764;REVB=0.0248228;RO=8;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0681046;STB=0.538405;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0108636;OID=.;OPOS=27648786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:10:4:3:5:10:4:3:5 chr12 27788021 . G A 395.43 PASS AF=0.680851;AO=32;DP=48;FAO=32;FDP=47;FR=.;FRO=15;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0192154;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7904;QD=33.6534;RBI=0.019279;REFB=-0.00409216;REVB=0.00156482;RO=15;SAF=16;SAR=16;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584922;STB=0.531895;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00148582;OID=.;OPOS=27788021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:15:15:32:32:0.680851:16:16:6:9:16:16:6:9 chr12 27800746 . G T 1590.24 PASS AF=0.990741;AO=107;DP=108;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0390149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.493;QD=58.8976;RBI=0.0606125;REFB=-0.0257032;REVB=0.0463865;RO=0;SAF=41;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87293e-08;STB=0.506023;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00142402;OID=.;OPOS=27800746;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:108:108:0:1:107:107:0.990741:66:41:0:0:66:41:1:0 chr12 27800787 . G C 267.31 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=-0.0540395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8562;QD=13.7083;RBI=0.0540505;REFB=-0.0125202;REVB=0.00109067;RO=47;SAF=16;SAR=15;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230647;STB=0.630463;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0188674;OID=.;OPOS=27800787;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:15:16:14:33:15:16:14:33 chr12 27849795 . CA CG,TG 557.54 PASS AF=0.487179,0.461538;AO=19,18;DP=39;FAO=19,18;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6,7;FSAR=13,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122437,0.00481105;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=41.9889,144.872;QD=57.1837;RBI=0.0271674,0.00700492;REFB=0,0;REVB=-0.0242519,0.00509144;RO=0;SAF=6,7;SAR=13,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.851e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0185721,-0.0141734;OID=.,.;OPOS=27849796,27849795;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:39:39:0:0:19,18:19,18:0.487179,0.461538:13,11:6,7:0:0:13,11:6,7:0:0 chr12 27850113 . A T 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0352548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.857;QD=13.6307;RBI=0.0378622;REFB=-0.00882087;REVB=-0.0138074;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436331;STB=0.752885;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0130126;OID=.;OPOS=27850113;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:3:5:1:8:3:5:1:8 chr12 27867706 . C T 453.82 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0254851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.054;QD=55.0084;RBI=0.0464607;REFB=-0.0292305;REVB=-0.0388473;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515142;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000206177;OID=.;OPOS=27867706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:16:16:0:0:16:16:0:1 chr12 27867727 . G A 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0356658;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.75;QD=11.597;RBI=0.0371536;REFB=-0.000958861;REVB=0.0104087;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0886344;STB=0.568413;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.00152689;OID=.;OPOS=27867727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:20:21:12:12:0.363636:7:5:10:10:7:5:11:10 chr12 27878475 . G A 751.89 PASS AF=0.572581;AO=72;DP=124;FAO=71;FDP=124;FR=.;FRO=53;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.00165057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.859;QD=24.2545;RBI=0.0173181;REFB=-0.00318988;REVB=0.0172392;RO=52;SAF=46;SAR=26;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967318;STB=0.547327;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00204499;OID=.;OPOS=27878475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:52:53:72:71:0.572581:26:46:27:25:26:45:28:25 chr12 27915718 . A T 232.35 PASS AF=0.378378;AO=28;DP=74;FAO=28;FDP=74;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.0100399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.999;QD=12.5594;RBI=0.0140515;REFB=-0.00392298;REVB=-0.00983083;RO=43;SAF=15;SAR=13;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239196;STB=0.504851;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0089063;OID=.;OPOS=27915718;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:46:28:28:0.378378:13:15:24:19:13:15:25:21 chr12 27915944 . A G 1087.14 PASS AF=0.65493;AO=92;DP=141;FAO=93;FDP=142;FR=.;FRO=49;FSAF=34;FSAR=59;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=0.0048418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.781;QD=30.6238;RBI=0.0104775;REFB=-0.0181035;REVB=-0.00929167;RO=49;SAF=34;SAR=58;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147145;STB=0.580491;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0085576;OID=.;OPOS=27915944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:49:49:92:93:0.65493:58:34:29:20:59:34:29:20 chr12 27916206 . G A 80.61 PASS AF=0.261905;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00113339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.912;QD=7.67709;RBI=0.0176974;REFB=-0.00381183;REVB=0.0176611;RO=30;SAF=4;SAR=7;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858716;STB=0.567442;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0155359;OID=.;OPOS=27916206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:42:30:31:11:11:0.261905:7:4:13:17:7:4:14:17 chr12 27916224 . A G 71.11 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.000900408;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.431;QD=7.48486;RBI=0.0223115;REFB=-0.00868206;REVB=-0.0222933;RO=27;SAF=3;SAR=7;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222876;STB=0.628945;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0328658;OID=.;OPOS=27916224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:38:27:28:10:10:0.263158:7:3:13:14:7:3:13:15 chr12 27951387 . A G 648.61 PASS AF=0.588785;AO=62;DP=106;FAO=63;FDP=107;FR=.;FRO=44;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=5.15886e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5981;QD=24.247;RBI=0.000181681;REFB=0.0129464;REVB=-0.000174203;RO=42;SAF=32;SAR=30;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100047;STB=0.540592;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00779853;OID=.;OPOS=27951387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:42:44:62:63:0.588785:30:32:16:26:31:32:18:26 chr12 28122893 . A G 1355.2 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0454546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.842;QD=61.6001;RBI=0.0507402;REFB=0;REVB=0.0225488;RO=0;SAF=49;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328525;OID=.;OPOS=28122893;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:88:0:0:85:88:1:36:49:0:0:38:50:0:0 chr12 28457618 . A C 1530.06 PASS AF=0.981132;AO=104;DP=108;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0172151;FXX=0.0185168;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.455;QD=57.7381;RBI=0.0199074;REFB=-0.150998;REVB=0.00999737;RO=1;SAF=42;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111639;STB=0.501882;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00090067;OID=.;OPOS=28457618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:108:106:1:2:104:104:0.981132:62:42:1:0:62:42:1:1 chr12 28605426 . G A 456.18 PASS AF=0.5;AO=45;DP=90;FAO=45;FDP=90;FR=.;FRO=45;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00919282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.431;QD=20.2746;RBI=0.0133511;REFB=-0.00941472;REVB=-0.00968214;RO=44;SAF=21;SAR=24;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130626;STB=0.566342;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00824728;OID=.;OPOS=28605426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:45:45:45:0.5:24:21:27:17:24:21:27:18 chr12 28658350 . C T 776.07 PASS AF=0.654206;AO=70;DP=107;FAO=70;FDP=107;FR=.;FRO=37;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0011062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.662;QD=29.0119;RBI=0.00173932;REFB=-0.00687076;REVB=-0.00134221;RO=37;SAF=30;SAR=40;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00252035;STB=0.501362;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00209265;OID=.;OPOS=28658350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:37:37:70:70:0.654206:40:30:16:21:40:30:16:21 chr12 29604392 . C G 1120.65 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198589;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.612;QD=60.5759;RBI=0.0217046;REFB=0;REVB=0.00875853;RO=0;SAF=31;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.51874e-05;OID=.;OPOS=29604392;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:74:74:1:43:31:0:0:43:31:0:0 chr12 29614709 . A G 337.99 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.00311181;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.305;QD=17.3326;RBI=0.0127078;REFB=-0.00727855;REVB=0.0123209;RO=42;SAF=10;SAR=26;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641879;STB=0.536062;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00848222;OID=.;OPOS=29614709;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:42:42:36:36:0.461538:26:10:14:28:26:10:14:28 chr12 29617550 . G A 352.49 PASS AF=0.401961;AO=40;DP=102;FAO=41;FDP=102;FR=.;FRO=61;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=-0.00149253;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.743;QD=13.8233;RBI=0.0172344;REFB=-0.0115402;REVB=0.0171696;RO=62;SAF=9;SAR=31;SRF=22;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175464;STB=0.596964;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0158073;OID=.;OPOS=29617550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:62:61:40:41:0.401961:31:9:22:40:32:9:21:40 chr12 29626045 . GAAAAAAAAA GAAAAAAAAAT,GAAAAAAAA 61.41 PASS AF=0.40625,0.3125;AO=8,8;DP=33;FAO=13,10;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=5,5;FSAR=8,5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0152014,0.0244358;FXX=0.0302939;HRUN=2,9;LEN=1,1;MLLD=12.4834,5.342;QD=7.67672;RBI=0.117143,0.527817;REFB=0.0195744,-0.139213;REVB=-0.116153,0.527251;RO=6;SAF=4,5;SAR=4,3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0946669;STB=0.522354,0.578793;STBP=0.856,0.54;TYPE=ins,del;VARB=-0.0192691,0.13027;OID=.,.;OPOS=29626055,29626046;OREF=-,A;OALT=T,-;OMAPALT=GAAAAAAAAAT,GAAAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40625,0.3125:8,8:33:13,10:32:9:5,5:8,5:3:6:37:6:4,5:4,3:3:3 chr12 29628016 . G A 1115.18 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00213181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.174;QD=60.28;RBI=0.0140008;REFB=0;REVB=0.0138376;RO=0;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45688e-05;OID=.;OPOS=29628016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:42:31:0:0:42:32:0:0 chr12 29630081 . G A 340.01 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00833898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4726;QD=29.5657;RBI=0.0188387;REFB=-0.0248219;REVB=0.0168926;RO=17;SAF=14;SAR=15;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313618;STB=0.517229;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0128841;OID=.;OPOS=29630081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:15:14:9:8:15:14:9:8 chr12 29639186 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130498;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.084;QD=57.1775;RBI=0.0284232;REFB=0;REVB=0.0252504;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20031e-05;OID=.;OPOS=29639186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:24:26:0:0:24:27:0:0 chr12 29639877 . G C 148.68 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.0283824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2811;QD=10.8134;RBI=0.0445319;REFB=-0.0522911;REVB=0.0343151;RO=35;SAF=8;SAR=11;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165634;STB=0.587694;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0527893;OID=.;OPOS=29639877;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:35:36:19:19:0.345455:11:8:20:15:11:8:20:16 chr12 29642573 . A C 596.64 PASS AF=0.706667;AO=48;DP=72;FAO=53;FDP=75;FR=.;FRO=22;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0465626;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.5499;QD=31.8208;RBI=0.0472415;REFB=-0.0255138;REVB=0.00798057;RO=24;SAF=30;SAR=18;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555193;STB=0.533176;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0119091;OID=.;OPOS=29642573;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:24:22:48:53:0.706667:18:30:17:7:20:33:16:6 chr12 29648275 . G A 652.25 PASS AF=0.60396;AO=61;DP=101;FAO=61;FDP=101;FR=.;FRO=40;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=-0.0172297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.035;QD=25.8318;RBI=0.0175355;REFB=-0.0059139;REVB=0.00326054;RO=40;SAF=36;SAR=25;SRF=27;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647052;STB=0.535157;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00404797;OID=.;OPOS=29648275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:40:40:61:61:0.60396:25:36:27:13:25:36:27:13 chr12 29648364 . G A 154.6 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.018451;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6739;QD=9.36949;RBI=0.0192778;REFB=-0.00465171;REVB=0.00558524;RO=46;SAF=16;SAR=5;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210136;STB=0.631083;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0134231;OID=.;OPOS=29648364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:46:45:21:21:0.318182:5:16:28:18:5:16:27:18 chr12 29653884 . T TAG 491.11 PASS AF=0.248322;AO=71;DP=303;FAO=74;FDP=298;FR=.;FRO=224;FSAF=31;FSAR=43;FSRF=96;FSRR=128;FWDB=-0.00422041;FXX=0.0165011;HRUN=3;LEN=2;MLLD=249.759;QD=6.59209;RBI=0.0299199;REFB=-0.0106121;REVB=-0.0296207;RO=214;SAF=29;SAR=42;SRF=90;SRR=124;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156975;STB=0.507432;STBP=0.898;TYPE=ins;VARB=0.0351714;OID=.;OPOS=29653885;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=TAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.248322:71:303:74:298:224:31:43:96:128:99:214:29:42:90:124 chr12 29655637 . C T 389.24 PASS AF=0.637931;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0199128;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.046;QD=26.8443;RBI=0.0549552;REFB=-0.00837016;REVB=-0.0512207;RO=21;SAF=17;SAR=20;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111472;STB=0.506089;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0105054;OID=.;OPOS=29655637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:21:21:37:37:0.637931:20:17:10:11:20:17:10:11 chr12 30781912 . A G 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0115742;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.897;QD=8.62783;RBI=0.0123942;REFB=0.00157535;REVB=-0.00443341;RO=27;SAF=7;SAR=4;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181336;STB=0.611445;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.00488061;OID=.;OPOS=30781912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:4:7:13:14:4:7:13:14 chr12 30782076 . T C 90.76 PASS AF=0.266667;AO=13;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00424334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.752;QD=8.06782;RBI=0.0141602;REFB=-0.00457668;REVB=0.0135094;RO=32;SAF=7;SAR=6;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449609;STB=0.511093;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0109911;OID=.;OPOS=30782076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:32:33:13:12:0.266667:6:7:16:16:6:6:17:16 chr12 30783475 . A G 443.62 PASS AF=0.494253;AO=40;DP=91;FAO=43;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=-0.0252405;FXX=0.0439512;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.052;QD=20.3963;RBI=0.0253822;REFB=-0.0381821;REVB=0.00267815;RO=28;SAF=25;SAR=15;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0143557;STB=0.542354;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0297672;OID=.;OPOS=30783475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:87:28:44:40:43:0.494253:15:25:18:10:16:27:31:13 chr12 30823971 . A G 469.2 PASS AF=0.398496;AO=53;DP=134;FAO=53;FDP=133;FR=.;FRO=80;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.0178985;FXX=0.00746213;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1125;QD=14.1111;RBI=0.0211229;REFB=0.0032192;REVB=0.0112171;RO=81;SAF=20;SAR=33;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101328;STB=0.553052;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.00478313;OID=.;OPOS=30823971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:81:80:53:53:0.398496:33:20:38:43:33:20:37:43 chr12 30841387 . G GT 54.21 PASS AF=0.12605;AO=19;DP=124;FAO=15;FDP=119;FR=.;FRO=104;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=38;FSRR=66;FWDB=-0.00726187;FXX=0.00833264;HRUN=0;LEN=1;MLLD=38.3779;QD=1.82205;RBI=0.101081;REFB=-0.00416474;REVB=0.100819;RO=104;SAF=17;SAR=2;SRF=38;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.631823;STB=0.946946;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.092197;OID=.;OPOS=30841388;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.12605:19:124:15:119:104:14:1:38:66:54:104:17:2:38:66 chr12 30868002 . C T 231.75 PASS AF=0.290909;AO=32;DP=112;FAO=32;FDP=110;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-2.76332e-05;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.909;QD=8.42726;RBI=0.00618458;REFB=0.000607033;REVB=0.00618451;RO=78;SAF=16;SAR=16;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461813;STB=0.527256;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.00188925;OID=.;OPOS=30868002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:110:78:78:32:32:0.290909:16:16:42:36:16:16:42:36 chr12 30877391 . G T 422.33 PASS AF=0.341772;AO=53;DP=158;FAO=54;FDP=158;FR=.;FRO=104;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=54;FSRR=50;FWDB=0.01182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0829;QD=10.6919;RBI=0.0275112;REFB=0.00315531;REVB=-0.0248426;RO=102;SAF=25;SAR=28;SRF=52;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0436876;STB=0.537023;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=-0.00580508;OID=.;OPOS=30877391;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:102:104:53:54:0.341772:28:25:52:50:29:25:54:50 chr12 30881809 . T C 269.12 PASS AF=0.330189;AO=35;DP=106;FAO=35;FDP=106;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.00585489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.686;QD=10.1556;RBI=0.0305393;REFB=-7.94589e-05;REVB=0.0299728;RO=71;SAF=23;SAR=12;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11462;STB=0.566723;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000346708;OID=.;OPOS=30881809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:71:71:35:35:0.330189:12:23:40:31:12:23:40:31 chr12 30888001 . T C 429.16 PASS AF=0.346939;AO=51;DP=147;FAO=51;FDP=147;FR=.;FRO=96;FSAF=30;FSAR=21;FSRF=56;FSRR=40;FWDB=-0.00617807;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=298.602;QD=11.6778;RBI=0.00846407;REFB=-0.00465982;REVB=0.0057855;RO=95;SAF=30;SAR=21;SRF=55;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108582;STB=0.503299;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00940658;OID=.;OPOS=30888001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:95:96:51:51:0.346939:21:30:55:40:21:30:56:40 chr12 30948848 . G C 97.38 PASS AF=0.185567;AO=16;DP=94;FAO=18;FDP=97;FR=.;FRO=79;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=-0.0134606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.956;QD=4.01568;RBI=0.0135695;REFB=-0.0111526;REVB=0.00171512;RO=71;SAF=1;SAR=15;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.575144;STB=0.824793;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0534861;OID=.;OPOS=30948848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:94:97:71:79:16:18:0.185567:15:1:30:41:16:2:34:45 chr12 31135478 . T C 1301.95 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0451366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7847;QD=61.9977;RBI=0.0475572;REFB=0;REVB=-0.014979;RO=0;SAF=50;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.06517e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000418096;OID=.;OPOS=31135478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:34:50:0:0:34:50:0:0 chr12 31135579 . T C 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.93;QD=58.0607;RBI=0.02779;REFB=0;REVB=0.0250805;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5292e-05;OID=.;OPOS=31135579;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr12 31237700 . G A 221.03 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.851;QD=46.5333;RBI=0.0421523;REFB=0;REVB=0.0390588;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180638;OID=.;OPOS=31237700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:17:19:1:8:9:0:0:9:10:0:0 chr12 31240862 . A T 695.03 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0658419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7921;QD=60.4376;RBI=0.0784658;REFB=-0.0708788;REVB=0.0426817;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00574845;OID=.;OPOS=31240862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:25:20:0:0:25:20:0:1 chr12 31240925 . A G 1334.57 PASS AF=0.977528;AO=86;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00316075;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.482;QD=59.9806;RBI=0.0303951;REFB=-0.109079;REVB=0.0302303;RO=2;SAF=39;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197323;STB=0.510202;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0040742;OID=.;OPOS=31240925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:89:89:2:2:86:87:0.977528:47:39:0:2:48:39:0:2 chr12 31242399 . T C 292.3 PASS AF=0.302326;AO=39;DP=129;FAO=39;FDP=129;FR=.;FRO=90;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=43;FSRR=47;FWDB=-0.0318871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.926;QD=9.06363;RBI=0.0514528;REFB=-0.00265612;REVB=-0.0403807;RO=88;SAF=21;SAR=18;SRF=41;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858895;STB=0.542291;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0057153;OID=.;OPOS=31242399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:88:90:39:39:0.302326:18:21:41:47:18:21:43:47 chr12 31244716 . C T 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0100944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.799;QD=16.1719;RBI=0.0127053;REFB=-0.010727;REVB=0.00771549;RO=20;SAF=9;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122295;STB=0.507033;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.010293;OID=.;OPOS=31244716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:7:9:11:9:7:9:11:9 chr12 31249861 . C G 1066.58 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0871949;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3673;QD=58.4425;RBI=0.1146;REFB=-0.00048917;REVB=0.0743654;RO=1;SAF=49;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210058;STB=0.511108;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00219201;OID=.;OPOS=31249861;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:71:72:0.986301:22:49:0:1:22:50:0:1 chr12 31253995 . C T 886.37 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0728516;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7983;QD=58.1228;RBI=0.072857;REFB=0;REVB=0.000886796;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243759;OID=.;OPOS=31253995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:27:33:0:0:28:33:0:0 chr12 31255263 . G A 693.27 PASS AF=0.870968;AO=53;DP=63;FAO=54;FDP=62;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=41;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0727365;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.967;QD=44.7272;RBI=0.0877701;REFB=-0.111292;REVB=0.0491222;RO=4;SAF=12;SAR=41;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043785;STB=0.543665;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.00289055;OID=.;OPOS=31255263;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:63:62:4:8:53:54:0.870968:41:12:0:4:41:13:4:4 chr12 31256905 . T C 556.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0527457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.047;QD=60.1212;RBI=0.0569256;REFB=0;REVB=0.0214106;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000186369;OID=.;OPOS=31256905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr12 31267744 . A C 538.55 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.507;QD=59.8394;RBI=0.0213459;REFB=0;REVB=-0.0158071;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.72915e-06;OID=.;OPOS=31267744;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:14:21:0:0:15:21:0:0 chr12 31270076 . A C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.063708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4873;QD=23.2175;RBI=0.124579;REFB=-0.0163548;REVB=0.107057;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0092362;OID=.;OPOS=31270076;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:0:1:4:1:0:1 chr12 31282735 . T C 46.74 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00728182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.084;QD=10.3873;RBI=0.0477161;REFB=-0.000546628;REVB=0.0471572;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125396;STB=0.555391;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00282816;OID=.;OPOS=31282735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:10:11:7:7:0.388889:5:2:4:6:5:2:4:7 chr12 31282765 . A T 296.39 PASS AF=0.958333;AO=22;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00661482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.042;QD=49.3979;RBI=0.00735107;REFB=-0.0527799;REVB=-0.00320662;RO=1;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031885;STB=0.516115;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.000962103;OID=.;OPOS=31282765;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:22:23:0.958333:14:8:0:1:15:8:0:1 chr12 31282784 . A G 289.5 PASS AF=0.92;AO=22;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0179389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.52;QD=46.3206;RBI=0.0298785;REFB=-0.00208678;REVB=0.023894;RO=2;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615783;STB=0.531223;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.000206327;OID=.;OPOS=31282784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:22:23:0.92:14:8:0:2:15:8:0:2 chr12 31283446 . T G 164.14 PASS AF=0.314286;AO=21;DP=69;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=11;FWDB=0.00356019;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.702;QD=9.37926;RBI=0.0783491;REFB=-0.000540772;REVB=0.0782682;RO=48;SAF=11;SAR=10;SRF=37;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301393;STB=0.66025;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00201861;OID=.;OPOS=31283446;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:48:48:21:22:0.314286:10:11:37:11:10:12:37:11 chr12 31285214 . A G 268.74 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0107324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1678;QD=22.3952;RBI=0.017771;REFB=-0.0111155;REVB=0.0141641;RO=22;SAF=9;SAR=16;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439647;STB=0.538022;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0118834;OID=.;OPOS=31285214;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:23:25:25:0.520833:16:9:9:13:16:9:10:13 chr12 31291163 . G A 650.67 PASS AF=0.572727;AO=63;DP=110;FAO=63;FDP=110;FR=.;FRO=47;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.00232084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.489;QD=23.6609;RBI=0.00977251;REFB=-0.0221818;REVB=0.00949293;RO=47;SAF=34;SAR=29;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0782599;STB=0.542677;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0142722;OID=.;OPOS=31291163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:47:47:63:63:0.572727:29:34:30:17:29:34:30:17 chr12 31297871 . G C 158.12 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=64;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.00193885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3305;QD=9.88244;RBI=0.00194704;REFB=-0.00281358;REVB=-0.000178349;RO=42;SAF=9;SAR=12;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815802;STB=0.556;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00601246;OID=.;OPOS=31297871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:42:43:21:21:0.328125:12:9:21:21:12:9:22:21 chr12 31298362 . G A 293.26 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0207281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.796;QD=23.0008;RBI=0.0224803;REFB=-0.0396314;REVB=-0.00870121;RO=22;SAF=12;SAR=17;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406212;STB=0.522457;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0335619;OID=.;OPOS=31298362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:17:12:8:14:17:12:8:14 chr12 31300891 . C A 382.35 PASS AF=0.365079;AO=46;DP=127;FAO=46;FDP=126;FR=.;FRO=80;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=49;FWDB=0.00547684;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.69;QD=12.1379;RBI=0.0195118;REFB=-0.0122182;REVB=-0.0187274;RO=81;SAF=22;SAR=24;SRF=31;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107655;STB=0.558002;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0203603;OID=.;OPOS=31300891;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:81:80:46:46:0.365079:24:22:31:50:24:22:31:49 chr12 31604928 . G C 342.5 PASS AF=0.38;AO=38;DP=100;FAO=38;FDP=100;FR=.;FRO=62;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=33;FWDB=-0.00952682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.768;QD=13.6999;RBI=0.00953995;REFB=-0.0139162;REVB=0.000500446;RO=62;SAF=22;SAR=16;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121198;STB=0.569129;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0243113;OID=.;OPOS=31604928;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:62:62:38:38:0.38:16:22:29:33:16:22:29:33 chr12 31605044 . G T 197.26 PASS AF=0.302326;AO=22;DP=83;FAO=26;FDP=86;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.00498625;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.18;QD=9.17479;RBI=0.0355023;REFB=-0.0134713;REVB=-0.0351504;RO=60;SAF=14;SAR=8;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128885;STB=0.618226;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0238522;OID=.;OPOS=31605044;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:86:60:60:22:26:0.302326:8:14:32:28:8:18:32:28 chr12 31648826 . C T 276.04 PASS AF=0.705882;AO=23;DP=33;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.012739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.875;QD=32.4751;RBI=0.0359441;REFB=-0.0388;REVB=0.0336109;RO=10;SAF=8;SAR=15;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145433;STB=0.583262;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0145822;OID=.;OPOS=31648826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:34:10:10:23:24:0.705882:15:8:6:4:16:8:6:4 chr12 31659332 . A T 131.3 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0258838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2392;QD=14.1948;RBI=0.0283326;REFB=-0.00866455;REVB=-0.0115224;RO=22;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307074;STB=0.678336;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0109638;OID=.;OPOS=31659332;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:5:10:8:14:5:10:8:14 chr12 31944567 . T G 118.92 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0115281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.547;QD=33.9784;RBI=0.0168993;REFB=-0.0553614;REVB=0.0123567;RO=2;SAF=4;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179011;STB=0.599828;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00968308;OID=.;OPOS=31944567;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:8:4:2:0:8:4:2:0 chr12 31944985 . T G 385.4 PASS AF=0.405405;AO=45;DP=111;FAO=45;FDP=111;FR=.;FRO=66;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=44;FSRR=22;FWDB=-0.013664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.605;QD=13.8884;RBI=0.0196556;REFB=-0.0132274;REVB=0.0141294;RO=64;SAF=16;SAR=29;SRF=42;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308072;STB=0.680673;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0241085;OID=.;OPOS=31944985;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:64:66:45:45:0.405405:29:16:42:22:29:16:44:22 chr12 32134240 . C T 779.85 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.103;QD=56.7161;RBI=0.0321922;REFB=0;REVB=-0.0135038;RO=1;SAF=26;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177809;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.18318e-05;OID=.;OPOS=32134240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:1:0:54:55:1:28:26:1:0:28:27:0:0 chr12 32134638 . T A,C 172.43 PASS AF=0.133333,0.866667;AO=2,13;DP=15;FAO=2,13;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2,9;FSAR=0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289953,0.020991;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=155.395,195.805;QD=45.9821;RBI=0.0312631,0.023319;REFB=0,0;REVB=0.0116899,0.0101564;RO=0;SAF=2,9;SAR=0,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0164997,-0.00209733;OID=.,.;OPOS=32134638,32134638;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:15:15:0:0:2,13:2,13:0.133333,0.866667:0,4:2,9:0:0:0,4:2,9:0:0 chr12 32135441 . T C 239.7 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0533633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.052;QD=50.4626;RBI=0.0557291;REFB=0;REVB=-0.0160653;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172975;OID=.;OPOS=32135441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:9:9:0:0:9:10:0:0 chr12 32137901 . A G 221.97 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0578139;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=206.274;QD=25.3682;RBI=0.0585359;REFB=-0.0187545;REVB=-0.00916567;RO=12;SAF=6;SAR=15;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291364;STB=0.533947;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0110661;OID=.;OPOS=32137901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:12:14:21:21:0.6:15:6:3:9:15:6:5:9 chr12 32261435 . A G 221.31 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.00631941;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.666;QD=23.9252;RBI=0.0122789;REFB=-0.024155;REVB=-0.0105279;RO=14;SAF=8;SAR=13;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741757;STB=0.531826;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0133361;OID=.;OPOS=32261435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:14:16:21:21:0.567568:13:8:4:10:13:8:5:11 chr12 32481093 . G C 172.0 PASS AF=0.310811;AO=23;DP=74;FAO=23;FDP=74;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=34;FSRR=17;FWDB=0.00419225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.381;QD=9.29747;RBI=0.0123955;REFB=0.00221706;REVB=0.011665;RO=51;SAF=15;SAR=8;SRF=34;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187831;STB=0.511073;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=-0.00460054;OID=.;OPOS=32481093;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:51:51:23:23:0.310811:8:15:34:17:8:15:34:17 chr12 32552769 . C G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.838;QD=53.9111;RBI=0.0317486;REFB=0;REVB=0.0294341;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107277;OID=.;OPOS=32552769;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr12 32943927 . C T 130.52 PASS AF=0.326923;AO=16;DP=51;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00295961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.395;QD=10.0398;RBI=0.0142905;REFB=-0.00156283;REVB=0.0139806;RO=34;SAF=13;SAR=3;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427792;STB=0.720209;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0032723;OID=.;OPOS=32943927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:34:35:16:17:0.326923:3:13:16:18:4:13:16:19 chr12 33030995 . C T 153.93 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00658375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.693;QD=11.6171;RBI=0.0196062;REFB=-0.00873413;REVB=-0.0184677;RO=33;SAF=11;SAR=8;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370945;STB=0.532224;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0175531;OID=.;OPOS=33030995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:33:34:19:19:0.358491:8:11:18:15:8:11:18:16 chr12 33031070 . G T 225.86 PASS AF=0.511628;AO=21;DP=42;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0425026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.821;QD=21.0106;RBI=0.0682427;REFB=-0.0332612;REVB=0.0533909;RO=21;SAF=7;SAR=14;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295343;STB=0.646926;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0329692;OID=.;OPOS=33031070;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:21:21:21:22:0.511628:14:7:14:7:14:8:14:7 chr12 38712142 . C G 2720.53 PASS AF=1;AO=175;DP=177;FAO=175;FDP=175;FR=.;FRO=0;FSAF=83;FSAR=92;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00513037;FXX=0.0112988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.947;QD=62.1836;RBI=0.00797716;REFB=-0.0825531;REVB=0.00610856;RO=0;SAF=83;SAR=92;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12861e-05;OID=.;OPOS=38712142;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:177:175:0:0:175:175:1:92:83:0:0:92:83:0:0 chr12 38715000 . A G 100.77 PASS AF=0.225352;AO=16;DP=71;FAO=16;FDP=71;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=-0.0106606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.865;QD=5.67708;RBI=0.0193978;REFB=-0.00627225;REVB=-0.0162057;RO=55;SAF=9;SAR=7;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243994;STB=0.515241;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0212399;OID=.;OPOS=38715000;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:55:55:16:16:0.225352:7:9:32:23:7:9:32:23 chr12 38717678 . T C 236.45 PASS AF=0.345238;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0218386;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=262.85;QD=11.2597;RBI=0.0224783;REFB=-0.00626845;REVB=0.00532438;RO=55;SAF=18;SAR=11;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148884;STB=0.586406;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0130533;OID=.;OPOS=38717678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:55:55:29:29:0.345238:11:18:27:28:11:18:27:28 chr12 39087609 . G A 273.48 PASS AF=0.336538;AO=35;DP=104;FAO=35;FDP=104;FR=.;FRO=69;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=40;FWDB=-0.0337397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8723;QD=10.5186;RBI=0.056216;REFB=-0.00454215;REVB=0.0449653;RO=69;SAF=13;SAR=22;SRF=29;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587824;STB=0.534084;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00809408;OID=.;OPOS=39087609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:69:69:35:35:0.336538:22:13:29:40:22:13:29:40 chr12 39096664 . T A 759.29 PASS AF=0.36255;AO=90;DP=251;FAO=91;FDP=251;FR=.;FRO=160;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=91;FSRR=69;FWDB=0.00363512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.841;QD=12.1002;RBI=0.00399508;REFB=-0.00330277;REVB=-0.00165728;RO=157;SAF=46;SAR=44;SRF=89;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062704;STB=0.53342;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00756962;OID=.;OPOS=39096664;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:251:251:157:160:90:91:0.36255:44:46:89:68:44:47:91:69 chr12 39266785 . TTA TAA,T 136.84 PASS AF=0,0.39726;AO=4,13;DP=87;FAO=0,29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=0,14;FSAR=0,15;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.0657007,-0.0667986;FXX=0.0640943;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=12.9769,15.7322;QD=7.4978;RBI=0.667604,0.25765;REFB=0.00459152,-0.100494;REVB=0.664364,-0.248841;RO=26;SAF=4,9;SAR=0,4;SRF=25;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.491175,-0.447528;STB=0.5,0.592043;STBP=1,0.213;TYPE=snp,del;VARB=0,0.112545;OID=.,.;OPOS=39266786,39266786;OREF=T,TA;OALT=A,-;OMAPALT=TAA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.39726:4,13:87:0,29:73:44:0,14:0,15:28:16:99:26:4,9:0,4:25:1 chr12 39760152 . A T 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00540655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.632;QD=11.1977;RBI=0.0381059;REFB=-0.00452612;REVB=-0.0377204;RO=22;SAF=8;SAR=4;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186327;STB=0.511093;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0119198;OID=.;OPOS=39760152;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:4:8:15:7:4:8:15:7 chr12 40152900 . G A 1357.16 PASS AF=0.978261;AO=86;DP=89;FAO=90;FDP=92;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0139187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.641;QD=59.0069;RBI=0.0199892;REFB=-0.0939964;REVB=0.014347;RO=0;SAF=41;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510636;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.000365388;OID=.;OPOS=40152900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:89:92:0:2:86:90:0.978261:45:41:0:0:46:44:0:2 chr12 40619082 . G A 1523.29 PASS AF=0.990385;AO=101;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0112033;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.87;QD=58.5882;RBI=0.0256718;REFB=-0.0288951;REVB=-0.0230982;RO=0;SAF=39;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.32893e-08;STB=0.503999;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=2.75564e-05;OID=.;OPOS=40619082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:0:1:101:103:0.990385:62:39:0:0:62:41:0:1 chr12 40713834 . C A 141.33 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00159387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.496;QD=21.7433;RBI=0.0048627;REFB=-0.0221743;REVB=0.00459406;RO=11;SAF=9;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241875;STB=0.636185;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0176201;OID=.;OPOS=40713834;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:11:11:15:15:0.576923:6:9:3:8:6:9:3:8 chr12 40713845 . G C 207.28 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0402715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9108;QD=24.3856;RBI=0.0426406;REFB=0.0209495;REVB=0.0140153;RO=14;SAF=9;SAR=11;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180237;STB=0.599906;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.00741229;OID=.;OPOS=40713845;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:11:9:3:11:11:9:3:11 chr12 40713873 . A G 244.58 PASS AF=0.547619;AO=18;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0460777;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=359.956;QD=23.2928;RBI=0.046468;REFB=-0.00667793;REVB=-0.00600962;RO=12;SAF=5;SAR=13;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192156;STB=0.589092;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00481023;OID=.;OPOS=40713873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:12:19:18:23:0.547619:13:5:1:11:14:9:4:15 chr12 40713901 . T A 365.62 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=49;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00778259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.178;QD=29.8467;RBI=0.00975323;REFB=-0.0137778;REVB=0.00587851;RO=18;SAF=12;SAR=19;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383202;STB=0.520995;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00761609;OID=.;OPOS=40713901;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:18:18:31:31:0.632653:19:12:6:12:19:12:6:12 chr12 40716260 . T C 654.68 PASS AF=0.613861;AO=62;DP=103;FAO=62;FDP=101;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=0.0234774;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3701;QD=25.928;RBI=0.0353287;REFB=-0.0358323;REVB=0.0263994;RO=39;SAF=25;SAR=37;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032906;STB=0.517869;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.030247;OID=.;OPOS=40716260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:39:39:62:62:0.613861:37:25:14:25:37:25:14:25 chr12 40758652 . T C 258.13 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=51;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.00735008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.725;QD=19.8562;RBI=0.0126219;REFB=0.0027023;REVB=0.010261;RO=25;SAF=17;SAR=9;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192601;STB=0.592953;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.00258129;OID=.;OPOS=40758652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:25:25:26:27:0.519231:9:17:11:14:10:17:11:14 chr12 40820208 . G A 200.86 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00709508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.656;QD=20.6011;RBI=0.0189141;REFB=-0.0120106;REVB=-0.0175329;RO=19;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199125;STB=0.612133;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00682568;OID=.;OPOS=40820208;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:12:8:12:7:12:8:12:7 chr12 40821176 . G A 322.74 PASS AF=0.428571;AO=37;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.000699995;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8224;QD=15.3684;RBI=0.0253412;REFB=0.0126906;REVB=-0.0253315;RO=47;SAF=16;SAR=21;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140883;STB=0.567245;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.0183039;OID=.;OPOS=40821176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:48:37:36:0.428571:21:16:27:20:20:16:27:21 chr12 40832126 . C T 387.05 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=77;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0353271;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.999;QD=20.3712;RBI=0.0370564;REFB=0.000469451;REVB=0.0111879;RO=37;SAF=16;SAR=23;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442053;STB=0.524521;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=-0.000338537;OID=.;OPOS=40832126;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:37:37:39:39:0.513158:23:16:17:20:23:16:17:20 chr12 40832161 . T C 228.81 PASS AF=0.45614;AO=25;DP=56;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0144082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.007;QD=16.0568;RBI=0.0231078;REFB=-0.0129416;REVB=0.0180658;RO=31;SAF=8;SAR=17;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17031;STB=0.578661;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0160768;OID=.;OPOS=40832161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:31:31:25:26:0.45614:17:8:15:16:17:9:15:16 chr12 40834376 . C G 417.33 PASS AF=0.554054;AO=40;DP=73;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.00675424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.605;QD=22.5583;RBI=0.00690216;REFB=-0.0213188;REVB=0.0014213;RO=33;SAF=20;SAR=20;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124184;STB=0.512189;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.017352;OID=.;OPOS=40834376;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:33:33:40:41:0.554054:20:20:17:16:21:20:17:16 chr12 40834955 . C A 863.5 PASS AF=0.534591;AO=85;DP=163;FAO=85;FDP=159;FR=.;FRO=74;FSAF=43;FSAR=42;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.0135311;FXX=0.0245384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.715;QD=21.7232;RBI=0.0141593;REFB=-0.0190438;REVB=-0.00417065;RO=72;SAF=43;SAR=42;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398701;STB=0.515309;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0179054;OID=.;OPOS=40834955;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:159:72:74:85:85:0.534591:42:43:33:39:42:43:35:39 chr12 40835734 . C G 880.91 PASS AF=0.597015;AO=80;DP=134;FAO=80;FDP=134;FR=.;FRO=54;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.0280669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6773;QD=26.2958;RBI=0.0290123;REFB=-0.0312401;REVB=-0.0073461;RO=54;SAF=37;SAR=43;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691884;STB=0.537538;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0222767;OID=.;OPOS=40835734;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:54:54:80:80:0.597015:43:37:20:34:43:37:20:34 chr12 40835749 . T C 439.9 PASS AF=0.380597;AO=51;DP=134;FAO=51;FDP=134;FR=.;FRO=83;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=0.0034437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.61;QD=13.1314;RBI=0.0133042;REFB=-0.00242161;REVB=0.0128507;RO=83;SAF=18;SAR=33;SRF=37;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106652;STB=0.56068;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00480771;OID=.;OPOS=40835749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:83:83:51:51:0.380597:33:18:37:46:33:18:37:46 chr12 40837264 . T C 138.92 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0100149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.643;QD=19.8454;RBI=0.0212933;REFB=-0.0354251;REVB=0.0187911;RO=13;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046223;STB=0.52628;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0197921;OID=.;OPOS=40837264;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:5:10:8:5:5:10:8:5 chr12 40838216 . T C 729.21 PASS AF=0.493506;AO=76;DP=154;FAO=76;FDP=154;FR=.;FRO=78;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=28;FSRR=50;FWDB=0.0219239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.189;QD=18.9405;RBI=0.0393338;REFB=-0.0310488;REVB=0.0326572;RO=76;SAF=38;SAR=38;SRF=28;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119629;STB=0.57141;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0227086;OID=.;OPOS=40838216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:76:78:76:76:0.493506:38:38:28:48:38:38:28:50 chr12 40840325 . T C 727.4 PASS AF=0.48;AO=72;DP=149;FAO=72;FDP=150;FR=.;FRO=78;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=35;FSRR=43;FWDB=-0.0114509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9195;QD=19.3974;RBI=0.0127073;REFB=0.00718916;REVB=0.00550934;RO=77;SAF=31;SAR=41;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104717;STB=0.509602;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.0110043;OID=.;OPOS=40840325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:150:77:78:72:72:0.48:41:31:34:43:41:31:35:43 chr12 40843504 . A C 124.92 PASS AF=0.276923;AO=18;DP=65;FAO=18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0253105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.705;QD=7.68727;RBI=0.027031;REFB=-0.00771771;REVB=0.00948983;RO=47;SAF=8;SAR=10;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00286231;STB=0.501728;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0250284;OID=.;OPOS=40843504;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:47:47:18:18:0.276923:10:8:21:26:10:8:21:26 chr12 40857943 . A C 303.48 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0186629;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.306;QD=22.0712;RBI=0.0231746;REFB=-0.00169214;REVB=0.013739;RO=24;SAF=17;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711463;STB=0.53934;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00130412;OID=.;OPOS=40857943;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:14:17:11:13:14:17:11:13 chr12 41330611 . T C 843.61 PASS AF=0.535032;AO=83;DP=151;FAO=84;FDP=157;FR=.;FRO=73;FSAF=53;FSAR=31;FSRF=48;FSRR=25;FWDB=-0.0206372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.7862;QD=21.4933;RBI=0.0311008;REFB=-0.069836;REVB=0.0232673;RO=67;SAF=52;SAR=31;SRF=42;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000314377;STB=0.51336;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0564502;OID=.;OPOS=41330611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:157:67:73:83:84:0.535032:31:52:42:25:31:53:48:25 chr12 41337435 . C T 393.08 PASS AF=0.680851;AO=32;DP=47;FAO=32;FDP=47;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.00282741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.214;QD=33.4532;RBI=0.0365186;REFB=-0.0118256;REVB=-0.036409;RO=15;SAF=14;SAR=18;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171783;STB=0.59361;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.00993687;OID=.;OPOS=41337435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:15:15:32:32:0.680851:18:14:11:4:18:14:11:4 chr12 41587972 . T C 510.64 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0975575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8934;QD=21.5004;RBI=0.0980562;REFB=-0.00322098;REVB=-0.00987759;RO=46;SAF=15;SAR=34;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105013;STB=0.55816;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00281326;OID=.;OPOS=41587972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:46:46:49:49:0.515789:34:15:19:27:34:15:19:27 chr12 41900463 . G A 564.01 PASS AF=0.79661;AO=47;DP=59;FAO=47;FDP=59;FR=.;FRO=12;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00629301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8785;QD=38.2378;RBI=0.0247988;REFB=-0.0342871;REVB=0.023987;RO=11;SAF=20;SAR=27;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430368;STB=0.515412;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0143133;OID=.;OPOS=41900463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:59:59:11:12:47:47:0.79661:27:20:6:5:27:20:6:6 chr12 41967677 . G A 361.84 PASS AF=0.666667;AO=34;DP=51;FAO=34;FDP=51;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0123484;FXX=0.0377287;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.741;QD=28.3794;RBI=0.0511172;REFB=-0.0217562;REVB=-0.0496033;RO=17;SAF=21;SAR=13;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191162;STB=0.510423;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.011101;OID=.;OPOS=41967677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:17:17:34:34:0.666667:13:21:11:6:13:21:11:6 chr12 42481545 . T C 380.25 PASS AF=0.606557;AO=37;DP=61;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00347547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.889;QD=24.9343;RBI=0.0208428;REFB=-0.00876852;REVB=0.020551;RO=24;SAF=25;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166022;STB=0.591245;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00513702;OID=.;OPOS=42481545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:24:24:37:37:0.606557:12:25:11:13:12:25:11:13 chr12 42503467 . T C 781.66 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111783;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.849;QD=56.8478;RBI=0.0112591;REFB=0;REVB=-0.00134678;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160666;OID=.;OPOS=42503467;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:54:55:1:31:23:0:0:31:24:0:0 chr12 42554505 . A G 1085.09 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0336305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3456;QD=58.6532;RBI=0.0342139;REFB=-0.0949779;REVB=-0.00629094;RO=0;SAF=28;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1195e-08;STB=0.50877;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00116872;OID=.;OPOS=42554505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:45:28:0:0:45:28:1:0 chr12 42599696 . T A 391.25 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0300527;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.786;QD=50.4838;RBI=0.0321362;REFB=-0.186461;REVB=0.0113829;RO=2;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619954;STB=0.53331;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00268772;OID=.;OPOS=42599696;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:31:31:2:2:29:29:0.935484:14:15:0:2:14:15:0:2 chr12 42629550 . T C 1157.12 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176795;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.042;QD=60.9013;RBI=0.032738;REFB=0;REVB=0.0275538;RO=0;SAF=46;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.89405e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24208e-05;OID=.;OPOS=42629550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:75:76:1:29:46:0:0:29:47:0:0 chr12 42636124 . A G 614.46 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0348598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.571;QD=61.4463;RBI=0.0597537;REFB=0;REVB=0.0485315;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22195e-05;OID=.;OPOS=42636124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:40:0:0:37:40:1:14:23:0:0:17:23:0:0 chr12 42839836 . A C 1159.84 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0244131;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.21;QD=59.4789;RBI=0.0309941;REFB=-0.0588994;REVB=0.0190954;RO=1;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145596;STB=0.50769;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00120775;OID=.;OPOS=42839836;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:78:1:1:77:77:0.987179:32:45:0:1:32:45:0:1 chr12 42853520 . A G 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00108349;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.504;QD=55.4103;RBI=0.00536594;REFB=0.104821;REVB=-0.00525542;RO=1;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129222;STB=0.506847;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.000351848;OID=.;OPOS=42853520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:36:21:0:1:36:21:0:1 chr12 43821184 . G A 720.44 PASS AF=0.648936;AO=60;DP=93;FAO=61;FDP=94;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0285592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.698;QD=30.6569;RBI=0.0288517;REFB=-0.013994;REVB=0.00409844;RO=33;SAF=25;SAR=35;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00509655;STB=0.505216;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.00731468;OID=.;OPOS=43821184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:33:33:60:61:0.648936:35:25:14:19:36:25:14:19 chr12 43860526 . A G 988.24 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000851926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.031;QD=57.2894;RBI=0.0146985;REFB=-0.0394953;REVB=0.0146738;RO=1;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140901;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018287;OID=.;OPOS=43860526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:69:1:0:61:69:1:33:28:0:1:39:30:0:0 chr12 44148259 . T C 991.85 PASS AF=0.586667;AO=88;DP=150;FAO=88;FDP=150;FR=.;FRO=62;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.00241177;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.4568;QD=26.4493;RBI=0.0053706;REFB=0.0100684;REVB=-0.00479862;RO=61;SAF=41;SAR=47;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442903;STB=0.527443;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=-0.00388779;OID=.;OPOS=44148259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:61:62:88:88:0.586667:47:41:32:29:47:41:33:29 chr12 44180295 . G A 844.59 PASS AF=0.590909;AO=75;DP=129;FAO=78;FDP=132;FR=.;FRO=54;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0228911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.459;QD=25.5936;RBI=0.0244206;REFB=-0.00277018;REVB=-0.00850661;RO=54;SAF=41;SAR=34;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360515;STB=0.521105;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.00224216;OID=.;OPOS=44180295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:132:54:54:75:78:0.590909:34:41:27:27:35:43:27:27 chr12 44191625 . G A 254.4 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=66;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=11;FWDB=-0.0048652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.739;QD=15.4181;RBI=0.0091565;REFB=0.000241455;REVB=-0.00775701;RO=37;SAF=19;SAR=10;SRF=26;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532392;STB=0.530015;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.00032397;OID=.;OPOS=44191625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:37:29:29:0.439394:10:19:26:11:10:19:26:11 chr12 45269284 . C T 345.98 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0137062;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5778;QD=21.9672;RBI=0.0139995;REFB=-0.000268974;REVB=-0.00285047;RO=28;SAF=17;SAR=18;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.040214;STB=0.522199;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.000235588;OID=.;OPOS=45269284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:18:17:15:13:18:17:15:13 chr12 45307633 . T C 235.34 PASS AF=0.263566;AO=33;DP=129;FAO=34;FDP=129;FR=.;FRO=95;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=52;FSRR=43;FWDB=0.00220944;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.26;QD=7.2975;RBI=0.00810546;REFB=0.00225358;REVB=-0.00779851;RO=93;SAF=15;SAR=18;SRF=51;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115236;STB=0.577803;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.00301947;OID=.;OPOS=45307633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:93:95:33:34:0.263566:18:15:51:42:19:15:52:43 chr12 45410075 . A G 614.11 PASS AF=0.625;AO=55;DP=88;FAO=55;FDP=88;FR=.;FRO=33;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00598558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.517;QD=27.9139;RBI=0.0154866;REFB=-0.0139295;REVB=0.0142831;RO=33;SAF=30;SAR=25;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0628208;STB=0.534149;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0116189;OID=.;OPOS=45410075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:33:33:55:55:0.625:25:30:15:18:25:30:15:18 chr12 45410288 . C T 914.24 PASS AF=0.564626;AO=83;DP=146;FAO=83;FDP=147;FR=.;FRO=64;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.00671002;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.669;QD=24.8773;RBI=0.00671382;REFB=-0.0215616;REVB=0.00022587;RO=62;SAF=43;SAR=40;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014199;STB=0.507872;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0190237;OID=.;OPOS=45410288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:62:64:83:83:0.564626:40:43:31:31:40:43:32:32 chr12 45417666 . T C 150.09 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.00843375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.838;QD=19.3661;RBI=0.00983131;REFB=-0.0286134;REVB=0.00505237;RO=15;SAF=5;SAR=11;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117906;STB=0.566425;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0327533;OID=.;OPOS=45417666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:11:5:3:12:11:5:3:12 chr12 46318636 . C G 211.67 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00489984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1239;QD=19.6904;RBI=0.0223843;REFB=-0.0218628;REVB=-0.0218415;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226186;STB=0.627333;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0124418;OID=.;OPOS=46318636;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:12:9:15:7:12:9:15:7 chr12 46367944 . A G 587.46 PASS AF=0.884615;AO=46;DP=52;FAO=46;FDP=52;FR=.;FRO=6;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00200894;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=211.279;QD=45.1895;RBI=0.0246235;REFB=-0.0689805;REVB=0.0245414;RO=6;SAF=19;SAR=27;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558605;STB=0.52985;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00161375;OID=.;OPOS=46367944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:6:6:46:46:0.884615:27:19:4:2:27:19:4:2 chr12 46758493 . GA G,GG 389.34 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=4,25;DP=29;FAO=1,27;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=1,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102938,0.0108226;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=251.48,261.858;QD=55.6197;RBI=0.0265809,0.0257046;REFB=0,0;REVB=0.0245068,0.0233151;RO=0;SAF=1,10;SAR=3,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0699692,0.000186607;OID=.,.;OPOS=46758494,46758494;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0357143,0.964286:4,25:29:1,27:28:0:0,11:1,16:0:0:4:0:1,10:3,15:0:0 chr12 46759017 . T A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00297497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.367;QD=58.1421;RBI=0.012904;REFB=0;REVB=0.0125564;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04144e-05;OID=.;OPOS=46759017;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chr12 46761127 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.632;QD=45.8067;RBI=0.0426249;REFB=0;REVB=-0.0213834;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100241;OID=.;OPOS=46761127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr12 47168898 . G A 1165.51 PASS AF=0.910112;AO=80;DP=89;FAO=81;FDP=89;FR=.;FRO=8;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0176954;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=202.876;QD=52.3827;RBI=0.0230684;REFB=-0.0177324;REVB=0.0147994;RO=6;SAF=33;SAR=47;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118661;STB=0.507385;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.000666709;OID=.;OPOS=47168898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:89:89:6:8:80:81:0.910112:47:33:3:3:47:34:4:4 chr12 47186770 . C T 429.2 PASS AF=0.602941;AO=41;DP=68;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0231251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.508;QD=25.2471;RBI=0.0294668;REFB=-0.0130156;REVB=-0.0182625;RO=26;SAF=22;SAR=19;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260396;STB=0.507201;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00990449;OID=.;OPOS=47186770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:26:27:41:41:0.602941:19:22:13:13:19:22:14:13 chr12 47470223 . T TTACTA 239.81 PASS AF=0.529412;AO=17;DP=64;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0101047;FXX=0.120669;HRUN=3;LEN=5;MLLD=241.494;QD=18.8086;RBI=0.0146231;REFB=-0.00290794;REVB=0.0105702;RO=39;SAF=9;SAR=8;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105782;STB=0.513265;STBP=0.862;TYPE=ins;VARB=0.00168544;OID=.;OPOS=47470224;OREF=-;OALT=TACTA;OMAPALT=TTACTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:17:64:27:51:24:15:12:14:10:99:39:9:8:21:18 chr12 47581629 . T C 2215.02 PASS AF=0.986301;AO=135;DP=140;FAO=144;FDP=146;FR=.;FRO=2;FSAF=85;FSAR=59;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0499488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.269;QD=60.6854;RBI=0.0509907;REFB=-0.0205038;REVB=0.010255;RO=2;SAF=77;SAR=58;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012186;STB=0.505813;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.000147517;OID=.;OPOS=47581629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:140:146:2:2:135:144:0.986301:58:77:2:0:59:85:2:0 chr12 47740069 . C A 2043.34 PASS AF=1;AO=126;DP=128;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.011;QD=61.9195;RBI=0.0672241;REFB=0;REVB=0.0607346;RO=0;SAF=69;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147711;OID=.;OPOS=47740069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:132:0:0:126:132:1:57:69:0:0:61:71:0:0 chr12 47758032 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00880425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.962;QD=39.2065;RBI=0.0381559;REFB=0;REVB=0.0371263;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000493167;OID=.;OPOS=47758032;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr12 48134695 . T C 708.38 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0091975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8812;QD=62.9671;RBI=0.0104995;REFB=0;REVB=0.00506414;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128566;OID=.;OPOS=48134695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr12 48144925 . T C 1189.3 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0536249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.366;QD=60.9896;RBI=0.0697624;REFB=0;REVB=0.0446225;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74844e-05;OID=.;OPOS=48144925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:78:0:0:71:78:1:38:33:0:0:41:37:0:0 chr12 48176792 . C T 451.56 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0816565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.6457;QD=54.7345;RBI=0.106196;REFB=-0.0496772;REVB=0.0678952;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511104;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00385343;OID=.;OPOS=48176792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:22:10:0:0:22:10:0:1 chr12 48176900 . T G 244.31 PASS AF=1;AO=16;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.107813;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7374;QD=51.4326;RBI=0.114128;REFB=0;REVB=0.0374388;RO=0;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00125675;OID=.;OPOS=48176900;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:16:19:1:14:2:0:0:16:3:0:0 chr12 48177238 . A G 1163.5 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00746428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.412;QD=60.4416;RBI=0.0154223;REFB=0;REVB=0.0134956;RO=0;SAF=22;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53902e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.40505e-05;OID=.;OPOS=48177238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:74:77:1:52:22:0:0:53:24:0:0 chr12 48178513 . A G 152.35 PASS AF=0.551724;AO=15;DP=28;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0281761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.983;QD=21.0139;RBI=0.0334193;REFB=-0.0165891;REVB=0.0179709;RO=12;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262026;STB=0.51722;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00919363;OID=.;OPOS=48178513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:12:13:15:16:0.551724:7:8:6:6:8:8:6:7 chr12 48359967 . T C 278.44 PASS AF=0.34375;AO=33;DP=96;FAO=33;FDP=96;FR=.;FRO=63;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=-0.0259075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.784;QD=11.6017;RBI=0.0262473;REFB=-0.00692322;REVB=0.00420983;RO=62;SAF=15;SAR=18;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087719;STB=0.555732;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0121596;OID=.;OPOS=48359967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:62:63:33:33:0.34375:18:15:33:29:18:15:34:29 chr12 48359984 . C T 206.23 PASS AF=0.293478;AO=27;DP=91;FAO=27;FDP=92;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0153044;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.3047;QD=8.96632;RBI=0.0208359;REFB=-0.0180842;REVB=0.014139;RO=64;SAF=13;SAR=14;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405765;STB=0.529343;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0565148;OID=.;OPOS=48359984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:64:65:27:27:0.293478:14:13:33:31:14:13:34:31 chr12 48367976 . C T 204.58 PASS AF=0.284211;AO=27;DP=95;FAO=27;FDP=95;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=35;FWDB=0.0100041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.335;QD=8.61391;RBI=0.0104689;REFB=-0.00886975;REVB=0.00308484;RO=68;SAF=11;SAR=16;SRF=33;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094871;STB=0.55648;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0181776;OID=.;OPOS=48367976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:68:68:27:27:0.284211:16:11:33:35:16:11:33:35 chr12 48375568 . A G 161.49 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.0522007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.962;QD=18.9992;RBI=0.0558656;REFB=-0.0161238;REVB=-0.0199012;RO=17;SAF=10;SAR=7;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351637;STB=0.697463;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0253781;OID=.;OPOS=48375568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:7:10:3:14:7:10:3:14 chr12 48375965 . C T 116.19 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0276556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9977;QD=20.2077;RBI=0.0301665;REFB=-0.0624033;REVB=0.0120493;RO=10;SAF=6;SAR=7;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288978;STB=0.661851;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0224662;OID=.;OPOS=48375965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:7:6:1:9:7:6:1:9 chr12 48376291 . G A 182.99 PASS AF=0.642857;AO=17;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.012648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0731;QD=26.1408;RBI=0.102986;REFB=-0.0241665;REVB=0.102206;RO=11;SAF=4;SAR=13;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188052;STB=0.623612;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0203336;OID=.;OPOS=48376291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:11:10:17:18:0.642857:13:4:5:6:14:4:5:5 chr12 48380682 . G A 532.54 PASS AF=0.590361;AO=48;DP=82;FAO=49;FDP=83;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00139905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.631;QD=25.6646;RBI=0.00328228;REFB=-0.0254645;REVB=0.00296918;RO=34;SAF=17;SAR=31;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933712;STB=0.554017;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0163045;OID=.;OPOS=48380682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:34:34:48:49:0.590361:31:17:16:18:32:17:16:18 chr12 48389643 . A C 341.88 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0200151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5937;QD=30.3889;RBI=0.0500711;REFB=-0.019037;REVB=0.0458967;RO=16;SAF=12;SAR=17;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112001;STB=0.561249;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00713656;OID=.;OPOS=48389643;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:16:29:29:0.644444:17:12:4:12:17:12:4:12 chr12 48391416 . G T 555.88 PASS AF=0.609756;AO=50;DP=86;FAO=50;FDP=82;FR=.;FRO=32;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0107399;FXX=0.0574647;HRUN=6;LEN=1;MLLD=123.034;QD=27.116;RBI=0.0123329;REFB=-0.00238677;REVB=0.00606262;RO=28;SAF=28;SAR=22;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.080402;STB=0.525886;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.000813609;OID=.;OPOS=48391416;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:82:28:32:50:50:0.609756:22:28:19:9:22:28:20:12 chr12 48398080 . T A 309.19 PASS AF=0.607843;AO=29;DP=52;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0302528;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2745;QD=24.2501;RBI=0.0323217;REFB=-0.0427901;REVB=0.0113779;RO=19;SAF=12;SAR=17;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439204;STB=0.525675;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0349458;OID=.;OPOS=48398080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:19:20:29:31:0.607843:17:12:9:10:19:12:9:11 chr12 48413944 . C T 39.72 PASS AF=0.137255;AO=7;DP=51;FAO=7;FDP=51;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.111174;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5949;QD=3.11503;RBI=0.111271;REFB=-0.00223811;REVB=0.00462648;RO=44;SAF=3;SAR=4;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165576;STB=0.618454;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0104713;OID=.;OPOS=48413944;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:51:51:44:44:7:7:0.137255:4:3:25:19:4:3:25:19 chr12 48413950 . A C 40.34 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0367761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.0089;QD=3.43322;RBI=0.0674539;REFB=-0.00620184;REVB=0.0565469;RO=39;SAF=3;SAR=4;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253009;STB=0.662287;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0391506;OID=.;OPOS=48413950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:47:39:40:7:7:0.148936:4:3:25:14:4:3:25:15 chr12 48438140 . CAT C 62.77 PASS AF=1;AO=4;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.19419;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=2;MLLD=103.466;QD=35.8663;RBI=0.206106;REFB=0;REVB=0.0690638;RO=0;SAF=2;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.006445;OID=.;OPOS=48438141;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:6:7:7:0:2:5:0:0:3:0:2:2:0:0 chr12 48477422 . A G 361.58 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=-0.0131347;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.043;QD=17.8556;RBI=0.0198756;REFB=0.00864787;REVB=-0.0149171;RO=42;SAF=19;SAR=19;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112094;STB=0.567866;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00861067;OID=.;OPOS=48477422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:43:38:38:0.469136:19:19:26:16:19:19:27:16 chr12 48501161 . A T 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.154;QD=59.3218;RBI=0.0308247;REFB=0;REVB=0.0195747;RO=0;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.25373e-05;OID=.;OPOS=48501161;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:28:40:0:0:28:40:0:0 chr12 48512285 . C A 973.07 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00788609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.069;QD=58.9738;RBI=0.02325;REFB=0;REVB=0.0218717;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18859e-05;OID=.;OPOS=48512285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:28:37:0:0:29:37:0:0 chr12 48542993 . G A 373.17 PASS AF=0.464286;AO=39;DP=84;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00950046;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.322;QD=17.7702;RBI=0.0134636;REFB=-0.0194667;REVB=-0.00953987;RO=45;SAF=22;SAR=17;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935843;STB=0.552331;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.021838;OID=.;OPOS=48542993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:45:45:39:39:0.464286:17:22:21:24:17:22:21:24 chr12 48866585 . A C 174.72 PASS AF=0.27907;AO=24;DP=86;FAO=24;FDP=86;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.00423878;FXX=0.0227247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.627;QD=8.12642;RBI=0.00904348;REFB=-0.000623521;REVB=-0.00798858;RO=62;SAF=10;SAR=14;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.042899;STB=0.52567;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00130773;OID=.;OPOS=48866585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:62:62:24:24:0.27907:14:10:28:34:14:10:28:34 chr12 48866792 . C T 147.39 PASS AF=0.338983;AO=18;DP=58;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0482452;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.33;QD=9.99225;RBI=0.048581;REFB=-0.0101724;REVB=-0.00570227;RO=39;SAF=8;SAR=10;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108084;STB=0.508466;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0126582;OID=.;OPOS=48866792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:39:39:18:20:0.338983:10:8:21:18:10:10:20:19 chr12 48882759 . CT C 735.51 PASS AF=0.578512;AO=65;DP=122;FAO=70;FDP=121;FR=.;FRO=51;FSAF=46;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=14;FWDB=-0.00929224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.272;QD=24.3143;RBI=0.0168118;REFB=-0.00562158;REVB=-0.0140104;RO=49;SAF=45;SAR=20;SRF=37;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0595949;STB=0.532611;STBP=0.429;TYPE=del;VARB=0.00400632;OID=.;OPOS=48882760;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.578512:65:122:70:121:51:46:24:37:14:99:49:45:20:37:12 chr12 48883012 . T C 324.53 PASS AF=0.615385;AO=31;DP=52;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0814459;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.326;QD=24.9637;RBI=0.0858937;REFB=-0.0482695;REVB=0.0272819;RO=21;SAF=20;SAR=11;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230919;STB=0.638598;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0267988;OID=.;OPOS=48883012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:20:31:32:0.615385:11:20:7:14:11:21:6:14 chr12 48919556 . A G 1249.89 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0218762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.281;QD=60.2357;RBI=0.0236898;REFB=-0.112256;REVB=-0.00909058;RO=1;SAF=35;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133379;STB=0.507041;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000764044;OID=.;OPOS=48919556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:47:35:1:0:47:35:1:0 chr12 48919659 . T C 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.00226318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.369;QD=12.3288;RBI=0.0337855;REFB=-0.0039346;REVB=-0.0337096;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374949;STB=0.716647;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00615383;OID=.;OPOS=48919659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:5:6:3:14:5:6:3:14 chr12 48919793 . T C 231.46 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00948319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.033;QD=30.8607;RBI=0.021904;REFB=-0.0177186;REVB=-0.0197447;RO=8;SAF=11;SAR=10;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114635;STB=0.576852;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.006452;OID=.;OPOS=48919793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:8:9:21:21:0.7:10:11:6:2:10:11:7:2 chr12 48919796 . C T 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00643931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.143;QD=8.40197;RBI=0.0114781;REFB=0.000985548;REVB=0.00950164;RO=21;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31818;STB=0.69952;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00141759;OID=.;OPOS=48919796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:2:7:11:10:2:7:11:10 chr12 48920006 . G A 321.22 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.0291644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.179;QD=14.1197;RBI=0.0291671;REFB=-0.0257412;REVB=0.000393966;RO=54;SAF=26;SAR=10;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307198;STB=0.670869;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0450327;OID=.;OPOS=48920006;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:55:36:36:0.395604:10:26:24:30:10:26:25:30 chr12 48954040 . A G 91.61 PASS AF=0.208333;AO=15;DP=73;FAO=15;FDP=72;FR=.;FRO=57;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=33;FSRR=24;FWDB=-0.0252721;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8911;QD=5.08967;RBI=0.0464186;REFB=-0.00447753;REVB=-0.0389359;RO=55;SAF=9;SAR=6;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463887;STB=0.517218;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0301025;OID=.;OPOS=48954040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:73:72:55:57:15:15:0.208333:6:9:31:24:6:9:33:24 chr12 49048738 . G T 955.13 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00397742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.199;QD=58.7774;RBI=0.0116469;REFB=0;REVB=0.0109467;RO=0;SAF=21;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.91097e-05;OID=.;OPOS=49048738;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:44:21:0:0:44:21:0:0 chr12 49075811 . T G 724.92 PASS AF=0.959184;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0162121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.047;QD=59.177;RBI=0.0230237;REFB=-0.142509;REVB=0.0163481;RO=1;SAF=28;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164967;STB=0.517234;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0015928;OID=.;OPOS=49075811;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:48:49:1:2:46:47:0.959184:18:28:1:0:19:28:2:0 chr12 49086963 . G A 1546.96 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0460561;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.699;QD=62.5035;RBI=0.0467386;REFB=-0.177407;REVB=0.00795833;RO=1;SAF=53;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104236;STB=0.505493;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000494317;OID=.;OPOS=49086963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:45:53:0:1:45:53:0:1 chr12 49221622 . G A 955.38 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.422;QD=58.7926;RBI=0.0437007;REFB=0;REVB=0.0288864;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.87397e-05;OID=.;OPOS=49221622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:25:39:0:0:25:40:0:0 chr12 49222192 . GC G 30.38 PASS AF=0.307692;AO=5;DP=24;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0952775;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=13.1204;QD=4.67335;RBI=0.121563;REFB=-0.0293276;REVB=-0.0754961;RO=17;SAF=5;SAR=0;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.675246;STB=0.651767;STBP=0.334;TYPE=del;VARB=0.0693894;OID=.;OPOS=49222193;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.307692:5:24:8:26:18:6:2:10:8:30:17:5:0:10:7 chr12 49230035 . T G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0618539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.943;QD=44.6886;RBI=0.0618546;REFB=0;REVB=-0.000301658;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00160669;OID=.;OPOS=49230035;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr12 49332451 . T A,TGA 129.44 PASS AF=0,0.608696;AO=3,9;DP=25;FAO=0,14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=0,4;FSAR=0,10;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.093923,0.035589;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=42.5801,171.97;QD=22.5119;RBI=0.102225,0.116895;REFB=0.0196609,-0.0427435;REVB=0.0403525,0.111345;RO=13;SAF=0,3;SAR=3,6;SRF=11;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.76561,-0.47636;STB=0.5,0.731383;STBP=1,0.012;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0148488;OID=.,.;OPOS=49332451,49332452;OREF=T,-;OALT=A,GA;OMAPALT=A,TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:65:25:23:13:9:3,9:0,14:0,0.608696:3,6:0,3:11:2:0,10:0,4:8:1 chr12 49334762 . G C 1006.54 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00563141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.011;QD=59.2081;RBI=0.0100798;REFB=0;REVB=-0.00835999;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.6739e-06;OID=.;OPOS=49334762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:68:0:0:65:68:1:34:31:0:0:34:34:0:0 chr12 49374328 . CG CC,C 35.46 PASS AF=0.0192308,0.25;AO=2,6;DP=44;FAO=1,13;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=0,1;FSAR=1,12;FSRF=7;FSRR=31;FWDB=0.266337,-0.111816;FXX=0.0188644;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=13.909,8.91192;QD=2.72764;RBI=0.267684,0.116233;REFB=-0.101943,-0.113919;REVB=0.0268222,-0.0317345;RO=30;SAF=0,0;SAR=2,6;SRF=3;SRR=27;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.330357,-0.57457;STB=0.98406,0.690277;STBP=0.55,0.274;TYPE=snp,del;VARB=0.0631451,0.0799067;OID=.,.;OPOS=49374329,49374329;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0192308,0.25:2,6:44:1,13:52:38:0,1:1,12:7:31:31:30:0,0:2,6:3:27 chr12 49390955 . TGGGC TGGC,TGGCG 45.19 PASS AF=0.304348,0.0434783;AO=9,2;DP=23;FAO=7,1;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5,1;FSAR=2,0;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.148672,-0.134119;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=16.2898,48.1465;QD=7.85838;RBI=0.154754,0.13429;REFB=-0.0980747,-0.0745741;REVB=0.0429594,-0.00676161;RO=12;SAF=7,2;SAR=2,0;SRF=5;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0.320329,0;SSSB=0.372698,0.593836;STB=0.633402,0.988956;STBP=0.464,0.482;TYPE=del,mnp;VARB=0.0738234,0.175546;OID=.,.;OPOS=49390956,49390958;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=TGGC,TGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.304348,0.0434783:9,2:23:7,1:23:15:5,1:2,0:8:7:42:12:7,2:2,0:5:7 chr12 49391196 . TC CT,T 177.9 PASS AF=0.115942,0.268116;AO=16,38;DP=136;FAO=16,37;FDP=138;FR=.;FRO=85;FSAF=0,7;FSAR=16,30;FSRF=62;FSRR=23;FWDB=-0.00975733,-0.0328876;FXX=0.0349626;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=108.396,10.0189;QD=5.15657;RBI=0.0263752,0.034276;REFB=-0.0174145,-0.13438;REVB=-0.024504,-0.0096567;RO=73;SAF=0,10;SAR=16,28;SRF=58;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0.381818;SSSB=-0.825491,-0.557772;STB=0.999517,0.847842;STBP=0,0;TYPE=mnp,del;VARB=0.137489,0.0959221;OID=.,.;OPOS=49391196,49391197;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:95:136:138:73:85:16,38:16,37:0.115942,0.268116:16,28:0,10:58:15:16,30:0,7:62:23 chr12 49424534 . G A 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0239809;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=185.972;QD=15.839;RBI=0.0337226;REFB=-0.00822996;REVB=0.0237093;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566609;STB=0.53325;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.00753147;OID=.;OPOS=49424534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:4:4:4:3:4:4:4:3 chr12 49494962 . A G 1380.39 PASS AF=0.989011;AO=89;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0318997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1883;QD=60.6766;RBI=0.0400213;REFB=0.0688401;REVB=0.0241685;RO=2;SAF=48;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00164759;STB=0.505153;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.000828958;OID=.;OPOS=49494962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:2:1:89:90:0.989011:41:48:1:1:42:48:1:0 chr12 49500398 . G A 1264.75 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00295379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.637;QD=61.6953;RBI=0.00933002;REFB=0;REVB=0.00885011;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.17587e-06;OID=.;OPOS=49500398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:41:41:0:0:41:41:0:0 chr12 49500509 . C T 646.64 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.522;QD=60.1527;RBI=0.0140896;REFB=0;REVB=-0.00720658;RO=1;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024064;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231612;OID=.;OPOS=49500509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:43:43:1:0:42:43:1:19:23:0:1:20:23:0:0 chr12 49522578 . T C 449.53 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0047311;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.429;QD=54.4883;RBI=0.0766017;REFB=-0.183695;REVB=0.0764554;RO=1;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321794;STB=0.517231;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00165482;OID=.;OPOS=49522578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:34:33:1:1:32:32:0.969697:14:18:0:1:14:18:0:1 chr12 49522605 . C T 771.68 PASS AF=0.98;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0503754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4529;QD=61.7342;RBI=0.0606141;REFB=0.0822275;REVB=0.0337103;RO=1;SAF=21;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218744;STB=0.511107;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.000801405;OID=.;OPOS=49522605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:1:1:48:49:0.98:27:21:1:0:27:22:1:0 chr12 49579696 . C G 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.625;QD=58.9627;RBI=0.0384508;REFB=0;REVB=0.032506;RO=0;SAF=22;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.99539e-05;OID=.;OPOS=49579696;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:44:22:0:0:44:22:0:0 chr12 49580180 . T C 1829.72 PASS AF=0.97619;AO=121;DP=126;FAO=123;FDP=126;FR=.;FRO=3;FSAF=60;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0638244;FXX=0.0156238;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3869;QD=58.0865;RBI=0.0781196;REFB=-0.173548;REVB=-0.0450457;RO=4;SAF=58;SAR=63;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00125703;STB=0.50368;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.00612484;OID=.;OPOS=49580180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:126:126:4:3:121:123:0.97619:63:58:2:2:63:60:1:2 chr12 49667103 . A T 711.27 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0364995;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.176;QD=54.7132;RBI=0.036999;REFB=-0.0969729;REVB=-0.00605935;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.50746;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00084082;OID=.;OPOS=49667103;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:52:0:1:51:51:0.980769:33:18:0:0:33:18:0:1 chr12 49724304 . G A 33.74 PASS AF=0.461538;AO=2;DP=11;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.134361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=32.2585;QD=10.3809;RBI=0.150844;REFB=-0.181798;REVB=0.0685626;RO=7;SAF=2;SAR=0;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.577625;STB=0.688929;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.155424;OID=.;OPOS=49724304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:11:13:7:7:2:6:0.461538:0:2:4:3:1:5:4:3 chr12 49745108 . C T 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0200497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7849;QD=15.1712;RBI=0.0870939;REFB=0.0123255;REVB=-0.0847547;RO=24;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387792;STB=0.522362;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.0114762;OID=.;OPOS=49745108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:10:7:9:15:10:7:9:15 chr12 49982238 . G A 327.99 PASS AF=0.57971;AO=28;DP=69;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.00950218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.145;QD=19.0141;RBI=0.0111779;REFB=-0.0245063;REVB=-0.00588671;RO=26;SAF=4;SAR=24;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.467354;STB=0.578908;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0397882;OID=.;OPOS=49982238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:26:29:28:40:0.57971:24:4:15:11:24:16:17:12 chr12 50185334 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.673;QD=48.7373;RBI=0.0316757;REFB=0;REVB=0.00606808;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131055;OID=.;OPOS=50185334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr12 50189601 . GA G,GG 997.54 PASS AF=0.128571,0.871429;AO=12,56;DP=68;FAO=9,61;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=6,33;FSAR=3,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0698251,0.0713492;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=180.743,194.568;QD=57.0025;RBI=0.070923,0.0722778;REFB=0,0;REVB=0.0124311,0.0115484;RO=0;SAF=8,29;SAR=4,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0285787,0.00524134;OID=.,.;OPOS=50189602,50189602;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.128571,0.871429:12,56:68:9,61:70:0:6,33:3,28:0:0:32:0:8,29:4,27:0:0 chr12 50189807 . C A 322.27 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.3185;QD=53.7119;RBI=0.0616725;REFB=0;REVB=0.0531069;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000551328;OID=.;OPOS=50189807;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr12 50189834 . T G 288.63 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0712922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.841;QD=52.4784;RBI=0.0754984;REFB=0;REVB=0.0248482;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.49576e-05;OID=.;OPOS=50189834;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:11:10:0:0:12:10:0:0 chr12 50190653 . C T 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.044;QD=50.4099;RBI=0.0374269;REFB=0;REVB=0.0354417;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177479;OID=.;OPOS=50190653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr12 50190667 . A T 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0388206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.382;QD=54.5176;RBI=0.0410011;REFB=0;REVB=0.0131928;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104312;OID=.;OPOS=50190667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr12 50263148 . G A 79.26 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.0913218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.972;QD=6.89221;RBI=0.10567;REFB=-0.023536;REVB=-0.0531644;RO=24;SAF=5;SAR=6;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144506;STB=0.545372;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0694003;OID=.;OPOS=50263148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:24:35:11:11:0.23913:6:5:14:10:6:5:18:17 chr12 50348078 . T C 800.99 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0481138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.748;QD=55.2409;RBI=0.0482275;REFB=-0.187788;REVB=-0.00331051;RO=1;SAF=18;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122487;STB=0.506327;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0008475;OID=.;OPOS=50348078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:58:1:1:56:57:0.982759:38:18:0:1:39:18:0:1 chr12 50452708 . C G 2041.06 PASS AF=1;AO=131;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.436;QD=61.3853;RBI=0.0432725;REFB=-0.0899707;REVB=0.0307735;RO=0;SAF=52;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153648;OID=.;OPOS=50452708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:133:133:0:0:131:133:1:79:52:0:0:80:53:0:0 chr12 50467644 . G T 144.15 PASS AF=0.444444;AO=9;DP=35;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=18;FWDB=-0.0142607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.5091;QD=16.0161;RBI=0.0235187;REFB=0.00142797;REVB=-0.0187019;RO=19;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422377;STB=0.624869;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.00296982;OID=.;OPOS=50467644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:19:20:9:16:0.444444:5:4:2:17:12:4:2:18 chr12 50467769 . G A 116.28 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.00566835;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.538;QD=10.817;RBI=0.010624;REFB=-0.00237134;REVB=0.00898547;RO=29;SAF=8;SAR=6;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225815;STB=0.513494;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00313731;OID=.;OPOS=50467769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:29:29:14:14:0.325581:6:8:16:13:6:8:16:13 chr12 50476158 . G T 2988.69 PASS AF=1;AO=188;DP=189;FAO=188;FDP=188;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183248;FXX=0.0105258;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.237;QD=63.5891;RBI=0.0185021;REFB=0;REVB=0.00255512;RO=0;SAF=130;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.6098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.19949e-05;OID=.;OPOS=50476158;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:16:189:188:0:0:188:188:1:58:130:0:0:58:130:0:0 chr12 50503269 . C T 101.51 PASS AF=0.276596;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.015398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1416;QD=8.63945;RBI=0.0536322;REFB=-0.0111115;REVB=-0.0513743;RO=33;SAF=5;SAR=8;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119819;STB=0.563659;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0266473;OID=.;OPOS=50503269;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:33:34:13:13:0.276596:8:5:16:17:8:5:16:18 chr12 50523947 . A G 339.22 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=65;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0281389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9611;QD=20.5588;RBI=0.0398695;REFB=0.00996575;REVB=0.028245;RO=30;SAF=11;SAR=24;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221053;STB=0.630929;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-0.0149894;OID=.;OPOS=50523947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:30:31:35:35:0.530303:24:11:17:13:24:11:18:13 chr12 50523964 . T C 304.08 PASS AF=0.52459;AO=31;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0480864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.241;QD=19.9398;RBI=0.0517011;REFB=-0.0230054;REVB=-0.018992;RO=29;SAF=9;SAR=22;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242783;STB=0.639508;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0165532;OID=.;OPOS=50523964;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:31:32:0.52459:22:9:16:13:23:9:16:13 chr12 50526814 . G A 289.07 PASS AF=0.694444;AO=25;DP=36;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.00403555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.848;QD=32.1189;RBI=0.01427;REFB=-0.048241;REVB=0.0136875;RO=11;SAF=8;SAR=17;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920095;STB=0.550226;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0232984;OID=.;OPOS=50526814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:11:11:25:25:0.694444:17:8:2:9:17:8:2:9 chr12 50537815 . A G 573.5 PASS AF=0.56383;AO=52;DP=93;FAO=53;FDP=94;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00604676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.529;QD=24.4043;RBI=0.00803219;REFB=9.84942e-05;REVB=-0.00528703;RO=41;SAF=24;SAR=28;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060372;STB=0.536591;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=7.21395e-05;OID=.;OPOS=50537815;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:41:41:52:53:0.56383:28:24:22:19:29:24:22:19 chr12 50650041 . A C 554.55 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0328001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.2328;QD=55.4551;RBI=0.0351085;REFB=0.0758102;REVB=0.0125202;RO=2;SAF=17;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00497733;STB=0.502658;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.00500815;OID=.;OPOS=50650041;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:21:17:1:1:21:17:1:1 chr12 50650057 . T C 655.05 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0613468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1297;QD=60.9352;RBI=0.0692006;REFB=0;REVB=0.0320202;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188807;OID=.;OPOS=50650057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:41:43:1:23:18:0:0:25:18:0:0 chr12 50744119 . G A 501.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.391;QD=59.0152;RBI=0.0404269;REFB=0;REVB=0.0314861;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000541232;OID=.;OPOS=50744119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr12 50744171 . T C 671.67 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.048533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.423;QD=52.6803;RBI=0.0775745;REFB=-0.107168;REVB=0.0605173;RO=2;SAF=34;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167043;STB=0.508883;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00314187;OID=.;OPOS=50744171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:15:34:1:1:15:34:1:1 chr12 50744753 . T C 657.7 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00755984;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.991;QD=59.7914;RBI=0.00755987;REFB=-0.0332499;REVB=-2.18223e-05;RO=1;SAF=33;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140218;STB=0.507459;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.000121461;OID=.;OPOS=50744753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:10:33:1:0:10:33:1:0 chr12 50746917 . A G 74.81 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4856;QD=37.4039;RBI=0.00852019;REFB=0;REVB=-0.00852019;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000287433;OID=.;OPOS=50746917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr12 50749221 . G C 740.25 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0505434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.12;QD=56.9421;RBI=0.0593489;REFB=0;REVB=-0.0311073;RO=0;SAF=32;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253508;OID=.;OPOS=50749221;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:20:32:0:0:20:32:0:0 chr12 50749227 . T G 577.48 PASS AF=0.882353;AO=45;DP=51;FAO=45;FDP=51;FR=.;FRO=6;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0117535;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=195.661;QD=45.2923;RBI=0.0118188;REFB=-0.123034;REVB=-0.00123994;RO=2;SAF=28;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103566;STB=0.515173;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00222382;OID=.;OPOS=50749227;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:51:51:2:6:45:45:0.882353:17:28:1:1:17:28:3:3 chr12 50754563 . T G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0024554;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.761;QD=60.2307;RBI=0.0196667;REFB=0;REVB=0.0195129;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.38516e-05;OID=.;OPOS=50754563;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr12 50831615 . A G 360.22 PASS AF=0.666667;AO=30;DP=45;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0432702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.9915;QD=32.0197;RBI=0.0491628;REFB=-0.0122106;REVB=0.0233382;RO=15;SAF=14;SAR=16;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406578;STB=0.52224;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0171891;OID=.;OPOS=50831615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:15:15:30:30:0.666667:16:14:8:7:16:14:8:7 chr12 50870145 . G A 2315.55 PASS AF=0.987261;AO=152;DP=157;FAO=155;FDP=157;FR=.;FRO=2;FSAF=85;FSAR=70;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0261492;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.164;QD=58.995;RBI=0.026242;REFB=-0.0550445;REVB=0.00220421;RO=3;SAF=84;SAR=68;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00424629;STB=0.505813;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.000480733;OID=.;OPOS=50870145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:157:157:3:2:152:155:0.987261:68:84:2:1:70:85:2:0 chr12 50882355 . G A 37.43 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0480721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.9405;QD=8.8078;RBI=0.0583452;REFB=-0.00968683;REVB=-0.0330641;RO=10;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726992;STB=0.521666;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0404967;OID=.;OPOS=50882355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:10:11:6:6:0.352941:4:2:4:6:4:2:4:7 chr12 51089734 . T A 225.84 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=68;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0214214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.861;QD=13.2849;RBI=0.0398813;REFB=-0.0176971;REVB=0.0336399;RO=41;SAF=11;SAR=16;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458566;STB=0.526177;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0319532;OID=.;OPOS=51089734;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:41:27:27:0.397059:16:11:15:26:16:11:15:26 chr12 51135275 . T C 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0308076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5989;QD=63.8702;RBI=0.0754219;REFB=0;REVB=0.068843;RO=0;SAF=38;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.36352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00055678;OID=.;OPOS=51135275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:10:38:0:0:10:38:0:0 chr12 51141883 . A G 1008.46 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.094;QD=59.3213;RBI=0.0399907;REFB=0;REVB=-0.0143151;RO=0;SAF=21;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85646e-05;OID=.;OPOS=51141883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:47:21:0:0:47:21:0:0 chr12 51203371 . C T 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0192638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.415;QD=7.27145;RBI=0.0216115;REFB=0.000420935;REVB=-0.0097959;RO=25;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257135;STB=0.657229;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=-0.000651675;OID=.;OPOS=51203371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:5:4:6:19:5:4:6:19 chr12 51213765 . T C 239.27 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00275285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5409;QD=20.8056;RBI=0.0383344;REFB=-0.0206177;REVB=-0.0382355;RO=23;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0776697;STB=0.543688;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0198663;OID=.;OPOS=51213765;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:10:13:11:12:10:13:11:12 chr12 51235317 . A G 769.46 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.722;QD=56.9968;RBI=0.0203806;REFB=0;REVB=-0.00897146;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25781e-05;OID=.;OPOS=51235317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr12 51236802 . T C 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0352485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1843;QD=17.9559;RBI=0.0360719;REFB=-0.0122182;REVB=-0.00766317;RO=17;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415896;STB=0.523779;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0158846;OID=.;OPOS=51236802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:11:5:6:11:11:5:6:11 chr12 51354803 . C T 948.13 PASS AF=0.608696;AO=84;DP=138;FAO=84;FDP=138;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=51;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.00740442;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9063;QD=27.4821;RBI=0.041052;REFB=-0.0352518;REVB=-0.0403788;RO=52;SAF=33;SAR=51;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914325;STB=0.557658;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0144682;OID=.;OPOS=51354803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:52:54:84:84:0.608696:51:33:27:25:51:33:29:25 chr12 51393116 . C T 216.29 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0468023;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.436;QD=22.1838;RBI=0.0529171;REFB=-0.00289944;REVB=-0.0246935;RO=17;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425242;STB=0.510992;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00210255;OID=.;OPOS=51393116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:18:21:21:0.538462:11:10:9:8:11:10:9:9 chr12 51402905 . T G 872.53 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00421277;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.138;QD=58.1688;RBI=0.100092;REFB=0;REVB=0.100003;RO=0;SAF=36;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301059;OID=.;OPOS=51402905;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:24:36:0:0:24:36:0:0 chr12 51404467 . C T 98.25 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00385486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3859;QD=14.0357;RBI=0.0317467;REFB=-0.0250885;REVB=-0.0315118;RO=14;SAF=8;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0245398;STB=0.526271;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0308062;OID=.;OPOS=51404467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:14:16:12:12:0.428571:4:8:9:5:4:8:10:6 chr12 51442944 . G A 982.72 PASS AF=0.593548;AO=92;DP=155;FAO=92;FDP=155;FR=.;FRO=63;FSAF=34;FSAR=58;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=0.00115402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.784;QD=25.3605;RBI=0.008916;REFB=-0.0306439;REVB=0.008841;RO=63;SAF=34;SAR=58;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217613;STB=0.511813;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0196033;OID=.;OPOS=51442944;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:63:63:92:92:0.593548:58:34:25:38:58:34:25:38 chr12 51518787 . C G 253.24 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0158645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.92;QD=19.1122;RBI=0.0294638;REFB=-0.0212627;REVB=0.0248281;RO=26;SAF=11;SAR=16;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149125;STB=0.583388;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0173583;OID=.;OPOS=51518787;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:16:11:15:11:16:11:15:11 chr12 51590593 . C T 157.9 PASS AF=0.282051;AO=22;DP=78;FAO=22;FDP=78;FR=.;FRO=56;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=23;FWDB=-0.00543988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.311;QD=8.09746;RBI=0.0368769;REFB=-0.000519528;REVB=-0.0364735;RO=56;SAF=9;SAR=13;SRF=33;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213715;STB=0.627472;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.000884581;OID=.;OPOS=51590593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:56:56:22:22:0.282051:13:9:33:23:13:9:33:23 chr12 51636259 . C T 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.011;QD=59.6795;RBI=0.0252108;REFB=0;REVB=0.00755757;RO=0;SAF=23;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.79556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.52289e-05;OID=.;OPOS=51636259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:47:23:0:0:47:23:0:0 chr12 51681903 . T C 2023.24 PASS AF=0.992424;AO=130;DP=132;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0163077;FXX=0.00751823;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.386;QD=61.3102;RBI=0.0227486;REFB=-0.0597821;REVB=0.0158606;RO=1;SAF=79;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00597846;STB=0.503105;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000169958;OID=.;OPOS=51681903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:132:132:1:1:130:131:0.992424:51:79:1:0:51:80:1:0 chr12 51685831 . T C 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=293.007;QD=62.6711;RBI=0.0399785;REFB=0;REVB=0.023401;RO=0;SAF=10;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.74446e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64774e-05;OID=.;OPOS=51685831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:34:10:0:0:34:10:0:0 chr12 51733734 . G A 269.02 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0828303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.643;QD=16.5548;RBI=0.0829147;REFB=-0.0340341;REVB=-0.00374024;RO=35;SAF=11;SAR=19;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339593;STB=0.519113;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0348644;OID=.;OPOS=51733734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:19:11:14:21:19:11:14:21 chr12 51737562 . T C 343.89 PASS AF=0.777778;AO=28;DP=36;FAO=28;FDP=36;FR=.;FRO=8;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0237731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.463;QD=38.2104;RBI=0.0373549;REFB=-0.0646714;REVB=0.0288137;RO=8;SAF=20;SAR=8;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258618;STB=0.64092;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00657156;OID=.;OPOS=51737562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:8:8:28:28:0.777778:8:20:1:7:8:20:1:7 chr12 51737607 . G A 73.05 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.033474;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.339;QD=9.13156;RBI=0.0341844;REFB=-0.00128082;REVB=0.00693297;RO=22;SAF=2;SAR=8;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.490332;STB=0.7994;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00996114;OID=.;OPOS=51737607;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:8:2:14:8:8:2:14:8 chr12 51740387 . ACTGG A 64.22 PASS AF=1;AO=5;DP=10;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00784628;FXX=0.3996;HRUN=1;LEN=4;MLLD=220.991;QD=42.8108;RBI=0.030082;REFB=0;REVB=0.0290407;RO=0;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00047629;OID=.;OPOS=51740388;OREF=CTGG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:5:10:6:6:0:5:1:0:0:3:0:4:1:0:0 chr12 51740409 . TA AC,GG 86.91 PASS AF=0.222222,0.777778;AO=2,7;DP=9;FAO=2,7;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2,5;FSAR=0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243832,0.0324223;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,2;MLLD=124.212,148.838;QD=38.6273;RBI=0.0246869,0.0878763;REFB=0,0;REVB=0.00386024,-0.0816764;RO=0;SAF=2,5;SAR=0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.27427e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=-0.0462547,0.0147206;OID=.,.;OPOS=51740409,51740409;OREF=TA,TA;OALT=AC,GG;OMAPALT=AC,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:9:9:0:0:2,7:2,7:0.222222,0.777778:0,2:2,5:0:0:0,2:2,5:0:0 chr12 51863437 . C G 386.53 PASS AF=0.348148;AO=47;DP=135;FAO=47;FDP=135;FR=.;FRO=88;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=50;FSRR=38;FWDB=0.00480618;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=205.208;QD=11.4527;RBI=0.0084662;REFB=0.00531547;REVB=-0.00696973;RO=88;SAF=17;SAR=30;SRF=50;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234924;STB=0.634813;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0120755;OID=.;OPOS=51863437;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:88:88:47:47:0.348148:30:17:50:38:30:17:50:38 chr12 51863543 . C T 157.08 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=13;FWDB=-0.0414546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.533;QD=9.66638;RBI=0.0417315;REFB=-0.00344494;REVB=-0.00479883;RO=44;SAF=7;SAR=14;SRF=31;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408502;STB=0.737656;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.00542359;OID=.;OPOS=51863543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:44:21:21:0.323077:14:7:31:13:14:7:31:13 chr12 51888761 . C T 275.38 PASS AF=0.376471;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=85;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0271417;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.927;QD=12.9591;RBI=0.0271891;REFB=-0.0157524;REVB=-0.00160567;RO=52;SAF=17;SAR=15;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130387;STB=0.501844;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0231449;OID=.;OPOS=51888761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:52:53:32:32:0.376471:15:17:27:25:15:17:28:25 chr12 51901390 . A G 1515.35 PASS AF=1;AO=81;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.171665;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.3805;QD=63.1398;RBI=0.171931;REFB=0;REVB=-0.00956292;RO=0;SAF=26;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0021705;OID=.;OPOS=51901390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:81:96:1:55:26:0:0:58:38:0:0 chr12 52080965 . C T 1194.92 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317541;FXX=0.0123442;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.976;QD=59.7461;RBI=0.0320017;REFB=0;REVB=-0.00397316;RO=0;SAF=21;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00026165;OID=.;OPOS=52080965;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:80:0:0:76:80:1:55:21:0:0:56:24:0:0 chr12 52184271 . T C 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.882;QD=51.9132;RBI=0.111786;REFB=0;REVB=-0.00397194;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362154;OID=.;OPOS=52184271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr12 52200742 . C A 428.37 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0578365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.1915;QD=57.1154;RBI=0.0831303;REFB=0;REVB=0.0597125;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133432;OID=.;OPOS=52200742;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:16:13:0:0:16:14:0:0 chr12 52204246 . T C 993.82 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00509804;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.379;QD=59.3326;RBI=0.00861893;REFB=0;REVB=0.00694953;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1413e-05;OID=.;OPOS=52204246;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:41:26:0:0:41:26:0:0 chr12 52211942 . G A 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.591;QD=55.6501;RBI=0.0260168;REFB=0;REVB=0.00892255;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93183e-05;OID=.;OPOS=52211942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr12 52215102 . T G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.419;QD=35.5759;RBI=0.0339289;REFB=0;REVB=0.0294007;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.92328e-05;OID=.;OPOS=52215102;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr12 52284233 . T C 727.03 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00971918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.217;QD=57.0217;RBI=0.040948;REFB=0;REVB=-0.0397778;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.69366e-05;OID=.;OPOS=52284233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:22:27:0:0:22:29:0:0 chr12 52284586 . C T 532.91 PASS AF=0.482759;AO=56;DP=115;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=35;FSRR=25;FWDB=0.0190965;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.715;QD=18.3762;RBI=0.0266774;REFB=-0.0270402;REVB=-0.018628;RO=57;SAF=33;SAR=23;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00971831;STB=0.503175;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0199882;OID=.;OPOS=52284586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:57:60:56:56:0.482759:23:33:33:24:23:33:35:25 chr12 52296873 . TTA T,TTT 161.05 PASS AF=0.252874,0;AO=33,19;DP=217;FAO=44,0;FDP=174;FR=.;FRO=130;FSAF=10,0;FSAR=34,0;FSRF=80;FSRR=50;FWDB=-0.0655673,0.12219;FXX=0.0333315;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=16.7936,14.8827;QD=3.70225;RBI=0.1449,0.123758;REFB=-0.0893975,-0.0228852;REVB=-0.129217,0.019632;RO=133;SAF=5,1;SAR=28,18;SRF=84;SRR=49;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.59061,-0.672358;STB=0.784489,0.5;STBP=0,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0973648,0;OID=.,.;OPOS=52296874,52296875;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.252874,0:33,19:217:44,0:174:130:10,0:34,0:80:50:99:133:5,1:28,18:84:49 chr12 52471159 . C T 232.59 PASS AF=0.358025;AO=29;DP=81;FAO=29;FDP=81;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0142474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.623;QD=11.4861;RBI=0.0281947;REFB=-0.00912498;REVB=-0.0243301;RO=50;SAF=10;SAR=19;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1108;STB=0.578797;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0164872;OID=.;OPOS=52471159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:50:52:29:29:0.358025:19:10:22:28:19:10:24:28 chr12 52565322 . G T 422.21 PASS AF=0.842105;AO=32;DP=38;FAO=32;FDP=38;FR=.;FRO=6;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00364395;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.239;QD=44.4434;RBI=0.00964855;REFB=-0.133934;REVB=-0.008934;RO=3;SAF=24;SAR=8;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0843968;STB=0.51723;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00139664;OID=.;OPOS=52565322;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:38:38:3:6:32:32:0.842105:8:24:1:2:8:24:4:2 chr12 52566047 . G A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00930318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.961;QD=12.182;RBI=0.031047;REFB=0.00404627;REVB=-0.0296204;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51996;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.00578635;OID=.;OPOS=52566047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:14:15:10:10:0.4:5:5:7:7:5:5:8:7 chr12 52602013 . C T 1457.74 PASS AF=0.980583;AO=100;DP=102;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0242216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.893;QD=56.6111;RBI=0.0377392;REFB=-0.178919;REVB=0.0289407;RO=1;SAF=49;SAR=51;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00921125;STB=0.500096;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.000736371;OID=.;OPOS=52602013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:103:1:2:100:101:0.980583:51:49:0:1:51:50:1:1 chr12 52631313 . A G 532.56 PASS AF=0.52;AO=49;DP=98;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0137172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9945;QD=21.3023;RBI=0.0358854;REFB=-0.0282638;REVB=0.0331603;RO=48;SAF=31;SAR=18;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271701;STB=0.515619;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0238026;OID=.;OPOS=52631313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:100:48:48:49:52:0.52:18:31:29:19:19:33:29:19 chr12 52635360 . G A 160.43 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00211537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.246;QD=18.3346;RBI=0.0609249;REFB=-0.0507137;REVB=0.0608882;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265834;STB=0.515134;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0443118;OID=.;OPOS=52635360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:8:9:9:9:8:9:9:9 chr12 52639302 . G C 350.01 PASS AF=0.6;AO=30;DP=50;FAO=30;FDP=50;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0356868;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.9877;QD=28.0008;RBI=0.0393466;REFB=-0.016805;REVB=0.0165715;RO=19;SAF=14;SAR=16;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184605;STB=0.608628;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0104952;OID=.;OPOS=52639302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:20:30:30:0.6:16:14:4:15:16:14:4:16 chr12 52642518 . G A 145.63 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=58;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0552859;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.1581;QD=10.2198;RBI=0.0557544;REFB=-0.000863778;REVB=0.00721286;RO=37;SAF=5;SAR=14;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839471;STB=0.543332;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.00405004;OID=.;OPOS=52642518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:37:38:19:19:0.333333:14:5:12:25:14:5:12:26 chr12 52660812 . G A 1027.8 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3201;QD=58.7312;RBI=0.0830288;REFB=0;REVB=0.0615626;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000972695;OID=.;OPOS=52660812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:68:70:1:38:30:0:0:40:30:0:0 chr12 52661192 . A G 1456.47 PASS AF=0.99;AO=98;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00909146;FXX=0.0196059;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6717;QD=58.2588;RBI=0.0615681;REFB=-0.0747856;REVB=-0.0608932;RO=1;SAF=70;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00672866;STB=0.503496;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.000422394;OID=.;OPOS=52661192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:98:99:0.99:28:70:1:0:28:71:1:0 chr12 52661196 . G A 1572.83 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=74;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0682972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7321;QD=59.9174;RBI=0.0936683;REFB=0;REVB=0.0641033;RO=0;SAF=74;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56671e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000712081;OID=.;OPOS=52661196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:31:74:0:0:31:74:0:0 chr12 52661209 . T C 1532.77 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0444464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.383;QD=59.5251;RBI=0.0473379;REFB=0;REVB=0.0162911;RO=0;SAF=68;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.01378e-05;OID=.;OPOS=52661209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:35:68:0:0:35:68:0:0 chr12 52661302 . C A 673.32 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127178;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4833;QD=62.6342;RBI=0.0239434;REFB=0;REVB=0.0202865;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401886;OID=.;OPOS=52661302;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr12 52679937 . C G 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00450725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.192;QD=48.7352;RBI=0.0167782;REFB=0;REVB=-0.0161614;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185375;OID=.;OPOS=52679937;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr12 52681416 . T C 859.67 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0218055;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.955;QD=54.5822;RBI=0.0348488;REFB=-0.0525918;REVB=0.0271838;RO=2;SAF=20;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116429;STB=0.506171;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00186712;OID=.;OPOS=52681416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:41:20:1:1:41:20:1:1 chr12 52681437 . A G 1102.3 PASS AF=0.961538;AO=74;DP=77;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0172633;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.909;QD=56.5283;RBI=0.0424787;REFB=-0.0376069;REVB=0.0388126;RO=3;SAF=26;SAR=48;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252571;STB=0.512704;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00238221;OID=.;OPOS=52681437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:77:78:3:3:74:75:0.961538:48:26:2:1:48:27:2:1 chr12 52681925 . A C 1105.35 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124388;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.219;QD=60.5674;RBI=0.0180168;REFB=0;REVB=-0.0130339;RO=0;SAF=22;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.8332e-05;OID=.;OPOS=52681925;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:73:73:1:51:22:0:0:51:22:0:0 chr12 52695754 . C T 246.55 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0879516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.622;QD=46.9616;RBI=0.103501;REFB=-0.0906767;REVB=0.0545621;RO=1;SAF=9;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484648;STB=0.526289;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00430711;OID=.;OPOS=52695754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:11:9:1:0:11:9:1:0 chr12 52695787 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.703;QD=44.6898;RBI=0.0492181;REFB=0;REVB=0.0441611;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294161;OID=.;OPOS=52695787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr12 52699548 . T C 98.57 PASS AF=0.13587;AO=17;DP=176;FAO=25;FDP=184;FR=.;FRO=159;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=66;FSRR=93;FWDB=-0.0541077;FXX=0.0107521;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.401;QD=2.14285;RBI=0.07619;REFB=-0.0155193;REVB=-0.0536403;RO=155;SAF=10;SAR=7;SRF=66;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19239;STB=0.513503;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.109644;OID=.;OPOS=52699548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:176:184:155:159:17:25:0.13587:7:10:66:89:15:10:66:93 chr12 52708420 . G A 1820.51 PASS AF=1;AO=118;DP=121;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01261;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.682;QD=61.1936;RBI=0.0445044;REFB=0;REVB=0.0426806;RO=0;SAF=55;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42927e-05;OID=.;OPOS=52708420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:119:0:0:118:119:1:63:55:0:0:64:55:0:0 chr12 52708565 . A G 498.94 PASS AF=0.947368;AO=33;DP=36;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0265839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.431;QD=52.5198;RBI=0.0266087;REFB=-0.0948009;REVB=-0.00114893;RO=1;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301269;STB=0.527762;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00636486;OID=.;OPOS=52708565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:38:1:2:33:36:0.947368:15:18:0:1:17:19:0:2 chr12 52709880 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.351;QD=55.0986;RBI=0.0530196;REFB=0;REVB=0.0396841;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000613285;OID=.;OPOS=52709880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr12 52709883 . T C 357.47 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0775784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2829;QD=54.9949;RBI=0.0903156;REFB=0;REVB=0.0462439;RO=0;SAF=10;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00070705;OID=.;OPOS=52709883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:15:10:0:0:16:10:0:0 chr12 52710309 . G A 2374.76 PASS AF=0.993671;AO=154;DP=156;FAO=157;FDP=158;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0386771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.927;QD=60.1206;RBI=0.0502277;REFB=-0.0674278;REVB=0.0320453;RO=2;SAF=72;SAR=82;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130291;STB=0.503401;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000431161;OID=.;OPOS=52710309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:156:158:2:1:154:157:0.993671:82:72:2:0:84:73:1:0 chr12 52710715 . G A 1498.32 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00791846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5521;QD=62.4299;RBI=0.00968255;REFB=-0.111414;REVB=-0.00557224;RO=1;SAF=48;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.009776;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440041;OID=.;OPOS=52710715;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:95:96:1:0:94:96:1:46:48:1:0:47:49:0:0 chr12 52710721 . G C 1518.03 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131875;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9201;QD=63.9172;RBI=0.0380444;REFB=0;REVB=-0.0356857;RO=0;SAF=51;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.73772e-05;OID=.;OPOS=52710721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:95:0:0:95:95:1:44:51:0:0:44:51:0:0 chr12 52711549 . G A 594.33 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.343;QD=60.9572;RBI=0.100029;REFB=0;REVB=0.099293;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000641078;OID=.;OPOS=52711549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr12 52713088 . G A 1431.63 PASS AF=0.970588;AO=99;DP=102;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=47;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00487136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6199;QD=56.1424;RBI=0.0157503;REFB=-0.00502509;REVB=0.0149781;RO=1;SAF=47;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00903516;STB=0.504171;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.000109332;OID=.;OPOS=52713088;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:102:102:1:3:99:99:0.970588:52:47:0:1:52:47:1:2 chr12 52753861 . C T 267.99 PASS AF=0.336842;AO=32;DP=95;FAO=32;FDP=95;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=40;FWDB=0.0412246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6749;QD=11.284;RBI=0.0443913;REFB=-0.0170818;REVB=-0.0164656;RO=60;SAF=12;SAR=20;SRF=22;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100628;STB=0.507038;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.0270741;OID=.;OPOS=52753861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:60:63:32:32:0.336842:20:12:22:38:20:12:23:40 chr12 52773702 . G A 371.91 PASS AF=0.520548;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0426137;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.2755;QD=20.3785;RBI=0.064541;REFB=-0.0120953;REVB=-0.0484728;RO=34;SAF=15;SAR=23;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410184;STB=0.516845;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00874595;OID=.;OPOS=52773702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:34:35:38:38:0.520548:23:15:15:19:23:15:15:20 chr12 52774158 . G A 241.61 PASS AF=0.605263;AO=22;DP=37;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0362974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2899;QD=25.4328;RBI=0.061885;REFB=-0.0924473;REVB=0.0501224;RO=15;SAF=14;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240587;STB=0.524251;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.04656;OID=.;OPOS=52774158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:15:15:22:23:0.605263:8:14:10:5:9:14:10:5 chr12 52774235 . A G 788.92 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329039;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8311;QD=64.4013;RBI=0.0700333;REFB=0;REVB=-0.0618223;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000569996;OID=.;OPOS=52774235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:18:30:0:0:18:31:0:0 chr12 52774305 . A G 143.81 PASS AF=0.517241;AO=14;DP=30;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0195521;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1164;QD=19.8356;RBI=0.0257286;REFB=-0.0118126;REVB=-0.0167235;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364675;STB=0.710274;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0187715;OID=.;OPOS=52774305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:14:14:14:15:0.517241:8:6:12:2:9:6:12:2 chr12 52777439 . A G 488.56 PASS AF=0.575;AO=46;DP=81;FAO=46;FDP=80;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0634709;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5045;QD=24.4281;RBI=0.0716494;REFB=-0.00796077;REVB=-0.0332428;RO=34;SAF=19;SAR=27;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485342;STB=0.526572;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00520276;OID=.;OPOS=52777439;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:34:34:46:46:0.575:27:19:12:22:27:19:12:22 chr12 52777502 . A G 547.83 PASS AF=0.671233;AO=48;DP=73;FAO=49;FDP=73;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0249634;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.634;QD=30.0179;RBI=0.0249949;REFB=-0.00891119;REVB=-0.00125464;RO=24;SAF=18;SAR=30;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0555193;STB=0.52714;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00433419;OID=.;OPOS=52777502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:24:24:48:49:0.671233:30:18:7:17:31:18:7:17 chr12 52777513 . T C 536.5 PASS AF=0.657534;AO=47;DP=73;FAO=48;FDP=73;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.0358875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.184;QD=29.397;RBI=0.0360805;REFB=0.0106112;REVB=-0.0037268;RO=25;SAF=18;SAR=29;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430857;STB=0.520287;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.00178801;OID=.;OPOS=52777513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:25:25:47:48:0.657534:29:18:8:17:30:18:8:17 chr12 52777578 . C T 294.21 PASS AF=0.634146;AO=25;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00254195;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.209;QD=28.7033;RBI=0.0211081;REFB=-0.00276717;REVB=0.0209545;RO=15;SAF=8;SAR=17;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155615;STB=0.57222;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00420436;OID=.;OPOS=52777578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:25:26:0.634146:17:8:8:7:17:9:8:7 chr12 52777580 . A C 265.41 PASS AF=0.615385;AO=23;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0193004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.908;QD=27.2216;RBI=0.0193089;REFB=-0.000637709;REVB=0.000573966;RO=15;SAF=8;SAR=15;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138345;STB=0.562861;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.000922545;OID=.;OPOS=52777580;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:23:24:0.615385:15:8:8:7:15:9:8:7 chr12 52778863 . G T 118.89 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=3;FWDB=0.0115036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0943;QD=13.2098;RBI=0.0497548;REFB=0.0016868;REVB=-0.0484067;RO=22;SAF=10;SAR=4;SRF=19;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215631;STB=0.623506;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.00969191;OID=.;OPOS=52778863;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:4:10:19:3:4:10:19:3 chr12 52778947 . A G 383.84 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=33;FSRR=16;FWDB=0.0337354;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2491;QD=17.2514;RBI=0.051967;REFB=-0.0044232;REVB=0.0395283;RO=49;SAF=23;SAR=17;SRF=33;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100908;STB=0.556372;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00657529;OID=.;OPOS=52778947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:49:49:40:40:0.449438:17:23:33:16:17:23:33:16 chr12 52779244 . A G 791.81 PASS AF=0.68932;AO=63;DP=96;FAO=71;FDP=103;FR=.;FRO=32;FSAF=48;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0164064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8678;QD=30.75;RBI=0.0929687;REFB=-0.0329185;REVB=0.0915096;RO=31;SAF=48;SAR=15;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184073;STB=0.559791;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0104699;OID=.;OPOS=52779244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:103:31:32:63:71:0.68932:15:48:16:15:23:48:16:16 chr12 52788928 . G A 159.88 PASS AF=0.293333;AO=22;DP=75;FAO=22;FDP=75;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0232935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.917;QD=8.52705;RBI=0.0234967;REFB=0.00830397;REVB=0.00308319;RO=52;SAF=4;SAR=18;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.45562;STB=0.779256;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.0119371;OID=.;OPOS=52788928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:52:53:22:22:0.293333:18:4:28:24:18:4:29:24 chr12 52789509 . T C 750.94 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.1;QD=56.6746;RBI=0.0354737;REFB=0;REVB=0.0130623;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44386e-05;OID=.;OPOS=52789509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:33:19:0:0:34:19:0:0 chr12 52789597 . A G 743.18 PASS AF=0.96;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0102149;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.9;QD=59.4546;RBI=0.0120212;REFB=-0.0193879;REVB=0.0063376;RO=2;SAF=12;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0243446;STB=0.513152;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00160218;OID=.;OPOS=52789597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:49:50:2:2:47:48:0.96:35:12:1:1:36:12:1:1 chr12 52789605 . T A 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0511893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.749;QD=63.8714;RBI=0.0512011;REFB=0;REVB=0.00109864;RO=0;SAF=11;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.69795e-05;OID=.;OPOS=52789605;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:37:11:0:0:37:11:0:0 chr12 52818377 . C T 1860.97 PASS AF=0.96875;AO=124;DP=129;FAO=124;FDP=128;FR=.;FRO=4;FSAF=60;FSAR=64;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00808977;FXX=0.00775134;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.086;QD=58.1554;RBI=0.022125;REFB=-0.0201623;REVB=0.020593;RO=2;SAF=60;SAR=64;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155717;STB=0.516126;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.000356962;OID=.;OPOS=52818377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:129:128:2:4:124:124:0.96875:64:60:2:0:64:60:4:0 chr12 52818504 . T G 1179.93 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0174963;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.458;QD=59.7435;RBI=0.031566;REFB=-0.0412621;REVB=0.0262733;RO=1;SAF=39;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119826;STB=0.506328;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000299713;OID=.;OPOS=52818504;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:39:39:1:0:39:39:1:0 chr12 52822258 . A G 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0775281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.517;QD=63.5801;RBI=0.07829;REFB=0;REVB=0.0108955;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147823;OID=.;OPOS=52822258;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr12 52825363 . G A 858.93 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000735337;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.3672;QD=56.3233;RBI=0.0105333;REFB=-0.0873289;REVB=0.0105076;RO=1;SAF=34;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136794;STB=0.507244;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000801906;OID=.;OPOS=52825363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:26:34:1:0:26:34:1:0 chr12 52827740 . G C 1508.86 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00469499;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=165.257;QD=59.7567;RBI=0.0168492;REFB=0;REVB=0.0161819;RO=0;SAF=52;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.89288e-06;OID=.;OPOS=52827740;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:48:52:0:0:48:53:0:0 chr12 52827818 . T C 747.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.779;QD=63.5799;RBI=0.0350289;REFB=0;REVB=-0.00778816;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70998e-05;OID=.;OPOS=52827818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chr12 52841765 . G A 1026.4 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.068;QD=59.5017;RBI=0.0277806;REFB=0;REVB=-0.00331427;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46553e-05;OID=.;OPOS=52841765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:33:35:0:0:33:36:0:0 chr12 52842736 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.138333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1075;QD=45.806;RBI=0.148105;REFB=0;REVB=0.0529078;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00650662;OID=.;OPOS=52842736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr12 52843581 . A G 41.5 PASS AF=0.0746269;AO=15;DP=201;FAO=15;FDP=201;FR=.;FRO=186;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=102;FSRR=84;FWDB=0.00395583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.03;QD=0.825944;RBI=0.0173077;REFB=0.00023029;REVB=-0.0168496;RO=186;SAF=5;SAR=10;SRF=102;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236562;STB=0.694552;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00335566;OID=.;OPOS=52843581;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:201:201:186:186:15:15:0.0746269:10:5:102:84:10:5:102:84 chr12 52843779 . T C 272.88 PASS AF=0.231579;AO=36;DP=187;FAO=44;FDP=190;FR=.;FRO=146;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=64;FSRR=82;FWDB=0.00423564;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.848;QD=5.74475;RBI=0.00828909;REFB=-0.0211554;REVB=-0.00712519;RO=145;SAF=17;SAR=19;SRF=64;SRR=81;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397669;STB=0.598865;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0652707;OID=.;OPOS=52843779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:190:145:146:36:44:0.231579:19:17:64:81:19:25:64:82 chr12 52843783 . T C 240.38 PASS AF=0.217391;AO=40;DP=182;FAO=40;FDP=184;FR=.;FRO=144;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=63;FSRR=81;FWDB=-0.0515766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8677;QD=5.22572;RBI=0.0841494;REFB=-0.0113681;REVB=-0.0664904;RO=142;SAF=21;SAR=19;SRF=62;SRR=80;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112132;STB=0.568148;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.034092;OID=.;OPOS=52843783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:184:142:144:40:40:0.217391:19:21:62:80:19:21:63:81 chr12 52845435 . C T 371.6 PASS AF=0.458824;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=85;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.00222947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.972;QD=17.4868;RBI=0.0121691;REFB=-0.0135779;REVB=-0.0119631;RO=46;SAF=30;SAR=9;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191467;STB=0.608048;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.012392;OID=.;OPOS=52845435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:46:46:39:39:0.458824:9:30:28:18:9:30:28:18 chr12 52845801 . T C 229.55 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00262827;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.653;QD=29.6194;RBI=0.00277474;REFB=-0.0272044;REVB=0.000889588;RO=10;SAF=7;SAR=14;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164194;STB=0.59082;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.012123;OID=.;OPOS=52845801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:31:31:10:10:21:21:0.677419:14:7:6:4:14:7:6:4 chr12 52863564 . C T 834.8 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.048;QD=57.5724;RBI=0.106334;REFB=0;REVB=0.104751;RO=0;SAF=34;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195383;OID=.;OPOS=52863564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:58:0:0:55:58:1:21:34:0:0:21:37:0:0 chr12 52863621 . T G 798.99 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.797;QD=63.9189;RBI=0.0402888;REFB=0;REVB=0.0144359;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.1257e-05;OID=.;OPOS=52863621;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:47:50:1:23:24:0:0:24:26:0:0 chr12 52865443 . T C 526.54 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.069172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9362;QD=56.9233;RBI=0.0691743;REFB=-0.000896807;REVB=-0.000557807;RO=1;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283532;STB=0.515143;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.000197047;OID=.;OPOS=52865443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:16:20:0:1:16:20:0:1 chr12 52884735 . A G 1198.72 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029853;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.512;QD=61.4731;RBI=0.0298597;REFB=0;REVB=-0.00063269;RO=0;SAF=31;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64555e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193675;OID=.;OPOS=52884735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:46:31:0:0:47:31:0:0 chr12 52886490 . A G 1539.97 PASS AF=1;AO=92;DP=93;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248152;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.327;QD=62.8559;RBI=0.0449373;REFB=0;REVB=0.0374642;RO=0;SAF=45;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.9386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107121;OID=.;OPOS=52886490;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:98:0:0:92:98:1:47:45:0:0:51:47:0:0 chr12 52886911 . T C 356.31 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0512319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.452;QD=52.7873;RBI=0.0562189;REFB=0;REVB=0.0231486;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0062922;OID=.;OPOS=52886911;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:16:9:0:0:16:11:0:0 chr12 52938320 . C T 1844.04 PASS AF=1;AO=120;DP=121;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013581;FXX=0.00826378;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.676;QD=61.468;RBI=0.0228924;REFB=0;REVB=0.0184287;RO=0;SAF=63;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.57806e-05;OID=.;OPOS=52938320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:121:120:0:0:120:120:1:57:63:0:0:57:63:0:0 chr12 52965173 . T G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109669;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.113;QD=59.6795;RBI=0.0175513;REFB=0;REVB=-0.0137032;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.93068e-05;OID=.;OPOS=52965173;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:32:38:0:0:32:38:0:0 chr12 52965722 . T C 805.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412381;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.434;QD=64.471;RBI=0.045443;REFB=0;REVB=0.0190914;RO=0;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.6944e-05;OID=.;OPOS=52965722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:26:23:0:0:26:24:0:0 chr12 52965761 . C T 988.79 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00457063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.41;QD=59.032;RBI=0.0438311;REFB=0;REVB=0.0435922;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113613;OID=.;OPOS=52965761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:36:31:0:0:36:31:0:0 chr12 52965782 . T C 1053.85 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0444645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7737;QD=56.9646;RBI=0.0631494;REFB=0.0558942;REVB=-0.0448414;RO=2;SAF=33;SAR=39;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00214341;STB=0.501133;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.0143166;OID=.;OPOS=52965782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:39:33:1:1:39:33:1:1 chr12 52966437 . C T 145.15 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00140355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.234;QD=8.79691;RBI=0.0138511;REFB=-0.0183104;REVB=0.0137798;RO=46;SAF=10;SAR=10;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0403016;OID=.;OPOS=52966437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:46:46:20:20:0.30303:10:10:23:23:10:10:23:23 chr12 52981627 . A T 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.00730348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.08;QD=20.5427;RBI=0.0121972;REFB=-0.0125608;REVB=-0.00976892;RO=25;SAF=6;SAR=18;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354492;STB=0.519983;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0135807;OID=.;OPOS=52981627;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:18:6:7:18:18:6:7:18 chr12 52985293 . A G 515.64 PASS AF=0.585366;AO=47;DP=81;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.00445835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2932;QD=25.1533;RBI=0.0553124;REFB=-0.0204184;REVB=-0.0551324;RO=34;SAF=23;SAR=24;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127762;STB=0.573141;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.015926;OID=.;OPOS=52985293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:34:34:47:48:0.585366:24:23:11:23:24:24:11:23 chr12 52986187 . T C 148.2 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00320532;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.615;QD=16.937;RBI=0.0104502;REFB=-0.00599537;REVB=0.00994653;RO=19;SAF=11;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0597576;STB=0.534369;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.00699328;OID=.;OPOS=52986187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:19:19:16:16:0.457143:5:11:12:7:5:11:12:7 chr12 52992812 . T C 629.83 PASS AF=0.639535;AO=55;DP=86;FAO=55;FDP=86;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0191489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.685;QD=29.2946;RBI=0.0203008;REFB=-0.00495356;REVB=0.00674088;RO=31;SAF=24;SAR=31;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319132;STB=0.517324;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00294319;OID=.;OPOS=52992812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:31:31:55:55:0.639535:31:24:15:16:31:24:15:16 chr12 52994955 . G A 181.42 PASS AF=0.642857;AO=15;DP=30;FAO=18;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0250792;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.089;QD=25.9172;RBI=0.0265732;REFB=-0.0240728;REVB=-0.00878462;RO=8;SAF=5;SAR=10;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155215;STB=0.585021;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.0240879;OID=.;OPOS=52994955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:30:28:8:10:15:18:0.642857:10:5:1:7:13:5:1:9 chr12 53011955 . G A 786.17 PASS AF=0.683168;AO=69;DP=101;FAO=69;FDP=101;FR=.;FRO=32;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.000404665;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.501;QD=31.1353;RBI=0.0208574;REFB=0.00416747;REVB=0.0208535;RO=32;SAF=41;SAR=28;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935977;STB=0.550481;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00178561;OID=.;OPOS=53011955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:32:32:69:69:0.683168:28:41:14:18:28:41:14:18 chr12 53045626 . T C 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0110676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.989;QD=25.3615;RBI=0.0214639;REFB=-0.0450736;REVB=0.0183905;RO=8;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0162296;STB=0.509079;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0188624;OID=.;OPOS=53045626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:6:9:5:3:6:9:5:3 chr12 53045826 . C T 542.59 PASS AF=0.628205;AO=49;DP=79;FAO=49;FDP=78;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00363364;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.211;QD=27.8252;RBI=0.0472266;REFB=-0.0205702;REVB=0.0470866;RO=29;SAF=21;SAR=28;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137055;STB=0.50746;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0150827;OID=.;OPOS=53045826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:29:29:49:49:0.628205:28:21:13:16:28:21:13:16 chr12 53069014 . T C 463.75 PASS AF=0.586667;AO=42;DP=73;FAO=44;FDP=75;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0501033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0719;QD=24.7333;RBI=0.0558961;REFB=-0.0366542;REVB=0.0247795;RO=31;SAF=18;SAR=24;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433431;STB=0.531584;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.018011;OID=.;OPOS=53069014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:31:31:42:44:0.586667:24:18:15:16:26:18:15:16 chr12 53070121 . T G 458.68 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=78;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=0.0118346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.529;QD=23.522;RBI=0.0402051;REFB=-0.00728947;REVB=-0.0384238;RO=34;SAF=22;SAR=22;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116836;STB=0.564074;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00396953;OID=.;OPOS=53070121;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:34:34:44:44:0.564103:22:22:22:12:22:22:22:12 chr12 53085089 . T C 208.31 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0744148;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.18;QD=49.0137;RBI=0.0845509;REFB=0;REVB=0.040141;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000731666;OID=.;OPOS=53085089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr12 53088484 . C T 562.81 PASS AF=0.553191;AO=52;DP=94;FAO=52;FDP=94;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0126237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9869;QD=23.9495;RBI=0.0474538;REFB=-0.0135721;REVB=-0.0457439;RO=41;SAF=20;SAR=32;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219695;STB=0.61534;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0094604;OID=.;OPOS=53088484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:41:42:52:52:0.553191:32:20:27:14:32:20:27:15 chr12 53096913 . G A 143.84 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.484;QD=44.2571;RBI=0.0258246;REFB=0;REVB=0.0258246;RO=0;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.66526e-05;OID=.;OPOS=53096913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:12:0:0:0:13:0:0:0 chr12 53162773 . A G 391.1 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568611;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1039;QD=55.8719;RBI=0.0594581;REFB=0;REVB=-0.0173802;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00567082;OID=.;OPOS=53162773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:10:17:0:0:11:17:0:0 chr12 53164848 . G A 1213.69 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00632952;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.124;QD=59.9351;RBI=0.0078375;REFB=-0.0452495;REVB=-0.00462208;RO=1;SAF=57;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00823521;STB=0.504347;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=-5.07819e-05;OID=.;OPOS=53164848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:81:1:1:80:80:0.987654:23:57:1:0:23:57:1:0 chr12 53165940 . C T 801.2 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8411;QD=57.2282;RBI=0.0490467;REFB=0;REVB=0.00394409;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000364679;OID=.;OPOS=53165940;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:21:35:0:0:21:35:0:0 chr12 53186122 . G A 917.04 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.824;QD=57.3149;RBI=0.0334309;REFB=0;REVB=0.00820615;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120648;OID=.;OPOS=53186122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:62:64:1:30:32:0:0:30:34:0:0 chr12 53204614 . C T 787.99 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.237;QD=53.4229;RBI=0.0466536;REFB=0;REVB=0.0235173;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174817;OID=.;OPOS=53204614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:59:0:0:54:59:1:27:27:0:0:29:30:0:0 chr12 53227803 . A G 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.0147014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2159;QD=21.1713;RBI=0.0877998;REFB=0.00256922;REVB=-0.0865602;RO=8;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258061;STB=0.642672;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00274105;OID=.;OPOS=53227803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:10:2:0:8:10:2:0:8 chr12 53238387 . C T 188.67 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0520038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7847;QD=29.0268;RBI=0.0754713;REFB=-0.0842568;REVB=0.0546948;RO=8;SAF=12;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999779;STB=0.555492;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0411001;OID=.;OPOS=53238387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:6:12:4:4:6:12:4:4 chr12 53240025 . C T 261.01 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0495585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.9573;QD=31.6378;RBI=0.106204;REFB=-0.0186691;REVB=0.0939326;RO=10;SAF=15;SAR=8;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293734;STB=0.516115;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.00939807;OID=.;OPOS=53240025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:33:33:10:10:23:23:0.69697:8:15:7:3:8:15:7:3 chr12 53240584 . A G 411.07 PASS AF=0.678571;AO=38;DP=56;FAO=38;FDP=56;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0108075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.368;QD=29.3621;RBI=0.0132465;REFB=0.0083182;REVB=-0.00765957;RO=18;SAF=17;SAR=21;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313259;STB=0.517036;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.00451019;OID=.;OPOS=53240584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:18:18:38:38:0.678571:21:17:9:9:21:17:9:9 chr12 53242641 . C T 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.124775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.335;QD=24.4126;RBI=0.124929;REFB=-0.0129748;REVB=0.00620919;RO=5;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213785;STB=0.618862;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0164403;OID=.;OPOS=53242641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:8:3:0:5:8:3:0:5 chr12 53343493 . G A 296.14 PASS AF=0.634146;AO=26;DP=41;FAO=26;FDP=41;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0252503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9173;QD=28.8915;RBI=0.044563;REFB=-0.0114984;REVB=-0.036719;RO=15;SAF=13;SAR=13;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066424;STB=0.536557;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00542462;OID=.;OPOS=53343493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:15:15:26:26:0.634146:13:13:9:6:13:13:9:6 chr12 53433089 . C A 1588.94 PASS AF=1;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205361;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.8;QD=64.1998;RBI=0.0597297;REFB=0;REVB=0.0560884;RO=0;SAF=43;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152258;OID=.;OPOS=53433089;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:99:0:0:99:99:1:56:43:0:0:56:43:0:0 chr12 53433486 . C T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=278.395;QD=60.6101;RBI=0.0154445;REFB=0;REVB=0.00074328;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.85726e-05;OID=.;OPOS=53433486;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr12 53434105 . C A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00248361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2105;QD=43.4856;RBI=0.0190564;REFB=0;REVB=-0.0188939;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00086875;OID=.;OPOS=53434105;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr12 53442956 . G C 179.8 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0349865;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=62.0951;QD=11.4158;RBI=0.0375209;REFB=0.00418782;REVB=-0.0135559;RO=38;SAF=8;SAR=15;SRF=26;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352683;STB=0.687173;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.00381908;OID=.;OPOS=53442956;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:38:40:23:23:0.365079:15:8:26:12:15:8:26:14 chr12 53452263 . CCAGGTGGCAGG C 161.28 PASS AF=0.470588;AO=22;DP=50;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=4;FWDB=0.00869076;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=11;MLLD=311.027;QD=12.6493;RBI=0.0362547;REFB=-0.0393863;REVB=0.0351976;RO=20;SAF=11;SAR=11;SRF=20;SRR=0;SSEN=0.511335;SSEP=0;SSSB=-0.4349;STB=0.669929;STBP=0.05;TYPE=del;VARB=0.0276171;OID=.;OPOS=53452264;OREF=CAGGTGGCAGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.470588:22:50:24:51:27:13:11:23:4:99:20:11:11:20:0 chr12 53495843 . G C 161.84 PASS AF=0.425;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0402571;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.427;QD=16.1835;RBI=0.117297;REFB=-0.031292;REVB=-0.110172;RO=15;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806589;STB=0.550963;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.041306;OID=.;OPOS=53495843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:15:22:17:17:0.425:6:11:11:4:6:11:16:6 chr12 53497402 . A G 322.12 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0542119;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8496;QD=18.9484;RBI=0.128622;REFB=0.00426813;REVB=-0.116639;RO=30;SAF=11;SAR=23;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214356;STB=0.579243;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.0110432;OID=.;OPOS=53497402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:34:34:34:0.5:23:11:17:13:23:11:16:18 chr12 53497927 . C G 335.95 PASS AF=0.7;AO=28;DP=41;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.00949839;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.508;QD=33.5948;RBI=0.0306361;REFB=-0.0183125;REVB=0.0291264;RO=12;SAF=15;SAR=13;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166969;STB=0.590847;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00718662;OID=.;OPOS=53497927;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:41:40:12:12:28:28:0.7:13:15:10:2:13:15:10:2 chr12 53509933 . C T 591.05 PASS AF=0.536364;AO=59;DP=111;FAO=59;FDP=110;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.0125292;FXX=0.0265463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.523;QD=21.4926;RBI=0.0222175;REFB=-0.0246953;REVB=0.0183476;RO=50;SAF=31;SAR=28;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121146;STB=0.561539;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.017669;OID=.;OPOS=53509933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:50:51:59:59:0.536364:28:31:19:31:28:31:20:31 chr12 53581376 . C T 217.05 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0255163;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.99;QD=28.0062;RBI=0.0270715;REFB=-0.00518818;REVB=-0.00904337;RO=11;SAF=7;SAR=13;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554345;STB=0.530656;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.00433768;OID=.;OPOS=53581376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:32:31:11:11:20:20:0.645161:13:7:3:8:13:7:3:8 chr12 53607263 . AG AC,A,GA 170.55 PASS AF=0,0.875,0.03125;AO=2,12,6;DP=33;FAO=0,28,1;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=0,19,0;FSAR=0,9,1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00913659,0.0961279,-0.0127757;FXX=0.0588062;HRUN=5,5,1;LEN=1,1,2;MLLD=135.713,9.94438,88.0063;QD=21.3185;RBI=0.205181,0.145972,0.239254;REFB=-0.0162969,-0.0651347,-0.00507414;REVB=-0.204978,-0.109851,-0.238912;RO=9;SAF=0,11,0;SAR=2,1,6;SRF=7;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.694553,0.250746,-0.798548;STB=0.5,0.537248,0.985111;STBP=1,0.299,0.528;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.0567991,-0.107997;OID=.,.,.;OPOS=53607264,53607264,53607263;OREF=G,G,AG;OALT=C,-,GA;OMAPALT=AC,A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:15:33:32:9:3:2,12,6:0,28,1:0,0.875,0.03125:2,1,6:0,11,0:7:2:0,9,1:0,19,0:1:2 chr12 53647373 . T C 801.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.758;QD=57.2351;RBI=0.0130634;REFB=0;REVB=0.0028521;RO=0;SAF=24;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.47228e-05;OID=.;OPOS=53647373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:32:24:0:0:32:24:0:0 chr12 53662624 . C A 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.536;QD=58.5994;RBI=0.036015;REFB=0;REVB=-0.0202251;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.07642e-05;OID=.;OPOS=53662624;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr12 53670545 . C A 1471.94 PASS AF=0.971154;AO=101;DP=105;FAO=101;FDP=104;FR=.;FRO=3;FSAF=59;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00329507;FXX=0.0280348;HRUN=4;LEN=1;MLLD=77.1655;QD=56.613;RBI=0.0432838;REFB=-0.136708;REVB=0.0431582;RO=3;SAF=59;SAR=42;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00464817;STB=0.502451;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0021642;OID=.;OPOS=53670545;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:105:104:3:3:101:101:0.971154:42:59:2:1:42:59:2:1 chr12 53681883 . A T 470.11 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166822;FXX=0.0302939;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.142;QD=58.7643;RBI=0.020324;REFB=0;REVB=-0.011609;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315802;OID=.;OPOS=53681883;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:21:11:0:0:21:11:0:0 chr12 53682326 . G A 2112.58 PASS AF=0.993103;AO=136;DP=145;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=80;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0525331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5574;QD=58.2781;RBI=0.144821;REFB=-0.0241287;REVB=0.134957;RO=6;SAF=80;SAR=56;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482513;STB=0.503875;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0107095;OID=.;OPOS=53682326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:145:145:6:1:136:144:0.993103:56:80:0:6:64:80:0:1 chr12 53686703 . G A 689.32 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.079672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8672;QD=62.6655;RBI=0.11357;REFB=0;REVB=0.0809349;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194802;OID=.;OPOS=53686703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr12 53693532 . AA GC 63.22 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00342834;FXX=0.124844;HRUN=2;LEN=2;MLLD=127.406;QD=36.1268;RBI=0.0280673;REFB=0;REVB=0.0278571;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00907325;OID=.;OPOS=53693532;OREF=AA;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:7:0:0:6:7:1:2:4:0:0:2:5:0:0 chr12 53700848 . C T 1693.6 PASS AF=0.991228;AO=111;DP=112;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00437446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8748;QD=59.4244;RBI=0.0587901;REFB=-0.0752447;REVB=0.0586272;RO=0;SAF=67;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503649;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000851226;OID=.;OPOS=53700848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:114:0:1:111:113:0.991228:44:67:0:0:45:68:1:0 chr12 53700860 . A G 1803.6 PASS AF=0.991736;AO=119;DP=122;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00179303;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.699;QD=59.6231;RBI=0.0358469;REFB=-0.0100946;REVB=0.035802;RO=2;SAF=68;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137641;STB=0.503597;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=4.18935e-05;OID=.;OPOS=53700860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:121:2:1:119:120:0.991736:51:68:2:0:51:69:1:0 chr12 53702089 . TCCCCA TCCCA,TCCCAC,TCCCAG 154.57 PASS AF=0.489362,0,0.0212766;AO=21,2,2;DP=48;FAO=23,0,1;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=21,0,1;FSAR=2,0,0;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.062327,-0.130893,-0.0399124;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,2;MLLD=14.8419,23.8815,84.5255;QD=13.1551;RBI=0.0711643,0.13104,0.0442351;REFB=-0.0845931,-0.0440958,-0.0129665;REVB=0.0343469,-0.00621745,-0.019072;RO=23;SAF=19,2,2;SAR=2,0,0;SRF=7;SRR=16;SSEN=0.421875,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.63957,0.592955,0.592955;STB=0.870593,0.5,0.993401;STBP=0,1,0.245;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.0842234,0,0.148542;OID=.,.,.;OPOS=53702090,53702093,53702093;OREF=C,CA,CA;OALT=-,AC,AG;OMAPALT=TCCCA,TCCCAC,TCCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.489362,0,0.0212766:21,2,2:48:23,0,1:47:23:21,0,1:2,0,0:7:16:99:23:19,2,2:2,0,0:7:16 chr12 53703021 . G A 794.72 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.057671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7446;QD=53.8794;RBI=0.0746712;REFB=-0.170147;REVB=0.0474326;RO=2;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277265;STB=0.507244;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00846342;OID=.;OPOS=53703021;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:59:59:2:1:57:58:0.983051:33:24:0:2:34:24:0:1 chr12 53722098 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00371148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.596;QD=56.1895;RBI=0.053744;REFB=0;REVB=-0.0536157;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000295305;OID=.;OPOS=53722098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr12 53722128 . G A 289.01 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0956301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8391;QD=52.5467;RBI=0.104261;REFB=0;REVB=0.0415349;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0020325;OID=.;OPOS=53722128;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr12 53777171 . A G 355.2 PASS AF=0.62;AO=30;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0138517;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.217;QD=28.4158;RBI=0.0241521;REFB=-0.031059;REVB=0.0197852;RO=18;SAF=15;SAR=15;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379098;STB=0.536059;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0207946;OID=.;OPOS=53777171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:18:19:30:31:0.62:15:15:8:10:15:16:8:11 chr12 53807907 . CAG C 360.73 PASS AF=0.580645;AO=35;DP=64;FAO=36;FDP=62;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00288855;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=2;MLLD=282.376;QD=23.2728;RBI=0.00625327;REFB=-0.0221302;REVB=-0.00554615;RO=28;SAF=13;SAR=22;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781125;STB=0.560941;STBP=0.277;TYPE=del;VARB=0.0140439;OID=.;OPOS=53807908;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.580645:35:64:36:62:26:13:23:13:13:99:28:13:22:13:15 chr12 53898439 . CT CC,C 58.48 PASS AF=0.0441176,0.220588;AO=3,20;DP=65;FAO=3,15;FDP=68;FR=.;FRO=50;FSAF=2,9;FSAR=1,6;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-1.68504e-05,-0.0321683;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=22.0723,9.1279;QD=3.43981;RBI=0.00545004,0.102159;REFB=-0.0703523,-0.0978625;REVB=-0.00545001,-0.0969624;RO=36;SAF=2,13;SAR=1,7;SRF=18;SRR=18;SSEN=0,0.388889;SSEP=0,0;SSSB=0.166769,0.170183;STB=0.673847,0.592469;STBP=0.56,0.45;TYPE=snp,del;VARB=0.0950183,0.0501401;OID=.,.;OPOS=53898440,53898440;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0441176,0.220588:3,20:65:3,15:68:50:2,9:1,6:24:26:46:36:2,13:1,7:18:18 chr12 54067544 . A G 74.63 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5963;QD=37.3125;RBI=0.0458275;REFB=0;REVB=-0.0366612;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00339997;OID=.;OPOS=54067544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:5:2:0:0:6:2:0:0 chr12 54109659 . C T 372.15 PASS AF=0.40404;AO=40;DP=99;FAO=40;FDP=99;FR=.;FRO=59;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.112682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3325;QD=15.0361;RBI=0.134383;REFB=-0.0147071;REVB=0.0732226;RO=56;SAF=25;SAR=15;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579807;STB=0.530489;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0254929;OID=.;OPOS=54109659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:56:59:40:40:0.40404:15:25:32:24:15:25:34:25 chr12 54109733 . A G 623.04 PASS AF=0.415205;AO=72;DP=172;FAO=71;FDP=171;FR=.;FRO=100;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=48;FSRR=52;FWDB=-0.0367009;FXX=0.00581362;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7729;QD=14.574;RBI=0.0791405;REFB=-0.0193593;REVB=-0.070116;RO=99;SAF=36;SAR=36;SRF=47;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261253;STB=0.507579;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0287219;OID=.;OPOS=54109733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:171:99:100:72:71:0.415205:36:36:47:52:36:35:48:52 chr12 54110197 . A G 137.99 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=19;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0072613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.402;QD=29.0496;RBI=0.0318258;REFB=-0.018754;REVB=-0.0309863;RO=5;SAF=11;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119351;STB=0.566908;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00473038;OID=.;OPOS=54110197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:19:19:5:5:14:14:0.736842:3:11:3:2:3:11:3:2 chr12 54340077 . G A 1159.66 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00146243;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.398;QD=61.0345;RBI=0.00324652;REFB=0;REVB=-0.00289848;RO=0;SAF=48;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.09936e-05;OID=.;OPOS=54340077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:28:48:0:0:28:48:0:0 chr12 54340209 . TTA T,TTT 58.58 PASS AF=0.166667,0;AO=11,8;DP=101;FAO=13,0;FDP=78;FR=.;FRO=65;FSAF=7,0;FSAR=6,0;FSRF=22;FSRR=43;FWDB=0.044733,0.0863751;FXX=0.0126566;HRUN=6,6;LEN=2,1;MLLD=16.8114,14.069;QD=3.00396;RBI=0.128231,0.0865122;REFB=-0.0276674,-0.0123094;REVB=0.120176,0.00486746;RO=63;SAF=6,1;SAR=5,7;SRF=20;SRR=43;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.282818,-0.306681;STB=0.663213,0.5;STBP=0.249,1;TYPE=del,snp;VARB=0.108808,0;OID=.,.;OPOS=54340210,54340211;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667,0:11,8:101:13,0:78:65:7,0:6,0:22:43:59:63:6,1:5,7:20:43 chr12 54367061 . T G 1151.22 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.404;QD=60.5907;RBI=0.0363554;REFB=0;REVB=0.0132555;RO=0;SAF=45;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74073e-05;OID=.;OPOS=54367061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:30:45:0:0:30:46:0:0 chr12 54369667 . T TGCCCCACTACTTTAGGGG,TTAGGGG 125.1 PASS AF=0.916667,0;AO=8,3;DP=17;FAO=11,0;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=0,0;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=7.5562e-36,2.43642e-35;FXX=0.293945;HRUN=1,2;LEN=18,6;MLLD=392.872,131.34;QD=41.7004;RBI=0.0221931,0.00878452;REFB=-0.015722,0.00645496;REVB=0.0221931,0.00878452;RO=2;SAF=0,3;SAR=8,0;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.74993;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00167904,0;OID=.,.;OPOS=54369668,54369668;OREF=-,-;OALT=GCCCCACTACTTTAGGGG,TAGGGG;OMAPALT=TGCCCCACTACTTTAGGGG,TTAGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.916667,0:8,3:17:11,0:12:1:0,0:11,0:0:1:8:2:0,3:8,0:0:2 chr12 54385599 . C T 802.49 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0296558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.917;QD=55.3442;RBI=0.0482257;REFB=0.0785624;REVB=0.0380296;RO=0;SAF=21;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000296175;OID=.;OPOS=54385599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:58:0:1:56:57:0.982759:35:21:0:0:35:22:0:1 chr12 54496166 . G T 262.07 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00383216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2714;QD=25.5679;RBI=0.0201276;REFB=-0.0236645;REVB=-0.0197594;RO=17;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0531724;STB=0.529507;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0191359;OID=.;OPOS=54496166;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:13:11:9:8:13:11:9:8 chr12 54496219 . A G 221.4 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=27;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0153022;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.522;QD=31.6278;RBI=0.0181029;REFB=-0.0123006;REVB=-0.00967254;RO=7;SAF=9;SAR=11;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102149;STB=0.521717;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00345859;OID=.;OPOS=54496219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:27:28:7:8:20:20:0.714286:11:9:3:4:11:9:3:5 chr12 54767812 . G A 638.71 PASS AF=0.907407;AO=49;DP=55;FAO=49;FDP=54;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0588424;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.236;QD=47.3118;RBI=0.0605696;REFB=-0.0358656;REVB=0.0143612;RO=2;SAF=29;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00699852;STB=0.537022;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00236873;OID=.;OPOS=54767812;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:55:54:2:5:49:49:0.907407:20:29:1:1:20:29:1:4 chr12 54799450 . A G 631.89 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00600391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.469;QD=61.6475;RBI=0.0173066;REFB=0;REVB=0.0162318;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.98577e-05;OID=.;OPOS=54799450;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr12 54891631 . G T 247.77 PASS AF=0.340909;AO=30;DP=90;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.00833878;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4796;QD=11.2621;RBI=0.0133648;REFB=-0.0108585;REVB=0.0104442;RO=60;SAF=17;SAR=13;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0386398;STB=0.532853;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0243556;OID=.;OPOS=54891631;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:88:60:58:30:30:0.340909:13:17:32:28:13:17:30:28 chr12 54905815 . C G 972.58 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=70;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.104522;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.689;QD=56.3813;RBI=0.108264;REFB=-0.1126;REVB=0.0282176;RO=1;SAF=31;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149999;STB=0.50769;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000898053;OID=.;OPOS=54905815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:69:1:1:67:68:0.985507:36:31:1:0:36:32:1:0 chr12 54970454 . T C 1513.46 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245839;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2429;QD=63.7245;RBI=0.0247117;REFB=0;REVB=-0.00250985;RO=0;SAF=22;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.3554e-05;OID=.;OPOS=54970454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:73:22:0:0:73:22:0:0 chr12 54972992 . T C 575.68 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8192;QD=60.5974;RBI=0.0183044;REFB=0;REVB=0.0129471;RO=0;SAF=8;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.26572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57854e-08;OID=.;OPOS=54972992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:30:8:0:0:30:8:0:0 chr12 54973623 . T C 781.92 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00328149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.104;QD=56.8671;RBI=0.00566429;REFB=0;REVB=0.00461693;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11849e-05;OID=.;OPOS=54973623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:27:27:0:0:27:28:0:0 chr12 54974803 . C T 618.5 PASS AF=0.428571;AO=69;DP=161;FAO=69;FDP=161;FR=.;FRO=92;FSAF=22;FSAR=47;FSRF=44;FSRR=48;FWDB=0.0168152;FXX=0.00617246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.743;QD=15.3665;RBI=0.0195481;REFB=-0.012574;REVB=0.00996889;RO=90;SAF=22;SAR=47;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16068;STB=0.597428;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0161814;OID=.;OPOS=54974803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:161:90:92:69:69:0.428571:47:22:42:48:47:22:44:48 chr12 54975837 . T C 1487.65 PASS AF=0.922414;AO=106;DP=116;FAO=107;FDP=116;FR=.;FRO=9;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.086872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.758;QD=51.2981;RBI=0.0942244;REFB=-0.13624;REVB=-0.0364896;RO=10;SAF=51;SAR=55;SRF=10;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0844586;STB=0.539816;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0113166;OID=.;OPOS=54975837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:116:116:10:9:106:107:0.922414:55:51:10:0:55:52:9:0 chr12 55248357 . G T 317.63 PASS AF=0.367347;AO=35;DP=97;FAO=36;FDP=98;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.0217949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.146;QD=12.9644;RBI=0.0218251;REFB=-0.0150947;REVB=0.00114822;RO=61;SAF=17;SAR=18;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248913;STB=0.517584;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.017215;OID=.;OPOS=55248357;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:61:62:35:36:0.367347:18:17:31:30:19:17:31:31 chr12 55250612 . A G 1066.21 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00108588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.791;QD=58.4223;RBI=0.017416;REFB=0.0652158;REVB=-0.0173821;RO=1;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133193;STB=0.50704;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.000211438;OID=.;OPOS=55250612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:73:1:1:71:72:0.986301:35:36:0:1:35:37:0:1 chr12 55344024 . G A 704.16 PASS AF=0.638298;AO=60;DP=94;FAO=60;FDP=94;FR=.;FRO=34;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0143894;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3037;QD=29.9641;RBI=0.089377;REFB=-0.0253583;REVB=0.0882111;RO=34;SAF=30;SAR=30;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117838;STB=0.563809;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00870339;OID=.;OPOS=55344024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:34:34:60:60:0.638298:30:30:23:11:30:30:23:11 chr12 55344133 . C G 1148.96 PASS AF=0.555;AO=110;DP=202;FAO=111;FDP=200;FR=.;FRO=89;FSAF=44;FSAR=67;FSRF=49;FSRR=40;FWDB=0.0137474;FXX=0.0099005;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.962;QD=22.9792;RBI=0.013965;REFB=0.00498298;REVB=-0.00245545;RO=87;SAF=43;SAR=67;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132534;STB=0.569601;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0045445;OID=.;OPOS=55344133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:200:87:89:110:111:0.555:67:43:48:39:67:44:49:40 chr12 55355033 . C T 970.35 PASS AF=0.691667;AO=82;DP=119;FAO=83;FDP=120;FR=.;FRO=37;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00145511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2667;QD=32.3451;RBI=0.00628411;REFB=-0.00936758;REVB=0.00611332;RO=37;SAF=38;SAR=44;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0655015;STB=0.536833;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00442218;OID=.;OPOS=55355033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:120:37:37:82:83:0.691667:44:38:13:24:44:39:13:24 chr12 55356530 . C T 524.81 PASS AF=0.349206;AO=62;DP=184;FAO=66;FDP=189;FR=.;FRO=123;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=54;FSRR=69;FWDB=0.0494593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.7917;QD=11.1071;RBI=0.0505834;REFB=-0.0210126;REVB=-0.0106048;RO=120;SAF=28;SAR=34;SRF=53;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115638;STB=0.510201;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0488723;OID=.;OPOS=55356530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:184:189:120:123:62:66:0.349206:34:28:53:67:36:30:54:69 chr12 55368245 . G A 2704.29 PASS AF=0.957219;AO=179;DP=187;FAO=179;FDP=187;FR=.;FRO=8;FSAF=94;FSAR=85;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.040516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.87;QD=57.8459;RBI=0.041013;REFB=0.00183614;REVB=0.0063656;RO=4;SAF=94;SAR=85;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218715;STB=0.511785;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-3.09266e-05;OID=.;OPOS=55368245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:187:187:4:8:179:179:0.957219:85:94:0:4:85:94:2:6 chr12 55688267 . G A 976.62 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0196249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.239;QD=57.4485;RBI=0.0330971;REFB=-0.0567767;REVB=0.0266512;RO=1;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011667;STB=0.506022;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000490384;OID=.;OPOS=55688267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:68:1:1:66:67:0.985294:40:26:0:1:41:26:0:1 chr12 55714772 . G A 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.211;QD=60.9776;RBI=0.0164093;REFB=0;REVB=-0.009619;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155754;OID=.;OPOS=55714772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chr12 55714876 . C G 890.39 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.535;QD=57.4445;RBI=0.036628;REFB=0;REVB=0.0303499;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000911711;OID=.;OPOS=55714876;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:31:30:0:0:31:31:0:0 chr12 55715119 . G A 888.43 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233308;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.349;QD=58.2574;RBI=0.0311528;REFB=0;REVB=0.0206438;RO=0;SAF=20;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169397;OID=.;OPOS=55715119;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:62:61:1:42:20:0:0:41:20:0:0 chr12 55794976 . A G 1357.39 PASS AF=0.967391;AO=89;DP=92;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0201615;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.138;QD=59.017;RBI=0.0208027;REFB=-0.0465491;REVB=0.00512524;RO=2;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185782;STB=0.503475;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.000111923;OID=.;OPOS=55794976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:92:92:2:3:89:89:0.967391:50:39:0:2:50:39:1:2 chr12 55805617 . A C 1217.83 PASS AF=0.633721;AO=106;DP=169;FAO=109;FDP=172;FR=.;FRO=63;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=-0.00905029;FXX=0.00578001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.674;QD=28.3216;RBI=0.030136;REFB=-0.0280942;REVB=0.0287449;RO=62;SAF=52;SAR=54;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266541;STB=0.509505;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0148949;OID=.;OPOS=55805617;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:172:62:63:106:109:0.633721:54:52:28:34:56:53:29:34 chr12 55805787 . C A 546.0 PASS AF=0.508929;AO=54;DP=110;FAO=57;FDP=112;FR=.;FRO=55;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0185994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.956;QD=19.4999;RBI=0.0191537;REFB=-0.00909572;REVB=-0.00457416;RO=55;SAF=34;SAR=20;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971035;STB=0.56318;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0106594;OID=.;OPOS=55805787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:112:55:55:54:57:0.508929:20:34:29:26:20:37:29:26 chr12 55806238 . A G 984.77 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.808;QD=58.7924;RBI=0.0342829;REFB=0;REVB=0.0295143;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408387;OID=.;OPOS=55806238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:39:27:0:0:39:28:0:0 chr12 55807293 . A G 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0557868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4013;QD=26.0261;RBI=0.0685057;REFB=0.0753031;REVB=0.0397599;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171372;STB=0.599655;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00934058;OID=.;OPOS=55807293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:4:2:1:0:4:2:1:0 chr12 55808469 . C G 1571.49 PASS AF=1;AO=104;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019874;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.285;QD=59.8665;RBI=0.0454875;REFB=0;REVB=-0.0409162;RO=0;SAF=55;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.93862e-05;OID=.;OPOS=55808469;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:104:105:1:49:55:0:0:49:56:0:0 chr12 55820121 . C T 1438.93 PASS AF=0.979167;AO=93;DP=94;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0126463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4263;QD=59.9556;RBI=0.0154348;REFB=0.0570285;REVB=0.00884898;RO=1;SAF=44;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957781;STB=0.509998;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.0116962;OID=.;OPOS=55820121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:94:96:1:2:93:94:0.979167:49:44:0:1:49:45:0:2 chr12 55863224 . C G 252.37 PASS AF=0.316327;AO=31;DP=99;FAO=31;FDP=98;FR=.;FRO=67;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=44;FWDB=-0.0441009;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9666;QD=10.3009;RBI=0.0745267;REFB=0.0101749;REVB=-0.0600777;RO=64;SAF=13;SAR=18;SRF=22;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0916444;STB=0.554299;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=-0.0276794;OID=.;OPOS=55863224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:64:67:31:31:0.316327:18:13:22:42:18:13:23:44 chr12 55863381 . A G 384.67 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.145707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9514;QD=51.2899;RBI=0.150437;REFB=-0.0969485;REVB=-0.0374291;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0112893;OID=.;OPOS=55863381;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:30:30:0:0:28:30:1:19:9:0:0:19:11:0:0 chr12 55886294 . G A,C 713.38 PASS AF=0.934783,0.0652174;AO=43,3;DP=46;FAO=43,3;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=31,2;FSAR=12,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313005,-0.0224687;FXX=0.061212;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=79.8699,99.7232;QD=62.0331;RBI=0.0546013,0.0227539;REFB=0,0;REVB=-0.0447391,-0.00359155;RO=0;SAF=31,2;SAR=12,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.41862e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00284125,0.0459067;OID=.,.;OPOS=55886294,55886294;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:46:46:0:0:43,3:43,3:0.934783,0.0652174:12,1:31,2:0:0:12,1:31,2:0:0 chr12 55886489 . T A 130.9 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=24;FWDB=0.00744823;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=41.6573;QD=9.87884;RBI=0.034068;REFB=-0.0166617;REVB=0.0332438;RO=34;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134983;STB=0.594488;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0414307;OID=.;OPOS=55886489;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:34:36:17:17:0.320755:9:8:12:22:9:8:12:24 chr12 55945119 . A G 1078.93 PASS AF=1;AO=62;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435169;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.922;QD=59.9404;RBI=0.0464214;REFB=0;REVB=0.0161626;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304883;OID=.;OPOS=55945119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:62:72:1:24:38:0:0:24:48:0:0 chr12 56031611 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5586;QD=43.4862;RBI=0.0540278;REFB=0;REVB=0.0218271;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00371526;OID=.;OPOS=56031611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr12 56089357 . C T 1313.97 PASS AF=0.988506;AO=85;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.157684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.002;QD=60.4124;RBI=0.158195;REFB=-0.11726;REVB=0.0127058;RO=0;SAF=25;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47492e-08;STB=0.504064;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000692027;OID=.;OPOS=56089357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:87:0:1:85:86:0.988506:60:25:0:0:61:25:0:1 chr12 56094702 . TGGGGC TGGG,TGGGC 65.69 PASS AF=0.185185,0.296296;AO=4,8;DP=27;FAO=5,8;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=4,3;FSAR=1,5;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.082266,0.118175;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=16.335,11.1536;QD=9.73158;RBI=0.0882869,0.193511;REFB=-0.0476357,-0.101931;REVB=0.032045,-0.153235;RO=12;SAF=4,3;SAR=0,5;SRF=8;SRR=4;SSEN=0.445946,0.445946;SSEP=0,0;SSSB=0.644715,-0.284261;STB=0.587853,0.706044;STBP=0.669,0.188;TYPE=del,del;VARB=0.100088,0.0806661;OID=.,.;OPOS=56094706,56094703;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGG,TGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.185185,0.296296:4,8:27:5,8:27:14:4,3:1,5:10:4:41:12:4,3:0,5:8:4 chr12 56236531 . A G 2211.42 PASS AF=1;AO=132;DP=134;FAO=143;FDP=143;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.517;QD=61.8579;RBI=0.129129;REFB=0;REVB=0.115154;RO=1;SAF=91;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114503;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000733798;OID=.;OPOS=56236531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:143:1:0:132:143:1:41:91:0:1:46:97:0:0 chr12 56295734 . A G 116.05 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000305237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.123;QD=42.2014;RBI=0.0451893;REFB=0;REVB=0.0451883;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000494889;OID=.;OPOS=56295734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:6:4:0:0:7:4:0:0 chr12 56296075 . C G 346.41 PASS AF=0.659091;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00653211;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.575;QD=31.492;RBI=0.0152259;REFB=-0.0364161;REVB=-0.0137536;RO=15;SAF=15;SAR=14;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728224;STB=0.539879;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0247287;OID=.;OPOS=56296075;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:15:15:29:29:0.659091:14:15:6:9:14:15:6:9 chr12 56330572 . G A 1369.29 PASS AF=0.960396;AO=95;DP=102;FAO=97;FDP=101;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=75;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0615446;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.202;QD=54.2293;RBI=0.0669537;REFB=0.00986254;REVB=0.026364;RO=3;SAF=21;SAR=74;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00940156;STB=0.501307;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.000257225;OID=.;OPOS=56330572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:102:101:3:4:95:97:0.960396:74:21:1:2:75:22:1:3 chr12 56335107 . A G 400.22 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00195609;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.334;QD=53.3624;RBI=0.0102342;REFB=-0.00300572;REVB=-0.0100455;RO=1;SAF=14;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032084;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=7.02382e-05;OID=.;OPOS=56335107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:28:29:0.966667:14:14:1:0:15:14:1:0 chr12 56348028 . G A 551.53 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.471;QD=59.6252;RBI=0.0103533;REFB=0;REVB=0.0014122;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.53842e-05;OID=.;OPOS=56348028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr12 56374695 . G A 619.5 PASS AF=0.318367;AO=77;DP=241;FAO=78;FDP=245;FR=.;FRO=167;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=75;FSRR=92;FWDB=-0.00518568;FXX=0.00406488;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.859;QD=10.1142;RBI=0.0073132;REFB=-0.0117726;REVB=0.00515671;RO=163;SAF=35;SAR=42;SRF=73;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0079625;STB=0.500264;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.015729;OID=.;OPOS=56374695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:245:163:167:77:78:0.318367:42:35:73:90:43:35:75:92 chr12 56388479 . A G 265.16 PASS AF=0.197115;AO=40;DP=226;FAO=41;FDP=208;FR=.,HEALED;FRO=159;FSAF=33;FSAR=8;FSRF=78;FSRR=81;FWDB=-0.0152747;FXX=0.0877155;HRUN=7;LEN=1;MLLD=23.6299;QD=5.09928;RBI=0.016313;REFB=-0.0510857;REVB=-0.00572685;RO=104;SAF=33;SAR=7;SRF=42;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.52595;STB=0.767705;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.073369;OID=.;OPOS=56388479;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:226:208:104:159:40:41:0.197115:7:33:42:62:8:33:78:81 chr12 56398454 . G C,T 739.82 PASS AF=0.612245,0.387755;AO=29,20;DP=49;FAO=30,19;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=12,13;FSAR=18,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0028718,0.0157426;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=42.7298,167.618;QD=60.3938;RBI=0.0103541,0.0325766;REFB=0,0;REVB=-0.00994786,-0.0285203;RO=0;SAF=11,14;SAR=18,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.5931e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00884587,0.0200044;OID=.,.;OPOS=56398454,56398454;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:49:49:0:0:29,20:30,19:0.612245,0.387755:18,6:11,14:0:0:18,6:12,13:0:0 chr12 56494991 . G A 440.65 PASS AF=0.551282;AO=43;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.0310671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5955;QD=22.5973;RBI=0.0624008;REFB=-0.0249856;REVB=0.0541173;RO=35;SAF=20;SAR=23;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401376;STB=0.522092;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0284645;OID=.;OPOS=56494991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:43:43:0.551282:23:20:18:17:23:20:18:17 chr12 56634827 . A C 137.67 PASS AF=0.928571;AO=9;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0253963;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.734;QD=39.3327;RBI=0.0361142;REFB=-0.168129;REVB=0.0256762;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538402;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00281988;OID=.;OPOS=56634827;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:0:1:9:13:0.928571:3:6:0:0:6:7:0:1 chr12 56647911 . G C 689.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0650324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9856;QD=62.6669;RBI=0.0966723;REFB=0;REVB=0.0715284;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.50013e-05;OID=.;OPOS=56647911;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr12 56649601 . A G 2125.62 PASS AF=0.985612;AO=131;DP=131;FAO=137;FDP=139;FR=.;FRO=2;FSAF=63;FSAR=74;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0344936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.205;QD=61.169;RBI=0.0555764;REFB=0.0132862;REVB=0.0435767;RO=0;SAF=61;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.92737e-08;STB=0.507811;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=2.62511e-05;OID=.;OPOS=56649601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:139:0:2:131:137:0.985612:70:61:0:0:74:63:2:0 chr12 56663299 . GCC GC,G,TAG 678.85 PASS AF=0.694444,0.152778,0.152778;AO=23,12,8;DP=72;FAO=50,11,11;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=45,4,0;FSAR=5,7,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.570055,0.290421,0.129123;FXX=0.0136968;HRUN=3,3,1;LEN=1,2,3;MLLD=12.2926,15.8845,103.147;QD=37.7138;RBI=0.57584,0.29352,0.131313;REFB=0,0,0;REVB=0.0814222,0.0425353,0.0238824;RO=24;SAF=21,2,0;SAR=2,10,8;SRF=24;SRR=0;SSEN=0.551402,0.551402,0;SSEP=0.483906,0.483906,0;SSSB=-0.335125,-0.761903,-0.877355;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=-0.0451603,0.0534629,0.120033;OID=.,.,.;OPOS=56663300,56663300,56663299;OREF=C,CC,GCC;OALT=-,-,TAG;OMAPALT=GC,G,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:55:72:72:24:0:23,12,8:50,11,11:0.694444,0.152778,0.152778:2,10,8:21,2,0:24:0:5,7,11:45,4,0:0:0 chr12 56663344 . C T 631.23 PASS AF=0.612903;AO=51;DP=88;FAO=57;FDP=93;FR=.;FRO=36;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.009802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0686;QD=27.1496;RBI=0.00983991;REFB=-0.0121263;REVB=0.000862988;RO=36;SAF=21;SAR=30;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00382638;STB=0.501742;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0101066;OID=.;OPOS=56663344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:93:36:36:51:57:0.612903:30:21:15:21:33:24:15:21 chr12 56722060 . T G 1344.55 PASS AF=0.988636;AO=85;DP=86;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0242363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5328;QD=61.1159;RBI=0.0597057;REFB=-0.0314495;REVB=0.0545653;RO=1;SAF=26;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00796278;STB=0.504131;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.000725051;OID=.;OPOS=56722060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:88:1:1:85:87:0.988636:59:26:0:1:60:27:0:1 chr12 56815922 . C T 724.12 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0150087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.493;QD=54.6508;RBI=0.0155197;REFB=-0.02769;REVB=-0.0039496;RO=1;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149535;STB=0.507933;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-6.5219e-05;OID=.;OPOS=56815922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:31:21:0:1:31:21:0:1 chr12 56822378 . T A 246.56 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.014333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9856;QD=46.9638;RBI=0.0942607;REFB=-0.122171;REVB=0.0931646;RO=1;SAF=8;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541413;STB=0.529382;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00629849;OID=.;OPOS=56822378;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:12:8:1:0:12:8:1:0 chr12 56825311 . C T 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.903;QD=55.0976;RBI=0.0303168;REFB=0;REVB=-0.0280292;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000130562;OID=.;OPOS=56825311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr12 56862886 . T C 821.75 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188949;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8528;QD=57.6667;RBI=0.0196444;REFB=0;REVB=-0.00537419;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000479176;OID=.;OPOS=56862886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:30:27:0:0:30:27:0:0 chr12 56956213 . T C 805.16 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4572;QD=64.4127;RBI=0.026411;REFB=0;REVB=0.00529681;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238954;OID=.;OPOS=56956213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr12 57106660 . A T 434.53 PASS AF=0.73913;AO=33;DP=45;FAO=34;FDP=46;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.000585039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.75;QD=37.7849;RBI=0.0304436;REFB=-0.00455036;REVB=-0.0304379;RO=12;SAF=11;SAR=22;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452325;STB=0.527204;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00305555;OID=.;OPOS=57106660;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:46:12:12:33:34:0.73913:22:11:5:7:23:11:5:7 chr12 57108203 . A G 584.04 PASS AF=0.658228;AO=51;DP=79;FAO=52;FDP=79;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00807635;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9756;QD=29.5714;RBI=0.0454069;REFB=-0.0231576;REVB=-0.0446829;RO=27;SAF=20;SAR=31;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176006;STB=0.590009;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0156934;OID=.;OPOS=57108203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:27:27:51:52:0.658228:31:20:18:9:31:21:18:9 chr12 57109792 . A G 203.23 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0155347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.146;QD=21.971;RBI=0.0427846;REFB=-0.0240921;REVB=-0.0398647;RO=17;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722218;STB=0.5405;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.017363;OID=.;OPOS=57109792;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:10:10:10:7:10:10:10:7 chr12 57109931 . A T 37.13 PASS AF=0.5;AO=3;DP=11;FAO=5;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0265323;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.169;QD=14.8521;RBI=0.0331003;REFB=-0.0268767;REVB=0.0197907;RO=3;SAF=2;SAR=1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255936;STB=0.571155;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0391409;OID=.;OPOS=57109931;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:11:10:3:4:3:5:0.5:1:2:1:2:3:2:1:3 chr12 57112637 . G A 41.7 PASS AF=0.666667;AO=5;DP=8;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0231077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.22;QD=18.5322;RBI=0.0433091;REFB=-0.0117584;REVB=0.0366294;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116878;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00687698;OID=.;OPOS=57112637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:9:3:3:5:6:0.666667:1:4:2:1:2:4:2:1 chr12 57114100 . A G 316.31 PASS AF=0.675;AO=26;DP=39;FAO=27;FDP=40;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=-0.0142915;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=189.487;QD=31.6313;RBI=0.0266158;REFB=-0.0169431;REVB=-0.0224534;RO=13;SAF=1;SAR=25;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31152;STB=0.678088;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00949984;OID=.;OPOS=57114100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:13:13:26:27:0.675:25:1:2:11:26:1:2:11 chr12 57114307 . A T 164.04 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0347448;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.236;QD=18.7469;RBI=0.0420767;REFB=-0.00160959;REVB=0.0237328;RO=18;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227217;STB=0.62899;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0036406;OID=.;OPOS=57114307;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:35:18:18:17:17:0.485714:7:10:6:12:7:10:6:12 chr12 57133140 . T G 359.65 PASS AF=0.763158;AO=29;DP=38;FAO=29;FDP=38;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0200772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3084;QD=37.8578;RBI=0.0369784;REFB=-0.0227591;REVB=-0.0310533;RO=9;SAF=19;SAR=10;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14721;STB=0.580096;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00747504;OID=.;OPOS=57133140;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:9:9:29:29:0.763158:10:19:3:6:10:19:3:6 chr12 57137828 . T A 217.85 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=69;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00729996;FXX=0.0289813;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.489;QD=13.0062;RBI=0.0159428;REFB=-0.000831323;REVB=-0.0141733;RO=41;SAF=12;SAR=14;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105712;STB=0.560594;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.001619;OID=.;OPOS=57137828;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:41:41:26:26:0.38806:14:12:23:18:14:12:23:18 chr12 57255195 . T C 305.93 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=83;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=35;FWDB=0.0381026;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2085;QD=14.9233;RBI=0.0381094;REFB=-0.00645144;REVB=0.000721183;RO=46;SAF=9;SAR=25;SRF=11;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340909;STB=0.504584;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0172207;OID=.;OPOS=57255195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:46:48:34:34:0.414634:25:9:11:35:25:9:13:35 chr12 57489648 . C T 492.47 PASS AF=0.573171;AO=46;DP=82;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0123694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6318;QD=24.023;RBI=0.0429484;REFB=-0.012437;REVB=-0.0411286;RO=35;SAF=24;SAR=22;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107539;STB=0.562702;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00840785;OID=.;OPOS=57489648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:35:35:46:47:0.573171:22:24:23:12:23:24:23:12 chr12 57585144 . C T 229.22 PASS AF=0.95;AO=15;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.02131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.779;QD=45.8448;RBI=0.058784;REFB=0.0583736;REVB=0.0547854;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.533298;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.000988049;OID=.;OPOS=57585144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:0:1:15:19:0.95:4:11:0:0:7:12:0:1 chr12 57589784 . A C 464.36 PASS AF=0.970588;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0445835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.5139;QD=54.6301;RBI=0.062481;REFB=-0.0477425;REVB=0.0437743;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282865;STB=0.514277;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00732899;OID=.;OPOS=57589784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:34:1:1:32:33:0.970588:16:16:1:0:16:17:1:0 chr12 57590869 . T C 1783.51 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=117;FDP=117;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=314.157;QD=60.9747;RBI=0.0123284;REFB=0;REVB=0.00266182;RO=0;SAF=55;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.12874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.76568e-05;OID=.;OPOS=57590869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:117:0:0:116:117:1:61:55:0:0:62:55:0:0 chr12 57593101 . G A 525.54 PASS AF=0.681159;AO=47;DP=67;FAO=47;FDP=69;FR=.;FRO=22;FSAF=34;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=21;FWDB=-0.0701788;FXX=0.028165;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.2177;QD=30.466;RBI=0.0715739;REFB=-0.090097;REVB=-0.0140631;RO=13;SAF=34;SAR=13;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280551;STB=0.717474;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0249003;OID=.;OPOS=57593101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:13:22:47:47:0.681159:13:34:1:12:13:34:1:21 chr12 57619209 . C G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0147461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.3843;QD=23.2173;RBI=0.0205328;REFB=-0.231843;REVB=0.0142881;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121807;STB=0.571154;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0176542;OID=.;OPOS=57619209;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:0:1:3:2:0:1 chr12 57637593 . G A 432.37 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=84;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=35;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.018759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.198;QD=20.3468;RBI=0.0326432;REFB=-0.0128341;REVB=0.0267148;RO=40;SAF=8;SAR=35;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379502;STB=0.725272;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.010339;OID=.;OPOS=57637593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:40:42:43:43:0.505882:35:8:22:18:35:8:24:18 chr12 57647977 . TA T 41.81 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=40;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.0895853;FXX=0.0425441;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.71188;QD=3.7162;RBI=0.109819;REFB=-0.0809303;REVB=0.0635193;RO=22;SAF=1;SAR=10;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225932;STB=0.644213;STBP=0.105;TYPE=del;VARB=0.0903016;OID=.;OPOS=57647978;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:11:40:20:45:25:9:11:5:20:41:22:1:10:4:18 chr12 57649840 . C T 612.29 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0425795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.912;QD=61.2287;RBI=0.0443042;REFB=0;REVB=0.0122411;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.12289e-05;OID=.;OPOS=57649840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:14:25:0:0:14:26:0:0 chr12 57870155 . A C 72.46 PASS AF=0.175676;AO=13;DP=74;FAO=13;FDP=74;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=32;FWDB=-0.0227969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.465;QD=3.9167;RBI=0.0260525;REFB=-0.0102262;REVB=-0.012611;RO=59;SAF=7;SAR=6;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100586;STB=0.551788;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0313845;OID=.;OPOS=57870155;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:74:74:59:61:13:13:0.175676:6:7:27:32:6:7:29:32 chr12 57873042 . T C 391.9 PASS AF=0.526316;AO=36;DP=72;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=0.0294051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.678;QD=20.6261;RBI=0.0318579;REFB=-0.00688708;REVB=0.0122584;RO=35;SAF=18;SAR=18;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242395;STB=0.651991;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00750796;OID=.;OPOS=57873042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:76:35:36:36:40:0.526316:18:18:8:27:18:22:8:28 chr12 57873498 . T G 131.96 PASS AF=0.172662;AO=24;DP=139;FAO=24;FDP=139;FR=.,HEALED;FRO=115;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=47;FSRR=68;FWDB=0.110562;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.705;QD=3.79738;RBI=0.186822;REFB=-0.00786806;REVB=-0.150594;RO=95;SAF=9;SAR=15;SRF=44;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114539;STB=0.529276;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.010785;OID=.;OPOS=57873498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:95:115:24:24:0.172662:15:9:44:51:15:9:47:68 chr12 57911160 . G A 1451.12 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0358;QD=63.0923;RBI=0.0458569;REFB=0;REVB=0.0431394;RO=0;SAF=41;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30324e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.32288e-05;OID=.;OPOS=57911160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:92:0:0:89:92:1:48:41:0:0:51:41:0:0 chr12 57920155 . C T 53.45 PASS AF=0.7;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.131;QD=21.3798;RBI=0.0689738;REFB=-0.195592;REVB=0.0689738;RO=2;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0416535;OID=.;OPOS=57920155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:9:10:2:3:7:7:0.7:7:0:0:2:7:0:0:3 chr12 57958313 . A G 1066.87 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542351;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.513;QD=60.1055;RBI=0.059823;REFB=0;REVB=0.0252456;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.5185e-06;OID=.;OPOS=57958313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:68:71:1:38:30:0:0:41:30:0:0 chr12 57985204 . C T 460.48 PASS AF=0.564103;AO=44;DP=79;FAO=44;FDP=78;FR=.;FRO=34;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00578728;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.96;QD=23.6144;RBI=0.00657692;REFB=-0.0464246;REVB=0.00312462;RO=33;SAF=20;SAR=24;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474756;STB=0.532695;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0230543;OID=.;OPOS=57985204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:33:34:44:44:0.564103:24:20:17:16:24:20:18:16 chr12 57994679 . C G 679.72 PASS AF=0.6;AO=61;DP=107;FAO=66;FDP=110;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00073075;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.441;QD=24.7173;RBI=0.0242317;REFB=-0.0298648;REVB=0.0242207;RO=44;SAF=25;SAR=36;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879774;STB=0.552719;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.017805;OID=.;OPOS=57994679;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:110:44:44:61:66:0.6:36:25:23:21:40:26:23:21 chr12 57994743 . T G 1989.26 PASS AF=1;AO=128;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0518939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2528;QD=62.1644;RBI=0.0710085;REFB=0;REVB=-0.0484688;RO=0;SAF=59;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000485164;OID=.;OPOS=57994743;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:128:128:1:69:59:0:0:69:59:0:0 chr12 57995089 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00891864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.617;QD=62.022;RBI=0.0224732;REFB=0;REVB=0.0206277;RO=0;SAF=23;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.0652e-05;OID=.;OPOS=57995089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:19:23:0:0:19:23:0:0 chr12 58009372 . G A 289.03 PASS AF=0.255952;AO=43;DP=169;FAO=43;FDP=168;FR=.;FRO=125;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=51;FSRR=74;FWDB=0.0133075;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.864;QD=6.88159;RBI=0.0189514;REFB=-0.0111875;REVB=0.0134932;RO=120;SAF=19;SAR=24;SRF=49;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423081;STB=0.52568;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0285732;OID=.;OPOS=58009372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:168:120:125:43:43:0.255952:24:19:49:71:24:19:51:74 chr12 58010163 . A G 203.4 PASS AF=0.329114;AO=26;DP=79;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0281503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.987;QD=10.2986;RBI=0.0281821;REFB=-0.00412364;REVB=-0.00133712;RO=52;SAF=11;SAR=15;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131782;STB=0.583027;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.00754108;OID=.;OPOS=58010163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:52:53:26:26:0.329114:15:11:28:24:15:11:29:24 chr12 58015494 . G A 264.91 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0592701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8123;QD=27.1699;RBI=0.084559;REFB=-0.00607625;REVB=0.0603099;RO=15;SAF=15;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311855;STB=0.517227;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00487009;OID=.;OPOS=58015494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:15:15:24:24:0.615385:9:15:10:5:9:15:10:5 chr12 58017701 . T G 159.49 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=-0.00189084;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.058;QD=11.599;RBI=0.016323;REFB=-0.0268324;REVB=-0.0162131;RO=35;SAF=8;SAR=12;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170788;STB=0.598334;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.046689;OID=.;OPOS=58017701;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:12:8:9:26:12:8:9:26 chr12 58019472 . T G 613.27 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.077941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.508;QD=61.3266;RBI=0.0978961;REFB=0;REVB=-0.0592354;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00218474;OID=.;OPOS=58019472;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:28:12:0:0:28:12:0:0 chr12 58026001 . G A 118.76 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0183389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0169;QD=22.6209;RBI=0.0332015;REFB=-0.00135566;REVB=0.0276771;RO=8;SAF=12;SAR=1;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101609;STB=0.558041;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.00178422;OID=.;OPOS=58026001;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:1:12:7:1:1:12:7:1 chr12 58112189 . A G 216.29 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0174235;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.068;QD=29.8325;RBI=0.0282321;REFB=-0.0282431;REVB=-0.0222142;RO=9;SAF=7;SAR=13;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156202;STB=0.585578;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00922594;OID=.;OPOS=58112189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:13:7:1:8:13:7:1:8 chr12 58153059 . A G 432.27 PASS AF=0.666667;AO=40;DP=60;FAO=40;FDP=60;FR=.;FRO=20;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0386243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.886;QD=28.8178;RBI=0.0393714;REFB=-0.0109508;REVB=-0.00763328;RO=19;SAF=25;SAR=15;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185404;STB=0.593173;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0144627;OID=.;OPOS=58153059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:19:20:40:40:0.666667:15:25:6:13:15:25:7:13 chr12 58163704 . G A 270.83 PASS AF=0.336735;AO=30;DP=94;FAO=33;FDP=98;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=0.0085048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.264;QD=11.0543;RBI=0.0120808;REFB=-0.0126704;REVB=0.00857983;RO=64;SAF=22;SAR=8;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.384141;STB=0.67557;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0171091;OID=.;OPOS=58163704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:98:64:65:30:33:0.336735:8:22:26:38:11:22:26:39 chr12 58174306 . T C,G 767.72 PASS AF=0.927273,0.0727273;AO=50,4;DP=54;FAO=51,4;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21,1;FSAR=30,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-2.39718e-05,-0.0193505;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=115.09,113.242;QD=55.8344;RBI=0.00724566,0.0295614;REFB=0,0;REVB=0.00724562,-0.022348;RO=0;SAF=20,2;SAR=30,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00157001,0.0631339;OID=.,.;OPOS=58174306,58174306;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:54:55:0:0:50,4:51,4:0.927273,0.0727273:30,2:20,2:0:0:30,3:21,1:0:0 chr12 58176614 . T C 482.43 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.101749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.463;QD=58.4759;RBI=0.104229;REFB=0;REVB=-0.0226022;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00241767;OID=.;OPOS=58176614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr12 58177437 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8852;QD=37.4883;RBI=0.0507432;REFB=0;REVB=0.000740777;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0024391;OID=.;OPOS=58177437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr12 58177943 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.136444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.886;QD=33.4284;RBI=0.138934;REFB=0;REVB=0.026187;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025709;OID=.;OPOS=58177943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr12 58203377 . T A 306.56 PASS AF=0.37234;AO=35;DP=94;FAO=35;FDP=94;FR=.;FRO=59;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.0161686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.045;QD=13.0452;RBI=0.0241237;REFB=1.1277e-05;REVB=-0.0179034;RO=59;SAF=19;SAR=16;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000534701;STB=0.500306;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000351634;OID=.;OPOS=58203377;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:59:59:35:35:0.37234:16:19:32:27:16:19:32:27 chr12 58204283 . T C 1173.17 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0661852;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=94.4757;QD=60.1624;RBI=0.0662224;REFB=0;REVB=-0.00221985;RO=0;SAF=46;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5329e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000166318;OID=.;OPOS=58204283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:32:46:0:0:32:46:0:0 chr12 58335515 . GGC G,GG 207.97 PASS AF=0,1;AO=10,9;DP=35;FAO=0,35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,30;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.176243,0.135213;FXX=0.0277701;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=8.36371,8.49268;QD=23.7674;RBI=0.222027,0.267707;REFB=0.0685235,-0.0231728;REVB=-0.135035,0.231051;RO=10;SAF=8,8;SAR=2,1;SRF=8;SRR=2;SSEN=0.594203,0;SSEP=0,0.509542;SSSB=0,0.166059;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.105681,0.0262295;OID=.,.;OPOS=58335516,58335517;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:10,9:35:0,35:35:0:0,30:0,5:0:0:3:10:8,8:2,1:8:2 chr12 58335626 . A T 1896.31 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.728;QD=61.6687;RBI=0.0529005;REFB=0;REVB=0.0515108;RO=0;SAF=71;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.4776e-05;OID=.;OPOS=58335626;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:123:123:1:52:71:0:0:52:71:0:0 chr12 58350631 . C T 1395.86 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8935;QD=62.7351;RBI=0.0154735;REFB=0;REVB=0.00408865;RO=0;SAF=32;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.25148e-05;OID=.;OPOS=58350631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:57:32:0:0:57:32:0:0 chr12 59266456 . T C 270.52 PASS AF=0.375;AO=32;DP=86;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=37;FSRR=18;FWDB=-0.0106751;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8528;QD=12.2963;RBI=0.050773;REFB=-0.0362584;REVB=0.0496381;RO=54;SAF=22;SAR=10;SRF=36;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.026197;STB=0.504271;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0618787;OID=.;OPOS=59266456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:54:55:32:33:0.375:10:22:36:18:11:22:37:18 chr12 60127590 . A T 42.31 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.00569899;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.473;QD=4.70058;RBI=0.0059895;REFB=-0.00713615;REVB=0.00184272;RO=29;SAF=1;SAR=6;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.504616;STB=0.841959;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0378154;OID=.;OPOS=60127590;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:29:29:7:7:0.194444:6:1:16:13:6:1:16:13 chr12 60173356 . A T 280.21 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=0.077667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.92;QD=16.7289;RBI=0.0787587;REFB=-0.00990694;REVB=0.0130679;RO=35;SAF=7;SAR=24;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0037258;STB=0.502761;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0138055;OID=.;OPOS=60173356;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:36:31:31:0.462687:24:7:8:27:24:7:8:28 chr12 60735645 . A G 1116.05 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.866;QD=60.327;RBI=0.0477044;REFB=0;REVB=0.0419241;RO=1;SAF=35;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133212;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81363e-05;OID=.;OPOS=60735645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:1:0:72:74:1:37:35:1:0:38:36:0:0 chr12 62778065 . A G 167.8 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0296714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.7235;QD=15.6089;RBI=0.054117;REFB=-0.00169963;REVB=0.0452576;RO=25;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101062;STB=0.558076;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00484346;OID=.;OPOS=62778065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:9:9:10:15:9:9:10:15 chr12 62810961 . AGA AAA,AA,AG 702.05 PASS AF=0.262712,0.305085,0.0423729;AO=35,28,13;DP=114;FAO=31,36,5;FDP=118;FR=.;FRO=46;FSAF=8,16,0;FSAR=23,20,5;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.000119504,-0.000450485,-0.0480388;FXX=0.00840265;HRUN=1,1,6;LEN=1,1,1;MLLD=253.162,251.724,10.7685;QD=23.7984;RBI=0.00255592,0.000869845,0.088054;REFB=0.000892814,0.000303716,-0.0735595;REVB=0.00255313,0.000744106,-0.0737956;RO=33;SAF=9,14,3;SAR=26,14,10;SRF=21;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0.378906;SSSB=-0.349665,-0.131158,-0.467426;STB=0.671416,0.543454,0.997889;STBP=0.025,0.503,0.017;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0164762,-0.0152601,0.0765743;OID=.,.,.;OPOS=62810962,62810962,62810963;OREF=G,G,A;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAA,AA,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.262712,0.305085,0.0423729:35,28,13:114:31,36,5:118:46:8,16,0:23,20,5:24:22:99:33:9,14,3:26,14,10:21:12 chr12 62926398 . G A 253.73 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0211027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.567;QD=28.1927;RBI=0.0213251;REFB=-0.0113167;REVB=-0.00307172;RO=13;SAF=8;SAR=15;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262373;STB=0.514499;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00476081;OID=.;OPOS=62926398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:15:8:5:8:15:8:5:8 chr12 62928633 . G A 348.94 PASS AF=0.57377;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.00729395;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.162;QD=22.881;RBI=0.00731213;REFB=-0.00498322;REVB=-0.000515329;RO=26;SAF=12;SAR=23;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0028263;STB=0.501557;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00379315;OID=.;OPOS=62928633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:26:35:35:0.57377:23:12:9:17:23:12:9:17 chr12 62986620 . G A 964.18 PASS AF=0.593103;AO=74;DP=133;FAO=86;FDP=145;FR=.;FRO=59;FSAF=43;FSAR=43;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=0.0624768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.687;QD=26.5981;RBI=0.0625177;REFB=-0.0394521;REVB=0.00225921;RO=59;SAF=31;SAR=43;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114652;STB=0.524132;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0261763;OID=.;OPOS=62986620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:145:59:59:74:86:0.593103:43:31:33:26:43:43:33:26 chr12 62990868 . ATGC ATGA,TGAA 223.13 PASS AF=0.511628,0;AO=12,2;DP=42;FAO=22,0;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10,0;FSAR=12,0;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0374757,-0.0333504;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=1,4;MLLD=169.82,165.331;QD=20.7566;RBI=0.0388162,0.0335056;REFB=-0.000353597,-0.000236052;REVB=-0.0101127,-0.00322141;RO=17;SAF=5,2;SAR=7,0;SRF=11;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.226981,0.474595;STB=0.602419,0.5;STBP=0.186,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00233776,0.0667961;OID=.,.;OPOS=62990871,62990868;OREF=C,ATGC;OALT=A,TGAA;OMAPALT=ATGA,TGAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:17:21:12,2:22,0:0.511628,0:7,0:5,2:11:6:12,0:10,0:14:7 chr12 63083521 . G A 129.52 PASS AF=0.21978;AO=20;DP=91;FAO=20;FDP=91;FR=.;FRO=71;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=29;FSRR=42;FWDB=-0.0302806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.705;QD=5.69308;RBI=0.0406274;REFB=-0.0042246;REVB=-0.0270864;RO=71;SAF=14;SAR=6;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35863;STB=0.722364;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0231905;OID=.;OPOS=63083521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:71:71:20:20:0.21978:6:14:29:42:6:14:29:42 chr12 63359168 . G A 255.51 PASS AF=0.294118;AO=34;DP=117;FAO=35;FDP=119;FR=.;FRO=84;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=55;FWDB=-0.00538635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.403;QD=8.58869;RBI=0.0130423;REFB=-0.00775855;REVB=-0.0118781;RO=80;SAF=19;SAR=15;SRF=27;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260493;STB=0.637148;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0158487;OID=.;OPOS=63359168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:119:80:84:34:35:0.294118:15:19:27:53:16:19:29:55 chr12 63359409 . C A 288.4 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00507085;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.2095;QD=24.545;RBI=0.150419;REFB=-0.0521074;REVB=-0.150333;RO=17;SAF=11;SAR=15;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00829872;STB=0.541565;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0266587;OID=.;OPOS=63359409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:17:21:26:26:0.553191:15:11:7:10:15:11:7:14 chr12 63954304 . T C 1079.31 PASS AF=0.620253;AO=75;DP=162;FAO=98;FDP=158;FR=.;FRO=60;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.00998244;FXX=0.030673;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.1946;QD=27.3242;RBI=0.0456524;REFB=-0.0145849;REVB=-0.0445476;RO=51;SAF=25;SAR=50;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324348;STB=0.526529;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.009003;OID=.;OPOS=63954304;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:158:51:60:75:98:0.620253:50:25:19:32:52:46:24:36 chr12 64062023 . A C 85.75 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=35;FWDB=-0.0882848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.032;QD=6.0172;RBI=0.0884526;REFB=-0.00926732;REVB=0.00544558;RO=43;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249831;STB=0.657289;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0342135;OID=.;OPOS=64062023;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:57:57:43:44:13:13:0.22807:8:5:9:34:8:5:9:35 chr12 64062052 . G A 154.28 PASS AF=0.308824;AO=21;DP=68;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=37;FWDB=0.00260469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.717;QD=9.0752;RBI=0.0167517;REFB=-0.00299017;REVB=0.016548;RO=47;SAF=14;SAR=7;SRF=10;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.495027;STB=0.785488;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00648298;OID=.;OPOS=64062052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:47:47:21:21:0.308824:7:14:10:37:7:14:10:37 chr12 64062065 . T C 149.66 PASS AF=0.283784;AO=21;DP=74;FAO=21;FDP=74;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=-0.0349781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.079;QD=8.0898;RBI=0.0408278;REFB=-0.00452924;REVB=-0.021058;RO=53;SAF=14;SAR=7;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397217;STB=0.734836;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.011907;OID=.;OPOS=64062065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:53:53:21:21:0.283784:7:14:17:36:7:14:17:36 chr12 64472803 . A T 1587.73 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.686;QD=64.1506;RBI=0.0186612;REFB=0;REVB=-0.00930926;RO=0;SAF=56;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.33257e-05;OID=.;OPOS=64472803;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:43:56:0:0:43:56:0:0 chr12 64519806 . T C 1502.93 PASS AF=0.971698;AO=102;DP=109;FAO=103;FDP=106;FR=.;FRO=3;FSAF=64;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.014016;FXX=0.0275204;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.687;QD=56.7142;RBI=0.0154694;REFB=0.0430618;REVB=0.0065462;RO=3;SAF=63;SAR=39;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00281345;STB=0.501363;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.000973825;OID=.;OPOS=64519806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:109:106:3:3:102:103:0.971698:39:63:2:1:39:64:2:1 chr12 64587633 . C A 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.234;QD=59.8392;RBI=0.0187052;REFB=0;REVB=0.00905505;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76328e-05;OID=.;OPOS=64587633;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:11:25:0:0:11:25:0:0 chr12 64609562 . C T 1104.9 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00781603;FXX=0.0266631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.859;QD=60.5423;RBI=0.0193665;REFB=0;REVB=0.0177193;RO=0;SAF=40;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170948;OID=.;OPOS=64609562;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:73:0:0:73:73:1:33:40:0:0:33:40:0:0 chr12 64669090 . C A 3238.93 PASS AF=0.99061;AO=211;DP=213;FAO=211;FDP=213;FR=.;FRO=2;FSAF=123;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0478222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9791;QD=60.8249;RBI=0.0888888;REFB=0.000362859;REVB=-0.0749284;RO=2;SAF=123;SAR=88;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00152524;STB=0.5008;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=-0.000351754;OID=.;OPOS=64669090;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:213:213:2:2:211:211:0.99061:88:123:1:1:88:123:1:1 chr12 64712511 . A G 1098.58 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.679;QD=60.1962;RBI=0.0253015;REFB=0;REVB=0.0133754;RO=0;SAF=41;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.25351e-05;OID=.;OPOS=64712511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:32:41:0:0:32:41:0:0 chr12 64712546 . A AGTT 438.01 PASS AF=0.5375;AO=41;DP=81;FAO=43;FDP=80;FR=.;FRO=37;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00672952;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=3;MLLD=222.659;QD=21.9007;RBI=0.0299508;REFB=-0.0216201;REVB=0.029185;RO=37;SAF=27;SAR=14;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595966;STB=0.528289;STBP=0.608;TYPE=ins;VARB=0.0162696;OID=.;OPOS=64712547;OREF=-;OALT=GTT;OMAPALT=AGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5375:41:81:43:80:37:28:15:22:15:99:37:27:14:22:15 chr12 64749600 . A G 83.42 PASS AF=0.224138;AO=13;DP=58;FAO=13;FDP=58;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.00198394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7342;QD=5.75282;RBI=0.00198702;REFB=0.00696582;REVB=0.000110603;RO=44;SAF=8;SAR=5;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00225919;STB=0.505609;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.0384559;OID=.;OPOS=64749600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:58:58:44:45:13:13:0.224138:5:8:27:17:5:8:28:17 chr12 64803798 . A C 402.98 PASS AF=0.547945;AO=39;DP=72;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00870413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.753;QD=22.0811;RBI=0.00896121;REFB=-0.0162267;REVB=0.00213105;RO=33;SAF=20;SAR=19;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148744;STB=0.575306;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0118849;OID=.;OPOS=64803798;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:33:33:39:40:0.547945:19:20:11:22:20:20:11:22 chr12 64875787 . T A 177.32 PASS AF=0.37931;AO=21;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.0071771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.226;QD=12.2288;RBI=0.034673;REFB=8.33748e-06;REVB=0.033922;RO=34;SAF=6;SAR=15;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151515;STB=0.583861;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.000236711;OID=.;OPOS=64875787;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:36:21:22:0.37931:15:6:14:20:16:6:14:22 chr12 65108160 . G C 440.93 PASS AF=0.650794;AO=41;DP=63;FAO=41;FDP=63;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.018866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.227;QD=27.9953;RBI=0.0219688;REFB=-0.0176648;REVB=0.0112563;RO=22;SAF=20;SAR=21;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00782096;STB=0.504258;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.01149;OID=.;OPOS=65108160;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:22:22:41:41:0.650794:21:20:11:11:21:20:11:11 chr12 65146532 . C T 664.24 PASS AF=0.604167;AO=58;DP=96;FAO=58;FDP=96;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0730876;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9718;QD=27.6766;RBI=0.0731454;REFB=-0.0157748;REVB=0.00290749;RO=38;SAF=27;SAR=31;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051922;STB=0.528251;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00384183;OID=.;OPOS=65146532;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:38:38:58:58:0.604167:31:27:15:23:31:27:15:23 chr12 65150485 . C T 223.18 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0399326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9844;QD=14.8788;RBI=0.0609221;REFB=0.010937;REVB=0.0460097;RO=34;SAF=14;SAR=12;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154913;STB=0.58772;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=-0.013734;OID=.;OPOS=65150485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:12:14:13:21:12:14:13:21 chr12 65179776 . G A 292.69 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.018328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2992;QD=27.2271;RBI=0.0635421;REFB=0.000818879;REVB=-0.0608414;RO=17;SAF=18;SAR=8;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839919;STB=0.546522;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.00286073;OID=.;OPOS=65179776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:8:18:10:7:8:18:10:7 chr12 65332873 . TG T,TA,TGA 199.47 PASS AF=0.227273,0.590909,0;AO=4,12,3;DP=29;FAO=5,13,0;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=1,2,0;FSAR=4,11,0;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0253294,0.0151414,-0.417942;FXX=0.0434594;HRUN=1,1,9;LEN=1,1,1;MLLD=209.926,211.519,5.57894;QD=36.2675;RBI=0.0316079,0.019209,0.464918;REFB=0.0034244,-0.000537037,-0.197134;REVB=0.0189072,0.0118206,-0.203648;RO=4;SAF=0,2,0;SAR=4,10,3;SRF=0;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.150535,0;STB=0.666163,0.576818,0.5;STBP=0.725,0.598,1;TYPE=del,snp,ins;VARB=0.0103454,-0.00253496,0.116729;OID=.,.,.;OPOS=65332874,65332874,65332875;OREF=G,G,-;OALT=-,A,A;OMAPALT=T,TA,TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.227273,0.590909,0:4,12,3:29:5,13,0:22:4:1,2,0:4,11,0:0:4:17:4:0,2,0:4,10,3:0:4 chr12 65448986 . G A 306.74 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=4.91506e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.957;QD=22.7214;RBI=0.00787745;REFB=-0.0165725;REVB=0.0078773;RO=23;SAF=9;SAR=22;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902144;STB=0.549967;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00831391;OID=.;OPOS=65448986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:22:9:9:14:22:9:9:14 chr12 65514241 . C G 115.52 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0223769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.485;QD=8.88629;RBI=0.0305917;REFB=-0.00161154;REVB=-0.0208597;RO=37;SAF=6;SAR=9;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226069;STB=0.636186;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00264573;OID=.;OPOS=65514241;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:15:15:0.288462:9:6:22:15:9:6:22:15 chr12 65514266 . T C 646.56 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.071876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9473;QD=50.7107;RBI=0.0923476;REFB=-0.133661;REVB=0.057982;RO=3;SAF=21;SAR=27;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625875;STB=0.533319;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00653208;OID=.;OPOS=65514266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:51:51:3:3:48:48:0.941176:27:21:3:0:27:21:3:0 chr12 65564262 . C A 877.61 PASS AF=0.567568;AO=77;DP=151;FAO=84;FDP=148;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=21;FSAR=63;FSRF=25;FSRR=39;FWDB=-0.0774331;FXX=0.0263141;HRUN=6;LEN=1;MLLD=241.319;QD=23.7192;RBI=0.0779263;REFB=-0.0129312;REVB=0.00875379;RO=45;SAF=16;SAR=61;SRF=10;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147831;STB=0.574981;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00419052;OID=.;OPOS=65564262;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:148:45:64:77:84:0.567568:61:16:10:35:63:21:25:39 chr12 65857555 . T A 728.6 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0330926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.746;QD=53.9701;RBI=0.0332459;REFB=-0.0881528;REVB=-0.00318906;RO=1;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192209;STB=0.5098;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.000695741;OID=.;OPOS=65857555;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:52:53:0.981481:24:28:0:1:25:28:0:1 chr12 66358347 . C T 1084.33 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0176291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.546;QD=58.6127;RBI=0.0185465;REFB=-0.115785;REVB=-0.0057609;RO=1;SAF=31;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111301;STB=0.505881;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.000133713;OID=.;OPOS=66358347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:42:31:0:1:42:31:0:1 chr12 66359752 . C A 867.24 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021912;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.708;QD=57.8162;RBI=0.0298608;REFB=0;REVB=0.0202863;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125093;OID=.;OPOS=66359752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:25:34:0:0:26:34:0:0 chr12 66546100 . A G 425.67 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.002712;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=126.655;QD=54.9257;RBI=0.00419561;REFB=0;REVB=-0.00320128;RO=1;SAF=14;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03211;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38524e-05;OID=.;OPOS=66546100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:1:0:29:31:1:15:14:1:0:16:15:0:0 chr12 66605228 . A G 446.93 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.027;QD=57.6678;RBI=0.042618;REFB=0;REVB=-0.01105;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226706;OID=.;OPOS=66605228;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr12 66786091 . G C 397.1 PASS AF=1;AO=12;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144777;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.9516;QD=56.7282;RBI=0.0307279;REFB=0;REVB=0.0271036;RO=0;SAF=0;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000985065;OID=.;OPOS=66786091;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:12:28:1:12:0:0:0:12:16:0:0 chr12 68595787 . A G 375.63 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.949;QD=55.6493;RBI=0.0381329;REFB=0;REVB=0.0250785;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141169;OID=.;OPOS=68595787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr12 68710339 . TA T,TT 108.95 PASS AF=0.411765,0.147059;AO=6,6;DP=34;FAO=14,5;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=5,0;FSAR=9,5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.109012,0.0612992;FXX=0.0555401;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=10.5566,12.8342;QD=12.8171;RBI=0.133202,0.061331;REFB=-0.0681468,-0.117327;REVB=-0.0765464,0.00197312;RO=11;SAF=0,0;SAR=6,6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.736639,-0.736639;STB=0.626683,0.997803;STBP=0.226,0.011;TYPE=del,snp;VARB=-0.00272695,0.0425814;OID=.,.;OPOS=68710340,68710340;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765,0.147059:6,6:34:14,5:34:15:5,0:9,5:9:6:60:11:0,0:6,6:5:6 chr12 69186904 . G A 154.41 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0240317;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.009;QD=21.2975;RBI=0.0495125;REFB=-0.0182553;REVB=-0.0432893;RO=13;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132778;STB=0.575126;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0182505;OID=.;OPOS=69186904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:13:13:16:16:0.551724:10:6:7:6:10:6:7:6 chr12 69187427 . T A 519.67 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00219822;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.729;QD=59.3907;RBI=0.0203586;REFB=0;REVB=0.0202396;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214372;OID=.;OPOS=69187427;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:23:11:0:0:24:11:0:0 chr12 69187585 . G GA 781.65 PASS AF=1;AO=63;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00926369;FXX=0.0298463;HRUN=0;LEN=1;MLLD=106.489;QD=48.1015;RBI=0.0214981;REFB=0;REVB=0.0193998;RO=0;SAF=34;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-4.32543e-05;OID=.;OPOS=69187586;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:63:65:65:65:0:35:30:0:0:14:0:34:29:0:0 chr12 69645864 . A G 225.07 PASS AF=0.95;AO=12;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0467743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.713;QD=45.0135;RBI=0.0488717;REFB=-0.164086;REVB=0.0141637;RO=1;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531285;STB=0.523785;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00103319;OID=.;OPOS=69645864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:20:20:1:1:12:19:0.95:8:4:0:1:10:9:0:1 chr12 69794856 . G A 855.38 PASS AF=0.939394;AO=62;DP=67;FAO=62;FDP=66;FR=.;FRO=4;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0435341;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4421;QD=51.841;RBI=0.0437522;REFB=-0.0410804;REVB=-0.00436288;RO=4;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571144;STB=0.530293;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0191249;OID=.;OPOS=69794856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:67:66:4:4:62:62:0.939394:31:31:0:4:31:31:0:4 chr12 69972381 . G A 239.63 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.592;QD=50.4477;RBI=0.0293168;REFB=0;REVB=0.0209546;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000843317;OID=.;OPOS=69972381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:10:8:0:0:11:8:0:0 chr12 69986788 . A G 1337.45 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.338;QD=62.2071;RBI=0.0587234;REFB=0;REVB=0.0390311;RO=0;SAF=29;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20959e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179328;OID=.;OPOS=69986788;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:56:29:0:0:56:30:0:0 chr12 70064295 . C T 261.05 PASS AF=0.258741;AO=37;DP=144;FAO=37;FDP=143;FR=.;FRO=106;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=57;FWDB=0.0071427;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.133;QD=7.30206;RBI=0.0144494;REFB=-0.0117246;REVB=-0.0125606;RO=104;SAF=19;SAR=18;SRF=48;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641003;STB=0.537918;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0244069;OID=.;OPOS=70064295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:143:104:106:37:37:0.258741:18:19:48:56:18:19:49:57 chr12 70091432 . T C 538.54 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00837411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.166;QD=59.8378;RBI=0.0347912;REFB=0;REVB=0.0337684;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217276;OID=.;OPOS=70091432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:24:11:0:0:24:12:0:0 chr12 70273985 . T G 1541.27 PASS AF=0.546125;AO=148;DP=272;FAO=148;FDP=271;FR=.;FRO=123;FSAF=82;FSAR=66;FSRF=62;FSRR=61;FWDB=0.000650802;FXX=0.00367634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8523;QD=22.7493;RBI=0.00823181;REFB=-0.0384824;REVB=0.00820604;RO=117;SAF=82;SAR=66;SRF=59;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407146;STB=0.522841;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0203636;OID=.;OPOS=70273985;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:272:271:117:123:148:148:0.546125:66:82:59:58:66:82:62:61 chr12 70321450 . C T 330.57 PASS AF=0.961538;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0442809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.178;QD=50.8576;RBI=0.0446461;REFB=-0.00926347;REVB=0.00569905;RO=1;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319244;STB=0.517228;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000819251;OID=.;OPOS=70321450;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:26:1:1:23:25:0.961538:14:9:0:1:14:11:0:1 chr12 70330087 . A G 225.04 PASS AF=0.391304;AO=26;DP=68;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.00368607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.403;QD=13.0456;RBI=0.00513516;REFB=-0.00541663;REVB=0.00357529;RO=41;SAF=20;SAR=6;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206366;STB=0.588166;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00967878;OID=.;OPOS=70330087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:41:42:26:27:0.391304:6:20:25:16:7:20:26:16 chr12 70351684 . C A 53.78 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0108337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.324;QD=7.41787;RBI=0.0173622;REFB=-0.00483805;REVB=-0.0135675;RO=15;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255285;STB=0.646665;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0162607;OID=.;OPOS=70351684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:15:21:8:8:0.275862:2:6:8:7:2:6:12:9 chr12 70352021 . C T 183.09 PASS AF=0.271739;AO=25;DP=92;FAO=25;FDP=92;FR=.;FRO=67;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=34;FSRR=33;FWDB=-0.00606202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.072;QD=7.9606;RBI=0.0358585;REFB=-0.0069545;REVB=-0.0353424;RO=65;SAF=14;SAR=11;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063475;STB=0.538431;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.0163936;OID=.;OPOS=70352021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:65:67:25:25:0.271739:11:14:33:32:11:14:34:33 chr12 70715490 . C A 154.32 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0539912;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9889;QD=21.286;RBI=0.0541407;REFB=-0.0153857;REVB=0.00402133;RO=12;SAF=15;SAR=1;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.367161;STB=0.705547;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0124572;OID=.;OPOS=70715490;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:12:13:16:16:0.551724:1:15:9:3:1:15:10:3 chr12 70912510 . C T 1524.28 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0103702;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.006;QD=58.6262;RBI=0.0248437;REFB=0.0260065;REVB=0.0225758;RO=1;SAF=48;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978283;STB=0.505154;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000627211;OID=.;OPOS=70912510;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:55:48:1:0:55:48:1:0 chr12 70928616 . G A 804.2 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00678551;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.525;QD=57.4431;RBI=0.00876148;REFB=0;REVB=0.00554259;RO=0;SAF=26;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000551705;OID=.;OPOS=70928616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:30:26:0:0:30:26:0:0 chr12 70928724 . A G 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.363;QD=56.9566;RBI=0.0274477;REFB=0;REVB=0.020209;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.79764e-05;OID=.;OPOS=70928724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr12 70990054 . T C 138.42 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0166395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.337;QD=11.7802;RBI=0.0170008;REFB=-0.00678703;REVB=-0.00348612;RO=31;SAF=3;SAR=13;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28214;STB=0.669864;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0167075;OID=.;OPOS=70990054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:31:31:16:16:0.340426:13:3:12:19:13:3:12:19 chr12 71002865 . T A 760.81 PASS AF=0.581967;AO=71;DP=124;FAO=71;FDP=122;FR=.;FRO=51;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.00931607;FXX=0.0239981;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4387;QD=24.9447;RBI=0.02382;REFB=-0.00549138;REVB=-0.0219226;RO=51;SAF=40;SAR=31;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0194406;STB=0.510585;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.00563949;OID=.;OPOS=71002865;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:122:51:51:71:71:0.581967:31:40:30:21:31:40:30:21 chr12 71002893 . C T 908.02 PASS AF=0.56051;AO=87;DP=156;FAO=88;FDP=157;FR=.;FRO=69;FSAF=47;FSAR=41;FSRF=44;FSRR=25;FWDB=-0.0102834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2963;QD=23.1342;RBI=0.0252923;REFB=-0.0243844;REVB=0.0231074;RO=69;SAF=46;SAR=41;SRF=44;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892442;STB=0.546016;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0227444;OID=.;OPOS=71002893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:69:69:87:88:0.56051:41:46:44:25:41:47:44:25 chr12 71003524 . CTT C 372.97 PASS AF=0.605263;AO=38;DP=78;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0329101;FXX=0.0499937;HRUN=2;LEN=2;MLLD=276.581;QD=19.6299;RBI=0.0330293;REFB=-0.0178674;REVB=-0.00280371;RO=29;SAF=10;SAR=28;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303193;STB=0.648786;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.0097726;OID=.;OPOS=71003525;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.605263:38:78:46:76:30:12:34:18:12:99:29:10:28:18:11 chr12 71139664 . T C 1496.83 PASS AF=1;AO=94;DP=96;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000761098;FXX=0.010203;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.322;QD=61.7251;RBI=0.042856;REFB=0;REVB=0.0428492;RO=1;SAF=56;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123135;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514187;OID=.;OPOS=71139664;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:97:1:0:94:97:1:38:56:0:1:41:56:0:0 chr12 71509652 . T A 390.93 PASS AF=0.292818;AO=53;DP=181;FAO=53;FDP=181;FR=.;FRO=128;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=62;FSRR=66;FWDB=0.0100566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2275;QD=8.63941;RBI=0.0364375;REFB=-0.0129782;REVB=-0.0350222;RO=126;SAF=29;SAR=24;SRF=61;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0759598;STB=0.544414;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0200561;OID=.;OPOS=71509652;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:126:128:53:53:0.292818:24:29:61:65:24:29:62:66 chr12 71519096 . G C 165.22 PASS AF=0.27381;AO=23;DP=84;FAO=23;FDP=84;FR=.;FRO=61;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=19;FWDB=-0.0113426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.419;QD=7.86777;RBI=0.0141875;REFB=-0.013789;REVB=-0.00852233;RO=59;SAF=11;SAR=12;SRF=40;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240268;STB=0.650851;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.037355;OID=.;OPOS=71519096;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:59:61:23:23:0.27381:12:11:40:19:12:11:42:19 chr12 71523134 . A C 111.53 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0161082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.165;QD=11.1534;RBI=0.018334;REFB=-0.0123013;REVB=0.00875571;RO=26;SAF=8;SAR=6;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0366241;STB=0.521708;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0188664;OID=.;OPOS=71523134;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:6:8:14:12:6:8:14:12 chr12 71526593 . G A 330.59 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0557789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.199;QD=23.6134;RBI=0.0557809;REFB=-0.014379;REVB=0.000475634;RO=22;SAF=10;SAR=23;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509306;STB=0.521397;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00914885;OID=.;OPOS=71526593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:22:23:33:33:0.589286:23:10:8:14:23:10:8:15 chr12 71533534 . C G 277.42 PASS AF=0.333333;AO=33;DP=98;FAO=33;FDP=99;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=-0.00901485;FXX=0.009999;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.296;QD=11.2089;RBI=0.0159913;REFB=-0.00673958;REVB=-0.0132081;RO=65;SAF=7;SAR=26;SRF=31;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343612;STB=0.698102;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0178922;OID=.;OPOS=71533534;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:65:66:33:33:0.333333:26:7:31:34:26:7:31:35 chr12 71960208 . G A,T 742.57 PASS AF=0.981818,0.0181818;AO=51,2;DP=53;FAO=54,1;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0;FSAR=23,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148373,0.0105162;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=144.634,97.6278;QD=54.0049;RBI=0.0150488,0.0152793;REFB=0,0;REVB=-0.00251436,-0.0110846;RO=0;SAF=28,1;SAR=23,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.97956e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-2.7089e-05,0.134007;OID=.,.;OPOS=71960208,71960208;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:53:55:0:0:51,2:54,1:0.981818,0.0181818:23,1:28,1:0:0:23,1:31,0:0:0 chr12 72018028 . A G 333.17 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.0325596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7969;QD=17.0854;RBI=0.0400568;REFB=-0.0386241;REVB=0.0233328;RO=41;SAF=17;SAR=19;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317468;STB=0.510724;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0609902;OID=.;OPOS=72018028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:41:42:36:36:0.461538:19:17:18:23:19:17:19:23 chr12 72071045 . A G,T 716.95 PASS AF=0.943396,0.0566038;AO=49,3;DP=53;FAO=50,3;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=38,0;FSAR=12,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149143,-0.00628965;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=155.032,197.179;QD=54.1096;RBI=0.0267313,0.00827535;REFB=-0.0136852,-0.0355161;REVB=0.022184,0.00537789;RO=1;SAF=37,0;SAR=12,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0125523,-0.727144;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00162847,0.0893554;OID=.,.;OPOS=72071045,72071045;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:53:53:1:0:49,3:50,3:0.943396,0.0566038:12,3:37,0:1:0:12,3:38,0:0:0 chr12 72164395 . C T 416.64 PASS AF=0.625;AO=37;DP=62;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.024733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6141;QD=26.0403;RBI=0.0350956;REFB=-0.0423066;REVB=0.0248993;RO=25;SAF=21;SAR=16;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940885;STB=0.534465;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.027132;OID=.;OPOS=72164395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:25:24:37:40:0.625:16:21:11:14:18:22:11:13 chr12 72179552 . G T 288.71 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0130575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.7;QD=20.9971;RBI=0.0222322;REFB=-0.021662;REVB=0.0179937;RO=25;SAF=9;SAR=21;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317556;STB=0.67646;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0157898;OID=.;OPOS=72179552;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:21:9:17:8:21:9:17:8 chr12 72179583 . G A 200.8 PASS AF=0.432432;AO=13;DP=32;FAO=16;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=-0.0139361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.079;QD=21.708;RBI=0.0178198;REFB=-0.0119706;REVB=-0.0111054;RO=14;SAF=3;SAR=10;SRF=14;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.621653;STB=0.849603;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0153113;OID=.;OPOS=72179583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:37:14:14:13:16:0.432432:10:3:14:0:13:3:14:0 chr12 72307616 . A G 727.41 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7561;QD=63.2529;RBI=0.028329;REFB=0;REVB=-0.0218555;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000512663;OID=.;OPOS=72307616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr12 72372862 . A G 165.22 PASS AF=0.27381;AO=23;DP=84;FAO=23;FDP=84;FR=.;FRO=61;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=45;FWDB=-0.040296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.514;QD=7.8675;RBI=0.0411109;REFB=-0.00597187;REVB=0.00814499;RO=61;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.315768;STB=0.685573;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0281331;OID=.;OPOS=72372862;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:61:61:23:23:0.27381:11:12:16:45:11:12:16:45 chr12 72416235 . A T 516.86 PASS AF=0.407143;AO=57;DP=140;FAO=57;FDP=140;FR=.;FRO=83;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=48;FSRR=35;FWDB=-0.00410764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.875;QD=14.7675;RBI=0.00754355;REFB=-0.00641905;REVB=0.00632713;RO=83;SAF=26;SAR=31;SRF=48;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128133;STB=0.572045;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.0126562;OID=.;OPOS=72416235;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:83:83:57:57:0.407143:31:26:48:35:31:26:48:35 chr12 73058186 . G A 2130.57 PASS AF=0.992701;AO=136;DP=138;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=67;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0460354;FXX=0.0143875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.354;QD=62.2063;RBI=0.0464879;REFB=0.163012;REVB=0.00647044;RO=1;SAF=67;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00684004;STB=0.503597;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000132021;OID=.;OPOS=73058186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:138:137:1:1:136:136:0.992701:69:67:0:1:69:67:0:1 chr12 74851233 . G A 276.54 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00987388;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.622;QD=52.6743;RBI=0.0730733;REFB=0;REVB=0.0724032;RO=0;SAF=19;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.98875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000462302;OID=.;OPOS=74851233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:2:19:0:0:2:19:0:0 chr12 74932159 . G C 168.3 PASS AF=0.338462;AO=21;DP=64;FAO=22;FDP=65;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.00520672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.479;QD=10.357;RBI=0.0212301;REFB=-0.013316;REVB=-0.0205817;RO=43;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146289;STB=0.59825;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0232455;OID=.;OPOS=74932159;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:43:43:21:22:0.338462:10:11:17:26:10:12:17:26 chr12 74932327 . C T 111.69 PASS AF=0.75;AO=11;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0170154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.49;QD=27.9214;RBI=0.0356504;REFB=-0.0478792;REVB=-0.0313278;RO=2;SAF=8;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998761;STB=0.590774;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0118933;OID=.;OPOS=74932327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:16:16:2:4:11:12:0.75:3:8:2:0:3:9:4:0 chr12 74932565 . T C 1514.12 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0265631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0686;QD=62.4378;RBI=0.0324639;REFB=-0.00420344;REVB=-0.018663;RO=1;SAF=42;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00886354;STB=0.504586;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000244208;OID=.;OPOS=74932565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:95:96:0.989691:53:42:0:1:54:42:0:1 chr12 74933166 . G A 894.26 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0200318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.92;QD=55.0315;RBI=0.0234935;REFB=0.0197964;REVB=0.0122748;RO=2;SAF=25;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362828;STB=0.519225;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.00127146;OID=.;OPOS=74933166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:2:2:63:63:0.969231:38:25:2:0:38:25:2:0 chr12 74933341 . GCAGT G 478.28 PASS AF=0.567901;AO=35;DP=78;FAO=46;FDP=81;FR=.;FRO=35;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=24;FWDB=0.035242;FXX=0.0689576;HRUN=1;LEN=4;MLLD=221.334;QD=23.6187;RBI=0.0353127;REFB=-0.0502497;REVB=-0.00223225;RO=32;SAF=22;SAR=13;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244267;STB=0.607173;STBP=0.028;TYPE=del;VARB=0.0420651;OID=.;OPOS=74933342;OREF=CAGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.567901:35:78:46:81:35:26:20:11:24:99:32:22:13:11:21 chr12 74934361 . TA T 150.57 PASS AF=0.645161;AO=27;DP=61;FAO=40;FDP=62;FR=.;FRO=22;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.191277;FXX=0.0158705;HRUN=8;LEN=1;MLLD=7.87564;QD=9.71404;RBI=0.223625;REFB=-0.00280895;REVB=-0.115849;RO=23;SAF=15;SAR=12;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119287;STB=0.521728;STBP=0.701;TYPE=del;VARB=0.041435;OID=.;OPOS=74934362;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.645161:27:61:40:62:22:25:15:15:7:38:23:15:12:16:7 chr12 74934634 . G A 667.63 PASS AF=0.977273;AO=44;DP=46;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00900887;FXX=0.0434688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.756;QD=60.6933;RBI=0.0379457;REFB=0.0196491;REVB=0.0368607;RO=1;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164853;STB=0.509087;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-7.20237e-05;OID=.;OPOS=74934634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:44:1:1:44:43:0.977273:28:16:0:1:27:16:0:1 chr12 74934637 . T C 668.97 PASS AF=0.957447;AO=44;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0139138;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=158.129;QD=56.9338;RBI=0.0285778;REFB=-0.0427257;REVB=0.0249619;RO=3;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477192;STB=0.516659;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.000594855;OID=.;OPOS=74934637;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:3:2:44:45:0.957447:28:16:0:3:29:16:0:2 chr12 74934909 . AGTGTGTGTGTGTGTGTA AGTGTGTGTA,AGTGTGTGTATGTGTGTG 70.53 PASS AF=0.258065,0.0645161;AO=8,2;DP=32;FAO=8,2;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=2,0;FSAR=6,2;FSRF=2;FSRR=19;FWDB=0.0360122,0.026461;FXX=0.0312402;HRUN=1,1;LEN=8,9;MLLD=176.74,120.119;QD=9.10055;RBI=0.0365793,0.0638472;REFB=-0.011652,-0.0130784;REVB=-0.00641634,-0.0581058;RO=20;SAF=2,0;SAR=6,2;SRF=1;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.405184,-0.372629;STB=0.675347,0.990928;STBP=0.435,0.477;TYPE=del,mnp;VARB=0.0521407,0.0664172;OID=.,.;OPOS=74934910,74934918;OREF=GTGTGTGT,GTGTGTGTA;OALT=-,ATGTGTGTG;OMAPALT=AGTGTGTGTA,AGTGTGTGTATGTGTGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.258065,0.0645161:8,2:32:8,2:31:21:2,0:6,2:2:19:55:20:2,0:6,2:1:19 chr12 74934945 . AGG A 87.78 PASS AF=0.625;AO=9;DP=21;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0382036;FXX=0.039984;HRUN=8;LEN=2;MLLD=16.8812;QD=14.6301;RBI=0.0640372;REFB=-0.0454508;REVB=-0.0513931;RO=7;SAF=0;SAR=9;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.803263;STB=0.822957;STBP=0.006;TYPE=del;VARB=0.0556878;OID=.;OPOS=74934946;OREF=GG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.625:9:21:15:24:9:1:14:5:4:54:7:0:9:4:3 chr12 75444575 . C T 249.86 PASS AF=0.521739;AO=23;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.00507173;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.508;QD=21.7269;RBI=0.0200284;REFB=0.00628409;REVB=-0.0193756;RO=22;SAF=14;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212378;STB=0.60423;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00919588;OID=.;OPOS=75444575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:23:24:0.521739:9:14:8:14:10:14:8:14 chr12 75737595 . T C 423.8 PASS AF=0.577465;AO=38;DP=71;FAO=41;FDP=71;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0112879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.51;QD=23.8761;RBI=0.0788206;REFB=-0.0163822;REVB=0.0780082;RO=24;SAF=24;SAR=14;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212477;STB=0.60079;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00772746;OID=.;OPOS=75737595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:24:30:38:41:0.577465:14:24:8:16:15:26:12:18 chr12 75760742 . G A 2003.34 PASS AF=0.977941;AO=131;DP=135;FAO=133;FDP=136;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0445488;FXX=0.00729874;HRUN=4;LEN=1;MLLD=64.3881;QD=58.9216;RBI=0.0583772;REFB=-0.0943945;REVB=0.0377266;RO=3;SAF=49;SAR=82;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170686;STB=0.508874;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.000751509;OID=.;OPOS=75760742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:135:136:3:3:131:133:0.977941:82:49:0:3:83:50:0:3 chr12 75785100 . C T 217.8 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0154848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0637;QD=16.7541;RBI=0.0190443;REFB=-0.00325698;REVB=0.0110863;RO=28;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00570018;STB=0.503223;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00240764;OID=.;OPOS=75785100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:13:11:13:15:13:11:13:15 chr12 75816814 . G GACA 104.26 PASS AF=0.238806;AO=16;DP=68;FAO=16;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0216288;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=237.324;QD=6.22474;RBI=0.0217584;REFB=-0.0024743;REVB=0.00237134;RO=48;SAF=5;SAR=11;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11123;STB=0.597459;STBP=0.351;TYPE=ins;VARB=0.00685102;OID=.;OPOS=75816815;OREF=-;OALT=ACA;OMAPALT=GACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.238806:16:68:16:67:51:5:11:22:29:99:48:5:11:19:29 chr12 75893388 . T A 1171.78 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.491;QD=60.8718;RBI=0.028553;REFB=0;REVB=0.0186891;RO=0;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.08745e-06;OID=.;OPOS=75893388;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:47:30:0:0:47:30:0:0 chr12 75893404 . C A 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0519308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5367;QD=59.3219;RBI=0.0541064;REFB=0;REVB=0.0151884;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143415;OID=.;OPOS=75893404;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:41:27:0:0:41:27:0:0 chr12 76351726 . C G 150.83 PASS AF=0.351852;AO=18;DP=53;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.0529441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9666;QD=11.1729;RBI=0.0622117;REFB=-0.0224974;REVB=0.0326683;RO=35;SAF=8;SAR=10;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266969;STB=0.666502;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0233263;OID=.;OPOS=76351726;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:35:35:18:19:0.351852:10:8:24:11:11:8:24:11 chr12 76424937 . TTGCTGCTGCTGCTGC CTGTTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGCTGG 145.19 PASS AF=0.0714286,0.714286,0.214286;AO=3,5,4;DP=15;FAO=1,10,3;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=1,3,1;FSAR=0,7,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184912,0.0493862,0.0456247;FXX=0;HRUN=2,1,1;LEN=4,3,1;MLLD=157.255,142.54,104.085;QD=41.4829;RBI=0.0362728,0.0586597,0.0458145;REFB=0,0,0;REVB=0.0312057,0.0316538,-0.00416597;RO=0;SAF=1,1,1;SAR=2,4,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0867499,0.0398629,0.0158596;OID=.,.,.;OPOS=76424937,76424938,76424952;OREF=TTGC,TGC,C;OALT=CTGT,-,G;OMAPALT=CTGTTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGC,TTGCTGCTGCTGCTGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:18:15:14:0:0:3,5,4:1,10,3:0.0714286,0.714286,0.214286:2,4,3:1,1,1:0:0:0,7,2:1,3,1:0:0 chr12 76426110 . GGA G 620.67 PASS AF=0.933333;AO=55;DP=58;FAO=56;FDP=60;FR=.;FRO=4;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0291712;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=2;MLLD=257.664;QD=41.3783;RBI=0.0303688;REFB=-0.0137763;REVB=-0.00844394;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.508925;STBP=0.678;TYPE=del;VARB=0.0014269;OID=.;OPOS=76426111;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.933333:55:58:56:60:4:35:21:3:1:6:0:35:20:0:0 chr12 76427547 . C CTTAAT 96.28 PASS AF=1;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019116;FXX=0.181653;HRUN=2;LEN=5;MLLD=279.066;QD=42.7897;RBI=0.0234066;REFB=0;REVB=0.0135074;RO=4;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228994;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000243027;OID=.;OPOS=76427548;OREF=-;OALT=TTAAT;OMAPALT=CTTAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:13:9:9:0:3:6:0:0:3:4:3:6:3:1 chr12 76449900 . T C 628.16 PASS AF=0.956522;AO=39;DP=42;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0357028;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=55.1281;QD=54.6228;RBI=0.0374142;REFB=-0.0875073;REVB=0.0111861;RO=3;SAF=20;SAR=19;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239801;STB=0.522717;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.0103823;OID=.;OPOS=76449900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:42:46:3:2:39:44:0.956522:19:20:1:2:21:23:0:2 chr12 76453966 . G A 740.75 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5989;QD=56.9807;RBI=0.0240464;REFB=0;REVB=-0.00427819;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157684;OID=.;OPOS=76453966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:27:24:0:0:27:25:0:0 chr12 76709606 . T C 275.36 PASS AF=0.380952;AO=31;DP=83;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.00159743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.398;QD=13.1125;RBI=0.0395273;REFB=-0.00177299;REVB=0.039495;RO=49;SAF=25;SAR=6;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406779;STB=0.75564;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00175095;OID=.;OPOS=76709606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:49:52:31:32:0.380952:6:25:23:26:6:26:23:29 chr12 76709610 . T C 242.3 PASS AF=0.353659;AO=29;DP=84;FAO=29;FDP=82;FR=.;FRO=53;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.000732117;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.935;QD=11.8194;RBI=0.0354945;REFB=-0.00750514;REVB=-0.0354869;RO=52;SAF=24;SAR=5;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.473063;STB=0.772522;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0198754;OID=.;OPOS=76709610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:82:52:53:29:29:0.353659:5:24:23:29:5:24:24:29 chr12 76747081 . GTTTT GTTTG,G,GT 113.57 PASS AF=0.428571,0.285714,0.285714;AO=2,3,2;DP=20;FAO=6,4,4;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4,0,3;FSAR=2,4,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0263492,-0.114652,-0.151496;FXX=0.29985;HRUN=16,16,16;LEN=1,4,3;MLLD=140.527,11.7917,10.2123;QD=32.4495;RBI=0.0395072,0.114809,0.151546;REFB=-0.00815574,-0.00557966,-0.00559706;REVB=-0.029437,-0.00600024,-0.00386862;RO=1;SAF=0,0,2;SAR=2,3,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0.697199;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=-0.0256817,0.170065,0.0877684;OID=.,.,.;OPOS=76747085,76747082,76747082;OREF=T,TTTT,TTT;OALT=G,-,-;OMAPALT=GTTTG,G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.428571,0.285714,0.285714:2,3,2:20:6,4,4:14:0:4,0,3:2,4,1:0:0:19:1:0,0,2:2,3,0:0:1 chr12 77216281 . G A 222.62 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.00971677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.656;QD=18.9462;RBI=0.0109466;REFB=-0.00330952;REVB=0.00504098;RO=25;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00369256;STB=0.50209;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00466042;OID=.;OPOS=77216281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:14:8:9:16:14:8:9:16 chr12 77256681 . T G 137.81 PASS AF=0.327273;AO=18;DP=55;FAO=18;FDP=55;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.00964683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2242;QD=10.0226;RBI=0.0238159;REFB=0.00803985;REVB=0.0217747;RO=37;SAF=14;SAR=4;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.410714;STB=0.744397;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0145298;OID=.;OPOS=77256681;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:37:37:18:18:0.327273:4:14:16:21:4:14:16:21 chr12 77417509 . G T 757.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0474534;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.125;QD=57.1651;RBI=0.0474577;REFB=0;REVB=-0.000637052;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00204539;OID=.;OPOS=77417509;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:25:27:0:0:25:28:0:0 chr12 77423619 . T C 226.99 PASS AF=0.65625;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0230872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6944;QD=28.3737;RBI=0.0395806;REFB=-0.0397524;REVB=-0.0321497;RO=11;SAF=13;SAR=8;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136598;STB=0.575096;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0200143;OID=.;OPOS=77423619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:11:11:21:21:0.65625:8:13:9:2:8:13:9:2 chr12 77449790 . A G 1492.59 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000783925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.224;QD=58.533;RBI=0.010975;REFB=0.0140386;REVB=0.0109469;RO=0;SAF=38;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.37233e-08;STB=0.506492;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-5.23681e-05;OID=.;OPOS=77449790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:102:102:0:1:101:101:0.990196:63:38:0:0:63:38:1:0 chr12 78225374 . A G 851.15 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.043;QD=57.7052;RBI=0.0416144;REFB=0;REVB=-0.0176244;RO=0;SAF=23;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39735e-05;OID=.;OPOS=78225374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:36:23:0:0:36:23:0:0 chr12 78530979 . G A,T 513.13 PASS AF=0.861111,0.138889;AO=31,4;DP=35;FAO=31,5;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15,2;FSAR=16,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01862,0.0117132;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=136.765,101.994;QD=57.0145;RBI=0.0211877,0.0254429;REFB=0,0;REVB=0.0101103,0.0225863;RO=0;SAF=15,1;SAR=16,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00056936,0.0481313;OID=.,.;OPOS=78530979,78530979;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:21:35:36:0:0:31,4:31,5:0.861111,0.138889:16,3:15,1:0:0:16,3:15,2:0:0 chr12 78542611 . A AT,T 38.6 PASS AF=0.225,0;AO=4,3;DP=40;FAO=9,0;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=8,0;FSAR=1,0;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.11607,-0.0580418;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=20.6819,40.0589;QD=3.85995;RBI=0.118213,0.0589144;REFB=-0.0534583,-0.0314291;REVB=-0.0224094,0.0101021;RO=33;SAF=4,2;SAR=0,1;SRF=15;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.611962,0.213238;STB=0.87774,0.5;STBP=0.024,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.142495,0;OID=.,.;OPOS=78542612,78542611;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:40:40:33:31:4,3:9,0:0.225,0:0,1:4,2:15:18:1,0:8,0:13:18 chr12 78542699 . T C 283.42 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00572761;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.69;QD=49.29;RBI=0.00696861;REFB=0.0185718;REVB=-0.00396938;RO=1;SAF=2;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182729;STB=0.599895;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.000294639;OID=.;OPOS=78542699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:20:2:1:0:20:2:1:0 chr12 78598891 . G A 369.36 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0037932;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.13;QD=22.0512;RBI=0.00413998;REFB=-0.0304716;REVB=-0.00165864;RO=30;SAF=14;SAR=23;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689761;STB=0.537971;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0223151;OID=.;OPOS=78598891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:23:14:9:21:23:14:9:21 chr12 79685913 . C A 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7565;QD=56.1906;RBI=0.0595305;REFB=0;REVB=-0.0582119;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000388138;OID=.;OPOS=79685913;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr12 79918717 . C T 392.29 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0612153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.7989;QD=50.6183;RBI=0.0672639;REFB=-0.0029163;REVB=-0.0278767;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.531229;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0013019;OID=.;OPOS=79918717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:0:2:29:29:0.935484:15:14:0:0:15:14:0:2 chr12 80014907 . A T 1489.5 PASS AF=0.969697;AO=96;DP=99;FAO=96;FDP=99;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0105009;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.546;QD=60.1817;RBI=0.0117021;REFB=0.00632746;REVB=0.00516425;RO=3;SAF=50;SAR=46;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299228;STB=0.515786;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-9.26987e-05;OID=.;OPOS=80014907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:99:99:3:3:96:96:0.969697:46:50:0:3:46:50:0:3 chr12 80190650 . C G 2216.69 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00638958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.855;QD=63.3339;RBI=0.00643557;REFB=0;REVB=-0.000768012;RO=0;SAF=63;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.46422e-05;OID=.;OPOS=80190650;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:77:63:0:0:77:63:0:0 chr12 80712420 . G A 706.66 PASS AF=0.616822;AO=64;DP=106;FAO=66;FDP=107;FR=.;FRO=41;FSAF=33;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00235608;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.914;QD=26.4174;RBI=0.0037895;REFB=-0.0177745;REVB=0.00296802;RO=41;SAF=32;SAR=32;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262799;STB=0.514014;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0101399;OID=.;OPOS=80712420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:41:41:64:66:0.616822:32:32:22:19:33:33:22:19 chr12 80735771 . T C 246.98 PASS AF=0.589744;AO=22;DP=40;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00176803;FXX=0.0487686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.966;QD=25.3309;RBI=0.0204585;REFB=-6.8682e-06;REVB=-0.020382;RO=16;SAF=18;SAR=4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397458;STB=0.726553;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.000303528;OID=.;OPOS=80735771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:16:16:22:23:0.589744:4:18:6:10:4:19:6:10 chr12 80737521 . C T 601.01 PASS AF=0.646341;AO=53;DP=81;FAO=53;FDP=82;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.024143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.046;QD=29.3178;RBI=0.0246831;REFB=-0.0275359;REVB=0.00513541;RO=28;SAF=17;SAR=36;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147765;STB=0.587794;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0184284;OID=.;OPOS=80737521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:28:29:53:53:0.646341:36:17:15:13:36:17:16:13 chr12 80747242 . A G 722.24 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.109089;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9002;QD=61.4674;RBI=0.109602;REFB=-0.13679;REVB=0.0105968;RO=1;SAF=17;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268486;STB=0.514279;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00490236;OID=.;OPOS=80747242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:47:1:1:46:46:0.978723:29:17:1:0:29:17:1:0 chr12 80752660 . A G 890.52 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0436479;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.07;QD=56.5412;RBI=0.0441155;REFB=-0.164448;REVB=0.00640602;RO=1;SAF=30;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154778;STB=0.508194;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00036286;OID=.;OPOS=80752660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:63:1:1:62:62:0.984127:32:30:1:0:32:30:1:0 chr12 80761430 . G A 347.98 PASS AF=0.521739;AO=35;DP=68;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0152432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.359;QD=20.1728;RBI=0.0156763;REFB=-0.0199222;REVB=-0.0036594;RO=33;SAF=12;SAR=23;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766018;STB=0.532116;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0277053;OID=.;OPOS=80761430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:33:33:35:36:0.521739:23:12:14:19:23:13:14:19 chr12 80761465 . G A 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171679;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.949;QD=57.5435;RBI=0.0349566;REFB=0;REVB=-0.0304504;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.04499e-05;OID=.;OPOS=80761465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:32:26:0:0:32:26:0:0 chr12 80765800 . A G 509.93 PASS AF=0.602564;AO=47;DP=79;FAO=47;FDP=78;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0075235;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.042;QD=26.1505;RBI=0.0134694;REFB=-0.00675504;REVB=0.0111723;RO=31;SAF=25;SAR=22;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105063;STB=0.557344;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00701536;OID=.;OPOS=80765800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:31:31:47:47:0.602564:22:25:12:19:22:25:12:19 chr12 80771813 . G A 496.35 PASS AF=0.552941;AO=47;DP=84;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0028385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.62;QD=23.3575;RBI=0.0190863;REFB=-0.0260457;REVB=-0.0188741;RO=36;SAF=28;SAR=19;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0991565;STB=0.555419;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0167708;OID=.;OPOS=80771813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:36:38:47:47:0.552941:19:28:17:19:19:28:18:20 chr12 80816492 . C T 219.52 PASS AF=0.4;AO=27;DP=66;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0243232;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1032;QD=13.5092;RBI=0.0563897;REFB=-0.00118322;REVB=-0.0508741;RO=39;SAF=12;SAR=15;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00897579;STB=0.507854;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00423712;OID=.;OPOS=80816492;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:39:39:27:26:0.4:15:12:17:22:15:11:17:22 chr12 80818876 . A G 905.29 PASS AF=0.572368;AO=87;DP=152;FAO=87;FDP=152;FR=.;FRO=65;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=37;FSRR=28;FWDB=-0.0280458;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.3046;QD=23.8235;RBI=0.030043;REFB=0.0260776;REVB=0.010771;RO=63;SAF=48;SAR=39;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00299184;STB=0.507577;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=-0.0142471;OID=.;OPOS=80818876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:152:63:65:87:87:0.572368:39:48:35:28:39:48:37:28 chr12 80828843 . A G 177.74 PASS AF=0.289157;AO=24;DP=83;FAO=24;FDP=83;FR=.;FRO=59;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.00989538;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.323;QD=8.56567;RBI=0.0113847;REFB=-0.00437362;REVB=0.00562971;RO=59;SAF=10;SAR=14;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0497472;STB=0.529628;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0119635;OID=.;OPOS=80828843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:59:59:24:24:0.289157:14:10:27:32:14:10:27:32 chr12 80838175 . C T 151.11 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0326996;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0254;QD=11.1936;RBI=0.0619085;REFB=-0.0207637;REVB=-0.052568;RO=34;SAF=8;SAR=11;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150851;STB=0.596798;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0297718;OID=.;OPOS=80838175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:34:35:19:19:0.351852:11:8:19:15:11:8:20:15 chr12 80838564 . C T 484.62 PASS AF=0.346821;AO=60;DP=173;FAO=60;FDP=173;FR=.;FRO=113;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=66;FSRR=47;FWDB=-0.0208417;FXX=0.0057468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.625;QD=11.2052;RBI=0.0333343;REFB=-0.0047124;REVB=-0.0260154;RO=113;SAF=30;SAR=30;SRF=66;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960908;STB=0.554895;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.00754678;OID=.;OPOS=80838564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:113:113:60:60:0.346821:30:30:66:47:30:30:66:47 chr12 80878317 . G A 118.61 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.00988989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.895;QD=7.77766;RBI=0.0156723;REFB=-0.0111001;REVB=-0.0121577;RO=43;SAF=9;SAR=8;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343236;STB=0.528122;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0419404;OID=.;OPOS=80878317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:44:17:17:0.278689:8:9:24:19:8:9:25:19 chr12 80889829 . T A 216.59 PASS AF=0.256;AO=31;DP=125;FAO=32;FDP=125;FR=.;FRO=93;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=49;FSRR=44;FWDB=7.62809e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.41;QD=6.93102;RBI=0.00235776;REFB=-0.00585023;REVB=-0.00235653;RO=92;SAF=19;SAR=12;SRF=48;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115106;STB=0.574901;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0134265;OID=.;OPOS=80889829;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:92:93:31:32:0.256:12:19:48:44:12:20:49:44 chr12 80890163 . T C 127.39 PASS AF=0.309091;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=55;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0237114;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.07;QD=9.26444;RBI=0.028324;REFB=-0.0222207;REVB=0.0154926;RO=38;SAF=5;SAR=12;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221239;STB=0.632864;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0477984;OID=.;OPOS=80890163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:38:38:17:17:0.309091:12:5:18:20:12:5:18:20 chr12 80900348 . T G 32.81 PASS AF=0.133333;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=45;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=30;FWDB=0.0928467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.143;QD=2.91669;RBI=0.095676;REFB=-0.0020595;REVB=-0.0230953;RO=39;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.493933;STB=0.830374;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.02409;OID=.;OPOS=80900348;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:45:39:39:6:6:0.133333:2:4:9:30:2:4:9:30 chr12 80933609 . A G 164.17 PASS AF=0.355932;AO=21;DP=59;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00346449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.65;QD=11.1305;RBI=0.00952584;REFB=-0.0173256;REVB=0.0088735;RO=36;SAF=13;SAR=8;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247722;STB=0.658081;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0240899;OID=.;OPOS=80933609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:38:21:21:0.355932:8:13:14:22:8:13:14:24 chr12 80935345 . T C 1245.59 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00473082;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.9718;QD=61.5107;RBI=0.0199127;REFB=0;REVB=0.0193425;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.75191e-05;OID=.;OPOS=80935345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:40:41:0:0:40:41:0:0 chr12 80935411 . G C 440.77 PASS AF=0.383459;AO=51;DP=133;FAO=51;FDP=133;FR=.;FRO=82;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=38;FWDB=-0.00454802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.276;QD=13.2561;RBI=0.0366977;REFB=0.0349999;REVB=-0.0364147;RO=82;SAF=27;SAR=24;SRF=44;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00782853;STB=0.504439;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.0686415;OID=.;OPOS=80935411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:82:82:51:51:0.383459:24:27:44:38:24:27:44:38 chr12 80936082 . C T 904.4 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00140065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.93;QD=57.4221;RBI=0.00289066;REFB=0;REVB=0.00252865;RO=1;SAF=34;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136847;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82085e-05;OID=.;OPOS=80936082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:1:0:62:63:1:28:34:1:0:28:35:0:0 chr12 81028838 . C T 1325.25 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343421;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.738;QD=62.3649;RBI=0.0487929;REFB=0;REVB=0.0346607;RO=0;SAF=34;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001473;OID=.;OPOS=81028838;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:83:85:1:49:34:0:0:49:36:0:0 chr12 81329536 . A C 567.8 PASS AF=0.621951;AO=51;DP=82;FAO=51;FDP=82;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0898678;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5461;QD=27.6974;RBI=0.115677;REFB=-0.0404263;REVB=0.072835;RO=30;SAF=19;SAR=32;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135827;STB=0.568581;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0230409;OID=.;OPOS=81329536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:30:31:51:51:0.621951:32:19:17:13:32:19:17:14 chr12 81545698 . G A 718.81 PASS AF=0.482993;AO=71;DP=148;FAO=71;FDP=147;FR=.;FRO=76;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=0.0119886;FXX=0.0134219;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.387;QD=19.5595;RBI=0.0163433;REFB=-0.014652;REVB=-0.0111075;RO=76;SAF=42;SAR=29;SRF=42;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373541;STB=0.520655;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0179666;OID=.;OPOS=81545698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:76:76:71:71:0.482993:29:42:42:34:29:42:42:34 chr12 82783668 . C T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.748;QD=59.8393;RBI=0.0223396;REFB=0;REVB=-0.00556014;RO=0;SAF=19;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0168e-05;OID=.;OPOS=82783668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:17:19:0:0:17:19:0:0 chr12 82792787 . C A 554.4 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.834;QD=59.9351;RBI=0.0248338;REFB=0;REVB=0.0207564;RO=0;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81801e-05;OID=.;OPOS=82792787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:26:9:0:0:28:9:0:0 chr12 83415669 . G A 604.83 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0901128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8478;QD=60.4829;RBI=0.123448;REFB=0;REVB=-0.0843747;RO=0;SAF=29;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00280036;OID=.;OPOS=83415669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:10:29:0:0:11:29:0:0 chr12 86374117 . A G 585.57 PASS AF=0.531532;AO=59;DP=111;FAO=59;FDP=111;FR=.;FRO=52;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0272322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.773;QD=21.1015;RBI=0.027838;REFB=-0.0246671;REVB=-0.00577596;RO=52;SAF=27;SAR=32;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198276;STB=0.510896;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0204809;OID=.;OPOS=86374117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:52:52:59:59:0.531532:32:27:25:27:32:27:25:27 chr12 88440676 . G C 1399.2 PASS AF=0.989011;AO=88;DP=89;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0114707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8367;QD=61.5035;RBI=0.0427887;REFB=0.00108019;REVB=0.0412225;RO=1;SAF=49;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00957343;STB=0.504949;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000170632;OID=.;OPOS=88440676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:91:1:1:88:90:0.989011:39:49:1:0:40:50:1:0 chr12 88505078 . T C 651.17 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0569702;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.4726;QD=60.5737;RBI=0.0850356;REFB=0;REVB=0.0631305;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196086;OID=.;OPOS=88505078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr12 88547277 . T C 805.07 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.43;QD=64.4053;RBI=0.042323;REFB=0;REVB=0.0268646;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339754;OID=.;OPOS=88547277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr12 89742102 . T A 211.76 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0074268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.807;QD=19.6981;RBI=0.00749296;REFB=-0.00769941;REVB=-0.000993515;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148248;STB=0.583258;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0064888;OID=.;OPOS=89742102;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:12:9:6:16:12:9:6:16 chr12 89743223 . G A 1600.76 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.058;QD=59.8416;RBI=0.0331249;REFB=0;REVB=0.0107666;RO=0;SAF=29;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103646;OID=.;OPOS=89743223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:107:0:0:106:107:1:77:29:0:0:78:29:0:0 chr12 89745477 . C A 271.47 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0553722;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0771;QD=14.6742;RBI=0.0559928;REFB=-0.0068913;REVB=0.00831382;RO=43;SAF=19;SAR=12;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336869;STB=0.519113;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0112456;OID=.;OPOS=89745477;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:12:19:25:18:12:19:25:18 chr12 91348786 . G T 629.98 PASS AF=0.890909;AO=49;DP=55;FAO=49;FDP=55;FR=.;FRO=6;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0239291;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=199.855;QD=45.8167;RBI=0.0239469;REFB=-0.156055;REVB=-0.000922421;RO=6;SAF=22;SAR=27;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447402;STB=0.523871;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00187332;OID=.;OPOS=91348786;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:55:55:6:6:49:49:0.890909:27:22:4:2:27:22:4:2 chr12 91449990 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.569;QD=56.1916;RBI=0.0169966;REFB=0;REVB=-0.00328606;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4699e-05;OID=.;OPOS=91449990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr12 91502250 . A G 408.54 PASS AF=0.384;AO=48;DP=125;FAO=48;FDP=125;FR=.;FRO=77;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=51;FWDB=0.00997094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.398;QD=13.0733;RBI=0.0140216;REFB=0.00594008;REVB=-0.00985825;RO=77;SAF=18;SAR=30;SRF=26;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043831;STB=0.524828;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=-0.0101556;OID=.;OPOS=91502250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:77:77:48:48:0.384:30:18:26:51:30:18:26:51 chr12 92380457 . G A 237.74 PASS AF=0.490566;AO=23;DP=51;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.000139457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0949;QD=17.9429;RBI=0.0211824;REFB=-0.0181542;REVB=0.0211819;RO=27;SAF=10;SAR=13;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149702;STB=0.566423;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0327513;OID=.;OPOS=92380457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:27:27:23:26:0.490566:13:10:16:11:14:12:16:11 chr12 92818786 . A G 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0168811;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=194.294;QD=19.646;RBI=0.0192437;REFB=0.00930018;REVB=0.00923848;RO=5;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801957;STB=0.571299;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=-0.00546939;OID=.;OPOS=92818786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:18:19:5:8:11:11:0.578947:5:6:2:3:5:6:3:5 chr12 92819139 . A C 104.49 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0130245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6845;QD=19.9023;RBI=0.0290545;REFB=-0.0325218;REVB=0.0259717;RO=9;SAF=11;SAR=1;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.532904;STB=0.814147;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0256115;OID=.;OPOS=92819139;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:1:11:4:5:1:11:4:5 chr12 92819466 . C T 300.54 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0057923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.04;QD=23.1185;RBI=0.0112308;REFB=-0.00211254;REVB=0.00962185;RO=21;SAF=13;SAR=17;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076945;STB=0.530243;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00146538;OID=.;OPOS=92819466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:21:22:30:30:0.576923:17:13:7:14:17:13:8:14 chr12 93102295 . G A 1407.74 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7962;QD=61.8787;RBI=0.0274743;REFB=0;REVB=-0.0110394;RO=0;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315303;OID=.;OPOS=93102295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:91:0:0:87:91:1:43:44:0:0:44:47:0:0 chr12 93147907 . A T 1513.28 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0766602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.287;QD=59.9321;RBI=0.0781361;REFB=0;REVB=0.0151147;RO=0;SAF=50;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242141;OID=.;OPOS=93147907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:51:50:0:0:51:50:0:0 chr12 93150102 . T C 598.78 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00388217;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.252;QD=61.4136;RBI=0.0245455;REFB=0;REVB=-0.0242366;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.02339e-05;OID=.;OPOS=93150102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr12 93155535 . G A 905.99 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0333881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.678;QD=56.6246;RBI=0.0394986;REFB=-0.0249325;REVB=0.0211039;RO=0;SAF=17;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505375;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.000162161;OID=.;OPOS=93155535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:64:0:1:62:63:0.984375:45:17:0:0:46:17:0:1 chr12 93166538 . A G 1116.02 PASS AF=0.88764;AO=79;DP=89;FAO=79;FDP=89;FR=.;FRO=10;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0027427;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.627;QD=50.1582;RBI=0.0169654;REFB=-0.0492591;REVB=0.0167422;RO=9;SAF=37;SAR=42;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00463007;STB=0.503567;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.000987558;OID=.;OPOS=93166538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:89:89:9:10:79:79:0.88764:42:37:4:5:42:37:5:5 chr12 93196422 . T G 317.21 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00773377;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=212.584;QD=45.3162;RBI=0.00998439;REFB=-0.085912;REVB=0.00631481;RO=3;SAF=12;SAR=13;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369702;STB=0.519984;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00068827;OID=.;OPOS=93196422;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:3:3:25:25:0.892857:13:12:2:1:13:12:2:1 chr12 93202801 . C T 1568.71 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.456;QD=63.3823;RBI=0.0471105;REFB=0;REVB=0.0459008;RO=1;SAF=51;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012308;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000917418;OID=.;OPOS=93202801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:99:1:0:89:99:1:38:51:0:1:47:52:0:0 chr12 93692934 . G A 393.32 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00525711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.32;QD=56.1887;RBI=0.00620095;REFB=0;REVB=0.00328856;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.02569e-06;OID=.;OPOS=93692934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:16:11:0:0:17:11:0:0 chr12 93744483 . C T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0167379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6441;QD=11.0919;RBI=0.0167714;REFB=-0.0263782;REVB=0.00105968;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621951;STB=0.538311;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0261543;OID=.;OPOS=93744483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:2:4:3:2:2:4 chr12 93803878 . GATT G 43.26 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0140086;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=3;MLLD=254.22;QD=15.7321;RBI=0.0193614;REFB=-0.0236643;REVB=0.013365;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545304;STBP=0.816;TYPE=del;VARB=0.0180154;OID=.;OPOS=93803879;OREF=ATT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455:6:12:6:11:5:3:3:3:2:31:4:3:3:2:2 chr12 93967035 . A G 1573.48 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0427753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.879;QD=59.9422;RBI=0.05725;REFB=0;REVB=0.0380505;RO=0;SAF=22;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.02264e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.73213e-05;OID=.;OPOS=93967035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:105:0:0:101:105:1:79:22:0:0:83:22:0:0 chr12 93967755 . T C 223.12 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.037972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.797;QD=49.5828;RBI=0.0542016;REFB=0;REVB=0.0386775;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000581127;OID=.;OPOS=93967755;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr12 93968197 . T C 520.0 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000518107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.111;QD=59.4285;RBI=0.0304482;REFB=0;REVB=0.0304438;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171411;OID=.;OPOS=93968197;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr12 93968256 . G A,T 684.33 PASS AF=0.977273,0.0227273;AO=40,4;DP=44;FAO=43,1;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=29,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0042765,-0.00150536;FXX=0.0222173;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=206.818,170.929;QD=62.2114;RBI=0.0156242,0.00829012;REFB=0,0;REVB=0.0150276,0.0081523;RO=0;SAF=12,1;SAR=28,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000687524,0.109959;OID=.,.;OPOS=93968256,93968256;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:44:44:0:0:40,4:43,1:0.977273,0.0227273:28,3:12,1:0:0:29,1:14,0:0:0 chr12 93968258 . T A 30.65 PASS AF=0.155556;AO=8;DP=44;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0321946;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=30.7863;QD=2.72446;RBI=0.0437356;REFB=-0.0277583;REVB=-0.0296026;RO=35;SAF=2;SAR=6;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958269;STB=0.530215;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0660168;OID=.;OPOS=93968258;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:44:45:35:38:8:7:0.155556:6:2:11:24:5:2:12:26 chr12 93968288 . CG AG,GT 758.38 PASS AF=0.958333,0.0416667;AO=39,2;DP=48;FAO=46,2;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=14,2;FSAR=32,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0175415,0.025177;FXX=0.020404;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=143.925,23.5863;QD=63.1986;RBI=0.0177678,0.0287014;REFB=0,0;REVB=0.00282653,-0.01378;RO=0;SAF=10,2;SAR=29,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.36384e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000288107,0.0314223;OID=.,.;OPOS=93968288,93968288;OREF=C,CG;OALT=A,GT;OMAPALT=AG,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:48:48:0:0:39,2:46,2:0.958333,0.0416667:29,0:10,2:0:0:32,0:14,2:0:0 chr12 93968353 . C CT,T 675.57 PASS AF=0.933333,0.0666667;AO=39,4;DP=48;FAO=42,3;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24,1;FSAR=18,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00268257,-0.0051454;FXX=0.0217344;HRUN=0,3;LEN=1,1;MLLD=105.302,92.0558;QD=60.0505;RBI=0.023123,0.0141267;REFB=0,0;REVB=0.0229669,0.0131563;RO=3;SAF=22,1;SAR=17,3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0139605,-0.305979;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000985725,-0.0398065;OID=.,.;OPOS=93968354,93968353;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:48:45:3:0:39,4:42,3:0.933333,0.0666667:17,3:22,1:2:1:18,2:24,1:0:0 chr12 94132186 . T A 396.82 PASS AF=0.58209;AO=38;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0183678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.372;QD=23.6908;RBI=0.0186168;REFB=-0.0083232;REVB=-0.00303514;RO=28;SAF=20;SAR=18;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157321;STB=0.57967;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00617809;OID=.;OPOS=94132186;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:28:28:38:39:0.58209:18:20:9:19:19:20:9:19 chr12 94243853 . C T 144.13 PASS AF=0.253012;AO=20;DP=83;FAO=21;FDP=83;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=24;FWDB=-0.0180935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.418;QD=6.94595;RBI=0.0252954;REFB=-0.0104004;REVB=-0.0176771;RO=62;SAF=10;SAR=10;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139923;STB=0.567067;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0586884;OID=.;OPOS=94243853;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:62:62:20:21:0.253012:10:10:38:24:10:11:38:24 chr12 94543506 . C T 356.08 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0558368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6496;QD=20.0611;RBI=0.0592196;REFB=-0.0391238;REVB=-0.0197285;RO=32;SAF=14;SAR=23;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105135;STB=0.545861;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.040196;OID=.;OPOS=94543506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:32:34:37:37:0.521127:23:14:16:16:23:14:16:18 chr12 94645255 . A G 1302.17 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.465;QD=62.0079;RBI=0.0167287;REFB=0;REVB=0.00157298;RO=0;SAF=46;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53263e-05;OID=.;OPOS=94645255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:38:46:0:0:38:46:0:0 chr12 94671743 . G C 1285.96 PASS AF=0.988506;AO=84;DP=86;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0281817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.0587;QD=59.1246;RBI=0.0358667;REFB=-0.0646508;REVB=0.0221858;RO=2;SAF=49;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00377208;STB=0.506848;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0018689;OID=.;OPOS=94671743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:87:2:1:84:86:0.988506:35:49:1:1:36:50:0:1 chr12 94673508 . TGCC CTGC,TG,TGC 208.79 PASS AF=0,0,1;AO=2,3,14;DP=21;FAO=0,0,21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,8;FSAR=0,0,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0704982,-0.0599013,-0.107698;FXX=0;HRUN=1,5,5;LEN=3,2,1;MLLD=4.27553,8.94351,15.0116;QD=39.769;RBI=0.174102,0.142308,0.261603;REFB=0,0,0;REVB=-0.15919,-0.129087,-0.238405;RO=0;SAF=1,1,4;SAR=1,2,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.365854,0.365854;SSSB=0,0,-3.63386e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,del;VARB=0,0,-0.015002;OID=.,.,.;OPOS=94673508,94673510,94673510;OREF=TGC,CC,C;OALT=CTG,-,-;OMAPALT=CTGC,TG,TGC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 3/3:3:21:21:0:0:2,3,14:0,0,21:0,0,1:1,2,10:1,1,4:0:0:0,0,13:0,0,8:0:0 chr12 94769758 . A G 1182.97 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.014397;FXX=0.0246883;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.631;QD=59.8972;RBI=0.0185425;REFB=-0.156756;REVB=-0.0116856;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.505746;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000125017;OID=.;OPOS=94769758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:79:0:1:78:78:0.987342:43:35:0:0:43:35:0:1 chr12 94772742 . C T 881.96 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0824627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.796;QD=57.8337;RBI=0.0849757;REFB=0;REVB=0.0205129;RO=0;SAF=16;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6631e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105758;OID=.;OPOS=94772742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:44:16:0:0:45:16:0:0 chr12 94909304 . A G 111.98 PASS AF=0.481481;AO=12;DP=25;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.00605415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.413;QD=16.59;RBI=0.0118975;REFB=-0.039363;REVB=0.010242;RO=13;SAF=0;SAR=12;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.773749;STB=0.599821;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0728054;OID=.;OPOS=94909304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:27:13:14:12:13:0.481481:12:0:2:11:12:1:2:12 chr12 94955644 . G T 182.88 PASS AF=0.315789;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0114727;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5418;QD=9.62514;RBI=0.0175282;REFB=-0.0195419;REVB=-0.013252;RO=49;SAF=10;SAR=14;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846589;STB=0.531224;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0340293;OID=.;OPOS=94955644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:76:49:52:24:24:0.315789:14:10:24:25:14:10:24:28 chr12 94972290 . C T 767.88 PASS AF=0.934426;AO=57;DP=61;FAO=57;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0565615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1193;QD=50.353;RBI=0.0651278;REFB=-0.102495;REVB=0.0322867;RO=4;SAF=21;SAR=36;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173566;STB=0.509222;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0397894;OID=.;OPOS=94972290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:61:61:4:4:57:57:0.934426:36:21:2:2:36:21:2:2 chr12 94975799 . G A 909.01 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00759843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.57;QD=57.7149;RBI=0.0154998;REFB=0;REVB=0.0135095;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141413;OID=.;OPOS=94975799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:61:63:1:29:32:0:0:31:32:0:0 chr12 94976084 . T C 1307.31 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194243;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.336;QD=62.2531;RBI=0.0228526;REFB=0;REVB=0.0120389;RO=0;SAF=43;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141868;OID=.;OPOS=94976084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:85:84:1:42:43:0:0:42:42:0:0 chr12 94976159 . T C 41.96 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0153923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.929;QD=4.41691;RBI=0.0194568;REFB=-0.00230822;REVB=0.0119015;RO=30;SAF=2;SAR=5;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264104;STB=0.668791;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0133712;OID=.;OPOS=94976159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:30:31:7:7:0.184211:5:2:15:15:5:2:15:16 chr12 95474750 . C T 214.0 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0360898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.409;QD=20.878;RBI=0.0387766;REFB=-0.0529072;REVB=-0.014183;RO=20;SAF=10;SAR=11;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150015;STB=0.584217;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0373948;OID=.;OPOS=95474750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:11:10:13:7:11:10:13:7 chr12 95500727 . C G 514.19 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0325976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5045;QD=54.1253;RBI=0.0983937;REFB=-0.0788326;REVB=0.0928371;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526301;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00508773;OID=.;OPOS=95500727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:38:38:0:2:36:36:0.947368:18:18:0:0:18:18:0:2 chr12 95703764 . CTTTTTTTG CTTTTTTG,CTTTTTTGT 42.17 PASS AF=0.212963,0.0185185;AO=31,5;DP=110;FAO=23,2;FDP=108;FR=.;FRO=83;FSAF=7,1;FSAR=16,1;FSRF=46;FSRR=37;FWDB=0.0514109,0.00249013;FXX=0.00917347;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=8.19337,141.79;QD=1.56202;RBI=0.101425,0.0372373;REFB=-0.122366,-0.0059348;REVB=-0.0874295,-0.0371539;RO=62;SAF=8,1;SAR=23,4;SRF=40;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.438158,-0.441581;STB=0.695482,0.552422;STBP=0.042,0.865;TYPE=del,mnp;VARB=0.100881,0.020343;OID=.,.;OPOS=95703765,95703771;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=CTTTTTTG,CTTTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.212963,0.0185185:31,5:110:23,2:108:83:7,1:16,1:46:37:35:62:8,1:23,4:40:22 chr12 95906603 . C A 1008.43 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.574;QD=59.3197;RBI=0.0168754;REFB=0;REVB=-0.00792705;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.49274e-05;OID=.;OPOS=95906603;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:39:29:0:0:39:29:0:0 chr12 95927761 . G GC 612.72 PASS AF=1;AO=8;DP=72;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112982;FXX=0.205852;HRUN=0;LEN=1;MLLD=28.7638;QD=45.3868;RBI=0.115786;REFB=0;REVB=0.0253276;RO=64;SAF=7;SAR=1;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.485159;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00765709;OID=.;OPOS=95927762;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:72:54:54:0:31:23:0:0:4:64:7:1:30:34 chr12 95927762 . T C 824.7 PASS AF=0.898551;AO=61;DP=69;FAO=62;FDP=69;FR=.;FRO=7;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.106606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2938;QD=47.8089;RBI=0.114883;REFB=-0.122285;REVB=0.0428147;RO=7;SAF=27;SAR=34;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0804785;STB=0.541185;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0084995;OID=.;OPOS=95927762;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:69:69:7:7:61:62:0.898551:34:27:6:1:34:28:6:1 chr12 96260947 . A G 150.08 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0245576;FXX=0.0344768;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1725;QD=10.7199;RBI=0.0865532;REFB=-0.0176076;REVB=-0.0829963;RO=35;SAF=7;SAR=12;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224678;STB=0.614679;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0335431;OID=.;OPOS=96260947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:35:37:19:19:0.339286:12:7:20:15:12:7:20:17 chr12 96284650 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00712228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.617;QD=62.0219;RBI=0.0165322;REFB=0;REVB=-0.0149193;RO=0;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.41606e-05;OID=.;OPOS=96284650;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:27:15:0:0:27:15:0:0 chr12 96288860 . T C 1145.09 PASS AF=0.653061;AO=94;DP=145;FAO=96;FDP=147;FR=.;FRO=51;FSAF=35;FSAR=61;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0134417;FXX=0.0067563;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.064;QD=31.1589;RBI=0.0209197;REFB=-0.0287473;REVB=0.0160297;RO=50;SAF=34;SAR=60;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106723;STB=0.552804;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0131907;OID=.;OPOS=96288860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:147:50:51:94:96:0.653061:60:34:26:24:61:35:26:25 chr12 96346594 . T C 306.79 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.023964;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1049;QD=26.6776;RBI=0.0243741;REFB=0.0108084;REVB=-0.00445241;RO=19;SAF=14;SAR=13;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00582875;STB=0.503223;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=-0.00706148;OID=.;OPOS=96346594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:19:19:27:27:0.586957:13:14:10:9:13:14:10:9 chr12 96374563 . T C 214.38 PASS AF=0.287129;AO=29;DP=102;FAO=29;FDP=101;FR=.;FRO=72;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=45;FWDB=-0.00838592;FXX=0.00980296;HRUN=4;LEN=1;MLLD=286.078;QD=8.49015;RBI=0.0139901;REFB=-0.00262759;REVB=0.0111982;RO=68;SAF=11;SAR=18;SRF=25;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147875;STB=0.503266;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00630611;OID=.;OPOS=96374563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:68:72:29:29:0.287129:18:11:25:43:18:11:27:45 chr12 96374614 . C T 198.07 PASS AF=0.352113;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=-0.000405679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.065;QD=11.1586;RBI=0.00716456;REFB=-0.0187488;REVB=-0.00715307;RO=45;SAF=8;SAR=17;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101023;STB=0.54542;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0332015;OID=.;OPOS=96374614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:45:46:25:25:0.352113:17:8:11:34:17:8:12:34 chr12 96387621 . A G 569.38 PASS AF=0.675676;AO=50;DP=74;FAO=50;FDP=74;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0407589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3974;QD=30.7773;RBI=0.0412505;REFB=0.0253423;REVB=-0.00634999;RO=24;SAF=21;SAR=29;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098599;STB=0.553414;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.0120589;OID=.;OPOS=96387621;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:24:24:50:50:0.675676:29:21:14:10:29:21:14:10 chr12 96641003 . A G 35.9 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0278949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.3087;QD=6.24281;RBI=0.0561006;REFB=0.00659578;REVB=-0.048674;RO=17;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100585;STB=0.565004;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=-0.0196093;OID=.;OPOS=96641003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:3:3:7:10:3:3:7:10 chr12 96661610 . TAAAAG T 242.13 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00300304;FXX=0.049975;HRUN=4;LEN=5;MLLD=270.4;QD=50.9755;RBI=0.00550984;REFB=0;REVB=-0.00461953;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-5.10445e-06;OID=.;OPOS=96661611;OREF=AAAAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:19:19:19:0:6:13:0:0:4:0:6:12:0:0 chr12 96821251 . A T 1430.96 PASS AF=0.980198;AO=98;DP=101;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0645845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0143;QD=56.6717;RBI=0.087432;REFB=-0.187794;REVB=0.0589339;RO=1;SAF=39;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012006;STB=0.501971;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00476364;OID=.;OPOS=96821251;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:101:1:2:98:99:0.980198:59:39:1:0:59:40:1:1 chr12 96900801 . G T 428.64 PASS AF=0.602941;AO=40;DP=67;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00631035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.761;QD=25.214;RBI=0.00638328;REFB=-0.0245051;REVB=-0.000962155;RO=27;SAF=22;SAR=18;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233155;STB=0.517033;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0175298;OID=.;OPOS=96900801;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:27:27:40:41:0.602941:18:22:14:13:18:23:14:13 chr12 96992494 . C T 393.06 PASS AF=0.526316;AO=38;DP=74;FAO=40;FDP=76;FR=.;FRO=36;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0286621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.611;QD=20.6873;RBI=0.0290882;REFB=-0.0213961;REVB=-0.00496073;RO=33;SAF=23;SAR=15;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103228;STB=0.574287;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0136287;OID=.;OPOS=96992494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:33:36:38:40:0.526316:15:23:16:17:15:25:17:19 chr12 97098549 . T C 446.93 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2857;QD=57.6687;RBI=0.029084;REFB=0;REVB=0.0244038;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000849965;OID=.;OPOS=97098549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr12 97102578 . G A 289.2 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5663;QD=52.5811;RBI=0.029278;REFB=0;REVB=-0.00518285;RO=0;SAF=4;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000981095;OID=.;OPOS=97102578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:18:4:0:0:18:4:0:0 chr12 97114231 . G A 462.39 PASS AF=0.632353;AO=43;DP=68;FAO=43;FDP=68;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0245332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.112;QD=27.1996;RBI=0.0296528;REFB=0.0116117;REVB=0.0166557;RO=25;SAF=22;SAR=21;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102103;STB=0.555606;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.00635108;OID=.;OPOS=97114231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:25:25:43:43:0.632353:21:22:9:16:21:22:9:16 chr12 97133737 . T G 243.23 PASS AF=0.261194;AO=35;DP=133;FAO=35;FDP=134;FR=.;FRO=99;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=72;FSRR=27;FWDB=-0.000802545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.479;QD=7.26073;RBI=0.0194452;REFB=-0.00421322;REVB=0.0194287;RO=98;SAF=24;SAR=11;SRF=71;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570952;STB=0.536565;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0147261;OID=.;OPOS=97133737;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:98:99:35:35:0.261194:11:24:71:27:11:24:72:27 chr12 97136218 . T C 669.74 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3056;QD=62.3013;RBI=0.111058;REFB=0;REVB=0.101934;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00089808;OID=.;OPOS=97136218;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr12 97136239 . G A 870.26 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151983;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.319;QD=58.0173;RBI=0.0176359;REFB=0;REVB=0.00894633;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50636e-05;OID=.;OPOS=97136239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:29:30:0:0:29:31:0:0 chr12 97254620 . G A 1962.02 PASS AF=1;AO=125;DP=129;FAO=130;FDP=130;FR=.;FRO=0;FSAF=75;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111199;FXX=0.00763301;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.233;QD=60.3699;RBI=0.0473658;REFB=-0.145491;REVB=0.046042;RO=2;SAF=73;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179208;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000843488;OID=.;OPOS=97254620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:129:130:2:0:125:130:1:52:73:0:2:55:75:0:0 chr12 98332904 . TCA T 84.77 PASS AF=0.282051;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0020039;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=2;MLLD=255.85;QD=8.69457;RBI=0.00883776;REFB=-0.00996811;REVB=0.00860758;RO=26;SAF=6;SAR=5;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819496;STB=0.544943;STBP=0.75;TYPE=del;VARB=0.0242154;OID=.;OPOS=98332905;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.282051:11:40:11:39:28:6:5:17:11:84:26:6:5:16:10 chr12 98811687 . G C 290.51 PASS AF=0.345794;AO=37;DP=107;FAO=37;FDP=107;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=55;FSRR=15;FWDB=-0.0132636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9992;QD=10.8603;RBI=0.0482756;REFB=-0.00412488;REVB=-0.0464178;RO=70;SAF=20;SAR=17;SRF=55;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292676;STB=0.665719;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0078539;OID=.;OPOS=98811687;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:70:70:37:37:0.345794:17:20:55:15:17:20:55:15 chr12 98849314 . A T 152.68 PASS AF=0.3;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0171387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9048;QD=8.72443;RBI=0.0272846;REFB=0.00332185;REVB=-0.02123;RO=47;SAF=16;SAR=5;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297181;STB=0.667525;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=-0.0108605;OID=.;OPOS=98849314;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:47:49:21:21:0.3:5:16:25:22:5:16:27:22 chr12 98897267 . C T 293.6 PASS AF=0.525424;AO=31;DP=59;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0196117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.382;QD=19.9052;RBI=0.0362146;REFB=0.0154171;REVB=0.0304447;RO=28;SAF=16;SAR=15;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0746196;STB=0.541458;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.0137892;OID=.;OPOS=98897267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:28:28:31:31:0.525424:15:16:12:16:15:16:12:16 chr12 98940228 . A AT 65.18 PASS AF=0.351351;AO=12;DP=38;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.104727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.6159;QD=7.04635;RBI=0.133088;REFB=0.014379;REVB=0.0821261;RO=25;SAF=8;SAR=4;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0809768;STB=0.605213;STBP=0.345;TYPE=ins;VARB=-0.00715583;OID=.;OPOS=98940229;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.351351:12:38:13:37:24:9:4:13:11:65:25:8:4:15:10 chr12 99007623 . C T 180.4 PASS AF=0.311688;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.0166188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1717;QD=9.37138;RBI=0.0419516;REFB=-0.00857346;REVB=-0.0385195;RO=51;SAF=16;SAR=8;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120995;STB=0.560696;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0292025;OID=.;OPOS=99007623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:51:53:24:24:0.311688:8:16:29:22:8:16:31:22 chr12 99477625 . T C 630.5 PASS AF=0.595745;AO=56;DP=94;FAO=56;FDP=94;FR=.;FRO=38;FSAF=39;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.0116597;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8814;QD=26.8299;RBI=0.0131554;REFB=-0.00269716;REVB=-0.00609229;RO=38;SAF=39;SAR=17;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30885;STB=0.668684;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00166523;OID=.;OPOS=99477625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:38:38:56:56:0.595745:17:39:11:27:17:39:11:27 chr12 99640428 . T C 631.36 PASS AF=0.558559;AO=61;DP=111;FAO=62;FDP=111;FR=.;FRO=49;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.0041951;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.053;QD=22.7518;RBI=0.00706055;REFB=-0.0165888;REVB=-0.00567913;RO=49;SAF=33;SAR=28;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173201;STB=0.596976;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0133299;OID=.;OPOS=99640428;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:49:49:61:62:0.558559:28:33:16:33:28:34:16:33 chr12 99640557 . T C 705.64 PASS AF=0.631068;AO=64;DP=102;FAO=65;FDP=103;FR=.;FRO=38;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0284775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.961;QD=27.4035;RBI=0.0289008;REFB=-0.0264338;REVB=0.00492833;RO=38;SAF=32;SAR=32;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108535;STB=0.560972;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0171382;OID=.;OPOS=99640557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:38:38:64:65:0.631068:32:32:13:25:32:33:13:25 chr12 100594665 . C T 1040.81 PASS AF=0.607595;AO=96;DP=158;FAO=96;FDP=158;FR=.;FRO=62;FSAF=28;FSAR=68;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.000906188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.176;QD=26.3497;RBI=0.022205;REFB=0.00610174;REVB=-0.0221865;RO=62;SAF=28;SAR=68;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131449;STB=0.571413;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.00605014;OID=.;OPOS=100594665;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:62:62:96:96:0.607595:68:28:28:34:68:28:28:34 chr12 100676775 . G A 406.92 PASS AF=0.506173;AO=41;DP=81;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.00666777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.275;QD=20.0948;RBI=0.0101601;REFB=-0.0111333;REVB=-0.00766608;RO=40;SAF=19;SAR=22;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099101;STB=0.554928;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00960544;OID=.;OPOS=100676775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:40:40:41:41:0.506173:22:19:23:17:22:19:23:17 chr12 100720983 . TA AT,T 71.58 PASS AF=0.075,0.225;AO=3,19;DP=69;FAO=6,18;FDP=80;FR=.;FRO=56;FSAF=0,5;FSAR=6,13;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.00755829,0.0416082;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=143.377,11.6278;QD=3.57912;RBI=0.115043,0.296998;REFB=-0.00593708,-0.102284;REVB=-0.114794,-0.294069;RO=43;SAF=1,4;SAR=2,15;SRF=31;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.37254,-0.560947;STB=0.998391,0.721975;STBP=0.005,0.043;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0689562,0.0593527;OID=.,.;OPOS=100720983,100720984;OREF=TA,A;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:39:69:80:43:56:3,19:6,18:0.075,0.225:2,15:1,4:31:12:6,13:0,5:32:24 chr12 100732307 . C G 173.0 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00454568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.951;QD=11.3439;RBI=0.0160276;REFB=-0.00194909;REVB=-0.0153695;RO=39;SAF=14;SAR=8;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543409;STB=0.531616;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00205924;OID=.;OPOS=100732307;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:39:39:22:22:0.360656:8:14:23:16:8:14:23:16 chr12 100732327 . C T 429.41 PASS AF=0.602941;AO=41;DP=67;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0475196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5901;QD=25.2593;RBI=0.047989;REFB=-0.00528191;REVB=0.00669611;RO=26;SAF=23;SAR=18;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436458;STB=0.517033;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00313273;OID=.;OPOS=100732327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:26:27:41:41:0.602941:18:23:13:13:18:23:14:13 chr12 100774548 . G A 460.51 PASS AF=0.571429;AO=44;DP=77;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.0111363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0087;QD=23.9224;RBI=0.0120704;REFB=-0.00968111;REVB=0.00465587;RO=32;SAF=27;SAR=17;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160296;STB=0.503417;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.00564221;OID=.;OPOS=100774548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:32:33:44:44:0.571429:17:27:19:13:17:27:20:13 chr12 100893636 . C T 713.58 PASS AF=0.628866;AO=60;DP=96;FAO=61;FDP=97;FR=.;FRO=36;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.00917226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9901;QD=29.4258;RBI=0.0181662;REFB=0.0115398;REVB=-0.0156805;RO=36;SAF=32;SAR=28;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112853;STB=0.557865;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.0133816;OID=.;OPOS=100893636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:36:36:60:61:0.628866:28:32:25:11:28:33:25:11 chr12 101017445 . T C 1264.34 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0202699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.635;QD=60.2065;RBI=0.0488972;REFB=-0.0218716;REVB=0.044498;RO=1;SAF=35;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133379;STB=0.507041;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=6.91526e-05;OID=.;OPOS=101017445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:84:1:1:82:83:0.988095:47:35:1:0:48:35:1:0 chr12 101336201 . G C 509.94 PASS AF=0.52;AO=52;DP=103;FAO=52;FDP=100;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=46;FSRF=10;FSRR=38;FWDB=-0.00915238;FXX=0.0291234;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.574;QD=20.3975;RBI=0.0137271;REFB=-0.0150796;REVB=0.0102307;RO=45;SAF=6;SAR=46;SRF=9;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15064;STB=0.593508;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.016276;OID=.;OPOS=101336201;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:100:45:48:52:52:0.52:46:6:9:36:46:6:10:38 chr12 101552075 . G A 1399.76 PASS AF=0.989011;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00335297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.411;QD=61.5281;RBI=0.0374267;REFB=0.0612038;REVB=0.0372762;RO=0;SAF=44;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15792e-08;STB=0.505617;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00320503;OID=.;OPOS=101552075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:91:0:1:90:90:0.989011:46:44:0:0:46:44:1:0 chr12 101560328 . C A 970.4 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0576;QD=58.8123;RBI=0.0274426;REFB=0;REVB=-0.0231017;RO=0;SAF=29;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000220314;OID=.;OPOS=101560328;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:66:0:0:64:66:1:35:29:0:0:36:30:0:0 chr12 101561940 . A T 575.37 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.966;QD=60.5648;RBI=0.0679507;REFB=0;REVB=0.0638498;RO=0;SAF=11;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293048;OID=.;OPOS=101561940;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:27:11:0:0:27:11:0:0 chr12 101587518 . C T 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.008;QD=60.9777;RBI=0.0498013;REFB=0;REVB=0.0461892;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.61897e-05;OID=.;OPOS=101587518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr12 101680131 . T C 491.87 PASS AF=0.490566;AO=51;DP=105;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=0.00721984;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3823;QD=18.561;RBI=0.0135289;REFB=-0.00561195;REVB=-0.0114414;RO=54;SAF=32;SAR=19;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872909;STB=0.552071;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0060475;OID=.;OPOS=101680131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:54:54:51:52:0.490566:19:32:29:25:19:33:29:25 chr12 101683929 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=20;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.39;QD=56.1913;RBI=0.0447081;REFB=0;REVB=0.0126804;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149377;OID=.;OPOS=101683929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:20:28:1:9:11:0:0:10:18:0:0 chr12 101685783 . C T 684.9 PASS AF=0.615385;AO=64;DP=105;FAO=64;FDP=104;FR=.;FRO=40;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0230036;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.538;QD=26.3425;RBI=0.0234415;REFB=-0.0206697;REVB=0.00450958;RO=40;SAF=34;SAR=30;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145319;STB=0.578829;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0130383;OID=.;OPOS=101685783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:40:40:64:64:0.615385:30:34:13:27:30:34:13:27 chr12 101723197 . C T 245.63 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0113375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.669;QD=23.9639;RBI=0.035913;REFB=0.00840692;REVB=-0.0340765;RO=18;SAF=9;SAR=14;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173865;STB=0.59693;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=-0.0088875;OID=.;OPOS=101723197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:14:9:11:7:14:9:11:7 chr12 101732670 . C T 75.13 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0168497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.817;QD=11.1298;RBI=0.0204047;REFB=-0.00824752;REVB=-0.0115083;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092771;STB=0.555446;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.017111;OID=.;OPOS=101732670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:5:5:10:7:5:5:10:7 chr12 101734349 . G A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00995921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.668;QD=16.8838;RBI=0.0397341;REFB=-0.0106992;REVB=-0.0384657;RO=17;SAF=9;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121036;STB=0.569527;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00417889;OID=.;OPOS=101734349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:6:9:8:9:6:9:8:9 chr12 101750814 . T A 815.44 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00999437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.295;QD=57.2237;RBI=0.0239797;REFB=0;REVB=-0.0217976;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.80844e-05;OID=.;OPOS=101750814;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:26:30:0:0:27:30:0:0 chr12 101755809 . T C 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136609;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.86;QD=61.2132;RBI=0.0276974;REFB=0;REVB=0.0240941;RO=0;SAF=47;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8989e-05;OID=.;OPOS=101755809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:32:47:0:0:32:47:0:0 chr12 101757446 . T C 530.31 PASS AF=0.555556;AO=48;DP=88;FAO=50;FDP=90;FR=.;FRO=40;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=-0.0102216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.692;QD=23.5692;RBI=0.0106987;REFB=-0.00267812;REVB=0.00315917;RO=40;SAF=17;SAR=31;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105233;STB=0.543842;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00193546;OID=.;OPOS=101757446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:90:40:40:48:50:0.555556:31:17:19:21:31:19:19:21 chr12 101866174 . C A 834.36 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7609;QD=57.5419;RBI=0.0360454;REFB=0;REVB=-0.0334217;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000379442;OID=.;OPOS=101866174;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:28:30:0:0:28:30:0:0 chr12 102036305 . C T 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.067;QD=57.5434;RBI=0.064254;REFB=0;REVB=0.0392207;RO=0;SAF=18;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247828;OID=.;OPOS=102036305;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:40:18:0:0:40:18:0:0 chr12 102045163 . C G 109.24 PASS AF=0.27451;AO=14;DP=51;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00317804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0797;QD=8.56756;RBI=0.0672852;REFB=-0.00122038;REVB=-0.0672101;RO=37;SAF=6;SAR=8;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132592;STB=0.58089;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0023036;OID=.;OPOS=102045163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:37:37:14:14:0.27451:8:6:20:17:8:6:20:17 chr12 102064118 . T C 1572.15 PASS AF=0.99;AO=99;DP=100;FAO=99;FDP=100;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0385727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7011;QD=62.8858;RBI=0.045013;REFB=-0.0900869;REVB=-0.0232016;RO=1;SAF=35;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00735487;STB=0.503875;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000848786;OID=.;OPOS=102064118;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:100:100:1:1:99:99:0.99:64:35:0:1:64:35:0:1 chr12 102079418 . G A 427.27 PASS AF=0.455446;AO=45;DP=100;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.0112197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.544;QD=16.9215;RBI=0.0170883;REFB=-0.0282694;REVB=0.0128891;RO=55;SAF=21;SAR=24;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130531;STB=0.566009;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0330212;OID=.;OPOS=102079418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:55:55:45:46:0.455446:24:21:33:22:24:22:33:22 chr12 102108345 . T C 765.4 PASS AF=0.606838;AO=51;DP=116;FAO=71;FDP=117;FR=.;FRO=46;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0216382;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=43.7977;QD=26.1675;RBI=0.0247154;REFB=0.00348625;REVB=0.0119431;RO=23;SAF=29;SAR=22;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273428;STB=0.522425;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.00175561;OID=.;OPOS=102108345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:23:46:51:71:0.606838:22:29:12:11:33:38:22:24 chr12 102117589 . C T 1521.18 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0103443;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.878;QD=61.462;RBI=0.0113623;REFB=-0.164489;REVB=-0.00470075;RO=0;SAF=43;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.50386e-08;STB=0.509257;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.000644457;OID=.;OPOS=102117589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:99:0:2:97:97:0.979798:54:43:0:0:53:44:0:2 chr12 102158763 . T C 612.46 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.414;QD=61.2464;RBI=0.0212383;REFB=0;REVB=0.00307132;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102846;OID=.;OPOS=102158763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:21:18:0:0:22:18:0:0 chr12 102173654 . T C 1158.78 PASS AF=0.940476;AO=79;DP=86;FAO=79;FDP=84;FR=.;FRO=5;FSAF=49;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0662554;FXX=0.0232531;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.189;QD=55.18;RBI=0.0684063;REFB=-0.0517965;REVB=0.0170191;RO=3;SAF=49;SAR=30;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281023;STB=0.511416;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00252469;OID=.;OPOS=102173654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:86:84:3:5:79:79:0.940476:30:49:3:0:30:49:4:1 chr12 102279193 . G A 632.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7361;QD=61.6781;RBI=0.0378606;REFB=0;REVB=-0.035933;RO=0;SAF=28;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000272528;OID=.;OPOS=102279193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:13:28:0:0:13:28:0:0 chr12 102315358 . TG T,TT 778.52 PASS AF=0.6,0.4;AO=19,28;DP=47;FAO=30,20;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16,10;FSAR=14,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00203551,-0.00299891;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=185.034,184.356;QD=62.2816;RBI=0.0154275,0.0138273;REFB=0,0;REVB=0.0152927,0.0134981;RO=0;SAF=7,17;SAR=12,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.31638e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0212438,0.0242509;OID=.,.;OPOS=102315359,102315359;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.6,0.4:19,28:47:30,20:50:0:16,10:14,10:0:0:39:0:7,17:12,11:0:0 chr12 102321583 . C T 127.23 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=47;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00377927;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8937;QD=11.0633;RBI=0.0227281;REFB=-0.0171641;REVB=-0.0224117;RO=31;SAF=11;SAR=4;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118038;STB=0.570835;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0337317;OID=.;OPOS=102321583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:31:31:15:15:0.326087:4:11:20:11:4:11:20:11 chr12 103237468 . G C 191.68 PASS AF=0.373134;AO=23;DP=65;FAO=25;FDP=67;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.00609996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.334;QD=11.4438;RBI=0.00670078;REFB=0.000302991;REVB=0.00277326;RO=42;SAF=6;SAR=17;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210993;STB=0.638536;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.00196755;OID=.;OPOS=103237468;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:42:42:23:25:0.373134:17:6:18:24:19:6:18:24 chr12 103248924 . C T 504.8 PASS AF=0.4;AO=56;DP=140;FAO=56;FDP=140;FR=.;FRO=84;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=41;FWDB=-0.00180836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.559;QD=14.4228;RBI=0.00291663;REFB=-0.0107355;REVB=-0.00228835;RO=83;SAF=24;SAR=32;SRF=42;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825962;STB=0.55029;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0183537;OID=.;OPOS=103248924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:83:84:56:56:0.4:32:24:42:41:32:24:43:41 chr12 103307583 . A G 474.6 PASS AF=0.628571;AO=44;DP=70;FAO=44;FDP=70;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0114023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.465;QD=27.1201;RBI=0.0746936;REFB=-0.0160939;REVB=0.0738181;RO=26;SAF=16;SAR=28;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175339;STB=0.5957;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0108112;OID=.;OPOS=103307583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:26:26:44:44:0.628571:28:16:16:10:28:16:16:10 chr12 103670917 . A G 657.71 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0713477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.891;QD=59.7918;RBI=0.0715826;REFB=-0.0862353;REVB=0.00579395;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000793884;OID=.;OPOS=103670917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:22:21:0:0:22:21:0:1 chr12 103696182 . T G 242.21 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=7;FWDB=-0.00621761;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.897;QD=14.9053;RBI=0.00662775;REFB=-0.0213025;REVB=-0.00229531;RO=36;SAF=14;SAR=14;SRF=30;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336639;STB=0.676812;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0270203;OID=.;OPOS=103696182;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:36:37:28:28:0.430769:14:14:30:6:14:14:30:7 chr12 103872172 . T G 112.96 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00934295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.196;QD=9.41342;RBI=0.0164059;REFB=-0.0138801;REVB=0.0134856;RO=34;SAF=8;SAR=6;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149866;STB=0.509078;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0274337;OID=.;OPOS=103872172;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:34:14:14:0.291667:6:8:19:15:6:8:19:15 chr12 104067812 . C T 563.73 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0512232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.183;QD=57.8186;RBI=0.0552011;REFB=-0.129772;REVB=0.0205753;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.517232;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000924587;OID=.;OPOS=104067812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:38:38:0.974359:24:14:0:0:24:14:1:0 chr12 104086631 . C T 115.52 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.00217759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.541;QD=8.88602;RBI=0.0071788;REFB=-0.00328605;REVB=0.00684055;RO=36;SAF=2;SAR=13;SRF=11;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304549;STB=0.68392;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00704278;OID=.;OPOS=104086631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:36:37:15:15:0.288462:13:2:11:25:13:2:11:26 chr12 104092996 . T C 974.39 PASS AF=0.608108;AO=89;DP=149;FAO=90;FDP=148;FR=.;FRO=58;FSAF=32;FSAR=58;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.0169504;FXX=0.0198662;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7508;QD=26.3349;RBI=0.0277139;REFB=-0.0276383;REVB=0.0219259;RO=54;SAF=32;SAR=57;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154649;STB=0.593283;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0168774;OID=.;OPOS=104092996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:148:54:58:89:90:0.608108:57:32:31:23:58:32:34:24 chr12 104100617 . C T 3367.57 PASS AF=0.982222;AO=217;DP=221;FAO=221;FDP=225;FR=.;FRO=4;FSAF=112;FSAR=109;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0633344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.014;QD=59.8679;RBI=0.063348;REFB=-0.16934;REVB=0.00131725;RO=3;SAF=110;SAR=107;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00450972;STB=0.504565;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000968474;OID=.;OPOS=104100617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:221:225:3:4:217:221:0.982222:107:110:1:2:109:112:1:3 chr12 104152943 . C T 785.05 PASS AF=0.69;AO=67;DP=99;FAO=69;FDP=100;FR=.;FRO=31;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=0.0371232;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.283;QD=31.4021;RBI=0.038979;REFB=3.93762e-05;REVB=-0.011884;RO=31;SAF=33;SAR=34;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516569;STB=0.527223;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=5.42141e-05;OID=.;OPOS=104152943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:31:31:67:69:0.69:34:33:18:13:35:34:18:13 chr12 104153004 . C G 191.74 PASS AF=0.337838;AO=24;DP=74;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00399971;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.549;QD=10.3644;RBI=0.00443419;REFB=-0.0110926;REVB=-0.00191423;RO=46;SAF=15;SAR=9;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11953;STB=0.573711;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0287277;OID=.;OPOS=104153004;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:46:49:24:25:0.337838:9:15:24:22:10:15:24:25 chr12 104153006 . G T 518.92 PASS AF=0.648649;AO=46;DP=73;FAO=48;FDP=74;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00421005;FXX=0.0133316;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4115;QD=28.0499;RBI=0.0310957;REFB=-0.0215524;REVB=0.0308094;RO=26;SAF=23;SAR=23;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255169;STB=0.513508;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.019334;OID=.;OPOS=104153006;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:26:26:46:48:0.648649:23:23:14:12:24:24:14:12 chr12 104159936 . C T 392.73 PASS AF=0.66;AO=33;DP=50;FAO=33;FDP=50;FR=.;FRO=17;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0689392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1259;QD=31.4181;RBI=0.0734465;REFB=-0.032242;REVB=0.0253333;RO=17;SAF=21;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144223;STB=0.578899;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0229858;OID=.;OPOS=104159936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:17:17:33:33:0.66:12:21:7:10:12:21:7:10 chr12 104171742 . C T 558.07 PASS AF=0.680556;AO=45;DP=68;FAO=49;FDP=72;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0246903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.973;QD=31.0037;RBI=0.0883831;REFB=-0.0364071;REVB=0.0848644;RO=23;SAF=24;SAR=21;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343509;STB=0.503685;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0192247;OID=.;OPOS=104171742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:72:23:23:45:49:0.680556:21:24:11:12:25:24:11:12 chr12 104186946 . G T 508.39 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0231185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.279;QD=56.4873;RBI=0.0298044;REFB=-0.00273846;REVB=-0.0188105;RO=1;SAF=20;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022804;STB=0.511621;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.000101366;OID=.;OPOS=104186946;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:36:1:1:34:35:0.972222:14:20:1:0:14:21:1:0 chr12 104235308 . C G 769.48 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0695696;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.241;QD=56.9987;RBI=0.0823422;REFB=0;REVB=0.0440491;RO=0;SAF=36;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187918;OID=.;OPOS=104235308;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:18:36:0:0:18:36:0:0 chr12 104254932 . G A 575.67 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5877;QD=60.5973;RBI=0.0626619;REFB=0;REVB=-0.0616297;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000802726;OID=.;OPOS=104254932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:13:24:0:0:13:25:0:0 chr12 104309428 . G C 1179.01 PASS AF=0.952381;AO=78;DP=82;FAO=80;FDP=84;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0193567;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.465;QD=56.1431;RBI=0.0536634;REFB=-0.0772791;REVB=-0.0500508;RO=4;SAF=35;SAR=43;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051076;STB=0.514385;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0026874;OID=.;OPOS=104309428;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:82:84:4:4:78:80:0.952381:43:35:4:0:44:36:3:1 chr12 104325459 . G C 1606.84 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9154;QD=64.2735;RBI=0.0540768;REFB=0;REVB=0.0529561;RO=0;SAF=36;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276215;OID=.;OPOS=104325459;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:64:36:0:0:64:36:0:0 chr12 104341187 . TGAA T 110.71 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0276819;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=3;MLLD=263.19;QD=13.8384;RBI=0.0422793;REFB=-0.00917165;REVB=0.031957;RO=17;SAF=4;SAR=9;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.473308;STB=0.766446;STBP=0.029;TYPE=del;VARB=0.0163249;OID=.;OPOS=104341188;OREF=GAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.40625:13:32:13:32:19:4:9:15:4:99:17:4:9:14:3 chr12 104359779 . C T 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0150615;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.489;QD=10.4718;RBI=0.0165216;REFB=-0.0208452;REVB=-0.00679078;RO=23;SAF=10;SAR=2;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.571302;STB=0.832778;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0254969;OID=.;OPOS=104359779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:23:24:12:12:0.333333:2:10:7:16:2:10:8:16 chr12 104512832 . G A 507.98 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00142334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0484;QD=56.4418;RBI=0.00624578;REFB=-0.133991;REVB=-0.00608144;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.514278;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00224422;OID=.;OPOS=104512832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:17:18:0:0:17:18:0:1 chr12 104645363 . G A 466.51 PASS AF=0.594595;AO=44;DP=73;FAO=44;FDP=74;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.0223086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.054;QD=25.2165;RBI=0.0251507;REFB=-0.013012;REVB=0.0116139;RO=29;SAF=25;SAR=19;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185788;STB=0.59447;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00803265;OID=.;OPOS=104645363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:29:30:44:44:0.594595:19:25:9:20:19:25:10:20 chr12 104645405 . T C 443.48 PASS AF=0.608696;AO=42;DP=69;FAO=42;FDP=69;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.00489626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.085;QD=25.7089;RBI=0.011161;REFB=-0.036649;REVB=-0.0100297;RO=27;SAF=21;SAR=21;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172767;STB=0.59416;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0255336;OID=.;OPOS=104645405;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:27:27:42:42:0.608696:21:21:7:20:21:21:7:20 chr12 104709559 . C T 384.85 PASS AF=0.704545;AO=31;DP=44;FAO=31;FDP=44;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0147953;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.108;QD=34.9861;RBI=0.0149582;REFB=-0.00910003;REVB=-0.00220158;RO=13;SAF=17;SAR=14;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795142;STB=0.543256;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.00437673;OID=.;OPOS=104709559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:13:13:31:31:0.704545:14:17:9:4:14:17:9:4 chr12 105245665 . T C 188.45 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0319262;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.36;QD=26.922;RBI=0.0426854;REFB=-0.00183265;REVB=0.0283331;RO=10;SAF=7;SAR=11;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137414;STB=0.576527;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00446502;OID=.;OPOS=105245665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:28:28:10:10:18:18:0.642857:11:7:6:4:11:7:6:4 chr12 105433523 . T A 332.87 PASS AF=0.444444;AO=36;DP=81;FAO=36;FDP=81;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00506592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.619;QD=16.4379;RBI=0.00523885;REFB=-0.0204756;REVB=-0.00133493;RO=45;SAF=13;SAR=23;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108906;STB=0.561344;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.032856;OID=.;OPOS=105433523;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:45:45:36:36:0.444444:23:13:21:24:23:13:21:24 chr12 105434467 . C T 308.31 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=92;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=0.018274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.962;QD=13.4046;RBI=0.0198946;REFB=-0.00194228;REVB=-0.00786505;RO=57;SAF=11;SAR=24;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126521;STB=0.572554;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00321887;OID=.;OPOS=105434467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:57:57:35:35:0.380435:24:11:24:33:24:11:24:33 chr12 105546172 . G A 1556.45 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.695;QD=59.8636;RBI=0.0326186;REFB=0;REVB=0.024591;RO=0;SAF=61;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99311e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.5614e-05;OID=.;OPOS=105546172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:43:61:0:0:43:61:0:0 chr12 105561664 . C T 515.85 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00748946;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.443;QD=57.3161;RBI=0.0150766;REFB=-0.03725;REVB=0.0130848;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.523796;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.00112175;OID=.;OPOS=105561664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:35:36:0:1:35:35:0.972222:25:10:0:0:25:10:1:0 chr12 105567068 . T A 1356.38 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.793;QD=62.3624;RBI=0.0311241;REFB=0;REVB=-0.0112165;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.62529e-05;OID=.;OPOS=105567068;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:46:40:0:0:46:41:0:0 chr12 105567070 . T A 1376.89 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.74;QD=62.5858;RBI=0.0302944;REFB=0;REVB=-0.0027723;RO=0;SAF=40;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41802e-05;OID=.;OPOS=105567070;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:86:88:1:46:40:0:0:46:42:0:0 chr12 105567089 . T A 998.64 PASS AF=0.924051;AO=71;DP=78;FAO=73;FDP=79;FR=.;FRO=6;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0331438;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=42.7749;QD=50.5642;RBI=0.0623959;REFB=-0.092727;REVB=0.0528653;RO=7;SAF=39;SAR=32;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205707;STB=0.517527;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0127557;OID=.;OPOS=105567089;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:78:79:7:6:71:73:0.924051:32:39:3:4:32:41:2:4 chr12 105568122 . G A,T 3353.67 PASS AF=0.963636,0.0363636;AO=211,9;DP=221;FAO=212,8;FDP=220;FR=.;FRO=0;FSAF=84,0;FSAR=128,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0620706,-0.000490063;FXX=0.0090086;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=77.286,130.019;QD=60.9758;RBI=0.0638407,0.00759462;REFB=0.0341859,0.0738113;REVB=0.0149287,-0.00757879;RO=1;SAF=83,1;SAR=128,8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00370746,0.0524171;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000715676,0.14048;OID=.,.;OPOS=105568122,105568122;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:221:220:1:0:211,9:212,8:0.963636,0.0363636:128,8:83,1:0:1:128,8:84,0:0:0 chr12 105568176 . G A 2571.2 PASS AF=1;AO=166;DP=166;FAO=166;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=111;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121742;FXX=0.00598767;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.8;QD=61.9567;RBI=0.0122017;REFB=0;REVB=-0.000817986;RO=0;SAF=55;SAR=111;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45873e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327378;OID=.;OPOS=105568176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:166:166:0:0:166:166:1:111:55:0:0:111:55:0:0 chr12 105601946 . G A 50.84 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.00223682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.862;QD=5.21447;RBI=0.029077;REFB=-0.00144387;REVB=-0.0289908;RO=29;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0896408;STB=0.57124;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.00454536;OID=.;OPOS=105601946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:29:31:8:8:0.205128:6:2:9:20:6:2:10:21 chr12 106458579 . C A 74.05 PASS AF=0.888889;AO=9;DP=10;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0364519;FXX=0.0999001;HRUN=9;LEN=1;MLLD=170.101;QD=32.9126;RBI=0.0574102;REFB=-0.200022;REVB=0.044353;RO=1;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080744;STB=0.555418;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00206909;OID=.;OPOS=106458579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:10:9:1:1:9:8:0.888889:5:4:0:1:4:4:0:1 chr12 106460938 . G C 244.08 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0219111;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.6584;QD=15.2551;RBI=0.0242817;REFB=-0.0184391;REVB=-0.0104643;RO=36;SAF=22;SAR=6;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352237;STB=0.701374;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0211394;OID=.;OPOS=106460938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:36:28:28:0.4375:6:22:17:19:6:22:17:19 chr12 106633569 . C T 181.04 PASS AF=0.311688;AO=24;DP=77;FAO=24;FDP=77;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.0311899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2849;QD=9.40462;RBI=0.0349731;REFB=-0.00950038;REVB=-0.0158211;RO=53;SAF=16;SAR=8;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125056;STB=0.574011;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0259223;OID=.;OPOS=106633569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:53:53:24:24:0.311688:8:16:30:23:8:16:30:23 chr12 106647842 . C T 43.83 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.000164059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9813;QD=6.26098;RBI=0.0120132;REFB=-0.00324793;REVB=-0.012012;RO=21;SAF=4;SAR=3;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116335;STB=0.574264;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0240819;OID=.;OPOS=106647842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:21:21:7:7:0.25:3:4:14:7:3:4:14:7 chr12 106729505 . C T 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00830359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.391;QD=11.4396;RBI=0.0083517;REFB=-0.0022168;REVB=-0.000895123;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0290827;STB=0.502089;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00303556;OID=.;OPOS=106729505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:24:13:13:0.351351:7:6:10:13:7:6:11:13 chr12 106786858 . A C 645.16 PASS AF=0.714286;AO=54;DP=76;FAO=55;FDP=77;FR=.;FRO=22;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0006929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4054;QD=33.5147;RBI=0.0280504;REFB=0.00331411;REVB=-0.0280418;RO=21;SAF=30;SAR=24;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0415245;STB=0.531417;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=-0.00148251;OID=.;OPOS=106786858;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:21:22:54:55:0.714286:24:30:10:11:24:31:10:12 chr12 106838340 . T C 294.12 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00165665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.963;QD=15.0832;RBI=0.00416224;REFB=-0.0142653;REVB=-0.00381834;RO=45;SAF=17;SAR=16;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946005;STB=0.553456;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0164488;OID=.;OPOS=106838340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:16:17:19:26:16:17:19:26 chr12 106893863 . G T 142.6 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=19;FWDB=0.00948385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.791;QD=8.26656;RBI=0.0520248;REFB=-0.0181688;REVB=-0.0511531;RO=49;SAF=11;SAR=9;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0754802;STB=0.545007;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0515572;OID=.;OPOS=106893863;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:49:49:20:20:0.289855:9:11:30:19:9:11:30:19 chr12 106893930 . A T 75.22 PASS AF=0.188406;AO=13;DP=69;FAO=13;FDP=69;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=-0.0145722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.644;QD=4.36082;RBI=0.0196823;REFB=-0.00210362;REVB=-0.0132305;RO=55;SAF=7;SAR=6;SRF=37;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173598;STB=0.60122;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0100557;OID=.;OPOS=106893930;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:69:69:55:56:13:13:0.188406:6:7:37:18:6:7:37:19 chr12 106903321 . T C 216.68 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0293641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.199;QD=13.3343;RBI=0.0303351;REFB=-0.00117117;REVB=-0.00761367;RO=39;SAF=16;SAR=10;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214406;STB=0.622548;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00117095;OID=.;OPOS=106903321;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:10:16:16:23:10:16:16:23 chr12 107083059 . C T 1004.76 PASS AF=0.922078;AO=71;DP=78;FAO=71;FDP=77;FR=.;FRO=6;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00864373;FXX=0.0128189;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.709;QD=52.1955;RBI=0.0205627;REFB=-0.18479;REVB=0.0186578;RO=1;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155009;STB=0.507136;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00124842;OID=.;OPOS=107083059;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:78:77:1:6:71:71:0.922078:30:41:0:1:30:41:4:2 chr12 107395106 . A C,G 637.39 PASS AF=0.047619,0.952381;AO=2,40;DP=42;FAO=2,40;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=2,17;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0068248,0.0360387;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=184.254,65.9853;QD=60.7038;RBI=0.00932356,0.0390995;REFB=0,0;REVB=-0.00635224,0.0151653;RO=0;SAF=2,17;SAR=0,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,6.4817e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0952866,-0.00136166;OID=.,.;OPOS=107395106,107395106;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:42:42:0:0:2,40:2,40:0.047619,0.952381:0,23:2,17:0:0:0,23:2,17:0:0 chr12 107713696 . G A 86.29 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0365483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5932;QD=12.3269;RBI=0.0381676;REFB=-0.0146527;REVB=-0.0109996;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136212;STB=0.5805;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0259482;OID=.;OPOS=107713696;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:5:6:7:10:5:6:7:10 chr12 107937768 . G A 131.76 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0121329;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.143;QD=22.9147;RBI=0.0348733;REFB=-0.0281369;REVB=-0.0326947;RO=9;SAF=13;SAR=1;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397727;STB=0.73196;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0202753;OID=.;OPOS=107937768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:23:23:9:9:14:14:0.608696:1:13:6:3:1:13:6:3 chr12 108618630 . C T 915.32 PASS AF=0.632812;AO=81;DP=128;FAO=81;FDP=128;FR=.;FRO=47;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0168127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.371;QD=28.6036;RBI=0.0199618;REFB=-0.0180829;REVB=0.0107612;RO=47;SAF=42;SAR=39;SRF=21;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486508;STB=0.526309;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.00794854;OID=.;OPOS=108618630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:47:47:81:81:0.632812:39:42:21:26:39:42:21:26 chr12 108918146 . C T 1751.7 PASS AF=0.991453;AO=116;DP=117;FAO=116;FDP=117;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00922952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.695;QD=59.8871;RBI=0.0103612;REFB=-0.0534301;REVB=0.00470857;RO=1;SAF=55;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00855652;STB=0.504504;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000100288;OID=.;OPOS=108918146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:117:117:1:1:116:116:0.991453:61:55:1:0:61:55:1:0 chr12 108923950 . A G 411.48 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.496;QD=56.7558;RBI=0.0255205;REFB=0;REVB=-0.00605299;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203295;OID=.;OPOS=108923950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:15:13:0:0:15:14:0:0 chr12 108954823 . C T 686.11 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0885393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2014;QD=60.9878;RBI=0.0907369;REFB=0;REVB=0.0198487;RO=1;SAF=31;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149167;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00884214;OID=.;OPOS=108954823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:45:45:1:0:44:45:1:13:31:1:0:13:32:0:0 chr12 108955106 . C CT 267.85 PASS AF=1;AO=24;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0435121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.7383;QD=41.2077;RBI=0.0461558;REFB=0;REVB=0.0153964;RO=3;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102655;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00100914;OID=.;OPOS=108955107;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:27:26:26:0:12:14:0:0:5:3:12:12:0:3 chr12 108955158 . T A 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00497404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.173;QD=24.4133;RBI=0.0231606;REFB=0.00123201;REVB=0.0226202;RO=5;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801957;STB=0.545372;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.000169533;OID=.;OPOS=108955158;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:5:6:2:3:5:6:2:3 chr12 108986138 . TGGGGGC TGGGGC,TGGGGCG 159.63 PASS AF=0.647059,0;AO=17,2;DP=34;FAO=22,0;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=13,0;FSAR=9,0;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.171458,-0.0656619;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=13.5986,123.788;QD=18.7804;RBI=0.173051,0.0743524;REFB=-0.0929897,-0.016845;REVB=-0.0234255,-0.0348825;RO=12;SAF=10,2;SAR=7,0;SRF=2;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.303364,0.718987;STB=0.646468,0.5;STBP=0.026,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0713604,0.0329781;OID=.,.;OPOS=108986139,108986143;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=TGGGGC,TGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.647059,0:17,2:34:22,0:34:12:13,0:9,0:2:10:55:12:10,2:7,0:2:10 chr12 109182049 . T C 65.69 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.054101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.306;QD=10.5112;RBI=0.0607526;REFB=-0.0154386;REVB=-0.0276399;RO=16;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381346;STB=0.732786;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0742776;OID=.;OPOS=109182049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:25:25:16:16:9:9:0.36:2:7:7:9:2:7:7:9 chr12 109277492 . C A 113.83 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.01258;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.254;QD=9.8983;RBI=0.0153745;REFB=-0.0146611;REVB=-0.00883856;RO=31;SAF=5;SAR=9;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149413;STB=0.601763;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0305257;OID=.;OPOS=109277492;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:32:14:14:0.304348:9:5:15:16:9:5:16:16 chr12 109511256 . T C 948.26 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.675;QD=58.3544;RBI=0.0537191;REFB=0;REVB=0.0271911;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156749;OID=.;OPOS=109511256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:65:0:0:61:65:1:30:31:0:0:30:35:0:0 chr12 109519189 . C T 302.2 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.00505791;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.034;QD=19.497;RBI=0.00742195;REFB=-0.0209841;REVB=0.00543165;RO=30;SAF=16;SAR=16;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145278;STB=0.580596;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0231584;OID=.;OPOS=109519189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:30:32:32:0.516129:16:16:20:10:16:16:20:10 chr12 109524232 . A G 630.47 PASS AF=0.647059;AO=54;DP=85;FAO=55;FDP=85;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0130366;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.252;QD=29.6689;RBI=0.0132073;REFB=-0.00191585;REVB=-0.00211665;RO=28;SAF=21;SAR=33;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161648;STB=0.582908;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.00066896;OID=.;OPOS=109524232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:28:30:54:55:0.647059:33:21:18:10:33:22:19:11 chr12 109605730 . C T 1659.58 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.333;QD=60.3483;RBI=0.0245596;REFB=0;REVB=0.00398663;RO=0;SAF=64;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.44072e-05;OID=.;OPOS=109605730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:110:110:1:46:64:0:0:46:64:0:0 chr12 109617865 . T C 1020.48 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.914;QD=59.1584;RBI=0.0324858;REFB=0;REVB=0.0246722;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278866;OID=.;OPOS=109617865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:31:37:0:0:31:38:0:0 chr12 109623516 . G A 505.37 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131642;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.637;QD=59.4551;RBI=0.023585;REFB=0;REVB=0.0195693;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.76311e-05;OID=.;OPOS=109623516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chr12 109675029 . T C 227.99 PASS AF=0.302083;AO=29;DP=96;FAO=29;FDP=96;FR=.;FRO=67;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.0117548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.32;QD=9.49974;RBI=0.0268341;REFB=-0.0215329;REVB=-0.0241225;RO=66;SAF=10;SAR=19;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222158;STB=0.636004;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.041031;OID=.;OPOS=109675029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:66:67:29:29:0.302083:19:10:35:31:19:10:36:31 chr12 109693982 . C T 53.34 PASS AF=0.25;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0336766;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.527;QD=6.66708;RBI=0.0488483;REFB=0.000579492;REVB=-0.0353843;RO=24;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511092;STB=0.532704;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-0.00200472;OID=.;OPOS=109693982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:33:32:24:24:8:8:0.25:3:5:14:10:3:5:14:10 chr12 109696838 . G A 315.55 PASS AF=0.344828;AO=40;DP=115;FAO=40;FDP=116;FR=.;FRO=76;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=34;FWDB=0.0015232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.317;QD=10.8809;RBI=0.00520753;REFB=-0.0150223;REVB=0.00497978;RO=75;SAF=22;SAR=18;SRF=42;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114639;STB=0.501741;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0294505;OID=.;OPOS=109696838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:75:76:40:40:0.344828:18:22:42:33:18:22:42:34 chr12 109717697 . A G 208.77 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0192615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4157;QD=18.1537;RBI=0.0435276;REFB=-0.00672653;REVB=0.0390339;RO=25;SAF=12;SAR=9;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200045;STB=0.613391;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0102851;OID=.;OPOS=109717697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:9:12:9:16:9:12:9:16 chr12 109835590 . A G 150.36 PASS AF=0.346939;AO=16;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0180809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.559;QD=12.2745;RBI=0.0230648;REFB=-0.0201667;REVB=-0.0143201;RO=32;SAF=5;SAR=11;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11566;STB=0.582109;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0219482;OID=.;OPOS=109835590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:16:17:0.346939:11:5:13:19:12:5:13:19 chr12 109848567 . T C 715.9 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00248397;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.451;QD=57.2716;RBI=0.00414889;REFB=0;REVB=0.00332312;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.75451e-06;OID=.;OPOS=109848567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:26:24:0:0:26:24:0:0 chr12 109883374 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.286;QD=47.8223;RBI=0.0392142;REFB=0;REVB=0.0229491;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344372;OID=.;OPOS=109883374;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr12 110226796 . A G 598.18 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0392039;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4459;QD=61.352;RBI=0.0441554;REFB=0;REVB=-0.0203164;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00172423;OID=.;OPOS=110226796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr12 110240838 . T G 362.05 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0470003;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2313;QD=55.6998;RBI=0.0525897;REFB=0;REVB=0.0235934;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000372323;OID=.;OPOS=110240838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr12 110290073 . G A 103.52 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00152293;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.358;QD=9.85882;RBI=0.0130253;REFB=0.00965408;REVB=-0.0129359;RO=25;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112573;STB=0.555467;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=-0.0237256;OID=.;OPOS=110290073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:29:13:13:0.309524:9:4:10:15:9:4:11:18 chr12 110341933 . A G 155.51 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=21;FWDB=-0.0374299;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.882;QD=15.172;RBI=0.0409751;REFB=-0.0321393;REVB=-0.0166721;RO=24;SAF=1;SAR=16;SRF=3;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224684;STB=0.633471;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0331407;OID=.;OPOS=110341933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:16:1:3:21:16:1:3:21 chr12 110371897 . G C 61.25 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0463799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1799;QD=6.80598;RBI=0.0657352;REFB=-0.000630308;REVB=0.0465834;RO=27;SAF=2;SAR=7;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294338;STB=0.689683;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00810402;OID=.;OPOS=110371897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:27:27:9:9:0.25:7:2:12:15:7:2:12:15 chr12 110383141 . G A 137.34 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0169216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.408;QD=11.2117;RBI=0.0169244;REFB=-0.00608566;REVB=-0.000305108;RO=32;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723372;STB=0.551119;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0121257;OID=.;OPOS=110383141;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:33:16:16:0.326531:9:7:12:20:9:7:12:21 chr12 110385079 . G T 100.02 PASS AF=0.188889;AO=17;DP=90;FAO=17;FDP=90;FR=.;FRO=73;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=-0.00106404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.6682;QD=4.44529;RBI=0.0248604;REFB=-0.00845458;REVB=0.0248376;RO=69;SAF=9;SAR=8;SRF=33;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064186;STB=0.562427;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0388981;OID=.;OPOS=110385079;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:69:73:17:17:0.188889:8:9:33:36:8:9:33:40 chr12 110386611 . G A 105.63 PASS AF=0.226667;AO=16;DP=75;FAO=17;FDP=75;FR=.;FRO=58;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=-0.0260298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3631;QD=5.63363;RBI=0.0335914;REFB=-0.0270018;REVB=-0.0212328;RO=58;SAF=5;SAR=11;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278308;STB=0.640779;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.050432;OID=.;OPOS=110386611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:58:58:16:17:0.226667:11:5:31:27:11:6:31:27 chr12 110456175 . A G 281.87 PASS AF=0.4;AO=32;DP=80;FAO=32;FDP=80;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=37;FWDB=0.00321395;FXX=0.0361402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.0106;QD=14.0937;RBI=0.0475591;REFB=-0.0173974;REVB=-0.0474504;RO=45;SAF=13;SAR=19;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180997;STB=0.6148;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0146608;OID=.;OPOS=110456175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:45:48:32:32:0.4:19:13:11:34:19:13:11:37 chr12 110474070 . T C 147.74 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0570418;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8877;QD=9.09179;RBI=0.0571045;REFB=0.00213856;REVB=-0.00267522;RO=43;SAF=9;SAR=11;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642967;STB=0.519481;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.000606657;OID=.;OPOS=110474070;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:43:45:20:20:0.307692:11:9:17:26:11:9:19:26 chr12 110720576 . A G 248.44 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=79;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0283734;FXX=0.0506265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.972;QD=13.25;RBI=0.028591;REFB=-0.000363636;REVB=-0.00352037;RO=44;SAF=17;SAR=12;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185811;STB=0.605407;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.000839053;OID=.;OPOS=110720576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:75:44:46:29:29:0.386667:12:17:18:26:12:17:19:27 chr12 110922929 . G T 77.72 PASS AF=0.225;AO=7;DP=40;FAO=9;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0234432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.231;QD=7.77198;RBI=0.0250283;REFB=-0.0185996;REVB=-0.00876538;RO=29;SAF=3;SAR=4;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611761;STB=0.538374;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0623737;OID=.;OPOS=110922929;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:40:40:29:29:7:9:0.225:4:3:11:18:6:3:11:18 chr12 111160003 . G A 125.83 PASS AF=0.28125;AO=18;DP=64;FAO=18;FDP=64;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.000597782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.962;QD=7.86448;RBI=0.00872762;REFB=-0.0128583;REVB=-0.00870712;RO=46;SAF=11;SAR=7;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565554;STB=0.534134;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0262729;OID=.;OPOS=111160003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:46:46:18:18:0.28125:7:11:26:20:7:11:26:20 chr12 111353556 . A G 162.49 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0355181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.879;QD=19.6961;RBI=0.0429506;REFB=-0.0075121;REVB=-0.0241501;RO=16;SAF=13;SAR=4;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172654;STB=0.509792;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00469299;OID=.;OPOS=111353556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:4:13:12:4:4:13:12:4 chr12 111375170 . A G 152.49 PASS AF=0.178808;AO=27;DP=150;FAO=27;FDP=151;FR=.;FRO=124;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=48;FSRR=76;FWDB=-0.00478056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0805;QD=4.03954;RBI=0.0266607;REFB=-0.00259005;REVB=-0.0262286;RO=121;SAF=6;SAR=21;SRF=45;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226671;STB=0.660709;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0128484;OID=.;OPOS=111375170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:121:124:27:27:0.178808:21:6:45:76:21:6:48:76 chr12 111375172 . C T 164.44 PASS AF=0.190476;AO=28;DP=148;FAO=28;FDP=147;FR=.;FRO=119;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=75;FWDB=0.00834359;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.165;QD=4.47463;RBI=0.0104942;REFB=-0.00596421;REVB=-0.00636501;RO=119;SAF=6;SAR=22;SRF=44;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237967;STB=0.653863;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0266828;OID=.;OPOS=111375172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:119:119:28:28:0.190476:22:6:44:75:22:6:44:75 chr12 111747942 . A AC,C 66.99 PASS AF=0.405405,0;AO=12,2;DP=40;FAO=15,0;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=14,0;FSAR=1,0;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.01836,-0.0416331;FXX=0.0263089;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=27.2048,35.2405;QD=7.24264;RBI=0.0202423,0.0416944;REFB=-0.0400303,-0.0169119;REVB=0.00852429,-0.00226001;RO=26;SAF=11,2;SAR=1,0;SRF=17;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.468361,0.418359;STB=0.837732,0.5;STBP=0.015,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.147204,0.0023428;OID=.,.;OPOS=111747943,111747942;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:40:37:26:22:12,2:15,0:0.405405,0:1,0:11,2:17:9:1,0:14,0:13:9 chr12 111747963 . C T 258.73 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=34;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00457906;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.441;QD=30.439;RBI=0.0163524;REFB=-0.0280481;REVB=-0.0156981;RO=10;SAF=15;SAR=8;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293734;STB=0.505613;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00975566;OID=.;OPOS=111747963;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:34:34:10:11:23:23:0.676471:8:15:7:3:8:15:7:4 chr12 111760251 . G C 257.95 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0156048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1539;QD=18.4252;RBI=0.0880802;REFB=-0.020106;REVB=-0.0866868;RO=28;SAF=12;SAR=16;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0189151;OID=.;OPOS=111760251;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:16:12:12:16:16:12:12:16 chr12 111785586 . T A,C 521.14 PASS AF=0.027027,0.972973;AO=2,35;DP=37;FAO=1,36;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,18;FSAR=1,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00723147,0.000285884;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=100.275,195.461;QD=56.339;RBI=0.159886,0.0858753;REFB=0,0;REVB=-0.159723,0.0858748;RO=0;SAF=0,18;SAR=2,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.11116e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.229322,0.00454594;OID=.,.;OPOS=111785586,111785586;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:37:37:0:0:2,35:1,36:0.027027,0.972973:2,17:0,18:0:0:1,18:0,18:0:0 chr12 111786082 . G C 123.41 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.01;QD=41.1379;RBI=0.0977876;REFB=0;REVB=0.0937978;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00325042;OID=.;OPOS=111786082;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:11:12:1:3:8:0:0:3:9:0:0 chr12 111786892 . T C 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.719;QD=57.1062;RBI=0.0326844;REFB=0;REVB=0.0172389;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115779;OID=.;OPOS=111786892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:29:26:0:0:29:26:0:0 chr12 111798553 . A G 1685.08 PASS AF=0.991228;AO=109;DP=112;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=69;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0559626;FXX=0.0086949;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8884;QD=59.1257;RBI=0.0560615;REFB=-0.106265;REVB=0.00332961;RO=1;SAF=66;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713867;STB=0.503596;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000835625;OID=.;OPOS=111798553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:114:1:1:109:113:0.991228:43:66:1:0:44:69:1:0 chr12 111884608 . T C 801.32 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.788;QD=57.2372;RBI=0.0183017;REFB=0;REVB=0.000752075;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.60372e-05;OID=.;OPOS=111884608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr12 111886967 . T A 316.99 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00120337;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.839;QD=20.126;RBI=0.0171492;REFB=-0.00816903;REVB=0.017107;RO=30;SAF=21;SAR=12;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258737;STB=0.628907;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00605941;OID=.;OPOS=111886967;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:12:21:10:20:12:21:11:19 chr12 111993712 . C T 315.46 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0641071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.074;QD=22.533;RBI=0.0643025;REFB=-0.00900995;REVB=0.0050085;RO=24;SAF=9;SAR=23;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156315;STB=0.586678;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00462062;OID=.;OPOS=111993712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:24:24:32:32:0.571429:23:9:11:13:23:9:11:13 chr12 112110489 . T C 292.48 PASS AF=0.604651;AO=22;DP=39;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=0.0239778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.184;QD=27.2072;RBI=0.0254115;REFB=-0.0228315;REVB=0.00841486;RO=17;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20785;STB=0.577804;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0173109;OID=.;OPOS=112110489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:43:17:17:22:26:0.604651:11:11:13:4:11:15:13:4 chr12 112191641 . G A 592.27 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.676;QD=59.2269;RBI=0.135891;REFB=0;REVB=0.132645;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166102;OID=.;OPOS=112191641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:40:40:0:0:39:40:1:24:15:0:0:25:15:0:0 chr12 112194727 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0470028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.366;QD=53.9111;RBI=0.047021;REFB=0;REVB=0.00130656;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128911;OID=.;OPOS=112194727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr12 112241766 . G A 142.7 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.021256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.728;QD=22.8311;RBI=0.0322303;REFB=-0.00369911;REVB=0.0242275;RO=10;SAF=3;SAR=12;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337141;STB=0.692023;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00328129;OID=.;OPOS=112241766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:12:3:6:4:12:3:6:4 chr12 112460147 . T G 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00982228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.015;QD=52.7691;RBI=0.0244318;REFB=3.45355e-05;REVB=0.0223705;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516118;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000123424;OID=.;OPOS=112460147;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:29:0:1:28:28:0.965517:15:13:0:0:15:13:0:1 chr12 112460749 . A G 1478.21 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=102;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0134596;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.202;QD=58.5431;RBI=0.014414;REFB=-0.130668;REVB=-0.00515779;RO=1;SAF=43;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00825052;STB=0.504347;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=3.84226e-06;OID=.;OPOS=112460749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:101:1:1:100:100:0.990099:57:43:0:1:57:43:0:1 chr12 112477055 . T C 701.01 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0214578;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=265;QD=50.9828;RBI=0.0232502;REFB=-0.0462821;REVB=0.00895186;RO=3;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532292;STB=0.528291;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0015758;OID=.;OPOS=112477055;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:55:55:3:3:52:52:0.945455:25:27:0:3:25:27:0:3 chr12 112486197 . G A 335.32 PASS AF=0.372727;AO=41;DP=110;FAO=41;FDP=110;FR=.;FRO=69;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=47;FWDB=-0.0335879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.4795;QD=12.1935;RBI=0.0370951;REFB=-0.00493334;REVB=-0.0157448;RO=67;SAF=22;SAR=19;SRF=21;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241039;STB=0.634553;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00566959;OID=.;OPOS=112486197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:67:69:41:41:0.372727:19:22:21:46:19:22:22:47 chr12 112518889 . CAA CA,CAG 30.98 PASS AF=0.106383,0.0425532;AO=6,2;DP=48;FAO=5,2;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=1,0;FSAR=4,2;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=0.0751427,-0.0142767;FXX=0.040808;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=16.934,180.165;QD=2.63645;RBI=0.085316,0.017373;REFB=-0.0154803,-0.00141564;REVB=-0.0404028,-0.00989923;RO=37;SAF=1,0;SAR=5,2;SRF=25;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.555327,-0.520877;STB=0.855921,0.996213;STBP=0.171,0.059;TYPE=del,snp;VARB=-0.014328,0.108132;OID=.,.;OPOS=112518890,112518891;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=CA,CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.106383,0.0425532:6,2:48:5,2:47:40:1,0:4,2:26:14:22:37:1,0:5,2:25:12 chr12 112577990 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0248157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.952;QD=50.4131;RBI=0.0266063;REFB=0;REVB=0.00959576;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115698;OID=.;OPOS=112577990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr12 112622554 . TG T 39.44 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0397913;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.5002;QD=3.75649;RBI=0.144975;REFB=-0.0407306;REVB=-0.139408;RO=24;SAF=14;SAR=1;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413961;STB=0.8019;STBP=0.035;TYPE=del;VARB=0.0229225;OID=.;OPOS=112622555;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:15:42:14:42:28:13:1:19:9:39:24:14:1:18:6 chr12 112667573 . G A 463.1 PASS AF=0.360759;AO=57;DP=158;FAO=57;FDP=158;FR=.;FRO=101;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=43;FSRR=58;FWDB=0.0157215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.443;QD=11.7241;RBI=0.0157245;REFB=-0.00272582;REVB=-0.000307502;RO=100;SAF=27;SAR=30;SRF=43;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.049151;STB=0.53082;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00453817;OID=.;OPOS=112667573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:100:101:57:57:0.360759:30:27:43:57:30:27:43:58 chr12 112667675 . T G 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00778035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.678;QD=56.9558;RBI=0.00987289;REFB=0;REVB=0.00607784;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.7226e-05;OID=.;OPOS=112667675;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr12 112703732 . A C 1189.95 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00491298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.808;QD=61.023;RBI=0.0387578;REFB=0;REVB=0.0384451;RO=0;SAF=51;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.10389e-05;OID=.;OPOS=112703732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:26:51:0:0:27:51:0:0 chr12 112704961 . A G 382.55 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00257762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.962;QD=52.765;RBI=0.0191081;REFB=0.00382777;REVB=0.0189334;RO=0;SAF=18;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513504;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000670229;OID=.;OPOS=112704961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:29:0:1:28:28:0.965517:10:18:0:0:10:18:1:0 chr12 112705013 . C T 311.23 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0335652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9209;QD=49.7959;RBI=0.0604792;REFB=-0.120342;REVB=0.0503101;RO=1;SAF=12;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370602;STB=0.519983;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00671287;OID=.;OPOS=112705013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:12:12:1:0:12:12:1:0 chr12 113348870 . G A 1215.72 PASS AF=0.987805;AO=77;DP=79;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00199942;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7117;QD=59.3036;RBI=0.0228179;REFB=-0.0626677;REVB=0.0227301;RO=1;SAF=37;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126197;STB=0.506492;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.00167117;OID=.;OPOS=113348870;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:82:1:1:77:81:0.987805:40:37:1:0:43:38:1:0 chr12 113357193 . G A 223.16 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.057377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1568;QD=49.5919;RBI=0.0872306;REFB=0;REVB=-0.0657044;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00451309;OID=.;OPOS=113357193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr12 113357209 . G A 329.72 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.012;QD=52.7547;RBI=0.0402105;REFB=0;REVB=0.0356236;RO=1;SAF=10;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440445;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000609655;OID=.;OPOS=113357209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:1:0:23:25:1:13:10:1:0:13:12:0:0 chr12 113357237 . G C 532.93 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4356;QD=59.2149;RBI=0.0336552;REFB=0;REVB=0.00278937;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156864;OID=.;OPOS=113357237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:18:17:0:0:18:18:0:0 chr12 113357442 . G A 958.49 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0545403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9156;QD=57.2233;RBI=0.090882;REFB=-0.118588;REVB=0.0726973;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.507934;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00369038;OID=.;OPOS=113357442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:67:0:1:66:66:0.985075:31:35:0:0:31:35:0:1 chr12 113369715 . TA T 944.51 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107283;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.899;QD=58.1234;RBI=0.0115216;REFB=0;REVB=0.00420122;RO=1;SAF=29;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160078;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-2.39953e-05;OID=.;OPOS=113369716;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:64:66:65:65:0:30:35:0:0:5:1:29:35:1:0 chr12 113369759 . G C 803.76 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173516;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.99;QD=57.4116;RBI=0.0286351;REFB=0;REVB=0.0227791;RO=0;SAF=23;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49259e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169116;OID=.;OPOS=113369759;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:55:56:1:32:23:0:0:32:24:0:0 chr12 113376388 . G A 714.7 PASS AF=0.981818;AO=45;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0742861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.8143;QD=51.9781;RBI=0.0894495;REFB=-0.106298;REVB=0.0498276;RO=1;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208829;STB=0.509088;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00484076;OID=.;OPOS=113376388;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:55:55:1:1:45:54:0.981818:22:23:0:1:27:27:0:1 chr12 113376452 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.212;QD=45.8068;RBI=0.0560183;REFB=0;REVB=0.0308769;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000547043;OID=.;OPOS=113376452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr12 113386950 . T C 549.12 PASS AF=0.60241;AO=50;DP=83;FAO=50;FDP=83;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=43;FSRF=7;FSRR=26;FWDB=0.0281697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.424;QD=26.4634;RBI=0.0285034;REFB=-0.000157256;REVB=0.00434923;RO=33;SAF=7;SAR=43;SRF=7;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099862;STB=0.554815;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.000103048;OID=.;OPOS=113386950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:33:33:50:50:0.60241:43:7:7:26:43:7:7:26 chr12 113398919 . G A 273.76 PASS AF=0.6;AO=20;DP=36;FAO=21;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00645855;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.096;QD=31.2867;RBI=0.0119204;REFB=-0.0207881;REVB=-0.0100191;RO=9;SAF=13;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183241;STB=0.604549;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0225869;OID=.;OPOS=113398919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:36:35:9:9:20:21:0.6:7:13:3:6:7:14:3:6 chr12 113407525 . C A 325.7 PASS AF=0.603774;AO=31;DP=52;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0927996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1239;QD=24.5809;RBI=0.128784;REFB=-0.0354461;REVB=0.0892946;RO=21;SAF=19;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171378;STB=0.598024;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0308736;OID=.;OPOS=113407525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:21:21:31:32:0.603774:12:19:8:13:12:20:8:13 chr12 113435450 . A T 1832.86 PASS AF=1;AO=119;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00306961;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.422;QD=61.0952;RBI=0.0413563;REFB=0;REVB=0.0412422;RO=0;SAF=55;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98352e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120891;OID=.;OPOS=113435450;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:119:120:1:64:55:0:0:65:55:0:0 chr12 113448288 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00235163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.961;QD=57.5451;RBI=0.0244442;REFB=0;REVB=0.0243309;RO=0;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27624e-05;OID=.;OPOS=113448288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:30:28:0:0:30:28:0:0 chr12 113553481 . C T 350.94 PASS AF=1;AO=24;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0799588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.193;QD=53.9908;RBI=0.0819506;REFB=0;REVB=0.0179579;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000982929;OID=.;OPOS=113553481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:24:26:1:17:7:0:0:18:8:0:0 chr12 113568672 . CGT CGTC,GTC 88.77 PASS AF=0.25,0.0147059;AO=19,3;DP=71;FAO=17,1;FDP=68;FR=.;FRO=50;FSAF=8,1;FSAR=9,0;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.102991,-0.0911104;FXX=0.0144907;HRUN=0,5;LEN=1,3;MLLD=55.7064,62.7372;QD=5.22191;RBI=0.103501,0.0913161;REFB=-0.0090272,-0.0113159;REVB=-0.0102638,-0.00612564;RO=42;SAF=9,3;SAR=10,0;SRF=21;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0305225,0.497581;STB=0.566356,0.988867;STBP=0.556,0.473;TYPE=ins,mnp;VARB=0.116216,0.0745033;OID=.,.;OPOS=113568675,113568672;OREF=-,CGT;OALT=C,GTC;OMAPALT=CGTC,GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:71:68:42:50:19,3:17,1:0.25,0.0147059:10,0:9,3:21:21:9,0:8,1:28:22 chr12 113796566 . A C 110.83 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0286261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.058;QD=26.0786;RBI=0.0289282;REFB=-0.0624202;REVB=0.00416949;RO=5;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236461;STB=0.631383;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00776909;OID=.;OPOS=113796566;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:7:5:0:5:7:5:0:5 chr12 114282496 . C T 1188.91 PASS AF=0.310277;AO=157;DP=508;FAO=157;FDP=506;FR=.;FRO=349;FSAF=63;FSAR=94;FSRF=98;FSRR=251;FWDB=0.0140957;FXX=0.00589379;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.695;QD=9.3985;RBI=0.0175037;REFB=-0.00833734;REVB=0.0103775;RO=348;SAF=63;SAR=94;SRF=97;SRR=251;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159506;STB=0.589509;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0181335;OID=.;OPOS=114282496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:508:506:348:349:157:157:0.310277:94:63:97:251:94:63:98:251 chr12 114362483 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00247097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.23;QD=56.9569;RBI=0.00250382;REFB=0;REVB=-0.000404243;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.37732e-06;OID=.;OPOS=114362483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr12 114374887 . T C 849.13 PASS AF=0.71875;AO=68;DP=96;FAO=69;FDP=96;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=47;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0103698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3073;QD=35.3803;RBI=0.0175562;REFB=-0.0692372;REVB=0.0141664;RO=27;SAF=22;SAR=46;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709276;STB=0.539489;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0312852;OID=.;OPOS=114374887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:27:27:68:69:0.71875:46:22:12:15:47:22:12:15 chr12 114377835 . A G 588.04 PASS AF=0.634146;AO=50;DP=83;FAO=52;FDP=82;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00628802;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.341;QD=28.685;RBI=0.00644809;REFB=-0.00486923;REVB=-0.00142782;RO=29;SAF=22;SAR=28;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0525068;STB=0.514119;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.00473741;OID=.;OPOS=114377835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:29:30:50:52:0.634146:28:22:15:14:28:24:15:15 chr12 114377877 . T C 353.82 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00312991;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.857;QD=20.813;RBI=0.00807699;REFB=-0.0029562;REVB=0.0074459;RO=31;SAF=23;SAR=13;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160946;STB=0.582723;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.00345719;OID=.;OPOS=114377877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:32:36:36:0.529412:13:23:14:17:13:23:15:17 chr12 114377899 . G C 917.72 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00864621;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.814;QD=55.6191;RBI=0.0568659;REFB=-0.111932;REVB=0.0562047;RO=2;SAF=34;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269723;STB=0.514281;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00735302;OID=.;OPOS=114377899;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:64:64:0.969697:30:34:2:0:30:34:2:0 chr12 114383651 . C T 596.79 PASS AF=0.521368;AO=59;DP=116;FAO=61;FDP=117;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=14;FSRR=42;FWDB=0.00281779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.997;QD=20.4032;RBI=0.00339639;REFB=-0.00722318;REVB=-0.00189619;RO=55;SAF=22;SAR=37;SRF=13;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13328;STB=0.566831;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00801375;OID=.;OPOS=114383651;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:55:56:59:61:0.521368:37:22:13:42:38:23:14:42 chr12 114386572 . C T 284.67 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.022909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.06;QD=29.9651;RBI=0.0242692;REFB=-0.0184709;REVB=-0.00801076;RO=13;SAF=7;SAR=18;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274246;STB=0.651456;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0025418;OID=.;OPOS=114386572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:13:13:25:25:0.657895:18:7:9:4:18:7:9:4 chr12 114386639 . A G 564.57 PASS AF=0.710145;AO=48;DP=68;FAO=49;FDP=69;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0151378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.588;QD=32.7286;RBI=0.0153523;REFB=-0.00084388;REVB=-0.00255747;RO=20;SAF=18;SAR=30;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987309;STB=0.548426;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.000539096;OID=.;OPOS=114386639;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:20:20:48:49:0.710145:30:18:11:9:30:19:11:9 chr12 114793297 . T C 526.99 PASS AF=1;AO=24;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112017;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.326;QD=56.9713;RBI=0.118835;REFB=0;REVB=0.0396734;RO=3;SAF=4;SAR=20;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161665;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119176;OID=.;OPOS=114793297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:3:0:24:37:1:20:4:2:1:20:17:0:0 chr12 114942966 . T C 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0283224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.544;QD=9.49142;RBI=0.0283376;REFB=0.00682702;REVB=-0.000926688;RO=18;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229856;STB=0.644779;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=-0.0144176;OID=.;OPOS=114942966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:8:1:4:14:8:1:4:14 chr12 116155595 . G A 807.86 PASS AF=0.542254;AO=76;DP=142;FAO=77;FDP=142;FR=.;FRO=65;FSAF=33;FSAR=44;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.0522476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4369;QD=22.7566;RBI=0.0853963;REFB=-0.0013547;REVB=0.0675479;RO=66;SAF=33;SAR=43;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563174;STB=0.536576;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00245757;OID=.;OPOS=116155595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:66:65:76:77:0.542254:43:33:33:33:44:33:33:32 chr12 116408538 . A G 600.32 PASS AF=0.508333;AO=61;DP=120;FAO=61;FDP=120;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.00898869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.944;QD=20.0108;RBI=0.0145861;REFB=-0.0042768;REVB=0.0114873;RO=59;SAF=23;SAR=38;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120479;STB=0.566504;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00380919;OID=.;OPOS=116408538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:59:59:61:61:0.508333:38:23:30:29:38:23:30:29 chr12 116421110 . C T 340.34 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=0.0334795;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.905;QD=15.2963;RBI=0.0342225;REFB=-0.0231338;REVB=0.00709244;RO=52;SAF=15;SAR=22;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138242;STB=0.578197;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0268735;OID=.;OPOS=116421110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:89:52:52:37:37:0.41573:22:15:28:24:22:15:28:24 chr12 116446445 . C T 257.32 PASS AF=0.4;AO=29;DP=75;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00541331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.26;QD=13.7239;RBI=0.0161734;REFB=-0.00343809;REVB=-0.0152406;RO=45;SAF=14;SAR=15;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124441;STB=0.579453;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00500825;OID=.;OPOS=116446445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:45:29:30:0.4:15:14:27:18:16:14:27:18 chr12 117217141 . T C 744.0 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.718;QD=56.1506;RBI=0.0498277;REFB=0;REVB=0.0416094;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230356;OID=.;OPOS=117217141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:50:53:1:33:17:0:0:35:18:0:0 chr12 117289603 . A G 74.27 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.083992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.7846;QD=10.2443;RBI=0.102212;REFB=0.00684271;REVB=-0.0582468;RO=18;SAF=9;SAR=1;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335719;STB=0.7008;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.0200891;OID=.;OPOS=117289603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:29:18:19:10:10:0.344828:1:9:13:5:1:9:14:5 chr12 117289613 . G C 147.19 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0106449;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.701;QD=16.3539;RBI=0.051831;REFB=-0.0265587;REVB=0.0507261;RO=20;SAF=11;SAR=5;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072727;STB=0.541616;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0374274;OID=.;OPOS=117289613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:20:20:16:16:0.444444:5:11:15:5:5:11:15:5 chr12 117290182 . T TTTCCCC 166.82 PASS AF=0.368421;AO=20;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=28;FWDB=0.0062667;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=6;MLLD=267.129;QD=11.7063;RBI=0.0254461;REFB=-0.0137592;REVB=-0.0246623;RO=36;SAF=16;SAR=4;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.575071;STB=0.814545;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.020516;OID=.;OPOS=117290183;OREF=-;OALT=TTCCCC;OMAPALT=TTTCCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:20:57:21:57:36:16:5:8:28:99:36:16:4:9:27 chr12 117383320 . G A 853.87 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0096837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2015;QD=55.9914;RBI=0.0163127;REFB=0.0466033;REVB=0.0131274;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.508472;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.00304901;OID=.;OPOS=117383320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:61:0:1:60:60:0.983607:29:31:0:0:29:31:0:1 chr12 117465857 . T C 1624.41 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00300852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.776;QD=60.1634;RBI=0.00636549;REFB=0;REVB=0.00560966;RO=0;SAF=59;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62579e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.31581e-06;OID=.;OPOS=117465857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:108:0:0:108:108:1:49:59:0:0:49:59:0:0 chr12 117584066 . G A 460.91 PASS AF=0.47619;AO=46;DP=104;FAO=50;FDP=105;FR=.;FRO=55;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.00564998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.568;QD=17.5585;RBI=0.00575884;REFB=-0.00705774;REVB=0.00111445;RO=52;SAF=28;SAR=18;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123871;STB=0.578731;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0106391;OID=.;OPOS=117584066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:52:55:46:50:0.47619:18:28:25:27:19:31:26:29 chr12 117593387 . G A 1185.37 PASS AF=0.487603;AO=116;DP=240;FAO=118;FDP=242;FR=.;FRO=124;FSAF=54;FSAR=64;FSRF=71;FSRR=53;FWDB=0.00627739;FXX=0.00411506;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.122;QD=19.5929;RBI=0.0163855;REFB=-0.0194148;REVB=0.0151354;RO=120;SAF=54;SAR=62;SRF=70;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108645;STB=0.558727;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0108027;OID=.;OPOS=117593387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:240:242:120:124:116:118:0.487603:62:54:70:50:64:54:71:53 chr12 117593391 . A G 1285.62 PASS AF=0.502008;AO=125;DP=249;FAO=125;FDP=249;FR=.;FRO=124;FSAF=55;FSAR=70;FSRF=71;FSRR=53;FWDB=-0.0484656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.661;QD=20.6525;RBI=0.0508638;REFB=-0.0030754;REVB=-0.0154344;RO=120;SAF=55;SAR=70;SRF=69;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120539;STB=0.565918;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00351059;OID=.;OPOS=117593391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:249:249:120:124:125:125:0.502008:70:55:69:51:70:55:71:53 chr12 117657901 . G A 189.48 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.0040651;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.81;QD=20.4848;RBI=0.0297952;REFB=-0.0276017;REVB=0.0295166;RO=18;SAF=14;SAR=5;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467227;STB=0.526289;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.021236;OID=.;OPOS=117657901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:5:14:14:4:5:14:14:4 chr12 117691485 . A G 649.68 PASS AF=0.566372;AO=63;DP=111;FAO=64;FDP=113;FR=.;FRO=49;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=38;FWDB=0.0132415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.092;QD=22.9976;RBI=0.0132683;REFB=-0.0325206;REVB=-0.000843021;RO=48;SAF=31;SAR=32;SRF=11;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209823;STB=0.619434;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0157874;OID=.;OPOS=117691485;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:113:48:49:63:64:0.566372:32:31:11:37:32:32:11:38 chr12 117701714 . A G 1798.55 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=119;FDP=119;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00640348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.05;QD=60.4556;RBI=0.0412661;REFB=0;REVB=-0.0407662;RO=0;SAF=57;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000570025;OID=.;OPOS=117701714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:119:0:0:117:119:1:60:57:0:0:62:57:0:0 chr12 117890947 . T C 1486.81 PASS AF=0.989583;AO=93;DP=93;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0220355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.071;QD=61.9503;RBI=0.029441;REFB=-0.0684266;REVB=0.0195247;RO=0;SAF=43;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000316659;OID=.;OPOS=117890947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:96:0:1:93:95:0.989583:50:43:0:0:51:44:1:0 chr12 117894232 . C A 675.4 PASS AF=0.531746;AO=58;DP=119;FAO=67;FDP=126;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=0.0189507;FXX=0.0156238;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.652;QD=21.4412;RBI=0.0207255;REFB=-0.0228166;REVB=0.00839167;RO=61;SAF=23;SAR=35;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120314;STB=0.581199;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0174785;OID=.;OPOS=117894232;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:126:61:59:58:67:0.531746:35:23:32:29:43:24:31:28 chr12 117993064 . C T 911.58 PASS AF=0.491979;AO=91;DP=188;FAO=92;FDP=187;FR=.;FRO=95;FSAF=33;FSAR=59;FSRF=53;FSRR=42;FWDB=0.00472205;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.7832;QD=19.499;RBI=0.0137749;REFB=-0.00856722;REVB=-0.0129402;RO=94;SAF=32;SAR=59;SRF=53;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200266;STB=0.603522;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0105113;OID=.;OPOS=117993064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:187:94:95:91:92:0.491979:59:32:53:41:59:33:53:42 chr12 118020115 . G A 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00672607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.893;QD=57.884;RBI=0.0236744;REFB=0;REVB=0.0226989;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.13832e-05;OID=.;OPOS=118020115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:35:25:0:0:35:25:0:0 chr12 118199286 . C G 556.89 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0461991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.944;QD=60.2046;RBI=0.0476843;REFB=0;REVB=0.0118083;RO=0;SAF=11;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123445;OID=.;OPOS=118199286;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:26:11:0:0:26:11:0:0 chr12 118467553 . A G,T 1226.51 PASS AF=0.841463,0.158537;AO=68,13;DP=81;FAO=69,13;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=43,8;FSAR=26,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123643,0.00809711;FXX=0.0120467;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=144.323,92.6978;QD=59.8299;RBI=0.0163325,0.043349;REFB=0,0;REVB=-0.0106711,-0.042586;RO=0;SAF=42,8;SAR=26,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.60098e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00157762,0.00977044;OID=.,.;OPOS=118467553,118467553;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:60:81:82:0:0:68,13:69,13:0.841463,0.158537:26,5:42,8:0:0:26,5:43,8:0:0 chr12 118473054 . T C 903.47 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218368;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.236;QD=58.2884;RBI=0.0255529;REFB=0;REVB=0.0132705;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011383;OID=.;OPOS=118473054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:28:33:0:0:28:34:0:0 chr12 118506186 . A T 179.16 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0120426;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.078;QD=13.7812;RBI=0.013213;REFB=-0.00425823;REVB=-0.00543686;RO=30;SAF=10;SAR=11;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0925042;STB=0.561985;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00771477;OID=.;OPOS=118506186;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:30:31:21:21:0.403846:11:10:17:13:11:10:18:13 chr12 118506327 . TTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCC TTCCTCCTCCTCCTCC,TTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCT 172.33 PASS AF=0.521739,0.217391;AO=11,4;DP=20;FAO=12,5;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=0,1;FSAR=12,4;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=-0.0975206,0.234839;FXX=0.0416493;HRUN=1,2;LEN=6,1;MLLD=195.379,45.7403;QD=29.9713;RBI=0.0996471,0.235287;REFB=-0.010577,-0.028437;REVB=0.0204762,0.0145178;RO=3;SAF=0,1;SAR=11,3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.281139;STB=0.5,0.713717;STBP=1,0.786;TYPE=del,snp;VARB=0.0162656,0.0182724;OID=.,.;OPOS=118506328,118506348;OREF=TCCTCC,C;OALT=-,T;OMAPALT=TTCCTCCTCCTCCTCC,TTCCTCCTCCTCCTCCTCCTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.521739,0.217391:11,4:20:12,5:23:6:0,1:12,4:0:6:43:3:0,1:11,3:0:3 chr12 118509191 . G A 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=-0.052927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6841;QD=6.7877;RBI=0.0530946;REFB=0.00105549;REVB=-0.00421542;RO=23;SAF=7;SAR=1;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113398;STB=0.573567;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=-0.00537076;OID=.;OPOS=118509191;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:1:7:19:4:1:7:19:4 chr12 118520170 . G A 651.67 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00474001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.163;QD=62.0633;RBI=0.0217258;REFB=0;REVB=0.0212024;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.13629e-05;OID=.;OPOS=118520170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:24:17:0:0:25:17:0:0 chr12 118682751 . C T 277.3 PASS AF=0.537037;AO=29;DP=54;FAO=29;FDP=54;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.0164547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2839;QD=20.5404;RBI=0.0277596;REFB=-0.0327345;REVB=-0.0223571;RO=25;SAF=20;SAR=9;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397813;STB=0.72035;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0337519;OID=.;OPOS=118682751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:25:29:29:0.537037:9:20:5:20:9:20:5:20 chr12 118828755 . G A 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=2;FWDB=-0.00239906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.821;QD=7.32769;RBI=0.0290213;REFB=0.00332556;REVB=0.0289219;RO=21;SAF=3;SAR=5;SRF=19;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.580711;STB=0.839143;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00385385;OID=.;OPOS=118828755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:5:3:19:2:5:3:19:2 chr12 118855405 . A G 407.56 PASS AF=0.380952;AO=48;DP=126;FAO=48;FDP=126;FR=.;FRO=78;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=-0.0153862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.336;QD=12.9385;RBI=0.0165313;REFB=-0.0030273;REVB=0.00604552;RO=77;SAF=17;SAR=31;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170058;STB=0.593262;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00561582;OID=.;OPOS=118855405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:77:78:48:48:0.380952:31:17:39:38:31:17:39:39 chr12 119568596 . G A 272.73 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=89;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.0163928;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2256;QD=12.397;RBI=0.01901;REFB=-0.00138665;REVB=-0.00962591;RO=56;SAF=13;SAR=19;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163;STB=0.593691;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.00356522;OID=.;OPOS=119568596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:56:56:32:32:0.363636:19:13:31:25:19:13:31:25 chr12 119588962 . G A 256.08 PASS AF=0.394737;AO=29;DP=74;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.00152183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6479;QD=13.4778;RBI=0.00606067;REFB=-0.0106037;REVB=0.00586649;RO=43;SAF=11;SAR=18;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164912;STB=0.582976;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00956835;OID=.;OPOS=119588962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:43:46:29:30:0.394737:18:11:23:20:19:11:23:23 chr12 119594626 . TG GT,T 199.87 PASS AF=0.027027,0.891892;AO=4,20;DP=38;FAO=1,33;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=0,21;FSAR=1,12;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0197744,-0.0879477;FXX=0.0263089;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=15.8283,9.09153;QD=21.6076;RBI=0.0753991,0.192605;REFB=-0.000823348,-0.0533206;REVB=0.0727599,0.171353;RO=4;SAF=1,13;SAR=3,7;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0.349206;SSEP=0,0;SSSB=0,0.128158;STB=0.990053,0.502731;STBP=0.474,0.964;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0181168,0.0715498;OID=.,.;OPOS=119594626,119594627;OREF=TG,G;OALT=GT,-;OMAPALT=GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:10:38:37:4:3:4,20:1,33:0.027027,0.891892:3,7:1,13:1:3:1,12:0,21:2:1 chr12 119871387 . A G 990.53 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.661;QD=59.136;RBI=0.0313341;REFB=0;REVB=0.0230894;RO=0;SAF=24;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170885;OID=.;OPOS=119871387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:42:24:0:0:43:24:0:0 chr12 120067561 . T C 631.29 PASS AF=0.474074;AO=63;DP=135;FAO=64;FDP=135;FR=.;FRO=71;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.0385627;FXX=0.0145975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.616;QD=18.7049;RBI=0.0387845;REFB=-0.00866917;REVB=-0.00414187;RO=68;SAF=31;SAR=32;SRF=34;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00744085;STB=0.503703;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00875751;OID=.;OPOS=120067561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:68:71:63:64:0.474074:32:31:34:34:32:32:36:35 chr12 120114421 . T C,TC 83.34 PASS AF=0,0.298246;AO=2,12;DP=56;FAO=0,17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=0,4;FSAR=0,13;FSRF=8;FSRR=32;FWDB=-0.0164179,-0.0166211;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=185.085,53.5239;QD=5.84839;RBI=0.0171848,0.0172078;REFB=-0.0113088,-0.00577704;REVB=-0.00507651,0.00445482;RO=41;SAF=1,1;SAR=1,11;SRF=9;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.270044,-0.326738;STB=0.5,0.535674;STBP=1,0.797;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.131663;OID=.,.;OPOS=120114421,120114422;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:84:56:57:41:40:2,12:0,17:0,0.298246:1,11:1,1:9:32:0,13:0,4:8:32 chr12 120171995 . T C 348.75 PASS AF=0.521739;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0288296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1261;QD=20.2173;RBI=0.0698994;REFB=0.00972185;REVB=-0.0636772;RO=33;SAF=26;SAR=10;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117061;STB=0.56518;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.0104573;OID=.;OPOS=120171995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:33:33:36:36:0.521739:10:26:20:13:10:26:20:13 chr12 120189879 . A G 171.78 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.024828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.097;QD=11.0825;RBI=0.0250598;REFB=-0.0395276;REVB=-0.00340101;RO=40;SAF=16;SAR=6;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101474;STB=0.559384;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0562058;OID=.;OPOS=120189879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:6:16:26:14:6:16:26:14 chr12 120189888 . T C 195.54 PASS AF=0.387097;AO=23;DP=61;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.029427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.939;QD=12.6158;RBI=0.059075;REFB=-0.0303118;REVB=0.0512241;RO=37;SAF=16;SAR=7;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893169;STB=0.523789;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0828715;OID=.;OPOS=120189888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:37:38:23:24:0.387097:7:16:23:14:8:16:24:14 chr12 120565693 . G A 365.91 PASS AF=0.376068;AO=44;DP=118;FAO=44;FDP=117;FR=.;FRO=73;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.0155548;FXX=0.00847386;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9697;QD=12.5097;RBI=0.0385533;REFB=-0.00831491;REVB=0.0352761;RO=72;SAF=22;SAR=22;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454535;STB=0.529901;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0175968;OID=.;OPOS=120565693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:72:73:44:44:0.376068:22:22:33:39:22:22:33:40 chr12 120575549 . A C 1208.19 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.969;QD=61.174;RBI=0.0279878;REFB=0;REVB=0.00911889;RO=0;SAF=38;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42134e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.00004e-05;OID=.;OPOS=120575549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:40:38:0:0:40:39:0:0 chr12 120589064 . G C 1466.1 PASS AF=0.945455;AO=103;DP=109;FAO=104;FDP=110;FR=.;FRO=6;FSAF=26;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0332862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1368;QD=53.3129;RBI=0.0374012;REFB=-0.0211969;REVB=-0.0170551;RO=3;SAF=26;SAR=77;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018127;STB=0.518515;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00294484;OID=.;OPOS=120589064;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:109:110:3:6:103:104:0.945455:77:26:0:3:78:26:0:6 chr12 120589160 . A G 834.4 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.007;QD=57.5445;RBI=0.0307687;REFB=0;REVB=-0.00961552;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.39526e-05;OID=.;OPOS=120589160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:31:26:0:0:32:26:0:0 chr12 120591143 . A G 1147.49 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.735;QD=60.3943;RBI=0.0271672;REFB=0;REVB=0.0176429;RO=0;SAF=22;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.87256e-05;OID=.;OPOS=120591143;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:53:22:0:0:53:23:0:0 chr12 120608031 . A G 953.89 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.51;QD=58.7011;RBI=0.0398376;REFB=0;REVB=-0.0264334;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.09662e-06;OID=.;OPOS=120608031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:32:31:0:0:32:33:0:0 chr12 120636549 . C A 832.78 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0203465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1907;QD=55.5188;RBI=0.0782304;REFB=0.0515675;REVB=-0.0755381;RO=1;SAF=28;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165531;STB=0.508769;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.0116357;OID=.;OPOS=120636549;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:31:28:1:0:31:28:1:0 chr12 120661977 . T C 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.917;QD=55.654;RBI=0.0189018;REFB=0;REVB=0.0120114;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133981;OID=.;OPOS=120661977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr12 120662505 . T C 245.93 PASS AF=0.365854;AO=29;DP=82;FAO=30;FDP=82;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0597309;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9523;QD=11.9967;RBI=0.0647184;REFB=-0.0139413;REVB=-0.0249136;RO=52;SAF=13;SAR=16;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142317;STB=0.569533;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0208537;OID=.;OPOS=120662505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:52:52:29:30:0.365854:16:13:30:22:16:14:30:22 chr12 120731003 . A G 586.53 PASS AF=0.626506;AO=52;DP=83;FAO=52;FDP=83;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.019185;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.351;QD=28.2666;RBI=0.0271263;REFB=-0.00193926;REVB=-0.0191774;RO=30;SAF=21;SAR=31;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662192;STB=0.530659;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00155564;OID=.;OPOS=120731003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:30:31:52:52:0.626506:31:21:15:15:31:21:15:16 chr12 120741382 . G A 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0016257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.693;QD=54.516;RBI=0.0713502;REFB=0;REVB=-0.0713317;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000386592;OID=.;OPOS=120741382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr12 120750517 . A G 849.54 PASS AF=0.925373;AO=62;DP=67;FAO=62;FDP=67;FR=.;FRO=5;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00472998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9686;QD=50.7186;RBI=0.0455322;REFB=0.0102864;REVB=-0.0452859;RO=4;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0523692;STB=0.519018;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.0139121;OID=.;OPOS=120750517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:67:67:4:5:62:62:0.925373:34:28:0:4:34:28:1:4 chr12 120762837 . A G 1532.16 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.737;QD=63.1817;RBI=0.0212918;REFB=0;REVB=0.00314249;RO=0;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121638;OID=.;OPOS=120762837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:97:0:0:93:97:1:47:46:0:0:47:50:0:0 chr12 120779455 . TAAAAAAAAAAAAAAC TAAAAAAAAAAAAAC,TAAAAAAAAAACAAAA,TAAAAAAAAACAAAAC 113.27 PASS AF=0.521739,0.478261,0;AO=3,2,3;DP=22;FAO=12,11,0;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7,11,0;FSAR=5,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-1.24347,-0.131539,-0.123385;FXX=0;HRUN=14,14,14;LEN=1,5,1;MLLD=2.33566,122.242,115.36;QD=19.6993;RBI=1.24589,0.131567,0.123427;REFB=-0.0403317,-0.0267687,-0.0296387;REVB=0.0775258,-0.00274677,-0.00322013;RO=1;SAF=0,2,3;SAR=3,0,0;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.697199,0.727144;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=-0.780523,0.20861,0;OID=.,.,.;OPOS=120779456,120779466,120779465;OREF=A,AAAAC,A;OALT=-,CAAAA,C;OMAPALT=TAAAAAAAAAAAAAC,TAAAAAAAAAACAAAA,TAAAAAAAAACAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.521739,0.478261,0:3,2,3:22:12,11,0:23:0:7,11,0:5,0,0:0:0:68:1:0,2,3:3,0,0:0:1 chr12 120882217 . G T 130.8 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0203211;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.723;QD=8.57695;RBI=0.021984;REFB=-0.000363312;REVB=0.00838741;RO=41;SAF=10;SAR=8;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135114;STB=0.579622;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.00132336;OID=.;OPOS=120882217;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:43:18:18:0.295082:8:10:18:23:8:10:19:24 chr12 120882259 . GAAAAAAAG GAAAAA,GAAAAAAAAG,GAAAAAAG 84.19 PASS AF=0.280702,0,0.0175439;AO=11,6,7;DP=60;FAO=16,0,1;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=6,0,0;FSAR=10,0,1;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0352241,0.0223633,-0.024787;FXX=0.0499917;HRUN=7,7,7;LEN=3,1,1;MLLD=237.788,8.01303,8.14775;QD=5.90829;RBI=0.0354425,0.0529256,0.0528937;REFB=-0.00236887,-0.0153251,0.0162031;REVB=0.00392817,-0.0479687,0.0467263;RO=27;SAF=4,2,2;SAR=7,4,5;SRF=11;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0535672,-0.0937647,-0.159261;STB=0.518844,0.5,0.988077;STBP=0.892,1,0.479;TYPE=del,ins,del;VARB=0.00764048,0.0172694,-0.0940762;OID=.,.,.;OPOS=120882265,120882260,120882260;OREF=AAG,-,A;OALT=-,A,-;OMAPALT=GAAAAA,GAAAAAAAAG,GAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.280702,0,0.0175439:11,6,7:60:16,0,1:57:40:6,0,0:10,0,1:16:24:78:27:4,2,2:7,4,5:11:16 chr12 120884328 . C T 128.61 PASS AF=0.483871;AO=14;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0144507;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5001;QD=16.5943;RBI=0.0836724;REFB=-0.038051;REVB=0.0824151;RO=15;SAF=6;SAR=8;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326879;STB=0.67478;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0254848;OID=.;OPOS=120884328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:16:14:15:0.483871:8:6:12:3:9:6:12:4 chr12 120934407 . C T 226.88 PASS AF=0.345238;AO=27;DP=82;FAO=29;FDP=84;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0453485;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=41.4806;QD=10.8036;RBI=0.0918515;REFB=-0.0117848;REVB=0.0798763;RO=55;SAF=10;SAR=17;SRF=25;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100242;STB=0.527223;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0103671;OID=.;OPOS=120934407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:55:55:27:29:0.345238:17:10:25:30:17:12:25:30 chr12 120934624 . A C 113.08 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00164217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3095;QD=17.3971;RBI=0.0156173;REFB=-0.013962;REVB=0.0155307;RO=13;SAF=11;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357025;STB=0.709302;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0170684;OID=.;OPOS=120934624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:2:11:7:6:2:11:7:6 chr12 120960057 . C T 243.88 PASS AF=0.621622;AO=22;DP=36;FAO=23;FDP=37;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.017902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.762;QD=26.3651;RBI=0.0193953;REFB=0.00136657;REVB=0.00746281;RO=14;SAF=14;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601851;STB=0.542677;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00340631;OID=.;OPOS=120960057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:14:14:22:23:0.621622:8:14:10:4:9:14:10:4 chr12 120966921 . A G 126.05 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=44;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0268757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.081;QD=11.2045;RBI=0.0289671;REFB=-0.0149894;REVB=0.0108069;RO=30;SAF=11;SAR=3;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.448338;STB=0.724249;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0361905;OID=.;OPOS=120966921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:30:30:14:15:0.333333:3:11:12:18:4:11:12:18 chr12 121017171 . A G 716.98 PASS AF=0.565574;AO=68;DP=123;FAO=69;FDP=122;FR=.;FRO=53;FSAF=44;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.00475643;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1983;QD=23.5075;RBI=0.0155705;REFB=-0.0461326;REVB=-0.0148262;RO=54;SAF=44;SAR=24;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184035;STB=0.598901;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0308193;OID=.;OPOS=121017171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:122:54:53:68:69:0.565574:24:44:23:31:25:44:22:31 chr12 121093631 . TGC T,TGT 55.24 PASS AF=0.2,0.6;AO=4,6;DP=19;FAO=2,6;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=0,6;FSAR=2,0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0124695,0.0792444;FXX=0.166528;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=64.5315,46.6846;QD=22.0979;RBI=0.157161,0.0930532;REFB=-0.0360702,-0.075356;REVB=0.156665,0.0487771;RO=7;SAF=1,6;SAR=3,0;SRF=4;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.326128,0.747681;STB=0.994977,0.5;STBP=0.131,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0263788,0.0890822;OID=.,.;OPOS=121093632,121093633;OREF=GC,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.2,0.6:4,6:19:2,6:10:2:0,6:2,0:2:0:16:7:1,6:3,0:4:3 chr12 121093655 . C T 63.22 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0283739;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0667;QD=10.9951;RBI=0.055068;REFB=-0.0462052;REVB=-0.0471954;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268092;STB=0.516093;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0349518;OID=.;OPOS=121093655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:23:23:14:14:9:9:0.391304:3:6:9:5:3:6:9:5 chr12 121131891 . C T 637.74 PASS AF=0.757143;AO=53;DP=70;FAO=53;FDP=70;FR=.;FRO=17;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0169165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.866;QD=36.442;RBI=0.0215922;REFB=-0.0171835;REVB=0.0134185;RO=17;SAF=24;SAR=29;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00808679;STB=0.504346;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00552141;OID=.;OPOS=121131891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:17:17:53:53:0.757143:29:24:8:9:29:24:8:9 chr12 121174899 . T C 631.95 PASS AF=0.776119;AO=52;DP=68;FAO=52;FDP=67;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0820807;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8247;QD=37.7286;RBI=0.0828033;REFB=-0.0560103;REVB=0.0109151;RO=15;SAF=22;SAR=30;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0745841;STB=0.540054;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0140581;OID=.;OPOS=121174899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:68:67:15:15:52:52:0.776119:30:22:9:6:30:22:9:6 chr12 121174938 . C T 405.98 PASS AF=0.698113;AO=36;DP=53;FAO=37;FDP=53;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0733272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6396;QD=30.6397;RBI=0.0736943;REFB=-0.0294806;REVB=0.00734679;RO=16;SAF=11;SAR=25;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453327;STB=0.517232;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00981662;OID=.;OPOS=121174938;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:16:16:36:37:0.698113:25:11:6:10:25:12:6:10 chr12 121175221 . G A 124.34 PASS AF=0.234568;AO=19;DP=81;FAO=19;FDP=81;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.00134157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.958;QD=6.14026;RBI=0.0138896;REFB=-0.00240514;REVB=0.0138246;RO=62;SAF=8;SAR=11;SRF=33;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137486;STB=0.584865;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.010106;OID=.;OPOS=121175221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:62:62:19:19:0.234568:11:8:33:29:11:8:33:29 chr12 121175984 . T C 140.52 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0192085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.446;QD=31.2276;RBI=0.0264922;REFB=-0.0226623;REVB=0.0182447;RO=4;SAF=9;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161829;STB=0.590032;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00935234;OID=.;OPOS=121175984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:18:18:4:4:14:14:0.777778:5:9:1:3:5:9:1:3 chr12 121176679 . C T 306.25 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0167578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.925;QD=47.1147;RBI=0.0170307;REFB=-0.0405549;REVB=0.0030368;RO=2;SAF=9;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923632;STB=0.549958;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00234371;OID=.;OPOS=121176679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:2:2:24:24:0.923077:15:9:2:0:15:9:2:0 chr12 121416622 . C G 78.86 PASS AF=0.229167;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=48;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0542384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.658;QD=6.57193;RBI=0.0561383;REFB=-0.0216666;REVB=-0.0144811;RO=37;SAF=4;SAR=7;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214621;STB=0.636116;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0567208;OID=.;OPOS=121416622;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:48:48:37:37:11:11:0.229167:7:4:20:17:7:4:20:17 chr12 121434359 . GGC G 128.61 PASS AF=1;AO=11;DP=25;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0597786;FXX=0.210416;HRUN=5;LEN=2;MLLD=11.438;QD=34.295;RBI=0.0976773;REFB=0;REVB=-0.0772488;RO=13;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0.375;SSEP=0;SSSB=0.121367;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00673841;OID=.;OPOS=121434360;OREF=GC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:11:25:15:15:0:10:5:0:0:3:13:8:3:8:5 chr12 121434630 . C CTCATTCAT,T 122.09 PASS AF=0.382353,0.0588235;AO=10,5;DP=35;FAO=13,2;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=8,2;FSAR=5,0;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0073903,-0.0322187;FXX=0.0285633;HRUN=1,1;LEN=8,1;MLLD=155.795,116.834;QD=14.364;RBI=0.0245319,0.0378898;REFB=-0.0257738,-0.00808762;REVB=-0.0233923,-0.0199398;RO=19;SAF=7,4;SAR=3,1;SRF=12;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.084162,0.235877;STB=0.510188,0.993399;STBP=0.96,0.303;TYPE=ins,snp;VARB=0.0265573,-0.0983893;OID=.,.;OPOS=121434631,121434630;OREF=-,C;OALT=TCATTCAT,T;OMAPALT=CTCATTCAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:19:19:10,5:13,2:0.382353,0.0588235:3,1:7,4:12:7:5,0:8,2:12:7 chr12 121435587 . G T 51.77 PASS AF=0.195122;AO=6;DP=39;FAO=8;FDP=41;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0167612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.06;QD=5.0512;RBI=0.0679307;REFB=-0.00907403;REVB=0.0658304;RO=32;SAF=6;SAR=0;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.663297;STB=0.679523;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0345802;OID=.;OPOS=121435587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:39:41:32:33:6:8:0.195122:0:6:17:15:2:6:18:15 chr12 121437221 . T C 770.38 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.063798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.6424;QD=55.0268;RBI=0.0699275;REFB=-0.00927007;REVB=0.0286298;RO=1;SAF=33;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140687;STB=0.507244;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000224416;OID=.;OPOS=121437221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:1:1:54:55:0.982143:21:33:1:0:21:34:1:0 chr12 121437382 . A G 145.47 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.190351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.283;QD=44.7609;RBI=0.190368;REFB=0;REVB=-0.00256228;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158458;OID=.;OPOS=121437382;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:8:4:0:0:8:5:0:0 chr12 121439598 . G A 346.48 PASS AF=0.659091;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00533158;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.394;QD=31.4984;RBI=0.00716981;REFB=-0.0187548;REVB=0.0047938;RO=15;SAF=17;SAR=12;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521387;STB=0.528529;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00295136;OID=.;OPOS=121439598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:15:15:29:29:0.659091:12:17:10:5:12:17:10:5 chr12 121442199 . T A 275.66 PASS AF=0.705882;AO=24;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.112085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.864;QD=32.4305;RBI=0.116135;REFB=-0.0148012;REVB=0.0304035;RO=10;SAF=7;SAR=17;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182528;STB=0.600456;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00831124;OID=.;OPOS=121442199;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:34:34:10:10:24:24:0.705882:17:7:6:4:17:7:6:4 chr12 121442214 . G A 203.33 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0309786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0511;QD=30.1236;RBI=0.0312119;REFB=-0.0300528;REVB=-0.0038091;RO=8;SAF=4;SAR=15;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337163;STB=0.687856;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0230181;OID=.;OPOS=121442214;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:15:4:6:2:15:4:6:2 chr12 121454257 . T A 464.96 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1331;QD=58.1196;RBI=0.0582284;REFB=0;REVB=-0.0448407;RO=0;SAF=22;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148514;OID=.;OPOS=121454257;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:10:22:0:0:10:22:0:0 chr12 121471337 . G A 199.75 PASS AF=0.22963;AO=31;DP=135;FAO=31;FDP=135;FR=.;FRO=104;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=56;FSRR=48;FWDB=-0.00301662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.271;QD=5.91841;RBI=0.0394336;REFB=-0.0136974;REVB=0.0393181;RO=104;SAF=18;SAR=13;SRF=56;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538636;STB=0.532988;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0400986;OID=.;OPOS=121471337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:104:104:31:31:0.22963:13:18:56:48:13:18:56:48 chr12 121600253 . T C 365.26 PASS AF=0.697674;AO=29;DP=42;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0146799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2152;QD=33.9776;RBI=0.0272463;REFB=-0.0592016;REVB=-0.0229535;RO=13;SAF=15;SAR=14;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118403;STB=0.567856;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0214593;OID=.;OPOS=121600253;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:13:13:29:30:0.697674:14:15:4:9:14:16:4:9 chr12 121605355 . G A 49.98 PASS AF=0.15;AO=9;DP=59;FAO=9;FDP=60;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00646358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.784;QD=3.3322;RBI=0.013445;REFB=-0.00568455;REVB=-0.0117894;RO=50;SAF=3;SAR=6;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136219;STB=0.604412;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0221167;OID=.;OPOS=121605355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:59:60:50:51:9:9:0.15:6:3:22:28:6:3:23:28 chr12 121615131 . C G 1038.26 PASS AF=0.810526;AO=77;DP=95;FAO=77;FDP=95;FR=.;FRO=18;FSAF=26;FSAR=51;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0544295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.062;QD=43.7163;RBI=0.0591932;REFB=-0.00210146;REVB=0.0232652;RO=15;SAF=26;SAR=51;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653932;STB=0.544795;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0010443;OID=.;OPOS=121615131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:15:18:77:77:0.810526:51:26:8:7:51:26:10:8 chr12 121622239 . C T 366.55 PASS AF=0.805556;AO=29;DP=36;FAO=29;FDP=36;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0149597;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=167.823;QD=40.7281;RBI=0.016728;REFB=-0.00157562;REVB=0.00748555;RO=7;SAF=10;SAR=19;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08721;STB=0.547292;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.000417679;OID=.;OPOS=121622239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:7:7:29:29:0.805556:19:10:4:3:19:10:4:3 chr12 121622419 . G T 183.79 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=21;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00126734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8419;QD=35.0066;RBI=0.0623756;REFB=0.00917251;REVB=0.0623628;RO=4;SAF=6;SAR=11;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143128;STB=0.578852;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-9.16107e-07;OID=.;OPOS=121622419;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:21:21:4:4:17:17:0.809524:11:6:3:1:11:6:3:1 chr12 121622520 . A T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.103;QD=53.9109;RBI=0.0161813;REFB=0;REVB=0.0105987;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75619e-05;OID=.;OPOS=121622520;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr12 121701681 . G A 321.5 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00644157;FXX=0.0181785;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.422;QD=23.8146;RBI=0.018744;REFB=-0.0031198;REVB=0.0176024;RO=22;SAF=25;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141961;STB=0.578651;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.00188291;OID=.;OPOS=121701681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:7:25:14:8:7:25:14:8 chr12 121712077 . T A 193.68 PASS AF=0.72;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0515209;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1692;QD=30.9891;RBI=0.0564378;REFB=-0.0485209;REVB=-0.0230395;RO=7;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108655;STB=0.559934;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0350251;OID=.;OPOS=121712077;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:26:25:7:7:18:18:0.72:9:9:5:2:9:9:5:2 chr12 121853164 . T C 289.36 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0939194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.6697;QD=46.2975;RBI=0.0965766;REFB=-0.0319929;REVB=0.0224988;RO=2;SAF=12;SAR=11;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00321753;STB=0.501741;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00338307;OID=.;OPOS=121853164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:11:12:1:1:11:12:1:1 chr12 121870922 . G A 247.82 PASS AF=0.952381;AO=16;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0795566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5193;QD=47.2045;RBI=0.243938;REFB=-0.000455314;REVB=0.2306;RO=1;SAF=7;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608641;STB=0.533299;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00995018;OID=.;OPOS=121870922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:16:20:0.952381:9:7:1:0:13:7:1:0 chr12 121871006 . A C 306.26 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00609214;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.442;QD=53.2617;RBI=0.0101781;REFB=0;REVB=-0.00815343;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.149e-05;OID=.;OPOS=121871006;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr12 121878659 . C T 1173.29 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218564;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.418;QD=60.9503;RBI=0.0287239;REFB=0;REVB=0.0186376;RO=0;SAF=28;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.11177e-05;OID=.;OPOS=121878659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:47:28:0:0:48:29:0:0 chr12 121880518 . TGGTCG ACACGC,TGATCG 549.54 PASS AF=0.0540541,0.945946;AO=2,34;DP=38;FAO=2,35;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=2,18;FSAR=0,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108636,0.0668714;FXX=0.0263089;HRUN=1,2;LEN=6,1;MLLD=77.2106,108.488;QD=59.4097;RBI=0.0164539,0.0749348;REFB=0,0;REVB=0.0123577,0.0338147;RO=0;SAF=2,18;SAR=0,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00369802,0.00474276;OID=.,.;OPOS=121880518,121880520;OREF=TGGTCG,G;OALT=ACACGC,A;OMAPALT=ACACGC,TGATCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:38:37:0:0:2,34:2,35:0.0540541,0.945946:0,16:2,18:0:0:0,17:2,18:0:0 chr12 121881848 . G A 433.42 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385707;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.076;QD=57.7894;RBI=0.0397742;REFB=0;REVB=0.00971013;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195532;OID=.;OPOS=121881848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr12 122042844 . A G 207.01 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0093809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4739;QD=48.7085;RBI=0.156438;REFB=0;REVB=0.156157;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00591548;OID=.;OPOS=122042844;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:4:12:0:0:5:12:0:0 chr12 122079189 . C T 214.24 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0133933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.179;QD=45.1041;RBI=0.0136024;REFB=-0.0835852;REVB=0.00237606;RO=1;SAF=11;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399301;STB=0.521715;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00655468;OID=.;OPOS=122079189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:7:11:1:0:7:11:1:0 chr12 122079441 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.583;QD=45.8068;RBI=0.0613397;REFB=0;REVB=0.0556904;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000630929;OID=.;OPOS=122079441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr12 122079682 . A AT,T 188.37 PASS AF=0.870968,0;AO=21,3;DP=31;FAO=27,0;FDP=31;FR=.;FRO=4;FSAF=10,0;FSAR=17,0;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.106,-0.0113528;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=1,1;MLLD=10.0294,200.46;QD=24.3062;RBI=0.158359,0.0149694;REFB=0.0540687,-0.0113329;REVB=-0.11765,-0.00975686;RO=4;SAF=8,2;SAR=13,1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0366458,0.149914;STB=0.517753,0.5;STBP=0.65,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0235861,0;OID=.,.;OPOS=122079683,122079682;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:31:31:4:4:21,3:27,0:0.870968,0:13,1:8,2:2:2:17,0:10,0:2:2 chr12 122107255 . G A 143.72 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0406893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.378;QD=33.8156;RBI=0.0463317;REFB=-0.0440504;REVB=0.0221587;RO=3;SAF=13;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237257;STB=0.633913;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00926054;OID=.;OPOS=122107255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:17:3:3:14:14:0.823529:1:13:2:1:1:13:2:1 chr12 122234089 . T A 587.48 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142916;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0198;QD=60.2545;RBI=0.0156448;REFB=0;REVB=0.00636477;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194747;OID=.;OPOS=122234089;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:38:39:1:19:19:0:0:20:19:0:0 chr12 122234191 . C A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00411257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.576;QD=51.9166;RBI=0.0130977;REFB=0;REVB=-0.0124353;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124346;OID=.;OPOS=122234191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr12 122243905 . C T 805.49 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.295;QD=64.4394;RBI=0.0508361;REFB=0;REVB=0.00703109;RO=0;SAF=15;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.01675e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.33754e-05;OID=.;OPOS=122243905;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:34:15:0:0:34:16:0:0 chr12 122248582 . C G 241.49 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=23;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0.0434594;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.285;QD=43.9076;RBI=0.0157417;REFB=-0.164219;REVB=0.0157417;RO=1;SAF=0;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107621;OID=.;OPOS=122248582;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:23:22:1:2:20:20:0.909091:20:0:0:1:20:0:0:2 chr12 122261456 . G A 1384.42 PASS AF=0.989899;AO=93;DP=96;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0493083;FXX=0.0388312;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.291;QD=55.936;RBI=0.0548976;REFB=-0.13822;REVB=0.0241336;RO=1;SAF=35;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00810501;STB=0.504201;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00143365;OID=.;OPOS=122261456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:99:1:1:93:98:0.989899:58:35:0:1:59:39:0:1 chr12 122295335 . T C 587.98 PASS AF=0.952381;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0133347;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3697;QD=55.998;RBI=0.0300346;REFB=-0.199426;REVB=0.0269121;RO=1;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028395;STB=0.527764;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.011912;OID=.;OPOS=122295335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:41:42:1:2:39:40:0.952381:16:23:0:1:17:23:0:2 chr12 122326812 . T C 368.69 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0637473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9628;QD=54.6202;RBI=0.075675;REFB=0;REVB=0.0407798;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000443331;OID=.;OPOS=122326812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:9:17:0:0:9:18:0:0 chr12 122353796 . A G 572.3 PASS AF=1;AO=31;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.130894;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=22.0368;QD=50.8715;RBI=0.273712;REFB=-0.0680439;REVB=0.240385;RO=3;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0754884;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00524165;OID=.;OPOS=122353796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:45:45:3:0:31:45:1:17:14:0:3:27:18:0:0 chr12 122355716 . C T 551.55 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.857;QD=59.6268;RBI=0.0488967;REFB=0;REVB=0.0381923;RO=0;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216517;OID=.;OPOS=122355716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:34:37:1:23:11:0:0:26:11:0:0 chr12 122369762 . C T 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0640487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3633;QD=61.3351;RBI=0.0643652;REFB=0;REVB=-0.00637568;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00073002;OID=.;OPOS=122369762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:20:20:0:0:20:20:0:0 chr12 122396395 . C T 1055.37 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.981;QD=59.4573;RBI=0.013694;REFB=0;REVB=0.00574148;RO=1;SAF=33;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141074;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.2898e-05;OID=.;OPOS=122396395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:1:0:68:71:1:35:33:1:0:36:35:0:0 chr12 122405912 . G T 427.53 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0498115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8044;QD=51.8216;RBI=0.0731677;REFB=0.102439;REVB=-0.0535941;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.526299;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.0197914;OID=.;OPOS=122405912;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:33:0:2:31:31:0.939394:13:18:0:0:13:18:2:0 chr12 122497001 . T C 42.36 PASS AF=0.121622;AO=9;DP=74;FAO=9;FDP=74;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=-0.0341876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.477;QD=2.28984;RBI=0.036523;REFB=-0.00330672;REVB=-0.0128507;RO=65;SAF=4;SAR=5;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206916;STB=0.515118;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0397531;OID=.;OPOS=122497001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:74:74:65:65:9:9:0.121622:5:4:30:35:5:4:30:35 chr12 122626842 . G A 82.58 PASS AF=0.166667;AO=15;DP=90;FAO=15;FDP=90;FR=.;FRO=75;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=38;FSRR=37;FWDB=0.0217035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7908;QD=3.67028;RBI=0.0225269;REFB=-0.000113365;REVB=-0.00603467;RO=75;SAF=10;SAR=5;SRF=38;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204647;STB=0.636179;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000782363;OID=.;OPOS=122626842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:90:90:75:75:15:15:0.166667:5:10:38:37:5:10:38:37 chr12 122628219 . T C 55.79 PASS AF=0.169811;AO=9;DP=54;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0057411;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.959;QD=4.21077;RBI=0.0084165;REFB=-0.00550769;REVB=-0.00615444;RO=45;SAF=3;SAR=6;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343176;STB=0.722426;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0236384;OID=.;OPOS=122628219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:54:53:45:44:9:9:0.169811:6:3:28:17:6:3:27:17 chr12 122628516 . A T 40.27 PASS AF=0.125;AO=8;DP=64;FAO=8;FDP=64;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.0565903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5364;QD=2.51678;RBI=0.107866;REFB=0.00390537;REVB=-0.0918289;RO=56;SAF=7;SAR=1;SRF=35;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369386;STB=0.784874;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.0365085;OID=.;OPOS=122628516;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:64:64:56:56:8:8:0.125:1:7:35:21:1:7:35:21 chr12 122674032 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.6437;QD=53.9111;RBI=0.0415713;REFB=0;REVB=0.0328288;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000871269;OID=.;OPOS=122674032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr12 122674758 . G A 651.28 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000367748;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1491;QD=57.8916;RBI=0.0147771;REFB=-0.112049;REVB=0.0147725;RO=2;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.044666;STB=0.523798;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.00069739;OID=.;OPOS=122674758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:45:2:2:43:43:0.955556:20:23:0:2:20:23:0:2 chr12 122676013 . A C 723.36 PASS AF=0.875;AO=53;DP=62;FAO=56;FDP=64;FR=.;FRO=8;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.010387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.909;QD=45.21;RBI=0.0141006;REFB=0.00987918;REVB=-0.00953603;RO=8;SAF=29;SAR=24;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424966;STB=0.522464;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=-0.00110587;OID=.;OPOS=122676013;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:62:64:8:8:53:56:0.875:24:29:3:5:25:31:3:5 chr12 122689161 . C G 143.79 PASS AF=0.736842;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=19;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0429252;FXX=0.0951928;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.3081;QD=30.2708;RBI=0.130054;REFB=0.023207;REVB=0.122766;RO=5;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137942;STB=0.507681;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=-0.00736463;OID=.;OPOS=122689161;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:21:19:5:5:14:14:0.736842:6:8:3:2:6:8:3:2 chr12 122689181 . C G 176.68 PASS AF=0.666667;AO=17;DP=26;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0760639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8496;QD=26.1754;RBI=0.0847448;REFB=-0.0732902;REVB=-0.0373626;RO=9;SAF=5;SAR=12;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178529;STB=0.578857;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0406489;OID=.;OPOS=122689181;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:26:27:9:9:17:18:0.666667:12:5:5:4:12:6:5:4 chr12 122689244 . C T 368.52 PASS AF=0.731707;AO=29;DP=40;FAO=30;FDP=41;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0940009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.9694;QD=35.9534;RBI=0.124738;REFB=-0.0119793;REVB=0.0819962;RO=11;SAF=7;SAR=22;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186258;STB=0.603966;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00682611;OID=.;OPOS=122689244;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:40:41:11:11:29:30:0.731707:22:7:6:5:23:7:6:5 chr12 122691738 . C A,G 423.68 PASS AF=0.966667,0.0333333;AO=28,2;DP=30;FAO=29,1;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=16,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478005,-0.0304227;FXX=0.0322477;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.195,88.9912;QD=56.4899;RBI=0.0772247,0.0314566;REFB=0,0;REVB=0.0606529,0.00799833;RO=0;SAF=13,0;SAR=15,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000806831,0.108364;OID=.,.;OPOS=122691738,122691738;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:30:30:0:0:28,2:29,1:0.966667,0.0333333:15,2:13,0:0:0:16,1:13,0:0:0 chr12 122756342 . G A 459.98 PASS AF=0.754717;AO=39;DP=52;FAO=40;FDP=53;FR=.;FRO=13;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00666183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.602;QD=34.7154;RBI=0.0194353;REFB=-0.00804242;REVB=0.0182579;RO=13;SAF=23;SAR=16;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0961422;STB=0.547074;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00195041;OID=.;OPOS=122756342;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:52:53:13:13:39:40:0.754717:16:23:5:8:17:23:5:8 chr12 122989235 . A C 60.83 PASS AF=0.13;AO=12;DP=99;FAO=13;FDP=100;FR=.;FRO=87;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=42;FWDB=-0.00718862;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5263;QD=2.43314;RBI=0.0563676;REFB=-0.00371212;REVB=0.0559074;RO=86;SAF=5;SAR=7;SRF=44;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115835;STB=0.615207;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0309452;OID=.;OPOS=122989235;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:99:100:86:87:12:13:0.13:7:5:44:42:8:5:45:42 chr12 123087442 . A G 139.47 PASS AF=0.317073;AO=8;DP=36;FAO=13;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=17;FWDB=0.0285695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.577;QD=13.607;RBI=0.0304845;REFB=0.000374719;REVB=0.0106341;RO=14;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.757315;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0583491;OID=.;OPOS=123087442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:36:41:14:17:8:13:0.317073:8:0:0:14:8:5:0:17 chr12 123185864 . A G 241.64 PASS AF=0.202454;AO=33;DP=162;FAO=33;FDP=163;FR=.,HEALED;FRO=122;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=56;FSRR=66;FWDB=-0.0160794;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.997;QD=5.92981;RBI=0.0491276;REFB=-0.00648519;REVB=-0.0464217;RO=118;SAF=15;SAR=18;SRF=55;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147454;STB=0.503544;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0145433;OID=.;OPOS=123185864;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:118:122:33:33:0.202454:18:15:55:63:18:15:56:66 chr12 123185962 . T G 34.61 PASS AF=0.0736196;AO=12;DP=164;FAO=12;FDP=163;FR=.;FRO=151;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=66;FSRR=85;FWDB=0.0299693;FXX=0.0121205;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4094;QD=0.849284;RBI=0.0305295;REFB=0.00399401;REVB=0.00582166;RO=152;SAF=3;SAR=9;SRF=68;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227259;STB=0.687377;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.0488374;OID=.;OPOS=123185962;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:164:163:152:151:12:12:0.0736196:9:3:68:84:9:3:66:85 chr12 123200158 . G C 37.57 PASS AF=0.102273;AO=9;DP=88;FAO=9;FDP=88;FR=.;FRO=79;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=57;FSRR=22;FWDB=0.000471965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.146;QD=1.70751;RBI=0.0130744;REFB=-0.00101271;REVB=0.0130659;RO=79;SAF=7;SAR=2;SRF=57;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862247;STB=0.567408;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0443438;OID=.;OPOS=123200158;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:88:88:79:79:9:9:0.102273:2:7:57:22:2:7:57:22 chr12 123200247 . G C 994.0 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0204348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.148;QD=57.6232;RBI=0.0234131;REFB=-0.105829;REVB=0.0114277;RO=1;SAF=42;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178302;STB=0.509431;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000399319;OID=.;OPOS=123200247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:26:42:0:1:26:42:0:1 chr12 123200334 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.0731;QD=37.4885;RBI=0.0327529;REFB=0;REVB=0.0164179;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000835143;OID=.;OPOS=123200334;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr12 123200693 . A G 272.13 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0693841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.684;QD=51.834;RBI=0.0872928;REFB=0;REVB=-0.0529706;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325576;OID=.;OPOS=123200693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr12 123200768 . T G 809.73 PASS AF=0.983051;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00413403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.542;QD=54.8971;RBI=0.00414338;REFB=0.0139952;REVB=-0.000278299;RO=1;SAF=39;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119389;STB=0.506171;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=3.70028e-05;OID=.;OPOS=123200768;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:59:1:1:56:58:0.983051:17:39:1:0:18:40:1:0 chr12 123200937 . T G 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.53;QD=61.6829;RBI=0.0578391;REFB=0;REVB=-0.0539579;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00118245;OID=.;OPOS=123200937;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:29:12:0:0:29:12:0:0 chr12 123246781 . T A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016163;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.272;QD=42.1826;RBI=0.0196771;REFB=0;REVB=0.0112225;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.9801e-06;OID=.;OPOS=123246781;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr12 123253852 . T C 102.24 PASS AF=0.282609;AO=13;DP=46;FAO=13;FDP=46;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0225342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0163;QD=8.89022;RBI=0.0457014;REFB=0.0120174;REVB=0.0397596;RO=31;SAF=11;SAR=2;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.471836;STB=0.779045;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0116949;OID=.;OPOS=123253852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:33:13:13:0.282609:2:11:15:16:2:11:17:16 chr12 123253856 . C CAT,T 772.18 PASS AF=0.390625,0.53125;AO=23,35;DP=67;FAO=25,34;FDP=64;FR=.;FRO=5;FSAF=14,30;FSAR=11,4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00512689,0.00427205;FXX=0.0447694;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=141.019,64.155;QD=48.2613;RBI=0.0525747,0.0305175;REFB=-0.0943426,-0.0310297;REVB=0.0523241,-0.030217;RO=4;SAF=13,30;SAR=10,5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0863134,0.198789;STB=0.559952,0.659229;STBP=0.183,0.003;TYPE=ins,snp;VARB=0.0348642,0.014175;OID=.,.;OPOS=123253857,123253856;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:67:64:4:5:23,35:25,34:0.390625,0.53125:10,5:13,30:1:3:11,4:14,30:1:4 chr12 123333065 . C T 592.71 PASS AF=0.851064;AO=39;DP=46;FAO=40;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0411001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6547;QD=50.4434;RBI=0.0445324;REFB=-0.0774612;REVB=-0.0171439;RO=5;SAF=16;SAR=23;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465229;STB=0.523353;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0114957;OID=.;OPOS=123333065;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:46:47:5:5:39:40:0.851064:23:16:1:4:24:16:1:4 chr12 123345736 . C G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00262631;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.371;QD=43.4862;RBI=0.0318268;REFB=0;REVB=0.0317182;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000267179;OID=.;OPOS=123345736;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr12 123460823 . A G 1206.75 PASS AF=1;AO=76;DP=83;FAO=78;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=66;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0492097;FXX=0.0602337;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.724;QD=61.8845;RBI=0.0682073;REFB=0;REVB=0.0472296;RO=0;SAF=64;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38322e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012998;OID=.;OPOS=123460823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:83:78:0:0:76:78:1:12:64:0:0:12:66:0:0 chr12 123469647 . G T 570.63 PASS AF=0.720588;AO=49;DP=69;FAO=49;FDP=68;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00822707;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.615;QD=33.5662;RBI=0.0168133;REFB=-0.0421574;REVB=0.014663;RO=19;SAF=21;SAR=28;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0512264;STB=0.527648;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0100713;OID=.;OPOS=123469647;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:19:19:49:49:0.720588:28:21:10:9:28:21:10:9 chr12 123495289 . C A 68.24 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=0.00253792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7278;QD=5.68662;RBI=0.026848;REFB=-0.00493454;REVB=-0.0267278;RO=38;SAF=6;SAR=4;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148188;STB=0.594419;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0167678;OID=.;OPOS=123495289;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:38:38:10:10:0.208333:4:6:27:11:4:6:27:11 chr12 123645803 . G A 1437.57 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156839;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.034;QD=63.19;RBI=0.0244938;REFB=0;REVB=0.0188139;RO=0;SAF=49;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.63651e-05;OID=.;OPOS=123645803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:91:0:0:91:91:1:42:49:0:0:42:49:0:0 chr12 123664514 . G A 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0851547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.8;QD=49.5947;RBI=0.0867928;REFB=0;REVB=-0.0167833;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00051357;OID=.;OPOS=123664514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr12 123665695 . A G 595.13 PASS AF=0.911111;AO=41;DP=45;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0137283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.412;QD=52.9005;RBI=0.0253713;REFB=0.000638599;REVB=0.0213363;RO=4;SAF=19;SAR=22;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477223;STB=0.525503;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-3.25215e-05;OID=.;OPOS=123665695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:45:45:4:4:41:41:0.911111:22:19:3:1:22:19:3:1 chr12 123746357 . C G 657.69 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0520583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4157;QD=59.7895;RBI=0.0544825;REFB=-0.0550482;REVB=-0.0160712;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.508471;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.000779813;OID=.;OPOS=123746357;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:14:29:0:0:14:29:1:0 chr12 123799974 . A G 647.08 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0650677;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5226;QD=61.6263;RBI=0.0934385;REFB=0;REVB=0.0670593;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00404099;OID=.;OPOS=123799974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:21:20:0:0:22:20:0:0 chr12 123810873 . G A 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00423154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.803;QD=52.6107;RBI=0.00971661;REFB=0;REVB=0.0087468;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09726e-05;OID=.;OPOS=123810873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr12 123879666 . A G 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00813957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.325;QD=14.7015;RBI=0.0189489;REFB=0.00209959;REVB=0.0171117;RO=15;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738293;STB=0.542788;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.00234148;OID=.;OPOS=123879666;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:8:4:4:11:8:4:4:11 chr12 123879668 . G C 101.02 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0215172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5752;QD=14.9666;RBI=0.0456338;REFB=0.0213742;REVB=-0.0402424;RO=14;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050746;STB=0.542788;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.00415766;OID=.;OPOS=123879668;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:15:12:12:0.444444:8:4:4:10:8:4:4:11 chr12 123892095 . T C 160.01 PASS AF=0.35;AO=20;DP=59;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0377322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.105;QD=10.6671;RBI=0.0390768;REFB=-0.0154759;REVB=0.0101625;RO=39;SAF=7;SAR=13;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131148;STB=0.588149;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.011929;OID=.;OPOS=123892095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:39:39:20:21:0.35:13:7:18:21:14:7:18:21 chr12 123892186 . T C 125.41 PASS AF=0.306122;AO=14;DP=48;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00771989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.6;QD=10.2379;RBI=0.0143814;REFB=-0.0146858;REVB=-0.0121338;RO=33;SAF=5;SAR=9;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316857;STB=0.647809;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0294397;OID=.;OPOS=123892186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:33:34:14:15:0.306122:9:5:21:12:9:6:21:13 chr12 123892235 . G A 63.3 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.011247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.081;QD=8.73086;RBI=0.0125737;REFB=-0.00402885;REVB=0.00562164;RO=20;SAF=3;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295649;STB=0.681419;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0208451;OID=.;OPOS=123892235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:6:3:12:8:6:3:12:8 chr12 123892590 . C T 77.02 PASS AF=0.210526;AO=12;DP=57;FAO=12;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0130953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.62;QD=5.40484;RBI=0.0152532;REFB=-0.00934821;REVB=-0.00782132;RO=45;SAF=1;SAR=11;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.513627;STB=0.845444;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0261555;OID=.;OPOS=123892590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:57:57:45:45:12:12:0.210526:11:1:18:27:11:1:18:27 chr12 123892824 . C T 91.77 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0275919;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=128.989;QD=30.5912;RBI=0.0275923;REFB=-0.0472534;REVB=-0.000150892;RO=2;SAF=3;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220927;STB=0.624739;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0164332;OID=.;OPOS=123892824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:7:3:2:0:7:3:2:0 chr12 123893830 . C T 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.817;QD=52.6131;RBI=0.0239967;REFB=0;REVB=0.0116476;RO=0;SAF=1;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62339e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146851;OID=.;OPOS=123893830;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:21:1:0:0:21:1:0:0 chr12 124008073 . A G 1001.0 PASS AF=0.971831;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0156879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.3398;QD=56.3944;RBI=0.0285677;REFB=-0.0851986;REVB=0.0238747;RO=2;SAF=39;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236208;STB=0.512496;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00177299;OID=.;OPOS=124008073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:71:2:2:68:69:0.971831:29:39:2:0:30:39:2:0 chr12 124069213 . TC CT 227.22 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203657;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=2;MLLD=52.7133;QD=50.4935;RBI=0.070443;REFB=0;REVB=-0.0674349;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00288496;OID=.;OPOS=124069213;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr12 124090453 . A G 1395.2 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.824;QD=62.7054;RBI=0.0235286;REFB=0;REVB=-0.00351071;RO=0;SAF=37;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.58615e-05;OID=.;OPOS=124090453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:51:37:0:0:52:37:0:0 chr12 124097777 . G A 33.38 PASS AF=0.15;AO=6;DP=40;FAO=6;FDP=40;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0387193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3525;QD=3.33796;RBI=0.0387207;REFB=0.00437197;REVB=0.00032085;RO=34;SAF=4;SAR=2;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232322;STB=0.666112;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=-0.0191422;OID=.;OPOS=124097777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:40:40:34:34:6:6:0.15:2:4:16:18:2:4:16:18 chr12 124209332 . T C 310.11 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0409514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.225;QD=51.6843;RBI=0.0508588;REFB=0;REVB=0.0301597;RO=1;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370176;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.26974e-06;OID=.;OPOS=124209332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:1:0:23:24:1:12:11:0:1:13:11:0:0 chr12 124210782 . T C 342.33 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.010285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.575;QD=50.7148;RBI=0.0710815;REFB=-0.0662599;REVB=0.0703335;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517228;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00156256;OID=.;OPOS=124210782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:14:12:0:0:14:12:0:1 chr12 124229429 . T C 1513.29 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.178;QD=59.9321;RBI=0.0340041;REFB=0;REVB=0.0316593;RO=0;SAF=55;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122565;OID=.;OPOS=124229429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:46:55:0:0:46:55:0:0 chr12 124243707 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.98;QD=60.23;RBI=0.0200538;REFB=0;REVB=0.00818958;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7682e-05;OID=.;OPOS=124243707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr12 124265687 . T C 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1103;QD=59.0158;RBI=0.0557983;REFB=0;REVB=0.0469902;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141457;OID=.;OPOS=124265687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:10:24:0:0:10:24:0:0 chr12 124267703 . T C 919.36 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.072;QD=58.3718;RBI=0.0220434;REFB=0;REVB=-0.0141341;RO=0;SAF=31;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.85925e-06;OID=.;OPOS=124267703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:32:31:0:0:32:31:0:0 chr12 124274474 . A G 1067.58 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188507;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.378;QD=60.1451;RBI=0.0233946;REFB=0;REVB=0.013855;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68393e-05;OID=.;OPOS=124274474;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:71:0:0:70:71:1:35:35:0:0:35:36:0:0 chr12 124325977 . T G 700.58 PASS AF=0.77027;AO=56;DP=74;FAO=57;FDP=74;FR=.;FRO=17;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0108048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.453;QD=37.869;RBI=0.0217044;REFB=-0.02739;REVB=-0.0188238;RO=17;SAF=23;SAR=33;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103742;STB=0.55682;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0107973;OID=.;OPOS=124325977;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:17:17:56:57:0.77027:33:23:11:6:34:23:11:6 chr12 124387491 . G A 506.58 PASS AF=0.745763;AO=44;DP=59;FAO=44;FDP=59;FR=.;FRO=15;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.00606838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4909;QD=34.3444;RBI=0.0148104;REFB=0.0123661;REVB=0.0135101;RO=15;SAF=22;SAR=22;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110054;STB=0.559295;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.00400699;OID=.;OPOS=124387491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:15:15:44:44:0.745763:22:22:11:4:22:22:11:4 chr12 124829234 . C T 545.23 PASS AF=0.761905;AO=44;DP=60;FAO=48;FDP=63;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0119312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.754;QD=34.6177;RBI=0.0196833;REFB=-0.0340444;REVB=0.015655;RO=15;SAF=17;SAR=27;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134543;STB=0.577607;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0152513;OID=.;OPOS=124829234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:60:63:15:15:44:48:0.761905:27:17:10:5:31:17:10:5 chr12 124829255 . A G 389.76 PASS AF=0.767442;AO=25;DP=44;FAO=33;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0179914;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.38;QD=36.2563;RBI=0.0329896;REFB=-0.0770289;REVB=0.0276518;RO=10;SAF=2;SAR=23;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.573337;STB=0.635427;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0243008;OID=.;OPOS=124829255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:44:43:10:10:25:33:0.767442:23:2:8:2:24:9:8:2 chr12 124829256 . C G 40.9 PASS AF=0.155556;AO=6;DP=44;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.015563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.056;QD=3.63573;RBI=0.0232373;REFB=-0.0150403;REVB=-0.0172558;RO=38;SAF=6;SAR=0;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.735406;STB=0.907175;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0677207;OID=.;OPOS=124829256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:44:45:38:38:6:7:0.155556:0:6:11:27:1:6:11:27 chr12 124856660 . T A 40.5 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.034801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2559;QD=3.37536;RBI=0.0468077;REFB=-0.0179673;REVB=0.0313027;RO=41;SAF=4;SAR=3;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15769;STB=0.611452;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0572486;OID=.;OPOS=124856660;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:41:41:7:7:0.145833:3:4:18:23:3:4:18:23 chr12 124968349 . T C 254.84 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0722638;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2658;QD=50.9678;RBI=0.0762632;REFB=0;REVB=0.0243723;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00114535;OID=.;OPOS=124968349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr12 124979789 . T G 319.95 PASS AF=0.7;AO=26;DP=38;FAO=28;FDP=40;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0133685;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.221;QD=31.995;RBI=0.0218197;REFB=-0.0356512;REVB=-0.0172448;RO=12;SAF=10;SAR=16;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137843;STB=0.564472;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0206738;OID=.;OPOS=124979789;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:38:40:12:12:26:28:0.7:16:10:2:10:18:10:2:10 chr12 125270773 . A G 71.16 PASS AF=0.2;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0147412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.91;QD=5.17531;RBI=0.0172413;REFB=-0.0176619;REVB=-0.00894204;RO=42;SAF=7;SAR=4;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533178;STB=0.556988;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0473296;OID=.;OPOS=125270773;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:55:55:42:44:11:11:0.2:4:7:25:17:4:7:25:19 chr12 125284748 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.949;QD=53.2771;RBI=0.0111723;REFB=0;REVB=-0.00382016;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.22822e-05;OID=.;OPOS=125284748;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr12 125292413 . G A 53.97 PASS AF=0.153846;AO=10;DP=65;FAO=10;FDP=65;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=24;FSRR=31;FWDB=-0.00527132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.063;QD=3.32112;RBI=0.0169914;REFB=-0.00272291;REVB=0.016153;RO=54;SAF=7;SAR=3;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311729;STB=0.718604;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0232977;OID=.;OPOS=125292413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:65:65:54:55:10:10:0.153846:3:7:24:30:3:7:24:31 chr12 125298877 . G A 98.64 PASS AF=0.178947;AO=17;DP=95;FAO=17;FDP=95;FR=.;FRO=78;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=39;FWDB=-0.00459442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.572;QD=4.15307;RBI=0.00475471;REFB=-0.0014583;REVB=0.00122415;RO=77;SAF=5;SAR=12;SRF=39;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273635;STB=0.674119;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0130426;OID=.;OPOS=125298877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:95:95:77:78:17:17:0.178947:12:5:39:38:12:5:39:39 chr12 125324553 . C T 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0296234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.297;QD=23.2183;RBI=0.0820518;REFB=0.012237;REVB=-0.0765177;RO=1;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.00241557;OID=.;OPOS=125324553;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:1:4:1:0:1:4:1:0 chr12 125324570 . C T 62.67 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0523408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2413;QD=20.8915;RBI=0.0617171;REFB=-0.0898923;REVB=0.0327024;RO=3;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239249;STB=0.666295;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0491464;OID=.;OPOS=125324570;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:11:12:3:4:8:8:0.666667:4:4:3:0:4:4:4:0 chr12 125386076 . T C 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.024053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.809;QD=53.2742;RBI=0.0490261;REFB=0;REVB=0.0427201;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255239;OID=.;OPOS=125386076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr12 125386091 . A G 140.85 PASS AF=0.576923;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.032174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.6344;QD=21.6692;RBI=0.034765;REFB=-0.0306648;REVB=-0.0131695;RO=9;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302126;STB=0.599877;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0184572;OID=.;OPOS=125386091;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:24:26:9:11:15:15:0.576923:6:9:9:0:6:9:9:2 chr12 125386114 . T A 186.24 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00796952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.102;QD=27.5911;RBI=0.0114357;REFB=0.0323363;REVB=-0.00820139;RO=9;SAF=12;SAR=6;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077407;STB=0.542811;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=-0.00349058;OID=.;OPOS=125386114;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:6:12:7:2:6:12:7:2 chr12 125397553 . T C 46.24 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=53;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0175892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7041;QD=3.42532;RBI=0.0194467;REFB=-0.000727093;REVB=0.00829426;RO=45;SAF=5;SAR=3;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113301;STB=0.571247;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00947349;OID=.;OPOS=125397553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:53:54:45:46:8:8:0.148148:3:5:24:21:3:5:25:21 chr12 125397750 . A G 223.1 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00956469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5443;QD=49.5774;RBI=0.070988;REFB=0;REVB=-0.0703407;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00220766;OID=.;OPOS=125397750;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:8:9:0:0:8:10:0:0 chr12 125398517 . G A 162.37 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00574911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.996;QD=38.2053;RBI=0.0138179;REFB=-0.0567409;REVB=0.0125651;RO=2;SAF=5;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394328;STB=0.52171;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0092204;OID=.;OPOS=125398517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:15:15:0.882353:10:5:1:1:10:5:1:1 chr12 125399068 . C T 366.32 PASS AF=0.805556;AO=29;DP=36;FAO=29;FDP=36;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.102018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3188;QD=40.7026;RBI=0.106034;REFB=-0.0661381;REVB=0.0289061;RO=7;SAF=16;SAR=13;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594162;STB=0.532142;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0289943;OID=.;OPOS=125399068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:36:7:7:29:29:0.805556:13:16:5:2:13:16:5:2 chr12 125399150 . G A 659.07 PASS AF=0.763889;AO=53;DP=70;FAO=55;FDP=72;FR=.;FRO=17;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.00331534;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0197;QD=36.6152;RBI=0.0541931;REFB=-0.0343947;REVB=-0.0540916;RO=17;SAF=32;SAR=21;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077409;STB=0.537276;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0152805;OID=.;OPOS=125399150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:17:17:53:55:0.763889:21:32:13:4:21:34:13:4 chr12 125424502 . A G 147.63 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0101135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.825;QD=26.8419;RBI=0.0201567;REFB=-0.0152109;REVB=-0.0174359;RO=7;SAF=5;SAR=10;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0308961;STB=0.517219;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.010084;OID=.;OPOS=125424502;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:10:5:2:5:10:5:2:5 chr12 125424510 . T A 188.77 PASS AF=0.75;AO=17;DP=24;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0188876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.605;QD=31.462;RBI=0.0189641;REFB=0.00139629;REVB=0.00170209;RO=6;SAF=5;SAR=12;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220213;STB=0.517026;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.000547736;OID=.;OPOS=125424510;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:6:6:17:18:0.75:12:5:2:4:13:5:2:4 chr12 125432618 . G A 279.04 PASS AF=0.821429;AO=23;DP=28;FAO=23;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.024587;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.581;QD=39.863;RBI=0.0314329;REFB=-0.00375881;REVB=0.0195834;RO=5;SAF=5;SAR=18;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164538;STB=0.590079;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.000658419;OID=.;OPOS=125432618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:28:28:5:5:23:23:0.821429:18:5:3:2:18:5:3:2 chr12 125434716 . G A 41.51 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0160012;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.406;QD=4.04955;RBI=0.0452297;REFB=-0.00975087;REVB=-0.0423047;RO=34;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260253;STB=0.675213;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0404553;OID=.;OPOS=125434716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:41:34:34:7:7:0.170732:3:4:12:22:3:4:12:22 chr12 125441359 . T C 204.15 PASS AF=0.782609;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0101418;FXX=0.079968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.036;QD=35.5034;RBI=0.0355342;REFB=-0.0037196;REVB=0.0340562;RO=5;SAF=10;SAR=8;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991674;STB=0.554396;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00460024;OID=.;OPOS=125441359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:24:23:5:5:18:18:0.782609:8:10:4:1:8:10:4:1 chr12 125448960 . C T 683.72 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0140651;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.303;QD=52.5939;RBI=0.031764;REFB=-0.160682;REVB=0.0284802;RO=2;SAF=34;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268895;STB=0.51428;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.000546344;OID=.;OPOS=125448960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:52:52:2:2:50:50:0.961538:16:34:2:0:16:34:2:0 chr12 125449470 . G A 203.5 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00855411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.751;QD=30.1476;RBI=0.0491303;REFB=-0.0138578;REVB=0.0483799;RO=8;SAF=10;SAR=9;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141351;STB=0.507804;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0125496;OID=.;OPOS=125449470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:9:10:4:4:9:10:4:4 chr12 125562809 . G A 617.56 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103097;FXX=0.0243843;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.5564;QD=61.7559;RBI=0.0408974;REFB=0;REVB=0.0395766;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377868;OID=.;OPOS=125562809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr12 125834395 . T C 557.1 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00980314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.824;QD=60.2274;RBI=0.020248;REFB=0;REVB=0.0177167;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.42117e-05;OID=.;OPOS=125834395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr12 126004154 . A G 209.59 PASS AF=0.281553;AO=29;DP=102;FAO=29;FDP=103;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=48;FWDB=-0.0189717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.25;QD=8.13957;RBI=0.0191635;REFB=0.00175563;REVB=-0.00270424;RO=72;SAF=7;SAR=22;SRF=24;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136737;STB=0.596968;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.00327216;OID=.;OPOS=126004154;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:72:74:29:29:0.281553:22:7:24:48:22:7:26:48 chr12 126068417 . T C 1749.43 PASS AF=1;AO=115;DP=115;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.216;QD=60.8497;RBI=0.0244984;REFB=0;REVB=-0.00578149;RO=0;SAF=69;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.64324e-05;OID=.;OPOS=126068417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:115:0:0:115:115:1:46:69:0:0:46:69:0:0 chr12 126141881 . CCG C,CTG,TAC 174.06 PASS AF=0.125,0.75,0.125;AO=2,11,2;DP=15;FAO=2,12,2;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9,0;FSAR=2,3,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0713413,-0.0208243,-0.0466149;FXX=0;HRUN=3,3,3;LEN=2,1,3;MLLD=42.3055,51.5559,63.8826;QD=43.5142;RBI=0.104636,0.078788,0.0989833;REFB=0,0,0;REVB=-0.0765445,-0.0759862,-0.0873198;RO=0;SAF=0,9,0;SAR=2,2,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0.560811,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=-0.00122684,0.0495714,0.114473;OID=.,.,.;OPOS=126141882,126141882,126141881;OREF=CG,C,CCG;OALT=-,T,TAC;OMAPALT=C,CTG,TAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:15:16:0:0:2,11,2:2,12,2:0.125,0.75,0.125:2,2,2:0,9,0:0:0:2,3,2:0,9,0:0:0 chr12 127068865 . A G 296.43 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00264061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.892;QD=49.4051;RBI=0.0251146;REFB=-0.0647486;REVB=0.0249754;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529386;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00113105;OID=.;OPOS=127068865;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:0:1:23:23:0.958333:8:15:0:0:8:15:0:1 chr12 127068892 . C T 593.64 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00239428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.911;QD=60.8858;RBI=0.0349779;REFB=0;REVB=-0.0348959;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000272734;OID=.;OPOS=127068892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr12 127650467 . G C 1590.12 PASS AF=0.956522;AO=109;DP=114;FAO=110;FDP=115;FR=.;FRO=5;FSAF=56;FSAR=54;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0118913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9322;QD=55.3084;RBI=0.011899;REFB=0.0031913;REVB=-0.000428681;RO=4;SAF=56;SAR=53;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158791;STB=0.512656;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.000881471;OID=.;OPOS=127650467;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:114:115:4:5:109:110:0.956522:53:56:3:1:54:56:4:1 chr12 127650471 . AT GG 1775.48 PASS AF=0.983471;AO=98;DP=124;FAO=119;FDP=121;FR=.;FRO=2;FSAF=68;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0569442;FXX=0.0241916;HRUN=1;LEN=2;MLLD=265.24;QD=58.6937;RBI=0.0603216;REFB=-0.0612687;REVB=0.0199011;RO=2;SAF=51;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000775261;STB=0.501205;STBP=0.87;TYPE=mnp;VARB=0.00714475;OID=.;OPOS=127650471;OREF=AT;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:121:2:2:98:119:0.983471:47:51:1:1:51:68:1:1 chr12 127650538 . A G 4474.76 PASS AF=0.964401;AO=297;DP=308;FAO=298;FDP=309;FR=.;FRO=11;FSAF=128;FSAR=170;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0205757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0658;QD=57.9257;RBI=0.0586009;REFB=0.0111283;REVB=-0.0548698;RO=11;SAF=128;SAR=169;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142141;STB=0.507496;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=-0.00128381;OID=.;OPOS=127650538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:308:309:11:11:297:298:0.964401:169:128:7:4:170:128:7:4 chr12 127650583 . T G 4139.28 PASS AF=0.978261;AO=266;DP=272;FAO=270;FDP=276;FR=.;FRO=6;FSAF=107;FSAR=163;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0485218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4642;QD=59.9896;RBI=0.0495887;REFB=-0.0322039;REVB=0.0102312;RO=6;SAF=107;SAR=159;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187643;STB=0.509886;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.000467485;OID=.;OPOS=127650583;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:272:276:6:6:266:270:0.978261:159:107:5:1:163:107:5:1 chr12 127650599 . A G 3170.72 PASS AF=0.976636;AO=185;DP=218;FAO=209;FDP=214;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=79;FSAR=130;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0531157;FXX=0.0183478;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.037;QD=59.2658;RBI=0.0549992;REFB=-0.0693859;REVB=0.0142701;RO=8;SAF=58;SAR=127;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016954;STB=0.51043;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00148188;OID=.;OPOS=127650599;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:218:214:8:5:185:209:0.976636:127:58:4:4:130:79:4:1 chr12 127650616 . G A 264.3 PASS AF=0.219895;AO=42;DP=190;FAO=42;FDP=191;FR=.;FRO=149;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=50;FSRR=99;FWDB=-0.0367477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0826;QD=5.53505;RBI=0.0391805;REFB=-0.00123835;REVB=0.0135912;RO=147;SAF=14;SAR=28;SRF=48;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00977191;STB=0.50196;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.00284641;OID=.;OPOS=127650616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:190:191:147:149:42:42:0.219895:28:14:48:99:28:14:50:99 chr12 127650639 . AAA GAA,GAG 1567.34 PASS AF=0.91453,0.0598291;AO=59,9;DP=115;FAO=107,7;FDP=117;FR=.;FRO=3;FSAF=29,0;FSAR=78,7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0331076,0.0272408;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,3;MLLD=139.079,120.659;QD=53.5843;RBI=0.0433989,0.0577648;REFB=-0.015341,-0.0180357;REVB=-0.0280599,-0.0509383;RO=2;SAF=25,0;SAR=34,9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0362549,-0.819737;STB=0.513482,0.997699;STBP=0.127,0.024;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00331298,0.0735481;OID=.,.;OPOS=127650639,127650639;OREF=A,AAA;OALT=G,GAG;OMAPALT=GAA,GAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:18:115:117:2:3:59,9:107,7:0.91453,0.0598291:34,9:25,0:2:0:78,7:29,0:2:1 chr12 127650662 . T C 368.34 PASS AF=0.903226;AO=28;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0214387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.65;QD=47.5279;RBI=0.0215877;REFB=0.00577517;REVB=-0.00253151;RO=3;SAF=6;SAR=22;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111766;STB=0.560464;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=-0.000455042;OID=.;OPOS=127650662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:31:31:3:3:28:28:0.903226:22:6:2:1:22:6:2:1 chr12 127650883 . G T 34.82 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0271845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.701;QD=23.216;RBI=0.0271845;REFB=-0.0481095;REVB=0;RO=1;SAF=5;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0205814;OID=.;OPOS=127650883;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:0:5:1:0:0:5:1:0 chr12 127650890 . G C 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0209016;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.991;QD=32.822;RBI=0.0209016;REFB=0.0207326;REVB=0;RO=1;SAF=9;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00153599;OID=.;OPOS=127650890;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:0:9:1:0:0:9:1:0 chr12 128899673 . A G 886.96 PASS AF=0.8375;AO=66;DP=79;FAO=67;FDP=80;FR=.;FRO=13;FSAF=21;FSAR=46;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00295154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3113;QD=44.348;RBI=0.0270153;REFB=-0.044642;REVB=-0.0268535;RO=13;SAF=21;SAR=45;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233946;STB=0.513301;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00508828;OID=.;OPOS=128899673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:79:80:13:13:66:67:0.8375:45:21:5:8:46:21:5:8 chr12 129153986 . G A 961.32 PASS AF=0.835294;AO=71;DP=88;FAO=71;FDP=85;FR=.;FRO=14;FSAF=39;FSAR=32;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00762422;FXX=0.034087;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.352;QD=45.2387;RBI=0.0207191;REFB=-0.0191813;REVB=0.0192653;RO=13;SAF=39;SAR=32;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0480723;STB=0.53175;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00359481;OID=.;OPOS=129153986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:88:85:13:14:71:71:0.835294:32:39:5:8:32:39:5:9 chr12 129181810 . A G 2871.37 PASS AF=0.989247;AO=184;DP=186;FAO=184;FDP=186;FR=.;FRO=2;FSAF=104;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00970845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.22;QD=61.7498;RBI=0.0315508;REFB=0.000567554;REVB=-0.0300199;RO=2;SAF=104;SAR=80;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00135805;STB=0.500713;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=-3.25412e-05;OID=.;OPOS=129181810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:186:186:2:2:184:184:0.989247:80:104:1:1:80:104:1:1 chr12 129181834 . A G 3130.45 PASS AF=1;AO=201;DP=203;FAO=203;FDP=203;FR=.;FRO=0;FSAF=112;FSAR=91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8219;QD=61.6837;RBI=0.0154909;REFB=0;REVB=0.00728722;RO=0;SAF=110;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.85385e-05;OID=.;OPOS=129181834;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:203:203:0:0:201:203:1:91:110:0:0:91:112:0:0 chr12 129190021 . A G 182.74 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000785657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4708;QD=42.9978;RBI=0.0139257;REFB=-0.058955;REVB=0.0139035;RO=1;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053738;STB=0.529375;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0322319;OID=.;OPOS=129190021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:8:8:0:1:8:8:0:1 chr12 129190474 . G A 82.43 PASS AF=0.150943;AO=16;DP=107;FAO=16;FDP=106;FR=.;FRO=90;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=46;FSRR=44;FWDB=0.0038367;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.819;QD=3.11046;RBI=0.00384539;REFB=-0.00711722;REVB=0.000258402;RO=88;SAF=9;SAR=7;SRF=46;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0503101;STB=0.543784;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0431669;OID=.;OPOS=129190474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:107:106:88:90:16:16:0.150943:7:9:46:42:7:9:46:44 chr12 129293346 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.39;QD=45.8066;RBI=0.0487465;REFB=0;REVB=-0.00290341;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000292174;OID=.;OPOS=129293346;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr12 129298735 . C G 1014.14 PASS AF=0.8;AO=78;DP=101;FAO=84;FDP=105;FR=.;FRO=21;FSAF=54;FSAR=30;FSRF=19;FSRR=2;FWDB=0.0961017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2191;QD=38.6339;RBI=0.0993903;REFB=-0.127239;REVB=0.0253554;RO=22;SAF=50;SAR=28;SRF=20;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12483;STB=0.558945;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0429444;OID=.;OPOS=129298735;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:105:22:21:78:84:0.8:28:50:20:2:30:54:19:2 chr12 129298779 . C T 39.77 PASS AF=0.101852;AO=11;DP=108;FAO=11;FDP=108;FR=.;FRO=97;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=47;FSRR=50;FWDB=-0.056243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.9935;QD=1.47283;RBI=0.0578734;REFB=-0.00537389;REVB=-0.01364;RO=95;SAF=2;SAR=9;SRF=45;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365006;STB=0.788356;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.118334;OID=.;OPOS=129298779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:108:108:95:97:11:11:0.101852:9:2:45:50:9:2:47:50 chr12 129298797 . G A 83.93 PASS AF=0.137405;AO=18;DP=131;FAO=18;FDP=131;FR=.;FRO=113;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=53;FSRR=60;FWDB=-0.0382483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.756;QD=2.56276;RBI=0.0384604;REFB=-0.0261525;REVB=-0.00403371;RO=112;SAF=4;SAR=14;SRF=53;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332796;STB=0.729164;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.118194;OID=.;OPOS=129298797;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:131:131:112:113:18:18:0.137405:14:4:53:59:14:4:53:60 chr12 129298799 . T C 93.47 PASS AF=0.151515;AO=20;DP=131;FAO=20;FDP=132;FR=.;FRO=112;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=53;FSRR=59;FWDB=-0.0119399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.413;QD=2.83242;RBI=0.0557114;REFB=-0.0154612;REVB=-0.0544169;RO=111;SAF=3;SAR=17;SRF=54;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.459142;STB=0.752206;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.068749;OID=.;OPOS=129298799;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:131:132:111:112:20:20:0.151515:17:3:54:57:16:4:53:59 chr12 129298819 . C T 510.74 PASS AF=0.520408;AO=50;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=12;FSRR=35;FWDB=-0.0498551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7163;QD=20.8463;RBI=0.0519876;REFB=-0.0698968;REVB=0.0147371;RO=43;SAF=16;SAR=34;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401977;STB=0.533321;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=0.0786222;OID=.;OPOS=129298819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:43:47:50:51:0.520408:34:16:12:31:35:16:12:35 chr12 129328752 . C A 501.85 PASS AF=0.754386;AO=34;DP=57;FAO=43;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0441749;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1518;QD=35.2173;RBI=0.0441754;REFB=-0.0189634;REVB=0.000218988;RO=8;SAF=10;SAR=24;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0840305;STB=0.540451;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0105943;OID=.;OPOS=129328752;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:57:57:8:13:34:43:0.754386:24:10:4:4:27:16:7:6 chr12 129329082 . T C 84.54 PASS AF=0.714286;AO=9;DP=13;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.1048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.2995;QD=24.1547;RBI=0.106877;REFB=-0.0318801;REVB=-0.0209663;RO=4;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197751;STB=0.610916;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0333064;OID=.;OPOS=129329082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:14:4:4:9:10:0.714286:7:2:0:4:7:3:0:4 chr12 129566340 . G A 602.51 PASS AF=0.73913;AO=51;DP=69;FAO=51;FDP=69;FR=.;FRO=18;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0201892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.334;QD=34.9281;RBI=0.0348839;REFB=-0.0127321;REVB=-0.0284479;RO=18;SAF=23;SAR=28;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776563;STB=0.541816;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00458332;OID=.;OPOS=129566340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:18:18:51:51:0.73913:28:23:11:7:28:23:11:7 chr12 129566406 . C T 31.93 PASS AF=0.0930233;AO=8;DP=86;FAO=8;FDP=86;FR=.;FRO=78;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=51;FWDB=0.0232524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.3;QD=1.48503;RBI=0.0386426;REFB=-0.00681068;REVB=0.0308639;RO=78;SAF=6;SAR=2;SRF=27;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437561;STB=0.827431;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0488246;OID=.;OPOS=129566406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:86:86:78:78:8:8:0.0930233:2:6:27:51:2:6:27:51 chr12 129566469 . C T 646.47 PASS AF=0.714286;AO=54;DP=77;FAO=55;FDP=77;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=45;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.115666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8741;QD=33.5829;RBI=0.116221;REFB=-0.0264829;REVB=-0.0113488;RO=22;SAF=9;SAR=45;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198746;STB=0.595781;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0270226;OID=.;OPOS=129566469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:22:22:54:55:0.714286:45:9:9:13:45:10:9:13 chr12 130015622 . G A 326.58 PASS AF=0.75;AO=27;DP=36;FAO=27;FDP=36;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=0;FWDB=0.00977259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.112;QD=36.2871;RBI=0.0405546;REFB=-0.0163553;REVB=0.0393595;RO=9;SAF=13;SAR=14;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237082;STB=0.628482;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0102207;OID=.;OPOS=130015622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:36:9:9:27:27:0.75:14:13:9:0:14:13:9:0 chr12 130649316 . CTTT CTTC,CT 229.77 PASS AF=0.181818,0.818182;AO=4,6;DP=33;FAO=6,27;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=1,17;FSAR=5,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0360846,-0.0426902;FXX=0.0833102;HRUN=13,13;LEN=1,2;MLLD=166.23,9.11994;QD=27.8515;RBI=0.0811974,0.156707;REFB=0,0;REVB=-0.0727387,-0.15078;RO=1;SAF=0,3;SAR=4,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.749895,-0.123249;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0161035,-0.021999;OID=.,.;OPOS=130649319,130649317;OREF=T,TT;OALT=C,-;OMAPALT=CTTC,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.181818,0.818182:4,6:33:6,27:33:0:1,17:5,10:0:0:33:1:0,3:4,3:1:0 chr12 130649543 . C G 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148639;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.277;QD=59.0168;RBI=0.0149379;REFB=0;REVB=0.00148476;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.29668e-05;OID=.;OPOS=130649543;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr12 130650016 . G C,T 665.5 PASS AF=0.933333,0.0444444;AO=39,3;DP=43;FAO=42,2;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=17,0;FSAR=25,2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.113018,0.0543737;FXX=0.0425441;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=116.986,71.9844;QD=59.1554;RBI=0.127244,0.0713268;REFB=-0.03704,-0.103823;REVB=0.0584643,0.0461629;RO=1;SAF=16,0;SAR=23,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.028395,-0.727144;STB=0.514279,0.993266;STBP=0.298,0.232;TYPE=snp,snp;VARB=0.0120813,0.0927053;OID=.,.;OPOS=130650016,130650016;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:43:45:1:1:39,3:42,2:0.933333,0.0444444:23,3:16,0:1:0:25,2:17,0:1:0 chr12 130650180 . A G 454.0 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0375068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.734;QD=55.0302;RBI=0.0401049;REFB=-0.129399;REVB=0.0142;RO=0;SAF=7;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509798;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.00211249;OID=.;OPOS=130650180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:25:7:0:0:25:7:0:1 chr12 130912757 . C T 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00382173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2914;QD=21.0136;RBI=0.0289297;REFB=0.00539842;REVB=-0.0286761;RO=7;SAF=9;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108456;STB=0.562378;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.00173869;OID=.;OPOS=130912757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:2:9:5:2:2:9:5:2 chr12 130941150 . G C 267.2 PASS AF=0.793103;AO=21;DP=27;FAO=23;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00104537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.037;QD=36.8552;RBI=0.0178925;REFB=-0.0239499;REVB=-0.0178619;RO=6;SAF=6;SAR=15;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233885;STB=0.507036;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00857365;OID=.;OPOS=130941150;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:27:29:6:6:21:23:0.793103:15:6:2:4:16:7:2:4 chr12 131275484 . G A 928.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.441;QD=58.0055;RBI=0.0136752;REFB=0;REVB=0.00847513;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049808;OID=.;OPOS=131275484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:35:28:0:0:36:28:0:0 chr12 131276448 . G T 1396.41 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00711066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.331;QD=62.7601;RBI=0.0148909;REFB=0;REVB=-0.0130835;RO=0;SAF=34;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.31678e-05;OID=.;OPOS=131276448;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:89:0:0:89:89:1:55:34:0:0:55:34:0:0 chr12 131299974 . A G 817.68 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8289;QD=57.3808;RBI=0.0286971;REFB=0;REVB=-0.00768726;RO=0;SAF=19;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103002;OID=.;OPOS=131299974;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:37:19:0:0:37:20:0:0 chr12 131306314 . C G 775.25 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0803161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.159;QD=53.4654;RBI=0.0871798;REFB=-0.17589;REVB=0.0339064;RO=2;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277204;STB=0.514701;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00894513;OID=.;OPOS=131306314;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:33:23:0:2:33:23:0:2 chr12 131466561 . A AC 435.08 PASS AF=1;AO=10;DP=64;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043626;FXX=0.285669;HRUN=0;LEN=1;MLLD=20.0078;QD=38.6739;RBI=0.076086;REFB=0;REVB=0.0623366;RO=53;SAF=9;SAR=1;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.651823;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00398599;OID=.;OPOS=131466562;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:64:45:45:0:19:26:0:0:3:53:9:1:17:36 chr12 131466562 . T C,G 883.17 PASS AF=0.857143,0.142857;AO=53,9;DP=62;FAO=54,9;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=17,9;FSAR=37,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266457,-0.0859781;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=75.1532,13.2461;QD=56.0742;RBI=0.0478347,0.0860089;REFB=0,0;REVB=0.0397261,-0.00230294;RO=0;SAF=16,9;SAR=37,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.33586e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00386614,0.0898709;OID=.,.;OPOS=131466562,131466562;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:40:62:63:0:0:53,9:54,9:0.857143,0.142857:37,0:16,9:0:0:37,0:17,9:0:0 chr12 131590404 . G A 33.5 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0191206;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.154;QD=3.43638;RBI=0.0266221;REFB=-0.00677972;REVB=-0.018524;RO=32;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189282;STB=0.640594;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0275674;OID=.;OPOS=131590404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:39:32:33:6:6:0.153846:3:3:11:21:3:3:11:22 chr12 131620588 . A G 651.66 PASS AF=0.943396;AO=49;DP=52;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0261823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6871;QD=49.1819;RBI=0.0358417;REFB=0.00240518;REVB=0.0244767;RO=3;SAF=32;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0377433;STB=0.520324;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00139926;OID=.;OPOS=131620588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:53:3:3:49:50:0.943396:17:32:1:2:17:33:1:2 chr12 131622735 . T C 223.21 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00591144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.891;QD=49.6016;RBI=0.0164639;REFB=0;REVB=-0.015366;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.30461e-05;OID=.;OPOS=131622735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:8:9:0:0:8:10:0:0 chr12 132237848 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.47;QD=53.9107;RBI=0.0208905;REFB=0;REVB=0.00338661;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137925;OID=.;OPOS=132237848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr12 132271113 . T C 997.48 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.296;QD=58.6752;RBI=0.0246704;REFB=0;REVB=0.0137167;RO=0;SAF=26;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271995;OID=.;OPOS=132271113;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:41:26:0:0:41:27:0:0 chr12 132403161 . A G 397.28 PASS AF=1;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341588;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.318;QD=56.7545;RBI=0.0342178;REFB=0;REVB=0.00200847;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17684e-05;OID=.;OPOS=132403161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:27:28:1:18:9:0:0:19:9:0:0 chr12 132562080 . G A 138.5 PASS AF=0.177305;AO=25;DP=141;FAO=25;FDP=141;FR=.;FRO=116;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=47;FSRR=69;FWDB=-0.0348182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.219;QD=3.92908;RBI=0.0350722;REFB=-0.00393148;REVB=-0.00421346;RO=115;SAF=9;SAR=16;SRF=46;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541307;STB=0.539402;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0141845;OID=.;OPOS=132562080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:115:116:25:25:0.177305:16:9:46:69:16:9:47:69 chr12 132626668 . T C 298.81 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.636;QD=51.9666;RBI=0.0756119;REFB=0;REVB=0.0722686;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00180555;OID=.;OPOS=132626668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:21:23:1:9:12:0:0:11:12:0:0 chr12 132635581 . C T 184.24 PASS AF=0.809524;AO=17;DP=21;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0908211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7812;QD=35.093;RBI=0.126401;REFB=0.00190576;REVB=0.0879128;RO=4;SAF=7;SAR=10;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585141;STB=0.532126;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.00588631;OID=.;OPOS=132635581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:21:21:4:4:17:17:0.809524:10:7:1:3:10:7:1:3 chr12 132682481 . T G 1344.74 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100904;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.759;QD=62.5458;RBI=0.0239618;REFB=0;REVB=0.0217337;RO=0;SAF=45;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79153e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000362404;OID=.;OPOS=132682481;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:85:86:1:40:45:0:0:41:45:0:0 chr12 132682484 . A G 1363.39 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452573;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.27;QD=62.6845;RBI=0.045425;REFB=0;REVB=0.00389874;RO=0;SAF=44;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000743495;OID=.;OPOS=132682484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:86:87:1:42:44:0:0:42:45:0:0 chr12 132688137 . A G 400.65 PASS AF=0.815789;AO=31;DP=38;FAO=31;FDP=38;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0188987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.666;QD=42.1735;RBI=0.0191605;REFB=-0.0719821;REVB=-0.00315657;RO=7;SAF=17;SAR=14;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00793306;STB=0.504285;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0125867;OID=.;OPOS=132688137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:7:7:31:31:0.815789:14:17:4:3:14:17:4:3 chr12 132862976 . G A 34.73 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00762755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.961;QD=4.63079;RBI=0.0381855;REFB=-0.00848724;REVB=0.0374159;RO=24;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104477;STB=0.571184;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0208961;OID=.;OPOS=132862976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:4:2:10:14:4:2:10:14 chr12 132905556 . G A 61.44 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0765017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.74;QD=35.1063;RBI=0.0813834;REFB=0;REVB=-0.0277623;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181347;OID=.;OPOS=132905556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:3:3:0:0:3:4:0:0 chr12 133181399 . T C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.065;QD=62.9829;RBI=0.026697;REFB=0;REVB=0.00576187;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.47111e-05;OID=.;OPOS=133181399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:17:28:0:0:17:28:0:0 chr12 133196594 . ACT ACC,CAC 210.53 PASS AF=0.888889,0.111111;AO=14,2;DP=18;FAO=16,2;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11,2;FSAR=5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174095,-0.0127073;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,3;MLLD=128.306,105.262;QD=46.7845;RBI=0.047834,0.0531526;REFB=0,0;REVB=0.0445534,-0.0516113;RO=0;SAF=9,2;SAR=5,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00305088,0.00353661;OID=.,.;OPOS=133196596,133196594;OREF=T,ACT;OALT=C,CAC;OMAPALT=ACC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:18:18:0:0:14,2:16,2:0.888889,0.111111:5,0:9,2:0:0:5,0:11,2:0:0 chr12 133201947 . T C 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.817;QD=43.4834;RBI=0.0570811;REFB=0;REVB=0.0557586;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000889381;OID=.;OPOS=133201947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr12 133202004 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00880259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.273;QD=42.1814;RBI=0.0806508;REFB=0;REVB=0.080169;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001803;OID=.;OPOS=133202004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr12 133208979 . T C 1184.05 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00181175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.371;QD=60.7204;RBI=0.00412516;REFB=0;REVB=0.003706;RO=0;SAF=33;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.71438e-06;OID=.;OPOS=133208979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:44:33:0:0:44:34:0:0 chr12 133218277 . G A 631.01 PASS AF=0.736111;AO=53;DP=72;FAO=53;FDP=72;FR=.;FRO=19;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0143678;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=201.432;QD=35.056;RBI=0.0147285;REFB=-0.0250795;REVB=0.00323952;RO=19;SAF=28;SAR=25;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0509548;STB=0.527416;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.00937871;OID=.;OPOS=133218277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:19:19:53:53:0.736111:25:28:12:7:25:28:12:7 chr12 133219831 . T C 885.41 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00567424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.756;QD=58.0597;RBI=0.0294366;REFB=0;REVB=0.0288845;RO=0;SAF=40;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39528e-05;OID=.;OPOS=133219831;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:21:40:0:0:21:40:0:0 chr12 133236000 . C T 575.7 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.798;QD=60.6004;RBI=0.0240187;REFB=0;REVB=0.00942163;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166813;OID=.;OPOS=133236000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr12 133295353 . C T 854.3 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0237559;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.214;QD=56.0199;RBI=0.0281103;REFB=-0.0643467;REVB=0.0150281;RO=1;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159958;STB=0.508472;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00020882;OID=.;OPOS=133295353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:29:31:0:1:29:31:0:1 chr12 133363376 . G T 610.46 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.070664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.26;QD=61.0456;RBI=0.070744;REFB=0;REVB=-0.00336334;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161013;OID=.;OPOS=133363376;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:40:0:0:36:40:1:18:18:0:0:18:22:0:0 chr12 133378440 . C T 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.549;QD=59.3218;RBI=0.0312579;REFB=0;REVB=0.0295449;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158607;OID=.;OPOS=133378440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr12 133411987 . G C 1192.75 PASS AF=0.963855;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0101094;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.588;QD=57.4818;RBI=0.0112658;REFB=0.000731466;REVB=-0.00497186;RO=3;SAF=37;SAR=43;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00888816;STB=0.504697;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=-8.00719e-06;OID=.;OPOS=133411987;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:83:83:3:3:80:80:0.963855:43:37:1:2:43:37:1:2 chr12 133433173 . T C 175.62 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6292;QD=46.8315;RBI=0.124905;REFB=0;REVB=-0.0415114;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00331357;OID=.;OPOS=133433173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr12 133587980 . C T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.657;QD=61.3361;RBI=0.0444353;REFB=0;REVB=-0.0295617;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.21324e-05;OID=.;OPOS=133587980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr12 133634450 . A C 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0342741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.629;QD=48.7333;RBI=0.0390657;REFB=0;REVB=0.0187462;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.50383e-05;OID=.;OPOS=133634450;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr12 133660718 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.245;QD=39.2064;RBI=0.0306109;REFB=0;REVB=0.025246;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226348;OID=.;OPOS=133660718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr12 133781231 . GA G 387.43 PASS AF=1;AO=33;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114958;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.251;QD=41.8846;RBI=0.144055;REFB=0;REVB=0.0868117;RO=1;SAF=20;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227903;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00973123;OID=.;OPOS=133781232;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:33:38:37:37:0:21:16:0:0:7:1:20:13:1:0 chr12 133781428 . A C 624.59 PASS AF=0.90566;AO=48;DP=54;FAO=48;FDP=53;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0348236;FXX=0.0185151;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.395;QD=47.1387;RBI=0.0355702;REFB=-0.205435;REVB=0.00724937;RO=3;SAF=18;SAR=30;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00491682;STB=0.502512;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.00192933;OID=.;OPOS=133781428;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:54:53:3:5:48:48:0.90566:30:18:1:2:30:18:2:3 chr12 133781605 . A G 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0143283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.938;QD=58.2429;RBI=0.0143344;REFB=0.0320886;REVB=-0.000417212;RO=1;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208334;STB=0.511105;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000534928;OID=.;OPOS=133781605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:22:17:0:1:22:17:0:1 chr12 133795885 . G A 1950.55 PASS AF=0.992248;AO=126;DP=131;FAO=128;FDP=129;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0254325;FXX=0.015266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.776;QD=60.4821;RBI=0.0362939;REFB=0.0346501;REVB=0.0258928;RO=2;SAF=55;SAR=71;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131956;STB=0.503401;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=5.23418e-05;OID=.;OPOS=133795885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:131:129:2:1:126:128:0.992248:71:55:0:2:73:55:0:1 chr12 133795960 . A G 1084.51 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0214514;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.193;QD=58.6219;RBI=0.0228813;REFB=-0.143372;REVB=0.00796184;RO=0;SAF=28;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1195e-08;STB=0.505493;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000325339;OID=.;OPOS=133795960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:0:1:73:73:0.986486:45:28:0:0:45:28:0:1 chr13 19600126 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.953;QD=42.1826;RBI=0.0352768;REFB=0;REVB=0.00801544;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319288;OID=.;OPOS=19600126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr13 19600475 . C A 851.0 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1441;QD=57.6948;RBI=0.023072;REFB=0;REVB=-0.000837301;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221925;OID=.;OPOS=19600475;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:35:24:0:0:35:24:0:0 chr13 19751229 . T C 74.78 PASS AF=0.159091;AO=14;DP=88;FAO=14;FDP=88;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=34;FWDB=-0.000505394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.679;QD=3.39887;RBI=0.015512;REFB=-0.0032744;REVB=0.0155038;RO=74;SAF=7;SAR=7;SRF=40;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0508078;STB=0.534042;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0150046;OID=.;OPOS=19751229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:88:88:74:74:14:14:0.159091:7:7:40:34:7:7:40:34 chr13 19751544 . C T 575.51 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0502717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.171;QD=60.5802;RBI=0.0509907;REFB=0;REVB=0.00853254;RO=0;SAF=11;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000190997;OID=.;OPOS=19751544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:27:11:0:0:27:11:0:0 chr13 20000630 . T C 417.97 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0164823;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=172.636;QD=53.9317;RBI=0.0438084;REFB=-0.0502397;REVB=-0.0405896;RO=1;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251989;STB=0.513505;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.000309904;OID=.;OPOS=20000630;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:18:12:0:1:18:12:0:1 chr13 20038584 . A G 246.84 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0220459;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.016;QD=31.8497;RBI=0.0285292;REFB=-0.0142923;REVB=0.0181078;RO=9;SAF=15;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0091836;STB=0.505046;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00531149;OID=.;OPOS=20038584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:9:9:22:22:0.709677:7:15:6:3:7:15:6:3 chr13 20247286 . G A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0307575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.072;QD=11.0923;RBI=0.0613515;REFB=-0.0105848;REVB=0.0530847;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308675;STB=0.694785;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0271774;OID=.;OPOS=20247286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:3:3:4:1:3:3 chr13 20277413 . T C 177.29 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0336226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.991;QD=12.2271;RBI=0.0340006;REFB=-0.0162252;REVB=0.00505566;RO=35;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00892891;STB=0.516763;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.0197828;OID=.;OPOS=20277413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:36:22:22:0.37931:14:8:13:22:14:8:14:22 chr13 20398669 . T C 239.29 PASS AF=0.777778;AO=21;DP=27;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0562255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1199;QD=35.4504;RBI=0.0562712;REFB=-0.0365976;REVB=0.00226693;RO=6;SAF=10;SAR=11;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771741;STB=0.542213;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0243034;OID=.;OPOS=20398669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:6:6:21:21:0.777778:11:10:4:2:11:10:4:2 chr13 20398742 . C T 181.81 PASS AF=0.772727;AO=17;DP=22;FAO=17;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0223265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9429;QD=33.0561;RBI=0.0542163;REFB=0.011132;REVB=-0.0494057;RO=4;SAF=9;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102057;STB=0.529377;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.0060395;OID=.;OPOS=20398742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:22:22:4:5:17:17:0.772727:8:9:2:2:8:9:2:3 chr13 20567472 . CA AA,C 49.5 PASS AF=0.0869565,0.391304;AO=2,8;DP=24;FAO=2,9;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=2,1;FSAR=0,8;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00972232,0.05614;FXX=0.0416493;HRUN=1,6;LEN=1,1;MLLD=61.4201,8.96977;QD=8.60884;RBI=0.0211369,0.110992;REFB=0.00706925,-0.001631;REVB=-0.0187682,-0.0957466;RO=11;SAF=2,1;SAR=0,7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0.33042;SSSB=0.523246,-0.548863;STB=0.992917,0.856268;STBP=0.299,0.014;TYPE=snp,del;VARB=0.00094279,0.020204;OID=.,.;OPOS=20567472,20567473;OREF=C,A;OALT=A,-;OMAPALT=AA,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:38:24:23:11:12:2,8:2,9:0.0869565,0.391304:0,7:2,1:7:4:0,8:2,1:8:4 chr13 20567650 . TAAAAAC TAAAAC,TAAAACA 69.89 PASS AF=0.565217,0;AO=6,2;DP=22;FAO=13,0;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=10,0;FSAR=3,0;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0789999,-0.0579749;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=12.9205,20.0894;QD=12.1548;RBI=0.235485,0.172001;REFB=-0.090464,0.00126827;REVB=-0.221839,-0.161936;RO=10;SAF=5,2;SAR=1,0;SRF=9;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.137251,0.463326;STB=0.587509,0.5;STBP=0.489,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0622136,0;OID=.,.;OPOS=20567651,20567655;OREF=A,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=TAAAAC,TAAAACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.565217,0:6,2:22:13,0:23:10:10,0:3,0:9:1:56:10:5,2:1,0:9:1 chr13 20716533 . G T 238.44 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2223;QD=50.1977;RBI=0.11628;REFB=0;REVB=0.104107;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.003534;OID=.;OPOS=20716533;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:19:0:0:15:19:1:8:7:0:0:10:9:0:0 chr13 20763380 . T C 1230.04 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0266317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3062;QD=60.0021;RBI=0.026736;REFB=-0.109231;REVB=0.00236025;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.506848;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00168115;OID=.;OPOS=20763380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:0:1:81:81:0.987805:36:45:0:0:36:45:0:1 chr13 20763642 . C T 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.064;QD=59.6792;RBI=0.0242725;REFB=0;REVB=0.00877009;RO=0;SAF=30;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.13994e-05;OID=.;OPOS=20763642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:40:30:0:0:40:30:0:0 chr13 21157165 . GAAAAAAAT GAAAAA,GAAAAAA,GAAAAAAT 153.01 PASS AF=0.25,0,0.75;AO=4,6,5;DP=25;FAO=5,0,15;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0,11;FSAR=2,0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00848399,-0.0657648,0.0901915;FXX=0.166597;HRUN=7,7,7;LEN=3,2,1;MLLD=20.0472,10.5009,9.74504;QD=30.6026;RBI=0.0558215,0.198088,0.113366;REFB=0,0,0;REVB=-0.055173,-0.186852,0.0686827;RO=2;SAF=2,3,5;SAR=2,3,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0.749526;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=0.0787421,-0.0333073,-0.0134371;OID=.,.,.;OPOS=21157171,21157172,21157166;OREF=AAT,AT,A;OALT=-,-,-;OMAPALT=GAAAAA,GAAAAAA,GAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.25,0,0.75:4,6,5:25:5,0,15:20:0:3,0,11:2,0,4:0:0:21:2:2,3,5:2,3,0:1:1 chr13 21205192 . G A 707.01 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.589;QD=62.8454;RBI=0.045981;REFB=0;REVB=0.0278275;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295991;OID=.;OPOS=21205192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:45:0:0:41:45:1:24:17:0:0:24:21:0:0 chr13 21356650 . T A 1386.49 PASS AF=0.796992;AO=106;DP=132;FAO=106;FDP=133;FR=.;FRO=27;FSAF=44;FSAR=62;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=-0.016587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.441;QD=41.6988;RBI=0.0441762;REFB=-0.0326629;REVB=-0.040944;RO=26;SAF=44;SAR=62;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131725;STB=0.573897;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0101764;OID=.;OPOS=21356650;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:133:26:27:106:106:0.796992:62:44:20:6:62:44:21:6 chr13 21562832 . C T 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0167667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.815;QD=46.0581;RBI=0.0214674;REFB=-0.0323456;REVB=0.0134061;RO=1;SAF=6;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705879;STB=0.53842;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00327131;OID=.;OPOS=21562832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:13:6:1:0:13:6:1:0 chr13 21620085 . T C 472.87 PASS AF=0.784314;AO=40;DP=51;FAO=40;FDP=51;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0144172;FXX=0.0192271;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.381;QD=37.0877;RBI=0.0145251;REFB=-0.0198163;REVB=-0.00176727;RO=10;SAF=9;SAR=31;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880425;STB=0.540918;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0060146;OID=.;OPOS=21620085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:51:51:10:11:40:40:0.784314:31:9:4:6:31:9:4:7 chr13 21714920 . G A 437.67 PASS AF=0.73913;AO=34;DP=46;FAO=34;FDP=46;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00748908;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.287;QD=38.0585;RBI=0.0269515;REFB=-0.0298615;REVB=0.02589;RO=11;SAF=14;SAR=20;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225186;STB=0.521264;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.00755244;OID=.;OPOS=21714920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:46:46:11:12:34:34:0.73913:20:14:4:7:20:14:4:8 chr13 21720956 . C T 231.34 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0397153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5478;QD=30.8456;RBI=0.0809645;REFB=-0.00489575;REVB=0.0705545;RO=9;SAF=15;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312499;STB=0.517225;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00640538;OID=.;OPOS=21720956;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:9:9:21:21:0.7:6:15:6:3:6:15:6:3 chr13 21729252 . T C 46.53 PASS AF=0.123457;AO=10;DP=81;FAO=10;FDP=81;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=-0.0114659;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.054;QD=2.29759;RBI=0.0237955;REFB=-0.0047158;REVB=-0.0208509;RO=71;SAF=6;SAR=4;SRF=32;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179309;STB=0.629014;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0275413;OID=.;OPOS=21729252;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:81:81:71:71:10:10:0.123457:4:6:32:39:4:6:32:39 chr13 21729267 . G A 34.61 PASS AF=0.103896;AO=8;DP=77;FAO=8;FDP=77;FR=.;FRO=69;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.0169865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8092;QD=1.79801;RBI=0.02909;REFB=-0.00147327;REVB=-0.0236154;RO=68;SAF=5;SAR=3;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228741;STB=0.666263;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.00497785;OID=.;OPOS=21729267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:77:77:68:69:8:8:0.103896:3:5:29:39:3:5:30:39 chr13 21732094 . C T 785.21 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00722117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.086;QD=57.1063;RBI=0.00722208;REFB=0;REVB=-0.00011492;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03822e-05;OID=.;OPOS=21732094;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:33:22:0:0:33:22:0:0 chr13 21750538 . G A 213.25 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.00211814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5196;QD=12.5443;RBI=0.107405;REFB=-0.00144998;REVB=0.107384;RO=41;SAF=23;SAR=3;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.4031;STB=0.733823;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0048547;OID=.;OPOS=21750538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:41:42:26:26:0.382353:3:23:26:15:3:23:27:15 chr13 21752154 . G A 276.57 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00175103;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.493;QD=52.6797;RBI=0.00877287;REFB=0;REVB=-0.00859635;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.9642e-05;OID=.;OPOS=21752154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr13 22275394 . A G 1047.63 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0301677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.486;QD=58.2016;RBI=0.0600815;REFB=-0.0262697;REVB=0.0519586;RO=1;SAF=42;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111254;STB=0.505746;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.000360995;OID=.;OPOS=22275394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:72:1:1:70:71:0.986111:28:42:1:0:28:43:1:0 chr13 22275583 . G A 1000.23 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00896463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.812;QD=57.9842;RBI=0.0171408;REFB=0;REVB=-0.0146097;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00064157;OID=.;OPOS=22275583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:69:0:0:66:69:1:31:35:0:0:33:36:0:0 chr13 23251016 . CTTTT CTTT,CTTTG 316.06 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=21,4;DP=26;FAO=24,2;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=16,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0592728,0.00616424;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=20.4594,7.81169;QD=48.6249;RBI=0.106287,0.0332884;REFB=0,0;REVB=0.0882246,-0.0327127;RO=0;SAF=8,0;SAR=13,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00326357,0.0380269;OID=.,.;OPOS=23251017,23251020;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=CTTT,CTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.923077,0.0769231:21,4:26:24,2:26:0:8,0:16,2:0:0:6:0:8,0:13,4:0:0 chr13 23253313 . T C 538.82 PASS AF=0.974359;AO=36;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0485622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.687;QD=55.2632;RBI=0.064877;REFB=-0.0576155;REVB=0.0430203;RO=1;SAF=28;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164281;STB=0.508767;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00587794;OID=.;OPOS=23253313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:36:38:0.974359:8:28:1:0:10:28:1:0 chr13 23726765 . C T 314.34 PASS AF=0.83871;AO=25;DP=30;FAO=26;FDP=31;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0305759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.203;QD=40.5598;RBI=0.0312238;REFB=0.0165986;REVB=-0.00632751;RO=5;SAF=5;SAR=20;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899278;STB=0.550521;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.000634349;OID=.;OPOS=23726765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:30:31:5:5:25:26:0.83871:20:5:2:3:21:5:2:3 chr13 23824783 . T G 1102.34 PASS AF=0.986667;AO=74;DP=75;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0017682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2284;QD=58.7915;RBI=0.046593;REFB=0.0369823;REVB=0.0465595;RO=1;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133249;STB=0.50704;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.000146374;OID=.;OPOS=23824783;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:75:1:1:74:74:0.986667:35:39:0:1:35:39:0:1 chr13 23898509 . T C 1940.55 PASS AF=0.984496;AO=127;DP=129;FAO=127;FDP=129;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.030396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9788;QD=60.1719;RBI=0.0441098;REFB=-0.0432304;REVB=0.0319649;RO=2;SAF=71;SAR=56;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00176384;STB=0.500928;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00358976;OID=.;OPOS=23898509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:129:2:2:127:127:0.984496:56:71:1:1:56:71:1:1 chr13 23898664 . A G 786.92 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0282311;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.426;QD=55.2223;RBI=0.0283951;REFB=-0.10739;REVB=-0.00304727;RO=1;SAF=14;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113612;STB=0.50588;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00105403;OID=.;OPOS=23898664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:1:1:55:56:0.982456:41:14:0:1:42:14:0:1 chr13 23907677 . C T 764.87 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00434441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.936;QD=55.6266;RBI=0.0838608;REFB=0;REVB=0.0837482;RO=0;SAF=38;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.22487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00030376;OID=.;OPOS=23907677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:16:38:0:0:17:38:0:0 chr13 23908034 . A G 457.09 PASS AF=0.764706;AO=39;DP=51;FAO=39;FDP=51;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.040053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.529;QD=35.8503;RBI=0.0400561;REFB=-0.0231803;REVB=-0.00049805;RO=12;SAF=13;SAR=26;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154;STB=0.583289;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00567375;OID=.;OPOS=23908034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:51:51:12:12:39:39:0.764706:26:13:8:4:26:13:8:4 chr13 23910100 . TA AT,T 35.49 PASS AF=0.04,0.28;AO=2,5;DP=26;FAO=1,7;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=1,3;FSAR=0,4;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.127672,-0.0788069;FXX=0.0384468;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=23.4941,16.7812;QD=5.67787;RBI=0.140075,0.128265;REFB=-0.0140524,0.00281408;REVB=-0.057627,-0.101199;RO=16;SAF=2,2;SAR=0,3;SRF=4;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.656611,0.191381;STB=0.993395,0.599733;STBP=0.213,0.587;TYPE=mnp,del;VARB=0.122679,-0.062778;OID=.,.;OPOS=23910100,23910101;OREF=TA,A;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:29:26:25:16:17:2,5:1,7:0.04,0.28:0,3:2,2:4:12:0,4:1,3:5:12 chr13 23911748 . C T 287.38 PASS AF=0.8;AO=24;DP=30;FAO=24;FDP=30;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0024548;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.106;QD=38.3168;RBI=0.0312619;REFB=0.00545041;REVB=0.0311654;RO=6;SAF=10;SAR=14;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0927833;STB=0.550519;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00147953;OID=.;OPOS=23911748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:6:6:24:24:0.8:14:10:4:2:14:10:4:2 chr13 23913827 . G A 246.63 PASS AF=0.84;AO=21;DP=24;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0319327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.497;QD=39.4612;RBI=0.067003;REFB=-0.0182598;REVB=-0.0589042;RO=3;SAF=12;SAR=9;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553188;STB=0.551675;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000830346;OID=.;OPOS=23913827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:24:25:3:4:21:21:0.84:9:12:1:2:9:12:1:3 chr13 23985391 . T C 559.88 PASS AF=0.653846;AO=49;DP=76;FAO=51;FDP=78;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0405143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.918;QD=28.7119;RBI=0.0412347;REFB=-0.0190623;REVB=0.00767395;RO=26;SAF=23;SAR=26;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0545503;STB=0.541546;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0139733;OID=.;OPOS=23985391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:26:27:49:51:0.653846:26:23:10:16:26:25:10:17 chr13 24234517 . A G 484.52 PASS AF=0.716667;AO=43;DP=60;FAO=43;FDP=60;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0497597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.909;QD=32.301;RBI=0.049781;REFB=-0.0328732;REVB=0.00145533;RO=17;SAF=19;SAR=24;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461956;STB=0.524988;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0189368;OID=.;OPOS=24234517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:17:17:43:43:0.716667:24:19:9:8:24:19:9:8 chr13 24243200 . T C 486.55 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00920804;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2465;QD=58.9753;RBI=0.0529194;REFB=0;REVB=0.0521121;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459042;OID=.;OPOS=24243200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr13 24411772 . T C 901.37 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00229521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.766;QD=58.153;RBI=0.0415614;REFB=0;REVB=0.041498;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.69822e-05;OID=.;OPOS=24411772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:62:0:0:59:62:1:33:26:0:0:35:27:0:0 chr13 24465743 . A G 609.46 PASS AF=1;AO=37;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0277728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.327;QD=60.9459;RBI=0.0281989;REFB=0;REVB=0.00488374;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188756;OID=.;OPOS=24465743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:37:40:1:19:18:0:0:21:19:0:0 chr13 24468704 . G A 38.18 PASS AF=0.0732984;AO=14;DP=193;FAO=14;FDP=191;FR=.;FRO=177;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=76;FSRR=101;FWDB=0.0097484;FXX=0.0103622;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5941;QD=0.799547;RBI=0.10437;REFB=-0.00198315;REVB=0.103914;RO=179;SAF=9;SAR=5;SRF=76;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236855;STB=0.691544;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0243135;OID=.;OPOS=24468704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:193:191:179:177:14:14:0.0732984:5:9:76:103:5:9:76:101 chr13 24468711 . G C 235.87 PASS AF=0.208556;AO=39;DP=188;FAO=39;FDP=187;FR=.;FRO=148;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=64;FSRR=84;FWDB=-0.00982354;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.692;QD=5.04526;RBI=0.0188645;REFB=-0.000100989;REVB=-0.0161049;RO=149;SAF=17;SAR=22;SRF=65;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000447237;STB=0.502789;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.000338014;OID=.;OPOS=24468711;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:187:149:148:39:39:0.208556:22:17:65:84:22:17:64:84 chr13 24468763 . T C 99.17 PASS AF=0.137255;AO=21;DP=153;FAO=21;FDP=153;FR=.;FRO=132;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=48;FSRR=84;FWDB=-0.00205294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.917;QD=2.59264;RBI=0.00928872;REFB=-0.00354743;REVB=-0.00905902;RO=130;SAF=7;SAR=14;SRF=46;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286245;STB=0.528818;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0186162;OID=.;OPOS=24468763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:130:132:21:21:0.137255:14:7:46:84:14:7:48:84 chr13 24471039 . T G 39.79 PASS AF=0.0982143;AO=11;DP=112;FAO=11;FDP=112;FR=.;FRO=101;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=61;FWDB=-0.0127011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.987;QD=1.42123;RBI=0.0292374;REFB=-0.00302893;REVB=-0.0263345;RO=99;SAF=4;SAR=7;SRF=40;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.050061;STB=0.530977;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0229023;OID=.;OPOS=24471039;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:112:112:99:101:11:11:0.0982143:7:4:40:59:7:4:40:61 chr13 24471048 . C T 67.47 PASS AF=0.127119;AO=15;DP=116;FAO=15;FDP=118;FR=.;FRO=103;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=67;FWDB=0.00101637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.505;QD=2.28697;RBI=0.0457995;REFB=-0.00521245;REVB=-0.0457882;RO=101;SAF=6;SAR=9;SRF=34;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0845805;STB=0.546702;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0242474;OID=.;OPOS=24471048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:116:118:101:103:15:15:0.127119:9:6:34:67:9:6:36:67 chr13 24798857 . G A 310.44 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0957491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2584;QD=23.4295;RBI=0.156554;REFB=-0.0204638;REVB=0.12386;RO=20;SAF=7;SAR=24;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23722;STB=0.618099;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0189575;OID=.;OPOS=24798857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:22:31:31:0.584906:24:7:10:10:24:7:10:12 chr13 24876752 . T C 242.84 PASS AF=0.807692;AO=21;DP=26;FAO=21;FDP=26;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0203425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.622;QD=37.3602;RBI=0.0249129;REFB=-0.0545873;REVB=0.0143818;RO=5;SAF=11;SAR=10;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269129;STB=0.514692;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0124337;OID=.;OPOS=24876752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:26:26:5:5:21:21:0.807692:10:11:3:2:10:11:3:2 chr13 24890157 . C T 1078.31 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.131;QD=59.9059;RBI=0.0230602;REFB=0;REVB=0.00958283;RO=0;SAF=48;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.856e-05;OID=.;OPOS=24890157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:71:72:1:23:48:0:0:24:48:0:0 chr13 24890228 . A C 1125.6 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00461519;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.941;QD=57.7229;RBI=0.0185988;REFB=-0.00536449;REVB=-0.0180171;RO=2;SAF=45;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0295493;STB=0.515621;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.000191292;OID=.;OPOS=24890228;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:2:2:76:76:0.974359:31:45:0:2:31:45:0:2 chr13 24893015 . C T 655.06 PASS AF=0.768116;AO=54;DP=72;FAO=53;FDP=69;FR=.;FRO=16;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0156403;FXX=0.054787;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.167;QD=37.9743;RBI=0.0198733;REFB=-0.0169171;REVB=0.0122609;RO=16;SAF=24;SAR=30;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238743;STB=0.511009;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.00441686;OID=.;OPOS=24893015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:69:16:16:54:53:0.768116:30:24:8:8:29:24:8:8 chr13 24895436 . C CA 245.92 PASS AF=1;AO=2;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0999414;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=192.689;QD=49.1846;RBI=0.102779;REFB=0;REVB=0.0239847;RO=18;SAF=2;SAR=0;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.499987;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000367009;OID=.;OPOS=24895437;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:20:20:20:0:12:8:0:0:4:18:2:0:10:8 chr13 24895437 . G A 211.25 PASS AF=0.95;AO=18;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00831312;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.686;QD=42.2505;RBI=0.0300001;REFB=-0.126479;REVB=0.0288253;RO=2;SAF=10;SAR=8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833329;STB=0.521716;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00167989;OID=.;OPOS=24895437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:20:20:2:1:18:19:0.95:8:10:2:0:8:11:1:0 chr13 24895684 . A G 992.28 PASS AF=0.910256;AO=71;DP=78;FAO=71;FDP=78;FR=.;FRO=7;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0231995;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7844;QD=50.8862;RBI=0.0249452;REFB=-0.123329;REVB=-0.00916748;RO=7;SAF=40;SAR=31;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075884;STB=0.540219;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0103759;OID=.;OPOS=24895684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:78:78:7:7:71:71:0.910256:31:40:7:0:31:40:7:0 chr13 25008588 . A G 765.43 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8359;QD=63.786;RBI=0.0123547;REFB=0;REVB=0.00214312;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.90002e-05;OID=.;OPOS=25008588;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr13 25008630 . A G 839.94 PASS AF=0.983607;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0211456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.467;QD=55.0782;RBI=0.0367992;REFB=-0.127124;REVB=0.0301172;RO=1;SAF=29;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154685;STB=0.507934;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000867163;OID=.;OPOS=25008630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:61:1:1:59:60:0.983607:30:29:0:1:31:29:0:1 chr13 25008903 . G T 240.24 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.139599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.466;QD=43.68;RBI=0.142249;REFB=-0.0814918;REVB=0.0273303;RO=2;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708106;STB=0.538424;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00455629;OID=.;OPOS=25008903;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:12:8:0:2:12:8:0:2 chr13 25009099 . A C 657.11 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0115417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1075;QD=59.7376;RBI=0.0688007;REFB=-0.0332506;REVB=-0.0678257;RO=1;SAF=22;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208679;STB=0.511106;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000167223;OID=.;OPOS=25009099;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:21:22:1:0:21:22:1:0 chr13 25020863 . G A 670.32 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.056;QD=62.3557;RBI=0.0293513;REFB=0;REVB=0.0201831;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.83191e-06;OID=.;OPOS=25020863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:23:19:0:0:24:19:0:0 chr13 25021154 . C T 145.17 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.086173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8348;QD=44.6679;RBI=0.086181;REFB=0;REVB=0.00117635;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0042081;OID=.;OPOS=25021154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr13 25021200 . A C 234.05 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00328399;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.597;QD=46.81;RBI=0.0222615;REFB=-0.101545;REVB=0.0220179;RO=1;SAF=5;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0833329;STB=0.545405;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00147182;OID=.;OPOS=25021200;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:14:5:1:0:14:5:1:0 chr13 25021211 . C T 223.95 PASS AF=0.769231;AO=20;DP=26;FAO=20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00192574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.333;QD=34.454;RBI=0.0270684;REFB=-0.0383195;REVB=0.0269998;RO=6;SAF=6;SAR=14;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689672;STB=0.537699;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.012488;OID=.;OPOS=25021211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:6:6:20:20:0.769231:14:6:1:5:14:6:1:5 chr13 25021245 . A G 216.28 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0486147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7394;QD=29.8321;RBI=0.0517653;REFB=-0.0188621;REVB=-0.0177836;RO=9;SAF=5;SAR=15;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0601724;STB=0.533299;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.00831105;OID=.;OPOS=25021245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:15:5:3:6:15:5:3:6 chr13 25021263 . T C 52.86 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.00330215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.381;QD=7.0477;RBI=0.0135042;REFB=-0.0137614;REVB=-0.0130942;RO=22;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198256;STB=0.62237;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0239968;OID=.;OPOS=25021263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:5:3:5:17:5:3:5:17 chr13 25027744 . A G 1246.0 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00284329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3683;QD=61.5308;RBI=0.0172628;REFB=0;REVB=0.017027;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.56515e-05;OID=.;OPOS=25027744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:39:42:0:0:39:42:0:0 chr13 25029295 . C T 723.64 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0139781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2042;QD=54.6146;RBI=0.0144253;REFB=-0.197127;REVB=0.00356404;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.511623;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00208688;OID=.;OPOS=25029295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:53:0:1:52:52:0.981132:31:21:0:0:31:21:1:0 chr13 25049676 . G A 940.57 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00747666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6068;QD=57.004;RBI=0.0362692;REFB=-0.130171;REVB=0.0354902;RO=1;SAF=37;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125975;STB=0.506665;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00256817;OID=.;OPOS=25049676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:28:37:1:0:28:37:1:0 chr13 25052261 . C T 757.65 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0285652;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.681;QD=61.8493;RBI=0.0552758;REFB=-0.134705;REVB=-0.0473228;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512815;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.000801259;OID=.;OPOS=25052261;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:49:0:1:48:48:0.979592:19:29:0:0:19:29:0:1 chr13 25075859 . C T 1190.37 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.166;QD=61.0447;RBI=0.0380045;REFB=0;REVB=0.0196822;RO=0;SAF=35;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.91087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27402e-05;OID=.;OPOS=25075859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:43:35:0:0:43:35:0:0 chr13 25265103 . A G 78.47 PASS AF=0.177215;AO=14;DP=79;FAO=14;FDP=79;FR=.;FRO=65;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=0.00334688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.434;QD=3.9732;RBI=0.00494326;REFB=-0.00344569;REVB=-0.00363789;RO=64;SAF=7;SAR=7;SRF=25;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13797;STB=0.594806;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0300246;OID=.;OPOS=25265103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:79:79:64:65:14:14:0.177215:7:7:25:39:7:7:25:40 chr13 25265139 . T C 118.23 PASS AF=0.202128;AO=19;DP=93;FAO=19;FDP=94;FR=.;FRO=75;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=-0.0376371;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6322;QD=5.03096;RBI=0.092543;REFB=-0.011743;REVB=-0.0845438;RO=72;SAF=11;SAR=8;SRF=29;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218538;STB=0.64974;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0297552;OID=.;OPOS=25265139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:72:75:19:19:0.202128:8:11:29:43:8:11:29:46 chr13 25272870 . C T 894.74 PASS AF=0.88;AO=66;DP=76;FAO=66;FDP=75;FR=.;FRO=9;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0349882;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5372;QD=47.7196;RBI=0.0349883;REFB=0.0473709;REVB=8.78609e-05;RO=9;SAF=36;SAR=30;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048021;STB=0.52554;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=-0.00563258;OID=.;OPOS=25272870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:76:75:9:9:66:66:0.88:30:36:3:6:30:36:3:6 chr13 25356053 . T C 443.46 PASS AF=0.7;AO=35;DP=50;FAO=35;FDP=50;FR=.;FRO=15;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0152758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.6771;QD=35.4765;RBI=0.0205218;REFB=-0.02115;REVB=0.0137038;RO=14;SAF=19;SAR=16;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975284;STB=0.562607;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0139386;OID=.;OPOS=25356053;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:14:15:35:35:0.7:16:19:5:9:16:19:5:10 chr13 25367324 . TC AT 524.36 PASS AF=0.84;AO=42;DP=51;FAO=42;FDP=50;FR=.;FRO=8;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.00440432;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=2;MLLD=113.667;QD=41.9484;RBI=0.00566181;REFB=0.000935557;REVB=0.00355782;RO=8;SAF=21;SAR=21;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111935;STB=0.559972;STBP=0.073;TYPE=mnp;VARB=0.000456294;OID=.;OPOS=25367324;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:50:8:8:42:42:0.84:21:21:7:1:21:21:7:1 chr13 25378476 . A G 33.05 PASS AF=0.107692;AO=7;DP=65;FAO=7;FDP=65;FR=.;FRO=58;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.0246233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.184;QD=2.03386;RBI=0.0266133;REFB=0.00137317;REVB=-0.0100976;RO=58;SAF=3;SAR=4;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0232062;STB=0.517806;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=-0.00535356;OID=.;OPOS=25378476;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:65:65:58:58:7:7:0.107692:4:3:26:32:4:3:26:32 chr13 25419176 . A G 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0321038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8128;QD=56.9535;RBI=0.0368869;REFB=0;REVB=0.0181656;RO=0;SAF=11;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.78186e-05;OID=.;OPOS=25419176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:41:11:0:0:41:11:0:0 chr13 25424583 . T C 559.68 PASS AF=0.727273;AO=48;DP=66;FAO=48;FDP=66;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00821723;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.447;QD=33.92;RBI=0.00823707;REFB=-0.0063992;REVB=-0.000571265;RO=18;SAF=18;SAR=30;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0226101;STB=0.51219;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.00220237;OID=.;OPOS=25424583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:18:18:48:48:0.727273:30:18:6:12:30:18:6:12 chr13 25428002 . C A 118.66 PASS AF=0.619048;AO=12;DP=20;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0424612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7433;QD=22.6024;RBI=0.075021;REFB=-0.0555772;REVB=0.0618482;RO=8;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299998;STB=0.653654;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0393738;OID=.;OPOS=25428002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:21:8:8:12:13:0.619048:8:4:0:8:9:4:0:8 chr13 25440318 . G A 78.12 PASS AF=0.22;AO=11;DP=51;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0618796;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0818;QD=6.24973;RBI=0.0726532;REFB=-0.0144783;REVB=-0.038071;RO=39;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872892;STB=0.555457;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0605301;OID=.;OPOS=25440318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:51:50:39:39:11:11:0.22:6:5:15:24:6:5:15:24 chr13 25453420 . A G 535.57 PASS AF=0.8125;AO=39;DP=49;FAO=39;FDP=48;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00902672;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.131;QD=44.631;RBI=0.0176822;REFB=-0.0437532;REVB=0.0152046;RO=9;SAF=19;SAR=20;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238219;STB=0.512814;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.0085206;OID=.;OPOS=25453420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:49:48:9:9:39:39:0.8125:20:19:5:4:20:19:5:4 chr13 25460428 . A G 558.93 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00272351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.196;QD=58.8347;RBI=0.00606953;REFB=0;REVB=0.00542417;RO=0;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87628e-05;OID=.;OPOS=25460428;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:36:38:1:12:24:0:0:13:25:0:0 chr13 25466955 . T C 40.64 PASS AF=0.0990099;AO=10;DP=101;FAO=10;FDP=101;FR=.;FRO=91;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=59;FSRR=32;FWDB=-0.0120468;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=275.272;QD=1.60957;RBI=0.0258738;REFB=-0.00702543;REVB=-0.0228982;RO=91;SAF=4;SAR=6;SRF=59;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287487;STB=0.712826;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0536214;OID=.;OPOS=25466955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:101:101:91:91:10:10:0.0990099:6:4:59:32:6:4:59:32 chr13 25480145 . G A 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=-0.00989671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1359;QD=19.6455;RBI=0.0350655;REFB=0.0198871;REVB=0.0336399;RO=8;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.357391;STB=0.699704;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.0189765;OID=.;OPOS=25480145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:6:5:0:8:6:5:0:8 chr13 25487103 . T A,C 833.49 PASS AF=0.733333,0.266667;AO=43,16;DP=60;FAO=44,16;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=24,8;FSAR=20,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182674,-0.0123001;FXX=0.0163908;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=108.14,86.1283;QD=55.5659;RBI=0.0240161,0.0292732;REFB=0,0;REVB=0.0155908,0.0265637;RO=0;SAF=24,8;SAR=19,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0100597,-0.0139511;OID=.,.;OPOS=25487103,25487103;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:60:60:0:0:43,16:44,16:0.733333,0.266667:19,8:24,8:0:0:20,8:24,8:0:0 chr13 25542441 . G A 122.54 PASS AF=0.296875;AO=16;DP=66;FAO=19;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=32;FWDB=0.0732718;FXX=0.0302984;HRUN=5;LEN=1;MLLD=27.6211;QD=7.65864;RBI=0.0761734;REFB=-0.0204648;REVB=0.0208238;RO=33;SAF=6;SAR=10;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17053;STB=0.522221;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0553697;OID=.;OPOS=25542441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:33:45:16:19:0.296875:10:6:8:25:13:6:13:32 chr13 25671206 . A G 55.06 PASS AF=0.12;AO=12;DP=100;FAO=12;FDP=100;FR=.;FRO=88;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=50;FWDB=-0.00819225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.487;QD=2.20257;RBI=0.00875597;REFB=-0.00588329;REVB=-0.00309095;RO=88;SAF=5;SAR=7;SRF=38;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0188544;STB=0.513629;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0235035;OID=.;OPOS=25671206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:100:100:88:88:12:12:0.12:7:5:38:50:7:5:38:50 chr13 25671210 . C T 59.23 PASS AF=0.121495;AO=13;DP=107;FAO=13;FDP=107;FR=.;FRO=94;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=52;FWDB=0.0039334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.164;QD=2.21413;RBI=0.0231647;REFB=0.000948568;REVB=-0.0228283;RO=93;SAF=6;SAR=7;SRF=42;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122477;STB=0.513023;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.0069848;OID=.;OPOS=25671210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:107:107:93:94:13:13:0.121495:7:6:42:51:7:6:42:52 chr13 25671214 . T G 54.1 PASS AF=0.119266;AO=13;DP=103;FAO=13;FDP=109;FR=.;FRO=96;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=44;FSRR=52;FWDB=-0.0376053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.8609;QD=1.98545;RBI=0.0813677;REFB=-0.00838998;REVB=-0.0721563;RO=90;SAF=6;SAR=7;SRF=43;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200154;STB=0.502837;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0497791;OID=.;OPOS=25671214;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:103:109:90:96:13:13:0.119266:7:6:43:47:7:6:44:52 chr13 25671271 . A G 201.01 PASS AF=0.196629;AO=35;DP=178;FAO=35;FDP=178;FR=.;FRO=143;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=49;FSRR=94;FWDB=-0.0184;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.852;QD=4.51711;RBI=0.0251485;REFB=-0.00925614;REVB=-0.0171431;RO=143;SAF=18;SAR=17;SRF=49;SRR=94;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221309;STB=0.636841;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0357423;OID=.;OPOS=25671271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:143:143:35:35:0.196629:17:18:49:94:17:18:49:94 chr13 25671274 . C T 201.0 PASS AF=0.196629;AO=35;DP=178;FAO=35;FDP=178;FR=.;FRO=143;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=48;FSRR=95;FWDB=-0.0106247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.338;QD=4.5168;RBI=0.0153091;REFB=-0.000524544;REVB=-0.0110221;RO=142;SAF=18;SAR=17;SRF=47;SRR=95;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236617;STB=0.642372;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00405584;OID=.;OPOS=25671274;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:178:178:142:143:35:35:0.196629:17:18:47:95:17:18:48:95 chr13 25671292 . C T 221.14 PASS AF=0.197917;AO=38;DP=192;FAO=38;FDP=192;FR=.;FRO=154;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=53;FSRR=101;FWDB=-0.0408174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6502;QD=4.60704;RBI=0.0877782;REFB=-0.00971608;REVB=-0.0777107;RO=149;SAF=22;SAR=16;SRF=52;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289116;STB=0.681947;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0756725;OID=.;OPOS=25671292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:192:192:149:154:38:38:0.197917:16:22:52:97:16:22:53:101 chr13 25671310 . TTATGA T 110.98 PASS AF=0.189055;AO=36;DP=203;FAO=38;FDP=201;FR=.;FRO=163;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=63;FSRR=100;FWDB=-0.00829899;FXX=0.00495025;HRUN=2;LEN=5;MLLD=313.918;QD=2.20864;RBI=0.00982131;REFB=-0.00744535;REVB=-0.00525212;RO=161;SAF=21;SAR=15;SRF=61;SRR=100;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258696;STB=0.652275;STBP=0.033;TYPE=del;VARB=0.0310126;OID=.;OPOS=25671311;OREF=TATGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.189055:36:203:38:201:163:22:16:63:100:99:161:21:15:61:100 chr13 25671320 . A G 198.42 PASS AF=0.174312;AO=38;DP=219;FAO=38;FDP=218;FR=.;FRO=180;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=74;FSRR=106;FWDB=-0.00453024;FXX=0.004566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8571;QD=3.64072;RBI=0.0630095;REFB=-0.0119252;REVB=-0.0628464;RO=178;SAF=21;SAR=17;SRF=74;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175106;STB=0.615234;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.065129;OID=.;OPOS=25671320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:218:178:180:38:38:0.174312:17:21:74:104:17:21:74:106 chr13 25671332 . CA C 59.84 PASS AF=0.15942;AO=33;DP=211;FAO=33;FDP=207;FR=.;FRO=174;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=69;FSRR=105;FWDB=0.0360511;FXX=0.0235838;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.7701;QD=1.15628;RBI=0.038966;REFB=0.0140755;REVB=-0.0147875;RO=163;SAF=21;SAR=12;SRF=60;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334675;STB=0.694545;STBP=0.017;TYPE=del;VARB=-0.0696459;OID=.;OPOS=25671333;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.15942:33:211:33:207:174:21:12:69:105:59:163:21:12:60:103 chr13 25671369 . G T 163.73 PASS AF=0.151111;AO=35;DP=225;FAO=34;FDP=225;FR=.;FRO=191;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=85;FSRR=106;FWDB=-0.0200905;FXX=0.00881018;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4344;QD=2.91071;RBI=0.0224359;REFB=0.000802276;REVB=0.00998709;RO=188;SAF=20;SAR=15;SRF=83;SRR=105;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165713;STB=0.595695;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.00794655;OID=.;OPOS=25671369;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:188:191:35:34:0.151111:15:20:83:105:15:19:85:106 chr13 25671398 . C T 74.28 PASS AF=0.105263;AO=20;DP=187;FAO=20;FDP=190;FR=.;FRO=170;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=80;FSRR=90;FWDB=-0.0218099;FXX=0.00523533;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.49;QD=1.56389;RBI=0.0243927;REFB=-0.00259655;REVB=-0.0109239;RO=165;SAF=9;SAR=11;SRF=78;SRR=87;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278859;STB=0.51852;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0168049;OID=.;OPOS=25671398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:187:190:165:170:20:20:0.105263:11:9:78:87:11:9:80:90 chr13 25672895 . T A 262.43 PASS AF=0.71875;AO=23;DP=32;FAO=23;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0151528;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.876;QD=32.8033;RBI=0.0156185;REFB=-0.0145953;REVB=0.00378558;RO=9;SAF=11;SAR=12;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132657;STB=0.572541;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00662662;OID=.;OPOS=25672895;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:9:9:23:23:0.71875:12:11:2:7:12:11:2:7 chr13 25825889 . T C 1516.73 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0371148;FXX=0.0104156;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4527;QD=63.8625;RBI=0.037685;REFB=0;REVB=0.00653064;RO=0;SAF=39;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.96098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00281933;OID=.;OPOS=25825889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:93:95:1:54:39:0:0:54:41:0:0 chr13 25831888 . T C 679.01 PASS AF=0.912281;AO=51;DP=57;FAO=52;FDP=57;FR=.;FRO=5;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0115681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8966;QD=47.6496;RBI=0.0392471;REFB=-0.108992;REVB=-0.0375035;RO=2;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047012;STB=0.558117;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00934188;OID=.;OPOS=25831888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:57:57:2:5:51:52:0.912281:19:32:0:2:19:33:0:5 chr13 25876011 . G A 1208.84 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.856;QD=61.207;RBI=0.0360921;REFB=0;REVB=0.0146986;RO=0;SAF=34;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40017e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49897e-05;OID=.;OPOS=25876011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:45:34:0:0:45:34:0:0 chr13 26149015 . G A 1215.84 PASS AF=0.867347;AO=85;DP=99;FAO=85;FDP=98;FR=.;FRO=13;FSAF=31;FSAR=54;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0104742;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.128;QD=49.6261;RBI=0.0154209;REFB=-0.0239672;REVB=0.011318;RO=13;SAF=31;SAR=54;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0461869;STB=0.524534;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0071419;OID=.;OPOS=26149015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:99:98:13:13:85:85:0.867347:54:31:7:6:54:31:7:6 chr13 26273385 . G C 1208.71 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00548502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0062;QD=61.2006;RBI=0.0331889;REFB=0;REVB=-0.0327325;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221335;OID=.;OPOS=26273385;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:36:43:0:0:36:43:0:0 chr13 26518714 . A T 178.62 PASS AF=0.73913;AO=17;DP=23;FAO=17;FDP=23;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0042962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.56;QD=31.0637;RBI=0.00597818;REFB=-0.0186979;REVB=0.00415708;RO=6;SAF=12;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110583;STB=0.561328;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0102027;OID=.;OPOS=26518714;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:6:6:17:17:0.73913:5:12:3:3:5:12:3:3 chr13 26518724 . A G 223.94 PASS AF=0.769231;AO=20;DP=26;FAO=20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0280155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.167;QD=34.4519;RBI=0.0314209;REFB=-0.0463244;REVB=-0.0142269;RO=6;SAF=12;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433519;STB=0.523786;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00485025;OID=.;OPOS=26518724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:6:6:20:20:0.769231:8:12:3:3:8:12:3:3 chr13 26518853 . G T 172.78 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0481817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.274;QD=36.3745;RBI=0.0577298;REFB=0.0258123;REVB=0.0318003;RO=3;SAF=9;SAR=7;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304901;STB=0.516758;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=-0.00838959;OID=.;OPOS=26518853;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:3:3:16:16:0.842105:7:9:2:1:7:9:2:1 chr13 28009031 . G C 92.95 PASS AF=0.186047;AO=16;DP=86;FAO=16;FDP=86;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.00265135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.884;QD=4.3233;RBI=0.00272603;REFB=-0.00688109;REVB=-0.000633685;RO=70;SAF=8;SAR=8;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0329785;OID=.;OPOS=28009031;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:86:86:70:70:16:16:0.186047:8:8:35:35:8:8:35:35 chr13 28009851 . G A 291.74 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00348458;FXX=0.0512689;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.304;QD=31.5392;RBI=0.0159164;REFB=-0.0238377;REVB=0.0155303;RO=12;SAF=11;SAR=14;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848705;STB=0.5466;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00669278;OID=.;OPOS=28009851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:38:37:12:12:25:25:0.675676:14:11:7:5:14:11:7:5 chr13 28009920 . G C 657.42 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265639;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.484;QD=62.6112;RBI=0.0282865;REFB=0;REVB=0.00972049;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211852;OID=.;OPOS=28009920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:17:24:0:0:18:24:0:0 chr13 28143229 . A G 76.77 PASS AF=0.22449;AO=10;DP=48;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.0330498;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.6003;QD=6.26706;RBI=0.0421845;REFB=-0.000891858;REVB=-0.0262153;RO=37;SAF=8;SAR=2;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.349883;STB=0.739776;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00285692;OID=.;OPOS=28143229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:48:49:37:38:10:11:0.22449:2:8:20:17:2:9:21:17 chr13 28239940 . G C 242.85 PASS AF=0.807692;AO=21;DP=26;FAO=21;FDP=26;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.016681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.407;QD=37.3616;RBI=0.021904;REFB=-0.0587209;REVB=-0.0141961;RO=5;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268044;STB=0.646912;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00375711;OID=.;OPOS=28239940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:26:26:5:5:21:21:0.807692:6:15:0:5:6:15:0:5 chr13 28239970 . G A 203.65 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=21;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0139935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.759;QD=38.7912;RBI=0.0141056;REFB=-0.0304479;REVB=-0.00177508;RO=3;SAF=15;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.300597;STB=0.666454;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.000724257;OID=.;OPOS=28239970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:21:3:3:18:18:0.857143:3:15:0:3:3:15:0:3 chr13 28537242 . A C 598.4 PASS AF=1;AO=29;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0824158;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.2686;QD=61.374;RBI=0.115807;REFB=0;REVB=-0.0813562;RO=0;SAF=22;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138889;OID=.;OPOS=28537242;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:29:39:1:7:22:0:0:9:30:0:0 chr13 28537317 . G A 214.21 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0226584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.678;QD=45.0968;RBI=0.0895348;REFB=0.0789671;REVB=0.0866203;RO=1;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611153;STB=0.533296;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.000757777;OID=.;OPOS=28537317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:7:11:0:1:7:11:0:1 chr13 28562605 . T G 66.4 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0143186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.239;QD=6.98966;RBI=0.0183895;REFB=-0.00766154;REVB=-0.011539;RO=28;SAF=7;SAR=1;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44084;STB=0.797377;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00276399;OID=.;OPOS=28562605;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:38:38:28:28:8:8:0.210526:1:7:16:12:1:7:16:12 chr13 28610183 . A G 728.05 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.018513;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7615;QD=57.1018;RBI=0.0201467;REFB=0;REVB=0.00794735;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136591;OID=.;OPOS=28610183;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr13 28624294 . G A 42.37 PASS AF=0.0964912;AO=11;DP=114;FAO=11;FDP=114;FR=.;FRO=103;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=50;FSRR=53;FWDB=-0.06042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.581;QD=1.48678;RBI=0.0621024;REFB=-0.00438132;REVB=-0.0143574;RO=103;SAF=4;SAR=7;SRF=50;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143932;STB=0.611445;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0394228;OID=.;OPOS=28624294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:114:114:103:103:11:11:0.0964912:7:4:50:53:7:4:50:53 chr13 28636084 . G A 980.46 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0235604;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.856;QD=57.6739;RBI=0.02538;REFB=-0.0490542;REVB=0.00943685;RO=1;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136967;STB=0.507244;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.000122132;OID=.;OPOS=28636084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:1:1:67:67:0.985294:34:33:0:1:34:33:0:1 chr13 28835527 . T C,TC 1380.52 PASS AF=0.032967,0.956044;AO=5,83;DP=95;FAO=3,87;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=3,44;FSAR=0,43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00644821,-0.00276315;FXX=0.0421008;HRUN=4,0;LEN=1,1;MLLD=225.03,248.168;QD=60.6823;RBI=0.0103944,0.00868112;REFB=0.0358079,-0.217468;REVB=-0.00815253,-0.00822963;RO=6;SAF=5,41;SAR=0,42;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.694502,-0.0432135;STB=0.5,0.505617;STBP=1,0.512;TYPE=snp,ins;VARB=-0.00949236,0.000809733;OID=.,.;OPOS=28835527,28835528;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:95:91:6:1:5,83:3,87:0.032967,0.956044:0,42:5,41:5:1:0,43:3,44:1:0 chr13 28883061 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.309;QD=52.6126;RBI=0.0163307;REFB=0;REVB=-0.00145223;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.54954e-05;OID=.;OPOS=28883061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr13 28893642 . A G 96.47 PASS AF=0.234375;AO=15;DP=64;FAO=15;FDP=64;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=-0.00845166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.47;QD=6.02937;RBI=0.00879469;REFB=-0.00653907;REVB=0.00243228;RO=48;SAF=5;SAR=10;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558558;STB=0.545393;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.02092;OID=.;OPOS=28893642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:64:64:48:49:15:15:0.234375:10:5:18:30:10:5:19:30 chr13 28970917 . C T 115.82 PASS AF=1;AO=9;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.1604;QD=42.1144;RBI=0.232543;REFB=0;REVB=0.23135;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0125759;OID=.;OPOS=28970917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:9:11:1:3:6:0:0:5:6:0:0 chr13 29274977 . T TA 417.34 PASS AF=0.984127;AO=42;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.045886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=10.8051;QD=26.4977;RBI=0.0459082;REFB=-0.000814082;REVB=0.00142667;RO=11;SAF=20;SAR=22;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617189;STB=0.508769;STBP=0.336;TYPE=ins;VARB=0.0247796;OID=.;OPOS=29274978;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.984127:42:63:62:63:1:34:28:0:1:4:11:20:22:7:4 chr13 29275102 . T C 694.09 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216927;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.957;QD=61.6972;RBI=0.0251497;REFB=0;REVB=-0.0127254;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000342598;OID=.;OPOS=29275102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:43:45:1:26:17:0:0:28:17:0:0 chr13 29275129 . C T 296.85 PASS AF=0.757576;AO=25;DP=33;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.00643307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.737;QD=35.9814;RBI=0.00827673;REFB=-0.000239063;REVB=0.00520768;RO=8;SAF=10;SAR=15;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131425;STB=0.571374;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.000131625;OID=.;OPOS=29275129;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:8:8:25:25:0.757576:15:10:1:7:15:10:1:7 chr13 29598842 . G A 68.2 PASS AF=0.204082;AO=10;DP=49;FAO=10;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0348585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.165;QD=5.56734;RBI=0.0425807;REFB=-0.00837065;REVB=-0.024454;RO=39;SAF=3;SAR=7;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265333;STB=0.673286;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0184883;OID=.;OPOS=29598842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:39:39:10:10:0.204082:7:3:20:19:7:3:20:19 chr13 29898768 . A C 252.85 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.464;QD=50.5704;RBI=0.0269489;REFB=0;REVB=0.00731664;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328812;OID=.;OPOS=29898768;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:10:9:0:0:11:9:0:0 chr13 30084173 . G A 1048.5 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293432;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.849;QD=59.914;RBI=0.0294626;REFB=0;REVB=0.00264947;RO=0;SAF=41;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.0008e-05;OID=.;OPOS=30084173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:29:41:0:0:29:41:0:0 chr13 30087778 . T A 450.81 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174804;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.072;QD=58.1693;RBI=0.0337907;REFB=0;REVB=0.028918;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.94355e-05;OID=.;OPOS=30087778;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr13 30091714 . G A 1150.8 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0011777;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.857;QD=59.7819;RBI=0.0173683;REFB=0;REVB=0.0173283;RO=0;SAF=42;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427733;OID=.;OPOS=30091714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:33:42:0:0:33:44:0:0 chr13 30091817 . AAG A,AA,AAC 1681.48 PASS AF=0.982301,0,0.0176991;AO=22,28,59;DP=113;FAO=111,0,2;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=53,0,0;FSAR=58,0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.212517,0.0793344,0.0544926;FXX=0;HRUN=5,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=167.695,159.521,148.646;QD=59.5213;RBI=0.229303,0.120289,0.121047;REFB=0,0,0;REVB=-0.0861196,-0.0904188,-0.108087;RO=0;SAF=22,25,5;SAR=0,3,54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,4.13441e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.000463187,0,0.0245849;OID=.,.,.;OPOS=30091818,30091819,30091819;OREF=AG,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=A,AA,AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.982301,0,0.0176991:22,28,59:113:111,0,2:113:0:53,0,0:58,0,2:0:0:3:0:22,25,5:0,3,54:0:0 chr13 30107067 . G C 964.33 PASS AF=0.77451;AO=78;DP=101;FAO=79;FDP=102;FR=.;FRO=23;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00533519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.22;QD=37.8169;RBI=0.0338337;REFB=0.00043922;REVB=0.0334104;RO=22;SAF=46;SAR=32;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568627;STB=0.533796;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-3.00672e-05;OID=.;OPOS=30107067;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:22:23:78:79:0.77451:32:46:10:12:33:46:10:13 chr13 30781111 . C A 251.15 PASS AF=0.875;AO=21;DP=24;FAO=21;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00249653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.37;QD=41.859;RBI=0.0127937;REFB=-0.00170812;REVB=-0.0125477;RO=3;SAF=7;SAR=14;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083361;STB=0.54541;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=7.2589e-05;OID=.;OPOS=30781111;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:24:24:3:3:21:21:0.875:14:7:2:1:14:7:2:1 chr13 31036681 . A G 676.21 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00468744;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.759;QD=62.903;RBI=0.0127074;REFB=0;REVB=0.0118113;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.3394e-06;OID=.;OPOS=31036681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:41:43:1:15:26:0:0:17:26:0:0 chr13 31287979 . G GTA 594.22 PASS AF=1;AO=36;DP=56;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04737;FXX=0.229119;HRUN=1;LEN=2;MLLD=145.789;QD=64.2399;RBI=0.0948047;REFB=0;REVB=0.0821219;RO=20;SAF=11;SAR=25;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268276;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000721101;OID=.;OPOS=31287980;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=GTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:56:37:37:0:11:26:0:0:3:20:11:25:14:6 chr13 31287981 . G A 128.43 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=55;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.00383864;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1704;QD=9.51317;RBI=0.0240007;REFB=0.00535101;REVB=-0.0236917;RO=37;SAF=13;SAR=4;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.51329;STB=0.802137;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0103041;OID=.;OPOS=31287981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:37:37:17:17:0.314815:4:13:11:26:4:13:11:26 chr13 31531009 . G A 32.61 PASS AF=0.106061;AO=7;DP=66;FAO=7;FDP=66;FR=.;FRO=59;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.0165929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.404;QD=1.97649;RBI=0.0433284;REFB=-0.00353147;REVB=0.0400254;RO=59;SAF=4;SAR=3;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142573;STB=0.510982;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0306297;OID=.;OPOS=31531009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:66:66:59:59:7:7:0.106061:3:4:33:26:3:4:33:26 chr13 31543095 . C T 110.72 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0568632;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4784;QD=34.0679;RBI=0.0625691;REFB=-0.00902088;REVB=0.0261052;RO=2;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29369;STB=0.666323;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00317042;OID=.;OPOS=31543095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:2:9:0:2:2:9:0:2 chr13 31728703 . T C 445.43 PASS AF=0.76;AO=38;DP=51;FAO=38;FDP=50;FR=.;FRO=12;FSAF=33;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.00939518;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.588;QD=35.6341;RBI=0.038678;REFB=-0.0518693;REVB=0.0375196;RO=10;SAF=33;SAR=5;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.027318;STB=0.517928;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0133185;OID=.;OPOS=31728703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:51:50:10:12:38:38:0.76:5:33:9:1:5:33:10:2 chr13 31821240 . C T 866.71 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1581;QD=57.7805;RBI=0.0226232;REFB=0;REVB=-0.017283;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.38925e-05;OID=.;OPOS=31821240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chr13 31821992 . T C 717.07 PASS AF=0.963636;AO=52;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0174063;FXX=0.0350816;HRUN=5;LEN=1;MLLD=98.7284;QD=52.1503;RBI=0.0250144;REFB=0.0226236;REVB=0.017965;RO=1;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159663;STB=0.502442;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.000342056;OID=.;OPOS=31821992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:1:2:52:53:0.963636:29:23:0:1:30:23:1:1 chr13 31891746 . G A 1048.72 PASS AF=0.986111;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00879832;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6094;QD=58.2622;RBI=0.0417788;REFB=-0.0460719;REVB=0.0408419;RO=0;SAF=21;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511625;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.000972649;OID=.;OPOS=31891746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:72:0:1:69:71:0.986111:48:21:0:0:50:21:1:0 chr13 32360547 . A G 547.88 PASS AF=0.746032;AO=46;DP=63;FAO=47;FDP=63;FR=.;FRO=16;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00185783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.95;QD=34.7858;RBI=0.00438065;REFB=0.0040641;REVB=-0.00396718;RO=16;SAF=25;SAR=21;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394637;STB=0.523799;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=-0.00143351;OID=.;OPOS=32360547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:16:16:46:47:0.746032:21:25:10:6:22:25:10:6 chr13 32376718 . A G 303.7 PASS AF=0.806452;AO=25;DP=31;FAO=25;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.086426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7558;QD=39.1873;RBI=0.0887898;REFB=0.00208736;REVB=-0.0203511;RO=6;SAF=14;SAR=11;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139511;STB=0.575775;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.000888258;OID=.;OPOS=32376718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:31:6:6:25:25:0.806452:11:14:1:5:11:14:1:5 chr13 32660137 . T G 749.78 PASS AF=0.852941;AO=58;DP=68;FAO=58;FDP=68;FR=.;FRO=10;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00590423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.911;QD=44.1047;RBI=0.0159874;REFB=-0.00733227;REVB=0.0148572;RO=10;SAF=27;SAR=31;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371368;STB=0.51981;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.00128564;OID=.;OPOS=32660137;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:68:68:10:10:58:58:0.852941:31:27:6:4:31:27:6:4 chr13 32676096 . C T 323.53 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.601;QD=53.9219;RBI=0.0404903;REFB=0;REVB=0.0134775;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.29313e-05;OID=.;OPOS=32676096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:9:14:0:0:10:14:0:0 chr13 32776153 . T C 601.14 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.021201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0811;QD=58.6476;RBI=0.0240957;REFB=0.0245152;REVB=0.0114506;RO=1;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240441;STB=0.512814;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00209806;OID=.;OPOS=32776153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:19:21:0:1:19:21:0:1 chr13 32776616 . T A 767.31 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187135;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.41;QD=56.8376;RBI=0.0187356;REFB=0;REVB=-0.000910208;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.21051e-05;OID=.;OPOS=32776616;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:53:54:1:25:28:0:0:26:28:0:0 chr13 32832149 . T C 768.64 PASS AF=0.810811;AO=59;DP=73;FAO=60;FDP=74;FR=.;FRO=14;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00383826;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.097;QD=41.548;RBI=0.030869;REFB=0.00212525;REVB=0.0306294;RO=14;SAF=21;SAR=38;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553132;STB=0.530602;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.00064798;OID=.;OPOS=32832149;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:73:74:14:14:59:60:0.810811:38:21:7:7:39:21:7:7 chr13 32906729 . A C 462.24 PASS AF=0.871795;AO=34;DP=39;FAO=34;FDP=39;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0074242;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.024;QD=47.4096;RBI=0.00774816;REFB=-0.0324936;REVB=-0.00221703;RO=5;SAF=16;SAR=18;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784386;STB=0.542144;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00416377;OID=.;OPOS=32906729;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:39:39:5:5:34:34:0.871795:18:16:4:1:18:16:4:1 chr13 32913055 . A G 1482.84 PASS AF=1;AO=93;DP=96;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172896;FXX=0.0312467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1384;QD=63.7781;RBI=0.0238048;REFB=0;REVB=-0.0163628;RO=0;SAF=45;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00146256;OID=.;OPOS=32913055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:93:0:0:93:93:1:48:45:0:0:48:45:0:0 chr13 32915005 . G C,T 767.13 PASS AF=0.959184,0.0408163;AO=47,2;DP=49;FAO=47,2;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=32,1;FSAR=15,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00561362,-0.00554156;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.1284,140.04;QD=62.6225;RBI=0.00597988,0.00749003;REFB=0,0;REVB=0.00206064,0.00503902;RO=0;SAF=32,1;SAR=15,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000681314,0.0969828;OID=.,.;OPOS=32915005,32915005;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:49:49:0:0:47,2:47,2:0.959184,0.0408163:15,1:32,1:0:0:15,1:32,1:0:0 chr13 32915110 . A G 57.41 PASS AF=0.130435;AO=12;DP=92;FAO=12;FDP=92;FR=.;FRO=80;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.0182179;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.048;QD=2.49621;RBI=0.0182223;REFB=-0.00264006;REVB=0.0004016;RO=80;SAF=5;SAR=7;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117701;STB=0.583195;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0209465;OID=.;OPOS=32915110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:92:92:80:80:12:12:0.130435:7:5:41:39:7:5:41:39 chr13 32976608 . A G 238.91 PASS AF=0.229299;AO=31;DP=159;FAO=36;FDP=157;FR=.,HEALED;FRO=118;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=69;FSRR=49;FWDB=0.0671736;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8964;QD=6.08699;RBI=0.0677171;REFB=0.00621265;REVB=0.0085623;RO=97;SAF=21;SAR=10;SRF=59;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094289;STB=0.591896;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.0369533;OID=.;OPOS=32976608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:157:97:118:31:36:0.229299:10:21:59:38:11:25:69:49 chr13 32976645 . T A 46.27 PASS AF=0.136364;AO=9;DP=70;FAO=9;FDP=66;FR=.;FRO=57;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0135429;FXX=0.0571347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.104;QD=2.80429;RBI=0.0145817;REFB=-0.000659014;REVB=-0.00540514;RO=61;SAF=4;SAR=5;SRF=28;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177568;STB=0.520503;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00389339;OID=.;OPOS=32976645;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:70:66:61:57:9:9:0.136364:5:4:28:33:5:4:24:33 chr13 32976648 . G C 55.19 PASS AF=0.15873;AO=10;DP=62;FAO=10;FDP=63;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=-0.00091413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0811;QD=3.50415;RBI=0.0232945;REFB=-0.00440449;REVB=-0.0232766;RO=51;SAF=4;SAR=6;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150188;STB=0.529353;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0259868;OID=.;OPOS=32976648;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:62:63:51:53:10:10:0.15873:6:4:21:30:6:4:23:30 chr13 32994533 . T C 763.81 PASS AF=0.842857;AO=60;DP=72;FAO=59;FDP=70;FR=.;FRO=11;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00441359;FXX=0.0277739;HRUN=6;LEN=1;MLLD=298.191;QD=43.646;RBI=0.00513068;REFB=-0.000950245;REVB=-0.00261612;RO=11;SAF=30;SAR=30;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395966;STB=0.52011;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=9.4413e-05;OID=.;OPOS=32994533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:72:70:11:11:60:59:0.842857:30:30:4:7:30:29:4:7 chr13 33017043 . T C 551.2 PASS AF=0.746032;AO=47;DP=64;FAO=47;FDP=63;FR=.;FRO=16;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0515339;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1422;QD=34.9969;RBI=0.0528476;REFB=0.00200254;REVB=0.01171;RO=14;SAF=32;SAR=15;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165222;STB=0.516122;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=-0.000490029;OID=.;OPOS=33017043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:14:16:47:47:0.746032:15:32:10:4:15:32:10:6 chr13 33261338 . C A 58.88 PASS AF=0.115702;AO=15;DP=120;FAO=14;FDP=121;FR=.;FRO=107;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=55;FSRR=52;FWDB=-0.0518219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.926;QD=1.94638;RBI=0.0541016;REFB=-0.00480428;REVB=-0.0155393;RO=103;SAF=4;SAR=11;SRF=54;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320355;STB=0.703763;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.030353;OID=.;OPOS=33261338;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:120:121:103:107:15:14:0.115702:11:4:54:49:10:4:55:52 chr13 33590850 . AT AC,GC 317.6 PASS AF=0.916667,0.0833333;AO=19,2;DP=24;FAO=22,2;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=14,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125259,-0.00121603;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=98.3248,61.925;QD=52.9332;RBI=0.0781655,0.0466577;REFB=0,0;REVB=-0.0771553,-0.0466419;RO=0;SAF=8,0;SAR=11,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.41338e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00502779,0.0973512;OID=.,.;OPOS=33590851,33590850;OREF=T,AT;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:24:24:0:0:19,2:22,2:0.916667,0.0833333:11,2:8,0:0:0:14,2:8,0:0:0 chr13 33635463 . T C 891.23 PASS AF=0.721649;AO=70;DP=100;FAO=70;FDP=97;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=51;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0289552;FXX=0.029997;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.956;QD=36.7515;RBI=0.0326431;REFB=-0.0155843;REVB=0.0150721;RO=28;SAF=19;SAR=51;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100091;STB=0.54583;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00575267;OID=.;OPOS=33635463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:97:28:27:70:70:0.721649:51:19:12:16:51:19:11:16 chr13 33635835 . T C 740.26 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307004;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.233;QD=56.9432;RBI=0.034701;REFB=0;REVB=0.0161754;RO=0;SAF=17;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.31071e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.77662e-05;OID=.;OPOS=33635835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:35:17:0:0:35:17:0:0 chr13 33700374 . T G 283.81 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0621998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.169;QD=43.6637;RBI=0.0691998;REFB=0.0499736;REVB=0.0303281;RO=3;SAF=6;SAR=17;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105403;STB=0.557325;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00263005;OID=.;OPOS=33700374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:26:3:3:23:23:0.884615:17:6:2:1:17:6:2:1 chr13 33703656 . T C 1419.89 PASS AF=0.98913;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=92;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0105764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.098;QD=61.7343;RBI=0.0171296;REFB=-0.0961325;REVB=0.0134744;RO=1;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0099791;STB=0.505262;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=9.14289e-05;OID=.;OPOS=33703656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:92:1:1:91:91:0.98913:47:44:0:1:47:44:0:1 chr13 33704065 . T C 64.34 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0538361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4748;QD=23.3976;RBI=0.163111;REFB=0.0251171;REVB=0.15397;RO=3;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176687;STB=0.59978;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.00207278;OID=.;OPOS=33704065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:2:6:3:0:2:6:3:0 chr13 34013847 . G C 239.48 PASS AF=0.777778;AO=21;DP=27;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0211339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6999;QD=35.4789;RBI=0.0222852;REFB=-0.0266576;REVB=0.00707034;RO=6;SAF=9;SAR=12;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110662;STB=0.560384;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.00829523;OID=.;OPOS=34013847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:6:6:21:21:0.777778:12:9:1:5:12:9:1:5 chr13 36639771 . A C 79.87 PASS AF=0.25;AO=12;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=28;FWDB=0.00287973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5384;QD=7.26129;RBI=0.0126129;REFB=-0.00870967;REVB=0.0122797;RO=32;SAF=1;SAR=11;SRF=5;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2106;STB=0.612007;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0356144;OID=.;OPOS=36639771;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:44:44:32:33:12:11:0.25:11:1:5:27:10:1:5:28 chr13 36686138 . T C 152.84 PASS AF=0.219298;AO=25;DP=114;FAO=25;FDP=114;FR=.;FRO=89;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=53;FSRR=36;FWDB=-0.0335174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.443;QD=5.36268;RBI=0.0338057;REFB=-0.00518081;REVB=-0.00440559;RO=83;SAF=17;SAR=8;SRF=49;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121116;STB=0.571806;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0417873;OID=.;OPOS=36686138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:83:89:25:25:0.219298:8:17:49:34:8:17:53:36 chr13 36744757 . G A 1496.57 PASS AF=0.846154;AO=110;DP=131;FAO=110;FDP=130;FR=.;FRO=20;FSAF=46;FSAR=64;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0186144;FXX=0.0151504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.441;QD=46.0483;RBI=0.042287;REFB=-0.0445316;REVB=0.0379697;RO=18;SAF=46;SAR=64;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0385415;STB=0.518794;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0073538;OID=.;OPOS=36744757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:131:130:18:20:110:110:0.846154:64:46:5:13:64:46:6:14 chr13 36744910 . C T 803.79 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0225221;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.452;QD=57.4132;RBI=0.0231493;REFB=0;REVB=-0.00535181;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000109753;OID=.;OPOS=36744910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr13 36801415 . C T 109.36 PASS AF=0.165354;AO=21;DP=127;FAO=21;FDP=127;FR=.;FRO=106;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=51;FSRR=55;FWDB=0.0212669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.655;QD=3.44434;RBI=0.0214524;REFB=-0.00333064;REVB=0.00281515;RO=106;SAF=14;SAR=7;SRF=51;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23721;STB=0.655935;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0205317;OID=.;OPOS=36801415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:106:106:21:21:0.165354:7:14:51:55:7:14:51:55 chr13 36828237 . T C 64.82 PASS AF=0.139785;AO=13;DP=93;FAO=13;FDP=93;FR=.;FRO=80;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=49;FWDB=0.0572591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2179;QD=2.78782;RBI=0.134485;REFB=0.00346313;REVB=0.121687;RO=80;SAF=8;SAR=5;SRF=31;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277139;STB=0.688722;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.0113853;OID=.;OPOS=36828237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:93:93:80:80:13:13:0.139785:5:8:31:49:5:8:31:49 chr13 36855375 . C T 71.2 PASS AF=0.2;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.00321709;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.0371;QD=5.17842;RBI=0.00372948;REFB=0.0191432;REVB=-0.00188663;RO=42;SAF=7;SAR=4;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227336;STB=0.519399;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=-0.0771419;OID=.;OPOS=36855375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:55:55:42:44:11:11:0.2:4:7:26:16:4:7:27:17 chr13 36855405 . A G 60.31 PASS AF=0.195652;AO=9;DP=46;FAO=9;FDP=46;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.00483689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.567;QD=5.24443;RBI=0.0314999;REFB=0.000185549;REVB=-0.0311263;RO=36;SAF=4;SAR=5;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201229;STB=0.639515;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=-0.00106118;OID=.;OPOS=36855405;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:46:46:36:37:9:9:0.195652:5:4:22:14:5:4:23:14 chr13 36939688 . C T 885.36 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0292313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.6672;QD=58.0566;RBI=0.038451;REFB=0;REVB=-0.0249803;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000398473;OID=.;OPOS=36939688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr13 36939758 . A G 1536.69 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00971903;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.509;QD=64.0287;RBI=0.0141916;REFB=0;REVB=0.0103413;RO=0;SAF=48;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217719;OID=.;OPOS=36939758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:48:48:0:0:48:48:0:0 chr13 37269675 . C A 738.08 PASS AF=0.880597;AO=54;DP=63;FAO=59;FDP=67;FR=.;FRO=8;FSAF=22;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0793354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5823;QD=44.0647;RBI=0.0804889;REFB=0.00807294;REVB=0.0135783;RO=8;SAF=19;SAR=35;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387695;STB=0.516089;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0105524;OID=.;OPOS=37269675;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:63:67:8:8:54:59:0.880597:35:19:4:4:37:22:4:4 chr13 37269835 . G A 961.79 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=68;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.020748;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.611;QD=57.4201;RBI=0.0211272;REFB=-0.0900956;REVB=0.00398471;RO=1;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160134;STB=0.508472;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00259038;OID=.;OPOS=37269835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:67:1:1:66:66:0.985075:29:37:0:1:29:37:0:1 chr13 37271428 . GCACACACACACACACACAT GCACACACACACACACAT,GCACACACACACACACATAA 116.91 PASS AF=0.909091,0.0909091;AO=8,3;DP=14;FAO=10,1;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0;FSAR=9,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.062947,0.0339424;FXX=0.0832639;HRUN=1,1;LEN=2,3;MLLD=122.711,97.0312;QD=42.5132;RBI=0.126489,0.0799187;REFB=0,0;REVB=0.109714,0.0723527;RO=0;SAF=1,0;SAR=7,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.78849e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0170048,0.0968523;OID=.,.;OPOS=37271429,37271445;OREF=CA,CAT;OALT=-,TAA;OMAPALT=GCACACACACACACACAT,GCACACACACACACACATAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.909091,0.0909091:8,3:14:10,1:11:0:1,0:9,1:0:0:6:0:1,0:7,3:0:0 chr13 37372429 . T C 176.84 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00566969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4667;QD=39.2978;RBI=0.0131436;REFB=-0.0287762;REVB=0.0118578;RO=1;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481057;STB=0.549939;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0322922;OID=.;OPOS=37372429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:18:1:2:16:16:0.888889:9:7:0:1:9:7:0:2 chr13 37580139 . G A 47.93 PASS AF=0.142857;AO=9;DP=63;FAO=9;FDP=63;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0300368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.569;QD=3.04338;RBI=0.0308906;REFB=0.000368907;REVB=-0.00721232;RO=52;SAF=7;SAR=2;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.460449;STB=0.803412;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00534833;OID=.;OPOS=37580139;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:63:63:52:54:9:9:0.142857:2:7:20:32:2:7:22:32 chr13 37583831 . G A 41.69 PASS AF=0.170732;AO=7;DP=41;FAO=7;FDP=41;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.0160358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.697;QD=4.06717;RBI=0.0164918;REFB=-0.00634089;REVB=-0.00385127;RO=32;SAF=2;SAR=5;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00660187;STB=0.537081;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0217042;OID=.;OPOS=37583831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:41:41:32:34:7:7:0.170732:5:2:9:23:5:2:11:23 chr13 37600388 . GA GAA,G 31.77 PASS AF=0,0.458333;AO=3,7;DP=22;FAO=0,11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=0,3;FSAR=0,8;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.100203,0.0894511;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.89484,7.16232;QD=5.29554;RBI=0.160521,0.155057;REFB=0.0564979,-0.0654464;REVB=-0.125404,0.126654;RO=11;SAF=0,2;SAR=3,5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.630413,-0.184599;STB=0.5,0.571292;STBP=1,0.599;TYPE=ins,del;VARB=0.0279051,0.120217;OID=.,.;OPOS=37600389,37600389;OREF=-,A;OALT=A,-;OMAPALT=GAA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.458333:3,7:22:0,11:24:13:0,3:0,8:5:8:31:11:0,2:3,5:5:6 chr13 37625601 . T C 358.05 PASS AF=1;AO=22;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00979943;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.512;QD=55.0848;RBI=0.016112;REFB=0;REVB=-0.0127894;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.59247e-05;OID=.;OPOS=37625601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:22:26:1:13:9:0:0:13:13:0:0 chr13 37679268 . G T 123.02 PASS AF=0.306122;AO=14;DP=48;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.0202511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5453;QD=10.0424;RBI=0.0320751;REFB=0.00334311;REVB=0.0248738;RO=34;SAF=10;SAR=4;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127993;STB=0.593519;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=-0.00383603;OID=.;OPOS=37679268;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:34:34:14:15:0.306122:4:10:21:13:4:11:21:13 chr13 37679535 . G C 61.45 PASS AF=0.178571;AO=10;DP=56;FAO=10;FDP=56;FR=.;FRO=46;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.00324111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.32;QD=4.38939;RBI=0.0323327;REFB=-0.0090415;REVB=-0.0321698;RO=46;SAF=7;SAR=3;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251911;STB=0.668772;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0516321;OID=.;OPOS=37679535;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:56:56:46:46:10:10:0.178571:3:7:23:23:3:7:23:23 chr13 37679640 . G T 93.37 PASS AF=0.241379;AO=14;DP=58;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.0217289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.54;QD=6.43946;RBI=0.0270562;REFB=-0.0128212;REVB=-0.0161212;RO=44;SAF=7;SAR=7;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276912;STB=0.517217;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0573891;OID=.;OPOS=37679640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:58:58:44:44:14:14:0.241379:7:7:21:23:7:7:21:23 chr13 38138689 . C T 563.97 PASS AF=0.690141;AO=49;DP=72;FAO=49;FDP=71;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.0103516;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.85;QD=31.773;RBI=0.0103547;REFB=-0.0223233;REVB=-0.000252985;RO=21;SAF=22;SAR=27;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120466;STB=0.557956;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0127121;OID=.;OPOS=38138689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:21:22:49:49:0.690141:27:22:14:7:27:22:14:8 chr13 38357471 . G A 411.3 PASS AF=0.685185;AO=37;DP=55;FAO=37;FDP=54;FR=.;FRO=17;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.00527675;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.252;QD=30.4668;RBI=0.00592316;REFB=-0.0358606;REVB=-0.00269067;RO=17;SAF=19;SAR=18;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126748;STB=0.568826;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0191473;OID=.;OPOS=38357471;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:17:17:37:37:0.685185:18:19:5:12:18:19:5:12 chr13 38924083 . A T 1732.79 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0365541;FXX=0.0086949;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.943;QD=60.7996;RBI=0.0482328;REFB=0;REVB=0.0314675;RO=0;SAF=68;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.42864e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000156982;OID=.;OPOS=38924083;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:113:114:1:45:68:0:0:45:69:0:0 chr13 38924263 . T C 981.9 PASS AF=0.958904;AO=67;DP=70;FAO=70;FDP=73;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.000509543;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.1196;QD=53.8026;RBI=0.0144463;REFB=0.050067;REVB=0.0144373;RO=3;SAF=38;SAR=29;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358548;STB=0.518513;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.00196763;OID=.;OPOS=38924263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:70:73:3:3:67:70:0.958904:29:38:3:0:31:39:3:0 chr13 39262057 . G A 739.54 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.851;QD=56.8874;RBI=0.0152197;REFB=0;REVB=-0.000113015;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35943e-05;OID=.;OPOS=39262057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:52:0:0:50:52:1:31:19:0:0:31:21:0:0 chr13 39262435 . C G 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00652184;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.715;QD=26.3412;RBI=0.0120718;REFB=-0.00620784;REVB=0.0101584;RO=5;SAF=7;SAR=12;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0917848;STB=0.501885;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00354371;OID=.;OPOS=39262435;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:5:11:19:19:0.633333:12:7:3:2:12:7:4:7 chr13 39264690 . T C 396.83 PASS AF=0.794872;AO=31;DP=39;FAO=31;FDP=39;FR=.;FRO=8;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.000350771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.15;QD=40.7001;RBI=0.00612979;REFB=-0.0259466;REVB=0.00611975;RO=7;SAF=18;SAR=13;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471785;STB=0.509364;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00644465;OID=.;OPOS=39264690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:7:8:31:31:0.794872:13:18:5:2:13:18:5:3 chr13 39343822 . C T 51.19 PASS AF=0.152542;AO=9;DP=59;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.00453578;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5736;QD=3.47074;RBI=0.0594037;REFB=-0.00470909;REVB=0.0592302;RO=50;SAF=5;SAR=4;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556803;STB=0.538377;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0300881;OID=.;OPOS=39343822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:59:59:50:50:9:9:0.152542:4:5:30:20:4:5:30:20 chr13 39430313 . A AT 736.68 PASS AF=1;AO=9;DP=77;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634929;FXX=0.0506265;HRUN=0;LEN=1;MLLD=164.898;QD=39.2894;RBI=0.078837;REFB=0;REVB=0.0467325;RO=68;SAF=2;SAR=7;SRF=51;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.575437;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00333461;OID=.;OPOS=39430314;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:77:75:75:0:53:22:0:0:15:68:2:7:51:17 chr13 39430314 . C G,T 1149.14 PASS AF=0.1125,0.875;AO=7,69;DP=78;FAO=9,70;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=0,53;FSAR=9,17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00459656,0.00809874;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=58.734,202.329;QD=57.4568;RBI=0.0096943,0.0352682;REFB=-0.06094,-0.00697221;REVB=0.00853529,0.0343257;RO=1;SAF=0,53;SAR=7,16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.794046,-0.00883766;STB=0.997961,0.504672;STBP=0.037,0.653;TYPE=snp,snp;VARB=0.0358083,0.000995381;OID=.,.;OPOS=39430314,39430314;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:37:78:80:1:1:7,69:9,70:0.1125,0.875:7,16:0,53:1:0:9,17:0,53:1:0 chr13 39455266 . G A 632.52 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0065083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.913;QD=61.7096;RBI=0.0282049;REFB=0;REVB=0.0274437;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.36087e-05;OID=.;OPOS=39455266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:20:20:0:0:21:20:0:0 chr13 39540589 . TC T 348.73 PASS AF=0.5625;AO=33;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.0168966;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.861;QD=21.7954;RBI=0.0260089;REFB=-0.0291422;REVB=-0.0197729;RO=28;SAF=20;SAR=13;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316248;STB=0.680952;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=0.0202833;OID=.;OPOS=39540590;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5625:33:64:36:64:28:23:13:6:22:99:28:20:13:6:22 chr13 39584373 . G C 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0306153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6146;QD=3.53992;RBI=0.0680937;REFB=-0.00211185;REVB=-0.0608232;RO=32;SAF=5;SAR=1;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332144;STB=0.743762;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.000958144;OID=.;OPOS=39584373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:32:32:6:6:0.157895:1:5:19:13:1:5:19:13 chr13 39586343 . G C 1123.53 PASS AF=0.84375;AO=81;DP=96;FAO=81;FDP=96;FR=.;FRO=15;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0215264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.374;QD=46.8139;RBI=0.0524172;REFB=0.0289216;REVB=0.047793;RO=15;SAF=31;SAR=50;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259172;STB=0.513788;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.00298509;OID=.;OPOS=39586343;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:96:96:15:15:81:81:0.84375:50:31:7:8:50:31:7:8 chr13 39587166 . A G 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.243;QD=21.1677;RBI=0.00548724;REFB=-0.0584537;REVB=-0.00548724;RO=3;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0309097;OID=.;OPOS=39587166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:7:0:0:3:7:0:0:3 chr13 39587677 . A G 69.25 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.1775;QD=30.776;RBI=0.00245933;REFB=-0.0413419;REVB=-0.00245933;RO=1;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00757737;OID=.;OPOS=39587677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:8:0:0:1:8:0:0:1 chr13 39587865 . A C 185.06 PASS AF=0.75;AO=17;DP=24;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0231327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.046;QD=30.8433;RBI=0.0249036;REFB=-0.0566756;REVB=0.00922322;RO=6;SAF=3;SAR=14;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115794;STB=0.5681;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0126278;OID=.;OPOS=39587865;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:24:24:6:6:17:18:0.75:14:3:2:4:15:3:2:4 chr13 39587889 . T C 267.99 PASS AF=0.766667;AO=23;DP=30;FAO=23;FDP=30;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.00747901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.633;QD=35.7321;RBI=0.00748957;REFB=-0.0442919;REVB=-0.000397568;RO=7;SAF=5;SAR=18;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121801;STB=0.566867;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00945971;OID=.;OPOS=39587889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:7:7:23:23:0.766667:18:5:3:4:18:5:3:4 chr13 40298622 . T C 87.96 PASS AF=0.647059;AO=4;DP=10;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.00577045;FXX=0;HRUN=18;LEN=1;MLLD=119.926;QD=20.6962;RBI=0.0113458;REFB=0.0144761;REVB=-0.00976876;RO=6;SAF=3;SAR=1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388047;STB=0.805752;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.000194948;OID=.;OPOS=40298622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:10:17:6:6:4:11:0.647059:1:3:2:4:1:10:2:4 chr13 40298623 . T C 50.28 PASS AF=0.470588;AO=5;DP=14;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00228162;FXX=0;HRUN=18;LEN=1;MLLD=86.7366;QD=11.8295;RBI=0.00441077;REFB=0.000293821;REVB=-0.00377479;RO=9;SAF=4;SAR=1;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.291052;STB=0.743945;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.000186454;OID=.;OPOS=40298623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:14:17:9:9:5:8:0.470588:1:4:5:4:1:7:5:4 chr13 41323397 . C T 603.38 PASS AF=0.646341;AO=53;DP=82;FAO=53;FDP=82;FR=.;FRO=29;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0224331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.3209;QD=29.4329;RBI=0.0279571;REFB=0.00965961;REVB=0.016684;RO=29;SAF=21;SAR=32;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119264;STB=0.506472;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.00516018;OID=.;OPOS=41323397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:29:29:53:53:0.646341:32:21:12:17:32:21:12:17 chr13 41634954 . G A 583.09 PASS AF=0.87234;AO=41;DP=47;FAO=41;FDP=47;FR=.;FRO=6;FSAF=28;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00329427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.121;QD=49.6247;RBI=0.0173605;REFB=0.00364073;REVB=-0.0170451;RO=6;SAF=28;SAR=13;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0925097;STB=0.549629;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.000299247;OID=.;OPOS=41634954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:6:6:41:41:0.87234:13:28:2:4:13:28:2:4 chr13 41705495 . A G 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.023953;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.561;QD=53.3624;RBI=0.0369439;REFB=0.00417112;REVB=0.0281266;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521724;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=6.27158e-05;OID=.;OPOS=41705495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:11:18:0:0:11:18:0:1 chr13 41706800 . A G 711.02 PASS AF=0.980769;AO=49;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00950989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.814;QD=54.694;RBI=0.0169369;REFB=-0.0784078;REVB=0.014015;RO=1;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017757;STB=0.508768;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00026551;OID=.;OPOS=41706800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:49:51:0.980769:26:23:0:1:28:23:0:1 chr13 41834744 . C T 96.71 PASS AF=0.205128;AO=16;DP=78;FAO=16;FDP=78;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=-0.0168025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.705;QD=4.95958;RBI=0.0255645;REFB=-0.00914149;REVB=-0.0192671;RO=62;SAF=10;SAR=6;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271641;STB=0.51722;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.039828;OID=.;OPOS=41834744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:78:78:62:62:16:16:0.205128:6:10:40:22:6:10:40:22 chr13 41897192 . G T 45.79 PASS AF=0.163636;AO=8;DP=54;FAO=9;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.0684365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0602;QD=3.32991;RBI=0.0693431;REFB=-0.00502728;REVB=0.0111764;RO=43;SAF=3;SAR=5;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166411;STB=0.546455;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.172402;OID=.;OPOS=41897192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:54:55:43:46:8:9:0.163636:5:3:22:21:5:4:23:23 chr13 41902939 . T C 539.74 PASS AF=0.948718;AO=27;DP=40;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0386018;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.6542;QD=55.3583;RBI=0.0543648;REFB=0.0322779;REVB=0.038281;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.510199;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.000617185;OID=.;OPOS=41902939;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:39:0:2:27:37:0.948718:11:16:0:0:12:25:1:1 chr13 42032572 . T C 293.35 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0702751;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.888;QD=53.3366;RBI=0.0712152;REFB=0;REVB=0.0115329;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000433111;OID=.;OPOS=42032572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr13 42273366 . G A 102.1 PASS AF=0.231884;AO=16;DP=68;FAO=16;FDP=69;FR=.;FRO=53;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.00351641;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.445;QD=5.91904;RBI=0.0116051;REFB=-0.00443309;REVB=-0.0110595;RO=52;SAF=9;SAR=7;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771119;STB=0.540932;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0149225;OID=.;OPOS=42273366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:52:53:16:16:0.231884:7:9:26:26:7:9:27:26 chr13 42381889 . T C 439.01 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00606676;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.495;QD=54.8766;RBI=0.00607163;REFB=-0.102721;REVB=-0.000243084;RO=1;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0372894;STB=0.519987;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00245591;OID=.;OPOS=42381889;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:32:1:1:31:31:0.96875:12:19:0:1:12:19:0:1 chr13 42772717 . G T 54.81 PASS AF=0.166667;AO=9;DP=55;FAO=9;FDP=54;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0178806;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.739;QD=4.05973;RBI=0.0181326;REFB=-0.000203607;REVB=0.00301282;RO=45;SAF=3;SAR=6;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115072;STB=0.578767;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.000877864;OID=.;OPOS=42772717;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:54:45:45:9:9:0.166667:6:3:19:26:6:3:19:26 chr13 42793479 . G A 753.46 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0258693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.369;QD=61.507;RBI=0.0798253;REFB=-0.149242;REVB=0.0755173;RO=1;SAF=27;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171015;STB=0.509087;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00536228;OID=.;OPOS=42793479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:49:1:1:47:48:0.979592:20:27:1:0:21:27:1:0 chr13 42803263 . T C 36.19 PASS AF=0.0967742;AO=9;DP=93;FAO=9;FDP=93;FR=.;FRO=84;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=-0.0168876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3621;QD=1.5564;RBI=0.0316935;REFB=-0.00381699;REVB=-0.0268195;RO=84;SAF=8;SAR=1;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434221;STB=0.851588;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0419265;OID=.;OPOS=42803263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:93:93:84:84:9:9:0.0967742:1:8:46:38:1:8:46:38 chr13 42803341 . T C 1541.02 PASS AF=0.955357;AO=106;DP=112;FAO=107;FDP=112;FR=.;FRO=5;FSAF=52;FSAR=55;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00188177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7986;QD=55.0365;RBI=0.0156694;REFB=-0.0314109;REVB=0.015556;RO=4;SAF=51;SAR=55;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00130268;STB=0.503842;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00315062;OID=.;OPOS=42803341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:112:112:4:5:106:107:0.955357:55:51:2:2:55:52:2:3 chr13 42872719 . A G 490.11 PASS AF=0.803922;AO=41;DP=51;FAO=41;FDP=51;FR=.;FRO=10;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0194402;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.435;QD=38.4403;RBI=0.0362868;REFB=-0.026684;REVB=-0.03064;RO=10;SAF=23;SAR=18;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0953287;STB=0.551269;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.00313773;OID=.;OPOS=42872719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:51:51:10:10:41:41:0.803922:18:23:3:7:18:23:3:7 chr13 42872779 . C T 673.6 PASS AF=0.774648;AO=54;DP=70;FAO=55;FDP=71;FR=.;FRO=16;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.016585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.264;QD=37.9492;RBI=0.0179752;REFB=-0.0192768;REVB=-0.00693152;RO=16;SAF=30;SAR=24;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770963;STB=0.542724;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00381094;OID=.;OPOS=42872779;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:16:16:54:55:0.774648:24:30:6:10:24:31:6:10 chr13 42875044 . C G 614.67 PASS AF=0.819672;AO=50;DP=61;FAO=50;FDP=61;FR=.;FRO=11;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.00414157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.271;QD=40.3059;RBI=0.00492372;REFB=-0.0195091;REVB=-0.00266278;RO=11;SAF=31;SAR=19;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12008;STB=0.56437;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0047417;OID=.;OPOS=42875044;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:61:61:11:11:50:50:0.819672:19:31:3:8:19:31:3:8 chr13 42877265 . G C 427.44 PASS AF=0.785714;AO=33;DP=42;FAO=33;FDP=42;FR=.;FRO=9;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.00832143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.387;QD=40.7083;RBI=0.0284936;REFB=-0.0421572;REVB=-0.0272514;RO=9;SAF=25;SAR=8;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0739751;STB=0.539854;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0179452;OID=.;OPOS=42877265;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:42:42:9:9:33:33:0.785714:8:25:8:1:8:25:8:1 chr13 42882620 . C T 166.61 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=21;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0239768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.305;QD=31.7354;RBI=0.0269896;REFB=-0.0169401;REVB=-0.0123916;RO=5;SAF=11;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429424;STB=0.523779;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00621997;OID=.;OPOS=42882620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:21:21:5:5:16:16:0.761905:5:11:3:2:5:11:3:2 chr13 43469157 . G A 33.05 PASS AF=0.107692;AO=7;DP=65;FAO=7;FDP=65;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0353128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.354;QD=2.03376;RBI=0.0551129;REFB=-0.00515557;REVB=0.0423135;RO=58;SAF=5;SAR=2;SRF=30;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234309;STB=0.681285;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0595808;OID=.;OPOS=43469157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:65:65:58:58:7:7:0.107692:2:5:30:28:2:5:30:28 chr13 43469211 . G A 39.76 PASS AF=0.111111;AO=9;DP=79;FAO=9;FDP=81;FR=.;FRO=72;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=36;FSRR=36;FWDB=-0.00762115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.373;QD=1.96325;RBI=0.0140339;REFB=-0.00098535;REVB=-0.0117843;RO=70;SAF=6;SAR=3;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184241;STB=0.649663;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00751222;OID=.;OPOS=43469211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:79:81:70:72:9:9:0.111111:3:6:36:34:3:6:36:36 chr13 43788158 . G A 889.06 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323297;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.83;QD=58.299;RBI=0.0406545;REFB=0;REVB=0.0246491;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138044;OID=.;OPOS=43788158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:26:35:0:0:26:35:0:0 chr13 44411432 . A G 1523.09 PASS AF=0.990385;AO=103;DP=104;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0110592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.767;QD=58.5803;RBI=0.0350619;REFB=-0.0752279;REVB=0.0332721;RO=1;SAF=73;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155515;STB=0.508195;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000426606;OID=.;OPOS=44411432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:104:104:1:1:103:103:0.990385:30:73:0:1:30:73:0:1 chr13 44455410 . GA G 43.86 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.221688;FXX=0.0444346;HRUN=7;LEN=1;MLLD=9.77773;QD=4.08025;RBI=0.235019;REFB=-0.0164098;REVB=0.0780261;RO=24;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387792;STB=0.517026;STBP=0.884;TYPE=del;VARB=0.0183126;OID=.;OPOS=44455411;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.395349:17:45:17:43:26:7:10:10:16:43:24:7:10:9:15 chr13 44457925 . A G 1456.14 PASS AF=0.989247;AO=93;DP=96;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.071365;FXX=0.0412329;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.639;QD=62.6295;RBI=0.0766907;REFB=0.0100552;REVB=0.0280801;RO=0;SAF=44;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84593e-08;STB=0.505746;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.000280076;OID=.;OPOS=44457925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:96:93:0:1:93:92:0.989247:49:44:0:0:49:43:1:0 chr13 45563464 . G C 1877.87 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.102;QD=61.5694;RBI=0.0407906;REFB=0;REVB=0.0387864;RO=0;SAF=55;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82362e-05;OID=.;OPOS=45563464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:122:122:1:67:55:0:0:67:55:0:0 chr13 45580336 . GA G 31.94 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.00567842;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.5077;QD=5.32355;RBI=0.1672;REFB=-0.0466782;REVB=0.167103;RO=16;SAF=5;SAR=2;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146322;STB=0.64255;STBP=0.437;TYPE=del;VARB=0.130554;OID=.;OPOS=45580337;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:7:24:8:24:16:5:3:13:3:31:16:5:2:13:3 chr13 45635002 . G T 235.73 PASS AF=0.75;AO=20;DP=27;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0190911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5858;QD=33.6752;RBI=0.0202147;REFB=0.00460674;REVB=0.00664571;RO=7;SAF=7;SAR=13;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401159;STB=0.512533;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=-0.000200509;OID=.;OPOS=45635002;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:27:28:7:7:20:21:0.75:13:7:3:4:13:8:3:4 chr13 46039407 . G T 246.54 PASS AF=0.952381;AO=15;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0382018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.9;QD=46.9599;RBI=0.0409367;REFB=-0.0265104;REVB=0.0147117;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.521717;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0035222;OID=.;OPOS=46039407;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:0:1:15:20:0.952381:11:4:0:0:11:9:0:1 chr13 46077381 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00241371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.851;QD=42.1827;RBI=0.0212847;REFB=0;REVB=0.0211474;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183538;OID=.;OPOS=46077381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr13 46103935 . A G 659.27 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0301362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.696;QD=58.6015;RBI=0.100353;REFB=-0.164602;REVB=0.0957214;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.508471;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00291011;OID=.;OPOS=46103935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:45:0:1:43:44:0.977778:28:15:0:0:29:15:0:1 chr13 46108853 . TG AG,CA 1067.12 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=3,69;DP=74;FAO=3,69;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=1,31;FSAR=2,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109261,0.00449701;FXX=0.0270234;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=48.9177,204.86;QD=59.2846;RBI=0.0144407,0.0112596;REFB=0,0;REVB=-0.00944219,-0.0103226;RO=0;SAF=1,31;SAR=2,38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0447993,0.000213039;OID=.,.;OPOS=46108853,46108853;OREF=T,TG;OALT=A,CA;OMAPALT=AG,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:74:72:0:0:3,69:3,69:0.0416667,0.958333:2,38:1,31:0:0:2,38:1,31:0:0 chr13 46115731 . C A 995.42 PASS AF=0.860465;AO=70;DP=81;FAO=74;FDP=86;FR=.;FRO=12;FSAF=38;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00434056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8925;QD=46.2986;RBI=0.0828161;REFB=-0.0268493;REVB=0.0827023;RO=11;SAF=34;SAR=36;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312172;STB=0.51351;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00485403;OID=.;OPOS=46115731;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:81:86:11:12:70:74:0.860465:36:34:4:7:36:38:5:7 chr13 46137837 . T C 1660.53 PASS AF=1;AO=110;DP=115;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195607;FXX=0.0347796;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.782;QD=59.8389;RBI=0.0518316;REFB=-0.10746;REVB=0.0479989;RO=0;SAF=44;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000428124;OID=.;OPOS=46137837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:115:111:0:0:110:111:1:66:44:0:0:67:44:0:0 chr13 46154749 . A G 64.8 PASS AF=0.126126;AO=14;DP=111;FAO=14;FDP=111;FR=.;FRO=97;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=53;FSRR=44;FWDB=-0.0125649;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.537;QD=2.33512;RBI=0.0184912;REFB=-0.0083721;REVB=-0.0135665;RO=95;SAF=5;SAR=9;SRF=52;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232823;STB=0.663049;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.057856;OID=.;OPOS=46154749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:111:111:95:97:14:14:0.126126:9:5:52:43:9:5:53:44 chr13 46355296 . G T 1027.52 PASS AF=0.817204;AO=76;DP=93;FAO=76;FDP=93;FR=.;FRO=17;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0153644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.323;QD=44.1944;RBI=0.0225663;REFB=-0.0277007;REVB=-0.016528;RO=17;SAF=40;SAR=36;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0392966;STB=0.520946;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0034799;OID=.;OPOS=46355296;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:93:93:17:17:76:76:0.817204:36:40:7:10:36:40:7:10 chr13 46541673 . T A 527.26 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0193917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.607;QD=57.0008;RBI=0.0330766;REFB=-0.124223;REVB=0.0267959;RO=1;SAF=26;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176666;STB=0.509429;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.000318814;OID=.;OPOS=46541673;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:10:26:1:0:10:26:1:0 chr13 46562935 . A G 670.19 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.011;QD=62.3434;RBI=0.0257057;REFB=0;REVB=0.015958;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107179;OID=.;OPOS=46562935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:14:29:0:0:14:29:0:0 chr13 46629944 . A G 450.89 PASS AF=0.891892;AO=32;DP=38;FAO=33;FDP=37;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0357186;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.467;QD=48.7452;RBI=0.0432348;REFB=-0.026686;REVB=-0.0243605;RO=3;SAF=18;SAR=14;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369571;STB=0.532;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00446614;OID=.;OPOS=46629944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:38:37:3:4:32:33:0.891892:14:18:1:2:15:18:1:3 chr13 46638826 . G A 442.01 PASS AF=0.701754;AO=39;DP=57;FAO=40;FDP=57;FR=.;FRO=17;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00878778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.117;QD=31.0181;RBI=0.0386198;REFB=-0.035271;REVB=0.0376067;RO=17;SAF=22;SAR=17;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137484;STB=0.504041;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0112465;OID=.;OPOS=46638826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:17:17:39:40:0.701754:17:22:10:7:17:23:10:7 chr13 46641481 . T C 1016.78 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.756;QD=58.102;RBI=0.0306525;REFB=0;REVB=0.0169271;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000454591;OID=.;OPOS=46641481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:67:70:1:30:37:0:0:30:40:0:0 chr13 46656669 . A G 1589.89 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.24;QD=59.9958;RBI=0.0243803;REFB=0;REVB=0.00611869;RO=0;SAF=35;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21654e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.19626e-05;OID=.;OPOS=46656669;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:71:35:0:0:71:35:0:0 chr13 46700173 . G T 119.11 PASS AF=0.857143;AO=11;DP=13;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0289773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5126;QD=34.0314;RBI=0.0581692;REFB=-4.42842e-06;REVB=-0.0504379;RO=2;SAF=9;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13189;STB=0.576783;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=-0.000442528;OID=.;OPOS=46700173;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:14:2:2:11:12:0.857143:2:9:1:1:2:10:1:1 chr13 46700641 . TG T,TT 655.42 PASS AF=0.0697674,0.930233;AO=6,37;DP=43;FAO=3,40;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=1,22;FSAR=2,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107777,-0.0114451;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=235.216,251.393;QD=60.9689;RBI=0.0692772,0.0581182;REFB=0,0;REVB=0.0684337,0.0569801;RO=0;SAF=1,22;SAR=5,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.18042e-08,3.82408e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00238382,0.00052751;OID=.,.;OPOS=46700642,46700642;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0697674,0.930233:6,37:43:3,40:43:0:1,22:2,18:0:0:10:0:1,22:5,15:0:0 chr13 46708291 . T C 958.31 PASS AF=0.971429;AO=67;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0109781;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.904;QD=54.7605;RBI=0.0352123;REFB=-0.0728942;REVB=0.0334572;RO=2;SAF=32;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00122819;STB=0.500843;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00062206;OID=.;OPOS=46708291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:67:68:0.971429:35:32:1:1:36:32:1:1 chr13 46801772 . CA C 41.91 PASS AF=0.275862;AO=17;DP=59;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.106943;FXX=0.0169463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.771;QD=2.89005;RBI=0.111159;REFB=-0.0798942;REVB=-0.0303254;RO=35;SAF=14;SAR=3;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288518;STB=0.694914;STBP=0.093;TYPE=del;VARB=0.0670495;OID=.;OPOS=46801773;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275862:17:59:16:58:42:13:3:25:17:41:35:14:3:22:13 chr13 46946157 . C T 106.75 PASS AF=0.253968;AO=16;DP=63;FAO=16;FDP=63;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=34;FWDB=0.0152713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.69;QD=6.77768;RBI=0.016582;REFB=-0.00812175;REVB=0.00646136;RO=47;SAF=3;SAR=13;SRF=13;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153479;STB=0.595857;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0248621;OID=.;OPOS=46946157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:47:47:16:16:0.253968:13:3:13:34:13:3:13:34 chr13 46948660 . A G 81.23 PASS AF=0.275;AO=10;DP=39;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0196656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0141;QD=8.12305;RBI=0.0197441;REFB=-0.0260903;REVB=-0.00175789;RO=29;SAF=2;SAR=8;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298088;STB=0.70744;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0352623;OID=.;OPOS=46948660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:40:29:29:10:11:0.275:8:2:12:17:9:2:12:17 chr13 47255902 . G A 157.28 PASS AF=0.232323;AO=23;DP=99;FAO=23;FDP=99;FR=.;FRO=76;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=40;FWDB=-0.00482768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.919;QD=6.35472;RBI=0.03772;REFB=-0.00582374;REVB=-0.0374097;RO=73;SAF=9;SAR=14;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111223;STB=0.564459;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0132153;OID=.;OPOS=47255902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:73:76:23:23:0.232323:14:9:35:38:14:9:36:40 chr13 47260054 . T C 1187.6 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00117065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.0857;QD=60.1316;RBI=0.00432875;REFB=0;REVB=0.00416746;RO=1;SAF=43;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108787;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239322;OID=.;OPOS=47260054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:79:1:0:76:79:1:33:43:1:0:33:46:0:0 chr13 47273458 . G C 817.13 PASS AF=0.864865;AO=60;DP=75;FAO=64;FDP=74;FR=.;FRO=10;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.00902666;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.487;QD=44.169;RBI=0.0299606;REFB=0.00588804;REVB=0.0285684;RO=9;SAF=31;SAR=29;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0176874;STB=0.502113;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.000912883;OID=.;OPOS=47273458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:75:74:9:10:60:64:0.864865:29:31:4:5:33:31:5:5 chr13 47279454 . A G 829.61 PASS AF=0.820513;AO=63;DP=77;FAO=64;FDP=78;FR=.;FRO=14;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0155997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.434;QD=42.5441;RBI=0.0166011;REFB=-0.00553974;REVB=-0.0056787;RO=14;SAF=27;SAR=36;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500488;STB=0.525241;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00139413;OID=.;OPOS=47279454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:77:78:14:14:63:64:0.820513:36:27:4:10:37:27:4:10 chr13 47308109 . A G 2191.79 PASS AF=0.974194;AO=148;DP=155;FAO=151;FDP=155;FR=.;FRO=4;FSAF=74;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0068742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6321;QD=56.5624;RBI=0.0253429;REFB=-0.0367502;REVB=0.0243928;RO=1;SAF=74;SAR=74;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00638408;STB=0.500256;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.000221826;OID=.;OPOS=47308109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:155:155:1:4:148:151:0.974194:74:74:0:1:77:74:2:2 chr13 47315984 . T C 714.95 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0848562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.591;QD=56.0744;RBI=0.0863263;REFB=0;REVB=-0.0158635;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000332735;OID=.;OPOS=47315984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:48:51:1:30:18:0:0:31:20:0:0 chr13 47354101 . C T 66.36 PASS AF=0.186441;AO=10;DP=59;FAO=11;FDP=59;FR=.;FRO=48;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=0.0725242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7765;QD=4.49889;RBI=0.07321;REFB=0.00162774;REVB=-0.00999743;RO=49;SAF=7;SAR=3;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119073;STB=0.613023;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=-0.00187568;OID=.;OPOS=47354101;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:59:59:49:48:10:11:0.186441:3:7:30:19:3:8:29:19 chr13 47469940 . G A 1072.45 PASS AF=1;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00298826;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.506;QD=59.5808;RBI=0.00832659;REFB=0;REVB=0.0077719;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010092;OID=.;OPOS=47469940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:72:0:0:71:72:1:41:30:0:0:42:30:0:0 chr13 47470823 . TC CT,TT 202.97 PASS AF=0.117647,0.882353;AO=2,15;DP=17;FAO=2,15;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=2,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0434679,-0.0166961;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=102.067,43.8171;QD=47.757;RBI=0.0435306,0.0469395;REFB=0,0;REVB=0.00233504,0.0438698;RO=0;SAF=0,7;SAR=2,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0699884,0.0166541;OID=.,.;OPOS=47470823,47470824;OREF=TC,C;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:17:17:0:0:2,15:2,15:0.117647,0.882353:2,8:0,7:0:0:2,8:0,7:0:0 chr13 48033224 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6746;QD=55.655;RBI=0.0327155;REFB=0;REVB=0.00181646;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386707;OID=.;OPOS=48033224;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr13 48547467 . A T 801.53 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0687753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3631;QD=64.122;RBI=0.0692665;REFB=0;REVB=-0.00823517;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000881445;OID=.;OPOS=48547467;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:23:26:0:0:23:27:0:0 chr13 49107241 . T C 259.93 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192632;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.287;QD=51.9852;RBI=0.0214096;REFB=0;REVB=0.00934347;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127174;OID=.;OPOS=49107241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr13 49783215 . A T 619.09 PASS AF=0.875;AO=49;DP=56;FAO=49;FDP=56;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0114143;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9012;QD=44.2204;RBI=0.0123455;REFB=0.0226581;REVB=0.00470387;RO=7;SAF=14;SAR=35;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18662;STB=0.599957;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00297606;OID=.;OPOS=49783215;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:56:56:7:7:49:49:0.875:35:14:7:0:35:14:7:0 chr13 49840024 . A G 883.61 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7248;QD=57.9417;RBI=0.0410051;REFB=0;REVB=0.0211558;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000605178;OID=.;OPOS=49840024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:58:61:1:36:22:0:0:39:22:0:0 chr13 50008301 . A G 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0334258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.552;QD=57.3857;RBI=0.0334631;REFB=0;REVB=0.00158015;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.74901e-05;OID=.;OPOS=50008301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:27:30:0:0:27:30:0:0 chr13 50050620 . A G 494.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.048219;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=55.8531;QD=58.1545;RBI=0.0891129;REFB=0;REVB=0.0749402;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00340667;OID=.;OPOS=50050620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:16:17:0:0:17:17:0:0 chr13 50056960 . CA AC,C 59.78 PASS AF=0.0277778,0.444444;AO=2,7;DP=36;FAO=1,16;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=0,3;FSAR=1,13;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0117705,0.186653;FXX=0;HRUN=1,6;LEN=2,1;MLLD=75.829,8.79121;QD=6.64186;RBI=0.0508824,0.201741;REFB=-0.0122596,-0.123267;REVB=-0.0495023,-0.0765512;RO=14;SAF=0,1;SAR=2,6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.608678,-0.550754;STB=0.992101,0.76435;STBP=0.263,0.018;TYPE=mnp,del;VARB=0.096749,0.172011;OID=.,.;OPOS=50056960,50056961;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:55:36:36:14:19:2,7:1,16:0.0277778,0.444444:2,6:0,1:9:5:1,13:0,3:12:7 chr13 50057097 . G A 613.24 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1591;QD=61.3239;RBI=0.0409027;REFB=0;REVB=-0.0327289;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000134467;OID=.;OPOS=50057097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:21:19:0:0:21:19:0:0 chr13 50057633 . A G 1013.48 PASS AF=0.783505;AO=76;DP=99;FAO=76;FDP=97;FR=.;FRO=21;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00417556;FXX=0.0202;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.313;QD=41.7932;RBI=0.0385617;REFB=-0.0438245;REVB=0.038335;RO=18;SAF=33;SAR=43;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0838941;STB=0.540279;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0131676;OID=.;OPOS=50057633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:97:18:21:76:76:0.783505:43:33:12:6:43:33:13:8 chr13 50080847 . A G 508.28 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00515368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.086;QD=56.4759;RBI=0.00535817;REFB=-0.0969281;REVB=0.00146615;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.511105;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00169378;OID=.;OPOS=50080847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:13:22:0:0:13:22:1:0 chr13 50123688 . G T 40.93 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00323042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.618;QD=3.63778;RBI=0.0190623;REFB=-0.00344547;REVB=-0.0187866;RO=38;SAF=2;SAR=5;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205397;STB=0.645822;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0267919;OID=.;OPOS=50123688;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:38:38:7:7:0.155556:5:2:17:21:5:2:17:21 chr13 50126382 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0356582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5456;QD=37.4881;RBI=0.0356582;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00302085;OID=.;OPOS=50126382;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr13 50134099 . T C 60.99 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00163937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.182;QD=6.59334;RBI=0.0190677;REFB=-0.00310152;REVB=-0.0189971;RO=28;SAF=8;SAR=1;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.576004;STB=0.870919;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0166139;OID=.;OPOS=50134099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:37:37:28:28:9:9:0.243243:1:8:12:16:1:8:12:16 chr13 50134150 . A G 71.76 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0173563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.67;QD=7.97325;RBI=0.0235008;REFB=-0.0147452;REVB=-0.0158444;RO=26;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.435145;STB=0.765141;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0303267;OID=.;OPOS=50134150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:3:7:8:18:3:7:8:18 chr13 50141345 . G A 304.96 PASS AF=0.702703;AO=26;DP=37;FAO=26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=-0.0387373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.641;QD=32.9688;RBI=0.0398087;REFB=-0.0557834;REVB=0.0091733;RO=10;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21978;STB=0.596262;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0332785;OID=.;OPOS=50141345;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:10:11:26:26:0.702703:16:10:0:10:16:10:1:10 chr13 50141362 . G A 76.04 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=32;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0381262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8757;QD=9.21643;RBI=0.0486552;REFB=0.00667684;REVB=-0.0302278;RO=22;SAF=1;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436299;STB=0.788809;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0294519;OID=.;OPOS=50141362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:32:33:22:22:10:11:0.333333:9:1:8:14:10:1:8:14 chr13 50204880 . G A 608.1 PASS AF=0.97619;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.018073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.073;QD=57.9147;RBI=0.0396226;REFB=-0.0339441;REVB=0.0352607;RO=1;SAF=22;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208425;STB=0.511106;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00108756;OID=.;OPOS=50204880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:42:1:1:40:41:0.97619:18:22:1:0:19:22:1:0 chr13 50273603 . A G 258.76 PASS AF=0.814815;AO=22;DP=27;FAO=22;FDP=27;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00407773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.681;QD=38.3355;RBI=0.00771726;REFB=-0.0311172;REVB=0.00655197;RO=5;SAF=11;SAR=11;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339522;STB=0.518502;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0101204;OID=.;OPOS=50273603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:27:27:5:5:22:22:0.814815:11:11:2:3:11:11:2:3 chr13 50283819 . T C 69.22 PASS AF=0.135922;AO=14;DP=105;FAO=14;FDP=103;FR=.;FRO=89;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=-0.00637239;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.463;QD=2.68814;RBI=0.0156909;REFB=-0.0112526;REVB=-0.0143387;RO=90;SAF=2;SAR=12;SRF=40;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419703;STB=0.798223;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0416055;OID=.;OPOS=50283819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:105:103:90:89:14:14:0.135922:12:2:40:50:12:2:39:50 chr13 50296114 . GC AT,G,GT 505.65 PASS AF=0.0571429,0,0.942857;AO=2,6,26;DP=36;FAO=2,0,33;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0,22;FSAR=0,0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0245245,-0.0200692,0.0258599;FXX=0.0277701;HRUN=2,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=142.016,148.855,45.44;QD=57.7885;RBI=0.0456993,0.0396256,0.0337669;REFB=0,0,0;REVB=-0.0385613,-0.0341675,-0.0217133;RO=0;SAF=2,3,19;SAR=0,3,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-4.63811e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.0634439,0,0.00063713;OID=.,.,.;OPOS=50296114,50296115,50296115;OREF=GC,C,C;OALT=AT,-,T;OMAPALT=AT,G,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:9:36:35:0:0:2,6,26:2,0,33:0.0571429,0,0.942857:0,3,7:2,3,19:0:0:0,0,11:2,0,22:0:0 chr13 50296116 . G T 42.34 PASS AF=0.189189;AO=6;DP=36;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.023472;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=68.0606;QD=4.5771;RBI=0.063475;REFB=-0.0493139;REVB=0.0589758;RO=30;SAF=3;SAR=3;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245282;STB=0.609467;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0146211;OID=.;OPOS=50296116;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:36:37:30:30:6:7:0.189189:3:3:21:9:3:4:21:9 chr13 50466615 . G C 115.57 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0382857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3735;QD=30.8176;RBI=0.0390203;REFB=-0.00715248;REVB=-0.00753565;RO=3;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596449;STB=0.533278;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00358445;OID=.;OPOS=50466615;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:6:6:2:1:6:6:2:1 chr13 50588490 . T C 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.025543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9708;QD=21.1698;RBI=0.0813457;REFB=-0.0897099;REVB=0.0772313;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505826;STB=0.529328;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0514718;OID=.;OPOS=50588490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:3:4:2:1:3:4:2:1 chr13 50588492 . T C 96.23 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0609139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7546;QD=34.9909;RBI=0.0867281;REFB=-0.0392367;REVB=0.0617354;RO=1;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990155;STB=0.555443;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0111236;OID=.;OPOS=50588492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:11:11:1:1:10:10:0.909091:4:6:0:1:4:6:0:1 chr13 50588494 . T C 112.63 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0106927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0009;QD=28.1564;RBI=0.0482925;REFB=-0.00227386;REVB=-0.0470938;RO=4;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296967;STB=0.666388;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00106285;OID=.;OPOS=50588494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:4:8:0:4:4:8:0:4 chr13 50588496 . T C 230.22 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0691851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3598;QD=46.0447;RBI=0.0956366;REFB=-0.0370989;REVB=0.0660286;RO=1;SAF=11;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399998;STB=0.521716;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00811678;OID=.;OPOS=50588496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:8:11:1:0:8:11:1:0 chr13 50590423 . G C 172.79 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0910108;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.989;QD=25.5983;RBI=0.0916344;REFB=-0.0226384;REVB=-0.0106726;RO=10;SAF=12;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152038;STB=0.585261;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0199379;OID=.;OPOS=50590423;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:28:27:10:10:17:17:0.62963:5:12:5:5:5:12:5:5 chr13 50591480 . T C 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.767;QD=57.6763;RBI=0.0415181;REFB=0;REVB=0.0344495;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000239547;OID=.;OPOS=50591480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr13 50591616 . A G 524.53 PASS AF=0.78;AO=39;DP=50;FAO=39;FDP=50;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0190415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.618;QD=41.9622;RBI=0.0325098;REFB=-0.0352789;REVB=0.0263497;RO=8;SAF=19;SAR=20;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753469;STB=0.567422;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0115921;OID=.;OPOS=50591616;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:50:50:8:11:39:39:0.78:20:19:2:6:20:19:2:9 chr13 50592459 . T C 81.27 PASS AF=0.191781;AO=14;DP=73;FAO=14;FDP=73;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.00706406;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=98.9334;QD=4.45327;RBI=0.0456375;REFB=-0.00301741;REVB=0.0450875;RO=59;SAF=6;SAR=8;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141504;STB=0.59131;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0143037;OID=.;OPOS=50592459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:73:73:59:59:14:14:0.191781:8:6:32:27:8:6:32:27 chr13 50656582 . T A 1146.26 PASS AF=0.825688;AO=89;DP=109;FAO=90;FDP=109;FR=.;FRO=19;FSAF=54;FSAR=36;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0134923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.449;QD=42.0644;RBI=0.0352081;REFB=-0.0349636;REVB=0.0325203;RO=19;SAF=54;SAR=35;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0086212;STB=0.505746;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00773269;OID=.;OPOS=50656582;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:19:19:89:90:0.825688:35:54:12:7:36:54:12:7 chr13 51594741 . T G 602.29 PASS AF=1;AO=29;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0976638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.0076;QD=58.7598;RBI=0.138234;REFB=0;REVB=0.0978291;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154504;OID=.;OPOS=51594741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:29:41:1:12:17:0:0:19:22:0:0 chr13 51603768 . T C 528.29 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00923465;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0714;QD=60.3755;RBI=0.0519014;REFB=0;REVB=0.0510732;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126544;OID=.;OPOS=51603768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:22:12:0:0:22:13:0:0 chr13 52365354 . G T 392.15 PASS AF=0.857143;AO=29;DP=35;FAO=30;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00446539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.628;QD=44.8174;RBI=0.0258469;REFB=-0.00739438;REVB=0.0254583;RO=5;SAF=19;SAR=10;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165227;STB=0.505109;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00105709;OID=.;OPOS=52365354;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:35:35:5:5:29:30:0.857143:10:19:3:2:11:19:3:2 chr13 52440130 . A G 60.91 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0024862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.653;QD=6.96079;RBI=0.00992651;REFB=-0.00839101;REVB=-0.00961012;RO=26;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255439;STB=0.516093;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0205781;OID=.;OPOS=52440130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:35:35:26:26:9:9:0.257143:5:4:11:15:5:4:11:15 chr13 52515354 . A G 713.52 PASS AF=0.901639;AO=47;DP=61;FAO=55;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0595928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.154;QD=46.7882;RBI=0.0631793;REFB=-0.0116894;REVB=0.0209838;RO=6;SAF=19;SAR=28;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0528849;STB=0.524129;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00149402;OID=.;OPOS=52515354;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:61:61:6:6:47:55:0.901639:28:19:1:5:33:22:1:5 chr13 52515982 . A AAC 315.61 PASS AF=0.596154;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=52;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.000643497;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=253.803;QD=24.2775;RBI=0.00285955;REFB=-0.00988347;REVB=0.0027862;RO=22;SAF=15;SAR=16;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125616;STB=0.580474;STBP=0.187;TYPE=ins;VARB=0.00409855;OID=.;OPOS=52515983;OREF=-;OALT=AC;OMAPALT=AAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.596154:31:53:31:52:21:15:16:6:15:99:22:15:16:7:15 chr13 52523808 . C T 224.67 PASS AF=0.636364;AO=20;DP=32;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0115242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.39;QD=27.2333;RBI=0.0116312;REFB=-0.0420826;REVB=0.00157414;RO=12;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169239;STB=0.583014;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0256242;OID=.;OPOS=52523808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:32:33:12:12:20:21:0.636364:10:10:9:3:10:11:9:3 chr13 52524488 . T C 374.41 PASS AF=0.653061;AO=30;DP=49;FAO=32;FDP=49;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0130266;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5436;QD=30.5641;RBI=0.066618;REFB=-0.0298362;REVB=-0.0653319;RO=18;SAF=11;SAR=19;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016238;STB=0.519296;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0192446;OID=.;OPOS=52524488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:18:17:30:32:0.653061:19:11:7:11:19:13:6:11 chr13 52544805 . C G 1240.29 PASS AF=0.913978;AO=85;DP=93;FAO=85;FDP=93;FR=.;FRO=8;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00856038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9829;QD=53.3458;RBI=0.0265749;REFB=0.0399522;REVB=-0.0251584;RO=8;SAF=40;SAR=45;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0454086;STB=0.524045;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.00269028;OID=.;OPOS=52544805;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:93:93:8:8:85:85:0.913978:45:40:6:2:45:40:6:2 chr13 52548140 . A C 908.18 PASS AF=0.767677;AO=65;DP=101;FAO=76;FDP=99;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00645238;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0206;QD=36.694;RBI=0.0725993;REFB=-0.0155336;REVB=0.072312;RO=24;SAF=32;SAR=33;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379986;STB=0.513569;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0089249;OID=.;OPOS=52548140;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:99:24:23:65:76:0.767677:33:32:10:14:44:32:11:12 chr13 52603194 . G T 816.87 PASS AF=0.790123;AO=64;DP=81;FAO=64;FDP=81;FR=.;FRO=17;FSAF=36;FSAR=28;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0350826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.542;QD=40.3394;RBI=0.035344;REFB=0.00439784;REVB=0.00429047;RO=16;SAF=36;SAR=28;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705537;STB=0.531872;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.00207315;OID=.;OPOS=52603194;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:16:17:64:64:0.790123:28:36:6:10:28:36:7:10 chr13 52603775 . C T 267.36 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0160276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7836;QD=42.778;RBI=0.0214712;REFB=-0.0339351;REVB=0.0142873;RO=3;SAF=17;SAR=5;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326507;STB=0.51775;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.00200579;OID=.;OPOS=52603775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:3:3:22:22:0.88:5:17:2:1:5:17:2:1 chr13 52605362 . T A 34.91 PASS AF=0.285714;AO=5;DP=20;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.040879;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=52.1516;QD=6.64988;RBI=0.0906256;REFB=-0.0243665;REVB=0.0808821;RO=14;SAF=1;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423947;STB=0.78843;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.181445;OID=.;OPOS=52605362;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:20:21:14:15:5:6:0.285714:4:1:8:6:5:1:8:7 chr13 52605675 . A G 147.57 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00285683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=319.095;QD=36.8926;RBI=0.00470747;REFB=0.00214597;REVB=0.0037415;RO=2;SAF=11;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757919;STB=0.54161;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.000372486;OID=.;OPOS=52605675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:14:14:0.875:3:11:2:0:3:11:2:0 chr13 52607169 . T C 95.99 PASS AF=0.647059;AO=9;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0115384;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.319;QD=22.5855;RBI=0.102657;REFB=0.004407;REVB=0.102007;RO=6;SAF=7;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102872;STB=0.580485;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=-0.00710236;OID=.;OPOS=52607169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:9:11:0.647059:2:7:4:2:2:9:4:2 chr13 52718050 . C CT 146.63 PASS AF=0.8;AO=23;DP=46;FAO=36;FDP=45;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.110586;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.01126;QD=13.0341;RBI=0.124743;REFB=-0.00069438;REVB=-0.0577198;RO=16;SAF=16;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248345;STB=0.533315;STBP=0.417;TYPE=ins;VARB=0.0457642;OID=.;OPOS=52718051;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8:23:46:36:45:9:18:18:6:3:17:16:16:7:6:10 chr13 52971893 . G A 613.28 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00181497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3688;QD=61.3281;RBI=0.0385857;REFB=0;REVB=0.038543;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000305783;OID=.;OPOS=52971893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr13 53035783 . T C 272.36 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4322;QD=51.8778;RBI=0.0211966;REFB=0;REVB=-0.0181987;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000933941;OID=.;OPOS=53035783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr13 53035925 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.551;QD=43.486;RBI=0.0622285;REFB=0;REVB=0.00176258;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00053577;OID=.;OPOS=53035925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr13 53050479 . G A 712.66 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012414;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2319;QD=63.3474;RBI=0.0143643;REFB=0;REVB=-0.00722672;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158938;OID=.;OPOS=53050479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:44:45:1:21:23:0:0:22:23:0:0 chr13 53422553 . A G 544.48 PASS AF=0.973684;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0511062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3161;QD=57.3132;RBI=0.0515662;REFB=-0.0164883;REVB=0.00687205;RO=1;SAF=14;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322556;STB=0.517232;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.000163089;OID=.;OPOS=53422553;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:38:1:1:36:37:0.973684:22:14:1:0:23:14:1:0 chr13 53602970 . A G 453.08 PASS AF=0.740741;AO=40;DP=54;FAO=40;FDP=54;FR=.;FRO=14;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0290196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.905;QD=33.5611;RBI=0.0303959;REFB=-0.0263693;REVB=-0.00904288;RO=14;SAF=26;SAR=14;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00375885;STB=0.502032;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00808079;OID=.;OPOS=53602970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:54:54:14:14:40:40:0.740741:14:26:9:5:14:26:9:5 chr13 53608632 . C T 687.42 PASS AF=0.944444;AO=47;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0469294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.49;QD=50.9198;RBI=0.0493237;REFB=-0.00823232;REVB=-0.015181;RO=3;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433679;STB=0.523068;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.000711405;OID=.;OPOS=53608632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:3:3:47:51:0.944444:31:16:0:3:31:20:0:3 chr13 55748673 . T C 1347.79 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=90;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0258188;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5181;QD=61.2633;RBI=0.0794424;REFB=-0.0375047;REVB=0.0751297;RO=1;SAF=44;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108921;STB=0.505746;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00180865;OID=.;OPOS=55748673;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:90:88:1:1:87:87:0.988636:43:44:0:1:43:44:0:1 chr13 67800935 . G A 32.06 PASS AF=0.104478;AO=7;DP=68;FAO=7;FDP=67;FR=.;FRO=60;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=-0.00537922;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.052;QD=1.91392;RBI=0.015805;REFB=-0.00338889;REVB=-0.0148615;RO=58;SAF=2;SAR=5;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197717;STB=0.669142;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0439709;OID=.;OPOS=67800935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:68:67:58:60:7:7:0.104478:5:2:26:32:5:2:28:32 chr13 67802339 . A T 130.46 PASS AF=0.224719;AO=19;DP=89;FAO=20;FDP=89;FR=.;FRO=69;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=38;FSRR=31;FWDB=-0.0142394;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.596;QD=5.86345;RBI=0.023498;REFB=-0.0115714;REVB=-0.0186921;RO=68;SAF=10;SAR=9;SRF=37;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022354;STB=0.539287;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0403847;OID=.;OPOS=67802339;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:68:69:19:20:0.224719:9:10:37:31:10:10:38:31 chr13 69267981 . T C 333.16 PASS AF=0.794118;AO=27;DP=34;FAO=27;FDP=34;FR=.;FRO=7;FSAF=21;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.00530871;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.273;QD=39.1955;RBI=0.00883938;REFB=-0.0274264;REVB=-0.00706768;RO=6;SAF=21;SAR=6;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305179;STB=0.684062;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00310828;OID=.;OPOS=69267981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:6:7:27:27:0.794118:6:21:0:6:6:21:0:7 chr13 73280182 . T C 211.98 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00579479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7021;QD=47.1066;RBI=0.0376353;REFB=0;REVB=0.0371865;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00239388;OID=.;OPOS=73280182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:5:12:0:0:6:12:0:0 chr13 73301655 . A C 330.44 PASS AF=0.961538;AO=24;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00873463;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=309.64;QD=50.8366;RBI=0.00889492;REFB=-0.060939;REVB=0.00168102;RO=1;SAF=14;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319609;STB=0.516116;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00160447;OID=.;OPOS=73301655;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:24:25:0.961538:10:14:1:0:10:15:1:0 chr13 73301728 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0442572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8368;QD=39.2068;RBI=0.0884564;REFB=0;REVB=0.0765888;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137972;OID=.;OPOS=73301728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr13 73302329 . C G 34.23 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.00635013;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.929;QD=3.33976;RBI=0.0370947;REFB=-0.0189469;REVB=-0.0365471;RO=35;SAF=4;SAR=2;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246643;STB=0.676834;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0305776;OID=.;OPOS=73302329;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:41:41:35:35:6:6:0.146341:2:4:16:19:2:4:16:19 chr13 73319171 . T C 733.94 PASS AF=0.731707;AO=60;DP=81;FAO=60;FDP=82;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.000102833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8376;QD=35.802;RBI=0.0314552;REFB=-0.017646;REVB=0.031455;RO=20;SAF=19;SAR=41;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167038;STB=0.604474;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00702325;OID=.;OPOS=73319171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:20:22:60:60:0.731707:41:19:13:7:41:19:15:7 chr13 73329358 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.275;QD=60.6101;RBI=0.0171739;REFB=0;REVB=0.00688566;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.09599e-05;OID=.;OPOS=73329358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr13 73343039 . C T 524.63 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0814736;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7855;QD=59.958;RBI=0.0857542;REFB=0;REVB=-0.0267553;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000760685;OID=.;OPOS=73343039;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:25:9:0:0:25:10:0:0 chr13 73349359 . G C 495.92 PASS AF=0.754386;AO=43;DP=57;FAO=43;FDP=57;FR=.;FRO=14;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0298937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.967;QD=34.8013;RBI=0.0309795;REFB=-0.0580165;REVB=-0.0081299;RO=14;SAF=20;SAR=23;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0496104;STB=0.526737;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0131215;OID=.;OPOS=73349359;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:57:57:14:14:43:43:0.754386:23:20:5:9:23:20:5:9 chr13 73369642 . A G 475.52 PASS AF=0.784314;AO=40;DP=51;FAO=40;FDP=51;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0142409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.157;QD=37.2955;RBI=0.0571307;REFB=-0.0215407;REVB=0.0553273;RO=11;SAF=19;SAR=21;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118567;STB=0.563767;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00621707;OID=.;OPOS=73369642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:51:51:11:11:40:40:0.784314:21:19:2:9:21:19:2:9 chr13 73650112 . C A 355.36 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000328067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.334;QD=54.6707;RBI=0.00605979;REFB=0;REVB=0.0060509;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34972e-06;OID=.;OPOS=73650112;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:10:15:0:0:10:16:0:0 chr13 73650117 . G A 410.7 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0101628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.143;QD=56.6487;RBI=0.0157069;REFB=0;REVB=0.011976;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71283e-06;OID=.;OPOS=73650117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr13 74266044 . C T 32.39 PASS AF=0.12;AO=6;DP=50;FAO=6;FDP=50;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0296356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9957;QD=2.59082;RBI=0.0426955;REFB=-0.00958343;REVB=-0.0307349;RO=42;SAF=4;SAR=2;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602991;STB=0.550552;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0298449;OID=.;OPOS=74266044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:50:50:42:44:6:6:0.12:2:4:26:16:2:4:27:17 chr13 74518210 . G A 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.000576323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3778;QD=4.01752;RBI=0.0685094;REFB=0.00227026;REVB=-0.068507;RO=28;SAF=5;SAR=1;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450998;STB=0.815235;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00867588;OID=.;OPOS=74518210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:1:5:13:15:1:5:13:15 chr13 74863339 . C A 562.38 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00364679;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.372;QD=60.7981;RBI=0.0184898;REFB=0;REVB=-0.0181266;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.99845e-05;OID=.;OPOS=74863339;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr13 74988714 . C T 3548.3 PASS AF=0.958848;AO=231;DP=243;FAO=233;FDP=243;FR=.;FRO=10;FSAF=134;FSAR=99;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0365158;FXX=0.00409819;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.944;QD=58.4082;RBI=0.0487126;REFB=-0.0649759;REVB=0.0322415;RO=5;SAF=132;SAR=99;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00705441;STB=0.515717;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00110795;OID=.;OPOS=74988714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:243:243:5:10:231:233:0.958848:99:132:2:3:99:134:2:8 chr13 75814018 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00602125;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.784;QD=51.1842;RBI=0.0266656;REFB=0;REVB=0.0259769;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119615;OID=.;OPOS=75814018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr13 75814384 . C T 575.72 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8694;QD=60.6025;RBI=0.0328062;REFB=0;REVB=-0.0284301;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000537063;OID=.;OPOS=75814384;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr13 75876389 . G A 695.5 PASS AF=0.820896;AO=55;DP=69;FAO=55;FDP=67;FR=.;FRO=12;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0151642;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.006;QD=41.5226;RBI=0.0406377;REFB=0.0187839;REVB=0.0377024;RO=14;SAF=37;SAR=18;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428245;STB=0.501231;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.00318557;OID=.;OPOS=75876389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:69:67:14:12:55:55:0.820896:18:37:8:6:18:37:8:4 chr13 75884216 . C T 756.37 PASS AF=1;AO=43;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5021;QD=55.009;RBI=0.0966903;REFB=0;REVB=0.0746651;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00105746;OID=.;OPOS=75884216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:43:55:1:27:16:0:0:30:25:0:0 chr13 75884217 . A T 59.5 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.0229215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.8671;QD=4.10366;RBI=0.0699221;REFB=-0.0208839;REVB=0.0660583;RO=47;SAF=9;SAR=1;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.644277;STB=0.921615;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0184002;OID=.;OPOS=75884217;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:58:58:47:48:10:10:0.172414:1:9:16:31:1:9:16:32 chr13 75884290 . G A 320.2 PASS AF=0.8125;AO=25;DP=31;FAO=26;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0286003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.386;QD=40.0249;RBI=0.0288583;REFB=-0.0805573;REVB=0.0038498;RO=6;SAF=5;SAR=20;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149504;STB=0.565984;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0135343;OID=.;OPOS=75884290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:32:6:6:25:26:0.8125:20:5:3:3:20:6:3:3 chr13 75915261 . A C 498.44 PASS AF=0.923077;AO=35;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00377936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.157;QD=51.1216;RBI=0.0251292;REFB=-0.0113622;REVB=0.0248433;RO=3;SAF=21;SAR=14;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622689;STB=0.504502;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00184654;OID=.;OPOS=75915261;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:39:39:3:3:35:36:0.923077:14:21:3:0:14:22:2:1 chr13 75936519 . C G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155429;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=348.212;QD=47.8224;RBI=0.0234692;REFB=0;REVB=0.0175847;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09449e-06;OID=.;OPOS=75936519;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:3:13:0:0:3:13:0:0 chr13 76164073 . GTCC G 980.2 PASS AF=0.86747;AO=68;DP=83;FAO=72;FDP=83;FR=.;FRO=11;FSAF=56;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0255977;FXX=0.0235266;HRUN=1;LEN=3;MLLD=210.317;QD=47.2383;RBI=0.0269199;REFB=-0.0281566;REVB=-0.00833295;RO=10;SAF=52;SAR=16;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142522;STB=0.587386;STBP=0.003;TYPE=del;VARB=0.00359874;OID=.;OPOS=76164074;OREF=TCC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.86747:68:83:72:83:11:56:16:3:8:50:10:52:16:3:7 chr13 76378459 . T C 1524.32 PASS AF=0.990385;AO=102;DP=105;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0158263;FXX=0.0095229;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.544;QD=58.6279;RBI=0.0258865;REFB=-0.104985;REVB=0.0204851;RO=0;SAF=45;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08171e-08;STB=0.504347;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.000460234;OID=.;OPOS=76378459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:105:104:0:1:102:103:0.990385:57:45:0:0:57:46:0:1 chr13 76379737 . A T 66.56 PASS AF=0.130841;AO=14;DP=107;FAO=14;FDP=107;FR=.;FRO=93;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=40;FSRR=53;FWDB=0.000188713;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.366;QD=2.48838;RBI=0.0194918;REFB=-0.00260017;REVB=-0.0194909;RO=91;SAF=8;SAR=6;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162309;STB=0.620884;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0193027;OID=.;OPOS=76379737;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:107:107:91:93:14:14:0.130841:6:8:40:51:6:8:40:53 chr13 76395620 . C T 50.27 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.00583762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.456;QD=4.78716;RBI=0.00843651;REFB=0.00608516;REVB=-0.00609071;RO=33;SAF=3;SAR=5;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987684;STB=0.555415;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.0198535;OID=.;OPOS=76395620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:33:34:8:8:0.190476:5:3:15:18:5:3:15:19 chr13 76397731 . G A 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0365308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5418;QD=9.25779;RBI=0.0373795;REFB=-0.00389935;REVB=-0.00792009;RO=28;SAF=8;SAR=4;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743733;STB=0.545377;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0103491;OID=.;OPOS=76397731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:4:8:17:11:4:8:17:11 chr13 76423248 . T C 613.34 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3323;QD=61.3343;RBI=0.0596911;REFB=0;REVB=0.0580009;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573007;OID=.;OPOS=76423248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr13 76445316 . C T 431.15 PASS AF=0.666667;AO=40;DP=60;FAO=40;FDP=60;FR=.;FRO=20;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0281457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5681;QD=28.7433;RBI=0.0302478;REFB=-0.017695;REVB=-0.0110791;RO=19;SAF=27;SAR=13;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0062347;STB=0.509555;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0210191;OID=.;OPOS=76445316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:19:20:40:40:0.666667:13:27:13:6:13:27:14:6 chr13 76457183 . T C 506.94 PASS AF=0.69697;AO=41;DP=61;FAO=46;FDP=66;FR=.;FRO=20;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0207663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.635;QD=30.7233;RBI=0.0211237;REFB=-0.0149482;REVB=0.00386971;RO=20;SAF=27;SAR=14;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221667;STB=0.601695;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.010673;OID=.;OPOS=76457183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:66:20:20:41:46:0.69697:14:27:6:14:17:29:6:14 chr13 76709108 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.409;QD=62.022;RBI=0.0492329;REFB=0;REVB=0.0455333;RO=0;SAF=30;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122814;OID=.;OPOS=76709108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:12:30:0:0:12:30:0:0 chr13 76709223 . C A 1654.94 PASS AF=0.981982;AO=55;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=57;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4218;QD=59.6377;RBI=0.0380369;REFB=0;REVB=0.0351636;RO=0;SAF=55;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0042016;OID=.;OPOS=76709223;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:111:0:0:55:109:0.981982:0:55:0:0:52:57:0:0 chr13 77522725 . GACTT G 441.18 PASS AF=0.617647;AO=39;DP=61;FAO=42;FDP=68;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00363918;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=4;MLLD=243.835;QD=25.952;RBI=0.0120745;REFB=-0.0146064;REVB=0.011513;RO=16;SAF=18;SAR=21;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207168;STB=0.509112;STBP=0.868;TYPE=del;VARB=0.00953438;OID=.;OPOS=77522726;OREF=ACTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.617647:39:61:42:68:26:20:22:13:13:99:16:18:21:8:8 chr13 77574983 . A G 40.51 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=48;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=-0.0200922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.202;QD=3.37605;RBI=0.0201189;REFB=0.00104558;REVB=0.00103575;RO=40;SAF=1;SAR=6;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474243;STB=0.845608;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00807104;OID=.;OPOS=77574983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:48:48:40:41:7:7:0.145833:6:1:21:19:6:1:22:19 chr13 77575137 . A G 63.76 PASS AF=0.185185;AO=10;DP=54;FAO=10;FDP=54;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=10;FWDB=-0.0313432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.7134;QD=4.72317;RBI=0.0313565;REFB=-0.00384987;REVB=-0.000915744;RO=44;SAF=6;SAR=4;SRF=34;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243986;STB=0.655473;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.047642;OID=.;OPOS=77575137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:54:54:44:44:10:10:0.185185:4:6:34:10:4:6:34:10 chr13 77738664 . A G 523.64 PASS AF=0.844444;AO=37;DP=44;FAO=38;FDP=45;FR=.;FRO=7;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0330043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.113;QD=46.5462;RBI=0.0331461;REFB=0.00706384;REVB=-0.00306211;RO=7;SAF=19;SAR=18;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171559;STB=0.507039;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.00105204;OID=.;OPOS=77738664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:44:45:7:7:37:38:0.844444:18:19:4:3:18:20:4:3 chr13 77751892 . C T 39.21 PASS AF=0.121212;AO=8;DP=67;FAO=8;FDP=66;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=23;FWDB=-0.0131179;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.179;QD=2.37608;RBI=0.0245105;REFB=-0.00163555;REVB=-0.0207047;RO=58;SAF=5;SAR=3;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270349;STB=0.51995;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0183189;OID=.;OPOS=77751892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:67:66:58:58:8:8:0.121212:3:5:35:23:3:5:35:23 chr13 77791976 . G A,GA 55.06 PASS AF=0,0.22807;AO=11,20;DP=115;FAO=0,26;FDP=114;FR=.;FRO=88;FSAF=0,4;FSAR=0,22;FSRF=46;FSRR=42;FWDB=0.00318535,0.1039;FXX=0.0086949;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=251.996,10.7522;QD=1.93179;RBI=0.0109161,0.104264;REFB=0.000416837,-0.113811;REVB=-0.010441,0.00870638;RO=80;SAF=0,2;SAR=11,18;SRF=45;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.687457,-0.607108;STB=0.5,0.810952;STBP=1,0.001;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.14618;OID=.,.;OPOS=77791976,77791977;OREF=G,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:56:115:114:80:88:11,20:0,26:0,0.22807:11,18:0,2:45:35:0,22:0,4:46:42 chr13 78146301 . C T 1177.68 PASS AF=0.952941;AO=80;DP=85;FAO=81;FDP=85;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.091116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.454;QD=55.4203;RBI=0.0912703;REFB=-0.0597708;REVB=-0.00530439;RO=4;SAF=46;SAR=34;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161619;STB=0.508219;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0129925;OID=.;OPOS=78146301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:85:85:4:4:80:81:0.952941:34:46:3:1:34:47:3:1 chr13 78178550 . G A 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0587054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6942;QD=11.9534;RBI=0.0625377;REFB=0.00543416;REVB=-0.0215555;RO=11;SAF=7;SAR=1;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424693;STB=0.762848;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.0137006;OID=.;OPOS=78178550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:1:7:6:5:1:7:6:5 chr13 78192207 . T C 188.27 PASS AF=0.85;AO=17;DP=20;FAO=17;FDP=20;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00705133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.896;QD=37.6541;RBI=0.0315439;REFB=-0.0446956;REVB=0.0307456;RO=3;SAF=7;SAR=10;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0708443;STB=0.538876;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00780397;OID=.;OPOS=78192207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:20:20:3:3:17:17:0.85:10:7:2:1:10:7:2:1 chr13 78216873 . A G 532.7 PASS AF=0.8125;AO=38;DP=47;FAO=39;FDP=48;FR=.;FRO=9;FSAF=28;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0368659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5893;QD=44.392;RBI=0.0433348;REFB=0.0107814;REVB=0.0227774;RO=9;SAF=27;SAR=11;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0187818;STB=0.511743;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=-0.00185584;OID=.;OPOS=78216873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:47:48:9:9:38:39:0.8125:11:27:6:3:11:28:6:3 chr13 78337909 . AT A 35.28 PASS AF=0.267442;AO=27;DP=89;FAO=23;FDP=86;FR=.;FRO=63;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=50;FWDB=0.0398666;FXX=0.0337041;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.64813;QD=1.64112;RBI=0.149292;REFB=-0.0960913;REVB=0.143871;RO=46;SAF=8;SAR=19;SRF=10;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109635;STB=0.554438;STBP=0.634;TYPE=del;VARB=0.115016;OID=.;OPOS=78337910;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.267442:27:89:23:86:63:6:17:13:50:35:46:8:19:10:36 chr13 78338016 . A G 654.02 PASS AF=0.909091;AO=50;DP=56;FAO=50;FDP=55;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=40;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0254152;FXX=0.017854;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.855;QD=47.5651;RBI=0.0318545;REFB=-0.0241822;REVB=0.0192036;RO=5;SAF=10;SAR=40;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.099451;STB=0.553169;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00111743;OID=.;OPOS=78338016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:56:55:5:5:50:50:0.909091:40:10:3:2:40:10:3:2 chr13 78477674 . A G 617.66 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0507876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.478;QD=58.8251;RBI=0.0623782;REFB=0.0335932;REVB=-0.036217;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514279;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.000228418;OID=.;OPOS=78477674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:42:0:1:41:41:0.97619:18:23:0:0:17:24:0:1 chr13 78521666 . C G 408.32 PASS AF=0.689655;AO=35;DP=56;FAO=40;FDP=58;FR=.;FRO=18;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.000992119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.291;QD=28.1599;RBI=0.00129498;REFB=-0.011023;REVB=0.000832276;RO=18;SAF=17;SAR=18;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00889339;STB=0.515617;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0073314;OID=.;OPOS=78521666;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:18:18:35:40:0.689655:18:17:9:9:18:22:9:9 chr13 79174091 . T A 656.71 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366633;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.782;QD=62.5439;RBI=0.0367766;REFB=0;REVB=-0.00288395;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000246327;OID=.;OPOS=79174091;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:30:12:0:0:30:12:0:0 chr13 79188534 . T A 1186.82 PASS AF=0.9875;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0150502;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.876;QD=59.3409;RBI=0.0178017;REFB=-0.00471125;REVB=0.00950746;RO=1;SAF=42;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111373;STB=0.505746;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000143624;OID=.;OPOS=79188534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:80:1:1:78:79:0.9875:36:42:1:0:36:43:1:0 chr13 79194750 . TGA T 453.16 PASS AF=1;AO=28;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188456;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=278.976;QD=56.6453;RBI=0.0265043;REFB=0;REVB=0.0186366;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-5.48262e-06;OID=.;OPOS=79194751;OREF=GA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:28:32:32:32:0:17:15:0:0:4:0:15:13:0:0 chr13 80910786 . C A 112.05 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0622144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.465;QD=9.95986;RBI=0.0674703;REFB=0.00157827;REVB=0.0261074;RO=30;SAF=0;SAR=14;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.764294;STB=0.807331;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.00242608;OID=.;OPOS=80910786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:30:31:14:14:0.311111:14:0:10:20:13:1:10:21 chr13 84452372 . C G 270.89 PASS AF=0.793103;AO=23;DP=29;FAO=23;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00887763;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8826;QD=37.364;RBI=0.0231295;REFB=-0.107717;REVB=-0.0213579;RO=6;SAF=8;SAR=15;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622;STB=0.533951;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0185805;OID=.;OPOS=84452372;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:6:6:23:23:0.793103:15:8:3:3:15:8:3:3 chr13 86369120 . C T 33.51 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=39;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0383197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.248;QD=3.43667;RBI=0.0416994;REFB=-0.00532801;REVB=-0.016445;RO=32;SAF=2;SAR=4;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922961;STB=0.581538;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0321539;OID=.;OPOS=86369120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:39:39:32:33:6:6:0.153846:4:2:13:19:4:2:14:19 chr13 88331241 . T TTGTA 66.67 PASS AF=0.8;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.019125;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=315.971;QD=26.6674;RBI=0.0197553;REFB=-0.00125865;REVB=-0.00495009;RO=1;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080241;STB=0.583138;STBP=0.428;TYPE=ins;VARB=0.000322905;OID=.;OPOS=88331242;OREF=-;OALT=TGTA;OMAPALT=TTGTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8:8:9:8:10:2:3:5:0:2:10:1:3:5:0:1 chr13 88331799 . C A 147.67 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0388967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.392;QD=26.8493;RBI=0.0396337;REFB=0.0088142;REVB=-0.00760802;RO=7;SAF=1;SAR=14;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.589305;STB=0.839405;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.00300116;OID=.;OPOS=88331799;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:14:1:5:2:14:1:5:2 chr13 92712225 . TA AT 72.09 PASS AF=0.25;AO=6;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=14;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.136802;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=2;MLLD=10.5289;QD=9.01158;RBI=0.150506;REFB=-0.00291202;REVB=0.0627485;RO=10;SAF=6;SAR=0;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.783987;STB=0.852717;STBP=0.029;TYPE=mnp;VARB=0.0503507;OID=.;OPOS=92712225;OREF=TA;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:32:32:10:14:6:8:0.25:0:6:3:7:1:7:5:9 chr13 95117993 . C T 74.47 PASS AF=0.20339;AO=12;DP=61;FAO=12;FDP=59;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0102275;FXX=0.0327815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.469;QD=5.04909;RBI=0.0292408;REFB=-0.00254245;REVB=-0.0273938;RO=48;SAF=7;SAR=5;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203898;STB=0.639664;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0137306;OID=.;OPOS=95117993;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:61:59:48:47:12:12:0.20339:5:7:20:28:5:7:19:28 chr13 95364046 . C G 885.89 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.219;QD=58.0912;RBI=0.0506441;REFB=0;REVB=0.0490991;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167862;OID=.;OPOS=95364046;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:29:31:0:0:30:31:0:0 chr13 95673518 . T C 1146.91 PASS AF=0.766667;AO=91;DP=120;FAO=92;FDP=120;FR=.;FRO=28;FSAF=50;FSAR=42;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00655047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.82;QD=38.2305;RBI=0.0194196;REFB=-0.0114195;REVB=-0.0182815;RO=28;SAF=49;SAR=42;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170169;STB=0.510202;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0041034;OID=.;OPOS=95673518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:28:28:91:92:0.766667:42:49:14:14:42:50:14:14 chr13 95673938 . TA T,TG 979.75 PASS AF=0.176471,0.823529;AO=12,55;DP=70;FAO=12,56;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=6,23;FSAR=6,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223415,0.0205976;FXX=0.0285673;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=123.758,140.696;QD=57.6326;RBI=0.0286178,0.0273697;REFB=0,0;REVB=0.0178839,0.0180233;RO=0;SAF=6,23;SAR=6,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.49259e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0252855,-0.0033362;OID=.,.;OPOS=95673939,95673939;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.176471,0.823529:12,55:70:12,56:68:0:6,23:6,33:0:0:57:0:6,23:6,32:0:0 chr13 95714976 . C T 699.19 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00708953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.021;QD=54.8381;RBI=0.00721537;REFB=-0.0584264;REVB=0.00134167;RO=1;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209097;STB=0.510634;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=1.18396e-05;OID=.;OPOS=95714976;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:51:1:1:49:50:0.980392:22:27:0:1:23:27:0:1 chr13 95726541 . A G 591.35 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0257655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.419;QD=56.3194;RBI=0.0678697;REFB=-0.0976608;REVB=0.0627888;RO=2;SAF=20;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100966;OID=.;OPOS=95726541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:42:42:2:2:40:40:0.952381:20:20:1:1:20:20:1:1 chr13 95727780 . T C 839.45 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155064;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5221;QD=57.8932;RBI=0.0232056;REFB=0;REVB=-0.0172642;RO=0;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000607643;OID=.;OPOS=95727780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:58:0:0:58:58:1:35:23:0:0:35:23:0:0 chr13 95858978 . T C 441.6 PASS AF=1;AO=23;DP=33;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0051513;FXX=0.0908816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.953;QD=58.8797;RBI=0.00823434;REFB=0;REVB=-0.00642405;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.03216e-05;OID=.;OPOS=95858978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:30:0:0:23:30:1:11:12:0:0:14:16:0:0 chr13 95858996 . T C 340.05 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.875;QD=54.4087;RBI=0.0331206;REFB=0;REVB=0.0163713;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107973;OID=.;OPOS=95858996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:14:10:0:0:14:11:0:0 chr13 95861804 . A G 1425.39 PASS AF=0.989247;AO=90;DP=91;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0473964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.54;QD=61.3071;RBI=0.0480745;REFB=0.05619;REVB=-0.00804603;RO=1;SAF=40;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938573;STB=0.504853;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.000148851;OID=.;OPOS=95861804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:91:93:1:1:90:92:0.989247:50:40:0:1:51:41:0:1 chr13 96293631 . G A 498.13 PASS AF=0.792453;AO=42;DP=54;FAO=42;FDP=53;FR=.;FRO=11;FSAF=30;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.00861827;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.093;QD=37.5944;RBI=0.0161057;REFB=-0.0205217;REVB=0.0136058;RO=11;SAF=30;SAR=12;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503092;STB=0.527014;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00525121;OID=.;OPOS=96293631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:54:53:11:11:42:42:0.792453:12:30:9:2:12:30:9:2 chr13 96506664 . A G 49.56 PASS AF=0.117647;AO=8;DP=100;FAO=12;FDP=102;FR=.;FRO=90;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=52;FSRR=38;FWDB=0.00164489;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.193;QD=1.94372;RBI=0.0102856;REFB=-0.00362786;REVB=-0.0101532;RO=92;SAF=2;SAR=6;SRF=53;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.350273;STB=0.639199;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.026279;OID=.;OPOS=96506664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:100:102:92:90:8:12:0.117647:6:2:53:39:7:5:52:38 chr13 96540141 . T C 3067.72 PASS AF=0.962617;AO=204;DP=213;FAO=206;FDP=214;FR=.;FRO=8;FSAF=104;FSAR=102;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0078318;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0087;QD=57.3405;RBI=0.0136429;REFB=0.0113864;REVB=0.0111711;RO=8;SAF=104;SAR=100;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00827489;STB=0.504492;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=-0.00215818;OID=.;OPOS=96540141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:213:214:8:8:204:206:0.962617:100:104:5:3:102:104:5:3 chr13 96540143 . T C 3304.47 PASS AF=1;AO=206;DP=208;FAO=212;FDP=212;FR=.;FRO=0;FSAF=107;FSAR=105;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00285426;FXX=0.0185177;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.438;QD=62.3485;RBI=0.0536571;REFB=0;REVB=0.0535811;RO=0;SAF=105;SAR=101;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.98531e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.2683e-06;OID=.;OPOS=96540143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:18:208:212:0:0:206:212:1:101:105:0:0:105:107:0:0 chr13 96540204 . T G 131.99 PASS AF=0.122222;AO=33;DP=271;FAO=33;FDP=270;FR=.;FRO=237;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=115;FSRR=122;FWDB=-0.0136743;FXX=0.0036899;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.15;QD=1.9554;RBI=0.0188931;REFB=-0.00295481;REVB=0.013037;RO=238;SAF=13;SAR=20;SRF=115;SRR=123;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113176;STB=0.580976;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0218427;OID=.;OPOS=96540204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:271:270:238:237:33:33:0.122222:20:13:115:123:20:13:115:122 chr13 96638636 . A C 1337.51 PASS AF=0.977778;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=90;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=58;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0315656;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.373;QD=59.445;RBI=0.033792;REFB=0.0134386;REVB=0.0120629;RO=2;SAF=30;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305383;STB=0.516125;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.000238215;OID=.;OPOS=96638636;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:90:2:2:87:88:0.977778:57:30:2:0:58:30:2:0 chr13 96821982 . GG TA,TG 385.12 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=2,26;DP=28;FAO=2,26;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=2,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00020732,-0.000220394;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=170.071,214.58;QD=55.0172;RBI=0.0130073,0.0199186;REFB=0,0;REVB=0.0130057,0.0199173;RO=0;SAF=0,16;SAR=2,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-7.71087e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0390841,0.00400331;OID=.,.;OPOS=96821982,96821982;OREF=GG,G;OALT=TA,T;OMAPALT=TA,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:28:28:0:0:2,26:2,26:0.0714286,0.928571:2,10:0,16:0:0:2,10:0,16:0:0 chr13 97485182 . G A 45.53 PASS AF=0.134328;AO=9;DP=67;FAO=9;FDP=67;FR=.;FRO=58;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.0412344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5881;QD=2.71827;RBI=0.0415162;REFB=-0.00980163;REVB=0.00482896;RO=57;SAF=2;SAR=7;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247891;STB=0.688938;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0582143;OID=.;OPOS=97485182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:67:67:57:58:9:9:0.134328:7:2:23:34:7:2:24:34 chr13 97639414 . C T 1104.02 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176554;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.171;QD=60.494;RBI=0.022495;REFB=0;REVB=0.0139397;RO=0;SAF=39;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110566;OID=.;OPOS=97639414;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:73:0:0:72:73:1:33:39:0:0:33:40:0:0 chr13 98829176 . T C 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.734;QD=56.1894;RBI=0.0476309;REFB=0;REVB=0.00707351;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.45578e-05;OID=.;OPOS=98829176;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr13 99100547 . T C 1190.8 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00399395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.468;QD=61.0666;RBI=0.0184245;REFB=0;REVB=-0.0179864;RO=0;SAF=28;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.79895e-05;OID=.;OPOS=99100547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:49:28:0:0:49:29:0:0 chr13 99112680 . C T 128.3 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5728;QD=42.7676;RBI=0.0294352;REFB=0;REVB=-0.0219244;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00153076;OID=.;OPOS=99112680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:10:12:1:3:7:0:0:3:9:0:0 chr13 99324248 . T C 49.94 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8723;QD=33.296;RBI=0.00897947;REFB=0;REVB=0.00897947;RO=0;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333332;OID=.;OPOS=99324248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:5:6:1:5:0:0:0:6:0:0:0 chr13 99324524 . T C 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4086;QD=51.9137;RBI=0.0358612;REFB=0;REVB=0.0339078;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000961741;OID=.;OPOS=99324524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr13 99356612 . A G 1475.44 PASS AF=0.758389;AO=113;DP=149;FAO=113;FDP=149;FR=.;FRO=36;FSAF=53;FSAR=60;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00975586;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.142;QD=39.6091;RBI=0.0147019;REFB=-0.0127868;REVB=0.0109986;RO=35;SAF=53;SAR=60;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201162;STB=0.507504;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00339925;OID=.;OPOS=99356612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:35:36:113:113:0.758389:60:53:18:17:60:53:18:18 chr13 99376181 . C T 702.86 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00421295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.626;QD=54.0661;RBI=0.0724742;REFB=-0.132044;REVB=0.0723517;RO=0;SAF=31;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51219;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000597206;OID=.;OPOS=99376181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:52:0:1:50:51:0.980769:19:31:0:0:20:31:0:1 chr13 99447005 . T C 53.99 PASS AF=0.1375;AO=11;DP=80;FAO=11;FDP=80;FR=.;FRO=69;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=-0.00841271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.1039;QD=2.69947;RBI=0.00861275;REFB=-0.000906872;REVB=0.00184547;RO=69;SAF=3;SAR=8;SRF=24;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106741;STB=0.575855;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00775484;OID=.;OPOS=99447005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:80:80:69:69:11:11:0.1375:8:3:24:45:8:3:24:45 chr13 99853443 . T G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0587584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.442;QD=39.2057;RBI=0.0592486;REFB=0;REVB=-0.00760587;RO=0;SAF=1;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00402421;OID=.;OPOS=99853443;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:8:1:0:0:8:1:0:0 chr13 100004108 . G A 215.15 PASS AF=0.826087;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0280619;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.576;QD=37.4167;RBI=0.0330184;REFB=0.00614439;REVB=0.0173996;RO=4;SAF=9;SAR=10;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715858;STB=0.53913;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=7.98724e-05;OID=.;OPOS=100004108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:23:23:4:4:19:19:0.826087:10:9:1:3:10:9:1:3 chr13 100518580 . A G 941.3 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00916216;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.498;QD=58.8313;RBI=0.0400877;REFB=0;REVB=-0.0390267;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.62147e-05;OID=.;OPOS=100518580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr13 100518634 . C T 130.04 PASS AF=0.3;AO=18;DP=60;FAO=18;FDP=60;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.0289099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8269;QD=8.66917;RBI=0.0591887;REFB=-0.00656024;REVB=-0.051648;RO=42;SAF=13;SAR=5;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417289;STB=0.747935;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0139804;OID=.;OPOS=100518634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:42:42:18:18:0.3:5:13:15:27:5:13:15:27 chr13 100537232 . T C 497.35 PASS AF=0.605263;AO=46;DP=77;FAO=46;FDP=76;FR=.;FRO=30;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.0113189;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.361;QD=26.1762;RBI=0.0253114;REFB=-0.0168404;REVB=0.0226395;RO=30;SAF=25;SAR=21;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165705;STB=0.590127;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0127075;OID=.;OPOS=100537232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:30:30:46:46:0.605263:21:25:23:7:21:25:23:7 chr13 100945533 . G A 1153.47 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.402;QD=60.709;RBI=0.0300132;REFB=0;REVB=-0.0175061;RO=0;SAF=33;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47351e-05;OID=.;OPOS=100945533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:0:0:75:76:1:42:33:0:0:42:34:0:0 chr13 101287340 . C T 306.86 PASS AF=0.722222;AO=24;DP=34;FAO=26;FDP=36;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0692923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.847;QD=34.0954;RBI=0.0693378;REFB=-0.0564408;REVB=0.00251334;RO=10;SAF=14;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455517;STB=0.510721;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0212975;OID=.;OPOS=101287340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:34:36:10:10:24:26:0.722222:10:14:5:5:12:14:5:5 chr13 101287365 . T C 526.11 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00458732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5662;QD=58.4571;RBI=0.0272729;REFB=0;REVB=0.0268843;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00714023;OID=.;OPOS=101287365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:14:21:0:0:15:21:0:0 chr13 101287404 . G A 80.1 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00883322;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.459;QD=7.45085;RBI=0.0617808;REFB=-0.00394284;REVB=-0.061146;RO=32;SAF=5;SAR=6;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128039;STB=0.579688;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0162247;OID=.;OPOS=101287404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:32:32:11:11:0.255814:6:5:18:14:6:5:18:14 chr13 101289969 . C T 31.02 PASS AF=0.1;AO=7;DP=70;FAO=7;FDP=70;FR=.;FRO=63;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=46;FWDB=0.0641814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.666;QD=1.77241;RBI=0.0652004;REFB=0.0014876;REVB=-0.0114821;RO=59;SAF=1;SAR=6;SRF=17;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234738;STB=0.674416;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.0129756;OID=.;OPOS=101289969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:70:70:59:63:7:7:0.1:6:1:17:42:6:1:17:46 chr13 101322622 . G C 248.3 PASS AF=0.733333;AO=22;DP=30;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0470869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.637;QD=33.1066;RBI=0.0537467;REFB=-0.0520527;REVB=0.0259139;RO=8;SAF=10;SAR=12;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.08284;STB=0.545413;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0180226;OID=.;OPOS=101322622;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:8:8:22:22:0.733333:12:10:5:3:12:10:5:3 chr13 101735211 . G A 443.63 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393869;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.992;QD=57.2423;RBI=0.0446205;REFB=0;REVB=0.020968;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177042;OID=.;OPOS=101735211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:18:12:0:0:18:13:0:0 chr13 101736075 . A G 104.27 PASS AF=0.220779;AO=17;DP=77;FAO=17;FDP=77;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0238429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2729;QD=5.41665;RBI=0.112707;REFB=0.00487033;REVB=-0.110156;RO=60;SAF=10;SAR=7;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130678;STB=0.581833;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=-0.0203042;OID=.;OPOS=101736075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:60:60:17:17:0.220779:7:10:29:31:7:10:29:31 chr13 101795317 . A C 268.45 PASS AF=0.757576;AO=21;DP=32;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0229412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.4917;QD=32.5392;RBI=0.114301;REFB=-0.0169603;REVB=0.111975;RO=6;SAF=15;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173157;STB=0.612806;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00223964;OID=.;OPOS=101795317;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:32:33:6:8:21:25:0.757576:6:15:2:4:6:19:3:5 chr13 101795422 . A G 581.89 PASS AF=0.839286;AO=47;DP=56;FAO=47;FDP=56;FR=.;FRO=9;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00731569;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.806;QD=41.5633;RBI=0.00809331;REFB=-0.00554758;REVB=-0.00346155;RO=9;SAF=29;SAR=18;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121401;STB=0.565054;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00151942;OID=.;OPOS=101795422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:56:56:9:9:47:47:0.839286:18:29:2:7:18:29:2:7 chr13 102220193 . G T 525.26 PASS AF=0.8;AO=42;DP=53;FAO=44;FDP=55;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0327383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.127;QD=38.2004;RBI=0.0374291;REFB=-0.0563956;REVB=0.0181422;RO=11;SAF=14;SAR=28;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0515556;STB=0.519426;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0108217;OID=.;OPOS=102220193;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:53:55:11:11:42:44:0.8:28:14:5:6:28:16:5:6 chr13 102366825 . A G 132.5 PASS AF=0.232558;AO=20;DP=86;FAO=20;FDP=86;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=46;FSRR=20;FWDB=-0.0593666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2847;QD=6.16284;RBI=0.0683446;REFB=0.00231693;REVB=-0.0338614;RO=65;SAF=13;SAR=7;SRF=46;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815518;STB=0.540537;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.0114923;OID=.;OPOS=102366825;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:65:66:20:20:0.232558:7:13:46:19:7:13:46:20 chr13 102431351 . G C 128.61 PASS AF=0.215054;AO=20;DP=93;FAO=20;FDP=93;FR=.;FRO=73;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.00423747;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.874;QD=5.53148;RBI=0.0493491;REFB=-0.00492415;REVB=-0.0491668;RO=71;SAF=14;SAR=6;SRF=30;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343557;STB=0.713165;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0122043;OID=.;OPOS=102431351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:71:73:20:20:0.215054:6:14:30:41:6:14:31:42 chr13 103328660 . A G 712.82 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00983582;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.933;QD=63.3616;RBI=0.0492165;REFB=0;REVB=0.0482236;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.62033e-05;OID=.;OPOS=103328660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:20:24:0:0:21:24:0:0 chr13 103384824 . G A 509.66 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035951;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.963;QD=58.2465;RBI=0.044994;REFB=0;REVB=0.0270551;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498105;OID=.;OPOS=103384824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:23:10:0:0:25:10:0:0 chr13 103385014 . TA T,TG 988.78 PASS AF=0.0294118,0.970588;AO=8,60;DP=68;FAO=2,66;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=2,23;FSAR=0,43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0032465,0.00642238;FXX=0.0144907;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=166.425,188.678;QD=58.1635;RBI=0.0260889,0.0416121;REFB=0,0;REVB=0.0258861,0.0411135;RO=0;SAF=2,23;SAR=6,37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.58669e-08,-3.03034e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0118508,-0.000229996;OID=.,.;OPOS=103385015,103385015;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0294118,0.970588:8,60:68:2,66:68:0:2,23:0,43:0:0:5:0:2,23:6,37:0:0 chr13 103385299 . A C 749.31 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000418831;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.655;QD=63.7707;RBI=0.00891596;REFB=0;REVB=0.00890612;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11357e-05;OID=.;OPOS=103385299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr13 103385798 . T C 706.84 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0379353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=87.3253;QD=60.1565;RBI=0.0490146;REFB=0.00474302;REVB=0.0310378;RO=1;SAF=19;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240908;STB=0.51219;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000272367;OID=.;OPOS=103385798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:45:46:0.978723:26:19:1:0:26:20:1:0 chr13 103386116 . C G 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.809;QD=59.8393;RBI=0.0433255;REFB=0;REVB=0.0328433;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248555;OID=.;OPOS=103386116;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr13 103386283 . A G 1897.91 PASS AF=1;AO=122;DP=125;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00240865;FXX=0.0238076;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.314;QD=61.7207;RBI=0.0104804;REFB=0;REVB=0.0101998;RO=0;SAF=51;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.80326e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125425;OID=.;OPOS=103386283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:125:123:0:0:122:123:1:71:51:0:0:72:51:0:0 chr13 103388220 . A G,T 760.77 PASS AF=0.959184,0.0408163;AO=46,2;DP=48;FAO=47,2;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20,1;FSAR=27,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168844,0.0177031;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=248.704,212.064;QD=62.1037;RBI=0.0203971,0.0181912;REFB=0,0;REVB=0.0114437,0.00418574;RO=0;SAF=20,1;SAR=26,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000750398,0.0440383;OID=.,.;OPOS=103388220,103388220;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:48:49:0:0:46,2:47,2:0.959184,0.0408163:26,1:20,1:0:0:27,1:20,1:0:0 chr13 103391634 . C T 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.134;QD=55.0962;RBI=0.0371473;REFB=0;REVB=-0.0181639;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000803871;OID=.;OPOS=103391634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr13 103392562 . C A 1062.55 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.615;QD=59.862;RBI=0.0205531;REFB=0;REVB=0.0158035;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.2553e-05;OID=.;OPOS=103392562;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:69:71:1:31:38:0:0:31:40:0:0 chr13 103394003 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00263627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.004;QD=49.599;RBI=0.0300995;REFB=0;REVB=0.0299838;RO=0;SAF=15;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000369528;OID=.;OPOS=103394003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:3:15:0:0:3:15:0:0 chr13 103394239 . C T 1150.99 PASS AF=1;AO=73;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150066;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.252;QD=60.5785;RBI=0.015211;REFB=0;REVB=0.00248553;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162971;OID=.;OPOS=103394239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:73:76:1:34:39:0:0:36:40:0:0 chr13 103394613 . T G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.425;QD=39.2061;RBI=0.0335833;REFB=0;REVB=-0.0269492;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00317611;OID=.;OPOS=103394613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr13 103394716 . T C 646.11 PASS AF=0.977778;AO=40;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0174406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6179;QD=57.4317;RBI=0.206834;REFB=-0.193013;REVB=0.206098;RO=2;SAF=31;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03442;STB=0.507933;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00521715;OID=.;OPOS=103394716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:45:2:1:40:44:0.977778:9:31:1:1:13:31:1:0 chr13 103395819 . C T 765.51 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142188;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.107;QD=63.7923;RBI=0.0145428;REFB=0;REVB=-0.00305287;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.26269e-05;OID=.;OPOS=103395819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr13 103396716 . C G 517.87 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0362018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.252;QD=54.5123;RBI=0.0549152;REFB=0.0827996;REVB=0.041293;RO=2;SAF=14;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114665;STB=0.506132;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=-0.000630035;OID=.;OPOS=103396716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:38:38:2:2:36:36:0.947368:22:14:1:1:22:14:1:1 chr13 103397387 . T G 545.69 PASS AF=0.97619;AO=37;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0693922;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.2785;QD=51.9706;RBI=0.0910021;REFB=-0.078188;REVB=0.0588737;RO=3;SAF=14;SAR=23;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00672119;STB=0.509799;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0125583;OID=.;OPOS=103397387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:3:1:37:41:0.97619:23:14:1:2:25:16:0:1 chr13 103397583 . C G 918.99 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218933;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.002;QD=58.3486;RBI=0.0244029;REFB=0;REVB=0.0107788;RO=0;SAF=22;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000264274;OID=.;OPOS=103397583;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:40:22:0:0:40:23:0:0 chr13 103400729 . G A 341.5 PASS AF=0.9;AO=26;DP=29;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00926332;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.231;QD=45.5327;RBI=0.0136964;REFB=-0.0889448;REVB=0.0100888;RO=3;SAF=12;SAR=14;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247484;STB=0.51484;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.00306825;OID=.;OPOS=103400729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:29:30:3:3:26:27:0.9:14:12:1:2:14:13:1:2 chr13 103402522 . C T 955.12 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.083;QD=58.7767;RBI=0.0281833;REFB=0;REVB=0.0251272;RO=0;SAF=31;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.90682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.58957e-05;OID=.;OPOS=103402522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:34:31:0:0:34:31:0:0 chr13 103449202 . T C 1495.33 PASS AF=0.954128;AO=104;DP=109;FAO=104;FDP=109;FR=.;FRO=5;FSAF=59;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0152463;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.322;QD=54.8744;RBI=0.0158132;REFB=-0.163871;REVB=0.00419636;RO=2;SAF=59;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02062;STB=0.517078;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.000550519;OID=.;OPOS=103449202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:109:109:2:5:104:104:0.954128:45:59:0:2:45:59:1:4 chr13 103450973 . T C 1135.24 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.082;QD=60.5461;RBI=0.0135519;REFB=0;REVB=0.00410151;RO=0;SAF=27;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.00823e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.42795e-05;OID=.;OPOS=103450973;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:48:27:0:0:48:27:0:0 chr13 103493825 . C G 582.93 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00513688;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.785;QD=61.3607;RBI=0.0212863;REFB=0;REVB=0.0206572;RO=0;SAF=9;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.04413e-05;OID=.;OPOS=103493825;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:38:0:0:38:38:1:29:9:0:0:29:9:0:0 chr13 103504517 . T C 1020.94 PASS AF=1;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=8.29202e-05;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.602;QD=60.0555;RBI=0.0222483;REFB=0;REVB=0.0222482;RO=0;SAF=28;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000287447;OID=.;OPOS=103504517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:68:0:0:68:68:1:40:28:0:0:40:28:0:0 chr13 103511301 . T C 789.51 PASS AF=0.982456;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0510947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.064;QD=55.4042;RBI=0.0528255;REFB=-0.0717733;REVB=0.0134113;RO=1;SAF=26;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177809;STB=0.509088;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000321767;OID=.;OPOS=103511301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:55:57:1:1:54:56:0.982456:28:26:1:0:29:27:1:0 chr13 103527849 . G C 576.89 PASS AF=0.882353;AO=45;DP=51;FAO=45;FDP=51;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.00157742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.397;QD=45.2463;RBI=0.029243;REFB=-0.00132092;REVB=0.0292005;RO=6;SAF=16;SAR=29;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147462;STB=0.578911;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00055952;OID=.;OPOS=103527849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:6:6:45:45:0.882353:29:16:6:0:29:16:6:0 chr13 103527930 . G C 685.63 PASS AF=0.957447;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000730813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.305;QD=58.3517;RBI=0.0564766;REFB=-0.0288695;REVB=0.0564719;RO=2;SAF=20;SAR=24;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446823;STB=0.522717;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00352554;OID=.;OPOS=103527930;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:47:2:2:44:45:0.957447:24:20:2:0:24:21:2:0 chr13 103528337 . G A 708.24 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00942515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.722;QD=62.9546;RBI=0.018681;REFB=0;REVB=0.0161291;RO=0;SAF=18;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14619e-05;OID=.;OPOS=103528337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:27:18:0:0:27:18:0:0 chr13 103705044 . A C 775.28 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0139309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.453;QD=53.4673;RBI=0.0306615;REFB=-0.109089;REVB=0.0273141;RO=2;SAF=18;SAR=38;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132289;STB=0.50702;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00192987;OID=.;OPOS=103705044;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:2:2:56:56:0.965517:38:18:1:1:38:18:1:1 chr13 106118612 . C T 853.12 PASS AF=0.864865;AO=64;DP=73;FAO=64;FDP=74;FR=.;FRO=10;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.00187531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.683;QD=46.1143;RBI=0.00915537;REFB=-0.0446368;REVB=0.00896125;RO=9;SAF=39;SAR=25;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0130516;STB=0.501329;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0054713;OID=.;OPOS=106118612;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:73:74:9:10:64:64:0.864865:25:39:5:4:25:39:6:4 chr13 106119446 . G A 53.97 PASS AF=0.153846;AO=10;DP=65;FAO=10;FDP=65;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0110854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4765;QD=3.32125;RBI=0.0112186;REFB=0.00819568;REVB=-0.00172354;RO=55;SAF=7;SAR=3;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199152;STB=0.638149;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.0506429;OID=.;OPOS=106119446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:65:65:55:55:10:10:0.153846:3:7:30:25:3:7:30:25 chr13 107144320 . G A 689.19 PASS AF=0.857143;AO=54;DP=63;FAO=54;FDP=63;FR=.;FRO=9;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0129522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.559;QD=43.7582;RBI=0.0186189;REFB=-0.00510499;REVB=0.0133755;RO=9;SAF=30;SAR=24;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606747;STB=0.532362;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.000669386;OID=.;OPOS=107144320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:63:63:9:9:54:54:0.857143:24:30:7:2:24:30:7:2 chr13 107145463 . G C 1133.82 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.621;QD=59.6746;RBI=0.0446807;REFB=0;REVB=0.0101047;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158332;OID=.;OPOS=107145463;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:76:0:0:72:76:1:42:30:0:0:44:32:0:0 chr13 108863591 . G A 31.3 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=54;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.013626;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.98;QD=2.36196;RBI=0.0153035;REFB=-0.000114153;REVB=0.00696641;RO=44;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249068;STB=0.659899;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.000254219;OID=.;OPOS=108863591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:54:53:44:47:6:6:0.113208:3:3:13:31:3:3:15:32 chr13 108863609 . G A 46.55 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=54;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=35;FWDB=-0.0223232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5558;QD=3.44816;RBI=0.02294;REFB=-0.00667334;REVB=0.00528392;RO=46;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335072;STB=0.721777;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.023175;OID=.;OPOS=108863609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:54:54:46:46:8:8:0.148148:4:4:11:35:4:4:11:35 chr13 108882124 . AATTTTTC AAATTTTC,AATTTTC,AATTTTCT,ATTTTC 66.36 PASS AF=0,0,0,0.40625;AO=2,4,3,6;DP=39;FAO=0,0,0,13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=0,0,0,1;FSAR=0,0,0,12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0815212,0.13358,0.0356205,0.0663373;FXX=0.0588062;HRUN=5,5,5,5;LEN=1,1,2,2;MLLD=18.6904,11.0005,16.3492,22.4685;QD=8.29504;RBI=0.109724,0.139565,0.160955,0.0737713;REFB=-0.0239,-0.113635,-0.0944217,-0.0963954;REVB=-0.0734408,-0.0404313,-0.156964,0.0322733;RO=18;SAF=0,0,0,0;SAR=2,4,3,6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.521726,-0.657455,-0.604808,-0.720804;STB=0.5,0.5,0.5,0.844402;STBP=1,1,1,0.01;TYPE=snp,del,mnp,del;VARB=0,0,0.0206011,0.186726;OID=.,.,.,.;OPOS=108882126,108882126,108882130,108882125;OREF=T,T,TC,AT;OALT=A,-,CT,-;OMAPALT=AAATTTTC,AATTTTC,AATTTTCT,ATTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/4:0,0,0,0.40625:2,4,3,6:39:0,0,0,13:32:19:0,0,0,1:0,0,0,12:9:10:64:18:0,0,0,0:2,4,3,6:9:9 chr13 108884457 . CAAAAAAAA ACAAAAAAA,CAAAAAAA,CAAAAAAAAC,CAAAAAA,CAAAAAAAC 215.12 PASS AF=0.0227273,0.454545,0.181818,0.0681818,0.113636;AO=2,13,6,5,5;DP=47;FAO=1,20,8,3,5;FDP=44;FR=.;FRO=7;FSAF=0,11,6,2,5;FSAR=1,9,2,1,0;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00295608,0.0250603,-0.0261937,0.0128041,-0.0209367;FXX=0.0434688;HRUN=1,9,2,9,9;LEN=2,1,1,2,1;MLLD=15.4677,6.1558,187.17,10.7146,187.802;QD=19.5559;RBI=0.0621368,0.113191,0.0261937,0.0476448,0.0209367;REFB=-0.0156356,-0.0109328,0.0052332,-0.0219402,0.00449175;REVB=0.0620664,0.110382,3.04864e-05,0.045892,-3.06103e-05;RO=9;SAF=1,6,4,3,5;SAR=1,7,2,2,0;SRF=6;SRR=3;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.174857,-0.147025,0,-0.0717807,0.69933;STB=0.990125,0.505612,0.599733,0.570939,0.996995;STBP=0.485,0.962,0.513,0.921,0.06;TYPE=mnp,del,ins,del,snp;VARB=0.119329,0.0658382,0.00302449,0.0831245,0.0273427;OID=.,.,.,.,.;OPOS=108884457,108884458,108884466,108884458,108884465;OREF=CA,A,-,AA,A;OALT=AC,-,C,-,C;OMAPALT=ACAAAAAAA,CAAAAAAA,CAAAAAAAAC,CAAAAAA,CAAAAAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:41:47:44:9:7:2,13,6,5,5:1,20,8,3,5:0.0227273,0.454545,0.181818,0.0681818,0.113636:1,7,2,2,0:1,6,4,3,5:6:3:1,9,2,1,0:0,11,6,2,5:4:3 chr13 109661359 . C G 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.689;QD=63.5822;RBI=0.0168348;REFB=0;REVB=0.0126403;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81126e-05;OID=.;OPOS=109661359;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr13 109779906 . C T 459.21 PASS AF=0.75;AO=36;DP=48;FAO=36;FDP=48;FR=.;FRO=12;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0935916;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.53;QD=38.2671;RBI=0.13303;REFB=0.017833;REVB=-0.0945382;RO=12;SAF=23;SAR=13;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100548;STB=0.554235;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=-0.00548793;OID=.;OPOS=109779906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:12:12:36:36:0.75:13:23:10:2:13:23:10:2 chr13 109793474 . T C 310.39 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0190618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2234;QD=49.6622;RBI=0.0429168;REFB=0.0381275;REVB=-0.0384513;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516116;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.0361829;OID=.;OPOS=109793474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:15:9:0:0:15:9:0:1 chr13 109793593 . C A 80.01 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0195489;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=191.172;QD=7.27366;RBI=0.0197703;REFB=-0.0067403;REVB=-0.00294991;RO=33;SAF=4;SAR=7;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112506;STB=0.570684;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0300723;OID=.;OPOS=109793593;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:33:33:11:11:0.25:7:4:15:18:7:4:15:18 chr13 109793720 . A C 1389.81 PASS AF=1;AO=86;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412216;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.846;QD=63.1732;RBI=0.0470867;REFB=0;REVB=0.0227582;RO=0;SAF=21;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.63946e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.55627e-05;OID=.;OPOS=109793720;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:86:88:1:65:21:0:0:67:21:0:0 chr13 110408608 . C T 843.44 PASS AF=0.8125;AO=65;DP=80;FAO=65;FDP=80;FR=.;FRO=15;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00368996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.456;QD=42.1722;RBI=0.0120916;REFB=-0.0136686;REVB=-0.0115148;RO=15;SAF=33;SAR=32;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324285;STB=0.517316;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00440173;OID=.;OPOS=110408608;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:80:80:15:15:65:65:0.8125:32:33:9:6:32:33:9:6 chr13 110435914 . G A 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.00940413;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=109.952;QD=18.7441;RBI=0.0340794;REFB=0.00211267;REVB=0.0327562;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197383;STB=0.615061;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.000337994;OID=.;OPOS=110435914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:4:3:3:1:4:3:3:1 chr13 110436058 . G A 143.17 PASS AF=0.307692;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=65;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.000490698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.194;QD=8.81049;RBI=0.0611651;REFB=-0.00718271;REVB=0.0611631;RO=44;SAF=14;SAR=6;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382259;STB=0.73112;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0279802;OID=.;OPOS=110436058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:45:20:20:0.307692:6:14:16:28:6:14:16:29 chr13 110819586 . G A 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.665;QD=58.6006;RBI=0.0362521;REFB=0;REVB=0.0221872;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151136;OID=.;OPOS=110819586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:38:26:0:0:38:26:0:0 chr13 110827574 . T A 550.07 PASS AF=0.727273;AO=47;DP=66;FAO=48;FDP=66;FR=.;FRO=18;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=0.000256597;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.333;QD=33.3378;RBI=0.0691717;REFB=-0.041447;REVB=0.0691713;RO=16;SAF=29;SAR=18;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100158;STB=0.550519;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0188147;OID=.;OPOS=110827574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:16:18:47:48:0.727273:18:29:13:3:19:29:14:4 chr13 110827580 . C T 672.41 PASS AF=0.774648;AO=55;DP=70;FAO=55;FDP=71;FR=.;FRO=16;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.00724607;FXX=0.013887;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.779;QD=37.882;RBI=0.0121691;REFB=-0.0161706;REVB=0.00977652;RO=15;SAF=35;SAR=20;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133717;STB=0.559979;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0112958;OID=.;OPOS=110827580;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:15:16:55:55:0.774648:20:35:14:1:20:35:14:2 chr13 110833702 . C T 473.67 PASS AF=0.759259;AO=41;DP=55;FAO=41;FDP=54;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00954777;FXX=0.0181785;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.033;QD=35.0863;RBI=0.0106992;REFB=-0.040101;REVB=0.00482832;RO=11;SAF=18;SAR=23;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113219;STB=0.542629;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0132464;OID=.;OPOS=110833702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:55:54:11:13:41:41:0.759259:23:18:8:3:23:18:8:5 chr13 110838813 . GA G,GG 410.3 PASS AF=0.636364,0.113636;AO=17,16;DP=45;FAO=28,5;FDP=44;FR=.;FRO=11;FSAF=26,4;FSAR=2,1;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0261448,-0.0335776;FXX=0.0434688;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=102.033,101.235;QD=37.2998;RBI=0.0713896,0.0763742;REFB=-0.0106293,0.00523052;REVB=-0.0664298,-0.068597;RO=10;SAF=17,12;SAR=0,4;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.832912,0.12655;STB=0.739613,0.704974;STBP=0.004,0.331;TYPE=del,snp;VARB=-0.0111187,0.0643761;OID=.,.;OPOS=110838814,110838814;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364,0.113636:17,16:45:28,5:44:11:26,4:2,1:6:5:88:10:17,12:0,4:6:4 chr13 110839550 . T G 968.67 PASS AF=1;AO=61;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=35;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4553;QD=56.1549;RBI=0.0632443;REFB=0;REVB=-0.00452675;RO=0;SAF=27;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00428657;OID=.;OPOS=110839550;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:69:0:0:61:69:1:34:27:0:0:34:35:0:0 chr13 110843985 . T C 583.71 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0247102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.601;QD=58.3705;RBI=0.0278466;REFB=-0.15109;REVB=0.0128391;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518509;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.000891001;OID=.;OPOS=110843985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:40:40:0:1:39:39:0.975:26:13:0:0:26:13:1:0 chr13 110853766 . A G 36.07 PASS AF=0.2;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=-0.0758545;FXX=0.0322477;HRUN=5;LEN=1;MLLD=22.5474;QD=4.80956;RBI=0.111471;REFB=-0.0178185;REVB=0.0816809;RO=18;SAF=1;SAR=5;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.629073;STB=0.920121;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0262255;OID=.;OPOS=110853766;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:30:18:24:6:6:0.2:5:1:14:4:5:1:20:4 chr13 110857823 . C T 740.08 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.349;QD=56.9295;RBI=0.0365225;REFB=0;REVB=0.0276319;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169451;OID=.;OPOS=110857823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr13 110857895 . A G 740.28 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301111;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.575;QD=63.0022;RBI=0.0399348;REFB=0;REVB=0.0262319;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000576319;OID=.;OPOS=110857895;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:47:0:0:44:47:1:24:20:0:0:26:21:0:0 chr13 110861785 . C G 523.78 PASS AF=0.826087;AO=38;DP=47;FAO=38;FDP=46;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00971055;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.935;QD=45.5462;RBI=0.00971197;REFB=-0.0505155;REVB=-0.000166217;RO=7;SAF=14;SAR=24;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0186029;STB=0.524259;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0118724;OID=.;OPOS=110861785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:47:46:7:8:38:38:0.826087:24:14:3:4:24:14:4:4 chr13 110864225 . A T 1571.71 PASS AF=0.845588;AO=115;DP=136;FAO=115;FDP=136;FR=.;FRO=21;FSAF=47;FSAR=68;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00261952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.441;QD=46.2268;RBI=0.0162634;REFB=-0.0112643;REVB=0.0160511;RO=21;SAF=47;SAR=68;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202425;STB=0.510737;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.00189241;OID=.;OPOS=110864225;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:21:21:115:115:0.845588:68:47:10:11:68:47:10:11 chr13 111077197 . G A 1908.32 PASS AF=0.992308;AO=124;DP=131;FAO=129;FDP=130;FR=.;FRO=1;FSAF=71;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0214193;FXX=0.0225547;HRUN=3;LEN=1;MLLD=144.485;QD=58.7175;RBI=0.0344626;REFB=-0.170669;REVB=0.0269979;RO=2;SAF=71;SAR=53;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00223499;STB=0.503496;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00177731;OID=.;OPOS=111077197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:131:130:2:1:124:129:0.992308:53:71:1:1:58:71:1:0 chr13 111154058 . T A 673.86 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00764745;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3662;QD=62.6844;RBI=0.0196657;REFB=0;REVB=-0.0181179;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.13245e-05;OID=.;OPOS=111154058;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr13 111154061 . T C 689.27 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0696069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9909;QD=62.6611;RBI=0.0699191;REFB=0;REVB=-0.00660001;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000711737;OID=.;OPOS=111154061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr13 111155773 . T C 788.63 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00958237;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.241;QD=57.355;RBI=0.0170389;REFB=0;REVB=0.0140891;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.84883e-05;OID=.;OPOS=111155773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr13 111156499 . C T 1295.76 PASS AF=0.909091;AO=83;DP=92;FAO=90;FDP=99;FR=.;FRO=9;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.112842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6451;QD=52.3541;RBI=0.112926;REFB=-0.00797547;REVB=0.00435529;RO=9;SAF=34;SAR=49;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794389;STB=0.540532;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0154201;OID=.;OPOS=111156499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:92:99:9:9:83:90:0.909091:49:34:0:9:51:39:0:9 chr13 111158874 . A G 687.85 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00978907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7169;QD=62.532;RBI=0.0624561;REFB=0;REVB=0.0616842;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395507;OID=.;OPOS=111158874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:19:24:0:0:19:25:0:0 chr13 111160304 . G A 601.29 PASS AF=0.761194;AO=50;DP=67;FAO=51;FDP=67;FR=.;FRO=16;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00504514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.874;QD=35.8977;RBI=0.0241219;REFB=-0.0147638;REVB=0.0235884;RO=16;SAF=25;SAR=25;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563355;STB=0.527539;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.00532107;OID=.;OPOS=111160304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:16:16:50:51:0.761194:25:25:6:10:26:25:6:10 chr13 111164614 . T C 646.48 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00677958;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.072;QD=50.7045;RBI=0.00903834;REFB=-0.136147;REVB=-0.00597737;RO=3;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447543;STB=0.5238;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.000322465;OID=.;OPOS=111164614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:51:51:3:3:48:48:0.941176:30:18:0:3:30:18:0:3 chr13 111176393 . A G 582.94 PASS AF=0.97561;AO=38;DP=39;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0355628;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.983;QD=56.8722;RBI=0.0628719;REFB=-0.0137034;REVB=-0.0518475;RO=1;SAF=19;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240222;STB=0.512814;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00085031;OID=.;OPOS=111176393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:41:1:1:38:40:0.97561:19:19:1:0:21:19:1:0 chr13 111176519 . G T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.558;QD=48.7372;RBI=0.0478632;REFB=0;REVB=-0.0327006;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4999e-05;OID=.;OPOS=111176519;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr13 111279844 . G A 41.9 PASS AF=0.126761;AO=10;DP=71;FAO=9;FDP=71;FR=.;FRO=62;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.0160223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8702;QD=2.36041;RBI=0.0292548;REFB=-0.00847414;REVB=-0.024477;RO=61;SAF=5;SAR=5;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100372;STB=0.562362;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0652518;OID=.;OPOS=111279844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:71:71:61:62:10:9:0.126761:5:5:31:30:5:4:32:30 chr13 111291044 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266469;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=284.968;QD=62.022;RBI=0.0292085;REFB=0;REVB=0.0119615;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.87756e-05;OID=.;OPOS=111291044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:25:16:0:0:26:16:0:0 chr13 111298392 . A G 755.36 PASS AF=0.964912;AO=47;DP=56;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0336797;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=101.251;QD=53.008;RBI=0.0336823;REFB=0.0226387;REVB=0.00041511;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500959;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.000166454;OID=.;OPOS=111298392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:57:0:2:47:55:0.964912:19:28:0:0:26:29:1:1 chr13 111350281 . C T 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0286642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5363;QD=28.537;RBI=0.0421657;REFB=0.0143393;REVB=0.0309243;RO=1;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173072;STB=0.599698;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=-0.0163097;OID=.;OPOS=111350281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:5:2:1:0:5:2:1:0 chr13 111365104 . A G 685.35 PASS AF=0.978261;AO=42;DP=42;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0268369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7079;QD=59.5954;RBI=0.0444265;REFB=-0.0993093;REVB=0.0354047;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00114765;OID=.;OPOS=111365104;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:42:46:0:1:42:45:0.978261:24:18:0:0:26:19:0:1 chr13 111367876 . G C 80.44 PASS AF=0.15625;AO=15;DP=96;FAO=15;FDP=96;FR=.;FRO=81;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=45;FWDB=-0.00269993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.459;QD=3.35164;RBI=0.0106601;REFB=-0.00247901;REVB=-0.0103125;RO=81;SAF=6;SAR=9;SRF=36;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0570519;STB=0.53841;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0136611;OID=.;OPOS=111367876;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:96:96:81:81:15:15:0.15625:9:6:36:45:9:6:36:45 chr13 111371958 . G A 42.76 PASS AF=0.189189;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0249373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.852;QD=4.62295;RBI=0.0617342;REFB=-0.0128483;REVB=-0.0564734;RO=27;SAF=6;SAR=1;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417836;STB=0.819519;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0430466;OID=.;OPOS=111371958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:37:27:30:7:7:0.189189:1:6:15:12:1:6:15:15 chr13 111372392 . T A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.843;QD=33.4285;RBI=0.0689966;REFB=0;REVB=-0.066868;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000647301;OID=.;OPOS=111372392;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr13 111531885 . C A 793.19 PASS AF=1;AO=45;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0643577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.112;QD=63.455;RBI=0.0654055;REFB=0;REVB=0.0116605;RO=0;SAF=29;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000602304;OID=.;OPOS=111531885;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:45:50:1:16:29:0:0:20:30:0:0 chr13 111806245 . A G 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.044434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.576;QD=39.3177;RBI=0.0661402;REFB=-0.0145941;REVB=0.0489912;RO=1;SAF=5;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821523;STB=0.545384;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.00189657;OID=.;OPOS=111806245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:8:5:1:0:8:5:1:0 chr13 111870037 . T C 227.17 PASS AF=0.8;AO=20;DP=25;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00863379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.581;QD=36.3465;RBI=0.0337835;REFB=-0.0189632;REVB=0.0326617;RO=5;SAF=9;SAR=11;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184848;STB=0.510111;STBP=0.931;TYPE=snp;VARB=0.00466934;OID=.;OPOS=111870037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:25:25:5:5:20:20:0.8:11:9:2:3:11:9:2:3 chr13 111980537 . C T 1259.32 PASS AF=0.976471;AO=83;DP=86;FAO=83;FDP=85;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=44;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0168615;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.188;QD=59.2619;RBI=0.0208032;REFB=0.0137719;REVB=0.0121844;RO=2;SAF=39;SAR=44;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236664;STB=0.512497;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=9.48827e-05;OID=.;OPOS=111980537;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:85:2:2:83:83:0.976471:44:39:2:0:44:39:2:0 chr13 112723759 . ATTTTTTTTTTT ATTTTTTTTT,ATTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTG 102.04 PASS AF=0,0.810811,0.189189;AO=5,5,4;DP=35;FAO=0,30,7;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13,2;FSAR=0,17,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0957323,0.180339,0.217721;FXX=0;HRUN=11,11,11;LEN=2,1,1;MLLD=7.03041,3.89193,11.0813;QD=11.0311;RBI=0.101841,0.191379,0.220964;REFB=0.0621829,0.0414119,0.0378636;REVB=0.0347412,0.0640599,-0.0377199;RO=13;SAF=1,1,1;SAR=4,4,3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.393238,-0.393238,-0.327008;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0500478,-0.00966919,-0.0143577;OID=.,.,.;OPOS=112723760,112723760,112723770;OREF=TT,T,T;OALT=-,-,G;OMAPALT=ATTTTTTTTT,ATTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.810811,0.189189:5,5,4:35:0,30,7:37:0:0,13,2:0,17,5:0:0:23:13:1,1,1:4,4,3:7:6 chr13 112725791 . G A 148.12 PASS AF=0.875;AO=3;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.100842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=35.4138;QD=37.0311;RBI=0.104109;REFB=-0.173058;REVB=-0.0258778;RO=2;SAF=3;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571326;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0302304;OID=.;OPOS=112725791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:16:16:2:2:3:14:0.875:0:3:2:0:8:6:2:0 chr13 113033010 . A C 51.7 PASS AF=0.144928;AO=10;DP=69;FAO=10;FDP=69;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=35;FSRR=24;FWDB=0.0143215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.683;QD=2.99725;RBI=0.0219913;REFB=-0.00354817;REVB=-0.0166886;RO=58;SAF=8;SAR=2;SRF=35;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278607;STB=0.707026;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0194722;OID=.;OPOS=113033010;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:69:69:58:59:10:10:0.144928:2:8:35:23:2:8:35:24 chr13 113052388 . A G 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00961278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.673;QD=63.583;RBI=0.0174762;REFB=0;REVB=0.0145949;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31795e-05;OID=.;OPOS=113052388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr13 113053470 . T A 638.02 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.033318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.954;QD=59.3502;RBI=0.0349447;REFB=-0.108874;REVB=0.0105376;RO=1;SAF=15;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302621;STB=0.516121;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.000496358;OID=.;OPOS=113053470;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:27:15:1:0:27:15:1:0 chr13 113153217 . C A 561.85 PASS AF=0.738462;AO=48;DP=65;FAO=48;FDP=65;FR=.;FRO=17;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.00930795;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.92;QD=34.5753;RBI=0.0250221;REFB=-0.000169559;REVB=-0.0232265;RO=17;SAF=23;SAR=25;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177642;STB=0.595431;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=8.46838e-06;OID=.;OPOS=113153217;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:17:17:48:48:0.738462:25:23:2:15:25:23:2:15 chr13 113153271 . G A 475.1 PASS AF=0.773585;AO=37;DP=49;FAO=41;FDP=53;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0253262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.092;QD=35.8562;RBI=0.0332633;REFB=-0.00229978;REVB=0.0215647;RO=11;SAF=15;SAR=22;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142932;STB=0.587588;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.000757068;OID=.;OPOS=113153271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:49:53:11:12:37:41:0.773585:22:15:1:10:22:19:1:11 chr13 113479813 . G A 94.82 PASS AF=0.219178;AO=16;DP=73;FAO=16;FDP=73;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=39;FWDB=-0.0197223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.881;QD=5.19569;RBI=0.020775;REFB=-0.0096549;REVB=0.00652925;RO=53;SAF=10;SAR=6;SRF=16;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.383898;STB=0.727901;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0283315;OID=.;OPOS=113479813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:73:73:53:57:16:16:0.219178:6:10:16:37:6:10:18:39 chr13 113479820 . A G 81.46 PASS AF=0.191781;AO=14;DP=72;FAO=14;FDP=73;FR=.;FRO=59;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=40;FWDB=0.00403729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8225;QD=4.46344;RBI=0.024412;REFB=0.00124082;REVB=-0.0240759;RO=57;SAF=8;SAR=6;SRF=19;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292773;STB=0.69409;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00539747;OID=.;OPOS=113479820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:72:73:57:59:14:14:0.191781:6:8:19:38:6:8:19:40 chr13 113530199 . G A 66.14 PASS AF=0.192308;AO=10;DP=52;FAO=10;FDP=52;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0257243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.579;QD=5.08763;RBI=0.0257243;REFB=-0.00125899;REVB=-2.81741e-05;RO=37;SAF=2;SAR=8;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.402605;STB=0.7994;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00907419;OID=.;OPOS=113530199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:52:52:37:42:10:10:0.192308:8:2:19:18:8:2:24:18 chr13 113534907 . T C 1751.41 PASS AF=0.864516;AO=124;DP=151;FAO=134;FDP=155;FR=.;FRO=21;FSAF=51;FSAR=83;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00991322;FXX=0.00640985;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.415;QD=45.1977;RBI=0.0153792;REFB=-0.0494693;REVB=0.0117579;RO=22;SAF=51;SAR=73;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259054;STB=0.520373;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00839788;OID=.;OPOS=113534907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:155:22:21:124:134:0.864516:73:51:11:11:83:51:11:10 chr13 113536132 . T C 49.77 PASS AF=0.307692;AO=7;DP=25;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.0427777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.162;QD=7.65643;RBI=0.0636871;REFB=-0.0114379;REVB=-0.0471817;RO=18;SAF=3;SAR=4;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419925;STB=0.715512;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.0163855;OID=.;OPOS=113536132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:25:26:18:18:7:8:0.307692:4:3:2:16:5:3:2:16 chr13 113540649 . G T 536.15 PASS AF=0.8;AO=38;DP=48;FAO=40;FDP=50;FR=.;FRO=10;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.022776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.965;QD=42.892;RBI=0.0251987;REFB=-0.04278;REVB=0.0107809;RO=10;SAF=21;SAR=17;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185498;STB=0.510116;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.010492;OID=.;OPOS=113540649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:48:50:10:10:38:40:0.8:17:21:6:4:18:22:6:4 chr13 113571464 . C T 244.47 PASS AF=0.575;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0232964;FXX=0.0476077;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.989;QD=24.4467;RBI=0.0270777;REFB=-0.0414776;REVB=0.0138015;RO=17;SAF=12;SAR=11;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173151;STB=0.596031;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0241064;OID=.;OPOS=113571464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:17:17:23:23:0.575:11:12:5:12:11:12:5:12 chr13 113656216 . C T 71.99 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0202303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.436;QD=8.22761;RBI=0.0455975;REFB=-0.0145647;REVB=-0.040864;RO=23;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246742;STB=0.514257;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0294505;OID=.;OPOS=113656216;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:34:35:23:25:10:10:0.285714:5:5:12:11:5:5:13:12 chr13 113728781 . G A 86.79 PASS AF=0.131944;AO=19;DP=144;FAO=19;FDP=144;FR=.;FRO=125;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=60;FSRR=65;FWDB=-0.0250087;FXX=0.00689608;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.836;QD=2.41081;RBI=0.0329792;REFB=-0.000622021;REVB=-0.0214987;RO=125;SAF=12;SAR=7;SRF=60;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18967;STB=0.631441;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00780131;OID=.;OPOS=113728781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:144:144:125:125:19:19:0.131944:7:12:60:65:7:12:60:65 chr13 113747124 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.848;QD=60.2301;RBI=0.0145325;REFB=0;REVB=-0.00965917;RO=0;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52688e-06;OID=.;OPOS=113747124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:14:23:0:0:14:23:0:0 chr13 113747135 . T C 519.23 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0353368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.701;QD=59.3405;RBI=0.0424332;REFB=0;REVB=-0.0234924;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000802347;OID=.;OPOS=113747135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:10:24:0:0:11:24:0:0 chr13 113748872 . G A 664.93 PASS AF=0.774648;AO=53;DP=69;FAO=55;FDP=71;FR=.;FRO=16;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00143966;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=119.513;QD=37.4609;RBI=0.0517653;REFB=0.00536353;REVB=0.0517453;RO=16;SAF=35;SAR=18;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103247;STB=0.547152;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00045457;OID=.;OPOS=113748872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:16:16:53:55:0.774648:18:35:7:9:20:35:7:9 chr13 113792754 . T C 208.96 PASS AF=0.857143;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0114003;FXX=0.0454339;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.324;QD=39.8014;RBI=0.0178148;REFB=-0.233343;REVB=0.0136895;RO=3;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144252;STB=0.57886;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00182623;OID=.;OPOS=113792754;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:22:21:3:3:18:18:0.857143:8:10:0:3:8:10:0:3 chr13 113801737 . C T 817.75 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.445;QD=57.3858;RBI=0.0232588;REFB=0;REVB=0.0186086;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39246e-05;OID=.;OPOS=113801737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chr13 113812962 . G A 451.0 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205149;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.144;QD=58.1936;RBI=0.0924259;REFB=0;REVB=0.0901204;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413029;OID=.;OPOS=113812962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr13 113818900 . A G 1029.49 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0077536;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2089;QD=59.6804;RBI=0.0199138;REFB=0;REVB=0.0183424;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184867;OID=.;OPOS=113818900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr13 113965176 . C A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00521209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.259;QD=50.4128;RBI=0.00959266;REFB=0;REVB=0.00805315;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.42567e-05;OID=.;OPOS=113965176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:10:9:0:0:10:9:0:0 chr13 113975768 . T C 49.06 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.0497804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.849;QD=4.00493;RBI=0.0517266;REFB=0.00725949;REVB=0.0140551;RO=39;SAF=1;SAR=7;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285876;STB=0.715885;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.026879;OID=.;OPOS=113975768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:49:39:41:8:8:0.163265:7:1:11:28:7:1:12:29 chr13 114112389 . T C 149.75 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0101533;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.732;QD=28.5231;RBI=0.0284184;REFB=-0.0369882;REVB=0.0265427;RO=6;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156987;STB=0.586985;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0113946;OID=.;OPOS=114112389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:6:6:15:15:0.714286:7:8:5:1:7:8:5:1 chr13 114152755 . C T 534.15 PASS AF=0.789474;AO=45;DP=57;FAO=45;FDP=57;FR=.;FRO=12;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00786835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.996;QD=37.4839;RBI=0.0192806;REFB=-0.0410937;REVB=-0.0176021;RO=11;SAF=26;SAR=19;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220415;STB=0.519284;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0127693;OID=.;OPOS=114152755;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:57:57:11:12:45:45:0.789474:19:26:7:4:19:26:8:4 chr13 114154419 . G A 509.33 PASS AF=0.808511;AO=37;DP=46;FAO=38;FDP=47;FR=.;FRO=9;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00993919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.027;QD=43.3468;RBI=0.041391;REFB=-0.0566236;REVB=0.0401799;RO=9;SAF=16;SAR=21;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0452102;STB=0.526182;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0048177;OID=.;OPOS=114154419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:47:9:9:37:38:0.808511:21:16:5:4:22:16:5:4 chr13 114156093 . C T 513.62 PASS AF=0.725806;AO=45;DP=62;FAO=45;FDP=62;FR=.;FRO=17;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0286494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9656;QD=33.1364;RBI=0.0328936;REFB=0.00668302;REVB=0.0161617;RO=16;SAF=26;SAR=19;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871734;STB=0.553375;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.00590473;OID=.;OPOS=114156093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:16:17:45:45:0.725806:19:26:12:4:19:26:13:4 chr13 114175004 . C T 589.09 PASS AF=0.827586;AO=47;DP=58;FAO=48;FDP=58;FR=.;FRO=10;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00914283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.469;QD=40.6269;RBI=0.0121224;REFB=-0.0353714;REVB=-0.00796004;RO=8;SAF=24;SAR=23;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707846;STB=0.538004;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0100656;OID=.;OPOS=114175004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:58:58:8:10:47:48:0.827586:23:24:2:6:23:25:3:7 chr13 114175032 . G A 497.15 PASS AF=0.792453;AO=42;DP=53;FAO=42;FDP=53;FR=.;FRO=11;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.028453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.24;QD=37.5207;RBI=0.0841422;REFB=-0.0241027;REVB=0.0791855;RO=9;SAF=18;SAR=24;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0053193;STB=0.505492;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00595038;OID=.;OPOS=114175032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:53:53:9:11:42:42:0.792453:24:18:4:5:24:18:5:6 chr13 114204175 . C T 651.37 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0674429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7605;QD=62.0355;RBI=0.0684808;REFB=0;REVB=0.0118776;RO=0;SAF=13;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00043238;OID=.;OPOS=114204175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:41:42:1:28:13:0:0:29:13:0:0 chr13 114265331 . C T 41.21 PASS AF=0.162791;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=43;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.00371227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.599;QD=3.83374;RBI=0.0109535;REFB=-0.00291527;REVB=-0.0103053;RO=34;SAF=3;SAR=4;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260253;STB=0.648945;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0121516;OID=.;OPOS=114265331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:34:36:7:7:0.162791:4:3:22:12:4:3:22:14 chr13 114309226 . G A 752.04 PASS AF=0.789474;AO=60;DP=76;FAO=60;FDP=76;FR=.;FRO=16;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0484144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.256;QD=39.5812;RBI=0.0512905;REFB=-0.0295878;REVB=-0.0169341;RO=16;SAF=34;SAR=26;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100253;STB=0.553679;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00977353;OID=.;OPOS=114309226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:76:76:16:16:60:60:0.789474:26:34:5:11:26:34:5:11 chr13 114312354 . T G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.053;QD=49.598;RBI=0.0247356;REFB=0;REVB=0.015327;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.89493e-05;OID=.;OPOS=114312354;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr13 114322277 . C CG 30.64 PASS AF=0.275862;AO=7;DP=33;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0025603;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=57.2634;QD=4.22636;RBI=0.0277244;REFB=-0.0109386;REVB=0.0276059;RO=26;SAF=5;SAR=2;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17733;STB=0.57503;STBP=0.648;TYPE=ins;VARB=0.132;OID=.;OPOS=114322278;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275862:7:33:8:29:21:5:3:11:10:30:26:5:2:15:11 chr13 114322289 . A G 284.1 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.207;QD=51.6552;RBI=0.08593;REFB=0;REVB=0.0825676;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000287406;OID=.;OPOS=114322289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:8:12:0:0:8:14:0:0 chr13 114523860 . G T 111.03 PASS AF=0.242857;AO=17;DP=70;FAO=17;FDP=70;FR=.;FRO=53;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=22;FWDB=0.00364306;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=231.693;QD=6.34477;RBI=0.0338164;REFB=-0.00200786;REVB=-0.0336196;RO=53;SAF=3;SAR=14;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.508678;STB=0.814691;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0077669;OID=.;OPOS=114523860;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:53:53:17:17:0.242857:14:3:31:22:14:3:31:22 chr13 114623880 . G A 490.09 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0217024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.941;QD=56.0107;RBI=0.0300203;REFB=6.99499e-05;REVB=0.0207418;RO=1;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239715;STB=0.512813;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000304523;OID=.;OPOS=114623880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:19:15:0:1:19:15:0:1 chr13 114747187 . G C 220.99 PASS AF=0.740741;AO=20;DP=27;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0773037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.7038;QD=32.7393;RBI=0.0807591;REFB=0.00653985;REVB=0.0233706;RO=6;SAF=6;SAR=14;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0689672;STB=0.550411;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.0113341;OID=.;OPOS=114747187;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:27:27:6:7:20:20:0.740741:14:6:1:5:14:6:1:6 chr14 19378030 . T A 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0306895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.935;QD=8.81092;RBI=0.0443889;REFB=-0.00295091;REVB=0.0320707;RO=11;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164673;STB=0.599715;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0142681;OID=.;OPOS=19378030;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:1:5:10:1:1:5:10:1 chr14 20181502 . C T 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.00872101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6421;QD=11.0196;RBI=0.0177446;REFB=0.0141015;REVB=-0.0154536;RO=8;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912889;STB=0.555379;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=-0.0256115;OID=.;OPOS=20181502;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:2:4:6:2:2:4:6:2 chr14 20216298 . T C 1171.81 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2155;QD=60.8731;RBI=0.0342039;REFB=0;REVB=0.0235238;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389179;OID=.;OPOS=20216298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:41:36:0:0:41:36:0:0 chr14 20296278 . G A 98.01 PASS AF=0.168224;AO=18;DP=107;FAO=18;FDP=107;FR=.;FRO=89;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=50;FWDB=-0.0415705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2058;QD=3.66399;RBI=0.0489248;REFB=-0.00758796;REVB=-0.0257979;RO=89;SAF=14;SAR=4;SRF=39;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427789;STB=0.780681;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.049153;OID=.;OPOS=20296278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:107:107:89:89:18:18:0.168224:4:14:39:50:4:14:39:50 chr14 20404091 . G A 163.98 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0674861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7954;QD=29.8141;RBI=0.0676891;REFB=-0.0714864;REVB=-0.00523858;RO=6;SAF=11;SAR=5;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18604;STB=0.603524;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0227501;OID=.;OPOS=20404091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:6:6:16:16:0.727273:5:11:2:4:5:11:2:4 chr14 20404614 . C A 257.97 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0062456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.951;QD=18.4267;RBI=0.00681935;REFB=-0.00274259;REVB=-0.00273789;RO=28;SAF=9;SAR=19;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261313;STB=0.64649;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00169623;OID=.;OPOS=20404614;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:19:9:17:11:19:9:17:11 chr14 20404735 . C T 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.015925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.31;QD=13.9591;RBI=0.0468504;REFB=-0.0143313;REVB=0.0440608;RO=7;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197466;STB=0.620296;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0119764;OID=.;OPOS=20404735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:1:6:5:2:1:6:5:2 chr14 20443872 . C G 127.95 PASS AF=0.454545;AO=13;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0157484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.702;QD=15.5087;RBI=0.0242322;REFB=-0.0188758;REVB=-0.018417;RO=14;SAF=5;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230409;STB=0.652855;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0177671;OID=.;OPOS=20443872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:18:13:15:0.454545:8:5:9:5:10:5:11:7 chr14 20443943 . A G 203.22 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0318193;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.789;QD=21.9703;RBI=0.0322467;REFB=-0.0167585;REVB=0.00523323;RO=17;SAF=4;SAR=16;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324028;STB=0.684006;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0114823;OID=.;OPOS=20443943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:16:4:9:8:16:4:9:8 chr14 20444012 . A T 218.5 PASS AF=0.714286;AO=20;DP=28;FAO=20;FDP=28;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.016388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8352;QD=31.2149;RBI=0.0371609;REFB=-0.0569275;REVB=-0.0333522;RO=7;SAF=9;SAR=11;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790119;STB=0.558337;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0140799;OID=.;OPOS=20444012;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:7:8:20:20:0.714286:11:9:2:5:11:9:2:6 chr14 20444026 . T G 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0140561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.141;QD=21.0154;RBI=0.0238889;REFB=0.00218684;REVB=-0.019316;RO=10;SAF=10;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889661;STB=0.575126;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=-0.00146559;OID=.;OPOS=20444026;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:10:13:16:16:0.551724:6:10:5:5:6:10:6:7 chr14 20444193 . A C 421.9 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=96;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=-0.0269823;FXX=0.0204061;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2076;QD=17.5793;RBI=0.0272572;REFB=-0.00146167;REVB=-0.00386088;RO=50;SAF=18;SAR=25;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00137922;STB=0.501991;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.00246984;OID=.;OPOS=20444193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:50:53:43:43:0.447917:25:18:21:29:25:18:22:31 chr14 20444441 . C A 297.25 PASS AF=0.5;AO=30;DP=62;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0240537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.039;QD=18.578;RBI=0.0310138;REFB=-0.0344462;REVB=0.0195774;RO=29;SAF=13;SAR=17;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112499;STB=0.564477;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0212582;OID=.;OPOS=20444441;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:29:32:30:32:0.5:17:13:9:20:18:14:10:22 chr14 20444490 . C T 220.73 PASS AF=0.454545;AO=24;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00356378;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.409;QD=16.0531;RBI=0.00859488;REFB=-0.00809542;REVB=0.00782122;RO=31;SAF=9;SAR=15;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204622;STB=0.614383;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.00922429;OID=.;OPOS=20444490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:30:24:25:0.454545:15:9:18:13:16:9:17:13 chr14 20444588 . T C 75.04 PASS AF=0.454545;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0509181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3286;QD=13.6429;RBI=0.0509698;REFB=-0.00120659;REVB=-0.00229579;RO=12;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303064;STB=0.695219;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.00830369;OID=.;OPOS=20444588;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:21:22:12:12:9:10:0.454545:2:7:6:6:2:8:6:6 chr14 20444607 . C G 144.52 PASS AF=0.592593;AO=15;DP=26;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.008378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.124;QD=21.41;RBI=0.0116375;REFB=-0.0434903;REVB=-0.00807717;RO=11;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420945;STB=0.533938;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0123153;OID=.;OPOS=20444607;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:26:27:11:11:15:16:0.592593:6:9:6:5:6:10:6:5 chr14 20470737 . G A 336.26 PASS AF=0.45;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.0146503;FXX=0.0123442;HRUN=5;LEN=1;MLLD=210.729;QD=16.813;RBI=0.0146921;REFB=-0.0015954;REVB=-0.00110807;RO=40;SAF=12;SAR=24;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165072;STB=0.584023;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0026765;OID=.;OPOS=20470737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:80:40:44:36:36:0.45:24:12:20:20:24:12:21:23 chr14 20470903 . T C 770.63 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00557731;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.277;QD=55.0448;RBI=0.00982114;REFB=-0.0745043;REVB=-0.00808383;RO=1;SAF=24;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149647;STB=0.507934;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000808589;OID=.;OPOS=20470903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:31:24:0:1:31:24:0:1 chr14 20482471 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.396;QD=47.8224;RBI=0.0213097;REFB=0;REVB=0.0186427;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35618e-05;OID=.;OPOS=20482471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr14 20482919 . A C 226.74 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.00493761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.464;QD=15.1163;RBI=0.009579;REFB=-0.0165896;REVB=-0.00820836;RO=33;SAF=11;SAR=16;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0766816;STB=0.543364;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0172442;OID=.;OPOS=20482919;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:16:11:16:17:16:11:16:17 chr14 20528207 . G A 417.92 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.29508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.7551;QD=53.9257;RBI=0.295328;REFB=0;REVB=0.0120863;RO=2;SAF=7;SAR=22;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115798;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0103985;OID=.;OPOS=20528207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:2:0:29:31:1:22:7:2:0:22:9:0:0 chr14 20528321 . A G 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0867143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.227;QD=53.2751;RBI=0.0873684;REFB=0;REVB=0.0106709;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000701087;OID=.;OPOS=20528321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr14 20528359 . G T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0548457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0342;QD=33.4284;RBI=0.122383;REFB=0;REVB=-0.109406;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0155399;OID=.;OPOS=20528359;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr14 20528362 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0145281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.658;QD=33.4285;RBI=0.0146184;REFB=0;REVB=-0.00162255;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000174913;OID=.;OPOS=20528362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr14 20528448 . TCATAGATTTGCTCACTGAC T 92.38 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00764295;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=19;MLLD=530.659;QD=41.0564;RBI=0.012543;REFB=0;REVB=0.00994545;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=7.78018e-06;OID=.;OPOS=20528449;OREF=CATAGATTTGCTCACTGAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:9:9:9:0:7:2:0:0:4:0:6:2:0:0 chr14 20528505 . T A 306.5 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.498;QD=53.3051;RBI=0.0629408;REFB=0;REVB=0.0575281;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000851311;OID=.;OPOS=20528505;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:10:12:0:0:11:12:0:0 chr14 20528528 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034636;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=259.048;QD=57.2026;RBI=0.0347054;REFB=0;REVB=0.00219356;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80508e-05;OID=.;OPOS=20528528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr14 20529019 . C T 1146.64 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00920975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.788;QD=60.3495;RBI=0.0226262;REFB=0;REVB=0.020667;RO=0;SAF=36;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37984e-05;OID=.;OPOS=20529019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:40:36:0:0:40:36:0:0 chr14 20529043 . C G 882.62 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=66;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0597803;FXX=0.0302984;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.0258;QD=55.1636;RBI=0.0641835;REFB=-0.128588;REVB=0.0233632;RO=1;SAF=23;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200828;STB=0.520827;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00315866;OID=.;OPOS=20529043;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:64:1:2:62:62:0.96875:39:23:1:0:39:23:2:0 chr14 20586042 . G C 165.66 PASS AF=0.309859;AO=17;DP=66;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.0135007;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.894;QD=9.33319;RBI=0.0136369;REFB=-0.00475528;REVB=-0.00192242;RO=45;SAF=9;SAR=8;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00471112;STB=0.535179;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.00758735;OID=.;OPOS=20586042;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:71:45:49:17:22:0.309859:8:9:24:21:11:11:27:22 chr14 20586432 . C T 183.43 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00160795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.383;QD=11.834;RBI=0.0329029;REFB=-0.00765771;REVB=0.0328636;RO=39;SAF=10;SAR=13;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167311;STB=0.596579;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0359484;OID=.;OPOS=20586432;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:13:10:23:16:13:10:23:16 chr14 20665790 . T A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00238819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.594;QD=53.2771;RBI=0.0152905;REFB=0;REVB=-0.0151028;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.90601e-05;OID=.;OPOS=20665790;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr14 20665840 . G A 371.77 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0214261;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8233;QD=55.0766;RBI=0.0222053;REFB=0;REVB=0.00583073;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00278173;OID=.;OPOS=20665840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:28:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr14 20665887 . G C 398.99 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272267;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6846;QD=56.9989;RBI=0.0340563;REFB=0;REVB=-0.0204581;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183639;OID=.;OPOS=20665887;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr14 20691888 . C A 226.97 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0017962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.53;QD=15.6531;RBI=0.0223443;REFB=-0.00867737;REVB=0.022272;RO=31;SAF=13;SAR=13;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0776654;STB=0.551685;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0107465;OID=.;OPOS=20691888;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:32:26:26:0.448276:13:13:18:13:13:13:19:13 chr14 20691962 . C G 230.46 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=76;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=34;FSRR=14;FWDB=0.00633318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2248;QD=12.1296;RBI=0.0313252;REFB=-0.0247361;REVB=-0.0306783;RO=47;SAF=14;SAR=14;SRF=33;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222045;STB=0.631491;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0120757;OID=.;OPOS=20691962;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:47:48:28:28:0.368421:14:14:33:14:14:14:34:14 chr14 20698068 . G T 171.54 PASS AF=0.653846;AO=16;DP=25;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00975931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6701;QD=26.39;RBI=0.0610875;REFB=-0.0659359;REVB=-0.0603029;RO=8;SAF=12;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938761;STB=0.590794;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0218179;OID=.;OPOS=20698068;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:26:8:9:16:17:0.653846:4:12:5:3:4:13:5:4 chr14 20698239 . T C 588.05 PASS AF=0.641975;AO=51;DP=81;FAO=52;FDP=81;FR=.;FRO=29;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.00592002;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.317;QD=29.0395;RBI=0.0168036;REFB=-0.00110859;REVB=-0.0157263;RO=29;SAF=31;SAR=20;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176284;STB=0.597663;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00044823;OID=.;OPOS=20698239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:29:29:51:52:0.641975:20:31:10:19:20:32:10:19 chr14 20698298 . T G 213.22 PASS AF=0.38806;AO=28;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.122372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6901;QD=12.7297;RBI=0.128216;REFB=-0.0167695;REVB=-0.0382673;RO=39;SAF=12;SAR=16;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737497;STB=0.503629;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0446819;OID=.;OPOS=20698298;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:41:28:26:0.38806:16:12:14:25:16:10:16:25 chr14 20764585 . A C 853.97 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0327375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.134;QD=55.9979;RBI=0.0335434;REFB=-0.0191969;REVB=0.00730871;RO=1;SAF=22;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209661;STB=0.511107;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.000141053;OID=.;OPOS=20764585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:38:22:1:0:38:22:1:0 chr14 20770036 . T C 1112.84 PASS AF=0.974359;AO=75;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00364524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.128;QD=57.0686;RBI=0.0361369;REFB=-0.122939;REVB=0.0359526;RO=3;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0333662;STB=0.511625;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.000185718;OID=.;OPOS=20770036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:78:3:2:75:76:0.974359:41:34:0:3:42:34:0:2 chr14 20824181 . T C 575.64 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.769;QD=60.5939;RBI=0.0537964;REFB=0;REVB=0.0240154;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423967;OID=.;OPOS=20824181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr14 20854734 . A G 769.77 PASS AF=1;AO=37;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166158;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.107;QD=64.1471;RBI=0.0195352;REFB=0;REVB=-0.0102733;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.89112e-06;OID=.;OPOS=20854734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:37:48:1:20:17:0:0:22:26:0:0 chr14 20872881 . G T 178.25 PASS AF=0.5625;AO=17;DP=31;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00616123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.355;QD=22.2813;RBI=0.0147412;REFB=-0.00838949;REVB=0.0133918;RO=14;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455802;STB=0.538964;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00658445;OID=.;OPOS=20872881;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:14:14:17:18:0.5625:10:7:5:9:10:8:5:9 chr14 20897064 . C T 263.65 PASS AF=1;AO=19;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.202;QD=50.2189;RBI=0.0358544;REFB=0;REVB=0.0308175;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000695367;OID=.;OPOS=20897064;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:19:21:1:9:10:0:0:11:10:0:0 chr14 20897676 . T C 270.92 PASS AF=0.359551;AO=32;DP=89;FAO=32;FDP=89;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=27;FWDB=-0.00857617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.692;QD=12.176;RBI=0.00936917;REFB=-0.0184704;REVB=-0.00377236;RO=57;SAF=21;SAR=11;SRF=30;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150912;STB=0.587141;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.030059;OID=.;OPOS=20897676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:57:57:32:32:0.359551:11:21:30:27:11:21:30:27 chr14 20898058 . G C 217.26 PASS AF=0.456522;AO=18;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=-0.104849;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=34.7272;QD=18.8918;RBI=0.106549;REFB=0.00279295;REVB=0.0189578;RO=19;SAF=11;SAR=7;SRF=17;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295156;STB=0.629524;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-0.0408895;OID=.;OPOS=20898058;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:23:18:21:0.456522:7:11:17:2:7:14:20:3 chr14 20898347 . C T 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0777963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0636;QD=20.8977;RBI=0.0812067;REFB=0.0516225;REVB=0.0232865;RO=3;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239249;STB=0.666295;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=-0.0229762;OID=.;OPOS=20898347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:3:4:8:8:0.666667:4:4:0:3:4:4:0:4 chr14 20898442 . C T 232.07 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0895569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3983;QD=23.8024;RBI=0.130511;REFB=0.0332366;REVB=0.0949355;RO=17;SAF=16;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.266753;STB=0.649603;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=-0.0228685;OID=.;OPOS=20898442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:6:16:7:10:6:16:7:10 chr14 20916249 . T C 139.8 PASS AF=0.575758;AO=12;DP=32;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0227673;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=87.6525;QD=16.9455;RBI=0.0468819;REFB=-0.0381199;REVB=0.0409825;RO=9;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295756;STB=0.593553;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.025592;OID=.;OPOS=20916249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:9:14:12:19:0.575758:6:6:8:1:11:8:9:5 chr14 20916958 . T C 96.74 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=-0.00970248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.271;QD=12.4824;RBI=0.00999023;REFB=-0.0167833;REVB=0.00238046;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=16;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364532;STB=0.709389;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0195976;OID=.;OPOS=20916958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:6:6:16:3:6:6:16:3 chr14 20920250 . T C 393.91 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.00876777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.637;QD=25.4134;RBI=0.0168534;REFB=-0.0293127;REVB=-0.0143932;RO=24;SAF=16;SAR=22;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335987;STB=0.518379;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0121893;OID=.;OPOS=20920250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:24:38:38:0.612903:22:16:9:15:22:16:9:15 chr14 20940606 . G A 493.88 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.0115297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.979;QD=22.9711;RBI=0.0400842;REFB=-0.00237153;REVB=-0.0383902;RO=39;SAF=19;SAR=28;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132852;STB=0.573109;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0036538;OID=.;OPOS=20940606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:39:39:47:47:0.546512:28:19:22:17:28:19:22:17 chr14 20940626 . C T 563.79 PASS AF=0.53271;AO=57;DP=107;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0137012;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.368;QD=21.0764;RBI=0.0144824;REFB=-0.00275735;REVB=0.00469214;RO=50;SAF=26;SAR=31;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121842;STB=0.566926;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00239399;OID=.;OPOS=20940626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:50:50:57:57:0.53271:31:26:30:20:31:26:30:20 chr14 20978834 . G A 266.16 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0267783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.284;QD=21.2924;RBI=0.036195;REFB=-0.0154363;REVB=-0.0243516;RO=25;SAF=5;SAR=20;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304933;STB=0.673113;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0230327;OID=.;OPOS=20978834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:20:5:12:13:20:5:12:13 chr14 21024619 . A G 1213.84 PASS AF=0.987654;AO=77;DP=78;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.028497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7219;QD=59.9426;RBI=0.0318847;REFB=0.0589313;REVB=-0.0143022;RO=1;SAF=47;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155135;STB=0.508195;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.000643761;OID=.;OPOS=21024619;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:81:1:1:77:80:0.987654:30:47:0:1:30:50:0:1 chr14 21024786 . A G 1330.94 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00764604;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.488;QD=59.8175;RBI=0.018299;REFB=-0.00116716;REVB=0.016625;RO=2;SAF=43;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210484;STB=0.511109;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=4.18449e-05;OID=.;OPOS=21024786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:44:43:0:2:44:43:0:2 chr14 21052259 . T C 516.31 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=85;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=8.08429e-05;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.47;QD=24.5862;RBI=0.0116941;REFB=-0.0178807;REVB=0.0116939;RO=34;SAF=26;SAR=22;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0539571;STB=0.529809;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0144805;OID=.;OPOS=21052259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:34:36:48:48:0.571429:22:26:16:18:22:26:17:19 chr14 21058902 . G A 268.48 PASS AF=0.46875;AO=29;DP=64;FAO=30;FDP=64;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0100546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0647;QD=16.7797;RBI=0.0166151;REFB=-0.0161437;REVB=-0.0132275;RO=34;SAF=14;SAR=15;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446828;STB=0.515615;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0171478;OID=.;OPOS=21058902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:34:29:30:0.46875:15:14:18:16:15:15:18:16 chr14 21081632 . G A 187.67 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0253834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.357;QD=12.7231;RBI=0.0361446;REFB=-0.0104144;REVB=-0.0257316;RO=36;SAF=7;SAR=16;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16161;STB=0.593464;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0173238;OID=.;OPOS=21081632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:16:7:16:20:16:7:16:20 chr14 21081642 . TA CG 187.68 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0312885;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=135.426;QD=12.724;RBI=0.0466853;REFB=-0.00836336;REVB=0.0346488;RO=36;SAF=7;SAR=16;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16161;STB=0.593464;STBP=0.264;TYPE=mnp;VARB=0.00881122;OID=.;OPOS=21081642;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:16:7:16:20:16:7:16:20 chr14 21081996 . C T 685.68 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0314405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.591;QD=50.791;RBI=0.0548645;REFB=-0.113119;REVB=0.0449623;RO=3;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478193;STB=0.525414;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0023033;OID=.;OPOS=21081996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:3:3:51:51:0.944444:28:23:0:3:28:23:0:3 chr14 21082029 . G A 140.29 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=48;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0275771;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5052;QD=11.9391;RBI=0.0356495;REFB=-0.0155662;REVB=-0.0225918;RO=30;SAF=2;SAR=14;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.573949;STB=0.837858;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0324587;OID=.;OPOS=21082029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:30:31:16:16:0.340426:14:2:18:12:14:2:18:13 chr14 21082032 . T G 126.23 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0114231;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.599;QD=10.9769;RBI=0.0126647;REFB=-0.00975883;REVB=0.00546885;RO=31;SAF=2;SAR=13;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528232;STB=0.820123;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0209557;OID=.;OPOS=21082032;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:13:2:17:14:13:2:17:14 chr14 21099310 . C T 200.85 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0388623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1779;QD=15.1582;RBI=0.0464939;REFB=0.00385117;REVB=0.0255226;RO=29;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00441764;STB=0.506573;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=-0.0092676;OID=.;OPOS=21099310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:30:23:23:0.433962:12:11:14:15:12:11:14:16 chr14 21099313 . C T 210.29 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00722402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.368;QD=15.5772;RBI=0.0239349;REFB=-0.0125275;REVB=-0.0228187;RO=30;SAF=11;SAR=13;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00820371;STB=0.504655;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00925047;OID=.;OPOS=21099313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:13:11:14:16:13:11:14:16 chr14 21099400 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.988;QD=62.3509;RBI=0.0405467;REFB=0;REVB=0.025866;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010339;OID=.;OPOS=21099400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:28:15:0:0:28:15:0:0 chr14 21101155 . C T 309.44 PASS AF=0.96;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0352953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.558;QD=49.5108;RBI=0.0409757;REFB=-0.0527973;REVB=0.0208146;RO=1;SAF=16;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280632;STB=0.514274;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00319434;OID=.;OPOS=21101155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:25:1:1:23:24:0.96:7:16:1:0:7:17:1:0 chr14 21101236 . CCTTTA C,CCTTTC 116.33 PASS AF=0.363636,0.0606061;AO=11,2;DP=32;FAO=12,2;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=7,2;FSAR=5,0;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0131854,-0.0186539;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=5,1;MLLD=237.477,113.747;QD=14.101;RBI=0.021829,0.018667;REFB=-0.012748,-0.00762296;REVB=0.0173968,0.000699792;RO=18;SAF=7,2;SAR=4,0;SRF=9;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.145894,0.521726;STB=0.535459,0.994334;STBP=0.806,0.179;TYPE=del,snp;VARB=0.0183138,0.0357535;OID=.,.;OPOS=21101237,21101241;OREF=CTTTA,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CCTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636,0.0606061:11,2:32:12,2:33:19:7,2:5,0:10:9:99:18:7,2:4,0:9:9 chr14 21109141 . C T 155.22 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00529591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.711;QD=22.9957;RBI=0.0417221;REFB=-0.000295887;REVB=0.0413846;RO=9;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285235;STB=0.651405;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.000648569;OID=.;OPOS=21109141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:26:27:9:11:16:16:0.592593:9:7:8:1:9:7:9:2 chr14 21109170 . T A 446.67 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00858868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0281;QD=57.6348;RBI=0.0241735;REFB=0;REVB=0.0225963;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000367881;OID=.;OPOS=21109170;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr14 21109278 . A T 169.14 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.010086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.516;QD=13.0106;RBI=0.0310948;REFB=-0.0132789;REVB=-0.0294136;RO=32;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151136;STB=0.586874;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0184623;OID=.;OPOS=21109278;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:32:32:20:20:0.384615:11:9:10:22:11:9:10:22 chr14 21109385 . C T 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0214317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.849;QD=15.8819;RBI=0.0216398;REFB=-0.0215007;REVB=-0.00299404;RO=10;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858363;STB=0.549901;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0361544;OID=.;OPOS=21109385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:5:5:4:6:5:5:4:6 chr14 21109671 . A G 267.83 PASS AF=0.631579;AO=21;DP=35;FAO=24;FDP=38;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00364373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.98;QD=28.193;RBI=0.00416696;REFB=0.00871262;REVB=-0.00202158;RO=13;SAF=8;SAR=13;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0543207;STB=0.535685;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.00403201;OID=.;OPOS=21109671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:13:14:21:24:0.631579:13:8:4:9:15:9:4:10 chr14 21109726 . G A 289.45 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0632319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.235;QD=25.7292;RBI=0.0662857;REFB=-0.0153342;REVB=0.0198878;RO=19;SAF=9;SAR=17;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103221;STB=0.557332;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0103746;OID=.;OPOS=21109726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:17:9:9:10:17:9:9:10 chr14 21128169 . G A 319.68 PASS AF=0.382979;AO=36;DP=94;FAO=36;FDP=94;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=29;FSRR=29;FWDB=-0.000397663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.34;QD=13.6033;RBI=0.0296204;REFB=-0.0312212;REVB=-0.0296177;RO=56;SAF=12;SAR=24;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167008;STB=0.607346;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0430564;OID=.;OPOS=21128169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:56:58:36:36:0.382979:24:12:27:29:24:12:29:29 chr14 21149930 . T C 834.26 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.7473;QD=57.5353;RBI=0.039606;REFB=0;REVB=0.0304863;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207822;OID=.;OPOS=21149930;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:28:29:0:0:29:29:0:0 chr14 21151483 . T G 3641.35 PASS AF=1;AO=221;DP=222;FAO=233;FDP=233;FR=.;FRO=0;FSAF=99;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0581675;FXX=0.00427332;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5411;QD=62.5124;RBI=0.0776588;REFB=0;REVB=0.0514532;RO=0;SAF=92;SAR=129;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57041e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00177935;OID=.;OPOS=21151483;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:222:233:0:0:221:233:1:129:92:0:0:134:99:0:0 chr14 21152167 . G C 885.34 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.01;QD=58.0547;RBI=0.031162;REFB=0;REVB=0.0272681;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.3347e-05;OID=.;OPOS=21152167;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:27:34:0:0:27:34:0:0 chr14 21216499 . C T 538.54 PASS AF=1;AO=29;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.26;QD=59.8373;RBI=0.0135217;REFB=0;REVB=0.00149535;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108537;OID=.;OPOS=21216499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:29:36:1:16:13:0:0:23:13:0:0 chr14 21238318 . G A 255.56 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0133169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7554;QD=51.1124;RBI=0.0554013;REFB=0;REVB=0.053777;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00075119;OID=.;OPOS=21238318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:11:8:0:0:12:8:0:0 chr14 21238798 . T C 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0134841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.645;QD=18.7119;RBI=0.0166943;REFB=-0.0176611;REVB=0.0098427;RO=19;SAF=12;SAR=6;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351237;STB=0.519978;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0158546;OID=.;OPOS=21238798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:6:12:12:7:6:12:12:7 chr14 21250124 . G A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0146561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.071;QD=11.0924;RBI=0.0170288;REFB=-0.0312098;REVB=0.00867057;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231237;STB=0.6423;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0388744;OID=.;OPOS=21250124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:2:4:2:3:2:4 chr14 21250366 . T C 1275.14 PASS AF=0.965909;AO=83;DP=86;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0119063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.906;QD=57.9609;RBI=0.0697248;REFB=-0.139833;REVB=0.0687008;RO=1;SAF=38;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123005;STB=0.503923;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.00109941;OID=.;OPOS=21250366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:86:88:1:3:83:85:0.965909:45:38:1:0:47:38:1:2 chr14 21360216 . C G 155.88 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0179375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.364;QD=16.8514;RBI=0.0381233;REFB=-0.0152089;REVB=0.0336397;RO=19;SAF=6;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00761006;STB=0.504418;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0320729;OID=.;OPOS=21360216;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:14:14:0.378378:8:6:8:11:8:6:8:11 chr14 21387994 . A G 253.43 PASS AF=0.322917;AO=31;DP=95;FAO=31;FDP=96;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=-0.0139215;FXX=0.0103082;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.222;QD=10.5597;RBI=0.0424209;REFB=-0.00177136;REVB=-0.0400715;RO=63;SAF=13;SAR=18;SRF=39;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226979;STB=0.630453;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00530347;OID=.;OPOS=21387994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:63:65:31:31:0.322917:18:13:39:24:18:13:40:25 chr14 21388266 . G C 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0269741;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.488;QD=17.1563;RBI=0.0455108;REFB=0.0034441;REVB=-0.0366556;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019532;STB=0.511169;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.00651204;OID=.;OPOS=21388266;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:9:8:9:11:9:8:9:11 chr14 21463050 . G C 405.38 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=0.0292352;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.012;QD=19.0769;RBI=0.0328019;REFB=-0.00200664;REVB=-0.014875;RO=44;SAF=15;SAR=26;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00222214;STB=0.501237;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00135396;OID=.;OPOS=21463050;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:26:15:16:28:26:15:16:28 chr14 21467913 . T G 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00787848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.386;QD=57.1057;RBI=0.032077;REFB=0;REVB=0.0310944;RO=0;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.31995e-05;OID=.;OPOS=21467913;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:30:25:0:0:30:25:0:0 chr14 21486137 . G C 989.19 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6248;QD=59.0564;RBI=0.0659999;REFB=0;REVB=-0.0628861;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000308144;OID=.;OPOS=21486137;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:67:0:0:62:67:1:31:31:0:0:31:36:0:0 chr14 21486590 . C T 268.71 PASS AF=0.555556;AO=24;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.022148;FXX=0.062487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.214;QD=23.8856;RBI=0.0235516;REFB=-0.00782648;REVB=0.00800903;RO=20;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683815;STB=0.513358;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0034476;OID=.;OPOS=21486590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:24:25:0.555556:13:11:9:11:13:12:9:11 chr14 21501095 . T C 108.46 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0224064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.135;QD=13.5577;RBI=0.127353;REFB=-0.0116144;REVB=0.125366;RO=19;SAF=3;SAR=10;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375174;STB=0.721289;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0236117;OID=.;OPOS=21501095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:10:3:11:8:10:3:11:8 chr14 21501151 . G T 192.91 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.052857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3778;QD=23.383;RBI=0.0663091;REFB=-0.0456709;REVB=0.0400378;RO=13;SAF=10;SAR=9;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213745;STB=0.630785;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0312544;OID=.;OPOS=21501151;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:14:19:19:0.575758:9:10:3:10:9:10:3:11 chr14 21501195 . G A 84.79 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0757643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2974;QD=10.9411;RBI=0.0758115;REFB=0.00838845;REVB=0.00267577;RO=20;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969096;STB=0.558174;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=-0.00899679;OID=.;OPOS=21501195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:7:4:9:11:7:4:9:11 chr14 21502345 . A G 579.99 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0247687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4079;QD=57.999;RBI=0.0357867;REFB=-0.0107553;REVB=-0.0258303;RO=1;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183853;STB=0.509799;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00169758;OID=.;OPOS=21502345;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:25:14:0:1:25:14:0:1 chr14 21511458 . G C 78.99 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0406154;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=70.9843;QD=28.7226;RBI=0.0417891;REFB=-0.172679;REVB=0.00983463;RO=1;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984833;STB=0.599781;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0172623;OID=.;OPOS=21511458;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:11:11:1:2:9:9:0.818182:5:4:1:0:5:4:2:0 chr14 21511497 . C T 404.67 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4675;QD=55.817;RBI=0.0534496;REFB=0;REVB=0.0379739;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000632973;OID=.;OPOS=21511497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:17:11:0:0:18:11:0:0 chr14 21511789 . G A 191.15 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0151272;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.6442;QD=15.6043;RBI=0.0336232;REFB=-0.0404697;REVB=0.0300281;RO=30;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133008;STB=0.571359;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0619014;OID=.;OPOS=21511789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:29:19:20:0.408163:9:10:12:18:10:10:11:18 chr14 21526079 . C T 90.74 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00824295;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=176.15;QD=16.4973;RBI=0.0501792;REFB=-0.0126315;REVB=-0.0494975;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079851;STB=0.546136;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0132377;OID=.;OPOS=21526079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:22:22:11:11:11:11:0.5:5:6:7:4:5:6:7:4 chr14 21542753 . G A 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00515919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.926;QD=16.9316;RBI=0.00699602;REFB=0.00456875;REVB=0.00472515;RO=12;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906088;STB=0.55254;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00406009;OID=.;OPOS=21542753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:3:9:8:4:3:9:8:4 chr14 21549893 . G C 77.35 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00625787;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.882;QD=23.8009;RBI=0.0558329;REFB=-0.0685509;REVB=0.0554811;RO=4;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187655;STB=0.608433;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0192374;OID=.;OPOS=21549893;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:14:13:4:4:9:9:0.692308:7:2:2:2:7:2:2:2 chr14 21551058 . G A 155.61 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0233815;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.442;QD=14.4749;RBI=0.0401797;REFB=-0.00816745;REVB=0.0326759;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0094611;STB=0.505488;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00921377;OID=.;OPOS=21551058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:8:9:14:12:8:9:14:12 chr14 21551069 . T C 143.3 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00925608;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.104;QD=14.6974;RBI=0.0269571;REFB=-0.0198642;REVB=-0.0253182;RO=23;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221035;STB=0.512805;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0158115;OID=.;OPOS=21551069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:8:8:11:12:8:8:11:12 chr14 21562560 . T C 173.55 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0170852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.034;QD=12.8558;RBI=0.0176957;REFB=0.00745778;REVB=-0.00460781;RO=31;SAF=15;SAR=6;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189527;STB=0.632052;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.0134289;OID=.;OPOS=21562560;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:33:21:21:0.388889:6:15:17:14:6:15:17:16 chr14 21570273 . T C 183.6 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0554396;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.476;QD=17.079;RBI=0.0632222;REFB=-0.00391408;REVB=-0.0303893;RO=24;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106659;STB=0.560912;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00636269;OID=.;OPOS=21570273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:9:10:10:14:9:10:10:14 chr14 21570614 . A C 343.23 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0148848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.475;QD=18.8071;RBI=0.0158391;REFB=-0.0216675;REVB=0.00541475;RO=37;SAF=10;SAR=26;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051291;STB=0.528634;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0167241;OID=.;OPOS=21570614;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:26:10:12:25:26:10:12:25 chr14 21623489 . C T 381.83 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261851;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.139;QD=56.5671;RBI=0.0287175;REFB=0;REVB=0.0117914;RO=0;SAF=7;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41836e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139429;OID=.;OPOS=21623489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:20:7:0:0:20:7:0:0 chr14 21623836 . G A 242.82 PASS AF=0.482759;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0554008;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.2111;QD=16.7463;RBI=0.0778676;REFB=-0.0734335;REVB=-0.0547185;RO=27;SAF=15;SAR=13;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504529;STB=0.501237;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0712748;OID=.;OPOS=21623836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:27:30:28:28:0.482759:13:15:16:11:13:15:16:14 chr14 21770681 . A G 515.96 PASS AF=0.505051;AO=48;DP=98;FAO=50;FDP=99;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=-0.00389595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.388;QD=20.8468;RBI=0.0053644;REFB=-0.00375838;REVB=-0.0036876;RO=48;SAF=20;SAR=28;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113567;STB=0.554994;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00389149;OID=.;OPOS=21770681;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:48:49:48:50:0.505051:28:20:26:22:28:22:27:22 chr14 21785790 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0358847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5783;QD=53.2762;RBI=0.040094;REFB=0;REVB=-0.0178835;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00133948;OID=.;OPOS=21785790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr14 21793465 . G A 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0125426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.237;QD=17.953;RBI=0.0133349;REFB=0.0124207;REVB=0.00452818;RO=28;SAF=12;SAR=15;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115009;STB=0.564468;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=-0.0146951;OID=.;OPOS=21793465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:15:12:16:12:15:12:16:12 chr14 21829129 . C G 986.88 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000708112;FXX=0.0140825;HRUN=4;LEN=1;MLLD=109.194;QD=56.3928;RBI=0.00608173;REFB=-0.150842;REVB=0.00604037;RO=2;SAF=37;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248623;STB=0.513154;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00113716;OID=.;OPOS=21829129;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:70:2:2:68:68:0.971429:31:37:2:0:31:37:2:0 chr14 21831052 . T C 706.2 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=48;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00670869;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.086;QD=60.1024;RBI=0.0769487;REFB=-0.0665176;REVB=0.0766557;RO=2;SAF=21;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00267472;STB=0.511623;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000877258;OID=.;OPOS=21831052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:47:2:1:45:46:0.978723:24:21:1:1:25:21:1:0 chr14 21871653 . C T 670.19 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00805596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4174;QD=62.3434;RBI=0.0183145;REFB=0;REVB=0.0164475;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000240714;OID=.;OPOS=21871653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr14 21899631 . C T 1300.76 PASS AF=0.966292;AO=86;DP=89;FAO=86;FDP=89;FR=.;FRO=3;FSAF=34;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0823744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.688;QD=58.4611;RBI=0.0825343;REFB=-0.00489219;REVB=0.00513528;RO=2;SAF=34;SAR=52;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178726;STB=0.514015;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.000838332;OID=.;OPOS=21899631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:89:89:2:3:86:86:0.966292:52:34:0:2:52:34:0:3 chr14 21945415 . A G 181.14 PASS AF=0.392857;AO=22;DP=56;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=0.00341576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6874;QD=12.9385;RBI=0.0630435;REFB=-0.00719367;REVB=-0.0629509;RO=34;SAF=8;SAR=14;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122317;STB=0.507036;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00983954;OID=.;OPOS=21945415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:34:22:22:0.392857:14:8:12:22:14:8:12:22 chr14 21967438 . G A 331.41 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00355857;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=277.577;QD=18.4115;RBI=0.00449954;REFB=-0.0163458;REVB=0.00275362;RO=37;SAF=16;SAR=19;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520045;STB=0.529021;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0175711;OID=.;OPOS=21967438;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:19:16:19:18:19:16:19:18 chr14 21967916 . A G 436.04 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.145;QD=56.2627;RBI=0.0465206;REFB=0;REVB=0.0251335;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000764754;OID=.;OPOS=21967916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:28:31:1:11:17:0:0:14:17:0:0 chr14 21993498 . G A 222.75 PASS AF=1;AO=15;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3857;QD=49.5;RBI=0.102852;REFB=0;REVB=0.0927904;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00545506;OID=.;OPOS=21993498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:15:18:1:7:8:0:0:10:8:0:0 chr14 22038162 . A C 95.76 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0235301;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=244.512;QD=19.1512;RBI=0.0250203;REFB=0.0145448;REVB=-0.00850594;RO=7;SAF=1;SAR=10;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28385;STB=0.726749;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.0171748;OID=.;OPOS=22038162;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:20:20:7:8:11:11:0.55:10:1:2:5:10:1:3:5 chr14 22038450 . G A 201.93 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0292709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9145;QD=21.2562;RBI=0.0317366;REFB=-0.0344915;REVB=0.0122648;RO=18;SAF=2;SAR=18;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454082;STB=0.762383;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0224857;OID=.;OPOS=22038450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:18:2:8:10:18:2:8:10 chr14 22038659 . T C 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0236125;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.307;QD=17.4015;RBI=0.0277741;REFB=-0.0399429;REVB=-0.0146236;RO=13;SAF=7;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0476343;OID=.;OPOS=22038659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:6:7:7:6:6:7:7:6 chr14 22090594 . C G 1270.25 PASS AF=0.57868;AO=114;DP=197;FAO=114;FDP=197;FR=.;FRO=83;FSAF=47;FSAR=67;FSRF=39;FSRR=44;FWDB=-0.00411993;FXX=0.00505025;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.046;QD=25.7919;RBI=0.0114493;REFB=-0.0123165;REVB=0.0106824;RO=83;SAF=47;SAR=67;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0456978;STB=0.524816;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00745477;OID=.;OPOS=22090594;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:197:83:83:114:114:0.57868:67:47:39:44:67:47:39:44 chr14 22133374 . GT G 113.66 PASS AF=0.761905;AO=12;DP=24;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.171856;FXX=0.124948;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.5015;QD=21.6487;RBI=0.181011;REFB=-0.128545;REVB=0.0568379;RO=7;SAF=11;SAR=1;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.57431;STB=0.633959;STBP=0.07;TYPE=del;VARB=0.0708469;OID=.;OPOS=22133375;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.761905:12:24:16:21:5:13:3:2:3:16:7:11:1:2:5 chr14 22236756 . G C 479.37 PASS AF=0.534884;AO=46;DP=86;FAO=46;FDP=86;FR=.;FRO=40;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0106426;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7817;QD=22.2963;RBI=0.0400115;REFB=0.00672217;REVB=0.0385701;RO=40;SAF=26;SAR=20;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343365;STB=0.518927;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.00575441;OID=.;OPOS=22236756;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:40:46:46:0.534884:20:26:21:19:20:26:21:19 chr14 22237070 . C T 356.14 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.0171491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.14;QD=16.5647;RBI=0.0237485;REFB=-0.027136;REVB=-0.0164287;RO=48;SAF=16;SAR=22;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0910324;STB=0.550994;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0325226;OID=.;OPOS=22237070;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:22:16:16:32:22:16:16:32 chr14 22237127 . C T 944.23 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00290153;FXX=0.0149231;HRUN=4;LEN=1;MLLD=206.621;QD=57.226;RBI=0.0131035;REFB=-0.0611566;REVB=0.0127782;RO=1;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011665;STB=0.506171;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.000447932;OID=.;OPOS=22237127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:66:1:1:65:65:0.984848:40:25:0:1:40:25:0:1 chr14 22309847 . T C 166.01 PASS AF=0.362069;AO=20;DP=57;FAO=21;FDP=58;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0092828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.502;QD=11.4492;RBI=0.00944453;REFB=-0.00977012;REVB=-0.00174037;RO=37;SAF=6;SAR=14;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328988;STB=0.699807;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0154788;OID=.;OPOS=22309847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:37:37:20:21:0.362069:14:6:22:15:15:6:22:15 chr14 22314985 . T C 1375.33 PASS AF=1;AO=86;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.263;QD=62.515;RBI=0.0370314;REFB=0;REVB=0.00400852;RO=0;SAF=46;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.82271e-05;OID=.;OPOS=22314985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:86:88:1:40:46:0:0:42:46:0:0 chr14 22315212 . A G 885.48 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.638;QD=58.0644;RBI=0.0520731;REFB=0;REVB=0.0302473;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133639;OID=.;OPOS=22315212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:58:61:1:27:31:0:0:27:34:0:0 chr14 22315296 . C T 471.72 PASS AF=0.511111;AO=46;DP=90;FAO=46;FDP=90;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=-0.00989215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.589;QD=20.9655;RBI=0.0105451;REFB=0.00147389;REVB=0.00365293;RO=44;SAF=21;SAR=25;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157931;STB=0.587211;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.00168769;OID=.;OPOS=22315296;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:44:44:46:46:0.511111:25:21:28:16:25:21:28:16 chr14 22320728 . T C 305.78 PASS AF=0.368421;AO=35;DP=95;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=19;FWDB=0.00130375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.84;QD=12.8751;RBI=0.0136778;REFB=0.00285061;REVB=-0.0136156;RO=60;SAF=24;SAR=11;SRF=41;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00303848;STB=0.501741;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=-0.00432362;OID=.;OPOS=22320728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:60:60:35:35:0.368421:11:24:41:19:11:24:41:19 chr14 22321124 . T C 324.23 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00964378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.299;QD=17.2925;RBI=0.0118921;REFB=-0.00677967;REVB=-0.0069584;RO=40;SAF=15;SAR=20;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00347295;STB=0.501944;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0114704;OID=.;OPOS=22321124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:20:15:17:23:20:15:17:23 chr14 22322690 . G A 276.85 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.0323582;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.8574;QD=13.5049;RBI=0.0341216;REFB=-0.000226548;REVB=-0.0108273;RO=50;SAF=11;SAR=21;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872047;STB=0.549886;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00072611;OID=.;OPOS=22322690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:50:32:32:0.390244:21:11:21:29:21:11:21:29 chr14 22337393 . G A 1430.48 PASS AF=0.980198;AO=95;DP=97;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0862141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6998;QD=56.6528;RBI=0.0879389;REFB=0.0329052;REVB=-0.017331;RO=2;SAF=22;SAR=73;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128145;STB=0.506755;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=-0.00508973;OID=.;OPOS=22337393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:101:2:2:95:99:0.980198:73:22:0:2:73:26:0:2 chr14 22356491 . G T 172.38 PASS AF=0.413043;AO=18;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00745076;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.3999;QD=14.9894;RBI=0.0707304;REFB=-0.0106826;REVB=0.0703369;RO=26;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115825;STB=0.568647;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0303137;OID=.;OPOS=22356491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:27:18:19:0.413043:11:7:13:13:12:7:13:14 chr14 22356551 . T C 598.5 PASS AF=0.901961;AO=42;DP=51;FAO=46;FDP=51;FR=.;FRO=5;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.00534074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6298;QD=46.9414;RBI=0.0290793;REFB=-0.13116;REVB=0.0285846;RO=0;SAF=21;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.553168;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0091235;OID=.;OPOS=22356551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:51:51:0:5:42:46:0.901961:21:21:0:0:21:25:0:5 chr14 22362971 . A G 1390.27 PASS AF=0.948454;AO=92;DP=97;FAO=92;FDP=97;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=61;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00459967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8105;QD=57.3309;RBI=0.015144;REFB=-0.0154894;REVB=0.0144285;RO=5;SAF=31;SAR=61;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705468;STB=0.537305;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00930513;OID=.;OPOS=22362971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:97:97:5:5:92:92:0.948454:61:31:5:0:61:31:5:0 chr14 22363080 . T A 286.37 PASS AF=0.336364;AO=37;DP=110;FAO=37;FDP=110;FR=.;FRO=73;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=46;FWDB=-0.00968712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.49;QD=10.4134;RBI=0.0307612;REFB=-0.0135474;REVB=0.0291961;RO=73;SAF=19;SAR=18;SRF=27;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164745;STB=0.594862;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0084916;OID=.;OPOS=22363080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:73:73:37:37:0.336364:18:19:27:46:18:19:27:46 chr14 22363084 . C G 282.34 PASS AF=0.346535;AO=34;DP=101;FAO=35;FDP=101;FR=.;FRO=66;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=-0.0171134;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.39;QD=11.1817;RBI=0.0177504;REFB=-0.00561215;REVB=0.00471233;RO=67;SAF=19;SAR=15;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21031;STB=0.615579;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0100472;OID=.;OPOS=22363084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:67:66:34:35:0.346535:15:19:25:42:16:19:24:42 chr14 22409571 . A G 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.000825234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.698;QD=19.0179;RBI=0.0294259;REFB=-0.019775;REVB=-0.0294143;RO=14;SAF=4;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159277;STB=0.591269;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0184006;OID=.;OPOS=22409571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:11:4:6:8:11:4:6:8 chr14 22409620 . T G 225.78 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0106487;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.748;QD=23.1569;RBI=0.0196193;REFB=-0.00948004;REVB=0.0164779;RO=17;SAF=6;SAR=16;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127321;STB=0.57136;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00933939;OID=.;OPOS=22409620;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:17:17:22:22:0.564103:16:6:7:10:16:6:7:10 chr14 22409771 . A G 271.48 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.00261655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.8531;QD=14.6748;RBI=0.0436566;REFB=-0.0166267;REVB=0.0435781;RO=43;SAF=17;SAR=14;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0342817;STB=0.519422;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0182161;OID=.;OPOS=22409771;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:43:43:31:31:0.418919:14:17:25:18:14:17:25:18 chr14 22447248 . A G 499.62 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00340688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.448;QD=54.0131;RBI=0.0272642;REFB=-0.00172429;REVB=-0.0270505;RO=2;SAF=17;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00144371;STB=0.500772;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-4.64553e-05;OID=.;OPOS=22447248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:18:17:1:1:18:17:1:1 chr14 22476137 . AAGGT A,AA 111.34 PASS AF=0.207547,0.169811;AO=7,11;DP=51;FAO=11,9;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=5,8;FSAR=6,1;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0287368,0.0318852;FXX=0.0185151;HRUN=2,2;LEN=4,3;MLLD=200.657,203.735;QD=8.40336;RBI=0.028752,0.0322129;REFB=-0.0405231,-0.0384993;REVB=0.000935734,0.0045832;RO=30;SAF=1,11;SAR=6,0;SRF=10;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.307269,0.801762;STB=0.569498,0.897109;STBP=0.609,0.012;TYPE=del,del;VARB=0.0554751,0.0738814;OID=.,.;OPOS=22476138,22476139;OREF=AGGT,GGT;OALT=-,-;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.207547,0.169811:7,11:51:11,9:53:33:5,8:6,1:12:21:35:30:1,11:6,0:10:20 chr14 22476144 . CTCA TTTC 115.69 PASS AF=0.175439;AO=8;DP=60;FAO=10;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.05134;FXX=0.095223;HRUN=1;LEN=4;MLLD=103.64;QD=8.11891;RBI=0.052105;REFB=-0.0199218;REVB=0.00889582;RO=39;SAF=2;SAR=6;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245371;STB=0.709818;STBP=0.175;TYPE=mnp;VARB=0.0525032;OID=.;OPOS=22476144;OREF=CTCA;OALT=TTTC;OMAPALT=TTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:60:57:39:40:8:10:0.175439:6:2:17:22:8:2:17:23 chr14 22509188 . T C 859.6 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.01703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.817;QD=54.5779;RBI=0.0197554;REFB=0.0205149;REVB=-0.0100128;RO=2;SAF=16;SAR=45;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205189;STB=0.510866;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.00183333;OID=.;OPOS=22509188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:45:16:0:2:45:16:0:2 chr14 22521051 . G A 728.97 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.262;QD=57.1744;RBI=0.0121952;REFB=0;REVB=0.00325152;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.23562e-05;OID=.;OPOS=22521051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr14 22555013 . T C 301.37 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.00363354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.1503;QD=16.7429;RBI=0.0279354;REFB=-0.0114628;REVB=-0.0276981;RO=39;SAF=17;SAR=16;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473393;STB=0.526566;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0109714;OID=.;OPOS=22555013;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:16:17:22:17:16:17:22:17 chr14 22600863 . G A 834.41 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00523083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=372.904;QD=57.5453;RBI=0.00756199;REFB=0;REVB=0.00546096;RO=0;SAF=39;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.85807e-06;OID=.;OPOS=22600863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:19:39:0:0:19:39:0:0 chr14 22616547 . A G 735.0 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241662;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.139;QD=62.5533;RBI=0.0592973;REFB=0;REVB=0.0541495;RO=0;SAF=28;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000609165;OID=.;OPOS=22616547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:17:28:0:0:19:28:0:0 chr14 22631678 . C T 848.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.613;QD=57.5164;RBI=0.0302554;REFB=0;REVB=0.0280967;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.56628e-05;OID=.;OPOS=22631678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:36:22:0:0:36:23:0:0 chr14 22636784 . A C 610.67 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00384665;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=208.215;QD=56.8067;RBI=0.0541042;REFB=-0.143079;REVB=0.0539672;RO=1;SAF=23;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199652;STB=0.502875;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.000593833;OID=.;OPOS=22636784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:43:43:1:2:41:41:0.953488:18:23:1:0:18:23:1:1 chr14 22636874 . C T 245.33 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10906;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4433;QD=49.0653;RBI=0.117049;REFB=0;REVB=0.0424991;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00997972;OID=.;OPOS=22636874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:18:20:0:0:18:20:1:10:8:0:0:10:10:0:0 chr14 22670458 . C T 929.46 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0222793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3622;QD=55.4901;RBI=0.0228508;REFB=0.0757804;REVB=0.00507853;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512191;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=-0.00237747;OID=.;OPOS=22670458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:0:2:65:65:0.970149:25:40:0:0:25:40:2:0 chr14 22670975 . G A 464.91 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0889694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6279;QD=58.1134;RBI=0.0894674;REFB=0;REVB=-0.0094273;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159196;OID=.;OPOS=22670975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr14 22690209 . A C 722.58 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00501878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.674;QD=53.5247;RBI=0.0138205;REFB=-0.14753;REVB=0.0128771;RO=2;SAF=41;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224259;STB=0.50588;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00481181;OID=.;OPOS=22690209;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:2:1:52:53:0.981481:11:41:2:0:11:42:1:0 chr14 22695084 . C T 412.67 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0206105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.4171;QD=53.2474;RBI=0.020654;REFB=-0.1057;REVB=-0.00134016;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.519987;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00471099;OID=.;OPOS=22695084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:31:0:1:29:30:0.967742:17:12:0:0:18:12:1:0 chr14 22739862 . A T 249.67 PASS AF=0.408451;AO=30;DP=71;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.00381815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6572;QD=14.066;RBI=0.0946388;REFB=-0.00747924;REVB=-0.0945618;RO=41;SAF=16;SAR=14;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711245;STB=0.55864;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.007462;OID=.;OPOS=22739862;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:42:30:29:0.408451:14:16:19:22:13:16:19:23 chr14 22740245 . A G 238.24 PASS AF=0.457627;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0153813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.118;QD=16.1516;RBI=0.0155668;REFB=-0.0138463;REVB=-0.00239565;RO=31;SAF=10;SAR=17;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111398;STB=0.572484;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.01903;OID=.;OPOS=22740245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:32:27:27:0.457627:17:10:15:16:17:10:16:16 chr14 22740270 . G A 369.37 PASS AF=0.544118;AO=38;DP=69;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00829245;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.251;QD=21.7277;RBI=0.00908675;REFB=0.00142151;REVB=-0.00371541;RO=31;SAF=19;SAR=19;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393992;STB=0.528182;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=-0.000115525;OID=.;OPOS=22740270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:31:31:38:37:0.544118:19:19:14:17:18:19:14:17 chr14 22887459 . CG C 166.91 PASS AF=0.478261;AO=29;DP=68;FAO=33;FDP=69;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.130944;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.4123;QD=9.67618;RBI=0.154714;REFB=-0.0310983;REVB=0.0824018;RO=36;SAF=11;SAR=18;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0.492754;SSSB=-0.277411;STB=0.640055;STBP=0.035;TYPE=del;VARB=0.0435117;OID=.;OPOS=22887460;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261:29:68:33:69:36:13:20:24:12:99:36:11:18:24:12 chr14 22891883 . G C 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00320795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6625;QD=14.3344;RBI=0.0135237;REFB=-0.025593;REVB=-0.0131377;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0094611;STB=0.505488;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0343861;OID=.;OPOS=22891883;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:8:9:14:12:8:9:14:12 chr14 22942890 . G T 461.41 PASS AF=0.46729;AO=50;DP=108;FAO=50;FDP=107;FR=.;FRO=57;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.00122956;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.112;QD=17.249;RBI=0.00691062;REFB=-0.012053;REVB=0.00680036;RO=56;SAF=22;SAR=28;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110298;STB=0.510262;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0132761;OID=.;OPOS=22942890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:56:57:50:50:0.46729:28:22:24:32:28:22:24:33 chr14 22947903 . C T 277.42 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00541812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.271;QD=18.4946;RBI=0.00595794;REFB=-0.026089;REVB=-0.0024781;RO=30;SAF=12;SAR=18;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612244;STB=0.534224;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0119871;OID=.;OPOS=22947903;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:30:30:30:30:0.5:18:12:14:16:18:12:14:16 chr14 22961854 . A G 103.47 PASS AF=0.238806;AO=16;DP=67;FAO=16;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=33;FSRR=18;FWDB=-0.00147597;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0675;QD=6.17719;RBI=0.00290764;REFB=0.0125535;REVB=0.00250518;RO=51;SAF=8;SAR=8;SRF=33;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182229;STB=0.611807;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.027423;OID=.;OPOS=22961854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:51:51:16:16:0.238806:8:8:33:18:8:8:33:18 chr14 22972742 . G A 271.13 PASS AF=0.363636;AO=32;DP=88;FAO=32;FDP=88;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0206734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.654;QD=12.3242;RBI=0.0229114;REFB=-0.0149821;REVB=-0.00987652;RO=56;SAF=12;SAR=20;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179642;STB=0.603383;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.031247;OID=.;OPOS=22972742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:56:56:32:32:0.363636:20:12:30:26:20:12:30:26 chr14 22972783 . ACC AC,ACA 1053.57 PASS AF=0.986842,0.0131579;AO=68,5;DP=75;FAO=75,1;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=32,1;FSAR=43,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0496006,-0.029954;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=23.3815,8.25265;QD=55.4508;RBI=0.134761,0.0950766;REFB=0,0;REVB=-0.125301,-0.0902348;RO=0;SAF=31,1;SAR=37,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00393046,0.06572;OID=.,.;OPOS=22972784,22972785;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=AC,ACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.986842,0.0131579:68,5:75:75,1:76:0:32,1:43,0:0:0:3:0:31,1:37,4:0:0 chr14 22972815 . C T 173.59 PASS AF=0.360656;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=61;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.00742977;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.524;QD=11.3829;RBI=0.0114507;REFB=-0.0105845;REVB=0.00871298;RO=38;SAF=7;SAR=15;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20765;STB=0.629738;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0154892;OID=.;OPOS=22972815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:38:39:22:22:0.360656:15:7:19:19:15:7:20:19 chr14 22975700 . T G 268.86 PASS AF=0.333333;AO=34;DP=102;FAO=34;FDP=102;FR=.;FRO=68;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.00161854;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.79;QD=10.5433;RBI=0.0193995;REFB=-0.00360414;REVB=-0.0193319;RO=68;SAF=15;SAR=19;SRF=36;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101398;STB=0.558789;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0070791;OID=.;OPOS=22975700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:68:68:34:34:0.333333:19:15:36:32:19:15:36:32 chr14 22978335 . C T 1901.83 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0391353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5697;QD=61.3493;RBI=0.0478293;REFB=0;REVB=0.0274967;RO=0;SAF=58;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122672;OID=.;OPOS=22978335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:123:124:1:65:58:0:0:65:59:0:0 chr14 22984586 . A C 432.3 PASS AF=0.454545;AO=45;DP=107;FAO=55;FDP=121;FR=.;FRO=66;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0303486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.515;QD=14.2909;RBI=0.0304772;REFB=-0.00790316;REVB=0.00279682;RO=62;SAF=18;SAR=27;SRF=29;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0713693;STB=0.56624;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0135625;OID=.;OPOS=22984586;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:121:62:66:45:55:0.454545:27:18:29:33:37:18:29:37 chr14 22988972 . G C 367.88 PASS AF=0.493506;AO=37;DP=76;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0113407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=336.571;QD=19.1105;RBI=0.0113645;REFB=-0.00310811;REVB=0.000735022;RO=39;SAF=17;SAR=20;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189224;STB=0.609667;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00253126;OID=.;OPOS=22988972;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:39:39:37:38:0.493506:20:17:26:13:21:17:26:13 chr14 22993278 . A AG 394.24 PASS AF=0.973684;AO=35;DP=39;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.06974;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=19.0592;QD=41.4993;RBI=0.0980488;REFB=0.0629976;REVB=-0.0689196;RO=2;SAF=12;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174978;STB=0.510199;STBP=0.512;TYPE=ins;VARB=-0.00322886;OID=.;OPOS=22993279;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.973684:35:39:37:38:1:13:24:0:1:4:2:12:23:1:1 chr14 22994636 . C T 431.67 PASS AF=0.505882;AO=42;DP=85;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00711726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.58;QD=20.3138;RBI=0.0154926;REFB=-0.0213274;REVB=-0.013761;RO=42;SAF=16;SAR=26;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225877;STB=0.504852;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0233593;OID=.;OPOS=22994636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:42:42:42:43:0.505882:26:16:17:25:26:17:17:25 chr14 22997524 . A G 1458.61 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5957;QD=62.736;RBI=0.017816;REFB=0;REVB=-0.00756775;RO=0;SAF=54;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.68294e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120771;OID=.;OPOS=22997524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:93:0:0:88:93:1:34:54:0:0:38:55:0:0 chr14 22998590 . AG A 656.09 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0530022;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=25.9101;QD=47.7157;RBI=0.0638945;REFB=0;REVB=0.035683;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000357647;OID=.;OPOS=22998591;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:56:55:55:0:29:26:0:0:12:0:28:26:0:0 chr14 22998619 . AC AA,A 669.61 PASS AF=0.113208,0.886792;AO=5,45;DP=53;FAO=6,47;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=2,22;FSAR=4,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00336814,-0.064574;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=8.915,21.6996;QD=50.5367;RBI=0.0126573,0.0808726;REFB=0,0;REVB=0.012201,0.0486885;RO=1;SAF=2,21;SAR=3,24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.121807,0.0191802;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=-0.0497515,0.00912413;OID=.,.;OPOS=22998620,22998620;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.113208,0.886792:5,45:53:6,47:53:0:2,22:4,25:0:0:25:1:2,21:3,24:0:1 chr14 23000062 . T C 681.53 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0262571;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.019;QD=60.5805;RBI=0.0263578;REFB=0.0146093;REVB=0.0023016;RO=1;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164853;STB=0.508768;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00218069;OID=.;OPOS=23000062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:28:16:0:1:28:16:0:1 chr14 23025932 . A T 1933.76 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=130;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=60;FSAR=65;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0476515;FXX=0.0307669;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.685;QD=61.3893;RBI=0.0537506;REFB=-0.111122;REVB=0.024869;RO=0;SAF=60;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504132;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000325772;OID=.;OPOS=23025932;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:130:126:0:1:125:125:0.992063:65:60:0:0:65:60:1:0 chr14 23044002 . G T 446.96 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.532;QD=57.6718;RBI=0.0755406;REFB=0;REVB=0.0748296;RO=0;SAF=20;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000650443;OID=.;OPOS=23044002;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:11:20:0:0:11:20:0:0 chr14 23081223 . T C 215.23 PASS AF=0.44;AO=21;DP=49;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0690981;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4686;QD=17.2185;RBI=0.0700451;REFB=-0.00397347;REVB=-0.011479;RO=28;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594165;STB=0.519982;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00746412;OID=.;OPOS=23081223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:28:28:21:22:0.44:10:11:13:15:11:11:13:15 chr14 23102784 . A G 97.96 PASS AF=0.317073;AO=11;DP=47;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.015477;FXX=0.145803;HRUN=5;LEN=1;MLLD=95.7755;QD=9.55754;RBI=0.0410167;REFB=-0.00619568;REVB=-0.0379846;RO=25;SAF=1;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.604485;STB=0.741802;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0636988;OID=.;OPOS=23102784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:47:41:25:28:11:13:0.317073:10:1:14:11:10:3:16:12 chr14 23102896 . A G 35.94 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00809102;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.7115;QD=6.25051;RBI=0.112125;REFB=-0.00991088;REVB=-0.111832;RO=16;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299254;STB=0.726411;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0236375;OID=.;OPOS=23102896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:22:23:16:17:6:6:0.26087:1:5:10:6:1:5:10:7 chr14 23102969 . G A 69.83 PASS AF=0.5625;AO=8;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0204274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8281;QD=17.4587;RBI=0.0955781;REFB=-0.00589251;REVB=0.0933697;RO=6;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21129;STB=0.613759;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0143654;OID=.;OPOS=23102969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:16:16:6:7:8:9:0.5625:2:6:3:3:2:7:4:3 chr14 23103040 . C T 163.22 PASS AF=0.5;AO=18;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00404221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4777;QD=19.2023;RBI=0.0113658;REFB=-0.0480809;REVB=0.0106228;RO=16;SAF=14;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220895;STB=0.608373;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0296019;OID=.;OPOS=23103040;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:17:18:17:0.5:4:14:9:7:4:13:10:7 chr14 23103282 . T C 97.72 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00700534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3082;QD=13.4787;RBI=0.0360768;REFB=-0.0051389;REVB=-0.0353901;RO=17;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353727;STB=0.708727;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00731164;OID=.;OPOS=23103282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:9:3:10:7:9:3:10:7 chr14 23103347 . T C 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0228763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.775;QD=15.5715;RBI=0.0231986;REFB=-0.00453816;REVB=0.0038535;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177484;STB=0.586989;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=0.00633854;OID=.;OPOS=23103347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:12:11:11:0.478261:3:8:6:5:3:8:7:5 chr14 23103354 . AC GT 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00538187;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=199.196;QD=16.4266;RBI=0.0404571;REFB=-0.0160309;REVB=0.0400975;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177484;STB=0.603574;STBP=0.358;TYPE=mnp;VARB=0.0131053;OID=.;OPOS=23103354;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:3:8:6:5:3:8:6:5 chr14 23235808 . G A 727.44 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138993;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.713;QD=57.054;RBI=0.0291219;REFB=0;REVB=0.025591;RO=0;SAF=33;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128511;OID=.;OPOS=23235808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:17:33:0:0:18:33:0:0 chr14 23236524 . C T 752.38 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.02464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.179;QD=54.7185;RBI=0.024848;REFB=-0.19049;REVB=0.00320851;RO=0;SAF=45;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17126e-08;STB=0.526306;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.000418549;OID=.;OPOS=23236524;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:54:54:0.981818:9:45:0:0:9:45:0:1 chr14 23240328 . T A 421.43 PASS AF=0.453608;AO=42;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0199217;FXX=0.0202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5749;QD=17.3786;RBI=0.0241776;REFB=-0.0172167;REVB=0.0136997;RO=50;SAF=16;SAR=26;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137742;STB=0.602247;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0231128;OID=.;OPOS=23240328;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:50:53:42:44:0.453608:26:16:26:24:28:16:29:24 chr14 23240713 . T TAGC 173.09 PASS AF=0.413043;AO=15;DP=48;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.0416776;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=237.198;QD=15.0516;RBI=0.0532469;REFB=-0.0303006;REVB=0.0331392;RO=32;SAF=9;SAR=6;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107174;STB=0.654478;STBP=0.11;TYPE=ins;VARB=0.0341904;OID=.;OPOS=23240714;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=TAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413043:15:48:19:46:27:9:10:20:7:99:32:9:6:22:10 chr14 23242828 . T C 612.98 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0774501;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1421;QD=61.2976;RBI=0.0778103;REFB=0;REVB=0.00747774;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00111473;OID=.;OPOS=23242828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr14 23248112 . A G 328.69 PASS AF=0.866667;AO=26;DP=30;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00246687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1033;QD=43.8258;RBI=0.00666068;REFB=0.00122551;REVB=0.00618702;RO=3;SAF=12;SAR=14;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393744;STB=0.505151;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.000378407;OID=.;OPOS=23248112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:30:30:3:4:26:26:0.866667:14:12:2:1:14:12:2:2 chr14 23282110 . A G 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0192835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.32;QD=51.5084;RBI=0.0384956;REFB=-0.138602;REVB=0.0333175;RO=1;SAF=9;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488217;STB=0.526295;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00478909;OID=.;OPOS=23282110;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:17:9:1:0:17:9:1:0 chr14 23282449 . C T 564.17 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0231036;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.334;QD=57.8631;RBI=0.0328561;REFB=-0.105797;REVB=0.0233611;RO=1;SAF=25;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0346745;STB=0.518509;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000700862;OID=.;OPOS=23282449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:13:25:0:1:13:25:0:1 chr14 23299135 . G T 941.01 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0170941;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.751;QD=57.0311;RBI=0.0186502;REFB=-0.0160357;REVB=-0.00745782;RO=1;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185194;STB=0.509801;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000103047;OID=.;OPOS=23299135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:25:40:0:1:25:40:0:1 chr14 23299286 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0391377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.631;QD=55.6557;RBI=0.0486137;REFB=0;REVB=-0.0288362;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000638016;OID=.;OPOS=23299286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr14 23303641 . A C 716.59 PASS AF=0.929825;AO=53;DP=57;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00764479;FXX=0.0499917;HRUN=5;LEN=1;MLLD=165.404;QD=50.2871;RBI=0.031694;REFB=-0.12261;REVB=0.0307582;RO=2;SAF=29;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00325731;STB=0.514395;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00157262;OID=.;OPOS=23303641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:57:57:2:4:53:53:0.929825:24:29:1:1:24:29:3:1 chr14 23306048 . C T 105.16 PASS AF=0.846154;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=13;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=261.379;QD=32.3569;RBI=0.0151599;REFB=-0.0277147;REVB=0.0151599;RO=2;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301938;OID=.;OPOS=23306048;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:13:13:2:2:11:11:0.846154:11:0:0:2:11:0:0:2 chr14 23312554 . C G 91.17 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0111087;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.07;QD=8.28784;RBI=0.0827113;REFB=-0.0029408;REVB=-0.0819619;RO=27;SAF=6;SAR=6;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634537;STB=0.545379;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.00831734;OID=.;OPOS=23312554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:44:27:32:12:12:0.272727:6:6:15:12:6:6:18:14 chr14 23312923 . T C 265.8 PASS AF=0.6;AO=13;DP=41;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0174516;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.6009;QD=26.5802;RBI=0.0214777;REFB=-0.0113855;REVB=-0.0125192;RO=12;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191108;STB=0.524979;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00637349;OID=.;OPOS=23312923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:12:16:13:24:0.6:10:3:5:7:12:12:7:9 chr14 23313980 . G A 176.76 PASS AF=0.396226;AO=20;DP=52;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.0410283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.193;QD=13.3401;RBI=0.0421028;REFB=-0.0121194;REVB=0.00945129;RO=32;SAF=4;SAR=16;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420083;STB=0.750745;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0165417;OID=.;OPOS=23313980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:32:32:20:21:0.396226:16:4:18:14:17:4:18:14 chr14 23321900 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0300817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.497;QD=52.6132;RBI=0.0307274;REFB=0;REVB=0.00626588;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140674;OID=.;OPOS=23321900;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr14 23371055 . G C 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=0.0335513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.038;QD=6.8145;RBI=0.0378366;REFB=-0.00940165;REVB=-0.0174907;RO=17;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.656935;STB=0.870861;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.021768;OID=.;OPOS=23371055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:17:19:7:7:0.269231:2:5:1:16:2:5:2:17 chr14 23374434 . AG A,AA 776.02 PASS AF=0.0363636,0.963636;AO=10,44;DP=54;FAO=2,53;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24;FSAR=2,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268128,0.0200866;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=192.031,210.684;QD=56.4377;RBI=0.0485711,0.05384;REFB=0,0;REVB=0.0404997,0.0499527;RO=0;SAF=0,24;SAR=10,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.30465e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0241992,0.0035791;OID=.,.;OPOS=23374435,23374435;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0363636,0.963636:10,44:54:2,53:55:0:0,24:2,29:0:0:5:0:0,24:10,20:0:0 chr14 23374862 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.208;QD=48.7366;RBI=0.0443656;REFB=0;REVB=0.0160321;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466649;OID=.;OPOS=23374862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr14 23398902 . C T 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.063362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.143;QD=62.9818;RBI=0.0984569;REFB=0;REVB=0.0753593;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475899;OID=.;OPOS=23398902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr14 23398990 . T G 638.95 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0247628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.883;QD=59.4376;RBI=0.0256874;REFB=0.0317882;REVB=0.00682966;RO=1;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208598;STB=0.511106;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=-0.000359862;OID=.;OPOS=23398990;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:22:20:0:1:22:20:0:1 chr14 23398995 . G A 127.62 PASS AF=0.348837;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0891455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9814;QD=11.8712;RBI=0.103923;REFB=0.00201472;REVB=0.0534141;RO=28;SAF=2;SAR=13;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.586649;STB=0.849184;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00666536;OID=.;OPOS=23398995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:28:28:15:15:0.348837:13:2:18:10:13:2:18:10 chr14 23426182 . C A 411.06 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0997697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.55;QD=56.6981;RBI=0.119117;REFB=0;REVB=0.0650765;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000722384;OID=.;OPOS=23426182;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:13:16:0:0:13:16:0:0 chr14 23530622 . T C 234.92 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0186765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.187;QD=18.7936;RBI=0.0212548;REFB=-0.0180443;REVB=0.0101467;RO=27;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19179;STB=0.608601;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0159697;OID=.;OPOS=23530622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:14:9:16:11:14:9:16:11 chr14 23535239 . GA G,GG 82.2 PASS AF=0.4,0.32;AO=6,7;DP=25;FAO=10,8;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=7,3;FSAR=3,5;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.00794887,0.0775176;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=4.63767,15.3876;QD=13.1523;RBI=0.291764,0.230954;REFB=-0.0865916,-0.0436904;REVB=0.291655,0.217556;RO=6;SAF=4,3;SAR=2,4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.145035,-0.0560707;STB=0.768743,0.705493;STBP=0.029,0.182;TYPE=del,snp;VARB=0.117527,0.0666099;OID=.,.;OPOS=23535240,23535240;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.4,0.32:6,7:25:10,8:25:7:7,3:3,5:0:7:43:6:4,3:2,4:3:3 chr14 23549379 . C G 556.63 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00112331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.915;QD=60.1767;RBI=0.0415271;REFB=0;REVB=0.0415119;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.88396e-05;OID=.;OPOS=23549379;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:0:0:35:37:1:17:18:0:0:18:19:0:0 chr14 23567033 . C T 208.41 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.000250078;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.553;QD=16.3459;RBI=0.0171574;REFB=-0.00675374;REVB=-0.0171556;RO=27;SAF=8;SAR=15;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0611233;STB=0.547403;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0105866;OID=.;OPOS=23567033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:27:28:23:23:0.45098:15:8:11:16:15:8:12:16 chr14 23567774 . T A 474.19 PASS AF=0.918919;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0121971;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.202;QD=51.2634;RBI=0.0238637;REFB=-0.0579375;REVB=-0.0205112;RO=2;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406249;STB=0.501741;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.000554913;OID=.;OPOS=23567774;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:37:2:3:34:34:0.918919:22:12:0:2:22:12:1:2 chr14 23569106 . A G 340.73 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.394;QD=54.5169;RBI=0.0415862;REFB=0;REVB=-0.0153001;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.77863e-05;OID=.;OPOS=23569106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:12:12:0:0:12:13:0:0 chr14 23571671 . A T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.425;QD=57.8843;RBI=0.0247188;REFB=0;REVB=0.00490885;RO=0;SAF=17;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.85607e-05;OID=.;OPOS=23571671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:43:17:0:0:43:17:0:0 chr14 23572899 . G A 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0163086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.839;QD=13.9478;RBI=0.0163094;REFB=-0.00882277;REVB=0.000168468;RO=27;SAF=13;SAR=4;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174484;STB=0.602519;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0149064;OID=.;OPOS=23572899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:4:13:17:10:4:13:17:10 chr14 23594921 . T C 107.22 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00728534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.18;QD=22.5717;RBI=0.00785245;REFB=0.00719821;REVB=0.00292999;RO=7;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0986635;STB=0.555469;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.0137521;OID=.;OPOS=23594921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:3:9:6:1:3:9:6:1 chr14 23595721 . A G 453.77 PASS AF=0.969697;AO=30;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0342297;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.562;QD=55.0023;RBI=0.0479881;REFB=-0.0108928;REVB=-0.0336332;RO=1;SAF=19;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239088;STB=0.512188;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00138452;OID=.;OPOS=23595721;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:1:1:30:32:0.969697:11:19:1:0:12:20:1:0 chr14 23596243 . T A,TCA 210.23 PASS AF=0.114754,0.311475;AO=8,19;DP=63;FAO=7,19;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=1,12;FSAR=6,7;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0341416,-0.00541237;FXX=0.0161264;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=46.4693,152.551;QD=13.7855;RBI=0.049383,0.0308198;REFB=-0.0450553,-0.010994;REVB=-0.0356796,-0.0303408;RO=32;SAF=1,12;SAR=7,7;SRF=17;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.520904,0.111933;STB=0.817192,0.596319;STBP=0.102,0.314;TYPE=snp,ins;VARB=0.0718253,0.0256939;OID=.,.;OPOS=23596243,23596244;OREF=T,-;OALT=A,CA;OMAPALT=A,TCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:63:61:32:35:8,19:7,19:0.114754,0.311475:7,7:1,12:17:15:6,7:1,12:17:18 chr14 23598952 . A G 708.34 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.124;QD=62.9636;RBI=0.037121;REFB=0;REVB=0.0176423;RO=0;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180701;OID=.;OPOS=23598952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:31:14:0:0:31:14:0:0 chr14 23777099 . G A 1142.66 PASS AF=0.987013;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0247541;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.343;QD=59.3588;RBI=0.0486351;REFB=-0.0454987;REVB=0.0418642;RO=1;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114027;STB=0.506023;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000305605;OID=.;OPOS=23777099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:77:1:1:76:76:0.987013:41:35:0:1:41:35:0:1 chr14 23777374 . A G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.4;QD=58.4196;RBI=0.0402804;REFB=0;REVB=0.0378239;RO=0;SAF=17;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.71822e-05;OID=.;OPOS=23777374;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:46:17:0:0:46:17:0:0 chr14 23826822 . C T 456.21 PASS AF=0.542169;AO=43;DP=81;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0134666;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.087;QD=21.9858;RBI=0.0292112;REFB=-0.039178;REVB=0.0259219;RO=37;SAF=22;SAR=21;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066339;STB=0.531102;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0275311;OID=.;OPOS=23826822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:37:38:43:45:0.542169:21:22:16:21:23:22:16:22 chr14 23844979 . C A 497.34 PASS AF=0.45;AO=54;DP=122;FAO=54;FDP=120;FR=.;FRO=66;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=49;FSRR=17;FWDB=-0.0192878;FXX=0.0163921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.493;QD=16.5779;RBI=0.0193047;REFB=-0.0330855;REVB=-0.000805401;RO=66;SAF=31;SAR=23;SRF=49;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17573;STB=0.597369;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0354333;OID=.;OPOS=23844979;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:120:66:66:54:54:0.45:23:31:49:17:23:31:49:17 chr14 23845244 . G A 208.36 PASS AF=0.456522;AO=20;DP=45;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0224739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5603;QD=18.1184;RBI=0.0228264;REFB=-0.00132982;REVB=0.00399584;RO=25;SAF=5;SAR=15;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013082;STB=0.531221;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0055039;OID=.;OPOS=23845244;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:25:25:20:21:0.456522:15:5:6:19:15:6:6:19 chr14 23848311 . C T 691.85 PASS AF=0.978261;AO=43;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0583193;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.069;QD=60.1604;RBI=0.0585916;REFB=-0.167478;REVB=0.00564218;RO=2;SAF=17;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00910618;STB=0.50943;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-4.66944e-06;OID=.;OPOS=23848311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:46:2:1:43:45:0.978261:26:17:1:1:26:19:0:1 chr14 23855569 . A G 364.27 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00637466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5978;QD=21.117;RBI=0.0256663;REFB=-0.0148026;REVB=-0.0248621;RO=30;SAF=25;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179358;STB=0.601603;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0161187;OID=.;OPOS=23855569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:69:30:32:37:37:0.536232:12:25:14:16:12:25:15:17 chr14 23892888 . A G 426.08 PASS AF=0.538462;AO=41;DP=76;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0485997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.395;QD=21.8503;RBI=0.113134;REFB=-0.0418106;REVB=-0.102164;RO=35;SAF=23;SAR=18;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157271;STB=0.585414;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.03414;OID=.;OPOS=23892888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:35:36:41:42:0.538462:18:23:13:22:19:23:13:23 chr14 23899060 . G A 164.01 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0253653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7752;QD=12.8633;RBI=0.0269828;REFB=-0.0150874;REVB=-0.00920156;RO=30;SAF=5;SAR=14;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238507;STB=0.661982;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0468125;OID=.;OPOS=23899060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:32:19:19:0.372549:14:5:14:16:14:5:16:16 chr14 23900794 . G A 350.93 PASS AF=0.537313;AO=35;DP=67;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0103424;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.56;QD=20.9509;RBI=0.0103637;REFB=-0.0166396;REVB=0.000663951;RO=30;SAF=15;SAR=20;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531799;STB=0.529699;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0139798;OID=.;OPOS=23900794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:31:35:36:0.537313:20:15:11:19:21:15:11:20 chr14 23902753 . G A 135.87 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=14;FWDB=-0.0104478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.028;QD=9.70527;RBI=0.0199923;REFB=-0.00294754;REVB=-0.0170451;RO=38;SAF=12;SAR=6;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442773;STB=0.526286;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00803565;OID=.;OPOS=23902753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:38:38:18:18:0.321429:6:12:24:14:6:12:24:14 chr14 23944505 . G A 737.34 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0214731;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.7915;QD=61.4448;RBI=0.0534435;REFB=-0.0426922;REVB=0.0489399;RO=1;SAF=15;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144729;STB=0.507689;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.000931422;OID=.;OPOS=23944505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:48:1:1:47:47:0.979167:32:15:0:1:32:15:0:1 chr14 23944514 . C A 639.72 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.012894;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.082;QD=59.5087;RBI=0.0139177;REFB=-0.0826104;REVB=0.00523909;RO=1;SAF=13;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015915;STB=0.508471;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00389491;OID=.;OPOS=23944514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:29:13:0:1:29:13:0:1 chr14 23947374 . G A 1362.24 PASS AF=1;AO=85;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389667;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.678;QD=62.6315;RBI=0.0392309;REFB=0;REVB=0.00454516;RO=0;SAF=36;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.11707e-05;OID=.;OPOS=23947374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:85:87:1:49:36:0:0:50:37:0:0 chr14 23992742 . T G 203.13 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00937375;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.117;QD=15.6256;RBI=0.0265636;REFB=-0.0116481;REVB=0.0248547;RO=30;SAF=11;SAR=12;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216143;STB=0.52172;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0213116;OID=.;OPOS=23992742;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:30:29:23:23:0.442308:12:11:15:15:12:11:15:14 chr14 23994517 . A G 223.3 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.00260991;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.678;QD=19.0042;RBI=0.0235775;REFB=-0.0265798;REVB=-0.0234326;RO=25;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142154;STB=0.580509;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0231174;OID=.;OPOS=23994517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:13:9:14:11:13:9:14:11 chr14 24028906 . GGC G,GG,GGG 427.32 PASS AF=0,1,0;AO=10,27,4;DP=52;FAO=0,51,0;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,32,0;FSAR=0,19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.185752,0.189828,-0.00798794;FXX=0;HRUN=4,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=7.70382,11.3459,5.97413;QD=33.5153;RBI=0.287419,0.223469,0.355996;REFB=-0.0106079,-0.00144862,0.00801957;REVB=-0.219331,0.117914,0.355906;RO=9;SAF=0,18,4;SAR=10,9,0;SRF=8;SRR=1;SSEN=0.466667,0,0;SSEP=0,0.30137,0;SSSB=-0.842214,-0.120267,0.622057;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0441409,0.00924422,0;OID=.,.,.;OPOS=24028907,24028908,24028908;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,1,0:10,27,4:52:0,51,0:51:0:0,32,0:0,19,0:0:0:3:9:0,18,4:10,9,0:8:1 chr14 24458162 . G C 801.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1391;QD=57.2347;RBI=0.091422;REFB=0;REVB=-0.0842963;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000541278;OID=.;OPOS=24458162;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:22:34:0:0:22:34:0:0 chr14 24458211 . A T 519.0 PASS AF=0.643836;AO=47;DP=73;FAO=47;FDP=73;FR=.;FRO=26;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00967152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.867;QD=28.4382;RBI=0.0133787;REFB=-0.0214304;REVB=0.00924404;RO=25;SAF=24;SAR=23;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0195776;STB=0.503788;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0109828;OID=.;OPOS=24458211;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:25:26:47:47:0.643836:23:24:12:13:23:24:13:13 chr14 24505722 . C G 185.64 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=-0.014925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.473;QD=13.7508;RBI=0.0255951;REFB=-0.0222703;REVB=-0.0207932;RO=32;SAF=13;SAR=9;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709926;STB=0.5406;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0298038;OID=.;OPOS=24505722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:9:13:21:11:9:13:21:11 chr14 24507003 . A C 246.29 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.00321323;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5951;QD=17.9119;RBI=0.0311291;REFB=-0.0159176;REVB=-0.0309628;RO=28;SAF=8;SAR=19;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640739;STB=0.536023;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0178567;OID=.;OPOS=24507003;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:27:27:0.490909:19:8:10:18:19:8:10:18 chr14 24526206 . T C 123.49 PASS AF=0.55;AO=8;DP=21;FAO=11;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0308522;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.643;QD=24.6985;RBI=0.04159;REFB=-0.041086;REVB=0.0278903;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246937;STB=0.63135;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0317935;OID=.;OPOS=24526206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:21:20:6:6:8:11:0.55:4:4:1:5:5:6:1:5 chr14 24527220 . C T 57.92 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.000210741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.3;QD=13.6291;RBI=0.0352346;REFB=-0.0190433;REVB=-0.035234;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494619;STB=0.529338;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0225596;OID=.;OPOS=24527220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:5:4:4:4:5:4 chr14 24529209 . C T 195.05 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00738691;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=225.089;QD=12.5839;RBI=0.00955852;REFB=-0.0129627;REVB=0.0060662;RO=38;SAF=8;SAR=16;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129345;STB=0.574649;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0168027;OID=.;OPOS=24529209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:16:8:17:21:16:8:17:21 chr14 24529260 . C T 244.73 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00875601;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.038;QD=22.7659;RBI=0.0160598;REFB=-0.013304;REVB=0.0134629;RO=20;SAF=4;SAR=19;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345715;STB=0.696141;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0105131;OID=.;OPOS=24529260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:20:20:23:23:0.534884:19:4:10:10:19:4:10:10 chr14 24529890 . A G 182.42 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.277;QD=48.646;RBI=0.0300071;REFB=0;REVB=0.0300071;RO=0;SAF=0;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342421;OID=.;OPOS=24529890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:15:0:0:0:15:0:0:0 chr14 24543808 . G C 667.54 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00690641;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.277;QD=58.0467;RBI=0.0559345;REFB=0.0387043;REVB=0.0555065;RO=2;SAF=26;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00766011;STB=0.50408;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.00206543;OID=.;OPOS=24543808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:46:2:2:44:44:0.956522:18:26:1:1:18:26:1:1 chr14 24545366 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.421;QD=46.8475;RBI=0.0192468;REFB=0;REVB=0.0160166;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.0793e-05;OID=.;OPOS=24545366;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:10:4:0:0:11:4:0:0 chr14 24545835 . C T 304.26 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0833235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.721;QD=50.7096;RBI=0.0959304;REFB=0;REVB=0.0475378;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00431233;OID=.;OPOS=24545835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:14:9:0:0:14:10:0:0 chr14 24551794 . C A 53.03 PASS AF=0.108434;AO=9;DP=84;FAO=9;FDP=83;FR=.,HEALED;FRO=68;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=48;FWDB=-0.0149072;FXX=0.0119033;HRUN=4;LEN=1;MLLD=31.7109;QD=2.5558;RBI=0.0558865;REFB=-0.0380566;REVB=0.0538617;RO=59;SAF=6;SAR=3;SRF=16;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.458556;STB=0.796343;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.168199;OID=.;OPOS=24551794;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:84:83:59:68:9:9:0.108434:3:6:16:43:3:6:20:48 chr14 24551796 . A C 74.01 PASS AF=0.116279;AO=10;DP=86;FAO=10;FDP=86;FR=.,HEALED;FRO=70;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=-0.0925882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5419;QD=3.4422;RBI=0.0929692;REFB=-0.00452028;REVB=-0.00840804;RO=65;SAF=7;SAR=3;SRF=23;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404112;STB=0.768205;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.148047;OID=.;OPOS=24551796;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:86:86:65:70:10:10:0.116279:3:7:23:42:3:7:26:44 chr14 24567498 . A C 1598.21 PASS AF=0.990741;AO=106;DP=111;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00369807;FXX=0.0270246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.078;QD=59.1931;RBI=0.0800813;REFB=-0.0202586;REVB=-0.0799958;RO=1;SAF=61;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00771739;STB=0.504064;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.000258548;OID=.;OPOS=24567498;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:108:1:1:106:107:0.990741:45:61:1:0:46:61:1:0 chr14 24569008 . CTT C 461.78 PASS AF=1;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140193;FXX=0.0487686;HRUN=3;LEN=2;MLLD=42.6067;QD=47.3622;RBI=0.0248687;REFB=0;REVB=-0.0205404;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-5.31256e-05;OID=.;OPOS=24569009;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:41:39:39:0:19:20:0:0:8:0:19:20:0:0 chr14 24579527 . A G 273.87 PASS AF=1;AO=17;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0443708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.227;QD=52.1663;RBI=0.130712;REFB=0;REVB=0.122951;RO=0;SAF=17;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00091259;OID=.;OPOS=24579527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:17:21:1:0:17:0:0:2:19:0:0 chr14 24587639 . G A 708.36 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00304104;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.797;QD=59.0301;RBI=0.00443929;REFB=-0.0226242;REVB=-0.00323409;RO=2;SAF=21;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426858;STB=0.522717;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.000219818;OID=.;OPOS=24587639;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:48:2:2:46:46:0.958333:25:21:2:0:25:21:2:0 chr14 24587667 . C T 770.62 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0513117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.069;QD=55.0444;RBI=0.051371;REFB=-0.0055727;REVB=-0.00246664;RO=1;SAF=22;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209431;STB=0.511107;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00015988;OID=.;OPOS=24587667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:33:22:1:0:33:22:1:0 chr14 24614361 . T G 814.38 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.082;QD=57.1495;RBI=0.0595197;REFB=0;REVB=0.0544888;RO=0;SAF=35;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86274e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298814;OID=.;OPOS=24614361;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:57:0:0:54:57:1:19:35:0:0:21:36:0:0 chr14 24615435 . T C 1227.79 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000499556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1465;QD=61.3896;RBI=0.00863861;REFB=0;REVB=-0.00862416;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.46948e-05;OID=.;OPOS=24615435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:80:0:0:79:80:1:35:44:0:0:36:44:0:0 chr14 24646406 . G GGAA 373.27 PASS AF=0.828571;AO=28;DP=36;FAO=29;FDP=35;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0258477;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=3;MLLD=255.816;QD=42.6598;RBI=0.0274428;REFB=-0.0508431;REVB=0.00921981;RO=6;SAF=10;SAR=18;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498528;STB=0.521724;STBP=0.576;TYPE=ins;VARB=0.00865407;OID=.;OPOS=24646407;OREF=-;OALT=GAA;OMAPALT=GGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.828571:28:36:29:35:6:11:18:3:3:34:6:10:18:3:3 chr14 24647814 . T C 107.65 PASS AF=0.275862;AO=14;DP=56;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0166889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.124;QD=7.42408;RBI=0.0295359;REFB=-0.0101227;REVB=0.0243691;RO=42;SAF=4;SAR=10;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216479;STB=0.557962;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0314699;OID=.;OPOS=24647814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:42:42:14:16:0.275862:10:4:19:23:10:6:19:23 chr14 24652882 . A G 271.82 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0301903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5462;QD=19.4156;RBI=0.0306654;REFB=-0.0171383;REVB=0.00537711;RO=27;SAF=19;SAR=10;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585542;STB=0.532687;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0255667;OID=.;OPOS=24652882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:10:19:16:11:10:19:16:11 chr14 24653523 . G C 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0187999;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.134;QD=21.1692;RBI=0.0240817;REFB=-0.0160352;REVB=0.0150496;RO=3;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0505826;STB=0.529328;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00784084;OID=.;OPOS=24653523;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:4:3:1:2:4:3:1:2 chr14 24653954 . G A 186.62 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.00405245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.308;QD=27.647;RBI=0.0337168;REFB=-0.0251605;REVB=0.0334724;RO=9;SAF=8;SAR=10;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209286;STB=0.615266;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0271859;OID=.;OPOS=24653954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:10:8:1:8:10:8:1:8 chr14 24654489 . T C 208.84 PASS AF=0.488372;AO=20;DP=44;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0224598;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.936;QD=19.4273;RBI=0.0353757;REFB=-0.0365025;REVB=-0.0273312;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211188;STB=0.627078;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0233701;OID=.;OPOS=24654489;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:22:22:20:21:0.488372:10:10:6:16:10:11:6:16 chr14 24657406 . GTG GGG,GG,GT 450.59 PASS AF=0.483871,0,0.290323;AO=12,8,18;DP=61;FAO=30,0,18;FDP=62;FR=.;FRO=14;FSAF=15,0,0;FSAR=15,0,18;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.00141995,0.00146396,-0.0361281;FXX=0.0158705;HRUN=1,1,3;LEN=1,1,1;MLLD=220.591,211.822,18.3142;QD=29.0703;RBI=0.0244989,0.0214389,0.130805;REFB=-0.0221681,-0.0283844,-0.044466;REVB=0.0244577,0.0213888,-0.125717;RO=13;SAF=9,1,0;SAR=3,7,18;SRF=11;SRR=2;SSEN=0,0,0.65625;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.124735,-0.67786,-0.864322;STB=0.613564,0.5,0.999305;STBP=0.039,1,0;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0402694,0.0340935,0.0189913;OID=.,.,.;OPOS=24657407,24657407,24657408;OREF=T,T,G;OALT=G,-,-;OMAPALT=GGG,GG,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.483871,0,0.290323:12,8,18:61:30,0,18:62:14:15,0,0:15,0,18:12:2:99:13:9,1,0:3,7,18:11:2 chr14 24679877 . C T 487.98 PASS AF=0.837209;AO=35;DP=42;FAO=36;FDP=43;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0179485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.946;QD=45.393;RBI=0.0443353;REFB=-0.0204446;REVB=0.0405397;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.511621;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00312717;OID=.;OPOS=24679877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:42:43:0:7:35:36:0.837209:17:18:0:0:18:18:4:3 chr14 24771256 . T C 1366.47 PASS AF=0.978022;AO=87;DP=90;FAO=89;FDP=91;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0142263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.753;QD=60.0647;RBI=0.0543365;REFB=-0.14432;REVB=0.0524411;RO=3;SAF=41;SAR=46;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298993;STB=0.510202;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00226833;OID=.;OPOS=24771256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:91:3:2:87:89:0.978022:46:41:0:3:48:41:0:2 chr14 24786060 . G A 333.68 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.0239879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.4;QD=24.2676;RBI=0.0295917;REFB=-0.0565362;REVB=0.0173277;RO=22;SAF=8;SAR=25;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112395;STB=0.561369;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0368527;OID=.;OPOS=24786060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:22:22:33:33:0.6:25:8:3:19:25:8:3:19 chr14 24786293 . T G 222.16 PASS AF=0.75;AO=19;DP=27;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0118114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.764;QD=31.7373;RBI=0.0179401;REFB=-0.0204357;REVB=0.0135032;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.561342;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00745663;OID=.;OPOS=24786293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:27:28:0:7:19:21:0.75:15:4:0:0:16:5:3:4 chr14 24786976 . T C 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.758;QD=55.6552;RBI=0.0138286;REFB=0;REVB=0.00677038;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81023e-05;OID=.;OPOS=24786976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr14 24793600 . G A 465.56 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.374;QD=58.195;RBI=0.101537;REFB=0;REVB=0.00629646;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307674;OID=.;OPOS=24793600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:17:14:0:0:17:15:0:0 chr14 24795495 . G A 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0716021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.595;QD=34.6655;RBI=0.0789911;REFB=-0.0166834;REVB=0.0333576;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555443;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00210313;OID=.;OPOS=24795495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:0:1:10:10:0.909091:6:4:0:0:6:4:1:0 chr14 24801960 . G C 136.09 PASS AF=0.459459;AO=14;DP=34;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0275325;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.0155;QD=14.7129;RBI=0.0555136;REFB=-0.0178526;REVB=0.048205;RO=20;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.336769;STB=0.652002;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0413704;OID=.;OPOS=24801960;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:37:20:20:14:17:0.459459:5:9:6:14:7:10:6:14 chr14 24836815 . C G 230.54 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.00353756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3693;QD=14.4089;RBI=0.0127621;REFB=-0.0202256;REVB=-0.012262;RO=37;SAF=18;SAR=9;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136271;STB=0.577718;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0516336;OID=.;OPOS=24836815;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:9:18:20:17:9:18:20:17 chr14 24839165 . C T 1081.07 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391666;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3894;QD=60.0594;RBI=0.0394045;REFB=0;REVB=-0.00432371;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000346183;OID=.;OPOS=24839165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:30:41:0:0:31:41:0:0 chr14 24846757 . A G 613.31 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.826;QD=61.3306;RBI=0.0206157;REFB=0;REVB=0.0100419;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.50747e-05;OID=.;OPOS=24846757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:18:22:0:0:18:22:0:0 chr14 24846961 . G T 120.14 PASS AF=0.65;AO=12;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00159242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.551;QD=24.0276;RBI=0.0575142;REFB=-0.0326227;REVB=0.0574921;RO=7;SAF=2;SAR=10;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424721;STB=0.747135;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0387389;OID=.;OPOS=24846961;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:12:13:0.65:10:2:5:2:11:2:5:2 chr14 24888335 . T C 245.36 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=63;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=32;FWDB=-0.106474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3968;QD=15.5782;RBI=0.108984;REFB=-0.00750985;REVB=-0.0232553;RO=35;SAF=4;SAR=24;SRF=3;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127961;STB=0.571383;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0145641;OID=.;OPOS=24888335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:35:35:28:28:0.444444:24:4:3:32:24:4:3:32 chr14 24898556 . G C 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0152721;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.93;QD=15.101;RBI=0.0154766;REFB=-0.0238576;REVB=-0.00250775;RO=31;SAF=12;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479693;STB=0.52725;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0344913;OID=.;OPOS=24898556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:12:12:17:14:12:12:17:14 chr14 24898558 . C T 243.88 PASS AF=0.5;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0136874;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.617;QD=18.7602;RBI=0.0224391;REFB=-0.0107976;REVB=0.0177811;RO=25;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01751;STB=0.519216;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.00742595;OID=.;OPOS=24898558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:25:26:26:26:0.5:13:13:13:12:13:13:14:12 chr14 24901276 . G T 64.07 PASS AF=0.8;AO=7;DP=9;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.150167;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=53.785;QD=25.6292;RBI=0.200112;REFB=-0.0359105;REVB=0.132268;RO=2;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174483;STB=0.599759;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0183207;OID=.;OPOS=24901276;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:10:2:2:7:8:0.8:3:4:2:0:4:4:2:0 chr14 24909362 . T C 850.83 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00283215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.711;QD=57.6833;RBI=0.00403552;REFB=0;REVB=0.00287477;RO=0;SAF=17;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67581e-08;OID=.;OPOS=24909362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:42:17:0:0:42:17:0:0 chr14 24909475 . C G 262.85 PASS AF=0.846154;AO=22;DP=26;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0235444;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.588;QD=40.4389;RBI=0.0299156;REFB=-0.0175514;REVB=-0.0184556;RO=3;SAF=17;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.210965;STB=0.642716;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.000274775;OID=.;OPOS=24909475;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:26:26:3:4:22:22:0.846154:5:17:0:3:5:17:0:4 chr14 24909731 . C T 785.64 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1221;QD=64.1338;RBI=0.11462;REFB=0;REVB=0.00896813;RO=0;SAF=10;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110825;OID=.;OPOS=24909731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:39:10:0:0:39:10:0:0 chr14 24910210 . C A 1525.67 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=99;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00551906;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.445;QD=61.6434;RBI=0.0138583;REFB=-0.14056;REVB=0.0127119;RO=1;SAF=51;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101988;STB=0.510636;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.000379246;OID=.;OPOS=24910210;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:99:99:1:2:97:97:0.979798:46:51:0:1:46:51:0:2 chr14 24910973 . TT GA 742.86 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352643;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=92.6519;QD=63.2223;RBI=0.0793897;REFB=0;REVB=0.0711277;RO=0;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000493763;OID=.;OPOS=24910973;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:24:21:0:0:26:21:0:0 chr14 24912008 . T C 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0222587;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.153;QD=12.0517;RBI=0.0230565;REFB=-0.0104293;REVB=-0.00601252;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120736;STB=0.57128;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0136544;OID=.;OPOS=24912008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:6:3:3:10:6:3:3:10 chr14 24970942 . A G 468.67 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0217171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9668;QD=55.1375;RBI=0.0619681;REFB=-0.0955969;REVB=-0.058038;RO=1;SAF=15;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301269;STB=0.516119;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00308435;OID=.;OPOS=24970942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:18:15:1:0:18:15:1:0 chr14 24975435 . G T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00760599;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.302;QD=47.8224;RBI=0.021523;REFB=0;REVB=-0.0201343;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.80535e-05;OID=.;OPOS=24975435;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:13:3:0:0:13:3:0:0 chr14 25102160 . C T 1026.31 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1565;QD=59.4965;RBI=0.034225;REFB=0;REVB=0.0320255;RO=0;SAF=33;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.36169e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114339;OID=.;OPOS=25102160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:36:33:0:0:36:33:0:0 chr14 25288513 . C T 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00246304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.259;QD=15.1665;RBI=0.020607;REFB=0.0015651;REVB=0.0204593;RO=20;SAF=10;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219383;STB=0.627277;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.0037631;OID=.;OPOS=25288513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:5:10:9:11:5:10:9:11 chr14 29242054 . C T 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00784776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.278;QD=19.9283;RBI=0.0135458;REFB=-0.0570394;REVB=0.0110408;RO=9;SAF=7;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155545;STB=0.588097;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0213732;OID=.;OPOS=29242054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:5:7:7:2:5:7:7:2 chr14 30068871 . TAAAAAC TAAAA,TAAAAC,TTAAAAC 86.7 PASS AF=0,0.62069,0;AO=5,9,2;DP=29;FAO=0,18,0;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=0,16,0;FSAR=0,2,0;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0171584,0.0569031,-0.0603893;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=174.57,12.8845,20.1314;QD=11.9589;RBI=0.0256358,0.0649165,0.0612595;REFB=-0.000586601,-0.0736956,-0.0379123;REVB=-0.0190468,0.0312441,-0.0102887;RO=12;SAF=5,8,2;SAR=0,1,0;SRF=2;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.799835,0.672594,0.718987;STB=0.5,0.829763,0.5;STBP=1,0,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.109132,0;OID=.,.,.;OPOS=30068876,30068872,30068872;OREF=AC,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=TAAAA,TAAAAC,TTAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.62069,0:5,9,2:29:0,18,0:29:11:0,16,0:0,2,0:2:9:69:12:5,8,2:0,1,0:2:10 chr14 31059969 . G A 613.3 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0915398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6771;QD=61.3295;RBI=0.0921445;REFB=0;REVB=0.0105394;RO=0;SAF=10;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000996439;OID=.;OPOS=31059969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:30:10:0:0:30:10:0:0 chr14 31099738 . A G 970.74 PASS AF=0.957746;AO=68;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0466962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3685;QD=54.6897;RBI=0.0470374;REFB=-0.053093;REVB=-0.00565516;RO=3;SAF=45;SAR=23;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304713;STB=0.516124;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0141957;OID=.;OPOS=31099738;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:71:3:3:68:68:0.957746:23:45:3:0:23:45:3:0 chr14 31108977 . T C 684.86 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151816;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.169;QD=60.8765;RBI=0.0151842;REFB=-0.109144;REVB=0.000281598;RO=1;SAF=20;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229092;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027686;OID=.;OPOS=31108977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:46:45:1:0:44:45:1:24:20:1:0:24:21:0:0 chr14 31191772 . T C 954.84 PASS AF=0.931507;AO=68;DP=73;FAO=68;FDP=73;FR=.;FRO=5;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0124948;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.777;QD=52.3198;RBI=0.0124988;REFB=-0.148119;REVB=0.000316247;RO=5;SAF=29;SAR=39;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00349636;STB=0.501854;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.000950484;OID=.;OPOS=31191772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:73:73:5:5:68:68:0.931507:39:29:2:3:39:29:2:3 chr14 31355096 . C G 248.32 PASS AF=0.352941;AO=30;DP=85;FAO=30;FDP=85;FR=.;FRO=55;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=-0.00869345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.218;QD=11.6854;RBI=0.0112084;REFB=-0.00147931;REVB=-0.00707482;RO=55;SAF=16;SAR=14;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755522;STB=0.543553;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00333838;OID=.;OPOS=31355096;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:55:55:30:30:0.352941:14:16:33:22:14:16:33:22 chr14 31359847 . T A 557.07 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.083;QD=60.224;RBI=0.0287311;REFB=0;REVB=0.022266;RO=1;SAF=10;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444824;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261351;OID=.;OPOS=31359847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:1:0:35:37:1:25:10:1:0:26:11:0:0 chr14 31381351 . T C 178.18 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.009473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.929;QD=14.8479;RBI=0.0235674;REFB=-0.0233396;REVB=-0.0215797;RO=28;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0453538;STB=0.516761;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0316195;OID=.;OPOS=31381351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:28:29:19:19:0.395833:11:8:13:15:11:8:13:16 chr14 31578762 . C T 291.89 PASS AF=0.463768;AO=31;DP=69;FAO=32;FDP=69;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0202249;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.395;QD=16.921;RBI=0.0212961;REFB=-0.0264844;REVB=-0.00666926;RO=38;SAF=10;SAR=21;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779334;STB=0.520304;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0249104;OID=.;OPOS=31578762;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:37:31:32:0.463768:21:10:15:23:21:11:14:23 chr14 31582380 . A G 434.47 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0457435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.191;QD=54.3088;RBI=0.0585098;REFB=-0.057216;REVB=0.0364818;RO=1;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300873;STB=0.516119;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0314051;OID=.;OPOS=31582380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:15:16:0:1:15:16:0:1 chr14 31582526 . T C 370.53 PASS AF=0.4;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=0.00595497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.02;QD=14.8212;RBI=0.00794692;REFB=-0.00483142;REVB=-0.00526232;RO=60;SAF=17;SAR=23;SRF=40;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25167;STB=0.641949;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00903322;OID=.;OPOS=31582526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:60:60:40:40:0.4:23:17:40:20:23:17:40:20 chr14 31619392 . T C 224.62 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0294386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.133;QD=17.6172;RBI=0.030333;REFB=-0.0238867;REVB=-0.00731158;RO=26;SAF=18;SAR=6;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386347;STB=0.727078;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0151105;OID=.;OPOS=31619392;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:27:24:24:0.470588:6:18:9:17:6:18:9:18 chr14 31647241 . G A 274.93 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00107034;FXX=0.0266631;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.338;QD=15.0645;RBI=0.0124279;REFB=0.00701933;REVB=-0.0123817;RO=42;SAF=18;SAR=13;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224163;STB=0.626552;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.013706;OID=.;OPOS=31647241;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:73:42:42:31:31:0.424658:13:18:15:27:13:18:15:27 chr14 31819046 . AC A,AT 982.35 PASS AF=0.0735294,0.926471;AO=7,61;DP=70;FAO=5,63;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=3,41;FSAR=2,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00133108,0.0262823;FXX=0.0285673;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=95.3104,109.905;QD=57.7851;RBI=0.00936282,0.026604;REFB=0,0;REVB=-0.00926772,-0.00412513;RO=0;SAF=4,40;SAR=3,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0442543,-0.00346443;OID=.,.;OPOS=31819047,31819047;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0735294,0.926471:7,61:70:5,63:68:0:3,41:2,22:0:0:15:0:4,40:3,21:0:0 chr14 31819913 . A G 365.03 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0177644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1203;QD=52.1476;RBI=0.0585989;REFB=-0.00746162;REVB=0.0558413;RO=1;SAF=17;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265715;STB=0.514275;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.000966724;OID=.;OPOS=31819913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:10:17:1:0:10:17:1:0 chr14 31864485 . G C 1196.55 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00620494;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.374;QD=59.8277;RBI=0.00630345;REFB=-0.0240278;REVB=-0.00111003;RO=1;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116883;STB=0.506171;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000933292;OID=.;OPOS=31864485;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:80:1:1:79:79:0.9875:40:39:0:1:40:39:0:1 chr14 31926435 . GAAAAAA GAAAAA,GAAAAAC 433.04 PASS AF=0.866667,0.133333;AO=27,6;DP=47;FAO=39,6;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25,0;FSAR=14,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.258898,0.150819;FXX=0.0425441;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=13.0283,17.907;QD=38.4927;RBI=0.420143,0.271066;REFB=-0.0630616,-0.0492647;REVB=0.330896,0.225234;RO=7;SAF=19,0;SAR=8,6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0.322289,0;SSSB=0.118133,-0.747681;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0459985,-0.0793574;OID=.,.;OPOS=31926436,31926441;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=GAAAAA,GAAAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.866667,0.133333:27,6:47:39,6:45:0:25,0:14,6:0:0:24:7:19,0:8,6:3:4 chr14 32047217 . T C 277.07 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=28;FWDB=-0.00895134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8275;QD=16.7924;RBI=0.0404163;REFB=-0.0314634;REVB=0.0394125;RO=34;SAF=6;SAR=25;SRF=6;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260284;STB=0.50544;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0306075;OID=.;OPOS=32047217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:35:31:31:0.469697:25:6:6:28:25:6:7:28 chr14 32071665 . G A 415.53 PASS AF=0.482759;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=87;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=0.0116142;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.176;QD=19.1048;RBI=0.0257184;REFB=-0.026016;REVB=-0.0229466;RO=45;SAF=22;SAR=20;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0530657;STB=0.529526;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0223671;OID=.;OPOS=32071665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:45:45:42:42:0.482759:20:22:21:24:20:22:21:24 chr14 32131273 . G A 183.24 PASS AF=0.396552;AO=22;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0227226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4177;QD=12.6369;RBI=0.0441253;REFB=0.00211304;REVB=0.0378249;RO=34;SAF=9;SAR=13;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157816;STB=0.582019;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.0001793;OID=.;OPOS=32131273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:35:22:23:0.396552:13:9:19:15:13:10:20:15 chr14 32414145 . C A 207.31 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00219503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.81;QD=24.3899;RBI=0.0119257;REFB=-0.027479;REVB=0.0117219;RO=13;SAF=8;SAR=12;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448418;STB=0.542126;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0147413;OID=.;OPOS=32414145;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:14:20:20:0.588235:12:8:6:7:12:8:7:7 chr14 32419331 . C T 569.77 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00478982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.858;QD=58.438;RBI=0.0164403;REFB=-0.0274965;REVB=0.015727;RO=1;SAF=12;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374416;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000386636;OID=.;OPOS=32419331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:39:1:0:38:39:1:26:12:1:0:26:13:0:0 chr14 32627301 . T C 214.71 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.043027;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5381;QD=27.705;RBI=0.0565633;REFB=-0.00624262;REVB=0.0367164;RO=11;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00293581;STB=0.501627;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00653358;OID=.;OPOS=32627301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:32:31:11:11:20:20:0.645161:11:9:5:6:11:9:5:6 chr14 32960254 . G A 289.87 PASS AF=0.39759;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=83;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.0113545;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2824;QD=13.9698;RBI=0.0182097;REFB=0.0118595;REVB=0.0142361;RO=50;SAF=18;SAR=15;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803438;STB=0.54563;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.0270941;OID=.;OPOS=32960254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:50:33:33:0.39759:15:18:31:19:15:18:31:19 chr14 33046388 . A G 505.41 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00280305;FXX=0.0285633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.89;QD=59.4596;RBI=0.0216332;REFB=0;REVB=0.0214509;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.49132e-05;OID=.;OPOS=33046388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr14 33292743 . A C 41.12 PASS AF=0.6;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00951197;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.847;QD=16.4488;RBI=0.0102926;REFB=-0.035327;REVB=0.00393194;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194334;STB=0.571183;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0294507;OID=.;OPOS=33292743;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:10:3:4:6:6:0.6:2:4:1:2:2:4:2:2 chr14 33293122 . A G 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0196766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.151;QD=12.1823;RBI=0.0278072;REFB=0.000982211;REVB=-0.0196487;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0011261;OID=.;OPOS=33293122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:6:4:6:9:6:4:6:9 chr14 33293531 . T A 228.01 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0120719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.9468;QD=13.8186;RBI=0.0121772;REFB=-0.020539;REVB=-0.00159858;RO=36;SAF=14;SAR=13;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102296;STB=0.563712;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0279636;OID=.;OPOS=33293531;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:36:39:27:27:0.409091:13:14:15:21:13:14:16:23 chr14 33294042 . G A 157.04 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0405137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.391;QD=16.1062;RBI=0.0407619;REFB=-0.0200914;REVB=-0.00449105;RO=21;SAF=11;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213306;STB=0.610978;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0284071;OID=.;OPOS=33294042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:22:17:17:0.435897:6:11:9:12:6:11:10:12 chr14 34393602 . A G 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00669029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8904;QD=30.7931;RBI=0.0155085;REFB=-0.117648;REVB=0.0139912;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.545344;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.0125758;OID=.;OPOS=34393602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:0:1:8:8:0.888889:3:5:0:0:3:5:1:0 chr14 35062312 . C T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.936;QD=59.4356;RBI=0.0252516;REFB=0;REVB=0.0185736;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.68306e-05;OID=.;OPOS=35062312;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr14 35099099 . A G 465.35 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0943527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5166;QD=58.1681;RBI=0.0948866;REFB=0;REVB=-0.0100515;RO=1;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300873;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00202528;OID=.;OPOS=35099099;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:1:0:31:32:1:15:16:0:1:16:16:0:0 chr14 35242828 . G A 163.64 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0168451;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.237;QD=19.2514;RBI=0.0397561;REFB=-0.0309871;REVB=-0.036011;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519842;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0295545;OID=.;OPOS=35242828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:17:17:17:0.5:9:8:8:7:9:8:8:9 chr14 35577290 . CA C 49.82 PASS AF=0.275362;AO=13;DP=65;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.125536;FXX=0.0142837;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.7524;QD=2.88811;RBI=0.162868;REFB=-0.0198732;REVB=-0.103762;RO=49;SAF=3;SAR=10;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.459542;STB=0.793944;STBP=0.004;TYPE=del;VARB=0.0328503;OID=.;OPOS=35577291;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.275362:13:65:19:69:50:4:15:31:19:49:49:3:10:30:19 chr14 35591174 . T C 589.07 PASS AF=0.480315;AO=61;DP=127;FAO=61;FDP=127;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0562283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3839;QD=18.5534;RBI=0.0690831;REFB=-0.00708173;REVB=-0.0401355;RO=66;SAF=33;SAR=28;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100769;STB=0.505581;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.00722563;OID=.;OPOS=35591174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:66:66:61:61:0.480315:28:33:35:31:28:33:35:31 chr14 35592538 . C G 195.79 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0146187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3201;QD=17.7992;RBI=0.0211803;REFB=-0.0139371;REVB=-0.0153265;RO=24;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165484;STB=0.509425;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0137236;OID=.;OPOS=35592538;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:12:8:10:14:12:8:10:14 chr14 35761675 . C G 333.7 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=61;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0191967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.697;QD=21.8822;RBI=0.0212623;REFB=-0.0121913;REVB=0.00914185;RO=26;SAF=5;SAR=29;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284009;STB=0.673321;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0131795;OID=.;OPOS=35761675;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:26:27:34:34:0.557377:29:5:10:16:29:5:11:16 chr14 35871217 . G A 102.5 PASS AF=0.521739;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0164897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.06;QD=17.8268;RBI=0.0166895;REFB=-0.0233451;REVB=0.00257473;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113581;STB=0.56511;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0137625;OID=.;OPOS=35871217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:11:12:12:0.521739:6:6:7:4:6:6:7:4 chr14 36004075 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.678;QD=42.1826;RBI=0.0515321;REFB=0;REVB=-0.0447021;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000397027;OID=.;OPOS=36004075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr14 36005659 . T C 271.85 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.8058;QD=51.7813;RBI=0.0500882;REFB=0;REVB=0.0490707;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011512;OID=.;OPOS=36005659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:14:6:0:0:15:6:0:0 chr14 36153177 . T C 982.57 PASS AF=0.921053;AO=70;DP=75;FAO=70;FDP=76;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00555786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.141;QD=51.7142;RBI=0.0152648;REFB=-0.134584;REVB=0.014217;RO=5;SAF=32;SAR=38;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683436;STB=0.529758;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.00237859;OID=.;OPOS=36153177;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:75:76:5:6:70:70:0.921053:38:32:5:0:38:32:5:1 chr14 36191030 . A G 272.8 PASS AF=0.424658;AO=31;DP=73;FAO=31;FDP=73;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0139966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.8;QD=14.9479;RBI=0.0170064;REFB=-0.0143315;REVB=-0.00965986;RO=42;SAF=16;SAR=15;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0887961;STB=0.550232;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.019698;OID=.;OPOS=36191030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:42:42:31:31:0.424658:15:16:18:24:15:16:18:24 chr14 36400983 . T G 471.48 PASS AF=0.5625;AO=45;DP=80;FAO=45;FDP=80;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0390354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.74;QD=23.5742;RBI=0.0406486;REFB=-0.0180921;REVB=-0.011338;RO=35;SAF=22;SAR=23;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939086;STB=0.551509;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0128496;OID=.;OPOS=36400983;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:35:35:45:45:0.5625:23:22:13:22:23:22:13:22 chr14 36789729 . T G 785.47 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0522137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.49;QD=55.1205;RBI=0.0524609;REFB=-0.0220481;REVB=0.00508667;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.509431;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000260604;OID=.;OPOS=36789729;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:57:0:1:55:56:0.982456:29:26:0:0:30:26:1:0 chr14 36789775 . A T 598.73 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00273518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.28;QD=59.8734;RBI=0.00360601;REFB=0;REVB=0.00234991;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372746;OID=.;OPOS=36789775;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:22:17:0:0:22:18:0:0 chr14 36789795 . G A 375.59 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0178;QD=55.6432;RBI=0.047934;REFB=0;REVB=-0.0297953;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011339;OID=.;OPOS=36789795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr14 36840650 . A T 906.11 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0154779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.598;QD=56.6319;RBI=0.0272938;REFB=-0.149967;REVB=0.0224808;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509801;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000438563;OID=.;OPOS=36840650;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:38:25:0:0:38:25:1:0 chr14 36947081 . C T 268.4 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0148465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7557;QD=22.3662;RBI=0.0148864;REFB=-0.0300975;REVB=-0.00108935;RO=23;SAF=11;SAR=14;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216381;STB=0.620596;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.008734;OID=.;OPOS=36947081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:14:11:16:7:14:11:16:7 chr14 37063123 . C T 477.93 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.79;QD=57.9309;RBI=0.0355057;REFB=0;REVB=0.0307688;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.36782e-05;OID=.;OPOS=37063123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr14 37063294 . A G 397.61 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00015186;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.078;QD=56.8015;RBI=0.0217826;REFB=0;REVB=0.0217821;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000591617;OID=.;OPOS=37063294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:21:7:0:0:21:7:0:0 chr14 37135752 . C T 331.44 PASS AF=0.632653;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=49;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0199478;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.4958;QD=27.056;RBI=0.0261714;REFB=-0.0120452;REVB=-0.0169418;RO=15;SAF=9;SAR=22;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120194;STB=0.607485;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0438674;OID=.;OPOS=37135752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:15:18:31:31:0.632653:22:9:7:8:22:9:10:8 chr14 37135753 . G C 138.77 PASS AF=0.34;AO=15;DP=49;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.0171238;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.871;QD=11.1016;RBI=0.0439981;REFB=-0.0039264;REVB=0.0405291;RO=33;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193597;STB=0.647171;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00313425;OID=.;OPOS=37135753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:33:33:15:17:0.34:8:7:10:23:8:9:10:23 chr14 37180685 . T C 249.97 PASS AF=0.361446;AO=30;DP=83;FAO=30;FDP=83;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=31;FWDB=0.0389568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.685;QD=12.0465;RBI=0.0413482;REFB=-0.0134377;REVB=-0.0138578;RO=53;SAF=12;SAR=18;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173421;STB=0.509993;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0248828;OID=.;OPOS=37180685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:53:53:30:30:0.361446:18:12:22:31:18:12:22:31 chr14 37344229 . A AG 250.91 PASS AF=1;AO=19;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.039809;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=144.867;QD=50.1812;RBI=0.0414112;REFB=0;REVB=0.0114073;RO=1;SAF=7;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612242;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000303943;OID=.;OPOS=37344230;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:21:20:20:0:7:13:0:0:4:1:7:12:1:0 chr14 37641838 . A C 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0104971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.148;QD=9.91657;RBI=0.0124192;REFB=-0.00198307;REVB=0.00663684;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10141;STB=0.561271;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00369394;OID=.;OPOS=37641838;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:5:4:6:11:5:4:6:11 chr14 38061742 . C T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00410261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.039;QD=59.0175;RBI=0.0407816;REFB=0;REVB=0.0405747;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015561;OID=.;OPOS=38061742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr14 38091544 . A G 37.41 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=17;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0140167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.706;QD=8.314;RBI=0.0326441;REFB=-0.0107464;REVB=0.0294816;RO=12;SAF=4;SAR=1;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356344;STB=0.61499;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0594015;OID=.;OPOS=38091544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:18:12:12:5:6:0.333333:1:4:6:6:2:4:6:6 chr14 38218289 . A G 455.73 PASS AF=0.641791;AO=42;DP=67;FAO=43;FDP=67;FR=.;FRO=24;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0144145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.874;QD=27.2074;RBI=0.0221625;REFB=-0.00399162;REVB=0.0168345;RO=23;SAF=26;SAR=16;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944569;STB=0.538553;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.00322261;OID=.;OPOS=38218289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:23:24:42:43:0.641791:16:26:11:12:17:26:12:12 chr14 38218343 . A G 820.14 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00772761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.911;QD=55.6024;RBI=0.0236628;REFB=-0.0903358;REVB=0.0223654;RO=1;SAF=31;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149748;STB=0.507934;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=7.19988e-05;OID=.;OPOS=38218343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:27:31:1:0:27:31:1:0 chr14 38260034 . T C 1159.69 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0230514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.853;QD=59.4714;RBI=0.0352629;REFB=-0.0844911;REVB=0.0266853;RO=1;SAF=41;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114041;STB=0.506023;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000208137;OID=.;OPOS=38260034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:78:78:1:1:77:77:0.987179:36:41:1:0:36:41:1:0 chr14 38725285 . G A 57.09 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0139707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.857;QD=28.5426;RBI=0.0477319;REFB=-0.12803;REVB=0.0456415;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0119339;OID=.;OPOS=38725285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:0:1:7:7:0.875:4:3:0:0:4:3:1:0 chr14 39556185 . G C 1251.44 PASS AF=0.988235;AO=80;DP=85;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.217052;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4608;QD=58.8914;RBI=0.217639;REFB=-0.0623373;REVB=0.0159717;RO=4;SAF=39;SAR=41;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00112605;STB=0.505881;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00195385;OID=.;OPOS=39556185;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:85:4:1:80:84:0.988235:41:39:2:2:42:42:0:1 chr14 39644498 . G A 955.11 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.485;QD=58.7758;RBI=0.0295766;REFB=0;REVB=0.0257217;RO=0;SAF=40;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.88704e-05;OID=.;OPOS=39644498;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:25:40:0:0:25:40:0:0 chr14 39651193 . A G 567.96 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107052;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.574;QD=58.2519;RBI=0.0107098;REFB=-0.115017;REVB=-0.000315206;RO=1;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208236;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200768;OID=.;OPOS=39651193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:39:39:1:0:38:39:1:22:16:0:1:23:16:0:0 chr14 39703324 . A G 2261.75 PASS AF=0.97973;AO=143;DP=146;FAO=145;FDP=148;FR=.;FRO=3;FSAF=81;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00246206;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=110.272;QD=61.1284;RBI=0.0163369;REFB=-0.0166379;REVB=-0.0161503;RO=3;SAF=80;SAR=63;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221014;STB=0.511449;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-8.35505e-05;OID=.;OPOS=39703324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:146:148:3:3:143:145:0.97973:63:80:0:3:64:81:0:3 chr14 39716201 . A G 959.93 PASS AF=0.945205;AO=68;DP=73;FAO=69;FDP=73;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.00318806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.101;QD=52.5987;RBI=0.00621349;REFB=-0.0560748;REVB=0.00533327;RO=3;SAF=30;SAR=38;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00873411;STB=0.510325;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000815001;OID=.;OPOS=39716201;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:73:73:3:4:68:69:0.945205:38:30:1:2:39:30:1:3 chr14 39722023 . G C 306.15 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00314326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6642;QD=53.2434;RBI=0.0116519;REFB=0;REVB=0.01122;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171242;OID=.;OPOS=39722023;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr14 39736680 . T C 716.59 PASS AF=0.946429;AO=52;DP=55;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00875138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.137;QD=51.1848;RBI=0.0216114;REFB=-0.0587212;REVB=0.0197602;RO=3;SAF=27;SAR=25;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190824;STB=0.510462;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00168805;OID=.;OPOS=39736680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:55:56:3:3:52:53:0.946429:25:27:1:2:25:28:1:2 chr14 39784014 . A G 324.33 PASS AF=0.75;AO=27;DP=36;FAO=27;FDP=36;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0109076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1593;QD=36.0362;RBI=0.0393425;REFB=-0.12927;REVB=0.0378002;RO=9;SAF=10;SAR=17;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360387;STB=0.519636;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0411365;OID=.;OPOS=39784014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:36:36:9:9:27:27:0.75:17:10:4:5:17:10:4:5 chr14 39818028 . A G 754.83 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0093095;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.85;QD=54.8964;RBI=0.0236996;REFB=-0.103122;REVB=0.0217946;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.508769;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-1.37862e-06;OID=.;OPOS=39818028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:54:54:0.981818:28:26:0:0:28:26:0:1 chr14 39819734 . T G 1129.35 PASS AF=0.962963;AO=76;DP=81;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00459607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.666;QD=55.7704;RBI=0.0254081;REFB=-0.151658;REVB=0.0249889;RO=3;SAF=30;SAR=46;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00461787;STB=0.502008;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.00217934;OID=.;OPOS=39819734;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:81:81:3:3:76:78:0.962963:46:30:1:2:48:30:1:2 chr14 39868646 . C A 355.89 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00797881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.649;QD=54.7516;RBI=0.0242909;REFB=0;REVB=0.0229431;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.13898e-05;OID=.;OPOS=39868646;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:26:0:0:23:26:1:14:9:0:0:14:12:0:0 chr14 42360633 . T C 1128.81 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00992529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.639;QD=60.2031;RBI=0.0642544;REFB=0;REVB=0.0634832;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.03421e-05;OID=.;OPOS=42360633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:75:0:0:73:75:1:39:34:0:0:40:35:0:0 chr14 42998026 . T C 508.34 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0314993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.974;QD=56.482;RBI=0.0413562;REFB=0.0293482;REVB=0.0267979;RO=1;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239852;STB=0.512813;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.000611536;OID=.;OPOS=42998026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:19:16:0:1:19:16:0:1 chr14 44974966 . G A 205.79 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=76;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.00106503;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.146;QD=10.8313;RBI=0.00106747;REFB=-0.0102339;REVB=7.21476e-05;RO=50;SAF=18;SAR=8;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115526;STB=0.567514;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0192821;OID=.;OPOS=44974966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:50:50:26:26:0.342105:8:18:30:20:8:18:30:20 chr14 44975052 . A G 105.49 PASS AF=0.267857;AO=15;DP=56;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0109594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9882;QD=7.5352;RBI=0.0109833;REFB=0.0114282;REVB=-0.00072496;RO=41;SAF=9;SAR=6;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106465;STB=0.56513;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=-0.0308182;OID=.;OPOS=44975052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:41:41:15:15:0.267857:6:9:21:20:6:9:21:20 chr14 44975511 . G A 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0231499;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=229.119;QD=14.3356;RBI=0.0289132;REFB=0.0010731;REVB=0.017322;RO=10;SAF=1;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.534587;STB=0.822687;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=-0.00151389;OID=.;OPOS=44975511;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:8:1:6:4:8:1:6:4 chr14 44975606 . G T 272.28 PASS AF=0.47619;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00210377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.2094;QD=17.2875;RBI=0.0184801;REFB=-0.00209471;REVB=0.01836;RO=33;SAF=24;SAR=6;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320818;STB=0.682036;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00335681;OID=.;OPOS=44975606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:30:30:0.47619:6:24:17:16:6:24:17:16 chr14 45376299 . T C 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0104308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.885;QD=15.8817;RBI=0.0104425;REFB=-0.0178104;REVB=-0.000492849;RO=10;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0161184;OID=.;OPOS=45376299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:6:4:4:6:6:4:4:6 chr14 45376428 . TA T 30.51 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=0.0955661;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.1147;QD=2.26022;RBI=0.151959;REFB=-0.0857962;REVB=0.118147;RO=32;SAF=5;SAR=11;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0854562;STB=0.541616;STBP=0.702;TYPE=del;VARB=0.118943;OID=.;OPOS=45376429;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.296296:16:54:16:54:38:5:11:10:28:30:32:5:11:8:24 chr14 45396621 . AT A 41.18 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0214068;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=10.2306;QD=8.23603;RBI=0.157232;REFB=-0.12664;REVB=0.155768;RO=10;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15627;STB=0.620415;STBP=0.336;TYPE=del;VARB=0.153241;OID=.;OPOS=45396622;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45:9:20:9:20:11:6:3:5:6:40:10:6:3:5:5 chr14 45696037 . T G 148.16 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0107774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.305;QD=17.9584;RBI=0.0111883;REFB=0.00362804;REVB=0.00300432;RO=16;SAF=11;SAR=5;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280067;STB=0.674109;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00294045;OID=.;OPOS=45696037;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:17:16:16:0.484848:5:11:6:10:5:11:6:11 chr14 45711594 . T C 218.16 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0188658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.53;QD=13.6351;RBI=0.0442901;REFB=-0.0445458;REVB=0.0400711;RO=38;SAF=15;SAR=11;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134622;STB=0.576864;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0523196;OID=.;OPOS=45711594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:11:15:17:21:11:15:17:21 chr14 47309496 . G T 404.71 PASS AF=1;AO=20;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.585;QD=55.8222;RBI=0.0371954;REFB=0;REVB=-0.031532;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126245;OID=.;OPOS=47309496;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:20:29:1:11:9:0:0:12:17:0:0 chr14 47341131 . C G 153.68 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0108405;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2066;QD=40.9824;RBI=0.013405;REFB=-0.157906;REVB=0.00788527;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.599839;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00904338;OID=.;OPOS=47341131;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:15:15:0:1:14:14:0.933333:12:2:0:0:12:2:1:0 chr14 47528470 . T C 710.16 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0375384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.2948;QD=54.6274;RBI=0.0375786;REFB=-0.0375319;REVB=0.0017373;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.50746;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00329298;OID=.;OPOS=47528470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:33:18:0:0:33:18:0:1 chr14 47528551 . T A 292.79 PASS AF=0.390805;AO=33;DP=87;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.00844437;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.606;QD=13.4614;RBI=0.0104091;REFB=-0.0104247;REVB=0.00608621;RO=54;SAF=13;SAR=20;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00574586;STB=0.521788;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.0162888;OID=.;OPOS=47528551;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:54:53:33:34:0.390805:20:13:21:33:20:14:20:33 chr14 47613364 . G T 482.41 PASS AF=0.46087;AO=52;DP=116;FAO=53;FDP=115;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=40;FWDB=0.0295522;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.273;QD=16.7795;RBI=0.0298563;REFB=-0.0258032;REVB=-0.0042498;RO=62;SAF=30;SAR=22;SRF=23;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199038;STB=0.622364;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0362454;OID=.;OPOS=47613364;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:115:62:62:52:53:0.46087:22:30:23:39:22:31:22:40 chr14 48810512 . T C 192.18 PASS AF=0.423077;AO=21;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0252432;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.024;QD=14.7834;RBI=0.0331722;REFB=0.00157048;REVB=-0.0215216;RO=30;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223506;STB=0.63624;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=-0.00137107;OID=.;OPOS=48810512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:21:22:0.423077:8:13:12:18:8:14:12:18 chr14 50068218 . AAT AA,A 34.23 PASS AF=0.478261,0;AO=4,3;DP=24;FAO=11,0;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5,0;FSAR=6,0;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.273005,0.138495;FXX=0;HRUN=8,3;LEN=1,2;MLLD=6.85103,17.9645;QD=5.95312;RBI=0.273006,0.253338;REFB=-0.0139907,0.01627;REVB=0.000768992,-0.212131;RO=13;SAF=1,1;SAR=3,2;SRF=9;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.464525,-0.378161;STB=0.566808,0.5;STBP=0.566,1;TYPE=del,del;VARB=0.0846892,0.00174055;OID=.,.;OPOS=50068220,50068219;OREF=T,AT;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261,0:4,3:24:11,0:23:12:5,0:6,0:7:5:29:13:1,1:3,2:9:4 chr14 50068299 . C G 212.47 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0162269;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.529;QD=14.1644;RBI=0.0181013;REFB=-0.0110903;REVB=0.00802138;RO=35;SAF=9;SAR=16;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190156;STB=0.608607;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0126734;OID=.;OPOS=50068299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:16:9:19:16:16:9:19:16 chr14 50087753 . T C 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0566967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.498;QD=18.7441;RBI=0.0704506;REFB=-0.0411774;REVB=-0.0418184;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115856;STB=0.567381;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0352795;OID=.;OPOS=50087753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:4:3:1:3:4:3:1:3 chr14 50092471 . T C 132.48 PASS AF=0.5;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0121965;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.811;QD=18.9255;RBI=0.012569;REFB=0.0122815;REVB=0.00303738;RO=14;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00961824;OID=.;OPOS=50092471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:14:14:14:14:0.5:4:10:10:4:4:10:10:4 chr14 50100386 . T C 191.55 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00516402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.788;QD=22.5357;RBI=0.00878841;REFB=-0.043306;REVB=-0.00711119;RO=15;SAF=10;SAR=9;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111614;STB=0.562436;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0193845;OID=.;OPOS=50100386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:9:10:10:5:9:10:10:5 chr14 50101370 . G A 312.82 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0109765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.958;QD=21.9525;RBI=0.0281111;REFB=-0.00990261;REVB=0.0258795;RO=25;SAF=5;SAR=27;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436617;STB=0.744652;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0100475;OID=.;OPOS=50101370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:27:5:15:10:27:5:15:10 chr14 50101682 . C G 276.99 PASS AF=0.390244;AO=32;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.029291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.874;QD=13.5115;RBI=0.0362588;REFB=-0.0234125;REVB=-0.0213714;RO=50;SAF=15;SAR=17;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160776;STB=0.591472;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0239251;OID=.;OPOS=50101682;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:50:32:32:0.390244:17:15:31:19:17:15:31:19 chr14 50159994 . TGGGGGGGC TGGGGGGCG 54.22 PASS AF=0.7;AO=4;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.177011;FXX=0;HRUN=7;LEN=2;MLLD=27.7542;QD=21.6871;RBI=0.177011;REFB=-0.109506;REVB=0;RO=2;SAF=4;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0651033;OID=.;OPOS=50160001;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=TGGGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.7:4:10:7:10:3:7:0:3:0:11:2:4:0:2:0 chr14 50195679 . A G 1662.35 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=110;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138115;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.313;QD=60.449;RBI=0.0285487;REFB=0;REVB=0.0249854;RO=0;SAF=57;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53715e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2715e-05;OID=.;OPOS=50195679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:110:0:0:109:110:1:52:57:0:0:53:57:0:0 chr14 50251369 . A G 926.58 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0027624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.479;QD=57.9111;RBI=0.00600191;REFB=0;REVB=0.00532842;RO=0;SAF=29;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237114;OID=.;OPOS=50251369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:34:29:0:0:35:29:0:0 chr14 50298962 . T A 625.64 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00580177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.117;QD=58.1988;RBI=0.0141352;REFB=0.0223285;REVB=0.0128896;RO=1;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218198;STB=0.511622;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-3.32997e-05;OID=.;OPOS=50298962;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:43:1:1:41:42:0.976744:21:20:0:1:21:21:0:1 chr14 50363117 . C T 226.79 PASS AF=0.65625;AO=20;DP=31;FAO=21;FDP=32;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0315052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6553;QD=28.3483;RBI=0.0352231;REFB=0.00866981;REVB=-0.0157508;RO=11;SAF=14;SAR=6;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171859;STB=0.577701;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00390324;OID=.;OPOS=50363117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:32:11:11:20:21:0.65625:6:14:5:6:7:14:5:6 chr14 50477643 . G C 801.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0047949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.717;QD=57.2349;RBI=0.0896952;REFB=0;REVB=-0.0895669;RO=0;SAF=48;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000412923;OID=.;OPOS=50477643;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:8:48:0:0:8:48:0:0 chr14 50535374 . C A 182.37 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0216921;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.673;QD=17.3686;RBI=0.0255137;REFB=-0.00244386;REVB=0.0134314;RO=23;SAF=4;SAR=15;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173256;STB=0.599886;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00333358;OID=.;OPOS=50535374;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:15:4:8:15:15:4:8:15 chr14 50575408 . C T 124.79 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00363554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.7317;QD=17.8267;RBI=0.0182356;REFB=-0.0419709;REVB=-0.0178695;RO=14;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306296;STB=0.674756;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0545226;OID=.;OPOS=50575408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:5:9:4:10:5:9:4:10 chr14 50575411 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.055;QD=56.191;RBI=0.033292;REFB=0;REVB=0.00744556;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123917;OID=.;OPOS=50575411;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr14 50575432 . G A 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.000111542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.47;QD=18.2489;RBI=0.00471967;REFB=0.0103764;REVB=-0.00471835;RO=12;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173529;STB=0.59984;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.00779711;OID=.;OPOS=50575432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:9:4:6:6:9:4:6:6 chr14 50583083 . G T 55.88 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00444312;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.659;QD=10.6434;RBI=0.00992205;REFB=-0.0327515;REVB=-0.00887163;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.345943;STB=0.731115;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0436283;OID=.;OPOS=50583083;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:21:12:13:8:8:0.380952:2:6:5:7:2:6:5:8 chr14 50585248 . C T 329.36 PASS AF=0.377358;AO=40;DP=106;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=46;FWDB=0.0235749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.501;QD=12.4285;RBI=0.0273504;REFB=-0.0175845;REVB=-0.0138662;RO=66;SAF=17;SAR=23;SRF=20;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140291;STB=0.579508;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.037282;OID=.;OPOS=50585248;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:66:66:40:40:0.377358:23:17:20:46:23:17:20:46 chr14 50616878 . G A 267.9 PASS AF=0.434783;AO=29;DP=70;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0124946;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.728;QD=15.5307;RBI=0.0312521;REFB=-0.0102245;REVB=0.0286458;RO=37;SAF=17;SAR=12;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731361;STB=0.550262;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0141165;OID=.;OPOS=50616878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:37:39:29:30:0.434783:12:17:19:18:12:18:20:19 chr14 50623657 . G A 688.73 PASS AF=0.859375;AO=54;DP=64;FAO=55;FDP=64;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0164651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2801;QD=43.0457;RBI=0.0666028;REFB=-0.0201142;REVB=-0.0645355;RO=10;SAF=18;SAR=36;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110108;STB=0.519383;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.00602774;OID=.;OPOS=50623657;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:64:64:10:9:54:55:0.859375:36:18:3:7:36:19:2:7 chr14 50623669 . G A 76.67 PASS AF=0.210526;AO=12;DP=57;FAO=12;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.0556938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.759;QD=5.38005;RBI=0.0587029;REFB=-0.00405311;REVB=-0.0185534;RO=44;SAF=2;SAR=10;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252782;STB=0.679657;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0437475;OID=.;OPOS=50623669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:57:57:44:45:12:12:0.210526:10:2:14:30:10:2:15:30 chr14 50623679 . G A 404.15 PASS AF=0.698113;AO=37;DP=53;FAO=37;FDP=53;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.000566774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1109;QD=30.5021;RBI=0.00510732;REFB=-0.0738756;REVB=0.00507577;RO=16;SAF=12;SAR=25;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0899994;STB=0.548711;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.034511;OID=.;OPOS=50623679;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:16:16:37:37:0.698113:25:12:3:13:25:12:3:13 chr14 50623683 . A G 440.54 PASS AF=0.714286;AO=39;DP=56;FAO=40;FDP=56;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0365703;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.705;QD=31.4675;RBI=0.0597039;REFB=-0.109479;REVB=0.0471929;RO=17;SAF=14;SAR=25;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0770867;STB=0.531984;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0181591;OID=.;OPOS=50623683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:17:16:39:40:0.714286:25:14:4:13:26:14:4:12 chr14 50704331 . C T 446.96 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.313;QD=57.6727;RBI=0.044396;REFB=0;REVB=0.0153862;RO=0;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375339;OID=.;OPOS=50704331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:19:12:0:0:19:12:0:0 chr14 50711395 . C G 258.55 PASS AF=0.460317;AO=26;DP=62;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0302426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.83;QD=16.4158;RBI=0.030306;REFB=-0.0131754;REVB=-0.00195863;RO=26;SAF=14;SAR=12;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170353;STB=0.554418;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0135022;OID=.;OPOS=50711395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:26:34:26:29:0.460317:12:14:9:17:15:14:13:21 chr14 50713679 . T G 220.17 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157222;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.991;QD=48.9272;RBI=0.0176184;REFB=0;REVB=0.00795119;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118502;OID=.;OPOS=50713679;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:5:12:0:0:6:12:0:0 chr14 50769717 . G A 512.87 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7447;QD=58.6133;RBI=0.104616;REFB=0;REVB=-0.0305066;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00221488;OID=.;OPOS=50769717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:20:14:0:0:20:15:0:0 chr14 50778816 . A C 127.76 PASS AF=0.5;AO=11;DP=27;FAO=13;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0597952;FXX=0.0370233;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.692;QD=19.6556;RBI=0.0601434;REFB=-0.0151607;REVB=0.0064619;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218735;STB=0.588109;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.00864001;OID=.;OPOS=50778816;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:27:26:10:10:11:13:0.5:5:6:8:2:5:8:8:2 chr14 50786004 . A G 195.04 PASS AF=0.944444;AO=11;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.107608;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=63.4047;QD=43.3419;RBI=0.180682;REFB=-0.031405;REVB=0.145143;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571337;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00781724;OID=.;OPOS=50786004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:11:17:0.944444:8:3:0:0:14:3:1:0 chr14 50788213 . C T 185.82 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00117985;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=299.007;QD=19.0581;RBI=0.0506472;REFB=0.00171952;REVB=-0.0506334;RO=20;SAF=14;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954929;STB=0.554396;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.00179032;OID=.;OPOS=50788213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:5:14:13:7:5:14:13:7 chr14 50798743 . G A 106.31 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00210335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.409;QD=11.8122;RBI=0.0366098;REFB=-0.00837913;REVB=-0.0365493;RO=22;SAF=6;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00748266;STB=0.517215;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0294151;OID=.;OPOS=50798743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:23:13:13:0.361111:7:6:10:12:7:6:10:13 chr14 50799126 . G C 203.35 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=57;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.0471604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0986;QD=14.2701;RBI=0.0496494;REFB=-0.000292;REVB=0.0155228;RO=33;SAF=10;SAR=14;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130998;STB=0.574718;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.00152498;OID=.;OPOS=50799126;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:33:24:24:0.421053:14:10:18:15:14:10:18:15 chr14 50802727 . A C 367.74 PASS AF=0.578125;AO=36;DP=62;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0256299;FXX=0.0153822;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3021;QD=22.9835;RBI=0.0262702;REFB=-0.0504895;REVB=0.00576472;RO=25;SAF=24;SAR=12;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112346;STB=0.508751;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.0243743;OID=.;OPOS=50802727;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:25:27:36:37:0.578125:12:24:17:8:13:24:17:10 chr14 50802840 . A G 203.21 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0163264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.6859;QD=21.9681;RBI=0.0202772;REFB=-0.000405456;REVB=-0.0120255;RO=17;SAF=11;SAR=9;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169743;STB=0.509527;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=-0.000297789;OID=.;OPOS=50802840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:9:11:9:8:9:11:9:8 chr14 50824839 . G A 428.94 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0212;QD=57.192;RBI=0.0290047;REFB=0;REVB=0.0257903;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465945;OID=.;OPOS=50824839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr14 50886523 . A G 95.97 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0789875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0525;QD=22.5801;RBI=0.108665;REFB=0.026084;REVB=0.0746256;RO=6;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283365;STB=0.5161;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=-0.0156689;OID=.;OPOS=50886523;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:5:6:3:3:5:6:3:3 chr14 50935150 . A G 839.64 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0051688;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=194.817;QD=55.9758;RBI=0.00519621;REFB=-0.142973;REVB=-0.000533026;RO=1;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125832;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000569095;OID=.;OPOS=50935150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:60:60:1:0:59:60:1:37:22:0:1:38:22:0:0 chr14 51057727 . G A 1171.13 PASS AF=0.987342;AO=76;DP=78;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0140761;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.359;QD=59.2978;RBI=0.0288652;REFB=-0.155139;REVB=0.0252004;RO=0;SAF=29;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505049;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000292794;OID=.;OPOS=51057727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:79:0:1:76:78:0.987342:47:29:0:0:49:29:0:1 chr14 51202311 . G C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00368641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.997;QD=59.0172;RBI=0.00371367;REFB=0;REVB=-0.000449137;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.09558e-05;OID=.;OPOS=51202311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:25:9:0:0:25:9:0:0 chr14 51219349 . G A 183.06 PASS AF=0.365079;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=63;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0113697;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.212;QD=11.6231;RBI=0.0244521;REFB=0.000309975;REVB=0.021648;RO=38;SAF=13;SAR=10;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707387;STB=0.525779;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.00048972;OID=.;OPOS=51219349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:38:40:23:23:0.365079:10:13:19:19:10:13:21:19 chr14 51223789 . C T 335.11 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00689643;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=257.498;QD=46.2216;RBI=0.00691786;REFB=-0.129425;REVB=-0.000544168;RO=3;SAF=15;SAR=11;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842653;STB=0.54542;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00255865;OID=.;OPOS=51223789;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:29:29:3:3:26:26:0.896552:11:15:3:0:11:15:3:0 chr14 51224374 . T G 432.79 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014897;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.961;QD=57.7057;RBI=0.0163986;REFB=0;REVB=0.00685513;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.78636e-05;OID=.;OPOS=51224374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr14 51224658 . T A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.852;QD=49.5992;RBI=0.031106;REFB=0;REVB=0.0247704;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000392338;OID=.;OPOS=51224658;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr14 51224729 . C T 142.6 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0237025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.079;QD=22.8166;RBI=0.0278892;REFB=-0.0506488;REVB=-0.014697;RO=10;SAF=7;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477344;STB=0.526846;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.0291568;OID=.;OPOS=51224729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:8:7:4:6:8:7:4:6 chr14 51225132 . G T 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209888;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=307.025;QD=56.7066;RBI=0.0273672;REFB=0;REVB=0.0175622;RO=0;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119147;OID=.;OPOS=51225132;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:22:7:0:0:22:7:0:0 chr14 51237701 . A G 1036.66 PASS AF=0.972973;AO=69;DP=73;FAO=72;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=21;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0767537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.966;QD=56.0359;RBI=0.0786057;REFB=-0.135006;REVB=0.0169627;RO=1;SAF=19;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242257;STB=0.509613;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.000442948;OID=.;OPOS=51237701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:73:74:1:2:69:72:0.972973:50:19:1:0:51:21:0:2 chr14 51239067 . C G 885.22 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00786208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0185;QD=58.0471;RBI=0.00964952;REFB=0;REVB=-0.00559474;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000126993;OID=.;OPOS=51239067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr14 51368610 . A G 1019.4 PASS AF=0.946667;AO=71;DP=76;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0378774;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.722;QD=54.3681;RBI=0.0401777;REFB=-0.197881;REVB=0.0133996;RO=1;SAF=30;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155009;STB=0.531241;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00180138;OID=.;OPOS=51368610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:76:75:1:4:71:71:0.946667:41:30:1:0:41:30:4:0 chr14 51378589 . CCTTT CCTT,CCTTG,CTT 1447.51 PASS AF=1,0,0;AO=77,6,17;DP=119;FAO=116,0,0;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=63,0,0;FSAR=53,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0584858,-0.0740262,-0.0524274;FXX=0.0169477;HRUN=3,3,2;LEN=1,1,2;MLLD=19.12,8.18147,5.80748;QD=49.914;RBI=0.0829265,0.112771,0.234633;REFB=0,0,0;REVB=0.0587895,-0.0850725,-0.2287;RO=1;SAF=57,3,1;SAR=20,3,16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0230713,0.123249,0.0278054;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=-1.23742e-05,0.0115084,0;OID=.,.,.;OPOS=51378591,51378593,51378590;OREF=T,T,CT;OALT=-,G,-;OMAPALT=CCTT,CCTTG,CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:77,6,17:119:116,0,0:116:0:63,0,0:53,0,0:0:0:8:1:57,3,1:20,3,16:0:1 chr14 51383432 . G A 747.06 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000851809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.211;QD=63.5791;RBI=0.00413024;REFB=0;REVB=0.00404144;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.15165e-05;OID=.;OPOS=51383432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr14 51446216 . T G 1513.52 PASS AF=0.981132;AO=103;DP=106;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0430449;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.853;QD=57.1138;RBI=0.0463999;REFB=-0.173364;REVB=-0.0173231;RO=3;SAF=47;SAR=56;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113642;STB=0.50073;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.000971847;OID=.;OPOS=51446216;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:106:106:3:2:103:104:0.981132:56:47:2:1:56:48:1:1 chr14 51710861 . A G 504.46 PASS AF=0.509804;AO=52;DP=102;FAO=52;FDP=102;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.0499528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.048;QD=19.7827;RBI=0.0499923;REFB=-0.0102329;REVB=0.00198925;RO=49;SAF=15;SAR=37;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158383;STB=0.594214;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00883402;OID=.;OPOS=51710861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:49:50:52:52:0.509804:37:15:22:27:37:15:23:27 chr14 51712092 . T C 596.89 PASS AF=0.556604;AO=59;DP=106;FAO=59;FDP=106;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=46;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.0156481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4242;QD=22.524;RBI=0.015937;REFB=-0.00695719;REVB=0.0030209;RO=47;SAF=13;SAR=46;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280465;STB=0.65481;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00881633;OID=.;OPOS=51712092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:47:47:59:59:0.556604:46:13:24:23:46:13:24:23 chr14 51716188 . T G 124.56 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0581448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.365;QD=17.1808;RBI=0.0589328;REFB=-0.00831307;REVB=-0.00960527;RO=15;SAF=5;SAR=9;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917792;STB=0.552414;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00777119;OID=.;OPOS=51716188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:9:5:4:11:9:5:4:11 chr14 51716467 . G A 190.25 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.039251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.876;QD=21.1389;RBI=0.0419628;REFB=-0.0174886;REVB=0.0148404;RO=16;SAF=4;SAR=15;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284346;STB=0.679235;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00913874;OID=.;OPOS=51716467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:17:19:19:0.527778:15:4:8:8:15:4:9:8 chr14 51722690 . T C 229.3 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0172924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.6706;QD=14.1105;RBI=0.0219451;REFB=-0.0154343;REVB=-0.0135115;RO=37;SAF=12;SAR=15;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01542;STB=0.501729;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0206913;OID=.;OPOS=51722690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:38:27:27:0.415385:15:12:17:20:15:12:17:21 chr14 52182081 . T A 379.64 PASS AF=0.550725;AO=38;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.0286471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.806;QD=22.0081;RBI=0.0297323;REFB=-0.0388458;REVB=0.00795937;RO=31;SAF=17;SAR=21;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299386;STB=0.516517;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.034066;OID=.;OPOS=52182081;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:38:38:0.550725:21:17:15:16:21:17:15:16 chr14 52186966 . G A 215.3 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0153946;FXX=0.0163908;HRUN=4;LEN=1;MLLD=67.4725;QD=14.353;RBI=0.0176947;REFB=-0.0363497;REVB=-0.00872398;RO=32;SAF=18;SAR=7;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293808;STB=0.662754;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0168818;OID=.;OPOS=52186966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:32:35:25:25:0.416667:7:18:14:18:7:18:16:19 chr14 52384093 . G C 310.62 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0113328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.241;QD=23.4429;RBI=0.0142696;REFB=-0.0231433;REVB=-0.00867122;RO=20;SAF=17;SAR=14;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00116052;STB=0.501228;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0164079;OID=.;OPOS=52384093;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:20:22:31:31:0.584906:14:17:11:9:14:17:12:10 chr14 52418587 . T C 123.08 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.00410829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1954;QD=16.4101;RBI=0.0505695;REFB=-0.00416833;REVB=0.0504023;RO=16;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193277;STB=0.611489;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0145693;OID=.;OPOS=52418587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:9:5:9:7:9:5:9:7 chr14 52418617 . C T 146.34 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00683344;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.077;QD=16.7247;RBI=0.0093063;REFB=-0.00690259;REVB=0.00631754;RO=19;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0965432;STB=0.555485;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0106457;OID=.;OPOS=52418617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:10:6:9:10:10:6:9:10 chr14 52418636 . G T 121.07 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0412934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9629;QD=14.6756;RBI=0.0698976;REFB=-0.00104483;REVB=0.0563962;RO=17;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135697;STB=0.555473;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.000313917;OID=.;OPOS=52418636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:19:14:14:0.424242:10:4:7:10:10:4:7:12 chr14 52418655 . G A 151.2 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0275804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.382;QD=20.1601;RBI=0.0297369;REFB=-0.0205112;REVB=-0.0111176;RO=14;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0259739;STB=0.514688;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0148694;OID=.;OPOS=52418655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:11:5:4:10:11:5:4:10 chr14 52466486 . G A 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0302924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.967;QD=16.4077;RBI=0.0328953;REFB=-0.0124438;REVB=0.0128246;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180526;STB=0.60293;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0110075;OID=.;OPOS=52466486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:11:10:19:10:11:10:19:10 chr14 52478315 . A G 226.4 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.027116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.951;QD=20.5821;RBI=0.0336475;REFB=-0.0131307;REVB=-0.0199218;RO=22;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185364;STB=0.612146;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0183479;OID=.;OPOS=52478315;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:22:22:21:22:0.5:10:11:7:15:10:12:7:15 chr14 52481917 . C T 131.27 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.00312633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.893;QD=14.1914;RBI=0.00876343;REFB=-0.0136445;REVB=-0.00818681;RO=22;SAF=5;SAR=10;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175409;STB=0.510191;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0242535;OID=.;OPOS=52481917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:10:5:7:15:10:5:7:15 chr14 52496387 . C A 726.93 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0168911;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.183;QD=52.8674;RBI=0.0230081;REFB=-0.104524;REVB=0.0156226;RO=2;SAF=22;SAR=31;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00597873;STB=0.503175;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00232845;OID=.;OPOS=52496387;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:53:53:0.963636:31:22:1:1:31:22:1:1 chr14 52496407 . C T 722.53 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0459806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8372;QD=54.5304;RBI=0.0576111;REFB=-0.149693;REVB=-0.0347105;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.511623;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00263499;OID=.;OPOS=52496407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:31:21:0:0:31:21:1:0 chr14 52507429 . A G 716.73 PASS AF=0.469136;AO=75;DP=160;FAO=76;FDP=162;FR=.;FRO=86;FSAF=33;FSAR=43;FSRF=52;FSRR=34;FWDB=-0.0117587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.083;QD=17.697;RBI=0.0144604;REFB=-0.0191315;REVB=-0.00841644;RO=85;SAF=33;SAR=42;SRF=52;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163685;STB=0.589873;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0188514;OID=.;OPOS=52507429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:162:85:86:75:76:0.469136:42:33:52:33:43:33:52:34 chr14 52520368 . C T 712.86 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0233014;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.309;QD=53.8007;RBI=0.0615041;REFB=-0.10648;REVB=0.0569192;RO=1;SAF=34;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136506;STB=0.50704;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00101436;OID=.;OPOS=52520368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:53:1:1:51:52:0.981132:17:34:1:0:17:35:1:0 chr14 52520853 . A G 1020.45 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.07;QD=59.1563;RBI=0.0275502;REFB=0;REVB=0.0162386;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.82267e-05;OID=.;OPOS=52520853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:32:36:0:0:32:37:0:0 chr14 52535648 . G T 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.911;QD=59.8387;RBI=0.0235446;REFB=0;REVB=0.0178416;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159657;OID=.;OPOS=52535648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr14 52536512 . T C 727.32 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034249;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5368;QD=57.0443;RBI=0.035669;REFB=0;REVB=-0.00996397;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000706582;OID=.;OPOS=52536512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:33:18:0:0:33:18:0:0 chr14 52906081 . T G 770.08 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00164894;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.897;QD=64.1729;RBI=0.0363095;REFB=0;REVB=0.036272;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.11383e-05;OID=.;OPOS=52906081;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:29:19:0:0:29:19:0:0 chr14 52907353 . C T 1161.66 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.873;QD=60.346;RBI=0.0280801;REFB=0;REVB=0.0085473;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74159e-05;OID=.;OPOS=52907353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:77:0:0:76:77:1:38:38:0:0:38:39:0:0 chr14 52937255 . C T 129.49 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=53;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0137977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.825;QD=9.59196;RBI=0.0202157;REFB=-0.0158935;REVB=-0.0147749;RO=36;SAF=10;SAR=7;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132962;STB=0.570092;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0255659;OID=.;OPOS=52937255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:36:37:17:17:0.314815:7:10:17:19:7:10:18:19 chr14 53063621 . G A 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00475988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.519;QD=18.7669;RBI=0.0302425;REFB=0.0014851;REVB=-0.0298655;RO=3;SAF=4;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236104;STB=0.635975;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.00761655;OID=.;OPOS=53063621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:2:4:3:0:2:4:3:0 chr14 53098902 . G A 431.24 PASS AF=0.387597;AO=50;DP=128;FAO=50;FDP=129;FR=.;FRO=79;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=45;FWDB=-0.00701494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8639;QD=13.3718;RBI=0.00788869;REFB=-0.00980737;REVB=0.00360861;RO=78;SAF=26;SAR=24;SRF=34;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0903367;STB=0.554709;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0137532;OID=.;OPOS=53098902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:78:79:50:50:0.387597:24:26:34:44:24:26:34:45 chr14 53130507 . T C 197.8 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=45;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0173616;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.933;QD=17.9821;RBI=0.113092;REFB=-0.029974;REVB=0.111751;RO=23;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0676175;STB=0.54995;STBP=0.576;TYPE=snp;VARB=0.0333119;OID=.;OPOS=53130507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:23:24:20:20:0.454545:11:9:12:11:11:9:13:11 chr14 53145132 . C T 238.77 PASS AF=0.628571;AO=21;DP=34;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.010871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.643;QD=27.288;RBI=0.0141437;REFB=-0.044199;REVB=0.00904788;RO=12;SAF=9;SAR=12;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122325;STB=0.570187;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0199018;OID=.;OPOS=53145132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:12:13:21:22:0.628571:12:9:3:9:13:9:3:10 chr14 53345378 . G A 501.25 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7553;QD=58.9701;RBI=0.0256416;REFB=0;REVB=0.00767684;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327906;OID=.;OPOS=53345378;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:11:22:0:0:12:22:0:0 chr14 53529669 . A T 1321.99 PASS AF=1;AO=84;DP=86;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167739;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.007;QD=62.2111;RBI=0.016799;REFB=0;REVB=0.000917171;RO=0;SAF=43;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.60289e-05;OID=.;OPOS=53529669;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:85:0:0:84:85:1:41:43:0:0:41:44:0:0 chr14 53619463 . G A 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0629533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.814;QD=39.3181;RBI=0.106615;REFB=-0.0280339;REVB=0.0860446;RO=1;SAF=9;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047723;STB=0.526276;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00409494;OID=.;OPOS=53619463;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:4:9:1:0:4:9:1:0 chr14 53619480 . T C,TGCCGCC 150.51 PASS AF=0.1,0.65;AO=3,13;DP=21;FAO=2,13;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=2,10;FSAR=0,3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0263728,-0.0493262;FXX=0.0475964;HRUN=1,1;LEN=1,6;MLLD=90.4703,155.182;QD=30.1025;RBI=0.0328428,0.0589594;REFB=-0.0080396,-0.0403049;REVB=-0.0195735,0.0322976;RO=5;SAF=3,10;SAR=0,3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.622974,-0.0217954;STB=0.99138,0.512177;STBP=0.427,0.889;TYPE=snp,ins;VARB=0.0703159,0.0157831;OID=.,.;OPOS=53619480,53619481;OREF=T,-;OALT=C,GCCGCC;OMAPALT=C,TGCCGCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:31:21:20:5:5:3,13:2,13:0.1,0.65:0,3:3,10:4:1:0,3:2,10:4:1 chr14 53619544 . G A 630.26 PASS AF=0.955556;AO=39;DP=40;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0913414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.433;QD=56.0234;RBI=0.0946134;REFB=-0.0934501;REVB=0.0246669;RO=0;SAF=27;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516122;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0145937;OID=.;OPOS=53619544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:45:0:2:39:43:0.955556:12:27:0:0:13:30:2:0 chr14 54875276 . C A 272.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0506187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.814;QD=51.911;RBI=0.0554543;REFB=0;REVB=0.0226479;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000596972;OID=.;OPOS=54875276;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr14 54875514 . A G 519.35 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6804;QD=59.3546;RBI=0.108838;REFB=0;REVB=0.0358263;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174917;OID=.;OPOS=54875514;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:19:16:0:0:19:16:0:0 chr14 54996872 . G A 217.77 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0476711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.316;QD=16.7516;RBI=0.0496577;REFB=-0.0107187;REVB=-0.0139049;RO=26;SAF=10;SAR=14;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147764;STB=0.601827;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0111796;OID=.;OPOS=54996872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:28:24:24:0.461538:14:10:15:11:14:10:17:11 chr14 55221543 . T C 342.89 PASS AF=0.435294;AO=36;DP=81;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.0870284;FXX=0.0116266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.1039;QD=16.1359;RBI=0.111222;REFB=-0.0422152;REVB=0.0692552;RO=45;SAF=19;SAR=17;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164976;STB=0.507629;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0509114;OID=.;OPOS=55221543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:85:45:48:36:37:0.435294:17:19:23:22:18:19:24:24 chr14 55308770 . C A 1294.12 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0493549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8819;QD=61.6249;RBI=0.053429;REFB=0;REVB=0.0204633;RO=0;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000221837;OID=.;OPOS=55308770;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:84:0:0:82:84:1:47:35:0:0:49:35:0:0 chr14 55408294 . C T 168.95 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.000341781;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.522;QD=12.068;RBI=0.00555188;REFB=-0.0127139;REVB=-0.00554135;RO=33;SAF=8;SAR=13;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145039;STB=0.512533;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0191872;OID=.;OPOS=55408294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:35:21:21:0.375:13:8:13:20:13:8:14:21 chr14 55907172 . C G 1470.13 PASS AF=0.971429;AO=101;DP=104;FAO=102;FDP=105;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0128299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2392;QD=56.0049;RBI=0.0211997;REFB=-0.0759908;REVB=-0.0168767;RO=3;SAF=55;SAR=46;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116314;STB=0.506213;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0155672;OID=.;OPOS=55907172;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:104:105:3:3:101:102:0.971429:46:55:1:2:46:56:1:2 chr14 56958247 . C T 247.1 PASS AF=0.402778;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=72;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0228255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.333;QD=13.7276;RBI=0.0241165;REFB=0.00339309;REVB=-0.00778455;RO=43;SAF=15;SAR=14;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921382;STB=0.552419;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=-0.0114938;OID=.;OPOS=56958247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:43:43:29:29:0.402778:14:15:26:17:14:15:26:17 chr14 57052511 . G T 1572.85 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00411232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.057;QD=59.918;RBI=0.00787218;REFB=0;REVB=0.00671267;RO=0;SAF=65;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.02925e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.32882e-05;OID=.;OPOS=57052511;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:105:0:0:105:105:1:40:65:0:0:40:65:0:0 chr14 57101682 . A G 837.21 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0304934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0784;QD=55.8142;RBI=0.0305405;REFB=-0.118473;REVB=-0.00169621;RO=1;SAF=23;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132888;STB=0.506847;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00150694;OID=.;OPOS=57101682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:60:1:1:58:59:0.983333:35:23:0:1:36:23:0:1 chr14 57866623 . A G 195.46 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0124855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.095;QD=17.7694;RBI=0.012527;REFB=0.00808064;REVB=-0.00101825;RO=24;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048064;STB=0.52737;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.0082848;OID=.;OPOS=57866623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:11:9:12:12:11:9:12:12 chr14 57876265 . G A 612.98 PASS AF=0.566038;AO=60;DP=106;FAO=60;FDP=106;FR=.;FRO=46;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.025258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3323;QD=23.1314;RBI=0.0313163;REFB=-0.0121127;REVB=-0.0185134;RO=45;SAF=32;SAR=28;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0869823;STB=0.542699;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00910147;OID=.;OPOS=57876265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:45:46:60:60:0.566038:28:32:19:26:28:32:20:26 chr14 57876371 . G A 147.18 PASS AF=0.192593;AO=26;DP=135;FAO=26;FDP=135;FR=.;FRO=109;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=53;FSRR=56;FWDB=-0.0224598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6539;QD=4.36099;RBI=0.0225262;REFB=-0.00421624;REVB=-0.00172854;RO=106;SAF=12;SAR=14;SRF=51;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025013;STB=0.551368;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.026974;OID=.;OPOS=57876371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:135:106:109:26:26:0.192593:14:12:51:55:15:11:53:56 chr14 57876575 . T C 292.48 PASS AF=0.545455;AO=15;DP=59;FAO=36;FDP=66;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0845518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.8608;QD=17.7261;RBI=0.226235;REFB=-0.129132;REVB=0.209841;RO=19;SAF=13;SAR=2;SRF=18;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202203;STB=0.56137;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.105591;OID=.;OPOS=57876575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:66:19:29:15:36:0.545455:2:13:18:1:16:20:20:9 chr14 57938124 . C T 594.44 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8705;QD=60.9682;RBI=0.0193925;REFB=0;REVB=0.00286007;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000262316;OID=.;OPOS=57938124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr14 57938260 . T C 555.42 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5643;QD=58.465;RBI=0.0424712;REFB=0;REVB=0.00301684;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000872216;OID=.;OPOS=57938260;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:38:38:0:0:37:38:1:17:20:0:0:17:21:0:0 chr14 57945689 . G A 820.2 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0566903;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.96;QD=57.5581;RBI=0.0575125;REFB=0;REVB=0.00968975;RO=0;SAF=21;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.21799e-05;OID=.;OPOS=57945689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:36:21:0:0:36:21:0:0 chr14 57948380 . T C 703.42 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513414;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.044;QD=56.2735;RBI=0.0702608;REFB=0;REVB=0.0479649;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000491198;OID=.;OPOS=57948380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:50:0:0:46:50:1:22:24:0:0:24:26:0:0 chr14 57957664 . T A 1959.43 PASS AF=0.984615;AO=128;DP=130;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=71;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00751554;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=321.307;QD=60.2903;RBI=0.00751997;REFB=-0.00378986;REVB=0.000258259;RO=1;SAF=71;SAR=57;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00664653;STB=0.506943;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-2.20679e-06;OID=.;OPOS=57957664;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:130:130:1:2:128:128:0.984615:57:71:1:0:57:71:2:0 chr14 58598252 . G C 278.55 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.0112086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0079;QD=16.3852;RBI=0.0808188;REFB=-0.0285871;REVB=0.0800378;RO=36;SAF=19;SAR=12;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188153;STB=0.61283;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0378469;OID=.;OPOS=58598252;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:36:37:31:31:0.455882:12:19:15:21:12:19:15:22 chr14 58605790 . G A 150.76 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=0.00152003;FXX=0.0161264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=233.222;QD=9.88562;RBI=0.00243704;REFB=-0.00584262;REVB=0.00190491;RO=39;SAF=11;SAR=9;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420595;STB=0.54183;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0114845;OID=.;OPOS=58605790;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:39:41:20:20:0.327869:9:11:20:19:9:11:20:21 chr14 58678057 . G A 315.98 PASS AF=0.317829;AO=41;DP=129;FAO=41;FDP=129;FR=.;FRO=88;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=49;FSRR=39;FWDB=-0.0265876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.667;QD=9.79781;RBI=0.0303534;REFB=-0.0159338;REVB=-0.0146432;RO=88;SAF=20;SAR=21;SRF=49;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0809053;STB=0.546976;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0252662;OID=.;OPOS=58678057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:88:88:41:41:0.317829:21:20:49:39:21:20:49:39 chr14 58838668 . A G 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.000992914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.135;QD=15.6193;RBI=0.00550313;REFB=-0.0134724;REVB=-0.00541281;RO=24;SAF=13;SAR=5;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199228;STB=0.629478;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0229147;OID=.;OPOS=58838668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:25:18:18:0.418605:5:13:13:11:5:13:13:12 chr14 58838701 . C T 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.014499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0291;QD=9.84386;RBI=0.0149685;REFB=-0.0150036;REVB=-0.00371959;RO=20;SAF=8;SAR=2;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269229;STB=0.666296;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0242778;OID=.;OPOS=58838701;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:2:8:12:8:2:8:12:8 chr14 58839339 . A C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00244113;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=183.989;QD=54.5177;RBI=0.0049433;REFB=0;REVB=0.0042985;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44783e-05;OID=.;OPOS=58839339;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:19:6:0:0:19:6:0:0 chr14 58917454 . G A 871.34 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0088303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.767;QD=56.2157;RBI=0.0128165;REFB=-0.100004;REVB=0.00928912;RO=1;SAF=14;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00993967;STB=0.505261;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.00086422;OID=.;OPOS=58917454;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:47:14:0:1:47:14:0:1 chr14 58937416 . T C 724.07 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0232014;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6107;QD=54.6464;RBI=0.0288828;REFB=-0.0551137;REVB=-0.017202;RO=1;SAF=19;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241422;STB=0.512816;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0111175;OID=.;OPOS=58937416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:33:19:1:0:33:19:1:0 chr14 58953746 . C G 597.95 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00653861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9172;QD=58.3365;RBI=0.0212858;REFB=-0.0443088;REVB=0.0202566;RO=1;SAF=21;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218106;STB=0.511622;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0021034;OID=.;OPOS=58953746;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:19:21:1:0:19:21:1:0 chr14 59006820 . T C 171.77 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=-0.00315827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.395;QD=11.0822;RBI=0.0201884;REFB=0.0112389;REVB=-0.0199398;RO=40;SAF=17;SAR=5;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.447492;STB=0.760953;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0329308;OID=.;OPOS=59006820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:5:17:15:25:5:17:15:25 chr14 59010649 . T C 165.18 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=0.00261964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.338;QD=12.4663;RBI=0.0118874;REFB=-0.0177903;REVB=0.0115952;RO=32;SAF=13;SAR=7;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348881;STB=0.707608;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0238427;OID=.;OPOS=59010649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:33:20:20:0.377358:7:13:10:22:7:13:10:23 chr14 59730422 . AAGG A,AAGA 260.6 PASS AF=0.333333,0.0972222;AO=24,7;DP=73;FAO=24,7;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=8,2;FSAR=16,5;FSRF=13;FSRR=28;FWDB=-0.0134013,0.0590611;FXX=0.0270234;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=247.57,50.6592;QD=14.4778;RBI=0.0181112,0.0759399;REFB=-0.0227405,-0.0143229;REVB=-0.0121827,0.0477353;RO=39;SAF=8,2;SAR=16,5;SRF=11;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.063718,0.00541041;STB=0.511618,0.531822;STBP=0.913,0.853;TYPE=del,snp;VARB=0.0291333,0.00388161;OID=.,.;OPOS=59730423,59730425;OREF=AGG,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.0972222:24,7:73:24,7:72:41:8,2:16,5:13:28:99:39:8,2:16,5:11:28 chr14 59789727 . G A 571.98 PASS AF=0.557895;AO=51;DP=93;FAO=53;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.00332723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0546;QD=24.0832;RBI=0.0299625;REFB=-0.00481142;REVB=-0.0297771;RO=42;SAF=34;SAR=17;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258723;STB=0.636311;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00308334;OID=.;OPOS=59789727;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:42:42:51:53:0.557895:17:34:15:27:18:35:15:27 chr14 59797235 . A G 215.11 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0173413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.01;QD=21.5109;RBI=0.0314988;REFB=-0.0103391;REVB=-0.0262955;RO=19;SAF=15;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304197;STB=0.671473;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00527326;OID=.;OPOS=59797235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:6:15:7:12:6:15:7:12 chr14 59835972 . A AG,C,G 157.49 PASS AF=0,0.117647,0.764706;AO=3,2,11;DP=18;FAO=0,2,13;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=0,0,3;FSAR=0,2,10;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0433028,-0.0293602,-0.0399275;FXX=0;HRUN=1,7,7;LEN=1,1,1;MLLD=189.029,138.691,193.682;QD=37.0572;RBI=0.0433264,0.0304509,0.0409059;REFB=-0.0425521,-0.114597,-0.055647;REVB=0.00143012,0.00807689,0.00889307;RO=2;SAF=1,0,3;SAR=2,2,8;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.39997,-0.727176,-0.221917;STB=0.5,0.994977,0.624791;STBP=1,0.131,0.067;TYPE=ins,snp,snp;VARB=0.0253968,-0.0127096,0.010015;OID=.,.,.;OPOS=59835973,59835972,59835972;OREF=-,A,A;OALT=G,C,G;OMAPALT=AG,C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:11:18:17:2:2:3,2,11:0,2,13:0,0.117647,0.764706:2,2,8:1,0,3:2:0:0,2,10:0,0,3:2:0 chr14 60004844 . C T 733.75 PASS AF=0.959184;AO=44;DP=47;FAO=47;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00880038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8995;QD=59.8978;RBI=0.0259322;REFB=-0.121001;REVB=-0.0243933;RO=1;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184224;STB=0.5098;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00698967;OID=.;OPOS=60004844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:49:1:1:44:47:0.959184:25:19:0:1:25:22:0:1 chr14 60031996 . G A 1513.42 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00103264;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.197;QD=59.9375;RBI=0.0131475;REFB=0;REVB=0.0131069;RO=0;SAF=45;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.90098e-06;OID=.;OPOS=60031996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:56:45:0:0:56:45:0:0 chr14 60043422 . A G 1026.76 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.922;QD=59.5223;RBI=0.0527325;REFB=0;REVB=0.00384715;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105033;OID=.;OPOS=60043422;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:69:0:0:67:69:1:36:31:0:0:37:32:0:0 chr14 60063472 . A G 1508.12 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0437007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8589;QD=63.5;RBI=0.0452623;REFB=0;REVB=0.0117868;RO=0;SAF=39;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340134;OID=.;OPOS=60063472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:56:39:0:0:56:39:0:0 chr14 60574539 . A G 725.64 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0814;QD=63.0988;RBI=0.044967;REFB=0;REVB=-0.00898669;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138102;OID=.;OPOS=60574539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr14 60575240 . T C 224.83 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=21;FWDB=0.00355541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.0599;QD=19.9846;RBI=0.00377909;REFB=-0.00466068;REVB=0.00128087;RO=23;SAF=6;SAR=16;SRF=2;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242668;STB=0.634185;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.000488104;OID=.;OPOS=60575240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:16:6:2:21:16:6:2:21 chr14 60575869 . A G 289.85 PASS AF=0.346939;AO=34;DP=98;FAO=34;FDP=98;FR=.;FRO=64;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.0418294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.479;QD=11.8304;RBI=0.043261;REFB=-0.0109357;REVB=-0.011037;RO=64;SAF=18;SAR=16;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0156283;STB=0.50902;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.025238;OID=.;OPOS=60575869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:64:64:34:34:0.346939:16:18:33:31:16:18:33:31 chr14 60576637 . A T 398.17 PASS AF=0.519481;AO=39;DP=77;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.00639785;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.87;QD=20.684;RBI=0.00763355;REFB=-0.0107629;REVB=0.00416397;RO=37;SAF=12;SAR=27;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121398;STB=0.571391;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0108018;OID=.;OPOS=60576637;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:37:37:39:40:0.519481:27:12:16:21:28:12:16:21 chr14 60576750 . T G 210.5 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0299158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.386;QD=26.3129;RBI=0.0496446;REFB=-0.0253484;REVB=0.0396185;RO=12;SAF=4;SAR=16;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196274;STB=0.610048;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0203239;OID=.;OPOS=60576750;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:16:4:5:7:16:4:5:7 chr14 60576951 . A G 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0143023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.681;QD=22.3406;RBI=0.0152654;REFB=-0.0187266;REVB=0.00533658;RO=13;SAF=10;SAR=8;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127426;STB=0.586112;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00879255;OID=.;OPOS=60576951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:14:18:18:0.5625:8:10:5:8:8:10:5:9 chr14 60577712 . A G 167.13 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.00985586;FXX=0.0188644;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.526;QD=12.8565;RBI=0.0131595;REFB=-0.0121965;REVB=-0.00871978;RO=32;SAF=8;SAR=12;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172695;STB=0.5999;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0174764;OID=.;OPOS=60577712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:32:32:20:20:0.384615:12:8:18:14:12:8:18:14 chr14 60577873 . C G 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.082637;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9044;QD=21.8398;RBI=0.0875957;REFB=0.0423863;REVB=-0.029054;RO=2;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772509;STB=0.545299;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.0311788;OID=.;OPOS=60577873;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:2:4:1:1:2:4:1:1 chr14 60581863 . G A 268.23 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00997677;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.888;QD=21.8961;RBI=0.0103966;REFB=0.00183657;REVB=-0.00292448;RO=23;SAF=17;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14598;STB=0.573651;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.00163121;OID=.;OPOS=60581863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:24:25:25:0.510204:8:17:12:11:8:17:13:11 chr14 60581935 . C T 1231.18 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=81;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0114238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.844;QD=60.0576;RBI=0.0277262;REFB=-0.0228717;REVB=0.0252634;RO=1;SAF=42;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122965;STB=0.506328;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00022719;OID=.;OPOS=60581935;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:82:1:1:80:81:0.987805:38:42:0:1:39:42:0:1 chr14 60582053 . G A 197.57 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0151139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.765;QD=18.8164;RBI=0.0189663;REFB=-0.0120571;REVB=0.0114581;RO=22;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041964;STB=0.523786;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0103242;OID=.;OPOS=60582053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:10:10:10:12:10:10:10:12 chr14 60585131 . A G 368.15 PASS AF=0.444444;AO=28;DP=94;FAO=40;FDP=90;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0745829;FXX=0.0425487;HRUN=6;LEN=1;MLLD=28.6677;QD=16.3622;RBI=0.0899543;REFB=0.0261831;REVB=0.0502908;RO=29;SAF=11;SAR=17;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0836955;STB=0.549975;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.0270619;OID=.;OPOS=60585131;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:90:29:50:28:40:0.444444:17:11:14:15:22:18:27:23 chr14 60591199 . A T 298.72 PASS AF=0.5;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=64;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0323919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.374;QD=18.6697;RBI=0.032781;REFB=0.0195588;REVB=0.00503541;RO=32;SAF=13;SAR=19;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854272;STB=0.547684;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=-0.0196351;OID=.;OPOS=60591199;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:32:32:32:32:0.5:19:13:16:16:19:13:16:16 chr14 60591829 . T C 324.78 PASS AF=0.404494;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=89;FR=.;FRO=53;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.01836;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.436;QD=14.5968;RBI=0.0185476;REFB=0.00292618;REVB=-0.00263089;RO=52;SAF=23;SAR=13;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226265;STB=0.623119;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=-0.00489313;OID=.;OPOS=60591829;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:53:36:36:0.404494:13:23:22:30:13:23:23:30 chr14 60591887 . G A 250.05 PASS AF=0.357143;AO=30;DP=84;FAO=30;FDP=84;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.00736962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.851;QD=11.9073;RBI=0.0135477;REFB=-0.0158208;REVB=0.0113679;RO=51;SAF=17;SAR=13;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0627634;STB=0.543102;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0244285;OID=.;OPOS=60591887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:54:30:30:0.357143:13:17:26:25:13:17:27:27 chr14 60601308 . G A 65.52 PASS AF=0.409091;AO=8;DP=21;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0279594;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.236;QD=11.9124;RBI=0.0340558;REFB=-0.00308756;REVB=-0.019444;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279975;STB=0.631314;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.00366903;OID=.;OPOS=60601308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:21:22:13:13:8:9:0.409091:4:4:3:10:5:4:3:10 chr14 60611585 . T C 146.84 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.00205938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.945;QD=11.2957;RBI=0.00541551;REFB=-0.00161295;REVB=0.00500866;RO=34;SAF=11;SAR=7;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189016;STB=0.610988;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00270391;OID=.;OPOS=60611585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:7:11:15:19:7:11:15:19 chr14 60611648 . C T 373.0 PASS AF=0.43956;AO=36;DP=88;FAO=40;FDP=91;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=39;FWDB=-0.000133877;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.824;QD=16.3958;RBI=0.00789533;REFB=-0.0150567;REVB=0.00789419;RO=51;SAF=22;SAR=14;SRF=13;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.356729;STB=0.671947;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0222139;OID=.;OPOS=60611648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:51:51:36:40:0.43956:14:22:13:38:18:22:12:39 chr14 60611675 . G A 387.83 PASS AF=0.42268;AO=41;DP=97;FAO=41;FDP=97;FR=.;FRO=56;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=10;FSRR=46;FWDB=-0.00437276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.619;QD=15.9929;RBI=0.0296276;REFB=-0.00573648;REVB=-0.0293032;RO=56;SAF=20;SAR=21;SRF=10;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324742;STB=0.680127;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.00868028;OID=.;OPOS=60611675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:56:56:41:41:0.42268:21:20:10:46:21:20:10:46 chr14 60615914 . C T 34.82 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0194547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4782;QD=23.2144;RBI=0.0363035;REFB=0.0435428;REVB=0.0306505;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169284;STB=0.599598;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.0119399;OID=.;OPOS=60615914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:1:0:3:2:1:0 chr14 60616042 . C T 205.09 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0262781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3134;QD=16.4071;RBI=0.0667529;REFB=-0.0071536;REVB=-0.0613629;RO=29;SAF=13;SAR=8;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039234;STB=0.522428;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00900974;OID=.;OPOS=60616042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:8:13:19:10:8:13:19:10 chr14 60864583 . G T 1549.27 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.166;QD=63.8873;RBI=0.0187418;REFB=0;REVB=0.0147063;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90922e-05;OID=.;OPOS=60864583;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:50:47:0:0:50:47:0:0 chr14 60900113 . C T 1431.89 PASS AF=0.970588;AO=97;DP=101;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0177941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.343;QD=56.1524;RBI=0.0210091;REFB=-0.174718;REVB=0.0111693;RO=2;SAF=33;SAR=64;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00680101;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00045573;OID=.;OPOS=60900113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:101:102:2:3:97:99:0.970588:64:33:1:1:66:33:1:2 chr14 60903757 . G A 575.75 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0877999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5284;QD=60.6049;RBI=0.0900556;REFB=0;REVB=-0.0200298;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000453792;OID=.;OPOS=60903757;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr14 60923783 . C T 632.2 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.106515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2737;QD=61.6776;RBI=0.106517;REFB=0;REVB=0.000593951;RO=0;SAF=9;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40541e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00117913;OID=.;OPOS=60923783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:32:9:0:0:32:9:0:0 chr14 60932752 . G A 479.22 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7751;QD=56.3791;RBI=0.0183787;REFB=-0.0439357;REVB=0.00215938;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167468;OID=.;OPOS=60932752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:34:34:0:0:33:34:1:17:16:0:0:18:16:0:0 chr14 61124940 . A G 695.87 PASS AF=0.978261;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0170857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.088;QD=60.51;RBI=0.0174675;REFB=-0.0122229;REVB=0.00363205;RO=1;SAF=23;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199809;STB=0.5102;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000509737;OID=.;OPOS=61124940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:46:1:1:43:45:0.978261:20:23:1:0:21:24:1:0 chr14 61176485 . T C 648.97 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.537;QD=61.8067;RBI=0.0142815;REFB=0;REVB=-0.00643667;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.46309e-05;OID=.;OPOS=61176485;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:26:16:0:0:26:16:0:0 chr14 61180657 . T G 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.843;QD=61.2126;RBI=0.0207355;REFB=0;REVB=0.0171042;RO=0;SAF=22;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.14853e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1292e-05;OID=.;OPOS=61180657;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:57:22:0:0:57:22:0:0 chr14 61444288 . T C 255.25 PASS AF=0.785714;AO=22;DP=28;FAO=22;FDP=28;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00841545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1932;QD=36.4646;RBI=0.080946;REFB=0.0217156;REVB=0.0805074;RO=6;SAF=16;SAR=6;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242332;STB=0.632965;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.0037112;OID=.;OPOS=61444288;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:6:6:22:22:0.785714:6:16:1:5:6:16:1:5 chr14 61445967 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.838;QD=56.706;RBI=0.046716;REFB=0;REVB=0.00661509;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000448501;OID=.;OPOS=61445967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr14 61449328 . T A 1419.41 PASS AF=0.918919;AO=102;DP=111;FAO=102;FDP=111;FR=.;FRO=9;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0244802;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=233.021;QD=51.1498;RBI=0.0259917;REFB=-0.162203;REVB=0.00873452;RO=4;SAF=44;SAR=58;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00499893;STB=0.510231;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00140839;OID=.;OPOS=61449328;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:111:111:4:9:102:102:0.918919:58:44:2:2:58:44:5:4 chr14 61509924 . T C 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.051648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.393;QD=56.1904;RBI=0.0533616;REFB=0;REVB=0.0134144;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243502;OID=.;OPOS=61509924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:21:7:0:0:21:7:0:0 chr14 61924239 . G A 388.12 PASS AF=0.637931;AO=37;DP=58;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0147679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.198;QD=26.7669;RBI=0.0171054;REFB=-0.00467058;REVB=-0.00863164;RO=20;SAF=25;SAR=12;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0186837;STB=0.50371;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00272898;OID=.;OPOS=61924239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:20:21:37:37:0.637931:12:25:13:7:12:25:14:7 chr14 61924241 . A C 356.2 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0109439;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.677;QD=24.5654;RBI=0.0143766;REFB=-0.00588188;REVB=0.00932305;RO=22;SAF=23;SAR=12;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0559269;STB=0.517117;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0091413;OID=.;OPOS=61924241;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:22:23:35:35:0.603448:12:23:16:6:12:23:16:7 chr14 61997226 . C T 412.66 PASS AF=0.442308;AO=46;DP=104;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.00542347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.602;QD=15.8715;RBI=0.00881617;REFB=-0.00922359;REVB=-0.0069506;RO=58;SAF=24;SAR=22;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0730354;STB=0.540884;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00842578;OID=.;OPOS=61997226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:58:58:46:46:0.442308:22:24:26:32:22:24:26:32 chr14 62213848 . T C 575.74 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.284;QD=60.6042;RBI=0.0321988;REFB=0;REVB=0.0283389;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118258;OID=.;OPOS=62213848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr14 62229285 . T G 498.67 PASS AF=0.461538;AO=53;DP=116;FAO=54;FDP=117;FR=.;FRO=63;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=-0.03573;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.2;QD=17.0487;RBI=0.035965;REFB=-0.00532542;REVB=-0.00410514;RO=62;SAF=35;SAR=18;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222844;STB=0.623483;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00575763;OID=.;OPOS=62229285;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:62:63:53:54:0.461538:18:35:27:35:18:36:28:35 chr14 62244837 . A G 215.97 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0243664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6292;QD=22.1507;RBI=0.0332295;REFB=-0.0108384;REVB=-0.0225937;RO=17;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994097;STB=0.540502;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0118234;OID=.;OPOS=62244837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:18:21:21:0.538462:11:10:6:11:11:10:7:11 chr14 62462766 . T C 724.08 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0104864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.467;QD=59.1087;RBI=0.0168533;REFB=0.0131868;REVB=-0.0131935;RO=2;SAF=15;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586537;STB=0.531236;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.00041326;OID=.;OPOS=62462766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:32:15:2:0:32:15:2:0 chr14 62463129 . G T 887.73 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259402;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.352;QD=58.2119;RBI=0.0260185;REFB=0;REVB=0.00201587;RO=0;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.01354e-05;OID=.;OPOS=62463129;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:40:21:0:0:40:21:0:0 chr14 62463214 . C T 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00282448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.692;QD=55.0984;RBI=0.0144951;REFB=0;REVB=0.0142173;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110319;OID=.;OPOS=62463214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr14 63174616 . T C 1310.18 PASS AF=1;AO=71;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674381;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=53.6571;QD=60.9385;RBI=0.0684984;REFB=-0.0681336;REVB=-0.0120055;RO=1;SAF=26;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178383;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0015431;OID=.;OPOS=63174616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:85:86:1:0:71:86:1:45:26:1:0:49:37:0:0 chr14 63841415 . TG GT 39.83 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0312645;FXX=0;HRUN=8;LEN=2;MLLD=21.0891;QD=6.63845;RBI=0.0328116;REFB=-0.0394225;REVB=-0.00995671;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118161;STB=0.545344;STBP=0.798;TYPE=mnp;VARB=0.0107823;OID=.;OPOS=63841415;OREF=TG;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:24:24:13:16:7:8:0.333333:2:5:8:5:3:5:11:5 chr14 63842235 . T C 83.24 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0104357;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.48;QD=8.76257;RBI=0.0115418;REFB=0.00215402;REVB=0.00493053;RO=26;SAF=3;SAR=8;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191978;STB=0.608487;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.00613005;OID=.;OPOS=63842235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:39:38:26:27:11:11:0.289474:8:3:11:15:8:3:11:16 chr14 63920500 . T C 181.83 PASS AF=0.265957;AO=25;DP=94;FAO=25;FDP=94;FR=.;FRO=69;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=0.00743763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.897;QD=7.73749;RBI=0.0252893;REFB=-0.00497568;REVB=-0.0241709;RO=68;SAF=11;SAR=14;SRF=29;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167555;STB=0.503886;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.018986;OID=.;OPOS=63920500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:68:69:25:25:0.265957:14:11:29:39:14:11:30:39 chr14 64118045 . T C 416.67 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=34;FSRR=9;FWDB=0.00408385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.803;QD=19.6081;RBI=0.0215294;REFB=-0.0284439;REVB=0.0211385;RO=43;SAF=15;SAR=27;SRF=34;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380661;STB=0.710051;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0312204;OID=.;OPOS=64118045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:27:15:34:9:27:15:34:9 chr14 64423187 . C A 141.35 PASS AF=0.380952;AO=15;DP=41;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00372492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.103;QD=13.4616;RBI=0.015208;REFB=0.00271584;REVB=-0.0147448;RO=26;SAF=7;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00555343;STB=0.52378;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=-0.00596094;OID=.;OPOS=64423187;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:26:26:15:16:0.380952:8:7:12:14:8:8:12:14 chr14 64491695 . T C 1153.34 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123847;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.234;QD=60.7023;RBI=0.0638326;REFB=0;REVB=0.0626196;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208515;OID=.;OPOS=64491695;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:76:0:0:70:76:1:32:38:0:0:37:39:0:0 chr14 64494278 . C T 1301.93 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00721494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.044;QD=61.9969;RBI=0.0331474;REFB=0;REVB=-0.0323527;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.26912e-05;OID=.;OPOS=64494278;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:43:41:0:0:43:41:0:0 chr14 64496749 . C T 318.76 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0756579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.642;QD=26.5632;RBI=0.0756871;REFB=-0.00814378;REVB=-0.00210449;RO=20;SAF=12;SAR=16;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0220541;STB=0.512186;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00865796;OID=.;OPOS=64496749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:16:12:8:12:16:12:8:12 chr14 64496763 . T C 153.42 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0204249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.8267;QD=13.947;RBI=0.0332659;REFB=-0.0190947;REVB=0.0262573;RO=27;SAF=5;SAR=12;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920473;STB=0.553781;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0305933;OID=.;OPOS=64496763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:12:5:10:17:12:5:10:17 chr14 64497930 . G A 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0101074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.374;QD=16.8985;RBI=0.0102257;REFB=-0.000266339;REVB=0.00155101;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22118;STB=0.628944;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000125367;OID=.;OPOS=64497930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:7:3:5:4:7:3:5:4 chr14 64498037 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00453498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.957;QD=55.0987;RBI=0.0242373;REFB=0;REVB=0.0238093;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.00068e-05;OID=.;OPOS=64498037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr14 64522674 . G C 174.68 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=-0.0411434;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7086;QD=26.8732;RBI=0.0500377;REFB=-0.00832499;REVB=0.0284779;RO=9;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17536;STB=0.596755;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0079714;OID=.;OPOS=64522674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:27:26:9:9:17:17:0.653846:6:11:8:1:6:11:8:1 chr14 64522843 . A G 301.7 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0189388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1356;QD=19.7837;RBI=0.0290613;REFB=-0.0257236;REVB=0.0220427;RO=29;SAF=18;SAR=14;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00934918;STB=0.505194;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0384887;OID=.;OPOS=64522843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:29:29:32:32:0.52459:14:18:16:13:14:18:16:13 chr14 64540823 . A G 482.6 PASS AF=0.554217;AO=46;DP=83;FAO=46;FDP=83;FR=.;FRO=37;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0153949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.289;QD=23.258;RBI=0.01541;REFB=-0.00108175;REVB=0.000682657;RO=37;SAF=26;SAR=20;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423733;STB=0.523295;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.000676764;OID=.;OPOS=64540823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:37:46:46:0.554217:20:26:19:18:20:26:19:18 chr14 64551688 . C T 369.1 PASS AF=0.433333;AO=39;DP=90;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0133676;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.687;QD=16.4046;RBI=0.0135473;REFB=-0.0136263;REVB=-0.00219966;RO=47;SAF=25;SAR=14;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111265;STB=0.577224;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0276281;OID=.;OPOS=64551688;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:47:51:39:39:0.433333:14:25:25:22:14:25:26:25 chr14 64560091 . TG CA 306.85 PASS AF=0.368421;AO=35;DP=96;FAO=35;FDP=95;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=27;FWDB=-0.00696842;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=2;MLLD=202.349;QD=12.9198;RBI=0.0164668;REFB=-0.0146168;REVB=-0.0149197;RO=59;SAF=13;SAR=22;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206954;STB=0.61364;STBP=0.109;TYPE=mnp;VARB=0.0223359;OID=.;OPOS=64560091;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:59:60:35:35:0.368421:22:13:33:26:22:13:33:27 chr14 64565582 . T C 80.7 PASS AF=0.289474;AO=10;DP=37;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.0180749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.513;QD=8.49487;RBI=0.0241671;REFB=-0.0143437;REVB=-0.0160421;RO=27;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242665;STB=0.615568;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0325875;OID=.;OPOS=64565582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:37:38:27:27:10:11:0.289474:5:5:8:19:6:5:8:19 chr14 64612858 . C A 213.04 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=55;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0201671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.302;QD=15.494;RBI=0.0217893;REFB=-0.0191058;REVB=0.00824987;RO=30;SAF=8;SAR=17;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214684;STB=0.621851;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0162151;OID=.;OPOS=64612858;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:30:25:25:0.454545:17:8:16:14:17:8:16:14 chr14 64637147 . C A 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0200344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8388;QD=12.8674;RBI=0.0380925;REFB=-0.00475058;REVB=0.0323984;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107964;STB=0.563643;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00949972;OID=.;OPOS=64637147;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:9:7:6:5:9:7 chr14 64656855 . T C 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0038731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.495;QD=13.6309;RBI=0.00487891;REFB=0.00584963;REVB=0.00296697;RO=9;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0926992;STB=0.55541;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.0089847;OID=.;OPOS=64656855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:2:6:6:3:2:6:6:3 chr14 64657684 . C A 400.34 PASS AF=0.471264;AO=41;DP=88;FAO=41;FDP=87;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.0128549;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.928;QD=18.4065;RBI=0.0257339;REFB=-0.0158344;REVB=-0.0222932;RO=46;SAF=29;SAR=12;SRF=32;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132554;STB=0.507399;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0171094;OID=.;OPOS=64657684;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:46:46:41:41:0.471264:12:29:32:14:12:29:32:14 chr14 64691744 . G A 99.61 PASS AF=0.461538;AO=11;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0148873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.797;QD=15.325;RBI=0.0167061;REFB=-0.0524059;REVB=-0.00758044;RO=14;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169053;STB=0.613434;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0607267;OID=.;OPOS=64691744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:11:12:0.461538:3:8:8:6:3:9:8:6 chr14 64694749 . T G 190.5 PASS AF=0.4;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0170385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.844;QD=15.2401;RBI=0.0218074;REFB=-0.00402844;REVB=0.0136107;RO=28;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590962;STB=0.530458;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00648657;OID=.;OPOS=64694749;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:28:30:20:20:0.4:11:9:11:17:11:9:12:18 chr14 64855041 . T C 1687.11 PASS AF=1;AO=107;DP=108;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00184148;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.674;QD=60.2538;RBI=0.0182856;REFB=0;REVB=0.0181926;RO=0;SAF=51;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72822e-06;OID=.;OPOS=64855041;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:112:0:0:107:112:1:56:51:0:0:59:53:0:0 chr14 64855163 . C T 329.33 PASS AF=0.353448;AO=40;DP=117;FAO=41;FDP=116;FR=.;FRO=75;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=0.0863801;FXX=0.0169477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9066;QD=11.3561;RBI=0.0924807;REFB=-0.0133558;REVB=0.0330327;RO=75;SAF=15;SAR=25;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122192;STB=0.559351;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.0252046;OID=.;OPOS=64855163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:75:75:40:41:0.353448:25:15:36:39:25:16:36:39 chr14 64882380 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.972;QD=62.6711;RBI=0.0387395;REFB=0;REVB=0.0313556;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.34135e-05;OID=.;OPOS=64882380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:21:23:0:0:21:23:0:0 chr14 64908845 . G A 376.9 PASS AF=0.47561;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=82;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0114179;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.564;QD=18.3852;RBI=0.0114343;REFB=-0.0135099;REVB=-0.000611899;RO=43;SAF=20;SAR=19;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447964;STB=0.524987;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.015771;OID=.;OPOS=64908845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:43:43:39:39:0.47561:19:20:20:23:19:20:20:23 chr14 64935720 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00763837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.546;QD=45.8062;RBI=0.0214518;REFB=0;REVB=-0.0200458;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000350345;OID=.;OPOS=64935720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr14 65008251 . C T 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.92;QD=53.2735;RBI=0.0410747;REFB=0;REVB=-0.0194277;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002037;OID=.;OPOS=65008251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr14 65016702 . T G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.656;QD=51.1846;RBI=0.0410481;REFB=0;REVB=-0.00658138;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143058;OID=.;OPOS=65016702;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr14 65031534 . C T 525.87 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407426;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.759;QD=60.0989;RBI=0.0412287;REFB=0;REVB=0.00631234;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027151;OID=.;OPOS=65031534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:15:19:0:0:15:20:0:0 chr14 65209879 . A AC,C 48.24 PASS AF=0.153846,0;AO=13,3;DP=79;FAO=12,0;FDP=78;FR=.;FRO=66;FSAF=9,0;FSAR=3,0;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=-0.0795346,-0.029955;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=69.9075,179.482;QD=2.47391;RBI=0.0809284,0.0409356;REFB=-0.0042386,-0.00581884;REVB=-0.0149551,-0.0279001;RO=57;SAF=7,1;SAR=6,2;SRF=22;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.189452,-0.0491486;STB=0.803113,0.5;STBP=0.039,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.199206,0;OID=.,.;OPOS=65209880,65209879;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:79:78:57:66:13,3:12,0:0.153846,0:6,2:7,1:22:35:3,0:9,0:24:42 chr14 65210357 . C T 180.48 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.000237863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.621;QD=16.0426;RBI=0.0252091;REFB=-0.0257197;REVB=0.025208;RO=26;SAF=9;SAR=10;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141957;STB=0.581311;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0304315;OID=.;OPOS=65210357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:10:9:16:10:10:9:16:10 chr14 65412748 . G C 256.49 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00838889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.509;QD=44.6063;RBI=0.0361755;REFB=-0.0101831;REVB=0.0351894;RO=2;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576738;STB=0.531221;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00133223;OID=.;OPOS=65412748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:15:6:0:2:15:6:0:2 chr14 65417070 . C A 312.52 PASS AF=0.559322;AO=32;DP=58;FAO=33;FDP=59;FR=.;FRO=26;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0911117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.66;QD=21.1877;RBI=0.0935865;REFB=-0.0449982;REVB=0.0213798;RO=26;SAF=17;SAR=15;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037232;STB=0.51401;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0283518;OID=.;OPOS=65417070;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:26:26:32:33:0.559322:15:17:15:11:15:18:15:11 chr14 65419293 . A G 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00997664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3476;QD=55.6525;RBI=0.0100679;REFB=0;REVB=-0.00135247;RO=0;SAF=13;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207654;OID=.;OPOS=65419293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:14:13:0:0:14:13:0:0 chr14 65544367 . C A 38.91 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0120231;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=165.275;QD=11.1181;RBI=0.014489;REFB=-0.00801047;REVB=0.00808552;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.46433;STB=0.788428;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00985637;OID=.;OPOS=65544367;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:5:1:5:3:5:1:5:3 chr14 65878909 . C T 169.37 PASS AF=0.439024;AO=17;DP=40;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0321253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.736;QD=16.5236;RBI=0.0333305;REFB=-0.0338324;REVB=0.0088819;RO=22;SAF=4;SAR=13;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204779;STB=0.618904;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0353374;OID=.;OPOS=65878909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:22:23:17:18:0.439024:13:4:9:13:14:4:9:14 chr14 66028446 . A G 166.46 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.00689782;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.158;QD=12.8045;RBI=0.00705778;REFB=-0.00437248;REVB=-0.00149408;RO=26;SAF=4;SAR=16;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192977;STB=0.660016;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00765744;OID=.;OPOS=66028446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:26:32:20:20:0.384615:16:4:9:17:16:4:13:19 chr14 66136163 . C A 168.66 PASS AF=0.418605;AO=17;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.00393582;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.803;QD=15.6895;RBI=0.0109523;REFB=-0.0206423;REVB=-0.0102207;RO=26;SAF=7;SAR=10;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159541;STB=0.594803;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0336913;OID=.;OPOS=66136163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:25:17:18:0.418605:10:7:7:19:11:7:6:19 chr14 67147816 . T C 197.51 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.0610341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.234;QD=26.3348;RBI=0.0803821;REFB=-0.0306589;REVB=0.0523079;RO=11;SAF=7;SAR=12;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236486;STB=0.63144;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0169778;OID=.;OPOS=67147816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:12:7:8:3:12:7:8:3 chr14 67671293 . T C 284.64 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=64;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=-0.00319861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.952;QD=17.7899;RBI=0.028637;REFB=-0.032904;REVB=-0.0284578;RO=33;SAF=26;SAR=5;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328771;STB=0.686926;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0268098;OID=.;OPOS=67671293;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:33:33:31:31:0.484375:5:26:19:14:5:26:19:14 chr14 67800316 . G A 265.44 PASS AF=0.491525;AO=27;DP=58;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0115618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.442;QD=17.9957;RBI=0.0116496;REFB=0.00330728;REVB=0.001427;RO=30;SAF=9;SAR=18;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100917;STB=0.548272;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.00487103;OID=.;OPOS=67800316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:30:30:27:29:0.491525:18:9:13:17:19:10:13:17 chr14 67800815 . G A 136.72 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0273486;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.2212;QD=11.1605;RBI=0.0427021;REFB=-0.01011;REVB=0.0327952;RO=31;SAF=5;SAR=11;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092354;STB=0.560828;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0307059;OID=.;OPOS=67800815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:31:33:16:16:0.326531:11:5:12:19:11:5:13:20 chr14 67850106 . A G 255.96 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0411347;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5464;QD=19.6892;RBI=0.0471224;REFB=-0.023459;REVB=0.0229882;RO=26;SAF=17;SAR=10;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247517;STB=0.629534;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0224544;OID=.;OPOS=67850106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:26:25:27:27:0.519231:10:17:9:17:10:17:9:16 chr14 67938788 . GTGTGGCAGGGTTAATAC G 37.11 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00825051;FXX=0;HRUN=1;LEN=17;MLLD=360.49;QD=8.24759;RBI=0.0245966;REFB=-0.00444032;REVB=-0.0231716;RO=12;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.492347;STB=0.832222;STBP=0.074;TYPE=del;VARB=0.0140883;OID=.;OPOS=67938789;OREF=TGTGGCAGGGTTAATAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:5:18:6:18:12:5:1:4:8:37:12:4:1:4:8 chr14 67938818 . G A 88.31 PASS AF=0.458333;AO=10;DP=23;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0240395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.568;QD=14.7186;RBI=0.0321868;REFB=-0.0137755;REVB=0.021403;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274414;STB=0.673766;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0172436;OID=.;OPOS=67938818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:24:13:13:10:11:0.458333:6:4:9:4:7:4:9:4 chr14 67938855 . G C 44.55 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00729836;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=229.722;QD=7.1283;RBI=0.0234228;REFB=-0.0133544;REVB=0.0222568;RO=18;SAF=1;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.579978;STB=0.86565;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0150086;OID=.;OPOS=67938855;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:6:1:12:6:6:1:12:6 chr14 68042255 . A G 160.48 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0109088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3448;QD=18.3402;RBI=0.0234768;REFB=-0.0122415;REVB=-0.0207884;RO=17;SAF=11;SAR=6;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305872;STB=0.685035;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0109016;OID=.;OPOS=68042255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:17:17:0.485714:6:11:5:12:6:11:5:13 chr14 68042574 . A G 354.42 PASS AF=0.480519;AO=38;DP=79;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0240036;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6907;QD=18.4114;RBI=0.0248737;REFB=-0.0326845;REVB=0.00652124;RO=39;SAF=22;SAR=16;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375101;STB=0.509267;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.043125;OID=.;OPOS=68042574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:77:39:40:38:37:0.480519:16:22:21:18:16:21:22:18 chr14 68045935 . G A 264.74 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=4.74022e-06;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.902;QD=20.7642;RBI=0.0165411;REFB=-0.0303169;REVB=0.0165411;RO=24;SAF=17;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0413356;STB=0.52306;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0243477;OID=.;OPOS=68045935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:10:17:14:10:10:17:14:10 chr14 68053149 . A G 335.44 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=13;FSRR=30;FWDB=0.0074162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.7143;QD=16.9845;RBI=0.0170738;REFB=-0.0273027;REVB=-0.015379;RO=43;SAF=10;SAR=26;SRF=13;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291986;STB=0.516398;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.0182286;OID=.;OPOS=68053149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:43:36:36:0.455696:26:10:13:30:26:10:13:30 chr14 68053802 . T C 212.21 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0110821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9601;QD=27.3824;RBI=0.0146421;REFB=0.0175817;REVB=0.00956957;RO=10;SAF=15;SAR=5;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112359;STB=0.550967;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=-0.0155192;OID=.;OPOS=68053802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:10:11:20:20:0.645161:5:15:6:4:5:15:7:4 chr14 68053977 . A C 1324.56 PASS AF=0.988506;AO=84;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0280697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1087;QD=60.8992;RBI=0.0290606;REFB=-0.0350363;REVB=0.00752407;RO=2;SAF=34;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00434799;STB=0.507041;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000458716;OID=.;OPOS=68053977;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:2:1:84:86:0.988506:50:34:1:1:51:35:1:0 chr14 68055613 . C G 179.03 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0273776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.791;QD=10.8504;RBI=0.0274042;REFB=0.00216057;REVB=-0.00120738;RO=41;SAF=13;SAR=10;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112306;STB=0.565161;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.00593857;OID=.;OPOS=68055613;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:41:43:23:23:0.348485:10:13:19:22:10:13:20:23 chr14 68129256 . GA G 80.14 PASS AF=0.722222;AO=12;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.120234;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.9343;QD=17.8098;RBI=0.192973;REFB=-0.00115857;REVB=0.150939;RO=5;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=3;SSEN=0.493007;SSEP=0;SSSB=-0.0981189;STB=0.561697;STBP=0.534;TYPE=del;VARB=0.0415684;OID=.;OPOS=68129257;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.722222:12:18:13:18:5:3:10:2:3:22:5:3:9:2:3 chr14 68193731 . G A 386.54 PASS AF=0.470588;AO=40;DP=85;FAO=40;FDP=85;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.00394717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.428;QD=18.1901;RBI=0.0150833;REFB=-0.02941;REVB=0.0145577;RO=45;SAF=18;SAR=22;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0790903;STB=0.544147;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0329266;OID=.;OPOS=68193731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:45:45:40:40:0.470588:22:18:24:21:22:18:24:21 chr14 68213744 . G A 594.53 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00767632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.207;QD=60.9775;RBI=0.0124916;REFB=0;REVB=0.0098546;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122234;OID=.;OPOS=68213744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:13:24:0:0:13:26:0:0 chr14 68228266 . C T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.00171638;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.506;QD=12.7387;RBI=0.0470757;REFB=0.0130748;REVB=-0.0470444;RO=9;SAF=6;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295251;STB=0.705344;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=-0.0155022;OID=.;OPOS=68228266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:9:10:8:8:0.444444:2:6:4:5:2:6:4:6 chr14 68251934 . G A 103.19 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0337115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.719;QD=10.0677;RBI=0.0338122;REFB=-0.0158752;REVB=-0.00260734;RO=28;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286919;STB=0.67128;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0412247;OID=.;OPOS=68251934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:5:8:10:18:5:8:10:18 chr14 68251991 . G A 512.82 PASS AF=0.923077;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.032658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.038;QD=52.5973;RBI=0.0720651;REFB=-0.115904;REVB=0.0642404;RO=2;SAF=9;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321959;STB=0.54096;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00682562;OID=.;OPOS=68251991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:39:39:2:3:36:36:0.923077:27:9:1:1:27:9:2:1 chr14 68252669 . G C 138.1 PASS AF=0.372093;AO=14;DP=41;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=-0.0147618;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.3503;QD=12.8468;RBI=0.0557237;REFB=-0.0181412;REVB=0.0537328;RO=27;SAF=5;SAR=9;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296713;STB=0.697162;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0479224;OID=.;OPOS=68252669;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:27:27:14:16:0.372093:9:5:17:10:11:5:17:10 chr14 68264381 . CA C 177.33 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0106421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.122;QD=14.4757;RBI=0.0141196;REFB=-0.018054;REVB=0.00927955;RO=30;SAF=7;SAR=12;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142499;STB=0.582693;STBP=0.358;TYPE=del;VARB=0.0308485;OID=.;OPOS=68264382;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.387755:19:49:19:49:30:7:12:15:15:99:30:7:12:15:15 chr14 68264866 . GA G,GG 337.33 PASS AF=0.04,0.96;AO=3,22;DP=25;FAO=1,24;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=1,10;FSAR=0,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125731,0.0100324;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=242.716,254.321;QD=53.9728;RBI=0.0161237,0.0114179;REFB=0,0;REVB=0.0100942,0.00545159;RO=0;SAF=2,9;SAR=1,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.2029e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0486995,0.00226391;OID=.,.;OPOS=68264867,68264867;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.04,0.96:3,22:25:1,24:25:0:1,10:0,14:0:0:4:0:2,9:1,13:0:0 chr14 68271981 . C A 245.52 PASS AF=0.575;AO=22;DP=39;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.102231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2508;QD=24.5524;RBI=0.109479;REFB=-0.0284232;REVB=0.0391721;RO=17;SAF=4;SAR=18;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00705632;STB=0.501885;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0238354;OID=.;OPOS=68271981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:17:17:22:23:0.575:18:4:3:14:19:4:3:14 chr14 68274548 . G A 379.47 PASS AF=0.550725;AO=37;DP=69;FAO=38;FDP=69;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.015661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.148;QD=21.9981;RBI=0.0272451;REFB=-0.0217319;REVB=0.0222941;RO=31;SAF=18;SAR=19;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0288184;STB=0.509949;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.0116513;OID=.;OPOS=68274548;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:31:31:37:38:0.550725:19:18:14:17:20:18:14:17 chr14 68616597 . G A 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0687374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.2428;QD=50.4126;RBI=0.0735921;REFB=0;REVB=-0.0262865;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00324374;OID=.;OPOS=68616597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr14 68935789 . T C 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7902;QD=58.0606;RBI=0.0269048;REFB=0;REVB=-0.0170135;RO=0;SAF=23;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14705e-05;OID=.;OPOS=68935789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:38:23:0:0:38:23:0:0 chr14 69012355 . C A,G 725.53 PASS AF=0.0208333,0.979167;AO=2,45;DP=47;FAO=1,47;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=1,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169197,0.0182515;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=92.2785,178.369;QD=60.4605;RBI=0.0177799,0.0187222;REFB=0,0;REVB=0.00546332,0.00417153;RO=0;SAF=1,12;SAR=1,33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0303153,-0.00047982;OID=.,.;OPOS=69012355,69012355;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:47:48:0:0:2,45:1,47:0.0208333,0.979167:1,33:1,12:0:0:1,33:0,14:0:0 chr14 69117512 . T C 295.5 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0123224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.103;QD=20.3796;RBI=0.0128191;REFB=-0.0278295;REVB=-0.00353389;RO=26;SAF=19;SAR=12;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634077;STB=0.545321;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0172498;OID=.;OPOS=69117512;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:27:31:31:0.534483:12:19:14:12:12:19:14:13 chr14 69262441 . A G 670.94 PASS AF=0.943396;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0153498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.2582;QD=50.6373;RBI=0.0163981;REFB=-0.0634582;REVB=-0.00576921;RO=3;SAF=30;SAR=20;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293564;STB=0.515619;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00169588;OID=.;OPOS=69262441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:53:3:3:50:50:0.943396:20:30:1:2:20:30:1:2 chr14 69263074 . G A 152.39 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0762254;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2215;QD=40.6361;RBI=0.0817787;REFB=0.0550125;REVB=-0.0296218;RO=1;SAF=6;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698108;STB=0.538406;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00477762;OID=.;OPOS=69263074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:8:6:1:0:8:6:1:0 chr14 69345642 . AAAAAC AAAAAT,GAAAAC 44.66 PASS AF=0.388889,0;AO=3,3;DP=18;FAO=7,0;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5,0;FSAR=2,0;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.00985759,-0.0284116;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=1,1;MLLD=121.405,45.7823;QD=9.9236;RBI=0.0107779,0.0945385;REFB=0.000977465,0.0225398;REVB=0.00435792,-0.0901683;RO=7;SAF=1,1;SAR=2,2;SRF=0;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.535261,0.535261;STB=0.796364,0.5;STBP=0.075,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000172997,0;OID=.,.;OPOS=69345647,69345642;OREF=C,A;OALT=T,G;OMAPALT=AAAAAT,GAAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:18:18:7:11:3,3:7,0:0.388889,0:2,2:1,1:0:7:2,0:5,0:2:9 chr14 69352230 . G A 253.96 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=77;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=20;FWDB=-0.0360978;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.4694;QD=12.8585;RBI=0.0549229;REFB=-0.00584569;REVB=0.0413942;RO=47;SAF=15;SAR=15;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102384;STB=0.556925;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00737987;OID=.;OPOS=69352230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:47:49:30:30:0.379747:15:15:28:19:15:15:29:20 chr14 69445760 . T G 382.97 PASS AF=0.454545;AO=40;DP=88;FAO=40;FDP=88;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=35;FWDB=0.024966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.932;QD=17.4078;RBI=0.0249815;REFB=-0.0276353;REVB=-0.000881161;RO=48;SAF=25;SAR=15;SRF=13;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.335356;STB=0.686724;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0193293;OID=.;OPOS=69445760;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:48:48:40:40:0.454545:15:25:13:35:15:25:13:35 chr14 69695792 . G A 887.76 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00608652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8819;QD=56.3658;RBI=0.0396426;REFB=-0.145366;REVB=0.0391726;RO=0;SAF=26;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51662e-08;STB=0.509431;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0037327;OID=.;OPOS=69695792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:36:26:0:0:36:26:1:0 chr14 69703158 . A G 2083.68 PASS AF=1;AO=133;DP=133;FAO=133;FDP=133;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000983552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.178;QD=62.6672;RBI=0.0024937;REFB=0;REVB=0.00229155;RO=0;SAF=57;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53482e-06;OID=.;OPOS=69703158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:133:133:0:0:133:133:1:76:57:0:0:76:57:0:0 chr14 69704553 . G T 837.58 PASS AF=0.96875;AO=60;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0161404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.768;QD=52.349;RBI=0.0593791;REFB=-0.152872;REVB=0.0571434;RO=1;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129304;STB=0.503137;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.00372055;OID=.;OPOS=69704553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:64:64:1:2:60:62:0.96875:36:24:0:1:37:25:1:1 chr14 69795199 . G A 392.1 PASS AF=0.573529;AO=35;DP=65;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00337069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.245;QD=23.0644;RBI=0.0283697;REFB=-0.0322711;REVB=-0.0281688;RO=29;SAF=23;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149885;STB=0.583289;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0279997;OID=.;OPOS=69795199;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:68:29:29:35:39:0.573529:12:23:14:15:13:26:14:15 chr14 69820946 . C A 88.1 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0022819;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.157;QD=14.0963;RBI=0.0154929;REFB=-0.00270492;REVB=-0.0153239;RO=14;SAF=8;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299689;STB=0.676588;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00708273;OID=.;OPOS=69820946;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:3:8:6:8:3:8:6:8 chr14 69922552 . T C 590.05 PASS AF=0.641975;AO=52;DP=82;FAO=52;FDP=81;FR=.;FRO=29;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0187999;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.145;QD=29.1381;RBI=0.0258547;REFB=-0.02125;REVB=0.0177491;RO=29;SAF=28;SAR=24;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368163;STB=0.519992;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.01026;OID=.;OPOS=69922552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:29:29:52:52:0.641975:24:28:14:15:24:28:14:15 chr14 69966850 . G A 77.36 PASS AF=0.434783;AO=9;DP=22;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0107164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.656;QD=13.454;RBI=0.0120143;REFB=-0.0219409;REVB=0.00543165;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604717;STB=0.565089;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0289931;OID=.;OPOS=69966850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:23:13:13:9:10:0.434783:5:4:5:8:5:5:5:8 chr14 70037611 . A T 1153.61 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0037312;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.083;QD=60.7162;RBI=0.0326289;REFB=0;REVB=0.0324148;RO=0;SAF=40;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60877e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87831e-05;OID=.;OPOS=70037611;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:36:40:0:0:36:40:0:0 chr14 70038786 . A G 186.01 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0398951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3089;QD=46.5036;RBI=0.0420819;REFB=0;REVB=0.0133892;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00518155;OID=.;OPOS=70038786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:14:16:1:11:3:0:0:13:3:0:0 chr14 70180778 . C G 867.3 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0196162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.683;QD=57.82;RBI=0.0259481;REFB=0;REVB=0.0169855;RO=0;SAF=26;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.18026e-05;OID=.;OPOS=70180778;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:32:26:0:0:33:27:0:0 chr14 70418881 . G A 350.22 PASS AF=0.486842;AO=36;DP=75;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.00491829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6748;QD=18.4324;RBI=0.0188153;REFB=-0.0433546;REVB=-0.0181611;RO=39;SAF=20;SAR=16;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400696;STB=0.528381;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.035707;OID=.;OPOS=70418881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:76:39:39:36:37:0.486842:16:20:20:19:16:21:20:19 chr14 70477508 . C T 604.27 PASS AF=0.574257;AO=58;DP=101;FAO=58;FDP=101;FR=.;FRO=43;FSAF=36;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=16;FWDB=0.0134241;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.07;QD=23.9314;RBI=0.0135698;REFB=-0.0285125;REVB=0.00198315;RO=43;SAF=36;SAR=22;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00597984;STB=0.503267;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0218785;OID=.;OPOS=70477508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:43:43:58:58:0.574257:22:36:27:16:22:36:27:16 chr14 70634087 . A G 1358.13 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.486;QD=62.4428;RBI=0.0773563;REFB=0;REVB=-0.0751305;RO=0;SAF=49;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012213;OID=.;OPOS=70634087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:38:49:0:0:38:49:0:0 chr14 70712880 . A C 153.64 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0168626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.49;QD=40.9717;RBI=0.0217591;REFB=-0.0518577;REVB=-0.0137518;RO=1;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179609;STB=0.599839;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.000954856;OID=.;OPOS=70712880;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:15:15:1:1:14:14:0.933333:2:12:0:1:2:12:0:1 chr14 70713586 . T G 299.4 PASS AF=0.356436;AO=36;DP=101;FAO=36;FDP=101;FR=.;FRO=65;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=-0.0040248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=214.512;QD=11.8572;RBI=0.0129508;REFB=-0.00759459;REVB=0.0123096;RO=63;SAF=23;SAR=13;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149496;STB=0.587018;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0110528;OID=.;OPOS=70713586;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:63:65:36:36:0.356436:13:23:32:31:13:23:33:32 chr14 70713720 . AATC A 309.43 PASS AF=0.474747;AO=44;DP=104;FAO=47;FDP=99;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0118126;FXX=0.0480723;HRUN=3;LEN=3;MLLD=293.105;QD=12.5021;RBI=0.0141762;REFB=-0.012973;REVB=-0.00783763;RO=53;SAF=17;SAR=27;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176648;STB=0.568094;STBP=0.2;TYPE=del;VARB=0.0145965;OID=.;OPOS=70713721;OREF=ATC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.474747:44:104:47:99:52:21:26:30:22:99:53:17:27:30:23 chr14 70713858 . T C 491.97 PASS AF=0.533333;AO=41;DP=84;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=0.0322461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.797;QD=21.8654;RBI=0.0324563;REFB=-0.0335144;REVB=0.00368771;RO=42;SAF=14;SAR=27;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172832;STB=0.550541;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0220302;OID=.;OPOS=70713858;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:90:42:42:41:48:0.533333:27:14:22:20:28:20:22:20 chr14 70827773 . T C 989.58 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0486838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7126;QD=59.0792;RBI=0.049385;REFB=0;REVB=-0.00829254;RO=0;SAF=39;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.74073e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00034588;OID=.;OPOS=70827773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:28:39:0:0:28:39:0:0 chr14 70839389 . A C 365.16 PASS AF=0.964286;AO=21;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00643325;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=220.414;QD=52.1661;RBI=0.0242802;REFB=-0.099601;REVB=0.0234124;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.51514;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000397084;OID=.;OPOS=70839389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:28:0:1:21:27:0.964286:10:11:0:0:16:11:0:1 chr14 70924249 . A G 687.02 PASS AF=1;AO=38;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.01;QD=62.4566;RBI=0.0671256;REFB=0;REVB=0.0658912;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289667;OID=.;OPOS=70924249;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:38:44:1:19:19:0:0:23:21:0:0 chr14 70924501 . C G 610.44 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.026633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.062;QD=56.7847;RBI=0.0277407;REFB=-0.0170405;REVB=-0.00776064;RO=2;SAF=17;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00765436;STB=0.504082;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00236393;OID=.;OPOS=70924501;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:43:43:2:2:41:41:0.953488:24:17:1:1:24:17:1:1 chr14 70924566 . CA GT 227.23 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00221283;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=2;MLLD=174.339;QD=50.4962;RBI=0.0113044;REFB=0;REVB=-0.0110857;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000130209;OID=.;OPOS=70924566;OREF=CA;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr14 70924693 . T C 164.45 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174431;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.088;QD=46.9857;RBI=0.0648182;REFB=0;REVB=0.062427;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000570175;OID=.;OPOS=70924693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr14 70924696 . GA AG 139.3 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0897496;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=166.048;QD=37.1476;RBI=0.0970103;REFB=0;REVB=0.036824;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.00670507;OID=.;OPOS=70924696;OREF=GA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:12:15:1:7:5:0:0:8:7:0:0 chr14 70924955 . A C 804.85 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102743;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.5364;QD=57.4894;RBI=0.0400214;REFB=0;REVB=0.0386802;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000353992;OID=.;OPOS=70924955;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:54:56:1:26:28:0:0:27:29:0:0 chr14 70925257 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.719;QD=51.1846;RBI=0.0158891;REFB=0;REVB=-0.0112594;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.35242e-07;OID=.;OPOS=70925257;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr14 70991650 . A C 148.93 PASS AF=0.882353;AO=13;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.133845;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=33.1192;QD=35.0411;RBI=0.183626;REFB=-0.170705;REVB=-0.125714;RO=4;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164447;STB=0.541613;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0250496;OID=.;OPOS=70991650;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:17:17:4:2:13:15:0.882353:4:9:4:0:4:11:2:0 chr14 71109153 . C G 68.82 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0104281;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=280.819;QD=15.2931;RBI=0.0375952;REFB=-0.0267964;REVB=-0.0361199;RO=9;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0432527;OID=.;OPOS=71109153;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:4:5:5:4:4:5:5:4 chr14 71138414 . G A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.021;QD=16.1988;RBI=0.00681579;REFB=-0.00136346;REVB=0.00681579;RO=3;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00933215;OID=.;OPOS=71138414;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:5:0:0:3:5:0:0:3 chr14 71139279 . G T 948.55 PASS AF=0.985075;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0215665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.554;QD=56.63;RBI=0.0215738;REFB=-0.0548599;REVB=0.000560175;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.509088;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000308196;OID=.;OPOS=71139279;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:67:0:1:64:66:0.985075:37:27:0:0:39:27:1:0 chr14 71199452 . G A 83.61 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=4.81143e-05;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=209.305;QD=10.1346;RBI=0.0179553;REFB=-0.00676073;REVB=-0.0179553;RO=19;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642199;STB=0.532104;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.041491;OID=.;OPOS=71199452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:19:22:11:11:0.333333:4:7:11:8:4:7:13:9 chr14 71204973 . C T 105.49 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0142205;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.014;QD=8.1143;RBI=0.0188198;REFB=-0.00865942;REVB=-0.0123272;RO=38;SAF=10;SAR=4;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145634;STB=0.589927;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0257864;OID=.;OPOS=71204973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:38:38:14:14:0.269231:4:10:23:15:4:10:23:15 chr14 71374702 . G A 375.89 PASS AF=0.417476;AO=42;DP=102;FAO=43;FDP=103;FR=.;FRO=60;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=23;FWDB=-0.0127714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8062;QD=14.5976;RBI=0.0419688;REFB=-0.0116151;REVB=0.0399784;RO=55;SAF=22;SAR=20;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114769;STB=0.561368;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0157367;OID=.;OPOS=71374702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:55:60:42:43:0.417476:20:22:35:20:21:22:37:23 chr14 71444788 . G A 65.37 PASS AF=0.391304;AO=8;DP=22;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00152805;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.521;QD=11.3691;RBI=0.00176505;REFB=-0.0221451;REVB=-0.000883437;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149874;STB=0.554337;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0365132;OID=.;OPOS=71444788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:22:23:14:14:8:9:0.391304:4:4:5:9:5:4:5:9 chr14 71492869 . T C 581.16 PASS AF=0.455224;AO=61;DP=134;FAO=61;FDP=134;FR=.;FRO=73;FSAF=24;FSAR=37;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=0.00650688;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.551;QD=17.348;RBI=0.00650746;REFB=-0.00848583;REVB=8.64395e-05;RO=72;SAF=24;SAR=37;SRF=42;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185078;STB=0.599378;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0102447;OID=.;OPOS=71492869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:72:73:61:61:0.455224:37:24:42:30:37:24:42:31 chr14 71577480 . G A 338.74 PASS AF=0.41573;AO=37;DP=89;FAO=37;FDP=89;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=30;FWDB=-0.00791581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.52;QD=15.2245;RBI=0.0132745;REFB=-0.00761538;REVB=0.0106561;RO=52;SAF=19;SAR=18;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933112;STB=0.552699;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0098154;OID=.;OPOS=71577480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:52:52:37:37:0.41573:18:19:22:30:18:19:22:30 chr14 71915415 . T G,TGTG 412.02 PASS AF=0.0606061,0.878788;AO=5,23;DP=33;FAO=2,29;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=2,12;FSAR=0,17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0213295,0.00221438;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=49.4904,233.356;QD=49.9414;RBI=0.0236268,0.0180232;REFB=0.0346783,-0.0289661;REVB=-0.0101625,0.0178867;RO=5;SAF=2,11;SAR=3,12;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.162496,-0.039922;STB=0.5,0.538435;STBP=1,0.142;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0535904,0.00508525;OID=.,.;OPOS=71915415,71915416;OREF=T,-;OALT=G,GTG;OMAPALT=G,TGTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:33:33:5:2:5,23:2,29:0.0606061,0.878788:3,12:2,11:3:2:0,17:2,12:2:0 chr14 72055468 . A C 598.2 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284461;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.916;QD=61.3537;RBI=0.0323097;REFB=0;REVB=0.0153213;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154493;OID=.;OPOS=72055468;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr14 72117156 . T C 500.6 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0646827;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4111;QD=58.8945;RBI=0.0652648;REFB=0;REVB=-0.00869786;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00139594;OID=.;OPOS=72117156;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr14 73079291 . G GA,GAA 241.85 PASS AF=0,1;AO=9,12;DP=26;FAO=0,21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.386443,0.213158;FXX=0.124948;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=21.5342,35.1421;QD=46.0671;RBI=0.490554,0.270945;REFB=0,0;REVB=0.302167,0.167256;RO=5;SAF=7,6;SAR=2,6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.275108,0.0522328;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.0206146;OID=.,.;OPOS=73079292,73079292;OREF=-,-;OALT=A,AA;OMAPALT=GA,GAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:9,12:26:0,21:21:0:0,13:0,8:0:0:4:5:7,6:2,6:2:3 chr14 73159894 . G A 578.4 PASS AF=0.413333;AO=62;DP=150;FAO=62;FDP=150;FR=.;FRO=88;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=39;FSRR=49;FWDB=0.0124175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.721;QD=15.4239;RBI=0.0128994;REFB=0.00109886;REVB=0.00349309;RO=88;SAF=22;SAR=40;SRF=39;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0973609;STB=0.55478;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=-0.00141046;OID=.;OPOS=73159894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:88:88:62:62:0.413333:40:22:39:49:40:22:39:49 chr14 73220020 . A G 159.83 PASS AF=0.666667;AO=16;DP=24;FAO=16;FDP=24;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.145802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7767;QD=26.6377;RBI=0.147501;REFB=0.00186722;REVB=-0.0223251;RO=6;SAF=5;SAR=11;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18604;STB=0.610967;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.00412482;OID=.;OPOS=73220020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:6:8:16:16:0.666667:11:5:4:2:11:5:5:3 chr14 73358945 . A C 1518.11 PASS AF=0.971963;AO=104;DP=107;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=64;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0314636;FXX=0.0092584;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.184;QD=56.7518;RBI=0.0321214;REFB=-0.143919;REVB=-0.00646731;RO=2;SAF=40;SAR=64;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00435796;STB=0.508319;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000449356;OID=.;OPOS=73358945;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:107:107:2:3:104:104:0.971963:64:40:1:1:64:40:2:1 chr14 73360819 . T TTGTC 570.61 PASS AF=1;AO=35;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167048;FXX=0;HRUN=2;LEN=4;MLLD=278.933;QD=58.5236;RBI=0.0279085;REFB=0;REVB=0.0223569;RO=1;SAF=7;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164193;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-8.15337e-05;OID=.;OPOS=73360820;OREF=-;OALT=TGTC;OMAPALT=TTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:40:39:39:0:7:32:0:0:4:1:7:28:0:1 chr14 73425462 . G A 255.83 PASS AF=0.69697;AO=22;DP=31;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0574594;FXX=0.0571265;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.2917;QD=31.0097;RBI=0.0597072;REFB=-0.0600856;REVB=0.0162286;RO=9;SAF=6;SAR=16;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107708;STB=0.533304;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0177736;OID=.;OPOS=73425462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:31:33:9:10:22:23:0.69697:16:6:4:5:16:7:4:6 chr14 73440864 . C T 204.06 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.00955572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.161;QD=15.697;RBI=0.0265858;REFB=-0.0015915;REVB=0.0248091;RO=28;SAF=10;SAR=13;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199197;STB=0.620985;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00260552;OID=.;OPOS=73440864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:29:23:23:0.442308:13:10:18:10:13:10:19:10 chr14 73459917 . C T 638.71 PASS AF=0.512;AO=64;DP=125;FAO=64;FDP=125;FR=.;FRO=61;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=-0.0136945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.78;QD=20.4387;RBI=0.0137311;REFB=-0.0215505;REVB=-0.00100274;RO=61;SAF=39;SAR=25;SRF=31;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919636;STB=0.55069;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.02019;OID=.;OPOS=73459917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:61:61:64:64:0.512:25:39:31:30:25:39:31:30 chr14 73465003 . A G 139.1 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.033447;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.761;QD=18.5468;RBI=0.0351639;REFB=-0.0539159;REVB=-0.0108534;RO=15;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116279;STB=0.566284;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0259582;OID=.;OPOS=73465003;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:15:15:15:15:0.5:7:8:6:9:7:8:6:9 chr14 73528645 . G A 142.46 PASS AF=0.432432;AO=15;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0104995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.534;QD=15.401;RBI=0.0109156;REFB=-0.0179204;REVB=0.00298526;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178309;STB=0.618239;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0309178;OID=.;OPOS=73528645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:21:21:15:16:0.432432:9:6:5:16:9:7:5:16 chr14 73711394 . A G 225.71 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.000270426;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.808;QD=17.035;RBI=0.00489151;REFB=-0.00642812;REVB=0.00488403;RO=29;SAF=8;SAR=17;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228641;STB=0.619553;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00571895;OID=.;OPOS=73711394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:29:28:25:25:0.471698:17:8:16:13:17:8:15:13 chr14 73716774 . G A 178.94 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0118359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.134;QD=15.2291;RBI=0.0119114;REFB=-0.0402621;REVB=-0.00133881;RO=28;SAF=14;SAR=5;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294733;STB=0.517027;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0211054;OID=.;OPOS=73716774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:5:14:20:8:5:14:20:8 chr14 73727508 . AT A,AG 233.28 PASS AF=0.105263,0.894737;AO=4,13;DP=19;FAO=2,17;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=1,5;FSAR=1,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016349,0.0220406;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=98.9194,112.64;QD=49.1115;RBI=0.0208175,0.0233293;REFB=0,0;REVB=0.0128871,-0.00764637;RO=0;SAF=2,4;SAR=2,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00161814,-0.0039601;OID=.,.;OPOS=73727509,73727509;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.105263,0.894737:4,13:19:2,17:19:0:1,5:1,12:0:0:9:0:2,4:2,9:0:0 chr14 73735366 . C T 232.84 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0140674;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.078;QD=16.6311;RBI=0.0159737;REFB=-0.0259213;REVB=-0.00756742;RO=30;SAF=11;SAR=15;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136305;STB=0.576864;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0155839;OID=.;OPOS=73735366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:30:30:26:26:0.464286:15:11:17:13:15:11:17:13 chr14 73957772 . A G 207.8 PASS AF=1;AO=14;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0822756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5582;QD=48.8935;RBI=0.147828;REFB=0;REVB=0.122816;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00867781;OID=.;OPOS=73957772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:14:17:1:3:11:0:0:6:11:0:0 chr14 73958375 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106679;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.737;QD=53.2772;RBI=0.0142802;REFB=0;REVB=0.00949315;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.87787e-06;OID=.;OPOS=73958375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr14 73958469 . AT A 33.49 PASS AF=0.283582;AO=27;DP=68;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0266274;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.5657;QD=1.99968;RBI=0.0283759;REFB=-0.0570601;REVB=-0.00980689;RO=38;SAF=26;SAR=1;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.795575;STB=0.935375;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.224925;OID=.;OPOS=73958470;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.283582:27:68:19:67:48:18:1:19:29:33:38:26:1:9:29 chr14 73958812 . T C 976.18 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.616;QD=58.2795;RBI=0.0390897;REFB=0;REVB=0.0243665;RO=0;SAF=37;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.6273e-05;OID=.;OPOS=73958812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:67:0:0:60:67:1:23:37:0:0:24:43:0:0 chr14 73963383 . T C 1077.19 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.901;QD=59.8437;RBI=0.0579965;REFB=0;REVB=0.0549917;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47331e-05;OID=.;OPOS=73963383;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:72:0:0:69:72:1:40:29:0:0:42:30:0:0 chr14 73969610 . G A 107.63 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0787843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.853;QD=13.454;RBI=0.0808021;REFB=-0.0445982;REVB=0.0179446;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979377;STB=0.574349;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0667325;OID=.;OPOS=73969610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:19:19:12:13:0.40625:8:4:8:11:9:4:8:11 chr14 73989859 . C T 742.16 PASS AF=0.964286;AO=54;DP=56;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0132604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.459;QD=53.0114;RBI=0.0152482;REFB=-0.0795632;REVB=-0.00752793;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.503419;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00343751;OID=.;OPOS=73989859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:56:56:0:2:54:54:0.964286:32:22:0:0:32:22:1:1 chr14 74058832 . C T 95.49 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.037835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=172.613;QD=34.7241;RBI=0.100528;REFB=-0.127344;REVB=-0.0931363;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529355;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00377311;OID=.;OPOS=74058832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:0:1:10:10:0.909091:2:8:0:0:2:8:1:0 chr14 74061968 . T C 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.002;QD=62.35;RBI=0.0291014;REFB=0;REVB=0.0215428;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01273e-05;OID=.;OPOS=74061968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr14 74083846 . C T 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00878759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.775;QD=59.0167;RBI=0.0404145;REFB=0;REVB=0.0394476;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383847;OID=.;OPOS=74083846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr14 74168625 . G A 657.76 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0106617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.066;QD=59.7967;RBI=0.0128341;REFB=-0.0235649;REVB=0.00714434;RO=1;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170712;STB=0.508768;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00010864;OID=.;OPOS=74168625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:42:43:0.977273:27:15:0:1:28:15:0:1 chr14 74196686 . T C 923.67 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00500436;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.974;QD=58.6458;RBI=0.0507383;REFB=0;REVB=0.0504909;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152642;OID=.;OPOS=74196686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:61:63:1:32:29:0:0:33:30:0:0 chr14 74196791 . CT C,CC 713.16 PASS AF=0.0652174,0.934783;AO=9,37;DP=46;FAO=3,43;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=3,7;FSAR=0,36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0467497,0.087584;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=61.4932,81.5959;QD=62.0142;RBI=0.0498396,0.09212;REFB=0,0;REVB=0.0172756,0.0285508;RO=0;SAF=8,2;SAR=1,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.50694e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0643752,0.0074043;OID=.,.;OPOS=74196792,74196792;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0652174,0.934783:9,37:46:3,43:46:0:3,7:0,36:0:0:7:0:8,2:1,35:0:0 chr14 74196844 . T C 420.98 PASS AF=0.911765;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0471514;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.296;QD=49.5273;RBI=0.0474778;REFB=-0.164549;REVB=0.00555761;RO=2;SAF=6;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132388;STB=0.561755;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00107323;OID=.;OPOS=74196844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:34:34:2:3:31:31:0.911765:25:6:2:0:25:6:2:1 chr14 74206481 . T C 446.98 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7666;QD=57.6747;RBI=0.0612127;REFB=0;REVB=0.0556123;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107019;OID=.;OPOS=74206481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr14 74324807 . G A 301.35 PASS AF=0.5625;AO=28;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0436598;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.3224;QD=25.1125;RBI=0.0473391;REFB=0.00489144;REVB=0.0182978;RO=20;SAF=17;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828319;STB=0.530783;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.0047453;OID=.;OPOS=74324807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:21:28:27:0.5625:11:17:10:10:11:16:11:10 chr14 74340797 . A T 307.3 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0351798;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8632;QD=18.0764;RBI=0.0379296;REFB=-0.0287811;REVB=0.0141787;RO=35;SAF=18;SAR=15;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241813;STB=0.513505;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.0252032;OID=.;OPOS=74340797;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:15:18:20:15:15:18:20:15 chr14 74360637 . TAA TA,T 31.83 PASS AF=0.333333,0;AO=10,4;DP=39;FAO=13,0;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=1,0;FSAR=12,0;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0946588,0.0507736;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=11.7733,21.9238;QD=3.26419;RBI=0.126993,0.0680041;REFB=-0.0246041,-0.0133436;REVB=-0.0846584,-0.0452393;RO=22;SAF=1,0;SAR=9,4;SRF=9;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.476345,-0.61016;STB=0.804759,0.5;STBP=0.034,1;TYPE=del,del;VARB=-0.111348,0.0798671;OID=.,.;OPOS=74360638,74360638;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0:10,4:39:13,0:39:26:1,0:12,0:9:17:28:22:1,0:9,4:9:13 chr14 74404756 . T C 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.072652;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=217.349;QD=11.1317;RBI=0.0735882;REFB=-0.0136176;REVB=-0.0117009;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875907;STB=0.538383;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0235861;OID=.;OPOS=74404756;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:16:17:10:10:0.37037:7:3:6:10:7:3:6:11 chr14 74428000 . A T 168.58 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=41;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00519297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.804;QD=16.055;RBI=0.00554539;REFB=-0.0139855;REVB=0.00194537;RO=23;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941369;STB=0.555494;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0107341;OID=.;OPOS=74428000;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:23:24:17:18:0.428571:9:8:13:10:10:8:13:11 chr14 74489735 . G A 1392.25 PASS AF=0.951923;AO=94;DP=102;FAO=99;FDP=104;FR=.;FRO=5;FSAF=35;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0613974;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.385;QD=53.548;RBI=0.0652818;REFB=-0.0521222;REVB=0.0221828;RO=2;SAF=35;SAR=59;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158007;STB=0.518793;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00147618;OID=.;OPOS=74489735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:102:104:2:5:94:99:0.951923:59:35:0:2:64:35:0:5 chr14 74514674 . A T 888.4 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012259;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.575;QD=58.2557;RBI=0.012287;REFB=0;REVB=-0.00083027;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.94466e-05;OID=.;OPOS=74514674;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr14 74539323 . AAC A,AA,AAA 438.23 PASS AF=0,0.71875,0.28125;AO=5,14,25;DP=44;FAO=0,23,9;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8,4;FSAR=0,15,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281984,0.0244237,0.0199022;FXX=0;HRUN=7,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=205.367,208.98,207.82;QD=54.7793;RBI=0.0430242,0.0411714,0.0385904;REFB=0,0,0;REVB=-0.0324952,-0.0331446,-0.0330624;RO=0;SAF=4,4,8;SAR=1,10,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.63386e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0104452,-0.00129594,-0.000144541;OID=.,.,.;OPOS=74539324,74539325,74539325;OREF=AC,C,C;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.71875,0.28125:5,14,25:44:0,23,9:32:0:0,8,4:0,15,5:0:0:18:0:4,4,8:1,10,17:0:0 chr14 74876181 . T G 260.07 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=26;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0169686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.502;QD=14.4484;RBI=0.0263426;REFB=-0.00732866;REVB=-0.0201494;RO=42;SAF=26;SAR=4;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436155;STB=0.752949;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.012936;OID=.;OPOS=74876181;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:42:42:30:30:0.416667:4:26:23:19:4:26:23:19 chr14 74991855 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1251;QD=51.9167;RBI=0.0158804;REFB=0;REVB=-0.0096386;RO=0;SAF=4;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.4913e-05;OID=.;OPOS=74991855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:17:4:0:0:17:4:0:0 chr14 74992800 . A G 324.07 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.000104848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.082;QD=28.806;RBI=0.00785129;REFB=-0.0230704;REVB=-0.00785059;RO=16;SAF=14;SAR=14;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413386;STB=0.511103;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0140574;OID=.;OPOS=74992800;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:17:28:28:0.622222:14:14:9:7:14:14:9:8 chr14 75019071 . G A 436.9 PASS AF=0.473118;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=93;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=13;FSRR=36;FWDB=-0.0110773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.946;QD=18.7913;RBI=0.0230075;REFB=-0.0115782;REVB=0.0201652;RO=49;SAF=19;SAR=25;SRF=13;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165401;STB=0.591589;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00925946;OID=.;OPOS=75019071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:49:44:44:0.473118:25:19:13:36:25:19:13:36 chr14 75359670 . G A 886.7 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0937651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.941;QD=58.1441;RBI=0.0941791;REFB=0;REVB=0.0088213;RO=0;SAF=11;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029417;OID=.;OPOS=75359670;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:61:0:0:57:61:1:46:11:0:0:47:14:0:0 chr14 75367807 . C T 953.17 PASS AF=0.584416;AO=90;DP=154;FAO=90;FDP=154;FR=.;FRO=64;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.02531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2037;QD=24.7576;RBI=0.0354941;REFB=-0.020746;REVB=-0.0248844;RO=64;SAF=40;SAR=50;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0785464;STB=0.542682;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0173739;OID=.;OPOS=75367807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:64:64:90:90:0.584416:50:40:35:29:50:40:35:29 chr14 75373475 . T C 228.68 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0139578;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.952;QD=17.5906;RBI=0.0139578;REFB=-0.010127;REVB=2.5895e-05;RO=27;SAF=14;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726928;STB=0.540925;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0124817;OID=.;OPOS=75373475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:27:27:25:25:0.480769:11:14:13:14:11:14:13:14 chr14 75388183 . C T 272.53 PASS AF=0.648649;AO=24;DP=38;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0361496;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.68;QD=29.4624;RBI=0.0369343;REFB=-0.0105921;REVB=0.00757263;RO=13;SAF=15;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578094;STB=0.531888;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00312807;OID=.;OPOS=75388183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:13:13:24:24:0.648649:9:15:7:6:9:15:7:6 chr14 75409305 . G T 312.73 PASS AF=0.413793;AO=33;DP=84;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.0101629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0067;QD=14.3782;RBI=0.0125739;REFB=-0.00665169;REVB=0.00740388;RO=51;SAF=20;SAR=13;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206019;STB=0.599945;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0147823;OID=.;OPOS=75409305;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:87:51:51:33:36:0.413793:13:20:21:30:15:21:21:30 chr14 75412908 . A C,G 777.99 PASS AF=0.0677966,0.915254;AO=3,53;DP=57;FAO=4,54;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=4,22;FSAR=0,32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0122784,0.0092821;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=125.422,83.7548;QD=52.7448;RBI=0.051979,0.0382179;REFB=0.151171,0.0447316;REVB=-0.050508,-0.0370736;RO=1;SAF=3,21;SAR=0,32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0219051;STB=0.5,0.511107;STBP=1,0.296;TYPE=snp,snp;VARB=0.179021,0.000518576;OID=.,.;OPOS=75412908,75412908;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:57:59:1:1:3,53:4,54:0.0677966,0.915254:0,32:3,21:1:0:0,32:4,22:1:0 chr14 75475894 . G C 368.51 PASS AF=0.378151;AO=43;DP=114;FAO=45;FDP=119;FR=.;FRO=74;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=36;FWDB=-0.000241298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4879;QD=12.3868;RBI=0.0158338;REFB=-0.0290973;REVB=-0.015832;RO=70;SAF=24;SAR=19;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324696;STB=0.54042;STBP=0.472;TYPE=snp;VARB=0.0383356;OID=.;OPOS=75475894;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:119:70:74:43:45:0.378151:19:24:37:33:19:26:38:36 chr14 75513826 . T C 395.1 PASS AF=0.695652;AO=32;DP=46;FAO=32;FDP=46;FR=.;FRO=14;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0200862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.812;QD=34.3561;RBI=0.0204346;REFB=-0.00972033;REVB=0.00375716;RO=14;SAF=21;SAR=11;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0515003;STB=0.528089;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.00492567;OID=.;OPOS=75513826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:14:14:32:32:0.695652:11:21:8:6:11:21:8:6 chr14 75513828 . G A 90.75 PASS AF=0.266667;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=45;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0110934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0889;QD=8.06689;RBI=0.0223292;REFB=0.0298428;REVB=-0.0193785;RO=33;SAF=7;SAR=5;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658145;STB=0.540474;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.0810215;OID=.;OPOS=75513828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:45:45:33:33:12:12:0.266667:5:7:21:12:5:7:21:12 chr14 75513883 . T C 695.38 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0217316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2701;QD=60.4677;RBI=0.053591;REFB=-0.000832796;REVB=0.0489871;RO=1;SAF=26;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177343;STB=0.50943;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000421192;OID=.;OPOS=75513883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:19:26:1:0:19:26:1:0 chr14 75514138 . C A 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0100618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1247;QD=17.6436;RBI=0.113085;REFB=0.0023891;REVB=-0.112636;RO=7;SAF=6;SAR=3;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381184;STB=0.719537;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=-0.00978125;OID=.;OPOS=75514138;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:3:6:1:6:3:6:1:6 chr14 75537322 . A G 312.82 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0126488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.013;QD=21.9522;RBI=0.0222781;REFB=-0.00201826;REVB=0.018339;RO=25;SAF=6;SAR=26;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359006;STB=0.700668;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00347264;OID=.;OPOS=75537322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:26:6:14:11:26:6:14:11 chr14 75590846 . A T 242.31 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=76;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00443536;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.523;QD=12.5873;RBI=0.0316886;REFB=-0.0162009;REVB=0.0313767;RO=47;SAF=16;SAR=13;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901939;STB=0.54526;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0328651;OID=.;OPOS=75590846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:47:48:29:29:0.376623:13:16:22:25:13:16:23:25 chr14 75705656 . G A 397.91 PASS AF=0.672727;AO=37;DP=55;FAO=37;FDP=55;FR=.;FRO=18;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00737873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1032;QD=28.9392;RBI=0.00826816;REFB=-0.0385253;REVB=0.00373054;RO=18;SAF=27;SAR=10;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861955;STB=0.547053;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0214123;OID=.;OPOS=75705656;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:18:18:37:37:0.672727:10:27:11:7:10:27:11:7 chr14 75705863 . C T 147.41 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00389953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.179;QD=17.3418;RBI=0.012056;REFB=-0.0189602;REVB=-0.011408;RO=18;SAF=4;SAR=12;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395422;STB=0.726981;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0160173;OID=.;OPOS=75705863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:12:4:12:6:12:4:12:6 chr14 75746690 . C T 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0322145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.3376;QD=30.7902;RBI=0.0890838;REFB=-0.0640985;REVB=0.083055;RO=1;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978599;STB=0.555418;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.00689164;OID=.;OPOS=75746690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:4:4:1:0:4:4:1:0 chr14 75758885 . A G 172.85 PASS AF=0.4;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0146438;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8024;QD=13.828;RBI=0.015446;REFB=-0.0211096;REVB=0.00491306;RO=27;SAF=12;SAR=8;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709175;STB=0.520988;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0280018;OID=.;OPOS=75758885;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:27:30:20:20:0.4:8:12:18:9:8:12:19:11 chr14 75904660 . A G 2029.91 PASS AF=1;AO=130;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.37;QD=61.9819;RBI=0.0738082;REFB=0;REVB=-0.0472835;RO=0;SAF=56;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.07652e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38766e-05;OID=.;OPOS=75904660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:130:131:1:74:56:0:0:74:57:0:0 chr14 75937022 . G A 358.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0662153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9494;QD=55.0944;RBI=0.0707014;REFB=0;REVB=-0.0247834;RO=0;SAF=21;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440569;OID=.;OPOS=75937022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:5:21:0:0:5:21:0:0 chr14 76045362 . T C 170.24 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.060212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.931;QD=17.0237;RBI=0.0604685;REFB=-0.0162627;REVB=0.00556344;RO=19;SAF=13;SAR=5;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148193;STB=0.583236;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0240515;OID=.;OPOS=76045362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:22:18:18:0.45:5:13:11:8:5:13:13:9 chr14 76045858 . G A 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0337948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=291.317;QD=20.838;RBI=0.0402822;REFB=-0.0156909;REVB=0.0219218;RO=5;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261101;STB=0.646785;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00658355;OID=.;OPOS=76045858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:6:3:0:5:6:3:0:5 chr14 76045963 . C G 122.06 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0155918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.6022;QD=25.6974;RBI=0.0248037;REFB=0.0127426;REVB=-0.0192904;RO=6;SAF=3;SAR=10;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769806;STB=0.543408;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=-0.00479198;OID=.;OPOS=76045963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:10:3:2:4:10:3:2:4 chr14 76224153 . T A 309.46 PASS AF=0.406977;AO=34;DP=85;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0206503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1995;QD=14.3936;RBI=0.0270905;REFB=-0.00028022;REVB=0.0175346;RO=51;SAF=11;SAR=23;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123053;STB=0.575955;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00061238;OID=.;OPOS=76224153;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:51:51:34:35:0.406977:23:11:22:29:24:11:22:29 chr14 76330181 . G A 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0130848;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.502;QD=9.49184;RBI=0.0215537;REFB=-0.0161034;REVB=-0.0171276;RO=17;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019992;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0398792;OID=.;OPOS=76330181;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:17:18:9:9:0.333333:7:2:4:13:7:2:4:14 chr14 76368544 . T C 258.62 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00173749;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.699;QD=16.4201;RBI=0.0132283;REFB=-0.00766113;REVB=0.0131137;RO=34;SAF=12;SAR=17;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193969;STB=0.609046;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00902743;OID=.;OPOS=76368544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:34:34:29:29:0.460317:17:12:21:13:17:12:21:13 chr14 76619167 . A C 211.92 PASS AF=0.645161;AO=19;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0018064;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.408;QD=27.3444;RBI=0.0141842;REFB=-0.0124242;REVB=-0.0140687;RO=11;SAF=14;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813951;STB=0.550967;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0104717;OID=.;OPOS=76619167;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:19:20:0.645161:5:14:7:4:5:15:7:4 chr14 76662446 . C T 215.94 PASS AF=0.5;AO=19;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0727149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4887;QD=19.6311;RBI=0.0733449;REFB=-0.00461528;REVB=-0.00959262;RO=18;SAF=6;SAR=13;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216443;STB=0.593134;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00126879;OID=.;OPOS=76662446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:22:19:22:0.5:13:6:10:8:14:8:12:10 chr14 76905712 . A G 130.95 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0244545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.746;QD=10.2708;RBI=0.0359508;REFB=-0.0297718;REVB=0.0263521;RO=35;SAF=6;SAR=10;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130061;STB=0.577791;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0601338;OID=.;OPOS=76905712;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:16:16:0.313725:10:6:17:18:10:6:17:18 chr14 76957887 . T C 1116.57 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0290727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9002;QD=60.3553;RBI=0.0471837;REFB=0;REVB=-0.0371629;RO=0;SAF=44;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000420819;OID=.;OPOS=76957887;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:30:44:0:0:30:44:0:0 chr14 77294930 . G A 226.98 PASS AF=0.448276;AO=26;DP=58;FAO=26;FDP=58;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.00541809;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.756;QD=15.6537;RBI=0.0134189;REFB=-0.0105139;REVB=0.0122765;RO=32;SAF=9;SAR=17;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32673;STB=0.684277;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.017377;OID=.;OPOS=77294930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:32:26:26:0.448276:17:9:22:10:17:9:22:10 chr14 77332367 . C T 1245.26 PASS AF=0.965116;AO=82;DP=86;FAO=83;FDP=86;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00137294;FXX=0.0114929;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.305;QD=57.9191;RBI=0.00346032;REFB=-0.0190101;REVB=-0.00317629;RO=2;SAF=35;SAR=47;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262894;STB=0.508735;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=8.94732e-05;OID=.;OPOS=77332367;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:86:86:2:3:82:83:0.965116:47:35:2:0:48:35:2:1 chr14 77332408 . T C 325.91 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0253486;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.6504;QD=16.9305;RBI=0.040745;REFB=-0.0393547;REVB=0.0318999;RO=42;SAF=13;SAR=22;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0583519;STB=0.532794;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0474434;OID=.;OPOS=77332408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:42:42:35:35:0.454545:22:13:18:24:22:13:18:24 chr14 77336521 . G A 63.6 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0222021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6124;QD=9.08501;RBI=0.0666052;REFB=-0.0254232;REVB=0.0627959;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148306;STB=0.589974;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.0492492;OID=.;OPOS=77336521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:4:5:13:6:4:5:13:6 chr14 77494484 . G C 83.45 PASS AF=0.625;AO=9;DP=15;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0756049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.6811;QD=20.8627;RBI=0.0764335;REFB=-0.0601991;REVB=0.0112238;RO=6;SAF=8;SAR=1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.504538;STB=0.802824;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0271466;OID=.;OPOS=77494484;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:15:16:6:6:9:10:0.625:1:8:2:4:1:9:2:4 chr14 77691753 . T C 89.57 PASS AF=0.611111;AO=10;DP=17;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0375937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.133;QD=19.9051;RBI=0.0389396;REFB=-0.0218991;REVB=-0.0101493;RO=7;SAF=7;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302492;STB=0.680509;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00976097;OID=.;OPOS=77691753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:18:7:7:10:11:0.611111:3:7:2:5:3:8:2:5 chr14 77697967 . A G 789.13 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00660635;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.815;QD=64.4189;RBI=0.020523;REFB=0;REVB=-0.0194307;RO=0;SAF=26;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181482;OID=.;OPOS=77697967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:23:26:0:0:23:26:0:0 chr14 77703057 . A G 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00584127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.645;QD=16.6261;RBI=0.0327868;REFB=-0.0106097;REVB=0.0322622;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.288924;STB=0.664572;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0239356;OID=.;OPOS=77703057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:7:6:11:3:7:6:11:3 chr14 77708804 . C T 111.45 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0323905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.716;QD=15.9217;RBI=0.038894;REFB=-0.022714;REVB=-0.0215313;RO=13;SAF=3;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302232;STB=0.649101;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0097703;OID=.;OPOS=77708804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:15:13:13:0.464286:10:3:7:6:10:3:7:8 chr14 77723259 . G C 241.01 PASS AF=0.479167;AO=21;DP=47;FAO=23;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0428457;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=99.8215;QD=20.0842;RBI=0.0438634;REFB=-0.0316962;REVB=0.00939361;RO=17;SAF=11;SAR=10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994097;STB=0.540948;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0267212;OID=.;OPOS=77723259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:17:25:21:23:0.479167:10:11:11:6:11:12:15:10 chr14 77745193 . A C 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140131;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.402;QD=57.7118;RBI=0.0143926;REFB=0;REVB=-0.00328309;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.98334e-05;OID=.;OPOS=77745193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:32:27:0:0:32:27:0:0 chr14 77746112 . T C 48.87 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.139745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7597;QD=13.9626;RBI=0.15633;REFB=-0.0161225;REVB=-0.070075;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0024888;OID=.;OPOS=77746112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:4:3:3:4:4:3:3:4 chr14 77746812 . T C 191.01 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0191937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.157;QD=13.4043;RBI=0.0206527;REFB=-0.0132645;REVB=0.00762451;RO=33;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874586;STB=0.557554;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.023891;OID=.;OPOS=77746812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:34:23:23:0.403509:12:11:13:20:12:11:13:21 chr14 77751925 . C T 1417.1 PASS AF=0.978723;AO=88;DP=90;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=43;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0514145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.9969;QD=60.3022;RBI=0.0546694;REFB=-0.0763878;REVB=0.0185818;RO=2;SAF=39;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00242264;STB=0.500696;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00337404;OID=.;OPOS=77751925;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:90:94:2:2:88:92:0.978723:49:39:1:1:49:43:1:1 chr14 77786863 . C A 81.21 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0231234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.88;QD=18.0477;RBI=0.029576;REFB=-0.0168707;REVB=0.0184403;RO=8;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167675;STB=0.597357;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0124547;OID=.;OPOS=77786863;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:3:7:4:4:3:7:4:4 chr14 77793207 . G A 603.93 PASS AF=0.646341;AO=52;DP=81;FAO=53;FDP=82;FR=.;FRO=29;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.0101526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.565;QD=29.4602;RBI=0.0122259;REFB=-0.0244229;REVB=0.00681158;RO=29;SAF=24;SAR=28;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00880089;STB=0.508315;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00930901;OID=.;OPOS=77793207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:29:29:52:53:0.646341:28:24:13:16:28:25:13:16 chr14 77794283 . T C 888.16 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0566989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8744;QD=56.3911;RBI=0.0764469;REFB=-0.11649;REVB=-0.0512773;RO=0;SAF=27;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.46408e-08;STB=0.50704;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00212644;OID=.;OPOS=77794283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:62:62:0.984127:35:27:0:0:35:27:0:1 chr14 77796641 . G A 364.41 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=6;FSRR=35;FWDB=0.107101;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5968;QD=18.4509;RBI=0.111736;REFB=0.0147964;REVB=0.031847;RO=40;SAF=11;SAR=27;SRF=6;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170179;STB=0.597676;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=-0.0131632;OID=.;OPOS=77796641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:41:38:38:0.481013:27:11:6:34:27:11:6:35 chr14 77844869 . A G 49.69 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0528734;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=24.5527;QD=13.2495;RBI=0.112239;REFB=0.0437708;REVB=0.0990055;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279564;STB=0.699353;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.0636122;OID=.;OPOS=77844869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:15:15:4:7:6:6:0.4:4:2:3:1:4:2:5:2 chr14 77845121 . A G 112.25 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00690431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.722;QD=16.6302;RBI=0.0798324;REFB=-0.00935164;REVB=0.0795333;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185092;STB=0.60719;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0185825;OID=.;OPOS=77845121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:9:4:7:7:9:4:7:7 chr14 77902238 . G A 359.66 PASS AF=0.457831;AO=38;DP=83;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.00370893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8496;QD=17.3328;RBI=0.0536877;REFB=-0.00894448;REVB=-0.0535594;RO=45;SAF=17;SAR=21;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246872;STB=0.513819;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00859636;OID=.;OPOS=77902238;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:45:45:38:38:0.457831:21:17:19:26:21:17:19:26 chr14 77926011 . C T 237.13 PASS AF=0.479167;AO=22;DP=47;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.0389102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3933;QD=19.7611;RBI=0.0494733;REFB=0.0235546;REVB=-0.030555;RO=25;SAF=14;SAR=8;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00369256;STB=0.506952;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.015736;OID=.;OPOS=77926011;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:25:25:22:23:0.479167:8:14:16:9:8:15:16:9 chr14 77928525 . A G 148.62 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0461187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.0373;QD=10.8085;RBI=0.0479001;REFB=-0.0174996;REVB=-0.0129413;RO=35;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02402;STB=0.502944;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0342894;OID=.;OPOS=77928525;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:36:19:19:0.345455:11:8:14:21:11:8:15:21 chr14 77935520 . G A 316.95 PASS AF=0.478873;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.0438011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.099;QD=17.8561;RBI=0.0513867;REFB=-0.0130292;REVB=-0.026871;RO=37;SAF=18;SAR=16;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165085;STB=0.592052;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0137046;OID=.;OPOS=77935520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:34:34:0.478873:16:18:13:24:16:18:13:24 chr14 77942316 . G A 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0142076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.123;QD=14.6538;RBI=0.0587304;REFB=-0.0173977;REVB=0.056986;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128818;STB=0.576719;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0213457;OID=.;OPOS=77942316;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:2:6:5:3:2:6:5:3 chr14 77951124 . C T 250.85 PASS AF=0.408451;AO=29;DP=72;FAO=29;FDP=71;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0218473;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.468;QD=14.1322;RBI=0.0258665;REFB=-0.0117525;REVB=0.0138481;RO=40;SAF=11;SAR=18;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00467843;STB=0.515854;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.02895;OID=.;OPOS=77951124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:40:42:29:29:0.408451:18:11:15:25:18:11:17:25 chr14 77964661 . T C 438.49 PASS AF=0.755556;AO=32;DP=43;FAO=34;FDP=45;FR=.;FRO=11;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0743902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.52;QD=38.9772;RBI=0.0756756;REFB=-0.0118353;REVB=0.0138883;RO=10;SAF=18;SAR=14;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167699;STB=0.503935;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00522098;OID=.;OPOS=77964661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:43:45:10:11:32:34:0.755556:14:18:6:4:16:18:6:5 chr14 77976325 . T C 200.15 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0149637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.027;QD=20.5282;RBI=0.0252487;REFB=-0.00868866;REVB=-0.0203368;RO=18;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936166;STB=0.564039;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00701284;OID=.;OPOS=77976325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:19:20:20:0.512821:10:10:7:11:10:10:7:12 chr14 77987958 . C A 563.38 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0170947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.214;QD=57.7824;RBI=0.0262196;REFB=0.0333391;REVB=-0.0198807;RO=1;SAF=20;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228411;STB=0.511622;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.000339932;OID=.;OPOS=77987958;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:39:1:1:37:38:0.974359:17:20:1:0:17:21:1:0 chr14 78028803 . A G 667.9 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.243;QD=62.1297;RBI=0.0413616;REFB=0;REVB=-0.0369917;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.94781e-05;OID=.;OPOS=78028803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr14 78174473 . A C 277.57 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=0.00449932;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9767;QD=13.3767;RBI=0.06084;REFB=-0.0282325;REVB=-0.0606734;RO=51;SAF=16;SAR=16;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180114;STB=0.602348;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0287231;OID=.;OPOS=78174473;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:51:51:32:32:0.385542:16:16:17:34:16:16:17:34 chr14 78184566 . C A 342.74 PASS AF=0.506849;AO=34;DP=71;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00207798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.211;QD=18.78;RBI=0.0171465;REFB=-0.0128599;REVB=-0.0170202;RO=36;SAF=17;SAR=17;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506663;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0130318;OID=.;OPOS=78184566;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:36:36:34:37:0.506849:17:17:18:18:18:19:18:18 chr14 78188878 . T C 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0866162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.655;QD=10.3903;RBI=0.0867081;REFB=-0.0141384;REVB=0.00398952;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270468;STB=0.666173;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.027073;OID=.;OPOS=78188878;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:6:5:5:2:6:5 chr14 78197365 . C T 71.38 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00690498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.519;QD=7.71695;RBI=0.0296989;REFB=-0.0289794;REVB=-0.028885;RO=26;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246612;STB=0.662846;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0581102;OID=.;OPOS=78197365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:26:27:10:10:0.27027:4:6:10:16:4:6:10:17 chr14 80669580 . T C 352.89 PASS AF=0.62963;AO=34;DP=54;FAO=34;FDP=54;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00146784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.825;QD=26.1399;RBI=0.0173015;REFB=-0.0323984;REVB=0.0172391;RO=20;SAF=9;SAR=25;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14787;STB=0.581345;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0163322;OID=.;OPOS=80669580;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:20:20:34:34:0.62963:25:9:9:11:25:9:9:11 chr14 80963383 . A AGC 568.2 PASS AF=0.906977;AO=37;DP=54;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00422466;FXX=0.122424;HRUN=0;LEN=2;MLLD=261.109;QD=52.8556;RBI=0.0110285;REFB=-0.0474029;REVB=0.0101872;RO=14;SAF=23;SAR=14;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114667;STB=0.558793;STBP=0.026;TYPE=ins;VARB=0.00110571;OID=.;OPOS=80963384;OREF=-;OALT=GC;OMAPALT=AGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.906977:37:54:39:43:4:24:15:0:4:23:14:23:14:9:5 chr14 81380682 . G A 648.43 PASS AF=0.507812;AO=64;DP=129;FAO=65;FDP=128;FR=.;FRO=63;FSAF=24;FSAR=41;FSRF=41;FSRR=22;FWDB=-0.0132078;FXX=0.00775134;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.328;QD=20.2635;RBI=0.0137579;REFB=-0.0191486;REVB=-0.00385142;RO=62;SAF=24;SAR=40;SRF=41;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253813;STB=0.637975;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0305245;OID=.;OPOS=81380682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:128:62:63:64:65:0.507812:40:24:41:21:41:24:41:22 chr14 81562998 . T C 857.18 PASS AF=0.731183;AO=67;DP=92;FAO=68;FDP=93;FR=.;FRO=25;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0302502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8156;QD=36.8679;RBI=0.0319234;REFB=0.00330618;REVB=0.0101997;RO=24;SAF=31;SAR=36;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0642674;STB=0.526089;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=-0.00083152;OID=.;OPOS=81562998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:24:25:67:68:0.731183:36:31:8:16:37:31:9:16 chr14 84642753 . G A 68.54 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0339938;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.285;QD=13.0552;RBI=0.0360898;REFB=-0.000482467;REVB=-0.0121201;RO=13;SAF=2;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343366;STB=0.682485;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.000551982;OID=.;OPOS=84642753;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:22:21:13:12:9:9:0.428571:7:2:7:6:7:2:6:6 chr14 86088056 . T C 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.782;QD=61.6829;RBI=0.0373247;REFB=0;REVB=-0.00923794;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137636;OID=.;OPOS=86088056;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr14 86091415 . G A 80.01 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0225744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9843;QD=7.27361;RBI=0.0231782;REFB=-0.000235272;REVB=-0.00525603;RO=33;SAF=4;SAR=7;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112506;STB=0.570684;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=-0.000430762;OID=.;OPOS=86091415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:33:33:11:11:0.25:7:4:15:18:7:4:15:18 chr14 88400449 . T C 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7919;QD=52.6113;RBI=0.0315381;REFB=0;REVB=0.0290716;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000637731;OID=.;OPOS=88400449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr14 88400486 . A G 232.77 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00596136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.412;QD=49.0036;RBI=0.0309757;REFB=0;REVB=0.0303966;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154839;OID=.;OPOS=88400486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:17:19:1:12:5:0:0:12:7:0:0 chr14 88401213 . T C 746.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0500572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.4116;QD=63.4954;RBI=0.156169;REFB=0;REVB=0.14793;RO=0;SAF=13;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126945;OID=.;OPOS=88401213;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:34:13:0:0:34:13:0:0 chr14 88407875 . T A 798.58 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.297;QD=57.0413;RBI=0.0375869;REFB=0;REVB=0.024667;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.51338e-05;OID=.;OPOS=88407875;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:53:56:1:27:26:0:0:29:27:0:0 chr14 88411947 . T C 1471.47 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125351;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4503;QD=63.2892;RBI=0.0125984;REFB=0;REVB=-0.00126169;RO=0;SAF=55;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314625;OID=.;OPOS=88411947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:94:93:0:0:93:93:1:38:55:0:0:38:55:0:0 chr14 88431898 . C T 86.88 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.044492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5476;QD=11.9831;RBI=0.0607215;REFB=0.0321485;REVB=-0.0413227;RO=18;SAF=1;SAR=10;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47093;STB=0.791409;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0505382;OID=.;OPOS=88431898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:29:29:18:18:11:11:0.37931:10:1:7:11:10:1:7:11 chr14 88453422 . AGGA AG,AGA,AGAA 238.49 PASS AF=0.0909091,0.909091,0;AO=3,9,15;DP=29;FAO=2,20,0;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6,0;FSAR=2,14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334338,0.0394159,-0.0148596;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=2,1,1;MLLD=12.9106,15.2737,11.1507;QD=43.3615;RBI=0.190184,0.106135,0.275872;REFB=0,0,0;REVB=0.187222,-0.0985443,-0.275471;RO=0;SAF=0,4,5;SAR=3,5,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0307723,-0.00387528,-0.00660548;OID=.,.,.;OPOS=88453424,88453423,88453424;OREF=GA,G,G;OALT=-,-,A;OMAPALT=AG,AGA,AGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0909091,0.909091,0:3,9,15:29:2,20,0:22:0:0,6,0:2,14,0:0:0:11:0:0,4,5:3,5,10:0:0 chr14 88477413 . C T 1153.43 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261558;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2739;QD=60.7068;RBI=0.0617143;REFB=0;REVB=-0.0558975;RO=0;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000585336;OID=.;OPOS=88477413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:35:41:0:0:35:41:0:0 chr14 88652389 . C T 496.44 PASS AF=0.495238;AO=52;DP=106;FAO=52;FDP=105;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.0166414;FXX=0.00943307;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.238;QD=18.9118;RBI=0.0227068;REFB=-0.0243925;REVB=-0.0154487;RO=53;SAF=33;SAR=19;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0659803;STB=0.536571;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.0215331;OID=.;OPOS=88652389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:53:53:52:52:0.495238:19:33:30:23:19:33:30:23 chr14 88792816 . T G 220.97 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=0.00626271;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.413;QD=14.0296;RBI=0.00672495;REFB=-0.0118627;REVB=0.00245019;RO=37;SAF=9;SAR=17;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00589623;STB=0.503362;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0216601;OID=.;OPOS=88792816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:63:37:37:26:26:0.412698:17:9:13:24:17:9:13:24 chr14 88852279 . TGGGG TGGG,TGGGT,TTGGG 667.79 PASS AF=1,0,0;AO=42,2,4;DP=50;FAO=51,0,0;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=33,0,0;FSAR=18,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000626362,0.0455871,0.0170674;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,1,1;MLLD=22.8486,21.0419,4.65226;QD=52.3756;RBI=0.134553,0.188177,0.0178158;REFB=0,0,0;REVB=-0.134551,-0.182572,-0.00510966;RO=1;SAF=31,0,1;SAR=11,2,3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.289157,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0149055,-0.697199,-0.272709;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.00247412,0,0;OID=.,.,.;OPOS=88852280,88852283,88852280;OREF=G,G,G;OALT=-,T,T;OMAPALT=TGGG,TGGGT,TTGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:42,2,4:50:51,0,0:51:0:33,0,0:18,0,0:0:0:4:1:31,0,1:11,2,3:1:0 chr14 88862486 . C A 79.42 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.000845625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6342;QD=6.90595;RBI=0.0659976;REFB=0.0144789;REVB=-0.0659922;RO=35;SAF=9;SAR=2;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.504106;STB=0.817604;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.049494;OID=.;OPOS=88862486;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:35:35:11:11:0.23913:2:9:14:21:2:9:14:21 chr14 88862529 . G A 78.6 PASS AF=0.22449;AO=11;DP=49;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0324405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0039;QD=6.41598;RBI=0.0337123;REFB=-0.00124428;REVB=0.0091723;RO=38;SAF=6;SAR=5;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182302;STB=0.615182;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00855038;OID=.;OPOS=88862529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:49:49:38:38:11:11:0.22449:5:6:15:23:5:6:15:23 chr14 88904567 . G A 197.32 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00039433;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.101;QD=18.7919;RBI=0.00730586;REFB=-0.0153503;REVB=-0.00729521;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196241;STB=0.521717;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0165479;OID=.;OPOS=88904567;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:22:20:20:0.47619:11:9:9:12:11:9:9:13 chr14 88935925 . A G 742.28 PASS AF=0.464286;AO=77;DP=170;FAO=78;FDP=168;FR=.;FRO=90;FSAF=38;FSAR=40;FSRF=47;FSRR=43;FWDB=-0.0104607;FXX=0.0175428;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.709;QD=17.6732;RBI=0.0105371;REFB=-0.00893816;REVB=-0.00126673;RO=91;SAF=38;SAR=39;SRF=46;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117022;STB=0.518762;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0097002;OID=.;OPOS=88935925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:168:91:90:77:78:0.464286:39:38:46:45:40:38:47:43 chr14 88938652 . A G 541.4 PASS AF=0.568182;AO=49;DP=88;FAO=50;FDP=88;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0254732;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.39;QD=24.6091;RBI=0.0304869;REFB=-0.0301553;REVB=0.0167502;RO=38;SAF=21;SAR=28;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0276307;STB=0.519918;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.023961;OID=.;OPOS=88938652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:38:38:49:50:0.568182:28:21:15:23:28:22:15:23 chr14 89016597 . C T 278.88 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.0108215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.9833;QD=16.4048;RBI=0.0343094;REFB=-0.00185991;REVB=0.0325582;RO=37;SAF=25;SAR=6;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.290883;STB=0.66574;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00384109;OID=.;OPOS=89016597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:6:25:21:16:6:25:21:16 chr14 89037482 . CT CA,CAT,C 189.35 PASS AF=0,0.3125,0.479167;AO=2,7,7;DP=49;FAO=0,15,23;FDP=48;FR=.;FRO=10;FSAF=0,9,13;FSAR=0,6,10;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.314418,0.00786595,0.611531;FXX=0.039992;HRUN=10,0,10;LEN=1,1,1;MLLD=22.6074,24.4093,4.76004;QD=15.7795;RBI=0.324408,0.0506948,0.621517;REFB=-0.0708732,0.00878862,-0.146905;REVB=-0.079886,-0.0500809,-0.110963;RO=16;SAF=0,4,3;SAR=2,3,4;SRF=11;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.621068,-0.135555,-0.281972;STB=0.5,0.540928,0.519983;STBP=1,0.627,0.773;TYPE=snp,ins,del;VARB=0.0377007,-0.0548092,0.1632;OID=.,.,.;OPOS=89037483,89037483,89037483;OREF=T,-,T;OALT=A,A,-;OMAPALT=CA,CAT,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.3125,0.479167:2,7,7:49:0,15,23:48:10:0,9,13:0,6,10:5:5:92:16:0,4,3:2,3,4:11:5 chr14 89094243 . G C 293.29 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155451;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1465;QD=53.3262;RBI=0.0442413;REFB=0;REVB=0.0414204;RO=0;SAF=20;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78928e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456828;OID=.;OPOS=89094243;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:1:20:0:0:1:21:0:0 chr14 89306550 . T C 358.28 PASS AF=0.402062;AO=38;DP=96;FAO=39;FDP=97;FR=.;FRO=58;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=41;FWDB=0.00486286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.481;QD=14.7742;RBI=0.00894055;REFB=-0.0130901;REVB=-0.0075024;RO=58;SAF=18;SAR=20;SRF=17;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196236;STB=0.616761;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.018373;OID=.;OPOS=89306550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:58:58:38:39:0.402062:20:18:17:41:20:19:17:41 chr14 89306556 . C T 335.69 PASS AF=0.402174;AO=37;DP=92;FAO=37;FDP=92;FR=.;FRO=55;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=41;FWDB=-0.0398593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9531;QD=14.595;RBI=0.0402768;REFB=-0.00186514;REVB=-0.00578441;RO=55;SAF=17;SAR=20;SRF=14;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223926;STB=0.625767;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00598448;OID=.;OPOS=89306556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:55:55:37:37:0.402174:20:17:14:41:20:17:14:41 chr14 89445481 . C T 1259.15 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313702;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5014;QD=60.6819;RBI=0.0353903;REFB=-0.0852693;REVB=0.0163825;RO=1;SAF=30;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155226;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.005345;OID=.;OPOS=89445481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:84:83:1:0:82:83:1:52:30:1:0:52:31:0:0 chr14 89867978 . T C 1302.02 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5438;QD=62.0009;RBI=0.0118044;REFB=0;REVB=0.00961359;RO=0;SAF=37;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.12122e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114715;OID=.;OPOS=89867978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:46:37:0:0:46:38:0:0 chr14 89884022 . A C 167.36 PASS AF=0.529412;AO=17;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00847903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.738;QD=19.6891;RBI=0.0520767;REFB=-0.017114;REVB=-0.0513818;RO=16;SAF=11;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131229;STB=0.583238;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0186129;OID=.;OPOS=89884022;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:17:18:0.529412:6:11:8:8:6:12:8:8 chr14 90095445 . T C 98.55 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.000504248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.045;QD=14.0792;RBI=0.000634552;REFB=-0.0099187;REVB=-0.000385214;RO=16;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147216;STB=0.586802;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0110735;OID=.;OPOS=90095445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:9:3:6:10:9:3:6:10 chr14 90178913 . T C 57.38 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0227391;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.796;QD=28.6915;RBI=0.022964;REFB=-0.109033;REVB=-0.00320632;RO=1;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173072;STB=0.599698;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00382515;OID=.;OPOS=90178913;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:2:5:0:1:2:5:0:1 chr14 90178934 . C T 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.053422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.199;QD=24.3282;RBI=0.0539996;REFB=0.010054;REVB=-0.00787664;RO=1;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124421;STB=0.516083;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.0060271;OID=.;OPOS=90178934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:1:2:7:7:0.777778:3:4:0:1:3:4:1:1 chr14 90303383 . A G 655.57 PASS AF=1;AO=27;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.287;QD=62.4356;RBI=0.104387;REFB=0;REVB=0.102123;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337;OID=.;OPOS=90303383;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:27:42:1:11:16:0:0:25:17:0:0 chr14 90303435 . T A 769.51 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00782283;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=340.87;QD=57.0008;RBI=0.00814456;REFB=0;REVB=-0.00226654;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.43274e-06;OID=.;OPOS=90303435;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:33:20:0:0:34:20:0:0 chr14 90303445 . T C 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00576557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4258;QD=57.1749;RBI=0.00691045;REFB=0;REVB=-0.00380953;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.56166e-05;OID=.;OPOS=90303445;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:34:17:0:0:34:17:0:0 chr14 90341494 . G A 972.49 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4814;QD=58.9385;RBI=0.0540154;REFB=0;REVB=-0.0430194;RO=0;SAF=35;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.39554e-05;OID=.;OPOS=90341494;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:31:35:0:0:31:35:0:0 chr14 90745422 . T C 1229.24 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254944;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.374;QD=61.4622;RBI=0.0440418;REFB=0;REVB=0.0359126;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.12344e-05;OID=.;OPOS=90745422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:47:33:0:0:47:33:0:0 chr14 90767607 . C T 1171.46 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323346;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.291;QD=60.8552;RBI=0.036625;REFB=0;REVB=0.0172007;RO=0;SAF=35;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405321;OID=.;OPOS=90767607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:41:35:0:0:41:36:0:0 chr14 90865462 . C G 775.84 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.879;QD=63.3338;RBI=0.0332404;REFB=0;REVB=0.00967606;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000199636;OID=.;OPOS=90865462;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:26:22:0:0:26:23:0:0 chr14 90871478 . T C 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0111098;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.768;QD=17.1007;RBI=0.0289664;REFB=-0.00703016;REVB=-0.0267511;RO=15;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180419;STB=0.604239;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00708941;OID=.;OPOS=90871478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:4:10:8:7:4:10:8:7 chr14 91123575 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.744;QD=50.4134;RBI=0.0367875;REFB=0;REVB=0.0248086;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.27096e-05;OID=.;OPOS=91123575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:14:5:0:0:14:5:0:0 chr14 91161862 . C T 7135.67 PASS AF=1;AO=451;DP=454;FAO=454;FDP=454;FR=.;FRO=0;FSAF=257;FSAR=197;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177625;FXX=0.00656441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.9;QD=62.8693;RBI=0.0279446;REFB=-0.00229233;REVB=0.0215731;RO=1;SAF=257;SAR=194;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00185394;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.48546e-06;OID=.;OPOS=91161862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:33:454:454:1:0:451:454:1:194:257:1:0:197:257:0:0 chr14 91165572 . G A 1434.71 PASS AF=1;AO=89;DP=89;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5124;QD=63.0642;RBI=0.0181948;REFB=0;REVB=-0.0131276;RO=0;SAF=35;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.82426e-06;OID=.;OPOS=91165572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:89:91:0:0:89:91:1:54:35:0:0:54:37:0:0 chr14 91636530 . G C 147.22 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0240574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.558;QD=17.3202;RBI=0.0249477;REFB=-0.0246182;REVB=0.0066053;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00651334;STB=0.503727;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0360422;OID=.;OPOS=91636530;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:7:9:10:8:7:9:10:8 chr14 91700846 . G A 692.93 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129554;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.976;QD=62.994;RBI=0.103748;REFB=0;REVB=0.102936;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000854702;OID=.;OPOS=91700846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr14 91717214 . C T 929.76 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00466454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.913;QD=55.5079;RBI=0.0248864;REFB=-0.11984;REVB=0.0244453;RO=0;SAF=37;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.99207e-08;STB=0.513154;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00299821;OID=.;OPOS=91717214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:0:2:65:65:0.970149:28:37:0:0:28:37:2:0 chr14 91760522 . C T 468.19 PASS AF=0.60274;AO=44;DP=73;FAO=44;FDP=73;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00962353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.548;QD=25.6542;RBI=0.0326191;REFB=0.00617445;REVB=0.0311671;RO=28;SAF=24;SAR=20;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325131;STB=0.524989;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.00288659;OID=.;OPOS=91760522;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:28:29:44:44:0.60274:20:24:14:14:20:24:14:15 chr14 91883499 . G A 415.61 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0645196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1671;QD=53.6269;RBI=0.066048;REFB=-0.118209;REVB=0.0141266;RO=0;SAF=4;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9955e-08;STB=0.509428;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00306008;OID=.;OPOS=91883499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:26:4:0:0:26:4:0:1 chr14 91883967 . G T 63.74 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00684763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.467;QD=9.10602;RBI=0.0342053;REFB=-0.0173736;REVB=0.0335129;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299589;STB=0.658586;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0235828;OID=.;OPOS=91883967;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:18:19:9:9:0.321429:5:4:13:5:5:4:13:6 chr14 91925027 . G T 208.31 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00493778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.785;QD=17.7286;RBI=0.008858;REFB=-0.00281182;REVB=0.00735407;RO=26;SAF=10;SAR=10;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191117;STB=0.594176;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00315972;OID=.;OPOS=91925027;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:26:26:20:21:0.446809:10:10:18:8:10:11:18:8 chr14 92040793 . C G 433.31 PASS AF=0.426087;AO=49;DP=115;FAO=49;FDP=115;FR=.;FRO=66;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=42;FSRR=24;FWDB=-0.00955771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.311;QD=15.0716;RBI=0.0126324;REFB=-0.0197339;REVB=0.00825996;RO=65;SAF=24;SAR=25;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143176;STB=0.583831;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0245414;OID=.;OPOS=92040793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:65:66:49:49:0.426087:25:24:41:24:25:24:42:24 chr14 92084004 . C G 575.71 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2291;QD=60.6005;RBI=0.0270626;REFB=0;REVB=0.0199949;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000536949;OID=.;OPOS=92084004;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:23:15:0:0:23:15:0:0 chr14 92088016 . G A 728.43 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.675;QD=57.1317;RBI=0.0340273;REFB=0;REVB=-0.0273864;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.85415e-05;OID=.;OPOS=92088016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:23:28:0:0:23:28:0:0 chr14 92159558 . A G 55.1 PASS AF=0.307692;AO=7;DP=27;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00158756;FXX=0.0370233;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.025;QD=8.47631;RBI=0.0108724;REFB=-0.0149415;REVB=0.0107559;RO=15;SAF=4;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319978;STB=0.576735;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0317676;OID=.;OPOS=92159558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:27:26:15:18:7:8:0.307692:3:4:9:6:4:4:11:7 chr14 92181337 . G A 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00831124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.393;QD=22.3411;RBI=0.059498;REFB=-0.00364029;REVB=-0.0589147;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127572;STB=0.571352;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00182928;OID=.;OPOS=92181337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:8:10:10:4:8:10:10:4 chr14 92181405 . G A 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.575;QD=63.8707;RBI=0.0283588;REFB=0;REVB=0.0145444;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128582;OID=.;OPOS=92181405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr14 92249126 . G A 1021.07 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.125;QD=58.347;RBI=0.0441777;REFB=0;REVB=0.0348523;RO=0;SAF=17;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146793;OID=.;OPOS=92249126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:64:70:0:0:63:70:1:46:17:0:0:51:19:0:0 chr14 92251587 . A G 710.52 PASS AF=0.566667;AO=68;DP=120;FAO=68;FDP=120;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0129476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.3744;QD=23.6841;RBI=0.0218581;REFB=-0.0137879;REVB=-0.0176107;RO=52;SAF=31;SAR=37;SRF=25;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198626;STB=0.510845;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00818716;OID=.;OPOS=92251587;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:52:52:68:68:0.566667:37:31:25:27:37:31:25:27 chr14 92268615 . T G 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.072;QD=57.1757;RBI=0.0611179;REFB=0;REVB=0.0177506;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311825;OID=.;OPOS=92268615;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr14 92270253 . C G 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0134133;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.403;QD=20.838;RBI=0.0198384;REFB=0.0110852;REVB=-0.0146166;RO=5;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17296;STB=0.599771;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.00687923;OID=.;OPOS=92270253;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:6:3:3:2:6:3:3:2 chr14 92344300 . A G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0959079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2091;QD=10.0337;RBI=0.103401;REFB=0.0710866;REVB=-0.0386457;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260267;STB=0.665925;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.0774953;OID=.;OPOS=92344300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:4:1:3:4:4:1:3:4 chr14 92347680 . A G 658.41 PASS AF=0.93617;AO=44;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0250377;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9431;QD=56.0345;RBI=0.0270113;REFB=0.0342645;REVB=-0.0101353;RO=3;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0720805;STB=0.538444;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00350108;OID=.;OPOS=92347680;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:47:47:3:3:44:44:0.93617:18:26:0:3:18:26:0:3 chr14 92537223 . G T 117.5 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=62;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00817286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2329;QD=7.58042;RBI=0.0136326;REFB=0.0132219;REVB=0.0109112;RO=45;SAF=11;SAR=6;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217618;STB=0.632027;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=-0.0365729;OID=.;OPOS=92537223;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:45:45:17:17:0.274194:6:11:21:24:6:11:21:24 chr14 92548785 . C T 274.51 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0404233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.2389;QD=19.9642;RBI=0.0557882;REFB=0.00110595;REVB=-0.0384484;RO=23;SAF=16;SAR=13;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161572;STB=0.596208;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=-0.00193689;OID=.;OPOS=92548785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:26:29:29:0.527273:13:16:8:15:13:16:9:17 chr14 92549586 . G A 143.08 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00478949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198;QD=10.2198;RBI=0.00482837;REFB=-0.015829;REVB=0.000611477;RO=37;SAF=11;SAR=8;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19328;STB=0.613265;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.013685;OID=.;OPOS=92549586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:8:11:15:22:8:11:15:22 chr14 92559678 . G C 141.16 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.00452451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.573;QD=13.4435;RBI=0.00479054;REFB=-0.0184343;REVB=-0.0015742;RO=24;SAF=4;SAR=12;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359901;STB=0.731411;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0158856;OID=.;OPOS=92559678;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:26:16:16:0.380952:12:4:14:10:12:4:16:10 chr14 92588002 . T G 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0965733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.986;QD=44.6868;RBI=0.100376;REFB=0;REVB=-0.027366;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00608381;OID=.;OPOS=92588002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr14 92732101 . A C 370.61 PASS AF=0.453488;AO=39;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.00208351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.439;QD=17.2376;RBI=0.00809379;REFB=0.0103113;REVB=0.00782102;RO=47;SAF=20;SAR=19;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0602944;STB=0.533754;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=-0.00825443;OID=.;OPOS=92732101;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:47:47:39:39:0.453488:19:20:27:20:19:20:27:20 chr14 92792255 . G A 689.35 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4745;QD=62.6677;RBI=0.0130315;REFB=0;REVB=0.00332576;RO=0;SAF=27;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.25365e-05;OID=.;OPOS=92792255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:17:27:0:0:17:27:0:0 chr14 92909073 . T C 756.89 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000103067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.729;QD=56.0659;RBI=0.0359414;REFB=0;REVB=0.0359413;RO=0;SAF=38;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198142;OID=.;OPOS=92909073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:52:54:1:14:38:0:0:16:38:0:0 chr14 92920371 . C T 614.8 PASS AF=0.480916;AO=63;DP=131;FAO=63;FDP=131;FR=.;FRO=68;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=42;FWDB=0.00330104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.818;QD=18.7726;RBI=0.0144289;REFB=-0.0243952;REVB=0.0140462;RO=67;SAF=37;SAR=26;SRF=26;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184687;STB=0.605648;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.019362;OID=.;OPOS=92920371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:67:68:63:63:0.480916:26:37:26:41:26:37:26:42 chr14 92958522 . A C 157.86 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=6;FWDB=-0.0139754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.269;QD=12.1432;RBI=0.0271306;REFB=-0.0223469;REVB=-0.0232543;RO=33;SAF=15;SAR=4;SRF=27;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487697;STB=0.528273;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0313747;OID=.;OPOS=92958522;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:4:15:27:6:4:15:27:6 chr14 93118038 . A G 252.86 PASS AF=0.38961;AO=30;DP=76;FAO=30;FDP=77;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=-0.0262043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.835;QD=13.1354;RBI=0.0295617;REFB=-0.0227712;REVB=-0.0136831;RO=46;SAF=13;SAR=17;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0940029;STB=0.547401;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0374681;OID=.;OPOS=93118038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:46:47:30:30:0.38961:17:13:24:22:17:13:24:23 chr14 93118393 . G A 43.4 PASS AF=0.6;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0766988;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6176;QD=17.3601;RBI=0.098403;REFB=0.0283817;REVB=-0.0616477;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120202;STB=0.666218;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.0201601;OID=.;OPOS=93118393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:11:10:5:4:6:6:0.6:2:4:4:1:2:4:4:0 chr14 93118668 . C T 59.12 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=0.0594302;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.992;QD=13.1379;RBI=0.0663478;REFB=-0.00768121;REVB=0.0294971;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.556609;STB=0.824304;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00246799;OID=.;OPOS=93118668;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:19:18:10:10:8:8:0.444444:6:2:9:1:6:2:9:1 chr14 93118669 . G A 83.47 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0262516;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.301;QD=18.5486;RBI=0.0265025;REFB=-0.012563;REVB=0.00363803;RO=7;SAF=9;SAR=1;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.559911;STB=0.850538;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00681636;OID=.;OPOS=93118669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:18:18:7:8:10:10:0.555556:1:9:2:5:1:9:2:6 chr14 93119407 . C T 187.68 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.00733499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.054;QD=12.7241;RBI=0.00820263;REFB=-0.0250197;REVB=0.00367165;RO=35;SAF=4;SAR=19;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134986;STB=0.573017;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0387768;OID=.;OPOS=93119407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:36:23:23:0.389831:19:4:9:26:19:4:9:27 chr14 93178191 . A G 1587.53 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00935263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2355;QD=64.1425;RBI=0.0117221;REFB=0;REVB=0.0070666;RO=0;SAF=46;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.24609e-05;OID=.;OPOS=93178191;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:53:46:0:0:53:46:0:0 chr14 93183718 . C T 190.69 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0154041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.2863;QD=15.2551;RBI=0.0221345;REFB=-0.00924068;REVB=-0.0158949;RO=30;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209668;STB=0.619887;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0149052;OID=.;OPOS=93183718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:10:10:9:21:10:10:9:21 chr14 93199080 . C T 191.46 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00857033;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.563;QD=13.4357;RBI=0.00872413;REFB=-0.0146477;REVB=-0.00163092;RO=33;SAF=8;SAR=15;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207409;STB=0.611187;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0260627;OID=.;OPOS=93199080;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:33:34:23:23:0.403509:15:8:18:15:15:8:18:16 chr14 93276654 . T C 289.82 PASS AF=0.92;AO=22;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00607092;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.204;QD=46.371;RBI=0.0102645;REFB=-0.0656616;REVB=-0.00827675;RO=1;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031885;STB=0.533305;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0022891;OID=.;OPOS=93276654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:1:2:22:23:0.92:14:8:0:1:14:9:0:2 chr14 93398031 . G C 161.69 PASS AF=0.64;AO=15;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.0188556;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1297;QD=25.8698;RBI=0.0473328;REFB=-0.0381803;REVB=0.0434149;RO=9;SAF=1;SAR=14;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22187;STB=0.615268;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00738674;OID=.;OPOS=93398031;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:25:25:9:9:15:16:0.64:14:1:0:9:15:1:0:9 chr14 93399169 . G A 432.3 PASS AF=0.56;AO=41;DP=74;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0689329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0865;QD=23.0558;RBI=0.108848;REFB=-0.0426685;REVB=0.084239;RO=33;SAF=18;SAR=23;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620164;STB=0.538443;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0363172;OID=.;OPOS=93399169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:33:33:41:42:0.56:23:18:17:16:24:18:17:16 chr14 93401178 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.125493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.9273;QD=45.8061;RBI=0.135251;REFB=0;REVB=-0.0504416;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00802738;OID=.;OPOS=93401178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr14 93407062 . A G 791.74 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0165309;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.89;QD=53.6775;RBI=0.0347634;REFB=-0.05233;REVB=0.0305814;RO=2;SAF=23;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392525;STB=0.520826;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0067702;OID=.;OPOS=93407062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:34:23:2:0:34:23:2:0 chr14 93407301 . C A 277.44 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0362086;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.079;QD=26.4232;RBI=0.038061;REFB=-0.0195984;REVB=0.0117293;RO=16;SAF=7;SAR=18;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796407;STB=0.562448;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.0101995;OID=.;OPOS=93407301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:17:25:25:0.595238:18:7:6:10:18:7:7:10 chr14 93412743 . G A 470.39 PASS AF=0.611111;AO=42;DP=70;FAO=44;FDP=72;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00776005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1483;QD=26.1327;RBI=0.0506173;REFB=-0.011037;REVB=0.0500189;RO=27;SAF=18;SAR=24;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115706;STB=0.501286;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.00821826;OID=.;OPOS=93412743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:27:28:42:44:0.611111:24:18:12:15:25:19:12:16 chr14 93428757 . GA AG,G 179.69 PASS AF=0.116279,0.395349;AO=10,13;DP=46;FAO=5,17;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=0,3;FSAR=5,14;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0917466,-0.131309;FXX=0.0652032;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=25.4501,18.1646;QD=16.7151;RBI=0.109576,0.135831;REFB=0.0227027,-0.0374799;REVB=-0.0599112,0.0347589;RO=21;SAF=0,3;SAR=10,10;SRF=14;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0.359589;SSSB=-0.80634,-0.456621;STB=0.998156,0.790335;STBP=0.004,0.006;TYPE=mnp,del;VARB=0.136951,0.046113;OID=.,.;OPOS=93428757,93428758;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:46:43:21:21:10,13:5,17:0.116279,0.395349:10,10:0,3:14:7:5,14:0,3:14:7 chr14 93693831 . C T 208.12 PASS AF=0.351351;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=74;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=-0.0660714;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.144;QD=11.2496;RBI=0.0747887;REFB=-0.0125321;REVB=0.0350416;RO=47;SAF=7;SAR=19;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.348976;STB=0.697467;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0166441;OID=.;OPOS=93693831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:48:26:26:0.351351:19:7:27:20:19:7:27:21 chr14 93943998 . G A 262.52 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.00920121;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5047;QD=17.2141;RBI=0.0230978;REFB=-0.00312669;REVB=0.021186;RO=32;SAF=12;SAR=17;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251582;STB=0.640704;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0025795;OID=.;OPOS=93943998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:17:12:22:10:17:12:22:10 chr14 93994954 . G A 410.43 PASS AF=0.443396;AO=45;DP=104;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=29;FSRR=30;FWDB=-0.0250526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1395;QD=15.488;RBI=0.025241;REFB=-0.00550883;REVB=0.00307887;RO=54;SAF=20;SAR=25;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0364136;STB=0.537134;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00969772;OID=.;OPOS=93994954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:54:59:45:47:0.443396:25:20:26:28:27:20:29:30 chr14 94007075 . C T 392.68 PASS AF=0.481928;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=83;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0113934;FXX=0.0119033;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.483;QD=18.9243;RBI=0.0247955;REFB=-0.0114637;REVB=-0.0220229;RO=43;SAF=12;SAR=28;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.252446;STB=0.641148;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0217709;OID=.;OPOS=94007075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:43:43:40:40:0.481928:28:12:24:19:28:12:24:19 chr14 94391699 . G A 85.68 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0360615;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.4917;QD=11.8177;RBI=0.0361931;REFB=-0.00277843;REVB=-0.00308294;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129996;STB=0.576788;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.00272414;OID=.;OPOS=94391699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:6:5:6:12:6:5:6:12 chr14 94410275 . CA C 335.75 PASS AF=0.6;AO=45;DP=81;FAO=48;FDP=80;FR=.;FRO=32;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0165515;FXX=0.0123442;HRUN=4;LEN=1;MLLD=21.8513;QD=16.7876;RBI=0.0190241;REFB=0.0185826;REVB=-0.00937901;RO=32;SAF=33;SAR=12;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293664;STB=0.631091;STBP=0.01;TYPE=del;VARB=-0.0134805;OID=.;OPOS=94410276;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:45:81:48:80:32:33:15:12:20:99:32:33:12:12:20 chr14 94417421 . G A 1587.08 PASS AF=1;AO=104;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00115965;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.667;QD=58.2416;RBI=0.0384727;REFB=-0.0450628;REVB=0.0384553;RO=0;SAF=48;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167226;OID=.;OPOS=94417421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:109:109:0:0:104:109:1:56:48:0:0:59:50:0:0 chr14 94417541 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00602249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.227;QD=53.911;RBI=0.0131253;REFB=0;REVB=-0.011662;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000244976;OID=.;OPOS=94417541;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr14 94417586 . G A 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0646778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.483;QD=47.8201;RBI=0.0912061;REFB=0;REVB=0.0643065;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246532;OID=.;OPOS=94417586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr14 94467549 . C T 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0118654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.03;QD=17.1002;RBI=0.0206519;REFB=-0.00309807;REVB=0.0169031;RO=15;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220441;STB=0.626683;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0045251;OID=.;OPOS=94467549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:9:5:9:6:9:5:9:6 chr14 94564035 . A G 453.2 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.763;QD=56.6493;RBI=0.0342557;REFB=0;REVB=0.0323063;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00481002;OID=.;OPOS=94564035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:20:10:0:0:22:10:0:0 chr14 94564039 . A G 121.52 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0206968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5502;QD=15.1905;RBI=0.0529933;REFB=-0.000452929;REVB=-0.0487845;RO=18;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0548562;STB=0.531868;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.0028168;OID=.;OPOS=94564039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:10:4:6:12:10:4:6:12 chr14 94564058 . G A 95.99 PASS AF=0.4;AO=11;DP=29;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0399193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.788;QD=12.7991;RBI=0.101156;REFB=-0.0128435;REVB=0.092946;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345893;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0273035;OID=.;OPOS=94564058;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:29:30:18:18:11:12:0.4:7:4:6:12:8:4:6:12 chr14 94756450 . T A 174.12 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0285181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6017;QD=17.4119;RBI=0.0285742;REFB=-0.0360116;REVB=0.00178977;RO=20;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116964;STB=0.554319;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0253825;OID=.;OPOS=94756450;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:21:19:19:0.475:8:11:9:11:8:11:10:11 chr14 94756750 . T C 287.91 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.0237344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.857;QD=18.5747;RBI=0.0239942;REFB=-0.0241128;REVB=0.00352127;RO=30;SAF=14;SAR=17;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231655;STB=0.616472;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0211842;OID=.;OPOS=94756750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:31:31:31:0.5:17:14:6:24:17:14:7:24 chr14 94756794 . T C 674.48 PASS AF=0.957447;AO=41;DP=44;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0986718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2122;QD=57.403;RBI=0.0986719;REFB=0.00118709;REVB=-0.000164066;RO=2;SAF=15;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125541;STB=0.51851;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000960097;OID=.;OPOS=94756794;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:47:2:2:41:45:0.957447:26:15:1:1:26:19:0:2 chr14 94772504 . G A 246.51 PASS AF=0.446154;AO=28;DP=64;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0318722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9127;QD=15.17;RBI=0.0341686;REFB=0.00627393;REVB=0.012315;RO=36;SAF=4;SAR=24;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.448204;STB=0.724234;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.0047808;OID=.;OPOS=94772504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:36:36:28:29:0.446154:24:4:18:18:24:5:18:18 chr14 94776219 . C T 312.25 PASS AF=0.397727;AO=35;DP=88;FAO=35;FDP=88;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.00761845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.887;QD=14.1931;RBI=0.0284177;REFB=-0.0139596;REVB=0.0273775;RO=50;SAF=15;SAR=20;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0539812;STB=0.526301;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0228279;OID=.;OPOS=94776219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:53:35:35:0.397727:20:15:24:26:20:15:25:28 chr14 94776221 . A C 537.59 PASS AF=0.561798;AO=49;DP=88;FAO=50;FDP=89;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0246655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.306;QD=24.1615;RBI=0.0246855;REFB=-0.00686896;REVB=0.000992025;RO=38;SAF=23;SAR=26;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0387427;STB=0.510644;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00689844;OID=.;OPOS=94776221;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:38:39:49:50:0.561798:26:23:16:22:27:23:17:22 chr14 94780608 . G A 225.2 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.000912508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.564;QD=15.2674;RBI=0.0169488;REFB=-0.0144742;REVB=0.0169242;RO=33;SAF=17;SAR=9;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478811;STB=0.527066;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0215968;OID=.;OPOS=94780608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:9:17:23:10:9:17:23:10 chr14 94847415 . A G 141.25 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0166506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.096;QD=13.4522;RBI=0.024939;REFB=-0.0194625;REVB=-0.0185664;RO=26;SAF=8;SAR=8;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205386;STB=0.618907;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.014044;OID=.;OPOS=94847415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:8:8:8:18:8:8:8:18 chr14 94912799 . G A 487.31 PASS AF=0.481481;AO=52;DP=108;FAO=52;FDP=108;FR=.;FRO=56;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=31;FWDB=0.00501852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.692;QD=18.0483;RBI=0.0179727;REFB=-0.0145606;REVB=0.0172579;RO=56;SAF=25;SAR=27;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321824;STB=0.51785;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0195002;OID=.;OPOS=94912799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:56:56:52:52:0.481481:27:25:25:31:27:25:25:31 chr14 94912896 . T G 304.02 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0166796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.4058;QD=17.3725;RBI=0.0177285;REFB=-0.0161454;REVB=0.00600756;RO=36;SAF=9;SAR=24;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982103;STB=0.549969;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0155669;OID=.;OPOS=94912896;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:37:33:33:0.471429:24:9:13:23:24:9:13:24 chr14 94929541 . G A 189.34 PASS AF=0.304878;AO=25;DP=82;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=45;FSRR=12;FWDB=-0.0285445;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.079;QD=9.2363;RBI=0.0428672;REFB=-0.0112853;REVB=-0.0319813;RO=55;SAF=12;SAR=13;SRF=44;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377574;STB=0.711674;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0306187;OID=.;OPOS=94929541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:55:57:25:25:0.304878:13:12:44:11:13:12:45:12 chr14 94931105 . A G 300.33 PASS AF=0.576923;AO=29;DP=51;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00323055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.635;QD=23.1022;RBI=0.0553649;REFB=0.0100893;REVB=0.0552705;RO=22;SAF=10;SAR=19;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127579;STB=0.575291;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.011857;OID=.;OPOS=94931105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:22:22:29:30:0.576923:19:10:11:11:20:10:11:11 chr14 94933473 . C A 210.81 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00976108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.395;QD=19.1641;RBI=0.023681;REFB=0.00325428;REVB=-0.0215757;RO=23;SAF=11;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0383911;STB=0.521719;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=-0.00223029;OID=.;OPOS=94933473;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:10:11:13:10:10:11:13:10 chr14 94933640 . A T 131.3 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0482542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.778;QD=14.1942;RBI=0.0533917;REFB=-0.0047749;REVB=-0.0228519;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012446;STB=0.507237;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.00856823;OID=.;OPOS=94933640;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:8:7:10:12:8:7:10:12 chr14 94933695 . G A 99.13 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0120646;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.5974;QD=13.6727;RBI=0.0241296;REFB=-0.0312908;REVB=-0.020897;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023118;STB=0.526273;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0423683;OID=.;OPOS=94933695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:16:17:12:12:0.413793:8:4:5:11:8:4:5:12 chr14 94935566 . G A 164.39 PASS AF=0.375;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0049731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.676;QD=13.6995;RBI=0.0168583;REFB=-0.0181834;REVB=-0.0161081;RO=30;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156203;STB=0.591019;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0341054;OID=.;OPOS=94935566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:30:30:18:18:0.375:7:11:14:16:7:11:14:16 chr14 95035841 . G A 77.18 PASS AF=0.188406;AO=13;DP=69;FAO=13;FDP=69;FR=.;FRO=56;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=36;FWDB=-0.0219768;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.649;QD=4.47442;RBI=0.0466597;REFB=-0.0182292;REVB=0.0411601;RO=56;SAF=10;SAR=3;SRF=20;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.48886;STB=0.812059;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0363665;OID=.;OPOS=95035841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:69:69:56:56:13:13:0.188406:3:10:20:36:3:10:20:36 chr14 95053849 . T C 200.52 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.00203673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.9813;QD=15.1338;RBI=0.00581414;REFB=0.015071;REVB=0.00544573;RO=30;SAF=17;SAR=6;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322367;STB=0.684595;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=-0.0191998;OID=.;OPOS=95053849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:6:17:13:17:6:17:13:17 chr14 95053863 . C T 220.11 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0156601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.012;QD=17.9685;RBI=0.0275429;REFB=-0.0111325;REVB=0.0226577;RO=27;SAF=16;SAR=6;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150617;STB=0.586124;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0188117;OID=.;OPOS=95053863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:6:16:16:11:6:16:16:11 chr14 95053890 . GC AC,AT 681.27 PASS AF=0.586957,0.369565;AO=23,17;DP=46;FAO=27,17;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18,9;FSAR=9,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036885,0.0676677;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=141.971,133.71;QD=59.2405;RBI=0.043963,0.0715168;REFB=0,0;REVB=-0.0239216,-0.023146;RO=0;SAF=14,9;SAR=9,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.84921e-08,4.126e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00263446,0.008665;OID=.,.;OPOS=95053890,95053890;OREF=G,GC;OALT=A,AT;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:46:46:0:0:23,17:27,17:0.586957,0.369565:9,8:14,9:0:0:9,8:18,9:0:0 chr14 95054012 . A G 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0148007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4921;QD=21.0646;RBI=0.015918;REFB=0.0137861;REVB=-0.00585865;RO=24;SAF=18;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215287;STB=0.621842;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.0138409;OID=.;OPOS=95054012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:6:18:13:11:6:18:13:11 chr14 95054176 . TA AT,CA 567.22 PASS AF=0.0263158,0.973684;AO=2,35;DP=37;FAO=1,37;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=1,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293321,-0.00166463;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=141.994,143.668;QD=59.7075;RBI=0.0479417,0.0359561;REFB=0,0;REVB=0.0379215,0.0359175;RO=0;SAF=0,12;SAR=2,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0465301,0.00202644;OID=.,.;OPOS=95054176,95054176;OREF=TA,T;OALT=AT,C;OMAPALT=AT,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:37:38:0:0:2,35:1,37:0.0263158,0.973684:2,23:0,12:0:0:1,25:0,12:0:0 chr14 95080803 . G A 83.17 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00338302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5879;QD=22.1779;RBI=0.119761;REFB=-0.00249809;REVB=0.119713;RO=5;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176021;STB=0.599808;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0207779;OID=.;OPOS=95080803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:5:5:4:1:5:5:4:1 chr14 95107973 . C T 132.23 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0130692;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8566;QD=17.0614;RBI=0.0323132;REFB=-0.0395417;REVB=0.0295523;RO=17;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112983;STB=0.519973;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0611089;OID=.;OPOS=95107973;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:31:17:16:15:15:0.483871:9:6:7:10:9:6:7:9 chr14 95555205 . C T 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1851;QD=62.9799;RBI=0.0376282;REFB=0;REVB=0.0343686;RO=0;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000582312;OID=.;OPOS=95555205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:28:17:0:0:28:17:0:0 chr14 95660242 . A G 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.042;QD=60.9777;RBI=0.0130053;REFB=0;REVB=0.00109565;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.59562e-05;OID=.;OPOS=95660242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr14 95662949 . T C 32.72 PASS AF=0.102941;AO=8;DP=68;FAO=7;FDP=68;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=59;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=18;FWDB=-0.0745681;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=23.0137;QD=1.92444;RBI=0.208016;REFB=0.0226897;REVB=0.194191;RO=38;SAF=4;SAR=4;SRF=30;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374158;STB=0.726722;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.0622813;OID=.;OPOS=95662949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:68:68:38:59:8:7:0.102941:4:4:30:8:4:3:41:18 chr14 95786115 . C T 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00164193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.154;QD=18.2497;RBI=0.0112121;REFB=-0.040375;REVB=-0.0110913;RO=12;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191108;STB=0.610503;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.021462;OID=.;OPOS=95786115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:10:3:5:7:10:3:5:7 chr14 95884323 . G A 38.55 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0311025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.616;QD=11.0151;RBI=0.0389362;REFB=-0.0371074;REVB=0.0234236;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0650344;OID=.;OPOS=95884323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:3:3:4:4:3:3:4:4 chr14 95903307 . TAGA T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346685;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=266.668;QD=59.0187;RBI=0.0480853;REFB=0;REVB=-0.033321;RO=0;SAF=21;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.87529e-06;OID=.;OPOS=95903308;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:34:34:34:0:21:13:0:0:4:0:21:13:0:0 chr14 95906023 . G A 120.71 PASS AF=0.407407;AO=9;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0303874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.678;QD=17.8825;RBI=0.0337447;REFB=-0.0497913;REVB=0.0146736;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.564402;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=0.0559206;OID=.;OPOS=95906023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:27:27:12:12:9:11:0.407407:6:3:4:8:6:5:4:8 chr14 95906321 . G A 886.59 PASS AF=0.508671;AO=88;DP=174;FAO=88;FDP=173;FR=.;FRO=85;FSAF=27;FSAR=61;FSRF=25;FSRR=60;FWDB=-0.0024442;FXX=0.0114279;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.108;QD=20.4993;RBI=0.0227984;REFB=-0.0210463;REVB=0.022667;RO=83;SAF=27;SAR=61;SRF=24;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185188;STB=0.507375;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0207195;OID=.;OPOS=95906321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:173:83:85:88:88:0.508671:61:27:24:59:61:27:25:60 chr14 95918625 . T C 251.07 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.00868803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4366;QD=19.6915;RBI=0.0192698;REFB=-0.0126182;REVB=-0.0172001;RO=24;SAF=12;SAR=14;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0027691;STB=0.509084;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.00992035;OID=.;OPOS=95918625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:25:26:26:0.509804:14:12:11:13:14:12:12:13 chr14 95921741 . C T 191.69 PASS AF=0.418182;AO=20;DP=52;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=5;FWDB=0.00300222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.944;QD=13.941;RBI=0.0131173;REFB=-0.0280528;REVB=0.0127691;RO=32;SAF=15;SAR=5;SRF=27;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145956;STB=0.555511;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.0397611;OID=.;OPOS=95921741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:55:32:32:20:23:0.418182:5:15:27:5:5:18:27:5 chr14 95923670 . A C 156.38 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0109804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.407;QD=15.6383;RBI=0.0152281;REFB=-0.00663174;REVB=-0.010551;RO=23;SAF=5;SAR=12;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408023;STB=0.523439;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.00874121;OID=.;OPOS=95923670;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:12:5:6:17:12:5:6:17 chr14 95999820 . T C 1568.34 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.898;QD=64.014;RBI=0.0114879;REFB=0;REVB=0.0011093;RO=0;SAF=57;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58683e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.85985e-05;OID=.;OPOS=95999820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:97:98:1:40:57:0:0:41:57:0:0 chr14 96131432 . A G 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5914;QD=55.0976;RBI=0.0404206;REFB=0;REVB=-0.0077524;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000849498;OID=.;OPOS=96131432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr14 96134589 . C T 439.93 PASS AF=0.461538;AO=48;DP=104;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0174934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9356;QD=16.9204;RBI=0.0692993;REFB=-0.0191777;REVB=0.067055;RO=55;SAF=26;SAR=22;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138705;STB=0.512877;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0246744;OID=.;OPOS=96134589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:55:56:48:48:0.461538:22:26:29:26:22:26:29:27 chr14 96136794 . A G 223.16 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000587163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5329;QD=49.5906;RBI=0.0869786;REFB=0;REVB=0.0869766;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00272118;OID=.;OPOS=96136794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr14 96157187 . G A 359.3 PASS AF=0.614035;AO=35;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.0171246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.689;QD=25.214;RBI=0.0173683;REFB=0.00579803;REVB=0.00289937;RO=22;SAF=9;SAR=26;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119037;STB=0.564819;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00464046;OID=.;OPOS=96157187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:22:35:35:0.614035:26:9:3:19:26:9:3:19 chr14 96556914 . T C 1045.75 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00808128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.324;QD=58.9157;RBI=0.0659642;REFB=0;REVB=0.0654673;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252262;OID=.;OPOS=96556914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:69:71:1:32:37:0:0:33:38:0:0 chr14 96557121 . T C 190.69 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0440229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.9487;QD=47.6732;RBI=0.0569069;REFB=0;REVB=0.0360608;RO=0;SAF=5;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000195794;OID=.;OPOS=96557121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:11:5:0:0:11:5:0:0 chr14 96557873 . G T 488.8 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.285;QD=57.5054;RBI=0.0502379;REFB=0;REVB=0.0303247;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129079;OID=.;OPOS=96557873;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:15:17:0:0:17:17:0:0 chr14 96558235 . T C 687.62 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7658;QD=62.5104;RBI=0.0377555;REFB=0;REVB=0.0363383;RO=0;SAF=32;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000645978;OID=.;OPOS=96558235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:12:32:0:0:12:32:0:0 chr14 96558881 . C G 859.22 PASS AF=0.925373;AO=62;DP=68;FAO=62;FDP=67;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0157985;FXX=0.0289813;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.135;QD=51.2966;RBI=0.0243861;REFB=-0.0734991;REVB=0.0185766;RO=4;SAF=26;SAR=36;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199298;STB=0.516893;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00145744;OID=.;OPOS=96558881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:68:67:4:5:62:62:0.925373:36:26:1:3:36:26:1:4 chr14 96559208 . G T 83.57 PASS AF=0.625;AO=8;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0411113;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=122.063;QD=20.8924;RBI=0.0533726;REFB=0.0171696;REVB=0.0340366;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376076;STB=0.713902;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=-0.0015316;OID=.;OPOS=96559208;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:8:10:0.625:4:4:6:0:6:4:6:0 chr14 96559723 . G A 787.64 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126533;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.854;QD=63.0112;RBI=0.0166905;REFB=0;REVB=0.0108843;RO=1;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165122;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.14982e-05;OID=.;OPOS=96559723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:1:0:49:50:1:28:21:0:1:29:21:0:0 chr14 96559791 . C T 313.26 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00589162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9835;QD=50.1214;RBI=0.0191154;REFB=0.0486398;REVB=-0.0181848;RO=1;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299036;STB=0.516116;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00143421;OID=.;OPOS=96559791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:15:9:0:1:15:9:0:1 chr14 96560092 . G A 1005.25 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2411;QD=59.1322;RBI=0.0285538;REFB=0;REVB=0.0240552;RO=0;SAF=39;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227148;OID=.;OPOS=96560092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:29:39:0:0:29:39:0:0 chr14 96671207 . GGGTGGGGACGGTGGGGAC GGGTGGGGACG,GGGTGGGGAC 609.89 PASS AF=0.02,0.98;AO=7,34;DP=55;FAO=1,49;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=1,26;FSAR=0,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031814,0.0380567;FXX=0.107124;HRUN=2,2;LEN=8,9;MLLD=221.223,230.911;QD=48.7916;RBI=0.0484642,0.0642497;REFB=0,0;REVB=0.0365602,0.0517659;RO=0;SAF=1,23;SAR=6,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0125873,0.000216393;OID=.,.;OPOS=96671218,96671208;OREF=GTGGGGAC,GGTGGGGAC;OALT=-,-;OMAPALT=GGGTGGGGACG,GGGTGGGGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.02,0.98:7,34:55:1,49:50:0:1,26:0,23:0:0:3:0:1,23:6,11:0:0 chr14 96707457 . A G 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0303786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.705;QD=18.6449;RBI=0.0414047;REFB=-0.0112124;REVB=-0.0281334;RO=13;SAF=4;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22989;STB=0.631986;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0053025;OID=.;OPOS=96707457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:10:4:7:6:10:4:7:6 chr14 96708667 . T C 151.18 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.018983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.16;QD=20.1578;RBI=0.022316;REFB=0.00752699;REVB=-0.0117323;RO=14;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518517;STB=0.529375;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=-0.0092978;OID=.;OPOS=96708667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:9:7:7:7:9:7:7:7 chr14 96708782 . A T 244.66 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0147163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.19;QD=17.4756;RBI=0.0151874;REFB=-0.0128509;REVB=0.00375317;RO=27;SAF=18;SAR=9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173314;STB=0.599924;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=0.00979772;OID=.;OPOS=96708782;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:29:27:27:0.482143:9:18:13:14:9:18:14:15 chr14 96709359 . A AC 119.2 PASS AF=0.425532;AO=19;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.016797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=29.5367;QD=10.1449;RBI=0.0664165;REFB=-0.00735535;REVB=0.0642574;RO=27;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0143041;STB=0.524813;STBP=0.8;TYPE=ins;VARB=0.0125358;OID=.;OPOS=96709360;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.425532:19:47:20:47:27:9:11:11:16:99:27:8:11:11:16 chr14 96730142 . A G 631.44 PASS AF=0.454545;AO=65;DP=143;FAO=65;FDP=143;FR=.;FRO=78;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=23;FSRR=55;FWDB=0.00377092;FXX=0.00694396;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.872;QD=17.6627;RBI=0.00499147;REFB=0.0102969;REVB=0.00327031;RO=78;SAF=37;SAR=28;SRF=23;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26442;STB=0.646347;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=-0.00649283;OID=.;OPOS=96730142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:78:78:65:65:0.454545:28:37:23:55:28:37:23:55 chr14 96871104 . G A 275.71 PASS AF=0.581395;AO=25;DP=43;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0078647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.899;QD=25.6477;RBI=0.0294828;REFB=-0.017457;REVB=-0.0284144;RO=18;SAF=13;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150997;STB=0.508373;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0139116;OID=.;OPOS=96871104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:18:25:25:0.581395:12:13:9:9:12:13:9:9 chr14 96922752 . C G 1214.86 PASS AF=1;AO=76;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.781;QD=60.7428;RBI=0.0397925;REFB=0;REVB=0.00410397;RO=0;SAF=39;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199302;OID=.;OPOS=96922752;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:76:80:1:37:39:0:0:41:39:0:0 chr14 96922766 . A G 344.31 PASS AF=0.435294;AO=37;DP=84;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=0.0204779;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.689;QD=16.203;RBI=0.0206633;REFB=-0.0100851;REVB=0.00276223;RO=47;SAF=23;SAR=14;SRF=17;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25596;STB=0.638009;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0167378;OID=.;OPOS=96922766;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:47:48:37:37:0.435294:14:23:17:30:14:23:18:30 chr14 97104758 . A G 163.6 PASS AF=0.298701;AO=19;DP=73;FAO=23;FDP=77;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.0142868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.866;QD=8.49852;RBI=0.0160198;REFB=-0.014311;REVB=0.00724712;RO=54;SAF=11;SAR=8;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140742;STB=0.510749;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0304031;OID=.;OPOS=97104758;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:77:54:54:19:23:0.298701:8:11:25:29:12:11:25:29 chr14 97321689 . C T 851.16 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3756;QD=57.7058;RBI=0.019018;REFB=0;REVB=-0.00629213;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.70338e-05;OID=.;OPOS=97321689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:35:24:0:0:35:24:0:0 chr14 98435696 . T C 1504.84 PASS AF=0.980769;AO=102;DP=107;FAO=102;FDP=104;FR=.;FRO=2;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0110564;FXX=0.0458673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.721;QD=57.8784;RBI=0.0472137;REFB=-0.193431;REVB=0.0459009;RO=0;SAF=48;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03919e-08;STB=0.509089;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.000759661;OID=.;OPOS=98435696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:107:104:0:2:102:102:0.980769:54:48:0:0:54:48:0:2 chr14 98444369 . T C 825.25 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00757232;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.195;QD=56.9135;RBI=0.0250693;REFB=0;REVB=0.0238983;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.848e-05;OID=.;OPOS=98444369;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:32:25:0:0:33:25:0:0 chr14 98817896 . T C 740.02 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6392;QD=56.9249;RBI=0.0178371;REFB=0;REVB=-0.00804193;RO=0;SAF=14;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.06167e-05;OID=.;OPOS=98817896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:37:14:0:0:37:15:0:0 chr14 99182559 . G A 218.32 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0724881;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4237;QD=15.5939;RBI=0.0725837;REFB=0.00399496;REVB=-0.00372458;RO=32;SAF=14;SAR=11;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120892;STB=0.559952;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=-0.00317736;OID=.;OPOS=99182559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:32:31:25:25:0.446429:11:14:14:18:11:14:14:17 chr14 99876505 . A G 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.00380754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.66;QD=8.2546;RBI=0.0102017;REFB=-0.00209394;REVB=-0.00946453;RO=11;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.272391;STB=0.657294;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.00422442;OID=.;OPOS=99876505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:11:12:6:6:0.333333:1:5:7:4:1:5:8:4 chr14 99969237 . A G 153.42 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=23;FWDB=-0.0054436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.275;QD=13.9473;RBI=0.0173968;REFB=-0.0214573;REVB=-0.0165232;RO=25;SAF=5;SAR=12;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183159;STB=0.618255;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0558204;OID=.;OPOS=99969237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:27:17:17:0.386364:12:5:4:21:12:5:4:23 chr14 100141689 . T C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0218958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4586;QD=8.81071;RBI=0.0265178;REFB=-0.00565815;REVB=-0.0149588;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238861;STB=0.646611;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00278505;OID=.;OPOS=100141689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:3:8:3:3:3:8 chr14 100411774 . G A 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.687;QD=56.9372;RBI=0.0139654;REFB=0;REVB=0.000565495;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20468e-05;OID=.;OPOS=100411774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:27:26:0:0:27:26:0:0 chr14 100615665 . T C 1156.51 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00457884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.643;QD=59.3083;RBI=0.0384389;REFB=-0.0563421;REVB=0.0381652;RO=1;SAF=30;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00996436;STB=0.505262;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000199308;OID=.;OPOS=100615665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:47:30:0:1:47:30:0:1 chr14 100625902 . C T 286.19 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0364005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9126;QD=52.0341;RBI=0.0499852;REFB=0;REVB=0.0342567;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333503;OID=.;OPOS=100625902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:13:8:0:0:14:8:0:0 chr14 100744649 . A C 83.53 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=60;FAO=10;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0372964;FXX=0.0333278;HRUN=7;LEN=1;MLLD=24.3871;QD=5.7609;RBI=0.085454;REFB=-0.0545882;REVB=0.0768854;RO=32;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151132;STB=0.557579;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0368921;OID=.;OPOS=100744649;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:60:58:32:42:10:10:0.172414:5:5:12:20:5:5:18:24 chr14 100758502 . G A 536.95 PASS AF=0.523364;AO=52;DP=103;FAO=56;FDP=107;FR=.;FRO=51;FSAF=43;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=-0.00897916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4802;QD=20.073;RBI=0.0178257;REFB=-0.0286803;REVB=-0.015399;RO=49;SAF=40;SAR=12;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.318415;STB=0.672577;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0207695;OID=.;OPOS=100758502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:107:49:51:52:56:0.523364:12:40:22:27:13:43:23:28 chr14 100759277 . C T 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0215077;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.768;QD=10.4388;RBI=0.0287337;REFB=-0.0294571;REVB=-0.0190537;RO=26;SAF=8;SAR=5;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.69416e-08;STB=0.510188;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0446468;OID=.;OPOS=100759277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:27:13:13:0.325:5:8:16:10:5:8:17:10 chr14 100792482 . C A 1027.05 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=70;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0588513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.434;QD=57.8622;RBI=0.0629875;REFB=-0.130911;REVB=0.0224489;RO=1;SAF=24;SAR=45;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192871;STB=0.510201;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000499517;OID=.;OPOS=100792482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:71:1:1:69:70:0.985915:45:24:1:0:46:24:1:0 chr14 100795139 . G T 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0248118;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.273;QD=34.6655;RBI=0.0586328;REFB=0.0359962;REVB=0.0531242;RO=1;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0811734;STB=0.545364;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-1.76004e-06;OID=.;OPOS=100795139;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:5:5:1:0:5:5:1:0 chr14 100808845 . G A 727.16 PASS AF=0.963636;AO=51;DP=54;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0185573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.545;QD=52.8846;RBI=0.0475853;REFB=-0.0935045;REVB=0.0438176;RO=1;SAF=21;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218935;STB=0.503936;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00310815;OID=.;OPOS=100808845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:55:1:2:51:53:0.963636:30:21:1:0:32:21:1:1 chr14 100832391 . T C 929.71 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.773;QD=58.1071;RBI=0.048601;REFB=0;REVB=0.0434719;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251357;OID=.;OPOS=100832391;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:38:25:0:0:38:26:0:0 chr14 100847523 . T C,G 400.53 PASS AF=0.875,0.0625;AO=28,2;DP=32;FAO=28,2;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=15,0;FSAR=13,2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00206337,-0.0511953;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=116.005,29.6352;QD=50.0662;RBI=0.0223329,0.0529417;REFB=-0.0187775,-0.116791;REVB=0.0222374,0.0134858;RO=2;SAF=15,0;SAR=13,2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.00444442,-0.639851;STB=0.502391,0.992443;STBP=0.883,0.326;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00101705,0.063535;OID=.,.;OPOS=100847523,100847523;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:32:32:2:2:28,2:28,2:0.875,0.0625:13,2:15,0:1:1:13,2:15,0:1:1 chr14 100847707 . A G 937.59 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.027;QD=58.5996;RBI=0.0335004;REFB=0;REVB=-0.002659;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35542e-05;OID=.;OPOS=100847707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:24:40:0:0:24:40:0:0 chr14 100847930 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.646;QD=60.6094;RBI=0.0187632;REFB=0;REVB=0.0101987;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168983;OID=.;OPOS=100847930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:11:27:0:0:11:27:0:0 chr14 101138230 . A C 208.63 PASS AF=0.5;AO=17;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.032933;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2428;QD=20.863;RBI=0.11116;REFB=0.0050766;REVB=0.10617;RO=19;SAF=3;SAR=14;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428389;STB=0.760085;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.000180279;OID=.;OPOS=101138230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:17:20:0.5:14:3:11:8:17:3:11:8 chr14 101198417 . A G 958.67 PASS AF=0.985075;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00470426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.758;QD=57.2342;RBI=0.0428298;REFB=0.137434;REVB=0.0425706;RO=1;SAF=40;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011667;STB=0.506171;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.000289193;OID=.;OPOS=101198417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:66:66:0.985075:26:40:1:0:26:40:1:0 chr14 101200645 . T C 57.07 PASS AF=0.875;AO=5;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00621078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.854;QD=28.5371;RBI=0.0348282;REFB=0.0274202;REVB=0.0342699;RO=0;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.000856953;OID=.;OPOS=101200645;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:0:1:5:7:0.875:2:3:0:0:3:4:1:0 chr14 101302211 . G T 103.95 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.0115308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.808;QD=10.1413;RBI=0.0123881;REFB=-0.0237776;REVB=0.0045284;RO=27;SAF=2;SAR=11;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129455;STB=0.607177;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0495968;OID=.;OPOS=101302211;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:28:13:13:0.317073:11:2:6:21:11:2:7:21 chr14 101507727 . C T 683.28 PASS AF=0.978261;AO=43;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.025044;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.179;QD=59.4161;RBI=0.0312501;REFB=-0.0596561;REVB=0.0186914;RO=1;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164792;STB=0.508193;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.000468369;OID=.;OPOS=101507727;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:1:1:43:45:0.978261:28:15:0:1:30:15:0:1 chr14 101520707 . CT C,TC 34.36 PASS AF=0.24,0;AO=33,3;DP=76;FAO=18,0;FDP=75;FR=.;FRO=57;FSAF=2,0;FSAR=16,0;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=0.023023,0.00878661;FXX=0.0131562;HRUN=6,1;LEN=1,2;MLLD=7.37589,95.2977;QD=1.83278;RBI=0.216007,0.091172;REFB=-0.178713,-0.0183301;REVB=-0.214776,-0.0907476;RO=36;SAF=8,2;SAR=25,1;SRF=28;SRR=8;SSEN=0.666667,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.489333,-0.143747;STB=0.896125,0.5;STBP=0.001,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.175837,0;OID=.,.;OPOS=101520708,101520707;OREF=T,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:76:75:36:57:33,3:18,0:0.24,0:25,1:8,2:28:8:16,0:2,0:37:20 chr14 101522556 . T C 1098.53 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159685;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.302;QD=60.1933;RBI=0.0162526;REFB=0;REVB=-0.00302536;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.78557e-05;OID=.;OPOS=101522556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:40:32:0:0:40:33:0:0 chr14 102446161 . G A 502.41 PASS AF=0.585366;AO=45;DP=80;FAO=48;FDP=82;FR=.;FRO=34;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0103173;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5927;QD=24.5079;RBI=0.0455826;REFB=-0.013415;REVB=-0.0443997;RO=34;SAF=30;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139155;STB=0.584681;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00732838;OID=.;OPOS=102446161;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:34:34:45:48:0.585366:15:30:17:17:15:33:17:17 chr14 102550803 . G A 191.21 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0198948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.0673;QD=47.8036;RBI=0.0262283;REFB=0;REVB=-0.0170915;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00161558;OID=.;OPOS=102550803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:4:12:0:0:4:12:0:0 chr14 102568296 . G A 899.12 PASS AF=0.984848;AO=63;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0106567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5203;QD=54.492;RBI=0.0430892;REFB=0.113419;REVB=-0.0417506;RO=1;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122662;STB=0.506171;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.0017809;OID=.;OPOS=102568296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:66:66:1:1:63:65:0.984848:38:25:0:1:40:25:0:1 chr14 102568367 . T A 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00961978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.531;QD=57.2361;RBI=0.0181721;REFB=0;REVB=0.015417;RO=0;SAF=14;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7e-05;OID=.;OPOS=102568367;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:42:14:0:0:42:14:0:0 chr14 102808655 . G C 344.01 PASS AF=0.659091;AO=29;DP=44;FAO=29;FDP=44;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.01431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.599;QD=31.2734;RBI=0.0169077;REFB=-0.0461338;REVB=-0.00900526;RO=14;SAF=11;SAR=18;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0601577;STB=0.516767;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0163356;OID=.;OPOS=102808655;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:14:15:29:29:0.659091:18:11:4:10:18:11:5:10 chr14 102814945 . G A 256.4 PASS AF=0.533333;AO=23;DP=44;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0239647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.023;QD=22.7908;RBI=0.0498795;REFB=0.000890227;REVB=0.0437454;RO=21;SAF=11;SAR=12;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119518;STB=0.55551;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.000176172;OID=.;OPOS=102814945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:21:21:23:24:0.533333:12:11:13:8:12:12:13:8 chr14 102894593 . G A 148.07 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0179505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.5744;QD=19.1055;RBI=0.0301228;REFB=-0.00300983;REVB=0.0241901;RO=12;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633569;STB=0.548327;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.0341093;OID=.;OPOS=102894593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:12:15:16:16:0.516129:8:8:7:5:8:8:9:6 chr14 102965435 . A G 43.82 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.00937685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0118;QD=6.25956;RBI=0.0249647;REFB=-0.0241054;REVB=-0.0231368;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113585;STB=0.545331;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0614961;OID=.;OPOS=102965435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:19:21:7:7:0.25:2:5:15:4:2:5:16:5 chr14 102965437 . A T 43.82 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.000954844;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.756;QD=6.25998;RBI=0.0186236;REFB=-0.00493423;REVB=-0.0185991;RO=20;SAF=5;SAR=2;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052215;STB=0.545331;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0292219;OID=.;OPOS=102965437;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:20:21:7:7:0.25:2:5:15:5:2:5:16:5 chr14 103161736 . A AG,G 921.12 PASS AF=0.985915,0.0140845;AO=59,7;DP=72;FAO=70,1;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=39,0;FSAR=31,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00308991,0.0142917;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=20.6201,5.29261;QD=51.8938;RBI=0.0526891,0.107784;REFB=0,0;REVB=-0.0525984,-0.106832;RO=6;SAF=35,1;SAR=24,6;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0132433,-0.477234;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.000393095,-0.032403;OID=.,.;OPOS=103161737,103161736;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:71:6:0:59,7:70,1:0.985915,0.0140845:24,6:35,1:4:2:31,1:39,0:0:0 chr14 103193028 . G A 1044.35 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6521;QD=59.6772;RBI=0.0301134;REFB=0;REVB=0.00948116;RO=0;SAF=47;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.79556e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325433;OID=.;OPOS=103193028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:23:47:0:0:23:47:0:0 chr14 103195447 . AT A 41.35 PASS AF=0.264151;AO=16;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.08148;FXX=0.0185151;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.8178;QD=3.1205;RBI=0.0870198;REFB=-0.0928534;REVB=0.0305525;RO=37;SAF=10;SAR=6;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10131;STB=0.579716;STBP=0.509;TYPE=del;VARB=0.160436;OID=.;OPOS=103195448;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.264151:16:53:14:53:39:9:5:21:18:41:37:10:6:20:17 chr14 103338324 . T A 1064.8 PASS AF=1;AO=62;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=51;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360148;FXX=0.0131562;HRUN=8;LEN=1;MLLD=29.5372;QD=56.7893;RBI=0.172514;REFB=0;REVB=0.168713;RO=3;SAF=46;SAR=16;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00851393;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00338042;OID=.;OPOS=103338324;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:75:75:3:0:62:75:1:16:46:2:1:24:51:0:0 chr14 103342049 . T C 769.46 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0363341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.728;QD=56.9969;RBI=0.0425848;REFB=0;REVB=0.0222103;RO=0;SAF=17;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.11247e-05;OID=.;OPOS=103342049;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:37:17:0:0:37:17:0:0 chr14 103370119 . C T 688.42 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0499699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.762;QD=52.9553;RBI=0.0635468;REFB=-0.212748;REVB=0.0392582;RO=2;SAF=31;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00918946;STB=0.512815;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.00114771;OID=.;OPOS=103370119;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:2:1:50:51:0.980769:19:31:1:1:19:32:0:1 chr14 103370163 . C T 632.69 PASS AF=0.890909;AO=49;DP=55;FAO=49;FDP=55;FR=.;FRO=6;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0176374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.784;QD=46.0135;RBI=0.0858579;REFB=-0.178684;REVB=0.0840268;RO=2;SAF=25;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0007528;STB=0.53742;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.00799249;OID=.;OPOS=103370163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:55:55:2:6:49:49:0.890909:24:25:1:1:24:25:1:5 chr14 103399961 . T C 68.81 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0286697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3901;QD=15.2905;RBI=0.117473;REFB=0.0614947;REVB=-0.113921;RO=9;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.071184;OID=.;OPOS=103399961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:6:3:3:6:6:3:3:6 chr14 103440473 . G C 131.58 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0127703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.488;QD=15.0372;RBI=0.0476692;REFB=-0.0230633;REVB=0.0459268;RO=20;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0194979;OID=.;OPOS=103440473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:9:6:8:12:9:6:8:12 chr14 103566904 . G A 435.08 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=106;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=24;FWDB=0.00235852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.387;QD=16.4181;RBI=0.0183937;REFB=-0.0108955;REVB=0.0182419;RO=58;SAF=27;SAR=21;SRF=34;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236761;STB=0.513216;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0117827;OID=.;OPOS=103566904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:58:58:48:48:0.45283:21:27:34:24:21:27:34:24 chr14 103576395 . G A 1457.81 PASS AF=0.979381;AO=94;DP=97;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00448124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.0289;QD=60.1158;RBI=0.112461;REFB=-0.0390122;REVB=0.112371;RO=1;SAF=36;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00810566;STB=0.508332;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.00158569;OID=.;OPOS=103576395;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:97:1:2:94:95:0.979381:58:36:0:1:59:36:0:2 chr14 103576415 . A G 211.18 PASS AF=0.313953;AO=27;DP=86;FAO=27;FDP=86;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=45;FWDB=-0.0389066;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.429;QD=9.82235;RBI=0.0401991;REFB=-0.0120057;REVB=-0.0101118;RO=59;SAF=11;SAR=16;SRF=14;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218841;STB=0.626433;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0312602;OID=.;OPOS=103576415;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:59:59:27:27:0.313953:16:11:14:45:16:11:14:45 chr14 103576443 . TC CG 1140.78 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00787534;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=2;MLLD=192.207;QD=60.8418;RBI=0.0174914;REFB=0;REVB=0.0156182;RO=0;SAF=15;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000353186;OID=.;OPOS=103576443;OREF=TC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:60:15:0:0:60:15:0:0 chr14 103576775 . C T 255.06 PASS AF=0.5;AO=28;DP=57;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0328556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.301;QD=17.5905;RBI=0.0328983;REFB=-0.0240608;REVB=0.00167506;RO=29;SAF=14;SAR=14;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783065;STB=0.534582;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0191688;OID=.;OPOS=103576775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:29:29:28:29:0.5:14:14:12:17:15:14:12:17 chr14 103593950 . C G 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0201958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.012;QD=14.9787;RBI=0.0248199;REFB=0.00677963;REVB=0.0144277;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654152;STB=0.538383;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=-0.00507251;OID=.;OPOS=103593950;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:7:3:4:7:7:3:4:7 chr14 103602278 . A G 184.6 PASS AF=0.575758;AO=18;DP=32;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0297403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.409;QD=22.3757;RBI=0.0554289;REFB=-0.0340035;REVB=0.0467747;RO=14;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556163;STB=0.519211;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0175571;OID=.;OPOS=103602278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:14:14:18:19:0.575758:9:9:6:8:10:9:6:8 chr14 103852725 . C T 885.37 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.736;QD=58.0568;RBI=0.0219281;REFB=0;REVB=-0.0027109;RO=0;SAF=25;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.11761e-05;OID=.;OPOS=103852725;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:36:25:0:0:36:25:0:0 chr14 103934488 . T C 1114.92 PASS AF=0.987013;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00266486;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=258.592;QD=57.9181;RBI=0.0091595;REFB=-0.0743497;REVB=-0.00876328;RO=1;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114011;STB=0.505881;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.000127817;OID=.;OPOS=103934488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:77:77:1:1:75:76:0.987013:41:34:0:1:42:34:0:1 chr14 103986255 . C T 1257.93 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.624;QD=61.3624;RBI=0.0621958;REFB=0;REVB=0.0515688;RO=0;SAF=49;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150316;OID=.;OPOS=103986255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:82:0:0:77:82:1:28:49:0:0:30:52:0:0 chr14 103996396 . G A 1175.75 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0443815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.678;QD=59.5316;RBI=0.0485349;REFB=0.0636874;REVB=0.0196447;RO=1;SAF=47;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150232;STB=0.507934;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.000148701;OID=.;OPOS=103996396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:31:47:0:1:31:47:0:1 chr14 104001032 . C T 121.28 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0181477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.416;QD=15.1599;RBI=0.0182888;REFB=-0.0246207;REVB=-0.00226706;RO=18;SAF=10;SAR=4;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323285;STB=0.687798;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0500463;OID=.;OPOS=104001032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:4:10:7:11:4:10:7:11 chr14 104001517 . G A 417.94 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0196659;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=169.676;QD=53.9275;RBI=0.0230165;REFB=0.00109294;REVB=0.0119588;RO=1;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443379;STB=0.523793;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=4.76154e-05;OID=.;OPOS=104001517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:10:20:0:1:10:20:0:1 chr14 104178445 . G GGCCCGGCGTGGA 271.34 PASS AF=1;AO=19;DP=28;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0091706;FXX=0;HRUN=2;LEN=12;MLLD=390.541;QD=49.3346;RBI=0.0145514;REFB=0;REVB=0.0112979;RO=6;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272937;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000566335;OID=.;OPOS=104178446;OREF=-;OALT=GCCCGGCGTGGA;OMAPALT=GGCCCGGCGTGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:28:22:22:0:8:14:0:0:4:6:7:12:6:0 chr14 104194196 . C G 2035.93 PASS AF=1;AO=129;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.338;QD=62.1657;RBI=0.0278114;REFB=0;REVB=0.0212874;RO=0;SAF=60;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05446e-05;OID=.;OPOS=104194196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:129:131:1:69:60:0:0:70:61:0:0 chr14 104201549 . C T 238.26 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.00687404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8704;QD=14.0154;RBI=0.00710118;REFB=-0.0168991;REVB=0.00178166;RO=40;SAF=9;SAR=19;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333127;STB=0.518989;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0220946;OID=.;OPOS=104201549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:40:28:28:0.411765:19:9:14:26:19:9:14:26 chr14 104208286 . G T 542.72 PASS AF=0.53125;AO=51;DP=96;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0108993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.795;QD=22.6133;RBI=0.0117349;REFB=-0.00797058;REVB=-0.00434915;RO=43;SAF=17;SAR=34;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0977077;STB=0.556368;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00837999;OID=.;OPOS=104208286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:43:45:51:51:0.53125:34:17:19:24:34:17:20:25 chr14 104394850 . C T 409.69 PASS AF=0.518987;AO=41;DP=79;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.00245698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1373;QD=20.7439;RBI=0.0104032;REFB=-0.000985463;REVB=0.0101089;RO=37;SAF=12;SAR=29;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159359;STB=0.596658;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00110888;OID=.;OPOS=104394850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:38:41:41:0.518987:29:12:17:20:29:12:18:20 chr14 104429453 . A G 1245.03 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.063;QD=61.483;RBI=0.0567191;REFB=0;REVB=0.0448947;RO=0;SAF=24;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180367;OID=.;OPOS=104429453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:57:24:0:0:57:24:0:0 chr14 104436931 . C T 237.6 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0126674;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=315.78;QD=19.3958;RBI=0.0156159;REFB=0.00948886;REVB=-0.00913208;RO=27;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038358;STB=0.511535;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.00990688;OID=.;OPOS=104436931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:27:26:23:23:0.469388:12:11:14:13:12:11:13:13 chr14 104452640 . G A 316.75 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00125966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.828;QD=20.4352;RBI=0.00216805;REFB=-0.0133194;REVB=0.00176456;RO=29;SAF=16;SAR=17;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273066;STB=0.515142;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0135111;OID=.;OPOS=104452640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:17:16:15:14:17:16:15:14 chr14 104465037 . T C 1118.96 PASS AF=0.917647;AO=77;DP=84;FAO=78;FDP=85;FR=.;FRO=7;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0472811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7105;QD=52.657;RBI=0.0824291;REFB=0.00215442;REVB=0.0675208;RO=7;SAF=34;SAR=43;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432308;STB=0.523165;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=-0.000203923;OID=.;OPOS=104465037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:84:85:7:7:77:78:0.917647:43:34:5:2:44:34:5:2 chr14 104480071 . G A 275.6 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0087099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.107;QD=18.072;RBI=0.0203297;REFB=-0.0202714;REVB=0.0183694;RO=30;SAF=9;SAR=21;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505878;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0176196;OID=.;OPOS=104480071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:31:30:30:0.491803:21:9:9:21:21:9:9:22 chr14 104480201 . C A 976.07 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122948;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1657;QD=59.1557;RBI=0.0191478;REFB=0;REVB=0.0146791;RO=0;SAF=27;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126771;OID=.;OPOS=104480201;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:66:0:0:66:66:1:39:27:0:0:39:27:0:0 chr14 104481083 . T C 347.62 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=0.0022128;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.482;QD=22.0709;RBI=0.0421799;REFB=-0.00540992;REVB=0.0421218;RO=28;SAF=22;SAR=13;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351072;STB=0.692809;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00551211;OID=.;OPOS=104481083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:28:28:35:35:0.555556:13:22:5:23:13:22:5:23 chr14 104497543 . C T 314.38 PASS AF=0.459459;AO=34;DP=75;FAO=34;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0211074;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.449;QD=16.9935;RBI=0.0219076;REFB=-0.00746038;REVB=0.00586679;RO=40;SAF=15;SAR=19;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00860526;STB=0.504828;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00540799;OID=.;OPOS=104497543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:40:40:34:34:0.459459:19:15:18:22:19:15:18:22 chr14 104559552 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374131;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=186.73;QD=56.1916;RBI=0.0418245;REFB=0;REVB=0.0186961;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.06338e-05;OID=.;OPOS=104559552;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr14 104559623 . T C 887.83 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00671833;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.592;QD=58.2184;RBI=0.0746203;REFB=0;REVB=0.0743172;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397291;OID=.;OPOS=104559623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:34:26:0:0:34:27:0:0 chr14 104559852 . T C 330.43 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0746477;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1609;QD=50.8357;RBI=0.0756827;REFB=0.102276;REVB=-0.0124739;RO=1;SAF=11;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403161;STB=0.521722;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.0244089;OID=.;OPOS=104559852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:14:11:1:0:14:11:1:0 chr14 104559919 . T C 272.5 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0336682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.5295;QD=51.9038;RBI=0.034624;REFB=0;REVB=0.00807904;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000524237;OID=.;OPOS=104559919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr14 104559922 . C G 259.94 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00184106;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.053;QD=51.987;RBI=0.0257877;REFB=0;REVB=0.0257219;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06196e-05;OID=.;OPOS=104559922;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr14 104563932 . G T 730.15 PASS AF=0.981481;AO=47;DP=48;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0301305;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.218;QD=54.0854;RBI=0.0673629;REFB=-0.101389;REVB=0.0602488;RO=1;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177461;STB=0.50943;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.000361038;OID=.;OPOS=104563932;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:54:1:1:47:53:0.981481:26:21:0:1:26:27:0:1 chr14 104641792 . C T 288.64 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00779494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.741;QD=52.4792;RBI=0.080871;REFB=0;REVB=0.0804944;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000391231;OID=.;OPOS=104641792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chr14 104642341 . A G 775.88 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0787655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.155;QD=62.07;RBI=0.0809305;REFB=0;REVB=0.0185943;RO=0;SAF=7;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000734225;OID=.;OPOS=104642341;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:48:50:1:41:7:0:0:42:8:0:0 chr14 104642400 . AGG A,AG 50.02 PASS AF=0.04,0.56;AO=3,8;DP=25;FAO=1,14;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=0,1;FSAR=1,13;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0549532,0.0951588;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=2,1;MLLD=12.5632,7.89862;QD=8.00363;RBI=0.105588,0.191892;REFB=-0.034067,-0.0656031;REVB=-0.0901606,-0.166635;RO=10;SAF=0,1;SAR=3,7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.649379,-0.45078;STB=0.989266,0.811913;STBP=0.5,0.013;TYPE=del,del;VARB=-0.00355422,-0.00977266;OID=.,.;OPOS=104642401,104642401;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.04,0.56:3,8:25:1,14:25:10:0,1:1,13:5:5:33:10:0,1:3,7:5:5 chr14 104643721 . C A 214.43 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.041461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.739;QD=45.1429;RBI=0.0573786;REFB=-0.16787;REVB=0.0396647;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.55549;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00241689;OID=.;OPOS=104643721;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:19:19:0:1:18:18:0.947368:14:4:0:0:14:4:1:0 chr14 104643859 . A G 175.35 PASS AF=1;AO=12;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.837;QD=46.7601;RBI=0.0644348;REFB=0;REVB=0.0463789;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111888;OID=.;OPOS=104643859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:12:15:1:5:7:0:0:8:7:0:0 chr14 104646326 . A C 109.03 PASS AF=0.433333;AO=11;DP=29;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.00570202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.847;QD=14.5372;RBI=0.0166268;REFB=-0.0130208;REVB=-0.0156185;RO=17;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254927;STB=0.636165;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0180715;OID=.;OPOS=104646326;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:17:17:11:13:0.433333:5:6:5:12:6:7:5:12 chr14 104646771 . T C 153.22 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0153779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3774;QD=13.9289;RBI=0.0696799;REFB=-0.0127505;REVB=-0.0679618;RO=27;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133714;STB=0.578217;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0167262;OID=.;OPOS=104646771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:12:5:11:16:12:5:11:16 chr14 104647224 . C T 178.56 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.056981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8771;QD=15.1962;RBI=0.0636681;REFB=-0.031532;REVB=-0.0284041;RO=27;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106561;STB=0.548482;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0428181;OID=.;OPOS=104647224;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:27:28:19:19:0.404255:10:9:10:17:10:9:11:17 chr14 105055118 . TGACGGGCAG T 230.59 PASS AF=0.594595;AO=19;DP=33;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.00580712;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=9;MLLD=256.998;QD=24.9289;RBI=0.0436761;REFB=-0.0366531;REVB=0.0432884;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.603818;STBP=0.135;TYPE=del;VARB=0.0288448;OID=.;OPOS=105055119;OREF=GACGGGCAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.594595:19:33:22:37:15:9:13:10:5:99:0:9:10:0:0 chr14 105058498 . A G 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0122064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.585;QD=19.3694;RBI=0.0173413;REFB=-0.0309168;REVB=0.0123176;RO=15;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.321766;STB=0.683966;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0234007;OID=.;OPOS=105058498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:12:4:9:6:12:4:9:6 chr14 105070896 . C T 76.05 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0437532;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.131;QD=10.8643;RBI=0.0460683;REFB=-0.0322043;REVB=0.0144204;RO=18;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167346;STB=0.60135;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.077782;OID=.;OPOS=105070896;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:28:28:18:18:10:10:0.357143:3:7:10:8:3:7:10:8 chr14 105167807 . C T 358.39 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00812807;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.097;QD=49.4334;RBI=0.0242418;REFB=-0.0573387;REVB=0.0228386;RO=1;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299926;STB=0.531227;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00480945;OID=.;OPOS=105167807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:29:29:1:2:27:27:0.931034:15:12:0:1:15:12:0:2 chr14 105177351 . CAG C,CG,CGG 935.6 PASS AF=0,0.985075,0;AO=8,54,5;DP=70;FAO=0,66,0;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=0,38,0;FSAR=0,28,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0101204,0.0159294,0.0180609;FXX=0.0147037;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=69.206,83.942,72.647;QD=55.8565;RBI=0.0523234,0.0197476,0.0379867;REFB=-0.0496898,0.0239479,0.0960657;REVB=-0.0513353,-0.0116713,0.0334185;RO=1;SAF=4,32,3;SAR=4,22,2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0978599,0.020938,0.169284;STB=0.5,0.508769,0.5;STBP=1,0.292,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.00213097,0.00275648;OID=.,.,.;OPOS=105177352,105177352,105177352;OREF=AG,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=C,CG,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.985075,0:8,54,5:70:0,66,0:67:1:0,38,0:0,28,0:0:1:3:1:4,32,3:4,22,2:0:1 chr14 105179194 . T C 821.0 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0148259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.251;QD=55.6613;RBI=0.0318082;REFB=-0.0267391;REVB=0.0281416;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000501571;OID=.;OPOS=105179194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:59:0:1:57:58:0.983051:30:27:0:0:30:28:1:0 chr14 105180565 . T C 643.16 PASS AF=0.977273;AO=39;DP=40;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0428939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=38.5456;QD=58.4692;RBI=0.0627377;REFB=-0.100567;REVB=-0.0457836;RO=1;SAF=22;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208334;STB=0.509799;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00550903;OID=.;OPOS=105180565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:40:44:1:1:39:43:0.977273:17:22:1:0:18:25:1:0 chr14 105180706 . A C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00189993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.108;QD=57.2026;RBI=0.027076;REFB=0;REVB=0.0270093;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.53283e-05;OID=.;OPOS=105180706;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr14 105196230 . A C 87.76 PASS AF=1;AO=7;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0787183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.221;QD=39.005;RBI=0.140243;REFB=0;REVB=0.116067;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00341646;OID=.;OPOS=105196230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:7:9:1:2:5:0:0:4:5:0:0 chr14 105196235 . G A 98.8 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370638;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.5382;QD=35.9262;RBI=0.130927;REFB=-0.0699248;REVB=0.125572;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00604314;OID=.;OPOS=105196235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:11:11:0:0:10:11:1:5:5:0:0:6:5:0:0 chr14 105196365 . T C 1330.86 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0199348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5301;QD=59.8139;RBI=0.0356003;REFB=0.0264231;REVB=-0.0294954;RO=1;SAF=38;SAR=49;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957246;STB=0.509998;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=-0.00228456;OID=.;OPOS=105196365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:1:2:87:87:0.977528:49:38:0:1:49:38:0:2 chr14 105205649 . T TC 44.04 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=2;FWDB=-0.0363646;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=38.2505;QD=6.29197;RBI=0.0559832;REFB=-0.00621693;REVB=0.0425645;RO=21;SAF=1;SAR=7;SRF=19;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.748492;STB=0.935868;STBP=0.037;TYPE=ins;VARB=0.0588986;OID=.;OPOS=105205650;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.285714:8:29:8:28:20:1:7:18:2:44:21:1:7:19:2 chr14 105211221 . C T 743.41 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268153;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.416;QD=57.1853;RBI=0.0456489;REFB=0;REVB=0.0369427;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194636;OID=.;OPOS=105211221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:52:0:0:52:52:1:30:22:0:0:30:22:0:0 chr14 105213343 . A G 1080.43 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.098546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8883;QD=60.0241;RBI=0.100157;REFB=0;REVB=0.0178902;RO=0;SAF=31;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000964498;OID=.;OPOS=105213343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:41:31:0:0:41:31:0:0 chr14 105220209 . G GA 1271.6 PASS AF=1;AO=29;DP=104;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0579599;FXX=0.0303;HRUN=0;LEN=1;MLLD=179.464;QD=52.9834;RBI=0.0668014;REFB=0;REVB=-0.0332125;RO=72;SAF=19;SAR=10;SRF=17;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474166;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00204226;OID=.;OPOS=105220210;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:29:104:96:96:0:32:64:0:0:8:72:19:10:17:55 chr14 105220210 . G A 837.74 PASS AF=0.693878;AO=67;DP=99;FAO=68;FDP=98;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=54;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=0.0306166;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.076;QD=34.1936;RBI=0.0357442;REFB=-0.154342;REVB=0.0184464;RO=31;SAF=13;SAR=54;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.327907;STB=0.661909;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00675889;OID=.;OPOS=105220210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:31:30:67:68:0.693878:54:13:20:11:54:14:19:11 chr14 105222037 . C T 3048.23 PASS AF=0.989744;AO=193;DP=196;FAO=193;FDP=195;FR=.;FRO=2;FSAF=77;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0428511;FXX=0.00510178;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.006;QD=62.5278;RBI=0.0466139;REFB=-0.15041;REVB=0.0183477;RO=0;SAF=77;SAR=116;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73701e-08;STB=0.504273;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000706952;OID=.;OPOS=105222037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:196:195:0:2:193:193:0.989744:116:77:0:0:116:77:0:2 chr14 105223668 . G A 1011.56 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.027413;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.805;QD=57.8036;RBI=0.0387824;REFB=0.0692761;REVB=0.0274335;RO=1;SAF=26;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178329;STB=0.509431;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=-0.000309084;OID=.;OPOS=105223668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:43:26:1:0:43:26:1:0 chr14 105239894 . C T 262.75 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.03291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.192;QD=47.7734;RBI=0.0331113;REFB=-0.172244;REVB=-0.00364595;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518501;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00223413;OID=.;OPOS=105239894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:22:0:1:21:21:0.954545:13:8:0:0:13:8:0:1 chr14 105268740 . C T 30.11 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0238187;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.533;QD=10.0351;RBI=0.0238261;REFB=-0.00950612;REVB=-0.000593609;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0274957;STB=0.517172;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.00717863;OID=.;OPOS=105268740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:4:3:2:3:4:3 chr14 105354097 . G A 133.27 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0218983;FXX=0.0487686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.051;QD=13.669;RBI=0.0219198;REFB=-0.0166798;REVB=0.000970835;RO=22;SAF=9;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571694;STB=0.536793;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0228082;OID=.;OPOS=105354097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:22:24:15:15:0.384615:6:9:12:10:6:9:13:11 chr14 105393556 . G C 162.45 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0647463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6114;QD=19.6909;RBI=0.0670917;REFB=0.0322526;REVB=0.0175846;RO=16;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765883;STB=0.543427;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=-0.00944092;OID=.;OPOS=105393556;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:10:7:8:8:10:7:8:8 chr14 105405599 . G C 424.19 PASS AF=0.634921;AO=40;DP=63;FAO=40;FDP=63;FR=.;FRO=23;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0019776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.225;QD=26.9329;RBI=0.0105077;REFB=-0.00959129;REVB=0.01032;RO=23;SAF=21;SAR=19;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892438;STB=0.548669;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00543733;OID=.;OPOS=105405599;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:23:23:40:40:0.634921:19:21:9:14:19:21:9:14 chr14 105405942 . G A 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=0.0303249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.242;QD=15.2557;RBI=0.0322351;REFB=-0.0222544;REVB=-0.0109315;RO=30;SAF=13;SAR=7;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141159;STB=0.58057;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0372576;OID=.;OPOS=105405942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:30:30:20:20:0.4:7:13:23:7:7:13:23:7 chr14 105406238 . A C 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0419563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.014;QD=15.8389;RBI=0.057317;REFB=-0.046832;REVB=-0.03905;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775671;STB=0.545344;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0403978;OID=.;OPOS=105406238;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:5:3:2:5:5:3:2:5 chr14 105407031 . A G 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0613588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.522;QD=20.2097;RBI=0.0690394;REFB=-0.0153276;REVB=0.0316471;RO=10;SAF=2;SAR=11;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.53682;STB=0.80831;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00754623;OID=.;OPOS=105407031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:11:2:8:2:11:2:8:2 chr14 105407208 . T C 100.59 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.036994;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1111;QD=14.3696;RBI=0.0441032;REFB=-0.01263;REVB=0.0240113;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134759;STB=0.599828;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0213577;OID=.;OPOS=105407208;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:28:15:16:12:12:0.428571:4:8:8:7:4:8:8:8 chr14 105407798 . T C 56.3 PASS AF=0.421053;AO=7;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0295834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.802;QD=11.8529;RBI=0.0536571;REFB=-0.0161652;REVB=0.044765;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270468;STB=0.685222;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00710132;OID=.;OPOS=105407798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:7:8:0.421053:5:2:6:5:6:2:6:5 chr14 105408030 . A G 77.72 PASS AF=0.454545;AO=8;DP=21;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00294166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.996;QD=14.1313;RBI=0.0403621;REFB=-0.00454087;REVB=-0.0402548;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102563;STB=0.521233;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00386804;OID=.;OPOS=105408030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:22:12:12:8:10:0.454545:2:6:8:4:3:7:8:4 chr14 105408182 . T G 152.35 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.000516596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.934;QD=21.0142;RBI=0.0241188;REFB=-0.0258668;REVB=-0.0241133;RO=13;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803505;STB=0.545398;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0517944;OID=.;OPOS=105408182;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:9:7:7:6:9:7:7:6 chr14 105408315 . T C 357.76 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=73;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0670719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.4375;QD=19.6031;RBI=0.0670831;REFB=0.0161479;REVB=-0.00122778;RO=36;SAF=16;SAR=21;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157794;STB=0.587582;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.0230504;OID=.;OPOS=105408315;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:36:37:37:0.506849:21:16:22:14:21:16:22:14 chr14 105408811 . A G 192.38 PASS AF=0.575758;AO=18;DP=32;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0164195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.203;QD=23.3181;RBI=0.023877;REFB=-0.0259975;REVB=0.0173352;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125302;STB=0.519211;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0209594;OID=.;OPOS=105408811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:14:14:18:19:0.575758:8:10:8:6:9:10:8:6 chr14 105408827 . A C 250.07 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.058241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6181;QD=26.3227;RBI=0.0621768;REFB=-0.0217977;REVB=-0.0217702;RO=15;SAF=14;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554829;STB=0.530779;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0162992;OID=.;OPOS=105408827;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:15:15:23:23:0.605263:9:14:8:7:9:14:8:7 chr14 105408955 . A G 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00335985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.475;QD=16.0644;RBI=0.102578;REFB=-0.0420534;REVB=-0.102523;RO=24;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132136;STB=0.576184;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0486988;OID=.;OPOS=105408955;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:6:12:13:11:6:12:13:11 chr14 105409959 . G T 230.46 PASS AF=0.410959;AO=23;DP=66;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.129028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.2044;QD=12.6279;RBI=0.142149;REFB=-0.0345092;REVB=0.0596508;RO=43;SAF=13;SAR=10;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603589;STB=0.596088;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0642338;OID=.;OPOS=105409959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:73:43:43:23:30:0.410959:10:13:22:21:10:20:22:21 chr14 105410183 . T C 99.97 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0215513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.932;QD=15.3796;RBI=0.0220378;REFB=-0.0118888;REVB=0.00460504;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333238;STB=0.691067;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0235295;OID=.;OPOS=105410183;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:5:7:3:11:5:7:3:11 chr14 105410411 . C T 303.33 PASS AF=0.574468;AO=28;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0330505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.75;QD=25.815;RBI=0.0331;REFB=-0.014916;REVB=0.00180908;RO=19;SAF=19;SAR=9;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00474016;STB=0.516117;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0123979;OID=.;OPOS=105410411;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:19:20:28:27:0.574468:9:19:13:6:9:18:14:6 chr14 105410775 . A G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00439814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.107;QD=13.4559;RBI=0.0530706;REFB=-0.00482957;REVB=-0.0528881;RO=14;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299689;STB=0.695286;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00841993;OID=.;OPOS=105410775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:14:15:11:11:0.423077:8:3:8:6:8:3:9:6 chr14 105410827 . C T 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.000130198;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.775;QD=20.2097;RBI=0.0228762;REFB=-0.00854386;REVB=0.0228758;RO=10;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303948;STB=0.673198;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00820122;OID=.;OPOS=105410827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:9:4:7:3:9:4:7:3 chr14 105411700 . A G 192.56 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0428362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3327;QD=23.3404;RBI=0.0582967;REFB=-0.0446049;REVB=0.0395418;RO=14;SAF=8;SAR=11;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583414;STB=0.503265;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0198533;OID=.;OPOS=105411700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:14:19:19:0.575758:11:8:6:8:11:8:6:8 chr14 105411781 . G A 86.68 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0240459;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0899;QD=11.5579;RBI=0.0385262;REFB=-0.00850382;REVB=0.0301009;RO=19;SAF=3;SAR=8;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425741;STB=0.752497;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0141096;OID=.;OPOS=105411781;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:31:30:19:19:11:11:0.366667:8:3:13:6:8:3:13:6 chr14 105412259 . GG CC 277.34 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0477483;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=101.729;QD=26.4135;RBI=0.0482876;REFB=-0.0255531;REVB=0.00719678;RO=17;SAF=14;SAR=11;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209948;STB=0.511619;STBP=0.882;TYPE=mnp;VARB=0.0207461;OID=.;OPOS=105412259;OREF=GG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:11:14:10:7:11:14:10:7 chr14 105413204 . G T 203.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0287063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.69;QD=16.248;RBI=0.0507195;REFB=-0.0175577;REVB=0.041814;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111063;STB=0.563507;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0239073;OID=.;OPOS=105413204;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:11:10:17:12:11:10:17:12 chr14 105413223 . A G 716.24 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136563;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.389;QD=57.2992;RBI=0.015292;REFB=0;REVB=0.00688107;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10496e-05;OID=.;OPOS=105413223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:24:26:0:0:24:26:0:0 chr14 105414280 . T G 365.02 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0138279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.149;QD=52.1451;RBI=0.0195703;REFB=0.0366348;REVB=-0.0138487;RO=1;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299926;STB=0.516117;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00148005;OID=.;OPOS=105414280;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:15:12:0:1:15:12:0:1 chr14 105414629 . G A 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00126909;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.37;QD=13.4417;RBI=0.012566;REFB=-0.0173087;REVB=0.0125017;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168206;STB=0.599791;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0208757;OID=.;OPOS=105414629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:7:3:6:7:7:3:6:7 chr14 105414790 . A G 297.17 PASS AF=0.588235;AO=24;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0835072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.392;QD=23.3076;RBI=0.0872883;REFB=0.0272647;REVB=-0.0254122;RO=20;SAF=13;SAR=11;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480836;STB=0.501996;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=-0.0156785;OID=.;OPOS=105414790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:21:24:30:0.588235:11:13:12:8:13:17:12:9 chr14 105414810 . C G 320.95 PASS AF=0.592593;AO=31;DP=53;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.035164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.332;QD=23.7741;RBI=0.0352079;REFB=-0.00877601;REVB=0.00175689;RO=22;SAF=16;SAR=15;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121415;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0183642;OID=.;OPOS=105414810;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:22:22:31:32:0.592593:15:16:11:11:16:16:11:11 chr14 105415352 . G C 315.01 PASS AF=0.416667;AO=34;DP=83;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00171551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.396;QD=15.0006;RBI=0.00297448;REFB=-0.0439084;REVB=0.00242993;RO=48;SAF=17;SAR=17;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107786;STB=0.561702;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0308797;OID=.;OPOS=105415352;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:48:49:34:35:0.416667:17:17:19:29:17:18:20:29 chr14 105415422 . G A 384.84 PASS AF=0.41;AO=41;DP=100;FAO=41;FDP=100;FR=.;FRO=59;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=-0.00811957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.187;QD=15.3937;RBI=0.00987212;REFB=-0.0172642;REVB=0.00561526;RO=57;SAF=13;SAR=28;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135948;STB=0.589428;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0233178;OID=.;OPOS=105415422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:57:59:41:41:0.41:28:13:25:32:28:13:27:32 chr14 105415469 . T C 324.23 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=78;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.0136473;FXX=0.0126566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.1657;QD=16.6271;RBI=0.0276554;REFB=-0.00428625;REVB=0.0240535;RO=43;SAF=17;SAR=18;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202307;STB=0.511365;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.00761318;OID=.;OPOS=105415469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:43:43:35:35:0.448718:18:17:20:23:18:17:20:23 chr14 105415497 . T C 78.04 PASS AF=0.175;AO=14;DP=80;FAO=14;FDP=80;FR=.;FRO=66;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=35;FWDB=0.00214653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.513;QD=3.90216;RBI=0.0133579;REFB=-0.00679492;REVB=0.0131843;RO=66;SAF=7;SAR=7;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379747;STB=0.524964;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0442895;OID=.;OPOS=105415497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:80:80:66:66:14:14:0.175:7:7:31:35:7:7:31:35 chr14 105415577 . G A 70.94 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.0501188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9746;QD=7.46787;RBI=0.0714637;REFB=0.00583047;REVB=0.0509428;RO=28;SAF=7;SAR=3;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282447;STB=0.677058;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.00856783;OID=.;OPOS=105415577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:38:38:28:28:10:10:0.263158:3:7:13:15:3:7:13:15 chr14 105415587 . G A 52.6 PASS AF=0.258065;AO=6;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0118384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.473;QD=6.78662;RBI=0.0162721;REFB=-0.00447257;REVB=0.0111639;RO=20;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237622;STB=0.697212;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.010306;OID=.;OPOS=105415587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:20:23:6:8:0.258065:3:3:6:14:3:5:8:15 chr14 105415608 . G C 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00302516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.745;QD=7.12504;RBI=0.00856901;REFB=-0.0236633;REVB=0.00801725;RO=18;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131357;STB=0.584163;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.043898;OID=.;OPOS=105415608;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:5:2:7:11:5:2:7:11 chr14 105415659 . G A 64.02 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00860016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7641;QD=9.48437;RBI=0.032957;REFB=-0.024975;REVB=0.0318151;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120817;STB=0.573607;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0522848;OID=.;OPOS=105415659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:4:5:8:10:4:5:8:10 chr14 105415933 . G A 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.00815557;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.49;QD=13.4417;RBI=0.0341043;REFB=-0.0041876;REVB=-0.0331148;RO=13;SAF=7;SAR=3;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.431165;STB=0.751595;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00635962;OID=.;OPOS=105415933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:3:7:3:10:3:7:3:10 chr14 105416010 . T C 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.00842607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.451;QD=8.25461;RBI=0.018408;REFB=-0.00970916;REVB=0.0163663;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.572745;STB=0.837919;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00649338;OID=.;OPOS=105416010;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:2:4:1:11:2:4:1:11 chr14 105416087 . C T 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=-0.050185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.674;QD=14.7001;RBI=0.0557268;REFB=0.00200052;REVB=0.0242269;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.52936;STB=0.799599;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00370004;OID=.;OPOS=105416087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:15:15:12:12:0.444444:4:8:1:14:4:8:1:14 chr14 105416220 . T A 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.16;QD=59.4351;RBI=0.0510182;REFB=0;REVB=0.0494748;RO=0;SAF=26;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214489;OID=.;OPOS=105416220;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:9:26:0:0:9:26:0:0 chr14 105416284 . A G 183.95 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0416522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6761;QD=17.9459;RBI=0.0433602;REFB=-0.00415574;REVB=-0.01205;RO=19;SAF=16;SAR=3;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320589;STB=0.687943;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0129327;OID=.;OPOS=105416284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:22:19:19:0.463415:3:16:11:8:3:16:13:9 chr14 105416660 . A G 143.13 PASS AF=0.432432;AO=15;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0106056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3466;QD=15.4736;RBI=0.0132548;REFB=-0.0239213;REVB=-0.00795043;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152343;STB=0.567485;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0504442;OID=.;OPOS=105416660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:21:21:15:16:0.432432:8:7:13:8:8:8:13:8 chr14 105416685 . C G 262.66 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0170563;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4721;QD=25.015;RBI=0.0170726;REFB=-0.0167989;REVB=0.000745182;RO=18;SAF=15;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113741;STB=0.506324;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0093463;OID=.;OPOS=105416685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:18:18:24:24:0.571429:9:15:11:7:9:15:11:7 chr14 105416784 . A G 126.45 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0193648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=77.3897;QD=11.24;RBI=0.0228763;REFB=-0.0158139;REVB=-0.0121791;RO=30;SAF=13;SAR=2;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.515256;STB=0.812031;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0448852;OID=.;OPOS=105416784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:2:13:14:16:2:13:14:16 chr14 105416823 . G A 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0228497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9477;QD=7.96554;RBI=0.035601;REFB=-0.0130621;REVB=0.0273006;RO=26;SAF=8;SAR=2;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344369;STB=0.717471;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.0191336;OID=.;OPOS=105416823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:2:8:14:12:2:8:14:12 chr14 105416959 . A G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.062731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.5454;QD=10.0347;RBI=0.104063;REFB=-0.00669564;REVB=-0.0830301;RO=7;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115149;STB=0.571156;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=-0.00893574;OID=.;OPOS=105416959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:3:2:2:5:3:2:2:5 chr14 105416971 . T G 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0171503;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=273.731;QD=11.0198;RBI=0.0267751;REFB=-0.00873238;REVB=-0.0205614;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116777;STB=0.571195;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0178034;OID=.;OPOS=105416971;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:3:3:3:5:3:3:3:5 chr14 105417102 . T C 85.74 PASS AF=0.37931;AO=10;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00240911;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.791;QD=11.8266;RBI=0.0160958;REFB=-0.0309086;REVB=-0.0159144;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228926;STB=0.6519;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0500447;OID=.;OPOS=105417102;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:16:18:10:11:0.37931:6:4:10:6:7:4:11:7 chr14 105417147 . A G 118.17 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.00147597;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.728;QD=11.529;RBI=0.024565;REFB=-0.0132409;REVB=-0.0245206;RO=27;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102754;STB=0.56089;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0178982;OID=.;OPOS=105417147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:7:7:16:11:7:7:16:11 chr14 105417222 . C T 132.25 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=51;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0640554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8343;QD=9.98111;RBI=0.0651395;REFB=0.000428183;REVB=0.0118348;RO=31;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113664;STB=0.620623;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00120447;OID=.;OPOS=105417222;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:31:36:17:17:0.320755:11:6:14:17:11:6:19:17 chr14 105417225 . C G 177.59 PASS AF=0.403846;AO=19;DP=54;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00547056;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.202;QD=13.661;RBI=0.00922534;REFB=-0.0144556;REVB=0.00742832;RO=31;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067857;STB=0.504583;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0123337;OID=.;OPOS=105417225;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:31:31:19:21:0.403846:11:8:15:16:11:10:15:16 chr14 105417228 . C T 197.69 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0330001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.511;QD=14.6434;RBI=0.0331341;REFB=-0.0244322;REVB=0.00297757;RO=31;SAF=11;SAR=12;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268977;STB=0.515334;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0245394;OID=.;OPOS=105417228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:12:11:14:17:12:11:14:17 chr14 105417768 . C A 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.000347994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.091;QD=6.8134;RBI=0.0015292;REFB=0.000274126;REVB=0.00148907;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169726;STB=0.609427;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.000658316;OID=.;OPOS=105417768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:2:5:11:8:2:5:11:8 chr14 105417774 . G A 44.06 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0215085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.978;QD=6.52708;RBI=0.0449667;REFB=0.003879;REVB=-0.0394891;RO=18;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194397;STB=0.631788;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=-0.00870829;OID=.;OPOS=105417774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:18:20:7:7:0.259259:2:5:10:8:2:5:11:9 chr14 105417837 . A G 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00892849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.018;QD=10.3792;RBI=0.0147724;REFB=-0.0264575;REVB=-0.0117689;RO=16;SAF=7;SAR=2;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325515;STB=0.69952;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0243737;OID=.;OPOS=105417837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:2:7:8:8:2:7:8:8 chr14 105417894 . C G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.804;QD=53.9112;RBI=0.056478;REFB=0;REVB=0.017331;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228463;OID=.;OPOS=105417894;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr14 105418264 . G A 152.63 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00820773;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.374;QD=19.079;RBI=0.00857382;REFB=-0.0102672;REVB=0.00247865;RO=15;SAF=11;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253096;STB=0.630978;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00978392;OID=.;OPOS=105418264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:16:16:16:0.5:5:11:6:9:5:11:7:9 chr14 105418275 . T C 148.94 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00201641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.858;QD=18.6179;RBI=0.0129703;REFB=-0.019709;REVB=-0.0128126;RO=15;SAF=11;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142741;STB=0.600709;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0193405;OID=.;OPOS=105418275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:16:16:16:0.5:5:11:8:7:5:11:8:8 chr14 105418344 . T G 96.14 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.00974852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8127;QD=12.0177;RBI=0.034587;REFB=0.0130043;REVB=0.0331847;RO=20;SAF=9;SAR=3;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238155;STB=0.642602;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.0229304;OID=.;OPOS=105418344;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:3:9:11:9:3:9:11:9 chr14 105418391 . C T 127.88 PASS AF=0.538462;AO=13;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0215113;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.647;QD=19.6733;RBI=0.049178;REFB=-0.00268791;REVB=0.0442237;RO=12;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123714;STB=0.58609;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0016547;OID=.;OPOS=105418391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:13:14:0.538462:5:8:9:3:6:8:9:3 chr14 105418502 . G T 74.25 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.000444458;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.995;QD=10.2412;RBI=0.00543745;REFB=-0.0171773;REVB=-0.00541925;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0856821;STB=0.551622;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0329345;OID=.;OPOS=105418502;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:5:5:8:11:5:5:8:11 chr14 105418504 . G T 152.25 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.025388;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.748;QD=21.0003;RBI=0.0382147;REFB=-0.0171987;REVB=-0.0285624;RO=13;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132778;STB=0.575126;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.03221;OID=.;OPOS=105418504;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:10:6:7:6:10:6:7:6 chr14 105418521 . G C 48.09 PASS AF=0.241379;AO=6;DP=28;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0422468;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5216;QD=6.63367;RBI=0.0761157;REFB=-0.0290175;REVB=0.0633151;RO=20;SAF=1;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.540763;STB=0.879732;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0450518;OID=.;OPOS=105418521;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:28:29:20:22:6:7:0.241379:5:1:13:7:6:1:15:7 chr14 105418638 . A G 109.92 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0123777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.993;QD=14.6565;RBI=0.0343668;REFB=-0.0191443;REVB=0.0320604;RO=17;SAF=2;SAR=11;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.559631;STB=0.82743;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0351879;OID=.;OPOS=105418638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:11:2:12:5:11:2:12:5 chr14 105419234 . T C 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0119345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.436;QD=8.40141;RBI=0.0139508;REFB=-0.00293429;REVB=-0.00722451;RO=21;SAF=5;SAR=4;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13055;STB=0.579982;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00348909;OID=.;OPOS=105419234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:4:5:14:7:4:5:14:7 chr14 105419557 . G A 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=0.00843275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=329.572;QD=11.3693;RBI=0.00956204;REFB=-0.00229705;REVB=-0.00450791;RO=19;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405554;STB=0.732166;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00381969;OID=.;OPOS=105419557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:6:5:2:17:6:5:2:17 chr14 105419568 . A G 64.05 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=0.0136264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5856;QD=9.48836;RBI=0.016193;REFB=-0.00581009;REVB=-0.0087484;RO=16;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.451825;STB=0.780793;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0277718;OID=.;OPOS=105419568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:27:16:18:9:9:0.333333:4:5:2:14:4:5:2:16 chr14 105420215 . T C 242.61 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=58;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0134489;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.903;QD=17.0251;RBI=0.0134575;REFB=-0.0167621;REVB=0.000480844;RO=30;SAF=10;SAR=17;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618881;STB=0.534858;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0203201;OID=.;OPOS=105420215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:30:30:27:27:0.473684:17:10:13:17:17:10:13:17 chr14 105461067 . C T 151.32 PASS AF=0.459459;AO=16;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0140533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.786;QD=16.3586;RBI=0.0305801;REFB=-0.00870589;REVB=-0.0271597;RO=20;SAF=11;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412697;STB=0.535273;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00960058;OID=.;OPOS=105461067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:20:16:17:0.459459:5:11:13:7:5:12:13:7 chr14 105477180 . A G 162.53 PASS AF=0.384615;AO=19;DP=51;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.00324384;FXX=0.0188644;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.4815;QD=12.5021;RBI=0.00980869;REFB=0.00870482;REVB=0.00925677;RO=32;SAF=4;SAR=15;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105555;STB=0.571352;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00242119;OID=.;OPOS=105477180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:32:32:19:20:0.384615:15:4:9:23:16:4:9:23 chr14 105477613 . T C 69.43 PASS AF=0.529412;AO=8;DP=16;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0175249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.075;QD=16.3364;RBI=0.0429482;REFB=-0.046905;REVB=0.0392101;RO=6;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326506;STB=0.695816;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00912979;OID=.;OPOS=105477613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:16:17:6:8:8:9:0.529412:5:3:5:1:5:4:7:1 chr14 105518336 . G T 234.51 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0107868;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.697;QD=30.2596;RBI=0.0242379;REFB=-0.0167207;REVB=0.0217053;RO=10;SAF=10;SAR=11;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13033;STB=0.571798;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00930309;OID=.;OPOS=105518336;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:33:31:10:10:21:21:0.677419:11:10:7:3:11:10:7:3 chr14 105916420 . C T 385.64 PASS AF=0.90625;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=32;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0240027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.086;QD=48.2051;RBI=0.0575291;REFB=-0.0218687;REVB=0.0522826;RO=3;SAF=14;SAR=15;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260706;STB=0.514029;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.00169473;OID=.;OPOS=105916420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:32:32:3:3:29:29:0.90625:15:14:1:2:15:14:1:2 chr14 105930406 . G A 75.47 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0193062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.405;QD=10.781;RBI=0.0212254;REFB=-0.0246898;REVB=-0.00881975;RO=17;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638208;STB=0.524949;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0422087;OID=.;OPOS=105930406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:28:28:17:18:10:10:0.357143:3:7:11:6:3:7:12:6 chr14 105935824 . G A 438.54 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021437;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.9273;QD=56.586;RBI=0.0769965;REFB=0;REVB=0.0739521;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010801;OID=.;OPOS=105935824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:16:14:0:0:16:15:0:0 chr14 105962234 . T C 657.21 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0203299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.146;QD=59.7466;RBI=0.0205372;REFB=0.0880631;REVB=0.00291099;RO=1;SAF=33;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140218;STB=0.507459;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=-0.000312138;OID=.;OPOS=105962234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:10:33:1:0:10:33:1:0 chr14 105962369 . A G 1025.85 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.946;QD=59.4697;RBI=0.0306598;REFB=0;REVB=-0.0264571;RO=0;SAF=29;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.34802e-05;OID=.;OPOS=105962369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:40:29:0:0:40:29:0:0 chr14 105995507 . G A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0392298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.755;QD=16.199;RBI=0.0392918;REFB=-0.0409878;REVB=0.00220604;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0273787;OID=.;OPOS=105995507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:1:2:3:2:1:2 chr14 105995534 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.170063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9823;QD=35.5745;RBI=0.232699;REFB=0;REVB=0.158831;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.031311;OID=.;OPOS=105995534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr14 106053460 . G A 263.4 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=0.0126399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.229;QD=19.5108;RBI=0.0312636;REFB=-0.048662;REVB=0.0285946;RO=25;SAF=14;SAR=14;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847192;STB=0.555516;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0362726;OID=.;OPOS=106053460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:25:26:28:28:0.518519:14:14:15:10:14:14:16:10 chr14 106053491 . C T 575.65 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0295797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.2964;QD=60.5943;RBI=0.0357966;REFB=0;REVB=0.0201602;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.93841e-05;OID=.;OPOS=106053491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr14 106053559 . A G 93.42 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.851;QD=41.52;RBI=0.0339671;REFB=0;REVB=0.0339671;RO=0;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207981;OID=.;OPOS=106053559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:9:0:0:0:9:0:0:0 chr14 106053975 . G A 871.88 PASS AF=0.927536;AO=63;DP=69;FAO=64;FDP=69;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0688692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.0803;QD=50.5437;RBI=0.0864194;REFB=-0.09848;REVB=0.0522048;RO=5;SAF=26;SAR=37;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00181462;STB=0.500469;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.00610596;OID=.;OPOS=106053975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:69:69:5:5:63:64:0.927536:37:26:2:3:38:26:2:3 chr14 106054568 . A G 1739.44 PASS AF=0.983051;AO=117;DP=118;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=70;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00772879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.339;QD=58.9642;RBI=0.0213374;REFB=-0.0898065;REVB=0.0198884;RO=1;SAF=46;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102123;STB=0.50183;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.000304166;OID=.;OPOS=106054568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:118:118:1:2:117:116:0.983051:71:46:1:0:70:46:1:1 chr14 106066454 . T C 620.11 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0135593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.095;QD=59.0582;RBI=0.0267736;REFB=-0.00364009;REVB=0.0230862;RO=0;SAF=12;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51999;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-5.29874e-06;OID=.;OPOS=106066454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:29:12:0:0:29:12:1:0 chr14 106066690 . A C 62.08 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.005926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.793;QD=35.4724;RBI=0.0677323;REFB=0;REVB=0.0674726;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000617322;OID=.;OPOS=106066690;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:3:3:0:0:4:3:0:0 chr14 106067298 . T C 330.52 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00565969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.496;QD=50.8484;RBI=0.0143801;REFB=-0.0985318;REVB=0.0132195;RO=1;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319949;STB=0.517228;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00182693;OID=.;OPOS=106067298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:14:11:0:1:14:11:0:1 chr14 106067958 . C G,T 1800.58 PASS AF=0.0491803,0.942623;AO=7,114;DP=122;FAO=6,115;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=2,55;FSAR=4,60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0204948,0.0133539;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=18.5212,229.126;QD=59.0354;RBI=0.0393464,0.0150894;REFB=0.00447695,-0.0705982;REVB=-0.0335873,0.00702585;RO=1;SAF=3,54;SAR=4,60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0971198,0.00784876;STB=0.555378,0.504131;STBP=0.627,0.512;TYPE=snp,snp;VARB=0.142424,0.000382326;OID=.,.;OPOS=106067958,106067958;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:122:122:1:1:7,114:6,115:0.0491803,0.942623:4,60:3,54:0:1:4,60:2,55:0:1 chr14 106090846 . T C 1208.9 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.249;QD=61.2103;RBI=0.0270104;REFB=0;REVB=0.0204606;RO=0;SAF=48;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.43241e-05;OID=.;OPOS=106090846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:31:48:0:0:31:48:0:0 chr14 106090927 . G T 2366.48 PASS AF=1;AO=153;DP=153;FAO=154;FDP=154;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0119284;FXX=0.0253149;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.926;QD=61.4669;RBI=0.0125474;REFB=0;REVB=0.0038921;RO=0;SAF=77;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000605517;OID=.;OPOS=106090927;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:153:154:0:0:153:154:1:76:77:0:0:77:77:0:0 chr14 106091329 . G C 1861.88 PASS AF=0.99187;AO=121;DP=122;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.026688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1218;QD=60.549;RBI=0.0275525;REFB=-0.0072722;REVB=0.00684744;RO=1;SAF=54;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0087158;STB=0.504504;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000147239;OID=.;OPOS=106091329;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:123:1:1:121:122:0.99187:67:54:1:0:67:55:1:0 chr14 106091504 . A G 447.48 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.791;QD=57.7395;RBI=0.0382252;REFB=0;REVB=-0.0182219;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72802e-05;OID=.;OPOS=106091504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:16:14:0:0:16:15:0:0 chr14 106091555 . C T 191.28 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.611;QD=47.8191;RBI=0.0406862;REFB=0;REVB=0.0357618;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231363;OID=.;OPOS=106091555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:14:16:1:6:8:0:0:8:8:0:0 chr14 106091697 . T C,G 356.42 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=24,2;DP=26;FAO=26,1;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14,1;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385104,-0.0141556;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=56.1906,114.238;QD=52.8036;RBI=0.0433512,0.0177588;REFB=0,0;REVB=0.0199066,-0.0107236;RO=0;SAF=13,1;SAR=11,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0137156,0.0361885;OID=.,.;OPOS=106091697,106091697;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:26:27:0:0:24,2:26,1:0.962963,0.037037:11,1:13,1:0:0:12,0:14,1:0:0 chr14 106091743 . CA C,CG 243.51 PASS AF=1,0;AO=17,2;DP=21;FAO=19,0;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00604156,0.00331668;FXX=0.0951928;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=164.462,144.174;QD=51.2653;RBI=0.0190721,0.0183397;REFB=0,0;REVB=0.0180899,0.0180373;RO=0;SAF=9,1;SAR=8,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.126e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.000175361,0;OID=.,.;OPOS=106091744,106091744;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:17,2:21:19,0:19:0:11,0:8,0:0:0:3:0:9,1:8,1:0:0 chr14 106092152 . G A,T 1498.99 PASS AF=0.958333,0.0416667;AO=92,4;DP=96;FAO=92,4;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=57,3;FSAR=35,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00196407,0.00109986;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.273,68.7563;QD=62.4579;RBI=0.0710304,0.00690813;REFB=0,0;REVB=0.0710032,0.00682001;RO=0;SAF=57,3;SAR=35,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000521896,0.129678;OID=.,.;OPOS=106092152,106092152;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:96:96:0:0:92,4:92,4:0.958333,0.0416667:35,1:57,3:0:0:35,1:57,3:0:0 chr14 106109752 . A C 944.4 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379386;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8331;QD=58.1169;RBI=0.0416198;REFB=0;REVB=-0.0171134;RO=0;SAF=39;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149004;OID=.;OPOS=106109752;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:25:39:0:0:25:40:0:0 chr14 106110137 . C T 1292.39 PASS AF=0.977011;AO=85;DP=87;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0227663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6528;QD=59.4201;RBI=0.0530467;REFB=-0.194457;REVB=0.0479129;RO=1;SAF=42;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011146;STB=0.500135;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00190608;OID=.;OPOS=106110137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:87:1:2:85:85:0.977011:43:42:1:0:43:42:1:1 chr14 106110914 . G T 1647.75 PASS AF=0.982301;AO=111;DP=113;FAO=111;FDP=113;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0289181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.665;QD=58.3274;RBI=0.0565089;REFB=-0.117108;REVB=0.048549;RO=1;SAF=49;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0075964;STB=0.50105;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00077105;OID=.;OPOS=106110914;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:113:113:1:2:111:111:0.982301:62:49:0:1:62:49:1:1 chr14 106173722 . C T 36.28 PASS AF=0.12069;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=58;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=-0.0235022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.459;QD=2.50185;RBI=0.029692;REFB=-0.00656721;REVB=-0.0181455;RO=49;SAF=3;SAR=4;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0966563;STB=0.571225;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.0350305;OID=.;OPOS=106173722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:58:58:49:51:7:7:0.12069:4:3:25:24:4:3:26:25 chr14 106173790 . A G 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00480233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4143;QD=55.6536;RBI=0.0117564;REFB=0;REVB=0.0107308;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.6498e-05;OID=.;OPOS=106173790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:19:8:0:0:19:8:0:0 chr14 106188230 . C T 155.49 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.316;QD=44.4264;RBI=0.0584825;REFB=0;REVB=-0.00553425;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100614;OID=.;OPOS=106188230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:13:14:1:9:4:0:0:10:4:0:0 chr14 106204113 . C T 770.63 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0088572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.446;QD=55.0447;RBI=0.0141313;REFB=0.0380079;REVB=0.0110111;RO=0;SAF=16;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11947e-08;STB=0.506327;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-9.71364e-05;OID=.;OPOS=106204113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:39:16:0:0:39:16:0:1 chr14 106207843 . T C 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.588;QD=63.2866;RBI=0.0435766;REFB=0;REVB=0.0197161;RO=0;SAF=17;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193811;OID=.;OPOS=106207843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:29:17:0:0:29:17:0:0 chr14 106209119 . T C 573.21 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0218053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.251;QD=55.923;RBI=0.0529572;REFB=-0.0237423;REVB=0.0482596;RO=1;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253303;STB=0.526302;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.000665772;OID=.;OPOS=106209119;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:1:2:39:39:0.95122:18:21:0:1:18:21:0:2 chr14 106209340 . T C 637.06 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00349277;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.494;QD=62.1524;RBI=0.0168708;REFB=0;REVB=0.0165053;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000155432;OID=.;OPOS=106209340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr14 106209362 . T C 35.85 PASS AF=0.118644;AO=7;DP=59;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=25;FWDB=-0.00759814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6859;QD=2.43037;RBI=0.0145494;REFB=0.00790865;REVB=-0.0124078;RO=52;SAF=1;SAR=6;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.454394;STB=0.843205;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-0.0807083;OID=.;OPOS=106209362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:59:52:52:7:7:0.118644:6:1:27:25:6:1:27:25 chr14 106209368 . G C 51.23 PASS AF=0.15625;AO=10;DP=64;FAO=10;FDP=64;FR=.;FRO=54;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.00910318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.688;QD=3.20207;RBI=0.0297169;REFB=-0.00296559;REVB=-0.0282883;RO=54;SAF=2;SAR=8;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.40343;STB=0.778643;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0785555;OID=.;OPOS=106209368;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:64:64:54:54:10:10:0.15625:8:2:28:26:8:2:28:26 chr14 106209373 . T C 60.95 PASS AF=0.166667;AO=11;DP=66;FAO=11;FDP=66;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=28;FWDB=-0.0215267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.466;QD=3.69404;RBI=0.0325648;REFB=-0.018647;REVB=-0.0244349;RO=55;SAF=3;SAR=8;SRF=27;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279362;STB=0.689299;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0723798;OID=.;OPOS=106209373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:66:66:55:55:11:11:0.166667:8:3:27:28:8:3:27:28 chr14 106237624 . C T 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.865;QD=45.8055;RBI=0.0399852;REFB=0;REVB=0.0121073;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000411608;OID=.;OPOS=106237624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr14 106237642 . T G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000929953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.911;QD=48.7373;RBI=0.00328184;REFB=0;REVB=-0.00314732;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.29265e-06;OID=.;OPOS=106237642;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr14 106303846 . C T 523.67 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00237643;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.784;QD=59.8485;RBI=0.0227761;REFB=0;REVB=0.0226518;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.9506e-05;OID=.;OPOS=106303846;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:24:11:0:0:24:11:0:0 chr14 106307418 . G A 594.34 PASS AF=0.41875;AO=67;DP=164;FAO=67;FDP=160;FR=.;FRO=93;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=45;FSRR=48;FWDB=0.0116243;FXX=0.0243888;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.224;QD=14.8585;RBI=0.0133495;REFB=-0.00882076;REVB=0.00656381;RO=93;SAF=30;SAR=37;SRF=45;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376906;STB=0.52112;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.011474;OID=.;OPOS=106307418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:160:93:93:67:67:0.41875:37:30:45:48:37:30:45:48 chr14 106321330 . G A 167.54 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0189018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.978;QD=23.1086;RBI=0.0307748;REFB=-0.0111773;REVB=0.0242861;RO=12;SAF=8;SAR=9;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0399905;STB=0.522423;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00445782;OID=.;OPOS=106321330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:29:29:12:12:17:17:0.586207:9:8:5:7:9:8:5:7 chr14 106321590 . C A 1084.27 PASS AF=0.986486;AO=73;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0132404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.938;QD=58.6091;RBI=0.0582487;REFB=-0.0113707;REVB=0.0567239;RO=1;SAF=47;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178434;STB=0.509431;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000162203;OID=.;OPOS=106321590;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:1:73:73:0.986486:26:47:0:1:26:47:0:1 chr14 106321663 . T C 244.03 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=8;FWDB=-0.022726;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.557;QD=15.0172;RBI=0.0238712;REFB=-0.0127245;REVB=-0.0073051;RO=37;SAF=10;SAR=18;SRF=29;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409537;STB=0.729581;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0104315;OID=.;OPOS=106321663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:18:10:29:8:18:10:29:8 chr14 106321913 . G A 96.98 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0664451;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.562;QD=35.2644;RBI=0.0938995;REFB=-0.149884;REVB=0.0663488;RO=1;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687795;STB=0.538386;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00610796;OID=.;OPOS=106321913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:11:11:1:1:10:10:0.909091:6:4:0:1:6:4:0:1 chr14 106324349 . C T 44.45 PASS AF=0.857143;AO=4;DP=6;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0448116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.105;QD=25.3996;RBI=0.0470454;REFB=-0.112473;REVB=-0.0143245;RO=2;SAF=2;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277405;STB=0.555378;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00497592;OID=.;OPOS=106324349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:7:2:1:4:6:0.857143:2:2:2:0:2:4:1:0 chr14 106329435 . T G 573.07 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0607374;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.9463;QD=55.9092;RBI=0.0639199;REFB=0.122389;REVB=-0.0199179;RO=2;SAF=16;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00845566;STB=0.504514;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.00719754;OID=.;OPOS=106329435;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:39:39:0.95122:23:16:1:1:23:16:1:1 chr14 106329451 . GTA ACC 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178917;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=214.597;QD=58.5878;RBI=0.0234561;REFB=0;REVB=0.0151683;RO=0;SAF=10;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000116854;OID=.;OPOS=106329451;OREF=GTA;OALT=ACC;OMAPALT=ACC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:23:10:0:0:23:10:0:0 chr14 106346915 . C A 2090.04 PASS AF=0.441815;AO=224;DP=510;FAO=224;FDP=507;FR=.;FRO=283;FSAF=112;FSAR=112;FSRF=103;FSRR=180;FWDB=-0.0102068;FXX=0.00588224;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6696;QD=16.4895;RBI=0.0130164;REFB=-0.00304818;REVB=0.00807773;RO=275;SAF=112;SAR=112;SRF=102;SRR=173;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12902;STB=0.57593;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00611975;OID=.;OPOS=106346915;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:510:507:275:283:224:224:0.441815:112:112:102:173:112:112:103:180 chr14 106350696 . A G 2073.37 PASS AF=0.545455;AO=197;DP=362;FAO=198;FDP=363;FR=.;FRO=165;FSAF=115;FSAR=83;FSRF=86;FSRR=79;FWDB=0.00228036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.168;QD=22.8471;RBI=0.0197341;REFB=-0.00377573;REVB=-0.019602;RO=165;SAF=115;SAR=82;SRF=86;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0533793;STB=0.527565;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00309312;OID=.;OPOS=106350696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:362:363:165:165:197:198:0.545455:82:115:86:79:83:115:86:79 chr14 106368472 . T A 1869.08 PASS AF=0.480818;AO=187;DP=389;FAO=188;FDP=391;FR=.;FRO=203;FSAF=91;FSAR=97;FSRF=60;FSRR=143;FWDB=-0.0170348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.959;QD=19.121;RBI=0.0191512;REFB=-0.00496134;REVB=0.00875118;RO=201;SAF=91;SAR=96;SRF=59;SRR=142;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183957;STB=0.598559;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0036363;OID=.;OPOS=106368472;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:389:391:201:203:187:188:0.480818:96:91:59:142:97:91:60:143 chr14 106370603 . G C 275.53 PASS AF=0.705882;AO=24;DP=34;FAO=24;FDP=34;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0425602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6992;QD=32.4155;RBI=0.0718307;REFB=0.0390035;REVB=0.0578644;RO=10;SAF=9;SAR=15;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12412;STB=0.568124;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.016265;OID=.;OPOS=106370603;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:10:10:24:24:0.705882:15:9:6:4:15:9:6:4 chr14 106385332 . G C 328.62 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=0.0274343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.927;QD=18.0066;RBI=0.0376122;REFB=-0.0278826;REVB=-0.0257301;RO=38;SAF=21;SAR=14;SRF=12;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260481;STB=0.645081;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0284122;OID=.;OPOS=106385332;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:38:38:35:35:0.479452:14:21:12:26:14:21:12:26 chr14 106436780 . A G 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00463464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.356;QD=58.5853;RBI=0.0123896;REFB=0;REVB=0.0114901;RO=0;SAF=26;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37385e-05;OID=.;OPOS=106436780;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:7:26:0:0:7:26:0:0 chr14 106452766 . T A 769.42 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.848;QD=56.9937;RBI=0.0602382;REFB=0;REVB=0.0454418;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116596;OID=.;OPOS=106452766;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:26:28:0:0:26:28:0:0 chr14 106471268 . A G 495.78 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=36;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0277465;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1646;QD=56.6606;RBI=0.0380401;REFB=0.070678;REVB=0.0260227;RO=1;SAF=17;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266901;STB=0.514277;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.000935304;OID=.;OPOS=106471268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:35:1:1:33:34:0.971429:16:17:1:0:17:17:1:0 chr14 106471273 . C T 556.72 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0805252;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6974;QD=60.1863;RBI=0.085296;REFB=0;REVB=0.0281263;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016154;OID=.;OPOS=106471273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr14 106471353 . C T 1212.95 PASS AF=0.987654;AO=81;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0366325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1339;QD=59.8989;RBI=0.0411555;REFB=-0.154428;REVB=-0.0187572;RO=0;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.42691e-08;STB=0.507041;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00236852;OID=.;OPOS=106471353;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:0:1:81:80:0.987654:36:45:0:0:35:45:0:1 chr14 106471388 . C A 1100.23 PASS AF=0.974026;AO=74;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0246114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.232;QD=57.1548;RBI=0.0322839;REFB=-0.0521876;REVB=0.0208933;RO=2;SAF=37;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248837;STB=0.512817;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.000291866;OID=.;OPOS=106471388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:77:77:2:2:74:75:0.974026:37:37:2:0:37:38:2:0 chr14 106471528 . C A 219.1 PASS AF=0.863636;AO=19;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.107895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8513;QD=39.8356;RBI=0.112758;REFB=0.0795629;REVB=0.0327588;RO=3;SAF=9;SAR=10;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481616;STB=0.526288;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=-0.00644455;OID=.;OPOS=106471528;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:22:22:3:3:19:19:0.863636:10:9:2:1:10:9:2:1 chr14 106471534 . A C,G 214.67 PASS AF=0.166667,0.833333;AO=3,13;DP=18;FAO=3,15;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2,7;FSAR=1,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00333263,-0.0349518;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=197.652,60.8087;QD=47.7033;RBI=0.0219515,0.0990256;REFB=0,0;REVB=-0.0216971,0.0926523;RO=0;SAF=2,7;SAR=1,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0377646,0.00579106;OID=.,.;OPOS=106471534,106471534;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:18:18:0:0:3,13:3,15:0.166667,0.833333:1,6:2,7:0:0:1,8:2,7:0:0 chr14 106471547 . A G 130.68 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.078;QD=43.561;RBI=0.0996073;REFB=0;REVB=0.0958232;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00295447;OID=.;OPOS=106471547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:3:8:0:0:4:8:0:0 chr14 106471689 . A C 594.17 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.688;QD=60.9404;RBI=0.0435706;REFB=0;REVB=0.032825;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000255314;OID=.;OPOS=106471689;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr14 106478401 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434578;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.567;QD=40.7629;RBI=0.0435992;REFB=0;REVB=0.00350847;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000398637;OID=.;OPOS=106478401;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr14 106478513 . C G 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.734;QD=57.1055;RBI=0.0353727;REFB=0;REVB=0.0102318;RO=0;SAF=15;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28425e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.14621e-05;OID=.;OPOS=106478513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:40:15:0:0:40:15:0:0 chr14 106494269 . T C 1081.27 PASS AF=0.986486;AO=55;DP=74;FAO=73;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.254642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.7843;QD=58.447;RBI=0.255286;REFB=0;REVB=0.0181127;RO=1;SAF=22;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209431;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00203569;OID=.;OPOS=106494269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:74:74:1:0:55:73:0.986486:33:22:1:0:34:39:0:0 chr14 106539280 . A G 419.94 PASS AF=0.45098;AO=46;DP=102;FAO=46;FDP=102;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=0.0209573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7586;QD=16.4684;RBI=0.0235961;REFB=-0.00744614;REVB=-0.0108429;RO=55;SAF=14;SAR=32;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263073;STB=0.652414;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00822288;OID=.;OPOS=106539280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:55:56:46:46:0.45098:32:14:31:24:32:14:32:24 chr14 106552667 . A G 144.38 PASS AF=0.410256;AO=14;DP=37;FAO=16;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=0.0130905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6896;QD=14.8087;RBI=0.0221031;REFB=-0.00443411;REVB=0.0178097;RO=19;SAF=11;SAR=3;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194471;STB=0.629775;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00872948;OID=.;OPOS=106552667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:19:23:14:16:0.410256:3:11:12:7:3:13:15:8 chr14 106573251 . G A 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0257432;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.42;QD=8.89979;RBI=0.030215;REFB=-0.0127778;REVB=-0.0158188;RO=26;SAF=8;SAR=3;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0995035;STB=0.561287;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0234388;OID=.;OPOS=106573251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:3:8:17:9:3:8:17:9 chr14 106573662 . A G 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=0.0329921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.996;QD=15.1662;RBI=0.0442946;REFB=0.0116597;REVB=0.0295556;RO=20;SAF=10;SAR=5;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225101;STB=0.62776;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.0119325;OID=.;OPOS=106573662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:5:10:17:3:5:10:17:3 chr14 106667592 . G A 239.41 PASS AF=0.777778;AO=21;DP=27;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.025719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.294;QD=35.4676;RBI=0.0369703;REFB=-0.0449777;REVB=0.0265582;RO=6;SAF=11;SAR=10;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00967792;STB=0.505295;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0188071;OID=.;OPOS=106667592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:6:6:21:21:0.777778:10:11:3:3:10:11:3:3 chr14 106667786 . T C 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.080207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.057;QD=10.3902;RBI=0.0812937;REFB=0.00368393;REVB=-0.0132477;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497435;STB=0.796364;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.0189004;OID=.;OPOS=106667786;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:2:5:2:9:2:5:2:9 chr14 106725276 . G A 263.22 PASS AF=0.326531;AO=32;DP=98;FAO=32;FDP=98;FR=.;FRO=66;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=37;FSRR=29;FWDB=0.0053302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.8957;QD=10.7437;RBI=0.0151253;REFB=-0.0319725;REVB=0.014155;RO=65;SAF=20;SAR=12;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0850999;STB=0.545184;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.079548;OID=.;OPOS=106725276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:65:66:32:32:0.326531:12:20:36:29:12:20:37:29 chr14 106725315 . G A 405.01 PASS AF=0.401709;AO=47;DP=118;FAO=47;FDP=117;FR=.;FRO=70;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=40;FWDB=-0.0266545;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.275;QD=13.8463;RBI=0.0266563;REFB=-0.0130352;REVB=-0.000307593;RO=69;SAF=28;SAR=19;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169535;STB=0.599812;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0169458;OID=.;OPOS=106725315;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:69:70:47:47:0.401709:19:28:30:39:19:28:30:40 chr14 106725329 . C T 378.81 PASS AF=0.387931;AO=45;DP=116;FAO=45;FDP=116;FR=.;FRO=71;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.00411023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.502;QD=13.0625;RBI=0.0133461;REFB=-0.0292435;REVB=0.0126974;RO=70;SAF=22;SAR=23;SRF=30;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649312;STB=0.540689;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0327489;OID=.;OPOS=106725329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:70:71:45:45:0.387931:23:22:30:40:23:22:30:41 chr14 106725335 . TA CG 313.9 PASS AF=0.364486;AO=37;DP=104;FAO=39;FDP=107;FR=.;FRO=68;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=41;FWDB=0.00402542;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=2;MLLD=160.248;QD=11.7347;RBI=0.0162572;REFB=-0.0273933;REVB=0.015751;RO=61;SAF=18;SAR=19;SRF=20;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174888;STB=0.541464;STBP=0.504;TYPE=mnp;VARB=0.0343643;OID=.;OPOS=106725335;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:107:61:68:37:39:0.364486:19:18:20:41:21:18:27:41 chr14 106725338 . C T 334.96 PASS AF=0.372727;AO=40;DP=109;FAO=41;FDP=110;FR=.;FRO=69;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=0.0227616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.779;QD=12.1804;RBI=0.0383388;REFB=0.00439385;REVB=-0.0308508;RO=69;SAF=19;SAR=21;SRF=27;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935344;STB=0.560719;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.0186382;OID=.;OPOS=106725338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:69:69:40:41:0.372727:21:19:27:42:21:20:27:42 chr14 106725340 . CT TA 304.66 PASS AF=0.354545;AO=37;DP=110;FAO=39;FDP=110;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=43;FWDB=0.0583267;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=2;MLLD=80.3104;QD=11.0786;RBI=0.0597955;REFB=-0.00937164;REVB=0.0131717;RO=70;SAF=19;SAR=18;SRF=28;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128654;STB=0.560101;STBP=0.345;TYPE=mnp;VARB=0.0251058;OID=.;OPOS=106725340;OREF=CT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:70:71:37:39:0.354545:18:19:28:42:20:19:28:43 chr14 106725346 . G A 462.12 PASS AF=0.416;AO=52;DP=125;FAO=52;FDP=125;FR=.;FRO=73;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=45;FWDB=-0.00990843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.937;QD=14.7878;RBI=0.0126789;REFB=-0.0268246;REVB=0.00791053;RO=67;SAF=21;SAR=31;SRF=23;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.064248;STB=0.512355;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0271338;OID=.;OPOS=106725346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:67:73:52:52:0.416:31:21:23:44:31:21:28:45 chr14 106725658 . G A 420.04 PASS AF=0.561644;AO=41;DP=73;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0388385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.214;QD=23.0159;RBI=0.0392976;REFB=0.011238;REVB=0.00598946;RO=31;SAF=20;SAR=21;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283883;STB=0.508357;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=-0.0128579;OID=.;OPOS=106725658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:31:32:41:41:0.561644:21:20:14:17:21:20:15:17 chr14 106725662 . T C 403.71 PASS AF=0.547945;AO=40;DP=73;FAO=40;FDP=73;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0886233;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3475;QD=22.1213;RBI=0.104862;REFB=-0.000155928;REVB=0.0560524;RO=33;SAF=21;SAR=19;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0824401;STB=0.545432;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00212146;OID=.;OPOS=106725662;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:33:33:40:40:0.547945:19:21:14:19:19:21:14:19 chr14 106780634 . G A 1025.57 PASS AF=0.959459;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=74;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.000520783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.846;QD=55.4363;RBI=0.0310924;REFB=0.000807966;REVB=0.031088;RO=3;SAF=45;SAR=26;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246043;STB=0.513026;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=2.2024e-05;OID=.;OPOS=106780634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:74:74:3:3:71:71:0.959459:26:45:1:2:26:45:1:2 chr14 106780817 . A C 239.81 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0936241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.874;QD=50.4866;RBI=0.0948309;REFB=0;REVB=-0.0150811;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281958;OID=.;OPOS=106780817;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:10:8:0:0:10:9:0:0 chr14 106780956 . AG A 474.59 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0765337;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.5878;QD=46.3016;RBI=0.0890329;REFB=0;REVB=-0.0454911;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00344819;OID=.;OPOS=106780957;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:40:42:41:41:0:18:23:0:0:9:0:17:23:0:0 chr14 106791117 . G A 97.77 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0168927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8719;QD=13.486;RBI=0.0286836;REFB=-0.00842755;REVB=-0.0231816;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547084;STB=0.53211;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.01174;OID=.;OPOS=106791117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:7:5:8:9:7:5:8:9 chr14 106791119 . A G 397.2 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287082;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.741;QD=56.7435;RBI=0.0349388;REFB=0;REVB=-0.0199137;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.17378e-06;OID=.;OPOS=106791119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr14 106791200 . GC AG 109.04 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00917866;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=209.422;QD=36.3461;RBI=0.046537;REFB=0.0101018;REVB=0.0456228;RO=1;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0690901;STB=0.538392;STBP=0.547;TYPE=mnp;VARB=-0.000814284;OID=.;OPOS=106791200;OREF=GC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:6:5:0:1:6:5:0:1 chr14 106805440 . A G 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00353007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.298;QD=55.0958;RBI=0.0179257;REFB=0;REVB=-0.0175747;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127217;OID=.;OPOS=106805440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr14 106805508 . G A 57.15 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0208006;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=73.5046;QD=28.576;RBI=0.0223219;REFB=-0.145176;REVB=0.00809948;RO=1;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971198;STB=0.5554;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00767381;OID=.;OPOS=106805508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:4:3:0:1:4:3:0:1 chr14 106815723 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0411487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.829;QD=39.2068;RBI=0.0422138;REFB=0;REVB=0.00942281;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000560985;OID=.;OPOS=106815723;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr14 106845487 . C G 324.49 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=66;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0105665;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.166;QD=19.6663;RBI=0.0108283;REFB=-0.0127574;REVB=-0.00236661;RO=31;SAF=16;SAR=18;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723797;STB=0.546735;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0102686;OID=.;OPOS=106845487;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:32:34:34:0.515152:18:16:12:19:18:16:12:20 chr14 106866565 . C A 198.86 PASS AF=0.313253;AO=26;DP=80;FAO=26;FDP=83;FR=.;FRO=57;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.0470513;FXX=0.0119033;HRUN=4;LEN=1;MLLD=154.826;QD=9.58381;RBI=0.0504418;REFB=-0.0144875;REVB=0.0181811;RO=54;SAF=7;SAR=19;SRF=18;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0888644;STB=0.580088;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0345041;OID=.;OPOS=106866565;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:83:54:57:26:26:0.313253:19:7:18:36:19:7:21:36 chr14 106877390 . C G 492.16 PASS AF=0.490566;AO=51;DP=107;FAO=52;FDP=106;FR=.;FRO=54;FSAF=34;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.00565004;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.386;QD=18.5721;RBI=0.00794193;REFB=-0.0108914;REVB=0.00558133;RO=52;SAF=33;SAR=18;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10445;STB=0.572712;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0138045;OID=.;OPOS=106877390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:52:54:51:52:0.490566:18:33:28:24:18:34:28:26 chr14 106877445 . C T 525.92 PASS AF=0.470588;AO=56;DP=119;FAO=56;FDP=119;FR=.;FRO=63;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=-0.0185793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9475;QD=17.6781;RBI=0.0440189;REFB=-0.0265285;REVB=-0.0399058;RO=62;SAF=37;SAR=19;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174542;STB=0.601777;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0547156;OID=.;OPOS=106877445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:62:63:56:56:0.470588:19:37:30:32:19:37:30:33 chr14 106877447 . A ATGATCT 524.56 PASS AF=0.478261;AO=55;DP=116;FAO=55;FDP=115;FR=.;FRO=60;FSAF=37;FSAR=18;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0186646;FXX=0.0254216;HRUN=0;LEN=6;MLLD=265.445;QD=18.2456;RBI=0.018809;REFB=-0.0190901;REVB=0.00232581;RO=58;SAF=37;SAR=18;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231117;STB=0.620883;STBP=0.027;TYPE=ins;VARB=0.0227827;OID=.;OPOS=106877448;OREF=-;OALT=TGATCT;OMAPALT=ATGATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.478261:55:116:55:115:60:37:18:27:33:99:58:37:18:25:33 chr14 106877519 . A G 220.14 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0315793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4899;QD=17.6115;RBI=0.0467432;REFB=-0.0161236;REVB=-0.0344626;RO=27;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177218;STB=0.590826;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0398299;OID=.;OPOS=106877519;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:28:22:22:0.44:9:13:11:16:9:13:12:16 chr14 106877551 . A C 198.46 PASS AF=0.555556;AO=17;DP=33;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0764423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8752;QD=22.0514;RBI=0.0844713;REFB=-0.0343072;REVB=0.035944;RO=15;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208164;STB=0.651006;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0395121;OID=.;OPOS=106877551;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:36:15:16:17:20:0.555556:11:6:9:6:14:6:10:6 chr14 106877556 . C G 86.46 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0203306;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=156.758;QD=11.156;RBI=0.0237424;REFB=-0.0282644;REVB=-0.0122624;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231162;STB=0.63614;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.041098;OID=.;OPOS=106877556;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:31:31:20:20:11:11:0.354839:6:5:5:15:6:5:5:15 chr14 106877646 . T C 49.05 PASS AF=0.163265;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0282268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.638;QD=4.00424;RBI=0.0286387;REFB=-0.00940242;REVB=-0.00483927;RO=40;SAF=2;SAR=6;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413316;STB=0.785734;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0625392;OID=.;OPOS=106877646;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:49:40:41:8:8:0.163265:6:2:24:16:6:2:25:16 chr14 106877700 . G T 269.56 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.000342433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.316;QD=14.1872;RBI=0.00843264;REFB=-0.00817988;REVB=-0.00842569;RO=45;SAF=7;SAR=24;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244688;STB=0.640558;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0129427;OID=.;OPOS=106877700;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:45:45:31:31:0.407895:24:7:19:26:24:7:19:26 chr14 106878056 . T G 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0155186;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.774;QD=16.2717;RBI=0.0168626;REFB=0.0120368;REVB=0.0065969;RO=18;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0745182;STB=0.542801;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.0136697;OID=.;OPOS=106878056;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:8:7:7:11:8:7:7:11 chr14 106878067 . T G 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00657445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.344;QD=17.956;RBI=0.0256455;REFB=-0.0202532;REVB=-0.0247884;RO=16;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562335;STB=0.513497;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.018449;OID=.;OPOS=106878067;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:16:17:16:16:0.484848:9:7:6:10:9:7:7:10 chr14 106878071 . A G 148.01 PASS AF=0.484848;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0322721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.302;QD=17.9401;RBI=0.0391831;REFB=-0.030987;REVB=0.0222223;RO=17;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0512395;STB=0.513497;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0170849;OID=.;OPOS=106878071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:17:17:15:16:0.484848:8:7:7:10:9:7:7:10 chr14 106993886 . A G 43.76 PASS AF=0.25;AO=6;DP=27;FAO=7;FDP=28;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00618026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.838;QD=6.25109;RBI=0.0399132;REFB=-0.0158078;REVB=-0.0394318;RO=20;SAF=5;SAR=1;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42192;STB=0.651721;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.036938;OID=.;OPOS=106993886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:27:28:20:21:6:7:0.25:1:5:10:10:2:5:11:10 chr14 107048702 . G A 92.86 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=37;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00246136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.007;QD=9.52367;RBI=0.0464203;REFB=-0.0238665;REVB=-0.046355;RO=26;SAF=9;SAR=2;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292859;STB=0.557431;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0507387;OID=.;OPOS=107048702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:37:39:26:26:11:13:0.333333:2:9:16:10:4:9:16:10 chr14 107048749 . C G 90.04 PASS AF=0.26087;AO=12;DP=46;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.067831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0368;QD=7.82936;RBI=0.0728836;REFB=-0.000547255;REVB=-0.026664;RO=34;SAF=8;SAR=4;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203669;STB=0.62665;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00019038;OID=.;OPOS=107048749;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:46:46:34:34:12:12:0.26087:4:8:17:17:4:8:17:17 chr14 107078567 . T C 238.78 PASS AF=0.411765;AO=28;DP=68;FAO=28;FDP=68;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0258689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.985;QD=14.0456;RBI=0.0260133;REFB=-0.012695;REVB=-0.00273715;RO=39;SAF=8;SAR=20;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248621;STB=0.636261;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0123941;OID=.;OPOS=107078567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:39:40:28:28:0.411765:20:8:20:19:20:8:20:20 chr14 107078790 . C T 968.1 PASS AF=0.971429;AO=67;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0360942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.003;QD=55.3198;RBI=0.0495845;REFB=-0.171401;REVB=0.0339975;RO=2;SAF=30;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304618;STB=0.516124;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.000719889;OID=.;OPOS=107078790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:70:2:2:67:68:0.971429:37:30:2:0:38:30:2:0 chr14 107083424 . T C 247.54 PASS AF=0.263158;AO=33;DP=145;FAO=40;FDP=152;FR=.;FRO=112;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=61;FSRR=51;FWDB=-0.00105484;FXX=0.00653552;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.357;QD=6.51426;RBI=0.0183035;REFB=-0.0063559;REVB=-0.0182731;RO=96;SAF=14;SAR=19;SRF=51;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132332;STB=0.514524;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.018945;OID=.;OPOS=107083424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:152:96:112:33:40:0.263158:19:14:51:45:19:21:61:51 chr14 107083633 . T C 690.22 PASS AF=0.613208;AO=64;DP=107;FAO=65;FDP=106;FR=.;FRO=41;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0129378;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3464;QD=26.0459;RBI=0.0269244;REFB=0.0156113;REVB=-0.0236121;RO=40;SAF=29;SAR=35;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510596;STB=0.53511;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=-0.0103919;OID=.;OPOS=107083633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:40:41:64:65:0.613208:35:29:21:19:36:29:22:19 chr14 107095326 . C T 805.96 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0579016;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.925;QD=55.5831;RBI=0.0579498;REFB=-0.0841361;REVB=0.00236317;RO=1;SAF=24;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192443;STB=0.510201;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00423302;OID=.;OPOS=107095326;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:58:1:1:57:57:0.982759:33:24:1:0:33:24:1:0 chr14 107113851 . C T 179.88 PASS AF=0.370968;AO=21;DP=61;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=0.00502973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.412;QD=11.6048;RBI=0.00741867;REFB=-0.0209011;REVB=0.0054533;RO=39;SAF=10;SAR=11;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126046;STB=0.542981;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0404839;OID=.;OPOS=107113851;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:39:39:21:23:0.370968:11:10:23:16:11:12:23:16 chr14 107114009 . T C 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0467312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5053;QD=18.7449;RBI=0.0545541;REFB=-0.070306;REVB=-0.0281485;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275654;STB=0.516083;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0131458;OID=.;OPOS=107114009;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:5:2:1:3:5:2:1:3 chr14 107114193 . A G 112.6 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0382499;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.633;QD=16.0857;RBI=0.0442698;REFB=-0.0299027;REVB=0.022288;RO=14;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412168;STB=0.545384;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0247043;OID=.;OPOS=107114193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:15:13:13:0.464286:5:8:8:6:5:8:8:7 chr14 107131246 . C T 43.68 PASS AF=0.75;AO=4;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0196854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=171.271;QD=21.842;RBI=0.0336233;REFB=0.00277745;REVB=0.0272582;RO=2;SAF=3;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161039;STB=0.624528;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=-0.000440611;OID=.;OPOS=107131246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:4:6:0.75:1:3:1:1:1:5:1:1 chr14 107131410 . A G 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0619205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0607;QD=9.56885;RBI=0.0696491;REFB=0.00103724;REVB=0.0318881;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354635;STB=0.521685;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00421811;OID=.;OPOS=107131410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:4:4:7:8:4:4:7:8 chr14 107170005 . T C 220.71 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.00285906;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.904;QD=18.0171;RBI=0.0343383;REFB=-0.0159019;REVB=-0.0342191;RO=27;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032077;STB=0.518202;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0165763;OID=.;OPOS=107170005;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:14:8:9:18:14:8:9:18 chr14 107170055 . G A 268.85 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0287124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.484;QD=22.4044;RBI=0.0296476;REFB=-0.0477143;REVB=0.0073875;RO=23;SAF=8;SAR=17;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270484;STB=0.515139;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0193951;OID=.;OPOS=107170055;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:17:8:8:15:17:8:8:15 chr14 107170062 . A G 253.52 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.02201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.8081;QD=21.1265;RBI=0.0441591;REFB=-0.0612842;REVB=-0.038283;RO=23;SAF=8;SAR=16;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0287827;STB=0.52379;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0546208;OID=.;OPOS=107170062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:24:24:24:0.5:16:8:7:16:16:8:7:17 chr14 107170174 . C T 47.67 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.107441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.094;QD=11.9176;RBI=0.112084;REFB=-0.0128218;REVB=0.0319269;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163877;STB=0.5997;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0276631;OID=.;OPOS=107170174;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:4:5:5:2:4:5 chr14 107178832 . A G 1339.29 PASS AF=0.988636;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0297908;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5464;QD=60.8767;RBI=0.0594534;REFB=0.0124647;REVB=-0.0514511;RO=1;SAF=39;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976975;STB=0.505153;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=-0.000465661;OID=.;OPOS=107178832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:88:1:1:87:87:0.988636:48:39:0:1:48:39:0:1 chr14 107178899 . T G 415.17 PASS AF=0.462366;AO=42;DP=92;FAO=43;FDP=93;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.0275509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.165;QD=17.8568;RBI=0.0275617;REFB=-0.0211943;REVB=0.000772397;RO=49;SAF=14;SAR=28;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139358;STB=0.574097;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.010144;OID=.;OPOS=107178899;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:49:50:42:43:0.462366:28:14:23:26:28:15:24:26 chr14 107178938 . T C 328.75 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.0132971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.073;QD=15.4705;RBI=0.013534;REFB=-0.0217772;REVB=0.00252128;RO=49;SAF=17;SAR=19;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448361;STB=0.525298;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0204428;OID=.;OPOS=107178938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:36:36:0.423529:19:17:21:28:19:17:21:28 chr14 107178965 . A C 282.93 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.00186245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.99;QD=14.8908;RBI=0.0138024;REFB=-0.01685;REVB=0.0136762;RO=42;SAF=18;SAR=14;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180836;STB=0.600915;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0244481;OID=.;OPOS=107178965;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:42:44:32:32:0.421053:14:18:16:26:14:18:17:27 chr14 107179017 . A G 199.88 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=22;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.017228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143;QD=13.5512;RBI=0.0281131;REFB=-0.00523953;REVB=-0.0222158;RO=35;SAF=22;SAR=2;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.642224;STB=0.875068;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0032526;OID=.;OPOS=107179017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:35:35:24:24:0.40678:2:22:14:21:2:22:14:21 chr14 107179063 . T C 146.63 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0134296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.356;QD=10.4737;RBI=0.0439859;REFB=0.00654227;REVB=-0.0418856;RO=36;SAF=18;SAR=1;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.602093;STB=0.867647;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-0.0132186;OID=.;OPOS=107179063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:37:19:19:0.339286:1:18:22:14:1:18:23:14 chr14 107179106 . C T 107.8 PASS AF=0.22973;AO=17;DP=73;FAO=17;FDP=74;FR=.;FRO=57;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=44;FSRR=13;FWDB=0.00609529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.254;QD=5.8271;RBI=0.0555605;REFB=-0.0226448;REVB=0.0552252;RO=55;SAF=14;SAR=3;SRF=43;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816117;STB=0.562735;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.0782688;OID=.;OPOS=107179106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:55:57:17:17:0.22973:3:14:43:12:3:14:44:13 chr14 107179211 . A G 147.0 PASS AF=0.269231;AO=21;DP=78;FAO=21;FDP=78;FR=.;FRO=57;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=20;FWDB=-0.00474345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.563;QD=7.53833;RBI=0.0315557;REFB=-0.0101076;REVB=0.0311972;RO=56;SAF=13;SAR=8;SRF=36;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307862;STB=0.523538;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0288679;OID=.;OPOS=107179211;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:56:57:21:21:0.269231:8:13:36:20:8:13:37:20 chr14 107179243 . G A 179.06 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.0414234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6431;QD=10.8523;RBI=0.0753548;REFB=-0.00892603;REVB=-0.062948;RO=43;SAF=11;SAR=12;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0891566;STB=0.551861;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0191301;OID=.;OPOS=107179243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:43:23:23:0.348485:12:11:24:19:12:11:24:19 chr14 107179254 . T C 181.18 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0126087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4846;QD=11.3239;RBI=0.0322376;REFB=0.0256401;REVB=-0.0296696;RO=41;SAF=11;SAR=12;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374353;STB=0.52172;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=-0.0390008;OID=.;OPOS=107179254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:12:11:21:20:12:11:21:20 chr14 107179268 . A G 191.07 PASS AF=0.403509;AO=22;DP=56;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00820971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.225;QD=13.4085;RBI=0.0134272;REFB=-0.00479912;REVB=-0.0106249;RO=33;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0158109;STB=0.504583;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00665012;OID=.;OPOS=107179268;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:33:34:22:23:0.403509:11:11:16:17:12:11:16:18 chr14 107211211 . G A 47.88 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00629592;FXX=0.049975;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.923;QD=10.0801;RBI=0.0177442;REFB=-0.00221118;REVB=0.0165897;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311223;STB=0.691747;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0105257;OID=.;OPOS=107211211;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:19:19:12:12:7:7:0.368421:2:5:5:7:2:5:5:7 chr14 107282935 . A T 30.2 PASS AF=0.0782609;AO=9;DP=115;FAO=9;FDP=115;FR=.;FRO=106;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=61;FSRR=45;FWDB=-0.0414372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.5407;QD=1.05057;RBI=0.0418228;REFB=0.000706902;REVB=-0.00566594;RO=105;SAF=5;SAR=4;SRF=60;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178571;STB=0.518623;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=-0.0193587;OID=.;OPOS=107282935;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:115:115:105:106:9:9:0.0782609:4:5:60:45:4:5:61:45 chr14 107283156 . A G 162.95 PASS AF=0.305556;AO=22;DP=73;FAO=22;FDP=72;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00152051;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.845;QD=9.0528;RBI=0.0365244;REFB=-0.00646035;REVB=-0.0364928;RO=45;SAF=14;SAR=8;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121915;STB=0.583256;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0228293;OID=.;OPOS=107283156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:45:50:22:22:0.305556:8:14:24:21:8:14:26:24 chr14 107283160 . C T 268.91 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=-0.00923914;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.917;QD=13.9692;RBI=0.00953854;REFB=-0.0180216;REVB=0.00237111;RO=46;SAF=14;SAR=17;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118805;STB=0.567569;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0347181;OID=.;OPOS=107283160;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:46:46:31:31:0.402597:17:14:26:20:17:14:26:20 chr15 20462603 . G T 170.5 PASS AF=0.302632;AO=23;DP=76;FAO=23;FDP=76;FR=.;FRO=53;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.00403223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.311;QD=8.97356;RBI=0.0226154;REFB=-0.00416381;REVB=0.022253;RO=52;SAF=13;SAR=10;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209338;STB=0.628688;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00395064;OID=.;OPOS=20462603;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:52:53:23:23:0.302632:10:13:20:32:10:13:20:33 chr15 20462613 . G C 71.88 PASS AF=0.173333;AO=13;DP=73;FAO=13;FDP=75;FR=.;FRO=62;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=36;FWDB=-0.00697303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.949;QD=3.83383;RBI=0.018618;REFB=-0.00400267;REVB=-0.0172628;RO=60;SAF=6;SAR=7;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355838;STB=0.535216;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0305625;OID=.;OPOS=20462613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:73:75:60:62:13:13:0.173333:7:6:26:34:7:6:26:36 chr15 20476906 . T C 184.68 PASS AF=0.261682;AO=26;DP=106;FAO=28;FDP=107;FR=.;FRO=79;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=-0.00276492;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.114;QD=6.90404;RBI=0.0346339;REFB=-0.0126164;REVB=0.0345233;RO=79;SAF=15;SAR=11;SRF=43;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410288;STB=0.506376;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.030232;OID=.;OPOS=20476906;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:79:79:26:28:0.261682:11:15:43:36:13:15:43:36 chr15 20588705 . C A 157.83 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.000697733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8244;QD=12.1407;RBI=0.0276716;REFB=-0.0106644;REVB=0.0276628;RO=33;SAF=6;SAR=13;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344712;STB=0.700391;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0197399;OID=.;OPOS=20588705;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:13:6:21:12:13:6:21:12 chr15 20645827 . A G 421.24 PASS AF=0.72549;AO=37;DP=51;FAO=37;FDP=51;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00968648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.188;QD=33.0382;RBI=0.0105454;REFB=-0.00653963;REVB=-0.00416869;RO=13;SAF=9;SAR=28;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410014;STB=0.540667;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00374635;OID=.;OPOS=20645827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:13:14:37:37:0.72549:28:9:4:9:28:9:5:9 chr15 20648687 . GCAGA G 50.0 PASS AO=68;DP=190;LEN=4;RO=122;SAF=24;SAR=52;SRF=64;SRR=50;TYPE=del;FR=.;OID=.;OPOS=20648688;OREF=CAGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:190:122:68:52:24:64:50 chr15 20874897 . A G 3241.6 PASS AF=1;AO=211;DP=212;FAO=211;FDP=211;FR=.;FRO=0;FSAF=95;FSAR=116;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038941;FXX=0.00471676;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.942;QD=61.4522;RBI=0.0393028;REFB=-0.0297697;REVB=-0.0053203;RO=1;SAF=95;SAR=116;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00408927;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.82044e-05;OID=.;OPOS=20874897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:212:211:1:0:211:211:1:116:95:0:1:116:95:0:0 chr15 20874927 . T A 307.98 PASS AF=0.240196;AO=44;DP=202;FAO=49;FDP=204;FR=.;FRO=155;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=67;FSRR=88;FWDB=-0.00465881;FXX=0.0144921;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.036;QD=6.0388;RBI=0.0190455;REFB=-0.00136371;REVB=0.0184669;RO=152;SAF=16;SAR=28;SRF=66;SRR=86;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0935037;STB=0.535033;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00439687;OID=.;OPOS=20874927;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:202:204:152:155:44:49:0.240196:28:16:66:86:30:19:67:88 chr15 20876515 . A G 2405.23 PASS AF=0.993711;AO=157;DP=159;FAO=158;FDP=159;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=66;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0376923;FXX=0.00624961;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.925;QD=60.5089;RBI=0.0462714;REFB=-0.0892268;REVB=0.026839;RO=1;SAF=92;SAR=65;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00514361;STB=0.502702;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000266841;OID=.;OPOS=20876515;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:159:159:1:1:157:158:0.993711:65:92:1:0:66:92:1:0 chr15 22368855 . T C 430.9 PASS AF=0.444444;AO=48;DP=108;FAO=48;FDP=108;FR=.;FRO=60;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.0024163;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.405;QD=15.9591;RBI=0.0109682;REFB=-0.0101744;REVB=0.0106987;RO=60;SAF=17;SAR=31;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10035;STB=0.556257;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0118966;OID=.;OPOS=22368855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:60:60:48:48:0.444444:31:17:27:33:31:17:27:33 chr15 22368862 . G A 1461.65 PASS AF=0.979167;AO=94;DP=96;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0638594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1767;QD=60.902;RBI=0.0709008;REFB=0.00704493;REVB=-0.0308041;RO=2;SAF=37;SAR=57;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0163452;STB=0.508619;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.000277116;OID=.;OPOS=22368862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:96:96:2:2:94:94:0.979167:57:37:0:2:57:37:0:2 chr15 22368905 . G A 221.74 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.020882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.664;QD=12.3189;RBI=0.0210736;REFB=-0.00424697;REVB=0.002835;RO=45;SAF=14;SAR=13;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200841;STB=0.614832;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00932927;OID=.;OPOS=22368905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:45:45:27:27:0.375:13:14:15:30:13:14:15:30 chr15 22368957 . C T 277.68 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0045897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.491;QD=16.3341;RBI=0.00577781;REFB=-0.0128492;REVB=-0.00350967;RO=37;SAF=15;SAR=16;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106864;STB=0.560037;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0149247;OID=.;OPOS=22368957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:16:15:22:15:16:15:22:15 chr15 22369132 . G A 241.17 PASS AF=0.424242;AO=28;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00837203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=244.65;QD=14.6165;RBI=0.0091857;REFB=-0.00687591;REVB=-0.00377972;RO=38;SAF=10;SAR=18;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408929;STB=0.523239;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0105997;OID=.;OPOS=22369132;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:28:28:0.424242:18:10:15:23:18:10:15:23 chr15 22369179 . A T 95.15 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0171433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.977;QD=11.1946;RBI=0.0202908;REFB=0.00214352;REVB=-0.0108546;RO=22;SAF=5;SAR=7;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16764;STB=0.598805;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=-0.004702;OID=.;OPOS=22369179;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:7:5:6:16:7:5:6:16 chr15 22369248 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00567264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.107;QD=60.6097;RBI=0.0320061;REFB=0;REVB=0.0314994;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182351;OID=.;OPOS=22369248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:22:15:0:0:22:16:0:0 chr15 22369290 . A G 176.96 PASS AF=0.343284;AO=23;DP=67;FAO=23;FDP=67;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.00663139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9872;QD=10.5647;RBI=0.00909908;REFB=-0.015788;REVB=-0.0062304;RO=43;SAF=14;SAR=9;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235996;STB=0.629708;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0216685;OID=.;OPOS=22369290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:44:23:23:0.343284:9:14:17:26:9:14:18:26 chr15 22369426 . G A 253.07 PASS AF=0.322917;AO=31;DP=96;FAO=31;FDP=96;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=-0.00895969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.818;QD=10.5447;RBI=0.017019;REFB=-0.00201547;REVB=0.0144697;RO=65;SAF=17;SAR=14;SRF=28;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135862;STB=0.579108;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00386981;OID=.;OPOS=22369426;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:65:65:31:31:0.322917:14:17:28:37:14:17:28:37 chr15 22382704 . G C 126.06 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00519051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8637;QD=10.9621;RBI=0.0317899;REFB=-0.0199982;REVB=-0.0313633;RO=31;SAF=4;SAR=11;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.391368;STB=0.733022;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.039134;OID=.;OPOS=22382704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:11:4:19:12:11:4:19:12 chr15 22382739 . A G 445.49 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0115686;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=255.791;QD=52.4107;RBI=0.0172312;REFB=0.00140617;REVB=0.0127704;RO=1;SAF=22;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207543;STB=0.512704;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=-5.31134e-06;OID=.;OPOS=22382739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:1:2:32:32:0.941176:10:22:1:0:10:22:1:1 chr15 22382795 . G A 219.7 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.0698777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.2445;QD=17.5762;RBI=0.0897093;REFB=-0.0087983;REVB=0.0562571;RO=28;SAF=13;SAR=9;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165649;STB=0.509425;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.015779;OID=.;OPOS=22382795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:28:22:22:0.44:9:13:17:11:9:13:17:11 chr15 22382897 . A G 517.43 PASS AF=0.510204;AO=49;DP=99;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=26;FWDB=-0.0280582;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3744;QD=21.1197;RBI=0.0736816;REFB=-0.0296231;REVB=-0.0681302;RO=47;SAF=21;SAR=28;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355095;STB=0.519143;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0286102;OID=.;OPOS=22382897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:98:47:48:49:50:0.510204:28:21:22:25:29:21:22:26 chr15 22383066 . A G 288.64 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0323955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3877;QD=16.2616;RBI=0.0365857;REFB=-0.0104542;REVB=-0.0170013;RO=39;SAF=13;SAR=19;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803639;STB=0.545263;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0186016;OID=.;OPOS=22383066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:19:13:19:20:19:13:19:20 chr15 22383189 . G A 564.19 PASS AF=0.607143;AO=51;DP=84;FAO=51;FDP=84;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00597313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.459;QD=26.866;RBI=0.0127996;REFB=-0.00213594;REVB=0.0113204;RO=32;SAF=22;SAR=29;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712275;STB=0.545095;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00129253;OID=.;OPOS=22383189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:32:33:51:51:0.607143:29:22:17:15:29:22:18:15 chr15 22383482 . GA G 130.61 PASS AF=0.56;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00199678;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.213;QD=20.8969;RBI=0.0168826;REFB=-0.002617;REVB=0.0167641;RO=10;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182643;STB=0.585674;STBP=0.385;TYPE=del;VARB=0.00202826;OID=.;OPOS=22383483;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.56:14:26:14:25:11:5:9:6:5:88:10:5:9:6:4 chr15 22413700 . A G 673.02 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=47;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0112682;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2579;QD=58.5235;RBI=0.0159286;REFB=-0.0585626;REVB=0.0112583;RO=3;SAF=23;SAR=21;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172786;STB=0.5102;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00692738;OID=.;OPOS=22413700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:47:46:3:1:44:45:0.978261:21:23:2:1:21:24:1:0 chr15 22413825 . C T 538.41 PASS AF=0.471074;AO=57;DP=121;FAO=57;FDP=121;FR=.;FRO=64;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.00438324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.437;QD=17.7988;RBI=0.0505219;REFB=-0.0100377;REVB=-0.0503314;RO=64;SAF=28;SAR=29;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214247;STB=0.511894;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0122774;OID=.;OPOS=22413825;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:64:64:57:57:0.471074:29:28:30:34:29:28:30:34 chr15 22440297 . A G 137.21 PASS AF=0.551724;AO=13;DP=27;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0316214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1604;QD=18.9255;RBI=0.0685331;REFB=-0.0172174;REVB=0.0608019;RO=12;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281085;STB=0.524199;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0237527;OID=.;OPOS=22440297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:29:12:13:13:16:0.551724:8:5:5:7:9:7:5:8 chr15 22440322 . A G 178.71 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0155545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.273;QD=22.3385;RBI=0.0207718;REFB=-0.0171523;REVB=-0.0137668;RO=14;SAF=9;SAR=9;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111377;STB=0.562432;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0118772;OID=.;OPOS=22440322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:9:9:5:9:9:9:5:9 chr15 22440816 . A G 285.33 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0104418;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.304;QD=23.292;RBI=0.0313077;REFB=-0.0362498;REVB=-0.0295151;RO=23;SAF=10;SAR=16;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155532;STB=0.586145;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0207249;OID=.;OPOS=22440816;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:23:23:26:26:0.530612:16:10:5:18:16:10:5:18 chr15 22448406 . G A 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00153667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.936;QD=18.2483;RBI=0.0896605;REFB=-0.0104658;REVB=-0.0896473;RO=12;SAF=11;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310086;STB=0.681092;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.0103836;OID=.;OPOS=22448406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:2:11:7:5:2:11:7:5 chr15 22448752 . C T 274.93 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0105525;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.87;QD=21.5634;RBI=0.0236657;REFB=0.000188926;REVB=0.0211828;RO=24;SAF=10;SAR=18;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157937;STB=0.596471;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-2.25893e-05;OID=.;OPOS=22448752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:24:23:28:28:0.54902:18:10:13:11:18:10:13:10 chr15 22840279 . G T 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0258127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.636;QD=15.9167;RBI=0.0444895;REFB=-0.0104712;REVB=-0.0362356;RO=15;SAF=10;SAR=3;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417614;STB=0.74247;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.0141374;OID=.;OPOS=22840279;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:3:10:5:10:3:10:5:10 chr15 22861901 . G A 228.81 PASS AF=0.358974;AO=28;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=38;FWDB=0.00527016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.584;QD=11.7338;RBI=0.0121025;REFB=-0.00628446;REVB=-0.0108948;RO=50;SAF=15;SAR=13;SRF=12;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326062;STB=0.685366;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0081399;OID=.;OPOS=22861901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:50:50:28:28:0.358974:13:15:12:38:13:15:12:38 chr15 22873784 . C T 552.54 PASS AF=0.617284;AO=49;DP=81;FAO=50;FDP=81;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.00555911;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.526;QD=27.2858;RBI=0.0105258;REFB=-0.0156411;REVB=0.00893802;RO=31;SAF=17;SAR=32;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00617986;STB=0.502145;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00672836;OID=.;OPOS=22873784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:31:31:49:50:0.617284:32:17:11:20:32:18:11:20 chr15 22926229 . G A 923.21 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131408;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1763;QD=58.6168;RBI=0.0132886;REFB=0;REVB=0.00197647;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.32619e-05;OID=.;OPOS=22926229;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:26:37:0:0:26:37:0:0 chr15 23006358 . CT C,TC 38.81 PASS AF=0.296296,0.037037;AO=8,2;DP=28;FAO=8,1;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5,0;FSAR=3,1;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.155027,-0.117552;FXX=0.0357015;HRUN=4,1;LEN=1,2;MLLD=15.9463,25.2818;QD=5.74901;RBI=0.178205,0.144507;REFB=-0.0421897,-0.0379357;REVB=-0.0878854,-0.0840465;RO=16;SAF=5,1;SAR=3,1;SRF=7;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0.301724,0;SSSB=0.202856,0.062606;STB=0.624688,0.988646;STBP=0.451,0.471;TYPE=del,mnp;VARB=0.0559973,0.0345661;OID=.,.;OPOS=23006359,23006358;OREF=T,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:28:27:16:18:8,2:8,1:0.296296,0.037037:3,1:5,1:7:9:3,1:5,0:8:10 chr15 23006364 . GAAAAG GAAAG,GAAAGA 36.54 PASS AF=0.269231,0.0384615;AO=8,2;DP=29;FAO=7,1;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=4,1;FSAR=3,0;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0926821,-0.237661;FXX=0.0370233;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=8.84331,16.0719;QD=5.62214;RBI=0.275945,0.259598;REFB=-0.0776224,-0.0345795;REVB=-0.259915,-0.104444;RO=14;SAF=3,2;SAR=5,0;SRF=6;SRR=8;SSEN=0.326087,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0583904,0.576453;STB=0.702782,0.993738;STBP=0.247,0.159;TYPE=del,mnp;VARB=0.00432635,0.0706135;OID=.,.;OPOS=23006365,23006368;OREF=A,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=GAAAG,GAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.269231,0.0384615:8,2:29:7,1:26:18:4,1:3,0:5:13:31:14:3,2:5,0:6:8 chr15 23006707 . C A 179.58 PASS AF=0.303797;AO=24;DP=79;FAO=24;FDP=79;FR=.;FRO=55;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0313303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.7371;QD=9.09251;RBI=0.0345152;REFB=0.00484053;REVB=-0.0144813;RO=55;SAF=13;SAR=11;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170242;STB=0.510066;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=-0.0101142;OID=.;OPOS=23006707;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:55:55:24:24:0.303797:11:13:29:26:11:13:29:26 chr15 23021235 . GCCCT GCCC,GCCCTT,GCCT,GCCTT 406.48 PASS AF=0.662338,0,0.337662,0;AO=11,12,10,13;DP=78;FAO=51,0,26,0;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=31,0,13,0;FSAR=20,0,13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=1.19503,-1.24791,-0.062725,-0.690075;FXX=0.0128189;HRUN=8,8,3,3;LEN=1,1,1,1;MLLD=5.08435,5.92603,21.267,24.6497;QD=21.1156;RBI=1.31218,1.35456,0.235329,0.787742;REFB=0.0799041,-0.0790124,0.0226649,-0.0487093;REVB=0.541949,-0.526822,-0.226815,-0.379912;RO=26;SAF=4,11,2,7;SAR=7,1,8,6;SRF=16;SRR=10;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.28415,0.501789,-0.48297,-0.0871439;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=del,ins,del,snp;VARB=0.0293889,0.0545978,0.0547777,-0.1901;OID=.,.,.,.;OPOS=23021239,23021239,23021236,23021238;OREF=T,-,C,C;OALT=-,T,-,T;OMAPALT=GCCC,GCCCTT,GCCT,GCCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.662338,0,0.337662,0:11,12,10,13:78:51,0,26,0:77:0:31,0,13,0:20,0,13,0:0:0:99:26:4,11,2,7:7,1,8,6:16:10 chr15 23052632 . T C 1249.98 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0144894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.025;QD=60.2399;RBI=0.0190135;REFB=-0.0422352;REVB=0.0123114;RO=1;SAF=43;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108864;STB=0.505746;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.000686919;OID=.;OPOS=23052632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:39:43:1:0:39:43:1:0 chr15 23059394 . C T 557.09 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125042;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.833;QD=60.226;RBI=0.0134327;REFB=0;REVB=-0.00490745;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34286e-05;OID=.;OPOS=23059394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:13:24:0:0:13:24:0:0 chr15 23098401 . C T 780.23 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.001;QD=63.6924;RBI=0.063753;REFB=0;REVB=0.0486184;RO=0;SAF=35;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.04037e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000223106;OID=.;OPOS=23098401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:47:49:1:12:35:0:0:13:36:0:0 chr15 23098449 . C T 1255.27 PASS AF=0.934066;AO=85;DP=92;FAO=85;FDP=91;FR=.;FRO=6;FSAF=60;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0152005;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.034;QD=55.1769;RBI=0.0574029;REFB=-0.0375517;REVB=0.0553537;RO=5;SAF=60;SAR=25;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133126;STB=0.503105;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.00383932;OID=.;OPOS=23098449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:92:91:5:6:85:85:0.934066:25:60:3:2:25:60:4:2 chr15 23158293 . A C 467.16 PASS AF=0.651515;AO=43;DP=66;FAO=43;FDP=66;FR=.;FRO=23;FSAF=34;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=0.00793239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.617;QD=28.3129;RBI=0.0219361;REFB=-0.00636843;REVB=-0.0204516;RO=23;SAF=34;SAR=9;SRF=20;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805201;STB=0.543605;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0038871;OID=.;OPOS=23158293;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:23:23:43:43:0.651515:9:34:20:3:9:34:20:3 chr15 23259835 . C T 262.97 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0509186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.503;QD=47.8127;RBI=0.051061;REFB=-0.00909692;REVB=-0.00381123;RO=1;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401224;STB=0.521719;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00122687;OID=.;OPOS=23259835;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:11:10:0:1:11:10:0:1 chr15 23261950 . A G 453.77 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00251495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.766;QD=55.0028;RBI=0.0234867;REFB=0.0164546;REVB=-0.0233517;RO=1;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0266731;STB=0.514277;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00479253;OID=.;OPOS=23261950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:17:15:0:1:17:15:0:1 chr15 23326356 . G C 315.55 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.00335275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.265;QD=25.2442;RBI=0.013902;REFB=-0.00883168;REVB=0.0134917;RO=22;SAF=21;SAR=7;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236858;STB=0.513148;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.00497493;OID=.;OPOS=23326356;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:7:21:16:6:7:21:16:6 chr15 23685009 . TC AT 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0546315;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=158.955;QD=14.0438;RBI=0.0617677;REFB=-0.0148565;REVB=0.028821;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28673;STB=0.666163;STBP=0.725;TYPE=mnp;VARB=0.00674744;OID=.;OPOS=23685009;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:0:4:4:1:0:4 chr15 23686598 . T C 115.98 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2221;QD=42.176;RBI=0.074211;REFB=0;REVB=-0.0691638;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00524171;OID=.;OPOS=23686598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr15 23686673 . G A 612.2 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.043962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1761;QD=61.2195;RBI=0.108494;REFB=0;REVB=0.0991883;RO=0;SAF=36;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.3999e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00174202;OID=.;OPOS=23686673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:4:36:0:0:4:36:0:0 chr15 23686704 . C T 43.15 PASS AF=0.137931;AO=7;DP=59;FAO=8;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=41;FSRR=5;FWDB=-0.0182544;FXX=0.0169463;HRUN=4;LEN=1;MLLD=24.4146;QD=2.97584;RBI=0.0292654;REFB=-0.0516993;REVB=-0.0228744;RO=40;SAF=6;SAR=1;SRF=37;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214784;STB=0.533254;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=0.206805;OID=.;OPOS=23686704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:59:58:40:46:7:8:0.137931:1:6:37:3:1:7:41:5 chr15 23687214 . C G 1510.49 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114846;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9422;QD=59.8213;RBI=0.0251017;REFB=0;REVB=-0.0223203;RO=0;SAF=45;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138169;OID=.;OPOS=23687214;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:56:45:0:0:56:45:0:0 chr15 23688944 . A G 1115.48 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0219793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.9557;QD=60.2965;RBI=0.0227998;REFB=0;REVB=-0.00606152;RO=0;SAF=34;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129981;OID=.;OPOS=23688944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:39:34:0:0:40:34:0:0 chr15 23690543 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00250486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=316.635;QD=40.7629;RBI=0.0201413;REFB=0;REVB=-0.0199849;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161408;OID=.;OPOS=23690543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr15 23811592 . C T 375.46 PASS AF=0.654545;AO=29;DP=54;FAO=36;FDP=55;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.00461872;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=122.122;QD=27.3062;RBI=0.0169951;REFB=-0.0108854;REVB=0.0163554;RO=15;SAF=6;SAR=23;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337331;STB=0.686061;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00339341;OID=.;OPOS=23811592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:15:19:29:36:0.654545:23:6:10:5:29:7:12:7 chr15 23931507 . G A 96.47 PASS AF=0.25;AO=15;DP=61;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=0.022099;FXX=0.0163908;HRUN=5;LEN=1;MLLD=158.223;QD=6.43143;RBI=0.0299739;REFB=-0.001908;REVB=-0.0202502;RO=44;SAF=6;SAR=9;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202002;STB=0.631407;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0198542;OID=.;OPOS=23931507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:61:60:44:45:15:15:0.25:9:6:25:19:9:6:26:19 chr15 24921770 . TG CG,TC 679.53 PASS AF=0.0666667,0.933333;AO=3,33;DP=45;FAO=3,42;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=3,23;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0423822,-0.0591335;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=33.2157,46.1924;QD=60.403;RBI=0.0671349,0.0594569;REFB=0,0;REVB=-0.0520657,-0.00619239;RO=0;SAF=3,15;SAR=0,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.64315e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0864843,-0.00507632;OID=.,.;OPOS=24921770,24921771;OREF=T,G;OALT=C,C;OMAPALT=CG,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:45:45:0:0:3,33:3,42:0.0666667,0.933333:0,18:3,15:0:0:0,19:3,23:0:0 chr15 25307562 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.851;QD=63.2868;RBI=0.0251195;REFB=0;REVB=-0.0177322;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79049e-07;OID=.;OPOS=25307562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr15 25330550 . T A 260.51 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.0384892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.945;QD=14.473;RBI=0.0389008;REFB=-0.00965438;REVB=0.00564367;RO=41;SAF=7;SAR=23;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.317069;STB=0.676344;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0133551;OID=.;OPOS=25330550;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:41:42:30:30:0.416667:23:7:21:20:23:7:21:21 chr15 25924539 . T C 2690.52 PASS AF=0.983333;AO=167;DP=172;FAO=177;FDP=180;FR=.;FRO=3;FSAF=97;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0248628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.5858;QD=59.7893;RBI=0.0373031;REFB=-0.00847856;REVB=0.0278094;RO=3;SAF=89;SAR=78;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179487;STB=0.509201;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.00178237;OID=.;OPOS=25924539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:172:180:3:3:167:177:0.983333:78:89:0:3:80:97:0:3 chr15 25926179 . C T 358.57 PASS AF=0.377193;AO=43;DP=114;FAO=43;FDP=114;FR=.;FRO=71;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=47;FWDB=0.0241237;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.599;QD=12.5813;RBI=0.0299262;REFB=-0.0116802;REVB=-0.0177096;RO=70;SAF=19;SAR=24;SRF=23;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127667;STB=0.566539;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0325003;OID=.;OPOS=25926179;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:70:71:43:43:0.377193:24:19:23:47:24:19:24:47 chr15 25926186 . G A 317.11 PASS AF=0.367925;AO=39;DP=106;FAO=39;FDP=106;FR=.;FRO=67;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=46;FWDB=-0.0103611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.436;QD=11.9665;RBI=0.0105624;REFB=-0.0102672;REVB=0.00205224;RO=67;SAF=18;SAR=21;SRF=21;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168071;STB=0.595509;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0153756;OID=.;OPOS=25926186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:67:67:39:39:0.367925:21:18:21:46:21:18:21:46 chr15 25926187 . GC G 38.88 PASS AF=0.165049;AO=20;DP=104;FAO=17;FDP=103;FR=.;FRO=86;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=51;FWDB=-0.0341482;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.1531;QD=1.51008;RBI=0.119469;REFB=-0.0136891;REVB=-0.114485;RO=82;SAF=2;SAR=18;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.499115;STB=0.895225;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0410221;OID=.;OPOS=25926188;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.165049:20:104:17:103:86:1:16:35:51:38:82:2:18:34:48 chr15 25961964 . A G 868.21 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00357065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.546;QD=57.8805;RBI=0.0304946;REFB=0;REVB=0.0302848;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77237e-05;OID=.;OPOS=25961964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:28:31:0:0:28:32:0:0 chr15 26327466 . C T 594.81 PASS AF=0.568421;AO=53;DP=95;FAO=54;FDP=95;FR=.;FRO=41;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00820481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.005;QD=25.0444;RBI=0.0152561;REFB=-0.0296116;REVB=-0.0128619;RO=39;SAF=28;SAR=25;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715212;STB=0.534255;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0186825;OID=.;OPOS=26327466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:39:41:53:54:0.568421:25:28:17:22:26:28:18:23 chr15 27182357 . T C 1097.03 PASS AF=0.974026;AO=74;DP=78;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.025133;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.152;QD=56.9886;RBI=0.0385175;REFB=-0.0763959;REVB=0.0291879;RO=1;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150156;STB=0.515621;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.000831358;OID=.;OPOS=27182357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:78:77:1:2:74:75:0.974026:31:43:0:1:31:44:0:2 chr15 27772676 . C T 1695.18 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.481;QD=60.542;RBI=0.0207966;REFB=0;REVB=0.0148198;RO=0;SAF=55;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34603e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7646e-05;OID=.;OPOS=27772676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:57:55:0:0:57:55:0:0 chr15 28090173 . C T 459.4 PASS AF=0.40625;AO=52;DP=128;FAO=52;FDP=128;FR=.;FRO=76;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=47;FSRR=29;FWDB=0.0183009;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.736;QD=14.3563;RBI=0.0243714;REFB=-0.010128;REVB=-0.0160949;RO=75;SAF=26;SAR=26;SRF=46;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119047;STB=0.570286;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0159784;OID=.;OPOS=28090173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:128:75:76:52:52:0.40625:26:26:46:29:26:26:47:29 chr15 28096538 . A G 400.28 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=0.0491497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7499;QD=21.348;RBI=0.0695462;REFB=-0.0589867;REVB=-0.0492035;RO=35;SAF=16;SAR=24;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169279;STB=0.593536;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0537034;OID=.;OPOS=28096538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:24:16:21:14:24:16:21:14 chr15 28197037 . T C 126.68 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0039878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.853;QD=11.2602;RBI=0.0537659;REFB=-0.0121699;REVB=-0.0536178;RO=30;SAF=11;SAR=4;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407543;STB=0.741616;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0248219;OID=.;OPOS=28197037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:4:11:11:19:4:11:11:19 chr15 28231793 . T C 881.85 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155597;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.572;QD=57.8263;RBI=0.0530749;REFB=0;REVB=0.0507428;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176431;OID=.;OPOS=28231793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:32:28:0:0:32:29:0:0 chr15 28235773 . C T 278.87 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00200812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.892;QD=21.8719;RBI=0.00961168;REFB=-0.0267927;REVB=0.00939957;RO=23;SAF=16;SAR=12;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310483;STB=0.517229;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0198193;OID=.;OPOS=28235773;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:12:16:14:9:12:16:14:9 chr15 28362459 . G A 755.69 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276867;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.273;QD=57.0334;RBI=0.0279184;REFB=0;REVB=-0.00358958;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110094;OID=.;OPOS=28362459;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:52:53:1:26:26:0:0:27:26:0:0 chr15 28412872 . G A 923.42 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0136731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.393;QD=56.8259;RBI=0.019192;REFB=-0.254542;REVB=-0.0134677;RO=1;SAF=50;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325365;STB=0.517236;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00152971;OID=.;OPOS=28412872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:1:1:64:64:0.984615:14:50:0:1:14:50:0:1 chr15 28414665 . T C 1062.2 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0351245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.012;QD=59.842;RBI=0.0649164;REFB=0;REVB=0.0545931;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000598186;OID=.;OPOS=28414665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:33:37:0:0:33:38:0:0 chr15 28419592 . C T 33.11 PASS AF=0.0710059;AO=12;DP=169;FAO=12;FDP=169;FR=.;FRO=157;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=78;FSRR=79;FWDB=0.00955642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.932;QD=0.783704;RBI=0.0412146;REFB=-0.0023656;REVB=-0.0400913;RO=157;SAF=8;SAR=4;SRF=78;SRR=79;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185402;STB=0.658465;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0302362;OID=.;OPOS=28419592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:169:169:157:157:12:12:0.0710059:4:8:78:79:4:8:78:79 chr15 28419746 . G A 543.94 PASS AF=0.513761;AO=56;DP=109;FAO=56;FDP=109;FR=.;FRO=53;FSAF=15;FSAR=41;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.0272947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.876;QD=19.9611;RBI=0.030213;REFB=-0.0132546;REVB=0.0129546;RO=53;SAF=15;SAR=41;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.253166;STB=0.640339;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0121784;OID=.;OPOS=28419746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:53:53:56:56:0.513761:41:15:28:25:41:15:28:25 chr15 28447562 . A G 45.61 PASS AF=0.28;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.108693;FXX=0.0384468;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.9436;QD=7.29685;RBI=0.123838;REFB=0.0161379;REVB=-0.0593446;RO=18;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327529;STB=0.702782;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.0544457;OID=.;OPOS=28447562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:26:25:18:18:7:7:0.28:3:4:5:13:3:4:5:13 chr15 28517436 . T C 760.64 PASS AF=0.496815;AO=78;DP=158;FAO=78;FDP=157;FR=.;FRO=79;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=37;FWDB=-0.0185977;FXX=0.0125778;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0708;QD=19.3793;RBI=0.0201072;REFB=-0.0198773;REVB=-0.00764355;RO=75;SAF=47;SAR=31;SRF=40;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634567;STB=0.529875;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0159882;OID=.;OPOS=28517436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:157:75:79:78:78:0.496815:31:47:40:35:32:46:42:37 chr15 28517454 . G T 106.3 PASS AF=0.140244;AO=23;DP=164;FAO=23;FDP=164;FR=.;FRO=141;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=75;FSRR=66;FWDB=0.00499406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.522;QD=2.59259;RBI=0.0242781;REFB=-0.00508795;REVB=-0.0237589;RO=141;SAF=12;SAR=11;SRF=75;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129069;STB=0.508764;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.03081;OID=.;OPOS=28517454;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:141:141:23:23:0.140244:11:12:75:66:11:12:75:66 chr15 29034198 . C T 151.54 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0119768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.632;QD=12.8974;RBI=0.0136955;REFB=-0.0189262;REVB=0.00664249;RO=30;SAF=9;SAR=8;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00428607;STB=0.50251;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0443088;OID=.;OPOS=29034198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:8:9:16:14:8:9:16:14 chr15 29346214 . C T 132.36 PASS AF=0.320755;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=53;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0198938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.8103;QD=9.98925;RBI=0.0783547;REFB=-0.0366869;REVB=-0.0757872;RO=35;SAF=14;SAR=3;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3202;STB=0.705608;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0552306;OID=.;OPOS=29346214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:35:36:17:17:0.320755:3:14:21:14:3:14:21:15 chr15 29415560 . G A 382.6 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0298542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.533;QD=52.7724;RBI=0.0344851;REFB=-0.123326;REVB=0.0172613;RO=1;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0404293;STB=0.521723;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00268481;OID=.;OPOS=29415560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:11:17:0:1:11:17:0:1 chr15 29415698 . A G 1568.44 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.899;QD=64.0179;RBI=0.0289157;REFB=0;REVB=0.00109184;RO=0;SAF=51;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.14491e-05;OID=.;OPOS=29415698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:47:51:0:0:47:51:0:0 chr15 29421014 . G C 156.96 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0360817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.742;QD=16.0987;RBI=0.0512831;REFB=-0.0100238;REVB=-0.0364427;RO=22;SAF=3;SAR=14;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199919;STB=0.616587;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0116951;OID=.;OPOS=29421014;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:14:3:7:15:14:3:7:15 chr15 29421054 . C T 158.7 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00750759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.367;QD=17.1565;RBI=0.0155401;REFB=-0.00469417;REVB=0.0136063;RO=20;SAF=4;SAR=13;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136756;STB=0.578848;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00512018;OID=.;OPOS=29421054;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:13:4:7:13:13:4:7:13 chr15 29443949 . A G 73.14 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0344804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7476;QD=9.75209;RBI=0.0408859;REFB=-0.0452794;REVB=-0.0219717;RO=20;SAF=7;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280897;STB=0.670883;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.037097;OID=.;OPOS=29443949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:3:7:9:11:3:7:9:11 chr15 29443991 . C T 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0499764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7841;QD=12.1821;RBI=0.0530668;REFB=-0.0169136;REVB=-0.0178449;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26404;STB=0.655949;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.02081;OID=.;OPOS=29443991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:4:6:5:10:4:6:5:10 chr15 29544656 . T C 766.04 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.113;QD=63.8363;RBI=0.0164744;REFB=0;REVB=-0.00713246;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86531e-05;OID=.;OPOS=29544656;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:31:17:0:0:31:17:0:0 chr15 30008856 . C A 1230.7 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537422;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.75;QD=61.5352;RBI=0.0638493;REFB=0;REVB=0.0344748;RO=0;SAF=48;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00031762;OID=.;OPOS=30008856;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:32:48:0:0:32:48:0:0 chr15 30008889 . G A 1143.03 PASS AF=0.962963;AO=77;DP=81;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0200414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.2;QD=56.446;RBI=0.020268;REFB=-0.208298;REVB=0.00302191;RO=3;SAF=42;SAR=35;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0151432;STB=0.507632;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=-0.00033249;OID=.;OPOS=30008889;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:81:81:3:3:77:78:0.962963:35:42:1:2:36:42:1:2 chr15 30019053 . C T 187.78 PASS AF=0.202532;AO=32;DP=158;FAO=32;FDP=158;FR=.;FRO=126;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=47;FSRR=79;FWDB=0.00248962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=314.9;QD=4.75381;RBI=0.0101947;REFB=-0.00359973;REVB=-0.00988601;RO=125;SAF=20;SAR=12;SRF=47;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309804;STB=0.693484;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0197263;OID=.;OPOS=30019053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:125:126:32:32:0.202532:12:20:47:78:12:20:47:79 chr15 30516460 . GA G,GC 519.77 PASS AF=0.138889,0.861111;AO=11,25;DP=36;FAO=5,31;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=5,20;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280493,0.0214299;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=98.9627,111.639;QD=57.7526;RBI=0.0335119,0.0608186;REFB=0,0;REVB=-0.0183381,0.056918;RO=0;SAF=11,14;SAR=0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.99383e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000406137,0.0504265;OID=.,.;OPOS=30516461,30516461;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.138889,0.861111:11,25:36:5,31:36:0:5,20:0,11:0:0:16:0:11,14:0,11:0:0 chr15 30664453 . C T 428.91 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.103784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4211;QD=57.1873;RBI=0.119874;REFB=0;REVB=0.0599887;RO=0;SAF=1;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000919496;OID=.;OPOS=30664453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:29:1:0:0:29:1:0:0 chr15 30665280 . TCA T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00104957;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=308.93;QD=42.1826;RBI=0.00847891;REFB=0;REVB=-0.00841369;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-4.02714e-05;OID=.;OPOS=30665281;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:11:11:11:0:8:3:0:0:4:0:8:3:0:0 chr15 31197564 . G A 590.77 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0190493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0003;QD=56.2635;RBI=0.0366206;REFB=0.00791821;REVB=-0.0312761;RO=2;SAF=23;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683707;STB=0.503648;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=-0.00384731;OID=.;OPOS=31197564;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:17:23:1:1:17:23:1:1 chr15 31229420 . T C 1605.54 PASS AF=1;AO=107;DP=107;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9818;QD=60.0203;RBI=0.0277256;REFB=0;REVB=0.0235184;RO=0;SAF=41;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154945;OID=.;OPOS=31229420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:107:107:0:0:107:107:1:66:41:0:0:66:41:0:0 chr15 31231190 . T C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.016;QD=57.2009;RBI=0.0242059;REFB=0;REVB=-0.0187465;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.17323e-05;OID=.;OPOS=31231190;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr15 31260136 . T C 407.91 PASS AF=0.457143;AO=42;DP=107;FAO=48;FDP=105;FR=.;FRO=57;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.0177082;FXX=0.0186898;HRUN=6;LEN=1;MLLD=83.6928;QD=15.5393;RBI=0.0206487;REFB=-0.00657598;REVB=-0.0106202;RO=46;SAF=22;SAR=20;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10365;STB=0.550877;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.00497324;OID=.;OPOS=31260136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:105:46:57:42:48:0.457143:20:22:19:27:25:23:22:35 chr15 31267147 . C T 714.5 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00326862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.172;QD=56.039;RBI=0.0215204;REFB=0;REVB=0.0212707;RO=0;SAF=32;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.35986e-05;OID=.;OPOS=31267147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:17:32:0:0:19:32:0:0 chr15 31330280 . A G,T 1153.65 PASS AF=0.961039,0.038961;AO=73,3;DP=76;FAO=74,3;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=32,3;FSAR=42,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00635853,-0.00608812;FXX=0.0253133;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=152.693,86.0466;QD=59.9299;RBI=0.0291893,0.0356934;REFB=0,0;REVB=0.0284883,0.0351703;RO=0;SAF=32,3;SAR=41,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000146552,0.153282;OID=.,.;OPOS=31330280,31330280;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:76:77:0:0:73,3:74,3:0.961039,0.038961:41,0:32,3:0:0:42,0:32,3:0:0 chr15 31342744 . C T 956.53 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0305178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.892;QD=54.6588;RBI=0.054932;REFB=-0.207182;REVB=-0.0456748;RO=2;SAF=29;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314754;STB=0.510175;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00274676;OID=.;OPOS=31342744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:70:70:2:3:67:67:0.957143:38:29:2:0:38:29:2:1 chr15 31358328 . C T 464.2 PASS AF=0.469388;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=98;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=32;FSRR=20;FWDB=0.0057175;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.754;QD=18.9468;RBI=0.0307783;REFB=-0.0085166;REVB=0.0302426;RO=54;SAF=16;SAR=30;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239424;STB=0.642795;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0189836;OID=.;OPOS=31358328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:98:54:52:46:46:0.469388:30:16:32:22:30:16:32:20 chr15 31362293 . G A 179.02 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0057989;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=287.424;QD=12.5628;RBI=0.015805;REFB=-0.0125149;REVB=-0.0147027;RO=35;SAF=7;SAR=15;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298307;STB=0.517226;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0205377;OID=.;OPOS=31362293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:15:7:12:23:15:7:12:23 chr15 31362352 . C T 672.1 PASS AF=0.977778;AO=40;DP=41;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0306351;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.569;QD=59.7424;RBI=0.0344517;REFB=-0.157904;REVB=0.0157609;RO=1;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0183934;STB=0.50943;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000509808;OID=.;OPOS=31362352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:45:1:1:40:44:0.977778:25:15:0:1:26:18:0:1 chr15 31369123 . A G 1156.11 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0641332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9121;QD=59.2878;RBI=0.0664199;REFB=-0.0118683;REVB=0.0172781;RO=0;SAF=36;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52206e-08;STB=0.506023;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000585571;OID=.;OPOS=31369123;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:41:36:0:0:41:36:0:1 chr15 32450704 . G A 92.47 PASS AF=0.230769;AO=15;DP=65;FAO=15;FDP=65;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=10;FWDB=-0.0261477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.999;QD=5.6905;RBI=0.0272349;REFB=-0.0177192;REVB=-0.00761839;RO=49;SAF=8;SAR=7;SRF=39;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346063;STB=0.711639;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.095096;OID=.;OPOS=32450704;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:65:65:49:50:15:15:0.230769:7:8:39:10:7:8:40:10 chr15 33023670 . C T 215.06 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0769137;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.5897;QD=21.5055;RBI=0.087131;REFB=0.0367425;REVB=0.0409402;RO=19;SAF=15;SAR=6;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304197;STB=0.671473;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=-0.0263199;OID=.;OPOS=33023670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:6:15:7:12:6:15:7:12 chr15 33023685 . A C 293.12 PASS AF=0.568627;AO=30;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0192384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2875;QD=22.9894;RBI=0.0222922;REFB=-0.00121616;REVB=-0.0112617;RO=21;SAF=17;SAR=13;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138227;STB=0.561361;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00220697;OID=.;OPOS=33023685;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:22:30:29:0.568627:13:17:8:13:13:16:9:13 chr15 33023689 . C A 300.44 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0133968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5544;QD=23.1106;RBI=0.0700749;REFB=-0.00542195;REVB=-0.0687824;RO=22;SAF=17;SAR=13;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120619;STB=0.566622;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00266082;OID=.;OPOS=33023689;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:13:17:9:13:13:17:9:13 chr15 33023951 . T C 264.19 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0259155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0413;QD=20.7204;RBI=0.0547266;REFB=-0.018975;REVB=0.0482016;RO=24;SAF=10;SAR=17;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113213;STB=0.563205;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.0303848;OID=.;OPOS=33023951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:17:10:12:12:17:10:12:12 chr15 33024455 . T G 225.05 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0126629;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.777;QD=19.5698;RBI=0.016503;REFB=-0.0018183;REVB=-0.010583;RO=24;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139823;STB=0.579324;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.00175748;OID=.;OPOS=33024455;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:7:15:13:11:7:15:13:11 chr15 33024567 . C T 107.37 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=3;FWDB=-0.0456712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9657;QD=12.6317;RBI=0.0482734;REFB=0.00393035;REVB=-0.0156354;RO=21;SAF=12;SAR=1;SRF=18;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190582;STB=0.615175;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.0103074;OID=.;OPOS=33024567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:1:12:18:3:1:12:18:3 chr15 33024767 . A G 270.27 PASS AF=0.355556;AO=31;DP=89;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0179861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.353;QD=12.0118;RBI=0.0180647;REFB=-0.0163468;REVB=-0.00168385;RO=58;SAF=12;SAR=19;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110125;STB=0.571383;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0263305;OID=.;OPOS=33024767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:58:58:31:32:0.355556:19:12:28:30:20:12:28:30 chr15 33026667 . A T 103.17 PASS AF=0.545455;AO=11;DP=21;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0272944;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.0981;QD=18.7585;RBI=0.116985;REFB=-0.0356165;REVB=0.113756;RO=10;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791542;STB=0.5312;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0397517;OID=.;OPOS=33026667;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:22:10:10:11:12:0.545455:3:8:8:2:3:9:8:2 chr15 33191023 . A G 251.7 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00204641;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.205;QD=14.3828;RBI=0.0168306;REFB=-0.0139627;REVB=-0.0167057;RO=41;SAF=16;SAR=13;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00964286;STB=0.50548;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0253817;OID=.;OPOS=33191023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:41:41:29:29:0.414286:13:16:23:18:13:16:23:18 chr15 33359574 . C A 536.06 PASS AF=0.948718;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0428677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5983;QD=54.9803;RBI=0.0500849;REFB=-0.00315455;REVB=-0.0259008;RO=2;SAF=18;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500693;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00735672;OID=.;OPOS=33359574;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:38:39:2:2:36:37:0.948718:18:18:1:1:18:19:1:1 chr15 33446258 . G A 310.83 PASS AF=0.388889;AO=34;DP=90;FAO=35;FDP=90;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.00149738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3337;QD=13.8147;RBI=0.0235028;REFB=-0.0271408;REVB=0.0234551;RO=55;SAF=15;SAR=19;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106863;STB=0.540961;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0304711;OID=.;OPOS=33446258;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:55:55:34:35:0.388889:19:15:19:36:20:15:20:35 chr15 33446311 . G C 226.32 PASS AF=0.345679;AO=28;DP=81;FAO=28;FDP=81;FR=.;FRO=53;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=40;FWDB=-0.000942458;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.388;QD=11.1764;RBI=0.00827041;REFB=-0.00833229;REVB=-0.00821654;RO=53;SAF=7;SAR=21;SRF=13;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00712643;STB=0.504129;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0163572;OID=.;OPOS=33446311;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:53:53:28:28:0.345679:21:7:13:40:21:7:13:40 chr15 33822786 . C G 88.96 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0253307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.709;QD=14.826;RBI=0.0253528;REFB=-0.0149355;REVB=-0.00105778;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262014;STB=0.666389;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0197336;OID=.;OPOS=33822786;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:23:24:12:13:11:11:0.458333:6:5:9:3:6:5:10:3 chr15 33840414 . A G 375.12 PASS AF=0.364865;AO=24;DP=75;FAO=27;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0424203;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.2866;QD=20.2765;RBI=0.0850563;REFB=-0.0641268;REVB=-0.073723;RO=26;SAF=9;SAR=15;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28768;STB=0.674871;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=-0.0354568;OID=.;OPOS=33840414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:26:26:24:27:0.364865:15:9:18:8:18:9:18:8 chr15 33872177 . C T 252.77 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0185617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.9583;QD=21.0644;RBI=0.0570673;REFB=0.0439955;REVB=0.0539643;RO=23;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592592;STB=0.542219;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=-0.0430902;OID=.;OPOS=33872177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:24:24:24:0.5:13:11:9:14:13:11:9:15 chr15 33905410 . A G 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00682965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.944;QD=10.5421;RBI=0.025331;REFB=0.0131467;REVB=-0.0243929;RO=21;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240375;STB=0.645683;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=-0.0194218;OID=.;OPOS=33905410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:8:3:10:11:8:3:10:11 chr15 33954652 . C T 770.53 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0344878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.204;QD=55.0376;RBI=0.059067;REFB=-0.0174439;REVB=0.0479531;RO=1;SAF=34;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136645;STB=0.507244;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00151264;OID=.;OPOS=33954652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:21:34:1:0:21:34:1:0 chr15 34014753 . T C 548.85 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0406077;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5063;QD=57.7733;RBI=0.0406887;REFB=-0.10043;REVB=0.0025675;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.515143;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00245949;OID=.;OPOS=34014753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:38:0:1:37:37:0.973684:21:16:0:0:21:16:1:0 chr15 34014913 . C T 612.91 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0237223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.259;QD=61.2908;RBI=0.0494647;REFB=0;REVB=0.0434052;RO=0;SAF=25;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220923;OID=.;OPOS=34014913;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:14:25:0:0:15:25:0:0 chr15 34016274 . G A 695.76 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00571022;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=220.678;QD=60.501;RBI=0.0330846;REFB=-0.02513;REVB=0.0325881;RO=1;SAF=24;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218529;STB=0.511623;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000557853;OID=.;OPOS=34016274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:21:24:0:1:21:24:0:1 chr15 34064288 . T A 308.18 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=59;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0175301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.759;QD=20.8936;RBI=0.0184541;REFB=-0.0268166;REVB=-0.00576602;RO=27;SAF=12;SAR=20;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00408112;STB=0.502261;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0237293;OID=.;OPOS=34064288;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:27:27:32:32:0.542373:20:12:10:17:20:12:10:17 chr15 34113536 . A G 851.08 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000555604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.542;QD=57.7006;RBI=0.00710479;REFB=0;REVB=-0.00708304;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.37795e-05;OID=.;OPOS=34113536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr15 34158266 . A G 1074.7 PASS AF=0.961538;AO=74;DP=78;FAO=75;FDP=78;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0246595;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.9218;QD=55.1126;RBI=0.0391993;REFB=-0.149377;REVB=0.0304712;RO=2;SAF=26;SAR=48;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350017;STB=0.512704;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00612492;OID=.;OPOS=34158266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:78:78:2:3:74:75:0.961538:48:26:2:0:48:27:2:1 chr15 34356653 . A G 81.89 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.022431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.7651;QD=8.62024;RBI=0.0249;REFB=-0.012545;REVB=0.0108103;RO=27;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198927;STB=0.512173;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0338036;OID=.;OPOS=34356653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:8:3:7:20:8:3:7:20 chr15 34356988 . G A 519.94 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.635;QD=59.4217;RBI=0.0461079;REFB=0;REVB=0.0445874;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206736;OID=.;OPOS=34356988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:11:23:0:0:12:23:0:0 chr15 34357259 . T A 279.67 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00414939;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.433;QD=48.6382;RBI=0.00416408;REFB=-0.0286815;REVB=0.000349477;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521719;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000125289;OID=.;OPOS=34357259;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:0:1:22:22:0.956522:11:11:0:0:11:11:1:0 chr15 34517995 . T G 280.25 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=67;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00358983;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.422;QD=16.7316;RBI=0.00459333;REFB=-0.0135944;REVB=0.00286562;RO=36;SAF=13;SAR=18;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.077972;STB=0.543831;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0170553;OID=.;OPOS=34517995;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:36:36:31:31:0.462687:18:13:18:18:18:13:18:18 chr15 34522985 . C G 1137.0 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251783;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.374;QD=60.6399;RBI=0.0357168;REFB=0;REVB=0.0253326;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000433147;OID=.;OPOS=34522985;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:73:75:1:41:32:0:0:43:32:0:0 chr15 34524995 . G T 769.86 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.534;QD=62.8457;RBI=0.025662;REFB=0;REVB=-0.0081104;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227421;OID=.;OPOS=34524995;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:49:0:0:45:49:1:23:22:0:0:25:24:0:0 chr15 34525035 . T C 713.06 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0257193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9076;QD=60.6862;RBI=0.0314557;REFB=-0.0968691;REVB=0.0181101;RO=1;SAF=24;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191868;STB=0.5102;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00305689;OID=.;OPOS=34525035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:22:24:1:0:22:24:1:0 chr15 34528948 . G A 162.35 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0274718;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4447;QD=10.8234;RBI=0.0788978;REFB=-0.00189819;REVB=0.0739606;RO=39;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141559;STB=0.582015;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0081747;OID=.;OPOS=34528948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:12:9:12:27:12:9:12:27 chr15 34551082 . G A 237.93 PASS AF=0.430769;AO=27;DP=64;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0227316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.343;QD=14.642;RBI=0.0227628;REFB=-0.0113284;REVB=0.00119226;RO=37;SAF=13;SAR=14;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0599782;STB=0.52306;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0164173;OID=.;OPOS=34551082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:37:37:27:28:0.430769:14:13:20:17:14:14:20:17 chr15 34640218 . C T 1426.2 PASS AF=0.970874;AO=99;DP=104;FAO=100;FDP=103;FR=.;FRO=3;FSAF=56;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0379074;FXX=0.00961446;HRUN=4;LEN=1;MLLD=92.3619;QD=55.3863;RBI=0.0571225;REFB=-0.154139;REVB=0.0427319;RO=4;SAF=55;SAR=44;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332518;STB=0.513041;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00154766;OID=.;OPOS=34640218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:104:103:4:3:99:100:0.970874:44:55:4:0:44:56:3:0 chr15 34640378 . T C 71.97 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0045319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.483;QD=35.9849;RBI=0.0340553;REFB=0;REVB=0.0337524;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00038735;OID=.;OPOS=34640378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:3:4:0:0:4:4:0:0 chr15 34648935 . G T 358.07 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0405087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.311;QD=55.0868;RBI=0.0532653;REFB=0;REVB=0.0345867;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.31192e-05;OID=.;OPOS=34648935;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr15 34649631 . G A 920.06 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.163;QD=58.4163;RBI=0.046142;REFB=0;REVB=0.04464;RO=0;SAF=22;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149354;OID=.;OPOS=34649631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:41:22:0:0:41:22:0:0 chr15 34673722 . C T 126.07 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0124329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.05;QD=12.9298;RBI=0.0185818;REFB=0.00988228;REVB=-0.0138097;RO=23;SAF=9;SAR=6;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371963;STB=0.536793;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=-0.0147964;OID=.;OPOS=34673722;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:24:15:15:0.384615:6:9:13:10:6:9:13:11 chr15 35045276 . G A 145.78 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0172323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.321;QD=25.3534;RBI=0.017889;REFB=-0.00325157;REVB=0.00480263;RO=8;SAF=3;SAR=12;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240574;STB=0.636162;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00387826;OID=.;OPOS=35045276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:8:8:15:15:0.652174:12:3:4:4:12:3:4:4 chr15 35045312 . T A 84.73 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0318782;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.729;QD=18.8291;RBI=0.0344896;REFB=0.0211064;REVB=-0.0131649;RO=8;SAF=4;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0784731;STB=0.545363;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=-0.0162433;OID=.;OPOS=35045312;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:18:18:8:8:10:10:0.555556:6:4:4:4:6:4:4:4 chr15 35080931 . T C 813.89 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0034878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.81;QD=57.1152;RBI=0.0208334;REFB=0;REVB=0.0205394;RO=0;SAF=23;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.31999e-05;OID=.;OPOS=35080931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:33:23:0:0:33:24:0:0 chr15 35082141 . A G 197.54 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00251663;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.88;QD=18.8132;RBI=0.02836;REFB=-0.0254809;REVB=-0.0282481;RO=21;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0668974;STB=0.526289;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.019227;OID=.;OPOS=35082141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:21:22:20:20:0.47619:11:9:11:10:11:9:11:11 chr15 35082225 . C T 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0899572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.004;QD=16.6271;RBI=0.0900682;REFB=-0.000656597;REVB=0.00447101;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120083;STB=0.569509;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.000739641;OID=.;OPOS=35082225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:9:4:6:8:9:4:6:8 chr15 35149008 . C G,T 744.84 PASS AF=0.0847458,0.864407;AO=5,51;DP=59;FAO=5,51;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=4,27;FSAR=1,24;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.00843067,0.0102741;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=26.6558,158.768;QD=50.4979;RBI=0.032694,0.0112805;REFB=-0.0746011,-0.017584;REVB=0.0315883,0.00465752;RO=3;SAF=4,27;SAR=1,24;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.496916,0.0552954;STB=0.798796,0.5294;STBP=0.078,0.113;TYPE=snp,snp;VARB=0.058717,-0.000209633;OID=.,.;OPOS=35149008,35149008;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:23:59:59:3:3:5,51:5,51:0.0847458,0.864407:1,24:4,27:0:3:1,24:4,27:0:3 chr15 35230934 . A ATAGT,T 81.79 PASS AF=0.266667,0.1;AO=8,3;DP=31;FAO=8,3;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=2,1;FSAR=6,2;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0212305,-0.0192534;FXX=0.0322477;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=168.831,149.591;QD=10.9054;RBI=0.02179,0.0198247;REFB=0.000997318,-0.000584289;REVB=-0.00490605,-0.00472486;RO=19;SAF=2,1;SAR=6,2;SRF=9;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.273982,-0.156136;STB=0.705344,0.66556;STBP=0.188,0.631;TYPE=ins,snp;VARB=0.00219871,0.0864616;OID=.,.;OPOS=35230935,35230934;OREF=-,A;OALT=TAGT,T;OMAPALT=ATAGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:31:30:19:19:8,3:8,3:0.266667,0.1:6,2:2,1:9:10:6,2:2,1:10:9 chr15 35256624 . C G 196.24 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00167984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.552;QD=10.7527;RBI=0.00949982;REFB=0.00635776;REVB=-0.00935011;RO=48;SAF=15;SAR=10;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18301;STB=0.606472;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=-0.0185267;OID=.;OPOS=35256624;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:48:48:25:25:0.342466:10:15:21:27:10:15:21:27 chr15 36946303 . C G 1524.94 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00427849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.578;QD=59.8015;RBI=0.0410036;REFB=0;REVB=0.0407798;RO=0;SAF=45;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.85868e-05;OID=.;OPOS=36946303;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:57:45:0:0:57:45:0:0 chr15 36983962 . T C 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0163256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=307.464;QD=16.4079;RBI=0.0203091;REFB=-0.0088718;REVB=-0.0120803;RO=29;SAF=7;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159149;STB=0.59146;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.0104759;OID=.;OPOS=36983962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:14:7:14:15:14:7:14:15 chr15 37173267 . G A 206.08 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=74;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0213986;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8556;QD=10.8465;RBI=0.080065;REFB=-0.00862608;REVB=-0.0771525;RO=47;SAF=14;SAR=12;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125018;STB=0.590293;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.013567;OID=.;OPOS=37173267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:47:50:26:26:0.342105:12:14:20:27:12:14:20:30 chr15 37183609 . CTT C,CT 564.03 PASS AF=0,1;AO=12,63;DP=95;FAO=0,95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=0,43;FSAR=0,52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00098576,-0.00146934;FXX=0.0306091;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=8.00992,8.82827;QD=23.7486;RBI=0.0514808,0.103539;REFB=0.0400766,0.040693;REVB=-0.0514713,-0.103529;RO=11;SAF=4,27;SAR=8,36;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.255115,-0.0586012;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0797894,0.00190579;OID=.,.;OPOS=37183610,37183610;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=C,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:12,63:95:0,95:95:0:0,43:0,52:0:0:8:11:4,27:8,36:7:4 chr15 37343040 . C G 57.19 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00368496;FXX=0.0937207;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.8413;QD=7.88817;RBI=0.0750011;REFB=-0.00644922;REVB=-0.0749105;RO=21;SAF=4;SAR=4;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0273308;STB=0.517198;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0206453;OID=.;OPOS=37343040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:30:29:21:21:8:8:0.275862:4:4:11:10:4:4:11:10 chr15 38233869 . T C 1133.28 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=334.522;QD=59.6461;RBI=0.0215694;REFB=0;REVB=0.0145856;RO=1;SAF=34;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137108;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.79998e-05;OID=.;OPOS=38233869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:76:1:0:74:76:1:40:34:1:0:40:36:0:0 chr15 38234467 . G A 84.43 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0386414;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6122;QD=5.72398;RBI=0.0410935;REFB=-0.0271189;REVB=0.0139828;RO=41;SAF=5;SAR=9;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189571;STB=0.650388;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0161617;OID=.;OPOS=38234467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:59:59:41:45:14:14:0.237288:9:5:21:20:9:5:25:20 chr15 38614525 . G A 1274.13 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00882468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=348.645;QD=61.4039;RBI=0.0272156;REFB=0;REVB=0.0257452;RO=0;SAF=50;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7363e-06;OID=.;OPOS=38614525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:79:83:0:0:79:83:1:29:50:0:0:31:52:0:0 chr15 38643574 . T C 689.33 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00162059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.707;QD=62.6663;RBI=0.0175984;REFB=0;REVB=0.0175237;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.23347e-05;OID=.;OPOS=38643574;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr15 38644701 . ATTTT ATTTA,ATTT 53.42 PASS AF=0.0769231,0.307692;AO=2,6;DP=28;FAO=2,8;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=2,7;FSAR=0,1;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.00907534,-0.0690204;FXX=0.0714031;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=221.732,14.6059;QD=8.21919;RBI=0.0214332,0.0697194;REFB=-0.00855371,-0.0569429;REVB=-0.019417,-0.00984809;RO=16;SAF=2,6;SAR=0,0;SRF=4;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.656611,0.789149;STB=0.996675,0.89124;STBP=0.053,0.015;TYPE=snp,del;VARB=0.0411409,-0.011104;OID=.,.;OPOS=38644705,38644702;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=ATTTA,ATTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0769231,0.307692:2,6:28:2,8:26:16:2,7:0,1:4:12:40:16:2,6:0,0:4:12 chr15 38857631 . C G 87.72 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=16;FWDB=-0.00335074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.35;QD=6.88029;RBI=0.0241267;REFB=-0.000985104;REVB=-0.0238929;RO=39;SAF=4;SAR=8;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306757;STB=0.691995;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00308781;OID=.;OPOS=38857631;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:51:51:39:39:12:12:0.235294:8:4:23:16:8:4:23:16 chr15 39545032 . T G 1090.95 PASS AF=0.973684;AO=74;DP=76;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0230508;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.123;QD=57.4184;RBI=0.0330273;REFB=-0.150746;REVB=0.0236529;RO=2;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248837;STB=0.513154;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.000713039;OID=.;OPOS=39545032;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:76:76:2:2:74:74:0.973684:37:37:0:2:37:37:0:2 chr15 39545268 . G A 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00690023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.146;QD=56.9547;RBI=0.0277498;REFB=0;REVB=0.0268782;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129144;OID=.;OPOS=39545268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr15 39546049 . A C 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.055156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.863;QD=23.236;RBI=0.0551755;REFB=0.028291;REVB=-0.00146631;RO=13;SAF=10;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455938;STB=0.525519;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=-0.0181364;OID=.;OPOS=39546049;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:8:10:8:5:8:10:8:5 chr15 39546114 . A G 138.44 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00123585;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3184;QD=11.3015;RBI=0.0315635;REFB=0.0290092;REVB=0.0315393;RO=31;SAF=10;SAR=6;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124388;STB=0.595734;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=-0.033995;OID=.;OPOS=39546114;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:31:33:16:16:0.326531:6:10:16:15:6:10:16:17 chr15 39881431 . A G 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0013639;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.8;QD=6.81341;RBI=0.00416791;REFB=-0.0240717;REVB=-0.00393843;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229193;STB=0.644765;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0466358;OID=.;OPOS=39881431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:4:3:12:7:4:3:12:7 chr15 39910431 . A G 307.99 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0242352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.071;QD=24.1563;RBI=0.0255021;REFB=-0.0240339;REVB=-0.00793796;RO=21;SAF=11;SAR=19;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191062;STB=0.605506;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0238511;OID=.;OPOS=39910431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:19:11:13:8:19:11:13:8 chr15 40094433 . G A 257.46 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=34;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.00829279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.107;QD=30.2894;RBI=0.0279717;REFB=-0.0140301;REVB=0.0267142;RO=11;SAF=8;SAR=15;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112032;STB=0.561353;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.00994271;OID=.;OPOS=40094433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:11:11:23:23:0.676471:15:8:2:9:15:8:2:9 chr15 40099769 . T C 398.57 PASS AF=0.573529;AO=39;DP=69;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0415048;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0742;QD=23.4453;RBI=0.0669091;REFB=0.0130417;REVB=-0.0524803;RO=30;SAF=30;SAR=9;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106332;STB=0.563764;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.00976739;OID=.;OPOS=40099769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:30:29:39:39:0.573529:9:30:20:10:9:30:19:10 chr15 40226414 . GGCCCCC GCCCC,GGCCCC,GGCCCCG 139.41 PASS AF=0,0.777778,0.166667;AO=3,6,3;DP=20;FAO=0,14,3;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=0,10,3;FSAR=0,4,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0256659,0.159819,0.170758;FXX=0.0526039;HRUN=4,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=11.7316,14.3057,13.111;QD=30.979;RBI=0.488557,0.214225,0.172286;REFB=0.0744006,-0.0150989,-0.0336995;REVB=-0.487882,-0.142654,0.0228958;RO=5;SAF=0,6,3;SAR=3,0,0;SRF=4;SRR=1;SSEN=0.611111,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.743083,0.731761,0.622974;STB=0.5,0.523776,0.5;STBP=1,0.622,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0,0.0460308,-0.0539956;OID=.,.,.;OPOS=40226415,40226416,40226420;OREF=GC,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=GCCCC,GGCCCC,GGCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.777778,0.166667:3,6,3:20:0,14,3:18:1:0,10,3:0,4,0:1:0:15:5:0,6,3:3,0,0:4:1 chr15 40226495 . T C 691.51 PASS AF=0.928571;AO=52;DP=56;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00107279;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.082;QD=49.3935;RBI=0.00851877;REFB=-0.0588733;REVB=0.00845096;RO=4;SAF=27;SAR=25;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0648251;STB=0.53447;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0047084;OID=.;OPOS=40226495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:56:56:4:4:52:52:0.928571:25:27:4:0:25:27:4:0 chr15 40259848 . A C 343.2 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=30;FWDB=0.0160433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.335;QD=18.8055;RBI=0.0179947;REFB=-0.00941901;REVB=-0.00814977;RO=35;SAF=21;SAR=15;SRF=7;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.330871;STB=0.69221;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0127483;OID=.;OPOS=40259848;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:35:37:36:36:0.493151:15:21:7:28:15:21:7:30 chr15 40265799 . A G 248.75 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0221214;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4472;QD=16.3116;RBI=0.0559588;REFB=-0.0126829;REVB=-0.0514007;RO=32;SAF=14;SAR=14;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118644;STB=0.590102;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0145226;OID=.;OPOS=40265799;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:32:33:28:28:0.459016:14:14:12:20:14:14:11:22 chr15 40327207 . ATCTTT A 576.54 PASS AF=0.462121;AO=52;DP=139;FAO=61;FDP=132;FR=.;FRO=71;FSAF=44;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=0.0191737;FXX=0.0503561;HRUN=1;LEN=5;MLLD=169.658;QD=17.4708;RBI=0.0270913;REFB=-0.0189766;REVB=0.0191391;RO=49;SAF=40;SAR=12;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131709;STB=0.564081;STBP=0.209;TYPE=del;VARB=0.0217322;OID=.;OPOS=40327208;OREF=TCTTT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.462121:52:139:61:132:71:44:17:44:27:99:49:40:12:32:17 chr15 40327290 . A G 914.68 PASS AF=0.445455;AO=98;DP=219;FAO=98;FDP=220;FR=.;FRO=122;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=69;FSRR=53;FWDB=0.00805861;FXX=0.00452468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.435;QD=16.6305;RBI=0.00809776;REFB=-0.0119499;REVB=0.000795271;RO=120;SAF=54;SAR=44;SRF=68;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01572;STB=0.508167;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0101922;OID=.;OPOS=40327290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:219:220:120:122:98:98:0.445455:44:54:68:52:44:54:69:53 chr15 40327301 . G A 1002.48 PASS AF=0.483721;AO=103;DP=215;FAO=104;FDP=215;FR=.;FRO=111;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=62;FSRR=49;FWDB=-0.0258788;FXX=0.00462942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1153;QD=18.6508;RBI=0.042215;REFB=0.00368858;REVB=-0.0333525;RO=108;SAF=56;SAR=47;SRF=60;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111304;STB=0.510452;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.00753036;OID=.;OPOS=40327301;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:215:215:108:111:103:104:0.483721:47:56:60:48:48:56:62:49 chr15 40327793 . CCTG C 153.58 PASS AF=0.292035;AO=32;DP=114;FAO=33;FDP=113;FR=.;FRO=80;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=46;FWDB=-0.0120847;FXX=0.0341851;HRUN=2;LEN=3;MLLD=277.906;QD=5.43631;RBI=0.0139018;REFB=-0.0102894;REVB=-0.00687167;RO=54;SAF=14;SAR=18;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108937;STB=0.52116;STBP=0.77;TYPE=del;VARB=0.0244464;OID=.;OPOS=40327794;OREF=CTG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.292035:32:114:33:113:80:15:18:34:46:99:54:14:18:29:25 chr15 40328575 . G C 1146.7 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=80;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.032501;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.518;QD=58.061;RBI=0.0768502;REFB=-0.0833254;REVB=0.0696394;RO=1;SAF=40;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126197;STB=0.500494;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0032096;OID=.;OPOS=40328575;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:79:1:2:77:77:0.974684:37:40:0:1:37:40:1:1 chr15 40328665 . G A 130.3 PASS AF=0.314815;AO=16;DP=53;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=33;FWDB=0.029804;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.044;QD=9.65145;RBI=0.0378304;REFB=-0.0100559;REVB=-0.0232994;RO=34;SAF=3;SAR=13;SRF=3;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222752;STB=0.589866;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0194222;OID=.;OPOS=40328665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:34:37:16:17:0.314815:13:3:3:31:14:3:4:33 chr15 40330564 . C T 255.73 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110881;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.2009;QD=51.1461;RBI=0.111312;REFB=0;REVB=0.00977937;RO=1;SAF=4;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101694;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199351;OID=.;OPOS=40330564;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:1:0:19:20:1:15:4:1:0:15:5:0:0 chr15 40383347 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.977;QD=62.022;RBI=0.0366424;REFB=0;REVB=0.0329381;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49829e-05;OID=.;OPOS=40383347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chr15 40383779 . A C 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0058606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.797;QD=10.8848;RBI=0.01165;REFB=0.00303784;REVB=0.0100685;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295642;STB=0.675319;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.00650941;OID=.;OPOS=40383779;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:5:4:11:4:5:4:11:4 chr15 40426913 . C A 194.3 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0141046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.116;QD=12.3364;RBI=0.0217303;REFB=-0.010336;REVB=-0.0165307;RO=39;SAF=14;SAR=10;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211176;STB=0.621311;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0234525;OID=.;OPOS=40426913;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:10:14:15:24:10:14:15:24 chr15 40477831 . G A 255.56 PASS AF=0.439394;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0261396;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2912;QD=15.4886;RBI=0.0546943;REFB=0.007108;REVB=0.0480437;RO=37;SAF=24;SAR=5;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.382514;STB=0.719515;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0075423;OID=.;OPOS=40477831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:37:37:29:29:0.439394:5:24:19:18:5:24:19:18 chr15 40544493 . A G 80.95 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0171591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.223;QD=7.89731;RBI=0.0387041;REFB=-0.00895518;REVB=-0.0346926;RO=28;SAF=6;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114211;STB=0.533273;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0327605;OID=.;OPOS=40544493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:28:30:11:11:0.268293:5:6:15:13:5:6:15:15 chr15 40544520 . G C 43.73 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.048219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9314;QD=6.0324;RBI=0.0617942;REFB=-0.00195768;REVB=0.0386451;RO=21;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233142;STB=0.6696;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=-0.0012592;OID=.;OPOS=40544520;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:29:21:22:7:7:0.241379:2:5:11:10:2:5:11:11 chr15 40544617 . G A 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.112789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6999;QD=10.1727;RBI=0.117156;REFB=0.00460864;REVB=-0.031688;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107451;STB=0.565019;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.00101343;OID=.;OPOS=40544617;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:1:5:8:1:1:5:8:1 chr15 40558064 . A G 192.68 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00652911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5555;QD=23.3557;RBI=0.025874;REFB=-0.0374883;REVB=-0.0250367;RO=13;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00885881;STB=0.51117;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0332928;OID=.;OPOS=40558064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:14:19:19:0.575758:9:10:7:6:9:10:7:7 chr15 40558087 . G A 95.57 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0124412;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=116.519;QD=11.5843;RBI=0.0390717;REFB=-0.0213531;REVB=-0.037038;RO=18;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120689;STB=0.59558;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0664325;OID=.;OPOS=40558087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:30:33:18:21:12:12:0.363636:8:4:8:10:8:4:10:11 chr15 40558482 . A G 108.12 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=3;FWDB=8.24904e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.037;QD=13.106;RBI=0.0345116;REFB=-0.00355862;REVB=0.0345115;RO=20;SAF=5;SAR=8;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457486;STB=0.761572;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00657263;OID=.;OPOS=40558482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:8:5:17:3:8:5:17:3 chr15 40568823 . C A 257.68 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.101992;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9924;QD=19.8213;RBI=0.107634;REFB=0.026608;REVB=0.0343907;RO=25;SAF=11;SAR=16;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154929;STB=0.585937;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=-0.0203478;OID=.;OPOS=40568823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:16:11:6:19:16:11:6:19 chr15 40573675 . G T 563.35 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0258443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.125;QD=57.7799;RBI=0.0442491;REFB=-0.084669;REVB=0.0359174;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.51612;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.00104221;OID=.;OPOS=40573675;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:39:0:1:37:38:0.974359:15:22:0:0:15:23:0:1 chr15 40573716 . A G 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00363151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.303;QD=63.2845;RBI=0.00369874;REFB=0;REVB=0.000702002;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.40491e-05;OID=.;OPOS=40573716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr15 40581543 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.731;QD=56.9383;RBI=0.0262371;REFB=0;REVB=0.00804917;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.67544e-05;OID=.;OPOS=40581543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr15 40583874 . T TG 126.61 PASS AF=1;AO=3;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.100185;FXX=0.0908678;HRUN=1;LEN=1;MLLD=7.59825;QD=25.3213;RBI=0.100749;REFB=0;REVB=0.0106406;RO=18;SAF=2;SAR=1;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719389;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-5.80285e-06;OID=.;OPOS=40583875;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:21:20:20:0:14:6:0:0:3:18:2:1:13:5 chr15 40583876 . T C,G 299.6 PASS AF=0.0869565,0.913043;AO=2,21;DP=23;FAO=2,21;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=1,16;FSAR=1,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00374418,-0.000595705;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=30.5886,69.9068;QD=52.1039;RBI=0.00898897,0.0239414;REFB=0,0;REVB=0.00817207,0.0239339;RO=0;SAF=1,16;SAR=1,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.78933e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.152664,0.00240581;OID=.,.;OPOS=40583876,40583876;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:23:23:0:0:2,21:2,21:0.0869565,0.913043:1,5:1,16:0:0:1,5:1,16:0:0 chr15 40589002 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.594;QD=58.1421;RBI=0.0184464;REFB=0;REVB=-0.00465211;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1145e-05;OID=.;OPOS=40589002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr15 40590134 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00652483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.891;QD=52.613;RBI=0.0656626;REFB=0;REVB=-0.0653376;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000349963;OID=.;OPOS=40590134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr15 40633138 . A T 209.34 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.0414857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2126;QD=13.7269;RBI=0.0433833;REFB=-0.00430776;REVB=-0.0126902;RO=36;SAF=6;SAR=19;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0516403;STB=0.529592;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.00618281;OID=.;OPOS=40633138;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:19:6:10:26:19:6:10:26 chr15 40655845 . C G 92.93 PASS AF=0.909091;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.054951;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=72.0049;QD=33.7932;RBI=0.067485;REFB=-0.067557;REVB=0.039174;RO=1;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080744;STB=0.545364;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00569015;OID=.;OPOS=40655845;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:11:1:1:9:10:0.909091:5:4:0:1:5:5:0:1 chr15 40655873 . G C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00733008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.969;QD=47.8213;RBI=0.034616;REFB=0;REVB=-0.0338311;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000323219;OID=.;OPOS=40655873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr15 40659476 . G A 243.81 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0363174;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.759;QD=15.2383;RBI=0.0381752;REFB=-0.0326468;REVB=0.0117638;RO=34;SAF=10;SAR=18;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566122;STB=0.551849;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0343829;OID=.;OPOS=40659476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:36:28:28:0.4375:18:10:14:20:18:10:16:20 chr15 40710723 . G A 353.12 PASS AF=0.486842;AO=36;DP=76;FAO=37;FDP=76;FR=.;FRO=39;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0401372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1323;QD=18.5853;RBI=0.0571106;REFB=-0.0115188;REVB=0.0406279;RO=39;SAF=20;SAR=16;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400696;STB=0.514278;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0134185;OID=.;OPOS=40710723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:39:39:36:37:0.486842:16:20:20:19:17:20:20:19 chr15 40751555 . C A 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0179669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.635;QD=20.893;RBI=0.0277162;REFB=-0.0404146;REVB=-0.021104;RO=6;SAF=9;SAR=1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422407;STB=0.749373;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00543947;OID=.;OPOS=40751555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:1:9:3:3:1:9:3:3 chr15 40764616 . G A 211.89 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00331083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.429;QD=16.6184;RBI=0.0211511;REFB=-0.0189716;REVB=0.0208904;RO=28;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00611655;STB=0.503469;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0252111;OID=.;OPOS=40764616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:13:10:12:16:13:10:12:16 chr15 40849408 . C T 800.69 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241871;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.791;QD=56.1885;RBI=0.0244179;REFB=0;REVB=0.00334882;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000835549;OID=.;OPOS=40849408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr15 40856989 . C CT,T 257.59 PASS AF=0.15,0.85;AO=3,17;DP=22;FAO=3,17;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3,12;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303175,0.028167;FXX=0.0475964;HRUN=0,4;LEN=1,1;MLLD=248.975,255.522;QD=51.518;RBI=0.0308004,0.0282585;REFB=0,0;REVB=-0.00543224,0.00227274;RO=2;SAF=3,12;SAR=0,5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0704611;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0140313,0.00361272;OID=.,.;OPOS=40856990,40856989;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:22:20:2:0:3,17:3,17:0.15,0.85:0,5:3,12:2:0:0,5:3,12:0:0 chr15 40917114 . T C 257.82 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0094864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.168;QD=23.438;RBI=0.0117744;REFB=-0.00754651;REVB=0.0069745;RO=17;SAF=13;SAR=11;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226514;STB=0.652298;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0065918;OID=.;OPOS=40917114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:17:20:24:24:0.545455:11:13:4:13:11:13:4:16 chr15 41105926 . T G 101.59 PASS AF=0.5;AO=11;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00220753;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.891;QD=16.9317;RBI=0.0171671;REFB=-0.0146569;REVB=-0.0170245;RO=8;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104359;STB=0.583194;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.00733803;OID=.;OPOS=41105926;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:8:12:11:12:0.5:4:7:4:4:5:7:5:7 chr15 41146880 . T C 143.31 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.120949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.175;QD=14.6983;RBI=0.121265;REFB=-0.0137453;REVB=0.00875519;RO=23;SAF=7;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041821;STB=0.524241;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.0182535;OID=.;OPOS=41146880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:9:7:11:12:9:7:11:12 chr15 41148199 . C T 323.41 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00194538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.662;QD=53.9023;RBI=0.0228869;REFB=0;REVB=0.0228041;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217065;OID=.;OPOS=41148199;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr15 41148516 . G A 257.96 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00367072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.02;QD=18.4255;RBI=0.00584195;REFB=-0.021135;REVB=0.00454468;RO=26;SAF=15;SAR=13;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129812;STB=0.571016;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0297341;OID=.;OPOS=41148516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:28:28:28:0.5:13:15:10:16:13:15:11:17 chr15 41149161 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000255568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.34;QD=45.8068;RBI=0.0233739;REFB=0;REVB=0.0233725;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.37799e-05;OID=.;OPOS=41149161;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr15 41245676 . G A 376.02 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0717696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.752;QD=55.7064;RBI=0.0949996;REFB=0;REVB=0.0622419;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103932;OID=.;OPOS=41245676;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:12:14:0:0:12:15:0:0 chr15 41271718 . C T 1774.84 PASS AF=0.991597;AO=111;DP=112;FAO=118;FDP=119;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0199504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.959;QD=59.6586;RBI=0.0340961;REFB=0.0530524;REVB=0.0276501;RO=0;SAF=60;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.42743e-08;STB=0.503875;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.000280426;OID=.;OPOS=41271718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:112:119:0:1:111:118:0.991597:51:60:0:0:54:64:1:0 chr15 41476209 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000207529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9652;QD=60.978;RBI=0.00585304;REFB=0;REVB=0.00584936;RO=0;SAF=9;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.68708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.14919e-05;OID=.;OPOS=41476209;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:30:9:0:0:30:9:0:0 chr15 41483682 . A G 93.18 PASS AF=0.238095;AO=13;DP=61;FAO=15;FDP=63;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.00159449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0553;QD=5.91647;RBI=0.0107373;REFB=-0.0146289;REVB=-0.0106183;RO=44;SAF=9;SAR=4;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389065;STB=0.785365;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0354769;OID=.;OPOS=41483682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:61:63:44:48:13:15:0.238095:4:9:16:28:4:11:16:32 chr15 41484287 . C A 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=-0.00206562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=321.152;QD=3.54005;RBI=0.00703037;REFB=-0.00788411;REVB=-0.00672007;RO=32;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437773;STB=0.792854;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0394161;OID=.;OPOS=41484287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:32:32:6:6:0.157895:2:4:9:23:2:4:9:23 chr15 41574051 . C T 60.12 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=47;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0657645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1145;QD=4.21917;RBI=0.068781;REFB=0.00297465;REVB=-0.0201459;RO=37;SAF=7;SAR=3;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323664;STB=0.628945;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=-0.00813709;OID=.;OPOS=41574051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:58:57:37:47:10:10:0.175439:3:7:16:21:3:7:26:21 chr15 41634587 . AC GA 49.22 PASS AF=0.166667;AO=8;DP=48;FAO=8;FDP=48;FR=.;FRO=40;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=26;FSRR=14;FWDB=-0.0153678;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=161.847;QD=4.10151;RBI=0.026485;REFB=-0.0039359;REVB=-0.0215704;RO=39;SAF=7;SAR=1;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344566;STB=0.760091;STBP=0.176;TYPE=mnp;VARB=0.0119581;OID=.;OPOS=41634587;OREF=AC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:39:40:8:8:0.166667:1:7:26:13:1:7:26:14 chr15 41679717 . C T 78.62 PASS AF=0.203125;AO=13;DP=64;FAO=13;FDP=64;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=0.0108989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5566;QD=4.91389;RBI=0.011361;REFB=-0.0184946;REVB=-0.00320728;RO=51;SAF=8;SAR=5;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158925;STB=0.510188;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0484453;OID=.;OPOS=41679717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:64:64:51:51:13:13:0.203125:5:8:32:19:5:8:32:19 chr15 41815516 . G C 708.56 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.671;QD=62.9829;RBI=0.0304151;REFB=0;REVB=0.0244524;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014375;OID=.;OPOS=41815516;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr15 41819696 . T C 74.91 PASS AF=0.142857;AO=15;DP=105;FAO=15;FDP=105;FR=.;FRO=90;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=41;FSRR=49;FWDB=0.0394376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0032;QD=2.85382;RBI=0.0514901;REFB=-0.0119979;REVB=0.0331044;RO=86;SAF=11;SAR=4;SRF=38;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361331;STB=0.736727;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0742149;OID=.;OPOS=41819696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:105:105:86:90:15:15:0.142857:4:11:38:48:4:11:41:49 chr15 41819716 . C T 1208.4 PASS AF=0.867347;AO=85;DP=99;FAO=85;FDP=98;FR=.;FRO=13;FSAF=38;FSAR=47;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0181632;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.3309;QD=49.3223;RBI=0.0203816;REFB=-0.00764178;REVB=0.00924699;RO=14;SAF=38;SAR=47;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0333513;STB=0.512228;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000921866;OID=.;OPOS=41819716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:99:98:14:13:85:85:0.867347:47:38:8:6:47:38:7:6 chr15 41820200 . C T 69.68 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0104157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.62;QD=6.48215;RBI=0.0308103;REFB=-0.00633868;REVB=-0.0289963;RO=32;SAF=3;SAR=7;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139624;STB=0.603844;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0226851;OID=.;OPOS=41820200;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:32:33:10:10:0.232558:7:3:13:19:7:3:14:19 chr15 41821752 . T C 474.86 PASS AF=0.755102;AO=36;DP=48;FAO=37;FDP=49;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00357651;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3979;QD=38.7642;RBI=0.0146487;REFB=-0.0256774;REVB=0.0142054;RO=12;SAF=15;SAR=21;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98505e-08;STB=0.502856;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.00617256;OID=.;OPOS=41821752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:49:12:12:36:37:0.755102:21:15:5:7:22:15:5:7 chr15 41829230 . A G 250.09 PASS AF=0.875;AO=21;DP=24;FAO=21;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00951908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.518;QD=41.6821;RBI=0.0176721;REFB=-0.0210495;REVB=0.0148892;RO=3;SAF=12;SAR=9;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224139;STB=0.512184;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00448441;OID=.;OPOS=41829230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:24:24:3:3:21:21:0.875:9:12:2:1:9:12:2:1 chr15 41854762 . A G 39.75 PASS AF=0.123077;AO=8;DP=65;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-9.04365e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.516;QD=2.44625;RBI=0.0143815;REFB=-0.000787163;REVB=-0.0143812;RO=57;SAF=6;SAR=2;SRF=28;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31392;STB=0.731691;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00417411;OID=.;OPOS=41854762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:65:65:57:57:8:8:0.123077:2:6:28:29:2:6:28:29 chr15 41991315 . A T 520.02 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0195881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.672;QD=59.4306;RBI=0.0391888;REFB=0;REVB=0.0339422;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.04083e-05;OID=.;OPOS=41991315;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr15 42026764 . C T 1498.25 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221694;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.113;QD=63.7555;RBI=0.0520534;REFB=0;REVB=0.0470965;RO=0;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127482;OID=.;OPOS=42026764;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:91:94:1:50:41:0:0:51:43:0:0 chr15 42041711 . AG A,AA 143.34 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=2,11;DP=13;FAO=1,12;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=1,3;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0749461,0.0512298;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=218.598,234.675;QD=44.1047;RBI=0.0750685,0.0513197;REFB=0,0;REVB=-0.00428589,-0.00303664;RO=0;SAF=1,3;SAR=1,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0254945,0.00493733;OID=.,.;OPOS=42041712,42041712;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0769231,0.923077:2,11:13:1,12:13:0:1,3:0,9:0:0:5:0:1,3:1,8:0:0 chr15 42059392 . C T 31.82 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.0197984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=253.509;QD=2.49545;RBI=0.0253198;REFB=-0.00672111;REVB=-0.0157834;RO=45;SAF=2;SAR=4;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183255;STB=0.639527;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0544571;OID=.;OPOS=42059392;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:45:45:6:6:0.117647:4:2:22:23:4:2:22:23 chr15 42105918 . C G 794.67 PASS AF=0.847222;AO=61;DP=72;FAO=61;FDP=72;FR=.;FRO=11;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.017616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.598;QD=44.1483;RBI=0.0250326;REFB=-0.0429022;REVB=0.017785;RO=11;SAF=27;SAR=34;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297309;STB=0.515857;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00597363;OID=.;OPOS=42105918;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:72:72:11:11:61:61:0.847222:34:27:6:5:34:27:6:5 chr15 42111753 . G A,GC 108.93 PASS AF=0.294118,0.470588;AO=2,4;DP=22;FAO=5,8;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=5,8;FSAR=0,0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0119768,0.00533748;FXX=0.190386;HRUN=10,1;LEN=1,1;MLLD=35.757,78.1138;QD=25.6297;RBI=0.0119768,0.00533748;REFB=-0.151646,-0.0591645;REVB=0,0;RO=0;SAF=2,4;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.174062,0.0195578;OID=.,.;OPOS=42111753,42111754;OREF=G,-;OALT=A,C;OMAPALT=A,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:36:22:17:0:4:2,4:5,8:0.294118,0.470588:0,0:2,4:0:0:0,0:5,8:4:0 chr15 42119900 . T C 57.72 PASS AF=0.183673;AO=9;DP=49;FAO=9;FDP=49;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=30;FWDB=-0.0685764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1344;QD=4.71189;RBI=0.0688397;REFB=-0.0057776;REVB=-0.00601592;RO=40;SAF=8;SAR=1;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.686818;STB=0.931591;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0546812;OID=.;OPOS=42119900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:49:49:40:40:9:9:0.183673:1:8:10:30:1:8:10:30 chr15 42128568 . C G 40.91 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.0383638;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.1152;QD=3.55776;RBI=0.0857252;REFB=0.012146;REVB=0.0766618;RO=38;SAF=3;SAR=4;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546417;STB=0.549857;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=-0.0546378;OID=.;OPOS=42128568;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:46:38:39:7:7:0.152174:4:3:18:20:4:3:19:20 chr15 42134097 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00698255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.97;QD=11.9195;RBI=0.0229136;REFB=-0.00923129;REVB=0.0218238;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.354212;STB=0.713673;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0234716;OID=.;OPOS=42134097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:6:3:5:2:6:3 chr15 42135988 . C T 1602.88 PASS AF=0.990991;AO=107;DP=112;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.035724;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.273;QD=57.7615;RBI=0.0506773;REFB=-0.114576;REVB=0.0359441;RO=1;SAF=46;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102062;STB=0.505154;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000777926;OID=.;OPOS=42135988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:112:111:1:1:107:110:0.990991:61:46:1:0:62:48:1:0 chr15 42138321 . A G 246.07 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.855;QD=49.2144;RBI=0.0103222;REFB=0;REVB=0.000319313;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.45497e-05;OID=.;OPOS=42138321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:5:15:0:0:5:15:0:0 chr15 42139642 . C T 239.55 PASS AF=0.777778;AO=21;DP=27;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0517972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.712;QD=35.4886;RBI=0.0586101;REFB=0.00275485;REVB=0.0274261;RO=6;SAF=2;SAR=19;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778035;STB=0.542813;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=-0.000384016;OID=.;OPOS=42139642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:27:27:6:6:21:21:0.777778:19:2:1:5:19:2:1:5 chr15 42149472 . T C 1135.23 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00409975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.605;QD=60.5457;RBI=0.0272111;REFB=0;REVB=0.0269004;RO=0;SAF=25;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.96951e-05;OID=.;OPOS=42149472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:50:25:0:0:50:25:0:0 chr15 42149506 . G C 962.71 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00751765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.957;QD=58.3461;RBI=0.0211233;REFB=0;REVB=0.0197403;RO=0;SAF=19;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91737e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51885e-05;OID=.;OPOS=42149506;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:46:19:0:0:47:19:0:0 chr15 42154738 . G A 1286.49 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.054188;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2669;QD=61.9994;RBI=0.0777911;REFB=0;REVB=0.0558133;RO=0;SAF=50;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206398;OID=.;OPOS=42154738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:33:50:0:0:33:50:0:0 chr15 42166500 . C T 1677.24 PASS AF=1;AO=111;DP=111;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.288;QD=60.441;RBI=0.0610064;REFB=0;REVB=0.0565479;RO=0;SAF=69;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.61903e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001888;OID=.;OPOS=42166500;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:111:111:0:0:111:111:1:42:69:0:0:42:69:0:0 chr15 42171537 . A G 1900.47 PASS AF=1;AO=122;DP=123;FAO=123;FDP=123;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393293;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.72;QD=61.804;RBI=0.05086;REFB=0;REVB=0.0322482;RO=0;SAF=68;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.72266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134118;OID=.;OPOS=42171537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:123:0:0:122:123:1:54:68:0:0:55:68:0:0 chr15 42178155 . T C 923.43 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0245642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5459;QD=56.8262;RBI=0.0257614;REFB=-0.0493087;REVB=0.00776192;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.000107354;OID=.;OPOS=42178155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:65:0:1:64:64:0.984615:32:32:0:0:32:32:0:1 chr15 42235316 . C T 57.76 PASS AF=0.131868;AO=11;DP=90;FAO=12;FDP=91;FR=.;FRO=79;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=55;FWDB=-0.0450956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7365;QD=2.53879;RBI=0.0462547;REFB=-0.00578559;REVB=-0.0102897;RO=79;SAF=5;SAR=6;SRF=24;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195038;STB=0.670079;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0389836;OID=.;OPOS=42235316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:90:91:79:79:11:12:0.131868:6:5:24:55:6:6:24:55 chr15 42287578 . G A 50.73 PASS AF=0.152542;AO=9;DP=59;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=31;FWDB=0.0366984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4098;QD=3.43937;RBI=0.0896915;REFB=0.000558702;REVB=0.08184;RO=50;SAF=4;SAR=5;SRF=19;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812833;STB=0.555863;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.00338536;OID=.;OPOS=42287578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:59:59:50:50:9:9:0.152542:5:4:19:31:5:4:19:31 chr15 42342818 . G A 65.23 PASS AF=0.166667;AO=12;DP=72;FAO=12;FDP=72;FR=.;FRO=60;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=0.0080159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9966;QD=3.62415;RBI=0.0349323;REFB=-0.0160073;REVB=-0.0340001;RO=58;SAF=7;SAR=5;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615349;STB=0.542183;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0310217;OID=.;OPOS=42342818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:72:72:58:60:12:12:0.166667:5:7:31:27:5:7:32:28 chr15 42342824 . T G 58.53 PASS AF=0.157143;AO=11;DP=70;FAO=11;FDP=70;FR=.;FRO=59;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=0.00900602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.806;QD=3.3444;RBI=0.0136711;REFB=-0.00940963;REVB=-0.0102854;RO=59;SAF=6;SAR=5;SRF=32;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00384227;STB=0.502613;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0413285;OID=.;OPOS=42342824;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:70:70:59:59:11:11:0.157143:5:6:32:27:5:6:32:27 chr15 42371752 . A T 133.83 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00529235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.97;QD=25.4911;RBI=0.0270317;REFB=-0.00452329;REVB=-0.0265085;RO=7;SAF=10;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00228531;OID=.;OPOS=42371752;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:7:7:14:14:0.666667:4:10:5:2:4:10:5:2 chr15 42373810 . G C 1191.42 PASS AF=0.738462;AO=94;DP=123;FAO=96;FDP=130;FR=.;FRO=34;FSAF=48;FSAR=48;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0142341;FXX=0.00763301;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.302;QD=36.6592;RBI=0.0405371;REFB=-0.0486931;REVB=0.0379559;RO=29;SAF=48;SAR=46;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486712;STB=0.546144;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0233464;OID=.;OPOS=42373810;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:130:29:34:94:96:0.738462:46:48:18:11:48:48:23:11 chr15 42377744 . C G 340.9 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00173534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.321;QD=54.5434;RBI=0.040587;REFB=0;REVB=0.0405499;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176053;OID=.;OPOS=42377744;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:17:7:0:0:18:7:0:0 chr15 42433802 . A G 121.68 PASS AF=0.223529;AO=18;DP=84;FAO=19;FDP=85;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=42;FWDB=-0.0249055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.037;QD=5.72627;RBI=0.0354647;REFB=-0.0140341;REVB=-0.025248;RO=64;SAF=8;SAR=10;SRF=23;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109754;STB=0.586379;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0449182;OID=.;OPOS=42433802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:64:66:18:19:0.223529:10:8:23:41:10:9:24:42 chr15 42434254 . G A 758.76 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00763607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.792;QD=63.2299;RBI=0.00959815;REFB=0;REVB=-0.00581505;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.29994e-05;OID=.;OPOS=42434254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:20:27:0:0:21:27:0:0 chr15 42434336 . G C 441.18 PASS AF=0.772727;AO=34;DP=44;FAO=34;FDP=44;FR=.;FRO=10;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.00779787;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=210.41;QD=40.1072;RBI=0.0320309;REFB=0.00275779;REVB=0.0310673;RO=10;SAF=18;SAR=16;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722905;STB=0.539061;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=-0.000709058;OID=.;OPOS=42434336;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:10:10:34:34:0.772727:16:18:7:3:16:18:7:3 chr15 42434837 . T C 246.54 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0012041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.359;QD=46.96;RBI=0.0434151;REFB=-0.0882463;REVB=0.0433984;RO=1;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438656;STB=0.523786;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00453292;OID=.;OPOS=42434837;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:10:10:0:1:10:10:0:1 chr15 42439376 . G A 109.57 PASS AF=0.232877;AO=17;DP=74;FAO=17;FDP=73;FR=.;FRO=56;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0052209;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.789;QD=6.00396;RBI=0.0708297;REFB=-0.000760106;REVB=0.0706371;RO=55;SAF=2;SAR=15;SRF=34;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.616732;STB=0.879028;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00907468;OID=.;OPOS=42439376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:55:56:17:17:0.232877:15:2:34:21:15:2:34:22 chr15 42444918 . C G 133.53 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=44;FAO=12;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=0.00948638;FXX=0.0222173;HRUN=4;LEN=1;MLLD=21.6555;QD=12.1395;RBI=0.0952739;REFB=-0.0868957;REVB=0.0948005;RO=23;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436542;STB=0.736509;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.133213;OID=.;OPOS=42444918;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:44:44:23:24:12:12:0.272727:5:7:4:19:5:7:5:19 chr15 42453963 . T C 66.98 PASS AF=0.173913;AO=12;DP=68;FAO=12;FDP=69;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0553941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1175;QD=3.88304;RBI=0.0571515;REFB=-0.00457143;REVB=-0.0140637;RO=56;SAF=8;SAR=4;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231195;STB=0.659926;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0182026;OID=.;OPOS=42453963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:68:69:56:57:12:12:0.173913:4:8:27:29:4:8:27:30 chr15 42459034 . T C 58.54 PASS AF=0.1875;AO=9;DP=48;FAO=9;FDP=48;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0309378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.804;QD=4.87809;RBI=0.0311417;REFB=-0.00201407;REVB=-0.00355842;RO=39;SAF=4;SAR=5;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1083;STB=0.571276;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0116651;OID=.;OPOS=42459034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:48:48:39:39:9:9:0.1875:5:4:14:25:5:4:14:25 chr15 42553217 . AAT A,AA,AAA 488.32 PASS AF=1,0,0;AO=9,18,8;DP=36;FAO=33,0,0;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12,0,0;FSAR=21,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188926,-0.0410744,-0.0480444;FXX=0.0294031;HRUN=7,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=302.412,298.747,292.822;QD=59.1907;RBI=0.0533275,0.066882,0.0724742;REFB=0,0,0;REVB=-0.0498687,-0.0527835,-0.0542608;RO=1;SAF=5,5,1;SAR=4,13,7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.080744,-0.0831815,-0.286738;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.000350685,0,0;OID=.,.,.;OPOS=42553218,42553219,42553219;OREF=AT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0,0:9,18,8:36:33,0,0:33:0:12,0,0:21,0,0:0:0:4:1:5,5,1:4,13,7:1:0 chr15 42568547 . C G 731.39 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194163;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.483;QD=63.5989;RBI=0.0197056;REFB=0;REVB=0.00336442;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.68424e-05;OID=.;OPOS=42568547;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr15 42570718 . A G 320.32 PASS AF=0.8125;AO=25;DP=31;FAO=26;FDP=32;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0324089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.226;QD=40.0401;RBI=0.0357613;REFB=-0.0338107;REVB=0.0151172;RO=6;SAF=8;SAR=17;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133948;STB=0.574409;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0128626;OID=.;OPOS=42570718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:32:6:6:25:26:0.8125:17:8:4:2:18:8:4:2 chr15 42575956 . A G 33.88 PASS AF=0.166667;AO=6;DP=36;FAO=6;FDP=36;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0371897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.135;QD=3.76493;RBI=0.0373028;REFB=-0.0104185;REVB=0.00290325;RO=30;SAF=4;SAR=2;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163179;STB=0.614991;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0663375;OID=.;OPOS=42575956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:36:36:30:30:6:6:0.166667:2:4:16:14:2:4:16:14 chr15 42575963 . A G 555.92 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0299342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.318;QD=60.0993;RBI=0.0613771;REFB=0;REVB=0.0535827;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178934;OID=.;OPOS=42575963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr15 42579948 . T C 820.29 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0273839;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.193;QD=57.5644;RBI=0.0294088;REFB=0;REVB=0.0107239;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.36357e-05;OID=.;OPOS=42579948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chr15 42579984 . G A 38.89 PASS AF=0.132075;AO=7;DP=53;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.01516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.94;QD=2.93534;RBI=0.015591;REFB=-0.00275901;REVB=-0.00364058;RO=46;SAF=3;SAR=4;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136158;STB=0.598651;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0170853;OID=.;OPOS=42579984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:53:53:46:46:7:7:0.132075:4:3:25:21:4:3:25:21 chr15 42643529 . T C 67.48 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0145458;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=320.226;QD=4.65376;RBI=0.0149109;REFB=-0.00685089;REVB=-0.00327934;RO=47;SAF=3;SAR=8;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153594;STB=0.601955;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0244573;OID=.;OPOS=42643529;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:58:58:47:47:11:11:0.189655:8:3:18:29:8:3:18:29 chr15 42643538 . A G 67.07 PASS AF=0.183333;AO=11;DP=60;FAO=11;FDP=60;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0142493;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.109;QD=4.4716;RBI=0.0145135;REFB=-0.00187199;REVB=-0.00275691;RO=48;SAF=3;SAR=8;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194983;STB=0.623491;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00888312;OID=.;OPOS=42643538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:60:60:48:49:11:11:0.183333:8:3:20:28:8:3:20:29 chr15 43027368 . C T 66.35 PASS AF=0.173913;AO=12;DP=67;FAO=12;FDP=69;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.0118684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.0318;QD=3.84638;RBI=0.028151;REFB=0.00823512;REVB=-0.0255268;RO=54;SAF=10;SAR=2;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.475171;STB=0.828715;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0452728;OID=.;OPOS=43027368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:67:69:54:57:12:12:0.173913:2:10:25:29:2:10:25:32 chr15 43170793 . A G 223.93 PASS AF=0.769231;AO=20;DP=26;FAO=20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00731808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7946;QD=34.4513;RBI=0.0139981;REFB=0.0230645;REVB=-0.0119329;RO=6;SAF=6;SAR=14;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0956172;STB=0.552577;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=-0.0116655;OID=.;OPOS=43170793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:6:6:20:20:0.769231:14:6:3:3:14:6:3:3 chr15 43170823 . C T 239.47 PASS AF=0.777778;AO=21;DP=27;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0151691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8642;QD=35.4772;RBI=0.0327049;REFB=-0.0168773;REVB=0.0289743;RO=6;SAF=7;SAR=14;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0738901;STB=0.540501;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00598683;OID=.;OPOS=43170823;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:6:6:21:21:0.777778:14:7:3:3:14:7:3:3 chr15 43473436 . G A 98.69 PASS AF=0.177083;AO=17;DP=97;FAO=17;FDP=96;FR=.;FRO=79;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=-0.0188983;FXX=0.0103082;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.134;QD=4.1119;RBI=0.0232475;REFB=-0.00991538;REVB=-0.0135388;RO=79;SAF=5;SAR=12;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152924;STB=0.600688;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.039433;OID=.;OPOS=43473436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:97:96:79:79:17:17:0.177083:12:5:32:47:12:5:32:47 chr15 43531411 . G C 492.19 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0185502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.128;QD=51.81;RBI=0.028734;REFB=-0.0322707;REVB=0.0219439;RO=3;SAF=14;SAR=21;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102536;STB=0.505491;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.00201342;OID=.;OPOS=43531411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:3:3:35:35:0.921053:21:14:1:2:21:14:1:2 chr15 43545728 . G A 438.43 PASS AF=0.914286;AO=32;DP=35;FAO=32;FDP=35;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000844756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.785;QD=50.1059;RBI=0.0479295;REFB=-0.0762407;REVB=0.0479221;RO=2;SAF=20;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145609;STB=0.526299;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00569482;OID=.;OPOS=43545728;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:35:35:2:3:32:32:0.914286:12:20:1:1:12:20:1:2 chr15 43571390 . C G 561.26 PASS AF=0.64557;AO=50;DP=78;FAO=51;FDP=79;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.151083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5673;QD=28.418;RBI=0.151114;REFB=-0.0320585;REVB=-0.0030824;RO=27;SAF=19;SAR=31;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043619;STB=0.534154;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0183877;OID=.;OPOS=43571390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:27:28:50:51:0.64557:31:19:12:15:32:19:13:15 chr15 43579566 . A G 246.81 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0142486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5318;QD=31.8462;RBI=0.0148738;REFB=0.0188706;REVB=-0.00426701;RO=9;SAF=10;SAR=12;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187286;STB=0.602322;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=-0.00817417;OID=.;OPOS=43579566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:9:9:22:22:0.709677:12:10:1:8:12:10:1:8 chr15 43621947 . A G 1269.08 PASS AF=1;AO=71;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315495;FXX=0.0120467;HRUN=4;LEN=1;MLLD=214.494;QD=61.9065;RBI=0.0359019;REFB=0;REVB=0.017134;RO=0;SAF=39;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57177e-05;OID=.;OPOS=43621947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:71:82:1:32:39:0:0:35:47:0:0 chr15 43632549 . T C 542.8 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00380757;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.497;QD=60.3107;RBI=0.00469831;REFB=0;REVB=0.00275255;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000290401;OID=.;OPOS=43632549;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:25:11:0:0:25:11:0:0 chr15 43650383 . TG T,TA 241.08 PASS AF=0.15,0.85;AO=2,18;DP=20;FAO=3,17;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=3,6;FSAR=0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119555,0.0215316;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=136.573,152.693;QD=48.215;RBI=0.0447636,0.0497425;REFB=0,0;REVB=0.0431376,0.0448409;RO=0;SAF=2,7;SAR=0,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0277777,-0.00168708;OID=.,.;OPOS=43650384,43650384;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=T,TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.15,0.85:2,18:20:3,17:20:0:3,6:0,11:0:0:11:0:2,7:0,11:0:0 chr15 43661802 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00486602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.345;QD=58.5878;RBI=0.0301178;REFB=0;REVB=-0.0297221;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00010784;OID=.;OPOS=43661802;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr15 43724646 . T G 1238.25 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00103206;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.434;QD=58.9642;RBI=0.0283993;REFB=-0.151063;REVB=0.0283806;RO=2;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210376;STB=0.511108;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.000782159;OID=.;OPOS=43724646;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:84:84:2:2:82:82:0.97619:44:38:0:2:44:38:0:2 chr15 43748304 . A G 560.85 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00603919;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.08;QD=60.6326;RBI=0.00794937;REFB=0;REVB=0.0051692;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36363e-05;OID=.;OPOS=43748304;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr15 43762196 . C T 770.0 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101168;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.339;QD=64.1663;RBI=0.0105819;REFB=0;REVB=0.00310272;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.76202e-06;OID=.;OPOS=43762196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:48:0:0:48:48:1:24:24:0:0:24:24:0:0 chr15 43767774 . G C 708.52 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8631;QD=62.9796;RBI=0.0149037;REFB=0;REVB=0.00646473;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211026;OID=.;OPOS=43767774;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:26:18:0:0:27:18:0:0 chr15 43816917 . G A 490.09 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178236;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=149.956;QD=57.6581;RBI=0.0366137;REFB=0;REVB=0.0319825;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000494728;OID=.;OPOS=43816917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:13:20:0:0:14:20:0:0 chr15 43817406 . T C 689.31 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.336;QD=62.6647;RBI=0.0149743;REFB=0;REVB=-0.00777371;RO=0;SAF=31;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03672e-05;OID=.;OPOS=43817406;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:13:31:0:0:13:31:0:0 chr15 43818052 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6521;QD=33.4271;RBI=0.0288639;REFB=0;REVB=0.0288639;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00266506;OID=.;OPOS=43818052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr15 43892847 . G C 874.89 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.878;QD=56.4442;RBI=0.0288695;REFB=-0.0933124;REVB=0.00501423;RO=1;SAF=23;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200789;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000446368;OID=.;OPOS=43892847;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:62:62:1:0:61:62:1:38:23:1:0:38:24:0:0 chr15 43893072 . G A 175.96 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.069998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2126;QD=46.9217;RBI=0.100079;REFB=0;REVB=0.0715267;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00202407;OID=.;OPOS=43893072;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:3:11:0:0:4:11:0:0 chr15 43897499 . T C 427.6 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.0597;QD=57.0139;RBI=0.0410621;REFB=0;REVB=0.0387439;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564087;OID=.;OPOS=43897499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr15 43939642 . C T 705.57 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00166835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.481;QD=54.2746;RBI=0.0165453;REFB=-0.0674681;REVB=0.016461;RO=0;SAF=16;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.000826798;OID=.;OPOS=43939642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:52:0:1:50:51:0.980769:34:16:0:0:35:16:0:1 chr15 43988604 . G A 1543.54 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.075409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0132;QD=62.3651;RBI=0.0754407;REFB=0.0163376;REVB=-0.00218411;RO=1;SAF=35;SAR=63;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00747007;STB=0.503936;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-0.00176206;OID=.;OPOS=43988604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:63:35:0:1:63:35:0:1 chr15 44043793 . C G 1169.79 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.466;QD=59.989;RBI=0.0224918;REFB=0;REVB=0.000669551;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000973206;OID=.;OPOS=44043793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:76:78:1:32:44:0:0:33:45:0:0 chr15 44069069 . G C 1301.9 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0131066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4387;QD=61.9951;RBI=0.01805;REFB=0;REVB=0.0124105;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125274;OID=.;OPOS=44069069;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:42:42:0:0:42:42:0:0 chr15 44089414 . A AAG 39.47 PASS AF=0.132075;AO=7;DP=53;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=-0.00639902;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=62.0424;QD=2.9792;RBI=0.0111281;REFB=0.0034619;REVB=-0.00910429;RO=44;SAF=5;SAR=2;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.42472;STB=0.804138;STBP=0.135;TYPE=ins;VARB=-0.0205233;OID=.;OPOS=44089415;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.132075:7:53:7:53:46:5:2:15:31:39:44:5:2:15:29 chr15 44093927 . T C 785.73 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00624443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.591;QD=64.1412;RBI=0.0607527;REFB=0;REVB=0.0604309;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000238996;OID=.;OPOS=44093927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr15 44102010 . A C 1883.33 PASS AF=1;AO=120;DP=122;FAO=122;FDP=122;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024109;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.38;QD=61.7486;RBI=0.025001;REFB=0;REVB=0.00661846;RO=0;SAF=64;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131701;OID=.;OPOS=44102010;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:122:0:0:120:122:1:56:64:0:0:56:66:0:0 chr15 44120559 . T G 725.53 PASS AF=1;AO=42;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.434;QD=63.0894;RBI=0.0368737;REFB=0;REVB=0.0318226;RO=0;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161456;OID=.;OPOS=44120559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:42:46:1:26:16:0:0:29:17:0:0 chr15 44198049 . A G 1006.48 PASS AF=0.806452;AO=75;DP=93;FAO=75;FDP=93;FR=.;FRO=18;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.035613;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.528;QD=43.2896;RBI=0.0358947;REFB=-0.0460922;REVB=0.00448817;RO=18;SAF=35;SAR=40;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0524302;STB=0.52797;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00987943;OID=.;OPOS=44198049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:18:18:75:75:0.806452:40:35:11:7:40:35:11:7 chr15 44943757 . A G 633.09 PASS AF=0.923077;AO=48;DP=52;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.004679;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=263.243;QD=48.6988;RBI=0.00931882;REFB=-0.0637061;REVB=0.00805899;RO=2;SAF=33;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276631;STB=0.516568;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.000918222;OID=.;OPOS=44943757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:52:52:2:4:48:48:0.923077:15:33:2:0:15:33:2:2 chr15 44966389 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5172;QD=53.2757;RBI=0.0288955;REFB=0;REVB=-0.00135306;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378781;OID=.;OPOS=44966389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:15:7:0:0:16:7:0:0 chr15 45047134 . G A 727.04 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186031;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.583;QD=57.0226;RBI=0.0186498;REFB=0;REVB=0.00131918;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000498558;OID=.;OPOS=45047134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:22:29:0:0:22:29:0:0 chr15 45047550 . C T 33.27 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0165767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.505;QD=3.24566;RBI=0.0205935;REFB=-0.00208289;REVB=-0.0122192;RO=35;SAF=4;SAR=2;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246643;STB=0.676834;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0280152;OID=.;OPOS=45047550;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:2:4:16:19:2:4:16:19 chr15 45047573 . C T 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.188;QD=58.5858;RBI=0.0372439;REFB=0;REVB=0.0255362;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.19019e-06;OID=.;OPOS=45047573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr15 45249064 . T C 66.2 PASS AF=0.146067;AO=13;DP=89;FAO=13;FDP=89;FR=.;FRO=76;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=49;FSRR=27;FWDB=-0.00992498;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.073;QD=2.97537;RBI=0.0418978;REFB=0.000480986;REVB=-0.0407053;RO=76;SAF=3;SAR=10;SRF=49;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.486368;STB=0.823645;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00995105;OID=.;OPOS=45249064;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:89:89:76:76:13:13:0.146067:10:3:49:27:10:3:49:27 chr15 45392075 . G A 739.59 PASS AF=0.979592;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0273779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4598;QD=60.3747;RBI=0.0554185;REFB=-0.103763;REVB=0.0481837;RO=0;SAF=22;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5098;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0055932;OID=.;OPOS=45392075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:47:49:0:1:46:48:0.979592:24:22:0:0:25:23:0:1 chr15 45400358 . C G 427.68 PASS AF=0.939394;AO=22;DP=29;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00612252;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=203.089;QD=51.8404;RBI=0.0492376;REFB=-0.0981089;REVB=0.0488555;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.512187;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.000854727;OID=.;OPOS=45400358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:33:0:2:22:31:0.939394:7:15:0:0:10:21:1:1 chr15 45404066 . G A 936.85 PASS AF=0.930556;AO=67;DP=72;FAO=67;FDP=72;FR=.;FRO=5;FSAF=22;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0228323;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.154;QD=52.0472;RBI=0.0228713;REFB=-0.0944835;REVB=0.00133388;RO=3;SAF=22;SAR=45;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000456159;STB=0.505616;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.00090762;OID=.;OPOS=45404066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:72:72:3:5:67:67:0.930556:45:22:1:2:45:22:2:3 chr15 45408414 . C G 290.17 PASS AF=1;AO=14;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0151988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8088;QD=52.7574;RBI=0.249739;REFB=0;REVB=0.249276;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00780791;OID=.;OPOS=45408414;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:14:22:1:4:10:0:0:12:10:0:0 chr15 45408933 . T C 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000733313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.62;QD=62.0219;RBI=0.0245083;REFB=0;REVB=0.0244973;RO=0;SAF=9;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27702e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.96787e-05;OID=.;OPOS=45408933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:33:9:0:0:33:9:0:0 chr15 45444133 . T C 30.26 PASS AF=0.0972222;AO=7;DP=72;FAO=7;FDP=72;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.0463558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.08;QD=1.68134;RBI=0.0728441;REFB=-0.00741994;REVB=-0.0561908;RO=65;SAF=4;SAR=3;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154337;STB=0.51216;STBP=0.99;TYPE=snp;VARB=0.0689755;OID=.;OPOS=45444133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:72:72:65:65:7:7:0.0972222:3:4:38:27:3:4:38:27 chr15 45444518 . A G 42.47 PASS AF=0.2;AO=7;DP=35;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0393245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9928;QD=4.85354;RBI=0.0431648;REFB=-0.00825864;REVB=-0.0177983;RO=28;SAF=5;SAR=2;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.097573;STB=0.565841;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0475267;OID=.;OPOS=45444518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:28:28:7:7:0.2:2:5:18:10:2:5:18:10 chr15 45453032 . T C 56.81 PASS AF=0.163934;AO=10;DP=61;FAO=10;FDP=61;FR=.;FRO=51;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.065278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.988;QD=3.72517;RBI=0.069611;REFB=-0.00289659;REVB=0.0241757;RO=51;SAF=4;SAR=6;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251978;STB=0.668469;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.016274;OID=.;OPOS=45453032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:61:61:51:51:10:10:0.163934:6:4:31:20:6:4:31:20 chr15 45457519 . T G 87.97 PASS AF=0.165049;AO=16;DP=104;FAO=17;FDP=103;FR=.;FRO=86;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=47;FWDB=-0.0420482;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5452;QD=3.4165;RBI=0.0434192;REFB=-0.0136987;REVB=0.0108249;RO=77;SAF=4;SAR=12;SRF=31;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215613;STB=0.641382;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.0601116;OID=.;OPOS=45457519;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:104:103:77:86:16:17:0.165049:12:4:31:46:12:5:39:47 chr15 45467523 . GGC G 53.61 PASS AF=0.393939;AO=8;DP=40;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0794519;FXX=0;HRUN=5;LEN=2;MLLD=19.7758;QD=6.4979;RBI=0.109167;REFB=-0.105563;REVB=0.0748661;RO=27;SAF=7;SAR=1;SRF=18;SRR=9;SSEN=0.555556;SSEP=0;SSSB=0.348968;STB=0.562401;STBP=0.589;TYPE=del;VARB=0.171535;OID=.;OPOS=45467524;OREF=GC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.393939:8:40:13:33:20:9:4:12:8:53:27:7:1:18:9 chr15 45467540 . C G 72.92 PASS AF=0.234043;AO=10;DP=46;FAO=11;FDP=47;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0176764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.217;QD=6.20586;RBI=0.0224528;REFB=-0.0164753;REVB=0.0138446;RO=34;SAF=4;SAR=6;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224598;STB=0.597527;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0544629;OID=.;OPOS=45467540;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:46:47:34:36:10:11:0.234043:6:4:20:14:6:5:21:15 chr15 45653707 . T C 182.82 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00301583;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.274;QD=43.016;RBI=0.00736384;REFB=-0.0339029;REVB=-0.00671796;RO=1;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481057;STB=0.526283;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00351173;OID=.;OPOS=45653707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:16:16:0.941176:9:7:0:1:9:7:0:1 chr15 45654327 . A G 1728.04 PASS AF=0.966942;AO=117;DP=121;FAO=117;FDP=121;FR=.;FRO=4;FSAF=56;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00336506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8571;QD=57.1253;RBI=0.0144751;REFB=-0.155956;REVB=0.0140786;RO=3;SAF=56;SAR=61;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227814;STB=0.51587;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0130595;OID=.;OPOS=45654327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:121:121:3:4:117:117:0.966942:61:56:0:3:61:56:0:4 chr15 45661678 . T A 1234.39 PASS AF=0.987805;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0162286;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.98;QD=60.2141;RBI=0.0316308;REFB=-0.063933;REVB=0.0271503;RO=1;SAF=44;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126256;STB=0.506665;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000234333;OID=.;OPOS=45661678;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:82:1:1:81:81:0.987805:37:44:0:1:37:44:0:1 chr15 45695695 . G A 1321.38 PASS AF=0.946237;AO=88;DP=94;FAO=88;FDP=93;FR=.;FRO=5;FSAF=45;FSAR=43;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0394626;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6308;QD=56.8337;RBI=0.0658847;REFB=-0.0346275;REVB=0.0527589;RO=5;SAF=45;SAR=43;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293942;STB=0.515534;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00475929;OID=.;OPOS=45695695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:94:93:5:5:88:88:0.946237:43:45:4:1:43:45:4:1 chr15 45779810 . G A 727.09 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00136443;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.49;QD=52.8794;RBI=0.0113997;REFB=0.0192667;REVB=0.0113177;RO=1;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01291;STB=0.513508;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=-0.000136434;OID=.;OPOS=45779810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:1:2:53:53:0.963636:36:17:0:1:36:17:0:2 chr15 48058071 . G A 67.33 PASS AF=0.227273;AO=9;DP=43;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00575719;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.089;QD=6.12069;RBI=0.00705181;REFB=-0.0293879;REVB=-0.00407219;RO=34;SAF=4;SAR=5;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102751;STB=0.5998;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0400712;OID=.;OPOS=48058071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:43:44:34:34:9:10:0.227273:5:4:18:16:6:4:18:16 chr15 48063076 . T C 74.25 PASS AF=0.138889;AO=16;DP=109;FAO=15;FDP=108;FR=.;FRO=93;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=54;FSRR=39;FWDB=-0.00337479;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.241;QD=2.75017;RBI=0.0308932;REFB=-0.00641579;REVB=-0.0307083;RO=91;SAF=8;SAR=8;SRF=52;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900278;STB=0.541093;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0369548;OID=.;OPOS=48063076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:109:108:91:93:16:15:0.138889:8:8:52:39:7:8:54:39 chr15 48426484 . A G 597.52 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208921;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.474;QD=61.2843;RBI=0.0235414;REFB=0;REVB=0.0108499;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016569;OID=.;OPOS=48426484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr15 48443699 . T C 801.04 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7681;QD=57.2168;RBI=0.0403049;REFB=0;REVB=-0.0221649;RO=0;SAF=20;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.57266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000623827;OID=.;OPOS=48443699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:36:20:0:0:36:20:0:0 chr15 48460927 . C T 1549.15 PASS AF=1;AO=97;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.676;QD=63.8823;RBI=0.0413072;REFB=0;REVB=-0.0191981;RO=0;SAF=47;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132173;OID=.;OPOS=48460927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:97:0:0:97:97:1:50:47:0:0:50:47:0:0 chr15 48495508 . C T 353.75 PASS AF=0.725;AO=29;DP=40;FAO=29;FDP=40;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0223437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.357;QD=35.3752;RBI=0.028429;REFB=-0.0145012;REVB=0.0175775;RO=11;SAF=15;SAR=14;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316368;STB=0.517229;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.00528098;OID=.;OPOS=48495508;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:40:11:11:29:29:0.725:14:15:5:6:14:15:5:6 chr15 48539587 . T C 50.06 PASS AF=0.147541;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=61;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0284458;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4652;QD=3.28295;RBI=0.038233;REFB=-0.000253838;REVB=0.025546;RO=51;SAF=7;SAR=2;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237549;STB=0.678892;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00151598;OID=.;OPOS=48539587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:62:61:51:52:9:9:0.147541:2:7:31:20:2:7:31:21 chr15 48580713 . T C 395.58 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0581478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.171;QD=54.5634;RBI=0.0593459;REFB=0;REVB=0.0118644;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.50769e-05;OID=.;OPOS=48580713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:21:7:0:0:22:7:0:0 chr15 48595192 . G T 191.15 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5823;QD=47.7883;RBI=0.0373479;REFB=0;REVB=0.0189072;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000518171;OID=.;OPOS=48595192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr15 48701029 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00967756;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.615;QD=53.2771;RBI=0.0126174;REFB=0;REVB=0.00809597;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.24822e-05;OID=.;OPOS=48701029;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:18:5:0:0:18:5:0:0 chr15 48702457 . C A 785.2 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0435997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.339;QD=57.1055;RBI=0.0548853;REFB=0;REVB=0.0333387;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218742;OID=.;OPOS=48702457;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:31:23:0:0:32:23:0:0 chr15 48762861 . C T 95.3 PASS AF=0.2;AO=16;DP=79;FAO=16;FDP=80;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=37;FWDB=0.0348273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9276;QD=4.76501;RBI=0.0353432;REFB=-0.0118373;REVB=0.00601697;RO=61;SAF=6;SAR=10;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872495;STB=0.539166;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0461278;OID=.;OPOS=48762861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:79:80:61:64:16:16:0.2:10:6:27:34:10:6:27:37 chr15 48779506 . T C 1050.92 PASS AF=0.986111;AO=70;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0164287;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4657;QD=58.3842;RBI=0.0215194;REFB=0.0130008;REVB=-0.0138991;RO=1;SAF=42;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165852;STB=0.508472;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00206501;OID=.;OPOS=48779506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:70:71:0.986111:28:42:0:1:29:42:0:1 chr15 48807637 . C T 1428.82 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278665;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5563;QD=62.8052;RBI=0.0489633;REFB=0;REVB=0.04026;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000645572;OID=.;OPOS=48807637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:92:91:0:0:91:91:1:47:44:0:0:47:44:0:0 chr15 49054772 . C A 729.5 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0680749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.24;QD=57.2158;RBI=0.069072;REFB=0;REVB=-0.0116942;RO=0;SAF=36;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160619;OID=.;OPOS=49054772;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:14:36:0:0:14:37:0:0 chr15 49118087 . C T 69.17 PASS AF=0.2;AO=11;DP=50;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.030834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.568;QD=5.53348;RBI=0.0943691;REFB=-0.0178661;REVB=-0.0891897;RO=38;SAF=8;SAR=3;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229132;STB=0.742839;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0402931;OID=.;OPOS=49118087;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:50:50:38:40:11:10:0.2:3:8:21:17:2:8:21:19 chr15 49168841 . G A 414.45 PASS AF=0.219355;AO=68;DP=311;FAO=68;FDP=310;FR=.;FRO=242;FSAF=48;FSAR=20;FSRF=120;FSRR=122;FWDB=0.0144198;FXX=0.00958436;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8545;QD=5.34778;RBI=0.0145767;REFB=-0.00247366;REVB=-0.00213325;RO=239;SAF=48;SAR=20;SRF=120;SRR=119;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269709;STB=0.66976;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0156626;OID=.;OPOS=49168841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:311:310:239:242:68:68:0.219355:20:48:120:119:20:48:120:122 chr15 49285001 . G C 147.57 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00988408;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=235.429;QD=36.8927;RBI=0.0215406;REFB=-0.0330022;REVB=0.019139;RO=2;SAF=7;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113294;STB=0.562412;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00264247;OID=.;OPOS=49285001;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:14:14:0.875:7:7:2:0:7:7:2:0 chr15 49288160 . A G 507.95 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.030338;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0185;QD=56.4383;RBI=0.0379546;REFB=-0.0873156;REVB=0.022807;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.517231;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00329367;OID=.;OPOS=49288160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:21:14:0:0:21:14:1:0 chr15 49325289 . A C 468.0 PASS AF=0.745455;AO=41;DP=55;FAO=41;FDP=55;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00313952;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.001;QD=34.0361;RBI=0.00476096;REFB=-0.0131824;REVB=0.00357913;RO=12;SAF=16;SAR=25;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11844;STB=0.565578;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00386521;OID=.;OPOS=49325289;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:12:14:41:41:0.745455:25:16:8:4:25:16:9:5 chr15 49716875 . GAAAAAAAA GAAAAAAA,GAAAAAAAT 51.7 PASS AF=0.214286,0.107143;AO=11,7;DP=56;FAO=12,6;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=8,6;FSAR=4,0;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0132816,-0.0655118;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=7.11636,18.8472;QD=3.69288;RBI=0.151233,0.0768817;REFB=-0.0745064,-0.0388006;REVB=0.150649,0.0402368;RO=31;SAF=6,7;SAR=5,0;SRF=13;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.14868,0.725505;STB=0.629916,0.998111;STBP=0.305,0.015;TYPE=del,snp;VARB=0.0648319,0.0416884;OID=.,.;OPOS=49716876,49716883;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=GAAAAAAA,GAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.214286,0.107143:11,7:56:12,6:56:38:8,6:4,0:19:19:31:31:6,7:5,0:13:18 chr15 50152583 . G T 1208.94 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.376;QD=61.2123;RBI=0.0127544;REFB=0;REVB=0.00131131;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.2058e-05;OID=.;OPOS=50152583;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:33:45:0:0:34:45:0:0 chr15 50311135 . C A 513.14 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6621;QD=58.6445;RBI=0.0536675;REFB=0;REVB=0.0470801;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00474677;OID=.;OPOS=50311135;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:11:23:0:0:12:23:0:0 chr15 50311148 . A G 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00266323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.189;QD=61.684;RBI=0.0194607;REFB=0;REVB=0.0192776;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.12202e-05;OID=.;OPOS=50311148;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr15 50474766 . A C 197.7 PASS AF=0.782609;AO=18;DP=22;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00901919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.414;QD=34.3832;RBI=0.0586491;REFB=-0.0919973;REVB=0.0579514;RO=4;SAF=15;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477925;STB=0.581296;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.0212374;OID=.;OPOS=50474766;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:22:23:4:5:18:18:0.782609:3:15:3:1:3:15:3:2 chr15 50534454 . T G 49.39 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=47;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0033943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.383;QD=4.20317;RBI=0.0156226;REFB=-0.00868417;REVB=-0.0152494;RO=38;SAF=4;SAR=4;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510612;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0460141;OID=.;OPOS=50534454;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:47:38:39:8:8:0.170213:4:4:19:19:4:4:19:20 chr15 50534514 . T G 59.4 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=-0.0458693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.69;QD=4.09629;RBI=0.0567231;REFB=-0.000353311;REVB=-0.0333694;RO=48;SAF=6;SAR=4;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247601;STB=0.664116;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.000351939;OID=.;OPOS=50534514;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:58:58:48:48:10:10:0.172414:4:6:19:29:4:6:19:29 chr15 50773755 . G A 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00436237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.198;QD=59.8552;RBI=0.00782987;REFB=0;REVB=0.00650205;RO=0;SAF=36;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.47741e-06;OID=.;OPOS=50773755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:35:36:0:0:35:36:0:0 chr15 50773787 . A G 55.41 PASS AF=0.151515;AO=10;DP=67;FAO=10;FDP=66;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=-0.00659953;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.579;QD=3.35827;RBI=0.00667893;REFB=-0.00192856;REVB=0.00102682;RO=56;SAF=5;SAR=5;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219575;STB=0.515121;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00981186;OID=.;OPOS=50773787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:67:66:56:56:10:10:0.151515:5:5:27:29:5:5:27:29 chr15 50853015 . G A 576.25 PASS AF=0.839286;AO=45;DP=55;FAO=47;FDP=56;FR=.;FRO=9;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.00260344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8853;QD=41.1604;RBI=0.0584718;REFB=-0.0285178;REVB=0.0584138;RO=8;SAF=19;SAR=26;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127945;STB=0.556889;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0103772;OID=.;OPOS=50853015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:55:56:8:9:45:47:0.839286:26:19:7:1:27:20:7:2 chr15 50867082 . G A 585.52 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.044003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8558;QD=60.0531;RBI=0.0440992;REFB=0;REVB=-0.00291178;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000897885;OID=.;OPOS=50867082;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:23:15:0:0:24:15:0:0 chr15 50878630 . G A 40.65 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00806821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.894;QD=3.45944;RBI=0.00814174;REFB=-0.00296187;REVB=0.00109175;RO=38;SAF=4;SAR=3;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0546417;STB=0.518465;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0125729;OID=.;OPOS=50878630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:38:40:7:7:0.148936:3:4:20:18:3:4:22:18 chr15 50981098 . T C 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.602;QD=60.2292;RBI=0.0380466;REFB=0;REVB=0.00985146;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304985;OID=.;OPOS=50981098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr15 51217361 . T C 1532.83 PASS AF=1;AO=93;DP=95;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0288247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.458;QD=63.2095;RBI=0.0288309;REFB=0;REVB=-0.00059627;RO=0;SAF=37;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.11109e-06;OID=.;OPOS=51217361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:97:0:0:93:97:1:56:37:0:0:57:40:0:0 chr15 51294832 . G A 773.75 PASS AF=0.802632;AO=61;DP=76;FAO=61;FDP=76;FR=.;FRO=15;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.00570799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7663;QD=40.7237;RBI=0.0738226;REFB=-0.00939657;REVB=-0.0736016;RO=15;SAF=30;SAR=31;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138187;STB=0.573803;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00783755;OID=.;OPOS=51294832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:76:76:15:15:61:61:0.802632:31:30:13:2:31:30:13:2 chr15 51295942 . TA T 32.07 PASS AF=0.28;AO=9;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.102779;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=15.314;QD=5.13091;RBI=0.114392;REFB=-0.0681405;REVB=0.0502203;RO=15;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.584163;STBP=0.64;TYPE=del;VARB=0.110445;OID=.;OPOS=51295943;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28:9:25:7:25:18:5:2:11:7:32:15:6:3:10:5 chr15 51502844 . A C 2070.3 PASS AF=0.945205;AO=135;DP=144;FAO=138;FDP=146;FR=.;FRO=8;FSAF=69;FSAR=69;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0197332;FXX=0.00680226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.2457;QD=56.7205;RBI=0.131959;REFB=-0.216196;REVB=0.130475;RO=9;SAF=67;SAR=68;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325;STB=0.520545;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0125648;OID=.;OPOS=51502844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:144:146:9:8:135:138:0.945205:68:67:2:7:69:69:1:7 chr15 51502986 . G A 1325.53 PASS AF=0.753623;AO=103;DP=138;FAO=104;FDP=138;FR=.;FRO=34;FSAF=44;FSAR=60;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0081337;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.263;QD=38.421;RBI=0.0152709;REFB=-0.00723867;REVB=0.0129245;RO=34;SAF=44;SAR=59;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205322;STB=0.511943;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00205978;OID=.;OPOS=51502986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:138:34:34:103:104:0.753623:59:44:16:18:60:44:16:18 chr15 51503881 . T A 247.18 PASS AF=0.766667;AO=18;DP=32;FAO=23;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0150058;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.856;QD=32.9573;RBI=0.126695;REFB=-0.0787944;REVB=0.125803;RO=8;SAF=10;SAR=8;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168417;STB=0.535684;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0216171;OID=.;OPOS=51503881;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:32:30:8:7:18:23:0.766667:8:10:2:6:13:10:2:5 chr15 51503897 . G A 249.37 PASS AF=0.733333;AO=22;DP=30;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0662131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.259;QD=33.2498;RBI=0.0676422;REFB=-0.00940326;REVB=-0.0138306;RO=8;SAF=8;SAR=14;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00595495;STB=0.503265;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00276741;OID=.;OPOS=51503897;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:8:8:22:22:0.733333:14:8:3:5:14:8:3:5 chr15 51507968 . G A 129.14 PASS AF=0.169014;AO=24;DP=141;FAO=24;FDP=142;FR=.;FRO=118;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=52;FSRR=66;FWDB=-0.0134286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.965;QD=3.63785;RBI=0.0185758;REFB=-0.00313059;REVB=-0.0128349;RO=115;SAF=14;SAR=10;SRF=49;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198584;STB=0.617073;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0193532;OID=.;OPOS=51507968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:115:118:24:24:0.169014:10:14:49:66:10:14:52:66 chr15 51529112 . T C 734.3 PASS AF=0.776316;AO=59;DP=76;FAO=59;FDP=76;FR=.;FRO=17;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0303913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9332;QD=38.6474;RBI=0.0492163;REFB=-0.00650597;REVB=0.0387119;RO=17;SAF=31;SAR=28;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229088;STB=0.512278;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00110601;OID=.;OPOS=51529112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:17:17:59:59:0.776316:28:31:8:9:28:31:8:9 chr15 51675625 . C T 1175.81 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.004298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.251;QD=59.5346;RBI=0.00809925;REFB=0.027601;REVB=-0.00686476;RO=1;SAF=32;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145613;STB=0.50769;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-2.56162e-05;OID=.;OPOS=51675625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:46:32:1:0:46:32:1:0 chr15 51689772 . G A 1603.28 PASS AF=0.82069;AO=117;DP=144;FAO=119;FDP=145;FR=.;FRO=26;FSAF=35;FSAR=84;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0448274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.88;QD=44.2283;RBI=0.0451156;REFB=-0.0164824;REVB=0.00509134;RO=26;SAF=34;SAR=83;SRF=6;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251258;STB=0.513832;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00391615;OID=.;OPOS=51689772;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:145:26:26:117:119:0.82069:83:34:6:20:84:35:6:20 chr15 51698867 . T C 227.14 PASS AF=0.8;AO=20;DP=25;FAO=20;FDP=25;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0211606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.69;QD=36.3418;RBI=0.0683516;REFB=-0.0454861;REVB=0.0649936;RO=5;SAF=17;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034767;STB=0.519064;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0113645;OID=.;OPOS=51698867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:25:25:5:5:20:20:0.8:3:17:4:1:3:17:4:1 chr15 51698922 . C T 479.52 PASS AF=0.8;AO=36;DP=45;FAO=36;FDP=45;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0113874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.8;QD=42.6239;RBI=0.0140377;REFB=0.00267201;REVB=0.0082088;RO=9;SAF=12;SAR=24;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455371;STB=0.524576;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=-0.00119911;OID=.;OPOS=51698922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:9:9:36:36:0.8:24:12:4:5:24:12:4:5 chr15 51783820 . T C 853.81 PASS AF=0.714286;AO=68;DP=98;FAO=75;FDP=105;FR=.;FRO=30;FSAF=26;FSAR=49;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0392956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4103;QD=32.5262;RBI=0.053428;REFB=-0.0531244;REVB=0.0361995;RO=29;SAF=19;SAR=49;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0211003;STB=0.514848;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.0276011;OID=.;OPOS=51783820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:105:29:30:68:75:0.714286:49:19:9:20:49:26:9:21 chr15 51791559 . A G 289.49 PASS AF=0.92;AO=23;DP=25;FAO=23;FDP=25;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0278307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.399;QD=46.3182;RBI=0.0571475;REFB=0.0545562;REVB=-0.0499128;RO=2;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839258;STB=0.545415;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.00572787;OID=.;OPOS=51791559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:25:25:2:2:23:23:0.92:10:13:0:2:10:13:0:2 chr15 51795172 . G A 967.8 PASS AF=0.897436;AO=70;DP=78;FAO=70;FDP=78;FR=.;FRO=8;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00114868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.763;QD=49.6308;RBI=0.0162748;REFB=0.0106159;REVB=0.0162342;RO=8;SAF=23;SAR=47;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063304;STB=0.533648;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=-0.00058417;OID=.;OPOS=51795172;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:78:78:8:8:70:70:0.897436:47:23:5:3:47:23:5:3 chr15 51868373 . A G 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0108407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.26;QD=27.1529;RBI=0.0108885;REFB=0.00446606;REVB=0.00101913;RO=6;SAF=10;SAR=4;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305646;STB=0.671388;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.00712125;OID=.;OPOS=51868373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:4:10:1:5:4:10:1:5 chr15 51914662 . G A 2052.37 PASS AF=0.787037;AO=151;DP=198;FAO=170;FDP=216;FR=.;FRO=46;FSAF=97;FSAR=73;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=0.0439562;FXX=0.00460808;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.2575;QD=38.0069;RBI=0.0953509;REFB=-0.0505124;REVB=0.0846147;RO=46;SAF=92;SAR=59;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117058;STB=0.543144;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0161269;OID=.;OPOS=51914662;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:216:46:46:151:170:0.787037:59:92:16:30:73:97:17:29 chr15 51914716 . T C 2180.97 PASS AF=0.81;AO=145;DP=183;FAO=162;FDP=200;FR=.;FRO=38;FSAF=74;FSAR=88;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0583652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.733;QD=43.6194;RBI=0.0586152;REFB=-0.0276687;REVB=-0.00540807;RO=37;SAF=58;SAR=87;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.041317;STB=0.532204;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00729483;OID=.;OPOS=51914716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:200:37:38:145:162:0.81:87:58:11:26:88:74:11:27 chr15 52521383 . C T 36.87 PASS AF=0.122807;AO=7;DP=57;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.00712015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.405;QD=2.58705;RBI=0.00910487;REFB=0.000190335;REVB=-0.00567469;RO=50;SAF=3;SAR=4;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154402;STB=0.613543;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=-0.00189036;OID=.;OPOS=52521383;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:57:57:50:50:7:7:0.122807:4:3:28:22:4:3:28:22 chr15 52536596 . C T 58.91 PASS AF=0.183673;AO=8;DP=50;FAO=9;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00375171;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.848;QD=4.80869;RBI=0.0049828;REFB=-0.0119175;REVB=0.00327917;RO=17;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.60276;STB=0.504577;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0656035;OID=.;OPOS=52536596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:50:49:17:40:8:9:0.183673:4:4:0:17:4:5:22:18 chr15 52539673 . C T 777.48 PASS AF=0.756098;AO=62;DP=82;FAO=62;FDP=82;FR=.;FRO=20;FSAF=21;FSAR=41;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0257591;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3435;QD=37.9258;RBI=0.0493207;REFB=-0.0207093;REVB=0.0420595;RO=20;SAF=21;SAR=41;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457747;STB=0.524524;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.00697568;OID=.;OPOS=52539673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:20:20:62:62:0.756098:41:21:5:15:41:21:5:15 chr15 52556429 . A G,T 675.44 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=42,2;DP=44;FAO=42,2;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23,1;FSAR=19,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118492,0.004492;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=74.5517,109.204;QD=61.4032;RBI=0.0838122,0.0335925;REFB=0,0;REVB=-0.0829703,0.0332908;RO=0;SAF=23,1;SAR=19,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0032384,0.0490056;OID=.,.;OPOS=52556429,52556429;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:44:0:0:42,2:42,2:0.954545,0.0454545:19,1:23,1:0:0:19,1:23,1:0:0 chr15 52604136 . A ATTTGTCATT 169.63 PASS AF=1;AO=10;DP=22;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391156;FXX=0.263019;HRUN=3;LEN=9;MLLD=230.473;QD=48.4642;RBI=0.0391924;REFB=0;REVB=-0.00245187;RO=7;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153826;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000804858;OID=.;OPOS=52604137;OREF=-;OALT=TTTGTCATT;OMAPALT=ATTTGTCATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:10:22:14:14:0:6:8:0:0:3:7:5:5:2:5 chr15 52611451 . A G 1577.43 PASS AF=0.791946;AO=118;DP=149;FAO=118;FDP=149;FR=.;FRO=31;FSAF=58;FSAR=60;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=0.00770289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.493;QD=42.3471;RBI=0.0123235;REFB=-0.054801;REVB=0.00961947;RO=30;SAF=58;SAR=60;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920573;STB=0.545323;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00977514;OID=.;OPOS=52611451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:30:31:118:118:0.791946:60:58:22:8:60:58:22:9 chr15 52652174 . T C 139.36 PASS AF=0.228261;AO=21;DP=92;FAO=21;FDP=92;FR=.;FRO=71;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=27;FWDB=0.00960999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.8701;QD=6.05895;RBI=0.0373541;REFB=-0.00211485;REVB=0.0360968;RO=69;SAF=13;SAR=8;SRF=43;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00546756;STB=0.500548;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0101958;OID=.;OPOS=52652174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:69:71:21:21:0.228261:8:13:43:26:8:13:44:27 chr15 52667552 . G A 485.27 PASS AF=0.788462;AO=40;DP=51;FAO=41;FDP=52;FR=.;FRO=11;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0168916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.566;QD=37.3286;RBI=0.0236141;REFB=-0.0298252;REVB=-0.0165015;RO=11;SAF=23;SAR=17;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489065;STB=0.522716;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00667729;OID=.;OPOS=52667552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:51:52:11:11:40:41:0.788462:17:23:5:6:18:23:5:6 chr15 52676392 . A G 155.19 PASS AF=0.195489;AO=26;DP=136;FAO=26;FDP=133;FR=.;FRO=107;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=48;FSRR=59;FWDB=-0.0253959;FXX=0.029195;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.274;QD=4.66732;RBI=0.0597163;REFB=-0.0105503;REVB=-0.0540471;RO=95;SAF=11;SAR=15;SRF=47;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0910326;STB=0.520878;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0504798;OID=.;OPOS=52676392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:133:95:107:26:26:0.195489:15:11:47:48:15:11:48:59 chr15 52689526 . T C 1106.08 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0264733;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.766;QD=57.4589;RBI=0.0323361;REFB=-0.0876973;REVB=0.0185686;RO=1;SAF=47;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165969;STB=0.517237;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00218382;OID=.;OPOS=52689526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:1:2:75:75:0.974026:28:47:0:1:28:47:0:2 chr15 52689631 . T G 755.01 PASS AF=0.865672;AO=58;DP=66;FAO=58;FDP=67;FR=.;FRO=9;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0104223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3445;QD=45.0755;RBI=0.0375131;REFB=-0.0135088;REVB=-0.0360362;RO=8;SAF=26;SAR=32;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168844;STB=0.515652;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.00166932;OID=.;OPOS=52689631;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:66:67:8:9:58:58:0.865672:32:26:3:5:32:26:3:6 chr15 52901283 . TT CC 928.35 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196941;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=83.7656;QD=58.0219;RBI=0.0519929;REFB=0;REVB=0.0481186;RO=0;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000614933;OID=.;OPOS=52901283;OREF=TT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:64:0:0:60:64:1:39:21:0:0:41:23:0:0 chr15 53907948 . G A 454.4 PASS AF=0.85;AO=32;DP=38;FAO=34;FDP=40;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0579526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4212;QD=45.4396;RBI=0.0594952;REFB=0.0392289;REVB=0.01346;RO=6;SAF=16;SAR=16;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0488049;STB=0.529394;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=-0.00810922;OID=.;OPOS=53907948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:38:40:6:6:32:34:0.85:16:16:4:2:18:16:4:2 chr15 53994493 . A G 911.22 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.44;QD=57.8552;RBI=0.0521375;REFB=0;REVB=0.0288098;RO=0;SAF=28;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258881;OID=.;OPOS=53994493;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:63:0:0:60:63:1:32:28:0:0:34:29:0:0 chr15 54008795 . T C 804.12 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180495;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2884;QD=57.4368;RBI=0.0789442;REFB=0;REVB=0.0768531;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230351;OID=.;OPOS=54008795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:56:0:0:56:56:1:23:33:0:0:23:33:0:0 chr15 54008845 . T C 944.58 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1813;QD=58.1282;RBI=0.032532;REFB=0;REVB=0.00398119;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000674221;OID=.;OPOS=54008845;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:30:34:0:0:30:35:0:0 chr15 54306925 . G A 847.0 PASS AF=0.983607;AO=58;DP=60;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0292165;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4962;QD=55.5412;RBI=0.0603667;REFB=-0.126479;REVB=-0.0528255;RO=1;SAF=36;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209573;STB=0.511107;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00252378;OID=.;OPOS=54306925;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:60:61:1:1:58:60:0.983607:22:36:0:1:22:38:0:1 chr15 54336662 . A G 400.49 PASS AF=0.815789;AO=31;DP=38;FAO=31;FDP=38;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0167438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.328;QD=42.1571;RBI=0.0183872;REFB=-0.00935226;REVB=-0.00759824;RO=7;SAF=17;SAR=14;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410307;STB=0.52217;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00153321;OID=.;OPOS=54336662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:7:7:31:31:0.815789:14:17:3:4:14:17:3:4 chr15 55489065 . G A 63.88 PASS AF=0.16;AO=12;DP=75;FAO=12;FDP=75;FR=.;FRO=63;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.00671254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.801;QD=3.40672;RBI=0.00725145;REFB=0.00126177;REVB=0.00274324;RO=61;SAF=7;SAR=5;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737766;STB=0.563652;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.00628463;OID=.;OPOS=55489065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:75:75:61:63:12:12:0.16:5:7:32:29:5:7:32:31 chr15 55520852 . CA AC,C 137.3 PASS AF=0,0.56;AO=2,17;DP=47;FAO=0,28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=0,2;FSAR=0,26;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.00940263,0.0739073;FXX=0.019604;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=156.165,12.7493;QD=10.984;RBI=0.0603539,0.214635;REFB=-0.000805129,-0.00548428;REVB=-0.059617,-0.20151;RO=22;SAF=0,0;SAR=2,17;SRF=17;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.648391,-0.854661;STB=0.5,0.87937;STBP=1,0;TYPE=mnp,del;VARB=0.141459,-0.000582854;OID=.,.;OPOS=55520852,55520853;OREF=CA,A;OALT=AC,-;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:47:50:22:22:2,17:0,28:0,0.56:2,17:0,0:17:5:0,26:0,2:16:6 chr15 55619796 . T C 490.33 PASS AF=0.770833;AO=36;DP=47;FAO=37;FDP=48;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00985573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.52;QD=40.8609;RBI=0.012371;REFB=0.0182704;REVB=0.00747712;RO=11;SAF=15;SAR=21;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134887;STB=0.574307;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=-0.00256227;OID=.;OPOS=55619796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:47:48:11:11:36:37:0.770833:21:15:8:3:22:15:8:3 chr15 55632859 . G T 685.66 PASS AF=0.883333;AO=53;DP=60;FAO=53;FDP=60;FR=.;FRO=7;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00186612;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.8531;QD=45.7105;RBI=0.00619912;REFB=-0.0098297;REVB=0.00591157;RO=7;SAF=35;SAR=18;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0553998;STB=0.529562;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00187979;OID=.;OPOS=55632859;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:60:60:7:7:53:53:0.883333:18:35:3:4:18:35:3:4 chr15 55759193 . T C 313.32 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.106519;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.8363;QD=50.1307;RBI=0.106618;REFB=0.108433;REVB=-0.0045869;RO=1;SAF=10;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440956;STB=0.52379;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00321875;OID=.;OPOS=55759193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:14:10:1:0:14:10:1:0 chr15 55964662 . G C 340.99 PASS AF=0.298013;AO=45;DP=151;FAO=45;FDP=151;FR=.;FRO=106;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=61;FSRR=45;FWDB=0.00330382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.324;QD=9.03271;RBI=0.0240575;REFB=-0.00806441;REVB=-0.0238296;RO=104;SAF=28;SAR=17;SRF=60;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0565208;STB=0.534303;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.0167244;OID=.;OPOS=55964662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:104:106:45:45:0.298013:17:28:60:44:17:28:61:45 chr15 55970041 . A G 871.21 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00492534;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1226;QD=56.2074;RBI=0.00504355;REFB=0.0736522;REVB=0.00108556;RO=1;SAF=31;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014984;STB=0.507934;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.00218355;OID=.;OPOS=55970041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:30:31:1:0:30:31:1:0 chr15 55972797 . T C 1611.65 PASS AF=0.981982;AO=108;DP=111;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0387677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.503;QD=58.0775;RBI=0.0391969;REFB=-0.0688527;REVB=0.00578488;RO=2;SAF=46;SAR=62;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150643;STB=0.507935;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00110068;OID=.;OPOS=55972797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:111:111:2:2:108:109:0.981982:62:46:0:2:62:47:0:2 chr15 56139153 . T C 523.65 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268444;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0258;QD=59.8462;RBI=0.152344;REFB=0;REVB=0.14996;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00136484;OID=.;OPOS=56139153;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr15 56152729 . T C 75.84 PASS AF=0.191176;AO=13;DP=68;FAO=13;FDP=68;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=29;FSRR=26;FWDB=0.0166155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.11;QD=4.46137;RBI=0.0218924;REFB=-0.00261392;REVB=-0.0142549;RO=55;SAF=4;SAR=9;SRF=29;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275756;STB=0.679355;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0193477;OID=.;OPOS=56152729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:68:68:55:55:13:13:0.191176:9:4:29:26:9:4:29:26 chr15 56152872 . C T 48.13 PASS AF=0.12987;AO=10;DP=77;FAO=10;FDP=77;FR=.;FRO=67;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.00449343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0998;QD=2.5003;RBI=0.0397995;REFB=-0.000599456;REVB=-0.039545;RO=63;SAF=4;SAR=6;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749268;STB=0.568283;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.00245676;OID=.;OPOS=56152872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:77:77:63:67:10:10:0.12987:6:4:29:34:6:4:32:35 chr15 56207811 . T G 452.64 PASS AF=0.694915;AO=41;DP=59;FAO=41;FDP=59;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0140267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.179;QD=30.6872;RBI=0.019347;REFB=-0.00205051;REVB=0.0133251;RO=16;SAF=17;SAR=24;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451901;STB=0.543603;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.00118438;OID=.;OPOS=56207811;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:16:18:41:41:0.694915:24:17:8:8:24:17:10:8 chr15 56208535 . G A 536.62 PASS AF=0.866667;AO=38;DP=44;FAO=39;FDP=45;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00365691;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.336;QD=47.6995;RBI=0.0102874;REFB=0.0128478;REVB=0.00961544;RO=6;SAF=17;SAR=21;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.013499;STB=0.508666;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=-0.000763445;OID=.;OPOS=56208535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:44:45:6:6:38:39:0.866667:21:17:3:3:22:17:3:3 chr15 56258659 . A T 606.2 PASS AF=0.844828;AO=48;DP=57;FAO=49;FDP=58;FR=.;FRO=9;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.043642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.708;QD=41.8066;RBI=0.0460109;REFB=-0.0434104;REVB=-0.0145733;RO=9;SAF=31;SAR=17;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975386;STB=0.552946;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00834835;OID=.;OPOS=56258659;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:57:58:9:9:48:49:0.844828:17:31:3:6:17:32:3:6 chr15 56322148 . C T 175.48 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1638;QD=46.7935;RBI=0.070294;REFB=0;REVB=-0.047922;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011548;OID=.;OPOS=56322148;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr15 56386577 . T G 914.9 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000473508;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.479;QD=55.4482;RBI=0.00420685;REFB=-0.0164602;REVB=-0.00418012;RO=2;SAF=24;SAR=40;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377378;STB=0.519994;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=-1.8717e-05;OID=.;OPOS=56386577;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:66:2:2:64:64:0.969697:40:24:2:0:40:24:2:0 chr15 56387931 . C T 708.44 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00619593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.045;QD=62.9722;RBI=0.0626439;REFB=0;REVB=-0.0623367;RO=0;SAF=15;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000753526;OID=.;OPOS=56387931;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:30:15:0:0:30:15:0:0 chr15 56721264 . G A 468.84 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00572939;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.125;QD=58.6048;RBI=0.0110204;REFB=0;REVB=0.00941405;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.5118e-05;OID=.;OPOS=56721264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr15 56923714 . G A 1058.3 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264757;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.74;QD=58.7946;RBI=0.0279676;REFB=0;REVB=-0.00901236;RO=0;SAF=40;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152737;OID=.;OPOS=56923714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:72:0:0:70:72:1:30:40:0:0:30:42:0:0 chr15 56946980 . T G 359.97 PASS AF=0.625;AO=35;DP=56;FAO=35;FDP=56;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00699816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.8075;QD=25.7124;RBI=0.0552475;REFB=-0.039262;REVB=0.0548025;RO=21;SAF=17;SAR=18;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260784;STB=0.514278;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0241014;OID=.;OPOS=56946980;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:21:21:35:35:0.625:18:17:11:10:18:17:11:10 chr15 56959028 . C T 80.0 PASS AF=0.170455;AO=14;DP=87;FAO=15;FDP=88;FR=.;FRO=73;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=31;FSRR=42;FWDB=-0.0396702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.438;QD=3.63647;RBI=0.0400905;REFB=-0.00776766;REVB=0.00579009;RO=73;SAF=2;SAR=12;SRF=31;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411921;STB=0.795466;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0183141;OID=.;OPOS=56959028;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:87:88:73:73:14:15:0.170455:12:2:31:42:13:2:31:42 chr15 57697346 . T G 50.23 PASS AF=0.173913;AO=6;DP=43;FAO=8;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=-0.0869098;FXX=0.0212721;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.387;QD=4.36756;RBI=0.0869193;REFB=-0.0101646;REVB=0.00128822;RO=20;SAF=4;SAR=2;SRF=19;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.497269;STB=0.695238;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0341614;OID=.;OPOS=57697346;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:43:46:20:38:6:8:0.173913:2:4:19:1:4:4:28:10 chr15 57730404 . T C 74.79 PASS AF=0.159091;AO=14;DP=88;FAO=14;FDP=88;FR=.;FRO=74;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=39;FSRR=35;FWDB=-0.0161817;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.296;QD=3.39933;RBI=0.0252323;REFB=-0.00516457;REVB=-0.0193604;RO=73;SAF=10;SAR=4;SRF=38;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251582;STB=0.665284;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.0261835;OID=.;OPOS=57730404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:88:88:73:74:14:14:0.159091:4:10:38:35:4:10:39:35 chr15 57731335 . A C 410.71 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0570409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0055;QD=56.6493;RBI=0.0603971;REFB=0;REVB=0.0198532;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000930911;OID=.;OPOS=57731335;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr15 57731728 . A G 380.62 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124331;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.856;QD=56.3879;RBI=0.0212143;REFB=0;REVB=0.0171891;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105926;OID=.;OPOS=57731728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr15 57918069 . A G 728.49 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415761;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.933;QD=57.1361;RBI=0.0480946;REFB=0;REVB=-0.0241769;RO=0;SAF=17;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015831;OID=.;OPOS=57918069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:34:17:0:0:34:17:0:0 chr15 57918090 . A G 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0677043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0564;QD=62.0199;RBI=0.0696063;REFB=0;REVB=0.0161606;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00115835;OID=.;OPOS=57918090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:30:12:0:0:30:12:0:0 chr15 57967219 . T C 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0145794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.306;QD=58.2393;RBI=0.0146079;REFB=0;REVB=-0.000912702;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70442e-05;OID=.;OPOS=57967219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:34:28:0:0:34:28:0:0 chr15 58000981 . C A,T 747.4 PASS AF=0.12963,0.87037;AO=5,46;DP=54;FAO=7,47;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19;FSAR=7,28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00962745,0.000614723;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.2748,159.1;QD=55.3631;RBI=0.0415135,0.0149712;REFB=0,0;REVB=-0.0403817,0.0149586;RO=0;SAF=0,19;SAR=5,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.131227,-0.000397033;OID=.,.;OPOS=58000981,58000981;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:31:54:54:0:0:5,46:7,47:0.12963,0.87037:5,27:0,19:0:0:7,28:0,19:0:0 chr15 58256127 . C T 175.22 PASS AF=0.27907;AO=24;DP=86;FAO=24;FDP=86;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=32;FWDB=-0.00282839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.454;QD=8.14991;RBI=0.0319696;REFB=-0.00902724;REVB=-0.0318442;RO=62;SAF=10;SAR=14;SRF=30;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818394;STB=0.548978;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0290815;OID=.;OPOS=58256127;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:62:62:24:24:0.27907:14:10:30:32:14:10:30:32 chr15 58444720 . A T 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00594488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.029;QD=61.3756;RBI=0.0200733;REFB=0;REVB=0.0191728;RO=0;SAF=38;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.26068e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.10923e-06;OID=.;OPOS=58444720;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:42:38:0:0:42:38:0:0 chr15 58471368 . C T 1242.53 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.088;QD=61.3595;RBI=0.0391814;REFB=0;REVB=0.0349002;RO=0;SAF=32;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.19622e-05;OID=.;OPOS=58471368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:74:81:0:0:74:81:1:42:32:0:0:46:35:0:0 chr15 58476281 . A G 785.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0084751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.756;QD=64.1499;RBI=0.010334;REFB=0;REVB=-0.00591305;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.17086e-06;OID=.;OPOS=58476281;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:29:20:0:0:29:20:0:0 chr15 58834741 . G T 62.56 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=0.0143057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.543;QD=4.54987;RBI=0.0191428;REFB=-0.0056637;REVB=-0.0127199;RO=45;SAF=7;SAR=3;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239436;STB=0.660048;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0292324;OID=.;OPOS=58834741;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:45:45:10:10:0.181818:3:7:23:22:3:7:23:22 chr15 58837957 . A G 1468.48 PASS AF=1;AO=91;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00127993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0589;QD=63.1606;RBI=0.00539211;REFB=0;REVB=0.005238;RO=0;SAF=43;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.75298e-06;OID=.;OPOS=58837957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:91:93:1:48:43:0:0:50:43:0:0 chr15 58838010 . A G 1072.73 PASS AF=0.914634;AO=72;DP=84;FAO=75;FDP=82;FR=.;FRO=7;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0203306;FXX=0.03529;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.942;QD=52.3284;RBI=0.0242522;REFB=-0.0113916;REVB=0.0132227;RO=6;SAF=37;SAR=35;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00201643;STB=0.506665;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.00263435;OID=.;OPOS=58838010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:84:82:6:7:72:75:0.914634:35:37:3:3:38:37:4:3 chr15 58853079 . C A 321.04 PASS AF=0.714286;AO=21;DP=35;FAO=25;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00153082;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.65;QD=36.6903;RBI=0.0194599;REFB=-0.055922;REVB=0.0193996;RO=6;SAF=13;SAR=8;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020604;STB=0.515139;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.01472;OID=.;OPOS=58853079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:35:35:6:8:21:25:0.714286:8:13:4:2:8:17:5:3 chr15 58853109 . A G 448.48 PASS AF=0.809524;AO=34;DP=42;FAO=34;FDP=42;FR=.;FRO=8;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0222442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.433;QD=42.7124;RBI=0.117039;REFB=-0.00678829;REVB=0.114906;RO=8;SAF=18;SAR=16;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339331;STB=0.518299;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0016746;OID=.;OPOS=58853109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:8:8:34:34:0.809524:16:18:5:3:16:18:5:3 chr15 58983318 . G C 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00497901;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5452;QD=57.1039;RBI=0.00498408;REFB=0;REVB=-0.000224667;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.06152e-05;OID=.;OPOS=58983318;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:34:21:0:0:34:21:0:0 chr15 58983425 . G C,T 602.41 PASS AF=0.975,0.025;AO=38,2;DP=40;FAO=39,1;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=29,1;FSAR=10,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00829689,-0.00103409;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=119.291,73.5128;QD=60.2405;RBI=0.00947508,0.00785402;REFB=0,0;REVB=0.00457589,0.00778565;RO=0;SAF=28,2;SAR=10,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000242706,0.0904985;OID=.,.;OPOS=58983425,58983425;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:40:40:0:0:38,2:39,1:0.975,0.025:10,0:28,2:0:0:10,0:29,1:0:0 chr15 58983588 . T A 817.67 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8492;QD=57.3804;RBI=0.0315726;REFB=0;REVB=-0.0108572;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114349;OID=.;OPOS=58983588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr15 58985163 . GTT GGT,GT,GTG 756.12 PASS AF=0,1,0;AO=24,27,3;DP=54;FAO=0,54,0;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=0,24,0;FSAR=0,30,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.445146,0.0111178,-0.0675253;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=10.8609,26.1629,10.5621;QD=56.0087;RBI=0.455357,0.0188193,0.0744422;REFB=0,0,0;REVB=-0.0958909,-0.0151843,-0.0313365;RO=0;SAF=22,0,2;SAR=2,27,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.48349e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0,-9.71218e-05,0;OID=.,.,.;OPOS=58985164,58985164,58985165;OREF=T,T,T;OALT=G,-,G;OMAPALT=GGT,GT,GTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:24,27,3:54:0,54,0:54:0:0,24,0:0,30,0:0:0:4:0:22,0,2:2,27,1:0:0 chr15 59147037 . A T 288.92 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0015705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.456;QD=52.5303;RBI=0.0590673;REFB=0;REVB=0.0590465;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000801004;OID=.;OPOS=59147037;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chr15 59147413 . T A 409.96 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00777547;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.205;QD=51.2455;RBI=0.015636;REFB=-0.105699;REVB=0.0135657;RO=2;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465815;STB=0.524984;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.00125569;OID=.;OPOS=59147413;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:19:11:0:2:19:11:0:2 chr15 59147800 . C T 30.99 PASS AF=0.5;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0163323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.8;QD=12.3961;RBI=0.0256422;REFB=-0.00228622;REVB=-0.0197681;RO=5;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363118;STB=0.726279;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00180911;OID=.;OPOS=59147800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:10:10:5:5:5:5:0.5:4:1:3:2:4:1:3:2 chr15 59347929 . C A 97.49 PASS AF=0.173469;AO=17;DP=98;FAO=17;FDP=98;FR=.;FRO=81;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=41;FSRR=40;FWDB=-0.00983885;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8804;QD=3.9793;RBI=0.0109669;REFB=0.00506098;REVB=0.0048446;RO=80;SAF=6;SAR=11;SRF=41;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202814;STB=0.628037;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.0208067;OID=.;OPOS=59347929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:98:98:80:81:17:17:0.173469:11:6:41:39:11:6:41:40 chr15 59368167 . G A 39.67 PASS AF=0.0961538;AO=10;DP=104;FAO=10;FDP=104;FR=.;FRO=94;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=50;FSRR=44;FWDB=-0.0159831;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1285;QD=1.52587;RBI=0.0162408;REFB=-0.00101952;REVB=-0.00288206;RO=93;SAF=7;SAR=3;SRF=49;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207;STB=0.657675;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.00675426;OID=.;OPOS=59368167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:104:104:93:94:10:10:0.0961538:3:7:49:44:3:7:50:44 chr15 59499179 . G A 1015.09 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0577576;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.758;QD=58.0051;RBI=0.0686477;REFB=0.0290856;REVB=0.0371022;RO=1;SAF=27;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0171824;STB=0.509088;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=9.62608e-05;OID=.;OPOS=59499179;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:68:69:0.985714:41:27:1:0:42:27:1:0 chr15 59499228 . C T 994.34 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0257385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.845;QD=57.6427;RBI=0.0273335;REFB=-0.134895;REVB=0.00920044;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000434656;OID=.;OPOS=59499228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:0:1:68:68:0.985507:34:34:0:0:34:34:0:1 chr15 59499244 . C A 495.81 PASS AF=0.709677;AO=44;DP=62;FAO=44;FDP=62;FR=.;FRO=18;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0110199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.374;QD=31.9876;RBI=0.0147544;REFB=-0.0443945;REVB=0.00981093;RO=18;SAF=26;SAR=18;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109605;STB=0.55932;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0149582;OID=.;OPOS=59499244;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:18:18:44:44:0.709677:18:26:7:11:18:26:7:11 chr15 59499274 . C A 726.6 PASS AF=0.931034;AO=53;DP=58;FAO=54;FDP=58;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00783199;FXX=0.0169463;HRUN=5;LEN=1;MLLD=257.265;QD=50.1104;RBI=0.0458011;REFB=-0.0566561;REVB=0.0451265;RO=4;SAF=29;SAR=24;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0062738;STB=0.502566;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.00103371;OID=.;OPOS=59499274;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:58:58:4:4:53:54:0.931034:24:29:2:2:25:29:2:2 chr15 59500116 . T C 854.11 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.022341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.557;QD=56.0072;RBI=0.0362941;REFB=-0.108955;REVB=0.0286031;RO=1;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159958;STB=0.508472;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.000616284;OID=.;OPOS=59500116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:29:31:0:1:29:31:0:1 chr15 59510189 . G A 514.11 PASS AF=0.676471;AO=46;DP=68;FAO=46;FDP=68;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00714561;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=274.523;QD=30.242;RBI=0.0141297;REFB=-0.011402;REVB=0.0121897;RO=22;SAF=15;SAR=31;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194597;STB=0.605748;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00822201;OID=.;OPOS=59510189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:22:22:46:46:0.676471:31:15:14:8:31:15:14:8 chr15 59682428 . G A 715.0 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00546691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.345;QD=60.8514;RBI=0.00556966;REFB=-0.0894062;REVB=-0.0010649;RO=1;SAF=25;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184352;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00406891;OID=.;OPOS=59682428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:21:25:1:0:21:25:1:0 chr15 59682486 . G GT 357.73 PASS AF=1;AO=35;DP=47;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00396319;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=11.1864;QD=33.2773;RBI=0.00691426;REFB=0;REVB=0.0056657;RO=9;SAF=17;SAR=18;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0579043;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00421749;OID=.;OPOS=59682487;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:47:43:43:0:19:24:0:0:8:9:17:18:3:6 chr15 59784493 . C T 982.38 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0338302;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=288.016;QD=56.1359;RBI=0.036234;REFB=-0.0282706;REVB=0.0129777;RO=2;SAF=40;SAR=28;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325639;STB=0.517236;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.000610294;OID=.;OPOS=59784493;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:68:68:0.971429:28:40:0:2:28:40:0:2 chr15 59911421 . A T 146.62 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=63;FAO=18;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=42;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0117026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6007;QD=9.30923;RBI=0.0275149;REFB=-0.0248902;REVB=-0.0249022;RO=38;SAF=8;SAR=10;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272213;STB=0.505612;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0785125;OID=.;OPOS=59911421;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:42:18:18:0.285714:10:8:16:22:10:8:19:23 chr15 59911892 . G T 850.01 PASS AF=0.708333;AO=68;DP=97;FAO=68;FDP=96;FR=.;FRO=28;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0096413;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.228;QD=35.417;RBI=0.0303907;REFB=-0.0284228;REVB=0.0288208;RO=29;SAF=34;SAR=34;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478804;STB=0.520827;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.00776598;OID=.;OPOS=59911892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:29:28:68:68:0.708333:34:34:12:17:34:34:12:16 chr15 59911970 . A C 126.47 PASS AF=0.204082;AO=20;DP=97;FAO=20;FDP=98;FR=.;FRO=78;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=-0.0458896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.934;QD=5.16216;RBI=0.0461907;REFB=-0.00325562;REVB=-0.00526494;RO=74;SAF=12;SAR=8;SRF=33;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192163;STB=0.609647;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0143319;OID=.;OPOS=59911970;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:74:78:20:20:0.204082:8:12:33:41:8:12:36:42 chr15 59912253 . A C 359.51 PASS AF=0.763158;AO=29;DP=38;FAO=29;FDP=38;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0245301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8387;QD=37.8434;RBI=0.0287852;REFB=0.0310682;REVB=0.0150619;RO=9;SAF=11;SAR=18;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.128839;STB=0.569675;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=-0.00392828;OID=.;OPOS=59912253;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:9:9:29:29:0.763158:18:11:1:8:18:11:1:8 chr15 59912625 . G A 285.29 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7097;QD=51.8702;RBI=0.054495;REFB=0;REVB=0.0445167;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000698778;OID=.;OPOS=59912625;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:6:14:0:0:7:15:0:0 chr15 59931372 . GAAAGT G 331.8 PASS AF=0.868421;AO=31;DP=40;FAO=33;FDP=38;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0319792;FXX=0.136333;HRUN=3;LEN=5;MLLD=209.314;QD=34.9264;RBI=0.0493777;REFB=-0.0407594;REVB=0.0376231;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.363008;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.549809;STBP=0.122;TYPE=del;VARB=0.00584945;OID=.;OPOS=59931373;OREF=AAAGT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.868421:31:40:33:38:5:14:19:4:1:17:0:13:18:0:0 chr15 60678298 . T A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=305.709;QD=43.4861;RBI=0.0148735;REFB=0;REVB=0.00230579;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.61358e-05;OID=.;OPOS=60678298;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr15 60715800 . T G 452.74 PASS AF=0.947368;AO=28;DP=36;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0461989;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=57.3978;QD=47.657;RBI=0.0902143;REFB=0.0549543;REVB=0.0774873;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.517232;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00255293;OID=.;OPOS=60715800;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:36:38:0:2:28:36:0.947368:9:19:0:0:9:27:1:1 chr15 60724118 . C G 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00763256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.86;QD=57.6802;RBI=0.0266707;REFB=0;REVB=-0.0255553;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.58466e-05;OID=.;OPOS=60724118;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:14:17:0:0:14:17:0:0 chr15 60734697 . A G 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.663;QD=57.1998;RBI=0.0138016;REFB=0;REVB=0.00253641;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.92218e-05;OID=.;OPOS=60734697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr15 60789798 . G T 1062.4 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00874251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.466;QD=59.8533;RBI=0.0360061;REFB=0;REVB=-0.0349286;RO=0;SAF=50;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.45441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100704;OID=.;OPOS=60789798;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:69:71:1:19:50:0:0:21:50:0:0 chr15 62259637 . C T 509.81 PASS AF=0.923077;AO=37;DP=38;FAO=36;FDP=39;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.011628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6941;QD=52.2881;RBI=0.0120298;REFB=0.0051815;REVB=0.0030832;RO=1;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019929;STB=0.502317;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.00284279;OID=.;OPOS=62259637;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:39:1:3:37:36:0.923077:23:14:0:1:23:13:1:2 chr15 62990971 . C T 645.51 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.170379;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.5731;QD=58.6828;RBI=0.172195;REFB=-0.106633;REVB=-0.0249384;RO=2;SAF=22;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00203384;STB=0.512189;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00581138;OID=.;OPOS=62990971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:2:1:42:43:0.977273:20:22:1:1:20:23:0:1 chr15 63009804 . C T 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0645529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.927;QD=59.8394;RBI=0.0730784;REFB=0;REVB=0.0342545;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000511158;OID=.;OPOS=63009804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:24:12:0:0:24:12:0:0 chr15 63047778 . C T 88.15 PASS AF=0.194805;AO=14;DP=76;FAO=15;FDP=77;FR=.;FRO=62;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.0390737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7467;QD=4.57901;RBI=0.0399324;REFB=-0.0108039;REVB=0.00823654;RO=62;SAF=11;SAR=3;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.438075;STB=0.795414;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0556372;OID=.;OPOS=63047778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:76:77:62:62:14:15:0.194805:3:11:27:35:3:12:27:35 chr15 63047793 . C T 712.08 PASS AF=0.802817;AO=56;DP=70;FAO=57;FDP=71;FR=.;FRO=14;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.0803378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.415;QD=40.1172;RBI=0.0805587;REFB=0.00547953;REVB=-0.00596135;RO=14;SAF=24;SAR=32;SRF=12;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159435;STB=0.582076;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.000381876;OID=.;OPOS=63047793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:70:71:14:14:56:57:0.802817:32:24:12:2:32:25:12:2 chr15 63131117 . T A 50.0 PASS AF=0.181818;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=44;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00482381;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=226.509;QD=4.54561;RBI=0.0192014;REFB=-0.0115314;REVB=-0.0185856;RO=34;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254149;STB=0.666263;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0389952;OID=.;OPOS=63131117;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:44:34:36:8:8:0.181818:3:5:14:20:3:5:15:21 chr15 63133046 . G A 40.76 PASS AF=0.126984;AO=8;DP=62;FAO=8;FDP=63;FR=.;FRO=55;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0501088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1921;QD=2.58824;RBI=0.0782942;REFB=-0.0037392;REVB=-0.0601589;RO=54;SAF=3;SAR=5;SRF=23;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633396;STB=0.539319;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.0269394;OID=.;OPOS=63133046;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:62:63:54:55:8:8:0.126984:5:3:23:31:5:3:23:32 chr15 63341073 . C A 389.23 PASS AF=0.857143;AO=29;DP=35;FAO=30;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0181536;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.174;QD=44.4839;RBI=0.0181593;REFB=-0.0720676;REVB=-0.000454511;RO=4;SAF=18;SAR=11;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0311285;STB=0.530101;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00652251;OID=.;OPOS=63341073;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:35:35:4:5:29:30:0.857143:11:18:3:1:12:18:4:1 chr15 63351840 . C A 61.47 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.00946424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0722;QD=7.02564;RBI=0.0567619;REFB=-0.00104321;REVB=-0.0559673;RO=25;SAF=3;SAR=6;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264784;STB=0.678851;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.00344562;OID=.;OPOS=63351840;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:25:26:9:9:0.257143:6:3:14:11:6:3:15:11 chr15 63363421 . T TGTTTT 50.0 PASS AO=36;DP=83;LEN=5;RO=47;SAF=14;SAR=26;SRF=17;SRR=26;TYPE=ins;FR=.;OID=.;OPOS=63363421;OREF=-;OALT=TGTTT;OMAPALT=TGTTTT GT:GQ:DP:RO:AO:SAR:SAF:SRF:SRR 0/1:99:83:47:36:26:14:17:26 chr15 63433766 . G A 867.82 PASS AF=0.96875;AO=59;DP=61;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0611013;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3399;QD=54.239;RBI=0.0632565;REFB=-0.0853851;REVB=-0.0163714;RO=2;SAF=30;SAR=29;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000524089;STB=0.501012;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00469723;OID=.;OPOS=63433766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:61:64:2:2:59:62:0.96875:29:30:1:1:29:33:1:1 chr15 63446199 . CAAAATT C 480.18 PASS AF=1;AO=38;DP=45;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00650635;FXX=0.183636;HRUN=4;LEN=6;MLLD=247.514;QD=48.0179;RBI=0.00895603;REFB=0;REVB=0.00615451;RO=0;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000162915;OID=.;OPOS=63446200;OREF=AAAATT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:38:45:40:40:0:29:11:0:0:9:0:27:11:0:0 chr15 63516049 . C T 407.75 PASS AF=0.619048;AO=39;DP=63;FAO=39;FDP=63;FR=.;FRO=24;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0377019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9701;QD=25.8891;RBI=0.0426926;REFB=-0.0540579;REVB=-0.0200307;RO=21;SAF=23;SAR=16;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195178;STB=0.50252;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0328994;OID=.;OPOS=63516049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:21:24:39:39:0.619048:16:23:13:8:16:23:14:10 chr15 63548787 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174217;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=281.125;QD=54.5177;RBI=0.0207122;REFB=0;REVB=0.0112019;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.32582e-05;OID=.;OPOS=63548787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr15 64215375 . G C 547.97 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0633;QD=59.24;RBI=0.0463696;REFB=0;REVB=0.0216347;RO=0;SAF=8;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000981552;OID=.;OPOS=64215375;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:28:8:0:0:28:9:0:0 chr15 64367745 . T C 175.57 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0792454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7835;QD=46.8175;RBI=0.0828123;REFB=0;REVB=0.0240427;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187951;OID=.;OPOS=64367745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:6:8:0:0:7:8:0:0 chr15 64385851 . T C 488.14 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0636312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.676;QD=55.7873;RBI=0.0644318;REFB=0.0411084;REVB=0.0101254;RO=1;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252651;STB=0.513506;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.0177627;OID=.;OPOS=64385851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:18:16:0:1:18:16:0:1 chr15 64436061 . A T 50.27 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0205571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.753;QD=4.78754;RBI=0.0305267;REFB=0.00372638;REVB=0.0225673;RO=33;SAF=1;SAR=7;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.508344;STB=0.839069;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.0649897;OID=.;OPOS=64436061;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:33:34:8:8:0.190476:7:1:17:16:7:1:17:17 chr15 64455123 . G T 833.73 PASS AF=0.853333;AO=63;DP=76;FAO=64;FDP=75;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=55;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0194542;FXX=0.0131562;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.627;QD=44.4656;RBI=0.0499214;REFB=-0.0179494;REVB=0.0459748;RO=10;SAF=8;SAR=55;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294637;STB=0.658625;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00582032;OID=.;OPOS=64455123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:76:75:10:11:63:64:0.853333:55:8:8:2:55:9:9:2 chr15 64508763 . G A 671.05 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430593;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.07;QD=62.4232;RBI=0.0430659;REFB=0;REVB=0.000754715;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.02946e-05;OID=.;OPOS=64508763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:41:43:1:25:16:0:0:25:18:0:0 chr15 64634884 . C A 381.39 PASS AF=0.794872;AO=29;DP=36;FAO=31;FDP=39;FR=.;FRO=8;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0301815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.332;QD=39.1166;RBI=0.0508533;REFB=-0.0301957;REVB=-0.0409284;RO=7;SAF=17;SAR=12;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108835;STB=0.568062;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0133918;OID=.;OPOS=64634884;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:36:39:7:8:29:31:0.794872:12:17:2:5:13:18:2:6 chr15 64737225 . G A 275.34 PASS AF=0.793103;AO=23;DP=30;FAO=23;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0010446;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.037;QD=37.9783;RBI=0.0365676;REFB=-0.0735122;REVB=0.0365527;RO=6;SAF=15;SAR=8;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127356;STB=0.569558;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0124604;OID=.;OPOS=64737225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:30:29:6:6:23:23:0.793103:8:15:2:4:8:15:2:4 chr15 64792896 . G A 1029.09 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00261957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.589;QD=58.8053;RBI=0.0318854;REFB=0;REVB=0.0317776;RO=0;SAF=22;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585333;OID=.;OPOS=64792896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:70:0:0:66:70:1:44:22:0:0:47:23:0:0 chr15 64793617 . A G 815.02 PASS AF=0.807692;AO=63;DP=79;FAO=63;FDP=78;FR=.;FRO=15;FSAF=21;FSAR=42;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00907857;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.958;QD=41.796;RBI=0.0116581;REFB=-0.00428472;REVB=0.00731382;RO=15;SAF=21;SAR=42;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0528908;STB=0.528293;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.000937867;OID=.;OPOS=64793617;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:79:78:15:15:63:63:0.807692:42:21:7:8:42:21:7:8 chr15 64915106 . C T 923.94 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0404303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8913;QD=56.8578;RBI=0.0784023;REFB=-0.0215233;REVB=0.0671737;RO=0;SAF=26;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509431;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000308394;OID=.;OPOS=64915106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:0:1:64:64:0.984615:38:26:0:0:38:26:1:0 chr15 65041622 . C A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0571953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.661;QD=47.822;RBI=0.100996;REFB=0;REVB=0.0832395;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000574285;OID=.;OPOS=65041622;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr15 65108479 . T C 613.29 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0220565;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9984;QD=61.3287;RBI=0.0323956;REFB=0;REVB=0.0237274;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.69378e-05;OID=.;OPOS=65108479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr15 65153690 . G A 558.8 PASS AF=0.82;AO=37;DP=46;FAO=41;FDP=50;FR=.;FRO=9;FSAF=29;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0198966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.218;QD=44.7041;RBI=0.0210986;REFB=-0.0406195;REVB=-0.00701957;RO=9;SAF=28;SAR=9;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269133;STB=0.616961;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0083536;OID=.;OPOS=65153690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:50:9:9:37:41:0.82:9:28:1:8:12:29:1:8 chr15 65157482 . C T 123.12 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00699264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.727;QD=37.8839;RBI=0.0100542;REFB=0.111059;REVB=0.00722427;RO=1;SAF=9;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475628;STB=0.526273;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=-0.00292326;OID=.;OPOS=65157482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:3:9:1:0:3:9:1:0 chr15 65347405 . G A 575.68 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139;QD=60.5977;RBI=0.0492332;REFB=0;REVB=0.0270669;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032777;OID=.;OPOS=65347405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr15 65369951 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7139;QD=33.4283;RBI=0.0785915;REFB=0;REVB=-0.0709197;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00977766;OID=.;OPOS=65369951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr15 65370353 . T C 1098.57 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3181;QD=60.1957;RBI=0.0236931;REFB=0;REVB=0.0159158;RO=0;SAF=33;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93225e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251564;OID=.;OPOS=65370353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:40:33:0:0:40:33:0:0 chr15 65449169 . C T 804.43 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0110805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.641;QD=55.4781;RBI=0.0111314;REFB=-0.13338;REVB=-0.00106346;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507244;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.000877083;OID=.;OPOS=65449169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:58:58:0:1:57:57:0.982759:34:23:0:0:34:23:0:1 chr15 65489128 . C T 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0574967;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.706;QD=53.3625;RBI=0.0795901;REFB=-0.00851607;REVB=0.0550337;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521724;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000433864;OID=.;OPOS=65489128;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:11:18:0:0:11:18:0:1 chr15 65489688 . T C 758.97 PASS AF=0.981818;AO=56;DP=56;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0156351;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.995;QD=55.1981;RBI=0.0251017;REFB=0.0174661;REVB=-0.0196376;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511107;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=-0.000582151;OID=.;OPOS=65489688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:55:0:1:56:54:0.981818:23:33:0:0:22:32:0:1 chr15 65490592 . C T 59.72 PASS AF=0.161765;AO=11;DP=68;FAO=11;FDP=68;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=45;FSRR=12;FWDB=0.00608653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6033;QD=3.51314;RBI=0.0113095;REFB=-0.00481696;REVB=-0.00953198;RO=56;SAF=8;SAR=3;SRF=44;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984564;STB=0.569775;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.00907258;OID=.;OPOS=65490592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:68:68:56:57:11:11:0.161765:3:8:44:12:3:8:45:12 chr15 65490901 . T C 860.64 PASS AF=0.914286;AO=62;DP=70;FAO=64;FDP=70;FR=.;FRO=6;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0103443;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=197.821;QD=49.1795;RBI=0.0212782;REFB=0.00940544;REVB=-0.0185946;RO=6;SAF=43;SAR=19;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0276302;STB=0.514701;STBP=0.469;TYPE=snp;VARB=-0.000350548;OID=.;OPOS=65490901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:70:70:6:6:62:64:0.914286:19:43:5:1:20:44:5:1 chr15 65495747 . A G 47.53 PASS AF=0.136364;AO=9;DP=66;FAO=9;FDP=66;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0314232;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.642;QD=2.88064;RBI=0.042271;REFB=-0.00780847;REVB=-0.028274;RO=57;SAF=5;SAR=4;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162469;STB=0.614371;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0444611;OID=.;OPOS=65495747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:66:66:57:57:9:9:0.136364:4:5:24:33:4:5:24:33 chr15 65553246 . C T 50.6 PASS AF=0.122222;AO=11;DP=90;FAO=11;FDP=90;FR=.;FRO=79;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.0186911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.287;QD=2.24872;RBI=0.0681992;REFB=-0.00332507;REVB=-0.0655879;RO=79;SAF=4;SAR=7;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129666;STB=0.594029;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0340442;OID=.;OPOS=65553246;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:90:90:79:79:11:11:0.122222:7:4:37:42:7:4:37:42 chr15 65620156 . C T 135.67 PASS AF=0.866667;AO=13;DP=15;FAO=13;FDP=15;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0566266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1329;QD=36.1776;RBI=0.0616048;REFB=-0.185327;REVB=0.0242607;RO=1;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431971;STB=0.545388;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0116349;OID=.;OPOS=65620156;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:2:13:13:0.866667:10:3:0:1:10:3:0:2 chr15 65621441 . C A 199.43 PASS AF=0.782609;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00532333;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2356;QD=34.6831;RBI=0.0380569;REFB=-0.0175794;REVB=0.0376828;RO=5;SAF=6;SAR=12;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607159;STB=0.533297;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00216886;OID=.;OPOS=65621441;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:24:23:5:5:18:18:0.782609:12:6:1:4:12:6:1:4 chr15 65621857 . T C 523.06 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0957827;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7179;QD=59.7782;RBI=0.0986816;REFB=0;REVB=0.0237428;RO=0;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100946;OID=.;OPOS=65621857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:22:13:0:0:22:13:0:0 chr15 65667724 . A G 593.84 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0853754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.394;QD=60.9064;RBI=0.0866676;REFB=0;REVB=0.0149104;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000538185;OID=.;OPOS=65667724;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr15 65689267 . T C 53.4 PASS AF=0.151515;AO=10;DP=66;FAO=10;FDP=66;FR=.;FRO=56;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0307127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.578;QD=3.23607;RBI=0.03077;REFB=-0.00810356;REVB=0.00187727;RO=56;SAF=4;SAR=6;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136552;STB=0.509415;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0360943;OID=.;OPOS=65689267;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:66:66:56:56:10:10:0.151515:6:4:23:33:6:4:23:33 chr15 65759542 . C T 543.41 PASS AF=0.734375;AO=46;DP=63;FAO=47;FDP=64;FR=.;FRO=17;FSAF=18;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0104869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.611;QD=33.9631;RBI=0.0203141;REFB=0.00419511;REVB=0.0173979;RO=17;SAF=18;SAR=28;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711861;STB=0.540355;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.00118845;OID=.;OPOS=65759542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:17:17:46:47:0.734375:28:18:9:8:29:18:9:8 chr15 65916527 . A T 980.0 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0176821;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.574;QD=57.6473;RBI=0.0189409;REFB=0.0109682;REVB=0.00678967;RO=1;SAF=39;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119641;STB=0.506327;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=5.99895e-05;OID=.;OPOS=65916527;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:68:1:1:67:67:0.985294:28:39:1:0:28:39:1:0 chr15 66011630 . A G 1002.59 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0424064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.77;QD=58.9759;RBI=0.043624;REFB=0;REVB=0.0102349;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50101e-05;OID=.;OPOS=66011630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:68:0:0:66:68:1:41:25:0:0:43:25:0:0 chr15 66023799 . G T 302.69 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0261448;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8071;QD=52.6418;RBI=0.0308122;REFB=0;REVB=0.0163046;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000914179;OID=.;OPOS=66023799;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:8:14:0:0:8:15:0:0 chr15 66257408 . T C 501.64 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0902697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8711;QD=59.0161;RBI=0.102183;REFB=0;REVB=0.0478818;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000467586;OID=.;OPOS=66257408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr15 66274690 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9535;QD=45.8063;RBI=0.0211419;REFB=0;REVB=-0.00929111;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248018;OID=.;OPOS=66274690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr15 66411441 . C T 55.72 PASS AF=0.144737;AO=11;DP=76;FAO=11;FDP=76;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0215568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.83;QD=2.93247;RBI=0.0233012;REFB=-0.0102229;REVB=0.00884599;RO=62;SAF=4;SAR=7;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2265;STB=0.636116;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0380881;OID=.;OPOS=66411441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:76:76:62:65:11:11:0.144737:7:4:34:28:7:4:34:31 chr15 66612965 . T C 102.07 PASS AF=0.197674;AO=16;DP=85;FAO=17;FDP=86;FR=.;FRO=69;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=39;FWDB=-0.0102986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.641;QD=4.7474;RBI=0.0143421;REFB=-0.00124999;REVB=-0.00998169;RO=69;SAF=8;SAR=8;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821573;STB=0.575423;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00606971;OID=.;OPOS=66612965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:69:69:16:17:0.197674:8:8:30:39:8:9:30:39 chr15 66640619 . C A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0100299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.428;QD=56.1916;RBI=0.0111925;REFB=0;REVB=0.00496726;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.43282e-06;OID=.;OPOS=66640619;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr15 66641732 . G C 360.13 PASS AF=0.875;AO=25;DP=30;FAO=28;FDP=32;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00791084;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.961;QD=45.0166;RBI=0.0119408;REFB=-0.0660911;REVB=0.00894434;RO=2;SAF=16;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206975;STB=0.510302;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00489276;OID=.;OPOS=66641732;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:30:32:2:4:25:28:0.875:9:16:1:1:9:19:3:1 chr15 66644521 . C G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00552247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.641;QD=46.8473;RBI=0.0602668;REFB=0;REVB=-0.0600132;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000549431;OID=.;OPOS=66644521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr15 66727451 . A C 562.2 PASS AF=0.582418;AO=47;DP=88;FAO=53;FDP=91;FR=.;FRO=38;FSAF=35;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=9.22966e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.444;QD=24.7121;RBI=0.0274885;REFB=-0.0241472;REVB=0.0274883;RO=38;SAF=33;SAR=14;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17999;STB=0.571212;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0195281;OID=.;OPOS=66727451;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:91:38:38:47:53:0.582418:14:33:19:19:18:35:19:19 chr15 66821250 . A G 30.94 PASS AF=0.106061;AO=6;DP=64;FAO=7;FDP=66;FR=.;FRO=59;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=28;FWDB=-0.0375779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.181;QD=1.87527;RBI=0.0401735;REFB=-0.00473823;REVB=0.014206;RO=58;SAF=1;SAR=5;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41183;STB=0.585962;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0407267;OID=.;OPOS=66821250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:64:66:58:59:6:7:0.106061:5:1:31:27:4:3:31:28 chr15 67073549 . C T 359.36 PASS AF=0.697674;AO=28;DP=40;FAO=30;FDP=43;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0498421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.669;QD=33.4284;RBI=0.050861;REFB=-0.00725466;REVB=0.0101294;RO=11;SAF=10;SAR=18;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149527;STB=0.612826;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00285018;OID=.;OPOS=67073549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:11:13:28:30:0.697674:18:10:7:4:20:10:9:4 chr15 67234251 . A G 851.26 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389611;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.764;QD=57.7124;RBI=0.0452112;REFB=0;REVB=0.0229366;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.60153e-05;OID=.;OPOS=67234251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:23:36:0:0:23:36:0:0 chr15 67457335 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00736712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.617;QD=62.3506;RBI=0.00891767;REFB=0;REVB=0.00502498;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.77664e-05;OID=.;OPOS=67457335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr15 67486847 . T C 35.21 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0116025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.359;QD=5.21556;RBI=0.0118172;REFB=0.00178114;REVB=-0.0022426;RO=21;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424006;STB=0.771947;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.0229095;OID=.;OPOS=67486847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:2:4:6:15:2:4:6:15 chr15 67494304 . T G 56.92 PASS AF=0.169811;AO=9;DP=55;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00865014;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.926;QD=4.29608;RBI=0.0103351;REFB=-0.000209856;REVB=0.00565594;RO=44;SAF=5;SAR=4;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150649;STB=0.58315;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.000850053;OID=.;OPOS=67494304;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:55:53:44:44:9:9:0.169811:4:5:19:25:4:5:20:24 chr15 67528374 . T G 407.43 PASS AF=0.666667;AO=39;DP=57;FAO=38;FDP=57;FR=.;FRO=19;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0232945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.599;QD=28.5918;RBI=0.0270551;REFB=-0.0253385;REVB=-0.0137602;RO=18;SAF=22;SAR=17;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133814;STB=0.587431;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0184115;OID=.;OPOS=67528374;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:18:19:39:38:0.666667:17:22:6:12:16:22:6:13 chr15 67574440 . C G 360.24 PASS AF=0.666667;AO=30;DP=45;FAO=30;FDP=45;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0279553;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.492;QD=32.0211;RBI=0.0352328;REFB=-0.0167573;REVB=0.0214442;RO=15;SAF=12;SAR=18;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123353;STB=0.567522;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.00691263;OID=.;OPOS=67574440;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:15:15:30:30:0.666667:18:12:9:6:18:12:9:6 chr15 67692502 . T C 1411.77 PASS AF=0.978723;AO=89;DP=92;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0122083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.82;QD=60.0752;RBI=0.0140881;REFB=-0.0268645;REVB=-0.00703076;RO=2;SAF=43;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000702661;STB=0.500231;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00220934;OID=.;OPOS=67692502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:92:94:2:2:89:92:0.978723:46:43:1:1:47:45:1:1 chr15 67768151 . G C 1057.78 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00576082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.964;QD=59.593;RBI=0.0504972;REFB=0;REVB=0.0501675;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012717;OID=.;OPOS=67768151;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:43:28:0:0:43:28:0:0 chr15 67814542 . G A 555.53 PASS AF=0.836364;AO=45;DP=55;FAO=46;FDP=55;FR=.;FRO=9;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0130119;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9758;QD=40.4018;RBI=0.015727;REFB=-0.0107548;REVB=-0.00883353;RO=9;SAF=20;SAR=25;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0348195;STB=0.516276;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.00310926;OID=.;OPOS=67814542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:55:9:9:45:46:0.836364:25:20:5:4:25:21:5:4 chr15 67951150 . G T 40.93 PASS AF=0.155556;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=45;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.0138961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.583;QD=3.63778;RBI=0.0372057;REFB=-0.0144027;REVB=-0.0345132;RO=38;SAF=4;SAR=3;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273446;STB=0.686631;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.060858;OID=.;OPOS=67951150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:38:38:7:7:0.155556:3:4:13:25:3:4:13:25 chr15 67962763 . A G 801.85 PASS AF=0.708333;AO=68;DP=96;FAO=68;FDP=96;FR=.;FRO=28;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.000206571;FXX=0.0495;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.376;QD=33.4104;RBI=0.00644866;REFB=-0.0023796;REVB=0.00644535;RO=28;SAF=33;SAR=35;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466667;STB=0.5251;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00104953;OID=.;OPOS=67962763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:28:28:68:68:0.708333:35:33:16:12:35:33:16:12 chr15 68112037 . C T 572.52 PASS AF=0.888889;AO=40;DP=46;FAO=40;FDP=45;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0333537;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.594;QD=50.8908;RBI=0.0347227;REFB=0.00128099;REVB=-0.00965387;RO=5;SAF=32;SAR=8;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620949;STB=0.533316;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=-0.00019327;OID=.;OPOS=68112037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:46:45:5:5:40:40:0.888889:8:32:3:2:8:32:3:2 chr15 68112096 . A G 198.43 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0599912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.508;QD=44.0951;RBI=0.0713433;REFB=-0.122117;REVB=0.0386123;RO=1;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029595;STB=0.51611;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00273421;OID=.;OPOS=68112096;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:15:2:0:1:15:2:0:1 chr15 68117300 . T A 33.94 PASS AF=0.111111;AO=7;DP=63;FAO=7;FDP=63;FR=.;FRO=56;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=39;FWDB=-0.0176373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.559;QD=2.15517;RBI=0.0288097;REFB=-0.00400075;REVB=-0.0227799;RO=53;SAF=4;SAR=3;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294907;STB=0.726722;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0446232;OID=.;OPOS=68117300;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:63:63:53:56:7:7:0.111111:3:4:17:36:3:4:17:39 chr15 68483627 . C T 110.36 PASS AF=0.239437;AO=17;DP=71;FAO=17;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.00213033;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.426;QD=6.2176;RBI=0.0115201;REFB=-0.0057639;REVB=-0.0113214;RO=54;SAF=11;SAR=6;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310704;STB=0.690605;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.016359;OID=.;OPOS=68483627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:54:54:17:17:0.239437:6:11:21:33:6:11:21:33 chr15 68583175 . T C 888.56 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0089063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.15;QD=56.4165;RBI=0.0527477;REFB=-0.0412209;REVB=0.0519904;RO=1;SAF=31;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149869;STB=0.507934;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.00206343;OID=.;OPOS=68583175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:1:1:62:62:0.984127:31:31:1:0:31:31:1:0 chr15 68603625 . C T 1098.72 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.501;QD=60.2039;RBI=0.0580539;REFB=0;REVB=0.0392565;RO=0;SAF=45;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27032e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018175;OID=.;OPOS=68603625;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:27:45:0:0:27:46:0:0 chr15 68605169 . G A 511.05 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0426797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.366;QD=56.7829;RBI=0.0511644;REFB=-0.148676;REVB=0.0282177;RO=1;SAF=23;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199081;STB=0.510632;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00103446;OID=.;OPOS=68605169;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:36:36:1:1:35:35:0.972222:12:23:1:0:12:23:1:0 chr15 68624396 . A C 405.0 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.063;QD=55.8622;RBI=0.0490381;REFB=0;REVB=0.0456758;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149969;OID=.;OPOS=68624396;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:15:12:0:0:17:12:0:0 chr15 68628143 . C T 1049.61 PASS AF=0.8;AO=84;DP=105;FAO=84;FDP=105;FR=.;FRO=21;FSAF=29;FSAR=55;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0795167;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.346;QD=39.9852;RBI=0.0824142;REFB=-0.0259885;REVB=0.0216608;RO=20;SAF=29;SAR=55;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0591716;STB=0.524046;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.00563138;OID=.;OPOS=68628143;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:20:21:84:84:0.8:55:29:4:16:55:29:5:16 chr15 68649587 . G A 718.36 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00315886;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.101;QD=63.8546;RBI=0.0345319;REFB=0;REVB=0.0343871;RO=0;SAF=22;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049337;OID=.;OPOS=68649587;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:23:22:0:0:23:22:0:0 chr15 69238272 . G T 434.04 PASS AF=0.723404;AO=30;DP=44;FAO=34;FDP=47;FR=.;FRO=13;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00545196;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.479;QD=36.9395;RBI=0.0138265;REFB=-0.0131076;REVB=0.0127063;RO=13;SAF=19;SAR=11;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106674;STB=0.500662;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00563766;OID=.;OPOS=69238272;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:13:13:30:34:0.723404:11:19:8:5:13:21:8:5 chr15 69238445 . G A 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0160874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.585;QD=41.8678;RBI=0.0188658;REFB=-0.0202159;REVB=0.0098546;RO=1;SAF=3;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129286;STB=0.571326;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0014241;OID=.;OPOS=69238445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:12:3:1:0:12:3:1:0 chr15 69652451 . G A 1048.67 PASS AF=0.813725;AO=83;DP=102;FAO=83;FDP=102;FR=.;FRO=19;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0177935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.53;QD=41.1244;RBI=0.0225724;REFB=0.0121851;REVB=-0.013889;RO=18;SAF=29;SAR=54;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345723;STB=0.514547;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=-0.00163925;OID=.;OPOS=69652451;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:18:19:83:83:0.813725:54:29:8:10:54:29:8:11 chr15 69683945 . C G 31.49 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.029924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7962;QD=2.42253;RBI=0.0313275;REFB=-0.00460352;REVB=-0.009272;RO=45;SAF=2;SAR=4;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133949;STB=0.594271;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0310438;OID=.;OPOS=69683945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:45:46:6:6:0.115385:4:2:20:25:4:2:20:26 chr15 69684050 . C T 559.68 PASS AF=0.851064;AO=40;DP=47;FAO=40;FDP=47;FR=.;FRO=7;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0206023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.0951;QD=47.6324;RBI=0.0206051;REFB=-0.018302;REVB=0.000343103;RO=7;SAF=16;SAR=24;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00824419;STB=0.504423;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00309983;OID=.;OPOS=69684050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:7:7:40:40:0.851064:24:16:3:4:24:16:3:4 chr15 69697756 . G A 529.95 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.81;QD=58.8832;RBI=0.0335232;REFB=0;REVB=0.0304538;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.3815e-05;OID=.;OPOS=69697756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:20:15:0:0:21:15:0:0 chr15 69709748 . C A 577.37 PASS AF=0.836735;AO=41;DP=49;FAO=41;FDP=49;FR=.;FRO=8;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.0231832;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.533;QD=47.1321;RBI=0.0236018;REFB=-0.0174775;REVB=-0.00442546;RO=8;SAF=17;SAR=24;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0650746;STB=0.534937;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00266953;OID=.;OPOS=69709748;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:49:49:8:8:41:41:0.836735:24:17:5:3:24:17:5:3 chr15 69728949 . A G 122.04 PASS AF=0.167883;AO=23;DP=136;FAO=23;FDP=137;FR=.;FRO=114;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=61;FSRR=53;FWDB=-0.00651046;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.408;QD=3.5632;RBI=0.00813031;REFB=0.00142588;REVB=0.00486989;RO=109;SAF=9;SAR=14;SRF=57;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1677;STB=0.618975;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=-0.00778197;OID=.;OPOS=69728949;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:109:114:23:23:0.167883:14:9:57:52:14:9:61:53 chr15 69732736 . C T 55.94 PASS AF=0.169811;AO=9;DP=53;FAO=9;FDP=53;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=11;FWDB=0.00542038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.818;QD=4.22211;RBI=0.00979196;REFB=0.00825388;REVB=0.00815487;RO=44;SAF=4;SAR=5;SRF=33;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377336;STB=0.742536;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.0373114;OID=.;OPOS=69732736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:53:53:44:44:9:9:0.169811:5:4:33:11:5:4:33:11 chr15 69740350 . A G 39.25 PASS AF=0.123077;AO=8;DP=66;FAO=8;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=0.0195948;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2338;QD=2.41521;RBI=0.024801;REFB=-0.00772147;REVB=-0.0152032;RO=57;SAF=5;SAR=3;SRF=21;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299795;STB=0.713796;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0693436;OID=.;OPOS=69740350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:66:65:57:57:8:8:0.123077:3:5:21:36:3:5:21:36 chr15 70345626 . C T 993.11 PASS AF=0.858824;AO=73;DP=85;FAO=73;FDP=85;FR=.;FRO=12;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0414708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.124;QD=46.7344;RBI=0.0429674;REFB=-0.0271258;REVB=0.0112416;RO=11;SAF=28;SAR=45;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0532811;STB=0.520118;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00446801;OID=.;OPOS=70345626;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:85:85:11:12:73:73:0.858824:45:28:2:9:45:28:3:9 chr15 70346923 . C T 215.3 PASS AF=0.76;AO=19;DP=26;FAO=19;FDP=25;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0646818;FXX=0.0740466;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.8549;QD=34.4475;RBI=0.0647674;REFB=-0.0786506;REVB=-0.00332743;RO=5;SAF=8;SAR=11;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687825;STB=0.559259;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0312718;OID=.;OPOS=70346923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:26:25:5:6:19:19:0.76:11:8:3:2:11:8:4:2 chr15 70347362 . C A 62.24 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.129;QD=35.5679;RBI=0.0681823;REFB=0;REVB=0.066182;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162264;OID=.;OPOS=70347362;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr15 70347816 . A AG 184.9 PASS AF=1;AO=14;DP=18;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0069109;FXX=0.166574;HRUN=0;LEN=1;MLLD=122.081;QD=49.3078;RBI=0.0194845;REFB=0;REVB=-0.0182177;RO=2;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0908241;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000396985;OID=.;OPOS=70347817;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:18:15:15:0:6:9:0:0:3:2:5:9:0:2 chr15 70347920 . T C 609.93 PASS AF=0.844828;AO=49;DP=58;FAO=49;FDP=58;FR=.;FRO=9;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00269169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.659;QD=42.064;RBI=0.0707113;REFB=-0.0192187;REVB=-0.07066;RO=8;SAF=27;SAR=22;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0135142;STB=0.500711;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00330074;OID=.;OPOS=70347920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:58:58:8:9:49:49:0.844828:22:27:4:4:22:27:5:4 chr15 70350607 . C T 70.43 PASS AF=0.2;AO=11;DP=56;FAO=11;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0435928;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.4473;QD=5.12253;RBI=0.224178;REFB=-0.0211734;REVB=-0.219899;RO=31;SAF=7;SAR=4;SRF=24;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191943;STB=0.519399;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0885841;OID=.;OPOS=70350607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:56:55:31:44:11:11:0.2:4:7:24:7:4:7:27:17 chr15 70351788 . T C 767.14 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.34;QD=63.9282;RBI=0.0459494;REFB=0;REVB=-0.00956403;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.27234e-05;OID=.;OPOS=70351788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:20:26:0:0:20:28:0:0 chr15 70358363 . G A 374.49 PASS AF=0.933333;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0300759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5521;QD=49.9326;RBI=0.038768;REFB=0.0121254;REVB=0.0244621;RO=2;SAF=3;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113235;STB=0.54542;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.000147725;OID=.;OPOS=70358363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:30:2:2:27:28:0.933333:24:3:1:1:24:4:1:1 chr15 70371777 . C G 43.57 PASS AF=0.241379;AO=6;DP=27;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.00764119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0551;QD=6.00901;RBI=0.108197;REFB=-0.00623723;REVB=-0.107927;RO=20;SAF=1;SAR=5;SRF=17;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.685344;STB=0.846726;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0250177;OID=.;OPOS=70371777;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:27:29:20:22:6:7:0.241379:5:1:17:3:5:2:18:4 chr15 71184278 . G T 593.42 PASS AF=0.891304;AO=41;DP=45;FAO=41;FDP=46;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00107418;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3921;QD=51.6018;RBI=0.0434348;REFB=-0.212754;REVB=0.0434215;RO=1;SAF=21;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218198;STB=0.553166;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0208668;OID=.;OPOS=71184278;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:45:46:1:5:41:41:0.891304:20:21:1:0:20:21:5:0 chr15 71184495 . A G 514.73 PASS AF=0.77193;AO=43;DP=57;FAO=44;FDP=57;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=32;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0131755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.113;QD=36.1214;RBI=0.0149469;REFB=-0.0462604;REVB=0.00705805;RO=0;SAF=12;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41862e-08;STB=0.608643;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00537873;OID=.;OPOS=71184495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:57:57:0:13:43:44:0.77193:31:12:0:0:32:12:9:4 chr15 71276480 . GCAA G 320.96 PASS AF=1;AO=19;DP=27;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00210811;FXX=0.178508;HRUN=1;LEN=3;MLLD=192.888;QD=55.8199;RBI=0.023432;REFB=0;REVB=0.0233369;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000187334;OID=.;OPOS=71276481;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:27:23:23:0:15:8:0:0:3:0:13:6:0:0 chr15 71447239 . G A 481.0 PASS AF=0.704918;AO=43;DP=61;FAO=43;FDP=61;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0519443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.369;QD=31.5408;RBI=0.0523755;REFB=-0.0346936;REVB=0.00670668;RO=18;SAF=12;SAR=31;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10595;STB=0.557526;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0089448;OID=.;OPOS=71447239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:18:18:43:43:0.704918:31:12:8:10:31:12:8:10 chr15 71953045 . G A 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.058;QD=59.5018;RBI=0.0343186;REFB=0;REVB=0.0236029;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.39278e-05;OID=.;OPOS=71953045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:38:31:0:0:38:31:0:0 chr15 72070075 . G A 246.64 PASS AF=0.84;AO=21;DP=25;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0286457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.6788;QD=39.4626;RBI=0.0314404;REFB=0.0221327;REVB=0.0129583;RO=4;SAF=3;SAR=18;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608871;STB=0.5333;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.00296372;OID=.;OPOS=72070075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:25:25:4:4:21:21:0.84:18:3:1:3:18:3:1:3 chr15 72105885 . G A 40.75 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0188089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.413;QD=3.54352;RBI=0.0220929;REFB=-0.00306542;REVB=0.0115897;RO=34;SAF=3;SAR=4;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225178;STB=0.674238;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0497557;OID=.;OPOS=72105885;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:34:39:7:7:0.152174:4:3:21:13:4:3:25:14 chr15 72105928 . ACCCCCAC ACCCCAC,ACCCCACG 416.24 PASS AF=1,0;AO=29,2;DP=31;FAO=31,0;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0896512,-0.10128;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,3;MLLD=23.0779,4.77578;QD=53.7079;RBI=0.0967066,0.101943;REFB=0,0;REVB=-0.0362606,-0.0116068;RO=0;SAF=13,2;SAR=16,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00526771,0;OID=.,.;OPOS=72105929,72105933;OREF=C,CAC;OALT=-,ACG;OMAPALT=ACCCCAC,ACCCCACG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:29,2:31:31,0:31:0:15,0:16,0:0:0:4:0:13,2:16,0:0:0 chr15 72143643 . A T 30.04 PASS AF=0.107143;AO=6;DP=56;FAO=6;FDP=56;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=-0.00164555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.904;QD=2.14552;RBI=0.0279014;REFB=-0.00842241;REVB=-0.0278528;RO=50;SAF=3;SAR=3;SRF=23;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459403;STB=0.535596;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=0.0550253;OID=.;OPOS=72143643;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:56:56:50:50:6:6:0.107143:3:3:23:27:3:3:23:27 chr15 72191073 . T C 41.66 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0120542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.491;QD=4.16602;RBI=0.0174384;REFB=-0.0077149;REVB=-0.0126014;RO=33;SAF=3;SAR=4;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283631;STB=0.689165;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.047199;OID=.;OPOS=72191073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:40:40:33:33:7:7:0.175:4:3:22:11:4:3:22:11 chr15 72191266 . C T 815.68 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7262;QD=57.2405;RBI=0.0871871;REFB=0;REVB=0.0713151;RO=0;SAF=32;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139151;OID=.;OPOS=72191266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:24:32:0:0:24:33:0:0 chr15 72432583 . A G 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00908003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.132;QD=58.14;RBI=0.0173171;REFB=0;REVB=-0.0147457;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.62688e-05;OID=.;OPOS=72432583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr15 72433144 . A G 31.42 PASS AF=0.101449;AO=7;DP=69;FAO=7;FDP=69;FR=.;FRO=62;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=-0.00168644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.104;QD=1.82158;RBI=0.00594802;REFB=-0.0049448;REVB=-0.00570393;RO=62;SAF=4;SAR=3;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638759;STB=0.549857;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0455032;OID=.;OPOS=72433144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:69:69:62:62:7:7:0.101449:3:4:32:30:3:4:32:30 chr15 72433182 . C T 650.21 PASS AF=0.897959;AO=44;DP=49;FAO=44;FDP=49;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0369238;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.784;QD=53.0785;RBI=0.0444438;REFB=-0.0250022;REVB=0.0247363;RO=5;SAF=23;SAR=21;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234566;STB=0.512529;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00361032;OID=.;OPOS=72433182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:49:49:5:5:44:44:0.897959:21:23:2:3:21:23:2:3 chr15 72501157 . G A 357.18 PASS AF=0.688889;AO=28;DP=43;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.00494975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.803;QD=31.7496;RBI=0.00764481;REFB=-0.0110979;REVB=-0.00582607;RO=10;SAF=9;SAR=19;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239596;STB=0.655171;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0149304;OID=.;OPOS=72501157;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:10:14:28:31:0.688889:19:9:8:2:20:11:12:2 chr15 72637795 . T C 739.07 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0115826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.067;QD=54.7459;RBI=0.0129547;REFB=-0.0909016;REVB=-0.00580236;RO=1;SAF=32;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144976;STB=0.507689;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000896458;OID=.;OPOS=72637795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:21:32:1:0:21:32:1:0 chr15 72637878 . C T 102.39 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00438026;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.118;QD=7.72729;RBI=0.00481969;REFB=-0.00490833;REVB=-0.00201064;RO=39;SAF=10;SAR=4;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308902;STB=0.69033;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0177214;OID=.;OPOS=72637878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:39:39:14:14:0.264151:4:10:18:21:4:10:18:21 chr15 72638892 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.502;QD=63.583;RBI=0.0182239;REFB=0;REVB=-0.0136863;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.705e-05;OID=.;OPOS=72638892;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:25:22:0:0:25:22:0:0 chr15 72879653 . A ATTG 451.95 PASS AF=0.829268;AO=33;DP=41;FAO=34;FDP=41;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.00414495;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=256.562;QD=44.0928;RBI=0.00919256;REFB=0.00254237;REVB=0.00820504;RO=7;SAF=12;SAR=21;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164347;STB=0.582433;STBP=0.026;TYPE=ins;VARB=-0.000421271;OID=.;OPOS=72879654;OREF=-;OALT=TTG;OMAPALT=ATTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.829268:33:41:34:41:7:13:21:6:1:41:7:12:21:6:1 chr15 72987588 . G T 617.55 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.154769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5179;QD=58.8145;RBI=0.157359;REFB=0.0117722;REVB=-0.0284326;RO=1;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184012;STB=0.509799;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.0078408;OID=.;OPOS=72987588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:25:16:0:1:25:16:0:1 chr15 73002035 . G A 747.3 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00771647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.694;QD=56.3996;RBI=0.0187688;REFB=0;REVB=0.0171092;RO=0;SAF=33;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158414;OID=.;OPOS=73002035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:19:33:0:0:19:34:0:0 chr15 73023937 . T C 1569.3 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0232235;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.7076;QD=58.6654;RBI=0.0256081;REFB=-0.041209;REVB=0.0107909;RO=0;SAF=44;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503999;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000418963;OID=.;OPOS=73023937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:0:1:106:106:0.990654:62:44:0:0:62:44:0:1 chr15 73067234 . T A,C 541.73 PASS AF=0.0540541,0.945946;AO=2,35;DP=37;FAO=2,35;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=2,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014805,0.00843399;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.703,145.482;QD=58.5649;RBI=0.0250566,0.0264851;REFB=0,0;REVB=-0.020215,0.0251064;RO=0;SAF=0,15;SAR=2,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.137997,0.00243385;OID=.,.;OPOS=73067234,73067234;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:37:37:0:0:2,35:2,35:0.0540541,0.945946:2,20:0,15:0:0:2,20:0,15:0:0 chr15 73541513 . A G 753.4 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0279758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.0425;QD=61.5024;RBI=0.033834;REFB=0.019093;REVB=-0.0190288;RO=1;SAF=22;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209034;STB=0.511106;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=-0.000965279;OID=.;OPOS=73541513;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:26:22:1:0:26:22:1:0 chr15 73545732 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191788;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.504;QD=49.5975;RBI=0.0246751;REFB=0;REVB=0.0155252;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.01921e-05;OID=.;OPOS=73545732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:6:11:0:0:6:12:0:0 chr15 73564881 . C T 851.22 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.694;QD=57.7099;RBI=0.0343125;REFB=0;REVB=0.0271895;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110441;OID=.;OPOS=73564881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr15 73614114 . T C 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0435519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.097;QD=56.1899;RBI=0.0752214;REFB=0;REVB=0.061331;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179144;OID=.;OPOS=73614114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr15 73614834 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0497838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.093;QD=35.5759;RBI=0.0507679;REFB=0;REVB=-0.00994766;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000632809;OID=.;OPOS=73614834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr15 74005246 . CT CC,C 68.34 PASS AF=0,0.72;AO=2,13;DP=25;FAO=0,18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=0,10;FSAR=0,8;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0502788,0.193521;FXX=0.0384468;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=16.6244,7.39636;QD=10.9342;RBI=0.0801881,0.196686;REFB=0.0303983,0.0265558;REVB=0.0624673,0.0351379;RO=7;SAF=1,8;SAR=1,5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.224092,0.204544;STB=0.5,0.535674;STBP=1,0.619;TYPE=snp,del;VARB=-0.0250942,0.0647696;OID=.,.;OPOS=74005247,74005247;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.72:2,13:25:0,18:25:7:0,10:0,8:3:4:19:7:1,8:1,5:2:5 chr15 74032783 . A G 214.23 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0345728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2361;QD=45.1012;RBI=0.0399849;REFB=-0.0366009;REVB=0.0200876;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526287;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0142001;OID=.;OPOS=74032783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:19:0:1:18:18:0.947368:9:9:0:0:9:9:1:0 chr15 74176557 . G A 40.07 PASS AF=0.14;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.0290289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.922;QD=3.20556;RBI=0.0304891;REFB=-0.00431023;REVB=-0.00932236;RO=42;SAF=2;SAR=5;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360651;STB=0.760172;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.022665;OID=.;OPOS=74176557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:50:42:43:7:7:0.14:5:2:25:17:5:2:26:17 chr15 74244344 . C T 594.52 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.783;QD=60.9765;RBI=0.0179262;REFB=0;REVB=0.00415435;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51771e-05;OID=.;OPOS=74244344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chr15 74275676 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.86;QD=42.1826;RBI=0.0739396;REFB=0;REVB=0.0377413;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104316;OID=.;OPOS=74275676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr15 74277795 . T C 2112.62 PASS AF=1;AO=133;DP=134;FAO=136;FDP=136;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00589619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.909;QD=62.136;RBI=0.00781154;REFB=0;REVB=0.00512397;RO=0;SAF=69;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03292e-05;OID=.;OPOS=74277795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:134:136:0:0:133:136:1:64:69:0:0:64:72:0:0 chr15 74328116 . A G 274.56 PASS AF=0.821429;AO=23;DP=27;FAO=23;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0100353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2162;QD=39.2221;RBI=0.124787;REFB=0.0175195;REVB=-0.124383;RO=4;SAF=15;SAR=8;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108645;STB=0.57137;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.00598645;OID=.;OPOS=74328116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:27:28:4:5:23:23:0.821429:8:15:4:0:8:15:5:0 chr15 74328206 . G C 193.39 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.113658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.083;QD=40.7136;RBI=0.114626;REFB=-0.0285937;REVB=0.014864;RO=2;SAF=8;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101507;STB=0.55549;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00205736;OID=.;OPOS=74328206;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:19:19:2:2:17:17:0.894737:9:8:2:0:9:8:2:0 chr15 74356031 . C A 263.99 PASS AF=0.793103;AO=21;DP=27;FAO=23;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0412171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5728;QD=36.4118;RBI=0.0422799;REFB=-0.0698001;REVB=-0.00942042;RO=6;SAF=8;SAR=13;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504888;STB=0.513666;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0724123;OID=.;OPOS=74356031;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:27:29:6:6:21:23:0.793103:13:8:3:3:13:10:3:3 chr15 74368293 . A G 372.08 PASS AF=0.673077;AO=34;DP=54;FAO=35;FDP=52;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00968014;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0171;QD=28.6213;RBI=0.047592;REFB=0.0156163;REVB=-0.0465972;RO=15;SAF=14;SAR=20;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106926;STB=0.543282;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.00292781;OID=.;OPOS=74368293;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:52:15:17:34:35:0.673077:20:14:9:6:21:14:9:8 chr15 74368297 . C G 401.54 PASS AF=0.685185;AO=37;DP=54;FAO=37;FDP=54;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0250772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2196;QD=29.744;RBI=0.0395603;REFB=0.00886849;REVB=0.0305966;RO=17;SAF=14;SAR=23;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905683;STB=0.549298;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=-0.00743733;OID=.;OPOS=74368297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:17:17:37:37:0.685185:23:14:9:8:23:14:9:8 chr15 74467856 . G A 255.2 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.573;QD=51.0403;RBI=0.0642944;REFB=0;REVB=0.0590081;RO=0;SAF=16;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00057027;OID=.;OPOS=74467856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:4:16:0:0:4:16:0:0 chr15 74473167 . A AG 35.68 PASS AF=0.233333;AO=9;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.00274986;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=92.2339;QD=4.75752;RBI=0.00865947;REFB=0.000391353;REVB=-0.00821125;RO=21;SAF=3;SAR=6;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457994;STB=0.811223;STBP=0.086;TYPE=ins;VARB=-0.0243001;OID=.;OPOS=74473168;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.233333:9:30:7:30:23:2:5:17:6:35:21:3:6:16:5 chr15 74622549 . G T 41.17 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=43;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.00323729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.687;QD=3.74234;RBI=0.0405214;REFB=-0.000547261;REVB=-0.0403919;RO=36;SAF=1;SAR=6;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480713;STB=0.832325;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.00885793;OID=.;OPOS=74622549;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:44:36:37:7:7:0.159091:6:1:19:17:6:1:19:18 chr15 74703929 . T C 53.62 PASS AF=0.147059;AO=10;DP=68;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=0.00627892;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.533;QD=3.15437;RBI=0.0175026;REFB=-0.00201763;REVB=0.0163375;RO=58;SAF=7;SAR=3;SRF=33;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171042;STB=0.620003;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0105757;OID=.;OPOS=74703929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:68:68:58:58:10:10:0.147059:3:7:33:25:3:7:33:25 chr15 74710593 . C T 55.73 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=18;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00215585;FXX=0.0526039;HRUN=5;LEN=1;MLLD=146.97;QD=12.3848;RBI=0.0117902;REFB=-0.0352209;REVB=-0.0115914;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27543;STB=0.666172;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0146107;OID=.;OPOS=74710593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:20:18:9:9:6:6:0.333333:3:3:2:7:3:3:2:7 chr15 74749015 . A G 791.53 PASS AF=0.926471;AO=41;DP=60;FAO=63;FDP=68;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0120133;FXX=0.0144907;HRUN=7;LEN=1;MLLD=102.5;QD=46.5608;RBI=0.0348635;REFB=0.0115636;REVB=0.0327283;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521488;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00457281;OID=.;OPOS=74749015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:60:68:0:5:41:63:0.926471:18:23:0:0:32:31:1:4 chr15 74888196 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.842;QD=37.4885;RBI=0.029571;REFB=0;REVB=-0.0269603;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000538584;OID=.;OPOS=74888196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr15 74889163 . C T 920.09 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0797059;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3564;QD=58.4181;RBI=0.0870878;REFB=0;REVB=0.0350893;RO=0;SAF=43;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.32015e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000425545;OID=.;OPOS=74889163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:19:43:0:0:20:43:0:0 chr15 75012985 . T C 630.91 PASS AF=0.862069;AO=49;DP=58;FAO=50;FDP=58;FR=.;FRO=8;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00652265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.827;QD=43.5113;RBI=0.00942125;REFB=-0.0510058;REVB=-0.00679817;RO=8;SAF=21;SAR=28;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190838;STB=0.508377;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.00898404;OID=.;OPOS=75012985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:58:58:8:8:49:50:0.862069:28:21:4:4:28:22:4:4 chr15 75047426 . C T 45.36 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.00810571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.612;QD=8.24671;RBI=0.0106383;REFB=-0.0170449;REVB=0.00688996;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123921;STB=0.576071;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.043105;OID=.;OPOS=75047426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:5:2:3:12:5:2:3:12 chr15 75131661 . A G 34.47 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=31;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.0074207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.877;QD=4.30824;RBI=0.0138099;REFB=-0.00361991;REVB=-0.0116468;RO=25;SAF=1;SAR=5;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.535347;STB=0.864279;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00663886;OID=.;OPOS=75131661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:31:32:25:26:6:6:0.1875:5:1:16:9:5:1:17:9 chr15 75197551 . GC G 79.36 PASS AF=0.485714;AO=14;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0713698;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.8373;QD=9.06963;RBI=0.0817869;REFB=-0.0510626;REVB=0.0399431;RO=18;SAF=13;SAR=1;SRF=5;SRR=13;SSEN=0.243056;SSEP=0;SSSB=0.6972;STB=0.796785;STBP=0.004;TYPE=del;VARB=0.0472179;OID=.;OPOS=75197552;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.485714:14:35:17:35:18:14:3:5:13:79:18:13:1:5:13 chr15 75305040 . A G 660.07 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184293;FXX=0.0454442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.435;QD=62.8639;RBI=0.0272442;REFB=0;REVB=0.0200651;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000172109;OID=.;OPOS=75305040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr15 75310861 . C T 1013.36 PASS AF=0.890244;AO=73;DP=82;FAO=73;FDP=82;FR=.;FRO=9;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0233648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6961;QD=49.4322;RBI=0.0251362;REFB=0.0303498;REVB=-0.0092692;RO=9;SAF=33;SAR=40;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481968;STB=0.525578;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.00461442;OID=.;OPOS=75310861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:82:82:9:9:73:73:0.890244:40:33:2:7:40:33:2:7 chr15 75312715 . C G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361403;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.118;QD=51.9164;RBI=0.086797;REFB=0;REVB=-0.0789152;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000325637;OID=.;OPOS=75312715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr15 75336729 . A G 741.99 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0271376;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.795;QD=57.076;RBI=0.0273669;REFB=0;REVB=-0.00353501;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000387125;OID=.;OPOS=75336729;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:30:21:0:0:31:21:0:0 chr15 75498548 . A G 740.24 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.375;QD=56.9414;RBI=0.0139515;REFB=0;REVB=-0.00351831;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.86952e-05;OID=.;OPOS=75498548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:25:26:0:0:26:26:0:0 chr15 75499602 . C A 437.81 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0745346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.819;QD=56.4917;RBI=0.083433;REFB=0;REVB=0.0374922;RO=0;SAF=6;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00236454;OID=.;OPOS=75499602;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:24:6:0:0:24:7:0:0 chr15 75499619 . T C 445.27 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.091;QD=57.4545;RBI=0.0178949;REFB=0;REVB=0.00403206;RO=0;SAF=5;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135473;OID=.;OPOS=75499619;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:24:5:0:0:25:6:0:0 chr15 75499861 . G A 398.21 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00362644;FXX=0.0344709;HRUN=3;LEN=1;MLLD=63.1973;QD=56.8871;RBI=0.0581235;REFB=0;REVB=0.0580102;RO=0;SAF=25;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184011;OID=.;OPOS=75499861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:3:25:0:0:3:25:0:0 chr15 75499995 . T G 54.6 PASS AF=0.113043;AO=13;DP=118;FAO=13;FDP=115;FR=.;FRO=102;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=41;FSRR=61;FWDB=-0.0314607;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.173;QD=1.89928;RBI=0.031477;REFB=-0.00306213;REVB=-0.00101089;RO=97;SAF=10;SAR=3;SRF=40;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421714;STB=0.806623;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0274599;OID=.;OPOS=75499995;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:118:115:97:102:13:13:0.113043:3:10:40:57:3:10:41:61 chr15 75503147 . G A 624.0 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=43;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0656387;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.631;QD=59.4285;RBI=0.0703298;REFB=-0.0923187;REVB=0.0252554;RO=1;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184012;STB=0.509799;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00181625;OID=.;OPOS=75503147;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:42:1:1:41:41:0.97619:25:16:0:1:25:16:0:1 chr15 75650836 . G A 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.587;QD=56.1916;RBI=0.0359112;REFB=0;REVB=0.0085231;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128739;OID=.;OPOS=75650836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr15 75932129 . G T 239.44 PASS AF=0.75;AO=21;DP=29;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.000972264;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.577;QD=34.205;RBI=0.0109628;REFB=0.00164645;REVB=0.0109196;RO=7;SAF=11;SAR=10;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217704;STB=0.511934;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=-0.000458517;OID=.;OPOS=75932129;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:29:28:7:7:21:21:0.75:10:11:4:3:10:11:4:3 chr15 76136768 . C T 1404.79 PASS AF=0.880342;AO=82;DP=118;FAO=103;FDP=117;FR=.;FRO=14;FSAF=44;FSAR=59;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0523809;FXX=0.00847386;HRUN=5;LEN=1;MLLD=221.186;QD=48.0269;RBI=0.0530508;REFB=0.0408231;REVB=0.00840413;RO=0;SAF=27;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.534736;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.000323249;OID=.;OPOS=76136768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:118:117:0:14:82:103:0.880342:55:27:0:0:59:44:10:4 chr15 76191802 . G A 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.253;QD=57.0004;RBI=0.0228203;REFB=0;REVB=0.00857885;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.42794e-05;OID=.;OPOS=76191802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:30:24:0:0:30:24:0:0 chr15 76298132 . A G 167.86 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.102293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.773;QD=41.964;RBI=0.12469;REFB=-0.0931828;REVB=0.0712997;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571326;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0146053;OID=.;OPOS=76298132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:16:16:0:1:15:15:0.9375:12:3:0:0:12:3:1:0 chr15 76496232 . G A 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4368;QD=55.6531;RBI=0.0451778;REFB=0;REVB=-0.0102874;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000768642;OID=.;OPOS=76496232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr15 76496340 . C T 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0570833;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=150.438;QD=21.1675;RBI=0.062549;REFB=-0.0109675;REVB=-0.0255709;RO=2;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174483;STB=0.636015;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00648949;OID=.;OPOS=76496340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:2:3:7:7:0.7:4:3:0:2:4:3:0:3 chr15 76496977 . G C 1110.49 PASS AF=0.986667;AO=73;DP=76;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0146868;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.105;QD=59.2259;RBI=0.0151018;REFB=0.0758156;REVB=-0.00351591;RO=1;SAF=43;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108744;STB=0.505746;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=8.93369e-06;OID=.;OPOS=76496977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:75:1:1:73:74:0.986667:30:43:1:0:31:43:1:0 chr15 76630303 . T C,G 1569.3 PASS AF=0.943925,0.0560748;AO=101,6;DP=107;FAO=101,6;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=14,4;FSAR=87,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0404523,-0.044374;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=141.857,93.528;QD=58.6656;RBI=0.0466204,0.0464261;REFB=0,0;REVB=0.0231749,0.0136504;RO=0;SAF=14,4;SAR=87,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000136852,0.0692146;OID=.,.;OPOS=76630303,76630303;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:107:107:0:0:101,6:101,6:0.943925,0.0560748:87,2:14,4:0:0:87,2:14,4:0:0 chr15 76634680 . T C 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00625752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.072;QD=58.1397;RBI=0.013886;REFB=0;REVB=0.0123961;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.37124e-05;OID=.;OPOS=76634680;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr15 76673716 . T C 1365.65 PASS AF=0.957447;AO=90;DP=94;FAO=90;FDP=94;FR=.;FRO=4;FSAF=63;FSAR=27;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.000793858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.008;QD=58.1126;RBI=0.0115322;REFB=-0.0248735;REVB=0.0115048;RO=3;SAF=63;SAR=27;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220345;STB=0.515381;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.000329323;OID=.;OPOS=76673716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:94:94:3:4:90:90:0.957447:27:63:3:0:27:63:4:0 chr15 76726465 . G T 1444.17 PASS AF=0.944444;AO=102;DP=108;FAO=102;FDP=108;FR=.;FRO=6;FSAF=55;FSAR=47;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0102155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9186;QD=53.4876;RBI=0.0113882;REFB=0.0141495;REVB=-0.00503326;RO=5;SAF=55;SAR=47;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00541718;STB=0.507131;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.000815581;OID=.;OPOS=76726465;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:108:108:5:6:102:102:0.944444:47:55:3:2:47:55:4:2 chr15 77324879 . GA G,GG 637.3 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=5,37;DP=42;FAO=3,39;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=1,14;FSAR=2,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100411,0.00756297;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=321.208,334.114;QD=60.6956;RBI=0.0227989,0.0196521;REFB=0,0;REVB=0.0204687,0.0181386;RO=0;SAF=1,14;SAR=4,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.91909e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0349225,-0.000785067;OID=.,.;OPOS=77324880,77324880;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0714286,0.928571:5,37:42:3,39:42:0:1,14:2,25:0:0:9:0:1,14:4,23:0:0 chr15 77325279 . C T 1370.36 PASS AF=0.892857;AO=100;DP=115;FAO=100;FDP=112;FR=.;FRO=12;FSAF=40;FSAR=60;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.00335281;FXX=0.0260847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.106;QD=48.9413;RBI=0.0248384;REFB=-0.0333627;REVB=0.024611;RO=11;SAF=40;SAR=60;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106129;STB=0.501858;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00326408;OID=.;OPOS=77325279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:115:112:11:12:100:100:0.892857:60:40:5:6:60:40:5:7 chr15 77344793 . T A 38.3 PASS AF=0.117647;AO=8;DP=68;FAO=8;FDP=68;FR=.;FRO=60;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=-0.00451375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.969;QD=2.25287;RBI=0.0117333;REFB=-0.000850385;REVB=-0.0108304;RO=60;SAF=1;SAR=7;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.516639;STB=0.880364;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0128401;OID=.;OPOS=77344793;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:68:68:60:60:8:8:0.117647:7:1:34:26:7:1:34:26 chr15 77907145 . G A 481.0 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.169;QD=58.3029;RBI=0.0465067;REFB=0;REVB=0.00511143;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250618;OID=.;OPOS=77907145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr15 77907535 . C G 858.23 PASS AF=1;AO=59;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0064097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.604;QD=56.2771;RBI=0.0191261;REFB=-0.0743441;REVB=-0.0180201;RO=0;SAF=21;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121749;OID=.;OPOS=77907535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:61:61:0:0:59:61:1:38:21:0:0:39:22:0:0 chr15 77907775 . T C 494.5 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00893607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.757;QD=56.5137;RBI=0.0581394;REFB=-0.107174;REVB=0.0574486;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117545;OID=.;OPOS=77907775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:35:35:0:0:34:35:1:15:19:0:0:16:19:0:0 chr15 77907784 . G A 590.24 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.88;QD=60.5375;RBI=0.0243642;REFB=0;REVB=-0.00266293;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.05619e-05;OID=.;OPOS=77907784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:19:19:0:0:20:19:0:0 chr15 78207558 . C T 484.78 PASS AF=0.788462;AO=41;DP=53;FAO=41;FDP=52;FR=.;FRO=11;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0441935;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.204;QD=37.2907;RBI=0.0510894;REFB=-0.0216223;REVB=0.0256332;RO=11;SAF=18;SAR=23;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0061831;STB=0.503329;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.00402637;OID=.;OPOS=78207558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:53:52:11:11:41:41:0.788462:23:18:5:6:23:18:5:6 chr15 78207625 . A G 554.9 PASS AF=0.833333;AO=40;DP=48;FAO=40;FDP=48;FR=.;FRO=8;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0239517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5861;QD=46.2413;RBI=0.0246025;REFB=-0.000132285;REVB=-0.0056214;RO=8;SAF=18;SAR=22;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156406;STB=0.508399;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.000277784;OID=.;OPOS=78207625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:48:48:8:8:40:40:0.833333:22:18:4:4:22:18:4:4 chr15 78208021 . T C 298.49 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.018396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2705;QD=22.9605;RBI=0.0839576;REFB=-0.0230972;REVB=-0.0819174;RO=19;SAF=19;SAR=11;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116729;STB=0.596793;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0087915;OID=.;OPOS=78208021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:52:19:22:30:30:0.576923:11:19:9:10:11:19:9:13 chr15 78208236 . A G 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.00408104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.173;QD=12.6376;RBI=0.0120587;REFB=-0.0284871;REVB=-0.0113471;RO=21;SAF=8;SAR=5;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578074;STB=0.533929;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0409943;OID=.;OPOS=78208236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:5:8:14:7:5:8:14:7 chr15 78208239 . T C 97.87 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00168694;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.299;QD=12.6287;RBI=0.025821;REFB=-0.00466461;REVB=-0.0257658;RO=19;SAF=8;SAR=4;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206538;STB=0.512175;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0208286;OID=.;OPOS=78208239;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:31:31:19:19:12:12:0.387097:4:8:13:6:4:8:13:6 chr15 78208833 . C T 274.38 PASS AF=0.793103;AO=23;DP=30;FAO=23;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.00428732;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.701;QD=37.8457;RBI=0.00452245;REFB=-0.00167906;REVB=-0.00143926;RO=6;SAF=13;SAR=10;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0393825;STB=0.521454;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.00141798;OID=.;OPOS=78208833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:30:29:6:6:23:23:0.793103:10:13:4:2:10:13:4:2 chr15 78208880 . G A 287.28 PASS AF=0.8;AO=24;DP=30;FAO=24;FDP=30;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0179263;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4617;QD=38.3041;RBI=0.0273028;REFB=-0.0824826;REVB=0.0205934;RO=6;SAF=8;SAR=16;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0670657;STB=0.536554;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0219528;OID=.;OPOS=78208880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:6:6:24:24:0.8:16:8:3:3:16:8:3:3 chr15 78209436 . C T 271.47 PASS AF=0.648649;AO=23;DP=38;FAO=24;FDP=37;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.00414166;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.729;QD=29.3483;RBI=0.00415593;REFB=-0.0119017;REVB=-0.000344109;RO=13;SAF=13;SAR=10;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193206;STB=0.59801;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00762708;OID=.;OPOS=78209436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:13:13:23:24:0.648649:10:13:11:2:10:14:11:2 chr15 78211339 . T C 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0406746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.33;QD=12.0157;RBI=0.0499827;REFB=-0.0438503;REVB=-0.029049;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484388;STB=0.529316;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0415038;OID=.;OPOS=78211339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:5:2:2:4:5:2 chr15 78211471 . C T 575.65 PASS AF=0.753846;AO=45;DP=61;FAO=49;FDP=65;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0317754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.151;QD=35.4244;RBI=0.0636754;REFB=-0.0795327;REVB=0.0551805;RO=16;SAF=19;SAR=26;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690214;STB=0.538741;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.035203;OID=.;OPOS=78211471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:65:16:16:45:49:0.753846:26:19:9:7:29:20:9:7 chr15 78211598 . C T 499.62 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00703225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.139;QD=54.0124;RBI=0.0214524;REFB=-0.0549662;REVB=0.020267;RO=2;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0424896;STB=0.522714;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000787767;OID=.;OPOS=78211598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:21:14:0:2:21:14:0:2 chr15 78233843 . C T 408.3 PASS AF=0.911765;AO=30;DP=34;FAO=31;FDP=34;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0186899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5472;QD=48.035;RBI=0.0199311;REFB=-0.0148649;REVB=0.00692358;RO=3;SAF=13;SAR=17;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398964;STB=0.522229;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00241153;OID=.;OPOS=78233843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:34:3:3:30:31:0.911765:17:13:2:1:18:13:2:1 chr15 78234477 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0124242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8;QD=37.4875;RBI=0.0389055;REFB=0;REVB=0.0368684;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00109716;OID=.;OPOS=78234477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr15 78276594 . AC CA 540.69 PASS AF=0.926829;AO=37;DP=42;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0232153;FXX=0.0238039;HRUN=4;LEN=2;MLLD=176.949;QD=52.7499;RBI=0.0334351;REFB=-0.0654862;REVB=0.0240615;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.540519;STBP=0.072;TYPE=mnp;VARB=0.00137833;OID=.;OPOS=78276594;OREF=AC;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:42:41:0:3:37:38:0.926829:17:20:0:0:17:21:0:3 chr15 78276660 . A G 613.21 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.851;QD=61.321;RBI=0.0297584;REFB=0;REVB=-0.00392362;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.78766e-05;OID=.;OPOS=78276660;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:19:21:0:0:19:21:0:0 chr15 78369814 . CG C,CA 513.7 PASS AF=0.0285714,0.971429;AO=4,31;DP=35;FAO=1,34;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=1,22;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017,0.0174077;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=115.229,138.812;QD=58.7088;RBI=0.0180717,0.0618003;REFB=0,0;REVB=0.00613067,0.0592979;RO=0;SAF=2,21;SAR=2,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0469027,-0.00164187;OID=.,.;OPOS=78369815,78369815;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=C,CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0285714,0.971429:4,31:35:1,34:35:0:1,22:0,12:0:0:5:0:2,21:2,10:0:0 chr15 78390414 . T C 2691.96 PASS AF=0.852174;AO=195;DP=230;FAO=196;FDP=230;FR=.;FRO=34;FSAF=87;FSAR=109;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=0.00252662;FXX=0.00432882;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.001;QD=46.8167;RBI=0.00335135;REFB=-0.0548941;REVB=0.00220177;RO=33;SAF=86;SAR=109;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455508;STB=0.525862;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00854437;OID=.;OPOS=78390414;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:230:230:33:34:195:196:0.852174:109:86:20:13:109:87:21:13 chr15 78390909 . C T 379.9 PASS AF=0.789474;AO=30;DP=38;FAO=30;FDP=38;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00531396;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.775;QD=39.9893;RBI=0.0116525;REFB=0.0118494;REVB=0.0103703;RO=7;SAF=13;SAR=17;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0529867;STB=0.512536;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=-0.00204089;OID=.;OPOS=78390909;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:38:38:7:8:30:30:0.789474:17:13:2:5:17:13:3:5 chr15 78403004 . A G 676.17 PASS AF=0.961538;AO=49;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0472173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.96;QD=52.0133;RBI=0.0507267;REFB=-0.0214864;REVB=0.0185396;RO=1;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209097;STB=0.52173;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.00260096;OID=.;OPOS=78403004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:1:2:49:50:0.961538:22:27:0:1:22:28:0:2 chr15 78474476 . C T 53.65 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=66;FAO=10;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=55;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.0128637;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.638;QD=3.30151;RBI=0.177435;REFB=-0.00928498;REVB=-0.176968;RO=39;SAF=2;SAR=6;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4529;STB=0.562374;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0592464;OID=.;OPOS=78474476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:66:65:39:55:8:10:0.153846:6:2:25:14:6:4:26:29 chr15 78562942 . GCCCCAG GCCCAG,GCCCAGC,GTCCCAG 81.7 PASS AF=0.435897,0,0;AO=9,2,4;DP=39;FAO=17,0,0;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=9,0,0;FSAR=8,0,0;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0364474,-0.0354777,-0.0315722;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,3,1;MLLD=11.1084,18.6907,68.321;QD=8.37985;RBI=0.0905514,0.0355099,0.0369347;REFB=-0.0659019,-0.0251258,0.00654567;REVB=0.0828923,0.00151291,-0.0191669;RO=20;SAF=7,2,0;SAR=2,0,4;SRF=5;SRR=15;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.550764,0.640575,-0.576051;STB=0.6427,0.5,0.5;STBP=0.146,1,1;TYPE=del,mnp,snp;VARB=0.123094,0.13678,0;OID=.,.,.;OPOS=78562943,78562946,78562943;OREF=C,CAG,C;OALT=-,AGC,T;OMAPALT=GCCCAG,GCCCAGC,GTCCCAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.435897,0,0:9,2,4:39:17,0,0:39:22:9,0,0:8,0,0:6:16:78:20:7,2,0:2,0,4:5:15 chr15 78587910 . A G 1723.83 PASS AF=1;AO=109;DP=109;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.405;QD=59.9594;RBI=0.0590501;REFB=0;REVB=0.0284957;RO=0;SAF=58;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.90209e-05;OID=.;OPOS=78587910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:109:115:0:0:109:115:1:51:58:0:0:53:62:0:0 chr15 78632830 . C G 46.53 PASS AF=0.148148;AO=8;DP=55;FAO=8;FDP=54;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=14;FWDB=-0.0119265;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1963;QD=3.44683;RBI=0.0142378;REFB=-0.00339201;REVB=-0.0077764;RO=45;SAF=4;SAR=4;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26565;STB=0.666297;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0167023;OID=.;OPOS=78632830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:55:54:45:46:8:8:0.148148:4:4:32:13:4:4:32:14 chr15 78633595 . T G 41.43 PASS AF=0.173913;AO=6;DP=44;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0229739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.469;QD=3.60289;RBI=0.0230455;REFB=-0.0159237;REVB=0.00181535;RO=38;SAF=1;SAR=5;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364819;STB=0.817278;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0650945;OID=.;OPOS=78633595;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:44:46:38:38:6:8:0.173913:5:1:17:21:7:1:17:21 chr15 78758677 . G C,T 1197.33 PASS AF=0.974684,0.0253165;AO=75,3;DP=80;FAO=77,2;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=36,0;FSAR=41,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00501967,-0.0281297;FXX=0.0124984;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=116.221,45.0342;QD=60.6241;RBI=0.0195583,0.0305825;REFB=0,0;REVB=0.0189032,0.0120003;RO=0;SAF=34,1;SAR=41,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000826068,0.012348;OID=.,.;OPOS=78758677,78758677;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:80:79:0:0:75,3:77,2:0.974684,0.0253165:41,2:34,1:0:0:41,2:36,0:0:0 chr15 78780104 . T C 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308253;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.253;QD=61.6831;RBI=0.0369462;REFB=0;REVB=0.0203673;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109901;OID=.;OPOS=78780104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr15 78789488 . C T 731.34 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0067127;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.338;QD=63.5946;RBI=0.0357195;REFB=0;REVB=0.0350831;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18202e-05;OID=.;OPOS=78789488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr15 78834965 . GA G 49.3 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=16;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0436585;FXX=0.062461;HRUN=6;LEN=1;MLLD=10.6175;QD=13.1458;RBI=0.0437335;REFB=0.0614356;REVB=-0.00256147;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0.387255;SSSB=-0.032898;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0251213;OID=.;OPOS=78834966;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:8:16:10:15:5:6:4:3:2:24:6:5:3:4:2 chr15 78841220 . T C 173.14 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00425425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.511;QD=36.451;RBI=0.021816;REFB=-0.092404;REVB=0.0213972;RO=3;SAF=6;SAR=10;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0869632;STB=0.547884;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00335055;OID=.;OPOS=78841220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:3:3:16:16:0.842105:10:6:2:1:10:6:2:1 chr15 78885574 . T A 896.11 PASS AF=0.784091;AO=67;DP=86;FAO=69;FDP=88;FR=.;FRO=19;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0118448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.264;QD=40.7322;RBI=0.018802;REFB=-0.0183426;REVB=0.014602;RO=19;SAF=25;SAR=42;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438055;STB=0.525642;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.005959;OID=.;OPOS=78885574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:19:19:67:69:0.784091:42:25:9:10:44:25:9:10 chr15 78887709 . G GTCTC 563.7 PASS AF=0.684932;AO=47;DP=75;FAO=50;FDP=73;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0141458;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=4;MLLD=214.168;QD=30.8877;RBI=0.0179103;REFB=-0.0416897;REVB=0.0109852;RO=25;SAF=21;SAR=26;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12312;STB=0.540465;STBP=0.336;TYPE=ins;VARB=0.0185052;OID=.;OPOS=78887710;OREF=-;OALT=TCTC;OMAPALT=GTCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.684932:47:75:50:73:23:24:26:14:9:99:25:21:26:16:9 chr15 78911181 . T C 351.1 PASS AF=0.823529;AO=27;DP=32;FAO=28;FDP=34;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.00217093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.577;QD=41.3059;RBI=0.00554134;REFB=-0.0329609;REVB=0.00509839;RO=5;SAF=13;SAR=14;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149182;STB=0.564808;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00742245;OID=.;OPOS=78911181;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:32:34:5:6:27:28:0.823529:14:13:5:0:15:13:5:1 chr15 79058572 . T G 50.12 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.363;QD=33.4143;RBI=0.0546236;REFB=0;REVB=0.0422295;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161532;OID=.;OPOS=79058572;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr15 79058923 . G A 382.29 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00623239;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=71.4307;QD=52.729;RBI=0.126135;REFB=-0.0630803;REVB=0.125981;RO=1;SAF=18;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0251379;STB=0.513504;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00278289;OID=.;OPOS=79058923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:29:1:1:27:28:0.965517:9:18:1:0:10:18:1:0 chr15 79067055 . C T 149.97 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0139188;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.6716;QD=16.6636;RBI=0.0433309;REFB=-0.0132793;REVB=-0.0410345;RO=20;SAF=7;SAR=9;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0871019;STB=0.549939;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.021943;OID=.;OPOS=79067055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:36:20:20:16:16:0.444444:9:7:7:13:9:7:7:13 chr15 79083120 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0647882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4369;QD=46.8473;RBI=0.0675457;REFB=0;REVB=0.0191027;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00185472;OID=.;OPOS=79083120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr15 79089007 . T A,C 697.77 PASS AF=0.04,0.96;AO=2,48;DP=50;FAO=2,48;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=1,37;FSAR=1,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468957,0.0322269;FXX=0.019604;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=23.7749,68.2655;QD=55.8218;RBI=0.0659006,0.040809;REFB=0,0;REVB=0.0463,0.0250361;RO=0;SAF=1,37;SAR=1,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.14038e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0213049,0.00140767;OID=.,.;OPOS=79089007,79089007;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:50:50:0:0:2,48:2,48:0.04,0.96:1,11:1,37:0:0:1,11:1,37:0:0 chr15 79217690 . G C 437.59 PASS AF=0.96875;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.024212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2812;QD=54.6992;RBI=0.0313582;REFB=-0.181623;REVB=0.0199277;RO=1;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227272;STB=0.511104;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.013448;OID=.;OPOS=79217690;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:30:32:1:1:29:31:0.96875:20:9:0:1:22:9:0:1 chr15 79224747 . C T 61.45 PASS AF=0.178571;AO=10;DP=56;FAO=10;FDP=56;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=15;FWDB=0.0211183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.024;QD=4.38934;RBI=0.0373985;REFB=-0.0178425;REVB=-0.0308652;RO=45;SAF=2;SAR=8;SRF=31;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.556792;STB=0.850998;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0367154;OID=.;OPOS=79224747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:56:56:45:46:10:10:0.178571:8:2:31:14:8:2:31:15 chr15 79231518 . A G 421.29 PASS AF=0.75;AO=33;DP=44;FAO=33;FDP=44;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00304381;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.129;QD=38.2986;RBI=0.0353714;REFB=-0.0378183;REVB=0.0352402;RO=9;SAF=10;SAR=23;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112428;STB=0.567859;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.00481647;OID=.;OPOS=79231518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:44:44:9:11:33:33:0.75:23:10:5:4:23:10:6:5 chr15 79237247 . C G 629.3 PASS AF=0.890909;AO=49;DP=55;FAO=49;FDP=55;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.00179353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.09;QD=45.7672;RBI=0.0212819;REFB=-0.0546241;REVB=0.0212062;RO=5;SAF=13;SAR=36;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02953;STB=0.531843;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.00626025;OID=.;OPOS=79237247;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:55:55:5:6:49:49:0.890909:36:13:2:3:36:13:3:3 chr15 79237324 . C A 251.16 PASS AF=0.875;AO=21;DP=24;FAO=21;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.111603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0703;QD=41.8595;RBI=0.133755;REFB=0.0417209;REVB=0.0737235;RO=3;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119932;STB=0.565156;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=-0.00123241;OID=.;OPOS=79237324;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:24:24:3:3:21:21:0.875:10:11:0:3:10:11:0:3 chr15 79271212 . CG GA 48.72 PASS AF=0.16;AO=8;DP=50;FAO=8;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0163925;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=194.062;QD=3.89777;RBI=0.0416125;REFB=-0.00198482;REVB=0.0382477;RO=41;SAF=5;SAR=3;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119105;STB=0.516089;STBP=0.968;TYPE=mnp;VARB=0.0184095;OID=.;OPOS=79271212;OREF=CG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:50:41:42:8:8:0.16:3:5:26:15:3:5:27:15 chr15 79277247 . A C 1605.73 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.861;QD=58.926;RBI=0.0244847;REFB=0;REVB=0.0046692;RO=0;SAF=53;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227634;OID=.;OPOS=79277247;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:109:0:0:104:109:1:51:53:0:0:51:58:0:0 chr15 79606137 . G A 809.12 PASS AF=0.966667;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00301549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.818;QD=53.9415;RBI=0.0195211;REFB=-0.0392985;REVB=0.0192867;RO=1;SAF=41;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113664;STB=0.508262;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.000116401;OID=.;OPOS=79606137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:60:1:2:57:58:0.966667:16:41:1:0:17:41:1:1 chr15 79614418 . A G 1181.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00485338;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.039;QD=61.3505;RBI=0.00869449;REFB=0;REVB=0.0072138;RO=0;SAF=34;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.11157e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113106;OID=.;OPOS=79614418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:43:34:0:0:43:34:0:0 chr15 79748603 . C T 496.66 PASS AF=0.681818;AO=39;DP=60;FAO=45;FDP=66;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0276938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4862;QD=30.1005;RBI=0.035555;REFB=-0.0520571;REVB=0.0222982;RO=21;SAF=12;SAR=27;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120172;STB=0.524989;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0147842;OID=.;OPOS=79748603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:66:21:21:39:45:0.681818:27:12:10:11:27:18:10:11 chr15 79749155 . C T 67.35 PASS AF=0.171429;AO=12;DP=69;FAO=12;FDP=70;FR=.;FRO=58;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=25;FWDB=-0.0085817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.253;QD=3.84834;RBI=0.0105024;REFB=-0.00383468;REVB=0.00605433;RO=56;SAF=8;SAR=4;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146833;STB=0.585711;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00976722;OID=.;OPOS=79749155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:69:70:56:58:12:12:0.171429:4:8:31:25:4:8:33:25 chr15 79750256 . A G 34.42 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0303093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.8132;QD=4.30311;RBI=0.0304511;REFB=0.000864012;REVB=0.00293588;RO=26;SAF=3;SAR=3;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233843;STB=0.65578;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.00717368;OID=.;OPOS=79750256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:3:3:8:18:3:3:8:18 chr15 79750307 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.619;QD=51.1846;RBI=0.0387218;REFB=0;REVB=-0.0319309;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112765;OID=.;OPOS=79750307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr15 79755604 . A G 426.46 PASS AF=0.693878;AO=34;DP=49;FAO=34;FDP=49;FR=.;FRO=15;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0226335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.836;QD=34.8133;RBI=0.0226345;REFB=-4.23939e-05;REVB=0.000219174;RO=13;SAF=20;SAR=14;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143374;STB=0.598029;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.000105533;OID=.;OPOS=79755604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:13:15:34:34:0.693878:14:20:4:9:14:20:4:11 chr15 79764054 . TTG T,TT,TTT 449.01 PASS AF=0,0.82,0;AO=7,13,15;DP=58;FAO=0,41,0;FDP=50;FR=.;FRO=9;FSAF=0,28,0;FSAR=0,13,0;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0113072,-0.0109155,-0.0105203;FXX=0.0565931;HRUN=2,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=134.624,137.058,135.389;QD=35.9205;RBI=0.174261,0.194938,0.19067;REFB=-0.047153,-0.0465517,-0.045228;REVB=0.173894,0.194632,0.19038;RO=19;SAF=4,11,12;SAR=3,2,3;SRF=6;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.288006,0.558288,0.483408;STB=0.5,0.547802,0.5;STBP=1,0.182,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0226684,0.00570709,-0.0241486;OID=.,.,.;OPOS=79764055,79764056,79764056;OREF=TG,G,G;OALT=-,-,T;OMAPALT=T,TT,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.82,0:7,13,15:58:0,41,0:50:9:0,28,0:0,13,0:4:5:52:19:4,11,12:3,2,3:6:13 chr15 80215300 . T C 556.98 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.981;QD=60.2139;RBI=0.0352007;REFB=0;REVB=-0.0298737;RO=0;SAF=18;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.03017e-05;OID=.;OPOS=80215300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:19:18:0:0:19:18:0:0 chr15 80216532 . A T 724.13 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0178929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.476;QD=54.6514;RBI=0.0299296;REFB=0.016748;REVB=0.0239922;RO=0;SAF=9;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39e-08;STB=0.50588;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.000873262;OID=.;OPOS=80216532;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:53:0:1:51:52:0.981132:42:9:0:0:42:10:0:1 chr15 80216964 . G A 215.15 PASS AF=0.826087;AO=19;DP=23;FAO=19;FDP=23;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.026904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9213;QD=37.4175;RBI=0.0506899;REFB=-0.00532045;REVB=-0.0429609;RO=4;SAF=10;SAR=9;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0875758;STB=0.547895;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00144472;OID=.;OPOS=80216964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:23:23:4:4:19:19:0.826087:9:10:1:3:9:10:1:3 chr15 80217100 . A G 1571.77 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00073647;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0042;QD=64.1539;RBI=0.018939;REFB=0;REVB=0.0189247;RO=0;SAF=43;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378696;OID=.;OPOS=80217100;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:98:0:0:98:98:1:55:43:0:0:55:43:0:0 chr15 80263217 . C T 81.99 PASS AF=0.194444;AO=14;DP=71;FAO=14;FDP=72;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=34;FWDB=-0.0311572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.1136;QD=4.55527;RBI=0.0316065;REFB=-0.00517623;REVB=-0.00530998;RO=57;SAF=9;SAR=5;SRF=23;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292593;STB=0.679983;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.0300541;OID=.;OPOS=80263217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:71:72:57:58:14:14:0.194444:5:9:23:34:5:9:24:34 chr15 80263345 . A C 120.78 PASS AF=0.268657;AO=18;DP=70;FAO=18;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=49;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=22;FWDB=0.016779;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.737;QD=7.21058;RBI=0.0217304;REFB=0.0133953;REVB=0.0138085;RO=43;SAF=8;SAR=10;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791456;STB=0.577472;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.029153;OID=.;OPOS=80263345;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:67:43:49:18:18:0.268657:10:8:22:21:10:8:27:22 chr15 80263406 . C T 79.39 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0166913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6308;QD=6.90311;RBI=0.0225486;REFB=0.00622215;REVB=-0.0151605;RO=35;SAF=7;SAR=4;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116411;STB=0.573634;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.0224787;OID=.;OPOS=80263406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:35:35:11:11:0.23913:4:7:19:16:4:7:19:16 chr15 80690335 . C T 149.62 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0423991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.245;QD=11.9697;RBI=0.0437779;REFB=-0.00745123;REVB=0.0109003;RO=33;SAF=7;SAR=10;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206746;STB=0.512181;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.023388;OID=.;OPOS=80690335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:10:7:13:20:10:7:13:20 chr15 81047404 . T C 115.5 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=63;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0281789;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.5138;QD=7.21875;RBI=0.0464017;REFB=0.00171428;REVB=0.0368655;RO=46;SAF=10;SAR=7;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132414;STB=0.572927;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00444295;OID=.;OPOS=81047404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:46:47:17:17:0.265625:7:10:22:24:7:10:23:24 chr15 81047829 . C A 69.82 PASS AF=0.196429;AO=11;DP=55;FAO=11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.00976124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.857;QD=4.98689;RBI=0.0101302;REFB=2.19218e-06;REVB=0.00270927;RO=42;SAF=1;SAR=10;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.435788;STB=0.812688;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=1.02756e-05;OID=.;OPOS=81047829;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:55:56:42:45:11:11:0.196429:10:1:14:28:10:1:16:29 chr15 81212521 . T C 1003.74 PASS AF=0.840909;AO=73;DP=87;FAO=74;FDP=88;FR=.;FRO=14;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.057634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.097;QD=45.6243;RBI=0.0584453;REFB=-0.0176967;REVB=-0.00970443;RO=14;SAF=36;SAR=37;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00206964;STB=0.502151;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.00290774;OID=.;OPOS=81212521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:87:88:14:14:73:74:0.840909:37:36:7:7:38:36:7:7 chr15 81212607 . C CA 366.81 PASS AF=1;AO=3;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119308;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=206.794;QD=50.5946;RBI=0.119322;REFB=0;REVB=-0.00183909;RO=25;SAF=1;SAR=2;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310837;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000313398;OID=.;OPOS=81212608;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:29:29:29:0:10:19:0:0:4:25:1:2:9:16 chr15 81212608 . G A 333.85 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0365346;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=235.902;QD=46.0479;RBI=0.0380168;REFB=-0.0634292;REVB=-0.0105117;RO=3;SAF=9;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00271398;STB=0.501465;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.00239997;OID=.;OPOS=81212608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:29:29:3:3:26:26:0.896552:17:9:1:2:17:9:1:2 chr15 81218024 . A G 359.66 PASS AF=0.763158;AO=29;DP=38;FAO=29;FDP=38;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00908712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.203;QD=37.8593;RBI=0.03547;REFB=-0.034608;REVB=-0.0342863;RO=9;SAF=15;SAR=14;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167316;STB=0.509085;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=0.0110396;OID=.;OPOS=81218024;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:38:38:9:9:29:29:0.763158:14:15:5:4:14:15:5:4 chr15 81440818 . C T 52.97 PASS AF=0.13253;AO=11;DP=83;FAO=11;FDP=83;FR=.;FRO=72;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=56;FWDB=0.00179234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.854;QD=2.55265;RBI=0.0252684;REFB=-0.00712041;REVB=-0.0252048;RO=71;SAF=5;SAR=6;SRF=16;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312545;STB=0.710706;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0361675;OID=.;OPOS=81440818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:83:83:71:72:11:11:0.13253:6:5:16:55:6:5:16:56 chr15 81582868 . G A 596.93 PASS AF=0.769231;AO=49;DP=64;FAO=50;FDP=65;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=39;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0048035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.499;QD=36.7339;RBI=0.0262819;REFB=-0.0287803;REVB=0.0258392;RO=15;SAF=11;SAR=38;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266153;STB=0.644565;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00974103;OID=.;OPOS=81582868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:64:65:15:15:49:50:0.769231:38:11:11:4:39:11:11:4 chr15 81600995 . A G 544.19 PASS AF=0.821429;AO=45;DP=56;FAO=46;FDP=56;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.00711431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.396;QD=38.8705;RBI=0.01108;REFB=-0.00385683;REVB=-0.00849428;RO=10;SAF=11;SAR=34;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206288;STB=0.51428;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.00100401;OID=.;OPOS=81600995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:56:56:10:10:45:46:0.821429:34:11:2:8:34:12:2:8 chr15 81624768 . C T 376.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00665755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.914;QD=55.7217;RBI=0.0353414;REFB=0;REVB=0.0347087;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165747;OID=.;OPOS=81624768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:10:16:0:0:10:17:0:0 chr15 81625336 . G A 575.05 PASS AF=0.742424;AO=49;DP=66;FAO=49;FDP=66;FR=.;FRO=17;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0164334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.635;QD=34.8514;RBI=0.0169452;REFB=-0.02209;REVB=0.00413286;RO=17;SAF=31;SAR=18;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522513;STB=0.528167;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0067224;OID=.;OPOS=81625336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:17:17:49:49:0.742424:18:31:9:8:18:31:9:8 chr15 81625385 . C T 33.19 PASS AF=0.146341;AO=6;DP=41;FAO=6;FDP=41;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=27;FSRR=8;FWDB=-0.0124571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.422;QD=3.23801;RBI=0.0260206;REFB=-0.00761382;REVB=-0.0228449;RO=35;SAF=3;SAR=3;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.343913;STB=0.731101;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.063641;OID=.;OPOS=81625385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:41:35:35:6:6:0.146341:3:3:27:8:3:3:27:8 chr15 81636267 . C T 430.04 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.412;QD=57.338;RBI=0.0543546;REFB=0;REVB=0.0133354;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131988;OID=.;OPOS=81636267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:27:30:1:17:10:0:0:18:12:0:0 chr15 81637284 . G A 129.25 PASS AF=0.157576;AO=26;DP=165;FAO=26;FDP=165;FR=.;FRO=139;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=62;FSRR=77;FWDB=-0.0301527;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.109;QD=3.13333;RBI=0.0301535;REFB=-0.00300075;REVB=-0.000218027;RO=139;SAF=11;SAR=15;SRF=62;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0298122;STB=0.519681;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0198044;OID=.;OPOS=81637284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:139:139:26:26:0.157576:15:11:62:77:15:11:62:77 chr15 82336551 . C T 54.89 PASS AF=0.141026;AO=11;DP=78;FAO=11;FDP=78;FR=.;FRO=67;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=-0.00413766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.97;QD=2.81486;RBI=0.00747329;REFB=-3.41795e-05;REVB=-0.00622333;RO=67;SAF=4;SAR=7;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124789;STB=0.587368;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.000114198;OID=.;OPOS=82336551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:78:78:67:67:11:11:0.141026:7:4:31:36:7:4:31:36 chr15 82384133 . C T 487.84 PASS AF=0.837209;AO=36;DP=43;FAO=36;FDP=43;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0280193;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7869;QD=45.3805;RBI=0.0439345;REFB=-0.0556685;REVB=-0.0338402;RO=7;SAF=18;SAR=18;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216076;STB=0.511621;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00959881;OID=.;OPOS=82384133;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:43:43:7:7:36:36:0.837209:18:18:4:3:18:18:4:3 chr15 82444437 . A G 113.6 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0244994;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.363;QD=7.97188;RBI=0.0265093;REFB=-0.00946878;REVB=-0.0101252;RO=40;SAF=9;SAR=7;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149641;STB=0.501112;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0386193;OID=.;OPOS=82444437;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:40:41:16:16:0.280702:7:9:22:18:7:9:23:18 chr15 82444663 . T C 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00990192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=316.846;QD=3.54005;RBI=0.0153481;REFB=-0.00240085;REVB=-0.0117267;RO=32;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234851;STB=0.666112;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0159525;OID=.;OPOS=82444663;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:32:32:6:6:0.157895:2:4:15:17:2:4:15:17 chr15 82456227 . T C 97.7 PASS AF=0.168224;AO=18;DP=108;FAO=18;FDP=107;FR=.;FRO=89;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=44;FSRR=45;FWDB=-0.019278;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.841;QD=3.65236;RBI=0.0470735;REFB=0.00121032;REVB=0.042945;RO=88;SAF=10;SAR=8;SRF=44;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703819;STB=0.550879;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.00466586;OID=.;OPOS=82456227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:108:107:88:89:18:18:0.168224:8:10:44:44:8:10:44:45 chr15 82512429 . C G 574.38 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438906;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.27;QD=60.4608;RBI=0.0565848;REFB=0;REVB=-0.0357134;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308184;OID=.;OPOS=82512429;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chr15 82555242 . A G 455.83 PASS AF=0.735849;AO=33;DP=53;FAO=39;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.00661076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.566;QD=34.4025;RBI=0.0743923;REFB=-0.062278;REVB=0.074098;RO=13;SAF=19;SAR=14;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0627163;STB=0.544982;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0197479;OID=.;OPOS=82555242;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:53:53:13:13:33:39:0.735849:14:19:9:4:19:20:9:4 chr15 82558034 . G C 632.72 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00731468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.502;QD=61.7287;RBI=0.00923541;REFB=0;REVB=-0.0056381;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.74383e-05;OID=.;OPOS=82558034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:27:13:0:0:27:14:0:0 chr15 82563991 . C T 572.53 PASS AF=0.8;AO=47;DP=60;FAO=48;FDP=60;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=34;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0267749;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.671;QD=38.1688;RBI=0.0669976;REFB=-0.016145;REVB=-0.0614148;RO=13;SAF=13;SAR=34;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157133;STB=0.566638;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00745012;OID=.;OPOS=82563991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:60:60:13:12:47:48:0.8:34:13:8:5:34:14:7:5 chr15 82574879 . T C 246.68 PASS AF=0.84;AO=21;DP=25;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0141479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.671;QD=39.4688;RBI=0.015828;REFB=-0.00330087;REVB=0.00709658;RO=4;SAF=7;SAR=14;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130654;STB=0.571359;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00128332;OID=.;OPOS=82574879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:25:25:4:4:21:21:0.84:14:7:3:1:14:7:3:1 chr15 82636963 . G A 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.045241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.201;QD=26.6013;RBI=0.045524;REFB=-0.065154;REVB=-0.00506891;RO=2;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14689;STB=0.583138;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00568366;OID=.;OPOS=82636963;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:5:3:0:2:5:3:0:2 chr15 82637060 . C CT 315.36 PASS AF=1;AO=4;DP=32;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0661074;FXX=0.218682;HRUN=0;LEN=1;MLLD=120.388;QD=50.4578;RBI=0.162943;REFB=0;REVB=-0.14893;RO=27;SAF=4;SAR=0;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.586032;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00489026;OID=.;OPOS=82637061;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:4:32:25:25:0:20:5:0:0:3:27:4:0:16:11 chr15 82637061 . C T 341.45 PASS AF=0.84375;AO=27;DP=32;FAO=27;FDP=32;FR=.;FRO=5;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0715656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.029;QD=42.6815;RBI=0.0860851;REFB=-0.111233;REVB=0.0478436;RO=5;SAF=16;SAR=11;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628438;STB=0.533956;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00559655;OID=.;OPOS=82637061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:32:32:5:5:27:27:0.84375:11:16:4:1:11:16:4:1 chr15 82637079 . C T 308.78 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0521417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=184.254;QD=47.5043;RBI=0.0574942;REFB=-0.219069;REVB=-0.0242246;RO=2;SAF=15;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578777;STB=0.531224;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00414983;OID=.;OPOS=82637079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:26:2:2:24:24:0.923077:9:15:2:0:9:15:2:0 chr15 83215251 . T C 379.57 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00713268;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.996;QD=56.2319;RBI=0.0425329;REFB=0;REVB=0.0419306;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024568;OID=.;OPOS=83215251;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:17:10:0:0:17:10:0:0 chr15 83224696 . C T 1617.4 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00697511;FXX=0.0180164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.753;QD=59.3541;RBI=0.0402397;REFB=-0.0703444;REVB=0.0396306;RO=1;SAF=44;SAR=64;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00735954;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000533816;OID=.;OPOS=83224696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:110:109:1:0:108:109:1:64:44:0:1:65:44:0:0 chr15 83295988 . A G 33.07 PASS AF=0.097561;AO=8;DP=82;FAO=8;FDP=82;FR=.;FRO=74;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=45;FSRR=29;FWDB=-0.0228092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.496;QD=1.61339;RBI=0.0800361;REFB=0.00113274;REVB=0.0767171;RO=72;SAF=1;SAR=7;SRF=44;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.533332;STB=0.898541;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=-0.0167376;OID=.;OPOS=83295988;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:82:82:72:74:8:8:0.097561:7:1:44:28:7:1:45:29 chr15 83297138 . C T 810.26 PASS AF=1;AO=43;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.564;QD=64.8206;RBI=0.08113;REFB=0;REVB=0.0795988;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233988;OID=.;OPOS=83297138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:43:50:1:18:25:0:0:25:25:0:0 chr15 83428193 . G A 79.17 PASS AF=0.218182;AO=12;DP=55;FAO=12;FDP=55;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=-0.00198967;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.759;QD=5.75765;RBI=0.0174986;REFB=-0.000588356;REVB=-0.0173852;RO=43;SAF=3;SAR=9;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0458714;STB=0.529361;STBP=0.851;TYPE=snp;VARB=0.00151075;OID=.;OPOS=83428193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:55:55:43:43:12:12:0.218182:9:3:12:31:9:3:12:31 chr15 83680287 . A G 153.11 PASS AF=0.2;AO=26;DP=127;FAO=26;FDP=130;FR=.;FRO=104;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=51;FSRR=53;FWDB=-0.0118842;FXX=0.00763301;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.045;QD=4.71119;RBI=0.0625155;REFB=-0.0172327;REVB=-0.0613756;RO=100;SAF=18;SAR=8;SRF=48;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273374;STB=0.665325;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.05589;OID=.;OPOS=83680287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:130:100:104:26:26:0.2:8:18:48:52:8:18:51:53 chr15 84373247 . G A 227.11 PASS AF=0.35;AO=27;DP=80;FAO=28;FDP=80;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0497219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6568;QD=11.3554;RBI=0.0498528;REFB=-0.00252102;REVB=0.00361041;RO=51;SAF=3;SAR=24;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502735;STB=0.800233;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00571979;OID=.;OPOS=84373247;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:51:52:27:28:0.35:24:3:23:28:25:3:23:29 chr15 84488636 . A G 83.2 PASS AF=0.2;AO=14;DP=70;FAO=14;FDP=70;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.0100859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.415;QD=4.75425;RBI=0.0125255;REFB=0.00115669;REVB=-0.00742713;RO=55;SAF=5;SAR=9;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0799104;STB=0.545388;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.00342813;OID=.;OPOS=84488636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:70:70:55:56:14:14:0.2:9:5:23:32:9:5:23:33 chr15 84493651 . T C 126.83 PASS AF=0.18254;AO=23;DP=125;FAO=23;FDP=126;FR=.;FRO=103;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=60;FSRR=43;FWDB=0.0443416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8993;QD=4.0264;RBI=0.0444962;REFB=-0.00390337;REVB=0.00370638;RO=102;SAF=12;SAR=11;SRF=59;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727764;STB=0.549957;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0223407;OID=.;OPOS=84493651;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:102:103:23:23:0.18254:11:12:59:43:11:12:60:43 chr15 84539619 . C G 1058.92 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.6237;QD=59.6575;RBI=0.0314582;REFB=0;REVB=-0.00962126;RO=0;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148729;OID=.;OPOS=84539619;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:69:71:1:26:43:0:0:26:45:0:0 chr15 84581889 . G A,C 692.74 PASS AF=0.895833,0.0833333;AO=43,3;DP=47;FAO=43,4;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=28,1;FSAR=15,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0665853,0.0638465;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=119.581,15.4351;QD=57.7283;RBI=0.0706246,0.0660261;REFB=-0.0827757,-0.189856;REVB=0.0235421,0.0168246;RO=0;SAF=28,0;SAR=15,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.02792e-08,0;STB=0.516121,0.571096;STBP=0.257,0.672;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00300042,0.0570519;OID=.,.;OPOS=84581889,84581889;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:16:47:48:0:1:43,3:43,4:0.895833,0.0833333:15,3:28,0:0:0:15,3:28,1:0:1 chr15 84581904 . T C 651.08 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6577;QD=62.0075;RBI=0.103529;REFB=0;REVB=0.102014;RO=0;SAF=29;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.36943e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00126543;OID=.;OPOS=84581904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:13:29:0:0:13:29:0:0 chr15 84582124 . G T 804.97 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00228116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.829;QD=64.3974;RBI=0.0313872;REFB=0;REVB=0.0313041;RO=0;SAF=10;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134926;OID=.;OPOS=84582124;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:39:10:0:0:40:10:0:0 chr15 84651290 . T C 306.24 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.577;QD=53.2591;RBI=0.0409825;REFB=0;REVB=0.0387697;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.65129e-05;OID=.;OPOS=84651290;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr15 84909385 . G A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0288957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.224;QD=16.1982;RBI=0.0525815;REFB=0.00320749;REVB=0.0439301;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.00607811;OID=.;OPOS=84909385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:1:2:3:2:1:2 chr15 85149771 . G T 870.97 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000142261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7226;QD=56.1917;RBI=0.0233197;REFB=-0.0281374;REVB=0.0233193;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.50704;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000670706;OID=.;OPOS=85149771;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:60:61:0.983871:35:25:0:0:35:26:0:1 chr15 85163998 . G C 392.63 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.035;QD=56.0901;RBI=0.0303566;REFB=0;REVB=0.0283237;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.38716e-05;OID=.;OPOS=85163998;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:13:14:0:0:14:14:0:0 chr15 85165699 . C T 455.51 PASS AF=0.76087;AO=34;DP=45;FAO=35;FDP=46;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0220965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.206;QD=39.6099;RBI=0.0220978;REFB=-0.0406802;REVB=-0.000233406;RO=11;SAF=17;SAR=17;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02051;STB=0.507458;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00888817;OID=.;OPOS=85165699;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:46:11:11:34:35:0.76087:17:17:5:6:18:17:5:6 chr15 85188994 . T C 560.3 PASS AF=0.974359;AO=34;DP=35;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0076175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7893;QD=57.4662;RBI=0.0179317;REFB=-0.138047;REVB=0.0162332;RO=1;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022804;STB=0.510199;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00161991;OID=.;OPOS=85188994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:39:1:1:34:38:0.974359:20:14:0:1:24:14:0:1 chr15 85189464 . T G 346.4 PASS AF=0.823529;AO=27;DP=34;FAO=28;FDP=34;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00951224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.166;QD=40.7525;RBI=0.0175372;REFB=0.00547845;REVB=0.0147333;RO=5;SAF=6;SAR=21;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00933233;STB=0.530098;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=-0.000852014;OID=.;OPOS=85189464;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:34:34:5:6:27:28:0.823529:21:6:1:4:22:6:2:4 chr15 85200520 . G T 562.7 PASS AF=0.82;AO=41;DP=50;FAO=41;FDP=50;FR=.;FRO=9;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.03914;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=90.8135;QD=45.0157;RBI=0.0395085;REFB=-0.0516069;REVB=0.00538387;RO=8;SAF=18;SAR=23;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198191;STB=0.50099;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0195009;OID=.;OPOS=85200520;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:50:50:8:9:41:41:0.82:23:18:3:5:23:18:4:5 chr15 85333953 . A G 838.95 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.013863;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.939;QD=55.93;RBI=0.0255027;REFB=0.125769;REVB=0.0214057;RO=1;SAF=36;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129277;STB=0.506847;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.000462386;OID=.;OPOS=85333953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:60:1:1:59:59:0.983333:23:36:1:0:23:36:1:0 chr15 85341859 . G A 100.79 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.0144794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.389;QD=8.228;RBI=0.0147866;REFB=-0.0112039;REVB=0.00299858;RO=36;SAF=5;SAR=8;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106682;STB=0.565814;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0281312;OID=.;OPOS=85341859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:36:36:13:13:0.265306:8:5:17:19:8:5:17:19 chr15 85349231 . T C 1437.63 PASS AF=0.801471;AO=109;DP=136;FAO=109;FDP=136;FR=.;FRO=27;FSAF=52;FSAR=57;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.0139135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.388;QD=42.2833;RBI=0.018051;REFB=-0.0363993;REVB=-0.0115001;RO=26;SAF=52;SAR=57;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0778199;STB=0.537584;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0110906;OID=.;OPOS=85349231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:26:27:109:109:0.801471:57:52:18:8:57:52:18:9 chr15 85360101 . T C 1246.03 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00558983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.916;QD=61.5326;RBI=0.013115;REFB=0;REVB=0.0118641;RO=0;SAF=32;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.80927e-05;OID=.;OPOS=85360101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:49:32:0:0:49:32:0:0 chr15 85383145 . C G 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0339752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.955;QD=18.7671;RBI=0.0606435;REFB=0.028494;REVB=0.0502327;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941184;STB=0.555372;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=-0.00336233;OID=.;OPOS=85383145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:3:3:1:2:3:3:1:2 chr15 85383640 . G A 460.92 PASS AF=0.85;AO=34;DP=41;FAO=34;FDP=40;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0180335;FXX=0.0243843;HRUN=5;LEN=1;MLLD=247.318;QD=46.0919;RBI=0.0433963;REFB=-0.0535583;REVB=0.0394719;RO=6;SAF=20;SAR=14;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226601;STB=0.512188;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0104369;OID=.;OPOS=85383640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:40:6:6:34:34:0.85:14:20:4:2:14:20:4:2 chr15 85383839 . G A 710.8 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0123033;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=264.626;QD=54.6771;RBI=0.0176987;REFB=-0.0884857;REVB=0.012723;RO=1;SAF=17;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0268896;STB=0.51428;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.000110546;OID=.;OPOS=85383839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:34:17:1:0:34:17:1:0 chr15 85399645 . C T 769.25 PASS AF=0.869565;AO=56;DP=66;FAO=60;FDP=69;FR=.;FRO=9;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00494756;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.519;QD=44.5942;RBI=0.0137699;REFB=-0.0236108;REVB=0.0128504;RO=9;SAF=39;SAR=17;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042417;STB=0.513424;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00508012;OID=.;OPOS=85399645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:66:69:9:9:56:60:0.869565:17:39:5:4:21:39:5:4 chr15 85401259 . C T 1403.75 PASS AF=0.960784;AO=97;DP=101;FAO=98;FDP=102;FR=.;FRO=4;FSAF=38;FSAR=60;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0217178;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=54.2577;QD=55.0489;RBI=0.0602429;REFB=-0.241535;REVB=0.0561921;RO=1;SAF=37;SAR=60;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126448;STB=0.504625;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00695015;OID=.;OPOS=85401259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:101:102:1:4:97:98:0.960784:60:37:1:0:60:38:2:2 chr15 85401419 . T C 1226.67 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.461;QD=61.3333;RBI=0.0481625;REFB=0;REVB=0.0378294;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.71098e-05;OID=.;OPOS=85401419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:80:0:0:74:80:1:34:40:0:0:40:40:0:0 chr15 85405994 . CT CC,CG,C 462.65 PASS AF=0.631579,0.0526316,0.263158;AO=23,6,5;DP=38;FAO=24,2,10;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=16,0,10;FSAR=8,2,0;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00372358,-0.130613,-0.130484;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=34.3744,9.1314,22.9825;QD=48.6996;RBI=0.0472842,0.130921,0.139818;REFB=-0.0880417,-0.0557608,-0.0762924;REVB=0.0471374,0.00896717,-0.0502291;RO=2;SAF=15,4,5;SAR=8,2,0;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0.59901;SSSB=0.0245642,0.0772509,0.749526;STB=0.514274,0.992443,0.99813;STBP=0.751,0.326,0.073;TYPE=snp,snp,del;VARB=-0.00474858,0.130812,-0.0137763;OID=.,.,.;OPOS=85405995,85405995,85405995;OREF=T,T,T;OALT=C,G,-;OMAPALT=CC,CG,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.631579,0.0526316,0.263158:23,6,5:38:24,2,10:38:2:16,0,10:8,2,0:1:1:64:2:15,4,5:8,2,0:1:1 chr15 85411941 . A G 537.08 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0623684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0438;QD=58.0622;RBI=0.0655437;REFB=0;REVB=-0.0201534;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472721;OID=.;OPOS=85411941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:35:37:1:24:11:0:0:26:11:0:0 chr15 85447431 . G A 1014.8 PASS AF=0.869048;AO=72;DP=86;FAO=73;FDP=84;FR=.;FRO=11;FSAF=33;FSAR=40;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0376982;FXX=0.0454494;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.628;QD=48.324;RBI=0.0414822;REFB=-0.0398446;REVB=0.0173093;RO=10;SAF=33;SAR=39;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326345;STB=0.512312;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.00595333;OID=.;OPOS=85447431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:86:84:10:11:72:73:0.869048:39:33:6:4:40:33:6:5 chr15 85448875 . C A 964.15 PASS AF=0.793478;AO=73;DP=92;FAO=73;FDP=92;FR=.;FRO=19;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0057374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.594;QD=41.9195;RBI=0.0164052;REFB=-0.0432982;REVB=0.0153692;RO=19;SAF=34;SAR=39;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379221;STB=0.520247;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0160642;OID=.;OPOS=85448875;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:19:19:73:73:0.793478:39:34:7:12:39:34:7:12 chr15 85467275 . C T 36.19 PASS AF=0.109589;AO=8;DP=73;FAO=8;FDP=73;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=29;FSRR=36;FWDB=0.0126576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7058;QD=1.98289;RBI=0.0266351;REFB=0.00451823;REVB=-0.0234352;RO=65;SAF=4;SAR=4;SRF=29;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634686;STB=0.547827;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=-0.052315;OID=.;OPOS=85467275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:73:73:65:65:8:8:0.109589:4:4:29:36:4:4:29:36 chr15 85476441 . G A 529.3 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0978441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.25;QD=58.8116;RBI=0.11223;REFB=0;REVB=0.0549744;RO=0;SAF=3;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000748355;OID=.;OPOS=85476441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:36:0:0:33:36:1:30:3:0:0:33:3:0:0 chr15 85478410 . A G 650.05 PASS AF=0.909091;AO=49;DP=54;FAO=50;FDP=55;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00366266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.2525;QD=47.2766;RBI=0.0203725;REFB=-0.0209796;REVB=0.0200406;RO=5;SAF=24;SAR=25;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885032;STB=0.547151;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0249571;OID=.;OPOS=85478410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:54:55:5:5:49:50:0.909091:25:24:5:0:26:24:5:0 chr15 85478696 . C T 51.48 PASS AF=0.155172;AO=9;DP=58;FAO=9;FDP=58;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=34;FWDB=-0.0361418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0585;QD=3.55;RBI=0.0409229;REFB=0.00569452;REVB=0.0191952;RO=48;SAF=6;SAR=3;SRF=14;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.437756;STB=0.778423;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.0311713;OID=.;OPOS=85478696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:58:58:48:49:9:9:0.155172:3:6:14:34:3:6:15:34 chr15 85607670 . G T 337.33 PASS AF=0.717949;AO=28;DP=39;FAO=28;FDP=39;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0129188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.383;QD=34.5976;RBI=0.0129488;REFB=-0.0379719;REVB=-0.000880858;RO=11;SAF=12;SAR=16;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061051;STB=0.533309;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0131754;OID=.;OPOS=85607670;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:11:11:28:28:0.717949:16:12:6:5:16:12:6:5 chr15 86087309 . T C 49.32 PASS AF=0.135135;AO=10;DP=74;FAO=10;FDP=74;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=43;FWDB=0.00723731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.228;QD=2.66595;RBI=0.00955345;REFB=-0.00487368;REVB=-0.00623616;RO=64;SAF=5;SAR=5;SRF=21;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215406;STB=0.648378;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0229641;OID=.;OPOS=86087309;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:74:74:64:64:10:10:0.135135:5:5:21:43:5:5:21:43 chr15 86122654 . T C 110.7 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0226978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5819;QD=26.0463;RBI=0.0252016;REFB=-0.0182627;REVB=0.0109514;RO=5;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147448;STB=0.58319;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.00590635;OID=.;OPOS=86122654;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:8:4:3:2:8:4:3:2 chr15 86122779 . T C 427.16 PASS AF=0.74;AO=37;DP=51;FAO=37;FDP=50;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00801834;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=153.805;QD=34.1731;RBI=0.00981724;REFB=-0.0204413;REVB=0.0056643;RO=13;SAF=20;SAR=17;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0010047;STB=0.500544;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00858885;OID=.;OPOS=86122779;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:13:13:37:37:0.74:17:20:7:6:17:20:7:6 chr15 86122916 . T C 524.68 PASS AF=0.8;AO=44;DP=55;FAO=44;FDP=55;FR=.;FRO=11;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0240828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.226;QD=38.1584;RBI=0.0240917;REFB=-0.0377517;REVB=-0.000654677;RO=11;SAF=20;SAR=24;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339905;STB=0.518264;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=0.0100708;OID=.;OPOS=86122916;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:55:55:11:11:44:44:0.8:24:20:6:5:24:20:6:5 chr15 86123019 . C T 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0269488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.838;QD=20.8379;RBI=0.0277696;REFB=-0.0126241;REVB=0.00670191;RO=5;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455969;STB=0.526256;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00924628;OID=.;OPOS=86123019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:6:3:2:3:6:3:2:3 chr15 86123462 . T C 493.26 PASS AF=0.787234;AO=37;DP=47;FAO=37;FDP=47;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0243439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.497;QD=41.9794;RBI=0.0298674;REFB=-0.0272131;REVB=-0.0173043;RO=10;SAF=19;SAR=18;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840763;STB=0.545326;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0056401;OID=.;OPOS=86123462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:47:47:10:10:37:37:0.787234:18:19:3:7:18:19:3:7 chr15 86123833 . T C 349.78 PASS AF=0.8;AO=28;DP=35;FAO=28;FDP=35;FR=.;FRO=7;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0237869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.798;QD=39.9747;RBI=0.0258323;REFB=-0.030791;REVB=0.0100743;RO=7;SAF=17;SAR=11;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990935;STB=0.553573;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00497709;OID=.;OPOS=86123833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:35:35:7:7:28:28:0.8:11:17:6:1:11:17:6:1 chr15 86123924 . C T 426.2 PASS AF=0.693878;AO=34;DP=49;FAO=34;FDP=49;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0011001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.247;QD=34.7921;RBI=0.0418673;REFB=-0.0352548;REVB=0.0418528;RO=13;SAF=11;SAR=23;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00924839;STB=0.520155;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00557231;OID=.;OPOS=86123924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:13:15:34:34:0.693878:23:11:4:9:23:11:4:11 chr15 86123988 . G A 536.9 PASS AF=0.829787;AO=39;DP=47;FAO=39;FDP=47;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.01601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.73;QD=45.6939;RBI=0.0216687;REFB=0.0264606;REVB=0.0146018;RO=8;SAF=13;SAR=26;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300269;STB=0.516121;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.00421756;OID=.;OPOS=86123988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:47:47:8:8:39:39:0.829787:26:13:2:6:26:13:2:6 chr15 86124419 . C T 302.53 PASS AF=0.684211;AO=26;DP=38;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0168407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.977;QD=31.8456;RBI=0.0230777;REFB=0.00337037;REVB=-0.0157788;RO=12;SAF=8;SAR=18;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163337;STB=0.58877;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=-0.00527269;OID=.;OPOS=86124419;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:38:38:12:12:26:26:0.684211:18:8:1:11:18:8:1:11 chr15 86124483 . C G 431.15 PASS AF=0.804878;AO=33;DP=41;FAO=33;FDP=41;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0436122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9181;QD=42.063;RBI=0.0519218;REFB=-0.014452;REVB=-0.0281754;RO=8;SAF=9;SAR=24;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104033;STB=0.505615;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00235154;OID=.;OPOS=86124483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:41:8:8:33:33:0.804878:24:9:2:6:24:9:2:6 chr15 86124555 . G A 550.53 PASS AF=0.833333;AO=45;DP=54;FAO=45;FDP=54;FR=.;FRO=9;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0216275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.284;QD=40.7797;RBI=0.0218406;REFB=-0.0542286;REVB=-0.00304345;RO=9;SAF=19;SAR=26;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00707026;STB=0.503789;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.0107916;OID=.;OPOS=86124555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:54:54:9:9:45:45:0.833333:26:19:4:5:26:19:4:5 chr15 86124946 . T C 124.16 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0356305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.986;QD=27.5917;RBI=0.0423527;REFB=-0.0305732;REVB=-0.0228958;RO=4;SAF=8;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0609767;STB=0.555473;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0106841;OID=.;OPOS=86124946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:4:5:13:13:0.722222:5:8:3:1:5:8:4:1 chr15 86124968 . G A 166.74 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=21;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00781367;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.644;QD=31.7593;RBI=0.00908998;REFB=-0.0609714;REVB=0.00464481;RO=4;SAF=11;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266665;STB=0.531876;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.00883267;OID=.;OPOS=86124968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:21:21:4:5:16:16:0.761905:5:11:3:1:5:11:4:1 chr15 86125031 . G A 458.46 PASS AF=0.777778;AO=35;DP=45;FAO=35;FDP=45;FR=.;FRO=10;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0103316;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=273.142;QD=40.7518;RBI=0.0114153;REFB=-0.0505123;REVB=0.00485454;RO=9;SAF=21;SAR=14;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102821;STB=0.545428;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0108511;OID=.;OPOS=86125031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:9:10:35:35:0.777778:14:21:3:6:14:21:4:6 chr15 86287867 . G A 262.72 PASS AF=0.846154;AO=22;DP=26;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0967886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2188;QD=40.4179;RBI=0.0967896;REFB=-0.0229683;REVB=0.000453182;RO=4;SAF=10;SAR=12;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129343;STB=0.507036;STBP=0.918;TYPE=snp;VARB=0.016003;OID=.;OPOS=86287867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:26:26:4:4:22:22:0.846154:12:10:2:2:12:10:2:2 chr15 86292324 . G C 752.21 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.548;QD=55.7193;RBI=0.0374769;REFB=0;REVB=0.0352741;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143164;OID=.;OPOS=86292324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:51:54:1:33:18:0:0:36:18:0:0 chr15 86313048 . T C 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.103;QD=59.4354;RBI=0.0227449;REFB=0;REVB=0.00915719;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139539;OID=.;OPOS=86313048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr15 86368898 . G A 766.45 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.3;QD=63.8708;RBI=0.0136377;REFB=0;REVB=-0.0058117;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.91529e-05;OID=.;OPOS=86368898;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr15 86368959 . A T 1096.21 PASS AF=0.927711;AO=76;DP=82;FAO=77;FDP=83;FR=.;FRO=6;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0198288;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1262;QD=52.8296;RBI=0.0268817;REFB=-0.037682;REVB=0.0181506;RO=5;SAF=36;SAR=40;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00861758;STB=0.510662;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0431926;OID=.;OPOS=86368959;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:82:83:5:6:76:77:0.927711:40:36:2:3:40:37:2:4 chr15 86807878 . C T 160.68 PASS AF=0.761905;AO=14;DP=20;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00298948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7466;QD=30.605;RBI=0.00926317;REFB=-6.60949e-05;REVB=-0.00876752;RO=4;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225438;STB=0.646877;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=-6.67731e-05;OID=.;OPOS=86807878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:20:21:4:5:14:16:0.761905:6:8:0:4:6:10:0:5 chr15 86814866 . A G 89.71 PASS AF=0.225806;AO=14;DP=63;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.0479682;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.737;QD=5.78766;RBI=0.0617075;REFB=-0.0153226;REVB=0.0388184;RO=46;SAF=7;SAR=7;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0532914;STB=0.516106;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.026024;OID=.;OPOS=86814866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:63:62:46:48:14:14:0.225806:7:7:25:21:7:7:25:23 chr15 86940622 . T C 1508.46 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.010807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.179;QD=63.5139;RBI=0.0234476;REFB=0;REVB=0.0208086;RO=0;SAF=62;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74844e-05;OID=.;OPOS=86940622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:93:95:1:31:62:0:0:33:62:0:0 chr15 87217613 . A G 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.864;QD=58.5874;RBI=0.0510082;REFB=0;REVB=-0.041605;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.90019e-05;OID=.;OPOS=87217613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr15 87531281 . A C 1491.81 PASS AF=0.981132;AO=101;DP=105;FAO=104;FDP=106;FR=.;FRO=2;FSAF=52;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0138179;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0182;QD=56.2949;RBI=0.0429103;REFB=-0.114568;REVB=0.0406246;RO=4;SAF=49;SAR=52;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019127;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00380641;OID=.;OPOS=87531281;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:105:106:4:2:101:104:0.981132:52:49:3:1:52:52:1:1 chr15 88576185 . G C 1413.85 PASS AF=0.828358;AO=102;DP=127;FAO=111;FDP=134;FR=.;FRO=23;FSAF=48;FSAR=63;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0775931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.6112;QD=42.2045;RBI=0.128318;REFB=-0.0196966;REVB=0.1022;RO=25;SAF=45;SAR=57;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000441186;STB=0.507994;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00746466;OID=.;OPOS=88576185;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:134:25:23:102:111:0.828358:57:45:11:14:63:48:11:12 chr15 88679785 . G A 796.7 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00849819;FXX=0.0499917;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.474;QD=55.9086;RBI=0.0422629;REFB=-0.112487;REVB=0.0413996;RO=0;SAF=28;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0011418;OID=.;OPOS=88679785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:57:0:1:56:56:0.982456:28:28:0:0:28:28:0:1 chr15 89002942 . TCCCA TCCA,TCCAC 93.04 PASS AF=0.36,0.0133333;AO=21,4;DP=75;FAO=27,1;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=24,1;FSAR=3,0;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.0720572,-0.0266428;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=16.4303,112.093;QD=4.96213;RBI=0.106553,0.026645;REFB=-0.0954255,0.00155165;REVB=0.078494,-0.000346861;RO=44;SAF=21,4;SAR=0,0;SRF=12;SRR=32;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.846216,0.66829;STB=0.877452,0.993411;STBP=0,0.26;TYPE=del,mnp;VARB=0.129066,0.165071;OID=.,.;OPOS=89002943,89002945;OREF=C,CA;OALT=-,AC;OMAPALT=TCCA,TCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.36,0.0133333:21,4:75:27,1:75:47:24,1:3,0:15:32:83:44:21,4:0,0:12:32 chr15 89169858 . A G 271.23 PASS AF=0.793103;AO=23;DP=29;FAO=23;FDP=29;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0112546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.671;QD=37.4106;RBI=0.0329635;REFB=-0.0353193;REVB=-0.0309827;RO=6;SAF=6;SAR=17;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244113;STB=0.633774;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00832441;OID=.;OPOS=89169858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:6:6:23:23:0.793103:17:6:5:1:17:6:5:1 chr15 89172558 . G C 528.98 PASS AF=0.863636;AO=38;DP=44;FAO=38;FDP=44;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.000492356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.076;QD=48.0893;RBI=0.0293535;REFB=-0.0508313;REVB=0.0293494;RO=6;SAF=23;SAR=15;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016388;STB=0.508789;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00597729;OID=.;OPOS=89172558;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:44:44:6:6:38:38:0.863636:15:23:4:2:15:23:4:2 chr15 89173657 . A T 269.47 PASS AF=0.884615;AO=21;DP=24;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00739566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.529;QD=41.4567;RBI=0.00768996;REFB=-0.00748958;REVB=-0.00210706;RO=3;SAF=18;SAR=3;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709996;STB=0.534855;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.00201708;OID=.;OPOS=89173657;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:24:26:3:3:21:23:0.884615:3:18:3:0:3:20:3:0 chr15 89173732 . T C 859.2 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0165172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3411;QD=54.5521;RBI=0.0185539;REFB=-0.118807;REVB=0.00845166;RO=2;SAF=35;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00451316;STB=0.502392;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00530718;OID=.;OPOS=89173732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:26:35:1:1:26:35:1:1 chr15 89174748 . G C 371.61 PASS AF=0.75;AO=30;DP=40;FAO=30;FDP=40;FR=.;FRO=10;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00803251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0802;QD=37.161;RBI=0.0446989;REFB=-0.00123663;REVB=0.0439713;RO=10;SAF=17;SAR=13;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0771552;STB=0.541918;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00163914;OID=.;OPOS=89174748;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:40:40:10:10:30:30:0.75:13:17:4:6:13:17:4:6 chr15 89193497 . A T 399.22 PASS AF=0.815789;AO=31;DP=38;FAO=31;FDP=38;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0223536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4454;QD=42.0229;RBI=0.0239458;REFB=-0.0375328;REVB=0.00858595;RO=7;SAF=18;SAR=13;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00322261;STB=0.501741;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00764777;OID=.;OPOS=89193497;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:7:7:31:31:0.815789:13:18:4:3:13:18:4:3 chr15 89195178 . G C 491.09 PASS AF=0.77551;AO=36;DP=47;FAO=38;FDP=49;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00756957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.005;QD=40.0889;RBI=0.0153754;REFB=-0.00367799;REVB=0.013383;RO=11;SAF=17;SAR=19;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0472983;STB=0.519074;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00154004;OID=.;OPOS=89195178;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:47:49:11:11:36:38:0.77551:19:17:4:7:21:17:4:7 chr15 89195245 . C T 352.53 PASS AF=0.823529;AO=28;DP=34;FAO=28;FDP=34;FR=.;FRO=6;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0770634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.257;QD=41.4738;RBI=0.0773491;REFB=-0.0249552;REVB=-0.00664166;RO=6;SAF=14;SAR=14;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108725;STB=0.558782;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00561527;OID=.;OPOS=89195245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:6:6:28:28:0.823529:14:14:5:1:14:14:5:1 chr15 89195526 . A G 398.15 PASS AF=0.711111;AO=32;DP=45;FAO=32;FDP=45;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0130207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.953;QD=35.3906;RBI=0.0223287;REFB=-0.0309082;REVB=-0.0181393;RO=12;SAF=18;SAR=14;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114963;STB=0.5515;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0163931;OID=.;OPOS=89195526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:12:13:32:32:0.711111:14:18:4:8:14:18:5:8 chr15 89391160 . C A 87.7 PASS AF=0.192308;AO=15;DP=78;FAO=15;FDP=78;FR=.;FRO=63;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.0244604;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=227.786;QD=4.4976;RBI=0.024461;REFB=-0.0040596;REVB=-0.000173824;RO=63;SAF=10;SAR=5;SRF=25;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32989;STB=0.710475;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0221311;OID=.;OPOS=89391160;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:78:78:63:63:15:15:0.192308:5:10:25:38:5:10:25:38 chr15 89392745 . T C 2071.13 PASS AF=1;AO=131;DP=136;FAO=132;FDP=132;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353458;FXX=0.0364937;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8302;QD=62.7615;RBI=0.0353492;REFB=0;REVB=0.000487381;RO=0;SAF=50;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.19503e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350307;OID=.;OPOS=89392745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:136:132:0:0:131:132:1:81:50:0:0:82:50:0:0 chr15 89398553 . C A 47.8 PASS AF=0.153846;AO=8;DP=52;FAO=8;FDP=52;FR=.;FRO=44;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=18;FWDB=-0.0220395;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6167;QD=3.67728;RBI=0.0221275;REFB=-0.00796071;REVB=-0.00197104;RO=44;SAF=1;SAR=7;SRF=26;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.553875;STB=0.882249;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00775436;OID=.;OPOS=89398553;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:52:52:44:44:8:8:0.153846:7:1:26:18:7:1:26:18 chr15 89401109 . A G 167.06 PASS AF=0.236364;AO=26;DP=111;FAO=26;FDP=110;FR=.;FRO=84;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=-0.0033836;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.752;QD=6.07487;RBI=0.00934454;REFB=0.00387706;REVB=0.00871043;RO=83;SAF=11;SAR=15;SRF=40;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.074008;STB=0.540987;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.0121142;OID=.;OPOS=89401109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:83:84:26:26:0.236364:15:11:40:43:15:11:40:44 chr15 89401615 . T G 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0089084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.382;QD=7.62911;RBI=0.0144776;REFB=-0.00797802;REVB=-0.0114123;RO=19;SAF=1;SAR=7;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379343;STB=0.767494;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0154693;OID=.;OPOS=89401615;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:19:20:8:8:0.285714:7:1:7:12:7:1:8:12 chr15 89417238 . A G 400.67 PASS AF=0.815789;AO=31;DP=38;FAO=31;FDP=38;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0201676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.986;QD=42.1754;RBI=0.026745;REFB=0.00853474;REVB=-0.0175659;RO=7;SAF=18;SAR=13;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149182;STB=0.580593;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=-0.00117132;OID=.;OPOS=89417238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:7:7:31:31:0.815789:13:18:1:6:13:18:1:6 chr15 89421327 . A G 468.1 PASS AF=0.732143;AO=41;DP=57;FAO=41;FDP=56;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00957551;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5266;QD=33.436;RBI=0.0241107;REFB=-0.0335125;REVB=0.0221278;RO=14;SAF=13;SAR=28;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171834;STB=0.51576;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0173346;OID=.;OPOS=89421327;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:14:15:41:41:0.732143:28:13:4:10:28:13:4:11 chr15 89421405 . G A 300.22 PASS AF=0.78125;AO=25;DP=32;FAO=25;FDP=32;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0568974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7326;QD=37.5276;RBI=0.0721757;REFB=-0.0369219;REVB=0.0444074;RO=6;SAF=8;SAR=17;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644306;STB=0.545959;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0105042;OID=.;OPOS=89421405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:32:32:6:7:25:25:0.78125:17:8:1:5:17:8:1:6 chr15 89422286 . C T 203.49 PASS AF=0.703704;AO=19;DP=27;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0210005;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.686;QD=30.1462;RBI=0.0216674;REFB=-0.0536133;REVB=0.00533462;RO=8;SAF=13;SAR=6;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125131;STB=0.568653;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0279945;OID=.;OPOS=89422286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:8:8:19:19:0.703704:6:13:7:1:6:13:7:1 chr15 89430506 . C T 715.4 PASS AF=0.75641;AO=57;DP=77;FAO=59;FDP=78;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0763755;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.931;QD=36.6874;RBI=0.0766881;REFB=-0.0296127;REVB=0.00691784;RO=19;SAF=23;SAR=34;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0688802;STB=0.53289;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0140767;OID=.;OPOS=89430506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:19:19:57:59:0.75641:34:23:5:14:36:23:5:14 chr15 89436244 . T C 602.36 PASS AF=0.97561;AO=41;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00633585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7578;QD=58.7663;RBI=0.11792;REFB=-0.155972;REVB=0.117749;RO=0;SAF=26;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517233;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00708432;OID=.;OPOS=89436244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:41:41:0:1:41:40:0.97561:15:26:0:0:14:26:0:1 chr15 89436295 . G A 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0066676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.953;QD=62.3503;RBI=0.0235056;REFB=0;REVB=0.0225401;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196198;OID=.;OPOS=89436295;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr15 89450003 . G A 34.19 PASS AF=0.1875;AO=7;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=20;FWDB=0.0034485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.5032;QD=4.27386;RBI=0.0234108;REFB=-0.0234747;REVB=0.0231554;RO=25;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.246386;STB=0.71816;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.106193;OID=.;OPOS=89450003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:25:26:7:6:0.1875:4:3:6:19:3:3:6:20 chr15 89450546 . C T 769.51 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.225;QD=57.0007;RBI=0.0509558;REFB=0;REVB=0.0253724;RO=0;SAF=21;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014993;OID=.;OPOS=89450546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:32:21:0:0:32:22:0:0 chr15 89450587 . G T 598.19 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189187;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.912;QD=61.3528;RBI=0.0268819;REFB=0;REVB=0.0190976;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128497;OID=.;OPOS=89450587;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr15 89739259 . G C 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0918936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.316;QD=56.7045;RBI=0.0996917;REFB=0;REVB=0.0386522;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000793642;OID=.;OPOS=89739259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr15 89740614 . C CA 353.77 PASS AF=1;AO=7;DP=65;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00693871;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=7.8067;QD=22.4613;RBI=0.0140334;REFB=0;REVB=0.012198;RO=58;SAF=3;SAR=4;SRF=23;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384313;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0101607;OID=.;OPOS=89740615;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:65:63:63:0:25:38:0:0:9:58:3:4:23:35 chr15 89740616 . G A,C 907.05 PASS AF=0.96875,0.03125;AO=57,4;DP=64;FAO=62,2;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=22,2;FSAR=40,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182494,-0.0446996;FXX=0.0302984;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=56.0085,9.55603;QD=56.6904;RBI=0.0331315,0.0802719;REFB=0,0;REVB=0.0276524,-0.0666747;RO=0;SAF=22,2;SAR=35,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00258671,0.130354;OID=.,.;OPOS=89740616,89740616;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:64:64:0:0:57,4:62,2:0.96875,0.03125:35,2:22,2:0:0:40,0:22,2:0:0 chr15 89744476 . G T 2213.0 PASS AF=1;AO=129;DP=132;FAO=141;FDP=141;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0708106;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.878;QD=62.7801;RBI=0.0708432;REFB=0;REVB=0.00214657;RO=0;SAF=53;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115525;OID=.;OPOS=89744476;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:132:141:0:0:129:141:1:76:53:0:0:78:63:0:0 chr15 89838236 . G A 992.88 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0193103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=27.3746;QD=56.7359;RBI=0.0266503;REFB=0;REVB=-0.0183672;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000266554;OID=.;OPOS=89838236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:70:0:0:66:70:1:28:38:0:0:31:39:0:0 chr15 89878377 . A T 1375.24 PASS AF=0.967742;AO=90;DP=93;FAO=90;FDP=93;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0313344;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.973;QD=59.15;RBI=0.059081;REFB=0.0387833;REVB=-0.0500871;RO=3;SAF=40;SAR=50;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275883;STB=0.51456;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=-0.000828082;OID=.;OPOS=89878377;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:93:93:3:3:90:90:0.967742:50:40:0:3:50:40:0:3 chr15 90039643 . T C 965.09 PASS AF=0.782178;AO=78;DP=100;FAO=79;FDP=101;FR=.;FRO=22;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00232102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7305;QD=38.2214;RBI=0.0309067;REFB=-0.0601268;REVB=0.0308195;RO=20;SAF=38;SAR=40;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00490447;STB=0.508523;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0152125;OID=.;OPOS=90039643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:20:22:78:79:0.782178:40:38:10:10:40:39:10:12 chr15 90126121 . C T 31.82 PASS AF=0.117647;AO=6;DP=51;FAO=6;FDP=51;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.00340074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.247;QD=2.49546;RBI=0.0167542;REFB=-0.00152984;REVB=-0.0164054;RO=44;SAF=2;SAR=4;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170968;STB=0.639527;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0375728;OID=.;OPOS=90126121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:51:51:44:45:6:6:0.117647:4:2:21:23:4:2:22:23 chr15 90128966 . C T 109.81 PASS AF=0.166667;AO=21;DP=126;FAO=21;FDP=126;FR=.;FRO=105;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=68;FSRR=37;FWDB=-0.00916659;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.1;QD=3.486;RBI=0.0386692;REFB=-0.0026666;REVB=-0.037567;RO=104;SAF=11;SAR=10;SRF=67;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156729;STB=0.604343;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0201895;OID=.;OPOS=90128966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:104:105:21:21:0.166667:10:11:67:37:10:11:68:37 chr15 90167658 . G A 82.3 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00825939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.894;QD=19.3645;RBI=0.0206501;REFB=-0.0803103;REVB=-0.0189264;RO=6;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109203;STB=0.529353;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0266881;OID=.;OPOS=90167658;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:6:7:10:10:0.588235:5:5:4:2:5:5:4:3 chr15 90176073 . C A 75.3 PASS AF=0.211538;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=52;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0665468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.05;QD=5.79227;RBI=0.0689148;REFB=-0.00880507;REVB=0.0179101;RO=41;SAF=6;SAR=5;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0805161;STB=0.551509;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.032189;OID=.;OPOS=90176073;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:52:52:41:41:11:11:0.211538:5:6:25:16:5:6:25:16 chr15 90176432 . T G 73.34 PASS AF=0.152174;AO=13;DP=91;FAO=14;FDP=92;FR=.;FRO=78;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=48;FWDB=-0.00670816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.489;QD=3.18891;RBI=0.0361744;REFB=-0.00269022;REVB=-0.035547;RO=77;SAF=7;SAR=6;SRF=30;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184732;STB=0.654337;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.015939;OID=.;OPOS=90176432;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:91:92:77:78:13:14:0.152174:6:7:30:47:6:8:30:48 chr15 90195967 . C G 1588.75 PASS AF=0.981818;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0661203;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.5738;QD=57.7727;RBI=0.0843015;REFB=0.0157515;REVB=-0.0522959;RO=1;SAF=46;SAR=62;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00759488;STB=0.507935;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=-0.000468904;OID=.;OPOS=90195967;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:110:110:1:2:108:108:0.981818:62:46:0:1:62:46:0:2 chr15 90196008 . C T 489.28 PASS AF=0.763636;AO=41;DP=54;FAO=42;FDP=55;FR=.;FRO=13;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0199867;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.687;QD=35.5839;RBI=0.0271978;REFB=-0.010469;REVB=0.0184459;RO=13;SAF=22;SAR=19;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677903;STB=0.532856;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.00720949;OID=.;OPOS=90196008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:54:55:13:13:41:42:0.763636:19:22:5:8:20:22:5:8 chr15 90210257 . G A 92.99 PASS AF=0.149606;AO=19;DP=127;FAO=19;FDP=127;FR=.;FRO=108;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=51;FSRR=57;FWDB=-0.0152179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.847;QD=2.92889;RBI=0.0178614;REFB=-0.00586434;REVB=-0.00935125;RO=107;SAF=12;SAR=7;SRF=51;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195756;STB=0.635094;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0264697;OID=.;OPOS=90210257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:127:127:107:108:19:19:0.149606:7:12:51:56:7:12:51:57 chr15 90226947 . C A 95.54 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=13;FWDB=-0.0237035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1363;QD=7.34886;RBI=0.0662866;REFB=0.00620704;REVB=-0.0619036;RO=38;SAF=7;SAR=6;SRF=25;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147758;STB=0.598044;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.0233567;OID=.;OPOS=90226947;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:38:39:13:13:0.25:6:7:25:13:6:7:26:13 chr15 90344352 . T C 52.9 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0323257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3524;QD=21.1589;RBI=0.0644661;REFB=-0.0254323;REVB=-0.0557757;RO=3;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505826;STB=0.529328;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0158304;OID=.;OPOS=90344352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:3:4:2:1:3:4:2:1 chr15 90346861 . C T 400.65 PASS AF=0.815789;AO=31;DP=38;FAO=31;FDP=38;FR=.;FRO=7;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.090741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.747;QD=42.1739;RBI=0.0910872;REFB=-0.0369536;REVB=-0.00793395;RO=7;SAF=21;SAR=10;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143901;STB=0.57793;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00380003;OID=.;OPOS=90346861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:7:7:31:31:0.815789:10:21:2:5:10:21:2:5 chr15 90349558 . C T 529.55 PASS AF=0.775862;AO=45;DP=58;FAO=45;FDP=58;FR=.;FRO=13;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0118373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.428;QD=36.5206;RBI=0.0119515;REFB=-0.0315334;REVB=0.00164816;RO=12;SAF=28;SAR=17;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05403;STB=0.516837;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0108311;OID=.;OPOS=90349558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:58:58:12:13:45:45:0.775862:17:28:9:3:17:28:9:4 chr15 90623052 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0612527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.045;QD=44.6888;RBI=0.0623162;REFB=0;REVB=0.0114637;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000768615;OID=.;OPOS=90623052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr15 90628536 . C CA 193.08 PASS AF=1;AO=4;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0668238;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=31.5537;QD=38.6152;RBI=0.102481;REFB=-0.104245;REVB=0.077698;RO=16;SAF=2;SAR=2;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0151049;OID=.;OPOS=90628537;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:4:20:20:20:0:10:10:0:0:3:16:2:2:8:8 chr15 90628537 . G A 135.65 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0875266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5374;QD=27.129;RBI=0.103751;REFB=-0.0461522;REVB=0.055707;RO=6;SAF=8;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127659;STB=0.571326;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.014185;OID=.;OPOS=90628537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:6:8:2:4:6:8:2:4 chr15 90764219 . G A 36.19 PASS AF=0.109589;AO=8;DP=73;FAO=8;FDP=73;FR=.;FRO=65;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=-0.0161274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=279.104;QD=1.98285;RBI=0.0162854;REFB=0.000508519;REVB=-0.00226315;RO=65;SAF=5;SAR=3;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119794;STB=0.509068;STBP=0.993;TYPE=snp;VARB=-0.00399581;OID=.;OPOS=90764219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:73:73:65:65:8:8:0.109589:3:5:40:25:3:5:40:25 chr15 90768320 . C T 920.1 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00148611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.608;QD=58.4191;RBI=0.0490532;REFB=0;REVB=0.0490306;RO=0;SAF=17;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000141723;OID=.;OPOS=90768320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:46:17:0:0:46:17:0:0 chr15 90771749 . GT G,GC,GG 754.0 PASS AF=0.74,0,0.26;AO=22,11,16;DP=49;FAO=37,0,13;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0,8;FSAR=26,0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244663,0.0229606,0.0151846;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=105.621,94.0801,102.133;QD=60.3198;RBI=0.0251267,0.0231043,0.0160123;REFB=0,0,0;REVB=0.00572278,0.00257253,0.00508154;RO=0;SAF=4,6,9;SAR=18,5,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.00582255,-0.0330287,-0.00681313;OID=.,.,.;OPOS=90771750,90771750,90771750;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=G,GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.74,0,0.26:22,11,16:49:37,0,13:50:0:11,0,8:26,0,5:0:0:50:0:4,6,9:18,5,7:0:0 chr15 90772200 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.18;QD=60.2307;RBI=0.0291856;REFB=0;REVB=0.024626;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1268e-05;OID=.;OPOS=90772200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:24:13:0:0:24:13:0:0 chr15 90772831 . C T 785.78 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3695;QD=64.1449;RBI=0.0157487;REFB=0;REVB=-0.00425314;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130896;OID=.;OPOS=90772831;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr15 90774259 . G C 614.18 PASS AF=0.953488;AO=41;DP=44;FAO=41;FDP=43;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0301023;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.754;QD=57.1334;RBI=0.0322282;REFB=-0.117045;REVB=0.0115113;RO=1;SAF=11;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153876;STB=0.516121;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00102478;OID=.;OPOS=90774259;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:44:43:1:2:41:41:0.953488:30:11:0:1:30:11:0:2 chr15 90774447 . TAGAG T 239.46 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457656;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=261.607;QD=50.4135;RBI=0.0599297;REFB=0;REVB=0.0386921;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000470248;OID=.;OPOS=90774448;OREF=AGAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:19:19:19:0:11:8:0:0:4:0:10:8:0:0 chr15 90784207 . A G 1483.28 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.233;QD=62.4537;RBI=0.0474389;REFB=0;REVB=0.0353048;RO=0;SAF=50;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.45718e-05;OID=.;OPOS=90784207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:88:95:0:0:88:95:1:38:50:0:0:43:52:0:0 chr15 90784250 . T C 1320.81 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.118;QD=62.156;RBI=0.0292276;REFB=0;REVB=0.0273167;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.86578e-05;OID=.;OPOS=90784250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:46:39:0:0:46:39:0:0 chr15 90794102 . G A 252.63 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.698;QD=50.5258;RBI=0.0533688;REFB=0;REVB=0.0477011;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021183;OID=.;OPOS=90794102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:20:0:0:18:20:1:9:9:0:0:10:10:0:0 chr15 90794757 . T G 403.94 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0230817;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.437;QD=53.8593;RBI=0.0441833;REFB=-0.0302055;REVB=0.0376749;RO=1;SAF=13;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0344827;STB=0.518506;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.00359975;OID=.;OPOS=90794757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:30:1:1:29:29:0.966667:16:13:1:0:16:13:1:0 chr15 90794845 . G A 432.83 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0766951;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.608;QD=57.7102;RBI=0.077059;REFB=0;REVB=0.00748044;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00076179;OID=.;OPOS=90794845;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr15 90796558 . G A 538.11 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.62;QD=59.7897;RBI=0.0259258;REFB=0;REVB=0.01743;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.17819e-05;OID=.;OPOS=90796558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr15 90800408 . C G 753.02 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00143883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6132;QD=54.7647;RBI=0.00832247;REFB=-0.150526;REVB=-0.00819715;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00343984;OID=.;OPOS=90800408;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:54:54:0.981818:25:29:0:0:25:29:1:0 chr15 90800449 . C T 737.49 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00873818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7355;QD=56.7298;RBI=0.0385312;REFB=0;REVB=-0.0375273;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000459176;OID=.;OPOS=90800449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr15 90808974 . CG C 41.09 PASS AF=0.288136;AO=18;DP=59;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.182897;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.632;QD=2.78554;RBI=0.296121;REFB=-0.0455793;REVB=-0.232887;RO=37;SAF=1;SAR=17;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.724769;STB=0.863086;STBP=0;TYPE=del;VARB=-0.0186316;OID=.;OPOS=90808975;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.288136:18:59:17:59:42:2:15:25:17:41:37:1:17:24:13 chr15 90809633 . G A 632.25 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0444237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.619;QD=61.6833;RBI=0.0538921;REFB=0;REVB=0.0305107;RO=0;SAF=19;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000522727;OID=.;OPOS=90809633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:22:19:0:0:22:19:0:0 chr15 90818400 . A T 256.11 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00685465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.931;QD=51.2212;RBI=0.0450614;REFB=0;REVB=0.044537;RO=0;SAF=16;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000587572;OID=.;OPOS=90818400;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:3:16:0:0:4:16:0:0 chr15 90818469 . C T 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.36;QD=58.1392;RBI=0.114674;REFB=0;REVB=0.097933;RO=0;SAF=24;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000897744;OID=.;OPOS=90818469;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:8:24:0:0:8:24:0:0 chr15 90818641 . G C 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0323783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9802;QD=56.1911;RBI=0.0420941;REFB=0;REVB=0.026899;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103689;OID=.;OPOS=90818641;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr15 90819132 . C T 392.64 PASS AF=1;AO=22;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.7;QD=56.0911;RBI=0.0530524;REFB=0;REVB=0.0337449;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00250909;OID=.;OPOS=90819132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:22:28:1:11:11:0:0:12:16:0:0 chr15 90819641 . A C 293.34 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00701107;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4108;QD=53.3345;RBI=0.00837936;REFB=0;REVB=-0.00458895;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000390956;OID=.;OPOS=90819641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr15 90820063 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.538;QD=52.6128;RBI=0.0208776;REFB=0;REVB=0.0170414;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03589e-05;OID=.;OPOS=90820063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr15 90820721 . C T 186.74 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000139546;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.209;QD=43.9397;RBI=0.00478037;REFB=0.0122802;REVB=0.00477834;RO=1;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608641;STB=0.533291;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00869956;OID=.;OPOS=90820721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:17:1:1:16:16:0.941176:7:9:0:1:7:9:0:1 chr15 90892246 . G C 74.6 PASS AF=0.125926;AO=17;DP=135;FAO=17;FDP=135;FR=.;FRO=118;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=73;FWDB=-0.0104648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.02;QD=2.21048;RBI=0.0333274;REFB=-0.00694837;REVB=0.0316418;RO=118;SAF=9;SAR=8;SRF=45;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184303;STB=0.627764;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0369848;OID=.;OPOS=90892246;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:135:135:118:118:17:17:0.125926:8:9:45:73:8:9:45:73 chr15 90892293 . C T 1863.15 PASS AF=0.984;AO=122;DP=125;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0276392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2524;QD=59.6209;RBI=0.0285014;REFB=-0.140743;REVB=0.0069575;RO=2;SAF=44;SAR=78;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0120248;STB=0.506328;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0103113;OID=.;OPOS=90892293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:125:125:2:2:122:123:0.984:78:44:0:2:78:45:0:2 chr15 90903311 . A G 563.78 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0154279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.348;QD=57.8238;RBI=0.0158006;REFB=-0.0583716;REVB=-0.00341187;RO=1;SAF=23;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199387;STB=0.510633;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00230887;OID=.;OPOS=90903311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:15:23:1:0:15:23:1:0 chr15 91017718 . C T 52.98 PASS AF=0.101449;AO=14;DP=138;FAO=14;FDP=138;FR=.;FRO=124;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=76;FSRR=48;FWDB=0.00470084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.316;QD=1.53568;RBI=0.0298058;REFB=-0.00403796;REVB=-0.0294327;RO=122;SAF=8;SAR=6;SRF=76;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064258;STB=0.538408;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0277465;OID=.;OPOS=91017718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:138:138:122:124:14:14:0.101449:6:8:76:46:6:8:76:48 chr15 91045408 . G A 46.17 PASS AF=0.134328;AO=9;DP=68;FAO=9;FDP=67;FR=.;FRO=58;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=-0.0434344;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.441;QD=2.75619;RBI=0.0496171;REFB=-0.00148534;REVB=-0.0239858;RO=56;SAF=1;SAR=8;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.477655;STB=0.858385;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0189741;OID=.;OPOS=91045408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:68:67:56:58:9:9:0.134328:8:1:26:30:8:1:28:30 chr15 91185971 . G A 374.8 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0249127;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.0662;QD=49.9731;RBI=0.0864941;REFB=0.0557185;REVB=0.0828286;RO=2;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0619468;STB=0.53331;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=-0.00173974;OID=.;OPOS=91185971;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:30:2:2:28:28:0.933333:14:14:0:2:14:14:0:2 chr15 91185994 . C T 397.31 PASS AF=0.882353;AO=30;DP=34;FAO=30;FDP=34;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0230507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.883;QD=46.7429;RBI=0.0282124;REFB=-0.0391304;REVB=0.0162667;RO=4;SAF=13;SAR=17;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147857;STB=0.507963;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00225426;OID=.;OPOS=91185994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:34:34:4:4:30:30:0.882353:17:13:2:2:17:13:2:2 chr15 91424574 . G C 1264.01 PASS AF=0.67284;AO=54;DP=165;FAO=109;FDP=162;FR=.;FRO=53;FSAF=49;FSAR=60;FSRF=42;FSRR=11;FWDB=0.00993767;FXX=0.0181807;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.18;QD=31.2102;RBI=0.00996522;REFB=-0.0125083;REVB=0.00074053;RO=30;SAF=2;SAR=52;SRF=25;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.764421;STB=0.610787;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0064156;OID=.;OPOS=91424574;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:162:30:53:54:109:0.67284:52:2:25:5:60:49:42:11 chr15 91428290 . C T 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.028668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.807;QD=56.0115;RBI=0.0532088;REFB=-0.0084315;REVB=0.0448255;RO=1;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252651;STB=0.513506;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000249328;OID=.;OPOS=91428290;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:18:16:0:1:18:16:0:1 chr15 91428589 . T G 796.84 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.496;QD=56.9169;RBI=0.0376486;REFB=0;REVB=0.0334665;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.16579e-05;OID=.;OPOS=91428589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:33:22:0:0:34:22:0:0 chr15 91428636 . G A 684.98 PASS AF=0.962264;AO=50;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00506236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.756;QD=51.6964;RBI=0.0897377;REFB=-0.0864777;REVB=0.0895948;RO=1;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165169;STB=0.51666;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00221861;OID=.;OPOS=91428636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:53:53:1:2:50:51:0.962264:28:22:0:1:29:22:0:2 chr15 91430436 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000214429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.859;QD=57.6807;RBI=0.023678;REFB=0;REVB=0.023677;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133091;OID=.;OPOS=91430436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr15 91447343 . C CG 38.17 PASS AF=0.11828;AO=12;DP=95;FAO=11;FDP=93;FR=.;FRO=82;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=-0.0292623;FXX=0.0412329;HRUN=0;LEN=1;MLLD=135.659;QD=1.64174;RBI=0.0450065;REFB=-0.00301847;REVB=-0.0341951;RO=82;SAF=1;SAR=11;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.562211;STB=0.899038;STBP=0.007;TYPE=ins;VARB=0.178298;OID=.;OPOS=91447344;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.11828:12:95:11:93:82:1:10:43:39:38:82:1:11:43:39 chr15 91452595 . A G 50.74 PASS AF=0.152542;AO=9;DP=59;FAO=9;FDP=59;FR=.;FRO=50;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.010527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.48;QD=3.43982;RBI=0.0245964;REFB=0.0044561;REVB=-0.0222298;RO=47;SAF=2;SAR=7;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228158;STB=0.690528;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=-0.0267172;OID=.;OPOS=91452595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:59:59:47:50:9:9:0.152542:7:2:18:29:7:2:21:29 chr15 91455458 . C T 611.81 PASS AF=0.844828;AO=49;DP=59;FAO=49;FDP=58;FR=.;FRO=9;FSAF=15;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.015773;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.6853;QD=42.1936;RBI=0.0277495;REFB=0.0489525;REVB=0.0228308;RO=9;SAF=15;SAR=34;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00924962;STB=0.504948;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=-0.00409909;OID=.;OPOS=91455458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:59:58:9:9:49:49:0.844828:34:15:3:6:34:15:3:6 chr15 91474236 . T C 113.21 PASS AF=0.253731;AO=17;DP=67;FAO=17;FDP=67;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0112159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.82;QD=6.75901;RBI=0.0115322;REFB=0.0010422;REVB=0.00268254;RO=49;SAF=7;SAR=10;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00451542;STB=0.506322;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.0033632;OID=.;OPOS=91474236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:49:50:17:17:0.253731:10:7:20:29:10:7:21:29 chr15 91474738 . G C 63.6 PASS AF=0.132653;AO=13;DP=97;FAO=13;FDP=98;FR=.;FRO=85;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=0.00277435;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.618;QD=2.59602;RBI=0.00919097;REFB=-0.00657709;REVB=-0.00876224;RO=79;SAF=6;SAR=7;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00849856;STB=0.522944;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.037125;OID=.;OPOS=91474738;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:97:98:79:85:13:13:0.132653:7:6:37:42:7:6:37:48 chr15 91496242 . C T 297.04 PASS AF=0.757576;AO=25;DP=33;FAO=25;FDP=33;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0192779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.645;QD=36.0052;RBI=0.0199425;REFB=-0.0299984;REVB=0.0051054;RO=8;SAF=13;SAR=12;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00889597;STB=0.504851;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0137728;OID=.;OPOS=91496242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:33:33:8:8:25:25:0.757576:12:13:4:4:12:13:4:4 chr15 91509592 . T C 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0472749;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.3763;QD=58.1417;RBI=0.04807;REFB=0;REVB=0.00870635;RO=0;SAF=8;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000461647;OID=.;OPOS=91509592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:24:8:0:0:24:8:0:0 chr15 91524841 . G T 704.91 PASS AF=1;AO=47;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028711;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.741;QD=56.393;RBI=0.0305139;REFB=0;REVB=0.0103333;RO=0;SAF=22;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244617;OID=.;OPOS=91524841;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:47:50:1:25:22:0:0:27:23:0:0 chr15 91525197 . C T 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.110971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.35;QD=7.95455;RBI=0.112088;REFB=-0.0123673;REVB=-0.0157868;RO=19;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890944;STB=0.555418;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0313936;OID=.;OPOS=91525197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:4:4:8:11:4:4:8:11 chr15 91543761 . C A,T 250.75 PASS AF=0.0869565,0.826087;AO=2,19;DP=23;FAO=2,19;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=2,14;FSAR=0,5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0261955,0.0247661;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=124.223,170.397;QD=43.6093;RBI=0.0585628,0.0360563;REFB=-0.029064,-0.0445228;REVB=-0.0523774,-0.026205;RO=1;SAF=2,14;SAR=0,5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.697199,0.0833329;STB=0.992443,0.528271;STBP=0.312,0.545;TYPE=snp,snp;VARB=0.0677343,0.00765892;OID=.,.;OPOS=91543761,91543761;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:23:23:1:2:2,19:2,19:0.0869565,0.826087:0,5:2,14:0:1:0,5:2,14:1:1 chr15 91548601 . G A 31.85 PASS AF=0.12766;AO=5;DP=46;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=0.0060786;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.143;QD=2.71102;RBI=0.00963578;REFB=-0.00464686;REVB=-0.00747656;RO=41;SAF=4;SAR=1;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220451;STB=0.531144;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.0241266;OID=.;OPOS=91548601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:46:47:41:41:5:6:0.12766:1:4:26:15:2:4:26:15 chr15 91557674 . GAAAG GAG,GAGAA 194.01 PASS AF=0.653846,0.0769231;AO=6,5;DP=27;FAO=17,2;FDP=26;FR=.;FRO=7;FSAF=5,2;FSAR=12,0;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0144323,0.0263318;FXX=0.0714031;HRUN=3,3;LEN=2,3;MLLD=34.9042,35.1701;QD=29.8482;RBI=0.020105,0.0961275;REFB=-0.0205833,0.0195604;REVB=-0.0139971,-0.0924507;RO=5;SAF=1,5;SAR=5,0;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.247547,0.755783;STB=0.545399,0.994469;STBP=0.555,0.176;TYPE=del,mnp;VARB=0.0194617,-0.0473263;OID=.,.;OPOS=91557675,91557676;OREF=AA,AAG;OALT=-,GAA;OMAPALT=GAG,GAGAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.653846,0.0769231:6,5:27:17,2:26:7:5,2:12,0:3:4:49:5:1,5:5,0:2:3 chr15 91561061 . G T 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0444091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.932;QD=24.0732;RBI=0.0451403;REFB=-0.0182322;REVB=0.00809195;RO=7;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204544;STB=0.615207;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.00669248;OID=.;OPOS=91561061;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:8:5:5:2:8:5:5:2 chr15 91795124 . G A 88.87 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0199079;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.784;QD=6.58319;RBI=0.0594526;REFB=-0.0222576;REVB=0.0560204;RO=44;SAF=12;SAR=1;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.640203;STB=0.898337;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0439886;OID=.;OPOS=91795124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:57:54:44:41:13:13:0.240741:1:12:19:25:1:12:19:22 chr15 91825027 . C T 70.66 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0155464;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.671;QD=6.42351;RBI=0.0181776;REFB=-0.00644444;REVB=0.00941993;RO=32;SAF=7;SAR=3;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281799;STB=0.6996;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.020363;OID=.;OPOS=91825027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:44:44:32:34:10:10:0.227273:3:7:15:17:3:7:15:19 chr15 91827264 . C T 76.73 PASS AF=0.168675;AO=14;DP=83;FAO=14;FDP=83;FR=.;FRO=69;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=24;FWDB=-0.0218104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.557;QD=3.69806;RBI=0.0283387;REFB=-0.00377251;REVB=-0.0180938;RO=67;SAF=6;SAR=8;SRF=44;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28238;STB=0.679764;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0520212;OID=.;OPOS=91827264;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:83:83:67:69:14:14:0.168675:8:6:44:23:8:6:45:24 chr15 91836645 . G A 41.66 PASS AF=0.103093;AO=10;DP=97;FAO=10;FDP=97;FR=.;FRO=87;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=50;FSRR=37;FWDB=-0.0507678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.032;QD=1.71792;RBI=0.0571275;REFB=0.000486113;REVB=-0.0261951;RO=87;SAF=4;SAR=6;SRF=50;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203772;STB=0.65293;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.00602293;OID=.;OPOS=91836645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:97:97:87:87:10:10:0.103093:6:4:50:37:6:4:50:37 chr15 91836683 . T C 1208.95 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00671539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.682;QD=61.2127;RBI=0.065009;REFB=0;REVB=0.0646612;RO=0;SAF=42;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114131;OID=.;OPOS=91836683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:37:42:0:0:37:42:0:0 chr15 92638193 . G A 903.21 PASS AF=0.823529;AO=68;DP=83;FAO=70;FDP=85;FR=.;FRO=15;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0122605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.256;QD=42.5038;RBI=0.0269609;REFB=-0.0611988;REVB=0.0240119;RO=14;SAF=37;SAR=31;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0142133;STB=0.501692;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0134174;OID=.;OPOS=92638193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:83:85:14:15:68:70:0.823529:31:37:7:7:32:38:8:7 chr15 92647645 . G C 493.38 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.653;QD=58.0441;RBI=0.0196262;REFB=0;REVB=-0.013994;RO=0;SAF=6;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.86929e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.81954e-06;OID=.;OPOS=92647645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:34:0:0:33:34:1:27:6:0:0:28:6:0:0 chr15 93015427 . G A 283.82 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0392471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.2123;QD=43.6643;RBI=0.0539896;REFB=-0.0304463;REVB=-0.0370748;RO=2;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0922593;STB=0.571366;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00911414;OID=.;OPOS=93015427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:26:2:3:23:23:0.884615:9:14:0:2:9:14:0:3 chr15 93198671 . A G 527.81 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.062056;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6118;QD=60.3207;RBI=0.0722586;REFB=0;REVB=-0.0370184;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00172064;OID=.;OPOS=93198671;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr15 93198678 . TTGGAGCTGGA TTGGA,TTGGAGCTGCC 359.58 PASS AF=0.730769,0.269231;AO=16,6;DP=28;FAO=19,7;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8,3;FSAR=11,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-2.79968e-06,-0.0211944;FXX=0.133289;HRUN=1,2;LEN=6,2;MLLD=175.441,113.82;QD=55.3198;RBI=0.00843991,0.0322696;REFB=0,0;REVB=0.00843991,0.0243335;RO=0;SAF=7,3;SAR=9,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0063703,0.0339247;OID=.,.;OPOS=93198679,93198687;OREF=TGGAGC,GA;OALT=-,CC;OMAPALT=TTGGA,TTGGAGCTGCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.730769,0.269231:16,6:28:19,7:26:0:8,3:11,4:0:0:49:0:7,3:9,3:0:0 chr15 93510603 . A G 840.72 PASS AF=0.938462;AO=61;DP=65;FAO=61;FDP=65;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0124297;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=245.786;QD=51.7368;RBI=0.0175994;REFB=-0.0573498;REVB=0.0124596;RO=3;SAF=27;SAR=34;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00979929;STB=0.512041;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.00103983;OID=.;OPOS=93510603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:65:65:3:4:61:61:0.938462:34:27:1:2:34:27:1:3 chr15 93521604 . A G 1211.31 PASS AF=0.964286;AO=81;DP=84;FAO=81;FDP=84;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00615878;FXX=0.0117633;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.69;QD=57.6814;RBI=0.0202897;REFB=0.00735016;REVB=-0.0193324;RO=2;SAF=40;SAR=41;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000281591;STB=0.506171;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=-0.00033131;OID=.;OPOS=93521604;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:84:84:2:3:81:81:0.964286:41:40:1:1:41:40:2:1 chr15 93536197 . C T 353.71 PASS AF=0.725;AO=28;DP=39;FAO=29;FDP=40;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0384975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.993;QD=35.3706;RBI=0.0384977;REFB=-0.0374637;REVB=-0.000101283;RO=11;SAF=15;SAR=13;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00506185;STB=0.501741;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0125343;OID=.;OPOS=93536197;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:40:11:11:28:29:0.725:13:15:6:5:13:16:6:5 chr15 93570241 . T C 2065.87 PASS AF=0.978261;AO=134;DP=138;FAO=135;FDP=138;FR=.;FRO=3;FSAF=68;FSAR=67;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00486852;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.927;QD=59.8804;RBI=0.0157558;REFB=-0.165492;REVB=0.0149847;RO=0;SAF=68;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51079;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.000588757;OID=.;OPOS=93570241;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:138:138:0:3:134:135:0.978261:66:68:0:0:67:68:3:0 chr15 93588336 . A C 468.93 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00516556;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.163;QD=58.6159;RBI=0.0944746;REFB=0;REVB=-0.0943332;RO=0;SAF=23;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000891586;OID=.;OPOS=93588336;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:9:23:0:0:9:23:0:0 chr15 93609460 . A T 1113.95 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00107975;FXX=0.0394685;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.153;QD=61.0381;RBI=0.0440041;REFB=0;REVB=-0.0439909;RO=0;SAF=44;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000680062;OID=.;OPOS=93609460;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:29:44:0:0:29:44:0:0 chr15 93616933 . C G 1491.4 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.681;QD=63.464;RBI=0.0152417;REFB=0;REVB=0.0109466;RO=0;SAF=39;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.154e-05;OID=.;OPOS=93616933;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:55:39:0:0:55:39:0:0 chr15 93616975 . A G 702.95 PASS AF=1;AO=46;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244048;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.033;QD=55.133;RBI=0.0265274;REFB=0;REVB=0.0103974;RO=0;SAF=13;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.94744e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.07387e-05;OID=.;OPOS=93616975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:46:51:1:33:13:0:0:36:15:0:0 chr15 93750256 . G T 803.87 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102414;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.627;QD=57.4191;RBI=0.0102786;REFB=0;REVB=-0.00087373;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.78423e-05;OID=.;OPOS=93750256;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr15 94304132 . C T 297.78 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0163205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4926;QD=29.7777;RBI=0.0240982;REFB=-0.0234639;REVB=0.0177303;RO=14;SAF=18;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165348;STB=0.509084;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0120545;OID=.;OPOS=94304132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:14:26:26:0.65:8:18:10:4:8:18:10:4 chr15 94304189 . T C 576.31 PASS AF=0.790323;AO=48;DP=63;FAO=49;FDP=62;FR=.;FRO=13;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0496165;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.621;QD=37.1814;RBI=0.0496464;REFB=-0.0311391;REVB=0.00172171;RO=14;SAF=30;SAR=18;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.085863;STB=0.532773;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0105783;OID=.;OPOS=94304189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:63:62:14:13:48:49:0.790323:18:30:6:8:19:30:6:7 chr15 94945704 . A G 58.48 PASS AF=0.15625;AO=10;DP=65;FAO=10;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0632722;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.3495;QD=3.6552;RBI=0.0664493;REFB=0.000652351;REVB=-0.0203012;RO=45;SAF=5;SAR=5;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136716;STB=0.515594;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.00530146;OID=.;OPOS=94945704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:65:64:45:54:10:10:0.15625:5:5:22:23:5:5:26:28 chr15 94945719 . G T 52.24 PASS AF=0.147059;AO=10;DP=68;FAO=10;FDP=68;FR=.;FRO=58;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.0313581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.671;QD=3.07295;RBI=0.0418254;REFB=-0.00965468;REVB=-0.0276774;RO=58;SAF=5;SAR=5;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0423728;STB=0.529353;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0364282;OID=.;OPOS=94945719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:68:68:58:58:10:10:0.147059:5:5:27:31:5:5:27:31 chr15 96289064 . T A 83.51 PASS AF=0.226415;AO=12;DP=53;FAO=12;FDP=53;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.021202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.206;QD=6.30282;RBI=0.0217112;REFB=-0.00474359;REVB=-0.00467464;RO=41;SAF=5;SAR=7;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0649517;STB=0.540917;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0380519;OID=.;OPOS=96289064;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:53:53:41:41:12:12:0.226415:7:5:15:26:7:5:15:26 chr15 97970963 . T C 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.00296458;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.896;QD=21.1726;RBI=0.00677954;REFB=-0.0313263;REVB=-0.00609701;RO=8;SAF=3;SAR=9;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.013877;OID=.;OPOS=97970963;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:9:3:2:6:9:3:2:6 chr15 98015489 . A G 794.43 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5002;QD=63.5545;RBI=0.0126189;REFB=0;REVB=-0.00528638;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376361;OID=.;OPOS=98015489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:29:20:0:0:29:21:0:0 chr15 98995081 . A G 1511.33 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.963;QD=63.635;RBI=0.0414306;REFB=0;REVB=0.0394341;RO=0;SAF=42;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.30913e-05;OID=.;OPOS=98995081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:94:95:1:52:42:0:0:53:42:0:0 chr15 99478225 . G A 591.28 PASS AF=0.830508;AO=47;DP=57;FAO=49;FDP=59;FR=.;FRO=10;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0105463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.798;QD=40.087;RBI=0.0355812;REFB=-0.0259254;REVB=0.0339823;RO=10;SAF=19;SAR=28;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065564;STB=0.537234;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00685461;OID=.;OPOS=99478225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:57:59:10:10:47:49:0.830508:28:19:6:4:30:19:6:4 chr15 99503199 . GGT G 90.92 PASS AF=0.647059;AO=7;DP=15;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0252366;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=122.988;QD=21.3931;RBI=0.055753;REFB=-0.0690556;REVB=0.0497143;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.608495;STBP=0.266;TYPE=del;VARB=0.0481081;OID=.;OPOS=99503200;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.647059:7:15:11:17:6:7:4:2:4:33:0:6:1:0:0 chr15 99504437 . C T 934.17 PASS AF=0.816092;AO=70;DP=87;FAO=71;FDP=87;FR=.;FRO=16;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00987686;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.76;QD=42.9505;RBI=0.0122567;REFB=0.00321424;REVB=-0.00725772;RO=14;SAF=33;SAR=37;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758389;STB=0.540914;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.000475545;OID=.;OPOS=99504437;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:87:87:14:16:70:71:0.816092:37:33:10:4:38:33:11:5 chr15 99504671 . C T 84.07 PASS AF=0.225806;AO=12;DP=60;FAO=14;FDP=62;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.010486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.4219;QD=5.42398;RBI=0.0355429;REFB=-0.00687545;REVB=0.0339609;RO=47;SAF=6;SAR=6;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131367;STB=0.516106;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0311527;OID=.;OPOS=99504671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:60:62:47:48:12:14:0.225806:6:6:23:24:7:7:23:25 chr15 99511793 . C G 32.64 PASS AF=0.106061;AO=7;DP=65;FAO=7;FDP=66;FR=.;FRO=59;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=27;FWDB=-0.00833209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.695;QD=1.97792;RBI=0.0153157;REFB=-0.00351623;REVB=-0.0128509;RO=58;SAF=5;SAR=2;SRF=32;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197717;STB=0.66162;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0265635;OID=.;OPOS=99511793;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:65:66:58:59:7:7:0.106061:2:5:32:26:2:5:32:27 chr15 99646097 . C T 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0830022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.98;QD=20.8373;RBI=0.0830046;REFB=-0.0530011;REVB=-0.000626251;RO=5;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275108;STB=0.659987;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0408026;OID=.;OPOS=99646097;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:7:2:3:2:7:2:3:2 chr15 99653800 . T C 885.36 PASS AF=0.954545;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=66;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.000939246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.5936;QD=53.6579;RBI=0.140541;REFB=-0.177922;REVB=0.140538;RO=1;SAF=39;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0119558;STB=0.513673;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0107196;OID=.;OPOS=99653800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:66:66:1:3:63:63:0.954545:24:39:1:0:24:39:1:2 chr15 99670989 . T C 312.43 PASS AF=1;AO=18;DP=25;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0951543;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.26;QD=54.3362;RBI=0.095373;REFB=0;REVB=0.00645515;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122455;OID=.;OPOS=99670989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:23:0:0:18:23:1:14:4:0:0:13:10:0:0 chr15 99671760 . T C 867.48 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128491;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.964;QD=57.832;RBI=0.0546216;REFB=0;REVB=-0.0530888;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014008;OID=.;OPOS=99671760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:30:30:0:0:30:30:0:0 chr15 99672722 . A G 630.27 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.001;QD=61.4898;RBI=0.0864862;REFB=0;REVB=0.0845928;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198885;OID=.;OPOS=99672722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:16:23:0:0:17:24:0:0 chr15 99715352 . A G 885.26 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00140992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.176;QD=58.05;RBI=0.0256455;REFB=0;REVB=-0.0256067;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111917;OID=.;OPOS=99715352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:39:22:0:0:39:22:0:0 chr15 100246936 . T C 534.58 PASS AF=0.843137;AO=43;DP=51;FAO=43;FDP=51;FR=.;FRO=8;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0165455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.734;QD=41.9276;RBI=0.0268199;REFB=-0.0281423;REVB=-0.0211081;RO=8;SAF=25;SAR=18;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613285;STB=0.532885;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00597429;OID=.;OPOS=100246936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:51:51:8:8:43:43:0.843137:18:25:3:5:18:25:3:5 chr15 100246942 . G A 791.88 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.718;QD=56.5626;RBI=0.0123081;REFB=0;REVB=-0.00483494;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000822776;OID=.;OPOS=100246942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:24:30:0:0:25:31:0:0 chr15 100252805 . G T 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0517213;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=193.256;QD=39.3179;RBI=0.0579968;REFB=-0.0416279;REVB=0.0262399;RO=1;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603742;STB=0.533282;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00446888;OID=.;OPOS=100252805;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:7:6:0:1:7:6:0:1 chr15 100256618 . A C 307.61 PASS AF=0.833333;AO=25;DP=30;FAO=25;FDP=30;FR=.;FRO=5;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0131195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.649;QD=41.0147;RBI=0.0360634;REFB=-0.0259848;REVB=-0.0335924;RO=5;SAF=12;SAR=13;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246305;STB=0.513358;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0071228;OID=.;OPOS=100256618;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:30:30:5:5:25:25:0.833333:13:12:2:3:13:12:2:3 chr15 100257173 . T C 90.68 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.00964087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.558;QD=6.71698;RBI=0.00967273;REFB=-0.00532477;REVB=-0.000784403;RO=41;SAF=1;SAR=12;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.578724;STB=0.875222;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0133225;OID=.;OPOS=100257173;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:41:41:13:13:0.240741:12:1:19:22:12:1:19:22 chr15 100269680 . G C 596.13 PASS AF=0.857143;AO=42;DP=49;FAO=42;FDP=49;FR=.;FRO=7;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0136143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.282;QD=48.6638;RBI=0.0231626;REFB=-0.0475016;REVB=0.0187392;RO=7;SAF=20;SAR=22;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634022;STB=0.533964;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.00810233;OID=.;OPOS=100269680;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:49:49:7:7:42:42:0.857143:22:20:5:2:22:20:5:2 chr15 100269796 . A G 576.95 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032736;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.73;QD=60.7314;RBI=0.0369536;REFB=0;REVB=0.0171442;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000968971;OID=.;OPOS=100269796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:21:16:0:0:22:16:0:0 chr15 100332799 . A C 145.83 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0152897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2389;QD=25.3619;RBI=0.0229386;REFB=-0.0159804;REVB=0.0170998;RO=7;SAF=14;SAR=1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.526699;STB=0.794928;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0159178;OID=.;OPOS=100332799;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:23:7:8:15:15:0.652174:1:14:3:4:1:14:4:4 chr15 100332807 . C T 154.99 PASS AF=0.695652;AO=15;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0655047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.1729;QD=26.9539;RBI=0.104377;REFB=-0.0051273;REVB=-0.0812632;RO=7;SAF=14;SAR=1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.526699;STB=0.805934;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0103213;OID=.;OPOS=100332807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:23:23:7:7:15:16:0.695652:1:14:3:4:1:15:3:4 chr15 100332919 . T C 50.13 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0879262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.867;QD=33.4229;RBI=0.0879354;REFB=0;REVB=0.0012759;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00257467;OID=.;OPOS=100332919;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr15 100333075 . C T 109.13 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0053567;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.601;QD=36.3758;RBI=0.0172922;REFB=-0.163649;REVB=0.0164416;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545372;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00332104;OID=.;OPOS=100333075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:0:1:11:11:0.916667:6:5:0:0:6:5:1:0 chr15 100345096 . C T 110.71 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0161217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.677;QD=26.0488;RBI=0.0204425;REFB=-0.0614817;REVB=0.0125692;RO=5;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214373;STB=0.618873;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0152794;OID=.;OPOS=100345096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:8:4:0:5:8:4:0:5 chr15 100512047 . A G 33.63 PASS AF=0.157895;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=38;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0269443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.96;QD=3.54005;RBI=0.0309625;REFB=-0.00239253;REVB=-0.0152539;RO=30;SAF=2;SAR=4;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.273648;STB=0.666112;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00744025;OID=.;OPOS=100512047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:38:38:30:32:6:6:0.157895:4:2:17:13:4:2:17:15 chr15 100514417 . CC TG 60.33 PASS AF=0.164179;AO=11;DP=67;FAO=11;FDP=67;FR=.;FRO=56;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0205111;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=180.208;QD=3.60184;RBI=0.0211988;REFB=0.000629076;REVB=0.00535565;RO=56;SAF=4;SAR=7;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170482;STB=0.615173;STBP=0.431;TYPE=mnp;VARB=-0.00261201;OID=.;OPOS=100514417;OREF=CC;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:67:67:56:56:11:11:0.164179:7:4:28:28:7:4:28:28 chr15 100672236 . CT C,CG 377.45 PASS AF=0.0714286,0.928571;AO=3,25;DP=28;FAO=2,26;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=0,17;FSAR=2,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132966,0.00734685;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=118.81,135.251;QD=53.922;RBI=0.0181733,0.078544;REFB=0,0;REVB=0.0123882,0.0781997;RO=0;SAF=0,17;SAR=3,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00918171,0.0031987;OID=.,.;OPOS=100672237,100672237;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0714286,0.928571:3,25:28:2,26:28:0:0,17:2,9:0:0:6:0:0,17:3,8:0:0 chr15 100794363 . C T 255.44 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0262896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7969;QD=44.424;RBI=0.0330104;REFB=-0.0255665;REVB=0.0199635;RO=2;SAF=7;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296733;STB=0.516113;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0149183;OID=.;OPOS=100794363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:14:7:1:1:14:7:1:1 chr15 100801698 . G A 972.88 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.284;QD=58.9627;RBI=0.0265486;REFB=0;REVB=0.0217467;RO=0;SAF=44;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.98204e-05;OID=.;OPOS=100801698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:22:44:0:0:22:44:0:0 chr15 100821467 . G A 1277.77 PASS AF=0.767606;AO=93;DP=142;FAO=109;FDP=142;FR=.;FRO=33;FSAF=65;FSAR=44;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=0.032589;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.139;QD=35.9936;RBI=0.0583398;REFB=-0.0357208;REVB=0.048389;RO=29;SAF=49;SAR=44;SRF=4;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172129;STB=0.582679;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0130919;OID=.;OPOS=100821467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:29:33:93:109:0.767606:44:49:4:25:44:65:8:25 chr15 100821576 . G A 705.37 PASS AF=0.883333;AO=47;DP=60;FAO=53;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0187036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8768;QD=47.0243;RBI=0.045293;REFB=-0.0862762;REVB=0.0412509;RO=5;SAF=15;SAR=32;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166467;STB=0.50388;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0138095;OID=.;OPOS=100821576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:60:60:5:5:47:53:0.883333:32:15:2:3:34:19:2:3 chr15 100942962 . T C 339.96 PASS AF=1;AO=21;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.419;QD=54.394;RBI=0.0508929;REFB=0;REVB=0.0321652;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000705535;OID=.;OPOS=100942962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:21:25:1:8:13:0:0:9:16:0:0 chr15 101041896 . T C 554.46 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0103733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.638;QD=59.9416;RBI=0.0419476;REFB=0;REVB=0.0406448;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000350322;OID=.;OPOS=101041896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:20:16:0:0:20:17:0:0 chr15 101110096 . T C 75.55 PASS AF=0.210526;AO=11;DP=56;FAO=12;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0182225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.23;QD=5.3021;RBI=0.0284379;REFB=-0.00165192;REVB=0.0218325;RO=45;SAF=6;SAR=5;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233028;STB=0.613855;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0330469;OID=.;OPOS=101110096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:56:57:45:45:11:12:0.210526:5:6:16:29:6:6:16:29 chr15 101113862 . C T 188.87 PASS AF=0.247863;AO=28;DP=116;FAO=29;FDP=117;FR=.;FRO=88;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=48;FSRR=40;FWDB=-0.00403133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.822;QD=6.45701;RBI=0.0163318;REFB=-0.00780345;REVB=-0.0158264;RO=87;SAF=13;SAR=15;SRF=48;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108504;STB=0.57272;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0215218;OID=.;OPOS=101113862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:87:88:28:29:0.247863:15:13:48:39:16:13:48:40 chr15 101421673 . G A 613.28 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3886;QD=61.3278;RBI=0.0256539;REFB=0;REVB=-0.00191811;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198409;OID=.;OPOS=101421673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:27:13:0:0:27:13:0:0 chr15 101562793 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0405716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.353;QD=51.9158;RBI=0.0406336;REFB=0;REVB=0.00224341;RO=0;SAF=2;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049665;OID=.;OPOS=101562793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:19:2:0:0:19:2:0:0 chr15 101595257 . G A 61.31 PASS AF=0.181818;AO=9;DP=54;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.0325635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.585;QD=4.45908;RBI=0.0361076;REFB=-0.00710143;REVB=-0.0156006;RO=44;SAF=2;SAR=7;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25883;STB=0.711399;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0334371;OID=.;OPOS=101595257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:54:55:44:45:9:10:0.181818:7:2:18:26:8:2:19:26 chr15 101598200 . G A 592.45 PASS AF=0.842105;AO=48;DP=57;FAO=48;FDP=57;FR=.;FRO=9;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0139793;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.153;QD=41.5756;RBI=0.0289193;REFB=-0.054193;REVB=0.0253161;RO=9;SAF=27;SAR=21;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00208016;STB=0.501113;STBP=0.997;TYPE=snp;VARB=0.00973056;OID=.;OPOS=101598200;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:57:57:9:9:48:48:0.842105:21:27:5:4:21:27:5:4 chr15 101598314 . C T 725.45 PASS AF=0.838235;AO=56;DP=70;FAO=57;FDP=68;FR=.;FRO=11;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0122248;FXX=0.0285673;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.985;QD=42.6738;RBI=0.016161;REFB=-0.0132324;REVB=0.0105703;RO=9;SAF=28;SAR=28;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432568;STB=0.508769;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00493015;OID=.;OPOS=101598314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:70:68:9:11:56:57:0.838235:28:28:6:3:29:28:6:5 chr15 101607450 . T C 747.09 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00380777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.898;QD=63.5818;RBI=0.00726771;REFB=0;REVB=-0.00619035;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.21925e-06;OID=.;OPOS=101607450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:28:18:0:0:28:19:0:0 chr15 101607513 . T C 532.64 PASS AF=0.8125;AO=39;DP=48;FAO=39;FDP=48;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0046321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.681;QD=44.3864;RBI=0.0233528;REFB=0.00213718;REVB=0.0228888;RO=9;SAF=14;SAR=25;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0726795;STB=0.53914;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=-0.000481098;OID=.;OPOS=101607513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:48:48:9:9:39:39:0.8125:25:14:5:4:25:14:5:4 chr15 101717680 . G T 1116.93 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172596;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.59;QD=60.3747;RBI=0.0239779;REFB=0;REVB=0.0166447;RO=0;SAF=49;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34513e-05;OID=.;OPOS=101717680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:25:49:0:0:25:49:0:0 chr15 102196186 . C T 591.05 PASS AF=0.84;AO=42;DP=50;FAO=42;FDP=50;FR=.;FRO=8;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0231265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.735;QD=47.2837;RBI=0.0255117;REFB=0.00553591;REVB=0.0107709;RO=7;SAF=21;SAR=21;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571266;STB=0.539981;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.000995252;OID=.;OPOS=102196186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:50:50:7:8:42:42:0.84:21:21:2:5:21:21:2:6 chr15 102284706 . G A 38.05 PASS AF=0.105882;AO=9;DP=85;FAO=9;FDP=85;FR=.;FRO=76;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=44;FWDB=0.070319;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.6506;QD=1.79037;RBI=0.0722255;REFB=-0.00359001;REVB=-0.0164852;RO=74;SAF=7;SAR=2;SRF=31;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412226;STB=0.804357;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0386275;OID=.;OPOS=102284706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:85:85:74:76:9:9:0.105882:2:7:31:43:2:7:32:44 chr15 102389423 . C G 298.64 PASS AF=0.291971;AO=40;DP=136;FAO=40;FDP=137;FR=.;FRO=97;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=57;FSRR=40;FWDB=0.00555199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.251;QD=8.71937;RBI=0.0221813;REFB=-0.00825799;REVB=-0.0214753;RO=96;SAF=13;SAR=27;SRF=56;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309061;STB=0.684443;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0212052;OID=.;OPOS=102389423;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:137:96:97:40:40:0.291971:27:13:56:40:27:13:57:40 chr15 102506389 . C T 48.67 PASS AF=0.107438;AO=12;DP=120;FAO=13;FDP=121;FR=.;FRO=108;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=40;FSRR=68;FWDB=-0.0195514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.435;QD=1.60881;RBI=0.0238737;REFB=-0.00741502;REVB=-0.0137002;RO=106;SAF=4;SAR=8;SRF=39;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448215;STB=0.513493;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0747385;OID=.;OPOS=102506389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:120:121:106:108:12:13:0.107438:8:4:39:67:8:5:40:68 chr15 102516350 . G A 82.36 PASS AF=0.9;AO=6;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.176086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.861;QD=32.944;RBI=0.186921;REFB=0.0195905;REVB=0.0627156;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545355;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0149864;OID=.;OPOS=102516350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:0:1:6:9:0.9:4:2:0:0:5:4:0:1 chr16 103517 . A C 538.28 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.17;QD=59.809;RBI=0.0208605;REFB=0;REVB=-0.00914398;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.71924e-05;OID=.;OPOS=103517;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr16 108585 . T C 341.14 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.034733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.261;QD=54.5828;RBI=0.03894;REFB=0;REVB=0.0176053;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124176;OID=.;OPOS=108585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:23:25:1:10:13:0:0:12:13:0:0 chr16 112891 . C T 244.13 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0355647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.021;QD=23.2505;RBI=0.036801;REFB=-0.027563;REVB=-0.00945866;RO=19;SAF=15;SAR=8;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311015;STB=0.673321;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0408487;OID=.;OPOS=112891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:19:23:23:0.547619:8:15:5:14:8:15:5:14 chr16 113883 . G GCC 176.0 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.074419;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=2;MLLD=41.8973;QD=46.9333;RBI=0.0805126;REFB=0;REVB=-0.0307262;RO=1;SAF=9;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0478651;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00468818;OID=.;OPOS=113884;OREF=-;OALT=CC;OMAPALT=GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:16:15:15:0:10:5:0:0:4:1:9:5:1:0 chr16 113886 . GC G 152.14 PASS AF=1;AO=15;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0527297;FXX=0.0587889;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.305;QD=38.0347;RBI=0.0529767;REFB=0;REVB=-0.00510979;RO=1;SAF=10;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0434393;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00582728;OID=.;OPOS=113887;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:17:16:16:0:11:5:0:0:3:1:10:5:1:0 chr16 138772 . A AG 591.06 PASS AF=1;AO=50;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.268205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=14.7422;QD=40.0718;RBI=0.281757;REFB=0;REVB=-0.0863315;RO=8;SAF=25;SAR=25;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.09686;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0061673;OID=.;OPOS=138773;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:50:59:59:59:0:31:28:0:0:12:8:25:25:7:1 chr16 309998 . C T 284.4 PASS AF=0.657895;AO=25;DP=38;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00653253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.812;QD=29.9365;RBI=0.047;REFB=-0.0188372;REVB=0.0465438;RO=12;SAF=17;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166297;STB=0.580799;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00606789;OID=.;OPOS=309998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:12:13:25:25:0.657895:8:17:5:7:8:17:6:7 chr16 319547 . T C 118.11 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0919133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2472;QD=12.7687;RBI=0.0944017;REFB=-0.020464;REVB=0.021532;RO=23;SAF=9;SAR=5;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.347296;STB=0.702329;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0280929;OID=.;OPOS=319547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:5:9:7:16:5:9:7:16 chr16 324052 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.143;QD=40.7629;RBI=0.0717002;REFB=0;REVB=0.0643531;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000889329;OID=.;OPOS=324052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:9:10:1:2:7:0:0:3:7:0:0 chr16 325290 . C G 52.32 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=-0.0815272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.0673;QD=6.53993;RBI=0.0959001;REFB=0.0207927;REVB=0.050499;RO=24;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0989219;STB=0.56434;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=-0.0635801;OID=.;OPOS=325290;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:7:1:4:20:7:1:4:20 chr16 335619 . G A 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0239394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.535;QD=16.9316;RBI=0.0286782;REFB=-0.0155306;REVB=0.0157905;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0670073;STB=0.542183;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0156763;OID=.;OPOS=335619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:10:12:12:12:0.5:5:7:5:5:5:7:6:6 chr16 336396 . G A 885.14 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-9.07388e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3584;QD=58.0417;RBI=0.00342503;REFB=0;REVB=-0.00342383;RO=0;SAF=39;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.8957e-05;OID=.;OPOS=336396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:22:39:0:0:22:39:0:0 chr16 336716 . C T 66.82 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0119397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.423;QD=12.7275;RBI=0.0154276;REFB=-0.0150725;REVB=0.00977;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255081;STB=0.636033;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.0159775;OID=.;OPOS=336716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:11:12:9:9:0.428571:7:2:5:6:7:2:5:7 chr16 337547 . G GC 929.41 PASS AF=1;AO=76;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0658968;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.5755;QD=47.6619;RBI=0.15809;REFB=0;REVB=0.143701;RO=3;SAF=34;SAR=42;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158913;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000974671;OID=.;OPOS=337548;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:76:80:78:78:0:34:44:0:0:17:3:34:42:2:1 chr16 337613 . G A 233.4 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.044467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.739;QD=12.7889;RBI=0.0472586;REFB=-0.0228198;REVB=0.0160019;RO=43;SAF=10;SAR=18;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119295;STB=0.584117;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0385574;OID=.;OPOS=337613;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:73:43:45:28:28:0.383562:18:10:20:23:18:10:22:23 chr16 337678 . T G 553.69 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00794753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.108;QD=59.858;RBI=0.0287138;REFB=0;REVB=0.027592;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000181098;OID=.;OPOS=337678;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:36:37:1:26:10:0:0:27:10:0:0 chr16 337871 . T C 559.07 PASS AF=0.948718;AO=33;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0648682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.939;QD=57.3408;RBI=0.078429;REFB=-0.0308529;REVB=0.0440821;RO=1;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283046;STB=0.515143;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.00125628;OID=.;OPOS=337871;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:33:37:0.948718:16:17:0:1:16:21:0:1 chr16 347184 . A G 120.1 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.00780088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.276;QD=9.41963;RBI=0.00818044;REFB=-0.0163888;REVB=0.00246287;RO=35;SAF=5;SAR=10;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486928;STB=0.542799;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0266446;OID=.;OPOS=347184;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:36:15:15:0.294118:10:5:13:22:10:5:14:22 chr16 348042 . C A 37.24 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.000188353;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.516;QD=8.27651;RBI=0.0110399;REFB=-0.0283615;REVB=0.0110383;RO=11;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.501047;STB=0.832222;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0193143;OID=.;OPOS=348042;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:18:11:12:6:6:0.333333:5:1:7:4:5:1:8:4 chr16 396264 . A G 1027.0 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00883609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.925;QD=59.536;RBI=0.00999217;REFB=0;REVB=0.00466551;RO=0;SAF=30;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.20465e-05;OID=.;OPOS=396264;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:38:30:0:0:39:30:0:0 chr16 396804 . G A 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0257211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.078;QD=22.8307;RBI=0.0502062;REFB=0.00227457;REVB=0.0431171;RO=8;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140777;STB=0.580537;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.00137469;OID=.;OPOS=396804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:8:10:15:15:0.6:9:6:5:3:9:6:6:4 chr16 419092 . A G 854.1 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0322077;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.231;QD=57.9053;RBI=0.0329772;REFB=0;REVB=-0.00708218;RO=0;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.48978e-05;OID=.;OPOS=419092;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:26:33:0:0:26:33:0:0 chr16 419612 . TCCCCC TCCCC,TCCCCG 176.31 PASS AF=0.391304,0.521739;AO=7,12;DP=23;FAO=9,12;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=5,9;FSAR=4,3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0248459,-0.00665522;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=13.3149,82.8843;QD=30.6625;RBI=0.219519,0.186773;REFB=-0.118037,-0.110862;REVB=0.218109,0.186654;RO=4;SAF=5,9;SAR=2,3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0.357143,0;SSSB=0.298189,0.252575;STB=0.510181,0.545376;STBP=0.893,0.555;TYPE=del,snp;VARB=0.158122,0.0283233;OID=.,.;OPOS=419613,419617;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=TCCCC,TCCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.391304,0.521739:7,12:23:9,12:23:2:5,9:4,3:1:1:47:4:5,9:2,3:1:3 chr16 419639 . C G 36.42 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0287724;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.3018;QD=6.93736;RBI=0.0330493;REFB=-0.0470921;REVB=-0.0162607;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292794;STB=0.686886;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0622962;OID=.;OPOS=419639;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:2:4:6:9:2:4:6:9 chr16 420079 . C T 123.79 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0134143;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=160.143;QD=8.68722;RBI=0.0392312;REFB=-0.00331976;REVB=-0.0368665;RO=40;SAF=15;SAR=2;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.489105;STB=0.80172;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0135462;OID=.;OPOS=420079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:40:40:17:17:0.298246:2:15:22:18:2:15:22:18 chr16 426432 . T C 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0234419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.464;QD=10.1733;RBI=0.0236845;REFB=-0.019722;REVB=-0.00338153;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426681;STB=0.768236;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0414906;OID=.;OPOS=426432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:1:5:4:5:1:5:4:5 chr16 427435 . G T 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0248704;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=296.103;QD=23.4015;RBI=0.0316639;REFB=0.00959347;REVB=0.0195975;RO=2;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545342;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.00275696;OID=.;OPOS=427435;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:11:2:3:8:8:0.727273:4:4:1:1:4:4:1:2 chr16 427516 . T C 204.06 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.071;QD=48.0139;RBI=0.0185051;REFB=0;REVB=0.00625329;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000699767;OID=.;OPOS=427516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:9:7:0:0:10:7:0:0 chr16 427784 . G A 122.28 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0375114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.206;QD=15.7782;RBI=0.041024;REFB=-0.0163182;REVB=-0.0166092;RO=17;SAF=6;SAR=8;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195189;STB=0.611503;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0174153;OID=.;OPOS=427784;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:8:6:4:13:8:6:4:13 chr16 427820 . C T 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0207301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4102;QD=11.8302;RBI=0.0219195;REFB=0.0113422;REVB=0.00712243;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170436;STB=0.599834;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=-0.0150103;OID=.;OPOS=427820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:7:4:4:14:7:4:4:14 chr16 449345 . G C 69.68 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.0401961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5659;QD=6.48166;RBI=0.0755264;REFB=0.00106256;REVB=-0.0639414;RO=33;SAF=9;SAR=1;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.517228;STB=0.841302;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.0115778;OID=.;OPOS=449345;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:43:43:33:33:10:10:0.232558:1:9:18:15:1:9:18:15 chr16 449659 . G A 104.84 PASS AF=0.611111;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=-0.0209763;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.822;QD=23.2972;RBI=0.0746918;REFB=-0.0240283;REVB=0.0716859;RO=6;SAF=9;SAR=1;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224249;STB=0.624814;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0421146;OID=.;OPOS=449659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:19:18:6:6:10:11:0.611111:1:9:6:0:2:9:6:0 chr16 450165 . T C 76.62 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0170931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2189;QD=12.7696;RBI=0.0848542;REFB=-0.0741657;REVB=-0.0831148;RO=14;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703453;STB=0.541584;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.0366537;OID=.;OPOS=450165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:5:5:6:8:5:5:6:8 chr16 456416 . T G 51.51 PASS AF=0.222222;AO=7;DP=35;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0197358;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.855;QD=5.72365;RBI=0.0284566;REFB=-0.00691805;REVB=0.0205005;RO=27;SAF=5;SAR=2;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159261;STB=0.543368;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0222642;OID=.;OPOS=456416;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:36:27:28:7:8:0.222222:2:5:16:11:3:5:16:12 chr16 570557 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000338867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.764;QD=50.4135;RBI=0.0271691;REFB=0;REVB=0.027167;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119078;OID=.;OPOS=570557;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr16 572178 . AT A 31.54 PASS AF=0.423077;AO=12;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=-0.133087;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.46088;QD=4.85299;RBI=0.166619;REFB=-0.11085;REVB=0.100249;RO=12;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2754;STB=0.705602;STBP=0.169;TYPE=del;VARB=0.158903;OID=.;OPOS=572179;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423077:12:26:11:26:15:4:7:1:14:31:12:4:8:1:11 chr16 601632 . T C 904.21 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.0388;QD=57.4103;RBI=0.0133825;REFB=0;REVB=-0.00681502;RO=1;SAF=34;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165629;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.31483e-05;OID=.;OPOS=601632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:1:0:62:63:1:28:34:0:1:29:34:0:0 chr16 602313 . C A 327.33 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319706;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5266;QD=54.5542;RBI=0.036752;REFB=0;REVB=-0.0181271;RO=0;SAF=20;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212241;OID=.;OPOS=602313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:4:20:0:0:4:20:0:0 chr16 603471 . A G 138.96 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0373897;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.549;QD=17.3701;RBI=0.0399808;REFB=-0.000887368;REVB=0.0141588;RO=16;SAF=3;SAR=12;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207948;STB=0.644946;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.000439425;OID=.;OPOS=603471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:17:15:15:0.46875:12:3:6:10:12:3:7:10 chr16 622565 . A G 197.8 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00746287;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2388;QD=16.1468;RBI=0.0288243;REFB=-0.0229101;REVB=-0.0278414;RO=28;SAF=16;SAR=5;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187176;STB=0.607965;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0508928;OID=.;OPOS=622565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:5:16:17:11:5:16:17:11 chr16 624713 . C T 340.26 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0503732;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.144;QD=28.9579;RBI=0.0528495;REFB=-0.0286832;REVB=0.0159875;RO=18;SAF=9;SAR=20;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185217;STB=0.510197;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0196639;OID=.;OPOS=624713;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:18:18:29:29:0.617021:20:9:6:12:20:9:6:12 chr16 632073 . C T 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.00316479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.071;QD=9.5696;RBI=0.0437315;REFB=-0.0136729;REVB=-0.0436169;RO=14;SAF=5;SAR=3;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397462;STB=0.68318;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00598881;OID=.;OPOS=632073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:14:15:8:8:0.347826:3:5:13:1:3:5:13:2 chr16 632115 . G A 45.0 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0262526;FXX=0.0333222;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.578;QD=6.207;RBI=0.027235;REFB=-0.0203007;REVB=-0.00724861;RO=19;SAF=3;SAR=4;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407997;STB=0.716445;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0449467;OID=.;OPOS=632115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:29:29:19:22:7:7:0.241379:4:3:15:4:4:3:16:6 chr16 632138 . C T 60.91 PASS AF=0.290323;AO=8;DP=30;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0761064;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.266;QD=7.85892;RBI=0.0841279;REFB=-0.0418223;REVB=-0.0358513;RO=21;SAF=2;SAR=6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417917;STB=0.788103;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0568752;OID=.;OPOS=632138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:30:31:21:22:8:9:0.290323:6:2:13:8:7:2:14:8 chr16 632180 . G C 109.97 PASS AF=0.358974;AO=13;DP=38;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0289602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.553;QD=11.2785;RBI=0.0307507;REFB=-0.0263418;REVB=-0.0103398;RO=25;SAF=3;SAR=10;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344812;STB=0.718031;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0280695;OID=.;OPOS=632180;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:25:25:13:14:0.358974:10:3:13:12:11:3:13:12 chr16 632198 . T A 130.9 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0338331;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.29;QD=13.0896;RBI=0.033875;REFB=0.00235232;REVB=0.00168481;RO=23;SAF=3;SAR=12;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376672;STB=0.70558;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.00292606;OID=.;OPOS=632198;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:25:15:15:0.375:12:3:12:11:12:3:12:13 chr16 632225 . T C 140.69 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00593005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.1427;QD=13.0874;RBI=0.0204553;REFB=-0.00515173;REVB=-0.0195769;RO=26;SAF=1;SAR=15;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.609186;STB=0.878063;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00526851;OID=.;OPOS=632225;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:27:16:16:0.372093:15:1:12:14:15:1:13:14 chr16 632230 . CG C 157.83 PASS AF=0.382979;AO=17;DP=46;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0184047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.305;QD=13.4325;RBI=0.0185113;REFB=-0.00988218;REVB=0.0019842;RO=29;SAF=3;SAR=14;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420799;STB=0.755984;STBP=0.018;TYPE=del;VARB=0.0102909;OID=.;OPOS=632231;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382979:17:46:18:47:29:3:15:15:14:99:29:3:14:15:14 chr16 632233 . T C 155.33 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.10099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8431;QD=13.2193;RBI=0.110409;REFB=-0.0106096;REVB=-0.0446227;RO=29;SAF=3;SAR=15;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433516;STB=0.755984;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0207424;OID=.;OPOS=632233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:15:3:15:14:15:3:15:14 chr16 633125 . T C 524.05 PASS AF=0.464;AO=56;DP=123;FAO=58;FDP=125;FR=.;FRO=67;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=46;FSRR=21;FWDB=-0.0204543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.688;QD=16.7696;RBI=0.0342058;REFB=-0.0155877;REVB=0.0274164;RO=67;SAF=30;SAR=26;SRF=46;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150611;STB=0.591409;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0313677;OID=.;OPOS=633125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:67:67:56:58:0.464:26:30:46:21:28:30:46:21 chr16 633353 . TG CA 262.72 PASS AF=0.330189;AO=34;DP=106;FAO=35;FDP=106;FR=.;FRO=71;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=41;FWDB=-0.0359757;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=215.089;QD=9.91395;RBI=0.0370213;REFB=-0.0175721;REVB=-0.0087364;RO=70;SAF=12;SAR=22;SRF=29;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755238;STB=0.535957;STBP=0.605;TYPE=mnp;VARB=0.0255185;OID=.;OPOS=633353;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:70:71:34:35:0.330189:22:12:29:41:22:13:30:41 chr16 633764 . G A 224.71 PASS AF=0.337349;AO=28;DP=83;FAO=28;FDP=83;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=46;FWDB=-0.0234296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7828;QD=10.8296;RBI=0.0258691;REFB=-0.00672333;REVB=0.0109665;RO=55;SAF=5;SAR=23;SRF=9;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297294;STB=0.517229;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00964331;OID=.;OPOS=633764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:55:55:28:28:0.337349:23:5:9:46:23:5:9:46 chr16 678843 . C T 261.57 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0701863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8713;QD=14.7363;RBI=0.0710786;REFB=-0.0279827;REVB=-0.0112272;RO=41;SAF=16;SAR=14;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145001;STB=0.582036;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0414376;OID=.;OPOS=678843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:41:41:30:30:0.422535:14:16:16:25:14:16:16:25 chr16 679814 . T C 1367.51 PASS AF=0.96;AO=92;DP=96;FAO=96;FDP=100;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0429256;FXX=0.00990001;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8134;QD=54.7004;RBI=0.0488018;REFB=-0.0234617;REVB=0.0232164;RO=4;SAF=31;SAR=61;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300735;STB=0.515622;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0176852;OID=.;OPOS=679814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:96:100:4:4:92:96:0.96:61:31:0:4:62:34:0:4 chr16 681280 . G T 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0354336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.592;QD=15.8391;RBI=0.065936;REFB=-0.0505479;REVB=-0.0556059;RO=7;SAF=7;SAR=1;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313286;STB=0.518471;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0326441;OID=.;OPOS=681280;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:1:7:6:1:1:7:6:1 chr16 688117 . C T 397.87 PASS AF=0.590909;AO=39;DP=66;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0980431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.971;QD=24.1131;RBI=0.107868;REFB=-0.0136238;REVB=-0.0449787;RO=27;SAF=17;SAR=22;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116811;STB=0.56407;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00921502;OID=.;OPOS=688117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:27:27:39:39:0.590909:22:17:16:11:22:17:16:11 chr16 701656 . C T 221.11 PASS AF=0.740741;AO=20;DP=26;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0249672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.856;QD=32.7573;RBI=0.0315066;REFB=-0.0201799;REVB=-0.0192173;RO=1;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0400637;STB=0.505612;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0044809;OID=.;OPOS=701656;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:27:1:7:20:20:0.740741:11:9:0:1:11:9:3:4 chr16 705844 . T C 143.7 PASS AF=0.823529;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0607274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.532;QD=33.8126;RBI=0.124446;REFB=0.00171371;REVB=-0.108623;RO=3;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143087;STB=0.57884;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.0103678;OID=.;OPOS=705844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:17:17:3:3:14:14:0.823529:6:8:3:0:6:8:3:0 chr16 705920 . G C 206.88 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0582497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2242;QD=48.6775;RBI=0.0820647;REFB=0;REVB=-0.0578064;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29616e-05;OID=.;OPOS=705920;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr16 708275 . C A 886.11 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0475648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.5728;QD=57.1684;RBI=0.100389;REFB=0;REVB=0.088406;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152291;OID=.;OPOS=708275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:62:0:0:58:62:1:28:30:0:0:31:31:0:0 chr16 709001 . C A 357.48 PASS AF=0.931034;AO=26;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0435994;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=161.474;QD=49.3073;RBI=0.0498871;REFB=-0.0646025;REVB=0.0242449;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.526297;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00128333;OID=.;OPOS=709001;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:0:2:26:27:0.931034:8:18:0:0:9:18:2:0 chr16 711687 . T TGAC 305.7 PASS AF=0.435897;AO=30;DP=79;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=37;FSRR=7;FWDB=0.00282128;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=3;MLLD=202.065;QD=15.6768;RBI=0.0175214;REFB=-0.00242576;REVB=0.0172927;RO=44;SAF=24;SAR=6;SRF=37;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703694;STB=0.599162;STBP=0.221;TYPE=ins;VARB=0.00338947;OID=.;OPOS=711688;OREF=-;OALT=GAC;OMAPALT=TGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.435897:30:79:34:78:44:24:10:37:7:99:44:24:6:37:7 chr16 711712 . C T 1218.74 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.103473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.944;QD=58.7347;RBI=0.156831;REFB=-0.177115;REVB=0.117853;RO=1;SAF=51;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0155208;STB=0.503342;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0028072;OID=.;OPOS=711712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:1:2:81:81:0.975904:30:51:0:1:30:51:1:1 chr16 711905 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.613;QD=56.1916;RBI=0.0982011;REFB=0;REVB=-0.0959507;RO=0;SAF=22;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000560426;OID=.;OPOS=711905;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:6:22:0:0:6:22:0:0 chr16 712867 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.106;QD=51.9164;RBI=0.0364671;REFB=0;REVB=0.0073392;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163125;OID=.;OPOS=712867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chr16 715990 . G A,C 690.25 PASS AF=0.911111,0.0888889;AO=41,4;DP=46;FAO=41,4;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16,4;FSAR=25,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0696582,0.0184186;FXX=0.0217344;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=49.4323,215.491;QD=61.3551;RBI=0.122617,0.0185542;REFB=0,0;REVB=0.10091,-0.00223968;RO=0;SAF=16,4;SAR=25,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.1719e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00872703,0.0302158;OID=.,.;OPOS=715990,715990;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:46:45:0:0:41,4:41,4:0.911111,0.0888889:25,0:16,4:0:0:25,0:16,4:0:0 chr16 717523 . G T 836.11 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225306;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.567;QD=57.6625;RBI=0.0416094;REFB=0;REVB=0.0349816;RO=0;SAF=22;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103433;OID=.;OPOS=717523;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:36:22:0:0:36:22:0:0 chr16 720986 . G A 147.58 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0270992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.963;QD=36.8955;RBI=0.0678927;REFB=-0.0699615;REVB=0.0622499;RO=1;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0534678;STB=0.555478;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00280268;OID=.;OPOS=720986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:1:2:14:14:0.875:8:6:0:1:8:6:0:2 chr16 721053 . TG CT,T 160.99 PASS AF=0,0.439024;AO=3,13;DP=42;FAO=0,18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=0,10;FSAR=0,8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00571238,-0.00406153;FXX=0.0465008;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=28.7565,20.6997;QD=15.7061;RBI=0.0632354,0.0871822;REFB=-0.006345,-0.00649853;REVB=0.0629768,0.0870876;RO=21;SAF=2,6;SAR=1,7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.107737,-0.114735;STB=0.5,0.505488;STBP=1,0.959;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0203294;OID=.,.;OPOS=721053,721054;OREF=TG,G;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:42:41:21:23:3,13:0,18:0,0.439024:1,7:2,6:12:9:0,8:0,10:13:10 chr16 722331 . C T 207.13 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603225;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.876;QD=48.7371;RBI=0.0604101;REFB=0;REVB=-0.00325176;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308816;OID=.;OPOS=722331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:7:9:0:0:7:10:0:0 chr16 722548 . A G 166.28 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563922;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.214;QD=47.5079;RBI=0.0574521;REFB=0;REVB=-0.0109847;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000935081;OID=.;OPOS=722548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr16 735921 . T C 191.2 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0802034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.576;QD=47.7999;RBI=0.0867624;REFB=0;REVB=0.0330928;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00103387;OID=.;OPOS=735921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr16 740403 . TC T,TG 351.93 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=4,22;DP=26;FAO=1,25;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=1,13;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167169,0.0364693;FXX=0.0370233;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=152.519,48.1026;QD=54.1426;RBI=0.0211589,0.101148;REFB=0,0;REVB=0.0129709,0.0943442;RO=0;SAF=1,13;SAR=3,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.86674e-08,-5.2029e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0798719,0.0106846;OID=.,.;OPOS=740404,740404;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0384615,0.961538:4,22:26:1,25:26:0:1,13:0,12:0:0:6:0:1,13:3,9:0:0 chr16 746884 . A C 2244.17 PASS AF=0.986395;AO=138;DP=142;FAO=145;FDP=147;FR=.;FRO=2;FSAF=87;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0190799;FXX=0.0067563;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4084;QD=61.0659;RBI=0.0413362;REFB=0.00870607;REVB=0.0366693;RO=3;SAF=85;SAR=53;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261463;STB=0.508473;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.000736459;OID=.;OPOS=746884;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:142:147:3:2:138:145:0.986395:53:85:0:3:58:87:0:2 chr16 746914 . G A 2256.56 PASS AF=0.986301;AO=143;DP=145;FAO=144;FDP=146;FR=.;FRO=2;FSAF=86;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00937817;FXX=0.00680226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.8;QD=61.8235;RBI=0.012847;REFB=-0.0311751;REVB=0.00878042;RO=2;SAF=86;SAR=57;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00277176;STB=0.501383;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.000110879;OID=.;OPOS=746914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:145:146:2:2:143:144:0.986301:57:86:1:1:58:86:1:1 chr16 772061 . C T 460.4 PASS AF=0.85;AO=34;DP=41;FAO=34;FDP=40;FR=.;FRO=6;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0169074;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.954;QD=46.0403;RBI=0.0222258;REFB=0.000130573;REVB=0.0144267;RO=3;SAF=18;SAR=16;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296888;STB=0.529394;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=9.172e-05;OID=.;OPOS=772061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:41:40:3:6:34:34:0.85:16:18:1:2:16:18:2:4 chr16 772141 . G C 357.23 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00919944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.516;QD=49.2735;RBI=0.0276049;REFB=-0.244824;REVB=0.0260269;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.531227;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0061251;OID=.;OPOS=772141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:0:2:27:27:0.931034:12:15:0:0:12:15:2:0 chr16 773341 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0212429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.328;QD=42.1826;RBI=0.0414392;REFB=0;REVB=-0.0355801;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00027634;OID=.;OPOS=773341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr16 774692 . A G 871.01 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313234;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0617;QD=58.0676;RBI=0.0331326;REFB=0;REVB=0.0107988;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159251;OID=.;OPOS=774692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr16 778024 . T C 191.26 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.716;QD=47.8138;RBI=0.0409833;REFB=0;REVB=-0.0187493;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000685092;OID=.;OPOS=778024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:8:7:0:0:8:8:0:0 chr16 778820 . G A 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0039563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4725;QD=62.3485;RBI=0.00399997;REFB=0;REVB=0.000589459;RO=0;SAF=23;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.56279e-05;OID=.;OPOS=778820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:20:23:0:0:20:23:0:0 chr16 781633 . G A,C 547.26 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=35,2;DP=37;FAO=36,2;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=23,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219722,0.0788491;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=93.6214,75.6355;QD=57.6061;RBI=0.0739775,0.0818562;REFB=0,0;REVB=0.0706392,-0.0219828;RO=0;SAF=13,0;SAR=22,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.39865e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00326609,0.155568;OID=.,.;OPOS=781633,781633;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:37:38:0:0:35,2:36,2:0.947368,0.0526316:22,2:13,0:0:0:23,2:13,0:0:0 chr16 784765 . C T 160.3 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.148449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4086;QD=45.8011;RBI=0.148639;REFB=0;REVB=-0.00752025;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00291139;OID=.;OPOS=784765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr16 814942 . G A 172.77 PASS AF=0.487179;AO=17;DP=38;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0223125;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.376;QD=17.7203;RBI=0.0304272;REFB=-0.0281096;REVB=0.0206874;RO=19;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145576;STB=0.537776;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0311389;OID=.;OPOS=814942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:19:20:17:19:0.487179:8:9:13:6:8:11:13:7 chr16 818559 . A G 86.8 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00990222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.491;QD=24.7998;RBI=0.0631158;REFB=-0.0875259;REVB=-0.0623342;RO=4;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0444497;OID=.;OPOS=818559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:5:5:2:2:5:5:2:2 chr16 818643 . T C 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0364699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.238;QD=22.6771;RBI=0.0394342;REFB=-0.0545112;REVB=0.0150001;RO=5;SAF=9;SAR=1;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194936;STB=0.608515;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0266807;OID=.;OPOS=818643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:1:9:5:0:1:9:5:0 chr16 818807 . C T 101.65 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0104722;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.147;QD=16.9419;RBI=0.0693544;REFB=-0.015221;REVB=0.0685592;RO=11;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183634;STB=0.588084;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=0.0169743;OID=.;OPOS=818807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:24:24:11:12:12:12:0.5:4:8:5:6:4:8:6:6 chr16 819434 . C T 167.13 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=0.00216087;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.983;QD=14.5329;RBI=0.0566727;REFB=-0.0126734;REVB=0.0566315;RO=29;SAF=9;SAR=9;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240428;STB=0.65202;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0173061;OID=.;OPOS=819434;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:29:28:18:18:0.391304:9:9:21:8:9:9:21:7 chr16 819441 . G C 174.63 PASS AF=0.4;AO=17;DP=48;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=-0.00955143;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7059;QD=13.9706;RBI=0.0113692;REFB=-0.0202209;REVB=0.00616678;RO=29;SAF=9;SAR=8;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216105;STB=0.619887;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0124227;OID=.;OPOS=819441;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:29:30:17:20:0.4:8:9:21:8:10:10:21:9 chr16 823174 . C G 254.97 PASS AF=0.333333;AO=31;DP=93;FAO=31;FDP=93;FR=.;FRO=62;FSAF=26;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=30;FWDB=0.00428378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.085;QD=10.9663;RBI=0.034181;REFB=-0.0128401;REVB=-0.0339115;RO=61;SAF=26;SAR=5;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.427949;STB=0.758145;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.025057;OID=.;OPOS=823174;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:61:62:31:31:0.333333:5:26:32:29:5:26:32:30 chr16 824284 . C T 200.85 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0150628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0458;QD=20.5998;RBI=0.0218338;REFB=-0.00854584;REVB=0.015806;RO=17;SAF=3;SAR=17;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.359524;STB=0.738853;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0076618;OID=.;OPOS=824284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:19:20:20:0.512821:17:3:8:9:17:3:10:9 chr16 824480 . C T 158.75 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0335134;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.8289;QD=17.6393;RBI=0.0336649;REFB=0.0094282;REVB=-0.00319;RO=19;SAF=2;SAR=15;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456313;STB=0.767061;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00905967;OID=.;OPOS=824480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:15:2:9:10:15:2:9:10 chr16 825255 . G A 150.03 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0432382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.806;QD=19.3585;RBI=0.0432493;REFB=-0.0230379;REVB=0.000980375;RO=15;SAF=11;SAR=5;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0464188;STB=0.526284;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=0.0194661;OID=.;OPOS=825255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:5:11:11:4:5:11:11:4 chr16 835298 . C T 169.49 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=-0.009951;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.681;QD=16.5359;RBI=0.017015;REFB=-0.0139026;REVB=0.0138017;RO=23;SAF=6;SAR=12;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455555;STB=0.757322;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.026008;OID=.;OPOS=835298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:12:6:19:4:12:6:19:4 chr16 839262 . A G 1347.21 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0775092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.613;QD=61.9405;RBI=0.0775098;REFB=0;REVB=-0.000294195;RO=0;SAF=26;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173432;OID=.;OPOS=839262;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:0:0:85:87:1:59:26:0:0:59:28:0:0 chr16 839269 . G A 385.35 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=15;FSRR=31;FWDB=0.0439299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6462;QD=17.9234;RBI=0.061602;REFB=0.00704724;REVB=0.0431853;RO=44;SAF=12;SAR=28;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201241;STB=0.516385;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=-0.00845906;OID=.;OPOS=839269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:46:40:40:0.465116:28:12:14:30:28:12:15:31 chr16 840378 . A G 195.77 PASS AF=0.612903;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.024669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8237;QD=25.2601;RBI=0.0465304;REFB=-0.0543365;REVB=-0.0394528;RO=12;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0031244;STB=0.50174;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0384615;OID=.;OPOS=840378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:12:12:19:19:0.612903:11:8:5:7:11:8:5:7 chr16 840599 . C T 296.08 PASS AF=0.54;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=22;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0245928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.416;QD=23.6864;RBI=0.0481333;REFB=-0.0339885;REVB=-0.0413764;RO=21;SAF=5;SAR=22;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00687199;STB=0.523791;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0263807;OID=.;OPOS=840599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:21:23:27:27:0.54:22:5:4:17:22:5:5:18 chr16 843067 . G A 208.86 PASS AF=0.76;AO=18;DP=25;FAO=19;FDP=25;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.000606497;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.696;QD=33.4173;RBI=0.0625764;REFB=-0.0395198;REVB=0.0625734;RO=6;SAF=15;SAR=3;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152851;STB=0.578874;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0120854;OID=.;OPOS=843067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:25:25:6:6:18:19:0.76:3:15:6:0:3:16:6:0 chr16 848755 . G A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0697484;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.986;QD=13.6295;RBI=0.0717988;REFB=0.00954026;REVB=0.0170362;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494619;STB=0.529338;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.0315003;OID=.;OPOS=848755;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:4:5:4:4:4:5 chr16 855717 . C G 427.66 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0562838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.087;QD=51.8372;RBI=0.0566;REFB=-0.131106;REVB=0.00597414;RO=2;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466135;STB=0.524984;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0014675;OID=.;OPOS=855717;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:19:12:0:2:19:12:0:2 chr16 929711 . C T 153.98 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0116914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.755;QD=14.3233;RBI=0.0125341;REFB=-0.0118988;REVB=-0.0045184;RO=26;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115094;STB=0.566399;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0165995;OID=.;OPOS=929711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:10:7:8:18:10:7:8:18 chr16 984113 . C A 156.12 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0368226;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.314;QD=15.612;RBI=0.0401037;REFB=-0.0347588;REVB=0.0158873;RO=20;SAF=9;SAR=8;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115476;STB=0.596906;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0352902;OID=.;OPOS=984113;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:23:17:17:0.425:8:9:13:7:8:9:16:7 chr16 1004554 . C T 241.17 PASS AF=0.424242;AO=27;DP=66;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.0226987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.014;QD=14.6163;RBI=0.0251265;REFB=-0.0365687;REVB=-0.0107755;RO=38;SAF=10;SAR=17;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109752;STB=0.570085;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0379112;OID=.;OPOS=1004554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:38:38:27:28:0.424242:17:10:18:20:18:10:18:20 chr16 1034834 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4399;QD=60.2298;RBI=0.0389199;REFB=0;REVB=-0.032181;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000559991;OID=.;OPOS=1034834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:20:17:0:0:20:17:0:0 chr16 1035456 . A G 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=1;FSRF=20;FSRR=2;FWDB=-0.0104688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.829;QD=20.5464;RBI=0.0224396;REFB=-0.0160893;REVB=-0.0198479;RO=22;SAF=21;SAR=1;SRF=20;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183916;STB=0.605655;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0204766;OID=.;OPOS=1035456;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:1:21:20:2:1:21:20:2 chr16 1116169 . A G 77.61 PASS AF=0.4;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.049596;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.275;QD=12.4178;RBI=0.0529943;REFB=-0.00319035;REVB=-0.0186719;RO=14;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119127;STB=0.558016;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0140975;OID=.;OPOS=1116169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:26:25:14:15:10:10:0.4:8:2:4:10:8:2:4:11 chr16 1116213 . G A 43.68 PASS AF=0.75;AO=6;DP=8;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0577052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.6177;QD=21.8422;RBI=0.0610626;REFB=0.00202183;REVB=0.0199688;RO=2;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772509;STB=0.545299;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00259542;OID=.;OPOS=1116213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:8:8:2:2:6:6:0.75:2:4:1:1:2:4:1:1 chr16 1116445 . A G 199.63 PASS AF=0.944444;AO=13;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0314212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.231;QD=44.3618;RBI=0.165122;REFB=0.00853522;REVB=0.162104;RO=1;SAF=12;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0363094;STB=0.519977;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.000522734;OID=.;OPOS=1116445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:13:17:0.944444:1:12:1:0:5:12:1:0 chr16 1129872 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.798;QD=35.5759;RBI=0.0596725;REFB=0;REVB=0.0304285;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00235661;OID=.;OPOS=1129872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr16 1130568 . TGGGGGC TGGGG,TGGGGC 85.17 PASS AF=0.545455,0.136364;AO=8,4;DP=22;FAO=12,3;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=3,0;FSAR=9,3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0175909,0.0627464;FXX=0.0434594;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=16.0658,10.0138;QD=15.4852;RBI=0.0598531,0.218791;REFB=-0.0783966,-0.0705593;REVB=-0.0572098,-0.209601;RO=5;SAF=2,1;SAR=6,3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0.305263,0.305263;SSEP=0,0;SSSB=-0.121731,-0.15474;STB=0.580502,0.99534;STBP=0.418,0.14;TYPE=del,del;VARB=0.0689273,-0.0151156;OID=.,.;OPOS=1130573,1130569;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=TGGGG,TGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.545455,0.136364:8,4:22:12,3:22:7:3,0:9,3:3:4:33:5:2,1:6,3:2:3 chr16 1131181 . C G,T 1124.49 PASS AF=0.0379747,0.936709;AO=3,73;DP=78;FAO=3,74;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=0,35;FSAR=3,39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0108073,0.0427979;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=14.2515,146.422;QD=56.9364;RBI=0.0699356,0.0428132;REFB=-0.0461302,0.0271451;REVB=-0.0690956,-0.00114369;RO=2;SAF=0,34;SAR=3,39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.023638;STB=0.5,0.512497;STBP=1,0.242;TYPE=snp,snp;VARB=0.021956,-0.00136545;OID=.,.;OPOS=1131181,1131181;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:78:79:2:2:3,73:3,74:0.0379747,0.936709:3,39:0,34:0:2:3,39:0,35:0:2 chr16 1131393 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.13;QD=47.8217;RBI=0.0751541;REFB=0;REVB=0.0548415;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00187146;OID=.;OPOS=1131393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:5:11:0:0:5:11:0:0 chr16 1252369 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.631;QD=49.5992;RBI=0.0888161;REFB=0;REVB=0.0869856;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447146;OID=.;OPOS=1252369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:5:13:0:0:5:13:0:0 chr16 1260481 . T C 272.36 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0403527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.912;QD=51.8779;RBI=0.0785524;REFB=0;REVB=-0.0673954;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00088646;OID=.;OPOS=1260481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:12:8:0:0:12:9:0:0 chr16 1261219 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.719;QD=56.9381;RBI=0.0699012;REFB=0;REVB=0.0408807;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000564444;OID=.;OPOS=1261219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr16 1261222 . A G 740.4 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1674;QD=56.9537;RBI=0.0212376;REFB=0;REVB=0.00439404;RO=0;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279027;OID=.;OPOS=1261222;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:28:24:0:0:28:24:0:0 chr16 1261282 . T C 392.32 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00683069;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.276;QD=50.6217;RBI=0.00685467;REFB=-0.0775652;REVB=-0.000572873;RO=2;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0443379;STB=0.523793;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.000550523;OID=.;OPOS=1261282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:20:9:0:2:20:9:0:2 chr16 1265600 . G A 57.3 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0355492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.671;QD=12.7332;RBI=0.0366356;REFB=-0.00530476;REVB=0.00885551;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187303;STB=0.610847;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0273403;OID=.;OPOS=1265600;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:4:4:3:7:4:4:3:7 chr16 1268494 . C T 147.64 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0341992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.463;QD=36.9087;RBI=0.0769259;REFB=-0.0637509;REVB=0.0689058;RO=2;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150537;STB=0.583212;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0016126;OID=.;OPOS=1268494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:14:14:0.875:9:5:2:0:9:5:2:0 chr16 1269029 . T C 163.38 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.655;QD=43.5679;RBI=0.0313517;REFB=0;REVB=-0.0102582;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00107482;OID=.;OPOS=1269029;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:14:15:1:6:8:0:0:6:9:0:0 chr16 1270162 . G A 538.21 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2774;QD=59.8011;RBI=0.0479571;REFB=0;REVB=0.0446415;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000485457;OID=.;OPOS=1270162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chr16 1271890 . G T 419.06 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0655521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.113;QD=54.0728;RBI=0.173967;REFB=-0.154306;REVB=0.161144;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.518506;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00726972;OID=.;OPOS=1271890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:31:31:0:1:30:30:0.967742:13:17:0:0:13:17:0:1 chr16 1272038 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0914899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3616;QD=46.8477;RBI=0.0940161;REFB=0;REVB=0.0216474;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00214107;OID=.;OPOS=1272038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr16 1272865 . G A 1872.59 PASS AF=0.992;AO=118;DP=119;FAO=124;FDP=125;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0106715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.64;QD=59.9228;RBI=0.0130203;REFB=-0.156951;REVB=0.00745964;RO=1;SAF=68;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00693398;STB=0.503546;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000678974;OID=.;OPOS=1272865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:125:1:1:118:124:0.992:50:68:1:0:54:70:1:0 chr16 1272881 . C T 210.53 PASS AF=0.277778;AO=28;DP=102;FAO=30;FDP=108;FR=.;FRO=78;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=37;FWDB=-0.00973491;FXX=0.00917347;HRUN=5;LEN=1;MLLD=216.603;QD=7.79741;RBI=0.0107551;REFB=-0.00808381;REVB=-0.00457209;RO=50;SAF=17;SAR=11;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764862;STB=0.55468;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0159243;OID=.;OPOS=1272881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:108:50:78:28:30:0.277778:11:17:27:23:12:18:41:37 chr16 1278743 . G GT 191.68 PASS AF=1;AO=2;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.129138;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=98.4157;QD=45.1018;RBI=0.139377;REFB=0;REVB=0.0524323;RO=15;SAF=1;SAR=1;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173623;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00103365;OID=.;OPOS=1278744;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:17:17:17:0:6:11:0:0:4:15:1:1:5:10 chr16 1278744 . C T 162.4 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0383559;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.196;QD=38.2114;RBI=0.0435099;REFB=-0.145467;REVB=0.0205412;RO=2;SAF=5;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394328;STB=0.52171;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00458883;OID=.;OPOS=1278744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:17:2:2:15:15:0.882353:10:5:1:1:10:5:1:1 chr16 1278767 . C T 120.19 PASS AF=1;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647815;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.392;QD=43.7065;RBI=0.0767931;REFB=0;REVB=0.0412375;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00161026;OID=.;OPOS=1278767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr16 1279574 . C G 130.31 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.068;QD=43.4356;RBI=0.0557048;REFB=0;REVB=0.0544677;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102047;OID=.;OPOS=1279574;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr16 1279584 . T C 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000898672;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4403;QD=46.8441;RBI=0.0152201;REFB=0;REVB=-0.0151936;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000460311;OID=.;OPOS=1279584;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr16 1279623 . G A 289.34 PASS AF=1;AO=15;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.794;QD=52.6072;RBI=0.0555233;REFB=0;REVB=0.0369052;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164202;OID=.;OPOS=1279623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:15:22:1:11:4:0:0:13:9:0:0 chr16 1279704 . A G 108.85 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.0210407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.4988;QD=24.1892;RBI=0.0393576;REFB=-0.00611091;REVB=-0.0332612;RO=6;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225437;STB=0.624825;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00214705;OID=.;OPOS=1279704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:9:3:0:6:9:3:0:6 chr16 1279710 . G A 124.15 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0579211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.646;QD=27.5896;RBI=0.0939125;REFB=0.0359053;REVB=0.0739236;RO=5;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181061;STB=0.599866;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=-0.0126678;OID=.;OPOS=1279710;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:10:3:0:5:10:3:0:5 chr16 1279713 . C CG 64.34 PASS AF=0.705882;AO=2;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0965843;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=32.8795;QD=15.139;RBI=0.0982402;REFB=-0.034222;REVB=-0.0179611;RO=15;SAF=1;SAR=1;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.448831;STB=0.608539;STBP=0.309;TYPE=ins;VARB=0.0483764;OID=.;OPOS=1279714;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.705882:2:17:12:17:5:3:9:0:5:9:15:1:1:2:13 chr16 1279714 . A G 105.73 PASS AF=0.705882;AO=11;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0859917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5151;QD=24.8768;RBI=0.116342;REFB=-0.0179552;REVB=-0.0783639;RO=4;SAF=2;SAR=9;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163533;STB=0.608539;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00556985;OID=.;OPOS=1279714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:17:17:4:5:11:12:0.705882:9:2:0:4:9:3:0:5 chr16 1279717 . C T 110.71 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0976992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.595;QD=26.049;RBI=0.0989984;REFB=-0.0134173;REVB=0.0159859;RO=5;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196058;STB=0.608539;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00461328;OID=.;OPOS=1279717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:9:3:0:5:9:3:0:5 chr16 1279732 . C A 52.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0331974;FXX=0.0832639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.942;QD=19.1092;RBI=0.0349858;REFB=0.00079865;REVB=0.0110424;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250326;STB=0.64252;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00461337;OID=.;OPOS=1279732;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:12:11:4:4:7:7:0.636364:5:2:0:4:5:2:0:4 chr16 1291188 . C T 154.94 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.0135318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6916;QD=32.6183;RBI=0.0136839;REFB=0.0107611;REVB=-0.0020348;RO=4;SAF=9;SAR=6;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165193;STB=0.590796;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00172505;OID=.;OPOS=1291188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:19:4:4:15:15:0.789474:6:9:4:0:6:9:4:0 chr16 1291597 . C G 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00988525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.646;QD=32.822;RBI=0.0257744;REFB=0.0136026;REVB=0.0238034;RO=1;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984833;STB=0.555432;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00023514;OID=.;OPOS=1291597;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:5:4:1:0:5:4:1:0 chr16 1306355 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.185079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2484;QD=40.7621;RBI=0.185186;REFB=0;REVB=-0.00628927;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0119964;OID=.;OPOS=1306355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr16 1306559 . AG A 56.82 PASS AF=0.444444;AO=7;DP=19;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0407425;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.1722;QD=12.6264;RBI=0.0731479;REFB=0.0517122;REVB=0.0607508;RO=9;SAF=6;SAR=1;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131013;STB=0.535622;STBP=0.828;TYPE=del;VARB=-0.0568741;OID=.;OPOS=1306560;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.444444:7:19:8:18:10:6:2:7:3:56:9:6:1:7:2 chr16 1306671 . G A 163.59 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.000232096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.007;QD=20.4487;RBI=0.0332955;REFB=-0.0130606;REVB=0.0332947;RO=15;SAF=5;SAR=12;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213639;STB=0.621364;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00924239;OID=.;OPOS=1306671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:12:5:8:7:12:5:8:7 chr16 1306681 . G A 177.29 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00855546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.452;QD=21.4895;RBI=0.0175299;REFB=-0.0149742;REVB=0.0153003;RO=15;SAF=5;SAR=13;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226244;STB=0.628102;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00953879;OID=.;OPOS=1306681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:13:5:8:7:13:5:8:7 chr16 1306918 . C T 123.72 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=13;FWDB=0.00235555;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.603;QD=8.68209;RBI=0.0103087;REFB=-0.0037989;REVB=0.010036;RO=39;SAF=8;SAR=9;SRF=27;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257519;STB=0.641392;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0228329;OID=.;OPOS=1306918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:39:40:17:17:0.298246:9:8:27:12:9:8:27:13 chr16 1306921 . G A 120.99 PASS AF=0.288136;AO=17;DP=59;FAO=17;FDP=59;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0151182;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.986;QD=8.20278;RBI=0.0172294;REFB=0.000170706;REVB=-0.00826393;RO=42;SAF=9;SAR=8;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166067;STB=0.599079;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=-0.000624509;OID=.;OPOS=1306921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:42:42:17:17:0.288136:8:9:28:14:8:9:28:14 chr16 1306927 . C T 112.32 PASS AF=0.275862;AO=16;DP=58;FAO=16;FDP=58;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=-0.00381434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.682;QD=7.74613;RBI=0.0548926;REFB=-0.0221018;REVB=0.0547599;RO=42;SAF=8;SAR=8;SRF=29;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230171;STB=0.637772;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0284159;OID=.;OPOS=1306927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:42:42:16:16:0.275862:8:8:29:13:8:8:29:13 chr16 1306971 . A G 100.47 PASS AF=0.265306;AO=13;DP=49;FAO=13;FDP=49;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00777591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.422;QD=8.20192;RBI=0.0490156;REFB=-0.00801527;REVB=-0.0483948;RO=34;SAF=7;SAR=6;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168215;STB=0.574968;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0513503;OID=.;OPOS=1306971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:36:13:13:0.265306:6:7:23:11:6:7:23:13 chr16 1306973 . A G 89.66 PASS AF=0.244898;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0638191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6647;QD=7.31938;RBI=0.0736553;REFB=-0.01211;REVB=-0.0367725;RO=35;SAF=6;SAR=6;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155004;STB=0.612067;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0357595;OID=.;OPOS=1306973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:47:49:35:37:12:12:0.244898:6:6:22:13:6:6:24:13 chr16 1306986 . C T 79.43 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=46;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00343267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8579;QD=6.90663;RBI=0.01572;REFB=-0.00600086;REVB=-0.0153406;RO=34;SAF=7;SAR=4;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0240485;STB=0.506371;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0197209;OID=.;OPOS=1306986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:46:34:35:11:11:0.23913:4:7:21:13:4:7:22:13 chr16 1311333 . A G 860.58 PASS AF=1;AO=52;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.111542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.01;QD=56.4314;RBI=0.123474;REFB=0;REVB=0.0529533;RO=1;SAF=28;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016526;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00219418;OID=.;OPOS=1311333;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:1:0:52:61:1:24:28:1:0:31:30:0:0 chr16 1312546 . T A 483.26 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.497;QD=58.5775;RBI=0.0434822;REFB=0;REVB=0.00353702;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162988;OID=.;OPOS=1312546;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr16 1312826 . A G 455.18 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.219;QD=56.8977;RBI=0.0461993;REFB=0;REVB=0.0225111;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167736;OID=.;OPOS=1312826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:16:15:0:0:16:16:0:0 chr16 1312872 . G T 70.98 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0161278;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.76;QD=6.76014;RBI=0.0198474;REFB=-0.0169431;REVB=-0.0115679;RO=28;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420748;STB=0.523762;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.0404478;OID=.;OPOS=1312872;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:43:42:28:32:10:10:0.238095:5:5:15:13:5:5:17:15 chr16 1312931 . CGGGGGGGC CCGGGGGGC,CGGGGGGC,CGGGGGGCG 33.97 PASS AF=0.0645161,0.258065,0.0322581;AO=4,7,2;DP=34;FAO=2,8,1;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=0,5,1;FSAR=2,3,0;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0285517,-0.00180944,-0.10687;FXX=0.0605877;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,2;MLLD=19.1509,7.8387,28.4182;QD=4.38309;RBI=0.066388,0.120059,0.116721;REFB=-0.0974135,-0.181227,-0.0384834;REVB=-0.0599347,-0.120046,-0.0469317;RO=15;SAF=2,2,2;SAR=2,5,0;SRF=5;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.191181,-0.0611001,0.61514;STB=0.991904,0.77813,0.995261;STBP=0.389,0.111,0.102;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.00356432,0.111635,-0.1172;OID=.,.,.;OPOS=1312932,1312932,1312938;OREF=G,G,GC;OALT=C,-,CG;OMAPALT=CCGGGGGGC,CGGGGGGC,CGGGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0645161,0.258065,0.0322581:4,7,2:34:2,8,1:31:20:0,5,1:2,3,0:4:16:21:15:2,2,2:2,5,0:5:10 chr16 1370597 . G C 262.92 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0230464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.59;QD=47.8037;RBI=0.0254196;REFB=-0.0701519;REVB=0.0107249;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526291;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00585951;OID=.;OPOS=1370597;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:0:1:21:21:0.954545:9:12:0:0:9:12:0:1 chr16 1370614 . C G 189.94 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.639;QD=47.4853;RBI=0.127608;REFB=0;REVB=0.125022;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104767;OID=.;OPOS=1370614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr16 1370630 . A G 160.04 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00243328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6005;QD=45.7258;RBI=0.0244355;REFB=0;REVB=-0.0243141;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000332237;OID=.;OPOS=1370630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr16 1374818 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286603;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.42;QD=51.9167;RBI=0.0313751;REFB=0;REVB=0.0127666;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131004;OID=.;OPOS=1374818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr16 1389153 . C A 568.11 PASS AF=0.867925;AO=44;DP=51;FAO=46;FDP=53;FR=.;FRO=7;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0358392;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.4516;QD=42.8762;RBI=0.0729264;REFB=-0.214133;REVB=0.0635123;RO=6;SAF=20;SAR=24;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477558;STB=0.51231;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.0288413;OID=.;OPOS=1389153;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:51:53:6:7:44:46:0.867925:24:20:4:2:24:22:4:3 chr16 1391871 . C G 651.09 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00932317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.885;QD=62.0087;RBI=0.0212266;REFB=0;REVB=0.0190696;RO=0;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138309;OID=.;OPOS=1391871;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:25:17:0:0:25:17:0:0 chr16 1394507 . A C 750.36 PASS AF=1;AO=45;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.26;QD=56.6309;RBI=0.0588535;REFB=0;REVB=0.0283133;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274934;OID=.;OPOS=1394507;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:45:53:1:22:23:0:0:30:23:0:0 chr16 1419947 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00572239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.493;QD=47.8224;RBI=0.00856659;REFB=0;REVB=-0.00637501;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.72282e-05;OID=.;OPOS=1419947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr16 1433766 . T C 1052.21 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.364;QD=59.2792;RBI=0.04037;REFB=0;REVB=0.0358967;RO=0;SAF=33;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165104;OID=.;OPOS=1433766;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:37:33:0:0:38:33:0:0 chr16 1447278 . A G 542.28 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.466;QD=58.6243;RBI=0.0332721;REFB=0;REVB=0.028602;RO=0;SAF=11;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148603;OID=.;OPOS=1447278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:35:37:1:24:11:0:0:24:13:0:0 chr16 1479250 . C T 427.26 PASS AF=0.436364;AO=48;DP=110;FAO=48;FDP=110;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=45;FWDB=-0.0140618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.515;QD=15.5366;RBI=0.0255554;REFB=-0.0166345;REVB=-0.0213388;RO=61;SAF=23;SAR=25;SRF=16;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220954;STB=0.616813;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.0326709;OID=.;OPOS=1479250;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:61:62:48:48:0.436364:25:23:16:45:25:23:17:45 chr16 1484392 . G C 282.28 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.000202187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.068;QD=22.5827;RBI=0.0434037;REFB=0.00276029;REVB=0.0434032;RO=24;SAF=19;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147697;STB=0.582965;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.00166131;OID=.;OPOS=1484392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:7:19:14:10:7:19:14:10 chr16 1484473 . A G 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000706055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.18;QD=63.2868;RBI=0.00766425;REFB=0;REVB=0.00763166;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.34815e-06;OID=.;OPOS=1484473;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr16 1488646 . A G 249.36 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=30;FWDB=-0.0952103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0901;QD=14.2491;RBI=0.106451;REFB=-0.015468;REVB=-0.0476103;RO=40;SAF=7;SAR=22;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011919;STB=0.521038;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0189187;OID=.;OPOS=1488646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:41:29:29:0.414286:22:7:10:30:22:7:11:30 chr16 1503879 . T A 472.85 PASS AF=0.47;AO=45;DP=97;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=26;FWDB=-0.0141168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.146;QD=18.914;RBI=0.0194095;REFB=-0.0176308;REVB=-0.0133209;RO=51;SAF=25;SAR=20;SRF=26;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438886;STB=0.51194;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.0202867;OID=.;OPOS=1503879;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:100:51:53:45:47:0.47:20:25:26:25:22:25:27:26 chr16 1536372 . G A 82.19 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0168951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5929;QD=32.8745;RBI=0.0333417;REFB=-0.161801;REVB=0.0287441;RO=1;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126211;STB=0.571265;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0155526;OID=.;OPOS=1536372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:6:3:1:0:6:3:1:0 chr16 1536535 . C T 130.43 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9638;QD=43.4758;RBI=0.0423249;REFB=0;REVB=-0.0245906;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000562724;OID=.;OPOS=1536535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr16 1537454 . CT C,CC 78.4 PASS AF=0.125,0.875;AO=3,5;DP=9;FAO=1,7;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1;FSAR=1,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00103891,-0.0198926;FXX=0.110988;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=148.468,158.605;QD=39.1979;RBI=0.0495491,0.0503888;REFB=0,0;REVB=0.0495382,0.0462959;RO=0;SAF=0,1;SAR=3,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0303592,0.000699035;OID=.,.;OPOS=1537455,1537455;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.125,0.875:3,5:9:1,7:8:0:0,1:1,6:0:0:7:0:0,1:3,4:0:0 chr16 1537839 . G A 946.29 PASS AF=0.970588;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=68;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0224897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.215;QD=55.664;RBI=0.048485;REFB=0.0154945;REVB=0.0429536;RO=2;SAF=41;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00789347;STB=0.50378;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=-2.22121e-05;OID=.;OPOS=1537839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:68:2:2:65:66:0.970588:24:41:1:1:25:41:1:1 chr16 1538363 . C A 1102.2 PASS AF=0.974359;AO=75;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0474113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.935;QD=56.523;RBI=0.0600315;REFB=-0.19382;REVB=0.0368233;RO=3;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368257;STB=0.512817;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.000900402;OID=.;OPOS=1538363;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:78:78:3:2:75:76:0.974359:37:38:0:3:38:38:0:2 chr16 1538433 . A G 687.95 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.072196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.9906;QD=53.9565;RBI=0.0734649;REFB=-0.111069;REVB=0.0135952;RO=2;SAF=15;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167043;STB=0.507243;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00498528;OID=.;OPOS=1538433;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:2:1:49:50:0.980392:34:15:1:1:34:16:0:1 chr16 1538464 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0300717;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=328.505;QD=59.0187;RBI=0.0339094;REFB=0;REVB=0.0156699;RO=0;SAF=7;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.40281e-05;OID=.;OPOS=1538464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:27:7:0:0:27:7:0:0 chr16 1544301 . GA CG 404.42 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0209203;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=2;MLLD=163.758;QD=55.7819;RBI=0.114896;REFB=0;REVB=0.112975;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00157894;OID=.;OPOS=1544301;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:28:29:1:16:12:0:0:17:12:0:0 chr16 1555496 . C T 148.64 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0225618;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=171.078;QD=10.8099;RBI=0.0254611;REFB=0.00557704;REVB=0.0117998;RO=35;SAF=4;SAR=15;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223471;STB=0.645764;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.00616192;OID=.;OPOS=1555496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:36:19:19:0.345455:15:4:13:22:15:4:14:22 chr16 1814440 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.074;QD=44.6898;RBI=0.0329061;REFB=0;REVB=-0.00704964;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00022476;OID=.;OPOS=1814440;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr16 1818503 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329769;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.508;QD=45.8048;RBI=0.0587979;REFB=0;REVB=0.0486798;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000888577;OID=.;OPOS=1818503;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr16 1818783 . C T 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0375727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.616;QD=19.0176;RBI=0.038353;REFB=-0.0567002;REVB=0.00769691;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0940743;STB=0.553418;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0568015;OID=.;OPOS=1818783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:8:7:5:9:8:7:5:9 chr16 1820992 . T A 338.39 PASS AF=1;AO=22;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00854766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.633;QD=54.1417;RBI=0.0437344;REFB=0;REVB=0.042891;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000892252;OID=.;OPOS=1820992;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:22:25:1:6:16:0:0:8:17:0:0 chr16 1859432 . G C 33.08 PASS AF=0.5;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0100717;FXX=0.0908265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4968;QD=13.2321;RBI=0.0508307;REFB=-0.0137333;REVB=-0.0498229;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00916049;OID=.;OPOS=1859432;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:10:5:5:5:5:0.5:3:2:2:3:3:2:2:3 chr16 1878031 . GC AT 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.000811641;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=182.992;QD=21.1726;RBI=0.0124416;REFB=-0.0147498;REVB=-0.0124151;RO=8;SAF=11;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.484843;STB=0.7851;STBP=0.029;TYPE=mnp;VARB=0.0104739;OID=.;OPOS=1878031;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:1:11:4:4:1:11:4:4 chr16 1878067 . C G 86.53 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0281427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.358;QD=24.7235;RBI=0.0283459;REFB=-0.0166831;REVB=-0.00338845;RO=4;SAF=9;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172958;STB=0.599769;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0111195;OID=.;OPOS=1878067;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:1:9:3:1:1:9:3:1 chr16 1878492 . G A 193.11 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0138073;FXX=0.0555453;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4101;QD=15.1462;RBI=0.0188887;REFB=-0.0205472;REVB=-0.0128896;RO=29;SAF=10;SAR=12;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111863;STB=0.56358;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0223567;OID=.;OPOS=1878492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:51:29:29:22:22:0.431373:12:10:10:19:12:10:10:19 chr16 1878521 . C G 155.5 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00781453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.913;QD=15.171;RBI=0.0391559;REFB=-0.0235191;REVB=0.0383682;RO=24;SAF=5;SAR=12;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466278;STB=0.526995;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.029222;OID=.;OPOS=1878521;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:12:5:8:16:12:5:8:16 chr16 1878597 . T C 107.39 PASS AF=0.371429;AO=12;DP=34;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.00731555;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.9846;QD=12.2732;RBI=0.0199607;REFB=-0.00471351;REVB=0.0185718;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198826;STB=0.636165;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00898918;OID=.;OPOS=1878597;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:22:22:12:13:0.371429:6:6:7:15:6:7:7:15 chr16 1878641 . A C 111.45 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0397531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8664;QD=15.9214;RBI=0.0404114;REFB=-0.0324347;REVB=-0.00726453;RO=14;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185092;STB=0.592666;STBP=0.424;TYPE=snp;VARB=0.0332456;OID=.;OPOS=1878641;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:28:14:15:13:13:0.464286:9:4:7:7:9:4:7:8 chr16 1878740 . A G 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00064915;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.926;QD=18.7669;RBI=0.00643986;REFB=-0.0340661;REVB=0.00640706;RO=3;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0941184;STB=0.555372;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0207155;OID=.;OPOS=1878740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:3:3:1:2:3:3:1:2 chr16 1894912 . C T 114.18 PASS AF=0.52;AO=12;DP=24;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0161694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7611;QD=18.2689;RBI=0.0350564;REFB=-0.0821602;REVB=-0.0311047;RO=12;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154012;STB=0.603623;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0225821;OID=.;OPOS=1894912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:12:12:12:13:0.52:7:5:3:9:7:6:3:9 chr16 1894961 . A G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00855778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.943;QD=10.3903;RBI=0.0308232;REFB=-0.00151702;REVB=-0.0296113;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350103;STB=0.713673;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00105821;OID=.;OPOS=1894961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:2:5:4:7:2:5:4:7 chr16 1918125 . T G 557.72 PASS AF=0.530612;AO=51;DP=97;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=-0.0444816;FXX=0.0101;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.278;QD=22.7641;RBI=0.0445876;REFB=-0.0022393;REVB=-0.0030734;RO=46;SAF=29;SAR=22;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0782717;STB=0.537446;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.00232338;OID=.;OPOS=1918125;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:46:46:51:52:0.530612:22:29:22:24:23:29:22:24 chr16 1961674 . G C 89.52 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0629983;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.285;QD=15.5685;RBI=0.0647719;REFB=0.00436237;REVB=0.0150539;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0343697;STB=0.519964;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.00646208;OID=.;OPOS=1961674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:6:5:5:7:6:5:5:7 chr16 1990994 . T C 322.22 PASS AF=0.608696;AO=27;DP=45;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00177877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.234;QD=28.0195;RBI=0.00880905;REFB=-0.0163792;REVB=0.00862759;RO=18;SAF=16;SAR=11;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186981;STB=0.592527;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00895259;OID=.;OPOS=1990994;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:18:18:27:28:0.608696:11:16:6:12:12:16:6:12 chr16 2009697 . C T 425.44 PASS AF=0.451923;AO=46;DP=104;FAO=47;FDP=104;FR=.;FRO=57;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.0620128;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.5462;QD=16.3631;RBI=0.123337;REFB=0.00216926;REVB=0.106614;RO=54;SAF=24;SAR=22;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163781;STB=0.579471;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.000158137;OID=.;OPOS=2009697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:54:57:46:47:0.451923:22:24:19:35:22:25:22:35 chr16 2014283 . A G 223.14 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000210595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.158;QD=49.5857;RBI=0.0304136;REFB=0;REVB=0.0304129;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143867;OID=.;OPOS=2014283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:18:0:0:16:18:1:6:10:0:0:8:10:0:0 chr16 2024131 . T C 301.74 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1051;QD=50.2898;RBI=0.0304704;REFB=0;REVB=0.0264984;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00613845;OID=.;OPOS=2024131;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:24:0:0:22:24:1:6:16:0:0:7:17:0:0 chr16 2028402 . A C 109.35 PASS AF=0.266667;AO=16;DP=60;FAO=16;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0205047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.255;QD=7.28985;RBI=0.0275089;REFB=-0.0341424;REVB=-0.0183384;RO=44;SAF=7;SAR=9;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0918536;STB=0.555726;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0709632;OID=.;OPOS=2028402;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:44:44:16:16:0.266667:9:7:16:28:9:7:16:28 chr16 2035868 . C T 258.12 PASS AF=0.405405;AO=27;DP=72;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0604254;FXX=0.0263123;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.871;QD=13.9522;RBI=0.0606337;REFB=-0.0311181;REVB=-0.00502221;RO=43;SAF=13;SAR=14;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0819444;STB=0.520857;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0404225;OID=.;OPOS=2035868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:43:44:27:30:0.405405:14:13:24:19:14:16:25:19 chr16 2048826 . C G 74.26 PASS AF=0.526316;AO=9;DP=18;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.110397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.232;QD=15.6339;RBI=0.117633;REFB=-0.0392489;REVB=0.0406217;RO=9;SAF=1;SAR=8;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.559542;STB=0.743659;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.017185;OID=.;OPOS=2048826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:18:19:9:9:9:10:0.526316:8:1:6:3:8:2:6:3 chr16 2049640 . A G 71.96 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.00151438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8344;QD=8.22415;RBI=0.1296;REFB=-0.0184087;REVB=-0.129591;RO=23;SAF=3;SAR=7;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.509471;STB=0.797423;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0463791;OID=.;OPOS=2049640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:34:35:23:25:10:10:0.285714:7:3:18:5:7:3:19:6 chr16 2049831 . G C 134.12 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0227122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6881;QD=16.257;RBI=0.0324534;REFB=-0.0280262;REVB=0.0231814;RO=17;SAF=5;SAR=10;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240166;STB=0.652855;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0321873;OID=.;OPOS=2049831;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:18:15:15:0.454545:10:5:10:7:10:5:11:7 chr16 2052216 . G A 30.47 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0035629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.757;QD=11.0814;RBI=0.0525856;REFB=-0.0114782;REVB=-0.0524648;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363118;STB=0.7681;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0100789;OID=.;OPOS=2052216;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:10:11:5:6:5:5:0.454545:1:4:2:3:1:4:2:4 chr16 2086482 . G A 208.67 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00450747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6624;QD=19.4113;RBI=0.0255386;REFB=-0.0304616;REVB=0.0251377;RO=22;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0652453;STB=0.536877;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0368796;OID=.;OPOS=2086482;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:12:9:11:11:12:9:11:11 chr16 2159321 . G A 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=0;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.338;QD=12.7293;RBI=0.0255437;REFB=-0.0200016;REVB=0.0255437;RO=12;SAF=0;SAR=9;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0279822;OID=.;OPOS=2159321;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:9:0:0:12:9:0:0:12 chr16 2257105 . C G 163.25 PASS AF=0.35;AO=20;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.0202355;FXX=0.0163908;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.347;QD=10.8833;RBI=0.0575391;REFB=-0.0110693;REVB=-0.0538635;RO=38;SAF=8;SAR=12;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.084005;STB=0.521718;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0251049;OID=.;OPOS=2257105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:39:20:21:0.35:12:8:18:20:12:9:18:21 chr16 2260567 . C T 853.04 PASS AF=0.967742;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00771647;FXX=0.0312451;HRUN=5;LEN=1;MLLD=100.93;QD=55.035;RBI=0.0418898;REFB=-0.114036;REVB=0.0411729;RO=2;SAF=32;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00263806;STB=0.501628;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00199772;OID=.;OPOS=2260567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:61:62:2:2:59:60:0.967742:27:32:1:1:27:33:1:1 chr16 2260612 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00601481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.508;QD=60.9786;RBI=0.0268821;REFB=0;REVB=0.0262006;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98598e-05;OID=.;OPOS=2260612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr16 2263146 . A G 368.43 PASS AF=1;AO=20;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0627757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.679;QD=54.582;RBI=0.233537;REFB=0;REVB=0.224942;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00604554;OID=.;OPOS=2263146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:20:27:1:5:15:0:0:10:17:0:0 chr16 2263516 . A G 246.27 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00485303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.804;QD=46.9088;RBI=0.00917145;REFB=0.0199848;REVB=0.00778227;RO=1;SAF=5;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0834715;STB=0.545407;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=-0.00227199;OID=.;OPOS=2263516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:15:5:1:0:15:5:1:0 chr16 2282256 . G A 172.26 PASS AF=1;AO=3;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.9208;QD=45.936;RBI=0.295086;REFB=0;REVB=0.265641;RO=0;SAF=3;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0150051;OID=.;OPOS=2282256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:3:15:1:0:3:0:0:2:13:0:0 chr16 2285357 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000814367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.356;QD=57.6803;RBI=0.0242034;REFB=0;REVB=0.0241897;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.19179e-05;OID=.;OPOS=2285357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:15:16:0:0:15:16:0:0 chr16 2331430 . A G 578.25 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.566;QD=59.3072;RBI=0.0308906;REFB=0;REVB=0.0286195;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017554;OID=.;OPOS=2331430;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:37:39:1:18:19:0:0:18:21:0:0 chr16 2511114 . G A 112.51 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=2;FWDB=-0.00918029;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.239;QD=15.0016;RBI=0.0218454;REFB=-0.0218907;REVB=-0.0198228;RO=16;SAF=11;SAR=2;SRF=15;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197351;STB=0.541606;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0257343;OID=.;OPOS=2511114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:17:13:13:0.433333:2:11:15:1:2:11:15:2 chr16 2512523 . G A 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.528;QD=37.4868;RBI=0.0664222;REFB=0;REVB=0.0664222;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00310857;OID=.;OPOS=2512523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr16 2812890 . A C,G 455.05 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=2,30;DP=32;FAO=2,30;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=0,16;FSAR=2,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0592431,0.0328903;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=19.9066,216.405;QD=56.8813;RBI=0.0593803,0.0353553;REFB=0,0;REVB=0.00403415,0.0129701;RO=0;SAF=0,16;SAR=2,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.56309e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0134422,0.000332448;OID=.,.;OPOS=2812890,2812890;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:32:32:0:0:2,30:2,30:0.0625,0.9375:2,14:0,16:0:0:2,14:0,16:0:0 chr16 2812939 . C A 435.64 PASS AF=1;AO=28;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0837182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.2161;QD=54.4552;RBI=0.121961;REFB=0;REVB=0.0886889;RO=2;SAF=13;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00444442;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0075365;OID=.;OPOS=2812939;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:32:2:0:28:32:1:15:13:1:1:18:14:0:0 chr16 2814162 . G A 253.68 PASS AF=0.638889;AO=22;DP=35;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.00229224;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=243.634;QD=28.1867;RBI=0.0218213;REFB=-0.0174187;REVB=0.0217006;RO=13;SAF=11;SAR=11;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181208;STB=0.604229;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.0125719;OID=.;OPOS=2814162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:13:13:22:23:0.638889:11:11:10:3:12:11:10:3 chr16 2815237 . A C 156.73 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00922425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.415;QD=15.2903;RBI=0.0769184;REFB=-0.0169705;REVB=0.0763633;RO=24;SAF=13;SAR=4;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126155;STB=0.573438;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00892244;OID=.;OPOS=2815237;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:4:13:16:8:4:13:16:8 chr16 2818161 . T C 242.17 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0647763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5129;QD=14.903;RBI=0.0784686;REFB=-0.0226731;REVB=-0.0442872;RO=36;SAF=13;SAR=15;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019846;STB=0.50276;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0285881;OID=.;OPOS=2818161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:36:37:28:28:0.430769:15:13:16:20:15:13:17:20 chr16 2818704 . T G 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0119246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.365;QD=22.5999;RBI=0.0307789;REFB=-0.066087;REVB=0.028375;RO=20;SAF=5;SAR=18;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238369;STB=0.634632;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0332909;OID=.;OPOS=2818704;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:18:5:9:11:18:5:9:11 chr16 2821525 . G A 265.42 PASS AF=0.615385;AO=24;DP=39;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0101228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.38;QD=27.2221;RBI=0.0245493;REFB=-0.0257504;REVB=0.0223651;RO=14;SAF=13;SAR=11;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167178;STB=0.601671;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0113795;OID=.;OPOS=2821525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:14:15:24:24:0.615385:11:13:11:3:11:13:12:3 chr16 2821988 . TCC TCG,TC 76.49 PASS AF=0,0.37037;AO=2,7;DP=27;FAO=0,10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=0,3;FSAR=0,7;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0188746,-0.0715622;FXX=0.0357015;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=61.3546,27.4964;QD=11.3323;RBI=0.146108,0.108324;REFB=0.0177382,0.0167615;REVB=-0.144883,-0.0813194;RO=17;SAF=0,3;SAR=2,4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0,0.228917;SSEP=0,0;SSSB=-0.594792,-0.241432;STB=0.5,0.714905;STBP=1,0.103;TYPE=snp,del;VARB=0,-0.0433754;OID=.,.;OPOS=2821990,2821989;OREF=C,C;OALT=G,-;OMAPALT=TCG,TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.37037:2,7:27:0,10:27:17:0,3:0,7:11:6:76:17:0,3:2,4:11:6 chr16 2871555 . G A 108.34 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00130107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.3;QD=13.5427;RBI=0.0061356;REFB=-0.00475979;REVB=-0.00599606;RO=19;SAF=4;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231534;STB=0.636147;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.014665;OID=.;OPOS=2871555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:9:4:10:9:9:4:10:9 chr16 2881906 . G A 189.72 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0298756;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.487;QD=13.0844;RBI=0.0315599;REFB=-0.00951407;REVB=-0.0101723;RO=34;SAF=16;SAR=7;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185962;STB=0.600235;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00900255;OID=.;OPOS=2881906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:34:35:23:23:0.396552:7:16:18:16:7:16:19:16 chr16 2891212 . G A 84.48 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=34;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.00106025;FXX=0.0294031;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.4462;QD=10.2403;RBI=0.0107383;REFB=-0.0109611;REVB=0.0106858;RO=21;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0764774;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.022447;OID=.;OPOS=2891212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:34:33:21:22:12:11:0.333333:6:6:9:12:6:5:10:12 chr16 2983459 . C T 103.74 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.00177454;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.608;QD=9.4312;RBI=0.0164717;REFB=-0.0232362;REVB=-0.0163758;RO=31;SAF=4;SAR=9;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412379;STB=0.747153;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0399544;OID=.;OPOS=2983459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:9:4:21:10:9:4:21:10 chr16 2983483 . C G 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0556375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6671;QD=6.54456;RBI=0.0665446;REFB=-0.00206889;REVB=0.0365055;RO=24;SAF=3;SAR=5;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332289;STB=0.708474;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.012382;OID=.;OPOS=2983483;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:24:24:8:8:0.25:5:3:16:8:5:3:16:8 chr16 2986840 . G C 88.03 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0869136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.122;QD=14.0842;RBI=0.0981865;REFB=-0.00214263;REVB=-0.0456794;RO=14;SAF=10;SAR=1;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.650881;STB=0.886327;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.020173;OID=.;OPOS=2986840;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:1:10:4:10:1:10:4:10 chr16 3021223 . G T 186.28 PASS AF=0.5;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0238588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.704;QD=19.6081;RBI=0.0524827;REFB=-0.00540441;REVB=-0.0467461;RO=19;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467664;STB=0.526435;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00509899;OID=.;OPOS=3021223;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:19:19:19:0.5:9:10:11:8:9:10:11:8 chr16 3065924 . G A 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00368116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4958;QD=57.3853;RBI=0.00764584;REFB=0;REVB=0.00670134;RO=0;SAF=34;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.74094e-05;OID=.;OPOS=3065924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:23:34:0:0:23:34:0:0 chr16 3075999 . C G 885.37 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.11;QD=58.0571;RBI=0.0385131;REFB=0;REVB=-0.00323783;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.63522e-05;OID=.;OPOS=3075999;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:35:25:0:0:35:26:0:0 chr16 3119167 . T C 89.78 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0108085;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8017;QD=14.3654;RBI=0.0791773;REFB=0.00142066;REVB=-0.0784361;RO=14;SAF=9;SAR=2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228385;STB=0.636086;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-0.00431964;OID=.;OPOS=3119167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:25:25:14:14:11:11:0.44:2:9:9:5:2:9:9:5 chr16 3132197 . A G 350.71 PASS AF=0.521739;AO=37;DP=70;FAO=36;FDP=69;FR=.;FRO=33;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0546458;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2489;QD=20.331;RBI=0.0691033;REFB=-0.0335373;REVB=-0.0422977;RO=33;SAF=23;SAR=14;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409963;STB=0.517637;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.0330333;OID=.;OPOS=3132197;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:33:33:37:36:0.521739:14:23:19:14:14:22:19:14 chr16 3207446 . G A 667.0 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0355647;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.208;QD=58.0003;RBI=0.0454108;REFB=-0.139483;REVB=0.0282365;RO=1;SAF=26;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017728;STB=0.51851;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00106888;OID=.;OPOS=3207446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:1:2:44:44:0.956522:18:26:1:0:18:26:2:0 chr16 3208911 . G A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0452538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.669;QD=47.8214;RBI=0.0461644;REFB=0;REVB=0.00912397;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000787411;OID=.;OPOS=3208911;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr16 3208914 . T C 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00783923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.888;QD=47.8205;RBI=0.00846655;REFB=0;REVB=-0.00319827;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137425;OID=.;OPOS=3208914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr16 3234217 . C T 39.78 PASS AF=0.4;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00268293;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.264;QD=10.6089;RBI=0.00919083;REFB=-0.0322063;REVB=-0.00879052;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100718;STB=0.533223;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0461707;OID=.;OPOS=3234217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:16:15:10:9:6:6:0.4:3:3:6:4:3:3:5:4 chr16 3241975 . G T 206.26 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00761334;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.01;QD=16.8379;RBI=0.0258861;REFB=-0.0125413;REVB=-0.0247412;RO=27;SAF=11;SAR=10;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223426;STB=0.614539;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0160684;OID=.;OPOS=3241975;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:27:28:21:21:0.428571:10:11:8:19:10:11:9:19 chr16 3243904 . G A 252.78 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0154607;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.267;QD=21.0649;RBI=0.0442472;REFB=-0.0339501;REVB=-0.0414582;RO=24;SAF=20;SAR=4;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219375;STB=0.624883;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0309118;OID=.;OPOS=3243904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:4:20:16:8:4:20:16:8 chr16 3243922 . C A 157.16 PASS AF=0.367347;AO=13;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0144818;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.7037;QD=12.8297;RBI=0.0158762;REFB=0.0135085;REVB=0.00650618;RO=25;SAF=8;SAR=5;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632438;STB=0.557574;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.0313983;OID=.;OPOS=3243922;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:31:13:18:0.367347:5:8:14:11:5:13:20:11 chr16 3243942 . T C 180.85 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0256348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.745;QD=13.9117;RBI=0.0330269;REFB=-0.00895089;REVB=0.0208238;RO=29;SAF=13;SAR=8;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0707152;STB=0.543684;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0100868;OID=.;OPOS=3243942;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:31:21:21:0.403846:8:13:16:13:8:13:17:14 chr16 3243951 . C T 161.15 PASS AF=0.384615;AO=16;DP=48;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0661964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7462;QD=12.3964;RBI=0.0683616;REFB=-0.0309087;REVB=0.0170686;RO=32;SAF=9;SAR=7;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0705854;STB=0.59552;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.054877;OID=.;OPOS=3243951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:52:32:32:16:20:0.384615:7:9:16:16:7:13:16:16 chr16 3293888 . C T 347.68 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00145346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.351;QD=51.5085;RBI=0.0695245;REFB=-0.0719926;REVB=0.0695093;RO=1;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029965;STB=0.516117;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.00279445;OID=.;OPOS=3293888;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:15:11:0:1:15:11:0:1 chr16 3293922 . A T 81.72 PASS AF=0.282051;AO=9;DP=39;FAO=11;FDP=39;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0537148;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=37.8887;QD=8.38149;RBI=0.0616947;REFB=-0.00412421;REVB=0.0303473;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277675;STB=0.693359;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=-0.0181377;OID=.;OPOS=3293922;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:39:39:17:28:9:11:0.282051:4:5:5:12:4:7:10:18 chr16 3297100 . G A 206.61 PASS AF=0.396825;AO=25;DP=63;FAO=25;FDP=63;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00950039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.436;QD=13.1181;RBI=0.0163087;REFB=-0.0124614;REVB=0.0132558;RO=38;SAF=14;SAR=11;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0078556;STB=0.504501;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0211686;OID=.;OPOS=3297100;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:38:38:25:25:0.396825:11:14:21:17:11:14:21:17 chr16 3304626 . C G 178.79 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=0.0444265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9659;QD=12.5464;RBI=0.135407;REFB=-0.00378032;REVB=0.127912;RO=33;SAF=15;SAR=7;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0183786;STB=0.523344;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=0.00733035;OID=.;OPOS=3304626;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:35:22:22:0.385965:7:15:23:10:7:15:25:10 chr16 3405986 . G A 385.82 PASS AF=0.575758;AO=37;DP=66;FAO=38;FDP=66;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.00357774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.862;QD=23.3832;RBI=0.0235437;REFB=-0.0164601;REVB=-0.0232703;RO=28;SAF=20;SAR=17;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109977;STB=0.565184;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.00828216;OID=.;OPOS=3405986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:28:28:37:38:0.575758:17:20:19:9:18:20:19:9 chr16 3405994 . A G 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.222;QD=58.9627;RBI=0.0260369;REFB=0;REVB=0.0230324;RO=0;SAF=38;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82513e-05;OID=.;OPOS=3405994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:28:38:0:0:28:38:0:0 chr16 3406112 . C T 276.68 PASS AF=0.526316;AO=29;DP=56;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00334743;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.099;QD=19.4163;RBI=0.0156373;REFB=-0.0246748;REVB=0.0152748;RO=27;SAF=21;SAR=8;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096892;STB=0.538435;STBP=0.58;TYPE=snp;VARB=0.0189047;OID=.;OPOS=3406112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:27:27:29:30:0.526316:8:21:17:10:9:21:17:10 chr16 3406387 . C G 333.78 PASS AF=0.964286;AO=24;DP=25;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0257449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0533;QD=47.6824;RBI=0.0910652;REFB=-0.0362398;REVB=0.0873502;RO=1;SAF=20;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10243;STB=0.533308;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0244501;OID=.;OPOS=3406387;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:25:28:1:1:24:27:0.964286:4:20:0:1:7:20:0:1 chr16 3406516 . A G 270.0 PASS AF=0.531915;AO=25;DP=47;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00183182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.478;QD=22.9785;RBI=0.0283438;REFB=-0.0123702;REVB=-0.0282846;RO=22;SAF=11;SAR=14;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0885669;STB=0.549448;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0124763;OID=.;OPOS=3406516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:22:25:25:0.531915:14:11:12:10:14:11:12:10 chr16 3406626 . G A 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0371378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1081;QD=7.12517;RBI=0.0419504;REFB=0.00412962;REVB=0.0195096;RO=17;SAF=1;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.523944;STB=0.84604;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.00176323;OID=.;OPOS=3406626;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:17:18:7:7:0.28:6:1:10:7:6:1:11:7 chr16 3419934 . G T 197.57 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0185203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.821;QD=26.343;RBI=0.0192096;REFB=0.0068884;REVB=0.00509982;RO=11;SAF=9;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126582;STB=0.507035;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=-0.00337216;OID=.;OPOS=3419934;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:10:9:5:6:10:9:5:6 chr16 3434820 . C T 363.27 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.00783162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.818;QD=18.1634;RBI=0.0107185;REFB=-0.00472048;REVB=-0.0073179;RO=41;SAF=17;SAR=21;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0541347;STB=0.522715;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00436632;OID=.;OPOS=3434820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:41:42:38:38:0.475:21:17:16:25:21:17:17:25 chr16 3447282 . C G 316.69 PASS AF=0.507463;AO=33;DP=66;FAO=34;FDP=67;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.0112714;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.895;QD=18.907;RBI=0.0153985;REFB=-0.0233108;REVB=-0.0104914;RO=33;SAF=13;SAR=20;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241841;STB=0.623845;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0233351;OID=.;OPOS=3447282;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:33:33:33:34:0.507463:20:13:22:11:20:14:22:11 chr16 3452193 . T C,G 746.95 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=3,45;DP=48;FAO=3,45;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,28;FSAR=3,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209813,-0.0220498;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=131.982,63.3795;QD=62.2458;RBI=0.021296,0.0459406;REFB=0,0;REVB=-0.00364743,-0.0403031;RO=0;SAF=0,28;SAR=3,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.105623,-0.00111819;OID=.,.;OPOS=3452193,3452193;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:48:48:0:0:3,45:3,45:0.0625,0.9375:3,17:0,28:0:0:3,17:0,28:0:0 chr16 3486285 . C A 1031.64 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00651103;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.839;QD=59.8053;RBI=0.021742;REFB=0;REVB=0.0207442;RO=0;SAF=26;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185604;OID=.;OPOS=3486285;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:43:26:0:0:43:26:0:0 chr16 3533577 . C G 105.57 PASS AF=0.314815;AO=11;DP=49;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0143321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.796;QD=7.81984;RBI=0.0146878;REFB=-0.060778;REVB=-0.00321289;RO=37;SAF=5;SAR=6;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271609;STB=0.526285;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.174577;OID=.;OPOS=3533577;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:54:37:37:11:17:0.314815:6:5:16:21:9:8:16:21 chr16 3534892 . G A 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00306808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.488;QD=17.4011;RBI=0.0194113;REFB=-0.00571941;REVB=0.0191673;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136804;STB=0.578197;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00476333;OID=.;OPOS=3534892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:7:6:4:9:7:6:4:9 chr16 3535028 . G A 107.33 PASS AF=0.40625;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0344495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.326;QD=13.4167;RBI=0.0345169;REFB=-0.0183814;REVB=-0.00215533;RO=19;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248755;STB=0.66015;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0627627;OID=.;OPOS=3535028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:19:19:12:13:0.40625:6:6:5:14:6:7:5:14 chr16 3535116 . T C 1666.14 PASS AF=1;AO=110;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0501427;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7601;QD=59.5051;RBI=0.0521381;REFB=0;REVB=-0.0142861;RO=0;SAF=54;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.46761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116352;OID=.;OPOS=3535116;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:110:112:1:56:54:0:0:57:55:0:0 chr16 3535540 . G A 208.76 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00204846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.278;QD=18.1532;RBI=0.0166835;REFB=-0.00922547;REVB=0.0165572;RO=25;SAF=10;SAR=11;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194062;STB=0.609756;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0241287;OID=.;OPOS=3535540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:11:10:17:8:11:10:17:8 chr16 3536872 . G A 223.36 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.738;QD=49.6361;RBI=0.0396629;REFB=0;REVB=0.0150268;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000405502;OID=.;OPOS=3536872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:18:0:0:16:18:1:10:6:0:0:11:7:0:0 chr16 3558381 . T C 600.98 PASS AF=0.97561;AO=38;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00073993;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.968;QD=58.6321;RBI=0.0156921;REFB=-0.0408333;REVB=0.0156747;RO=1;SAF=23;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199387;STB=0.510199;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000294325;OID=.;OPOS=3558381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:1:1:38:40:0.97561:15:23:1:0:16:24:1:0 chr16 3558389 . C T 543.41 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00981297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.315;QD=58.7473;RBI=0.0675875;REFB=0;REVB=0.0668714;RO=0;SAF=25;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377826;OID=.;OPOS=3558389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:37:0:0:34:37:1:9:25:0:0:12:25:0:0 chr16 3602227 . AG A 275.24 PASS AF=1;AO=22;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.146904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.4039;QD=44.0378;RBI=0.210746;REFB=0;REVB=-0.151106;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.0156353;OID=.;OPOS=3602228;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:24:25:25:0:11:14:0:0:5:0:10:12:0:0 chr16 3613150 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0280297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.638;QD=35.5759;RBI=0.0299206;REFB=0;REVB=0.0104682;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000490712;OID=.;OPOS=3613150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr16 3639139 . A G 1174.56 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00730538;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.573;QD=60.2337;RBI=0.00749775;REFB=0;REVB=-0.00168751;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011287;OID=.;OPOS=3639139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:76:78:1:46:30:0:0:46:32:0:0 chr16 3639827 . G A 35.79 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.077386;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.4153;QD=6.50692;RBI=0.112947;REFB=-0.0205567;REVB=0.0822701;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184421;STB=0.629258;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0548556;OID=.;OPOS=3639827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:22:22:15:16:6:6:0.272727:4:2:3:12:4:2:3:13 chr16 3656482 . C T 183.89 PASS AF=0.463415;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00488432;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=162.634;QD=17.9409;RBI=0.0100447;REFB=-0.0263398;REVB=-0.00877715;RO=22;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248086;STB=0.514124;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.0241397;OID=.;OPOS=3656482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:19:19:0.463415:10:9:11:11:10:9:11:11 chr16 3707747 . G A 1109.61 PASS AF=0.987342;AO=71;DP=72;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0683709;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.877;QD=56.1826;RBI=0.0982499;REFB=0.0357636;REVB=0.0705582;RO=1;SAF=43;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108712;STB=0.505617;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00513278;OID=.;OPOS=3707747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:79:1:1:71:78:0.987342:28:43:1:0:34:44:1:0 chr16 3724465 . G C 593.62 PASS AF=0.574468;AO=54;DP=94;FAO=54;FDP=94;FR=.;FRO=40;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0185148;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0525;QD=25.2603;RBI=0.0185185;REFB=0.00507218;REVB=-0.000367003;RO=40;SAF=29;SAR=25;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101479;STB=0.505549;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.00360658;OID=.;OPOS=3724465;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:40:40:54:54:0.574468:25:29:22:18:25:29:22:18 chr16 3795292 . G T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0272635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.122;QD=40.7629;RBI=0.027765;REFB=0;REVB=0.00525302;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000327446;OID=.;OPOS=3795292;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr16 3795363 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00523938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.653;QD=45.8058;RBI=0.0327105;REFB=0;REVB=-0.0322882;RO=0;SAF=4;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000619218;OID=.;OPOS=3795363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:10:4:0:0:10:4:0:0 chr16 3820667 . C T 240.62 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00388701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9613;QD=43.7482;RBI=0.110058;REFB=-0.169475;REVB=0.10999;RO=2;SAF=14;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390562;STB=0.521255;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00957969;OID=.;OPOS=3820667;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:6:14:1:1:6:14:1:1 chr16 4013467 . C T 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00682464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.307;QD=18.1184;RBI=0.0167626;REFB=-0.0101407;REVB=-0.0153104;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00519108;STB=0.502955;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0187592;OID=.;OPOS=4013467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:10:8:9:11:10:8:9:11 chr16 4015313 . A G 255.42 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.703;QD=51.0834;RBI=0.0326314;REFB=0;REVB=0.00879783;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190834;OID=.;OPOS=4015313;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:12:7:0:0:13:7:0:0 chr16 4015316 . A G 245.93 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.6303;QD=49.1865;RBI=0.0897527;REFB=0;REVB=-0.0886619;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00325723;OID=.;OPOS=4015316;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr16 4016676 . A G 692.83 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.011895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.336;QD=60.2462;RBI=0.0216847;REFB=-0.0678381;REVB=-0.018131;RO=1;SAF=27;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170841;STB=0.509087;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00261295;OID=.;OPOS=4016676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:46:1:1:44:45:0.978261:17:27:1:0:18:27:1:0 chr16 4027605 . C T 428.95 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.907;QD=57.1936;RBI=0.0704844;REFB=0;REVB=0.0657012;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000849809;OID=.;OPOS=4027605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr16 4033436 . T C 94.57 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246316;FXX=0.0999001;HRUN=3;LEN=1;MLLD=100.131;QD=42.0305;RBI=0.0343412;REFB=0;REVB=-0.0239291;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00212692;OID=.;OPOS=4033436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr16 4164364 . C T 216.24 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=3;FWDB=-0.0125678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5522;QD=22.178;RBI=0.0412619;REFB=-0.0144603;REVB=-0.0393014;RO=18;SAF=5;SAR=16;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48394;STB=0.77083;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0163741;OID=.;OPOS=4164364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:16:5:15:3:16:5:15:3 chr16 4165069 . G A 36.86 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0100047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.146;QD=7.75982;RBI=0.026891;REFB=-0.00494554;REVB=-0.0249606;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30002;STB=0.689036;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0168416;OID=.;OPOS=4165069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:4:2:8:5:4:2:8:5 chr16 4165432 . T C 211.48 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423306;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.696;QD=49.7605;RBI=0.0540193;REFB=0;REVB=0.0335589;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000978428;OID=.;OPOS=4165432;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr16 4242028 . A T 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154091;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.416;QD=60.2282;RBI=0.0300766;REFB=0;REVB=-0.0258295;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.75845e-05;OID=.;OPOS=4242028;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr16 4242093 . C T 178.73 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.102706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0614;QD=12.5421;RBI=0.102748;REFB=-0.0158865;REVB=0.00292823;RO=34;SAF=12;SAR=10;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109607;STB=0.569971;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0170926;OID=.;OPOS=4242093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:35:22:22:0.385965:10:12:22:12:10:12:23:12 chr16 4245693 . A G 182.17 PASS AF=0.383333;AO=22;DP=59;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.00914775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.397;QD=12.1449;RBI=0.0117318;REFB=-0.0155083;REVB=-0.00734538;RO=37;SAF=18;SAR=4;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142181;STB=0.545413;STBP=0.688;TYPE=snp;VARB=0.026782;OID=.;OPOS=4245693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:37:37:22:23:0.383333:4:18:27:10:5:18:27:10 chr16 4292002 . C A 263.99 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00552633;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=185.674;QD=15.3038;RBI=0.0185908;REFB=-0.0101596;REVB=-0.0177504;RO=39;SAF=17;SAR=13;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155516;STB=0.587838;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.012366;OID=.;OPOS=4292002;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:39:39:30:30:0.434783:13:17:16:23:13:17:16:23 chr16 4307636 . A C 30.99 PASS AF=0.166667;AO=9;DP=54;FAO=9;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=45;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.034493;FXX=0.0181785;HRUN=5;LEN=1;MLLD=27.9746;QD=2.29557;RBI=0.0370021;REFB=-0.0337145;REVB=-0.0133938;RO=36;SAF=1;SAR=8;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.503571;STB=0.863989;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.110114;OID=.;OPOS=4307636;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:54:54:36:45:9:9:0.166667:8:1:17:19:8:1:23:22 chr16 4307646 . A G 674.29 PASS AF=0.912281;AO=52;DP=57;FAO=52;FDP=57;FR=.;FRO=5;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.024748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7056;QD=47.3186;RBI=0.0346393;REFB=-0.035674;REVB=0.0242367;RO=4;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606581;STB=0.521641;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0485828;OID=.;OPOS=4307646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:57:57:4:5:52:52:0.912281:29:23:0:4:29:23:1:4 chr16 4310468 . C G 1457.73 PASS AF=0.989474;AO=90;DP=92;FAO=94;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0309182;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.4;QD=61.3781;RBI=0.0535024;REFB=-0.0314445;REVB=0.0436643;RO=1;SAF=46;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101926;STB=0.505049;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000225614;OID=.;OPOS=4310468;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:92:95:1:1:90:94:0.989474:44:46:1:0:45:49:1:0 chr16 4386814 . T C 803.64 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00698937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.434;QD=55.4235;RBI=0.0228962;REFB=-0.129571;REVB=0.0218033;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.50746;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000516744;OID=.;OPOS=4386814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:33:24:0:0:33:24:0:1 chr16 4414987 . G A 109.05 PASS AF=0.916667;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0546953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.735;QD=36.3482;RBI=0.0546958;REFB=-0.0286342;REVB=0.000225004;RO=1;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811734;STB=0.545372;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0116121;OID=.;OPOS=4414987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:12:1:1:10:11:0.916667:5:5:0:1:5:6:0:1 chr16 4431202 . A G 1935.18 PASS AF=1;AO=120;DP=122;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0940299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.732;QD=61.9258;RBI=0.0940739;REFB=0;REVB=0.00287745;RO=1;SAF=67;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00887818;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016749;OID=.;OPOS=4431202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:125:1:0:120:125:1:53:67:0:1:54:71:0:0 chr16 4432029 . A C 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.075;QD=57.2019;RBI=0.0447403;REFB=0;REVB=0.00857205;RO=0;SAF=4;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9955e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131052;OID=.;OPOS=4432029;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:26:4:0:0:26:4:0:0 chr16 4445327 . C G,T 814.96 PASS AF=0.0517241,0.948276;AO=3,55;DP=58;FAO=3,55;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=3,29;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111254,0.0138944;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=8.58835,149.844;QD=56.204;RBI=0.025549,0.0417544;REFB=0,0;REVB=0.0229995,0.0393748;RO=0;SAF=3,29;SAR=0,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.40922e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.152706,0.00109901;OID=.,.;OPOS=4445327,4445327;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:58:58:0:0:3,55:3,55:0.0517241,0.948276:0,26:3,29:0:0:0,26:3,29:0:0 chr16 4445361 . A G 82.85 PASS AF=0.232143;AO=12;DP=55;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0788525;FXX=0.0175408;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.626;QD=5.91768;RBI=0.0788956;REFB=-0.0137215;REVB=-0.00260936;RO=43;SAF=1;SAR=11;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.672819;STB=0.927362;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0352299;OID=.;OPOS=4445361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:55:56:43:43:12:13:0.232143:11:1:28:15:12:1:28:15 chr16 4476088 . TT CC,TC 725.81 PASS AF=0.037037,0.944444;AO=2,50;DP=54;FAO=2,51;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=1,21;FSAR=1,30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0123436,0.0097173;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=84.4469,135.499;QD=53.7634;RBI=0.0218924,0.0197194;REFB=-0.0512489,-0.135887;REVB=-0.0180808,0.0171589;RO=1;SAF=1,21;SAR=1,29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.25849,-0.0218873;STB=0.665164,0.511623;STBP=0.662,0.312;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0233124,0.00533143;OID=.,.;OPOS=4476088,4476089;OREF=TT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:54:54:1:1:2,50:2,51:0.037037,0.944444:1,29:1,21:1:0:1,30:1,21:1:0 chr16 4484396 . A T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1154;QD=46.8469;RBI=0.058855;REFB=0;REVB=0.054219;RO=0;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130594;OID=.;OPOS=4484396;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:7:8:0:0:7:8:0:0 chr16 4496973 . T A 935.9 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383841;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.505;QD=58.4939;RBI=0.0384282;REFB=0;REVB=0.00184081;RO=0;SAF=36;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217177;OID=.;OPOS=4496973;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:27:36:0:0:27:37:0:0 chr16 4625274 . A G 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0195411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.802;QD=11.1041;RBI=0.022534;REFB=-0.0230855;REVB=-0.0112217;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352313;STB=0.709151;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0283427;OID=.;OPOS=4625274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:2:8:3:4:2:8 chr16 4625470 . C G 151.46 PASS AF=0.361702;AO=17;DP=47;FAO=17;FDP=47;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0184581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5503;QD=12.8903;RBI=0.031104;REFB=-0.00729749;REVB=-0.0250352;RO=30;SAF=7;SAR=10;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0970616;STB=0.556894;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0130673;OID=.;OPOS=4625470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:30:17:17:0.361702:10:7:15:15:10:7:15:15 chr16 4625938 . A T 83.39 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0277242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.141;QD=20.8476;RBI=0.0662798;REFB=-0.011409;REVB=0.0602029;RO=6;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144541;STB=0.583159;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00232603;OID=.;OPOS=4625938;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:7:3:3:3:7:3:3:3 chr16 4626070 . A G 38.14 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=-0.0061363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=217.684;QD=10.17;RBI=0.0417319;REFB=-0.00518381;REVB=0.0412783;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.596766;STB=0.84537;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0217871;OID=.;OPOS=4626070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:2:4:0:9:2:4:0:9 chr16 4709131 . C A 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.114198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7819;QD=14.0429;RBI=0.114518;REFB=0.00598765;REVB=0.00855078;RO=4;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268008;STB=0.665923;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.0171516;OID=.;OPOS=4709131;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:4:1:2:2:4:1:2:2 chr16 4721468 . T C 224.91 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00394479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.56;QD=19.9918;RBI=0.00583522;REFB=-0.00531455;REVB=0.00429982;RO=23;SAF=6;SAR=16;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12584;STB=0.57136;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0159764;OID=.;OPOS=4721468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:16:6:9:14:16:6:9:14 chr16 4736316 . C T 283.9 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=28;FSRR=17;FWDB=0.0529743;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.7477;QD=14.7479;RBI=0.0530713;REFB=0.00809394;REVB=0.00320736;RO=45;SAF=11;SAR=21;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285855;STB=0.661985;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00752462;OID=.;OPOS=4736316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:21:11:28:17:21:11:28:17 chr16 4751045 . C T 74.47 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.109869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.396;QD=22.915;RBI=0.109941;REFB=-0.0178132;REVB=-0.00398336;RO=4;SAF=8;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158958;STB=0.592358;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.014848;OID=.;OPOS=4751045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:1:8:3:1:1:8:3:1 chr16 4752134 . A G 199.52 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0125674;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.565;QD=19.0017;RBI=0.0554032;REFB=-0.0173097;REVB=-0.053959;RO=21;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075896;STB=0.533299;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0213402;OID=.;OPOS=4752134;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:22:20:20:0.47619:13:7:9:12:13:7:9:13 chr16 4790273 . G A 806.77 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00622838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5577;QD=64.5419;RBI=0.0973282;REFB=0;REVB=0.0971287;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129863;OID=.;OPOS=4790273;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:25:23:0:0:27:23:0:0 chr16 4794873 . C T 1510.78 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.524;QD=63.6118;RBI=0.0310865;REFB=0;REVB=0.0202987;RO=0;SAF=63;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.18502e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.51496e-05;OID=.;OPOS=4794873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:95:0:0:95:95:1:32:63:0:0:32:63:0:0 chr16 4796393 . A G 1300.91 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=61;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1587;QD=60.5074;RBI=0.0757807;REFB=0;REVB=0.0690373;RO=0;SAF=60;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000485191;OID=.;OPOS=4796393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:86:0:0:81:86:1:21:60:0:0:25:61:0:0 chr16 4797457 . C T 272.4 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=34;FSRR=21;FWDB=0.0345785;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.3573;QD=12.5241;RBI=0.0468481;REFB=0.0058804;REVB=-0.0316081;RO=51;SAF=10;SAR=22;SRF=32;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.337247;STB=0.692298;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.00892953;OID=.;OPOS=4797457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:51:55:32:32:0.367816:22:10:32:19:22:10:34:21 chr16 4797518 . G A 359.04 PASS AF=0.403846;AO=42;DP=105;FAO=42;FDP=104;FR=.;FRO=62;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=43;FSRR=19;FWDB=0.0218679;FXX=0.0095229;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.821;QD=13.8094;RBI=0.0316782;REFB=-0.0117131;REVB=0.0229195;RO=62;SAF=23;SAR=19;SRF=43;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158652;STB=0.589245;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0122789;OID=.;OPOS=4797518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:62:62:42:42:0.403846:19:23:43:19:19:23:43:19 chr16 4802386 . G T 352.37 PASS AF=0.513889;AO=36;DP=71;FAO=37;FDP=72;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=0.0764705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4914;QD=19.5762;RBI=0.0786965;REFB=-0.0140151;REVB=0.018585;RO=35;SAF=12;SAR=24;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374225;STB=0.510633;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.019885;OID=.;OPOS=4802386;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:35:35:36:37:0.513889:24:12:13:22:24:13:13:22 chr16 4815602 . T C 167.35 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0393634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9388;QD=41.8378;RBI=0.0444793;REFB=0.00915161;REVB=0.0207106;RO=1;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0699995;STB=0.53841;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.0115964;OID=.;OPOS=4815602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:6:9:0:1:6:9:0:1 chr16 4815608 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000720191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115;QD=49.599;RBI=0.0660438;REFB=0;REVB=-0.0660398;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000729912;OID=.;OPOS=4815608;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr16 4833970 . C T 256.1 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0203478;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.05;QD=19.7;RBI=0.0316824;REFB=-0.0126787;REVB=0.0242847;RO=25;SAF=11;SAR=16;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0637919;STB=0.535636;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0175763;OID=.;OPOS=4833970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:25:25:27:27:0.519231:16:11:12:13:16:11:12:13 chr16 4837545 . A G 113.46 PASS AF=0.4;AO=13;DP=34;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0138857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.878;QD=12.9672;RBI=0.0213707;REFB=-0.0337145;REVB=0.0162448;RO=21;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289406;STB=0.639808;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0390768;OID=.;OPOS=4837545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:21:21:13:14:0.4:5:8:7:14:6:8:7:14 chr16 4846068 . T C 100.64 PASS AF=0.48;AO=11;DP=26;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.00634405;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.254;QD=16.103;RBI=0.00814659;REFB=-0.0445668;REVB=0.00511077;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363201;STB=0.677144;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0291543;OID=.;OPOS=4846068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:25:13:13:11:12:0.48:7:4:10:3:7:5:10:3 chr16 4847524 . T C 159.37 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0101847;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5453;QD=24.5185;RBI=0.0335969;REFB=-0.00808149;REVB=0.032016;RO=10;SAF=4;SAR=12;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12655;STB=0.571334;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0116637;OID=.;OPOS=4847524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:27:26:10:10:16:16:0.615385:12:4:4:6:12:4:4:6 chr16 4855279 . A G 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00520279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.38;QD=57.2026;RBI=0.0143887;REFB=0;REVB=0.0134151;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60639e-05;OID=.;OPOS=4855279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr16 4861709 . G C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00622195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.711;QD=60.9774;RBI=0.0354777;REFB=0;REVB=0.0349279;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.61147e-05;OID=.;OPOS=4861709;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr16 4908667 . A G 93.38 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0393613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.4146;QD=9.82934;RBI=0.0404936;REFB=-0.0118247;REVB=-0.00950891;RO=26;SAF=7;SAR=5;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137779;STB=0.583194;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0143537;OID=.;OPOS=4908667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:12:12:0.315789:5:7:12:14:5:7:12:14 chr16 4923091 . G A 435.62 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=94;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=-0.00718993;FXX=0.0105252;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.254;QD=18.5368;RBI=0.033969;REFB=-0.0186936;REVB=0.0331994;RO=50;SAF=29;SAR=15;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139854;STB=0.578184;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0211748;OID=.;OPOS=4923091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:50:50:44:44:0.468085:15:29:26:24:15:29:26:24 chr16 4930100 . C T 220.98 PASS AF=0.350649;AO=27;DP=80;FAO=27;FDP=77;FR=.;FRO=50;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.00789439;FXX=0.0374953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9539;QD=11.4795;RBI=0.0158573;REFB=-0.0135296;REVB=-0.0137526;RO=50;SAF=13;SAR=14;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0016617;STB=0.500963;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0314344;OID=.;OPOS=4930100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:77:50:50:27:27:0.350649:14:13:24:26:14:13:24:26 chr16 4933939 . G C 89.1 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0325186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.538;QD=17.8196;RBI=0.0371379;REFB=-0.0118323;REVB=0.0179378;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195767;STB=0.615121;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0151652;OID=.;OPOS=4933939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:20:20:9:9:9:9:0.45:3:6:4:5:3:6:4:5 chr16 4935146 . C T 92.9 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=53;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00422559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.957;QD=7.01098;RBI=0.0307562;REFB=-0.0125568;REVB=0.0304646;RO=40;SAF=6;SAR=7;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0767467;STB=0.547753;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0533912;OID=.;OPOS=4935146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:53:53:40:40:13:13:0.245283:7:6:21:19:7:6:21:19 chr16 4935636 . G A 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0599445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4955;QD=21.0138;RBI=0.0601657;REFB=0.0219689;REVB=0.005154;RO=7;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117729;STB=0.566892;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.0170131;OID=.;OPOS=4935636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:6:5:2:5:6:5:2:5 chr16 4938160 . T G 740.43 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000636362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.951;QD=56.9564;RBI=0.0116799;REFB=0;REVB=0.0116626;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.71891e-05;OID=.;OPOS=4938160;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr16 4940809 . A G 1493.71 PASS AF=1;AO=92;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434143;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4755;QD=62.2381;RBI=0.0535544;REFB=0;REVB=-0.0313571;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204124;OID=.;OPOS=4940809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:92:96:1:48:44:0:0:49:47:0:0 chr16 4942099 . C T 315.48 PASS AF=0.571429;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.00399837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.192;QD=22.534;RBI=0.00481403;REFB=-0.00705216;REVB=-0.00268104;RO=23;SAF=17;SAR=15;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092774;STB=0.558655;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.00966606;OID=.;OPOS=4942099;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:24:32:32:0.571429:15:17:15:8:15:17:16:8 chr16 4944518 . C G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00930735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.182;QD=49.5981;RBI=0.00956848;REFB=0;REVB=0.00222015;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39159e-05;OID=.;OPOS=4944518;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr16 5065179 . C A 182.19 PASS AF=0.463415;AO=18;DP=40;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0583979;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4037;QD=17.7749;RBI=0.0763808;REFB=0.0175634;REVB=0.0492312;RO=21;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107884;STB=0.559524;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=-0.0260556;OID=.;OPOS=5065179;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:21:22:18:19:0.463415:10:8:7:14:10:9:8:14 chr16 5074952 . C T 517.9 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.377;QD=59.1885;RBI=0.0225099;REFB=0;REVB=0.0148215;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116223;OID=.;OPOS=5074952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:21:13:0:0:21:14:0:0 chr16 5075226 . G A 601.09 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.080455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.344;QD=58.6434;RBI=0.0855093;REFB=-0.070561;REVB=0.0289626;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512189;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.000905161;OID=.;OPOS=5075226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:0:1:40:40:0.97561:20:20:0:0:20:20:0:1 chr16 5075542 . G A 754.93 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.237;QD=56.9761;RBI=0.036775;REFB=0;REVB=-0.00652144;RO=0;SAF=28;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83309e-05;OID=.;OPOS=5075542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:24:28:0:0:25:28:0:0 chr16 5106184 . C T 851.95 PASS AF=0.90411;AO=58;DP=66;FAO=66;FDP=73;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=53;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=0.0528068;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=78.0389;QD=46.682;RBI=0.0528119;REFB=-0.0734414;REVB=0.000734691;RO=7;SAF=10;SAR=48;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241663;STB=0.606025;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00374355;OID=.;OPOS=5106184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:66:73:7:7:58:66:0.90411:48:10:7:0:53:13:7:0 chr16 5129729 . G A 37.49 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0466581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8671;QD=8.82016;RBI=0.0689002;REFB=-0.0108555;REVB=0.0506976;RO=9;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27543;STB=0.705311;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00570952;OID=.;OPOS=5129729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:9:11:6:6:0.352941:3:3:7:2:3:3:9:2 chr16 5132636 . C T 643.16 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0178526;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.984;QD=61.2531;RBI=0.056765;REFB=0;REVB=0.0538846;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000435028;OID=.;OPOS=5132636;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:20:20:0:0:22:20:0:0 chr16 5139217 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00952984;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=302.076;QD=40.7629;RBI=0.0202401;REFB=0;REVB=0.0178562;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.43123e-05;OID=.;OPOS=5139217;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chr16 5649140 . T TTAGGAAA 417.57 PASS AF=1;AO=26;DP=37;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263886;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=7;MLLD=325.778;QD=57.5958;RBI=0.0267752;REFB=0;REVB=0.00453312;RO=6;SAF=13;SAR=13;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17313;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000366113;OID=.;OPOS=5649141;OREF=-;OALT=TAGGAAA;OMAPALT=TTAGGAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:37:29:29:0:16:13:0:0:4:6:13:13:6:0 chr16 6923966 . A G 874.72 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0148834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3036;QD=54.6702;RBI=0.0264621;REFB=-0.160173;REVB=-0.0218799;RO=2;SAF=35;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0262147;STB=0.513884;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0021051;OID=.;OPOS=6923966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:2:2:62:62:0.96875:27:35:2:0:27:35:2:0 chr16 7102036 . CTTCA CTCA,CTCAT 738.88 PASS AF=1,0;AO=50,5;DP=59;FAO=59,0;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=40,0;FSAR=19,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358248,0.0351925;FXX=0.0166639;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=21.6064,9.2107;QD=50.0937;RBI=0.141368,0.037669;REFB=0,0;REVB=0.136753,-0.0134327;RO=1;SAF=37,0;SAR=13,5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.03483,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00548127,0;OID=.,.;OPOS=7102037,7102038;OREF=T,TCA;OALT=-,CAT;OMAPALT=CTCA,CTCAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:50,5:59:59,0:59:0:40,0:19,0:0:0:4:1:37,0:13,5:0:1 chr16 7568196 . C T 112.89 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0253011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.312;QD=9.40764;RBI=0.0253455;REFB=0.000973162;REVB=0.00149943;RO=34;SAF=7;SAR=7;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103357;STB=0.562412;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.00185471;OID=.;OPOS=7568196;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:34:34:14:14:0.291667:7:7:20:14:7:7:20:14 chr16 7629839 . GA G,GG 75.54 PASS AF=0.32,0.2;AO=7,5;DP=25;FAO=8,5;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=2,0;FSAR=6,5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0783144,-0.0737594;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=13.022,27.0353;QD=12.0862;RBI=0.0858566,0.0994249;REFB=-0.0657152,-0.0404227;REVB=-0.0351882,-0.0666697;RO=10;SAF=2,0;SAR=5,5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0.363718,0;SSSB=-0.125396,-0.706086;STB=0.562336,0.996942;STBP=0.718,0.073;TYPE=del,snp;VARB=0.0598927,-0.0481809;OID=.,.;OPOS=7629840,7629840;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.32,0.2:7,5:25:8,5:25:12:2,0:6,5:4:8:38:10:2,0:5,5:4:6 chr16 7760884 . T G 526.55 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00837456;FXX=0.0540395;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.2993;QD=60.1766;RBI=0.017872;REFB=0;REVB=-0.0157884;RO=0;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.64549e-05;OID=.;OPOS=7760884;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:26:9:0:0:26:9:0:0 chr16 7761529 . C T 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0031808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.525;QD=48.7337;RBI=0.0340122;REFB=0;REVB=0.0338631;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000407675;OID=.;OPOS=7761529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr16 8722629 . G C 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0682351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.499;QD=15.2589;RBI=0.0704689;REFB=-0.0160519;REVB=0.0176022;RO=6;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12173;STB=0.571239;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0129783;OID=.;OPOS=8722629;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:2:5:5:1:2:5:5:1 chr16 8728953 . C T 1320.94 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.083;QD=62.162;RBI=0.047571;REFB=0;REVB=0.0338479;RO=0;SAF=47;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.83693e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127147;OID=.;OPOS=8728953;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:38:47:0:0:38:47:0:0 chr16 8729124 . G A 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0305769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.975;QD=17.3207;RBI=0.0320315;REFB=-0.0265563;REVB=0.00954301;RO=18;SAF=4;SAR=12;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208812;STB=0.620528;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0578001;OID=.;OPOS=8729124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:12:4:8:10:12:4:8:10 chr16 8736028 . T C 1451.16 PASS AF=0.969388;AO=93;DP=96;FAO=95;FDP=98;FR=.;FRO=3;FSAF=52;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00784038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.727;QD=59.231;RBI=0.042992;REFB=0.0116582;REVB=-0.0422711;RO=3;SAF=50;SAR=43;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121524;STB=0.506602;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=-0.00509458;OID=.;OPOS=8736028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:96:98:3:3:93:95:0.969388:43:50:1:2:43:52:1:2 chr16 8738427 . T C 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00631327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.819;QD=57.678;RBI=0.057559;REFB=0;REVB=0.0572117;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282258;OID=.;OPOS=8738427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr16 8738499 . G A 687.85 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.874;QD=62.5318;RBI=0.0578924;REFB=0;REVB=0.0464751;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00048791;OID=.;OPOS=8738499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr16 8738579 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0597211;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.074;QD=55.6556;RBI=0.0684502;REFB=0;REVB=0.0334488;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000441317;OID=.;OPOS=8738579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr16 8739954 . G A,T 681.29 PASS AF=0.893617,0.0851064;AO=40,4;DP=44;FAO=42,4;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=23,0;FSAR=19,4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0152501,-0.00534303;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=81.2173,202.823;QD=57.9821;RBI=0.0160857,0.00690924;REFB=-0.0244726,0.0180718;REVB=-0.00511703,-0.0043806;RO=0;SAF=21,0;SAR=19,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.17587e-08,0;STB=0.510633,0.995941;STBP=0.5,0.078;TYPE=snp,snp;VARB=0.00262101,0.00577075;OID=.,.;OPOS=8739954,8739954;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:44:47:0:1:40,4:42,4:0.893617,0.0851064:19,4:21,0:0:0:19,4:23,0:1:0 chr16 8740015 . A C 691.59 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0123688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1262;QD=54.2421;RBI=0.0216341;REFB=-0.129623;REVB=-0.0177495;RO=1;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171119;STB=0.508768;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0036986;OID=.;OPOS=8740015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:51:1:1:49:50:0.980392:27:22:0:1:28:22:0:1 chr16 8740418 . T C 693.18 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00774417;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1046;QD=61.6157;RBI=0.0534776;REFB=0;REVB=-0.0529139;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000506356;OID=.;OPOS=8740418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr16 8740503 . G A 628.62 PASS AF=0.954545;AO=38;DP=40;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0277087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.248;QD=57.147;RBI=0.0394648;REFB=-0.0158528;REVB=0.0281015;RO=2;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0407079;STB=0.51851;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00118559;OID=.;OPOS=8740503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:44:2:2:38:42:0.954545:22:16:0:2:26:16:0:2 chr16 8839954 . A G 632.33 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.475;QD=61.6911;RBI=0.0140321;REFB=0;REVB=0.00540804;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.29662e-05;OID=.;OPOS=8839954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:28:11:0:0:29:12:0:0 chr16 8841960 . T C 1233.62 PASS AF=0.987805;AO=76;DP=77;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0297941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.123;QD=60.1768;RBI=0.0583692;REFB=-0.0636993;REVB=0.0501924;RO=0;SAF=38;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00122265;OID=.;OPOS=8841960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:82:0:1:76:81:0.987805:38:38:0:0:42:39:1:0 chr16 8868776 . C A 426.92 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0319551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.687;QD=21.8934;RBI=0.0377814;REFB=-0.00644939;REVB=0.0201571;RO=36;SAF=21;SAR=21;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139709;STB=0.576887;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00450631;OID=.;OPOS=8868776;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:21:21:24:12:21:21:24:12 chr16 8877832 . C T 123.52 PASS AF=0.313725;AO=11;DP=47;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.00429553;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.696;QD=9.68778;RBI=0.0235537;REFB=-0.00698242;REVB=0.0231587;RO=33;SAF=7;SAR=4;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.567008;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0165991;OID=.;OPOS=8877832;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:51:33:35:11:16:0.313725:4:7:21:12:7:9:23:12 chr16 8877854 . C G,T 764.95 PASS AF=0.959184,0.0408163;AO=46,2;DP=48;FAO=47,2;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29,1;FSAR=18,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350864,0.0265129;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=109.143,67.5935;QD=62.4449;RBI=0.0622869,0.049614;REFB=0,0;REVB=-0.0514646,-0.0419358;RO=0;SAF=28,1;SAR=18,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.06241e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00120008,0.066394;OID=.,.;OPOS=8877854,8877854;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:48:49:0:0:46,2:47,2:0.959184,0.0408163:18,1:28,1:0:0:18,1:29,1:0:0 chr16 8952248 . A G 282.35 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00624636;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.512;QD=51.3355;RBI=0.00912055;REFB=0;REVB=-0.00664586;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014765;OID=.;OPOS=8952248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:20:22:1:11:9:0:0:12:10:0:0 chr16 8953081 . C G 437.18 PASS AF=0.449541;AO=45;DP=109;FAO=49;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=43;FWDB=-0.0118856;FXX=0.00909008;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.974;QD=16.0431;RBI=0.0221906;REFB=-0.0370267;REVB=-0.0187392;RO=44;SAF=23;SAR=22;SRF=14;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172078;STB=0.614183;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0395845;OID=.;OPOS=8953081;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:44:60:45:49:0.449541:22:23:14:30:25:24:17:43 chr16 8979046 . A G 944.41 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5575;QD=58.1178;RBI=0.083076;REFB=0;REVB=-0.0781182;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158737;OID=.;OPOS=8979046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:31:33:0:0:31:34:0:0 chr16 9030444 . C G 715.37 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191071;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.3679;QD=57.2293;RBI=0.069104;REFB=0;REVB=0.0664099;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327996;OID=.;OPOS=9030444;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr16 10524656 . GGAC G 291.86 PASS AF=1;AO=24;DP=28;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00964771;FXX=0.107105;HRUN=2;LEN=3;MLLD=192.377;QD=46.6968;RBI=0.0638822;REFB=0;REVB=0.0631495;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000390076;OID=.;OPOS=10524657;OREF=GAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:24:28:25:25:0:14:11:0:0:5:0:14:10:0:0 chr16 10575824 . C A 340.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.3641;QD=54.5133;RBI=0.0189461;REFB=0;REVB=-0.0130942;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.05734e-05;OID=.;OPOS=10575824;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:6:19:0:0:6:19:0:0 chr16 10631912 . C T 125.53 PASS AF=0.303571;AO=17;DP=56;FAO=17;FDP=56;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.00119011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.514;QD=8.96614;RBI=0.0136816;REFB=-0.0100306;REVB=-0.0136298;RO=39;SAF=7;SAR=10;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14745;STB=0.588131;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.028048;OID=.;OPOS=10631912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:39:17:17:0.303571:10:7:21:18:10:7:21:18 chr16 10769958 . T C 877.52 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0231488;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.188;QD=57.5424;RBI=0.0333836;REFB=0;REVB=0.0240541;RO=0;SAF=36;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77692e-05;OID=.;OPOS=10769958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:59:61:1:23:36:0:0:24:37:0:0 chr16 10783113 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000379118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.365;QD=43.4862;RBI=0.0157987;REFB=0;REVB=0.0157942;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001336;OID=.;OPOS=10783113;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr16 10813648 . CGGT GTTG,TGGT,TTGG 548.64 PASS AF=0,0.891892,0.108108;AO=2,26,2;DP=37;FAO=0,33,4;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15,0;FSAR=0,18,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220848,0.015016,0.0147369;FXX=0.0263089;HRUN=1,1,1;LEN=4,1,4;MLLD=86.3794,139.966,113.1;QD=59.3124;RBI=0.0552554,0.0172104,0.0203097;REFB=0,0,0;REVB=-0.05065,0.00840944,-0.0139753;RO=0;SAF=0,14,0;SAR=2,12,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,mnp;VARB=0.0456337,0.00280351,0.0279166;OID=.,.,.;OPOS=10813648,10813648,10813648;OREF=CGGT,C,CGGT;OALT=GTTG,T,TTGG;OMAPALT=GTTG,TGGT,TTGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:13:37:37:0:0:2,26,2:0,33,4:0,0.891892,0.108108:2,12,2:0,14,0:0:0:0,18,4:0,15,0:0:0 chr16 10862964 . A G 203.15 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0169025;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.6771;QD=21.9623;RBI=0.0169368;REFB=0.0253115;REVB=0.00107686;RO=17;SAF=4;SAR=16;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324028;STB=0.684006;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=-0.00994682;OID=.;OPOS=10862964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:16:4:9:8:16:4:9:8 chr16 10995933 . A G 666.13 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0177836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.707;QD=61.9658;RBI=0.061492;REFB=0;REVB=0.0588643;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000195685;OID=.;OPOS=10995933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:43:0:0:39:43:1:17:22:0:0:21:22:0:0 chr16 11000848 . G C 126.51 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0323524;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.9208;QD=11.2452;RBI=0.0323984;REFB=0.00308815;REVB=-0.00172611;RO=29;SAF=6;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168599;STB=0.589166;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=-0.0108495;OID=.;OPOS=11000848;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:30:15:15:0.333333:9:6:16:13:9:6:16:14 chr16 11001743 . G A 79.58 PASS AF=0.5;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0502848;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=66.0276;QD=15.9154;RBI=0.051081;REFB=-0.0153575;REVB=-0.00898355;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304629;STB=0.655927;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0130537;OID=.;OPOS=11001743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:19:20:9:10:10:10:0.5:7:3:6:3:7:3:6:4 chr16 11001770 . G T 124.79 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0650604;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0406;QD=17.8266;RBI=0.0778484;REFB=0.00545847;REVB=0.0427496;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629108;STB=0.536031;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=-0.000910553;OID=.;OPOS=11001770;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:6:8:7:7:6:8:7:7 chr16 11002133 . C G 229.56 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0427124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8019;QD=22.3964;RBI=0.0436107;REFB=0.000577372;REVB=0.00880634;RO=19;SAF=10;SAR=12;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188376;STB=0.60517;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00103347;OID=.;OPOS=11002133;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:12:10:13:6:12:10:13:6 chr16 11002904 . G A 291.24 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0113556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.1375;QD=19.4159;RBI=0.0114443;REFB=-0.0292184;REVB=-0.00142147;RO=29;SAF=15;SAR=16;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152099;STB=0.584363;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0550135;OID=.;OPOS=11002904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:16:15:9:20:16:15:9:20 chr16 11002927 . A G 947.66 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000110728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.703;QD=58.3173;RBI=0.0413618;REFB=0;REVB=0.0413616;RO=0;SAF=24;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.38445e-05;OID=.;OPOS=11002927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:40:24:0:0:40:25:0:0 chr16 11367143 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=327.608;QD=56.7066;RBI=0.0415207;REFB=0;REVB=0.0174068;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.99134e-05;OID=.;OPOS=11367143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr16 11367154 . C T 204.17 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=29;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0149784;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.08;QD=29.1676;RBI=0.0151425;REFB=-0.00410325;REVB=-0.00222354;RO=9;SAF=11;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142526;STB=0.578864;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0010339;OID=.;OPOS=11367154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:29:28:9:9:19:19:0.678571:8:11:3:6:8:11:3:6 chr16 11369712 . C T 196.48 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0582804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8068;QD=18.2768;RBI=0.0778858;REFB=0.0149705;REVB=-0.051668;RO=22;SAF=7;SAR=13;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326779;STB=0.501278;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=-0.0203489;OID=.;OPOS=11369712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:23:20:20:0.465116:13:7:7:15:13:7:8:15 chr16 11387117 . A G 1237.42 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0225136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.73;QD=58.925;RBI=0.0226882;REFB=-0.0488325;REVB=0.00280884;RO=1;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976474;STB=0.502092;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.000202951;OID=.;OPOS=11387117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:1:2:82:82:0.97619:48:34:0:1:48:34:1:1 chr16 11387164 . T C 898.04 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.359;QD=57.938;RBI=0.0330023;REFB=0;REVB=0.027928;RO=0;SAF=19;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.69696e-05;OID=.;OPOS=11387164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:42:19:0:0:42:20:0:0 chr16 11540711 . CT C,CC 525.91 PASS AF=0.0277778,0.972222;AO=5,29;DP=36;FAO=1,35;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=1,24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0700136,0.0936691;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=143.618,164.493;QD=58.4348;RBI=0.0700465,0.0937051;REFB=0,0;REVB=-0.00214609,-0.00259545;RO=0;SAF=5,5;SAR=0,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0189061,-0.0001995;OID=.,.;OPOS=11540712,11540712;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0277778,0.972222:5,29:36:1,35:36:0:0,11:1,24:0:0:4:0:5,5:0,24:0:0 chr16 11540760 . C T 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0388357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.72;QD=13.4558;RBI=0.0399224;REFB=0.00716114;REVB=0.00925118;RO=14;SAF=2;SAR=9;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660688;STB=0.517209;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=-0.00686553;OID=.;OPOS=11540760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:14:15:11:11:0.423077:9:2:2:12:9:2:3:12 chr16 11541896 . G A 340.82 PASS AF=0.9;AO=26;DP=30;FAO=27;FDP=30;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0143674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.4987;QD=45.442;RBI=0.0270486;REFB=-0.17934;REVB=0.0229173;RO=2;SAF=13;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0662357;STB=0.551686;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0119826;OID=.;OPOS=11541896;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:30:30:2:3:26:27:0.9:13:13:2:0:14:13:3:0 chr16 11542894 . C T 820.61 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0966978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.758;QD=55.6348;RBI=0.100036;REFB=-0.126914;REVB=0.0256286;RO=1;SAF=32;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145113;STB=0.50746;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00174352;OID=.;OPOS=11542894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:1:1:57:58:0.983051:25:32:1:0:25:33:1:0 chr16 11544673 . G A 41.4 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0646864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.492;QD=16.56;RBI=0.0655022;REFB=-0.111107;REVB=0.010306;RO=4;SAF=1;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921951;STB=0.555356;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.011315;OID=.;OPOS=11544673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:10:10:4:4:6:6:0.6:5:1:1:3:5:1:1:3 chr16 11553883 . C G 231.32 PASS AF=0.318681;AO=29;DP=91;FAO=29;FDP=91;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.00434574;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.633;QD=10.1677;RBI=0.00818702;REFB=-0.0153098;REVB=-0.00693843;RO=62;SAF=17;SAR=12;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156427;STB=0.591465;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0336668;OID=.;OPOS=11553883;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:62:62:29:29:0.318681:12:17:28:34:12:17:28:34 chr16 11556121 . A G 236.41 PASS AF=0.394366;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=-0.0289052;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.191;QD=13.3188;RBI=0.0382376;REFB=-0.0401032;REVB=-0.025032;RO=44;SAF=13;SAR=15;SRF=15;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134325;STB=0.570942;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0423373;OID=.;OPOS=11556121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:44:43:28:28:0.394366:15:13:15:29:15:13:15:28 chr16 11650325 . G A 277.47 PASS AF=0.595238;AO=24;DP=41;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.011156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.3351;QD=26.4255;RBI=0.0979345;REFB=-0.0287659;REVB=0.097297;RO=17;SAF=10;SAR=14;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171409;STB=0.59992;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.022624;OID=.;OPOS=11650325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:17:17:24:25:0.595238:14:10:11:6:15:10:11:6 chr16 11658459 . A AT 102.85 PASS AF=0.361111;AO=11;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00269734;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=132.376;QD=11.4272;RBI=0.0260845;REFB=-0.0038273;REVB=-0.0259447;RO=23;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.032954;STB=0.545386;STBP=0.681;TYPE=ins;VARB=0.00575075;OID=.;OPOS=11658460;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361111:11:36:13:36:23:6:7:9:14:99:23:4:7:9:14 chr16 11852354 . A C 410.52 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0314397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.6623;QD=51.3148;RBI=0.0921039;REFB=-0.233596;REVB=-0.0865717;RO=2;SAF=21;SAR=9;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423593;STB=0.511104;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0234073;OID=.;OPOS=11852354;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:2:1:30:31:0.96875:9:21:2:0:9:22:1:0 chr16 11969724 . G C 990.56 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3465;QD=57.424;RBI=0.0141463;REFB=-0.0760849;REVB=0.0070578;RO=1;SAF=37;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126017;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000560805;OID=.;OPOS=11969724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:68:69:1:0:67:69:1:30:37:1:0:30:39:0:0 chr16 12021332 . G A 180.95 PASS AF=0.882353;AO=12;DP=17;FAO=15;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0538718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.214;QD=42.5753;RBI=0.0591538;REFB=-0.0433448;REVB=0.0244335;RO=1;SAF=9;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475628;STB=0.519974;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.012254;OID=.;OPOS=12021332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:17:1:1:12:15:0.882353:3:9:1:0:3:12:1:0 chr16 12027474 . CAT C 247.73 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0460384;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=189.464;QD=49.5467;RBI=0.0489991;REFB=0;REVB=0.0167743;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-7.96915e-05;OID=.;OPOS=12027475;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:20:20:20:0:6:14:0:0:4:0:6:14:0:0 chr16 12031448 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0529961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.447;QD=33.4285;RBI=0.0674447;REFB=0;REVB=-0.0417157;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000582159;OID=.;OPOS=12031448;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr16 12060163 . A G 1253.47 PASS AF=0.954545;AO=83;DP=88;FAO=84;FDP=88;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0295895;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.04;QD=56.9759;RBI=0.0391229;REFB=-0.126197;REVB=0.0255942;RO=2;SAF=27;SAR=56;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166145;STB=0.508473;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.00117761;OID=.;OPOS=12060163;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:88:88:2:4:83:84:0.954545:56:27:0:2:56:28:2:2 chr16 12162969 . A G 471.17 PASS AF=0.440678;AO=52;DP=118;FAO=52;FDP=118;FR=.;FRO=66;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.0128817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.686;QD=15.9718;RBI=0.0139155;REFB=-0.0105667;REVB=-0.00526344;RO=66;SAF=21;SAR=31;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0825242;STB=0.546192;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0115132;OID=.;OPOS=12162969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:66:66:52:52:0.440678:31:21:32:34:31:21:32:34 chr16 12181702 . G T 132.56 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0336286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.874;QD=15.1498;RBI=0.0336396;REFB=-0.029687;REVB=0.000859764;RO=20;SAF=8;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117085;STB=0.56748;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0474429;OID=.;OPOS=12181702;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:7:8:13:7:7:8:13:7 chr16 12662420 . C T 293.37 PASS AF=0.508197;AO=19;DP=62;FAO=31;FDP=61;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=30;FSAF=5;FSAR=26;FSRF=4;FSRR=26;FWDB=0.104826;FXX=0.0161264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=38.7477;QD=19.237;RBI=0.292512;REFB=0.0323658;REVB=0.273084;RO=17;SAF=5;SAR=14;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306423;STB=0.526299;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.0161572;OID=.;OPOS=12662420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:17:30:19:31:0.508197:14:5:4:13:26:5:4:26 chr16 12666984 . T A 109.91 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0414838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.273;QD=14.6552;RBI=0.0468915;REFB=-0.0183865;REVB=-0.0218611;RO=17;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048982;STB=0.528454;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.041082;OID=.;OPOS=12666984;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:17:17:13:13:0.433333:6:7:10:7:6:7:10:7 chr16 12667393 . G A 229.29 PASS AF=0.308511;AO=29;DP=94;FAO=29;FDP=94;FR=.;FRO=65;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=40;FSRR=25;FWDB=-0.036481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.359;QD=9.75701;RBI=0.0366703;REFB=-0.0103536;REVB=-0.00372162;RO=65;SAF=17;SAR=12;SRF=40;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356886;STB=0.52093;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0255176;OID=.;OPOS=12667393;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:65:65:29:29:0.308511:12:17:40:25:12:17:40:25 chr16 12667409 . C G 218.21 PASS AF=0.346154;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=78;FR=.;FRO=51;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0219047;FXX=0.0249969;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.462;QD=11.1905;RBI=0.0262955;REFB=-0.0176566;REVB=-0.0145478;RO=51;SAF=17;SAR=10;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0943274;STB=0.554855;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.026062;OID=.;OPOS=12667409;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:51:51:27:27:0.346154:10:17:28:23:10:17:28:23 chr16 12667945 . C T 366.8 PASS AF=0.382609;AO=44;DP=115;FAO=44;FDP=115;FR=.;FRO=71;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=40;FWDB=-0.000945772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1407;QD=12.7583;RBI=0.0279053;REFB=0.00970862;REVB=0.0278893;RO=70;SAF=25;SAR=19;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135172;STB=0.580901;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.014775;OID=.;OPOS=12667945;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:70:71:44:44:0.382609:19:25:31:39:19:25:31:40 chr16 12758966 . T C 214.68 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0130701;FXX=0.0232504;HRUN=3;LEN=1;MLLD=246.79;QD=20.4455;RBI=0.0159328;REFB=-0.0237556;REVB=-0.00911197;RO=21;SAF=7;SAR=14;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914015;STB=0.551674;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0204088;OID=.;OPOS=12758966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:21:21:21:21:0.5:14:7:9:12:14:7:9:12 chr16 12897578 . G T 3214.42 PASS AF=0.981308;AO=210;DP=220;FAO=210;FDP=214;FR=.;FRO=4;FSAF=88;FSAR=122;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00741862;FXX=0.0316728;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.6647;QD=60.0826;RBI=0.0168283;REFB=-0.200923;REVB=0.0151048;RO=1;SAF=88;SAR=122;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00538263;STB=0.51111;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00129044;OID=.;OPOS=12897578;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:220:214:1:4:210:210:0.981308:122:88:1:0:122:88:4:0 chr16 13002359 . T C 724.64 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00473132;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.219;QD=63.012;RBI=0.00639367;REFB=0;REVB=0.00430042;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.29947e-05;OID=.;OPOS=13002359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:22:23:0:0:22:24:0:0 chr16 14540868 . C T 205.34 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.002775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.403;QD=14.6671;RBI=0.00700517;REFB=-0.0217404;REVB=0.00643209;RO=32;SAF=12;SAR=12;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062728;STB=0.535685;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0335597;OID=.;OPOS=14540868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:12:12:18:14:12:12:18:14 chr16 15082865 . C T 208.81 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0531495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.7328;QD=25.3101;RBI=0.0950509;REFB=-0.0446933;REVB=0.0788024;RO=12;SAF=7;SAR=13;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485512;STB=0.546878;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0331086;OID=.;OPOS=15082865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:12:13:20:20:0.606061:13:7:5:7:13:7:6:7 chr16 15083131 . A T 60.51 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.00787444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.656;QD=6.20601;RBI=0.0174797;REFB=-0.00687395;REVB=-0.0156056;RO=30;SAF=4;SAR=5;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224317;STB=0.642158;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0259026;OID=.;OPOS=15083131;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:30:30:9:9:0.230769:5:4:19:11:5:4:19:11 chr16 15095675 . C A 156.44 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0297782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.094;QD=24.068;RBI=0.0332859;REFB=-0.00520009;REVB=-0.0148733;RO=9;SAF=6;SAR=10;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10851;STB=0.57438;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.00431117;OID=.;OPOS=15095675;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:9:10:16:16:0.615385:10:6:2:7:10:6:2:8 chr16 15098047 . C G 202.89 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00822315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.591;QD=20.8095;RBI=0.00822316;REFB=-0.0229975;REVB=1.43899e-05;RO=18;SAF=10;SAR=10;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235575;STB=0.615275;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.019379;OID=.;OPOS=15098047;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:19:20:20:0.512821:10:10:4:14:10:10:5:14 chr16 15111218 . C T 177.73 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0447951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=108.241;QD=21.5428;RBI=0.0553817;REFB=-0.00187357;REVB=-0.0325659;RO=15;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364952;STB=0.520525;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.000684751;OID=.;OPOS=15111218;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:10:8:6:9:10:8:6:9 chr16 15116625 . G T 63.27 PASS AF=0.28125;AO=8;DP=30;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0068442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.685;QD=7.90926;RBI=0.0171844;REFB=-0.0144412;REVB=-0.0157626;RO=22;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246752;STB=0.666296;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0357905;OID=.;OPOS=15116625;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:32:22:23:8:9:0.28125:5:3:13:9:6:3:13:10 chr16 15129970 . A G 145.54 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0134304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4085;QD=16.1713;RBI=0.0139;REFB=0.00591901;REVB=0.00358237;RO=20;SAF=3;SAR=13;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156038;STB=0.590785;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.00881662;OID=.;OPOS=15129970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:13:3:6:14:13:3:6:14 chr16 15131962 . A G 99.51 PASS AF=0.207792;AO=15;DP=73;FAO=16;FDP=77;FR=.;FRO=61;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=-0.042338;FXX=0.0253133;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.823;QD=5.16955;RBI=0.0598862;REFB=0.011515;REVB=-0.0423539;RO=58;SAF=8;SAR=7;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213104;STB=0.623232;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.0374028;OID=.;OPOS=15131962;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:77:58:61:15:16:0.207792:7:8:21:37:8:8:21:40 chr16 15131974 . G T 106.22 PASS AF=0.217949;AO=17;DP=78;FAO=17;FDP=78;FR=.;FRO=61;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=40;FWDB=-0.0319539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.382;QD=5.44724;RBI=0.0321476;REFB=-0.001233;REVB=-0.00352394;RO=61;SAF=10;SAR=7;SRF=21;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297778;STB=0.683934;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0072103;OID=.;OPOS=15131974;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:61:61:17:17:0.217949:7:10:21:40:7:10:21:40 chr16 15133889 . T G 625.18 PASS AF=0.516393;AO=61;DP=121;FAO=63;FDP=122;FR=.;FRO=59;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=36;FSRR=23;FWDB=0.0119435;FXX=0.00812942;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.92;QD=20.4977;RBI=0.0123722;REFB=-0.017134;REVB=-0.00322835;RO=60;SAF=30;SAR=31;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971814;STB=0.55701;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.014293;OID=.;OPOS=15133889;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:60:59:61:63:0.516393:31:30:36:24:32:31:36:23 chr16 15178499 . G A 90.1 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.022202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.673;QD=7.66789;RBI=0.0288369;REFB=-0.00990181;REVB=-0.0184021;RO=35;SAF=9;SAR=3;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27071;STB=0.670285;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0248466;OID=.;OPOS=15178499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:35:35:12:12:0.255319:3:9:19:16:3:9:19:16 chr16 15221957 . T C 34.35 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0197979;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1251;QD=4.2933;RBI=0.102922;REFB=-0.0136299;REVB=-0.101;RO=26;SAF=2;SAR=4;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1572;STB=0.608324;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.0375212;OID=.;OPOS=15221957;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:4:2:12:14:4:2:12:14 chr16 15680642 . C T 200.36 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0379829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3525;QD=13.818;RBI=0.047978;REFB=-0.0108164;REVB=0.0293119;RO=34;SAF=16;SAR=8;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118371;STB=0.567843;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00938638;OID=.;OPOS=15680642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:8:16:19:15:8:16:19:15 chr16 15781054 . A G 399.59 PASS AF=0.573529;AO=38;DP=68;FAO=39;FDP=68;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0159808;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.668;QD=23.5053;RBI=0.0397411;REFB=-0.0210866;REVB=0.0363863;RO=29;SAF=11;SAR=27;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249523;STB=0.640447;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0141109;OID=.;OPOS=15781054;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:29:29:38:39:0.573529:27:11:17:12:28:11:17:12 chr16 15811023 . C T 230.6 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0354818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.0096;QD=14.4124;RBI=0.048088;REFB=-0.0118031;REVB=0.0324576;RO=36;SAF=15;SAR=12;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281902;STB=0.508765;STBP=0.891;TYPE=snp;VARB=0.0147106;OID=.;OPOS=15811023;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:36:37:27:27:0.421875:12:15:19:17:12:15:20:17 chr16 15811062 . C T 241.07 PASS AF=0.451613;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0119873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.59;QD=15.5531;RBI=0.0183959;REFB=-0.027192;REVB=0.0139541;RO=34;SAF=16;SAR=12;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012469;STB=0.507037;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0527255;OID=.;OPOS=15811062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:34:28:28:0.451613:12:16:19:15:12:16:19:15 chr16 15818141 . A C 509.05 PASS AF=0.504762;AO=53;DP=105;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0375374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.793;QD=19.3925;RBI=0.0504076;REFB=-0.0227811;REVB=-0.0336432;RO=50;SAF=29;SAR=24;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292395;STB=0.514903;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0205076;OID=.;OPOS=15818141;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:50:52:53:53:0.504762:24:29:29:21:24:29:30:22 chr16 15820863 . C T 383.61 PASS AF=0.513158;AO=39;DP=76;FAO=39;FDP=76;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0167987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.318;QD=20.1899;RBI=0.0186592;REFB=-0.0263118;REVB=-0.00812222;RO=36;SAF=16;SAR=23;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19683;STB=0.602365;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0330237;OID=.;OPOS=15820863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:36:37:39:39:0.513158:23:16:23:13:23:16:23:14 chr16 15839034 . G A 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00604418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4766;QD=21.0136;RBI=0.0106054;REFB=0.017402;REVB=-0.00871453;RO=7;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0178658;STB=0.510186;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.0120982;OID=.;OPOS=15839034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:6:5:3:4:6:5:3:4 chr16 15843899 . G A 137.86 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00576949;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=324.191;QD=39.3897;RBI=0.0157723;REFB=-0.193483;REVB=0.0146792;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533282;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000766165;OID=.;OPOS=15843899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:0:1:13:13:0.928571:6:7:0:0:6:7:1:0 chr16 15850204 . A G 439.4 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.954;QD=56.6969;RBI=0.0400896;REFB=0;REVB=0.0357364;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000331207;OID=.;OPOS=15850204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:9:20:0:0:10:21:0:0 chr16 15959756 . G A 70.71 PASS AF=0.196429;AO=13;DP=56;FAO=11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.0312722;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.973;QD=5.05081;RBI=0.0328307;REFB=-0.00158159;REVB=-0.00999548;RO=43;SAF=8;SAR=5;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783834;STB=0.558029;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0739416;OID=.;OPOS=15959756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:56:56:43:45:13:11:0.196429:5:8:29:14:3:8:30:15 chr16 15959776 . G T 77.42 PASS AF=0.210526;AO=12;DP=58;FAO=12;FDP=57;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.0109827;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.285;QD=5.43303;RBI=0.0121019;REFB=-0.00301425;REVB=-0.00508295;RO=45;SAF=7;SAR=5;SRF=29;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791418;STB=0.550377;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0107716;OID=.;OPOS=15959776;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:58:57:45:45:12:12:0.210526:5:7:29:16:5:7:29:16 chr16 15961351 . T C 129.13 PASS AF=0.260274;AO=19;DP=73;FAO=19;FDP=73;FR=.;FRO=54;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0180652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.508;QD=7.07559;RBI=0.0241832;REFB=-0.00191341;REVB=-0.0160772;RO=54;SAF=7;SAR=12;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140578;STB=0.585707;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00713999;OID=.;OPOS=15961351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:54:54:19:19:0.260274:12:7:26:28:12:7:26:28 chr16 15961356 . C T 108.88 PASS AF=0.22973;AO=17;DP=74;FAO=17;FDP=74;FR=.;FRO=57;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=0.00290008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.584;QD=5.88556;RBI=0.00955335;REFB=0.00331605;REVB=0.00910253;RO=57;SAF=6;SAR=11;SRF=27;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153645;STB=0.595944;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.016271;OID=.;OPOS=15961356;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:57:57:17:17:0.22973:11:6:27:30:11:6:27:30 chr16 15961369 . G A 102.78 PASS AF=0.235294;AO=16;DP=68;FAO=16;FDP=68;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=-0.0164183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.487;QD=6.04596;RBI=0.0181553;REFB=-0.0124711;REVB=-0.00774956;RO=52;SAF=4;SAR=12;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2819;STB=0.677184;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0379065;OID=.;OPOS=15961369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:52:52:16:16:0.235294:12:4:24:28:12:4:24:28 chr16 15967361 . T TCTA 128.84 PASS AF=0.365854;AO=15;DP=41;FAO=15;FDP=41;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0116256;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=256.935;QD=12.5695;RBI=0.0266619;REFB=-0.00482815;REVB=-0.0239938;RO=26;SAF=13;SAR=2;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.563518;STB=0.83523;STBP=0.004;TYPE=ins;VARB=0.0129242;OID=.;OPOS=15967362;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=TCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.365854:15:41:15:41:26:13:2:10:16:99:26:13:2:10:16 chr16 15971028 . C G 788.09 PASS AF=1;AO=52;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04152;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9602;QD=57.3156;RBI=0.0507486;REFB=0;REVB=0.0291807;RO=0;SAF=22;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000863588;OID=.;OPOS=15971028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:52:55:1:30:22:0:0:31:24:0:0 chr16 15973653 . TG AT 141.77 PASS AF=0.428571;AO=16;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.0145918;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=142.588;QD=13.5022;RBI=0.027201;REFB=-0.0299887;REVB=0.0229559;RO=24;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.83577e-08;STB=0.520112;STBP=0.865;TYPE=mnp;VARB=0.120646;OID=.;OPOS=15973653;OREF=TG;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:16:18:0.428571:12:4:6:18:13:5:6:18 chr16 15982435 . G A 184.79 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0034939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.138;QD=26.3985;RBI=0.00464615;REFB=-0.00130085;REVB=0.00306258;RO=8;SAF=4;SAR=14;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219732;STB=0.583234;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.00117973;OID=.;OPOS=15982435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:8:10:18:18:0.642857:14:4:2:6:14:4:4:6 chr16 16138322 . T C 220.93 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0126055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.523;QD=18.0353;RBI=0.0126607;REFB=-0.0165923;REVB=-0.00118066;RO=27;SAF=13;SAR=9;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0391584;STB=0.522224;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0188121;OID=.;OPOS=16138322;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:27:27:22:22:0.44898:9:13:17:10:9:13:17:10 chr16 16139714 . T C 197.11 PASS AF=0.347222;AO=24;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0266379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.556;QD=10.9504;RBI=0.0502671;REFB=-0.0129193;REVB=0.0426286;RO=47;SAF=12;SAR=12;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108775;STB=0.549681;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.025651;OID=.;OPOS=16139714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:47:47:24:25:0.347222:12:12:28:19:12:13:28:19 chr16 16162019 . T C 1053.78 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0862339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2057;QD=59.3677;RBI=0.124437;REFB=0;REVB=0.0897117;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00157484;OID=.;OPOS=16162019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:71:0:0:68:71:1:31:37:0:0:31:40:0:0 chr16 16236650 . T C 392.05 PASS AF=0.44086;AO=41;DP=93;FAO=41;FDP=93;FR=.;FRO=52;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.00802546;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.849;QD=16.8624;RBI=0.00870986;REFB=-0.00551425;REVB=0.00338432;RO=52;SAF=25;SAR=16;SRF=21;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20464;STB=0.614805;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00760048;OID=.;OPOS=16236650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:52:52:41:41:0.44086:16:25:21:31:16:25:21:31 chr16 16263663 . G A 262.81 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0107676;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=189.928;QD=15.0178;RBI=0.0218184;REFB=-0.0296275;REVB=-0.0189764;RO=40;SAF=14;SAR=16;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588454;STB=0.533311;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0327053;OID=.;OPOS=16263663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:16:14:21:19:16:14:21:19 chr16 16271357 . T C 1080.5 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000604204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.915;QD=60.0277;RBI=0.0125483;REFB=0;REVB=0.0125337;RO=0;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.25798e-05;OID=.;OPOS=16271357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:33:38:0:0:34:38:0:0 chr16 16272670 . T C 897.84 PASS AF=1;AO=52;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.041314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.94;QD=57.9251;RBI=0.134231;REFB=0;REVB=0.127715;RO=0;SAF=37;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00149339;OID=.;OPOS=16272670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:52:62:1:15:37:0:0:22:40:0:0 chr16 16291971 . C T 952.12 PASS AF=0.590278;AO=85;DP=144;FAO=85;FDP=144;FR=.;FRO=59;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=21;FSRR=38;FWDB=0.0730948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.945;QD=26.4478;RBI=0.0803487;REFB=-0.0376628;REVB=0.0333626;RO=59;SAF=42;SAR=43;SRF=21;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104481;STB=0.556688;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0175587;OID=.;OPOS=16291971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:59:59:85:85:0.590278:43:42:21:38:43:42:21:38 chr16 16291983 . A G 916.33 PASS AF=0.594203;AO=81;DP=137;FAO=82;FDP=138;FR=.;FRO=56;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=19;FSRR=37;FWDB=0.00701629;FXX=0.0142847;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.299;QD=26.5604;RBI=0.00809486;REFB=-0.00915616;REVB=-0.00403713;RO=54;SAF=40;SAR=41;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104884;STB=0.560468;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00562944;OID=.;OPOS=16291983;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:138:54:56:81:82:0.594203:41:40:19:35:42:40:19:37 chr16 16468294 . C T 212.28 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0356779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.432;QD=27.3905;RBI=0.0377308;REFB=0.00437409;REVB=0.012276;RO=11;SAF=4;SAR=16;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386394;STB=0.71618;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.0030005;OID=.;OPOS=16468294;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:16:4:8:3:16:4:8:3 chr16 17451933 . C T 272.54 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=87;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0205872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.177;QD=12.5304;RBI=0.0240947;REFB=-0.0348051;REVB=-0.0125188;RO=55;SAF=15;SAR=17;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0842701;STB=0.548357;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0262568;OID=.;OPOS=17451933;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:55:32:32:0.367816:17:15:30:25:17:15:30:25 chr16 18823379 . T C 1136.13 PASS AF=1;AO=61;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246332;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=183.65;QD=58.2632;RBI=0.0247241;REFB=-0.0293663;REVB=-0.00211757;RO=2;SAF=34;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00348075;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244718;OID=.;OPOS=18823379;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:79:78:2:0:61:78:1:27:34:1:1:32:46:0:0 chr16 18847416 . G A 341.03 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0400931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.3207;QD=20.9865;RBI=0.0545973;REFB=-0.00855241;REVB=0.0370595;RO=29;SAF=18;SAR=17;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540457;STB=0.521956;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00641086;OID=.;OPOS=18847416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:29:30:35:35:0.538462:17:18:13:16:17:18:14:16 chr16 18861335 . A G 201.49 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.0273383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4087;QD=13.8957;RBI=0.0338929;REFB=-0.0103514;REVB=0.0200337;RO=33;SAF=10;SAR=14;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0701368;STB=0.532137;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0150265;OID=.;OPOS=18861335;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:34:24:24:0.413793:14:10:16:17:14:10:16:18 chr16 18908268 . C T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00742187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.477;QD=9.44486;RBI=0.0378904;REFB=-0.00501651;REVB=-0.0371564;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203317;STB=0.624609;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00572777;OID=.;OPOS=18908268;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:3:7:3:3:3:7 chr16 19041595 . G A 691.51 PASS AF=0.928571;AO=52;DP=56;FAO=52;FDP=56;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00963548;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.617;QD=49.3939;RBI=0.00977356;REFB=-0.0236542;REVB=0.00163708;RO=4;SAF=21;SAR=31;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0477525;STB=0.525414;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00105554;OID=.;OPOS=19041595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:56:56:4:4:52:52:0.928571:31:21:3:1:31:21:3:1 chr16 19067933 . G A 816.6 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00592545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.2651;QD=57.305;RBI=0.0123444;REFB=0;REVB=-0.0108293;RO=0;SAF=33;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.96881e-05;OID=.;OPOS=19067933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:23:33:0:0:23:34:0:0 chr16 19080184 . C T 817.17 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4118;QD=57.3453;RBI=0.0168688;REFB=0;REVB=-0.00346146;RO=0;SAF=37;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.93516e-05;OID=.;OPOS=19080184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:57:0:0:56:57:1:19:37:0:0:19:38:0:0 chr16 19080225 . AAC AACTG,CTG 548.52 PASS AF=0.923077,0.0512821;AO=31,2;DP=41;FAO=36,2;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=25,0;FSAR=11,2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00907188,-0.00484231;FXX=0.0249938;HRUN=0,3;LEN=2,3;MLLD=265.515,231.747;QD=56.2581;RBI=0.0106129,0.00577546;REFB=-0.00599526,-0.0112926;REVB=-0.00550773,-0.0031477;RO=2;SAF=20,0;SAR=11,2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.017791,-0.639851;STB=0.521727,0.5;STBP=0.178,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00249704,-0.0308957;OID=.,.;OPOS=19080228,19080225;OREF=-,AAC;OALT=TG,CTG;OMAPALT=AACTG,CTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:41:39:2:1:31,2:36,2:0.923077,0.0512821:11,2:20,0:1:1:11,2:25,0:0:1 chr16 19085298 . C T 1550.28 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00947322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.149;QD=59.6263;RBI=0.0262354;REFB=0;REVB=0.0244654;RO=0;SAF=48;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73295e-05;OID=.;OPOS=19085298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:104:0:0:103:104:1:55:48:0:0:56:48:0:0 chr16 19129169 . AAG A 160.93 PASS AF=0.317308;AO=32;DP=108;FAO=33;FDP=104;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=27;FSRR=44;FWDB=-0.0278974;FXX=0.0545405;HRUN=3;LEN=2;MLLD=286.068;QD=6.18975;RBI=0.0279729;REFB=-0.0103418;REVB=-0.00205504;RO=66;SAF=17;SAR=15;SRF=21;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245228;STB=0.591593;STBP=0.235;TYPE=del;VARB=0.021601;OID=.;OPOS=19129170;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.317308:32:108:33:104:71:17:16:27:44:99:66:17:15:21:45 chr16 19297219 . T G 630.06 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0340741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7287;QD=61.4693;RBI=0.0595495;REFB=0;REVB=0.0488375;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0013801;OID=.;OPOS=19297219;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr16 19310092 . T C 579.47 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360293;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.772;QD=60.9971;RBI=0.0376916;REFB=0;REVB=-0.01107;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.59692e-05;OID=.;OPOS=19310092;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr16 19509938 . G GCA 694.51 PASS AF=0.857143;AO=53;DP=64;FAO=54;FDP=63;FR=.;FRO=9;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0211891;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=2;MLLD=226.62;QD=44.096;RBI=0.0253901;REFB=-0.100449;REVB=0.0139886;RO=9;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125982;STB=0.565194;STBP=0.021;TYPE=ins;VARB=0.00201774;OID=.;OPOS=19509939;OREF=-;OALT=CA;OMAPALT=GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.857143:53:64:54:63:9:24:30:0:9:47:9:24:29:0:9 chr16 19514351 . G A 439.45 PASS AF=0.461538;AO=48;DP=103;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=37;FSAR=11;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.024314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.9395;QD=16.9018;RBI=0.0243776;REFB=-0.00197144;REVB=0.00175978;RO=55;SAF=37;SAR=11;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220089;STB=0.630418;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00329423;OID=.;OPOS=19514351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:55:56:48:48:0.461538:11:37:32:23:11:37:32:24 chr16 19514483 . C T 275.1 PASS AF=0.527273;AO=27;DP=53;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0381248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.1675;QD=20.0074;RBI=0.0904686;REFB=-0.00965166;REVB=-0.0820431;RO=25;SAF=8;SAR=19;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173709;STB=0.577224;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0112039;OID=.;OPOS=19514483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:25:26:27:29:0.527273:19:8:12:13:19:10:13:13 chr16 19547357 . A G 232.01 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.00377901;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.818;QD=17.8466;RBI=0.0371617;REFB=-0.010646;REVB=0.0369691;RO=27;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137579;STB=0.577275;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0143032;OID=.;OPOS=19547357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:27:25:25:0.480769:13:12:17:10:13:12:17:10 chr16 19547503 . C T 167.43 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.0380177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.051;QD=10.1473;RBI=0.0418495;REFB=-0.00570482;REVB=0.0174939;RO=44;SAF=5;SAR=17;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405154;STB=0.738904;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00854753;OID=.;OPOS=19547503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:22:22:0.333333:17:5:25:19:17:5:25:19 chr16 19547747 . C G 58.62 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.011813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.016;QD=14.6538;RBI=0.0144641;REFB=-0.0225637;REVB=-0.00834644;RO=8;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.327753;STB=0.699398;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0206361;OID=.;OPOS=19547747;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:1:7:5:3:1:7:5:3 chr16 19868687 . G C 982.65 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000566405;FXX=0.0285673;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.64;QD=57.8027;RBI=0.0215479;REFB=-0.0505596;REVB=0.0215405;RO=1;SAF=32;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145389;STB=0.50769;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00124507;OID=.;OPOS=19868687;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:68:1:1:67:67:0.985294:35:32:1:0:35:32:1:0 chr16 20043330 . T C 765.73 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.6193;QD=63.811;RBI=0.0492973;REFB=0;REVB=0.00643902;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000408005;OID=.;OPOS=20043330;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr16 20334679 . C T 1512.68 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0260295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.752;QD=62.3786;RBI=0.027657;REFB=-0.0662434;REVB=0.0093475;RO=1;SAF=52;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903231;STB=0.504672;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000203677;OID=.;OPOS=20334679;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:95:96:0.989691:43:52:1:0:43:53:1:0 chr16 20423000 . G A 339.69 PASS AF=0.5;AO=34;DP=72;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0129079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1543;QD=18.8716;RBI=0.0381173;REFB=-0.00827152;REVB=0.0358652;RO=37;SAF=18;SAR=16;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612455;STB=0.527935;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00903659;OID=.;OPOS=20423000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:36:34:36:0.5:16:18:22:15:17:19:21:15 chr16 20430678 . G A 179.44 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00452426;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.096;QD=13.803;RBI=0.00721641;REFB=-0.0170641;REVB=-0.00562207;RO=31;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255701;STB=0.514692;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0235884;OID=.;OPOS=20430678;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:31:31:21:21:0.403846:10:11:17:14:10:11:17:14 chr16 20432605 . A G 119.41 PASS AF=0.296296;AO=16;DP=54;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=-0.00277917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.396;QD=8.84542;RBI=0.0172902;REFB=-0.00809281;REVB=-0.0170654;RO=38;SAF=10;SAR=6;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0876612;STB=0.552817;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0278844;OID=.;OPOS=20432605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:38:16:16:0.296296:6:10:21:17:6:10:21:17 chr16 20435261 . CT TG 391.33 PASS AF=0.649123;AO=36;DP=57;FAO=37;FDP=57;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0176125;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=2;MLLD=187.234;QD=27.462;RBI=0.0185235;REFB=-0.0154208;REVB=0.00573755;RO=19;SAF=19;SAR=17;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.066214;STB=0.548024;STBP=0.345;TYPE=mnp;VARB=0.00944338;OID=.;OPOS=20435261;OREF=CT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:19:20:36:37:0.649123:17:19:12:7:18:19:13:7 chr16 20441084 . T C 186.37 PASS AF=0.304878;AO=24;DP=81;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=36;FWDB=-0.0080284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.077;QD=9.09137;RBI=0.0146913;REFB=-0.00861932;REVB=0.0123036;RO=51;SAF=10;SAR=14;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293607;STB=0.551062;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0208779;OID=.;OPOS=20441084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:51:57:24:25:0.304878:14:10:20:31:14:11:21:36 chr16 20476852 . T C 326.8 PASS AF=0.523077;AO=31;DP=63;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0122716;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.271;QD=20.1107;RBI=0.015331;REFB=-0.015115;REVB=-0.00918945;RO=31;SAF=21;SAR=10;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154529;STB=0.599938;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0126336;OID=.;OPOS=20476852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:31:31:31:34:0.523077:10:21:16:15:10:24:16:15 chr16 20492207 . G A 415.54 PASS AF=0.431193;AO=47;DP=103;FAO=47;FDP=109;FR=.;FRO=62;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=26;FWDB=-0.035372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.415;QD=15.2491;RBI=0.0366593;REFB=-0.03778;REVB=0.00962949;RO=55;SAF=20;SAR=27;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116202;STB=0.587832;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0624604;OID=.;OPOS=20492207;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:109:55:62:47:47:0.431193:27:20:30:25:27:20:36:26 chr16 20552075 . G T 405.52 PASS AF=0.5;AO=41;DP=82;FAO=41;FDP=82;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=31;FSRR=10;FWDB=0.00185158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.724;QD=19.7816;RBI=0.00883986;REFB=-0.00891947;REVB=0.00864377;RO=39;SAF=19;SAR=22;SRF=29;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244186;STB=0.643962;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0119957;OID=.;OPOS=20552075;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:39:41:41:41:0.5:22:19:29:10:22:19:31:10 chr16 20570661 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.352;QD=35.5752;RBI=0.0480954;REFB=0;REVB=0.0411435;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168466;OID=.;OPOS=20570661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr16 20576048 . C A 111.41 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.000847824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.307;QD=15.9163;RBI=0.0151713;REFB=0.00334988;REVB=0.0151476;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139734;STB=0.580879;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=-0.00867455;OID=.;OPOS=20576048;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:5:8:7:8:5:8:7:8 chr16 20635418 . C T 456.9 PASS AF=0.517241;AO=45;DP=87;FAO=45;FDP=87;FR=.;FRO=42;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=-0.00681975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7448;QD=21.0069;RBI=0.0719863;REFB=-0.0312518;REVB=0.0716625;RO=40;SAF=25;SAR=20;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476665;STB=0.52698;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0452498;OID=.;OPOS=20635418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:40:42:45:45:0.517241:20:25:20:20:20:25:21:21 chr16 20636814 . G A 34.43 PASS AF=0.1875;AO=6;DP=32;FAO=6;FDP=32;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0244932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.491;QD=4.30337;RBI=0.0840655;REFB=-0.0112164;REVB=-0.0804183;RO=26;SAF=3;SAR=3;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0417381;OID=.;OPOS=20636814;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:32:32:26:26:6:6:0.1875:3:3:13:13:3:3:13:13 chr16 20638576 . A T 274.67 PASS AF=0.442857;AO=30;DP=69;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0102231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.0312;QD=15.6953;RBI=0.0222244;REFB=-0.0264528;REVB=0.0197335;RO=39;SAF=11;SAR=19;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0727006;STB=0.547914;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0266808;OID=.;OPOS=20638576;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:39:39:30:31:0.442857:19:11:17:22:20:11:17:22 chr16 20753123 . T C 1283.4 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00494824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.77;QD=61.8507;RBI=0.0145153;REFB=0;REVB=0.0136458;RO=0;SAF=31;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.55481e-05;OID=.;OPOS=20753123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:52:31:0:0:52:31:0:0 chr16 20810067 . T C 611.42 PASS AF=0.572917;AO=54;DP=97;FAO=55;FDP=96;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=0.0350829;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7039;QD=25.4758;RBI=0.0402668;REFB=-0.0391575;REVB=0.0197638;RO=41;SAF=19;SAR=35;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170386;STB=0.605831;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0310879;OID=.;OPOS=20810067;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:41:41:54:55:0.572917:35:19:23:18:36:19:24:17 chr16 20811681 . C T 224.67 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00487213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.325;QD=20.4244;RBI=0.0530622;REFB=-0.0152377;REVB=0.052838;RO=20;SAF=13;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173986;STB=0.524207;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.0148214;OID=.;OPOS=20811681;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:20:22:21:22:0.5:8:13:12:8:8:14:13:9 chr16 20855309 . A G 1269.05 PASS AF=0.988095;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0300763;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.4504;QD=60.4309;RBI=0.0323642;REFB=0.105081;REVB=0.0119522;RO=1;SAF=51;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919718;STB=0.504853;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=-0.00251791;OID=.;OPOS=20855309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:84:84:1:1:83:83:0.988095:32:51:1:0:32:51:1:0 chr16 20873767 . T G 151.17 PASS AF=0.533333;AO=13;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.0137602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.938;QD=20.1555;RBI=0.0149126;REFB=-0.0349273;REVB=-0.00574812;RO=12;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322932;STB=0.526283;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0354065;OID=.;OPOS=20873767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:12:14:13:16:0.533333:7:6:6:6:10:6:6:8 chr16 21008690 . T C 461.88 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0100577;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=227.851;QD=21.4827;RBI=0.0100917;REFB=-0.00399696;REVB=0.000826673;RO=40;SAF=17;SAR=28;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12868;STB=0.565928;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.00337344;OID=.;OPOS=21008690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:40:41:45:45:0.523256:28:17:21:19:28:17:21:20 chr16 21190853 . A C 644.63 PASS AF=0.943396;AO=48;DP=52;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0335748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.119;QD=48.6513;RBI=0.0378215;REFB=-0.0343004;REVB=-0.0174127;RO=3;SAF=24;SAR=24;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184129;STB=0.51057;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.00237737;OID=.;OPOS=21190853;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:52:53:3:3:48:50:0.943396:24:24:2:1:26:24:2:1 chr16 21217061 . G A 507.0 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00515034;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6152;QD=59.6472;RBI=0.0370772;REFB=0;REVB=0.0367177;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00248269;OID=.;OPOS=21217061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:34:0:0:34:34:1:20:14:0:0:20:14:0:0 chr16 21222672 . C A 837.08 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000608954;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.885;QD=55.8052;RBI=0.0195549;REFB=0.0563462;REVB=0.0195454;RO=1;SAF=32;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145145;STB=0.50746;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.000191801;OID=.;OPOS=21222672;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:58:59:0.983333:26:32:1:0:26:33:1:0 chr16 21531457 . T C 53.1 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00427994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3167;QD=7.32391;RBI=0.0495798;REFB=-0.0116617;REVB=-0.0493947;RO=20;SAF=2;SAR=6;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.486163;STB=0.808833;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0328457;OID=.;OPOS=21531457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:29:20:21:8:8:0.275862:6:2:14:6:6:2:15:6 chr16 21531473 . G A 62.97 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0527439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.9722;QD=8.39547;RBI=0.0586404;REFB=-0.00205489;REVB=-0.0256277;RO=20;SAF=3;SAR=6;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442164;STB=0.7495;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00252358;OID=.;OPOS=21531473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:30:30:20:21:9:9:0.3:6:3:15:5:6:3:15:6 chr16 21531494 . T C 576.05 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.722;QD=60.637;RBI=0.0426997;REFB=0;REVB=0.00161299;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122403;OID=.;OPOS=21531494;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:13:24:0:0:13:25:0:0 chr16 21531609 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.988;QD=44.6884;RBI=0.110121;REFB=0;REVB=0.0147057;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001569;OID=.;OPOS=21531609;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:9:4:0:0:9:4:0:0 chr16 21531681 . C G 42.22 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6719;QD=18.7649;RBI=0.00864662;REFB=-0.0509037;REVB=0.00864662;RO=3;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0284693;OID=.;OPOS=21531681;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:6:0:0:3:6:0:0:3 chr16 21658389 . G A 171.53 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0103681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4876;QD=18.0558;RBI=0.0493698;REFB=-0.0203379;REVB=-0.0482688;RO=20;SAF=13;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.079434;STB=0.545402;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0221671;OID=.;OPOS=21658389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:5:13:13:7:5:13:13:7 chr16 21689879 . T A 362.93 PASS AF=0.407767;AO=42;DP=103;FAO=42;FDP=103;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=-0.014898;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=269.746;QD=14.0943;RBI=0.0161689;REFB=-0.0154705;REVB=0.00628355;RO=60;SAF=20;SAR=22;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594609;STB=0.538301;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0219996;OID=.;OPOS=21689879;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:60:61:42:42:0.407767:22:20:32:28:22:20:33:28 chr16 21690559 . G A 146.71 PASS AF=0.358491;AO=18;DP=49;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0331045;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.858;QD=11.0723;RBI=0.0458362;REFB=-0.0501544;REVB=-0.0317025;RO=31;SAF=11;SAR=7;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173468;STB=0.569647;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0718603;OID=.;OPOS=21690559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:53:31:34:18:19:0.358491:7:11:14:17:8:11:16:18 chr16 21730449 . C T 221.88 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00608821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.064;QD=18.4901;RBI=0.00961244;REFB=-0.0240604;REVB=0.0074386;RO=26;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600311;STB=0.534105;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0239794;OID=.;OPOS=21730449;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:14:8:11:15:14:8:11:15 chr16 21742188 . G A 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0218171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.179;QD=4.01745;RBI=0.0375195;REFB=0.00342108;REVB=0.0305242;RO=28;SAF=1;SAR=5;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480192;STB=0.832224;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.0281962;OID=.;OPOS=21742188;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:5:1:16:12:5:1:16:12 chr16 21994411 . G A 320.79 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0332093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.946;QD=21.3862;RBI=0.0345627;REFB=-0.0145693;REVB=0.00957741;RO=27;SAF=15;SAR=18;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521612;STB=0.528858;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0116244;OID=.;OPOS=21994411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:18:15:14:13:18:15:14:13 chr16 22144318 . C T 178.93 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.0494171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1914;QD=15.2282;RBI=0.0641967;REFB=0.00298104;REVB=0.0409776;RO=28;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842517;STB=0.548482;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.00125122;OID=.;OPOS=22144318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:10:9:11:17:10:9:11:17 chr16 22155629 . A G 264.8 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0324816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.633;QD=20.7685;RBI=0.0373082;REFB=-0.00387632;REVB=0.0183533;RO=24;SAF=15;SAR=12;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185879;STB=0.603373;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00366317;OID=.;OPOS=22155629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:12:15:8:16:12:15:8:16 chr16 22161136 . T C 319.04 PASS AF=0.5;AO=20;DP=69;FAO=35;FDP=70;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0972925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.6039;QD=18.231;RBI=0.101361;REFB=-0.100465;REVB=0.0284289;RO=30;SAF=5;SAR=15;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.433459;STB=0.558107;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0493016;OID=.;OPOS=22161136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:30:35:20:35:0.5:15:5:20:10:16:19:23:12 chr16 22178256 . G A 362.28 PASS AF=0.520548;AO=37;DP=72;FAO=38;FDP=73;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.011926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.9454;QD=19.8508;RBI=0.0928984;REFB=0.00341289;REVB=0.0921297;RO=34;SAF=15;SAR=22;SRF=22;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207237;STB=0.624667;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00342866;OID=.;OPOS=22178256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:34:35:37:38:0.520548:22:15:22:12:23:15:23:12 chr16 22262514 . C A 223.82 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=46;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00648561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.819;QD=19.4623;RBI=0.0204652;REFB=-0.0295753;REVB=-0.0194103;RO=24;SAF=12;SAR=10;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353827;STB=0.519982;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0205066;OID=.;OPOS=22262514;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:24:24:22:22:0.478261:10:12:14:10:10:12:14:10 chr16 22269867 . A G 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.395;QD=57.2013;RBI=0.0249581;REFB=0;REVB=-0.00279882;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21407e-05;OID=.;OPOS=22269867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr16 22337478 . A G 386.58 PASS AF=0.425743;AO=43;DP=101;FAO=43;FDP=101;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.000801961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5667;QD=15.3102;RBI=0.0188597;REFB=-0.0179835;REVB=-0.0188427;RO=57;SAF=23;SAR=20;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0973826;STB=0.559403;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0203123;OID=.;OPOS=22337478;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:57:58:43:43:0.425743:20:23:25:32:20:23:25:33 chr16 22357850 . C CAG,G 686.34 PASS AF=0.86,0.14;AO=41,7;DP=54;FAO=43,7;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21,4;FSAR=22,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123125,-0.00582042;FXX=0.0740604;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=192.54,51.3257;QD=54.9069;RBI=0.0182661,0.0193472;REFB=0,0;REVB=0.0134927,-0.0184509;RO=3;SAF=19,4;SAR=22,3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0167197,0.122639;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00572688,-0.0196144;OID=.,.;OPOS=22357851,22357850;OREF=-,C;OALT=AG,G;OMAPALT=CAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:40:54:50:3:0:41,7:43,7:0.86,0.14:22,3:19,4:1:2:22,3:21,4:0:0 chr16 22826339 . A G 270.7 PASS AF=0.407895;AO=30;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.0175018;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.842;QD=14.2475;RBI=0.0182251;REFB=-0.0299036;REVB=-0.00508365;RO=44;SAF=12;SAR=18;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129408;STB=0.574713;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0321216;OID=.;OPOS=22826339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:45:30:31:0.407895:18:12:23:21:19:12:23:22 chr16 23360199 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0699829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.904;QD=52.6124;RBI=0.0724475;REFB=0;REVB=-0.0187357;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215496;OID=.;OPOS=23360199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr16 23477997 . CCA C 127.3 PASS AF=0.463415;AO=17;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0139314;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=288.681;QD=12.4191;RBI=0.0399275;REFB=-0.00473606;REVB=-0.0374182;RO=22;SAF=11;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104869;STB=0.518305;STBP=0.854;TYPE=del;VARB=0.00500913;OID=.;OPOS=23477998;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.463415:17:41:19:41:22:11:8:12:10:99:22:11:6:12:10 chr16 23489711 . C G 277.31 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00507098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.805;QD=26.4103;RBI=0.0126424;REFB=0.00288672;REVB=-0.0115808;RO=16;SAF=13;SAR=12;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300812;STB=0.503814;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=-0.00183415;OID=.;OPOS=23489711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:16:17:25:25:0.595238:12:13:9:7:12:13:9:8 chr16 23536684 . T C 155.89 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0157373;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.347;QD=21.5018;RBI=0.0166274;REFB=-0.00737824;REVB=0.00536743;RO=12;SAF=8;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190956;STB=0.620547;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.00617185;OID=.;OPOS=23536684;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:12:13:16:16:0.551724:8:8:3:9:8:8:3:10 chr16 23546561 . G C 146.26 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00787472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9488;QD=16.7157;RBI=0.0252322;REFB=-0.0411628;REVB=-0.0239719;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024879;STB=0.514268;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0420564;OID=.;OPOS=23546561;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:8:8:9:10:8:8:9:10 chr16 23563501 . C T 978.18 PASS AF=0.524862;AO=95;DP=181;FAO=95;FDP=181;FR=.;FRO=86;FSAF=26;FSAR=69;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=-0.00742762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.232;QD=21.6172;RBI=0.0163826;REFB=-0.0197098;REVB=0.0146021;RO=85;SAF=26;SAR=69;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242744;STB=0.631367;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0196837;OID=.;OPOS=23563501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:181:181:85:86:95:95:0.524862:69:26:45:40:69:26:45:41 chr16 23582153 . G A 413.83 PASS AF=0.717391;AO=33;DP=46;FAO=33;FDP=46;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.033781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.381;QD=35.9848;RBI=0.0358641;REFB=0.00419138;REVB=-0.0120448;RO=13;SAF=19;SAR=14;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197714;STB=0.510746;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.00166597;OID=.;OPOS=23582153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:13:13:33:33:0.717391:14:19:7:6:14:19:7:6 chr16 23585061 . T C 465.05 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0091491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.27;QD=58.1309;RBI=0.0144554;REFB=0;REVB=0.0111916;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010593;OID=.;OPOS=23585061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:23:9:0:0:23:9:0:0 chr16 23607503 . AG AC,GC 83.52 PASS AF=0.333333,0;AO=11,2;DP=32;FAO=11,0;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=8,0;FSAR=3,0;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0364032,-0.0233894;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=49.8742,49.8881;QD=10.1235;RBI=0.0466994,0.180797;REFB=-0.0089357,-0.0110631;REVB=-0.0292515,-0.179277;RO=18;SAF=8,0;SAR=3,2;SRF=11;SRR=7;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.139848,-0.571416;STB=0.633889,0.5;STBP=0.317,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0156836,0;OID=.,.;OPOS=23607504,23607503;OREF=G,AG;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:32:33:18:22:11,2:11,0:0.333333,0:3,2:8,0:11:7:3,0:8,0:12:10 chr16 23646191 . T C 209.41 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0243104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8634;QD=18.6144;RBI=0.0347967;REFB=-0.00549639;REVB=0.024896;RO=24;SAF=14;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432487;STB=0.524566;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00504286;OID=.;OPOS=23646191;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:7:14:15:9:7:14:15:9 chr16 23677006 . A G 1016.05 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.49;QD=58.9012;RBI=0.0162251;REFB=0;REVB=0.00249251;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254645;OID=.;OPOS=23677006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:67:69:1:35:32:0:0:36:33:0:0 chr16 23701538 . A G 323.31 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0396418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2816;QD=53.8854;RBI=0.0534132;REFB=0;REVB=-0.035798;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00141412;OID=.;OPOS=23701538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr16 23711925 . C G 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00494409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.007;QD=60.8831;RBI=0.00498462;REFB=0;REVB=0.000634379;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.82458e-06;OID=.;OPOS=23711925;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:35:42:0:0:35:42:0:0 chr16 24166130 . T C 278.72 PASS AF=0.530612;AO=25;DP=49;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00585426;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.677;QD=22.7529;RBI=0.00710933;REFB=-0.0241087;REVB=-0.00403363;RO=23;SAF=14;SAR=11;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143842;STB=0.586788;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0218265;OID=.;OPOS=24166130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:23:23:25:26:0.530612:11:14:9:14:11:15:9:14 chr16 24226934 . G A 75.98 PASS AF=0.323529;AO=10;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00186394;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.043;QD=8.93895;RBI=0.00318272;REFB=-0.000684637;REVB=-0.00257982;RO=23;SAF=6;SAR=4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138861;STB=0.608495;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.00144714;OID=.;OPOS=24226934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:34:34:23:23:10:11:0.323529:4:6:11:12:4:7:11:12 chr16 24564879 . GTA G 38.17 PASS AF=0.5;AO=4;DP=14;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0510926;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=2;MLLD=123.823;QD=12.722;RBI=0.0661636;REFB=-0.0897672;REVB=-0.0420377;RO=5;SAF=2;SAR=2;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874326;STB=0.587932;STBP=0.539;TYPE=del;VARB=0.10215;OID=.;OPOS=24564880;OREF=TA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:4:14:6:12:6:4:2:3:3:36:5:2:2:2:3 chr16 24834233 . C T 199.1 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0255994;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.643;QD=18.5212;RBI=0.0257248;REFB=-0.00905064;REVB=0.00253738;RO=23;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0337905;STB=0.519211;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0116686;OID=.;OPOS=24834233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:8:12:13:10:8:12:13:10 chr16 24902194 . T C 1464.82 PASS AF=0.962264;AO=102;DP=106;FAO=102;FDP=106;FR=.;FRO=4;FSAF=62;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0226023;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=105.53;QD=55.2762;RBI=0.0286332;REFB=-0.0312325;REVB=0.0175782;RO=2;SAF=62;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00412202;STB=0.514074;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.000387598;OID=.;OPOS=24902194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:106:106:2:4:102:102:0.962264:40:62:1:1:40:62:1:3 chr16 25043277 . G A 428.93 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8639;QD=57.1912;RBI=0.0921541;REFB=0;REVB=0.0896563;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101024;OID=.;OPOS=25043277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr16 25137289 . G C 340.94 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.442;QD=54.5506;RBI=0.0206715;REFB=0;REVB=0.0180057;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122901;OID=.;OPOS=25137289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:7:17:0:0:7:18:0:0 chr16 25137385 . G A 214.82 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.0252188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4397;QD=12.6364;RBI=0.0340027;REFB=-0.00132479;REVB=-0.0228078;RO=40;SAF=11;SAR=15;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108227;STB=0.547908;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.00292017;OID=.;OPOS=25137385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:40:42:26:26:0.382353:15:11:21:19:15:11:21:21 chr16 25239805 . G C 394.11 PASS AF=0.660714;AO=36;DP=55;FAO=37;FDP=56;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0256666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6361;QD=28.151;RBI=0.062311;REFB=0.00422838;REVB=0.0567793;RO=17;SAF=18;SAR=18;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121442;STB=0.558109;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.000580342;OID=.;OPOS=25239805;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:17:19:36:37:0.660714:18:18:5:12:19:18:6:13 chr16 27226106 . G A 297.04 PASS AF=0.735294;AO=25;DP=35;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0239242;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.591;QD=34.9456;RBI=0.0241358;REFB=-0.0264121;REVB=0.00318899;RO=9;SAF=7;SAR=18;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15264;STB=0.583713;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00795197;OID=.;OPOS=27226106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:35:34:9:9:25:25:0.735294:18:7:5:4:18:7:5:4 chr16 27238110 . C T 387.26 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.000696736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.192;QD=23.8316;RBI=0.0112403;REFB=-0.0175544;REVB=0.0112187;RO=26;SAF=25;SAR=13;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947698;STB=0.545827;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0108285;OID=.;OPOS=27238110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:26:27:38:38:0.584615:13:25:14:12:13:25:15:12 chr16 27246617 . T C 154.67 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.000178726;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2941;QD=21.3332;RBI=0.0188415;REFB=-0.0188597;REVB=-0.0188406;RO=13;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106458;STB=0.559927;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.0104951;OID=.;OPOS=27246617;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:7:9:9:4:7:9:9:4 chr16 27356203 . A G 156.25 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00804344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.204;QD=15.6249;RBI=0.014159;REFB=-0.00836525;REVB=0.0116524;RO=23;SAF=12;SAR=5;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155405;STB=0.590053;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0053356;OID=.;OPOS=27356203;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:5:12:13:10:5:12:13:10 chr16 27366341 . CA AC,C,TC 44.5 PASS AF=0,0.464286,0;AO=3,9,2;DP=25;FAO=0,13,0;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=0,1,0;FSAR=0,12,0;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.131679,-0.273722,-0.0677029;FXX=0;HRUN=1,3,1;LEN=2,1,2;MLLD=50.0958,12.3239,54.232;QD=6.35703;RBI=0.194593,0.281174,0.114968;REFB=-0.0264011,-0.169959,-0.0196808;REVB=-0.143273,0.0643024,-0.0929191;RO=11;SAF=0,3,0;SAR=3,6,2;SRF=7;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.686823,-0.281248,-0.622114;STB=0.5,0.899314,0.5;STBP=1,0,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.166234,0;OID=.,.,.;OPOS=27366341,27366342,27366341;OREF=CA,A,CA;OALT=AC,-,TC;OMAPALT=AC,C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:46:25:28:11:15:3,9,2:0,13,0:0,0.464286,0:3,6,2:0,3,0:7:4:0,12,0:0,1,0:11:4 chr16 27371158 . C T 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.086691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8334;QD=57.2001;RBI=0.0882401;REFB=0;REVB=-0.016462;RO=0;SAF=15;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0020822;OID=.;OPOS=27371158;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:15:15:0:0:15:15:0:0 chr16 27665962 . G T 162.96 PASS AF=0.22807;AO=26;DP=113;FAO=26;FDP=114;FR=.;FRO=88;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=47;FSRR=41;FWDB=0.0150031;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6284;QD=5.71791;RBI=0.0762006;REFB=0.00777982;REVB=-0.074709;RO=86;SAF=17;SAR=9;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139869;STB=0.595997;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.0344427;OID=.;OPOS=27665962;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:114:86:88:26:26:0.22807:9:17:47:39:9:17:47:41 chr16 27772901 . G A 547.32 PASS AF=0.926829;AO=38;DP=41;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.035245;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.533;QD=53.3972;RBI=0.0435557;REFB=-0.163371;REVB=-0.0255908;RO=2;SAF=17;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0519773;STB=0.540519;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00118014;OID=.;OPOS=27772901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:41:41:2:3:38:38:0.926829:21:17:2:0:21:17:3:0 chr16 27974487 . T C,G 542.4 PASS AF=0.972973,0.027027;AO=34,3;DP=37;FAO=36,1;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21,1;FSAR=15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014698,-0.00854176;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=71.8002,99.2787;QD=58.6378;RBI=0.0650131,0.0337181;REFB=0,0;REVB=-0.0633299,-0.0326182;RO=0;SAF=19,3;SAR=15,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.40663e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000396155,0.0734361;OID=.,.;OPOS=27974487,27974487;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:37:37:0:0:34,3:36,1:0.972973,0.027027:15,0:19,3:0:0:15,0:21,1:0:0 chr16 28354090 . C G 207.23 PASS AF=0.346667;AO=27;DP=75;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0455583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.032;QD=11.0521;RBI=0.0466898;REFB=-0.0253191;REVB=-0.0102163;RO=46;SAF=19;SAR=8;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0382645;STB=0.529389;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.053627;OID=.;OPOS=28354090;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:46:49:27:26:0.346667:8:19:31:15:8:18:32:17 chr16 28508716 . T C 310.2 PASS AF=1;AO=16;DP=24;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0899752;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.105;QD=53.9475;RBI=0.0925012;REFB=0;REVB=0.0214694;RO=0;SAF=12;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000452286;OID=.;OPOS=28508716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:23:0:0:16:23:1:4:12:0:0:11:12:0:0 chr16 28603391 . CTT CT,CTC 166.06 PASS AF=0.0666667,0.933333;AO=2,12;DP=16;FAO=1,14;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=1,5;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0386127,0.0163138;FXX=0.062461;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=28.3786,55.0874;QD=44.2834;RBI=0.0435464,0.0422263;REFB=0,0;REVB=-0.0201333,-0.0389477;RO=0;SAF=2,3;SAR=0,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00166775,0.0136654;OID=.,.;OPOS=28603392,28603393;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CT,CTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0666667,0.933333:2,12:16:1,14:15:0:1,5:0,9:0:0:5:0:2,3:0,9:0:0 chr16 28603710 . C A 254.18 PASS AF=0.329787;AO=30;DP=94;FAO=31;FDP=94;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=29;FSRR=34;FWDB=0.0382652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.374;QD=10.8162;RBI=0.0382834;REFB=-0.00245318;REVB=0.00118047;RO=63;SAF=12;SAR=18;SRF=29;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715638;STB=0.550497;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00566977;OID=.;OPOS=28603710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:63:63:30:31:0.329787:18:12:29:34:19:12:29:34 chr16 28617485 . C T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.138;QD=55.6558;RBI=0.0165304;REFB=0;REVB=0.00222973;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129098;OID=.;OPOS=28617485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr16 28621311 . T C 229.13 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0183886;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9594;QD=17.6252;RBI=0.0185011;REFB=-0.0536509;REVB=0.00203719;RO=27;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110845;STB=0.56245;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0233447;OID=.;OPOS=28621311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:27:27:25:25:0.480769:15:10:14:13:15:10:14:13 chr16 28842311 . A G 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00512925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.179;QD=49.399;RBI=0.00573109;REFB=-0.0780924;REVB=-0.00255661;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516115;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00071466;OID=.;OPOS=28842311;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:0:1:23:23:0.958333:8:15:0:0:8:15:1:0 chr16 28915527 . G A 708.04 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.455;QD=62.9364;RBI=0.0354374;REFB=0;REVB=0.0237907;RO=0;SAF=13;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102335;OID=.;OPOS=28915527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:32:13:0:0:32:13:0:0 chr16 28944396 . C G 546.5 PASS AF=0.95;AO=37;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0631679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6875;QD=54.6502;RBI=0.0632447;REFB=-0.112684;REVB=-0.00311633;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.526302;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00270302;OID=.;OPOS=28944396;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:0:2:37:38:0.95:18:19:0:0:18:20:0:2 chr16 28995757 . C A 398.36 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00216348;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.718;QD=56.9091;RBI=0.0338577;REFB=0;REVB=0.0337886;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000297507;OID=.;OPOS=28995757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr16 28997997 . G A 176.77 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0122944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.287;QD=13.3413;RBI=0.0128128;REFB=-0.0186884;REVB=-0.0036076;RO=30;SAF=13;SAR=8;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0906091;STB=0.573458;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0389166;OID=.;OPOS=28997997;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:32:21:21:0.396226:8:13:16:14:8:13:16:16 chr16 29063626 . C A 35.03 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.0272773;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.3796;QD=5.18988;RBI=0.0274391;REFB=-0.0161232;REVB=-0.00297482;RO=21;SAF=4;SAR=2;SRF=17;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.212559;STB=0.635978;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0814649;OID=.;OPOS=29063626;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:2:4:17:4:2:4:17:4 chr16 29124421 . T C 506.06 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00494011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1311;QD=20.6556;RBI=0.0180129;REFB=-0.0136594;REVB=0.0173222;RO=49;SAF=18;SAR=31;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133092;STB=0.573796;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0248013;OID=.;OPOS=29124421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:49:49:49:0.5:31:18:25:24:31:18:25:24 chr16 29580611 . G A 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0894855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5399;QD=51.9147;RBI=0.0908787;REFB=0;REVB=0.0158516;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0013275;OID=.;OPOS=29580611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr16 29675326 . A G 92.15 PASS AF=0.292683;AO=12;DP=41;FAO=12;FDP=41;FR=.;FRO=29;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.00116316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0939;QD=8.99047;RBI=0.0286563;REFB=-0.00451237;REVB=-0.0286327;RO=28;SAF=5;SAR=7;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21647;STB=0.641207;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00679248;OID=.;OPOS=29675326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:41:41:28:29:12:12:0.292683:7:5:17:11:7:5:18:11 chr16 29675928 . C T 41.63 PASS AF=0.5;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0125914;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.703;QD=13.8774;RBI=0.0374477;REFB=-0.0128114;REVB=0.0352673;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138347;STB=0.583063;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.00667554;OID=.;OPOS=29675928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:12:6:6:6:6:0.5:3:3:2:4:3:3:2:4 chr16 29679989 . A G 598.67 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398659;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.7374;QD=59.8669;RBI=0.04908;REFB=0;REVB=0.028628;RO=0;SAF=30;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.26572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00253388;OID=.;OPOS=29679989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:8:30:0:0:10:30:0:0 chr16 29680036 . T A 39.37 PASS AF=0.135593;AO=7;DP=67;FAO=8;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=0.0061877;FXX=0.119385;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.784;QD=2.66913;RBI=0.023948;REFB=0.00301799;REVB=-0.0231348;RO=42;SAF=6;SAR=1;SRF=34;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101129;STB=0.738413;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.0160751;OID=.;OPOS=29680036;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:67:59:42:51:7:8:0.135593:1:6:34:8:1:7:35:16 chr16 29680195 . G A 161.51 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0268797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7904;QD=19.0008;RBI=0.027369;REFB=-0.0080464;REVB=0.00515186;RO=17;SAF=1;SAR=16;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395735;STB=0.733578;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00882181;OID=.;OPOS=29680195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:16:1:4:13:16:1:4:13 chr16 29680389 . A C 227.93 PASS AF=0.647059;AO=21;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0106705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.554;QD=26.8151;RBI=0.0157646;REFB=-0.0236909;REVB=0.0116044;RO=12;SAF=14;SAR=7;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0630955;STB=0.54434;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0175855;OID=.;OPOS=29680389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:34:34:12:12:21:22:0.647059:7:14:9:3:8:14:9:3 chr16 29708350 . A G 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00366392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9512;QD=56.7054;RBI=0.0875834;REFB=0;REVB=-0.0875067;RO=0;SAF=21;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0021522;OID=.;OPOS=29708350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:8:21:0:0:8:21:0:0 chr16 29755663 . G A 186.94 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=-0.00516856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.098;QD=10.682;RBI=0.0196432;REFB=-0.00657265;REVB=-0.0189511;RO=46;SAF=4;SAR=20;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.540596;STB=0.816558;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.018149;OID=.;OPOS=29755663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:46:24:24:0.342857:20:4:29:17:20:4:29:17 chr16 29790864 . G A 859.48 PASS AF=0.968254;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0206301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.697;QD=54.5702;RBI=0.0604427;REFB=-0.0852484;REVB=0.056813;RO=2;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269523;STB=0.513884;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00409938;OID=.;OPOS=29790864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:63:2:2:60:61:0.968254:34:26:0:2:35:26:0:2 chr16 29791561 . T G 1152.07 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0066759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9798;QD=59.0803;RBI=0.0290645;REFB=-0.00692666;REVB=-0.0282874;RO=1;SAF=32;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145578;STB=0.50769;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-9.49038e-05;OID=.;OPOS=29791561;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:1:1:76:77:0.987179:44:32:1:0:45:32:1:0 chr16 29791721 . G C 305.84 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0025266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9609;QD=53.1893;RBI=0.00352667;REFB=0;REVB=0.00246041;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117986;OID=.;OPOS=29791721;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:8:14:0:0:8:15:0:0 chr16 29811319 . C T 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0738589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4897;QD=30.7889;RBI=0.101473;REFB=-0.0101431;REVB=0.0695821;RO=1;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589957;STB=0.533253;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00724667;OID=.;OPOS=29811319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:7:1:0:1:7:1:0:1 chr16 29814234 . G A 1035.4 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0180602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.521;QD=56.7343;RBI=0.0283562;REFB=-0.052631;REVB=0.021861;RO=1;SAF=16;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286318;STB=0.510647;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.00331466;OID=.;OPOS=29814234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:1:2:71:71:0.972603:55:16:1:0:55:16:1:1 chr16 29821744 . G A 632.14 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0534888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.579;QD=61.672;RBI=0.0535076;REFB=0;REVB=-0.00141734;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000392348;OID=.;OPOS=29821744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr16 29823050 . G T 124.21 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=32;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.027944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.051;QD=15.0557;RBI=0.0288468;REFB=-0.0166026;REVB=-0.00716047;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0634949;STB=0.607861;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0290677;OID=.;OPOS=29823050;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:16:18:10:15:0.454545:7:3:4:12:7:8:6:12 chr16 29823072 . T C 30.46 PASS AF=0.178571;AO=5;DP=28;FAO=5;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.00276199;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=21.2135;QD=4.35161;RBI=0.112;REFB=-0.0305643;REVB=0.111966;RO=17;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.585687;STB=0.876864;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0221215;OID=.;OPOS=29823072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:28:28:17:23:5:5:0.178571:1:4:4:13:1:4:6:17 chr16 29825126 . T C 617.42 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00930287;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.095;QD=61.7416;RBI=0.0340057;REFB=0;REVB=-0.0327085;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253174;OID=.;OPOS=29825126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr16 29826538 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00461347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.804;QD=33.4284;RBI=0.0231751;REFB=0;REVB=0.0227112;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234663;OID=.;OPOS=29826538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr16 29876150 . CA C 108.56 PASS AF=0.761905;AO=21;DP=42;FAO=32;FDP=42;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.274423;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=6.80649;QD=10.3389;RBI=0.274424;REFB=-0.0585365;REVB=-0.000995253;RO=17;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081141;STB=0.507458;STBP=0.909;TYPE=del;VARB=0.106393;OID=.;OPOS=29876151;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.761905:21:42:32:42:10:15:17:5:5:16:17:9:12:9:8 chr16 29882490 . C T 132.04 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.0842272;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.7117;QD=22.0063;RBI=0.0849059;REFB=-0.0197555;REVB=0.0107138;RO=10;SAF=2;SAR=12;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542162;STB=0.81032;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.013255;OID=.;OPOS=29882490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:24:24:10:10:14:14:0.583333:12:2:8:2:12:2:8:2 chr16 29899123 . G T 175.89 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.065243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.5562;QD=21.3197;RBI=0.069018;REFB=0.0237325;REVB=0.0225129;RO=15;SAF=12;SAR=6;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.412832;STB=0.730531;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.01628;OID=.;OPOS=29899123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:6:12:2:13:6:12:2:13 chr16 29908433 . C G 442.73 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0856899;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.107;QD=55.3414;RBI=0.093207;REFB=-0.0748769;REVB=-0.0366714;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0231448;OID=.;OPOS=29908433;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:32:32:0:0:31:32:1:15:16:0:0:15:17:0:0 chr16 29918266 . C T 118.42 PASS AF=0.269841;AO=17;DP=64;FAO=17;FDP=63;FR=.;FRO=46;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.0162236;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8589;QD=7.51894;RBI=0.0330216;REFB=-0.0135011;REVB=-0.0287615;RO=46;SAF=10;SAR=7;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132414;STB=0.580429;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0521734;OID=.;OPOS=29918266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:46:46:17:17:0.269841:7:10:22:24:7:10:22:24 chr16 29994922 . C T 135.08 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0257227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.742;QD=16.8844;RBI=0.0278186;REFB=-0.00384394;REVB=-0.0105933;RO=17;SAF=3;SAR=12;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249131;STB=0.644946;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00507939;OID=.;OPOS=29994922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:12:3:7:10:12:3:7:10 chr16 29998200 . A G 350.91 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0156451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.847;QD=20.642;RBI=0.0315008;REFB=-0.0030265;REVB=-0.027341;RO=32;SAF=8;SAR=28;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691517;STB=0.538439;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.00344658;OID=.;OPOS=29998200;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:28:8:9:23:28:8:9:23 chr16 30021401 . C CT 162.15 PASS AF=0.809524;AO=3;DP=24;FAO=17;FDP=21;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0261261;FXX=0.0454339;HRUN=0;LEN=1;MLLD=223.161;QD=30.8861;RBI=0.0293327;REFB=-0.0449423;REVB=-0.0133356;RO=21;SAF=2;SAR=1;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157464;STB=0.542324;STBP=0.449;TYPE=ins;VARB=0.01453;OID=.;OPOS=30021402;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.809524:3:24:17:21:4:9:8:3:1:22:21:2:1:11:10 chr16 30021402 . C T 115.08 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0104866;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.774;QD=19.1807;RBI=0.0106904;REFB=-0.0175873;REVB=-0.0020776;RO=10;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294478;STB=0.538402;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0100326;OID=.;OPOS=30021402;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:10:11:13:13:0.541667:6:7:5:5:6:7:5:6 chr16 30034986 . G A 111.09 PASS AF=0.619048;AO=12;DP=20;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.000617348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.041;QD=21.1602;RBI=0.0629652;REFB=-0.0231502;REVB=0.0629622;RO=8;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314284;STB=0.680587;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0219685;OID=.;OPOS=30034986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:21:8:8:12:13:0.619048:7:5:7:1:8:5:7:1 chr16 30037128 . A C 85.9 PASS AF=0.37931;AO=10;DP=28;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0330406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.586;QD=11.8479;RBI=0.0545296;REFB=-0.0279783;REVB=-0.0433797;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141912;STB=0.612712;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.039196;OID=.;OPOS=30037128;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:28:29:18:18:10:11:0.37931:6:4:5:13:6:5:5:13 chr16 30119525 . C A 404.04 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0378057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.115;QD=55.7297;RBI=0.0446446;REFB=0;REVB=-0.0237459;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.83905e-05;OID=.;OPOS=30119525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:12:16:0:0:12:17:0:0 chr16 30198151 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.432;QD=35.5759;RBI=0.0510073;REFB=0;REVB=-0.0474529;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014854;OID=.;OPOS=30198151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr16 30370510 . T A,TA 41.31 PASS AF=0,0.145455;AO=2,7;DP=51;FAO=0,8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=0,7;FSAR=0,1;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.0564557,0.0164535;FXX=0;HRUN=1,0;LEN=1,1;MLLD=55.3184,45.048;QD=3.00426;RBI=0.0849451,0.0290446;REFB=0.00452045,0.0012311;REVB=-0.0634699,-0.0239348;RO=37;SAF=2,6;SAR=0,1;SRF=22;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.388068,0.37592;STB=0.5,0.772196;STBP=1,0.151;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0110042;OID=.,.;OPOS=30370510,30370511;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:41:51:55:37:47:2,7:0,8:0,0.145455:0,1:2,6:22:15:0,1:0,7:30:17 chr16 30393660 . G A 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0045851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.374;QD=58.1408;RBI=0.00499457;REFB=0;REVB=0.00198055;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.11378e-05;OID=.;OPOS=30393660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr16 30408765 . C T 340.69 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254178;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8948;QD=54.5101;RBI=0.039402;REFB=0;REVB=-0.0301073;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.39826e-05;OID=.;OPOS=30408765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr16 30536994 . A G 202.53 PASS AF=0.818182;AO=17;DP=22;FAO=18;FDP=22;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0128542;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.151;QD=36.8244;RBI=0.0287007;REFB=-0.00415021;REVB=-0.0256613;RO=5;SAF=11;SAR=6;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210576;STB=0.517222;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.00074219;OID=.;OPOS=30536994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:22:22:5:4:17:18:0.818182:6:11:3:2:6:12:3:1 chr16 30671670 . C CG,G 45.14 PASS AF=0.0844156,0.0454545;AO=19,7;DP=160;FAO=13,7;FDP=154;FR=.;FRO=134;FSAF=11,3;FSAR=2,4;FSRF=81;FSRR=53;FWDB=-0.0015927,-0.00951399;FXX=0.0314446;HRUN=0,2;LEN=1,1;MLLD=92.5979,107.315;QD=1.17247;RBI=0.0784286,0.0739427;REFB=-0.00386716,-0.00317102;REVB=-0.0784125,-0.0733281;RO=131;SAF=12,3;SAR=7,4;SRF=83;SRR=48;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00269261,-0.195953;STB=0.766329,0.662287;STBP=0.07,0.475;TYPE=ins,snp;VARB=0.0963704,0.106146;OID=.,.;OPOS=30671671,30671670;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:160:154:131:134:19,7:13,7:0.0844156,0.0454545:7,4:12,3:83:48:2,4:11,3:81:53 chr16 30724070 . G T 942.99 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00597675;FXX=0.0302984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9578;QD=58.9366;RBI=0.0234628;REFB=0;REVB=-0.0226888;RO=0;SAF=32;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013311;OID=.;OPOS=30724070;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:64:0:0:64:64:1:32:32:0:0:32:32:0:0 chr16 30734963 . C A 246.59 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0274545;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.613;QD=46.9692;RBI=0.0277571;REFB=-0.08658;REVB=-0.00408771;RO=1;SAF=14;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317962;STB=0.517224;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.000522175;OID=.;OPOS=30734963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:6:14:1:0:6:14:1:0 chr16 30735751 . C T 68.46 PASS AF=0.529412;AO=7;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0342139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.422;QD=16.1088;RBI=0.091959;REFB=-0.0451225;REVB=0.0853573;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09181;STB=0.52169;STBP=0.906;TYPE=snp;VARB=0.0457292;OID=.;OPOS=30735751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:17:17:8:8:7:9:0.529412:2:5:5:3:3:6:5:3 chr16 30762640 . C T 109.05 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00450312;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=179.02;QD=36.3484;RBI=0.00451312;REFB=-0.0548585;REVB=-0.000300383;RO=1;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0994753;STB=0.555452;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00880982;OID=.;OPOS=30762640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:7:4:1:0:7:4:1:0 chr16 30770515 . CCA C 169.9 PASS AF=0.6;AO=20;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0115271;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=261.339;QD=19.4172;RBI=0.0196428;REFB=-0.0202932;REVB=0.0159049;RO=12;SAF=10;SAR=10;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112604;STB=0.594507;STBP=0.182;TYPE=del;VARB=0.0114397;OID=.;OPOS=30770516;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:20:35:21:35:14:11:10:4:10:87:12:10:10:4:8 chr16 30772004 . GAA G 64.79 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0344556;FXX=0.0357015;HRUN=5;LEN=2;MLLD=31.7368;QD=9.59863;RBI=0.0532363;REFB=-0.0120156;REVB=-0.0405823;RO=11;SAF=1;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.316352;STB=0.740185;STBP=0.11;TYPE=del;VARB=0.0182499;OID=.;OPOS=30772005;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407:11:27:11:27:16:1:10:5:11:64:11:1:10:3:8 chr16 30779716 . A G 1552.3 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.769;QD=63.3592;RBI=0.0623498;REFB=0;REVB=0.0379903;RO=0;SAF=24;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.06719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.9591e-05;OID=.;OPOS=30779716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:98:0:0:95:98:1:71:24:0:0:72:26:0:0 chr16 30780828 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.539;QD=43.4862;RBI=0.0169857;REFB=0;REVB=-0.00941444;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000321633;OID=.;OPOS=30780828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr16 30886643 . T C 246.41 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0305186;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3577;QD=46.9348;RBI=0.0340869;REFB=-0.121747;REVB=-0.0151832;RO=1;SAF=2;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182146;STB=0.599885;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.00254997;OID=.;OPOS=30886643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:1:1:20:20:0.952381:18:2:1:0:18:2:1:0 chr16 30964938 . CAA CAC,CA,CAG 724.6 PASS AF=0,0.0196078,0.980392;AO=4,6,40;DP=51;FAO=0,1,50;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,34;FSAR=0,0,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0788351,-0.0487702,0.133672;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=136.547,25.7052,50.8747;QD=56.8312;RBI=0.0789835,0.0614393,0.133757;REFB=0,0,0;REVB=0.00483878,-0.0373665,-0.00478855;RO=0;SAF=4,6,24;SAR=0,0,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.0268904,-0.0525284,0.00397465;OID=.,.,.;OPOS=30964940,30964939,30964940;OREF=A,A,A;OALT=C,-,G;OMAPALT=CAC,CA,CAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0,0.0196078,0.980392:4,6,40:51:0,1,50:51:0:0,1,34:0,0,16:0:0:3:0:4,6,24:0,0,16:0:0 chr16 30999142 . A G 276.26 PASS AF=0.727273;AO=23;DP=33;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=23;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00258228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2235;QD=33.4865;RBI=0.00657739;REFB=-0.0539991;REVB=-0.00604929;RO=0;SAF=23;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.860536;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0437972;OID=.;OPOS=30999142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:0:9:23:24:0.727273:0:23:0:0:1:23:3:6 chr16 30999462 . T C 718.83 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.9146;QD=61.1772;RBI=0.028184;REFB=0;REVB=-0.0243738;RO=1;SAF=25;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.018429;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0020001;OID=.;OPOS=30999462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:1:0:45:47:1:20:25:1:0:21:26:0:0 chr16 31075175 . G A 727.74 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00456838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.881;QD=63.2818;RBI=0.0184997;REFB=0;REVB=0.0179267;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48053e-05;OID=.;OPOS=31075175;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:20:26:0:0:20:26:0:0 chr16 31075708 . C G 191.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.315;QD=47.8209;RBI=0.0302091;REFB=0;REVB=0.0259359;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000476416;OID=.;OPOS=31075708;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:7:9:0:0:7:9:0:0 chr16 31088347 . G A 1301.58 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0706196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6411;QD=61.98;RBI=0.0718507;REFB=0;REVB=0.0132435;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000590231;OID=.;OPOS=31088347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:0:0:82:84:1:44:38:0:0:45:39:0:0 chr16 31088625 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.17;QD=46.848;RBI=0.0552708;REFB=0;REVB=0.0523676;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244811;OID=.;OPOS=31088625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr16 31093892 . A G 490.05 PASS AF=0.972222;AO=33;DP=34;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.035238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9964;QD=54.4496;RBI=0.066448;REFB=0.142779;REVB=0.0563349;RO=1;SAF=13;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345796;STB=0.518508;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00150277;OID=.;OPOS=31093892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:36:1:1:33:35:0.972222:20:13:1:0:22:13:1:0 chr16 31099011 . T C 393.3 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00954981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.469;QD=56.1855;RBI=0.04348;REFB=0;REVB=0.0424183;RO=0;SAF=21;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.50948e-05;OID=.;OPOS=31099011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:6:21:0:0:6:22:0:0 chr16 31121793 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00328836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.525;QD=43.4851;RBI=0.063007;REFB=0;REVB=-0.0629211;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00102402;OID=.;OPOS=31121793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr16 31141826 . A G 446.97 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0117978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3792;QD=57.6733;RBI=0.0450809;REFB=0;REVB=0.0435098;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054848;OID=.;OPOS=31141826;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:20:11:0:0:20:11:0:0 chr16 31141880 . A G 306.18 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.439;QD=53.2479;RBI=0.0249295;REFB=0;REVB=0.0187509;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179076;OID=.;OPOS=31141880;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:11:12:0:0:11:12:0:0 chr16 31144689 . G T 42.3 PASS AF=0.116279;AO=4;DP=41;FAO=5;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.141913;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=21.9716;QD=3.93528;RBI=0.185697;REFB=-0.0460899;REVB=0.119767;RO=25;SAF=1;SAR=3;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309084;STB=0.78045;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.11667;OID=.;OPOS=31144689;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:41:43:25:31:4:5:0.116279:3:1:13:12:4:1:16:15 chr16 31153105 . A G 769.49 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5009;QD=56.9995;RBI=0.0610051;REFB=0;REVB=-0.0400966;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68676e-05;OID=.;OPOS=31153105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:53:54:1:21:32:0:0:21:33:0:0 chr16 31193942 . C A 270.51 PASS AF=0.531915;AO=24;DP=46;FAO=25;FDP=47;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00444918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.693;QD=23.0217;RBI=0.0136699;REFB=-0.000150588;REVB=0.0129256;RO=22;SAF=11;SAR=13;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162829;STB=0.597863;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.000272607;OID=.;OPOS=31193942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:22:22:24:25:0.531915:13:11:6:16:13:12:6:16 chr16 31195279 . C T 169.51 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=29;FWDB=0.00778771;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.888;QD=10.5943;RBI=0.00779275;REFB=-0.0261196;REVB=0.000280107;RO=41;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324257;STB=0.67842;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0477506;OID=.;OPOS=31195279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:41:42:22:22:0.34375:9:13:12:29:9:13:13:29 chr16 31230463 . C T 282.84 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00347014;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.447;QD=27.594;RBI=0.00483221;REFB=-0.0112337;REVB=0.00336279;RO=16;SAF=14;SAR=11;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0426942;STB=0.523603;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.00983131;OID=.;OPOS=31230463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:11:14:8:8:11:14:8:8 chr16 31336719 . G A 145.67 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0289302;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4647;QD=15.334;RBI=0.0289486;REFB=-0.0150284;REVB=-0.00103317;RO=22;SAF=5;SAR=11;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104501;STB=0.559929;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0209546;OID=.;OPOS=31336719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:22:22:16:16:0.421053:11:5:5:17:11:5:5:17 chr16 31341881 . C T 87.62 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0153738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.047;QD=6.87227;RBI=0.025289;REFB=-0.0108374;REVB=0.0200794;RO=39;SAF=3;SAR=9;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24945;STB=0.659057;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0425161;OID=.;OPOS=31341881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:51:51:39:39:12:12:0.235294:9:3:17:22:9:3:17:22 chr16 31374535 . C G 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.0254511;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.502;QD=14.6525;RBI=0.0290234;REFB=-0.0243652;REVB=-0.01395;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120202;STB=0.571205;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0175608;OID=.;OPOS=31374535;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:2:4:4:1:2:4:4:1 chr16 31418868 . GA CG,GG 45.43 PASS AF=0,0.212121;AO=2,6;DP=33;FAO=0,7;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=0,4;FSAR=0,3;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0916114,-0.129671;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=27.5599,36.222;QD=5.50623;RBI=0.104658,0.130022;REFB=0.00668309,0.00462753;REVB=0.0506026,-0.00954966;RO=18;SAF=1,3;SAR=1,3;SRF=12;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.170612,-0.193723;STB=0.5,0.535614;STBP=1,0.857;TYPE=mnp,snp;VARB=0,-0.0317613;OID=.,.;OPOS=31418868,31418869;OREF=GA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:43:33:33:18:26:2,6:0,7:0,0.212121:1,3:1,3:12:6:0,3:0,4:16:10 chr16 31422429 . T C,G 720.92 PASS AF=0.980392,0.0196078;AO=49,2;DP=51;FAO=50,1;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27,1;FSAR=23,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0080686,0.00785721;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=113.045,60.1431;QD=56.5424;RBI=0.0590207,0.0242661;REFB=0,0;REVB=0.0584665,0.0229589;RO=0;SAF=27,1;SAR=22,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.30731e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000829653,0.0223565;OID=.,.;OPOS=31422429,31422429;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:51:51:0:0:49,2:50,1:0.980392,0.0196078:22,1:27,1:0:0:23,0:27,1:0:0 chr16 31439170 . G A 42.7 PASS AF=0.184211;AO=8;DP=34;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=26;FWDB=-0.0160507;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=35.6508;QD=4.49485;RBI=0.0291953;REFB=-0.00607729;REVB=0.0243873;RO=26;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715359;STB=0.529324;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.0131925;OID=.;OPOS=31439170;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:38:26:31:8:7:0.184211:7:1:4:22:6:1:5:26 chr16 31539934 . G T 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.011953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5608;QD=16.8228;RBI=0.0131108;REFB=-4.10536e-05;REVB=-0.00538687;RO=5;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258845;STB=0.646735;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=-0.0013468;OID=.;OPOS=31539934;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:6:1:0:5:6:1:0:5 chr16 31724836 . T C 123.05 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00329052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.369;QD=37.8601;RBI=0.0861485;REFB=0.0358982;REVB=-0.0860857;RO=1;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069361;STB=0.538398;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-0.0239593;OID=.;OPOS=31724836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:6:6:0:1:6:6:0:1 chr16 31765220 . G A 163.75 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0854976;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.6583;QD=12.3584;RBI=0.0909842;REFB=-0.0369572;REVB=-0.0311174;RO=32;SAF=3;SAR=17;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39454;STB=0.744243;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0592914;OID=.;OPOS=31765220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:32:33:20:20:0.377358:17:3:14:18:17:3:15:18 chr16 31770723 . T A 164.75 PASS AF=0.377358;AO=19;DP=52;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0120748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.527;QD=12.4341;RBI=0.035352;REFB=0.00437146;REVB=-0.0332259;RO=33;SAF=13;SAR=6;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194043;STB=0.587337;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.00312589;OID=.;OPOS=31770723;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:33:33:19:20:0.377358:6:13:17:16:7:13:17:16 chr16 31926619 . G A 117.61 PASS AF=1;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0800667;FXX=0.28551;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.323;QD=47.0428;RBI=0.0801267;REFB=0;REVB=0.00310083;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00230406;OID=.;OPOS=31926619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:14:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr16 32077537 . G T 263.86 PASS AF=0.318182;AO=35;DP=111;FAO=35;FDP=110;FR=.;FRO=75;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=51;FSRR=24;FWDB=-0.0134214;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.663;QD=9.59496;RBI=0.0178705;REFB=-0.0085702;REVB=0.0117992;RO=75;SAF=14;SAR=21;SRF=50;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30446;STB=0.684112;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0100949;OID=.;OPOS=32077537;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:75:75:35:35:0.318182:21:14:50:25:21:14:51:24 chr16 32077580 . A G 276.73 PASS AF=0.336735;AO=33;DP=98;FAO=33;FDP=98;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=36;FSRR=29;FWDB=-0.0254144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.7123;QD=11.2951;RBI=0.0301945;REFB=-0.00479828;REVB=-0.0163038;RO=63;SAF=13;SAR=20;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166002;STB=0.605996;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00700879;OID=.;OPOS=32077580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:63:65:33:33:0.336735:20:13:34:29:20:13:36:29 chr16 32191941 . C T 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00466668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.607;QD=9.49162;RBI=0.0694903;REFB=0.00345516;REVB=-0.0693334;RO=18;SAF=6;SAR=3;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705676;STB=0.542765;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=-0.00951948;OID=.;OPOS=32191941;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:3:6:13:5:3:6:13:5 chr16 33629700 . G A 186.93 PASS AF=0.256881;AO=28;DP=104;FAO=28;FDP=109;FR=.;FRO=81;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=-0.0127807;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.268;QD=6.85965;RBI=0.0143251;REFB=-0.00811496;REVB=-0.00647016;RO=75;SAF=11;SAR=17;SRF=34;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755309;STB=0.520747;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0250181;OID=.;OPOS=33629700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:109:75:81:28:28:0.256881:17:11:34:41:17:11:34:47 chr16 33629846 . T A 149.54 PASS AF=0.34;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=50;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0124843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1465;QD=11.963;RBI=0.0130458;REFB=-0.0124338;REVB=0.00378615;RO=33;SAF=7;SAR=10;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116318;STB=0.568639;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0465912;OID=.;OPOS=33629846;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:33:17:17:0.34:10:7:17:16:10:7:17:16 chr16 33629950 . G T 251.45 PASS AF=0.474576;AO=26;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=2;FWDB=-0.0122276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.558;QD=17.0474;RBI=0.0334172;REFB=-0.0041791;REVB=0.0310998;RO=31;SAF=7;SAR=19;SRF=29;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.583079;STB=0.807675;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0105935;OID=.;OPOS=33629950;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:31:31:26:28:0.474576:19:7:29:2:20:8:29:2 chr16 33629973 . G A 208.1 PASS AF=0.421053;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=7;FWDB=-0.0230906;FXX=0.0499917;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.559;QD=14.6034;RBI=0.0380825;REFB=-0.0508575;REVB=-0.0302837;RO=26;SAF=6;SAR=18;SRF=25;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.596506;STB=0.793162;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0504504;OID=.;OPOS=33629973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:57:26:33:24:24:0.421053:18:6:25:1:18:6:26:7 chr16 33630022 . A T 204.61 PASS AF=0.3;AO=25;DP=89;FAO=27;FDP=90;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=32;FWDB=0.0189913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.155;QD=9.09384;RBI=0.0212863;REFB=-0.00268143;REVB=-0.00961451;RO=63;SAF=7;SAR=18;SRF=31;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268988;STB=0.644797;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.00571676;OID=.;OPOS=33630022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:63:63:25:27:0.3:18:7:31:32:19:8:31:32 chr16 33784710 . C T 166.41 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=0.0360621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.327;QD=14.7919;RBI=0.113628;REFB=-0.0270413;REVB=0.107754;RO=27;SAF=11;SAR=7;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147965;STB=0.584817;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0456722;OID=.;OPOS=33784710;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:7:11:20:7:7:11:20:7 chr16 33961810 . T C 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0197431;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.585;QD=11.0197;RBI=0.0454833;REFB=-0.0662038;REVB=0.0409749;RO=8;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0156564;OID=.;OPOS=33961810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:3:3:4:4:3:3:4:4 chr16 33961881 . A G 41.37 PASS AF=0.444444;AO=4;DP=9;FAO=4;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0248148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.809;QD=18.3845;RBI=0.0290091;REFB=-0.0493321;REVB=-0.015025;RO=3;SAF=1;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281139;STB=0.666019;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.042594;OID=.;OPOS=33961881;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:9:9:3:3:4:4:0.444444:3:1:0:3:3:1:0:3 chr16 33962435 . G A 59.74 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.00587238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8756;QD=18.3819;RBI=0.0220956;REFB=-0.0136507;REVB=0.021301;RO=5;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120202;STB=0.571205;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0759104;OID=.;OPOS=33962435;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:13:13:5:5:6:6:0.461538:2:4:4:1:2:4:4:1 chr16 33962560 . AGG ACA 141.65 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0557707;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=180.662;QD=18.887;RBI=0.0561141;REFB=-0.0380343;REVB=0.00619838;RO=10;SAF=5;SAR=9;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223974;STB=0.526279;STBP=0.806;TYPE=mnp;VARB=0.012724;OID=.;OPOS=33962561;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=ACA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.466667:14:30:14:30:13:5:9:4:9:99:10:5:9:1:9 chr16 33962570 . G A 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00895409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.021;QD=11.5972;RBI=0.00899592;REFB=-0.00317217;REVB=0.000866454;RO=21;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179503;STB=0.605892;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.00407593;OID=.;OPOS=33962570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:6:6:7:14:6:6:7:14 chr16 33962619 . G A 73.83 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00887222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.858;QD=9.84405;RBI=0.0129049;REFB=-0.0156787;REVB=0.00937124;RO=20;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0549448;STB=0.533267;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.0350963;OID=.;OPOS=33962619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:5:5:9:11:5:5:9:11 chr16 33962641 . G T 95.67 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.00371182;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7261;QD=11.5962;RBI=0.00681216;REFB=0.0110149;REVB=-0.00571209;RO=21;SAF=7;SAR=5;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164807;STB=0.597828;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=-0.0238869;OID=.;OPOS=33962641;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:5:7:9:12:5:7:9:12 chr16 33962682 . T C 87.68 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=19;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.108146;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.104;QD=11.3136;RBI=0.108702;REFB=-0.00221033;REVB=-0.0109848;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107964;STB=0.512173;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.00341997;OID=.;OPOS=33962682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:16:19:11:11:0.354839:5:6:7:9:5:6:10:9 chr16 33962697 . C T 67.37 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=29;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0192314;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8711;QD=8.98325;RBI=0.0362498;REFB=0.0256413;REVB=0.0307278;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0905072;STB=0.567431;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=-0.0523796;OID=.;OPOS=33962697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:29:30:19:20:9:10:0.333333:4:5:9:10:4:6:10:10 chr16 33962709 . C G 54.82 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0246667;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.726;QD=8.12168;RBI=0.0287421;REFB=0.00274694;REVB=0.0147534;RO=19;SAF=6;SAR=2;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21811;STB=0.637927;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=-0.00861276;OID=.;OPOS=33962709;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:28:27:19:19:8:8:0.296296:2:6:11:8:2:6:11:8 chr16 33962891 . A T 74.67 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.00330784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.243;QD=10.6678;RBI=0.037869;REFB=-0.00596768;REVB=0.0377242;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123941;STB=0.507448;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.01568;OID=.;OPOS=33962891;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:6:4:7:11:6:4:7:11 chr16 33962907 . A T 65.38 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00719319;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.436;QD=9.68593;RBI=0.04428;REFB=-0.0167169;REVB=-0.0436918;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239847;STB=0.644856;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00808864;OID=.;OPOS=33962907;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:28:27:18:18:9:9:0.333333:4:5:6:12:4:5:6:12 chr16 33962910 . A G 71.22 PASS AF=0.357143;AO=9;DP=27;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00127179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.122;QD=10.1744;RBI=0.018397;REFB=-0.0114439;REVB=-0.018353;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239847;STB=0.606938;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0222672;OID=.;OPOS=33962910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:27:28:18:18:9:10:0.357143:4:5:6:12:5:5:6:12 chr16 33962923 . G A 85.87 PASS AF=0.323529;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0168156;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.739;QD=10.1025;RBI=0.02891;REFB=0.00414824;REVB=0.0235165;RO=25;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258749;STB=0.635136;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=-0.00439289;OID=.;OPOS=33962923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:36:34:25:23:11:11:0.323529:6:5:6:19:6:5:6:17 chr16 33962930 . G T 61.89 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=-0.0134076;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.6541;QD=6.69123;RBI=0.0331366;REFB=-0.0108727;REVB=0.030303;RO=28;SAF=4;SAR=5;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248505;STB=0.653788;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0236941;OID=.;OPOS=33962930;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:38:37:28:28:9:9:0.243243:5:4:7:21:5:4:7:21 chr16 33962978 . AT GC 62.58 PASS AF=0.181818;AO=10;DP=55;FAO=10;FDP=55;FR=.;FRO=45;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=0.0111274;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=151.937;QD=4.55127;RBI=0.0114563;REFB=0.00461132;REVB=0.00272531;RO=45;SAF=1;SAR=9;SRF=16;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428272;STB=0.800307;STBP=0.091;TYPE=mnp;VARB=-0.019424;OID=.;OPOS=33962978;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:55:55:45:45:10:10:0.181818:9:1:16:29:9:1:16:29 chr16 33962996 . TG CG,CT 282.78 PASS AF=0.54,0.04;AO=27,7;DP=55;FAO=27,2;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=8,1;FSAR=19,1;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.00849862,-0.00304823;FXX=0.0908926;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=250.551,146.186;QD=22.6222;RBI=0.0136152,0.0466752;REFB=-0.0225243,-0.00782504;REVB=0.010637,0.0465756;RO=21;SAF=8,1;SAR=19,6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0769806,-0.357051;STB=0.542824,0.607667;STBP=0.546,0.767;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0132054,0.0445745;OID=.,.;OPOS=33962996,33962996;OREF=T,TG;OALT=C,CT;OMAPALT=CG,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:50:21:21:27,7:27,2:0.54,0.04:19,6:8,1:8:13:19,1:8,1:8:13 chr16 33963000 . T C 246.94 PASS AF=0.490909;AO=26;DP=54;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0213657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.249;QD=17.9591;RBI=0.0344905;REFB=-0.0171581;REVB=0.0270758;RO=28;SAF=8;SAR=18;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0147534;STB=0.51514;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0137982;OID=.;OPOS=33963000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:28:28:26:27:0.490909:18:8:9:19:19:8:9:19 chr16 33963002 . GA AA,G 290.65 PASS AF=0.264151,0.339623;AO=14,12;DP=55;FAO=14,18;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=7,2;FSAR=7,16;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0160935,-0.0162768;FXX=0.036357;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=51.1045,175.427;QD=21.9355;RBI=0.0465371,0.026571;REFB=-0.0109226,-0.00924056;REVB=0.0436658,0.021002;RO=22;SAF=7,0;SAR=7,12;SRF=8;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.142661,-0.771032;STB=0.571329,0.733625;STBP=0.523,0.042;TYPE=snp,del;VARB=-0.0615699,0.010977;OID=.,.;OPOS=33963002,33963003;OREF=G,A;OALT=A,-;OMAPALT=AA,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:55:53:22:21:14,12:14,18:0.264151,0.339623:7,12:7,0:8:14:7,16:7,2:8:13 chr16 33963015 . T C 416.82 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=87;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=35;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0440415;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.223;QD=19.3871;RBI=0.0472719;REFB=-0.0154967;REVB=0.0171749;RO=42;SAF=7;SAR=35;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248104;STB=0.659254;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0254833;OID=.;OPOS=33963015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:42:44:42:42:0.488372:35:7:15:27:35:7:17:27 chr16 33963020 . C A 979.9 PASS AF=0.724138;AO=76;DP=110;FAO=84;FDP=116;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=59;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0253134;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.938;QD=33.7895;RBI=0.0307605;REFB=-0.020964;REVB=0.0174768;RO=32;SAF=21;SAR=55;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10513;STB=0.544476;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0103632;OID=.;OPOS=33963020;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:116:32:32:76:84:0.724138:55:21:14:18:59:25:14:18 chr16 33963024 . A C 51.44 PASS AF=0.0972222;AO=14;DP=145;FAO=14;FDP=144;FR=.;FRO=130;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=40;FSRR=90;FWDB=0.0315179;FXX=0.00689608;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3809;QD=1.42879;RBI=0.0484082;REFB=0.00182472;REVB=0.036742;RO=131;SAF=7;SAR=7;SRF=40;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24031;STB=0.673393;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.0135143;OID=.;OPOS=33963024;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:145:144:131:130:14:14:0.0972222:7:7:40:91:7:7:40:90 chr16 33963046 . T C 3302.39 PASS AF=0.875912;AO=219;DP=255;FAO=240;FDP=274;FR=.;FRO=34;FSAF=107;FSAR=133;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.00708629;FXX=0.00363623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.274;QD=48.2101;RBI=0.0293168;REFB=-0.0229979;REVB=0.0284475;RO=33;SAF=106;SAR=113;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374616;STB=0.515407;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.00665085;OID=.;OPOS=33963046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:255:274:33:34:219:240:0.875912:113:106:11:22:133:107:11:23 chr16 33963086 . A G 4548.59 PASS AF=0.92515;AO=308;DP=335;FAO=309;FDP=334;FR=.;FRO=25;FSAF=123;FSAR=186;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0311589;FXX=0.00298499;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4784;QD=54.4741;RBI=0.0321497;REFB=-0.0154668;REVB=0.00792025;RO=22;SAF=123;SAR=185;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0107541;STB=0.500152;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=0.0048982;OID=.;OPOS=33963086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:335:334:22:25:308:309:0.92515:185:123:7:15:186:123:10:15 chr16 33963106 . T C 4667.74 PASS AF=0.971519;AO=307;DP=317;FAO=307;FDP=316;FR=.;FRO=9;FSAF=124;FSAR=183;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0128095;FXX=0.00315447;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.485;QD=59.0854;RBI=0.0205993;REFB=-0.0703442;REVB=0.0161322;RO=6;SAF=124;SAR=183;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00364373;STB=0.501198;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.000792514;OID=.;OPOS=33963106;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:317:316:6:9:307:307:0.971519:183:124:3:3:183:124:4:5 chr16 33963108 . A G 4664.38 PASS AF=0.971519;AO=304;DP=313;FAO=307;FDP=316;FR=.;FRO=9;FSAF=126;FSAR=181;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0114913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.506;QD=59.0428;RBI=0.0136785;REFB=0.0107606;REVB=0.00741969;RO=9;SAF=125;SAR=179;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00440863;STB=0.50227;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=1.23462e-05;OID=.;OPOS=33963108;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:313:316:9:9:304:307:0.971519:179:125:3:6:181:126:3:6 chr16 33963175 . C G 4006.9 PASS AF=0.988593;AO=260;DP=264;FAO=260;FDP=263;FR=.;FRO=3;FSAF=111;FSAR=149;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0197881;FXX=0.00378774;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.909;QD=60.9414;RBI=0.0441046;REFB=0.0203053;REVB=-0.0394164;RO=3;SAF=111;SAR=149;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00208024;STB=0.501091;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=-0.000408561;OID=.;OPOS=33963175;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:264:263:3:3:260:260:0.988593:149:111:1:2:149:111:1:2 chr16 33963202 . A G 2827.95 PASS AF=0.994505;AO=180;DP=181;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=109;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00359935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.272;QD=62.1527;RBI=0.007486;REFB=-0.00314845;REVB=0.0065639;RO=1;SAF=72;SAR=108;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00656611;STB=0.503448;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=1.68496e-05;OID=.;OPOS=33963202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:181:182:1:1:180:181:0.994505:108:72:1:0:109:72:1:0 chr16 33963210 . AT GC 2034.99 PASS AF=0.992424;AO=130;DP=136;FAO=131;FDP=132;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=85;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00155732;FXX=0.0294096;HRUN=1;LEN=2;MLLD=166.099;QD=61.6663;RBI=0.00264534;REFB=-0.0442617;REVB=-0.00213836;RO=1;SAF=45;SAR=85;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104434;STB=0.505376;STBP=0.282;TYPE=mnp;VARB=0.000376884;OID=.;OPOS=33963210;OREF=AT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:136:132:1:1:130:131:0.992424:85:45:1:0:85:46:1:0 chr16 33963224 . T C 1506.94 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0111179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7633;QD=58.5221;RBI=0.0133881;REFB=0.0207359;REVB=0.00745876;RO=1;SAF=48;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00978215;STB=0.505154;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=-5.89599e-05;OID=.;OPOS=33963224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:54:48:1:0:54:48:1:0 chr16 33963248 . T C 1253.45 PASS AF=0.954545;AO=84;DP=88;FAO=84;FDP=88;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00813285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.303;QD=56.9752;RBI=0.0210209;REFB=-0.0647509;REVB=0.0193839;RO=4;SAF=51;SAR=33;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.009634;STB=0.505092;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00291124;OID=.;OPOS=33963248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:88:88:4:4:84:84:0.954545:33:51:2:2:33:51:2:2 chr16 33963279 . T C 1376.5 PASS AF=0.957895;AO=92;DP=95;FAO=91;FDP=95;FR=.;FRO=4;FSAF=48;FSAR=43;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0195839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.7456;QD=57.9578;RBI=0.0545058;REFB=0.0193291;REVB=0.050866;RO=3;SAF=49;SAR=43;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00805871;STB=0.509406;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.00203146;OID=.;OPOS=33963279;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:95:95:3:4:92:91:0.957895:43:49:2:1:43:48:3:1 chr16 33963283 . C CGG,G 1298.28 PASS AF=0.945652,0.0108696;AO=68,4;DP=98;FAO=87,1;FDP=92;FR=.;FRO=4;FSAF=47,1;FSAR=40,0;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0913538,-0.022163;FXX=0.0107515;HRUN=2,1;LEN=2,1;MLLD=37.5263,180.518;QD=56.4468;RBI=0.142003,0.0252405;REFB=0.00212088,-0.00880865;REVB=0.108716,0.0120783;RO=20;SAF=40,2;SAR=28,2;SRF=9;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0598555,0.057016;STB=0.512811,0.992027;STBP=0.255,0.249;TYPE=ins,snp;VARB=0.00200706,0.0328435;OID=.,.;OPOS=33963284,33963283;OREF=-,C;OALT=GG,G;OMAPALT=CGG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:98:92:20:4:68,4:87,1:0.945652,0.0108696:28,2:40,2:9:11:40,0:47,1:1:3 chr16 33963289 . A G 1261.77 PASS AF=0.896907;AO=85;DP=95;FAO=87;FDP=97;FR=.;FRO=10;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0011685;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.599;QD=52.0318;RBI=0.00324807;REFB=-0.0425777;REVB=0.0030306;RO=10;SAF=46;SAR=39;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677948;STB=0.536368;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00264646;OID=.;OPOS=33963289;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:95:97:10:10:85:87:0.896907:39:46:2:8:39:48:2:8 chr16 33963329 . T C 1368.01 PASS AF=0.901786;AO=98;DP=110;FAO=101;FDP=112;FR=.;FRO=11;FSAF=53;FSAR=48;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0208232;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4802;QD=48.8576;RBI=0.0358924;REFB=-0.0580523;REVB=0.0292345;RO=10;SAF=50;SAR=48;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192823;STB=0.515835;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.00841969;OID=.;OPOS=33963329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:110:112:10:11:98:101:0.901786:48:50:4:6:48:53:4:7 chr16 33963332 . A G 1483.86 PASS AF=0.945455;AO=103;DP=112;FAO=104;FDP=110;FR=.;FRO=6;FSAF=56;FSAR=48;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.00939376;FXX=0.0178555;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7802;QD=53.9584;RBI=0.0130453;REFB=-0.0480515;REVB=0.00905196;RO=6;SAF=55;SAR=48;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209826;STB=0.511234;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00334167;OID=.;OPOS=33963332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:112:110:6:6:103:104:0.945455:48:55:2:4:48:56:2:4 chr16 33963395 . AT TC 969.95 PASS AF=0.8125;AO=70;DP=93;FAO=78;FDP=96;FR=.;FRO=18;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.00627244;FXX=0.0495;HRUN=1;LEN=2;MLLD=279.054;QD=40.4144;RBI=0.0422164;REFB=-0.0325355;REVB=0.0417478;RO=18;SAF=40;SAR=30;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112753;STB=0.546363;STBP=0.061;TYPE=mnp;VARB=0.00761457;OID=.;OPOS=33963395;OREF=AT;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:18:18:70:78:0.8125:30:40:5:13:37:41:5:13 chr16 33963424 . A G 522.29 PASS AF=0.652778;AO=42;DP=68;FAO=47;FDP=72;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0161046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.277;QD=29.0159;RBI=0.0545899;REFB=-0.0149953;REVB=-0.0521604;RO=24;SAF=17;SAR=25;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206912;STB=0.523799;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00281475;OID=.;OPOS=33963424;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:72:24:25:42:47:0.652778:25:17:9:15:25:22:10:15 chr16 33963427 . T C 397.13 PASS AF=0.583333;AO=33;DP=66;FAO=42;FDP=72;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.00442143;FXX=0.0769132;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.761;QD=22.0625;RBI=0.0155894;REFB=-0.0131278;REVB=0.0149492;RO=27;SAF=14;SAR=19;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0452127;STB=0.555529;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00717098;OID=.;OPOS=33963427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:72:27:30:33:42:0.583333:19:14:10:17:21:21:11:19 chr16 33963437 . T C 738.01 PASS AF=0.681319;AO=61;DP=91;FAO=62;FDP=91;FR=.;FRO=29;FSAF=29;FSAR=33;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=0.00997339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=110.919;QD=32.4401;RBI=0.0115481;REFB=-0.00840754;REVB=-0.00582156;RO=28;SAF=28;SAR=33;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0814014;STB=0.550683;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.017584;OID=.;OPOS=33963437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:28:29:61:62:0.681319:33:28:9:19:33:29:9:20 chr16 33963445 . A G 934.75 PASS AF=0.75;AO=77;DP=103;FAO=78;FDP=104;FR=.;FRO=26;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.013519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4142;QD=35.952;RBI=0.0385566;REFB=-0.0199574;REVB=-0.0361088;RO=26;SAF=36;SAR=41;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0761009;STB=0.538912;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.00529769;OID=.;OPOS=33963445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:26:26:77:78:0.75:41:36:8:18:42:36:8:18 chr16 33963477 . GTTT AGAC,GTTC 765.25 PASS AF=0.56044,0.153846;AO=49,14;DP=92;FAO=51,14;FDP=91;FR=.;FRO=26;FSAF=20,8;FSAR=31,6;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00809859,0.0341009;FXX=0.0319115;HRUN=1,3;LEN=4,1;MLLD=183.861,110.211;QD=33.6373;RBI=0.0271305,0.0457632;REFB=-0.00249419,-0.00781319;REVB=0.0258936,0.0305188;RO=26;SAF=20,8;SAR=29,6;SRF=8;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.06737,0.28395;STB=0.530291,0.666444;STBP=0.52,0.144;TYPE=mnp,snp;VARB=0.000236892,-0.0115276;OID=.,.;OPOS=33963477,33963480;OREF=GTTT,T;OALT=AGAC,C;OMAPALT=AGAC,GTTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:91:26:26:49,14:51,14:0.56044,0.153846:29,6:20,8:8:18:31,6:20,8:8:18 chr16 33963490 . T C 550.96 PASS AF=0.56044;AO=51;DP=91;FAO=51;FDP=91;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0236947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5118;QD=24.2181;RBI=0.0618677;REFB=0.0449279;REVB=0.0571504;RO=39;SAF=22;SAR=29;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379193;STB=0.514104;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=-0.0268495;OID=.;OPOS=33963490;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:39:40:51:51:0.56044:29:22:15:24:29:22:16:24 chr16 33963528 . T C 459.21 PASS AF=0.688525;AO=42;DP=61;FAO=42;FDP=61;FR=.;FRO=19;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00384222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.296;QD=30.1124;RBI=0.0410891;REFB=-0.0275625;REVB=0.040909;RO=18;SAF=23;SAR=19;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572786;STB=0.539465;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.00870753;OID=.;OPOS=33963528;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:18:19:42:42:0.688525:19:23:8:10:19:23:8:11 chr16 33963563 . G C 352.17 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=49;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0119683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.439;QD=28.7483;RBI=0.0140757;REFB=-0.00417341;REVB=0.00740853;RO=19;SAF=17;SAR=13;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102842;STB=0.556579;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00137679;OID=.;OPOS=33963563;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:19:19:30:30:0.612245:13:17:8:11:13:17:8:11 chr16 33963571 . T C 266.32 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00650277;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.697;QD=25.982;RBI=0.00744415;REFB=-0.0132767;REVB=-0.00362344;RO=17;SAF=15;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204271;STB=0.613402;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00993094;OID=.;OPOS=33963571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:9:15:6:11:9:15:6:11 chr16 33963591 . T C 43.02 PASS AF=0.21875;AO=7;DP=32;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.00825514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.691;QD=5.37746;RBI=0.00996455;REFB=-0.000562311;REVB=0.00558076;RO=25;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.404629;STB=0.762011;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00239163;OID=.;OPOS=33963591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:32:32:25:25:7:7:0.21875:2:5:9:16:2:5:9:16 chr16 33963595 . A G 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0162339;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.6109;QD=10.3789;RBI=0.0512994;REFB=-0.000358967;REVB=-0.048663;RO=16;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304795;STB=0.683807;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.00125981;OID=.;OPOS=33963595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:3:6:6:10:3:6:6:10 chr16 33963597 . C T 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.00131483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.757;QD=11.1311;RBI=0.00337256;REFB=-0.015121;REVB=0.0031057;RO=17;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306278;STB=0.683837;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0317755;OID=.;OPOS=33963597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:3:7:7:10:3:7:7:10 chr16 33963599 . T C 35.2 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0725971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.04;QD=5.21552;RBI=0.072687;REFB=-0.0112718;REVB=0.00361355;RO=20;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19752;STB=0.649495;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0642462;OID=.;OPOS=33963599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:20:21:6:6:0.222222:2:4:10:10:2:4:10:11 chr16 33963605 . T C 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00712839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0533;QD=9.91666;RBI=0.0238251;REFB=-0.000941135;REVB=-0.0227337;RO=16;SAF=7;SAR=2;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381346;STB=0.749423;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00028674;OID=.;OPOS=33963605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:16:17:9:9:0.346154:2:7:7:9:2:7:7:10 chr16 33963624 . T C 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0099127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.984;QD=12.3288;RBI=0.0242408;REFB=-0.0172793;REVB=0.0221213;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0792561;STB=0.54668;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0162847;OID=.;OPOS=33963624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:4:7:12:5:4:7:12:5 chr16 33963636 . AA GG 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.00570318;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=278.974;QD=13.0911;RBI=0.0134179;REFB=-0.0108408;REVB=0.0121456;RO=20;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498891;STB=0.529366;STBP=0.827;TYPE=mnp;VARB=0.012292;OID=.;OPOS=33963636;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:4:9:13:7:4:9:13:7 chr16 33963643 . CAA C,TAA 79.23 PASS AF=0.272727,0.0606061;AO=9,2;DP=32;FAO=9,2;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=7,2;FSAR=2,0;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00544642,-0.0180221;FXX=0;HRUN=3,2;LEN=2,1;MLLD=43.9094,217.698;QD=9.60398;RBI=0.140454,0.0737944;REFB=-0.00041173,-0.00188493;REVB=-0.140348,-0.0715599;RO=20;SAF=7,2;SAR=2,0;SRF=14;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.114488,0.438113;STB=0.624698,0.993401;STBP=0.435,0.322;TYPE=del,snp;VARB=-0.01372,0.0353376;OID=.,.;OPOS=33963644,33963643;OREF=AA,C;OALT=-,T;OMAPALT=C,TAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:32:33:20:22:9,2:9,2:0.272727,0.0606061:2,0:7,2:14:6:2,0:7,2:14:8 chr16 33963653 . GGGTTTTTA G 46.69 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0157298;FXX=0.0588062;HRUN=3;LEN=8;MLLD=310.893;QD=5.83674;RBI=0.0238005;REFB=-0.0152768;REVB=-0.0178615;RO=14;SAF=7;SAR=2;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117403;STB=0.61376;STBP=0.502;TYPE=del;VARB=0.0187561;OID=.;OPOS=33963654;OREF=GGTTTTTA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28125:9:32:9:32:23:7:2:15:8:46:14:7:2:11:3 chr16 33963678 . C T 400.62 PASS AF=0.815789;AO=31;DP=38;FAO=31;FDP=38;FR=.;FRO=7;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00891771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.411;QD=42.1702;RBI=0.0141723;REFB=-0.000307488;REVB=-0.0110149;RO=6;SAF=19;SAR=12;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03541;STB=0.508016;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=5.00106e-05;OID=.;OPOS=33963678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:6:7:31:31:0.815789:12:19:3:3:12:19:4:3 chr16 33963722 . C G 41.82 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=7;FWDB=-0.00486594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.775;QD=4.28879;RBI=0.0292259;REFB=-0.00423759;REVB=-0.0288179;RO=32;SAF=3;SAR=4;SRF=25;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425938;STB=0.77182;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0276226;OID=.;OPOS=33963722;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:32:32:7:7:0.179487:4:3:25:7:4:3:25:7 chr16 33963732 . A C 49.73 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=7;FWDB=-0.00967492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.779;QD=4.42011;RBI=0.02705;REFB=-0.0101078;REVB=-0.0252606;RO=37;SAF=4;SAR=4;SRF=30;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.404921;STB=0.755083;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0221422;OID=.;OPOS=33963732;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:45:45:37:37:8:8:0.177778:4:4:30:7:4:4:30:7 chr16 33963737 . GC AT,G 252.54 PASS AF=0.208333,0.3125;AO=10,14;DP=48;FAO=10,15;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=6,10;FSAR=4,5;FSRF=22;FSRR=1;FWDB=-0.01424,-0.00216389;FXX=0.020404;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=130.805,174.39;QD=21.045;RBI=0.0151985,0.0225344;REFB=-0.00914369,0.00184827;REVB=0.00531173,0.0224303;RO=22;SAF=6,10;SAR=4,4;SRF=21;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.497221,-0.379748;STB=0.788386,0.727063;STBP=0.192,0.124;TYPE=mnp,del;VARB=0.0140177,-0.00308137;OID=.,.;OPOS=33963737,33963738;OREF=GC,C;OALT=AT,-;OMAPALT=AT,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:48:48:22:23:10,14:10,15:0.208333,0.3125:4,4:6,10:21:1:4,5:6,10:22:1 chr16 33963769 . C A 184.81 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.000590095;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=281.327;QD=26.4014;RBI=0.00739631;REFB=-0.00811829;REVB=0.00737274;RO=10;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199513;STB=0.610988;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.00269054;OID=.;OPOS=33963769;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:11:7:7:3:11:7:7:3 chr16 33963775 . G C 218.57 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00495682;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.3091;QD=23.6296;RBI=0.0269524;REFB=0.0045931;REVB=0.0264927;RO=5;SAF=9;SAR=12;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130694;STB=0.558084;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=-0.0158501;OID=.;OPOS=33963775;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:5:16:21:21:0.567568:12:9:4:1:12:9:9:7 chr16 33963783 . G C,T 624.17 PASS AF=0.490909,0.418182;AO=26,23;DP=54;FAO=27,23;FDP=55;FR=.;FRO=5;FSAF=7,11;FSAR=20,12;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00712304,0.0132954;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=129.312,154.068;QD=45.3941;RBI=0.027174,0.0175515;REFB=0.000753431,0.0131856;REVB=0.0262238,0.011458;RO=5;SAF=6,11;SAR=20,12;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.208059,-0.105252;STB=0.599377,0.557226;STBP=0.027,0.199;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00021708,0.00382817;OID=.,.;OPOS=33963783,33963783;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:54:55:5:5:26,23:27,23:0.490909,0.418182:20,12:6,11:4:1:20,12:7,11:4:1 chr16 33963788 . A C 54.04 PASS AF=0.153846;AO=10;DP=66;FAO=10;FDP=65;FR=.;FRO=55;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=38;FWDB=0.00897741;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.09;QD=3.32568;RBI=0.0224689;REFB=0.00275317;REVB=-0.0205976;RO=54;SAF=5;SAR=5;SRF=16;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258964;STB=0.661249;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.0138671;OID=.;OPOS=33963788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:66:65:54:55:10:10:0.153846:5:5:16:38:5:5:17:38 chr16 33963809 . G C 1044.89 PASS AF=0.857143;AO=74;DP=88;FAO=78;FDP=91;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=64;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0467979;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0149;QD=45.9291;RBI=0.102642;REFB=-0.0318509;REVB=0.0913526;RO=13;SAF=11;SAR=63;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184818;STB=0.578291;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00510358;OID=.;OPOS=33963809;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:88:91:13:13:74:78:0.857143:63:11:7:6:64:14:7:6 chr16 33963816 . TG GA 917.39 PASS AF=0.752475;AO=76;DP=103;FAO=76;FDP=101;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=65;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0187976;FXX=0.0380916;HRUN=1;LEN=2;MLLD=108.941;QD=36.3324;RBI=0.0213239;REFB=-0.0270699;REVB=0.0100676;RO=25;SAF=11;SAR=65;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296141;STB=0.660252;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0115015;OID=.;OPOS=33963816;OREF=TG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:25:25:76:76:0.752475:65:11:14:11:65:11:14:11 chr16 33963822 . A G 1356.59 PASS AF=0.8;AO=104;DP=130;FAO=104;FDP=130;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=88;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.00237567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.962;QD=41.7413;RBI=0.0263294;REFB=-4.48092e-05;REVB=-0.026222;RO=26;SAF=16;SAR=88;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228554;STB=0.622615;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=-4.89976e-05;OID=.;OPOS=33963822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:26:26:104:104:0.8:88:16:14:12:88:16:14:12 chr16 33963839 . GC GCCGTT,TT 2024.99 PASS AF=0.773481,0.0773481;AO=134,14;DP=187;FAO=140,14;FDP=181;FR=.;FRO=27;FSAF=46,14;FSAR=94,0;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00481552,0.00252542;FXX=0.0320838;HRUN=2,2;LEN=4,2;MLLD=186.012,97.6812;QD=44.7512;RBI=0.0085537,0.0282709;REFB=-0.0149391,-0.00331424;REVB=-0.00706941,-0.0281579;RO=28;SAF=41,14;SAR=93,0;SRF=16;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0975468,0.783919;STB=0.540428,0.99899;STBP=0.018,0;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00704828,-0.0422449;OID=.,.;OPOS=33963841,33963839;OREF=-,GC;OALT=CGTT,TT;OMAPALT=GCCGTT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:181:28:27:134,14:140,14:0.773481,0.0773481:93,0:41,14:16:12:94,0:46,14:15:12 chr16 33963855 . T C 4103.34 PASS AF=0.902821;AO=287;DP=319;FAO=288;FDP=319;FR=.;FRO=31;FSAF=92;FSAR=196;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.000520629;FXX=0.0031249;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3199;QD=51.4525;RBI=0.0399117;REFB=-0.0112649;REVB=0.0399083;RO=31;SAF=91;SAR=196;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041826;STB=0.521635;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.000933188;OID=.;OPOS=33963855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:319:319:31:31:287:288:0.902821:196:91:16:15:196:92:16:15 chr16 33963875 . A G 6174.43 PASS AF=0.987654;AO=393;DP=400;FAO=400;FDP=405;FR=.;FRO=5;FSAF=160;FSAR=240;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.00507459;FXX=0.00491388;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.3023;QD=60.982;RBI=0.0866127;REFB=0.027513;REVB=-0.086464;RO=5;SAF=156;SAR=237;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00507766;STB=0.502569;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=-0.000256355;OID=.;OPOS=33963875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:400:405:5:5:393:400:0.987654:237:156:3:2:240:160:3:2 chr16 33963881 . C G 5563.73 PASS AF=0.916268;AO=383;DP=421;FAO=383;FDP=418;FR=.;FRO=35;FSAF=151;FSAR=232;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0041825;FXX=0.00712572;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4694;QD=53.2414;RBI=0.0446034;REFB=-0.00282309;REVB=-0.0444069;RO=35;SAF=151;SAR=232;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024627;STB=0.512953;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00025906;OID=.;OPOS=33963881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:421:418:35:35:383:383:0.916268:232:151:19:16:232:151:19:16 chr16 33963912 . T C 7838.35 PASS AF=0.980658;AO=507;DP=517;FAO=507;FDP=517;FR=.;FRO=10;FSAF=225;FSAR=282;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0120809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3377;QD=60.6449;RBI=0.0220175;REFB=-0.0628251;REVB=0.0184071;RO=10;SAF=225;SAR=282;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583604;STB=0.503058;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00102819;OID=.;OPOS=33963912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:517:517:10:10:507:507:0.980658:282:225:6:4:282:225:6:4 chr16 33963961 . C G 7825.01 PASS AF=0.944245;AO=524;DP=562;FAO=525;FDP=556;FR=.;FRO=31;FSAF=230;FSAR=295;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=0.0460125;FXX=0.010676;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.588;QD=56.295;RBI=0.0460848;REFB=-0.0328922;REVB=-0.0025797;RO=28;SAF=230;SAR=294;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115488;STB=0.50472;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00154952;OID=.;OPOS=33963961;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:562:556:28:31:524:525:0.944245:294:230:9:19:295:230:11:20 chr16 33963975 . A G 7216.25 PASS AF=0.921201;AO=491;DP=533;FAO=491;FDP=533;FR=.;FRO=42;FSAF=221;FSAR=270;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.0120437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=315.629;QD=54.1557;RBI=0.0161949;REFB=-0.00699405;REVB=0.010827;RO=42;SAF=221;SAR=270;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00394963;STB=0.502075;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.000437441;OID=.;OPOS=33963975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:533:533:42:42:491:491:0.921201:270:221:20:22:270:221:20:22 chr16 33963991 . A G 7181.1 PASS AF=0.956088;AO=477;DP=502;FAO=479;FDP=501;FR=.;FRO=22;FSAF=222;FSAR=257;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0311538;FXX=0.00397606;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.859;QD=57.3342;RBI=0.0311541;REFB=0.00413096;REVB=0.000138854;RO=22;SAF=220;SAR=257;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159574;STB=0.508431;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.000496262;OID=.;OPOS=33963991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:502:501:22:22:477:479:0.956088:257:220:6:16:257:222:6:16 chr16 33964017 . A G 5328.66 PASS AF=0.933504;AO=350;DP=380;FAO=365;FDP=391;FR=.;FRO=26;FSAF=165;FSAR=200;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0109892;FXX=0.00255096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1119;QD=54.5131;RBI=0.0119558;REFB=-0.0118492;REVB=-0.00470939;RO=25;SAF=160;SAR=190;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124291;STB=0.507117;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00118261;OID=.;OPOS=33964017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:380:391:25:26:350:365:0.933504:190:160:9:16:200:165:9:17 chr16 33964048 . G A 64.5 PASS AF=0.0821429;AO=23;DP=280;FAO=23;FDP=280;FR=.;FRO=257;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=103;FSRR=154;FWDB=-0.0136694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0939;QD=0.921418;RBI=0.0140443;REFB=-0.00040018;REVB=0.00322354;RO=256;SAF=10;SAR=13;SRF=102;SRR=154;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043351;STB=0.531989;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00198204;OID=.;OPOS=33964048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:280:280:256:257:23:23:0.0821429:13:10:102:154:13:10:103:154 chr16 33964050 . G A 70.83 PASS AF=0.0866426;AO=24;DP=277;FAO=24;FDP=277;FR=.;FRO=253;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=99;FSRR=154;FWDB=-0.0156156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.976;QD=1.02276;RBI=0.0206242;REFB=-0.00284011;REVB=-0.0134725;RO=253;SAF=11;SAR=13;SRF=99;SRR=154;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0806595;STB=0.562239;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0610684;OID=.;OPOS=33964050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:277:277:253:253:24:24:0.0866426:13:11:99:154:13:11:99:154 chr16 33964062 . C T 88.97 PASS AF=0.108597;AO=24;DP=221;FAO=24;FDP=221;FR=.;FRO=197;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=50;FSRR=147;FWDB=-0.0607813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.602;QD=1.61037;RBI=0.0610328;REFB=-0.0131459;REVB=0.00553571;RO=197;SAF=10;SAR=14;SRF=50;SRR=147;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226481;STB=0.657031;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0695615;OID=.;OPOS=33964062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:221:221:197:197:24:24:0.108597:14:10:50:147:14:10:50:147 chr16 33964064 . T C 1757.16 PASS AF=0.706731;AO=142;DP=208;FAO=147;FDP=208;FR=.;FRO=61;FSAF=30;FSAR=117;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=0.00500155;FXX=0.00478446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5037;QD=33.7916;RBI=0.0104816;REFB=-0.0457069;REVB=0.00921132;RO=57;SAF=27;SAR=115;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199275;STB=0.601261;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0188001;OID=.;OPOS=33964064;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:208:208:57:61:142:147:0.706731:115:27:26:31:117:30:28:33 chr16 33964070 . AG GC 1568.96 PASS AF=0.678392;AO=132;DP=199;FAO=135;FDP=199;FR=.;FRO=64;FSAF=30;FSAR=105;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=0.0131775;FXX=0.00994975;HRUN=1;LEN=2;MLLD=125.318;QD=31.5369;RBI=0.014666;REFB=-0.0618447;REVB=0.00643788;RO=62;SAF=27;SAR=105;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196549;STB=0.595944;STBP=0;TYPE=mnp;VARB=0.0305949;OID=.;OPOS=33964070;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:199:62:64:132:135:0.678392:105:27:28:34:105:30:29:35 chr16 33964082 . T C 1631.62 PASS AF=0.697917;AO=131;DP=195;FAO=134;FDP=192;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=101;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=0.0250153;FXX=0.0253794;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.778;QD=33.9921;RBI=0.0315259;REFB=-0.0194802;REVB=0.0191863;RO=59;SAF=30;SAR=101;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156963;STB=0.569833;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0125008;OID=.;OPOS=33964082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:192:59:58:131:134:0.697917:101:30:26:33:101:33:25:33 chr16 33964091 . T C 2631.8 PASS AF=0.92973;AO=142;DP=185;FAO=172;FDP=185;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=51;FSAR=121;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0669637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.248;QD=56.9038;RBI=0.0678813;REFB=-0.0364331;REVB=0.0111235;RO=8;SAF=22;SAR=120;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0634695;STB=0.510743;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0021049;OID=.;OPOS=33964091;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:185:185:8:8:142:172:0.92973:120:22:4:4:121:51:4:4 chr16 33964108 . G C 1022.02 PASS AF=0.615894;AO=92;DP=146;FAO=93;FDP=151;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=65;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.0182884;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=120.97;QD=27.0734;RBI=0.0248741;REFB=-0.0226949;REVB=0.0168598;RO=54;SAF=27;SAR=65;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117654;STB=0.570797;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00407837;OID=.;OPOS=33964108;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:151:54:58:92:93:0.615894:65:27:24:30:65:28:27:31 chr16 33964119 . A G 138.97 PASS AF=0.198347;AO=24;DP=121;FAO=24;FDP=121;FR=.;FRO=97;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=33;FSRR=64;FWDB=0.00342415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.631;QD=4.59392;RBI=0.00432281;REFB=-0.00250668;REVB=0.00263853;RO=96;SAF=15;SAR=9;SRF=32;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.35812;STB=0.716928;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0102699;OID=.;OPOS=33964119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:96:97:24:24:0.198347:9:15:32:64:9:15:33:64 chr16 33964134 . G C 443.15 PASS AF=0.494382;AO=44;DP=89;FAO=44;FDP=89;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0476828;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0515;QD=19.9166;RBI=0.0478335;REFB=-0.00466237;REVB=0.00379407;RO=44;SAF=18;SAR=26;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419909;STB=0.529767;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.0146862;OID=.;OPOS=33964134;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:44:45:44:44:0.494382:26:18:20:24:26:18:21:24 chr16 33964143 . T C 278.11 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0217097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.109;QD=16.3592;RBI=0.0571874;REFB=0.00501513;REVB=-0.0529064;RO=35;SAF=16;SAR=15;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00174305;STB=0.513299;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=-0.00675982;OID=.;OPOS=33964143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:37:31:31:0.455882:15:16:18:17:15:16:20:17 chr16 33964153 . G T 133.6 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=67;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.00475157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.026;QD=7.976;RBI=0.0061956;REFB=0.00116517;REVB=-0.00397593;RO=48;SAF=14;SAR=5;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2989;STB=0.681008;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.00281218;OID=.;OPOS=33964153;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:48:48:19:19:0.283582:5:14:24:24:5:14:24:24 chr16 33964154 . C T 87.39 PASS AF=0.21875;AO=14;DP=64;FAO=14;FDP=64;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=0.00735723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.744;QD=5.46206;RBI=0.0112846;REFB=-0.0084242;REVB=0.00855647;RO=45;SAF=6;SAR=8;SRF=28;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233549;STB=0.646089;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.027148;OID=.;OPOS=33964154;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:64:64:45:50:14:14:0.21875:8:6:28:17:8:6:31:19 chr16 33964168 . G A 90.99 PASS AF=0.233333;AO=15;DP=61;FAO=14;FDP=60;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=16;FWDB=-0.0164029;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.782;QD=6.06604;RBI=0.0171884;REFB=-0.00491336;REVB=0.00513685;RO=46;SAF=6;SAR=9;SRF=30;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.300259;STB=0.715623;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.021303;OID=.;OPOS=33964168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:61:60:46:46:15:14:0.233333:9:6:30:16:9:5:30:16 chr16 33964170 . C A,G 43.33 PASS AF=0.08,0.08;AO=4,4;DP=50;FAO=4,4;FDP=50;FR=.;FRO=42;FSAF=1,1;FSAR=3,3;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.00805458,-0.00760738;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=196.982,152.364;QD=3.46658;RBI=0.0165358,0.0178846;REFB=-0.00497608,-0.00925254;REVB=-0.0144415,-0.016186;RO=42;SAF=1,1;SAR=3,3;SRF=24;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.33359,-0.33359;STB=0.779917,0.779917;STBP=0.301,0.301;TYPE=snp,snp;VARB=0.0647734,0.0170945;OID=.,.;OPOS=33964170,33964170;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:19:50:50:42:42:4,4:4,4:0.08,0.08:3,3:1,1:24:18:3,3:1,1:24:18 chr16 33964196 . T C 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00252638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.755;QD=14.4904;RBI=0.018869;REFB=-0.00375196;REVB=-0.0186991;RO=30;SAF=14;SAR=5;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238507;STB=0.639267;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00418559;OID=.;OPOS=33964196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:5:14:16:14:5:14:16:14 chr16 33964202 . C T 240.3 PASS AF=0.5;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00327289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.342;QD=20.8959;RBI=0.0399336;REFB=-0.00558289;REVB=-0.0397993;RO=22;SAF=14;SAR=9;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056904;STB=0.544708;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.00957339;OID=.;OPOS=33964202;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:22:23:23:23:0.5:9:14:12:10:9:14:12:11 chr16 33964204 . T G 79.69 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0262051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.673;QD=6.92995;RBI=0.038867;REFB=-0.00077148;REVB=-0.0287043;RO=33;SAF=5;SAR=6;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18014;STB=0.609182;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.00407082;OID=.;OPOS=33964204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:46:33:35:11:11:0.23913:6:5:20:13:6:5:21:14 chr16 33964238 . T G 52.48 PASS AF=0.228571;AO=8;DP=35;FAO=8;FDP=35;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0117032;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.046;QD=5.99731;RBI=0.0370296;REFB=-0.00365521;REVB=-0.0351315;RO=24;SAF=6;SAR=2;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171073;STB=0.666223;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.0589914;OID=.;OPOS=33964238;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:35:35:24:27:8:8:0.228571:2:6:15:9:2:6:15:12 chr16 33965449 . G C 90.6 PASS AF=0.208333;AO=15;DP=71;FAO=15;FDP=72;FR=.;FRO=57;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=22;FWDB=0.0259395;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.7131;QD=5.03328;RBI=0.0275013;REFB=-0.0100163;REVB=0.00913599;RO=56;SAF=5;SAR=10;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332474;STB=0.714014;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0367853;OID=.;OPOS=33965449;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:71:72:56:57:15:15:0.208333:10:5:34:22:10:5:35:22 chr16 33965456 . T C 187.61 PASS AF=0.347826;AO=24;DP=69;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=16;FWDB=-0.000727528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0988;QD=10.8759;RBI=0.0231779;REFB=-0.0187766;REVB=0.0231665;RO=44;SAF=9;SAR=15;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285884;STB=0.67124;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.019419;OID=.;OPOS=33965456;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:45:24:24:0.347826:15:9:28:16:15:9:29:16 chr16 33965459 . C T 91.51 PASS AF=0.211268;AO=15;DP=70;FAO=15;FDP=71;FR=.;FRO=56;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=0.0197475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7306;QD=5.15527;RBI=0.0312615;REFB=-0.00419595;REVB=-0.0242346;RO=53;SAF=5;SAR=10;SRF=32;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32753;STB=0.708824;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0203391;OID=.;OPOS=33965459;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:70:71:53:56:15:15:0.211268:10:5:32:21:10:5:34:22 chr16 33965460 . G A 30.7 PASS AF=0.0985915;AO=8;DP=69;FAO=7;FDP=71;FR=.;FRO=64;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=36;FSRR=28;FWDB=0.064343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.077;QD=1.72974;RBI=0.06565;REFB=0.000801557;REVB=0.0130345;RO=61;SAF=3;SAR=5;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213803;STB=0.618716;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=-0.00272688;OID=.;OPOS=33965460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:69:71:61:64:8:7:0.0985915:5:3:34:27:4:3:36:28 chr16 33965470 . G A 48.87 PASS AF=0.133333;AO=10;DP=75;FAO=10;FDP=75;FR=.;FRO=65;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=26;FWDB=-0.0326218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4892;QD=2.60636;RBI=0.0363888;REFB=-0.00248807;REVB=0.0161235;RO=65;SAF=1;SAR=9;SRF=39;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.588345;STB=0.910616;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0164339;OID=.;OPOS=33965470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:75:75:65:65:10:10:0.133333:9:1:39:26:9:1:39:26 chr16 33965489 . A T 39.23 PASS AF=0.121212;AO=8;DP=66;FAO=8;FDP=66;FR=.;FRO=58;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=27;FWDB=0.0776797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5033;QD=2.37751;RBI=0.109748;REFB=0.00861201;REVB=0.0775277;RO=58;SAF=3;SAR=5;SRF=31;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189052;STB=0.638753;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=-0.0464735;OID=.;OPOS=33965489;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:66:66:58:58:8:8:0.121212:5:3:31:27:5:3:31:27 chr16 33965493 . T C 37.82 PASS AF=0.115942;AO=8;DP=69;FAO=8;FDP=69;FR=.;FRO=61;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=33;FSRR=28;FWDB=0.000494709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0018;QD=2.19239;RBI=0.00702561;REFB=-0.0143104;REVB=-0.00700817;RO=61;SAF=3;SAR=5;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195308;STB=0.644803;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0531577;OID=.;OPOS=33965493;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:69:69:61:61:8:8:0.115942:5:3:33:28:5:3:33:28 chr16 33965496 . A T 36.5 PASS AF=0.117647;AO=8;DP=68;FAO=8;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=60;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.00147216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.3788;QD=2.14678;RBI=0.154943;REFB=-0.0152987;REVB=-0.154936;RO=49;SAF=3;SAR=5;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304155;STB=0.638343;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.123297;OID=.;OPOS=33965496;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:68:68:49:60:8:8:0.117647:5:3:31:18:5:3:32:28 chr16 33965505 . C T 110.36 PASS AF=0.239437;AO=17;DP=71;FAO=17;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.010617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.861;QD=6.21735;RBI=0.0393763;REFB=-0.00200194;REVB=-0.037918;RO=54;SAF=3;SAR=14;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.484366;STB=0.801713;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00630703;OID=.;OPOS=33965505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:54:54:17:17:0.239437:14:3:30:24:14:3:30:24 chr16 33965507 . G C 183.57 PASS AF=0.324324;AO=24;DP=74;FAO=24;FDP=74;FR=.;FRO=50;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.0299426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.201;QD=9.92253;RBI=0.0313651;REFB=-0.00909291;REVB=-0.00933858;RO=49;SAF=11;SAR=13;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0361578;STB=0.528193;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0212508;OID=.;OPOS=33965507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:49:50:24:24:0.324324:13:11:24:25:13:11:25:25 chr16 33965533 . A C 259.65 PASS AF=0.453125;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0149869;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6119;QD=16.2284;RBI=0.0152696;REFB=-0.0079485;REVB=0.00292507;RO=34;SAF=14;SAR=15;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0446828;STB=0.532808;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.00641889;OID=.;OPOS=33965533;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:34:35:29:29:0.453125:15:14:18:16:15:14:19:16 chr16 33965538 . A G 235.0 PASS AF=0.442623;AO=26;DP=60;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00538194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.938;QD=15.4095;RBI=0.0212473;REFB=0.000833025;REVB=-0.0205544;RO=34;SAF=13;SAR=13;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0293531;STB=0.506078;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=-0.000917514;OID=.;OPOS=33965538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:34:34:26:27:0.442623:13:13:18:16:13:14:18:16 chr16 33965539 . G GC 54.53 PASS AF=0.288462;AO=16;DP=61;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0013746;FXX=0.118624;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.8277;QD=4.19453;RBI=0.0621519;REFB=-0.0637961;REVB=-0.0621367;RO=45;SAF=10;SAR=6;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165882;STB=0.562416;STBP=0.589;TYPE=ins;VARB=0.0744329;OID=.;OPOS=33965540;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.288462:16:61:15:52:37:9:6:19:18:54:45:10:6:22:23 chr16 33965542 . C T 34.41 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=62;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0108311;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.172;QD=2.21978;RBI=0.0150949;REFB=0.00307301;REVB=-0.010514;RO=51;SAF=4;SAR=3;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499634;STB=0.555397;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.0228906;OID=.;OPOS=33965542;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:62:62:51:55:7:7:0.112903:3:4:27:24:3:4:28:27 chr16 33965553 . CAG CA,CG,CGG 493.49 PASS AF=0.52459,0.344262,0.0327869;AO=14,9,12;DP=61;FAO=32,21,2;FDP=61;FR=.;FRO=6;FSAF=16,8,1;FSAR=16,13,1;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0551259,-0.00609343,-0.00643462;FXX=0;HRUN=3,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=13.2516,134.669,141.912;QD=32.3603;RBI=0.974471,0.0175132,0.0948991;REFB=-0.172334,0.000153585,0.0067749;REVB=0.972911,-0.016419,-0.0946807;RO=19;SAF=14,8,1;SAR=0,1,11;SRF=5;SRR=14;SSEN=0.396318,0,0;SSEP=0.346804,0,0;SSSB=0.841887,0.662385,-0.365445;STB=0.552599,0.601326,0.748118;STBP=0.132,0.076,0.731;TYPE=del,del,snp;VARB=0.10779,0.00134291,-0.0247676;OID=.,.,.;OPOS=33965555,33965554,33965554;OREF=G,A,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=CA,CG,CGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.52459,0.344262,0.0327869:14,9,12:61:32,21,2:61:6:16,8,1:16,13,1:5:1:99:19:14,8,1:0,1,11:5:14 chr16 33965560 . TT AC,AT 245.75 PASS AF=0.344828,0.137931;AO=20,8;DP=61;FAO=20,8;FDP=58;FR=.;FRO=30;FSAF=9,5;FSAR=11,3;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0138027,-0.00590555;FXX=0.0491723;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=217.421,234.388;QD=16.948;RBI=0.0139345,0.00710457;REFB=-0.00888404,-0.00853209;REVB=0.00191207,0.00394961;RO=29;SAF=9,5;SAR=11,3;SRF=15;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0692642,0.131311;STB=0.54995,0.574136;STBP=0.569,0.643;TYPE=mnp,snp;VARB=0.012767,0.00637086;OID=.,.;OPOS=33965560,33965560;OREF=TT,T;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:58:29:30:20,8:20,8:0.344828,0.137931:11,3:9,5:15:14:11,3:9,5:16:14 chr16 34984257 . C T 45.66 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0316675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=284.432;QD=8.69786;RBI=0.0323319;REFB=-0.00922596;REVB=-0.00652113;RO=14;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226678;STB=0.639616;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0248459;OID=.;OPOS=34984257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:14:14:7:7:0.333333:3:4:5:9:3:4:5:9 chr16 46565019 . T G 770.98 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0176422;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.614;QD=55.0697;RBI=0.0266788;REFB=-0.0842855;REVB=0.0200128;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50746;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000184475;OID=.;OPOS=46565019;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:22:33:0:0:22:33:1:0 chr16 46590024 . T C 613.39 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.9991;QD=61.3385;RBI=0.0386132;REFB=0;REVB=-0.0363704;RO=0;SAF=15;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000511876;OID=.;OPOS=46590024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:23:15:0:0:24:16:0:0 chr16 46642286 . G A 367.88 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0337327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6995;QD=54.5014;RBI=0.055064;REFB=0;REVB=0.0435218;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111723;OID=.;OPOS=46642286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:10:15:0:0:12:15:0:0 chr16 46655210 . A G 316.94 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0369547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.807;QD=52.8236;RBI=0.0638863;REFB=0;REVB=0.0521134;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000841759;OID=.;OPOS=46655210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:9:14:0:0:10:14:0:0 chr16 46696284 . G A 789.23 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.276;QD=56.3738;RBI=0.0119081;REFB=0;REVB=-0.00375091;RO=0;SAF=16;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.22487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.46088e-05;OID=.;OPOS=46696284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:38:16:0:0:38:18:0:0 chr16 46741595 . T C 275.07 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.00396354;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.0197;QD=15.4971;RBI=0.00939682;REFB=-0.00352567;REVB=0.00852001;RO=39;SAF=10;SAR=21;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169443;STB=0.501557;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.00627611;OID=.;OPOS=46741595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:40:31:31:0.43662:21:10:12:27:21:10:13:27 chr16 46773999 . C A 913.71 PASS AF=0.956522;AO=62;DP=65;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.059282;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.3382;QD=52.9686;RBI=0.0667882;REFB=-0.0864345;REVB=-0.0307622;RO=3;SAF=37;SAR=25;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0063283;STB=0.502101;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0126544;OID=.;OPOS=46773999;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:65:69:3:3:62:66:0.956522:25:37:2:1:25:41:2:1 chr16 47001499 . C T 259.55 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=21;FWDB=-0.00154989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.865;QD=11.9335;RBI=0.00304404;REFB=-0.0169976;REVB=-0.00261993;RO=55;SAF=16;SAR=15;SRF=35;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134791;STB=0.570425;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0297689;OID=.;OPOS=47001499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:55:56:31:31:0.356322:15:16:35:20:15:16:35:21 chr16 48122582 . G A 1356.35 PASS AF=0.957447;AO=88;DP=92;FAO=90;FDP=94;FR=.;FRO=4;FSAF=43;FSAR=47;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0414205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.6017;QD=57.7168;RBI=0.0415056;REFB=-0.0712953;REVB=0.00265692;RO=4;SAF=42;SAR=46;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0224638;STB=0.511592;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0232918;OID=.;OPOS=48122582;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:92:94:4:4:88:90:0.957447:46:42:3:1:47:43:3:1 chr16 48234327 . C T 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00293269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.312;QD=24.0275;RBI=0.0291142;REFB=-0.00996075;REVB=0.0289662;RO=8;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0971129;STB=0.554715;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00505193;OID=.;OPOS=48234327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:5:9:4:4:5:9:4:4 chr16 48258198 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0192011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.994;QD=53.2771;RBI=0.0440527;REFB=0;REVB=0.0396479;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114686;OID=.;OPOS=48258198;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr16 48395538 . CA C 78.42 PASS AF=0.4375;AO=16;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0884499;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.3199;QD=6.53482;RBI=0.121024;REFB=-0.032045;REVB=-0.0826043;RO=28;SAF=1;SAR=15;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.686493;STB=0.782301;STBP=0.001;TYPE=del;VARB=0.0618045;OID=.;OPOS=48395539;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:16:48:21:48:27:3:18:15:12:78:28:1:15:17:11 chr16 49670525 . G T 185.81 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00494788;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=283.75;QD=19.0577;RBI=0.0230613;REFB=0.00884193;REVB=-0.0225243;RO=20;SAF=12;SAR=7;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179952;STB=0.510193;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=-0.0101923;OID=.;OPOS=49670525;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:7:12:13:7:7:12:13:7 chr16 49672520 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.519;QD=55.0984;RBI=0.0479155;REFB=0;REVB=-0.0459856;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000753342;OID=.;OPOS=49672520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr16 50059279 . C A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302374;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=264.862;QD=46.848;RBI=0.0341845;REFB=0;REVB=0.0159462;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166115;OID=.;OPOS=50059279;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr16 50069312 . C G,T 731.88 PASS AF=0.957447,0.0425532;AO=45,2;DP=47;FAO=45,2;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=30,1;FSAR=15,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184547,-4.07528e-05;FXX=0.020829;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=61.0357,165.375;QD=62.2875;RBI=0.0386913,0.000568873;REFB=0,0;REVB=-0.0340064,-0.000567411;RO=0;SAF=30,1;SAR=15,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00034055,-0.0406733;OID=.,.;OPOS=50069312,50069312;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:47:47:0:0:45,2:45,2:0.957447,0.0425532:15,1:30,1:0:0:15,1:30,1:0:0 chr16 50069772 . A G 885.42 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00174787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.75;QD=58.0605;RBI=0.00695226;REFB=0;REVB=-0.00672895;RO=0;SAF=29;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.78993e-05;OID=.;OPOS=50069772;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:32:29:0:0:32:29:0:0 chr16 50071011 . C CTTTAG,G 184.38 PASS AF=0.75,0.15;AO=13,3;DP=20;FAO=15,3;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=3,0;FSAR=12,3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0761209,0.0155898;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=5,1;MLLD=257.744,68.2004;QD=36.8764;RBI=0.0767358,0.0272093;REFB=0.0121659,-0.0180594;REVB=-0.00969488,0.0223003;RO=2;SAF=3,0;SAR=10,3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0860742,-0.692188;STB=0.551651,0.994603;STBP=0.368,0.202;TYPE=ins,snp;VARB=0.006803,0.0952901;OID=.,.;OPOS=50071012,50071011;OREF=-,C;OALT=TTTAG,G;OMAPALT=CTTTAG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:20:20:2:2:13,3:15,3:0.75,0.15:10,3:3,0:1:1:12,3:3,0:1:1 chr16 50106594 . T C 1417.81 PASS AF=0.978947;AO=92;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0657708;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.366;QD=59.6974;RBI=0.0755804;REFB=-0.183891;REVB=-0.0372371;RO=2;SAF=29;SAR=63;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315692;STB=0.516126;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.00967048;OID=.;OPOS=50106594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:2:2:92:93:0.978947:63:29:2:0:63:30:2:0 chr16 50263762 . G A 190.85 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.532;QD=47.7121;RBI=0.0395663;REFB=0;REVB=-0.00702827;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186595;OID=.;OPOS=50263762;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:8:7:0:0:8:8:0:0 chr16 50265818 . C T 322.69 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.110001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2288;QD=53.7813;RBI=0.120562;REFB=0;REVB=-0.0493466;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00155791;OID=.;OPOS=50265818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:17:6:0:0:17:7:0:0 chr16 50322106 . C T 94.05 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0243999;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.651;QD=13.9328;RBI=0.0270862;REFB=-0.00495551;REVB=0.0117605;RO=15;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484683;STB=0.528254;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00717483;OID=.;OPOS=50322106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:28:27:15:15:12:12:0.444444:7:5:7:8:7:5:7:8 chr16 50326661 . A G 739.93 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.136;QD=56.9179;RBI=0.0389205;REFB=0;REVB=-0.000424102;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107996;OID=.;OPOS=50326661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr16 50642201 . GT CA,CT 753.43 PASS AF=0.0416667,0.958333;AO=2,46;DP=49;FAO=2,46;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=0,12;FSAR=2,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267455,0.0697653;FXX=0.020404;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=78.7299,55.1214;QD=62.7856;RBI=0.0340777,0.0697751;REFB=0,0;REVB=-0.021118,0.00117299;RO=0;SAF=0,12;SAR=2,34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.12678e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0686836,0.000913189;OID=.,.;OPOS=50642201,50642201;OREF=GT,G;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:49:48:0:0:2,46:2,46:0.0416667,0.958333:2,34:0,12:0:0:2,34:0,12:0:0 chr16 50733859 . C G 287.96 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=46;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0219085;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.355;QD=25.0397;RBI=0.0255576;REFB=-0.0356136;REVB=-0.0131608;RO=20;SAF=14;SAR=12;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223757;STB=0.623671;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0285981;OID=.;OPOS=50733859;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:20:26:26:0.565217:12:14:5:15:12:14:5:15 chr16 50831760 . T G 262.14 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0158368;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=315.393;QD=25.5743;RBI=0.0218255;REFB=-0.0208113;REVB=-0.0150183;RO=17;SAF=10;SAR=14;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851636;STB=0.547285;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.0148226;OID=.;OPOS=50831760;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:14:10:9:8:14:10:9:8 chr16 51171175 . C T 840.25 PASS AF=1;AO=58;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417125;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7892;QD=56.9658;RBI=0.0575844;REFB=0;REVB=-0.0396993;RO=1;SAF=23;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200666;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207583;OID=.;OPOS=51171175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:1:0:58:59:1:35:23:1:0:35:24:0:0 chr16 51173559 . G A 178.93 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0419149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.904;QD=15.2278;RBI=0.0621483;REFB=0.00186246;REVB=0.0458863;RO=28;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137298;STB=0.578983;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.00552441;OID=.;OPOS=51173559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:9:10:11:17:9:10:11:17 chr16 51705448 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.288;QD=51.1839;RBI=0.023736;REFB=0;REVB=-0.00415464;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000258334;OID=.;OPOS=51705448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr16 52472421 . A ATTTCT 212.4 PASS AF=0.423729;AO=23;DP=61;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00186833;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=5;MLLD=282.607;QD=14.4002;RBI=0.017145;REFB=-0.00176249;REVB=-0.0170429;RO=34;SAF=17;SAR=6;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149154;STB=0.61879;STBP=0.163;TYPE=ins;VARB=0.00200637;OID=.;OPOS=52472422;OREF=-;OALT=TTTCT;OMAPALT=ATTTCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.423729:23:61:25:59:34:19:6:20:14:99:34:17:6:21:13 chr16 52473263 . A G 43.65 PASS AF=0.75;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=8;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.181;QD=21.8229;RBI=0.0102168;REFB=-0.016868;REVB=0.0102168;RO=1;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0074173;OID=.;OPOS=52473263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:6:8:1:2:5:6:0.75:5:0:0:1:6:0:0:2 chr16 52478206 . C T 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00457885;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.672;QD=16.7848;RBI=0.0177068;REFB=-0.00682888;REVB=-0.0171045;RO=33;SAF=20;SAR=9;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259925;STB=0.646547;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0106775;OID=.;OPOS=52478206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:9:20:14:19:9:20:14:19 chr16 52478215 . C T 260.15 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0147424;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.669;QD=16.7836;RBI=0.0155526;REFB=-0.0115623;REVB=0.00495434;RO=33;SAF=20;SAR=9;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259925;STB=0.646547;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0133747;OID=.;OPOS=52478215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:9:20:14:19:9:20:14:19 chr16 53262964 . C T 657.96 PASS AF=0.388601;AO=73;DP=195;FAO=75;FDP=193;FR=.;FRO=118;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=49;FSRR=69;FWDB=-0.00539873;FXX=0.0203035;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1588;QD=13.6364;RBI=0.00992912;REFB=-0.0114776;REVB=-0.00833314;RO=104;SAF=34;SAR=39;SRF=44;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0451167;STB=0.531699;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.01845;OID=.;OPOS=53262964;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:193:104:118:73:75:0.388601:39:34:44:60:40:35:49:69 chr16 53341748 . T G 808.41 PASS AF=1;AO=40;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00971328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0524;QD=56.7304;RBI=0.0119849;REFB=0;REVB=0.0070207;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00146952;OID=.;OPOS=53341748;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:40:57:1:25:15:0:0:26:31:0:0 chr16 53360677 . AAC A 152.56 PASS AF=0.421053;AO=23;DP=55;FAO=24;FDP=57;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.00674976;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=2;MLLD=283.958;QD=10.7056;RBI=0.00990353;REFB=0.00185995;REVB=-0.00724712;RO=30;SAF=13;SAR=10;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0353687;STB=0.531889;STBP=0.675;TYPE=del;VARB=-0.00237366;OID=.;OPOS=53360678;OREF=AC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:23:55:24:57:33:14:10:21:12:99:30:13:10:18:12 chr16 53396356 . T C 786.62 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.042457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3265;QD=55.2012;RBI=0.0500892;REFB=0.0212467;REVB=0.026577;RO=1;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192354;STB=0.5102;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00023933;OID=.;OPOS=53396356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:1:1:55:56:0.982456:24:31:0:1:24:32:0:1 chr16 53404203 . C A 638.78 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0378393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8926;QD=59.4218;RBI=0.0701753;REFB=-0.00397822;REVB=-0.0590996;RO=1;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177147;STB=0.509429;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00135567;OID=.;OPOS=53404203;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:26:16:0:1:26:16:0:1 chr16 53514580 . A G 300.64 PASS AF=0.553571;AO=29;DP=54;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0324199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.414;QD=21.4742;RBI=0.0719441;REFB=-0.0238509;REVB=0.0642253;RO=25;SAF=14;SAR=15;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00229955;STB=0.512753;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0219431;OID=.;OPOS=53514580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:25:25:29:31:0.553571:15:14:12:13:17:14:12:13 chr16 53634955 . C T 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0497215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.215;QD=17.6413;RBI=0.073627;REFB=-0.0173693;REVB=-0.0543021;RO=7;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779006;STB=0.545351;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0134518;OID=.;OPOS=53634955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:6:3:3:4:6:3:3:4 chr16 53945351 . G A 411.97 PASS AF=0.561644;AO=40;DP=72;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=3;FSRR=29;FWDB=0.0287018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.4207;QD=22.5735;RBI=0.0291366;REFB=-0.00282972;REVB=-0.00501495;RO=31;SAF=11;SAR=29;SRF=3;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196679;STB=0.607064;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.00315105;OID=.;OPOS=53945351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:31:32:40:41:0.561644:29:11:3:28:30:11:3:29 chr16 54967096 . C A 110.67 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0151367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=263.566;QD=15.265;RBI=0.0267921;REFB=0.0081327;REVB=0.0221065;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228988;STB=0.629967;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.0117721;OID=.;OPOS=54967096;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:9:4:2:14:9:4:2:14 chr16 55325460 . T C 177.36 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0482573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.5294;QD=12.232;RBI=0.0482739;REFB=0.00378065;REVB=-0.00126586;RO=35;SAF=9;SAR=13;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100277;STB=0.513018;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.00681728;OID=.;OPOS=55325460;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:35:36:22:22:0.37931:13:9:14:21:13:9:14:22 chr16 55523705 . T C 174.38 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=60;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0228393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.422;QD=11.6255;RBI=0.0289813;REFB=-0.0177831;REVB=-0.0178404;RO=38;SAF=8;SAR=14;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152646;STB=0.588703;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0386194;OID=.;OPOS=55523705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:38:38:22:22:0.366667:14:8:19:19:14:8:19:19 chr16 55601388 . A G 710.69 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0280415;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.033;QD=54.6688;RBI=0.0426461;REFB=-0.164044;REVB=0.0321304;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.508768;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00074036;OID=.;OPOS=55601388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:51:51:0.980769:28:23:0:0:28:23:0:1 chr16 55806311 . G T 167.32 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=57;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00748404;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=270.358;QD=11.7419;RBI=0.0168506;REFB=-0.00762322;REVB=-0.0150974;RO=36;SAF=11;SAR=10;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346859;STB=0.520115;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0102494;OID=.;OPOS=55806311;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:36:36:21:21:0.368421:10:11:20:16:10:11:20:16 chr16 55806409 . T C 259.34 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=32;FWDB=0.0636718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0292;QD=14.2104;RBI=0.065021;REFB=-0.00491183;REVB=-0.0131771;RO=41;SAF=12;SAR=18;SRF=11;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145236;STB=0.591659;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.00624962;OID=.;OPOS=55806409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:43:30:30:0.410959:18:12:11:30:18:12:11:32 chr16 55844927 . A C 55.53 PASS AF=0.275862;AO=2;DP=24;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.0112438;FXX=0.0644953;HRUN=14;LEN=1;MLLD=111.675;QD=7.65942;RBI=0.0334847;REFB=-0.00603196;REVB=0.0315405;RO=0;SAF=0;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517198;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00383418;OID=.;OPOS=55844927;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:24:29:0:21:2:8:0.275862:2:0:0:0:4:4:11:10 chr16 55862691 . G A 118.96 PASS AF=0.246575;AO=18;DP=73;FAO=18;FDP=73;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=-0.0192254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.076;QD=6.51806;RBI=0.0236522;REFB=-0.00927237;REVB=-0.0137772;RO=55;SAF=8;SAR=10;SRF=30;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123412;STB=0.575674;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0256802;OID=.;OPOS=55862691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:55:55:18:18:0.246575:10:8:30:25:10:8:30:25 chr16 55862717 . T C 105.68 PASS AF=0.21519;AO=17;DP=79;FAO=17;FDP=79;FR=.;FRO=62;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=25;FWDB=-0.00406336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.736;QD=5.35075;RBI=0.00547928;REFB=0.000260531;REVB=-0.00367582;RO=62;SAF=9;SAR=8;SRF=37;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851271;STB=0.553322;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=-0.00169387;OID=.;OPOS=55862717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:62:62:17:17:0.21519:8:9:37:25:8:9:37:25 chr16 55862720 . T C 79.43 PASS AF=0.181818;AO=14;DP=77;FAO=14;FDP=77;FR=.;FRO=63;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.00526699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.202;QD=4.12629;RBI=0.00832663;REFB=-0.00120662;REVB=0.00644915;RO=63;SAF=8;SAR=6;SRF=37;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0203752;STB=0.513289;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.00395811;OID=.;OPOS=55862720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:77:77:63:63:14:14:0.181818:6:8:37:26:6:8:37:26 chr16 55862762 . C G 97.27 PASS AF=0.193182;AO=15;DP=87;FAO=17;FDP=88;FR=.;FRO=71;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=-0.000260292;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.588;QD=4.42115;RBI=0.0155096;REFB=-0.0064718;REVB=-0.0155074;RO=72;SAF=8;SAR=7;SRF=38;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00700477;STB=0.504692;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0279669;OID=.;OPOS=55862762;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:87:88:72:71:15:17:0.193182:7:8:38:34:8:9:38:33 chr16 55862791 . T C 100.22 PASS AF=0.184783;AO=17;DP=92;FAO=17;FDP=92;FR=.;FRO=75;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=37;FSRR=38;FWDB=0.00183499;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.141;QD=4.35723;RBI=0.00873175;REFB=0.00124513;REVB=-0.00853676;RO=74;SAF=9;SAR=8;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0370725;STB=0.529377;STBP=0.815;TYPE=snp;VARB=-0.00627752;OID=.;OPOS=55862791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:74:75:17:17:0.184783:8:9:37:37:8:9:37:38 chr16 55862824 . C T 68.36 PASS AF=0.156627;AO=13;DP=83;FAO=13;FDP=83;FR=.;FRO=70;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=0.0279097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3483;QD=3.2946;RBI=0.0533946;REFB=9.43813e-06;REVB=-0.0455196;RO=69;SAF=6;SAR=7;SRF=34;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390049;STB=0.532418;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.000725021;OID=.;OPOS=55862824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:83:83:69:70:13:13:0.156627:7:6:34:35:7:6:35:35 chr16 55862836 . G A 69.14 PASS AF=0.184211;AO=9;DP=71;FAO=14;FDP=76;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=29;FWDB=-0.0152192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.557;QD=3.63869;RBI=0.0161558;REFB=-0.00815382;REVB=-0.00542113;RO=61;SAF=2;SAR=7;SRF=32;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369345;STB=0.526278;STBP=0.842;TYPE=snp;VARB=0.0494501;OID=.;OPOS=55862836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:71:76:61:62:9:14:0.184211:7:2:32:29:7:7:33:29 chr16 55862883 . C A 41.96 PASS AF=0.131148;AO=8;DP=61;FAO=8;FDP=61;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.00451966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=236.811;QD=2.75146;RBI=0.0313984;REFB=-0.00575111;REVB=-0.0310714;RO=53;SAF=4;SAR=4;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567676;STB=0.540882;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0373772;OID=.;OPOS=55862883;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:61:61:53:53:8:8:0.131148:4:4:24:29:4:4:24:29 chr16 55866894 . T TA 278.86 PASS AF=0.604651;AO=20;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00724653;FXX=0.0227221;HRUN=0;LEN=1;MLLD=252.498;QD=25.9406;RBI=0.0278338;REFB=-0.0211488;REVB=-0.0268739;RO=20;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444401;STB=0.534857;STBP=0.561;TYPE=ins;VARB=0.0141581;OID=.;OPOS=55866895;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.604651:20:43:26:43:17:13:13:7:10:99:20:9:11:10:10 chr16 55880480 . A C 172.19 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=3;FWDB=0.0267;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=62.0912;QD=18.6149;RBI=0.0267003;REFB=0.0235901;REVB=-0.000139038;RO=17;SAF=14;SAR=4;SRF=14;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591671;STB=0.550406;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=-0.0135348;OID=.;OPOS=55880480;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:19:18:18:0.486486:4:14:14:3:4:14:16:3 chr16 55880534 . G C 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=-0.00991914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.866;QD=19.976;RBI=0.0171771;REFB=-0.000946081;REVB=-0.0140237;RO=20;SAF=15;SAR=5;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061276;STB=0.53445;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.000732886;OID=.;OPOS=55880534;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:5:15:16:4:5:15:16:4 chr16 55883618 . T C 374.96 PASS AF=0.412371;AO=41;DP=98;FAO=40;FDP=97;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.00636551;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4679;QD=15.4624;RBI=0.0144956;REFB=-0.00115712;REVB=0.0130232;RO=57;SAF=12;SAR=29;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184806;STB=0.619095;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00143408;OID=.;OPOS=55883618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:97:57:57:41:40:0.412371:29:12:26:31:29:11:26:31 chr16 55893483 . G C 102.22 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=37;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=0.00375505;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6765;QD=10.4843;RBI=0.0415731;REFB=-0.00582648;REVB=0.0414032;RO=26;SAF=6;SAR=5;SRF=21;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324615;STB=0.644253;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0155573;OID=.;OPOS=55893483;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:39:26:26:11:13:0.333333:5:6:21:5:5:8:21:5 chr16 55905636 . A G 920.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1771;QD=58.4183;RBI=0.0499982;REFB=0;REVB=-0.00111058;RO=0;SAF=25;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00025598;OID=.;OPOS=55905636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:38:25:0:0:38:25:0:0 chr16 55907811 . C T 249.5 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0542486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.059;QD=19.5689;RBI=0.0551227;REFB=-0.0474547;REVB=-0.00977785;RO=23;SAF=9;SAR=17;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258818;STB=0.626629;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0205325;OID=.;OPOS=55907811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:25:26:26:0.509804:17:9:15:8:17:9:15:10 chr16 56228066 . A G 823.47 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.607;QD=56.7911;RBI=0.0238558;REFB=0;REVB=-0.0129889;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000116453;OID=.;OPOS=56228066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:27:30:0:0:28:30:0:0 chr16 56368689 . C T 708.35 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264952;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.295;QD=62.9642;RBI=0.042314;REFB=0;REVB=0.032992;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169642;OID=.;OPOS=56368689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr16 56379451 . G C 63.02 PASS AF=0.266667;AO=6;DP=31;FAO=8;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0209549;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.112;QD=8.40302;RBI=0.0343732;REFB=-0.0362316;REVB=0.0272472;RO=21;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442528;STB=0.608422;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0871694;OID=.;OPOS=56379451;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:31:30:21:21:6:8:0.266667:5:1:11:10:5:3:11:10 chr16 56379496 . G A 103.52 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0530845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.482;QD=18.8213;RBI=0.0531983;REFB=0.000928159;REVB=0.00347821;RO=10;SAF=4;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217336;STB=0.624787;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=3.04773e-05;OID=.;OPOS=56379496;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:8:4:6:4:8:4:6:4 chr16 56395610 . G A 176.41 PASS AF=0.38;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0101111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.905;QD=14.1131;RBI=0.0104151;REFB=-0.0206792;REVB=-0.00249824;RO=30;SAF=7;SAR=12;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276145;STB=0.649844;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0370242;OID=.;OPOS=56395610;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:30:31:19:19:0.38:12:7:19:11:12:7:19:12 chr16 56500132 . C T 342.16 PASS AF=0.330769;AO=43;DP=128;FAO=43;FDP=130;FR=.;FRO=87;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=65;FWDB=-0.0113116;FXX=0.00763301;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7109;QD=10.5281;RBI=0.0113351;REFB=-0.0150463;REVB=-0.000728915;RO=85;SAF=19;SAR=24;SRF=22;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222504;STB=0.632094;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0276867;OID=.;OPOS=56500132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:85:87:43:43:0.330769:24:19:22:63:24:19:22:65 chr16 56500176 . T A 258.88 PASS AF=0.326733;AO=33;DP=102;FAO=33;FDP=101;FR=.;FRO=68;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=48;FWDB=0.0029855;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.2166;QD=10.2526;RBI=0.0241097;REFB=-0.00810886;REVB=-0.0239242;RO=66;SAF=17;SAR=16;SRF=19;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261854;STB=0.647537;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0228987;OID=.;OPOS=56500176;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:66:68:33:33:0.326733:16:17:19:47:16:17:20:48 chr16 56510299 . A C 130.63 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0114907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4246;QD=22.7188;RBI=0.0128008;REFB=-0.0229019;REVB=0.00564131;RO=9;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0884995;STB=0.549928;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.0110372;OID=.;OPOS=56510299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:8:6:5:4:8:6:5:4 chr16 56545175 . T C 86.92 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.043319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.85;QD=12.8766;RBI=0.0437758;REFB=-0.00659213;REVB=0.00630725;RO=16;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777998;STB=0.546014;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0111751;OID=.;OPOS=56545175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:4:7:9:7:4:7:9:7 chr16 56548501 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00782384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.621;QD=57.2023;RBI=0.0476382;REFB=0;REVB=0.0469913;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000298468;OID=.;OPOS=56548501;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr16 56599092 . TGGGGT CGGGGT,TGGGCT,TGGGT,TGGGTC,TGGGTG 43.59 PASS AF=0.0338983,0.0338983,0.135593,0,0;AO=2,2,13,2,2;DP=55;FAO=2,2,8,0,0;FDP=59;FR=.;FRO=47;FSAF=2,0,2,0,0;FSAR=0,2,6,0,0;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=-0.0287257,-0.085534,-0.0613877,-0.0343461,-0.131291;FXX=0;HRUN=1,4,4,4,4;LEN=1,1,1,2,2;MLLD=117.6,76.9126,12.3464,26.4389,44.6815;QD=2.95547;RBI=0.0325629,0.0985729,0.126529,0.0390743,0.141223;REFB=-0.00484697,-0.0216952,-0.153394,-0.0832419,-0.0235702;REVB=-0.0153354,-0.0489955,-0.110639,0.0186319,-0.0520237;RO=30;SAF=2,0,2,0,2;SAR=0,2,11,2,0;SRF=9;SRR=21;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=0.565343,-0.383498,-0.247845,-0.383498,0.565343;STB=0.996751,0.992946,0.551589,0.5,0.5;STBP=0.045,0.341,0.775,1,1;TYPE=snp,snp,del,mnp,mnp;VARB=0.055179,0.155359,0.193255,0,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=56599092,56599096,56599093,56599096,56599096;OREF=T,G,G,GT,GT;OALT=C,C,-,TC,TG;OMAPALT=CGGGGT,TGGGCT,TGGGT,TGGGTC,TGGGTG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:24:55:59:30:47:2,2,13,2,2:2,2,8,0,0:0.0338983,0.0338983,0.135593,0,0:0,2,11,2,0:2,0,2,0,2:9:21:0,2,6,0,0:2,0,2,0,0:14:33 chr16 56601720 . A G 803.73 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000986313;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.39;QD=55.4298;RBI=0.00377433;REFB=-0.0142835;REVB=0.00364318;RO=1;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145113;STB=0.50769;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.000308908;OID=.;OPOS=56601720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:32:25:0:1:32:25:0:1 chr16 56601722 . T C 758.82 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00201331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.5755;QD=53.2508;RBI=0.0174906;REFB=-0.0703905;REVB=0.0173743;RO=1;SAF=25;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154549;STB=0.501607;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00223869;OID=.;OPOS=56601722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:1:2:55:55:0.964912:30:25:0:1:30:25:1:1 chr16 56667282 . C A 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00925216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.826;QD=16.8839;RBI=0.0104026;REFB=-0.00940705;REVB=0.00475527;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14199;STB=0.594918;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0125921;OID=.;OPOS=56667282;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:17:15:15:0.46875:8:7:10:6:8:7:11:6 chr16 56673227 . C A 107.07 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.149572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4527;QD=22.5419;RBI=0.14989;REFB=-0.0247634;REVB=0.00975858;RO=7;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0463935;STB=0.526272;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00872324;OID=.;OPOS=56673227;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:6:6:3:4:6:6:3:4 chr16 56673249 . T C 55.45 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0136575;FXX=0.142755;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1021;QD=18.4836;RBI=0.0347672;REFB=0.00490033;REVB=-0.0319724;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298189;STB=0.640603;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.0155538;OID=.;OPOS=56673249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:14:12:4:5:7:7:0.583333:5:2:3:1:5:2:3:2 chr16 56673828 . A G 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.012141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=227.567;QD=21.5456;RBI=0.0197086;REFB=-0.0129468;REVB=0.015525;RO=10;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378329;STB=0.713979;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0191671;OID=.;OPOS=56673828;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:10:4:8:2:10:4:8:2 chr16 56686469 . TC T,TT 400.64 PASS AF=0.153846,0.846154;AO=8,18;DP=49;FAO=4,22;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=4,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0342807,0.00647456;FXX=0.469292;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=31.6422,40.6755;QD=61.6362;RBI=0.0533282,0.120601;REFB=0,0;REVB=0.0408502,0.120427;RO=23;SAF=1,14;SAR=7,4;SRF=12;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.513871,0.290801;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00574724,0.0574748;OID=.,.;OPOS=56686470,56686470;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.153846,0.846154:8,18:49:4,22:26:0:0,15:4,7:0:0:11:23:1,14:7,4:12:11 chr16 56686471 . G T 234.29 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0100557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.797;QD=19.126;RBI=0.0114052;REFB=-0.00120716;REVB=-0.00538143;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520241;STB=0.529386;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0264873;OID=.;OPOS=56686471;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:11:12:15:11:11:12:15:11 chr16 56855496 . C G 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.17;QD=61.3356;RBI=0.0500311;REFB=0;REVB=0.0480536;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333755;OID=.;OPOS=56855496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:16:24:0:0:16:24:0:0 chr16 56868700 . A G 708.53 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0609001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.541;QD=62.9804;RBI=0.061167;REFB=0;REVB=0.00570833;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0001662;OID=.;OPOS=56868700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:27:17:0:0:28:17:0:0 chr16 56873495 . C T 623.17 PASS AF=0.564815;AO=62;DP=108;FAO=61;FDP=108;FR=.;FRO=47;FSAF=29;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0552978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9789;QD=23.0802;RBI=0.0588396;REFB=-0.00152586;REVB=0.0201058;RO=45;SAF=29;SAR=33;SRF=17;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0700196;STB=0.54047;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.000785898;OID=.;OPOS=56873495;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:45:47:62:61:0.564815:33:29:17:28:32:29:18:29 chr16 56901065 . A G 222.71 PASS AF=0.42623;AO=25;DP=60;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00439952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.776;QD=14.6038;RBI=0.0379992;REFB=-0.0334547;REVB=0.0377437;RO=35;SAF=12;SAR=13;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933039;STB=0.562766;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.0448699;OID=.;OPOS=56901065;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:35:35:25:26:0.42623:13:12:20:15:14:12:20:15 chr16 56904587 . C G 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.0984;QD=58.5858;RBI=0.045508;REFB=0;REVB=-0.0198997;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383368;OID=.;OPOS=56904587;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr16 56919235 . G A 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0157484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.524;QD=14.1952;RBI=0.0213966;REFB=-0.0241153;REVB=-0.0144845;RO=22;SAF=11;SAR=4;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259214;STB=0.651959;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0305951;OID=.;OPOS=56919235;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:4:11:11:11:4:11:11:11 chr16 56933519 . G A 235.73 PASS AF=0.4375;AO=27;DP=63;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.0199637;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.37;QD=14.7332;RBI=0.0218482;REFB=-0.0145124;REVB=-0.00887657;RO=35;SAF=9;SAR=18;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293915;STB=0.664667;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0189902;OID=.;OPOS=56933519;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:35:36:27:28:0.4375:18:9:22:13:19:9:22:14 chr16 56938387 . C T 102.67 PASS AF=0.258621;AO=15;DP=59;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.00353625;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.6301;QD=7.08042;RBI=0.0110636;REFB=-0.00414386;REVB=-0.0104832;RO=42;SAF=5;SAR=10;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317078;STB=0.512803;STBP=0.938;TYPE=snp;VARB=0.0102225;OID=.;OPOS=56938387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:42:43:15:15:0.258621:10:5:15:27:10:5:15:28 chr16 57005301 . C T 161.46 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0277196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8089;QD=18.9952;RBI=0.0278065;REFB=-0.0280844;REVB=0.00219588;RO=17;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15818;STB=0.589373;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0364284;OID=.;OPOS=57005301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:8:9:12:5:8:9:12:5 chr16 57016092 . G A 398.85 PASS AF=0.633333;AO=38;DP=60;FAO=38;FDP=60;FR=.;FRO=22;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00163231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1439;QD=26.5897;RBI=0.0403682;REFB=-0.018764;REVB=0.0403351;RO=22;SAF=21;SAR=17;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355581;STB=0.519424;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0102538;OID=.;OPOS=57016092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:22:22:38:38:0.633333:17:21:11:11:17:21:11:11 chr16 57060340 . T C 56.65 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.140301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.697;QD=14.163;RBI=0.156634;REFB=0.00662397;REVB=-0.0696408;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631528;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00549686;OID=.;OPOS=57060340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:16:16:7:8:6:6:0.375:3:3:3:4:3:3:4:4 chr16 57060353 . T C 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0540942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.846;QD=15.2589;RBI=0.0541174;REFB=-0.00695355;REVB=-0.00158712;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183303;STB=0.609426;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00854955;OID=.;OPOS=57060353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:5:2:3:3:5:2:3:3 chr16 57068106 . AC GT 276.33 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.000697659;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=2;MLLD=129.274;QD=25.121;RBI=0.00397647;REFB=-0.0145393;REVB=0.00391479;RO=19;SAF=6;SAR=19;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215853;STB=0.620811;STBP=0.083;TYPE=mnp;VARB=0.00946552;OID=.;OPOS=57068106;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:19:19:25:25:0.568182:19:6:9:10:19:6:9:10 chr16 57071113 . TA CG,TG 468.77 PASS AF=0.545455,0.454545;AO=18,15;DP=33;FAO=18,15;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11,2;FSAR=7,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269284,0.0214765;FXX=0.0294031;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=127.632,123.321;QD=56.8203;RBI=0.0797854,0.0462764;REFB=0,0;REVB=-0.0751037,-0.040991;RO=0;SAF=11,2;SAR=7,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0103425,0.0155445;OID=.,.;OPOS=57071113,57071114;OREF=TA,A;OALT=CG,G;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:33:33:0:0:18,15:18,15:0.545455,0.454545:7,13:11,2:0:0:7,13:11,2:0:0 chr16 57073683 . G C 1010.59 PASS AF=1;AO=51;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.56;QD=58.585;RBI=0.0541833;REFB=0;REVB=-0.0506009;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105068;OID=.;OPOS=57073683;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:69:0:0:51:69:1:32:19:0:0:38:31:0:0 chr16 57080528 . C A 138.14 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=53;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=0.0302386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.229;QD=9.69372;RBI=0.0303965;REFB=-0.0085034;REVB=0.00309422;RO=37;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16742;STB=0.655587;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0148277;OID=.;OPOS=57080528;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:57:37:38:15:19:0.333333:9:6:10:27:9:10:11:27 chr16 57091977 . T C 209.99 PASS AF=0.4;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=0.0115927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9569;QD=12.9222;RBI=0.0231864;REFB=-0.0136145;REVB=-0.0200803;RO=38;SAF=12;SAR=14;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0944692;STB=0.523059;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0390375;OID=.;OPOS=57091977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:38:39:26:26:0.4:14:12:21:17:13:13:21:18 chr16 57096110 . T C 224.16 PASS AF=0.440678;AO=25;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.00730578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.78;QD=15.197;RBI=0.0320049;REFB=-0.0142742;REVB=-0.0311599;RO=32;SAF=20;SAR=5;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.495931;STB=0.779692;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0112396;OID=.;OPOS=57096110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:32:33:25:26:0.440678:5:20:10:22:5:21:11:22 chr16 57101340 . T C 120.75 PASS AF=0.4;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0100092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.381;QD=13.7996;RBI=0.0563625;REFB=-0.0489522;REVB=0.0554666;RO=18;SAF=11;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268157;STB=0.626744;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0398165;OID=.;OPOS=57101340;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:18:21:14:14:0.4:3:11:10:8:3:11:13:8 chr16 57101373 . A G 95.69 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.000357082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.455;QD=12.7591;RBI=0.00780394;REFB=-0.0268394;REVB=0.00779576;RO=16;SAF=7;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822464;STB=0.550477;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0265302;OID=.;OPOS=57101373;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:30:30:16:18:12:12:0.4:5:7:8:8:5:7:9:9 chr16 57111232 . C T 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.000221551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.989;QD=11.1041;RBI=0.00927258;REFB=-0.0145725;REVB=0.00926993;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125396;STB=0.576693;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.031436;OID=.;OPOS=57111232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:5:2:4:6:5:2:4:6 chr16 57392733 . A C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0656629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3672;QD=52.6125;RBI=0.0702012;REFB=0;REVB=0.0248313;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0011071;OID=.;OPOS=57392733;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:11:11:0:0:11:11:0:0 chr16 57416695 . CC TA 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0414377;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=243.337;QD=10.3903;RBI=0.0468014;REFB=-0.014397;REVB=-0.021755;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.466707;STB=0.791508;STBP=0.095;TYPE=mnp;VARB=0.0159621;OID=.;OPOS=57416695;OREF=CC;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:6:1:6:5:6:1:6:5 chr16 57499902 . T C 515.86 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3175;QD=57.3177;RBI=0.0993401;REFB=-0.0604497;REVB=0.0925142;RO=1;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267214;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188022;OID=.;OPOS=57499902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:36:36:1:0:35:36:1:17:18:0:1:18:18:0:0 chr16 57503213 . C T 1090.21 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373298;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.5258;QD=60.5674;RBI=0.0432975;REFB=0;REVB=0.0219354;RO=0;SAF=35;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000552619;OID=.;OPOS=57503213;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:37:35:0:0:37:35:0:0 chr16 57507061 . CATT C,CAAC 80.33 PASS AF=0.243243,0.0540541;AO=9,2;DP=37;FAO=9,2;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=6,0;FSAR=3,2;FSRF=21;FSRR=5;FWDB=0.00968215,0.00634997;FXX=0.0749813;HRUN=1,2;LEN=3,2;MLLD=195.938,176.609;QD=8.68439;RBI=0.01492,0.0110128;REFB=-0.00599914,0.000822138;REVB=-0.0113517,0.00899774;RO=24;SAF=6,0;SAR=3,2;SRF=19;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.179191,-0.655236;STB=0.627662,0.997504;STBP=0.492,0.027;TYPE=del,mnp;VARB=-0.00178377,0.0203052;OID=.,.;OPOS=57507062,57507063;OREF=ATT,TT;OALT=-,AC;OMAPALT=C,CAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.243243,0.0540541:9,2:37:9,2:37:26:6,0:3,2:21:5:65:24:6,0:3,2:19:5 chr16 57595999 . A G 251.59 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00352284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.469;QD=17.0567;RBI=0.0276457;REFB=-0.024382;REVB=-0.0274204;RO=31;SAF=12;SAR=16;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052286;STB=0.529391;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0338016;OID=.;OPOS=57595999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:16:12:15:16:16:12:15:16 chr16 57601792 . C T 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00605886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.487;QD=24.328;RBI=0.0175397;REFB=-0.0502041;REVB=-0.01646;RO=2;SAF=5;SAR=2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955799;STB=0.55539;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.023288;OID=.;OPOS=57601792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:2:5:1:1:2:5:1:1 chr16 57689385 . C G 1058.77 PASS AF=1;AO=62;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.305;QD=59.6492;RBI=0.0317229;REFB=0;REVB=0.0297323;RO=0;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180513;OID=.;OPOS=57689385;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:62:71:1:33:29:0:0:38:33:0:0 chr16 57689883 . T C 698.39 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0688123;FXX=0.0192271;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.6879;QD=54.7759;RBI=0.0708294;REFB=-0.0347094;REVB=-0.016783;RO=2;SAF=22;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00380022;STB=0.509087;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000316962;OID=.;OPOS=57689883;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:2:1:49:50:0.980392:27:22:1:1:27:23:0:1 chr16 57698931 . A G 126.78 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0109432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.6339;QD=19.5048;RBI=0.0214038;REFB=-0.0299084;REVB=-0.0183948;RO=10;SAF=10;SAR=4;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378329;STB=0.744344;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0258023;OID=.;OPOS=57698931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:10:12:14:14:0.538462:4:10:2:8:4:10:2:10 chr16 57702274 . G T 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0310074;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.47;QD=13.9591;RBI=0.0310251;REFB=-0.0494163;REVB=0.00104774;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119504;STB=0.571224;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0391344;OID=.;OPOS=57702274;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:4:3:4:3:4:3:4:3 chr16 57722328 . C T 241.69 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0789548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4661;QD=21.9715;RBI=0.0929907;REFB=0.0134996;REVB=0.0491264;RO=21;SAF=10;SAR=13;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469798;STB=0.526293;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.0084097;OID=.;OPOS=57722328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:13:10:8:13:13:10:8:13 chr16 57723752 . A G 263.48 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.00822088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3026;QD=17.565;RBI=0.053714;REFB=-0.00565543;REVB=-0.0530812;RO=31;SAF=17;SAR=12;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254873;STB=0.514276;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00676463;OID=.;OPOS=57723752;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:12:17:19:12:12:17:19:12 chr16 57735900 . G C 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=12;FWDB=-0.00975796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.098;QD=13.8994;RBI=0.00989923;REFB=-0.00987311;REVB=-0.00166641;RO=32;SAF=13;SAR=11;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0850273;STB=0.562814;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0127351;OID=.;OPOS=57735900;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:34:24:24:0.413793:11:13:20:12:11:13:22:12 chr16 57755647 . G A 275.0 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0159465;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.621;QD=21.5686;RBI=0.0167117;REFB=-0.0152001;REVB=0.00499918;RO=23;SAF=15;SAR=13;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598752;STB=0.533216;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0115449;OID=.;OPOS=57755647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:23:23:28:28:0.54902:13:15:14:9:13:15:14:9 chr16 57760824 . C T 246.68 PASS AF=0.84;AO=21;DP=25;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.039739;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.804;QD=39.4692;RBI=0.0542623;REFB=-0.0420156;REVB=0.0369487;RO=4;SAF=10;SAR=11;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153047;STB=0.583255;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00550093;OID=.;OPOS=57760824;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:25:25:4:4:21:21:0.84:11:10:4:0:11:10:4:0 chr16 57762401 . T C 462.22 PASS AF=0.480392;AO=49;DP=100;FAO=49;FDP=102;FR=.;FRO=53;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=38;FSRR=15;FWDB=-0.0242372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9338;QD=18.1264;RBI=0.0371779;REFB=-0.020643;REVB=0.0281914;RO=51;SAF=33;SAR=16;SRF=36;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343776;STB=0.526159;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.0171012;OID=.;OPOS=57762401;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:102:51:53:49:49:0.480392:16:33:36:15:16:33:38:15 chr16 57792852 . TCCACTTGC T 78.78 PASS AF=0.6;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.034972;FXX=0.210416;HRUN=2;LEN=8;MLLD=209.838;QD=21.007;RBI=0.0404425;REFB=-0.0463623;REVB=0.0203114;RO=8;SAF=6;SAR=3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0.299732;SSEP=0;SSSB=0.0371297;STB=0.571265;STBP=0.539;TYPE=del;VARB=0.0346261;OID=.;OPOS=57792853;OREF=CCACTTGC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:9:19:9:15:6:6:3:3:3:46:8:6:3:5:3 chr16 57937788 . T C 347.84 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=79;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.0159283;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7289;QD=17.3921;RBI=0.0219798;REFB=-0.0171062;REVB=0.0151461;RO=42;SAF=14;SAR=23;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499523;STB=0.522715;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0251987;OID=.;OPOS=57937788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:42:43:37:37:0.4625:23:14:18:24:23:14:18:25 chr16 57937856 . G C,T 848.3 PASS AF=0.452055,0.452055;AO=33,33;DP=73;FAO=33,33;FDP=73;FR=.;FRO=7;FSAF=12,10;FSAR=21,23;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0509025,0.0126677;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=29.0144,142.665;QD=46.4823;RBI=0.0550923,0.0134115;REFB=-0.16757,-0.0724386;REVB=0.0210735,0.00440413;RO=5;SAF=11,10;SAR=22,23;SRF=4;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.122478,-0.135203;STB=0.563941,0.579782;STBP=0.081,0.039;TYPE=snp,snp;VARB=0.0482583,0.0164607;OID=.,.;OPOS=57937856,57937856;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:73:73:5:7:33,33:33,33:0.452055,0.452055:22,23:11,10:4:1:21,23:12,10:5:2 chr16 57945668 . G A 207.29 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0168284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.258;QD=24.3868;RBI=0.0255051;REFB=-0.0238563;REVB=0.0191654;RO=13;SAF=7;SAR=13;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033284;STB=0.529576;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0175533;OID=.;OPOS=57945668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:13:14:20:20:0.588235:13:7:4:9:13:7:4:10 chr16 57951247 . T C 515.43 PASS AF=0.578313;AO=48;DP=83;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00932728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.0192;QD=24.8398;RBI=0.055261;REFB=-0.00276238;REVB=0.0544681;RO=33;SAF=30;SAR=18;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0620808;STB=0.5238;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00184034;OID=.;OPOS=57951247;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:33:35:48:48:0.578313:18:30:18:15:18:30:20:15 chr16 57996960 . C T 36.37 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.107482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.315;QD=6.92828;RBI=0.109886;REFB=-0.00262152;REVB=-0.0228584;RO=15;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.442109;STB=0.78843;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0292123;OID=.;OPOS=57996960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:1:5:7:8:1:5:7:8 chr16 58019396 . G A,C 577.95 PASS AF=0.897436,0.102564;AO=35,4;DP=39;FAO=35,4;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0;FSAR=33,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00583379,-0.0432207;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=210.69,175.75;QD=59.2766;RBI=0.00717004,0.0440221;REFB=0,0;REVB=-0.00416851,-0.00836185;RO=0;SAF=2,0;SAR=33,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000303044,0.0247107;OID=.,.;OPOS=58019396,58019396;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:39:39:0:0:35,4:35,4:0.897436,0.102564:33,4:2,0:0:0:33,4:2,0:0:0 chr16 58035429 . C A 2370.92 PASS AF=0.993631;AO=155;DP=157;FAO=156;FDP=157;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0298076;FXX=0.00632871;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.773;QD=60.4056;RBI=0.0445026;REFB=-0.00374703;REVB=0.0330452;RO=1;SAF=68;SAR=87;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0054371;STB=0.502824;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=2.25449e-05;OID=.;OPOS=58035429;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:157:157:1:1:155:156:0.993631:87:68:0:1:88:68:0:1 chr16 58054099 . C G 955.65 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00190216;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6101;QD=58.809;RBI=0.00377611;REFB=0;REVB=-0.00326203;RO=0;SAF=35;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276183;OID=.;OPOS=58054099;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:29:35:0:0:30:35:0:0 chr16 58074562 . G A 397.08 PASS AF=0.519481;AO=39;DP=76;FAO=40;FDP=77;FR=.;FRO=37;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=0.0347347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.577;QD=20.6273;RBI=0.0347359;REFB=-0.0122959;REVB=-0.000295206;RO=36;SAF=17;SAR=22;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168579;STB=0.577801;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0145395;OID=.;OPOS=58074562;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:36:37:39:40:0.519481:22:17:9:27:23:17:10:27 chr16 58191966 . C T 495.13 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9363;QD=58.2504;RBI=0.0555429;REFB=0;REVB=0.0511016;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159475;OID=.;OPOS=58191966;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:15:18:0:0:15:19:0:0 chr16 58233657 . A G 123.97 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00515896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.795;QD=17.0999;RBI=0.019144;REFB=-0.0126743;REVB=0.0184358;RO=15;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901033;STB=0.551651;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0152817;OID=.;OPOS=58233657;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:7:7:9:6:7:7:9:6 chr16 58233709 . T C 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0206292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.715;QD=16.3854;RBI=0.0269651;REFB=0.0037821;REVB=-0.0173653;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243059;STB=0.640727;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.00601112;OID=.;OPOS=58233709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:5:4:6:2:5:4:6:2 chr16 58233726 . A G 30.51 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.02142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.411;QD=11.0938;RBI=0.0413182;REFB=-0.0467749;REVB=-0.0353324;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621951;STB=0.538311;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.015756;OID=.;OPOS=58233726;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:4:2:2:3:4:2 chr16 58318604 . T C 725.34 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.36;QD=63.073;RBI=0.0725785;REFB=0;REVB=0.0404978;RO=0;SAF=17;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.54734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000225537;OID=.;OPOS=58318604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:27:17:0:0:27:19:0:0 chr16 58327646 . A G 1152.39 PASS AF=0.962963;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00556248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0609;QD=56.908;RBI=0.00763788;REFB=0.0372111;REVB=-0.00523412;RO=3;SAF=45;SAR=33;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0174232;STB=0.509212;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=-0.00665788;OID=.;OPOS=58327646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:81:81:3:3:78:78:0.962963:33:45:1:2:33:45:1:2 chr16 58537745 . TC GT 32.19 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=47;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=-0.0115393;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=55.3502;QD=2.73983;RBI=0.0308821;REFB=-0.0110964;REVB=-0.0286452;RO=41;SAF=1;SAR=5;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.536878;STB=0.879421;STBP=0.103;TYPE=mnp;VARB=0.0954449;OID=.;OPOS=58537745;OREF=TC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:47:47:41:41:6:6:0.12766:5:1:27:14:5:1:27:14 chr16 58540531 . A G 423.24 PASS AF=0.689655;AO=38;DP=56;FAO=40;FDP=58;FR=.;FRO=18;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=2;FWDB=-0.0499306;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.379;QD=29.189;RBI=0.0505884;REFB=-0.0132148;REVB=0.00813136;RO=15;SAF=27;SAR=11;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104221;STB=0.567629;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00492435;OID=.;OPOS=58540531;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:15:18:38:40:0.689655:11:27:13:2:11:29:16:2 chr16 58542901 . G A 312.09 PASS AF=0.357798;AO=39;DP=108;FAO=39;FDP=109;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=25;FWDB=0.0100525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.7549;QD=11.4529;RBI=0.0269447;REFB=-0.0158319;REVB=0.0249992;RO=68;SAF=19;SAR=20;SRF=45;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193806;STB=0.599482;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0293325;OID=.;OPOS=58542901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:68:70:39:39:0.357798:20:19:45:23:20:19:45:25 chr16 58545426 . A G 416.66 PASS AF=0.488372;AO=42;DP=86;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.00306643;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.448;QD=19.3795;RBI=0.00573534;REFB=-0.0409253;REVB=-0.00484676;RO=44;SAF=21;SAR=21;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418232;STB=0.523245;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0302406;OID=.;OPOS=58545426;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:44:44:42:42:0.488372:21:21:20:24:21:21:20:24 chr16 58552921 . G A 169.15 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=-0.00434459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.394;QD=12.0818;RBI=0.00789085;REFB=-0.00820761;REVB=-0.00658711;RO=35;SAF=10;SAR=11;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225349;STB=0.629513;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=0.00916562;OID=.;OPOS=58552921;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:11:10:24:11:11:10:24:11 chr16 58575489 . G A 272.75 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0179215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.064;QD=24.2448;RBI=0.0212793;REFB=-0.000807722;REVB=0.011473;RO=20;SAF=11;SAR=14;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157922;STB=0.587411;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.000608305;OID=.;OPOS=58575489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:14:11:5:15:14:11:5:15 chr16 58577421 . C T 180.08 PASS AF=0.580645;AO=18;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.00328114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.236;QD=23.2362;RBI=0.00931318;REFB=-0.0166738;REVB=-0.00871605;RO=13;SAF=12;SAR=6;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161541;STB=0.589652;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0112354;OID=.;OPOS=58577421;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:13:18:18:0.580645:6:12:11:2:6:12:11:2 chr16 58582416 . C T 259.98 PASS AF=0.69697;AO=23;DP=33;FAO=23;FDP=33;FR=.;FRO=10;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.00784081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4861;QD=31.5127;RBI=0.0446339;REFB=0.000215642;REVB=0.0439398;RO=10;SAF=20;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17456;STB=0.59692;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00131625;OID=.;OPOS=58582416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:10:10:23:23:0.69697:3:20:7:3:3:20:7:3 chr16 58587737 . C T 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00507168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.281;QD=16.728;RBI=0.0504859;REFB=-0.00460805;REVB=0.0502305;RO=18;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184693;STB=0.594472;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.00415623;OID=.;OPOS=58587737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:19:16:16:0.457143:5:11:9:9:5:11:10:9 chr16 58616984 . T C 249.2 PASS AF=0.589744;AO=22;DP=38;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.000690072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.887;QD=25.5584;RBI=0.00170876;REFB=-0.021262;REVB=0.00156322;RO=16;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174738;STB=0.585293;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0236801;OID=.;OPOS=58616984;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:16:16:22:23:0.589744:12:10:11:5:12:11:11:5 chr16 58743454 . A C 240.8 PASS AF=0.466667;AO=26;DP=58;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.00795092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.819;QD=16.0532;RBI=0.00799531;REFB=-0.00920483;REVB=-0.000841373;RO=32;SAF=5;SAR=21;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328528;STB=0.634512;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0104743;OID=.;OPOS=58743454;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:32:32:26:28:0.466667:21:5:15:17:21:7:15:17 chr16 58750604 . G A 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.0163914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3512;QD=9.11051;RBI=0.0305591;REFB=0.0195745;REVB=-0.0257911;RO=15;SAF=7;SAR=1;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152616;STB=0.583101;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=-0.0804126;OID=.;OPOS=58750604;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:15:16:8:8:0.333333:1:7:12:3:1:7:13:3 chr16 58757668 . A C 240.61 PASS AF=0.414286;AO=28;DP=71;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=15;FWDB=-0.0156352;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.872;QD=13.749;RBI=0.0193732;REFB=-0.0105741;REVB=0.0114395;RO=41;SAF=23;SAR=5;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263169;STB=0.657411;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0119839;OID=.;OPOS=58757668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:41:41:28:29:0.414286:5:23:26:15:5:24:26:15 chr16 58757683 . A G 289.66 PASS AF=0.392857;AO=32;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=26;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.00537535;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.137;QD=13.7933;RBI=0.00550326;REFB=0.0017538;REVB=-0.00117962;RO=51;SAF=25;SAR=7;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292318;STB=0.673459;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00288534;OID=.;OPOS=58757683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:51:32:33:0.392857:7:25:28:23:7:26:28:23 chr16 58804449 . T C 324.04 PASS AF=0.622222;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=45;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0327657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.9608;QD=28.8039;RBI=0.0327671;REFB=-0.0324727;REVB=-0.000301027;RO=17;SAF=13;SAR=15;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00434396;STB=0.502391;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.0153284;OID=.;OPOS=58804449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:17:28:28:0.622222:15:13:8:9:15:13:8:9 chr16 61777269 . C A 147.0 PASS AF=0.269231;AO=21;DP=78;FAO=21;FDP=78;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.00429759;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.245;QD=7.53854;RBI=0.0272132;REFB=-0.0115559;REVB=-0.0268717;RO=57;SAF=15;SAR=6;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354986;STB=0.714082;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0312851;OID=.;OPOS=61777269;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:57:57:21:21:0.269231:6:15:24:33:6:15:24:33 chr16 64980818 . C T 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.725;QD=62.671;RBI=0.0284176;REFB=0;REVB=0.0211349;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.4849e-06;OID=.;OPOS=64980818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr16 65016087 . A C 1358.07 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0602353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8061;QD=62.4401;RBI=0.0654723;REFB=0;REVB=0.0256579;RO=0;SAF=48;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.57206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599401;OID=.;OPOS=65016087;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:39:48:0:0:39:48:0:0 chr16 65022114 . C T 217.6 PASS AF=0.4;AO=26;DP=66;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0414588;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.335;QD=13.3906;RBI=0.0424089;REFB=-0.0171026;REVB=-0.0089268;RO=38;SAF=12;SAR=14;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12155;STB=0.561274;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0280233;OID=.;OPOS=65022114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:38:39:26:26:0.4:14:12:22:16:14:12:22:17 chr16 65022234 . C T 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.047643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7504;QD=20.2685;RBI=0.0518588;REFB=-0.0404307;REVB=-0.0204811;RO=21;SAF=13;SAR=8;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0872148;STB=0.549248;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0359331;OID=.;OPOS=65022234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:8:13:11:10:8:13:11:10 chr16 65025718 . G A 496.98 PASS AF=0.594937;AO=45;DP=77;FAO=47;FDP=79;FR=.;FRO=32;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0146938;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.2946;QD=25.1637;RBI=0.0196187;REFB=-0.0653216;REVB=-0.0129995;RO=32;SAF=26;SAR=19;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118506;STB=0.504948;STBP=0.924;TYPE=snp;VARB=0.0392979;OID=.;OPOS=65025718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:32:32:45:47:0.594937:19:26:18:14:20:27:18:14 chr16 66335718 . A G 677.79 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.377;QD=61.6174;RBI=0.0246605;REFB=0;REVB=0.022247;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00220166;OID=.;OPOS=66335718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:23:20:0:0:23:21:0:0 chr16 66420885 . C T 240.1 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.0235433;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9545;QD=13.9187;RBI=0.0255212;REFB=-0.0115588;REVB=-0.00985122;RO=41;SAF=8;SAR=20;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00884988;STB=0.505047;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0167727;OID=.;OPOS=66420885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:20:8:12:29:20:8:12:29 chr16 66432423 . TC CT 177.04 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00969811;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=2;MLLD=107.116;QD=19.6713;RBI=0.0241256;REFB=0.000149405;REVB=0.0220905;RO=18;SAF=10;SAR=8;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152434;STB=0.585896;STBP=0.333;TYPE=mnp;VARB=0.000411496;OID=.;OPOS=66432423;OREF=TC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:8:10:13:5:8:10:13:5 chr16 66436882 . GCCCCCCCT GCCCCCCT,GCCCCCCTC 40.8 PASS AF=0.0874317,0.0546448;AO=40,13;DP=187;FAO=16,10;FDP=183;FR=.;FRO=157;FSAF=8,0;FSAR=8,10;FSRF=95;FSRR=62;FWDB=0.1059,-0.0879369;FXX=0.0213892;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=8.04509,73.2864;QD=0.891802;RBI=0.150611,0.0938915;REFB=-0.131865,-0.0241598;REVB=-0.107092,-0.0329048;RO=106;SAF=17,0;SAR=23,13;SRF=71;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.293962,-0.721408;STB=0.595261,0.999139;STBP=0.448,0;TYPE=del,mnp;VARB=0.175005,0.0449481;OID=.,.;OPOS=66436883,66436889;OREF=C,CT;OALT=-,TC;OMAPALT=GCCCCCCT,GCCCCCCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.0874317,0.0546448:40,13:187:16,10:183:157:8,0:8,10:95:62:19:106:17,0:23,13:71:35 chr16 66526927 . C T 165.73 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.00786442;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.426;QD=14.4113;RBI=0.0883779;REFB=-0.00925214;REVB=-0.0880273;RO=26;SAF=13;SAR=5;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373159;STB=0.505981;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0150962;OID=.;OPOS=66526927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:28:18:18:0.391304:5:13:18:8:5:13:20:8 chr16 66765067 . G A 273.94 PASS AF=0.430556;AO=29;DP=72;FAO=31;FDP=72;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.00824693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=222.045;QD=15.2187;RBI=0.0289672;REFB=-0.0221232;REVB=-0.0277684;RO=41;SAF=12;SAR=17;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102264;STB=0.534569;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0321949;OID=.;OPOS=66765067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:41:41:29:31:0.430556:17:12:21:20:17:14:21:20 chr16 66792714 . T C 53.7 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0865776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.0841;QD=7.95492;RBI=0.086952;REFB=-0.00457754;REVB=-0.0080606;RO=19;SAF=2;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375982;STB=0.735249;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.0164663;OID=.;OPOS=66792714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:6:2:11:8:6:2:11:8 chr16 66812797 . C T 193.47 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.0444951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.02;QD=15.1741;RBI=0.0447058;REFB=-0.01214;REVB=0.00433514;RO=29;SAF=13;SAR=9;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1088;STB=0.562105;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0246125;OID=.;OPOS=66812797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:9:13:14:15:9:13:14:15 chr16 67070577 . GTTTT GTTCG,GTTTG,GTTT 241.29 PASS AF=0.317073,0.0243902,0.658537;AO=3,4,9;DP=46;FAO=13,1,27;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=13,1,1;FSAR=0,0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600887,0.0372039,0.381994;FXX=0.108672;HRUN=6,6,6;LEN=2,1,1;MLLD=160.282,149.368,6.2255;QD=23.5405;RBI=0.0928314,0.0831516,0.642268;REFB=-0.0266665,0.0139683,-0.0181605;REVB=0.0707603,0.0743644,0.516323;RO=15;SAF=3,4,0;SAR=0,0,9;SRF=1;SRR=14;SSEN=0,0,0.448276;SSEP=0,0,0;SSSB=0.811401,0.824472,-0.716318;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,snp,del;VARB=0.0112685,-0.100229,0.0588771;OID=.,.,.;OPOS=67070580,67070581,67070578;OREF=TT,T,T;OALT=CG,G,-;OMAPALT=GTTCG,GTTTG,GTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.317073,0.0243902,0.658537:3,4,9:46:13,1,27:41:0:13,1,1:0,0,26:0:0:95:15:3,4,0:0,0,9:1:14 chr16 67181999 . A G 263.58 PASS AF=0.6;AO=24;DP=40;FAO=24;FDP=40;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0159705;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=249.88;QD=26.3582;RBI=0.0280015;REFB=-0.00754293;REVB=0.0230006;RO=16;SAF=19;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261815;STB=0.646462;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00422888;OID=.;OPOS=67181999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:16:16:24:24:0.6:5:19:8:8:5:19:8:8 chr16 67233266 . A C 298.71 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=40;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.0297082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7833;QD=16.3677;RBI=0.0836378;REFB=-0.0316633;REVB=-0.0781838;RO=32;SAF=16;SAR=17;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12367;STB=0.521978;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0366606;OID=.;OPOS=67233266;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:32:40:33:33:0.452055:17:16:20:12:17:16:21:19 chr16 67237063 . C T 31.11 PASS AF=0.5;AO=4;DP=9;FAO=5;FDP=10;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.00168336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3363;QD=12.4429;RBI=0.0517458;REFB=0.0202812;REVB=0.0517184;RO=5;SAF=4;SAR=0;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.700982;STB=0.630995;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=-0.0485173;OID=.;OPOS=67237063;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:9:10:5:5:4:5:0.5:0:4:3:2:1:4:3:2 chr16 67679183 . C T 544.23 PASS AF=0.415493;AO=58;DP=141;FAO=59;FDP=142;FR=.;FRO=83;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=35;FSRR=48;FWDB=0.000706552;FXX=0.00699252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.488;QD=15.3304;RBI=0.00905485;REFB=-0.0210433;REVB=-0.00902724;RO=82;SAF=33;SAR=25;SRF=34;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160065;STB=0.589939;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0280415;OID=.;OPOS=67679183;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:82:83:58:59:0.415493:25:33:34:48:25:34:35:48 chr16 67691668 . A G 160.43 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0575835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.85;QD=18.335;RBI=0.0593606;REFB=-0.00259679;REVB=0.0144162;RO=18;SAF=5;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201325;STB=0.615242;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.00257007;OID=.;OPOS=67691668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:12:5:9:9:12:5:9:9 chr16 67759871 . ATTTT ATTTA,ATTT,TATTT 43.76 PASS AF=0.0357143,0.214286,0.107143;AO=2,8,3;DP=28;FAO=1,6,3;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=1,3,0;FSAR=0,3,3;FSRF=1;FSRR=17;FWDB=-0.0948953,-0.223728,-0.0550402;FXX=0.0344709;HRUN=5,5,1;LEN=1,1,2;MLLD=231.935,10.7642,22.8793;QD=6.25115;RBI=0.0957354,0.238888,0.0836009;REFB=-0.000445535,-0.0462461,-0.0280972;REVB=-0.0126551,-0.0837452,-0.0629261;RO=13;SAF=2,2,0;SAR=0,6,3;SRF=1;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.778926,0.286526,-0.5212;STB=0.997879,0.832714,0.99358;STBP=0.043,0.317,0.495;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.199502,-0.0878956,0.0179737;OID=.,.,.;OPOS=67759875,67759872,67759871;OREF=T,T,AT;OALT=A,-,TA;OMAPALT=ATTTA,ATTT,TATTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:24:28:28:13:18:2,8,3:1,6,3:0.0357143,0.214286,0.107143:0,6,3:2,2,0:1:12:0,3,3:1,3,0:1:17 chr16 68025801 . G C 364.99 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0178183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0363;QD=52.1421;RBI=0.0450495;REFB=-0.032794;REVB=0.0413759;RO=1;SAF=10;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442286;STB=0.523792;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00244355;OID=.;OPOS=68025801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:1:1:27:27:0.964286:17:10:1:0:17:10:1:0 chr16 68026425 . G A 76.42 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00644891;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.22;QD=9.86093;RBI=0.030221;REFB=-0.00644962;REVB=0.0295249;RO=21;SAF=8;SAR=2;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250546;STB=0.655392;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00842814;OID=.;OPOS=68026425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:31:31:21:21:10:10:0.322581:2:8:13:8:2:8:13:8 chr16 68057096 . T C 670.04 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0899512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1844;QD=62.3296;RBI=0.0925448;REFB=0;REVB=0.0217562;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000631354;OID=.;OPOS=68057096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr16 68100461 . C T 152.77 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.0394672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.3725;QD=13.5794;RBI=0.0683648;REFB=-0.0214801;REVB=0.0558219;RO=28;SAF=12;SAR=5;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108546;STB=0.506322;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.039319;OID=.;OPOS=68100461;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:5:12:20:8:5:12:20:8 chr16 68208419 . T C 421.25 PASS AF=0.569444;AO=40;DP=71;FAO=41;FDP=72;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=28;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0425879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.922;QD=23.4025;RBI=0.045341;REFB=-0.00925463;REVB=0.0155588;RO=31;SAF=13;SAR=27;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0317702;STB=0.513422;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0080895;OID=.;OPOS=68208419;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:31:31:40:41:0.569444:27:13:9:22:28:13:9:22 chr16 68217232 . GAAAAAAAG GAAAAAAG,GAAAAAAGA 37.5 PASS AF=0.371429,0;AO=11,2;DP=36;FAO=13,0;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8,0;FSAR=5,0;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.123462,-0.109661;FXX=0.0277701;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=7.27776,23.8166;QD=4.28531;RBI=0.203303,0.139487;REFB=-0.116279,-0.027695;REVB=0.161521,0.0862048;RO=16;SAF=7,1;SAR=4,1;SRF=6;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.259909,0.127296;STB=0.65494,0.5;STBP=0.181,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0972761,0;OID=.,.;OPOS=68217233,68217239;OREF=A,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=GAAAAAAG,GAAAAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.371429,0:11,2:36:13,0:35:22:8,0:5,0:8:14:38:16:7,1:4,1:6:10 chr16 68344696 . C T 308.2 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00739408;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.124;QD=22.8297;RBI=0.0216767;REFB=-0.0279013;REVB=0.0203766;RO=20;SAF=24;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199302;STB=0.611616;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0181037;OID=.;OPOS=68344696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:20:23:31:31:0.574074:7:24:11:9:7:24:13:10 chr16 68389763 . C T 243.94 PASS AF=0.676471;AO=22;DP=34;FAO=23;FDP=34;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0747454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.581;QD=28.6992;RBI=0.0759781;REFB=-0.0140466;REVB=0.0136309;RO=10;SAF=7;SAR=15;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0800156;STB=0.527197;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0148402;OID=.;OPOS=68389763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:34:34:10:11:22:23:0.676471:15:7:2:8:15:8:3:8 chr16 68389772 . C T 144.67 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0386544;FXX=0.0689417;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.003;QD=21.4327;RBI=0.0481047;REFB=-0.0361851;REVB=0.0286339;RO=10;SAF=5;SAR=10;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203027;STB=0.542802;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.040646;OID=.;OPOS=68389772;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:27:10:12:15:15:0.555556:10:5:1:9:10:5:3:9 chr16 68398924 . C T 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00961469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.533;QD=15.1976;RBI=0.0171729;REFB=-0.0244458;REVB=-0.014229;RO=17;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167604;STB=0.583212;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0213936;OID=.;OPOS=68398924;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:18:14:14:0.4375:5:9:8:9:5:9:9:9 chr16 68569440 . T G 150.25 PASS AF=0.5;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0249216;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.406;QD=18.7816;RBI=0.0424165;REFB=-0.010819;REVB=-0.0343231;RO=16;SAF=7;SAR=9;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163462;STB=0.592908;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0108702;OID=.;OPOS=68569440;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:16:16:16:16:0.5:9:7:10:6:9:7:10:6 chr16 68569459 . T C 150.12 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0288456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.117;QD=19.3697;RBI=0.0288567;REFB=-0.0175574;REVB=0.000796799;RO=15;SAF=7;SAR=9;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137855;STB=0.578216;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0179656;OID=.;OPOS=68569459;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:9:7:9:6:9:7:9:6 chr16 68598007 . A G 252.1 PASS AF=0.5;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.00648263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.5993;QD=21.0082;RBI=0.0244841;REFB=-0.0015124;REVB=-0.0236103;RO=24;SAF=9;SAR=15;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772338;STB=0.543441;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.00310881;OID=.;OPOS=68598007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:24:24:24:0.5:15:9:11:13:15:9:11:13 chr16 68713730 . G A 154.14 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=0.0118575;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.122;QD=8.93572;RBI=0.0121435;REFB=0.000370971;REVB=0.00261978;RO=48;SAF=15;SAR=6;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11946;STB=0.571358;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=-0.000914989;OID=.;OPOS=68713730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:48:21:21:0.304348:6:15:30:18:6:15:30:18 chr16 68713823 . C A 193.0 PASS AF=0.320513;AO=25;DP=78;FAO=25;FDP=78;FR=.;FRO=53;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.0305324;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.7808;QD=9.89766;RBI=0.0327397;REFB=0.00149022;REVB=0.0118179;RO=52;SAF=12;SAR=13;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451804;STB=0.545511;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=-0.00540367;OID=.;OPOS=68713823;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:52:53:25:25:0.320513:13:12:27:25:13:12:29:24 chr16 68721470 . T C 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0460579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.121;QD=14.7985;RBI=0.0461918;REFB=-0.0101218;REVB=-0.00351446;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299066;STB=0.673766;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00972201;OID=.;OPOS=68721470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:7:4:9:4:7:4:9:4 chr16 68721533 . G C 110.66 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0236457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.097;QD=15.2636;RBI=0.0504624;REFB=-0.0343073;REVB=-0.0445796;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00477241;STB=0.521244;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0319843;OID=.;OPOS=68721533;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:15:16:13:13:0.448276:6:7:8:7:6:7:8:8 chr16 68725783 . G A 146.32 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.00577541;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=30.3724;QD=16.2575;RBI=0.0901572;REFB=-0.0399486;REVB=0.089972;RO=16;SAF=14;SAR=2;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.34254;STB=0.666419;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0445095;OID=.;OPOS=68725783;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:36:16:20:16:16:0.444444:2:14:10:6:2:14:14:6 chr16 68729785 . C A 216.02 PASS AF=0.538462;AO=20;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.00784697;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.887;QD=22.1556;RBI=0.0216004;REFB=-0.0299712;REVB=-0.0201247;RO=18;SAF=14;SAR=6;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225143;STB=0.5045;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0341195;OID=.;OPOS=68729785;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:20:21:0.538462:6:14:13:5:6:15:13:5 chr16 68857441 . T C 123.79 PASS AF=0.298246;AO=17;DP=57;FAO=17;FDP=57;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=21;FWDB=0.0043385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.89;QD=8.68716;RBI=0.03047;REFB=-0.00934193;REVB=0.0301595;RO=39;SAF=8;SAR=9;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0105782;STB=0.503102;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.02212;OID=.;OPOS=68857441;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:40:17:17:0.298246:9:8:18:21:9:8:19:21 chr16 68868522 . T C 598.52 PASS AF=0.504132;AO=61;DP=121;FAO=61;FDP=121;FR=.;FRO=60;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=26;FWDB=0.0621156;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.1418;QD=19.7856;RBI=0.063362;REFB=-0.0212442;REVB=0.0125059;RO=53;SAF=32;SAR=29;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352529;STB=0.520951;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0224538;OID=.;OPOS=68868522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:53:60:61:61:0.504132:29:32:30:23:29:32:34:26 chr16 68869449 . A G 246.54 PASS AF=0.952381;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0330543;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=190.661;QD=46.9598;RBI=0.0339014;REFB=-0.01115;REVB=-0.00753125;RO=1;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483869;STB=0.523786;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.000229131;OID=.;OPOS=68869449;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:21:1:1:19:20:0.952381:9:10:0:1:10:10:0:1 chr16 68893953 . T C 163.65 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00223529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.036;QD=20.4561;RBI=0.00768443;REFB=-0.00315225;REVB=-0.00735214;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00326109;STB=0.501843;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00245724;OID=.;OPOS=68893953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:15:15:17:17:0.53125:9:8:7:8:9:8:7:8 chr16 68919559 . T C 304.1 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00647876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.622;QD=17.3773;RBI=0.0725814;REFB=-0.0116971;REVB=0.0722917;RO=36;SAF=13;SAR=20;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177032;STB=0.605996;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0226905;OID=.;OPOS=68919559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:36:37:33:33:0.471429:20:13:21:15:20:13:22:15 chr16 69008037 . C T 344.82 PASS AF=0.536232;AO=34;DP=68;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.0120933;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.4548;QD=19.9894;RBI=0.0181662;REFB=0.0129619;REVB=0.013556;RO=30;SAF=20;SAR=14;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0757726;STB=0.546074;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.002084;OID=.;OPOS=69008037;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:30:32:34:37:0.536232:14:20:15:15:16:21:15:17 chr16 69143577 . A G 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.016088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4151;QD=17.3211;RBI=0.0292182;REFB=-0.00999774;REVB=-0.0243901;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206841;STB=0.617508;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.00616605;OID=.;OPOS=69143577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:8:8:13:5:8:8:13:5 chr16 69342962 . TTGTTTTTTTTTT TTGTTTTTTTTT,TTGTTTTTTTTTC,TTTTTTTTTTT,TTTTTTTTTTTT 302.65 PASS AF=0.185185,0.0925926,0.407407,0.0555556;AO=10,4,12,8;DP=54;FAO=10,5,22,3;FDP=54;FR=.;FRO=14;FSAF=6,5,10,2;FSAR=4,0,12,1;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0669281,0.0859498,-0.0144041,-0.0144502;FXX=0.114735;HRUN=10,10,1,1;LEN=1,1,2,1;MLLD=5.65105,21.285,216.173,215.585;QD=22.4182;RBI=0.15187,0.111225,0.0363546,0.0397378;REFB=-0.043244,-0.0355645,-0.00374863,-0.00289338;REVB=-0.136328,-0.0705943,0.0333794,0.0370174;RO=10;SAF=7,4,5,5;SAR=3,0,7,3;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.0969297,0.671791,-0.145313,0.0245631;STB=0.526264,0.997056,0.572799,0.521593;STBP=0.86,0.078,0.302,0.962;TYPE=del,snp,del,del;VARB=0.080028,0.119346,-0.0138411,0.00501999;OID=.,.,.,.;OPOS=69342965,69342974,69342963,69342964;OREF=T,T,TG,G;OALT=-,C,-,-;OMAPALT=TTGTTTTTTTTT,TTGTTTTTTTTTC,TTTTTTTTTTT,TTTTTTTTTTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.185185,0.0925926,0.407407,0.0555556:10,4,12,8:54:10,5,22,3:54:14:6,5,10,2:4,0,12,1:9:5:82:10:7,4,5,5:3,0,7,3:6:4 chr16 69352580 . T TA 38.15 PASS AF=0.4;AO=7;DP=21;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0221681;FXX=0.0475964;HRUN=0;LEN=1;MLLD=60.2034;QD=7.63062;RBI=0.058845;REFB=-0.00821533;REVB=0.0545097;RO=12;SAF=1;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439197;STB=0.666222;STBP=0.289;TYPE=ins;VARB=0.140165;OID=.;OPOS=69352581;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:7:21:8:20:12:2:6:6:6:38:12:1:6:6:6 chr16 69354963 . A G 226.43 PASS AF=0.471698;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=7.19088e-06;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=172.459;QD=17.0889;RBI=0.00684453;REFB=-0.0197893;REVB=-0.00684453;RO=28;SAF=12;SAR=13;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118784;STB=0.566864;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.0153635;OID=.;OPOS=69354963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:28:25:25:0.471698:13:12:17:11:13:12:17:11 chr16 69499731 . T C 563.69 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.012473;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.2049;QD=57.8144;RBI=0.0434186;REFB=-0.0399022;REVB=-0.0415884;RO=1;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253186;STB=0.513506;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00159191;OID=.;OPOS=69499731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:18:20:0:1:18:20:0:1 chr16 69704122 . C CTG,CTGT 171.84 PASS AF=1,0;AO=9,2;DP=15;FAO=15,0;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0859297,0.0872223;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=2,3;MLLD=220.415,214.909;QD=45.8245;RBI=0.0904845,0.0896552;REFB=0,0;REVB=0.0283467,0.0207443;RO=4;SAF=4,0;SAR=5,2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.162954,-0.687939;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.000534268,0;OID=.,.;OPOS=69704123,69704123;OREF=-,-;OALT=TG,TGT;OMAPALT=CTG,CTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:9,2:15:15,0:15:0:7,0:8,0:0:0:4:4:4,0:5,2:3:1 chr16 69733460 . G A 1078.17 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4017;QD=59.8984;RBI=0.0582518;REFB=0;REVB=0.0570494;RO=0;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000409726;OID=.;OPOS=69733460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:40:32:0:0:40:32:0:0 chr16 69735271 . T A 1119.51 PASS AF=0.986842;AO=72;DP=73;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.049021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.477;QD=58.9214;RBI=0.0873872;REFB=0.00126893;REVB=0.0723427;RO=0;SAF=42;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1178e-08;STB=0.508195;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.000249519;OID=.;OPOS=69735271;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:76:0:1:72:75:0.986842:30:42:0:0:30:45:0:1 chr16 69736851 . G A 400.54 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8763;QD=55.2475;RBI=0.0561474;REFB=0;REVB=-0.0333379;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00060951;OID=.;OPOS=69736851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:18:9:0:0:18:11:0:0 chr16 69745145 . G A 670.25 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0285026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.421;QD=62.3493;RBI=0.0357361;REFB=0;REVB=-0.0215563;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68872e-05;OID=.;OPOS=69745145;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr16 69814950 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.351;QD=35.5755;RBI=0.046083;REFB=0;REVB=0.0305344;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000721958;OID=.;OPOS=69814950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr16 69814953 . G A 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00596646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=282.208;QD=35.5729;RBI=0.00951819;REFB=0;REVB=-0.00741601;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.72275e-05;OID=.;OPOS=69814953;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr16 69963355 . G A 239.42 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.154;QD=50.404;RBI=0.0449836;REFB=0;REVB=-0.00518819;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158635;OID=.;OPOS=69963355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:5:13:0:0:5:14:0:0 chr16 69967897 . T C 481.69 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.026116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.939;QD=58.3861;RBI=0.02966;REFB=0;REVB=0.0140594;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.9738e-05;OID=.;OPOS=69967897;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:17:15:0:0:18:15:0:0 chr16 69970329 . A G 526.09 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0335707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.847;QD=56.8746;RBI=0.0336011;REFB=-0.177291;REVB=0.00142981;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252932;STB=0.513506;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0135234;OID=.;OPOS=69970329;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:18:18:0:1:18:18:0:1 chr16 69988373 . T C 594.38 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6606;QD=60.9617;RBI=0.0378183;REFB=0;REVB=-0.00231336;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000658616;OID=.;OPOS=69988373;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr16 69988472 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.446;QD=53.2771;RBI=0.047962;REFB=0;REVB=0.0308214;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000475732;OID=.;OPOS=69988472;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr16 70010589 . T C 214.68 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0140862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.564;QD=21.468;RBI=0.0396984;REFB=-0.023716;REVB=0.0371153;RO=19;SAF=7;SAR=14;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686565;STB=0.538426;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0123968;OID=.;OPOS=70010589;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:14:7:5:14:14:7:5:14 chr16 70010610 . C T 286.5 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.00955248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.859;QD=24.3826;RBI=0.0112058;REFB=-0.00472686;REVB=0.0058584;RO=21;SAF=8;SAR=18;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677183;STB=0.537521;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00420724;OID=.;OPOS=70010610;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:18:8:5:16:18:8:5:16 chr16 70016573 . G A 1460.53 PASS AF=0.980392;AO=99;DP=101;FAO=100;FDP=102;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00694898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.874;QD=57.2759;RBI=0.0368188;REFB=-0.180062;REVB=0.0361571;RO=2;SAF=48;SAR=51;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0182364;STB=0.509613;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00507197;OID=.;OPOS=70016573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:101:102:2:2:99:100:0.980392:51:48:0:2:51:49:0:2 chr16 70161263 . T C 36.06 PASS AF=0.122807;AO=6;DP=56;FAO=7;FDP=57;FR=.;FRO=50;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=35;FWDB=-0.0180384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.954;QD=2.53053;RBI=0.0192626;REFB=-0.0019552;REVB=0.00675738;RO=50;SAF=3;SAR=3;SRF=15;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240253;STB=0.618738;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0168176;OID=.;OPOS=70161263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:56:57:50:50:6:7:0.122807:3:3:15:35:4:3:15:35 chr16 70165914 . T C 102.37 PASS AF=0.264151;AO=14;DP=53;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0530793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.807;QD=7.72581;RBI=0.0534764;REFB=-0.00715535;REVB=0.00650479;RO=39;SAF=6;SAR=8;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224939;STB=0.513793;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0527386;OID=.;OPOS=70165914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:39:39:14:14:0.264151:8:6:16:23:8:6:16:23 chr16 70180088 . A T 562.75 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.120014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.263;QD=59.2365;RBI=0.124412;REFB=0;REVB=0.0327868;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000435678;OID=.;OPOS=70180088;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:20:17:0:0:20:18:0:0 chr16 70182390 . T G 35.39 PASS AF=0.118644;AO=6;DP=58;FAO=7;FDP=59;FR=.;FRO=52;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=33;FSRR=19;FWDB=0.00165755;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.551;QD=2.39928;RBI=0.00643372;REFB=-0.00213284;REVB=0.00621654;RO=50;SAF=3;SAR=3;SRF=31;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139869;STB=0.675593;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0134651;OID=.;OPOS=70182390;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:58:59:50:52:6:7:0.118644:3:3:31:19:4:3:33:19 chr16 70190401 . C T 113.58 PASS AF=0.65;AO=12;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0429843;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.133;QD=22.7165;RBI=0.060875;REFB=-0.062324;REVB=0.0431059;RO=7;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329969;STB=0.666444;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00612866;OID=.;OPOS=70190401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:20:20:7:7:12:13:0.65:6:6:0:7:7:6:0:7 chr16 70191029 . T G 670.8 PASS AF=0.519685;AO=66;DP=130;FAO=66;FDP=127;FR=.;FRO=61;FSAF=39;FSAR=27;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.0203509;FXX=0.0230751;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.167;QD=21.1276;RBI=0.0214071;REFB=-0.0286884;REVB=-0.0066411;RO=59;SAF=39;SAR=27;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0129735;STB=0.50037;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0286195;OID=.;OPOS=70191029;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:127:59:61:66:66:0.519685:27:39:34:25:27:39:36:25 chr16 70191051 . T C 53.0 PASS AF=0.110169;AO=12;DP=117;FAO=13;FDP=118;FR=.;FRO=105;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=68;FSRR=37;FWDB=-0.0331575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.39;QD=1.79675;RBI=0.033932;REFB=-0.000624839;REVB=0.0072086;RO=104;SAF=5;SAR=7;SRF=68;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280462;STB=0.721574;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00434926;OID=.;OPOS=70191051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:117:118:104:105:12:13:0.110169:7:5:68:36:8:5:68:37 chr16 70191161 . C T 561.43 PASS AF=0.495726;AO=57;DP=116;FAO=58;FDP=117;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=37;FWDB=-0.0162007;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1832;QD=19.1943;RBI=0.0164107;REFB=-0.0398918;REVB=0.00261748;RO=59;SAF=20;SAR=37;SRF=22;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0220229;STB=0.515498;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0194148;OID=.;OPOS=70191161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:59:59:57:58:0.495726:37:20:22:37:38:20:22:37 chr16 70191333 . T C 380.68 PASS AF=0.444444;AO=40;DP=90;FAO=40;FDP=90;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0232261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.505;QD=16.919;RBI=0.0235447;REFB=-0.0297317;REVB=0.00386052;RO=50;SAF=21;SAR=19;SRF=20;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123347;STB=0.569103;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0374443;OID=.;OPOS=70191333;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:50:50:40:40:0.444444:19:21:20:30:19:21:20:30 chr16 70191566 . A G 337.49 PASS AF=0.411111;AO=36;DP=92;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=0.0848616;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6242;QD=14.9997;RBI=0.0903482;REFB=-0.00239924;REVB=-0.0310049;RO=51;SAF=17;SAR=19;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0837315;STB=0.564501;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00215603;OID=.;OPOS=70191566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:90:51:53:36:37:0.411111:19:17:20:31:19:18:20:33 chr16 70287177 . A G 519.6 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0928513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3097;QD=59.3829;RBI=0.105756;REFB=0;REVB=-0.0506262;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00278563;OID=.;OPOS=70287177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr16 70287632 . G A 271.51 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=24;FWDB=0.00383288;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0705;QD=19.0531;RBI=0.0327586;REFB=-0.0254387;REVB=0.0325336;RO=28;SAF=4;SAR=25;SRF=4;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903642;STB=0.505047;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0295753;OID=.;OPOS=70287632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:57:28:28:29:29:0.508772:25:4:4:24:25:4:4:24 chr16 70367408 . T C 123.98 PASS AF=0.608696;AO=13;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0405423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0992;QD=21.5621;RBI=0.040547;REFB=-0.0602254;REVB=-0.000619044;RO=9;SAF=6;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0938929;STB=0.565126;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0174189;OID=.;OPOS=70367408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:13:14:0.608696:7:6:3:6:7:7:3:6 chr16 70506907 . T C 178.92 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.00874425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.757;QD=15.2268;RBI=0.00879351;REFB=-0.0198102;REVB=-0.000929413;RO=26;SAF=9;SAR=10;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10353;STB=0.557975;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0321421;OID=.;OPOS=70506907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:28:19:19:0.404255:10:9:15:11:10:9:16:12 chr16 70515355 . C T 173.08 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=-0.0294336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.188;QD=18.7116;RBI=0.0341755;REFB=-0.00390104;REVB=0.0173675;RO=19;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170494;STB=0.596172;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00333358;OID=.;OPOS=70515355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:19:19:18:18:0.486486:10:8:5:14:10:8:5:14 chr16 70546234 . G A 538.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0231592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.585;QD=59.8394;RBI=0.0317877;REFB=0;REVB=0.021774;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.05001e-05;OID=.;OPOS=70546234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr16 70548296 . AG A,AA 685.73 PASS AF=0.0188679,0.981132;AO=12,40;DP=52;FAO=1,52;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26;FSAR=1,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238693,0.0185059;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=34.0145,52.1394;QD=51.7528;RBI=0.039375,0.11092;REFB=0,0;REVB=0.0313153,0.109365;RO=0;SAF=0,26;SAR=12,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00725387,0.0326706;OID=.,.;OPOS=70548297,70548297;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0188679,0.981132:12,40:52:1,52:53:0:0,26:1,26:0:0:4:0:0,26:12,14:0:0 chr16 70569215 . A T 1223.67 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=83;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0114757;FXX=0.03571;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.232;QD=60.4281;RBI=0.0138113;REFB=0.050103;REVB=-0.00768515;RO=1;SAF=32;SAR=48;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00976249;STB=0.505153;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000381428;OID=.;OPOS=70569215;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:81:1:1:80:80:0.987654:48:32:0:1:48:32:0:1 chr16 70602221 . C T 1550.41 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.6701;QD=63.2822;RBI=0.0259811;REFB=0;REVB=-0.0171773;RO=0;SAF=45;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000824808;OID=.;OPOS=70602221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:98:0:0:96:98:1:51:45:0:0:52:46:0:0 chr16 70680850 . C G 63.07 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0295348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.251;QD=9.01029;RBI=0.0453925;REFB=0.017413;REVB=-0.0344699;RO=17;SAF=6;SAR=3;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126056;STB=0.555438;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=-0.0122722;OID=.;OPOS=70680850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:17:19:9:9:0.321429:3:6:13:4:3:6:14:5 chr16 70690989 . G C 820.12 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0411662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.815;QD=55.6012;RBI=0.0436795;REFB=-0.013373;REVB=0.0146027;RO=1;SAF=20;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229992;STB=0.512191;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.000230829;OID=.;OPOS=70690989;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:38:20:1:0:38:20:1:0 chr16 70726795 . C A 474.73 PASS AF=0.522727;AO=46;DP=88;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.0215377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.171;QD=21.5786;RBI=0.0463132;REFB=-0.0113802;REVB=0.0410005;RO=42;SAF=14;SAR=32;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223355;STB=0.623759;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0162766;OID=.;OPOS=70726795;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:42:46:46:0.522727:32:14:23:19:32:14:23:19 chr16 70796515 . G A 1036.12 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0338475;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.949;QD=56.774;RBI=0.0438648;REFB=-0.0423285;REVB=0.0279009;RO=1;SAF=25;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101703;STB=0.510635;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000249772;OID=.;OPOS=70796515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:73:1:2:71:71:0.972603:46:25:0:1:46:25:0:2 chr16 70818759 . A G 334.34 PASS AF=0.522388;AO=33;DP=65;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0181388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.358;QD=19.9604;RBI=0.0242016;REFB=-0.0276561;REVB=0.0160219;RO=29;SAF=8;SAR=25;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.236433;STB=0.622566;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0232365;OID=.;OPOS=70818759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:67:29:32:33:35:0.522388:25:8:14:15:27:8:14:18 chr16 70884524 . C G 481.61 PASS AF=0.468468;AO=52;DP=111;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=32;FWDB=0.00184492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.758;QD=17.3553;RBI=0.0121785;REFB=-0.0100149;REVB=-0.0120379;RO=59;SAF=24;SAR=28;SRF=27;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00376056;STB=0.502091;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00844511;OID=.;OPOS=70884524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:59:59:52:52:0.468468:28:24:27:32:28:24:27:32 chr16 70884534 . T A 348.9 PASS AF=0.413043;AO=38;DP=92;FAO=38;FDP=92;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.0102389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.604;QD=15.1694;RBI=0.0120614;REFB=-0.000759146;REVB=0.00637506;RO=54;SAF=18;SAR=20;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693263;STB=0.53915;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.00142136;OID=.;OPOS=70884534;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:54:54:38:38:0.413043:20:18:22:32:20:18:22:32 chr16 70886630 . C T 283.03 PASS AF=0.526316;AO=28;DP=55;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0498896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.342;QD=19.8621;RBI=0.0633432;REFB=-0.0309149;REVB=0.0390306;RO=27;SAF=17;SAR=11;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144454;STB=0.557992;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0348968;OID=.;OPOS=70886630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:27:27:28:30:0.526316:11:17:12:15:13:17:12:15 chr16 70889147 . A G 737.66 PASS AF=0.487342;AO=77;DP=159;FAO=77;FDP=158;FR=.;FRO=81;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=33;FSRR=48;FWDB=-0.0015789;FXX=0.00628891;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.143;QD=18.6749;RBI=0.0188568;REFB=-0.0233275;REVB=-0.0187905;RO=80;SAF=39;SAR=38;SRF=32;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983414;STB=0.550726;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0174524;OID=.;OPOS=70889147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:158:80:81:77:77:0.487342:38:39:32:48:38:39:33:48 chr16 70891640 . T C 423.26 PASS AF=0.37037;AO=49;DP=131;FAO=50;FDP=135;FR=.;FRO=85;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=0.0184987;FXX=0.0073524;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6175;QD=12.5411;RBI=0.0233782;REFB=-0.0171767;REVB=-0.0142947;RO=82;SAF=26;SAR=23;SRF=38;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738273;STB=0.558322;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0282503;OID=.;OPOS=70891640;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:135:82:85:49:50:0.37037:23:26:38:44:23:27:38:47 chr16 70894024 . C T 1137.67 PASS AF=0.386905;AO=129;DP=337;FAO=130;FDP=336;FR=.;FRO=206;FSAF=60;FSAR=70;FSRF=89;FSRR=117;FWDB=-0.00228207;FXX=0.00296727;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.803;QD=13.5437;RBI=0.0173083;REFB=0.00284249;REVB=-0.0171572;RO=205;SAF=60;SAR=69;SRF=87;SRR=118;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04488;STB=0.518242;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=-0.00489247;OID=.;OPOS=70894024;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:337:336:205:206:129:130:0.386905:69:60:87:118:70:60:89:117 chr16 70894087 . T C 134.15 PASS AF=0.133047;AO=30;DP=233;FAO=31;FDP=233;FR=.;FRO=202;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=80;FSRR=122;FWDB=-0.00160594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.866;QD=2.30301;RBI=0.00898013;REFB=-0.00088533;REVB=0.00883537;RO=202;SAF=13;SAR=17;SRF=80;SRR=122;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485545;STB=0.549066;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0115386;OID=.;OPOS=70894087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:233:233:202:202:30:31:0.133047:17:13:80:122:17:14:80:122 chr16 70896015 . GA CG,G 798.72 PASS AF=0,0.585714;AO=8,77;DP=141;FAO=0,82;FDP=140;FR=.;FRO=58;FSAF=0,38;FSAR=0,44;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=-0.047464,-0.126757;FXX=0.0070917;HRUN=1,2;LEN=2,1;MLLD=34.395,21.9908;QD=22.8206;RBI=0.0545069,0.130591;REFB=-0.00829598,-0.0465711;REVB=-0.0267988,-0.0314113;RO=52;SAF=8,33;SAR=0,44;SRF=22;SRR=30;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.693876,0.00416394;STB=0.5,0.500875;STBP=1,0.984;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0429742,0.0290418;OID=.,.;OPOS=70896015,70896016;OREF=GA,A;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:141:140:52:58:8,77:0,82:0,0.585714:0,44:8,33:22:30:0,44:0,38:27:31 chr16 70896033 . C T 526.69 PASS AF=0.394558;AO=58;DP=149;FAO=58;FDP=147;FR=.;FRO=89;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=-0.0122926;FXX=0.0134219;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.121;QD=14.3317;RBI=0.0172797;REFB=-0.0123954;REVB=0.0121441;RO=87;SAF=26;SAR=32;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0246498;STB=0.521239;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0271605;OID=.;OPOS=70896033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:147:87:89:58:58:0.394558:32:26:41:46:32:26:43:46 chr16 70896118 . A G 1005.37 PASS AF=0.551724;AO=95;DP=174;FAO=96;FDP=174;FR=.;FRO=78;FSAF=33;FSAR=63;FSRF=24;FSRR=54;FWDB=-0.0109907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6524;QD=23.1119;RBI=0.0139225;REFB=-0.0248815;REVB=-0.00854637;RO=78;SAF=32;SAR=63;SRF=24;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0272398;STB=0.518112;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.013932;OID=.;OPOS=70896118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:78:78:95:96:0.551724:63:32:24:54:63:33:24:54 chr16 70896122 . A C 168.29 PASS AF=0.185629;AO=30;DP=163;FAO=31;FDP=167;FR=.;FRO=136;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=95;FWDB=-0.021869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.39;QD=4.03084;RBI=0.0261428;REFB=-0.0113391;REVB=-0.0143245;RO=133;SAF=13;SAR=17;SRF=40;SRR=93;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181197;STB=0.601742;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0632208;OID=.;OPOS=70896122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:167:133:136:30:31:0.185629:17:13:40:93:18:13:41:95 chr16 70897039 . C G 551.49 PASS AF=0.427536;AO=59;DP=136;FAO=59;FDP=138;FR=.;FRO=79;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.00939927;FXX=0.0142847;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.762;QD=15.9853;RBI=0.0187878;REFB=-0.0193938;REVB=0.0162676;RO=76;SAF=19;SAR=40;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149657;STB=0.589753;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0277116;OID=.;OPOS=70897039;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:138:76:79:59:59:0.427536:40:19:35:41:40:19:37:42 chr16 70902559 . C T 1356.2 PASS AF=0.468439;AO=140;DP=300;FAO=141;FDP=301;FR=.;FRO=160;FSAF=64;FSAR=77;FSRF=76;FSRR=84;FWDB=0.00504898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.682;QD=18.0226;RBI=0.0139178;REFB=-0.0177289;REVB=-0.0129697;RO=159;SAF=63;SAR=77;SRF=75;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210817;STB=0.511287;STBP=0.711;TYPE=snp;VARB=0.0301575;OID=.;OPOS=70902559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:300:301:159:160:140:141:0.468439:77:63:75:84:77:64:76:84 chr16 70902568 . C T 1384.46 PASS AF=0.484321;AO=138;DP=286;FAO=139;FDP=287;FR=.;FRO=148;FSAF=62;FSAR=77;FSRF=72;FSRR=76;FWDB=0.00482242;FXX=0.0034721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.615;QD=19.2956;RBI=0.00486487;REFB=-0.00246903;REVB=0.00064132;RO=148;SAF=62;SAR=76;SRF=72;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352233;STB=0.521003;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00287454;OID=.;OPOS=70902568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:286:287:148:148:138:139:0.484321:76:62:72:76:77:62:72:76 chr16 70902683 . G A 121.56 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.032947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.227;QD=15.1945;RBI=0.0382234;REFB=0.00513398;REVB=-0.0193783;RO=18;SAF=5;SAR=9;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866726;STB=0.549931;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=-0.00804447;OID=.;OPOS=70902683;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:9:5:5:13:9:5:5:13 chr16 70908239 . G A 341.25 PASS AF=0.30137;AO=44;DP=144;FAO=44;FDP=146;FR=.;FRO=102;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=51;FSRR=51;FWDB=-0.014681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.15;QD=9.34927;RBI=0.0274475;REFB=-0.00294271;REVB=0.0231912;RO=98;SAF=27;SAR=17;SRF=49;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13658;STB=0.580608;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00579858;OID=.;OPOS=70908239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:146:98:102:44:44:0.30137:17:27:49:49:17:27:51:51 chr16 70908736 . A G 500.52 PASS AF=0.504762;AO=51;DP=105;FAO=53;FDP=105;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.00600246;FXX=0.0366939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.624;QD=19.0674;RBI=0.00984615;REFB=-0.002553;REVB=-0.00780494;RO=49;SAF=25;SAR=26;SRF=24;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00035503;STB=0.504853;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.00534038;OID=.;OPOS=70908736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:49:52:51:53:0.504762:26:25:24:25:27:26:25:27 chr16 70913386 . G A 601.96 PASS AF=0.512605;AO=61;DP=119;FAO=61;FDP=119;FR=.;FRO=58;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=38;FWDB=-0.00681661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.717;QD=20.2338;RBI=0.00737491;REFB=-0.0190745;REVB=0.00281481;RO=58;SAF=33;SAR=28;SRF=20;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1723;STB=0.594727;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0192279;OID=.;OPOS=70913386;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:58:58:61:61:0.512605:28:33:20:38:28:33:20:38 chr16 70917855 . A G 764.8 PASS AF=0.496933;AO=79;DP=163;FAO=81;FDP=163;FR=.;FRO=82;FSAF=49;FSAR=32;FSRF=33;FSRR=49;FWDB=-0.0124039;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2674;QD=18.7682;RBI=0.0129301;REFB=-0.021067;REVB=-0.00365111;RO=83;SAF=49;SAR=30;SRF=32;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217938;STB=0.601977;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0250061;OID=.;OPOS=70917855;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:83:82:79:81:0.496933:30:49:32:51:32:49:33:49 chr16 70917931 . C G 950.79 PASS AF=0.581081;AO=81;DP=144;FAO=86;FDP=148;FR=.;FRO=62;FSAF=46;FSAR=40;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=0.0326025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.407;QD=25.697;RBI=0.0337679;REFB=-0.0100597;REVB=0.00879479;RO=62;SAF=42;SAR=39;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104298;STB=0.561664;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.00903152;OID=.;OPOS=70917931;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:148:62:62:81:86:0.581081:39:42:24:38:40:46:24:38 chr16 70926334 . G C 277.72 PASS AF=0.209821;AO=47;DP=224;FAO=47;FDP=224;FR=.;FRO=177;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=85;FSRR=92;FWDB=-0.000704623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.898;QD=4.95927;RBI=0.0101685;REFB=-0.00626305;REVB=0.0101441;RO=175;SAF=26;SAR=21;SRF=85;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863399;STB=0.557577;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0300323;OID=.;OPOS=70926334;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:224:224:175:177:47:47:0.209821:21:26:85:90:21:26:85:92 chr16 70934994 . C T 182.24 PASS AF=0.224806;AO=29;DP=128;FAO=29;FDP=129;FR=.;FRO=100;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=61;FWDB=0.0450582;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.7102;QD=5.65083;RBI=0.0606182;REFB=0.000490954;REVB=0.0405503;RO=99;SAF=15;SAR=14;SRF=39;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155253;STB=0.598021;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.000457696;OID=.;OPOS=70934994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:99:100:29:29:0.224806:14:15:39:60:14:15:39:61 chr16 70942688 . A C 580.14 PASS AF=0.424837;AO=65;DP=153;FAO=65;FDP=153;FR=.;FRO=88;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=-0.0382148;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.044;QD=15.1669;RBI=0.0397651;REFB=-0.012978;REVB=-0.0109949;RO=85;SAF=30;SAR=35;SRF=45;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688376;STB=0.528692;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0124074;OID=.;OPOS=70942688;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:85:88:65:65:0.424837:35:30:45:40:35:30:45:43 chr16 70954513 . T C 411.68 PASS AF=0.442308;AO=47;DP=106;FAO=46;FDP=104;FR=.;FRO=58;FSAF=26;FSAR=20;FSRF=42;FSRR=16;FWDB=-0.0450083;FXX=0.0188661;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8724;QD=15.8337;RBI=0.0672034;REFB=-0.0338101;REVB=-0.0499053;RO=58;SAF=27;SAR=20;SRF=42;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155948;STB=0.592297;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.041833;OID=.;OPOS=70954513;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:104:58:58:47:46:0.442308:20:27:42:16:20:26:42:16 chr16 70954571 . CT TA 270.33 PASS AF=0.355556;AO=31;DP=90;FAO=32;FDP=90;FR=.;FRO=58;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=41;FSRR=17;FWDB=-0.00202886;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=2;MLLD=218.385;QD=12.0147;RBI=0.0335586;REFB=-0.0118837;REVB=0.0334973;RO=56;SAF=19;SAR=12;SRF=40;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123863;STB=0.557892;STBP=0.459;TYPE=mnp;VARB=0.0192158;OID=.;OPOS=70954571;OREF=CT;OALT=TA;OMAPALT=TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:56:58:31:32:0.355556:12:19:40:16:12:20:41:17 chr16 70954606 . C T 131.27 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=-0.0284254;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.507;QD=8.89934;RBI=0.0291978;REFB=-0.013161;REVB=-0.00667149;RO=41;SAF=9;SAR=9;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274431;STB=0.660857;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.0307347;OID=.;OPOS=70954606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:41:41:18:18:0.305085:9:9:30:11:9:9:30:11 chr16 70954774 . A G 67.38 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00739322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.431;QD=13.4754;RBI=0.112411;REFB=-0.00154633;REVB=-0.112167;RO=10;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36564;STB=0.69952;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.00297395;OID=.;OPOS=70954774;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:10:11:9:9:0.45:7:2:6:4:7:2:6:5 chr16 70954809 . C A 331.76 PASS AF=0.651163;AO=28;DP=45;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00095149;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.9;QD=30.861;RBI=0.0129771;REFB=-0.00963362;REVB=0.0129422;RO=15;SAF=9;SAR=19;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101294;STB=0.555718;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=0.00416171;OID=.;OPOS=70954809;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:15:15:28:28:0.651163:19:9:7:8:19:9:7:8 chr16 70954915 . G T 1565.96 PASS AF=0.990909;AO=102;DP=107;FAO=109;FDP=110;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0221631;FXX=0.0178555;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.614;QD=56.9441;RBI=0.022221;REFB=-0.0514185;REVB=0.00160388;RO=1;SAF=52;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903723;STB=0.504201;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.000301537;OID=.;OPOS=70954915;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:110:1:1:102:109:0.990909:50:52:1:0:50:59:1:0 chr16 70954945 . T A 536.05 PASS AF=0.52381;AO=54;DP=104;FAO=55;FDP=105;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0147949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.975;QD=20.421;RBI=0.0152389;REFB=-0.0202735;REVB=-0.0036514;RO=49;SAF=23;SAR=31;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734851;STB=0.549002;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0200623;OID=.;OPOS=70954945;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:49:50:54:55:0.52381:31:23:25:24:32:23:26:24 chr16 70972595 . T C 495.71 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.0266381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1449;QD=20.8721;RBI=0.0304695;REFB=-0.00464509;REVB=0.0147919;RO=47;SAF=19;SAR=29;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.073028;STB=0.54031;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00490304;OID=.;OPOS=70972595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:47:48:48:0.505263:29:19:15:32:29:19:15:32 chr16 70972620 . G C 372.67 PASS AF=0.453488;AO=38;DP=86;FAO=39;FDP=86;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.0260121;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.457;QD=17.3333;RBI=0.0282917;REFB=-0.0331063;REVB=-0.0111262;RO=48;SAF=12;SAR=26;SRF=17;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432263;STB=0.517232;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0283077;OID=.;OPOS=70972620;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:47:38:39:0.453488:26:12:17:31:26:13:17:30 chr16 70975565 . T C 229.47 PASS AF=0.212291;AO=38;DP=179;FAO=38;FDP=179;FR=.;FRO=141;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=81;FSRR=60;FWDB=-0.00645797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.146;QD=5.12775;RBI=0.00779449;REFB=-0.00543553;REVB=-0.00436448;RO=139;SAF=19;SAR=19;SRF=79;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0872322;STB=0.558629;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0222246;OID=.;OPOS=70975565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:179:139:141:38:38:0.212291:19:19:79:60:19:19:81:60 chr16 70975667 . T C 815.65 PASS AF=0.590551;AO=74;DP=127;FAO=75;FDP=127;FR=.;FRO=52;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0038323;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.705;QD=25.6898;RBI=0.0080765;REFB=-0.0263575;REVB=0.00710938;RO=52;SAF=38;SAR=36;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482066;STB=0.523382;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.013707;OID=.;OPOS=70975667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:52:52:74:75:0.590551:36:38:30:22:36:39:30:22 chr16 70986480 . G A 1562.68 PASS AF=0.571984;AO=146;DP=258;FAO=147;FDP=257;FR=.;FRO=110;FSAF=74;FSAR=73;FSRF=47;FSRR=63;FWDB=0.0183895;FXX=0.00772171;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.5268;QD=24.3219;RBI=0.0219428;REFB=0.00387536;REVB=-0.0119713;RO=111;SAF=73;SAR=73;SRF=48;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0537764;STB=0.532567;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.00373201;OID=.;OPOS=70986480;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:258:257:111:110:146:147:0.571984:73:73:48:63:73:74:47:63 chr16 70989299 . C T 806.79 PASS AF=0.596774;AO=73;DP=123;FAO=74;FDP=124;FR=.;FRO=50;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=26;FSRR=24;FWDB=0.0205204;FXX=0.0158718;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.751;QD=26.0255;RBI=0.0335759;REFB=-0.0123671;REVB=0.0265754;RO=49;SAF=40;SAR=33;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028059;STB=0.508324;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00821683;OID=.;OPOS=70989299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:49:50:73:74:0.596774:33:40:25:24:34:40:26:24 chr16 70989335 . G A 723.48 PASS AF=0.518519;AO=70;DP=133;FAO=70;FDP=135;FR=.;FRO=65;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.00670921;FXX=0.0217376;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.285;QD=21.4364;RBI=0.00872358;REFB=-0.026771;REVB=-0.0055756;RO=60;SAF=43;SAR=27;SRF=33;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0562669;STB=0.537843;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0183491;OID=.;OPOS=70989335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:135:60:65:70:70:0.518519:27:43:33:27:27:43:35:30 chr16 70993566 . A G 1457.33 PASS AF=0.54023;AO=140;DP=261;FAO=141;FDP=261;FR=.;FRO=120;FSAF=82;FSAR=59;FSRF=69;FSRR=51;FWDB=-0.00117145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.263;QD=22.3346;RBI=0.0137493;REFB=-0.00019378;REVB=0.0136993;RO=120;SAF=82;SAR=58;SRF=69;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00932827;STB=0.503095;STBP=0.915;TYPE=snp;VARB=0.000107971;OID=.;OPOS=70993566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:261:261:120:120:140:141:0.54023:58:82:69:51:59:82:69:51 chr16 71008169 . T C 435.52 PASS AF=0.45283;AO=48;DP=107;FAO=48;FDP=106;FR=.;FRO=58;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=0.0135614;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.482;QD=16.4346;RBI=0.0176092;REFB=-0.00157117;REVB=0.0112326;RO=57;SAF=25;SAR=23;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396136;STB=0.516949;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.00184485;OID=.;OPOS=71008169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:106:57:58:48:48:0.45283:23:25:32:25:23:25:32:26 chr16 71012855 . T C 415.45 PASS AF=0.4;AO=47;DP=120;FAO=48;FDP=120;FR=.;FRO=72;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.00489303;FXX=0.00826378;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.024;QD=13.8483;RBI=0.00932648;REFB=-0.00884575;REVB=0.00793986;RO=72;SAF=21;SAR=26;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124358;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0121136;OID=.;OPOS=71012855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:72:72:47:48:0.4:26:21:33:39:26:22:33:39 chr16 71025245 . C T 358.14 PASS AF=0.410526;AO=37;DP=95;FAO=39;FDP=95;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=31;FSRR=25;FWDB=0.00376921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.454;QD=15.0796;RBI=0.00860904;REFB=-0.0100993;REVB=-0.00774006;RO=56;SAF=15;SAR=22;SRF=31;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157336;STB=0.584597;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0117138;OID=.;OPOS=71025245;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:56:56:37:39:0.410526:22:15:31:25:23:16:31:25 chr16 71026076 . C G 363.25 PASS AF=0.443182;AO=38;DP=87;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.0303786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9997;QD=16.5114;RBI=0.0304565;REFB=0.0006479;REVB=-0.00217712;RO=47;SAF=11;SAR=27;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213817;STB=0.608964;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00053604;OID=.;OPOS=71026076;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:47:49:38:39:0.443182:27:11:23:24:27:12:24:25 chr16 71026098 . C T 155.24 PASS AF=0.355932;AO=19;DP=58;FAO=21;FDP=59;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00700659;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.438;QD=10.5247;RBI=0.022744;REFB=-0.0228253;REVB=0.0216379;RO=37;SAF=1;SAR=18;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.62938;STB=0.806242;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0141746;OID=.;OPOS=71026098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:37:38:19:21:0.355932:18:1:16:21:19:2:16:22 chr16 71054178 . T C 696.94 PASS AF=0.471338;AO=72;DP=156;FAO=74;FDP=157;FR=.;FRO=83;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=41;FSRR=42;FWDB=0.00151949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.689;QD=17.7565;RBI=0.0227409;REFB=-0.00530073;REVB=0.0226901;RO=81;SAF=40;SAR=32;SRF=40;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592762;STB=0.524674;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00587685;OID=.;OPOS=71054178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:157:81:83:72:74:0.471338:32:40:40:41:34:40:41:42 chr16 71061495 . A G 960.07 PASS AF=0.427386;AO=103;DP=241;FAO=103;FDP=241;FR=.;FRO=138;FSAF=70;FSAR=33;FSRF=76;FSRR=62;FWDB=-0.0037852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8965;QD=15.9348;RBI=0.0246816;REFB=-0.0266802;REVB=-0.0243896;RO=137;SAF=70;SAR=33;SRF=76;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138311;STB=0.579858;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0440722;OID=.;OPOS=71061495;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:241:241:137:138:103:103:0.427386:33:70:76:61:33:70:76:62 chr16 71094434 . G A 782.46 PASS AF=0.256071;AO=115;DP=451;FAO=116;FDP=453;FR=.;FRO=337;FSAF=42;FSAR=74;FSRF=154;FSRR=183;FWDB=-0.00737858;FXX=0.00220259;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9648;QD=6.90914;RBI=0.027336;REFB=-0.00688624;REVB=0.0263214;RO=305;SAF=42;SAR=73;SRF=144;SRR=161;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136199;STB=0.573313;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0212708;OID=.;OPOS=71094434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:451:453:305:337:115:116:0.256071:73:42:144:161:74:42:154:183 chr16 71098649 . T C 793.98 PASS AF=0.519481;AO=80;DP=153;FAO=80;FDP=154;FR=.;FRO=74;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=28;FSRR=46;FWDB=0.00515045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.7856;QD=20.623;RBI=0.0105794;REFB=0.00291163;REVB=-0.00924099;RO=73;SAF=34;SAR=46;SRF=28;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371214;STB=0.523071;STBP=0.556;TYPE=snp;VARB=-0.00322742;OID=.;OPOS=71098649;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:154:73:74:80:80:0.519481:46:34:28:45:46:34:28:46 chr16 71100830 . T C 294.52 PASS AF=0.423077;AO=33;DP=78;FAO=33;FDP=78;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=-0.0115723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.375;QD=15.1036;RBI=0.0129089;REFB=-0.00527974;REVB=-0.00572025;RO=45;SAF=10;SAR=23;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359169;STB=0.520349;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.00785247;OID=.;OPOS=71100830;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:45:45:33:33:0.423077:23:10:15:30:23:10:15:30 chr16 71100838 . T C 42.78 PASS AF=0.123288;AO=9;DP=73;FAO=9;FDP=73;FR=.;FRO=64;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=43;FWDB=-0.0129331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.447;QD=2.3443;RBI=0.0143043;REFB=-0.00397777;REVB=0.00611134;RO=64;SAF=3;SAR=6;SRF=21;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00707734;STB=0.505143;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.0237972;OID=.;OPOS=71100838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:73:73:64:64:9:9:0.123288:6:3:21:43:6:3:21:43 chr16 71101200 . T C 265.23 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=0.00698999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.377;QD=15.602;RBI=0.0138345;REFB=0.0017762;REVB=-0.0119387;RO=38;SAF=19;SAR=11;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260268;STB=0.64679;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.0014601;OID=.;OPOS=71101200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:11:19:14:24:11:19:14:24 chr16 71101270 . C T 309.37 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=77;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=28;FWDB=0.0311691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.688;QD=16.0714;RBI=0.0327202;REFB=-0.000219737;REVB=0.00995466;RO=43;SAF=20;SAR=14;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234198;STB=0.631503;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.000514368;OID=.;OPOS=71101270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:43:34:34:0.441558:14:20:15:28:14:20:15:28 chr16 71103269 . T C 2044.72 PASS AF=0.567976;AO=186;DP=332;FAO=188;FDP=331;FR=.;FRO=143;FSAF=80;FSAR=108;FSRF=77;FSRR=66;FWDB=0.0124388;FXX=0.0119399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.349;QD=24.7096;RBI=0.0124411;REFB=-0.0124646;REVB=-0.000239484;RO=138;SAF=80;SAR=106;SRF=74;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0839787;STB=0.549159;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00970006;OID=.;OPOS=71103269;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:332:331:138:143:186:188:0.567976:106:80:74:64:108:80:77:66 chr16 71109904 . C A 532.68 PASS AF=0.482759;AO=56;DP=117;FAO=56;FDP=116;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.00464033;FXX=0.00854628;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.356;QD=18.3682;RBI=0.00469691;REFB=-0.0174159;REVB=-0.000726804;RO=59;SAF=20;SAR=36;SRF=24;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492167;STB=0.523801;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0195313;OID=.;OPOS=71109904;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:116:59:60:56:56:0.482759:36:20:24:35:36:20:24:36 chr16 71113780 . C T 170.18 PASS AF=0.45;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00695294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.646;QD=17.018;RBI=0.0161117;REFB=-0.0152515;REVB=-0.0145342;RO=21;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494516;STB=0.545403;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0308296;OID=.;OPOS=71113780;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:21:22:18:18:0.45:6:12:13:8:6:12:13:9 chr16 71122408 . C T 191.0 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0668138;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9032;QD=13.4034;RBI=0.074225;REFB=-0.0240997;REVB=-0.0323307;RO=34;SAF=12;SAR=11;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175007;STB=0.599916;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0330404;OID=.;OPOS=71122408;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:11:12:12:22:11:12:12:22 chr16 71163579 . C T 689.76 PASS AF=0.5;AO=65;DP=134;FAO=69;FDP=138;FR=.;FRO=69;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=36;FSRR=33;FWDB=-0.020631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.587;QD=19.9931;RBI=0.069723;REFB=-0.012165;REVB=0.0666007;RO=69;SAF=26;SAR=39;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114944;STB=0.566455;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0150781;OID=.;OPOS=71163579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:138:69:69:65:69:0.5:39:26:36:33:42:27:36:33 chr16 71163606 . C T 476.18 PASS AF=0.388489;AO=54;DP=139;FAO=54;FDP=139;FR=.;FRO=85;FSAF=20;FSAR=34;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=0.00127674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.452;QD=13.703;RBI=0.0122832;REFB=-0.0209931;REVB=-0.0122167;RO=84;SAF=20;SAR=34;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078863;STB=0.548979;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0291541;OID=.;OPOS=71163606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:84:85:54:54:0.388489:34:20:37:47:34:20:38:47 chr16 71163693 . A G 84.18 PASS AF=0.168539;AO=15;DP=89;FAO=15;FDP=89;FR=.;FRO=74;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=35;FSRR=39;FWDB=-0.00455092;FXX=0.0219756;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.39;QD=3.78355;RBI=0.0218527;REFB=-0.00872547;REVB=-0.0213736;RO=74;SAF=5;SAR=10;SRF=35;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180473;STB=0.619991;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0459705;OID=.;OPOS=71163693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:89:89:74:74:15:15:0.168539:10:5:35:39:10:5:35:39 chr16 71237702 . C T 71.08 PASS AF=0.263158;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=38;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.000856781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.081;QD=7.48161;RBI=0.02242;REFB=-0.00552216;REVB=-0.0224036;RO=28;SAF=6;SAR=4;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399939;STB=0.742163;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0208571;OID=.;OPOS=71237702;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:38:38:28:28:10:10:0.263158:4:6:7:21:4:6:7:21 chr16 71264523 . T A 178.48 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.00861852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4375;QD=14.8731;RBI=0.0086209;REFB=-0.0189466;REVB=0.000202384;RO=27;SAF=3;SAR=16;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166043;STB=0.583844;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0193933;OID=.;OPOS=71264523;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:29:19:19:0.395833:16:3:7:20:16:3:7:22 chr16 71264561 . A G 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0351283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.297;QD=16.0643;RBI=0.0407125;REFB=-0.00254237;REVB=-0.0205794;RO=22;SAF=4;SAR=14;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22038;STB=0.610605;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00290502;OID=.;OPOS=71264561;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:24:18:18:0.428571:14:4:9:13:14:4:9:15 chr16 71318577 . T C 177.49 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00391866;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.009;QD=14.4892;RBI=0.0233359;REFB=-0.00871521;REVB=0.0230045;RO=30;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243515;STB=0.640878;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00855381;OID=.;OPOS=71318577;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:7:12:12:18:7:12:12:18 chr16 71319539 . C T 347.64 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.016926;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.99;QD=51.5022;RBI=0.0202795;REFB=-0.0039189;REVB=0.01117;RO=1;SAF=19;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0238291;STB=0.512811;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.000108785;OID=.;OPOS=71319539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:7:19:1:0:7:19:1:0 chr16 71319646 . G A 1330.02 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0125684;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6174;QD=61.8614;RBI=0.066209;REFB=0;REVB=0.0650051;RO=0;SAF=40;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00091024;OID=.;OPOS=71319646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:86:0:0:83:86:1:43:40:0:0:44:42:0:0 chr16 71418291 . T C 315.58 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=10;FWDB=-0.0297514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.192;QD=17.5323;RBI=0.0328301;REFB=-0.00583721;REVB=0.0138806;RO=36;SAF=26;SAR=8;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0524917;STB=0.519988;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0146347;OID=.;OPOS=71418291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:36:38:34:34:0.472222:8:26:26:10:8:26:28:10 chr16 71487206 . T C 753.42 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.044278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0797;QD=61.5037;RBI=0.0442914;REFB=0.0801598;REVB=-0.00109229;RO=1;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019199;STB=0.5102;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.0100483;OID=.;OPOS=71487206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:24:24:0:1:24:24:0:1 chr16 71509588 . G A 596.95 PASS AF=0.931818;AO=40;DP=43;FAO=41;FDP=44;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0191404;FXX=0.0222173;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.6932;QD=54.2679;RBI=0.0414053;REFB=-0.175447;REVB=0.0367157;RO=3;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0719708;STB=0.536568;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0221773;OID=.;OPOS=71509588;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:43:44:3:3:40:41:0.931818:18:22:0:3:19:22:0:3 chr16 71509633 . A AC 299.42 PASS AF=0.964286;AO=4;DP=30;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0764635;FXX=0.0666445;HRUN=0;LEN=1;MLLD=128.33;QD=42.7737;RBI=0.115119;REFB=-0.0622514;REVB=0.0860562;RO=26;SAF=0;SAR=4;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.559991;STB=0.512186;STBP=0.653;TYPE=ins;VARB=0.0011266;OID=.;OPOS=71509634;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.964286:4:30:27:28:1:7:20:0:1:5:26:0:4:8:18 chr16 71509634 . G C,T 313.24 PASS AF=0.821429,0.107143;AO=21,3;DP=29;FAO=23,3;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=7,0;FSAR=16,3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00703678,0.00568532;FXX=0.0666445;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=137.157,94.0521;QD=44.7487;RBI=0.0484486,0.0229427;REFB=-0.183046,-0.00827397;REVB=0.0479349,-0.0222271;RO=1;SAF=7,0;SAR=14,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0318424,0;STB=0.529387,0.5;STBP=0.45,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0036813,0.148508;OID=.,.;OPOS=71509634,71509634;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:15:29:28:1:2:21,3:23,3:0.821429,0.107143:14,3:7,0:0:1:16,3:7,0:0:2 chr16 71509685 . C G 203.6 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.151691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.79;QD=47.9058;RBI=0.15323;REFB=0;REVB=0.021665;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00184874;OID=.;OPOS=71509685;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr16 71509796 . C G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000968403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5395;QD=44.6885;RBI=0.00392278;REFB=0;REVB=0.00380137;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138745;OID=.;OPOS=71509796;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr16 71660310 . G A 188.79 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.5374;QD=44.4216;RBI=0.210367;REFB=-0.0675036;REVB=0.177712;RO=1;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828326;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0146404;OID=.;OPOS=71660310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:17:17:1:0:16:17:1:5:11:0:1:6:11:0:0 chr16 71668634 . T G 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.017479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.716;QD=37.893;RBI=0.0187173;REFB=0.065283;REVB=0.00669498;RO=1;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0998765;STB=0.55546;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.000645134;OID=.;OPOS=71668634;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:8:4:1:0:8:4:1:0 chr16 71674882 . C G 361.73 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.107061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1022;QD=49.8932;RBI=0.107256;REFB=0.0904491;REVB=0.00647085;RO=1;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251379;STB=0.513504;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00101371;OID=.;OPOS=71674882;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:29:29:1:1:27:28:0.965517:18:9:0:1:18:10:0:1 chr16 71678932 . T C 382.77 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00481161;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.389;QD=52.7959;RBI=0.00708816;REFB=-0.105609;REVB=-0.00520484;RO=1;SAF=11;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0404293;STB=0.521723;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.000702873;OID=.;OPOS=71678932;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:17:11:1:0:17:11:1:0 chr16 71679057 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00075514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.596;QD=51.9159;RBI=0.0719964;REFB=0;REVB=-0.0719924;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000736892;OID=.;OPOS=71679057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr16 71800384 . T A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0364046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=257.903;QD=62.0219;RBI=0.0374436;REFB=0;REVB=-0.00875924;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95179e-05;OID=.;OPOS=71800384;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:30:12:0:0:30:12:0:0 chr16 71884273 . A G 99.87 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.3243;QD=24.9664;RBI=0.0373189;REFB=-0.0815338;REVB=0.0373189;RO=5;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0104923;OID=.;OPOS=71884273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:17:16:5:5:11:11:0.6875:11:0:0:5:11:0:0:5 chr16 71886530 . T A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.613;QD=54.5177;RBI=0.0359948;REFB=0;REVB=0.00516385;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000179296;OID=.;OPOS=71886530;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr16 71889173 . C T 901.52 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=331.788;QD=58.1627;RBI=0.0231001;REFB=0;REVB=0.0123015;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20547e-05;OID=.;OPOS=71889173;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:26:35:0:0:27:35:0:0 chr16 71890489 . C G 1590.39 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00538886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.364;QD=60.0146;RBI=0.0126444;REFB=0;REVB=0.0114385;RO=0;SAF=51;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.66694e-05;OID=.;OPOS=71890489;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:106:0:0:105:106:1:54:51:0:0:54:52:0:0 chr16 71981414 . C CTTTG 799.2 PASS AF=0.849315;AO=58;DP=75;FAO=62;FDP=73;FR=.;FRO=11;FSAF=22;FSAR=40;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00994803;FXX=0.0266631;HRUN=3;LEN=4;MLLD=258.768;QD=43.7915;RBI=0.0104154;REFB=-0.0401325;REVB=0.00308508;RO=11;SAF=20;SAR=38;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00620029;STB=0.501446;STBP=0.964;TYPE=ins;VARB=0.00687408;OID=.;OPOS=71981415;OREF=-;OALT=TTTG;OMAPALT=CTTTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.849315:58:75:62:73:11:22:40:4:7:57:11:20:38:4:7 chr16 71983772 . G C 902.67 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00384955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.435;QD=58.2371;RBI=0.0146194;REFB=0;REVB=0.0141035;RO=0;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.04398e-05;OID=.;OPOS=71983772;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:31:30:0:0:31:31:0:0 chr16 71986946 . A G 1193.59 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000929436;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3929;QD=61.21;RBI=0.000937776;REFB=0;REVB=0.00012479;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.24667e-05;OID=.;OPOS=71986946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:39:39:0:0:39:39:0:0 chr16 71986995 . G A 709.23 PASS AF=0.980769;AO=48;DP=48;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0231659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.816;QD=54.5563;RBI=0.032931;REFB=-0.0382717;REVB=0.0234049;RO=0;SAF=20;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.56477e-08;STB=0.508194;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000705801;OID=.;OPOS=71986995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:48:52:0:1:48:51:0.980769:28:20:0:0:30:21:0:1 chr16 71988106 . C T 993.76 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0197966;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.709;QD=57.609;RBI=0.0396375;REFB=0.0303596;REVB=0.0343398;RO=1;SAF=43;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108664;STB=0.505745;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000103473;OID=.;OPOS=71988106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:25:43:1:0:25:43:1:0 chr16 72001136 . G A 700.03 PASS AF=1;AO=49;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01381;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.205;QD=54.904;RBI=0.043976;REFB=0;REVB=0.0417513;RO=1;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014941;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111397;OID=.;OPOS=72001136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:1:0:49:51:1:31:18:0:1:33:18:0:0 chr16 72007399 . C T 271.88 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166575;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.347;QD=51.786;RBI=0.0184606;REFB=0;REVB=0.00795739;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020881;OID=.;OPOS=72007399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:11:9:0:0:11:10:0:0 chr16 72011181 . G T 753.81 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1301;QD=56.8915;RBI=0.0200377;REFB=0;REVB=-0.00334001;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112755;OID=.;OPOS=72011181;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr16 72011193 . A C 955.02 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00397927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.2436;QD=58.7704;RBI=0.00914494;REFB=0;REVB=-0.00823379;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.2376e-05;OID=.;OPOS=72011193;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr16 72011261 . A G 1248.43 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0210449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.0733;QD=60.1655;RBI=0.0783319;REFB=-0.0204852;REVB=-0.075452;RO=1;SAF=44;SAR=38;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106419;STB=0.505617;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00351363;OID=.;OPOS=72011261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:38:44:1:0:38:44:1:0 chr16 72013797 . G C 704.04 PASS AF=1;AO=43;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388318;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.806;QD=62.5815;RBI=0.0414254;REFB=0;REVB=0.0144274;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366525;OID=.;OPOS=72013797;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:43:45:1:29:14:0:0:29:16:0:0 chr16 72020134 . T C 817.71 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0424092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4979;QD=57.383;RBI=0.0563837;REFB=0;REVB=-0.0371561;RO=0;SAF=22;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000914308;OID=.;OPOS=72020134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:35:22:0:0:35:22:0:0 chr16 72020294 . G A 219.66 PASS AF=0.863636;AO=18;DP=21;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00290725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.9576;QD=39.9384;RBI=0.0172481;REFB=-0.126006;REVB=0.0170013;RO=2;SAF=7;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114285;STB=0.588141;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0102825;OID=.;OPOS=72020294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:21:22:2:3:18:19:0.863636:11:7:2:0:12:7:3:0 chr16 72020323 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.779;QD=51.1846;RBI=0.0319395;REFB=0;REVB=0.0078174;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160239;OID=.;OPOS=72020323;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr16 72032231 . T A 728.27 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.014357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.591;QD=63.3278;RBI=0.0364585;REFB=0;REVB=0.0335127;RO=0;SAF=33;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.49751e-05;OID=.;OPOS=72032231;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:12:33:0:0:13:33:0:0 chr16 72042682 . A C 501.59 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.833;QD=59.0102;RBI=0.0641852;REFB=0;REVB=0.0428186;RO=0;SAF=7;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417354;OID=.;OPOS=72042682;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:27:7:0:0:27:7:0:0 chr16 72818965 . T A,TA 263.85 PASS AF=0,0.454545;AO=4,28;DP=78;FAO=0,35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=0,22;FSAR=0,13;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.00691193,-0.0155999;FXX=0.0128189;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=253.819,19.2413;QD=13.7066;RBI=0.00792863,0.0458439;REFB=0.00195547,-0.0227907;REVB=-0.00388439,0.043108;RO=43;SAF=3,18;SAR=1,10;SRF=25;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.191575,0.0691082;STB=0.5,0.532794;STBP=1,0.603;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.0220083;OID=.,.;OPOS=72818965,72818966;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:78:77:43:42:4,28:0,35:0,0.454545:1,10:3,18:25:18:0,13:0,22:24:18 chr16 72827758 . T C 452.69 PASS AF=1;AO=27;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.703;QD=56.5867;RBI=0.0465578;REFB=0;REVB=0.0443677;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133298;OID=.;OPOS=72827758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:27:32:1:8:19:0:0:9:23:0:0 chr16 72828403 . A G 104.6 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0210162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0325;QD=19.9242;RBI=0.0543795;REFB=-0.0231878;REVB=-0.0501542;RO=8;SAF=6;SAR=6;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266336;STB=0.61886;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0124141;OID=.;OPOS=72828403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:21:8:9:12:12:0.571429:6:6:7:1:6:6:7:2 chr16 72829630 . A G 125.21 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0249642;FXX=0.105235;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.2094;QD=14.7306;RBI=0.0252102;REFB=-0.0171925;REVB=0.00351346;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236183;STB=0.599859;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.0308341;OID=.;OPOS=72829630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:34:16:20:14:14:0.411765:6:8:5:11:6:8:8:12 chr16 72831029 . G A 52.54 PASS AF=0.216216;AO=7;DP=36;FAO=8;FDP=37;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.0353636;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.333;QD=5.68023;RBI=0.0382959;REFB=-0.0198686;REVB=0.0146966;RO=29;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187049;STB=0.567402;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0809752;OID=.;OPOS=72831029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:36:37:29:29:7:8:0.216216:3:4:12:17:4:4:12:17 chr16 72832135 . T A 257.97 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=0.0370129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.196;QD=18.4264;RBI=0.0371994;REFB=-0.0127377;REVB=0.00372068;RO=28;SAF=15;SAR=13;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15862;STB=0.588546;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0149238;OID=.;OPOS=72832135;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:13:15:10:18:13:15:10:18 chr16 72991660 . C G 202.84 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.004878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1329;QD=21.9286;RBI=0.00498019;REFB=-0.0469099;REVB=0.0010037;RO=17;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240585;STB=0.5135;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0207919;OID=.;OPOS=72991660;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:10:10:9:8:10:10:9:8 chr16 72993831 . A C 445.86 PASS AF=1;AO=21;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261679;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3954;QD=57.53;RBI=0.0931895;REFB=0;REVB=0.0894401;RO=0;SAF=18;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000815985;OID=.;OPOS=72993831;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:21:31:1:3:18:0:0:6:25:0:0 chr16 72993832 . G C 62.42 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=3;FWDB=-0.00871741;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=101.716;QD=7.80275;RBI=0.0318685;REFB=-0.0371815;REVB=0.030653;RO=23;SAF=6;SAR=3;SRF=20;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309262;STB=0.683895;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0138197;OID=.;OPOS=72993832;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:3:6:20:3:3:6:20:3 chr16 73143402 . C CAGA 85.55 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0151;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=3;MLLD=239.575;QD=9.00524;RBI=0.0172045;REFB=-0.00271358;REVB=0.00824529;RO=27;SAF=7;SAR=4;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221959;STB=0.636116;STBP=0.317;TYPE=ins;VARB=0.0046566;OID=.;OPOS=73143403;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=CAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.289474:11:40:11:38:27:7:4:12:15:85:27:7:4:12:15 chr16 74366531 . A C 268.1 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.00514402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.947;QD=21.8859;RBI=0.0349464;REFB=-0.0128754;REVB=-0.0345657;RO=23;SAF=3;SAR=22;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.553337;STB=0.809527;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.012048;OID=.;OPOS=74366531;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:23:24:25:25:0.510204:22:3:15:8:22:3:15:9 chr16 74371496 . A T 203.21 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00930657;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=270.698;QD=21.9688;RBI=0.00935381;REFB=-0.00543806;REVB=-0.000938851;RO=17;SAF=11;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160139;STB=0.589724;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00558255;OID=.;OPOS=74371496;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:9:11:6:11:9:11:6:11 chr16 74394671 . T C 215.57 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=78;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=-0.0262131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.554;QD=10.9151;RBI=0.0336506;REFB=-0.0278841;REVB=-0.0211005;RO=51;SAF=17;SAR=10;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181243;STB=0.599544;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0373038;OID=.;OPOS=74394671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:51:52:27:27:0.341772:10:17:24:27:10:17:25:27 chr16 74425314 . G A 36.15 PASS AF=0.0967742;AO=9;DP=94;FAO=9;FDP=93;FR=.;FRO=84;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=63;FSRR=21;FWDB=-0.018418;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.376;QD=1.5549;RBI=0.0636732;REFB=-0.00214107;REVB=0.0609512;RO=84;SAF=7;SAR=2;SRF=63;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441705;STB=0.534804;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0234506;OID=.;OPOS=74425314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:94:93:84:84:9:9:0.0967742:2:7:63:21:2:7:63:21 chr16 74425358 . G A 414.04 PASS AF=0.325301;AO=53;DP=167;FAO=54;FDP=166;FR=.;FRO=112;FSAF=35;FSAR=19;FSRF=88;FSRR=24;FWDB=-0.0108086;FXX=0.0177504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.523;QD=9.97677;RBI=0.0168844;REFB=2.27809e-06;REVB=-0.0129714;RO=112;SAF=35;SAR=18;SRF=88;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17694;STB=0.608241;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.000164932;OID=.;OPOS=74425358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:166:112:112:53:54:0.325301:18:35:88:24:19:35:88:24 chr16 74425365 . A G 52.24 PASS AF=0.0887574;AO=15;DP=171;FAO=15;FDP=169;FR=.,HEALED;FRO=154;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=118;FSRR=36;FWDB=-0.0145192;FXX=0.0231201;HRUN=6;LEN=1;MLLD=244.093;QD=1.23653;RBI=0.0310727;REFB=-0.0021205;REVB=-0.0274719;RO=107;SAF=7;SAR=8;SRF=86;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.440487;STB=0.764263;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0245311;OID=.;OPOS=74425365;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:171:169:107:154:15:15:0.0887574:8:7:86:21:8:7:118:36 chr16 74425548 . A G 851.91 PASS AF=0.555556;AO=79;DP=143;FAO=80;FDP=144;FR=.;FRO=64;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.0240948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8139;QD=23.6641;RBI=0.0372047;REFB=-0.0315586;REVB=0.0283484;RO=63;SAF=44;SAR=35;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00115766;STB=0.507041;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0256717;OID=.;OPOS=74425548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:63:64:79:80:0.555556:35:44:35:28:35:45:35:29 chr16 74425569 . C T 232.56 PASS AF=0.303922;AO=31;DP=102;FAO=31;FDP=102;FR=.;FRO=71;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=39;FWDB=0.0125624;FXX=0.0097078;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.707;QD=9.11997;RBI=0.0145793;REFB=-0.0332503;REVB=-0.0073987;RO=69;SAF=13;SAR=18;SRF=30;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185643;STB=0.522229;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0680228;OID=.;OPOS=74425569;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:69:71:31:31:0.303922:18:13:30:39:18:13:32:39 chr16 74425702 . GG AA 91.76 PASS AF=0.143713;AO=13;DP=158;FAO=24;FDP=167;FR=.;FRO=143;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=77;FSRR=66;FWDB=-0.00950102;FXX=0.017646;HRUN=2;LEN=2;MLLD=167.098;QD=2.19777;RBI=0.02316;REFB=-0.00485058;REVB=0.0211214;RO=138;SAF=11;SAR=2;SRF=75;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.373031;STB=0.532907;STBP=0.738;TYPE=mnp;VARB=0.0271306;OID=.;OPOS=74425702;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:158:167:138:143:13:24:0.143713:2:11:75:63:12:12:77:66 chr16 74425732 . G T 190.54 PASS AF=0.187845;AO=32;DP=183;FAO=34;FDP=181;FR=.,HEALED;FRO=147;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=82;FSRR=65;FWDB=-0.017302;FXX=0.0109284;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.014;QD=4.21076;RBI=0.0665629;REFB=-0.0168673;REVB=-0.0642748;RO=124;SAF=16;SAR=16;SRF=78;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165864;STB=0.523204;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0683684;OID=.;OPOS=74425732;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:181:124:147:32:34:0.187845:16:16:78:46:16:18:82:65 chr16 74425769 . C T 205.08 PASS AF=0.205882;AO=35;DP=170;FAO=35;FDP=170;FR=.;FRO=135;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=75;FSRR=60;FWDB=0.00696613;FXX=0.00584761;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8581;QD=4.82529;RBI=0.0150873;REFB=-0.0130634;REVB=-0.0133828;RO=134;SAF=19;SAR=16;SRF=74;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120781;STB=0.510171;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0741975;OID=.;OPOS=74425769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:170:134:135:35:35:0.205882:16:19:74:60:16:19:75:60 chr16 74425787 . G T 173.49 PASS AF=0.222222;AO=28;DP=127;FAO=28;FDP=126;FR=.;FRO=98;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=58;FSRR=40;FWDB=0.00779984;FXX=0.0078734;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.975;QD=5.50766;RBI=0.0275378;REFB=-0.00798646;REVB=-0.0264101;RO=97;SAF=14;SAR=14;SRF=58;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123914;STB=0.571379;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0341916;OID=.;OPOS=74425787;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:97:98:28:28:0.222222:14:14:58:39:14:14:58:40 chr16 74425793 . T C 163.5 PASS AF=0.234234;AO=25;DP=110;FAO=26;FDP=111;FR=.;FRO=85;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=49;FSRR=36;FWDB=-0.0159929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.183;QD=5.89201;RBI=0.0256231;REFB=-0.0113165;REVB=-0.0200193;RO=83;SAF=11;SAR=14;SRF=47;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156953;STB=0.587279;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0345037;OID=.;OPOS=74425793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:83:85:25:26:0.234234:14:11:47:36:14:12:49:36 chr16 74425795 . G A 173.33 PASS AF=0.252336;AO=27;DP=107;FAO=27;FDP=107;FR=.;FRO=80;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=47;FSRR=33;FWDB=0.00230453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.5683;QD=6.47978;RBI=0.0184128;REFB=-0.0412557;REVB=-0.0182681;RO=79;SAF=13;SAR=14;SRF=46;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124162;STB=0.578854;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0206858;OID=.;OPOS=74425795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:79:80:27:27:0.252336:14:13:46:33:14:13:47:33 chr16 74425826 . G A 67.45 PASS AF=0.189655;AO=11;DP=58;FAO=11;FDP=58;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0173618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.777;QD=4.65204;RBI=0.0229122;REFB=-0.00477856;REVB=-0.0149511;RO=47;SAF=6;SAR=5;SRF=28;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633018;STB=0.541327;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0386754;OID=.;OPOS=74425826;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:58:58:47:47:11:11:0.189655:5:6:28:19:5:6:28:19 chr16 74443789 . T TG 31.08 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0474891;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.1231;QD=6.21673;RBI=0.0948743;REFB=-0.0843403;REVB=-0.0821335;RO=13;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260866;STB=0.66611;STBP=0.411;TYPE=ins;VARB=0.116067;OID=.;OPOS=74443790;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35:7:20:7:20:13:1:6:4:9:31:13:1:6:4:9 chr16 74537591 . C T 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014386;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=255.681;QD=56.1915;RBI=0.0269931;REFB=0;REVB=0.0228401;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000122563;OID=.;OPOS=74537591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr16 74566081 . TAAAAAAAAAA TAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAT 161.19 PASS AF=0.4,0.6;AO=6,12;DP=23;FAO=8,12;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1;FSAR=8,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.193223,-0.170991;FXX=0.130378;HRUN=11,11;LEN=1,1;MLLD=4.89583,205.572;QD=32.2381;RBI=0.290542,0.171376;REFB=-0.0424103,-0.0185638;REVB=-0.216978,-0.0114892;RO=1;SAF=0,1;SAR=6,11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0393232;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0815757,0.00514589;OID=.,.;OPOS=74566082,74566091;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=TAAAAAAAAA,TAAAAAAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.4,0.6:6,12:23:8,12:20:0:0,1:8,11:0:0:51:1:0,1:6,11:0:1 chr16 74664743 . T C 837.07 PASS AF=0.983333;AO=50;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.010403;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.2691;QD=55.8044;RBI=0.0217945;REFB=-0.0160244;REVB=-0.0191515;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.506491;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.000162371;OID=.;OPOS=74664743;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:0:1:50:59:0.983333:29:21:0:0:38:21:0:1 chr16 74664810 . A T 851.21 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128027;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.3953;QD=57.7094;RBI=0.129737;REFB=0;REVB=0.0209918;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139445;OID=.;OPOS=74664810;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:29:30:0:0:29:30:0:0 chr16 74670458 . C T 429.01 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0115828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2846;QD=57.2014;RBI=0.0551262;REFB=0;REVB=-0.0538956;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000672059;OID=.;OPOS=74670458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:22:8:0:0:22:8:0:0 chr16 74695079 . G T 1061.98 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.424;QD=59.8299;RBI=0.0156095;REFB=0;REVB=-0.00534836;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.78733e-05;OID=.;OPOS=74695079;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:30:41:0:0:30:41:0:0 chr16 74750351 . A G 140.67 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.000343451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.732;QD=13.0852;RBI=0.0447027;REFB=-0.0223185;REVB=-0.0447014;RO=27;SAF=11;SAR=5;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19185;STB=0.612857;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0356778;OID=.;OPOS=74750351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:16:16:0.372093:5:11:14:13:5:11:14:13 chr16 74750396 . T C 68.93 PASS AF=0.242424;AO=5;DP=32;FAO=8;FDP=33;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=22;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00626917;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4071;QD=8.35563;RBI=0.0150619;REFB=-0.0207964;REVB=-0.0136952;RO=20;SAF=2;SAR=3;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617536;STB=0.624688;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0376699;OID=.;OPOS=74750396;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:32:33:20:22:5:8:0.242424:3:2:7:13:3:5:10:12 chr16 74750405 . G A 238.57 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.00171117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.076;QD=27.2648;RBI=0.00206412;REFB=-0.0321879;REVB=0.00115432;RO=12;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106522;STB=0.571365;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.026537;OID=.;OPOS=74750405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:12:13:22:22:0.628571:11:11:8:4:11:11:9:4 chr16 74750556 . A G 260.13 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.041515;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.4405;QD=24.7738;RBI=0.0526675;REFB=0.00860393;REVB=-0.0324094;RO=18;SAF=14;SAR=10;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232307;STB=0.628801;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=-0.0170167;OID=.;OPOS=74750556;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:10:14:5:13:10:14:5:13 chr16 75142267 . C T 116.16 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00766334;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.259;QD=11.3328;RBI=0.0107616;REFB=-0.0122453;REVB=0.00755549;RO=27;SAF=3;SAR=11;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215216;STB=0.629753;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.0234053;OID=.;OPOS=75142267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:11:3:10:17:11:3:10:17 chr16 75238103 . C T 771.71 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552338;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1223;QD=57.1635;RBI=0.061124;REFB=0;REVB=0.0261795;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.58608e-05;OID=.;OPOS=75238103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr16 75269267 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00820956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.664;QD=50.4134;RBI=0.009578;REFB=0;REVB=-0.00493369;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.55177e-05;OID=.;OPOS=75269267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr16 75269534 . C T 244.24 PASS AF=0.875;AO=20;DP=24;FAO=21;FDP=24;FR=.;FRO=3;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0285943;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.427;QD=40.7063;RBI=0.0589348;REFB=-0.0272152;REVB=0.0515332;RO=2;SAF=9;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918973;STB=0.57136;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.00640635;OID=.;OPOS=75269534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:24:24:2:3:20:21:0.875:11:9:2:0:12:9:3:0 chr16 75271146 . CCG CC,C 48.17 PASS AF=0,0.232143;AO=11,13;DP=59;FAO=0,13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=0,11;FSAR=0,2;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.131273,-0.0925213;FXX=0.0344768;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=11.5714,23.1236;QD=3.44066;RBI=0.409756,0.272824;REFB=-0.0719347,-0.0573058;REVB=-0.388159,-0.256657;RO=30;SAF=2,10;SAR=9,3;SRF=17;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.471879,0.266707;STB=0.5,0.826064;STBP=1,0.01;TYPE=del,del;VARB=0,0.15761;OID=.,.;OPOS=75271148,75271147;OREF=G,CG;OALT=-,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.232143:11,13:59:0,13:56:43:0,11:0,2:19:24:46:30:2,10:9,3:17:13 chr16 75281964 . A C 340.52 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00973964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.054;QD=54.4824;RBI=0.0688899;REFB=0;REVB=0.0681979;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347248;OID=.;OPOS=75281964;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr16 75327916 . A G 769.34 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0336692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.926;QD=54.9526;RBI=0.0366114;REFB=-0.149766;REVB=0.0143798;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.508769;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0011759;OID=.;OPOS=75327916;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:28:27:0:0:28:27:0:1 chr16 75565284 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.276;QD=46.848;RBI=0.0308229;REFB=0;REVB=0.0266127;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339397;OID=.;OPOS=75565284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr16 75565420 . A G 323.44 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00717081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.708;QD=53.9072;RBI=0.0793179;REFB=0;REVB=-0.0789931;RO=0;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00047799;OID=.;OPOS=75565420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:6:18:0:0:6:18:0:0 chr16 75574030 . C T 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0132966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.904;QD=58.78;RBI=0.0132967;REFB=0;REVB=3.54981e-05;RO=0;SAF=14;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.25447e-05;OID=.;OPOS=75574030;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:51:14:0:0:51:14:0:0 chr16 75590092 . G C 785.2 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0122;QD=56.0854;RBI=0.181804;REFB=0;REVB=0.181259;RO=0;SAF=25;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150663;OID=.;OPOS=75590092;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:54:56:1:29:25:0:0:30:26:0:0 chr16 75646307 . T C 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0236633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.475;QD=20.2683;RBI=0.0236639;REFB=-0.0149465;REVB=0.000175286;RO=21;SAF=9;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0161455;OID=.;OPOS=75646307;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:12:9:9:12:12:9:9:12 chr16 75646576 . G T 1542.71 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00458409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.103;QD=58.2153;RBI=0.005027;REFB=-0.0947517;REVB=-0.0020632;RO=0;SAF=51;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464485;OID=.;OPOS=75646576;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:104:106:0:0:103:106:1:52:51:0:0:54:52:0:0 chr16 75646685 . G T 417.68 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0715229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2275;QD=53.8941;RBI=0.0899432;REFB=0.110856;REVB=-0.0545368;RO=1;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282472;STB=0.515141;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00682686;OID=.;OPOS=75646685;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:16:14:0:1:16:14:0:1 chr16 75728368 . A G 918.76 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00164409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6527;QD=55.6827;RBI=0.0219804;REFB=-0.0262824;REVB=-0.0219188;RO=1;SAF=28;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165689;STB=0.506847;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00270185;OID=.;OPOS=75728368;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:64:65:0.984848:36:28:1:0:36:29:0:1 chr16 76311602 . G GT 254.73 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0329733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.0168;QD=44.3013;RBI=0.0863013;REFB=0;REVB=0.0797538;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00631604;OID=.;OPOS=76311603;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:23:23:23:23:0:6:17:0:0:5:0:6:17:0:0 chr16 76321560 . G A 474.35 PASS AF=0.444444;AO=52;DP=118;FAO=52;FDP=117;FR=.;FRO=65;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=43;FSRR=22;FWDB=-0.0246455;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3128;QD=16.2171;RBI=0.0246496;REFB=-0.0150087;REVB=0.000447547;RO=65;SAF=31;SAR=21;SRF=43;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686221;STB=0.538261;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0161228;OID=.;OPOS=76321560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:65:65:52:52:0.444444:21:31:43:22:21:31:43:22 chr16 76532583 . A G 1243.25 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00268417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.915;QD=61.3953;RBI=0.0155894;REFB=0;REVB=-0.0153566;RO=0;SAF=36;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.50406e-05;OID=.;OPOS=76532583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:81:0:0:78:81:1:42:36:0:0:43:38:0:0 chr16 76587202 . T G 210.35 PASS AF=0.366197;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=71;FR=.;FRO=45;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=-0.00704554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4512;QD=11.8506;RBI=0.0744716;REFB=-0.0157738;REVB=-0.0741376;RO=42;SAF=13;SAR=13;SRF=26;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128256;STB=0.563332;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0282763;OID=.;OPOS=76587202;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:42:45:26:26:0.366197:13:13:26:16:13:13:27:18 chr16 76587331 . T C 576.19 PASS AF=0.531532;AO=58;DP=111;FAO=59;FDP=111;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=45;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.0623915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.379;QD=20.7635;RBI=0.06244;REFB=-0.0103265;REVB=-0.0024588;RO=51;SAF=14;SAR=44;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194861;STB=0.616396;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00697555;OID=.;OPOS=76587331;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:51:52:58:59:0.531532:44:14:22:29:45:14:23:29 chr16 76902847 . T C 51.45 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0142527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.765;QD=5.71718;RBI=0.0377045;REFB=-0.00433881;REVB=0.0349069;RO=26;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105225;STB=0.598343;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0255015;OID=.;OPOS=76902847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:26:28:8:8:0.222222:5:3:12:14:5:3:14:14 chr16 76902850 . G A 71.71 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.00565285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.735;QD=7.96781;RBI=0.011645;REFB=0.0084384;REVB=0.010181;RO=26;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447464;STB=0.527722;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=-0.0222702;OID=.;OPOS=76902850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:26:26:10:10:0.277778:5:5:12:14:5:5:12:14 chr16 77228629 . A G 79.23 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0372052;FXX=0.110988;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.3085;QD=39.6142;RBI=0.0383892;REFB=0;REVB=0.00946073;RO=1;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978599;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00217128;OID=.;OPOS=77228629;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:8:1:0:8:8:1:4:4:1:0:4:4:0:0 chr16 77228866 . T C 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.10763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.277;QD=62.0196;RBI=0.108935;REFB=0;REVB=0.016808;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000242175;OID=.;OPOS=77228866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:28:14:0:0:28:14:0:0 chr16 77228971 . C T 134.13 PASS AF=0.928571;AO=11;DP=13;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0966103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.966;QD=38.3226;RBI=0.120468;REFB=-0.0623163;REVB=0.0719644;RO=1;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690901;STB=0.533282;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00612291;OID=.;OPOS=77228971;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:13:14:1:1:11:13:0.928571:5:6:1:0:6:7:1:0 chr16 77233394 . A G 3700.34 PASS AF=1;AO=233;DP=234;FAO=234;FDP=234;FR=.;FRO=0;FSAF=89;FSAR=145;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0298096;FXX=0.00425514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.624;QD=63.2537;RBI=0.0495756;REFB=0;REVB=0.0396122;RO=0;SAF=89;SAR=144;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.36998e-06;OID=.;OPOS=77233394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:234:234:0:0:233:234:1:144:89:0:0:145:89:0:0 chr16 77246795 . C G 360.79 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00190978;FXX=0.0370233;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0714;QD=55.5053;RBI=0.0398897;REFB=0;REVB=-0.039844;RO=1;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371368;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000766489;OID=.;OPOS=77246795;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:1:0:26:26:1:12:14:0:1:12:14:0:0 chr16 77316023 . T C 339.15 PASS AF=0.530303;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.0631307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7636;QD=20.5544;RBI=0.0637568;REFB=-0.00601407;REVB=0.00891329;RO=31;SAF=20;SAR=15;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122329;STB=0.56753;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00396952;OID=.;OPOS=77316023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:31:31:35:35:0.530303:15:20:22:9:15:20:22:9 chr16 77316150 . G T 139.46 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=46;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.0364425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.239;QD=12.1268;RBI=0.0510311;REFB=0.00239968;REVB=0.0357227;RO=30;SAF=7;SAR=9;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24979;STB=0.646103;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00693703;OID=.;OPOS=77316150;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:30:30:16:16:0.347826:9:7:20:10:9:7:20:10 chr16 77317591 . T C 194.74 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.00605332;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.997;QD=16.5733;RBI=0.0210891;REFB=-0.0249832;REVB=0.0202017;RO=27;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0317387;STB=0.518183;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=0.0339723;OID=.;OPOS=77317591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:27:27:20:20:0.425532:11:9:13:14:11:9:13:14 chr16 77323235 . C G 309.39 PASS AF=0.402299;AO=33;DP=87;FAO=35;FDP=87;FR=.;FRO=52;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0296535;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4627;QD=14.2246;RBI=0.030177;REFB=-0.00859145;REVB=-0.00559669;RO=52;SAF=24;SAR=9;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161127;STB=0.559324;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0134471;OID=.;OPOS=77323235;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:52:52:33:35:0.402299:9:24:31:21:11:24:31:21 chr16 77327018 . G A 283.69 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=23;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0178829;FXX=0.0135117;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.9813;QD=15.5444;RBI=0.0668995;REFB=-0.0179851;REVB=0.0644651;RO=41;SAF=23;SAR=9;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247798;STB=0.640576;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0265247;OID=.;OPOS=77327018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:9:23:20:21:9:23:20:21 chr16 77328895 . C T 246.04 PASS AF=0.379747;AO=28;DP=75;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.000436952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.791;QD=12.4579;RBI=0.0186605;REFB=-0.00819662;REVB=0.0186554;RO=47;SAF=15;SAR=13;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191711;STB=0.544275;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.018637;OID=.;OPOS=77328895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:79:47:49:28:30:0.379747:13:15:26:21:15:15:28:21 chr16 77328990 . C A 207.53 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0235873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.1235;QD=15.0931;RBI=0.0281352;REFB=-0.00193462;REVB=-0.0153372;RO=31;SAF=15;SAR=9;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111221;STB=0.563327;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.00257495;OID=.;OPOS=77328990;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:9:15:16:15:9:15:16:15 chr16 77353973 . G T 740.38 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.047;QD=56.952;RBI=0.0374031;REFB=0;REVB=0.0345105;RO=0;SAF=26;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000228259;OID=.;OPOS=77353973;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:26:26:0:0:26:26:0:0 chr16 77359919 . A T 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0402575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.151;QD=57.8843;RBI=0.0411064;REFB=0;REVB=-0.00831085;RO=0;SAF=19;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110888;OID=.;OPOS=77359919;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:41:19:0:0:41:19:0:0 chr16 77389956 . A G 761.39 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0262688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.747;QD=54.3852;RBI=0.0262932;REFB=-0.0519309;REVB=0.00113241;RO=1;SAF=18;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254582;STB=0.513509;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.000251792;OID=.;OPOS=77389956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:1:1:54:55:0.982143:36:18:1:0:37:18:1:0 chr16 77401545 . A G 710.71 PASS AF=0.5;AO=70;DP=140;FAO=70;FDP=140;FR=.;FRO=70;FSAF=39;FSAR=31;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=-0.0193474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.034;QD=20.3059;RBI=0.020257;REFB=-0.00302221;REVB=-0.00600202;RO=69;SAF=39;SAR=31;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161454;STB=0.592079;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00218829;OID=.;OPOS=77401545;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:69:70:70:70:0.5:31:39:26:43:31:39:26:44 chr16 77769288 . C T 1673.36 PASS AF=0.514019;AO=165;DP=320;FAO=165;FDP=321;FR=.;FRO=156;FSAF=84;FSAR=81;FSRF=93;FSRR=63;FWDB=0.0382923;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.585;QD=20.8519;RBI=0.0384211;REFB=-0.0204883;REVB=-0.00314309;RO=148;SAF=84;SAR=81;SRF=85;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0566397;STB=0.542385;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0208602;OID=.;OPOS=77769288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:320:321:148:156:165:165:0.514019:81:84:85:63:81:84:93:63 chr16 77769369 . C T 2773.43 PASS AF=0.994413;AO=178;DP=179;FAO=178;FDP=179;FR=.;FRO=1;FSAF=90;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0658633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.778;QD=61.9761;RBI=0.0690868;REFB=-0.0403935;REVB=0.0208568;RO=0;SAF=90;SAR=88;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.502825;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000101923;OID=.;OPOS=77769369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:179:179:0:1:178:178:0.994413:88:90:0:0:88:90:0:1 chr16 77775672 . A G 351.16 PASS AF=0.474359;AO=37;DP=76;FAO=37;FDP=78;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0147102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1772;QD=18.0081;RBI=0.0151928;REFB=-0.00578479;REVB=0.00379863;RO=39;SAF=17;SAR=20;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119479;STB=0.553222;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0058698;OID=.;OPOS=77775672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:39:41:37:37:0.474359:20:17:23:16:20:17:23:18 chr16 78013123 . C T 768.56 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.858;QD=56.9302;RBI=0.0294821;REFB=0;REVB=-0.0157211;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000116824;OID=.;OPOS=78013123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr16 78013882 . A T 201.54 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.0165364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.064;QD=13.8995;RBI=0.0200754;REFB=-0.0145002;REVB=0.0113828;RO=34;SAF=12;SAR=12;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18195;STB=0.603366;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0237858;OID=.;OPOS=78013882;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:12:12:23:11:12:12:23:11 chr16 78063000 . T C 177.49 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0589787;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.9232;QD=14.4889;RBI=0.0592355;REFB=-0.0232602;REVB=-0.0055095;RO=30;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133008;STB=0.576843;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.028927;OID=.;OPOS=78063000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:10:9:18:12:10:9:18:12 chr16 78063064 . G T 85.74 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0405841;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0077;QD=11.8269;RBI=0.0468193;REFB=-0.0128685;REVB=0.0233447;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276589;STB=0.662304;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0208989;OID=.;OPOS=78063064;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:6:5:13:5:6:5:13:5 chr16 78064351 . C G 212.28 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=31;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.00238113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.485;QD=27.3907;RBI=0.0239383;REFB=-0.0312767;REVB=-0.0238196;RO=11;SAF=16;SAR=4;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184168;STB=0.510194;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0127362;OID=.;OPOS=78064351;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:11:11:20:20:0.645161:4:16:9:2:4:16:9:2 chr16 78065139 . A G 651.74 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00607564;FXX=0.0217344;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.853;QD=57.9328;RBI=0.0300119;REFB=-0.149276;REVB=-0.0293905;RO=1;SAF=33;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140218;STB=0.516351;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.000519985;OID=.;OPOS=78065139;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:46:45:1:2:43:43:0.955556:10:33:1:0:10:33:1:1 chr16 78065972 . A G 482.91 PASS AF=0.409091;AO=54;DP=132;FAO=54;FDP=132;FR=.;FRO=78;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=54;FWDB=6.77965e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7641;QD=14.6335;RBI=0.0356162;REFB=0.0167744;REVB=0.0356162;RO=77;SAF=23;SAR=31;SRF=23;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139758;STB=0.572952;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=-0.0164722;OID=.;OPOS=78065972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:77:78:54:54:0.409091:31:23:23:54:31:23:24:54 chr16 78066018 . A C 399.69 PASS AF=0.418182;AO=46;DP=110;FAO=46;FDP=110;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=47;FWDB=0.00384612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.91;QD=14.5341;RBI=0.00442832;REFB=-0.002961;REVB=-0.00219485;RO=64;SAF=22;SAR=24;SRF=17;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22432;STB=0.62525;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00679693;OID=.;OPOS=78066018;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:64:64:46:46:0.418182:24:22:17:47:24:22:17:47 chr16 78142307 . TG T,TT 159.04 PASS AF=0.377778,0.0222222;AO=5,9;DP=40;FAO=17,1;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=16,1;FSAR=1,0;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0146369,-0.0141856;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=205.004,204.601;QD=14.1371;RBI=0.0201945,0.0192546;REFB=0.00487177,0.00464685;REVB=0.0139133,0.0130197;RO=23;SAF=4,9;SAR=1,0;SRF=9;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.462883,0.781508;STB=0.900833,0.990864;STBP=0,0.277;TYPE=del,snp;VARB=-0.0148704,0.00109457;OID=.,.;OPOS=78142308,78142308;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.377778,0.0222222:5,9:40:17,1:45:27:16,1:1,0:12:15:77:23:4,9:1,0:9:14 chr16 78586531 . T C 1456.08 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224541;FXX=0.0107515;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7516;QD=63.308;RBI=0.0307567;REFB=0;REVB=-0.0210187;RO=0;SAF=33;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.75044e-05;OID=.;OPOS=78586531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:92:0:0:93:92:1:60:33:0:0:60:32:0:0 chr16 79245786 . A G 211.55 PASS AF=0.371429;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=32;FWDB=0.0328729;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.714;QD=12.0885;RBI=0.0342023;REFB=-0.0194763;REVB=-0.0094428;RO=44;SAF=11;SAR=15;SRF=12;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174592;STB=0.599696;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0372229;OID=.;OPOS=79245786;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:44:26:26:0.371429:15:11:12:32:15:11:12:32 chr16 79245930 . G C 213.18 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=0.00210586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.957;QD=12.5399;RBI=0.00254311;REFB=-0.0120219;REVB=-0.00142575;RO=42;SAF=9;SAR=17;SRF=27;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.313953;STB=0.679864;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0255747;OID=.;OPOS=79245930;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:17:9:27:15:17:9:27:15 chr16 79245956 . C G 214.77 PASS AF=0.382353;AO=25;DP=69;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=15;FWDB=-0.0103348;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.617;QD=12.6336;RBI=0.0248623;REFB=-0.00944341;REVB=-0.0226126;RO=39;SAF=9;SAR=16;SRF=26;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318504;STB=0.679864;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0284609;OID=.;OPOS=79245956;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:39:42:25:26:0.382353:16:9:26:13:17:9:27:15 chr16 79245961 . T C 199.93 PASS AF=0.362319;AO=25;DP=69;FAO=25;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.000852171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.857;QD=11.5901;RBI=0.00306728;REFB=-0.00934838;REVB=-0.00294653;RO=44;SAF=7;SAR=18;SRF=28;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390455;STB=0.725627;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.00636291;OID=.;OPOS=79245961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:44:44:25:25:0.362319:18:7:28:16:18:7:28:16 chr16 79633805 . TGCC T 83.37 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0809115;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=223.045;QD=37.0552;RBI=0.0963899;REFB=0;REVB=0.0523865;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000480818;OID=.;OPOS=79633806;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:9:9:9:0:1:8:0:0:4:0:1:7:0:0 chr16 79634579 . A C 69.44 PASS AF=0.212766;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=0.0225821;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0591;QD=5.90963;RBI=0.0226042;REFB=-0.00259061;REVB=-0.000998695;RO=37;SAF=6;SAR=4;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106446;STB=0.568826;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00999803;OID=.;OPOS=79634579;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:48:47:37:37:10:10:0.212766:4:6:19:18:4:6:19:18 chr16 80646618 . C T 340.82 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=68;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00229524;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.956;QD=20.3473;RBI=0.00414959;REFB=-0.00974959;REVB=-0.00345701;RO=32;SAF=15;SAR=20;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350858;STB=0.519469;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0101339;OID=.;OPOS=80646618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:32:32:35:35:0.522388:20:15:15:17:20:15:15:17 chr16 80666991 . A G 270.6 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=14;FWDB=-0.0102905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.72;QD=14.432;RBI=0.0299269;REFB=-0.0186;REVB=-0.028102;RO=43;SAF=13;SAR=18;SRF=29;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256898;STB=0.650327;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0318497;OID=.;OPOS=80666991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:43:44:31:31:0.413333:18:13:29:14:18:13:30:14 chr16 80667093 . T C 267.69 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.0319466;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.249;QD=15.9813;RBI=0.0342371;REFB=-0.0228894;REVB=0.0123123;RO=36;SAF=12;SAR=18;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15143;STB=0.578261;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0193287;OID=.;OPOS=80667093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:36:37:30:30:0.447761:18:12:20:16:18:12:20:17 chr16 81010073 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00843453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.427;QD=13.4855;RBI=0.0128025;REFB=-0.0221124;REVB=-0.00963129;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119999;STB=0.571265;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.0168207;OID=.;OPOS=81010073;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:3:6:6:5:3:6:6:5 chr16 81050965 . A T 507.14 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0172002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.658;QD=56.3485;RBI=0.0427658;REFB=0.0968016;REVB=-0.0391544;RO=1;SAF=16;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283378;STB=0.515143;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=-0.000670255;OID=.;OPOS=81050965;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:19:16:1:0:19:16:1:0 chr16 81056441 . T G 182.98 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=0.0162495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.841;QD=17.4271;RBI=0.0167913;REFB=-0.0104344;REVB=0.00423094;RO=22;SAF=5;SAR=14;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447561;STB=0.501616;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0127013;OID=.;OPOS=81056441;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:23:19:19:0.452381:14:5:5:17:14:5:6:17 chr16 81061827 . G A 453.0 PASS AF=0.46;AO=46;DP=100;FAO=46;FDP=100;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.0481855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.3831;QD=18.1199;RBI=0.0494784;REFB=0.00042121;REVB=0.0112369;RO=54;SAF=16;SAR=30;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135565;STB=0.575835;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=-0.000309846;OID=.;OPOS=81061827;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:54:54:46:46:0.46:30:16:26:28:30:16:26:28 chr16 81062171 . C T 169.43 PASS AF=0.45;AO=19;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0301874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.95;QD=16.9432;RBI=0.0347706;REFB=-0.00264042;REVB=0.0172543;RO=20;SAF=13;SAR=6;SRF=16;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128614;STB=0.503468;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0103361;OID=.;OPOS=81062171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:22:19:18:0.45:6:13:16:4:5:13:16:6 chr16 81076821 . T C 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00382818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.195;QD=15.6997;RBI=0.00412198;REFB=-0.00639213;REVB=0.00152832;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269944;STB=0.654973;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0080596;OID=.;OPOS=81076821;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:9:6:13:6:9:6:13:6 chr16 81077915 . T C 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0453074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.282;QD=20.838;RBI=0.0455214;REFB=-0.0371602;REVB=-0.00440854;RO=5;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.536388;STB=0.815495;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0155193;OID=.;OPOS=81077915;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:8:1:4:1:8:1:4:1 chr16 81094951 . A G 486.24 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=90;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=-0.0121229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.4161;QD=21.3732;RBI=0.0704198;REFB=-0.0313716;REVB=-0.0693685;RO=43;SAF=23;SAR=24;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192674;STB=0.505143;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0257172;OID=.;OPOS=81094951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:43:44:47:47:0.516484:24:23:22:21:24:23:22:22 chr16 81095099 . C G 167.33 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.0119531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7829;QD=23.0802;RBI=0.0413341;REFB=-0.0111944;REVB=-0.0395681;RO=11;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246492;STB=0.647426;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00708378;OID=.;OPOS=81095099;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:11:12:17:17:0.586207:7:10:10:1:7:10:11:1 chr16 81095363 . C T 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00752234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.04;QD=11.8306;RBI=0.00947471;REFB=-0.0165689;REVB=0.0057606;RO=17;SAF=7;SAR=4;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522142;STB=0.516748;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0235345;OID=.;OPOS=81095363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:17:18:11:11:0.37931:4:7:10:7:4:7:11:7 chr16 81145807 . C G 302.43 PASS AF=0.353535;AO=35;DP=99;FAO=35;FDP=99;FR=.;FRO=64;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=28;FSRR=36;FWDB=-0.0140465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7966;QD=12.2196;RBI=0.0167463;REFB=-0.00610271;REVB=0.00911781;RO=63;SAF=12;SAR=23;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102036;STB=0.565072;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=0.0110308;OID=.;OPOS=81145807;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:63:64:35:35:0.353535:23:12:27:36:23:12:28:36 chr16 81151122 . A C 747.53 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5443;QD=63.6191;RBI=0.0390523;REFB=0;REVB=-0.0374886;RO=0;SAF=26;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000237661;OID=.;OPOS=81151122;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:46:47:1:20:26:0:0:21:26:0:0 chr16 81157324 . G A 766.22 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.718;QD=63.8515;RBI=0.0460883;REFB=0;REVB=-0.00580951;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000560983;OID=.;OPOS=81157324;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:30:17:0:0:30:18:0:0 chr16 81157385 . G T 272.73 PASS AF=0.555556;AO=25;DP=45;FAO=25;FDP=45;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00489127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.686;QD=24.243;RBI=0.0791595;REFB=-0.0192226;REVB=0.0790083;RO=20;SAF=12;SAR=13;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159779;STB=0.50889;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0172956;OID=.;OPOS=81157385;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:20:20:25:25:0.555556:13:12:10:10:13:12:10:10 chr16 81161552 . C T 142.02 PASS AF=0.322034;AO=19;DP=59;FAO=19;FDP=59;FR=.;FRO=40;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0208171;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.311;QD=9.62863;RBI=0.0216457;REFB=-0.0101706;REVB=-0.00593162;RO=40;SAF=6;SAR=13;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.298604;STB=0.676653;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0195902;OID=.;OPOS=81161552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:40:19:19:0.322034:13:6:23:17:13:6:23:17 chr16 81161569 . T G 115.35 PASS AF=0.285714;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=56;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=-0.0195537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9917;QD=8.23929;RBI=0.0300211;REFB=-0.00664708;REVB=-0.0227798;RO=39;SAF=4;SAR=12;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.426391;STB=0.762835;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0268806;OID=.;OPOS=81161569;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:39:40:16:16:0.285714:12:4:24:15:12:4:25:15 chr16 81161571 . T C 106.36 PASS AF=0.27451;AO=13;DP=52;FAO=14;FDP=51;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.0326251;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.616;QD=8.34223;RBI=0.0333921;REFB=-0.00383367;REVB=0.00711586;RO=37;SAF=4;SAR=9;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367161;STB=0.737375;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0271937;OID=.;OPOS=81161571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:37:37:13:14:0.27451:9:4:23:14:10:4:23:14 chr16 81161578 . G A 98.79 PASS AF=0.254902;AO=13;DP=51;FAO=13;FDP=51;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.00261465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.613;QD=7.7484;RBI=0.0188276;REFB=-0.0132073;REVB=-0.0186452;RO=36;SAF=4;SAR=9;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355164;STB=0.700293;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0368261;OID=.;OPOS=81161578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:51:51:36:38:13:13:0.254902:9:4:22:14:9:4:22:16 chr16 81161608 . T C 101.5 PASS AF=0.276596;AO=12;DP=47;FAO=13;FDP=47;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0131152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.733;QD=8.63798;RBI=0.0144562;REFB=-0.00403906;REVB=-0.00608062;RO=33;SAF=2;SAR=10;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398492;STB=0.756633;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0104305;OID=.;OPOS=81161608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:33:34:12:13:0.276596:10:2:15:18:11:2:15:19 chr16 81173136 . T C 747.04 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0203223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9124;QD=63.5782;RBI=0.031523;REFB=0;REVB=0.0240978;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41949e-05;OID=.;OPOS=81173136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:19:28:0:0:19:28:0:0 chr16 81173193 . C T 356.06 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.018331;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.544;QD=24.556;RBI=0.0286855;REFB=-0.0323544;REVB=0.0220643;RO=23;SAF=18;SAR=17;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163886;STB=0.589643;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.024104;OID=.;OPOS=81173193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:35:35:0.603448:17:18:17:6:17:18:17:6 chr16 81175103 . G A 858.54 PASS AF=0.536913;AO=80;DP=149;FAO=80;FDP=149;FR=.;FRO=69;FSAF=26;FSAR=54;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=-0.0159127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6301;QD=23.0481;RBI=0.0284461;REFB=-0.0318872;REVB=0.023579;RO=68;SAF=26;SAR=54;SRF=24;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0264462;STB=0.511942;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0273435;OID=.;OPOS=81175103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:68:69:80:80:0.536913:54:26:24:44:54:26:24:45 chr16 81180988 . C G 402.95 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=86;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.00150484;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.25;QD=18.9624;RBI=0.0358352;REFB=-0.0149822;REVB=0.0358035;RO=43;SAF=25;SAR=16;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176277;STB=0.514556;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0242544;OID=.;OPOS=81180988;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:43:44:41:41:0.482353:16:25:27:16:16:25:28:16 chr16 81180995 . T C 421.97 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.00626696;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.659;QD=20.0938;RBI=0.0346553;REFB=0.0064022;REVB=0.0340839;RO=42;SAF=28;SAR=14;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703514;STB=0.539111;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=-0.00202479;OID=.;OPOS=81180995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:42:42:42:42:0.5:14:28:25:17:14:28:25:17 chr16 81181066 . G A 341.32 PASS AF=0.457831;AO=32;DP=79;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.0141983;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=161.026;QD=16.449;RBI=0.0507365;REFB=-0.023954;REVB=-0.0487094;RO=33;SAF=23;SAR=9;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257938;STB=0.618829;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0358713;OID=.;OPOS=81181066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:83:33:45:32:38:0.457831:9:23:15:18:13:25:20:25 chr16 81181783 . T C 127.88 PASS AF=0.348837;AO=14;DP=43;FAO=15;FDP=43;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00128649;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.519;QD=11.8961;RBI=0.020491;REFB=-0.0126161;REVB=0.0204506;RO=26;SAF=5;SAR=9;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0131804;STB=0.542315;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0142489;OID=.;OPOS=81181783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:28:14:15:0.348837:9:5:9:17:10:5:11:17 chr16 81181869 . T C 210.31 PASS AF=0.361111;AO=27;DP=73;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.0181847;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.961;QD=11.6841;RBI=0.0218661;REFB=-0.00806607;REVB=-0.0121425;RO=46;SAF=13;SAR=14;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273649;STB=0.503223;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0132412;OID=.;OPOS=81181869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:46:46:27:26:0.361111:14:13:21:25:14:12:21:25 chr16 81185412 . C T 253.14 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0255129;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.676;QD=19.1047;RBI=0.0299816;REFB=0.00679016;REVB=0.0157478;RO=26;SAF=13;SAR=14;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150773;STB=0.584084;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.00437114;OID=.;OPOS=81185412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:14:13:17:9:14:13:17:9 chr16 81185416 . A G 739.92 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.841;QD=56.9166;RBI=0.0437258;REFB=0;REVB=0.0189202;RO=0;SAF=31;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254531;OID=.;OPOS=81185416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:21:31:0:0:21:31:0:0 chr16 81185419 . G C 232.49 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0216671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5385;QD=16.6063;RBI=0.0298152;REFB=-0.0259668;REVB=-0.0204813;RO=30;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0270068;STB=0.515224;STBP=0.854;TYPE=snp;VARB=0.0196418;OID=.;OPOS=81185419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:12:14:17:13:12:14:17:13 chr16 81190598 . T C 88.31 PASS AF=0.363636;AO=11;DP=32;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00399662;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.613;QD=10.7048;RBI=0.0300099;REFB=-0.0074684;REVB=-0.0297426;RO=20;SAF=3;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3566;STB=0.713915;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0208379;OID=.;OPOS=81190598;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:32:33:20:21:11:12:0.363636:8:3:12:8:9:3:12:9 chr16 81190601 . T C 468.08 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141227;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.668;QD=58.5095;RBI=0.0517287;REFB=0;REVB=0.0497635;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244405;OID=.;OPOS=81190601;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr16 81190613 . A G 253.12 PASS AF=0.638889;AO=23;DP=36;FAO=23;FDP=36;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00635212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2618;QD=28.1241;RBI=0.0206995;REFB=-0.0549786;REVB=-0.0197007;RO=13;SAF=13;SAR=10;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118003;STB=0.565161;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0326267;OID=.;OPOS=81190613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:13:13:23:23:0.638889:10:13:5:8:10:13:5:8 chr16 81194382 . T C 405.08 PASS AF=0.435185;AO=44;DP=105;FAO=47;FDP=108;FR=.;FRO=61;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=28;FSRR=33;FWDB=-0.0142614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.212;QD=15.0028;RBI=0.0206879;REFB=-0.0251576;REVB=0.0149867;RO=59;SAF=20;SAR=24;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205239;STB=0.506961;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0356757;OID=.;OPOS=81194382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:108:59:61:44:47:0.435185:24:20:28:31:26:21:28:33 chr16 81198306 . C A 268.76 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0133466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.846;QD=22.3966;RBI=0.016464;REFB=-0.0438786;REVB=-0.00964002;RO=22;SAF=13;SAR=12;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255497;STB=0.627224;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0200684;OID=.;OPOS=81198306;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:23:25:25:0.520833:12:13:18:4:12:13:18:5 chr16 81199520 . T C 575.71 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.039114;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2395;QD=60.6007;RBI=0.0392302;REFB=0;REVB=-0.00301669;RO=0;SAF=11;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000687661;OID=.;OPOS=81199520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:27:11:0:0:27:11:0:0 chr16 81199538 . T C 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0440809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1079;QD=58.1392;RBI=0.0681332;REFB=0;REVB=0.051952;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138132;OID=.;OPOS=81199538;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:23:9:0:0:23:9:0:0 chr16 81199544 . G A 465.09 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0629;QD=58.1366;RBI=0.071895;REFB=0;REVB=0.044263;RO=0;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15349e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000740292;OID=.;OPOS=81199544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:22:9:0:0:23:9:0:0 chr16 81199554 . CA TG 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0836136;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=212.41;QD=56.7066;RBI=0.0840468;REFB=0;REVB=-0.00852242;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000384329;OID=.;OPOS=81199554;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:21:8:0:0:21:8:0:0 chr16 81199570 . T TG 185.01 PASS AF=1;AO=2;DP=19;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.119675;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.3627;QD=46.2527;RBI=0.150159;REFB=0;REVB=-0.0906948;RO=17;SAF=1;SAR=1;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0882671;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0157165;OID=.;OPOS=81199571;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:2:19:16:16:0:6:10:0:0:4:17:1:1:7:10 chr16 81208175 . C T 817.75 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00483909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.338;QD=57.3857;RBI=0.0295596;REFB=0;REVB=0.0291608;RO=0;SAF=37;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.65905e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47642e-05;OID=.;OPOS=81208175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:19:37:0:0:20:37:0:0 chr16 81208203 . G T 302.47 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.014295;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.271;QD=16.8039;RBI=0.0420035;REFB=-0.0137272;REVB=-0.0394962;RO=39;SAF=25;SAR=8;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314801;STB=0.678088;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0185628;OID=.;OPOS=81208203;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:39:39:33:33:0.458333:8:25:18:21:8:25:18:21 chr16 81208515 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0276336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.835;QD=46.8472;RBI=0.0276886;REFB=0;REVB=-0.00174399;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000244698;OID=.;OPOS=81208515;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:11:4:0:0:11:4:0:0 chr16 81209207 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.153;QD=48.7367;RBI=0.022369;REFB=0;REVB=0.0190069;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000306879;OID=.;OPOS=81209207;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr16 81213378 . A G 573.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00256931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.079;QD=60.37;RBI=0.0316705;REFB=0;REVB=0.0315661;RO=0;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.76766e-05;OID=.;OPOS=81213378;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:22:14:0:0:23:15:0:0 chr16 81232275 . G A 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.434;QD=43.4846;RBI=0.0443734;REFB=0;REVB=0.0292822;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000554098;OID=.;OPOS=81232275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:2:10:0:0:2:10:0:0 chr16 81232564 . T G 2014.01 PASS AF=0.992481;AO=130;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.017319;FXX=0.00746213;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.7279;QD=60.5717;RBI=0.0329254;REFB=0.00439882;REVB=-0.0280024;RO=2;SAF=41;SAR=89;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613942;STB=0.502762;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=7.53178e-05;OID=.;OPOS=81232564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:133:133:2:1:130:132:0.992481:89:41:1:1:90:42:0:1 chr16 81241098 . C T 854.1 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000463903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.844;QD=56.0068;RBI=0.00546874;REFB=0.147287;REVB=0.00544903;RO=1;SAF=20;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116542;STB=0.506171;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=-0.00349904;OID=.;OPOS=81241098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:40:20:0:1:40:20:0:1 chr16 81241100 . G C 815.45 PASS AF=0.951613;AO=58;DP=61;FAO=59;FDP=62;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=41;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.00123691;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.633;QD=52.6098;RBI=0.0142323;REFB=0.00666934;REVB=0.0141784;RO=3;SAF=18;SAR=40;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.072356;STB=0.538448;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.000200387;OID=.;OPOS=81241100;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:61:62:3:3:58:59:0.951613:40:18:3:0:41:18:3:0 chr16 81242102 . G A 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000112771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.744;QD=63.2854;RBI=0.0602037;REFB=0;REVB=-0.0602036;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000298632;OID=.;OPOS=81242102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr16 81242194 . T C 801.09 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.231;QD=57.2207;RBI=0.0655947;REFB=0;REVB=0.0445361;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142629;OID=.;OPOS=81242194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:56:0:0:52:56:1:31:21:0:0:32:24:0:0 chr16 81248716 . C T 1165.06 PASS AF=0.542714;AO=107;DP=197;FAO=108;FDP=199;FR=.;FRO=91;FSAF=47;FSAR=61;FSRF=56;FSRR=35;FWDB=-0.0129354;FXX=0.00499975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1164;QD=23.4182;RBI=0.0141317;REFB=-0.0241192;REVB=-0.0056904;RO=90;SAF=47;SAR=60;SRF=55;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143334;STB=0.582014;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.024066;OID=.;OPOS=81248716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:199:90:91:107:108:0.542714:60:47:55:35:61:47:56:35 chr16 81248745 . A G 695.24 PASS AF=0.444444;AO=75;DP=171;FAO=76;FDP=171;FR=.;FRO=95;FSAF=40;FSAR=36;FSRF=43;FSRR=52;FWDB=-0.0264167;FXX=0.00581362;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.36;QD=16.263;RBI=0.0273669;REFB=-0.0248644;REVB=-0.00714885;RO=92;SAF=39;SAR=36;SRF=40;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0842882;STB=0.540862;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0352127;OID=.;OPOS=81248745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:171:92:95:75:76:0.444444:36:39:40:52:36:40:43:52 chr16 81249954 . T A 298.66 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0195688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.712;QD=23.8924;RBI=0.0211895;REFB=-0.0293472;REVB=0.0081276;RO=23;SAF=15;SAR=12;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0447282;STB=0.524869;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0168022;OID=.;OPOS=81249954;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:12:15:14:9:12:15:14:9 chr16 81253745 . C G 295.16 PASS AF=0.441558;AO=32;DP=76;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=-0.0228804;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.88;QD=15.3329;RBI=0.0230619;REFB=-0.0340008;REVB=-0.00288721;RO=43;SAF=16;SAR=16;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589363;STB=0.519469;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0438925;OID=.;OPOS=81253745;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:43:43:32:34:0.441558:16:16:24:19:17:17:23:20 chr16 81253759 . A G 257.72 PASS AF=0.410959;AO=30;DP=73;FAO=30;FDP=73;FR=.;FRO=43;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=0.0296462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9374;QD=14.1219;RBI=0.0303999;REFB=-0.0152134;REVB=0.00672746;RO=43;SAF=14;SAR=16;SRF=22;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466044;STB=0.526491;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0221587;OID=.;OPOS=81253759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:43:43:30:30:0.410959:16:14:22:21:16:14:22:21 chr16 81253917 . A G 208.18 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0087316;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.77;QD=23.7919;RBI=0.00903034;REFB=-0.0138227;REVB=-0.00230349;RO=15;SAF=14;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141707;STB=0.579535;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0113519;OID=.;OPOS=81253917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:15:15:20:20:0.571429:6:14:8:7:6:14:8:7 chr16 81279120 . T C 188.56 PASS AF=0.396552;AO=23;DP=58;FAO=23;FDP=58;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.00295401;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.095;QD=13.0041;RBI=0.0258726;REFB=-0.00523474;REVB=-0.0257034;RO=33;SAF=11;SAR=12;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690526;STB=0.538888;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0121995;OID=.;OPOS=81279120;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:35:23:23:0.396552:12:11:18:15:12:11:19:16 chr16 81497952 . A G 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00231031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.941;QD=59.0187;RBI=0.0141293;REFB=0;REVB=0.0139391;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.70583e-05;OID=.;OPOS=81497952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chr16 81679151 . A G 131.37 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.00177955;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.624;QD=13.8282;RBI=0.0272301;REFB=-0.0247194;REVB=-0.0271719;RO=23;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791205;STB=0.546039;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.032187;OID=.;OPOS=81679151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:23:23:15:15:0.394737:7:8:14:9:7:8:14:9 chr16 81726863 . C G 662.19 PASS AF=0.604167;AO=58;DP=96;FAO=58;FDP=96;FR=.;FRO=38;FSAF=35;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=-0.0367221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.37;QD=27.5913;RBI=0.0393262;REFB=-0.022544;REVB=-0.0140726;RO=36;SAF=35;SAR=23;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00564556;STB=0.510086;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0121464;OID=.;OPOS=81726863;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:36:38:58:58:0.604167:23:35:22:14:23:35:22:16 chr16 81743328 . A G 242.35 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=0.0230855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.712;QD=14.9137;RBI=0.0449919;REFB=-0.0122132;REVB=-0.0386178;RO=37;SAF=16;SAR=12;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244319;STB=0.637836;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.014394;OID=.;OPOS=81743328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:12:16:12:25:12:16:12:25 chr16 81819768 . T C 184.4 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=48;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.0516464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.79;QD=15.0531;RBI=0.0531352;REFB=-0.0197227;REVB=0.01249;RO=29;SAF=3;SAR=16;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.546929;STB=0.779372;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0170399;OID=.;OPOS=81819768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:29:29:19:20:0.408163:16:3:19:10:16:4:19:10 chr16 81902079 . T C 727.96 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00579077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.9015;QD=63.3008;RBI=0.0905861;REFB=0;REVB=0.0904009;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000835256;OID=.;OPOS=81902079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:22:23:0:0:23:23:0:0 chr16 81902139 . G C 729.45 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.9033;QD=57.2115;RBI=0.0626024;REFB=0;REVB=0.01988;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102795;OID=.;OPOS=81902139;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:28:22:0:0:28:23:0:0 chr16 81914583 . C T 280.75 PASS AF=0.54717;AO=28;DP=55;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0835548;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.79;QD=21.1888;RBI=0.0838885;REFB=-0.022731;REVB=-0.00747471;RO=22;SAF=7;SAR=21;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112094;STB=0.576049;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0135074;OID=.;OPOS=81914583;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:53:22:24:28:29:0.54717:21:7:8:14:22:7:9:15 chr16 81929488 . C T 1917.89 PASS AF=1;AO=121;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0400085;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.989;QD=60.8854;RBI=0.0475603;REFB=0;REVB=0.0257158;RO=2;SAF=48;SAR=73;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00333029;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.46018e-05;OID=.;OPOS=81929488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:126:126:2:0:121:126:1:73:48:1:1:76:50:0:0 chr16 81941319 . C T 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00211895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.657;QD=56.9569;RBI=0.0277219;REFB=0;REVB=0.0276408;RO=0;SAF=15;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97866e-05;OID=.;OPOS=81941319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:37:15:0:0:37:15:0:0 chr16 81971403 . T C 297.01 PASS AF=0.574074;AO=29;DP=53;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.01578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0312;QD=22.001;RBI=0.0441217;REFB=-0.0368245;REVB=0.0412033;RO=22;SAF=12;SAR=17;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240761;STB=0.602772;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0200629;OID=.;OPOS=81971403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:22:23:29:31:0.574074:17:12:16:6:17:14:16:7 chr16 81995543 . G T 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=-0.0265418;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.127;QD=10.0752;RBI=0.0406845;REFB=-0.00627157;REVB=0.0308344;RO=13;SAF=2;SAR=6;SRF=13;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.668369;STB=0.888259;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0135478;OID=.;OPOS=81995543;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:13:14:8:8:0.363636:6:2:13:0:6:2:14:0 chr16 82182354 . G A 355.24 PASS AF=0.428571;AO=37;DP=90;FAO=39;FDP=91;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=-0.0102356;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.557;QD=15.6151;RBI=0.0106253;REFB=-0.00646426;REVB=0.00285104;RO=53;SAF=14;SAR=23;SRF=31;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214792;STB=0.635883;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00882367;OID=.;OPOS=82182354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:53:52:37:39:0.428571:23:14:31:22:25:14:31:21 chr16 82185112 . T C 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0166335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.102;QD=13.2066;RBI=0.0334905;REFB=-0.0313641;REVB=-0.0290678;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.583063;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.036803;OID=.;OPOS=82185112;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:4:6:6:6:0.5:3:3:2:2:3:3:4:2 chr16 82203705 . A C 34.43 PASS AF=0.222222;AO=4;DP=19;FAO=4;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=2;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0551143;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.094;QD=7.65108;RBI=0.0560781;REFB=-0.0251774;REVB=-0.0103518;RO=13;SAF=2;SAR=2;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0426709;STB=0.562193;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0493961;OID=.;OPOS=82203705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:19:18:13:12:4:4:0.222222:2:2:7:6:2:2:7:5 chr16 82487931 . T C 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=3;FWDB=-0.0016139;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=296.333;QD=19.8256;RBI=0.00461319;REFB=-0.0100363;REVB=0.00432167;RO=25;SAF=20;SAR=7;SRF=22;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172451;STB=0.595079;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00851218;OID=.;OPOS=82487931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:7:20:22:3:7:20:22:3 chr16 82673047 . C T 711.48 PASS AF=0.962963;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00133107;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=269.372;QD=52.7019;RBI=0.0400289;REFB=-0.0254256;REVB=0.0400068;RO=2;SAF=21;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427606;STB=0.522718;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.000648613;OID=.;OPOS=82673047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:54:54:2:2:52:52:0.962963:31:21:2:0:31:21:2:0 chr16 82903030 . A C 109.5 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0813549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=42.7912;QD=36.4994;RBI=0.157149;REFB=-0.166859;REVB=0.134451;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545372;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0330844;OID=.;OPOS=82903030;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:12:12:0:1:11:11:0.916667:6:5:0:0:6:5:1:0 chr16 83817019 . A G 175.28 PASS AF=0.521739;AO=9;DP=23;FAO=12;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.036826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2496;QD=30.4831;RBI=0.041883;REFB=-0.0786382;REVB=-0.0199505;RO=4;SAF=6;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966199;STB=0.559897;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0139148;OID=.;OPOS=83817019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:23:23:4:6:9:12:0.521739:3:6:2:2:4:8:3:3 chr16 83983071 . C T 379.57 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.048421;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.669;QD=56.2322;RBI=0.0712867;REFB=0;REVB=0.0523183;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000495068;OID=.;OPOS=83983071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr16 83984776 . A C 644.17 PASS AF=0.941176;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=51;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=46;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0511618;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.069;QD=50.5233;RBI=0.0577844;REFB=0.0145831;REVB=-0.026861;RO=2;SAF=3;SAR=45;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232179;STB=0.714165;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00432936;OID=.;OPOS=83984776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:50:51:2:3:48:48:0.941176:45:3:2:0:46:2:3:0 chr16 83984844 . A C 785.18 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.668;QD=57.1042;RBI=0.0363507;REFB=0;REVB=0.0166217;RO=0;SAF=14;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.47831e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.91137e-05;OID=.;OPOS=83984844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:41:14:0:0:41:14:0:0 chr16 83984850 . C G 760.33 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0109717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.405;QD=53.3561;RBI=0.0162279;REFB=-0.153576;REVB=0.0119569;RO=0;SAF=15;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28425e-08;STB=0.512191;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00111848;OID=.;OPOS=83984850;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:57:57:0:2:55:55:0.964912:40:15:0:0:40:15:0:2 chr16 84028014 . C G 319.05 PASS AF=0.581818;AO=32;DP=56;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.00466353;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.439;QD=23.2038;RBI=0.0220516;REFB=-0.00718579;REVB=-0.0215528;RO=23;SAF=9;SAR=23;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979538;STB=0.554182;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.00758597;OID=.;OPOS=84028014;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:23:23:32:32:0.581818:23:9:9:14:23:9:9:14 chr16 84031884 . G C 304.87 PASS AF=0.588235;AO=30;DP=51;FAO=30;FDP=51;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0253729;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8461;QD=23.9114;RBI=0.0301764;REFB=-0.0318138;REVB=0.0163349;RO=21;SAF=20;SAR=10;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393396;STB=0.521724;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0304744;OID=.;OPOS=84031884;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:21:21:30:30:0.588235:10:20:13:8:10:20:13:8 chr16 84070500 . C G 61.88 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00663403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.112;QD=7.28044;RBI=0.0102009;REFB=-0.0221177;REVB=-0.00774908;RO=25;SAF=4;SAR=5;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180355;STB=0.612659;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0519117;OID=.;OPOS=84070500;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:25:25:9:9:0.264706:5:4:15:10:5:4:15:10 chr16 84073559 . T C 174.02 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0102321;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.385;QD=17.8486;RBI=0.0323207;REFB=-0.0120579;REVB=-0.0306583;RO=21;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166384;STB=0.52223;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0193144;OID=.;OPOS=84073559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:21:21:17:18:0.461538:7:10:12:9:7:11:12:9 chr16 84115483 . G A 530.58 PASS AF=0.524272;AO=53;DP=102;FAO=54;FDP=103;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0245159;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.778;QD=20.6051;RBI=0.0259109;REFB=-0.00680838;REVB=0.00838721;RO=49;SAF=18;SAR=35;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156094;STB=0.5787;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00526094;OID=.;OPOS=84115483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:49:49:53:54:0.524272:35:18:25:24:35:19:25:24 chr16 84132796 . T C 345.41 PASS AF=0.404255;AO=37;DP=93;FAO=38;FDP=94;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=0.013407;FXX=0.0208312;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.946;QD=14.6981;RBI=0.0135643;REFB=0.00102154;REVB=-0.00205929;RO=55;SAF=13;SAR=24;SRF=24;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948542;STB=0.537716;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.000617665;OID=.;OPOS=84132796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:55:56:37:38:0.404255:24:13:24:31:24:14:24:32 chr16 84212801 . G C 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0180945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.163;QD=19.1338;RBI=0.0675206;REFB=0.000772382;REVB=-0.0650509;RO=2;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413629;STB=0.748924;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=-0.00803792;OID=.;OPOS=84212801;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:1:4:0:2:1:4:0:2 chr16 84217062 . C T 243.5 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394641;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.971;QD=51.262;RBI=0.0422788;REFB=0;REVB=-0.0151686;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137191;OID=.;OPOS=84217062;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr16 84228199 . G T 161.32 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0349666;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.339;QD=18.9787;RBI=0.0375092;REFB=-0.00832202;REVB=0.0135748;RO=17;SAF=8;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103195;STB=0.558552;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0101851;OID=.;OPOS=84228199;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:9:8:10:7:9:8:10:7 chr16 84228237 . A C 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.00556167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.981;QD=11.9536;RBI=0.0162166;REFB=-0.034073;REVB=-0.0152331;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043798;STB=0.52625;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0201266;OID=.;OPOS=84228237;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:4:4:6:5:4:4:6:5 chr16 84228770 . G C 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0114901;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.434;QD=8.69139;RBI=0.0116525;REFB=-0.00274956;REVB=-0.00193883;RO=17;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258644;STB=0.654846;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.00745081;OID=.;OPOS=84228770;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:5:3:3:14:5:3:3:14 chr16 84228873 . C T 249.06 PASS AF=0.421053;AO=28;DP=72;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.00719861;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0428;QD=13.1081;RBI=0.0773774;REFB=-0.0102275;REVB=0.0770419;RO=43;SAF=12;SAR=16;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361541;STB=0.511979;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0277278;OID=.;OPOS=84228873;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:76:43:44:28:32:0.421053:16:12:17:26:19:13:17:27 chr16 84229559 . T C 77.29 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.0228387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.256;QD=13.4416;RBI=0.030948;REFB=0.0114194;REVB=0.0208848;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168206;STB=0.599791;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.0176519;OID=.;OPOS=84229559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:7:3:6:7:7:3:6:7 chr16 84230376 . T C 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0417811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3401;QD=22.7202;RBI=0.0421552;REFB=-0.0079559;REVB=-0.00560316;RO=9;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395669;STB=0.522355;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0103458;OID=.;OPOS=84230376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:10:4:3:6:10:4:3:6 chr16 84230500 . A C 552.71 PASS AF=0.617284;AO=49;DP=81;FAO=50;FDP=81;FR=.;FRO=31;FSAF=32;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.00905756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.155;QD=27.2945;RBI=0.00968541;REFB=-0.0299238;REVB=-0.00343041;RO=30;SAF=32;SAR=17;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248742;STB=0.622705;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0196529;OID=.;OPOS=84230500;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:30:31:49:50:0.617284:17:32:9:21:18:32:10:21 chr16 84256103 . C T 222.18 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00330268;FXX=0.0476077;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.022;QD=22.2181;RBI=0.00896578;REFB=-0.00672794;REVB=0.00833532;RO=17;SAF=6;SAR=15;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636072;STB=0.546173;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.00565927;OID=.;OPOS=84256103;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:19:21:21:0.525:15:6:6:11:15:6:7:12 chr16 84270381 . G A 2216.06 PASS AF=1;AO=140;DP=140;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212511;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5901;QD=63.3159;RBI=0.0225959;REFB=0;REVB=0.00767891;RO=0;SAF=79;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.62364e-05;OID=.;OPOS=84270381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:140:140:0:0:140:140:1:61:79:0:0:61:79:0:0 chr16 84270476 . G A 136.15 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=0.0131545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.149;QD=10.4728;RBI=0.0160608;REFB=-0.00939764;REVB=0.0092145;RO=35;SAF=11;SAR=6;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277833;STB=0.664239;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0192941;OID=.;OPOS=84270476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:35:35:17:17:0.326923:6:11:14:21:6:11:14:21 chr16 84438505 . C T 242.43 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.0026041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.605;QD=14.9188;RBI=0.0675237;REFB=0.00915393;REVB=-0.0674735;RO=36;SAF=20;SAR=8;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14709;STB=0.593989;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-0.012075;OID=.;OPOS=84438505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:37:28:28:0.430769:8:20:21:15:8:20:21:16 chr16 84438512 . G A 1026.31 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7778;QD=59.4962;RBI=0.0260271;REFB=0;REVB=0.0177626;RO=0;SAF=45;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111207;OID=.;OPOS=84438512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:24:45:0:0:24:45:0:0 chr16 84444349 . A C 805.08 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00249188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.433;QD=64.4063;RBI=0.0172228;REFB=0;REVB=0.0170416;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6838e-05;OID=.;OPOS=84444349;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:31:19:0:0:31:19:0:0 chr16 84485573 . C A 728.22 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0323708;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.636;QD=54.9603;RBI=0.0585704;REFB=-0.0845383;REVB=0.0488121;RO=1;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171217;STB=0.508769;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0030963;OID=.;OPOS=84485573;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:53:1:1:51:52:0.981132:27:24:0:1:28:24:0:1 chr16 84493144 . C G 557.14 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.463;QD=60.2308;RBI=0.0592103;REFB=0;REVB=0.0541458;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247138;OID=.;OPOS=84493144;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:18:19:0:0:18:19:0:0 chr16 84494020 . G T 317.23 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00729387;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.992;QD=45.3191;RBI=0.0563259;REFB=-0.153639;REVB=0.0558516;RO=3;SAF=13;SAR=12;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0957196;STB=0.551683;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.00234806;OID=.;OPOS=84494020;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:28:28:3:3:25:25:0.892857:12:13:3:0:12:13:3:0 chr16 84494275 . C T 266.24 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.00396115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=99.8836;QD=21.2989;RBI=0.0186562;REFB=-0.0116648;REVB=0.0182308;RO=25;SAF=11;SAR=14;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0363483;STB=0.520375;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=0.0066292;OID=.;OPOS=84494275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:14:11:10:15:14:11:10:15 chr16 84513531 . C T 754.28 PASS AF=0.449438;AO=80;DP=179;FAO=80;FDP=178;FR=.;FRO=98;FSAF=52;FSAR=28;FSRF=59;FSRR=39;FWDB=-0.00414972;FXX=0.00558628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.105;QD=16.9502;RBI=0.00452905;REFB=-0.00684133;REVB=0.00181442;RO=94;SAF=52;SAR=28;SRF=56;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568957;STB=0.528512;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.00841546;OID=.;OPOS=84513531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:178:94:98:80:80:0.449438:28:52:56:38:28:52:59:39 chr16 84516309 . G A 268.2 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.098154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.9382;QD=21.8941;RBI=0.100128;REFB=0.00130807;REVB=0.0197826;RO=23;SAF=5;SAR=20;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.455739;STB=0.749786;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000514818;OID=.;OPOS=84516309;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:23:24:25:25:0.510204:20:5:16:7:20:5:16:8 chr16 84520292 . C T 39.61 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00661247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.127;QD=13.2018;RBI=0.149198;REFB=-0.00271659;REVB=0.149052;RO=4;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0921951;STB=0.624529;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00491911;OID=.;OPOS=84520292;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:4:6:6:6:0.5:1:5:3:1:1:5:4:2 chr16 84520324 . GT G,GC 100.44 PASS AF=0.2,0.8;AO=2,6;DP=10;FAO=2,8;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2,4;FSAR=0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0915861,-0.11445;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=34.8121,44.5077;QD=40.1745;RBI=0.0980501,0.150681;REFB=0,0;REVB=-0.0350117,-0.0980099;RO=0;SAF=2,4;SAR=0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0116609,-0.0165092;OID=.,.;OPOS=84520325,84520325;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=G,GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.2,0.8:2,6:10:2,8:10:0:2,4:0,4:0:0:10:0:2,4:0,2:0:0 chr16 84520396 . A G 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.211;QD=59.4335;RBI=0.0529381;REFB=0;REVB=-0.038182;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.6089e-06;OID=.;OPOS=84520396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:20:15:0:0:20:15:0:0 chr16 84520537 . T C 740.38 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0614684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5697;QD=56.9525;RBI=0.0625612;REFB=0;REVB=-0.0116421;RO=0;SAF=20;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.00761e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000392947;OID=.;OPOS=84520537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:32:20:0:0:32:20:0:0 chr16 84522897 . G C 507.98 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00720117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6345;QD=56.4424;RBI=0.0283365;REFB=-0.0199976;REVB=0.0274062;RO=1;SAF=23;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199081;STB=0.510632;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.000660819;OID=.;OPOS=84522897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:12:23:1:0:12:23:1:0 chr16 84531071 . C T 205.17 PASS AF=0.442308;AO=23;DP=52;FAO=23;FDP=52;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00758168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.898;QD=15.7819;RBI=0.00817629;REFB=-0.00826583;REVB=-0.00306102;RO=29;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978835;STB=0.555508;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0121816;OID=.;OPOS=84531071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:29:23:23:0.442308:12:11:11:18:12:11:11:18 chr16 84691044 . C T 192.0 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0483754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.1181;QD=15.6733;RBI=0.0546135;REFB=-0.00417604;REVB=-0.0253467;RO=28;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0590962;STB=0.542578;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00504313;OID=.;OPOS=84691044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:29:20:20:0.408163:11:9:11:17:11:9:11:18 chr16 84695361 . G A 142.69 PASS AF=0.6;AO=15;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0255801;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.131;QD=22.831;RBI=0.0458661;REFB=-0.0206734;REVB=0.0380704;RO=10;SAF=6;SAR=9;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0753894;STB=0.542318;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0161269;OID=.;OPOS=84695361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:10:10:15:15:0.6:9:6:3:7:9:6:3:7 chr16 84778685 . A G 68.84 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0411935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.18;QD=15.2967;RBI=0.0488826;REFB=0.0014158;REVB=-0.0263174;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112036;STB=0.565081;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.000387862;OID=.;OPOS=84778685;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:3:6:7:2:3:6:7:2 chr16 84778694 . T C 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00604315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.542;QD=12.0153;RBI=0.0231007;REFB=-0.00278571;REVB=-0.0222963;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484388;STB=0.529316;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00901814;OID=.;OPOS=84778694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:2:4:5:2:2:4:5:2 chr16 84778697 . G C 38.22 PASS AF=0.461538;AO=5;DP=12;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0516464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0767;QD=11.7589;RBI=0.0547236;REFB=-0.0355727;REVB=0.018092;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115149;STB=0.529316;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0219761;OID=.;OPOS=84778697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:12:13:7:7:5:6:0.461538:2:3:5:2:2:4:5:2 chr16 84879464 . A G 667.97 PASS AF=0.489051;AO=67;DP=137;FAO=67;FDP=137;FR=.;FRO=70;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.0256582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.285;QD=19.5027;RBI=0.0261535;REFB=-0.0167162;REVB=-0.00506595;RO=67;SAF=26;SAR=41;SRF=31;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699167;STB=0.536541;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0177074;OID=.;OPOS=84879464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:67:70:67:67:0.489051:41:26:31:36:41:26:32:38 chr16 84883102 . C T 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00316609;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.087;QD=58.5854;RBI=0.0164468;REFB=0;REVB=0.0161392;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.61529e-05;OID=.;OPOS=84883102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:21:12:0:0:21:12:0:0 chr16 84906098 . C G 591.39 PASS AF=0.431373;AO=65;DP=155;FAO=66;FDP=153;FR=.;FRO=87;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=47;FSRR=40;FWDB=-0.0180143;FXX=0.0192295;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.724;QD=15.4611;RBI=0.0197893;REFB=-0.00496646;REVB=-0.00819151;RO=86;SAF=32;SAR=33;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551951;STB=0.531451;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00837438;OID=.;OPOS=84906098;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:153:86:87:65:66:0.431373:33:32:47:39:34:32:47:40 chr16 84922859 . C T 176.77 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0212846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.842;QD=13.3413;RBI=0.0229108;REFB=-0.00736275;REVB=-0.00847767;RO=32;SAF=17;SAR=4;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348097;STB=0.703487;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00996817;OID=.;OPOS=84922859;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:32:21:21:0.396226:4:17:17:15:4:17:17:15 chr16 84942638 . T G 217.61 PASS AF=0.552632;AO=20;DP=36;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00204598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.556;QD=22.9063;RBI=0.0206295;REFB=-0.0107621;REVB=0.0205278;RO=15;SAF=7;SAR=13;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146377;STB=0.618066;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00744481;OID=.;OPOS=84942638;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:15:17:20:21:0.552632:13:7:8:7:14:7:10:7 chr16 85009463 . T C 635.88 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0429593;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.27;QD=62.0375;RBI=0.0456262;REFB=0;REVB=0.0153704;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000132236;OID=.;OPOS=85009463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr16 85009970 . A G 974.71 PASS AF=0.985294;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0115929;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.436;QD=57.3358;RBI=0.0135717;REFB=-0.0897202;REVB=0.00705651;RO=1;SAF=35;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145389;STB=0.50769;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.000201701;OID=.;OPOS=85009970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:68:1:1:67:67:0.985294:32:35:0:1:32:35:0:1 chr16 85015541 . G A 727.31 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.036393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.704;QD=63.2445;RBI=0.0411257;REFB=0;REVB=0.019154;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.33079e-05;OID=.;OPOS=85015541;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:18:28:0:0:18:28:0:0 chr16 85100976 . G A 493.85 PASS AF=0.546512;AO=47;DP=86;FAO=47;FDP=86;FR=.;FRO=39;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0113271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.067;QD=22.9699;RBI=0.0798571;REFB=-0.0268961;REVB=0.0790496;RO=38;SAF=32;SAR=15;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221029;STB=0.616937;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0180358;OID=.;OPOS=85100976;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:39:47:47:0.546512:15:32:16:22:15:32:17:22 chr16 85112002 . T G 582.29 PASS AF=0.975;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0444389;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2377;QD=58.2294;RBI=0.0620526;REFB=-0.0376507;REVB=-0.0433095;RO=1;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283818;STB=0.514278;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00481148;OID=.;OPOS=85112002;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:1:1:38:39:0.975:16:22:0:1:17:22:0:1 chr16 85705880 . C T 910.5 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0240992;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.2315;QD=56.906;RBI=0.0334351;REFB=-0.0252066;REVB=0.0231761;RO=1;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140954;STB=0.50746;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000957629;OID=.;OPOS=85705880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:64:1:1:63:63:0.984375:33:30:0:1:33:30:0:1 chr16 85705901 . G A 927.75 PASS AF=0.942857;AO=66;DP=70;FAO=66;FDP=70;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0170404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.157;QD=53.0143;RBI=0.0272839;REFB=-0.00551642;REVB=0.0213081;RO=4;SAF=30;SAR=36;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493718;STB=0.502617;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=6.56627e-05;OID=.;OPOS=85705901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:70:70:4:4:66:66:0.942857:36:30:2:2:36:30:2:2 chr16 85706047 . A C,G 674.47 PASS AF=0.923077,0.0384615;AO=48,2;DP=52;FAO=48,2;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=17,1;FSAR=31,1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0277031,0.0129428;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=63.9258,33.4516;QD=51.8825;RBI=0.0290025,0.0131135;REFB=-0.0965758,-0.0915887;REVB=-0.00858406,0.00210909;RO=1;SAF=17,1;SAR=31,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0149366,0.25849;STB=0.506349,0.5;STBP=0.788,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000307134,0.0652988;OID=.,.;OPOS=85706047,85706047;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:52:52:1:2:48,2:48,2:0.923077,0.0384615:31,1:17,1:0:1:31,1:17,1:1:1 chr16 85707289 . C G 371.1 PASS AF=0.828571;AO=29;DP=35;FAO=29;FDP=35;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0249095;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=185.402;QD=42.4111;RBI=0.0318941;REFB=-0.128355;REVB=0.0199186;RO=4;SAF=12;SAR=17;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198882;STB=0.543969;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00444477;OID=.;OPOS=85707289;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:35:35:4:6:29:29:0.828571:17:12:2:2:17:12:4:2 chr16 85743846 . G A 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0179801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.11;QD=14.3343;RBI=0.0221779;REFB=0.0186932;REVB=0.0129837;RO=10;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196839;STB=0.617362;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=-0.0202424;OID=.;OPOS=85743846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:7:2:4:6:7:2:4:6 chr16 85813231 . A C 129.7 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0158814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9189;QD=13.3023;RBI=0.026251;REFB=-0.00484071;REVB=-0.0209021;RO=24;SAF=6;SAR=9;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274957;STB=0.659795;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.00651339;OID=.;OPOS=85813231;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:9:6:16:8:9:6:16:8 chr16 85814899 . T TAGTC 290.45 PASS AF=0.8;AO=24;DP=32;FAO=24;FDP=30;FR=.;FRO=6;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.015248;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=4;MLLD=248.113;QD=38.7269;RBI=0.0281009;REFB=-0.00618779;REVB=0.0236042;RO=7;SAF=15;SAR=9;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234858;STB=0.508921;STBP=0.876;TYPE=ins;VARB=0.00102151;OID=.;OPOS=85814900;OREF=-;OALT=AGTC;OMAPALT=TAGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.8:24:32:24:30:6:15:9:4:2:35:7:15:9:4:3 chr16 85834818 . G A 283.13 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0214646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6672;QD=17.4231;RBI=0.0235065;REFB=-0.00581787;REVB=-0.00958255;RO=34;SAF=15;SAR=16;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698564;STB=0.539122;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.00302042;OID=.;OPOS=85834818;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:16:15:19:15:16:15:19:15 chr16 85838653 . T C 813.06 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0457653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.871;QD=57.0565;RBI=0.0565813;REFB=0;REVB=0.0332715;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032539;OID=.;OPOS=85838653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:56:57:1:25:31:0:0:25:32:0:0 chr16 85839211 . G C 356.32 PASS AF=0.537313;AO=31;DP=69;FAO=36;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0134917;FXX=0.0289813;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.8645;QD=21.2726;RBI=0.0146021;REFB=-0.0678298;REVB=0.00558545;RO=27;SAF=10;SAR=21;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102641;STB=0.525238;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0539796;OID=.;OPOS=85839211;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:27:31:31:36:0.537313:21:10:9:18:26:10:10:21 chr16 85954801 . G A 876.42 PASS AF=0.527607;AO=86;DP=170;FAO=86;FDP=163;FR=.;FRO=77;FSAF=40;FSAR=46;FSRF=38;FSRR=39;FWDB=0.0208893;FXX=0.0411741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.732;QD=21.5072;RBI=0.0245729;REFB=-0.0132161;REVB=0.0129408;RO=75;SAF=40;SAR=46;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127171;STB=0.513448;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0115536;OID=.;OPOS=85954801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:163:75:77:86:86:0.527607:46:40:36:39:46:40:38:39 chr16 86069722 . A G 439.2 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0716089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.7799;QD=56.6707;RBI=0.0735893;REFB=0;REVB=-0.0169572;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00198936;OID=.;OPOS=86069722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:17:13:0:0:17:14:0:0 chr16 86069738 . C G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00856275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.394;QD=60.6094;RBI=0.00905167;REFB=0;REVB=-0.00293464;RO=0;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34368e-05;OID=.;OPOS=86069738;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:21:17:0:0:21:17:0:0 chr16 86069788 . GT TG 548.23 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0246284;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=2;MLLD=196.665;QD=57.7085;RBI=0.0275079;REFB=-0.0316008;REVB=0.0122527;RO=1;SAF=23;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322723;STB=0.517232;STBP=0.269;TYPE=mnp;VARB=0.000860649;OID=.;OPOS=86069788;OREF=GT;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:38:1:1:37:37:0.973684:14:23:0:1:14:23:0:1 chr16 86069827 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150932;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.118;QD=59.4356;RBI=0.015124;REFB=0;REVB=-0.000964809;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.45588e-05;OID=.;OPOS=86069827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr16 86547496 . C T 384.03 PASS AF=0.72093;AO=31;DP=42;FAO=31;FDP=43;FR=.;FRO=12;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=0.00337138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.7382;QD=35.7241;RBI=0.0240084;REFB=-0.0218087;REVB=-0.0237706;RO=11;SAF=24;SAR=7;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173222;STB=0.560605;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0136042;OID=.;OPOS=86547496;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:43:11:12:31:31:0.72093:7:24:11:0:7:24:11:1 chr16 86565826 . C G 151.35 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0578665;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.0909;QD=13.1607;RBI=0.0625853;REFB=0.00283241;REVB=-0.0238409;RO=27;SAF=9;SAR=8;SRF=21;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27186;STB=0.624864;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=-0.0048638;OID=.;OPOS=86565826;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:29:17:17:0.369565:8:9:21:6:8:9:21:8 chr16 86574818 . C G 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00575096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.861;QD=12.73;RBI=0.013566;REFB=-0.0110959;REVB=0.0122867;RO=12;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16722;STB=0.599771;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.0143344;OID=.;OPOS=86574818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:6:3:6:6:6:3:6:6 chr16 87350773 . C A 511.45 PASS AF=0.860465;AO=37;DP=43;FAO=37;FDP=43;FR=.;FRO=6;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0841987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.793;QD=47.577;RBI=0.0941411;REFB=-0.16738;REVB=0.0421086;RO=4;SAF=11;SAR=26;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14315;STB=0.607082;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00626928;OID=.;OPOS=87350773;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:43:43:4:6:37:37:0.860465:26:11:4:0:26:11:6:0 chr16 87417621 . G A 563.79 PASS AF=0.974359;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00584445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.875;QD=57.8241;RBI=0.00695638;REFB=0.0199278;REVB=-0.00377274;RO=1;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208135;STB=0.511105;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=-0.000612154;OID=.;OPOS=87417621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:37:38:0.974359:22:15:0:1:22:16:0:1 chr16 87436720 . G T 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.901;QD=56.1891;RBI=0.0382412;REFB=0;REVB=-0.0347748;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013275;OID=.;OPOS=87436720;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr16 87436764 . A G 584.42 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0247671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.959;QD=55.6589;RBI=0.0260699;REFB=0.00356719;REVB=-0.0081382;RO=2;SAF=13;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0176673;STB=0.509429;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.000180642;OID=.;OPOS=87436764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:27:13:1:1:27:13:1:1 chr16 87445270 . T C 201.49 PASS AF=0.413793;AO=22;DP=56;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=10;FWDB=-0.0196467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.594;QD=13.896;RBI=0.0205083;REFB=-0.0182446;REVB=-0.00588191;RO=33;SAF=11;SAR=11;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207042;STB=0.642543;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0353158;OID=.;OPOS=87445270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:33:34:22:24:0.413793:11:11:23:10:13:11:24:10 chr16 87445839 . C T 63.34 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0140692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.091;QD=8.73623;RBI=0.0148156;REFB=-0.00302927;REVB=0.00464326;RO=20;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364862;STB=0.715075;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00520102;OID=.;OPOS=87445839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:5:4:3:17:5:4:3:17 chr16 87446053 . G A 115.07 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00557075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.276;QD=19.1784;RBI=0.027223;REFB=-0.0150706;REVB=0.0266469;RO=11;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0976611;STB=0.555473;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0174915;OID=.;OPOS=87446053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:5:8:8:3:5:8:8:3 chr16 87451279 . G A 48.45 PASS AF=0.555556;AO=4;DP=11;FAO=5;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.08086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.073;QD=21.5321;RBI=0.0877127;REFB=-0.0668836;REVB=0.0339878;RO=4;SAF=1;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.397043;STB=0.614874;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0585231;OID=.;OPOS=87451279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:11:9:4:2:4:5:0.555556:3:1:3:1:4:1:1:1 chr16 87493737 . T C 206.0 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.0383671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9594;QD=16.8166;RBI=0.039769;REFB=-0.0179977;REVB=0.010466;RO=26;SAF=11;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142698;STB=0.506816;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0373047;OID=.;OPOS=87493737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:26:28:21:21:0.428571:10:11:14:12:10:11:15:13 chr16 87678144 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.009846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.939;QD=39.2058;RBI=0.0128928;REFB=0;REVB=0.00832353;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279047;OID=.;OPOS=87678144;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr16 87678165 . G A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0627562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6576;QD=11.0912;RBI=0.081333;REFB=-0.00297482;REVB=-0.0517371;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892949;STB=0.555331;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.0063554;OID=.;OPOS=87678165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:3:3:3:2:3:3 chr16 87723838 . T C 642.15 PASS AF=0.655172;AO=44;DP=87;FAO=57;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00235084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.725;QD=29.5241;RBI=0.026496;REFB=-0.027756;REVB=-0.0263915;RO=29;SAF=22;SAR=22;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0375792;STB=0.508472;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0123521;OID=.;OPOS=87723838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:29:30:44:57:0.655172:22:22:13:16:29:28:14:16 chr16 87729334 . C CA 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=13;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00247761;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=251.358;QD=34.6655;RBI=0.0450494;REFB=-0.0344051;REVB=0.0449812;RO=3;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285311;STB=0.538386;STBP=0.525;TYPE=ins;VARB=0.00587981;OID=.;OPOS=87729335;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.909091:10:13:10:11:1:6:4:1:0:6:3:6:4:2:1 chr16 87736160 . G A 334.38 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.00497713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.136;QD=19.3841;RBI=0.0103163;REFB=-0.000707196;REVB=-0.00903624;RO=32;SAF=21;SAR=14;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0878039;STB=0.535694;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.000535763;OID=.;OPOS=87736160;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:34:35:35:0.507246:14:21:16:16:14:21:18:16 chr16 87736778 . T C 355.17 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0710165;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.1546;QD=24.4948;RBI=0.0747267;REFB=0.0541769;REVB=-0.0232538;RO=23;SAF=27;SAR=8;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738982;STB=0.540697;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.0375097;OID=.;OPOS=87736778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:35:35:0.603448:8:27:16:7:8:27:16:7 chr16 87737619 . G A 74.48 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.011025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4991;QD=22.9155;RBI=0.0410374;REFB=0.0153517;REVB=-0.0395286;RO=4;SAF=5;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300734;STB=0.517203;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.0101018;OID=.;OPOS=87737619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:4:5:2:2:4:5:2:2 chr16 87737756 . C T 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0630723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.58;QD=12.3945;RBI=0.0666261;REFB=-0.0228407;REVB=-0.021469;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134352;STB=0.578837;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.025479;OID=.;OPOS=87737756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:7:7:15:9:7:7:15:9 chr16 87738694 . G A 335.47 PASS AF=0.604167;AO=29;DP=48;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00894899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4048;QD=27.9555;RBI=0.0546311;REFB=-0.0151252;REVB=0.0538931;RO=19;SAF=14;SAR=15;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312714;STB=0.517229;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0116538;OID=.;OPOS=87738694;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:19:29:29:0.604167:15:14:10:9:15:14:10:9 chr16 87738709 . GCTTCCT G 141.87 PASS AF=0.352941;AO=17;DP=51;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0376994;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=6;MLLD=325.688;QD=11.1273;RBI=0.0378798;REFB=-0.0107826;REVB=-0.00369269;RO=31;SAF=9;SAR=8;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0853542;STB=0.509793;STBP=0.947;TYPE=del;VARB=0.02012;OID=.;OPOS=87738710;OREF=CTTCCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.352941:17:51:18:51:33:9:9:16:17:99:31:9:8:14:17 chr16 87738813 . G C 228.92 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0746742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.2156;QD=22.3335;RBI=0.0748711;REFB=-0.0399132;REVB=-0.00542578;RO=19;SAF=7;SAR=15;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107723;STB=0.559948;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0198279;OID=.;OPOS=87738813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:15:7:4:15:15:7:4:15 chr16 87738853 . T C 99.23 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.11356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.33;QD=14.7012;RBI=0.115422;REFB=-0.0219658;REVB=0.020651;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268155;STB=0.629428;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0419223;OID=.;OPOS=87738853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:15:12:12:0.444444:6:6:3:11:6:6:4:11 chr16 87738858 . A G 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0830129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.051;QD=13.4559;RBI=0.0832608;REFB=-0.0199914;REVB=0.00641935;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.270504;STB=0.657268;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0437086;OID=.;OPOS=87738858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:5:6:4:11:5:6:4:11 chr16 87738888 . G T 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.000431308;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.506;QD=11.1041;RBI=0.0188855;REFB=-0.0377697;REVB=0.0188806;RO=10;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164676;STB=0.599717;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0220238;OID=.;OPOS=87738888;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:3:4:4:6:3:4:4:6 chr16 87739087 . A C 179.72 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00835275;FXX=0.020829;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.396;QD=15.2952;RBI=0.0251841;REFB=-0.0166022;REVB=-0.0237585;RO=27;SAF=5;SAR=14;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170417;STB=0.613275;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0214296;OID=.;OPOS=87739087;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:27:28:19:19:0.404255:14:5:11:16:14:5:12:16 chr16 87739125 . G A 165.65 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=-0.00234825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2949;QD=14.4046;RBI=0.00276588;REFB=-0.0074492;REVB=-0.00146144;RO=27;SAF=6;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198628;STB=0.626722;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.02141;OID=.;OPOS=87739125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:28:18:18:0.391304:12:6:14:13:12:6:15:13 chr16 87739191 . CAA C 81.57 PASS AF=0.368421;AO=13;DP=39;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0245676;FXX=0.0499875;HRUN=4;LEN=2;MLLD=33.8956;QD=8.58651;RBI=0.0423638;REFB=0.0235439;REVB=-0.0345127;RO=22;SAF=3;SAR=10;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436819;STB=0.71398;STBP=0.053;TYPE=del;VARB=-0.0447058;OID=.;OPOS=87739192;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:13:39:14:38:24:4:10:15:9:81:22:3:10:14:8 chr16 87760533 . G A 350.87 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00679203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.783;QD=20.6396;RBI=0.0148677;REFB=-0.018607;REVB=0.0132256;RO=32;SAF=16;SAR=20;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100261;STB=0.555525;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.00824751;OID=.;OPOS=87760533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:20:16:18:14:20:16:18:14 chr16 87788864 . G A 1293.54 PASS AF=0.988235;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00478291;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.28;QD=60.8727;RBI=0.021586;REFB=-0.160523;REVB=0.0210494;RO=0;SAF=41;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0012373;OID=.;OPOS=87788864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:86:85:0:1:84:84:0.988235:43:41:0:0:43:41:0:1 chr16 87866138 . G C 327.39 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0529284;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3111;QD=54.5649;RBI=0.0605668;REFB=0;REVB=0.0294435;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000464712;OID=.;OPOS=87866138;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr16 87868141 . G C 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0164886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.787;QD=7.83711;RBI=0.0224926;REFB=-0.014701;REVB=-0.0152985;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147359;STB=0.59233;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0520903;OID=.;OPOS=87868141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:4:3:9:7:4:3:9:7 chr16 88052161 . C A 1197.67 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0138578;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.84;QD=59.8836;RBI=0.0298064;REFB=-0.141062;REVB=0.026389;RO=1;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116883;STB=0.506171;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.000888213;OID=.;OPOS=88052161;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:80:1:1:79:79:0.9875:40:39:0:1:40:39:0:1 chr16 88105053 . T A 83.49 PASS AF=0.314286;AO=10;DP=34;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0205341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.07;QD=9.5418;RBI=0.0234783;REFB=-0.0189308;REVB=-0.0113834;RO=24;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208064;STB=0.649215;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0568453;OID=.;OPOS=88105053;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:35:24:24:10:11:0.314286:4:6:10:14:4:7:10:14 chr16 88105725 . G A 273.76 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=62;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.000923876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.0495;QD=17.6616;RBI=0.0121287;REFB=-0.0299767;REVB=0.0120935;RO=31;SAF=13;SAR=17;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16217;STB=0.598016;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0413985;OID=.;OPOS=88105725;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:32:30:30:0.483871:17:13:19:12:17:13:20:12 chr16 88123598 . C G 671.76 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0212005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.6409;QD=59.7117;RBI=0.0386023;REFB=-0.0796251;REVB=-0.0322596;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00136965;OID=.;OPOS=88123598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:44:44:0.977778:18:26:0:0:18:26:1:0 chr16 88123697 . C A 330.06 PASS AF=0.961538;AO=26;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0416407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.4775;QD=50.7789;RBI=0.0652224;REFB=-0.125969;REVB=0.0501998;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515139;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0101887;OID=.;OPOS=88123697;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:0:1:26:25:0.961538:9:17:0:0:9:16:1:0 chr16 88134285 . A G 582.02 PASS AF=0.975;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.124108;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.5228;QD=58.2023;RBI=0.140633;REFB=-0.0437558;REVB=-0.0661414;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.511622;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.0021656;OID=.;OPOS=88134285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:0:1:39:39:0.975:21:18:0:0:21:18:0:1 chr16 88494947 . T C 464.65 PASS AF=0.894737;AO=34;DP=38;FAO=34;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0204321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9819;QD=48.91;RBI=0.0209019;REFB=0.010143;REVB=-0.00440657;RO=4;SAF=18;SAR=16;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932112;STB=0.549971;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.0124296;OID=.;OPOS=88494947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:38:38:4:4:34:34:0.894737:16:18:4:0:16:18:4:0 chr16 88494976 . A C 718.38 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306948;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.571;QD=56.3436;RBI=0.0387182;REFB=0;REVB=-0.0235993;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.07897e-05;OID=.;OPOS=88494976;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:49:51:1:22:27:0:0:23:28:0:0 chr16 88495654 . A G 159.51 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.714;QD=45.5745;RBI=0.0259559;REFB=0;REVB=-0.0178856;RO=0;SAF=10;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000620134;OID=.;OPOS=88495654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:3:10:0:0:3:11:0:0 chr16 88496008 . T C 191.84 PASS AF=0.454545;AO=17;DP=42;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0263726;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.477;QD=17.4401;RBI=0.0264507;REFB=-0.0376415;REVB=0.00203165;RO=25;SAF=0;SAR=17;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.830358;STB=0.780764;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0598645;OID=.;OPOS=88496008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:25:24:17:20:0.454545:17:0:15:10:17:3:14:10 chr16 88497446 . A G 61.57 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.992;QD=35.1839;RBI=0.0278861;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459466;OID=.;OPOS=88497446;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr16 88498221 . C T 242.85 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0320308;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.173;QD=44.1553;RBI=0.0381517;REFB=-0.171522;REVB=0.0207263;RO=1;SAF=7;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061324;STB=0.514836;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00526354;OID=.;OPOS=88498221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:22:22:1:2:20:20:0.909091:13:7:1:0:13:7:1:1 chr16 88498297 . T G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.057;QD=35.5759;RBI=0.0334794;REFB=0;REVB=-0.0334794;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0010078;OID=.;OPOS=88498297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr16 88499477 . GCCCCCCG GACCGCCC,GCCCCCG,GCCCGCCC 57.89 PASS AF=0.0454545,0.227273,0.0909091;AO=2,7,3;DP=46;FAO=2,10,4;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=0,6,0;FSAR=2,4,4;FSRF=24;FSRR=4;FWDB=-0.00851854,0.163101,-0.0167535;FXX=0.0222173;HRUN=6,6,6;LEN=7,1,4;MLLD=220.619,9.32781,205.412;QD=5.26243;RBI=0.0718827,0.217105,0.0657478;REFB=-0.00859927,-0.0872853,-0.00809798;REVB=-0.0713762,-0.143292,-0.0635775;RO=23;SAF=0,6,0;SAR=2,1,3;SRF=20;SRR=3;SSEN=0,0.647059,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.723915,-0.0308366,-0.768836;STB=0.998,0.713963,0.998749;STBP=0.008,0.211,0.001;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0.163026,-0.00365502,0.083647;OID=.,.,.;OPOS=88499478,88499478,88499481;OREF=CCCCCCG,C,CCCG;OALT=ACCGCCC,-,GCCC;OMAPALT=GACCGCCC,GCCCCCG,GCCCGCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0454545,0.227273,0.0909091:2,7,3:46:2,10,4:44:28:0,6,0:2,4,4:24:4:23:23:0,6,0:2,1,3:20:3 chr16 88499539 . C G 1343.59 PASS AF=0.92381;AO=97;DP=105;FAO=97;FDP=105;FR=.;FRO=8;FSAF=46;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0042851;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.043;QD=51.1844;RBI=0.0110309;REFB=-0.00795296;REVB=0.0101645;RO=2;SAF=46;SAR=51;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201713;STB=0.517156;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.000181099;OID=.;OPOS=88499539;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:105:105:2:8:97:97:0.92381:51:46:2:0:51:46:2:6 chr16 88501034 . G C 101.88 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00302778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=136.506;QD=40.7526;RBI=0.027285;REFB=0;REVB=-0.0271165;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000333113;OID=.;OPOS=88501034;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr16 88501971 . T A 419.86 PASS AF=1;AO=18;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.631;QD=55.9814;RBI=0.0129433;REFB=0;REVB=0.00303778;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000189265;OID=.;OPOS=88501971;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:18:30:1:10:8:0:0:16:14:0:0 chr16 88502505 . A G 130.34 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0222737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4754;QD=43.4457;RBI=0.0810099;REFB=0;REVB=-0.0778877;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00494804;OID=.;OPOS=88502505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr16 88504206 . G T 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.00686332;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=241.174;QD=19.8257;RBI=0.0124723;REFB=-0.00970285;REVB=0.0104141;RO=25;SAF=9;SAR=18;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527817;STB=0.52939;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00783137;OID=.;OPOS=88504206;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:18:9:7:18:18:9:7:18 chr16 88504849 . T TC 548.76 PASS AF=1;AO=8;DP=63;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0723958;FXX=0.0483793;HRUN=0;LEN=1;MLLD=19.3051;QD=37.204;RBI=0.101144;REFB=0;REVB=0.0706329;RO=52;SAF=2;SAR=6;SRF=39;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.55371;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.011512;OID=.;OPOS=88504850;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:63:59:59:0:40:19:0:0:11:52:2:6:39:13 chr16 88504850 . G C 664.14 PASS AF=0.868852;AO=50;DP=59;FAO=53;FDP=61;FR=.;FRO=8;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0612093;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.8566;QD=43.5499;RBI=0.145142;REFB=-0.145245;REVB=0.131604;RO=8;SAF=38;SAR=12;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163285;STB=0.570788;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0244149;OID=.;OPOS=88504850;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:59:61:8:8:50:53:0.868852:12:38:2:6:15:38:2:6 chr16 88504868 . A G 766.34 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.318;QD=63.8615;RBI=0.0472704;REFB=0;REVB=-0.0159728;RO=0;SAF=13;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61818e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.44634e-05;OID=.;OPOS=88504868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:35:13:0:0:35:13:0:0 chr16 88505635 . A G 83.24 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0177692;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4733;QD=12.8062;RBI=0.044462;REFB=-0.0353311;REVB=-0.0407569;RO=14;SAF=8;SAR=2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202882;STB=0.666324;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0708219;OID=.;OPOS=88505635;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:26:26:14:15:10:11:0.423077:2:8:9:5:2:9:9:6 chr16 88505734 . C T 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0645986;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.363;QD=34.6648;RBI=0.0712989;REFB=-0.0121324;REVB=0.0301754;RO=1;SAF=2;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176689;STB=0.599781;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00192375;OID=.;OPOS=88505734;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:8:2:1:0:8:2:1:0 chr16 88535341 . G A 290.97 PASS AF=0.508197;AO=30;DP=62;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.0101052;FXX=0.0161264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=223.745;QD=19.0803;RBI=0.0105814;REFB=-0.0138734;REVB=-0.00313868;RO=29;SAF=13;SAR=17;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10449;STB=0.556467;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.012894;OID=.;OPOS=88535341;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:29:30:30:31:0.508197:17:13:16:13:18:13:16:14 chr16 88535407 . C G 182.83 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=-0.0404191;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1288;QD=17.412;RBI=0.0606143;REFB=-0.0288155;REVB=-0.0451706;RO=22;SAF=8;SAR=11;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24189;STB=0.64691;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.030623;OID=.;OPOS=88535407;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:22:23:19:19:0.452381:11:8:15:7:11:8:16:7 chr16 88552370 . A G 318.52 PASS AF=0.4;AO=33;DP=87;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.00712839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.392;QD=14.1566;RBI=0.0334141;REFB=-0.0112164;REVB=-0.0326449;RO=53;SAF=12;SAR=21;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219496;STB=0.60044;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0249916;OID=.;OPOS=88552370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:53:54:33:36:0.4:21:12:30:23:22:14:30:24 chr16 88594567 . C T 131.07 PASS AF=0.483871;AO=14;DP=29;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0343766;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8771;QD=16.9116;RBI=0.0349804;REFB=-0.0556207;REVB=0.00647181;RO=15;SAF=3;SAR=11;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21079;STB=0.601846;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.083435;OID=.;OPOS=88594567;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:31:15:16:14:15:0.483871:11:3:6:9:11:4:7:9 chr16 88598549 . G A 116.93 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=46;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.039765;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.272;QD=10.1678;RBI=0.0455532;REFB=-0.00802051;REVB=-0.0222225;RO=32;SAF=10;SAR=4;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500915;STB=0.795087;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0265745;OID=.;OPOS=88598549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:32:32:14:14:0.304348:4:10:8:24:4:10:8:24 chr16 88599023 . A G 399.28 PASS AF=0.405172;AO=45;DP=114;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=26;FSRR=43;FWDB=0.00821219;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.701;QD=13.7684;RBI=0.0107421;REFB=-0.0185739;REVB=-0.00692472;RO=69;SAF=17;SAR=28;SRF=26;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00109809;STB=0.509676;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0293889;OID=.;OPOS=88599023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:69:69:45:47:0.405172:28:17:26:43:30:17:26:43 chr16 88620410 . C T 36.61 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0169034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.624;QD=7.32229;RBI=0.0245119;REFB=-0.00863704;REVB=-0.0177512;RO=14;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275858;STB=0.681124;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.0257484;OID=.;OPOS=88620410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:5:1:5:9:5:1:5:9 chr16 88633052 . G C 302.78 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0805307;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.5943;QD=16.8211;RBI=0.0807089;REFB=-0.0104021;REVB=-0.00536065;RO=38;SAF=21;SAR=12;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109373;STB=0.555521;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0151855;OID=.;OPOS=88633052;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:38:39:33:33:0.458333:12:21:20:18:12:21:21:18 chr16 88644005 . A G 481.1 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0187495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.0381;QD=53.4556;RBI=0.031681;REFB=-0.119537;REVB=0.025537;RO=2;SAF=16;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00306052;STB=0.501638;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00598288;OID=.;OPOS=88644005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:18:16:1:1:18:16:1:1 chr16 88691622 . C T 38.42 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0247458;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.401;QD=8.53806;RBI=0.0247686;REFB=0.000300063;REVB=0.00106248;RO=12;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264239;STB=0.666111;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.000401197;OID=.;OPOS=88691622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:19:18:12:12:6:6:0.333333:4:2:7:5:4:2:7:5 chr16 88713236 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00229864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.502;QD=56.7066;RBI=0.0151096;REFB=0;REVB=-0.0149337;RO=0;SAF=17;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.27488e-05;OID=.;OPOS=88713236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:12:17:0:0:12:17:0:0 chr16 88713501 . A G 165.31 PASS AF=0.5625;AO=14;DP=28;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00580593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.182;QD=20.6643;RBI=0.010632;REFB=-0.0444423;REVB=0.00890676;RO=13;SAF=11;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254209;STB=0.577689;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0467289;OID=.;OPOS=88713501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:32:13:14:14:18:0.5625:3:11:7:6:6:12:7:7 chr16 88717386 . T C 659.9 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0418497;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.218;QD=59.9911;RBI=0.0493669;REFB=-0.108846;REVB=0.0261857;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512815;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00122049;OID=.;OPOS=88717386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:44:0:1:43:43:0.977273:24:19:0:0:24:19:1:0 chr16 88724347 . G T 492.97 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0299766;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.275;QD=56.3396;RBI=0.044471;REFB=-0.0630833;REVB=0.0328492;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.517231;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00666986;OID=.;OPOS=88724347;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:35:0:1:34:34:0.971429:20:14:0:0:20:14:1:0 chr16 88767769 . G C 99.25 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0240667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7028;QD=11.028;RBI=0.0453941;REFB=-0.0215385;REVB=0.0384892;RO=23;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297224;STB=0.673399;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0463545;OID=.;OPOS=88767769;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:6:7:6:17:6:7:6:17 chr16 88778615 . G A 694.76 PASS AF=0.9;AO=53;DP=59;FAO=54;FDP=60;FR=.;FRO=6;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0402219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.086;QD=46.3172;RBI=0.0452499;REFB=-0.0706332;REVB=0.0207303;RO=5;SAF=32;SAR=21;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672618;STB=0.54338;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.00448628;OID=.;OPOS=88778615;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:59:60:5:6:53:54:0.9:21:32:1:4:22:32:1:5 chr16 88779739 . A G 937.6 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.891;QD=58.5999;RBI=0.0359263;REFB=0;REVB=0.000903755;RO=0;SAF=44;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.76295e-05;OID=.;OPOS=88779739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:20:44:0:0:20:44:0:0 chr16 88781040 . A G 555.98 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00915723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.778;QD=58.524;RBI=0.0094549;REFB=0;REVB=0.00235379;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315426;OID=.;OPOS=88781040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:23:13:0:0:25:13:0:0 chr16 88781125 . T C 152.3 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0468629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3519;QD=43.513;RBI=0.0493684;REFB=0;REVB=0.0155276;RO=1;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431971;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000438346;OID=.;OPOS=88781125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:1:0:13:14:1:10:3:0:1:11:3:0:0 chr16 88782676 . A G 237.75 PASS AF=0.490909;AO=26;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0153113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.811;QD=17.2911;RBI=0.0301158;REFB=-0.0104475;REVB=-0.0259331;RO=28;SAF=10;SAR=16;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0759229;STB=0.511103;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.0108765;OID=.;OPOS=88782676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:26:27:0.490909:16:10:13:15:16:11:12:16 chr16 88783449 . C G 135.92 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0191888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.6014;QD=17.5381;RBI=0.0291026;REFB=0.00415438;REVB=0.0218804;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300857;STB=0.517218;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.00266897;OID=.;OPOS=88783449;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:8:7:8:8:8:7:8:8 chr16 88783521 . T C 160.49 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0292085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.5471;QD=18.3418;RBI=0.0551937;REFB=-0.0209033;REVB=0.0468317;RO=17;SAF=6;SAR=11;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108843;STB=0.54994;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0236148;OID=.;OPOS=88783521;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:18:17:17:0.485714:11:6:8:9:11:6:8:10 chr16 88787704 . G C 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.525;QD=59.6785;RBI=0.0354424;REFB=0;REVB=0.0299465;RO=0;SAF=34;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.10835e-05;OID=.;OPOS=88787704;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:36:34:0:0:36:34:0:0 chr16 88792047 . A G 113.46 PASS AF=0.304348;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=46;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0417529;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.2549;QD=9.86639;RBI=0.0723428;REFB=0.00151649;REVB=-0.0590776;RO=30;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298295;STB=0.51019;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=-0.00827491;OID=.;OPOS=88792047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:30:32:14:14:0.304348:9:5:10:20:9:5:11:21 chr16 88792097 . A G 82.02 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0133165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.743;QD=8.63418;RBI=0.0191305;REFB=-0.00616495;REVB=0.0137349;RO=23;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151375;STB=0.580851;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0107064;OID=.;OPOS=88792097;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:38:38:23:27:11:11:0.289474:8:3:9:14:8:3:10:17 chr16 88803124 . T C 958.32 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00836176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5141;QD=58.0801;RBI=0.0209033;REFB=0;REVB=0.019158;RO=0;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7645e-05;OID=.;OPOS=88803124;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:63:66:1:37:26:0:0:40:26:0:0 chr16 88803982 . C G 55.34 PASS AF=0.380952;AO=7;DP=20;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.045868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.6714;QD=10.5408;RBI=0.0934273;REFB=-0.0524268;REVB=0.0813929;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0740731;STB=0.516089;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0864667;OID=.;OPOS=88803982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:20:21:13:13:7:8:0.380952:2:5:10:3:2:6:10:3 chr16 88804734 . A G 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0776055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.362;QD=50.4086;RBI=0.0884549;REFB=0;REVB=-0.0424459;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000529587;OID=.;OPOS=88804734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr16 88805183 . G A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.102524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7357;QD=19.1337;RBI=0.102524;REFB=0.053664;REVB=0;RO=2;SAF=5;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0133447;OID=.;OPOS=88805183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:0:5:2:0:0:5:2:0 chr16 88808743 . A G 554.35 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0014388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.889;QD=55.4351;RBI=0.0489557;REFB=-0.0888101;REVB=0.0489346;RO=2;SAF=19;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0467955;STB=0.524987;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00351748;OID=.;OPOS=88808743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:19:19:2:0:19:19:2:0 chr16 88809368 . G T 204.13 PASS AF=0.526316;AO=19;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0185509;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.292;QD=21.4871;RBI=0.018899;REFB=8.25793e-05;REVB=-0.00361031;RO=17;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0684209;STB=0.538424;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=4.11345e-05;OID=.;OPOS=88809368;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:18:19:20:0.526316:7:12:12:5:7:13:13:5 chr16 88809434 . A G 742.8 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0513145;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.355;QD=57.1383;RBI=0.0978526;REFB=0;REVB=-0.0833184;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.53706e-05;OID=.;OPOS=88809434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr16 88809480 . A G 540.42 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476355;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7259;QD=60.0464;RBI=0.0479364;REFB=0;REVB=0.00536284;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000644841;OID=.;OPOS=88809480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:26:10:0:0:26:10:0:0 chr16 88809686 . T C 1151.78 PASS AF=0.962963;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0242665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6899;QD=56.878;RBI=0.0659998;REFB=-0.0931431;REVB=-0.0613768;RO=2;SAF=43;SAR=35;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00245095;STB=0.504322;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0137511;OID=.;OPOS=88809686;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:81:81:2:3:78:78:0.962963:35:43:1:1:35:43:2:1 chr16 88809773 . G C 1171.92 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0413681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.136;QD=60.8787;RBI=0.0557016;REFB=0;REVB=0.0373007;RO=0;SAF=24;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.03076e-05;OID=.;OPOS=88809773;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:75:77:1:51:24:0:0:53:24:0:0 chr16 88809893 . GG AC 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00572099;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=274.123;QD=15.8821;RBI=0.0057255;REFB=-0.00977541;REVB=-0.000227173;RO=10;SAF=8;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22222;STB=0.631288;STBP=0.321;TYPE=mnp;VARB=0.0081637;OID=.;OPOS=88809893;OREF=GG;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:2:8:6:4:2:8:6:4 chr16 88870967 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.443;QD=35.5759;RBI=0.0235138;REFB=0;REVB=0.0235138;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000865223;OID=.;OPOS=88870967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr16 88872145 . T C 705.29 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8184;QD=62.6924;RBI=0.0233704;REFB=0;REVB=-0.0159421;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2982e-05;OID=.;OPOS=88872145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:26:19:0:0:26:19:0:0 chr16 88872229 . A G 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.817;QD=57.3854;RBI=0.0244032;REFB=0;REVB=-0.00451722;RO=0;SAF=23;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.04735e-05;OID=.;OPOS=88872229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:34:23:0:0:34:23:0:0 chr16 88872511 . T C 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0703129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.159;QD=60.6102;RBI=0.0728351;REFB=0;REVB=0.0190014;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000427706;OID=.;OPOS=88872511;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr16 88874632 . C G 1600.84 PASS AF=0.981982;AO=107;DP=110;FAO=109;FDP=111;FR=.;FRO=2;FSAF=49;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0510076;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8902;QD=57.6879;RBI=0.0510761;REFB=-0.0993376;REVB=-0.00264491;RO=0;SAF=48;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508195;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00341062;OID=.;OPOS=88874632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:110:111:0:2:107:109:0.981982:59:48:0:0:60:49:0:2 chr16 88884466 . C T 100.59 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0498557;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0927;QD=16.0948;RBI=0.0607297;REFB=-0.0091438;REVB=-0.0346771;RO=13;SAF=8;SAR=4;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.378846;STB=0.717604;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0106194;OID=.;OPOS=88884466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:4:8:3:10:4:8:3:10 chr16 88901673 . G A 371.43 PASS AF=0.395833;AO=34;DP=94;FAO=38;FDP=96;FR=.,HEALED;FRO=54;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.102756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.849;QD=15.4763;RBI=0.107236;REFB=-0.000492639;REVB=0.0306725;RO=40;SAF=12;SAR=22;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987449;STB=0.529909;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00523514;OID=.;OPOS=88901673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:40:54:34:38:0.395833:22:12:18:22:25:13:21:33 chr16 88904086 . A G 204.71 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0324054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5273;QD=22.7451;RBI=0.0332773;REFB=-0.0304717;REVB=0.00756794;RO=15;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511616;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0165864;OID=.;OPOS=88904086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:16:20:20:0.555556:8:12:9:6:8:12:10:6 chr16 88942240 . CGG CG,CGA 148.65 PASS AF=0.5,0.03125;AO=9,4;DP=29;FAO=16,1;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=9,1;FSAR=7,0;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0209544,-0.0762199;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=28.4757,31.1085;QD=18.5807;RBI=0.0251831,0.0864296;REFB=0.0213752,0.0841259;REVB=-0.0139679,0.0407504;RO=14;SAF=4,4;SAR=5,0;SRF=4;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.168206,0.741485;STB=0.640149,0.993798;STBP=0.126,0.149;TYPE=del,snp;VARB=-0.0223937,0.06672;OID=.,.;OPOS=88942241,88942242;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=CG,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5,0.03125:9,4:29:16,1:32:15:9,1:7,0:4:11:99:14:4,4:5,0:4:10 chr16 89167094 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0685039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0913;QD=43.486;RBI=0.0912667;REFB=0;REVB=0.0603061;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00612084;OID=.;OPOS=89167094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr16 89167140 . G C 223.17 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1821;QD=49.5923;RBI=0.167269;REFB=0;REVB=0.166864;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00479383;OID=.;OPOS=89167140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr16 89167395 . C T 435.56 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0737772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7201;QD=54.4446;RBI=0.0854733;REFB=-0.0715842;REVB=0.0431581;RO=0;SAF=11;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512187;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.00370532;OID=.;OPOS=89167395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:20:11:0:0:20:11:0:1 chr16 89167404 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.467;QD=60.9785;RBI=0.0399811;REFB=0;REVB=0.038246;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.38859e-05;OID=.;OPOS=89167404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr16 89167431 . G C 752.0 PASS AF=1;AO=40;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.166;QD=64.0002;RBI=0.0676238;REFB=0;REVB=0.0657044;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426195;OID=.;OPOS=89167431;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:40:47:1:13:27:0:0:20:27:0:0 chr16 89167443 . T C 789.34 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110247;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.599;QD=64.4358;RBI=0.0587647;REFB=0;REVB=0.0577213;RO=0;SAF=29;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176985;OID=.;OPOS=89167443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:20:29:0:0:20:29:0:0 chr16 89167458 . C A 777.97 PASS AF=0.95082;AO=56;DP=60;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=21;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00174573;FXX=0.0468677;HRUN=5;LEN=1;MLLD=189.423;QD=51.0142;RBI=0.00751657;REFB=-0.198317;REVB=0.00731104;RO=2;SAF=36;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254762;STB=0.50153;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.000949105;OID=.;OPOS=89167458;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:60:61:2:3:56:58:0.95082:20:36:2:0:21:37:2:1 chr16 89180883 . G A 541.51 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.962;QD=58.5413;RBI=0.0477785;REFB=0;REVB=0.0156897;RO=0;SAF=16;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000360224;OID=.;OPOS=89180883;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:35:37:1:19:16:0:0:20:17:0:0 chr16 89245890 . G T 281.88 PASS AF=0.511628;AO=20;DP=44;FAO=22;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0143548;FXX=0.0227221;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.7857;QD=26.2211;RBI=0.0255223;REFB=-0.0727985;REVB=0.0211027;RO=12;SAF=5;SAR=15;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255143;STB=0.601059;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0621032;OID=.;OPOS=89245890;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:12:14:20:22:0.511628:15:5:7:5:16:6:7:7 chr16 89246670 . T C 112.23 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0117618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.495;QD=16.6271;RBI=0.0640841;REFB=-0.00981016;REVB=-0.0629955;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677773;STB=0.55483;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.00760303;OID=.;OPOS=89246670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:14:13:13:0.481481:7:6:5:8:7:6:5:9 chr16 89251851 . A G 65.02 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.124403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.055;QD=11.8214;RBI=0.124631;REFB=-0.0465717;REVB=-0.00753729;RO=13;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121026;STB=0.50723;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.057861;OID=.;OPOS=89251851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:22:22:13:13:9:9:0.409091:7:2:3:10:7:2:3:10 chr16 89256695 . G A 355.94 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0145862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.267;QD=24.5478;RBI=0.0145959;REFB=-0.0248102;REVB=-0.000530996;RO=23;SAF=19;SAR=16;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109165;STB=0.559887;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0137365;OID=.;OPOS=89256695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:35:35:0.603448:16:19:9:14:16:19:9:14 chr16 89257823 . G C,GC 318.27 PASS AF=0,0.486486;AO=23,21;DP=116;FAO=0,54;FDP=111;FR=.;FRO=57;FSAF=0,38;FSAR=0,16;FSRF=16;FSRR=41;FWDB=-0.0841767,0.0258602;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=24.4715,15.9927;QD=11.4691;RBI=0.104253,0.0939499;REFB=-0.0385378,-0.110491;REVB=0.0615055,0.0903208;RO=72;SAF=23,8;SAR=0,13;SRF=27;SRR=45;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.809885,0.00790215;STB=0.5,0.714773;STBP=1,0;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.134797;OID=.,.;OPOS=89257823,89257824;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:116:111:72:57:23,21:0,54:0,0.486486:0,13:23,8:27:45:0,16:0,38:16:41 chr16 89259993 . A G 324.81 PASS AF=0.460526;AO=36;DP=76;FAO=35;FDP=76;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0337373;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5888;QD=17.0953;RBI=0.0337432;REFB=0.0079533;REVB=-0.000632687;RO=38;SAF=9;SAR=27;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186592;STB=0.636938;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=-0.00584224;OID=.;OPOS=89259993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:38:41:36:35:0.460526:27:9:16:22:27:8:18:23 chr16 89262431 . G A 222.55 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0639962;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.059;QD=18.9408;RBI=0.0646865;REFB=0.00762143;REVB=0.00942456;RO=25;SAF=7;SAR=15;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124505;STB=0.570758;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=-0.00582502;OID=.;OPOS=89262431;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:15:7:11:14:15:7:11:14 chr16 89265087 . A G 217.81 PASS AF=0.419355;AO=24;DP=60;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0620521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.8968;QD=14.052;RBI=0.0636613;REFB=-0.0290817;REVB=-0.0142229;RO=36;SAF=15;SAR=9;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.045822;STB=0.519465;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0374632;OID=.;OPOS=89265087;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:36:36:24:26:0.419355:9:15:21:15:10:16:21:15 chr16 89265100 . GC AT 199.33 PASS AF=0.4;AO=23;DP=63;FAO=24;FDP=60;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00531976;FXX=0.0476115;HRUN=4;LEN=2;MLLD=205.012;QD=13.2888;RBI=0.00900912;REFB=-0.0114903;REVB=-0.00727079;RO=35;SAF=16;SAR=7;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203136;STB=0.58816;STBP=0.275;TYPE=mnp;VARB=0.0174063;OID=.;OPOS=89265100;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:60:35:36:23:24:0.4:7:16:18:17:8:16:19:17 chr16 89265466 . A G 30.49 PASS AF=0.2;AO=3;DP=22;FAO=4;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.04515;FXX=0.0908678;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3565;QD=6.09785;RBI=0.0522436;REFB=-0.0275297;REVB=-0.0262843;RO=12;SAF=0;SAR=3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.590401;STB=0.620044;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.113232;OID=.;OPOS=89265466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:22:20:12:13:3:4:0.2:3:0:4:8:3:1:5:8 chr16 89291210 . G GGTGA 371.12 PASS AF=0.852941;AO=28;DP=35;FAO=29;FDP=34;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0204867;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=4;MLLD=282.812;QD=43.6614;RBI=0.0204931;REFB=-0.09571;REVB=0.000512628;RO=5;SAF=10;SAR=18;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184667;STB=0.592528;STBP=0.022;TYPE=ins;VARB=0.00653972;OID=.;OPOS=89291211;OREF=-;OALT=GTGA;OMAPALT=GGTGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.852941:28:35:29:34:5:11:18:5:0:27:5:10:18:5:0 chr16 89291951 . C T 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00321355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.981;QD=57.6807;RBI=0.010943;REFB=0;REVB=-0.0104605;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.16835e-05;OID=.;OPOS=89291951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr16 89293271 . A C 685.95 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0124956;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=251.316;QD=58.379;RBI=0.0397529;REFB=0.00760152;REVB=0.0377379;RO=2;SAF=24;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00267472;STB=0.501424;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=-1.27748e-05;OID=.;OPOS=89293271;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:21:24:1:1:21:24:1:1 chr16 89293614 . A G 421.69 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0211763;FXX=0.0312402;HRUN=4;LEN=1;MLLD=321.978;QD=54.4114;RBI=0.0214816;REFB=0.000629244;REVB=0.00360844;RO=1;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251989;STB=0.513505;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=3.62069e-06;OID=.;OPOS=89293614;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:31:1:1:30:30:0.967742:18:12:0:1:18:12:0:1 chr16 89294184 . G A 464.41 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.189;QD=58.0509;RBI=0.0332457;REFB=0;REVB=0.0297251;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248734;OID=.;OPOS=89294184;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr16 89294381 . T C 115.98 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00808289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5326;QD=42.1729;RBI=0.0350804;REFB=0;REVB=-0.0341365;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0018507;OID=.;OPOS=89294381;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:1:10:0:0:1:10:0:0 chr16 89294439 . G T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0229857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.981;QD=40.7629;RBI=0.0374553;REFB=0;REVB=-0.0295729;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120702;OID=.;OPOS=89294439;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr16 89294511 . C T 191.25 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.944;QD=47.8131;RBI=0.0267034;REFB=0;REVB=0.0245959;RO=0;SAF=10;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118172;OID=.;OPOS=89294511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:6:10:0:0:6:10:0:0 chr16 89294697 . C T 362.76 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0671022;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.2634;QD=55.8087;RBI=0.0901407;REFB=0;REVB=0.0601883;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00217027;OID=.;OPOS=89294697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr16 89299200 . C A 122.37 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227272;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.613;QD=44.4967;RBI=0.037014;REFB=0;REVB=0.0292149;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00523161;OID=.;OPOS=89299200;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr16 89299227 . C T 160.48 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.147876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.1894;QD=45.8513;RBI=0.149018;REFB=0;REVB=-0.0184174;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00473155;OID=.;OPOS=89299227;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:12:14:1:7:5:0:0:7:7:0:0 chr16 89299280 . T A 223.16 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0929894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.3407;QD=49.5915;RBI=0.130422;REFB=0;REVB=0.0914486;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00406439;OID=.;OPOS=89299280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr16 89300015 . A G 74.96 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00249108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1412;QD=37.4793;RBI=0.0184838;REFB=0;REVB=0.0183151;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000513446;OID=.;OPOS=89300015;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:3:4:0:0:3:5:0:0 chr16 89345408 . G A 270.64 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.0427052;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8182;QD=20.8183;RBI=0.0571692;REFB=-0.020181;REVB=0.0380077;RO=23;SAF=3;SAR=25;SRF=4;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124768;STB=0.564466;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0389645;OID=.;OPOS=89345408;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:24:28:28:0.538462:25:3:4:19:25:3:4:20 chr16 89350038 . G A 56.1 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0586496;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.109;QD=8.01433;RBI=0.0902846;REFB=-0.0400593;REVB=0.0686406;RO=19;SAF=7;SAR=1;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.616009;STB=0.88891;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0366975;OID=.;OPOS=89350038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:29:28:19:20:8:8:0.285714:1:7:6:13:1:7:6:14 chr16 89350178 . G A 189.8 PASS AF=0.42;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0114188;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.261;QD=15.184;RBI=0.0123619;REFB=-0.00974026;REVB=0.00473575;RO=29;SAF=8;SAR=13;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00176262;STB=0.501009;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=0.0151718;OID=.;OPOS=89350178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:29:29:21:21:0.42:13:8:11:18:13:8:11:18 chr16 89590168 . T C,TATCTC 252.39 PASS AF=0.0606061,0.393939;AO=5,23;DP=66;FAO=4,26;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=1,11;FSAR=3,15;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.0161639,-0.0064487;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,5;MLLD=134.366,213.981;QD=15.2966;RBI=0.0216485,0.006558;REFB=-0.0105746,-0.0129415;REVB=-0.0144009,0.0011923;RO=36;SAF=1,11;SAR=4,12;SRF=20;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.404051,-0.0817891;STB=0.766992,0.576864;STBP=0.363,0.319;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0681949,0.01631;OID=.,.;OPOS=89590168,89590169;OREF=T,-;OALT=C,ATCTC;OMAPALT=C,TATCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:66:66:36:36:5,23:4,26:0.0606061,0.393939:4,12:1,11:20:16:3,15:1,11:20:16 chr16 89590243 . G A 256.42 PASS AF=0.453125;AO=28;DP=66;FAO=29;FDP=64;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0178844;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.783;QD=16.0264;RBI=0.0184277;REFB=-0.0082888;REVB=0.00444154;RO=34;SAF=8;SAR=20;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439328;STB=0.54401;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.00817264;OID=.;OPOS=89590243;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:34:35:28:29:0.453125:20:8:11:23:21:8:12:23 chr16 89657645 . G A 44.15 PASS AF=0.259259;AO=6;DP=26;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.00274918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.064;QD=6.54102;RBI=0.113185;REFB=-0.00569322;REVB=0.113151;RO=20;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510726;STB=0.759414;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0147568;OID=.;OPOS=89657645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:27:20:20:6:7:0.259259:2:4:4:16:3:4:4:16 chr16 89662319 . C T 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0399066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9184;QD=16.385;RBI=0.0547008;REFB=-0.0103523;REVB=0.0374118;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450094;STB=0.526257;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0143884;OID=.;OPOS=89662319;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:4:5:4:4:4:5:4:4 chr16 89662990 . T C 169.04 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.075821;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1865;QD=12.0741;RBI=0.107609;REFB=-0.0407032;REVB=-0.0763607;RO=35;SAF=7;SAR=14;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171839;STB=0.599902;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0590343;OID=.;OPOS=89662990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:14:7:17:18:14:7:17:18 chr16 89704365 . G C 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0140927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0075;QD=22.5855;RBI=0.0503883;REFB=0.0417994;REVB=0.0483774;RO=6;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.087178;STB=0.54921;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=-0.0306801;OID=.;OPOS=89704365;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:3:8:5:1:3:8:5:1 chr16 89712374 . A C 135.77 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00261056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.987;QD=27.1541;RBI=0.0305848;REFB=-0.0722644;REVB=0.0304732;RO=6;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170612;STB=0.593636;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.0327854;OID=.;OPOS=89712374;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:13:1:0:6:13:1:0:6 chr16 89712375 . GCCCCG CGCCCG,GCCCCA,GCCCG 180.57 PASS AF=0.105263,0.684211,0.157895;AO=2,13,3;DP=20;FAO=2,13,3;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=0,1,0;FSAR=2,12,3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.113038,0.00133372,0.132506;FXX=0.049975;HRUN=1,1,4;LEN=2,1,1;MLLD=35.6588,45.0945,18.9949;QD=38.0149;RBI=0.11312,0.0450329,0.137004;REFB=-0.120551,0.13345,-0.122247;REVB=0.00429109,0.0450132,-0.0348155;RO=1;SAF=0,1,0;SAR=2,12,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0,0.367647;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0.0363094,0;STB=0.5,0.51997,0.5;STBP=1,0.663,1;TYPE=mnp,snp,del;VARB=0.201951,0.00558823,0.181143;OID=.,.,.;OPOS=89712375,89712380,89712376;OREF=GC,G,C;OALT=CG,A,-;OMAPALT=CGCCCG,GCCCCA,GCCCG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:17:20:19:1:1:2,13,3:2,13,3:0.105263,0.684211,0.157895:2,12,3:0,1,0:0:1:2,12,3:0,1,0:0:1 chr16 89713563 . C G 215.09 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0153421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.172;QD=21.5091;RBI=0.0198621;REFB=-0.041119;REVB=-0.0126144;RO=19;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0594314;STB=0.533302;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0323735;OID=.;OPOS=89713563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:19:21:21:0.525:8:13:13:6:8:13:13:6 chr16 89760652 . C T 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0273683;FXX=0.0526223;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.516;QD=14.6505;RBI=0.0287647;REFB=-0.0084607;REVB=-0.00885353;RO=30;SAF=16;SAR=7;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207194;STB=0.628943;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0147536;OID=.;OPOS=89760652;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:54:30:31:23:23:0.425926:7:16:15:15:7:16:15:16 chr16 89760712 . G A 62.68 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0161085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3832;QD=8.08797;RBI=0.031989;REFB=0.00286953;REVB=0.0276371;RO=22;SAF=8;SAR=1;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.451524;STB=0.791296;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=-0.0153959;OID=.;OPOS=89760712;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:1:8:13:9:1:8:13:9 chr16 89762432 . C G 321.93 PASS AF=0.592593;AO=14;DP=56;FAO=32;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=22;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=0.0287634;FXX=0.0357079;HRUN=6;LEN=1;MLLD=169.502;QD=23.8468;RBI=0.0641472;REFB=-0.0445047;REVB=-0.057337;RO=11;SAF=4;SAR=10;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0711125;STB=0.502687;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.022696;OID=.;OPOS=89762432;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:11:22:14:32:0.592593:10:4:4:7:22:10:7:15 chr16 89763214 . T C 186.9 PASS AF=0.411765;AO=20;DP=50;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00178164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.521;QD=14.659;RBI=0.0199932;REFB=-0.0158895;REVB=0.0199136;RO=28;SAF=12;SAR=8;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00757044;STB=0.5118;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0221367;OID=.;OPOS=89763214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:28:30:20:21:0.411765:8:12:17:11:8:13:18:12 chr16 89764549 . G A 30.68 PASS AF=0.454545;AO=4;DP=10;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0839409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.817;QD=11.1576;RBI=0.0842083;REFB=-0.011571;REVB=0.00670555;RO=6;SAF=1;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0959372;STB=0.538311;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.00871345;OID=.;OPOS=89764549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:10:11:6:6:4:5:0.454545:3:1:2:4:3:2:2:4 chr16 89777761 . C T 196.72 PASS AF=0.465116;AO=20;DP=43;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00985501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.038;QD=18.2993;RBI=0.0195736;REFB=-0.0218923;REVB=0.0169117;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613768;STB=0.534849;STBP=0.695;TYPE=snp;VARB=0.0304447;OID=.;OPOS=89777761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:23:20:20:0.465116:10:10:13:10:10:10:13:10 chr16 89782989 . A G 489.46 PASS AF=0.971429;AO=33;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.033908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0826;QD=55.9384;RBI=0.0339585;REFB=0.0420851;REVB=0.00185178;RO=2;SAF=13;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118058;STB=0.512188;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=-0.00278028;OID=.;OPOS=89782989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:2:1:33:34:0.971429:20:13:1:1:20:14:0:1 chr16 89783187 . C T 593.79 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5288;QD=60.9018;RBI=0.0247612;REFB=0;REVB=0.00928455;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000151563;OID=.;OPOS=89783187;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr16 89789898 . T C 1009.3 PASS AF=1;AO=67;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0335897;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2894;QD=58.5103;RBI=0.0475327;REFB=0;REVB=-0.0336317;RO=0;SAF=40;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00152361;OID=.;OPOS=89789898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:69:0:0:67:69:1:27:40:0:0:27:42:0:0 chr16 89806347 . A T 543.84 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.07;QD=58.7932;RBI=0.0513569;REFB=0;REVB=0.0276334;RO=0;SAF=23;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032003;OID=.;OPOS=89806347;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:13:23:0:0:14:23:0:0 chr16 89836323 . C T 568.83 PASS AF=0.975;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0094323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.047;QD=56.8829;RBI=0.0449119;REFB=-0.037659;REVB=0.0439102;RO=1;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208236;STB=0.510633;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00205455;OID=.;OPOS=89836323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:1:1:38:39:0.975:22:16:0:1:23:16:0:1 chr16 89845194 . A G 492.29 PASS AF=0.921053;AO=35;DP=38;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0416769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.91;QD=51.8196;RBI=0.0433152;REFB=-0.0840436;REVB=-0.0118002;RO=3;SAF=17;SAR=18;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224823;STB=0.512041;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.00566688;OID=.;OPOS=89845194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:38:38:3:3:35:35:0.921053:18:17:1:2:18:17:1:2 chr16 89849480 . C T 145.38 PASS AF=0.421053;AO=16;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.00222476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9409;QD=15.3031;RBI=0.060424;REFB=-0.00881756;REVB=-0.0603831;RO=21;SAF=14;SAR=2;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268696;STB=0.684506;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0194308;OID=.;OPOS=89849480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:22:16:16:0.421053:2:14:15:6:2:14:15:7 chr16 89866043 . T C 323.32 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7839;QD=53.8871;RBI=0.0273589;REFB=0;REVB=0.0203972;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.841e-05;OID=.;OPOS=89866043;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr16 89882359 . T G 145.35 PASS AF=0.30303;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=66;FR=.;FRO=46;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.00818204;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.293;QD=8.80906;RBI=0.0179676;REFB=-0.00509288;REVB=-0.0159965;RO=44;SAF=13;SAR=7;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324841;STB=0.67691;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0115106;OID=.;OPOS=89882359;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:44:46:20:20:0.30303:7:13:16:28:7:13:18:28 chr16 89986154 . G A 161.75 PASS AF=0.695652;AO=15;DP=22;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0806588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3329;QD=28.1298;RBI=0.105554;REFB=-0.0394861;REVB=0.0680873;RO=7;SAF=7;SAR=8;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188936;STB=0.59311;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0451739;OID=.;OPOS=89986154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:23:7:7:15:16:0.695652:8:7:1:6:9:7:1:6 chr16 90028240 . G A 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00998345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.013;QD=16.4255;RBI=0.0296744;REFB=0.000794064;REVB=-0.0279446;RO=11;SAF=4;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822389;STB=0.547738;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=-0.00133852;OID=.;OPOS=90028240;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:7:4:5:6:7:4:5:6 chr16 90030355 . T C 33.49 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0184136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.266;QD=19.1346;RBI=0.0184136;REFB=-0.0150401;REVB=0;RO=2;SAF=5;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113191;OID=.;OPOS=90030355;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:0:5:2:0:0:5:2:0 chr16 90037828 . G A 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.000449802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2275;QD=17.3784;RBI=0.00147426;REFB=-0.00354975;REVB=0.00140397;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218735;STB=0.624791;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00134292;OID=.;OPOS=90037828;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:5:6:8:2:5:6:8:2 chr16 90038369 . A G 257.59 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0204469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5086;QD=19.8146;RBI=0.0319242;REFB=0.000266518;REVB=0.0245169;RO=25;SAF=10;SAR=17;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295839;STB=0.664685;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.000582642;OID=.;OPOS=90038369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:17:10:18:7:17:10:18:7 chr16 90038647 . A G 163.56 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=0.0281665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.595;QD=14.2222;RBI=0.0315847;REFB=-0.0185458;REVB=-0.0142914;RO=28;SAF=10;SAR=8;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.352294;STB=0.700738;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0290958;OID=.;OPOS=90038647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:8:10:6:22:8:10:6:22 chr16 90038786 . C A 670.12 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00593584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.351;QD=62.3365;RBI=0.0172949;REFB=0;REVB=0.0162443;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.64932e-05;OID=.;OPOS=90038786;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr16 90048327 . G A 370.28 PASS AF=0.4;AO=40;DP=100;FAO=40;FDP=100;FR=.;FRO=60;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=-0.055261;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.849;QD=14.8112;RBI=0.0555417;REFB=-0.0347185;REVB=-0.00557681;RO=59;SAF=18;SAR=22;SRF=36;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167349;STB=0.589242;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0257564;OID=.;OPOS=90048327;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:59:60:40:40:0.4:22:18:36:23:22:18:36:24 chr16 90095484 . C T 331.72 PASS AF=0.380952;AO=39;DP=105;FAO=40;FDP=105;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0143744;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.594;QD=12.6369;RBI=0.0144044;REFB=-0.0205663;REVB=0.000930179;RO=65;SAF=21;SAR=18;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0169117;STB=0.51677;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0351233;OID=.;OPOS=90095484;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:65:65:39:40:0.380952:18:21:34:31:18:22:34:31 chr16 90095561 . C T 106.03 PASS AF=0.565217;AO=12;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.00135247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.184;QD=18.4406;RBI=0.00747474;REFB=-0.0243275;REVB=0.00735136;RO=8;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124999;STB=0.591095;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0302123;OID=.;OPOS=90095561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:8:10:12:13:0.565217:8:4:4:4:9:4:5:5 chr16 90096003 . C G 255.52 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.00742194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.8584;QD=17.9309;RBI=0.0192295;REFB=-0.0517395;REVB=-0.0177395;RO=29;SAF=14;SAR=14;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141215;STB=0.578892;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0404834;OID=.;OPOS=90096003;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:14:14:10:19:14:14:10:19 chr16 90096052 . CCTT C,GCTC 324.86 PASS AF=0.463768,0.0434783;AO=29,3;DP=69;FAO=32,3;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=6,2;FSAR=26,1;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.0294189,-0.0496815;FXX=0.028165;HRUN=2,2;LEN=3,4;MLLD=194.318,158.745;QD=18.8322;RBI=0.029429,0.05494;REFB=-0.0341773,-0.0174577;REVB=-0.00077135,-0.0234553;RO=32;SAF=4,2;SAR=25,1;SRF=11;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.298492,0.323454;STB=0.618965,0.765126;STBP=0.121,0.452;TYPE=del,mnp;VARB=0.0287409,0.118422;OID=.,.;OPOS=90096053,90096052;OREF=CTT,CCTT;OALT=-,GCTC;OMAPALT=C,GCTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:34:29,3:32,3:0.463768,0.0434783:25,1:4,2:11:21:26,1:6,2:12:22 chr16 90096067 . G A 363.27 PASS AF=0.475;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=0.0355076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.973;QD=18.1637;RBI=0.0561174;REFB=-0.00720419;REVB=0.0434554;RO=42;SAF=13;SAR=25;SRF=11;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866425;STB=0.548168;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0058679;OID=.;OPOS=90096067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:42:42:38:38:0.475:25:13:11:31:25:13:11:31 chr16 90097748 . C T 71.65 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.104293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.568;QD=19.1079;RBI=0.143555;REFB=0.0123982;REVB=0.0986463;RO=6;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.521121;STB=0.799359;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.00173501;OID=.;OPOS=90097748;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:9:9:0.6:7:2:6:0:7:2:6:0 chr16 90109711 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.869;QD=42.181;RBI=0.035163;REFB=0;REVB=-0.0251338;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.32224e-05;OID=.;OPOS=90109711;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr16 90110027 . G A 239.36 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000258764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.633;QD=50.392;RBI=0.0547078;REFB=0;REVB=0.0547072;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000458321;OID=.;OPOS=90110027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr16 90110279 . C T 45.93 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0120397;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.302;QD=7.65487;RBI=0.0269654;REFB=-0.00674441;REVB=-0.0241284;RO=17;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475485;STB=0.530034;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0360628;OID=.;OPOS=90110279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:25:24:17:17:7:7:0.291667:4:3:8:9:4:3:8:9 chr16 90110284 . G A 190.93 PASS AF=0.72;AO=18;DP=25;FAO=18;FDP=25;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.013363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.071;QD=30.5487;RBI=0.0134249;REFB=-0.00317018;REVB=-0.00128839;RO=7;SAF=8;SAR=10;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823445;STB=0.545405;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.00204754;OID=.;OPOS=90110284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:7:7:18:18:0.72:10:8:2:5:10:8:2:5 chr16 90110289 . C A 266.03 PASS AF=1;AO=15;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.36;QD=50.6715;RBI=0.0467506;REFB=0;REVB=0.036472;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000569467;OID=.;OPOS=90110289;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:15:21:1:10:5:0:0:14:7:0:0 chr16 90110681 . T C 105.77 PASS AF=0.236842;AO=9;DP=38;FAO=9;FDP=38;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=24;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0079809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.537;QD=11.1332;RBI=0.0149149;REFB=-0.0185457;REVB=-0.0126;RO=21;SAF=3;SAR=6;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.411763;STB=0.705442;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0410908;OID=.;OPOS=90110681;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:38:38:21:24:9:9:0.236842:6:3:15:6:6:3:15:9 chr16 90141355 . A C 785.19 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00703212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.721;QD=57.1049;RBI=0.0230345;REFB=0;REVB=-0.0219349;RO=0;SAF=43;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.98168e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000157561;OID=.;OPOS=90141355;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:12:43:0:0:12:43:0:0 chr16 90160793 . G C 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0520663;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1295;QD=16.3848;RBI=0.0622519;REFB=-0.0519353;REVB=-0.0341232;RO=8;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157762;STB=0.592997;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.04087;OID=.;OPOS=90160793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:7:2:3:5:7:2:3:5 chr16 90161065 . A T 177.77 PASS AF=0.37931;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0180137;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7516;QD=12.2601;RBI=0.0592934;REFB=-0.0544557;REVB=-0.0564908;RO=35;SAF=11;SAR=11;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015201;STB=0.517226;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0541484;OID=.;OPOS=90161065;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:35:36:22:22:0.37931:11:11:17:18:11:11:17:19 chr16 90161231 . T C 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0616094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7914;QD=12.0517;RBI=0.0952597;REFB=0.0176309;REVB=-0.0726547;RO=13;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.406226;STB=0.744113;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=-0.02638;OID=.;OPOS=90161231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:7:2:8:5:7:2:8:5 chr16 90161578 . G A 35.32 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.00229964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.046;QD=5.43341;RBI=0.0500958;REFB=-0.0110849;REVB=-0.050043;RO=20;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304021;STB=0.699354;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.030734;OID=.;OPOS=90161578;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:2:4:8:12:2:4:8:12 chr16 90161585 . C A 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0344721;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.081;QD=5.44273;RBI=0.0351605;REFB=-0.0144351;REVB=0.00692364;RO=20;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304021;STB=0.699354;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0334255;OID=.;OPOS=90161585;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:2:4:8:12:2:4:8:12 chr16 90232832 . A C 315.21 PASS AF=0.36;AO=36;DP=99;FAO=36;FDP=100;FR=.;FRO=64;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=39;FSRR=25;FWDB=-0.0403439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.522;QD=12.6084;RBI=0.0642618;REFB=-0.0290557;REVB=-0.0500195;RO=62;SAF=20;SAR=16;SRF=38;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0647339;STB=0.535128;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0327626;OID=.;OPOS=90232832;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:62:64:36:36:0.36:16:20:38:24:16:20:39:25 chr16 90232893 . C A 273.52 PASS AF=0.380952;AO=29;DP=81;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.194141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=38.429;QD=13.0246;RBI=0.220164;REFB=-0.0438659;REVB=0.103833;RO=51;SAF=12;SAR=17;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191489;STB=0.616447;STBP=0.094;TYPE=snp;VARB=0.0601879;OID=.;OPOS=90232893;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:84:51:52:29:32:0.380952:17:12:30:21:19:13:31:21 chr17 6115 . G C 851.26 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223407;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.629;QD=57.7124;RBI=0.0385222;REFB=0;REVB=0.0313824;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100288;OID=.;OPOS=6115;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:33:25:0:0:34:25:0:0 chr17 6157 . A G 428.92 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140409;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.074;QD=57.1892;RBI=0.0185356;REFB=0;REVB=0.0121004;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107906;OID=.;OPOS=6157;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chr17 65506 . G A 167.28 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0131107;FXX=0.0727141;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.476;QD=13.1198;RBI=0.0212455;REFB=-0.000292547;REVB=0.0167177;RO=31;SAF=10;SAR=10;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187788;STB=0.60774;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-0.000279763;OID=.;OPOS=65506;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:51:31:31:20:20:0.392157:10:10:21:10:10:10:21:10 chr17 171098 . T G 194.03 PASS AF=0.487805;AO=19;DP=40;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.00551494;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.227;QD=18.9296;RBI=0.0426213;REFB=-0.035494;REVB=-0.0422629;RO=21;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177419;STB=0.585283;STBP=0.348;TYPE=snp;VARB=0.0352934;OID=.;OPOS=171098;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:21:21:19:20:0.487805:9:10:7:14:10:10:7:14 chr17 171137 . C A 166.65 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=-0.00736057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.579;QD=15.1498;RBI=0.00979533;REFB=-0.0259066;REVB=0.006463;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187649;STB=0.607219;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0510911;OID=.;OPOS=171137;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:26:18:18:0.409091:10:8:5:15:10:8:7:19 chr17 181474 . T C 343.83 PASS AF=0.387755;AO=38;DP=98;FAO=38;FDP=98;FR=.;FRO=60;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0325172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.723;QD=14.0338;RBI=0.0425304;REFB=-0.0120988;REVB=-0.0274129;RO=60;SAF=25;SAR=13;SRF=30;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176111;STB=0.600504;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0156795;OID=.;OPOS=181474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:60:60:38:38:0.387755:13:25:30:30:13:25:30:30 chr17 182990 . A C 49.53 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00437622;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.4253;QD=11.6547;RBI=0.0399791;REFB=-0.0702147;REVB=-0.0397388;RO=5;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247547;STB=0.734403;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.0760478;OID=.;OPOS=182990;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:17:17:5:8:6:6:0.352941:1:5:3:2:1:5:4:4 chr17 292759 . C T 239.38 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5733;QD=50.3961;RBI=0.033037;REFB=0;REVB=0.00726935;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000371844;OID=.;OPOS=292759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr17 505129 . A C 234.17 PASS AF=0.333333;AO=28;DP=86;FAO=29;FDP=87;FR=.;FRO=58;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=0.0118689;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.458;QD=10.7666;RBI=0.0146155;REFB=-0.0075394;REVB=-0.0085289;RO=56;SAF=12;SAR=16;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822381;STB=0.546;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.00784198;OID=.;OPOS=505129;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:56:58:28:29:0.333333:16:12:28:28:16:13:30:28 chr17 526907 . G T 282.75 PASS AF=0.469697;AO=32;DP=65;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=-0.00506615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.642;QD=17.1365;RBI=0.00825926;REFB=-0.015009;REVB=-0.006523;RO=32;SAF=21;SAR=11;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0606415;STB=0.509548;STBP=0.904;TYPE=snp;VARB=0.0184775;OID=.;OPOS=526907;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:32:35:32:31:0.469697:11:21:19:13:11:20:22:13 chr17 648186 . G A 420.34 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0470032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.375;QD=52.5428;RBI=0.0513978;REFB=-0.0928517;REVB=0.020795;RO=2;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0547702;STB=0.514277;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00192005;OID=.;OPOS=648186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:2:1:30:31:0.96875:16:14:0:2:17:14:0:1 chr17 648498 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.623;QD=50.4133;RBI=0.0219498;REFB=0;REVB=0.0107475;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000376901;OID=.;OPOS=648498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr17 649232 . C T 131.25 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0123059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.836;QD=14.1892;RBI=0.0163713;REFB=-0.00961758;REVB=-0.0107975;RO=22;SAF=11;SAR=4;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419404;STB=0.743451;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00607726;OID=.;OPOS=649232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:4:11:7:15:4:11:7:15 chr17 649547 . G C 130.42 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.0405;QD=43.474;RBI=0.0801036;REFB=0;REVB=0.0793533;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00342436;OID=.;OPOS=649547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr17 649935 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000620444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.59;QD=48.7355;RBI=0.087597;REFB=0;REVB=0.0875948;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194859;OID=.;OPOS=649935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr17 650206 . C T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0402091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.7137;QD=10.1728;RBI=0.0460026;REFB=0.0147272;REVB=-0.0223489;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41225;STB=0.749249;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.0288926;OID=.;OPOS=650206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:4:2:7:2:4:2:7:2 chr17 685640 . G T 66.55 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0268371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.763;QD=26.6199;RBI=0.0838529;REFB=-0.174816;REVB=0.0794423;RO=1;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978599;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0481734;OID=.;OPOS=685640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:1:2:8:8:0.8:4:4:1:0:4:4:1:1 chr17 704017 . A G 483.28 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6819;QD=58.5791;RBI=0.0219185;REFB=0;REVB=-0.00512213;RO=0;SAF=23;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000512401;OID=.;OPOS=704017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:10:23:0:0:10:23:0:0 chr17 925764 . A G 687.78 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.309;QD=62.5256;RBI=0.0145816;REFB=0;REVB=-0.0105762;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.58262e-06;OID=.;OPOS=925764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:18:25:0:0:18:26:0:0 chr17 970413 . C T 167.43 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0393106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.904;QD=41.8585;RBI=0.0438451;REFB=0.172444;REVB=0.0194184;RO=1;SAF=6;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699995;STB=0.53841;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.00228922;OID=.;OPOS=970413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:9:6:1:0:9:6:1:0 chr17 1183464 . A G 199.44 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=-0.0184518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.051;QD=15.6425;RBI=0.0679331;REFB=-0.0177772;REVB=-0.0653792;RO=26;SAF=15;SAR=7;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552195;STB=0.50515;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0227198;OID=.;OPOS=1183464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:26:29:22:22:0.431373:7:15:19:7:7:15:20:9 chr17 1201721 . C T 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.000190712;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=264.512;QD=14.7987;RBI=0.0241526;REFB=-0.0171546;REVB=0.0241518;RO=13;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323019;STB=0.691913;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0231157;OID=.;OPOS=1201721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:9:2:6:7:9:2:6:7 chr17 1359363 . T G 252.16 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=58;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=0.00597598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.125;QD=17.0958;RBI=0.0126894;REFB=-0.0127153;REVB=-0.0111942;RO=29;SAF=10;SAR=18;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150253;STB=0.569569;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00747999;OID=.;OPOS=1359363;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:29:31:28:28:0.474576:18:10:15:14:18:10:15:16 chr17 1371123 . T C 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.190067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7036;QD=11.256;RBI=0.190788;REFB=-0.0295149;REVB=-0.0165706;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0282716;OID=.;OPOS=1371123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:6:2:3:9:6:2:3:9 chr17 1373518 . T C 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0125226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.526;QD=9.91654;RBI=0.0221271;REFB=-0.00403863;REVB=-0.0182426;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0232278;STB=0.555432;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00539055;OID=.;OPOS=1373518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:15:17:9:9:0.346154:4:5:8:7:4:5:8:9 chr17 1384066 . A G 602.39 PASS AF=1;AO=35;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.787;QD=60.2388;RBI=0.0448264;REFB=0;REVB=-0.0362238;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000476249;OID=.;OPOS=1384066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:35:40:1:12:23:0:0:13:27:0:0 chr17 1384070 . C A 115.67 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=-0.00938924;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=222.361;QD=11.0165;RBI=0.00996686;REFB=-0.00698447;REVB=-0.00334373;RO=27;SAF=8;SAR=6;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200537;STB=0.599867;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0108056;OID=.;OPOS=1384070;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:28:14:14:0.333333:6:8:20:7:6:8:20:8 chr17 1399375 . C T 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0198537;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.448;QD=7.46511;RBI=0.0198539;REFB=-0.00174368;REVB=8.24027e-05;RO=17;SAF=6;SAR=1;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381716;STB=0.749167;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.00946472;OID=.;OPOS=1399375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:1:6:10:7:1:6:10:7 chr17 1424948 . A G 553.23 PASS AF=0.862745;AO=47;DP=54;FAO=44;FDP=51;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00126891;FXX=0.0555453;HRUN=7;LEN=1;MLLD=243.258;QD=43.3907;RBI=0.00282274;REFB=0.0293424;REVB=0.00252146;RO=7;SAF=21;SAR=26;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651012;STB=0.54263;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=-0.00113773;OID=.;OPOS=1424948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:54:51:7:7:47:44:0.862745:26:21:5:2:26:18:5:2 chr17 1489088 . C G 501.55 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.433;QD=59.0061;RBI=0.0317714;REFB=0;REVB=-0.00253299;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146946;OID=.;OPOS=1489088;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chr17 1516480 . T C 811.39 PASS AF=1;AO=54;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0557145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.422;QD=56.9394;RBI=0.0607001;REFB=0;REVB=0.0240913;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166025;OID=.;OPOS=1516480;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:54:57:1:28:26:0:0:30:27:0:0 chr17 1538546 . C T 1361.8 PASS AF=0.988764;AO=83;DP=90;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0250808;FXX=0.0111099;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.89;QD=61.2046;RBI=0.0520658;REFB=-0.069063;REVB=0.0456268;RO=1;SAF=43;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108876;STB=0.505153;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.000844772;OID=.;OPOS=1538546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:89:1:1:83:88:0.988764:40:43:1:0:40:48:1:0 chr17 1538628 . C G 885.34 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.753;QD=58.055;RBI=0.0273021;REFB=0;REVB=-0.002714;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.18618e-05;OID=.;OPOS=1538628;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:29:32:0:0:29:32:0:0 chr17 1542153 . G A 246.5 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0247785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3381;QD=46.9523;RBI=0.0482869;REFB=-0.0781595;REVB=0.0414445;RO=1;SAF=10;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0438656;STB=0.523786;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.022227;OID=.;OPOS=1542153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:10:10:1:0:10:10:1:0 chr17 1542190 . G A 183.36 PASS AF=0.941176;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=17;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00254574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.755;QD=43.1428;RBI=0.0113021;REFB=-0.0405958;REVB=-0.0110116;RO=1;SAF=10;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.043542;STB=0.52378;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.000277605;OID=.;OPOS=1542190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:17:17:1:1:16:16:0.941176:6:10:1:0:6:10:1:0 chr17 1630208 . C T 730.62 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029569;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.579;QD=63.5318;RBI=0.0521602;REFB=0;REVB=0.0429692;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339901;OID=.;OPOS=1630208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr17 1630395 . T C 336.28 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5366;QD=53.8052;RBI=0.0266129;REFB=0;REVB=0.0128612;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00061976;OID=.;OPOS=1630395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:13:11:0:0:13:12:0:0 chr17 1630584 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00341891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.649;QD=45.8068;RBI=0.0154961;REFB=0;REVB=0.0151143;RO=0;SAF=10;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63386e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112894;OID=.;OPOS=1630584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:4:10:0:0:4:10:0:0 chr17 1636934 . A G 805.03 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0367272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.614;QD=64.4025;RBI=0.0427741;REFB=0;REVB=0.0219257;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000109289;OID=.;OPOS=1636934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr17 1637074 . A G 497.5 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0402;QD=58.529;RBI=0.0871954;REFB=0;REVB=-0.081825;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000820426;OID=.;OPOS=1637074;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr17 1637302 . A G 754.63 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00348082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5339;QD=54.8822;RBI=0.00382188;REFB=-0.00305656;REVB=-0.00157818;RO=1;SAF=17;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125691;STB=0.506664;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=6.0321e-05;OID=.;OPOS=1637302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:37:17:0:1:37:17:0:1 chr17 1639458 . A G 572.59 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1934;QD=60.2728;RBI=0.044451;REFB=0;REVB=0.0345176;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00050525;OID=.;OPOS=1639458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:18:19:0:0:18:20:0:0 chr17 1673276 . C T 287.39 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.0298514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6602;QD=15.9661;RBI=0.0330451;REFB=-0.0186551;REVB=0.0141729;RO=39;SAF=11;SAR=21;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219392;STB=0.630659;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0204632;OID=.;OPOS=1673276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:40:32:32:0.444444:21:11:22:17:21:11:23:17 chr17 1674429 . T C 201.18 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0107693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.2976;QD=28.74;RBI=0.0266632;REFB=-0.00536297;REVB=0.0243916;RO=9;SAF=7;SAR=12;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939761;STB=0.551815;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.00284721;OID=.;OPOS=1674429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:12:7:2:7:12:7:2:7 chr17 1680002 . T C 468.91 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184748;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5866;QD=58.6133;RBI=0.0185408;REFB=0;REVB=0.00156412;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188549;OID=.;OPOS=1680002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:23:9:0:0:23:9:0:0 chr17 1686410 . T C 785.84 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0456081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.181;QD=64.1505;RBI=0.0491019;REFB=0;REVB=0.0181904;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.24183e-05;OID=.;OPOS=1686410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr17 1690752 . G A 159.27 PASS AF=0.289474;AO=22;DP=76;FAO=22;FDP=76;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=-0.0247371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5823;QD=8.3824;RBI=0.0578064;REFB=-0.000931875;REVB=0.0522461;RO=54;SAF=17;SAR=5;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.332435;STB=0.700602;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.00259569;OID=.;OPOS=1690752;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:54:54:22:22:0.289474:5:17:28:26:5:17:28:26 chr17 1704296 . C A 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0658002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4;QD=17.3773;RBI=0.0668895;REFB=-0.0236526;REVB=-0.0120224;RO=10;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278546;STB=0.516099;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0174795;OID=.;OPOS=1704296;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:8:3:3:7:8:3:3:7 chr17 1731268 . T C 213.28 PASS AF=0.382353;AO=26;DP=68;FAO=26;FDP=68;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=-0.0120034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.709;QD=12.5461;RBI=0.0120366;REFB=-0.0136913;REVB=-0.000894542;RO=42;SAF=15;SAR=11;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133798;STB=0.576864;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.025496;OID=.;OPOS=1731268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:42:42:26:26:0.382353:11:15:19:23:11:15:19:23 chr17 1782957 . C T 197.7 PASS AF=0.47619;AO=19;DP=41;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00290489;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=302.711;QD=18.8285;RBI=0.00696712;REFB=-0.008285;REVB=-0.00633265;RO=22;SAF=14;SAR=5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247003;STB=0.613284;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.00840976;OID=.;OPOS=1782957;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:22:22:19:20:0.47619:5:14:11:11:6:14:11:11 chr17 1801144 . C T 1157.36 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00715596;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=246.001;QD=59.352;RBI=0.00723752;REFB=-0.157047;REVB=-0.00108348;RO=1;SAF=47;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0160369;STB=0.508472;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.000432668;OID=.;OPOS=1801144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:76:77:0.987179:29:47:0:1:29:48:0:1 chr17 1839674 . G C 405.52 PASS AF=0.555556;AO=40;DP=72;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0189468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.8612;QD=22.5286;RBI=0.0258634;REFB=0.011646;REVB=0.017605;RO=32;SAF=20;SAR=20;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504291;STB=0.527764;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=-0.00935971;OID=.;OPOS=1839674;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:32:32:40:40:0.555556:20:20:14:18:20:20:14:18 chr17 1840357 . G A 130.03 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0256799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.308;QD=13.3359;RBI=0.0305147;REFB=-0.00351015;REVB=-0.0164829;RO=24;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03291;STB=0.519287;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.00383325;OID=.;OPOS=1840357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:11:4:7:17:11:4:7:17 chr17 1840468 . C T 252.64 PASS AF=0.319588;AO=31;DP=96;FAO=31;FDP=97;FR=.;FRO=66;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=26;FWDB=0.0113407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.575;QD=10.4181;RBI=0.0185287;REFB=-0.00936143;REVB=0.0146527;RO=64;SAF=11;SAR=20;SRF=39;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290571;STB=0.668307;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0200512;OID=.;OPOS=1840468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:64:66:31:31:0.319588:20:11:39:25:20:11:40:26 chr17 1943888 . T C 453.83 PASS AF=0.969697;AO=31;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0142299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.865;QD=55.0096;RBI=0.0326634;REFB=-0.0776429;REVB=0.0294009;RO=2;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405505;STB=0.510632;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00287899;OID=.;OPOS=1943888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:2:1:31:32:0.969697:22:9:0:2:23:9:0:1 chr17 1962394 . C T 47.55 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0177251;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=86.658;QD=11.8882;RBI=0.061298;REFB=0.00243553;REVB=0.0586793;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922775;STB=0.555401;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=-0.00136069;OID=.;OPOS=1962394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:6:3:3:4:6:3 chr17 1962682 . CA C,CC 496.89 PASS AF=0.427419,0.0403226;AO=51,6;DP=124;FAO=53,5;FDP=124;FR=.;FRO=66;FSAF=30,2;FSAR=23,3;FSRF=25;FSRR=41;FWDB=-0.0659003,-0.0698319;FXX=0.0158718;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.501,30.2163;QD=16.0287;RBI=0.0822664,0.069833;REFB=-0.00821295,-0.00152059;REVB=-0.0492433,-0.000400646;RO=64;SAF=29,3;SAR=22,3;SRF=24;SRR=40;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.190981,0.140242;STB=0.602788,0.520628;STBP=0.058,0.968;TYPE=del,snp;VARB=-0.00016515,0.0264585;OID=.,.;OPOS=1962683,1962683;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.427419,0.0403226:51,6:124:53,5:124:66:30,2:23,3:25:41:99:64:29,3:22,3:24:40 chr17 2091765 . C T 595.87 PASS AF=0.623529;AO=53;DP=85;FAO=53;FDP=85;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.045957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.449;QD=28.0409;RBI=0.0491126;REFB=-0.0230606;REVB=0.0173205;RO=31;SAF=25;SAR=28;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520588;STB=0.534149;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0134531;OID=.;OPOS=2091765;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:31:32:53:53:0.623529:28:25:17:14:28:25:18:14 chr17 2186100 . C T 439.36 PASS AF=0.591549;AO=41;DP=70;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=0.0242094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.599;QD=24.7524;RBI=0.0242505;REFB=-0.0290088;REVB=-0.00141165;RO=29;SAF=25;SAR=16;SRF=6;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297749;STB=0.664406;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0106642;OID=.;OPOS=2186100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:29:29:41:42:0.591549:16:25:6:23:16:26:6:23 chr17 2202943 . T C 150.81 PASS AF=0.351852;AO=18;DP=52;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0213189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.255;QD=11.171;RBI=0.0262661;REFB=-0.00766453;REVB=-0.0153432;RO=32;SAF=6;SAR=12;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189107;STB=0.614052;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0156635;OID=.;OPOS=2202943;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:32:35:18:19:0.351852:12:6:16:16:12:7:19:16 chr17 2203167 . T G 245.62 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00921093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.1055;QD=23.9633;RBI=0.0355393;REFB=-0.00439303;REVB=-0.034325;RO=18;SAF=9;SAR=14;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485328;STB=0.527004;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00347886;OID=.;OPOS=2203167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:14:9:6:12:14:9:6:12 chr17 2203348 . T C 88.2 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00379699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.283;QD=39.2001;RBI=0.0476178;REFB=0;REVB=-0.0474662;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000439077;OID=.;OPOS=2203348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr17 2203453 . A G 122.92 PASS AF=0.56;AO=13;DP=24;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0209329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.766;QD=19.6678;RBI=0.0384899;REFB=-0.00868165;REVB=-0.0322999;RO=11;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0796854;STB=0.559915;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0119571;OID=.;OPOS=2203453;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:25:11:11:13:14:0.56:7:6:4:7:7:7:4:7 chr17 2297571 . G A,GCA 99.88 PASS AF=0,0.545455;AO=2,9;DP=23;FAO=0,12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=0,4;FSAR=0,8;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.085225,-0.0324492;FXX=0.0832986;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=88.3175,66.5541;QD=18.1592;RBI=0.0852303,0.109939;REFB=-0.0659509,-0.109738;REVB=0.000948012,0.105042;RO=11;SAF=0,4;SAR=2,5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.663928,-0.259257;STB=0.5,0.705552;STBP=1,0.061;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.142735;OID=.,.;OPOS=2297571,2297572;OREF=G,-;OALT=A,CA;OMAPALT=A,GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:74:23:22:11:10:2,9:0,12:0,0.545455:2,5:0,4:8:3:0,8:0,4:8:2 chr17 2318550 . G C 146.37 PASS AF=0.357143;AO=18;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.032055;FXX=0.0508388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.2714;QD=10.4553;RBI=0.0540813;REFB=-0.0141894;REVB=-0.0435575;RO=35;SAF=5;SAR=13;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363808;STB=0.665914;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0354198;OID=.;OPOS=2318550;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:36:18:20:0.357143:13:5:21:14:13:7:22:14 chr17 2559056 . C T 245.63 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0714434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.362;QD=23.964;RBI=0.0714478;REFB=-0.00697491;REVB=0.000796704;RO=18;SAF=5;SAR=18;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174846;STB=0.598245;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00515661;OID=.;OPOS=2559056;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:18:5:7:11:18:5:7:11 chr17 2585113 . C T 274.22 PASS AF=0.568182;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=44;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.017002;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.903;QD=24.9293;RBI=0.0246236;REFB=-0.0284048;REVB=0.0178115;RO=19;SAF=8;SAR=17;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129597;STB=0.572217;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0237616;OID=.;OPOS=2585113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:19:25:25:0.568182:17:8:9:10:17:8:9:10 chr17 2588722 . TAA T 212.11 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=37;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00170336;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=2;MLLD=190.993;QD=23.5679;RBI=0.0116766;REFB=-0.00669215;REVB=-0.0115517;RO=12;SAF=14;SAR=10;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101807;STB=0.556028;STBP=0.33;TYPE=del;VARB=0.00294531;OID=.;OPOS=2588723;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:24:37:24:36:12:14:10:5:7:67:12:14:10:5:7 chr17 2595964 . G A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.049;QD=49.5966;RBI=0.0702653;REFB=0;REVB=0.0486015;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000726701;OID=.;OPOS=2595964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr17 2600186 . G A 525.95 PASS AF=0.519231;AO=54;DP=104;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=0.0714215;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6239;QD=20.2288;RBI=0.083799;REFB=-0.028807;REVB=0.043832;RO=50;SAF=26;SAR=28;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683953;STB=0.537682;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0268696;OID=.;OPOS=2600186;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:50:50:54:54:0.519231:28:26:28:22:28:26:28:22 chr17 2868935 . T C 471.97 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0339844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.942;QD=55.5264;RBI=0.0347919;REFB=-0.165875;REVB=0.00745256;RO=1;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217319;STB=0.511621;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00149887;OID=.;OPOS=2868935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:21:12:0:1:21:12:0:1 chr17 2883584 . C CA 347.87 PASS AF=1;AO=6;DP=55;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0801061;FXX=0.296241;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.4756;QD=36.6179;RBI=0.156727;REFB=0;REVB=-0.134709;RO=49;SAF=2;SAR=4;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225926;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0212126;OID=.;OPOS=2883585;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:55:38:38:0:20:18:0:0:7:49:2:4:26:23 chr17 2883588 . C A 771.26 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00551928;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4992;QD=57.1308;RBI=0.0383867;REFB=0;REVB=0.0379878;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193588;OID=.;OPOS=2883588;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:52:54:1:25:27:0:0:26:28:0:0 chr17 2929392 . G A 265.93 PASS AF=0.916667;AO=21;DP=24;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0326441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.54;QD=44.3224;RBI=0.0367814;REFB=0.0307721;REVB=-0.0169478;RO=1;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369221;STB=0.507805;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=-0.0018858;OID=.;OPOS=2929392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:24:24:1:2:21:22:0.916667:12:9:0:1:13:9:1:1 chr17 2929674 . T C 920.41 PASS AF=1;AO=62;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00549906;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.979;QD=57.5257;RBI=0.0186367;REFB=0;REVB=0.017807;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161041;OID=.;OPOS=2929674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:62:64:1:37:25:0:0:37:27:0:0 chr17 2930339 . G A 272.86 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0963136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.006;QD=51.9731;RBI=0.0975383;REFB=0;REVB=-0.0154084;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000667966;OID=.;OPOS=2930339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:11:9:0:0:11:10:0:0 chr17 2940759 . A G 1019.96 PASS AF=0.985915;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=71;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00208802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.743;QD=57.4627;RBI=0.00877135;REFB=-0.0719416;REVB=-0.0085192;RO=1;SAF=29;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160211;STB=0.508472;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=7.41104e-05;OID=.;OPOS=2940759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:71:1:1:69:70:0.985915:40:29:1:0:41:29:1:0 chr17 3030822 . G A 86.3 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.0390074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0267;QD=12.3289;RBI=0.0390313;REFB=0.00924868;REVB=0.00136581;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0118806;STB=0.507029;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.0123796;OID=.;OPOS=3030822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:7:4:6:11:7:4:6:11 chr17 3100827 . T C 637.11 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0003184;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.883;QD=62.1569;RBI=0.0256692;REFB=0;REVB=0.0256673;RO=0;SAF=31;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.09277e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.17368e-05;OID=.;OPOS=3100827;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:10:31:0:0:10:31:0:0 chr17 3101076 . G C 786.98 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00374884;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.465;QD=55.2266;RBI=0.0180795;REFB=-0.0759618;REVB=0.0176865;RO=1;SAF=30;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154585;STB=0.508194;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000194433;OID=.;OPOS=3101076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:26:30:1:0:26:30:1:0 chr17 3101578 . G T 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0173924;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.444;QD=58.6006;RBI=0.0264522;REFB=0;REVB=-0.0199304;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.68564e-05;OID=.;OPOS=3101578;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr17 3101691 . G T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176731;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.588;QD=47.8224;RBI=0.0219576;REFB=0;REVB=0.0130307;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.64648e-05;OID=.;OPOS=3101691;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr17 3119008 . T C 211.87 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0246137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2466;QD=16.6174;RBI=0.0584628;REFB=-0.00218962;REVB=-0.0530289;RO=28;SAF=16;SAR=7;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585566;STB=0.533304;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00014906;OID=.;OPOS=3119008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:7:16:18:10:7:16:18:10 chr17 3195503 . C G,T 655.81 PASS AF=0.0444444,0.933333;AO=2,42;DP=44;FAO=2,42;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=1,13;FSAR=1,29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00679884,0.00926581;FXX=0.0217344;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=123.079,154.934;QD=58.2942;RBI=0.0414881,0.0421482;REFB=-0.0124166,-0.0155044;REVB=0.0409272,0.0411171;RO=0;SAF=1,14;SAR=1,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.665164,0.51851;STBP=0.662,0.182;TYPE=snp,snp;VARB=0.0599689,-0.00098945;OID=.,.;OPOS=3195503,3195503;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:45:0:1:2,42:2,42:0.0444444,0.933333:1,28:1,14:0:0:1,29:1,13:1:0 chr17 3214181 . T G 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0021557;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.009;QD=16.4264;RBI=0.0159697;REFB=-0.00366877;REVB=0.0158236;RO=11;SAF=7;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00432337;OID=.;OPOS=3214181;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:4:7:7:4:4:7:7:4 chr17 3300934 . A T 241.53 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0697714;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.191;QD=21.0027;RBI=0.0811931;REFB=-0.00682645;REVB=0.0415243;RO=23;SAF=8;SAR=15;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160489;STB=0.590471;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.00691934;OID=.;OPOS=3300934;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:15:8:12:11:15:8:12:11 chr17 3301549 . G A 74.5 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0118994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.357;QD=10.6434;RBI=0.017594;REFB=-0.0325345;REVB=-0.0129597;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118978;STB=0.571289;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.058666;OID=.;OPOS=3301549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:5:5:11:7:5:5:11:7 chr17 3324810 . A G 107.33 PASS AF=0.393939;AO=12;DP=32;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=19;FWDB=-0.0286847;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.3845;QD=13.01;RBI=0.0526874;REFB=-0.0281938;REVB=-0.0441945;RO=20;SAF=4;SAR=8;SRF=1;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.407498;STB=0.737449;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0360784;OID=.;OPOS=3324810;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:20:20:12:13:0.393939:8:4:1:19:8:5:1:19 chr17 3337057 . A G 612.51 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2581;QD=61.2511;RBI=0.01973;REFB=0;REVB=-0.00619203;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.46694e-05;OID=.;OPOS=3337057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr17 3343519 . T C 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0105909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.3476;QD=11.634;RBI=0.037071;REFB=0.00543719;REVB=-0.0355259;RO=16;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104401;STB=0.562374;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=-0.0143415;OID=.;OPOS=3343519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:6:4:8:8:6:4:8:8 chr17 3352294 . A G 149.36 PASS AF=0.365385;AO=18;DP=51;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=-0.00767755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.556;QD=11.4889;RBI=0.0270326;REFB=-0.0162791;REVB=-0.0259195;RO=32;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0949207;STB=0.578864;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0222661;OID=.;OPOS=3352294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:32:33:18:19:0.365385:10:8:17:15:11:8:18:15 chr17 3352331 . C T 129.1 PASS AF=0.321429;AO=17;DP=55;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.020711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0191;QD=9.22148;RBI=0.0227085;REFB=-0.00210968;REVB=0.00931293;RO=37;SAF=7;SAR=10;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558892;STB=0.540938;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.00284087;OID=.;OPOS=3352331;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:37:38:17:18:0.321429:10:7:17:20:11:7:17:21 chr17 3416555 . C A 257.22 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.00507542;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6346;QD=21.891;RBI=0.00986354;REFB=0.00011426;REVB=0.00845751;RO=23;SAF=14;SAR=10;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.239829;STB=0.634038;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00179434;OID=.;OPOS=3416555;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:10:14:7:16:10:14:7:16 chr17 3422032 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0246408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.471;QD=56.9569;RBI=0.0259319;REFB=0;REVB=0.00808039;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18853e-05;OID=.;OPOS=3422032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:22:30:0:0:22:30:0:0 chr17 3422077 . G A 804.71 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2383;QD=64.3766;RBI=0.0532999;REFB=0;REVB=0.0416989;RO=0;SAF=28;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00063433;OID=.;OPOS=3422077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:21:28:0:0:22:28:0:0 chr17 3445901 . T G 923.92 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114313;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.733;QD=58.6616;RBI=0.0191761;REFB=0;REVB=0.0153964;RO=0;SAF=20;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00371e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00071564;OID=.;OPOS=3445901;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:43:20:0:0:43:20:0:0 chr17 3447914 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0910503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.27;QD=44.6895;RBI=0.0910724;REFB=0;REVB=0.0020043;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00178884;OID=.;OPOS=3447914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr17 3458072 . T C 409.42 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.986;QD=56.472;RBI=0.0209471;REFB=0;REVB=0.00558499;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132205;OID=.;OPOS=3458072;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:27:29:1:13:14:0:0:14:15:0:0 chr17 3475490 . C T 173.14 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0395081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.5533;QD=12.8252;RBI=0.046907;REFB=0.0209602;REVB=0.0252858;RO=31;SAF=15;SAR=6;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120343;STB=0.555501;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=-0.0295677;OID=.;OPOS=3475490;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:33:21:21:0.388889:6:15:19:12:6:15:21:12 chr17 3476990 . G A 74.0 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0120563;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.662;QD=9.2496;RBI=0.0214062;REFB=0.000921935;REVB=-0.0176881;RO=22;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106085;STB=0.50648;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=-0.00308235;OID=.;OPOS=3476990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:33:32:22:22:10:10:0.3125:6:4:9:13:6:4:9:13 chr17 3480910 . A G 73.81 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=30;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=-0.0499199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.685;QD=9.8411;RBI=0.0526886;REFB=-0.00768088;REVB=-0.0168551;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181817;STB=0.608497;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.015021;OID=.;OPOS=3480910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:20:20:10:10:0.333333:6:4:5:15:6:4:5:15 chr17 3486702 . G A 287.42 PASS AF=1;AO=18;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00843752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.636;QD=52.2582;RBI=0.0343042;REFB=0;REVB=0.0332504;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.71358e-05;OID=.;OPOS=3486702;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:18:22:1:6:12:0:0:9:13:0:0 chr17 3514028 . G C 289.33 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0925401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9145;QD=52.6048;RBI=0.0966568;REFB=0;REVB=0.0279082;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000830172;OID=.;OPOS=3514028;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr17 3524660 . C T 217.22 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0280267;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.492;QD=15.2437;RBI=0.040183;REFB=-0.0264458;REVB=-0.0287955;RO=32;SAF=11;SAR=14;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151217;STB=0.585706;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.0382033;OID=.;OPOS=3524660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:57:32:32:25:25:0.438596:14:11:19:13:14:11:19:13 chr17 3553526 . A G 572.94 PASS AF=0.95122;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=41;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0129184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3798;QD=55.8966;RBI=0.0340007;REFB=-0.0141914;REVB=-0.0314509;RO=2;SAF=15;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111001;STB=0.505926;STBP=0.769;TYPE=snp;VARB=0.00271751;OID=.;OPOS=3553526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:41:41:2:2:39:39:0.95122:24:15:1:1:24:15:1:1 chr17 3559822 . CG CA,GC 248.0 PASS AF=0.378378,0;AO=27,3;DP=75;FAO=28,0;FDP=74;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=16,0;FSAR=12,0;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.00744786,-0.0126901;FXX=0.0133316;HRUN=3,1;LEN=1,2;MLLD=95.401,72.0177;QD=13.4053;RBI=0.062206,0.223891;REFB=-0.0181941,-0.0261024;REVB=-0.0617585,-0.223531;RO=32;SAF=16,0;SAR=11,3;SRF=23;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.129591,-0.647995;STB=0.502023,0.5;STBP=0.996,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0223853,0.0491269;OID=.,.;OPOS=3559823,3559822;OREF=G,CG;OALT=A,GC;OMAPALT=CA,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:32:44:27,3:28,0:0.378378,0:11,3:16,0:23:9:12,0:16,0:25:19 chr17 3561396 . C T 508.6 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0256625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.223;QD=56.5115;RBI=0.0416499;REFB=-0.149888;REVB=0.0328048;RO=1;SAF=18;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252795;STB=0.513506;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0014493;OID=.;OPOS=3561396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:17:18:1:0:17:18:1:0 chr17 3563963 . C G 86.07 PASS AF=0.37931;AO=10;DP=28;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.044363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.711;QD=11.8716;RBI=0.0611433;REFB=-0.0337203;REVB=-0.0420764;RO=18;SAF=8;SAR=2;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18836;STB=0.631311;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0912508;OID=.;OPOS=3563963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:29:18:18:10:11:0.37931:2:8:12:6:2:9:12:6 chr17 3564068 . G A 85.03 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0581396;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7762;QD=22.6744;RBI=0.0750718;REFB=-0.0656725;REVB=-0.0474927;RO=5;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584143;STB=0.533267;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0467095;OID=.;OPOS=3564068;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:5:5:2:3:5:5:2:3 chr17 3564073 . A G 72.53 PASS AF=0.642857;AO=8;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0128847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7087;QD=20.7217;RBI=0.020357;REFB=-0.0170288;REVB=0.0157604;RO=4;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0749496;STB=0.516093;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0210536;OID=.;OPOS=3564073;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:4:5:8:9:0.642857:5:3:2:2:5:4:2:3 chr17 3564084 . T C 64.51 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00875183;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.222;QD=19.8498;RBI=0.0171454;REFB=-0.00486067;REVB=0.0147435;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661115;STB=0.538366;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00639677;OID=.;OPOS=3564084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:13:13:5:5:8:8:0.615385:4:4:2:3:4:4:2:3 chr17 3564378 . C T 147.13 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.00228875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.257;QD=13.0779;RBI=0.0213892;REFB=-0.0253991;REVB=-0.0212664;RO=28;SAF=11;SAR=6;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457745;STB=0.526729;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.016084;OID=.;OPOS=3564378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:6:11:17:11:6:11:17:11 chr17 3564400 . TT AG,TG 496.0 PASS AF=0.657143,0.342857;AO=22,12;DP=35;FAO=23,12;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12,8;FSAR=11,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101638,-0.0234954;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=75.2416,75.1116;QD=56.6857;RBI=0.0468575,0.045814;REFB=0,0;REVB=0.0457419,0.0393305;RO=0;SAF=11,8;SAR=11,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00897569,0.0675584;OID=.,.;OPOS=3564400,3564401;OREF=TT,T;OALT=AG,G;OMAPALT=AG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:95:35:35:0:0:22,12:23,12:0.657143,0.342857:11,4:11,8:0:0:11,4:12,8:0:0 chr17 3568012 . A G 715.66 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308857;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.831;QD=57.2528;RBI=0.0374257;REFB=0;REVB=0.0211366;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.69511e-05;OID=.;OPOS=3568012;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:31:18:0:0:32:18:0:0 chr17 3594276 . TG T 404.05 PASS AF=1;AO=32;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127789;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=16.1051;QD=41.4411;RBI=0.225608;REFB=0;REVB=-0.185927;RO=1;SAF=9;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490584;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00140104;OID=.;OPOS=3594277;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:38:39:39:0:10:29:0:0:8:1:9:23:1:0 chr17 3775847 . CT C,CC 1058.41 PASS AF=0.0273973,0.958904;AO=11,61;DP=74;FAO=2,70;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=2,44;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0249726,0.0274527;FXX=0.0135117;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=289.262,306.477;QD=57.9952;RBI=0.0412465,0.0484097;REFB=-0.0173438,-0.0264911;REVB=0.0328275,0.0398729;RO=1;SAF=7,39;SAR=4,22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0994753,0.0209702;STB=0.993266,0.509431;STBP=0.227,0.304;TYPE=del,snp;VARB=0.0437251,0.00102189;OID=.,.;OPOS=3775848,3775848;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0273973,0.958904:11,61:74:2,70:73:1:2,44:0,26:0:1:4:1:7,39:4,22:0:1 chr17 3775916 . T C,G 849.84 PASS AF=0.967742,0.0322581;AO=55,2;DP=57;FAO=60,2;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32,2;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0099813,-0.000975094;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=80.0499,143.878;QD=54.8281;RBI=0.0432586,0.0076108;REFB=0,0;REVB=0.0420913,-0.00754808;RO=0;SAF=32,2;SAR=23,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.49259e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00145047,0.0908838;OID=.,.;OPOS=3775916,3775916;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:57:62:0:0:55,2:60,2:0.967742,0.0322581:23,0:32,2:0:0:28,0:32,2:0:0 chr17 3818788 . G A 567.9 PASS AF=0.97561;AO=38;DP=42;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0387814;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.28;QD=55.4046;RBI=0.0390263;REFB=-0.0488736;REVB=0.00436512;RO=2;SAF=16;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00756614;STB=0.511106;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00131165;OID=.;OPOS=3818788;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:42:41:2:1:38:40:0.97561:22:16:1:1:22:18:0:1 chr17 3818830 . A G 501.41 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00378912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5453;QD=58.9892;RBI=0.0371364;REFB=0;REVB=-0.0369425;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000619731;OID=.;OPOS=3818830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr17 3819002 . T C 441.12 PASS AF=1;AO=25;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132649;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.214;QD=56.9181;RBI=0.0337929;REFB=0;REVB=0.0310806;RO=0;SAF=21;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.661e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193408;OID=.;OPOS=3819002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:25:31:1:4:21:0:0:10:21:0:0 chr17 3828086 . C G 419.92 PASS AF=0.518519;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=81;FR=.;FRO=39;FSAF=34;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=9;FWDB=0.0489918;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.5336;QD=20.7366;RBI=0.0664822;REFB=-0.0451498;REVB=-0.0449409;RO=37;SAF=34;SAR=8;SRF=28;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068828;STB=0.53026;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=0.0614964;OID=.;OPOS=3828086;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:37:39:42:42:0.518519:8:34:28:9:8:34:30:9 chr17 3848416 . C T 413.65 PASS AF=0.445545;AO=44;DP=100;FAO=45;FDP=101;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=24;FSRR=32;FWDB=-0.00781874;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.404;QD=16.3822;RBI=0.00806955;REFB=-0.0155539;REVB=-0.00199625;RO=56;SAF=20;SAR=24;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262295;STB=0.521267;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.0196495;OID=.;OPOS=3848416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:56:56:44:45:0.445545:24:20:24:32:24:21:24:32 chr17 4058041 . C T 134.51 PASS AF=0.372093;AO=14;DP=41;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.0936461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3834;QD=12.5128;RBI=0.113007;REFB=-0.0408737;REVB=0.0632535;RO=27;SAF=10;SAR=4;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192428;STB=0.545397;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0312237;OID=.;OPOS=4058041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:27:27:14:16:0.372093:4:10:15:12:6:10:15:12 chr17 4069735 . C A 295.8 PASS AF=0.428571;AO=33;DP=77;FAO=33;FDP=77;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00666228;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.744;QD=15.3664;RBI=0.0176234;REFB=-0.0126289;REVB=0.0163156;RO=43;SAF=16;SAR=17;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0501118;STB=0.521623;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0133001;OID=.;OPOS=4069735;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:44:33:33:0.428571:17:16:23:20:17:16:23:21 chr17 4088291 . C T 428.98 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.011;QD=57.1974;RBI=0.0292252;REFB=0;REVB=0.0264637;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.63099e-05;OID=.;OPOS=4088291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr17 4174572 . T C 68.81 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.024687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.078;QD=15.2905;RBI=0.0323347;REFB=-0.0292253;REVB=-0.0208827;RO=8;SAF=7;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263859;STB=0.636033;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.0298291;OID=.;OPOS=4174572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:8:9:9:9:0.5:2:7:4:4:2:7:5:4 chr17 4350182 . T C 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0453175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.771;QD=11.257;RBI=0.0499499;REFB=-0.0248863;REVB=0.0210076;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448594;STB=0.52696;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0309624;OID=.;OPOS=4350182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:3:5:8:4:3:5:8:4 chr17 4352539 . C T 535.76 PASS AF=0.509091;AO=54;DP=108;FAO=56;FDP=110;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.00586676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.475;QD=19.4821;RBI=0.0104557;REFB=-0.0147149;REVB=-0.00865464;RO=54;SAF=31;SAR=23;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150331;STB=0.589254;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.021502;OID=.;OPOS=4352539;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:110:54:54:54:56:0.509091:23:31:22:32:23:33:22:32 chr17 4446457 . G A 263.05 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0487248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=294.408;QD=47.8263;RBI=0.0487549;REFB=-0.164691;REVB=0.0017137;RO=1;SAF=15;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297929;STB=0.516114;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00170121;OID=.;OPOS=4446457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:22:22:1:1:21:21:0.954545:6:15:1:0:6:15:1:0 chr17 4451453 . C T 426.92 PASS AF=0.538462;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=0.0671288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.493;QD=21.8935;RBI=0.0735285;REFB=-0.0642069;REVB=0.0300028;RO=36;SAF=10;SAR=32;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362494;STB=0.701093;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0354621;OID=.;OPOS=4451453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:36:36:42:42:0.538462:32:10:23:13:32:10:23:13 chr17 4455500 . T C 740.39 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.515;QD=56.9529;RBI=0.0254871;REFB=0;REVB=-0.0037675;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.98082e-05;OID=.;OPOS=4455500;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr17 4458598 . G C 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0109267;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.227;QD=7.32765;RBI=0.0374378;REFB=-0.0234598;REVB=0.0358078;RO=21;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821548;STB=0.551596;STBP=0.734;TYPE=snp;VARB=0.0351831;OID=.;OPOS=4458598;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:4:4:9:12:4:4:9:12 chr17 4461748 . G A 57.78 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314497;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.134;QD=33.0197;RBI=0.0744479;REFB=0;REVB=0.067479;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00150124;OID=.;OPOS=4461748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:1:5:0:0:1:6:0:0 chr17 4463023 . G A 444.47 PASS AF=0.423729;AO=50;DP=119;FAO=50;FDP=118;FR=.;FRO=68;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=38;FSRR=30;FWDB=0.000913534;FXX=0.00840265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.696;QD=15.0667;RBI=0.024229;REFB=-0.0175654;REVB=0.0242118;RO=67;SAF=27;SAR=23;SRF=37;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0125823;STB=0.510932;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.0246279;OID=.;OPOS=4463023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:118:67:68:50:50:0.423729:23:27:37:30:23:27:38:30 chr17 4463699 . G A 258.01 PASS AF=0.405405;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=74;FR=.;FRO=44;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=-0.00970209;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=157.456;QD=13.9462;RBI=0.013127;REFB=-0.00289315;REVB=0.0088424;RO=39;SAF=20;SAR=10;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306134;STB=0.654442;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.00464147;OID=.;OPOS=4463699;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:74:39:44:30:30:0.405405:10:20:14:25:10:20:18:26 chr17 4463796 . G A 154.02 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=19;FWDB=-0.0173612;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=154.017;QD=15.0266;RBI=0.0293075;REFB=-0.0157814;REVB=-0.0236118;RO=23;SAF=1;SAR=16;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395889;STB=0.732459;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0289903;OID=.;OPOS=4463796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:23:24:17:17:0.414634:16:1:5:18:16:1:5:19 chr17 4495682 . G A 62.58 PASS AF=0.36;AO=7;DP=24;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00196237;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6532;QD=10.0129;RBI=0.105786;REFB=-0.0312052;REVB=0.105768;RO=15;SAF=5;SAR=2;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258431;STB=0.586972;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.0283152;OID=.;OPOS=4495682;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:24:25:15:16:7:9:0.36:2:5:11:4:4:5:11:5 chr17 4497160 . T C 184.97 PASS AF=0.463415;AO=18;DP=41;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00757915;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4232;QD=18.0455;RBI=0.0108463;REFB=-0.00568358;REVB=-0.00775875;RO=22;SAF=9;SAR=9;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175572;STB=0.610575;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0154447;OID=.;OPOS=4497160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:22:22:18:19:0.463415:9:9:15:7:10:9:15:7 chr17 4498611 . G A 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0140023;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.055;QD=7.83695;RBI=0.0289172;REFB=-0.0166079;REVB=0.0253009;RO=16;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0499583;STB=0.531163;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0320668;OID=.;OPOS=4498611;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:5:2:4:12:5:2:4:12 chr17 4545581 . C T 340.46 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.16437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.214;QD=48.6372;RBI=0.164393;REFB=-0.229425;REVB=0.00276078;RO=2;SAF=15;SAR=11;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0579914;STB=0.531226;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0061357;OID=.;OPOS=4545581;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:26:26:0.928571:11:15:2:0:11:15:2:0 chr17 4575283 . A G 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.764;QD=59.8356;RBI=0.0206645;REFB=0;REVB=-0.00522483;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.65801e-05;OID=.;OPOS=4575283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr17 4575331 . A G 58.12 PASS AF=0.391304;AO=2;DP=16;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0045584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.624;QD=10.1073;RBI=0.0287061;REFB=-0.0524963;REVB=0.0283418;RO=14;SAF=0;SAR=2;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.608678;STB=0.76178;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0638847;OID=.;OPOS=4575331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:16:23:14:14:2:9:0.391304:2:0:9:5:7:2:9:5 chr17 4620497 . C T 600.31 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0755115;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2678;QD=58.5672;RBI=0.082266;REFB=-0.0231996;REVB=0.0326453;RO=1;SAF=14;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323178;STB=0.517233;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00485786;OID=.;OPOS=4620497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:26:14:1:0:26:14:1:0 chr17 4622638 . C T 239.44 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0629419;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6992;QD=50.4091;RBI=0.0809713;REFB=0;REVB=0.0509379;RO=0;SAF=3;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00251119;OID=.;OPOS=4622638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:15:3:0:0:15:4:0:0 chr17 4649378 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00761998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.521;QD=50.4134;RBI=0.0526391;REFB=0;REVB=0.0520846;RO=0;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000697317;OID=.;OPOS=4649378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:7:12:0:0:7:12:0:0 chr17 4693054 . G A 609.25 PASS AF=0.903846;AO=47;DP=52;FAO=47;FDP=52;FR=.;FRO=5;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00770837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.685;QD=46.8652;RBI=0.025859;REFB=-0.0585722;REVB=0.0246834;RO=5;SAF=32;SAR=15;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958231;STB=0.551202;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00976512;OID=.;OPOS=4693054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:52:52:5:5:47:47:0.903846:15:32:1:4:15:32:1:4 chr17 4693170 . T C 388.72 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034671;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.377;QD=55.5313;RBI=0.0401138;REFB=0;REVB=0.0201753;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00192357;OID=.;OPOS=4693170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:27:28:1:16:11:0:0:16:12:0:0 chr17 4700993 . C G 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0523964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0858;QD=10.4718;RBI=0.103304;REFB=0.00358021;REVB=-0.0890298;RO=24;SAF=10;SAR=2;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348213;STB=0.713877;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.0146936;OID=.;OPOS=4700993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:2:10:14:10:2:10:14:10 chr17 4701019 . C T 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0317878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.198;QD=9.49492;RBI=0.0843163;REFB=-0.00298675;REVB=-0.0780947;RO=24;SAF=9;SAR=2;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32379;STB=0.700886;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00817654;OID=.;OPOS=4701019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:2:9:14:10:2:9:14:10 chr17 4712617 . C T 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0148209;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.41;QD=12.9746;RBI=0.0170489;REFB=-0.000587049;REVB=-0.00842638;RO=18;SAF=10;SAR=2;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.599998;STB=0.850506;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00183175;OID=.;OPOS=4712617;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:2:10:4:14:2:10:4:14 chr17 4718776 . G A 230.1 PASS AF=0.469388;AO=22;DP=48;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.00628425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.3862;QD=18.7833;RBI=0.0240647;REFB=-0.0515324;REVB=0.0232297;RO=26;SAF=12;SAR=10;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116405;STB=0.594989;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0621436;OID=.;OPOS=4718776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:26:26:22:23:0.469388:10:12:11:15:10:13:10:16 chr17 4721376 . A G 160.52 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0133729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.984;QD=18.3452;RBI=0.0133901;REFB=-0.00187341;REVB=-0.000678746;RO=18;SAF=5;SAR=12;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0978135;STB=0.555916;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00170237;OID=.;OPOS=4721376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:12:5:7:11:12:5:7:11 chr17 4722876 . G A 153.7 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=-0.00673864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.017;QD=21.9569;RBI=0.00709497;REFB=-0.0230249;REVB=-0.00222022;RO=10;SAF=7;SAR=9;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245848;STB=0.660204;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.013568;OID=.;OPOS=4722876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:26:28:10:12:16:16:0.571429:9:7:1:9:9:7:1:11 chr17 4796274 . T C 766.41 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5304;QD=63.8675;RBI=0.0519046;REFB=0;REVB=-0.043241;RO=0;SAF=28;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000454363;OID=.;OPOS=4796274;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:19:28:0:0:20:28:0:0 chr17 4796286 . C T 673.3 PASS AF=0.918367;AO=45;DP=49;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0699635;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.511;QD=54.9628;RBI=0.0752658;REFB=-0.196898;REVB=0.0277497;RO=4;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0936426;STB=0.549978;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00318775;OID=.;OPOS=4796286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:4:4:45:45:0.918367:18:27:0:4:18:27:0:4 chr17 4797305 . G A 53.12 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=-0.0297299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3204;QD=7.32743;RBI=0.029831;REFB=-0.024583;REVB=-0.00245448;RO=21;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180698;STB=0.611399;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0429796;OID=.;OPOS=4797305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:5:3:5:16:5:3:5:16 chr17 4801101 . A C 64.61 PASS AF=0.470588;AO=7;DP=16;FAO=8;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.121155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=24.9891;QD=15.2022;RBI=0.145021;REFB=-0.0970327;REVB=-0.0797033;RO=7;SAF=3;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0714694;OID=.;OPOS=4801101;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:16:17:7:8:7:8:0.470588:4:3:3:4:4:4:4:4 chr17 4801163 . C A 62.32 PASS AF=0.666667;AO=7;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=88.9776;QD=20.7731;RBI=0.00024137;REFB=-0.060208;REVB=-0.00024137;RO=2;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00464336;OID=.;OPOS=4801163;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:2:4:7:8:0.666667:7:0:0:2:8:0:0:4 chr17 4862630 . T A,TCA 94.28 PASS AF=0.16129,0.225806;AO=6,7;DP=40;FAO=5,7;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=3,6;FSAR=2,1;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0931633,-0.0903534;FXX=0.0882094;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=39.3233,83.1206;QD=12.1655;RBI=0.152764,0.181112;REFB=-0.0765717,-0.0449694;REVB=-0.121068,-0.156964;RO=27;SAF=3,6;SAR=3,1;SRF=14;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0219554,0.449512;STB=0.638801,0.836197;STBP=0.488,0.062;TYPE=snp,ins;VARB=0.156279,0.10574;OID=.,.;OPOS=4862630,4862631;OREF=T,-;OALT=A,CA;OMAPALT=A,TCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:51:40:31:27:19:6,7:5,7:0.16129,0.225806:3,1:3,6:14:13:2,1:3,6:8:11 chr17 4875566 . T C 30.09 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0553487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.894;QD=10.0291;RBI=0.0822335;REFB=-0.0273245;REVB=0.0608182;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308675;STB=0.7397;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.028928;OID=.;OPOS=4875566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:6:7:5:5:0.416667:1:4:3:3:1:4:3:4 chr17 4875615 . AGGGGC AGG,AGGG,AGGGC 76.36 PASS AF=0.0526316,0.368421,0.157895;AO=2,5,4;DP=20;FAO=1,7,3;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=0,1,1;FSAR=1,6,2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0698786,0.0970581,0.125797;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=3,2,1;MLLD=30.4111,22.9121,14.7837;QD=16.0768;RBI=0.0799772,0.101289,0.172863;REFB=-0.0734991,-0.110535,-0.115142;REVB=-0.0389015,-0.0289681,-0.118561;RO=8;SAF=0,1,1;SAR=2,4,3;SRF=5;SRR=3;SSEN=0.509542,0.509542,0.509542;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.634114,-0.430337,-0.37999;STB=0.991208,0.799039,0.704562;STBP=0.277,0.061,0.516;TYPE=del,del,del;VARB=0.0459447,0.140333,0.0347036;OID=.,.,.;OPOS=4875618,4875619,4875616;OREF=GGC,GC,G;OALT=-,-,-;OMAPALT=AGG,AGGG,AGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0526316,0.368421,0.157895:2,5,4:20:1,7,3:19:8:0,1,1:1,6,2:5:3:42:8:0,1,1:2,4,3:5:3 chr17 4890902 . C T 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0162851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.494;QD=12.7385;RBI=0.0194713;REFB=-0.0136337;REVB=-0.0106738;RO=9;SAF=7;SAR=1;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.398438;STB=0.728476;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0408249;OID=.;OPOS=4890902;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:9:10:8:8:0.444444:1:7:5:4:1:7:6:4 chr17 4893461 . A G 72.66 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=-0.0145992;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.1154;QD=8.80765;RBI=0.0163821;REFB=-0.0207887;REVB=0.00743208;RO=23;SAF=8;SAR=2;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482243;STB=0.529355;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0518754;OID=.;OPOS=4893461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:2:8:19:4:2:8:19:4 chr17 4926882 . A G 523.22 PASS AF=0.504587;AO=54;DP=112;FAO=55;FDP=109;FR=.;FRO=54;FSAF=33;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=26;FWDB=0.00350827;FXX=0.0267833;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.957;QD=19.2009;RBI=0.00350838;REFB=-0.0182138;REVB=2.77379e-05;RO=53;SAF=33;SAR=21;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0935631;STB=0.541338;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=0.0238179;OID=.;OPOS=4926882;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:109:53:54:54:55:0.504587:21:33:27:26:22:33:28:26 chr17 4927121 . G A 315.29 PASS AF=0.571429;AO=31;DP=55;FAO=32;FDP=56;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.00892157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.434;QD=22.5205;RBI=0.013819;REFB=-0.0195239;REVB=0.0105533;RO=23;SAF=13;SAR=18;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0927649;STB=0.551855;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0177978;OID=.;OPOS=4927121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:23:24:31:32:0.571429:18:13:7:16:19:13:7:17 chr17 4936898 . C T 213.71 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307444;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.211;QD=50.2855;RBI=0.0321828;REFB=0;REVB=0.00951395;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108433;OID=.;OPOS=4936898;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr17 4937575 . T C 62.22 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0466427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4997;QD=35.5561;RBI=0.0569204;REFB=0;REVB=-0.0326249;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00622582;OID=.;OPOS=4937575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr17 4996915 . AC A 87.48 PASS AF=1;AO=8;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199294;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.375;QD=38.8801;RBI=0.0607083;REFB=0;REVB=0.0573438;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00166943;OID=.;OPOS=4996916;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:8:9:9:9:0:4:5:0:0:4:0:4:4:0:0 chr17 4997039 . G C 174.17 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=1;FWDB=-0.0279966;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0061;QD=19.3525;RBI=0.0693521;REFB=0.0246679;REVB=0.06345;RO=18;SAF=12;SAR=6;SRF=17;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315427;STB=0.674266;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.0247033;OID=.;OPOS=4997039;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:6:12:17:1:6:12:17:1 chr17 4997433 . G A 218.99 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0163544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6355;QD=23.6748;RBI=0.0201354;REFB=-0.0243458;REVB=0.0117461;RO=16;SAF=8;SAR=13;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225105;STB=0.624172;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.0182683;OID=.;OPOS=4997433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:13:8:2:14:13:8:2:14 chr17 4997787 . A G 601.11 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0599693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.617;QD=58.6444;RBI=0.0601433;REFB=-0.0530957;REVB=0.00457092;RO=1;SAF=27;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170496;STB=0.508768;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.000102199;OID=.;OPOS=4997787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:39:40:0.97561:12:27:1:0:12:28:1:0 chr17 4998030 . G C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.007564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.5371;QD=35.5755;RBI=0.0831671;REFB=0;REVB=-0.0828224;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00595765;OID=.;OPOS=4998030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr17 4998586 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.593;QD=53.2762;RBI=0.0289422;REFB=0;REVB=0.0248227;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.97933e-05;OID=.;OPOS=4998586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr17 4998852 . G C 51.48 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0137457;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.862;QD=12.8708;RBI=0.0190353;REFB=-0.0440464;REVB=0.013168;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150213;STB=0.509065;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.066835;OID=.;OPOS=4998852;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:5:4:3:4:5:4 chr17 4999228 . AC A 71.17 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.02412;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.5021;QD=7.90786;RBI=0.059364;REFB=-0.0070882;REVB=-0.0542431;RO=23;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238875;STB=0.641136;STBP=0.224;TYPE=del;VARB=0.00777666;OID=.;OPOS=4999229;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.361111:13:37:13:36:23:8:5:9:14:71:23:8:5:9:14 chr17 5012540 . G T 198.67 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0298531;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.7995;QD=19.3822;RBI=0.0311655;REFB=-0.0461097;REVB=0.00894858;RO=21;SAF=18;SAR=2;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.372199;STB=0.716544;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0147696;OID=.;OPOS=5012540;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:2:18:14:7:2:18:14:7 chr17 5036274 . C A 61.01 PASS AF=0.243243;AO=8;DP=36;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0391541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.189;QD=6.59528;RBI=0.0463386;REFB=0.0111696;REVB=-0.0247836;RO=28;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855259;STB=0.512168;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.0402637;OID=.;OPOS=5036274;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:36:37:28:28:8:9:0.243243:4:4:12:16:5:4:12:16 chr17 5036281 . G C 83.83 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0706702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.851;QD=10.1613;RBI=0.0748565;REFB=-0.016469;REVB=0.0246826;RO=22;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509707;STB=0.530671;STBP=0.802;TYPE=snp;VARB=0.0314525;OID=.;OPOS=5036281;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:6:5:9:13:6:5:9:13 chr17 5042422 . G A 91.23 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00854325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.352;QD=17.3781;RBI=0.059964;REFB=-0.0258803;REVB=-0.0593523;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281505;STB=0.660746;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0310273;OID=.;OPOS=5042422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:5:6:2:8:5:6:2:8 chr17 5042894 . T C 648.14 PASS AF=0.590476;AO=62;DP=105;FAO=62;FDP=105;FR=.;FRO=43;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.00523877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.917;QD=24.6908;RBI=0.00531034;REFB=-0.000979807;REVB=-0.000868883;RO=43;SAF=36;SAR=26;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105037;STB=0.557257;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.000337454;OID=.;OPOS=5042894;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:43:43:62:62:0.590476:26:36:19:24:26:36:19:24 chr17 5058808 . G A 601.94 PASS AF=0.567308;AO=59;DP=104;FAO=59;FDP=104;FR=.;FRO=45;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.000678207;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=277.639;QD=23.1517;RBI=0.0124774;REFB=0.000275504;REVB=-0.0124589;RO=45;SAF=29;SAR=30;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330657;STB=0.518078;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.000256266;OID=.;OPOS=5058808;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:45:45:59:59:0.567308:30:29:24:21:30:29:24:21 chr17 5072316 . C T 98.53 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0218864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5768;QD=14.0757;RBI=0.0257533;REFB=-0.0129665;REVB=0.0135727;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228527;STB=0.633918;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.016935;OID=.;OPOS=5072316;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:8:4:9:7:8:4:9:7 chr17 5074890 . A G 202.05 PASS AF=0.320988;AO=25;DP=80;FAO=26;FDP=81;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0162134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.485;QD=9.97779;RBI=0.0232499;REFB=-0.010443;REVB=0.0166638;RO=54;SAF=10;SAR=15;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159658;STB=0.609439;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.022419;OID=.;OPOS=5074890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:54:55:25:26:0.320988:15:10:29:25:16:10:30:25 chr17 5084763 . G A 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0251936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7598;QD=51.178;RBI=0.0361888;REFB=0;REVB=-0.0259791;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00126036;OID=.;OPOS=5084763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr17 5085857 . C T 232.36 PASS AF=0.511111;AO=22;DP=43;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0546683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.67;QD=20.6541;RBI=0.0546691;REFB=-0.0128611;REVB=0.000293071;RO=21;SAF=8;SAR=14;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122923;STB=0.562448;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0120781;OID=.;OPOS=5085857;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:21:22:22:23:0.511111:14:8:5:16:14:9:6:16 chr17 5085893 . C T 193.15 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0179931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7888;QD=16.4384;RBI=0.0821059;REFB=-0.0587161;REVB=0.0801101;RO=27;SAF=3;SAR=17;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.386966;STB=0.726232;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0554641;OID=.;OPOS=5085893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:17:3:12:15:17:3:12:15 chr17 5087040 . A G 56.26 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00456419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.813;QD=11.2524;RBI=0.00642109;REFB=-0.0326416;REVB=-0.00451648;RO=12;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192383;STB=0.617332;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0527841;OID=.;OPOS=5087040;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:2:6:7:5:2:6:7:5 chr17 5126674 . A G 492.96 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234291;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.194;QD=59.7521;RBI=0.0235828;REFB=0;REVB=-0.00268848;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000945403;OID=.;OPOS=5126674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chr17 5126689 . G A 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00568062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.598;QD=14.6496;RBI=0.00692219;REFB=-0.0145753;REVB=0.00395566;RO=19;SAF=10;SAR=4;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.432645;STB=0.749659;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0123615;OID=.;OPOS=5126689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:4:10:5:14:4:10:5:14 chr17 5280440 . T C 501.6 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7033;QD=59.0112;RBI=0.0729165;REFB=0;REVB=0.0697471;RO=0;SAF=23;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176183;OID=.;OPOS=5280440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:11:23:0:0:11:23:0:0 chr17 5284698 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.009;QD=47.8219;RBI=0.0331691;REFB=0;REVB=0.0245419;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252306;OID=.;OPOS=5284698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr17 5284719 . T C 322.54 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00695878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.372;QD=53.757;RBI=0.0804256;REFB=0;REVB=0.080124;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371457;OID=.;OPOS=5284719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr17 5284770 . G A 453.86 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0321914;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.54;QD=55.0128;RBI=0.0324064;REFB=-0.0890156;REVB=0.00372659;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517231;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000318167;OID=.;OPOS=5284770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:0:1:32:32:0.969697:14:18:0:0:14:18:0:1 chr17 5287297 . AG A 258.29 PASS AF=1;AO=22;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.116775;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.3381;QD=38.2652;RBI=0.17464;REFB=-0.0325864;REVB=-0.129856;RO=1;SAF=10;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.537815;SSEP=0;SSSB=-0.0439896;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-9.39872e-05;OID=.;OPOS=5287298;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:22:28:27:27:0:13:14:0:0:4:1:10:12:1:0 chr17 5288759 . GA G,GG,GT 614.22 PASS AF=0.0731707,0.926829,0;AO=5,32,4;DP=41;FAO=3,38,0;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=1,23,0;FSAR=2,15,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0860834,0.10519,0.0424675;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=89.4873,108.289,69.4122;QD=59.9242;RBI=0.142329,0.108707,0.12774;REFB=0,0,0;REVB=-0.113346,-0.0274252,-0.120474;RO=0;SAF=5,18,1;SAR=0,14,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.000182529,-0.000913979,0.0536381;OID=.,.,.;OPOS=5288760,5288760,5288760;OREF=A,A,A;OALT=-,G,T;OMAPALT=G,GG,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0731707,0.926829,0:5,32,4:41:3,38,0:41:0:1,23,0:2,15,0:0:0:11:0:5,18,1:0,14,3:0:0 chr17 5288769 . CA C,TC 609.23 PASS AF=1,0;AO=36,2;DP=40;FAO=40,0;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114764,-0.00301029;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=84.3844,59.6994;QD=60.9232;RBI=0.051211,0.0356587;REFB=0,0;REVB=0.0499085,0.0355314;RO=0;SAF=22,1;SAR=14,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.000325435,0;OID=.,.;OPOS=5288770,5288769;OREF=A,CA;OALT=-,TC;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:36,2:40,0:1,0:14,1:22,1:0:0:17,0:23,0:0:0 chr17 5288794 . G C 583.26 PASS AF=1;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222466;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.0008;QD=61.3961;RBI=0.0734185;REFB=0;REVB=-0.0699669;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00158638;OID=.;OPOS=5288794;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr17 5289580 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02715;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.418;QD=55.6559;RBI=0.0286265;REFB=0;REVB=0.00907511;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212786;OID=.;OPOS=5289580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr17 5290033 . T C 667.69 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0395988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.3869;QD=62.1102;RBI=0.0510346;REFB=0;REVB=0.0321942;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000104767;OID=.;OPOS=5290033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr17 5290703 . G A 766.42 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.036;QD=63.8684;RBI=0.0213087;REFB=0;REVB=0.00716248;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.34262e-05;OID=.;OPOS=5290703;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr17 5294976 . T A 666.94 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.587;QD=62.0411;RBI=0.0266689;REFB=0;REVB=0.0168223;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13804e-05;OID=.;OPOS=5294976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:43:0:0:42:43:1:22:20:0:0:23:20:0:0 chr17 5308377 . C T 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00255716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.237;QD=61.684;RBI=0.00689516;REFB=0;REVB=0.00640345;RO=0;SAF=24;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.95602e-06;OID=.;OPOS=5308377;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:17:24:0:0:17:24:0:0 chr17 5326089 . C T 785.65 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00906947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.358;QD=64.135;RBI=0.0194634;REFB=0;REVB=0.0172212;RO=0;SAF=31;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03898e-05;OID=.;OPOS=5326089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:18:31:0:0:18:31:0:0 chr17 5326145 . C G 696.7 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0307118;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.469;QD=54.6432;RBI=0.0360096;REFB=0.0769281;REVB=0.0188011;RO=1;SAF=29;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218873;STB=0.511623;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-5.87943e-05;OID=.;OPOS=5326145;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:51:1:1:50:50:0.980392:21:29:0:1:21:29:0:1 chr17 5326162 . G A 671.88 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0106249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.4048;QD=52.6963;RBI=0.0161382;REFB=-0.000501792;REVB=-0.0121472;RO=2;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0408723;STB=0.52173;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.000190338;OID=.;OPOS=5326162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:51:2:2:49:49:0.960784:22:27:0:2:22:27:0:2 chr17 5328633 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00945772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.149;QD=35.5759;RBI=0.0136594;REFB=0;REVB=0.00985543;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.29301e-06;OID=.;OPOS=5328633;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr17 5334850 . G A 411.04 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0908712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9838;QD=56.6946;RBI=0.0968599;REFB=0;REVB=0.0335302;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0013994;OID=.;OPOS=5334850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:20:9:0:0:20:9:0:0 chr17 5334873 . GA G,GG 421.15 PASS AF=0.967742,0.0322581;AO=29,2;DP=32;FAO=30,1;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=9,1;FSAR=21,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346663,-0.0548315;FXX=0.0312402;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=23.3971,5.78864;QD=54.3413;RBI=0.0465041,0.0550898;REFB=0,0;REVB=-0.0309981,-0.00532803;RO=0;SAF=9,1;SAR=20,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00471829,-0.0554348;OID=.,.;OPOS=5334874,5334874;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.967742,0.0322581:29,2:32:30,1:31:0:9,1:21,0:0:0:5:0:9,1:20,1:0:0 chr17 5347576 . G A 688.6 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6462;QD=61.2087;RBI=0.0488963;REFB=0;REVB=0.042898;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00224864;OID=.;OPOS=5347576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:43:45:1:19:24:0:0:20:25:0:0 chr17 5487164 . C G 1959.05 PASS AF=0.984615;AO=127;DP=129;FAO=128;FDP=130;FR=.;FRO=2;FSAF=65;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.044522;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.0574;QD=60.2785;RBI=0.0581829;REFB=-0.143668;REVB=0.0374572;RO=1;SAF=64;SAR=63;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736724;STB=0.50012;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00161702;OID=.;OPOS=5487164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:129:130:1:2:127:128:0.984615:63:64:1:0:63:65:1:1 chr17 5991344 . C T 1126.3 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194964;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.715;QD=60.0696;RBI=0.050756;REFB=0;REVB=0.0468621;RO=0;SAF=39;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.80413e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436638;OID=.;OPOS=5991344;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:35:39:0:0:36:39:0:0 chr17 6014176 . A G 483.31 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00903424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4291;QD=58.5825;RBI=0.0136239;REFB=0;REVB=-0.0101977;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.21732e-05;OID=.;OPOS=6014176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr17 6110583 . C A 98.9 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00131424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.797;QD=17.1995;RBI=0.0194369;REFB=0.00267052;REVB=0.0193925;RO=11;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165502;STB=0.605667;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=-0.000943629;OID=.;OPOS=6110583;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:23:23:11:11:6:6:0.26087:1:5:8:3:1:5:8:3 chr17 6110585 . T A 39.71 PASS AF=0.222222;AO=5;DP=18;FAO=4;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.146706;FXX=0.0526039;HRUN=11;LEN=1;MLLD=19.9955;QD=8.82532;RBI=0.284641;REFB=-0.0372793;REVB=-0.243922;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231195;STB=0.545218;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0676781;OID=.;OPOS=6110585;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:18:18:6:10:5:4:0.222222:2:3:5:1:1:3:7:3 chr17 6331803 . T C 175.12 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0088436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3931;QD=20.0141;RBI=0.022779;REFB=0.00316173;REVB=0.0209922;RO=17;SAF=5;SAR=13;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132909;STB=0.575558;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.00201813;OID=.;OPOS=6331803;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:13:5:7:10:13:5:7:10 chr17 6353679 . A C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=331.46;QD=45.8068;RBI=0.0523075;REFB=0;REVB=0.0451616;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337362;OID=.;OPOS=6353679;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr17 6364753 . A G 872.66 PASS AF=1;AO=46;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674116;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.763;QD=58.1775;RBI=0.0744906;REFB=0;REVB=-0.0316944;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176009;OID=.;OPOS=6364753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:46:60:1:32:14:0:0:33:27:0:0 chr17 6406883 . C T 499.35 PASS AF=0.552941;AO=46;DP=85;FAO=47;FDP=85;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=36;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00481261;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.613;QD=23.4988;RBI=0.00826408;REFB=-0.000394457;REVB=0.00671816;RO=38;SAF=11;SAR=35;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134005;STB=0.576888;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.000775011;OID=.;OPOS=6406883;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:38:38:46:47:0.552941:35:11:14:24:36:11:14:24 chr17 6483046 . T C 1215.19 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00222292;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.405;QD=61.5285;RBI=0.00372793;REFB=0;REVB=0.00299267;RO=0;SAF=29;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.57345e-07;OID=.;OPOS=6483046;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:81:79:0:0:79:79:1:50:29:0:0:50:29:0:0 chr17 6493198 . T C 1754.48 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00924247;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2562;QD=60.4995;RBI=0.0174047;REFB=0;REVB=0.0147479;RO=0;SAF=53;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00138881;OID=.;OPOS=6493198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:116:0:0:113:116:1:60:53:0:0:63:53:0:0 chr17 6511781 . A G 1245.98 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.491;QD=61.5298;RBI=0.0236051;REFB=0;REVB=0.0092236;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.74637e-05;OID=.;OPOS=6511781;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:40:41:0:0:40:41:0:0 chr17 6515387 . A G 779.35 PASS AF=0.982456;AO=54;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0436918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.715;QD=54.6909;RBI=0.045732;REFB=-0.0452809;REVB=0.0135072;RO=1;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020938;STB=0.510634;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000789778;OID=.;OPOS=6515387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:1:1:54:56:0.982456:22:32:0:1:23:33:0:1 chr17 6515454 . C T 449.34 PASS AF=1;AO=26;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00544742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.55;QD=56.1674;RBI=0.0207355;REFB=0;REVB=0.0200071;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000217305;OID=.;OPOS=6515454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:26:32:1:11:15:0:0:16:16:0:0 chr17 6515455 . G T 41.5 PASS AF=0.21875;AO=6;DP=31;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0186323;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.7217;QD=5.18706;RBI=0.0350724;REFB=-0.0555595;REVB=0.0297138;RO=25;SAF=1;SAR=5;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.504241;STB=0.856123;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.147836;OID=.;OPOS=6515455;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:31:32:25:25:6:7:0.21875:5:1:15:10:6:1:15:10 chr17 6531648 . A G 2825.94 PASS AF=0.994505;AO=180;DP=180;FAO=181;FDP=182;FR=.;FRO=1;FSAF=98;FSAR=83;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.034168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.909;QD=62.1085;RBI=0.0350871;REFB=-0.103795;REVB=0.00797799;RO=0;SAF=98;SAR=82;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.26076e-08;STB=0.502538;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.000270735;OID=.;OPOS=6531648;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:180:182:0:1:180:181:0.994505:82:98:0:0:83:98:1:0 chr17 6546259 . T C 683.04 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00721075;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=280.738;QD=52.5413;RBI=0.00761225;REFB=-0.103644;REVB=0.00243955;RO=1;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177622;STB=0.50077;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-1.06533e-05;OID=.;OPOS=6546259;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:1:2:50:50:0.961538:26:24:0:1:26:24:1:1 chr17 6555546 . C CG 139.42 PASS AF=0.692308;AO=16;DP=27;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.217706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.9377;QD=21.4493;RBI=0.231581;REFB=-0.112061;REVB=-0.0789545;RO=10;SAF=7;SAR=9;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170403;STB=0.653691;STBP=0.032;TYPE=ins;VARB=0.0588602;OID=.;OPOS=6555547;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.692308:16:27:18:26:8:9:9:0:8:35:10:7:9:2:8 chr17 6556022 . A G 1129.5 PASS AF=0.962963;AO=72;DP=76;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0468349;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.574;QD=55.7779;RBI=0.0543838;REFB=-0.0607944;REVB=0.0276422;RO=3;SAF=42;SAR=30;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325877;STB=0.51685;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00240751;OID=.;OPOS=6556022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:76:81:3:3:72:78:0.962963:30:42:3:0:35:43:3:0 chr17 6556194 . T TAGAAG 460.44 PASS AF=0.677419;AO=40;DP=65;FAO=42;FDP=62;FR=.;FRO=20;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0131473;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=5;MLLD=257.696;QD=29.7061;RBI=0.015206;REFB=-0.0100133;REVB=-0.00764023;RO=23;SAF=19;SAR=21;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563243;STB=0.508471;STBP=0.846;TYPE=ins;VARB=0.00654084;OID=.;OPOS=6556195;OREF=-;OALT=AGAAG;OMAPALT=TAGAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.677419:40:65:42:62:20:20:22:9:11:99:23:19:21:9:14 chr17 6556326 . G A 500.54 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00458612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.643;QD=58.8867;RBI=0.0050049;REFB=0;REVB=-0.00200411;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37499e-06;OID=.;OPOS=6556326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:18:14:0:0:19:15:0:0 chr17 6556538 . G C 894.95 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1405;QD=57.7384;RBI=0.0567599;REFB=0;REVB=0.0489409;RO=0;SAF=34;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000648202;OID=.;OPOS=6556538;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:60:62:1:26:34:0:0:26:36:0:0 chr17 6556541 . A T 902.71 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.498;QD=58.2396;RBI=0.0351634;REFB=0;REVB=0.00960662;RO=0;SAF=36;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51662e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.01962e-05;OID=.;OPOS=6556541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:26:36:0:0:26:36:0:0 chr17 6558768 . C T 206.76 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.104461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.12;QD=48.6488;RBI=0.104732;REFB=0;REVB=0.0075275;RO=0;SAF=9;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00434001;OID=.;OPOS=6558768;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:7:9:0:0:7:10:0:0 chr17 6663894 . GC AG 203.41 PASS AF=0.466667;AO=20;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0104857;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=124.138;QD=18.0805;RBI=0.0144266;REFB=-0.0110014;REVB=0.00990843;RO=24;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573397;STB=0.516114;STBP=0.848;TYPE=mnp;VARB=0.0132373;OID=.;OPOS=6663894;OREF=GC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:20:21:0.466667:8:12:13:11:9:12:13:11 chr17 6683215 . C T 39.0 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0107125;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.805;QD=11.999;RBI=0.0146474;REFB=0.0119913;REVB=-0.00998954;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303121;STB=0.688929;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=-0.0122168;OID=.;OPOS=6683215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:5:1:3:4:5:1:3:4 chr17 6690161 . C T 383.82 PASS AF=0.45977;AO=39;DP=86;FAO=40;FDP=87;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.0434038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9702;QD=17.6471;RBI=0.0533817;REFB=0.0102427;REVB=-0.0310761;RO=47;SAF=24;SAR=15;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0629307;STB=0.526053;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-0.0107415;OID=.;OPOS=6690161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:47:47:39:40:0.45977:15:24:26:21:16:24:26:21 chr17 6716242 . G A 294.64 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0176345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.477;QD=22.2372;RBI=0.0308815;REFB=-0.047323;REVB=0.0253513;RO=23;SAF=18;SAR=12;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00711446;STB=0.503934;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0344438;OID=.;OPOS=6716242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:12:18:14:9:12:18:14:9 chr17 6899559 . C G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127431;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.9363;QD=33.4283;RBI=0.127799;REFB=0;REVB=0.00969897;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0130957;OID=.;OPOS=6899559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr17 6902743 . G A 333.75 PASS AF=0.928571;AO=25;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00717906;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.769;QD=47.6784;RBI=0.0467294;REFB=0.045248;REVB=0.0461746;RO=2;SAF=1;SAR=24;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371362;STB=0.519216;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=-0.000449232;OID=.;OPOS=6902743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:25:26:0.928571:24:1:0:2:25:1:0:2 chr17 6902760 . A G 235.78 PASS AF=1;AO=16;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=0;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.293;QD=49.6372;RBI=0.0291596;REFB=0;REVB=0.0291596;RO=0;SAF=0;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00183139;OID=.;OPOS=6902760;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:16:19:1:16:0:0:0:19:0:0:0 chr17 6905061 . T G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.102;QD=55.6561;RBI=0.0423411;REFB=0;REVB=0.0108176;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199263;OID=.;OPOS=6905061;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr17 6919093 . T C 280.68 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0585097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.69;QD=51.0325;RBI=0.0857352;REFB=0;REVB=0.0626669;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000268668;OID=.;OPOS=6919093;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:16:5:0:0:17:5:0:0 chr17 6929924 . T C 860.46 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00276007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.818;QD=57.3641;RBI=0.00304465;REFB=0;REVB=0.00128526;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413563;OID=.;OPOS=6929924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:22:37:0:0:22:38:0:0 chr17 6930139 . C T 170.47 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=27;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0288198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.369;QD=25.2553;RBI=0.0313266;REFB=-0.0502535;REVB=-0.0122792;RO=10;SAF=5;SAR=12;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00468304;STB=0.502615;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0334416;OID=.;OPOS=6930139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:10:10:17:17:0.62963:12:5:3:7:12:5:3:7 chr17 6942111 . G T 106.33 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0209273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.505;QD=11.8143;RBI=0.0216386;REFB=-0.017579;REVB=-0.00550244;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174558;STB=0.602471;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0176297;OID=.;OPOS=6942111;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:7:6:7:16:7:6:7:16 chr17 6979179 . A G 115.72 PASS AF=0.565217;AO=11;DP=21;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0247859;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.863;QD=20.1246;RBI=0.0257852;REFB=-0.0332529;REVB=0.00710898;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00796806;STB=0.526986;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0324725;OID=.;OPOS=6979179;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:23:9:10:11:13:0.565217:6:5:4:5:7:6:4:6 chr17 6981353 . G C 213.54 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00670569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.91;QD=16.1165;RBI=0.027688;REFB=-0.0463077;REVB=-0.0268637;RO=28;SAF=14;SAR=10;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113945;STB=0.555509;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0417512;OID=.;OPOS=6981353;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:28:29:24:24:0.45283:10:14:13:15:10:14:14:15 chr17 6981397 . A G 242.45 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0217681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.626;QD=14.9203;RBI=0.0282599;REFB=-0.0360552;REVB=-0.0180213;RO=37;SAF=12;SAR=16;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238414;STB=0.513504;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0303989;OID=.;OPOS=6981397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:37:37:28:28:0.430769:16:12:15:22:16:12:15:22 chr17 7011144 . G A 77.96 PASS AF=0.34375;AO=10;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=1;FWDB=-0.0118958;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.4402;QD=9.74463;RBI=0.033606;REFB=-0.0544452;REVB=0.0314301;RO=20;SAF=7;SAR=3;SRF=20;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528298;STB=0.754942;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.102513;OID=.;OPOS=7011144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:32:32:20:21:10:11:0.34375:3:7:20:0:4:7:20:1 chr17 7099811 . G A 207.21 PASS AF=0.4375;AO=20;DP=47;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0196269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.198;QD=17.2672;RBI=0.05465;REFB=-0.0305069;REVB=0.051004;RO=25;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512184;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0338674;OID=.;OPOS=7099811;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:25:27:20:21:0.4375:12:8:10:15:12:9:11:16 chr17 7123240 . T C 52.6 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.035886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.415;QD=6.78646;RBI=0.0627706;REFB=-0.00891614;REVB=-0.0515009;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504198;STB=0.578313;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0343589;OID=.;OPOS=7123240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:18:23:8:8:0.258065:5:3:6:12:5:3:11:12 chr17 7127718 . T C 165.24 PASS AF=0.375;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=48;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0145242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.599;QD=13.7698;RBI=0.0339303;REFB=-0.00700011;REVB=-0.0306645;RO=28;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20608;STB=0.596225;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0179008;OID=.;OPOS=7127718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:28:30:18:18:0.375:8:10:10:18:8:10:12:18 chr17 7132556 . C T 271.38 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00617706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.294;QD=23.5985;RBI=0.0133099;REFB=-0.028023;REVB=0.0117897;RO=21;SAF=6;SAR=19;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187023;STB=0.605005;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.0272792;OID=.;OPOS=7132556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:21:21:25:25:0.543478:19:6:9:12:19:6:9:12 chr17 7133162 . G A 426.98 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=35;FWDB=-0.0191327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.681;QD=16.91;RBI=0.0236614;REFB=-0.0178678;REVB=0.0139213;RO=54;SAF=22;SAR=24;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105304;STB=0.562853;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0205396;OID=.;OPOS=7133162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:55:46:46:0.455446:24:22:20:34:24:22:20:35 chr17 7133609 . G A 216.59 PASS AF=0.552632;AO=18;DP=36;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.00818158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.8566;QD=22.7984;RBI=0.102633;REFB=0.00770996;REVB=0.102306;RO=18;SAF=5;SAR=13;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632217;STB=0.501728;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00349068;OID=.;OPOS=7133609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:18:17:18:21:0.552632:13:5:4:14:16:5:4:13 chr17 7134129 . A G 105.55 PASS AF=0.351351;AO=12;DP=35;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=-0.00661011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1899;QD=11.4111;RBI=0.00811297;REFB=0.00272622;REVB=-0.00470389;RO=23;SAF=8;SAR=4;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218542;STB=0.616865;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.00948996;OID=.;OPOS=7134129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:37:23:24:12:13:0.351351:4:8:19:4:4:9:20:4 chr17 7147350 . T TC 135.88 PASS AF=0.469697;AO=27;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0135897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.2543;QD=8.23514;RBI=0.0677943;REFB=-0.0556792;REVB=-0.0664183;RO=38;SAF=7;SAR=20;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21912;STB=0.582726;STBP=0.269;TYPE=ins;VARB=0.0248704;OID=.;OPOS=7147351;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.469697:27:66:31:66:35:9:22:15:20:99:38:7:20:17:21 chr17 7154534 . G A 149.65 PASS AF=0.425;AO=14;DP=37;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=0.00924945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.772;QD=14.9647;RBI=0.0302206;REFB=-0.0188493;REVB=0.0287703;RO=23;SAF=6;SAR=8;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.410194;STB=0.700085;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0345947;OID=.;OPOS=7154534;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:40:23:23:14:17:0.425:8:6:19:4:9:8:19:4 chr17 7162056 . C A 209.75 PASS AF=0.538462;AO=20;DP=38;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.00191637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.129;QD=21.5127;RBI=0.0186938;REFB=-0.00214825;REVB=-0.0185954;RO=17;SAF=8;SAR=12;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0405079;STB=0.545412;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00208295;OID=.;OPOS=7162056;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:17:18:20:21:0.538462:12:8:6:11:12:9:6:12 chr17 7163739 . A G 282.7 PASS AF=0.641026;AO=24;DP=38;FAO=25;FDP=39;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00719436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.849;QD=28.9951;RBI=0.00722563;REFB=0.00632491;REVB=-0.000671502;RO=14;SAF=14;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104068;STB=0.547287;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=-0.00357972;OID=.;OPOS=7163739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:14:14:24:25:0.641026:10:14:6:8:11:14:6:8 chr17 7185788 . T C 289.31 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0681978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.297;QD=52.6009;RBI=0.0712422;REFB=0;REVB=0.0206037;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131456;OID=.;OPOS=7185788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:9:11:0:0:9:13:0:0 chr17 7187123 . T C 131.29 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.00532113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.166;QD=14.1932;RBI=0.0203537;REFB=-0.0377906;REVB=0.0196458;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126392;STB=0.57338;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0524363;OID=.;OPOS=7187123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:8:7:13:9:8:7:13:9 chr17 7192091 . C T 341.5 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.0045893;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.805;QD=15.1777;RBI=0.0088952;REFB=-0.023462;REVB=0.0076199;RO=51;SAF=26;SAR=11;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172753;STB=0.589283;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0311681;OID=.;OPOS=7192091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:51:53:37:37:0.411111:11:26:28:23:11:26:30:23 chr17 7193380 . C A 103.23 PASS AF=0.545455;AO=9;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0284919;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=111.49;QD=18.7686;RBI=0.0284981;REFB=-0.0251288;REVB=0.000593792;RO=8;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450094;STB=0.533277;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0198011;OID=.;OPOS=7193380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:8:10:9:12:0.545455:4:5:4:4:4:8:6:4 chr17 7213579 . A G 107.43 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.000112588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.901;QD=12.639;RBI=0.0238901;REFB=-0.0155921;REVB=-0.0238898;RO=21;SAF=11;SAR=2;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371884;STB=0.72415;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0302696;OID=.;OPOS=7213579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:2:11:12:9:2:11:12:9 chr17 7213773 . GGT G 64.78 PASS AF=0.434783;AO=9;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0049559;FXX=0.0416493;HRUN=2;LEN=2;MLLD=280.376;QD=11.2657;RBI=0.0264654;REFB=7.45505e-05;REVB=0.0259972;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535863;STB=0.521696;STBP=0.896;TYPE=del;VARB=0.000232335;OID=.;OPOS=7213774;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783:9:23:10:23:13:5:5:7:6:64:12:4:5:6:6 chr17 7216540 . G A 90.24 PASS AF=0.55;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0341174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.526;QD=18.0478;RBI=0.052637;REFB=-0.0374381;REVB=0.0400832;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215579;STB=0.636115;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0223138;OID=.;OPOS=7216540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:20:9:9:10:11:0.55:4:6:3:6:4:7:3:6 chr17 7217463 . T C 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0173269;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.476;QD=15.9165;RBI=0.0255905;REFB=-0.010114;REVB=-0.0188322;RO=15;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509315;STB=0.529367;STBP=0.782;TYPE=snp;VARB=0.00681019;OID=.;OPOS=7217463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:8:5:5:10:8:5:5:10 chr17 7219230 . A G 227.24 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164892;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2142;QD=50.4974;RBI=0.0687281;REFB=0;REVB=-0.0667208;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00166849;OID=.;OPOS=7219230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr17 7221385 . G A 789.78 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187257;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.786;QD=64.4721;RBI=0.0360317;REFB=0;REVB=0.0307836;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000133284;OID=.;OPOS=7221385;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:32:17:0:0:32:17:0:0 chr17 7245371 . A G 159.59 PASS AF=0.472222;AO=16;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=-0.0281518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.902;QD=17.7318;RBI=0.0282373;REFB=-0.0206571;REVB=0.00219534;RO=19;SAF=4;SAR=12;SRF=3;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125776;STB=0.56032;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0220064;OID=.;OPOS=7245371;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:16:17:0.472222:12:4:3:16:13:4:3:16 chr17 7286266 . C T 53.4 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=28;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.0124234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.415;QD=7.62907;RBI=0.012426;REFB=-0.0197134;REVB=0.000253999;RO=20;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23131;STB=0.642529;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.051784;OID=.;OPOS=7286266;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:28:20:20:8:8:0.285714:4:4:14:6:4:4:14:6 chr17 7286326 . T A 147.39 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00702657;FXX=0.0689417;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.172;QD=21.8361;RBI=0.0202438;REFB=-0.0280382;REVB=0.0189852;RO=12;SAF=14;SAR=1;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.50937;STB=0.799466;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0127208;OID=.;OPOS=7286326;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:27:12:12:15:15:0.555556:1:14:7:5:1:14:7:5 chr17 7297121 . G A 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0194823;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=199.436;QD=14.0438;RBI=0.0548899;REFB=0.0236439;REVB=0.0513161;RO=4;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28673;STB=0.666163;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=-0.00725641;OID=.;OPOS=7297121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:1:4:4:0:1:4:4:0 chr17 7307018 . AAAG A 151.48 PASS AF=0.612903;AO=18;DP=33;FAO=19;FDP=31;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0190251;FXX=0.0605877;HRUN=4;LEN=3;MLLD=310.288;QD=19.5461;RBI=0.0194485;REFB=-0.0262805;REVB=-0.00403581;RO=11;SAF=9;SAR=9;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0.33858;SSSB=0.0927626;STB=0.574247;STBP=0.321;TYPE=del;VARB=0.0158002;OID=.;OPOS=7307019;OREF=AAG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.612903:18:33:19:31:12:10:9:4:8:72:11:9:9:4:7 chr17 7318396 . C T 616.99 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0176533;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.827;QD=61.6994;RBI=0.0473045;REFB=0;REVB=0.0438871;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167718;OID=.;OPOS=7318396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr17 7322245 . A G 358.07 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.851;QD=55.087;RBI=0.0342221;REFB=0;REVB=0.024412;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.42624e-05;OID=.;OPOS=7322245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:13:12:0:0:14:12:0:0 chr17 7330168 . GCCCCCTA GCCCCTA,GCCGCCCT 134.48 PASS AF=0.533333,0.466667;AO=5,2;DP=16;FAO=8,7;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0;FSAR=1,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.158321,-0.0514366;FXX=0.117578;HRUN=5,5;LEN=1,5;MLLD=12.4526,88.9707;QD=35.8613;RBI=0.20827,0.0520792;REFB=0,0;REVB=-0.135317,0.00815633;RO=0;SAF=5,0;SAR=0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.381818,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.05139,0.0697738;OID=.,.;OPOS=7330169,7330171;OREF=C,CCCTA;OALT=-,GCCCT;OMAPALT=GCCCCTA,GCCGCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.533333,0.466667:5,2:16:8,7:15:0:7,0:1,7:0:0:44:0:5,0:0,2:0:0 chr17 7366348 . A C 32.16 PASS AF=0.444444;AO=4;DP=11;FAO=4;FDP=9;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=0;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0134924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2876;QD=14.2937;RBI=0.0234294;REFB=-0.0311808;REVB=-0.0191544;RO=4;SAF=0;SAR=4;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0304451;OID=.;OPOS=7366348;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:11:9:4:4:4:4:0.444444:4:0:0:4:4:0:0:4 chr17 7386055 . C T 1505.23 PASS AF=0.971963;AO=103;DP=107;FAO=104;FDP=107;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=65;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0266915;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.768;QD=56.2703;RBI=0.0342364;REFB=-0.167406;REVB=0.0214405;RO=1;SAF=39;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120104;STB=0.518515;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.000554817;OID=.;OPOS=7386055;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:107:107:1:3:103:104:0.971963:64:39:1:0:65:39:3:0 chr17 7386279 . TG CA 661.82 PASS AF=0.956522;AO=42;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-1.91021e-05;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=2;MLLD=129.413;QD=57.5498;RBI=0.0222603;REFB=-0.0517406;REVB=0.0222603;RO=2;SAF=20;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00203384;STB=0.501991;STBP=0.859;TYPE=mnp;VARB=0.00212116;OID=.;OPOS=7386279;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:42:44:0.956522:22:20:1:1:24:20:1:1 chr17 7400137 . T C 658.54 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0137549;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6851;QD=58.5366;RBI=0.0397102;REFB=-0.0625059;REVB=0.0372519;RO=0;SAF=24;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509799;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00157923;OID=.;OPOS=7400137;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:0:1:43:44:0.977778:19:24:0:0:19:25:1:0 chr17 7402600 . T C 340.2 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0285675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7074;QD=48.5993;RBI=0.0434568;REFB=-0.0646613;REVB=-0.0327473;RO=1;SAF=16;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281527;STB=0.508664;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0127633;OID=.;OPOS=7402600;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:1:2:26:26:0.928571:10:16:1:0:10:16:1:1 chr17 7404107 . T C 524.02 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000813333;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7987;QD=59.8876;RBI=0.000813353;REFB=0;REVB=5.67291e-06;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119393;OID=.;OPOS=7404107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr17 7404991 . T C 538.41 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00619357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2558;QD=59.8237;RBI=0.0175514;REFB=0;REVB=-0.0164223;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000111157;OID=.;OPOS=7404991;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr17 7416683 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.845;QD=42.1826;RBI=0.0239421;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=11;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000519508;OID=.;OPOS=7416683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:0:11:0:0:0:11:0:0 chr17 7460517 . G C 72.24 PASS AF=0.322581;AO=9;DP=30;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0370623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1881;QD=9.3217;RBI=0.0409613;REFB=-0.0278122;REVB=-0.0174417;RO=21;SAF=7;SAR=2;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216493;STB=0.655392;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0313466;OID=.;OPOS=7460517;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:30:31:21:21:9:10:0.322581:2:7:13:8:2:8:13:8 chr17 7460559 . T G 312.72 PASS AF=0.96;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0202244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7309;QD=50.0358;RBI=0.0215116;REFB=0.0641901;REVB=-0.00732953;RO=0;SAF=19;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512185;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.00145661;OID=.;OPOS=7460559;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:25:0:1:23:24:0.96:4:19:0:0:4:20:1:0 chr17 7462555 . G A 393.12 PASS AF=0.5;AO=40;DP=80;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=32;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=-0.0239801;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=256.037;QD=19.6557;RBI=0.0262184;REFB=-0.0181388;REVB=0.0106;RO=39;SAF=8;SAR=32;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190821;STB=0.602684;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0198965;OID=.;OPOS=7462555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:39:40:40:40:0.5:32:8:14:25:32:8:14:26 chr17 7462969 . A G 238.24 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0195053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.6192;QD=20.2756;RBI=0.0275741;REFB=-0.0482853;REVB=0.0194904;RO=22;SAF=16;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259807;STB=0.667782;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0195476;OID=.;OPOS=7462969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:22:24:23:23:0.489362:7:16:9:13:7:16:9:15 chr17 7470285 . CAAA CAA,CAAG 962.02 PASS AF=0.945205,0.0547945;AO=64,4;DP=74;FAO=69,4;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=31,1;FSAR=38,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350787,0.0211075;FXX=0.0135117;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=24.102,7.36307;QD=52.7135;RBI=0.0456349,0.035311;REFB=-0.0319921,-0.0293356;REVB=-0.0291895,0.028308;RO=2;SAF=31,1;SAR=33,3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0277643,0.210252;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00160731,0.012817;OID=.,.;OPOS=7470286,7470288;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=CAA,CAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.945205,0.0547945:64,4:74:69,4:73:0:31,1:38,3:0:0:10:2:31,1:33,3:0:2 chr17 7477938 . G C 186.89 PASS AF=0.475;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00634713;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.667;QD=18.6893;RBI=0.0318026;REFB=-0.00344656;REVB=0.0311628;RO=21;SAF=10;SAR=9;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00231994;STB=0.501318;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.00572291;OID=.;OPOS=7477938;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:40:21:21:19:19:0.475:9:10:11:10:9:10:11:10 chr17 7479892 . C T 222.85 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.00616545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1296;QD=18.9659;RBI=0.05271;REFB=0.00750264;REVB=0.0523481;RO=25;SAF=15;SAR=7;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199506;STB=0.61339;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.00553916;OID=.;OPOS=7479892;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:7:15:12:13:7:15:12:13 chr17 7482125 . A G 74.63 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00888846;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.68;QD=9.63012;RBI=0.0335089;REFB=-0.013863;REVB=-0.0323086;RO=20;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280897;STB=0.685898;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0304943;OID=.;OPOS=7482125;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:32:31:20:21:10:10:0.322581:7:3:11:9:7:3:12:9 chr17 7494781 . AGG A,AG 81.11 PASS AF=0.25,0.35;AO=5,6;DP=20;FAO=5,7;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=0,1;FSAR=5,6;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0553272,0.097062;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=22.5197,14.6426;QD=16.221;RBI=0.0630809,0.112417;REFB=-0.0437865,-0.0783348;REVB=-0.0303003,-0.0567148;RO=9;SAF=0,0;SAR=5,6;SRF=7;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.785184,-0.798548;STB=0.997846,0.838983;STBP=0.004,0.031;TYPE=del,del;VARB=0.0767141,-0.00901611;OID=.,.;OPOS=7494782,7494782;OREF=GG,G;OALT=-,-;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.25,0.35:5,6:20:5,7:20:8:0,1:5,6:6:2:42:9:0,0:5,6:7:2 chr17 7530271 . C T 167.44 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0291513;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.337;QD=23.0947;RBI=0.0292404;REFB=-0.0119537;REVB=-0.00228081;RO=11;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.035106;STB=0.533859;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.0100772;OID=.;OPOS=7530271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:11:12:17:17:0.586207:10:7:4:7:10:7:4:8 chr17 7557419 . A G 382.88 PASS AF=0.506494;AO=39;DP=78;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0575191;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.479;QD=19.8901;RBI=0.0581666;REFB=-0.0152287;REVB=0.00865472;RO=37;SAF=17;SAR=22;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0921388;STB=0.544823;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00904055;OID=.;OPOS=7557419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:37:38:39:39:0.506494:22:17:20:17:22:17:20:18 chr17 7560835 . T G 62.38 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0363555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1531;QD=7.79693;RBI=0.0395947;REFB=-0.0256194;REVB=0.0156847;RO=23;SAF=6;SAR=3;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072486;STB=0.545351;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.0183459;OID=.;OPOS=7560835;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:3:6:14:9:3:6:14:9 chr17 7577407 . A C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.313;QD=42.1826;RBI=0.0128147;REFB=0;REVB=0.00370231;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112876;OID=.;OPOS=7577407;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr17 7577427 . G A 260.22 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-6.41864e-05;FXX=0.0475964;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.472;QD=52.0443;RBI=0.0598535;REFB=0;REVB=0.0598534;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000216693;OID=.;OPOS=7577427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr17 7578115 . T C 196.14 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00967376;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.417;QD=49.0351;RBI=0.0154639;REFB=0;REVB=0.0120644;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000845563;OID=.;OPOS=7578115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr17 7592168 . C G 87.33 PASS AF=0.5;AO=7;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=11;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.043867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1247;QD=15.8781;RBI=0.159213;REFB=-0.0193421;REVB=0.153051;RO=7;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.197466;STB=0.612006;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.00999931;OID=.;OPOS=7592168;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:22:22:7:11:7:11:0.5:6:1:2:5:10:1:2:9 chr17 7592560 . C T 231.54 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00811996;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.928;QD=22.5889;RBI=0.0162641;REFB=-0.0166841;REVB=0.0140921;RO=20;SAF=8;SAR=14;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108109;STB=0.551679;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0130636;OID=.;OPOS=7592560;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:20:19:22:22:0.536585:14:8:5:15:14:8:5:14 chr17 7613765 . G A 223.56 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0122696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4226;QD=14.9039;RBI=0.0143495;REFB=0.00345198;REVB=0.00744071;RO=34;SAF=7;SAR=19;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163987;STB=0.593674;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.00234086;OID=.;OPOS=7613765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:34:34:26:26:0.433333:19:7:14:20:19:7:14:20 chr17 7614601 . G A 340.37 PASS AF=0.928571;AO=26;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.000733224;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.165;QD=48.6241;RBI=0.0343359;REFB=-0.189778;REVB=0.0343281;RO=1;SAF=15;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.029965;STB=0.505614;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.00323852;OID=.;OPOS=7614601;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:1:2:26:26:0.928571:11:15:1:0:11:15:1:1 chr17 7673605 . A G 267.39 PASS AF=0.5;AO=28;DP=57;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=0.00240879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.773;QD=18.4404;RBI=0.0153109;REFB=-0.0198335;REVB=0.0151202;RO=28;SAF=18;SAR=10;SRF=22;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146505;STB=0.595712;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0133191;OID=.;OPOS=7673605;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:28:29:28:29:0.5:10:18:22:6:11:18:23:6 chr17 7681412 . C G 188.98 PASS AF=0.393443;AO=21;DP=58;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00262875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.5536;QD=12.392;RBI=0.0133729;REFB=-0.0459173;REVB=-0.013112;RO=37;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129463;STB=0.606958;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0644452;OID=.;OPOS=7681412;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:37:37:21:24:0.393443:10:11:15:22:10:14:15:22 chr17 7684081 . C T 236.16 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0542661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.871;QD=19.2784;RBI=0.0543754;REFB=0.00121815;REVB=0.00344452;RO=24;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197085;STB=0.531887;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=-0.000675463;OID=.;OPOS=7684081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:26:23:23:0.469388:12:11:12:12:12:11:14:12 chr17 7734764 . G A 312.4 PASS AF=0.561404;AO=32;DP=57;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0378965;FXX=0.0172384;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.0178;QD=21.923;RBI=0.0379013;REFB=-0.000635101;REVB=0.000604337;RO=25;SAF=14;SAR=18;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303565;STB=0.516768;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=-3.01642e-05;OID=.;OPOS=7734764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:25:32:32:0.561404:18:14:10:15:18:14:10:15 chr17 7751388 . C A 474.19 PASS AF=0.918919;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0374882;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=272.592;QD=51.2636;RBI=0.0394677;REFB=-0.116899;REVB=0.0123424;RO=0;SAF=4;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523796;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.000763383;OID=.;OPOS=7751388;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:37:0:3:34:34:0.918919:30:4:0:0:30:4:0:3 chr17 7751751 . C T 240.19 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.73;QD=48.0377;RBI=0.22926;REFB=0;REVB=0.223571;RO=1;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611153;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00645511;OID=.;OPOS=7751751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:19:20:1:0:18:20:1:7:11:0:1:9:11:0:0 chr17 7760704 . A G 1492.42 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.06693;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.161;QD=63.5072;RBI=0.0673356;REFB=0;REVB=0.00737949;RO=0;SAF=30;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.65292e-05;OID=.;OPOS=7760704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:94:0:0:91:94:1:61:30:0:0:62:32:0:0 chr17 7843053 . C T 102.0 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.126206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.881;QD=40.8006;RBI=0.132078;REFB=0;REVB=0.038942;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00323764;OID=.;OPOS=7843053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:7:2:0:0:7:3:0:0 chr17 7847955 . C A 411.07 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8071;QD=56.6994;RBI=0.00136083;REFB=0;REVB=-0.00136083;RO=0;SAF=0;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.61599e-05;OID=.;OPOS=7847955;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:28:0:0:0:29:0:0:0 chr17 7849087 . C G 722.73 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000997613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.2706;QD=54.5456;RBI=0.0126843;REFB=-0.0285792;REVB=0.012645;RO=0;SAF=30;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.000805953;OID=.;OPOS=7849087;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:22:30:0:0:22:30:1:0 chr17 7979986 . GCCCCCCCT GCCCCCCT,GCCCCCCTC,GCCCCCT 219.99 PASS AF=1,0,0;AO=16,4,4;DP=40;FAO=39,0,0;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0,0;FSAR=17,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.209919,0.0467295,0.118353;FXX=0.0249938;HRUN=7,7,7;LEN=1,2,2;MLLD=7.30214,9.40383,8.99149;QD=22.5629;RBI=0.260625,0.114512,0.147596;REFB=0.0235889,0.0432626,0.0322261;REVB=0.154466,0.104544,0.0881884;RO=10;SAF=7,4,2;SAR=9,0,2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.111394,0.671791,-0.107009;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,del;VARB=0.01336,0,0.0412013;OID=.,.,.;OPOS=7979987,7979993,7979987;OREF=C,CT,CC;OALT=-,TC,-;OMAPALT=GCCCCCCT,GCCCCCCTC,GCCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0,0:16,4,4:40:39,0,0:39:0:22,0,0:17,0,0:0:0:4:10:7,4,2:9,0,2:6:4 chr17 7999957 . G A 156.95 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=4;FWDB=0.0244764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7169;QD=16.0972;RBI=0.0244815;REFB=-0.0226821;REVB=-0.000500248;RO=22;SAF=15;SAR=2;SRF=18;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131855;STB=0.576823;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0425761;OID=.;OPOS=7999957;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:2:15:18:4:2:15:18:4 chr17 8023057 . A C 398.37 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0440869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.12;QD=53.1164;RBI=0.172288;REFB=0;REVB=0.166551;RO=0;SAF=8;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00425427;OID=.;OPOS=8023057;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:30:0:0:27:30:1:19:8:0:0:21:9:0:0 chr17 8023059 . A C 424.91 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00277932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.976;QD=56.6552;RBI=0.0401831;REFB=0;REVB=0.0400869;RO=0;SAF=9;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132727;OID=.;OPOS=8023059;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:21:9:0:0:21:9:0:0 chr17 8023061 . C T 214.19 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0209468;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.066;QD=28.5582;RBI=0.0240259;REFB=-0.0259698;REVB=0.0117675;RO=10;SAF=5;SAR=15;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112359;STB=0.562434;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00709709;OID=.;OPOS=8023061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:20:20:0.666667:15:5:4:6:15:5:4:6 chr17 8023143 . G A 524.91 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0382925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.8949;QD=56.7468;RBI=0.040048;REFB=-0.0117618;REVB=0.011727;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51612;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00284277;OID=.;OPOS=8023143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:35:36:0.972973:20:15:0:0:21:15:1:0 chr17 8024237 . T C 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0489428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8611;QD=63.5815;RBI=0.0717006;REFB=0;REVB=-0.0523982;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000989859;OID=.;OPOS=8024237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr17 8045707 . GCC GC,GCT 158.97 PASS AF=0.714286,0.238095;AO=8,4;DP=21;FAO=15,5;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=9,0;FSAR=6,5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.253307,-0.0202747;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=12.7344,173.24;QD=30.279;RBI=0.296728,0.0575501;REFB=-0.0259116,-0.0382467;REVB=0.154541,0.0538605;RO=5;SAF=6,0;SAR=2,4;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.121731,-0.732272;STB=0.53841,0.5;STBP=0.332,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0373959,0.105163;OID=.,.;OPOS=8045708,8045709;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=GC,GCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.714286,0.238095:8,4:21:15,5:21:1:9,0:6,5:0:1:28:5:6,0:2,4:3:2 chr17 8046772 . C G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.067;QD=35.5759;RBI=0.0449756;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=7;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000523454;OID=.;OPOS=8046772;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:0:7:0:0:0:7:0:0 chr17 8048169 . T C 223.09 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3968;QD=49.5764;RBI=0.0574526;REFB=0;REVB=-0.0530419;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00087656;OID=.;OPOS=8048169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr17 8053085 . T G 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.00492639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.471;QD=11.1312;RBI=0.0141307;REFB=-0.00944331;REVB=0.0132442;RO=17;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255027;STB=0.65188;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.013831;OID=.;OPOS=8053085;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:6:4:11:6:6:4:11:6 chr17 8062583 . A G 323.39 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271592;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.709;QD=53.8977;RBI=0.0289426;REFB=0;REVB=-0.0100025;RO=0;SAF=18;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.41795e-05;OID=.;OPOS=8062583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:6:18:0:0:6:18:0:0 chr17 8064082 . GT G,GG 645.36 PASS AF=0.0238095,0.97619;AO=10,32;DP=43;FAO=1,41;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=1,41;FSAR=0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019361,0.0198268;FXX=0.0232504;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=249.71,258.734;QD=61.4625;RBI=0.019361,0.0198268;REFB=0,0;REVB=0,0;RO=0;SAF=10,32;SAR=0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0322126,0.00195299;OID=.,.;OPOS=8064083,8064083;OREF=T,T;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0238095,0.97619:10,32:43:1,41:42:0:1,41:0,0:0:0:6:0:10,32:0,0:0:0 chr17 8076778 . C T 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.987;QD=53.2749;RBI=0.0469264;REFB=0;REVB=-0.0209214;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000188917;OID=.;OPOS=8076778;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr17 8076802 . T A 328.24 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0594618;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5198;QD=54.7071;RBI=0.0595532;REFB=0;REVB=0.00329821;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00258843;OID=.;OPOS=8076802;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr17 8079029 . G C 123.15 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.150352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7031;QD=37.8929;RBI=0.157483;REFB=-0.0338888;REVB=0.046851;RO=1;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0475628;STB=0.526273;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0112798;OID=.;OPOS=8079029;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:9:3:0:1:9:3:0:1 chr17 8090908 . A G 145.55 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0307092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.7593;QD=16.1723;RBI=0.0498809;REFB=0.00392229;REVB=-0.0393071;RO=20;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108559;STB=0.562422;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.014174;OID=.;OPOS=8090908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:7:9:9:11:7:9:9:11 chr17 8092694 . T G 84.02 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0149158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5216;QD=10.8415;RBI=0.0730051;REFB=0.00787412;REVB=-0.0714652;RO=20;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150282;STB=0.590194;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.0369193;OID=.;OPOS=8092694;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:7:4:10:10:7:4:10:10 chr17 8108331 . A G 222.7 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5516;QD=49.4892;RBI=0.0325099;REFB=0;REVB=0.0291531;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000426028;OID=.;OPOS=8108331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:11:7:0:0:11:7:0:0 chr17 8108339 . G A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0273137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.222;QD=49.5987;RBI=0.0755128;REFB=0;REVB=0.0703999;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000966316;OID=.;OPOS=8108339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr17 8135061 . T C 538.5 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0361622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.499;QD=59.8334;RBI=0.0445652;REFB=0;REVB=0.0260453;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.30886e-05;OID=.;OPOS=8135061;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr17 8141707 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00938214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9357;QD=59.4344;RBI=0.0422853;REFB=0;REVB=-0.0412313;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000303316;OID=.;OPOS=8141707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:18:16:0:0:18:17:0:0 chr17 8157310 . C T 146.64 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00308777;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.006;QD=10.4742;RBI=0.00777872;REFB=-0.012239;REVB=0.00713962;RO=37;SAF=8;SAR=11;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0742884;STB=0.54368;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0302281;OID=.;OPOS=8157310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:11:8:18:19:11:8:18:19 chr17 8167583 . TGCCCCCCCGA CTGCCCCCCGA,TGCCCCCCGA,TGCCCCCCGAC 66.94 PASS AF=0,0.465116,0.0232558;AO=3,15,2;DP=44;FAO=0,20,1;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=0,4,1;FSAR=0,16,0;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0424858,-0.150744,-0.0825397;FXX=0.0227221;HRUN=1,7,7;LEN=3,1,3;MLLD=91.5314,7.41446,16.3069;QD=6.2273;RBI=0.0496953,0.220585,0.0867429;REFB=-0.0214255,-0.163325,-0.108716;REVB=0.0257795,0.161041,-0.0266747;RO=17;SAF=0,5,1;SAR=3,10,1;SRF=5;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.545438,0.0415363,0.216821;STB=0.5,0.586573,0.993118;STBP=1,0.375,0.247;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.149667,0.0327807;OID=.,.,.;OPOS=8167583,8167585,8167591;OREF=TGC,C,CGA;OALT=CTG,-,GAC;OMAPALT=CTGCCCCCCGA,TGCCCCCCGA,TGCCCCCCGAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:62:44:43:17:22:3,15,2:0,20,1:0,0.465116,0.0232558:3,10,1:0,5,1:5:12:0,16,0:0,4,1:7:15 chr17 8192922 . C T 50.44 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4839;QD=16.8124;RBI=0.025877;REFB=-0.0103015;REVB=0.025877;RO=5;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.01007;OID=.;OPOS=8192922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:7:0:0:5:7:0:0:5 chr17 8216468 . T C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0353933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=278.615;QD=49.5992;RBI=0.0429454;REFB=0;REVB=0.0243232;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250563;OID=.;OPOS=8216468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr17 8224276 . T C 395.49 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0280073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8274;QD=52.7321;RBI=0.067143;REFB=-0.0863643;REVB=0.0610227;RO=1;SAF=4;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102852;STB=0.545421;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00256973;OID=.;OPOS=8224276;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:29:30:1:1:28:29:0.966667:24:4:1:0:24:5:1:0 chr17 8249037 . A C 34.86 PASS AF=0.132075;AO=3;DP=50;FAO=7;FDP=53;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=0.0146921;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.307;QD=2.63061;RBI=0.0297781;REFB=-0.00923856;REVB=-0.0259013;RO=41;SAF=2;SAR=1;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105418;STB=0.80884;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0724973;OID=.;OPOS=8249037;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:50:53:41:46:3:7:0.132075:1:2:23:18:1:6:25:21 chr17 8249116 . C T 707.44 PASS AF=0.929825;AO=53;DP=57;FAO=53;FDP=57;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0194999;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=210.558;QD=49.6446;RBI=0.0325177;REFB=0.0163881;REVB=0.0260222;RO=4;SAF=28;SAR=25;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00374438;STB=0.501991;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=-0.000375308;OID=.;OPOS=8249116;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:57:57:4:4:53:53:0.929825:25:28:2:2:25:28:2:2 chr17 8339283 . C T 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.039632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.092;QD=24.0296;RBI=0.0412899;REFB=-0.0566002;REVB=0.0115826;RO=9;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105445;STB=0.559242;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0431495;OID=.;OPOS=8339283;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:9:6:5:4:9:6:5:4 chr17 8339307 . G A 279.58 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0245136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.09;QD=48.6218;RBI=0.0501092;REFB=-0.0555696;REVB=0.0437037;RO=1;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401764;STB=0.521719;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00164699;OID=.;OPOS=8339307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:11:11:0:1:11:11:0:1 chr17 8378932 . A G 305.88 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.00867318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.048;QD=22.6575;RBI=0.0147057;REFB=-0.0357267;REVB=0.0118757;RO=23;SAF=14;SAR=17;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0206886;STB=0.511425;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0103356;OID=.;OPOS=8378932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:23:23:31:31:0.574074:17:14:11:12:17:14:11:12 chr17 8383894 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.735;QD=56.1905;RBI=0.0488783;REFB=0;REVB=0.00854481;RO=0;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000517307;OID=.;OPOS=8383894;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:19:9:0:0:19:9:0:0 chr17 8402669 . C T 232.05 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=39;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.129786;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6075;QD=23.7995;RBI=0.130189;REFB=-0.00120148;REVB=-0.0102381;RO=17;SAF=6;SAR=16;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0376235;STB=0.520939;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00282615;OID=.;OPOS=8402669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:17:22:22:0.564103:16:6:4:13:16:6:4:13 chr17 8416901 . C T 330.51 PASS AF=0.530303;AO=34;DP=65;FAO=35;FDP=66;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0806584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.9936;QD=20.0308;RBI=0.0980324;REFB=-0.00611568;REVB=0.0557187;RO=31;SAF=17;SAR=17;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0693069;STB=0.544486;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.00908913;OID=.;OPOS=8416901;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:31:31:34:35:0.530303:17:17:13:18:17:18:13:18 chr17 8424270 . G A 680.19 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00353624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.382;QD=61.8355;RBI=0.0340119;REFB=0;REVB=0.0338275;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000474934;OID=.;OPOS=8424270;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:44:0:0:42:44:1:17:25:0:0:19:25:0:0 chr17 8450357 . C A 240.49 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00774373;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.648;QD=21.377;RBI=0.0331697;REFB=-0.0198604;REVB=-0.0322531;RO=22;SAF=17;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308488;STB=0.674162;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0165717;OID=.;OPOS=8450357;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:6:17:9:13:6:17:9:13 chr17 8644854 . C T 123.8 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.069964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.057;QD=17.0753;RBI=0.0703349;REFB=-0.0421024;REVB=0.00721325;RO=15;SAF=2;SAR=12;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33275;STB=0.695323;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0218145;OID=.;OPOS=8644854;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:12:2:6:9:12:2:6:9 chr17 8647931 . G C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0709147;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1113;QD=45.8068;RBI=0.0711469;REFB=0;REVB=-0.00574383;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00231558;OID=.;OPOS=8647931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr17 8700778 . G A 225.38 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0123414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.809;QD=27.3187;RBI=0.0126188;REFB=-0.0144484;REVB=0.00263106;RO=12;SAF=13;SAR=8;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246589;STB=0.513665;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.00948904;OID=.;OPOS=8700778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:8:13:7:5:8:13:7:5 chr17 8700981 . G GT 44.56 PASS AF=0.411765;AO=2;DP=19;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0153981;FXX=0.105208;HRUN=0;LEN=1;MLLD=25.721;QD=10.4852;RBI=0.0582353;REFB=0.0333005;REVB=0.0561627;RO=17;SAF=0;SAR=2;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423265;STB=0.777266;STBP=0.219;TYPE=ins;VARB=-0.0281666;OID=.;OPOS=8700982;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.411765:2:19:7:17:10:3:4:0:10:44:17:0:2:3:14 chr17 8700982 . C T 48.68 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=11;FWDB=0.0594319;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.9379;QD=10.8175;RBI=0.0914884;REFB=0.00169684;REVB=0.0695556;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.487741;STB=0.788963;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.00598023;OID=.;OPOS=8700982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:19:18:10:11:7:7:0.388889:4:3:0:10:4:3:0:11 chr17 8725214 . A AG 422.58 PASS AF=1;AO=35;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330916;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.2244;QD=40.2453;RBI=0.0333527;REFB=0;REVB=0.00416513;RO=6;SAF=13;SAR=22;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607382;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00157412;OID=.;OPOS=8725215;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:42:42:42:0:15:27:0:0:8:6:13:22:1:5 chr17 8792514 . G A 411.95 PASS AF=0.6875;AO=33;DP=48;FAO=33;FDP=48;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0233138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4255;QD=34.3295;RBI=0.058622;REFB=0.00229322;REVB=0.0537867;RO=14;SAF=15;SAR=18;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640666;STB=0.545427;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00253793;OID=.;OPOS=8792514;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:14:15:33:33:0.6875:18:15:8:6:18:15:9:6 chr17 9066254 . T C 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0556801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6903;QD=57.1768;RBI=0.0562937;REFB=0;REVB=0.00828923;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000317905;OID=.;OPOS=9066254;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr17 9086712 . C T 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.105917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.652;QD=40.7611;RBI=0.10601;REFB=0;REVB=-0.00444584;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137233;OID=.;OPOS=9086712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr17 9395231 . G A 483.01 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.212;QD=58.5461;RBI=0.0350584;REFB=0;REVB=-0.00104291;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126651;OID=.;OPOS=9395231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr17 9471711 . T G 453.01 PASS AF=1;AO=31;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0849945;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=131.478;QD=54.91;RBI=0.0851164;REFB=-0.133485;REVB=0.00455403;RO=1;SAF=20;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227606;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156778;OID=.;OPOS=9471711;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:33:33:1:0:31:33:1:11:20:1:0:11:22:0:0 chr17 9479098 . C A 318.11 PASS AF=0.888889;AO=23;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0315052;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.702;QD=47.1278;RBI=0.0706609;REFB=-0.160498;REVB=0.0632486;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529388;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00365066;OID=.;OPOS=9479098;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:0:2:23:24:0.888889:15:8:0:0:16:8:0:2 chr17 9515777 . G A 60.34 PASS AF=0.219512;AO=8;DP=40;FAO=9;FDP=41;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.0223439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.797;QD=5.88725;RBI=0.0748042;REFB=0.0224238;REVB=0.0713892;RO=32;SAF=4;SAR=4;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113744;STB=0.614725;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=-0.0659884;OID=.;OPOS=9515777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:40:41:32:32:8:9:0.219512:4:4:19:13:5:4:19:13 chr17 9549441 . C T 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0200996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=272.837;QD=14.9782;RBI=0.0203081;REFB=-0.00788792;REVB=-0.00290241;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406606;STB=0.523762;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0115304;OID=.;OPOS=9549441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:5:5:5:6:5:5:5:6 chr17 9586165 . C T 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0207984;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.265;QD=22.7239;RBI=0.0379715;REFB=-0.0427169;REVB=0.0317689;RO=16;SAF=8;SAR=12;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0736356;STB=0.541136;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.022638;OID=.;OPOS=9586165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:12:8:5:11:12:8:5:11 chr17 9632247 . A G 120.05 PASS AF=0.296296;AO=15;DP=53;FAO=16;FDP=54;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0210462;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.531;QD=8.89246;RBI=0.0210636;REFB=-0.0141313;REVB=-0.00085695;RO=37;SAF=5;SAR=10;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216577;STB=0.654564;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0297872;OID=.;OPOS=9632247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:37:38:15:16:0.296296:10:5:19:18:11:5:20:18 chr17 9712255 . G A 224.17 PASS AF=0.478261;AO=20;DP=44;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0162228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.229;QD=19.4932;RBI=0.0191645;REFB=-0.0145301;REVB=0.0102028;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185001;STB=0.586969;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0149611;OID=.;OPOS=9712255;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:23:24:20:22:0.478261:10:10:7:16:12:10:7:17 chr17 9725101 . G A 323.72 PASS AF=0.710526;AO=27;DP=39;FAO=27;FDP=38;FR=.;FRO=11;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.00982775;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.117;QD=34.0757;RBI=0.0151261;REFB=-0.0346095;REVB=0.0114985;RO=11;SAF=17;SAR=10;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564161;STB=0.530763;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0105858;OID=.;OPOS=9725101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:39:38:11:11:27:27:0.710526:10:17:8:3:10:17:8:3 chr17 9725338 . G A 216.69 PASS AF=0.4;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=65;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0138674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.992;QD=13.3345;RBI=0.0172496;REFB=-0.00686756;REVB=0.0102588;RO=39;SAF=19;SAR=7;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275162;STB=0.658408;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00520059;OID=.;OPOS=9725338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:39:39:26:26:0.4:7:19:19:20:7:19:19:20 chr17 9725347 . A G 187.33 PASS AF=0.387097;AO=22;DP=59;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.0311586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.986;QD=12.0862;RBI=0.0460243;REFB=-0.00366232;REVB=-0.0338729;RO=36;SAF=19;SAR=3;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500092;STB=0.732729;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0132717;OID=.;OPOS=9725347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:36:38:22:24:0.387097:3:19:17:19:5:19:17:21 chr17 10206595 . T C 210.51 PASS AF=0.310345;AO=27;DP=88;FAO=27;FDP=87;FR=.;FRO=60;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=0.0042614;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.802;QD=9.67882;RBI=0.0142937;REFB=-0.00880363;REVB=-0.0136437;RO=60;SAF=10;SAR=17;SRF=24;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367716;STB=0.521644;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0144551;OID=.;OPOS=10206595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:60:60:27:27:0.310345:17:10:24:36:17:10:24:36 chr17 10222131 . G A 206.28 PASS AF=0.342105;AO=26;DP=77;FAO=26;FDP=76;FR=.;FRO=50;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0121306;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1671;QD=10.8567;RBI=0.0334091;REFB=-0.00954957;REVB=0.0311291;RO=50;SAF=10;SAR=16;SRF=30;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241068;STB=0.639894;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0311502;OID=.;OPOS=10222131;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:50:50:26:26:0.342105:16:10:30:20:16:10:30:20 chr17 10222149 . A G 207.51 PASS AF=0.320988;AO=26;DP=80;FAO=26;FDP=81;FR=.;FRO=55;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=-0.0180587;FXX=0.0240935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.188;QD=10.2476;RBI=0.0266624;REFB=-0.0126497;REVB=-0.0196155;RO=53;SAF=10;SAR=16;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268767;STB=0.666543;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0186698;OID=.;OPOS=10222149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:53:55:26:26:0.320988:16:10:33:20:16:10:35:20 chr17 10223697 . G T 105.22 PASS AF=0.448276;AO=11;DP=27;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0246471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.027;QD=14.5136;RBI=0.0249145;REFB=-0.0235987;REVB=-0.00364019;RO=16;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0457182;STB=0.565116;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0295582;OID=.;OPOS=10223697;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:29:16:16:11:13:0.448276:5:6:8:8:5:8:8:8 chr17 10223714 . T C 149.96 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.000790283;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.147;QD=18.1769;RBI=0.110788;REFB=-0.0138282;REVB=0.110785;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142319;STB=0.545398;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0105973;OID=.;OPOS=10223714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:17:16:16:0.484848:8:8:10:5:8:8:10:7 chr17 10231417 . C T 387.07 PASS AF=0.738095;AO=30;DP=41;FAO=31;FDP=42;FR=.;FRO=11;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.013147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3418;QD=36.8637;RBI=0.0228624;REFB=0.00434883;REVB=-0.0187042;RO=10;SAF=17;SAR=13;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0310727;STB=0.53352;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.00152986;OID=.;OPOS=10231417;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:42:10:11:30:31:0.738095:13:17:5:5:13:18:5:6 chr17 10236465 . G A 383.71 PASS AF=0.47619;AO=39;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=0.0165028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.031;QD=18.2718;RBI=0.0165651;REFB=-0.00251502;REVB=-0.00143516;RO=41;SAF=16;SAR=23;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271903;STB=0.517233;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0034763;OID=.;OPOS=10236465;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:41:44:39:40:0.47619:23:16:18:23:24:16:19:25 chr17 10243717 . G A 746.89 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.135853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7111;QD=63.565;RBI=0.136349;REFB=0;REVB=-0.0116092;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00166906;OID=.;OPOS=10243717;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr17 10297658 . A G 255.12 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=74;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=12;FWDB=-0.0123911;FXX=0.0666578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4492;QD=14.5782;RBI=0.0505372;REFB=-0.0246489;REVB=-0.0489946;RO=39;SAF=19;SAR=10;SRF=29;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103093;STB=0.534498;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0371898;OID=.;OPOS=10297658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:70:39:41:29:29:0.414286:10:19:29:10:10:19:29:12 chr17 10304261 . G A 78.4 PASS AF=0.366667;AO=10;DP=29;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.00707619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3429;QD=10.4538;RBI=0.0354484;REFB=-0.022369;REVB=-0.0347349;RO=19;SAF=2;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388745;STB=0.670643;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=0.0700913;OID=.;OPOS=10304261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:29:30:19:19:10:11:0.366667:8:2:10:9:8:3:10:9 chr17 10309415 . T C 203.34 PASS AF=0.329114;AO=26;DP=79;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=-0.0150671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.517;QD=10.2956;RBI=0.0299286;REFB=-0.00969105;REVB=0.0258593;RO=53;SAF=14;SAR=12;SRF=28;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011715;STB=0.506844;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0243314;OID=.;OPOS=10309415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:53:53:26:26:0.329114:12:14:28:25:12:14:28:25 chr17 10318635 . CA C,CG 1488.42 PASS AF=0.0952381,0.895238;AO=11,89;DP=103;FAO=10,94;FDP=105;FR=.;FRO=1;FSAF=10,31;FSAR=0,63;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00902681,0.0240661;FXX=0.00943307;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=130.961,150.251;QD=56.7019;RBI=0.0344084,0.0394098;REFB=-0.0743744,-0.100621;REVB=0.0332032,0.0312083;RO=1;SAF=11,29;SAR=0,60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.826036,0.00783432;STB=0.998146,0.503936;STBP=0.031,0.61;TYPE=del,snp;VARB=-0.0266989,0.00477633;OID=.,.;OPOS=10318636,10318636;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0952381,0.895238:11,89:103:10,94:105:1:10,31:0,63:0:1:19:1:11,29:0,60:0:1 chr17 10346781 . T C 518.38 PASS AF=0.538462;AO=49;DP=91;FAO=49;FDP=91;FR=.;FRO=42;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.0276374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.703;QD=22.786;RBI=0.0321776;REFB=-0.0112775;REVB=0.0164794;RO=41;SAF=12;SAR=37;SRF=12;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518214;STB=0.524812;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00972322;OID=.;OPOS=10346781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:41:42:49:49:0.538462:37:12:12:29:37:12:12:30 chr17 10348354 . T C 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00281247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.698;QD=11.6672;RBI=0.0272461;REFB=-0.00415504;REVB=-0.0271006;RO=26;SAF=3;SAR=11;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.311512;STB=0.687207;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00704737;OID=.;OPOS=10348354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:11:3:12:14:11:3:12:14 chr17 10355371 . C T 125.92 PASS AF=0.307692;AO=15;DP=50;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=8;FWDB=0.00464755;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=43.2166;QD=9.68623;RBI=0.0527113;REFB=-0.0182839;REVB=0.052506;RO=35;SAF=9;SAR=6;SRF=27;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22283;STB=0.65719;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0429289;OID=.;OPOS=10355371;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:35:36:15:16:0.307692:6:9:27:8:7:9:28:8 chr17 10355763 . T C 734.64 PASS AF=0.589744;AO=68;DP=116;FAO=69;FDP=117;FR=.;FRO=48;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.00935961;FXX=0.00847386;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7616;QD=25.116;RBI=0.0222598;REFB=-0.00885729;REVB=0.0201964;RO=47;SAF=25;SAR=43;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221276;STB=0.512955;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.00524741;OID=.;OPOS=10355763;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:47:48:68:69:0.589744:43:25:16:31:44:25:16:32 chr17 10363410 . A G 774.9 PASS AF=0.419192;AO=83;DP=198;FAO=83;FDP=198;FR=.;FRO=115;FSAF=34;FSAR=49;FSRF=62;FSRR=53;FWDB=0.000521999;FXX=0.00502487;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.209;QD=15.6545;RBI=0.00585348;REFB=-0.0145712;REVB=-0.00583016;RO=112;SAF=34;SAR=49;SRF=59;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121445;STB=0.575606;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0249422;OID=.;OPOS=10363410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:198:112:115:83:83:0.419192:49:34:59:53:49:34:62:53 chr17 10415840 . A G 400.19 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.013767;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.786;QD=53.3581;RBI=0.0138353;REFB=-0.121565;REVB=-0.0013725;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.512812;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00118116;OID=.;OPOS=10415840;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:19:10:0:0:19:10:0:1 chr17 10427924 . G A 242.92 PASS AF=0.444444;AO=27;DP=62;FAO=28;FDP=63;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=0.0195296;FXX=0.0156226;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.772;QD=15.4234;RBI=0.0249524;REFB=-0.0267008;REVB=0.0155312;RO=34;SAF=9;SAR=18;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113912;STB=0.55843;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0353269;OID=.;OPOS=10427924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:34:35:27:28:0.444444:18:9:15:19:18:10:16:19 chr17 10448769 . A T 182.0 PASS AF=0.315789;AO=24;DP=76;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.0134673;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2498;QD=9.57878;RBI=0.0497716;REFB=0.0076615;REVB=-0.0479149;RO=49;SAF=12;SAR=12;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0584886;STB=0.539441;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.0201304;OID=.;OPOS=10448769;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:49:52:24:24:0.315789:12:12:22:27:12:12:23:29 chr17 10450816 . T C 503.58 PASS AF=0.436508;AO=55;DP=125;FAO=55;FDP=126;FR=.;FRO=71;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=40;FSRR=31;FWDB=0.00372871;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.305;QD=15.9868;RBI=0.00383031;REFB=-0.00258321;REVB=0.000876387;RO=70;SAF=30;SAR=25;SRF=39;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118215;STB=0.5102;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00322161;OID=.;OPOS=10450816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:70:71:55:55:0.436508:25:30:39:31:25:30:40:31 chr17 10536018 . G A 332.56 PASS AF=0.467532;AO=34;DP=76;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0154291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.894;QD=17.2759;RBI=0.0511286;REFB=-0.0320503;REVB=0.048745;RO=41;SAF=15;SAR=19;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693838;STB=0.521288;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0505634;OID=.;OPOS=10536018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:41:41:34:36:0.467532:19:15:21:20:19:17:21:20 chr17 10541515 . C T 219.7 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.062956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.6609;QD=17.576;RBI=0.0673219;REFB=-0.0369091;REVB=-0.0238492;RO=27;SAF=13;SAR=9;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0351417;STB=0.53157;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.047383;OID=.;OPOS=10541515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:28:22:22:0.44:9:13:15:12:9:13:15:13 chr17 10542471 . T G 336.48 PASS AF=0.461538;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00435392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.986;QD=17.2554;RBI=0.0380237;REFB=-0.0124934;REVB=0.0377737;RO=42;SAF=20;SAR=16;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053663;STB=0.530069;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0123029;OID=.;OPOS=10542471;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:42:42:36:36:0.461538:16:20:21:21:16:20:21:21 chr17 10542765 . A G 307.38 PASS AF=0.43038;AO=33;DP=77;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=-0.00812973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.201;QD=15.5638;RBI=0.00883203;REFB=-0.0153852;REVB=0.0034514;RO=43;SAF=14;SAR=19;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416024;STB=0.501886;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.017391;OID=.;OPOS=10542765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:79:43:45:33:34:0.43038:19:14:20:23:19:15:20:25 chr17 10542886 . T C 337.39 PASS AF=0.522388;AO=35;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.000780401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.47;QD=20.1427;RBI=0.0104961;REFB=-0.0263808;REVB=0.010467;RO=31;SAF=15;SAR=20;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474494;STB=0.519469;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0229111;OID=.;OPOS=10542886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:31:32:35:35:0.522388:20:15:15:16:20:15:15:17 chr17 10543463 . T C 402.73 PASS AF=0.405172;AO=45;DP=114;FAO=47;FDP=116;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.0320259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.5862;QD=13.8871;RBI=0.0329646;REFB=-0.0343203;REVB=0.00781078;RO=68;SAF=22;SAR=23;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194748;STB=0.506605;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0335757;OID=.;OPOS=10543463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:68:69:45:47:0.405172:23:22:32:36:24:23:33:36 chr17 10544416 . G T 132.65 PASS AF=0.310345;AO=18;DP=58;FAO=18;FDP=58;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=0.00356412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.381;QD=9.14834;RBI=0.0138162;REFB=-0.015123;REVB=0.0133486;RO=40;SAF=11;SAR=7;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214203;STB=0.627236;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0200563;OID=.;OPOS=10544416;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:40:40:18:18:0.310345:7:11:17:23:7:11:17:23 chr17 10614442 . A G 212.13 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0598558;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.431;QD=19.2845;RBI=0.0666639;REFB=0.0187458;REVB=-0.0293489;RO=23;SAF=7;SAR=14;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149496;STB=0.508466;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=-0.018611;OID=.;OPOS=10614442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:23:23:21:21:0.477273:14:7:8:15:14:7:8:15 chr17 10617803 . G T 112.3 PASS AF=0.451613;AO=12;DP=29;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00321851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.772;QD=14.4905;RBI=0.0384561;REFB=-0.0579695;REVB=-0.0383212;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113103;STB=0.516106;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0824611;OID=.;OPOS=10617803;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:31:17:17:12:14:0.451613:7:5:9:8:7:7:9:8 chr17 11166782 . G A 140.35 PASS AF=0.259259;AO=20;DP=80;FAO=21;FDP=81;FR=.;FRO=60;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=36;FWDB=-0.0240349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.905;QD=6.93075;RBI=0.0261697;REFB=0.00366486;REVB=-0.0103526;RO=59;SAF=10;SAR=10;SRF=23;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.135551;STB=0.591037;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=-0.0112941;OID=.;OPOS=11166782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:59:60:20:21:0.259259:10:10:23:36:10:11:24:36 chr17 11461194 . C T 337.37 PASS AF=0.38835;AO=39;DP=102;FAO=40;FDP=103;FR=.;FRO=63;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=37;FSRR=26;FWDB=-0.00625544;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.949;QD=13.1017;RBI=0.0213639;REFB=-0.0180425;REVB=-0.0204275;RO=61;SAF=25;SAR=14;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762943;STB=0.541082;STBP=0.546;TYPE=snp;VARB=0.0304946;OID=.;OPOS=11461194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:103:61:63:39:40:0.38835:14:25:35:26:14:26:37:26 chr17 11511457 . C T 715.52 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335243;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=271.342;QD=57.2415;RBI=0.0370252;REFB=0;REVB=0.0157158;RO=0;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.52493e-05;OID=.;OPOS=11511457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:32:18:0:0:32:18:0:0 chr17 11523082 . A G 1222.98 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130509;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.202;QD=61.149;RBI=0.0133329;REFB=0;REVB=0.0027276;RO=0;SAF=42;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43944e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90569e-05;OID=.;OPOS=11523082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:78:80:1:36:42:0:0:36:44:0:0 chr17 11583089 . T C 1010.59 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00899726;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.592;QD=59.4465;RBI=0.027314;REFB=0;REVB=0.0257896;RO=0;SAF=24;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93007e-05;OID=.;OPOS=11583089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:43:24:0:0:44:24:0:0 chr17 11648332 . C T 1038.26 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.158664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.898;QD=58.4935;RBI=0.158699;REFB=0;REVB=0.00330736;RO=0;SAF=16;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000582576;OID=.;OPOS=11648332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:71:0:0:66:71:1:50:16:0:0:51:20:0:0 chr17 11757355 . G A 550.47 PASS AF=0.833333;AO=45;DP=54;FAO=45;FDP=54;FR=.;FRO=9;FSAF=28;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0138122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.475;QD=40.7755;RBI=0.0309351;REFB=-0.00601359;REVB=0.0276804;RO=9;SAF=28;SAR=17;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0521892;STB=0.527938;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.00179811;OID=.;OPOS=11757355;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:54:54:9:9:45:45:0.833333:17:28:7:2:17:28:7:2 chr17 11865462 . G A 287.56 PASS AF=0.375;AO=33;DP=88;FAO=33;FDP=88;FR=.;FRO=55;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=37;FWDB=-0.0082679;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.787;QD=13.0708;RBI=0.00862316;REFB=-0.0202098;REVB=-0.00244964;RO=53;SAF=15;SAR=18;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148513;STB=0.581348;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0227713;OID=.;OPOS=11865462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:53:55:33:33:0.375:18:15:17:36:18:15:18:37 chr17 11980471 . T A 224.03 PASS AF=0.294118;AO=29;DP=101;FAO=30;FDP=102;FR=.;FRO=72;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=39;FWDB=-0.0136611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.836;QD=8.7854;RBI=0.0144319;REFB=-0.00756839;REVB=0.00465332;RO=72;SAF=13;SAR=16;SRF=33;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121974;STB=0.505909;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0204218;OID=.;OPOS=11980471;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:72:72:29:30:0.294118:16:13:33:39:16:14:33:39 chr17 12812258 . G T 524.79 PASS AF=0.569767;AO=48;DP=85;FAO=49;FDP=86;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00914774;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.9462;QD=24.409;RBI=0.0360938;REFB=-0.0208206;REVB=0.0349153;RO=37;SAF=18;SAR=30;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155791;STB=0.57856;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0141792;OID=.;OPOS=12812258;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:37:37:48:49:0.569767:30:18:21:16:30:19:21:16 chr17 12820632 . A C 1472.27 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.643;QD=63.3232;RBI=0.0420561;REFB=0;REVB=0.00440422;RO=0;SAF=46;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49261e-05;OID=.;OPOS=12820632;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:47:46:0:0:47:46:0:0 chr17 13399616 . A T 211.19 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.030409;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.551;QD=49.6922;RBI=0.041055;REFB=0;REVB=-0.0275827;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.50428e-05;OID=.;OPOS=13399616;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr17 14005439 . G A 732.56 PASS AF=0.639175;AO=61;DP=96;FAO=62;FDP=97;FR=.;FRO=35;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0042098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1574;QD=30.2087;RBI=0.0450667;REFB=-0.003985;REVB=0.0448697;RO=35;SAF=32;SAR=29;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261559;STB=0.510974;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00197499;OID=.;OPOS=14005439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:97:35:35:61:62:0.639175:29:32:17:18:30:32:17:18 chr17 14095309 . A G 1497.84 PASS AF=1;AO=92;DP=94;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0531034;FXX=0.0206164;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.57;QD=63.0671;RBI=0.0531717;REFB=0;REVB=0.00269411;RO=0;SAF=42;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336593;OID=.;OPOS=14095309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:95:0:0:92:95:1:50:42:0:0:53:42:0:0 chr17 14111176 . C A 620.99 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=45;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.011301;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.884;QD=55.1993;RBI=0.0113161;REFB=-0.0716915;REVB=0.000584662;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.525412;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.00229312;OID=.;OPOS=14111176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:45:0:3:42:42:0.933333:28:14:0:0:28:14:0:3 chr17 14139891 . A C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0214762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.797;QD=23.2183;RBI=0.0599187;REFB=0.00962358;REVB=0.0559377;RO=0;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.0018291;OID=.;OPOS=14139891;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:0:1:5:5:0.833333:1:4:0:0:1:4:1:0 chr17 14140103 . A G 949.68 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.037666;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.681;QD=57.5565;RBI=0.0471978;REFB=0.0465156;REVB=0.0284414;RO=1;SAF=38;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122684;STB=0.506491;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000310305;OID=.;OPOS=14140103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:64:65:0.984848:26:38:1:0:27:38:1:0 chr17 14249167 . C T 159.79 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=55;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.00262923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.795;QD=11.6207;RBI=0.00693447;REFB=-0.0137629;REVB=0.00641669;RO=35;SAF=9;SAR=11;SRF=25;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285194;STB=0.664147;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.023044;OID=.;OPOS=14249167;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:35:35:20:20:0.363636:11:9:25:10:11:9:25:10 chr17 14673567 . C CA 46.39 PASS AF=0.4;AO=15;DP=47;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=0.128762;FXX=0.0217344;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.64764;QD=4.12346;RBI=0.129195;REFB=-0.0539836;REVB=0.0105765;RO=27;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0339452;STB=0.59174;STBP=0.329;TYPE=ins;VARB=0.0541447;OID=.;OPOS=14673568;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:15:47:18:45:27:8:10:8:19:46:27:6:9:10:17 chr17 15222476 . GA G 38.29 PASS AF=0.529412;AO=8;DP=18;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0693541;FXX=0.0555247;HRUN=8;LEN=1;MLLD=8.79874;QD=9.00913;RBI=0.0786189;REFB=-0.0985085;REVB=-0.0370263;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518476;STBP=0.983;TYPE=del;VARB=0.0932338;OID=.;OPOS=15222477;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:8:18:9:17:8:7:2:6:2:31:8:6:2:6:2 chr17 15234895 . C T 107.97 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0194678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2687;QD=13.0867;RBI=0.0197886;REFB=-0.011338;REVB=-0.00354884;RO=18;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732572;STB=0.507031;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0361737;OID=.;OPOS=15234895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:18:20:13:13:0.393939:6:7:11:7:6:7:11:9 chr17 15311975 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5458;QD=51.1845;RBI=0.0121068;REFB=0;REVB=0.00653062;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506583;OID=.;OPOS=15311975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr17 15341183 . A C 274.18 PASS AF=0.273381;AO=38;DP=137;FAO=38;FDP=139;FR=.;FRO=101;FSAF=23;FSAR=15;FSRF=52;FSRR=49;FWDB=0.0132259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1544;QD=7.89013;RBI=0.021619;REFB=-0.00865897;REVB=0.0171014;RO=97;SAF=23;SAR=15;SRF=52;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859033;STB=0.566772;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0228094;OID=.;OPOS=15341183;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:139:97:101:38:38:0.273381:15:23:52:45:15:23:52:49 chr17 15343524 . C CCTT 278.55 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=172.135;QD=48.4435;RBI=0.0123861;REFB=-0.0809967;REVB=0.0123861;RO=1;SAF=0;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00479443;OID=.;OPOS=15343525;OREF=-;OALT=CTT;OMAPALT=CCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.956522:21:23:22:23:1:0:22:0:1:6:1:0:21:0:1 chr17 15443734 . A G 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.00456001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.628;QD=8.24622;RBI=0.0141497;REFB=0.0066499;REVB=-0.0133948;RO=15;SAF=4;SAR=3;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32668;STB=0.699491;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.0115992;OID=.;OPOS=15443734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:3:4:4:11:3:4:4:11 chr17 15443742 . C G 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0183799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.84;QD=8.73789;RBI=0.0239808;REFB=-0.00364603;REVB=0.0154031;RO=20;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172769;STB=0.60583;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00505753;OID=.;OPOS=15443742;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:4:5:8:12:4:5:8:12 chr17 15477417 . A G 125.74 PASS AF=0.307692;AO=11;DP=47;FAO=16;FDP=52;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=0.00124598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.734;QD=9.67252;RBI=0.0783423;REFB=-0.0159178;REVB=0.0783323;RO=35;SAF=2;SAR=9;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480381;STB=0.719716;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0531722;OID=.;OPOS=15477417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:52:35:36:11:16:0.307692:9:2:20:15:12:4:20:16 chr17 15492426 . C T 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00733209;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.079;QD=34.6646;RBI=0.0180577;REFB=-0.0401679;REVB=0.0165022;RO=1;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990155;STB=0.555443;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00427146;OID=.;OPOS=15492426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:4:6:0:1:4:6:0:1 chr17 15620481 . C T 55.32 PASS AF=0.142857;AO=11;DP=77;FAO=11;FDP=77;FR=.;FRO=66;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=-0.0220212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4989;QD=2.87357;RBI=0.0261616;REFB=-0.00114505;REVB=0.0141243;RO=66;SAF=4;SAR=7;SRF=33;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169351;STB=0.617922;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0126193;OID=.;OPOS=15620481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:77:77:66:66:11:11:0.142857:7:4:33:33:7:4:33:33 chr17 15690281 . C T 151.11 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0192025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.7655;QD=14.3912;RBI=0.0603909;REFB=-0.036705;REVB=0.0572567;RO=24;SAF=7;SAR=10;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213687;STB=0.610982;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0600458;OID=.;OPOS=15690281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:24:25:17:17:0.404762:10:7:15:9:10:7:15:10 chr17 15690793 . T C 397.47 PASS AF=0.306358;AO=53;DP=173;FAO=53;FDP=173;FR=.;FRO=120;FSAF=11;FSAR=42;FSRF=39;FSRR=81;FWDB=-0.0394276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.181;QD=9.18999;RBI=0.03943;REFB=-0.00592444;REVB=0.000430819;RO=116;SAF=11;SAR=42;SRF=38;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18592;STB=0.608122;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0128177;OID=.;OPOS=15690793;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:173:173:116:120:53:53:0.306358:42:11:38:78:42:11:39:81 chr17 15690888 . C G 290.49 PASS AF=0.343434;AO=34;DP=99;FAO=34;FDP=99;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.0215298;FXX=0.009999;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.009;QD=11.737;RBI=0.0563034;REFB=0.0070637;REVB=-0.0520245;RO=65;SAF=9;SAR=25;SRF=26;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176781;STB=0.602968;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=-0.0123805;OID=.;OPOS=15690888;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:65:65:34:34:0.343434:25:9:26:39:25:9:26:39 chr17 15938249 . CAAAC CAAC,CAACA,TCAAC 154.77 PASS AF=0.169811,0.160377,0;AO=22,16,5;DP=108;FAO=18,17,0;FDP=106;FR=.;FRO=71;FSAF=4,17,0;FSAR=14,0,0;FSRF=10;FSRR=61;FWDB=0.0888066,0.0371345,0.0815571;FXX=0.0275204;HRUN=3,3,1;LEN=1,2,2;MLLD=13.5056,123.034,25.7325;QD=5.84041;RBI=0.121567,0.0425348,0.105945;REFB=-0.114363,-0.0096192,-0.0544394;REVB=-0.0830179,-0.0207421,-0.067622;RO=58;SAF=0,15,5;SAR=22,1,0;SRF=8;SRR=50;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.73333,0.806338,0.767655;STB=0.604739,0.999639,0.5;STBP=0.502,0,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.198164,0.170605,0;OID=.,.,.;OPOS=15938250,15938252,15938249;OREF=A,AC,CA;OALT=-,CA,TC;OMAPALT=CAAC,CAACA,TCAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:108:106:58:71:22,16,5:18,17,0:0.169811,0.160377,0:22,1,0:0,15,5:8:50:14,0,0:4,17,0:10:61 chr17 16068340 . C T 36.7 PASS AF=0.0827586;AO=9;DP=142;FAO=12;FDP=145;FR=.;FRO=133;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=72;FSRR=61;FWDB=-0.0119713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.504;QD=1.01245;RBI=0.0183747;REFB=-0.00429257;REVB=-0.0139398;RO=127;SAF=3;SAR=6;SRF=70;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226312;STB=0.762283;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0394372;OID=.;OPOS=16068340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:142:145:127:133:9:12:0.0827586:6:3:70:57:9:3:72:61 chr17 16068343 . G A 38.78 PASS AF=0.0827586;AO=12;DP=143;FAO=12;FDP=145;FR=.;FRO=133;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=71;FSRR=62;FWDB=-0.0736649;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.2428;QD=1.06986;RBI=0.0816597;REFB=-0.00308263;REVB=-0.0352391;RO=128;SAF=3;SAR=9;SRF=68;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320365;STB=0.757255;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0357266;OID=.;OPOS=16068343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:143:145:128:133:12:12:0.0827586:9:3:68:60:9:3:71:62 chr17 16068362 . C T 61.82 PASS AF=0.100592;AO=17;DP=169;FAO=17;FDP=169;FR=.;FRO=152;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=84;FSRR=68;FWDB=-0.0103518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.38;QD=1.46329;RBI=0.0232178;REFB=-0.00143841;REVB=-0.0207823;RO=151;SAF=3;SAR=14;SRF=83;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443574;STB=0.831585;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0124967;OID=.;OPOS=16068362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:169:169:151:152:17:17:0.100592:14:3:83:68:14:3:84:68 chr17 16068377 . C G 83.88 PASS AF=0.12;AO=21;DP=176;FAO=21;FDP=175;FR=.;FRO=154;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=85;FSRR=69;FWDB=0.00234915;FXX=0.0112988;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.486;QD=1.91734;RBI=0.0031527;REFB=0.000841277;REVB=0.00210262;RO=149;SAF=6;SAR=15;SRF=81;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319108;STB=0.730122;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.0125774;OID=.;OPOS=16068377;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:176:175:149:154:21:21:0.12:15:6:81:68:15:6:85:69 chr17 16068383 . G A 94.62 PASS AF=0.127907;AO=22;DP=174;FAO=22;FDP=172;FR=.;FRO=150;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=80;FSRR=70;FWDB=-0.0086787;FXX=0.0114936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.195;QD=2.20054;RBI=0.0118336;REFB=-0.000950797;REVB=-0.0080445;RO=149;SAF=7;SAR=15;SRF=79;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265322;STB=0.686673;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.00717748;OID=.;OPOS=16068383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:174:172:149:150:22:22:0.127907:15:7:79:70:15:7:80:70 chr17 16068396 . G A 126.76 PASS AF=0.153846;AO=26;DP=169;FAO=26;FDP=169;FR=.;FRO=143;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=75;FSRR=68;FWDB=-0.0144458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.643;QD=3.0003;RBI=0.029261;REFB=0.00171294;REVB=0.0254465;RO=138;SAF=10;SAR=16;SRF=74;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192778;STB=0.618091;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.0186021;OID=.;OPOS=16068396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:169:169:138:143:26:26:0.153846:16:10:74:64:16:10:75:68 chr17 16325968 . A G 148.43 PASS AF=0.346939;AO=15;DP=47;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.0085709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.454;QD=12.1165;RBI=0.0115061;REFB=-0.00747898;REVB=0.00767661;RO=32;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143159;STB=0.546546;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.013966;OID=.;OPOS=16325968;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:32:32:15:17:0.346939:8:7:11:21:10:7:11:21 chr17 16326005 . A C 133.87 PASS AF=0.289855;AO=19;DP=68;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.021626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.572;QD=7.7604;RBI=0.028578;REFB=-0.00536351;REVB=-0.018682;RO=46;SAF=9;SAR=10;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0985419;STB=0.579632;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.017095;OID=.;OPOS=16326005;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:46:49:19:20:0.289855:10:9:18:28:10:10:19:30 chr17 16336992 . C G 93.33 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0298511;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.4096;QD=9.82433;RBI=0.0679739;REFB=-0.0108938;REVB=-0.0610685;RO=24;SAF=5;SAR=7;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360562;STB=0.681923;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0171732;OID=.;OPOS=16336992;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:24:26:12:12:0.315789:7:5:18:6:7:5:18:8 chr17 16346932 . G T 135.83 PASS AF=0.306452;AO=17;DP=60;FAO=19;FDP=62;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0106302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.526;QD=8.76294;RBI=0.0301556;REFB=-0.0215625;REVB=0.0282198;RO=41;SAF=11;SAR=6;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217844;STB=0.616315;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0272212;OID=.;OPOS=16346932;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:41:43:17:19:0.306452:6:11:19:22:7:12:20:23 chr17 16350239 . A G 727.58 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.601;QD=63.2678;RBI=0.0363733;REFB=0;REVB=-0.0313973;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.98431e-05;OID=.;OPOS=16350239;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chr17 16524929 . C A 1062.4 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00885311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.039;QD=59.8536;RBI=0.0124285;REFB=0;REVB=0.00872302;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4884e-05;OID=.;OPOS=16524929;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:35:35:0:0:35:36:0:0 chr17 16527795 . C A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00758835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.834;QD=44.6898;RBI=0.0129576;REFB=0;REVB=-0.0105032;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.63666e-05;OID=.;OPOS=16527795;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr17 16635980 . G A 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3517;QD=45.8029;RBI=0.0219165;REFB=0;REVB=0.00225937;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000905747;OID=.;OPOS=16635980;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr17 16735618 . G A 400.15 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.021712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.315;QD=53.3531;RBI=0.0531829;REFB=-0.0504018;REVB=0.0485491;RO=1;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03211;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00145072;OID=.;OPOS=16735618;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:14:15:0:1:14:15:0:1 chr17 16746358 . G A 557.02 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00598929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1265;QD=60.2183;RBI=0.0217274;REFB=0;REVB=0.0208856;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184889;OID=.;OPOS=16746358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr17 16828713 . A T 628.71 PASS AF=0.589474;AO=56;DP=95;FAO=56;FDP=95;FR=.;FRO=39;FSAF=35;FSAR=21;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.00753952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.254;QD=26.4719;RBI=0.0261032;REFB=-0.0214476;REVB=-0.0249907;RO=38;SAF=35;SAR=21;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17327;STB=0.599964;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.016537;OID=.;OPOS=16828713;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:38:39:56:56:0.589474:21:35:15:23:21:35:15:24 chr17 16828790 . TG CA 270.86 PASS AF=0.520833;AO=24;DP=49;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0222567;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=2;MLLD=154.232;QD=22.5714;RBI=0.0250757;REFB=-0.0258857;REVB=0.0115512;RO=23;SAF=11;SAR=13;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981691;STB=0.545264;STBP=0.528;TYPE=mnp;VARB=0.0328269;OID=.;OPOS=16828790;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:23:23:24:25:0.520833:13:11:8:15:14:11:8:15 chr17 16836425 . G A 657.45 PASS AF=0.528455;AO=63;DP=121;FAO=65;FDP=123;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=-0.00426778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.526;QD=21.3804;RBI=0.0320785;REFB=-0.0116793;REVB=0.0317933;RO=58;SAF=23;SAR=40;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0763012;STB=0.547326;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00949731;OID=.;OPOS=16836425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:58:58:63:65:0.528455:40:23:26:32:42:23:26:32 chr17 16842912 . A G 377.95 PASS AF=0.642857;AO=36;DP=56;FAO=36;FDP=56;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0265487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.18;QD=26.9963;RBI=0.0267926;REFB=-0.0352749;REVB=0.00360724;RO=19;SAF=13;SAR=23;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00500498;STB=0.504308;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0117008;OID=.;OPOS=16842912;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:19:20:36:36:0.642857:23:13:7:12:23:13:7:13 chr17 16842979 . C T 637.83 PASS AF=0.655172;AO=55;DP=87;FAO=57;FDP=87;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=36;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0132231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1371;QD=29.3255;RBI=0.0353509;REFB=-0.0514228;REVB=0.0327847;RO=30;SAF=21;SAR=34;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811772;STB=0.538448;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0124278;OID=.;OPOS=16842979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:30:30:55:57:0.655172:34:21:8:22:36:21:8:22 chr17 16842991 . G A 586.91 PASS AF=0.588889;AO=53;DP=90;FAO=53;FDP=90;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=7;FSRR=30;FWDB=-0.00494551;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=230.69;QD=26.085;RBI=0.0192809;REFB=-0.0108025;REVB=-0.0186359;RO=37;SAF=20;SAR=33;SRF=7;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157945;STB=0.585744;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00475756;OID=.;OPOS=16842991;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:37:37:53:53:0.588889:33:20:7:30:33:20:7:30 chr17 16855878 . C T 448.57 PASS AF=0.871795;AO=33;DP=39;FAO=34;FDP=39;FR=.;FRO=5;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0591466;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=60.148;QD=46.007;RBI=0.0626047;REFB=-0.123215;REVB=0.0205188;RO=4;SAF=13;SAR=20;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736847;STB=0.524677;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.00701349;OID=.;OPOS=16855878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:39:39:4:5:33:34:0.871795:20:13:3:1:20:14:3:2 chr17 16892265 . G A 179.47 PASS AF=0.307692;AO=23;DP=77;FAO=24;FDP=78;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=-0.0335111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6976;QD=9.20364;RBI=0.0350123;REFB=-0.0117567;REVB=0.0101425;RO=54;SAF=13;SAR=10;SRF=30;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0115877;STB=0.519634;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0246803;OID=.;OPOS=16892265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:54:54:23:24:0.307692:10:13:30:24:10:14:30:24 chr17 16892273 . A G 163.46 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=70;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=22;FWDB=0.0251038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2643;QD=9.34072;RBI=0.0287298;REFB=-0.0065161;REVB=0.0139715;RO=48;SAF=11;SAR=11;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483994;STB=0.528546;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.0203979;OID=.;OPOS=16892273;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:48:48:22:22:0.314286:11:11:26:22:11:11:26:22 chr17 16893462 . T C 512.65 PASS AF=0.510417;AO=49;DP=97;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=0.0239423;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.27;QD=21.3605;RBI=0.0263454;REFB=-0.0221287;REVB=0.010993;RO=45;SAF=23;SAR=26;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607135;STB=0.532121;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0240769;OID=.;OPOS=16893462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:45:47:49:49:0.510417:26:23:18:27:26:23:19:28 chr17 16946210 . C T 671.87 PASS AF=0.609524;AO=61;DP=102;FAO=64;FDP=105;FR=.;FRO=41;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.00102271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.231;QD=25.5949;RBI=0.0286236;REFB=0.00216624;REVB=0.0286053;RO=41;SAF=34;SAR=27;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.076477;STB=0.550195;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=-0.00140883;OID=.;OPOS=16946210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:105:41:41:61:64:0.609524:27:34:27:14:30:34:27:14 chr17 16960978 . G A 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0830593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.885;QD=12.782;RBI=0.0838402;REFB=-0.00700509;REVB=0.0114167;RO=13;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443574;STB=0.512794;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00723415;OID=.;OPOS=16960978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:13:14:10:10:0.416667:8:2:3:10:8:2:3:11 chr17 17000077 . T C 802.22 PASS AF=0.61157;AO=65;DP=113;FAO=74;FDP=121;FR=.;FRO=47;FSAF=41;FSAR=33;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.0579301;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.851;QD=26.5195;RBI=0.0594661;REFB=-0.0217209;REVB=0.0134283;RO=48;SAF=35;SAR=30;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126712;STB=0.574363;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0157586;OID=.;OPOS=17000077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:121:48:47:65:74:0.61157:30:35:18:30:33:41:17:30 chr17 17080575 . C T 236.53 PASS AF=0.75;AO=21;DP=28;FAO=21;FDP=28;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0223959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.937;QD=33.7904;RBI=0.0233609;REFB=-0.0259258;REVB=0.00664494;RO=7;SAF=9;SAR=12;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.06572;STB=0.536048;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0106345;OID=.;OPOS=17080575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:28:28:7:7:21:21:0.75:12:9:4:3:12:9:4:3 chr17 17088887 . C CCT,CTCCT 67.76 PASS AF=0,0.5;AO=2,7;DP=18;FAO=0,9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=0,0;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,4;MLLD=53.081,317.615;QD=15.0587;RBI=0.0312981,0.00291534;REFB=-0.0205587,-0.0295162;REVB=0.0312981,-0.00291534;RO=9;SAF=0,0;SAR=2,7;SRF=0;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=0,0.0325617;OID=.,.;OPOS=17088888,17088888;OREF=-,-;OALT=CT,TCCT;OMAPALT=CCT,CTCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.5:2,7:18:0,9:18:9:0,0:0,9:0:9:65:9:0,0:2,7:0:9 chr17 17124815 . C T 227.06 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=11;FWDB=0.00657061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.585;QD=13.556;RBI=0.0307011;REFB=-0.0140068;REVB=0.0299897;RO=34;SAF=11;SAR=16;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260381;STB=0.682905;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0256438;OID=.;OPOS=17124815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:34:40:27:27:0.402985:16:11:23:11:16:11:29:11 chr17 17183974 . A C 56.04 PASS AF=0.16129;AO=10;DP=62;FAO=10;FDP=62;FR=.;FRO=52;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=-0.0293629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.789;QD=3.6153;RBI=0.0453345;REFB=-0.0114287;REVB=-0.0345404;RO=52;SAF=5;SAR=5;SRF=15;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269528;STB=0.677109;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0760379;OID=.;OPOS=17183974;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:62:62:52:52:10:10:0.16129:5:5:15:37:5:5:15:37 chr17 17250159 . C T 134.12 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0122349;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.703;QD=16.2566;RBI=0.0343652;REFB=-0.00594449;REVB=0.0321134;RO=18;SAF=5;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165557;STB=0.595613;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00616059;OID=.;OPOS=17250159;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:10:5:9:9:10:5:9:9 chr17 17250188 . AGC AG,GCC 34.24 PASS AF=0.457143,0;AO=14,2;DP=36;FAO=16,0;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7,0;FSAR=9,0;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0790945,-0.0152158;FXX=0.0277701;HRUN=7,1;LEN=1,2;MLLD=7.74403,105.812;QD=3.91356;RBI=0.116005,0.124363;REFB=-0.0946375,0.00392838;REVB=-0.0848593,-0.123428;RO=14;SAF=6,0;SAR=8,2;SRF=11;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.305188,-0.685297;STB=0.631421,0.5;STBP=0.185,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0846209,0;OID=.,.;OPOS=17250190,17250188;OREF=C,AG;OALT=-,GC;OMAPALT=AG,GCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:36:35:14:19:14,2:16,0:0.457143,0:8,2:6,0:11:3:9,0:7,0:13:6 chr17 17326363 . G A 180.73 PASS AF=0.542857;AO=6;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=14;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0122726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6165;QD=20.6547;RBI=0.0169204;REFB=-0.0216152;REVB=-0.0116484;RO=9;SAF=0;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.725466;STB=0.526998;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0191522;OID=.;OPOS=17326363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:9:14:6:19:0.542857:6:0:3:6:7:12:8:6 chr17 17326604 . CA TG 431.36 PASS AF=0.61194;AO=41;DP=67;FAO=41;FDP=67;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0102943;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=150.302;QD=25.7526;RBI=0.019801;REFB=-0.0215843;REVB=-0.0169147;RO=25;SAF=21;SAR=20;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223193;STB=0.504732;STBP=0.942;TYPE=mnp;VARB=0.0140047;OID=.;OPOS=17326604;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:25:26:41:41:0.61194:20:21:12:13:20:21:13:13 chr17 17363784 . A C 152.36 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=0.00703607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.268;QD=21.0156;RBI=0.0136943;REFB=-0.0290054;REVB=0.0117485;RO=12;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179039;STB=0.611525;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0203951;OID=.;OPOS=17363784;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:12:13:16:16:0.551724:6:10:10:2:6:10:11:2 chr17 17397982 . T C 1802.11 PASS AF=0.899281;AO=124;DP=140;FAO=125;FDP=139;FR=.;FRO=14;FSAF=79;FSAR=46;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0390063;FXX=0.0141834;HRUN=4;LEN=1;MLLD=83.2528;QD=51.8591;RBI=0.0393992;REFB=-0.0129885;REVB=-0.00555001;RO=12;SAF=79;SAR=45;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11125;STB=0.551508;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00262618;OID=.;OPOS=17397982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:140:139:12:14:124:125:0.899281:45:79:0:12:46:79:2:12 chr17 17425684 . C T 69.39 PASS AF=0.227273;AO=10;DP=44;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0190212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.142;QD=6.30781;RBI=0.0261898;REFB=0.0018347;REVB=-0.0180027;RO=31;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572573;STB=0.514257;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=-0.00489065;OID=.;OPOS=17425684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:44:44:31:34:10:10:0.227273:6:4:11:20:6:4:13:21 chr17 17682484 . G A 400.21 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00934644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.982;QD=53.3612;RBI=0.018481;REFB=0.0178744;REVB=0.0159434;RO=1;SAF=14;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.03211;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=-0.006907;OID=.;OPOS=17682484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:15:14:1:0:15:14:1:0 chr17 17696531 . G C 130.01 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00613295;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1497;QD=13.3342;RBI=0.0368723;REFB=0.0265011;REVB=0.0363586;RO=24;SAF=6;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106613;STB=0.562416;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.0391255;OID=.;OPOS=17696531;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:9:6:12:12:9:6:12:12 chr17 17696755 . C A 127.04 PASS AF=0.295082;AO=18;DP=61;FAO=18;FDP=61;FR=.;FRO=43;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=34;FWDB=-0.0303166;FXX=0.031741;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.3322;QD=8.3306;RBI=0.0323706;REFB=-0.0221749;REVB=-0.011347;RO=43;SAF=10;SAR=8;SRF=9;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.402679;STB=0.734051;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0328674;OID=.;OPOS=17696755;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:43:43:18:18:0.295082:8:10:9:34:8:10:9:34 chr17 17698254 . G A 314.94 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=6;FWDB=0.00487678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.955;QD=19.9961;RBI=0.0229996;REFB=-0.0199718;REVB=0.0224766;RO=30;SAF=16;SAR=17;SRF=24;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270107;STB=0.648772;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0176018;OID=.;OPOS=17698254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:17:16:24:6:17:16:24:6 chr17 17707105 . T C 457.94 PASS AF=0.65625;AO=42;DP=65;FAO=42;FDP=64;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0109404;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0839;QD=28.6213;RBI=0.0339906;REFB=-0.029122;REVB=-0.0321819;RO=22;SAF=19;SAR=23;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0589569;STB=0.532074;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.015871;OID=.;OPOS=17707105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:22:22:42:42:0.65625:23:19:12:10:23:19:12:10 chr17 17715101 . G A 118.64 PASS AF=0.278689;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=61;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=0.00250475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.441;QD=7.77968;RBI=0.00252772;REFB=-0.00216298;REVB=0.00034002;RO=44;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334335;STB=0.697342;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00461069;OID=.;OPOS=17715101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:44:44:17:17:0.278689:8:9:11:33:8:9:11:33 chr17 17715317 . C G 278.86 PASS AF=0.657895;AO=24;DP=35;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.00815879;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.756;QD=29.3538;RBI=0.0148159;REFB=-0.0147084;REVB=-0.0123671;RO=11;SAF=11;SAR=13;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108185;STB=0.573856;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.00501005;OID=.;OPOS=17715317;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:38:11:13:24:25:0.657895:13:11:3:8:14:11:3:10 chr17 17719608 . G A 310.52 PASS AF=0.29927;AO=41;DP=137;FAO=41;FDP=137;FR=.;FRO=96;FSAF=26;FSAR=15;FSRF=57;FSRR=39;FWDB=-0.0159631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5894;QD=9.06614;RBI=0.0166102;REFB=0.00705353;REVB=0.00459115;RO=96;SAF=26;SAR=15;SRF=57;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511284;STB=0.529997;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=-0.0167085;OID=.;OPOS=17719608;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:96:96:41:41:0.29927:15:26:57:39:15:26:57:39 chr17 17896090 . C T 157.35 PASS AF=0.258621;AO=11;DP=57;FAO=15;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=34;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=3;FWDB=0.0912706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.2906;QD=10.8517;RBI=0.103205;REFB=0.00235424;REVB=0.0481769;RO=31;SAF=0;SAR=11;SRF=29;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.86804;STB=0.900294;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0194684;OID=.;OPOS=17896090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:57:58:31:34:11:15:0.258621:11:0:29:2:12:3:31:3 chr17 17896205 . C T 165.22 PASS AF=0.27381;AO=23;DP=84;FAO=23;FDP=84;FR=.;FRO=61;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=37;FWDB=0.0395926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.627;QD=7.86738;RBI=0.0398059;REFB=-0.00959139;REVB=0.00411501;RO=61;SAF=7;SAR=16;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119274;STB=0.572023;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0266005;OID=.;OPOS=17896205;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:61:61:23:23:0.27381:16:7:24:37:16:7:24:37 chr17 17948475 . G A 635.51 PASS AF=0.636364;AO=56;DP=88;FAO=56;FDP=88;FR=.;FRO=32;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0564489;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.5045;QD=28.8869;RBI=0.0636276;REFB=-0.0356221;REVB=0.0293597;RO=32;SAF=25;SAR=31;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015095;STB=0.508194;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0191819;OID=.;OPOS=17948475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:32:32:56:56:0.636364:31:25:15:17:31:25:15:17 chr17 17997209 . G A 886.77 PASS AF=0.632;AO=79;DP=125;FAO=79;FDP=125;FR=.;FRO=46;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.000957748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.919;QD=28.3768;RBI=0.0249141;REFB=0.00851943;REVB=0.0248957;RO=46;SAF=35;SAR=44;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390498;STB=0.52113;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=-0.00485642;OID=.;OPOS=17997209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:46:46:79:79:0.632:44:35:23:23:44:35:23:23 chr17 18003671 . T G 508.39 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0204743;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.195;QD=56.4877;RBI=0.0301514;REFB=0.0699881;REVB=0.0221339;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51612;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.000280352;OID=.;OPOS=18003671;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:0:1:35:35:0.972222:15:20:0:0:15:20:0:1 chr17 18022990 . C T 226.58 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00580929;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.582;QD=21.0775;RBI=0.00586379;REFB=-0.00674213;REVB=0.000797619;RO=21;SAF=15;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610948;STB=0.53441;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00960903;OID=.;OPOS=18022990;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:7:15:13:8:7:15:13:8 chr17 18041507 . C T 1453.1 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00192351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7826;QD=63.1781;RBI=0.00269286;REFB=0;REVB=0.00188457;RO=0;SAF=62;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.61567e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.06835e-08;OID=.;OPOS=18041507;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:30:62:0:0:30:62:0:0 chr17 18046898 . T C 239.42 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0777242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.4959;QD=50.4042;RBI=0.091249;REFB=0;REVB=0.0478053;RO=0;SAF=17;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.41729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00394554;OID=.;OPOS=18046898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:2:17:0:0:2:17:0:0 chr17 18047189 . G A 789.6 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159926;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=207.104;QD=64.4572;RBI=0.0701261;REFB=0;REVB=0.0682782;RO=0;SAF=33;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167646;OID=.;OPOS=18047189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:16:33:0:0:16:33:0:0 chr17 18052867 . T C 713.93 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.116889;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.672;QD=60.7598;RBI=0.117521;REFB=0.117001;REVB=0.012168;RO=1;SAF=40;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116123;STB=0.50617;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.0137584;OID=.;OPOS=18052867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:6:40:1:0:6:40:1:0 chr17 18077175 . T C 1194.56 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00345744;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.726;QD=61.2594;RBI=0.0164665;REFB=0;REVB=-0.0160995;RO=0;SAF=41;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4281e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.47745e-05;OID=.;OPOS=18077175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:78:0:0:78:78:1:37:41:0:0:37:41:0:0 chr17 18087299 . C T 198.57 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0156628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.02;QD=44.1269;RBI=0.0502057;REFB=-0.0582449;REVB=0.0477;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.529377;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.000966268;OID=.;OPOS=18087299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:18:18:0:1:17:17:0.944444:9:8:0:0:9:8:1:0 chr17 18148485 . G A 109.07 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0489308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.882;QD=36.357;RBI=0.0508355;REFB=-0.156429;REVB=-0.013785;RO=1;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177567;STB=0.599799;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00914778;OID=.;OPOS=18148485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:2:9:0:1:2:9:0:1 chr17 18161744 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.1837;QD=43.4862;RBI=0.0390817;REFB=0;REVB=-0.0207352;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000619134;OID=.;OPOS=18161744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr17 18167505 . T C 765.27 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226852;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6921;QD=63.7727;RBI=0.0333181;REFB=0;REVB=0.0244024;RO=0;SAF=30;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.41739e-05;OID=.;OPOS=18167505;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:17:30:0:0:17:31:0:0 chr17 18219835 . T C 375.47 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.539;QD=55.6248;RBI=0.0357502;REFB=0;REVB=0.00902983;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000237759;OID=.;OPOS=18219835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr17 18220770 . G A 375.14 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.961;QD=55.576;RBI=0.0282022;REFB=0;REVB=0.0064976;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000232428;OID=.;OPOS=18220770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr17 18221010 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.8301;QD=42.1824;RBI=0.0342473;REFB=0;REVB=-0.0229086;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00123246;OID=.;OPOS=18221010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr17 18230380 . T G 1121.25 PASS AF=0.975;AO=70;DP=72;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0519182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.532;QD=56.0625;RBI=0.0607075;REFB=-0.0913847;REVB=0.0314628;RO=1;SAF=28;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111254;STB=0.511625;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.00433975;OID=.;OPOS=18230380;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:72:80:1:2:70:78:0.975:42:28:0:1:42:36:0:2 chr17 18236339 . G A 465.5 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00112763;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.39;QD=58.1875;RBI=0.00875711;REFB=0;REVB=-0.0086842;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.72661e-05;OID=.;OPOS=18236339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:15:16:0:0:16:16:0:0 chr17 18528623 . A G 1124.68 PASS AF=0.928571;AO=78;DP=83;FAO=78;FDP=84;FR=.;FRO=6;FSAF=40;FSAR=38;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0207645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7616;QD=53.5563;RBI=0.0703371;REFB=-0.0462254;REVB=-0.0672022;RO=4;SAF=40;SAR=38;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0450108;STB=0.52293;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0177541;OID=.;OPOS=18528623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:83:84:4:6:78:78:0.928571:38:40:4:0:38:40:5:1 chr17 18542519 . T G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=9.64351e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.853;QD=49.599;RBI=0.0222908;REFB=0;REVB=-0.0222906;RO=0;SAF=15;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.32e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000347457;OID=.;OPOS=18542519;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:3:15:0:0:3:15:0:0 chr17 18566129 . G GT 42.1 PASS AF=0.363636;AO=10;DP=35;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0784577;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.4574;QD=5.10242;RBI=0.0893266;REFB=-0.0614533;REVB=0.0427039;RO=24;SAF=8;SAR=2;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.452148;STB=0.82419;STBP=0.009;TYPE=ins;VARB=0.13335;OID=.;OPOS=18566130;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.363636:10:35:12:33:21:10:2:7:14:42:24:8:2:10:14 chr17 18694277 . G A 33.69 PASS AF=0.0873786;AO=9;DP=103;FAO=9;FDP=103;FR=.;FRO=94;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=50;FSRR=44;FWDB=-0.0158155;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.444;QD=1.30837;RBI=0.016;REFB=-0.00384623;REVB=-0.00242295;RO=94;SAF=6;SAR=3;SRF=50;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155998;STB=0.626379;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0387983;OID=.;OPOS=18694277;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:103:103:94:94:9:9:0.0873786:3:6:50:44:3:6:50:44 chr17 18702220 . T C 384.73 PASS AF=0.266667;AO=56;DP=207;FAO=56;FDP=210;FR=.;FRO=154;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=63;FSRR=91;FWDB=0.00373978;FXX=0.0140838;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.3243;QD=7.32823;RBI=0.00947894;REFB=-0.0010394;REVB=0.00871001;RO=151;SAF=22;SAR=34;SRF=62;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0227857;STB=0.512407;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00365756;OID=.;OPOS=18702220;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:207:210:151:154:56:56:0.266667:34:22:62:89:34:22:63:91 chr17 18775900 . A G 269.3 PASS AF=0.390244;AO=31;DP=82;FAO=32;FDP=82;FR=.;FRO=50;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.00775295;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7839;QD=13.1368;RBI=0.0270179;REFB=-0.00964107;REVB=-0.0258817;RO=50;SAF=20;SAR=11;SRF=28;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968015;STB=0.56246;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0510219;OID=.;OPOS=18775900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:50:50:31:32:0.390244:11:20:28:22:11:21:28:22 chr17 18855611 . T C 92.84 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=22;FAO=11;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0341834;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.193;QD=17.6831;RBI=0.0455933;REFB=-0.031718;REVB=-0.0301702;RO=5;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230959;STB=0.660746;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0308694;OID=.;OPOS=18855611;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:22:21:5:10:10:11:0.52381:4:6:1:4:5:6:2:8 chr17 18880268 . C A 415.34 PASS AF=0.5;AO=39;DP=80;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=0.000570341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.506;QD=19.778;RBI=0.0313403;REFB=-0.0368615;REVB=0.0313351;RO=40;SAF=13;SAR=26;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247463;STB=0.634081;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0299562;OID=.;OPOS=18880268;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:84:40:42:39:42:0.5:26:13:24:16:28:14:25:17 chr17 18880986 . C T 170.33 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0125585;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.631;QD=17.0334;RBI=0.0203294;REFB=-0.0373216;REVB=0.0159864;RO=20;SAF=14;SAR=4;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339387;STB=0.72095;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0169836;OID=.;OPOS=18880986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:22:18:18:0.45:4:14:9:11:4:14:9:13 chr17 18907029 . A C,G 740.19 PASS AF=0.0363636,0.945455;AO=2,52;DP=55;FAO=2,52;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=2,23;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0150179,0.000379049;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=33.2957,96.9394;QD=53.8321;RBI=0.0508396,0.0202438;REFB=0.00167941,-0.0907937;REVB=-0.0485708,-0.0202402;RO=1;SAF=2,23;SAR=0,29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.697199,0.0159663;STB=0.993266,0.508471;STBP=0.227,0.504;TYPE=snp,snp;VARB=0.107231,0.000730126;OID=.,.;OPOS=18907029,18907029;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:55:55:1:1:2,52:2,52:0.0363636,0.945455:0,29:2,23:0:1:0,29:2,23:0:1 chr17 18918396 . G C 160.49 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0166525;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9499;QD=45.8536;RBI=0.135382;REFB=0;REVB=0.134354;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00607281;OID=.;OPOS=18918396;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:8:5:0:0:9:5:0:0 chr17 18923124 . G A 286.65 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=23;FWDB=0.00176776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.356;QD=13.3327;RBI=0.044499;REFB=-0.0122753;REVB=0.0444639;RO=53;SAF=17;SAR=16;SRF=30;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0550696;STB=0.53143;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0161182;OID=.;OPOS=18923124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:53:33:33:0.383721:16:17:30:23:16:17:30:23 chr17 18923180 . C T 793.73 PASS AF=0.663551;AO=71;DP=107;FAO=71;FDP=107;FR=.;FRO=36;FSAF=42;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=0.0384545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.119;QD=29.6722;RBI=0.0412229;REFB=-0.0320855;REVB=-0.0148519;RO=36;SAF=42;SAR=29;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.093034;STB=0.550253;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0196683;OID=.;OPOS=18923180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:36:36:71:71:0.663551:29:42:16:20:29:42:16:20 chr17 19232078 . T C 365.53 PASS AF=0.376068;AO=45;DP=117;FAO=44;FDP=117;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=46;FSRR=27;FWDB=-0.0264178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5649;QD=12.4967;RBI=0.0669917;REFB=0.000916695;REVB=-0.0615629;RO=72;SAF=27;SAR=18;SRF=46;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0443868;STB=0.510905;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.00368212;OID=.;OPOS=19232078;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:72:73:45:44:0.376068:18:27:46:26:17:27:46:27 chr17 19238623 . C A 90.11 PASS AF=0.255319;AO=12;DP=47;FAO=12;FDP=47;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.025415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.377;QD=7.66896;RBI=0.0267501;REFB=-0.0041532;REVB=0.00834557;RO=35;SAF=6;SAR=6;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513372;STB=0.531862;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.00932762;OID=.;OPOS=19238623;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:47:47:35:35:12:12:0.255319:6:6:19:16:6:6:19:16 chr17 19355571 . G A 161.99 PASS AF=0.642857;AO=15;DP=25;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0149852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.85;QD=23.1411;RBI=0.0174286;REFB=-0.00726994;REVB=0.00889927;RO=9;SAF=6;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105445;STB=0.576527;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00843983;OID=.;OPOS=19355571;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:25:28:9:10:15:18:0.642857:9:6:5:4:11:7:6:4 chr17 19411482 . C T 62.09 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0044002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=269.224;QD=7.52625;RBI=0.00459862;REFB=0.00232039;REVB=-0.00133623;RO=24;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134173;STB=0.583157;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.00536047;OID=.;OPOS=19411482;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:24:24:9:9:0.272727:5:4:8:16:5:4:8:16 chr17 19578873 . A T 1209.56 PASS AF=0.987654;AO=78;DP=80;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00315888;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.659;QD=59.7316;RBI=0.0199052;REFB=-0.129614;REVB=0.019653;RO=0;SAF=32;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5329e-08;STB=0.50769;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.000693272;OID=.;OPOS=19578873;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:81:0:1:78:80:0.987654:46:32:0:0:48:32:1:0 chr17 19608773 . G A 1214.6 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0493454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.99;QD=59.9802;RBI=0.0778285;REFB=-0.0624145;REVB=0.0601856;RO=1;SAF=40;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116896;STB=0.506171;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.000489465;OID=.;OPOS=19608773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:81:81:1:1:80:80:0.987654:40:40:1:0:40:40:1:0 chr17 19617236 . G T 593.35 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415613;FXX=0.0952154;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.896;QD=62.4575;RBI=0.0544661;REFB=0;REVB=0.0352024;RO=0;SAF=7;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000671029;OID=.;OPOS=19617236;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:38:38:1:31:7:0:0:31:7:0:0 chr17 19642952 . G C 356.12 PASS AF=0.603448;AO=35;DP=58;FAO=35;FDP=58;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00884165;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=290.774;QD=24.5599;RBI=0.00919081;REFB=-0.00828444;REVB=-0.00250925;RO=23;SAF=19;SAR=16;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0780483;STB=0.542833;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00450927;OID=.;OPOS=19642952;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:23:35:35:0.603448:16:19:10:13:16:19:10:13 chr17 19644472 . A T 299.42 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0159888;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.32;QD=13.61;RBI=0.0342318;REFB=-0.000200765;REVB=-0.0302684;RO=50;SAF=19;SAR=15;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410104;STB=0.536269;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=5.9678e-05;OID=.;OPOS=19644472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:50:54:34:34:0.386364:15:19:26:24:15:19:27:27 chr17 19645938 . A C 1008.09 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.827;QD=59.2992;RBI=0.0436585;REFB=0;REVB=-0.0424845;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.39874e-05;OID=.;OPOS=19645938;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:43:25:0:0:43:25:0:0 chr17 19678475 . G A 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0211995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.961;QD=11.1975;RBI=0.0285301;REFB=0.00313066;REVB=-0.0190931;RO=22;SAF=3;SAR=9;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24837;STB=0.649732;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=-0.0106164;OID=.;OPOS=19678475;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:9:3:10:12:9:3:10:12 chr17 19713740 . C T 364.7 PASS AF=0.309091;AO=48;DP=163;FAO=51;FDP=165;FR=.;FRO=114;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=63;FSRR=51;FWDB=0.0361414;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2227;QD=8.84131;RBI=0.036244;REFB=-0.00331631;REVB=-0.00272589;RO=114;SAF=23;SAR=25;SRF=63;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881941;STB=0.556481;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.00965636;OID=.;OPOS=19713740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:165:114:114:48:51:0.309091:25:23:63:51:27:24:63:51 chr17 19729495 . T C 180.88 PASS AF=0.260417;AO=25;DP=96;FAO=25;FDP=96;FR=.;FRO=71;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=35;FWDB=-0.0114224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.852;QD=7.53645;RBI=0.0126431;REFB=-0.00859698;REVB=0.00542017;RO=71;SAF=17;SAR=8;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219177;STB=0.632791;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0208241;OID=.;OPOS=19729495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:71:71:25:25:0.260417:8:17:36:35:8:17:36:35 chr17 19812541 . T C 193.2 PASS AF=0.285714;AO=25;DP=91;FAO=26;FDP=91;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=38;FSRR=27;FWDB=-0.0139796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.407;QD=8.49222;RBI=0.0183678;REFB=-0.00550157;REVB=0.0119141;RO=64;SAF=18;SAR=7;SRF=37;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189004;STB=0.618086;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0148553;OID=.;OPOS=19812541;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:64:65:25:26:0.285714:7:18:37:27:7:19:38:27 chr17 19861458 . C T 384.62 PASS AF=0.431373;AO=43;DP=102;FAO=44;FDP=102;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=31;FWDB=0.00773379;FXX=0.0097078;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.546;QD=15.0831;RBI=0.0111261;REFB=-0.0131607;REVB=0.00799861;RO=58;SAF=22;SAR=21;SRF=27;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470232;STB=0.519599;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0135201;OID=.;OPOS=19861458;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:102:58:58:43:44:0.431373:21:22:27:31:22:22:27:31 chr17 20013802 . G A 154.35 PASS AF=0.308824;AO=20;DP=67;FAO=21;FDP=68;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0101498;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.272;QD=9.07917;RBI=0.0102899;REFB=-0.00928506;REVB=0.00169188;RO=46;SAF=10;SAR=10;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0254639;STB=0.538425;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0172788;OID=.;OPOS=20013802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:46:47:20:21:0.308824:10:10:22:24:10:11:22:25 chr17 20107773 . T C 770.82 PASS AF=0.666667;AO=64;DP=93;FAO=64;FDP=96;FR=.;FRO=32;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0600777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9028;QD=32.1173;RBI=0.103808;REFB=-0.0499615;REVB=-0.0846568;RO=29;SAF=42;SAR=22;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441676;STB=0.522752;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0224933;OID=.;OPOS=20107773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:29:32:64:64:0.666667:22:42:17:12:22:42:19:13 chr17 20108184 . C G 243.29 PASS AF=0.459016;AO=27;DP=60;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0056023;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.928;QD=15.9535;RBI=0.0209778;REFB=-0.0141276;REVB=-0.0202159;RO=33;SAF=8;SAR=19;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169244;STB=0.602018;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0206607;OID=.;OPOS=20108184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:33:33:27:28:0.459016:19:8:15:18:20:8:15:18 chr17 20108239 . A T 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.012;QD=61.3362;RBI=0.026823;REFB=0;REVB=0.0220076;RO=0;SAF=13;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.49287e-05;OID=.;OPOS=20108239;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:27:13:0:0:27:13:0:0 chr17 20109189 . C T 381.49 PASS AF=0.558824;AO=38;DP=68;FAO=38;FDP=68;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0218738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3512;QD=22.4405;RBI=0.0289738;REFB=0.0070716;REVB=0.0190004;RO=30;SAF=20;SAR=18;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477374;STB=0.526302;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=-0.00505819;OID=.;OPOS=20109189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:30:30:38:38:0.558824:18:20:14:16:18:20:14:16 chr17 20163528 . CA C,CG 587.37 PASS AF=0.0666667,0.933333;AO=10,33;DP=45;FAO=3,42;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=3,17;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606594,0.118133;FXX=0.0217344;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=137.42,151.51;QD=52.211;RBI=0.0626374,0.118416;REFB=0,0;REVB=0.0156167,0.0081791;RO=0;SAF=10,9;SAR=0,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.114609,0.00289885;OID=.,.;OPOS=20163529,20163529;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0666667,0.933333:10,33:45:3,42:45:0:3,17:0,25:0:0:12:0:10,9:0,24:0:0 chr17 20244264 . G C 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.966;QD=44.6872;RBI=0.0498699;REFB=0;REVB=0.0474215;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000630894;OID=.;OPOS=20244264;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr17 20370735 . T C,G 285.41 PASS AF=0.954545,0.0454545;AO=20,2;DP=22;FAO=21,1;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7,1;FSAR=14,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152942,0.00371927;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=96.2228,50.2502;QD=51.8932;RBI=0.0153444,0.00772398;REFB=0,0;REVB=-0.00124112,0.00676956;RO=0;SAF=6,2;SAR=14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.5931e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00987491,-0.0905526;OID=.,.;OPOS=20370735,20370735;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:22:22:0:0:20,2:21,1:0.954545,0.0454545:14,0:6,2:0:0:14,0:7,1:0:0 chr17 20370767 . G C 362.3 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00716475;FXX=0.0370233;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.651;QD=55.7383;RBI=0.00718974;REFB=0;REVB=-0.00059903;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254812;OID=.;OPOS=20370767;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr17 20370796 . T C 402.81 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00540803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.946;QD=55.5603;RBI=0.0112639;REFB=0;REVB=0.00988076;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000820403;OID=.;OPOS=20370796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:16:12:0:0:17:12:0:0 chr17 20370806 . G A 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.595;QD=55.655;RBI=0.0846355;REFB=0;REVB=0.0589525;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118426;OID=.;OPOS=20370806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr17 20769862 . T A 87.15 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=56;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00977373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.218;QD=6.22489;RBI=0.046223;REFB=-0.00356475;REVB=-0.0451779;RO=42;SAF=11;SAR=2;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.543134;STB=0.83609;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0249452;OID=.;OPOS=20769862;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:56:56:42:43:13:13:0.232143:2:11:17:25:2:11:18:25 chr17 20769866 . G A 87.27 PASS AF=0.232143;AO=13;DP=55;FAO=13;FDP=56;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0205864;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3143;QD=6.23322;RBI=0.0488363;REFB=0.0116165;REVB=0.0442852;RO=42;SAF=11;SAR=2;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.524764;STB=0.83609;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0362144;OID=.;OPOS=20769866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:55:56:42:43:13:13:0.232143:2:11:18:24:2:11:18:25 chr17 20769896 . G T 114.0 PASS AF=0.257576;AO=17;DP=66;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00857079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.551;QD=6.90928;RBI=0.0160176;REFB=-0.00423386;REVB=0.0135316;RO=47;SAF=14;SAR=3;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.514047;STB=0.814168;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00684357;OID=.;OPOS=20769896;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:47:49:17:17:0.257576:3:14:19:28:3:14:20:29 chr17 20769899 . G T 114.08 PASS AF=0.257576;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=66;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0137797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.971;QD=6.91411;RBI=0.022935;REFB=0.000577668;REVB=-0.018334;RO=48;SAF=14;SAR=3;SRF=19;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.521578;STB=0.814168;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00180972;OID=.;OPOS=20769899;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:48:49:17:17:0.257576:3:14:19:29:3:14:20:29 chr17 20769904 . G A 130.99 PASS AF=0.275362;AO=19;DP=69;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.00840661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2309;QD=7.59374;RBI=0.00997926;REFB=-0.0106742;REVB=-0.00537722;RO=50;SAF=15;SAR=4;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.453062;STB=0.774352;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0280088;OID=.;OPOS=20769904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:50:50:19:19:0.275362:4:15:21:29:4:15:21:29 chr17 20769954 . T G 149.12 PASS AF=0.322581;AO=20;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.037453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.609;QD=9.62059;RBI=0.0400704;REFB=-0.0114298;REVB=-0.0142446;RO=41;SAF=14;SAR=6;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351306;STB=0.713165;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0202207;OID=.;OPOS=20769954;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:41:42:20:20:0.322581:6:14:16:25:6:14:16:26 chr17 20769964 . C A 165.17 PASS AF=0.377358;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0941633;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3282;QD=12.4653;RBI=0.0958242;REFB=0.000164246;REVB=-0.0177638;RO=32;SAF=14;SAR=6;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286821;STB=0.675496;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0023206;OID=.;OPOS=20769964;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:32:33:20:20:0.377358:6:14:14:18:6:14:14:19 chr17 20769968 . G A 156.26 PASS AF=0.382979;AO=16;DP=45;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0120197;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.483;QD=13.2989;RBI=0.0128547;REFB=-0.0106497;REVB=-0.00455744;RO=29;SAF=10;SAR=6;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194375;STB=0.637525;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0243108;OID=.;OPOS=20769968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:29:29:16:18:0.382979:6:10:13:16:6:12:13:16 chr17 20769995 . C T 51.93 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=33;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0734614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.035;QD=6.10888;RBI=0.0841451;REFB=0.0057279;REVB=0.0410344;RO=25;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126229;STB=0.568009;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=-0.0099932;OID=.;OPOS=20769995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:33:34:25:26:8:8:0.235294:5:3:12:13:5:3:12:14 chr17 20770002 . CC AG 45.01 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0151713;FXX=0.0357015;HRUN=2;LEN=2;MLLD=215.784;QD=6.6677;RBI=0.0209068;REFB=-0.0115158;REVB=0.0143849;RO=20;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198932;STB=0.512783;STBP=0.977;TYPE=mnp;VARB=0.0366254;OID=.;OPOS=20770002;OREF=CC;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:28:27:20:20:7:7:0.259259:5:2:6:14:5:2:6:14 chr17 20799119 . A G 180.26 PASS AF=0.257143;AO=23;DP=101;FAO=27;FDP=105;FR=.;FRO=78;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=-0.0145727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.022;QD=6.86703;RBI=0.0165713;REFB=-0.0239301;REVB=-0.00788953;RO=78;SAF=12;SAR=11;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533108;STB=0.521723;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0694271;OID=.;OPOS=20799119;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:105:78:78:23:27:0.257143:11:12:44:34:11:16:44:34 chr17 20903068 . C A 89.16 PASS AF=0.236364;AO=13;DP=55;FAO=13;FDP=55;FR=.;FRO=42;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.000941656;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.0872;QD=6.48436;RBI=0.0399786;REFB=-0.0186979;REVB=-0.0399676;RO=42;SAF=5;SAR=8;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0357994;STB=0.522354;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0223222;OID=.;OPOS=20903068;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:55:55:42:42:13:13:0.236364:8:5:15:27:8:5:15:27 chr17 20903080 . C A 90.79 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=27;FWDB=0.00154425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.916;QD=6.72555;RBI=0.0323125;REFB=-0.000139576;REVB=-0.0322755;RO=39;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669355;STB=0.535115;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=-1.3204e-06;OID=.;OPOS=20903080;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:39:41:13:13:0.240741:8:5:13:26:8:5:14:27 chr17 20924523 . G A 95.54 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0217022;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.16;QD=7.34926;RBI=0.0235632;REFB=-0.00379025;REVB=-0.0091781;RO=39;SAF=10;SAR=3;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.456572;STB=0.782184;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0119638;OID=.;OPOS=20924523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:39:39:13:13:0.25:3:10:15:24:3:10:15:24 chr17 21132915 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.3737;QD=40.7628;RBI=0.0386004;REFB=0;REVB=-0.0245204;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166967;OID=.;OPOS=21132915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr17 21144074 . G A 1062.48 PASS AF=0.948718;AO=73;DP=77;FAO=74;FDP=78;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0329677;FXX=0.0126566;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.46;QD=54.4862;RBI=0.0330354;REFB=-0.0904222;REVB=-0.00211433;RO=3;SAF=28;SAR=45;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.030493;STB=0.507657;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.0024701;OID=.;OPOS=21144074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:77:78:3:4:73:74:0.948718:45:28:0:3:45:29:1:3 chr17 21144155 . C G 322.38 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2502;QD=53.7301;RBI=0.024219;REFB=0;REVB=-0.00161257;RO=0;SAF=4;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83186e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183537;OID=.;OPOS=21144155;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:20:4:0:0:20:4:0:0 chr17 21144352 . G A 543.29 PASS AF=1;AO=32;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028519;FXX=0.0499875;HRUN=4;LEN=1;MLLD=114.271;QD=57.1887;RBI=0.0457541;REFB=0;REVB=0.0357786;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00282229;OID=.;OPOS=21144352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:32:38:1:22:10:0:0:28:10:0:0 chr17 21194769 . C T 146.64 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=3.9332e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9889;QD=10.4742;RBI=0.0194332;REFB=0.000215668;REVB=-0.0194332;RO=37;SAF=15;SAR=4;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.322384;STB=0.692086;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.00120318;OID=.;OPOS=21194769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:37:37:19:19:0.339286:4:15:20:17:4:15:20:17 chr17 21194785 . T C 157.6 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00523362;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.839;QD=11.2572;RBI=0.00523551;REFB=-0.00251026;REVB=-0.00014065;RO=34;SAF=15;SAR=5;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.235526;STB=0.624866;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00957429;OID=.;OPOS=21194785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:36:20:20:0.357143:5:15:19:15:5:15:21:15 chr17 21194820 . G A 209.35 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=20;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.0119809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.356;QD=13.7278;RBI=0.0122263;REFB=-0.0136032;REVB=0.00243752;RO=36;SAF=20;SAR=5;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358827;STB=0.707509;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0249909;OID=.;OPOS=21194820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:5:20:18:18:5:20:18:18 chr17 21194843 . T C 264.16 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0365365;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.245;QD=19.5672;RBI=0.0461027;REFB=-0.00792342;REVB=-0.0281166;RO=26;SAF=19;SAR=9;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228845;STB=0.628005;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0169545;OID=.;OPOS=21194843;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:9:19:11:15:9:19:11:15 chr17 21194852 . G A 295.76 PASS AF=0.534483;AO=30;DP=57;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.000298038;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.985;QD=20.3972;RBI=0.00280495;REFB=-0.0297067;REVB=0.00278907;RO=27;SAF=20;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196676;STB=0.613959;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0182925;OID=.;OPOS=21194852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:27:27:30:31:0.534483:10:20:12:15:10:21:12:15 chr17 21194859 . G A 327.74 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0563057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9588;QD=22.9994;RBI=0.0613784;REFB=-0.0128713;REVB=-0.0244332;RO=24;SAF=21;SAR=12;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140409;STB=0.57751;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.0170228;OID=.;OPOS=21194859;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:12:21:11:13:12:21:11:13 chr17 21199022 . A T 135.06 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0381368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.469;QD=16.8822;RBI=0.0396214;REFB=-0.00121637;REVB=-0.0107444;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273825;STB=0.655546;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00211646;OID=.;OPOS=21199022;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:7:8:4:13:7:8:4:13 chr17 21199037 . G A 160.89 PASS AF=0.566667;AO=16;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.00271147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3099;QD=21.4526;RBI=0.00633304;REFB=-0.015171;REVB=0.00572323;RO=13;SAF=7;SAR=9;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171681;STB=0.60546;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0175595;OID=.;OPOS=21199037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:16:17:0.566667:9:7:3:10:9:8:3:10 chr17 21199083 . T A 64.23 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0629085;FXX=0.117578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.316;QD=17.1273;RBI=0.0629742;REFB=-0.0243891;REVB=-0.00287624;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211985;STB=0.622369;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0257761;OID=.;OPOS=21199083;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:16:15:7:7:8:8:0.533333:5:3:1:6:5:3:1:6 chr17 21199390 . C T 124.0 PASS AF=0.272727;AO=18;DP=66;FAO=18;FDP=66;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=21;FWDB=0.0104774;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8539;QD=7.51542;RBI=0.0115084;REFB=-0.00118323;REVB=0.0047611;RO=48;SAF=9;SAR=9;SRF=27;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751561;STB=0.545404;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.00456802;OID=.;OPOS=21199390;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:48:48:18:18:0.272727:9:9:27:21:9:9:27:21 chr17 21199403 . C T 137.92 PASS AF=0.294118;AO=19;DP=68;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.00423788;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.082;QD=8.11289;RBI=0.0384947;REFB=-0.00783435;REVB=-0.0382608;RO=49;SAF=9;SAR=10;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00515461;STB=0.520689;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0201465;OID=.;OPOS=21199403;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:49:48:19:20:0.294118:10:9:23:26:11:9:23:25 chr17 21201719 . T C 455.05 PASS AF=0.454545;AO=50;DP=109;FAO=50;FDP=110;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=30;FWDB=-0.0417278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.867;QD=16.5473;RBI=0.0464458;REFB=-0.0249485;REVB=-0.020396;RO=58;SAF=20;SAR=30;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0814894;STB=0.555533;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0175697;OID=.;OPOS=21201719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:110:58:60:50:50:0.454545:30:20:28:30:30:20:30:30 chr17 21202191 . C A 256.43 PASS AF=0.371429;AO=24;DP=72;FAO=26;FDP=70;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=37;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=29;FWDB=-0.0234479;FXX=0.0666578;HRUN=7;LEN=1;MLLD=30.4045;QD=14.6532;RBI=0.111259;REFB=-0.0578464;REVB=0.10876;RO=28;SAF=6;SAR=18;SRF=6;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466582;STB=0.512186;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.00948593;OID=.;OPOS=21202191;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:28:37:24:26:0.371429:18:6:6:22:20:6:8:29 chr17 21202237 . G C 316.83 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0303029;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.242;QD=20.4409;RBI=0.0308249;REFB=-0.0132955;REVB=0.00564836;RO=29;SAF=7;SAR=26;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184223;STB=0.603025;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.00831391;OID=.;OPOS=21202237;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:26:7:11:18:26:7:11:18 chr17 21203893 . T C 307.25 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=0.00553648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.213;QD=15.5568;RBI=0.0121059;REFB=-0.0058253;REVB=-0.0107657;RO=45;SAF=11;SAR=23;SRF=22;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176424;STB=0.599939;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00632919;OID=.;OPOS=21203893;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:23:11:22:23:23:11:22:23 chr17 21203907 . T C 81.78 PASS AF=0.194444;AO=14;DP=72;FAO=14;FDP=72;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.00609581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.507;QD=4.54344;RBI=0.00993238;REFB=-0.0102162;REVB=-0.00784177;RO=57;SAF=4;SAR=10;SRF=22;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139635;STB=0.59985;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0207819;OID=.;OPOS=21203907;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:72:72:57:58:14:14:0.194444:10:4:22:35:10:4:23:35 chr17 21203934 . G A 242.13 PASS AF=0.473684;AO=27;DP=57;FAO=27;FDP=57;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0675131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.961;QD=16.9916;RBI=0.0684918;REFB=-0.0105252;REVB=0.011537;RO=29;SAF=7;SAR=20;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0591297;STB=0.54835;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0112871;OID=.;OPOS=21203934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:30:27:27:0.473684:20:7:9:20:20:7:10:20 chr17 21203941 . G A 55.1 PASS AF=0.175439;AO=9;DP=56;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=0.0184264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0062;QD=3.86699;RBI=0.0382298;REFB=-0.00386784;REVB=0.033496;RO=46;SAF=2;SAR=7;SRF=15;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157786;STB=0.629343;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0309225;OID=.;OPOS=21203941;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:56:57:46:47:9:10:0.175439:7:2:15:31:8:2:15:32 chr17 21203949 . C T 214.83 PASS AF=0.48;AO=22;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.0288885;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9181;QD=17.186;RBI=0.05858;REFB=-0.028078;REVB=0.0509615;RO=26;SAF=6;SAR=16;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410622;STB=0.538428;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0401441;OID=.;OPOS=21203949;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:22:24:0.48:16:6:8:18:18:6:8:18 chr17 21204187 . G T 133.08 PASS AF=0.275362;AO=19;DP=69;FAO=19;FDP=69;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=31;FSRR=19;FWDB=-0.00532797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.34;QD=7.7145;RBI=0.00637301;REFB=-0.0145986;REVB=-0.00349686;RO=49;SAF=8;SAR=11;SRF=31;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249179;STB=0.641112;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0333643;OID=.;OPOS=21204187;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:49:50:19:19:0.275362:11:8:31:18:11:8:31:19 chr17 21204192 . C T 141.08 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=70;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=31;FSRR=20;FWDB=-0.00671945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.722;QD=7.9482;RBI=0.0230011;REFB=-0.00241141;REVB=-0.0219977;RO=48;SAF=8;SAR=12;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261303;STB=0.646267;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00738232;OID=.;OPOS=21204192;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:48:51:20:20:0.28169:12:8:30:18:12:8:31:20 chr17 21204210 . C T 190.75 PASS AF=0.3125;AO=25;DP=80;FAO=25;FDP=80;FR=.;FRO=55;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.0293015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2289;QD=9.53761;RBI=0.0297706;REFB=0.00624738;REVB=-0.00526404;RO=54;SAF=9;SAR=16;SRF=33;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287762;STB=0.662594;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=-0.0202548;OID=.;OPOS=21204210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:54:55:25:25:0.3125:16:9:33:21:16:9:33:22 chr17 21204257 . G A 189.35 PASS AF=0.304878;AO=25;DP=82;FAO=25;FDP=82;FR=.;FRO=57;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=36;FSRR=21;FWDB=0.00283884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.371;QD=9.23654;RBI=0.00690329;REFB=-0.0193109;REVB=-0.00629257;RO=57;SAF=10;SAR=15;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267596;STB=0.657022;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0416129;OID=.;OPOS=21204257;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:57:57:25:25:0.304878:15:10:36:21:15:10:36:21 chr17 21204266 . T C 603.39 PASS AF=0.654321;AO=53;DP=81;FAO=53;FDP=81;FR=.;FRO=28;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.00746203;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.077;QD=29.7969;RBI=0.0104649;REFB=-0.0184262;REVB=0.00733702;RO=28;SAF=27;SAR=26;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852858;STB=0.546201;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0112351;OID=.;OPOS=21204266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:28:28:53:53:0.654321:26:27:18:10:26:27:18:10 chr17 21204308 . G T 139.53 PASS AF=0.27027;AO=20;DP=75;FAO=20;FDP=74;FR=.;FRO=54;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.00896785;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.093;QD=7.54207;RBI=0.0177142;REFB=-0.00896046;REVB=0.0152765;RO=54;SAF=8;SAR=12;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20846;STB=0.612791;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0276571;OID=.;OPOS=21204308;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:54:54:20:20:0.27027:12:8:31:23:12:8:30:24 chr17 21205460 . C T 163.08 PASS AF=0.428571;AO=17;DP=43;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0198899;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.665;QD=15.5313;RBI=0.0339797;REFB=-0.0376222;REVB=0.0275502;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117594;STB=0.601983;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0494688;OID=.;OPOS=21205460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:22:24:17:18:0.428571:9:8:13:9:10:8:15:9 chr17 21206556 . C T 562.98 PASS AF=0.75;AO=48;DP=64;FAO=48;FDP=64;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=40;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0089549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.2553;QD=35.1861;RBI=0.0257839;REFB=-0.0171239;REVB=0.0241789;RO=16;SAF=8;SAR=40;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153666;STB=0.583295;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.003457;OID=.;OPOS=21206556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:16:16:48:48:0.75:40:8:6:10:40:8:6:10 chr17 21207813 . T G 162.26 PASS AF=0.18543;AO=28;DP=151;FAO=28;FDP=151;FR=.;FRO=123;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=55;FSRR=68;FWDB=-0.059312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.7469;QD=4.29815;RBI=0.0624879;REFB=0.0136238;REVB=-0.0196679;RO=118;SAF=7;SAR=21;SRF=52;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265595;STB=0.67623;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0676101;OID=.;OPOS=21207813;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:151:118:123:28:28:0.18543:21:7:52:66:21:7:55:68 chr17 21207834 . C T 112.83 PASS AF=0.158273;AO=22;DP=138;FAO=22;FDP=139;FR=.;FRO=117;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=42;FSRR=75;FWDB=-0.00438561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.135;QD=3.24687;RBI=0.0186518;REFB=-0.0142113;REVB=-0.0181288;RO=115;SAF=11;SAR=11;SRF=42;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17356;STB=0.618603;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.052666;OID=.;OPOS=21207834;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:115:117:22:22:0.158273:11:11:42:73:11:11:42:75 chr17 21207835 . G A 176.89 PASS AF=0.208633;AO=29;DP=138;FAO=29;FDP=139;FR=.;FRO=110;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=48;FSRR=62;FWDB=0.0165099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.511;QD=5.09029;RBI=0.0240383;REFB=-0.00152416;REVB=-0.0174718;RO=109;SAF=5;SAR=24;SRF=48;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392165;STB=0.747166;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00755668;OID=.;OPOS=21207835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:139:109:110:29:29:0.208633:24:5:48:61:24:5:48:62 chr17 21207844 . C T 190.58 PASS AF=0.225564;AO=30;DP=133;FAO=30;FDP=133;FR=.;FRO=103;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=66;FWDB=-0.0151958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.845;QD=5.73182;RBI=0.0207402;REFB=-0.01453;REVB=-0.0141153;RO=101;SAF=12;SAR=18;SRF=36;SRR=65;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581047;STB=0.533312;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0541925;OID=.;OPOS=21207844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:101:103:30:30:0.225564:18:12:36:65:18:12:37:66 chr17 21208413 . C T 150.53 PASS AF=0.23913;AO=22;DP=93;FAO=22;FDP=92;FR=.;FRO=70;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=0.0112489;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.31;QD=6.54472;RBI=0.0131261;REFB=-0.00645113;REVB=-0.00676443;RO=70;SAF=13;SAR=9;SRF=32;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165391;STB=0.601286;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0195035;OID=.;OPOS=21208413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:70:70:22:22:0.23913:9:13:32:38:9:13:32:38 chr17 21208449 . G T 100.77 PASS AF=0.225352;AO=16;DP=71;FAO=16;FDP=71;FR=.;FRO=55;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.00361163;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=198.438;QD=5.67709;RBI=0.0226557;REFB=-0.00539667;REVB=-0.022366;RO=54;SAF=11;SAR=5;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279763;STB=0.681188;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0135407;OID=.;OPOS=21208449;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:54:55:16:16:0.225352:5:11:25:29:5:11:25:30 chr17 21215483 . C T 1052.97 PASS AF=0.552486;AO=98;DP=179;FAO=100;FDP=181;FR=.;FRO=81;FSAF=60;FSAR=40;FSRF=53;FSRR=28;FWDB=-0.0051929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.722;QD=23.2701;RBI=0.00560331;REFB=-0.0147166;REVB=0.00210496;RO=79;SAF=58;SAR=40;SRF=53;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.067987;STB=0.525576;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0110867;OID=.;OPOS=21215483;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:179:181:79:81:98:100:0.552486:40:58:53:26:40:60:53:28 chr17 21215537 . C A 921.79 PASS AF=0.535714;AO=90;DP=170;FAO=90;FDP=168;FR=.;FRO=78;FSAF=42;FSAR=48;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=0.00476135;FXX=0.011764;HRUN=6;LEN=1;MLLD=219.099;QD=21.9475;RBI=0.0295223;REFB=-0.0127297;REVB=0.0291358;RO=77;SAF=42;SAR=48;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0990667;STB=0.551058;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0101641;OID=.;OPOS=21215537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:168:77:78:90:90:0.535714:48:42:45:32:48:42:45:33 chr17 21215552 . C T 911.09 PASS AF=0.54878;AO=90;DP=164;FAO=90;FDP=164;FR=.;FRO=74;FSAF=40;FSAR=50;FSRF=44;FSRR=30;FWDB=-0.0035832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.165;QD=22.2216;RBI=0.0159706;REFB=-0.0147151;REVB=0.0155635;RO=73;SAF=40;SAR=50;SRF=43;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118451;STB=0.567553;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0143869;OID=.;OPOS=21215552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:164:73:74:90:90:0.54878:50:40:43:30:50:40:44:30 chr17 21215557 . G A 917.82 PASS AF=0.564103;AO=86;DP=156;FAO=88;FDP=156;FR=.;FRO=68;FSAF=42;FSAR=46;FSRF=41;FSRR=27;FWDB=0.00661398;FXX=0.0188667;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.239;QD=23.5338;RBI=0.00684081;REFB=-0.0127163;REVB=0.001747;RO=65;SAF=41;SAR=45;SRF=38;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.085102;STB=0.554607;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0100838;OID=.;OPOS=21215557;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:65:68:86:88:0.564103:45:41:38:27:46:42:41:27 chr17 21216788 . C T 244.36 PASS AF=0.482143;AO=27;DP=56;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.00440087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.042;QD=17.4544;RBI=0.0102372;REFB=-0.016562;REVB=0.00924295;RO=29;SAF=13;SAR=14;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223166;STB=0.624584;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0187354;OID=.;OPOS=21216788;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:29:29:27:27:0.482143:14:13:21:8:14:13:21:8 chr17 21216846 . G C 127.55 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=9;FWDB=0.0349491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.1336;QD=11.595;RBI=0.0434681;REFB=-0.0202581;REVB=0.0258464;RO=29;SAF=10;SAR=5;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291261;STB=0.517219;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0474027;OID=.;OPOS=21216846;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:5:10:20:9:5:10:20:9 chr17 21217513 . G A 267.97 PASS AF=0.402597;AO=31;DP=77;FAO=31;FDP=77;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=0.0221255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6183;QD=13.9205;RBI=0.0221678;REFB=0.000110761;REVB=0.00136967;RO=43;SAF=9;SAR=22;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195784;STB=0.634715;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.000342601;OID=.;OPOS=21217513;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:43:46:31:31:0.402597:22:9:20:23:22:9:23:23 chr17 21217547 . T C 149.52 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=65;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=-0.00738858;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.738;QD=9.34475;RBI=0.00751563;REFB=-0.00300856;REVB=0.00137611;RO=44;SAF=6;SAR=14;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267116;STB=0.658927;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0187067;OID=.;OPOS=21217547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:44:44:20:20:0.3125:14:6:23:21:14:6:23:21 chr17 21217586 . G T 212.33 PASS AF=0.361111;AO=25;DP=73;FAO=26;FDP=72;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00381675;FXX=0.0399947;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.187;QD=11.7962;RBI=0.00795156;REFB=-0.00302086;REVB=-0.00697565;RO=45;SAF=11;SAR=14;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127771;STB=0.552199;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00335472;OID=.;OPOS=21217586;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:45:46:25:26:0.361111:14:11:25:20:14:12:25:21 chr17 21217596 . C G 203.44 PASS AF=0.194805;AO=15;DP=79;FAO=15;FDP=77;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=51;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0192893;FXX=0.0493766;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.767;QD=10.5681;RBI=0.0562243;REFB=-0.0234505;REVB=-0.0528119;RO=33;SAF=6;SAR=9;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166869;STB=0.563296;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0552544;OID=.;OPOS=21217596;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:79:77:33:51:15:15:0.194805:9:6:18:15:8:7:28:23 chr17 21217660 . C T 249.14 PASS AF=0.303571;AO=34;DP=112;FAO=34;FDP=112;FR=.;FRO=78;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=36;FWDB=-0.00639712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.483;QD=8.89773;RBI=0.00715901;REFB=-0.00396277;REVB=0.00321377;RO=78;SAF=19;SAR=15;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0244123;STB=0.514323;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00924179;OID=.;OPOS=21217660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:78:78:34:34:0.303571:15:19:42:36:15:19:42:36 chr17 21217690 . C T 238.75 PASS AF=0.297297;AO=33;DP=112;FAO=33;FDP=111;FR=.;FRO=78;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=0.0428424;FXX=0.00892777;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5973;QD=8.60363;RBI=0.0431507;REFB=-0.0135711;REVB=0.00514972;RO=78;SAF=20;SAR=13;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516864;STB=0.530455;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.0337632;OID=.;OPOS=21217690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:111:78:78:33:33:0.297297:13:20:44:34:13:20:44:34 chr17 21217727 . T C 160.75 PASS AF=0.25;AO=23;DP=92;FAO=23;FDP=92;FR=.;FRO=69;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=30;FWDB=-0.0394192;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.714;QD=6.98891;RBI=0.0398861;REFB=-0.00681214;REVB=-0.00608513;RO=60;SAF=13;SAR=10;SRF=32;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388425;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0192299;OID=.;OPOS=21217727;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:60:69:23:23:0.25:10:13:32:28:10:13:39:30 chr17 21217749 . G C 57.94 PASS AF=0.172414;AO=10;DP=58;FAO=10;FDP=58;FR=.;FRO=48;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.000598829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8739;QD=3.99557;RBI=0.00400718;REFB=-0.00809924;REVB=-0.00396218;RO=46;SAF=3;SAR=7;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227392;STB=0.669865;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0651154;OID=.;OPOS=21217749;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:58:58:46:48:10:10:0.172414:7:3:22:24:7:3:24:24 chr17 21318663 . G A 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0188599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.008;QD=15.2589;RBI=0.022112;REFB=0.00144637;REVB=-0.0115432;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308536;STB=0.680376;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00225242;OID=.;OPOS=21318663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:3:4:1:5:3:4:1:5 chr17 21318770 . G A 78.65 PASS AF=0.214286;AO=11;DP=55;FAO=12;FDP=56;FR=.;FRO=44;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0331195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.92;QD=5.61817;RBI=0.034245;REFB=-0.00336464;REVB=-0.00870759;RO=44;SAF=1;SAR=10;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.53385;STB=0.867694;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0285236;OID=.;OPOS=21318770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:55:56:44:44:11:12:0.214286:10:1:20:24:11:1:20:24 chr17 21318773 . G A 70.24 PASS AF=0.2;AO=11;DP=56;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0317337;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2693;QD=5.10858;RBI=0.0326142;REFB=-0.0271199;REVB=-0.0075271;RO=43;SAF=1;SAR=10;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542077;STB=0.859889;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.114853;OID=.;OPOS=21318773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:56:55:43:44:11:11:0.2:10:1:20:23:10:1:20:24 chr17 21318782 . G A 134.1 PASS AF=0.315789;AO=18;DP=57;FAO=18;FDP=57;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.00694502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0081;QD=9.41067;RBI=0.00799904;REFB=-0.0226295;REVB=-0.0039688;RO=39;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254547;STB=0.648972;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0622422;OID=.;OPOS=21318782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:39:39:18:18:0.315789:9:9:11:28:9:9:11:28 chr17 21318867 . G A 152.47 PASS AF=0.217391;AO=25;DP=115;FAO=25;FDP=115;FR=.;FRO=90;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=50;FWDB=0.0276793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.286;QD=5.3034;RBI=0.0315378;REFB=0.0018081;REVB=-0.0151157;RO=90;SAF=10;SAR=15;SRF=40;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574237;STB=0.535685;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=-0.00731526;OID=.;OPOS=21318867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:90:90:25:25:0.217391:15:10:40:50:15:10:40:50 chr17 21318897 . G C 246.99 PASS AF=0.298246;AO=34;DP=114;FAO=34;FDP=114;FR=.;FRO=80;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.0328886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.6498;QD=8.66636;RBI=0.0702083;REFB=-0.0102531;REVB=-0.0620286;RO=80;SAF=17;SAR=17;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447607;STB=0.5263;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0304013;OID=.;OPOS=21318897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:80:80:34:34:0.298246:17:17:37:43:17:17:37:43 chr17 21318912 . C A 67.01 PASS AF=0.127119;AO=15;DP=118;FAO=15;FDP=118;FR=.;FRO=103;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=49;FSRR=54;FWDB=0.0279406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3061;QD=2.27137;RBI=0.0421823;REFB=-0.00390709;REVB=0.0316017;RO=100;SAF=8;SAR=7;SRF=47;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784027;STB=0.550102;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.013229;OID=.;OPOS=21318912;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:118:118:100:103:15:15:0.127119:7:8:47:53:7:8:49:54 chr17 21318918 . G A 141.53 PASS AF=0.205128;AO=22;DP=116;FAO=24;FDP=117;FR=.;FRO=93;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=47;FSRR=46;FWDB=0.0368697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3556;QD=4.83857;RBI=0.0566557;REFB=-0.000291678;REVB=0.0430174;RO=90;SAF=9;SAR=13;SRF=45;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115814;STB=0.604664;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0030416;OID=.;OPOS=21318918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:117:90:93:22:24:0.205128:13:9:45:45:15:9:47:46 chr17 21318948 . C T 149.43 PASS AF=0.221239;AO=25;DP=113;FAO=25;FDP=113;FR=.;FRO=88;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=45;FSRR=43;FWDB=0.0039559;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.827;QD=5.28942;RBI=0.0239119;REFB=-0.0014077;REVB=-0.0235824;RO=85;SAF=14;SAR=11;SRF=43;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0681161;STB=0.506727;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00971753;OID=.;OPOS=21318948;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:85:88:25:25:0.221239:11:14:43:42:12:13:45:43 chr17 21318951 . CA CG,TG 503.11 PASS AF=0.28972,0.224299;AO=31,25;DP=108;FAO=31,24;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=17,13;FSAR=14,11;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0327937,-0.0135476;FXX=0.0183469;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=68.6653,171.356;QD=18.8078;RBI=0.0421088,0.0213788;REFB=-0.0323187,-0.0136857;REVB=-0.0264145,-0.0165383;RO=51;SAF=17,13;SAR=14,12;SRF=30;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0439029,-0.0787943;STB=0.518099,0.52437;STBP=0.825,0.808;TYPE=snp,mnp;VARB=0.026146,0.0238393;OID=.,.;OPOS=21318952,21318951;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:51:52:31,25:31,24:0.28972,0.224299:14,12:17,13:30:21:14,11:17,13:30:22 chr17 21318969 . C T 173.93 PASS AF=0.247619;AO=26;DP=105;FAO=26;FDP=105;FR=.;FRO=79;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=45;FSRR=34;FWDB=0.00640478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3229;QD=6.62603;RBI=0.00921536;REFB=-0.00778014;REVB=-0.00662583;RO=78;SAF=14;SAR=12;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481233;STB=0.523651;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0269837;OID=.;OPOS=21318969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:78:79:26:26:0.247619:12:14:45:33:12:14:45:34 chr17 21318981 . C T 153.03 PASS AF=0.227723;AO=23;DP=102;FAO=23;FDP=101;FR=.;FRO=78;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=0.00928834;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7441;QD=6.0605;RBI=0.0111634;REFB=-0.0225175;REVB=-0.00619259;RO=77;SAF=11;SAR=12;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132394;STB=0.575771;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0578217;OID=.;OPOS=21318981;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:77:78:23:23:0.227723:12:11:45:32:12:11:45:33 chr17 21319007 . GG AC,GC 544.07 PASS AF=0.305263,0.252632;AO=29,24;DP=98;FAO=29,24;FDP=95;FR=.;FRO=42;FSAF=12,14;FSAR=17,10;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0153968,-0.0207058;FXX=0.0306091;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=187.844,176.519;QD=22.9082;RBI=0.0191143,0.0221181;REFB=-0.0121155,-0.0175818;REVB=0.0113268,0.00777697;RO=42;SAF=12,14;SAR=17,10;SRF=24;SRR=18;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.163384,0.0134129;STB=0.592959,0.507766;STBP=0.201,0.934;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0248726,-0.00485134;OID=.,.;OPOS=21319007,21319008;OREF=GG,G;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:95:42:42:29,24:29,24:0.305263,0.252632:17,10:12,14:24:18:17,10:12,14:24:18 chr17 21319069 . G A 259.48 PASS AF=0.282443;AO=37;DP=131;FAO=37;FDP=131;FR=.;FRO=94;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=42;FSRR=52;FWDB=0.0357411;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.053;QD=7.92318;RBI=0.0379227;REFB=-0.0188145;REVB=0.0126769;RO=94;SAF=18;SAR=19;SRF=42;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482807;STB=0.528521;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0634861;OID=.;OPOS=21319069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:94:94:37:37:0.282443:19:18:42:52:19:18:42:52 chr17 21319079 . C A 288.84 PASS AF=0.291045;AO=39;DP=134;FAO=39;FDP=134;FR=.;FRO=95;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=51;FWDB=0.0347325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.1761;QD=8.62195;RBI=0.035057;REFB=-0.00870857;REVB=0.00475912;RO=95;SAF=18;SAR=21;SRF=44;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00196199;STB=0.501154;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.020539;OID=.;OPOS=21319079;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:95:95:39:39:0.291045:21:18:44:51:21:18:44:51 chr17 21319087 . G A 266.4 PASS AF=0.278195;AO=37;DP=133;FAO=37;FDP=133;FR=.;FRO=96;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=46;FSRR=50;FWDB=0.0163873;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.535;QD=8.01215;RBI=0.023677;REFB=-0.00164244;REVB=0.0170897;RO=96;SAF=16;SAR=21;SRF=46;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0573967;STB=0.534026;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.003987;OID=.;OPOS=21319087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:133:96:96:37:37:0.278195:21:16:46:50:21:16:46:50 chr17 21319110 . G A 259.68 PASS AF=0.285714;AO=36;DP=126;FAO=36;FDP=126;FR=.;FRO=90;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=44;FSRR=46;FWDB=0.0230574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.6123;QD=8.24369;RBI=0.0294874;REFB=-0.00179166;REVB=0.018381;RO=90;SAF=15;SAR=21;SRF=44;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881528;STB=0.55211;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.00410894;OID=.;OPOS=21319110;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:90:90:36:36:0.285714:21:15:44:46:21:15:44:46 chr17 21319121 . C T 357.38 PASS AF=0.380531;AO=43;DP=114;FAO=43;FDP=113;FR=.;FRO=70;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=38;FWDB=-0.0210324;FXX=0.00877116;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.71;QD=12.6506;RBI=0.0362016;REFB=-0.00859147;REVB=-0.0294652;RO=69;SAF=19;SAR=24;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00813356;STB=0.509571;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0129062;OID=.;OPOS=21319121;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:69:70:43:43:0.380531:24:19:31:38:24:19:32:38 chr17 21319171 . G A 227.82 PASS AF=0.3;AO=30;DP=100;FAO=30;FDP=100;FR=.;FRO=70;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=35;FSRR=35;FWDB=-0.018981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.3827;QD=9.11263;RBI=0.0224407;REFB=-0.00316976;REVB=0.0119709;RO=70;SAF=12;SAR=18;SRF=35;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120076;STB=0.570803;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00853959;OID=.;OPOS=21319171;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:70:70:30:30:0.3:18:12:35:35:18:12:35:35 chr17 21319208 . C T 180.84 PASS AF=0.359375;AO=23;DP=64;FAO=23;FDP=64;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0237296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.876;QD=11.3025;RBI=0.0257435;REFB=-0.0231555;REVB=-0.00998175;RO=41;SAF=10;SAR=13;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319615;STB=0.518553;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0421491;OID=.;OPOS=21319208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:41:41:23:23:0.359375:13:10:19:22:13:10:19:22 chr17 21319230 . G C 59.37 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=44;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=0.0597765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.504;QD=5.3971;RBI=0.073039;REFB=-0.00689584;REVB=-0.0419698;RO=34;SAF=5;SAR=4;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674498;STB=0.555432;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.0487174;OID=.;OPOS=21319230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:44:44:34:35:9:9:0.204545:4:5:17:17:4:5:17:18 chr17 21319251 . C T 69.17 PASS AF=0.222222;AO=10;DP=45;FAO=10;FDP=45;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.00765709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.036;QD=6.14835;RBI=0.0129123;REFB=-0.00129899;REVB=-0.010397;RO=35;SAF=5;SAR=5;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121802;STB=0.577626;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.00621855;OID=.;OPOS=21319251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:45:45:35:35:10:10:0.222222:5:5:21:14:5:5:21:14 chr17 21319272 . C T 68.04 PASS AF=0.179104;AO=12;DP=67;FAO=12;FDP=67;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.0179825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.832;QD=4.06194;RBI=0.0291325;REFB=-0.0114106;REVB=-0.0229202;RO=54;SAF=7;SAR=5;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103961;STB=0.561301;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0555595;OID=.;OPOS=21319272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:67:67:54:55:12:12:0.179104:5:7:27:27:5:7:28:27 chr17 21319285 . C T 109.2 PASS AF=0.197802;AO=18;DP=91;FAO=18;FDP=91;FR=.;FRO=73;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.0390496;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.4432;QD=4.7998;RBI=0.0782713;REFB=-0.00869553;REVB=0.0678346;RO=73;SAF=9;SAR=9;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777448;STB=0.549396;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0450452;OID=.;OPOS=21319285;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:73:73:18:18:0.197802:9:9:41:32:9:9:41:32 chr17 21319302 . T C 659.0 PASS AF=0.601942;AO=62;DP=105;FAO=62;FDP=103;FR=.;FRO=41;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0153586;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3635;QD=25.5921;RBI=0.0202829;REFB=-0.0141841;REVB=-0.0132481;RO=39;SAF=35;SAR=27;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371397;STB=0.521057;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0130919;OID=.;OPOS=21319302;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:103:39:41:62:62:0.601942:27:35:20:19:27:35:21:20 chr17 21319311 . C T 130.17 PASS AF=0.201835;AO=22;DP=110;FAO=22;FDP=109;FR=.;FRO=87;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=44;FSRR=43;FWDB=0.0210069;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.371;QD=4.7767;RBI=0.0210089;REFB=-0.000366266;REVB=-0.000289896;RO=85;SAF=11;SAR=11;SRF=44;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0222906;STB=0.504583;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00179681;OID=.;OPOS=21319311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:109:85:87:22:22:0.201835:11:11:44:41:11:11:44:43 chr17 21319369 . G A 204.43 PASS AF=0.215686;AO=33;DP=154;FAO=33;FDP=153;FR=.;FRO=120;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=51;FSRR=69;FWDB=-0.0188424;FXX=0.00649309;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.971;QD=5.34443;RBI=0.0193568;REFB=-0.00696327;REVB=-0.00443297;RO=120;SAF=15;SAR=18;SRF=51;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0380326;STB=0.523452;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0269069;OID=.;OPOS=21319369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:153:120:120:33:33:0.215686:18:15:51:69:18:15:51:69 chr17 21319392 . G A 163.59 PASS AF=0.189542;AO=29;DP=153;FAO=29;FDP=153;FR=.;FRO=124;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=46;FSRR=78;FWDB=-0.0212001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.741;QD=4.27681;RBI=0.0214854;REFB=-0.0053579;REVB=0.00348986;RO=124;SAF=13;SAR=16;SRF=46;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101854;STB=0.564131;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0286634;OID=.;OPOS=21319392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:153:124:124:29:29:0.189542:16:13:46:78:16:13:46:78 chr17 21319399 . A G 249.56 PASS AF=0.248366;AO=37;DP=152;FAO=38;FDP=153;FR=.;FRO=115;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=46;FSRR=69;FWDB=-0.0119739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.413;QD=6.52451;RBI=0.0120316;REFB=-0.0077052;REVB=0.00117719;RO=114;SAF=12;SAR=25;SRF=45;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0958669;STB=0.546879;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.0181841;OID=.;OPOS=21319399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:152:153:114:115:37:38:0.248366:25:12:45:69:25:13:46:69 chr17 21319407 . C T 175.49 PASS AF=0.19863;AO=29;DP=147;FAO=29;FDP=146;FR=.;FRO=117;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=42;FSRR=75;FWDB=0.0404183;FXX=0.0135126;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6377;QD=4.80805;RBI=0.0562852;REFB=-0.00187579;REVB=-0.0391711;RO=116;SAF=11;SAR=18;SRF=42;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235373;STB=0.517439;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.00325181;OID=.;OPOS=21319407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:146:116:117:29:29:0.19863:18:11:42:74:18:11:42:75 chr17 21319436 . G A 104.05 PASS AF=0.165289;AO=20;DP=121;FAO=20;FDP=121;FR=.;FRO=101;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=71;FWDB=3.01466e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.998;QD=3.43963;RBI=0.0135462;REFB=-0.00848041;REVB=-0.0135462;RO=98;SAF=6;SAR=14;SRF=29;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00619116;STB=0.502956;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0465267;OID=.;OPOS=21319436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:98:101:20:20:0.165289:14:6:29:69:14:6:30:71 chr17 21319439 . T G 99.17 PASS AF=0.163793;AO=19;DP=118;FAO=19;FDP=116;FR=.;FRO=97;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=68;FWDB=-0.00806633;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.791;QD=3.4196;RBI=0.00904956;REFB=-0.00274665;REVB=-0.0041023;RO=97;SAF=5;SAR=14;SRF=29;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0560002;STB=0.537206;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00751887;OID=.;OPOS=21319439;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:116:97:97:19:19:0.163793:14:5:29:68:14:5:29:68 chr17 21319452 . G A 97.82 PASS AF=0.168224;AO=18;DP=108;FAO=18;FDP=107;FR=.;FRO=89;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=63;FWDB=0.00664899;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6315;QD=3.65667;RBI=0.00714482;REFB=-0.00670205;REVB=0.00261524;RO=86;SAF=7;SAR=11;SRF=24;SRR=62;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155524;STB=0.587877;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0383931;OID=.;OPOS=21319452;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:108:107:86:89:18:18:0.168224:11:7:24:62:11:7:26:63 chr17 21319465 . T C 58.45 PASS AF=0.131868;AO=12;DP=93;FAO=12;FDP=91;FR=.;FRO=79;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=54;FWDB=-0.0263714;FXX=0.0319115;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7035;QD=2.56921;RBI=0.0385818;REFB=-0.00255271;REVB=-0.0281622;RO=81;SAF=4;SAR=8;SRF=26;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172224;STB=0.516639;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0122113;OID=.;OPOS=21319465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:93:91:81:79:12:12:0.131868:8:4:26:55:8:4:25:54 chr17 21319470 . T C 60.44 PASS AF=0.142857;AO=12;DP=84;FAO=12;FDP=84;FR=.;FRO=72;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=49;FWDB=0.00358624;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5231;QD=2.8781;RBI=0.00362031;REFB=-0.0106475;REVB=0.000495494;RO=69;SAF=6;SAR=6;SRF=23;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211271;STB=0.654529;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0288226;OID=.;OPOS=21319470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:84:84:69:72:12:12:0.142857:6:6:23:46:6:6:23:49 chr17 21319473 . G A 249.89 PASS AF=0.37037;AO=28;DP=80;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=0.0233593;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.364;QD=12.34;RBI=0.0246679;REFB=-0.00777662;REVB=-0.00792774;RO=52;SAF=10;SAR=18;SRF=16;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618556;STB=0.536562;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0155851;OID=.;OPOS=21319473;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:52:51:28:30:0.37037:18:10:16:36:19:11:16:35 chr17 21319488 . C T 64.35 PASS AF=0.162162;AO=12;DP=73;FAO=12;FDP=74;FR=.;FRO=62;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=45;FWDB=-0.00342824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.509;QD=3.47837;RBI=0.0249198;REFB=-0.00558077;REVB=-0.0246829;RO=61;SAF=7;SAR=5;SRF=17;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.37423;STB=0.744343;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.035348;OID=.;OPOS=21319488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:73:74:61:62:12:12:0.162162:5:7:17:44:5:7:17:45 chr17 21319519 . G C 88.11 PASS AF=0.194805;AO=15;DP=77;FAO=15;FDP=77;FR=.;FRO=62;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=44;FWDB=-0.00215684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.142;QD=4.57733;RBI=0.00593724;REFB=-0.00943726;REVB=-0.00553163;RO=62;SAF=10;SAR=5;SRF=18;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.446713;STB=0.777464;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0459228;OID=.;OPOS=21319519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:77:77:62:62:15:15:0.194805:5:10:18:44:5:10:18:44 chr17 21319523 . C T 77.35 PASS AF=0.175;AO=14;DP=80;FAO=14;FDP=80;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=46;FWDB=-0.00467429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.709;QD=3.86765;RBI=0.0208388;REFB=-0.00470863;REVB=-0.0203078;RO=65;SAF=10;SAR=4;SRF=20;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.47822;STB=0.806081;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0333374;OID=.;OPOS=21319523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:80:80:65:66:14:14:0.175:4:10:20:45:4:10:20:46 chr17 21319527 . C T 93.07 PASS AF=0.186047;AO=16;DP=86;FAO=16;FDP=86;FR=.;FRO=70;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=46;FWDB=-0.0153993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.206;QD=4.32888;RBI=0.0253617;REFB=-0.00217433;REVB=-0.0201513;RO=70;SAF=12;SAR=4;SRF=24;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.484325;STB=0.806107;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0115449;OID=.;OPOS=21319527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:86:86:70:70:16:16:0.186047:4:12:24:46:4:12:24:46 chr17 21319543 . G A 118.15 PASS AF=0.202128;AO=19;DP=94;FAO=19;FDP=94;FR=.;FRO=75;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=0.00370599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.353;QD=5.02759;RBI=0.0329913;REFB=-0.00499718;REVB=-0.0327825;RO=75;SAF=15;SAR=4;SRF=30;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.481147;STB=0.802968;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0309734;OID=.;OPOS=21319543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:75:75:19:19:0.202128:4:15:30:45:4:15:30:45 chr17 21319560 . G T 152.92 PASS AF=0.224299;AO=24;DP=107;FAO=24;FDP=107;FR=.;FRO=83;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=53;FWDB=-0.0241181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.916;QD=5.71657;RBI=0.0561116;REFB=0.00745159;REVB=0.0506638;RO=82;SAF=18;SAR=6;SRF=30;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.464439;STB=0.786442;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.0253345;OID=.;OPOS=21319560;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:82:83:24:24:0.224299:6:18:30:52:6:18:30:53 chr17 21319650 . CGAG C 222.27 PASS AF=0.228758;AO=31;DP=149;FAO=35;FDP=153;FR=.;FRO=118;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=46;FSRR=72;FWDB=-0.00517694;FXX=0.0192295;HRUN=1;LEN=3;MLLD=187.203;QD=5.81098;RBI=0.00552922;REFB=-0.0128667;REVB=-0.00194204;RO=110;SAF=18;SAR=13;SRF=42;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247801;STB=0.678914;STBP=0.022;TYPE=del;VARB=0.0390376;OID=.;OPOS=21319651;OREF=GAG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.228758:31:149:35:153:118:22:13:46:72:99:110:18:13:42:68 chr17 21319682 . C T 222.86 PASS AF=0.227273;AO=35;DP=154;FAO=35;FDP=154;FR=.;FRO=119;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=53;FSRR=66;FWDB=0.00936149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5517;QD=5.78861;RBI=0.0113694;REFB=-0.00866808;REVB=-0.00645183;RO=119;SAF=22;SAR=13;SRF=53;SRR=66;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230201;STB=0.64054;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0174181;OID=.;OPOS=21319682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:119:119:35:35:0.227273:13:22:53:66:13:22:53:66 chr17 21319716 . G A 161.79 PASS AF=0.206107;AO=27;DP=131;FAO=27;FDP=131;FR=.;FRO=104;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=41;FSRR=63;FWDB=-0.0123097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.1724;QD=4.9403;RBI=0.0235726;REFB=-0.00400292;REVB=0.0201032;RO=96;SAF=14;SAR=13;SRF=35;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194572;STB=0.598019;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0086335;OID=.;OPOS=21319716;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:96:104:27:27:0.206107:13:14:35:61:13:14:41:63 chr17 21319728 . T C 149.71 PASS AF=0.198473;AO=26;DP=131;FAO=26;FDP=131;FR=.;FRO=105;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=47;FSRR=58;FWDB=-0.0872239;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.8907;QD=4.5714;RBI=0.0890946;REFB=-0.0196201;REVB=-0.0181618;RO=103;SAF=13;SAR=13;SRF=46;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679452;STB=0.541953;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0876511;OID=.;OPOS=21319728;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:103:105:26:26:0.198473:13:13:46:57:13:13:47:58 chr17 21319743 . A G 167.49 PASS AF=0.22314;AO=27;DP=121;FAO=27;FDP=121;FR=.;FRO=94;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=44;FSRR=50;FWDB=-0.0206236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.992;QD=5.5367;RBI=0.025763;REFB=-0.00684891;REVB=-0.0154403;RO=94;SAF=10;SAR=17;SRF=44;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12617;STB=0.578027;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0246473;OID=.;OPOS=21319743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:94:94:27:27:0.22314:17:10:44:50:17:10:44:50 chr17 21319767 . C T 432.33 PASS AF=0.52381;AO=43;DP=107;FAO=44;FDP=84;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=0.0579754;FXX=0.222202;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.926;QD=20.5871;RBI=0.0589294;REFB=-0.0375254;REVB=0.0105606;RO=41;SAF=20;SAR=23;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0415576;STB=0.510829;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0276354;OID=.;OPOS=21319767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:84:41:40:43:44:0.52381:23:20:21:20:23:21:20:20 chr17 21319785 . C T 388.7 PASS AF=0.416667;AO=44;DP=108;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=32;FSRR=31;FWDB=0.0215023;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.197;QD=14.3961;RBI=0.0262901;REFB=-0.0161558;REVB=-0.0151268;RO=63;SAF=21;SAR=23;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319951;STB=0.511106;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0236241;OID=.;OPOS=21319785;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:63:63:44:45:0.416667:23:21:32:31:23:22:32:31 chr17 21319786 . G A 139.42 PASS AF=0.211009;AO=23;DP=108;FAO=23;FDP=109;FR=.;FRO=86;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=43;FSRR=43;FWDB=0.00707328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.694;QD=5.11623;RBI=0.010359;REFB=0.00398775;REVB=-0.00756823;RO=84;SAF=11;SAR=12;SRF=43;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0423548;STB=0.517144;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.0189644;OID=.;OPOS=21319786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:84:86:23:23:0.211009:12:11:43:41:12:11:43:43 chr17 21319845 . C T 104.27 PASS AF=0.242424;AO=16;DP=66;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.0155237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.352;QD=6.31912;RBI=0.0263367;REFB=-0.0140462;REVB=0.0212753;RO=50;SAF=7;SAR=9;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125109;STB=0.577262;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0189335;OID=.;OPOS=21319845;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:50:50:16:16:0.242424:9:7:27:23:9:7:27:23 chr17 21319860 . C T 215.92 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=0.0439735;FXX=0.263112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.0927;QD=20.5635;RBI=0.0532191;REFB=-0.0134215;REVB=0.0299768;RO=20;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206276;STB=0.615283;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0149805;OID=.;OPOS=21319860;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:42:20:20:22:22:0.52381:12:10:14:6:12:10:14:6 chr17 21319868 . G T 85.25 PASS AF=0.22807;AO=13;DP=57;FAO=13;FDP=57;FR=.;FRO=44;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.000584085;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.696;QD=5.98259;RBI=0.0146447;REFB=-0.00747913;REVB=0.014633;RO=35;SAF=6;SAR=7;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163484;STB=0.581645;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.0343195;OID=.;OPOS=21319868;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:57:57:35:44:13:13:0.22807:7:6:21:14:7:6:25:19 chr17 21319908 . C T 107.54 PASS AF=0.361111;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=5;FWDB=0.0737495;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3957;QD=11.9489;RBI=0.0786298;REFB=0.000517889;REVB=-0.02727;RO=23;SAF=6;SAR=7;SRF=18;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34437;STB=0.699733;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00148458;OID=.;OPOS=21319908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:23:13:13:0.361111:7:6:18:5:7:6:18:5 chr17 21319955 . G A 46.75 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0181768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.5789;QD=10.389;RBI=0.0763175;REFB=-0.010528;REVB=0.0741213;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28385;STB=0.666294;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0231999;OID=.;OPOS=21319955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:2:5:10:1:2:5:10:1 chr17 21319989 . C A 52.16 PASS AF=0.466667;AO=5;DP=18;FAO=7;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0662619;FXX=0.166574;HRUN=5;LEN=1;MLLD=61.859;QD=13.9092;RBI=0.0751135;REFB=-0.00656053;REVB=-0.0353751;RO=5;SAF=4;SAR=1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.615099;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=6.03637e-05;OID=.;OPOS=21319989;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:18:15:5:8:5:7:0.466667:1:4:4:1:2:5:7:1 chr17 21319993 . T C 101.9 PASS AF=0.6;AO=10;DP=18;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0180247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.956;QD=20.3806;RBI=0.0683885;REFB=-0.0269992;REVB=0.0659704;RO=8;SAF=7;SAR=3;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175521;STB=0.624812;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0150701;OID=.;OPOS=21319993;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:18:20:8:8:10:12:0.6:3:7:7:1:5:7:7:1 chr17 21320008 . C T 45.93 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.020389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.827;QD=9.18543;RBI=0.0335933;REFB=-0.0192745;REVB=-0.0266983;RO=13;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277775;STB=0.517191;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0748469;OID=.;OPOS=21320008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:2:5:9:4:2:5:9:4 chr17 21320012 . C T 56.27 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0865886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6259;QD=11.2544;RBI=0.0893951;REFB=-0.0392818;REVB=0.0222236;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448594;STB=0.52696;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0215739;OID=.;OPOS=21320012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:3:5:8:4:3:5:8:4 chr17 21320041 . G A 97.92 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00453469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.766;QD=13.5056;RBI=0.0128581;REFB=-0.0105961;REVB=0.012032;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00503811;STB=0.502954;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0148161;OID=.;OPOS=21320041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:7:5:7:10:7:5:7:10 chr17 21320102 . C A 50.03 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00110268;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.749;QD=4.44734;RBI=0.00819368;REFB=-0.0032198;REVB=-0.00811914;RO=37;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149167;STB=0.59976;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0151393;OID=.;OPOS=21320102;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:46:45:37:37:8:8:0.177778:4:4:14:23:4:4:14:23 chr17 21320114 . T G 37.46 PASS AF=0.145833;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=48;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=-0.0804819;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.9956;QD=3.12189;RBI=0.114394;REFB=-0.011781;REVB=-0.0812942;RO=38;SAF=4;SAR=3;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241783;STB=0.670068;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0452712;OID=.;OPOS=21320114;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:45:48:38:41:7:7:0.145833:3:4:14:24:3:4:15:26 chr17 21320197 . G C 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.00294199;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=269.823;QD=14.6506;RBI=0.00362047;REFB=-0.00677202;REVB=0.00211009;RO=31;SAF=8;SAR=15;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205939;STB=0.617688;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.0092628;OID=.;OPOS=21320197;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:15:8:17:14:15:8:17:14 chr17 21320210 . C T 180.91 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.0226695;FXX=0.0555453;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.919;QD=14.1887;RBI=0.0230531;REFB=-0.0127032;REVB=0.00418812;RO=27;SAF=8;SAR=13;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208523;STB=0.628131;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0101123;OID=.;OPOS=21320210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:51:27:30:21:21:0.411765:13:8:16:11:13:8:18:12 chr17 21320212 . A G 419.03 PASS AF=0.703704;AO=36;DP=53;FAO=38;FDP=54;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00789286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.683;QD=31.039;RBI=0.0120155;REFB=-0.0171813;REVB=0.00905947;RO=16;SAF=19;SAR=17;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0157465;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00705896;OID=.;OPOS=21320212;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:16:16:36:38:0.703704:17:19:8:8:19:19:8:8 chr17 21320252 . G T 317.03 PASS AF=0.363636;AO=36;DP=100;FAO=36;FDP=99;FR=.;FRO=63;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=33;FSRR=30;FWDB=0.00471484;FXX=0.009999;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.228;QD=12.8092;RBI=0.0124577;REFB=-0.00764745;REVB=0.011531;RO=63;SAF=16;SAR=20;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0881103;STB=0.550534;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0143448;OID=.;OPOS=21320252;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:63:63:36:36:0.363636:20:16:33:30:20:16:33:30 chr17 21320263 . T C 160.26 PASS AF=0.232323;AO=22;DP=98;FAO=23;FDP=99;FR=.;FRO=76;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=41;FWDB=0.00302224;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.792;QD=6.47513;RBI=0.0516911;REFB=-0.0162713;REVB=-0.0516027;RO=76;SAF=13;SAR=9;SRF=35;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162696;STB=0.613398;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0525808;OID=.;OPOS=21320263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:99:76:76:22:23:0.232323:9:13:35:41:9:14:35:41 chr17 21320279 . C T 373.01 PASS AF=0.396396;AO=44;DP=110;FAO=44;FDP=111;FR=.;FRO=67;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=30;FWDB=0.0141445;FXX=0.0176975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.1474;QD=13.4419;RBI=0.0759618;REFB=0.00120748;REVB=-0.0746333;RO=65;SAF=22;SAR=22;SRF=37;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0730578;STB=0.531517;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=-0.00303984;OID=.;OPOS=21320279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:111:65:67:44:44:0.396396:22:22:37:28:22:22:37:30 chr17 21320350 . G A 337.23 PASS AF=0.352941;AO=42;DP=119;FAO=42;FDP=119;FR=.;FRO=77;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=41;FSRR=36;FWDB=-0.0119868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.213;QD=11.3355;RBI=0.0174545;REFB=-0.00319805;REVB=-0.0126876;RO=77;SAF=17;SAR=25;SRF=41;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144555;STB=0.582992;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0056228;OID=.;OPOS=21320350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:77:77:42:42:0.352941:25:17:41:36:25:17:41:36 chr17 21320365 . T C 145.46 PASS AF=0.214286;AO=24;DP=112;FAO=24;FDP=112;FR=.;FRO=88;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=52;FWDB=0.0152742;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.2564;QD=5.19484;RBI=0.0191258;REFB=-0.00500872;REVB=-0.0115107;RO=87;SAF=13;SAR=11;SRF=35;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174647;STB=0.603009;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0219631;OID=.;OPOS=21320365;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:87:88:24:24:0.214286:11:13:35:52:11:13:36:52 chr17 21320787 . G A 294.62 PASS AF=0.252874;AO=44;DP=174;FAO=44;FDP=174;FR=.;FRO=130;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=105;FWDB=0.00744958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.632;QD=6.77296;RBI=0.0243146;REFB=-0.00941388;REVB=-0.0231453;RO=129;SAF=20;SAR=24;SRF=25;SRR=104;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350869;STB=0.704843;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0224759;OID=.;OPOS=21320787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:174:129:130:44:44:0.252874:24:20:25:104:24:20:25:105 chr17 21320796 . C T 469.1 PASS AF=0.367742;AO=56;DP=154;FAO=57;FDP=155;FR=.;FRO=98;FSAF=12;FSAR=45;FSRF=22;FSRR=76;FWDB=-0.0060785;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.767;QD=12.1059;RBI=0.00916283;REFB=-0.00590607;REVB=-0.00685633;RO=96;SAF=11;SAR=45;SRF=20;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205966;STB=0.513074;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.00993002;OID=.;OPOS=21320796;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:155:96:98:56:57:0.367742:45:11:20:76:45:12:22:76 chr17 21320798 . G C 369.74 PASS AF=0.391026;AO=58;DP=153;FAO=61;FDP=156;FR=.;FRO=95;FSAF=15;FSAR=46;FSRF=20;FSRR=75;FWDB=0.0182291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.322;QD=9.48039;RBI=0.0274732;REFB=-0.0343984;REVB=0.0205542;RO=92;SAF=13;SAR=45;SRF=19;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0279896;STB=0.529918;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.123521;OID=.;OPOS=21320798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:156:92:95:58:61:0.391026:45:13:19:73:46:15:20:75 chr17 21320980 . C G 678.54 PASS AF=0.559322;AO=65;DP=118;FAO=66;FDP=118;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=13;FSRR=39;FWDB=-0.000544202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.943;QD=23.0012;RBI=0.0151248;REFB=-0.0157785;REVB=-0.0151151;RO=52;SAF=21;SAR=44;SRF=13;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698766;STB=0.535509;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0106239;OID=.;OPOS=21320980;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:52:52:65:66:0.559322:44:21:13:39:45:21:13:39 chr17 21320991 . C T 240.87 PASS AF=0.306931;AO=31;DP=101;FAO=31;FDP=101;FR=.;FRO=70;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=54;FWDB=-0.00402919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.157;QD=9.53922;RBI=0.00407423;REFB=-0.0102318;REVB=0.00060411;RO=70;SAF=8;SAR=23;SRF=16;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468621;STB=0.52738;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.02833;OID=.;OPOS=21320991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:70:70:31:31:0.306931:23:8:16:54:23:8:16:54 chr17 21320993 . G T 656.46 PASS AF=0.585859;AO=58;DP=99;FAO=58;FDP=99;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=7;FSRR=34;FWDB=0.0490439;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.378;QD=26.5237;RBI=0.0490594;REFB=-0.0197918;REVB=-0.00123482;RO=41;SAF=16;SAR=42;SRF=7;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105504;STB=0.557268;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0176549;OID=.;OPOS=21320993;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:41:41:58:58:0.585859:42:16:7:34:42:16:7:34 chr17 21321005 . C A 145.38 PASS AF=0.265823;AO=21;DP=80;FAO=21;FDP=79;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=45;FWDB=0.00309752;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8953;QD=7.36122;RBI=0.0364926;REFB=-0.0206511;REVB=0.0363609;RO=58;SAF=4;SAR=17;SRF=13;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0626552;STB=0.538137;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0694907;OID=.;OPOS=21321005;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:58:58:21:21:0.265823:17:4:13:45:17:4:13:45 chr17 21321016 . T C 419.43 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=65;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=25;FWDB=0.0493824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.182;QD=25.8111;RBI=0.0502804;REFB=-0.0268606;REVB=0.00946069;RO=25;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28693;STB=0.654259;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0179474;OID=.;OPOS=21321016;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:25:25:40:40:0.615385:28:12:0:25:28:12:0:25 chr17 21321028 . CC CG,TG 249.52 PASS AF=0.27451,0.254902;AO=13,13;DP=51;FAO=14,13;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=1,1;FSAR=13,12;FSRF=1;FSRR=23;FWDB=0.00683361,0.0310543;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=225.612,220.88;QD=19.5699;RBI=0.00907072,0.0310864;REFB=-0.00689542,-0.00745607;REVB=-0.00596488,-0.00141198;RO=23;SAF=1,1;SAR=12,12;SRF=1;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.14891,0.14891;STB=0.580546,0.593099;STBP=0.788,0.789;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00580523,0.00781058;OID=.,.;OPOS=21321029,21321028;OREF=C,CC;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:24:13,13:14,13:0.27451,0.254902:12,12:1,1:1:22:13,12:1,1:1:23 chr17 21322972 . GT CC 82.26 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.00738321;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=207.573;QD=12.1873;RBI=0.00758648;REFB=-0.0122764;REVB=-0.00174438;RO=15;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169434;STB=0.618829;STBP=0.3;TYPE=mnp;VARB=0.0216058;OID=.;OPOS=21322972;OREF=GT;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:27:27:15:16:11:11:0.407407:7:4:8:7:7:4:9:7 chr17 21322975 . G A 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0233097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.192;QD=7.95457;RBI=0.024106;REFB=-0.0119937;REVB=-0.0061446;RO=19;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0890944;STB=0.555418;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=0.0278163;OID=.;OPOS=21322975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:4:4:8:11:4:4:8:11 chr17 21323001 . C T 119.69 PASS AF=0.4;AO=10;DP=36;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0284853;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.267;QD=13.6784;RBI=0.0289291;REFB=-0.0115813;REVB=-0.00504768;RO=18;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224862;STB=0.602361;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0116397;OID=.;OPOS=21323001;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:18:21:10:14:0.4:7:3:9:9:9:5:11:10 chr17 21323049 . C T 61.55 PASS AF=0.169231;AO=11;DP=65;FAO=11;FDP=65;FR=.;FRO=54;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=-0.024437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.38;QD=3.78759;RBI=0.0244656;REFB=-0.00467942;REVB=0.00118376;RO=54;SAF=5;SAR=6;SRF=22;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594917;STB=0.539701;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0359856;OID=.;OPOS=21323049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:65:65:54:54:11:11:0.169231:6:5:22:32:6:5:22:32 chr17 21323096 . G A 115.2 PASS AF=0.225;AO=18;DP=79;FAO=18;FDP=80;FR=.;FRO=62;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=44;FWDB=-0.0174548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4205;QD=5.75989;RBI=0.0177947;REFB=-0.00637136;REVB=0.00346162;RO=55;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174116;STB=0.624151;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0125552;OID=.;OPOS=21323096;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:55:62:18:18:0.225:10:8:17:38:10:8:18:44 chr17 21323107 . A G 98.07 PASS AF=0.207792;AO=16;DP=79;FAO=16;FDP=77;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=41;FWDB=-0.000483379;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.359;QD=5.09456;RBI=0.00290168;REFB=-0.0120864;REVB=-0.00286113;RO=56;SAF=5;SAR=11;SRF=19;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378237;STB=0.514001;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0463294;OID=.;OPOS=21323107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:79:77:56:61:16:16:0.207792:11:5:19:37:11:5:20:41 chr17 21825565 . G T 2734.13 PASS AF=0.983333;AO=177;DP=181;FAO=177;FDP=180;FR=.;FRO=3;FSAF=93;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0204382;FXX=0.0109884;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.359;QD=60.7584;RBI=0.0254527;REFB=-0.174833;REVB=0.0151697;RO=2;SAF=93;SAR=84;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000542152;STB=0.503208;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000280176;OID=.;OPOS=21825565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:181:180:2:3:177:177:0.983333:84:93:1:1:84:93:1:2 chr17 21826256 . A G 686.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.646;QD=62.3883;RBI=0.0277564;REFB=0;REVB=0.0248113;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.14141e-05;OID=.;OPOS=21826256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:22:21:0:0:23:21:0:0 chr17 22023528 . G C 154.08 PASS AF=0.327869;AO=19;DP=62;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=14;FWDB=0.0100745;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.721;QD=10.1034;RBI=0.0132979;REFB=0.000669548;REVB=-0.00867975;RO=43;SAF=12;SAR=7;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00458872;STB=0.506323;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=-0.0010323;OID=.;OPOS=22023528;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:43:41:19:20:0.327869:7:12:27:16:7:13:27:14 chr17 22023591 . T C 195.48 PASS AF=0.285714;AO=25;DP=89;FAO=26;FDP=91;FR=.;FRO=65;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=45;FWDB=-0.00894422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.796;QD=8.59231;RBI=0.00898843;REFB=-0.00533575;REVB=0.000890437;RO=60;SAF=16;SAR=9;SRF=18;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388527;STB=0.70953;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.02175;OID=.;OPOS=22023591;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:91:60:65:25:26:0.285714:9:16:18:42:10:16:20:45 chr17 25628820 . T C 879.25 PASS AF=0.96875;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0308248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.204;QD=54.9529;RBI=0.0373548;REFB=-0.244345;REVB=0.0211001;RO=2;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235969;STB=0.512496;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00523798;OID=.;OPOS=25628820;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:64:64:2:2:62:62:0.96875:39:23:0:2:39:23:0:2 chr17 25909850 . G T 58.33 PASS AF=0.533333;AO=7;DP=14;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0232987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.578;QD=15.5539;RBI=0.0459122;REFB=-0.00943561;REVB=0.0395614;RO=7;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518471;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0109296;OID=.;OPOS=25909850;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:14:15:7:7:7:8:0.533333:6:1:1:6:7:1:1:6 chr17 25972311 . C T 173.73 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.00528826;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.296;QD=12.8685;RBI=0.00649599;REFB=-0.0118213;REVB=-0.00377255;RO=32;SAF=12;SAR=9;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0923973;STB=0.560384;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0125745;OID=.;OPOS=25972311;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:33:21:21:0.388889:9:12:21:11:9:12:22:11 chr17 26089867 . T C 302.95 PASS AF=0.305344;AO=40;DP=131;FAO=40;FDP=131;FR=.;FRO=91;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=40;FSRR=51;FWDB=-0.00516162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.813;QD=9.25038;RBI=0.0617186;REFB=-0.00921542;REVB=-0.0615024;RO=91;SAF=18;SAR=22;SRF=40;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125512;STB=0.507332;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0157813;OID=.;OPOS=26089867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:91:91:40:40:0.305344:22:18:40:51:22:18:40:51 chr17 26092631 . A G 312.2 PASS AF=0.368932;AO=38;DP=103;FAO=38;FDP=103;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.00235101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.021;QD=12.1243;RBI=0.0218057;REFB=-0.00708682;REVB=-0.0216786;RO=63;SAF=19;SAR=19;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260084;STB=0.514555;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0123039;OID=.;OPOS=26092631;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:63:65:38:38:0.368932:19:19:33:30:19:19:34:31 chr17 26096597 . G A 148.14 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.00877861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.261;QD=17.956;RBI=0.0166213;REFB=-0.00448389;REVB=-0.014114;RO=17;SAF=8;SAR=8;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295809;STB=0.666481;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00183574;OID=.;OPOS=26096597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:17:16:16:0.484848:8:8:3:14:8:8:3:14 chr17 26105932 . G A 235.67 PASS AF=0.341176;AO=28;DP=85;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=26;FSRR=30;FWDB=-0.00806624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.358;QD=11.0905;RBI=0.0282393;REFB=-0.0100378;REVB=0.0270628;RO=56;SAF=16;SAR=12;SRF=26;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122597;STB=0.557497;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0162057;OID=.;OPOS=26105932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:56:56:28:29:0.341176:12:16:26:30:13:16:26:30 chr17 26523332 . G A 184.81 PASS AF=0.377049;AO=23;DP=61;FAO=23;FDP=61;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.0146257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.948;QD=12.1184;RBI=0.0147303;REFB=-0.0105107;REVB=-0.00175187;RO=37;SAF=5;SAR=18;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0783409;STB=0.561347;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.033584;OID=.;OPOS=26523332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:38:23:23:0.377049:18:5:10:27:18:5:11:27 chr17 26676135 . C T 838.68 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0697051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7648;QD=56.8597;RBI=0.0703311;REFB=0;REVB=-0.00936284;RO=1;SAF=25;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184944;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000637546;OID=.;OPOS=26676135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:1:0:58:59:1:33:25:1:0:33:26:0:0 chr17 26684394 . T G 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.149675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.0261;QD=23.2175;RBI=0.150138;REFB=0.057643;REVB=0.011785;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00271178;OID=.;OPOS=26684394;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:0:1:4:1:0:1 chr17 26694861 . G A 862.65 PASS AF=0.968254;AO=60;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0304484;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3635;QD=54.7712;RBI=0.0872116;REFB=-0.147019;REVB=0.0817236;RO=1;SAF=29;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014981;STB=0.51562;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.00285747;OID=.;OPOS=26694861;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:63:63:1:2:60:61:0.968254:31:29:0:1:31:30:0:2 chr17 26708300 . T C 1157.38 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0482339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.589;QD=59.3528;RBI=0.0494705;REFB=0.085886;REVB=0.0109919;RO=1;SAF=38;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119811;STB=0.506327;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.000446201;OID=.;OPOS=26708300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:77:77:0.987179:39:38:0:1:39:38:0:1 chr17 26708302 . G T 1070.81 PASS AF=0.948718;AO=74;DP=78;FAO=74;FDP=78;FR=.;FRO=4;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0568246;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.536;QD=54.9135;RBI=0.0607963;REFB=-0.0968411;REVB=0.0216137;RO=4;SAF=37;SAR=37;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0242173;STB=0.512817;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.000956863;OID=.;OPOS=26708302;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:78:78:4:4:74:74:0.948718:37:37:1:3:37:37:1:3 chr17 26727721 . GA G 1328.84 PASS AF=1;AO=103;DP=107;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0643571;FXX=0.00909008;HRUN=2;LEN=1;MLLD=29.3282;QD=48.7648;RBI=0.0815398;REFB=0;REVB=-0.050069;RO=0;SAF=42;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08734e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00128589;OID=.;OPOS=26727722;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:103:107:109:109:0:44:65:0:0:24:0:42:61:0:0 chr17 26857788 . T C 438.5 PASS AF=0.689655;AO=40;DP=58;FAO=40;FDP=58;FR=.;FRO=18;FSAF=24;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0252624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.586;QD=30.2416;RBI=0.0439056;REFB=-0.00598178;REVB=-0.0359097;RO=18;SAF=24;SAR=16;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263;STB=0.514279;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00356463;OID=.;OPOS=26857788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:18:18:40:40:0.689655:16:24:10:8:16:24:10:8 chr17 26864302 . G C 95.71 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0238559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.739;QD=11.6012;RBI=0.0454087;REFB=-0.0191087;REVB=0.0386374;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215384;STB=0.588097;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0209806;OID=.;OPOS=26864302;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:18:21:12:12:0.363636:7:5:4:14:7:5:6:15 chr17 26875038 . C T 222.36 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.023786;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.433;QD=18.1515;RBI=0.0253785;REFB=-0.017726;REVB=0.00884852;RO=27;SAF=4;SAR=18;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285743;STB=0.664855;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0258877;OID=.;OPOS=26875038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:27:27:22:22:0.44898:18:4:11:16:18:4:11:16 chr17 27009749 . C T 300.77 PASS AF=0.404762;AO=33;DP=83;FAO=34;FDP=84;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=0.00508829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.178;QD=14.3224;RBI=0.0071583;REFB=0.00263641;REVB=0.00503494;RO=49;SAF=15;SAR=18;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143506;STB=0.576557;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-0.00382871;OID=.;OPOS=27009749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:49:50:33:34:0.404762:18:15:29:20:18:16:30:20 chr17 27065211 . T C 437.89 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=18;FSRR=30;FWDB=-0.0033675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.763;QD=19.0387;RBI=0.0288446;REFB=-0.026228;REVB=-0.0286474;RO=48;SAF=21;SAR=23;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0966734;STB=0.553707;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.017769;OID=.;OPOS=27065211;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:48:48:44:44:0.478261:23:21:18:30:23:21:18:30 chr17 27185827 . C T 1062.43 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00474474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.013;QD=59.8553;RBI=0.00563319;REFB=0;REVB=-0.00303648;RO=0;SAF=27;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.21889e-06;OID=.;OPOS=27185827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:44:27:0:0:44:27:0:0 chr17 27207453 . G A 50.27 PASS AF=0.190476;AO=8;DP=42;FAO=8;FDP=42;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0161163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.857;QD=4.78729;RBI=0.0288639;REFB=-0.00429736;REVB=0.0239456;RO=34;SAF=2;SAR=6;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283595;STB=0.691801;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0189068;OID=.;OPOS=27207453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:42:42:34:34:8:8:0.190476:6:2:16:18:6:2:16:18 chr17 27207571 . C T 447.9 PASS AF=0.626866;AO=42;DP=67;FAO=42;FDP=67;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00773075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.865;QD=26.7404;RBI=0.00989733;REFB=-0.0166102;REVB=-0.00618001;RO=25;SAF=22;SAR=20;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00260975;STB=0.501424;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0115074;OID=.;OPOS=27207571;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:25:25:42:42:0.626866:20:22:13:12:20:22:13:12 chr17 27225586 . A T 158.91 PASS AF=0.761905;AO=15;DP=20;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.00668757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.797;QD=30.268;RBI=0.0118855;REFB=-0.0141981;REVB=-0.00982557;RO=5;SAF=9;SAR=6;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917426;STB=0.555485;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.00545267;OID=.;OPOS=27225586;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:20:21:5:5:15:16:0.761905:6:9:2:3:6:10:2:3 chr17 27286750 . G A 615.72 PASS AF=0.571429;AO=55;DP=98;FAO=56;FDP=98;FR=.;FRO=42;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00665495;FXX=0.0101;HRUN=5;LEN=1;MLLD=154.283;QD=25.1316;RBI=0.0189743;REFB=-0.0162614;REVB=0.0177689;RO=41;SAF=31;SAR=24;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172259;STB=0.583605;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0107036;OID=.;OPOS=27286750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:41:42:55:56:0.571429:24:31:14:27:25:31:15:27 chr17 27286851 . T C 792.74 PASS AF=0.573643;AO=74;DP=129;FAO=74;FDP=129;FR=.;FRO=55;FSAF=39;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=-0.00460286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7386;QD=24.5809;RBI=0.00774145;REFB=-0.0298954;REVB=0.00622445;RO=54;SAF=39;SAR=35;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0638988;STB=0.530882;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0268192;OID=.;OPOS=27286851;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:54:55:74:74:0.573643:35:39:24:30:35:39:25:30 chr17 27290968 . CT CTG,TG 232.49 PASS AF=0.532468,0;AO=27,3;DP=74;FAO=41,0;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=24,0;FSAR=17,0;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.2856,0.0665402;FXX=0;HRUN=3,4;LEN=1,2;MLLD=13.4546,14.3094;QD=12.0776;RBI=0.287833,0.103895;REFB=0.10893,0.0367537;REVB=0.0357845,0.079791;RO=27;SAF=15,3;SAR=12,0;SRF=13;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0663602,0.567561;STB=0.500978,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=-0.075992,-0.045442;OID=.,.;OPOS=27290970,27290968;OREF=-,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:27:36:27,3:41,0:0.532468,0:12,0:15,3:13:14:17,0:24,0:21:15 chr17 27422053 . C T 341.9 PASS AF=0.644444;AO=29;DP=45;FAO=29;FDP=45;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.100547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.792;QD=30.391;RBI=0.100887;REFB=-0.00997124;REVB=-0.00828382;RO=16;SAF=12;SAR=17;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0686053;STB=0.537575;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.00519211;OID=.;OPOS=27422053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:16:16:29:29:0.644444:17:12:5:11:17:12:5:11 chr17 27438469 . G A 169.45 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=0.00139641;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=89.8652;QD=16.5315;RBI=0.00296678;REFB=-0.0446559;REVB=0.0026176;RO=19;SAF=12;SAR=6;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0735792;STB=0.518498;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0455685;OID=.;OPOS=27438469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:23:18:18:0.439024:6:12:14:5:6:12:16:7 chr17 27441077 . C G 304.33 PASS AF=0.764706;AO=23;DP=31;FAO=26;FDP=34;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0445599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.073;QD=35.8033;RBI=0.0523301;REFB=-0.0136155;REVB=0.0274383;RO=7;SAF=8;SAR=15;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0374794;STB=0.507457;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00266647;OID=.;OPOS=27441077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:31:34:7:8:23:26:0.764706:15:8:3:4:17:9:3:5 chr17 27580756 . C T 322.24 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0130256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.099;QD=28.0213;RBI=0.0166681;REFB=-0.00612548;REVB=0.0103999;RO=18;SAF=14;SAR=14;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394226;STB=0.521724;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.00411394;OID=.;OPOS=27580756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:14:14:10:8:14:14:10:8 chr17 27582926 . GTTTTTTTTC GTTTTTTTC,GTTTTTTTT,GTTTTTTTTT,TGTTTTTTTT 260.64 PASS AF=0.0181818,0.381818,0.127273,0;AO=10,10,9,3;DP=55;FAO=1,21,7,0;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=1,13,4,0;FSAR=0,8,3,0;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.151044,0.00581768,-0.00355751,0.0122224;FXX=0.0350816;HRUN=8,1,1,1;LEN=1,1,1,10;MLLD=7.04511,184.066,185.128,176.396;QD=18.9555;RBI=0.204123,0.00857611,0.00659886,0.0134157;REFB=-0.134185,0.00160638,0.00351042,-0.00401215;REVB=-0.137302,-0.00630114,-0.00555779,-0.00553122;RO=13;SAF=2,7,5,2;SAR=8,3,4,1;SRF=9;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.481956,0.00872281,-0.140406,-0.0321514;STB=0.990532,0.588392,0.585962,0.5;STBP=0.253,0.296,0.635,1;TYPE=del,del,snp,mnp;VARB=0.168646,-0.00463596,0.0016059,-0.0123605;OID=.,.,.,.;OPOS=27582927,27582935,27582935,27582926;OREF=T,C,C,GTTTTTTTTC;OALT=-,-,T,TGTTTTTTTT;OMAPALT=GTTTTTTTC,GTTTTTTTT,GTTTTTTTTT,TGTTTTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:55:55:13:26:10,10,9,3:1,21,7,0:0.0181818,0.381818,0.127273,0:8,3,4,1:2,7,5,2:9:4:0,8,3,0:1,13,4,0:12:14 chr17 27835138 . C T 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0112444;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.499;QD=14.1699;RBI=0.014182;REFB=-0.0240366;REVB=-0.0086426;RO=11;SAF=5;SAR=5;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.375933;STB=0.681502;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0254866;OID=.;OPOS=27835138;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:11:12:10:10:0.454545:5:5:1:10:5:5:2:10 chr17 27889578 . T C 1829.32 PASS AF=0.98374;AO=119;DP=122;FAO=121;FDP=123;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0117073;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.946;QD=59.4902;RBI=0.0321606;REFB=-0.0626419;REVB=0.029954;RO=1;SAF=60;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00785093;STB=0.500067;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00060371;OID=.;OPOS=27889578;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:122:123:1:2:119:121:0.98374:59:60:1:0:60:61:1:1 chr17 27889986 . T C 1091.05 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00028599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.38;QD=59.7838;RBI=0.0588723;REFB=0;REVB=0.0588716;RO=0;SAF=39;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139922;OID=.;OPOS=27889986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:34:39:0:0:34:39:0:0 chr17 27901975 . A G 569.08 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0348663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.852;QD=59.9028;RBI=0.0669733;REFB=0;REVB=0.0571818;RO=0;SAF=24;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112138;OID=.;OPOS=27901975;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:13:24:0:0:14:24:0:0 chr17 27904711 . G A 79.54 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=26;FWDB=0.000247816;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.4235;QD=7.06994;RBI=0.0512576;REFB=0.000395641;REVB=-0.051257;RO=34;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.543472;STB=0.828087;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.00514043;OID=.;OPOS=27904711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:34:34:11:11:0.244444:3:8:8:26:3:8:8:26 chr17 28268800 . A C 157.68 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0172003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2537;QD=11.2628;RBI=0.048462;REFB=0.00840412;REVB=0.0453069;RO=35;SAF=11;SAR=9;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00787401;STB=0.514374;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=-0.0138056;OID=.;OPOS=28268800;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:36:20:20:0.357143:9:11:19:16:9:11:19:17 chr17 28296327 . T G 116.05 PASS AF=0.4;AO=13;DP=34;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0716715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.3508;QD=13.2623;RBI=0.0718057;REFB=-0.0300611;REVB=-0.00438818;RO=21;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0348754;STB=0.542796;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0478316;OID=.;OPOS=28296327;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:21:21:13:14:0.4:7:6:9:12:7:7:9:12 chr17 28320248 . T A 753.46 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.338;QD=56.865;RBI=0.0170585;REFB=0;REVB=0.0115464;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.30018e-05;OID=.;OPOS=28320248;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:32:19:0:0:34:19:0:0 chr17 28381141 . C G 286.12 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00168088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.277;QD=20.4368;RBI=0.0208508;REFB=0.00460991;REVB=0.0207829;RO=26;SAF=13;SAR=17;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119955;STB=0.566622;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=-0.00393538;OID=.;OPOS=28381141;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:26:30:30:0.535714:17:13:15:11:17:13:15:11 chr17 28405273 . C T 301.1 PASS AF=0.4;AO=34;DP=85;FAO=34;FDP=85;FR=.;FRO=51;FSAF=5;FSAR=29;FSRF=35;FSRR=16;FWDB=0.0515808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.274;QD=14.1693;RBI=0.0607049;REFB=-0.00791809;REVB=0.0320078;RO=51;SAF=5;SAR=29;SRF=35;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.590685;STB=0.837339;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00880691;OID=.;OPOS=28405273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:51:51:34:34:0.4:29:5:35:16:29:5:35:16 chr17 28407876 . T G 752.18 PASS AF=0.595041;AO=67;DP=117;FAO=72;FDP=121;FR=.;FRO=49;FSAF=36;FSAR=36;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.010253;FXX=0.00819605;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.1838;QD=24.8654;RBI=0.0435802;REFB=-0.0293712;REVB=0.042357;RO=49;SAF=35;SAR=32;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00945047;STB=0.504131;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0478155;OID=.;OPOS=28407876;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:121:49:49:67:72:0.595041:32:35:25:24:36:36:24:25 chr17 28444183 . A C 489.35 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0148321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8496;QD=55.9257;RBI=0.0291136;REFB=-0.0138248;REVB=-0.0250521;RO=1;SAF=14;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322195;STB=0.517231;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00368867;OID=.;OPOS=28444183;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:20:14:1:0:20:14:1:0 chr17 28511978 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.337;QD=40.7629;RBI=0.0487538;REFB=0;REVB=0.0448594;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000807991;OID=.;OPOS=28511978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:3:7:0:0:3:7:0:0 chr17 28794020 . A G 1507.86 PASS AF=1;AO=95;DP=97;FAO=97;FDP=97;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4573;QD=62.1796;RBI=0.0361083;REFB=-0.104921;REVB=0.0270865;RO=0;SAF=57;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122734;OID=.;OPOS=28794020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:97:97:0:0:95:97:1:38:57:0:0:38:59:0:0 chr17 28853530 . A C 423.92 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0319566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.06;QD=56.522;RBI=0.040537;REFB=0;REVB=0.0249404;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194916;OID=.;OPOS=28853530;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:13:16:0:0:13:17:0:0 chr17 28900708 . G T 279.96 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000916619;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=234.878;QD=48.6883;RBI=0.014084;REFB=-0.120207;REVB=0.0140541;RO=1;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369717;STB=0.519982;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000696076;OID=.;OPOS=28900708;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:1:1:22:22:0.956522:12:10:0:1:12:10:0:1 chr17 29219640 . A G 102.29 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0110973;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=163.112;QD=9.0923;RBI=0.0129197;REFB=-0.00539815;REVB=-0.00661582;RO=32;SAF=10;SAR=3;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369705;STB=0.726906;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0185909;OID=.;OPOS=29219640;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:3:10:15:17:3:10:15:17 chr17 29486152 . G A 1153.4 PASS AF=0.987179;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0501884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.732;QD=59.1485;RBI=0.0502311;REFB=-0.072492;REVB=0.00207074;RO=0;SAF=26;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99741e-08;STB=0.509089;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00033833;OID=.;OPOS=29486152;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:78:0:1:76:77:0.987179:50:26:0:0:50:27:1:0 chr17 29496819 . C T 375.64 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00331583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.7203;QD=55.6496;RBI=0.0785002;REFB=0;REVB=0.0784301;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132353;OID=.;OPOS=29496819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr17 29508775 . G A 695.86 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0296592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.835;QD=60.5099;RBI=0.0304741;REFB=-0.0708344;REVB=-0.00700017;RO=1;SAF=24;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191802;STB=0.5102;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00022173;OID=.;OPOS=29508775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:21:24:1:0:21:24:1:0 chr17 29646032 . G A 1725.43 PASS AF=1;AO=113;DP=113;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.041661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.818;QD=60.5413;RBI=0.0467586;REFB=0;REVB=0.0212304;RO=0;SAF=42;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.03664e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.34197e-05;OID=.;OPOS=29646032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:113:114:0:0:113:114:1:71:42:0:0:72:42:0:0 chr17 29705947 . T C 594.96 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0780712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.592;QD=59.4956;RBI=0.078318;REFB=0;REVB=0.00621258;RO=1;SAF=11;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407079;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000601807;OID=.;OPOS=29705947;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:1:0:39:40:1:28:11:1:0:28:12:0:0 chr17 29855661 . G A 36.43 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00701588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.458;QD=6.33583;RBI=0.0274354;REFB=-0.00953041;REVB=-0.0265232;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292794;STB=0.721525;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0131355;OID=.;OPOS=29855661;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:23:15:17:6:6:0.26087:2:4:6:9:2:4:6:11 chr17 29857460 . G A 349.29 PASS AF=0.57377;AO=34;DP=60;FAO=35;FDP=61;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0205394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.214;QD=22.9045;RBI=0.0250262;REFB=-0.0296984;REVB=0.0142985;RO=26;SAF=13;SAR=21;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063197;STB=0.529515;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.021107;OID=.;OPOS=29857460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:61:26:26:34:35:0.57377:21:13:8:18:22:13:8:18 chr17 29859016 . G A 77.8 PASS AF=0.22;AO=11;DP=52;FAO=11;FDP=50;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0172341;FXX=0.0384541;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2101;QD=6.22418;RBI=0.0359557;REFB=-0.0105459;REVB=0.0315562;RO=40;SAF=6;SAR=5;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679908;STB=0.555457;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0214161;OID=.;OPOS=29859016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:52:50:40:39:11:11:0.22:5:6:24:16:5:6:24:15 chr17 29859506 . G T 78.08 PASS AF=0.19403;AO=13;DP=66;FAO=13;FDP=67;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=34;FSRR=20;FWDB=0.0276231;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4678;QD=4.66162;RBI=0.0930468;REFB=-0.0109225;REVB=0.088852;RO=53;SAF=11;SAR=2;SRF=33;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348737;STB=0.728508;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=0.0304715;OID=.;OPOS=29859506;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:66:67:53:54:13:13:0.19403:2:11:33:20:2:11:34:20 chr17 29890808 . C T 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.8586;QD=60.6092;RBI=0.0186786;REFB=0;REVB=-0.00893087;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.0508e-05;OID=.;OPOS=29890808;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr17 30183857 . T C 563.82 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.333;QD=59.349;RBI=0.040467;REFB=0;REVB=0.0249288;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.15836e-06;OID=.;OPOS=30183857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:17:20:0:0:18:20:0:0 chr17 30222002 . T C 675.2 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0350624;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.362;QD=62.8091;RBI=0.0486551;REFB=0;REVB=0.0337335;RO=0;SAF=15;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282872;OID=.;OPOS=30222002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:44:43:1:29:15:0:0:29:14:0:0 chr17 30348160 . T C 642.03 PASS AF=0.464789;AO=66;DP=141;FAO=66;FDP=142;FR=.;FRO=76;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=27;FSRR=49;FWDB=-0.0247426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.571;QD=18.0852;RBI=0.0255503;REFB=-0.0121524;REVB=0.00637357;RO=75;SAF=30;SAR=36;SRF=26;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105663;STB=0.554091;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0136603;OID=.;OPOS=30348160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:142:75:76:66:66:0.464789:36:30:26:49:36:30:27:49 chr17 30470028 . G GC 81.41 PASS AF=0.615385;AO=12;DP=31;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0178488;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=9.96971;QD=12.5239;RBI=0.103562;REFB=-0.0284346;REVB=-0.102012;RO=17;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374704;STB=0.571334;STBP=0.456;TYPE=ins;VARB=0.0462365;OID=.;OPOS=30470029;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.615385:12:31:16:26:10:4:12:4:6:28:17:2:10:8:9 chr17 30533970 . A G 516.98 PASS AF=0.686567;AO=46;DP=67;FAO=46;FDP=67;FR=.;FRO=21;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0192581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.537;QD=30.8645;RBI=0.019442;REFB=-0.0462801;REVB=0.00266759;RO=20;SAF=29;SAR=17;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0476223;STB=0.519633;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0165148;OID=.;OPOS=30533970;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:20:21:46:46:0.686567:17:29:11:9:17:29:12:9 chr17 30625205 . G A 642.04 PASS AF=0.552632;AO=63;DP=114;FAO=63;FDP=114;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=32;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.00510297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.082;QD=22.5276;RBI=0.0515888;REFB=-0.0152671;REVB=0.0513358;RO=51;SAF=31;SAR=32;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0625193;STB=0.534213;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0115051;OID=.;OPOS=30625205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:51:51:63:63:0.552632:32:31:29:22:32:31:29:22 chr17 31268378 . C T 232.01 PASS AF=0.322222;AO=29;DP=90;FAO=29;FDP=90;FR=.;FRO=61;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.0285213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.409;QD=10.3113;RBI=0.033928;REFB=-0.00394482;REVB=-0.0183751;RO=60;SAF=14;SAR=15;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13521;STB=0.583468;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00921261;OID=.;OPOS=31268378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:60:61:29:29:0.322222:15:14:36:24:15:14:37:24 chr17 31340682 . C T 179.42 PASS AF=0.252525;AO=25;DP=100;FAO=25;FDP=99;FR=.;FRO=74;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=50;FWDB=0.00622962;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4089;QD=7.24914;RBI=0.0546399;REFB=-0.0116077;REVB=-0.0542836;RO=71;SAF=14;SAR=11;SRF=24;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268464;STB=0.671257;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0324035;OID=.;OPOS=31340682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:99:71:74:25:25:0.252525:11:14:24:47:11:14:24:50 chr17 32483237 . A G 230.71 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00400732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.075;QD=14.4196;RBI=0.0114828;REFB=-0.00643801;REVB=0.0107608;RO=37;SAF=12;SAR=15;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687048;STB=0.538979;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00689878;OID=.;OPOS=32483237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:15:12:14:23:15:12:14:23 chr17 32483270 . C G 199.35 PASS AF=0.380952;AO=25;DP=64;FAO=24;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=38;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.0695624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4272;QD=12.6571;RBI=0.071439;REFB=0.00284431;REVB=0.0162665;RO=32;SAF=14;SAR=11;SRF=8;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301103;STB=0.629524;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=-0.00363445;OID=.;OPOS=32483270;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:63:32:38:25:24:0.380952:11:14:8:24:10:14:14:24 chr17 32614637 . C A 249.53 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=70;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.00205141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.552;QD=14.2591;RBI=0.00652706;REFB=-0.0133638;REVB=0.00619631;RO=41;SAF=18;SAR=11;SRF=25;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119128;STB=0.506773;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0174424;OID=.;OPOS=32614637;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:41:41:29:29:0.414286:11:18:25:16:11:18:25:16 chr17 32904586 . C T 748.36 PASS AF=0.948276;AO=55;DP=58;FAO=55;FDP=58;FR=.;FRO=3;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00874628;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.9917;QD=51.6108;RBI=0.00899311;REFB=0.0457488;REVB=-0.00209249;RO=1;SAF=30;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154549;STB=0.506327;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.0138989;OID=.;OPOS=32904586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:58:58:1:3:55:55:0.948276:25:30:1:0:25:30:2:1 chr17 32906008 . C G 275.55 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0691055;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.3119;QD=15.9741;RBI=0.0785853;REFB=-0.00276458;REVB=-0.0374176;RO=36;SAF=20;SAR=11;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27049;STB=0.638408;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00132002;OID=.;OPOS=32906008;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:36:38:31:31:0.449275:11:20:13:23:11:20:15:23 chr17 33269648 . C G 190.27 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0134938;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.407;QD=21.7449;RBI=0.0168499;REFB=-0.0107149;REVB=-0.0100913;RO=16;SAF=7;SAR=12;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161077;STB=0.590672;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00786857;OID=.;OPOS=33269648;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:12:7:9:7:12:7:9:7 chr17 33286664 . A G 233.4 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=73;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=0.00502494;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.79;QD=12.7891;RBI=0.0111531;REFB=-0.0115556;REVB=0.00995698;RO=44;SAF=15;SAR=13;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104546;STB=0.512306;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.0195268;OID=.;OPOS=33286664;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:44:45:28:28:0.383562:13:15:24:20:13:15:25:20 chr17 33288363 . C T 2864.71 PASS AF=0.893805;AO=202;DP=226;FAO=202;FDP=226;FR=.;FRO=24;FSAF=70;FSAR=132;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.0347097;FXX=0.00440509;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.08;QD=50.7029;RBI=0.035129;REFB=-0.0364202;REVB=-0.0054112;RO=22;SAF=70;SAR=132;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0673885;STB=0.536683;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.000935995;OID=.;OPOS=33288363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:226:226:22:24:202:202:0.893805:132:70:15:7:132:70:16:8 chr17 33288364 . G T 52.5 PASS AF=0.0837004;AO=22;DP=227;FAO=19;FDP=227;FR=.;FRO=208;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=74;FSRR=134;FWDB=-0.0499797;FXX=0.00438577;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7937;QD=0.925149;RBI=0.0515486;REFB=-0.0312309;REVB=-0.012621;RO=205;SAF=15;SAR=7;SRF=71;SRR=134;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387258;STB=0.737355;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0603537;OID=.;OPOS=33288364;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:227:227:205:208:22:19:0.0837004:7:15:71:134:7:12:74:134 chr17 33288882 . T G 1455.02 PASS AF=0.989583;AO=91;DP=93;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0134899;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.267;QD=60.6257;RBI=0.0138079;REFB=-0.0619879;REVB=0.00294638;RO=1;SAF=37;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126384;STB=0.506023;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00377886;OID=.;OPOS=33288882;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:96:1:1:91:95:0.989583:54:37:1:0:54:41:1:0 chr17 33289937 . A T 996.51 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.541;QD=58.6181;RBI=0.040128;REFB=0;REVB=0.0387361;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121166;OID=.;OPOS=33289937;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:68:0:0:62:68:1:31:31:0:0:36:32:0:0 chr17 33307586 . G A 178.72 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.035678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.8155;QD=22.3401;RBI=0.0435737;REFB=-0.0447336;REVB=-0.025015;RO=14;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0188636;OID=.;OPOS=33307586;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:9:9:7:7:9:9:7:7 chr17 33332629 . G A 762.33 PASS AF=0.684783;AO=62;DP=91;FAO=63;FDP=92;FR=.;FRO=29;FSAF=42;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=6;FWDB=-0.0093063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.0649;QD=33.1448;RBI=0.0151303;REFB=-0.0260401;REVB=0.0119297;RO=29;SAF=41;SAR=21;SRF=23;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0898114;STB=0.546204;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00738411;OID=.;OPOS=33332629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:29:29:62:63:0.684783:21:41:23:6:21:42:23:6 chr17 33448818 . T C 1263.9 PASS AF=0.965909;AO=84;DP=88;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=40;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0218651;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.3933;QD=57.4499;RBI=0.0490543;REFB=0.0665728;REVB=-0.0439117;RO=4;SAF=40;SAR=44;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00205171;STB=0.506701;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=-0.00168769;OID=.;OPOS=33448818;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:88:88:4:3:84:85:0.965909:44:40:2:2:45:40:2:1 chr17 33454415 . C A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0330692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.851;QD=53.2772;RBI=0.0346135;REFB=0;REVB=0.0102237;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199708;OID=.;OPOS=33454415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr17 33457562 . T C 74.15 PASS AF=0.384615;AO=9;DP=24;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0271226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.442;QD=11.4079;RBI=0.0301397;REFB=-0.0489977;REVB=0.0131441;RO=14;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175766;STB=0.562374;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0513911;OID=.;OPOS=33457562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:24:26:14:16:9:10:0.384615:6:3:7:7:6:4:8:8 chr17 33459096 . C T 268.91 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=65;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=-0.00445335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.675;QD=16.5486;RBI=0.00791206;REFB=-0.0150726;REVB=-0.00653976;RO=35;SAF=15;SAR=15;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136721;STB=0.507687;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0164121;OID=.;OPOS=33459096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:35:30:30:0.461538:15:15:18:17:15:15:18:17 chr17 33459419 . G A 89.22 PASS AF=0.244898;AO=11;DP=49;FAO=12;FDP=49;FR=.;FRO=37;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.0380385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3987;QD=7.28302;RBI=0.0481114;REFB=-0.0188797;REVB=0.0294581;RO=37;SAF=2;SAR=9;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19305;STB=0.643293;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0803321;OID=.;OPOS=33459419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:49:49:37:37:11:12:0.244898:9:2:11:26:10:2:11:26 chr17 33460175 . T C 98.54 PASS AF=0.242424;AO=15;DP=65;FAO=16;FDP=66;FR=.;FRO=50;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=34;FWDB=-0.0147327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.8242;QD=5.97214;RBI=0.100453;REFB=-0.00797729;REVB=-0.0993672;RO=48;SAF=4;SAR=11;SRF=14;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038112;STB=0.506571;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0471025;OID=.;OPOS=33460175;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:65:66:48:50:15:16:0.242424:11:4:14:34:11:5:16:34 chr17 33460367 . G A 184.87 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0131167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.331;QD=18.487;RBI=0.0375498;REFB=-0.0371211;REVB=0.0351844;RO=19;SAF=15;SAR=4;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0665353;STB=0.555494;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0248756;OID=.;OPOS=33460367;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:21:19:19:0.475:4:15:14:5:4:15:15:6 chr17 33460431 . C T 217.43 PASS AF=0.341463;AO=26;DP=80;FAO=28;FDP=82;FR=.;FRO=54;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0659895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9632;QD=10.6063;RBI=0.0865765;REFB=-0.025586;REVB=0.0560435;RO=53;SAF=15;SAR=11;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120962;STB=0.583567;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0487373;OID=.;OPOS=33460431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:82:53:54:26:28:0.341463:11:15:25:28:11:17:26:28 chr17 33460516 . A G 131.61 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.0812632;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5483;QD=9.74875;RBI=0.0825368;REFB=-0.00747989;REVB=-0.0144434;RO=35;SAF=4;SAR=13;SRF=8;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106844;STB=0.532125;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.046852;OID=.;OPOS=33460516;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:37:17:17:0.314815:13:4:8:27:13:4:10:27 chr17 33464864 . C T 755.15 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0063136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.742;QD=55.9368;RBI=0.0791606;REFB=0;REVB=0.0789084;RO=1;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149535;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000989892;OID=.;OPOS=33464864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:1:0:52:54:1:31:21:0:1:33:21:0:0 chr17 33469279 . G C 214.19 PASS AF=0.947368;AO=19;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.12942;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0244;QD=45.0921;RBI=0.129859;REFB=0.0322877;REVB=-0.0106714;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.529379;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00766064;OID=.;OPOS=33469279;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:19:18:0.947368:10:9:0:0:10:8:1:0 chr17 33495347 . CAA CA,CAACC 146.57 PASS AF=0.769231,0.230769;AO=5,3;DP=24;FAO=20,6;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11,0;FSAR=9,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.725294,0.0718631;FXX=0;HRUN=5,0;LEN=1,2;MLLD=7.39911,91.2416;QD=22.5491;RBI=0.750014,0.117831;REFB=0.0203616,-0.0571165;REVB=-0.190972,-0.0933795;RO=11;SAF=1,0;SAR=4,3;SRF=10;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.659866,-0.793296;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,ins;VARB=0.0157688,0.141874;OID=.,.;OPOS=33495348,33495350;OREF=A,-;OALT=-,CC;OMAPALT=CA,CAACC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.769231,0.230769:5,3:24:20,6:26:0:11,0:9,6:0:0:35:11:1,0:4,3:10:1 chr17 33680807 . G A 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0180047;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.026;QD=43.4842;RBI=0.0211216;REFB=0;REVB=-0.0110432;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000622771;OID=.;OPOS=33680807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr17 33680811 . C A 112.89 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00597393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9748;QD=28.2235;RBI=0.0370929;REFB=-0.0156711;REVB=-0.0366087;RO=4;SAF=8;SAR=4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807907;STB=0.545377;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00292157;OID=.;OPOS=33680811;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:4:8:2:2:4:8:2:2 chr17 33680840 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0394512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4608;QD=57.6806;RBI=0.0482257;REFB=0;REVB=-0.0277367;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00157603;OID=.;OPOS=33680840;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:19:11:0:0:20:11:0:0 chr17 33689926 . T C 2297.03 PASS AF=0.993464;AO=152;DP=153;FAO=152;FDP=153;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.049889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3902;QD=60.053;RBI=0.0672302;REFB=-0.0768645;REVB=-0.0450664;RO=1;SAF=85;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0055637;STB=0.502924;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=-8.08746e-05;OID=.;OPOS=33689926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:153:153:1:1:152:152:0.993464:67:85:1:0:67:85:1:0 chr17 33749546 . A G 174.21 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.00384823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.604;QD=17.4207;RBI=0.00402262;REFB=-0.00506223;REVB=-0.00117159;RO=20;SAF=5;SAR=14;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154747;STB=0.515034;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.00502422;OID=.;OPOS=33749546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:21:19:19:0.475:14:5:5:15:14:5:6:15 chr17 33768334 . T G 289.85 PASS AF=0.383721;AO=30;DP=81;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=33;FSRR=20;FWDB=-0.0155557;FXX=0.0227247;HRUN=5;LEN=1;MLLD=115.038;QD=13.4815;RBI=0.0235411;REFB=-0.0165853;REVB=-0.0176693;RO=34;SAF=11;SAR=19;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211078;STB=0.676817;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0257232;OID=.;OPOS=33768334;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:86:34:53:30:33:0.383721:19:11:20:14:22:11:33:20 chr17 33768354 . C T 885.21 PASS AF=1;AO=57;DP=59;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00517216;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.5756;QD=57.1105;RBI=0.1252;REFB=0;REVB=0.125093;RO=1;SAF=28;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016546;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00212146;OID=.;OPOS=33768354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:62:1:0:57:62:1:29:28:1:0:32:30:0:0 chr17 33768383 . T A 304.61 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00552807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.519;QD=26.488;RBI=0.00584418;REFB=-0.0180056;REVB=0.00189604;RO=19;SAF=14;SAR=13;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111776;STB=0.561752;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.020671;OID=.;OPOS=33768383;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:13:14:7:12:13:14:7:12 chr17 33769034 . G A 188.32 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0125712;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.3389;QD=10.7612;RBI=0.0221039;REFB=0.00390975;REVB=-0.0181809;RO=46;SAF=20;SAR=4;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.490683;STB=0.789212;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=-0.0106551;OID=.;OPOS=33769034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:46:24:24:0.342857:4:20:20:26:4:20:20:26 chr17 33769038 . C A 117.04 PASS AF=0.236842;AO=18;DP=76;FAO=18;FDP=76;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=25;FSRR=33;FWDB=-0.00567539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.498;QD=6.15978;RBI=0.0476907;REFB=-0.0149621;REVB=0.0473518;RO=58;SAF=17;SAR=1;SRF=25;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.687047;STB=0.931734;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0356603;OID=.;OPOS=33769038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:58:58:18:18:0.236842:1:17:25:33:1:17:25:33 chr17 33771996 . G A 81.96 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.0175698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.187;QD=8.62782;RBI=0.0204217;REFB=-0.00613678;REVB=0.010409;RO=27;SAF=6;SAR=5;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191028;STB=0.615568;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0157973;OID=.;OPOS=33771996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:5:6:19:8:5:6:19:8 chr17 33805150 . T C 2065.66 PASS AF=0.992537;AO=133;DP=134;FAO=133;FDP=134;FR=.;FRO=1;FSAF=64;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00218328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.409;QD=61.6614;RBI=0.0391003;REFB=-0.182158;REVB=0.0390393;RO=1;SAF=64;SAR=69;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683923;STB=0.503597;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000826917;OID=.;OPOS=33805150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:134:134:1:1:133:133:0.992537:69:64:0:1:69:64:0:1 chr17 33806546 . G A 101.91 PASS AF=0.195402;AO=17;DP=87;FAO=17;FDP=87;FR=.;FRO=70;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=44;FWDB=0.00748564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8946;QD=4.68535;RBI=0.00757399;REFB=-0.0061619;REVB=-0.00115346;RO=70;SAF=7;SAR=10;SRF=26;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531465;STB=0.533859;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0143307;OID=.;OPOS=33806546;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:70:70:17:17:0.195402:10:7:26:44:10:7:26:44 chr17 33806863 . G A 1840.45 PASS AF=1;AO=120;DP=120;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=67;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.365;QD=61.3484;RBI=0.0166734;REFB=0;REVB=-0.00547139;RO=0;SAF=67;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.43805e-06;OID=.;OPOS=33806863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:120:0:0:120:120:1:53:67:0:0:53:67:0:0 chr17 33880003 . C G 117.74 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.00567914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.28;QD=12.394;RBI=0.0092828;REFB=-0.0123046;REVB=0.00734286;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0893784;STB=0.552557;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0185001;OID=.;OPOS=33880003;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:7:7:10:14:7:7:10:14 chr17 33881631 . T C 1457.71 PASS AF=0.980583;AO=83;DP=102;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=61;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00653175;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.68;QD=56.6102;RBI=0.00879479;REFB=-0.0347959;REVB=0.00588936;RO=0;SAF=44;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03564e-08;STB=0.512193;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.000665202;OID=.;OPOS=33881631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:102:103:0:2:83:101:0.980583:39:44:0:0:40:61:0:2 chr17 33881718 . G A 769.46 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430854;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=60.4658;QD=56.9969;RBI=0.0474281;REFB=0;REVB=-0.0198261;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000252482;OID=.;OPOS=33881718;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr17 33884804 . T C 234.41 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0059974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.412;QD=13.0229;RBI=0.0109323;REFB=-0.00480653;REVB=0.00914037;RO=44;SAF=22;SAR=6;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228524;STB=0.632396;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00728705;OID=.;OPOS=33884804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:6:22:27:17:6:22:27:17 chr17 33901917 . TTAAG T 84.25 PASS AF=0.5;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00750432;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=4;MLLD=309.85;QD=14.0422;RBI=0.0114312;REFB=-0.00725694;REVB=-0.00862304;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177348;STB=0.623086;STBP=0.284;TYPE=del;VARB=0.00752012;OID=.;OPOS=33901918;OREF=TAAG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:12:25:12:24:12:7:5:4:8:81:13:7:5:5:8 chr17 33901965 . C G 94.39 PASS AF=0.461538;AO=11;DP=25;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00653939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.974;QD=14.5214;RBI=0.0322174;REFB=-0.0109357;REVB=0.0315468;RO=13;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777652;STB=0.545378;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0119392;OID=.;OPOS=33901965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:25:26:13:14:11:12:0.461538:6:5:7:6:7:5:7:7 chr17 33998802 . G C 174.11 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0116397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.015;QD=27.858;RBI=0.0420284;REFB=-0.0258696;REVB=-0.0403845;RO=8;SAF=12;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206534;STB=0.615242;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0133688;OID=.;OPOS=33998802;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:5:12:3:5:5:12:3:5 chr17 34069578 . C T 133.08 PASS AF=0.372093;AO=15;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0488802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.767;QD=12.3792;RBI=0.0495575;REFB=-0.00813838;REVB=0.00816495;RO=27;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01619;STB=0.527824;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0131424;OID=.;OPOS=34069578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:27:27:15:16:0.372093:7:8:14:13:7:9:14:13 chr17 34073301 . C T 324.95 PASS AF=0.278788;AO=46;DP=166;FAO=46;FDP=165;FR=.;FRO=119;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=71;FSRR=48;FWDB=-0.00415169;FXX=0.00602373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.88;QD=7.87745;RBI=0.00634016;REFB=-0.00309761;REVB=-0.00479178;RO=107;SAF=18;SAR=28;SRF=59;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191333;STB=0.645534;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00642628;OID=.;OPOS=34073301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:166:165:107:119:46:46:0.278788:28:18:59:48:28:18:71:48 chr17 34100350 . G C,GC 639.41 PASS AF=0,1;AO=2,37;DP=45;FAO=0,42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=0,20;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219366,0.00782821;FXX=0;HRUN=2,0;LEN=1,1;MLLD=190.634,214.591;QD=60.8963;RBI=0.0329762,0.0395573;REFB=0,0;REVB=0.0246214,0.038775;RO=3;SAF=2,15;SAR=0,22;SRF=3;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0848708;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.0272984,0.000267567;OID=.,.;OPOS=34100350,34100351;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:45:42:3:0:2,37:0,42:0,1:0,22:2,15:3:0:0,22:0,20:0:0 chr17 34303693 . T C 32.82 PASS AF=0.102941;AO=8;DP=54;FAO=7;FDP=68;FR=.;FRO=61;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=37;FSRR=24;FWDB=-0.00875836;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=88.6654;QD=1.93069;RBI=0.0660478;REFB=9.92795e-05;REVB=-0.0654645;RO=46;SAF=3;SAR=5;SRF=31;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352615;STB=0.655318;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=-0.00574904;OID=.;OPOS=34303693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:54:68:46:61:8:7:0.102941:5:3:31:15:4:3:37:24 chr17 34303694 . T C 38.18 PASS AF=0.115942;AO=8;DP=65;FAO=8;FDP=69;FR=.;FRO=61;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=34;FSRR=27;FWDB=-0.00457646;FXX=0;HRUN=14;LEN=1;MLLD=97.5819;QD=2.21323;RBI=0.0779288;REFB=0.00275739;REVB=-0.0777943;RO=57;SAF=5;SAR=3;SRF=33;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571189;STB=0.561641;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=-0.00974275;OID=.;OPOS=34303694;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:65:69:57:61:8:8:0.115942:3:5:33:24:3:5:34:27 chr17 34328461 . A G 1114.1 PASS AF=1;AO=73;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.633;QD=60.2214;RBI=0.0643334;REFB=0;REVB=6.98943e-05;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000108996;OID=.;OPOS=34328461;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:73:74:1:38:35:0:0:39:35:0:0 chr17 34340284 . C T 1525.69 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00976118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.069;QD=59.831;RBI=0.0120657;REFB=0;REVB=-0.00709227;RO=0;SAF=49;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03142e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.12924e-06;OID=.;OPOS=34340284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:53:49:0:0:53:49:0:0 chr17 34431287 . G T 1463.29 PASS AF=1;AO=86;DP=87;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.488;QD=62.2678;RBI=0.0317729;REFB=0;REVB=0.0193498;RO=0;SAF=48;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000190878;OID=.;OPOS=34431287;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:87:94:0:0:86:94:1:38:48:0:0:39:55:0:0 chr17 34431961 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0974752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.966;QD=45.8061;RBI=0.0998891;REFB=0;REVB=0.021827;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00072248;OID=.;OPOS=34431961;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr17 34539815 . G C 370.22 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0646042;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6714;QD=54.8477;RBI=0.072096;REFB=0;REVB=-0.0320021;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00225204;OID=.;OPOS=34539815;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:16:11:0:0:16:11:0:0 chr17 34854280 . G A 1324.52 PASS AF=0.988506;AO=86;DP=87;FAO=86;FDP=87;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0286809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6279;QD=60.8977;RBI=0.0649383;REFB=-0.0705284;REVB=0.0582614;RO=1;SAF=29;SAR=57;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00824048;STB=0.504347;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0169095;OID=.;OPOS=34854280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:87:87:1:1:86:86:0.988506:57:29:0:1:57:29:0:1 chr17 34942595 . G A 160.2 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00364822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.918;QD=45.7722;RBI=0.0543867;REFB=0;REVB=0.0542642;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178665;OID=.;OPOS=34942595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:11:2:0:0:12:2:0:0 chr17 34956585 . CCA C 986.68 PASS AF=0.965517;AO=82;DP=91;FAO=84;FDP=87;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=49;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0109132;FXX=0.0744602;HRUN=2;LEN=2;MLLD=215.383;QD=45.3644;RBI=0.0154186;REFB=-0.0419996;REVB=0.0108921;RO=0;SAF=33;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0.303681;SSSB=-3.22047e-08;STB=0.520543;STBP=0.058;TYPE=del;VARB=-7.64088e-05;OID=.;OPOS=34956586;OREF=CA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.965517:82:91:84:87:3:35:49:3:0:5:0:33:49:0:0 chr17 35444172 . A T 367.68 PASS AF=0.416667;AO=38;DP=101;FAO=45;FDP=108;FR=.;FRO=63;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=0.010246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.501;QD=13.6179;RBI=0.0103413;REFB=-0.0177913;REVB=0.00140106;RO=62;SAF=15;SAR=23;SRF=34;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167612;STB=0.604604;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0179939;OID=.;OPOS=35444172;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:108:62:63:38:45:0.416667:23:15:34:28:28:17:35:28 chr17 35478362 . T C 964.28 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208672;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.39;QD=59.3405;RBI=0.0382163;REFB=0;REVB=0.0320163;RO=0;SAF=15;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153337;OID=.;OPOS=35478362;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:64:65:1:49:15:0:0:49:16:0:0 chr17 35479592 . A G 178.64 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.102291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.957;QD=22.3296;RBI=0.102449;REFB=0.0203371;REVB=0.00568477;RO=14;SAF=6;SAR=12;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109116;STB=0.560911;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.0171721;OID=.;OPOS=35479592;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:12:6:3:11:12:6:3:11 chr17 35609866 . C T 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.00929096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.809;QD=14.2416;RBI=0.0220711;REFB=-0.0226292;REVB=0.0200202;RO=28;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176371;STB=0.622537;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0307412;OID=.;OPOS=35609866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:28:31:22:22:0.415094:11:11:19:9:11:11:22:9 chr17 35696804 . G A 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.048;QD=51.9167;RBI=0.0293956;REFB=0;REVB=0.0257336;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123314;OID=.;OPOS=35696804;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:13:8:0:0:13:8:0:0 chr17 35743010 . C G 579.3 PASS AF=0.653846;AO=51;DP=79;FAO=51;FDP=78;FR=.;FRO=27;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0127294;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1971;QD=29.7075;RBI=0.0416405;REFB=-0.0202606;REVB=0.0396472;RO=26;SAF=31;SAR=20;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164254;STB=0.583089;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0192273;OID=.;OPOS=35743010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:26:27:51:51:0.653846:20:31:9:17:20:31:10:17 chr17 35771468 . C T 90.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0791136;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4573;QD=16.4703;RBI=0.0791291;REFB=-0.0332258;REVB=-0.00156818;RO=10;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221878;STB=0.590003;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0172738;OID=.;OPOS=35771468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:22:22:10:11:12:11:0.5:7:5:7:3:6:5:7:4 chr17 35873324 . T C 244.5 PASS AF=0.333333;AO=30;DP=90;FAO=30;FDP=90;FR=.;FRO=60;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.00219014;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=301.975;QD=10.8664;RBI=0.00592261;REFB=-0.00297004;REVB=-0.00550278;RO=60;SAF=19;SAR=11;SRF=27;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211209;STB=0.622868;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00533802;OID=.;OPOS=35873324;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:60:60:30:30:0.333333:11:19:27:33:11:19:27:33 chr17 35873399 . TA T 1129.01 PASS AF=1;AO=90;DP=100;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=8.83079e-05;FXX=0.039996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.7449;QD=47.0422;RBI=0.0989505;REFB=0;REVB=-0.0989505;RO=0;SAF=55;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000807062;OID=.;OPOS=35873400;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:90:100:96:96:0:59:37:0:0:21:0:55:35:0:0 chr17 35902225 . C G 1276.41 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.126;QD=60.0663;RBI=0.134203;REFB=0;REVB=-0.00307202;RO=0;SAF=26;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2476e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147994;OID=.;OPOS=35902225;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:85:0:0:73:85:1:47:26:0:0:51:34:0:0 chr17 35984410 . T C 445.14 PASS AF=0.65625;AO=40;DP=62;FAO=42;FDP=64;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=32;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0225403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.36;QD=27.8211;RBI=0.0308725;REFB=-0.00240276;REVB=0.0210962;RO=20;SAF=10;SAR=30;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779727;STB=0.555957;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.00164093;OID=.;OPOS=35984410;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:20:22:40:42:0.65625:30:10:7:13:32:10:8:14 chr17 35988672 . C T 366.24 PASS AF=0.552239;AO=36;DP=66;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=26;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0507338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.4239;QD=21.8651;RBI=0.0532252;REFB=-0.0011866;REVB=0.0160939;RO=30;SAF=11;SAR=25;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877787;STB=0.552651;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.000271127;OID=.;OPOS=35988672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:30:30:36:37:0.552239:25:11:12:18:26:11:12:18 chr17 35995638 . T A 645.11 PASS AF=0.528926;AO=64;DP=121;FAO=64;FDP=121;FR=.;FRO=57;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=32;FSRR=25;FWDB=0.0113645;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.931;QD=21.3259;RBI=0.0198025;REFB=-0.000220486;REVB=0.0162169;RO=56;SAF=44;SAR=20;SRF=32;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109319;STB=0.565693;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.000359155;OID=.;OPOS=35995638;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:56:57:64:64:0.528926:20:44:32:24:20:44:32:25 chr17 36003359 . A G 568.15 PASS AF=0.657895;AO=50;DP=77;FAO=50;FDP=76;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0382028;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.129;QD=29.9025;RBI=0.0382968;REFB=-0.0350498;REVB=0.00268076;RO=25;SAF=20;SAR=30;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100164;STB=0.561472;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0186517;OID=.;OPOS=36003359;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:25:26:50:50:0.657895:30:20:14:11:30:20:15:11 chr17 36358847 . T A 1303.46 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192406;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9356;QD=62.0695;RBI=0.0690836;REFB=0;REVB=0.0663501;RO=0;SAF=55;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000401191;OID=.;OPOS=36358847;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:29:55:0:0:29:55:0:0 chr17 36617210 . A G 2182.0 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=139;FDP=139;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00251596;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.754;QD=62.7914;RBI=0.00719526;REFB=0;REVB=0.00674105;RO=0;SAF=86;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99536e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.47624e-06;OID=.;OPOS=36617210;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:135:139:0:0:135:139:1:49:86:0:0:51:88:0:0 chr17 36646386 . A G 2618.51 PASS AF=0.994186;AO=170;DP=172;FAO=171;FDP=172;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=88;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0162025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.658;QD=60.8955;RBI=0.0354139;REFB=-0.0417935;REVB=0.03149;RO=0;SAF=83;SAR=87;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.85022e-08;STB=0.502825;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=7.00147e-05;OID=.;OPOS=36646386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:172:172:0:1:170:171:0.994186:87:83:0:0:88:83:0:1 chr17 36861983 . T C 207.08 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00598696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5661;QD=48.7253;RBI=0.0144697;REFB=0;REVB=-0.013173;RO=0;SAF=5;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000647488;OID=.;OPOS=36861983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:12:5:0:0:12:5:0:0 chr17 36890949 . T C 208.48 PASS AF=0.677419;AO=17;DP=29;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0419669;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.88;QD=26.9;RBI=0.0492767;REFB=-0.0355968;REVB=0.0258257;RO=6;SAF=8;SAR=9;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0652751;STB=0.509425;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0209518;OID=.;OPOS=36890949;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:29:31:6:10:17:21:0.677419:9:8:2:4:12:9:4:6 chr17 36894839 . G A 297.61 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0260727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.636;QD=49.6023;RBI=0.0261338;REFB=-0.106743;REVB=0.00178594;RO=1;SAF=7;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615783;STB=0.533304;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.001699;OID=.;OPOS=36894839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:24:24:1:1:23:23:0.958333:16:7:1:0:16:7:1:0 chr17 36990036 . GCC GC,G 591.14 PASS AF=0.981818,0;AO=44,8;DP=56;FAO=54,0;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=27,0;FSAR=27,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.274813,-0.142676;FXX=0.017854;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=20.8053,9.21535;QD=42.9917;RBI=0.278813,0.144756;REFB=0.0334107,0.0361136;REVB=-0.0470587,-0.0244521;RO=1;SAF=19,8;SAR=25,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0.411168,0.411168;SSSB=-0.0240823,0;STB=0.509088,0.5;STBP=0.517,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00710383,0;OID=.,.;OPOS=36990037,36990037;OREF=C,CC;OALT=-,-;OMAPALT=GC,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.981818,0:44,8:56:54,0:55:1:27,0:27,0:1:0:7:1:19,8:25,0:1:0 chr17 37017938 . G A 539.33 PASS AF=0.926829;AO=37;DP=39;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0582481;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=44.4668;QD=52.6178;RBI=0.0694298;REFB=-0.0471468;REVB=0.0377844;RO=2;SAF=20;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.003913;STB=0.514131;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0141956;OID=.;OPOS=37017938;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:39:41:2:3:37:38:0.926829:17:20:1:1:18:20:1:2 chr17 37017969 . T G 601.04 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0159695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2322;QD=58.6382;RBI=0.0511579;REFB=-0.0332565;REVB=-0.0486015;RO=1;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022873;STB=0.512189;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=2.69418e-05;OID=.;OPOS=37017969;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:20:20:0:1:20:20:0:1 chr17 37070658 . A G 245.29 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0430561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.6245;QD=23.9307;RBI=0.0766662;REFB=-0.016784;REVB=-0.063434;RO=17;SAF=10;SAR=13;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179283;STB=0.504307;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.00952497;OID=.;OPOS=37070658;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:18:23:23:0.560976:13:10:7:10:13:10:8:10 chr17 37076331 . G A 374.17 PASS AF=0.659574;AO=31;DP=46;FAO=31;FDP=47;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0104716;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4721;QD=31.8445;RBI=0.0278296;REFB=-0.0583795;REVB=0.0257844;RO=15;SAF=10;SAR=21;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517071;STB=0.520111;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0418835;OID=.;OPOS=37076331;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:15:16:31:31:0.659574:21:10:6:9:21:10:6:10 chr17 37101367 . T A 131.12 PASS AF=0.271429;AO=19;DP=70;FAO=19;FDP=70;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.033669;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2581;QD=7.49269;RBI=0.040478;REFB=0.00509489;REVB=-0.0224692;RO=51;SAF=9;SAR=10;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513311;STB=0.530981;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=-0.0149923;OID=.;OPOS=37101367;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:51:51:19:19:0.271429:10:9:22:29:10:9:22:29 chr17 37101380 . T C 911.64 PASS AF=0.942029;AO=56;DP=66;FAO=65;FDP=69;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0182503;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=170.478;QD=52.8485;RBI=0.033198;REFB=-0.0894788;REVB=0.0277315;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51153;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.000503085;OID=.;OPOS=37101380;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:66:69:0:4:56:65:0.942029:29:27:0:0:36:29:1:3 chr17 37213317 . C A 501.5 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0388433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.715;QD=58.9997;RBI=0.0410474;REFB=0;REVB=0.0132698;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000468463;OID=.;OPOS=37213317;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:18:15:0:0:18:16:0:0 chr17 37224102 . C T 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=-0.000524943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.213;QD=9.85816;RBI=0.0409377;REFB=-0.0152927;REVB=-0.0409343;RO=29;SAF=8;SAR=5;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228504;STB=0.637472;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0268297;OID=.;OPOS=37224102;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:5:8:12:17:5:8:12:17 chr17 37228765 . A G 530.47 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0885528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.4047;QD=58.9413;RBI=0.0896645;REFB=0;REVB=-0.0140753;RO=0;SAF=9;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00253593;OID=.;OPOS=37228765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:26:9:0:0:27:9:0:0 chr17 37235720 . C T 224.78 PASS AF=0.391304;AO=27;DP=69;FAO=27;FDP=69;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00190515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.484;QD=13.0305;RBI=0.0690988;REFB=-0.00671235;REVB=-0.0690725;RO=42;SAF=20;SAR=7;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324833;STB=0.68714;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0163971;OID=.;OPOS=37235720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:42:42:27:27:0.391304:7:20:19:23:7:20:19:23 chr17 37235754 . C T 244.26 PASS AF=0.386667;AO=29;DP=75;FAO=29;FDP=75;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=24;FWDB=0.000656286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9022;QD=13.0274;RBI=0.00574566;REFB=-0.00086621;REVB=-0.00570805;RO=45;SAF=21;SAR=8;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.289784;STB=0.661301;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.00130879;OID=.;OPOS=37235754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:45:46:29:29:0.386667:8:21:21:24:8:21:22:24 chr17 37243927 . A G 179.7 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00413618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.426;QD=15.6262;RBI=0.0109505;REFB=-0.0051441;REVB=-0.0101393;RO=27;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106561;STB=0.561138;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00625911;OID=.;OPOS=37243927;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:10:9:10:17:10:9:10:17 chr17 37349710 . C G 998.12 PASS AF=0.51;AO=99;DP=198;FAO=102;FDP=200;FR=.;FRO=98;FSAF=22;FSAR=80;FSRF=23;FSRR=75;FWDB=0.0134988;FXX=0.0099005;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.454;QD=19.9625;RBI=0.0366407;REFB=-0.0479652;REVB=0.0340635;RO=97;SAF=22;SAR=77;SRF=22;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00594926;STB=0.513549;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.039199;OID=.;OPOS=37349710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:198:200:97:98:99:102:0.51:77:22:22:75:80:22:23:75 chr17 37410892 . C G 868.04 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.009478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.111;QD=57.8691;RBI=0.0123681;REFB=0;REVB=0.00794584;RO=0;SAF=27;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.22976e-06;OID=.;OPOS=37410892;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:32:27:0:0:33:27:0:0 chr17 37761803 . G A 192.13 PASS AF=0.423077;AO=18;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=9;FWDB=0.00552729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3845;QD=14.7789;RBI=0.00612222;REFB=-0.0120938;REVB=0.00263262;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235989;STB=0.639055;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0152397;OID=.;OPOS=37761803;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:30:18:22:0.423077:9:9:17:6:12:10:21:9 chr17 37814080 . G A 101.28 PASS AF=0.254237;AO=15;DP=59;FAO=15;FDP=59;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.00546079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.301;QD=6.8663;RBI=0.0107609;REFB=-0.0175276;REVB=-0.00927236;RO=44;SAF=11;SAR=4;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296542;STB=0.683954;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0457004;OID=.;OPOS=37814080;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:44:44:15:15:0.254237:4:11:22:22:4:11:22:22 chr17 37822311 . A C 54.69 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.00257221;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.257;QD=7.29167;RBI=0.0375477;REFB=-0.0106278;REVB=-0.0374595;RO=21;SAF=6;SAR=2;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0525008;STB=0.521684;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0313089;OID=.;OPOS=37822311;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:30:30:21:22:8:8:0.266667:2:6:15:6:2:6:16:6 chr17 37828496 . T C 152.16 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0180753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.91;QD=13.2312;RBI=0.018108;REFB=-0.00955513;REVB=-0.00108729;RO=28;SAF=6;SAR=11;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198353;STB=0.606172;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0135516;OID=.;OPOS=37828496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:29:17:17:0.369565:11:6:15:13:11:6:15:14 chr17 37828745 . A G 59.35 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0593147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2863;QD=15.8276;RBI=0.0712251;REFB=-0.0141267;REVB=-0.0394307;RO=5;SAF=1;SAR=7;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101851;STB=0.635965;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.025458;OID=.;OPOS=37828745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:14:15:5:7:8:8:0.533333:7:1:1:4:7:1:2:5 chr17 37829129 . A G 80.36 PASS AF=0.555556;AO=9;DP=17;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.013619;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.4155;QD=17.858;RBI=0.0163004;REFB=0.00653913;REVB=0.0089569;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243059;STB=0.651879;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.00118794;OID=.;OPOS=37829129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:18:8:8:9:10:0.555556:5:4:6:2:6:4:6:2 chr17 37830900 . A G 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.0294303;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=215.629;QD=14.7663;RBI=0.0302164;REFB=-0.00780332;REVB=0.00684733;RO=33;SAF=12;SAR=13;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00485689;STB=0.50276;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0103024;OID=.;OPOS=37830900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:33:25:25:0.431034:13:12:16:17:13:12:16:17 chr17 37884037 . C G 235.05 PASS AF=0.469388;AO=22;DP=48;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0447451;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.6416;QD=19.1873;RBI=0.0663979;REFB=-0.00995249;REVB=0.0490566;RO=26;SAF=8;SAR=14;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1344;STB=0.58434;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0131313;OID=.;OPOS=37884037;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:26:26:22:23:0.469388:14:8:13:13:15:8:13:13 chr17 37898543 . T C 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0591385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.741;QD=61.3356;RBI=0.0878496;REFB=0;REVB=0.064963;RO=0;SAF=31;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.54184e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.66682e-05;OID=.;OPOS=37898543;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:9:31:0:0:9:31:0:0 chr17 38121993 . G A 914.75 PASS AF=0.675;AO=78;DP=117;FAO=81;FDP=120;FR=.;FRO=39;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00712982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0294;QD=30.4916;RBI=0.0212011;REFB=-0.0162219;REVB=0.0199663;RO=37;SAF=45;SAR=33;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150672;STB=0.567884;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.010214;OID=.;OPOS=38121993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:120:37:39:78:81:0.675:33:45:12:25:35:46:14:25 chr17 38122680 . G A,T 640.41 PASS AF=0.395349,0.604651;AO=16,26;DP=42;FAO=17,26;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=7,11;FSAR=10,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463306,0.048199;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=56.8626,136.657;QD=59.5731;RBI=0.0818794,0.0552728;REFB=0,0;REVB=0.0675108,0.0270544;RO=0;SAF=6,11;SAR=10,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00905254,0.0182573;OID=.,.;OPOS=38122680,38122680;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:42:43:0:0:16,26:17,26:0.395349,0.604651:10,15:6,11:0:0:10,15:7,11:0:0 chr17 38131187 . C A 729.23 PASS AF=0.797297;AO=58;DP=72;FAO=59;FDP=74;FR=.;FRO=15;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.026283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1949;QD=39.418;RBI=0.0650306;REFB=-0.0395505;REVB=0.0594827;RO=14;SAF=28;SAR=30;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322171;STB=0.521971;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.011402;OID=.;OPOS=38131187;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:72:74:14:15:58:59:0.797297:30:28:8:6:30:29:9:6 chr17 38246286 . A G 772.2 PASS AF=0.98;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0146947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.649;QD=61.7761;RBI=0.0318206;REFB=0.0114718;REVB=0.0282244;RO=0;SAF=10;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506327;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=2.12323e-05;OID=.;OPOS=38246286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:50:0:1:49:49:0.98:39:10:0:0:39:10:0:1 chr17 38600092 . G A 51.55 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0232408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.875;QD=18.7443;RBI=0.0383558;REFB=-0.0767428;REVB=-0.0305128;RO=4;SAF=6;SAR=1;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120201;STB=0.571204;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.0160491;OID=.;OPOS=38600092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:1:6:3:1:1:6:3:1 chr17 38784927 . G A 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00564735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.332;QD=19.5232;RBI=0.0174891;REFB=-0.004145;REVB=0.0165522;RO=12;SAF=11;SAR=3;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207763;STB=0.619531;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00323693;OID=.;OPOS=38784927;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:3:11:7:5:3:11:7:5 chr17 38855772 . T C 357.17 PASS AF=0.5;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0285571;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.71;QD=19.3063;RBI=0.0360299;REFB=-0.034208;REVB=0.0219693;RO=37;SAF=22;SAR=15;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14642;STB=0.581454;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0353906;OID=.;OPOS=38855772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:74:37:37:37:37:0.5:15:22:16:21:15:22:16:21 chr17 38857446 . C A 554.86 PASS AF=0.513514;AO=57;DP=111;FAO=57;FDP=111;FR=.;FRO=54;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=-0.00304645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.763;QD=19.995;RBI=0.00723173;REFB=-0.013629;REVB=0.00655874;RO=53;SAF=26;SAR=31;SRF=25;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136906;STB=0.503342;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0139024;OID=.;OPOS=38857446;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:53:54:57:57:0.513514:31:26:25:28:31:26:25:29 chr17 38910712 . T G 514.09 PASS AF=0.676471;AO=46;DP=67;FAO=46;FDP=68;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.032308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.382;QD=30.2407;RBI=0.032425;REFB=0.000631726;REVB=-0.00275257;RO=21;SAF=14;SAR=32;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223285;STB=0.629521;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.000638637;OID=.;OPOS=38910712;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:21:22:46:46:0.676471:32:14:14:7:32:14:15:7 chr17 38911212 . G A 373.34 PASS AF=0.660377;AO=35;DP=53;FAO=35;FDP=53;FR=.;FRO=18;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.00317903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8092;QD=28.1764;RBI=0.00404657;REFB=-0.010519;REVB=-0.00250369;RO=17;SAF=23;SAR=12;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255836;STB=0.648505;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00508748;OID=.;OPOS=38911212;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:17:18:35:35:0.660377:12:23:4:13:12:23:4:14 chr17 38911327 . C G 127.14 PASS AF=0.340909;AO=15;DP=44;FAO=15;FDP=44;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.0368469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2499;QD=11.5579;RBI=0.0650833;REFB=0.0181728;REVB=0.0536483;RO=29;SAF=4;SAR=11;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.48381;STB=0.783127;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.0298739;OID=.;OPOS=38911327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:29:15:15:0.340909:11:4:21:8:11:4:21:8 chr17 38911363 . G A 312.41 PASS AF=0.642857;AO=27;DP=41;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0148296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.1314;QD=29.7532;RBI=0.0382727;REFB=-0.0321296;REVB=0.0352829;RO=13;SAF=17;SAR=10;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278777;STB=0.629534;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0132275;OID=.;OPOS=38911363;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:13:15:27:27:0.642857:10:17:2:11:10:17:4:11 chr17 38928014 . A G 244.92 PASS AF=0.348837;AO=29;DP=85;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.00918472;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.545;QD=11.3917;RBI=0.0122896;REFB=-0.00983579;REVB=-0.00816554;RO=56;SAF=13;SAR=16;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0641753;STB=0.527009;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0227847;OID=.;OPOS=38928014;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:86:56:56:29:30:0.348837:16:13:22:34:17:13:22:34 chr17 38935812 . A G 1062.37 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0032851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.778;QD=59.852;RBI=0.0156747;REFB=0;REVB=-0.0153266;RO=0;SAF=33;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.80062e-05;OID=.;OPOS=38935812;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:38:33:0:0:38:33:0:0 chr17 38936659 . C T 518.43 PASS AF=0.532609;AO=49;DP=93;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=31;FWDB=0.00950796;FXX=0.0107515;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.345;QD=22.5404;RBI=0.0147043;REFB=0.00546608;REVB=-0.0112168;RO=43;SAF=28;SAR=21;SRF=12;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244276;STB=0.634093;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00598571;OID=.;OPOS=38936659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:43:43:49:49:0.532609:21:28:12:31:21:28:12:31 chr17 38950272 . T C 367.16 PASS AF=0.438202;AO=38;DP=88;FAO=39;FDP=89;FR=.;FRO=50;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0094634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.749;QD=16.5016;RBI=0.0108435;REFB=-0.0117375;REVB=-0.00529401;RO=50;SAF=21;SAR=17;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734231;STB=0.547429;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0129397;OID=.;OPOS=38950272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:50:50:38:39:0.438202:17:21:24:26:17:22:24:26 chr17 38955173 . G A 250.64 PASS AF=0.32;AO=31;DP=99;FAO=32;FDP=100;FR=.;FRO=68;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=46;FWDB=-0.0124434;FXX=0.00990001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.553;QD=10.0257;RBI=0.0330237;REFB=-0.0148358;REVB=0.0305896;RO=68;SAF=22;SAR=9;SRF=22;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436303;STB=0.736702;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0183514;OID=.;OPOS=38955173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:68:68:31:32:0.32:9:22:22:46:10:22:22:46 chr17 38978462 . C T 79.91 PASS AF=0.37931;AO=10;DP=30;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.0281645;FXX=0.0333222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.7444;QD=11.0221;RBI=0.0612476;REFB=-0.0324627;REVB=0.0543878;RO=18;SAF=7;SAR=3;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167346;STB=0.619488;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0650672;OID=.;OPOS=38978462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:30:29:18:18:10:11:0.37931:3:7:10:8:3:8:10:8 chr17 38978536 . A C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=343.249;QD=52.6132;RBI=0.0112006;REFB=0;REVB=0.000190258;RO=0;SAF=3;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.91997e-05;OID=.;OPOS=38978536;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:19:3:0:0:19:3:0:0 chr17 38990834 . G C 2034.25 PASS AF=1;AO=114;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=70;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308869;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.724;QD=62.1146;RBI=0.0437077;REFB=0;REVB=0.0309252;RO=0;SAF=58;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.23074e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000743436;OID=.;OPOS=38990834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:114:131:1:56:58:0:0:61:70:0:0 chr17 38991032 . T A 609.23 PASS AF=0.362745;AO=72;DP=203;FAO=74;FDP=204;FR=.;FRO=130;FSAF=23;FSAR=51;FSRF=53;FSRR=77;FWDB=0.0113368;FXX=0.00487781;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5969;QD=11.9457;RBI=0.0214954;REFB=-0.0126794;REVB=0.0182628;RO=127;SAF=23;SAR=49;SRF=51;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10124;STB=0.568309;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0201474;OID=.;OPOS=38991032;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:204:127:130:72:74:0.362745:49:23:51:76:51:23:53:77 chr17 39020020 . G A 363.04 PASS AF=0.398148;AO=43;DP=108;FAO=43;FDP=108;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.0151963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0337;QD=13.446;RBI=0.0160771;REFB=-0.00522647;REVB=-0.00524829;RO=64;SAF=24;SAR=19;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11087;STB=0.558112;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=0.00965789;OID=.;OPOS=39020020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:64:65:43:43:0.398148:19:24:29:35:19:24:30:35 chr17 39081713 . A G 414.72 PASS AF=0.33758;AO=53;DP=157;FAO=53;FDP=157;FR=.;FRO=104;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=43;FSRR=61;FWDB=-0.0342813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.605;QD=10.5661;RBI=0.0386964;REFB=0.00766816;REVB=-0.0179502;RO=103;SAF=21;SAR=32;SRF=42;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138067;STB=0.511868;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.0211347;OID=.;OPOS=39081713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:157:103:104:53:53:0.33758:32:21:42:61:32:21:43:61 chr17 39084504 . T C 174.64 PASS AF=0.275862;AO=24;DP=87;FAO=24;FDP=87;FR=.;FRO=63;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=35;FSRR=28;FWDB=-0.0377404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.955;QD=8.0296;RBI=0.0418735;REFB=-0.0129891;REVB=0.01814;RO=62;SAF=5;SAR=19;SRF=35;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.444666;STB=0.76359;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0275419;OID=.;OPOS=39084504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:62:63:24:24:0.275862:19:5:35:27:19:5:35:28 chr17 39134455 . G A 88.98 PASS AF=0.24;AO=12;DP=50;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.00861379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.446;QD=7.11827;RBI=0.0121475;REFB=-0.0132511;REVB=0.00856528;RO=38;SAF=4;SAR=8;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0803826;STB=0.550638;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0450268;OID=.;OPOS=39134455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:50:50:38:38:12:12:0.24:8:4:15:23:8:4:15:23 chr17 39135205 . A G 1287.27 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.07621;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.793;QD=62.0372;RBI=0.0794572;REFB=0;REVB=0.0224831;RO=0;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00021059;OID=.;OPOS=39135205;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:83:0:0:80:83:1:39:41:0:0:39:44:0:0 chr17 39135207 . A G 461.87 PASS AF=0.523256;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=86;FR=.;FRO=41;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.0305362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.654;QD=21.4824;RBI=0.034923;REFB=-0.00408467;REVB=0.0169456;RO=38;SAF=27;SAR=18;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149715;STB=0.57743;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00587158;OID=.;OPOS=39135207;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:38:41:45:45:0.523256:18:27:16:22:18:27:18:23 chr17 39137297 . C T 393.77 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0796;QD=56.2533;RBI=0.0613183;REFB=0;REVB=0.0591745;RO=1;SAF=20;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.06184;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120116;OID=.;OPOS=39137297;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:1:0:27:28:1:7:20:0:1:8:20:0:0 chr17 39139348 . A G 495.88 PASS AF=0.352601;AO=60;DP=171;FAO=61;FDP=173;FR=.;FRO=112;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=48;FSRR=64;FWDB=0.00412171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.026;QD=11.4655;RBI=0.0319166;REFB=-0.0228756;REVB=-0.0316493;RO=111;SAF=38;SAR=22;SRF=47;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23806;STB=0.625621;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0342209;OID=.;OPOS=39139348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:173:111:112:60:61:0.352601:22:38:47:64:23:38:48:64 chr17 39140272 . A G 269.25 PASS AF=0.330189;AO=35;DP=106;FAO=35;FDP=106;FR=.;FRO=71;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=41;FSRR=30;FWDB=-0.0576697;FXX=0.00934492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1064;QD=10.1605;RBI=0.0603689;REFB=-0.0028491;REVB=-0.0178495;RO=71;SAF=20;SAR=15;SRF=41;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00712035;STB=0.50413;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.00094605;OID=.;OPOS=39140272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:71:71:35:35:0.330189:15:20:41:30:15:20:41:30 chr17 39150167 . G A 82.25 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0126793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9537;QD=8.89201;RBI=0.0162872;REFB=-0.0330481;REVB=0.0102229;RO=25;SAF=9;SAR=2;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263412;STB=0.683168;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0726267;OID=.;OPOS=39150167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:25:26:11:11:0.297297:2:9:16:9:2:9:16:10 chr17 39150284 . A G 765.87 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.987;QD=63.8224;RBI=0.06019;REFB=0;REVB=-0.0592307;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000173077;OID=.;OPOS=39150284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:20:28:0:0:20:28:0:0 chr17 39150357 . A G 958.8 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00893702;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.655;QD=59.0028;RBI=0.0176446;REFB=0;REVB=0.0152138;RO=0;SAF=22;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.98929e-05;OID=.;OPOS=39150357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:43:22:0:0:43:22:0:0 chr17 39155881 . C T 60.39 PASS AF=0.175439;AO=10;DP=57;FAO=10;FDP=57;FR=.;FRO=47;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=-0.0211664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.717;QD=4.23813;RBI=0.0211925;REFB=-0.0050608;REVB=0.00105047;RO=46;SAF=5;SAR=5;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162432;STB=0.596306;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0216244;OID=.;OPOS=39155881;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:57:57:46:47:10:10:0.175439:5:5:29:17:5:5:29:18 chr17 39156027 . G A 616.67 PASS AF=0.642857;AO=53;DP=83;FAO=54;FDP=84;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=7;FSRR=23;FWDB=0.0369248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.396;QD=29.3653;RBI=0.0373463;REFB=-0.043527;REVB=-0.00559502;RO=30;SAF=19;SAR=34;SRF=7;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934005;STB=0.547697;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0288594;OID=.;OPOS=39156027;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:30:30:53:54:0.642857:34:19:7:23:35:19:7:23 chr17 39156067 . A G 203.48 PASS AF=0.329114;AO=20;DP=79;FAO=26;FDP=79;FR=.;FRO=53;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=-0.000838187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.446;QD=10.303;RBI=0.00911429;REFB=-0.0191118;REVB=-0.00907566;RO=43;SAF=7;SAR=13;SRF=14;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0313585;STB=0.510196;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0366552;OID=.;OPOS=39156067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:43:53:20:26:0.329114:13:7:14:29:18:8:17:36 chr17 39156084 . T C 265.57 PASS AF=0.333333;AO=32;DP=96;FAO=32;FDP=96;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=44;FWDB=-0.0279141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.81;QD=11.0654;RBI=0.0334617;REFB=-0.0160587;REVB=-0.0184524;RO=64;SAF=9;SAR=23;SRF=20;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0432588;STB=0.525181;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.02947;OID=.;OPOS=39156084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:64:64:32:32:0.333333:23:9:20:44:23:9:20:44 chr17 39183304 . C T 36.37 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0161792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.719;QD=8.08203;RBI=0.0719464;REFB=-0.00236563;REVB=0.0701036;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270468;STB=0.666172;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.00969946;OID=.;OPOS=39183304;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:18:18:12:12:6:6:0.333333:3:3:9:3:3:3:9:3 chr17 39186031 . C T 347.93 PASS AF=0.545455;AO=35;DP=65;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.00980496;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3498;QD=21.0867;RBI=0.00992513;REFB=-0.0276496;REVB=0.00153975;RO=25;SAF=12;SAR=23;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200566;STB=0.59569;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0350521;OID=.;OPOS=39186031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:25:30:35:36:0.545455:23:12:15:10:24:12:16:14 chr17 39186052 . G A 210.82 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.0177481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.299;QD=14.0544;RBI=0.0183227;REFB=-0.00540979;REVB=0.00455245;RO=35;SAF=13;SAR=12;SRF=9;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268581;STB=0.651603;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0083272;OID=.;OPOS=39186052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:12:13:9:26:12:13:9:26 chr17 39186168 . A C 207.08 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0421237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1934;QD=48.724;RBI=0.0824819;REFB=0;REVB=-0.0709144;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000529672;OID=.;OPOS=39186168;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr17 39186195 . CA TG 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0233997;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=198.38;QD=8.24622;RBI=0.025533;REFB=-0.011099;REVB=0.010217;RO=15;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278858;STB=0.675158;STBP=0.283;TYPE=mnp;VARB=0.0204108;OID=.;OPOS=39186195;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:5:2:8:7:5:2:8:7 chr17 39186220 . G A 186.65 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00199078;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.534;QD=27.6511;RBI=0.0223955;REFB=-0.0281326;REVB=0.0223069;RO=9;SAF=10;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669182;STB=0.537149;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.0159138;OID=.;OPOS=39186220;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:9:9:18:18:0.666667:8:10:4:5:8:10:4:5 chr17 39190758 . T C 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0173077;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.775;QD=25.711;RBI=0.0240657;REFB=-0.0124409;REVB=-0.0167214;RO=6;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134616;STB=0.575112;STBP=0.426;TYPE=snp;VARB=0.00719855;OID=.;OPOS=39190758;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:5:8:5:1:5:8:5:1 chr17 39190973 . C G 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0144048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.199;QD=15.8395;RBI=0.0328436;REFB=-0.0116758;REVB=0.0295162;RO=7;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168179;STB=0.599733;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00887635;OID=.;OPOS=39190973;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:6:2:3:4:6:2:3:4 chr17 39197176 . G A 205.92 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0172298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.384;QD=23.5339;RBI=0.0181782;REFB=-0.018882;REVB=0.00579498;RO=15;SAF=9;SAR=11;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0640112;STB=0.535781;STBP=0.676;TYPE=snp;VARB=0.007198;OID=.;OPOS=39197176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:20:20:0.571429:11:9:8:7:11:9:8:7 chr17 39197538 . G T 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00647088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3909;QD=10.1731;RBI=0.110533;REFB=-0.0213312;REVB=-0.110344;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426681;STB=0.768236;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0173776;OID=.;OPOS=39197538;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:1:5:4:5:1:5:4:5 chr17 39197593 . G T 36.61 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0124465;FXX=0.0714031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.6659;QD=5.63224;RBI=0.0344864;REFB=-0.0237396;REVB=0.0321621;RO=20;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.540763;STB=0.852545;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.106915;OID=.;OPOS=39197593;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:28:26:20:20:6:6:0.230769:1:5:7:13:1:5:7:13 chr17 39197618 . A T 34.29 PASS AF=0.181818;AO=6;DP=33;FAO=6;FDP=33;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0171461;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=209.905;QD=4.15608;RBI=0.039983;REFB=-0.0052561;REVB=-0.0361199;RO=27;SAF=5;SAR=1;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.612354;STB=0.896399;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0270194;OID=.;OPOS=39197618;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:27:27:6:6:0.181818:1:5:7:20:1:5:7:20 chr17 39197638 . A G 35.01 PASS AF=0.214286;AO=6;DP=28;FAO=6;FDP=28;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=18;FWDB=0.0103986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9681;QD=5.00135;RBI=0.0687438;REFB=0.000413657;REVB=-0.0679528;RO=22;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229048;STB=0.646651;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.00919207;OID=.;OPOS=39197638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:28:28:22:22:6:6:0.214286:4:2:4:18:4:2:4:18 chr17 39203455 . G C 34.83 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0939416;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.688;QD=23.2183;RBI=0.0939457;REFB=-0.114252;REVB=0.000884876;RO=1;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0951258;STB=0.555346;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0366925;OID=.;OPOS=39203455;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:4:1:0:1:4:1:0:1 chr17 39203490 . G C 323.01 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00831082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.1406;QD=53.8349;RBI=0.0396909;REFB=0;REVB=0.038811;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000576955;OID=.;OPOS=39203490;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chr17 39203521 . GTGGTGTCTGAGGCTGGTGTG GTGGTGGTGTG,GTGGTGT,GTGGTGTG 357.48 PASS AF=0.153846,0,0.846154;AO=4,4,17;DP=28;FAO=4,0,22;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,10;FSAR=4,0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00273227,0.0178779,0.0162478;FXX=0.0714031;HRUN=1,1,1;LEN=10,14,13;MLLD=245.302,359.995,382.263;QD=54.9965;RBI=0.020763,0.0283824,0.0471596;REFB=0,0,0;REVB=0.0205824,0.0220441,0.0442723;RO=0;SAF=0,0,10;SAR=4,4,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,del;VARB=-0.00431532,0,-0.000991602;OID=.,.,.;OPOS=39203525,39203528,39203522;OREF=TGTCTGAGGC,CTGAGGCTGGTGTG,TGGTGTCTGAGGC;OALT=-,-,-;OMAPALT=GTGGTGGTGTG,GTGGTGT,GTGGTGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.153846,0,0.846154:4,4,17:28:4,0,22:26:0:0,0,10:4,0,12:0:0:21:0:0,0,10:4,4,7:0:0 chr17 39203553 . G T 152.15 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=0.000546861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5741;QD=13.2301;RBI=0.0253412;REFB=-0.00989754;REVB=-0.0253353;RO=29;SAF=3;SAR=14;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109151;STB=0.564435;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.0158878;OID=.;OPOS=39203553;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:29:29:17:17:0.369565:14:3:7:22:14:3:7:22 chr17 39216302 . T TG 223.89 PASS AF=0.722222;AO=29;DP=53;FAO=39;FDP=54;FR=.;FRO=15;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=-0.0466914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.7059;QD=16.5846;RBI=0.272564;REFB=-0.0751872;REVB=0.268535;RO=24;SAF=23;SAR=6;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0980143;STB=0.559412;STBP=0.208;TYPE=ins;VARB=0.0633824;OID=.;OPOS=39216303;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.722222:29:53:39:54:15:27:12:13:2:64:24:23:6:17:7 chr17 39254318 . C T 322.86 PASS AF=0.363636;AO=40;DP=110;FAO=40;FDP=110;FR=.;FRO=70;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=25;FSRR=45;FWDB=0.0113303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=201.77;QD=11.7402;RBI=0.0118376;REFB=-0.0129635;REVB=-0.00342833;RO=67;SAF=14;SAR=26;SRF=23;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00811983;STB=0.504978;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0243353;OID=.;OPOS=39254318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:67:70:40:40:0.363636:26:14:23:44:26:14:25:45 chr17 39254335 . A AT 206.58 PASS AF=0.335938;AO=42;DP=130;FAO=43;FDP=128;FR=.;FRO=85;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=30;FSRR=55;FWDB=0.0689947;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.0212;QD=6.45565;RBI=0.140512;REFB=0.00300089;REVB=0.122407;RO=86;SAF=16;SAR=26;SRF=32;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0109365;STB=0.529806;STBP=0.649;TYPE=ins;VARB=0.00164442;OID=.;OPOS=39254336;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.335938:42:130:43:128:85:17:26:30:55:99:86:16:26:32:54 chr17 39262597 . C T 173.48 PASS AF=0.319444;AO=23;DP=72;FAO=23;FDP=72;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0217208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.22;QD=9.63789;RBI=0.0219137;REFB=-0.00861698;REVB=-0.0029018;RO=49;SAF=15;SAR=8;SRF=23;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214497;STB=0.626424;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0190198;OID=.;OPOS=39262597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:49:49:23:23:0.319444:8:15:23:26:8:15:23:26 chr17 39262632 . G A 152.68 PASS AF=0.3;AO=20;DP=69;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=-0.010695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.2;QD=8.72476;RBI=0.020649;REFB=-0.015783;REVB=-0.0176635;RO=48;SAF=12;SAR=8;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214634;STB=0.632307;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0462099;OID=.;OPOS=39262632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:48:49:20:21:0.3:8:12:20:28:8:13:21:28 chr17 39262653 . G A 104.04 PASS AF=0.258621;AO=14;DP=60;FAO=15;FDP=58;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.057599;FXX=0.0937354;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4979;QD=7.17499;RBI=0.0670527;REFB=-0.0244953;REVB=-0.0343283;RO=41;SAF=5;SAR=9;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0733136;STB=0.531872;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.068259;OID=.;OPOS=39262653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:58:41:43:14:15:0.258621:9:5:17:24:9:6:19:24 chr17 39274491 . C T 348.54 PASS AF=0.45679;AO=37;DP=82;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0489775;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.6846;QD=17.2119;RBI=0.0497629;REFB=-0.0462255;REVB=0.00880596;RO=44;SAF=13;SAR=24;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21366;STB=0.619921;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0268364;OID=.;OPOS=39274491;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:44:44:37:37:0.45679:24:13:25:19:24:13:25:19 chr17 39274518 . C T 402.63 PASS AF=0.408696;AO=45;DP=113;FAO=47;FDP=115;FR=.;FRO=68;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.00926305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.419;QD=14.0045;RBI=0.0480539;REFB=-0.00593621;REVB=0.0471527;RO=68;SAF=19;SAR=26;SRF=40;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175444;STB=0.595548;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.014461;OID=.;OPOS=39274518;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:68:68:45:47:0.408696:26:19:40:28:27:20:40:28 chr17 39279841 . G A 94.14 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.022818;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.581;QD=13.9469;RBI=0.0279028;REFB=-0.0223886;REVB=-0.0160593;RO=15;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295191;STB=0.670392;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0455523;OID=.;OPOS=39279841;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:27:27:15:15:12:12:0.444444:5:7:4:11:5:7:4:11 chr17 39296125 . G A 63.34 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00070713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.362;QD=8.73689;RBI=0.0197403;REFB=-0.0152993;REVB=-0.0197277;RO=20;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137716;STB=0.585171;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.0258338;OID=.;OPOS=39296125;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:6:3:9:11:6:3:9:11 chr17 39305956 . G A 53.09 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=28;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0109843;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9224;QD=7.32293;RBI=0.057692;REFB=-0.00509416;REVB=0.0566367;RO=20;SAF=1;SAR=7;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.530842;STB=0.849528;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0410668;OID=.;OPOS=39305956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:28:29:20:21:8:8:0.275862:7:1:11:9:7:1:12:9 chr17 39334133 . T C 55.04 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.681;QD=36.6947;RBI=0.031258;REFB=0;REVB=0.031258;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0025747;OID=.;OPOS=39334133;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr17 39334456 . G A 809.55 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6335;QD=55.8311;RBI=0.15637;REFB=-0.0682101;REVB=0.118445;RO=1;SAF=12;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108392;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.005162;OID=.;OPOS=39334456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:58:1:0:55:58:1:43:12:0:1:45:13:0:0 chr17 39340707 . C T 471.4 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0678621;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.866;QD=58.925;RBI=0.0735949;REFB=0;REVB=-0.0284772;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000527333;OID=.;OPOS=39340707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr17 39340910 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0631757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.756;QD=40.7629;RBI=0.0679503;REFB=0;REVB=0.0250214;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000395087;OID=.;OPOS=39340910;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr17 39341158 . G A 726.61 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0148402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6036;QD=56.989;RBI=0.0149036;REFB=0;REVB=0.00137282;RO=0;SAF=21;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.14367e-05;OID=.;OPOS=39341158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:28:21:0:0:29:22:0:0 chr17 39341266 . A G 520.02 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0393226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.318;QD=59.4303;RBI=0.0436887;REFB=0;REVB=0.0190379;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127131;OID=.;OPOS=39341266;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr17 39341294 . T A 448.7 PASS AF=1;AO=23;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.026;QD=57.8966;RBI=0.0562606;REFB=0;REVB=0.0204171;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00063511;OID=.;OPOS=39341294;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:23:31:1:11:12:0:0:15:16:0:0 chr17 39341473 . G C 289.48 PASS AF=0.577778;AO=26;DP=45;FAO=26;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.0436338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0678;QD=25.7311;RBI=0.0552768;REFB=0.0256143;REVB=-0.0339355;RO=19;SAF=13;SAR=13;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140573;STB=0.577719;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.0129379;OID=.;OPOS=39341473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:19:19:26:26:0.577778:13:13:6:13:13:13:6:13 chr17 39346518 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.199;QD=47.8221;RBI=0.0445963;REFB=0;REVB=0.0258826;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000798918;OID=.;OPOS=39346518;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr17 39382942 . C A 99.63 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.6313;QD=26.568;RBI=0.0354799;REFB=0.0677816;REVB=0.0354799;RO=4;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00732836;OID=.;OPOS=39382942;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:11:0:0:4:11:0:0:4 chr17 39383012 . C T 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=258.781;QD=16.4544;RBI=0.0416093;REFB=-0.0168235;REVB=0.0416093;RO=4;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00856133;OID=.;OPOS=39383012;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:6:0:0:4:6:0:0:4 chr17 39383335 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0836233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.457;QD=53.2767;RBI=0.0836236;REFB=0;REVB=-0.000232729;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00068507;OID=.;OPOS=39383335;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr17 39394674 . A G 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.876;QD=62.6707;RBI=0.0130649;REFB=0;REVB=-0.00287927;RO=0;SAF=25;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.49581e-05;OID=.;OPOS=39394674;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:19:25:0:0:19:25:0:0 chr17 39394729 . C A 137.6 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0320128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9079;QD=39.3145;RBI=0.0398223;REFB=-0.0353792;REVB=-0.0236855;RO=1;SAF=8;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0533084;STB=0.529367;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0226971;OID=.;OPOS=39394729;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:5:8:1:0:5:8:1:0 chr17 39406409 . C A 1820.2 PASS AF=0.975806;AO=121;DP=125;FAO=121;FDP=124;FR=.;FRO=3;FSAF=62;FSAR=59;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.000119342;FXX=0.00799936;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.8203;QD=58.7163;RBI=0.0743425;REFB=-0.15105;REVB=0.0743424;RO=1;SAF=62;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00760063;STB=0.511809;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00192241;OID=.;OPOS=39406409;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:125:124:1:3:121:121:0.975806:59:62:1:0:59:62:3:0 chr17 39406447 . A G 1895.1 PASS AF=0.976562;AO=125;DP=129;FAO=125;FDP=128;FR=.;FRO=3;FSAF=68;FSAR=57;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0238304;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.613;QD=59.2219;RBI=0.025983;REFB=-0.0544416;REVB=0.010355;RO=3;SAF=68;SAR=57;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0204976;STB=0.51079;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.00207145;OID=.;OPOS=39406447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:129:128:3:3:125:125:0.976562:57:68:3:0:57:68:3:0 chr17 39406567 . C A 1952.22 PASS AF=1;AO=126;DP=126;FAO=126;FDP=126;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00469613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.443;QD=61.9751;RBI=0.0207553;REFB=0;REVB=0.020217;RO=0;SAF=58;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33106e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67983e-05;OID=.;OPOS=39406567;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:126:126:0:0:126:126:1:68:58:0:0:68:58:0:0 chr17 39406589 . A G 2121.63 PASS AF=1;AO=135;DP=135;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.92;QD=62.8632;RBI=0.0396081;REFB=0;REVB=0.00914074;RO=0;SAF=62;SAR=73;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.651e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.70151e-05;OID=.;OPOS=39406589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:135:135:0:0:135:135:1:73:62:0:0:73:62:0:0 chr17 39412372 . G C 868.15 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1011;QD=57.8768;RBI=0.0312232;REFB=0;REVB=0.0258839;RO=0;SAF=21;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000237415;OID=.;OPOS=39412372;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:39:21:0:0:39:21:0:0 chr17 39432562 . A T 272.56 PASS AF=1;AO=17;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107382;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.029;QD=51.9159;RBI=0.0706104;REFB=0;REVB=0.0697891;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425511;OID=.;OPOS=39432562;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:17:21:1:8:9:0:0:9:12:0:0 chr17 39458765 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.425;QD=55.0985;RBI=0.0198588;REFB=0;REVB=-0.00570966;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000223153;OID=.;OPOS=39458765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr17 39535859 . A G 2769.41 PASS AF=0.967914;AO=181;DP=189;FAO=181;FDP=187;FR=.;FRO=6;FSAF=110;FSAR=71;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0184474;FXX=0.0105815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=231.041;QD=59.2386;RBI=0.018466;REFB=-0.0459736;REVB=0.00082828;RO=6;SAF=110;SAR=71;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00688374;STB=0.503619;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.00111567;OID=.;OPOS=39535859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:189:187:6:6:181:181:0.967914:71:110:3:3:71:110:3:3 chr17 39580559 . T A 194.83 PASS AF=0.347222;AO=24;DP=71;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.000589665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.428;QD=10.8239;RBI=0.00269198;REFB=-0.000917622;REVB=-0.0026266;RO=46;SAF=13;SAR=11;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0225617;STB=0.507789;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0015452;OID=.;OPOS=39580559;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:46:47:24:25:0.347222:11:13:24:22:12:13:25:22 chr17 39580562 . T C 156.3 PASS AF=0.318182;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=66;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.00595031;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.792;QD=9.47247;RBI=0.00726234;REFB=-0.00394402;REVB=-0.00416358;RO=43;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147412;STB=0.571361;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0204353;OID=.;OPOS=39580562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:43:45:21:21:0.318182:9:12:19:24:9:12:21:24 chr17 39580660 . T C 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00382359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.493;QD=7.76123;RBI=0.0578312;REFB=0.000392983;REVB=-0.0577047;RO=13;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.497665;STB=0.817086;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=-0.00849894;OID=.;OPOS=39580660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:1:5:5:8:1:5:5:8 chr17 39580739 . C A 96.22 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.00156454;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.698;QD=12.0271;RBI=0.00841974;REFB=-0.0223695;REVB=0.0082731;RO=19;SAF=10;SAR=2;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762241;STB=0.583181;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=0.0381911;OID=.;OPOS=39580739;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:19:20:12:12:0.375:2:10:15:4:2:10:15:5 chr17 39593768 . A G 740.47 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282998;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.295;QD=56.9595;RBI=0.077739;REFB=0;REVB=-0.072405;RO=0;SAF=19;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.0907e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302159;OID=.;OPOS=39593768;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:33:19:0:0:33:19:0:0 chr17 39616430 . G T 187.33 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0704452;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.1731;QD=20.2513;RBI=0.0789595;REFB=-0.00129837;REVB=0.0356662;RO=18;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.018818;STB=0.510627;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.00546536;OID=.;OPOS=39616430;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:18:19:19:0.513514:7:12:11:7:7:12:11:7 chr17 39619193 . C T 360.62 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=81;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0100556;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.808;QD=17.8083;RBI=0.015314;REFB=-0.00662168;REVB=0.0115501;RO=42;SAF=19;SAR=19;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0223837;STB=0.518509;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00948211;OID=.;OPOS=39619193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:42:43:38:38:0.469136:19:19:22:20:19:19:23:20 chr17 39620565 . C T 254.76 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0369944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.306;QD=22.1528;RBI=0.0371507;REFB=-0.018912;REVB=-0.00340486;RO=22;SAF=12;SAR=12;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116647;STB=0.565164;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0201122;OID=.;OPOS=39620565;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:12:12:8:14:12:12:8:14 chr17 39622068 . G T 1445.37 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0129422;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.9393;QD=60.8576;RBI=0.0278407;REFB=-0.186957;REVB=-0.0246496;RO=1;SAF=42;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111544;STB=0.501028;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.000634596;OID=.;OPOS=39622068;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:1:2:93:93:0.978947:51:42:1:0:51:42:1:1 chr17 39623363 . T C 736.97 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0634168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.969;QD=62.7208;RBI=0.0645503;REFB=0;REVB=0.0120434;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145611;OID=.;OPOS=39623363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:18:27:0:0:18:29:0:0 chr17 39624240 . G C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00729639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.973;QD=56.9568;RBI=0.0280758;REFB=0;REVB=-0.0271111;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124461;OID=.;OPOS=39624240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr17 39624326 . G C 801.32 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0380705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.629;QD=57.2369;RBI=0.0462525;REFB=0;REVB=0.0262665;RO=0;SAF=18;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.85968e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000187039;OID=.;OPOS=39624326;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:37:18:0:0:37:19:0:0 chr17 39633317 . A G 336.25 PASS AF=1;AO=21;DP=28;FAO=25;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394853;FXX=0.107105;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4133;QD=53.7993;RBI=0.0507671;REFB=0;REVB=-0.0319095;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000688325;OID=.;OPOS=39633317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:28:25:0:0:21:25:1:11:10:0:0:15:10:0:0 chr17 39633349 . G C 482.0 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0203935;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=193.161;QD=53.5556;RBI=0.036264;REFB=-0.165857;REVB=0.0299864;RO=2;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0466996;STB=0.524985;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000820202;OID=.;OPOS=39633349;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:36:36:2:2:34:34:0.944444:19:15:0:2:19:15:0:2 chr17 39633866 . C T 207.01 PASS AF=0.296703;AO=27;DP=91;FAO=27;FDP=91;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=32;FSRR=32;FWDB=0.00592194;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.7299;QD=9.09944;RBI=0.028345;REFB=-0.0118382;REVB=-0.0277195;RO=63;SAF=14;SAR=13;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125485;STB=0.51302;STBP=0.905;TYPE=snp;VARB=0.0337569;OID=.;OPOS=39633866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:63:64:27:27:0.296703:13:14:32:31:13:14:32:32 chr17 39634625 . A G 719.32 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.686;QD=62.5493;RBI=0.0501285;REFB=0;REVB=0.048497;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176197;OID=.;OPOS=39634625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:20:24:0:0:22:24:0:0 chr17 39637244 . A G 1081.08 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.467;QD=60.0598;RBI=0.105317;REFB=0;REVB=0.104611;RO=0;SAF=38;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174161;OID=.;OPOS=39637244;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:72:0:0:68:72:1:30:38:0:0:34:38:0:0 chr17 39643646 . G A 420.49 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0360772;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.162;QD=54.2573;RBI=0.0364876;REFB=-0.124977;REVB=0.00545683;RO=1;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0251989;STB=0.513505;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00332548;OID=.;OPOS=39643646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:18:12:0:1:18:12:0:1 chr17 39646021 . A G 469.21 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.085437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.009;QD=56.8744;RBI=0.0863783;REFB=0;REVB=0.0127169;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000598423;OID=.;OPOS=39646021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:16:16:0:0:16:17:0:0 chr17 39659194 . T C 718.19 PASS AF=0.94;AO=47;DP=50;FAO=47;FDP=50;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00575225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.2308;QD=57.4555;RBI=0.00822327;REFB=-0.167485;REVB=-0.00587654;RO=2;SAF=37;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851744;STB=0.538818;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.00518295;OID=.;OPOS=39659194;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:50:50:2:3:47:47:0.94:10:37:0:2:10:37:1:2 chr17 39659913 . G A 179.64 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00752171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.043;QD=11.0545;RBI=0.0196432;REFB=-0.0260634;REVB=0.018146;RO=42;SAF=11;SAR=12;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0505675;STB=0.529386;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0484475;OID=.;OPOS=39659913;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:23:23:0.353846:12:11:22:20:12:11:22:20 chr17 39661366 . G C 491.43 PASS AF=0.642857;AO=45;DP=70;FAO=45;FDP=70;FR=.;FRO=25;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00542971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9444;QD=28.0815;RBI=0.0102627;REFB=-0.0069921;REVB=0.00870863;RO=25;SAF=22;SAR=23;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0728395;STB=0.539615;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.00488216;OID=.;OPOS=39661366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:25:25:45:45:0.642857:23:22:15:10:23:22:15:10 chr17 39661689 . G A 41.99 PASS AF=0.5;AO=4;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0287552;FXX=0.076864;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.196;QD=13.9972;RBI=0.041387;REFB=-0.0455755;REVB=-0.0297661;RO=4;SAF=2;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.587932;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0328052;OID=.;OPOS=39661689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:12:12:4:6:4:6:0.5:2:2:2:2:4:2:3:3 chr17 39670912 . G C 709.89 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0848208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9036;QD=54.6071;RBI=0.086565;REFB=-0.00153824;REVB=0.0172897;RO=1;SAF=11;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408723;STB=0.52173;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.000505966;OID=.;OPOS=39670912;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:52:1:1:50:51:0.980769:39:11:1:0:40:11:1:0 chr17 39674641 . T C 1373.77 PASS AF=0.96;AO=96;DP=102;FAO=96;FDP=100;FR=.;FRO=4;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00839515;FXX=0.0196059;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.188;QD=54.9507;RBI=0.00872885;REFB=-0.0458093;REVB=0.00239044;RO=4;SAF=51;SAR=45;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166596;STB=0.508792;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.00301575;OID=.;OPOS=39674641;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:102:100:4:4:96:96:0.96:45:51:3:1:45:51:3:1 chr17 39681475 . A G 718.03 PASS AF=0.981481;AO=50;DP=51;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0218743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.14;QD=53.1872;RBI=0.0327004;REFB=-0.0983892;REVB=0.024307;RO=1;SAF=18;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014486;STB=0.50704;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.00154321;OID=.;OPOS=39681475;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:51:54:1:1:50:53:0.981481:32:18:0:1:35:18:0:1 chr17 39723990 . T A 223.02 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000892923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5537;QD=49.5602;RBI=0.0214914;REFB=0;REVB=-0.0214729;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000477943;OID=.;OPOS=39723990;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr17 39727816 . T G 391.35 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0884176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.7224;QD=55.9076;RBI=0.102203;REFB=0;REVB=0.0512615;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00198785;OID=.;OPOS=39727816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chr17 39728050 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1581;QD=48.7358;RBI=0.109378;REFB=0;REVB=0.0166453;RO=0;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.95117e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00321576;OID=.;OPOS=39728050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:15:2:0:0:15:2:0:0 chr17 39742718 . A G 171.59 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00733357;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.776;QD=16.7404;RBI=0.0156407;REFB=-0.0112823;REVB=-0.0138149;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212567;STB=0.512182;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0182261;OID=.;OPOS=39742718;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:9:9:11:12:9:9:11:12 chr17 39742807 . C T 57.87 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.058624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.954;QD=12.8601;RBI=0.0590762;REFB=-0.0079462;REVB=0.00729598;RO=10;SAF=1;SAR=7;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136846;STB=0.583101;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0100623;OID=.;OPOS=39742807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:7:1:2:8:7:1:2:8 chr17 39742894 . G A 58.1 PASS AF=0.615385;AO=7;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00337806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.023;QD=17.8784;RBI=0.00341652;REFB=-0.00394503;REVB=0.000511217;RO=5;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775494;STB=0.526251;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00343609;OID=.;OPOS=39742894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:13:13:5:5:7:8:0.615385:5:2:1:4:6:2:1:4 chr17 39742898 . GC AT,GT 141.94 PASS AF=0.615385,0.384615;AO=8,5;DP=13;FAO=8,5;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2,1;FSAR=6,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431681,0.0686877;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=118.773,82.8087;QD=43.6736;RBI=0.0797597,0.0689233;REFB=0,0;REVB=0.067068,-0.00569449;RO=0;SAF=2,1;SAR=6,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.58669e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00906713,0.010455;OID=.,.;OPOS=39742898,39742899;OREF=GC,C;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:13:13:0:0:8,5:8,5:0.615385,0.384615:6,4:2,1:0:0:6,4:2,1:0:0 chr17 39743081 . G A 385.95 PASS AF=0.666667;AO=36;DP=54;FAO=36;FDP=54;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0298151;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.453;QD=28.5886;RBI=0.0513623;REFB=-0.0346856;REVB=0.0418228;RO=18;SAF=12;SAR=24;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109809;STB=0.559966;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0168104;OID=.;OPOS=39743081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:18:18:36:36:0.666667:24:12:9:9:24:12:9:9 chr17 39766504 . A G 130.29 PASS AF=1;AO=9;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150439;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.9721;QD=43.4289;RBI=0.0205543;REFB=0;REVB=0.0140057;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00141723;OID=.;OPOS=39766504;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:9:12:1:5:4:0:0:6:6:0:0 chr17 39767744 . A G 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1051;QD=51.1822;RBI=0.0417821;REFB=0;REVB=-0.0390034;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000832223;OID=.;OPOS=39767744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr17 39871700 . G A 769.13 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0747878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.015;QD=56.9723;RBI=0.100028;REFB=0;REVB=0.0664259;RO=0;SAF=31;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000924115;OID=.;OPOS=39871700;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:23:31:0:0:23:31:0:0 chr17 39874267 . T A 1177.36 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=80;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00158049;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.186;QD=59.6133;RBI=0.00242516;REFB=-0.093627;REVB=0.00183942;RO=1;SAF=37;SAR=40;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126197;STB=0.506665;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.000374054;OID=.;OPOS=39874267;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:80:79:1:1:77:78:0.987342:40:37:1:0:41:37:1:0 chr17 39874283 . T A 1225.09 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0137776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5285;QD=59.7606;RBI=0.0452265;REFB=-0.0297229;REVB=-0.0430768;RO=2;SAF=38;SAR=42;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242644;STB=0.506328;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0107872;OID=.;OPOS=39874283;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:2:1:80:81:0.987805:42:38:2:0:42:39:1:0 chr17 39879729 . CAGA C,CAGC 439.83 PASS AF=0.967742,0.0322581;AO=27,2;DP=30;FAO=30,1;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=28,0;FSAR=2,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00857839,-0.0854982;FXX=0.0312402;HRUN=1,2;LEN=3,1;MLLD=274.342,22.6266;QD=56.7519;RBI=0.0134973,0.0946855;REFB=0,0;REVB=0.0104205,-0.0406867;RO=0;SAF=26,0;SAR=1,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00167338,-0.0163777;OID=.,.;OPOS=39879730,39879732;OREF=AGA,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.967742,0.0322581:27,2:30:30,1:31:0:28,0:2,1:0:0:6:0:26,0:1,2:0:0 chr17 39880340 . A C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207328;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=275.838;QD=61.684;RBI=0.0320723;REFB=0;REVB=0.0244701;RO=0;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106629;OID=.;OPOS=39880340;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:16:25:0:0:16:25:0:0 chr17 39880545 . C T 759.18 PASS AF=0.964912;AO=55;DP=57;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0279722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.034;QD=53.276;RBI=0.0313538;REFB=-0.131963;REVB=0.0141638;RO=1;SAF=10;SAR=45;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103631;STB=0.518318;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.000802729;OID=.;OPOS=39880545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:57:57:1:2:55:55:0.964912:45:10:0:1:45:10:1:1 chr17 39880573 . G A 592.03 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0328183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.879;QD=57.7589;RBI=0.0358028;REFB=0.00514872;REVB=0.0143107;RO=1;SAF=1;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121821;STB=0.50649;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.000812951;OID=.;OPOS=39880573;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:1:1:39:40:0.97561:38:1:0:1:38:2:0:1 chr17 39881289 . G C 722.37 PASS AF=1;AO=51;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.141;QD=54.5184;RBI=0.0800433;REFB=-0.108721;REVB=0.0759072;RO=1;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209217;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00164874;OID=.;OPOS=39881289;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:53:53:1:0:51:53:1:22:29:0:1:24:29:0:0 chr17 39883350 . G A 424.19 PASS AF=0.634921;AO=40;DP=63;FAO=40;FDP=63;FR=.;FRO=23;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.011632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.048;QD=26.9328;RBI=0.0345466;REFB=-0.0158796;REVB=0.0325294;RO=23;SAF=18;SAR=22;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0771763;STB=0.542109;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.00770935;OID=.;OPOS=39883350;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:23:23:40:40:0.634921:22:18:13:10:22:18:13:10 chr17 39883559 . G A 217.25 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261371;FXX=0.105208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.433;QD=51.1181;RBI=0.1493;REFB=0;REVB=0.146994;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00285691;OID=.;OPOS=39883559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:3:14:0:0:3:14:0:0 chr17 39883595 . T C 426.0 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00451415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.502;QD=54.968;RBI=0.0101835;REFB=0;REVB=0.00912832;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12549e-05;OID=.;OPOS=39883595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:28:31:1:7:21:0:0:8:23:0:0 chr17 39884091 . G C 336.42 PASS AF=1;AO=22;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.165;QD=53.8269;RBI=0.0296778;REFB=0;REVB=0.0171232;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.06169e-05;OID=.;OPOS=39884091;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:22:25:1:9:13:0:0:10:15:0:0 chr17 39884583 . G A 680.81 PASS AF=0.961538;AO=48;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0671803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.9268;QD=52.3697;RBI=0.108566;REFB=-0.123162;REVB=0.0852846;RO=3;SAF=20;SAR=28;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00948625;STB=0.503998;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00753471;OID=.;OPOS=39884583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:52:52:3:2:48:50:0.961538:28:20:1:2:30:20:1:1 chr17 39890715 . A T 847.91 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.455;QD=57.4853;RBI=0.0218864;REFB=0;REVB=0.0165227;RO=0;SAF=35;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.73029e-05;OID=.;OPOS=39890715;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:22:35:0:0:24:35:0:0 chr17 39925925 . A G 101.65 PASS AF=0.325;AO=11;DP=37;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=0.0444981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.385;QD=10.1649;RBI=0.0445126;REFB=-0.0154743;REVB=-0.00113417;RO=25;SAF=5;SAR=6;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.258749;STB=0.62215;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=0.0578537;OID=.;OPOS=39925925;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:40:25:27:11:13:0.325:6:5:6:19:8:5:6:21 chr17 39959189 . C G 548.18 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00432326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.514;QD=59.2624;RBI=0.0406742;REFB=0;REVB=0.0404438;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.03607e-05;OID=.;OPOS=39959189;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:37:0:0:33:37:1:18:15:0:0:21:16:0:0 chr17 39983808 . G C 1245.89 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.4898;QD=61.5253;RBI=0.0161997;REFB=0;REVB=-0.0121837;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.58308e-06;OID=.;OPOS=39983808;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:81:81:1:40:41:0:0:40:41:0:0 chr17 39983820 . G A 1077.45 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00307783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.051;QD=59.8582;RBI=0.013089;REFB=0;REVB=0.012722;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147276;OID=.;OPOS=39983820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:71:72:1:36:35:0:0:37:35:0:0 chr17 39983849 . G C 756.37 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0723124;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4698;QD=57.0846;RBI=0.078501;REFB=0;REVB=-0.0305503;RO=0;SAF=24;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125934;OID=.;OPOS=39983849;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:29:24:0:0:29:24:0:0 chr17 39987130 . T C 741.62 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000321329;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8057;QD=57.048;RBI=0.00780675;REFB=0;REVB=-0.00780013;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000168476;OID=.;OPOS=39987130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:52:0:0:52:52:1:34:18:0:0:34:18:0:0 chr17 39991867 . A ATATC 660.42 PASS AF=0.979592;AO=45;DP=54;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0142307;FXX=0.0576812;HRUN=0;LEN=4;MLLD=285.549;QD=53.9118;RBI=0.0147072;REFB=-0.138008;REVB=0.00371323;RO=4;SAF=25;SAR=20;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302355;STB=0.50943;STBP=0.51;TYPE=ins;VARB=0.00140003;OID=.;OPOS=39991868;OREF=-;OALT=TATC;OMAPALT=ATATC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.979592:45:54:48:49:1:26:22:1:0:5:4:25:20:3:1 chr17 39998141 . C T 704.94 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0117601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.588;QD=58.7449;RBI=0.015453;REFB=-0.0860059;REVB=-0.0100247;RO=1;SAF=19;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240991;STB=0.524989;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=-7.09425e-07;OID=.;OPOS=39998141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:48:48:1:2:46:46:0.958333:27:19:1:0:27:19:2:0 chr17 40010979 . G A 718.88 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.91;QD=56.3827;RBI=0.0253933;REFB=0;REVB=-0.00410244;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205061;OID=.;OPOS=40010979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:51:0:0:48:51:1:16:32:0:0:17:34:0:0 chr17 40048613 . A G 1080.07 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0090798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.289;QD=60.0038;RBI=0.0375905;REFB=0;REVB=0.0364775;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.83221e-05;OID=.;OPOS=40048613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:72:0:0:68:72:1:43:25:0:0:47:25:0:0 chr17 40125864 . G A 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00139075;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.543;QD=22.5853;RBI=0.0457172;REFB=-0.00307848;REVB=0.045696;RO=6;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26877;STB=0.64977;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00268226;OID=.;OPOS=40125864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:7:4:0:6:7:4:0:6 chr17 40146970 . G A 582.17 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0194007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.628;QD=58.217;RBI=0.0204567;REFB=-0.0129779;REVB=0.00648764;RO=1;SAF=14;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323034;STB=0.517232;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.00364352;OID=.;OPOS=40146970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:25:14:1:0:25:14:1:0 chr17 40173851 . A C 520.35 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0279565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.35;QD=59.4684;RBI=0.0544965;REFB=0;REVB=0.0467793;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281783;OID=.;OPOS=40173851;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:19:15:0:0:19:16:0:0 chr17 40257163 . T C 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.00833829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.268;QD=11.4396;RBI=0.00935249;REFB=-0.00891823;REVB=-0.0042358;RO=24;SAF=2;SAR=11;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.227947;STB=0.638466;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0125126;OID=.;OPOS=40257163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:11:2:7:17:11:2:7:17 chr17 40274873 . A C 142.49 PASS AF=0.421053;AO=15;DP=37;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00604431;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.146;QD=14.999;RBI=0.0236136;REFB=-0.0167204;REVB=-0.0228269;RO=22;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0390899;STB=0.543865;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0201488;OID=.;OPOS=40274873;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:22:22:15:16:0.421053:6:9:14:8:7:9:14:8 chr17 40280291 . G A 198.97 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0679159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=205.361;QD=11.3697;RBI=0.0715844;REFB=-0.011074;REVB=-0.0226218;RO=44;SAF=9;SAR=16;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206534;STB=0.626626;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0150052;OID=.;OPOS=40280291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:44:45:25:25:0.357143:16:9:24:20:16:9:25:20 chr17 40344455 . C T 242.7 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0515891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3814;QD=22.5763;RBI=0.059439;REFB=-0.0239633;REVB=0.029522;RO=19;SAF=10;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318822;STB=0.507181;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0376644;OID=.;OPOS=40344455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:20:23:23:0.534884:13:10:9:10:13:10:9:11 chr17 40459562 . A G 70.22 PASS AF=0.243902;AO=10;DP=41;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=-0.0502731;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.774;QD=6.85053;RBI=0.0522;REFB=-0.0243729;REVB=-0.014052;RO=30;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175572;STB=0.61681;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0828124;OID=.;OPOS=40459562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:41:41:30:31:10:10:0.243902:6:4:8:22:6:4:8:23 chr17 40475650 . G GA 81.31 PASS AF=0.314815;AO=15;DP=58;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.0668512;FXX=0.0357079;HRUN=3;LEN=1;MLLD=16.7402;QD=6.02279;RBI=0.122134;REFB=0.0779428;REVB=0.102214;RO=40;SAF=9;SAR=6;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178316;STB=0.570092;STBP=0.478;TYPE=ins;VARB=-0.1636;OID=.;OPOS=40475651;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.314815:15:58:17:54:37:10:7:18:19:81:40:9:6:18:22 chr17 40554776 . CTAAAAAG ACTAAAAG,CTAAAAG,CTAAAAGA 64.04 PASS AF=0,0.52,0.08;AO=3,10,2;DP=25;FAO=0,13,2;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=0,2,2;FSAR=0,11,0;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00454,0.131454,0.026971;FXX=0;HRUN=1,5,5;LEN=3,1,2;MLLD=93.4719,9.58109,43.7845;QD=10.2458;RBI=0.0918098,0.192733,0.0613123;REFB=-0.0158784,-0.178444,-0.0596054;REVB=-0.0916975,-0.140946,-0.0550614;RO=9;SAF=0,1,2;SAR=3,9,0;SRF=4;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.640421,-0.437098,0.602534;STB=0.5,0.604216,0.995847;STBP=1,0.436,0.095;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.133669,0.186654;OID=.,.,.;OPOS=40554776,40554778,40554782;OREF=CTA,A,AG;OALT=ACT,-,GA;OMAPALT=ACTAAAAG,CTAAAAG,CTAAAAGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:46:25:25:9:10:3,10,2:0,13,2:0,0.52,0.08:3,9,0:0,1,2:4:5:0,11,0:0,2,2:3:7 chr17 40689455 . T C 1028.27 PASS AF=1;AO=64;DP=66;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0627562;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.3766;QD=57.9309;RBI=0.0914764;REFB=0;REVB=0.0665551;RO=0;SAF=40;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.3845e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201684;OID=.;OPOS=40689455;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:66:71:0:0:64:71:1:24:40:0:0:28:43:0:0 chr17 40696233 . C G 405.55 PASS AF=0.861111;AO=31;DP=37;FAO=31;FDP=36;FR=.;FRO=5;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0749387;FXX=0.0270197;HRUN=5;LEN=1;MLLD=45.2003;QD=45.0611;RBI=0.0856496;REFB=-0.108468;REVB=0.0414735;RO=4;SAF=16;SAR=15;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498038;STB=0.571383;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.011763;OID=.;OPOS=40696233;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:37:36:4:5:31:31:0.861111:15:16:3:1:16:15:5:0 chr17 40699291 . G A 482.46 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.493;QD=58.4805;RBI=0.0199686;REFB=0;REVB=0.0108265;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153867;OID=.;OPOS=40699291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:11:21:0:0:11:22:0:0 chr17 40699332 . T C 679.57 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00187987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.337;QD=61.7793;RBI=0.00441444;REFB=0;REVB=0.00399416;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117119;OID=.;OPOS=40699332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:14:29:0:0:15:29:0:0 chr17 40723584 . T G 194.8 PASS AF=0.285714;AO=26;DP=90;FAO=26;FDP=91;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=42;FSRR=23;FWDB=-0.0399723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.631;QD=8.56244;RBI=0.0481366;REFB=-0.013241;REVB=0.0268205;RO=64;SAF=11;SAR=15;SRF=41;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256155;STB=0.655286;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.0300739;OID=.;OPOS=40723584;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:64:65:26:26:0.285714:15:11:41:23:15:11:42:23 chr17 40822678 . C T 1489.71 PASS AF=0.9375;AO=105;DP=112;FAO=105;FDP=112;FR=.;FRO=7;FSAF=38;FSAR=67;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00613015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.932;QD=53.2038;RBI=0.0371388;REFB=0.00431957;REVB=0.0366294;RO=6;SAF=38;SAR=67;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0152365;STB=0.504499;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=-3.81333e-05;OID=.;OPOS=40822678;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:112:112:6:7:105:105:0.9375:67:38:3:3:67:38:3:4 chr17 40850635 . GTTT GTTG,GTT 666.62 PASS AF=0.034188,0.948718;AO=5,43;DP=120;FAO=4,111;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=4,91;FSAR=0,20;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.107848,-0.147543;FXX=0.0330551;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=120.685,9.65531;QD=22.7905;RBI=0.12423,0.933046;REFB=0.0387517,0.0071813;REVB=0.0616602,0.921307;RO=34;SAF=5,43;SAR=0,0;SRF=15;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.65547,0.868878;STB=0.5,0.505434;STBP=1,0.586;TYPE=snp,del;VARB=0.176782,-0.00478267;OID=.,.;OPOS=40850638,40850636;OREF=T,T;OALT=G,-;OMAPALT=GTTG,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.034188,0.948718:5,43:120:4,111:117:2:4,91:0,20:2:0:6:34:5,43:0,0:15:19 chr17 41031657 . C T 212.4 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0193076;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4269;QD=16.0302;RBI=0.0407436;REFB=0.0451648;REVB=0.0358783;RO=29;SAF=14;SAR=10;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0647651;STB=0.51767;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=-0.0325959;OID=.;OPOS=41031657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:29:29:24:24:0.45283:10:14:15:14:10:14:16:13 chr17 41046589 . G A 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.0900087;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7545;QD=6.57286;RBI=0.0931327;REFB=-0.00977051;REVB=0.0239192;RO=16;SAF=4;SAR=2;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513116;STB=0.53322;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0177226;OID=.;OPOS=41046589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:2:4:10:6:2:4:10:6 chr17 41063017 . G T 166.49 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=25;FWDB=0.00379109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.945;QD=9.93989;RBI=0.0113975;REFB=-0.00645586;REVB=-0.0107485;RO=45;SAF=11;SAR=11;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635648;STB=0.53728;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0147976;OID=.;OPOS=41063017;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:45:22:22:0.328358:11:11:20:25:11:11:20:25 chr17 41116234 . G A 519.9 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0535154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.896;QD=59.4172;RBI=0.0585991;REFB=0;REVB=-0.0238738;RO=0;SAF=14;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445744;OID=.;OPOS=41116234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:21:14:0:0:21:14:0:0 chr17 41121208 . GGGC G,GG,GGGG 529.45 PASS AF=0.594595,0.0810811,0.324324;AO=10,9,12;DP=34;FAO=22,3,12;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=8,3,4;FSAR=14,0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136759,-0.016453,-0.0193115;FXX=0;HRUN=5,5,1;LEN=3,2,1;MLLD=203.298,204.942,198.767;QD=57.2378;RBI=0.038908,0.03607,0.0310639;REFB=0,0,0;REVB=0.0364253,0.032099,0.0243317;RO=0;SAF=3,6,4;SAR=7,3,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.00655146,-0.00583133,0.00379357;OID=.,.,.;OPOS=41121209,41121210,41121211;OREF=GGC,GC,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=G,GG,GGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.594595,0.0810811,0.324324:10,9,12:34:22,3,12:37:0:8,3,4:14,0,8:0:0:55:0:3,6,4:7,3,8:0:0 chr17 41121217 . G A 228.5 PASS AF=0.6;AO=23;DP=37;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0186125;FXX=0.0789266;HRUN=7;LEN=1;MLLD=192.603;QD=26.1141;RBI=0.0187716;REFB=0.000217422;REVB=-0.00243906;RO=14;SAF=3;SAR=20;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422394;STB=0.733072;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.000103498;OID=.;OPOS=41121217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:35:14:14:23:21:0.6:20:3:8:6:18:3:8:6 chr17 41133071 . T C 365.01 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.66;QD=54.075;RBI=0.0251137;REFB=0;REVB=0.0144337;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.59832e-05;OID=.;OPOS=41133071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:26:27:1:16:10:0:0:16:11:0:0 chr17 41165493 . A C,G 743.84 PASS AF=0.0363636,0.945455;AO=3,51;DP=55;FAO=2,52;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=0,33;FSAR=2,19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00792091,0.018388;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=63.3813,144.905;QD=54.0975;RBI=0.0105907,0.0251108;REFB=0.0199023,-0.00530696;REVB=0.00703013,0.0171007;RO=1;SAF=0,33;SAR=3,18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.727144,-0.0140577;STB=0.993266,0.50746;STBP=0.232,0.518;TYPE=snp,snp;VARB=0.0264108,0.00122201;OID=.,.;OPOS=41165493,41165493;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:55:55:1:1:3,51:2,52:0.0363636,0.945455:3,18:0,33:1:0:2,19:0,33:1:0 chr17 41165878 . C T 277.54 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123648;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3474;QD=52.8641;RBI=0.0173718;REFB=0;REVB=0.0122022;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00265409;OID=.;OPOS=41165878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr17 41174025 . A C 277.33 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310154;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.463;QD=52.8238;RBI=0.0359425;REFB=0;REVB=-0.0181633;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132816;OID=.;OPOS=41174025;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr17 41196407 . TGG GTA,TAG 552.97 PASS AF=0.0263158,0.973684;AO=2,31;DP=38;FAO=1,37;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=1,33;FSAR=0,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0024936,-0.00111495;FXX=0;HRUN=1,7;LEN=3,1;MLLD=116.9,82.2063;QD=58.2069;RBI=0.013285,0.0054962;REFB=0,0;REVB=0.0130489,0.00538193;RO=0;SAF=2,29;SAR=0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0968303,7.08367e-05;OID=.,.;OPOS=41196407,41196408;OREF=TGG,G;OALT=GTA,A;OMAPALT=GTA,TAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:38:38:0:0:2,31:1,37:0.0263158,0.973684:0,2:2,29:0:0:0,4:1,33:0:0 chr17 41223094 . T C 1547.03 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.647;QD=59.5012;RBI=0.0429753;REFB=0;REVB=0.0386319;RO=0;SAF=32;SAR=69;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157113;OID=.;OPOS=41223094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:104:0:0:101:104:1:69:32:0:0:69:35:0:0 chr17 41234470 . A G 1198.42 PASS AF=0.9875;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=80;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0303524;FXX=0.0123442;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.0487;QD=59.921;RBI=0.0304192;REFB=-0.000473642;REVB=0.00201606;RO=0;SAF=40;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33478e-08;STB=0.506171;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.000649673;OID=.;OPOS=41234470;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:80:0:1:79:79:0.9875:39:40:0:0:39:40:1:0 chr17 41244000 . T C 1048.09 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0109086;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.455;QD=58.227;RBI=0.04085;REFB=-0.0718054;REVB=0.0393665;RO=1;SAF=44;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106271;STB=0.505616;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000566225;OID=.;OPOS=41244000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:27:44:1:0:27:44:1:0 chr17 41244435 . T C 510.57 PASS AF=0.860465;AO=37;DP=43;FAO=37;FDP=43;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0411333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7588;QD=47.4952;RBI=0.0609865;REFB=-0.0465948;REVB=-0.0450267;RO=4;SAF=16;SAR=21;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.012506;STB=0.509573;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0265207;OID=.;OPOS=41244435;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:43:43:4:6:37:37:0.860465:21:16:2:2:21:16:3:3 chr17 41244936 . G A 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115627;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.755;QD=60.2307;RBI=0.0142366;REFB=0;REVB=0.00830569;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72495e-05;OID=.;OPOS=41244936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr17 41245237 . A G 766.44 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121273;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.1342;QD=63.8701;RBI=0.0160538;REFB=0;REVB=-0.0105193;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000181418;OID=.;OPOS=41245237;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr17 41245466 . G A 820.09 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00908615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2579;QD=55.5995;RBI=0.0339967;REFB=-0.103197;REVB=-0.03276;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.507934;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00219373;OID=.;OPOS=41245466;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:0:1:58:58:0.983051:27:31:0:0:27:31:1:0 chr17 41246724 . C T 167.44 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=25;FWDB=-0.000437734;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.366;QD=10.148;RBI=0.0232193;REFB=-0.00628731;REVB=-0.0232151;RO=44;SAF=13;SAR=9;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180027;STB=0.605384;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0118244;OID=.;OPOS=41246724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:44:44:22:22:0.333333:9:13:19:25:9:13:19:25 chr17 41277185 . CCG C,CC,CCC 213.78 PASS AF=0,0.947368,0;AO=2,6,10;DP=19;FAO=0,18,0;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=0,6,0;FSAR=0,12,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.186998,-0.0106045,0.169;FXX=0;HRUN=6,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=200.508,206.855,204.015;QD=45.0066;RBI=0.188786,0.0340033,0.172963;REFB=-0.0939918,-0.0512977,0.0276175;REVB=-0.0259214,-0.0323074,-0.0368099;RO=1;SAF=2,4,0;SAR=0,2,10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0.461538,0,0;SSEP=0.672515,0,0;SSSB=0,-0.0962265,-0.819712;STB=0.5,0.538418,0.5;STBP=1,0.288,1;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0120693,-0.000842677,0.0289912;OID=.,.,.;OPOS=41277186,41277187,41277187;OREF=CG,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.947368,0:2,6,10:19:0,18,0:19:1:0,6,0:0,12,0:1:0:7:1:2,4,0:0,2,10:1:0 chr17 41291953 . C G 787.43 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306759;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.879;QD=57.2678;RBI=0.0554261;REFB=0;REVB=-0.0461632;RO=0;SAF=35;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.67221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000153659;OID=.;OPOS=41291953;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:20:35:0:0:20:35:0:0 chr17 41330024 . T C 1218.89 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00496088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.4702;QD=58.7416;RBI=0.0338822;REFB=0.00157797;REVB=0.033517;RO=2;SAF=45;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255771;STB=0.51351;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.000110545;OID=.;OPOS=41330024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:2:2:81:81:0.975904:36:45:0:2:36:45:0:2 chr17 41331460 . G A 525.14 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102708;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.754;QD=60.0155;RBI=0.0118393;REFB=0;REVB=0.00588889;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261813;OID=.;OPOS=41331460;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr17 41332804 . T C 381.51 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0589928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6777;QD=49.2266;RBI=0.0595803;REFB=-0.0341724;REVB=-0.00834672;RO=2;SAF=8;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330812;STB=0.517796;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0171607;OID=.;OPOS=41332804;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:2:2:29:29:0.935484:21:8:1:1:21:8:1:1 chr17 41361960 . A G 788.48 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019938;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.8;QD=64.3656;RBI=0.0213259;REFB=0;REVB=-0.00756776;RO=0;SAF=37;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.14038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.49252e-05;OID=.;OPOS=41361960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:11:37:0:0:12:37:0:0 chr17 41362272 . C G 1175.16 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0313257;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.4683;QD=61.0474;RBI=0.0327093;REFB=0;REVB=0.00941257;RO=0;SAF=30;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000163172;OID=.;OPOS=41362272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:76:77:1:46:30:0:0:47:30:0:0 chr17 41445410 . A T 254.34 PASS AF=1;AO=13;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391054;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=219.108;QD=50.8678;RBI=0.0429442;REFB=0;REVB=0.0177474;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000558586;OID=.;OPOS=41445410;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:13:20:1:9:4:0:0:12:8:0:0 chr17 41454935 . T C 305.49 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0348168;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.557;QD=53.1288;RBI=0.0580406;REFB=0;REVB=0.0464382;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.02342e-05;OID=.;OPOS=41454935;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:8:14:0:0:8:15:0:0 chr17 41489846 . T C 137.88 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00573119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.37;QD=19.0185;RBI=0.0126621;REFB=-0.0143134;REVB=0.0112908;RO=14;SAF=9;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0863963;STB=0.549229;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0106763;OID=.;OPOS=41489846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:14:14:15:15:0.517241:6:9:7:7:6:9:7:7 chr17 41522213 . T A 147.67 PASS AF=0.295775;AO=21;DP=70;FAO=21;FDP=71;FR=.;FRO=50;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=15;FWDB=0.0179889;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3801;QD=8.31951;RBI=0.0211169;REFB=-0.00147634;REVB=-0.01106;RO=49;SAF=12;SAR=9;SRF=34;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152216;STB=0.594852;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00483854;OID=.;OPOS=41522213;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:49:50:21:21:0.295775:9:12:34:15:9:12:35:15 chr17 41603882 . T C 191.8 PASS AF=0.282609;AO=25;DP=91;FAO=26;FDP=92;FR=.;FRO=66;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=35;FSRR=31;FWDB=-0.0149348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.631;QD=8.33932;RBI=0.0149348;REFB=-0.00825741;REVB=1.58383e-05;RO=66;SAF=16;SAR=9;SRF=35;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13704;STB=0.592262;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0276664;OID=.;OPOS=41603882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:66:66:25:26:0.282609:9:16:35:31:9:17:35:31 chr17 41843979 . C G 172.81 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0659113;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1517;QD=18.6825;RBI=0.0816281;REFB=-0.00844254;REVB=-0.0481544;RO=18;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146151;STB=0.595134;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00431566;OID=.;OPOS=41843979;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:18:19:18:18:0.486486:8:10:7:11:8:10:7:12 chr17 41846508 . A G 125.66 PASS AF=0.28125;AO=18;DP=64;FAO=18;FDP=64;FR=.;FRO=46;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0273562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.311;QD=7.85391;RBI=0.0311777;REFB=-0.0124323;REVB=0.0149561;RO=44;SAF=11;SAR=7;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106512;STB=0.565529;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.071406;OID=.;OPOS=41846508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:44:46:18:18:0.28125:7:11:23:21:7:11:24:22 chr17 41959808 . T C 4203.3 PASS AF=0.961806;AO=275;DP=288;FAO=277;FDP=288;FR=.;FRO=11;FSAF=120;FSAR=157;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0159148;FXX=0.00346009;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.35;QD=58.3792;RBI=0.0213864;REFB=-0.0173721;REVB=-0.0142863;RO=11;SAF=118;SAR=157;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022211;STB=0.5114;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.00109822;OID=.;OPOS=41959808;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:288:288:11:11:275:277:0.961806:157:118:8:3:157:120:8:3 chr17 41960343 . T C 414.96 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00831473;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.277;QD=57.2363;RBI=0.038332;REFB=0;REVB=0.0374194;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193862;OID=.;OPOS=41960343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:29:29:1:15:14:0:0:15:14:0:0 chr17 41960633 . CG GC 1641.83 PASS AF=1;AO=108;DP=112;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272316;FXX=0.0267833;HRUN=1;LEN=2;MLLD=180.046;QD=60.2506;RBI=0.0384658;REFB=0;REVB=0.0271672;RO=0;SAF=53;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=7.26233e-05;OID=.;OPOS=41960633;OREF=CG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:109:0:0:108:109:1:55:53:0:0:56:53:0:0 chr17 41961451 . T C 336.62 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281254;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.335;QD=53.8597;RBI=0.0332047;REFB=0;REVB=0.0176498;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113024;OID=.;OPOS=41961451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:25:0:0:22:25:1:13:9:0:0:16:9:0:0 chr17 41994794 . C T 685.84 PASS AF=0.98;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0273656;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.426;QD=54.8673;RBI=0.0491811;REFB=-0.0915062;REVB=0.0408644;RO=1;SAF=32;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144816;STB=0.507689;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000523033;OID=.;OPOS=41994794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:50:1:1:49:49:0.98:17:32:1:0:17:32:1:0 chr17 42030743 . G C 830.22 PASS AF=0.983607;AO=58;DP=60;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0620196;FXX=0.0161264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.2622;QD=54.4407;RBI=0.0887515;REFB=0.0226742;REVB=0.0634854;RO=1;SAF=24;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0192485;STB=0.510201;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00014905;OID=.;OPOS=42030743;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:61:1:1:58:60:0.983607:34:24:1:0:36:24:1:0 chr17 42152103 . G A 591.35 PASS AF=0.952381;AO=40;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0410915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.637;QD=56.3191;RBI=0.0421123;REFB=0.0313896;REVB=0.00921628;RO=2;SAF=10;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292456;STB=0.515617;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.000584592;OID=.;OPOS=42152103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:40:40:0.952381:30:10:1:1:30:10:1:1 chr17 42155403 . CGGGGG CGGGGA,CGGGG 249.37 PASS AF=0.678571,0.285714;AO=16,3;DP=28;FAO=19,8;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=14,5;FSAR=5,3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0294444,0.00216128;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=228.409,7.22799;QD=35.6249;RBI=0.0365471,0.180419;REFB=-0.0838884,-0.186271;REVB=-0.0216499,-0.180406;RO=2;SAF=12,2;SAR=4,1;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0.611111;SSEP=0,0.408163;SSSB=-0.070322,-0.272699;STB=0.517223,0.545344;STBP=0.636,0.618;TYPE=snp,del;VARB=0.0223576,0.00742802;OID=.,.;OPOS=42155408,42155404;OREF=G,G;OALT=A,-;OMAPALT=CGGGGA,CGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.678571,0.285714:16,3:28:19,8:28:1:14,5:5,3:1:0:30:2:12,2:4,1:2:0 chr17 42213347 . G A 1554.37 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0187507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.504;QD=59.7834;RBI=0.0322916;REFB=0;REVB=0.0262899;RO=0;SAF=54;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.90036e-05;OID=.;OPOS=42213347;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:104:0:0:101:104:1:47:54:0:0:49:55:0:0 chr17 42225547 . A C 447.27 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0784269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.776;QD=57.7128;RBI=0.0787961;REFB=0;REVB=0.007619;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000734365;OID=.;OPOS=42225547;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:12:18:0:0:12:19:0:0 chr17 42248346 . A T 673.81 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00555383;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.9393;QD=62.6803;RBI=0.0159229;REFB=0;REVB=-0.0149229;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.81554e-05;OID=.;OPOS=42248346;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr17 42254527 . T G 250.47 PASS AF=1;AO=16;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00208704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.651;QD=50.0944;RBI=0.0442823;REFB=0;REVB=0.044233;RO=0;SAF=11;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.36667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.84595e-05;OID=.;OPOS=42254527;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:16:20:1:5:11:0:0:7:13:0:0 chr17 42255097 . T C 715.02 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0144361;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.029;QD=60.8526;RBI=0.0221571;REFB=-0.093576;REVB=0.0168088;RO=1;SAF=14;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323923;STB=0.517234;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00162569;OID=.;OPOS=42255097;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:32:14:1:0:32:14:1:0 chr17 42267949 . G A 60.51 PASS AF=0.230769;AO=9;DP=39;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.0364181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9997;QD=6.20612;RBI=0.0421156;REFB=-0.000261039;REVB=-0.0211529;RO=30;SAF=7;SAR=2;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284565;STB=0.685825;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00188556;OID=.;OPOS=42267949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:39:30:30:9:9:0.230769:2:7:17:13:2:7:17:13 chr17 42270291 . A G 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.196;QD=57.1053;RBI=0.0229422;REFB=0;REVB=0.0192434;RO=0;SAF=29;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119069;OID=.;OPOS=42270291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:26:29:0:0:26:29:0:0 chr17 42284038 . C T 274.49 PASS AF=0.385542;AO=25;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=33;FWDB=-0.0153866;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.4608;QD=13.2285;RBI=0.0153949;REFB=0.00215938;REVB=-0.000505555;RO=32;SAF=5;SAR=20;SRF=5;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712924;STB=0.606136;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=-0.00603244;OID=.;OPOS=42284038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:32:51:25:32:0.385542:20:5:5:27:25:7:18:33 chr17 42287519 . C T 804.73 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4832;QD=64.3782;RBI=0.0492811;REFB=0;REVB=-0.0436842;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00020562;OID=.;OPOS=42287519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:22:27:0:0:22:28:0:0 chr17 42330551 . GC CG,G 310.59 PASS AF=0,0.524752;AO=4,35;DP=102;FAO=0,53;FDP=101;FR=.;FRO=48;FSAF=0,8;FSAR=0,45;FSRF=47;FSRR=1;FWDB=-0.0144196,0.178282;FXX=0.0194156;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=167.66,13.5969;QD=12.3005;RBI=0.108561,0.179029;REFB=-0.000142096,-0.07483;REVB=-0.107599,-0.0163392;RO=46;SAF=0,6;SAR=4,29;SRF=44;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.844441,-0.699175;STB=0.5,0.870429;STBP=1,0;TYPE=mnp,del;VARB=0,0.0925693;OID=.,.;OPOS=42330551,42330552;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:102:101:46:48:4,35:0,53:0,0.524752:4,29:0,6:44:2:0,45:0,8:47:1 chr17 42338998 . T G 458.01 PASS AF=0.363636;AO=56;DP=154;FAO=56;FDP=154;FR=.;FRO=98;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=39;FSRR=59;FWDB=-0.0151681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6799;QD=11.8964;RBI=0.0171268;REFB=-0.00324001;REVB=-0.00795343;RO=98;SAF=38;SAR=18;SRF=39;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313397;STB=0.678508;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00879125;OID=.;OPOS=42338998;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:154:154:98:98:56:56:0.363636:18:38:39:59:18:38:39:59 chr17 42392622 . T C 2317.86 PASS AF=0.993197;AO=146;DP=148;FAO=146;FDP=147;FR=.;FRO=1;FSAF=70;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000938318;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.152;QD=63.071;RBI=0.00196859;REFB=-0.08132;REVB=-0.00173058;RO=1;SAF=70;SAR=76;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00621677;STB=0.503268;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.000373914;OID=.;OPOS=42392622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:148:147:1:1:146:146:0.993197:76:70:0:1:76:70:0:1 chr17 42398052 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.296;QD=45.8068;RBI=0.02975;REFB=0;REVB=0.0195418;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201097;OID=.;OPOS=42398052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr17 42398757 . C A 415.13 PASS AF=0.882353;AO=29;DP=34;FAO=30;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0114516;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.462;QD=48.8388;RBI=0.0423359;REFB=-0.0921779;REVB=0.0407577;RO=1;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227272;STB=0.534861;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00135404;OID=.;OPOS=42398757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:34:34:1:3:29:30:0.882353:20:9:0:1:20:10:0:3 chr17 42429931 . T C 31.36 PASS AF=0.0909091;AO=8;DP=86;FAO=8;FDP=88;FR=.;FRO=80;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=48;FSRR=32;FWDB=-0.0440952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.569;QD=1.42541;RBI=0.0487547;REFB=-0.0101144;REVB=-0.0207997;RO=77;SAF=1;SAR=7;SRF=45;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.506944;STB=0.897002;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0557231;OID=.;OPOS=42429931;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:86:88:77:80:8:8:0.0909091:7:1:45:32:7:1:48:32 chr17 42453690 . T C 170.15 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=-0.0195121;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.2778;QD=16.2051;RBI=0.0240786;REFB=0.00817218;REVB=-0.0141088;RO=24;SAF=10;SAR=8;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113876;STB=0.565147;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=-0.0163413;OID=.;OPOS=42453690;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:24:24:18:18:0.428571:8:10:16:8:8:10:16:8 chr17 42474145 . TAA TAAA,TA,TAT,TTA 49.41 PASS AF=0.0454545,0.227273,0.0454545,0.0151515;AO=11,8,3,3;DP=64;FAO=3,15,3,1;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=3,6,0,1;FSAR=0,9,3,0;FSRF=35;FSRR=9;FWDB=-0.180362,0.172891,0.0161554,0.0520416;FXX=0.0149231;HRUN=7,7,7,7;LEN=1,1,1,1;MLLD=6.93185,9.81985,215.069,20.77;QD=2.99482;RBI=0.275098,0.262914,0.0238042,0.0993473;REFB=-0.06265,0.0599314,0.00383875,0.0203521;REVB=0.207723,-0.198073,-0.0174826,-0.084626;RO=33;SAF=11,6,0,2;SAR=0,2,3,1;SRF=24;SRR=9;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.712226,0.0355577,-0.649995,-0.0740733;STB=0.994654,0.773298,0.9983,0.984457;STBP=0.285,0.04,0.005,0.54;TYPE=ins,del,snp,snp;VARB=0.0698636,0.00561247,-0.00940175,0.0484101;OID=.,.,.,.;OPOS=42474146,42474146,42474147,42474146;OREF=-,A,A,A;OALT=A,-,T,T;OMAPALT=TAAA,TA,TAT,TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0454545,0.227273,0.0454545,0.0151515:11,8,3,3:64:3,15,3,1:66:44:3,6,0,1:0,9,3,0:35:9:37:33:11,6,0,2:0,2,3,1:24:9 chr17 42475983 . G C 803.45 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00793714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.692;QD=55.4105;RBI=0.00943925;REFB=0.0848026;REVB=0.00510894;RO=1;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145113;STB=0.50769;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-0.00122897;OID=.;OPOS=42475983;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:32:25:0:1:32:25:0:1 chr17 42851729 . C T 204.16 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.337;QD=48.0365;RBI=0.0222598;REFB=0;REVB=0.00867883;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361251;OID=.;OPOS=42851729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:10:6:0:0:11:6:0:0 chr17 42852604 . G T 580.24 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136401;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1165;QD=61.0776;RBI=0.014186;REFB=0;REVB=0.00389723;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129961;OID=.;OPOS=42852604;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:16:21:0:0:16:22:0:0 chr17 42852610 . T C 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.484;QD=60.6074;RBI=0.0132674;REFB=0;REVB=-0.008167;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30486e-05;OID=.;OPOS=42852610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:14:24:0:0:14:24:0:0 chr17 42854610 . T C 797.1 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7243;QD=56.9358;RBI=0.0500007;REFB=0;REVB=0.0392924;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000749529;OID=.;OPOS=42854610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:28:27:0:0:28:28:0:0 chr17 42855554 . T C 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0200701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.811;QD=56.955;RBI=0.0549361;REFB=0;REVB=0.0511387;RO=0;SAF=23;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114683;OID=.;OPOS=42855554;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:29:23:0:0:29:23:0:0 chr17 42857428 . GCG CGA,GCA 716.78 PASS AF=0.0588235,0.941176;AO=3,39;DP=51;FAO=3,48;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=1,18;FSAR=2,30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647328,0.00246492;FXX=0;HRUN=5,1;LEN=3,1;MLLD=22.9183,86.7128;QD=56.2177;RBI=0.0683338,0.108899;REFB=0,0;REVB=0.0218899,0.108871;RO=0;SAF=0,16;SAR=3,23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.43889e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0424018,-0.0023056;OID=.,.;OPOS=42857428,42857430;OREF=GCG,G;OALT=CGA,A;OMAPALT=CGA,GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:51:51:0:0:3,39:3,48:0.0588235,0.941176:3,23:0,16:0:0:2,30:1,18:0:0 chr17 42857517 . C T 554.64 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0279007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.666;QD=55.464;RBI=0.0292539;REFB=-0.0265489;REVB=0.00879443;RO=1;SAF=13;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346745;STB=0.535695;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.00042339;OID=.;OPOS=42857517;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:1:2:38:38:0.95:25:13:1:0:25:13:2:0 chr17 42880753 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2508;QD=60.9784;RBI=0.0253379;REFB=0;REVB=-0.0226657;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000358454;OID=.;OPOS=42880753;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr17 43111688 . G A 386.26 PASS AF=0.64;AO=32;DP=50;FAO=32;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0296102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.394;QD=30.901;RBI=0.0308164;REFB=-0.0400452;REVB=0.00853749;RO=18;SAF=12;SAR=20;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854305;STB=0.546845;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0175424;OID=.;OPOS=43111688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:18:18:32:32:0.64:20:12:9:9:20:12:9:9 chr17 43176804 . C T 885.04 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00141513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.131;QD=58.0356;RBI=0.0380577;REFB=0;REVB=0.0380314;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.01595e-05;OID=.;OPOS=43176804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:61:0:0:59:61:1:33:26:0:0:33:28:0:0 chr17 43181287 . A G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.153;QD=58.0611;RBI=0.0281761;REFB=0;REVB=0.0243098;RO=0;SAF=40;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.00099e-05;OID=.;OPOS=43181287;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:21:40:0:0:21:40:0:0 chr17 43183028 . G A 1525.22 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172282;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.258;QD=59.8124;RBI=0.0200529;REFB=0;REVB=-0.010262;RO=0;SAF=57;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08171e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.08041e-05;OID=.;OPOS=43183028;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:45:57:0:0:45:57:0:0 chr17 43183108 . G A 2297.09 PASS AF=0.986577;AO=146;DP=148;FAO=147;FDP=149;FR=.;FRO=2;FSAF=79;FSAR=68;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0189522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.411;QD=61.6668;RBI=0.019417;REFB=-0.0471216;REVB=0.00422326;RO=1;SAF=79;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00598224;STB=0.506249;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00060563;OID=.;OPOS=43183108;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:148:149:1:2:146:147:0.986577:67:79:1:0:68:79:2:0 chr17 43192548 . GT GTC,TC 209.18 PASS AF=1,0;AO=13,2;DP=18;FAO=18,0;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=7,0;FSAR=11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116578,0.091443;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=23.3261,5.86791;QD=46.4852;RBI=0.117684,0.147798;REFB=0,0;REVB=0.0160941,-0.116114;RO=2;SAF=5,0;SAR=8,2;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.029065,-0.639851;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.009192,0;OID=.,.;OPOS=43192550,43192548;OREF=-,GT;OALT=C,TC;OMAPALT=GTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:2:0:13,2:18,0:1,0:8,2:5,0:1:1:11,0:7,0:0:0 chr17 43192821 . A G 262.97 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0416769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.671;QD=47.8125;RBI=0.0456522;REFB=-0.0672476;REVB=-0.0186324;RO=1;SAF=10;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0439301;STB=0.523787;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.000895589;OID=.;OPOS=43192821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:11:10:1:0:11:10:1:0 chr17 43226887 . A G 315.54 PASS AF=0.56;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0105226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.289;QD=25.2435;RBI=0.0233562;REFB=-0.0376469;REVB=-0.0208515;RO=22;SAF=14;SAR=14;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0360531;STB=0.519986;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.025124;OID=.;OPOS=43226887;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:22:22:28:28:0.56:14:14:10:12:14:14:10:12 chr17 43227214 . T C 531.76 PASS AF=0.64;AO=48;DP=75;FAO=48;FDP=75;FR=.;FRO=27;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.00820647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.128;QD=28.3607;RBI=0.00860877;REFB=-0.0102439;REVB=-0.00260093;RO=27;SAF=30;SAR=18;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735863;STB=0.540053;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00579508;OID=.;OPOS=43227214;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:27:27:48:48:0.64:18:30:14:13:18:30:14:13 chr17 43227766 . T TTTGG 429.32 PASS AF=1;AO=26;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00751209;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=4;MLLD=244.106;QD=57.2427;RBI=0.0302218;REFB=0;REVB=-0.0292733;RO=1;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320266;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-3.6542e-05;OID=.;OPOS=43227767;OREF=-;OALT=TTGG;OMAPALT=TTTGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:26:30:30:30:0:14:16:0:0:4:1:12:14:0:1 chr17 43228244 . T A 584.41 PASS AF=0.564356;AO=57;DP=102;FAO=57;FDP=101;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=27;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.00771502;FXX=0.00980296;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.0735;QD=23.145;RBI=0.00980688;REFB=-0.000975262;REVB=0.0060542;RO=45;SAF=30;SAR=27;SRF=23;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122702;STB=0.501567;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0002568;OID=.;OPOS=43228244;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:102:101:45:44:57:57:0.564356:27:30:23:22:27:30:23:21 chr17 43318778 . GC CG 271.89 PASS AF=0.88;AO=22;DP=27;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0135505;FXX=0.0740466;HRUN=4;LEN=2;MLLD=176.976;QD=43.5017;RBI=0.0225758;REFB=-0.0746454;REVB=0.0180569;RO=3;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839257;STB=0.545415;STBP=0.303;TYPE=mnp;VARB=0.00480827;OID=.;OPOS=43318778;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:27:25:3:3:22:22:0.88:15:7:0:3:15:7:0:3 chr17 43319770 . C T 310.12 PASS AF=0.5;AO=32;DP=65;FAO=33;FDP=66;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0854451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.938;QD=18.7948;RBI=0.0883736;REFB=-0.0171689;REVB=-0.0225615;RO=32;SAF=12;SAR=20;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515963;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0211508;OID=.;OPOS=43319770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:32:33:32:33:0.5:20:12:12:20:20:13:12:21 chr17 43333125 . C T 328.35 PASS AF=0.589286;AO=33;DP=56;FAO=33;FDP=56;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0296257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.665;QD=23.4534;RBI=0.0352358;REFB=-0.0120199;REVB=-0.0190755;RO=23;SAF=22;SAR=11;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0477204;STB=0.5263;STBP=0.679;TYPE=snp;VARB=0.00846906;OID=.;OPOS=43333125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:23:23:33:33:0.589286:11:22:14:9:11:22:14:9 chr17 43333785 . AAGAC A 123.3 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0037049;FXX=0.039992;HRUN=2;LEN=4;MLLD=212.225;QD=10.2747;RBI=0.00636657;REFB=-0.0226008;REVB=-0.00517754;RO=26;SAF=11;SAR=9;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0658443;STB=0.512646;STBP=0.889;TYPE=del;VARB=0.0349225;OID=.;OPOS=43333786;OREF=AGAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.416667:20:50:20:48:28:11:9:16:12:99:26:11:9:16:10 chr17 43340936 . G A 257.55 PASS AF=0.530612;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=7;FWDB=2.24147e-06;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.387;QD=21.0245;RBI=0.0506247;REFB=-0.0186363;REVB=0.0506247;RO=23;SAF=8;SAR=18;SRF=16;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328583;STB=0.683402;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0311681;OID=.;OPOS=43340936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:23:23:26:26:0.530612:18:8:16:7:18:8:16:7 chr17 43342141 . G C 1052.33 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00118884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.836;QD=59.2865;RBI=0.0203532;REFB=0;REVB=-0.0203185;RO=0;SAF=28;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.60811e-05;OID=.;OPOS=43342141;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:43:28:0:0:43:28:0:0 chr17 43364293 . C CG 388.32 PASS AF=1;AO=32;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0578003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=24.7364;QD=44.3794;RBI=0.109391;REFB=0;REVB=-0.0928736;RO=3;SAF=15;SAR=17;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316373;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00437888;OID=.;OPOS=43364294;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:32:35:35:35:0:17:18:0:0:7:3:15:17:2:1 chr17 43472825 . G C 223.94 PASS AF=0.769231;AO=20;DP=26;FAO=20;FDP=26;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0340117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4689;QD=34.452;RBI=0.0568717;REFB=-0.0127122;REVB=-0.0455806;RO=6;SAF=12;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433519;STB=0.523786;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.00181648;OID=.;OPOS=43472825;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:6:6:20:20:0.769231:8:12:3:3:8:12:3:3 chr17 43922640 . G A 96.0 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0410547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.342;QD=22.5873;RBI=0.0412358;REFB=0.038264;REVB=0.00386008;RO=6;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161641;STB=0.592415;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.0205094;OID=.;OPOS=43922640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:8:3:3:3:8:3:3:3 chr17 43923827 . C A 206.8 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0136014;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.9;QD=23.634;RBI=0.056574;REFB=-0.0460109;REVB=0.0549147;RO=15;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.299445;STB=0.666508;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0181992;OID=.;OPOS=43923827;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:15:15:20:20:0.571429:12:8:12:3:12:8:12:3 chr17 43923898 . A G 207.1 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0685781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.4737;QD=48.729;RBI=0.0688705;REFB=0;REVB=0.00634036;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103194;OID=.;OPOS=43923898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr17 43924412 . T C 465.11 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=86;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0139196;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.862;QD=21.8874;RBI=0.0139199;REFB=-0.00978621;REVB=-9.72653e-05;RO=39;SAF=16;SAR=29;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0205618;STB=0.515825;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.00698669;OID=.;OPOS=43924412;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:39:40:45:45:0.529412:29:16:13:26:29:16:13:27 chr17 44061025 . C T 736.69 PASS AF=0.564516;AO=70;DP=124;FAO=70;FDP=124;FR=.;FRO=54;FSAF=42;FSAR=28;FSRF=30;FSRR=24;FWDB=0.00864904;FXX=0.00799936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.029;QD=23.7642;RBI=0.0213078;REFB=-0.0207809;REVB=0.0194735;RO=52;SAF=42;SAR=28;SRF=29;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0341651;STB=0.519994;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0211337;OID=.;OPOS=44061025;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:52:54:70:70:0.564516:28:42:29:23:28:42:30:24 chr17 44067382 . T C 188.65 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0283406;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3201;QD=29.023;RBI=0.03852;REFB=0.0422034;REVB=0.0260884;RO=8;SAF=6;SAR=12;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025751;STB=0.51427;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=-0.030528;OID=.;OPOS=44067382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:12:6:3:5:12:6:3:5 chr17 44077044 . T C 218.91 PASS AF=1;AO=16;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.028553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.117;QD=48.6475;RBI=0.0298455;REFB=0;REVB=0.00868802;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000227236;OID=.;OPOS=44077044;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:16:18:1:13:3:0:0:15:3:0:0 chr17 44117135 . C T 315.67 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.000608067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.498;QD=17.5373;RBI=0.0665488;REFB=-0.00654422;REVB=-0.066546;RO=21;SAF=27;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165125;STB=0.733547;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00446344;OID=.;OPOS=44117135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:21:38:34:34:0.472222:7:27:13:8:7:27:15:23 chr17 44144013 . C T 158.71 PASS AF=0.328125;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=64;FR=.;FRO=43;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0075496;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.085;QD=9.9192;RBI=0.00799675;REFB=-0.0257488;REVB=0.00263658;RO=43;SAF=9;SAR=12;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173292;STB=0.601674;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0270749;OID=.;OPOS=44144013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:43:43:21:21:0.328125:12:9:25:18:12:9:25:18 chr17 44144993 . C G 917.71 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.053;QD=58.2674;RBI=0.0554063;REFB=0;REVB=0.0392805;RO=0;SAF=22;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000119524;OID=.;OPOS=44144993;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:63:0:0:59:63:1:37:22:0:0:39:24:0:0 chr17 44248499 . G C 350.65 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=68;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=9;FWDB=0.00128537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.841;QD=20.6262;RBI=0.00351649;REFB=0.00137813;REVB=-0.00327316;RO=32;SAF=20;SAR=16;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143383;STB=0.579082;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=-0.00112968;OID=.;OPOS=44248499;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:32:32:36:36:0.529412:16:20:23:9:16:20:23:9 chr17 44408406 . A G 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.0059;QD=35.5739;RBI=0.032652;REFB=0;REVB=-0.025972;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00217191;OID=.;OPOS=44408406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr17 44998563 . G A 1532.66 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0129921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5364;QD=59.5206;RBI=0.0137053;REFB=0;REVB=-0.00436344;RO=0;SAF=48;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03919e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107194;OID=.;OPOS=44998563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:102:103:0:0:102:103:1:54:48:0:0:54:49:0:0 chr17 45000547 . G C 930.11 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0343546;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.934;QD=58.1318;RBI=0.0411539;REFB=0;REVB=-0.0226584;RO=0;SAF=20;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000528715;OID=.;OPOS=45000547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:44:20:0:0:44:20:0:0 chr17 45214523 . A C 45.06 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0289112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9584;QD=7.83719;RBI=0.0801158;REFB=-0.0164962;REVB=0.0747173;RO=16;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369678;STB=0.731059;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0179195;OID=.;OPOS=45214523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:16:16:7:7:0.304348:2:5:6:10:2:5:6:10 chr17 45214527 . T C 44.97 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00479701;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1838;QD=7.82149;RBI=0.00506158;REFB=-0.0160353;REVB=0.00161502;RO=16;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369678;STB=0.731059;STBP=0.193;TYPE=snp;VARB=0.0153648;OID=.;OPOS=45214527;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:23:23:16:16:7:7:0.304348:2:5:6:10:2:5:6:10 chr17 45214544 . T C 72.42 PASS AF=0.3;AO=6;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0209982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.63;QD=9.65552;RBI=0.0326661;REFB=-0.0225258;REVB=-0.025023;RO=19;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224955;STB=0.618777;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0578021;OID=.;OPOS=45214544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:30:30:19:20:6:9:0.3:2:4:9:10:3:6:10:10 chr17 45214582 . A G 34.72 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00326066;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.772;QD=4.62986;RBI=0.00956504;REFB=0.00331264;REVB=0.00899212;RO=24;SAF=4;SAR=2;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153097;STB=0.604293;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=-0.0285156;OID=.;OPOS=45214582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:24:24:6:6:0.2:2:4:13:11:2:4:13:11 chr17 45214682 . A G 42.82 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=-0.00763136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.098;QD=5.19086;RBI=0.0078017;REFB=0.0144887;REVB=-0.00162136;RO=25;SAF=3;SAR=4;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247446;STB=0.671813;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=-0.0182409;OID=.;OPOS=45214682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:25:26:7:7:0.212121:4:3:16:9:4:3:17:9 chr17 45219255 . A G 32.78 PASS AF=0.0963855;AO=8;DP=82;FAO=8;FDP=83;FR=.;FRO=75;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=34;FSRR=41;FWDB=0.0145723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5212;QD=1.57992;RBI=0.0379163;REFB=0.0168531;REVB=0.0350042;RO=74;SAF=4;SAR=4;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467862;STB=0.542064;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=-0.0332739;OID=.;OPOS=45219255;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:82:83:74:75:8:8:0.0963855:4:4:34:40:4:4:34:41 chr17 45219276 . A G 43.21 PASS AF=0.125;AO=9;DP=71;FAO=9;FDP=72;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=38;FWDB=-0.00574881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.925;QD=2.40059;RBI=0.00638293;REFB=-0.00446251;REVB=0.00277362;RO=62;SAF=4;SAR=5;SRF=24;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713036;STB=0.542494;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0279344;OID=.;OPOS=45219276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:71:72:62:63:9:9:0.125:5:4:24:38:5:4:25:38 chr17 45219283 . T C 44.61 PASS AF=0.130435;AO=9;DP=69;FAO=9;FDP=69;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=40;FWDB=-0.022565;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.156;QD=2.5858;RBI=0.0329609;REFB=-0.0053226;REVB=-0.0240259;RO=60;SAF=5;SAR=4;SRF=20;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269255;STB=0.687127;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0389627;OID=.;OPOS=45219283;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:69:69:60:60:9:9:0.130435:4:5:20:40:4:5:20:40 chr17 45219296 . G C 34.41 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=62;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=36;FWDB=-0.00354004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.548;QD=2.21995;RBI=0.0421807;REFB=-0.00449154;REVB=-0.0420319;RO=55;SAF=4;SAR=3;SRF=19;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263813;STB=0.692837;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=0.0234235;OID=.;OPOS=45219296;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:62:62:55:55:7:7:0.112903:3:4:19:36:3:4:19:36 chr17 45266522 . T C 134.52 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.026745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5944;QD=10.9808;RBI=0.10761;REFB=-0.00705084;REVB=-0.104233;RO=33;SAF=9;SAR=7;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12204;STB=0.572429;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0129922;OID=.;OPOS=45266522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:7:9:15:18:7:9:15:18 chr17 45266535 . T C 164.18 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00419994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.886;QD=12.8771;RBI=0.0309992;REFB=-0.00377906;REVB=-0.0307133;RO=32;SAF=11;SAR=8;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0858387;STB=0.549947;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00505239;OID=.;OPOS=45266535;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:8:11:16:16:8:11:16:16 chr17 45266571 . T A 214.25 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00844519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.179;QD=20.9028;RBI=0.0448905;REFB=-0.0142173;REVB=0.044089;RO=20;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0624822;STB=0.535178;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.0194704;OID=.;OPOS=45266571;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:20:21:21:0.512195:9:12:10:10:9:12:10:10 chr17 45364540 . T C 385.33 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.0139423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.314;QD=17.9224;RBI=0.0140037;REFB=-0.0145284;REVB=0.00130999;RO=45;SAF=21;SAR=19;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00792436;STB=0.501747;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0248287;OID=.;OPOS=45364540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:45:46:40:40:0.465116:19:21:24:21:19:21:24:22 chr17 45368337 . A C 1994.72 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462959;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.0474;QD=60.9075;RBI=0.0472834;REFB=-0.087502;REVB=0.00961313;RO=0;SAF=67;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.31893e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00084827;OID=.;OPOS=45368337;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:127:131:0:0:126:131:1:59:67:0:0:60:71:0:0 chr17 45369777 . A G 164.79 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.069232;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.75;QD=21.263;RBI=0.075328;REFB=-0.0158273;REVB=-0.0296858;RO=13;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522387;STB=0.513292;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0174062;OID=.;OPOS=45369777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:13:14:17:17:0.548387:8:9:6:7:8:9:7:7 chr17 45369789 . G A 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00314693;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.192;QD=19.5232;RBI=0.00317664;REFB=-0.0277922;REVB=-0.00043344;RO=12;SAF=6;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00986172;STB=0.50561;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0205313;OID=.;OPOS=45369789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:8:6:5:7:8:6:5:7 chr17 45388586 . T A 1668.71 PASS AF=0.982759;AO=111;DP=114;FAO=114;FDP=116;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0258873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4469;QD=57.5416;RBI=0.131916;REFB=-0.100745;REVB=0.129351;RO=3;SAF=59;SAR=52;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0265993;STB=0.508927;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.00174476;OID=.;OPOS=45388586;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:116:3:2:111:114:0.982759:52:59:0:3:55:59:0:2 chr17 45421563 . G A 407.68 PASS AF=0.429907;AO=46;DP=107;FAO=46;FDP=107;FR=.;FRO=61;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.0627355;FXX=0.0183469;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1622;QD=15.2405;RBI=0.0834851;REFB=-0.0145313;REVB=-0.0550819;RO=60;SAF=31;SAR=15;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248621;STB=0.644427;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0156807;OID=.;OPOS=45421563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:60:61:46:46:0.429907:15:31:26:34:15:31:26:35 chr17 45447832 . A G 686.76 PASS AF=0.601852;AO=65;DP=108;FAO=65;FDP=108;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=40;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.00234389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.246;QD=25.4354;RBI=0.0270623;REFB=-0.0314061;REVB=0.0269606;RO=42;SAF=25;SAR=40;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103283;STB=0.561384;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0227986;OID=.;OPOS=45447832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:42:43:65:65:0.601852:40:25:22:20:40:25:23:20 chr17 45451894 . G A 1518.35 PASS AF=0.980952;AO=103;DP=108;FAO=103;FDP=105;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0841679;FXX=0.0277752;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3043;QD=57.8419;RBI=0.0841715;REFB=-0.0355554;REVB=-0.000773429;RO=2;SAF=42;SAR=61;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00344788;STB=0.501817;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=2.70643e-05;OID=.;OPOS=45451894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:108:105:2:2:103:103:0.980952:61:42:1:1:61:42:1:1 chr17 45468842 . A T 784.98 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00520277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.092;QD=64.0801;RBI=0.0289089;REFB=0;REVB=0.0284369;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.22347e-05;OID=.;OPOS=45468842;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:27:20:0:0:28:21:0:0 chr17 45468871 . A G 100.28 PASS AF=0.25;AO=15;DP=60;FAO=15;FDP=60;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.00511013;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8024;QD=6.68508;RBI=0.0229956;REFB=0.00399747;REVB=-0.0224206;RO=44;SAF=6;SAR=9;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465005;STB=0.535165;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=-0.00948003;OID=.;OPOS=45468871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:44:45:15:15:0.25:9:6:16:28:9:6:16:29 chr17 45490251 . C T 919.98 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00847975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.1545;QD=57.4988;RBI=0.0186807;REFB=0;REVB=-0.0166452;RO=0;SAF=21;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229578;OID=.;OPOS=45490251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:61:64:1:40:21:0:0:41:23:0:0 chr17 45567593 . ATC A 110.74 PASS AF=0.340426;AO=11;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00185467;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=240.408;QD=9.42449;RBI=0.0257547;REFB=-0.021003;REVB=-0.0256878;RO=30;SAF=3;SAR=8;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.24536;STB=0.573677;STBP=0.473;TYPE=del;VARB=0.0612018;OID=.;OPOS=45567594;OREF=TC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.340426:11:47:16:47:31:6:10:15:16:99:30:3:8:14:16 chr17 45569814 . GA G,GG 367.91 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=4,22;DP=26;FAO=3,24;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=1,14;FSAR=2,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0141956,0.0158874;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=212.655,223.879;QD=54.5048;RBI=0.0142902,0.0166715;REFB=0,0;REVB=0.00164151,-0.00505252;RO=0;SAF=2,12;SAR=2,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0206274,0.000320199;OID=.,.;OPOS=45569815,45569815;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.111111,0.888889:4,22:26:3,24:27:0:1,14:2,10:0:0:9:0:2,12:2,10:0:0 chr17 45663702 . C A 188.68 PASS AF=0.5;AO=17;DP=36;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0117018;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.319;QD=19.8608;RBI=0.0322379;REFB=-0.0135765;REVB=-0.0300392;RO=18;SAF=16;SAR=1;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.584799;STB=0.751883;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.019365;OID=.;OPOS=45663702;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:18:19:17:19:0.5:1:16:10:8:2:17:11:8 chr17 45700384 . C CCTA 351.07 PASS AF=0.647059;AO=32;DP=53;FAO=33;FDP=51;FR=.;FRO=18;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=1;FWDB=0.00443042;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=3;MLLD=187.198;QD=27.5346;RBI=0.0133388;REFB=-0.0380762;REVB=-0.0125815;RO=20;SAF=13;SAR=19;SRF=18;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33575;STB=0.677691;STBP=0.001;TYPE=ins;VARB=0.0152021;OID=.;OPOS=45700385;OREF=-;OALT=CTA;OMAPALT=CCTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.647059:32:53:33:51:18:14:19:17:1:99:20:13:19:18:2 chr17 45735975 . G A 605.74 PASS AF=0.654321;AO=53;DP=81;FAO=53;FDP=81;FR=.;FRO=28;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0158219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5905;QD=29.9133;RBI=0.0334232;REFB=-0.0243509;REVB=0.0294411;RO=28;SAF=25;SAR=28;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.027628;STB=0.514976;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00848323;OID=.;OPOS=45735975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:28:28:53:53:0.654321:28:25:12:16:28:25:12:16 chr17 45750468 . T C 585.85 PASS AF=0.634146;AO=51;DP=81;FAO=52;FDP=82;FR=.;FRO=30;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.000763743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.184;QD=28.5782;RBI=0.0152104;REFB=-0.00676727;REVB=-0.0151912;RO=28;SAF=21;SAR=30;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351225;STB=0.52856;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00396685;OID=.;OPOS=45750468;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:28:30:51:52:0.634146:30:21:13:15:30:22:15:15 chr17 45759767 . C T 254.78 PASS AF=0.324074;AO=32;DP=105;FAO=35;FDP=108;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=28;FSRF=33;FSRR=40;FWDB=0.00771013;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7155;QD=9.43641;RBI=0.0101324;REFB=-0.00185105;REVB=-0.00657409;RO=71;SAF=6;SAR=26;SRF=34;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392452;STB=0.701627;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.00539392;OID=.;OPOS=45759767;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:108:71:73:32:35:0.324074:26:6:34:37:28:7:33:40 chr17 45760349 . T C 715.07 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0243056;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.941;QD=60.8571;RBI=0.0260776;REFB=-0.112489;REVB=-0.00944878;RO=0;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.06241e-08;STB=0.508768;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00033357;OID=.;OPOS=45760349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:0:1:46:46:0.978723:18:28:0:0:18:28:1:0 chr17 45760429 . T C 392.47 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0371325;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=181.714;QD=50.6417;RBI=0.0443322;REFB=-0.15181;REVB=0.0242183;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.541638;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00183279;OID=.;OPOS=45760429;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:31:31:0:2:29:29:0.935484:11:18:0:0:11:18:0:2 chr17 45760433 . T C 306.27 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0194581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=265.355;QD=47.1179;RBI=0.0308087;REFB=-0.0598235;REVB=0.0238864;RO=1;SAF=13;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343222;STB=0.503223;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.0022214;OID=.;OPOS=45760433;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:26:1:2:24:24:0.923077:11:13:1:0:11:13:1:1 chr17 45885687 . A G 1301.42 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.091;QD=61.9724;RBI=0.0335279;REFB=0;REVB=0.0135137;RO=0;SAF=50;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.77085e-05;OID=.;OPOS=45885687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:33:50:0:0:34:50:0:0 chr17 45885756 . C T 316.63 PASS AF=0.347826;AO=40;DP=115;FAO=40;FDP=115;FR=.;FRO=75;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=46;FWDB=0.0187915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.403;QD=11.0133;RBI=0.0193677;REFB=-0.0174764;REVB=0.00468881;RO=74;SAF=29;SAR=11;SRF=28;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391344;STB=0.721408;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0182818;OID=.;OPOS=45885756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:74:75:40:40:0.347826:11:29:28:46:11:29:29:46 chr17 45893819 . C T 89.5 PASS AF=0.25;AO=12;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0109889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.805;QD=7.45869;RBI=0.0326193;REFB=-0.0176572;REVB=-0.0307126;RO=36;SAF=7;SAR=5;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198359;STB=0.623087;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0506624;OID=.;OPOS=45893819;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:48:48:36:36:12:12:0.25:5:7:15:21:5:7:15:21 chr17 45915788 . T C 511.45 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0769587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.495;QD=58.4514;RBI=0.085192;REFB=0;REVB=0.0365383;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123682;OID=.;OPOS=45915788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:35:0:0:32:35:1:17:15:0:0:19:16:0:0 chr17 45994044 . C T 888.79 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247843;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2676;QD=58.2814;RBI=0.128516;REFB=0;REVB=0.126103;RO=0;SAF=42;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41114e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000993388;OID=.;OPOS=45994044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:18:42:0:0:19:42:0:0 chr17 45994094 . T C 1181.78 PASS AF=0.975309;AO=79;DP=81;FAO=79;FDP=81;FR=.;FRO=2;FSAF=54;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0519936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.45;QD=58.3595;RBI=0.0521001;REFB=0.0174716;REVB=0.00332973;RO=2;SAF=54;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172104;STB=0.509089;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.00162684;OID=.;OPOS=45994094;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:81:81:2:2:79:79:0.975309:25:54:2:0:25:54:2:0 chr17 45994115 . GGC G,GG 196.39 PASS AF=0.333333,0.22619;AO=17,16;DP=83;FAO=28,19;FDP=84;FR=.;FRO=37;FSAF=17,14;FSAR=11,5;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0337635,0.0333985;FXX=0.0344788;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=15.2337,9.3551;QD=9.35171;RBI=0.230781,0.392898;REFB=-0.0175235,-0.0792384;REVB=-0.228297,-0.391476;RO=36;SAF=13,14;SAR=4,2;SRF=25;SRR=11;SSEN=0.435374,0.360215;SSEP=0,0.466357;SSSB=0.103364,0.32332;STB=0.525011,0.570058;STBP=0.751,0.514;TYPE=del,del;VARB=0.0172045,0.0680151;OID=.,.;OPOS=45994116,45994117;OREF=GC,C;OALT=-,-;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.22619:17,16:83:28,19:84:37:17,14:11,5:24:13:91:36:13,14:4,2:25:11 chr17 45994154 . G A 774.49 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0706945;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.6475;QD=55.3205;RBI=0.0789615;REFB=-0.0960375;REVB=-0.0351739;RO=0;SAF=12;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.98168e-08;STB=0.505745;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.00133878;OID=.;OPOS=45994154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:0:1:55:55:0.982143:43:12:0:0:43:12:0:1 chr17 46002744 . G T 762.5 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00100063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.756;QD=63.5419;RBI=0.00863704;REFB=0;REVB=0.00857888;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45505e-05;OID=.;OPOS=46002744;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:27:20:0:0:27:21:0:0 chr17 46005792 . A ACT 1134.16 PASS AF=0.950617;AO=74;DP=85;FAO=77;FDP=81;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0060059;FXX=0.0470533;HRUN=1;LEN=2;MLLD=233.709;QD=56.0081;RBI=0.00829447;REFB=-0.0480927;REVB=0.00572078;RO=6;SAF=33;SAR=41;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00773194;STB=0.501609;STBP=0.897;TYPE=ins;VARB=0.00250644;OID=.;OPOS=46005793;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.950617:74:85:77:81:4:36:41:2:2:12:6:33:41:3:3 chr17 46026156 . A G 481.47 PASS AF=0.944444;AO=34;DP=36;FAO=34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.013824;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.382;QD=53.4964;RBI=0.0606879;REFB=0.0203835;REVB=-0.0590924;RO=2;SAF=22;SAR=12;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166044;STB=0.508892;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=-0.000718503;OID=.;OPOS=46026156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:36:36:2:2:34:34:0.944444:12:22:1:1:12:22:1:1 chr17 46029962 . ACTCT A 165.33 PASS AF=0.384615;AO=18;DP=52;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00360654;FXX=0;HRUN=1;LEN=4;MLLD=283.456;QD=12.7175;RBI=0.00611886;REFB=-0.0132763;REVB=0.00494301;RO=29;SAF=10;SAR=8;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0774132;STB=0.562437;STBP=0.486;TYPE=del;VARB=0.0180124;OID=.;OPOS=46029963;OREF=CTCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.384615:18:52:20:52:32:12:8:16:16:99:29:10:8:14:15 chr17 46059071 . T C 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230681;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.81;QD=57.0006;RBI=0.0315224;REFB=0;REVB=0.0214831;RO=0;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.70667e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.5572e-05;OID=.;OPOS=46059071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:33:21:0:0:33:21:0:0 chr17 46136133 . G C 186.19 PASS AF=0.5;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.0506365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.832;QD=19.5989;RBI=0.0513982;REFB=0.000174404;REVB=-0.00881599;RO=18;SAF=11;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285675;STB=0.527192;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=-0.000848524;OID=.;OPOS=46136133;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:18:19:19:19:0.5:8:11:11:7:8:11:12:7 chr17 46137055 . GCTGGAC G 188.82 PASS AF=0.347826;AO=22;DP=68;FAO=24;FDP=69;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00090428;FXX=0;HRUN=1;LEN=6;MLLD=281.283;QD=10.9459;RBI=0.00157196;REFB=-0.0197094;REVB=0.00128582;RO=38;SAF=10;SAR=12;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0210136;STB=0.561992;STBP=0.465;TYPE=del;VARB=0.0330338;OID=.;OPOS=46137056;OREF=CTGGAC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826:22:68:24:69:45:10:14:23:22:99:38:10:12:18:20 chr17 46147945 . G A 85.3 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.00276032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.064;QD=11.007;RBI=0.00380789;REFB=0.00212205;REVB=0.00262309;RO=20;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493524;STB=0.502953;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00405126;OID=.;OPOS=46147945;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:31:31:20:20:11:11:0.354839:6:5:9:11:6:5:9:11 chr17 46166073 . G A 507.45 PASS AF=0.374233;AO=61;DP=162;FAO=61;FDP=163;FR=.;FRO=102;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=30;FSRR=72;FWDB=-0.00412365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.893;QD=12.4527;RBI=0.00493325;REFB=-0.0145721;REVB=-0.00270786;RO=99;SAF=31;SAR=30;SRF=29;SRR=70;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236074;STB=0.633373;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0258284;OID=.;OPOS=46166073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:163:99:102:61:61:0.374233:30:31:29:70:30:31:30:72 chr17 46262171 . C T 341.5 PASS AF=0.365217;AO=42;DP=115;FAO=42;FDP=115;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=42;FSRR=31;FWDB=0.00157139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.213;QD=11.8781;RBI=0.00962802;REFB=6.98741e-05;REVB=0.00949892;RO=72;SAF=25;SAR=17;SRF=41;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293762;STB=0.513034;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=-0.000109163;OID=.;OPOS=46262171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:72:73:42:42:0.365217:17:25:41:31:17:25:42:31 chr17 46507417 . G A 784.26 PASS AF=0.506329;AO=79;DP=158;FAO=80;FDP=158;FR=.;FRO=78;FSAF=29;FSAR=51;FSRF=38;FSRR=40;FWDB=-0.0230055;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=250.117;QD=19.8547;RBI=0.0262309;REFB=-0.00295807;REVB=0.012602;RO=78;SAF=28;SAR=51;SRF=38;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125412;STB=0.564217;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00256695;OID=.;OPOS=46507417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:158:158:78:78:79:80:0.506329:51:28:38:40:51:29:38:40 chr17 46607021 . T C 2144.34 PASS AF=0.965517;AO=140;DP=145;FAO=140;FDP=145;FR=.;FRO=5;FSAF=56;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0297875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4597;QD=59.1543;RBI=0.0330708;REFB=-0.0365621;REVB=0.014366;RO=5;SAF=56;SAR=84;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136873;STB=0.507204;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0144578;OID=.;OPOS=46607021;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:145:145:5:5:140:140:0.965517:84:56:1:4:84:56:1:4 chr17 46607817 . C T 514.57 PASS AF=0.521277;AO=47;DP=92;FAO=49;FDP=94;FR=.;FRO=45;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0023981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0108;QD=21.8965;RBI=0.0271383;REFB=-0.024357;REVB=0.0270322;RO=45;SAF=18;SAR=29;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135555;STB=0.581735;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0124126;OID=.;OPOS=46607817;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:45:45:47:49:0.521277:29:18:24:21:31:18:24:21 chr17 46607958 . T A 145.83 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0353785;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6796;QD=20.114;RBI=0.0440111;REFB=-0.0317241;REVB=0.026179;RO=11;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017866;STB=0.514265;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0645287;OID=.;OPOS=46607958;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:11:13:13:14:0.482759:8:5:4:7:9:5:5:8 chr17 46608030 . G A 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0297251;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.049;QD=16.385;RBI=0.0345271;REFB=-0.0477325;REVB=-0.0175653;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571344;STB=0.53326;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0625427;OID=.;OPOS=46608030;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:5:4:3:5:5:4:3:5 chr17 46620095 . G T 376.12 PASS AF=0.527778;AO=38;DP=73;FAO=38;FDP=72;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0422935;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.936;QD=20.8955;RBI=0.0463592;REFB=-0.00697363;REVB=-0.0189851;RO=34;SAF=12;SAR=26;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11742;STB=0.565182;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.00165443;OID=.;OPOS=46620095;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:34:34:38:38:0.527778:26:12:15:19:26:12:15:19 chr17 46620111 . T C 337.38 PASS AF=0.576271;AO=33;DP=58;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0655972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.263;QD=22.8735;RBI=0.0660488;REFB=-0.0117311;REVB=0.00771067;RO=25;SAF=12;SAR=21;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303679;STB=0.521539;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.0100404;OID=.;OPOS=46620111;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:25:25:33:34:0.576271:21:12:10:15:22:12:10:15 chr17 46626780 . AG AC,A 64.11 PASS AF=0.0454545,0.5;AO=2,8;DP=22;FAO=1,11;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=0,1;FSAR=1,10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0257834,0.018876;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=91.0348,17.8166;QD=11.6564;RBI=0.0272716,0.0546949;REFB=-0.0151079,-0.134964;REVB=-0.00888575,0.0513345;RO=12;SAF=1,0;SAR=1,8;SRF=4;SRR=8;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.175485,-0.749985;STB=0.987514,0.75698;STBP=0.521,0.079;TYPE=snp,del;VARB=0.0988072,0.173231;OID=.,.;OPOS=46626781,46626781;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=AC,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0454545,0.5:2,8:22:1,11:22:10:0,1:1,10:4:6:59:12:1,0:1,8:4:8 chr17 46626811 . G A,GGACA 109.0 PASS AF=0,0.419355;AO=2,13;DP=36;FAO=0,13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=0,7;FSAR=0,6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.012674,0.011773;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,4;MLLD=272.959,307.589;QD=14.0641;RBI=0.0133241,0.0124561;REFB=-0.00811052,-0.00905333;REVB=-0.00411099,0.00406829;RO=21;SAF=2,7;SAR=0,6;SRF=9;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.535809,0.114735;STB=0.5,0.617473;STBP=1,0.31;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.014429;OID=.,.;OPOS=46626811,46626812;OREF=G,-;OALT=A,GACA;OMAPALT=A,GGACA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:36:31:21:18:2,13:0,13:0,0.419355:0,6:2,7:9:12:0,6:0,7:6:12 chr17 46653036 . AAT A,AA,AAA 956.47 PASS AF=0,0.677419,0;AO=23,44,17;DP=128;FAO=0,84,0;FDP=124;FR=.;FRO=40;FSAF=0,25,0;FSAR=0,59,0;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=0.0500052,0.0832423,0.095879;FXX=0.0158718;HRUN=7,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=225.434,229.995,227.894;QD=30.8537;RBI=0.0514853,0.0840396,0.0964812;REFB=-0.00204512,-0.00167314,-0.00123196;REVB=-0.0122565,-0.0115488,-0.0107629;RO=43;SAF=15,6,4;SAR=8,38,13;SRF=21;SRR=22;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.187825,-0.425989,-0.325737;STB=0.5,0.556102,0.5;STBP=1,0.087,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0154719,0.000377219,0;OID=.,.,.;OPOS=46653037,46653038,46653038;OREF=AT,T,T;OALT=-,-,A;OMAPALT=A,AA,AAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.677419,0:23,44,17:128:0,84,0:124:40:0,25,0:0,59,0:18:22:99:43:15,6,4:8,38,13:21:22 chr17 46670519 . T TC 370.13 PASS AF=1;AO=3;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.164063;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=121.454;QD=47.7585;RBI=0.16723;REFB=0;REVB=-0.0323888;RO=27;SAF=0;SAR=3;SRF=24;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.77777;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00216893;OID=.;OPOS=46670520;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:30:31:31:0:25:6:0:0:4:27:0:3:24:3 chr17 46670520 . T C 402.5 PASS AF=0.909091;AO=30;DP=33;FAO=30;FDP=33;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00405027;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.665;QD=48.7882;RBI=0.00612272;REFB=-0.0437534;REVB=0.00459163;RO=3;SAF=26;SAR=4;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167587;STB=0.590841;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.00186108;OID=.;OPOS=46670520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:33:33:3:3:30:30:0.909091:4:26:1:2:4:26:1:2 chr17 46684929 . A G 283.31 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0115735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.235;QD=19.881;RBI=0.0123764;REFB=-0.00172252;REVB=-0.004385;RO=25;SAF=13;SAR=17;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0617893;STB=0.530592;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0021018;OID=.;OPOS=46684929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:27:30:30:0.526316:17:13:9:16:17:13:10:17 chr17 46688256 . T C 210.5 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0427383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.478;QD=26.3126;RBI=0.0431996;REFB=-0.0235828;REVB=-0.00629666;RO=12;SAF=9;SAR=11;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0803379;STB=0.544542;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00870448;OID=.;OPOS=46688256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:11:9:4:8:11:9:4:8 chr17 46689680 . C A 146.01 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0139511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.396;QD=25.3924;RBI=0.0506742;REFB=-0.0597454;REVB=0.048716;RO=6;SAF=8;SAR=7;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156987;STB=0.621152;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0367165;OID=.;OPOS=46689680;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:23:6:8:15:15:0.652174:7:8:5:1:7:8:7:1 chr17 46842983 . T C 724.64 PASS AF=0.959184;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0408271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.242;QD=59.1543;RBI=0.0477429;REFB=-0.069632;REVB=0.0247493;RO=2;SAF=30;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303164;STB=0.515618;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00604647;OID=.;OPOS=46842983;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:48:49:2:2:46:47:0.959184:16:30:2:0:16:31:2:0 chr17 46878625 . A G 61.33 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0416948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9831;QD=18.8697;RBI=0.082229;REFB=-0.0134961;REVB=-0.0708742;RO=5;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0661115;STB=0.538366;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0202837;OID=.;OPOS=46878625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:4:4:2:3:4:4:2:3 chr17 46881748 . T C 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00201868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.831;QD=63.583;RBI=0.0166709;REFB=0;REVB=0.0165482;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.89862e-05;OID=.;OPOS=46881748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr17 46934001 . GCATT G 376.11 PASS AF=1;AO=19;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197175;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=4;MLLD=152.391;QD=53.7305;RBI=0.0644156;REFB=0;REVB=0.0613237;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000430058;OID=.;OPOS=46934002;OREF=CATT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:29:28:28:0:11:17:0:0:4:0:6:13:0:0 chr17 46970836 . A G 804.78 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00214804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.015;QD=64.3827;RBI=0.0405725;REFB=0;REVB=0.0405156;RO=0;SAF=27;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111434;OID=.;OPOS=46970836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:23:27:0:0:23:27:0:0 chr17 47014675 . C T 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00659027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.6461;QD=51.912;RBI=0.0483131;REFB=0;REVB=0.0478615;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000759946;OID=.;OPOS=47014675;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr17 47036043 . C G 805.04 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0407455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4442;QD=64.4029;RBI=0.0462559;REFB=0;REVB=0.0218956;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000108656;OID=.;OPOS=47036043;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr17 47210429 . A G 320.42 PASS AF=0.595745;AO=28;DP=47;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0692372;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.1522;QD=27.27;RBI=0.100114;REFB=0.0222416;REVB=-0.0723115;RO=18;SAF=14;SAR=14;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510631;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-0.03436;OID=.;OPOS=47210429;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:19:28:28:0.595745:14:14:9:9:14:14:9:10 chr17 47210506 . C A 261.03 PASS AF=0.615385;AO=23;DP=40;FAO=24;FDP=39;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0266451;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.158;QD=26.772;RBI=0.0313726;REFB=-0.0315607;REVB=0.0165612;RO=15;SAF=8;SAR=15;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403141;STB=0.528278;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.00677704;OID=.;OPOS=47210506;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:15:15:23:24:0.615385:15:8:6:9:16:8:6:9 chr17 47241604 . T C 1062.42 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.466;QD=59.8546;RBI=0.0219295;REFB=0;REVB=0.00161074;RO=0;SAF=31;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.18246e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.18813e-05;OID=.;OPOS=47241604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:40:31:0:0:40:31:0:0 chr17 47297297 . T C 1374.89 PASS AF=0.947917;AO=91;DP=96;FAO=91;FDP=96;FR=.;FRO=5;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0258648;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.719;QD=57.2873;RBI=0.0263763;REFB=-0.0482124;REVB=-0.00516919;RO=4;SAF=50;SAR=41;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161742;STB=0.51321;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00156864;OID=.;OPOS=47297297;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:96:96:4:5:91:91:0.947917:41:50:3:1:41:50:4:1 chr17 47300823 . G A 247.33 PASS AF=0.733333;AO=22;DP=30;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00136203;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=218.523;QD=32.978;RBI=0.0282138;REFB=-0.0196341;REVB=0.0281809;RO=8;SAF=16;SAR=6;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140281;STB=0.507685;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.00890569;OID=.;OPOS=47300823;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:8:8:22:22:0.733333:6:16:6:2:6:16:6:2 chr17 47373417 . T C 358.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.042119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.701;QD=55.0943;RBI=0.14108;REFB=0;REVB=0.134646;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001867;OID=.;OPOS=47373417;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chr17 47888852 . A G 172.06 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7089;QD=45.8826;RBI=0.0882691;REFB=0;REVB=0.0646955;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00283978;OID=.;OPOS=47888852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:7:7:0:0:8:7:0:0 chr17 47903381 . C T 144.28 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0208214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.963;QD=8.61392;RBI=0.0213956;REFB=-0.00903505;REVB=-0.00492352;RO=46;SAF=9;SAR=11;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109216;STB=0.571994;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0164245;OID=.;OPOS=47903381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:46:47:20:20:0.298507:11:9:25:21:11:9:26:21 chr17 48067439 . G A 280.25 PASS AF=0.625;AO=25;DP=40;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00523259;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.478;QD=28.0248;RBI=0.00535843;REFB=-0.021794;REVB=0.00115445;RO=15;SAF=9;SAR=16;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704532;STB=0.538772;STBP=0.566;TYPE=snp;VARB=0.0109071;OID=.;OPOS=48067439;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:15:15:25:25:0.625:16:9:4:11:16:9:4:11 chr17 48067953 . T C 501.13 PASS AF=0.573171;AO=47;DP=82;FAO=47;FDP=82;FR=.;FRO=35;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.0142075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.576;QD=24.4454;RBI=0.0559945;REFB=-0.0263652;REVB=0.0541621;RO=35;SAF=29;SAR=18;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00953859;STB=0.505226;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0201217;OID=.;OPOS=48067953;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:35:35:47:47:0.573171:18:29:22:13:18:29:22:13 chr17 48072225 . G A 272.56 PASS AF=0.367816;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=87;FR=.;FRO=55;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=33;FWDB=0.0107333;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.795;QD=12.5314;RBI=0.0107735;REFB=-0.0179159;REVB=-0.000930369;RO=54;SAF=12;SAR=20;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161299;STB=0.516707;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0296779;OID=.;OPOS=48072225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:54:55:32:32:0.367816:20:12:21:33:20:12:22:33 chr17 48149386 . C T 627.77 PASS AF=0.595745;AO=54;DP=92;FAO=56;FDP=94;FR=.;FRO=38;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0278663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0837;QD=26.7134;RBI=0.0300372;REFB=-0.0161503;REVB=0.0112117;RO=38;SAF=32;SAR=22;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0714036;STB=0.53678;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0128917;OID=.;OPOS=48149386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:94:38:38:54:56:0.595745:22:32:19:19:23:33:19:19 chr17 48151353 . T C 419.34 PASS AF=0.615385;AO=40;DP=65;FAO=40;FDP=65;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0221317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.667;QD=25.8055;RBI=0.0221438;REFB=-0.0189343;REVB=0.000730011;RO=24;SAF=21;SAR=19;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0742491;STB=0.532651;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0140928;OID=.;OPOS=48151353;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:24:25:40:40:0.615385:19:21:10:14:19:21:11:14 chr17 48155425 . G A 564.41 PASS AF=0.657895;AO=50;DP=76;FAO=50;FDP=76;FR=.;FRO=26;FSAF=36;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0395215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7341;QD=29.7059;RBI=0.0395962;REFB=-0.0147861;REVB=0.00243121;RO=26;SAF=36;SAR=14;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183533;STB=0.599958;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00715458;OID=.;OPOS=48155425;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:26:26:50:50:0.657895:14:36:12:14:14:36:12:14 chr17 48166980 . C T 100.2 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0205073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.233;QD=16.6999;RBI=0.0215781;REFB=0.0189427;REVB=-0.00671305;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0455781;STB=0.519964;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=-0.00660431;OID=.;OPOS=48166980;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:24:24:10:12:11:11:0.458333:6:5:4:6:6:5:5:7 chr17 48174908 . C T 528.64 PASS AF=0.44186;AO=57;DP=129;FAO=57;FDP=129;FR=.;FRO=72;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=35;FWDB=0.00718796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.367;QD=16.392;RBI=0.0254845;REFB=-0.0280521;REVB=0.0244498;RO=70;SAF=31;SAR=26;SRF=36;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293603;STB=0.516802;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0354491;OID=.;OPOS=48174908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:70:72:57:57:0.44186:26:31:36:34:26:31:37:35 chr17 48258140 . T C 836.75 PASS AF=0.983333;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0308837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.54;QD=55.7836;RBI=0.0469406;REFB=0.000575605;REVB=0.0353499;RO=1;SAF=33;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017801;STB=0.509431;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=7.50836e-05;OID=.;OPOS=48258140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:60:1:1:59:59:0.983333:26:33:0:1:26:33:0:1 chr17 48258321 . C T 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.897;QD=58.5867;RBI=0.0494116;REFB=0;REVB=0.0319836;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029185;OID=.;OPOS=48258321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr17 48265495 . T C 200.57 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.597;QD=47.1918;RBI=0.0499008;REFB=0;REVB=0.0417902;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000491606;OID=.;OPOS=48265495;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:16:17:1:9:7:0:0:10:7:0:0 chr17 48267291 . G C 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00118991;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.026;QD=16.8982;RBI=0.00778384;REFB=-0.0303289;REVB=0.00769235;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130908;STB=0.576311;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0293049;OID=.;OPOS=48267291;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:7:3:4:5:7:3:4:5 chr17 48268223 . A G 754.33 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.265;QD=56.9308;RBI=0.0345673;REFB=0;REVB=0.0193126;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.62337e-05;OID=.;OPOS=48268223;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr17 48269903 . A G 443.37 PASS AF=0.5;AO=44;DP=88;FAO=44;FDP=88;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=-0.0900465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.124;QD=20.1533;RBI=0.0915199;REFB=-0.0177693;REVB=-0.0163561;RO=42;SAF=17;SAR=27;SRF=10;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143696;STB=0.574292;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0216941;OID=.;OPOS=48269903;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:42:44:44:44:0.5:27:17:10:32:27:17:11:33 chr17 48276971 . G C 1059.4 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.265;QD=59.6845;RBI=0.0256903;REFB=0;REVB=0.0186048;RO=0;SAF=19;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67771e-05;OID=.;OPOS=48276971;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:71:0:0:68:71:1:49:19:0:0:51:20:0:0 chr17 48356260 . G A,C 861.22 PASS AF=0.625,0.359375;AO=40,22;DP=62;FAO=40,23;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=15,14;FSAR=25,9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0217541,0.018117;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=132.056,124.2;QD=53.8265;RBI=0.0296669,0.0259163;REFB=-0.0726919,-0.00415447;REVB=0.0201713,0.0185317;RO=0;SAF=14,13;SAR=26,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-5.2029e-08;STB=0.509799,0.526293;STBP=0.51,0.283;TYPE=snp,snp;VARB=0.0131816,-0.00676784;OID=.,.;OPOS=48356260,48356260;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:62:64:0:1:40,22:40,23:0.625,0.359375:26,9:14,13:0:0:25,9:15,14:0:1 chr17 48431032 . G A 102.48 PASS AF=0.267857;AO=14;DP=55;FAO=15;FDP=56;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0227321;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.7579;QD=7.31999;RBI=0.0549137;REFB=-0.0396746;REVB=-0.0499877;RO=41;SAF=7;SAR=7;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163094;STB=0.574783;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.103148;OID=.;OPOS=48431032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:41:41:14:15:0.267857:7:7:15:26:8:7:15:26 chr17 48432324 . G C 278.66 PASS AF=0.469697;AO=30;DP=64;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=12;FWDB=0.0243392;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.3778;QD=16.8886;RBI=0.0254013;REFB=-0.037205;REVB=-0.00726835;RO=34;SAF=20;SAR=10;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104737;STB=0.506962;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0286521;OID=.;OPOS=48432324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:34:35:30:31:0.469697:10:20:23:11:11:20:23:12 chr17 48433958 . T C 147.56 PASS AF=0.272727;AO=20;DP=76;FAO=21;FDP=77;FR=.;FRO=56;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=19;FWDB=-0.0194863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.547;QD=7.66539;RBI=0.0218543;REFB=-0.00617637;REVB=-0.00989434;RO=53;SAF=11;SAR=9;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1134;STB=0.567506;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0177264;OID=.;OPOS=48433958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:53:56:20:21:0.272727:9:11:34:19:9:12:37:19 chr17 48445674 . CCTGGTCAGCTGGTCAGCTGGTCAGC CCTGGTCAGCTAGTCAGCTGGTCAGT,CCTGGTCAGCTGGTCAGC,CCTGGTCAGCTGGTCAGCTGGTCAGT 656.27 PASS AF=0.0454545,0.363636,0.590909;AO=2,13,26;DP=49;FAO=2,16,26;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=2,9,8;FSAR=0,7,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199212,0.00135481,0.116038;FXX=0.10202;HRUN=2,1,1;LEN=15,8,1;MLLD=93.3009,304.914,48.747;QD=59.6612;RBI=0.0199284,0.0143834,0.126039;REFB=0,0,0;REVB=0.000537555,0.0143194,-0.0492028;RO=0;SAF=2,7,8;SAR=0,6,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,-4.28381e-08;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=-0.0257823,0.00721054,0.0073035;OID=.,.,.;OPOS=48445685,48445675,48445699;OREF=GGTCAGCTGGTCAGC,CTGGTCAG,C;OALT=AGTCAGCTGGTCAGT,-,T;OMAPALT=CCTGGTCAGCTAGTCAGCTGGTCAGT,CCTGGTCAGCTGGTCAGC,CCTGGTCAGCTGGTCAGCTGGTCAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0454545,0.363636,0.590909:2,13,26:49:2,16,26:44:0:2,9,8:0,7,18:0:0:99:0:2,7,8:0,6,18:0:0 chr17 48452776 . A C 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.0487118;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.568;QD=14.1959;RBI=0.0496388;REFB=-0.00964213;REVB=-0.00954865;RO=22;SAF=5;SAR=10;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177503;STB=0.603631;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0129499;OID=.;OPOS=48452776;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:10:5:11:11:10:5:11:11 chr17 48452978 . A AAGC 44.44 PASS AF=0.2;AO=7;DP=42;FAO=7;FDP=35;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0162197;FXX=0.102538;HRUN=5;LEN=3;MLLD=337.019;QD=5.07933;RBI=0.0163846;REFB=5.62285e-05;REVB=0.00231852;RO=33;SAF=1;SAR=6;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47343;STB=0.799041;STBP=0.113;TYPE=ins;VARB=0.000481043;OID=.;OPOS=48452979;OREF=-;OALT=AGC;OMAPALT=AAGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.2:7:42:7:35:28:1:6:13:15:44:33:1:6:17:16 chr17 48455985 . A T 239.46 PASS AF=0.4;AO=28;DP=71;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-5.28548e-05;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.997;QD=13.6832;RBI=0.00327123;REFB=-0.0072703;REVB=-0.00327081;RO=42;SAF=11;SAR=17;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.01306;STB=0.507457;STBP=0.939;TYPE=snp;VARB=0.0125594;OID=.;OPOS=48455985;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:42:42:28:28:0.4:17:11:17:25:17:11:17:25 chr17 48456193 . T C 321.4 PASS AF=0.36036;AO=40;DP=111;FAO=40;FDP=111;FR=.;FRO=71;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=0.000967506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.772;QD=11.5821;RBI=0.023407;REFB=-0.0238562;REVB=-0.023387;RO=70;SAF=23;SAR=17;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238604;STB=0.631189;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0334673;OID=.;OPOS=48456193;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:70:71:40:40:0.36036:17:23:25:45:17:23:26:45 chr17 48457722 . G C 470.14 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=109;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=35;FWDB=0.00879944;FXX=0.00917347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.046;QD=17.4124;RBI=0.0604769;REFB=-0.0654506;REVB=0.0598333;RO=54;SAF=24;SAR=27;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0939564;STB=0.545038;STBP=0.414;TYPE=snp;VARB=0.0891571;OID=.;OPOS=48457722;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:54:57:51:51:0.472222:27:24:20:34:27:24:22:35 chr17 48472270 . C T 163.69 PASS AF=0.461538;AO=17;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0177947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0575;QD=16.7885;RBI=0.017876;REFB=-0.0172825;REVB=-0.00170314;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0968596;STB=0.568106;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0192187;OID=.;OPOS=48472270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:21:21:17:18:0.461538:8:9:9:12:8:10:9:12 chr17 48545596 . G A 192.4 PASS AF=0.369231;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=65;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0249931;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.171;QD=11.8402;RBI=0.0519261;REFB=-0.0145725;REVB=0.0455155;RO=35;SAF=7;SAR=17;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2167;STB=0.618079;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0411541;OID=.;OPOS=48545596;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:35:41:24:24:0.369231:17:7:17:18:17:7:19:22 chr17 48549791 . C G 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0044729;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=283.048;QD=13.2127;RBI=0.0208693;REFB=-0.0110761;REVB=-0.0203843;RO=22;SAF=8;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168078;STB=0.598286;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=0.0177603;OID=.;OPOS=48549791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:6:8:9:13:6:8:9:13 chr17 48557326 . G A 34.88 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0179281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.2774;QD=4.81078;RBI=0.0183705;REFB=0.00852602;REVB=-0.00400741;RO=23;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0768798;STB=0.551554;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=-0.0429323;OID=.;OPOS=48557326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:3:3:10:13:3:3:10:13 chr17 48557348 . T C 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0375029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=265.028;QD=5.44273;RBI=0.04102;REFB=-0.00388145;REVB=0.0166183;RO=20;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581081;STB=0.538334;STBP=0.836;TYPE=snp;VARB=0.014205;OID=.;OPOS=48557348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:3:3:9:11:3:3:9:11 chr17 48598785 . G A 1008.49 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0878486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.036;QD=59.3228;RBI=0.0886917;REFB=0;REVB=0.0122004;RO=0;SAF=37;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325216;OID=.;OPOS=48598785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:31:37:0:0:31:37:0:0 chr17 48599450 . A T 379.95 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297037;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.502;QD=56.2888;RBI=0.0527043;REFB=0;REVB=0.0435366;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436885;OID=.;OPOS=48599450;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr17 48603503 . C T 458.25 PASS AF=0.969697;AO=30;DP=34;FAO=32;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0981544;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.236;QD=55.5458;RBI=0.101962;REFB=-0.177677;REVB=-0.0276028;RO=1;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239088;STB=0.512812;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0185922;OID=.;OPOS=48603503;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:33:1:1:30:32:0.969697:19:11:0:1:19:13:0:1 chr17 48606537 . C G 259.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00448336;FXX=0.0475964;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5832;QD=51.9825;RBI=0.00763961;REFB=0;REVB=-0.00618572;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029977;OID=.;OPOS=48606537;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr17 48607614 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558362;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=282.345;QD=49.5992;RBI=0.0616127;REFB=0;REVB=0.0260471;RO=0;SAF=2;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000211607;OID=.;OPOS=48607614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:16:2:0:0:16:2:0:0 chr17 48608717 . T C 1090.8 PASS AF=1;AO=72;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000632514;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.226;QD=59.77;RBI=0.00168931;REFB=0;REVB=-0.00156643;RO=0;SAF=40;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.05346e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.90951e-05;OID=.;OPOS=48608717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:72:73:1:32:40:0:0:32:41:0:0 chr17 48610272 . G C 1317.22 PASS AF=1;AO=78;DP=90;FAO=85;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245472;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.241;QD=61.9868;RBI=0.0685198;REFB=0;REVB=0.0639719;RO=0;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0009142;OID=.;OPOS=48610272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:85:0:0:78:85:1:33:45:0:0:43:42:0:0 chr17 48613837 . A G 1591.46 PASS AF=0.981818;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=58;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0272105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.244;QD=57.8712;RBI=0.0281514;REFB=-0.170317;REVB=0.00721736;RO=2;SAF=58;SAR=50;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00128492;STB=0.500677;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.00236074;OID=.;OPOS=48613837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:110:110:2:2:108:108:0.981818:50:58:1:1:50:58:1:1 chr17 48625479 . AAGGGGGA AAGGGGA,AAGGGGAG,AGGGGA 39.0 PASS AF=0.318182,0,0.0454545;AO=3,2,3;DP=22;FAO=7,0,1;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=5,0,0;FSAR=2,0,1;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=-0.0930009,-0.144943,-0.185637;FXX=0;HRUN=5,5,2;LEN=1,2,2;MLLD=20.6195,31.7715,30.2484;QD=7.09114;RBI=0.099699,0.145385,0.190173;REFB=-0.0162253,0.000920094,-0.0137118;REVB=0.0359266,0.011318,0.0412864;RO=12;SAF=2,1,2;SAR=1,1,1;SRF=1;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.621088,0.535031,0.621088;STB=0.832592,0.5,0.983058;STBP=0.063,1,0.583;TYPE=del,mnp,del;VARB=0.0337345,0,0.0652804;OID=.,.,.;OPOS=48625481,48625485,48625480;OREF=G,GA,AG;OALT=-,AG,-;OMAPALT=AAGGGGA,AAGGGGAG,AGGGGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.318182,0,0.0454545:3,2,3:22:7,0,1:22:14:5,0,0:2,0,1:2:12:32:12:2,1,2:1,1,1:1:11 chr17 48629458 . A G 1457.25 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00352542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.2002;QD=62.0108;RBI=0.0123565;REFB=0.0399511;REVB=-0.0118429;RO=1;SAF=42;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111544;STB=0.505881;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.00390442;OID=.;OPOS=48629458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:51:42:1:0:51:42:1:0 chr17 48653354 . C A 353.91 PASS AF=0.823529;AO=28;DP=34;FAO=28;FDP=34;FR=.;FRO=6;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0139682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.719;QD=41.6358;RBI=0.0158154;REFB=-0.0531615;REVB=0.00741748;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.549533;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0138558;OID=.;OPOS=48653354;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:34:34:0:6:28:28:0.823529:11:17:0:0:11:17:2:4 chr17 48701800 . C T 220.75 PASS AF=0.6;AO=19;DP=33;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.115811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.258;QD=25.228;RBI=0.151955;REFB=0.00998883;REVB=0.0983782;RO=14;SAF=7;SAR=12;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481957;STB=0.5;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.000364854;OID=.;OPOS=48701800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:14:14:19:21:0.6:12:7:6:8:12:9:6:8 chr17 48703752 . T C 392.52 PASS AF=0.5;AO=38;DP=77;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0278593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5401;QD=19.6258;RBI=0.0334811;REFB=-0.0162982;REVB=-0.0185698;RO=39;SAF=23;SAR=15;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0388014;STB=0.526302;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.023752;OID=.;OPOS=48703752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:80:39:40:38:40:0.5:15:23:22:17:15:25:23:17 chr17 48703915 . A AC 40.0 PASS AF=0.125;AO=15;DP=91;FAO=11;FDP=88;FR=.;FRO=77;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=21;FSRR=56;FWDB=-0.00273109;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=43.0276;QD=1.81797;RBI=0.0166663;REFB=-0.0147152;REVB=-0.016441;RO=75;SAF=12;SAR=3;SRF=20;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.603537;STB=0.94782;STBP=0.021;TYPE=ins;VARB=0.134473;OID=.;OPOS=48703916;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.125:15:91:11:88:77:10:1:21:56:39:75:12:3:20:55 chr17 48712705 . G A 146.98 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00134307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.3686;QD=11.3062;RBI=0.00605479;REFB=-0.0402721;REVB=0.00590395;RO=33;SAF=9;SAR=9;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117326;STB=0.557629;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0397935;OID=.;OPOS=48712705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:33:34:18:18:0.346154:9:9:20:13:9:9:20:14 chr17 48712711 . C G 683.27 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.061796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.6299;QD=52.5595;RBI=0.0802042;REFB=-0.0376178;REVB=0.0511269;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.52173;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.000178172;OID=.;OPOS=48712711;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:52:52:0:2:50:50:0.961538:22:28:0:0:22:28:0:2 chr17 48917333 . C T 430.84 PASS AF=0.602941;AO=41;DP=69;FAO=41;FDP=68;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=0.00492112;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.996;QD=25.3437;RBI=0.0258463;REFB=-0.00774362;REVB=0.0253735;RO=28;SAF=25;SAR=16;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259256;STB=0.523979;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00643319;OID=.;OPOS=48917333;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:28:27:41:41:0.602941:16:25:18:10:16:25:18:9 chr17 48940422 . T C 194.56 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0334996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.9423;QD=24.3201;RBI=0.0470448;REFB=-0.000975518;REVB=0.0330301;RO=12;SAF=14;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127426;STB=0.559934;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.000486375;OID=.;OPOS=48940422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:12:13:19:19:0.59375:5:14:7:5:5:14:8:5 chr17 51063068 . A G 292.74 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0307091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.829;QD=27.232;RBI=0.0316115;REFB=-0.00136177;REVB=0.00749917;RO=17;SAF=9;SAR=17;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179148;STB=0.59918;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00169533;OID=.;OPOS=51063068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:17:9:10:7:17:9:10:7 chr17 51901084 . A G 137.07 PASS AF=1;AO=10;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00882933;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.721;QD=39.1637;RBI=0.00909111;REFB=0;REVB=0.00216592;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00471415;OID=.;OPOS=51901084;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:10:14:1:5:5:0:0:9:5:0:0 chr17 51901385 . C T 1227.51 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.699;QD=61.3756;RBI=0.021124;REFB=0;REVB=0.0178931;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.14552e-05;OID=.;OPOS=51901385;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:80:80:1:41:39:0:0:41:39:0:0 chr17 51901643 . C T 853.98 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000403943;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.083;QD=57.897;RBI=0.00598277;REFB=0;REVB=-0.00596912;RO=0;SAF=14;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000277759;OID=.;OPOS=51901643;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:45:14:0:0:45:14:0:0 chr17 51901703 . C G 375.65 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.564;QD=55.6515;RBI=0.026722;REFB=0;REVB=0.0229405;RO=0;SAF=9;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.55838e-05;OID=.;OPOS=51901703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:18:9:0:0:18:9:0:0 chr17 51902252 . C T 1589.73 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00839435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.26;QD=63.5894;RBI=0.060378;REFB=0;REVB=0.0597917;RO=0;SAF=43;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000404558;OID=.;OPOS=51902252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:100:0:0:96:100:1:53:43:0:0:55:45:0:0 chr17 51902492 . A AAAT 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0134306;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=287.909;QD=35.5759;RBI=0.0276169;REFB=0;REVB=0.0241311;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346644;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=8.5103e-05;OID=.;OPOS=51902493;OREF=-;OALT=AAT;OMAPALT=AAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:11:7:7:0:3:4:0:0:4:4:3:4:4:0 chr17 53076799 . G A 808.6 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00813338;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.865;QD=53.9066;RBI=0.00840124;REFB=0.0351125;REVB=0.00210451;RO=2;SAF=18;SAR=40;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.023004;STB=0.512191;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=-0.00187741;OID=.;OPOS=53076799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:40:18:0:2:40:18:0:2 chr17 53076986 . G A 289.36 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.5763;QD=52.6112;RBI=0.0237844;REFB=0;REVB=0.0195615;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168759;OID=.;OPOS=53076986;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chr17 53121020 . A G 502.56 PASS AF=0.5875;AO=47;DP=80;FAO=47;FDP=80;FR=.;FRO=33;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0171926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.2661;QD=25.1281;RBI=0.041192;REFB=-0.020525;REVB=-0.0374325;RO=28;SAF=25;SAR=22;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119332;STB=0.55671;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.0211203;OID=.;OPOS=53121020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:28:33:47:47:0.5875:22:25:10:18:22:25:13:20 chr17 53158492 . G A 565.22 PASS AF=0.586207;AO=51;DP=89;FAO=51;FDP=87;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=37;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.00686137;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.075;QD=25.9871;RBI=0.00765629;REFB=0.00697723;REVB=-0.00339711;RO=36;SAF=14;SAR=37;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235823;STB=0.512874;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-0.00485468;OID=.;OPOS=53158492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:87:36:36:51:51:0.586207:37:14:9:27:37:14:9:27 chr17 53400110 . T C 866.63 PASS AF=0.555556;AO=80;DP=144;FAO=80;FDP=144;FR=.;FRO=64;FSAF=43;FSAR=37;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.0048137;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.213;QD=24.0729;RBI=0.0204111;REFB=-0.0133793;REVB=0.0198353;RO=64;SAF=43;SAR=37;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0433285;STB=0.523654;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00826536;OID=.;OPOS=53400110;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:144:64:64:80:80:0.555556:37:43:31:33:37:43:31:33 chr17 53400918 . GT G 320.34 PASS AF=0.666667;AO=40;DP=66;FAO=44;FDP=66;FR=.;FRO=22;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0304724;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.3968;QD=19.4147;RBI=0.0415839;REFB=-0.0420867;REVB=-0.0282959;RO=22;SAF=21;SAR=19;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163599;STB=0.590869;STBP=0.042;TYPE=del;VARB=0.0315278;OID=.;OPOS=53400919;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667:40:66:44:66:22:22:22:17:5:94:22:21:19:17:5 chr17 53491597 . TAAAAAC ATAAAAC,TAAAAACA,TAAAACA,TAAAAC 264.65 PASS AF=0,0.258065,0,0.564516;AO=3,11,3,20;DP=62;FAO=0,16,0,35;FDP=62;FR=.;FRO=11;FSAF=0,15,0,10;FSAR=0,1,0,25;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0400857,0.110464,0.186295,0.238505;FXX=0;HRUN=1,5,5,5;LEN=2,1,2,1;MLLD=43.7862,11.1531,7.18809,11.3999;QD=17.0742;RBI=0.132537,0.173994,0.215373,0.250022;REFB=-0.0311719,-0.114485,-0.173036,-0.200131;REVB=-0.12633,-0.134431,-0.108071,-0.0750075;RO=21;SAF=1,10,0,1;SAR=2,1,3,19;SRF=19;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.638352,0.0140524,-0.794766,-0.788325;STB=0.5,0.651937,0.5,0.637501;STBP=1,0.24,1,0.004;TYPE=mnp,ins,mnp,del;VARB=0,0.139396,0,0.160563;OID=.,.,.,.;OPOS=53491597,53491604,53491602,53491598;OREF=TA,-,AC,A;OALT=AT,A,CA,-;OMAPALT=ATAAAAC,TAAAAACA,TAAAACA,TAAAAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:65:62:62:21:11:3,11,3,20:0,16,0,35:0,0.258065,0,0.564516:2,1,3,19:1,10,0,1:19:2:0,1,0,25:0,15,0,10:9:2 chr17 53851228 . C T 1766.91 PASS AF=1;AO=116;DP=116;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=77;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0489954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.532;QD=60.9281;RBI=0.0502678;REFB=0;REVB=0.0112386;RO=0;SAF=39;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.49548e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182655;OID=.;OPOS=53851228;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:116:116:0:0:116:116:1:77:39:0:0:77:39:0:0 chr17 54450038 . C A 438.3 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00347236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.903;QD=56.5547;RBI=0.0523081;REFB=0;REVB=0.0521927;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130552;OID=.;OPOS=54450038;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:29:31:1:13:16:0:0:15:16:0:0 chr17 54450134 . G A 501.6 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.119;QD=59.0112;RBI=0.0568158;REFB=0;REVB=0.00154586;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147558;OID=.;OPOS=54450134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:24:10:0:0:24:10:0:0 chr17 54534634 . G A 340.72 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00839449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.236;QD=54.5159;RBI=0.0403949;REFB=0;REVB=-0.039513;RO=0;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012821;OID=.;OPOS=54534634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:9:16:0:0:9:16:0:0 chr17 54543758 . G T 194.18 PASS AF=0.23622;AO=29;DP=127;FAO=30;FDP=127;FR=.,HEALED;FRO=97;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=59;FWDB=-0.0179954;FXX=0.00781189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.437;QD=6.11576;RBI=0.0208201;REFB=-0.019329;REVB=0.0104709;RO=79;SAF=17;SAR=12;SRF=23;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351313;STB=0.655285;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0275434;OID=.;OPOS=54543758;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:79:97:29:30:0.23622:12:17:23:56:12:18:38:59 chr17 54921494 . A C 986.14 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0316938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.797;QD=58.8738;RBI=0.0382853;REFB=0;REVB=0.0214772;RO=0;SAF=39;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.91393e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000121552;OID=.;OPOS=54921494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:27:39:0:0:27:40:0:0 chr17 54978794 . G A 221.89 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.00874257;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.72;QD=18.4906;RBI=0.00880257;REFB=-0.0250763;REVB=-0.001026;RO=26;SAF=13;SAR=9;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142976;STB=0.580576;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0265003;OID=.;OPOS=54978794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:9:13:19:7:9:13:19:7 chr17 55027850 . T C 689.2 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00464714;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.727;QD=62.6548;RBI=0.020405;REFB=0;REVB=0.0198687;RO=0;SAF=26;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120911;OID=.;OPOS=55027850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:18:26:0:0:18:26:0:0 chr17 55062822 . C T 696.09 PASS AF=0.612245;AO=59;DP=97;FAO=60;FDP=98;FR=.;FRO=38;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0595259;FXX=0.0101;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.092;QD=28.4118;RBI=0.0606717;REFB=-0.0153847;REVB=0.0117356;RO=37;SAF=38;SAR=21;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136328;STB=0.564335;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.00518284;OID=.;OPOS=55062822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:98:37:38:59:60:0.612245:21:38:17:20:22:38:18:20 chr17 55182811 . CT C 614.55 PASS AF=1;AO=48;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286659;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=24.8311;QD=47.2732;RBI=0.029152;REFB=0;REVB=0.00530143;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000979677;OID=.;OPOS=55182812;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:48:52:52:52:0:20:32:0:0:11:0:18:30:0:0 chr17 55183203 . T C 447.4 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.154;QD=57.7295;RBI=0.0621692;REFB=0;REVB=0.0317788;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000511949;OID=.;OPOS=55183203;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:12:18:0:0:13:18:0:0 chr17 55183716 . T C 673.74 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0230029;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.558;QD=62.6737;RBI=0.0381626;REFB=0;REVB=0.0304509;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.21913e-05;OID=.;OPOS=55183716;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr17 56080862 . T TTA 52.64 PASS AF=0.116129;AO=18;DP=166;FAO=18;FDP=155;FR=.;FRO=137;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=63;FSRR=74;FWDB=0.0955084;FXX=0.0189861;HRUN=6;LEN=2;MLLD=19.8337;QD=1.35835;RBI=0.110072;REFB=-0.0187434;REVB=-0.0547178;RO=130;SAF=4;SAR=14;SRF=62;SRR=68;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33043;STB=0.615939;STBP=0.318;TYPE=ins;VARB=0.0978926;OID=.;OPOS=56080863;OREF=-;OALT=TA;OMAPALT=TTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.116129:18:166:18:155:137:6:12:63:74:52:130:4:14:62:68 chr17 56270442 . A G 239.93 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=-0.0417001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.053;QD=14.324;RBI=0.0421144;REFB=-0.0246517;REVB=-0.00589263;RO=39;SAF=12;SAR=16;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189545;STB=0.607519;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0340159;OID=.;OPOS=56270442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:16:12:24:15:16:12:24:15 chr17 56271094 . G C 74.7 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0339863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8363;QD=10.6711;RBI=0.0607904;REFB=-0.00258654;REVB=0.0504024;RO=18;SAF=2;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409998;STB=0.749464;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00694392;OID=.;OPOS=56271094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:8:2:10:8:8:2:10:8 chr17 56272390 . A G 601.84 PASS AF=0.392308;AO=50;DP=132;FAO=51;FDP=130;FR=.,HEALED;FRO=66;FSAF=38;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.00182244;FXX=0.0151504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.967;QD=18.5183;RBI=0.0241579;REFB=-0.0211338;REVB=0.024089;RO=65;SAF=38;SAR=12;SRF=33;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287497;STB=0.646197;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0250093;OID=.;OPOS=56272390;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:130:65:66:50:51:0.392308:12:38:33:32:13:38:34:32 chr17 56327999 . A G 66.65 PASS AF=0.428571;AO=7;DP=19;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0113929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.536;QD=12.6954;RBI=0.020589;REFB=-0.0152297;REVB=-0.0171496;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073775;STB=0.531844;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0231325;OID=.;OPOS=56327999;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:19:21:12:12:7:9:0.428571:4:3:6:6:5:4:6:6 chr17 56344867 . G A 64.58 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=-0.00404359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.384;QD=10.3334;RBI=0.131439;REFB=0.000226031;REVB=0.131377;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384764;STB=0.726074;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00122011;OID=.;OPOS=56344867;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:5:4:13:3:5:4:13:3 chr17 56357818 . C A 218.24 PASS AF=0.301075;AO=27;DP=92;FAO=28;FDP=93;FR=.;FRO=65;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=0.00502325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.417;QD=9.38675;RBI=0.0140764;REFB=-0.00677368;REVB=0.0131496;RO=65;SAF=11;SAR=16;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261728;STB=0.662061;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00895378;OID=.;OPOS=56357818;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:93:65:65:27:28:0.301075:16:11:41:24:17:11:41:24 chr17 56383744 . T C 144.66 PASS AF=0.253012;AO=21;DP=84;FAO=21;FDP=83;FR=.;FRO=62;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=0.0231168;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5107;QD=6.97142;RBI=0.0239067;REFB=-0.0149396;REVB=-0.00609459;RO=59;SAF=4;SAR=17;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388235;STB=0.727034;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0418835;OID=.;OPOS=56383744;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:83:59:62:21:21:0.253012:17:4:28:31:17:4:28:34 chr17 56386118 . A G 372.46 PASS AF=0.36;AO=45;DP=124;FAO=45;FDP=125;FR=.;FRO=80;FSAF=17;FSAR=28;FSRF=41;FSRR=39;FWDB=-0.0220111;FXX=0.0234357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.595;QD=11.9188;RBI=0.022824;REFB=-0.0238304;REVB=-0.00603708;RO=77;SAF=17;SAR=28;SRF=38;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130909;STB=0.587727;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0537607;OID=.;OPOS=56386118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:77:80:45:45:0.36:28:17:38:39:28:17:41:39 chr17 56386358 . T A 401.45 PASS AF=0.38843;AO=47;DP=123;FAO=47;FDP=121;FR=.;FRO=74;FSAF=46;FSAR=1;FSRF=60;FSRR=14;FWDB=-0.00766431;FXX=0.0162588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.392;QD=13.271;RBI=0.00899107;REFB=-0.00438776;REVB=-0.00470081;RO=73;SAF=46;SAR=1;SRF=59;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.609659;STB=0.866592;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00697163;OID=.;OPOS=56386358;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:121:73:74:47:47:0.38843:1:46:59:14:1:46:60:14 chr17 56435885 . G T 258.03 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0165179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.959;QD=49.1481;RBI=0.0879086;REFB=0;REVB=0.0863429;RO=0;SAF=15;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00132438;OID=.;OPOS=56435885;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:5:15:0:0:5:16:0:0 chr17 56492800 . T C 1234.1 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00119263;FXX=0.0243873;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7584;QD=61.7048;RBI=0.0227577;REFB=0;REVB=0.0227265;RO=0;SAF=32;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000910069;OID=.;OPOS=56492800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:48:32:0:0:48:32:0:0 chr17 56544280 . T G 685.91 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0161874;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3391;QD=58.375;RBI=0.0268184;REFB=-0.00653115;REVB=0.0213821;RO=2;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361215;STB=0.519222;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0015127;OID=.;OPOS=56544280;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:25:20:0:2:25:20:0:2 chr17 56584205 . A C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.053;QD=61.684;RBI=0.0186419;REFB=0;REVB=0.00806966;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.5107e-05;OID=.;OPOS=56584205;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:26:15:0:0:26:15:0:0 chr17 56585872 . G C 1415.34 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.813;QD=62.9041;RBI=0.0179466;REFB=0;REVB=0.00159772;RO=0;SAF=45;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2591e-05;OID=.;OPOS=56585872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:45:45:0:0:45:45:0:0 chr17 56598439 . T C 1280.99 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0018281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.271;QD=60.9997;RBI=0.0418344;REFB=0;REVB=0.0417944;RO=0;SAF=45;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.04629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231619;OID=.;OPOS=56598439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:83:84:1:38:45:0:0:39:45:0:0 chr17 56621286 . G T 631.16 PASS AF=0.809524;AO=51;DP=62;FAO=51;FDP=63;FR=.;FRO=12;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0103668;FXX=0.0307645;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7963;QD=40.0736;RBI=0.0233526;REFB=-0.0476503;REVB=-0.0209255;RO=7;SAF=25;SAR=26;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787488;STB=0.545834;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0168693;OID=.;OPOS=56621286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:62:63:7:12:51:51:0.809524:26:25:1:6:26:25:3:9 chr17 56621359 . T C,G 1548.64 PASS AF=0.962963,0.037037;AO=92,6;DP=100;FAO=104,4;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=50,4;FSAR=54,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00298379,-0.0105985;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=145.991,104.127;QD=57.3571;RBI=0.0946048,0.0887624;REFB=-0.0440792,-0.0185833;REVB=0.0945578,0.0881274;RO=0;SAF=48,5;SAR=44,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.18042e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0022607,0.0392908;OID=.,.;OPOS=56621359,56621359;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:100:108:0:0:92,6:104,4:0.962963,0.037037:44,1:48,5:0:0:54,0:50,4:0:0 chr17 56636854 . T C 697.05 PASS AF=0.962264;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0129164;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.646;QD=52.6075;RBI=0.0289643;REFB=-0.0135619;REVB=0.0259249;RO=1;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229599;STB=0.504259;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.000278588;OID=.;OPOS=56636854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:53:53:1:2:51:51:0.962264:20:31:0:1:20:31:1:1 chr17 57059119 . GAAA GAA,GAAT 867.03 PASS AF=0.969697,0.030303;AO=49,8;DP=66;FAO=64,2;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=42,2;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.113665,-0.0397936;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=20.5241,10.4326;QD=52.5472;RBI=0.121192,0.152498;REFB=0,0;REVB=-0.0420443,-0.147215;RO=0;SAF=34,2;SAR=15,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.01675e-08,-5.58669e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0040044,-0.0248166;OID=.,.;OPOS=57059120,57059122;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=GAA,GAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.969697,0.030303:49,8:66:64,2:66:0:42,2:22,0:0:0:5:0:34,2:15,6:0:0 chr17 57287454 . A G 302.77 PASS AF=0.464789;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=71;FR=.;FRO=38;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.00356121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.473;QD=17.0576;RBI=0.00787335;REFB=-0.0126773;REVB=0.00702192;RO=38;SAF=19;SAR=14;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224828;STB=0.512612;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0151259;OID=.;OPOS=57287454;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:38:38:33:33:0.464789:14:19:21:17:14:19:21:17 chr17 57290383 . G A 343.21 PASS AF=0.596491;AO=34;DP=57;FAO=34;FDP=57;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0020614;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.934;QD=24.0847;RBI=0.0182518;REFB=-0.0157744;REVB=-0.018135;RO=23;SAF=13;SAR=21;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168027;STB=0.592422;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0167026;OID=.;OPOS=57290383;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:23:23:34:34:0.596491:21:13:14:9:21:13:14:9 chr17 57477235 . T G 213.94 PASS AF=0.471698;AO=21;DP=52;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.01458;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3512;QD=16.1465;RBI=0.0229536;REFB=-0.0570887;REVB=0.0177282;RO=28;SAF=15;SAR=6;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297176;STB=0.637387;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0199951;OID=.;OPOS=57477235;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:28:28:21:25:0.471698:6:15:12:16:8:17:12:16 chr17 57477616 . G A 338.59 PASS AF=0.5;AO=34;DP=69;FAO=36;FDP=72;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00508642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.663;QD=18.8103;RBI=0.0133337;REFB=-0.017814;REVB=-0.0123255;RO=32;SAF=18;SAR=16;SRF=10;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188099;STB=0.569407;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=0.011138;OID=.;OPOS=57477616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:72:32:36:34:36:0.5:16:18:10:22:18:18:13:23 chr17 57478276 . T A 930.54 PASS AF=0.567568;AO=82;DP=147;FAO=84;FDP=148;FR=.;FRO=64;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=31;FSRR=33;FWDB=0.034481;FXX=0.00671096;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.706;QD=25.1498;RBI=0.0361257;REFB=-0.00311412;REVB=0.0107764;RO=64;SAF=38;SAR=44;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169116;STB=0.508719;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00254012;OID=.;OPOS=57478276;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:148:64:64:82:84:0.567568:44:38:31:33:45:39:31:33 chr17 57725644 . G T 45.63 PASS AF=0.131579;AO=10;DP=76;FAO=10;FDP=76;FR=.;FRO=66;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=46;FSRR=20;FWDB=-0.0072128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.414;QD=2.4017;RBI=0.0412247;REFB=-0.00304569;REVB=0.0405888;RO=64;SAF=1;SAR=9;SRF=46;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.667757;STB=0.935149;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.115315;OID=.;OPOS=57725644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:76:76:64:66:10:10:0.131579:9:1:46:18:9:1:46:20 chr17 57951973 . G A 324.98 PASS AF=0.603774;AO=32;DP=53;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0122975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.542;QD=24.5266;RBI=0.0125651;REFB=-0.033256;REVB=-0.00257957;RO=21;SAF=18;SAR=14;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197398;STB=0.608325;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0349048;OID=.;OPOS=57951973;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:21:21:32:32:0.603774:14:18:6:15:14:18:6:15 chr17 57963537 . A G 341.76 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=74;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=31;FWDB=0.0278527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.178;QD=18.4734;RBI=0.0280637;REFB=-0.00360654;REVB=-0.00343447;RO=37;SAF=17;SAR=19;SRF=7;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26514;STB=0.650767;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00951363;OID=.;OPOS=57963537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:37:38:36:36:0.486486:19:17:7:30:19:17:7:31 chr17 57987977 . GT G 97.91 PASS AF=0.576923;AO=10;DP=26;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=0;FWDB=0.00688753;FXX=0.0370233;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.9026;QD=15.0633;RBI=0.264676;REFB=-0.0234768;REVB=-0.264587;RO=11;SAF=1;SAR=9;SRF=11;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.735282;STB=0.866177;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.00345814;OID=.;OPOS=57987978;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.576923:10:26:15:26:11:2:13:11:0:66:11:1:9:11:0 chr17 58024275 . A G 216.29 PASS AF=0.689655;AO=20;DP=29;FAO=20;FDP=29;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.000772497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.459;QD=29.8325;RBI=0.0176724;REFB=-0.0436949;REVB=0.0176555;RO=9;SAF=11;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121361;STB=0.566944;STBP=0.35;TYPE=snp;VARB=0.0140441;OID=.;OPOS=58024275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:9:9:20:20:0.689655:9:11:3:6:9:11:3:6 chr17 58024323 . A AG,G 414.77 PASS AF=0.745098,0;AO=6,2;DP=49;FAO=38,0;FDP=51;FR=.;FRO=13;FSAF=26,0;FSAR=12,0;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0375537,0.0189781;FXX=0;HRUN=0,9;LEN=1,1;MLLD=225.319,93.5747;QD=32.5312;RBI=0.0703255,0.0976149;REFB=-0.0407235,-0.0449194;REVB=-0.0594592,-0.0957523;RO=41;SAF=4,2;SAR=2,0;SRF=21;SRR=20;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.18391,0.404925;STB=0.640181,0.5;STBP=0.002,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0110868,0;OID=.,.;OPOS=58024324,58024323;OREF=-,A;OALT=G,G;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:49:51:41:13:6,2:38,0:0.745098,0:2,0:4,2:21:20:12,0:26,0:2:11 chr17 58024324 . A G 287.23 PASS AF=0.535714;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=56;FR=.;FRO=26;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00457843;FXX=0;HRUN=9;LEN=1;MLLD=253.435;QD=20.5161;RBI=0.0167654;REFB=-0.0129469;REVB=-0.0161281;RO=25;SAF=20;SAR=10;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161231;STB=0.582222;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.00333409;OID=.;OPOS=58024324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:25:26:30:30:0.535714:10:20:12:13:10:20:13:13 chr17 58031412 . A G 166.08 PASS AF=0.566667;AO=16;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.00368829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.593;QD=22.1439;RBI=0.0168016;REFB=-0.0239624;REVB=0.0163918;RO=13;SAF=13;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280762;STB=0.618896;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0220946;OID=.;OPOS=58031412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:16:17:0.566667:3:13:7:6:4:13:7:6 chr17 58786625 . A G 1568.34 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000550518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5704;QD=64.014;RBI=0.056175;REFB=0;REVB=0.0561723;RO=0;SAF=47;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000388674;OID=.;OPOS=58786625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:98:0:0:98:98:1:51:47:0:0:51:47:0:0 chr17 58824567 . T C 612.96 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6477;QD=61.2956;RBI=0.0421921;REFB=0;REVB=0.0314695;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000989081;OID=.;OPOS=58824567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:14:26:0:0:14:26:0:0 chr17 59482169 . C G 55.5 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.0293089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.759;QD=13.0594;RBI=0.135033;REFB=-0.0339888;REVB=0.131814;RO=8;SAF=6;SAR=2;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15636;STB=0.608461;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0924667;OID=.;OPOS=59482169;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:17:17:8:9:8:8:0.470588:2:6:7:1:2:6:8:1 chr17 59482173 . G A 56.44 PASS AF=0.347826;AO=9;DP=24;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00522942;FXX=0.0416493;HRUN=6;LEN=1;MLLD=235.489;QD=9.81515;RBI=0.00542202;REFB=-0.00158741;REVB=-0.00143228;RO=15;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145524;STB=0.658113;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.00115878;OID=.;OPOS=59482173;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:24:23:15:15:9:8:0.347826:3:6:8:7:2:6:8:7 chr17 59485555 . C T 186.75 PASS AF=0.666667;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=27;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00537285;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=180.379;QD=27.6667;RBI=0.0431777;REFB=-0.0245889;REVB=-0.0428421;RO=9;SAF=12;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0728138;STB=0.540495;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.0107773;OID=.;OPOS=59485555;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:27:27:9:9:18:18:0.666667:6:12:5:4:6:12:5:4 chr17 59533868 . G C 502.63 PASS AF=0.4;AO=57;DP=140;FAO=56;FDP=140;FR=.;FRO=84;FSAF=20;FSAR=36;FSRF=32;FSRR=52;FWDB=-0.044825;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.4998;QD=14.3608;RBI=0.0474849;REFB=-0.0127753;REVB=0.0156695;RO=81;SAF=20;SAR=37;SRF=31;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0360046;STB=0.515413;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.0196703;OID=.;OPOS=59533868;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:81:84:57:56:0.4:37:20:31:50:36:20:32:52 chr17 59534987 . T G 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00646761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.197;QD=15.5718;RBI=0.0147388;REFB=-0.0492779;REVB=-0.013244;RO=11;SAF=8;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0933525;STB=0.538389;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0389431;OID=.;OPOS=59534987;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:11:12:11:11:0.478261:3:8:7:4:3:8:8:4 chr17 59557600 . C T 147.23 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.028904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0023;QD=17.3209;RBI=0.0601411;REFB=0.00365184;REVB=0.05274;RO=18;SAF=4;SAR=12;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259537;STB=0.649799;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=-0.000934031;OID=.;OPOS=59557600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:12:4:9:9:12:4:9:9 chr17 59560463 . C T 86.66 PASS AF=0.235294;AO=12;DP=52;FAO=12;FDP=51;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0757097;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.3028;QD=6.79661;RBI=0.0780711;REFB=-0.0125713;REVB=-0.019056;RO=39;SAF=4;SAR=8;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.36184;STB=0.724648;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.031173;OID=.;OPOS=59560463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:52:51:39:39:12:12:0.235294:8:4:25:14:8:4:25:14 chr17 59561204 . G A 95.54 PASS AF=0.25;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=52;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.00265154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.154;QD=7.34929;RBI=0.0176953;REFB=-0.00985024;REVB=-0.0174955;RO=38;SAF=9;SAR=4;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405184;STB=0.753829;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.01879;OID=.;OPOS=59561204;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:52:52:38:39:13:13:0.25:4:9:13:25:4:9:13:26 chr17 59760174 . G A,T 564.87 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=36,2;DP=38;FAO=36,2;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13,1;FSAR=23,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318795,0.0263711;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=169.513,122.838;QD=59.4604;RBI=0.0354878,0.0305827;REFB=0,0;REVB=0.015591,0.0154876;RO=0;SAF=13,1;SAR=23,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.21415e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00160079,0.0708175;OID=.,.;OPOS=59760174,59760174;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:38:38:0:0:36,2:36,2:0.947368,0.0526316:23,1:13,1:0:0:23,1:13,1:0:0 chr17 59760996 . A G 279.58 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0173621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.614;QD=48.623;RBI=0.0306214;REFB=-0.0292588;REVB=0.0252236;RO=1;SAF=7;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615001;STB=0.533302;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.00373848;OID=.;OPOS=59760996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:1:1:22:22:0.956522:15:7:1:0:15:7:1:0 chr17 59763114 . A T 393.25 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0809926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8101;QD=56.1781;RBI=0.0811417;REFB=0;REVB=-0.00491613;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00193017;OID=.;OPOS=59763114;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr17 59763347 . A G 791.66 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00635233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.187;QD=55.555;RBI=0.0117823;REFB=-0.0578392;REVB=0.00992325;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126918;OID=.;OPOS=59763347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:56:57:0:0:56:57:1:29:27:0:0:29:28:0:0 chr17 59763465 . T C 1300.01 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015707;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.815;QD=61.9051;RBI=0.0562927;REFB=0;REVB=0.054057;RO=0;SAF=32;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.99221e-05;OID=.;OPOS=59763465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:84:84:1:52:32:0:0:52:32:0:0 chr17 59955426 . T G 1172.0 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207117;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.899;QD=60.883;RBI=0.0215647;REFB=0;REVB=-0.00600529;RO=0;SAF=35;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62063e-05;OID=.;OPOS=59955426;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:42:35:0:0:42:35:0:0 chr17 60040329 . C T 666.9 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0205587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.146;QD=57.9915;RBI=0.0206738;REFB=-0.0277149;REVB=-0.00217901;RO=2;SAF=14;SAR=30;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624851;STB=0.533318;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=2.5895e-05;OID=.;OPOS=60040329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:30:14:2:0:30:14:2:0 chr17 60043884 . G A 990.64 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00342206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.019;QD=59.1428;RBI=0.00352824;REFB=0;REVB=0.000859048;RO=0;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.09205e-06;OID=.;OPOS=60043884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:34:33:0:0:34:33:0:0 chr17 60043929 . T C 1219.81 PASS AF=0.975904;AO=81;DP=83;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0303991;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.951;QD=58.786;RBI=0.0325656;REFB=-0.139654;REVB=0.0116797;RO=2;SAF=34;SAR=47;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00375452;STB=0.501983;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.000611296;OID=.;OPOS=60043929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:83:83:2:2:81:81:0.975904:47:34:1:1:47:34:1:1 chr17 60083208 . G T 538.52 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010817;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.4445;QD=59.8359;RBI=0.0180095;REFB=0;REVB=-0.0143991;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.10071e-05;OID=.;OPOS=60083208;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:16:20:0:0:16:20:0:0 chr17 60345508 . A G 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.032464;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.28;QD=25.4679;RBI=0.0584008;REFB=-0.0124575;REVB=0.0485463;RO=2;SAF=6;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0586432;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00346349;OID=.;OPOS=60345508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:2:3:9:9:0.75:3:6:1:1:3:6:2:1 chr17 60348325 . G A 1714.28 PASS AF=0.991304;AO=114;DP=115;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00036677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4538;QD=59.6272;RBI=0.0538282;REFB=-0.0728367;REVB=0.0538269;RO=0;SAF=54;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23871e-08;STB=0.504586;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.00111129;OID=.;OPOS=60348325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:115:115:0:1:114:114:0.991304:60:54:0:0:60:54:1:0 chr17 60351457 . G A 2275.39 PASS AF=1;AO=141;DP=145;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=98;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381263;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6636;QD=62.7694;RBI=0.0454717;REFB=0;REVB=-0.0247803;RO=0;SAF=46;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113111;OID=.;OPOS=60351457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:145:0:0:141:145:1:95:46:0:0:98:47:0:0 chr17 60493386 . A G 67.8 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00158991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.437;QD=13.5593;RBI=0.0105365;REFB=-0.0159199;REVB=-0.0104159;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166393;STB=0.597497;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.0174351;OID=.;OPOS=60493386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:8:3:4:5:8:3 chr17 60503892 . A G 82.05 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00531291;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.4102;QD=32.8217;RBI=0.0291791;REFB=-0.0824275;REVB=0.0286914;RO=1;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080744;STB=0.545355;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00633109;OID=.;OPOS=60503892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:1:1:9:9:0.9:5:4:0:1:5:4:0:1 chr17 60683503 . A G 322.65 PASS AF=0.413793;AO=35;DP=87;FAO=36;FDP=87;FR=.;FRO=51;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=-0.00369801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.292;QD=14.8343;RBI=0.0179559;REFB=-0.0254675;REVB=0.017571;RO=51;SAF=21;SAR=14;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012767;STB=0.514011;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.02845;OID=.;OPOS=60683503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:51:51:35:36:0.413793:14:21:30:21:14:22:30:21 chr17 60741917 . G A 372.05 PASS AF=0.408163;AO=40;DP=98;FAO=40;FDP=98;FR=.;FRO=58;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=-0.0321945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.847;QD=15.1856;RBI=0.0350557;REFB=-0.00741662;REVB=0.0138713;RO=52;SAF=21;SAR=19;SRF=33;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111399;STB=0.588193;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00747211;OID=.;OPOS=60741917;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:52:58:40:40:0.408163:19:21:33:19:19:21:39:19 chr17 60753904 . A C 146.97 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.0645362;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.8003;QD=10.498;RBI=0.0700821;REFB=-0.0114078;REVB=0.0273235;RO=36;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0911338;STB=0.544044;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00844268;OID=.;OPOS=60753904;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:37:19:19:0.339286:9:10:16:20:9:10:17:20 chr17 60758273 . G C 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0384919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1045;QD=57.3847;RBI=0.0414225;REFB=0;REVB=-0.0153034;RO=0;SAF=31;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000614343;OID=.;OPOS=60758273;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:26:31:0:0:26:31:0:0 chr17 60766224 . A G 1296.77 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00286809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.0374;QD=61.7509;RBI=0.0131411;REFB=0;REVB=0.0128243;RO=0;SAF=42;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27832e-05;OID=.;OPOS=60766224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:42:42:0:0:42:42:0:0 chr17 60767015 . G A 613.29 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.919;QD=61.3289;RBI=0.0751589;REFB=0;REVB=0.0740311;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383883;OID=.;OPOS=60767015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr17 60769803 . A G 182.17 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0140408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.796;QD=16.946;RBI=0.0253434;REFB=-0.0290818;REVB=-0.0210984;RO=24;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118016;STB=0.567496;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0287388;OID=.;OPOS=60769803;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:11:8:13:11:11:8:13:11 chr17 61559923 . C T 157.74 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0176913;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.356;QD=11.267;RBI=0.0193424;REFB=-0.0331239;REVB=0.00781969;RO=36;SAF=14;SAR=6;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00725655;STB=0.504233;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.0268704;OID=.;OPOS=61559923;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:6:14:25:11:6:14:25:11 chr17 61562309 . C T 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0528569;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.802;QD=8.69141;RBI=0.0541995;REFB=-0.00323845;REVB=0.0119892;RO=16;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.390509;STB=0.74713;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.00980507;OID=.;OPOS=61562309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:16:17:8:8:0.32:3:5:4:12:3:5:4:13 chr17 61562774 . T C 110.64 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0264329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9267;QD=15.2612;RBI=0.0264451;REFB=-0.00982602;REVB=0.000804775;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144291;STB=0.582665;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0103546;OID=.;OPOS=61562774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:9:4:3:13:9:4:3:13 chr17 61564052 . A G 157.73 PASS AF=0.357143;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=56;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=0.0134872;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.824;QD=11.2663;RBI=0.0216577;REFB=-0.0269906;REVB=-0.0169455;RO=36;SAF=10;SAR=10;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306013;STB=0.517839;STBP=0.868;TYPE=snp;VARB=0.0471921;OID=.;OPOS=61564052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:36:20:20:0.357143:10:10:19:17:10:10:19:17 chr17 61566031 . G A 269.56 PASS AF=0.407895;AO=31;DP=76;FAO=31;FDP=76;FR=.;FRO=45;FSAF=24;FSAR=7;FSRF=23;FSRR=22;FWDB=-0.00541091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.497;QD=14.1875;RBI=0.00569661;REFB=0.00676119;REVB=0.00178142;RO=43;SAF=24;SAR=7;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.284814;STB=0.678899;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.00508349;OID=.;OPOS=61566031;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:45:31:31:0.407895:7:24:23:20:7:24:23:22 chr17 61573761 . T C 62.11 PASS AF=0.272727;AO=9;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0238756;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.2132;QD=7.52808;RBI=0.0551294;REFB=0.00335745;REVB=-0.0496912;RO=23;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173183;STB=0.595526;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.0161016;OID=.;OPOS=61573761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:23:24:9:9:0.272727:6:3:11:12:6:3:11:13 chr17 61607708 . T C 183.6 PASS AF=0.444444;AO=18;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.034075;FXX=0.0425441;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.637;QD=16.3196;RBI=0.0369901;REFB=-0.0410747;REVB=-0.0143933;RO=24;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137426;STB=0.5827;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0332185;OID=.;OPOS=61607708;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:25:18:20:0.444444:8:10:10:14:9:11:10:15 chr17 61611423 . T C 162.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.0197277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.406;QD=13.0367;RBI=0.0234812;REFB=-0.0105767;REVB=-0.0127351;RO=32;SAF=14;SAR=4;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241515;STB=0.643069;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.022584;OID=.;OPOS=61611423;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:32:32:18:18:0.36:4:14:19:13:4:14:19:13 chr17 61776479 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.551;QD=33.4285;RBI=0.0252953;REFB=0;REVB=-0.0171998;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.03345e-05;OID=.;OPOS=61776479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr17 61805747 . G A 304.99 PASS AF=0.702703;AO=26;DP=37;FAO=26;FDP=37;FR=.;FRO=11;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0101402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.038;QD=32.9721;RBI=0.0254282;REFB=-0.0190527;REVB=0.0233189;RO=10;SAF=12;SAR=14;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703652;STB=0.524981;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00987379;OID=.;OPOS=61805747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:10:11:26:26:0.702703:14:12:6:4:14:12:6:5 chr17 61838259 . G A 218.98 PASS AF=0.567568;AO=21;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0354345;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=71.4587;QD=23.6738;RBI=0.0584494;REFB=-0.0291332;REVB=-0.0464836;RO=16;SAF=14;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185161;STB=0.603672;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0203082;OID=.;OPOS=61838259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:16:21:21:0.567568:7:14:7:9:7:14:7:9 chr17 61898272 . C T 439.31 PASS AF=0.5;AO=37;DP=81;FAO=40;FDP=80;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.043791;FXX=0.0243873;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5989;QD=21.9656;RBI=0.0502001;REFB=-0.000483367;REVB=-0.0245437;RO=23;SAF=20;SAR=17;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164239;STB=0.532004;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0256351;OID=.;OPOS=61898272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:80:23:31:37:40:0.5:17:20:7:16:19:21:14:17 chr17 61901197 . T A 205.26 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.054514;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.205;QD=22.1897;RBI=0.0565788;REFB=-0.0146751;REVB=0.0151457;RO=17;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107478;STB=0.560378;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0247545;OID=.;OPOS=61901197;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:17:17:20:20:0.540541:8:12:8:9:8:12:8:9 chr17 61903445 . G C 867.2 PASS AF=0.678571;AO=76;DP=112;FAO=76;FDP=112;FR=.;FRO=36;FSAF=47;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0194818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.92;QD=30.9715;RBI=0.0198655;REFB=-0.00682494;REVB=-0.00388558;RO=36;SAF=47;SAR=29;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106835;STB=0.557612;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00207866;OID=.;OPOS=61903445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:36:36:76:76:0.678571:29:47:16:20:29:47:16:20 chr17 61906846 . T C 475.38 PASS AF=0.68254;AO=43;DP=62;FAO=43;FDP=63;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.0122798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.073;QD=30.1831;RBI=0.0123183;REFB=-0.00659164;REVB=-0.000973818;RO=19;SAF=24;SAR=19;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0777703;STB=0.534505;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.00349824;OID=.;OPOS=61906846;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:19:20:43:43:0.68254:19:24:8:11:19:24:9:11 chr17 61908271 . C T 503.84 PASS AF=0.602564;AO=46;DP=77;FAO=47;FDP=78;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=9;FWDB=-0.00941734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.7;QD=25.838;RBI=0.00957377;REFB=-0.00979722;REVB=-0.00172357;RO=31;SAF=20;SAR=26;SRF=22;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200361;STB=0.611604;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00947792;OID=.;OPOS=61908271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:31:31:46:47:0.602564:26:20:22:9:27:20:22:9 chr17 61908556 . C T 442.96 PASS AF=0.640625;AO=40;DP=66;FAO=41;FDP=64;FR=.;FRO=23;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0324713;FXX=0.0447694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.533;QD=27.6851;RBI=0.0334838;REFB=-0.042008;REVB=-0.00817224;RO=23;SAF=14;SAR=26;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.060987;STB=0.536406;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0288286;OID=.;OPOS=61908556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:23:23:40:41:0.640625:26:14:10:13:27:14:10:13 chr17 61910167 . G A 727.8 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.764;QD=63.2868;RBI=0.0190117;REFB=0;REVB=0.0131932;RO=0;SAF=32;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02498e-05;OID=.;OPOS=61910167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:14:32:0:0:14:32:0:0 chr17 61987405 . A T 196.22 PASS AF=0.342466;AO=25;DP=73;FAO=25;FDP=73;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00535049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.284;QD=10.752;RBI=0.0116063;REFB=-0.0112549;REVB=0.0102995;RO=47;SAF=10;SAR=15;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148792;STB=0.580046;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0139977;OID=.;OPOS=61987405;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:48:25:25:0.342466:15:10:25:22:15:10:25:23 chr17 62007498 . A G 163.77 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=70;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=33;FSRR=15;FWDB=-0.0269862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.564;QD=9.35841;RBI=0.036075;REFB=-0.0193294;REVB=-0.0239405;RO=48;SAF=10;SAR=12;SRF=33;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.267896;STB=0.656356;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0278832;OID=.;OPOS=62007498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:48:48:22:22:0.314286:12:10:33:15:12:10:33:15 chr17 62019103 . G T 223.83 PASS AF=0.329412;AO=28;DP=86;FAO=28;FDP=85;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=34;FWDB=0.00540225;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.7;QD=10.5331;RBI=0.0070898;REFB=-0.00423168;REVB=-0.0045914;RO=56;SAF=11;SAR=17;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507457;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0101057;OID=.;OPOS=62019103;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:56:57:28:28:0.329412:17:11:22:34:17:11:23:34 chr17 62020348 . T C 135.77 PASS AF=0.253165;AO=20;DP=79;FAO=20;FDP=79;FR=.;FRO=59;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=34;FWDB=0.00963212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.291;QD=6.87444;RBI=0.0259617;REFB=-0.00938127;REVB=-0.0241088;RO=59;SAF=11;SAR=9;SRF=25;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153705;STB=0.593384;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0191251;OID=.;OPOS=62020348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:59:59:20:20:0.253165:9:11:25:34:9:11:25:34 chr17 62041068 . T C 2051.0 PASS AF=1;AO=126;DP=127;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=79;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167312;FXX=0.00757518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.489;QD=62.626;RBI=0.0560144;REFB=0;REVB=0.0534573;RO=0;SAF=78;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016328;OID=.;OPOS=62041068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:127:131:0:0:126:131:1:48:78:0:0:52:79:0:0 chr17 62076077 . C G 42.23 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0477099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.632;QD=18.767;RBI=0.0488521;REFB=-0.00309701;REVB=-0.010502;RO=3;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200664;STB=0.615062;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.00276312;OID=.;OPOS=62076077;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:5:1:0:3:5:1:0:3 chr17 62078815 . C T 177.97 PASS AF=0.32;AO=24;DP=72;FAO=24;FDP=75;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=42;FWDB=-0.0174218;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=34.0245;QD=9.49157;RBI=0.0685701;REFB=-0.0239553;REVB=0.06632;RO=48;SAF=6;SAR=18;SRF=7;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177804;STB=0.571374;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.057354;OID=.;OPOS=62078815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:75:48:51:24:24:0.32:18:6:7:41:18:6:9:42 chr17 62079334 . A G 1112.31 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0563059;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.3312;QD=60.1249;RBI=0.0586317;REFB=0;REVB=0.0163501;RO=0;SAF=35;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.90268e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000182778;OID=.;OPOS=62079334;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:38:35:0:0:38:36:0:0 chr17 62121480 . T A,C 349.23 PASS AF=0.0769231,0.923077;AO=2,24;DP=26;FAO=2,24;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=2,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00136936,0.0471988;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.154,152.038;QD=53.7272;RBI=0.0323846,0.0557938;REFB=0,0;REVB=-0.0323557,0.0297527;RO=0;SAF=0,11;SAR=2,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.129496,0.0099416;OID=.,.;OPOS=62121480,62121480;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:26:26:0:0:2,24:2,24:0.0769231,0.923077:2,13:0,11:0:0:2,13:0,11:0:0 chr17 62125272 . A G 1586.89 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00277059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.01;QD=64.1167;RBI=0.00428133;REFB=0;REVB=-0.00326398;RO=0;SAF=55;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.423e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.30632e-07;OID=.;OPOS=62125272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:43:55:0:0:44:55:0:0 chr17 62141455 . A G 993.92 PASS AF=0.971831;AO=68;DP=70;FAO=69;FDP=71;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00771368;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.0626;QD=55.9957;RBI=0.0156788;REFB=-0.0799644;REVB=-0.01365;RO=2;SAF=30;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0304666;STB=0.51562;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0070961;OID=.;OPOS=62141455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:70:71:2:2:68:69:0.971831:38:30:2:0:38:31:2:0 chr17 62750234 . C T 353.93 PASS AF=0.310345;AO=45;DP=145;FAO=45;FDP=145;FR=.;FRO=100;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=53;FSRR=47;FWDB=-0.00119133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.805;QD=9.76364;RBI=0.0100723;REFB=-0.00650973;REVB=0.0100016;RO=100;SAF=22;SAR=23;SRF=53;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0486665;STB=0.528318;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.014473;OID=.;OPOS=62750234;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:100:100:45:45:0.310345:23:22:53:47:23:22:53:47 chr17 62782689 . T C 1266.58 PASS AF=0.944444;AO=84;DP=89;FAO=85;FDP=90;FR=.;FRO=5;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.0246303;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1358;QD=56.2923;RBI=0.0541217;REFB=-0.022246;REVB=0.0481924;RO=5;SAF=36;SAR=48;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0613697;STB=0.53246;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0103628;OID=.;OPOS=62782689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:89:90:5:5:84:85:0.944444:48:36:5:0:49:36:5:0 chr17 62796759 . A C 35.39 PASS AF=0.116667;AO=7;DP=60;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=34;FWDB=-0.0451699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.273;QD=2.35946;RBI=0.0517575;REFB=-0.00458442;REVB=-0.0252689;RO=51;SAF=1;SAR=6;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31141;STB=0.749168;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0356716;OID=.;OPOS=62796759;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:60:60:51:53:7:7:0.116667:6:1:18:33:6:1:19:34 chr17 62820746 . G T 254.42 PASS AF=0.384615;AO=30;DP=78;FAO=30;FDP=78;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.00184775;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=210.521;QD=13.047;RBI=0.0036466;REFB=-0.00303942;REVB=0.00314381;RO=48;SAF=19;SAR=11;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0567543;STB=0.532528;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00484384;OID=.;OPOS=62820746;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:48:30:30:0.384615:11:19:28:20:11:19:28:20 chr17 62845896 . A G 176.6 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0143886;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.493;QD=14.1278;RBI=0.0419087;REFB=-0.00663264;REVB=-0.0393612;RO=31;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0332318;STB=0.519293;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.0100755;OID=.;OPOS=62845896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:8:11:17:14:8:11:17:14 chr17 63532517 . G A 48.56 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0240469;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4845;QD=13.8738;RBI=0.0439874;REFB=-0.103987;REVB=0.0368326;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125462;STB=0.574264;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.10398;OID=.;OPOS=63532517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:3:4:5:2:3:4:5:2 chr17 63533789 . T C 231.72 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0130519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.663;QD=48.7835;RBI=0.0260801;REFB=0;REVB=0.0225792;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000539402;OID=.;OPOS=63533789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:18:19:1:7:11:0:0:8:11:0:0 chr17 63534250 . T C 447.0 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.429;QD=57.678;RBI=0.068642;REFB=0;REVB=0.0667243;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000460525;OID=.;OPOS=63534250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr17 64023624 . T C 513.66 PASS AF=0.571429;AO=48;DP=84;FAO=48;FDP=84;FR=.;FRO=36;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00992348;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=221.403;QD=24.4599;RBI=0.0104877;REFB=-0.00620563;REVB=-0.00339358;RO=32;SAF=28;SAR=20;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107623;STB=0.559975;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.00358373;OID=.;OPOS=64023624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:32:36:48:48:0.571429:20:28:14:18:20:28:16:20 chr17 64023642 . A G 247.7 PASS AF=0.333333;AO=30;DP=91;FAO=30;FDP=90;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=29;FWDB=0.0222888;FXX=0.0217368;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.986;QD=11.0091;RBI=0.0223717;REFB=-0.0125934;REVB=-0.00192428;RO=59;SAF=13;SAR=17;SRF=31;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105227;STB=0.555683;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0192504;OID=.;OPOS=64023642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:59:60:30:30:0.333333:17:13:31:28:17:13:31:29 chr17 64025331 . A G 399.09 PASS AF=0.672727;AO=37;DP=56;FAO=37;FDP=55;FR=.;FRO=18;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00384193;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.066;QD=29.0248;RBI=0.00674741;REFB=-0.00837157;REVB=-0.00554682;RO=16;SAF=18;SAR=19;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0075118;STB=0.504422;STBP=0.958;TYPE=snp;VARB=0.00460301;OID=.;OPOS=64025331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:16:18:37:37:0.672727:19:18:8:8:19:18:9:9 chr17 64208230 . G A 785.2 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0182036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.619;QD=57.1057;RBI=0.0186644;REFB=0;REVB=0.00412199;RO=0;SAF=31;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.75322e-05;OID=.;OPOS=64208230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:24:31:0:0:24:31:0:0 chr17 64208285 . C G 254.72 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=0.0150957;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.326;QD=15.207;RBI=0.0180107;REFB=0.000663444;REVB=-0.00982371;RO=34;SAF=16;SAR=13;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0355327;STB=0.530869;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=-0.000626567;OID=.;OPOS=64208285;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:34:38:29:29:0.432836:13:16:20:14:13:16:23:15 chr17 64210757 . C A 112.83 PASS AF=0.290909;AO=15;DP=54;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0227611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3086;QD=8.20609;RBI=0.0423944;REFB=-9.9811e-06;REVB=0.0357662;RO=38;SAF=6;SAR=9;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00648854;STB=0.507237;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.00130841;OID=.;OPOS=64210757;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:38:39:15:16:0.290909:9:6:15:23:10:6:15:24 chr17 64216815 . C T 339.48 PASS AF=0.473684;AO=35;DP=74;FAO=36;FDP=76;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0360499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2256;QD=17.8674;RBI=0.0363981;REFB=-0.0130203;REVB=-0.00502312;RO=38;SAF=18;SAR=17;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133098;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0135535;OID=.;OPOS=64216815;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:38:40:35:36:0.473684:17:18:19:19:18:18:20:20 chr17 64216854 . A G 185.18 PASS AF=0.42;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00636874;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.818;QD=14.8144;RBI=0.0228069;REFB=-0.00874002;REVB=-0.0218996;RO=31;SAF=7;SAR=14;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0962466;STB=0.529383;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=0.00973445;OID=.;OPOS=64216854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:50:31:29:21:21:0.42:14:7:13:18:14:7:11:18 chr17 64263870 . C A 351.78 PASS AF=0.59322;AO=35;DP=59;FAO=35;FDP=59;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00934303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.9653;QD=23.8495;RBI=0.0379561;REFB=-0.0101967;REVB=-0.0367882;RO=22;SAF=15;SAR=20;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140284;STB=0.522375;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.00758824;OID=.;OPOS=64263870;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:22:24:35:35:0.59322:20:15:9:13:20:15:9:15 chr17 64783081 . G A 1534.29 PASS AF=0.990566;AO=104;DP=108;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0160068;FXX=0.0185168;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4185;QD=57.8978;RBI=0.016381;REFB=-0.0559437;REVB=0.00348112;RO=2;SAF=45;SAR=59;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00245306;STB=0.504201;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00298859;OID=.;OPOS=64783081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:108:106:2:1:104:105:0.990566:59:45:1:1:59:46:0:1 chr17 64785022 . G A 132.0 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0097225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.815;QD=14.6664;RBI=0.0240644;REFB=-0.0356195;REVB=-0.0220129;RO=21;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136602;STB=0.578846;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0574989;OID=.;OPOS=64785022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:21:21:15:15:0.416667:8:7:7:14:8:7:7:14 chr17 64801021 . A G 403.84 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0852868;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0133;QD=53.8446;RBI=0.0853645;REFB=0.0760873;REVB=0.00364185;RO=1;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282257;STB=0.515141;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=-0.0133417;OID=.;OPOS=64801021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:16:13:0:1:16:13:0:1 chr17 64881075 . A G 1047.89 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0089566;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4224;QD=59.8792;RBI=0.0202589;REFB=0;REVB=0.0181715;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.02472e-05;OID=.;OPOS=64881075;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr17 65027740 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00112152;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.445;QD=48.7373;RBI=0.0537833;REFB=0;REVB=0.0537716;RO=0;SAF=11;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161665;OID=.;OPOS=65027740;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:6:11:0:0:6:11:0:0 chr17 65066879 . A G 756.08 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00543531;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.584;QD=64.3475;RBI=0.0276387;REFB=0;REVB=0.027099;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147087;OID=.;OPOS=65066879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr17 65104666 . T G 1804.03 PASS AF=1;AO=118;DP=118;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.84;QD=61.1536;RBI=0.040619;REFB=0;REVB=0.0234215;RO=0;SAF=42;SAR=76;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.28958e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32915e-05;OID=.;OPOS=65104666;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:118:0:0:118:118:1:76:42:0:0:76:42:0:0 chr17 65104743 . G A 1708.39 PASS AF=0.991304;AO=104;DP=106;FAO=114;FDP=115;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0479368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.961;QD=59.4222;RBI=0.0662158;REFB=-0.0101699;REVB=0.0456792;RO=1;SAF=40;SAR=64;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117148;STB=0.506023;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000163117;OID=.;OPOS=65104743;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:115:1:1:104:114:0.991304:64:40:1:0:73:41:1:0 chr17 65110436 . A G 143.39 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=69;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=0.0140702;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.673;QD=8.31238;RBI=0.0149486;REFB=-0.00615079;REVB=-0.0050488;RO=48;SAF=14;SAR=6;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223494;STB=0.628349;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=0.0163217;OID=.;OPOS=65110436;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:48:49:20:20:0.289855:6:14:25:23:6:14:26:23 chr17 65212042 . C T 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00517583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.997;QD=8.73778;RBI=0.00632533;REFB=-0.0050179;REVB=-0.00363602;RO=20;SAF=8;SAR=1;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.616441;STB=0.881019;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00615905;OID=.;OPOS=65212042;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:1:8:7:13:1:8:7:13 chr17 65404916 . AAG A 181.44 PASS AF=0.863636;AO=17;DP=22;FAO=19;FDP=22;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00651021;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=38.5488;QD=32.9891;RBI=0.0122787;REFB=-0.0523839;REVB=-0.0104108;RO=5;SAF=10;SAR=7;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0918578;STB=0.559939;STBP=0.191;TYPE=del;VARB=0.0124212;OID=.;OPOS=65404917;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.863636:17:22:19:22:3:11:8:3:0:13:5:10:7:4:1 chr17 65453288 . C T 814.89 PASS AF=0.632479;AO=73;DP=117;FAO=74;FDP=117;FR=.;FRO=43;FSAF=42;FSAR=32;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.041126;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.2001;QD=27.8595;RBI=0.0411264;REFB=0.0250508;REVB=-0.000181718;RO=42;SAF=42;SAR=31;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115501;STB=0.554923;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.0112906;OID=.;OPOS=65453288;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:42:43:73:74:0.632479:31:42:17:25:32:42:18:25 chr17 65574283 . A G 924.17 PASS AF=0.942857;AO=64;DP=70;FAO=66;FDP=70;FR=.;FRO=4;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.000997125;FXX=0.0277739;HRUN=4;LEN=1;MLLD=93.6447;QD=52.8096;RBI=0.0135626;REFB=-0.0163815;REVB=0.0135259;RO=2;SAF=28;SAR=36;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255165;STB=0.502617;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.000517217;OID=.;OPOS=65574283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:70:70:2:4:64:66:0.942857:36:28:0:2:36:30:2:2 chr17 65688893 . GA G,GG 30.11 PASS AF=0.156863,0.0196078;AO=10,2;DP=51;FAO=8,1;FDP=51;FR=.;FRO=42;FSAF=7,0;FSAR=1,1;FSRF=17;FSRR=25;FWDB=-0.0464046,-0.0128026;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=13.155,30.9529;QD=2.36173;RBI=0.0539004,0.0209751;REFB=-0.0387968,-0.0230736;REVB=-0.0274202,-0.0166147;RO=36;SAF=6,0;SAR=4,2;SRF=17;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.155208,-0.418334;STB=0.882567,0.988175;STBP=0.024,0.473;TYPE=del,snp;VARB=0.0790082,0.107514;OID=.,.;OPOS=65688894,65688894;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.156863,0.0196078:10,2:51:8,1:51:42:7,0:1,1:17:25:28:36:6,0:4,2:17:19 chr17 65739627 . A G 697.44 PASS AF=0.958333;AO=44;DP=46;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00534313;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.656;QD=58.1197;RBI=0.0118453;REFB=0.0183547;REVB=0.0105717;RO=2;SAF=20;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0037388;STB=0.501824;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=-0.000174417;OID=.;OPOS=65739627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:48:2:2:44:46:0.958333:24:20:1:1:25:21:1:1 chr17 65850501 . A G 309.1 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.0217827;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.436;QD=23.3284;RBI=0.0247441;REFB=-0.00378627;REVB=0.0117383;RO=22;SAF=6;SAR=25;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0726336;STB=0.539853;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00281265;OID=.;OPOS=65850501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:22:22:31:31:0.584906:25:6:3:19:25:6:3:19 chr17 65978851 . T G 564.04 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0711286;FXX=0.0512689;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4857;QD=60.9778;RBI=0.0740105;REFB=0;REVB=0.020452;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00128292;OID=.;OPOS=65978851;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr17 65989048 . T C 526.26 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0163508;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.4369;QD=56.8931;RBI=0.1028;REFB=-0.112096;REVB=-0.101491;RO=1;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374036;STB=0.519989;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00102518;OID=.;OPOS=65989048;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:12:24:0:1:12:24:0:1 chr17 66016006 . T C 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0179089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.568;QD=57.1773;RBI=0.0213666;REFB=0;REVB=-0.0116534;RO=0;SAF=42;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.39e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000123393;OID=.;OPOS=66016006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:9:42:0:0:9:42:0:0 chr17 66016096 . C T 490.56 PASS AF=0.921053;AO=34;DP=37;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0487788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.5999;QD=51.638;RBI=0.0779905;REFB=-0.152554;REVB=0.0608535;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.528286;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0158696;OID=.;OPOS=66016096;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:37:38:0:3:34:35:0.921053:10:24:0:0:10:25:3:0 chr17 66246416 . A G 842.63 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00152011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.602;QD=54.3634;RBI=0.00178261;REFB=-0.0517616;REVB=-0.0009311;RO=2;SAF=39;SAR=21;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00999562;STB=0.505299;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=-2.68505e-05;OID=.;OPOS=66246416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:62:2:2:60:60:0.967742:21:39:1:1:21:39:1:1 chr17 66253095 . T A 805.11 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00720802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9471;QD=64.4088;RBI=0.0263648;REFB=0;REVB=0.0253603;RO=0;SAF=17;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56458e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229448;OID=.;OPOS=66253095;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:33:17:0:0:33:17:0:0 chr17 66264567 . TTA TAT,T 586.63 PASS AF=0,0.580153;AO=4,43;DP=67;FAO=0,76;FDP=131;FR=.;FRO=55;FSAF=0,28;FSAR=0,48;FSRF=35;FSRR=20;FWDB=-0.0140859,-0.0678593;FXX=0.0296274;HRUN=2,2;LEN=2,2;MLLD=31.6866,94.4979;QD=17.9123;RBI=0.126857,0.0890814;REFB=-0.0492366,-0.0590359;REVB=0.126072,0.0577115;RO=0;SAF=0,12;SAR=4,31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.41862e-08;STB=0.5,0.613606;STBP=1,0.005;TYPE=mnp,del;VARB=-0.0625989,0.0707881;OID=.,.;OPOS=66264568,66264568;OREF=TA,TA;OALT=AT,-;OMAPALT=TAT,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.580153:4,43:67:0,76:131:55:0,28:0,48:35:20:99:0:0,12:4,31:0:0 chr17 66267650 . T G 310.62 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=53;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.014783;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=221.263;QD=23.443;RBI=0.0256462;REFB=-0.0157033;REVB=0.0209568;RO=22;SAF=19;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0527182;STB=0.529095;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.010153;OID=.;OPOS=66267650;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:22:22:31:31:0.584906:12:19:12:10:12:19:12:10 chr17 66267691 . A T 318.25 PASS AF=0.485714;AO=34;DP=70;FAO=34;FDP=70;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0385185;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.19;QD=18.1855;RBI=0.0432639;REFB=-0.0100827;REVB=-0.0196999;RO=35;SAF=15;SAR=19;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146879;STB=0.501703;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0112267;OID=.;OPOS=66267691;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:35:36:34:34:0.485714:19:15:16:19:19:15:16:20 chr17 66270082 . A G 95.68 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00494733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.313;QD=11.5972;RBI=0.0377955;REFB=-0.00177542;REVB=0.0374703;RO=21;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254625;STB=0.515126;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00322304;OID=.;OPOS=66270082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:6:6:11:10:6:6:11:10 chr17 66391016 . G A 228.62 PASS AF=0.368421;AO=28;DP=77;FAO=28;FDP=76;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.011898;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.337;QD=12.0329;RBI=0.0159852;REFB=-0.0169107;REVB=-0.0106754;RO=48;SAF=16;SAR=12;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788504;STB=0.545422;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0277259;OID=.;OPOS=66391016;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:48:48:28:28:0.368421:12:16:24:24:12:16:24:24 chr17 66391276 . G A 342.13 PASS AF=0.368421;AO=42;DP=114;FAO=42;FDP=114;FR=.;FRO=72;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=44;FSRR=28;FWDB=-0.0240826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.03;QD=12.0045;RBI=0.0241569;REFB=-0.00814534;REVB=0.00189237;RO=71;SAF=20;SAR=22;SRF=44;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157455;STB=0.584678;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00881577;OID=.;OPOS=66391276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:71:72:42:42:0.368421:22:20:44:27:22:20:44:28 chr17 66449122 . G A 278.48 PASS AF=0.34375;AO=33;DP=96;FAO=33;FDP=96;FR=.;FRO=63;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.00883978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.405;QD=11.6035;RBI=0.013877;REFB=-0.00484516;REVB=-0.0106972;RO=63;SAF=19;SAR=14;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166128;STB=0.595927;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.01601;OID=.;OPOS=66449122;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:63:63:33:33:0.34375:14:19:27:36:14:19:27:36 chr17 66533655 . A G 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.257;QD=56.9379;RBI=0.0271231;REFB=0;REVB=0.00623198;RO=0;SAF=22;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114059;OID=.;OPOS=66533655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:31:22:0:0:31:22:0:0 chr17 66538239 . G T 796.01 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0406099;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.472;QD=53.9671;RBI=0.103154;REFB=-0.139753;REVB=0.0948243;RO=1;SAF=22;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136677;STB=0.513884;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00964058;OID=.;OPOS=66538239;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:2:56:57:0.966102:34:22:0:1:35:22:0:2 chr17 66539847 . C T 455.24 PASS AF=0.65625;AO=42;DP=64;FAO=42;FDP=64;FR=.;FRO=22;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0561883;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.9019;QD=28.4524;RBI=0.0664102;REFB=0.0209675;REVB=0.0354003;RO=22;SAF=23;SAR=19;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172348;STB=0.593614;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.0116798;OID=.;OPOS=66539847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:22:22:42:42:0.65625:19:23:6:16:19:23:6:16 chr17 66547249 . G A 288.51 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=83;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=25;FWDB=0.0025732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.024;QD=13.7387;RBI=0.00625997;REFB=-0.00855427;REVB=-0.00570665;RO=48;SAF=13;SAR=20;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133986;STB=0.571385;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0157172;OID=.;OPOS=66547249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:48:51:33:33:0.392857:20:13:25:23:20:13:26:25 chr17 66596463 . C T 750.37 PASS AF=0.568;AO=71;DP=125;FAO=71;FDP=125;FR=.;FRO=54;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=25;FSRR=29;FWDB=0.00622918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.009;QD=24.0119;RBI=0.0461289;REFB=-0.00841384;REVB=0.0457064;RO=54;SAF=44;SAR=27;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127098;STB=0.569428;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00546331;OID=.;OPOS=66596463;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:54:54:71:71:0.568:27:44:25:29:27:44:25:29 chr17 66872802 . G C 1351.75 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0157636;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.0919;QD=62.1495;RBI=0.0200596;REFB=0;REVB=-0.0124055;RO=1;SAF=32;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145728;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.88567e-05;OID=.;OPOS=66872802;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:87:1:0:85:87:1:53:32:1:0:53:34:0:0 chr17 67031457 . C T 935.23 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0015725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1887;QD=58.4519;RBI=0.0261987;REFB=0;REVB=-0.0261515;RO=0;SAF=23;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75648e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000142923;OID=.;OPOS=67031457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:64:0:0:62:64:1:39:23:0:0:40:24:0:0 chr17 67101718 . C A,T 729.28 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=2,50;DP=52;FAO=2,50;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=1,23;FSAR=1,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00170392,0.0113941;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=160.504,87.5305;QD=56.0984;RBI=0.036241,0.0126282;REFB=0,0;REVB=-0.0362009,-0.00544475;RO=0;SAF=1,23;SAR=1,27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.112821,-0.00101949;OID=.,.;OPOS=67101718,67101718;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:52:52:0:0:2,50:2,50:0.0384615,0.961538:1,27:1,23:0:0:1,27:1,23:0:0 chr17 67267317 . T C 519.94 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00381963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4203;QD=59.4212;RBI=0.0394464;REFB=0;REVB=0.039261;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274418;OID=.;OPOS=67267317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr17 67273882 . C A 1510.9 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.678;QD=59.8375;RBI=0.0410364;REFB=0;REVB=0.0139039;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000143903;OID=.;OPOS=67273882;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:101:0:0:100:101:1:53:47:0:0:54:47:0:0 chr17 67305445 . GA G,GG 39.05 PASS AF=0.166667,0.111111;AO=10,4;DP=35;FAO=6,4;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=2,0;FSAR=4,4;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0367244,0.0147985;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=9.2162,22.8653;QD=4.33918;RBI=0.0377004,0.0408845;REFB=-0.0957345,-0.0559861;REVB=0.00852314,0.0381123;RO=18;SAF=6,0;SAR=4,4;SRF=9;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.108084,-0.657455;STB=0.666112,0.997342;STBP=0.416,0.028;TYPE=del,snp;VARB=0.106501,0.103414;OID=.,.;OPOS=67305446,67305446;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667,0.111111:10,4:35:6,4:36:26:2,0:4,4:14:12:24:18:6,0:4,4:9:9 chr17 67513003 . C A 439.35 PASS AF=0.591549;AO=42;DP=71;FAO=42;FDP=71;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0113477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.474;QD=24.752;RBI=0.0129866;REFB=-0.0101661;REVB=0.00631516;RO=29;SAF=20;SAR=22;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306157;STB=0.516771;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0134436;OID=.;OPOS=67513003;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:29:29:42:42:0.591549:22:20:15:14:22:20:15:14 chr17 67513055 . A G 358.98 PASS AF=0.5625;AO=36;DP=64;FAO=36;FDP=64;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0158248;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=216.852;QD=22.4363;RBI=0.0159487;REFB=0.00404058;REVB=0.00198434;RO=25;SAF=14;SAR=22;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100203;STB=0.58094;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=-0.00151003;OID=.;OPOS=67513055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:25:28:36:36:0.5625:22:14:13:12:22:14:16:12 chr17 67982157 . C T 832.0 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000795326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.787;QD=57.3794;RBI=0.0180265;REFB=0;REVB=0.0180089;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37672e-05;OID=.;OPOS=67982157;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:27:30:0:0:27:31:0:0 chr17 68173731 . A G 147.21 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0126959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4469;QD=17.3186;RBI=0.10225;REFB=-0.0025349;REVB=0.101459;RO=18;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0964265;STB=0.555483;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00300317;OID=.;OPOS=68173731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:12:4:6:12:12:4:6:12 chr17 70645032 . G A 335.13 PASS AF=0.411111;AO=36;DP=90;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=36;FSRR=17;FWDB=0.0180575;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.455;QD=14.8946;RBI=0.018396;REFB=-0.0269583;REVB=0.00351273;RO=53;SAF=29;SAR=7;SRF=36;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182408;STB=0.582282;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0421894;OID=.;OPOS=70645032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:53:53:36:37:0.411111:7:29:36:17:8:29:36:17 chr17 70660158 . T C 148.62 PASS AF=0.345455;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=55;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.0663527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.79;QD=10.8086;RBI=0.0820721;REFB=-0.0196373;REVB=-0.0483026;RO=36;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0696473;STB=0.540713;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0336265;OID=.;OPOS=70660158;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:36:36:19:19:0.345455:11:8:13:23:11:8:13:23 chr17 70943990 . T C 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00265133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.412;QD=60.2307;RBI=0.0432384;REFB=0;REVB=0.043157;RO=0;SAF=26;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244874;OID=.;OPOS=70943990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:11:26:0:0:11:26:0:0 chr17 71027797 . C A 176.4 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0303968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.407;QD=20.7526;RBI=0.0349975;REFB=-0.0476678;REVB=-0.0173452;RO=15;SAF=8;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364952;STB=0.533297;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0190736;OID=.;OPOS=71027797;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:16:18:18:0.529412:10:8:6:9:10:8:6:10 chr17 71027833 . A G 135.5 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.014002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.4636;QD=27.1006;RBI=0.0144156;REFB=-0.0229748;REVB=-0.00342841;RO=6;SAF=4;SAR=10;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307691;STB=0.517216;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.00719584;OID=.;OPOS=71027833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:10:4:2:4:10:4:2:4 chr17 71192663 . G A 248.88 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149615;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3527;QD=49.7759;RBI=0.0595787;REFB=0;REVB=0.0576695;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00350825;OID=.;OPOS=71192663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:18:20:1:7:11:0:0:8:12:0:0 chr17 71192873 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0616276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.5026;QD=44.6889;RBI=0.0629171;REFB=0;REVB=-0.0126727;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012345;OID=.;OPOS=71192873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr17 71196809 . A G 1586.75 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0341183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4895;QD=64.1112;RBI=0.0365026;REFB=0;REVB=0.0129761;RO=0;SAF=36;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128768;OID=.;OPOS=71196809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:62:36:0:0:62:37:0:0 chr17 71197439 . C T 300.26 PASS AF=0.296296;AO=40;DP=136;FAO=40;FDP=135;FR=.;FRO=95;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=55;FSRR=40;FWDB=0.000143297;FXX=0.0073524;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.205;QD=8.89661;RBI=0.0131174;REFB=-0.00481209;REVB=-0.0131166;RO=90;SAF=29;SAR=11;SRF=50;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220631;STB=0.61542;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0160901;OID=.;OPOS=71197439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:90:95:40:40:0.296296:11:29:50:40:11:29:55:40 chr17 71197748 . G A 123.0 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0139095;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.4229;QD=37.8457;RBI=0.0465213;REFB=-0.0216071;REVB=0.0443932;RO=1;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818676;STB=0.545378;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00547753;OID=.;OPOS=71197748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:7:5:1:0:7:5:1:0 chr17 71205613 . A G 235.16 PASS AF=0.594595;AO=21;DP=37;FAO=22;FDP=37;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0237655;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.118;QD=25.4231;RBI=0.0290045;REFB=-0.0240573;REVB=-0.0166271;RO=15;SAF=10;SAR=11;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107809;STB=0.567507;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.0186881;OID=.;OPOS=71205613;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:15:15:21:22:0.594595:11:10:5:10:11:11:5:10 chr17 71205854 . A G 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.179;QD=51.177;RBI=0.0466786;REFB=0;REVB=-0.0428323;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000233628;OID=.;OPOS=71205854;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr17 71232687 . T C 145.87 PASS AF=0.652174;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.000169671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.251;QD=25.369;RBI=0.0309182;REFB=-0.0187717;REVB=0.0309177;RO=7;SAF=8;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14036;STB=0.55484;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.00994524;OID=.;OPOS=71232687;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:22:23:7:8:15:15:0.652174:7:8:2:5:7:8:3:5 chr17 71232804 . C A 1170.72 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7964;QD=60.0369;RBI=0.0289028;REFB=0;REVB=0.0264724;RO=0;SAF=39;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5078e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000693338;OID=.;OPOS=71232804;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:38:39:0:0:39:39:0:0 chr17 71232807 . T C 215.57 PASS AF=0.341772;AO=26;DP=79;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0151106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.33;QD=10.9147;RBI=0.0920449;REFB=0.00970475;REVB=-0.0907961;RO=52;SAF=12;SAR=14;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0877149;STB=0.561752;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.0164921;OID=.;OPOS=71232807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:52:52:26:27:0.341772:14:12:28:24:15:12:28:24 chr17 71232881 . G C 258.88 PASS AF=0.32381;AO=34;DP=105;FAO=34;FDP=105;FR=.;FRO=71;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=-0.0267558;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2923;QD=9.86193;RBI=0.0324028;REFB=-0.00877757;REVB=0.0182777;RO=71;SAF=18;SAR=16;SRF=33;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0749647;STB=0.543599;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0173578;OID=.;OPOS=71232881;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:71:71:34:34:0.32381:16:18:33:38:16:18:33:38 chr17 71238433 . G A 482.43 PASS AF=0.361963;AO=59;DP=163;FAO=59;FDP=163;FR=.;FRO=104;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=46;FSRR=58;FWDB=-0.0201737;FXX=0.00609719;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2485;QD=11.8387;RBI=0.0222912;REFB=-0.00717949;REVB=0.00948267;RO=104;SAF=32;SAR=27;SRF=46;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111734;STB=0.563592;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00896298;OID=.;OPOS=71238433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:163:104:104:59:59:0.361963:27:32:46:58:27:32:46:58 chr17 71244630 . C T 195.4 PASS AF=0.337838;AO=25;DP=74;FAO=25;FDP=74;FR=.;FRO=49;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=27;FWDB=0.0192259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.754;QD=10.562;RBI=0.0371603;REFB=-0.0241139;REVB=-0.0318001;RO=49;SAF=13;SAR=12;SRF=22;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0804922;STB=0.546888;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0420711;OID=.;OPOS=71244630;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:49:49:25:25:0.337838:12:13:22:27:12:13:22:27 chr17 71365314 . A G 1438.41 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307234;FXX=0.0108684;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.066;QD=63.2267;RBI=0.030725;REFB=0;REVB=0.0003056;RO=0;SAF=44;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.04952e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221554;OID=.;OPOS=71365314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:47:44:0:0:47:44:0:0 chr17 71386577 . G T 573.03 PASS AF=0.554455;AO=56;DP=101;FAO=56;FDP=101;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=34;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=0.00556438;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.224;QD=22.6944;RBI=0.00602052;REFB=-0.0255819;REVB=-0.00229878;RO=45;SAF=22;SAR=34;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0709282;STB=0.538796;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0203873;OID=.;OPOS=71386577;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:45:45:56:56:0.554455:34:22:14:31:34:22:14:31 chr17 71394281 . TGGGGGGGC TGGGGGGC,TGGGGGGCG 65.42 PASS AF=0.684211,0;AO=8,2;DP=19;FAO=13,0;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=4,0;FSAR=9,0;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.249615,0.0660595;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,2;MLLD=9.1051,38.307;QD=13.7734;RBI=0.288313,0.0728831;REFB=-0.075817,0.00596479;REVB=0.144281,0.0307912;RO=8;SAF=1,2;SAR=7,0;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.327753,0.634114;STB=0.56746,0.5;STBP=0.433,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0930762,0;OID=.,.;OPOS=71394282,71394288;OREF=G,GC;OALT=-,CG;OMAPALT=TGGGGGGC,TGGGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.684211,0:8,2:19:13,0:19:6:4,0:9,0:3:3:18:8:1,2:7,0:3:5 chr17 71395349 . G A 118.14 PASS AF=0.4375;AO=13;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00494208;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1418;QD=14.7671;RBI=0.0429094;REFB=-0.0142182;REVB=0.0426238;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00448006;STB=0.522903;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0112213;OID=.;OPOS=71395349;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:13:14:0.4375:5:8:11:7:6:8:11:7 chr17 71410891 . C T 129.42 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0165949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.284;QD=12.9421;RBI=0.0212138;REFB=-0.0087455;REVB=-0.0132149;RO=25;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285998;STB=0.516756;STBP=0.881;TYPE=snp;VARB=0.0124557;OID=.;OPOS=71410891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:8:7:11:14:8:7:11:14 chr17 71429894 . CG C 118.01 PASS AF=0.5;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0157283;FXX=0.039992;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.5491;QD=9.83426;RBI=0.0835142;REFB=-0.0607881;REVB=0.0820197;RO=23;SAF=14;SAR=10;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228617;STB=0.521565;STBP=0.799;TYPE=del;VARB=0.0832609;OID=.;OPOS=71429895;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:24:49:24:48:24:14:10:15:9:99:23:14:10:14:9 chr17 71468267 . G A 83.88 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.00974158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.589;QD=10.1675;RBI=0.0400299;REFB=-0.0077835;REVB=-0.0388264;RO=21;SAF=5;SAR=6;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229478;STB=0.648395;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0172365;OID=.;OPOS=71468267;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:21:22:11:11:0.333333:6:5:14:7:6:5:15:7 chr17 71503636 . T C 154.92 PASS AF=0.313433;AO=21;DP=67;FAO=21;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=46;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.0239888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.93;QD=9.24899;RBI=0.0304537;REFB=-0.00570878;REVB=0.0187607;RO=37;SAF=10;SAR=11;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409203;STB=0.575601;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0118268;OID=.;OPOS=71503636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:46:21:21:0.313433:11:10:19:18:11:10:27:19 chr17 71746427 . G A 273.25 PASS AF=0.508475;AO=29;DP=59;FAO=30;FDP=59;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0324414;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.707;QD=18.5257;RBI=0.0339018;REFB=-0.012463;REVB=0.00984309;RO=26;SAF=16;SAR=13;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12273;STB=0.54479;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0054831;OID=.;OPOS=71746427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:26:29:29:30:0.508475:13:16:18:8:13:17:19:10 chr17 71746435 . C T 288.38 PASS AF=0.492063;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=63;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.048528;FXX=0.0307645;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.006;QD=18.3097;RBI=0.0524787;REFB=-0.0281414;REVB=-0.019976;RO=31;SAF=16;SAR=15;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145807;STB=0.571531;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0222742;OID=.;OPOS=71746435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:32:31:31:0.492063:15:16:21:10:15:16:21:11 chr17 71746479 . C G 623.63 PASS AF=0.571429;AO=56;DP=98;FAO=56;FDP=98;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.014465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0488;QD=25.4544;RBI=0.016098;REFB=-0.0117071;REVB=-0.0070647;RO=42;SAF=27;SAR=29;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0326446;STB=0.517851;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0080637;OID=.;OPOS=71746479;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:42:42:56:56:0.571429:29:27:22:20:29:27:22:20 chr17 71746508 . T C 473.2 PASS AF=0.468468;AO=48;DP=107;FAO=52;FDP=111;FR=.;FRO=59;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=26;FWDB=-0.00181986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.26;QD=17.0521;RBI=0.00402166;REFB=-0.0264108;REVB=-0.00358634;RO=59;SAF=24;SAR=24;SRF=33;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585288;STB=0.521368;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0244721;OID=.;OPOS=71746508;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:111:59:59:48:52:0.468468:24:24:33:26:25:27:33:26 chr17 71746796 . A G 360.04 PASS AF=0.614035;AO=34;DP=57;FAO=35;FDP=57;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.00524765;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.2285;QD=25.2663;RBI=0.015213;REFB=-0.0647775;REVB=0.0142793;RO=22;SAF=10;SAR=24;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196368;STB=0.611044;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0248786;OID=.;OPOS=71746796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:22:22:34:35:0.614035:24:10:12:10:25:10:12:10 chr17 71747278 . G C 576.81 PASS AF=0.537037;AO=58;DP=108;FAO=58;FDP=108;FR=.;FRO=50;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=25;FSRR=25;FWDB=-0.000792714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=194.478;QD=21.3634;RBI=0.00906026;REFB=-0.016595;REVB=-0.00902551;RO=50;SAF=25;SAR=33;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586977;STB=0.532247;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0120459;OID=.;OPOS=71747278;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:50:50:58:58:0.537037:33:25:25:25:33:25:25:25 chr17 71747323 . T C 311.8 PASS AF=0.507692;AO=33;DP=64;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.00170865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.818;QD=19.1876;RBI=0.0301675;REFB=-0.0189595;REVB=-0.030119;RO=30;SAF=12;SAR=21;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177596;STB=0.599938;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0289177;OID=.;OPOS=71747323;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:30:32:33:33:0.507692:21:12:17:13:21:12:18:14 chr17 71747336 . G A 234.45 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0210664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7174;QD=15.3737;RBI=0.0234244;REFB=-0.00469459;REVB=-0.0102426;RO=34;SAF=12;SAR=15;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549698;STB=0.531112;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00231459;OID=.;OPOS=71747336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:34:34:27:27:0.442623:15:12:17:17:15:12:17:17 chr17 71747394 . C T 277.26 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00790695;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.4321;QD=18.4836;RBI=0.0340041;REFB=0.00861137;REVB=0.033072;RO=30;SAF=13;SAR=16;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0168416;STB=0.516881;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=-0.00508916;OID=.;OPOS=71747394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:60:30:30:29:30:0.5:16:13:14:16:17:13:14:16 chr17 71747397 . G A 304.09 PASS AF=0.52459;AO=32;DP=61;FAO=32;FDP=61;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0516603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4574;QD=19.9405;RBI=0.0516608;REFB=-0.0200994;REVB=0.00022033;RO=28;SAF=16;SAR=16;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0300254;STB=0.524575;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0127374;OID=.;OPOS=71747397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:28:29:32:32:0.52459:16:16:13:15:16:16:13:16 chr17 71752500 . C CT 1666.8 PASS AF=0.991228;AO=108;DP=114;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0239649;FXX=0.0172399;HRUN=0;LEN=1;MLLD=195.688;QD=58.4841;RBI=0.0241369;REFB=-0.0795821;REVB=0.00287605;RO=3;SAF=66;SAR=42;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326974;STB=0.505494;STBP=0.287;TYPE=ins;VARB=0.000133915;OID=.;OPOS=71752501;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.991228:108:114:113:114:1:68:45:0:1:5:3:66:42:0:3 chr17 72209858 . A G 842.6 PASS AF=0.967742;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.105507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.791;QD=54.361;RBI=0.106266;REFB=0.050735;REVB=-0.0126776;RO=2;SAF=6;SAR=54;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.133918;STB=0.571402;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=-0.00070082;OID=.;OPOS=72209858;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:62:62:2:2:60:60:0.967742:54:6:2:0:54:6:2:0 chr17 72301432 . A G 990.65 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216771;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.286;QD=59.1432;RBI=0.0217001;REFB=0;REVB=-0.000996772;RO=0;SAF=36;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.11073e-05;OID=.;OPOS=72301432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:67:67:1:31:36:0:0:31:36:0:0 chr17 72303449 . G A 2042.6 PASS AF=0.992481;AO=129;DP=130;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=79;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0231426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.91;QD=61.4315;RBI=0.0542341;REFB=-0.0664987;REVB=0.0490486;RO=0;SAF=52;SAR=77;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503144;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00024456;OID=.;OPOS=72303449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:130:133:0:1:129:132:0.992481:77:52:0:0:79:53:0:1 chr17 72305534 . C T 2141.03 PASS AF=0.965753;AO=139;DP=145;FAO=141;FDP=146;FR=.;FRO=5;FSAF=59;FSAR=82;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.059475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.905;QD=58.6585;RBI=0.0687852;REFB=-0.19936;REVB=0.0345562;RO=4;SAF=57;SAR=82;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00493432;STB=0.507703;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.00266172;OID=.;OPOS=72305534;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:145:146:4:5:139:141:0.965753:82:57:2:2:82:59:1:4 chr17 72305688 . T C 733.61 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0169038;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=68.8531;QD=61.1344;RBI=0.0253045;REFB=0.0226283;REVB=0.0188303;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507933;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=-0.00310018;OID=.;OPOS=72305688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:47:47:0.979167:31:16:0:0:31:16:0:1 chr17 72306291 . G A 170.39 PASS AF=0.349206;AO=22;DP=63;FAO=22;FDP=63;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.0167659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.697;QD=10.8184;RBI=0.035661;REFB=0.0036921;REVB=-0.031474;RO=40;SAF=7;SAR=15;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262283;STB=0.660645;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=-0.00604856;OID=.;OPOS=72306291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:40:41:22:22:0.349206:15:7:22:18:15:7:23:18 chr17 72308319 . G A 393.8 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=4;FSRR=20;FWDB=0.015317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3936;QD=25.4065;RBI=0.0301316;REFB=-0.0220724;REVB=0.025948;RO=23;SAF=13;SAR=25;SRF=3;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172994;STB=0.579169;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0215244;OID=.;OPOS=72308319;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:23:24:38:38:0.612903:25:13:3:20:25:13:4:20 chr17 72324649 . G GC 493.72 PASS AF=1;AO=42;DP=48;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00811932;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=21.5791;QD=42.9321;RBI=0.0376281;REFB=0;REVB=0.0367417;RO=5;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.091754;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00111313;OID=.;OPOS=72324650;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:42:48:46:46:0:20:26:0:0:9:5:19:23:0:5 chr17 72338765 . G A 335.2 PASS AF=0.557377;AO=34;DP=62;FAO=34;FDP=61;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0147765;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1738;QD=21.9806;RBI=0.0373743;REFB=-0.0307507;REVB=0.0343292;RO=27;SAF=19;SAR=15;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275391;STB=0.515202;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0264415;OID=.;OPOS=72338765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:27:27:34:34:0.557377:15:19:16:11:15:19:16:11 chr17 72346855 . T C 323.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0079295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.303;QD=53.9105;RBI=0.023065;REFB=0;REVB=0.0216591;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014269;OID=.;OPOS=72346855;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr17 72346868 . C T 168.92 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.0118754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3631;QD=24.1315;RBI=0.0332822;REFB=0.00313255;REVB=0.0310915;RO=11;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320398;STB=0.678807;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00109895;OID=.;OPOS=72346868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:28:28:11:11:17:17:0.607143:11:6:9:2:11:6:9:2 chr17 72349067 . C T 181.51 PASS AF=0.4;AO=22;DP=55;FAO=22;FDP=55;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00309554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.9316;QD=13.201;RBI=0.0125129;REFB=-0.0416654;REVB=0.0121239;RO=33;SAF=6;SAR=16;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14616;STB=0.584534;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0620994;OID=.;OPOS=72349067;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:33:33:22:22:0.4:16:6:13:20:16:6:13:20 chr17 72350362 . G A 427.55 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=0.0615136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.8783;QD=19.6576;RBI=0.100003;REFB=-0.0308764;REVB=0.0788459;RO=41;SAF=14;SAR=29;SRF=18;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108736;STB=0.570568;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0324137;OID=.;OPOS=72350362;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:41:44:43:43:0.494253:29:14:18:23:29:14:20:24 chr17 72350412 . G A 222.48 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0187462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3386;QD=18.9342;RBI=0.0246115;REFB=-0.0723595;REVB=0.015947;RO=24;SAF=7;SAR=15;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0587971;STB=0.548342;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.068522;OID=.;OPOS=72350412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:22:22:0.468085:15:7:9:15:15:7:10:15 chr17 72351406 . C T 781.56 PASS AF=0.585366;AO=69;DP=122;FAO=72;FDP=123;FR=.;FRO=51;FSAF=20;FSAR=52;FSRF=23;FSRR=28;FWDB=0.0305574;FXX=0.0390594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.3345;QD=25.4166;RBI=0.0523725;REFB=-0.0399659;REVB=0.0425338;RO=44;SAF=20;SAR=49;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134138;STB=0.582875;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0167584;OID=.;OPOS=72351406;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:44:51:69:72:0.585366:49:20:20:24:52:20:23:28 chr17 72351761 . A G 1344.26 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0336372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=294.005;QD=61.8052;RBI=0.0399952;REFB=0;REVB=0.0216368;RO=0;SAF=39;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10525e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.83808e-05;OID=.;OPOS=72351761;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:87:0:0:82:87:1:43:39:0:0:46:41:0:0 chr17 72366695 . C A 811.95 PASS AF=0.923077;AO=60;DP=65;FAO=60;FDP=65;FR=.;FRO=5;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0414014;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.1919;QD=49.9658;RBI=0.0431867;REFB=-0.104801;REVB=-0.0122886;RO=2;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409807;STB=0.551003;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00882593;OID=.;OPOS=72366695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:65:65:2:5:60:60:0.923077:22:38:0:2:22:38:0:5 chr17 72368550 . T C 227.3 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=24;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.0608546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.843;QD=13.7759;RBI=0.0608546;REFB=-0.0168232;REVB=-5.65141e-05;RO=37;SAF=3;SAR=24;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441397;STB=0.776449;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0297701;OID=.;OPOS=72368550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:37:39:27:27:0.409091:24:3:15:22:24:3:17:22 chr17 72439700 . T G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.376;QD=35.5759;RBI=0.0656761;REFB=0;REVB=0.0408548;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434064;OID=.;OPOS=72439700;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr17 72439773 . AGGGGG AGGG,AGGGG,AGGGGC 375.32 PASS AF=0.264706,0.735294,0;AO=8,17,2;DP=34;FAO=9,25,0;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=7,12,0;FSAR=2,13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00260643,0.00406097,0.154901;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=14.272,14.407,6.1446;QD=44.1555;RBI=0.0952739,0.179921,0.224796;REFB=0,0,0;REVB=-0.0952383,-0.179875,-0.162908;RO=0;SAF=5,9,0;SAR=3,8,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.414179,0.414179,0;SSEP=0,0,0;SSSB=4.46938e-08,4.126e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.059451,-0.0553604,0.0589679;OID=.,.,.;OPOS=72439774,72439774,72439778;OREF=GG,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=AGGG,AGGGG,AGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.264706,0.735294,0:8,17,2:34:9,25,0:34:0:7,12,0:2,13,0:0:0:44:0:5,9,0:3,8,2:0:0 chr17 72439808 . TGG TG,TGC 1025.2 PASS AF=1,0;AO=68,4;DP=73;FAO=73,0;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=35,0;FSAR=38,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.201574,-0.154175;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.326,5.79867;QD=56.1754;RBI=0.219405,0.158878;REFB=0,0;REVB=-0.086641,-0.0383716;RO=0;SAF=30,4;SAR=38,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00454517,0.00316721;OID=.,.;OPOS=72439809,72439810;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=TG,TGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:68,4:73:73,0:73:0:35,0:38,0:0:0:6:0:30,4:38,0:0:0 chr17 72469958 . A G 685.34 PASS AF=0.408602;AO=77;DP=186;FAO=76;FDP=186;FR=.;FRO=110;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=55;FSRR=55;FWDB=-0.0363913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5887;QD=14.7384;RBI=0.0454652;REFB=-0.0162705;REVB=-0.0272535;RO=108;SAF=35;SAR=42;SRF=53;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0378973;STB=0.53126;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0321487;OID=.;OPOS=72469958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:186:108:110:77:76:0.408602:42:35:53:55:42:34:55:55 chr17 72613589 . T G 49.04 PASS AF=0.304348;AO=6;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0146697;FXX=0.11534;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.233;QD=8.52815;RBI=0.0159693;REFB=-0.0112735;REVB=0.00631023;RO=15;SAF=4;SAR=2;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.55362;STB=0.823432;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0232912;OID=.;OPOS=72613589;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:23:23:15:16:6:7:0.304348:2:4:2:13:2:5:3:13 chr17 72615293 . C T 285.03 PASS AF=1;AO=20;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.254544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.7975;QD=49.5707;RBI=0.255804;REFB=0;REVB=0.0253602;RO=2;SAF=11;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00843034;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00818417;OID=.;OPOS=72615293;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:23:23:2:0:20:23:1:9:11:1:1:10:13:0:0 chr17 72691928 . T C 1635.5 PASS AF=1;AO=108;DP=110;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0213442;FXX=0.00909008;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.4307;QD=60.0183;RBI=0.0213794;REFB=0;REVB=0.0012272;RO=0;SAF=66;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000598402;OID=.;OPOS=72691928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:109:0:0:108:109:1:42:66:0:0:43:66:0:0 chr17 72700943 . A G 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.057518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6082;QD=59.4334;RBI=0.0587247;REFB=0;REVB=-0.0118439;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000908667;OID=.;OPOS=72700943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr17 72740598 . G A 84.5 PASS AF=0.25;AO=10;DP=48;FAO=12;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.20396;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.0433;QD=7.04164;RBI=0.203979;REFB=-0.0138178;REVB=-0.00277821;RO=29;SAF=1;SAR=9;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.423949;STB=0.765637;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0197731;OID=.;OPOS=72740598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:48:48:29:36:10:12:0.25:9:1:10:19:10:2:17:19 chr17 72744798 . G C 102.07 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0467665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.182;QD=29.1641;RBI=0.0774666;REFB=-0.022592;REVB=0.0617574;RO=3;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205996;STB=0.615181;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00729005;OID=.;OPOS=72744798;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:6:5:3:0:6:5:3:0 chr17 72838649 . C A 1477.05 PASS AF=0.65445;AO=125;DP=191;FAO=125;FDP=191;FR=.;FRO=66;FSAF=45;FSAR=80;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=-0.00284841;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.189;QD=30.9329;RBI=0.00962832;REFB=-0.0294396;REVB=0.00919734;RO=66;SAF=45;SAR=80;SRF=32;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0846814;STB=0.545608;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0145605;OID=.;OPOS=72838649;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:191:191:66:66:125:125:0.65445:80:45:32:34:80:45:32:34 chr17 72851133 . A G 60.3 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.034537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.595;QD=17.2298;RBI=0.0478038;REFB=0.0166106;REVB=-0.0330515;RO=6;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325838;STB=0.6918;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.00984048;OID=.;OPOS=72851133;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:2:6:2:4:2:6:2:4 chr17 72860253 . A G 608.98 PASS AF=0.712329;AO=52;DP=73;FAO=52;FDP=73;FR=.;FRO=21;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0126968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.78;QD=33.3688;RBI=0.0129206;REFB=-0.00434818;REVB=0.00239406;RO=21;SAF=23;SAR=29;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593584;STB=0.531994;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.00183168;OID=.;OPOS=72860253;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:21:21:52:52:0.712329:29:23:7:14:29:23:7:14 chr17 72860654 . G A 349.37 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=23;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=-0.0217086;FXX=0.0140825;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.472;QD=19.9639;RBI=0.0300339;REFB=-0.0216271;REVB=-0.020755;RO=33;SAF=23;SAR=13;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848521;STB=0.555802;STBP=0.391;TYPE=snp;VARB=0.0234103;OID=.;OPOS=72860654;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:33:34:36:36:0.514286:13:23:18:15:13:23:18:16 chr17 72862593 . C T 1323.48 PASS AF=0.704403;AO=112;DP=159;FAO=112;FDP=159;FR=.;FRO=47;FSAF=65;FSAR=47;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0243146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=102.607;QD=33.2952;RBI=0.0681426;REFB=-0.0320282;REVB=0.0636569;RO=46;SAF=65;SAR=47;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068243;STB=0.533692;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0113274;OID=.;OPOS=72862593;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:46:47:112:112:0.704403:47:65:21:25:47:65:22:25 chr17 72863030 . T C 143.29 PASS AF=0.6;AO=13;DP=25;FAO=15;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0236266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7165;QD=22.9259;RBI=0.0295639;REFB=-0.0495688;REVB=-0.017771;RO=6;SAF=5;SAR=8;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134616;STB=0.59988;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0417373;OID=.;OPOS=72863030;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:25:25:6:9:13:15:0.6:8:5:1:5:10:5:1:8 chr17 72889685 . G A 509.38 PASS AF=0.532609;AO=29;DP=96;FAO=49;FDP=92;FR=.,HEALED;FRO=43;FSAF=41;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=42;FWDB=0.0973013;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.0209;QD=22.1471;RBI=0.112898;REFB=-0.0104547;REVB=-0.0572575;RO=51;SAF=21;SAR=8;SRF=10;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.540193;STB=0.859041;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0120649;OID=.;OPOS=72889685;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:92:51:43:29:49:0.532609:8:21:10:41:8:41:1:42 chr17 72889696 . A G 314.92 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=71;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=30;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=38;FWDB=0.00127439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.673;QD=17.4957;RBI=0.0176615;REFB=-0.00229684;REVB=-0.0176155;RO=36;SAF=30;SAR=4;SRF=0;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.741397;STB=0.912834;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00592943;OID=.;OPOS=72889696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:36:38:34:34:0.472222:4:30:0:36:4:30:0:38 chr17 72927123 . G T 199.12 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.0103594;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.272;QD=14.7494;RBI=0.0123622;REFB=-0.00708822;REVB=0.00674592;RO=30;SAF=4;SAR=19;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.330813;STB=0.703502;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00876473;OID=.;OPOS=72927123;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:30:31:23:23:0.425926:19:4:13:17:19:4:14:17 chr17 72937605 . G A 728.77 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.434;QD=55.0017;RBI=0.0336184;REFB=-0.10884;REVB=0.028053;RO=1;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016526;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156463;OID=.;OPOS=72937605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:53:53:1:0:52:53:1:28:24:0:1:29:24:0:0 chr17 72937851 . G A 464.95 PASS AF=0.765957;AO=35;DP=46;FAO=36;FDP=47;FR=.;FRO=11;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0161201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3522;QD=39.5702;RBI=0.0176568;REFB=-0.0271737;REVB=0.00720456;RO=11;SAF=17;SAR=18;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0664945;STB=0.531897;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00671192;OID=.;OPOS=72937851;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:46:47:11:11:35:36:0.765957:18:17:7:4:18:18:7:4 chr17 72938100 . T C 594.17 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.907;QD=60.9404;RBI=0.0322176;REFB=0;REVB=0.00346118;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010866;OID=.;OPOS=72938100;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr17 72948369 . A G 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121726;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4141;QD=55.6559;RBI=0.0408409;REFB=0;REVB=0.0389847;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000806675;OID=.;OPOS=72948369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr17 72949167 . T C 330.43 PASS AF=0.961538;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=26;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00446249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.257;QD=50.8358;RBI=0.0212467;REFB=0.0691607;REVB=0.0207728;RO=1;SAF=11;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403161;STB=0.521722;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.00268818;OID=.;OPOS=72949167;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:26:26:1:1:25:25:0.961538:14:11:1:0:14:11:1:0 chr17 72949649 . C T 1202.79 PASS AF=0.931818;AO=82;DP=89;FAO=82;FDP=88;FR=.;FRO=6;FSAF=39;FSAR=43;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0315025;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.408;QD=54.6723;RBI=0.0461888;REFB=-0.04471;REVB=0.0337786;RO=5;SAF=39;SAR=43;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352578;STB=0.513038;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00301938;OID=.;OPOS=72949649;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:89:88:5:6:82:82:0.931818:43:39:4:1:43:39:4:2 chr17 72952017 . A G 817.09 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.141;QD=57.3394;RBI=0.0315679;REFB=0;REVB=0.0130483;RO=0;SAF=26;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.40922e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174841;OID=.;OPOS=72952017;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:29:26:0:0:30:27:0:0 chr17 73037868 . C G 132.65 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0192747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.266;QD=15.1601;RBI=0.0265498;REFB=-0.0216376;REVB=-0.0182587;RO=20;SAF=7;SAR=8;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0165407;STB=0.509566;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0294422;OID=.;OPOS=73037868;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:8:7:9:11:8:7:9:11 chr17 73038746 . T C 211.82 PASS AF=0.317647;AO=26;DP=86;FAO=27;FDP=85;FR=.;FRO=58;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.00172222;FXX=0.0116266;HRUN=4;LEN=1;MLLD=266.896;QD=9.96795;RBI=0.00721758;REFB=-0.00392784;REVB=-0.00700909;RO=58;SAF=12;SAR=14;SRF=28;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024963;STB=0.526296;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00889584;OID=.;OPOS=73038746;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:58:58:26:27:0.317647:14:12:28:30:15:12:28:30 chr17 73059820 . C G 320.64 PASS AF=0.3;AO=42;DP=140;FAO=42;FDP=140;FR=.;FRO=98;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=56;FSRR=42;FWDB=0.00978122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.731;QD=9.16125;RBI=0.0167727;REFB=-0.0090041;REVB=0.0136254;RO=97;SAF=15;SAR=27;SRF=56;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26132;STB=0.649319;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0227486;OID=.;OPOS=73059820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:97:98:42:42:0.3:27:15:56:41:27:15:56:42 chr17 73060073 . T C 190.34 PASS AF=0.3125;AO=25;DP=80;FAO=25;FDP=80;FR=.;FRO=55;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=0.0256556;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.914;QD=9.5172;RBI=0.0404282;REFB=-0.00699244;REVB=0.0312447;RO=55;SAF=8;SAR=17;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797872;STB=0.547131;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0229982;OID=.;OPOS=73060073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:55:55:25:25:0.3125:17:8:21:34:17:8:21:34 chr17 73060111 . G A 79.62 PASS AF=0.261905;AO=10;DP=42;FAO=11;FDP=42;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00973698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.5856;QD=7.58259;RBI=0.0568577;REFB=-0.00892929;REVB=0.0560177;RO=31;SAF=4;SAR=6;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0239195;STB=0.543299;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.0499842;OID=.;OPOS=73060111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:42:42:31:31:10:11:0.261905:6:4:13:18:7:4:13:18 chr17 73085975 . G A 150.11 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0154643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.194;QD=19.3695;RBI=0.0266875;REFB=-0.032778;REVB=0.0217504;RO=15;SAF=10;SAR=6;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811631;STB=0.54616;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.0371092;OID=.;OPOS=73085975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:6:10:8:7:6:10:8:7 chr17 73089524 . G A 200.16 PASS AF=0.305882;AO=26;DP=86;FAO=26;FDP=85;FR=.;FRO=59;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.0135883;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8827;QD=9.41946;RBI=0.0433314;REFB=-0.00279184;REVB=0.0411457;RO=57;SAF=9;SAR=17;SRF=36;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326445;STB=0.690061;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00586054;OID=.;OPOS=73089524;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:57:59:26:26:0.305882:17:9:36:21:17:9:37:22 chr17 73089852 . T C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00812803;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6794;QD=55.6556;RBI=0.00916512;REFB=0;REVB=0.00423493;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.58995e-05;OID=.;OPOS=73089852;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr17 73110279 . C T 1315.59 PASS AF=1;AO=83;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0575697;FXX=0.0344788;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.749;QD=62.647;RBI=0.0599646;REFB=0;REVB=0.0167776;RO=0;SAF=50;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162842;OID=.;OPOS=73110279;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:83:84:1:33:50:0:0:34:50:0:0 chr17 73205976 . T C 92.58 PASS AF=0.3;AO=12;DP=40;FAO=12;FDP=40;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00757135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.672;QD=9.25776;RBI=0.011121;REFB=-0.00495609;REVB=0.00814562;RO=28;SAF=7;SAR=5;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21647;STB=0.630935;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00910763;OID=.;OPOS=73205976;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:40:40:28:28:12:12:0.3:5:7:11:17:5:7:11:17 chr17 73221439 . C T 1021.1 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0156707;FXX=0.0136968;HRUN=3;LEN=1;MLLD=141.771;QD=56.7279;RBI=0.0191092;REFB=-0.163216;REVB=0.0109357;RO=1;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122803;STB=0.501199;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.00210839;OID=.;OPOS=73221439;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:72:1:2:70:70:0.972222:38:32:0:1:38:32:1:1 chr17 73222847 . C T 834.38 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.216;QD=57.5432;RBI=0.0111275;REFB=0;REVB=0.00230897;RO=0;SAF=40;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.03991e-05;OID=.;OPOS=73222847;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:18:40:0:0:18:40:0:0 chr17 73222865 . G A 407.31 PASS AF=0.673469;AO=33;DP=49;FAO=33;FDP=49;FR=.;FRO=16;FSAF=25;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00262251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.453;QD=33.2501;RBI=0.0163096;REFB=-0.0297763;REVB=-0.0160974;RO=16;SAF=25;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186512;STB=0.602343;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0118223;OID=.;OPOS=73222865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:16:16:33:33:0.673469:8:25:8:8:8:25:8:8 chr17 73230856 . C T 1086.06 PASS AF=0.652482;AO=92;DP=142;FAO=92;FDP=141;FR=.;FRO=49;FSAF=45;FSAR=47;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00524651;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118;QD=30.8103;RBI=0.0173211;REFB=-0.0216245;REVB=0.0165074;RO=48;SAF=45;SAR=47;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.046176;STB=0.528179;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.0137059;OID=.;OPOS=73230856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:141:48:49:92:92:0.652482:47:45:20:28:47:45:20:29 chr17 73258479 . C T 217.63 PASS AF=0.552632;AO=20;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0229805;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=226.697;QD=22.9086;RBI=0.0282243;REFB=-0.0320402;REVB=0.0163863;RO=17;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152556;STB=0.592502;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0238186;OID=.;OPOS=73258479;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:20:21:0.552632:13:7:9:8:14:7:9:8 chr17 73269530 . A G 740.71 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00391214;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.5127;QD=56.9777;RBI=0.00986976;REFB=0;REVB=-0.00906131;RO=0;SAF=31;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.63416e-05;OID=.;OPOS=73269530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:20:31:0:0:20:32:0:0 chr17 73269676 . C T 447.37 PASS AF=0.571429;AO=43;DP=76;FAO=44;FDP=77;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.00052867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9754;QD=23.2397;RBI=0.0230709;REFB=-0.0155082;REVB=0.0230649;RO=33;SAF=18;SAR=25;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0772294;STB=0.536017;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0122621;OID=.;OPOS=73269676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:77:33:33:43:44:0.571429:25:18:17:16:25:19:17:16 chr17 73279624 . A G 990.56 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0038257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.783;QD=59.1376;RBI=0.0173543;REFB=0;REVB=-0.0169274;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.92126e-05;OID=.;OPOS=73279624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:41:25:0:0:41:26:0:0 chr17 73315368 . C T 300.26 PASS AF=0.888889;AO=24;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0347902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.258;QD=44.483;RBI=0.0348827;REFB=-0.0596854;REVB=-0.00253804;RO=3;SAF=16;SAR=8;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00626748;OID=.;OPOS=73315368;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:27:27:3:3:24:24:0.888889:8:16:2:1:8:16:2:1 chr17 73402246 . C A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.062502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0444;QD=33.4284;RBI=0.0800683;REFB=0;REVB=-0.0500444;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0108376;OID=.;OPOS=73402246;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr17 73488794 . C T 591.54 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0734153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.185;QD=60.6704;RBI=0.0734368;REFB=0;REVB=0.00177905;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222229;OID=.;OPOS=73488794;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:22:16:0:0:22:17:0:0 chr17 73498483 . T C 110.41 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.659;QD=40.1498;RBI=0.0553342;REFB=0;REVB=0.030939;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101729;OID=.;OPOS=73498483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:8:2:0:0:9:2:0:0 chr17 73498623 . A G 166.39 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=-0.0105493;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.585;QD=14.1611;RBI=0.0740052;REFB=-0.00097597;REVB=-0.0732495;RO=28;SAF=12;SAR=6;SRF=24;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251855;STB=0.620573;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000597413;OID=.;OPOS=73498623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:28:29:18:18:0.382979:6:12:24:4:6:12:24:5 chr17 73513156 . G A 158.64 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.103257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.806;QD=17.1497;RBI=0.10617;REFB=-0.0225025;REVB=0.024699;RO=18;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0807695;STB=0.54833;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.0289233;OID=.;OPOS=73513156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:18:20:17:17:0.459459:10:7:9:9:10:7:10:10 chr17 73513289 . C G 80.07 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=43;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.0460862;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.4487;QD=7.44836;RBI=0.071529;REFB=-0.00429489;REVB=-0.0547035;RO=31;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0258278;STB=0.536015;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0101265;OID=.;OPOS=73513289;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:43:43:31:32:11:11:0.255814:8:3:9:22:8:3:10:22 chr17 73518203 . G C 291.6 PASS AF=0.516667;AO=31;DP=60;FAO=31;FDP=60;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0169063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.556;QD=19.44;RBI=0.0173906;REFB=-0.0249607;REVB=0.00407556;RO=29;SAF=12;SAR=19;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0551135;STB=0.530706;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.0263993;OID=.;OPOS=73518203;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:29:31:31:0.516667:19:12:13:16:19:12:13:16 chr17 73518284 . G C 696.92 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0299208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.607;QD=60.602;RBI=0.0643287;REFB=-0.113891;REVB=0.0569467;RO=1;SAF=20;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229174;STB=0.51219;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00283239;OID=.;OPOS=73518284;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:46:1:1:45:45:0.978261:25:20:1:0:25:20:1:0 chr17 73519413 . C T 312.68 PASS AF=0.515625;AO=32;DP=63;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.000364892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.0073;QD=19.5428;RBI=0.0791926;REFB=-0.0295413;REVB=0.0791917;RO=31;SAF=11;SAR=21;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130518;STB=0.577729;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0262974;OID=.;OPOS=73519413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:31:31:32:33:0.515625:21:11:15:16:22:11:15:16 chr17 73520824 . T A 98.0 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=55;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=29;FWDB=-0.00802144;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=180.153;QD=7.1272;RBI=0.019433;REFB=-0.00729443;REVB=-0.0177002;RO=39;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298816;STB=0.654346;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0246919;OID=.;OPOS=73520824;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:55:55:39:41:14:14:0.254545:7:7:10:29:7:7:12:29 chr17 73552185 . G A 80.09 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00626889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3986;QD=16.8606;RBI=0.0874277;REFB=-0.0159059;REVB=0.0872027;RO=8;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0784731;STB=0.574318;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.011681;OID=.;OPOS=73552185;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:8:9:10:10:0.526316:4:6:4:4:4:6:4:5 chr17 73554186 . G C 61.39 PASS AF=0.212766;AO=9;DP=46;FAO=10;FDP=47;FR=.;FRO=37;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00314111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.773;QD=5.22493;RBI=0.0541487;REFB=-0.00484236;REVB=-0.0540575;RO=36;SAF=4;SAR=5;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344365;STB=0.574323;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0203701;OID=.;OPOS=73554186;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:46:47:36:37:9:10:0.212766:5:4:15:21:5:5:15:22 chr17 73565171 . T C 78.63 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.105574;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.375;QD=14.9777;RBI=0.106735;REFB=-0.0152589;REVB=-0.0157013;RO=11;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376093;STB=0.719196;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0279692;OID=.;OPOS=73565171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:7:3:8:3:7:3:8:3 chr17 73571155 . T C 221.28 PASS AF=0.271186;AO=32;DP=118;FAO=32;FDP=118;FR=.;FRO=86;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=61;FWDB=-0.0446233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3469;QD=7.50112;RBI=0.0703943;REFB=-0.00182557;REVB=0.0544438;RO=85;SAF=7;SAR=25;SRF=25;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122016;STB=0.570566;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.00338269;OID=.;OPOS=73571155;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:85:86:32:32:0.271186:25:7:25:60:25:7:25:61 chr17 73587784 . A G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010772;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.494;QD=59.6795;RBI=0.0182091;REFB=0;REVB=0.0146811;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.1567e-05;OID=.;OPOS=73587784;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr17 73588067 . A G 219.84 PASS AF=0.364865;AO=27;DP=74;FAO=27;FDP=74;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=32;FWDB=-0.0460828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7253;QD=11.8831;RBI=0.049267;REFB=0.00301489;REVB=-0.0174243;RO=47;SAF=12;SAR=15;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142982;STB=0.581985;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-0.00731734;OID=.;OPOS=73588067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:47:47:27:27:0.364865:15:12:15:32:15:12:15:32 chr17 73590830 . T G 809.96 PASS AF=0.967213;AO=57;DP=59;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0456674;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.113;QD=53.1119;RBI=0.0458015;REFB=-0.116784;REVB=0.00350177;RO=2;SAF=25;SAR=32;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00398104;STB=0.502557;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.000528224;OID=.;OPOS=73590830;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:59:61:2:2:57:59:0.967213:32:25:1:1:34:25:1:1 chr17 73602081 . G A 135.11 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0524912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4044;QD=16.8885;RBI=0.0525743;REFB=-0.0226116;REVB=-0.00295392;RO=13;SAF=6;SAR=9;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0517022;STB=0.53841;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0331656;OID=.;OPOS=73602081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:17:15:15:0.46875:9:6:6:7:9:6:8:9 chr17 73606310 . G A 229.71 PASS AF=0.279661;AO=29;DP=115;FAO=33;FDP=118;FR=.;FRO=85;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=51;FSRR=34;FWDB=-0.0242617;FXX=0.0166653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.869;QD=7.7866;RBI=0.0251961;REFB=-0.0411211;REVB=0.00679801;RO=77;SAF=19;SAR=10;SRF=47;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0588072;STB=0.51796;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0703562;OID=.;OPOS=73606310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:118:77:85:29:33:0.279661:10:19:47:30:14:19:51:34 chr17 73609112 . G A 52.57 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0057474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.545;QD=6.78282;RBI=0.0691316;REFB=-0.00328006;REVB=0.0688923;RO=23;SAF=3;SAR=5;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3147;STB=0.697212;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0147271;OID=.;OPOS=73609112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:23:23:8:8:0.258065:5:3:15:8:5:3:15:8 chr17 73609139 . C T 293.99 PASS AF=0.735294;AO=24;DP=34;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0277385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.232;QD=34.5866;RBI=0.0356615;REFB=-0.0243342;REVB=0.0224125;RO=9;SAF=16;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118818;STB=0.568067;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00845525;OID=.;OPOS=73609139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:9:9:24:25:0.735294:8:16:4:5:8:17:4:5 chr17 73611823 . T C 279.67 PASS AF=0.351064;AO=32;DP=93;FAO=33;FDP=94;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.0540698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.18;QD=11.9006;RBI=0.0541088;REFB=-0.0234124;REVB=0.00205482;RO=61;SAF=15;SAR=17;SRF=35;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118639;STB=0.557522;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0526432;OID=.;OPOS=73611823;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:61:61:32:33:0.351064:17:15:35:26:17:16:35:26 chr17 73612642 . A AT,T 323.48 PASS AF=0.84,0.16;AO=19,4;DP=24;FAO=21,4;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16,4;FSAR=5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00237156,0.000584336;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=25.7173,228.104;QD=51.7573;RBI=0.156054,0.0133278;REFB=0,0;REVB=0.156036,-0.013315;RO=1;SAF=14,4;SAR=5,0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0317459,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.0121543,0.0152306;OID=.,.;OPOS=73612643,73612642;OREF=-,A;OALT=T,T;OMAPALT=AT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:24:25:1:0:19,4:21,4:0.84,0.16:5,0:14,4:1:0:5,0:16,4:0:0 chr17 73613975 . G A 298.71 PASS AF=0.333333;AO=38;DP=118;FAO=38;FDP=114;FR=.,HEALED;FRO=76;FSAF=25;FSAR=13;FSRF=47;FSRR=29;FWDB=-0.0102106;FXX=0.0338954;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.791;QD=10.4811;RBI=0.025476;REFB=-0.00875647;REVB=-0.0233403;RO=57;SAF=25;SAR=13;SRF=44;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141895;STB=0.528686;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.00791875;OID=.;OPOS=73613975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:114:57:76:38:38:0.333333:13:25:44:13:13:25:47:29 chr17 73615962 . T C 133.32 PASS AF=0.326531;AO=13;DP=51;FAO=16;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0927363;FXX=0.039208;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.4248;QD=10.8834;RBI=0.157804;REFB=-0.0338104;REVB=-0.127679;RO=25;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107536;STB=0.50908;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0544903;OID=.;OPOS=73615962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:25:33:13:16:0.326531:8:5:12:13:9:7:14:19 chr17 73615983 . G A 114.16 PASS AF=0.288462;AO=15;DP=52;FAO=15;FDP=52;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.0426095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.302;QD=8.78167;RBI=0.0455167;REFB=-0.0131252;REVB=0.016006;RO=37;SAF=7;SAR=8;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072919;STB=0.543984;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0440731;OID=.;OPOS=73615983;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:37:37:15:15:0.288462:8:7:15:22:8:7:15:22 chr17 73616088 . T C 171.18 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00990166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.57;QD=17.5567;RBI=0.0534895;REFB=-0.0175921;REVB=-0.0525651;RO=20;SAF=6;SAR=12;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115484;STB=0.555492;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.020992;OID=.;OPOS=73616088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:20:21:18:18:0.461538:12:6:9:11:12:6:9:12 chr17 73616920 . A G 100.42 PASS AF=0.26;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0261362;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.17;QD=8.0336;RBI=0.0374528;REFB=-0.00368375;REVB=-0.0268256;RO=36;SAF=12;SAR=1;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.58567;STB=0.879617;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.028559;OID=.;OPOS=73616920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:36:37:13:13:0.26:1:12:19:17:1:12:19:18 chr17 73619920 . G A 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0120791;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=245.14;QD=17.3782;RBI=0.0210372;REFB=-0.00279595;REVB=0.0172238;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281505;STB=0.660746;STBP=0.168;TYPE=snp;VARB=0.00463038;OID=.;OPOS=73619920;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:6:5:8:2:6:5:8:2 chr17 73625286 . G A 396.21 PASS AF=0.345324;AO=48;DP=139;FAO=48;FDP=139;FR=.;FRO=91;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=61;FSRR=30;FWDB=-0.00658076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.707;QD=11.4017;RBI=0.00658241;REFB=-0.0216305;REVB=-0.000147196;RO=91;SAF=26;SAR=22;SRF=61;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150655;STB=0.586004;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0377351;OID=.;OPOS=73625286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:91:91:48:48:0.345324:22:26:61:30:22:26:61:30 chr17 73625430 . G A 388.36 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.0357758;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4063;QD=21.5756;RBI=0.0485225;REFB=-0.0182501;REVB=0.0327799;RO=33;SAF=16;SAR=23;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011962;STB=0.506605;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=0.0216809;OID=.;OPOS=73625430;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:23:16:14:19:23:16:14:19 chr17 73625478 . T C 1731.23 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.489;QD=60.745;RBI=0.0317593;REFB=0;REVB=-3.25259e-05;RO=0;SAF=58;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.60682e-05;OID=.;OPOS=73625478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:114:0:0:113:114:1:55:58:0:0:55:59:0:0 chr17 73627539 . T C 258.53 PASS AF=0.571429;AO=23;DP=41;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.0117267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5003;QD=24.6218;RBI=0.0365501;REFB=-0.0153504;REVB=0.0346178;RO=17;SAF=6;SAR=17;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185739;STB=0.599911;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0200013;OID=.;OPOS=73627539;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:17:18:23:24:0.571429:17:6:8:9:18:6:8:10 chr17 73627565 . A G 766.3 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00676988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.0697;QD=63.8582;RBI=0.03807;REFB=0;REVB=-0.0374633;RO=0;SAF=13;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.61818e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000322803;OID=.;OPOS=73627565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:35:13:0:0:35:13:0:0 chr17 73687495 . G A 167.23 PASS AF=0.384615;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=8;FWDB=-0.0400393;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.008;QD=12.8635;RBI=0.0403081;REFB=-0.00984574;REVB=0.00464723;RO=32;SAF=15;SAR=5;SRF=24;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0129914;OID=.;OPOS=73687495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:32:32:20:20:0.384615:5:15:24:8:5:15:24:8 chr17 73698557 . C T 540.92 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0335333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.29;QD=56.9391;RBI=0.0514079;REFB=-0.0543691;REVB=0.0389653;RO=1;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217802;STB=0.511622;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.00125953;OID=.;OPOS=73698557;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:21:16:0:1:21:16:0:1 chr17 73732428 . G A 117.01 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0301458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5722;QD=21.2744;RBI=0.0482312;REFB=-0.0357002;REVB=-0.0376494;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147025;STB=0.583207;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.017123;OID=.;OPOS=73732428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:6:7:3:6:6:7:3:6 chr17 73750859 . C G 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0627793;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.008;QD=12.0156;RBI=0.0627841;REFB=-0.010946;REVB=0.000779195;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0631528;STB=0.538334;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0449611;OID=.;OPOS=73750859;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:4:3:3:3:4:3 chr17 73751176 . G A 372.5 PASS AF=0.413462;AO=43;DP=104;FAO=43;FDP=104;FR=.;FRO=61;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=38;FSRR=23;FWDB=0.0173435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7024;QD=14.3268;RBI=0.0300628;REFB=0.0021849;REVB=0.0245555;RO=59;SAF=23;SAR=20;SRF=37;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0960901;STB=0.552262;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=-0.00430261;OID=.;OPOS=73751176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:59:61:43:43:0.413462:20:23:37:22:20:23:38:23 chr17 73760820 . G A 156.21 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0204563;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=96.3793;QD=24.0328;RBI=0.0206019;REFB=-0.0138272;REVB=0.00244472;RO=9;SAF=3;SAR=13;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.301571;STB=0.696153;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0418816;OID=.;OPOS=73760820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:9:10:16:16:0.615385:13:3:5:4:13:3:6:4 chr17 73773735 . AC A 57.45 PASS AF=0.25;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=56;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=0.00263031;FXX=0.0175408;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.4889;QD=4.1035;RBI=0.00612842;REFB=0.0222561;REVB=0.00553525;RO=41;SAF=11;SAR=3;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.515151;STB=0.808402;STBP=0.012;TYPE=del;VARB=-0.0527957;OID=.;OPOS=73773736;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25:14:57:14:56:42:11:3:15:27:57:41:11:3:14:27 chr17 73812909 . A G 1109.77 PASS AF=0.547264;AO=97;DP=188;FAO=110;FDP=201;FR=.;FRO=91;FSAF=54;FSAR=56;FSRF=43;FSRR=48;FWDB=0.0241471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.5841;QD=22.0849;RBI=0.0315275;REFB=-0.0342454;REVB=0.0202706;RO=90;SAF=51;SAR=46;SRF=42;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0518945;STB=0.508326;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=0.0321847;OID=.;OPOS=73812909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:188:201:90:91:97:110:0.547264:46:51:42:48:56:54:43:48 chr17 73816026 . A G 117.37 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.015054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.358;QD=21.3403;RBI=0.0924829;REFB=-0.057191;REVB=-0.0912495;RO=9;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181636;STB=0.60163;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.00647456;OID=.;OPOS=73816026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:4:9:8:1:4:9:8:1 chr17 73819525 . C T 1262.97 PASS AF=0.944444;AO=85;DP=90;FAO=85;FDP=90;FR=.;FRO=5;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0447829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.615;QD=56.1319;RBI=0.0533105;REFB=-0.133435;REVB=0.0289224;RO=5;SAF=35;SAR=50;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.041755;STB=0.522083;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00439812;OID=.;OPOS=73819525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:90:90:5:5:85:85:0.944444:50:35:4:1:50:35:4:1 chr17 73824121 . T C 1670.39 PASS AF=0.974138;AO=113;DP=116;FAO=113;FDP=116;FR=.;FRO=3;FSAF=55;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0788977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0266;QD=57.5996;RBI=0.0831951;REFB=0.0310659;REVB=-0.026393;RO=3;SAF=55;SAR=58;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00753558;STB=0.50397;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.00687999;OID=.;OPOS=73824121;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:116:116:3:3:113:113:0.974138:58:55:1:2:58:55:1:2 chr17 73826120 . C T 207.82 PASS AF=0.625;AO=18;DP=30;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.0107584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.769;QD=25.9778;RBI=0.0160763;REFB=-0.0294466;REVB=0.0119458;RO=12;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240114;STB=0.624883;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0141447;OID=.;OPOS=73826120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:30:32:12:12:18:20:0.625:9:9:10:2:10:10:10:2 chr17 73827205 . T C 2273.33 PASS AF=0.980645;AO=152;DP=157;FAO=152;FDP=155;FR=.;FRO=3;FSAF=68;FSAR=84;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0342062;FXX=0.012738;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.783;QD=58.6667;RBI=0.0392767;REFB=-0.0329771;REVB=0.0193028;RO=3;SAF=68;SAR=84;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00815424;STB=0.504288;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.000590814;OID=.;OPOS=73827205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:157:155:3:3:152:152:0.980645:84:68:2:1:84:68:2:1 chr17 73836162 . C G 207.08 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0617988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.4772;QD=48.7255;RBI=0.0745129;REFB=0;REVB=0.0416303;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000370271;OID=.;OPOS=73836162;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr17 73886888 . A G 88.78 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0047971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.113;QD=14.7973;RBI=0.00542964;REFB=-0.029938;REVB=0.0025434;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572116;STB=0.533274;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0290268;OID=.;OPOS=73886888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:4:7:9:4:4:7:9:4 chr17 73888354 . G A 226.84 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=43;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0637917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5305;QD=21.1015;RBI=0.0705259;REFB=0.00509082;REVB=-0.0300754;RO=21;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0597035;STB=0.533601;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=-0.00323282;OID=.;OPOS=73888354;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:21:21:22:22:0.511628:14:8:9:12:14:8:9:12 chr17 73888423 . A G 300.58 PASS AF=0.576923;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0459359;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.774;QD=23.1213;RBI=0.0475479;REFB=0.00314785;REVB=-0.012276;RO=22;SAF=14;SAR=16;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0797868;STB=0.544012;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=-0.00230585;OID=.;OPOS=73888423;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:22:22:30:30:0.576923:16:14:8:14:16:14:8:14 chr17 73888427 . A C 312.56 PASS AF=0.56;AO=27;DP=48;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0400541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4258;QD=25.0044;RBI=0.0401473;REFB=-0.00766243;REVB=-0.00273379;RO=21;SAF=11;SAR=16;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613131;STB=0.529391;STBP=0.69;TYPE=snp;VARB=0.0117003;OID=.;OPOS=73888427;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:50:21:22:27:28:0.56:16:11:7:14:16:12:8:14 chr17 73897046 . A G 714.4 PASS AF=0.628571;AO=64;DP=103;FAO=66;FDP=105;FR=.;FRO=39;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0304961;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.773;QD=27.2154;RBI=0.0312115;REFB=-0.0196554;REVB=-0.00664415;RO=38;SAF=33;SAR=31;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648721;STB=0.535034;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0102542;OID=.;OPOS=73897046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:105:38:39:64:66:0.628571:31:33:16:22:31:35:17:22 chr17 73900688 . T C 788.12 PASS AF=0.44335;AO=68;DP=182;FAO=90;FDP=203;FR=.;FRO=113;FSAF=52;FSAR=38;FSRF=77;FSRR=36;FWDB=0.0205256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.727;QD=15.5295;RBI=0.0252583;REFB=-0.0466873;REVB=0.0147202;RO=109;SAF=32;SAR=36;SRF=74;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.225673;STB=0.560216;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0712003;OID=.;OPOS=73900688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:203:109:113:68:90:0.44335:36:32:74:35:38:52:77:36 chr17 73916423 . A T 464.44 PASS AF=0.628571;AO=43;DP=70;FAO=44;FDP=70;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=27;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0122913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.979;QD=26.5396;RBI=0.0139286;REFB=-0.0366018;REVB=-0.00655202;RO=27;SAF=16;SAR=27;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0806627;STB=0.529041;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0179515;OID=.;OPOS=73916423;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:27:26:43:44:0.628571:27:16:13:14:27:17:12:14 chr17 73919521 . C T 250.22 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=38;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0076498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.041;QD=26.3388;RBI=0.0566336;REFB=-0.0154125;REVB=0.0561146;RO=14;SAF=10;SAR=13;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00432106;STB=0.514007;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00577736;OID=.;OPOS=73919521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:14:15:23:23:0.605263:13:10:6:8:13:10:6:9 chr17 73919538 . G A 213.23 PASS AF=0.512195;AO=21;DP=41;FAO=21;FDP=41;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.0146601;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.6974;QD=20.8031;RBI=0.100658;REFB=-0.0154523;REVB=0.0995848;RO=17;SAF=8;SAR=13;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0752359;STB=0.516114;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.0210539;OID=.;OPOS=73919538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:20:21:21:0.512195:13:8:5:12:13:8:7:13 chr17 73922941 . T C 190.77 PASS AF=0.542857;AO=18;DP=34;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0350393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.017;QD=21.8024;RBI=0.0353324;REFB=-0.0172421;REVB=-0.00454153;RO=16;SAF=8;SAR=10;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168581;STB=0.603555;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0164915;OID=.;OPOS=73922941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:16:16:18:19:0.542857:10:8:4:12:10:9:4:12 chr17 73949540 . G C 88.98 PASS AF=0.24;AO=12;DP=50;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0112888;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3363;QD=7.11874;RBI=0.0265276;REFB=-0.00470769;REVB=-0.0240057;RO=38;SAF=6;SAR=6;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0958339;STB=0.559901;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00417714;OID=.;OPOS=73949540;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:50:50:38:38:12:12:0.24:6:6:16:22:6:6:16:22 chr17 73997474 . G A 53.92 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0200844;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.604;QD=7.98751;RBI=0.0212071;REFB=-0.00406966;REVB=-0.00680869;RO=18;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504198;STB=0.545344;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.00976373;OID=.;OPOS=73997474;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:27:18:19:8:8:0.296296:5:3:6:12:5:3:6:13 chr17 74014628 . G A 163.77 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0129202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.8477;QD=12.8449;RBI=0.0226521;REFB=-0.00899673;REVB=0.0186061;RO=32;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521865;STB=0.530366;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0213738;OID=.;OPOS=74014628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:8:11:17:15:8:11:17:15 chr17 74014668 . T C 115.14 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.048382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0708;QD=11.2329;RBI=0.0483954;REFB=-0.000810543;REVB=0.00114094;RO=25;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216762;STB=0.512178;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.000874309;OID=.;OPOS=74014668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:25:27:14:14:0.341463:7:7:13:12:7:7:14:13 chr17 74017554 . G T 126.82 PASS AF=0.206186;AO=20;DP=95;FAO=20;FDP=97;FR=.;FRO=77;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=69;FSRR=8;FWDB=-0.0159623;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.51;QD=5.22947;RBI=0.0199435;REFB=-0.00841501;REVB=0.0119561;RO=74;SAF=13;SAR=7;SRF=66;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.408597;STB=0.746261;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0278449;OID=.;OPOS=74017554;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:97:74:77:20:20:0.206186:7:13:66:8:7:13:69:8 chr17 74017573 . C G 109.7 PASS AF=0.197802;AO=18;DP=91;FAO=18;FDP=91;FR=.;FRO=73;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=64;FSRR=9;FWDB=-0.0458018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.538;QD=4.8221;RBI=0.0462049;REFB=-0.00409077;REVB=0.00608953;RO=73;SAF=11;SAR=7;SRF=64;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419743;STB=0.748743;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0108971;OID=.;OPOS=74017573;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:73:73:18:18:0.197802:7:11:64:9:7:11:64:9 chr17 74017594 . A G 91.49 PASS AF=0.179775;AO=16;DP=89;FAO=16;FDP=89;FR=.;FRO=73;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=63;FSRR=10;FWDB=-0.0386144;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2087;QD=4.11205;RBI=0.0689708;REFB=-0.0211075;REVB=-0.057148;RO=72;SAF=9;SAR=7;SRF=62;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439931;STB=0.766899;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.0603306;OID=.;OPOS=74017594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:89:89:72:73:16:16:0.179775:7:9:62:10:7:9:63:10 chr17 74036573 . A T 650.2 PASS AF=0.658824;AO=56;DP=85;FAO=56;FDP=85;FR=.;FRO=29;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.000284905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.142;QD=30.5975;RBI=0.00884578;REFB=-0.0152941;REVB=0.00884119;RO=29;SAF=29;SAR=27;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0213766;STB=0.511575;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00591719;OID=.;OPOS=74036573;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:29:29:56:56:0.658824:27:29:16:13:27:29:16:13 chr17 74056413 . C T 532.02 PASS AF=0.904762;AO=38;DP=42;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0377848;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6491;QD=50.6685;RBI=0.0412916;REFB=-0.0526829;REVB=0.0166525;RO=3;SAF=21;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302248;STB=0.505061;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00740041;OID=.;OPOS=74056413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:42:42:3:4:38:38:0.904762:17:21:1:2:17:21:2:2 chr17 74066447 . T A 1098.66 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.246;QD=60.2007;RBI=0.0299586;REFB=0;REVB=0.00979447;RO=0;SAF=44;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010537;OID=.;OPOS=74066447;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:29:44:0:0:29:44:0:0 chr17 74077797 . C T 231.5 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00491365;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.407;QD=16.5354;RBI=0.00561079;REFB=-0.0147771;REVB=-0.0027087;RO=30;SAF=16;SAR=10;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204458;STB=0.615296;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0196556;OID=.;OPOS=74077797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:10:16:12:18:10:16:12:18 chr17 74080443 . C T 210.96 PASS AF=0.371429;AO=24;DP=68;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0488373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9304;QD=12.055;RBI=0.0489096;REFB=-0.0117626;REVB=0.00265902;RO=44;SAF=7;SAR=17;SRF=22;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245647;STB=0.600149;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0209447;OID=.;OPOS=74080443;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:44:44:24:26:0.371429:17:7:22:22:17:9:22:22 chr17 74152366 . A G 71.91 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=-0.0457624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4371;QD=8.21869;RBI=0.0457691;REFB=-0.00188766;REVB=0.000781013;RO=25;SAF=5;SAR=5;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258845;STB=0.65686;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.00166889;OID=.;OPOS=74152366;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:35:35:25:25:10:10:0.285714:5:5:18:7:5:5:18:7 chr17 74275504 . A T 32.96 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0269379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.193;QD=2.9968;RBI=0.044024;REFB=0.0018071;REVB=-0.0348204;RO=38;SAF=2;SAR=4;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198605;STB=0.645661;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00939055;OID=.;OPOS=74275504;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:38:38:6:6:0.136364:4:2:19:19:4:2:19:19 chr17 74286082 . C T 238.08 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0549705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.497;QD=50.1226;RBI=0.0606699;REFB=0;REVB=0.0256726;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000199456;OID=.;OPOS=74286082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:10:8:0:0:10:9:0:0 chr17 74286106 . C T 340.54 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0217529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.799;QD=54.4869;RBI=0.0316005;REFB=0;REVB=-0.0229217;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00100485;OID=.;OPOS=74286106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:12:13:0:0:12:13:0:0 chr17 74287204 . C G 696.54 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=52;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0105373;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8735;QD=54.6302;RBI=0.0304053;REFB=-0.035331;REVB=0.028521;RO=1;SAF=28;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165122;STB=0.508471;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0146813;OID=.;OPOS=74287204;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:52:51:1:1:49:50:0.980392:21:28:1:0:21:29:1:0 chr17 74287389 . T C 754.27 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.706;QD=56.9257;RBI=0.0230772;REFB=0;REVB=0.0198087;RO=0;SAF=32;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81969e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105255;OID=.;OPOS=74287389;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:21:32:0:0:21:32:0:0 chr17 74287594 . G A 657.66 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00495187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.875;QD=59.7875;RBI=0.0142935;REFB=-0.0512531;REVB=-0.0134083;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511622;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00524503;OID=.;OPOS=74287594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:0:1:43:43:0.977273:21:22:0:0:21:22:0:1 chr17 74288564 . CTGA C 83.68 PASS AF=0.9;AO=8;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0124928;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=3;MLLD=203.651;QD=33.4722;RBI=0.0440005;REFB=-0.104077;REVB=-0.0421898;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.571265;STBP=0.286;TYPE=del;VARB=0.024461;OID=.;OPOS=74288565;OREF=TGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.9:8:10:9:10:1:6:3:0:1:7:0:6:2:0:0 chr17 74289500 . G A 323.22 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.166;QD=53.8704;RBI=0.0281213;REFB=0;REVB=0.0233979;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019406;OID=.;OPOS=74289500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr17 74289705 . A G 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0138017;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.578;QD=35.5759;RBI=0.0173629;REFB=0;REVB=0.0105349;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00093881;OID=.;OPOS=74289705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr17 74289839 . G A 804.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112079;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.886;QD=57.4497;RBI=0.0115443;REFB=0;REVB=0.00276659;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.81885e-05;OID=.;OPOS=74289839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:27:29:0:0:27:29:0:0 chr17 74289875 . C T 1258.55 PASS AF=0.988095;AO=81;DP=82;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0996538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.962;QD=59.9311;RBI=0.124566;REFB=-0.0688712;REVB=0.0747384;RO=1;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011691;STB=0.506023;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00217956;OID=.;OPOS=74289875;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:84:1:1:81:83:0.988095:40:41:0:1:41:42:0:1 chr17 74289908 . A G 1510.39 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.458;QD=58.656;RBI=0.0280299;REFB=-0.0542002;REVB=-0.0224418;RO=1;SAF=50;SAR=52;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00939493;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.76458e-05;OID=.;OPOS=74289908;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:103:103:1:0:102:103:1:52:50:1:0:52:51:0:0 chr17 74290097 . T A 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.029813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.864;QD=60.9785;RBI=0.0438686;REFB=0;REVB=0.0321814;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012263;OID=.;OPOS=74290097;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr17 74307737 . T C 754.28 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000401221;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.405;QD=56.9268;RBI=0.0226561;REFB=0;REVB=0.0226525;RO=0;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76368e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.48549e-05;OID=.;OPOS=74307737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:22:31:0:0:22:31:0:0 chr17 74383475 . T C 306.23 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00125096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.26;QD=53.2572;RBI=0.0180431;REFB=0;REVB=0.0179996;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.7974e-05;OID=.;OPOS=74383475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr17 74467017 . G C 90.52 PASS AF=0.240741;AO=13;DP=54;FAO=13;FDP=54;FR=.;FRO=41;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=24;FWDB=-0.0291297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.688;QD=6.70492;RBI=0.0309971;REFB=-0.00268218;REVB=-0.0105962;RO=41;SAF=6;SAR=7;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577457;STB=0.535968;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00800041;OID=.;OPOS=74467017;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:54:54:41:41:13:13:0.240741:7:6:17:24:7:6:17:24 chr17 74475024 . G A 198.41 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0471492;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=131.784;QD=44.0904;RBI=0.0659369;REFB=0.00192082;REVB=0.0460937;RO=1;SAF=8;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538535;STB=0.529377;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.000823116;OID=.;OPOS=74475024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:9:8:1:0:9:8:1:0 chr17 74475975 . C A 194.2 PASS AF=0.380952;AO=21;DP=61;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0201474;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.759;QD=12.33;RBI=0.0487939;REFB=-0.0386535;REVB=0.0444402;RO=38;SAF=12;SAR=9;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794425;STB=0.517913;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.059563;OID=.;OPOS=74475975;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:63:38:39:21:24:0.380952:9:12:19:19:11:13:20:19 chr17 74524651 . TT AG,GG 142.7 PASS AF=0.153846,0.846154;AO=2,11;DP=13;FAO=2,11;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=2,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0419784,-0.020924;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,2;MLLD=91.1605,89.9412;QD=43.9067;RBI=0.0428004,0.0214853;REFB=0,0;REVB=-0.00834785,0.00487894;RO=0;SAF=0,10;SAR=2,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.0800441,1.36367e-05;OID=.,.;OPOS=74524651,74524651;OREF=TT,TT;OALT=AG,GG;OMAPALT=AG,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:13:13:0:0:2,11:2,11:0.153846,0.846154:2,1:0,10:0:0:2,1:0,10:0:0 chr17 74541129 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=18;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0161798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5795;QD=52.6123;RBI=0.0161798;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=18;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000337836;OID=.;OPOS=74541129;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:18:22:1:0:18:0:0:0:22:0:0 chr17 74652491 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.102;QD=60.9784;RBI=0.0181928;REFB=0;REVB=0.0119703;RO=0;SAF=14;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.26696e-05;OID=.;OPOS=74652491;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:25:14:0:0:25:14:0:0 chr17 74652501 . AT AA,TA 552.87 PASS AF=0.105263,0.894737;AO=4,33;DP=37;FAO=4,34;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=2,11;FSAR=2,23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0827664,0.0796077;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=173.986,185.61;QD=58.1963;RBI=0.173242,0.144343;REFB=0,0;REVB=0.152192,0.120406;RO=0;SAF=2,11;SAR=2,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.106772,0.00465871;OID=.,.;OPOS=74652502,74652501;OREF=T,AT;OALT=A,TA;OMAPALT=AA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:37:38:0:0:4,33:4,34:0.105263,0.894737:2,22:2,11:0:0:2,23:2,11:0:0 chr17 74732507 . A G 595.6 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0662107;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.0791;QD=59.5596;RBI=0.0684407;REFB=0;REVB=0.0173283;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000788794;OID=.;OPOS=74732507;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:38:40:1:24:14:0:0:25:15:0:0 chr17 74733099 . G A 2570.12 PASS AF=1;AO=166;DP=167;FAO=167;FDP=167;FR=.;FRO=0;FSAF=77;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0431947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.408;QD=61.5598;RBI=0.0564176;REFB=0;REVB=0.0362927;RO=1;SAF=77;SAR=89;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00531737;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.77167e-05;OID=.;OPOS=74733099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:167:167:1:0:166:167:1:89:77:0:1:90:77:0:0 chr17 74846672 . C G 173.08 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=0.0019106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.699;QD=18.7111;RBI=0.0136985;REFB=-0.0272747;REVB=0.0135646;RO=19;SAF=6;SAR=11;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152823;STB=0.574391;STBP=0.457;TYPE=snp;VARB=0.0152323;OID=.;OPOS=74846672;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:19:19:17:18:0.486486:11:6:4:15:12:6:4:15 chr17 74857676 . A G 147.9 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0178081;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.749;QD=9.24379;RBI=0.0292086;REFB=-0.0106351;REVB=-0.023152;RO=43;SAF=8;SAR=12;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00559758;STB=0.509794;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0238009;OID=.;OPOS=74857676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:44:20:20:0.3125:12:8:17:26:12:8:17:27 chr17 74878259 . G A 836.58 PASS AF=0.612903;AO=76;DP=124;FAO=76;FDP=124;FR=.;FRO=48;FSAF=32;FSAR=44;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=0.00691307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.333;QD=26.9864;RBI=0.0597448;REFB=-0.0319598;REVB=0.0593435;RO=46;SAF=32;SAR=44;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0846387;STB=0.535202;STBP=0.36;TYPE=snp;VARB=0.0172943;OID=.;OPOS=74878259;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:124:46:48:76:76:0.612903:44:32:14:32:44:32:16:32 chr17 74922706 . C T 549.18 PASS AF=0.505747;AO=39;DP=90;FAO=44;FDP=87;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=0.0539525;FXX=0.0333296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.1731;QD=25.2495;RBI=0.0852938;REFB=0.0429347;REVB=0.0660618;RO=29;SAF=21;SAR=18;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.201959;STB=0.598496;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=-0.0100107;OID=.;OPOS=74922706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:87:29:30:39:44:0.505747:18:21:8:21:20:24:9:21 chr17 74928758 . C T 174.22 PASS AF=0.388889;AO=20;DP=53;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00370766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.934;QD=12.9048;RBI=0.0212337;REFB=-0.0190601;REVB=-0.0209075;RO=33;SAF=11;SAR=9;SRF=15;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102275;STB=0.542213;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0254612;OID=.;OPOS=74928758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:33:33:20:21:0.388889:9:11:15:18:10:11:15:18 chr17 74936576 . G A 169.83 PASS AF=0.362069;AO=19;DP=55;FAO=21;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=35;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.029674;FXX=0.0645057;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.7081;QD=11.7124;RBI=0.0298155;REFB=-0.067931;REVB=0.00290106;RO=30;SAF=3;SAR=16;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340781;STB=0.702264;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0762754;OID=.;OPOS=74936576;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:58:30:35:19:21:0.362069:16:3:12:18:17:4:16:19 chr17 74942478 . C T 656.41 PASS AF=0.585859;AO=58;DP=99;FAO=58;FDP=99;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=36;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.0281598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.185;QD=26.5214;RBI=0.0281636;REFB=-0.0214788;REVB=-0.000459972;RO=40;SAF=22;SAR=36;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0553059;STB=0.536325;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.0156911;OID=.;OPOS=74942478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:40:41:58:58:0.585859:36:22:18:22:36:22:19:22 chr17 74944934 . G A 225.96 PASS AF=0.311828;AO=29;DP=95;FAO=29;FDP=93;FR=.;FRO=64;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=40;FSRR=24;FWDB=-0.0202141;FXX=0.0210504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4195;QD=9.71878;RBI=0.049931;REFB=-0.0135179;REVB=0.0456563;RO=61;SAF=9;SAR=20;SRF=38;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357441;STB=0.712066;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0545973;OID=.;OPOS=74944934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:93:61:64:29:29:0.311828:20:9:38:23:20:9:40:24 chr17 74945978 . C T 63.81 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.00581962;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=264.741;QD=9.81632;RBI=0.013503;REFB=-0.00012219;REVB=0.0121846;RO=16;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169053;STB=0.610901;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.000526026;OID=.;OPOS=74945978;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:26:26:16:17:9:9:0.346154:7:2:2:14:7:2:2:15 chr17 75085434 . G A 423.04 PASS AF=0.364964;AO=50;DP=133;FAO=50;FDP=137;FR=.;FRO=87;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=39;FSRR=48;FWDB=-0.00508752;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.876;QD=12.3516;RBI=0.0276002;REFB=-0.020119;REVB=-0.0271273;RO=83;SAF=18;SAR=32;SRF=39;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125312;STB=0.5588;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.042185;OID=.;OPOS=75085434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:137:83:87:50:50:0.364964:32:18:39:44:32:18:39:48 chr17 75148741 . G A 206.32 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.0223599;FXX=0.0161264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.8765;QD=13.5288;RBI=0.0293694;REFB=-0.00676516;REVB=0.0190421;RO=34;SAF=10;SAR=15;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161149;STB=0.576098;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00975303;OID=.;OPOS=75148741;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:34:36:25:25:0.409836:15:10:19:15:15:10:19:17 chr17 75158261 . C G 74.24 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.00242961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7267;QD=10.24;RBI=0.013544;REFB=-0.0186738;REVB=0.0133243;RO=19;SAF=7;SAR=3;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0201317;STB=0.51217;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0141803;OID=.;OPOS=75158261;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:3:7:13:6:3:7:13:6 chr17 75190846 . A C 696.03 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0195921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.872;QD=61.8694;RBI=0.0538895;REFB=0;REVB=0.0502019;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000499883;OID=.;OPOS=75190846;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:40:45:1:25:15:0:0:29:16:0:0 chr17 75190962 . C T 103.75 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.103965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.628;QD=10.1219;RBI=0.104076;REFB=-0.022001;REVB=-0.004808;RO=28;SAF=4;SAR=9;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26506;STB=0.659979;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0222022;OID=.;OPOS=75190962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:9:4:15:13:9:4:15:13 chr17 75303298 . T C 972.89 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.694;QD=58.9627;RBI=0.0277646;REFB=0;REVB=0.0118669;RO=0;SAF=26;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.592e-05;OID=.;OPOS=75303298;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:40:26:0:0:40:26:0:0 chr17 75478481 . C T 130.84 PASS AF=0.313725;AO=16;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0401902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.342;QD=10.2619;RBI=0.0402667;REFB=-0.00258505;REVB=-0.00248148;RO=34;SAF=9;SAR=7;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170739;STB=0.591128;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.00918261;OID=.;OPOS=75478481;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:35:16:16:0.313725:7:9:14:20:7:9:15:20 chr17 75494705 . A G 728.93 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0019392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.993;QD=57.1708;RBI=0.027576;REFB=0;REVB=0.0275077;RO=0;SAF=8;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.81061e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113032;OID=.;OPOS=75494705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:42:8:0:0:43:8:0:0 chr17 75495065 . T C 365.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0149942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.639;QD=54.0912;RBI=0.0306844;REFB=0;REVB=0.0267714;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314748;OID=.;OPOS=75495065;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:20:6:0:0:21:6:0:0 chr17 75495397 . T C 145.12 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.419;QD=44.6508;RBI=0.0392073;REFB=0;REVB=0.0305501;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000884988;OID=.;OPOS=75495397;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr17 75496342 . T C 74.72 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5018;QD=37.36;RBI=0.0179229;REFB=0;REVB=-0.00485548;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000459174;OID=.;OPOS=75496342;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr17 75496361 . A G 50.17 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0888229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.8127;QD=33.4445;RBI=0.095739;REFB=0;REVB=-0.0357277;RO=0;SAF=1;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0052568;OID=.;OPOS=75496361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:5:6:1:4:1:0:0:4:2:0:0 chr17 75548687 . G A 239.1 PASS AF=0.465517;AO=26;DP=58;FAO=27;FDP=58;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.0262542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5509;QD=16.4894;RBI=0.0281395;REFB=0.00020631;REVB=-0.0101267;RO=31;SAF=11;SAR=15;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902093;STB=0.558818;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=-0.00126821;OID=.;OPOS=75548687;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:31:31:26:27:0.465517:15:11:16:15:16:11:16:15 chr17 75558676 . A T 207.28 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.046678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.385;QD=48.7713;RBI=0.139365;REFB=0;REVB=0.131316;RO=0;SAF=3;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171903;OID=.;OPOS=75558676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:13:3:0:0:14:3:0:0 chr17 75559019 . C T 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00341009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.11;QD=56.0116;RBI=0.00345434;REFB=-0.0043213;REVB=-0.000551127;RO=1;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198968;STB=0.510632;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.00140912;OID=.;OPOS=75559019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:23:11:0:1:23:11:0:1 chr17 75878090 . A G 367.74 PASS AF=0.62;AO=31;DP=50;FAO=31;FDP=50;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.00455027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6214;QD=29.4193;RBI=0.0451109;REFB=0.0203947;REVB=-0.0448808;RO=19;SAF=14;SAR=17;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195428;STB=0.607075;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=-0.00970825;OID=.;OPOS=75878090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:19:19:31:31:0.62:17:14:14:5:17:14:14:5 chr17 76060866 . C G 294.29 PASS AF=0.309524;AO=39;DP=126;FAO=39;FDP=126;FR=.;FRO=87;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=42;FSRR=45;FWDB=0.0182947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.2029;QD=9.34249;RBI=0.0200421;REFB=-0.0146773;REVB=-0.00818473;RO=85;SAF=17;SAR=22;SRF=41;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.055073;STB=0.532605;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0227363;OID=.;OPOS=76060866;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:126:85:87:39:39:0.309524:22:17:41:44:22:17:42:45 chr17 76060954 . A C 152.47 PASS AF=0.252874;AO=22;DP=87;FAO=22;FDP=87;FR=.;FRO=65;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=43;FSRR=22;FWDB=-0.00980363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6134;QD=7.00995;RBI=0.0125169;REFB=0.00562;REVB=-0.00778219;RO=65;SAF=12;SAR=10;SRF=43;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147326;STB=0.588788;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.015999;OID=.;OPOS=76060954;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:65:65:22:22:0.252874:10:12:43:22:10:12:43:22 chr17 76063047 . A G 165.03 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=-0.0017085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.149;QD=14.0448;RBI=0.0518937;REFB=0.00135731;REVB=0.0518656;RO=29;SAF=6;SAR=12;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303108;STB=0.675862;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.000908439;OID=.;OPOS=76063047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:18:18:0.382979:12:6:18:11:12:6:18:11 chr17 76093866 . T C 698.94 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00131049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9899;QD=54.8189;RBI=0.0659964;REFB=0.100764;REVB=-0.0659834;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.508768;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=-0.00231247;OID=.;OPOS=76093866;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:51:0:1:50:50:0.980392:28:22:0:0:28:22:0:1 chr17 76104573 . CTG C 366.08 PASS AF=0.606557;AO=33;DP=61;FAO=37;FDP=61;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.00990638;FXX=0.0468677;HRUN=1;LEN=2;MLLD=251.582;QD=24.0052;RBI=0.00990647;REFB=-0.0109569;REVB=-4.30707e-05;RO=24;SAF=11;SAR=22;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0352915;STB=0.501413;STBP=0.998;TYPE=del;VARB=0.00747068;OID=.;OPOS=76104574;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.606557:33:61:37:61:24:14:23:9:15:99:24:11:22:9:15 chr17 76105731 . C T 254.86 PASS AF=0.322917;AO=31;DP=96;FAO=31;FDP=96;FR=.;FRO=65;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=32;FWDB=0.0107245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.2;QD=10.619;RBI=0.0125749;REFB=-0.00399741;REVB=0.0065662;RO=62;SAF=13;SAR=18;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11151;STB=0.560177;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0102515;OID=.;OPOS=76105731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:62:65:31:31:0.322917:18:13:32:30:18:13:33:32 chr17 76105754 . G A 274.87 PASS AF=0.336538;AO=35;DP=104;FAO=35;FDP=104;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=-0.0397444;FXX=0.0188661;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.287;QD=10.5719;RBI=0.0405092;REFB=-0.00608121;REVB=0.00783472;RO=67;SAF=15;SAR=20;SRF=33;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0732814;STB=0.552456;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0095021;OID=.;OPOS=76105754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:67:69:35:35:0.336538:20:15:33:34:20:15:35:34 chr17 76106308 . C T 152.48 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.000601777;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.287;QD=19.0605;RBI=0.000602913;REFB=-0.011341;REVB=3.69961e-05;RO=16;SAF=13;SAR=3;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282245;STB=0.663036;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0252136;OID=.;OPOS=76106308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:3:13:9:7:3:13:9:7 chr17 76113954 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00573408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.225;QD=13.4854;RBI=0.123595;REFB=-0.0213895;REVB=-0.123462;RO=11;SAF=6;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0311955;STB=0.518477;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0238296;OID=.;OPOS=76113954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:3:6:7:4:3:6:7:4 chr17 76121301 . C T 193.2 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00474279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.086;QD=16.4427;RBI=0.0271145;REFB=-0.0164563;REVB=-0.0266965;RO=27;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130263;STB=0.574395;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.019319;OID=.;OPOS=76121301;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:10:10:10:17:10:10:10:17 chr17 76130575 . A T 692.97 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151502;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.415;QD=62.9969;RBI=0.0370106;REFB=0;REVB=0.0337677;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214124;OID=.;OPOS=76130575;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:22:22:0:0:22:22:0:0 chr17 76131070 . G A 927.26 PASS AF=0.970149;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0344482;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2397;QD=55.3586;RBI=0.0720399;REFB=-0.0312665;REVB=0.0632698;RO=2;SAF=27;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00457733;STB=0.502597;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00196071;OID=.;OPOS=76131070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:67:2:2:64:65:0.970149:37:27:1:1:38:27:1:1 chr17 76134828 . C A 383.0 PASS AF=0.878788;AO=29;DP=34;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0425427;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.893;QD=46.4237;RBI=0.0481964;REFB=-0.0489105;REVB=0.0226499;RO=4;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080874;STB=0.54345;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=0.00867284;OID=.;OPOS=76134828;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:34:33:4:4:29:29:0.878788:21:8:0:4:21:8:0:4 chr17 76143009 . G A 262.98 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0219813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.959;QD=47.8146;RBI=0.0416869;REFB=-0.00852063;REVB=0.0354206;RO=1;SAF=9;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0485363;STB=0.526291;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.000759612;OID=.;OPOS=76143009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:12:9:1:0:12:9:1:0 chr17 76157266 . T C 176.85 PASS AF=0.407407;AO=20;DP=52;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=-0.00758244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.088;QD=13.1003;RBI=0.012101;REFB=-0.0249185;REVB=-0.00943085;RO=30;SAF=13;SAR=7;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.353744;STB=0.686112;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0896842;OID=.;OPOS=76157266;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:54:30:32:20:22:0.407407:7:13:9:21:8:14:10:22 chr17 76157271 . G A 177.94 PASS AF=0.403846;AO=20;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0101558;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.464;QD=13.688;RBI=0.022469;REFB=-0.0192423;REVB=0.0200428;RO=29;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324366;STB=0.671857;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0304326;OID=.;OPOS=76157271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:29:31:20:21:0.403846:8:12:8:21:8:13:10:21 chr17 76178748 . T C 187.79 PASS AF=0.411765;AO=22;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.117882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.818;QD=14.7286;RBI=0.12181;REFB=-0.0317602;REVB=0.0306847;RO=29;SAF=9;SAR=13;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208917;STB=0.646272;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0212416;OID=.;OPOS=76178748;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:30:22:21:0.411765:13:9:18:11:13:8:19:11 chr17 76219591 . G A 746.98 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3027;QD=63.5729;RBI=0.0216076;REFB=0;REVB=-0.00645178;RO=0;SAF=29;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000183222;OID=.;OPOS=76219591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:18:29:0:0:18:29:0:0 chr17 76230729 . T C 1015.65 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=71;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0172453;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9732;QD=58.0369;RBI=0.0622065;REFB=-0.0452265;REVB=0.0597683;RO=1;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111236;STB=0.505881;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000428233;OID=.;OPOS=76230729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:71:70:1:1:69:69:0.985714:42:27:0:1:42:27:0:1 chr17 76367106 . G A 324.83 PASS AF=0.603774;AO=30;DP=51;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0192655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6652;QD=24.5154;RBI=0.0223173;REFB=-0.0256575;REVB=0.0112652;RO=21;SAF=14;SAR=16;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0780665;STB=0.528284;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0135108;OID=.;OPOS=76367106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:21:21:30:32:0.603774:16:14:12:9:16:16:12:9 chr17 76395430 . C T 517.27 PASS AF=0.510204;AO=50;DP=98;FAO=50;FDP=98;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.00924693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.4387;QD=21.113;RBI=0.0170394;REFB=-0.0164881;REVB=-0.0143121;RO=48;SAF=31;SAR=19;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0244685;STB=0.513508;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0211019;OID=.;OPOS=76395430;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:48:48:50:50:0.510204:19:31:31:17:19:31:31:17 chr17 76420085 . T C 622.01 PASS AF=0.534483;AO=62;DP=116;FAO=62;FDP=116;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0221644;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.83;QD=21.4485;RBI=0.0225035;REFB=-0.0118314;REVB=-0.00389173;RO=54;SAF=28;SAR=34;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412206;STB=0.522631;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00831415;OID=.;OPOS=76420085;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:54:54:62:62:0.534483:34:28:27:27:34:28:27:27 chr17 76423097 . G A 1230.8 PASS AF=1;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000451159;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.543;QD=61.54;RBI=0.00869476;REFB=0;REVB=0.00868304;RO=0;SAF=52;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.91828e-06;OID=.;OPOS=76423097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:80:0:0:80:80:1:28:52:0:0:28:52:0:0 chr17 76433898 . T C 468.75 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00992573;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.97;QD=58.5942;RBI=0.0301201;REFB=0;REVB=0.0284376;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276418;OID=.;OPOS=76433898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr17 76449505 . G C 823.77 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00728172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.991;QD=55.849;RBI=0.00728218;REFB=-0.100261;REVB=-8.24834e-05;RO=1;SAF=28;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165496;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.8013e-05;OID=.;OPOS=76449505;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:59:59:1:0:58:59:1:30:28:1:0:30:29:0:0 chr17 76451921 . A G 853.29 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0459988;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.897;QD=55.9532;RBI=0.0464036;REFB=-0.0168203;REVB=-0.00611629;RO=1;SAF=26;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178047;STB=0.509431;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.000125622;OID=.;OPOS=76451921;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:34:26:1:0:34:26:1:0 chr17 76462770 . G A 1491.32 PASS AF=0.989691;AO=95;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=53;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0332025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.3;QD=61.4979;RBI=0.0530993;REFB=-0.0127757;REVB=0.0414382;RO=2;SAF=53;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022042;STB=0.505746;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.000207114;OID=.;OPOS=76462770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:2:1:95:96:0.989691:42:53:0:2:43:53:0:1 chr17 76468839 . C T 78.81 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.00325552;FXX=0.0666222;HRUN=5;LEN=1;MLLD=265.831;QD=22.5179;RBI=0.00862481;REFB=-0.0358863;REVB=-0.0079868;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.250326;STB=0.64252;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0383922;OID=.;OPOS=76468839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:14:14:4:4:7:7:0.5:5:2:0:4:5:2:0:4 chr17 76468843 . C T 46.78 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0132152;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.765;QD=10.3956;RBI=0.0132561;REFB=-0.0249457;REVB=0.00104014;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734487;STB=0.545316;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0436069;OID=.;OPOS=76468843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:6:1:2:9:6:1:2:9 chr17 76471366 . G A 295.69 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=53;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0144572;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.287;QD=22.3164;RBI=0.0218977;REFB=-0.0195802;REVB=0.0164469;RO=23;SAF=23;SAR=7;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116175;STB=0.564603;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0159011;OID=.;OPOS=76471366;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:23:23:30:30:0.566038:7:23:15:8:7:23:15:8 chr17 76472768 . G A 347.63 PASS AF=0.514286;AO=36;DP=70;FAO=36;FDP=70;FR=.;FRO=34;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=-0.0026117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8961;QD=19.8647;RBI=0.00331144;REFB=-0.00743814;REVB=-0.00203584;RO=34;SAF=18;SAR=18;SRF=11;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154788;STB=0.585668;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00810593;OID=.;OPOS=76472768;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:34:34:36:36:0.514286:18:18:11:23:18:18:11:23 chr17 76481693 . C G 561.81 PASS AF=0.649351;AO=50;DP=77;FAO=50;FDP=77;FR=.;FRO=27;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0213408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.8007;QD=29.1848;RBI=0.026956;REFB=-0.00168235;REVB=0.016468;RO=27;SAF=29;SAR=21;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112096;STB=0.560875;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0014977;OID=.;OPOS=76481693;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:27:27:50:50:0.649351:21:29:11:16:21:29:11:16 chr17 76482435 . C T 301.66 PASS AF=0.5625;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.00310543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.6327;QD=25.1382;RBI=0.00418601;REFB=-0.0130462;REVB=0.00280694;RO=19;SAF=4;SAR=23;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.452366;STB=0.759002;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.025844;OID=.;OPOS=76482435;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:19:21:27:27:0.5625:23:4:12:7:23:4:13:8 chr17 76491127 . TG CC 1175.35 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0131827;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=2;MLLD=233.223;QD=61.0572;RBI=0.0273791;REFB=0;REVB=-0.0239965;RO=0;SAF=55;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.29633e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-5.02342e-05;OID=.;OPOS=76491127;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:77:0:0:77:77:1:22:55:0:0:22:55:0:0 chr17 76496492 . A G 2417.85 PASS AF=1;AO=146;DP=146;FAO=159;FDP=159;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.428;QD=60.8263;RBI=0.0451118;REFB=0;REVB=0.0380234;RO=0;SAF=51;SAR=95;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.26323e-05;OID=.;OPOS=76496492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:146:159:0:0:146:159:1:95:51:0:0:101:58:0:0 chr17 76497920 . C A 1045.14 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0999744;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.3926;QD=58.0634;RBI=0.101709;REFB=-0.000787419;REVB=0.0187052;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.506022;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00111452;OID=.;OPOS=76497920;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:41:30:0:0:41:30:0:1 chr17 76498692 . C T 848.49 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.988;QD=57.5247;RBI=0.0311116;REFB=0;REVB=0.00915715;RO=0;SAF=29;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39125e-05;OID=.;OPOS=76498692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:59:0:0:56:59:1:27:29:0:0:27:32:0:0 chr17 76503593 . T C 274.74 PASS AF=0.300813;AO=37;DP=125;FAO=37;FDP=123;FR=.;FRO=86;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=47;FSRR=39;FWDB=-0.00898201;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6166;QD=8.93454;RBI=0.0112223;REFB=0.00157642;REVB=-0.00672781;RO=82;SAF=23;SAR=14;SRF=43;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117583;STB=0.554313;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.00268817;OID=.;OPOS=76503593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:123:82:86:37:37:0.300813:14:23:43:39:14:23:47:39 chr17 76503624 . C T 949.76 PASS AF=0.723214;AO=76;DP=107;FAO=81;FDP=112;FR=.;FRO=31;FSAF=43;FSAR=38;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0144913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.269;QD=33.9199;RBI=0.0215804;REFB=-0.027661;REVB=0.0159912;RO=31;SAF=40;SAR=36;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469562;STB=0.522853;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.01062;OID=.;OPOS=76503624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:112:31:31:76:81:0.723214:36:40:19:12:38:43:19:12 chr17 76525565 . A G 769.27 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3755;QD=56.9832;RBI=0.056284;REFB=0;REVB=-0.0551906;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000788372;OID=.;OPOS=76525565;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr17 76528591 . C T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0153316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.838;QD=59.0173;RBI=0.0376761;REFB=0;REVB=0.0344156;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.32043e-05;OID=.;OPOS=76528591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr17 76528790 . A G 1522.54 PASS AF=1;AO=101;DP=104;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185784;FXX=0.0192289;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.761;QD=59.7073;RBI=0.0196726;REFB=0;REVB=0.00646952;RO=0;SAF=52;SAR=49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10807e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000363042;OID=.;OPOS=76528790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:104:102:0:0:101:102:1:49:52:0:0:50:52:0:0 chr17 76535948 . T C 737.34 PASS AF=0.979592;AO=46;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=4.5977e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.334;QD=60.1907;RBI=0.0623994;REFB=-0.0049279;REVB=0.0623994;RO=2;SAF=28;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494049;STB=0.51219;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.00237244;OID=.;OPOS=76535948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:2:1:46:48:0.979592:18:28:0:2:20:28:0:1 chr17 76557862 . T C 1492.46 PASS AF=0.990196;AO=100;DP=101;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0150233;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=93.6547;QD=58.5278;RBI=0.0262666;REFB=-0.0880634;REVB=-0.0215461;RO=1;SAF=65;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133598;STB=0.506848;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.000121779;OID=.;OPOS=76557862;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:102:1:1:100:101:0.990196:35:65:0:1:36:65:0:1 chr17 76557943 . G A 172.68 PASS AF=0.236842;AO=27;DP=114;FAO=27;FDP=114;FR=.;FRO=87;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=48;FSRR=39;FWDB=-0.00357677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.86;QD=6.05883;RBI=0.0252862;REFB=-0.0135047;REVB=-0.025032;RO=86;SAF=14;SAR=13;SRF=48;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496499;STB=0.525405;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0497206;OID=.;OPOS=76557943;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:86:87:27:27:0.236842:13:14:48:38:13:14:48:39 chr17 76567707 . T C 554.58 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0205222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9568;QD=55.4578;RBI=0.0233747;REFB=-0.179888;REVB=-0.0111901;RO=1;SAF=21;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0217908;STB=0.502658;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00502242;OID=.;OPOS=76567707;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:1:2:38:38:0.95:17:21:1:0:17:21:1:1 chr17 76571044 . G A 285.14 PASS AF=0.613636;AO=24;DP=42;FAO=27;FDP=44;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0235474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4156;QD=25.9216;RBI=0.0316097;REFB=-0.0604569;REVB=0.0210879;RO=15;SAF=10;SAR=14;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603251;STB=0.512811;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0318479;OID=.;OPOS=76571044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:44:15:17:24:27:0.613636:14:10:5:10:15:12:7:10 chr17 76672002 . T C 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0065895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.153;QD=19.929;RBI=0.00753307;REFB=0.00672794;REVB=-0.00365043;RO=9;SAF=8;SAR=4;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328837;STB=0.687193;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=-0.00182084;OID=.;OPOS=76672002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:4:8:2:7:4:8:2:7 chr17 76798548 . TTTTTTC T,TT 144.57 PASS AF=0.405405,0.135135;AO=10,3;DP=28;FAO=15,5;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=3,1;FSAR=12,4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0325914,-0.0162932;FXX=0.0975372;HRUN=7,7;LEN=6,5;MLLD=185.602,185.783;QD=15.6288;RBI=0.0419496,0.029388;REFB=-0.0183647,-0.0190593;REVB=0.0264115,0.0244578;RO=3;SAF=1,1;SAR=9,2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.394666,-0.255936;STB=0.732057,0.798801;STBP=0.026,0.176;TYPE=del,del;VARB=0.0144246,0.00600756;OID=.,.;OPOS=76798549,76798550;OREF=TTTTTC,TTTTC;OALT=-,-;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.405405,0.135135:10,3:28:15,5:37:17:3,1:12,4:10:7:94:3:1,1:9,2:2:1 chr17 76799795 . G A 403.81 PASS AF=0.493976;AO=41;DP=83;FAO=41;FDP=83;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0119213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.141;QD=19.4608;RBI=0.0832404;REFB=-0.0263469;REVB=0.0823823;RO=42;SAF=21;SAR=20;SRF=25;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0758663;STB=0.542113;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0269086;OID=.;OPOS=76799795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:42:42:41:41:0.493976:20:21:25:17:20:21:25:17 chr17 76799860 . T C 1107.55 PASS AF=1;AO=55;DP=76;FAO=75;FDP=75;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=29;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159267;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.347;QD=59.0695;RBI=0.0252047;REFB=0;REVB=0.019535;RO=0;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000189155;OID=.;OPOS=76799860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:75:0:0:55:75:1:33:22:0:0:46:29:0:0 chr17 76799898 . A G 813.6 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.446;QD=57.0944;RBI=0.0381371;REFB=0;REVB=-0.00745868;RO=0;SAF=19;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.75811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82832e-05;OID=.;OPOS=76799898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:57:0:0:55:57:1:36:19:0:0:37:20:0:0 chr17 76803659 . T C 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0290047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6555;QD=10.1733;RBI=0.0303917;REFB=-0.0158051;REVB=-0.00907643;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0377629;OID=.;OPOS=76803659;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:4:2:3:6:4:2:3:6 chr17 76809011 . C G 215.47 PASS AF=0.462963;AO=20;DP=49;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.00696181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.638;QD=15.961;RBI=0.020272;REFB=-0.0387342;REVB=0.0190391;RO=28;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965873;STB=0.511173;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.0552362;OID=.;OPOS=76809011;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:54:28:29:20:25:0.462963:11:9:10:18:16:9:11:18 chr17 76817090 . C T 114.04 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00464812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.355;QD=18.2459;RBI=0.0131171;REFB=-0.0274337;REVB=-0.0122659;RO=12;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0281085;STB=0.516104;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0208568;OID=.;OPOS=76817090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:5:8:7:5:5:8:7:5 chr17 76970879 . A G 172.87 PASS AF=0.266667;AO=24;DP=89;FAO=24;FDP=90;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=-0.0234186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0843;QD=7.68294;RBI=0.0318082;REFB=-0.0118893;REVB=-0.0215252;RO=63;SAF=13;SAR=11;SRF=26;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155005;STB=0.585408;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.029133;OID=.;OPOS=76970879;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:63:66:24:24:0.266667:11:13:26:37:11:13:28:38 chr17 76988785 . G A 593.67 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.308;QD=60.8891;RBI=0.0297382;REFB=0;REVB=0.0270638;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010439;OID=.;OPOS=76988785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:18:20:0:0:19:20:0:0 chr17 76989782 . G A 68.92 PASS AF=0.217391;AO=10;DP=46;FAO=10;FDP=46;FR=.;FRO=36;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=0.0501407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.381;QD=5.99291;RBI=0.0502077;REFB=-0.00409677;REVB=0.00259192;RO=36;SAF=4;SAR=6;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204677;STB=0.628343;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.02764;OID=.;OPOS=76989782;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:46:36:36:10:10:0.217391:6:4:9:27:6:4:9:27 chr17 76993546 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387598;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.54;QD=56.191;RBI=0.0633637;REFB=0;REVB=0.0501262;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000723522;OID=.;OPOS=76993546;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:8:20:0:0:8:20:0:0 chr17 77039835 . G A 820.51 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000191721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5933;QD=55.6276;RBI=0.0953934;REFB=-0.134761;REVB=0.0953932;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508472;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00234286;OID=.;OPOS=77039835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:59:0:1:58:58:0.983051:29:29:0:0:29:29:0:1 chr17 77039852 . G A 1275.23 PASS AF=1;AO=80;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.933;QD=60.7254;RBI=0.0650999;REFB=0;REVB=0.0571307;RO=0;SAF=39;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300805;OID=.;OPOS=77039852;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:82:84:0:0:80:84:1:41:39:0:0:44:40:0:0 chr17 77040128 . T C 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0098727;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.887;QD=44.6868;RBI=0.0413647;REFB=0;REVB=0.0401693;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100291;OID=.;OPOS=77040128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:11:2:0:0:11:2:0:0 chr17 77042718 . C T 1024.85 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00757445;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.456;QD=59.4114;RBI=0.00800586;REFB=0;REVB=-0.0025926;RO=0;SAF=25;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.82332e-05;OID=.;OPOS=77042718;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:44:25:0:0:44:25:0:0 chr17 77073566 . G A 416.71 PASS AF=0.339744;AO=51;DP=156;FAO=53;FDP=156;FR=.;FRO=103;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=56;FSRR=47;FWDB=-0.00775239;FXX=0.00636902;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.561;QD=10.6849;RBI=0.0083968;REFB=-0.00330796;REVB=-0.00322592;RO=102;SAF=25;SAR=26;SRF=56;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0680235;STB=0.547412;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.0078936;OID=.;OPOS=77073566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:102:103:51:53:0.339744:26:25:56:46:28:25:56:47 chr17 77075670 . C T 98.4 PASS AF=0.213333;AO=16;DP=75;FAO=16;FDP=75;FR=.;FRO=59;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=0.0157983;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=198.843;QD=5.24791;RBI=0.0164419;REFB=-0.00765009;REVB=-0.0045552;RO=59;SAF=4;SAR=12;SRF=30;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334832;STB=0.71301;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0148449;OID=.;OPOS=77075670;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:75:75:59:59:16:16:0.213333:12:4:30:29:12:4:30:29 chr17 77075673 . A G 98.96 PASS AF=0.216216;AO=16;DP=74;FAO=16;FDP=74;FR=.;FRO=58;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=28;FWDB=-0.0153033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.483;QD=5.34931;RBI=0.0174074;REFB=-0.00415038;REVB=-0.00829623;RO=56;SAF=4;SAR=12;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362409;STB=0.718027;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0349487;OID=.;OPOS=77075673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:74:74:56:58:16:16:0.216216:12:4:30:26:12:4:30:28 chr17 77076440 . G T 165.05 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0355603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.452;QD=14.0471;RBI=0.0358138;REFB=-0.0206122;REVB=-0.00425444;RO=28;SAF=3;SAR=15;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.474011;STB=0.787055;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0210004;OID=.;OPOS=77076440;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:29:18:18:0.382979:15:3:16:12:15:3:17:12 chr17 77078109 . A G 349.9 PASS AF=0.34375;AO=38;DP=124;FAO=44;FDP=128;FR=.;FRO=84;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=39;FSRR=45;FWDB=-0.0221147;FXX=0.0153834;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.832;QD=10.9342;RBI=0.0249368;REFB=-0.0202032;REVB=-0.0115232;RO=79;SAF=20;SAR=18;SRF=38;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526582;STB=0.508543;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0370618;OID=.;OPOS=77078109;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:128:79:84:38:44:0.34375:18:20:38:41:23:21:39:45 chr17 77087005 . C CA 225.82 PASS AF=0.340909;AO=22;DP=93;FAO=30;FDP=88;FR=.;FRO=58;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.0166338;FXX=0.0222198;HRUN=0;LEN=1;MLLD=200.695;QD=10.2645;RBI=0.0167568;REFB=-0.00503418;REVB=0.00202688;RO=58;SAF=13;SAR=9;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.251163;STB=0.589415;STBP=0.232;TYPE=ins;VARB=0.0075481;OID=.;OPOS=77087006;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.340909:22:93:30:88:58:16:14:23:35:99:58:13:9:22:36 chr17 77093768 . T C 119.01 PASS AF=0.319149;AO=14;DP=44;FAO=15;FDP=47;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.01173;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=58.2672;QD=10.1286;RBI=0.107897;REFB=0.00410729;REVB=-0.107258;RO=30;SAF=3;SAR=11;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215246;STB=0.563052;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=-0.00893889;OID=.;OPOS=77093768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:30:32:14:15:0.319149:11:3:11:19:11:4:11:21 chr17 77704912 . T C 278.86 PASS AF=0.54902;AO=28;DP=51;FAO=28;FDP=51;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.00125468;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.905;QD=21.8714;RBI=0.00455373;REFB=-0.0189825;REVB=0.00437747;RO=23;SAF=19;SAR=9;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0632387;STB=0.535186;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0116109;OID=.;OPOS=77704912;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:23:23:28:28:0.54902:9:19:14:9:9:19:14:9 chr17 77705045 . T C 501.26 PASS AF=0.516129;AO=48;DP=93;FAO=48;FDP=93;FR=.;FRO=45;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=23;FWDB=-0.0484516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.205;QD=21.5597;RBI=0.0485217;REFB=-0.0122834;REVB=0.00260675;RO=43;SAF=22;SAR=26;SRF=20;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00584861;STB=0.514845;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0129207;OID=.;OPOS=77705045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:43:45:48:48:0.516129:26:22:20:23:26:22:22:23 chr17 77758484 . G A 387.21 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0107394;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.36;QD=23.8285;RBI=0.011602;REFB=-0.0344346;REVB=-0.00438991;RO=27;SAF=13;SAR=25;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195625;STB=0.607654;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0217948;OID=.;OPOS=77758484;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:25:13:16:11:25:13:16:11 chr17 78013724 . G C 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00860275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.7565;QD=62.9784;RBI=0.0398272;REFB=0;REVB=0.038887;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196335;OID=.;OPOS=78013724;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr17 78055758 . T G 126.16 PASS AF=0.326087;AO=15;DP=46;FAO=15;FDP=46;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0406974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.668;QD=10.9708;RBI=0.0408605;REFB=-0.0020494;REVB=-0.00364759;RO=31;SAF=8;SAR=7;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0540212;STB=0.532121;STBP=0.786;TYPE=snp;VARB=0.00826197;OID=.;OPOS=78055758;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:31:31:15:15:0.326087:7:8:18:13:7:8:18:13 chr17 78063957 . A G 153.25 PASS AF=0.313433;AO=20;DP=66;FAO=21;FDP=67;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=18;FWDB=0.0427611;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.961;QD=9.14922;RBI=0.0428905;REFB=-0.0362745;REVB=0.0033295;RO=43;SAF=8;SAR=12;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258547;STB=0.653488;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0605681;OID=.;OPOS=78063957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:43:46:20:21:0.313433:12:8:27:16:13:8:28:18 chr17 78063964 . A G 142.96 PASS AF=0.322581;AO=19;DP=62;FAO=20;FDP=62;FR=.;FRO=42;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=0.0435043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7229;QD=9.2234;RBI=0.0438793;REFB=0.0038146;REVB=-0.00572397;RO=42;SAF=7;SAR=12;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234437;STB=0.61527;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.00700646;OID=.;OPOS=78063964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:42:19:20:0.322581:12:7:24:18:12:8:24:18 chr17 78063966 . A G 127.81 PASS AF=0.290323;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=62;FR=.;FRO=44;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=-0.0534065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.051;QD=8.24591;RBI=0.0567031;REFB=-0.0212559;REVB=-0.0190521;RO=44;SAF=5;SAR=13;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392251;STB=0.734725;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0812381;OID=.;OPOS=78063966;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:44:44:18:18:0.290323:13:5:27:17:13:5:27:17 chr17 78063996 . A G 49.37 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=46;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.114703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.4926;QD=4.293;RBI=0.121913;REFB=-0.0120712;REVB=-0.0413043;RO=38;SAF=1;SAR=7;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.492977;STB=0.842439;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0427073;OID=.;OPOS=78063996;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:46:46:38:38:8:8:0.173913:7:1:19:19:7:1:19:19 chr17 78071052 . T C 50.36 PASS AF=0.177778;AO=8;DP=46;FAO=8;FDP=45;FR=.;FRO=37;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=-0.00162772;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.72;QD=4.47611;RBI=0.0345205;REFB=-0.0178043;REVB=-0.0344821;RO=36;SAF=4;SAR=4;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0675238;STB=0.555419;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0673125;OID=.;OPOS=78071052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:46:45:36:37:8:8:0.177778:4:4:20:16:4:4:21:16 chr17 78078709 . T C 499.45 PASS AF=0.510638;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=94;FR=.;FRO=46;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=25;FWDB=-0.000239601;FXX=0.0105252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.427;QD=21.253;RBI=0.0258292;REFB=-0.0264567;REVB=-0.025828;RO=46;SAF=24;SAR=24;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384848;STB=0.521268;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0252683;OID=.;OPOS=78078709;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:94:46:46:48:48:0.510638:24:24:21:25:24:24:21:25 chr17 78079597 . A G 124.83 PASS AF=0.276923;AO=18;DP=65;FAO=18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.0283031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7935;QD=7.68209;RBI=0.0374872;REFB=-0.0126257;REVB=-0.024581;RO=43;SAF=10;SAR=8;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133176;STB=0.607991;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0270208;OID=.;OPOS=78079597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:43:47:18:18:0.276923:8:10:19:24:8:10:19:28 chr17 78079669 . G A 51.02 PASS AF=0.210526;AO=8;DP=38;FAO=8;FDP=38;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00748214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.007;QD=5.37091;RBI=0.016382;REFB=-0.0107303;REVB=0.0145735;RO=29;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.463389;STB=0.80419;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0238484;OID=.;OPOS=78079669;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:38:38:29:30:8:8:0.210526:2:6:10:19:2:6:10:20 chr17 78082504 . G A 296.58 PASS AF=0.355769;AO=37;DP=105;FAO=37;FDP=104;FR=.;FRO=67;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=36;FSRR=31;FWDB=-0.00069267;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.8;QD=11.4069;RBI=0.0159625;REFB=-0.0121932;REVB=-0.0159475;RO=65;SAF=16;SAR=21;SRF=36;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134577;STB=0.567531;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0182511;OID=.;OPOS=78082504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:104:65:67:37:37:0.355769:21:16:36:29:21:16:36:31 chr17 78084769 . G A 355.16 PASS AF=0.493333;AO=37;DP=75;FAO=37;FDP=75;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.0034018;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.859;QD=18.942;RBI=0.0290547;REFB=-0.0418909;REVB=-0.0288549;RO=36;SAF=28;SAR=9;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307649;STB=0.674598;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.030121;OID=.;OPOS=78084769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:38:37:37:0.493333:9:28:16:20:9:28:17:21 chr17 78091405 . G A 173.17 PASS AF=0.306667;AO=23;DP=76;FAO=23;FDP=75;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=31;FSRR=21;FWDB=0.0129856;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.571;QD=9.23573;RBI=0.0306471;REFB=-0.00473307;REVB=-0.02776;RO=52;SAF=20;SAR=3;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.424339;STB=0.758027;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0162842;OID=.;OPOS=78091405;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:75:52:52:23:23:0.306667:3:20:31:21:3:20:31:21 chr17 78092063 . G A 99.25 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0152852;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=230.891;QD=14.7036;RBI=0.0152986;REFB=-0.0208864;REVB=0.000639862;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268155;STB=0.629428;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0285107;OID=.;OPOS=78092063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:15:12:12:0.444444:6:6:11:3:6:6:11:4 chr17 78113832 . G A 131.3 PASS AF=0.384615;AO=14;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.00918747;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.785;QD=13.4668;RBI=0.0245669;REFB=-0.0297715;REVB=-0.0227843;RO=24;SAF=11;SAR=3;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544063;STB=0.545391;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0669072;OID=.;OPOS=78113832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:14:15:0.384615:3:11:18:6:3:12:18:6 chr17 78157995 . G A 184.34 PASS AF=0.425532;AO=18;DP=46;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=0.0486761;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.74;QD=15.6881;RBI=0.048748;REFB=-0.0166907;REVB=0.00264676;RO=27;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147965;STB=0.587074;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0251237;OID=.;OPOS=78157995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:27:27:18:20:0.425532:11:7:7:20:12:8:7:20 chr17 78166328 . G A 813.42 PASS AF=0.357595;AO=95;DP=299;FAO=113;FDP=316;FR=.;FRO=203;FSAF=58;FSAR=55;FSRF=92;FSRR=111;FWDB=0.00394097;FXX=0.00628911;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.978;QD=10.2964;RBI=0.0107995;REFB=-0.0215951;REVB=-0.0100547;RO=182;SAF=40;SAR=55;SRF=73;SRR=109;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236794;STB=0.538532;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0489477;OID=.;OPOS=78166328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:299:316:182:203:95:113:0.357595:55:40:73:109:55:58:92:111 chr17 78178893 . C T 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.00208187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5843;QD=10.8846;RBI=0.0295716;REFB=-0.000181072;REVB=0.0294982;RO=15;SAF=1;SAR=8;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186349;STB=0.615088;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.00233568;OID=.;OPOS=78178893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:8:1:3:12:8:1:3:12 chr17 78184393 . C T 969.39 PASS AF=0.575;AO=92;DP=160;FAO=92;FDP=160;FR=.;FRO=68;FSAF=29;FSAR=63;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=0.0466094;FXX=0.00621079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.161;QD=24.2348;RBI=0.046898;REFB=-0.0080953;REVB=-0.0051946;RO=68;SAF=29;SAR=63;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.213062;STB=0.616199;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00572396;OID=.;OPOS=78184393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:68:68:92:92:0.575:63:29:39:29:63:29:39:29 chr17 78187954 . A G 225.35 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0465258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.417;QD=27.3149;RBI=0.051814;REFB=-0.0331356;REVB=0.0228044;RO=12;SAF=10;SAR=11;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178844;STB=0.598762;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.012187;OID=.;OPOS=78187954;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:11:10:9:3:11:10:9:3 chr17 78219065 . C A 594.51 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00962342;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.029;QD=60.9756;RBI=0.0135512;REFB=0;REVB=0.0095407;RO=0;SAF=9;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.68708e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.67839e-05;OID=.;OPOS=78219065;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:30:9:0:0:30:9:0:0 chr17 78261805 . A G 97.5 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=9;FWDB=0.0224106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.5843;QD=18.5706;RBI=0.022411;REFB=0.027355;REVB=0.000128434;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.419765;STB=0.799398;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0665921;OID=.;OPOS=78261805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:21:21:9:9:9:7:0.333333:5:4:0:9:3:4:0:9 chr17 78293189 . A T 298.35 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=88;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=25;FWDB=-0.0256253;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.692;QD=13.5613;RBI=0.0343938;REFB=-0.00696491;REVB=-0.0229407;RO=53;SAF=14;SAR=20;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144961;STB=0.577136;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0183634;OID=.;OPOS=78293189;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:53:54:34:34:0.386364:20:14:29:24:20:14:29:25 chr17 78298938 . A G 740.41 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0099004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2915;QD=56.9547;RBI=0.0555332;REFB=0;REVB=-0.0546435;RO=0;SAF=8;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64328e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000444523;OID=.;OPOS=78298938;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:44:8:0:0:44:8:0:0 chr17 78302157 . C A 384.74 PASS AF=0.588235;AO=34;DP=62;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0192509;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.814;QD=22.6317;RBI=0.0195873;REFB=-0.0126188;REVB=0.00361452;RO=28;SAF=14;SAR=20;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141176;STB=0.519193;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.0134859;OID=.;OPOS=78302157;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:68:28:28:34:40:0.588235:20:14:12:16:21:19:12:16 chr17 78305871 . G A 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0448201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.742;QD=34.6655;RBI=0.0450716;REFB=-0.0251023;REVB=-0.00475497;RO=1;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0990155;STB=0.555443;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00685348;OID=.;OPOS=78305871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:4:6:0:1:4:6:0:1 chr17 78306102 . G C 265.47 PASS AF=0.372093;AO=30;DP=84;FAO=32;FDP=86;FR=.;FRO=54;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.00717288;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0988;QD=12.3473;RBI=0.00761001;REFB=-0.00498931;REVB=-0.00254206;RO=51;SAF=16;SAR=14;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132621;STB=0.569725;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.010875;OID=.;OPOS=78306102;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:51:54:30:32:0.372093:14:16:21:30:16:16:21:33 chr17 78306280 . A G 116.29 PASS AF=0.6875;AO=8;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.00507389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.847;QD=29.0727;RBI=0.0685015;REFB=-0.0521756;REVB=0.0683133;RO=2;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.56511;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0147892;OID=.;OPOS=78306280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:16:16:2:3:8:11:0.6875:8:0:0:2:10:1:0:3 chr17 78306308 . C G 64.31 PASS AF=0.727273;AO=7;DP=10;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0512784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.493;QD=23.3857;RBI=0.060302;REFB=0.0146878;REVB=0.031731;RO=3;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.368547;STB=0.72346;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=-0.00478432;OID=.;OPOS=78306308;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:11:3:3:7:8:0.727273:6:1:2:1:7:1:2:1 chr17 78311508 . G A 80.95 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0230231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.534;QD=7.89717;RBI=0.0256118;REFB=-0.0155349;REVB=0.0112207;RO=30;SAF=4;SAR=7;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.274516;STB=0.669265;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.0248177;OID=.;OPOS=78311508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:7:4:18:12:7:4:18:12 chr17 78319136 . G A 284.11 PASS AF=0.675676;AO=24;DP=36;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=23;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00569288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.254;QD=30.7147;RBI=0.0184301;REFB=-0.0161186;REVB=-0.0175288;RO=12;SAF=22;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.457745;STB=0.76006;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.011371;OID=.;OPOS=78319136;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:36:37:12:12:24:25:0.675676:2:22:6:6:2:23:6:6 chr17 78319380 . G C 628.28 PASS AF=0.553571;AO=61;DP=111;FAO=62;FDP=112;FR=.;FRO=50;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=23;FWDB=-0.00485775;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3003;QD=22.4384;RBI=0.0411089;REFB=0.0143344;REVB=0.0408209;RO=50;SAF=31;SAR=30;SRF=27;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0261633;STB=0.517851;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=-0.00890581;OID=.;OPOS=78319380;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:50:50:61:62:0.553571:30:31:27:23:31:31:27:23 chr17 78327358 . G A 907.02 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0336299;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.81;QD=56.6888;RBI=0.0634762;REFB=-0.094539;REVB=0.0538354;RO=1;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019264;STB=0.510201;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000446773;OID=.;OPOS=78327358;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:64:1:1:62:63:0.984375:24:38:0:1:24:39:0:1 chr17 78354661 . C T 728.99 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.737;QD=57.1756;RBI=0.0355925;REFB=0;REVB=0.0321295;RO=0;SAF=25;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.08011e-05;OID=.;OPOS=78354661;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:51:0:0:50:51:1:25:25:0:0:25:26:0:0 chr17 78401588 . G T 349.41 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.132281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4108;QD=53.7552;RBI=0.137737;REFB=0;REVB=0.0383819;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00302055;OID=.;OPOS=78401588;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:11:14:0:0:12:14:0:0 chr17 78865546 . T C 214.84 PASS AF=0.5;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0291352;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.678;QD=20.4611;RBI=0.0336322;REFB=-0.0145218;REVB=-0.0168007;RO=21;SAF=11;SAR=10;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421918;STB=0.523787;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.0117771;OID=.;OPOS=78865546;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:21:21:21:21:0.5:10:11:10:11:10:11:10:11 chr17 78865630 . A G 274.67 PASS AF=0.581395;AO=24;DP=42;FAO=25;FDP=43;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.0336358;FXX=0.0227221;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7087;QD=25.5503;RBI=0.0645676;REFB=-0.00853838;REVB=-0.0551145;RO=18;SAF=9;SAR=15;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0113741;STB=0.513016;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00275123;OID=.;OPOS=78865630;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:18:18:24:25:0.581395:15:9:7:11:16:9:7:11 chr17 78896529 . C T 203.75 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.0965695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.678;QD=16.3001;RBI=0.0973458;REFB=-0.0216081;REVB=0.0122694;RO=28;SAF=12;SAR=9;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0361869;STB=0.531761;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0238206;OID=.;OPOS=78896529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:28:29:21:21:0.42:9:12:15:13:9:12:15:14 chr17 78921117 . C T 285.33 PASS AF=0.395349;AO=32;DP=84;FAO=34;FDP=86;FR=.;FRO=52;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.011578;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8049;QD=13.2709;RBI=0.0122574;REFB=-0.0220968;REVB=-0.00402428;RO=49;SAF=17;SAR=15;SRF=19;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151555;STB=0.598315;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0372616;OID=.;OPOS=78921117;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:86:49:52:32:34:0.395349:15:17:19:30:16:18:19:33 chr17 79059230 . C T 2500.58 PASS AF=0.993939;AO=163;DP=165;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=73;FSAR=91;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00211695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.274;QD=60.6201;RBI=0.0194253;REFB=-0.0949059;REVB=0.0193096;RO=0;SAF=72;SAR=91;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.22196e-08;STB=0.503401;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.000160523;OID=.;OPOS=79059230;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:165:165:0:1:163:164:0.993939:91:72:0:0:91:73:1:0 chr17 79082862 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.455;QD=55.0978;RBI=0.0298286;REFB=0;REVB=0.00526917;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000253587;OID=.;OPOS=79082862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:16:9:0:0:17:9:0:0 chr17 79086217 . G A 53.91 PASS AF=0.307692;AO=7;DP=25;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.00235876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.054;QD=8.29424;RBI=0.0174275;REFB=-0.00633928;REVB=0.0172671;RO=16;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0793713;STB=0.549873;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0118813;OID=.;OPOS=79086217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:25:26:16:18:7:8:0.307692:4:3:8:8:5:3:8:10 chr17 79091102 . TG T,TT 335.44 PASS AF=0.04,0.96;AO=5,20;DP=25;FAO=1,24;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0,11;FSAR=1,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311992,0.0358008;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=269.75,280.88;QD=53.671;RBI=0.0330984,0.0371801;REFB=0,0;REVB=-0.0110505,-0.0100332;RO=0;SAF=4,7;SAR=1,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0310227,-0.000892595;OID=.,.;OPOS=79091103,79091103;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.04,0.96:5,20:25:1,24:25:0:0,11:1,13:0:0:7:0:4,7:1,13:0:0 chr17 79093822 . A G 60.12 PASS AF=0.571429;AO=7;DP=13;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0212936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1324;QD=17.176;RBI=0.0259264;REFB=-0.000589785;REVB=0.0147905;RO=6;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560707;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00286415;OID=.;OPOS=79093822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:14:6:6:7:8:0.571429:3:4:3:3:4:4:3:3 chr17 79094224 . G T 679.21 PASS AF=0.602041;AO=59;DP=100;FAO=59;FDP=98;FR=.;FRO=39;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0395207;FXX=0.019998;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7611;QD=27.723;RBI=0.0395283;REFB=-0.0247789;REVB=-0.000773067;RO=39;SAF=31;SAR=28;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840042;STB=0.545722;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0162337;OID=.;OPOS=79094224;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:98:39:39:59:59:0.602041:28:31:16:23:28:31:16:23 chr17 79095144 . G A 428.98 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.6179;QD=57.1973;RBI=0.0644428;REFB=0;REVB=0.0210526;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000926719;OID=.;OPOS=79095144;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr17 79095629 . C A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.401;QD=47.8224;RBI=0.0773052;REFB=0;REVB=0.0527451;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000822317;OID=.;OPOS=79095629;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:10:6:0:0:10:6:0:0 chr17 79171967 . A G 449.87 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163485;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.954;QD=58.0477;RBI=0.0445458;REFB=0;REVB=-0.0414374;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.26571e-05;OID=.;OPOS=79171967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr17 79173184 . T C 765.78 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.516;QD=63.8147;RBI=0.0329522;REFB=0;REVB=0.0240805;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000236561;OID=.;OPOS=79173184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:19:29:0:0:19:29:0:0 chr17 79173224 . T C,G 781.04 PASS AF=0.94,0.06;AO=47,2;DP=49;FAO=47,3;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=27,2;FSAR=20,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00716035,-0.0310599;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=114.914,161.07;QD=62.4828;RBI=0.00726539,0.0310619;REFB=0,0;REVB=-0.00123092,0.000352757;RO=0;SAF=27,2;SAR=20,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000475281,0.283303;OID=.,.;OPOS=79173224,79173224;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:49:50:0:0:47,2:47,3:0.94,0.06:20,0:27,2:0:0:20,1:27,2:0:0 chr17 79174221 . T C 1707.3 PASS AF=1;AO=113;DP=114;FAO=113;FDP=113;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181123;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.92;QD=60.4356;RBI=0.0240846;REFB=0;REVB=0.0158748;RO=0;SAF=35;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.18927e-06;OID=.;OPOS=79174221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:114:113:0:0:113:113:1:78:35:0:0:78:35:0:0 chr17 79182778 . T C 582.18 PASS AF=0.975;AO=40;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00200502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.543;QD=58.2181;RBI=0.00216911;REFB=-0.0401583;REVB=-0.000827616;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.511622;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00588483;OID=.;OPOS=79182778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:0:1:40:39:0.975:22:18:0:0:21:18:0:1 chr17 79202956 . T C 408.73 PASS AF=1;AO=24;DP=30;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181183;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.103;QD=56.3759;RBI=0.0181363;REFB=0;REVB=0.000806608;RO=0;SAF=3;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0034202;OID=.;OPOS=79202956;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:29:0:0:24:29:1:21:3:0:0:25:4:0:0 chr17 79219500 . AATG A 885.83 PASS AF=0.87;AO=82;DP=97;FAO=87;FDP=100;FR=.;FRO=13;FSAF=41;FSAR=46;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00379306;FXX=0.0654144;HRUN=2;LEN=3;MLLD=275.62;QD=35.4333;RBI=0.00437829;REFB=-0.00143543;REVB=-0.00218681;RO=0;SAF=37;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508754;STBP=0.633;TYPE=del;VARB=0.000221554;OID=.;OPOS=79219501;OREF=ATG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.87:82:97:87:100:13:41:46:7:6:31:0:37:45:0:0 chr17 79220224 . G C 679.3 PASS AF=1;AO=38;DP=48;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0793463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.6105;QD=53.2782;RBI=0.235252;REFB=-0.047856;REVB=0.221467;RO=1;SAF=26;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0374416;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00944814;OID=.;OPOS=79220224;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:48:51:1:0:38:51:1:12:26:0:1:19:32:0:0 chr17 79263549 . C A 783.39 PASS AF=0.58871;AO=72;DP=123;FAO=73;FDP=124;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=0.0145972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.219;QD=25.2707;RBI=0.0221071;REFB=-0.0103446;REVB=0.0166026;RO=51;SAF=27;SAR=45;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135942;STB=0.569601;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0100832;OID=.;OPOS=79263549;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:124:51:51:72:73:0.58871:45:27:28:23:45:28:28:23 chr17 79409309 . A G 62.23 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5965;QD=35.5607;RBI=0.0219961;REFB=0;REVB=-0.0184766;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000556954;OID=.;OPOS=79409309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:6:1:0:0:6:1:0:0 chr17 79410256 . G A 364.42 PASS AF=0.636364;AO=34;DP=54;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0399691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.8829;QD=26.503;RBI=0.0419797;REFB=-0.0338894;REVB=-0.012836;RO=20;SAF=16;SAR=18;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873242;STB=0.54147;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0179413;OID=.;OPOS=79410256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:20:20:34:35:0.636364:18:16:12:8:18:17:12:8 chr17 79478019 . G A 756.34 PASS AF=0.949153;AO=55;DP=59;FAO=56;FDP=59;FR=.;FRO=3;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00801056;FXX=0.0166639;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.468;QD=51.2771;RBI=0.0108941;REFB=-0.0626621;REVB=0.00738321;RO=3;SAF=26;SAR=29;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136238;STB=0.507578;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.000784629;OID=.;OPOS=79478019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:59:59:3:3:55:56:0.949153:29:26:1:2:29:27:1:2 chr17 79496190 . G A 2076.75 PASS AF=0.992701;AO=133;DP=138;FAO=136;FDP=137;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0128355;FXX=0.00724585;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.219;QD=60.635;RBI=0.0847101;REFB=-0.126407;REVB=0.083732;RO=2;SAF=58;SAR=75;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125054;STB=0.503184;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00078364;OID=.;OPOS=79496190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:138:137:2:1:133:136:0.992701:75:58:0:2:78:58:0:1 chr17 79507170 . T C,G 455.04 PASS AF=0.9375,0.0625;AO=30,2;DP=32;FAO=30,2;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=22,2;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0306851,-0.0190517;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=128.991,90.5113;QD=56.8802;RBI=0.0607459,0.0576542;REFB=0,0;REVB=0.0524261,0.0544155;RO=0;SAF=22,2;SAR=8,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000152428,0.052617;OID=.,.;OPOS=79507170,79507170;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:32:32:0:0:30,2:30,2:0.9375,0.0625:8,0:22,2:0:0:8,0:22,2:0:0 chr17 79507272 . G A,T 721.87 PASS AF=0.934783,0.0652174;AO=42,2;DP=45;FAO=43,3;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=17,3;FSAR=26,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208818,-0.00374353;FXX=0.079984;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=97.0167,82.9196;QD=62.7716;RBI=0.126778,0.0102174;REFB=0,0;REVB=0.125046,0.0095069;RO=0;SAF=17,2;SAR=25,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=2.98888e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000803918,0.157566;OID=.,.;OPOS=79507272,79507272;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:45:46:0:0:42,2:43,3:0.934783,0.0652174:25,0:17,2:0:0:26,0:17,3:0:0 chr17 79508400 . T C 706.44 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.077;QD=62.7946;RBI=0.0564391;REFB=0;REVB=0.0215696;RO=0;SAF=13;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125767;OID=.;OPOS=79508400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:44:45:1:31:13:0:0:31:14:0:0 chr17 79514028 . C G 175.71 PASS AF=1;AO=13;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0381902;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.783;QD=46.8553;RBI=0.0971069;REFB=0;REVB=0.0892819;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000926888;OID=.;OPOS=79514028;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:13:15:1:4:9:0:0:6:9:0:0 chr17 79580457 . C A 594.84 PASS AF=0.593407;AO=51;DP=90;FAO=54;FDP=91;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.00582386;FXX=0.0215031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7441;QD=26.1467;RBI=0.0297465;REFB=-0.043736;REVB=0.0291709;RO=37;SAF=21;SAR=30;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0585574;STB=0.540968;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0256862;OID=.;OPOS=79580457;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:91:37:37:51:54:0.593407:30:21:18:19:33:21:18:19 chr17 79589242 . G A 375.57 PASS AF=0.313333;AO=47;DP=150;FAO=47;FDP=150;FR=.;FRO=103;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=42;FSRR=61;FWDB=-0.000985296;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=252.102;QD=10.0152;RBI=0.00442812;REFB=-0.00666868;REVB=0.00431711;RO=103;SAF=15;SAR=32;SRF=42;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114138;STB=0.566606;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0161938;OID=.;OPOS=79589242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:103:103:47:47:0.313333:32:15:42:61:32:15:42:61 chr17 79596811 . C T 146.54 PASS AF=0.339286;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=56;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.00623355;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.776;QD=10.4669;RBI=0.0104959;REFB=-0.00311312;REVB=-0.00844438;RO=34;SAF=9;SAR=10;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10145;STB=0.563502;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00712491;OID=.;OPOS=79596811;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:34:37:19:19:0.339286:10:9:13:21:10:9:14:23 chr17 79609410 . G T 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0245725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.559;QD=17.8403;RBI=0.0245815;REFB=-0.0181565;REVB=-0.000665823;RO=14;SAF=5;SAR=9;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190444;STB=0.609216;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0183954;OID=.;OPOS=79609410;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:9:5:8:6:9:5:8:6 chr17 79612161 . C T 231.51 PASS AF=0.373333;AO=28;DP=75;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=12;FWDB=-0.0128693;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=239.82;QD=12.3471;RBI=0.0174745;REFB=-0.00665864;REVB=0.0118211;RO=47;SAF=15;SAR=13;SRF=35;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235943;STB=0.634059;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.011366;OID=.;OPOS=79612161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:47:47:28:28:0.373333:13:15:35:12:13:15:35:12 chr17 79612397 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0018696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.665;QD=37.4885;RBI=0.0184693;REFB=0;REVB=-0.0183745;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000379414;OID=.;OPOS=79612397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:7:1:0:0:7:1:0:0 chr17 79612413 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0285261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.278;QD=45.8068;RBI=0.0425716;REFB=0;REVB=0.0316007;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.16194e-05;OID=.;OPOS=79612413;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr17 79612442 . CT C,CC 577.38 PASS AF=0.025641,0.974359;AO=7,31;DP=39;FAO=1,38;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22;FSAR=1,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0264862,0.024827;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=123.767,149.817;QD=59.2188;RBI=0.0839398,0.0468484;REFB=0,0;REVB=0.0796516,0.039729;RO=0;SAF=3,19;SAR=4,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.47712e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0121362,0.000128358;OID=.,.;OPOS=79612443,79612443;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.025641,0.974359:7,31:39:1,38:39:0:0,22:1,16:0:0:4:0:3,19:4,12:0:0 chr17 79612444 . G C 38.53 PASS AF=0.175;AO=7;DP=40;FAO=7;FDP=40;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=-0.0340413;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=59.4806;QD=3.85311;RBI=0.0387013;REFB=-0.018603;REVB=-0.0184113;RO=33;SAF=3;SAR=4;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211339;STB=0.642965;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.236952;OID=.;OPOS=79612444;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:40:40:33:33:7:7:0.175:4:3:20:13:4:3:20:13 chr17 79612633 . T C 494.69 PASS AF=0.709677;AO=42;DP=60;FAO=44;FDP=62;FR=.;FRO=18;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0511436;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.22;QD=31.9152;RBI=0.0512491;REFB=-0.0406134;REVB=-0.00328659;RO=18;SAF=17;SAR=25;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0741682;STB=0.546122;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0166659;OID=.;OPOS=79612633;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:62:18:18:42:44:0.709677:25:17:5:13:25:19:5:13 chr17 79614481 . A G 339.49 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0271945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.193;QD=54.3187;RBI=0.0449513;REFB=0;REVB=0.0357922;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260525;OID=.;OPOS=79614481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:24:25:1:8:16:0:0:8:17:0:0 chr17 79614932 . TTAAC T 247.56 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0573217;FXX=0;HRUN=3;LEN=4;MLLD=241.149;QD=45.0101;RBI=0.0621512;REFB=0;REVB=-0.0240206;RO=0;SAF=9;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000125517;OID=.;OPOS=79614933;OREF=TAAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:22:22:22:0:10:12:0:0:5:0:9:12:0:0 chr17 79632363 . C T 287.59 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.00229789;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.656;QD=15.9773;RBI=0.00715099;REFB=-0.0195439;REVB=-0.00677174;RO=38;SAF=13;SAR=19;SRF=23;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191237;STB=0.607015;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0288136;OID=.;OPOS=79632363;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:40:32:32:0.444444:19:13:23:15:19:13:24:16 chr17 79637349 . T C 1515.55 PASS AF=1;AO=101;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.189;QD=59.4333;RBI=0.0320862;REFB=0;REVB=0.00918906;RO=0;SAF=43;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.54993e-06;OID=.;OPOS=79637349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:101:102:1:58:43:0:0:58:44:0:0 chr17 79637367 . C G 677.61 PASS AF=0.617647;AO=63;DP=103;FAO=63;FDP=102;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=38;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=-0.0499604;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.662;QD=26.5729;RBI=0.0502616;REFB=-0.00329844;REVB=-0.00549431;RO=39;SAF=25;SAR=38;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653974;STB=0.535543;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00186079;OID=.;OPOS=79637367;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:39:39:63:63:0.617647:38:25:19:20:38:25:19:20 chr17 79637474 . CA CAA,C 60.05 PASS AF=0,0.636364;AO=3,9;DP=22;FAO=0,14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=0,3;FSAR=0,11;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.240269,0.233377;FXX=0;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=8.36531,9.35775;QD=10.918;RBI=0.287099,0.280405;REFB=-0.0728789,0.0589389;REVB=-0.157151,0.155441;RO=9;SAF=0,2;SAR=3,7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.612869,-0.124428;STB=0.5,0.51884;STBP=1,0.867;TYPE=ins,del;VARB=0.101782,0.0517842;OID=.,.;OPOS=79637475,79637475;OREF=-,A;OALT=A,-;OMAPALT=CAA,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.636364:3,9:22:0,14:22:8:0,3:0,11:2:6:26:9:0,2:3,7:3:6 chr17 79639550 . G A 433.03 PASS AF=0.723404;AO=34;DP=47;FAO=34;FDP=47;FR=.;FRO=13;FSAF=21;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0675731;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.435;QD=36.8535;RBI=0.0698937;REFB=-0.0148545;REVB=0.0178607;RO=12;SAF=21;SAR=13;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0686823;STB=0.522076;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.00247878;OID=.;OPOS=79639550;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:47:47:12:13:34:34:0.723404:13:21:9:3:13:21:9:4 chr17 79639708 . C T 438.59 PASS AF=0.640625;AO=41;DP=64;FAO=41;FDP=64;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00134285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.551;QD=27.4119;RBI=0.00215577;REFB=-0.0381832;REVB=-0.00168644;RO=23;SAF=16;SAR=25;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600185;STB=0.532738;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0199587;OID=.;OPOS=79639708;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:23:23:41:41:0.640625:25:16:11:12:25:16:11:12 chr17 79650828 . T G 337.55 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00906776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.27;QD=28.728;RBI=0.0118126;REFB=-0.0322207;REVB=0.00757056;RO=18;SAF=10;SAR=19;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191164;STB=0.605388;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0560869;OID=.;OPOS=79650828;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:29:29:0.617021:19:10:11:7:19:10:11:7 chr17 79663880 . T C 182.17 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0582098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.969;QD=16.946;RBI=0.0582266;REFB=0.0051737;REVB=-0.00139799;RO=23;SAF=5;SAR=14;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.270549;STB=0.646575;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=-0.00825288;OID=.;OPOS=79663880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:23:24:19:19:0.44186:14:5:12:11:14:5:12:12 chr17 79668135 . G T 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0208053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.998;QD=15.1972;RBI=0.0220372;REFB=-0.0371756;REVB=-0.00726485;RO=17;SAF=3;SAR=11;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.431641;STB=0.74002;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0430486;OID=.;OPOS=79668135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:18:14:14:0.4375:11:3:11:6:11:3:11:7 chr17 79668552 . C T 92.36 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00480793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.863;QD=18.4715;RBI=0.0140068;REFB=-0.00167472;REVB=0.0131558;RO=8;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124659;STB=0.545372;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.00141332;OID=.;OPOS=79668552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:20:20:8:9:11:11:0.55:6:5:5:3:6:5:5:4 chr17 79668664 . C T 927.24 PASS AF=0.563758;AO=84;DP=148;FAO=84;FDP=149;FR=.;FRO=65;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=0.00351395;FXX=0.00666622;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.37;QD=24.8924;RBI=0.00925106;REFB=-0.0284524;REVB=-0.0085577;RO=63;SAF=44;SAR=40;SRF=35;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250745;STB=0.506409;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0262919;OID=.;OPOS=79668664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:63:65:84:84:0.563758:40:44:35:28:40:44:35:30 chr17 79671714 . T C 577.46 PASS AF=0.653846;AO=50;DP=77;FAO=51;FDP=78;FR=.;FRO=27;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0156336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.9297;QD=29.6132;RBI=0.0300186;REFB=-0.00288572;REVB=0.0256263;RO=27;SAF=24;SAR=26;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248827;STB=0.51661;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00168191;OID=.;OPOS=79671714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:27:27:50:51:0.653846:26:24:14:13:27:24:14:13 chr17 79682558 . T C 211.23 PASS AF=0.538462;AO=20;DP=38;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0374955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8583;QD=21.665;RBI=0.0387036;REFB=-0.0332962;REVB=0.00959447;RO=18;SAF=17;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389712;STB=0.679808;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0314017;OID=.;OPOS=79682558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:18:18:20:21:0.538462:3:17:9:9:4:17:9:9 chr17 79769466 . T C 96.3 PASS AF=0.909091;AO=9;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0736809;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1798;QD=35.0196;RBI=0.0919616;REFB=0.0334404;REVB=0.0550278;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538386;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.00232751;OID=.;OPOS=79769466;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:11:11:0:1:9:10:0.909091:5:4:0:0:6:4:0:1 chr17 79770740 . C T 136.1 PASS AF=0.7;AO=13;DP=19;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0120324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.09;QD=27.2202;RBI=0.0553473;REFB=-0.0166905;REVB=0.0540236;RO=6;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187025;STB=0.610938;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00813802;OID=.;OPOS=79770740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:20:6:6:13:14:0.7:10:3:3:3:11:3:3:3 chr17 79803101 . A G 112.29 PASS AF=0.25;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=-0.00146391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.633;QD=6.60505;RBI=0.0088096;REFB=-0.000977532;REVB=-0.00868712;RO=51;SAF=9;SAR=8;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287729;STB=0.673286;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0116191;OID=.;OPOS=79803101;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:51:51:17:17:0.25:8:9:15:36:8:9:15:36 chr17 79825897 . A G 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00490408;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=330.081;QD=39.318;RBI=0.0523944;REFB=-0.0612181;REVB=0.0521644;RO=1;SAF=12;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294909;STB=0.666346;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00242026;OID=.;OPOS=79825897;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:1:12:0:1:1:12:0:1 chr17 79872241 . A G 386.32 PASS AF=0.965517;AO=27;DP=30;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.052609;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.482;QD=53.2852;RBI=0.0543231;REFB=0.0758696;REVB=0.0135387;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.518505;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.000260643;OID=.;OPOS=79872241;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:29:0:1:27:28:0.965517:13:14:0:0:13:15:0:1 chr17 79880994 . CA AC,CAC 72.76 PASS AF=0.0888889,0.244444;AO=6,10;DP=45;FAO=4,11;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=3,6;FSAR=1,5;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0434875,-0.036823;FXX=0;HRUN=4,0;LEN=2,1;MLLD=59.5258,48.0168;QD=6.46751;RBI=0.0503956,0.047763;REFB=-0.00667741,-0.0121777;REVB=-0.0254667,-0.0304199;RO=29;SAF=5,4;SAR=1,6;SRF=12;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.491396,-0.0169236;STB=0.790312,0.605077;STBP=0.32,0.478;TYPE=mnp,ins;VARB=0.123269,0.174441;OID=.,.;OPOS=79880994,79880996;OREF=CA,-;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,CAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:45:45:29:30:6,10:4,11:0.0888889,0.244444:1,6:5,4:12:17:1,5:3,6:12:18 chr17 79891147 . T C 834.37 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0325106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.855;QD=57.5425;RBI=0.0362675;REFB=0;REVB=-0.0160746;RO=0;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.83906e-05;OID=.;OPOS=79891147;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:31:27:0:0:31:27:0:0 chr17 79899272 . A G 213.05 PASS AF=0.53125;AO=15;DP=32;FAO=17;FDP=32;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.051912;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=32.5305;QD=26.6318;RBI=0.0861321;REFB=-0.0173931;REVB=-0.0687305;RO=10;SAF=12;SAR=3;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102466;STB=0.531981;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0443562;OID=.;OPOS=79899272;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:10:11:15:17:0.53125:3:12:7:3:5:12:7:4 chr17 79899495 . G A 306.06 PASS AF=0.533333;AO=32;DP=60;FAO=32;FDP=60;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=21;FWDB=0.00790912;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=234.52;QD=20.4042;RBI=0.00934331;REFB=-0.0243532;REVB=0.00497425;RO=28;SAF=12;SAR=20;SRF=7;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116225;STB=0.564182;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0206261;OID=.;OPOS=79899495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:28:28:32:32:0.533333:20:12:7:21:20:12:7:21 chr17 79899698 . G A 233.72 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.014945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.428;QD=24.6023;RBI=0.0253116;REFB=-0.0453706;REVB=0.0204286;RO=16;SAF=9;SAR=13;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268045;STB=0.514912;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0273832;OID=.;OPOS=79899698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:13:9:6:10:13:9:6:10 chr17 79993919 . C T 232.22 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=32;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.10119;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4124;QD=29.9644;RBI=0.105058;REFB=0.00480149;REVB=0.0282438;RO=10;SAF=12;SAR=9;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0777624;STB=0.542817;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00167989;OID=.;OPOS=79993919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:32:31:10:10:21:21:0.677419:9:12:7:3:9:12:7:3 chr17 80013235 . A G 1033.31 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00895889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.535;QD=59.0464;RBI=0.00997701;REFB=0;REVB=0.00439079;RO=0;SAF=27;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56939e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.92249e-06;OID=.;OPOS=80013235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:42:27:0:0:42:28:0:0 chr17 80099639 . C A 890.3 PASS AF=0.969697;AO=65;DP=65;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0183756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2575;QD=53.9574;RBI=0.0383581;REFB=-0.113218;REVB=-0.0336702;RO=0;SAF=43;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511624;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00269313;OID=.;OPOS=80099639;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:66:0:2:65:64:0.969697:22:43:0:0:22:42:2:0 chr17 80103737 . T C 1432.81 PASS AF=0.96875;AO=93;DP=96;FAO=93;FDP=96;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=56;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0148694;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.951;QD=59.7006;RBI=0.0178369;REFB=-0.0347004;REVB=0.00985169;RO=2;SAF=37;SAR=56;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0249341;STB=0.508733;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.000256618;OID=.;OPOS=80103737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:96:96:2:3:93:93:0.96875:56:37:2:0:56:37:2:1 chr17 80136418 . C T 1240.96 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0508082;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9498;QD=59.0934;RBI=0.0549968;REFB=-0.0954377;REVB=0.0210519;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511902;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.00217817;OID=.;OPOS=80136418;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:84:84:0:2:82:82:0.97619:41:41:0:0:41:41:0:2 chr17 80151881 . G A 1682.06 PASS AF=0.99115;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=113;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00374199;FXX=0.00877116;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.763;QD=59.5418;RBI=0.0452533;REFB=-0.121226;REVB=0.0450983;RO=0;SAF=58;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00039083;OID=.;OPOS=80151881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:114:113:0:1:112:112:0.99115:54:58:0:0:54:58:1:0 chr17 80159566 . T C 554.5 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0559683;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7987;QD=55.4504;RBI=0.064451;REFB=0.00193107;REVB=-0.0319606;RO=2;SAF=15;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584497;STB=0.531233;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.00327618;OID=.;OPOS=80159566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:23:15:2:0:23:15:2:0 chr17 80195582 . T C 499.63 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.000136343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.868;QD=54.0136;RBI=0.0211483;REFB=-0.0426466;REVB=0.0211479;RO=2;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0491765;STB=0.526301;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.000610813;OID=.;OPOS=80195582;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:18:17:0:2:18:17:0:2 chr17 80218800 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.106447;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.9947;QD=42.1826;RBI=0.106447;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=11;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00546789;OID=.;OPOS=80218800;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:0:11:0:0:0:11:0:0 chr17 80280865 . G A 249.4 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00641215;FXX=0.0517152;HRUN=5;LEN=1;MLLD=138.077;QD=18.138;RBI=0.0069615;REFB=-0.0102764;REVB=-0.00271052;RO=27;SAF=14;SAR=13;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0660356;STB=0.52757;STBP=0.689;TYPE=snp;VARB=0.00931609;OID=.;OPOS=80280865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:27:28:27:27:0.490909:13:14:12:15:13:14:13:15 chr17 80373452 . C T 737.21 PASS AF=0.964286;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0550334;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.3911;QD=52.658;RBI=0.10184;REFB=-0.0370684;REVB=0.0856902;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.519993;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00610818;OID=.;OPOS=80373452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:56:0:2:53:54:0.964286:30:23:0:0:30:24:2:0 chr17 80377690 . T G 204.22 PASS AF=0.76;AO=18;DP=25;FAO=19;FDP=25;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0283544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3341;QD=32.6755;RBI=0.0357382;REFB=-0.0672571;REVB=0.0217543;RO=6;SAF=11;SAR=7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12812;STB=0.573834;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0111825;OID=.;OPOS=80377690;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:6:6:18:19:0.76:7:11:2:4:7:12:2:4 chr17 80391684 . A G 1449.12 PASS AF=1;AO=96;DP=98;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000528267;FXX=0.0196059;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9366;QD=57.9649;RBI=0.00611817;REFB=-0.0831347;REVB=-0.00609532;RO=0;SAF=29;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00296029;OID=.;OPOS=80391684;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:98:100:0:0:96:100:1:67:29:0:0:68:32:0:0 chr17 80394530 . G T 334.13 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0724258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4742;QD=46.0866;RBI=0.0814316;REFB=-0.186866;REVB=0.0372238;RO=3;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794778;STB=0.542825;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0239828;OID=.;OPOS=80394530;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:29:29:3:3:26:26:0.896552:16:10:0:3:16:10:0:3 chr17 80397746 . G C 241.9 PASS AF=0.4;AO=26;DP=73;FAO=30;FDP=75;FR=.;FRO=45;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0213586;FXX=0.0131562;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.48;QD=12.9011;RBI=0.0283267;REFB=-0.0337784;REVB=0.0186067;RO=38;SAF=6;SAR=20;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459041;STB=0.529392;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0566568;OID=.;OPOS=80397746;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:38:45:26:30:0.4:20:6:10:28:20:10:17:28 chr17 80401946 . A G 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0938602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8156;QD=16.385;RBI=0.104386;REFB=-0.00696333;REVB=-0.0456796;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163174;STB=0.594396;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00434874;OID=.;OPOS=80401946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:5:4:2:6:5:4:2:6 chr17 80439733 . C T 191.47 PASS AF=0.316456;AO=24;DP=78;FAO=25;FDP=79;FR=.;FRO=54;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=-0.0181051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.846;QD=9.69488;RBI=0.0200272;REFB=-0.00317464;REVB=0.00856109;RO=54;SAF=11;SAR=13;SRF=21;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828499;STB=0.562642;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00700982;OID=.;OPOS=80439733;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:54:54:24:25:0.316456:13:11:21:33:13:12:21:33 chr17 80452592 . G C 231.46 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.119984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.106;QD=46.2924;RBI=0.120524;REFB=-0.179082;REVB=0.0113963;RO=1;SAF=6;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705879;STB=0.53842;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00251447;OID=.;OPOS=80452592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:20:20:1:1:19:19:0.95:13:6:1:0:13:6:1:0 chr17 80481088 . T C 243.81 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00914188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.192;QD=15.2378;RBI=0.0240553;REFB=-0.00634135;REVB=-0.0222505;RO=34;SAF=12;SAR=16;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699742;STB=0.540511;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.00786789;OID=.;OPOS=80481088;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:34:36:28:28:0.4375:16:12:17:17:16:12:18:18 chr17 80544015 . A T 224.36 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0376051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5825;QD=17.5967;RBI=0.0425075;REFB=-0.031481;REVB=-0.0198178;RO=27;SAF=15;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171507;STB=0.596933;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0538849;OID=.;OPOS=80544015;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:9:15:12:15:9:15:12:15 chr17 80544069 . A G 132.14 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.017607;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.4269;QD=24.0253;RBI=0.0556193;REFB=0.0200461;REVB=-0.0527589;RO=8;SAF=8;SAR=6;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126876;STB=0.571326;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=-0.0210986;OID=.;OPOS=80544069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:8:8:14:14:0.636364:6:8:3:5:6:8:3:5 chr17 80544079 . A G 110.65 PASS AF=0.705882;AO=11;DP=16;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.005417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.056;QD=26.0348;RBI=0.0163131;REFB=-0.0290202;REVB=0.0153874;RO=5;SAF=7;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134614;STB=0.554364;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00314138;OID=.;OPOS=80544079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:17:5:5:11:12:0.705882:4:7:2:3:5:7:2:3 chr17 80614933 . T C 283.04 PASS AF=0.676471;AO=23;DP=34;FAO=23;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=8;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.00761876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2161;QD=33.2984;RBI=0.0134182;REFB=-0.0637082;REVB=0.0110454;RO=7;SAF=10;SAR=13;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0588234;STB=0.517031;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0311409;OID=.;OPOS=80614933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:34:34:7:8:23:23:0.676471:13:10:4:3:13:10:4:4 chr17 80615040 . A C 868.2 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00312931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.069;QD=57.8801;RBI=0.00843276;REFB=0;REVB=-0.00783063;RO=0;SAF=22;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.42436e-05;OID=.;OPOS=80615040;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:38:22:0:0:38:22:0:0 chr17 80674643 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.999;QD=53.277;RBI=0.099719;REFB=0;REVB=-0.0932846;RO=0;SAF=17;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000319882;OID=.;OPOS=80674643;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:6:17:0:0:6:17:0:0 chr17 80696410 . A C 769.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00957527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.286;QD=56.9992;RBI=0.0472231;REFB=0;REVB=0.0462422;RO=0;SAF=26;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139568;OID=.;OPOS=80696410;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:28:26:0:0:28:26:0:0 chr17 80700592 . T C 1118.39 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.158;QD=60.4538;RBI=0.0508856;REFB=0;REVB=0.019517;RO=0;SAF=41;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07888e-05;OID=.;OPOS=80700592;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:74:0:0:71:74:1:30:41:0:0:30:44:0:0 chr17 80706928 . G A 450.83 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196246;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.552;QD=58.1715;RBI=0.0197449;REFB=0;REVB=0.0021765;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152668;OID=.;OPOS=80706928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr17 80708601 . C G 240.46 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.00650304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.414;QD=28.2889;RBI=0.0122173;REFB=-0.0145462;REVB=-0.0103428;RO=11;SAF=6;SAR=16;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0667013;STB=0.526291;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0122269;OID=.;OPOS=80708601;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:34:34:11:12:22:22:0.647059:16:6:4:7:16:6:4:8 chr17 80788465 . T C 161.56 PASS AF=0.344262;AO=20;DP=61;FAO=21;FDP=61;FR=.;FRO=40;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=33;FSRR=7;FWDB=-0.021182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.627;QD=10.5944;RBI=0.0211848;REFB=-0.0153031;REVB=0.000344602;RO=40;SAF=10;SAR=10;SRF=33;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.379008;STB=0.701596;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0232262;OID=.;OPOS=80788465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:40:20:21:0.344262:10:10:33:7:10:11:33:7 chr17 80788492 . A G 186.22 PASS AF=0.383333;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=6;FWDB=-0.0244792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.574;QD=12.4149;RBI=0.0247954;REFB=-0.0178278;REVB=-0.00394715;RO=36;SAF=13;SAR=10;SRF=30;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308657;STB=0.678883;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.0208309;OID=.;OPOS=80788492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:36:37:23:23:0.383333:10:13:30:6:10:13:31:6 chr17 80863857 . T C 726.61 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0317182;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.669;QD=56.9892;RBI=0.0329389;REFB=0;REVB=0.00888392;RO=0;SAF=18;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=8.62909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.94251e-05;OID=.;OPOS=80863857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:33:18:0:0:33:18:0:0 chr17 80887244 . T C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00416555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.558;QD=58.5862;RBI=0.0255065;REFB=0;REVB=0.025164;RO=0;SAF=21;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113642;OID=.;OPOS=80887244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:12:21:0:0:12:21:0:0 chr17 80887451 . A G 740.42 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00457793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3839;QD=56.955;RBI=0.0188413;REFB=0;REVB=0.0182767;RO=0;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001258;OID=.;OPOS=80887451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:27:25:0:0:27:25:0:0 chr17 80895745 . T C 1039.47 PASS AF=0.972603;AO=71;DP=74;FAO=71;FDP=73;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0104162;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.94;QD=56.957;RBI=0.0403116;REFB=-0.0592568;REVB=0.0389426;RO=2;SAF=37;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0270022;STB=0.514282;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.000474505;OID=.;OPOS=80895745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:73:2:2:71:71:0.972603:34:37:0:2:34:37:0:2 chr17 80895769 . A G 1011.48 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327161;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7902;QD=59.4989;RBI=0.0779847;REFB=0;REVB=-0.0707903;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00095201;OID=.;OPOS=80895769;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:34:34:0:0:34:34:0:0 chr17 80895932 . GA G,GG 220.67 PASS AF=0.0555556,0.944444;AO=3,16;DP=19;FAO=1,17;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0,6;FSAR=1,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00275162,-0.00422386;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=218.681,238.83;QD=49.0372;RBI=0.0924633,0.091287;REFB=0,0;REVB=0.0924223,0.0911892;RO=0;SAF=0,6;SAR=3,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.116636,-0.00581471;OID=.,.;OPOS=80895933,80895933;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0555556,0.944444:3,16:19:1,17:18:0:0,6:1,11:0:0:6:0:0,6:3,10:0:0 chr17 80899281 . G A 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.237;QD=53.9112;RBI=0.0258593;REFB=0;REVB=0.0216979;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000196001;OID=.;OPOS=80899281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr17 80904844 . C T 552.35 PASS AF=0.662162;AO=49;DP=74;FAO=49;FDP=74;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.054155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.887;QD=29.8566;RBI=0.0566436;REFB=0.00376037;REVB=0.0166053;RO=24;SAF=16;SAR=33;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606377;STB=0.542283;STBP=0.334;TYPE=snp;VARB=-0.00186114;OID=.;OPOS=80904844;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:24:25:49:49:0.662162:33:16:10:14:33:16:11:14 chr17 81006387 . G A 817.74 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9203;QD=57.3851;RBI=0.0119112;REFB=0;REVB=-0.00636106;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.77888e-05;OID=.;OPOS=81006387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:25:32:0:0:25:32:0:0 chr17 81043039 . A G 207.18 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.074593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=292.187;QD=48.7489;RBI=0.0746987;REFB=0;REVB=0.00397171;RO=0;SAF=1;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000282636;OID=.;OPOS=81043039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:15:1:0:0:16:1:0:0 chr17 81050982 . G C 386.98 PASS AF=0.686275;AO=35;DP=51;FAO=35;FDP=51;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0221499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.939;QD=30.3515;RBI=0.0223106;REFB=-0.0156447;REVB=-0.00267309;RO=16;SAF=19;SAR=16;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167569;STB=0.59106;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00776993;OID=.;OPOS=81050982;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:16:16:35:35:0.686275:16:19:4:12:16:19:4:12 chr18 47492 . G A 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0255374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.929;QD=11.0198;RBI=0.0353686;REFB=-0.0157601;REVB=-0.0244701;RO=7;SAF=5;SAR=1;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392853;STB=0.576643;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0161538;OID=.;OPOS=47492;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:7:8:6:6:0.428571:1:5:6:1:1:5:6:2 chr18 48104 . T C 182.96 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0016054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.548;QD=17.4244;RBI=0.0385231;REFB=-0.0244861;REVB=0.0384896;RO=23;SAF=7;SAR=12;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675636;STB=0.538422;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0292895;OID=.;OPOS=48104;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:12:7:7:16:12:7:7:16 chr18 49034 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124356;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=150.115;QD=37.4885;RBI=0.0126951;REFB=0;REVB=0.00255393;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200922;OID=.;OPOS=49034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr18 252559 . G A 520.04 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.842;QD=59.4327;RBI=0.0211862;REFB=0;REVB=0.000521192;RO=0;SAF=27;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000105395;OID=.;OPOS=252559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:8:27:0:0:8:27:0:0 chr18 319446 . C A 94.84 PASS AF=0.207317;AO=15;DP=81;FAO=17;FDP=82;FR=.;FRO=65;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=28;FSRR=37;FWDB=0.0547988;FXX=0.0120467;HRUN=3;LEN=1;MLLD=38.9198;QD=4.62615;RBI=0.0782664;REFB=-0.0174643;REVB=0.0558813;RO=66;SAF=9;SAR=6;SRF=28;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217911;STB=0.577656;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.0754639;OID=.;OPOS=319446;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:81:82:66:65:15:17:0.207317:6:9:28:38:8:9:28:37 chr18 334742 . C T 449.37 PASS AF=0.714286;AO=40;DP=58;FAO=40;FDP=56;FR=.;FRO=16;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0459251;FXX=0.0344768;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.477;QD=32.0978;RBI=0.0478798;REFB=-0.0243917;REVB=0.013541;RO=16;SAF=17;SAR=23;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271026;STB=0.514672;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0100478;OID=.;OPOS=334742;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:56:16:16:40:40:0.714286:23:17:6:10:23:17:6:10 chr18 334757 . CT C,CC 770.24 PASS AF=0.0181818,0.981818;AO=7,47;DP=55;FAO=1,54;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=1,20;FSAR=0,34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00251305,-0.0060498;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=115.263,140.597;QD=56.0172;RBI=0.0520145,0.068266;REFB=0,0;REVB=0.0519537,0.0679974;RO=0;SAF=1,19;SAR=6,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0821772,0.00238237;OID=.,.;OPOS=334758,334758;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0181818,0.981818:7,47:55:1,54:55:0:1,20:0,34:0:0:3:0:1,19:6,28:0:0 chr18 334994 . A G 513.55 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=302.415;QD=58.6909;RBI=0.0253098;REFB=0;REVB=0.0123303;RO=0;SAF=26;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91107e-05;OID=.;OPOS=334994;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:35:0:0:33:35:1:7:26:0:0:8:27:0:0 chr18 580623 . T C 188.67 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.00926031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.79;QD=29.0265;RBI=0.015181;REFB=-0.0793058;REVB=-0.0120296;RO=8;SAF=9;SAR=9;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209259;STB=0.615263;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00665341;OID=.;OPOS=580623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:9:9:1:7:9:9:1:7 chr18 581201 . T A 157.03 PASS AF=0.227273;AO=25;DP=111;FAO=25;FDP=110;FR=.;FRO=85;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=0.0628122;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.3721;QD=5.71017;RBI=0.0638053;REFB=0.00142808;REVB=0.011214;RO=84;SAF=8;SAR=17;SRF=33;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996068;STB=0.567512;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.00321119;OID=.;OPOS=581201;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:110:84:85:25:25:0.227273:17:8:33:51:17:8:34:51 chr18 581203 . TT GA 148.73 PASS AF=0.220183;AO=24;DP=109;FAO=24;FDP=109;FR=.;FRO=85;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=50;FWDB=0.0255214;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=172.1;QD=5.45795;RBI=0.0256759;REFB=-0.00506783;REVB=-0.00281248;RO=85;SAF=8;SAR=16;SRF=35;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105518;STB=0.565733;STBP=0.49;TYPE=mnp;VARB=0.0165583;OID=.;OPOS=581203;OREF=TT;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:85:85:24:24:0.220183:16:8:35:50:16:8:35:50 chr18 581343 . T C 429.49 PASS AF=0.730769;AO=39;DP=53;FAO=38;FDP=52;FR=.;FRO=14;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0237167;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.128;QD=33.0374;RBI=0.033851;REFB=-0.0263713;REVB=-0.0241538;RO=13;SAF=21;SAR=18;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0359075;STB=0.512189;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0102351;OID=.;OPOS=581343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:13:14:39:38:0.730769:18:21:8:5:18:20:8:6 chr18 658064 . G C 82.02 PASS AF=0.194444;AO=14;DP=72;FAO=14;FDP=72;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=36;FSRR=22;FWDB=-0.0110289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.672;QD=4.55668;RBI=0.0300309;REFB=-0.00992464;REVB=-0.0279324;RO=58;SAF=9;SAR=5;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0297196;STB=0.519203;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0384646;OID=.;OPOS=658064;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:72:72:58:58:14:14:0.194444:5:9:36:22:5:9:36:22 chr18 706558 . C T 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0467436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.037;QD=9.1099;RBI=0.0471345;REFB=-0.0182739;REVB=0.0060582;RO=16;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291729;STB=0.681336;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0345719;OID=.;OPOS=706558;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:16:16:8:8:0.333333:6:2:8:8:6:2:8:8 chr18 722366 . T TG 47.9 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.024834;FXX=0.0416493;HRUN=0;LEN=1;MLLD=234.118;QD=8.32992;RBI=0.0296705;REFB=0.000687544;REVB=-0.0162362;RO=16;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.369678;STB=0.731059;STBP=0.193;TYPE=ins;VARB=-0.000593163;OID=.;OPOS=722367;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.304348:7:23:7:23:16:5:2:6:10:47:16:5:2:6:10 chr18 724612 . A G 393.32 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411172;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1095;QD=56.1881;RBI=0.0738609;REFB=0;REVB=0.061358;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00230259;OID=.;OPOS=724612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:18:10:0:0:18:10:0:0 chr18 907675 . G A 213.88 PASS AF=0.666667;AO=20;DP=30;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.0235612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7892;QD=28.5177;RBI=0.0345444;REFB=-0.0585237;REVB=0.0252623;RO=10;SAF=6;SAR=14;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743097;STB=0.540944;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.0429325;OID=.;OPOS=907675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:30:30:10:10:20:20:0.666667:14:6:2:8:14:6:2:8 chr18 2539016 . C G 407.62 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=31;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00119012;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4425;QD=54.3491;RBI=0.0933641;REFB=-0.124886;REVB=0.0933565;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.514276;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0100638;OID=.;OPOS=2539016;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:31:30:0:1:29:29:0.966667:17:12:0:0:17:12:0:1 chr18 2547500 . G T 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00300386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.053;QD=54.481;RBI=0.0318955;REFB=0.0576769;REVB=0.0317537;RO=1;SAF=12;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239259;STB=0.512812;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.00108;OID=.;OPOS=2547500;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:19:12:0:1:19:12:0:1 chr18 2554807 . T G 338.01 PASS AF=0.617021;AO=29;DP=47;FAO=29;FDP=47;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.04448;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4691;QD=28.7668;RBI=0.0731324;REFB=0.0248444;REVB=0.0580506;RO=18;SAF=16;SAR=13;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0747791;STB=0.541148;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.0125355;OID=.;OPOS=2554807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:18:18:29:29:0.617021:13:16:8:10:13:16:8:10 chr18 2554836 . A G 339.96 PASS AF=0.630435;AO=29;DP=46;FAO=29;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0154465;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.917;QD=29.5618;RBI=0.0191114;REFB=-0.00484449;REVB=0.0112539;RO=17;SAF=13;SAR=16;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0547756;STB=0.5301;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.00209022;OID=.;OPOS=2554836;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:17:17:29:29:0.630435:16:13:9:8:16:13:9:8 chr18 2555002 . C T 157.27 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0156135;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.716;QD=23.2995;RBI=0.0157019;REFB=-0.00294672;REVB=0.00166392;RO=11;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0329238;STB=0.518495;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00337541;OID=.;OPOS=2555002;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:28:27:11:11:16:16:0.592593:8:8:6:5:8:8:6:5 chr18 2555005 . C T 170.72 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00857002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2677;QD=24.3889;RBI=0.0111421;REFB=-0.0556827;REVB=-0.0071204;RO=10;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0471163;STB=0.506322;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0107988;OID=.;OPOS=2555005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:28:28:10:11:17:17:0.607143:8:9:6:4:8:9:6:5 chr18 2555008 . T G 157.84 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0230097;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.17;QD=23.3837;RBI=0.0264201;REFB=0.0152108;REVB=0.0129836;RO=10;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0685942;STB=0.518495;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=-0.00308979;OID=.;OPOS=2555008;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:28:27:10:11:16:16:0.592593:8:8:6:4:8:8:6:5 chr18 2705700 . A G 167.46 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0264851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.1075;QD=41.8659;RBI=0.111024;REFB=-0.0565954;REVB=-0.107819;RO=1;SAF=8;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536101;STB=0.529373;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.014501;OID=.;OPOS=2705700;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:7:8:1:0:7:8:1:0 chr18 2707619 . G A 481.28 PASS AF=0.647059;AO=44;DP=69;FAO=44;FDP=68;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0382915;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.044;QD=28.3108;RBI=0.0383915;REFB=0.00513512;REVB=-0.00277028;RO=23;SAF=20;SAR=24;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0699585;STB=0.545434;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=-0.00240985;OID=.;OPOS=2707619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:23:24:44:44:0.647059:24:20:13:10:24:20:14:10 chr18 2724930 . A T 364.98 PASS AF=0.964286;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0186426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.638;QD=52.1404;RBI=0.0394154;REFB=-0.0579318;REVB=-0.0347279;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519985;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000438716;OID=.;OPOS=2724930;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:28:28:0:1:27:27:0.964286:15:12:0:0:15:12:1:0 chr18 2763697 . C T 920.36 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00109966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.656;QD=58.4355;RBI=0.016741;REFB=0;REVB=0.0167048;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.85455e-05;OID=.;OPOS=2763697;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:29:33:0:0:30:33:0:0 chr18 2778979 . G T 631.07 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.141325;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3616;QD=61.5674;RBI=0.141784;REFB=0;REVB=0.0113909;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00202875;OID=.;OPOS=2778979;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:18:22:0:0:19:22:0:0 chr18 2913431 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0198202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.2119;QD=58.5872;RBI=0.0338427;REFB=0;REVB=0.0274315;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000572644;OID=.;OPOS=2913431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:17:16:0:0:17:16:0:0 chr18 2914073 . TA T 199.46 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=28.0675;QD=46.9317;RBI=0.0471604;REFB=0;REVB=0.0254423;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00493244;OID=.;OPOS=2914074;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:16:17:17:17:0:7:10:0:0:4:0:6:10:0:0 chr18 2920288 . G A 501.48 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0860812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.773;QD=58.998;RBI=0.0995061;REFB=0;REVB=0.0499149;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000909791;OID=.;OPOS=2920288;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:15:19:0:0:15:19:0:0 chr18 2922094 . G C 44.38 PASS AF=0.294118;AO=4;DP=15;FAO=5;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0109786;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.707;QD=10.4412;RBI=0.0326695;REFB=-0.0486883;REVB=0.0307696;RO=6;SAF=3;SAR=1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0959372;STB=0.571156;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0447645;OID=.;OPOS=2922094;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:15:17:6:7:4:5:0.294118:1:3:4:2:2:3:5:2 chr18 2946291 . C T 1051.67 PASS AF=0.948052;AO=73;DP=77;FAO=73;FDP=77;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=45;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0232443;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4973;QD=54.632;RBI=0.0470977;REFB=-0.0899981;REVB=-0.0409621;RO=4;SAF=28;SAR=45;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120407;STB=0.506375;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=0.00890994;OID=.;OPOS=2946291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:77:77:4:4:73:73:0.948052:45:28:2:2:45:28:2:2 chr18 3025463 . T TG 369.02 PASS AF=1;AO=6;DP=50;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.180994;FXX=0.291606;HRUN=0;LEN=1;MLLD=63.3474;QD=43.4146;RBI=0.181113;REFB=0;REVB=0.00654921;RO=42;SAF=4;SAR=2;SRF=19;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.248446;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00191929;OID=.;OPOS=3025464;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:6:50:34:34:0:22:12:0:0:3:42:4:2:19:23 chr18 3025464 . A G 616.45 PASS AF=0.957447;AO=39;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.232199;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.741;QD=52.4642;RBI=0.232204;REFB=-0.039851;REVB=-0.00148696;RO=6;SAF=16;SAR=23;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0649978;STB=0.520824;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.00255337;OID=.;OPOS=3025464;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:47:47:6:2:39:45:0.957447:23:16:4:2:23:22:0:2 chr18 3067278 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0458236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.141;QD=47.8223;RBI=0.0477943;REFB=0;REVB=0.0135829;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000456;OID=.;OPOS=3067278;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:12:4:0:0:12:4:0:0 chr18 3075503 . C CAAA 588.46 PASS AF=1;AO=35;DP=43;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00113512;FXX=0.116252;HRUN=0;LEN=3;MLLD=225.049;QD=61.943;RBI=0.0073437;REFB=0;REVB=0.00725544;RO=5;SAF=15;SAR=20;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00679353;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-3.8824e-05;OID=.;OPOS=3075504;OREF=-;OALT=AAA;OMAPALT=CAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:35:43:38:38:0:18:20:0:0:3:5:15:20:2:3 chr18 3075712 . C A 116.06 PASS AF=0.265625;AO=17;DP=65;FAO=17;FDP=64;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=-0.0259844;FXX=0.0153822;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1823;QD=7.25351;RBI=0.0449771;REFB=0.00783351;REVB=-0.0367117;RO=47;SAF=10;SAR=7;SRF=26;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0431465;STB=0.526285;STBP=0.808;TYPE=snp;VARB=-0.0234118;OID=.;OPOS=3075712;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:47:47:17:17:0.265625:7:10:26:21:7:10:26:21 chr18 3089522 . G T 244.51 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0107547;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.731;QD=30.564;RBI=0.0203317;REFB=-0.0308028;REVB=-0.0172544;RO=10;SAF=11;SAR=11;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113629;STB=0.562444;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0217091;OID=.;OPOS=3089522;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:10:10:22:22:0.6875:11:11:3:7:11:11:3:7 chr18 3168816 . G A 431.62 PASS AF=0.745098;AO=37;DP=50;FAO=38;FDP=51;FR=.;FRO=13;FSAF=29;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0190612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.089;QD=33.8529;RBI=0.0195461;REFB=-0.0261248;REVB=-0.00432684;RO=13;SAF=28;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874153;STB=0.549364;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00723982;OID=.;OPOS=3168816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:50:51:13:13:37:38:0.745098:9:28:8:5:9:29:8:5 chr18 3176040 . C G 116.67 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.00931238;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248;QD=11.6673;RBI=0.0112347;REFB=-0.0038407;REVB=0.0062848;RO=26;SAF=9;SAR=5;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119122;STB=0.570792;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.00619571;OID=.;OPOS=3176040;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:26:14:14:0.35:5:9:14:12:5:9:14:12 chr18 3188976 . A G 1580.44 PASS AF=1;AO=98;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.506;QD=63.8563;RBI=0.037961;REFB=0;REVB=0.0127293;RO=0;SAF=28;SAR=70;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.47666e-05;OID=.;OPOS=3188976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:98:99:1:70:28:0:0:71:28:0:0 chr18 3457539 . A G 138.69 PASS AF=0.25641;AO=20;DP=78;FAO=20;FDP=78;FR=.;FRO=58;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=20;FWDB=0.0108796;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6069;QD=7.11209;RBI=0.0340245;REFB=0.00288982;REVB=-0.0322382;RO=58;SAF=9;SAR=11;SRF=38;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248272;STB=0.649357;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.00349817;OID=.;OPOS=3457539;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:58:58:20:20:0.25641:11:9:38:20:11:9:38:20 chr18 3457607 . C T 53.24 PASS AF=0.160714;AO=9;DP=56;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.00986699;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=174.854;QD=3.80255;RBI=0.0104582;REFB=-0.00611166;REVB=-0.00346646;RO=43;SAF=4;SAR=5;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00320393;STB=0.502004;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0231475;OID=.;OPOS=3457607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:56:43:47:9:9:0.160714:5:4:19:24:5:4:21:26 chr18 3571217 . T C 557.08 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.607;QD=60.2248;RBI=0.0823013;REFB=0;REVB=0.0806616;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000648421;OID=.;OPOS=3571217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr18 5233105 . C G 56.62 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0145442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.8873;QD=13.3235;RBI=0.0696809;REFB=-0.0720102;REVB=-0.0681461;RO=9;SAF=2;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.380371;STB=0.726689;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0655438;OID=.;OPOS=5233105;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:17:17:9:9:8:8:0.470588:6:2:6:3:6:2:6:3 chr18 5237575 . G T 105.86 PASS AF=0.6;AO=12;DP=20;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00350708;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.285;QD=21.1726;RBI=0.00524044;REFB=0.0168052;REVB=-0.00389392;RO=8;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0594792;STB=0.533841;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=-0.0125526;OID=.;OPOS=5237575;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:8:8:12:12:0.6:5:7:4:4:5:7:4:4 chr18 5237612 . G A 70.58 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0199601;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=253.427;QD=17.6438;RBI=0.0276362;REFB=-0.0197704;REVB=0.0191142;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955156;STB=0.555432;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0199568;OID=.;OPOS=5237612;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:4:5:3:4:4:5:3:4 chr18 5292030 . A G 412.25 PASS AF=0.702128;AO=33;DP=47;FAO=33;FDP=47;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00236644;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.3017;QD=35.085;RBI=0.00392226;REFB=0.0264705;REVB=0.00312795;RO=14;SAF=19;SAR=14;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421117;STB=0.522922;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.0110413;OID=.;OPOS=5292030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:14:14:33:33:0.702128:14:19:7:7:14:19:7:7 chr18 5410574 . A G 94.16 PASS AF=0.223881;AO=15;DP=67;FAO=15;FDP=67;FR=.;FRO=52;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0155577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.306;QD=5.62149;RBI=0.0363288;REFB=-0.0019631;REVB=-0.0328289;RO=52;SAF=4;SAR=11;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341539;STB=0.715154;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00817677;OID=.;OPOS=5410574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:67:67:52:52:15:15:0.223881:11:4:28:24:11:4:28:24 chr18 5416160 . T C 207.3 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0116656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.567;QD=24.3886;RBI=0.0179056;REFB=-0.0193544;REVB=0.013584;RO=12;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0899418;STB=0.520689;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=0.0177983;OID=.;OPOS=5416160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:12:14:20:20:0.588235:11:9:7:5:11:9:7:7 chr18 5630531 . G A 951.28 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0354364;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.994;QD=55.9577;RBI=0.0510464;REFB=-0.0591098;REVB=0.0367423;RO=2;SAF=29;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248544;STB=0.506492;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000297336;OID=.;OPOS=5630531;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:68:68:2:1:66:67:0.985294:37:29:0:2:38:29:0:1 chr18 5955911 . C T 85.03 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0292045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.479;QD=22.674;RBI=0.0295168;REFB=-0.0159664;REVB=-0.00428287;RO=4;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253827;STB=0.666369;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0103027;OID=.;OPOS=5955911;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:4:5:10:10:0.666667:5:5:0:4:5:5:0:5 chr18 5955932 . G A 115.5 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0293531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.296;QD=30.7995;RBI=0.0632249;REFB=0.0469202;REVB=0.055998;RO=3;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158797;STB=0.588096;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00280788;OID=.;OPOS=5955932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:7:5:0:3:7:5:0:3 chr18 5956145 . T C 279.02 PASS AF=0.609756;AO=25;DP=41;FAO=25;FDP=41;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0047048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.099;QD=27.2215;RBI=0.0372033;REFB=-0.0151119;REVB=0.0369046;RO=16;SAF=16;SAR=9;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138534;STB=0.576102;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0066991;OID=.;OPOS=5956145;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:16:16:25:25:0.609756:9:16:13:3:9:16:13:3 chr18 5956238 . C T 341.56 PASS AF=0.622642;AO=33;DP=51;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=4;FWDB=0.0123866;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.7254;QD=25.7778;RBI=0.0140404;REFB=-0.00432915;REVB=-0.00661084;RO=18;SAF=17;SAR=16;SRF=16;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244874;STB=0.608233;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00319801;OID=.;OPOS=5956238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:18:20:33:33:0.622642:16:17:16:2:16:17:16:4 chr18 5960165 . G A 895.29 PASS AF=0.784091;AO=69;DP=88;FAO=69;FDP=88;FR=.;FRO=19;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.00525071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.763;QD=40.6951;RBI=0.0212408;REFB=-0.0571011;REVB=-0.0205816;RO=19;SAF=30;SAR=39;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273648;STB=0.514627;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.0129793;OID=.;OPOS=5960165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:19:19:69:69:0.784091:39:30:7:12:39:30:7:12 chr18 6046717 . T C 1531.62 PASS AF=1;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=57;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181276;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0803;QD=63.8175;RBI=0.0227548;REFB=0;REVB=0.0137539;RO=0;SAF=57;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152693;OID=.;OPOS=6046717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:97:96:0:0:96:96:1:39:57:0:0:39:57:0:0 chr18 6455000 . C T 751.71 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.04485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4593;QD=62.6425;RBI=0.0510878;REFB=0;REVB=0.024463;RO=0;SAF=26;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000918722;OID=.;OPOS=6455000;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:45:48:1:19:26:0:0:19:29:0:0 chr18 6455037 . T C 633.03 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0345184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.485;QD=61.7592;RBI=0.0444733;REFB=0;REVB=0.028042;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024823;OID=.;OPOS=6455037;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:17:23:0:0:18:23:0:0 chr18 6588865 . T C 51.31 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0668049;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.023;QD=18.6591;RBI=0.0709162;REFB=-0.0154312;REVB=-0.0237952;RO=4;SAF=4;SAR=3;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197383;STB=0.615061;STBP=0.392;TYPE=snp;VARB=0.0299568;OID=.;OPOS=6588865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:3:4:1:3:3:4:1:3 chr18 6851058 . C G 347.96 PASS AF=0.564516;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0383224;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9204;QD=22.4489;RBI=0.0383749;REFB=-0.0317807;REVB=0.00200715;RO=27;SAF=25;SAR=10;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.312716;STB=0.672975;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0161747;OID=.;OPOS=6851058;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:27:27:35:35:0.564516:10:25:9:18:10:25:9:18 chr18 6889973 . A G 306.31 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158131;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.862;QD=53.2719;RBI=0.0243457;REFB=0;REVB=-0.018511;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.28632e-06;OID=.;OPOS=6889973;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr18 6890434 . A G 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.664;QD=59.8367;RBI=0.0189762;REFB=0;REVB=0.00956874;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.15075e-05;OID=.;OPOS=6890434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:26:10:0:0:26:10:0:0 chr18 6912143 . A C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0483436;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.9676;QD=51.1832;RBI=0.0494156;REFB=0;REVB=-0.0102373;RO=0;SAF=6;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120009;OID=.;OPOS=6912143;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:14:6:0:0:14:6:0:0 chr18 6956504 . ACAGCTCCAGCTC A 128.68 PASS AF=0.5;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.0213612;FXX=0.0666445;HRUN=1;LEN=12;MLLD=291.182;QD=18.3821;RBI=0.0214222;REFB=-0.00284307;REVB=-0.00161544;RO=4;SAF=6;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0289969;STB=0.673038;STBP=0.095;TYPE=del;VARB=0.00227263;OID=.;OPOS=6956505;OREF=CAGCTCCAGCTC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:14:21:14:28:14:6:8:11:3:99:4:6:8:2:2 chr18 6980523 . T C 695.85 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00349471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.648;QD=60.5089;RBI=0.00616796;REFB=-0.0497173;REVB=0.0050824;RO=0;SAF=30;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516122;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00025782;OID=.;OPOS=6980523;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:15:30:0:0:15:30:0:1 chr18 6985631 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00948437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.824;QD=49.5991;RBI=0.00948797;REFB=0;REVB=-0.000261256;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.46139e-05;OID=.;OPOS=6985631;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr18 6999628 . T C 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=87.7578;QD=53.2752;RBI=0.0290634;REFB=0;REVB=-0.0158369;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000142944;OID=.;OPOS=6999628;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr18 7011413 . G A 104.63 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00708107;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=260.81;QD=9.96455;RBI=0.00711386;REFB=-0.0108662;REVB=-0.00068226;RO=29;SAF=8;SAR=5;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153093;STB=0.592449;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.0169185;OID=.;OPOS=7011413;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:5:8:14:15:5:8:14:15 chr18 7017322 . A G 147.44 PASS AF=0.3125;AO=20;DP=64;FAO=20;FDP=64;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=24;FWDB=-0.0144544;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.742;QD=9.21509;RBI=0.0163768;REFB=-0.0450388;REVB=-0.00769861;RO=43;SAF=13;SAR=7;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241084;STB=0.63551;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0512835;OID=.;OPOS=7017322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:43:44:20:20:0.3125:7:13:19:24:7:13:20:24 chr18 7023371 . A G 35.2 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0446741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3224;QD=5.21544;RBI=0.0455379;REFB=-0.0145807;REVB=-0.00882796;RO=21;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442528;STB=0.798935;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0264885;OID=.;OPOS=7023371;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:5:1:11:10:5:1:11:10 chr18 7033037 . G A 80.62 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.118788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.523;QD=7.32935;RBI=0.119085;REFB=-0.00171498;REVB=-0.00840092;RO=32;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170193;STB=0.52278;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.00288292;OID=.;OPOS=7033037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:32:33:11:11:0.25:6:5:15:17:6:5:16:17 chr18 8069868 . C T 211.35 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023293;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6066;QD=49.7304;RBI=0.0239294;REFB=0;REVB=0.0054819;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162306;OID=.;OPOS=8069868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr18 8387195 . G A 1052.04 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.154;QD=58.4465;RBI=0.0460552;REFB=-0.0682491;REVB=0.0443756;RO=1;SAF=38;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141139;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000636525;OID=.;OPOS=8387195;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:72:72:1:0:71:72:1:33:38:0:1:34:38:0:0 chr18 8387219 . G C 109.8 PASS AF=0.266667;AO=16;DP=60;FAO=16;FDP=60;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0114411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3767;QD=7.31996;RBI=0.0453065;REFB=0.0145243;REVB=0.0438381;RO=44;SAF=7;SAR=9;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102409;STB=0.562422;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=-0.0371784;OID=.;OPOS=8387219;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:44:44:16:16:0.266667:9:7:23:21:9:7:23:21 chr18 8471976 . A G 147.64 PASS AF=0.681818;AO=15;DP=22;FAO=15;FDP=22;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0095213;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.8956;QD=26.844;RBI=0.00973862;REFB=0.0383591;REVB=-0.00204587;RO=7;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15898;STB=0.588125;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.0174633;OID=.;OPOS=8471976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:7:7:15:15:0.681818:6:9:6:1:6:9:6:1 chr18 8720092 . G T 333.42 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0380378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7628;QD=45.9883;RBI=0.121233;REFB=0.024439;REVB=-0.115111;RO=3;SAF=12;SAR=14;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102852;STB=0.555513;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=-0.00629608;OID=.;OPOS=8720092;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:29:29:3:3:26:26:0.896552:14:12:3:0:14:12:3:0 chr18 8783835 . T C 41.98 PASS AF=0.184211;AO=7;DP=38;FAO=7;FDP=38;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0279621;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.852;QD=4.41846;RBI=0.0436727;REFB=-0.0140751;REVB=-0.0335474;RO=31;SAF=5;SAR=2;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.44576;STB=0.79237;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0276165;OID=.;OPOS=8783835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:38:31:31:7:7:0.184211:2:5:10:21:2:5:10:21 chr18 8784370 . A G 558.74 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00934911;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.558;QD=55.8735;RBI=0.0101011;REFB=0.1199;REVB=-0.00382452;RO=2;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0467955;STB=0.524987;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.00436646;OID=.;OPOS=8784370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:19:19:0:2:19:19:0:2 chr18 8784723 . A G 80.27 PASS AF=0.526316;AO=9;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00764692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.284;QD=16.8992;RBI=0.00934508;REFB=-0.0123129;REVB=0.0053717;RO=9;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124428;STB=0.518481;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.00961605;OID=.;OPOS=8784723;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:9:10:0.526316:7:2:3:6:7:3:3:6 chr18 8809445 . G C 78.56 PASS AF=0.22449;AO=11;DP=49;FAO=11;FDP=49;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00936698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6661;QD=6.41304;RBI=0.0247083;REFB=-0.0068559;REVB=-0.022864;RO=37;SAF=6;SAR=5;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271609;STB=0.526268;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=0.059387;OID=.;OPOS=8809445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:49:49:37:38:11:11:0.22449:5:6:21:16:5:6:22:16 chr18 8825399 . C T 493.85 PASS AF=0.741379;AO=43;DP=59;FAO=43;FDP=58;FR=.;FRO=15;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00341986;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=204.044;QD=34.0585;RBI=0.00344763;REFB=-0.01511;REVB=-0.000436679;RO=15;SAF=25;SAR=18;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0235419;STB=0.512709;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.00367764;OID=.;OPOS=8825399;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:15:15:43:43:0.741379:18:25:8:7:18:25:8:7 chr18 8826083 . G C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.151;QD=42.1826;RBI=0.0899229;REFB=0;REVB=0.0884581;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00099613;OID=.;OPOS=8826083;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr18 8828952 . C T 35.74 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=4;FWDB=-0.00221162;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.813;QD=5.9573;RBI=0.0243209;REFB=-0.010854;REVB=0.0242201;RO=18;SAF=3;SAR=3;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331721;STB=0.707759;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0547771;OID=.;OPOS=8828952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:3:3:14:4:3:3:14:4 chr18 9117867 . T C 689.36 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00696075;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.75;QD=62.6688;RBI=0.02449;REFB=0;REVB=0.02348;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.65862e-05;OID=.;OPOS=9117867;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:24:20:0:0:24:20:0:0 chr18 9255982 . A G 493.48 PASS AF=0.972222;AO=34;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0340311;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.6012;QD=54.8312;RBI=0.0502708;REFB=-0.0907696;REVB=-0.0370004;RO=1;SAF=11;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0198968;STB=0.510632;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00165241;OID=.;OPOS=9255982;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:34:35:0.972222:23:11:0:1:23:12:0:1 chr18 9618005 . A G 87.99 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3381;QD=39.1068;RBI=0.0505253;REFB=0;REVB=0.0473669;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00429896;OID=.;OPOS=9618005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr18 9618049 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0215697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.505;QD=33.4285;RBI=0.0218761;REFB=0;REVB=-0.00364836;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000771482;OID=.;OPOS=9618049;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr18 9888069 . A G 165.25 PASS AF=0.323529;AO=22;DP=69;FAO=22;FDP=68;FR=.;FRO=46;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=0.0126662;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.504;QD=9.72073;RBI=0.0290815;REFB=-0.00206616;REVB=-0.0261782;RO=47;SAF=5;SAR=17;SRF=19;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241939;STB=0.649533;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.00534022;OID=.;OPOS=9888069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:47:46:22:22:0.323529:17:5:19:28:17:5:19:27 chr18 9955960 . A G 594.33 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00582404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.963;QD=60.9567;RBI=0.00618686;REFB=0;REVB=-0.00208756;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.19277e-05;OID=.;OPOS=9955960;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:23:16:0:0:23:16:0:0 chr18 10454960 . C G 87.32 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0880477;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.7284;QD=38.8109;RBI=0.0897878;REFB=0;REVB=0.0175913;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0078863;OID=.;OPOS=10454960;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:4:4:0:0:4:5:0:0 chr18 10487918 . C T 773.39 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00970389;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.182;QD=64.4494;RBI=0.0797687;REFB=0;REVB=0.0791763;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000721567;OID=.;OPOS=10487918;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:47:48:1:24:23:0:0:24:24:0:0 chr18 10731428 . C T 299.14 PASS AF=0.574468;AO=26;DP=46;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00436935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3046;QD=25.459;RBI=0.0505996;REFB=-0.0115236;REVB=-0.0504106;RO=20;SAF=18;SAR=8;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816009;STB=0.550686;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.00758919;OID=.;OPOS=10731428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:20:20:26:27:0.574468:8:18:12:8:8:19:12:8 chr18 10741011 . G A 554.65 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00524075;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=250.138;QD=55.4645;RBI=0.00848668;REFB=-0.000245426;REVB=0.0066752;RO=2;SAF=21;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425532;STB=0.522715;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=2.02943e-05;OID=.;OPOS=10741011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:17:21:2:0:17:21:2:0 chr18 10748603 . A T 402.72 PASS AF=1;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0491603;FXX=0.0666445;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.931;QD=57.5316;RBI=0.0492477;REFB=0;REVB=-0.00293195;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000468494;OID=.;OPOS=10748603;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr18 10752666 . C T 133.52 PASS AF=0.416667;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0372322;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.28;QD=14.8355;RBI=0.0775615;REFB=-0.0124072;REVB=-0.0680408;RO=21;SAF=13;SAR=2;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.547593;STB=0.822308;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0149441;OID=.;OPOS=10752666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:21:21:15:15:0.416667:2:13:8:13:2:13:8:13 chr18 10758023 . G A 670.94 PASS AF=0.943396;AO=50;DP=53;FAO=50;FDP=53;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0130001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.192;QD=50.6369;RBI=0.0204474;REFB=-0.0415619;REVB=-0.0157828;RO=2;SAF=33;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128367;STB=0.50042;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00208353;OID=.;OPOS=10758023;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:53:2:3:50:50:0.943396:17:33:1:1:17:33:2:1 chr18 10762962 . G A 676.5 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0119711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5625;QD=60.1333;RBI=0.0694736;REFB=-0.0977431;REVB=0.0684345;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.51219;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.00197918;OID=.;OPOS=10762962;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:45:0:1:44:44:0.977778:20:24:0:0:20:24:0:1 chr18 10763007 . T C 642.4 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=44;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00681835;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6116;QD=59.7577;RBI=0.0449399;REFB=-0.023668;REVB=0.0444196;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510199;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00172163;OID=.;OPOS=10763007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:43:0:1:42:42:0.976744:18:24:0:0:18:24:1:0 chr18 10787047 . G A 101.9 PASS AF=1;AO=9;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235966;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.8304;QD=40.7611;RBI=0.0323269;REFB=0;REVB=0.0220958;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000887518;OID=.;OPOS=10787047;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:9:10:1:1:8:0:0:2:8:0:0 chr18 11609754 . G A 180.1 PASS AF=0.580645;AO=17;DP=31;FAO=18;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.126876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.223;QD=23.2389;RBI=0.127021;REFB=-0.032936;REVB=0.00604973;RO=11;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140571;STB=0.622083;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0169135;OID=.;OPOS=11609754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:11:13:17:18:0.580645:11:6:6:5:12:6:8:5 chr18 11609863 . G A 388.78 PASS AF=0.666667;AO=32;DP=50;FAO=32;FDP=48;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.00434691;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.922;QD=32.3981;RBI=0.0281103;REFB=-0.0258401;REVB=0.0277722;RO=16;SAF=14;SAR=18;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389536;STB=0.521263;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0179828;OID=.;OPOS=11609863;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:16:16:32:32:0.666667:18:14:6:10:18:14:6:10 chr18 11609903 . CA GG 780.6 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266535;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=297.636;QD=56.771;RBI=0.0266618;REFB=0;REVB=0.000667034;RO=0;SAF=22;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.31851e-05;OID=.;OPOS=11609903;OREF=CA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:54:55:1:32:22:0:0:32:23:0:0 chr18 11610052 . T C 436.69 PASS AF=0.722222;AO=39;DP=54;FAO=39;FDP=54;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.00471656;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.731;QD=32.3471;RBI=0.00506248;REFB=-0.0394204;REVB=-0.00183923;RO=15;SAF=17;SAR=22;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160032;STB=0.508666;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0172058;OID=.;OPOS=11610052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:15:15:39:39:0.722222:22:17:7:8:22:17:7:8 chr18 11610073 . G A 373.15 PASS AF=0.660377;AO=35;DP=53;FAO=35;FDP=53;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0220446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.704;QD=28.1621;RBI=0.0231606;REFB=-0.00426318;REVB=-0.00710287;RO=17;SAF=15;SAR=20;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103064;STB=0.513804;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00230376;OID=.;OPOS=11610073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:17:18:35:35:0.660377:20:15:7:10:20:15:7:11 chr18 11610163 . G C 446.86 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1812;QD=57.6598;RBI=0.0566973;REFB=0;REVB=0.0522267;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00145871;OID=.;OPOS=11610163;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr18 11610332 . G T 68.44 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=15;FWDB=-0.0180771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.701;QD=5.70333;RBI=0.019646;REFB=-0.00461258;REVB=0.00769299;RO=34;SAF=4;SAR=6;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224598;STB=0.658232;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0323617;OID=.;OPOS=11610332;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:34:38:10:10:0.208333:6:4:20:14:6:4:23:15 chr18 11610348 . AG A,AA 408.82 PASS AF=0.560976,0.243902;AO=8,25;DP=43;FAO=23,10;FDP=41;FR=.;FRO=8;FSAF=10,9;FSAR=13,1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00825562,-0.0532562;FXX=0.0465008;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=71.1534,72.7629;QD=39.8852;RBI=0.0400199,0.103545;REFB=-0.0217841,0.0934636;REVB=-0.0391592,-0.0887993;RO=8;SAF=4,15;SAR=4,10;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0.0457865;STB=0.517031,0.775174;STBP=0.785,0.043;TYPE=del,snp;VARB=0.000221309,0.144027;OID=.,.;OPOS=11610349,11610349;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.560976,0.243902:8,25:43:23,10:41:8:10,9:13,1:4:4:45:8:4,15:4,10:4:4 chr18 11610362 . G C 277.17 PASS AF=0.684211;AO=24;DP=36;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0231859;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=166.471;QD=29.1761;RBI=0.0233499;REFB=-0.0152769;REVB=-0.00276273;RO=12;SAF=13;SAR=11;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756913;STB=0.550981;STBP=0.336;TYPE=snp;VARB=0.0119085;OID=.;OPOS=11610362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:38:12:12:24:26:0.684211:11:13:5:7:11:15:5:7 chr18 11610382 . C A 94.54 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0398586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4669;QD=21.009;RBI=0.0406511;REFB=-0.0543333;REVB=0.0079877;RO=7;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469824;STB=0.526832;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.0367663;OID=.;OPOS=11610382;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:7:4:3:4:7:4:3:4 chr18 11619552 . C T 130.32 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00301977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.407;QD=43.4392;RBI=0.0430422;REFB=0;REVB=0.0429361;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000815066;OID=.;OPOS=11619552;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:10:12:1:5:5:0:0:6:6:0:0 chr18 11619799 . ATGT A 525.42 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=39;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.035927;FXX=0.0499875;HRUN=1;LEN=3;MLLD=232.193;QD=55.3076;RBI=0.0653228;REFB=-0.0789263;REVB=0.0545556;RO=2;SAF=15;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0425118;STB=0.522715;STBP=0.297;TYPE=del;VARB=0.00313464;OID=.;OPOS=11619800;OREF=TGT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.947368:36:39:36:38:2:15:21:0:2:9:2:15:21:0:2 chr18 11625886 . T C 942.35 PASS AF=0.943662;AO=67;DP=71;FAO=67;FDP=71;FR=.;FRO=4;FSAF=45;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0340922;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7376;QD=53.0902;RBI=0.0505873;REFB=-0.0579601;REVB=-0.0373738;RO=3;SAF=45;SAR=22;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306614;STB=0.510877;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0102028;OID=.;OPOS=11625886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:71:71:3:4:67:67:0.943662:22:45:1:2:22:45:2:2 chr18 11639356 . G C 1473.32 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010941;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.475;QD=63.3684;RBI=0.0567437;REFB=0;REVB=0.0556789;RO=0;SAF=50;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.13571e-05;OID=.;OPOS=11639356;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:93:0:0:92:93:1:42:50:0:0:43:50:0:0 chr18 11853053 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.5;QD=56.1895;RBI=0.0260445;REFB=0;REVB=0.0185979;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000114249;OID=.;OPOS=11853053;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:15:13:0:0:15:13:0:0 chr18 11853731 . A G 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00799601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.353;QD=58.5867;RBI=0.00913143;REFB=0;REVB=0.00440985;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.52602e-05;OID=.;OPOS=11853731;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr18 11885084 . T C 355.14 PASS AF=0.638298;AO=29;DP=46;FAO=30;FDP=47;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0145861;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.919;QD=30.225;RBI=0.0146938;REFB=-0.0156536;REVB=-0.00177571;RO=17;SAF=12;SAR=17;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0844232;STB=0.540514;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0109318;OID=.;OPOS=11885084;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:17:17:29:30:0.638298:17:12:5:12:18:12:5:12 chr18 11886563 . C G 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.449;QD=58.4195;RBI=0.0254466;REFB=0;REVB=0.0104048;RO=0;SAF=32;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.32639e-05;OID=.;OPOS=11886563;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:31:32:0:0:31:32:0:0 chr18 11889467 . C T 201.34 PASS AF=0.678571;AO=19;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0433322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.5522;QD=28.763;RBI=0.0478549;REFB=0.03503;REVB=0.020308;RO=9;SAF=17;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350839;STB=0.698373;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=-0.0559183;OID=.;OPOS=11889467;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:9:9:19:19:0.678571:2:17:5:4:2:17:5:4 chr18 11893554 . C G 120.76 PASS AF=0.65;AO=10;DP=17;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0913853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.995;QD=24.1518;RBI=0.0965152;REFB=-0.0110516;REVB=-0.0310469;RO=6;SAF=4;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459658;STB=0.562406;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0142058;OID=.;OPOS=11893554;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:17:20:6:7:10:13:0.65:6:4:2:4:7:6:2:5 chr18 11999115 . T C 267.4 PASS AF=0.88;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=25;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0167409;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.378;QD=42.7833;RBI=0.0178934;REFB=0.0428312;REVB=0.00631788;RO=3;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110556;STB=0.559946;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=-0.0102595;OID=.;OPOS=11999115;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:25:25:3:3:22:22:0.88:11:11:0:3:11:11:0:3 chr18 12094031 . G T 90.95 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0951996;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.3486;QD=17.3237;RBI=0.095657;REFB=-0.0403217;REVB=0.0093434;RO=9;SAF=8;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241378;STB=0.666349;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0340043;OID=.;OPOS=12094031;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:21:21:9:10:11:11:0.52381:3:8:4:5:3:8:4:6 chr18 12274104 . G T 193.43 PASS AF=0.703704;AO=17;DP=26;FAO=19;FDP=27;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0695625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8456;QD=28.6558;RBI=0.0748391;REFB=-0.0183931;REVB=0.0276035;RO=8;SAF=10;SAR=7;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0982288;STB=0.552791;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0010492;OID=.;OPOS=12274104;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:26:27:8:8:17:19:0.703704:7:10:6:2:8:11:6:2 chr18 12348285 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4544;QD=54.517;RBI=0.0393599;REFB=0;REVB=-0.0121369;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00105667;OID=.;OPOS=12348285;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr18 12351342 . C T 785.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0428088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.77;QD=64.1532;RBI=0.0428386;REFB=0;REVB=0.00159588;RO=0;SAF=16;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151856;OID=.;OPOS=12351342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:33:16:0:0:33:16:0:0 chr18 12760740 . T A 367.29 PASS AF=0.714286;AO=30;DP=42;FAO=30;FDP=42;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0880173;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.8396;QD=34.98;RBI=0.128063;REFB=-0.0149559;REVB=-0.093022;RO=11;SAF=15;SAR=15;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0672509;STB=0.547588;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00579915;OID=.;OPOS=12760740;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:11:12:30:30:0.714286:15:15:7:4:15:15:8:4 chr18 12984144 . C A 428.34 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157104;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0455;QD=57.1115;RBI=0.0205787;REFB=0;REVB=0.0132916;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203915;OID=.;OPOS=12984144;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:19:10:0:0:19:11:0:0 chr18 13001512 . G C 557.14 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0206673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.097;QD=60.2308;RBI=0.0214044;REFB=0;REVB=0.00556872;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.54185e-05;OID=.;OPOS=13001512;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr18 13001523 . G A 105.32 PASS AF=0.342105;AO=12;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=-0.0207352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.589;QD=11.0865;RBI=0.0207616;REFB=-0.00627193;REVB=0.00104685;RO=25;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0664102;STB=0.517215;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.0117192;OID=.;OPOS=13001523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:12:13:0.342105:7:5:9:16:8:5:9:16 chr18 13038431 . A G 376.6 PASS AF=0.673913;AO=31;DP=46;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=2;FWDB=0.0116519;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.0011;QD=32.7479;RBI=0.0666536;REFB=0.00867831;REVB=0.0656273;RO=15;SAF=13;SAR=18;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262213;STB=0.642768;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.00294765;OID=.;OPOS=13038431;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:15:31:31:0.673913:18:13:13:2:18:13:13:2 chr18 13068132 . T C 936.91 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0613686;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.953;QD=58.5567;RBI=0.0667028;REFB=0;REVB=0.0261372;RO=0;SAF=34;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115792;OID=.;OPOS=13068132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:64:0:0:58:64:1:24:34:0:0:24:40:0:0 chr18 13069782 . C T 393.3 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.446;QD=56.1863;RBI=0.0194406;REFB=0;REVB=0.00989803;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152664;OID=.;OPOS=13069782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr18 13092424 . G A 323.74 PASS AF=0.72973;AO=27;DP=36;FAO=27;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0434331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.776;QD=34.9985;RBI=0.0437059;REFB=-0.0290622;REVB=0.0048757;RO=9;SAF=13;SAR=14;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339869;STB=0.505006;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=0.0105364;OID=.;OPOS=13092424;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:37:9:10:27:27:0.72973:14:13:5:4:14:13:5:5 chr18 13095609 . T C 1455.45 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=93;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0490625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.86;QD=61.9339;RBI=0.0537768;REFB=-0.131408;REVB=0.0220185;RO=1;SAF=41;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114219;STB=0.505881;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000273555;OID=.;OPOS=13095609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:93:94:1:1:92:93:0.989362:51:41:1:0:51:42:1:0 chr18 13100451 . A G 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00154902;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.068;QD=19.9285;RBI=0.00190347;REFB=0.0118381;REVB=0.00110623;RO=9;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791542;STB=0.545376;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=-0.00804844;OID=.;OPOS=13100451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:9:3:3:6:9:3:3:6 chr18 13116432 . G T 1573.46 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0148435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=221.087;QD=58.8209;RBI=0.0148677;REFB=-0.0686168;REVB=-0.000847352;RO=1;SAF=47;SAR=59;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00999073;STB=0.505262;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00012296;OID=.;OPOS=13116432;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:59:47:1:0:59:47:1:0 chr18 14105016 . C A 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0268777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.091;QD=21.0128;RBI=0.111748;REFB=-0.0119066;REVB=-0.108468;RO=7;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0585073;STB=0.533274;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.00431941;OID=.;OPOS=14105016;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:7:4:2:5:7:4:2:5 chr18 14105853 . C A 361.05 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=30;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0358558;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6448;QD=49.7994;RBI=0.0360192;REFB=-0.0147908;REVB=-0.00342756;RO=2;SAF=12;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0071931;STB=0.503873;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00315373;OID=.;OPOS=14105853;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:30:29:2:2:27:27:0.931034:15:12:1:1:15:12:1:1 chr18 14105923 . T C 370.36 PASS AF=0.964286;AO=24;DP=31;FAO=27;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0263816;FXX=0.0344709;HRUN=7;LEN=1;MLLD=269.066;QD=52.909;RBI=0.03175;REFB=-0.124747;REVB=-0.0176657;RO=3;SAF=13;SAR=11;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042859;STB=0.518505;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0002589;OID=.;OPOS=14105923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:28:3:1:24:27:0.964286:11:13:1:2:13:14:0:1 chr18 14184006 . G C 51.75 PASS AF=0.296296;AO=7;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0443827;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.0346;QD=7.66656;RBI=0.0966639;REFB=-0.00175105;REVB=0.0858725;RO=20;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0946595;STB=0.504938;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00288993;OID=.;OPOS=14184006;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:27:27:20:19:7:8:0.296296:4:3:7:13:5:3:7:12 chr18 14184078 . G GC 36.27 PASS AF=0.233333;AO=3;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=0.0179636;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=196.746;QD=4.83635;RBI=0.0297089;REFB=-0.00678763;REVB=-0.0236628;RO=27;SAF=1;SAR=2;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454539;STB=0.673054;STBP=0.405;TYPE=ins;VARB=0.021759;OID=.;OPOS=14184079;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.233333:3:30:7:30:23:3:4:5:18:36:27:1:2:8:19 chr18 14186497 . G C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00194543;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.92;QD=59.018;RBI=0.02051;REFB=0;REVB=-0.0204175;RO=0;SAF=12;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.88619e-05;OID=.;OPOS=14186497;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:22:12:0:0:22:12:0:0 chr18 14187304 . G A 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.00695623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.195;QD=8.81109;RBI=0.0264451;REFB=-0.000288263;REVB=-0.0255138;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141704;STB=0.58795;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.000252782;OID=.;OPOS=14187304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:7:4:3:3:7:4 chr18 14542979 . A G 72.99 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0066148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.371;QD=22.4577;RBI=0.0257145;REFB=-0.00422244;REVB=0.0248492;RO=4;SAF=7;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212429;STB=0.512168;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00318623;OID=.;OPOS=14542979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:2:7:3:1:2:7:3:1 chr18 14542995 . C T 135.76 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0081696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.516;QD=27.1516;RBI=0.0719577;REFB=0.0288565;REVB=0.0714925;RO=6;SAF=9;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139697;STB=0.507801;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=-0.00510905;OID=.;OPOS=14542995;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:5:9:4:2:5:9:4:2 chr18 14542999 . G A 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.000594803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.2541;QD=20.2098;RBI=0.0716374;REFB=-0.00985872;REVB=-0.0716349;RO=9;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0214541;STB=0.545383;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0107894;OID=.;OPOS=14542999;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:9:10:13:13:0.565217:4:9:6:3:4:9:6:4 chr18 14543139 . T C 113.61 PASS AF=0.280702;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=57;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0472785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.85;QD=7.97254;RBI=0.0565164;REFB=-0.021409;REVB=-0.0309653;RO=40;SAF=8;SAR=8;SRF=24;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118568;STB=0.578851;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0539907;OID=.;OPOS=14543139;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:40:41:16:16:0.280702:8:8:24:16:8:8:25:16 chr18 14759244 . G C 62.38 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.00824975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.761;QD=7.79716;RBI=0.00911838;REFB=-0.00218916;REVB=0.00388414;RO=23;SAF=7;SAR=2;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279278;STB=0.67699;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00480357;OID=.;OPOS=14759244;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:32:32:23:23:9:9:0.28125:2:7:13:10:2:7:13:10 chr18 14779969 . C G 322.25 PASS AF=0.608696;AO=28;DP=46;FAO=28;FDP=46;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00668981;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=254.879;QD=28.0215;RBI=0.00772078;REFB=-0.0193824;REVB=-0.00385447;RO=18;SAF=9;SAR=19;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0536084;STB=0.529595;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0126567;OID=.;OPOS=14779969;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:18:18:28:28:0.608696:19:9:7:11:19:9:7:11 chr18 14796214 . G T 214.1 PASS AF=0.617647;AO=20;DP=33;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0189009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.031;QD=25.1886;RBI=0.0237547;REFB=-0.0253296;REVB=0.0143889;RO=13;SAF=10;SAR=10;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191267;STB=0.611009;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0180351;OID=.;OPOS=14796214;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:13:13:20:21:0.617647:10:10:10:3:11:10:10:3 chr18 14814651 . G T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0097229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.862;QD=37.4885;RBI=0.0144048;REFB=0;REVB=-0.0106284;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.47564e-06;OID=.;OPOS=14814651;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr18 14848820 . C T 111.59 PASS AF=0.433333;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00039979;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.276;QD=14.879;RBI=0.0237422;REFB=0.00339893;REVB=0.0237388;RO=11;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513374;STB=0.56561;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.000698819;OID=.;OPOS=14848820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:11:17:13:13:0.433333:4:9:7:4:4:9:10:7 chr18 14848821 . G A 134.51 PASS AF=0.483871;AO=12;DP=28;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00552284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.569;QD=17.3564;RBI=0.0179856;REFB=-0.0217101;REVB=0.0171167;RO=15;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224352;STB=0.580682;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0113527;OID=.;OPOS=14848821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:31:15:16:12:15:0.483871:6:6:11:4:7:8:11:5 chr18 14850375 . G A 129.28 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0213713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.835;QD=21.5467;RBI=0.0215673;REFB=-0.0235224;REVB=-0.00290099;RO=10;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175524;STB=0.59985;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0128008;OID=.;OPOS=14850375;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:10:4:5:5:10:4:5:5 chr18 18529872 . A G 46.84 PASS AF=0.138462;AO=8;DP=64;FAO=9;FDP=65;FR=.;FRO=56;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=29;FWDB=0.00225525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.813;QD=2.88244;RBI=0.00303555;REFB=-0.00615533;REVB=-0.00203185;RO=56;SAF=3;SAR=5;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129609;STB=0.631281;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.0271145;OID=.;OPOS=18529872;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:64:65:56:56:8:9:0.138462:5:3:27:29:6:3:27:29 chr18 18529880 . G A 46.16 PASS AF=0.136364;AO=9;DP=66;FAO=9;FDP=66;FR=.;FRO=57;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=-0.0238403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.813;QD=2.79769;RBI=0.0348713;REFB=-0.000448379;REVB=-0.025449;RO=56;SAF=3;SAR=6;SRF=27;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184534;STB=0.638861;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.00201967;OID=.;OPOS=18529880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:66:66:56:57:9:9:0.136364:6:3:27:29:6:3:28:29 chr18 18624128 . T C 45.88 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=55;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.00802495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.128;QD=3.33641;RBI=0.0107985;REFB=-0.0033846;REVB=0.0072255;RO=47;SAF=2;SAR=6;SRF=27;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.385489;STB=0.769257;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0183557;OID=.;OPOS=18624128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:55:55:47:47:8:8:0.145455:6:2:27:20:6:2:27:20 chr18 19034556 . T C 1155.35 PASS AF=0.671053;AO=100;DP=151;FAO=102;FDP=152;FR=.;FRO=50;FSAF=48;FSAR=54;FSRF=20;FSRR=30;FWDB=0.0405291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.76;QD=30.4039;RBI=0.0423157;REFB=-0.0185277;REVB=-0.012166;RO=48;SAF=46;SAR=54;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263701;STB=0.52336;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00884819;OID=.;OPOS=19034556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:151:152:48:50:100:102:0.671053:54:46:20:28:54:48:20:30 chr18 19079853 . A G 1380.95 PASS AF=1;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239064;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.414;QD=62.7704;RBI=0.0257912;REFB=0;REVB=0.00967823;RO=0;SAF=35;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.63392e-05;OID=.;OPOS=19079853;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:88:88:1:53:35:0:0:53:35:0:0 chr18 19088559 . GGCCCCCCT GCCCCCT,GGCCCCCT,GGCCCCCTG,GGGCCCCCT 55.6 PASS AF=0.181818,0.151515,0.030303,0;AO=5,7,2,2;DP=33;FAO=6,5,1,0;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=1,2,0,0;FSAR=5,3,1,0;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.0610092,0.0616755,0.0149277,-0.00266513;FXX=0;HRUN=4,6,6,6;LEN=2,1,2,1;MLLD=23.1157,11.0533,22.2781,17.6637;QD=6.7389;RBI=0.0665391,0.0909432,0.015303,0.0921785;REFB=-0.0383457,-0.0804005,-0.0550489,-0.0377001;REVB=-0.0265581,0.0668341,-0.00336829,0.0921399;RO=14;SAF=1,2,0,2;SAR=4,5,2,0;SRF=7;SRR=7;SSEN=0.466357,0.54717,0,0;SSEP=0,0.672727,0,0;SSSB=-0.362145,-0.242376,-0.547468,0.547468;STB=0.798935,0.599601,0.990169,0.5;STBP=0.134,0.691,0.464,1;TYPE=del,del,mnp,snp;VARB=0.144467,0.129096,-0.00633793,0;OID=.,.,.,.;OPOS=19088560,19088561,19088566,19088561;OREF=GC,C,CT,C;OALT=-,-,TG,G;OMAPALT=GCCCCCT,GGCCCCCT,GGCCCCCTG,GGGCCCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.181818,0.151515,0.030303,0:5,7,2,2:33:6,5,1,0:33:21:1,2,0,0:5,3,1,0:11:10:20:14:1,2,0,2:4,5,2,0:7:7 chr18 19100758 . A ATCT 245.44 PASS AF=0.460317;AO=25;DP=68;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=4;FSAR=25;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=-0.0456029;FXX=0.0596926;HRUN=1;LEN=3;MLLD=134.585;QD=15.5834;RBI=0.0589173;REFB=-0.0289731;REVB=-0.0373046;RO=38;SAF=4;SAR=21;SRF=29;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.617293;STB=0.85009;STBP=0;TYPE=ins;VARB=0.0409116;OID=.;OPOS=19100759;OREF=-;OALT=TCT;OMAPALT=ATCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.460317:25:68:29:63:34:4:25:26:8:99:38:4:21:29:9 chr18 19119974 . GATATATATATATATATAT CGTATATATATATATATAT,GATATATATATATATAT,GATATATATATATATATAC 1057.63 PASS AF=0,0.915493,0.084507;AO=3,42,16;DP=75;FAO=0,65,6;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=0,38,4;FSAR=0,27,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0507281,0.218862,0.228356;FXX=0.077912;HRUN=1,1,1;LEN=2,2,1;MLLD=137.374,58.1475,44.5616;QD=59.585;RBI=0.0536699,0.241234,0.239953;REFB=0,0,0;REVB=0.0175247,0.101455,0.0736949;RO=0;SAF=0,24,14;SAR=3,18,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,-0.000675039,0.0400405;OID=.,.,.;OPOS=19119974,19119975,19119992;OREF=GA,AT,T;OALT=CG,-,C;OMAPALT=CGTATATATATATATATAT,GATATATATATATATAT,GATATATATATATATATAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:45:75:71:0:0:3,42,16:0,65,6:0,0.915493,0.084507:3,18,2:0,24,14:0:0:0,27,2:0,38,4:0:0 chr18 19153494 . C T 1541.9 PASS AF=0.981308;AO=104;DP=107;FAO=105;FDP=107;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00553362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.482;QD=57.641;RBI=0.00836364;REFB=-0.0248207;REVB=0.00627133;RO=1;SAF=54;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00870688;STB=0.508927;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.000178207;OID=.;OPOS=19153494;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:107:107:1:2:104:105:0.981308:50:54:1:0:50:55:2:0 chr18 19154143 . G A 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0183923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.715;QD=15.9165;RBI=0.0191511;REFB=0.0094815;REVB=0.00533735;RO=14;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298971;STB=0.502758;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=-0.0211725;OID=.;OPOS=19154143;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:15:13:13:0.464286:7:6:6:8:7:6:7:8 chr18 19373962 . T TATG 454.84 PASS AF=0.589041;AO=42;DP=77;FAO=43;FDP=73;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.00759088;FXX=0.0266631;HRUN=0;LEN=3;MLLD=219.927;QD=24.9229;RBI=0.00906241;REFB=-0.00720488;REVB=0.00495034;RO=31;SAF=16;SAR=26;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0312073;STB=0.512385;STBP=0.797;TYPE=ins;VARB=0.00558917;OID=.;OPOS=19373963;OREF=-;OALT=ATG;OMAPALT=TATG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.589041:42:77:43:73:30:17:26:11:19:99:31:16:26:13:18 chr18 19450303 . A G 92.9 PASS AF=0.245283;AO=13;DP=52;FAO=13;FDP=53;FR=.;FRO=40;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=24;FWDB=-0.0223655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.205;QD=7.01163;RBI=0.0474334;REFB=-0.00257871;REVB=0.0418296;RO=39;SAF=4;SAR=9;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102833;STB=0.5768;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=0.00872666;OID=.;OPOS=19450303;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:52:53:39:40:13:13:0.245283:9:4:15:24:9:4:16:24 chr18 19450386 . T C 349.68 PASS AF=0.641509;AO=33;DP=50;FAO=34;FDP=53;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.00572338;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=95.2771;QD=26.3907;RBI=0.00572995;REFB=-0.0109585;REVB=0.000274263;RO=17;SAF=11;SAR=22;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277495;STB=0.50605;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.00714568;OID=.;OPOS=19450386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:17:19:33:34:0.641509:22:11:5:12:22:12:7:12 chr18 19508949 . G A 450.9 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429808;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.706;QD=58.181;RBI=0.0453158;REFB=0;REVB=0.0143586;RO=0;SAF=8;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000276281;OID=.;OPOS=19508949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:22:8:0:0:23:8:0:0 chr18 19710668 . A C 140.99 PASS AF=0.28169;AO=20;DP=71;FAO=20;FDP=71;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.00676772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.3444;QD=7.94311;RBI=0.0319217;REFB=-0.012994;REVB=0.0311961;RO=51;SAF=12;SAR=8;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244865;STB=0.646267;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0345568;OID=.;OPOS=19710668;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:51:51:20:20:0.28169:8:12:20:31:8:12:20:31 chr18 19840623 . A G 982.02 PASS AF=0.971429;AO=66;DP=67;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0487716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2842;QD=56.1156;RBI=0.0507195;REFB=-0.146909;REVB=0.0139212;RO=1;SAF=25;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0185226;STB=0.503551;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00499677;OID=.;OPOS=19840623;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:70:1:2:66:68:0.971429:41:25:1:0:42:26:1:1 chr18 19995753 . T C 188.8 PASS AF=0.328947;AO=24;DP=74;FAO=25;FDP=76;FR=.;FRO=51;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=0.00965012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.645;QD=9.93673;RBI=0.0153782;REFB=-0.00513026;REVB=-0.0119734;RO=50;SAF=6;SAR=18;SRF=16;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100365;STB=0.578741;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.0115245;OID=.;OPOS=19995753;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:50:51:24:25:0.328947:18:6:16:34:19:6:17:34 chr18 19996011 . G A 83.89 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=33;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0249996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.2908;QD=10.1681;RBI=0.0843361;REFB=0.0132224;REVB=0.0805457;RO=22;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0833e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0203253;OID=.;OPOS=19996011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:22:22:11:11:0.333333:6:5:10:12:6:5:10:12 chr18 20953720 . G A 419.17 PASS AF=0.703704;AO=38;DP=54;FAO=38;FDP=54;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0205797;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0701;QD=31.0498;RBI=0.0594745;REFB=-0.0343362;REVB=0.0558005;RO=16;SAF=10;SAR=28;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15285;STB=0.583287;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0149787;OID=.;OPOS=20953720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:16:16:38:38:0.703704:28:10:8:8:28:10:8:8 chr18 21017836 . T C 727.78 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.862;QD=63.2853;RBI=0.0199866;REFB=0;REVB=0.0128969;RO=0;SAF=19;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.15971e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.36745e-05;OID=.;OPOS=21017836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:26:19:0:0:26:20:0:0 chr18 21100240 . C T 922.11 PASS AF=0.559748;AO=89;DP=159;FAO=89;FDP=159;FR=.;FRO=70;FSAF=44;FSAR=45;FSRF=41;FSRR=29;FWDB=-0.00643417;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=156.013;QD=23.1977;RBI=0.026951;REFB=-0.0270162;REVB=0.0261717;RO=69;SAF=44;SAR=45;SRF=40;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0683593;STB=0.540169;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0249911;OID=.;OPOS=21100240;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:69:70:89:89:0.559748:45:44:40:29:45:44:41:29 chr18 21109250 . T C 572.66 PASS AF=0.774194;AO=20;DP=63;FAO=48;FDP=62;FR=.;FRO=14;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0485151;FXX=0.0158705;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.882;QD=36.9458;RBI=0.050073;REFB=-0.0270834;REVB=0.0123933;RO=14;SAF=9;SAR=11;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180237;STB=0.573499;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0130745;OID=.;OPOS=21109250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:63:62:14:14:20:48:0.774194:11:9:3:11:22:26:3:11 chr18 21124945 . C G 437.23 PASS AF=0.575342;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=73;FR=.;FRO=31;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0391352;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6824;QD=23.9579;RBI=0.0414452;REFB=-0.00688293;REVB=-0.0136434;RO=31;SAF=25;SAR=17;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142222;STB=0.507803;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.00371868;OID=.;OPOS=21124945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:31:31:42:42:0.575342:17:25:19:12:17:25:19:12 chr18 21413869 . T C 2509.83 PASS AF=1;AO=141;DP=163;FAO=163;FDP=163;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=62;FSAR=101;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.542;QD=61.5909;RBI=0.0752438;REFB=0;REVB=0.0737573;RO=0;SAF=62;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000556046;OID=.;OPOS=21413869;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:163:163:0:0:141:163:1:79:62:0:0:101:62:0:0 chr18 21422596 . GC CG 31.52 PASS AF=0.0666667;AO=4;DP=61;FAO=4;FDP=60;FR=.,HEALED;FRO=51;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=42;FSRR=9;FWDB=-0.0370544;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=2;MLLD=37.9987;QD=2.10116;RBI=0.0563362;REFB=-0.0283063;REVB=0.0424351;RO=32;SAF=3;SAR=1;SRF=26;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103456;STB=0.599564;STBP=0.841;TYPE=mnp;VARB=0.115089;OID=.;OPOS=21422596;OREF=GC;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:61:60:32:51:4:4:0.0666667:1:3:26:6:1:3:42:9 chr18 21437931 . G C 487.75 PASS AF=0.333333;AO=61;DP=183;FAO=61;FDP=183;FR=.;FRO=122;FSAF=41;FSAR=20;FSRF=57;FSRR=65;FWDB=0.000490942;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.401;QD=10.6612;RBI=0.0112683;REFB=-0.00778716;REVB=-0.0112576;RO=120;SAF=41;SAR=20;SRF=57;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233647;STB=0.63999;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0178758;OID=.;OPOS=21437931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:183:183:120:122:61:61:0.333333:20:41:57:63:20:41:57:65 chr18 21441717 . C T 42.64 PASS AF=0.205882;AO=7;DP=34;FAO=7;FDP=34;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0379118;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.5242;QD=5.01617;RBI=0.046593;REFB=-0.0143872;REVB=-0.0270851;RO=27;SAF=6;SAR=1;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417836;STB=0.786946;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0355123;OID=.;OPOS=21441717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:34:34:27:27:7:7:0.205882:1:6:15:12:1:6:15:12 chr18 21511089 . A G 2511.01 PASS AF=0.993939;AO=163;DP=163;FAO=164;FDP=165;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=79;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0574053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.705;QD=60.8729;RBI=0.0575234;REFB=-0.0867294;REVB=0.00368344;RO=0;SAF=84;SAR=79;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.36235e-08;STB=0.502924;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000262555;OID=.;OPOS=21511089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:163:165:0:1:163:164:0.993939:79:84:0:0:79:85:1:0 chr18 21710321 . C T 2769.27 PASS AF=1;AO=177;DP=177;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=65;FSAR=112;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0188319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.731;QD=62.5825;RBI=0.0268127;REFB=0;REVB=-0.0190862;RO=0;SAF=65;SAR=112;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.58878e-05;OID=.;OPOS=21710321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:177:177:0:0:177:177:1:112:65:0:0:112:65:0:0 chr18 21739725 . T C 1020.95 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00550143;FXX=0.0422476;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.002;QD=60.0558;RBI=0.00582879;REFB=0;REVB=-0.00192587;RO=0;SAF=28;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.37626e-05;OID=.;OPOS=21739725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:68:0:0:69:68:1:41:28:0:0:40:28:0:0 chr18 21759055 . G C 1838.12 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=120;FDP=120;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.961;QD=61.2707;RBI=0.0151567;REFB=0;REVB=0.00717114;RO=0;SAF=71;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.21453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.67354e-05;OID=.;OPOS=21759055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:120:0:0:117:120:1:46:71:0:0:48:72:0:0 chr18 21759190 . G C 293.85 PASS AF=0.735294;AO=25;DP=34;FAO=25;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.0224359;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.0509;QD=34.5703;RBI=0.0431882;REFB=-0.0110162;REVB=0.0369033;RO=8;SAF=6;SAR=19;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00606655;STB=0.506488;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00243154;OID=.;OPOS=21759190;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:8:9:25:25:0.735294:19:6:2:6:19:6:2:7 chr18 22009559 . CTTAA C 149.12 PASS AF=0.276423;AO=34;DP=135;FAO=34;FDP=123;FR=.;FRO=89;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=28;FSRR=61;FWDB=-0.00375328;FXX=0.0681767;HRUN=2;LEN=4;MLLD=201.239;QD=4.8493;RBI=0.017084;REFB=0.00215042;REVB=0.0166666;RO=92;SAF=12;SAR=22;SRF=28;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669835;STB=0.530899;STBP=0.718;TYPE=del;VARB=-0.00291267;OID=.;OPOS=22009560;OREF=TTAA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.276423:34:135:34:123:89:12:22:28:61:99:92:12:22:28:64 chr18 22020543 . C G 158.36 PASS AF=0.278481;AO=22;DP=80;FAO=22;FDP=79;FR=.;FRO=57;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=33;FWDB=-0.0337795;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.518;QD=8.01832;RBI=0.0341547;REFB=-0.00452238;REVB=0.00504852;RO=56;SAF=8;SAR=14;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0816075;STB=0.543649;STBP=0.664;TYPE=snp;VARB=0.0105128;OID=.;OPOS=22020543;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:56:57:22:22:0.278481:14:8:24:32:14:8:24:33 chr18 23597811 . T C 874.31 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00191904;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.801;QD=56.4068;RBI=0.0484305;REFB=-0.113;REVB=0.0483925;RO=1;SAF=44;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106073;STB=0.505616;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.000565226;OID=.;OPOS=23597811;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:60:61:0.983871:16:44:1:0:17:44:1:0 chr18 23873463 . T C 3788.1 PASS AF=1;AO=237;DP=239;FAO=238;FDP=238;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125036;FXX=0.00833299;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.052;QD=63.6656;RBI=0.0207894;REFB=0;REVB=0.0166091;RO=0;SAF=96;SAR=141;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80792e-05;OID=.;OPOS=23873463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:239:238:0:0:237:238:1:141:96:0:0:141:97:0:0 chr18 23879134 . T C 445.66 PASS AF=0.941176;AO=32;DP=34;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00437958;FXX=0;HRUN=10;LEN=1;MLLD=340.379;QD=52.43;RBI=0.00963763;REFB=0.0210038;REVB=-0.00858506;RO=1;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0301077;STB=0.53123;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=-0.000674177;OID=.;OPOS=23879134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:34:34:1:2:32:32:0.941176:15:17:0:1:15:17:0:2 chr18 24035399 . A G 579.61 PASS AF=0.975;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00422814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.409;QD=57.961;RBI=0.0570554;REFB=0.0411797;REVB=-0.0568985;RO=1;SAF=15;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302093;STB=0.515144;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.00183655;OID=.;OPOS=24035399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:38:39:0.975:23:15:1:0:23:16:1:0 chr18 24269375 . C T 713.72 PASS AF=0.522059;AO=70;DP=136;FAO=71;FDP=136;FR=.;FRO=65;FSAF=24;FSAR=47;FSRF=25;FSRR=40;FWDB=0.000647045;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.1696;QD=20.9916;RBI=0.0321923;REFB=-0.0253198;REVB=0.0321858;RO=64;SAF=24;SAR=46;SRF=24;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0306545;STB=0.524475;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0203134;OID=.;OPOS=24269375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:64:65:70:71:0.522059:46:24:24:40:47:24:25:40 chr18 24445692 . C T 883.42 PASS AF=0.592593;AO=80;DP=136;FAO=80;FDP=135;FR=.;FRO=55;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=23;FSRR=32;FWDB=-0.0163338;FXX=0.0073524;HRUN=4;LEN=1;MLLD=210.293;QD=26.1755;RBI=0.0171133;REFB=-0.0287075;REVB=0.00510586;RO=55;SAF=36;SAR=44;SRF=23;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241637;STB=0.513125;STBP=0.714;TYPE=snp;VARB=0.0219078;OID=.;OPOS=24445692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:135:55:55:80:80:0.592593:44:36:23:32:44:36:23:32 chr18 25531125 . CTTTTTT CTTTCTT,C,CTT,CTTT 278.21 PASS AF=0.310345,0.0344828,0.586207,0.0689655;AO=5,3,5,4;DP=25;FAO=9,1,17,2;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,1,6,0;FSAR=9,0,11,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00777885,0.0560259,0.0837787,0.11064;FXX=0;HRUN=15,15,15,15;LEN=1,6,4,3;MLLD=137.233,17.1789,19.3607,14.2119;QD=38.3731;RBI=0.0578696,0.0688042,0.100604,0.137333;REFB=0,0,0,0;REVB=-0.0573444,-0.0399389,-0.0556984,-0.0813577;RO=0;SAF=0,1,1,1;SAR=5,2,4,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0,0,0,-4.86674e-08;STB=0.5,0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1,1;TYPE=snp,del,del,del;VARB=0.00659984,0.00231318,0.0290276,-0.0228261;OID=.,.,.,.;OPOS=25531129,25531126,25531126,25531126;OREF=T,TTTTTT,TTTT,TTT;OALT=C,-,-,-;OMAPALT=CTTTCTT,C,CTT,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.310345,0.0344828,0.586207,0.0689655:5,3,5,4:25:9,1,17,2:29:0:0,1,6,0:9,0,11,2:0:0:63:0:0,1,1,1:5,2,4,3:0:0 chr18 25531211 . T A,TA 64.55 PASS AF=0,0.444444;AO=4,7;DP=40;FAO=0,16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=0,2;FSAR=0,14;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=5.18444e-05,0.181761;FXX=0.0526177;HRUN=1,7;LEN=1,1;MLLD=207.395,10.3656;QD=7.17235;RBI=0.00815638,0.215262;REFB=-0.00803239,-0.0738903;REVB=0.00815621,0.115328;RO=27;SAF=1,0;SAR=3,7;SRF=4;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.18529,-0.629956;STB=0.5,0.583217;STBP=1,0.518;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.137666;OID=.,.;OPOS=25531211,25531212;OREF=T,-;OALT=A,A;OMAPALT=A,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:66:40:36:27:20:4,7:0,16:0,0.444444:3,7:1,0:4:23:0,14:0,2:4:16 chr18 25543387 . G A 290.71 PASS AF=0.29771;AO=39;DP=131;FAO=39;FDP=131;FR=.;FRO=92;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=53;FSRR=39;FWDB=0.011845;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.727;QD=8.87654;RBI=0.0228652;REFB=-0.00656756;REVB=-0.019558;RO=92;SAF=18;SAR=21;SRF=53;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136486;STB=0.57989;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0254804;OID=.;OPOS=25543387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:131:131:92:92:39:39:0.29771:21:18:53:39:21:18:53:39 chr18 25565082 . A G 2086.8 PASS AF=0.992754;AO=135;DP=138;FAO=137;FDP=138;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=72;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.042105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3718;QD=60.487;RBI=0.0469498;REFB=-0.0889085;REVB=0.0207714;RO=1;SAF=64;SAR=71;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736987;STB=0.503448;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.00140666;OID=.;OPOS=25565082;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:138:138:1:1:135:137:0.992754:71:64:1:0:72:65:0:1 chr18 25570228 . G C 2165.95 PASS AF=0.943396;AO=149;DP=159;FAO=150;FDP=159;FR=.;FRO=9;FSAF=72;FSAR=78;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00476396;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=244.051;QD=54.4893;RBI=0.012441;REFB=-0.0984448;REVB=0.0114927;RO=8;SAF=72;SAR=77;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.001625;STB=0.504282;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.000487952;OID=.;OPOS=25570228;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:159:159:8:9:149:150:0.943396:77:72:4:4:78:72:5:4 chr18 25616451 . A T 190.71 PASS AF=0.262626;AO=26;DP=99;FAO=26;FDP=99;FR=.;FRO=73;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=47;FWDB=0.00752404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.536;QD=7.70546;RBI=0.0108591;REFB=-0.00554595;REVB=0.00782996;RO=72;SAF=15;SAR=11;SRF=25;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27576;STB=0.658477;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0154781;OID=.;OPOS=25616451;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:72:73:26:26:0.262626:11:15:25:47:11:15:26:47 chr18 28570025 . G T 1051.13 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.029663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3236;QD=59.2185;RBI=0.0297399;REFB=0;REVB=-0.00213661;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000155114;OID=.;OPOS=28570025;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:39:31:0:0:39:32:0:0 chr18 28586964 . A G 1848.9 PASS AF=1;AO=117;DP=117;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210102;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.158;QD=61.1207;RBI=0.0410856;REFB=0;REVB=0.0353073;RO=0;SAF=52;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.10611e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177282;OID=.;OPOS=28586964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:121:0:0:117:121:1:65:52:0:0:70:51:0:0 chr18 28610988 . C T 524.16 PASS AF=0.78;AO=39;DP=50;FAO=39;FDP=50;FR=.;FRO=11;FSAF=23;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0163805;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.0061;QD=41.9326;RBI=0.0648001;REFB=0.0202019;REVB=-0.0626955;RO=5;SAF=23;SAR=16;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00224863;STB=0.510633;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=-0.034567;OID=.;OPOS=28610988;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:50:50:5:11:39:39:0.78:16:23:3:2:16:23:7:4 chr18 28611061 . A T 1001.48 PASS AF=1;AO=65;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0593574;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2257;QD=58.9108;RBI=0.0863485;REFB=0;REVB=0.0627117;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00165183;OID=.;OPOS=28611061;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:65:68:1:26:39:0:0:29:39:0:0 chr18 28611139 . A C 683.75 PASS AF=0.944444;AO=49;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0434085;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.5704;QD=50.6479;RBI=0.0507008;REFB=-0.103045;REVB=0.0261968;RO=3;SAF=19;SAR=30;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.068688;STB=0.514536;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.00267382;OID=.;OPOS=28611139;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:3:3:49:51:0.944444:30:19:3:0:30:21:2:1 chr18 28720147 . C T 2355.89 PASS AF=0.99359;AO=154;DP=157;FAO=155;FDP=156;FR=.;FRO=1;FSAF=89;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0255152;FXX=0.0126574;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.291;QD=60.4074;RBI=0.0263675;REFB=-0.0482647;REVB=-0.00665013;RO=0;SAF=88;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.26356e-08;STB=0.503759;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=5.65049e-05;OID=.;OPOS=28720147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:157:156:0:1:154:155:0.99359:66:88:0:0:66:89:0:1 chr18 28722039 . G A 143.4 PASS AF=0.289855;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=69;FR=.;FRO=49;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=-0.0675811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2281;QD=8.31315;RBI=0.0732907;REFB=-0.0205204;REVB=-0.0283604;RO=48;SAF=11;SAR=9;SRF=22;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108062;STB=0.557106;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0462569;OID=.;OPOS=28722039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:48:49:20:20:0.289855:9:11:22:26:9:11:23:26 chr18 28722103 . T C 137.44 PASS AF=0.292308;AO=18;DP=65;FAO=19;FDP=65;FR=.;FRO=46;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.000889905;FXX=0.0579626;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.906;QD=8.45808;RBI=0.0116633;REFB=-0.00651581;REVB=0.0116293;RO=41;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0353485;STB=0.527658;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0109245;OID=.;OPOS=28722103;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:41:46:18:19:0.292308:10:8:17:24:10:9:20:26 chr18 28734749 . A G 115.34 PASS AF=0.225;AO=17;DP=80;FAO=18;FDP=80;FR=.;FRO=62;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=42;FSRR=20;FWDB=0.0102669;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.122;QD=5.76695;RBI=0.016237;REFB=-0.00412578;REVB=-0.012579;RO=62;SAF=11;SAR=6;SRF=42;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0422467;STB=0.55533;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0144761;OID=.;OPOS=28734749;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:62:62:17:18:0.225:6:11:42:20:7:11:42:20 chr18 28898294 . A G 612.46 PASS AF=0.539823;AO=61;DP=113;FAO=61;FDP=113;FR=.;FRO=52;FSAF=21;FSAR=40;FSRF=29;FSRR=23;FWDB=-0.00661114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.111;QD=21.6799;RBI=0.008377;REFB=-0.0174538;REVB=0.00514461;RO=51;SAF=21;SAR=40;SRF=29;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192348;STB=0.601832;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0117392;OID=.;OPOS=28898294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:51:52:61:61:0.539823:40:21:29:22:40:21:29:23 chr18 28913599 . C T 479.25 PASS AF=0.482456;AO=50;DP=108;FAO=55;FDP=114;FR=.;FRO=59;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=28;FSRR=31;FWDB=-0.0072989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4865;QD=16.8156;RBI=0.0138707;REFB=-0.029072;REVB=-0.011795;RO=47;SAF=25;SAR=25;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280066;STB=0.500959;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0495383;OID=.;OPOS=28913599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:114:47:59:50:55:0.482456:25:25:25:22:29:26:28:31 chr18 28956904 . C T 226.58 PASS AF=0.397059;AO=27;DP=70;FAO=27;FDP=68;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.0051292;FXX=0.0285673;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.2677;QD=13.3282;RBI=0.0606895;REFB=-0.00990808;REVB=-0.0604723;RO=40;SAF=14;SAR=13;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330014;STB=0.510909;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=0.0274379;OID=.;OPOS=28956904;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:40:41:27:27:0.397059:13:14:22:18:13:14:22:19 chr18 28968369 . CGG CG,CGA 2547.24 PASS AF=0.0532544,0.946746;AO=35,132;DP=170;FAO=9,160;FDP=169;FR=.;FRO=0;FSAF=7,77;FSAR=2,83;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0362625,-0.0273657;FXX=0.00588201;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=22.4698,42.1689;QD=60.2898;RBI=0.0710661,0.198818;REFB=0,0;REVB=0.0611181,0.196926;RO=0;SAF=7,77;SAR=28,55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0539372,0.000489922;OID=.,.;OPOS=28968370,28968371;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=CG,CGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0532544,0.946746:35,132:170:9,160:169:0:7,77:2,83:0:0:18:0:7,77:28,55:0:0 chr18 28968959 . C T 785.08 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00244457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7148;QD=57.0964;RBI=0.0106453;REFB=0;REVB=0.0103609;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.9386e-05;OID=.;OPOS=28968959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:34:21:0:0:34:21:0:0 chr18 28986333 . A C 725.3 PASS AF=0.979167;AO=46;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0390976;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.93;QD=60.4419;RBI=0.0417613;REFB=-0.0305464;REVB=0.014676;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508768;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000789939;OID=.;OPOS=28986333;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:0:1:46:47:0.979167:27:19:0:0:28:19:0:1 chr18 29046606 . G A 458.77 PASS AF=0.556962;AO=44;DP=80;FAO=44;FDP=79;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0100699;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.27;QD=23.2288;RBI=0.0108623;REFB=-0.00126341;REVB=-0.00407257;RO=34;SAF=24;SAR=20;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107068;STB=0.50116;STBP=0.989;TYPE=snp;VARB=0.000766992;OID=.;OPOS=29046606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:79:34:35:44:44:0.556962:20:24:19:15:20:24:19:16 chr18 29055957 . A G 1652.8 PASS AF=0.990991;AO=108;DP=110;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0103412;FXX=0.0263135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2281;QD=59.5603;RBI=0.0322941;REFB=-0.097687;REVB=0.0305936;RO=0;SAF=49;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.62579e-08;STB=0.504131;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00168739;OID=.;OPOS=29055957;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:110:111:0:1:108:110:0.990991:59:49:0:0:60:50:0:1 chr18 29104698 . C T 129.45 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00591305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.35;QD=12.9451;RBI=0.0158661;REFB=-0.0158404;REVB=0.0147231;RO=25;SAF=6;SAR=9;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211241;STB=0.623599;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0177462;OID=.;OPOS=29104698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:9:6:15:10:9:6:15:10 chr18 29122799 . G A 53.99 PASS AF=0.347826;AO=7;DP=22;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0101198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.326;QD=9.38923;RBI=0.0306113;REFB=-0.0126741;REVB=0.0288902;RO=14;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.56739;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0220255;OID=.;OPOS=29122799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:22:23:14:15:7:8:0.347826:5:2:4:10:6:2:5:10 chr18 29126670 . T C 207.64 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=-0.0017857;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.168;QD=15.101;RBI=0.002159;REFB=-0.00753061;REVB=0.0012135;RO=31;SAF=7;SAR=17;SRF=9;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00161321;STB=0.500917;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=0.0120286;OID=.;OPOS=29126670;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:31:31:24:24:0.436364:17:7:9:22:17:7:9:22 chr18 29339910 . G T 283.95 PASS AF=0.884615;AO=23;DP=26;FAO=23;FDP=26;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0399849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.16;QD=43.6839;RBI=0.041182;REFB=-0.0234205;REVB=0.00985731;RO=3;SAF=3;SAR=20;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302969;STB=0.666495;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00423073;OID=.;OPOS=29339910;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:26:26:3:3:23:23:0.884615:20:3:3:0:20:3:3:0 chr18 29432624 . T C 59.39 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0384046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.8084;QD=15.8384;RBI=0.0537604;REFB=-0.00568301;REVB=0.03762;RO=7;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775671;STB=0.545344;STBP=0.781;TYPE=snp;VARB=0.00377258;OID=.;OPOS=29432624;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:5:3:2:5:5:3:2:5 chr18 29454644 . A G 157.34 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0055082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4056;QD=17.0094;RBI=0.0362125;REFB=-0.0230426;REVB=0.0357911;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0672545;STB=0.538417;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0209023;OID=.;OPOS=29454644;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:20:20:17:17:0.459459:9:8:8:12:9:8:8:12 chr18 29477770 . G A 236.06 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.00458298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2175;QD=19.2704;RBI=0.00462382;REFB=0.0138948;REVB=-0.000613206;RO=26;SAF=10;SAR=13;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254242;STB=0.514376;STBP=0.864;TYPE=snp;VARB=-0.015031;OID=.;OPOS=29477770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:13:10:12:14:13:10:12:14 chr18 29488804 . A G 324.23 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=75;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0156083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.3332;QD=17.2924;RBI=0.0191954;REFB=-0.0229253;REVB=0.0111734;RO=40;SAF=22;SAR=13;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781611;STB=0.543834;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0258186;OID=.;OPOS=29488804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:40:40:35:35:0.466667:13:22:22:18:13:22:22:18 chr18 29497573 . A G 1457.37 PASS AF=0.989362;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0226846;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.585;QD=62.0156;RBI=0.0343363;REFB=-0.0861429;REVB=0.0257758;RO=1;SAF=56;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00839173;STB=0.504424;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.000403996;OID=.;OPOS=29497573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:93:93:0.989362:37:56:1:0:37:56:1:0 chr18 29710880 . A AAG 217.83 PASS AF=0.28866;AO=27;DP=101;FAO=28;FDP=97;FR=.;FRO=69;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=0.0134651;FXX=0.029997;HRUN=2;LEN=2;MLLD=321.482;QD=8.9827;RBI=0.0136161;REFB=0.00271469;REVB=0.00202254;RO=71;SAF=14;SAR=13;SRF=29;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133277;STB=0.60168;STBP=0.223;TYPE=ins;VARB=-0.00755161;OID=.;OPOS=29710881;OREF=-;OALT=AG;OMAPALT=AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28866:27:101:28:97:69:15:13:27:42:99:71:14:13:29:42 chr18 29772721 . T C 598.37 PASS AF=0.431507;AO=63;DP=146;FAO=63;FDP=146;FR=.;FRO=83;FSAF=34;FSAR=29;FSRF=37;FSRR=46;FWDB=0.00409539;FXX=0.00680226;HRUN=5;LEN=1;MLLD=202.255;QD=16.3937;RBI=0.00409559;REFB=-0.0117416;REVB=4.0434e-05;RO=79;SAF=34;SAR=29;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0711536;STB=0.553249;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0166177;OID=.;OPOS=29772721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:146:79:83:63:63:0.431507:29:34:37:42:29:34:37:46 chr18 29795076 . T C 1272.56 PASS AF=0.988095;AO=82;DP=85;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00322931;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.283;QD=60.5981;RBI=0.00829581;REFB=-0.117995;REVB=-0.00764146;RO=1;SAF=49;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141336;STB=0.507245;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000234985;OID=.;OPOS=29795076;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:84:1:1:82:83:0.988095:33:49:0:1:34:49:0:1 chr18 29795101 . T C 1221.48 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00882568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.716;QD=61.0739;RBI=0.0564888;REFB=0;REVB=0.0557951;RO=1;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133285;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.95122e-05;OID=.;OPOS=29795101;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:80:1:0:76:80:1:35:41:0:1:39:41:0:0 chr18 30253010 . T C,TC 550.62 PASS AF=0,0.975;AO=7,29;DP=41;FAO=0,39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=0,20;FSAR=0,19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0178645,-0.00256886;FXX=0;HRUN=4,0;LEN=1,1;MLLD=78.3225,87.8014;QD=55.0619;RBI=0.0384651,0.0338404;REFB=-0.0163871,0.0142389;REVB=0.034065,0.0337428;RO=4;SAF=5,15;SAR=2,14;SRF=1;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.298189,0.060003;STB=0.5,0.512814;STBP=1,0.542;TYPE=snp,ins;VARB=0.0542411,0.00344907;OID=.,.;OPOS=30253010,30253011;OREF=T,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:4:41:40:4:1:7,29:0,39:0,0.975:2,14:5,15:1:3:0,19:0,20:0:1 chr18 30804756 . C T 784.84 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.038921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.2635;QD=55.0761;RBI=0.0715658;REFB=-0.116197;REVB=-0.0600569;RO=1;SAF=29;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015982;STB=0.508472;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00166613;OID=.;OPOS=30804756;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:57:57:1:1:56:56:0.982456:27:29:1:0:27:29:1:0 chr18 30846895 . A T 744.29 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.061;QD=56.1725;RBI=0.0316194;REFB=0;REVB=-0.00233431;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.42655e-05;OID=.;OPOS=30846895;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:53:0:0:48:53:1:26:22:0:0:27:26:0:0 chr18 30908046 . GATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT G,GTT 70.13 PASS AF=1,0;AO=3,3;DP=8;FAO=7,0;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=2,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127672,-0.0130017;FXX=0.221976;HRUN=1,1;LEN=25,23;MLLD=150.588,145.519;QD=40.0765;RBI=0.0516228,0.0560561;REFB=0,0;REVB=-0.0500192,-0.0545275;RO=0;SAF=3,0;SAR=0,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.000671932,-0.0236768;OID=.,.;OPOS=30908047,30908047;OREF=ATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT,ATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTT;OALT=-,-;OMAPALT=G,GTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:3,3:8:7,0:7:0:5,0:2,0:0:0:3:0:3,0:0,3:0:0 chr18 31319098 . C T 85.16 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0313989;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.896;QD=10.3221;RBI=0.0314092;REFB=-0.0130686;REVB=0.000803949;RO=23;SAF=2;SAR=9;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420792;STB=0.744731;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0156516;OID=.;OPOS=31319098;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:34:33:23:22:11:11:0.333333:9:2:12:11:9:2:11:11 chr18 31320229 . A G 531.69 PASS AF=0.95;AO=36;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0374063;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.4508;QD=53.169;RBI=0.0649138;REFB=-0.115058;REVB=0.0530525;RO=1;SAF=18;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252932;STB=0.523797;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0111575;OID=.;OPOS=31320229;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:40:40:1:2:36:38:0.95:18:18:1:0:18:20:2:0 chr18 31324934 . A G 446.99 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0525176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4496;QD=57.6756;RBI=0.0532415;REFB=0;REVB=0.00874949;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000519693;OID=.;OPOS=31324934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr18 31523144 . TAAAAAAAAAA TAAAAAAAAA,TAAAAAAAA,TAAAAAAAAAG 272.43 PASS AF=0.767442,0.0581395,0.0813953;AO=34,13,4;DP=89;FAO=66,5,7;FDP=86;FR=.;FRO=8;FSAF=7,2,5;FSAR=59,3,2;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.102962,-0.0550619,-0.0312702;FXX=0.054939;HRUN=11,11,11;LEN=1,2,1;MLLD=5.19102,8.16302,198.84;QD=12.6713;RBI=0.224156,0.118118,0.0317262;REFB=-0.00361107,-0.000712942,-0.000133082;REVB=0.19911,0.1045,0.00535964;RO=25;SAF=3,2,3;SAR=31,11,1;SRF=3;SRR=22;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0705785,0.0770038,0.663523;STB=0.505352,0.689049,0.788741;STBP=0.902,0.38,0.068;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0163678,0.123205,-0.00127805;OID=.,.,.;OPOS=31523145,31523145,31523154;OREF=A,AA,A;OALT=-,-,G;OMAPALT=TAAAAAAAAA,TAAAAAAAA,TAAAAAAAAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.767442,0.0581395,0.0813953:34,13,4:89:66,5,7:86:8:7,2,5:59,3,2:1:7:29:25:3,2,3:31,11,1:3:22 chr18 32834095 . T C 91.94 PASS AF=0.272727;AO=12;DP=43;FAO=12;FDP=44;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.00530907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0503;QD=8.35812;RBI=0.0429957;REFB=-0.00589112;REVB=0.0426667;RO=30;SAF=9;SAR=3;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.49759;STB=0.797416;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.00342553;OID=.;OPOS=32834095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:43:44:30:32:12:12:0.272727:3:9:9:21:3:9:10:22 chr18 32834186 . T G 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0215239;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.6558;QD=9.13211;RBI=0.0265379;REFB=-0.028846;REVB=0.0155236;RO=20;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422003;STB=0.725171;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.0649577;OID=.;OPOS=32834186;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:20:22:10:10:0.3125:3:7:6:14:3:7:8:14 chr18 32887117 . G A 347.68 PASS AF=0.39604;AO=39;DP=100;FAO=40;FDP=101;FR=.;FRO=61;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=39;FSRR=22;FWDB=0.00553012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.295;QD=13.7696;RBI=0.00577563;REFB=-0.00097395;REVB=-0.00166601;RO=60;SAF=20;SAR=19;SRF=38;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129526;STB=0.584118;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=0.00114837;OID=.;OPOS=32887117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:60:61:39:40:0.39604:19:20:38:22:20:20:39:22 chr18 32889193 . C T 228.49 PASS AF=0.402985;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=67;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00906924;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.712;QD=13.641;RBI=0.0130611;REFB=-0.0325044;REVB=0.00939898;RO=39;SAF=13;SAR=14;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474072;STB=0.533826;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0401521;OID=.;OPOS=32889193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:39:40:27:27:0.402985:14:13:17:22:14:13:17:23 chr18 32916162 . T C 184.79 PASS AF=0.642857;AO=18;DP=28;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0087243;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=289.028;QD=26.3989;RBI=0.00877786;REFB=-0.00120393;REVB=-0.000968215;RO=10;SAF=8;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289752;STB=0.516111;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.000782506;OID=.;OPOS=32916162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:10:10:18:18:0.642857:10:8:4:6:10:8:4:6 chr18 32917644 . T C 221.84 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=0.0204664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.1712;QD=18.4865;RBI=0.050185;REFB=0.00571503;REVB=-0.045822;RO=26;SAF=14;SAR=8;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600311;STB=0.534105;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=-0.00429482;OID=.;OPOS=32917644;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:8:14:15:11:8:14:15:11 chr18 32947616 . A ATTTTAT,T 381.53 PASS AF=0.842105,0;AO=22,5;DP=39;FAO=32,0;FDP=38;FR=.;FRO=6;FSAF=16,0;FSAR=16,0;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0167413,0.044304;FXX=0;HRUN=4,2;LEN=6,1;MLLD=230.083,42.6618;QD=40.1611;RBI=0.0314024,0.0487363;REFB=-0.0305403,-0.0114837;REVB=-0.0265676,-0.0203073;RO=7;SAF=12,2;SAR=10,3;SRF=6;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.140919,-0.413035;STB=0.552599,0.5;STBP=0.132,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00444142,0;OID=.,.;OPOS=32947617,32947616;OREF=-,A;OALT=TTTTAT,T;OMAPALT=ATTTTAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:39:38:7:6:22,5:32,0:0.842105,0:10,3:12,2:6:1:16,0:16,0:5:1 chr18 33290678 . C CTGAT,T 509.78 PASS AF=0.463158,0.0736842;AO=42,7;DP=99;FAO=44,7;FDP=95;FR=.;FRO=44;FSAF=21,7;FSAR=23,0;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=-0.00619244,0.0017476;FXX=0.0104156;HRUN=1,1;LEN=4,1;MLLD=225.917,113.377;QD=21.4644;RBI=0.0108419,0.00900599;REFB=-0.0172658,-0.00970611;REVB=0.00889943,0.00883481;RO=48;SAF=21,7;SAR=21,0;SRF=19;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0996289,0.691698;STB=0.56872,0.998769;STBP=0.221,0;TYPE=ins,snp;VARB=0.0180775,-0.0640259;OID=.,.;OPOS=33290679,33290678;OREF=-,C;OALT=TGAT,T;OMAPALT=CTGAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:95:48:44:42,7:44,7:0.463158,0.0736842:21,0:21,7:19:29:23,0:21,7:15:29 chr18 33557466 . A G 443.16 PASS AF=0.7;AO=35;DP=50;FAO=35;FDP=50;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00841318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.581;QD=35.4531;RBI=0.0173659;REFB=-0.00390691;REVB=-0.0151919;RO=15;SAF=12;SAR=23;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111896;STB=0.56094;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.00189012;OID=.;OPOS=33557466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:15:15:35:35:0.7:23:12:8:7:23:12:8:7 chr18 33647254 . A C 1042.33 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.644;QD=59.5618;RBI=0.0254691;REFB=0;REVB=0.00305705;RO=0;SAF=37;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.29931e-05;OID=.;OPOS=33647254;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:70:0:0:69:70:1:32:37:0:0:32:38:0:0 chr18 33702162 . G A 258.19 PASS AF=0.518519;AO=27;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0134217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2867;QD=19.1252;RBI=0.0154045;REFB=0.0145286;REVB=-0.0075601;RO=26;SAF=9;SAR=18;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154442;STB=0.571771;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.0136755;OID=.;OPOS=33702162;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:27:28:0.518519:18:9:13:13:18:10:13:13 chr18 33706614 . C G 1248.62 PASS AF=0.987952;AO=78;DP=79;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00959864;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.983;QD=60.1743;RBI=0.0702665;REFB=0.10897;REVB=0.0696078;RO=0;SAF=44;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.47622e-08;STB=0.506665;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=-0.000320983;OID=.;OPOS=33706614;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:83:0:1:78:82:0.987952:34:44:0:0:37:45:0:1 chr18 33721325 . C T 44.25 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0330842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.81;QD=6.80704;RBI=0.0343253;REFB=-0.0107696;REVB=-0.00914642;RO=18;SAF=6;SAR=1;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413192;STB=0.7597;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0372248;OID=.;OPOS=33721325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:18:19:7:7:0.269231:1:6:10:8:1:6:11:8 chr18 33779705 . G A 621.94 PASS AF=0.595745;AO=52;DP=90;FAO=56;FDP=94;FR=.;FRO=38;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=0.0296956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.5251;QD=26.4653;RBI=0.0472208;REFB=-0.0112357;REVB=0.0367148;RO=36;SAF=28;SAR=24;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00804294;STB=0.507222;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00826001;OID=.;OPOS=33779705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:94:36:38:52:56:0.595745:24:28:19:17:27:29:19:19 chr18 33779821 . C A 1590.68 PASS AF=0.990826;AO=108;DP=109;FAO=108;FDP=109;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=67;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00595613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.946;QD=58.3735;RBI=0.00596129;REFB=-0.0424615;REVB=0.000247945;RO=1;SAF=41;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114358;STB=0.506023;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=-0.000124678;OID=.;OPOS=33779821;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:109:1:1:108:108:0.990826:67:41:1:0:67:41:1:0 chr18 33779855 . C T 429.65 PASS AF=0.456311;AO=47;DP=103;FAO=47;FDP=103;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.00200577;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=100.557;QD=16.6855;RBI=0.0274207;REFB=-0.00818725;REVB=0.0273473;RO=56;SAF=24;SAR=23;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0070326;STB=0.503926;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.00866593;OID=.;OPOS=33779855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:56:56:47:47:0.456311:23:24:29:27:23:24:29:27 chr18 33779896 . A G 1283.44 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.935;QD=61.8525;RBI=0.013897;REFB=0;REVB=0.00838909;RO=0;SAF=48;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.10069e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.57326e-05;OID=.;OPOS=33779896;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:83:0:0:83:83:1:35:48:0:0:35:48:0:0 chr18 33780020 . A G 700.65 PASS AF=1;AO=36;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00988584;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7777;QD=54.9533;RBI=0.0234926;REFB=0;REVB=0.0213114;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000184591;OID=.;OPOS=33780020;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:36:51:1:23:13:0:0:28:23:0:0 chr18 33780021 . C G 102.46 PASS AF=0.264151;AO=13;DP=52;FAO=14;FDP=53;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0530229;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.9753;QD=7.7327;RBI=0.0621691;REFB=-0.0400957;REVB=0.0324587;RO=39;SAF=9;SAR=4;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363018;STB=0.736513;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0164159;OID=.;OPOS=33780021;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:39:39:13:14:0.264151:4:9:15:24:4:10:15:24 chr18 33785093 . G A 339.05 PASS AF=0.522388;AO=34;DP=67;FAO=35;FDP=67;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.00694015;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.74;QD=20.2415;RBI=0.0099444;REFB=-0.0263269;REVB=0.00712217;RO=32;SAF=18;SAR=16;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.025694;STB=0.506822;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0181111;OID=.;OPOS=33785093;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:32:32:34:35:0.522388:16:18:16:16:17:18:16:16 chr18 33785185 . A G 739.02 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00362842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.33;QD=54.742;RBI=0.0108955;REFB=-0.0208613;REVB=0.0102736;RO=1;SAF=29;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192259;STB=0.5102;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=3.02445e-05;OID=.;OPOS=33785185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:24:29:0:1:24:29:0:1 chr18 33831189 . C A 308.72 PASS AF=0.327869;AO=40;DP=122;FAO=40;FDP=122;FR=.;FRO=82;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=43;FSRR=39;FWDB=0.00550629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.319;QD=10.1221;RBI=0.011497;REFB=-0.0128446;REVB=-0.0100927;RO=79;SAF=16;SAR=24;SRF=42;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151933;STB=0.584116;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0348265;OID=.;OPOS=33831189;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:79:82:40:40:0.327869:24:16:42:37:24:16:43:39 chr18 34205551 . C T 619.07 PASS AF=0.582524;AO=59;DP=104;FAO=60;FDP=103;FR=.;FRO=43;FSAF=25;FSAR=35;FSRF=23;FSRR=20;FWDB=0.0292906;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.722;QD=24.0417;RBI=0.0353767;REFB=-0.0196811;REVB=0.0198385;RO=43;SAF=24;SAR=35;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100273;STB=0.549901;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0100977;OID=.;OPOS=34205551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:43:43:59:60:0.582524:35:24:23:20:35:25:23:20 chr18 34366846 . G A 277.94 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.00444312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.747;QD=13.7255;RBI=0.00786858;REFB=-0.00696432;REVB=0.00649409;RO=49;SAF=18;SAR=14;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0558904;STB=0.531862;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0129094;OID=.;OPOS=34366846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:49:32:32:0.395062:14:18:25:24:14:18:25:24 chr18 34378445 . G A 2418.11 PASS AF=0.987879;AO=156;DP=159;FAO=163;FDP=165;FR=.;FRO=2;FSAF=82;FSAR=81;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0236761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2018;QD=58.6209;RBI=0.0378328;REFB=0.0443795;REVB=0.0295087;RO=3;SAF=81;SAR=75;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00529976;STB=0.506023;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00199138;OID=.;OPOS=34378445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:159:165:3:2:156:163:0.987879:75:81:2:1:81:82:2:0 chr18 34850846 . G A 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.053662;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.768;QD=11.0199;RBI=0.0536625;REFB=-0.00351113;REVB=-0.000227259;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374671;STB=0.726563;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00350818;OID=.;OPOS=34850846;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:6:2:4:2:6:2 chr18 34855146 . C T 133.6 PASS AF=0.283582;AO=19;DP=67;FAO=19;FDP=67;FR=.;FRO=48;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=-0.00123688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.134;QD=7.97611;RBI=0.00125364;REFB=-0.0066164;REVB=0.000204319;RO=47;SAF=6;SAR=13;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0249198;STB=0.520274;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.0163484;OID=.;OPOS=34855146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:47:48:19:19:0.283582:13:6:14:33:13:6:14:34 chr18 39761310 . A G 1507.43 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=59;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0295152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.555;QD=58.5412;RBI=0.0317824;REFB=-0.0791968;REVB=0.0117887;RO=1;SAF=43;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010905;STB=0.505746;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000425842;OID=.;OPOS=39761310;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:101:102:0.990291:58:43:1:0:59:43:1:0 chr18 40554120 . A G 358.79 PASS AF=0.360656;AO=43;DP=121;FAO=44;FDP=122;FR=.;FRO=78;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=44;FSRR=34;FWDB=0.00913741;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=160.02;QD=11.7636;RBI=0.0121168;REFB=-0.00564071;REVB=-0.00795764;RO=78;SAF=20;SAR=23;SRF=44;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110935;STB=0.569701;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00908018;OID=.;OPOS=40554120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:78:78:43:44:0.360656:23:20:44:34:24:20:44:34 chr18 42456653 . G A 354.82 PASS AF=0.506494;AO=36;DP=75;FAO=39;FDP=77;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=0.00711166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7049;QD=18.4324;RBI=0.00775342;REFB=-0.0255579;REVB=-0.00308864;RO=35;SAF=12;SAR=24;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191475;STB=0.522377;STBP=0.705;TYPE=snp;VARB=0.0259404;OID=.;OPOS=42456653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:77:35:38:36:39:0.506494:24:12:11:24:24:15:13:25 chr18 42456670 . C CTCTT,T 394.76 PASS AF=0.346154,0.192308;AO=25,15;DP=82;FAO=27,15;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=12,3;FSAR=15,12;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=-0.00711004,0.0176967;FXX=0.0249969;HRUN=0,1;LEN=4,1;MLLD=188.823,70.8631;QD=20.2441;RBI=0.0163352,0.0178755;REFB=-0.0217786,-0.00626866;REVB=-0.0147067,-0.00252195;RO=39;SAF=11,3;SAR=14,12;SRF=14;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0885528,-0.237968;STB=0.548701,0.646248;STBP=0.55,0.216;TYPE=ins,snp;VARB=0.0424898,0.0380384;OID=.,.;OPOS=42456671,42456670;OREF=-,C;OALT=TCTT,T;OMAPALT=CTCTT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:78:39:36:25,15:27,15:0.346154,0.192308:14,12:11,3:14:25:15,12:12,3:13:23 chr18 42531180 . A T 207.09 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0194486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.1553;QD=24.3639;RBI=0.0659857;REFB=0.00581711;REVB=0.0630545;RO=14;SAF=12;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332026;STB=0.5185;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=-0.000495008;OID=.;OPOS=42531180;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:8:12:9:5:8:12:9:5 chr18 42532606 . G A 1273.66 PASS AF=0.672727;AO=110;DP=167;FAO=111;FDP=165;FR=.;FRO=54;FSAF=51;FSAR=60;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=-0.0111023;FXX=0.0119753;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.826;QD=30.8766;RBI=0.011962;REFB=-0.0167385;REVB=0.0044529;RO=53;SAF=50;SAR=60;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.047333;STB=0.529484;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.00729555;OID=.;OPOS=42532606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:165:53:54:110:111:0.672727:60:50:20:33:60:51:20:34 chr18 42533130 . A G 1005.69 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.412;QD=59.1585;RBI=0.0435118;REFB=0;REVB=0.0205669;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162411;OID=.;OPOS=42533130;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:41:27:0:0:41:27:0:0 chr18 43206985 . A G 2566.47 PASS AF=0.994048;AO=165;DP=169;FAO=167;FDP=168;FR=.;FRO=1;FSAF=84;FSAR=83;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00983481;FXX=0.00591681;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.219;QD=61.1064;RBI=0.0155611;REFB=-0.0861561;REVB=-0.0120593;RO=1;SAF=82;SAR=83;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00569915;STB=0.502994;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=9.50132e-05;OID=.;OPOS=43206985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:169:168:1:1:165:167:0.994048:83:82:0:1:83:84:0:1 chr18 43246156 . G A 1141.9 PASS AF=0.662252;AO=100;DP=150;FAO=100;FDP=151;FR=.;FRO=51;FSAF=58;FSAR=42;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.00521326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.235;QD=30.249;RBI=0.00693503;REFB=-0.014857;REVB=0.00457346;RO=50;SAF=58;SAR=42;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0378771;STB=0.517434;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00502083;OID=.;OPOS=43246156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:151:50:51:100:100:0.662252:42:58:26:24:42:58:27:24 chr18 43247001 . C G 412.97 PASS AF=0.588235;AO=40;DP=68;FAO=40;FDP=68;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.000234354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.155;QD=24.2922;RBI=0.00255209;REFB=-0.0125455;REVB=0.00254131;RO=28;SAF=10;SAR=30;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218579;STB=0.620625;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00996218;OID=.;OPOS=43247001;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:28:28:40:40:0.588235:30:10:14:14:30:10:14:14 chr18 43262359 . G A 1440.83 PASS AF=1;AO=90;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0862159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2873;QD=62.6448;RBI=0.0865542;REFB=0;REVB=0.00764578;RO=0;SAF=23;SAR=67;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.38729e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000654168;OID=.;OPOS=43262359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:90:92:1:67:23:0:0:68:24:0:0 chr18 43310414 . AG A,AA 512.57 PASS AF=1,0;AO=14,19;DP=33;FAO=35,0;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0374431,-0.0541665;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=225.616,221.447;QD=58.579;RBI=0.109317,0.0920839;REFB=0,0;REVB=0.102705,0.0744677;RO=0;SAF=6,12;SAR=8,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=2.26452e-05,-0.0288337;OID=.,.;OPOS=43310415,43310415;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:14,19:33:35,0:35:0:18,0:17,0:0:0:4:0:6,12:8,7:0:0 chr18 43316538 . A G 1171.66 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.658;QD=60.8657;RBI=0.0498995;REFB=0;REVB=0.00556684;RO=0;SAF=25;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.72929e-05;OID=.;OPOS=43316538;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:52:25:0:0:52:25:0:0 chr18 43416974 . T A 756.73 PASS AF=0.979592;AO=47;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0133802;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=251.674;QD=61.7736;RBI=0.0137703;REFB=-0.0474788;REVB=0.00325455;RO=1;SAF=20;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229327;STB=0.511623;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.000649014;OID=.;OPOS=43416974;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:47:48:0.979592:27:20:1:0:27:21:1:0 chr18 43419003 . T C 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0264723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5178;QD=26.0259;RBI=0.0274304;REFB=0.0140928;REVB=0.00718637;RO=1;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0962265;STB=0.555378;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.0227794;OID=.;OPOS=43419003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:4:2:0:1:4:2:0:1 chr18 43420177 . G A,C 438.65 PASS AF=0.935484,0.0645161;AO=29,2;DP=31;FAO=29,2;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14,1;FSAR=15,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471388,0.0349816;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=224.742,182.783;QD=56.6003;RBI=0.0551335,0.0402652;REFB=0,0;REVB=0.0285943,0.0199391;RO=0;SAF=14,1;SAR=15,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-5.92057e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000583789,0.0255527;OID=.,.;OPOS=43420177,43420177;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:31:31:0:0:29,2:29,2:0.935484,0.0645161:15,1:14,1:0:0:15,1:14,1:0:0 chr18 43481075 . G A 785.89 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00434321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.667;QD=64.1539;RBI=0.0347677;REFB=0;REVB=0.0344954;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.57211e-05;OID=.;OPOS=43481075;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr18 43490602 . G A 894.08 PASS AF=0.969231;AO=63;DP=65;FAO=63;FDP=65;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00120312;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.926;QD=55.0202;RBI=0.0040861;REFB=-0.139749;REVB=0.00390497;RO=1;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140954;STB=0.514701;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00106527;OID=.;OPOS=43490602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:65:65:1:2:63:63:0.969231:33:30:0:1:33:30:0:2 chr18 43547126 . GTGGGG GTGGG,TGGGGA 824.63 PASS AF=0.96,0.04;AO=58,3;DP=71;FAO=72,3;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=43,0;FSAR=29,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0729208,-0.00556875;FXX=0.0131562;HRUN=5,3;LEN=1,6;MLLD=15.0858,175.79;QD=43.9801;RBI=0.244875,0.0382283;REFB=0,0;REVB=-0.233766,-0.0378205;RO=0;SAF=40,0;SAR=18,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.47619,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.0175186,0.0713065;OID=.,.;OPOS=43547128,43547126;OREF=G,GTGGGG;OALT=-,TGGGGA;OMAPALT=GTGGG,TGGGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:71:75:0:0:58,3:72,3:0.96,0.04:18,3:40,0:0:0:29,3:43,0:0:0 chr18 43833701 . T TCTG 207.7 PASS AF=0.22695;AO=31;DP=141;FAO=32;FDP=141;FR=.;FRO=109;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=59;FSRR=50;FWDB=0.00432782;FXX=0.00704176;HRUN=1;LEN=3;MLLD=240.977;QD=5.8922;RBI=0.0150053;REFB=-0.00029037;REVB=0.0143676;RO=109;SAF=14;SAR=17;SRF=59;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113033;STB=0.555865;STBP=0.482;TYPE=ins;VARB=0.000981591;OID=.;OPOS=43833702;OREF=-;OALT=CTG;OMAPALT=TCTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.22695:31:141:32:141:109:15:17:59:50:99:109:14:17:59:50 chr18 43843736 . T G 627.68 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0534955;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9396;QD=59.7787;RBI=0.123521;REFB=0;REVB=0.111336;RO=1;SAF=23;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0199652;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00404525;OID=.;OPOS=43843736;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:42:42:1:0:41:42:1:18:23:1:0:18:24:0:0 chr18 44040559 . G A 486.27 PASS AF=0.787234;AO=36;DP=46;FAO=37;FDP=47;FR=.;FRO=10;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0213699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.363;QD=41.3846;RBI=0.0364877;REFB=-0.029278;REVB=-0.029575;RO=10;SAF=25;SAR=11;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0885819;STB=0.541378;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00477118;OID=.;OPOS=44040559;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:46:47:10:10:36:37:0.787234:11:25:5:5:12:25:5:5 chr18 44040660 . T C 163.79 PASS AF=0.314286;AO=22;DP=70;FAO=22;FDP=70;FR=.;FRO=48;FSAF=5;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=20;FWDB=0.0247253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8176;QD=9.35934;RBI=0.053231;REFB=0.0172769;REVB=0.0471402;RO=48;SAF=5;SAR=17;SRF=28;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.42481;STB=0.751775;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=-0.0391141;OID=.;OPOS=44040660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:48:48:22:22:0.314286:17:5:28:20:17:5:28:20 chr18 44063598 . G A 1703.36 PASS AF=0.695652;AO=143;DP=206;FAO=144;FDP=207;FR=.;FRO=63;FSAF=80;FSAR=64;FSRF=26;FSRR=37;FWDB=0.0144155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.8727;QD=32.9151;RBI=0.0332816;REFB=-0.0280581;REVB=0.0299976;RO=62;SAF=80;SAR=63;SRF=26;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794328;STB=0.543589;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0121717;OID=.;OPOS=44063598;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:207:62:63:143:144:0.695652:63:80:26:36:64:80:26:37 chr18 44126909 . T C 775.99 PASS AF=0.656566;AO=57;DP=91;FAO=65;FDP=99;FR=.;FRO=34;FSAF=30;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00365199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.99;QD=31.3533;RBI=0.0215582;REFB=-0.035271;REVB=0.0212466;RO=33;SAF=30;SAR=27;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541942;STB=0.543465;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0174051;OID=.;OPOS=44126909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:99:33:34:57:65:0.656566:27:30:20:13:35:30:20:14 chr18 44260054 . T C 367.43 PASS AF=0.714286;AO=30;DP=42;FAO=30;FDP=42;FR=.;FRO=12;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.0488533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7804;QD=34.9934;RBI=0.0949676;REFB=-0.0540052;REVB=0.0814384;RO=12;SAF=15;SAR=15;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131278;STB=0.571382;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0216429;OID=.;OPOS=44260054;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:42:42:12:12:30:30:0.714286:15:15:9:3:15:15:9:3 chr18 44470706 . G A 1446.12 PASS AF=0.980198;AO=97;DP=99;FAO=99;FDP=101;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0510848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1837;QD=57.2722;RBI=0.0524707;REFB=-0.0263985;REVB=0.01198;RO=1;SAF=39;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00810761;STB=0.50175;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.00178751;OID=.;OPOS=44470706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:99:101:1:2:97:99:0.980198:58:39:0:1:58:41:1:1 chr18 44555312 . G C 35.38 PASS AF=0.230769;AO=6;DP=26;FAO=6;FDP=26;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.000505426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.857;QD=5.44233;RBI=0.0385643;REFB=-0.00720982;REVB=-0.038561;RO=20;SAF=5;SAR=1;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146972;STB=0.599631;STBP=0.697;TYPE=snp;VARB=0.0240595;OID=.;OPOS=44555312;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:26:26:20:20:6:6:0.230769:1:5:15:5:1:5:15:5 chr18 44561124 . G C 137.21 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=29;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00167501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9452;QD=18.9255;RBI=0.0382758;REFB=-0.0300203;REVB=0.0382392;RO=13;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149983;STB=0.558748;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0137937;OID=.;OPOS=44561124;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:14:15:15:0.517241:6:9:10:3:6:9:10:4 chr18 44561292 . T G 524.74 PASS AF=0.95;AO=36;DP=39;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0270233;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.5774;QD=52.4743;RBI=0.0700824;REFB=-0.0880065;REVB=-0.0646628;RO=3;SAF=16;SAR=20;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321857;STB=0.501319;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.00656232;OID=.;OPOS=44561292;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:40:3:2:36:38:0.95:20:16:2:1:20:18:1:1 chr18 44584658 . C T 199.72 PASS AF=0.309524;AO=26;DP=84;FAO=26;FDP=84;FR=.;FRO=58;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.00371112;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.016;QD=9.51066;RBI=0.00581935;REFB=-0.00342787;REVB=-0.00448245;RO=58;SAF=14;SAR=12;SRF=26;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105435;STB=0.561996;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=0.00949501;OID=.;OPOS=44584658;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:58:58:26:26:0.309524:12:14:26:32:12:14:26:32 chr18 44610718 . T C 1179.89 PASS AF=0.952381;AO=80;DP=84;FAO=80;FDP=84;FR=.;FRO=4;FSAF=39;FSAR=41;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0174426;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=252.865;QD=56.1851;RBI=0.0175869;REFB=-0.127644;REVB=0.00224869;RO=2;SAF=39;SAR=41;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0236586;STB=0.524384;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.000359733;OID=.;OPOS=44610718;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:84:84:2:4:80:80:0.952381:41:39:2:0:41:39:4:0 chr18 44757344 . G A 2152.6 PASS AF=0.985816;AO=135;DP=138;FAO=139;FDP=141;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=67;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.025248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6587;QD=61.0667;RBI=0.0495677;REFB=-0.024995;REVB=0.0426555;RO=2;SAF=71;SAR=64;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132009;STB=0.506848;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.00282033;OID=.;OPOS=44757344;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:138:141:2:2:135:139:0.985816:64:71:2:0:67:72:2:0 chr18 44760901 . G A 727.73 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0442176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.238;QD=63.281;RBI=0.0463382;REFB=0;REVB=0.0138577;RO=0;SAF=9;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.83101e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000300796;OID=.;OPOS=44760901;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:37:9:0:0:37:9:0:0 chr18 46001932 . A G 1491.91 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00634692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=318.424;QD=63.4856;RBI=0.0112861;REFB=0;REVB=-0.00933238;RO=0;SAF=71;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.50273e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.11544e-06;OID=.;OPOS=46001932;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:94:0:0:92:94:1:21:71:0:0:22:72:0:0 chr18 46284587 . T C 836.97 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.030418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.4873;QD=55.798;RBI=0.0347152;REFB=0.110141;REVB=0.01673;RO=1;SAF=42;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111015;STB=0.50588;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.00107447;OID=.;OPOS=46284587;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:60:1:1:58:59:0.983333:16:42:1:0:17:42:1:0 chr18 46474746 . C T 46.74 PASS AF=0.4375;AO=6;DP=15;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00887026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.828;QD=11.6848;RBI=0.0119874;REFB=-0.0516773;REVB=-0.00806322;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.531821;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.026948;OID=.;OPOS=46474746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:15:16:9:9:6:7:0.4375:2:4:6:3:2:5:6:3 chr18 46545924 . A G 2351.13 PASS AF=1;AO=147;DP=147;FAO=147;FDP=147;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=134;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.941;QD=63.9764;RBI=0.0449627;REFB=0;REVB=0.00825833;RO=0;SAF=13;SAR=134;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.45951e-05;OID=.;OPOS=46545924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:147:147:0:0:147:147:1:134:13:0:0:134:13:0:0 chr18 46545979 . A C 470.82 PASS AF=0.299065;AO=64;DP=206;FAO=64;FDP=214;FR=.;FRO=150;FSAF=4;FSAR=60;FSRF=4;FSRR=146;FWDB=-0.0334996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.778;QD=8.80035;RBI=0.0381866;REFB=-0.0326518;REVB=-0.0183302;RO=142;SAF=4;SAR=60;SRF=3;SRR=139;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277754;STB=0.631871;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0853804;OID=.;OPOS=46545979;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:206:214:142:150:64:64:0.299065:60:4:3:139:60:4:4:146 chr18 46576058 . T C 506.62 PASS AF=0.745763;AO=44;DP=59;FAO=44;FDP=59;FR=.;FRO=15;FSAF=34;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.000540756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.631;QD=34.3469;RBI=0.0569078;REFB=-0.0261735;REVB=0.0569052;RO=15;SAF=34;SAR=10;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680975;STB=0.536825;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.00812912;OID=.;OPOS=46576058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:15:15:44:44:0.745763:10:34:10:5:10:34:10:5 chr18 47013723 . A T 251.17 PASS AF=0.303571;AO=34;DP=114;FAO=34;FDP=112;FR=.;FRO=78;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=51;FSRR=27;FWDB=-0.00344184;FXX=0.0175423;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.314;QD=8.97023;RBI=0.0108336;REFB=-0.016161;REVB=-0.0102723;RO=74;SAF=14;SAR=20;SRF=50;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.30259;STB=0.663851;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0369625;OID=.;OPOS=47013723;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:112:74:78:34:34:0.303571:20:14:50:24:20:14:51:27 chr18 47013724 . G T 47.41 PASS AF=0.102564;AO=11;DP=116;FAO=12;FDP=117;FR=.;FRO=105;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=54;FSRR=51;FWDB=-0.0107257;FXX=0.00847386;HRUN=4;LEN=1;MLLD=196.501;QD=1.62087;RBI=0.0303398;REFB=-0.00637503;REVB=-0.0283807;RO=104;SAF=10;SAR=1;SRF=54;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.486416;STB=0.804933;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0358253;OID=.;OPOS=47013724;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:116:117:104:105:11:12:0.102564:1:10:54:50:2:10:54:51 chr18 47017820 . A G 353.39 PASS AF=0.253521;AO=54;DP=203;FAO=54;FDP=213;FR=.;FRO=159;FSAF=34;FSAR=20;FSRF=98;FSRR=61;FWDB=-0.0365687;FXX=0.00467268;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.3734;QD=6.63648;RBI=0.039959;REFB=-0.00628436;REVB=-0.0161076;RO=149;SAF=33;SAR=21;SRF=94;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0259365;STB=0.510563;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0161568;OID=.;OPOS=47017820;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:203:213:149:159:54:54:0.253521:21:33:94:55:20:34:98:61 chr18 47318626 . T C 408.28 PASS AF=0.269406;AO=59;DP=218;FAO=59;FDP=219;FR=.;FRO=160;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=77;FSRR=83;FWDB=0.00681404;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.131;QD=7.4572;RBI=0.0217516;REFB=-0.0160157;REVB=-0.0206567;RO=159;SAF=27;SAR=32;SRF=77;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330122;STB=0.517327;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0500257;OID=.;OPOS=47318626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:218:219:159:160:59:59:0.269406:32:27:77:82:32:27:77:83 chr18 47397996 . T C 124.92 PASS AF=0.276923;AO=18;DP=65;FAO=18;FDP=65;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.000200502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.376;QD=7.68738;RBI=0.00933693;REFB=-0.00554134;REVB=-0.00933478;RO=46;SAF=6;SAR=12;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204213;STB=0.63143;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0242433;OID=.;OPOS=47397996;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:46:47:18:18:0.276923:12:6:23:23:12:6:24:23 chr18 47398549 . G A 378.7 PASS AF=0.319728;AO=48;DP=146;FAO=47;FDP=147;FR=.;FRO=100;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=49;FSRR=51;FWDB=-0.0349357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.971;QD=10.3046;RBI=0.0397455;REFB=-0.0216993;REVB=-0.0189526;RO=96;SAF=30;SAR=18;SRF=45;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182319;STB=0.587628;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0517826;OID=.;OPOS=47398549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:147:96:100:48:47:0.319728:18:30:45:51:18:29:49:51 chr18 47405425 . T TGAG 226.81 PASS AF=0.224852;AO=33;DP=175;FAO=38;FDP=169;FR=.;FRO=131;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=58;FSRR=73;FWDB=0.0179164;FXX=0.0116952;HRUN=1;LEN=3;MLLD=213.599;QD=5.36826;RBI=0.0188837;REFB=-0.00176528;REVB=0.00596621;RO=136;SAF=15;SAR=18;SRF=58;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364278;STB=0.517145;STBP=0.829;TYPE=ins;VARB=0.00743389;OID=.;OPOS=47405426;OREF=-;OALT=GAG;OMAPALT=TGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.224852:33:175:38:169:131:16:22:58:73:99:136:15:18:58:78 chr18 47429022 . C T 682.48 PASS AF=0.321168;AO=88;DP=274;FAO=88;FDP=274;FR=.;FRO=186;FSAF=49;FSAR=39;FSRF=99;FSRR=87;FWDB=4.50256e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.674;QD=9.96318;RBI=0.0180582;REFB=-0.0107416;REVB=-0.0180581;RO=184;SAF=49;SAR=39;SRF=99;SRR=85;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223084;STB=0.516822;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0223633;OID=.;OPOS=47429022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:274:274:184:186:88:88:0.321168:39:49:99:85:39:49:99:87 chr18 47500836 . G A 1722.99 PASS AF=0.632479;AO=146;DP=238;FAO=148;FDP=234;FR=.;FRO=86;FSAF=79;FSAR=69;FSRF=45;FSRR=41;FWDB=0.00342599;FXX=0.0370355;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.743;QD=29.4527;RBI=0.0294065;REFB=-0.0168299;REVB=0.0292062;RO=84;SAF=79;SAR=67;SRF=44;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117881;STB=0.503884;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.00854951;OID=.;OPOS=47500836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:238:234:84:86:146:148:0.632479:67:79:44:40:69:79:45:41 chr18 47563299 . T C 1088.23 PASS AF=0.986667;AO=72;DP=73;FAO=74;FDP=75;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0252921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7293;QD=58.0391;RBI=0.0571928;REFB=-0.0898637;REVB=0.0512965;RO=0;SAF=41;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505746;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.00271587;OID=.;OPOS=47563299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:75:0:1:72:74:0.986667:31:41:0:0:31:43:1:0 chr18 47795629 . C A 1013.35 PASS AF=0.946667;AO=70;DP=75;FAO=71;FDP=75;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0237733;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8122;QD=54.0455;RBI=0.0409617;REFB=-0.00130471;REVB=-0.033357;RO=2;SAF=36;SAR=34;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0269982;STB=0.500376;STBP=0.898;TYPE=snp;VARB=1.68032e-05;OID=.;OPOS=47795629;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:75:75:2:4:70:71:0.946667:34:36:0:2:35:36:2:2 chr18 47800179 . G C 380.0 PASS AF=0.878788;AO=29;DP=33;FAO=29;FDP=33;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0322144;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=220.146;QD=46.0609;RBI=0.0332037;REFB=-0.0476159;REVB=0.00804449;RO=3;SAF=8;SAR=21;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815829;STB=0.567519;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00801015;OID=.;OPOS=47800179;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:33:33:3:4:29:29:0.878788:21:8:2:1:21:8:3:1 chr18 47803354 . C T 50.87 PASS AF=0.205128;AO=8;DP=39;FAO=8;FDP=39;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0122002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.012;QD=5.21728;RBI=0.0270737;REFB=-0.00382929;REVB=-0.024169;RO=31;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207796;STB=0.636603;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0151775;OID=.;OPOS=47803354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:39:39:31:31:8:8:0.205128:3:5:14:17:3:5:14:17 chr18 47810251 . C G 136.71 PASS AF=0.32;AO=16;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.0352055;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=147.523;QD=10.9364;RBI=0.0371647;REFB=-0.0248318;REVB=-0.0119075;RO=34;SAF=8;SAR=8;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100915;STB=0.559926;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0328047;OID=.;OPOS=47810251;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:34:34:16:16:0.32:8:8:20:14:8:8:20:14 chr18 47810351 . A G 39.12 PASS AF=0.189189;AO=6;DP=38;FAO=7;FDP=37;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0186463;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.66;QD=4.2288;RBI=0.0253193;REFB=-0.00648588;REVB=-0.0171285;RO=31;SAF=5;SAR=1;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.279893;STB=0.574997;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.0466365;OID=.;OPOS=47810351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:38:37:31:30:6:7:0.189189:1:5:20:11:2:5:19:11 chr18 47908556 . G A 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=298.096;QD=60.6103;RBI=0.0319579;REFB=0;REVB=-0.0139927;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.26379e-05;OID=.;OPOS=47908556;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr18 48327815 . G A 487.16 PASS AF=0.758621;AO=42;DP=55;FAO=44;FDP=58;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=35;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.00378074;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.912;QD=33.5971;RBI=0.0175515;REFB=-0.0327243;REVB=0.0171395;RO=12;SAF=7;SAR=35;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0590692;STB=0.553022;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.00778635;OID=.;OPOS=48327815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:55:58:12:14:42:44:0.758621:35:7:3:9:35:9:5:9 chr18 48331553 . T C 414.14 PASS AF=0.8;AO=32;DP=40;FAO=32;FDP=40;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00170984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4422;QD=41.4142;RBI=0.0339779;REFB=-0.0766472;REVB=0.0339349;RO=8;SAF=9;SAR=23;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145821;STB=0.579085;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0137756;OID=.;OPOS=48331553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:40:40:8:8:32:32:0.8:23:9:5:3:23:9:5:3 chr18 48333203 . C G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.057;QD=56.1904;RBI=0.0428006;REFB=0;REVB=0.0345482;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180266;OID=.;OPOS=48333203;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr18 48573528 . AGAGCAATT A 73.39 PASS AF=0.294118;AO=8;DP=36;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.0167679;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=8;MLLD=320.417;QD=8.63365;RBI=0.0176754;REFB=-0.00682299;REVB=-0.00559081;RO=24;SAF=3;SAR=5;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148472;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0173962;OID=.;OPOS=48573529;OREF=GAGCAATT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294118:8:36:10:34:24:5:5:12:12:73:24:3:5:12:12 chr18 48723217 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0508234;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=218.86;QD=46.8478;RBI=0.0508234;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=15;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207153;OID=.;OPOS=48723217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:0:15:0:0:0:15:0:0 chr18 49072801 . C T 492.64 PASS AF=0.698413;AO=44;DP=63;FAO=44;FDP=63;FR=.;FRO=19;FSAF=13;FSAR=31;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0465725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.067;QD=31.2785;RBI=0.0576479;REFB=0.0139306;REVB=-0.0339749;RO=19;SAF=13;SAR=31;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112879;STB=0.561288;STBP=0.197;TYPE=snp;VARB=-0.00338734;OID=.;OPOS=49072801;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:19:19:44:44:0.698413:31:13:9:10:31:13:9:10 chr18 49867165 . A G 725.01 PASS AF=0.705882;AO=60;DP=85;FAO=60;FDP=85;FR=.;FRO=25;FSAF=40;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00824665;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=103.803;QD=34.1183;RBI=0.0190804;REFB=-0.027134;REVB=-0.0172062;RO=24;SAF=40;SAR=20;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0246334;STB=0.521732;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0129665;OID=.;OPOS=49867165;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:24:25:60:60:0.705882:20:40:15:9:20:40:15:10 chr18 49867224 . T C 1312.02 PASS AF=0.966667;AO=86;DP=91;FAO=87;FDP=90;FR=.;FRO=3;FSAF=53;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0453543;FXX=0.0217368;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.278;QD=58.3118;RBI=0.0500086;REFB=-0.0739903;REVB=0.0210677;RO=2;SAF=52;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178726;STB=0.513758;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.00218628;OID=.;OPOS=49867224;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:91:90:2:3:86:87:0.966667:34:52:2:0:34:53:3:0 chr18 50432602 . C G 349.08 PASS AF=0.618182;AO=34;DP=55;FAO=34;FDP=55;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0609813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.5383;QD=25.3874;RBI=0.0632533;REFB=0.00612693;REVB=0.0168009;RO=20;SAF=12;SAR=22;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00217829;STB=0.50823;STBP=0.882;TYPE=snp;VARB=-0.00156385;OID=.;OPOS=50432602;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:21:34:34:0.618182:22:12:7:13:22:12:7:14 chr18 51681244 . T C 70.17 PASS AF=0.322581;AO=9;DP=30;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0197098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.809;QD=9.05404;RBI=0.0269156;REFB=-0.0298243;REVB=0.0183296;RO=21;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142856;STB=0.548291;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0517918;OID=.;OPOS=51681244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:30:31:21:21:9:10:0.322581:4:5:9:12:5:5:9:12 chr18 51795957 . GCGACGACGACGAG GCGACGACGAG,GCGACGACGAGGAA,GCGAGACGAG,GCGGCGACGACGAG 308.21 PASS AF=0.766667,0,0,0.0666667;AO=12,7,7,2;DP=38;FAO=23,0,0,2;FDP=30;FR=.;FRO=5;FSAF=1,0,0,0;FSAR=22,0,0,2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0155865,0.00613699,-0.0568304,0.0938087;FXX=0.0322477;HRUN=1,1,1,1;LEN=3,4,4,1;MLLD=97.4966,81.4445,93.0385,66.5421;QD=41.0949;RBI=0.030224,0.0212427,0.0627832,0.0938146;REFB=-0.0816574,-0.0743468,-0.0672516,-0.0468827;REVB=0.025895,-0.0203369,-0.0266841,-0.00105224;RO=2;SAF=1,0,0,0;SAR=11,7,7,2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=0.0753549,0,0,0;STB=0.628433,0.5,0.5,0.99138;STBP=0.179,1,1,0.426;TYPE=del,mnp,del,snp;VARB=0.0251206,0,0,-0.0215743;OID=.,.,.,.;OPOS=51795958,51795967,51795961,51795960;OREF=CGA,CGAG,CGAC,A;OALT=-,GGAA,-,G;OMAPALT=GCGACGACGAG,GCGACGACGAGGAA,GCGAGACGAG,GCGGCGACGACGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.766667,0,0,0.0666667:12,7,7,2:38:23,0,0,2:30:5:1,0,0,0:22,0,0,2:1:4:26:2:1,0,0,0:11,7,7,2:0:2 chr18 51820805 . G A 112.89 PASS AF=0.75;AO=12;DP=16;FAO=12;FDP=16;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.029868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.448;QD=28.2222;RBI=0.0347012;REFB=-0.0179721;REVB=-0.0176658;RO=4;SAF=3;SAR=9;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.98772e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0092136;OID=.;OPOS=51820805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:4:4:12:12:0.75:9:3:1:3:9:3:1:3 chr18 52265308 . A C 523.39 PASS AF=0.844444;AO=38;DP=45;FAO=38;FDP=45;FR=.;FRO=7;FSAF=30;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0278316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6325;QD=46.5237;RBI=0.0302819;REFB=0.0539775;REVB=0.0119329;RO=7;SAF=30;SAR=8;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191838;STB=0.603656;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=-0.0120517;OID=.;OPOS=52265308;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:45:45:7:7:38:38:0.844444:8:30:2:5:8:30:2:5 chr18 52570281 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0239323;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.285;QD=46.848;RBI=0.0608021;REFB=0;REVB=0.055894;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175295;OID=.;OPOS=52570281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr18 52605188 . C T 48.83 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0501374;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.094;QD=13.9507;RBI=0.0529579;REFB=-0.037737;REVB=0.0170523;RO=7;SAF=4;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119504;STB=0.571224;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0249368;OID=.;OPOS=52605188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:3:4:3:4:3:4:3:4 chr18 52889967 . T C 69.95 PASS AF=0.238095;AO=10;DP=42;FAO=10;FDP=42;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=-0.0108025;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=163.122;QD=6.66156;RBI=0.014454;REFB=0.00377763;REVB=-0.00960328;RO=32;SAF=6;SAR=4;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315568;STB=0.51996;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=-0.0132287;OID=.;OPOS=52889967;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:42:42:32:32:10:10:0.238095:4:6:20:12:4:6:20:12 chr18 52895531 . T C 112.54 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0353938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.688;QD=9.18665;RBI=0.0354597;REFB=-0.00746143;REVB=0.00216043;RO=35;SAF=4;SAR=10;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248365;STB=0.651947;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0170322;OID=.;OPOS=52895531;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:14:14:0.285714:10:4:17:18:10:4:17:18 chr18 53177774 . G C 54.14 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00487402;FXX=0.0832639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.643;QD=19.6877;RBI=0.00662369;REFB=0.0951288;REVB=-0.00448522;RO=4;SAF=4;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448465;STB=0.52624;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=-0.0100827;OID=.;OPOS=53177774;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:12:11:4:4:7:7:0.636364:3:4:2:2:3:4:2:2 chr18 53303101 . C G 930.47 PASS AF=1;AO=39;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00514147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.646;QD=59.0777;RBI=0.124117;REFB=0;REVB=0.124011;RO=0;SAF=28;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000229988;OID=.;OPOS=53303101;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:39:63:1:11:28:0:0:35:28:0:0 chr18 54339818 . C G 1199.74 PASS AF=0.97561;AO=80;DP=82;FAO=80;FDP=82;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0436256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7579;QD=58.524;RBI=0.0436796;REFB=0.00752324;REVB=-0.00217208;RO=2;SAF=40;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000677687;OID=.;OPOS=54339818;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:82:82:2:2:80:80:0.97561:40:40:1:1:40:40:1:1 chr18 54448778 . G A 470.68 PASS AF=0.68254;AO=42;DP=63;FAO=43;FDP=63;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0153498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.109;QD=29.8844;RBI=0.109885;REFB=-0.0405463;REVB=0.108807;RO=20;SAF=24;SAR=18;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0727643;STB=0.534505;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.017112;OID=.;OPOS=54448778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:20:20:42:43:0.68254:18:24:9:11:19:24:9:11 chr18 54815025 . G T 272.39 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.235;QD=51.8833;RBI=0.0120702;REFB=0;REVB=0.00538098;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127919;OID=.;OPOS=54815025;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr18 55145377 . G A 320.18 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106105;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.819;QD=53.3631;RBI=0.0166817;REFB=0;REVB=0.0128723;RO=0;SAF=12;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341583;OID=.;OPOS=55145377;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:11:12:0:0:12:12:0:0 chr18 55145575 . C G 635.89 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144572;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3232;QD=62.0377;RBI=0.0320032;REFB=0;REVB=0.0285516;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000647378;OID=.;OPOS=55145575;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr18 55145765 . G C 167.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000997071;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.761;QD=41.8678;RBI=0.00540367;REFB=-0.0338643;REVB=0.00531088;RO=1;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129286;STB=0.571326;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.000586449;OID=.;OPOS=55145765;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:3:12:0:1:3:12:0:1 chr18 55145906 . C T 358.06 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00558076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1851;QD=55.0857;RBI=0.0378887;REFB=0;REVB=0.0374754;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000585202;OID=.;OPOS=55145906;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:14:11:0:0:14:12:0:0 chr18 55146453 . T C 323.38 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00651942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.885;QD=53.8958;RBI=0.0142112;REFB=0;REVB=0.0126275;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.20726e-05;OID=.;OPOS=55146453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr18 55150557 . G T 995.14 PASS AF=0.945946;AO=70;DP=74;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=50;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0209212;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5244;QD=53.7914;RBI=0.0256783;REFB=-0.017489;REVB=0.0148889;RO=2;SAF=20;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449512;STB=0.514015;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.00253923;OID=.;OPOS=55150557;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:74:74:2:4:70:70:0.945946:50:20:2:0:50:20:2:2 chr18 55154066 . A G 928.37 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00598197;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.974;QD=55.4252;RBI=0.0454778;REFB=0;REVB=0.0450827;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00301015;OID=.;OPOS=55154066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:67:0:0:60:67:1:34:26:0:0:41:26:0:0 chr18 55155489 . A G 651.1 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=46;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0318013;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.338;QD=57.8751;RBI=0.0333716;REFB=-0.0493604;REVB=-0.0101162;RO=1;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0177216;STB=0.51851;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00331141;OID=.;OPOS=55155489;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:45:1:2:43:43:0.955556:26:17:0:1:26:17:0:2 chr18 55158489 . A AATTCTGC 314.03 PASS AF=0.787879;AO=22;DP=33;FAO=26;FDP=33;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=0;FWDB=-0.0269542;FXX=0;HRUN=3;LEN=7;MLLD=259.81;QD=38.0639;RBI=0.0289747;REFB=-0.0241358;REVB=0.0106304;RO=7;SAF=9;SAR=13;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256291;STB=0.629531;STBP=0.006;TYPE=ins;VARB=0.00860094;OID=.;OPOS=55158490;OREF=-;OALT=ATTCTGC;OMAPALT=AATTCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.787879:22:33:26:33:7:10:16:7:0:42:7:9:13:7:0 chr18 55221648 . T C 1023.81 PASS AF=0.972222;AO=70;DP=73;FAO=70;FDP=72;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0124999;FXX=0.0136968;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.281;QD=56.8786;RBI=0.0125008;REFB=-0.0574835;REVB=0.000155116;RO=2;SAF=46;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00912438;STB=0.504827;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.000110537;OID=.;OPOS=55221648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:73:72:2:2:70:70:0.972222:24:46:1:1:24:46:1:1 chr18 55226383 . G C 666.92 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0528361;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=89.1583;QD=57.9932;RBI=0.055732;REFB=0.0489054;REVB=0.0177313;RO=2;SAF=21;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00185832;STB=0.50099;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=-0.00104066;OID=.;OPOS=55226383;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:46:46:2:2:44:44:0.956522:23:21:1:1:23:21:1:1 chr18 55314820 . C A 35.21 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0170208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.821;QD=5.21558;RBI=0.032391;REFB=-0.00218948;REVB=-0.0275585;RO=19;SAF=4;SAR=2;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224955;STB=0.649495;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00637849;OID=.;OPOS=55314820;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:19:21:6:6:0.222222:2:4:9:10:2:4:10:11 chr18 55317676 . C T 587.8 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000798302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.8124;QD=58.7804;RBI=0.0262098;REFB=-0.0760922;REVB=-0.0261976;RO=0;SAF=19;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00732138;OID=.;OPOS=55317676;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:39:40:0:0:38:40:1:19:19:0:0:21:19:0:0 chr18 55335366 . G T 45.54 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0250495;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4434;QD=26.0253;RBI=0.121846;REFB=0.10271;REVB=-0.119243;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123249;STB=0.571194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.0410264;OID=.;OPOS=55335366;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:3:3:1:0:3:3:1:0 chr18 55346232 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4314;QD=33.4282;RBI=0.0568088;REFB=0;REVB=-0.0141812;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00389849;OID=.;OPOS=55346232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chr18 55362532 . T G 756.71 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0398121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.385;QD=56.0522;RBI=0.0624811;REFB=0;REVB=0.0481548;RO=0;SAF=17;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19417e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222746;OID=.;OPOS=55362532;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:36:17:0:0:37:17:0:0 chr18 55364852 . A G 870.67 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0834497;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.055;QD=58.0448;RBI=0.085844;REFB=0;REVB=0.020133;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016723;OID=.;OPOS=55364852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:59:60:1:33:26:0:0:33:27:0:0 chr18 55816791 . G A 658.97 PASS AF=0.733333;AO=55;DP=75;FAO=55;FDP=75;FR=.;FRO=20;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=19;FWDB=-0.0210891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3246;QD=35.1453;RBI=0.0215209;REFB=0.0112971;REVB=0.00428907;RO=20;SAF=25;SAR=30;SRF=1;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.207147;STB=0.610935;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00427778;OID=.;OPOS=55816791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:20:20:55:55:0.733333:30:25:1:19:30:25:1:19 chr18 56148781 . G C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0223159;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.217;QD=10.0339;RBI=0.0248197;REFB=-0.00850279;REVB=0.0108636;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115149;STB=0.571156;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0162562;OID=.;OPOS=56148781;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:5:2:2:3:5:2 chr18 56148796 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.047432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.541;QD=42.1826;RBI=0.0479163;REFB=0;REVB=-0.00679542;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000503296;OID=.;OPOS=56148796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr18 56149099 . TT CC,CT 787.57 PASS AF=0.0517241,0.931034;AO=3,54;DP=58;FAO=3,54;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=2,18;FSAR=1,36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.035674,0.0525477;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=132.22,158.747;QD=54.315;RBI=0.0365613,0.0531403;REFB=-0.142284,-0.190041;REVB=0.00800557,0.00791357;RO=1;SAF=2,18;SAR=1,36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.163246,-0.0254582;STB=0.59939,0.513508;STBP=0.681,0.27;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00221851,0.00162307;OID=.,.;OPOS=56149099,56149099;OREF=TT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:58:58:1:1:3,54:3,54:0.0517241,0.931034:1,36:2,18:1:0:1,36:2,18:1:0 chr18 56196451 . C T 186.73 PASS AF=0.64;AO=13;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.000433012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.346;QD=29.877;RBI=0.00414577;REFB=-0.0261215;REVB=-0.00412309;RO=7;SAF=4;SAR=9;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176469;STB=0.540932;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0223645;OID=.;OPOS=56196451;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:25:25:7:7:13:16:0.64:9:4:4:3:9:7:4:3 chr18 56202418 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00168158;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.098;QD=39.2065;RBI=0.0108109;REFB=0;REVB=0.0106794;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151718;OID=.;OPOS=56202418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr18 56202768 . C A 599.19 PASS AF=0.816667;AO=49;DP=60;FAO=49;FDP=60;FR=.;FRO=11;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0130128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8263;QD=39.946;RBI=0.0140783;REFB=0.00938553;REVB=-0.00537271;RO=11;SAF=31;SAR=18;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10503;STB=0.55612;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.00148337;OID=.;OPOS=56202768;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:60:60:11:11:49:49:0.816667:18:31:10:1:18:31:10:1 chr18 56202982 . A T 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0142215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.999;QD=58.5876;RBI=0.0231615;REFB=0;REVB=-0.0182813;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.43629e-05;OID=.;OPOS=56202982;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr18 56203074 . G A 528.69 PASS AF=0.795918;AO=39;DP=49;FAO=39;FDP=49;FR=.;FRO=10;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0105144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.518;QD=43.1582;RBI=0.0161721;REFB=-0.00953822;REVB=-0.0122876;RO=10;SAF=29;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155964;STB=0.584337;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00313775;OID=.;OPOS=56203074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:49:49:10:10:39:39:0.795918:10:29:4:6:10:29:4:6 chr18 56203120 . C T 575.06 PASS AF=0.742424;AO=49;DP=66;FAO=49;FDP=66;FR=.;FRO=17;FSAF=41;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00673552;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=264.532;QD=34.8519;RBI=0.0142305;REFB=-0.0146584;REVB=0.0125355;RO=17;SAF=41;SAR=8;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105169;STB=0.556924;STBP=0.221;TYPE=snp;VARB=0.00429535;OID=.;OPOS=56203120;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:17:17:49:49:0.742424:8:41:12:5:8:41:12:5 chr18 56203411 . G C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0430544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.605;QD=43.4856;RBI=0.0480131;REFB=0;REVB=0.0212502;RO=0;SAF=7;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000883083;OID=.;OPOS=56203411;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:5:7:0:0:5:7:0:0 chr18 56203447 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0556804;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.674;QD=45.8063;RBI=0.0693698;REFB=0;REVB=0.0413746;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000985127;OID=.;OPOS=56203447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr18 56203891 . G T 239.72 PASS AF=0.913043;AO=20;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0248053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.315;QD=41.69;RBI=0.0455057;REFB=-0.140014;REVB=0.0381506;RO=3;SAF=9;SAR=11;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13106;STB=0.545411;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00259426;OID=.;OPOS=56203891;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:23:23:3:2:20:21:0.913043:11:9:3:0:11:10:2:0 chr18 56203898 . T G 269.05 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0352435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.579;QD=51.2476;RBI=0.0354535;REFB=0;REVB=-0.00385301;RO=0;SAF=9;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322495;OID=.;OPOS=56203898;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:21:0:0:19:21:1:10:9:0:0:10:11:0:0 chr18 56204250 . A C 526.75 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0258625;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5612;QD=56.9464;RBI=0.0289842;REFB=-0.108553;REVB=-0.013085;RO=0;SAF=26;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523796;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00335045;OID=.;OPOS=56204250;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:10:26:0:0:10:26:0:1 chr18 56204387 . ACAGTTGATGTGTCCT A 52.74 PASS AF=0.421053;AO=6;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0056262;FXX=0;HRUN=1;LEN=15;MLLD=466.716;QD=11.1023;RBI=0.00697503;REFB=0.0011532;REVB=0.00412274;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469701;STB=0.52625;STBP=0.927;TYPE=del;VARB=-0.00212612;OID=.;OPOS=56204388;OREF=CAGTTGATGTGTCCT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:6:19:8:19:11:4:4:5:6:52:11:3:3:5:6 chr18 56204410 . C T 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0138141;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=149.665;QD=16.9316;RBI=0.0277305;REFB=-0.0163602;REVB=0.0240448;RO=12;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.214087;STB=0.623086;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0166265;OID=.;OPOS=56204410;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:7:5:8:4:7:5:8:4 chr18 56204671 . A T 450.01 PASS AF=0.891892;AO=33;DP=37;FAO=33;FDP=37;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0360008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.2081;QD=48.65;RBI=0.0433481;REFB=-0.0714344;REVB=0.0241454;RO=4;SAF=13;SAR=20;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0305474;STB=0.516398;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0044055;OID=.;OPOS=56204671;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:37:37:4:4:33:33:0.891892:20:13:1:3:20:13:1:3 chr18 56204747 . G A 769.28 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00221296;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.658;QD=64.1064;RBI=0.0326846;REFB=0;REVB=0.0326096;RO=0;SAF=17;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.22086e-05;OID=.;OPOS=56204747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:31:17:0:0:31:17:0:0 chr18 56204932 . T G 353.64 PASS AF=0.823529;AO=28;DP=34;FAO=28;FDP=34;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0261237;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.002;QD=41.6048;RBI=0.0263384;REFB=-0.0432054;REVB=-0.00335648;RO=6;SAF=16;SAR=12;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236657;STB=0.512811;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=0.00650645;OID=.;OPOS=56204932;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:6:6:28:28:0.823529:12:16:3:3:12:16:3:3 chr18 56204945 . C G 278.99 PASS AF=0.851852;AO=23;DP=27;FAO=23;FDP=27;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0820683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.065;QD=41.3314;RBI=0.0826041;REFB=-0.0401011;REVB=0.00939301;RO=4;SAF=15;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0449863;STB=0.524454;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.00393268;OID=.;OPOS=56204945;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:27:27:4:4:23:23:0.851852:8:15:2:2:8:15:2:2 chr18 56204977 . C T 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0141336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.514;QD=24.0733;RBI=0.029794;REFB=-0.0354981;REVB=0.0262282;RO=7;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0660951;STB=0.537134;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00837576;OID=.;OPOS=56204977;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:5:8:5:2:5:8:5:2 chr18 56204991 . C T 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0374795;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.178;QD=21.5456;RBI=0.0386595;REFB=-0.0268292;REVB=-0.0094783;RO=9;SAF=7;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115717;STB=0.583217;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0116315;OID=.;OPOS=56204991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:9:10:14:14:0.583333:7:7:6:3:7:7:7:3 chr18 56205262 . A C 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0237362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.926;QD=18.0506;RBI=0.0295994;REFB=-0.0229627;REVB=-0.0176838;RO=8;SAF=8;SAR=2;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573375;STB=0.533264;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.033879;OID=.;OPOS=56205262;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:2:8:6:2:2:8:6:2 chr18 56247180 . T C 43.4 PASS AF=0.233333;AO=7;DP=30;FAO=7;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.100949;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.137;QD=5.78618;RBI=0.101606;REFB=-0.0091265;REVB=-0.0115335;RO=23;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263157;STB=0.517191;STBP=0.981;TYPE=snp;VARB=0.0419454;OID=.;OPOS=56247180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:30:30:23:23:7:7:0.233333:5:2:7:16:5:2:7:16 chr18 56247567 . A G 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.070906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.522;QD=5.6892;RBI=0.0744583;REFB=0.00248907;REVB=-0.0227241;RO=19;SAF=1;SAR=5;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295833;STB=0.700985;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.0142056;OID=.;OPOS=56247567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:19:19:6:6:0.24:5:1:7:12:5:1:7:12 chr18 56279025 . T G 362.03 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292948;FXX=0.0370233;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.028;QD=55.6971;RBI=0.0396313;REFB=0;REVB=0.0266918;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000201595;OID=.;OPOS=56279025;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr18 56381371 . T G 166.09 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0175538;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.982;QD=22.1448;RBI=0.0180282;REFB=0.00158641;REVB=0.00410868;RO=13;SAF=5;SAR=12;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124999;STB=0.507034;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=-0.000890657;OID=.;OPOS=56381371;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:12:5:4:9:12:5:4:9 chr18 56470255 . G C 84.69 PASS AF=1;AO=5;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188775;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=76.0811;QD=37.6382;RBI=0.269336;REFB=0;REVB=0.268674;RO=0;SAF=4;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0115238;OID=.;OPOS=56470255;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:5:9:1:1:4:0:0:5:4:0:0 chr18 56587802 . A C 114.06 PASS AF=0.52;AO=12;DP=24;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0446088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9867;QD=18.25;RBI=0.0464053;REFB=-0.0223897;REVB=-0.0127871;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144848;STB=0.562406;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0189939;OID=.;OPOS=56587802;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:12:12:12:13:0.52:6:6:4:8:7:6:4:8 chr18 56593521 . T G 130.45 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.442;QD=43.4841;RBI=0.0182788;REFB=0;REVB=-0.00360553;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000295563;OID=.;OPOS=56593521;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr18 57428919 . A G 110.7 PASS AF=0.705882;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0281109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.596;QD=26.0483;RBI=0.0306788;REFB=-0.0456524;REVB=0.0122867;RO=5;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.096601;STB=0.554364;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.0232185;OID=.;OPOS=57428919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:17:17:5:5:12:12:0.705882:5:7:2:3:5:7:2:3 chr18 57567447 . GC CG,G 39.99 PASS AF=0.0689655,0.275862;AO=3,9;DP=30;FAO=2,8;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=0,6;FSAR=2,2;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0522788,-0.0827891;FXX=0.0333222;HRUN=1,4;LEN=2,1;MLLD=160.724,13.3637;QD=5.51604;RBI=0.0675582,0.122347;REFB=-0.0144669,-0.127757;REVB=-0.0427906,-0.0900813;RO=16;SAF=0,8;SAR=3,1;SRF=5;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.55716,0.625012;STB=0.993399,0.76299;STBP=0.314,0.1;TYPE=mnp,del;VARB=0.15492,0.141189;OID=.,.;OPOS=57567447,57567448;OREF=GC,C;OALT=CG,-;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:30:29:16:19:3,9:2,8:0.0689655,0.275862:3,1:0,8:5:11:2,2:0,6:7:12 chr18 57570059 . A G 231.44 PASS AF=0.7;AO=21;DP=30;FAO=21;FDP=30;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0270051;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9491;QD=30.8583;RBI=0.0512245;REFB=0.0180816;REVB=0.0435279;RO=9;SAF=9;SAR=12;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697673;STB=0.538425;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=-0.00604002;OID=.;OPOS=57570059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:9:9:21:21:0.7:12:9:5:4:12:9:5:4 chr18 57640352 . C CA,CAA,CAAA 161.6 PASS AF=0.0322581,0.645161,0;AO=4,13,4;DP=33;FAO=1,20,0;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=0,5,0;FSAR=1,15,0;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.22983,-0.132623,-0.0914828;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,3;MLLD=17.2314,24.5367,24.2941;QD=20.8516;RBI=0.25859,0.146211,0.100465;REFB=-0.0540749,-0.0298973,-0.0200821;REVB=-0.118519,-0.0615527,-0.0415229;RO=11;SAF=1,4,1;SAR=3,9,3;SRF=3;SRR=8;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0319232,0.0334588,-0.0319232;STB=0.985759,0.521717,0.5;STBP=0.542,0.841,1;TYPE=ins,ins,ins;VARB=0.00454328,-0.00145384,-0.205785;OID=.,.,.;OPOS=57640353,57640353,57640353;OREF=-,-,-;OALT=A,AA,AAA;OMAPALT=CA,CAA,CAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0322581,0.645161,0:4,13,4:33:1,20,0:31:10:0,5,0:1,15,0:3:7:46:11:1,4,1:3,9,3:3:8 chr18 59166541 . C T 107.81 PASS AF=0.433333;AO=12;DP=29;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=0.0288661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.4664;QD=14.375;RBI=0.0377035;REFB=-0.0235327;REVB=0.0242551;RO=16;SAF=2;SAR=10;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354515;STB=0.545388;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0293632;OID=.;OPOS=59166541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:16:17:12:13:0.433333:10:2:3:13:10:3:3:14 chr18 59170304 . C G 598.2 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00893783;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.253;QD=61.3543;RBI=0.0292845;REFB=0;REVB=0.0278872;RO=0;SAF=20;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135035;OID=.;OPOS=59170304;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:19:20:0:0:19:20:0:0 chr18 59780393 . T A 59.16 PASS AF=0.2;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=45;FR=.;FRO=36;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=0.0194393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=306.594;QD=5.25878;RBI=0.023827;REFB=-0.00940916;REVB=0.0137783;RO=36;SAF=5;SAR=4;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694068;STB=0.545355;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0355607;OID=.;OPOS=59780393;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:45:45:36:36:9:9:0.2:4:5:22:14:4:5:22:14 chr18 59805532 . T C 612.6 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0741176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9664;QD=61.2598;RBI=0.0818674;REFB=0;REVB=0.0347687;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00063748;OID=.;OPOS=59805532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:24:16:0:0:24:16:0:0 chr18 59807635 . T C 52.02 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00539367;FXX=0.149925;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.346;QD=12.2399;RBI=0.0275929;REFB=-0.00284182;REVB=0.0270606;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.470509;STB=0.780525;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.0103721;OID=.;OPOS=59807635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:20:17:10:10:7:7:0.411765:5:2:8:2:5:2:8:2 chr18 59814268 . G A 185.95 PASS AF=0.575758;AO=16;DP=31;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00898258;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.053;QD=22.5389;RBI=0.0358849;REFB=-0.0347982;REVB=0.0347424;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08522;STB=0.571354;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0300604;OID=.;OPOS=59814268;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:15:14:16:19:0.575758:8:8:6:9:9:10:5:9 chr18 59814324 . G C 323.43 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0096828;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.67;QD=53.9046;RBI=0.00972622;REFB=0;REVB=0.000918047;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.51218e-05;OID=.;OPOS=59814324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:14:10:0:0:14:10:0:0 chr18 60027241 . C T 432.85 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0429412;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.24;QD=57.7132;RBI=0.0449305;REFB=0;REVB=0.0132212;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191074;OID=.;OPOS=60027241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:17:13:0:0:17:13:0:0 chr18 60036083 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0238955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1883;QD=43.4862;RBI=0.0241506;REFB=0;REVB=-0.00350105;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0013557;OID=.;OPOS=60036083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr18 60111488 . G A 154.94 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0124511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0126;QD=32.6178;RBI=0.0487609;REFB=0.0699423;REVB=0.0471444;RO=4;SAF=7;SAR=8;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833399;STB=0.546039;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-0.0200473;OID=.;OPOS=60111488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:19:4:4:15:15:0.789474:8:7:1:3:8:7:1:3 chr18 60191538 . G C 34.66 PASS AF=0.375;AO=3;DP=8;FAO=3;FDP=8;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=3;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0651961;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.9621;QD=17.3281;RBI=0.124489;REFB=-0.128888;REVB=0.106051;RO=2;SAF=3;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.106755;OID=.;OPOS=60191538;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:8:8:2:3:3:3:0.375:0:3:2:0:0:3:3:0 chr18 60237388 . A G 270.59 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00399187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4394;QD=51.5415;RBI=0.004033;REFB=0;REVB=0.000574538;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000523485;OID=.;OPOS=60237388;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:13:7:0:0:14:7:0:0 chr18 60241732 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156399;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.785;QD=51.9163;RBI=0.0458521;REFB=0;REVB=0.0431023;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000280214;OID=.;OPOS=60241732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:5:16:0:0:5:16:0:0 chr18 60244856 . A G 1607.12 PASS AF=1;AO=100;DP=100;FAO=100;FDP=100;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.002842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.432;QD=64.285;RBI=0.0283664;REFB=0;REVB=-0.0282237;RO=0;SAF=47;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.90468e-05;OID=.;OPOS=60244856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:100:100:0:0:100:100:1:53:47:0:0:53:47:0:0 chr18 60562298 . A T 284.98 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=55;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0203226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5179;QD=20.7256;RBI=0.0352467;REFB=-0.0380463;REVB=-0.0287979;RO=25;SAF=15;SAR=15;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114844;STB=0.563595;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.0466782;OID=.;OPOS=60562298;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:25:30:30:0.545455:15:15:16:9:15:15:16:9 chr18 61022791 . C T 34.85 PASS AF=0.206897;AO=6;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.00451202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.879;QD=4.80688;RBI=0.0153877;REFB=0.00672503;REVB=-0.0147114;RO=23;SAF=4;SAR=2;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.362177;STB=0.7384;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=-0.0248304;OID=.;OPOS=61022791;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:29:29:23:23:6:6:0.206897:2:4:8:15:2:4:8:15 chr18 61156606 . G C 169.53 PASS AF=0.395833;AO=17;DP=46;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0525222;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1964;QD=14.1276;RBI=0.0530573;REFB=-0.0187996;REVB=0.00751647;RO=27;SAF=6;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178843;STB=0.578864;STBP=0.406;TYPE=snp;VARB=0.0265442;OID=.;OPOS=61156606;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:48:27:29:17:19:0.395833:11:6:14:13:11:8:16:13 chr18 61160287 . T C 155.92 PASS AF=0.350877;AO=20;DP=57;FAO=20;FDP=57;FR=.;FRO=37;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.0281451;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=51.8813;QD=10.9415;RBI=0.0309248;REFB=0.00258498;REVB=-0.0128139;RO=37;SAF=6;SAR=14;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00357825;STB=0.50209;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0041868;OID=.;OPOS=61160287;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:37:37:20:20:0.350877:14:6:11:26:14:6:11:26 chr18 61160385 . T C 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0215676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.8169;QD=13.0909;RBI=0.0427988;REFB=-0.0111968;REVB=0.0369672;RO=20;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.283536;STB=0.663242;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00819924;OID=.;OPOS=61160385;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:7:6:4:16:7:6:4:16 chr18 61170925 . T C 483.34 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0538292;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.788;QD=58.587;RBI=0.0568364;REFB=0;REVB=0.0182427;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000129183;OID=.;OPOS=61170925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:17:15:0:0:18:15:0:0 chr18 61234004 . G C 42.83 PASS AF=0.212121;AO=7;DP=33;FAO=7;FDP=33;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0178858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3802;QD=5.19185;RBI=0.0308859;REFB=0.00576237;REVB=0.02518;RO=26;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131509;STB=0.587971;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=-0.0230461;OID=.;OPOS=61234004;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:33:33:26:26:7:7:0.212121:5:2:10:16:5:2:10:16 chr18 61264298 . G A 791.85 PASS AF=0.966102;AO=57;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00559156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.777;QD=53.6845;RBI=0.0298195;REFB=-0.0286484;REVB=0.0292906;RO=2;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277265;STB=0.514701;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00104194;OID=.;OPOS=61264298;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:2:2:57:57:0.966102:33:24:0:2:33:24:0:2 chr18 61264468 . C T 767.1 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0227898;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.385;QD=53.8314;RBI=0.0345352;REFB=-0.151869;REVB=0.0259481;RO=2;SAF=24;SAR=31;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0376688;STB=0.5098;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00185082;OID=.;OPOS=61264468;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:2:1:55:56:0.982456:31:24:2:0:31:25:1:0 chr18 61322995 . T C 804.75 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0606407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.579;QD=64.3799;RBI=0.0681455;REFB=0;REVB=-0.0310888;RO=0;SAF=34;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159649;OID=.;OPOS=61322995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:16:34:0:0:16:34:0:0 chr18 61326597 . A C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278683;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.28;QD=58.5875;RBI=0.0350474;REFB=0;REVB=-0.0212527;RO=0;SAF=32;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.44442e-05;OID=.;OPOS=61326597;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:1:32:0:0:1:32:0:0 chr18 61326602 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00340119;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.667;QD=60.2307;RBI=0.0330923;REFB=0;REVB=0.032917;RO=0;SAF=36;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.07335e-05;OID=.;OPOS=61326602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:1:36:0:0:1:36:0:0 chr18 61326609 . T G 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.83;QD=60.6069;RBI=0.013531;REFB=0;REVB=-0.00554478;RO=0;SAF=37;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.26946e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.72335e-05;OID=.;OPOS=61326609;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:1:37:0:0:1:37:0:0 chr18 61377579 . A C 677.79 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0550333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=237.069;QD=60.2476;RBI=0.0557153;REFB=-0.128858;REVB=0.008691;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508768;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.000711679;OID=.;OPOS=61377579;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:45:0:1:44:44:0.977778:28:16:0:0:28:16:0:1 chr18 61379838 . T G 687.49 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0202055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8049;QD=62.4992;RBI=0.0487916;REFB=0;REVB=0.0444112;RO=0;SAF=29;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000279378;OID=.;OPOS=61379838;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:14:29:0:0:14:30:0:0 chr18 61383354 . C T 352.71 PASS AF=0.612245;AO=30;DP=48;FAO=30;FDP=49;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0166025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.119;QD=28.7924;RBI=0.0201751;REFB=-0.0169946;REVB=-0.0114626;RO=18;SAF=14;SAR=16;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0606462;STB=0.523145;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0166891;OID=.;OPOS=61383354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:18:19:30:30:0.612245:16:14:10:8:16:14:10:9 chr18 61387312 . G A 729.0 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00686582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.725;QD=57.1768;RBI=0.0284575;REFB=0;REVB=-0.0276168;RO=0;SAF=19;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000124123;OID=.;OPOS=61387312;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:50:51:1:31:19:0:0:32:19:0:0 chr18 61387333 . T A 696.73 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00458401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.525;QD=61.9317;RBI=0.0261778;REFB=0;REVB=0.0257733;RO=0;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.49331e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000113935;OID=.;OPOS=61387333;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:29:16:0:0:29:16:0:0 chr18 61387389 . G A 428.96 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0111461;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1547;QD=57.1942;RBI=0.0112429;REFB=0;REVB=-0.00147215;RO=0;SAF=5;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000185312;OID=.;OPOS=61387389;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:25:5:0:0:25:5:0:0 chr18 61390316 . C A 282.6 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00450225;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=154.88;QD=51.3826;RBI=0.009467;REFB=0;REVB=0.0083279;RO=1;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0708105;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.13867e-05;OID=.;OPOS=61390316;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:1:0:21:22:1:6:15:0:1:7:15:0:0 chr18 61390332 . C T 272.55 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.037846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.338;QD=51.9148;RBI=0.0386198;REFB=0;REVB=0.00769192;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00013684;OID=.;OPOS=61390332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr18 61390361 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.673;QD=53.2771;RBI=0.0198228;REFB=0;REVB=0.0125455;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.48497e-05;OID=.;OPOS=61390361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr18 61390570 . T G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00385698;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=212.946;QD=47.8224;RBI=0.011824;REFB=0;REVB=-0.0111773;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.44311e-05;OID=.;OPOS=61390570;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr18 61564394 . A G 50.48 PASS AF=0.170213;AO=8;DP=45;FAO=8;FDP=47;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0579102;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.0156;QD=4.29631;RBI=0.092829;REFB=-0.00537698;REVB=0.0725508;RO=37;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149167;STB=0.574286;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.00355263;OID=.;OPOS=61564394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:45:47:37:39:8:8:0.170213:4:4:14:23:4:4:16:23 chr18 61570503 . C G 116.14 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=56;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=-0.0417483;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4068;QD=8.44643;RBI=0.054606;REFB=-0.0103364;REVB=0.0351979;RO=39;SAF=10;SAR=6;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134615;STB=0.581292;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0213994;OID=.;OPOS=61570503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:39:39:16:16:0.290909:6:10:20:19:6:10:20:19 chr18 61570529 . C G 61.01 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.00358769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.151;QD=6.59529;RBI=0.0156716;REFB=-0.0083939;REVB=-0.0152554;RO=28;SAF=8;SAR=1;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.526733;STB=0.844204;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.0134942;OID=.;OPOS=61570529;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:37:37:28:28:9:9:0.243243:1:8:14:14:1:8:14:14 chr18 61575213 . T G 113.85 PASS AF=0.219512;AO=18;DP=82;FAO=18;FDP=82;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=-0.0425982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.341;QD=5.55383;RBI=0.0431951;REFB=-0.0100114;REVB=0.00715615;RO=64;SAF=5;SAR=13;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338481;STB=0.71209;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0242137;OID=.;OPOS=61575213;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:64:64:18:18:0.219512:13:5:35:29:13:5:35:29 chr18 61575232 . A G 173.96 PASS AF=0.247619;AO=26;DP=105;FAO=26;FDP=105;FR=.;FRO=79;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.00307335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.078;QD=6.62688;RBI=0.00448009;REFB=-0.0114987;REVB=-0.00325972;RO=79;SAF=8;SAR=18;SRF=37;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209227;STB=0.627805;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.030282;OID=.;OPOS=61575232;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:79:79:26:26:0.247619:18:8:37:42:18:8:37:42 chr18 61582867 . A G 50.64 PASS AF=0.2;AO=8;DP=40;FAO=8;FDP=40;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0160416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.589;QD=5.06429;RBI=0.0160423;REFB=0.00404941;REVB=-0.000151101;RO=32;SAF=4;SAR=4;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755954;STB=0.549876;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=-0.0210938;OID=.;OPOS=61582867;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:40:40:32:32:8:8:0.2:4:4:14:18:4:4:14:18 chr18 61650865 . G A 268.1 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.00340917;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.286;QD=21.8854;RBI=0.0197688;REFB=-0.0242798;REVB=0.0194726;RO=23;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.15984;STB=0.596537;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0233693;OID=.;OPOS=61650865;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:23:24:25:25:0.510204:11:14:17:6:11:14:18:6 chr18 62036875 . G A 815.57 PASS AF=0.983051;AO=56;DP=57;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0175326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.118;QD=55.2929;RBI=0.0176479;REFB=-0.0844386;REVB=-0.00201438;RO=1;SAF=33;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140753;STB=0.507244;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00186281;OID=.;OPOS=62036875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:59:1:1:56:58:0.983051:23:33:1:0:24:34:1:0 chr18 63430177 . A G 124.75 PASS AF=0.306122;AO=15;DP=49;FAO=15;FDP=49;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00530024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.573;QD=10.1839;RBI=0.0127545;REFB=-0.00177976;REVB=-0.0116011;RO=34;SAF=11;SAR=4;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286346;STB=0.673227;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00469829;OID=.;OPOS=63430177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:34:34:15:15:0.306122:4:11:17:17:4:11:17:17 chr18 63489378 . C A,T 658.51 PASS AF=0.0232558,0.976744;AO=2,41;DP=43;FAO=1,42;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=1,16;FSAR=0,26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0091246,0.0167361;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=23.723,70.8279;QD=61.2568;RBI=0.024983,0.0174213;REFB=0,0;REVB=-0.0232571,-0.00483783;RO=0;SAF=2,15;SAR=0,26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.036951,0.00092121;OID=.,.;OPOS=63489378,63489378;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:43:43:0:0:2,41:1,42:0.0232558,0.976744:0,26:2,15:0:0:0,26:1,16:0:0 chr18 63530016 . A G 685.96 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0331931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.641;QD=58.3792;RBI=0.0340085;REFB=-0.0219382;REVB=-0.00740263;RO=2;SAF=25;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00449187;STB=0.502391;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000348565;OID=.;OPOS=63530016;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:20:25:1:1:20:25:1:1 chr18 64176269 . G A 277.25 PASS AF=0.595238;AO=25;DP=42;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.0298547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8603;QD=26.4051;RBI=0.0437257;REFB=-0.00600079;REVB=0.0319474;RO=17;SAF=14;SAR=11;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651788;STB=0.536034;STBP=0.607;TYPE=snp;VARB=0.00289156;OID=.;OPOS=64176269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:17:25:25:0.595238:11:14:11:6:11:14:11:6 chr18 66504093 . A C 686.61 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111912;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.313;QD=62.4193;RBI=0.0113135;REFB=0;REVB=0.00165934;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.20749e-05;OID=.;OPOS=66504093;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:21:22:0:0:22:22:0:0 chr18 66504459 . A T 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0182139;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.857;QD=59.0181;RBI=0.0946685;REFB=0;REVB=0.0928999;RO=0;SAF=15;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000485333;OID=.;OPOS=66504459;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:19:15:0:0:19:15:0:0 chr18 66513615 . A G 255.65 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0305835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0421;QD=51.1304;RBI=0.0308791;REFB=0;REVB=0.00426195;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000844575;OID=.;OPOS=66513615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr18 67345034 . T C 972.69 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0316811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1226;QD=58.9506;RBI=0.0337551;REFB=0;REVB=-0.0116495;RO=0;SAF=30;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000272464;OID=.;OPOS=67345034;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:66:66:1:36:30:0:0:36:30:0:0 chr18 67365668 . A G 240.41 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0147236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.671;QD=28.2829;RBI=0.0176354;REFB=-0.00819348;REVB=-0.00970685;RO=12;SAF=9;SAR=13;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164406;STB=0.590826;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00560121;OID=.;OPOS=67365668;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:13:9:8:4:13:9:8:4 chr18 67531642 . T C 445.39 PASS AF=0.701754;AO=40;DP=58;FAO=40;FDP=57;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0149604;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.103;QD=31.2556;RBI=0.0154465;REFB=-0.0118888;REVB=-0.00384476;RO=17;SAF=9;SAR=31;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134666;STB=0.573371;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0081886;OID=.;OPOS=67531642;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:17:17:40:40:0.701754:31:9:7:10:31:9:7:10 chr18 67534642 . C T 87.84 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=8;FWDB=0.00639665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.464;QD=9.75955;RBI=0.00883776;REFB=-0.0189023;REVB=0.00609827;RO=25;SAF=1;SAR=6;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.597863;STB=0.878307;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0275345;OID=.;OPOS=67534642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:37:36:25:24:7:7:0.194444:6:1:17:8:6:1:16:8 chr18 67687860 . T C 105.49 PASS AF=0.269231;AO=14;DP=52;FAO=14;FDP=52;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0238319;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.5;QD=8.1143;RBI=0.0240393;REFB=-0.0168414;REVB=-0.00315085;RO=38;SAF=10;SAR=4;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17741;STB=0.609591;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.0425085;OID=.;OPOS=67687860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:38:38:14:14:0.269231:4:10:22:16:4:10:22:16 chr18 67718688 . A G 563.65 PASS AF=0.974359;AO=38;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0211748;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.571;QD=57.8106;RBI=0.0242373;REFB=-0.108696;REVB=0.0117928;RO=1;SAF=17;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217908;STB=0.511622;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.00301786;OID=.;OPOS=67718688;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:1:1:38:38:0.974359:21:17:0:1:21:17:0:1 chr18 67863850 . T TCTC 117.61 PASS AF=0.619048;AO=11;DP=23;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.0100072;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=160.958;QD=22.401;RBI=0.043501;REFB=-0.0522856;REVB=-0.0423343;RO=10;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.34873;STB=0.654455;STBP=0.101;TYPE=ins;VARB=0.0361107;OID=.;OPOS=67863851;OREF=-;OALT=CTC;OMAPALT=TCTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.619048:11:23:13:21:8:6:7:7:1:55:10:4:7:8:2 chr18 67871343 . A C 527.22 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0310012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2279;QD=56.997;RBI=0.0336365;REFB=-0.175781;REVB=0.0130515;RO=0;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519989;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00523208;OID=.;OPOS=67871343;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:24:12:0:0:24:12:1:0 chr18 70209177 . C T 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0450189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.183;QD=58.1417;RBI=0.0726793;REFB=0;REVB=0.0570577;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000447314;OID=.;OPOS=70209177;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chr18 70417396 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0168529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.58;QD=57.202;RBI=0.0292472;REFB=0;REVB=-0.0239035;RO=0;SAF=16;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000245973;OID=.;OPOS=70417396;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:14:16:0:0:14:16:0:0 chr18 70532840 . T G 1026.4 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00431438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.817;QD=59.5014;RBI=0.0238907;REFB=0;REVB=-0.0234979;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.47408e-05;OID=.;OPOS=70532840;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:36:32:0:0:37:32:0:0 chr18 71412428 . C T 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.020884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.882;QD=48.7345;RBI=0.0334787;REFB=0;REVB=0.0261664;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440634;OID=.;OPOS=71412428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:3:14:0:0:3:14:0:0 chr18 71996294 . A G 108.84 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=18;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00829216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.5985;QD=24.1869;RBI=0.00829836;REFB=-0.0334784;REVB=-0.000320567;RO=6;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298628;STB=0.666419;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0525832;OID=.;OPOS=71996294;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:6:6:12:12:0.666667:6:6:0:6:6:6:0:6 chr18 72009544 . C T 129.47 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.00222877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.866;QD=32.368;RBI=0.0183594;REFB=0.00692065;REVB=0.0182236;RO=3;SAF=7;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0691109;STB=0.538402;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=-0.00115436;OID=.;OPOS=72009544;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:3:3:13:13:0.8125:6:7:1:2:6:7:1:2 chr18 72021717 . T C 246.52 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0271835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.5403;QD=46.9565;RBI=0.0786685;REFB=-0.0327755;REVB=-0.0738227;RO=1;SAF=17;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.026357;STB=0.514272;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0180061;OID=.;OPOS=72021717;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:3:17:1:0:3:17:1:0 chr18 72103782 . T C 215.88 PASS AF=0.291667;AO=28;DP=96;FAO=28;FDP=96;FR=.;FRO=68;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=40;FSRR=28;FWDB=-0.023768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.6373;QD=8.99484;RBI=0.0238642;REFB=-0.00522422;REVB=0.00214032;RO=66;SAF=11;SAR=17;SRF=40;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249811;STB=0.636468;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.00671397;OID=.;OPOS=72103782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:66:68:28:28:0.291667:17:11:40:26:17:11:40:28 chr18 72114455 . C T 788.76 PASS AF=1;AO=45;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=40;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.657;QD=57.3647;RBI=0.150218;REFB=0;REVB=0.110511;RO=0;SAF=35;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.64128e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00042043;OID=.;OPOS=72114455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:0:0:45:55:1:10:35:0:0:15:40:0:0 chr18 72223591 . G GTGC 242.53 PASS AF=0.84;AO=17;DP=28;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0683945;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=191.781;QD=38.8041;RBI=0.0743135;REFB=-0.100786;REVB=0.0290636;RO=10;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149988;STB=0.529384;STBP=0.548;TYPE=ins;VARB=0.0153097;OID=.;OPOS=72223592;OREF=-;OALT=TGC;OMAPALT=GTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.84:17:28:21:25:4:12:9:3:1:20:10:10:7:8:2 chr18 72228124 . A G 851.49 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477971;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.792;QD=57.7282;RBI=0.0482085;REFB=0;REVB=-0.00628424;RO=0;SAF=18;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168101;OID=.;OPOS=72228124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:40:18:0:0:40:19:0:0 chr18 72238472 . C A 34.15 PASS AF=0.176471;AO=6;DP=34;FAO=6;FDP=34;FR=.;FRO=28;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.00418703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.944;QD=4.01777;RBI=0.00971531;REFB=0.00351225;REVB=-0.00876676;RO=28;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217102;STB=0.646611;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=-0.00691591;OID=.;OPOS=72238472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:34:34:28:28:6:6:0.176471:3:3:9:19:3:3:9:19 chr18 72343008 . T C 256.14 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516357;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.454;QD=51.228;RBI=0.0759298;REFB=0;REVB=0.0556695;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00159615;OID=.;OPOS=72343008;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:8:11:0:0:9:11:0:0 chr18 72346050 . T C 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0354462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.821;QD=14.7986;RBI=0.0491304;REFB=-0.00685373;REVB=0.03402;RO=13;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121367;STB=0.571292;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.0110686;OID=.;OPOS=72346050;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:3:8:8:5:3:8:8:5 chr18 72776121 . G A 527.32 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00211661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.293;QD=57.0076;RBI=0.0375343;REFB=-0.122591;REVB=0.0374745;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513506;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.00178722;OID=.;OPOS=72776121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:37:37:0:1:36:36:0.972973:18:18:0:0:18:18:0:1 chr18 72914280 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0504257;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.322;QD=43.4862;RBI=0.0580794;REFB=0;REVB=0.0288178;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000270943;OID=.;OPOS=72914280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr18 72997677 . C T 499.62 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00937502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.624;QD=54.0132;RBI=0.0177831;REFB=-0.0881512;REVB=0.0151112;RO=2;SAF=20;SAR=15;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445069;STB=0.523796;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00192846;OID=.;OPOS=72997677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:15:20:2:0:15:20:2:0 chr18 72998004 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.62;QD=55.0987;RBI=0.0339478;REFB=0;REVB=0.0276485;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165337;OID=.;OPOS=72998004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr18 72998268 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00546516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.943;QD=48.7369;RBI=0.00661918;REFB=0;REVB=-0.00373438;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.86935e-05;OID=.;OPOS=72998268;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr18 72998886 . T C 763.24 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223891;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.73;QD=62.3056;RBI=0.0455977;REFB=0;REVB=0.0397225;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000467474;OID=.;OPOS=72998886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:30:17:0:0:31:18:0:0 chr18 72999359 . T C 786.98 PASS AF=1;AO=53;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00953109;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.787;QD=57.2351;RBI=0.00953152;REFB=0;REVB=-9.05803e-05;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115855;OID=.;OPOS=72999359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:53:55:1:28:25:0:0:30:25:0:0 chr18 74611127 . A G 705.28 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0277205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.128;QD=62.6919;RBI=0.0312386;REFB=0;REVB=0.0144022;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215867;OID=.;OPOS=74611127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:25:19:0:0:25:20:0:0 chr18 74672741 . C T 445.25 PASS AF=0.714286;AO=35;DP=49;FAO=35;FDP=49;FR=.;FRO=14;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.00946562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6804;QD=36.3473;RBI=0.0246293;REFB=-0.0221635;REVB=-0.0227378;RO=14;SAF=18;SAR=17;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120002;STB=0.56508;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0215583;OID=.;OPOS=74672741;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:14:14:35:35:0.714286:17:18:4:10:17:18:4:10 chr18 74680259 . C T 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.025037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.576;QD=53.9111;RBI=0.0312117;REFB=0;REVB=0.0186366;RO=0;SAF=3;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.86584e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000518073;OID=.;OPOS=74680259;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:21:3:0:0:21:3:0:0 chr18 74692336 . A G 519.95 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.795;QD=59.4232;RBI=0.025576;REFB=0;REVB=0.020008;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166892;OID=.;OPOS=74692336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr18 74702864 . G A 313.36 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0180999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4736;QD=50.1376;RBI=0.0542927;REFB=-0.118719;REVB=0.0511868;RO=1;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264929;STB=0.514274;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00498695;OID=.;OPOS=74702864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:17:7:0:1:17:7:0:1 chr18 74980809 . G A 267.51 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7111;QD=50.9537;RBI=0.109866;REFB=0;REVB=0.013744;RO=0;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00163143;OID=.;OPOS=74980809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:8:13:0:0:8:13:0:0 chr18 76754466 . C T 152.44 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0387404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4816;QD=40.6496;RBI=0.0877952;REFB=-0.119454;REVB=0.0787857;RO=1;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364168;STB=0.519972;STBP=0.655;TYPE=snp;VARB=0.00425383;OID=.;OPOS=76754466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:12:2:0:1:12:2:0:1 chr18 76755256 . G A 102.27 PASS AF=0.785714;AO=10;DP=13;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0703892;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=127.041;QD=29.2191;RBI=0.0705184;REFB=-0.0569688;REVB=0.00426661;RO=3;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141327;STB=0.571311;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.00372896;OID=.;OPOS=76755256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:13:14:3:3:10:11:0.785714:8:2:0:3:9:2:0:3 chr18 77067000 . T G 234.34 PASS AF=0.611111;AO=21;DP=35;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=12;FWDB=0.0136705;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1942;QD=26.0381;RBI=0.0154176;REFB=-0.0282162;REVB=-0.00712879;RO=14;SAF=12;SAR=9;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.301488;STB=0.668972;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00896385;OID=.;OPOS=77067000;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:14:14:21:22:0.611111:9:12:2:12:9:13:2:12 chr18 77227476 . A G 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0143511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.306;QD=11.3694;RBI=0.0219086;REFB=-0.00264877;REVB=-0.0165539;RO=19;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175257;STB=0.604745;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00423535;OID=.;OPOS=77227476;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:7:4:10:9:7:4:10:9 chr18 77246406 . T G 103.51 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0279327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.655;QD=9.85817;RBI=0.0289424;REFB=-0.0184205;REVB=-0.00757796;RO=29;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.063689;STB=0.538402;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0294296;OID=.;OPOS=77246406;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:6:7:14:15:6:7:14:15 chr18 77287776 . A G 174.09 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=0.0408875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4627;QD=27.8546;RBI=0.0614495;REFB=-0.0291266;REVB=0.0458721;RO=7;SAF=12;SAR=5;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00533511;STB=0.517221;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.018692;OID=.;OPOS=77287776;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:7:8:17:17:0.68:5:12:5:2:5:12:6:2 chr18 77420703 . C G 48.5 PASS AF=0.155172;AO=9;DP=59;FAO=9;FDP=58;FR=.;FRO=49;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.00134472;FXX=0.0169463;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.0031;QD=3.34517;RBI=0.0481592;REFB=-0.0103945;REVB=-0.0481404;RO=44;SAF=5;SAR=4;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0956831;STB=0.555432;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0605491;OID=.;OPOS=77420703;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:59:58:44:49:9:9:0.155172:4:5:21:23:4:5:24:25 chr18 77513720 . AT AC,GC 564.04 PASS AF=0.947368,0.0526316;AO=36,2;DP=38;FAO=36,2;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20,2;FSAR=16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265109,0.0125588;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=152.331,163.351;QD=59.3729;RBI=0.0584371,0.0231949;REFB=0,0;REVB=0.0520776,-0.0195007;RO=0;SAF=20,2;SAR=16,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.9376e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00145129,0.0339076;OID=.,.;OPOS=77513721,77513720;OREF=T,AT;OALT=C,GC;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:38:38:0:0:36,2:36,2:0.947368,0.0526316:16,0:20,2:0:0:16,0:20,2:0:0 chr18 77728135 . G T 266.18 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000378832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.234;QD=50.7018;RBI=0.0510116;REFB=0;REVB=-0.0510102;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000366483;OID=.;OPOS=77728135;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:12:8:0:0:12:9:0:0 chr18 77736735 . T C 330.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00122803;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=88.0353;QD=52.8719;RBI=0.0103602;REFB=0;REVB=-0.0102872;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00348828;OID=.;OPOS=77736735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:10:14:0:0:10:15:0:0 chr18 77773006 . A G 125.82 PASS AF=0.3125;AO=14;DP=47;FAO=15;FDP=48;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.00154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.144;QD=10.4854;RBI=0.0020569;REFB=-0.000235344;REVB=0.00136355;RO=33;SAF=2;SAR=12;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.315245;STB=0.706784;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00124597;OID=.;OPOS=77773006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:33:33:14:15:0.3125:12:2:11:22:13:2:11:22 chr18 77773035 . G A 123.23 PASS AF=0.416667;AO=14;DP=35;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.00895053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.157;QD=13.6925;RBI=0.0430095;REFB=-0.015429;REVB=0.0420678;RO=21;SAF=2;SAR=12;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2342;STB=0.649766;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.0285033;OID=.;OPOS=77773035;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:21:21:14:15:0.416667:12:2:6:15:13:2:6:15 chr18 77805856 . A C 246.49 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0302939;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.614;QD=46.9501;RBI=0.0392043;REFB=-0.0253431;REVB=-0.0248849;RO=1;SAF=16;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279508;STB=0.515137;STBP=0.646;TYPE=snp;VARB=0.0134852;OID=.;OPOS=77805856;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:4:16:1:0:4:16:1:0 chr18 77894844 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00885141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4719;QD=33.4282;RBI=0.0326002;REFB=0;REVB=-0.0313755;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000845333;OID=.;OPOS=77894844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr18 77896242 . C T 696.54 PASS AF=0.978261;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0580451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.6862;QD=60.5685;RBI=0.0735929;REFB=-0.132563;REVB=0.0452403;RO=0;SAF=22;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511106;STBP=0.54;TYPE=snp;VARB=0.00490049;OID=.;OPOS=77896242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:45:46:0:1:44:45:0.978261:22:22:0:0:23:22:1:0 chr18 77918221 . C T 272.79 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.582;QD=51.9605;RBI=0.0408676;REFB=0;REVB=0.0237104;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151426;OID=.;OPOS=77918221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:10:10:0:0:11:10:0:0 chr19 367089 . G A 318.99 PASS AF=0.432099;AO=35;DP=81;FAO=35;FDP=81;FR=.;FRO=46;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.0103926;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.212;QD=15.7528;RBI=0.0190837;REFB=-0.000531905;REVB=0.0160057;RO=46;SAF=22;SAR=13;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0020099;STB=0.501133;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.000936922;OID=.;OPOS=367089;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:46:35:35:0.432099:13:22:29:17:13:22:29:17 chr19 372661 . C A 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2258;QD=49.5987;RBI=0.0922755;REFB=0;REVB=0.0901471;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00422667;OID=.;OPOS=372661;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr19 453160 . A G 1149.24 PASS AF=1;AO=75;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204096;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.889;QD=60.4862;RBI=0.0208681;REFB=0;REVB=-0.00435051;RO=0;SAF=31;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79347e-05;OID=.;OPOS=453160;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:75:76:1:44:31:0:0:45:31:0:0 chr19 463528 . G A 2220.18 PASS AF=0.980519;AO=149;DP=153;FAO=151;FDP=154;FR=.;FRO=3;FSAF=74;FSAR=77;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.027258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.8676;QD=57.6671;RBI=0.0437594;REFB=-0.0682782;REVB=0.0342328;RO=4;SAF=73;SAR=76;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129258;STB=0.503441;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00519444;OID=.;OPOS=463528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:153:154:4:3:149:151:0.980519:76:73:3:1:77:74:2:1 chr19 498524 . A G 143.14 PASS AF=0.516129;AO=15;DP=30;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=-0.0372128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.805;QD=18.4698;RBI=0.0451663;REFB=0.00335305;REVB=-0.025597;RO=15;SAF=8;SAR=7;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.406975;STB=0.709461;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=-0.00355363;OID=.;OPOS=498524;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:15:15:15:16:0.516129:7:8:1:14:8:8:1:14 chr19 504830 . C G 237.27 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=0.0252166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1016;QD=20.1929;RBI=0.026462;REFB=-0.0403334;REVB=0.00802227;RO=23;SAF=8;SAR=15;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419051;STB=0.537815;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0859604;OID=.;OPOS=504830;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:24:23:23:0.489362:15:8:9:14:15:8:10:14 chr19 549678 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0575834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.567;QD=55.098;RBI=0.058646;REFB=0;REVB=0.0111133;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161593;OID=.;OPOS=549678;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr19 549725 . T C 131.36 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0713883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.909;QD=26.271;RBI=0.095773;REFB=-0.0957179;REVB=0.0638448;RO=6;SAF=2;SAR=12;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176469;STB=0.599839;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0497612;OID=.;OPOS=549725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:12:2:2:4:12:2:2:4 chr19 579100 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0312944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6785;QD=13.4859;RBI=0.0342188;REFB=0.0212924;REVB=0.0138414;RO=11;SAF=7;SAR=2;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.33333;STB=0.69952;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=-0.02265;OID=.;OPOS=579100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:2:7:5:6:2:7:5:6 chr19 579450 . G A 186.92 PASS AF=0.342857;AO=24;DP=70;FAO=24;FDP=70;FR=.;FRO=46;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=12;FSRR=34;FWDB=-0.0316577;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.3622;QD=10.6813;RBI=0.0474957;REFB=-0.0156384;REVB=0.0354067;RO=45;SAF=8;SAR=16;SRF=12;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0873824;STB=0.555511;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0416042;OID=.;OPOS=579450;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:45:46:24:24:0.342857:16:8:12:33:16:8:12:34 chr19 579627 . C T 133.46 PASS AF=0.441176;AO=14;DP=33;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.00593814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7407;QD=15.7006;RBI=0.0309031;REFB=0.00513802;REVB=0.0303272;RO=19;SAF=9;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.221272;STB=0.63981;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=-0.00470838;OID=.;OPOS=579627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:19:19:14:15:0.441176:5:9:8:11:5:10:8:11 chr19 580388 . C G 256.6 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=30;FSRR=11;FWDB=-0.0538793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1347;QD=14.4561;RBI=0.0716719;REFB=0.0277484;REVB=0.0472639;RO=40;SAF=14;SAR=16;SRF=29;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258707;STB=0.650554;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=-0.0431813;OID=.;OPOS=580388;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:41:30:30:0.422535:16:14:29:11:16:14:30:11 chr19 580665 . T C 276.73 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=35;FWDB=-0.0126289;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.992;QD=13.3365;RBI=0.0131552;REFB=-0.0341691;REVB=-0.00368387;RO=49;SAF=14;SAR=18;SRF=16;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122223;STB=0.578736;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0371666;OID=.;OPOS=580665;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:49:51:32:32:0.385542:18:14:16:33:18:14:16:35 chr19 582505 . G A 38.86 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.0950392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=32.9973;QD=10.3635;RBI=0.104149;REFB=-0.0585703;REVB=-0.042597;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.374671;STB=0.749249;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0567962;OID=.;OPOS=582505;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:8:9:6:6:0.4:4:2:6:2:4:2:7:2 chr19 582775 . A G 428.96 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2281;QD=57.1949;RBI=0.0525647;REFB=0;REVB=0.0290446;RO=0;SAF=22;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00079364;OID=.;OPOS=582775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:8:22:0:0:8:22:0:0 chr19 582927 . T A 399.99 PASS AF=0.9375;AO=28;DP=30;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00818375;FXX=0.0588062;HRUN=7;LEN=1;MLLD=202.92;QD=49.9981;RBI=0.0163865;REFB=-0.0445055;REVB=0.0141966;RO=2;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0663506;STB=0.533311;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.000934478;OID=.;OPOS=582927;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:30:32:2:2:28:30:0.9375:13:15:0:2:14:16:0:2 chr19 603625 . T C 252.8 PASS AF=0.474576;AO=28;DP=59;FAO=28;FDP=59;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.00339712;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.125;QD=17.1387;RBI=0.00579527;REFB=-0.0140071;REVB=-0.00469518;RO=31;SAF=12;SAR=16;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218981;STB=0.512306;STBP=0.889;TYPE=snp;VARB=0.0128694;OID=.;OPOS=603625;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:31:31:28:28:0.474576:16:12:14:17:16:12:14:17 chr19 603634 . T C 255.66 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=-0.00103092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.03;QD=15.7326;RBI=0.0138527;REFB=-0.00123644;REVB=-0.0138143;RO=35;SAF=11;SAR=18;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1062;STB=0.568579;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00207944;OID=.;OPOS=603634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:36:29:29:0.446154:18:11:17:18:18:11:18:18 chr19 603769 . T C 415.37 PASS AF=0.424779;AO=46;DP=112;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=41;FSRR=24;FWDB=-0.0214051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.4;QD=14.7032;RBI=0.0218782;REFB=-0.0207577;REVB=0.00452512;RO=65;SAF=28;SAR=18;SRF=41;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242298;STB=0.503545;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0242958;OID=.;OPOS=603769;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:65:65:46:48:0.424779:18:28:41:24:18:30:41:24 chr19 603826 . C T 313.3 PASS AF=0.423529;AO=34;DP=83;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=27;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=0.0412196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1849;QD=14.7433;RBI=0.0537461;REFB=-0.00492585;REVB=-0.0344905;RO=49;SAF=25;SAR=9;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194648;STB=0.620618;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.00721323;OID=.;OPOS=603826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:85:49:49:34:36:0.423529:9:25:28:21:9:27:28:21 chr19 603874 . C T 150.85 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=54;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0610369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.969;QD=11.1737;RBI=0.063764;REFB=-0.0180823;REVB=0.0184481;RO=35;SAF=14;SAR=5;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.206784;STB=0.622085;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0346055;OID=.;OPOS=603874;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:35:35:19:19:0.351852:5:14:20:15:5:14:20:15 chr19 605171 . T C 1499.37 PASS AF=1;AO=91;DP=93;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.101363;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.319;QD=63.1313;RBI=0.101655;REFB=0;REVB=0.00770294;RO=0;SAF=32;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.53094e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024351;OID=.;OPOS=605171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:95:0:0:91:95:1:59:32:0:0:59:36:0:0 chr19 613898 . T C 501.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7113;QD=59.0155;RBI=0.0386634;REFB=0;REVB=0.0303695;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530245;OID=.;OPOS=613898;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:14:20:0:0:14:20:0:0 chr19 619021 . G C 39.03 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0136262;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=173.494;QD=12.0097;RBI=0.0189824;REFB=-0.0346736;REVB=0.0132158;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0631528;STB=0.538334;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.029431;OID=.;OPOS=619021;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:3:4:3:3:3:4 chr19 621063 . A G 187.35 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=14;FWDB=-0.00492055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.7682;QD=12.7013;RBI=0.0187287;REFB=0.000489546;REVB=-0.0180707;RO=34;SAF=12;SAR=11;SRF=21;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.100636;STB=0.554849;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=-0.00198067;OID=.;OPOS=621063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:36:23:23:0.389831:11:12:21:13:11:12:22:14 chr19 621070 . G A 195.59 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.00799646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.057;QD=12.6188;RBI=0.00927486;REFB=-0.0414052;REVB=-0.00469889;RO=36;SAF=13;SAR=11;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.073806;STB=0.523079;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0364471;OID=.;OPOS=621070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:38:24:24:0.387097:11:13:22:14:11:13:22:16 chr19 625198 . A G 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0116804;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.832;QD=17.4276;RBI=0.0226817;REFB=-0.0251905;REVB=-0.019443;RO=23;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0134659;STB=0.507684;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0289733;OID=.;OPOS=625198;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:8:11:13:10:8:11:13:10 chr19 630075 . C T 452.09 PASS AF=0.636364;AO=42;DP=67;FAO=42;FDP=66;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00310403;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.001;QD=27.3992;RBI=0.0210796;REFB=-0.0156623;REVB=0.0208498;RO=25;SAF=15;SAR=27;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143953;STB=0.58516;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0100338;OID=.;OPOS=630075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:25:24:42:42:0.636364:27:15:14:11:27:15:14:10 chr19 641215 . T C 401.27 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.955;QD=55.3477;RBI=0.0256009;REFB=0;REVB=0.0214389;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137412;OID=.;OPOS=641215;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:29:0:0:26:29:1:11:15:0:0:13:16:0:0 chr19 687078 . G A 329.68 PASS AF=0.771429;AO=27;DP=35;FAO=27;FDP=35;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0094144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.832;QD=37.6775;RBI=0.0224793;REFB=0.00253424;REVB=0.020413;RO=8;SAF=13;SAR=14;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112559;STB=0.561137;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=-0.000749808;OID=.;OPOS=687078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:35:35:8:8:27:27:0.771429:14:13:6:2:14:13:6:2 chr19 687112 . G A 120.37 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00022386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.258;QD=24.074;RBI=0.0311423;REFB=-0.024202;REVB=0.0311415;RO=7;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155931;STB=0.587653;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0106511;OID=.;OPOS=687112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:7:7:13:13:0.65:7:6:5:2:7:6:5:2 chr19 687142 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0347378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.061;QD=33.4285;RBI=0.0347378;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00119539;OID=.;OPOS=687142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr19 691909 . T C 710.26 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0234848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.478;QD=54.6351;RBI=0.0274813;REFB=0.133012;REVB=0.0142719;RO=1;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200325;STB=0.510634;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00120422;OID=.;OPOS=691909;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:23:28:0:1:23:28:0:1 chr19 731144 . A G 898.7 PASS AF=0.969697;AO=63;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0185625;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9393;QD=54.4664;RBI=0.0186993;REFB=-0.0581991;REVB=0.00225791;RO=2;SAF=31;SAR=32;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294914;STB=0.515147;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00178883;OID=.;OPOS=731144;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:2:2:63:64:0.969697:32:31:2:0:32:32:2:0 chr19 746409 . G A 246.71 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0169108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.052;QD=31.8332;RBI=0.0179698;REFB=-0.0140316;REVB=-0.00607776;RO=9;SAF=14;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164103;STB=0.590278;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0125754;OID=.;OPOS=746409;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:9:9:22:22:0.709677:8:14:3:6:8:14:3:6 chr19 746712 . C T 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0196921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.545;QD=16.931;RBI=0.0593635;REFB=-0.025258;REVB=-0.0560022;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.025792;OID=.;OPOS=746712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:6:6:6:6:6:6:6:6 chr19 756985 . T G 295.39 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=54;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0113236;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3773;QD=22.2938;RBI=0.037889;REFB=-0.000788309;REVB=-0.0361573;RO=23;SAF=15;SAR=15;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170458;STB=0.509428;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00043165;OID=.;OPOS=756985;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:23:23:30:30:0.566038:15:15:11:12:15:15:11:12 chr19 757399 . A C 197.56 PASS AF=0.575758;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=16;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.00150784;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.809;QD=23.9466;RBI=0.0122729;REFB=-0.0115027;REVB=-0.01218;RO=14;SAF=16;SAR=3;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.348888;STB=0.698448;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0171112;OID=.;OPOS=757399;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:14:14:19:19:0.575758:3:16:7:7:3:16:7:7 chr19 757412 . A G 238.55 PASS AF=0.628571;AO=21;DP=34;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0552012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.6;QD=27.2633;RBI=0.056013;REFB=-0.00938585;REVB=0.0095019;RO=13;SAF=17;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30286;STB=0.673291;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00736854;OID=.;OPOS=757412;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:13:13:21:22:0.628571:4:17:6:7:4:18:6:7 chr19 757606 . T C 169.1 PASS AF=0.607143;AO=16;DP=27;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0157455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.999;QD=24.1574;RBI=0.0200787;REFB=-0.0300065;REVB=-0.0124592;RO=11;SAF=8;SAR=8;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0988922;STB=0.542324;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0184721;OID=.;OPOS=757606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:27:28:11:11:16:17:0.607143:8:8:7:4:8:9:7:4 chr19 811420 . G A 52.37 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=4;FWDB=0.0206005;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8884;QD=6.54596;RBI=0.0324124;REFB=-0.00043878;REVB=0.0250237;RO=23;SAF=4;SAR=4;SRF=20;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.460284;STB=0.749531;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.00109702;OID=.;OPOS=811420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:23:24:8:8:0.25:4:4:20:3:4:4:20:4 chr19 815086 . A G 84.39 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0233915;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.444;QD=9.64409;RBI=0.0266672;REFB=0.002577;REVB=0.0128053;RO=20;SAF=1;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.52433;STB=0.838413;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=-0.00983122;OID=.;OPOS=815086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:35:35:20:24:11:11:0.314286:10:1:9:11:10:1:11:13 chr19 829568 . C T 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=26;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00459206;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=269.451;QD=7.95428;RBI=0.0283084;REFB=-0.0188907;REVB=-0.0279334;RO=16;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.405711;STB=0.788797;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0380714;OID=.;OPOS=829568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:27:16:19:8:8:0.296296:2:6:6:10:2:6:6:13 chr19 830854 . T C 281.46 PASS AF=0.517241;AO=30;DP=58;FAO=30;FDP=58;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0147534;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=121.393;QD=19.411;RBI=0.0158543;REFB=-0.0207565;REVB=-0.00580491;RO=23;SAF=20;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12175;STB=0.549966;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.022809;OID=.;OPOS=830854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:23:28:30:30:0.517241:10:20:12:11:10:20:16:12 chr19 844020 . G A 128.76 PASS AF=0.5;AO=14;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0152965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.373;QD=17.1681;RBI=0.0200162;REFB=-0.00285954;REVB=-0.0129099;RO=15;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117957;STB=0.578836;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00390873;OID=.;OPOS=844020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:14:15:0.5:4:10:9:6:4:11:9:6 chr19 868115 . C T 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.00205221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.135;QD=18.1185;RBI=0.00893116;REFB=0.00197805;REVB=0.00869218;RO=19;SAF=13;SAR=5;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965588;STB=0.574743;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.00185353;OID=.;OPOS=868115;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:20:18:18:0.473684:5:13:12:7:5:13:12:8 chr19 871135 . A G 114.05 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0181071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.623;QD=18.2483;RBI=0.0295838;REFB=-0.00803656;REVB=0.0233952;RO=12;SAF=4;SAR=9;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240907;STB=0.638489;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0095377;OID=.;OPOS=871135;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:9:4:7:5:9:4:7:5 chr19 871987 . G A 535.77 PASS AF=0.518519;AO=53;DP=104;FAO=56;FDP=108;FR=.;FRO=52;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.00681141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1357;QD=19.8435;RBI=0.104427;REFB=-0.0160315;REVB=0.104205;RO=51;SAF=31;SAR=22;SRF=25;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851531;STB=0.53518;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0176231;OID=.;OPOS=871987;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:108:51:52:53:56:0.518519:22:31:25:26:25:31:25:27 chr19 880066 . G A 203.24 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00960968;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.049;QD=21.9715;RBI=0.0211147;REFB=-0.0115604;REVB=0.0188012;RO=17;SAF=9;SAR=11;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207215;STB=0.615888;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0044355;OID=.;OPOS=880066;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:11:9:12:5:11:9:12:5 chr19 885818 . A G 120.4 PASS AF=0.65;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=20;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0713822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6284;QD=24.0808;RBI=0.0726423;REFB=-0.050962;REVB=-0.0134717;RO=7;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285713;STB=0.516104;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.024613;OID=.;OPOS=885818;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:20:20:7:7:13:13:0.65:8:5:3:4:8:5:3:4 chr19 965043 . T C,G 350.98 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=24,2;DP=26;FAO=24,2;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=10,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254997,0.0187699;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=196.26,148.921;QD=53.9969;RBI=0.0321652,0.025187;REFB=0,0;REVB=-0.0196052,-0.0167951;RO=0;SAF=14,0;SAR=10,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00107629,0.0367503;OID=.,.;OPOS=965043,965043;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:26:26:0:0:24,2:24,2:0.923077,0.0769231:10,2:14,0:0:0:10,2:14,0:0:0 chr19 984533 . T C 157.85 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0117759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.333;QD=16.6156;RBI=0.0118462;REFB=-0.0148008;REVB=-0.00128906;RO=21;SAF=12;SAR=5;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.39717;STB=0.727012;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0217494;OID=.;OPOS=984533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:5:12:6:15:5:12:6:15 chr19 990281 . G A 251.02 PASS AF=0.589744;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=20;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.00874302;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.818;QD=25.7458;RBI=0.0264336;REFB=-0.0359649;REVB=0.0249458;RO=15;SAF=20;SAR=3;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17957;STB=0.632278;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0225898;OID=.;OPOS=990281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:15:16:23:23:0.589744:3:20:11:4:3:20:11:5 chr19 990318 . GC G,GG 194.77 PASS AF=0.810811,0.135135;AO=12,7;DP=31;FAO=30,5;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=18,2;FSAR=12,3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.160089,0.126447;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=8.69191,9.2781;QD=21.0562;RBI=0.265755,0.177481;REFB=0.0184952,-0.101453;REVB=0.212125,0.124542;RO=9;SAF=8,3;SAR=4,4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0.555556,0;SSSB=0,-0.218747;STB=0.506489,0.529293;STBP=0.866,0.911;TYPE=del,snp;VARB=0.0323655,-0.045101;OID=.,.;OPOS=990319,990319;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.810811,0.135135:12,7:31:30,5:37:2:18,2:12,3:1:1:13:9:8,3:4,4:6:3 chr19 1003172 . C T 1063.98 PASS AF=1;AO=68;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315571;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.724;QD=59.9424;RBI=0.0326986;REFB=0;REVB=0.00856437;RO=0;SAF=25;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.86275e-06;OID=.;OPOS=1003172;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:68:71:1:43:25:0:0:45:26:0:0 chr19 1005098 . G T 208.36 PASS AF=0.356164;AO=25;DP=72;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0102049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5246;QD=11.4168;RBI=0.020128;REFB=-0.022182;REVB=0.0173493;RO=47;SAF=10;SAR=15;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148792;STB=0.59567;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0511121;OID=.;OPOS=1005098;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:47:47:25:26:0.356164:15:10:25:22:16:10:25:22 chr19 1009883 . A G 36.95 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.000201977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2138;QD=8.69298;RBI=0.0916441;REFB=-0.0127798;REVB=-0.0916439;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.447794;STB=0.764069;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.040001;OID=.;OPOS=1009883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:10:1:3:3:10:1 chr19 1014398 . A G 131.28 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0105205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.11;QD=14.1923;RBI=0.0111066;REFB=-0.0379608;REVB=-0.00356032;RO=21;SAF=4;SAR=11;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.401765;STB=0.743451;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0455871;OID=.;OPOS=1014398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:15:15:0.405405:11:4:14:7:11:4:15:7 chr19 1036552 . T C 1515.01 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319803;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.548;QD=63.79;RBI=0.0323815;REFB=0;REVB=0.00508149;RO=0;SAF=59;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.43458e-05;OID=.;OPOS=1036552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:36:59:0:0:36:59:0:0 chr19 1038995 . A C 2335.91 PASS AF=1;AO=149;DP=150;FAO=155;FDP=155;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=102;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.705;QD=60.2817;RBI=0.0152977;REFB=0;REVB=0.00164184;RO=0;SAF=50;SAR=99;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.25921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.08437e-06;OID=.;OPOS=1038995;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:150:155:0:0:149:155:1:99:50:0:0:102:53:0:0 chr19 1041352 . A G 75.91 PASS AF=0.4;AO=9;DP=24;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0183027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.688;QD=12.1448;RBI=0.0309983;REFB=-0.0177324;REVB=-0.0250181;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295642;STB=0.639742;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0184119;OID=.;OPOS=1041352;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:24:25:15:15:9:10:0.4:5:4:11:4:5:5:11:4 chr19 1042809 . A G 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0224908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.739;QD=7.76205;RBI=0.0246249;REFB=-0.0130607;REVB=0.0100275;RO=13;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302036;STB=0.696919;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0352774;OID=.;OPOS=1042809;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:5:1:5:8:5:1:5:8 chr19 1045158 . GC G 147.2 PASS AF=0.6;AO=20;DP=36;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0398298;FXX=0.0277701;HRUN=4;LEN=1;MLLD=18.3546;QD=16.8233;RBI=0.0653112;REFB=-0.0209036;REVB=-0.0517604;RO=14;SAF=5;SAR=15;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359056;STB=0.513295;STBP=0.886;TYPE=del;VARB=0.0152541;OID=.;OPOS=1045159;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:20:36:21:35:14:5:16:3:11:73:14:5:15:3:11 chr19 1047002 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0438905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4906;QD=48.7372;RBI=0.0611785;REFB=0;REVB=-0.0426196;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00340801;OID=.;OPOS=1047002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr19 1047161 . A G 727.77 PASS AF=1;AO=43;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0370926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.793;QD=57.0797;RBI=0.0375917;REFB=0;REVB=-0.00610524;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129357;OID=.;OPOS=1047161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:43:51:1:23:20:0:0:24:27:0:0 chr19 1049269 . G A 586.59 PASS AF=0.504202;AO=60;DP=118;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=37;FSRR=22;FWDB=-0.0208652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.299;QD=19.7171;RBI=0.0215507;REFB=-0.0259034;REVB=0.0053919;RO=58;SAF=34;SAR=26;SRF=36;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494242;STB=0.530755;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0318383;OID=.;OPOS=1049269;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:58:59:60:60:0.504202:26:34:36:22:26:34:37:22 chr19 1049305 . C A 680.69 PASS AF=0.467949;AO=73;DP=156;FAO=73;FDP=156;FR=.;FRO=83;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=44;FSRR=39;FWDB=0.0434538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7034;QD=17.4536;RBI=0.0518103;REFB=-0.0151094;REVB=0.0282149;RO=81;SAF=46;SAR=27;SRF=43;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098156;STB=0.555418;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0141192;OID=.;OPOS=1049305;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:156:156:81:83:73:73:0.467949:27:46:43:38:27:46:44:39 chr19 1052005 . C T 147.24 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0276231;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.614;QD=17.3221;RBI=0.0302233;REFB=-0.0231677;REVB=-0.0122641;RO=18;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109111;STB=0.562422;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0252932;OID=.;OPOS=1052005;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:18:16:16:0.470588:7:9:8:10:7:9:8:10 chr19 1054060 . A G 95.67 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.014162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.824;QD=11.5968;RBI=0.0244103;REFB=-0.0136575;REVB=-0.0198822;RO=20;SAF=8;SAR=4;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18246;STB=0.624787;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.02229;OID=.;OPOS=1054060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:20:21:12:12:0.363636:4:8:10:10:4:8:10:11 chr19 1055190 . C CA 35.24 PASS AF=0.5;AO=2;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0758694;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=161.602;QD=10.0688;RBI=0.0866411;REFB=0.0382206;REVB=0.0418393;RO=12;SAF=0;SAR=2;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.561268;STB=0.817189;STBP=0.037;TYPE=ins;VARB=-0.0219153;OID=.;OPOS=1055191;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:2:14:7:14:7:1:6:5:2:35:12:0:2:6:6 chr19 1059004 . A G 98.32 PASS AF=0.428571;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=28;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0172876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.6112;QD=14.0457;RBI=0.0595881;REFB=-0.0129357;REVB=-0.0570252;RO=16;SAF=9;SAR=3;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772124;STB=0.545376;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0130303;OID=.;OPOS=1059004;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:16:16:12:12:0.428571:3:9:11:5:3:9:11:5 chr19 1064193 . G A 443.96 PASS AF=0.551282;AO=41;DP=76;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=23;FSAR=20;FSRF=22;FSRR=13;FWDB=0.00893777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.238;QD=22.767;RBI=0.0168519;REFB=-0.0181949;REVB=0.0142864;RO=35;SAF=23;SAR=18;SRF=22;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057757;STB=0.542476;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0162087;OID=.;OPOS=1064193;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:78:35:35:41:43:0.551282:18:23:22:13:20:23:22:13 chr19 1068734 . T C 288.19 PASS AF=0.392857;AO=33;DP=84;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=-0.0138806;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.584;QD=13.7233;RBI=0.0295821;REFB=-0.0156983;REVB=-0.0261234;RO=51;SAF=7;SAR=26;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119349;STB=0.568544;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0357518;OID=.;OPOS=1068734;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:51:33:33:0.392857:26:7:15:36:26:7:15:36 chr19 1068738 . G A 276.99 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=86;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=0.0413306;FXX=0.0232531;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.129;QD=13.19;RBI=0.0525615;REFB=-0.0168936;REVB=0.0324729;RO=52;SAF=7;SAR=25;SRF=15;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102268;STB=0.558904;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0195382;OID=.;OPOS=1068738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:84:52:52:32:32:0.380952:25:7:15:37:25:7:15:37 chr19 1074000 . A T 419.93 PASS AF=0.447917;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=96;FR=.;FRO=53;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=0.00987564;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.377;QD=17.4969;RBI=0.0306836;REFB=-0.0169594;REVB=-0.0290509;RO=53;SAF=25;SAR=18;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344142;STB=0.519279;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.033952;OID=.;OPOS=1074000;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:96:53:53:43:43:0.447917:18:25:29:24:18:25:29:24 chr19 1094004 . G A 979.59 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349566;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.055;QD=58.483;RBI=0.0373866;REFB=0;REVB=0.0132589;RO=1;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171708;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79944e-05;OID=.;OPOS=1094004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:67:1:0:64:67:1:27:37:0:1:29:38:0:0 chr19 1110829 . G A 30.51 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00681542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.705;QD=11.0932;RBI=0.0460516;REFB=-0.0302942;REVB=0.0455445;RO=5;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162496;STB=0.555331;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0259437;OID=.;OPOS=1110829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:6:5:5:0.454545:3:2:3:2:3:2:3:3 chr19 1112943 . G C 52.85 PASS AF=0.266667;AO=8;DP=30;FAO=8;FDP=30;FR=.;FRO=22;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0532381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9968;QD=7.0471;RBI=0.0771306;REFB=-0.0131609;REVB=-0.0558106;RO=22;SAF=1;SAR=7;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.378375;STB=0.74925;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0273438;OID=.;OPOS=1112943;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:30:30:22:22:8:8:0.266667:7:1:8:14:7:1:8:14 chr19 1127615 . G C 185.48 PASS AF=0.5;AO=18;DP=37;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=1;FWDB=0.00650738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.8259;QD=19.524;RBI=0.0246421;REFB=-0.00894526;REVB=0.0237674;RO=19;SAF=11;SAR=7;SRF=18;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357176;STB=0.700739;STBP=0.054;TYPE=snp;VARB=0.00624291;OID=.;OPOS=1127615;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:19:19:18:19:0.5:7:11:18:1:8:11:18:1 chr19 1127720 . G A 293.42 PASS AF=0.525424;AO=30;DP=58;FAO=31;FDP=59;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0285239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.9021;QD=19.8931;RBI=0.110091;REFB=-0.0179369;REVB=0.106331;RO=28;SAF=14;SAR=16;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00207205;STB=0.509304;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0183265;OID=.;OPOS=1127720;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:28:28:30:31:0.525424:16:14:13:15:16:15:13:15 chr19 1228260 . C A 327.29 PASS AF=0.466667;AO=35;DP=74;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0171071;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.5293;QD=17.4554;RBI=0.0238007;REFB=-0.00968533;REVB=-0.0165475;RO=38;SAF=24;SAR=11;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208406;STB=0.6058;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00674235;OID=.;OPOS=1228260;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:38:40:35:35:0.466667:11:24:18:20:11:24:20:20 chr19 1231142 . T C 164.46 PASS AF=1;AO=11;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511784;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.17;QD=46.9888;RBI=0.073148;REFB=0;REVB=0.0522628;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000623432;OID=.;OPOS=1231142;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:11:14:1:2:9:0:0:2:12:0:0 chr19 1256998 . C T 187.4 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0255034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.364;QD=14.6981;RBI=0.0255485;REFB=-0.00566071;REVB=-0.0015165;RO=29;SAF=9;SAR=12;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0513976;STB=0.517225;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.00627587;OID=.;OPOS=1256998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:29:30:21:21:0.411765:12:9:11:18:12:9:12:18 chr19 1272040 . T C 871.6 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143649;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.995;QD=58.1066;RBI=0.0166819;REFB=0;REVB=0.0084815;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09983e-05;OID=.;OPOS=1272040;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:60:0:0:60:60:1:34:26:0:0:34:26:0:0 chr19 1277275 . G C 450.68 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7415;QD=56.3349;RBI=0.0869948;REFB=0;REVB=0.0850948;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201689;OID=.;OPOS=1277275;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:9:21:0:0:11:21:0:0 chr19 1357082 . T C 402.42 PASS AF=0.43299;AO=42;DP=97;FAO=42;FDP=97;FR=.;FRO=55;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=-0.00761882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.913;QD=16.5948;RBI=0.0117514;REFB=-0.00971323;REVB=0.00894698;RO=55;SAF=18;SAR=24;SRF=26;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0451127;STB=0.525361;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0130653;OID=.;OPOS=1357082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:55:55:42:42:0.43299:24:18:26:29:24:18:26:29 chr19 1360575 . G A 303.15 PASS AF=0.574468;AO=27;DP=47;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0115815;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.4846;QD=25.7998;RBI=0.0147508;REFB=-0.00924335;REVB=0.00913547;RO=20;SAF=10;SAR=17;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14158;STB=0.578547;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.0204247;OID=.;OPOS=1360575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:20:20:27:27:0.574468:17:10:11:9:17:10:11:9 chr19 1389043 . CAT C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224991;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=202.998;QD=46.848;RBI=0.0685774;REFB=0;REVB=0.0647816;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000862463;OID=.;OPOS=1389044;OREF=AT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:15:15:15:0:5:10:0:0:4:0:5:10:0:0 chr19 1495634 . G A 307.77 PASS AF=0.492537;AO=33;DP=66;FAO=33;FDP=67;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=0.0254861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.6642;QD=18.3743;RBI=0.0520159;REFB=-0.0228987;REVB=0.0453444;RO=33;SAF=14;SAR=19;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508767;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0401973;OID=.;OPOS=1495634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:33:34:33:33:0.492537:19:14:14:19:19:14:15:19 chr19 1497543 . A G 79.51 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0280569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.826;QD=15.9016;RBI=0.0294204;REFB=-0.0357299;REVB=-0.00885274;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0172216;OID=.;OPOS=1497543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:20:20:10:10:10:10:0.5:7:3:3:7:7:3:3:7 chr19 1510661 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6046;QD=42.1826;RBI=0.0271762;REFB=0;REVB=-0.0156668;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00023017;OID=.;OPOS=1510661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr19 1533972 . C G 242.34 PASS AF=0.4375;AO=28;DP=64;FAO=28;FDP=64;FR=.;FRO=36;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00492454;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.7242;QD=15.1462;RBI=0.0298402;REFB=-0.0417358;REVB=-0.0294311;RO=35;SAF=17;SAR=11;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175972;STB=0.592069;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0412268;OID=.;OPOS=1533972;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:35:36:28:28:0.4375:11:17:15:20:11:17:16:20 chr19 1534042 . T C 163.3 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.0180738;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.4947;QD=15.1902;RBI=0.0761145;REFB=-0.0338771;REVB=-0.0739375;RO=23;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242514;STB=0.656403;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0482165;OID=.;OPOS=1534042;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:23:25:18:18:0.418605:8:10:7:16:8:10:7:18 chr19 1535084 . G A 424.62 PASS AF=0.424779;AO=47;DP=114;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=-0.0135175;FXX=0.0173898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.436;QD=15.0309;RBI=0.0141958;REFB=-0.0139805;REVB=-0.00433555;RO=64;SAF=19;SAR=28;SRF=33;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115483;STB=0.574119;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0236924;OID=.;OPOS=1535084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:64:65:47:48:0.424779:28:19:33:31:29:19:34:31 chr19 1535193 . GCCC G,GCCA 233.97 PASS AF=0.392857,0.0892857;AO=22,5;DP=57;FAO=22,5;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=6,2;FSAR=16,3;FSRF=6;FSRR=23;FWDB=-0.00315393,-0.0292236;FXX=0.0175408;HRUN=5,5;LEN=3,1;MLLD=47.0649,232.283;QD=16.712;RBI=0.0224209,0.0302849;REFB=-0.0075037,-0.00973109;REVB=0.0221979,0.00794697;RO=27;SAF=6,2;SAR=16,3;SRF=5;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.114136,0.303782;STB=0.549253,0.683618;STBP=0.619,0.505;TYPE=del,snp;VARB=0.0107131,0.0195818;OID=.,.;OPOS=1535194,1535196;OREF=CCC,C;OALT=-,A;OMAPALT=G,GCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.392857,0.0892857:22,5:57:22,5:56:29:6,2:16,3:6:23:99:27:6,2:16,3:5:22 chr19 1535205 . G C 206.6 PASS AF=0.438596;AO=24;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=-0.0271146;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0936;QD=14.4983;RBI=0.082566;REFB=-0.0179298;REVB=-0.0779868;RO=33;SAF=6;SAR=18;SRF=9;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301519;STB=0.52126;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0227754;OID=.;OPOS=1535205;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:32:24:25:0.438596:18:6:9:24:18:7:8:24 chr19 1575326 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0584224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.0929;QD=37.4885;RBI=0.0584224;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=8;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00405347;OID=.;OPOS=1575326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:0:8:0:0:0:8:0:0 chr19 1609267 . A G 518.86 PASS AF=0.947368;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00774781;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.678;QD=54.6168;RBI=0.0283091;REFB=-0.016387;REVB=0.0272282;RO=1;SAF=14;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208029;STB=0.521727;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-5.94507e-06;OID=.;OPOS=1609267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:38:38:1:2:36:36:0.947368:22:14:0:1:22:14:0:2 chr19 1624007 . A G 2837.19 PASS AF=0.983871;AO=183;DP=186;FAO=183;FDP=186;FR=.;FRO=3;FSAF=72;FSAR=111;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.021239;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4341;QD=61.0148;RBI=0.0352555;REFB=0.0112903;REVB=-0.0281399;RO=3;SAF=72;SAR=111;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00876965;STB=0.504607;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.00208341;OID=.;OPOS=1624007;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:186:186:3:3:183:183:0.983871:111:72:2:1:111:72:2:1 chr19 1782798 . A G 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=0.0211977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.847;QD=10.3788;RBI=0.0224839;REFB=-0.0085012;REVB=0.00749557;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250529;STB=0.515118;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0248761;OID=.;OPOS=1782798;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:6:3:5:11:6:3:5:11 chr19 1789556 . C T 75.12 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0406356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5022;QD=11.1281;RBI=0.0424043;REFB=-0.042177;REVB=-0.012119;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154872;STB=0.578349;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0714363;OID=.;OPOS=1789556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:16:17:10:10:0.37037:7:3:7:9:7:3:7:10 chr19 1796166 . C T 693.44 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144718;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.978;QD=63.0399;RBI=0.0244831;REFB=0;REVB=0.0197481;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000151692;OID=.;OPOS=1796166;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:23:21:0:0:23:21:0:0 chr19 1810605 . T C 230.48 PASS AF=0.95;AO=18;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0104494;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.24;QD=46.0961;RBI=0.129885;REFB=-0.0478851;REVB=-0.129464;RO=1;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101506;STB=0.555494;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=-2.03359e-05;OID=.;OPOS=1810605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:18:19:0.95:4:14:0:1:4:15:0:1 chr19 1811547 . A G 184.2 PASS AF=0.542857;AO=15;DP=32;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00220001;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.005;QD=21.051;RBI=0.0566958;REFB=-0.0208707;REVB=0.0566531;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0264526;STB=0.507684;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0114697;OID=.;OPOS=1811547;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:35:16:16:15:19:0.542857:8:7:7:9:11:8:7:9 chr19 1811603 . C T 220.35 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0665814;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.966;QD=24.4836;RBI=0.0671834;REFB=-0.0256052;REVB=0.00897407;RO=15;SAF=11;SAR=10;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0923117;STB=0.551402;STBP=0.477;TYPE=snp;VARB=0.0275887;OID=.;OPOS=1811603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:10:11:6:9:10:11:6:9 chr19 1819125 . T C 145.16 PASS AF=0.390244;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=41;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00168621;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.415;QD=14.1617;RBI=0.00677046;REFB=-0.0214326;REVB=-0.00655712;RO=25;SAF=10;SAR=6;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234134;STB=0.636194;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0255368;OID=.;OPOS=1819125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:25:25:16:16:0.390244:6:10:10:15:6:10:10:15 chr19 1821636 . GA G,GG 303.12 PASS AF=0.130435,0.869565;AO=4,20;DP=24;FAO=3,20;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=3,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00585685,0.142585;FXX=0.0416493;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=192.608,208.395;QD=52.7161;RBI=0.00807083,0.142638;REFB=0,0;REVB=0.00555298,0.00388635;RO=0;SAF=0,7;SAR=4,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0107896,0.00350699;OID=.,.;OPOS=1821637,1821637;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.130435,0.869565:4,20:24:3,20:23:0:0,7:3,13:0:0:12:0:0,7:4,13:0:0 chr19 1825927 . TCTC T 220.95 PASS AF=0.567568;AO=20;DP=38;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=0.0051605;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=3;MLLD=213.406;QD=23.8866;RBI=0.00623368;REFB=0.00491467;REVB=0.00349685;RO=16;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221394;STB=0.603672;STBP=0.166;TYPE=del;VARB=-0.00297219;OID=.;OPOS=1825928;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.567568:20:38:21:37:16:7:14:9:7:99:16:7:13:10:6 chr19 1828584 . C G 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0136393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.847;QD=14.0438;RBI=0.0290983;REFB=-0.0315878;REVB=0.0257037;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118169;STB=0.571155;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.0367027;OID=.;OPOS=1828584;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:3:1:2:3:3:1 chr19 1854557 . A G 30.51 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0027395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.31;QD=11.0934;RBI=0.0658232;REFB=-0.00986036;REVB=0.0657661;RO=5;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.389209;STB=0.749312;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=0.00619029;OID=.;OPOS=1854557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:6:5:5:0.454545:2:3:5:0:2:3:6:0 chr19 1880950 . T C 613.32 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00362101;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.543;QD=61.3322;RBI=0.0383626;REFB=0;REVB=0.0381913;RO=0;SAF=23;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198356;OID=.;OPOS=1880950;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:39:40:1:16:23:0:0:17:23:0:0 chr19 1925942 . C T 83.57 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0592769;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=240.336;QD=20.8931;RBI=0.0612605;REFB=-0.0193608;REVB=0.015463;RO=6;SAF=3;SAR=7;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109864;STB=0.562382;STBP=0.618;TYPE=snp;VARB=0.015034;OID=.;OPOS=1925942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:6:6:10:10:0.625:7:3:1:5:7:3:1:5 chr19 1925970 . T C 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00499615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.214;QD=9.19972;RBI=0.0234817;REFB=-0.010176;REVB=0.022944;RO=13;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277775;STB=0.517191;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0140089;OID=.;OPOS=1925970;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:20:20:13:13:7:7:0.35:5:2:4:9:5:2:4:9 chr19 2037798 . G T 365.94 PASS AF=0.493506;AO=38;DP=77;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=11;FWDB=0.0403056;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.6177;QD=19.01;RBI=0.0403291;REFB=-0.0173235;REVB=0.00137466;RO=33;SAF=19;SAR=19;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.166064;STB=0.610334;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0200201;OID=.;OPOS=2037798;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:33:39:38:38:0.493506:19:19:23:10:19:19:28:11 chr19 2041032 . T C 116.2 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0263153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.61;QD=20.209;RBI=0.0337377;REFB=0.0165053;REVB=-0.0211126;RO=10;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105391;STB=0.559908;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=-0.00859416;OID=.;OPOS=2041032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:6:7:4:6:6:7:4:6 chr19 2050823 . G T 38.48 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.000128189;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.307;QD=6.41411;RBI=0.00342168;REFB=0.00255426;REVB=0.00341928;RO=16;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.257618;STB=0.70205;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=-0.0070608;OID=.;OPOS=2050823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:24:24:16:18:6:6:0.25:2:4:7:9:2:4:7:11 chr19 2078488 . T C 84.81 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=31;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0194708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.401;QD=10.9439;RBI=0.0377;REFB=-0.0510597;REVB=0.0322828;RO=20;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0490421;STB=0.529358;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0353423;OID=.;OPOS=2078488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:31:31:20:20:11:11:0.354839:5:6:10:10:5:6:10:10 chr19 2099327 . T C 217.62 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.00671986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2035;QD=22.9075;RBI=0.0215158;REFB=-0.0427442;REVB=-0.0204395;RO=17;SAF=14;SAR=7;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254735;STB=0.642719;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0457374;OID=.;OPOS=2099327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:7:14:6:11:7:14:6:11 chr19 2110746 . G A 681.18 PASS AF=0.609524;AO=64;DP=105;FAO=64;FDP=105;FR=.;FRO=41;FSAF=46;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=19;FWDB=0.00104677;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.405;QD=25.9496;RBI=0.0360385;REFB=-0.0411693;REVB=0.0360233;RO=39;SAF=46;SAR=18;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125004;STB=0.581655;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0284574;OID=.;OPOS=2110746;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:39:41:64:64:0.609524:18:46:22:17:18:46:22:19 chr19 2116281 . T C 130.52 PASS AF=0.394737;AO=14;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0548106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3077;QD=13.7394;RBI=0.0610109;REFB=-0.00844163;REVB=-0.0267978;RO=21;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.240764;STB=0.673251;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00711521;OID=.;OPOS=2116281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:23:14:15:0.394737:6:8:7:14:6:9:7:16 chr19 2116649 . A G 429.73 PASS AF=0.421488;AO=44;DP=116;FAO=51;FDP=121;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=28;FSRR=42;FWDB=0.026434;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.492;QD=14.2059;RBI=0.0303617;REFB=-0.0183596;REVB=-0.0149358;RO=69;SAF=28;SAR=16;SRF=28;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247513;STB=0.619554;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0333658;OID=.;OPOS=2116649;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:121:69:70:44:51:0.421488:16:28:28:41:20:31:28:42 chr19 2249583 . G A 310.28 PASS AF=0.742857;AO=25;DP=35;FAO=26;FDP=35;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0634837;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=154.274;QD=35.4604;RBI=0.0635195;REFB=-0.021262;REVB=0.002134;RO=9;SAF=14;SAR=11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00218311;STB=0.504421;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0069259;OID=.;OPOS=2249583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:9:9:25:26:0.742857:11:14:5:4:12:14:5:4 chr19 2249634 . G A 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0304011;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.141;QD=26.0262;RBI=0.0304785;REFB=-0.0391016;REVB=0.00217018;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123249;STB=0.571194;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.00740501;OID=.;OPOS=2249634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:3:3:0:1:3:3:0:1 chr19 2250469 . G A 116.05 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0505904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.177;QD=19.3409;RBI=0.0505979;REFB=-0.0479275;REVB=0.000870892;RO=10;SAF=3;SAR=10;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162192;STB=0.578384;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=0.0371202;OID=.;OPOS=2250469;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:24:24:10:11:13:13:0.541667:10:3:4:6:10:3:4:7 chr19 2251817 . T C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00694267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3405;QD=46.8476;RBI=0.0340169;REFB=0;REVB=-0.0333009;RO=0;SAF=10;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000416813;OID=.;OPOS=2251817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:5:10:0:0:5:10:0:0 chr19 2252990 . C G 182.99 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0233086;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=255.032;QD=17.4276;RBI=0.0309145;REFB=-0.028386;REVB=0.020308;RO=23;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00439952;STB=0.50251;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.0304911;OID=.;OPOS=2252990;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:10:9:11:12:10:9:11:12 chr19 2337468 . G A 144.98 PASS AF=0.333333;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=57;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00417145;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.285;QD=10.1743;RBI=0.0241622;REFB=-0.0146597;REVB=0.0237994;RO=37;SAF=11;SAR=8;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0438589;STB=0.535543;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0187748;OID=.;OPOS=2337468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:37:38:19:19:0.333333:8:11:20:17:8:11:20:18 chr19 2339958 . T C 358.32 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0420382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.755;QD=55.1265;RBI=0.0513417;REFB=0;REVB=0.0294746;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.54096e-05;OID=.;OPOS=2339958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:19:6:0:0:20:6:0:0 chr19 2340154 . G GC 569.09 PASS AF=1;AO=53;DP=73;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.19368;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=11.7952;QD=32.9909;RBI=0.293254;REFB=0;REVB=0.220196;RO=19;SAF=26;SAR=27;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175196;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0106168;OID=.;OPOS=2340155;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:73:69:69:0:32:37:0:0:11:19:26:27:10:9 chr19 2341059 . GT AC,GC 142.19 PASS AF=0.538462,0.461538;AO=7,6;DP=13;FAO=7,6;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4,3;FSAR=3,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0394421,0.0488156;FXX=0;HRUN=3,1;LEN=2,1;MLLD=139.569,129.066;QD=43.7493;RBI=0.0398388,0.0646519;REFB=0,0;REVB=0.00560827,0.0423899;RO=0;SAF=4,3;SAR=3,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00858853,0.00458625;OID=.,.;OPOS=2341059,2341060;OREF=GT,T;OALT=AC,C;OMAPALT=AC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:38:13:13:0:0:7,6:7,6:0.538462,0.461538:3,3:4,3:0:0:3,3:4,3:0:0 chr19 2341577 . G A 121.79 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00337083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.189;QD=15.2234;RBI=0.0316925;REFB=-0.0230138;REVB=0.0315127;RO=18;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0182868;OID=.;OPOS=2341577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:7:7:9:9:7:7:9:9 chr19 2353150 . C A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0248434;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.965;QD=42.1825;RBI=0.0518305;REFB=0;REVB=0.0454885;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000500787;OID=.;OPOS=2353150;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr19 2389872 . G C 170.34 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0170115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.783;QD=17.0344;RBI=0.0189674;REFB=-0.0215633;REVB=-0.00838866;RO=22;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0536527;STB=0.530692;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0209164;OID=.;OPOS=2389872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:22:18:18:0.45:8:10:11:11:8:10:11:11 chr19 2396556 . C T 39.72 PASS AF=0.4;AO=4;DP=16;FAO=6;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=-0.0159017;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.244;QD=10.5932;RBI=0.0478294;REFB=-0.0500928;REVB=0.0451087;RO=6;SAF=3;SAR=1;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.508365;STB=0.732723;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0312833;OID=.;OPOS=2396556;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:16:15:6:9:4:6:0.4:1:3:1:5:3:3:1:8 chr19 2396611 . C T 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0651547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.326;QD=14.3337;RBI=0.0673553;REFB=-0.00795879;REVB=-0.0170766;RO=10;SAF=5;SAR=4;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.400842;STB=0.729911;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0186352;OID=.;OPOS=2396611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:4:5:1:9:4:5:1:9 chr19 2398849 . A G 331.45 PASS AF=0.492958;AO=34;DP=70;FAO=35;FDP=71;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=27;FWDB=-0.000544968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.429;QD=18.6732;RBI=0.00154244;REFB=-0.0142462;REVB=0.00144295;RO=34;SAF=10;SAR=24;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322986;STB=0.5226;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0123279;OID=.;OPOS=2398849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:34:36:34:35:0.492958:24:10:9:25:25:10:9:27 chr19 2408486 . T C 100.64 PASS AF=0.5;AO=10;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0326376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.1183;QD=16.7741;RBI=0.0352656;REFB=-0.000430399;REVB=0.0133584;RO=10;SAF=2;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22222;STB=0.599822;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=-0.000248409;OID=.;OPOS=2408486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:24:24:10:12:10:12:0.5:8:2:4:6:9:3:5:7 chr19 2408495 . T G 115.07 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0239554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.3015;QD=19.179;RBI=0.0351312;REFB=-0.0410728;REVB=-0.0256972;RO=11;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216462;STB=0.624791;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0642371;OID=.;OPOS=2408495;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:10:3:5:6:10:3:5:6 chr19 2408530 . G A 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0291082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.998;QD=19.8494;RBI=0.0299329;REFB=-0.0069324;REVB=0.00697788;RO=13;SAF=4;SAR=11;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244954;STB=0.640013;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00550385;OID=.;OPOS=2408530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:11:4:7:6:11:4:7:6 chr19 2410332 . T C 227.13 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.00550167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0004;QD=21.128;RBI=0.0335783;REFB=-0.00978981;REVB=-0.0331245;RO=20;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356034;STB=0.509795;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.00850163;OID=.;OPOS=2410332;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:20:21:22:22:0.511628:13:9:9:11:13:9:9:12 chr19 2413961 . G C 76.12 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.010959;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9454;QD=12.1797;RBI=0.0150883;REFB=-0.050888;REVB=-0.0103709;RO=15;SAF=7;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.181314;STB=0.608469;STBP=0.379;TYPE=snp;VARB=0.0129259;OID=.;OPOS=2413961;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:3:7:8:7:3:7:8:7 chr19 2415801 . G A 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0173891;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=225.99;QD=12.0207;RBI=0.0180343;REFB=-0.00933164;REVB=-0.00478056;RO=25;SAF=8;SAR=6;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0770945;STB=0.545391;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.0159346;OID=.;OPOS=2415801;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:6:8:16:9:6:8:16:9 chr19 2418031 . C T 74.24 PASS AF=0.344828;AO=9;DP=28;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=0.0338588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.1446;QD=10.2399;RBI=0.0464084;REFB=0.0119925;REVB=-0.0317383;RO=19;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148306;STB=0.620462;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.0137608;OID=.;OPOS=2418031;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:29:19:19:9:10:0.344828:4:5:13:6:5:5:13:6 chr19 2422177 . G A 76.14 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0122106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.079;QD=12.1823;RBI=0.0135789;REFB=-0.0128635;REVB=-0.00594047;RO=15;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.306545;STB=0.682555;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.0302488;OID=.;OPOS=2422177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:3:7:6:9:3:7:6:9 chr19 2427266 . G A 214.24 PASS AF=0.433333;AO=25;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.000166942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.966;QD=14.2828;RBI=0.0151036;REFB=-0.0100019;REVB=-0.0151027;RO=32;SAF=9;SAR=16;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0175422;STB=0.501354;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0152461;OID=.;OPOS=2427266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:34:25:26:0.433333:16:9:11:21:16:10:13:21 chr19 2433890 . A G 442.86 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0386893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.694;QD=55.3569;RBI=0.03869;REFB=0;REVB=0.000231971;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00208728;OID=.;OPOS=2433890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:32:0:0:30:32:1:17:13:0:0:18:14:0:0 chr19 2538759 . TA CT,TT 465.26 PASS AF=0.111111,0.833333;AO=4,29;DP=36;FAO=4,30;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=4,24;FSAR=0,6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0268407,0.0259966;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=123.377,198.038;QD=51.6957;RBI=0.0318209,0.0339803;REFB=-0.0184791,-0.0155033;REVB=0.0170923,0.0218823;RO=0;SAF=4,24;SAR=0,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.995773,0.528282;STBP=0.168,0.354;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0204549,0.00431169;OID=.,.;OPOS=2538759,2538760;OREF=TA,A;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:20:36:36:0:2:4,29:4,30:0.111111,0.833333:0,5:4,24:0:0:0,6:4,24:1:1 chr19 2714720 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0343188;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.62;QD=48.7373;RBI=0.0464549;REFB=0;REVB=0.0313094;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174544;OID=.;OPOS=2714720;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chr19 2714771 . T C 254.67 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190058;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.1772;QD=50.9345;RBI=0.051079;REFB=0;REVB=0.0474114;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000547732;OID=.;OPOS=2714771;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:20:0:0:18:20:1:8:10:0:0:10:10:0:0 chr19 2717256 . C G 178.91 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0192979;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.339;QD=21.6865;RBI=0.0383802;REFB=-0.034869;REVB=0.0331758;RO=14;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111377;STB=0.545404;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0195554;OID=.;OPOS=2717256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:14:15:18:18:0.545455:9:9:9:5:9:9:9:6 chr19 2732986 . T C 40.35 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.00780061;FXX=0.0666222;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.241;QD=11.5291;RBI=0.0356114;REFB=-0.0157745;REVB=-0.0347465;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542893;STB=0.832221;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0309427;OID=.;OPOS=2732986;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:15:14:8:8:6:6:0.428571:5:1:6:2:5:1:6:2 chr19 2762585 . A C 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0264172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.784;QD=15.9168;RBI=0.0395116;REFB=-0.0200096;REVB=-0.0293819;RO=14;SAF=12;SAR=1;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.599921;STB=0.868876;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0216265;OID=.;OPOS=2762585;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:15:13:13:0.464286:1:12:6:8:1:12:6:9 chr19 2765222 . G A 335.17 PASS AF=0.604167;AO=28;DP=47;FAO=29;FDP=48;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.0337404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3436;QD=27.9309;RBI=0.0337557;REFB=-0.0190347;REVB=0.00101602;RO=19;SAF=9;SAR=19;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340223;STB=0.673641;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0157983;OID=.;OPOS=2765222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:19:19:28:29:0.604167:19:9:15:4:19:10:15:4 chr19 2767192 . G T 92.36 PASS AF=0.25;AO=12;DP=45;FAO=12;FDP=48;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00529933;FXX=0.020404;HRUN=4;LEN=1;MLLD=89.3425;QD=7.69673;RBI=0.0714174;REFB=-0.0375743;REVB=-0.0712206;RO=33;SAF=8;SAR=4;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.285829;STB=0.702376;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.0600345;OID=.;OPOS=2767192;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:45:48:33:36:12:12:0.25:4:8:14:19:4:8:14:22 chr19 2833802 . A G 393.06 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0361811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.59;QD=56.1512;RBI=0.0693298;REFB=0;REVB=0.0591401;RO=0;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000349977;OID=.;OPOS=2833802;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:8:18:0:0:10:18:0:0 chr19 2833864 . G A 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00186981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.306;QD=63.581;RBI=0.0414009;REFB=0;REVB=-0.0413587;RO=0;SAF=31;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000188195;OID=.;OPOS=2833864;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:16:31:0:0:16:31:0:0 chr19 2853566 . A G 262.69 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0521554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.3262;QD=47.7614;RBI=0.0552954;REFB=-0.110766;REVB=-0.0183683;RO=1;SAF=12;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0369221;STB=0.519981;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00579221;OID=.;OPOS=2853566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:9:12:1:0:9:12:1:0 chr19 2896818 . C T 990.56 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5827;QD=59.1378;RBI=0.026338;REFB=0;REVB=0.000149022;RO=0;SAF=42;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00013073;OID=.;OPOS=2896818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:66:67:1:24:42:0:0:25:42:0:0 chr19 2896948 . T C 368.72 PASS AF=0.392857;AO=43;DP=111;FAO=44;FDP=112;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=0.0547749;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.127;QD=13.1685;RBI=0.0581071;REFB=-0.00499558;REVB=0.0193943;RO=66;SAF=28;SAR=15;SRF=34;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151113;STB=0.576435;STBP=0.211;TYPE=snp;VARB=0.0115126;OID=.;OPOS=2896948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:66:68:43:44:0.392857:15:28:34:32:16:28:35:33 chr19 2896953 . A G 361.26 PASS AF=0.387387;AO=43;DP=111;FAO=43;FDP=111;FR=.;FRO=68;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=33;FWDB=-0.00368172;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.573;QD=13.0182;RBI=0.00659094;REFB=-0.0130725;REVB=-0.00546676;RO=67;SAF=28;SAR=15;SRF=34;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159936;STB=0.587114;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0162157;OID=.;OPOS=2896953;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:67:68:43:43:0.387387:15:28:34:33:15:28:35:33 chr19 2915738 . T A 223.25 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00607545;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.9607;QD=14.8831;RBI=0.0271681;REFB=-0.0121161;REVB=0.02648;RO=33;SAF=6;SAR=20;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367988;STB=0.704058;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0200773;OID=.;OPOS=2915738;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:34:26:26:0.433333:20:6:19:14:20:6:19:15 chr19 2917186 . T C 298.77 PASS AF=0.54;AO=27;DP=50;FAO=27;FDP=50;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0406027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.271;QD=23.9013;RBI=0.0409301;REFB=0.008251;REVB=0.00516632;RO=23;SAF=9;SAR=18;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163914;STB=0.591479;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.0067487;OID=.;OPOS=2917186;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:23:23:27:27:0.54:18:9:12:11:18:9:12:11 chr19 2917287 . C A 281.64 PASS AF=0.457143;AO=27;DP=66;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0258168;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.0083;QD=16.094;RBI=0.0318296;REFB=-0.00277173;REVB=0.0186176;RO=39;SAF=7;SAR=20;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333438;STB=0.65704;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.00764413;OID=.;OPOS=2917287;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:70:39:38:27:32:0.457143:20:7:22:17:23:9:21:17 chr19 2917612 . T C 140.68 PASS AF=0.372093;AO=16;DP=43;FAO=16;FDP=43;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.00026307;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.81;QD=13.0869;RBI=0.0060273;REFB=-0.00383285;REVB=-0.00602156;RO=26;SAF=9;SAR=7;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.305373;STB=0.684298;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00459449;OID=.;OPOS=2917612;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:27:16:16:0.372093:7:9:7:19:7:9:7:20 chr19 2917689 . C T 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00390228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0747;QD=14.2617;RBI=0.035051;REFB=-0.00723391;REVB=-0.034833;RO=23;SAF=10;SAR=6;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317934;STB=0.670525;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00929443;OID=.;OPOS=2917689;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:16:16:0.4:6:10:7:16:6:10:8:16 chr19 2933676 . C A 223.5 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=60;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00411698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9057;QD=14.9001;RBI=0.00732224;REFB=0.00460179;REVB=-0.00605522;RO=33;SAF=16;SAR=10;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101497;STB=0.566877;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.0040252;OID=.;OPOS=2933676;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:34:26:26:0.433333:10:16:17:16:10:16:17:17 chr19 2934282 . T C 190.98 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0177378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5363;QD=13.4021;RBI=0.0334603;REFB=-0.017769;REVB=0.0283718;RO=34;SAF=11;SAR=12;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.083621;STB=0.547904;STBP=0.555;TYPE=snp;VARB=0.0320357;OID=.;OPOS=2934282;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:12:11:19:15:12:11:19:15 chr19 2936623 . C T 189.83 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=38;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.011415;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.397;QD=20.5226;RBI=0.0192981;REFB=-0.0158364;REVB=-0.01556;RO=19;SAF=6;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150521;STB=0.596225;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0156342;OID=.;OPOS=2936623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:19:18:19:19:0.513514:13:6:9:10:13:6:9:9 chr19 2993427 . T C 231.84 PASS AF=0.358974;AO=29;DP=78;FAO=28;FDP=78;FR=.;FRO=50;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.00308875;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.115;QD=11.8893;RBI=0.00458538;REFB=-0.0199008;REVB=0.003389;RO=48;SAF=17;SAR=12;SRF=30;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04384;STB=0.518784;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.032408;OID=.;OPOS=2993427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:48:50:29:28:0.358974:12:17:30:18:12:16:30:20 chr19 3028871 . G C 154.78 PASS AF=0.592593;AO=15;DP=26;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0137932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.635;QD=22.9302;RBI=0.0277143;REFB=-0.017727;REVB=-0.024038;RO=9;SAF=7;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0901393;STB=0.592481;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0145162;OID=.;OPOS=3028871;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:27:9:11:15:16:0.592593:8:7:3:6:8:8:3:8 chr19 3062857 . T C 1346.02 PASS AF=0.907407;AO=97;DP=111;FAO=98;FDP=108;FR=.;FRO=10;FSAF=49;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0189953;FXX=0.0270246;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1067;QD=49.8526;RBI=0.0512911;REFB=-0.106065;REVB=0.047644;RO=10;SAF=48;SAR=49;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0698073;STB=0.53703;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.00837517;OID=.;OPOS=3062857;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:111:108:10:10:97:98:0.907407:49:48:1:9:49:49:1:9 chr19 3119239 . C T 519.83 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00457069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.522;QD=59.4087;RBI=0.0250549;REFB=0;REVB=0.0246345;RO=0;SAF=24;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.76895e-05;OID=.;OPOS=3119239;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:11:24:0:0:11:24:0:0 chr19 3150238 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.868;QD=53.2761;RBI=0.0485454;REFB=0;REVB=-0.0402835;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.0893e-05;OID=.;OPOS=3150238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr19 3155902 . G A 971.68 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0173325;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.352;QD=58.011;RBI=0.0177051;REFB=0;REVB=0.00361322;RO=0;SAF=28;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.99207e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00040918;OID=.;OPOS=3155902;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:65:67:1:37:28:0:0:37:30:0:0 chr19 3186085 . G T 729.0 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.433;QD=57.1762;RBI=0.0687952;REFB=0;REVB=0.0389317;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000568895;OID=.;OPOS=3186085;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr19 3208890 . T C 954.57 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4118;QD=58.7426;RBI=0.0293341;REFB=0;REVB=0.0268602;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000218257;OID=.;OPOS=3208890;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:65:0:0:64:65:1:37:27:0:0:37:28:0:0 chr19 3224896 . G C 330.88 PASS AF=0.717949;AO=25;DP=37;FAO=28;FDP=39;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0300865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.234;QD=33.9359;RBI=0.0321407;REFB=-0.045458;REVB=0.0113063;RO=11;SAF=8;SAR=17;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306589;STB=0.515912;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0164523;OID=.;OPOS=3224896;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:37:39:11:11:25:28:0.717949:17:8:3:8:19:9:3:8 chr19 3534523 . C T 554.39 PASS AF=0.416667;AO=59;DP=143;FAO=60;FDP=144;FR=.;FRO=84;FSAF=20;FSAR=40;FSRF=48;FSRR=36;FWDB=0.0242893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.471;QD=15.3997;RBI=0.0247735;REFB=-0.0232941;REVB=0.00487412;RO=83;SAF=19;SAR=40;SRF=47;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.260133;STB=0.641462;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0189172;OID=.;OPOS=3534523;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:144:83:84:59:60:0.416667:40:19:47:36:40:20:48:36 chr19 3534842 . G A 400.22 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0177277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.186;QD=53.3624;RBI=0.0210124;REFB=-0.0114502;REVB=0.0112806;RO=1;SAF=6;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.01983;STB=0.510631;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.000107794;OID=.;OPOS=3534842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:1:1:29:29:0.966667:23:6:0:1:23:6:0:1 chr19 3543397 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154774;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.955;QD=49.5992;RBI=0.0168411;REFB=0;REVB=0.00663873;RO=0;SAF=10;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.80297e-05;OID=.;OPOS=3543397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:8:10:0:0:8:10:0:0 chr19 3548231 . A G 275.15 PASS AF=0.380952;AO=32;DP=84;FAO=32;FDP=84;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=-0.00960113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5868;QD=13.1023;RBI=0.0327752;REFB=-0.0168016;REVB=-0.0313374;RO=51;SAF=15;SAR=17;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192081;STB=0.516457;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0252306;OID=.;OPOS=3548231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:51:52:32:32:0.380952:17:15:23:28:17:15:23:29 chr19 3576314 . CCTT C 301.08 PASS AF=0.964286;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0218636;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=3;MLLD=248.373;QD=43.0116;RBI=0.0230279;REFB=-0.0903284;REVB=0.00722968;RO=0;SAF=6;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.14057e-08;STB=0.533308;STBP=0.164;TYPE=del;VARB=0.0045123;OID=.;OPOS=3576315;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.964286:26:27:27:28:1:7:20:1:0:3:0:6:20:0:0 chr19 3591590 . T C 64.06 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0503588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.316;QD=9.49102;RBI=0.0524422;REFB=-0.00507401;REVB=-0.0146347;RO=18;SAF=6;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187906;STB=0.615122;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0130318;OID=.;OPOS=3591590;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:3:6:9:9:3:6:9:9 chr19 3592171 . T C 168.85 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0494867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.9942;QD=24.1214;RBI=0.0495213;REFB=-0.0116394;REVB=-0.00185002;RO=11;SAF=6;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140571;STB=0.578852;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0112486;OID=.;OPOS=3592171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:11:6:6:5:11:6:6:5 chr19 3592730 . CC TT 65.37 PASS AF=0.375;AO=8;DP=23;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0273551;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=196.322;QD=10.8945;RBI=0.0417709;REFB=-0.0153813;REVB=0.0315675;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0479673;STB=0.538373;STBP=0.852;TYPE=mnp;VARB=0.0301391;OID=.;OPOS=3592730;OREF=CC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:24:14:15:8:9:0.375:6:2:4:10:7:2:4:11 chr19 3595923 . G A 160.46 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0702885;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.266;QD=45.8442;RBI=0.087805;REFB=0;REVB=0.0526237;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00537284;OID=.;OPOS=3595923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:10:3:0:0:10:4:0:0 chr19 3611765 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239458;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.993;QD=53.2772;RBI=0.0244768;REFB=0;REVB=0.00507091;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.81532e-05;OID=.;OPOS=3611765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr19 3611972 . G A 1068.26 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274953;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9298;QD=60.1837;RBI=0.0784671;REFB=0;REVB=0.0734921;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348972;OID=.;OPOS=3611972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:41:30:0:0:41:30:0:0 chr19 3613147 . C G 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00734593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.5082;QD=14.1959;RBI=0.00937401;REFB=-0.0166404;REVB=-0.00582317;RO=21;SAF=11;SAR=4;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277964;STB=0.651959;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0273726;OID=.;OPOS=3613147;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:22:15:15:0.405405:4:11:10:11:4:11:11:11 chr19 3614403 . T C 149.39 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0660023;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.519;QD=45.9649;RBI=0.0724109;REFB=0;REVB=0.029783;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000401121;OID=.;OPOS=3614403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr19 3653525 . C T 632.56 PASS AF=0.954545;AO=35;DP=45;FAO=42;FDP=44;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00180885;FXX=0.0222173;HRUN=6;LEN=1;MLLD=225.41;QD=57.5058;RBI=0.0109527;REFB=-0.0427094;REVB=0.0108023;RO=1;SAF=10;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444824;STB=0.511805;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.000272932;OID=.;OPOS=3653525;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:45:44:1:2:35:42:0.954545:25:10:1:0:30:12:1:1 chr19 3728609 . G A 257.44 PASS AF=0.585366;AO=22;DP=42;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=0.0261008;FXX=0.0888691;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6201;QD=25.1156;RBI=0.0696262;REFB=-0.0341159;REVB=0.0645489;RO=16;SAF=6;SAR=16;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153039;STB=0.607763;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00819425;OID=.;OPOS=3728609;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:16:17:22:24:0.585366:16:6:2:14:16:8:2:15 chr19 3730041 . C T 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.6197;QD=53.2744;RBI=0.0292163;REFB=0;REVB=0.0238413;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000896811;OID=.;OPOS=3730041;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr19 3738649 . A C 599.86 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0490003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5213;QD=58.5227;RBI=0.0497728;REFB=0.123944;REVB=-0.0087351;RO=1;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218009;STB=0.511106;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=-0.00492601;OID=.;OPOS=3738649;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:1:1:39:40:0.97561:21:18:0:1:22:18:0:1 chr19 3738971 . A G 520.03 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4158;QD=59.4321;RBI=0.0567268;REFB=0;REVB=-0.0528987;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000567228;OID=.;OPOS=3738971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr19 3740658 . T G 413.63 PASS AF=0.477273;AO=42;DP=88;FAO=42;FDP=88;FR=.;FRO=46;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=-0.00944613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.283;QD=18.8014;RBI=0.0119794;REFB=-0.0193823;REVB=-0.0073673;RO=46;SAF=25;SAR=17;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00804575;STB=0.504482;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.0235763;OID=.;OPOS=3740658;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:46:46:42:42:0.477273:17:25:27:19:17:25:27:19 chr19 3746087 . G A 658.68 PASS AF=0.96;AO=48;DP=51;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.018524;FXX=0.019604;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.133;QD=52.6942;RBI=0.0215663;REFB=-0.0643081;REVB=0.0110439;RO=2;SAF=12;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247149;STB=0.513152;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000342779;OID=.;OPOS=3746087;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:51:50:2:2:48:48:0.96:36:12:1:1:36:12:1:1 chr19 3750205 . T TG,TGG,TGGG 460.8 PASS AF=0,1,0;AO=7,27,5;DP=42;FAO=0,41,0;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8,0;FSAR=0,33,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0237205,-0.0132006,-0.00878489;FXX=0;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,3;MLLD=18.1853,27.0918,19.0224;QD=44.956;RBI=0.0428144,0.0221513,0.0143441;REFB=0,0,0;REVB=-0.0356429,-0.0177884,-0.0113392;RO=2;SAF=2,3,1;SAR=5,24,4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.28674,-0.229285,-0.413629;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=ins,ins,ins;VARB=-0.0362956,-0.000736272,0;OID=.,.,.;OPOS=3750206,3750206,3750206;OREF=-,-,-;OALT=G,GG,GGG;OMAPALT=TG,TGG,TGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:7,27,5:42:0,41,0:41:0:0,8,0:0,33,0:0:0:8:2:2,3,1:5,24,4:2:0 chr19 3750615 . T C 340.65 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00666069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.269;QD=54.5034;RBI=0.00860717;REFB=0;REVB=0.00545147;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.82244e-05;OID=.;OPOS=3750615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr19 3750622 . A C 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.829;QD=55.0973;RBI=0.0210417;REFB=0;REVB=-0.00248636;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000197852;OID=.;OPOS=3750622;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr19 3752563 . G A 135.08 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0172015;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.868;QD=16.8851;RBI=0.0319734;REFB=-0.00285865;REVB=0.0269519;RO=17;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00364105;STB=0.502089;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00211982;OID=.;OPOS=3752563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:17:15:15:0.46875:7:8:9:8:7:8:9:8 chr19 3752874 . A G 569.39 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.58;QD=59.9354;RBI=0.0327081;REFB=0;REVB=0.0310357;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227248;OID=.;OPOS=3752874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:22:15:0:0:23:15:0:0 chr19 3753769 . C T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0414063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=239.924;QD=57.2022;RBI=0.0532599;REFB=0;REVB=0.0334982;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000311478;OID=.;OPOS=3753769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr19 3767265 . C T 43.61 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.0213721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.671;QD=6.01563;RBI=0.021503;REFB=-0.0196635;REVB=0.00236859;RO=22;SAF=2;SAR=5;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259708;STB=0.6696;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0477593;OID=.;OPOS=3767265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:29:29:22:22:7:7:0.241379:5:2:11:11:5:2:11:11 chr19 3783977 . G C 193.83 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.0277683;FXX=0.0277701;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5514;QD=22.1524;RBI=0.0361509;REFB=-0.0775909;REVB=-0.0231476;RO=16;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10719;STB=0.55994;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0597525;OID=.;OPOS=3783977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:16:19:19:0.542857:7:12:12:4:7:12:12:4 chr19 3820191 . C T 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0320074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.352;QD=26.0286;RBI=0.0399059;REFB=0.0474549;REVB=0.0238328;RO=1;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123249;STB=0.571194;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=-0.000400968;OID=.;OPOS=3820191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:3:3:1:0:3:3:1:0 chr19 3831449 . G A 33.75 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00651905;FXX=0.124844;HRUN=5;LEN=1;MLLD=158.098;QD=19.2865;RBI=0.032921;REFB=-0.0641978;REVB=0.0322691;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212944;STB=0.62455;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.0198263;OID=.;OPOS=3831449;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:0:2:3:2:0:2 chr19 3831525 . C A 99.58 PASS AF=0.444444;AO=11;DP=26;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0457756;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2822;QD=14.753;RBI=0.0525593;REFB=-0.0459285;REVB=0.0258278;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542807;STB=0.509538;STBP=0.926;TYPE=snp;VARB=0.0565415;OID=.;OPOS=3831525;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:15:15:11:12:0.444444:5:6:9:6:5:7:9:6 chr19 3831765 . G A 238.54 PASS AF=0.628571;AO=22;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0115481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.002;QD=27.2612;RBI=0.0287975;REFB=-0.0151879;REVB=0.0263806;RO=13;SAF=8;SAR=14;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0693195;STB=0.538426;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.0119669;OID=.;OPOS=3831765;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:22:22:0.628571:14:8:6:7:14:8:6:7 chr19 3977486 . A G 115.94 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.253;QD=42.1608;RBI=0.0880927;REFB=0;REVB=0.0856233;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00274548;OID=.;OPOS=3977486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:5:6:0:0:5:6:0:0 chr19 3979408 . A G 393.27 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0228325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.611;QD=56.1814;RBI=0.0239987;REFB=0;REVB=0.00739022;RO=0;SAF=6;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000177881;OID=.;OPOS=3979408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:22:6:0:0:22:6:0:0 chr19 4028783 . C T 474.24 PASS AF=0.918919;AO=33;DP=36;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0527346;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.95;QD=51.2686;RBI=0.0531685;REFB=-0.157612;REVB=0.00677885;RO=0;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.551693;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00382015;OID=.;OPOS=4028783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:36:37:0:3:33:34:0.918919:21:12:0:0:21:13:3:0 chr19 4033462 . T C 1185.16 PASS AF=1;AO=77;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0566427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.097;QD=60.7776;RBI=0.0567646;REFB=0;REVB=0.00371816;RO=0;SAF=44;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.58027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000145937;OID=.;OPOS=4033462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:77:78:1:33:44:0:0:33:45:0:0 chr19 4042858 . G A 357.51 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=29;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0103299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.38;QD=49.3123;RBI=0.0611894;REFB=0.0160957;REVB=0.0603112;RO=2;SAF=20;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0442673;STB=0.523792;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=-3.46003e-05;OID=.;OPOS=4042858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:29:29:2:2:27:27:0.931034:7:20:2:0:7:20:2:0 chr19 4042923 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0194722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1129;QD=60.6092;RBI=0.0484025;REFB=0;REVB=-0.044313;RO=0;SAF=31;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000586396;OID=.;OPOS=4042923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:7:31:0:0:7:31:0:0 chr19 4043024 . T C 440.13 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0201325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.447;QD=56.7909;RBI=0.0206764;REFB=0;REVB=0.00471139;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000378164;OID=.;OPOS=4043024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:31:0:0:30:31:1:20:10:0:0:20:11:0:0 chr19 4046430 . CTTTTTTTTTTTTTTTTTG CTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTTGTC 187.7 PASS AF=0.708333,0.291667;AO=5,3;DP=27;FAO=17,7;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8,7;FSAR=9,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.122662,-0.0230192;FXX=0.172354;HRUN=17,17;LEN=4,3;MLLD=9.25014,185.923;QD=31.283;RBI=0.396084,0.0632743;REFB=-0.18795,-0.0355974;REVB=-0.376612,-0.0589385;RO=0;SAF=2,3;SAR=3,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.101193,-0.0358688;OID=.,.;OPOS=4046431,4046446;OREF=TTTT,TTG;OALT=-,GTC;OMAPALT=CTTTTTTTTTTTTTG,CTTTTTTTTTTTTTTTGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.708333,0.291667:5,3:27:17,7:24:0:8,7:9,0:0:0:45:0:2,3:3,0:0:0 chr19 4101062 . G T 526.77 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0421481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.693;QD=56.9478;RBI=0.053608;REFB=0.0256688;REVB=0.0331264;RO=1;SAF=6;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0153519;STB=0.508192;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=6.21815e-05;OID=.;OPOS=4101062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:30:6:0:1:30:6:0:1 chr19 4154910 . C T 150.36 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=0.0186056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1223;QD=12.53;RBI=0.117592;REFB=0.00402147;REVB=0.116111;RO=31;SAF=12;SAR=5;SRF=21;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369072;STB=0.521713;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=-0.00157576;OID=.;OPOS=4154910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:5:12:21:10:5:12:21:10 chr19 4157148 . G A 91.24 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00777672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.063;QD=17.3781;RBI=0.00922465;REFB=-0.0105859;REVB=0.00496154;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281505;STB=0.660746;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.00815373;OID=.;OPOS=4157148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:5:6:2:8:5:6:2:8 chr19 4168437 . C A 64.88 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0342424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.964;QD=10.3802;RBI=0.0355783;REFB=0.00516534;REVB=-0.00965781;RO=16;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145075;STB=0.586972;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=-0.0318319;OID=.;OPOS=4168437;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:5:4:5:11:5:4:5:11 chr19 4180836 . C T 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0199481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.007;QD=56.1865;RBI=0.0324476;REFB=0;REVB=0.0255914;RO=0;SAF=21;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000153209;OID=.;OPOS=4180836;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:7:21:0:0:7:21:0:0 chr19 4186395 . T G 295.55 PASS AF=0.54386;AO=24;DP=57;FAO=31;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.00700903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.5;QD=20.7402;RBI=0.014458;REFB=-0.0161904;REVB=0.0126455;RO=25;SAF=15;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134608;STB=0.507357;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0145122;OID=.;OPOS=4186395;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:25:26:24:31:0.54386:9:15:12:13:16:15:13:13 chr19 4200156 . G A 302.99 PASS AF=1;AO=19;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0140831;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.3599;QD=52.6934;RBI=0.0757883;REFB=0;REVB=0.0744684;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00261016;OID=.;OPOS=4200156;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:19:23:1:9:10:0:0:13:10:0:0 chr19 4210356 . G A 263.01 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.048717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.021;QD=47.8203;RBI=0.0491876;REFB=-0.148985;REVB=0.00678773;RO=1;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401224;STB=0.521719;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.00216977;OID=.;OPOS=4210356;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:11:10:0:1:11:10:0:1 chr19 4217207 . T G 615.02 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.121;QD=60.0022;RBI=0.0182762;REFB=0;REVB=0.00686789;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00181441;OID=.;OPOS=4217207;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:0:0:38:41:1:22:16:0:0:23:18:0:0 chr19 4236996 . G A 1145.13 PASS AF=0.974684;AO=77;DP=79;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0386953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.857;QD=57.9811;RBI=0.0387085;REFB=-0.0686176;REVB=-0.00101049;RO=2;SAF=34;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00283683;STB=0.501499;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000298985;OID=.;OPOS=4236996;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:79:79:2:2:77:77:0.974684:43:34:1:1:43:34:1:1 chr19 4237067 . A G 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.452;QD=62.0216;RBI=0.0597478;REFB=0;REVB=-0.0426224;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.10898e-06;OID=.;OPOS=4237067;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:23:19:0:0:23:19:0:0 chr19 4251069 . T C 1342.01 PASS AF=0.988636;AO=85;DP=89;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0281232;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.9096;QD=61.0003;RBI=0.0406475;REFB=-0.0126392;REVB=0.0293479;RO=1;SAF=33;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00902401;STB=0.504672;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000295664;OID=.;OPOS=4251069;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:89:88:1:1:85:87:0.988636:52:33:0:1:53:34:0:1 chr19 4254375 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270508;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.486;QD=47.8222;RBI=0.0560412;REFB=0;REVB=0.0490802;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000724768;OID=.;OPOS=4254375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr19 4283059 . G A 398.93 PASS AF=0.633333;AO=38;DP=60;FAO=38;FDP=60;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.0189505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.672;QD=26.5956;RBI=0.019201;REFB=0.00895579;REVB=0.0030913;RO=22;SAF=13;SAR=25;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16306;STB=0.588435;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.0062385;OID=.;OPOS=4283059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:22:22:38:38:0.633333:25:13:3:19:25:13:3:19 chr19 4288332 . A G 112.15 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.0068908;FXX=0.0833102;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.632;QD=13.5938;RBI=0.0179271;REFB=-0.00390613;REVB=-0.0165498;RO=18;SAF=8;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117074;STB=0.571317;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.00571735;OID=.;OPOS=4288332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:33:18:20:13:13:0.393939:5:8:9:9:5:8:10:10 chr19 4292597 . C T 130.64 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00404388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0994;QD=22.7195;RBI=0.0309216;REFB=-0.0133278;REVB=0.0306561;RO=9;SAF=9;SAR=5;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0643851;STB=0.536371;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.00864469;OID=.;OPOS=4292597;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:5:9:5:4:5:9:5:4 chr19 4310327 . C T 184.84 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0612718;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.893;QD=18.4838;RBI=0.0616075;REFB=0.00352031;REVB=-0.00642206;RO=21;SAF=4;SAR=15;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101074;STB=0.556906;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=-0.00241469;OID=.;OPOS=4310327;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:15:4:3:18:15:4:3:18 chr19 4325433 . G A 338.62 PASS AF=0.933333;AO=24;DP=26;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0107841;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=204.89;QD=45.1498;RBI=0.0269513;REFB=-0.0581277;REVB=0.0246997;RO=1;SAF=8;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0544279;STB=0.549963;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00136327;OID=.;OPOS=4325433;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:30:1:2:24:28:0.933333:16:8:1:0:19:9:2:0 chr19 4325516 . TG T 41.29 PASS AF=0.388889;AO=5;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.184406;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.9857;QD=9.17633;RBI=0.184906;REFB=-0.0596812;REVB=0.0135893;RO=12;SAF=0;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.736642;STB=0.791508;STBP=0.095;TYPE=del;VARB=0.122153;OID=.;OPOS=4325517;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.388889:5:18:7:18:11:1:6:6:5:41:12:0:5:7:5 chr19 4333711 . C T 1590.79 PASS AF=0.990741;AO=103;DP=103;FAO=107;FDP=108;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00409839;FXX=0.00917347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.057;QD=58.918;RBI=0.105778;REFB=-0.061501;REVB=0.105699;RO=0;SAF=57;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99381e-08;STB=0.504347;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.00163186;OID=.;OPOS=4333711;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:108:0:1:103:107:0.990741:46:57:0:0:50:57:1:0 chr19 4352959 . A G 62.21 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.078895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.15;QD=35.5504;RBI=0.131026;REFB=0;REVB=0.104611;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00346593;OID=.;OPOS=4352959;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr19 4357555 . A C,G 719.66 PASS AF=0.0416667,0.9375;AO=2,45;DP=48;FAO=2,45;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=1,20;FSAR=1,25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0164899,-0.000769868;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=142.568,52.0812;QD=59.9714;RBI=0.0214869,0.0202671;REFB=-0.112441,-0.0121039;REVB=-0.0137757,0.0202524;RO=1;SAF=1,20;SAR=1,25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.25849,-0.0229174;STB=0.665164,0.51219;STBP=0.662,0.319;TYPE=snp,snp;VARB=0.103705,0.00343514;OID=.,.;OPOS=4357555,4357555;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:48:48:1:1:2,45:2,45:0.0416667,0.9375:1,25:1,20:1:0:1,25:1,20:1:0 chr19 4362691 . G C 1279.69 PASS AF=0.945055;AO=86;DP=91;FAO=86;FDP=91;FR=.;FRO=5;FSAF=38;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.0343305;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=219.884;QD=56.2502;RBI=0.037058;REFB=-0.158952;REVB=0.013954;RO=5;SAF=38;SAR=48;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0468331;STB=0.524747;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.000634;OID=.;OPOS=4362691;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:91:91:5:5:86:86:0.945055:48:38:0:5:48:38:0:5 chr19 4442336 . C T 1082.3 PASS AF=1;AO=69;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=34;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0746761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.009;QD=59.3043;RBI=0.0843611;REFB=0;REVB=0.0392464;RO=0;SAF=31;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102225;OID=.;OPOS=4442336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:69:73:1:38:31:0:0:39:34:0:0 chr19 4442999 . T C,G 597.7 PASS AF=0.075,0.925;AO=2,37;DP=39;FAO=3,37;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=1,15;FSAR=2,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0379519,-0.000868625;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=124.121,67.455;QD=59.77;RBI=0.0466176,0.0406558;REFB=0,0;REVB=-0.0270713,-0.0406466;RO=0;SAF=1,15;SAR=1,22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.82408e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.131375,-0.00112422;OID=.,.;OPOS=4442999,4442999;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:39:40:0:0:2,37:3,37:0.075,0.925:1,22:1,15:0:0:2,22:1,15:0:0 chr19 4443046 . T C,G 783.11 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=54,3;DP=57;FAO=54,2;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=23,1;FSAR=31,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000246662,0.00870898;FXX=0.0175408;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=120.924,144.062;QD=55.9366;RBI=0.0444142,0.0176203;REFB=0,0;REVB=0.0444135,-0.0153176;RO=0;SAF=24,1;SAR=30,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00506009,0.0402868;OID=.,.;OPOS=4443046,4443046;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:57:56:0:0:54,3:54,2:0.964286,0.0357143:30,2:24,1:0:0:31,1:23,1:0:0 chr19 4457650 . C T 252.89 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0600345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.996;QD=50.5785;RBI=0.0603919;REFB=0;REVB=-0.00656047;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000544081;OID=.;OPOS=4457650;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:13:6:0:0:13:7:0:0 chr19 4493708 . A G 261.54 PASS AF=0.422535;AO=30;DP=71;FAO=30;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.00651112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.998;QD=14.7346;RBI=0.0235763;REFB=-0.039126;REVB=0.0226594;RO=39;SAF=20;SAR=10;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0563024;STB=0.536058;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0475104;OID=.;OPOS=4493708;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:41:30:30:0.422535:10:20:24:15:10:20:25:16 chr19 4499671 . GG CA 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=2;MLLD=261.258;QD=11.0912;RBI=0.00689649;REFB=-0.0358572;REVB=-0.00689649;RO=5;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.0127451;OID=.;OPOS=4499671;OREF=GG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:10:11:5:6:5:5:0.454545:5:0:0:5:5:0:0:6 chr19 4499677 . G A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5717;QD=11.0923;RBI=0.0546246;REFB=0.0515264;REVB=0.0546246;RO=6;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.051708;OID=.;OPOS=4499677;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:5:0:0:6:5:0:0:6 chr19 4508945 . A G 916.27 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233352;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.008;QD=57.2666;RBI=0.0447464;REFB=0;REVB=0.0381799;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.06087e-05;OID=.;OPOS=4508945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:64:0:0:58:64:1:33:25:0:0:39:25:0:0 chr19 4511350 . T A 80.14 PASS AF=0.255814;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=43;FR=.;FRO=32;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0433782;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.282;QD=7.45502;RBI=0.0459055;REFB=0.00137547;REVB=-0.0150215;RO=29;SAF=3;SAR=8;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261718;STB=0.678233;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=-0.011404;OID=.;OPOS=4511350;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:40:43:29:32:11:11:0.255814:8:3:14:15:8:3:16:16 chr19 4511453 . G A 173.39 PASS AF=0.68;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0273338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1546;QD=27.7416;RBI=0.0734956;REFB=-0.0261133;REVB=0.0682236;RO=8;SAF=9;SAR=8;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160005;STB=0.588683;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.0149243;OID=.;OPOS=4511453;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:8:8:17:17:0.68:8:9:2:6:8:9:2:6 chr19 4511647 . C G 82.98 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.00308056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1562;QD=9.48398;RBI=0.0220436;REFB=-0.0244805;REVB=-0.0218273;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229478;STB=0.642612;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0694406;OID=.;OPOS=4511647;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:35:35:21:24:11:11:0.314286:5:6:7:14:5:6:8:16 chr19 4511677 . A G 59.58 PASS AF=0.209302;AO=9;DP=43;FAO=9;FDP=43;FR=.;FRO=34;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0161622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.937;QD=5.54193;RBI=0.0353228;REFB=-0.0129046;REVB=-0.0314083;RO=33;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0791169;STB=0.542277;STBP=0.813;TYPE=snp;VARB=0.032481;OID=.;OPOS=4511677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:43:43:33:34:9:9:0.209302:6:3:13:20:6:3:13:21 chr19 4511725 . T C 64.9 PASS AF=0.243902;AO=9;DP=40;FAO=10;FDP=41;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0557839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.4246;QD=6.33172;RBI=0.0688968;REFB=0.00292736;REVB=0.0404342;RO=31;SAF=3;SAR=6;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107908;STB=0.61681;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=-0.0498361;OID=.;OPOS=4511725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:40:41:31:31:9:10:0.243902:6:3:8:23:6:4:8:23 chr19 4511730 . T C 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=-0.0106498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.246;QD=10.715;RBI=0.0115822;REFB=-0.00437347;REVB=0.00455275;RO=29;SAF=4;SAR=10;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137203;STB=0.508185;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0144549;OID=.;OPOS=4511730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:10:4:8:21:10:4:8:21 chr19 4511746 . A T 80.78 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0600884;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.5398;QD=7.3437;RBI=0.0635153;REFB=-0.0196721;REVB=0.0205809;RO=31;SAF=3;SAR=8;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709828;STB=0.554353;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0432974;OID=.;OPOS=4511746;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:31:33:11:11:0.25:8:3:10:21:8:3:11:22 chr19 4511791 . A C 109.56 PASS AF=0.277778;AO=15;DP=54;FAO=15;FDP=54;FR=.;FRO=39;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.0167827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.7;QD=8.11537;RBI=0.0232102;REFB=-0.0098827;REVB=-0.016033;RO=38;SAF=4;SAR=11;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140005;STB=0.578837;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.022665;OID=.;OPOS=4511791;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:38:39:15:15:0.277778:11:4:14:24:11:4:14:25 chr19 4511830 . A G 81.07 PASS AF=0.23913;AO=11;DP=48;FAO=11;FDP=46;FR=.;FRO=35;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=23;FWDB=0.0203595;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.066;QD=7.04961;RBI=0.0268799;REFB=-0.00747768;REVB=-0.0175505;RO=37;SAF=3;SAR=8;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0748865;STB=0.56326;STBP=0.684;TYPE=snp;VARB=0.0238215;OID=.;OPOS=4511830;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:48:46:37:35:11:11:0.23913:8:3:12:25:8:3:12:23 chr19 4511920 . T C 34.41 PASS AF=0.112903;AO=7;DP=62;FAO=7;FDP=62;FR=.;FRO=55;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=31;FSRR=24;FWDB=-0.0186532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.401;QD=2.21998;RBI=0.0225514;REFB=-0.00409932;REVB=-0.0126737;RO=55;SAF=2;SAR=5;SRF=31;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.319606;STB=0.739247;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0455076;OID=.;OPOS=4511920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:62:62:55:55:7:7:0.112903:5:2:31:24:5:2:31:24 chr19 4511955 . T C 192.78 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=11;FWDB=-0.0144793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0602;QD=14.829;RBI=0.0394061;REFB=-0.0426776;REVB=-0.0366496;RO=30;SAF=8;SAR=14;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.269658;STB=0.653841;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0369017;OID=.;OPOS=4511955;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:14:8:19:11:14:8:19:11 chr19 4512669 . T C 631.32 PASS AF=0.594059;AO=60;DP=101;FAO=60;FDP=101;FR=.;FRO=41;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=-0.00686608;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0758;QD=25.0028;RBI=0.0224504;REFB=-0.0166329;REVB=0.0213747;RO=41;SAF=31;SAR=29;SRF=23;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0330851;STB=0.518022;STBP=0.683;TYPE=snp;VARB=0.0163564;OID=.;OPOS=4512669;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:41:41:60:60:0.594059:29:31:23:18:29:31:23:18 chr19 4513143 . CA TG 321.66 PASS AF=1;AO=22;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00452767;FXX=0.039984;HRUN=2;LEN=2;MLLD=198.005;QD=53.6097;RBI=0.122921;REFB=0;REVB=0.122838;RO=1;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369717;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000765824;OID=.;OPOS=4513143;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:1:0:22:24:1:12:10:0:1:14:10:0:0 chr19 4513559 . A G 97.17 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.00272414;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.4329;QD=11.778;RBI=0.0327513;REFB=-0.0189111;REVB=-0.0326378;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0851185;STB=0.534827;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0255629;OID=.;OPOS=4513559;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:34:33:19:21:12:12:0.363636:8:4:5:14:8:4:6:15 chr19 4525046 . A G 51.38 PASS AF=0.444444;AO=7;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0299887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4786;QD=11.4189;RBI=0.0301001;REFB=-0.0214659;REVB=0.00258693;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0263346;STB=0.571247;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0292001;OID=.;OPOS=4525046;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:18:18:11:10:7:8:0.444444:3:4:6:5:3:5:5:5 chr19 4558431 . C G 65.49 PASS AF=0.666667;AO=7;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0845087;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.719;QD=21.8286;RBI=0.0845775;REFB=-0.0723766;REVB=-0.00340954;RO=5;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0775494;STB=0.545344;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0166699;OID=.;OPOS=4558431;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:12:12:5:4:7:8:0.666667:2:5:4:1:3:5:3:1 chr19 4668673 . A G 41.99 PASS AF=0.352941;AO=2;DP=19;FAO=6;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0523007;FXX=0.105208;HRUN=8;LEN=1;MLLD=16.9538;QD=9.87934;RBI=0.164803;REFB=0.0216301;REVB=-0.156284;RO=6;SAF=0;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.658493;STB=0.815233;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=-0.0639456;OID=.;OPOS=4668673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:19:17:6:11:2:6:0.352941:2:0:4:2:5:1:7:4 chr19 4682871 . ATGGGGGCA ATGGGGCAG,GAGGGGCAG 84.96 PASS AF=0.451613,0;AO=5,2;DP=32;FAO=14,0;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=17;FSAF=1,0;FSAR=13,0;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.124642,-0.0605922;FXX=0.0312402;HRUN=5,1;LEN=3,9;MLLD=23.2288,120.672;QD=10.9632;RBI=0.146824,0.131627;REFB=-0.106544,-0.00560572;REVB=0.0776002,-0.116851;RO=14;SAF=0,0;SAR=5,2;SRF=8;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.727435,-0.576453;STB=0.876643,0.5;STBP=0.001,1;TYPE=mnp,mnp;VARB=0.128508,0;OID=.,.;OPOS=4682877,4682871;OREF=GCA,ATGGGGGCA;OALT=CAG,GAGGGGCAG;OMAPALT=ATGGGGCAG,GAGGGGCAG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:32:31:14:17:5,2:14,0:0.451613,0:5,2:0,0:8:6:13,0:1,0:10:7 chr19 4685276 . A C 199.81 PASS AF=0.40678;AO=24;DP=59;FAO=24;FDP=59;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.0229744;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0828;QD=13.5464;RBI=0.0235454;REFB=0.046019;REVB=-0.00515432;RO=34;SAF=13;SAR=11;SRF=24;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173551;STB=0.604838;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.0803588;OID=.;OPOS=4685276;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:35:24:24:0.40678:11:13:24:10:11:13:25:10 chr19 4685815 . CGG CG,CGT 38.9 PASS AF=0.142857,0.0357143;AO=10,2;DP=56;FAO=8,2;FDP=56;FR=.;FRO=46;FSAF=1,2;FSAR=7,0;FSRF=27;FSRR=19;FWDB=0.0185792,-0.0102262;FXX=0.0175408;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=16.7035,196.731;QD=2.7787;RBI=0.110061,0.0588682;REFB=-0.0306033,-0.00217251;REVB=-0.108482,-0.0579732;RO=41;SAF=2,2;SAR=8,0;SRF=24;SRR=17;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.468241,0.375759;STB=0.881954,0.994022;STBP=0.038,0.189;TYPE=del,snp;VARB=0.00566026,0.0397301;OID=.,.;OPOS=4685816,4685817;OREF=G,G;OALT=-,T;OMAPALT=CG,CGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.142857,0.0357143:10,2:56:8,2:56:46:1,2:7,0:27:19:30:41:2,2:8,0:24:17 chr19 4816719 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0565776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.877;QD=57.2025;RBI=0.0783225;REFB=0;REVB=0.0541607;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000485585;OID=.;OPOS=4816719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr19 4818378 . T C 796.53 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.252;QD=63.7226;RBI=0.0374971;REFB=0;REVB=0.0148601;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000169676;OID=.;OPOS=4818378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:27:21:0:0:27:23:0:0 chr19 4847713 . A G 746.58 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.5;QD=63.5383;RBI=0.0300583;REFB=0;REVB=0.0152749;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.93515e-05;OID=.;OPOS=4847713;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:18:27:0:0:20:27:0:0 chr19 4847874 . A G 941.35 PASS AF=0.984848;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0748257;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.8504;QD=57.0512;RBI=0.0829304;REFB=-0.132255;REVB=-0.0357569;RO=1;SAF=21;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108591;STB=0.505745;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00231744;OID=.;OPOS=4847874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:66:1:1:64:65:0.984848:43:21:0:1:43:22:0:1 chr19 4852106 . A C,G 729.1 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=2,49;DP=51;FAO=2,50;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=1,33;FSAR=1,17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.100911,0.00371225;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=7.05976,101.983;QD=56.0844;RBI=0.106554,0.0290077;REFB=0,0;REVB=-0.0342153,0.0287692;RO=0;SAF=1,32;SAR=1,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.70321e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.158461,-0.000308259;OID=.,.;OPOS=4852106,4852106;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:51:52:0:0:2,49:2,50:0.0384615,0.961538:1,17:1,32:0:0:1,17:1,33:0:0 chr19 4852137 . C T 711.15 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0311332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.32;QD=54.7034;RBI=0.0368113;REFB=-0.105764;REVB=0.0196416;RO=0;SAF=32;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513508;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.000728394;OID=.;OPOS=4852137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:0:1:50:51:0.980769:18:32:0:0:18:33:0:1 chr19 4945914 . A C 257.02 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0182629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.885;QD=22.8458;RBI=0.0427421;REFB=-0.00995826;REVB=-0.038644;RO=19;SAF=6;SAR=18;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207455;STB=0.623266;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0114078;OID=.;OPOS=4945914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:19:21:24:24:0.533333:18:6:9:10:18:6:10:11 chr19 4945917 . C T 255.88 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.0381734;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.755;QD=22.7447;RBI=0.0400968;REFB=-0.010525;REVB=0.0122698;RO=18;SAF=6;SAR=18;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178562;STB=0.623266;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0109137;OID=.;OPOS=4945917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:18:21:24:24:0.533333:18:6:8:10:18:6:10:11 chr19 4945974 . T C 533.79 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0418021;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6622;QD=59.3101;RBI=0.115378;REFB=0;REVB=0.107539;RO=0;SAF=10;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.03206e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473629;OID=.;OPOS=4945974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:35:36:1:25:10:0:0:26:10:0:0 chr19 4950770 . C T 205.76 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0239675;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.143;QD=22.2438;RBI=0.0287219;REFB=-0.0142728;REVB=0.0158274;RO=16;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495686;STB=0.5405;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.00798319;OID=.;OPOS=4950770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:17:20:20:0.540541:10:10:7:9:10:10:7:10 chr19 4954454 . C T 239.41 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.373;QD=50.4014;RBI=0.0334705;REFB=0;REVB=0.0230498;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015306;OID=.;OPOS=4954454;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr19 4954679 . G GC 196.35 PASS AF=1;AO=11;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0552065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.9812;QD=35.7006;RBI=0.0553798;REFB=0;REVB=0.00437796;RO=11;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.73708;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0051103;OID=.;OPOS=4954680;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:11:22:22:22:0:10:12:0:0:4:11:10:1:0:11 chr19 5041178 . T C 1208.73 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.138;QD=61.2015;RBI=0.030086;REFB=0;REVB=0.0252484;RO=0;SAF=39;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33478e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.76024e-05;OID=.;OPOS=5041178;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:40:39:0:0:40:39:0:0 chr19 5110794 . A G 296.65 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00228983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.8791;QD=51.5912;RBI=0.0553701;REFB=0;REVB=0.0553227;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000590269;OID=.;OPOS=5110794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:15:7:0:0:15:8:0:0 chr19 5114116 . T G 865.76 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00467076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.327;QD=56.7708;RBI=0.0180155;REFB=0;REVB=0.0173994;RO=0;SAF=30;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00133085;OID=.;OPOS=5114116;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:61:0:0:58:61:1:28:30:0:0:30:31:0:0 chr19 5135392 . A G 811.16 PASS AF=0.9375;AO=57;DP=61;FAO=60;FDP=64;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0310996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.137;QD=50.6977;RBI=0.0317994;REFB=-0.0520828;REVB=0.00663461;RO=4;SAF=31;SAR=26;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0364174;STB=0.518862;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00414004;OID=.;OPOS=5135392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:61:64:4:4:57:60:0.9375:26:31:1:3:27:33:1:3 chr19 5206775 . A G 105.23 PASS AF=0.241379;AO=7;DP=29;FAO=7;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.086654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.8754;QD=14.5142;RBI=0.102193;REFB=-0.01284;REVB=-0.054171;RO=15;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420002;STB=0.506311;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0531076;OID=.;OPOS=5206775;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:29:29:15:16:7:7:0.241379:3:4:8:7:3:4:9:7 chr19 5214697 . A G 834.51 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00836161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.288;QD=57.5527;RBI=0.0129746;REFB=0;REVB=-0.00992089;RO=0;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.77212e-06;OID=.;OPOS=5214697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:25:32:0:0:26:32:0:0 chr19 5455611 . C T 705.44 PASS AF=0.981132;AO=45;DP=47;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0619004;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.9002;QD=53.2406;RBI=0.0947325;REFB=-0.148043;REVB=0.0717118;RO=1;SAF=31;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014922;STB=0.506664;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.00776896;OID=.;OPOS=5455611;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:47:53:1:1:45:52:0.981132:14:31:1:0:15:37:1:0 chr19 5455735 . G A 238.91 PASS AF=0.490566;AO=25;DP=54;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0604743;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.823;QD=18.0309;RBI=0.0605459;REFB=-0.0198358;REVB=0.002944;RO=29;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.068086;STB=0.529047;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.0125997;OID=.;OPOS=5455735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:29:27:25:26:0.490566:12:13:13:16:12:14:13:14 chr19 5455796 . A G 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0511063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.335;QD=60.6099;RBI=0.0533848;REFB=0;REVB=0.0154299;RO=0;SAF=14;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206016;OID=.;OPOS=5455796;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:24:14:0:0:24:14:0:0 chr19 5455971 . G T 879.8 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0254289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4186;QD=57.6919;RBI=0.0363285;REFB=0;REVB=0.0259448;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193687;OID=.;OPOS=5455971;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr19 5455978 . T C 905.77 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000995664;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.624;QD=58.4368;RBI=0.0227243;REFB=0;REVB=0.0227025;RO=0;SAF=32;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.56404e-06;OID=.;OPOS=5455978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:29:32:0:0:30:32:0:0 chr19 5455990 . G A 958.26 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0298841;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.377;QD=58.9696;RBI=0.0516448;REFB=0;REVB=0.0421204;RO=0;SAF=35;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266725;OID=.;OPOS=5455990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:30:35:0:0:30:35:0:0 chr19 5456450 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0226824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.565;QD=62.3507;RBI=0.0312394;REFB=0;REVB=0.0214805;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.69729e-06;OID=.;OPOS=5456450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:27:16:0:0:27:16:0:0 chr19 5591735 . G A 286.06 PASS AF=0.557692;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0117343;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.76;QD=22.0042;RBI=0.0130873;REFB=-0.0174989;REVB=-0.00579521;RO=23;SAF=10;SAR=19;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362238;STB=0.520046;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.0229663;OID=.;OPOS=5591735;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:23:23:29:29:0.557692:19:10:7:16:19:10:7:16 chr19 5679412 . GA G 40.7 PASS AF=0.6;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=20;FR=.;FRO=8;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.050485;FXX=0.0475964;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.24734;QD=8.13932;RBI=0.166245;REFB=-0.118617;REVB=0.158394;RO=7;SAF=11;SAR=1;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.418959;STB=0.7851;STBP=0.029;TYPE=del;VARB=0.118598;OID=.;OPOS=5679413;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:12:21:12:20:8:11:1:4:4:35:7:11:1:4:3 chr19 5766090 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.030628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6149;QD=45.8067;RBI=0.0309298;REFB=0;REVB=-0.00431064;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00149505;OID=.;OPOS=5766090;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:8:6:0:0:8:6:0:0 chr19 5772950 . G A 232.54 PASS AF=0.511628;AO=20;DP=45;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=19;FWDB=-0.00345968;FXX=0.0652032;HRUN=6;LEN=1;MLLD=112.698;QD=21.632;RBI=0.0128378;REFB=-0.0188778;REVB=0.0123629;RO=12;SAF=8;SAR=12;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.236807;STB=0.653349;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.00421439;OID=.;OPOS=5772950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:43:12:21:20:22:0.511628:12:8:1:11:14:8:2:19 chr19 5778517 . A T 316.98 PASS AF=0.542373;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=59;FR=.;FRO=27;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.00390556;FXX=0.0781128;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.505;QD=21.49;RBI=0.00750821;REFB=-0.0183211;REVB=0.00641248;RO=22;SAF=18;SAR=14;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113462;STB=0.60371;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00710412;OID=.;OPOS=5778517;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:59:22:27:32:32:0.542373:14:18:9:13:14:18:9:18 chr19 5783634 . T C 66.87 PASS AF=0.642857;AO=8;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0220676;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.418;QD=19.1059;RBI=0.0293817;REFB=-0.0550452;REVB=0.0193986;RO=4;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555438;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.0229028;OID=.;OPOS=5783634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:14:14:4:5:8:9:0.642857:6:2:1:3:6:3:1:4 chr19 5783905 . G A 77.27 PASS AF=0.434783;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0312388;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7975;QD=13.4387;RBI=0.130568;REFB=-0.0110961;REVB=0.126776;RO=13;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370123;STB=0.717521;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0243037;OID=.;OPOS=5783905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:13:13:10:10:0.434783:7:3:9:4:7:3:9:4 chr19 5784370 . C T 78.45 PASS AF=0.47619;AO=9;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0222102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.61;QD=14.9424;RBI=0.0269813;REFB=-0.00706008;REVB=-0.0153198;RO=10;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286347;STB=0.63608;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0054469;OID=.;OPOS=5784370;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:21:10:11:9:10:0.47619:7:2:5:5:7:3:6:5 chr19 5786815 . G A 109.26 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00464679;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.628;QD=14.0975;RBI=0.00794829;REFB=-0.027281;REVB=-0.00644846;RO=18;SAF=7;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0383131;STB=0.522354;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0355683;OID=.;OPOS=5786815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:6:7:9:9:6:7:9:9 chr19 5789565 . T C 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.024373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.771;QD=18.1185;RBI=0.0280001;REFB=-0.0233963;REVB=0.0137827;RO=19;SAF=12;SAR=6;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0179615;STB=0.519978;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0233272;OID=.;OPOS=5789565;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:19:20:18:18:0.473684:6:12:13:6:6:12:14:6 chr19 5831634 . G T 194.21 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0893062;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.3995;QD=24.276;RBI=0.115234;REFB=0.00905467;REVB=0.0728231;RO=13;SAF=13;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0564238;STB=0.531565;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=-0.00209295;OID=.;OPOS=5831634;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:6:13:8:5:6:13:8:5 chr19 5831840 . C T 55.02 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.0037602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.318;QD=9.5695;RBI=0.0188746;REFB=-0.00290774;REVB=-0.0184962;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368003;STB=0.721148;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00413118;OID=.;OPOS=5831840;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:3:5:4:11:3:5:4:11 chr19 5832209 . G A 1135.26 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133807;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.166;QD=60.5471;RBI=0.0158555;REFB=0;REVB=0.00850617;RO=0;SAF=40;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56453e-05;OID=.;OPOS=5832209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:75:0:0:74:75:1:34:40:0:0:35:40:0:0 chr19 5843784 . A T 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.000369009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.712;QD=18.0506;RBI=0.0204644;REFB=-0.0171317;REVB=-0.0204611;RO=8;SAF=4;SAR=6;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23572;STB=0.633909;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.0173339;OID=.;OPOS=5843784;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:6:4:1:7:6:4:1:7 chr19 5844537 . A G 205.96 PASS AF=0.571429;AO=19;DP=35;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.00630443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.371;QD=23.5386;RBI=0.00796014;REFB=-0.021886;REVB=-0.00485983;RO=15;SAF=15;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.395887;STB=0.692105;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0192212;OID=.;OPOS=5844537;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:15:19:20:0.571429:4:15:5:10:5:15:5:10 chr19 5844792 . A C 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0223975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.973;QD=11.257;RBI=0.0301668;REFB=-0.00512716;REVB=-0.0202086;RO=12;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0448594;STB=0.52696;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.00712523;OID=.;OPOS=5844792;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:5:3:4:8:5:3:4:8 chr19 5866654 . A G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00807535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.874;QD=50.4134;RBI=0.0111855;REFB=0;REVB=-0.00773974;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000107971;OID=.;OPOS=5866654;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr19 5866736 . T C 50.12 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0126129;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3871;QD=33.4154;RBI=0.0126129;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000626638;OID=.;OPOS=5866736;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:0:6:0:0:0:6:0:0 chr19 5867748 . G T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.388;QD=35.5748;RBI=0.0402798;REFB=0;REVB=0.0402798;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143769;OID=.;OPOS=5867748;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr19 5908969 . G A 194.34 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0537515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.622;QD=24.2921;RBI=0.0576833;REFB=-0.0313403;REVB=0.0209319;RO=13;SAF=10;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102746;STB=0.557317;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0158349;OID=.;OPOS=5908969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:9:10:5:8:9:10:5:8 chr19 6156483 . T C 259.47 PASS AF=0.416667;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00360768;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.166;QD=14.4151;RBI=0.00894274;REFB=-0.0209595;REVB=-0.00818274;RO=40;SAF=14;SAR=16;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336858;STB=0.505572;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0274206;OID=.;OPOS=6156483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:40:42:30:30:0.416667:16:14:20:20:16:14:20:22 chr19 6375831 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0644581;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.897;QD=54.5177;RBI=0.066918;REFB=0;REVB=0.0179769;RO=0;SAF=1;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.20334e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352114;OID=.;OPOS=6375831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:24:1:0:0:24:1:0:0 chr19 6376352 . C T 72.02 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=-0.0277231;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=112.024;QD=8.23041;RBI=0.0277649;REFB=-0.0113103;REVB=0.00152335;RO=25;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678729;STB=0.542284;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0231787;OID=.;OPOS=6376352;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:8:2:6:19:8:2:6:19 chr19 6376722 . A G 806.75 PASS AF=0.966667;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0294467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1767;QD=53.7834;RBI=0.0469719;REFB=-0.117168;REVB=-0.0365958;RO=2;SAF=27;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00168586;STB=0.501154;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00848152;OID=.;OPOS=6376722;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:60:2:2:57:58:0.966667:30:27:1:1:31:27:1:1 chr19 6415443 . T C 358.11 PASS AF=1;AO=20;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5374;QD=55.0944;RBI=0.0280896;REFB=0;REVB=-0.0252823;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178547;OID=.;OPOS=6415443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:20:26:1:8:12:0:0:12:14:0:0 chr19 6430106 . C T 214.21 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0290653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.742;QD=45.0963;RBI=0.0292959;REFB=-0.077657;REVB=-0.00366901;RO=1;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0340316;STB=0.518498;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00121472;OID=.;OPOS=6430106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:13:5:0:1:13:5:0:1 chr19 6456019 . T C 72.19 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0653945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7102;QD=36.0974;RBI=0.0739401;REFB=0;REVB=0.0345063;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0332335;OID=.;OPOS=6456019;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr19 6456021 . C A 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0979145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.9083;QD=37.4874;RBI=0.0988678;REFB=0;REVB=0.0136969;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00608835;OID=.;OPOS=6456021;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:3:5:0:0:3:5:0:0 chr19 6458240 . G C 382.78 PASS AF=0.449438;AO=40;DP=89;FAO=40;FDP=89;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=34;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.00494445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5448;QD=17.2037;RBI=0.00561836;REFB=-0.0350282;REVB=-0.00266803;RO=48;SAF=6;SAR=34;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.357489;STB=0.700358;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0380093;OID=.;OPOS=6458240;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:48:49:40:40:0.449438:34:6:20:28:34:6:20:29 chr19 6466481 . CA C,CG 878.13 PASS AF=0.15625,0.828125;AO=10,53;DP=64;FAO=10,53;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=8,30;FSAR=2,23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0255581,0.0169524;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=185.711,203.323;QD=54.8832;RBI=0.026984,0.0195018;REFB=-0.0233904,0.0115401;REVB=-0.00865548,-0.00964031;RO=1;SAF=8,30;SAR=2,23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0526894,-0.0154473;STB=0.529355,0.508194;STBP=0.649,0.522;TYPE=del,snp;VARB=-0.0152402,0.000890029;OID=.,.;OPOS=6466482,6466482;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.15625,0.828125:10,53:64:10,53:64:1:8,30:2,23:1:0:54:1:8,30:2,23:1:0 chr19 6477250 . AGGGGGG AGGGGG,AGGGGGT,AGGGGTC 147.37 PASS AF=0.263158,0.684211,0;AO=4,7,2;DP=20;FAO=5,13,0;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=5,7,0;FSAR=0,6,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0694823,0.000313237,-0.00110808;FXX=0.049975;HRUN=9,9,9;LEN=1,1,2;MLLD=3.6005,209.999,202.044;QD=31.0261;RBI=0.079447,0.00923932,0.00377742;REFB=0.128481,0.063243,0.0591149;REVB=0.0385232,0.00923401,0.00361124;RO=0;SAF=4,4,0;SAR=0,3,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.533282,0.5;STBP=1,0.519,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.123004,0.00262523,0;OID=.,.,.;OPOS=6477251,6477256,6477255;OREF=G,G,GG;OALT=-,T,TC;OMAPALT=AGGGGG,AGGGGGT,AGGGGTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.263158,0.684211,0:4,7,2:20:5,13,0:19:1:5,7,0:0,6,0:1:0:20:0:4,4,0:0,3,2:0:0 chr19 6495736 . A G 62.24 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0448063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1892;QD=35.5639;RBI=0.0664916;REFB=0;REVB=-0.0491277;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00779632;OID=.;OPOS=6495736;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr19 6535080 . T C 2439.59 PASS AF=0.993789;AO=159;DP=160;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=94;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0124789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.314;QD=60.611;RBI=0.0149574;REFB=-0.0533578;REVB=0.0082463;RO=0;SAF=93;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.43809e-08;STB=0.503759;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000108595;OID=.;OPOS=6535080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:160:161:0:1:159:160:0.993789:66:93:0:0:66:94:0:1 chr19 6665020 . T C 651.13 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.113801;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4849;QD=62.0124;RBI=0.113953;REFB=0;REVB=-0.00588173;RO=0;SAF=24;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00209219;OID=.;OPOS=6665020;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:18:24:0:0:18:24:0:0 chr19 6665336 . G A 280.29 PASS AF=0.56;AO=19;DP=47;FAO=28;FDP=50;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0133149;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.595;QD=22.4228;RBI=0.0244836;REFB=-0.0302277;REVB=0.0205465;RO=14;SAF=8;SAR=11;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107503;STB=0.524478;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0279447;OID=.;OPOS=6665336;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:50:14:22:19:28:0.56:11:8:4:10:15:13:9:13 chr19 6669934 . G A 198.87 PASS AF=0.382979;AO=18;DP=48;FAO=18;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.030825;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.432;QD=16.9248;RBI=0.0312125;REFB=-0.0187796;REVB=0.00490314;RO=26;SAF=4;SAR=14;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.356258;STB=0.707617;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.0151462;OID=.;OPOS=6669934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:26:26:18:18:0.382979:14:4:14:12:14:4:14:12 chr19 6677989 . G A 417.76 PASS AF=0.518987;AO=42;DP=78;FAO=41;FDP=79;FR=.;FRO=38;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=0.00178102;FXX=0.048187;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.964;QD=21.1523;RBI=0.00281321;REFB=-0.026314;REVB=-0.00217765;RO=36;SAF=27;SAR=15;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17065;STB=0.605329;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0207863;OID=.;OPOS=6677989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:36:38:42:41:0.518987:15:27:16:20:14:27:17:21 chr19 6679511 . C T 264.05 PASS AF=0.538462;AO=27;DP=50;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0333502;FXX=0.0370302;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5224;QD=20.3117;RBI=0.0347535;REFB=-0.0309383;REVB=-0.00977609;RO=23;SAF=9;SAR=18;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163914;STB=0.58843;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0654027;OID=.;OPOS=6679511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:23:24:27:28:0.538462:18:9:12:11:19:9:12:12 chr19 6696597 . G A 286.62 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.641;QD=52.1123;RBI=0.0162083;REFB=0;REVB=-0.00869361;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.45976e-05;OID=.;OPOS=6696597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr19 6697406 . A G 1381.41 PASS AF=0.988889;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=90;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00864634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.437;QD=61.3959;RBI=0.00895987;REFB=-0.0448742;REVB=-0.00234951;RO=0;SAF=39;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506328;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.000171647;OID=.;OPOS=6697406;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:90:0:1:89:89:0.988889:50:39:0:0:50:39:1:0 chr19 6702157 . C G 642.27 PASS AF=0.942308;AO=48;DP=53;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0282918;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2383;QD=49.4052;RBI=0.141461;REFB=-0.213429;REVB=0.138603;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5294;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00908028;OID=.;OPOS=6702157;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:53:52:0:3:48:49:0.942308:23:25:0:0:24:25:0:3 chr19 6709704 . C T 54.32 PASS AF=0.32;AO=8;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.00114572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.994;QD=8.69105;RBI=0.00967765;REFB=-0.0188289;REVB=-0.00960959;RO=17;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203766;STB=0.627564;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0307255;OID=.;OPOS=6709704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:17:17:8:8:0.32:6:2:7:10:6:2:7:10 chr19 6709848 . C T 107.26 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0470681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.645;QD=22.5808;RBI=0.0470694;REFB=-0.000995199;REVB=0.000349728;RO=7;SAF=2;SAR=10;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124658;STB=0.571299;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.000399711;OID=.;OPOS=6709848;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:10:2:2:5:10:2:2:5 chr19 6713291 . C T 108.77 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.083965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.7144;QD=13.5958;RBI=0.0878258;REFB=0.0246517;REVB=0.0257536;RO=19;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196894;STB=0.615207;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.0335277;OID=.;OPOS=6713291;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:5:8:8:11:5:8:8:11 chr19 6731057 . T C 171.32 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0251859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.1015;QD=18.0332;RBI=0.0287793;REFB=-0.0008294;REVB=-0.0139255;RO=19;SAF=9;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119094;STB=0.552574;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00124877;OID=.;OPOS=6731057;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:20:18:18:0.473684:9:9:7:12:9:9:8:12 chr19 6737481 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0317285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.685;QD=51.1845;RBI=0.0393176;REFB=0;REVB=0.0232202;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000545066;OID=.;OPOS=6737481;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr19 6737509 . G A 230.2 PASS AF=0.95;AO=18;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0500519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.04;QD=46.039;RBI=0.060145;REFB=0.00532933;REVB=0.0333501;RO=1;SAF=6;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704612;STB=0.53842;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.00034726;OID=.;OPOS=6737509;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:20:1:1:18:19:0.95:12:6:1:0:13:6:1:0 chr19 6751279 . A G 540.94 PASS AF=1;AO=33;DP=38;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265444;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.062;QD=60.1046;RBI=0.0265739;REFB=0;REVB=0.00125315;RO=0;SAF=7;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.44409e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000134069;OID=.;OPOS=6751279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:36:0:0:33:36:1:26:7:0:0:27:9:0:0 chr19 6751281 . C T 508.3 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0135141;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=73.6178;QD=56.4779;RBI=0.0136477;REFB=-0.00157339;REVB=-0.00190554;RO=1;SAF=9;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491493;STB=0.5263;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=7.28792e-05;OID=.;OPOS=6751281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:26:9:1:0:26:9:1:0 chr19 6751293 . T G 515.68 PASS AF=0.972973;AO=33;DP=35;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00743586;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.533;QD=55.749;RBI=0.0552634;REFB=-0.0769489;REVB=0.0547608;RO=1;SAF=12;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217319;STB=0.510198;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00100938;OID=.;OPOS=6751293;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:37:1:1:33:36:0.972973:21:12:0:1:24:12:0:1 chr19 6754188 . T C 556.95 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0597671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.569;QD=60.2103;RBI=0.0597974;REFB=0;REVB=-0.00190383;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000386137;OID=.;OPOS=6754188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr19 6755007 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00317829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.632;QD=47.8224;RBI=0.00486501;REFB=0;REVB=0.00368331;RO=0;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.80961e-06;OID=.;OPOS=6755007;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:14:2:0:0:14:2:0:0 chr19 6833777 . A G 438.22 PASS AF=0.478261;AO=44;DP=92;FAO=44;FDP=92;FR=.;FRO=48;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=32;FWDB=-0.0021439;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7613;QD=19.0532;RBI=0.00214911;REFB=-0.0163381;REVB=-0.000149568;RO=47;SAF=24;SAR=20;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208141;STB=0.609327;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0199153;OID=.;OPOS=6833777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:47:48:44:44:0.478261:20:24:15:32:20:24:16:32 chr19 6833989 . G T 56.83 PASS AF=0.4;AO=6;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0051197;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=40.5732;QD=11.3666;RBI=0.195799;REFB=-0.000170971;REVB=-0.195733;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129519;STB=0.59976;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=-0.0193664;OID=.;OPOS=6833989;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:9:12:6:8:0.4:2:4:7:2:4:4:8:4 chr19 6896483 . G A 319.49 PASS AF=0.651163;AO=27;DP=42;FAO=28;FDP=43;FR=.;FRO=15;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0199729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.8859;QD=29.7199;RBI=0.0642452;REFB=-0.0353863;REVB=-0.0610617;RO=15;SAF=17;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0656931;STB=0.540606;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.00855801;OID=.;OPOS=6896483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:15:15:27:28:0.651163:10:17:8:7:10:18:8:7 chr19 6897464 . C G 723.84 PASS AF=0.979592;AO=43;DP=44;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0794671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.049;QD=59.0887;RBI=0.0874572;REFB=-0.155539;REVB=0.0365204;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507933;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00310385;OID=.;OPOS=6897464;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:49:0:1:43:48:0.979592:16:27:0:0:17:31:1:0 chr19 6901891 . G A 1170.44 PASS AF=0.941176;AO=80;DP=85;FAO=80;FDP=85;FR=.;FRO=5;FSAF=46;FSAR=34;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0315278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8855;QD=55.0794;RBI=0.0742682;REFB=-0.0568607;REVB=-0.067244;RO=4;SAF=46;SAR=34;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161619;STB=0.513592;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00619033;OID=.;OPOS=6901891;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:85:85:4:5:80:80:0.941176:34:46:3:1:34:46:4:1 chr19 6903920 . A G 922.94 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00322225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.539;QD=57.6835;RBI=0.00323266;REFB=0;REVB=0.00025919;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012035;OID=.;OPOS=6903920;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:33:30:0:0:33:31:0:0 chr19 6904137 . C T 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.894;QD=63.5804;RBI=0.0385989;REFB=0;REVB=0.00640918;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207084;OID=.;OPOS=6904137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr19 6913811 . A G 792.36 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0229707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1526;QD=56.5971;RBI=0.0270653;REFB=0;REVB=-0.0143135;RO=0;SAF=17;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97918e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54684e-05;OID=.;OPOS=6913811;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:38:17:0:0:38:18:0:0 chr19 6919624 . A C 875.39 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0103177;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0806;QD=57.4023;RBI=0.0113861;REFB=0;REVB=-0.00481544;RO=0;SAF=31;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00021241;OID=.;OPOS=6919624;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:30:31:0:0:30:31:0:0 chr19 6919753 . A G 375.47 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.08;QD=55.6246;RBI=0.0475874;REFB=0;REVB=-0.0113163;RO=0;SAF=6;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015945;OID=.;OPOS=6919753;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:21:6:0:0:21:6:0:0 chr19 6972357 . C T 745.96 PASS AF=1;AO=44;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114895;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.292;QD=62.1634;RBI=0.117664;REFB=0;REVB=0.0253765;RO=1;SAF=18;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025382;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148335;OID=.;OPOS=6972357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:1:0:44:48:1:26:18:1:0:27:21:0:0 chr19 6974556 . C A 146.31 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.000664014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.011;QD=16.7214;RBI=0.0145218;REFB=-0.00712729;REVB=-0.0145067;RO=19;SAF=8;SAR=8;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024879;STB=0.514268;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00783027;OID=.;OPOS=6974556;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:8:8:10:9:8:8:10:9 chr19 7005905 . T A 141.82 PASS AF=1;AO=8;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0667861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5468;QD=43.637;RBI=0.0679743;REFB=0;REVB=-0.0126536;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0142132;OID=.;OPOS=7005905;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:8:13:1:5:3:0:0:9:4:0:0 chr19 7006048 . G A 45.26 PASS AF=0.225806;AO=7;DP=31;FAO=7;FDP=31;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0601051;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.686;QD=5.84011;RBI=0.0624813;REFB=-0.0158144;REVB=0.0170672;RO=23;SAF=3;SAR=4;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209277;STB=0.648245;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.0310232;OID=.;OPOS=7006048;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:31:31:23:24:7:7:0.225806:4:3:14:9:4:3:15:9 chr19 7012781 . T G 48.17 PASS AF=0.466667;AO=7;DP=15;FAO=7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00253515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.112;QD=12.8454;RBI=0.01858;REFB=-0.00358107;REVB=0.0184063;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0639024;STB=0.538351;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0150622;OID=.;OPOS=7012781;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:8:8:7:7:0.466667:4:3:4:4:4:3:4:4 chr19 7075696 . GAGA G 200.39 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=66;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=-0.000878709;FXX=0.0757461;HRUN=1;LEN=3;MLLD=160.205;QD=13.1405;RBI=0.0012971;REFB=-0.0168812;REVB=0.000954118;RO=36;SAF=13;SAR=11;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0437018;STB=0.533488;STBP=0.658;TYPE=del;VARB=0.0247192;OID=.;OPOS=7075697;OREF=AGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.393443:24:66:24:61:37:13:11:18:19:99:36:13:11:18:18 chr19 7076418 . C A 263.48 PASS AF=0.483333;AO=29;DP=60;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.000256573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3535;QD=17.5656;RBI=0.0768208;REFB=-0.0220268;REVB=-0.0768203;RO=31;SAF=13;SAR=16;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150803;STB=0.584417;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0200635;OID=.;OPOS=7076418;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:31:29:29:0.483333:16:13:19:12:16:13:19:12 chr19 7112265 . G A 85.85 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00582165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0693;QD=38.1574;RBI=0.0615231;REFB=0;REVB=-0.061247;RO=0;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000414445;OID=.;OPOS=7112265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:9:0:0:8:9:1:3:5:0:0:3:6:0:0 chr19 7125297 . G A 97.9 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0213965;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7998;QD=13.5034;RBI=0.027228;REFB=-0.0254256;REVB=-0.016839;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201953;STB=0.618844;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0369339;OID=.;OPOS=7125297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:8:4:9:8:8:4:9:8 chr19 7150491 . G A 91.19 PASS AF=0.52381;AO=11;DP=21;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0597332;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3095;QD=17.3697;RBI=0.066649;REFB=-0.0194479;REVB=0.0295641;RO=10;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119431;STB=0.568841;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0563916;OID=.;OPOS=7150491;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:10:10:11:11:0.52381:5:6:4:6:5:6:4:6 chr19 7163065 . G A 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0430153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.0858;QD=13.2126;RBI=0.0442046;REFB=0.00310493;REVB=0.0101847;RO=22;SAF=6;SAR=8;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305179;STB=0.67669;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=-0.00400276;OID=.;OPOS=7163065;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:8:6:16:6:8:6:16:6 chr19 7166376 . C T 164.13 PASS AF=0.372549;AO=19;DP=51;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.00353546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.806;QD=12.8727;RBI=0.0196384;REFB=-0.0132734;REVB=-0.0193176;RO=32;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.303978;STB=0.675877;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.0334294;OID=.;OPOS=7166376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:32:32:19:19:0.372549:7:12:11:21:7:12:11:21 chr19 7184413 . C T 308.57 PASS AF=0.6;AO=27;DP=45;FAO=27;FDP=45;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0433536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.998;QD=27.4283;RBI=0.0433709;REFB=-0.0384062;REVB=0.00122434;RO=17;SAF=12;SAR=15;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141266;STB=0.566453;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0238836;OID=.;OPOS=7184413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:17:18:27:27:0.6:15:12:11:6:15:12:11:7 chr19 7504982 . C T 149.99 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=34;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0198796;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.801;QD=18.181;RBI=0.0350645;REFB=0.0245699;REVB=0.0288846;RO=17;SAF=4;SAR=12;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41661;STB=0.738159;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00222204;OID=.;OPOS=7504982;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:17:17:16:16:0.484848:12:4:12:5:12:4:12:5 chr19 7524855 . C T 307.8 PASS AF=0.43038;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=79;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=0.0578815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1966;QD=15.5847;RBI=0.0841949;REFB=-0.000311839;REVB=0.0611434;RO=45;SAF=15;SAR=19;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930862;STB=0.552542;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.00257807;OID=.;OPOS=7524855;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:45:45:34:34:0.43038:19:15:24:21:19:15:24:21 chr19 7528734 . A G 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8826;QD=51.1828;RBI=0.0899526;REFB=0;REVB=-0.0876069;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.001144;OID=.;OPOS=7528734;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr19 7533767 . T G 305.53 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.842;QD=53.1354;RBI=0.0383383;REFB=0;REVB=0.0357152;RO=0;SAF=6;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102521;OID=.;OPOS=7533767;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:16:6:0:0:17:6:0:0 chr19 7533850 . A G 483.3 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.547;QD=58.5817;RBI=0.0376341;REFB=0;REVB=0.023293;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019871;OID=.;OPOS=7533850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:20:13:0:0:20:13:0:0 chr19 7536859 . G GT 42.66 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=41;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0466288;FXX=0.0249938;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.6249;QD=4.37508;RBI=0.0695133;REFB=-0.0536146;REVB=0.0515543;RO=29;SAF=1;SAR=10;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.53401;STB=0.881661;STBP=0.002;TYPE=ins;VARB=0.077641;OID=.;OPOS=7536860;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:11:41:13:39:26:1:12:14:12:42:29:1:10:13:16 chr19 7538039 . A G 1044.39 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0479836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.383;QD=59.6793;RBI=0.0479913;REFB=0;REVB=0.000863975;RO=0;SAF=31;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.3495e-05;OID=.;OPOS=7538039;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:39:31:0:0:39:31:0:0 chr19 7538117 . A G 708.35 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00254776;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.9474;QD=62.9644;RBI=0.0172993;REFB=0;REVB=0.0171106;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100653;OID=.;OPOS=7538117;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:25:20:0:0:25:20:0:0 chr19 7542118 . G A 65.75 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0277715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.4274;QD=11.4349;RBI=0.0284847;REFB=-0.0121681;REVB=0.00633449;RO=14;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128213;STB=0.576753;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.031494;OID=.;OPOS=7542118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:5:4:8:6:5:4:8:6 chr19 7547074 . A C 140.1 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0024914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=299.67;QD=20.7548;RBI=0.00666387;REFB=-0.0139032;REVB=-0.00618063;RO=12;SAF=8;SAR=7;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28546;STB=0.659998;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.0100592;OID=.;OPOS=7547074;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:7:8:2:10:7:8:2:10 chr19 7550844 . G A 211.7 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=43;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=0.00421779;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=262.081;QD=19.693;RBI=0.0151412;REFB=0.000370198;REVB=-0.0145419;RO=22;SAF=5;SAR=16;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138732;STB=0.577491;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=-0.000248389;OID=.;OPOS=7550844;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:22:22:21:21:0.488372:16:5:3:19:16:5:3:19 chr19 7570978 . T C 190.51 PASS AF=0.352113;AO=23;DP=70;FAO=25;FDP=71;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=-0.128456;FXX=0.0273935;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.7673;QD=10.733;RBI=0.128505;REFB=-0.00489479;REVB=-0.00355461;RO=47;SAF=6;SAR=17;SRF=15;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820068;STB=0.553891;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0133869;OID=.;OPOS=7570978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:47:46:23:25:0.352113:17:6:15:32:19:6:14:32 chr19 7571030 . T A 133.31 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.023946;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.292;QD=11.8499;RBI=0.0241462;REFB=-0.0387502;REVB=0.00310269;RO=28;SAF=3;SAR=13;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199493;STB=0.637544;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0370759;OID=.;OPOS=7571030;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:28:29:16:16:0.355556:13:3:9:19:13:3:10:19 chr19 7593589 . C T 447.65 PASS AF=0.475248;AO=47;DP=100;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.0258642;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.487;QD=17.7288;RBI=0.0268249;REFB=-0.0126635;REVB=0.00711461;RO=52;SAF=27;SAR=20;SRF=22;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142698;STB=0.567339;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0140109;OID=.;OPOS=7593589;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:101:52:53:47:48:0.475248:20:27:22:30:21:27:23:30 chr19 7703605 . C T 726.9 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0306288;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.916;QD=52.8654;RBI=0.0341708;REFB=0.043433;REVB=0.0151498;RO=2;SAF=26;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000646073;STB=0.500343;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=-0.000591895;OID=.;OPOS=7703605;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:53:53:0.963636:27:26:1:1:27:26:1:1 chr19 7705440 . C CTG 80.7 PASS AF=0.714286;AO=8;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00758163;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=170.648;QD=23.0577;RBI=0.0617389;REFB=-0.132604;REVB=0.0612716;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122361;STB=0.666348;STBP=0.083;TYPE=ins;VARB=0.0383086;OID=.;OPOS=7705441;OREF=-;OALT=TG;OMAPALT=CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.714286:8:14:10:14:4:4:6:4:0:21:6:4:4:4:2 chr19 7711221 . T C 1015.04 PASS AF=1;AO=66;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0110718;FXX=0.0285673;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.771;QD=59.7082;RBI=0.0212836;REFB=0;REVB=0.0181771;RO=0;SAF=18;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99443e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.60479e-05;OID=.;OPOS=7711221;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:66:68:1:48:18:0:0:48:20:0:0 chr19 7712277 . A G 1204.07 PASS AF=1;AO=78;DP=79;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.476;QD=60.2033;RBI=0.044112;REFB=0;REVB=0.0219963;RO=1;SAF=43;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108815;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.54166e-05;OID=.;OPOS=7712277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:80:1:0:78:80:1:35:43:1:0:35:45:0:0 chr19 7755056 . G A 117.03 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=28;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.00567778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.801;QD=16.1424;RBI=0.026667;REFB=-0.00149152;REVB=0.0260556;RO=15;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127637;STB=0.551651;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.00238423;OID=.;OPOS=7755056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:15:15:13:14:0.482759:6:7:6:9:7:7:6:9 chr19 7913974 . T C 198.16 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0750002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.708;QD=18.8723;RBI=0.0754515;REFB=-0.00394334;REVB=0.00823986;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110866;STB=0.57136;STBP=0.448;TYPE=snp;VARB=0.00335805;OID=.;OPOS=7913974;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:22:20:20:0.47619:12:8:6:15:12:8:6:16 chr19 7916620 . A G 161.81 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.122491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.979;QD=28.1408;RBI=0.124425;REFB=-0.0230299;REVB=-0.021855;RO=7;SAF=5;SAR=11;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113727;STB=0.56284;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.0115553;OID=.;OPOS=7916620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:7:7:16:16:0.695652:11:5:1:6:11:5:1:6 chr19 7928462 . T C 650.26 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.763;QD=61.9296;RBI=0.0735088;REFB=0;REVB=0.0698629;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000339484;OID=.;OPOS=7928462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:30:12:0:0:30:12:0:0 chr19 7928788 . A C 38.56 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.01519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1364;QD=11.0181;RBI=0.0222994;REFB=0.00622981;REVB=0.0163256;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.585813;STB=0.832221;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=-0.0492264;OID=.;OPOS=7928788;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:7:8:6:6:0.428571:5:1:6:1:5:1:6:2 chr19 7938306 . A AG 206.0 PASS AF=1;AO=14;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0628957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.8631;QD=41.2004;RBI=0.0676881;REFB=0;REVB=0.0250164;RO=5;SAF=13;SAR=1;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.479155;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0008641;OID=.;OPOS=7938307;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:14:21:20:20:0:15:5:0:0:4:5:13:1:2:3 chr19 7963914 . A C 264.84 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0174255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.565;QD=50.4454;RBI=0.023134;REFB=0;REVB=0.0152161;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016725;OID=.;OPOS=7963914;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:19:21:1:16:3:0:0:17:4:0:0 chr19 7968168 . G A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.248;QD=58.5872;RBI=0.0375067;REFB=0;REVB=0.036146;RO=0;SAF=19;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.86766e-05;OID=.;OPOS=7968168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:14:19:0:0:14:19:0:0 chr19 7986638 . C G 246.71 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0208628;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=274.533;QD=46.9919;RBI=0.0212558;REFB=-0.0547081;REVB=0.00406835;RO=1;SAF=7;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.061324;STB=0.533299;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000309626;OID=.;OPOS=7986638;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:21:21:1:1:20:20:0.952381:13:7:1:0:13:7:1:0 chr19 8027942 . G A 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0418243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.539;QD=13.486;RBI=0.0419171;REFB=-0.00354365;REVB=0.0027883;RO=11;SAF=5;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00947861;STB=0.505605;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.00348167;OID=.;OPOS=8027942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:4:5:6:5:4:5:6:5 chr19 8122737 . G A 243.8 PASS AF=0.547619;AO=23;DP=42;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0826113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.4176;QD=23.2194;RBI=0.104439;REFB=-0.0728855;REVB=-0.0638977;RO=17;SAF=16;SAR=7;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0429104;STB=0.506077;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.055776;OID=.;OPOS=8122737;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:17:19:23:23:0.547619:7:16:11:6:7:16:13:6 chr19 8122767 . T C 271.36 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=46;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00504478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.425;QD=23.5966;RBI=0.0792172;REFB=-0.0175894;REVB=-0.0790564;RO=20;SAF=16;SAR=9;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034242;STB=0.510311;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0115437;OID=.;OPOS=8122767;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:20:21:25:25:0.543478:9:16:12:8:9:16:13:8 chr19 8152725 . A G 188.21 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.0193194;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2185;QD=12.7601;RBI=0.02053;REFB=0.00551668;REVB=0.0069458;RO=36;SAF=16;SAR=7;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131519;STB=0.576036;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=-0.0036912;OID=.;OPOS=8152725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:7:16:21:15:7:16:21:15 chr19 8154984 . G A 106.79 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00563389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.854;QD=12.2048;RBI=0.00617615;REFB=-0.00599852;REVB=-0.00253063;RO=21;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147588;STB=0.573876;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.0100653;OID=.;OPOS=8154984;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:22:13:13:0.371429:5:8:10:11:5:8:11:11 chr19 8159362 . G T 246.52 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00180342;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.754;QD=46.9556;RBI=0.0369309;REFB=-0.0569265;REVB=0.0368869;RO=1;SAF=8;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0541413;STB=0.529382;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=0.000385357;OID=.;OPOS=8159362;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:12:8:1:0:12:8:1:0 chr19 8159409 . G T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301414;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.453;QD=51.9167;RBI=0.055238;REFB=0;REVB=0.0462896;RO=0;SAF=5;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384233;OID=.;OPOS=8159409;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:16:5:0:0:16:5:0:0 chr19 8160334 . G A 210.44 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0615437;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.9796;QD=26.305;RBI=0.0662499;REFB=0.00547639;REVB=0.0245238;RO=12;SAF=9;SAR=11;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198661;STB=0.609575;STBP=0.14;TYPE=snp;VARB=-0.000645842;OID=.;OPOS=8160334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:11:9:2:10:11:9:2:10 chr19 8160897 . G C 217.8 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.0288198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.818;QD=16.7535;RBI=0.0432041;REFB=-0.00238184;REVB=0.0321871;RO=27;SAF=13;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0217963;STB=0.503223;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.00468039;OID=.;OPOS=8160897;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:27:28:24:24:0.461538:11:13:14:13:11:13:15:13 chr19 8165868 . G A 289.33 PASS AF=0.545455;AO=30;DP=56;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0175005;FXX=0.017854;HRUN=4;LEN=1;MLLD=234.516;QD=21.0418;RBI=0.0189864;REFB=-0.0182795;REVB=-0.00736307;RO=24;SAF=7;SAR=23;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104574;STB=0.551964;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0145766;OID=.;OPOS=8165868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:24:25:30:30:0.545455:23:7:8:16:23:7:8:17 chr19 8176569 . G A 45.27 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=14;FWDB=-0.0430412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.7078;QD=8.23164;RBI=0.0593536;REFB=-0.00634444;REVB=0.0408694;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.466013;STB=0.770919;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0102478;OID=.;OPOS=8176569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:4:3:1:14:4:3:1:14 chr19 8176640 . C T 41.44 PASS AF=0.35;AO=6;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=0.0428526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.7807;QD=8.28802;RBI=0.0568486;REFB=-0.00220298;REVB=0.0373553;RO=12;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.470497;STB=0.799398;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0231103;OID=.;OPOS=8176640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:20:20:12:13:6:7:0.35:3:3:1:11:3:4:1:12 chr19 8176919 . C T 504.38 PASS AF=0.840909;AO=37;DP=44;FAO=37;FDP=44;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0204274;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=189.127;QD=45.8525;RBI=0.0292996;REFB=-0.0988632;REVB=0.0210046;RO=3;SAF=18;SAR=19;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.071875;STB=0.536177;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00189458;OID=.;OPOS=8176919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:44:44:3:7:37:37:0.840909:19:18:3:0:19:18:5:2 chr19 8176945 . T C 104.82 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0282537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.177;QD=10.7506;RBI=0.0395815;REFB=-0.00739758;REVB=0.0277204;RO=26;SAF=6;SAR=7;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0855449;STB=0.551103;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.020108;OID=.;OPOS=8176945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:26:26:13:13:0.333333:7:6:14:12:7:6:14:12 chr19 8183871 . G A 63.01 PASS AF=0.3;AO=9;DP=30;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=-0.00948387;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.817;QD=8.40102;RBI=0.0178136;REFB=-0.00745184;REVB=-0.0150791;RO=21;SAF=2;SAR=7;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145832;STB=0.588062;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0276871;OID=.;OPOS=8183871;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:30:30:21:21:9:9:0.3:7:2:3:18:7:2:3:18 chr19 8188812 . C T 218.9 PASS AF=0.412698;AO=25;DP=62;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=0.0288435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.213;QD=13.8981;RBI=0.0288685;REFB=-0.0216435;REVB=0.00120042;RO=37;SAF=13;SAR=12;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106899;STB=0.549468;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0245966;OID=.;OPOS=8188812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:37:37:25:26:0.412698:12:13:23:14:12:14:23:14 chr19 8191184 . C T 90.87 PASS AF=0.52381;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0307952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.3277;QD=17.3093;RBI=0.0336872;REFB=-0.0705171;REVB=0.0136558;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318185;STB=0.516099;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0600318;OID=.;OPOS=8191184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:19:21:9:10:10:11:0.52381:3:7:6:3:3:8:7:3 chr19 8191238 . C T 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00619057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.4544;QD=49.5961;RBI=0.0237492;REFB=0;REVB=0.0229282;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250636;OID=.;OPOS=8191238;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr19 8191248 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0156728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.686;QD=49.5992;RBI=0.0202232;REFB=0;REVB=0.0127805;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128665;OID=.;OPOS=8191248;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chr19 8196444 . C T 541.8 PASS AF=1;AO=25;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0194145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.824;QD=60.2;RBI=0.0639597;REFB=0;REVB=0.060942;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000461568;OID=.;OPOS=8196444;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:25:36:1:11:14:0:0:18:18:0:0 chr19 8203328 . G A 320.82 PASS AF=0.55;AO=33;DP=60;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=-0.0144242;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.79;QD=21.3877;RBI=0.03127;REFB=-0.0148627;REVB=-0.0277444;RO=27;SAF=23;SAR=10;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30297;STB=0.667946;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0154469;OID=.;OPOS=8203328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:27:27:33:33:0.55:10:23:9:18:10:23:9:18 chr19 8321946 . T C 236.96 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0206177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.011;QD=19.7466;RBI=0.0270345;REFB=-0.0427896;REVB=-0.0174863;RO=24;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0197085;STB=0.52172;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0492045;OID=.;OPOS=8321946;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:24:25:23:23:0.479167:12:11:12:12:12:11:13:12 chr19 8326904 . G A 345.05 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0135916;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.176;QD=51.1186;RBI=0.0336478;REFB=-0.180851;REVB=0.0307805;RO=1;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403563;STB=0.521722;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00247273;OID=.;OPOS=8326904;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:11:15:0:1:11:15:0:1 chr19 8367033 . T C 255.9 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0648479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.9908;QD=51.1807;RBI=0.0649017;REFB=0;REVB=-0.00264173;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127419;OID=.;OPOS=8367033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:15:5:0:0:15:5:0:0 chr19 8402663 . CT C 47.37 PASS AF=0.472222;AO=16;DP=35;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0479701;FXX=0.0270197;HRUN=5;LEN=1;MLLD=8.24426;QD=5.26313;RBI=0.156207;REFB=-0.13867;REVB=-0.148659;RO=15;SAF=15;SAR=1;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.610899;STB=0.742227;STBP=0.033;TYPE=del;VARB=0.119421;OID=.;OPOS=8402664;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.472222:16:35:17:36:19:15:2:11:8:47:15:15:1:7:8 chr19 8454236 . A G 416.71 PASS AF=0.597015;AO=39;DP=66;FAO=40;FDP=67;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=22;FWDB=0.0492114;FXX=0.0147037;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.196;QD=24.8779;RBI=0.0547503;REFB=-0.0359951;REVB=-0.0239965;RO=27;SAF=21;SAR=18;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260524;STB=0.644149;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0218686;OID=.;OPOS=8454236;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:27:27:39:40:0.597015:18:21:5:22:18:22:5:22 chr19 8468337 . C T 198.7 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0899704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0455;QD=19.3852;RBI=0.0980212;REFB=0.021716;REVB=0.0389035;RO=21;SAF=11;SAR=9;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0636185;STB=0.535945;STBP=0.66;TYPE=snp;VARB=-0.0156979;OID=.;OPOS=8468337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:9:11:13:8:9:11:13:8 chr19 8486884 . G A 621.47 PASS AF=0.658537;AO=54;DP=82;FAO=54;FDP=82;FR=.;FRO=28;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.00296587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.763;QD=30.3154;RBI=0.0143402;REFB=-0.0349129;REVB=0.0140301;RO=23;SAF=24;SAR=30;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00541625;STB=0.519119;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.0210045;OID=.;OPOS=8486884;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:23:28:54:54:0.658537:30:24:10:13:30:24:14:14 chr19 8503864 . AC A 190.14 PASS AF=0.627907;AO=23;DP=40;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.085334;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=21.0157;QD=17.6872;RBI=0.0873971;REFB=-0.0175458;REVB=-0.0188777;RO=14;SAF=4;SAR=19;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0.308176;SSSB=-0.298993;STB=0.608202;STBP=0.066;TYPE=del;VARB=0.00464337;OID=.;OPOS=8503865;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.627907:23:40:27:43:16:8:19:9:7:78:14:4:19:7:7 chr19 8553630 . C G,T 1183.57 PASS AF=0.0506329,0.949367;AO=5,74;DP=79;FAO=4,75;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=4,22;FSAR=0,53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000543538,0.0148692;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=134.937,119.475;QD=59.9274;RBI=0.0068645,0.0212616;REFB=0,0;REVB=-0.00684295,0.0151975;RO=0;SAF=4,22;SAR=1,52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.53902e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0468326,-0.00106718;OID=.,.;OPOS=8553630,8553630;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:79:79:0:0:5,74:4,75:0.0506329,0.949367:1,52:4,22:0:0:0,53:4,22:0:0 chr19 8564523 . T G 160.86 PASS AF=0.695652;AO=16;DP=23;FAO=16;FDP=23;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0314037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.3215;QD=27.9751;RBI=0.0945682;REFB=0.00853188;REVB=-0.0892018;RO=6;SAF=8;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521712;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=-0.0240954;OID=.;OPOS=8564523;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:23:23:6:7:16:16:0.695652:8:8:3:3:8:8:4:3 chr19 8567475 . T C 265.15 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.00999148;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.127;QD=17.9761;RBI=0.0260549;REFB=-0.0159015;REVB=0.024063;RO=24;SAF=9;SAR=20;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233549;STB=0.652066;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0240677;OID=.;OPOS=8567475;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:30:29:29:0.491525:20:9:14:10:20:9:18:12 chr19 8567500 . G A 267.34 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0182143;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.2837;QD=21.8235;RBI=0.0186077;REFB=0.0205795;REVB=0.00380605;RO=24;SAF=6;SAR=19;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361174;STB=0.703531;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.0187286;OID=.;OPOS=8567500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:19:6:15:9:19:6:15:9 chr19 8578000 . G A 303.48 PASS AF=0.563636;AO=31;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0211321;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.162;QD=22.0716;RBI=0.0224883;REFB=-0.0201335;REVB=0.0076916;RO=24;SAF=17;SAR=14;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00534757;STB=0.502957;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0183812;OID=.;OPOS=8578000;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:24:24:31:31:0.563636:14:17:13:11:14:17:13:11 chr19 8578035 . T C 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.021893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.894;QD=18.1185;RBI=0.0319894;REFB=-0.0188229;REVB=0.0233242;RO=19;SAF=11;SAR=7;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178792;STB=0.579534;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0121916;OID=.;OPOS=8578035;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:19:20:18:18:0.473684:7:11:15:4:7:11:15:5 chr19 8578118 . A G 198.1 PASS AF=0.357143;AO=25;DP=70;FAO=25;FDP=70;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=27;FSRR=18;FWDB=0.0231884;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1245;QD=11.3199;RBI=0.0733732;REFB=-0.000874306;REVB=-0.0696126;RO=43;SAF=15;SAR=10;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00530875;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148707;OID=.;OPOS=8578118;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:43:45:25:25:0.357143:10:15:26:17:10:15:27:18 chr19 8578199 . T C 299.05 PASS AF=0.452055;AO=32;DP=74;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=0.00892239;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.938;QD=16.3861;RBI=0.0179173;REFB=-0.0153573;REVB=0.0155377;RO=39;SAF=17;SAR=15;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0575766;STB=0.532869;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00846502;OID=.;OPOS=8578199;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:39:40:32:33:0.452055:15:17:23:16:16:17:23:17 chr19 8612914 . G A 191.12 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=27;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=-0.0682476;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.71;QD=29.4026;RBI=0.0829446;REFB=-0.0421928;REVB=0.0471389;RO=8;SAF=1;SAR=17;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153335;STB=0.586096;STBP=0.53;TYPE=snp;VARB=0.00943028;OID=.;OPOS=8612914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:27:26:8:8:18:18:0.692308:17:1:1:7:17:1:1:7 chr19 8645785 . CA C,CC 709.65 PASS AF=0.0652174,0.934783;AO=8,38;DP=46;FAO=3,43;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=3,21;FSAR=0,22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253749,0.0339826;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=185.172,202.942;QD=61.7089;RBI=0.0370029,0.0457802;REFB=0,0;REVB=0.0269319,0.030676;RO=0;SAF=7,17;SAR=1,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.78849e-08,3.53998e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0293237,-0.00142653;OID=.,.;OPOS=8645786,8645786;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0652174,0.934783:8,38:46:3,43:46:0:3,21:0,22:0:0:12:0:7,17:1,21:0:0 chr19 8651562 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.021184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.442;QD=45.8068;RBI=0.0217499;REFB=0;REVB=-0.0049288;RO=0;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.01311e-05;OID=.;OPOS=8651562;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:11:3:0:0:11:3:0:0 chr19 8669931 . G C 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0314526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.587;QD=56.9996;RBI=0.052645;REFB=0;REVB=0.0422165;RO=0;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000147301;OID=.;OPOS=8669931;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:27:27:0:0:27:27:0:0 chr19 8808373 . G T 1008.08 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0797008;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.041;QD=59.2986;RBI=0.123976;REFB=0;REVB=0.0949625;RO=0;SAF=29;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00156825;OID=.;OPOS=8808373;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:68:0:0:67:68:1:38:29:0:0:39:29:0:0 chr19 8808900 . A G 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.78;QD=37.4883;RBI=0.166952;REFB=0;REVB=-0.165029;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00242325;OID=.;OPOS=8808900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr19 8808942 . A G 101.89 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0281449;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.0473;QD=40.7582;RBI=0.0789644;REFB=0;REVB=-0.0737783;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00628752;OID=.;OPOS=8808942;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr19 8953801 . T C 624.24 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0027408;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.6683;QD=60.9013;RBI=0.0034728;REFB=0;REVB=-0.00213269;RO=1;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022873;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55186e-05;OID=.;OPOS=8953801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:1:0:40:41:1:20:20:0:1:21:20:0:0 chr19 8953922 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0514363;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.5211;QD=53.2761;RBI=0.053907;REFB=0;REVB=-0.0161329;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000552781;OID=.;OPOS=8953922;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chr19 8961981 . C G 1558.49 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=107;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0139472;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8952;QD=58.8109;RBI=0.0605918;REFB=-0.0157369;REVB=0.0589648;RO=0;SAF=61;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505617;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000470979;OID=.;OPOS=8961981;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:106:0:1:105:105:0.990566:44:61:0:0:44:61:0:1 chr19 8982271 . G A 150.3 PASS AF=0.346939;AO=17;DP=49;FAO=17;FDP=49;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=0.040203;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.8911;QD=12.2693;RBI=0.0706118;REFB=-0.0151358;REVB=0.0580495;RO=32;SAF=13;SAR=4;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223477;STB=0.633068;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.0306671;OID=.;OPOS=8982271;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:32:32:17:17:0.346939:4:13:19:13:4:13:19:13 chr19 8987218 . G T 192.91 PASS AF=0.273684;AO=26;DP=95;FAO=26;FDP=95;FR=.;FRO=69;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=35;FSRR=34;FWDB=0.000752914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.483;QD=8.12251;RBI=0.0198125;REFB=-0.0186309;REVB=0.0197982;RO=68;SAF=9;SAR=17;SRF=35;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.207528;STB=0.619625;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0452929;OID=.;OPOS=8987218;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:68:69:26:26:0.273684:17:9:35:33:17:9:35:34 chr19 8999438 . A T 37.8 PASS AF=0.111111;AO=9;DP=73;FAO=8;FDP=72;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=38;FSRR=26;FWDB=-0.031781;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8251;QD=2.10025;RBI=0.0589456;REFB=-0.00255702;REVB=-0.0496443;RO=63;SAF=6;SAR=3;SRF=38;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.081895;STB=0.655833;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0293389;OID=.;OPOS=8999438;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:73:72:63:64:9:8:0.111111:3:6:38:25:2:6:38:26 chr19 8999445 . C T 396.4 PASS AF=0.555556;AO=39;DP=71;FAO=40;FDP=72;FR=.;FRO=32;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=-0.0190378;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.243;QD=22.0223;RBI=0.0271274;REFB=-0.0286776;REVB=0.019325;RO=29;SAF=21;SAR=18;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0919006;STB=0.572896;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.0224675;OID=.;OPOS=8999445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:29:32:39:40:0.555556:18:21:19:10:19:21:22:10 chr19 8999453 . C T 151.18 PASS AF=0.291667;AO=20;DP=70;FAO=21;FDP=72;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=23;FWDB=-0.0225842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.927;QD=8.39872;RBI=0.0229891;REFB=-0.00848346;REVB=0.0042957;RO=49;SAF=14;SAR=6;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213222;STB=0.588149;STBP=0.323;TYPE=snp;VARB=0.0262275;OID=.;OPOS=8999453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:49:51:20:21:0.291667:6:14:26:23:7:14:28:23 chr19 8999474 . T C 37.41 PASS AF=0.114286;AO=8;DP=70;FAO=8;FDP=70;FR=.;FRO=62;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=39;FSRR=23;FWDB=-0.0530894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.144;QD=2.13771;RBI=0.0546069;REFB=-0.00315424;REVB=-0.0127839;RO=60;SAF=1;SAR=7;SRF=37;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.553178;STB=0.902335;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0508016;OID=.;OPOS=8999474;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:70:70:60:62:8:8:0.114286:7:1:37:23:7:1:39:23 chr19 8999478 . T C 31.81 PASS AF=0.102941;AO=7;DP=68;FAO=7;FDP=68;FR=.;FRO=61;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=35;FSRR=26;FWDB=-0.030454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.211;QD=1.87098;RBI=0.0305318;REFB=-0.00925789;REVB=-0.00217756;RO=60;SAF=4;SAR=3;SRF=34;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00560777;STB=0.50214;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0721464;OID=.;OPOS=8999478;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:68:68:60:61:7:7:0.102941:3:4:34:26:3:4:35:26 chr19 9001822 . A G 119.53 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0121164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.881;QD=13.6607;RBI=0.0171601;REFB=-0.00940827;REVB=0.0121516;RO=20;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203328;STB=0.6284;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.0146645;OID=.;OPOS=9001822;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:21:14:14:0.4:7:7:14:6:7:7:15:6 chr19 9001833 . A G 131.29 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.00758511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.151;QD=14.193;RBI=0.012431;REFB=-0.00347377;REVB=0.00984867;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204049;STB=0.617501;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00540891;OID=.;OPOS=9001833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:7:8:16:6:7:8:16:6 chr19 9001835 . G A 131.31 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0102365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.672;QD=14.1953;RBI=0.0327176;REFB=-0.00673211;REVB=-0.031075;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204049;STB=0.617501;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.016268;OID=.;OPOS=9001835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:7:8:16:6:7:8:16:6 chr19 9002504 . T C 63.55 PASS AF=0.134021;AO=13;DP=97;FAO=13;FDP=97;FR=.;FRO=84;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=-0.0236762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.9101;QD=2.62063;RBI=0.0304959;REFB=0.00445228;REVB=-0.0192208;RO=84;SAF=7;SAR=6;SRF=46;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114025;STB=0.507975;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=-0.0341294;OID=.;OPOS=9002504;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:97:97:84:84:13:13:0.134021:6:7:46:38:6:7:46:38 chr19 9002519 . G C 52.17 PASS AF=0.122449;AO=9;DP=95;FAO=12;FDP=98;FR=.;FRO=86;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=44;FSRR=42;FWDB=-0.0122202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.151;QD=2.12924;RBI=0.0365372;REFB=-0.00953113;REVB=0.034433;RO=83;SAF=3;SAR=6;SRF=41;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188321;STB=0.510187;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.0970028;OID=.;OPOS=9002519;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:95:98:83:86:9:12:0.122449:6:3:41:42:6:6:44:42 chr19 9002576 . T C 47.06 PASS AF=0.11;AO=11;DP=100;FAO=11;FDP=100;FR=.;FRO=89;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=43;FSRR=46;FWDB=-0.059929;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.3468;QD=1.88249;RBI=0.0746643;REFB=0.00377103;REVB=-0.0445341;RO=88;SAF=5;SAR=6;SRF=43;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0409592;STB=0.525501;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.0464494;OID=.;OPOS=9002576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:100:100:88:89:11:11:0.11:6:5:43:45:6:5:43:46 chr19 9003615 . C T 431.94 PASS AF=0.453608;AO=44;DP=97;FAO=44;FDP=97;FR=.;FRO=53;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=33;FWDB=-0.0524663;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9004;QD=17.8121;RBI=0.0598246;REFB=-0.0422709;REVB=-0.028745;RO=53;SAF=16;SAR=28;SRF=20;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.014412;STB=0.508061;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.0493525;OID=.;OPOS=9003615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:53:44:44:0.453608:28:16:20:33:28:16:20:33 chr19 9003618 . C T 520.31 PASS AF=0.519608;AO=53;DP=101;FAO=53;FDP=102;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=16;FSRR=33;FWDB=0.00198964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.569;QD=20.4043;RBI=0.0278057;REFB=-0.0203002;REVB=-0.0277344;RO=48;SAF=20;SAR=33;SRF=16;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409006;STB=0.526306;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.0103279;OID=.;OPOS=9003618;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:102:48:49:53:53:0.519608:33:20:16:32:33:20:16:33 chr19 9003640 . G T 525.29 PASS AF=0.526316;AO=49;DP=94;FAO=50;FDP=95;FR=.;FRO=45;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.00804122;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.981;QD=22.1174;RBI=0.0225227;REFB=-0.0170759;REVB=0.0210383;RO=45;SAF=16;SAR=33;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703538;STB=0.542197;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0258686;OID=.;OPOS=9003640;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:45:45:49:50:0.526316:33:16:18:27:34:16:18:27 chr19 9003645 . G A 410.53 PASS AF=0.452632;AO=42;DP=94;FAO=43;FDP=95;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=-0.0378312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.6438;QD=17.2856;RBI=0.0396426;REFB=-0.0182894;REVB=0.0118462;RO=52;SAF=14;SAR=28;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00713827;STB=0.513302;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0338441;OID=.;OPOS=9003645;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:95:52:52:42:43:0.452632:28:14:17:35:28:15:17:35 chr19 9005605 . A T 31.48 PASS AF=0.113208;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=53;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0943701;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.4888;QD=2.37578;RBI=0.0953086;REFB=0.000284206;REVB=0.0133425;RO=46;SAF=2;SAR=4;SRF=21;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147108;STB=0.622957;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=-0.016124;OID=.;OPOS=9005605;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:53:53:46:47:6:6:0.113208:4:2:21:25:4:2:22:25 chr19 9005616 . G T 30.72 PASS AF=0.109091;AO=6;DP=53;FAO=6;FDP=55;FR=.;FRO=49;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0184425;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.9521;QD=2.23403;RBI=0.0465602;REFB=0.00250022;REVB=-0.0427519;RO=47;SAF=2;SAR=4;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182767;STB=0.624575;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=-0.0311331;OID=.;OPOS=9005616;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:53:55:47:49:6:6:0.109091:4:2:23:24:4:2:23:26 chr19 9005719 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0109414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.5855;QD=56.1909;RBI=0.0246175;REFB=0;REVB=-0.0220524;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000422563;OID=.;OPOS=9005719;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr19 9006370 . A G 58.47 PASS AF=0.169492;AO=10;DP=59;FAO=10;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=-0.0163479;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.385;QD=3.96376;RBI=0.0253781;REFB=-0.0087452;REVB=-0.0194112;RO=48;SAF=3;SAR=7;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251823;STB=0.662823;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0497922;OID=.;OPOS=9006370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:59:59:48:49:10:10:0.169492:7:3:24:24:7:3:24:25 chr19 9006415 . TT CA 53.24 PASS AF=0.160714;AO=9;DP=56;FAO=9;FDP=56;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.00210122;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=179.072;QD=3.80252;RBI=0.0238476;REFB=-0.0106537;REVB=-0.0237549;RO=46;SAF=3;SAR=6;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0765108;STB=0.545351;STBP=0.775;TYPE=mnp;VARB=0.0676931;OID=.;OPOS=9006415;OREF=TT;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:56:56:46:47:9:9:0.160714:6:3:18:28:6:3:18:29 chr19 9006418 . G A 45.88 PASS AF=0.145455;AO=8;DP=55;FAO=8;FDP=55;FR=.;FRO=47;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.0067492;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=268.778;QD=3.33644;RBI=0.0260814;REFB=-0.00763792;REVB=-0.025193;RO=46;SAF=3;SAR=5;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00704336;STB=0.512165;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0522659;OID=.;OPOS=9006418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:55:55:46:47:8:8:0.145455:5:3:17:29:5:3:17:30 chr19 9012840 . G A 36.56 PASS AF=0.0742857;AO=13;DP=175;FAO=13;FDP=175;FR=.;FRO=162;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=62;FSRR=100;FWDB=-0.00613601;FXX=0.0056815;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.041;QD=0.835684;RBI=0.0104334;REFB=-0.00384523;REVB=-0.00843828;RO=160;SAF=2;SAR=11;SRF=61;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.294058;STB=0.759804;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0598278;OID=.;OPOS=9012840;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:175:175:160:162:13:13:0.0742857:11:2:61:99:11:2:62:100 chr19 9014551 . T C 330.85 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=-0.0139437;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.4032;QD=15.9444;RBI=0.017826;REFB=0.00642883;REVB=-0.0111058;RO=47;SAF=13;SAR=23;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276064;STB=0.655316;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0107654;OID=.;OPOS=9014551;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:47:36:36:0.433735:23:13:30:17:23:13:30:17 chr19 9014569 . A G 256.1 PASS AF=0.416667;AO=28;DP=70;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=16;FWDB=-0.010173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.602;QD=14.2279;RBI=0.0115459;REFB=-0.0118216;REVB=0.00546063;RO=39;SAF=11;SAR=17;SRF=23;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200944;STB=0.607073;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0132687;OID=.;OPOS=9014569;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:39:42:28:30:0.416667:17:11:23:16:17:13:26:16 chr19 9019605 . C G 641.07 PASS AF=0.528455;AO=63;DP=122;FAO=65;FDP=123;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=38;FSRF=26;FSRR=32;FWDB=0.0104524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.954;QD=20.8478;RBI=0.0153402;REFB=-0.0401474;REVB=-0.0112281;RO=57;SAF=25;SAR=38;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.052845;STB=0.515876;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0354073;OID=.;OPOS=9019605;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:123:57:58:63:65:0.528455:38:25:26:31:38:27:26:32 chr19 9020153 . CA TG 165.71 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0132184;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=2;MLLD=276.251;QD=20.7133;RBI=0.0153728;REFB=-0.0189723;REVB=0.0078484;RO=15;SAF=6;SAR=11;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208164;STB=0.617837;STBP=0.173;TYPE=mnp;VARB=0.0188669;OID=.;OPOS=9020153;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:15:15:17:17:0.53125:11:6:9:6:11:6:9:6 chr19 9024994 . C T 200.17 PASS AF=0.606061;AO=19;DP=32;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00582349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.04;QD=24.2626;RBI=0.0159288;REFB=-0.00993727;REVB=0.0148261;RO=13;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.065238;STB=0.545409;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00632962;OID=.;OPOS=9024994;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:13:13:19:20:0.606061:9:10:8:5:10:10:8:5 chr19 9028373 . G A 490.4 PASS AF=0.52809;AO=46;DP=88;FAO=47;FDP=89;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=0.00999616;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3666;QD=22.0402;RBI=0.0218666;REFB=-0.012076;REVB=0.019448;RO=41;SAF=21;SAR=25;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191744;STB=0.603936;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00737769;OID=.;OPOS=9028373;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:41:42:46:47:0.52809:25:21:28:13:25:22:29:13 chr19 9046876 . G T 443.95 PASS AF=0.573333;AO=41;DP=74;FAO=43;FDP=75;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=28;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=-0.00886464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6388;QD=23.6773;RBI=0.0223098;REFB=-0.0238701;REVB=0.020473;RO=33;SAF=14;SAR=27;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00733788;STB=0.502391;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0133591;OID=.;OPOS=9046876;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:33:32:41:43:0.573333:27:14:11:22:28:15:11:21 chr19 9048320 . C T 302.6 PASS AF=0.684211;AO=26;DP=38;FAO=26;FDP=38;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0155664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.971;QD=31.8521;RBI=0.0203525;REFB=0.00610914;REVB=-0.0131115;RO=12;SAF=8;SAR=18;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0712732;STB=0.53914;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.00384693;OID=.;OPOS=9048320;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:12:12:26:26:0.684211:18:8:5:7:18:8:5:7 chr19 9048421 . T C 230.8 PASS AF=0.833333;AO=20;DP=24;FAO=20;FDP=24;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.108527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.711;QD=38.4673;RBI=0.109047;REFB=0.0080965;REVB=0.0106375;RO=4;SAF=4;SAR=16;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0234303;STB=0.512807;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=-0.00131479;OID=.;OPOS=9048421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:24:24:4:4:20:20:0.833333:16:4:1:3:16:4:1:3 chr19 9049339 . C G 790.47 PASS AF=0.535714;AO=75;DP=140;FAO=75;FDP=140;FR=.;FRO=65;FSAF=27;FSAR=48;FSRF=27;FSRR=38;FWDB=-0.0146558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.586;QD=22.5848;RBI=0.01521;REFB=-0.00400859;REVB=-0.00406835;RO=65;SAF=27;SAR=48;SRF=27;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0500899;STB=0.527465;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00478529;OID=.;OPOS=9049339;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:140:65:65:75:75:0.535714:48:27:27:38:48:27:27:38 chr19 9049910 . C T 451.8 PASS AF=0.473684;AO=45;DP=96;FAO=45;FDP=95;FR=.;FRO=50;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=0.026619;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.527;QD=19.023;RBI=0.0278599;REFB=-0.0212664;REVB=-0.00822193;RO=48;SAF=23;SAR=22;SRF=21;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682818;STB=0.547854;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0156862;OID=.;OPOS=9049910;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:95:48:50:45:45:0.473684:22:23:21:27:22:23:21:29 chr19 9056989 . C G 175.5 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=3;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.0162339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1991;QD=13.7643;RBI=0.0173268;REFB=-0.0169392;REVB=0.00605609;RO=30;SAF=3;SAR=17;SRF=6;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0933658;STB=0.580117;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0367145;OID=.;OPOS=9056989;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:31:20:20:0.392157:17:3:6:24:17:3:7:24 chr19 9057408 . A G 401.53 PASS AF=0.482353;AO=41;DP=85;FAO=41;FDP=85;FR=.;FRO=44;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=0.0209385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.325;QD=18.8954;RBI=0.0209588;REFB=-0.00728569;REVB=0.000921918;RO=44;SAF=16;SAR=25;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00379267;STB=0.502111;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.00984329;OID=.;OPOS=9057408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:44:44:41:41:0.482353:25:16:17:27:25:16:17:27 chr19 9057687 . A G 352.16 PASS AF=0.529412;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=68;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.0160595;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.963;QD=20.715;RBI=0.0299524;REFB=-0.00095867;REVB=-0.0252832;RO=32;SAF=10;SAR=26;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235703;STB=0.631218;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.000553974;OID=.;OPOS=9057687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:32:32:36:36:0.529412:26:10:17:15:26:10:17:15 chr19 9057721 . C T 208.1 PASS AF=0.45283;AO=23;DP=52;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0104082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.659;QD=15.7058;RBI=0.04738;REFB=-0.0206099;REVB=-0.0462226;RO=29;SAF=8;SAR=15;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138404;STB=0.560924;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0296042;OID=.;OPOS=9057721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:29:29:23:24:0.45283:15:8:14:15:15:9:14:15 chr19 9058624 . G A 385.62 PASS AF=0.414141;AO=41;DP=99;FAO=41;FDP=99;FR=.;FRO=58;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=37;FWDB=-0.0154923;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.5801;QD=15.5805;RBI=0.0689799;REFB=-0.0139725;REVB=0.0672177;RO=58;SAF=22;SAR=19;SRF=21;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179857;STB=0.601221;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.023783;OID=.;OPOS=9058624;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:58:58:41:41:0.414141:19:22:21:37:19:22:21:37 chr19 9058942 . C T 242.11 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0439603;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.779;QD=22.0096;RBI=0.0442158;REFB=-0.022119;REVB=-0.00474682;RO=21;SAF=9;SAR=14;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.154712;STB=0.58675;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0136527;OID=.;OPOS=9058942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:21:21:23:23:0.522727:14:9:12:9:14:9:12:9 chr19 9059808 . A G 233.34 PASS AF=0.329545;AO=29;DP=88;FAO=29;FDP=88;FR=.;FRO=59;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=24;FSRR=35;FWDB=0.00056061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.642;QD=10.6065;RBI=0.00236883;REFB=-0.00910503;REVB=-0.00230153;RO=56;SAF=20;SAR=9;SRF=24;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299785;STB=0.689524;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.0203335;OID=.;OPOS=9059808;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:56:59:29:29:0.329545:9:20:24:32:9:20:24:35 chr19 9060085 . C T 330.94 PASS AF=0.423529;AO=36;DP=85;FAO=36;FDP=85;FR=.;FRO=49;FSAF=7;FSAR=29;FSRF=18;FSRR=31;FWDB=-0.0161775;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.177;QD=15.5737;RBI=0.0165917;REFB=-0.0122605;REVB=-0.00368398;RO=49;SAF=7;SAR=29;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.232838;STB=0.633106;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0171928;OID=.;OPOS=9060085;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:49:49:36:36:0.423529:29:7:18:31:29:7:18:31 chr19 9060541 . C T 366.15 PASS AF=0.535211;AO=36;DP=70;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.0164208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.855;QD=20.6282;RBI=0.0316099;REFB=-0.0204205;REVB=-0.0270101;RO=32;SAF=16;SAR=20;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0602259;STB=0.525232;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0412364;OID=.;OPOS=9060541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:71:32:33:36:38:0.535211:20:16:12:20:21:17:13:20 chr19 9060572 . G A 338.14 PASS AF=0.440476;AO=36;DP=85;FAO=37;FDP=84;FR=.;FRO=47;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00975858;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.106;QD=16.1019;RBI=0.0150736;REFB=-0.0211684;REVB=0.0114883;RO=43;SAF=14;SAR=22;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187218;STB=0.57139;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0273456;OID=.;OPOS=9060572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:43:47:36:37:0.440476:22:14:25:18:22:15:25:22 chr19 9060605 . G A 432.23 PASS AF=0.505882;AO=43;DP=86;FAO=43;FDP=85;FR=.;FRO=42;FSAF=29;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00528654;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.805;QD=20.3404;RBI=0.0179904;REFB=-0.00552141;REVB=0.0171962;RO=42;SAF=29;SAR=14;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165145;STB=0.591793;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.00424829;OID=.;OPOS=9060605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:85:42:42:43:43:0.505882:14:29:21:21:14:29:21:21 chr19 9060812 . T C 250.67 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0382788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.469;QD=20.463;RBI=0.0395666;REFB=-0.0304506;REVB=0.0100125;RO=25;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0945389;STB=0.55322;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0296628;OID=.;OPOS=9060812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:14:10:13:12:14:10:13:12 chr19 9061559 . C G 277.59 PASS AF=0.449275;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=69;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=-0.00260454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.272;QD=16.0921;RBI=0.00369857;REFB=-0.0115648;REVB=0.00262598;RO=38;SAF=10;SAR=21;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157639;STB=0.589119;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00932197;OID=.;OPOS=9061559;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:38:31:31:0.449275:21:10:18:20:21:10:18:20 chr19 9062415 . T G 233.49 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00947275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.248;QD=15.064;RBI=0.00966042;REFB=-0.0134785;REVB=0.00189492;RO=35;SAF=13;SAR=14;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893996;STB=0.550618;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0117729;OID=.;OPOS=9062415;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:35:27:27:0.435484:14:13:20:15:14:13:20:15 chr19 9062544 . T G 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.0715994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5248;QD=10.3792;RBI=0.0864343;REFB=0.0194449;REVB=-0.0484192;RO=16;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.325515;STB=0.69952;STBP=0.174;TYPE=snp;VARB=-0.037799;OID=.;OPOS=9062544;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:16:16:9:9:0.36:7:2:8:8:7:2:8:8 chr19 9062833 . C A 96.75 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0291099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.98;QD=12.4835;RBI=0.0297781;REFB=-0.0108261;REVB=-0.00627281;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153067;STB=0.590753;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0158635;OID=.;OPOS=9062833;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:31:31:19:19:12:12:0.387097:8:4:9:10:8:4:9:10 chr19 9066874 . G T 412.76 PASS AF=0.423423;AO=47;DP=111;FAO=47;FDP=111;FR=.;FRO=64;FSAF=15;FSAR=32;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.000176429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.699;QD=14.8742;RBI=0.0289252;REFB=-0.00906565;REVB=-0.0289247;RO=64;SAF=15;SAR=32;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098313;STB=0.555437;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0146509;OID=.;OPOS=9066874;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:64:64:47:47:0.423423:32:15:26:38:32:15:26:38 chr19 9069792 . G A 228.41 PASS AF=0.311828;AO=29;DP=93;FAO=29;FDP=93;FR=.,HEALED;FRO=64;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=45;FWDB=0.206905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.0523;QD=9.82408;RBI=0.212971;REFB=0.00428285;REVB=0.0504666;RO=49;SAF=14;SAR=15;SRF=7;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387452;STB=0.629131;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.00794396;OID=.;OPOS=9069792;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:49:64:29:29:0.311828:15:14:7:42:15:14:19:45 chr19 9069892 . A C 504.85 PASS AF=0.44;AO=55;DP=125;FAO=55;FDP=125;FR=.;FRO=70;FSAF=32;FSAR=23;FSRF=37;FSRR=33;FWDB=0.000386609;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=275.513;QD=16.155;RBI=0.00564725;REFB=-0.001108;REVB=0.005634;RO=69;SAF=32;SAR=23;SRF=36;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607642;STB=0.530323;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00122475;OID=.;OPOS=9069892;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:69:70:55:55:0.44:23:32:36:33:23:32:37:33 chr19 9070194 . A G 220.43 PASS AF=0.454545;AO=25;DP=54;FAO=25;FDP=55;FR=.;FRO=30;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=-0.00610692;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.624;QD=16.0313;RBI=0.0117552;REFB=-0.0153239;REVB=0.0100444;RO=29;SAF=10;SAR=15;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0554051;STB=0.538431;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0202025;OID=.;OPOS=9070194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:29:30:25:25:0.454545:15:10:10:19:15:10:10:20 chr19 9070225 . G C 195.07 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0468956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.094;QD=14.1866;RBI=0.0474858;REFB=-0.0014741;REVB=0.00746382;RO=32;SAF=8;SAR=15;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0301204;STB=0.517226;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.00335612;OID=.;OPOS=9070225;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:32:32:23:23:0.418182:15:8:12:20:15:8:12:20 chr19 9070837 . G A 287.5 PASS AF=0.388235;AO=33;DP=85;FAO=33;FDP=85;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0170112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.916;QD=13.5292;RBI=0.0302871;REFB=-0.0229886;REVB=-0.0250586;RO=48;SAF=15;SAR=18;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692236;STB=0.52788;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.032513;OID=.;OPOS=9070837;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:48:52:33:33:0.388235:18:15:25:23:18:15:26:26 chr19 9071763 . T A 529.26 PASS AF=0.621951;AO=47;DP=83;FAO=51;FDP=82;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=34;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.00907014;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.34;QD=25.8176;RBI=0.0327055;REFB=-0.0301132;REVB=0.0314227;RO=31;SAF=17;SAR=30;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0839404;STB=0.532698;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0161194;OID=.;OPOS=9071763;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:82:31:31:47:51:0.621951:30:17:8:23:34:17:8:23 chr19 9071834 . G C 496.54 PASS AF=0.661765;AO=45;DP=68;FAO=45;FDP=68;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=35;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0154937;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=132.879;QD=29.2079;RBI=0.0280744;REFB=-0.019517;REVB=0.0234119;RO=23;SAF=10;SAR=35;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105423;STB=0.557495;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00757923;OID=.;OPOS=9071834;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:23:23:45:45:0.661765:35:10:8:15:35:10:8:15 chr19 9072221 . G A 201.93 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0123754;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7879;QD=21.2563;RBI=0.0154836;REFB=-0.00918119;REVB=0.00930536;RO=16;SAF=13;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124868;STB=0.600441;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00951149;OID=.;OPOS=9072221;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:18:20:20:0.526316:7:13:8:8:7:13:8:10 chr19 9072875 . G A 268.19 PASS AF=0.5;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.000373141;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.709;QD=18.4956;RBI=0.0103659;REFB=-0.0142326;REVB=0.0103592;RO=29;SAF=12;SAR=17;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031563;STB=0.517649;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0112672;OID=.;OPOS=9072875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:29:29:29:29:0.5:17:12:13:16:17:12:13:16 chr19 9072975 . G A 434.91 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0125291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.038;QD=20.9596;RBI=0.0280121;REFB=-0.00982021;REVB=0.0250539;RO=37;SAF=21;SAR=22;SRF=23;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111579;STB=0.553667;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0106365;OID=.;OPOS=9072975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:37:40:43:43:0.518072:22:21:23:14:22:21:24:16 chr19 9074073 . G A 314.02 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0186571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3183;QD=20.2592;RBI=0.0230571;REFB=-0.00987;REVB=0.0135478;RO=29;SAF=10;SAR=23;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00727325;STB=0.504034;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0232975;OID=.;OPOS=9074073;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:23:10:9:20:23:10:9:20 chr19 9077581 . G T 385.35 PASS AF=0.465116;AO=40;DP=86;FAO=40;FDP=86;FR=.;FRO=46;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=29;FSRR=17;FWDB=0.0102956;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=303.677;QD=17.9233;RBI=0.0505297;REFB=-0.00256013;REVB=-0.0494697;RO=46;SAF=29;SAR=11;SRF=29;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106866;STB=0.559969;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00255943;OID=.;OPOS=9077581;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:46:46:40:40:0.465116:11:29:29:17:11:29:29:17 chr19 9080462 . C G 435.98 PASS AF=0.4;AO=50;DP=126;FAO=50;FDP=125;FR=.;FRO=75;FSAF=19;FSAR=31;FSRF=28;FSRR=47;FWDB=-0.00531915;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.274;QD=13.9515;RBI=0.0143725;REFB=-0.0128149;REVB=0.013352;RO=75;SAF=19;SAR=31;SRF=29;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00749588;STB=0.504251;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.016436;OID=.;OPOS=9080462;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:125:75:75:50:50:0.4:31:19:29:46:31:19:28:47 chr19 9083427 . A G 351.27 PASS AF=0.493506;AO=36;DP=73;FAO=38;FDP=77;FR=.;FRO=39;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00254993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.801;QD=18.2477;RBI=0.00672237;REFB=-0.028816;REVB=0.00621998;RO=37;SAF=19;SAR=17;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0116531;STB=0.51947;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0265623;OID=.;OPOS=9083427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:77:37:39:36:38:0.493506:17:19:20:17:19:19:21:18 chr19 9083457 . C T 295.28 PASS AF=0.484848;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=-0.0148657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.523;QD=17.8955;RBI=0.0161715;REFB=-0.0428762;REVB=0.00636612;RO=34;SAF=14;SAR=17;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657862;STB=0.529052;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.0416798;OID=.;OPOS=9083457;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:34:34:31:32:0.484848:17:14:13:21:18:14:13:21 chr19 9083791 . G A 260.8 PASS AF=0.571429;AO=23;DP=41;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0703792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3564;QD=24.8377;RBI=0.0758524;REFB=-0.0233766;REVB=0.0282905;RO=16;SAF=7;SAR=16;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110114;STB=0.526294;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0280235;OID=.;OPOS=9083791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:16:18:23:24:0.571429:16:7:7:9:16:8:7:11 chr19 9084183 . G A 447.2 PASS AF=0.463918;AO=45;DP=97;FAO=45;FDP=97;FR=.;FRO=52;FSAF=14;FSAR=31;FSRF=23;FSRR=29;FWDB=0.00819908;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.124;QD=18.4412;RBI=0.00955999;REFB=-0.019096;REVB=0.00491615;RO=51;SAF=14;SAR=31;SRF=22;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126093;STB=0.577217;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0215146;OID=.;OPOS=9084183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:51:52:45:45:0.463918:31:14:22:29:31:14:23:29 chr19 9084299 . T C 299.21 PASS AF=0.55102;AO=26;DP=48;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0114272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.163;QD=24.4254;RBI=0.0229844;REFB=-0.0270268;REVB=-0.0199425;RO=22;SAF=16;SAR=10;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134704;STB=0.580684;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.00723361;OID=.;OPOS=9084299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:22:22:26:27:0.55102:10:16:10:12:10:17:10:12 chr19 9085004 . T C 193.95 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.0214925;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.159;QD=16.865;RBI=0.0509024;REFB=-0.0141752;REVB=0.0461425;RO=26;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0658443;STB=0.537574;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0169484;OID=.;OPOS=9085004;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:11:9:10:16:11:9:10:16 chr19 9085643 . A G 242.46 PASS AF=0.430769;AO=28;DP=65;FAO=28;FDP=65;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00891655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.633;QD=14.9204;RBI=0.0103402;REFB=-0.0162544;REVB=-0.00523599;RO=36;SAF=10;SAR=18;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0914161;STB=0.561156;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0177574;OID=.;OPOS=9085643;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:37:28:28:0.430769:18:10:16:20:18:10:17:20 chr19 9085958 . A G 744.37 PASS AF=0.503401;AO=69;DP=143;FAO=74;FDP=147;FR=.;FRO=73;FSAF=25;FSAR=49;FSRF=25;FSRR=48;FWDB=-0.00230935;FXX=0.0067563;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.159;QD=20.2549;RBI=0.00528967;REFB=-0.0152717;REVB=-0.00475895;RO=71;SAF=24;SAR=45;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184746;STB=0.502563;STBP=0.963;TYPE=snp;VARB=0.017075;OID=.;OPOS=9085958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:147:71:73:69:74:0.503401:45:24:26:45:49:25:25:48 chr19 9086145 . G C 135.07 PASS AF=0.46875;AO=15;DP=32;FAO=15;FDP=32;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0155417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.203;QD=16.8837;RBI=0.0233748;REFB=-0.0132533;REVB=0.0174596;RO=16;SAF=7;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300857;STB=0.533289;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.0241945;OID=.;OPOS=9086145;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:17:15:15:0.46875:8:7:8:8:8:7:9:8 chr19 9086318 . G A 64.16 PASS AF=0.3;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0400242;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.909;QD=8.55451;RBI=0.0516495;REFB=-0.0227046;REVB=-0.0326456;RO=22;SAF=6;SAR=3;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381968;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.049853;OID=.;OPOS=9086318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:31:30:22:21:9:9:0.3:3:6:14:8:3:6:14:7 chr19 9086819 . G A 193.21 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0039145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.729;QD=16.4438;RBI=0.0147538;REFB=-0.0214279;REVB=0.0142251;RO=25;SAF=11;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0682441;STB=0.560449;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0354127;OID=.;OPOS=9086819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:27:20:20:0.425532:9:11:12:13:9:11:12:15 chr19 9087615 . T A 645.29 PASS AF=0.977778;AO=41;DP=43;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0709989;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.5611;QD=57.3587;RBI=0.0853473;REFB=0.037428;REVB=0.0473637;RO=1;SAF=30;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153876;STB=0.507459;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00198657;OID=.;OPOS=9087615;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:45:1:1:41:44:0.977778:11:30:1:0:11:33:1:0 chr19 9087758 . G A 421.41 PASS AF=0.457447;AO=42;DP=93;FAO=43;FDP=94;FR=.;FRO=51;FSAF=28;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.0262612;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.895;QD=17.9325;RBI=0.0262691;REFB=-0.0139901;REVB=-0.000645103;RO=51;SAF=28;SAR=14;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28896;STB=0.651092;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0117971;OID=.;OPOS=9087758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:51:51:42:43:0.457447:14:28:19:32:15:28:19:32 chr19 9088017 . T G 535.54 PASS AF=0.948718;AO=37;DP=39;FAO=37;FDP=39;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0658783;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0261;QD=54.9267;RBI=0.0750862;REFB=-0.0489572;REVB=0.0360275;RO=2;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042533;STB=0.522715;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00124326;OID=.;OPOS=9088017;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:39:39:2:2:37:37:0.948718:21:16:0:2:21:16:0:2 chr19 9088330 . G A 290.52 PASS AF=0.484848;AO=31;DP=65;FAO=32;FDP=66;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.00714108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1906;QD=17.6071;RBI=0.0535363;REFB=-0.0372448;REVB=0.0530579;RO=34;SAF=9;SAR=22;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185249;STB=0.609038;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0350572;OID=.;OPOS=9088330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:34:34:31:32:0.484848:22:9:16:18:23:9:16:18 chr19 9088772 . T C 397.18 PASS AF=0.428571;AO=44;DP=104;FAO=45;FDP=105;FR=.;FRO=60;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=39;FSRR=21;FWDB=-0.00242876;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.145;QD=15.1308;RBI=0.00900677;REFB=-0.00737882;REVB=0.00867312;RO=59;SAF=20;SAR=24;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191408;STB=0.615816;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00878704;OID=.;OPOS=9088772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:59:60:44:45:0.428571:24:20:38:21:25:20:39:21 chr19 9090182 . T C 150.75 PASS AF=0.369565;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=46;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.000657747;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=207.639;QD=13.1087;RBI=0.00610305;REFB=-0.0107551;REVB=-0.0060675;RO=28;SAF=7;SAR=10;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610216;STB=0.521252;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.0185399;OID=.;OPOS=9090182;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:28:29:17:17:0.369565:10:7:10:18:10:7:11:18 chr19 9090784 . C T 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0103499;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=291.298;QD=14.7015;RBI=0.014659;REFB=-0.011736;REVB=0.010381;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.268155;STB=0.666419;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.016219;OID=.;OPOS=9090784;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:27:14:15:12:12:0.444444:6:6:11:3:6:6:12:3 chr19 9204307 . A G 434.62 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=35;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0034714;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.851;QD=52.6808;RBI=0.0242679;REFB=-0.0241897;REVB=0.0240184;RO=2;SAF=15;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582199;STB=0.53123;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.00377204;OID=.;OPOS=9204307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:35:33:2:2:31:31:0.939394:16:15:2:0:16:15:2:0 chr19 9213026 . T C 389.48 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.045615;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.425;QD=55.6399;RBI=0.0699323;REFB=0;REVB=-0.0530075;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000682737;OID=.;OPOS=9213026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:16:11:0:0:16:12:0:0 chr19 9213079 . A C 347.71 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.073492;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.936;QD=51.5131;RBI=0.0784865;REFB=-0.139389;REVB=0.027551;RO=1;SAF=12;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371368;STB=0.519985;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.0045814;OID=.;OPOS=9213079;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:14:12:1:0:14:12:1:0 chr19 9213132 . A G 323.42 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0959057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.9137;QD=53.9026;RBI=0.104187;REFB=0;REVB=0.0407071;RO=0;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00273634;OID=.;OPOS=9213132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:10:14:0:0:10:14:0:0 chr19 9225685 . T C 124.88 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0298487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.586;QD=17.84;RBI=0.0298972;REFB=0.0105268;REVB=-0.00170297;RO=14;SAF=8;SAR=6;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245508;STB=0.639808;STBP=0.158;TYPE=snp;VARB=-0.00768255;OID=.;OPOS=9225685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:6:8:4:10:6:8:4:10 chr19 9226017 . C G 35.2 PASS AF=0.222222;AO=6;DP=27;FAO=6;FDP=27;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.00860883;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.409;QD=5.21519;RBI=0.0207085;REFB=-0.00312677;REVB=-0.0188343;RO=21;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.473602;STB=0.7992;STBP=0.144;TYPE=snp;VARB=0.0105427;OID=.;OPOS=9226017;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:21:21:6:6:0.222222:2:4:5:16:2:4:5:16 chr19 9226192 . A G 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0444326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7856;QD=16.8981;RBI=0.0486662;REFB=-0.0097723;REVB=0.019853;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318185;STB=0.518481;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.00612069;OID=.;OPOS=9226192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:3:7:6:3:3:7:6:3 chr19 9236698 . G GATGGT,T 183.89 PASS AF=0.361702,0.0638298;AO=17,4;DP=48;FAO=17,3;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=10,3;FSAR=7,0;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0173615,0.0156667;FXX=0.020829;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=216.206,57.5126;QD=15.6506;RBI=0.0215523,0.054672;REFB=-0.0304967,-0.0495858;REVB=-0.0127703,-0.0523793;RO=27;SAF=10,4;SAR=7,0;SRF=13;SRR=14;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.113338,0.624832;STB=0.56596,0.996462;STBP=0.495,0.081;TYPE=ins,snp;VARB=0.0436813,0.018149;OID=.,.;OPOS=9236699,9236698;OREF=-,G;OALT=ATGGT,T;OMAPALT=GATGGT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:27:27:17,4:17,3:0.361702,0.0638298:7,0:10,4:13:14:7,0:10,3:13:14 chr19 9236886 . A G 199.36 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.00976219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.307;QD=19.4501;RBI=0.0148209;REFB=-0.0223202;REVB=0.0111516;RO=21;SAF=8;SAR=12;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113503;STB=0.564291;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.01625;OID=.;OPOS=9236886;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:20:20:0.487805:12:8:11:10:12:8:11:10 chr19 9237435 . A G 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0238462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.083;QD=16.8984;RBI=0.0298868;REFB=-0.0205889;REVB=0.0180161;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38493;STB=0.71961;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.0157068;OID=.;OPOS=9237435;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:4:6:1:8:4:6:1:8 chr19 9297565 . G T 76.05 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0701285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9055;QD=12.1686;RBI=0.0706972;REFB=-0.0116052;REVB=-0.00894961;RO=15;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0336027;STB=0.51996;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0356757;OID=.;OPOS=9297565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:15:15:10:10:0.4:5:5:8:7:5:5:8:7 chr19 9346427 . T C 635.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0412717;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.862;QD=61.9826;RBI=0.0711857;REFB=0;REVB=0.0580004;RO=0;SAF=18;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000457341;OID=.;OPOS=9346427;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:22:18:0:0:22:19:0:0 chr19 9346599 . C G 766.41 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0119655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.031;QD=63.8673;RBI=0.0372287;REFB=0;REVB=0.0352534;RO=0;SAF=22;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00059078;OID=.;OPOS=9346599;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:26:22:0:0:26:22:0:0 chr19 9434872 . C T 116.14 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0336234;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.103;QD=11.3309;RBI=0.048236;REFB=-0.0152418;REVB=-0.0345859;RO=27;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220981;STB=0.63139;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0222834;OID=.;OPOS=9434872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:5:9:12:15:5:9:12:15 chr19 9449888 . A G 693.74 PASS AF=0.558333;AO=67;DP=120;FAO=67;FDP=120;FR=.;FRO=53;FSAF=20;FSAR=47;FSRF=24;FSRR=29;FWDB=-0.0280648;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.469;QD=23.1247;RBI=0.0354614;REFB=-0.0168463;REVB=0.0216767;RO=53;SAF=20;SAR=47;SRF=24;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139179;STB=0.576342;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.0171139;OID=.;OPOS=9449888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:53:53:67:67:0.558333:47:20:24:29:47:20:24:29 chr19 9452026 . ACT ACA,A 568.96 PASS AF=0.131579,0.868421;AO=5,31;DP=44;FAO=5,33;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=3,15;FSAR=2,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161297,0.00582761;FXX=0.136333;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=36.5637,189.218;QD=59.8903;RBI=0.0420398,0.0182282;REFB=0,0;REVB=-0.0388223,0.0172716;RO=0;SAF=3,13;SAR=2,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,5.33668e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0443985,-0.0016422;OID=.,.;OPOS=9452028,9452027;OREF=T,CT;OALT=A,-;OMAPALT=ACA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.131579,0.868421:5,31:44:5,33:38:0:3,15:2,18:0:0:28:0:3,13:2,18:0:0 chr19 9490814 . C T 317.17 PASS AF=0.96;AO=24;DP=26;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0120713;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.793;QD=50.7466;RBI=0.0254138;REFB=-0.116745;REVB=0.0223639;RO=1;SAF=14;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440956;STB=0.52379;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.00105878;OID=.;OPOS=9490814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:26:25:1:1:24:24:0.96:10:14:0:1:10:14:0:1 chr19 9492141 . C T 626.72 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0065287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6364;QD=61.1429;RBI=0.0208057;REFB=0;REVB=0.0197549;RO=0;SAF=19;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110753;OID=.;OPOS=9492141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:21:19:0:0:21:20:0:0 chr19 9492270 . GA G,GAG 271.29 PASS AF=0.763158,0.184211;AO=17,6;DP=38;FAO=29,7;FDP=38;FR=.;FRO=2;FSAF=14,0;FSAR=15,7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.710082,0.0804752;FXX=0;HRUN=4,0;LEN=1,1;MLLD=11.0628,164.181;QD=28.557;RBI=0.71582,0.0887703;REFB=0.190046,0.025933;REVB=-0.090453,-0.0374689;RO=13;SAF=2,0;SAR=15,6;SRF=11;SRR=2;SSEN=0.380435,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.617871,-0.814938;STB=0.531229,0.5;STBP=0.231,1;TYPE=del,ins;VARB=0.0777845,0.247611;OID=.,.;OPOS=9492271,9492272;OREF=A,-;OALT=-,G;OMAPALT=G,GAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.763158,0.184211:17,6:38:29,7:38:2:14,0:15,7:0:2:38:13:2,0:15,6:11:2 chr19 9492370 . A T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0135215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.378;QD=44.6898;RBI=0.0304198;REFB=0;REVB=0.0272494;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.9218e-05;OID=.;OPOS=9492370;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr19 9524185 . A G 1813.96 PASS AF=0.895105;AO=129;DP=143;FAO=128;FDP=143;FR=.;FRO=15;FSAF=59;FSAR=69;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.133204;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=37.535;QD=50.74;RBI=0.135057;REFB=-0.200065;REVB=-0.0222938;RO=5;SAF=61;SAR=68;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023209;STB=0.514641;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0171252;OID=.;OPOS=9524185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:143:143:5:15:129:128:0.895105:68:61:4:1:69:59:9:6 chr19 9921575 . C T 114.02 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.0202656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.46;QD=18.2428;RBI=0.0202718;REFB=-0.01816;REVB=-0.000498889;RO=12;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0991777;STB=0.556873;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0147033;OID=.;OPOS=9921575;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:8:5:6:6:8:5:6:6 chr19 9964946 . G A 94.58 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0130999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.474;QD=10.809;RBI=0.108372;REFB=-0.00826425;REVB=0.107578;RO=22;SAF=6;SAR=6;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492868;STB=0.514262;STBP=0.952;TYPE=snp;VARB=0.0164504;OID=.;OPOS=9964946;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:22:23:12:12:0.342857:6:6:12:10:6:6:12:11 chr19 10070500 . G A 129.5 PASS AF=0.8125;AO=13;DP=16;FAO=13;FDP=16;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00751178;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=249.437;QD=32.3737;RBI=0.0113088;REFB=-0.102238;REVB=0.00845351;RO=2;SAF=6;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00929408;STB=0.538402;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00654531;OID=.;OPOS=10070500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:16:16:2:3:13:13:0.8125:7:6:1:1:7:6:2:1 chr19 10071063 . T C 195.4 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.172003;FXX=0.0587889;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3922;QD=48.8488;RBI=0.17332;REFB=0;REVB=0.0213241;RO=0;SAF=1;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00214239;OID=.;OPOS=10071063;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:0:0:16:16:1:15:1:0:0:15:1:0:0 chr19 10079093 . C T 575.64 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0584449;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.819;QD=60.5933;RBI=0.061715;REFB=0;REVB=0.0198227;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000321157;OID=.;OPOS=10079093;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:20:18:0:0:20:18:0:0 chr19 10081276 . C G 501.61 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00805553;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=166.256;QD=59.0129;RBI=0.00971856;REFB=0;REVB=-0.0054368;RO=0;SAF=31;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.19957e-05;OID=.;OPOS=10081276;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:3:31:0:0:3:31:0:0 chr19 10084292 . C G 650.03 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.012;QD=61.9076;RBI=0.0526928;REFB=0;REVB=0.00719923;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152942;OID=.;OPOS=10084292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:16:24:0:0:16:26:0:0 chr19 10084422 . C T 214.32 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0256066;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=286.357;QD=45.1201;RBI=0.0453187;REFB=-0.0958862;REVB=0.037391;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538418;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.000855676;OID=.;OPOS=10084422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:0:1:18:18:0.947368:12:6:0:0:12:6:1:0 chr19 10085054 . G A 197.83 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.019881;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=181.878;QD=43.9616;RBI=0.0380623;REFB=0.0347432;REVB=0.0324574;RO=1;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398535;STB=0.521714;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=-0.000114699;OID=.;OPOS=10085054;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:11:6:0:1:11:6:0:1 chr19 10088271 . C G 671.4 PASS AF=0.977778;AO=45;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0108677;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.7572;QD=59.6795;RBI=0.0356047;REFB=-0.0609383;REVB=0.0339056;RO=0;SAF=32;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519991;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00105089;OID=.;OPOS=10088271;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:0:1:45:44:0.977778:13:32:0:0:12:32:0:1 chr19 10089262 . G A 702.42 PASS AF=0.980769;AO=48;DP=48;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00866249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.6663;QD=54.0319;RBI=0.017515;REFB=-0.0762091;REVB=0.0152229;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.511623;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.000928843;OID=.;OPOS=10089262;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:48:52:0:1:48:51:0.980769:30:18:0:0:30:21:1:0 chr19 10100061 . C A 728.96 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00564317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.052;QD=57.1732;RBI=0.00631526;REFB=0;REVB=0.00283498;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.5092e-05;OID=.;OPOS=10100061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:28:23:0:0:28:23:0:0 chr19 10102676 . A G 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.622;QD=37.487;RBI=0.0401526;REFB=0;REVB=0.0206092;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000125834;OID=.;OPOS=10102676;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr19 10104272 . G C 230.29 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00892744;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=238.783;QD=46.0584;RBI=0.0112585;REFB=0.117813;REVB=-0.00685959;RO=1;SAF=18;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248957;STB=0.513499;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.000560487;OID=.;OPOS=10104272;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:1:18:1:0:1:18:1:0 chr19 10106936 . G C 470.78 PASS AF=0.970588;AO=31;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=7;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0314534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1628;QD=55.3862;RBI=0.112462;REFB=-0.125966;REVB=0.107974;RO=1;SAF=7;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0620412;STB=0.533312;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.00505202;OID=.;OPOS=10106936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:31:33:0.970588:24:7:1:0:26:7:1:0 chr19 10108714 . G A 752.01 PASS AF=1;AO=46;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.115466;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5237;QD=62.6677;RBI=0.117057;REFB=0;REVB=0.0192322;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000933398;OID=.;OPOS=10108714;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:48:0:0:46:48:1:23:23:0:0:23:25:0:0 chr19 10112346 . T C 483.48 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00275283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.628;QD=58.6039;RBI=0.0271514;REFB=0;REVB=0.0270115;RO=0;SAF=11;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99754e-05;OID=.;OPOS=10112346;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:21:11:0:0:21:12:0:0 chr19 10149036 . G A 81.93 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=38;FAO=11;FDP=38;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0212961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.306;QD=8.62423;RBI=0.028269;REFB=-0.0193143;REVB=-0.0185907;RO=27;SAF=8;SAR=3;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296417;STB=0.683071;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0656583;OID=.;OPOS=10149036;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:38:38:27:27:11:11:0.289474:3:8:13:14:3:8:13:14 chr19 10172516 . T C 328.9 PASS AF=0.356522;AO=40;DP=114;FAO=41;FDP=115;FR=.;FRO=74;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=0.0103597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.766;QD=11.4398;RBI=0.0175938;REFB=-0.00259968;REVB=-0.0142204;RO=74;SAF=19;SAR=21;SRF=37;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282482;STB=0.507845;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.00613087;OID=.;OPOS=10172516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:74:74:40:41:0.356522:21:19:37:37:21:20:37:37 chr19 10218332 . A G 97.08 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=0.0224513;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7386;QD=12.9438;RBI=0.0225193;REFB=-0.0242148;REVB=-0.00174826;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28251;STB=0.66242;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0267412;OID=.;OPOS=10218332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:7:5:3:15:7:5:3:15 chr19 10218524 . C G 638.81 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00238474;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0164;QD=59.4245;RBI=0.0117842;REFB=-0.0922506;REVB=-0.0115404;RO=0;SAF=31;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.72514e-08;STB=0.507933;STBP=0.595;TYPE=snp;VARB=0.00194;OID=.;OPOS=10218524;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:0:1:42:42:0.976744:11:31:0:0:11:31:1:0 chr19 10220586 . C T 49.1 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0211716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.522;QD=15.1071;RBI=0.0459074;REFB=-0.0324025;REVB=0.040734;RO=6;SAF=2;SAR=5;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304739;STB=0.681283;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0413259;OID=.;OPOS=10220586;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:5:2:4:2:5:2:4:2 chr19 10225777 . A G 172.12 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0035716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.699;QD=18.1178;RBI=0.00827208;REFB=-0.0296854;REVB=-0.00746129;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0418177;STB=0.523783;STBP=0.749;TYPE=snp;VARB=0.0189157;OID=.;OPOS=10225777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:10:8:8:12:10:8:8:12 chr19 10226256 . A G 59.4 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.00287539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.106;QD=15.839;RBI=0.0127999;REFB=-0.0290591;REVB=0.0124727;RO=7;SAF=6;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0368153;STB=0.521684;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0311311;OID=.;OPOS=10226256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:2:6:5:2:2:6:5:2 chr19 10229297 . C A 93.32 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00355512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.401;QD=19.646;RBI=0.0460976;REFB=0.00436052;REVB=-0.0459603;RO=8;SAF=10;SAR=1;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474169;STB=0.780601;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=-0.00192329;OID=.;OPOS=10229297;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:1:10:4:4:1:10:4:4 chr19 10265312 . T C 550.33 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.822;QD=59.4953;RBI=0.027666;REFB=0;REVB=0.0164395;RO=0;SAF=20;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200573;OID=.;OPOS=10265312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:16:20:0:0:16:21:0:0 chr19 10267077 . T C 353.48 PASS AF=0.422222;AO=38;DP=91;FAO=38;FDP=90;FR=.;FRO=52;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.0173689;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9064;QD=15.7102;RBI=0.0212248;REFB=-0.00723384;REVB=0.0121989;RO=50;SAF=15;SAR=23;SRF=26;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12805;STB=0.561946;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0131126;OID=.;OPOS=10267077;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:50:52:38:38:0.422222:23:15:26:24:23:15:26:26 chr19 10271034 . C G 739.05 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0135264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9184;QD=54.7447;RBI=0.0371485;REFB=-0.104883;REVB=-0.0345984;RO=0;SAF=26;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50943;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.00158705;OID=.;OPOS=10271034;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:53:53:0.981481:27:26:0:0:27:26:1:0 chr19 10273372 . T C 96.12 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00359241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.599;QD=12.0146;RBI=0.0321812;REFB=-0.0221129;REVB=0.03198;RO=20;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191599;STB=0.613216;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=0.0279567;OID=.;OPOS=10273372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:7:5:12:8:7:5:12:8 chr19 10370490 . T A 292.41 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102285;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.794;QD=53.1648;RBI=0.102456;REFB=0;REVB=0.00592796;RO=0;SAF=1;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78928e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000667969;OID=.;OPOS=10370490;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:20:1:0:0:21:1:0:0 chr19 10415781 . T C 111.65 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=30;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.00908136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.941;QD=14.4063;RBI=0.0152973;REFB=-0.00659787;REVB=-0.01231;RO=16;SAF=3;SAR=10;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252748;STB=0.507032;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.0115337;OID=.;OPOS=10415781;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:16:18:13:13:0.419355:10:3:4:12:10:3:4:14 chr19 10428226 . G A 249.59 PASS AF=0.733333;AO=22;DP=29;FAO=22;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.00481049;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.092;QD=33.279;RBI=0.0157887;REFB=-0.0574121;REVB=0.015038;RO=7;SAF=14;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0306166;STB=0.503265;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0177162;OID=.;OPOS=10428226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:29:30:7:8:22:22:0.733333:8:14:4:3:8:14:5:3 chr19 10428991 . GGC G,GCC 31.92 PASS AF=0.123077,0;AO=9,3;DP=75;FAO=8,0;FDP=65;FR=.;FRO=57;FSAF=7,0;FSAR=1,0;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=0.07017,-0.0159438;FXX=0.0441112;HRUN=5,5;LEN=2,1;MLLD=19.9583,18.0986;QD=1.9641;RBI=0.218943,0.165219;REFB=-0.0463778,-0.0060301;REVB=-0.207394,-0.164447;RO=53;SAF=5,1;SAR=4,2;SRF=25;SRR=28;SSEN=0.30137,0;SSEP=0,0;SSSB=0.102005,-0.125565;STB=0.870657,0.5;STBP=0.045,1;TYPE=del,snp;VARB=0.14912,0.021554;OID=.,.;OPOS=10428992,10428992;OREF=GC,G;OALT=-,C;OMAPALT=G,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.123077,0:9,3:75:8,0:65:57:7,0:1,0:26:31:32:53:5,1:4,2:25:28 chr19 10449392 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.065;QD=51.1846;RBI=0.0355196;REFB=0;REVB=0.0216796;RO=0;SAF=13;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019515;OID=.;OPOS=10449392;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:7:13:0:0:7:13:0:0 chr19 10475652 . C A 960.36 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.495;QD=58.2038;RBI=0.126518;REFB=0;REVB=0.0383165;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120697;OID=.;OPOS=10475652;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:62:66:1:31:31:0:0:34:32:0:0 chr19 10488969 . G T 422.32 PASS AF=0.467391;AO=43;DP=92;FAO=43;FDP=92;FR=.;FRO=49;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=-0.0517303;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.929;QD=18.3616;RBI=0.0552531;REFB=-0.0429128;REVB=0.0194135;RO=46;SAF=12;SAR=31;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205419;STB=0.634688;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0268479;OID=.;OPOS=10488969;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:46:49:43:43:0.467391:31:12:22:24:31:12:25:24 chr19 10574660 . TCG GTC,TC 46.5 PASS AF=0.0909091,0.5;AO=3,5;DP=22;FAO=2,11;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=0,2;FSAR=2,9;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0106875,0.0620912;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=3,1;MLLD=17.0305,10.1421;QD=8.45436;RBI=0.0337063,0.0798693;REFB=0.0116469,-0.0398538;REVB=0.0319671,0.0502373;RO=8;SAF=0,1;SAR=3,4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0,0.492063;SSEP=0,0;SSSB=-0.630366,-0.216791;STB=0.992777,0.5998;STBP=0.366,0.442;TYPE=mnp,del;VARB=0.0840503,0.0519075;OID=.,.;OPOS=10574660,10574662;OREF=TCG,G;OALT=GTC,-;OMAPALT=GTC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:22:22:8:9:3,5:2,11:0.0909091,0.5:3,4:0,1:3:5:2,9:0,2:3:6 chr19 10577843 . C A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=0.0201852;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.19;QD=11.9195;RBI=0.0219883;REFB=-0.00837194;REVB=0.00872028;RO=9;SAF=2;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439266;STB=0.76201;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.00791139;OID=.;OPOS=10577843;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:5:2:7:2:5:2:7:2 chr19 10579474 . T A,G 455.21 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=2,30;DP=32;FAO=2,30;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=1,12;FSAR=1,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303901,0.102264;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=26.8164,45.9919;QD=56.9008;RBI=0.0718004,0.153948;REFB=0,0;REVB=0.0650518,0.115074;RO=0;SAF=1,12;SAR=1,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00572521,0.00114904;OID=.,.;OPOS=10579474,10579474;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:32:32:0:0:2,30:2,30:0.0625,0.9375:1,18:1,12:0:0:1,18:1,12:0:0 chr19 10579834 . T C 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=1;FWDB=-0.0270764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=268.511;QD=15.3789;RBI=0.0316159;REFB=-0.00632126;REVB=0.0163227;RO=14;SAF=1;SAR=11;SRF=13;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.742461;STB=0.927044;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00706025;OID=.;OPOS=10579834;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:11:1:13:1:11:1:13:1 chr19 10599965 . G A 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.0995536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.761;QD=6.81336;RBI=0.101603;REFB=-0.000799684;REVB=0.0203039;RO=18;SAF=1;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413192;STB=0.7597;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-0.0006037;OID=.;OPOS=10599965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:18:19:7:7:0.269231:6:1:8:10:6:1:8:11 chr19 10600442 . G C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.372;QD=48.7373;RBI=0.023507;REFB=0;REVB=0.0178757;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000180298;OID=.;OPOS=10600442;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr19 10668452 . A G 99.84 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0580572;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.7531;QD=39.9356;RBI=0.0745076;REFB=0;REVB=0.0466985;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0193056;OID=.;OPOS=10668452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:4:5:0:0:4:6:0:0 chr19 10668673 . A G 137.63 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0305336;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.833;QD=16.6824;RBI=0.0353691;REFB=-0.0284498;REVB=-0.0178515;RO=19;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210988;STB=0.506321;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=0.0326574;OID=.;OPOS=10668673;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:33:19:18:15:15:0.454545:6:9:11:8:6:9:11:7 chr19 10670184 . C G 523.74 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251408;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.273;QD=59.8562;RBI=0.0678555;REFB=0;REVB=0.0630263;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000645292;OID=.;OPOS=10670184;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:17:17:0:0:17:18:0:0 chr19 10683477 . A G 632.45 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.308;QD=61.7024;RBI=0.0141712;REFB=0;REVB=0.00802197;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8846e-05;OID=.;OPOS=10683477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:41:0:0:39:41:1:21:18:0:0:21:20:0:0 chr19 10692000 . T C 739.76 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00992171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.522;QD=56.9043;RBI=0.0113508;REFB=0;REVB=0.00551362;RO=0;SAF=29;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.35155e-05;OID=.;OPOS=10692000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:22:29:0:0:22:30:0:0 chr19 10738639 . C T 410.76 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.6983;QD=56.6564;RBI=0.0251884;REFB=0;REVB=0.020313;RO=0;SAF=12;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.0947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434555;OID=.;OPOS=10738639;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:17:12:0:0:17:12:0:0 chr19 10742170 . A G 323.32 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00508097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.156;QD=47.899;RBI=0.0429094;REFB=-0.144906;REVB=-0.0426075;RO=2;SAF=6;SAR=19;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131699;STB=0.571368;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.00476567;OID=.;OPOS=10742170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:19:6:2:0:19:6:2:0 chr19 10742302 . TGGC TGC,TGG 75.52 PASS AF=0.733333,0;AO=7,3;DP=15;FAO=11,0;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=3,0;FSAR=8,0;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.231031,-0.413806;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=15.0292,18.9485;QD=20.1382;RBI=0.262976,0.414596;REFB=-0.127309,0.01816;REVB=0.125622,0.0255819;RO=4;SAF=1,3;SAR=6,0;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0.202802;SSEP=0,0;SSSB=-0.31972,0.683038;STB=0.699626,0.5;STBP=0.027,1;TYPE=del,del;VARB=0.101272,0;OID=.,.;OPOS=10742303,10742305;OREF=G,C;OALT=-,-;OMAPALT=TGC,TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.733333,0:7,3:15:11,0:15:4:3,0:8,0:4:0:17:4:1,3:6,0:2:2 chr19 10763007 . A C 197.56 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0207055;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.772;QD=26.3417;RBI=0.0207359;REFB=-0.0552063;REVB=0.0011226;RO=11;SAF=13;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277419;STB=0.65451;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.028932;OID=.;OPOS=10763007;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:11:11:19:19:0.633333:6:13:3:8:6:13:3:8 chr19 10794630 . G T 486.24 PASS AF=0.516484;AO=47;DP=91;FAO=47;FDP=91;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=20;FWDB=0.0125226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.434;QD=21.3733;RBI=0.0216743;REFB=-0.0053398;REVB=0.0176907;RO=44;SAF=30;SAR=17;SRF=24;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855152;STB=0.547317;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=0.00489831;OID=.;OPOS=10794630;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:44:44:47:47:0.516484:17:30:24:20:17:30:24:20 chr19 10979998 . C T 59.39 PASS AF=0.533333;AO=8;DP=15;FAO=8;FDP=15;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0728752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0482;QD=15.8371;RBI=0.0777574;REFB=-0.0060567;REVB=0.0271188;RO=7;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0566609;STB=0.53325;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0165036;OID=.;OPOS=10979998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:15:7:7:8:8:0.533333:4:4:3:4:4:4:3:4 chr19 11224265 . A G 188.69 PASS AF=0.5;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00938722;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.707;QD=19.8626;RBI=0.0467527;REFB=-0.0128699;REVB=0.0458006;RO=20;SAF=10;SAR=9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113156;STB=0.579751;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0138956;OID=.;OPOS=11224265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:20:19:19:19:0.5:9:10:13:7:9:10:13:6 chr19 11226800 . C T 204.52 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00895383;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.936;QD=22.7239;RBI=0.0288333;REFB=-0.0187793;REVB=0.0274078;RO=16;SAF=7;SAR=13;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021607;STB=0.512109;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0117368;OID=.;OPOS=11226800;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:13:7:6:10:13:7:6:10 chr19 11233941 . A G 196.42 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.617;QD=46.2167;RBI=0.0512043;REFB=0;REVB=-0.0203691;RO=0;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000826876;OID=.;OPOS=11233941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:10:6:0:0:11:6:0:0 chr19 11242044 . G A 301.41 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0386526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.83;QD=16.7449;RBI=0.0442491;REFB=-0.0203491;REVB=0.0215397;RO=39;SAF=9;SAR=24;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153097;STB=0.586455;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.019142;OID=.;OPOS=11242044;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:24:9:16:23:24:9:16:23 chr19 11242765 . A G 54.32 PASS AF=0.32;AO=6;DP=25;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0446612;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.1441;QD=8.69129;RBI=0.0728199;REFB=-0.0137361;REVB=-0.0575163;RO=15;SAF=1;SAR=5;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251248;STB=0.627564;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.020469;OID=.;OPOS=11242765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:25:25:15:17:6:8:0.32:5:1:5:10:6:2:7:10 chr19 11244202 . T C 128.89 PASS AF=0.5;AO=6;DP=14;FAO=10;FDP=20;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=6;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=0;FWDB=0.0784225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.3712;QD=25.7781;RBI=0.0817118;REFB=-0.104775;REVB=0.0229506;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.649755;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0711363;OID=.;OPOS=11244202;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:20:0:6:6:10:0.5:3:3:0:0:3:7:6:0 chr19 11277232 . G A 396.88 PASS AF=0.460674;AO=40;DP=88;FAO=41;FDP=89;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=-0.00822706;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.5932;QD=17.8371;RBI=0.0235326;REFB=-0.00332687;REVB=0.0220476;RO=48;SAF=18;SAR=22;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285912;STB=0.521849;STBP=0.706;TYPE=snp;VARB=0.00710501;OID=.;OPOS=11277232;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:48:48:40:41:0.460674:22:18:23:25:23:18:23:25 chr19 11303943 . A G 207.11 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0089263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.3995;QD=48.7315;RBI=0.0463115;REFB=0;REVB=-0.0454431;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00196655;OID=.;OPOS=11303943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:3:14:0:0:3:14:0:0 chr19 11319636 . G A 162.54 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.00609535;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.744;QD=19.7022;RBI=0.0313236;REFB=-0.0413943;REVB=0.0307249;RO=16;SAF=13;SAR=4;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172654;STB=0.509792;STBP=0.979;TYPE=snp;VARB=0.0431186;OID=.;OPOS=11319636;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:4:13:12:4:4:13:12:4 chr19 11358799 . G A 120.16 PASS AF=0.535714;AO=13;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0287608;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.3981;QD=17.165;RBI=0.0332819;REFB=-0.10943;REVB=-0.0167481;RO=9;SAF=9;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191095;STB=0.604248;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0774531;OID=.;OPOS=11358799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:9:13:13:15:0.535714:4:9:4:5:4:11:7:6 chr19 11363146 . A T 422.06 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0634413;FXX=0.0312402;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0728;QD=54.4587;RBI=0.0868882;REFB=-0.0486726;REVB=-0.0593697;RO=0;SAF=5;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545422;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00608079;OID=.;OPOS=11363146;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:31:0:1:30:30:0.967742:25:5:0:0:25:5:1:0 chr19 11465316 . G C 94.16 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0268595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.6513;QD=10.4621;RBI=0.0727339;REFB=-0.0357596;REVB=-0.0675928;RO=24;SAF=5;SAR=7;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481035;STB=0.528799;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.072749;OID=.;OPOS=11465316;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:24:24:12:12:0.333333:7:5:9:15:7:5:9:15 chr19 11508177 . G A 313.28 PASS AF=0.435897;AO=33;DP=79;FAO=34;FDP=78;FR=.;FRO=44;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=0.00955758;FXX=0.0370325;HRUN=3;LEN=1;MLLD=119.725;QD=16.0655;RBI=0.0191469;REFB=-0.00562016;REVB=0.0165908;RO=43;SAF=18;SAR=15;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0573316;STB=0.546115;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.011585;OID=.;OPOS=11508177;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:78:43:44:33:34:0.435897:15:18:21:22:15:19:21:23 chr19 11516007 . T G 78.37 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0130611;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.602;QD=13.061;RBI=0.014948;REFB=-0.00457401;REVB=-0.0072698;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131181;STB=0.517207;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.00263298;OID=.;OPOS=11516007;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:25:24:11:14:10:10:0.416667:4:6:5:6:4:6:8:6 chr19 11526759 . G A 797.04 PASS AF=0.95082;AO=58;DP=61;FAO=58;FDP=61;FR=.;FRO=3;FSAF=29;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.000385603;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=68.9895;QD=52.2649;RBI=0.105006;REFB=-0.171598;REVB=0.105006;RO=2;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0314232;STB=0.524582;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00486504;OID=.;OPOS=11526759;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:61:61:2:3:58:58:0.95082:29:29:0:2:29:29:0:3 chr19 11526765 . G T 859.7 PASS AF=0.968254;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0198023;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=210.899;QD=54.5838;RBI=0.0304647;REFB=0.0499567;REVB=0.023151;RO=2;SAF=30;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294805;STB=0.51562;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-8.50504e-05;OID=.;OPOS=11526765;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:63:63:2:2:61:61:0.968254:31:30:0:2:31:30:0:2 chr19 11529958 . C T 263.28 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=5;FSAR=25;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=-0.0246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.943;QD=15.0447;RBI=0.0285064;REFB=-0.0340744;REVB=0.0144033;RO=38;SAF=5;SAR=25;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113214;STB=0.555516;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0164524;OID=.;OPOS=11529958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:38:40:30:30:0.428571:25:5:9:29:25:5:9:31 chr19 11664068 . A G 256.36 PASS AF=1;AO=18;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408931;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.138;QD=51.2724;RBI=0.127909;REFB=0;REVB=0.121196;RO=0;SAF=14;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000794334;OID=.;OPOS=11664068;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:18:20:1:4:14:0:0:6:14:0:0 chr19 11725438 . C T 210.51 PASS AF=0.456522;AO=20;DP=45;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0377646;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.0399;QD=18.305;RBI=0.0398798;REFB=-0.0606549;REVB=0.0128152;RO=24;SAF=6;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205379;STB=0.584532;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.0390712;OID=.;OPOS=11725438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:24:25:20:21:0.456522:14:6:12:12:14:7:12:13 chr19 11833719 . G A 189.07 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.00212534;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.381;QD=21.0076;RBI=0.00246606;REFB=-0.0188023;REVB=0.00125076;RO=17;SAF=6;SAR=13;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354222;STB=0.519979;STBP=0.805;TYPE=snp;VARB=0.0188697;OID=.;OPOS=11833719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:13:6:6:11:13:6:6:11 chr19 11891003 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00451276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.446;QD=61.6837;RBI=0.00663021;REFB=0;REVB=0.00485744;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.67483e-06;OID=.;OPOS=11891003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:16:24:0:0:16:25:0:0 chr19 11892553 . T A 48.89 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00386573;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.009;QD=11.5039;RBI=0.0054994;REFB=-0.00713986;REVB=-0.00391146;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237604;STB=0.648156;STBP=0.453;TYPE=snp;VARB=0.00655534;OID=.;OPOS=11892553;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:18:17:10:10:7:7:0.411765:6:1:3:7:6:1:3:7 chr19 11892728 . C A 265.74 PASS AF=0.457143;AO=30;DP=67;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0198836;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=34.4032;QD=15.1851;RBI=0.032777;REFB=-0.00609481;REVB=0.0260572;RO=37;SAF=13;SAR=17;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105128;STB=0.545426;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0122973;OID=.;OPOS=11892728;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:70:37:38:30:32:0.457143:17:13:20:17:17:15:21:17 chr19 11892935 . G C 228.26 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=-0.0151154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2617;QD=21.7386;RBI=0.0175472;REFB=-0.0185946;REVB=0.00891222;RO=19;SAF=13;SAR=9;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102074;STB=0.50448;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.0135687;OID=.;OPOS=11892935;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:19:20:22:22:0.52381:9:13:11:8:9:13:12:8 chr19 11917746 . C A 46.34 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0194833;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.422;QD=9.75624;RBI=0.0297852;REFB=-0.01369;REVB=-0.0225291;RO=11;SAF=4;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0671836;STB=0.562327;STBP=0.729;TYPE=snp;VARB=0.0249644;OID=.;OPOS=11917746;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:11:12:7:7:0.368421:3:4:7:4:3:4:8:4 chr19 11917976 . G T 166.43 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0274368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.434;QD=14.7941;RBI=0.0375536;REFB=0.00338601;REVB=-0.0256417;RO=27;SAF=8;SAR=10;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769453;STB=0.544505;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=-0.00710047;OID=.;OPOS=11917976;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:10:8:14:13:10:8:14:13 chr19 11918585 . T C 314.79 PASS AF=0.308271;AO=40;DP=134;FAO=41;FDP=133;FR=.;FRO=92;FSAF=11;FSAR=30;FSRF=33;FSRR=59;FWDB=0.0144724;FXX=0.0148137;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.925;QD=9.46732;RBI=0.0154708;REFB=-0.0113177;REVB=-0.00546776;RO=92;SAF=10;SAR=30;SRF=33;SRR=59;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155329;STB=0.574125;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0297033;OID=.;OPOS=11918585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:133:92:92:40:41:0.308271:30:10:33:59:30:11:33:59 chr19 11941221 . T A 613.52 PASS AF=0.477273;AO=63;DP=132;FAO=63;FDP=132;FR=.;FRO=69;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=28;FSRR=41;FWDB=0.000321972;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=278.908;QD=18.5916;RBI=0.00381334;REFB=-0.0181836;REVB=-0.00379972;RO=68;SAF=29;SAR=34;SRF=28;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460182;STB=0.528802;STBP=0.56;TYPE=snp;VARB=0.0199097;OID=.;OPOS=11941221;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:132:132:68:69:63:63:0.477273:34:29:28:40:34:29:28:41 chr19 11942362 . A G 262.16 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.0141129;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.451;QD=17.1905;RBI=0.0142065;REFB=-0.000754975;REVB=-0.0016279;RO=31;SAF=15;SAR=14;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604034;STB=0.541732;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.000889113;OID=.;OPOS=11942362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:31:32:29:29:0.47541:14:15:14:17:14:15:14:18 chr19 11942615 . A C 56.75 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0360823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.72;QD=11.9477;RBI=0.0369739;REFB=-0.00658569;REVB=0.00807083;RO=10;SAF=4;SAR=4;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38401;STB=0.683812;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00632577;OID=.;OPOS=11942615;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:10:11:8:8:0.421053:4:4:1:9:4:4:2:9 chr19 11943552 . G A 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00199393;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.911;QD=18.1185;RBI=0.0236207;REFB=-0.0184589;REVB=0.0235364;RO=20;SAF=9;SAR=9;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0461927;STB=0.526287;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0236878;OID=.;OPOS=11943552;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:9:9:9:11:9:9:9:11 chr19 11943697 . G A 175.67 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0465245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.968;QD=46.8456;RBI=0.0809001;REFB=0;REVB=0.0661839;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000894333;OID=.;OPOS=11943697;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr19 11979636 . T C 34.05 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=10;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.00331888;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.766;QD=15.1319;RBI=0.0105243;REFB=-0.043241;REVB=0.00998731;RO=4;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0744193;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0326765;OID=.;OPOS=11979636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:10:9:4:4:5:5:0.555556:2:3:2:2:2:3:2:2 chr19 12187020 . G A 198.48 PASS AF=0.47619;AO=19;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00678224;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.058;QD=18.9029;RBI=0.00685312;REFB=-0.0125737;REVB=-0.000983113;RO=22;SAF=8;SAR=11;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0751474;STB=0.553344;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0116928;OID=.;OPOS=12187020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:19:20:0.47619:11:8:11:11:12:8:11:11 chr19 12222381 . C G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.052;QD=59.4356;RBI=0.0367326;REFB=0;REVB=0.0319774;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139339;OID=.;OPOS=12222381;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr19 12256358 . T G 199.97 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=31;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0274344;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.264;QD=26.6627;RBI=0.0274346;REFB=-0.0264892;REVB=-9.47622e-05;RO=11;SAF=9;SAR=10;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196231;STB=0.608433;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.014479;OID=.;OPOS=12256358;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:31:30:11:11:19:19:0.633333:10:9:2:9:10:9:2:9 chr19 12444278 . G A 210.5 PASS AF=0.625;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=32;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0111435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.977;QD=26.3129;RBI=0.0316951;REFB=-0.0115801;REVB=0.0296716;RO=12;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179883;STB=0.5999;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0134472;OID=.;OPOS=12444278;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:12:12:20:20:0.625:12:8:8:4:12:8:8:4 chr19 12491498 . C T 523.27 PASS AF=0.556818;AO=48;DP=87;FAO=49;FDP=88;FR=.;FRO=39;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00736173;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.955;QD=23.7851;RBI=0.00738425;REFB=-0.0137434;REVB=-0.000576215;RO=39;SAF=23;SAR=25;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0354192;STB=0.514919;STBP=0.756;TYPE=snp;VARB=0.0124938;OID=.;OPOS=12491498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:39:39:48:49:0.556818:25:23:17:22:26:23:17:22 chr19 12502457 . A G 201.93 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0141535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.496;QD=14.6855;RBI=0.0266726;REFB=-0.0167165;REVB=-0.0226077;RO=30;SAF=14;SAR=10;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178441;STB=0.609519;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0314427;OID=.;OPOS=12502457;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:31:24:24:0.436364:10:14:12:18:10:14:12:19 chr19 12832186 . AGGGGC AGGG,AGGGC 36.36 PASS AF=0,0.466667;AO=3,5;DP=15;FAO=0,7;FDP=15;FR=.;FRO=8;FSAF=0,3;FSAR=0,4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.373859,-0.206669;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=17.3468,12.9353;QD=9.6958;RBI=0.380959,0.212224;REFB=-0.0234426,-0.118828;REVB=-0.0732101,-0.0482385;RO=5;SAF=3,1;SAR=0,4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0.534653,0.534653;SSEP=0,0;SSSB=0.698233,-0.20967;STB=0.5,0.603481;STBP=1,0.498;TYPE=del,del;VARB=0.0501547,0.0706675;OID=.,.;OPOS=12832190,12832187;OREF=GC,G;OALT=-,-;OMAPALT=AGGG,AGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.466667:3,5:15:0,7:15:8:0,3:0,4:5:3:33:5:3,1:0,4:2:3 chr19 12876964 . G C 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.00439043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.381;QD=10.032;RBI=0.0383025;REFB=-0.00827415;REVB=-0.03805;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.369772;STB=0.676751;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0238711;OID=.;OPOS=12876964;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:6:7:5:5:0.416667:3:2:5:1:3:2:5:2 chr19 12958697 . T C 162.09 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.0162661;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2811;QD=19.0689;RBI=0.0899187;REFB=0.0169516;REVB=-0.0884352;RO=16;SAF=11;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183655;STB=0.591288;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=-0.0278412;OID=.;OPOS=12958697;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:17:17:17:0.5:6:11:7:9:6:11:8:9 chr19 12963143 . T C 89.75 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.044001;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.848;QD=14.3598;RBI=0.0541858;REFB=-0.00363148;REVB=-0.031623;RO=14;SAF=8;SAR=3;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169053;STB=0.599808;STBP=0.413;TYPE=snp;VARB=0.0037225;OID=.;OPOS=12963143;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:25:25:14:14:11:11:0.44:3:8:8:6:3:8:8:6 chr19 12985576 . A G 151.39 PASS AF=0.352941;AO=17;DP=50;FAO=18;FDP=51;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=-0.0119471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.264;QD=11.8737;RBI=0.0165287;REFB=-0.0169274;REVB=-0.0114221;RO=33;SAF=4;SAR=13;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010989;STB=0.518498;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.042895;OID=.;OPOS=12985576;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:33:33:17:18:0.352941:13:4:8:25:14:4:8:25 chr19 12989560 . G A 433.4 PASS AF=0.621212;AO=41;DP=66;FAO=41;FDP=66;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=0.00975795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.768;QD=26.2666;RBI=0.0159586;REFB=0.000708202;REVB=0.0126278;RO=25;SAF=14;SAR=27;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166466;STB=0.509086;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.000360651;OID=.;OPOS=12989560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:25:25:41:41:0.621212:27:14:8:17:27:14:8:17 chr19 12996719 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=-0.0303921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4033;QD=12.0157;RBI=0.0562953;REFB=-0.0135927;REVB=0.0473865;RO=7;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32405;STB=0.69176;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.0161334;OID=.;OPOS=12996719;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:3:3:1:6:3:3:1:6 chr19 13010520 . A G 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0056953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.276;QD=54.5176;RBI=0.00651186;REFB=0;REVB=-0.00315718;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.81012e-05;OID=.;OPOS=13010520;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:19:6:0:0:19:6:0:0 chr19 13246561 . C T 229.25 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.00348248;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=176.939;QD=29.58;RBI=0.0118056;REFB=-0.0366065;REVB=0.0112802;RO=10;SAF=13;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117574;STB=0.506487;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0184624;OID=.;OPOS=13246561;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:21:21:0.677419:8:13:6:4:8:13:6:4 chr19 13246731 . C T 54.74 PASS AF=0.777778;AO=6;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0229051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6668;QD=24.3277;RBI=0.0392891;REFB=-0.0604627;REVB=0.0319217;RO=2;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173071;STB=0.583115;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0212109;OID=.;OPOS=13246731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:6:7:0.777778:4:2:0:2:5:2:0:2 chr19 13319693 . A G 100.84 PASS AF=1;AO=6;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0826757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7079;QD=40.3349;RBI=0.0826757;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0113366;OID=.;OPOS=13319693;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:6:10:1:0:6:0:0:0:10:0:0 chr19 13387904 . A G 207.34 PASS AF=0.525;AO=20;DP=39;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00213832;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=106.54;QD=20.7342;RBI=0.0391486;REFB=0.0068989;REVB=0.0390902;RO=19;SAF=9;SAR=11;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167062;STB=0.602317;STBP=0.17;TYPE=snp;VARB=-0.00443376;OID=.;OPOS=13387904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:19:19:20:21:0.525:11:9:5:14:11:10:5:14 chr19 13445208 . C T 175.92 PASS AF=0.396226;AO=19;DP=51;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.00308954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.127;QD=13.2766;RBI=0.0196993;REFB=-0.0149381;REVB=-0.0194555;RO=32;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858387;STB=0.514375;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0221712;OID=.;OPOS=13445208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:32:32:19:21:0.396226:11:8:16:16:11:10:16:16 chr19 13470522 . T C 334.05 PASS AF=0.5;AO=25;DP=64;FAO=31;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0296852;FXX=0.0312451;HRUN=2;LEN=1;MLLD=31.5722;QD=21.5519;RBI=0.0390054;REFB=-0.0166337;REVB=0.0253025;RO=25;SAF=17;SAR=8;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0417032;STB=0.507807;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0420905;OID=.;OPOS=13470522;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:62:25:26:25:31:0.5:8:17:18:7:10:21:18:8 chr19 13862642 . G A 164.12 PASS AF=0.45;AO=17;DP=39;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.0231083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.626;QD=16.4117;RBI=0.0232637;REFB=-0.0193939;REVB=0.00268414;RO=22;SAF=8;SAR=9;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608231;STB=0.519752;STBP=0.832;TYPE=snp;VARB=0.037041;OID=.;OPOS=13862642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:22:22:17:18:0.45:9:8:9:13:10:8:9:13 chr19 13868243 . C T 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.00444019;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.513;QD=12.8688;RBI=0.0205467;REFB=0.00351545;REVB=-0.0200612;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.16979;STB=0.599822;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.00536627;OID=.;OPOS=13868243;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:10:6:6:5:10:6 chr19 13885309 . C T 85.04 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0115793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.397;QD=22.6785;RBI=0.0730683;REFB=0.0175643;REVB=0.0721449;RO=5;SAF=6;SAR=4;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.230959;STB=0.63132;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-0.00380898;OID=.;OPOS=13885309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:4:6:1:4:4:6:1:4 chr19 13885484 . A G 203.22 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.00518305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4343;QD=21.9699;RBI=0.0228018;REFB=0.0157238;REVB=0.0222049;RO=17;SAF=10;SAR=10;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267218;STB=0.648513;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=-0.0140722;OID=.;OPOS=13885484;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:10:10:3:14:10:10:3:14 chr19 13900059 . A G 62.69 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=-0.0164395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.038;QD=8.08967;RBI=0.0198394;REFB=-0.00564514;REVB=0.011106;RO=22;SAF=2;SAR=7;SRF=16;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.540368;STB=0.828294;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0110075;OID=.;OPOS=13900059;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:22:22:9:9:0.290323:7:2:16:6:7:2:16:6 chr19 13988416 . A G 250.98 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.000896088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.4195;QD=19.6846;RBI=0.0459281;REFB=-0.0619579;REVB=-0.0459193;RO=25;SAF=11;SAR=15;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0151314;STB=0.508468;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0361648;OID=.;OPOS=13988416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:15:11:11:14:15:11:11:14 chr19 14000170 . T C 266.21 PASS AF=0.5;AO=27;DP=56;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=0.0312877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9078;QD=18.3593;RBI=0.0439551;REFB=-0.0219958;REVB=0.0308727;RO=29;SAF=17;SAR=10;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.025444;STB=0.535956;STBP=0.601;TYPE=snp;VARB=0.0318002;OID=.;OPOS=14000170;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:29:29:27:29:0.5:10:17:19:10:12:17:19:10 chr19 14000400 . A G 156.1 PASS AF=0.363636;AO=18;DP=53;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0159933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.836;QD=11.3527;RBI=0.0214307;REFB=-0.0184775;REVB=-0.0142649;RO=35;SAF=8;SAR=10;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465329;STB=0.555499;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0269615;OID=.;OPOS=14000400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:35:35:18:20:0.363636:10:8:17:18:12:8:17:18 chr19 14000870 . C T 275.07 PASS AF=0.43662;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=71;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=26;FWDB=0.0301317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.377;QD=15.4969;RBI=0.0360735;REFB=-0.0254554;REVB=-0.0198338;RO=40;SAF=18;SAR=13;SRF=14;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227023;STB=0.627827;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0358209;OID=.;OPOS=14000870;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:40:40:31:31:0.43662:13:18:14:26:13:18:14:26 chr19 14015711 . C A 239.02 PASS AF=0.534884;AO=22;DP=42;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0896515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8849;QD=22.2342;RBI=0.0898449;REFB=-0.00663638;REVB=-0.00589207;RO=20;SAF=14;SAR=8;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.282121;STB=0.66251;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0156441;OID=.;OPOS=14015711;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:20:20:22:23:0.534884:8:14:6:14:8:15:6:14 chr19 14030689 . T C 121.57 PASS AF=0.4375;AO=12;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.00244007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1576;QD=15.1963;RBI=0.00628934;REFB=0.0155798;REVB=0.00579671;RO=13;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233662;STB=0.514685;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=-0.0197177;OID=.;OPOS=14030689;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:18:12:14:0.4375:3:9:10:3:5:9:12:6 chr19 14065341 . T C 85.31 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0052787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1338;QD=11.3751;RBI=0.018364;REFB=-0.0529376;REVB=-0.0175889;RO=18;SAF=9;SAR=2;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385038;STB=0.722175;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0225942;OID=.;OPOS=14065341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:18:19:11:11:0.366667:2:9:9:9:2:9:10:9 chr19 14083761 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0406162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0006;QD=51.9165;RBI=0.125089;REFB=0;REVB=0.118311;RO=0;SAF=15;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00143183;OID=.;OPOS=14083761;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:6:15:0:0:6:15:0:0 chr19 14141666 . G T 545.24 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0122472;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=287.708;QD=57.3932;RBI=0.0122474;REFB=0.0656719;REVB=6.71817e-05;RO=1;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019929;STB=0.510633;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=-0.000133191;OID=.;OPOS=14141666;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:23:14:0:1:23:14:0:1 chr19 14185226 . T C 245.07 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00857919;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.671;QD=51.5932;RBI=0.0143359;REFB=0;REVB=0.0114854;RO=0;SAF=15;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182206;OID=.;OPOS=14185226;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:4:15:0:0:4:15:0:0 chr19 14323987 . C A 246.85 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=24;FWDB=-0.0223487;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=254.188;QD=17.9529;RBI=0.0239892;REFB=-0.00180657;REVB=-0.00871878;RO=27;SAF=11;SAR=16;SRF=3;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295287;STB=0.646964;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.00196132;OID=.;OPOS=14323987;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:28:27:27:0.490909:16:11:3:24:16:11:4:24 chr19 14512489 . G A 152.38 PASS AF=0.9375;AO=13;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0178155;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=72.5156;QD=38.0945;RBI=0.0295658;REFB=-0.160204;REVB=0.0235955;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529373;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.00485069;OID=.;OPOS=14512489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:0:1:13:15:0.9375:7:6:0:0:8:7:0:1 chr19 14578369 . C T 156.25 PASS AF=0.425;AO=17;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0139515;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.422;QD=15.6252;RBI=0.0176356;REFB=-0.00838743;REVB=0.0107874;RO=23;SAF=1;SAR=16;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.684901;STB=0.905086;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0280983;OID=.;OPOS=14578369;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:17:17:0.425:16:1:14:9:16:1:14:9 chr19 14580328 . A G 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=0.0608316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.238;QD=19.3432;RBI=0.0611082;REFB=-0.017643;REVB=0.00580738;RO=17;SAF=8;SAR=10;SRF=3;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242709;STB=0.615266;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0100844;OID=.;OPOS=14580328;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:18:18:18:0.5:10:8:3:14:10:8:4:14 chr19 14580635 . G C 118.26 PASS AF=0.411765;AO=13;DP=33;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0292493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0108;QD=13.9125;RBI=0.0808984;REFB=-0.0319233;REVB=0.0754257;RO=20;SAF=9;SAR=4;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158812;STB=0.607315;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0247577;OID=.;OPOS=14580635;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:20:20:13:14:0.411765:4:9:11:9:4:10:11:9 chr19 14580638 . T C 120.09 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0428867;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.495;QD=14.1283;RBI=0.043617;REFB=-0.0301977;REVB=0.00794832;RO=19;SAF=10;SAR=4;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203269;STB=0.607315;STBP=0.344;TYPE=snp;VARB=0.0406904;OID=.;OPOS=14580638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:20:14:14:0.411765:4:10:10:9:4:10:11:9 chr19 14581063 . A G 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.000769339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.433;QD=14.7423;RBI=0.00394983;REFB=-0.0417102;REVB=-0.00387418;RO=25;SAF=9;SAR=8;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173256;STB=0.599886;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.0492149;OID=.;OPOS=14581063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:8:9:9:16:8:9:9:16 chr19 14589378 . C T 82.69 PASS AF=0.305556;AO=11;DP=36;FAO=11;FDP=36;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=-0.0381469;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.1379;QD=9.18792;RBI=0.0394499;REFB=-0.0110231;REVB=-0.0100552;RO=24;SAF=5;SAR=6;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.296869;STB=0.68393;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0212638;OID=.;OPOS=14589378;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:36:36:24:25:11:11:0.305556:6:5:5:19:6:5:5:20 chr19 14590236 . C T 440.89 PASS AF=0.650794;AO=41;DP=63;FAO=41;FDP=63;FR=.;FRO=22;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00403934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1545;QD=27.9928;RBI=0.0252612;REFB=0.0194377;REVB=0.0249361;RO=22;SAF=19;SAR=22;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00571927;STB=0.503114;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.00977655;OID=.;OPOS=14590236;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:22:22:41:41:0.650794:22:19:10:12:22:19:10:12 chr19 14600197 . A C 114.16 PASS AF=0.4375;AO=13;DP=31;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0437819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.623;QD=14.2702;RBI=0.0462901;REFB=-0.0201931;REVB=0.0150307;RO=16;SAF=3;SAR=10;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0604238;STB=0.549925;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0353146;OID=.;OPOS=14600197;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:16:18:13:14:0.4375:10:3:3:13:11:3:5:13 chr19 14600294 . G A 208.24 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0061349;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=132.989;QD=23.7983;RBI=0.00646575;REFB=-0.0191468;REVB=-0.00204177;RO=13;SAF=7;SAR=13;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0960262;STB=0.540154;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.0146631;OID=.;OPOS=14600294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:35:13:15:20:20:0.571429:13:7:3:10:13:7:4:11 chr19 14600563 . T C 46.57 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0136448;FXX=0.039984;HRUN=6;LEN=1;MLLD=150.52;QD=7.76151;RBI=0.0255797;REFB=0.00203345;REVB=0.0216365;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420002;STB=0.571225;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=-0.010534;OID=.;OPOS=14600563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:22:24:15:17:7:7:0.291667:4:3:7:8:4:3:9:8 chr19 14752325 . C T 944.97 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0043872;FXX=0.0302984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=250.432;QD=59.0607;RBI=0.0127313;REFB=0;REVB=0.0119515;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145897;OID=.;OPOS=14752325;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chr19 14758168 . G A 116.23 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0395503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.613;QD=20.2142;RBI=0.0410121;REFB=-0.0368095;REVB=-0.0108521;RO=10;SAF=2;SAR=11;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0848985;STB=0.547876;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0223245;OID=.;OPOS=14758168;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:23:10:10:13:13:0.565217:11:2:1:9:11:2:1:9 chr19 14769339 . C G 2856.41 PASS AF=0.989305;AO=182;DP=184;FAO=185;FDP=187;FR=.;FRO=2;FSAF=123;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0827074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8333;QD=61.0996;RBI=0.0975639;REFB=-0.00144163;REVB=0.0517514;RO=2;SAF=122;SAR=60;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00398184;STB=0.501976;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.000391673;OID=.;OPOS=14769339;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:184:187:2:2:182:185:0.989305:60:122:1:1:62:123:1:1 chr19 14772878 . C T 225.89 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0141246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.8691;QD=20.5351;RBI=0.0295193;REFB=0.0136492;REVB=0.0259208;RO=22;SAF=8;SAR=14;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0101011;OID=.;OPOS=14772878;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:14:8:8:14:14:8:8:14 chr19 14817548 . T A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00239717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4455;QD=57.2021;RBI=0.010733;REFB=0;REVB=-0.0104619;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178134;OID=.;OPOS=14817548;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr19 14829749 . C T 703.44 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0385008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.182;QD=61.1688;RBI=0.0413763;REFB=0;REVB=0.0151553;RO=1;SAF=14;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014922;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00123645;OID=.;OPOS=14829749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:46:46:1:0:45:46:1:31:14:0:1:32:14:0:0 chr19 14847013 . G C 82.13 PASS AF=0.275;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=40;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0357403;FXX=0.0243843;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.635;QD=8.21314;RBI=0.0367508;REFB=-0.00953265;REVB=-0.00855881;RO=30;SAF=4;SAR=7;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238099;STB=0.636116;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.00742354;OID=.;OPOS=14847013;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:41:40:30:29:11:11:0.275:7:4:17:13:7:4:16:13 chr19 14862430 . C G 742.38 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332156;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1581;QD=57.1061;RBI=0.0413386;REFB=0;REVB=0.0246091;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000724022;OID=.;OPOS=14862430;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chr19 14876125 . T C 130.62 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0108697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.337;QD=13.7498;RBI=0.0127994;REFB=-0.0141513;REVB=0.00675832;RO=23;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120601;STB=0.507033;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0238104;OID=.;OPOS=14876125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:8:7:11:12:8:7:11:12 chr19 14877043 . C T 565.63 PASS AF=0.479675;AO=59;DP=123;FAO=59;FDP=123;FR=.;FRO=64;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=52;FSRR=12;FWDB=0.0581909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7362;QD=18.3945;RBI=0.058194;REFB=0.00118034;REVB=-0.000604979;RO=64;SAF=29;SAR=30;SRF=52;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302824;STB=0.666068;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000321311;OID=.;OPOS=14877043;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:123:64:64:59:59:0.479675:30:29:52:12:30:29:52:12 chr19 14910438 . C T 328.82 PASS AF=0.866667;AO=26;DP=30;FAO=26;FDP=30;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00823944;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.569;QD=43.8424;RBI=0.0100854;REFB=-0.0359391;REVB=0.00581604;RO=4;SAF=3;SAR=23;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.363635;STB=0.699813;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.000501948;OID=.;OPOS=14910438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:30:30:4:4:26:26:0.866667:23:3:4:0:23:3:4:0 chr19 14910573 . C T 44.53 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00348904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.762;QD=7.12516;RBI=0.0177559;REFB=0.000535428;REVB=0.0174098;RO=18;SAF=1;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.502452;STB=0.824;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.0005906;OID=.;OPOS=14910573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:6:1:10:8:6:1:10:8 chr19 14938616 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00449797;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.612;QD=53.9111;RBI=0.0462446;REFB=0;REVB=-0.0460253;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000319772;OID=.;OPOS=14938616;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr19 14974930 . G A 906.25 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00426122;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.52;QD=58.4679;RBI=0.00992612;REFB=0;REVB=0.00896492;RO=0;SAF=25;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194038;OID=.;OPOS=14974930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:37:25:0:0:37:25:0:0 chr19 14975040 . G A 393.1 PASS AF=0.680851;AO=32;DP=47;FAO=32;FDP=47;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=24;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.024991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.293;QD=33.4551;RBI=0.0255524;REFB=-9.80943e-05;REVB=0.00532706;RO=15;SAF=8;SAR=24;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0128948;STB=0.507038;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=-2.77086e-05;OID=.;OPOS=14975040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:15:15:32:32:0.680851:24:8:4:11:24:8:4:11 chr19 14991643 . G A 233.85 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=37;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.00405267;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.581;QD=24.6162;RBI=0.00535535;REFB=-0.019211;REVB=0.00350081;RO=15;SAF=12;SAR=10;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24888;STB=0.647761;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0123134;OID=.;OPOS=14991643;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:15:16:22:22:0.578947:10:12:3:12:10:12:3:13 chr19 14991963 . C A 140.62 PASS AF=0.6;AO=14;DP=24;FAO=15;FDP=25;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.000534348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.851;QD=22.4984;RBI=0.017047;REFB=-0.0251286;REVB=0.0170386;RO=10;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182643;STB=0.580537;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0188333;OID=.;OPOS=14991963;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:24:25:10:10:14:15:0.6:9:5:6:4:9:6:6:4 chr19 14992031 . A G 56.76 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.0158716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.95;QD=11.9497;RBI=0.0160547;REFB=0.00362814;REVB=-0.00241792;RO=11;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0117224;STB=0.507025;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.00884714;OID=.;OPOS=14992031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:3:5:7:4:3:5:7:4 chr19 14992042 . A G 52.64 PASS AF=0.4;AO=7;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0201331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.809;QD=10.5272;RBI=0.0759571;REFB=-0.00788537;REVB=-0.0732403;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116701;STB=0.549876;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0212204;OID=.;OPOS=14992042;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:20:20:11:12:7:8:0.4:4:3:6:5:4:4:7:5 chr19 14992045 . C T 56.21 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0539806;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.8996;QD=11.242;RBI=0.159588;REFB=0.00247643;REVB=0.150182;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829008;STB=0.549876;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0143652;OID=.;OPOS=14992045;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:4:4:7:5:4:4:7:5 chr19 15052982 . GT GTATC,TC 624.54 PASS AF=0.793651,0.0793651;AO=44,5;DP=64;FAO=50,5;FDP=63;FR=.;FRO=8;FSAF=31,5;FSAR=19,0;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0239407,-0.0249164;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=3,2;MLLD=126.073,147.413;QD=39.6536;RBI=0.0247404,0.0275702;REFB=-0.0510759,-0.0221352;REVB=-0.00623945,-0.0118021;RO=13;SAF=26,5;SAR=18,0;SRF=9;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0448347,0.671991;STB=0.51741,0.99723;STBP=0.56,0.041;TYPE=ins,mnp;VARB=0.00686386,0.0203977;OID=.,.;OPOS=15052984,15052982;OREF=-,GT;OALT=ATC,TC;OMAPALT=GTATC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:64:63:13:8:44,5:50,5:0.793651,0.0793651:18,0:26,5:9:4:19,0:31,5:4:4 chr19 15063757 . A G 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.107001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.2935;QD=24.1268;RBI=0.118991;REFB=0.0189608;REVB=-0.0520528;RO=11;SAF=7;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103035;STB=0.557457;STBP=0.471;TYPE=snp;VARB=-0.0189748;OID=.;OPOS=15063757;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:10:7:3:8:10:7:3:8 chr19 15083693 . C A 399.09 PASS AF=1;AO=17;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.091;QD=57.0127;RBI=0.081029;REFB=0;REVB=0.0775518;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000470805;OID=.;OPOS=15083693;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:17:28:1:7:10:0:0:18:10:0:0 chr19 15121307 . C G 88.78 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0118547;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3546;QD=14.7963;RBI=0.0301369;REFB=-0.0208145;REVB=0.0277073;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.233296;STB=0.636116;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.0287795;OID=.;OPOS=15121307;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:7:4:8:5:7:4:8:5 chr19 15131330 . G A 73.03 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0426344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2653;QD=9.12828;RBI=0.0496076;REFB=-0.0280827;REVB=-0.0253617;RO=22;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135174;STB=0.58316;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0557312;OID=.;OPOS=15131330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:7:3:9:13:7:3:9:13 chr19 15133733 . C G 274.69 PASS AF=0.483871;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=62;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0305773;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5202;QD=17.7217;RBI=0.0465937;REFB=-0.0106739;REVB=0.0351568;RO=32;SAF=8;SAR=22;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.266234;STB=0.665;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0124509;OID=.;OPOS=15133733;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:32:32:30:30:0.483871:22:8:17:15:22:8:18:14 chr19 15133762 . G C 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00204011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8116;QD=56.9566;RBI=0.00328762;REFB=0;REVB=0.00257807;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.96848e-05;OID=.;OPOS=15133762;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chr19 15133787 . C A 256.42 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0135434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.517;QD=22.7928;RBI=0.0143421;REFB=-0.0131514;REVB=0.00471916;RO=21;SAF=11;SAR=13;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189561;STB=0.605231;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00795495;OID=.;OPOS=15133787;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:13:11:5:16:13:11:5:16 chr19 15198024 . A T 71.69 PASS AF=0.277778;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=36;FR=.;FRO=26;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0496218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.006;QD=7.9656;RBI=0.0526157;REFB=-0.0229247;REVB=-0.0174952;RO=25;SAF=4;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228014;STB=0.65188;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.050616;OID=.;OPOS=15198024;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:36:36:25:26:10:10:0.277778:6:4:15:10:6:4:16:10 chr19 15198263 . A G 116.63 PASS AF=1;AO=9;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121617;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.357;QD=38.8753;RBI=0.0209277;REFB=-0.0785546;REVB=0.0170312;RO=1;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984833;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0086887;OID=.;OPOS=15198263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:12:12:1:0:9:12:1:5:4:1:0:5:7:0:0 chr19 15198292 . C G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012339;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.827;QD=45.8058;RBI=0.0156346;REFB=0;REVB=0.00960152;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000135562;OID=.;OPOS=15198292;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:6:8:0:0:6:8:0:0 chr19 15198441 . G T 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0244616;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.384;QD=9.49133;RBI=0.0585488;REFB=-0.0168819;REVB=-0.0531939;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191462;STB=0.615148;STBP=0.447;TYPE=snp;VARB=0.0457225;OID=.;OPOS=15198441;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:4:5:13:5:4:5:13:5 chr19 15198507 . T C 417.96 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0302551;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7925;QD=53.9305;RBI=0.0330296;REFB=-0.00672785;REVB=-0.0132508;RO=1;SAF=22;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0207257;STB=0.511104;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.000350693;OID=.;OPOS=15198507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:1:1:30:30:0.967742:8:22:1:0:8:22:1:0 chr19 15198606 . C T 237.72 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=0.0201136;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.761;QD=20.2311;RBI=0.0233398;REFB=-0.0344101;REVB=0.0118401;RO=24;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556139;STB=0.531282;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0514331;OID=.;OPOS=15198606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:10:13:15:9:10:13:15:9 chr19 15198631 . A C 239.65 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00507328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.967;QD=18.0868;RBI=0.0142879;REFB=-0.00594917;REVB=-0.0133568;RO=27;SAF=11;SAR=15;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153353;STB=0.586041;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.00902907;OID=.;OPOS=15198631;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:15:11:16:11:15:11:16:11 chr19 15198751 . T C 242.39 PASS AF=0.376623;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=77;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.0272415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3598;QD=12.5917;RBI=0.067946;REFB=-0.00436614;REVB=-0.062246;RO=48;SAF=13;SAR=16;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168026;STB=0.596208;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00880797;OID=.;OPOS=15198751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:48:48:29:29:0.376623:16:13:29:19:16:13:29:19 chr19 15198764 . T C 1249.74 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00336954;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.401;QD=61.7154;RBI=0.0145493;REFB=0;REVB=-0.0141537;RO=0;SAF=46;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.46682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000231171;OID=.;OPOS=15198764;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:81:0:0:81:81:1:35:46:0:0:35:46:0:0 chr19 15198851 . A T 423.49 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=27;FWDB=-0.00941225;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.669;QD=16.7717;RBI=0.0139171;REFB=-0.0167988;REVB=-0.0102515;RO=54;SAF=28;SAR=18;SRF=28;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0894568;STB=0.555531;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0187157;OID=.;OPOS=15198851;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:54:55:46:46:0.455446:18:28:28:26:18:28:28:27 chr19 15225348 . T C 45.01 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.00928484;FXX=0.0357015;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.8112;QD=6.66771;RBI=0.0211844;REFB=0.0229907;REVB=-0.0190413;RO=21;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.311075;STB=0.681389;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.0674551;OID=.;OPOS=15225348;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:28:27:21:20:7:7:0.259259:4:3:4:17:4:3:4:16 chr19 15225358 . T A,C 349.37 PASS AF=0.884615,0.115385;AO=23,3;DP=26;FAO=23,3;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=5,0;FSAR=18,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0164422,-0.020531;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=167.944,121.661;QD=53.7485;RBI=0.0165666,0.020531;REFB=0,0;REVB=-0.00202662,8.11085e-06;RO=0;SAF=5,0;SAR=18,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00306706,-0.010423;OID=.,.;OPOS=15225358,15225358;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:26:26:0:0:23,3:23,3:0.884615,0.115385:18,3:5,0:0:0:18,3:5,0:0:0 chr19 15226970 . G A 100.65 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0625653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5192;QD=16.104;RBI=0.0669704;REFB=-0.0200729;REVB=0.0238877;RO=13;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.285023;STB=0.66637;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.025421;OID=.;OPOS=15226970;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:9:3:7:6:9:3:7:6 chr19 15229993 . A G 87.47 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00694584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.353;QD=13.4565;RBI=0.00705946;REFB=-0.00214017;REVB=-0.0012615;RO=14;SAF=7;SAR=4;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0654098;STB=0.561929;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.00632954;OID=.;OPOS=15229993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:25:26:14:15:11:11:0.423077:4:7:8:6:4:7:8:7 chr19 15233581 . C A 140.1 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.00496836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.596;QD=20.7548;RBI=0.0200923;REFB=-0.0222143;REVB=0.0194683;RO=12;SAF=9;SAR=6;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0801109;STB=0.545393;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0137504;OID=.;OPOS=15233581;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:6:9:6:6:6:9:6:6 chr19 15278057 . A G 251.49 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=-0.0723697;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.4899;QD=16.7659;RBI=0.0725395;REFB=-0.0794646;REVB=-0.00496031;RO=24;SAF=16;SAR=12;SRF=5;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.294979;STB=0.587615;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0405292;OID=.;OPOS=15278057;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:60:24:32:28:28:0.466667:12:16:5:19:12:16:13:19 chr19 15285052 . T C 84.41 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0310718;FXX=0.0951928;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.235;QD=17.7696;RBI=0.0353722;REFB=-0.0276181;REVB=0.0169036;RO=10;SAF=2;SAR=8;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.384612;STB=0.648318;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.018346;OID=.;OPOS=15285052;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:20:19:10:9:10:10:0.526316:8:2:6:4:8:2:4:5 chr19 15292437 . T C 246.16 PASS AF=0.459016;AO=27;DP=58;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=0.0357477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.673;QD=16.1414;RBI=0.0387084;REFB=-0.0503888;REVB=0.0148475;RO=28;SAF=14;SAR=13;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168123;STB=0.543828;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0473404;OID=.;OPOS=15292437;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:61:28:33:27:28:0.459016:13:14:14:14:13:15:15:18 chr19 15295134 . G A 906.4 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0596149;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.089;QD=58.4773;RBI=0.0653389;REFB=0;REVB=0.0267439;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490033;OID=.;OPOS=15295134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chr19 15298136 . C A 167.41 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0405755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.439;QD=23.0913;RBI=0.0655158;REFB=-0.0228581;REVB=0.0514387;RO=12;SAF=2;SAR=15;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192382;STB=0.609608;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0248108;OID=.;OPOS=15298136;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:15:2:3:9:15:2:3:9 chr19 15302844 . T C 160.31 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9655;QD=45.804;RBI=0.059265;REFB=0;REVB=0.0581431;RO=0;SAF=12;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00301902;OID=.;OPOS=15302844;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:2:12:0:0:2:12:0:0 chr19 15508362 . G C 1274.73 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=86;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=40;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0043772;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.453;QD=59.2899;RBI=0.0052516;REFB=-0.128667;REVB=0.00290164;RO=2;SAF=40;SAR=44;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0010508;STB=0.500555;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=-1.98332e-05;OID=.;OPOS=15508362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:86:86:2:2:84:84:0.976744:44:40:1:1:44:40:1:1 chr19 15533821 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00786237;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.093;QD=48.7371;RBI=0.0258312;REFB=0;REVB=0.0246056;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000423662;OID=.;OPOS=15533821;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr19 15549939 . C T 192.74 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0983173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5851;QD=40.5775;RBI=0.10519;REFB=-0.10235;REVB=0.0373971;RO=1;SAF=11;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398535;STB=0.541619;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0313181;OID=.;OPOS=15549939;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:19:19:1:2:17:17:0.894737:6:11:1:0:6:11:2:0 chr19 15582863 . C T 86.16 PASS AF=0.354839;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=31;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.00741176;FXX=0.0312402;HRUN=4;LEN=1;MLLD=136.063;QD=11.1172;RBI=0.0103697;REFB=-0.0306415;REVB=0.00725228;RO=20;SAF=6;SAR=5;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231162;STB=0.63614;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0269509;OID=.;OPOS=15582863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:32:31:20:20:11:11:0.354839:5:6:15:5:5:6:15:5 chr19 15586672 . A T 64.43 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.0197367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.675;QD=9.91305;RBI=0.0244734;REFB=-0.0154127;REVB=0.0144709;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244812;STB=0.631281;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0184702;OID=.;OPOS=15586672;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:16:17:9:9:0.346154:6:3:9:7:6:3:9:8 chr19 15587185 . C T 115.75 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.086433;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.889;QD=10.5231;RBI=0.0885681;REFB=-0.0147783;REVB=-0.0193299;RO=29;SAF=5;SAR=9;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256878;STB=0.663231;STBP=0.163;TYPE=snp;VARB=0.0254577;OID=.;OPOS=15587185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:29:30:14:14:0.318182:9:5:17:12:9:5:18:12 chr19 15587345 . T C 97.79 PASS AF=0.413793;AO=11;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0113818;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.747;QD=13.4877;RBI=0.028714;REFB=-0.0187862;REVB=0.0263618;RO=17;SAF=1;SAR=10;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.375057;STB=0.613822;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0382568;OID=.;OPOS=15587345;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:11:12:0.413793:10:1:5:12:10:2:5:12 chr19 15726487 . G T 85.77 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.00674639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.924;QD=11.8307;RBI=0.0304389;REFB=-0.0319833;REVB=0.0296819;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145894;STB=0.586936;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0495077;OID=.;OPOS=15726487;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:7:4:9:9:7:4:9:9 chr19 15729056 . C G 393.85 PASS AF=0.573529;AO=33;DP=67;FAO=39;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0292254;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=81.1317;QD=23.1678;RBI=0.0303516;REFB=-0.0461802;REVB=0.00819129;RO=20;SAF=14;SAR=19;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162947;STB=0.560908;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.0294083;OID=.;OPOS=15729056;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:20:29:33:39:0.573529:19:14:4:16:20:19:10:19 chr19 15730498 . G GC 1253.34 PASS AF=1;AO=81;DP=93;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0708831;FXX=0.0232531;HRUN=0;LEN=1;MLLD=48.6755;QD=59.6828;RBI=0.0858931;REFB=0;REVB=-0.0485099;RO=10;SAF=32;SAR=49;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226171;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.000282325;OID=.;OPOS=15730499;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:81:93:84:84:0:34:50:0:0:7:10:32:49:5:5 chr19 15739596 . CA C,CC 390.08 PASS AF=0.0357143,0.964286;AO=4,24;DP=28;FAO=1,27;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=1,17;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323802,0.0361734;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=165.709,183.385;QD=55.7252;RBI=0.0357106,0.0380339;REFB=0,0;REVB=0.0150589,0.01175;RO=0;SAF=4,14;SAR=0,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.017342,-0.000160338;OID=.,.;OPOS=15739597,15739597;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0357143,0.964286:4,24:28:1,27:28:0:1,17:0,10:0:0:3:0:4,14:0,10:0:0 chr19 15757927 . T C 1411.64 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.543;QD=62.7396;RBI=0.0137452;REFB=0;REVB=-0.00580655;RO=0;SAF=48;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43607e-05;OID=.;OPOS=15757927;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:90:0:0:90:90:1:42:48:0:0:42:48:0:0 chr19 15763721 . G A 805.18 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0449187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.945;QD=64.4147;RBI=0.0530349;REFB=0;REVB=0.0281958;RO=0;SAF=21;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.20481e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176311;OID=.;OPOS=15763721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:29:21:0:0:29:21:0:0 chr19 15769379 . G C 322.45 PASS AF=1;AO=19;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.834;QD=53.7416;RBI=0.0427408;REFB=0;REVB=0.00780123;RO=0;SAF=5;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000833583;OID=.;OPOS=15769379;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:19:24:1:14:5:0:0:15:9:0:0 chr19 15769529 . GC TT 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197435;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=282.733;QD=48.7373;RBI=0.0287391;REFB=0;REVB=0.0208836;RO=0;SAF=1;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.28164e-06;OID=.;OPOS=15769529;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:16:1:0:0:16:1:0:0 chr19 15769625 . A G 325.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0222531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.441;QD=52.0745;RBI=0.0229063;REFB=0;REVB=-0.00543124;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198654;OID=.;OPOS=15769625;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:16:8:0:0:17:8:0:0 chr19 15784061 . C A 428.89 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0515588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.4462;QD=57.1855;RBI=0.0548458;REFB=0;REVB=-0.0187017;RO=0;SAF=14;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.56309e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00043999;OID=.;OPOS=15784061;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:16:14:0:0:16:14:0:0 chr19 15784386 . C T 375.66 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00589918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4711;QD=55.6527;RBI=0.0111756;REFB=0;REVB=-0.00949181;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.86617e-05;OID=.;OPOS=15784386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr19 15789098 . A G 689.05 PASS AF=1;AO=41;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0868507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.8433;QD=61.2491;RBI=0.0876134;REFB=0;REVB=0.0115355;RO=2;SAF=18;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00539219;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00270349;OID=.;OPOS=15789098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:2:0:41:45:1:23:18:1:1:24:21:0:0 chr19 15789140 . A G 1116.89 PASS AF=1;AO=74;DP=74;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000660031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.375;QD=60.3727;RBI=0.0115669;REFB=0;REVB=0.011548;RO=0;SAF=43;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.62534e-05;OID=.;OPOS=15789140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:74:0:0:74:74:1:31:43:0:0:31:43:0:0 chr19 15791180 . C T 727.69 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.813;QD=63.2774;RBI=0.0530574;REFB=0;REVB=0.0434694;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000336335;OID=.;OPOS=15791180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:22:24:0:0:22:24:0:0 chr19 15793235 . T C 996.72 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0472207;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.478;QD=57.7806;RBI=0.0580868;REFB=0.0736116;REVB=0.0338273;RO=1;SAF=29;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160186;STB=0.508472;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=-0.000406558;OID=.;OPOS=15793235;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:68:68:0.985507:39:29:1:0:39:29:1:0 chr19 15807884 . A G 538.15 PASS AF=0.904762;AO=38;DP=42;FAO=38;FDP=42;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=23;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0555246;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8829;QD=51.2527;RBI=0.0582335;REFB=-0.0385578;REVB=-0.0175545;RO=4;SAF=15;SAR=23;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109757;STB=0.558792;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0166717;OID=.;OPOS=15807884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:42:42:4:4:38:38:0.904762:23:15:4:0:23:15:4:0 chr19 15839365 . C T 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0545547;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.2778;QD=40.761;RBI=0.086964;REFB=0;REVB=0.0677238;RO=0;SAF=1;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000759123;OID=.;OPOS=15839365;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:9:1:0:0:9:1:0:0 chr19 15852242 . C A 674.39 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0516093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.925;QD=52.8933;RBI=0.0690787;REFB=-0.0882489;REVB=0.0459168;RO=2;SAF=32;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285083;STB=0.50746;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00203498;OID=.;OPOS=15852242;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:51:51:2:1:49:50:0.980392:17:32:2:0:17:33:1:0 chr19 15905002 . T C 671.39 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0712243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.475;QD=59.6788;RBI=0.0731163;REFB=0.0917367;REVB=0.0165253;RO=1;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268199;STB=0.514279;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=-0.000378883;OID=.;OPOS=15905002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:1:1:43:44:0.977778:17:26:0:1:17:27:0:1 chr19 15905431 . T C 594.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0560618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.752;QD=60.977;RBI=0.0576454;REFB=0;REVB=0.013419;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000265691;OID=.;OPOS=15905431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr19 15905529 . C A 400.89 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0424067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.245;QD=53.4517;RBI=0.0689858;REFB=-0.118974;REVB=0.0544124;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.517229;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.00472292;OID=.;OPOS=15905529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:30:30:0:1:29:29:0.966667:14:15:0:0:14:15:0:1 chr19 15989696 . G C 57.89 PASS AF=0.169492;AO=8;DP=57;FAO=10;FDP=59;FR=.;FRO=49;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=32;FSRR=17;FWDB=-0.0153945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.973;QD=3.92483;RBI=0.0300825;REFB=-0.00835819;REVB=-0.025845;RO=49;SAF=6;SAR=2;SRF=32;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137718;STB=0.654828;STBP=0.371;TYPE=snp;VARB=0.0381974;OID=.;OPOS=15989696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:57:59:49:49:8:10:0.169492:2:6:32:17:2:8:32:17 chr19 15989730 . T C 112.85 PASS AF=0.274194;AO=16;DP=61;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=15;FWDB=-0.0367205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5035;QD=7.28087;RBI=0.0393901;REFB=-0.012697;REVB=-0.0142543;RO=45;SAF=11;SAR=5;SRF=30;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028784;STB=0.533293;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0449669;OID=.;OPOS=15989730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:45:45:16:17:0.274194:5:11:30:15:5:12:30:15 chr19 16034714 . A G 729.65 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9194;QD=57.2278;RBI=0.0611582;REFB=0;REVB=-0.0235464;RO=0;SAF=33;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000158729;OID=.;OPOS=16034714;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:16:33:0:0:16:35:0:0 chr19 16045140 . CT C,CC 783.97 PASS AF=0.0204082,0.979592;AO=7,40;DP=47;FAO=1,48;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=1,28;FSAR=0,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100435,0.095827;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=198.62,212.89;QD=63.9978;RBI=0.100675,0.0959981;REFB=0,0;REVB=0.00695637,0.00572944;RO=0;SAF=7,20;SAR=0,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0504978,0.000392558;OID=.,.;OPOS=16045141,16045141;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0204082,0.979592:7,40:47:1,48:49:0:1,28:0,20:0:0:4:0:7,20:0,20:0:0 chr19 16060236 . G A 224.71 PASS AF=0.583333;AO=16;DP=38;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.00620922;FXX=0.0526177;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.155;QD=24.9684;RBI=0.016383;REFB=0.00160008;REVB=0.0151607;RO=12;SAF=11;SAR=5;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883617;STB=0.555501;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=-0.00139029;OID=.;OPOS=16060236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:36:12:15:16:21:0.583333:5:11:7:5:6:15:9:6 chr19 16268207 . TA T 257.97 PASS AF=1;AO=25;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236521;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=12.4141;QD=32.2459;RBI=0.0676808;REFB=0;REVB=-0.0634134;RO=3;SAF=15;SAR=10;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137982;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00147831;OID=.;OPOS=16268208;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:32:32:32:0:18:14:0:0:5:3:15:10:2:1 chr19 16275655 . C T 478.48 PASS AF=0.773585;AO=37;DP=50;FAO=41;FDP=53;FR=.;FRO=12;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0129371;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=168.161;QD=36.112;RBI=0.0350963;REFB=0.0241637;REVB=0.0326248;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.563878;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.00296793;OID=.;OPOS=16275655;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:50:53:0:12:37:41:0.773585:22:15:0:0:25:16:8:4 chr19 16591464 . G A 624.31 PASS AF=0.933333;AO=42;DP=46;FAO=42;FDP=45;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0207643;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.535;QD=55.494;RBI=0.0314852;REFB=0.0489298;REVB=0.0236677;RO=3;SAF=11;SAR=31;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112078;STB=0.55997;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.000840738;OID=.;OPOS=16591464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:46:45:3:3:42:42:0.933333:31:11:3:0:31:11:3:0 chr19 16594769 . C T 230.88 PASS AF=0.55;AO=22;DP=40;FAO=22;FDP=40;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0341539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.247;QD=23.088;RBI=0.0342907;REFB=-0.0261937;REVB=-0.00305959;RO=17;SAF=10;SAR=12;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14948;STB=0.59451;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0127279;OID=.;OPOS=16594769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:18:22:22:0.55:12:10:11:6:12:10:12:6 chr19 16601194 . C T 825.27 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0181616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6225;QD=54.1158;RBI=0.0202232;REFB=-0.0349827;REVB=0.00889573;RO=2;SAF=32;SAR=27;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0285773;STB=0.515146;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0114655;OID=.;OPOS=16601194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:59:59:0.967213:27:32:2:0:27:32:2:0 chr19 16611978 . T C 172.12 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0128048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.328;QD=18.1182;RBI=0.0241017;REFB=-0.00211562;REVB=-0.0204189;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05159;STB=0.529379;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.00198194;OID=.;OPOS=16611978;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:10:8:10:10:10:8:10:10 chr19 16612011 . T C 105.81 PASS AF=0.419355;AO=10;DP=29;FAO=13;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=18;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=-0.00962688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.294;QD=13.6529;RBI=0.0105217;REFB=-0.013754;REVB=-0.00424619;RO=15;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0687321;STB=0.509985;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0182618;OID=.;OPOS=16612011;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:31:15:18:10:13:0.419355:4:6:8:7:7:6:8:10 chr19 16628850 . G A 135.85 PASS AF=0.7;AO=14;DP=20;FAO=14;FDP=20;FR=.;FRO=6;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0114741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.103;QD=27.1697;RBI=0.0574635;REFB=-0.0712416;REVB=0.0563063;RO=6;SAF=13;SAR=1;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.540536;STB=0.811912;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00391684;OID=.;OPOS=16628850;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:6:6:14:14:0.7:1:13:2:4:1:13:2:4 chr19 16631318 . G A 253.18 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0842694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2819;QD=19.1077;RBI=0.0962239;REFB=0.011904;REVB=0.0464513;RO=26;SAF=7;SAR=20;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0535428;STB=0.530012;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=-0.00848968;OID=.;OPOS=16631318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:20:7:8:18:20:7:8:18 chr19 16666101 . G C 85.8 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=-0.0131764;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=156.038;QD=11.8349;RBI=0.0304274;REFB=-0.00806165;REVB=0.0274265;RO=18;SAF=2;SAR=9;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216945;STB=0.631311;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.010333;OID=.;OPOS=16666101;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:9:2:6:12:9:2:6:12 chr19 16842052 . G T 136.7 PASS AF=0.625;AO=13;DP=23;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.082987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.873;QD=22.7827;RBI=0.0839298;REFB=-0.0336532;REVB=0.0125445;RO=9;SAF=5;SAR=8;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203205;STB=0.599867;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0102622;OID=.;OPOS=16842052;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:23:24:9:9:13:15:0.625:8:5:6:3:9:6:6:3 chr19 16855265 . AT GC,GT 855.12 PASS AF=0.0333333,0.966667;AO=3,57;DP=60;FAO=2,58;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=2,25;FSAR=0,33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137378,0.00188263;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=41.7926,122.921;QD=57.0077;RBI=0.0551435,0.0271369;REFB=0,0;REVB=-0.0534049,0.0270715;RO=0;SAF=2,25;SAR=1,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0464916,5.59442e-05;OID=.,.;OPOS=16855265,16855265;OREF=AT,A;OALT=GC,G;OMAPALT=GC,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:60:60:0:0:3,57:2,58:0.0333333,0.966667:1,32:2,25:0:0:0,33:2,25:0:0 chr19 16860105 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.789;QD=56.7066;RBI=0.0260291;REFB=0;REVB=0.0140314;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144361;OID=.;OPOS=16860105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr19 16899838 . A T 1652.84 PASS AF=0.991071;AO=110;DP=112;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=59;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0338698;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=145.543;QD=59.0299;RBI=0.0479752;REFB=-0.142702;REVB=-0.0339772;RO=0;SAF=58;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4768e-08;STB=0.504201;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.00121542;OID=.;OPOS=16899838;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:112:0:1:110:111:0.991071:52:58:0:0:52:59:1:0 chr19 16976286 . A G 971.82 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000967572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.474;QD=58.8984;RBI=0.0105132;REFB=0;REVB=-0.0104686;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.77499e-05;OID=.;OPOS=16976286;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:33:32:0:0:34:32:0:0 chr19 17006714 . G A,GCA 160.12 PASS AF=0.0192308,0.365385;AO=3,16;DP=70;FAO=1,19;FDP=52;FR=.;FRO=32;FSAF=1,9;FSAR=0,10;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0318615,-0.100143;FXX=0.0545355;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=44.571,45.1588;QD=12.3168;RBI=0.0537715,0.107562;REFB=-0.0772312,-0.147212;REVB=-0.0433153,-0.0392549;RO=49;SAF=2,7;SAR=1,9;SRF=23;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.180017,-0.0392817;STB=0.989887,0.516511;STBP=0.465,0.818;TYPE=snp,ins;VARB=0.0615752,0.238539;OID=.,.;OPOS=17006714,17006715;OREF=G,-;OALT=A,CA;OMAPALT=A,GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:70:52:49:32:3,16:1,19:0.0192308,0.365385:1,9:2,7:23:26:0,10:1,9:16:16 chr19 17006740 . G A 44.86 PASS AF=0.145161;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=62;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=27;FWDB=-0.0708141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2945;QD=2.89445;RBI=0.0779223;REFB=-0.021715;REVB=0.0325153;RO=53;SAF=4;SAR=5;SRF=26;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0563903;STB=0.53948;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.112653;OID=.;OPOS=17006740;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:62:62:53:53:9:9:0.145161:5:4:26:27:5:4:26:27 chr19 17025292 . G A 58.15 PASS AF=0.4;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0144841;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.809;QD=11.6308;RBI=0.0145502;REFB=-0.00496043;REVB=-0.00138469;RO=12;SAF=7;SAR=1;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.57458;STB=0.850411;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0219172;OID=.;OPOS=17025292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:21:20:12:12:8:8:0.4:1:7:4:8:1:7:4:8 chr19 17088299 . T C 557.09 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00539809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.05;QD=60.2261;RBI=0.0107176;REFB=0;REVB=0.00925894;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.81603e-05;OID=.;OPOS=17088299;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr19 17091368 . T G 885.43 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0223502;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=257.789;QD=58.0609;RBI=0.0307852;REFB=0;REVB=0.0211707;RO=0;SAF=22;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.01474e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.53412e-05;OID=.;OPOS=17091368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:39:22:0:0:39:22:0:0 chr19 17100552 . A G 582.43 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00545267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.758;QD=58.2431;RBI=0.0325726;REFB=0.0844354;REVB=0.032113;RO=1;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267753;STB=0.514278;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.000231727;OID=.;OPOS=17100552;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:17:22:0:1:17:22:0:1 chr19 17108135 . C T 382.58 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0229593;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.308;QD=52.7696;RBI=0.0355868;REFB=-0.0337482;REVB=0.0271899;RO=1;SAF=9;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238715;STB=0.512811;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.000912866;OID=.;OPOS=17108135;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:29:1:1:28:28:0.965517:19:9:0:1:19:9:0:1 chr19 17111297 . A G 689.24 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.044845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2524;QD=62.6578;RBI=0.0476964;REFB=0;REVB=-0.0162441;RO=0;SAF=18;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241334;OID=.;OPOS=17111297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:26:18:0:0:26:18:0:0 chr19 17170885 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232771;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.892;QD=51.1846;RBI=0.0237794;REFB=0;REVB=-0.00486196;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.93829e-05;OID=.;OPOS=17170885;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr19 17273893 . G T 138.05 PASS AF=0.517241;AO=14;DP=28;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0285345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.445;QD=19.0416;RBI=0.0290603;REFB=-0.0346688;REVB=0.00550308;RO=13;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0324097;STB=0.550392;STBP=0.637;TYPE=snp;VARB=0.0325701;OID=.;OPOS=17273893;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:13:14:14:15:0.517241:7:7:7:6:8:7:8:6 chr19 17283657 . C T 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0802973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.232;QD=14.6504;RBI=0.0804921;REFB=0.0110467;REVB=-0.00559556;RO=31;SAF=4;SAR=19;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.320039;STB=0.685591;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=-0.00841857;OID=.;OPOS=17283657;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:19:4:13:18:19:4:13:18 chr19 17303774 . T G 885.38 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0321301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.013;QD=58.0574;RBI=0.032357;REFB=0;REVB=0.00382512;RO=0;SAF=37;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.61156e-05;OID=.;OPOS=17303774;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:24:37:0:0:24:37:0:0 chr19 17305440 . T C 575.73 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00841989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1771;QD=60.6034;RBI=0.0190985;REFB=0;REVB=0.0171422;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193312;OID=.;OPOS=17305440;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr19 17312992 . C T 482.28 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0385561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.4961;QD=58.4582;RBI=0.0806455;REFB=0;REVB=0.0708316;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356419;OID=.;OPOS=17312992;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:33:0:0:32:33:1:18:14:0:0:19:14:0:0 chr19 17316782 . T C 507.7 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=223.864;QD=58.0226;RBI=0.0370401;REFB=0;REVB=0.0178249;RO=0;SAF=19;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.40663e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270262;OID=.;OPOS=17316782;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:15:19:0:0:16:19:0:0 chr19 17317955 . A C,G 1541.05 PASS AF=0.0380952,0.961905;AO=4,101;DP=105;FAO=4,101;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=4,50;FSAR=0,51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0039906,0.104209;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=181.751,52.0501;QD=58.7066;RBI=0.0141729,0.11021;REFB=0,0;REVB=0.0135995,0.0358695;RO=0;SAF=4,50;SAR=0,51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-4.10484e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.152522,-0.00127926;OID=.,.;OPOS=17317955,17317955;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:105:105:0:0:4,101:4,101:0.0380952,0.961905:0,51:4,50:0:0:0,51:4,50:0:0 chr19 17330060 . T C 1242.15 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=85;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0177269;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.1166;QD=59.15;RBI=0.0478733;REFB=-0.174217;REVB=-0.0444704;RO=0;SAF=34;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510202;STBP=0.246;TYPE=snp;VARB=0.00458075;OID=.;OPOS=17330060;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:85:84:0:2:82:82:0.97619:48:34:0:0:48:34:0:2 chr19 17337871 . A G 187.71 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0758943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.489;QD=46.9264;RBI=0.0809773;REFB=0;REVB=0.0282378;RO=0;SAF=1;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000436374;OID=.;OPOS=17337871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:16:0:0:14:16:1:13:1:0:0:14:2:0:0 chr19 17337882 . C G 239.91 PASS AF=1;AO=17;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.103;QD=50.5066;RBI=0.119755;REFB=0;REVB=0.0483669;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000592239;OID=.;OPOS=17337882;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:17:19:1:13:4:0:0:14:5:0:0 chr19 17338099 . G C 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0485394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.421;QD=55.656;RBI=0.0526503;REFB=0;REVB=0.0203955;RO=0;SAF=15;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208826;OID=.;OPOS=17338099;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:12:15:0:0:12:15:0:0 chr19 17339112 . G A 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.085;QD=57.2026;RBI=0.0403551;REFB=0;REVB=0.0361907;RO=0;SAF=24;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128345;OID=.;OPOS=17339112;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:6:24:0:0:6:24:0:0 chr19 17366278 . T C 181.99 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.052081;FXX=0.062461;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.778;QD=48.531;RBI=0.0568584;REFB=0;REVB=0.0228134;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000592246;OID=.;OPOS=17366278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chr19 17451981 . G A 1272.0 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7656;QD=60.5714;RBI=0.0418286;REFB=0;REVB=0.0280993;RO=0;SAF=30;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000383588;OID=.;OPOS=17451981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:82:84:1:52:30:0:0:52:32:0:0 chr19 17463214 . C T 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.053569;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.106;QD=14.1693;RBI=0.0638562;REFB=-0.0258474;REVB=0.034756;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.38819;STB=0.723744;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.03764;OID=.;OPOS=17463214;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:4:6:2:10:4:6:2:10 chr19 17471421 . G A 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0322045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6257;QD=18.8208;RBI=0.0323298;REFB=-0.0259754;REVB=-0.00284288;RO=10;SAF=10;SAR=2;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0456919;STB=0.52627;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0306142;OID=.;OPOS=17471421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:2:10:8:2:2:10:8:2 chr19 17547292 . A G 806.41 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00252029;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.257;QD=57.6005;RBI=0.0028357;REFB=0;REVB=0.00129975;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.47436e-06;OID=.;OPOS=17547292;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chr19 17599863 . C G 61.07 PASS AF=0.391304;AO=8;DP=22;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00988551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.593;QD=10.6203;RBI=0.0198169;REFB=-0.0357115;REVB=-0.0171752;RO=14;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.283525;STB=0.691844;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0401571;OID=.;OPOS=17599863;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:22:23:14:14:8:9:0.391304:6:2:7:7:7:2:7:7 chr19 17641667 . G A 817.07 PASS AF=0.575758;AO=74;DP=130;FAO=76;FDP=132;FR=.;FRO=56;FSAF=45;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=44;FWDB=0.0190824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.322;QD=24.7597;RBI=0.0190825;REFB=0.000387137;REVB=8.17849e-05;RO=55;SAF=44;SAR=30;SRF=12;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288225;STB=0.65632;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.000253923;OID=.;OPOS=17641667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:132:55:56:74:76:0.575758:30:44:12:43:31:45:12:44 chr19 17648350 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0428074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.529;QD=44.6898;RBI=0.0499756;REFB=0;REVB=0.0257893;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000226065;OID=.;OPOS=17648350;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr19 17651370 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.09;QD=52.6129;RBI=0.122499;REFB=0;REVB=0.0342346;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000664615;OID=.;OPOS=17651370;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr19 17654181 . C T 242.27 PASS AF=0.5;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0134945;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7158;QD=21.0666;RBI=0.0208734;REFB=-0.0112099;REVB=-0.0159248;RO=23;SAF=6;SAR=17;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0516496;STB=0.528943;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00529218;OID=.;OPOS=17654181;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:23:23:23:23:0.5:17:6:5:18:17:6:5:18 chr19 17654182 . G A 238.16 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.00959822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.106;QD=20.2685;RBI=0.0179416;REFB=-0.00601399;REVB=0.0151583;RO=24;SAF=5;SAR=18;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0421143;STB=0.523788;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0144714;OID=.;OPOS=17654182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:18:5:6:18:18:5:6:18 chr19 17660300 . G A 156.25 PASS AF=0.425;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0432629;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.0393;QD=15.6252;RBI=0.0527736;REFB=0.000552072;REVB=0.0302221;RO=22;SAF=10;SAR=7;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131602;STB=0.563723;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=-0.00114042;OID=.;OPOS=17660300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:22:23:17:17:0.425:7:10:10:12:7:10:11:12 chr19 17662616 . G A 144.79 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.0521868;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=191.763;QD=15.6529;RBI=0.0535349;REFB=-0.0016323;REVB=-0.0119383;RO=20;SAF=5;SAR=11;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0412697;STB=0.513601;STBP=0.89;TYPE=snp;VARB=0.00266585;OID=.;OPOS=17662616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:20:21:16:16:0.432432:11:5:7:13:11:5:7:14 chr19 17692324 . T G 389.97 PASS AF=1;AO=24;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0255889;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.922;QD=55.7101;RBI=0.0335435;REFB=0;REVB=0.0216882;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243613;OID=.;OPOS=17692324;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:24:28:1:16:8:0:0:19:9:0:0 chr19 17746946 . GA G,GG 879.47 PASS AF=0.0163934,0.983607;AO=23,33;DP=59;FAO=1,60;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22;FSAR=1,38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426171,0.057738;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=255.616,265.995;QD=57.6702;RBI=0.0590752,0.070037;REFB=0,0;REVB=0.0409104,0.0396422;RO=1;SAF=12,6;SAR=11,27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0370176,-0.0716363;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0182474,0.00163604;OID=.,.;OPOS=17746947,17746947;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0163934,0.983607:23,33:59:1,60:61:0:0,22:1,38:0:0:6:1:12,6:11,27:1:0 chr19 17777508 . C G 170.38 PASS AF=0.62963;AO=17;DP=25;FAO=17;FDP=27;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.0464909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7441;QD=25.2417;RBI=0.0648924;REFB=-0.0322384;REVB=-0.0452727;RO=8;SAF=6;SAR=11;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.161931;STB=0.557534;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00934967;OID=.;OPOS=17777508;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:25:27:8:10:17:17:0.62963:11:6:5:3:11:6:5:5 chr19 17885270 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.754;QD=56.1903;RBI=0.0298631;REFB=0;REVB=0.0100977;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117175;OID=.;OPOS=17885270;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr19 17886940 . G A 530.39 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=38;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0360558;FXX=0.0263089;HRUN=3;LEN=1;MLLD=241.604;QD=57.3398;RBI=0.0413748;REFB=-0.119417;REVB=0.0202942;RO=1;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191068;STB=0.510198;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.00411847;OID=.;OPOS=17886940;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:37:1:1:36:36:0.972973:24:12:0:1:24:12:0:1 chr19 17887024 . T C 724.12 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0430758;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.281;QD=54.6503;RBI=0.0706401;REFB=0.00934809;REVB=0.0559865;RO=1;SAF=24;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016526;STB=0.508769;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=5.16128e-05;OID=.;OPOS=17887024;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:28:24:0:1:28:24:0:1 chr19 17892591 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00826264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.052;QD=42.1824;RBI=0.0635111;REFB=0;REVB=0.0629713;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103463;OID=.;OPOS=17892591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr19 17898592 . G A 373.34 PASS AF=0.578125;AO=37;DP=65;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0172115;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.471;QD=23.3335;RBI=0.0172223;REFB=-0.0232844;REVB=0.000608202;RO=27;SAF=25;SAR=12;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100723;STB=0.555525;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0172328;OID=.;OPOS=17898592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:27:27:37:37:0.578125:12:25:15:12:12:25:15:12 chr19 17922795 . G A 201.27 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00877932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4349;QD=21.1867;RBI=0.0153956;REFB=-0.00894529;REVB=0.012647;RO=18;SAF=11;SAR=9;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0523046;STB=0.529383;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.00667276;OID=.;OPOS=17922795;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:9:11:11:7:9:11:11:7 chr19 17932138 . T C 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00212561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1633;QD=35.5755;RBI=0.0646274;REFB=0;REVB=-0.0645924;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00547029;OID=.;OPOS=17932138;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr19 17953290 . G A 102.59 PASS AF=0.5;AO=10;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0360027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=38.7246;QD=17.0986;RBI=0.0752893;REFB=-0.0418747;REVB=0.0661232;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122798;STB=0.516102;STBP=0.921;TYPE=snp;VARB=0.0527854;OID=.;OPOS=17953290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:24:24:11:11:10:12:0.5:6:4:3:8:8:4:4:7 chr19 17955124 . GGC G 50.24 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=36;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0733339;FXX=0.0294031;HRUN=4;LEN=2;MLLD=25.9723;QD=6.08915;RBI=0.0802067;REFB=-0.0747547;REVB=0.0324847;RO=23;SAF=2;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0.395939;SSEP=0;SSSB=-0.355595;STB=0.789533;STBP=0.037;TYPE=del;VARB=0.176412;OID=.;OPOS=17955125;OREF=GC;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.30303:10:36:10:33:23:2:8:14:9:50:23:2:8:11:12 chr19 18047283 . T G 177.06 PASS AF=0.37931;AO=21;DP=58;FAO=22;FDP=58;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=-0.0131599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.87;QD=12.2108;RBI=0.0271681;REFB=-0.017577;REVB=-0.0237681;RO=33;SAF=11;SAR=10;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153602;STB=0.620586;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0382625;OID=.;OPOS=18047283;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:36:21:22:0.37931:10:11:22:11:11:11:25:11 chr19 18123738 . T C 754.43 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.862;QD=56.9383;RBI=0.0159642;REFB=0;REVB=0.0123366;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.30542e-05;OID=.;OPOS=18123738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr19 18124184 . C T 357.93 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00469326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.44;QD=53.0261;RBI=0.0699027;REFB=0;REVB=0.069745;RO=0;SAF=8;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000892927;OID=.;OPOS=18124184;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:27:0:0:25:27:1:17:8:0:0:18:9:0:0 chr19 18180413 . C G 288.05 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=25;FWDB=0.011774;FXX=0.0136968;HRUN=5;LEN=1;MLLD=50.0016;QD=16.0027;RBI=0.0605499;REFB=-0.0043687;REVB=0.0593942;RO=40;SAF=13;SAR=19;SRF=15;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.032165;STB=0.518105;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00869728;OID=.;OPOS=18180413;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:40:40:32:32:0.444444:19:13:15:25:19:13:15:25 chr19 18180451 . A G 233.26 PASS AF=0.383562;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.0168057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1978;QD=12.7815;RBI=0.0218073;REFB=-0.00888862;REVB=-0.013897;RO=43;SAF=11;SAR=17;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283526;STB=0.504603;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.0205513;OID=.;OPOS=18180451;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:43:45:28:28:0.383562:17:11:18:25:17:11:18:27 chr19 18186575 . G A 107.67 PASS AF=0.448276;AO=12;DP=30;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0231026;FXX=0.0333222;HRUN=4;LEN=1;MLLD=108.401;QD=14.8509;RBI=0.0278172;REFB=-0.0234022;REVB=0.0154941;RO=14;SAF=2;SAR=10;SRF=2;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0411397;STB=0.514683;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0222291;OID=.;OPOS=18186575;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:29:14:16:12:13:0.448276:10:2:2:12:10:3:4:12 chr19 18186618 . T C 168.69 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.010393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6005;QD=16.0652;RBI=0.0180661;REFB=-0.00612223;REVB=-0.0147773;RO=24;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113876;STB=0.565147;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.00440622;OID=.;OPOS=18186618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:10:8:8:16:10:8:8:16 chr19 18191664 . C G 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=3;FWDB=0.0372072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.332;QD=11.6341;RBI=0.0372201;REFB=0.000286072;REVB=-0.000978673;RO=16;SAF=2;SAR=8;SRF=13;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.587513;STB=0.844453;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.000341793;OID=.;OPOS=18191664;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:8:2:13:3:8:2:13:3 chr19 18197635 . G A 418.42 PASS AF=0.532468;AO=41;DP=80;FAO=41;FDP=77;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0103626;FXX=0.0374953;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.013;QD=21.7359;RBI=0.0112835;REFB=-0.0326004;REVB=0.00446478;RO=36;SAF=16;SAR=25;SRF=15;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233457;STB=0.512899;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0199809;OID=.;OPOS=18197635;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:77:36:36:41:41:0.532468:25:16:15:21:25:16:15:21 chr19 18197744 . T A 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0236388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.952;QD=13.631;RBI=0.0254272;REFB=0.00513695;REVB=0.00936739;RO=9;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278203;STB=0.660682;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.0024689;OID=.;OPOS=18197744;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:5:3:1:8:5:3:1:8 chr19 18234441 . C T 557.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.494;QD=60.229;RBI=0.0610816;REFB=0;REVB=0.0599056;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000435849;OID=.;OPOS=18234441;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr19 18245512 . C T 207.34 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0311096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.382;QD=48.7849;RBI=0.137238;REFB=0;REVB=0.133666;RO=0;SAF=13;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.78418e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196778;OID=.;OPOS=18245512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:3:13:0:0:3:14:0:0 chr19 18248146 . T C 440.27 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.971;QD=56.8085;RBI=0.0380607;REFB=0;REVB=0.00327718;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000212223;OID=.;OPOS=18248146;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:30:31:1:18:12:0:0:18:13:0:0 chr19 18255359 . G A 657.96 PASS AF=0.942308;AO=48;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.000316072;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.4652;QD=50.6119;RBI=0.0334967;REFB=-0.0460047;REVB=0.0334952;RO=3;SAF=23;SAR=25;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0574962;STB=0.5306;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.00934067;OID=.;OPOS=18255359;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:3:3:48:49:0.942308:25:23:3:0:26:23:3:0 chr19 18257750 . C T 1146.37 PASS AF=0.987179;AO=75;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0455972;FXX=0.0370325;HRUN=4;LEN=1;MLLD=121.144;QD=58.7883;RBI=0.0476425;REFB=-0.0776161;REVB=0.0138095;RO=1;SAF=36;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129618;STB=0.506665;STBP=0.326;TYPE=snp;VARB=0.0016104;OID=.;OPOS=18257750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:1:1:75:77:0.987179:39:36:1:0:40:37:1:0 chr19 18272815 . G A 102.8 PASS AF=0.325;AO=10;DP=37;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0144538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.617;QD=10.2802;RBI=0.0145877;REFB=-0.00387868;REVB=0.00197226;RO=26;SAF=4;SAR=6;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.204008;STB=0.638573;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.011479;OID=.;OPOS=18272815;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:40:26:27:10:13:0.325:6:4:15:11:8:5:16:11 chr19 18273047 . T C 144.89 PASS AF=1;AO=11;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0439428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.809;QD=44.5804;RBI=0.0589807;REFB=0;REVB=0.0393414;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.003231;OID=.;OPOS=18273047;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:11:13:1:8:3:0:0:10:3:0:0 chr19 18279638 . T C 902.67 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00299969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8115;QD=58.2365;RBI=0.0264025;REFB=0;REVB=-0.0262316;RO=0;SAF=34;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000105967;OID=.;OPOS=18279638;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:61:62:1:27:34:0:0:27:35:0:0 chr19 18313515 . C T 161.27 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=15;FWDB=-0.00040407;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1262;QD=18.9731;RBI=0.00951923;REFB=-0.0185072;REVB=-0.00951065;RO=17;SAF=10;SAR=7;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399784;STB=0.723455;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0119301;OID=.;OPOS=18313515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:7:10:2:15:7:10:2:15 chr19 18359037 . G A 85.27 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00148861;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=263.975;QD=11.3694;RBI=0.00401635;REFB=-0.0156736;REVB=-0.00373029;RO=19;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175257;STB=0.604745;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0258402;OID=.;OPOS=18359037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:7:4:10:9:7:4:10:9 chr19 18368810 . G T 1278.31 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=37;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0180953;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.813;QD=59.4562;RBI=0.0356333;REFB=-0.0807004;REVB=0.0306968;RO=1;SAF=37;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00997231;STB=0.510414;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.00140902;OID=.;OPOS=18368810;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:86:1:2:84:84:0.976744:47:37:0:1:47:37:0:2 chr19 18368969 . G A 2632.1 PASS AF=0.927083;AO=178;DP=192;FAO=178;FDP=192;FR=.;FRO=14;FSAF=65;FSAR=113;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=0.0214021;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=140.939;QD=54.8354;RBI=0.0262412;REFB=-0.0210271;REVB=0.0151839;RO=7;SAF=65;SAR=113;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173379;STB=0.500631;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.000272091;OID=.;OPOS=18368969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:192:192:7:14:178:178:0.927083:113:65:1:6:113:65:5:9 chr19 18368988 . G A 2786.87 PASS AF=0.994475;AO=177;DP=179;FAO=180;FDP=181;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=118;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0405801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.098;QD=61.5883;RBI=0.0571805;REFB=-0.0245028;REVB=0.0402848;RO=2;SAF=62;SAR=115;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00349411;STB=0.504;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000155704;OID=.;OPOS=18368988;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:179:181:2:1:177:180:0.994475:115:62:1:1:118:62:1:0 chr19 18369120 . G A 851.04 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02984;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.8336;QD=57.6977;RBI=0.0326277;REFB=0;REVB=0.0131964;RO=0;SAF=24;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214695;OID=.;OPOS=18369120;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:35:24:0:0:35:24:0:0 chr19 18369211 . T G 804.62 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0254288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7464;QD=64.3692;RBI=0.0490953;REFB=0;REVB=0.0419967;RO=0;SAF=13;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.32377e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128472;OID=.;OPOS=18369211;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:37:13:0:0:37:13:0:0 chr19 18369270 . C T 501.61 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00140906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.154;QD=59.013;RBI=0.0305038;REFB=0;REVB=0.0304712;RO=0;SAF=8;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138537;OID=.;OPOS=18369270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:26:8:0:0:26:8:0:0 chr19 18369581 . G T 264.1 PASS AF=0.916667;AO=21;DP=23;FAO=22;FDP=24;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.037744;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=30.4625;QD=44.0173;RBI=0.0716381;REFB=-0.0837641;REVB=0.0608885;RO=2;SAF=9;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920274;STB=0.545413;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0114942;OID=.;OPOS=18369581;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:23:24:2:2:21:22:0.916667:12:9:2:0:12:10:2:0 chr19 18369596 . GT AC 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0146094;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=132.258;QD=51.1846;RBI=0.0333777;REFB=0;REVB=-0.0300106;RO=0;SAF=14;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5931e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-0.000238045;OID=.;OPOS=18369596;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:6:14:0:0:6:14:0:0 chr19 18370063 . A AG 117.76 PASS AF=1;AO=13;DP=19;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=8.16585;QD=27.7089;RBI=0.152025;REFB=0;REVB=-0.093209;RO=5;SAF=2;SAR=11;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195689;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00628149;OID=.;OPOS=18370064;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:19:17:17:0:3:14:0:0:3:5:2:11:2:3 chr19 18370531 . GT G 33.36 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.00925642;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=11.6175;QD=5.80177;RBI=0.11135;REFB=-0.0635401;REVB=0.110964;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0.377953;SSSB=0.305248;STB=0.695237;STBP=0.228;TYPE=del;VARB=0.108314;OID=.;OPOS=18370532;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.347826:8:23:8:23:15:4:4:3:12:33:14:4:4:3:11 chr19 18370571 . T C 116.2 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.066392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.786;QD=42.2536;RBI=0.0810251;REFB=0;REVB=-0.0464454;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020658;OID=.;OPOS=18370571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:8:2:0:0:8:3:0:0 chr19 18375563 . G A 499.66 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0254155;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=203.084;QD=54.0175;RBI=0.0894504;REFB=-0.130361;REVB=0.0857638;RO=2;SAF=33;SAR=2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0275207;STB=0.514698;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=0.00313274;OID=.;OPOS=18375563;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:2:33:2:0:2:33:2:0 chr19 18375659 . C T 1511.84 PASS AF=1;AO=94;DP=99;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0324226;FXX=0.039996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.3961;QD=62.9933;RBI=0.0341476;REFB=-0.117297;REVB=-0.0107161;RO=1;SAF=60;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137401;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00318947;OID=.;OPOS=18375659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:99:96:1:0:94:96:1:34:60:0:1:36:60:0:0 chr19 18376407 . T A 223.04 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000989708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.132;QD=49.5635;RBI=0.0719529;REFB=0;REVB=0.0719461;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000597717;OID=.;OPOS=18376407;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr19 18376522 . T G 468.92 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00472437;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.679;QD=58.6149;RBI=0.010414;REFB=0;REVB=0.00928072;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.3941e-05;OID=.;OPOS=18376522;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:14:18:0:0:14:18:0:0 chr19 18377274 . A G 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00498816;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3391;QD=43.4861;RBI=0.00828509;REFB=0;REVB=0.0066152;RO=0;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000445223;OID=.;OPOS=18377274;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:1:11:0:0:1:11:0:0 chr19 18377496 . C G 631.84 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00104426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8559;QD=61.6425;RBI=0.00578978;REFB=0;REVB=-0.00569483;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.14486e-05;OID=.;OPOS=18377496;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr19 18378219 . A G 767.08 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019333;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.047;QD=63.9229;RBI=0.0195356;REFB=0;REVB=-0.00280635;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.48888e-05;OID=.;OPOS=18378219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:0:0:46:48:1:23:23:0:0:25:23:0:0 chr19 18392894 . C T 296.31 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0062345;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3043;QD=49.385;RBI=0.00769675;REFB=-0.0461341;REVB=-0.00451342;RO=1;SAF=12;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0370176;STB=0.519983;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0143466;OID=.;OPOS=18392894;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:11:12:1:0:11:12:1:0 chr19 18392913 . A G 323.28 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0020294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.1481;QD=53.8796;RBI=0.0156407;REFB=0;REVB=-0.0155084;RO=0;SAF=12;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000158572;OID=.;OPOS=18392913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:12:12:0:0:12:12:0:0 chr19 18444360 . T G 137.61 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0136989;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.344;QD=39.3161;RBI=0.0287564;REFB=0.0459448;REVB=-0.0252837;RO=1;SAF=9;SAR=4;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047723;STB=0.526276;STBP=0.628;TYPE=snp;VARB=-0.00298807;OID=.;OPOS=18444360;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:13:13:0.928571:4:9:1:0:4:9:1:0 chr19 18497024 . G C 39.61 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0181166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.485;QD=13.2045;RBI=0.0455115;REFB=-0.0310074;REVB=-0.0417503;RO=6;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0233969;OID=.;OPOS=18497024;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:1:5:5:1:1:5:5:1 chr19 18502835 . G A 275.62 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00498629;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=260.049;QD=18.0733;RBI=0.00695219;REFB=-0.00213167;REVB=-0.00484456;RO=31;SAF=9;SAR=21;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0900534;STB=0.550527;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.00215416;OID=.;OPOS=18502835;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:21:9:12:19:21:9:12:19 chr19 18543525 . T TC 30.19 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0937198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=15.9968;QD=6.0383;RBI=0.11998;REFB=-0.0830471;REVB=-0.0749121;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157893;STB=0.59968;STBP=0.565;TYPE=ins;VARB=0.112978;OID=.;OPOS=18543526;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.3:6:20:6:20:14:3:3:9:5:30:14:3:3:9:5 chr19 18546678 . T C 112.38 PASS AF=0.285714;AO=14;DP=49;FAO=14;FDP=49;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.0169088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.875;QD=9.17373;RBI=0.0179818;REFB=-0.00285681;REVB=0.00611885;RO=35;SAF=8;SAR=6;SRF=17;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100947;STB=0.561316;STBP=0.586;TYPE=snp;VARB=0.00422342;OID=.;OPOS=18546678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:35:35:14:14:0.285714:6:8:17:18:6:8:17:18 chr19 18547305 . T A 107.96 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.00559677;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1326;QD=13.0866;RBI=0.0607006;REFB=-0.0265352;REVB=-0.0604421;RO=18;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0732572;STB=0.537678;STBP=0.78;TYPE=snp;VARB=0.0549743;OID=.;OPOS=18547305;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:20:13:13:0.393939:7:6:7:11:7:6:8:12 chr19 18553580 . CAGAT C 67.05 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0338176;FXX=0.0714031;HRUN=1;LEN=4;MLLD=244.263;QD=10.3157;RBI=0.0366958;REFB=-0.00266967;REVB=0.014246;RO=16;SAF=2;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198652;STB=0.649122;STBP=0.361;TYPE=del;VARB=0.00538909;OID=.;OPOS=18553581;OREF=AGAT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.346154:9:27:9:26:17:2:7:7:10:67:16:2:7:6:10 chr19 18562438 . C T 95.18 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.0155603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.116;QD=11.1976;RBI=0.0231785;REFB=-0.00908601;REVB=0.017179;RO=22;SAF=3;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148019;STB=0.589127;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0182873;OID=.;OPOS=18562438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:12:12:0.352941:9:3:8:14:9:3:8:14 chr19 18679379 . C G 434.15 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0536214;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.0746;QD=54.2683;RBI=0.0632408;REFB=-0.0719346;REVB=-0.0335283;RO=1;SAF=13;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0345339;STB=0.518507;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00316885;OID=.;OPOS=18679379;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:18:13:1:0:18:13:1:0 chr19 18684563 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.983;QD=40.7626;RBI=0.0460187;REFB=0;REVB=0.0346778;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389973;OID=.;OPOS=18684563;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chr19 18700047 . A G 361.94 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331422;FXX=0.0370233;HRUN=5;LEN=1;MLLD=238.791;QD=55.6834;RBI=0.0331469;REFB=0;REVB=0.000555619;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.85306e-05;OID=.;OPOS=18700047;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr19 18710535 . G A 657.54 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0483811;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.108;QD=59.7764;RBI=0.0525109;REFB=-0.0268112;REVB=0.0204121;RO=1;SAF=18;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253725;STB=0.513507;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.000370455;OID=.;OPOS=18710535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:25:18:1:0:25:18:1:0 chr19 18726856 . T C 985.44 PASS AF=0.898734;AO=66;DP=78;FAO=71;FDP=79;FR=.;FRO=8;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.0079528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.98;QD=49.8958;RBI=0.00808523;REFB=-0.0110707;REVB=0.00145736;RO=0;SAF=37;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545442;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.00319305;OID=.;OPOS=18726856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:78:79:0:8:66:71:0.898734:29:37:0:0:31:40:8:0 chr19 18775077 . C T 1917.52 PASS AF=0.992063;AO=125;DP=126;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=54;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.040028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.0115;QD=60.8736;RBI=0.0641986;REFB=-0.0425006;REVB=0.0501919;RO=0;SAF=54;SAR=71;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.48324e-08;STB=0.503496;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000406854;OID=.;OPOS=18775077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:126:126:0:1:125:125:0.992063:71:54:0:0:71:54:0:1 chr19 18977937 . G C 347.67 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.025813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9868;QD=51.5067;RBI=0.0480144;REFB=-0.0155948;REVB=0.0404855;RO=1;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238291;STB=0.512811;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00116539;OID=.;OPOS=18977937;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:1:1:26:26:0.962963:19:7:0:1:19:7:0:1 chr19 19011244 . T C 236.67 PASS AF=0.41791;AO=27;DP=68;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=0.00925681;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.15;QD=14.1294;RBI=0.0378095;REFB=0.0018329;REVB=-0.0366588;RO=39;SAF=12;SAR=15;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178837;STB=0.501607;STBP=0.985;TYPE=snp;VARB=-0.00304667;OID=.;OPOS=19011244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:39:39:27:28:0.41791:15:12:18:21:15:13:18:21 chr19 19023853 . T C 174.07 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0283868;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6631;QD=19.3407;RBI=0.0304212;REFB=-0.0287093;REVB=-0.010938;RO=17;SAF=6;SAR=12;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0187803;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0409956;OID=.;OPOS=19023853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:18:18:18:0.5:12:6:6:11:12:6:6:12 chr19 19049198 . G A 152.33 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=45;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0323539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.701;QD=13.5402;RBI=0.0327857;REFB=-0.0118886;REVB=-0.00530401;RO=28;SAF=7;SAR=10;SRF=17;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206386;STB=0.620016;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0139663;OID=.;OPOS=19049198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:28:28:17:17:0.377778:10:7:17:11:10:7:17:11 chr19 19121061 . G A 93.39 PASS AF=0.315789;AO=11;DP=38;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0199531;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.295;QD=9.83007;RBI=0.0201596;REFB=-0.0145696;REVB=-0.00287834;RO=26;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183374;STB=0.578819;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0388995;OID=.;OPOS=19121061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:38:38:26:26:11:12:0.315789:5:6:10:16:6:6:10:16 chr19 19136541 . C T 435.97 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0189512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.235;QD=54.4968;RBI=0.0236857;REFB=-0.151573;REVB=0.0142078;RO=1;SAF=15;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300873;STB=0.516119;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.00235462;OID=.;OPOS=19136541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:16:15:1:0:16:15:1:0 chr19 19153664 . C T 344.82 PASS AF=0.445783;AO=37;DP=83;FAO=37;FDP=83;FR=.;FRO=46;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=32;FWDB=0.020381;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.105;QD=16.6176;RBI=0.0220111;REFB=-0.036343;REVB=-0.00831294;RO=46;SAF=12;SAR=25;SRF=14;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227029;STB=0.512737;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0345443;OID=.;OPOS=19153664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:46:46:37:37:0.445783:25:12:14:32:25:12:14:32 chr19 19230868 . A G 1155.41 PASS AF=1;AO=70;DP=72;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.827;QD=58.5019;RBI=0.0434106;REFB=0;REVB=0.0324601;RO=2;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024233;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000261035;OID=.;OPOS=19230868;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:79:2:0:70:79:1:38:32:0:2:45:34:0:0 chr19 19267910 . G A 44.78 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.0358572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.535;QD=7.46402;RBI=0.0675797;REFB=-0.00294348;REVB=0.0572825;RO=17;SAF=2;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33863;STB=0.713674;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.0137173;OID=.;OPOS=19267910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:5:2:10:7:5:2:10:7 chr19 19322844 . GC G 45.15 PASS AF=0.529412;AO=7;DP=18;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0401331;FXX=0.0555247;HRUN=4;LEN=1;MLLD=11.6862;QD=10.6235;RBI=0.0975909;REFB=-0.0959593;REVB=0.0889568;RO=8;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172968;STB=0.53326;STBP=0.835;TYPE=del;VARB=0.109145;OID=.;OPOS=19322845;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.529412:7:18:9:17:8:5:4:5:3:32:8:3:4:5:3 chr19 19338942 . G A 110.61 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0307771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.518;QD=15.257;RBI=0.0310503;REFB=-4.95058e-05;REVB=0.00411032;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00534704;STB=0.503101;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=-0.0001775;OID=.;OPOS=19338942;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:9:4:5:11:9:4:5:11 chr19 19339285 . G A 280.58 PASS AF=0.452055;AO=30;DP=78;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.0047932;FXX=0.0640943;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.671;QD=15.3744;RBI=0.019212;REFB=-0.0253104;REVB=0.0186044;RO=40;SAF=9;SAR=21;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215545;STB=0.637275;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0338575;OID=.;OPOS=19339285;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:73:40:40:30:33:0.452055:21:9:20:20:24:9:20:20 chr19 19369443 . TC T 38.16 PASS AF=0.588235;AO=7;DP=15;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0146441;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=10.9019;QD=8.97954;RBI=0.0147896;REFB=-0.0298806;REVB=0.00206965;RO=7;SAF=0;SAR=7;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.765052;STB=0.624724;STBP=0.316;TYPE=del;VARB=0.0269934;OID=.;OPOS=19369444;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.588235:7:15:10:17:7:2:8:3:4:35:7:0:7:3:4 chr19 19446936 . G A 769.5 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000498018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6295;QD=57.0001;RBI=0.0149535;REFB=0;REVB=-0.0149452;RO=0;SAF=23;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6027e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148296;OID=.;OPOS=19446936;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:31:23:0:0:31:23:0:0 chr19 19449686 . G T 1066.16 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0163426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.552;QD=58.42;RBI=0.0184202;REFB=0.0852219;REVB=0.00849843;RO=1;SAF=35;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133212;STB=0.50704;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=-0.000309521;OID=.;OPOS=19449686;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:72:72:0.986301:37:35:1:0:37:35:1:0 chr19 19467085 . G C 358.4 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.422;QD=55.1379;RBI=0.0380237;REFB=0;REVB=-0.0284944;RO=0;SAF=19;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.44864e-05;OID=.;OPOS=19467085;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:6:19:0:0:6:20:0:0 chr19 19467937 . T C 149.38 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0554509;FXX=0.0713776;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.804;QD=45.9644;RBI=0.0560029;REFB=0;REVB=0.0078434;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000594457;OID=.;OPOS=19467937;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr19 19468710 . C G 633.7 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0945899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.842;QD=61.8242;RBI=0.0957716;REFB=0;REVB=0.0149983;RO=0;SAF=8;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.26572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000273634;OID=.;OPOS=19468710;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:41:0:0:38:41:1:30:8:0:0:31:10:0:0 chr19 19468734 . G A 420.64 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00315046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.727;QD=56.0852;RBI=0.0032518;REFB=0;REVB=0.000805478;RO=0;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.66811e-06;OID=.;OPOS=19468734;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:22:7:0:0:23:7:0:0 chr19 19735257 . G T 575.8 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=272.053;QD=60.6103;RBI=0.0326424;REFB=0;REVB=0.00844782;RO=0;SAF=13;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68379e-05;OID=.;OPOS=19735257;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:25:13:0:0:25:13:0:0 chr19 19737974 . C A 207.82 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=22;FWDB=0.0089823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1933;QD=17.6867;RBI=0.0454347;REFB=0.00751445;REVB=0.044538;RO=26;SAF=14;SAR=7;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.46891;STB=0.762938;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=-0.00192766;OID=.;OPOS=19737974;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:26:26:21:21:0.446809:7:14:4:22:7:14:4:22 chr19 19749013 . C T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0158559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.239;QD=9.44471;RBI=0.0560596;REFB=-0.0254435;REVB=0.0537706;RO=10;SAF=5;SAR=1;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0568762;STB=0.535589;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0263363;OID=.;OPOS=19749013;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:1:5:8:2:1:5:8:2 chr19 19823270 . T A 57.91 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.020991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.733;QD=13.6265;RBI=0.0210452;REFB=-0.00342344;REVB=0.0015097;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0494619;STB=0.529338;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.00468652;OID=.;OPOS=19823270;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:5:4:4:4:5:4 chr19 19855654 . C T 575.75 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.962;QD=60.6049;RBI=0.0457148;REFB=0;REVB=0.028802;RO=0;SAF=11;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242903;OID=.;OPOS=19855654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:27:11:0:0:27:11:0:0 chr19 20150125 . T C 375.26 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259318;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.133;QD=55.5938;RBI=0.0259986;REFB=0;REVB=-0.00186337;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.93728e-05;OID=.;OPOS=20150125;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:26:27:1:13:13:0:0:14:13:0:0 chr19 20150175 . G C 280.67 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00774002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.279;QD=51.0311;RBI=0.0208822;REFB=0;REVB=0.0193948;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00112634;OID=.;OPOS=20150175;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:20:22:1:11:9:0:0:13:9:0:0 chr19 20229486 . G A 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447303;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=171.214;QD=48.7369;RBI=0.045434;REFB=0;REVB=0.00796548;RO=0;SAF=14;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.53656e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315215;OID=.;OPOS=20229486;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:3:14:0:0:3:14:0:0 chr19 20369503 . C G 404.15 PASS AF=0.425926;AO=46;DP=109;FAO=46;FDP=108;FR=.;FRO=62;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=34;FSRR=28;FWDB=0.00479579;FXX=0.00917347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.896;QD=14.9685;RBI=0.0280097;REFB=-0.00509624;REVB=-0.0275961;RO=61;SAF=17;SAR=29;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176748;STB=0.604121;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.00600043;OID=.;OPOS=20369503;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:108:61:62:46:46:0.425926:29:17:33:28:29:17:34:28 chr19 20728068 . T C 107.43 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=4;FWDB=0.0257258;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.53;QD=12.6384;RBI=0.0399847;REFB=-0.0464093;REVB=0.0306098;RO=18;SAF=7;SAR=6;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248152;STB=0.672669;STBP=0.191;TYPE=snp;VARB=0.0729824;OID=.;OPOS=20728068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:21:13:13:0.382353:6:7:14:4:6:7:17:4 chr19 20808149 . A G 849.43 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297199;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.522;QD=57.5884;RBI=0.0828903;REFB=0;REVB=0.0773791;RO=0;SAF=26;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.00382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000395942;OID=.;OPOS=20808149;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:33:26:0:0:33:26:0:0 chr19 21299774 . T TATA 91.69 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0114784;FXX=0.124922;HRUN=1;LEN=3;MLLD=221.338;QD=26.1981;RBI=0.0142048;REFB=-0.0449042;REVB=0.00836792;RO=5;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0584143;STB=0.571288;STBP=0.411;TYPE=ins;VARB=0.0207294;OID=.;OPOS=21299775;OREF=-;OALT=ATA;OMAPALT=TATA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.714286:10:16:10:14:4:5:5:3:1:24:5:5:5:3:2 chr19 21300462 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0162989;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.697;QD=51.1846;RBI=0.0195891;REFB=0;REVB=0.0108664;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.86886e-05;OID=.;OPOS=21300462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr19 21607878 . ATAAT A 712.81 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0509666;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=4;MLLD=230.446;QD=57.0247;RBI=0.052265;REFB=0;REVB=0.0115771;RO=0;SAF=17;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.70321e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000259795;OID=.;OPOS=21607879;OREF=TAAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:49:49:50:50:0:17:33:0:0:4:0:17:32:0:0 chr19 21608158 . A G 312.83 PASS AF=0.561404;AO=31;DP=56;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.00881846;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.401;QD=21.9527;RBI=0.0104611;REFB=-0.0081091;REVB=-0.00562763;RO=25;SAF=18;SAR=13;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0496018;STB=0.521178;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.00667576;OID=.;OPOS=21608158;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:25:25:31:32:0.561404:13:18:16:9:13:19:16:9 chr19 21608269 . AC GT 354.66 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211104;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=220.013;QD=54.5631;RBI=0.0224845;REFB=0;REVB=0.0077396;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=9.95276e-05;OID=.;OPOS=21608269;OREF=AC;OALT=GT;OMAPALT=GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:25:26:1:7:18:0:0:8:18:0:0 chr19 21608272 . A T 375.68 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0132552;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.747;QD=55.6557;RBI=0.0295138;REFB=0;REVB=0.0263698;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.91309e-05;OID=.;OPOS=21608272;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr19 21608275 . C T 375.58 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0324653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0058;QD=55.6418;RBI=0.0475448;REFB=0;REVB=0.0347349;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.77009e-05;OID=.;OPOS=21608275;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr19 21608280 . T A 379.55 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0281398;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.219;QD=56.2292;RBI=0.0358227;REFB=0;REVB=0.0221679;RO=0;SAF=19;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.06954e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160003;OID=.;OPOS=21608280;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:8:19:0:0:8:19:0:0 chr19 21608283 . A C 410.88 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0210379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.455;QD=56.6728;RBI=0.025471;REFB=0;REVB=-0.0143589;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.27782e-05;OID=.;OPOS=21608283;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:9:20:0:0:9:20:0:0 chr19 21608287 . G C 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253051;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3454;QD=57.202;RBI=0.0297224;REFB=0;REVB=-0.0155907;RO=0;SAF=21;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000445575;OID=.;OPOS=21608287;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:9:21:0:0:9:21:0:0 chr19 21608311 . G A 519.62 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0394048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.0018;QD=59.3849;RBI=0.0432244;REFB=0;REVB=-0.0177655;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000997919;OID=.;OPOS=21608311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr19 21608319 . A AC,C 452.67 PASS AF=0.0857143,0.914286;AO=4,27;DP=35;FAO=3,32;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=2,18;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257479,0.027904;FXX=0;HRUN=2,4;LEN=1,1;MLLD=16.6819,37.2006;QD=51.7336;RBI=0.101888,0.0349233;REFB=0,0;REVB=0.0985812,-0.0210001;RO=4;SAF=3,15;SAR=1,12;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.223593,0.0134041;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.125017,0.0110459;OID=.,.;OPOS=21608320,21608319;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:35:35:4:0:4,27:3,32:0.0857143,0.914286:1,12:3,15:2:2:1,14:2,18:0:0 chr19 21909948 . G A 139.39 PASS AF=0.355556;AO=15;DP=44;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.0426843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3885;QD=12.3902;RBI=0.0475083;REFB=-0.019076;REVB=0.0208587;RO=29;SAF=6;SAR=9;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205409;STB=0.594924;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0152484;OID=.;OPOS=21909948;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:29:29:15:16:0.355556:9:6:17:12:9:7:17:12 chr19 22153495 . A T 194.31 PASS AF=0.59375;AO=19;DP=32;FAO=19;FDP=32;FR=.;FRO=13;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00103181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9273;QD=24.2883;RBI=0.0525807;REFB=-0.0284316;REVB=-0.0525706;RO=13;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0861439;STB=0.548122;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0263658;OID=.;OPOS=22153495;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:13:13:19:19:0.59375:8:11:6:7:8:11:6:7 chr19 22154732 . T C 233.19 PASS AF=0.564103;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=39;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0755948;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.937;QD=23.9164;RBI=0.0777156;REFB=-0.0895121;REVB=-0.0180314;RO=15;SAF=9;SAR=13;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0578724;STB=0.552779;STBP=0.481;TYPE=snp;VARB=0.0407297;OID=.;OPOS=22154732;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:15:17:22:22:0.564103:13:9:5:10:13:9:5:12 chr19 22154954 . C T 66.36 PASS AF=0.285714;AO=9;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.0193827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.33;QD=7.584;RBI=0.0343864;REFB=-0.0145774;REVB=-0.0284031;RO=20;SAF=6;SAR=3;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.192227;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0232947;OID=.;OPOS=22154954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:35:35:20:25:9:10:0.285714:3:6:10:10:4:6:15:10 chr19 22156482 . G T 135.29 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.0243693;FXX=0.0285633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2634;QD=15.9168;RBI=0.0446718;REFB=-0.00360431;REVB=0.0374394;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0507199;STB=0.512179;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00268007;OID=.;OPOS=22156482;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:20:19:15:15:0.441176:6:9:11:9:6:9:11:8 chr19 22157302 . G A 492.39 PASS AF=0.489796;AO=48;DP=98;FAO=48;FDP=98;FR=.;FRO=50;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=-0.00438359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.095;QD=20.0974;RBI=0.00463231;REFB=0.00065696;REVB=0.00149747;RO=50;SAF=27;SAR=21;SRF=24;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0762242;STB=0.54229;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=-0.000726645;OID=.;OPOS=22157302;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:50:50:48:48:0.489796:21:27:24:26:21:27:24:26 chr19 22364233 . C T 443.76 PASS AF=0.53012;AO=43;DP=81;FAO=44;FDP=83;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=0.0166633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.806;QD=21.3861;RBI=0.0259136;REFB=-0.00270505;REVB=-0.0198457;RO=36;SAF=13;SAR=30;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.130838;STB=0.535421;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.00242096;OID=.;OPOS=22364233;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:83:36:39:43:44:0.53012:30:13:16:20:29:15:16:23 chr19 22846788 . C A 230.55 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=-0.0389171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.149;QD=14.4094;RBI=0.0389428;REFB=-0.0174654;REVB=0.00141552;RO=37;SAF=10;SAR=17;SRF=16;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0661947;STB=0.537685;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0171689;OID=.;OPOS=22846788;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:17:10:16:21:17:10:16:21 chr19 22868896 . A T 36.34 PASS AF=0.25;AO=4;DP=16;FAO=4;FDP=16;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=3;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=0.0924539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=35.3788;QD=9.08599;RBI=0.146053;REFB=0.00064728;REVB=-0.113065;RO=10;SAF=3;SAR=1;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182961;STB=0.624331;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.077867;OID=.;OPOS=22868896;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:16:10:10:4:4:0.25:1:3:6:4:1:3:6:4 chr19 22868965 . T C 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0182488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.702;QD=14.3343;RBI=0.0243924;REFB=-0.0149704;REVB=0.0161855;RO=10;SAF=1;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47116;STB=0.786112;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0082868;OID=.;OPOS=22868965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:8:1:5:5:8:1:5:5 chr19 22937148 . G A 67.32 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0174406;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.14;QD=11.7079;RBI=0.0721053;REFB=-0.00396566;REVB=0.0699643;RO=15;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145524;STB=0.562357;STBP=0.652;TYPE=snp;VARB=0.00583372;OID=.;OPOS=22937148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:24:23:15:14:9:9:0.391304:3:6:8:7:3:6:8:6 chr19 22942325 . G C 80.27 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00981158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.243;QD=16.8984;RBI=0.0356417;REFB=0.0189764;REVB=-0.0342647;RO=9;SAF=2;SAR=8;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150146;STB=0.588044;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.0162492;OID=.;OPOS=22942325;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:8:2:3:6:8:2:3:6 chr19 23159486 . T C 164.82 PASS AF=0.548387;AO=16;DP=30;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.00691529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.776;QD=21.2673;RBI=0.0708348;REFB=-0.0289981;REVB=0.0704965;RO=14;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0463574;STB=0.507803;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0193695;OID=.;OPOS=23159486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:14:14:16:17:0.548387:10:6:6:8:10:7:6:8 chr19 23316947 . C T 87.46 PASS AF=0.423077;AO=11;DP=26;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0198478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.117;QD=13.4559;RBI=0.0233187;REFB=0.000721615;REVB=0.0122403;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263079;STB=0.651929;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.000294766;OID=.;OPOS=23316947;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:26:26:15:15:11:11:0.423077:5:6:12:3:5:6:12:3 chr19 23406165 . T C 78.07 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00586546;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.929;QD=14.1943;RBI=0.0407071;REFB=-0.00468379;REVB=0.0402823;RO=12;SAF=1;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.370239;STB=0.725242;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.00485494;OID=.;OPOS=23406165;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:22:22:12:12:10:10:0.454545:9:1:4:8:9:1:4:8 chr19 23542290 . AG GC 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=19;FWDB=0.0414217;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=95.8841;QD=7.27145;RBI=0.0716934;REFB=0.00299043;REVB=-0.0585165;RO=23;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22518;STB=0.657229;STBP=0.324;TYPE=mnp;VARB=-0.00852133;OID=.;OPOS=23542290;OREF=AG;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:23:25:9:9:0.264706:5:4:6:17:5:4:6:19 chr19 23542697 . G C 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0151898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.907;QD=15.2625;RBI=0.015205;REFB=-0.00825813;REVB=-0.000679535;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0783935;STB=0.565116;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=0.00749342;OID=.;OPOS=23542697;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:16:13:13:0.448276:5:8:8:7:5:8:8:8 chr19 23543095 . T C 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.000186057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=220.187;QD=17.542;RBI=0.0177921;REFB=-0.0204681;REVB=0.0177911;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141648;STB=0.580682;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0206929;OID=.;OPOS=23543095;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:7:8:11:5:7:8:11:5 chr19 23545004 . G A 50.47 PASS AF=0.583333;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.00643464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.719;QD=16.8229;RBI=0.041705;REFB=-0.0102117;REVB=0.0412056;RO=5;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763028;STB=0.545316;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.00542021;OID=.;OPOS=23545004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:5:5:7:7:0.583333:1:6:4:1:1:6:4:1 chr19 23545447 . A G 64.06 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0845733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.324;QD=9.49067;RBI=0.0846051;REFB=-0.00110704;REVB=0.00231972;RO=18;SAF=5;SAR=4;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120817;STB=0.573607;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.00774101;OID=.;OPOS=23545447;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:4:5:8:10:4:5:8:10 chr19 23837195 . T C 206.96 PASS AF=0.4375;AO=21;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00534062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.135;QD=17.2466;RBI=0.0169006;REFB=-0.00948396;REVB=0.0160346;RO=27;SAF=13;SAR=8;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242956;STB=0.638376;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0134241;OID=.;OPOS=23837195;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:27:21:21:0.4375:8:13:10:17:8:13:10:17 chr19 23837365 . A C 167.43 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0408223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4799;QD=41.8576;RBI=0.0618315;REFB=-0.110406;REVB=-0.04644;RO=1;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607183;STB=0.533289;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0239566;OID=.;OPOS=23837365;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:7:8:0:1:7:8:0:1 chr19 23869823 . T G 81.59 PASS AF=0.34375;AO=10;DP=31;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=-0.00443235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.7255;QD=10.1993;RBI=0.00827096;REFB=0.015983;REVB=0.00698305;RO=20;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111111;STB=0.576329;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=-0.0291361;OID=.;OPOS=23869823;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:31:32:20:21:10:11:0.34375:6:4:10:10:7:4:10:11 chr19 23927468 . A G 693.68 PASS AF=0.979167;AO=45;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0218002;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.22;QD=57.8064;RBI=0.0309248;REFB=-0.183767;REVB=0.0219339;RO=2;SAF=24;SAR=21;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375629;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00175529;OID=.;OPOS=23927468;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:2:1:45:47:0.979167:21:24:2:0:22:25:1:0 chr19 24182631 . A T 74.67 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00615312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.418;QD=10.6669;RBI=0.0426464;REFB=-0.0147588;REVB=-0.0422001;RO=18;SAF=4;SAR=6;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165991;STB=0.5998;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.0181358;OID=.;OPOS=24182631;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:6:4:10:8:6:4:10:8 chr19 24311799 . ATTG A 82.86 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=-0.0014071;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=3;MLLD=169.081;QD=13.258;RBI=0.00242578;REFB=-0.00297713;REVB=0.00197597;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.179293;STB=0.602678;STBP=0.392;TYPE=del;VARB=0.00647563;OID=.;OPOS=24311800;OREF=TTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.48:12:25:12:25:13:7:5:10:3:82:13:7:5:10:3 chr19 29724192 . G A 266.68 PASS AF=0.538462;AO=27;DP=51;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0376484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5039;QD=20.5137;RBI=0.0384316;REFB=-0.0264949;REVB=0.0077193;RO=24;SAF=11;SAR=16;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00807553;STB=0.505614;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0223828;OID=.;OPOS=29724192;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:24:24:27:28:0.538462:16:11:10:14:16:12:10:14 chr19 29724209 . A G 668.07 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0783933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.4482;QD=62.1464;RBI=0.0814245;REFB=0;REVB=-0.02201;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402827;OID=.;OPOS=29724209;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:29:14:0:0:29:14:0:0 chr19 30102856 . A G 277.42 PASS AF=0.395062;AO=31;DP=79;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=22;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00804191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.974;QD=13.7;RBI=0.00946898;REFB=-0.0127728;REVB=-0.00499893;RO=47;SAF=22;SAR=9;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.30924;STB=0.660245;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.01955;OID=.;OPOS=30102856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:81:47:49:31:32:0.395062:9:22:20:27:10:22:21:28 chr19 30165781 . C G 157.76 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=37;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=-0.0092173;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6069;QD=16.606;RBI=0.0219474;REFB=0.00108671;REVB=-0.0199181;RO=20;SAF=5;SAR=12;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113332;STB=0.555093;STBP=0.569;TYPE=snp;VARB=-0.00239074;OID=.;OPOS=30165781;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:20:21:17:17:0.447368:12:5:8:12:12:5:8:13 chr19 30500118 . GTGATGATGATGATGATGATGATGAT GTGATGATGATGATGATGATGAT,GTGATGATGATGATGATGATGATGAC 1129.13 PASS AF=0.857143,0.142857;AO=54,9;DP=79;FAO=66,11;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=42,6;FSAR=24,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00483195,-0.00550511;FXX=0.0609682;HRUN=1,1;LEN=3,1;MLLD=107.926,89.8755;QD=58.6562;RBI=0.0496706,0.0120837;REFB=0,0;REVB=0.049435,-0.0107569;RO=0;SAF=33,7;SAR=21,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.70667e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.00911079,0.00627663;OID=.,.;OPOS=30500119,30500143;OREF=TGA,T;OALT=-,C;OMAPALT=GTGATGATGATGATGATGATGAT,GTGATGATGATGATGATGATGATGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.857143,0.142857:54,9:79:66,11:77:0:42,6:24,5:0:0:59:0:33,7:21,2:0:0 chr19 31038995 . T C 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0209491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.164;QD=62.3509;RBI=0.024283;REFB=0;REVB=0.0122802;RO=0;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.61923e-05;OID=.;OPOS=31038995;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:23:20:0:0:23:20:0:0 chr19 31769763 . G A 471.5 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0155741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.181;QD=55.4708;RBI=0.105891;REFB=-0.034355;REVB=0.104739;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.514277;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.00103762;OID=.;OPOS=31769763;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:0:1:33:33:0.970588:17:16:0:0:17:16:0:1 chr19 32083696 . T C 1453.46 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.514;QD=63.1941;RBI=0.0262438;REFB=0;REVB=0.0238433;RO=0;SAF=63;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.67154e-05;OID=.;OPOS=32083696;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:29:63:0:0:29:63:0:0 chr19 32873698 . A G 458.74 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000575264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.419;QD=57.3421;RBI=0.0438066;REFB=0;REVB=0.0438028;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.82644e-05;OID=.;OPOS=32873698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:13:18:0:0:14:18:0:0 chr19 32930069 . G A 305.45 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1673;QD=53.1217;RBI=0.054388;REFB=0;REVB=-0.0502677;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000600093;OID=.;OPOS=32930069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr19 33088126 . TAG T 254.58 PASS AF=1;AO=19;DP=21;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00206051;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=2;MLLD=133.13;QD=50.9161;RBI=0.0197573;REFB=0;REVB=0.0196496;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000271955;OID=.;OPOS=33088127;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:21:20:20:0:13:7:0:0:4:0:13:6:0:0 chr19 33096786 . G A 142.62 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0225393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.851;QD=14.2617;RBI=0.0319671;REFB=-0.00466816;REVB=0.0226688;RO=22;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216029;STB=0.647966;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00821877;OID=.;OPOS=33096786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:22:24:16:16:0.4:6:10:9:13:6:10:9:15 chr19 33099277 . T C 157.8 PASS AF=0.425;AO=16;DP=40;FAO=17;FDP=40;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0236941;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.1333;QD=15.78;RBI=0.0754618;REFB=0.00481199;REVB=-0.0716454;RO=23;SAF=4;SAR=12;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145928;STB=0.523439;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=-0.0099449;OID=.;OPOS=33099277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:23:16:17:0.425:12:4:6:17:12:5:6:17 chr19 33099305 . T C 169.18 PASS AF=0.375;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=27;FWDB=-0.0186748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.835;QD=12.0843;RBI=0.0277762;REFB=-0.00799681;REVB=-0.0205614;RO=32;SAF=6;SAR=15;SRF=7;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09037;STB=0.545413;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0139831;OID=.;OPOS=33099305;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:32:35:21:21:0.375:15:6:7:25:15:6:8:27 chr19 33099336 . A G 219.5 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=65;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=28;FWDB=0.00309588;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.2042;QD=13.7185;RBI=0.00921665;REFB=-0.0149582;REVB=-0.00868114;RO=36;SAF=7;SAR=19;SRF=9;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252819;STB=0.504598;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0186083;OID=.;OPOS=33099336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:64:36:38:26:26:0.40625:19:7:9:27:19:7:10:28 chr19 33110204 . T C 103.43 PASS AF=0.351351;AO=12;DP=36;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.0229931;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.8104;QD=11.1814;RBI=0.0253874;REFB=-0.0380558;REVB=-0.0107627;RO=24;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0974616;STB=0.584621;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0632051;OID=.;OPOS=33110204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:24:24:12:13:0.351351:7:5:8:16:7:6:8:16 chr19 33117666 . T C 260.55 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00393093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.288;QD=18.9487;RBI=0.00523838;REFB=-0.019363;REVB=0.00346242;RO=27;SAF=11;SAR=17;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469133;STB=0.526226;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=0.0168089;OID=.;OPOS=33117666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:17:11:12:15:17:11:12:15 chr19 33167837 . C T 60.29 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.109072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2972;QD=17.2253;RBI=0.118385;REFB=-0.0300704;REVB=0.0460249;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122361;STB=0.571253;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.0355112;OID=.;OPOS=33167837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:4:4:4:2:4:4:4:2 chr19 33168086 . C T 334.41 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=21;FSRF=6;FSRR=28;FWDB=0.0238347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.333;QD=19.3863;RBI=0.0242339;REFB=-0.00614425;REVB=-0.00438021;RO=34;SAF=14;SAR=21;SRF=6;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218397;STB=0.620191;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.00729798;OID=.;OPOS=33168086;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:21:14:6:28:21:14:6:28 chr19 33168412 . C T 239.69 PASS AF=0.490566;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=53;FR=.;FRO=27;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=21;FWDB=-0.00112757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.468;QD=18.09;RBI=0.00877932;REFB=-0.0255966;REVB=-0.00870661;RO=27;SAF=13;SAR=13;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254169;STB=0.641409;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0177695;OID=.;OPOS=33168412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:27:26:26:0.490566:13:13:6:21:13:13:6:21 chr19 33200162 . C T 416.96 PASS AF=0.443299;AO=43;DP=97;FAO=43;FDP=97;FR=.;FRO=54;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0121373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.803;QD=17.1942;RBI=0.0122937;REFB=-0.00797215;REVB=-0.00195491;RO=53;SAF=24;SAR=19;SRF=27;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483362;STB=0.532546;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.012157;OID=.;OPOS=33200162;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:53:54:43:43:0.443299:19:24:27:26:19:24:27:27 chr19 33239450 . C G 411.11 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0225317;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.516;QD=56.7045;RBI=0.0227489;REFB=0;REVB=0.00313579;RO=0;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.30365e-05;OID=.;OPOS=33239450;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:18:11:0:0:18:11:0:0 chr19 33246948 . A G 323.34 PASS AF=0.507246;AO=34;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0108587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6369;QD=18.7442;RBI=0.0471289;REFB=-0.0106906;REVB=0.0458609;RO=32;SAF=16;SAR=18;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00160893;STB=0.506663;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.011379;OID=.;OPOS=33246948;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:34:34:35:0.507246:18:16:15:17:19:16:16:18 chr19 33281924 . A G 1519.38 PASS AF=0.979798;AO=96;DP=98;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=60;FSAR=37;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0150684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.6853;QD=61.3891;RBI=0.0166821;REFB=-0.00957803;REVB=-0.00715792;RO=2;SAF=59;SAR=37;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0158033;STB=0.508195;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00021872;OID=.;OPOS=33281924;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:98:99:2:2:96:97:0.979798:37:59:2:0:37:60:2:0 chr19 33293607 . C T 671.49 PASS AF=0.560345;AO=65;DP=116;FAO=65;FDP=116;FR=.;FRO=51;FSAF=39;FSAR=26;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.00364902;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.614;QD=23.1549;RBI=0.0145531;REFB=0.00699094;REVB=0.0140882;RO=51;SAF=39;SAR=26;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152322;STB=0.583308;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00732059;OID=.;OPOS=33293607;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:51:51:65:65:0.560345:26:39:21:30:26:39:21:30 chr19 33309030 . A T 182.21 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=20;FWDB=-0.00244168;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.67;QD=15.8443;RBI=0.0400926;REFB=-0.0301447;REVB=0.0400182;RO=26;SAF=8;SAR=11;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162409;STB=0.600386;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.0415344;OID=.;OPOS=33309030;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:27:19:19:0.413043:11:8:7:19:11:8:7:20 chr19 33333155 . G A 425.18 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=79;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.0233494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.801;QD=21.5282;RBI=0.0233819;REFB=0.00552161;REVB=0.00123303;RO=37;SAF=20;SAR=22;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0835907;STB=0.546095;STBP=0.395;TYPE=snp;VARB=-0.00571602;OID=.;OPOS=33333155;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:37:37:42:42:0.531646:22:20:14:23:22:20:14:23 chr19 33353041 . G A 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0312571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.749;QD=44.6898;RBI=0.0614368;REFB=0;REVB=0.0528912;RO=0;SAF=5;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125868;OID=.;OPOS=33353041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:8:5:0:0:8:5:0:0 chr19 33353061 . G T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376158;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.905;QD=50.413;RBI=0.0551304;REFB=0;REVB=0.0403041;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549286;OID=.;OPOS=33353061;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:9:10:0:0:9:10:0:0 chr19 33353464 . G A 907.78 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.134733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1021;QD=57.6371;RBI=0.149902;REFB=0;REVB=0.0657083;RO=1;SAF=26;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178116;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00216359;OID=.;OPOS=33353464;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:1:0:62:63:1:36:26:1:0:36:27:0:0 chr19 33353854 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152516;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.833;QD=48.7371;RBI=0.0231624;REFB=0;REVB=-0.0174323;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.02267e-05;OID=.;OPOS=33353854;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:7:10:0:0:7:10:0:0 chr19 33355055 . A G 791.86 PASS AF=0.966102;AO=46;DP=59;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0198192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.971;QD=53.6856;RBI=0.0481734;REFB=-0.0933849;REVB=0.0439076;RO=0;SAF=31;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.513884;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.000781335;OID=.;OPOS=33355055;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:59:59:0:2:46:57:0.966102:15:31:0:0:22:35:2:0 chr19 33355069 . A G 344.72 PASS AF=0.555556;AO=35;DP=63;FAO=35;FDP=63;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=5;FWDB=0.00987253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.715;QD=21.8872;RBI=0.0217066;REFB=-0.0257231;REVB=0.0193316;RO=28;SAF=21;SAR=14;SRF=23;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195088;STB=0.606841;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.0216673;OID=.;OPOS=33355069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:28:28:35:35:0.555556:14:21:23:5:14:21:23:5 chr19 33355081 . G A 178.79 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=57;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0105882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.684;QD=12.5463;RBI=0.0168791;REFB=-0.00986229;REVB=-0.0131451;RO=35;SAF=17;SAR=5;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222064;STB=0.629502;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0360441;OID=.;OPOS=33355081;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:35:35:22:22:0.385965:5:17:21:14:5:17:21:14 chr19 33370070 . A G 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0154796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.82;QD=14.9781;RBI=0.0178316;REFB=0.00785482;REVB=-0.0088514;RO=11;SAF=9;SAR=1;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.526832;STB=0.81741;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=-0.00676088;OID=.;OPOS=33370070;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:1:9:5:6:1:9:5:6 chr19 33370084 . T A 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.00168693;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.629;QD=11.6342;RBI=0.0115591;REFB=-0.00455239;REVB=-0.0114353;RO=15;SAF=9;SAR=1;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.54637;STB=0.825746;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0105474;OID=.;OPOS=33370084;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:15:16:10:10:0.384615:1:9:7:8:1:9:8:8 chr19 33370161 . A C 236.88 PASS AF=0.511111;AO=22;DP=43;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.00485106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.7633;QD=21.0561;RBI=0.0408967;REFB=-0.0150549;REVB=-0.040608;RO=20;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0849073;STB=0.556372;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.00707024;OID=.;OPOS=33370161;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:20:22:22:23:0.511111:11:11:12:8:11:12:14:8 chr19 33390796 . G A 471.04 PASS AF=0.463636;AO=51;DP=110;FAO=51;FDP=110;FR=.;FRO=59;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=40;FWDB=-0.0118987;FXX=0.0178555;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5453;QD=17.1287;RBI=0.0314612;REFB=0.00270044;REVB=-0.0291243;RO=56;SAF=23;SAR=28;SRF=16;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160688;STB=0.570776;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=-0.00514957;OID=.;OPOS=33390796;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:56:59:51:51:0.463636:28:23:16:40:28:23:19:40 chr19 33430816 . T G 226.22 PASS AF=0.309278;AO=29;DP=97;FAO=30;FDP=97;FR=.;FRO=67;FSAF=6;FSAR=24;FSRF=32;FSRR=35;FWDB=-0.0444769;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.0928;QD=9.32868;RBI=0.0450365;REFB=-0.0217369;REVB=-0.00707751;RO=66;SAF=5;SAR=24;SRF=31;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409838;STB=0.720218;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0585002;OID=.;OPOS=33430816;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:66:67:29:30:0.309278:24:5:31:35:24:6:32:35 chr19 33439187 . G A 64.87 PASS AF=0.36;AO=9;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0316263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6987;QD=10.3793;RBI=0.0423425;REFB=0.0266386;REVB=0.0281543;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469885;STB=0.545355;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.0649793;OID=.;OPOS=33439187;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:15:16:9:9:0.36:4:5:9:6:4:5:10:6 chr19 33444556 . T C 326.69 PASS AF=0.366972;AO=40;DP=108;FAO=40;FDP=109;FR=.;FRO=69;FSAF=33;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=52;FWDB=-0.0239904;FXX=0.00909008;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8385;QD=11.9886;RBI=0.0541066;REFB=0.0036844;REVB=-0.0484973;RO=67;SAF=33;SAR=7;SRF=15;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.623579;STB=0.847463;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00838549;OID=.;OPOS=33444556;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:109:67:69:40:40:0.366972:7:33:15:52:7:33:17:52 chr19 33444576 . C T 250.95 PASS AF=0.306306;AO=34;DP=111;FAO=34;FDP=111;FR=.;FRO=77;FSAF=29;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=59;FWDB=0.0138625;FXX=0.00892777;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.007;QD=9.04328;RBI=0.0198646;REFB=-0.00918857;REVB=-0.0142279;RO=73;SAF=29;SAR=5;SRF=18;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.661772;STB=0.887413;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0130388;OID=.;OPOS=33444576;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:73:77:34:34:0.306306:5:29:18:55:5:29:18:59 chr19 33444588 . T G 257.33 PASS AF=0.301724;AO=35;DP=116;FAO=35;FDP=116;FR=.;FRO=81;FSAF=30;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=61;FWDB=0.00208228;FXX=0.0169477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.416;QD=8.87347;RBI=0.00598006;REFB=0.000524275;REVB=0.00560582;RO=73;SAF=30;SAR=5;SRF=16;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.681381;STB=0.887694;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00153699;OID=.;OPOS=33444588;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:73:81:35:35:0.301724:5:30:16:57:5:30:20:61 chr19 33444590 . C T 59.8 PASS AF=0.117647;AO=14;DP=119;FAO=14;FDP=119;FR=.;FRO=105;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=38;FSRR=67;FWDB=0.0125468;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=182.388;QD=2.01011;RBI=0.0240985;REFB=-0.00296183;REVB=-0.0205746;RO=105;SAF=13;SAR=1;SRF=38;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.641896;STB=0.9449;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0125446;OID=.;OPOS=33444590;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:119:119:105:105:14:14:0.117647:1:13:38:67:1:13:38:67 chr19 33467357 . G A 193.57 PASS AF=0.45283;AO=21;DP=51;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0239827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.655;QD=14.6092;RBI=0.0240199;REFB=-0.0149597;REVB=-0.00133749;RO=28;SAF=14;SAR=7;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.3074;STB=0.700307;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0155544;OID=.;OPOS=33467357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:28:29:21:24:0.45283:7:14:10:18:7:17:10:19 chr19 33470874 . A G 219.92 PASS AF=0.472727;AO=22;DP=50;FAO=26;FDP=55;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0115143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.945;QD=15.994;RBI=0.0124323;REFB=-0.00413883;REVB=0.00468868;RO=26;SAF=17;SAR=5;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263057;STB=0.557332;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00795677;OID=.;OPOS=33470874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:55:26:29:22:26:0.472727:5:17:14:12:9:17:16:13 chr19 33487071 . G C 129.32 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=-0.032116;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.879;QD=21.5531;RBI=0.0379093;REFB=-0.0186294;REVB=0.0201416;RO=10;SAF=4;SAR=10;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175524;STB=0.59985;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0127985;OID=.;OPOS=33487071;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:10:4:5:5:10:4:5:5 chr19 33490566 . T C 45.72 PASS AF=0.117647;AO=10;DP=87;FAO=10;FDP=85;FR=.;FRO=75;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=45;FWDB=-0.0140759;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.091;QD=2.15131;RBI=0.0599785;REFB=-0.0035088;REVB=-0.0583034;RO=73;SAF=2;SAR=8;SRF=29;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271718;STB=0.706726;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0319135;OID=.;OPOS=33490566;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:87:85:73:75:10:10:0.117647:8:2:29:44:8:2:30:45 chr19 33490585 . G A 68.26 PASS AF=0.154762;AO=13;DP=85;FAO=13;FDP=84;FR=.;FRO=71;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=45;FWDB=-0.0259031;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.946;QD=3.25038;RBI=0.0287718;REFB=0.000676145;REVB=0.0125239;RO=71;SAF=6;SAR=7;SRF=26;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122337;STB=0.581968;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=-0.00485521;OID=.;OPOS=33490585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:85:84:71:71:13:13:0.154762:7:6:26:45:7:6:26:45 chr19 33605300 . A G 70.57 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=16;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.00265104;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.838;QD=17.6433;RBI=0.0387597;REFB=-0.0117399;REVB=-0.0386689;RO=7;SAF=5;SAR=4;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0121106;STB=0.507027;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00903054;OID=.;OPOS=33605300;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:7:7:9:9:0.5625:4:5:4:3:4:5:4:3 chr19 33605312 . T C 145.22 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204829;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.983;QD=44.6843;RBI=0.0219291;REFB=0;REVB=-0.00783168;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000231318;OID=.;OPOS=33605312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr19 33608733 . C A 295.19 PASS AF=0.534483;AO=31;DP=58;FAO=31;FDP=58;FR=.;FRO=27;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.010949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.789;QD=20.358;RBI=0.0166162;REFB=-0.01135;REVB=-0.0124987;RO=27;SAF=16;SAR=15;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0600255;STB=0.533312;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00997001;OID=.;OPOS=33608733;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:27:27:31:31:0.534483:15:16:12:15:15:16:12:15 chr19 33635761 . C T 165.17 PASS AF=0.377358;AO=19;DP=52;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.0131609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.128;QD=12.4656;RBI=0.016436;REFB=-0.00664127;REVB=-0.00984554;RO=31;SAF=7;SAR=12;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258699;STB=0.641224;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.00918;OID=.;OPOS=33635761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:31:33:19:20:0.377358:12:7:19:12:13:7:19:14 chr19 33647379 . TG CG,GA 716.93 PASS AF=0.960784,0.0392157;AO=46,2;DP=51;FAO=49,2;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20,2;FSAR=29,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504958,-0.0114995;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=145.435,86.8694;QD=56.2299;RBI=0.0616325,0.0464986;REFB=0,0;REVB=0.0353375,0.0450542;RO=0;SAF=17,2;SAR=29,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.000311193,0.054675;OID=.,.;OPOS=33647379,33647379;OREF=T,TG;OALT=C,GA;OMAPALT=CG,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:51:51:0:0:46,2:49,2:0.960784,0.0392157:29,0:17,2:0:0:29,0:20,2:0:0 chr19 33693785 . G A 85.22 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0208652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.1723;QD=11.3624;RBI=0.0779967;REFB=-0.0137861;REVB=-0.0751541;RO=19;SAF=3;SAR=8;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118643;STB=0.571292;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0187008;OID=.;OPOS=33693785;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:19:19:11:11:0.366667:8:3:7:12:8:3:7:12 chr19 33696354 . C T 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0622588;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.9186;QD=16.1985;RBI=0.102591;REFB=-0.0454473;REVB=0.0815403;RO=3;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.361596;STB=0.713517;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.028344;OID=.;OPOS=33696354;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:2:3:0:3:2:3:0:3 chr19 33696621 . C T 344.22 PASS AF=0.634615;AO=33;DP=53;FAO=33;FDP=52;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0155859;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.352;QD=26.4785;RBI=0.0304438;REFB=-0.0385498;REVB=0.0261515;RO=19;SAF=14;SAR=19;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112315;STB=0.561325;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.0347801;OID=.;OPOS=33696621;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:52:19:19:33:33:0.634615:19:14:5:14:19:14:5:14 chr19 33696897 . C T 273.5 PASS AF=0.543478;AO=25;DP=44;FAO=25;FDP=46;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0448807;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2817;QD=23.7829;RBI=0.0468462;REFB=-0.0204491;REVB=0.013427;RO=19;SAF=12;SAR=13;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00491534;STB=0.523541;STBP=0.728;TYPE=snp;VARB=0.0193455;OID=.;OPOS=33696897;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:46:19:21:25:25:0.543478:13:12:9:10:13:12:9:12 chr19 33697546 . C T 110.11 PASS AF=0.541667;AO=11;DP=22;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0418808;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.916;QD=18.3523;RBI=0.0439075;REFB=-0.0341913;REVB=0.013186;RO=11;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161818;STB=0.620075;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0278767;OID=.;OPOS=33697546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:24:11:11:11:13:0.541667:6:5:3:8:6:7:3:8 chr19 33698291 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0892337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5058;QD=53.2756;RBI=0.0916746;REFB=0;REVB=-0.0210139;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00157154;OID=.;OPOS=33698291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr19 33700281 . C A 321.44 PASS AF=0.595745;AO=24;DP=48;FAO=28;FDP=47;FR=.;FRO=19;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.0236969;FXX=0.020829;HRUN=5;LEN=1;MLLD=161.537;QD=27.3563;RBI=0.0237104;REFB=-0.0110591;REVB=0.000799545;RO=15;SAF=15;SAR=9;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0666186;STB=0.510393;STBP=0.874;TYPE=snp;VARB=0.00524797;OID=.;OPOS=33700281;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:15:19:24:28:0.595745:9:15:8:7:11:17:12:7 chr19 33702245 . A G 113.09 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0362284;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.9354;QD=17.3985;RBI=0.0362285;REFB=0.00397238;REVB=-6.68687e-05;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=3;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148023;STB=0.584294;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=-0.0235148;OID=.;OPOS=33702245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:8:5:3:10:8:5:3:10 chr19 33872032 . ATTTTTTG ATTTTTG,ATTTTTGT 129.63 PASS AF=0.735294,0;AO=17,3;DP=33;FAO=25,0;FDP=34;FR=.;FRO=9;FSAF=9,0;FSAR=16,0;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0129122,-0.179363;FXX=0;HRUN=6,6;LEN=1,2;MLLD=9.73409,17.1101;QD=15.2507;RBI=0.058454,0.183894;REFB=-0.0861709,-0.04321;REVB=-0.0570101,-0.0405718;RO=10;SAF=5,3;SAR=12,0;SRF=5;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0.335294,0;SSSB=-0.152038,0.649379;STB=0.554411,0.5;STBP=0.292,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.069627,0;OID=.,.;OPOS=33872033,33872038;OREF=T,TG;OALT=-,GT;OMAPALT=ATTTTTG,ATTTTTGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.735294,0:17,3:33:25,0:34:9:9,0:16,0:5:4:35:10:5,3:12,0:5:5 chr19 34304323 . C T 122.74 PASS AF=0.293103;AO=17;DP=58;FAO=17;FDP=58;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=21;FWDB=-0.0223452;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.544;QD=8.46446;RBI=0.0224457;REFB=-0.00474647;REVB=0.00212175;RO=41;SAF=9;SAR=8;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489291;STB=0.529377;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0123495;OID=.;OPOS=34304323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:41:41:17:17:0.293103:8:9:20:21:8:9:20:21 chr19 34584137 . A G 205.1 PASS AF=0.42;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=50;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0205641;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.283;QD=16.4082;RBI=0.0224118;REFB=-0.0164573;REVB=-0.00891085;RO=29;SAF=14;SAR=7;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19322;STB=0.611002;STBP=0.199;TYPE=snp;VARB=0.0255797;OID=.;OPOS=34584137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:29:21:21:0.42:7:14:14:15:7:14:14:15 chr19 34842488 . T C 179.68 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.011969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.135;QD=15.624;RBI=0.0406022;REFB=-0.0110172;REVB=-0.038798;RO=27;SAF=6;SAR=13;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102876;STB=0.559429;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.0232199;OID=.;OPOS=34842488;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:27:27:19:19:0.413043:13:6:11:16:13:6:11:16 chr19 34868642 . A G 112.9 PASS AF=0.277778;AO=7;DP=37;FAO=10;FDP=36;FR=.,HEALED;FRO=20;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0822078;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.294;QD=12.5443;RBI=0.082496;REFB=-0.0061579;REVB=-0.00689023;RO=19;SAF=4;SAR=3;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.008787;STB=0.574472;STBP=0.635;TYPE=snp;VARB=0.0067033;OID=.;OPOS=34868642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:37:36:19:20:7:10:0.277778:3:4:11:8:3:7:12:8 chr19 34959979 . A G 250.54 PASS AF=0.605263;AO=22;DP=37;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0131459;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.499;QD=26.3724;RBI=0.0225938;REFB=-0.0313594;REVB=0.0183757;RO=15;SAF=10;SAR=12;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0402817;STB=0.514007;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0185844;OID=.;OPOS=34959979;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:15:15:22:23:0.605263:12:10:6:9:13:10:6:9 chr19 34972146 . G C 65.71 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.0207245;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8477;QD=11.4281;RBI=0.0724682;REFB=-0.00389145;REVB=0.0694416;RO=14;SAF=6;SAR=3;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.557033;STB=0.819978;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.0128847;OID=.;OPOS=34972146;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:3:6:1:13:3:6:1:13 chr19 35170730 . T C 208.03 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=0.00469163;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7151;QD=13.4212;RBI=0.0626589;REFB=-0.0128349;REVB=0.062483;RO=37;SAF=10;SAR=15;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0236258;STB=0.513503;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0153115;OID=.;OPOS=35170730;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:37:37:25:25:0.403226:15:10:14:23:15:10:14:23 chr19 35175592 . G A 292.86 PASS AF=0.390805;AO=33;DP=86;FAO=34;FDP=87;FR=.;FRO=53;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=36;FWDB=-0.044978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5588;QD=13.4646;RBI=0.045072;REFB=-0.00645509;REVB=-0.00290929;RO=53;SAF=14;SAR=19;SRF=17;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117069;STB=0.558371;STBP=0.409;TYPE=snp;VARB=0.00689892;OID=.;OPOS=35175592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:53:53:33:34:0.390805:19:14:17:36:20:14:17:36 chr19 35524546 . C T 117.2 PASS AF=0.358974;AO=13;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=0.00417346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5513;QD=12.0203;RBI=0.00578063;REFB=-0.00290367;REVB=0.00399973;RO=25;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.417899;STB=0.717696;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=0.015004;OID=.;OPOS=35524546;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:13:14:0.358974:6:7:4:21:7:7:4:21 chr19 35551225 . G GC,GCC 232.58 PASS AF=1,0;AO=22,5;DP=35;FAO=32,0;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19,0;FSAR=13,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.121225,-0.056424;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=11.8153,8.96332;QD=29.0723;RBI=0.121225,0.0564277;REFB=-0.00443132,-0.00761639;REVB=-8.5649e-05,0.000646302;RO=8;SAF=10,5;SAR=12,0;SRF=5;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.08284,0.711762;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00686033,0.000825342;OID=.,.;OPOS=35551226,35551226;OREF=-,-;OALT=C,CC;OMAPALT=GC,GCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:22,5:35:32,0:32:0:19,0:13,0:0:0:4:8:10,5:12,0:5:3 chr19 35590180 . T A 750.65 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172888;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.243;QD=63.8854;RBI=0.048691;REFB=0;REVB=0.0455182;RO=0;SAF=19;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.11628e-06;OID=.;OPOS=35590180;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:28:19:0:0:28:19:0:0 chr19 35597352 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00555614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.74;QD=45.8063;RBI=0.0640287;REFB=0;REVB=0.0637872;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344416;OID=.;OPOS=35597352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr19 35597462 . A G 162.16 PASS AF=0.53125;AO=16;DP=31;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.00179696;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.302;QD=20.2695;RBI=0.0249111;REFB=-0.0213633;REVB=-0.0248462;RO=15;SAF=11;SAR=5;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253096;STB=0.617837;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0193318;OID=.;OPOS=35597462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:15:15:16:17:0.53125:5:11:6:9:6:11:6:9 chr19 35597620 . C T 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.00531967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.593;QD=20.0176;RBI=0.0199123;REFB=-0.00925179;REVB=-0.0191886;RO=17;SAF=3;SAR=15;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340843;STB=0.695953;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00652818;OID=.;OPOS=35597620;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:15:3:8:9:15:3:8:9 chr19 35597729 . C T 63.35 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.0430013;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=91.7439;QD=8.73753;RBI=0.0441596;REFB=-0.0114783;REVB=0.0100478;RO=20;SAF=3;SAR=6;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.295649;STB=0.681419;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0155432;OID=.;OPOS=35597729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:6:3:12:8:6:3:12:8 chr19 35610245 . A G 386.93 PASS AF=0.966667;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0194446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.7175;QD=51.591;RBI=0.0491932;REFB=-0.0702913;REVB=-0.0451872;RO=1;SAF=23;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0198141;STB=0.510197;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00606461;OID=.;OPOS=35610245;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:29:30:1:1:28:29:0.966667:5:23:1:0:5:24:1:0 chr19 35612132 . A G 111.55 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.0215319;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=103.901;QD=17.8473;RBI=0.0245684;REFB=-0.00351703;REVB=0.0118314;RO=12;SAF=10;SAR=3;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.387481;STB=0.723321;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.00435012;OID=.;OPOS=35612132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:3:10:4:8:3:10:4:8 chr19 35612159 . C G 78.35 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0581734;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.3526;QD=14.9237;RBI=0.0955545;REFB=-0.025759;REVB=0.0758058;RO=11;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422378;STB=0.749464;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0271681;OID=.;OPOS=35612159;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:2:8:4:7:2:8:4:7 chr19 35614336 . T C 381.33 PASS AF=0.857143;AO=30;DP=35;FAO=30;FDP=35;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0425088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1728;QD=43.581;RBI=0.0778274;REFB=-0.00042489;REVB=0.0651928;RO=5;SAF=17;SAR=13;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00899694;STB=0.504851;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.00131985;OID=.;OPOS=35614336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:35:35:5:5:30:30:0.857143:13:17:3:2:13:17:3:2 chr19 35614533 . TA T,TT 197.26 PASS AF=0.358491,0.113208;AO=14,11;DP=54;FAO=19,6;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=8,2;FSAR=11,4;FSRF=8;FSRR=20;FWDB=-0.0413753,-0.109115;FXX=0.0185151;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=20.3371,24.6557;QD=14.8871;RBI=0.0518779,0.116314;REFB=-0.00140226,0.0227109;REVB=-0.0312954,-0.0402866;RO=25;SAF=4,5;SAR=10,6;SRF=6;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0629654,0.258749;STB=0.584821,0.545309;STBP=0.371,0.899;TYPE=del,snp;VARB=0.000680638,0.0708115;OID=.,.;OPOS=35614534,35614534;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.358491,0.113208:14,11:54:19,6:53:28:8,2:11,4:8:20:99:25:4,5:10,6:6:19 chr19 35616315 . GC AT 70.43 PASS AF=0.5625;AO=8;DP=15;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=6;FWDB=0.0234656;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=262.114;QD=17.6065;RBI=0.0356882;REFB=-0.0266542;REVB=0.0268889;RO=6;SAF=6;SAR=2;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426988;STB=0.719537;STBP=0.073;TYPE=mnp;VARB=0.0155461;OID=.;OPOS=35616315;OREF=GC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:16:6:7:8:9:0.5625:2:6:1:5:3:6:1:6 chr19 35616663 . A G 165.34 PASS AF=0.391304;AO=18;DP=46;FAO=18;FDP=46;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.000723777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.255;QD=14.3772;RBI=0.0152794;REFB=-0.0402237;REVB=-0.0152623;RO=28;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191516;STB=0.610988;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.0386108;OID=.;OPOS=35616663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:28:28:18:18:0.391304:7:11:12:16:7:11:12:16 chr19 35616692 . C T 153.35 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.0909645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.0057;QD=13.9406;RBI=0.0927626;REFB=-0.00280561;REVB=0.0181759;RO=27;SAF=9;SAR=8;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166926;STB=0.596706;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00816148;OID=.;OPOS=35616692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:17:17:0.386364:8:9:10:17:8:9:10:17 chr19 35617122 . A G 154.74 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=21;FWDB=-0.0182825;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8396;QD=14.7367;RBI=0.0486354;REFB=0.00239104;REVB=-0.0450683;RO=25;SAF=6;SAR=11;SRF=4;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238954;STB=0.635624;STBP=0.243;TYPE=snp;VARB=-0.00733614;OID=.;OPOS=35617122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:11:6:4:21:11:6:4:21 chr19 35617270 . T C 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.00891238;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.858;QD=8.8111;RBI=0.0328266;REFB=-0.0212906;REVB=0.0315936;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0469701;STB=0.529314;STBP=0.903;TYPE=snp;VARB=0.0183261;OID=.;OPOS=35617270;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:6:5:3:3:6:5 chr19 35622695 . A G 519.34 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0464076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.282;QD=59.3527;RBI=0.0580714;REFB=0;REVB=0.0349088;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000584392;OID=.;OPOS=35622695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:18:16:0:0:18:17:0:0 chr19 35648365 . T G 1231.35 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0671544;FXX=0.0123442;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.953;QD=61.5674;RBI=0.087406;REFB=0;REVB=0.0559473;RO=0;SAF=44;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000557165;OID=.;OPOS=35648365;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:35:44:0:0:35:45:0:0 chr19 35649324 . C G 648.86 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0159685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.882;QD=61.7958;RBI=0.0214272;REFB=0;REVB=0.0142876;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.68437e-05;OID=.;OPOS=35649324;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:42:0:0:38:42:1:22:16:0:0:25:17:0:0 chr19 35655151 . T C 113.09 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00766982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.635;QD=17.3988;RBI=0.00768635;REFB=-0.0313132;REVB=0.000503872;RO=13;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0722219;STB=0.541339;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.0466463;OID=.;OPOS=35655151;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:8:5:4:9:8:5:4:9 chr19 35660450 . T C 131.99 PASS AF=0.416667;AO=16;DP=36;FAO=15;FDP=36;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.000130089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.778;QD=14.6657;RBI=0.0239188;REFB=0.00764151;REVB=-0.0239184;RO=19;SAF=13;SAR=3;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.376132;STB=0.71763;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=-0.00829967;OID=.;OPOS=35660450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:21:16:15:0.416667:3:13:9:10:3:12:10:11 chr19 35660508 . G A 84.33 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0380433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.293;QD=10.5416;RBI=0.0473034;REFB=-0.0174883;REVB=0.0281126;RO=21;SAF=6;SAR=5;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.229478;STB=0.636635;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.053269;OID=.;OPOS=35660508;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:5:6:7:14:5:6:7:14 chr19 35719020 . C T 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0545162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.891;QD=63.2846;RBI=0.0566209;REFB=0;REVB=-0.0152939;RO=0;SAF=19;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000272576;OID=.;OPOS=35719020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:27:19:0:0:27:19:0:0 chr19 35719106 . A G 357.7 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.391;QD=55.0313;RBI=0.0471884;REFB=0;REVB=-0.0218807;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000463717;OID=.;OPOS=35719106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr19 35757427 . G A 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00345986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.966;QD=58.137;RBI=0.0238943;REFB=0;REVB=0.0236425;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000132579;OID=.;OPOS=35757427;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr19 35758274 . TG GA,TGGGA 745.65 PASS AF=0.0491803,0.885246;AO=3,48;DP=63;FAO=3,54;FDP=61;FR=.;FRO=4;FSAF=1,34;FSAR=2,20;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=-0.00973579,0.0116873;FXX=0.0161264;HRUN=1,3;LEN=2,3;MLLD=115.077,126.326;QD=48.895;RBI=0.0193031,0.014718;REFB=0.0111768,-0.00670336;REVB=0.0166681,0.00894573;RO=6;SAF=1,31;SAR=2,17;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.317885,-0.00474634;STB=0.831735,0.527768;STBP=0.398,0.148;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0413358,0.00270707;OID=.,.;OPOS=35758274,35758276;OREF=TG,-;OALT=GA,GGA;OMAPALT=GA,TGGGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:16:63:61:6:4:3,48:3,54:0.0491803,0.885246:2,17:1,31:4:2:2,20:1,34:4:0 chr19 35786868 . C T 1522.28 PASS AF=0.979798;AO=97;DP=100;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0219762;FXX=0.009999;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.371;QD=61.5062;RBI=0.0267079;REFB=-0.184621;REVB=0.0151775;RO=2;SAF=35;SAR=62;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00576873;STB=0.503042;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.00186465;OID=.;OPOS=35786868;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:100:99:2:2:97:97:0.979798:62:35:1:1:62:35:1:1 chr19 35790503 . G A 116.85 PASS AF=0.388889;AO=13;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00675419;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6181;QD=12.9833;RBI=0.060795;REFB=-0.00568779;REVB=0.0604186;RO=23;SAF=5;SAR=8;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149372;STB=0.590033;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.0160052;OID=.;OPOS=35790503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:23:22:13:14:0.388889:8:5:12:11:9:5:11:11 chr19 35836530 . G A 153.43 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.000143641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.078;QD=13.9479;RBI=0.00972842;REFB=-0.00175029;REVB=-0.00972736;RO=26;SAF=10;SAR=7;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012121;STB=0.520524;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00210701;OID=.;OPOS=35836530;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:27:17:17:0.386364:7:10:15:11:7:10:15:12 chr19 35843086 . G A 252.99 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.3487;QD=50.597;RBI=0.0842092;REFB=0;REVB=0.0831218;RO=1;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0540538;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00140255;OID=.;OPOS=35843086;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:1:0:19:20:1:8:11:0:1:9:11:0:0 chr19 35849926 . G A 539.87 PASS AF=0.504505;AO=56;DP=111;FAO=56;FDP=111;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.0103769;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.273;QD=19.4549;RBI=0.017383;REFB=-0.0299716;REVB=0.013946;RO=54;SAF=30;SAR=26;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482977;STB=0.531219;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0340367;OID=.;OPOS=35849926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:54:55:56:56:0.504505:26:30:26:28:26:30:26:29 chr19 35850672 . T C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0131796;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.686;QD=12.7299;RBI=0.0178282;REFB=0.00664829;REVB=0.012006;RO=12;SAF=2;SAR=7;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.436487;STB=0.760275;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=-0.0132554;OID=.;OPOS=35850672;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:7:2:8:4:7:2:8:4 chr19 35863707 . G A 117.76 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=20;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0124338;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=148.487;QD=21.4109;RBI=0.0213648;REFB=-0.0169726;REVB=0.017374;RO=7;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845065;STB=0.5624;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0199089;OID=.;OPOS=35863707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:20:22:7:9:13:13:0.590909:9:4:3:4:9:4:4:5 chr19 35863809 . T A 70.51 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=-0.0882341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.392;QD=17.6273;RBI=0.0896449;REFB=-0.0368877;REVB=-0.0158412;RO=6;SAF=4;SAR=5;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20145;STB=0.571275;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0130893;OID=.;OPOS=35863809;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:16:6:7:9:9:0.5625:5:4:1:5:5:4:2:5 chr19 35991373 . C T 248.46 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00837673;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.037;QD=16.2925;RBI=0.0302719;REFB=-0.0363215;REVB=-0.0290899;RO=29;SAF=13;SAR=15;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781199;STB=0.505297;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0407909;OID=.;OPOS=35991373;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:61:29:33:28:28:0.459016:15:13:11:18:15:13:15:18 chr19 35991442 . T G 940.98 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0351423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.861;QD=57.0289;RBI=0.0403967;REFB=-0.123643;REVB=-0.0199228;RO=1;SAF=28;SAR=37;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165719;STB=0.508769;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00257845;OID=.;OPOS=35991442;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:1:1:65:65:0.984848:37:28:1:0:37:28:1:0 chr19 35998362 . T G 139.97 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0212122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5287;QD=20.7362;RBI=0.0250756;REFB=-0.0316565;REVB=-0.0133727;RO=12;SAF=12;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.351671;STB=0.701457;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0349756;OID=.;OPOS=35998362;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:3:12:5:7:3:12:5:7 chr19 36002381 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.191;QD=46.848;RBI=0.0335094;REFB=0;REVB=-0.0140104;RO=0;SAF=13;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107633;OID=.;OPOS=36002381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:2:13:0:0:2:13:0:0 chr19 36002399 . TG CA 66.53 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134263;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=2;MLLD=269.476;QD=38.0149;RBI=0.0142886;REFB=0;REVB=0.00488864;RO=0;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000249021;OID=.;OPOS=36002399;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:2:5:0:0:2:5:0:0 chr19 36002404 . C T 52.91 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00214602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.717;QD=26.4559;RBI=0.0208437;REFB=-0.0669539;REVB=-0.0207329;RO=1;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2842;STB=0.666107;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00964605;OID=.;OPOS=36002404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:1:6:0:1:1:6:0:1 chr19 36002409 . ACTG A 64.94 PASS AF=1;AO=6;DP=8;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270552;FXX=0.124844;HRUN=1;LEN=3;MLLD=284.12;QD=37.1096;RBI=0.0583301;REFB=0;REVB=0.051676;RO=0;SAF=6;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0012425;OID=.;OPOS=36002410;OREF=CTG;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:8:7:7:0:6:1:0:0:3:0:6:0:0:0 chr19 36002710 . C A 1051.83 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=73;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0402203;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.562;QD=58.435;RBI=0.0523603;REFB=-0.138696;REVB=0.033525;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.506171;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000710173;OID=.;OPOS=36002710;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:72:0:1:71:71:0.986111:31:40:0:0:31:40:1:0 chr19 36004106 . A G 428.9 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.10587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.6455;QD=57.187;RBI=0.107576;REFB=0;REVB=0.0190795;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00207149;OID=.;OPOS=36004106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr19 36004171 . CT AC,AT 316.8 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=2,21;DP=24;FAO=2,22;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,2;FSAR=2,20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126579,0.0540346;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=53.7274,180.274;QD=52.7994;RBI=0.0166384,0.0561628;REFB=0,0;REVB=-0.0107988,0.0153143;RO=0;SAF=0,1;SAR=2,20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.78928e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00212165,0.0032886;OID=.,.;OPOS=36004171,36004171;OREF=CT,C;OALT=AC,A;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:24:24:0:0:2,21:2,22:0.0833333,0.916667:2,20:0,1:0:0:2,20:0,2:0:0 chr19 36017926 . CCG C,CC,CCC 205.58 PASS AF=0.0588235,0,0.941176;AO=2,4,12;DP=19;FAO=1,0,16;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,5;FSAR=0,0,11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.252735,0.286132,0.282329;FXX=0;HRUN=4,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=281.276,293.295,304.643;QD=48.3713;RBI=0.25274,0.286141,0.282341;REFB=0,0,0;REVB=0.00156843,0.0022349,0.00264057;RO=0;SAF=2,3,2;SAR=0,1,10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,4.86674e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.124056,0.132156,0.00242688;OID=.,.,.;OPOS=36017927,36017928,36017928;OREF=CG,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0588235,0,0.941176:2,4,12:19:1,0,16:17:0:1,0,5:0,0,11:0:0:4:0:2,3,2:0,1,10:0:0 chr19 36033460 . C T 1012.46 PASS AF=0.985714;AO=68;DP=69;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0109699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.635;QD=57.8551;RBI=0.0130321;REFB=0.0122207;REVB=0.00703541;RO=1;SAF=32;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145412;STB=0.50769;STBP=0.332;TYPE=snp;VARB=-0.00155914;OID=.;OPOS=36033460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:70:1:1:68:69:0.985714:36:32:1:0:37:32:1:0 chr19 36066570 . A G 1250.55 PASS AF=0.784;AO=98;DP=125;FAO=98;FDP=125;FR=.;FRO=27;FSAF=32;FSAR=66;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=0.00413185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.089;QD=40.0176;RBI=0.0148155;REFB=-0.0196785;REVB=0.0142277;RO=27;SAF=32;SAR=66;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0200334;STB=0.510683;STBP=0.671;TYPE=snp;VARB=0.00471167;OID=.;OPOS=36066570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:27:27:98:98:0.784:66:32:10:17:66:32:10:17 chr19 36066577 . A G 1130.43 PASS AF=0.764706;AO=91;DP=119;FAO=91;FDP=119;FR=.;FRO=28;FSAF=31;FSAR=60;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=0.0129796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.078;QD=37.9977;RBI=0.0357519;REFB=-0.0482064;REVB=0.0333126;RO=28;SAF=31;SAR=60;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00946034;STB=0.505051;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0123997;OID=.;OPOS=36066577;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:28:28:91:91:0.764706:60:31:9:19:60:31:9:19 chr19 36066634 . A G 763.02 PASS AF=0.673684;AO=64;DP=95;FAO=64;FDP=95;FR=.;FRO=31;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0429838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.8839;QD=32.127;RBI=0.0441363;REFB=0.00299877;REVB=-0.0100201;RO=31;SAF=23;SAR=41;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.038859;STB=0.520996;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=-0.00205468;OID=.;OPOS=36066634;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:31:31:64:64:0.673684:41:23:13:18:41:23:13:18 chr19 36066642 . A G 652.69 PASS AF=0.651163;AO=56;DP=87;FAO=56;FDP=86;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00358488;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.99;QD=30.3578;RBI=0.00825667;REFB=-0.0130329;REVB=-0.00743783;RO=30;SAF=21;SAR=35;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395799;STB=0.521465;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00812411;OID=.;OPOS=36066642;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:30:30:56:56:0.651163:35:21:13:17:35:21:13:17 chr19 36066645 . A G 630.6 PASS AF=0.662651;AO=54;DP=82;FAO=55;FDP=83;FR=.;FRO=28;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.00118907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.338;QD=30.3901;RBI=0.00800342;REFB=-0.0276777;REVB=0.0079146;RO=28;SAF=21;SAR=33;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00262813;STB=0.503936;STBP=0.928;TYPE=snp;VARB=0.0151208;OID=.;OPOS=36066645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:28:28:54:55:0.662651:33:21:11:17:34:21:11:17 chr19 36066661 . A G 347.21 PASS AF=0.538462;AO=35;DP=66;FAO=35;FDP=65;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.00515241;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.75;QD=21.3668;RBI=0.0132577;REFB=-0.00663895;REVB=0.0122156;RO=29;SAF=15;SAR=20;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123874;STB=0.513506;STBP=0.828;TYPE=snp;VARB=0.00561272;OID=.;OPOS=36066661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:29:30:35:35:0.538462:20:15:12:17:20:15:12:18 chr19 36066667 . A G 306.94 PASS AF=0.485294;AO=33;DP=68;FAO=33;FDP=68;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0213874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.026;QD=18.0551;RBI=0.021397;REFB=-0.0138396;REVB=0.000639878;RO=35;SAF=13;SAR=20;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0331034;STB=0.518507;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0139661;OID=.;OPOS=36066667;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:35:35:33:33:0.485294:20:13:15:20:20:13:15:20 chr19 36157740 . C T 247.2 PASS AF=0.509434;AO=25;DP=50;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0607304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.34;QD=18.6568;RBI=0.0630405;REFB=-0.0316903;REVB=-0.016909;RO=25;SAF=11;SAR=14;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0715684;STB=0.509084;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.0312928;OID=.;OPOS=36157740;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:53:25:26:25:27:0.509434:14:11:13:12:14:13:13:13 chr19 36159368 . T G 358.47 PASS AF=0.578125;AO=34;DP=62;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=29;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=0.00156453;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.7014;QD=22.4041;RBI=0.0654814;REFB=-0.029997;REVB=0.0654627;RO=24;SAF=27;SAR=7;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489565;STB=0.50372;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.0177503;OID=.;OPOS=36159368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:24:27:34:37:0.578125:7:27:18:6:8:29:21:6 chr19 36168914 . T C 241.62 PASS AF=0.952381;AO=20;DP=21;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00430503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8304;QD=46.023;RBI=0.0189971;REFB=-0.13323;REVB=-0.0185029;RO=1;SAF=15;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0297497;STB=0.516113;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0115563;OID=.;OPOS=36168914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:1:1:20:20:0.952381:5:15:1:0:5:15:1:0 chr19 36211082 . C T 37.12 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0213806;FXX=0.0434594;HRUN=5;LEN=1;MLLD=63.6983;QD=6.74966;RBI=0.107234;REFB=-0.0131623;REVB=-0.105081;RO=15;SAF=3;SAR=3;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265793;STB=0.635943;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.12436;OID=.;OPOS=36211082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:22:22:15:16:6:6:0.272727:3:3:11:4:3:3:11:5 chr19 36211741 . AC AA,A 94.85 PASS AF=0.583333,0.416667;AO=7,2;DP=12;FAO=7,5;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1,2;FSAR=6,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0515983,-0.192879;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=23.9383,13.9934;QD=31.6177;RBI=0.0757404,0.225939;REFB=-0.065373,-0.104474;REVB=0.0554457,0.117669;RO=2;SAF=1,1;SAR=6,1;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.125389,0.390188;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,del;VARB=0.0168455,0.0626888;OID=.,.;OPOS=36211742,36211742;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.583333,0.416667:7,2:12:7,5:12:0:1,2:6,3:0:0:18:2:1,1:6,1:0:2 chr19 36214632 . A AG 1117.05 PASS AF=0.989583;AO=89;DP=96;FAO=95;FDP=96;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.172298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.846;QD=46.5438;RBI=0.180026;REFB=-0.0257099;REVB=-0.0521809;RO=5;SAF=37;SAR=52;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0224395;STB=0.506665;STBP=0.289;TYPE=ins;VARB=0.0028136;OID=.;OPOS=36214633;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.989583:89:96:95:96:1:37:58:1:0:15:5:37:52:1:4 chr19 36218478 . C T 97.65 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0277433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.947;QD=24.4133;RBI=0.0491917;REFB=-0.0176245;REVB=0.0406218;RO=5;SAF=9;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0166212;STB=0.509417;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00842;OID=.;OPOS=36218478;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:2:9:4:1:2:9:4:1 chr19 36224705 . A G 902.52 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028665;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.093;QD=58.2272;RBI=0.0496267;REFB=0;REVB=0.0405108;RO=0;SAF=24;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.3248e-05;OID=.;OPOS=36224705;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:37:24:0:0:38:24:0:0 chr19 36233470 . G A 222.02 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=21;FWDB=-0.0110861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.492;QD=14.5589;RBI=0.025303;REFB=-0.00708124;REVB=0.0227451;RO=35;SAF=10;SAR=16;SRF=14;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163152;STB=0.509277;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00987336;OID=.;OPOS=36233470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:16:10:14:21:16:10:14:21 chr19 36234652 . T C 235.58 PASS AF=0.439394;AO=26;DP=64;FAO=29;FDP=66;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.000882717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.131;QD=14.2775;RBI=0.0643149;REFB=-0.00362475;REVB=0.0643088;RO=37;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0812418;STB=0.51308;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0130537;OID=.;OPOS=36234652;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:37:37:26:29:0.439394:12:14:17:20:15:14:17:20 chr19 36243089 . T C 739.37 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.7044;QD=55.8018;RBI=0.0374597;REFB=0;REVB=-0.0355189;RO=0;SAF=24;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10374e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00090993;OID=.;OPOS=36243089;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:53:0:0:50:53:1:26:24:0:0:27:26:0:0 chr19 36243813 . G A 1483.79 PASS AF=0.979381;AO=94;DP=96;FAO=95;FDP=97;FR=.;FRO=2;FSAF=47;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0166304;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.789;QD=61.187;RBI=0.0168866;REFB=-0.0257446;REVB=-0.00292985;RO=2;SAF=47;SAR=47;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0197467;STB=0.510202;STBP=0.236;TYPE=snp;VARB=0.000260068;OID=.;OPOS=36243813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:96:97:2:2:94:95:0.979381:47:47:0:2:48:47:0:2 chr19 36255965 . C G 41.21 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0549225;FXX=0.0713776;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.168;QD=12.6796;RBI=0.107241;REFB=-0.0450346;REVB=0.09211;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275357;STB=0.699353;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0134523;OID=.;OPOS=36255965;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:13:13:6:7:6:6:0.461538:4:2:4:2:4:2:5:2 chr19 36258937 . AG A 357.47 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.162859;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=25.6317;QD=46.1245;RBI=0.163361;REFB=0;REVB=-0.0128015;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00711983;OID=.;OPOS=36258938;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:31:31:31:0:20:11:0:0:6:0:20:10:0:0 chr19 36259415 . G A 279.85 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=69;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=0.00777728;FXX=0.0144907;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1295;QD=16.4616;RBI=0.0642176;REFB=-0.0228006;REVB=0.0637449;RO=38;SAF=13;SAR=18;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0248254;STB=0.507807;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.0375271;OID=.;OPOS=36259415;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:68:38:37:31:31:0.455882:18:13:15:23:18:13:15:22 chr19 36268771 . C T 257.98 PASS AF=0.5;AO=28;DP=56;FAO=28;FDP=56;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=24;FWDB=0.000339061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=256.901;QD=18.4268;RBI=0.00398465;REFB=-0.0223709;REVB=0.0039702;RO=28;SAF=14;SAR=14;SRF=4;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.323424;STB=0.67846;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0119609;OID=.;OPOS=36268771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:28:28:28:28:0.5:14:14:4:24:14:14:4:24 chr19 36270052 . A G 206.9 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0286351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8752;QD=48.6825;RBI=0.0369957;REFB=0;REVB=-0.0234246;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000492764;OID=.;OPOS=36270052;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr19 36271139 . C T 123.27 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0122944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.5787;QD=16.4359;RBI=0.021825;REFB=0.0251329;REVB=-0.0180327;RO=16;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.180327;STB=0.603627;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-0.0291345;OID=.;OPOS=36271139;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:6:8:6:10:6:8:6:10 chr19 36271661 . G GC 31.15 PASS AF=0.368421;AO=5;DP=20;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.100271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=15.831;QD=6.55813;RBI=0.100564;REFB=-0.0978562;REVB=-0.00767415;RO=14;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265676;STB=0.562327;STBP=0.737;TYPE=ins;VARB=0.179728;OID=.;OPOS=36271662;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.368421:5:20:7:19:12:3:4:4:8:31:14:3:2:5:9 chr19 36278470 . C G 214.25 PASS AF=0.947368;AO=17;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0127106;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.051;QD=45.1041;RBI=0.018931;REFB=-0.0211796;REVB=-0.0140294;RO=1;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0609958;STB=0.529379;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00292552;OID=.;OPOS=36278470;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:17:18:0.947368:7:10:0:1:8:10:0:1 chr19 36302921 . T C 677.97 PASS AF=0.51938;AO=66;DP=128;FAO=67;FDP=129;FR=.;FRO=62;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=31;FSRR=31;FWDB=-0.00514377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.519;QD=21.0224;RBI=0.00517615;REFB=-0.0266828;REVB=-0.000578086;RO=62;SAF=36;SAR=30;SRF=31;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401764;STB=0.525243;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.0184139;OID=.;OPOS=36302921;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:62:62:66:67:0.51938:30:36:31:31:30:37:31:31 chr19 36322270 . C T 688.92 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603813;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.687;QD=62.6293;RBI=0.065684;REFB=0;REVB=0.0258552;RO=0;SAF=29;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000241335;OID=.;OPOS=36322270;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:15:29:0:0:15:29:0:0 chr19 36342212 . C T 113.88 PASS AF=0.52;AO=12;DP=24;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0749904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8881;QD=18.2205;RBI=0.0749908;REFB=-0.0240243;REVB=0.00023004;RO=12;SAF=11;SAR=1;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.622608;STB=0.870278;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0479209;OID=.;OPOS=36342212;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:12:12:12:13:0.52:1:11:4:8:1:12:4:8 chr19 36349333 . G A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0304376;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.9934;QD=11.0914;RBI=0.087645;REFB=0.0571258;REVB=0.0821901;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0892949;STB=0.555331;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.0538148;OID=.;OPOS=36349333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:2:3:3:3:2:3:3:3 chr19 36355595 . A G 471.26 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0594306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2267;QD=57.1227;RBI=0.0936157;REFB=0;REVB=0.0723319;RO=0;SAF=16;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00242805;OID=.;OPOS=36355595;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:33:0:0:31:33:1:15:16:0:0:17:16:0:0 chr19 36486445 . G C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0681218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.783;QD=47.8222;RBI=0.075546;REFB=0;REVB=0.032659;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000613529;OID=.;OPOS=36486445;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr19 36497358 . C G 210.83 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=54;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0683311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9169;QD=15.6169;RBI=0.0695077;REFB=-0.0584935;REVB=0.0127353;RO=30;SAF=7;SAR=17;SRF=10;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0480917;STB=0.527349;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0296502;OID=.;OPOS=36497358;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:30:30:24:24:0.444444:17:7:10:20:17:7:10:20 chr19 36549684 . G A 228.94 PASS AF=0.511628;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.0518175;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2583;QD=21.2968;RBI=0.0830517;REFB=0.0168566;REVB=0.064904;RO=21;SAF=10;SAR=12;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0228018;STB=0.512809;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.0176264;OID=.;OPOS=36549684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:21:21:22:22:0.511628:12:10:9:12:12:10:9:12 chr19 36590329 . T C 69.64 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0207462;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.016;QD=16.3859;RBI=0.0541064;REFB=-0.027163;REVB=-0.049971;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0571344;STB=0.53326;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0465183;OID=.;OPOS=36590329;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:5:4:3:5:5:4:3:5 chr19 36594659 . A T 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00629067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.543;QD=58.142;RBI=0.0401287;REFB=0;REVB=0.0396326;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000314666;OID=.;OPOS=36594659;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr19 36595436 . A C 222.86 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00693849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.58;QD=18.9664;RBI=0.0460393;REFB=-0.029452;REVB=-0.0455134;RO=25;SAF=18;SAR=4;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.346075;STB=0.698825;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0321721;OID=.;OPOS=36595436;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:25:22:22:0.468085:4:18:13:12:4:18:13:12 chr19 36602729 . G C 178.21 PASS AF=0.395833;AO=18;DP=47;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0100704;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5172;QD=14.851;RBI=0.0472438;REFB=-0.00382856;REVB=0.046158;RO=29;SAF=3;SAR=15;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.403786;STB=0.74491;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.00624189;OID=.;OPOS=36602729;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:29:29:18:19:0.395833:15:3:14:15:16:3:14:15 chr19 36603703 . T A 219.98 PASS AF=0.446429;AO=20;DP=52;FAO=25;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=30;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.007205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.755;QD=15.7129;RBI=0.0109002;REFB=-0.011173;REVB=-0.00817941;RO=26;SAF=12;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10041;STB=0.596936;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.00774596;OID=.;OPOS=36603703;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:56:26:30:20:25:0.446429:8:12:13:13:9:16:14:16 chr19 36642884 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137149;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.651;QD=51.9159;RBI=0.0146086;REFB=0;REVB=0.00503124;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.97071e-05;OID=.;OPOS=36642884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr19 36727365 . G A 747.87 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.186;QD=62.3228;RBI=0.0377116;REFB=0;REVB=0.035171;RO=1;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164911;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293592;OID=.;OPOS=36727365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:48:1:0:45:48:1:28:17:0:1:31:17:0:0 chr19 36729041 . A G 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0798631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.245;QD=15.2589;RBI=0.080265;REFB=-0.0273908;REVB=0.00802154;RO=6;SAF=1;SAR=6;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23478;STB=0.642384;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0166806;OID=.;OPOS=36729041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:6:1:2:4:6:1:2:4 chr19 36940698 . A G 193.18 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00843914;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.7209;QD=16.4405;RBI=0.0133081;REFB=-0.00611888;REVB=-0.0102901;RO=27;SAF=10;SAR=10;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556976;STB=0.531883;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.00987879;OID=.;OPOS=36940698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:10:10:15:12:10:10:15:12 chr19 36940760 . G T 100.96 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=28;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0375529;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.7362;QD=14.9563;RBI=0.0385618;REFB=0.00216978;REVB=-0.00876299;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.153102;STB=0.5881;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=-0.00394249;OID=.;OPOS=36940760;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:15:15:12:12:0.444444:4:8:12:3:4:8:12:3 chr19 37004938 . T C 223.71 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000631661;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3626;QD=42.6119;RBI=0.134023;REFB=-0.13426;REVB=0.134022;RO=2;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0765591;STB=0.541624;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=0.00690585;OID=.;OPOS=37004938;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:11:8:0:2:11:8:0:2 chr19 37039069 . A C 236.11 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=49;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0555258;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.3644;QD=19.2743;RBI=0.057303;REFB=0.000663234;REVB=-0.0141605;RO=26;SAF=12;SAR=11;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0157279;STB=0.508889;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=0.000122434;OID=.;OPOS=37039069;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:26:23:23:0.469388:11:12:14:12:11:12:14:12 chr19 37068081 . G C 156.93 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.041271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.352;QD=23.2488;RBI=0.0482744;REFB=-0.024406;REVB=0.0250424;RO=10;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518495;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0192211;OID=.;OPOS=37068081;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:27:27:10:11:16:16:0.592593:8:8:5:5:8:8:5:6 chr19 37117302 . A G 169.28 PASS AF=0.381818;AO=18;DP=54;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=9;FWDB=0.00842825;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.911;QD=12.3111;RBI=0.0121476;REFB=-0.00822369;REVB=-0.0087481;RO=36;SAF=7;SAR=11;SRF=25;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335112;STB=0.657982;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0146424;OID=.;OPOS=37117302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:36:34:18:21:0.381818:11:7:25:11:11:10:25:9 chr19 37210805 . C T 68.81 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.013308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.7408;QD=15.2915;RBI=0.0473602;REFB=-0.00643148;REVB=-0.0454521;RO=9;SAF=2;SAR=7;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.22915;STB=0.636033;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00650796;OID=.;OPOS=37210805;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:7:2:4:5:7:2:4:5 chr19 37211478 . G A 214.74 PASS AF=0.645161;AO=20;DP=32;FAO=20;FDP=31;FR=.;FRO=11;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00491161;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2574;QD=27.7078;RBI=0.0232433;REFB=0.0100972;REVB=0.0227184;RO=10;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120637;STB=0.548339;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=-0.0033794;OID=.;OPOS=37211478;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:32:31:10:11:20:20:0.645161:10:10:7:3:10:10:7:4 chr19 37239278 . C A 62.69 PASS AF=0.666667;AO=8;DP=12;FAO=8;FDP=12;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0454176;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.2763;QD=20.8979;RBI=0.0512554;REFB=0.00649636;REVB=-0.0237562;RO=3;SAF=6;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0509198;STB=0.599732;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=-0.000902965;OID=.;OPOS=37239278;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:12:12:3:4:8:8:0.666667:2:6:2:1:2:6:2:2 chr19 37241141 . A G 84.34 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.00552305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.933;QD=10.5421;RBI=0.0282161;REFB=0.000144628;REVB=0.0276703;RO=21;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126972;STB=0.576134;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=0.000229231;OID=.;OPOS=37241141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:6:5:12:9:6:5:12:9 chr19 37310344 . T C 69.1 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00772419;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.835;QD=12.017;RBI=0.00959499;REFB=-0.00977264;REVB=0.00569216;RO=14;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0868934;STB=0.552509;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0143449;OID=.;OPOS=37310344;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:24:23:14:14:9:9:0.391304:2:7:10:4:2:7:10:4 chr19 37369454 . T G 135.77 PASS AF=0.321429;AO=18;DP=56;FAO=18;FDP=56;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.000388636;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.2889;QD=9.6979;RBI=0.0106295;REFB=0.00651479;REVB=0.0106223;RO=36;SAF=9;SAR=9;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313731;STB=0.517837;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=-0.0107575;OID=.;OPOS=37369454;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:36:38:18:18:0.321429:9:9:19:17:9:9:20:18 chr19 37369543 . A G 165.29 PASS AF=0.318841;AO=21;DP=68;FAO=22;FDP=69;FR=.;FRO=47;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.031002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.329;QD=9.582;RBI=0.0362076;REFB=-0.00954993;REVB=0.0187048;RO=47;SAF=11;SAR=10;SRF=18;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1638;STB=0.579639;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.0401719;OID=.;OPOS=37369543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:47:47:21:22:0.318841:10:11:18:29:11:11:18:29 chr19 37383253 . T G 81.01 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0777273;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=40.5131;QD=18.0018;RBI=0.0956119;REFB=-0.0293831;REVB=-0.0556786;RO=7;SAF=7;SAR=3;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302492;STB=0.6996;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0172452;OID=.;OPOS=37383253;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:7:8:10:10:0.555556:3:7:2:5:3:7:2:6 chr19 37441111 . C T 230.79 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0206922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.017;QD=17.7534;RBI=0.0231107;REFB=-0.0218335;REVB=0.0102926;RO=26;SAF=10;SAR=15;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092369;STB=0.56245;STBP=0.407;TYPE=snp;VARB=0.0214876;OID=.;OPOS=37441111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:27:25:25:0.480769:15:10:13:13:15:10:14:13 chr19 37441462 . T C 81.23 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.00905215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.307;QD=18.0504;RBI=0.03242;REFB=-0.00190369;REVB=0.0311306;RO=8;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167675;STB=0.597357;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0110648;OID=.;OPOS=37441462;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:8:8:10:10:0.555556:7:3:4:4:7:3:4:4 chr19 37441980 . A G 210.64 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0462556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2443;QD=19.1495;RBI=0.0475262;REFB=-0.0159453;REVB=0.0109157;RO=23;SAF=12;SAR=9;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242792;STB=0.636817;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.0111663;OID=.;OPOS=37441980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:9:12:7:16:9:12:7:16 chr19 37482151 . A G 414.05 PASS AF=0.443396;AO=45;DP=104;FAO=47;FDP=106;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.0323922;FXX=0.00934492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.369;QD=15.6244;RBI=0.0346795;REFB=-0.0104942;REVB=0.0123858;RO=54;SAF=30;SAR=15;SRF=32;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787348;STB=0.563849;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0188076;OID=.;OPOS=37482151;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:106:54:59:45:47:0.443396:15:30:32:22:15:32:34:25 chr19 37487632 . G A 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00231667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.954;QD=7.46493;RBI=0.00570522;REFB=-0.0270069;REVB=-0.0052137;RO=17;SAF=4;SAR=3;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112877;STB=0.571225;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0742808;OID=.;OPOS=37487632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:3:4:8:9:3:4:8:9 chr19 37487723 . G A 103.94 PASS AF=0.317073;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=41;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00546767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.602;QD=10.1404;RBI=0.0074356;REFB=-0.00819981;REVB=-0.00503912;RO=28;SAF=5;SAR=8;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00984234;STB=0.50592;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0125569;OID=.;OPOS=37487723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:28:28:13:13:0.317073:8:5:11:17:8:5:11:17 chr19 37487866 . A T 238.97 PASS AF=0.5;AO=23;DP=46;FAO=23;FDP=46;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00846171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=146.781;QD=20.7803;RBI=0.0227265;REFB=-0.0288858;REVB=-0.0210925;RO=23;SAF=11;SAR=12;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038794;STB=0.521803;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0326004;OID=.;OPOS=37487866;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:23:23:23:23:0.5:12:11:10:13:12:11:10:13 chr19 37487873 . C A 221.9 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0195152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.66;QD=18.4918;RBI=0.0197948;REFB=-0.00937663;REVB=-0.00331519;RO=26;SAF=11;SAR=11;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0734584;STB=0.541629;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.015302;OID=.;OPOS=37487873;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:11:11:11:15:11:11:11:15 chr19 37488055 . T G 208.78 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.00981222;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.057;QD=23.1979;RBI=0.012112;REFB=-0.0203533;REVB=0.00710084;RO=16;SAF=7;SAR=13;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021607;STB=0.512109;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0164551;OID=.;OPOS=37488055;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:13:7:6:10:13:7:6:10 chr19 37488197 . G A 263.56 PASS AF=0.483333;AO=26;DP=57;FAO=29;FDP=60;FR=.;FRO=31;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=-0.00921634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.8204;QD=17.5705;RBI=0.0192546;REFB=-0.0585531;REVB=0.0169055;RO=30;SAF=19;SAR=7;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241486;STB=0.645225;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.0405786;OID=.;OPOS=37488197;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:60:30:31:26:29:0.483333:7:19:15:15:7:22:16:15 chr19 37488299 . A G 155.2 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=41;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.0738928;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.9445;QD=15.141;RBI=0.114997;REFB=-0.0267038;REVB=0.0881148;RO=24;SAF=8;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124646;STB=0.507196;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0371255;OID=.;OPOS=37488299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:24:24:17:17:0.414634:9:8:11:13:9:8:11:13 chr19 37681014 . G A 221.73 PASS AF=0.375;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=72;FR=.;FRO=45;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=24;FWDB=-0.0319217;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.405;QD=12.3182;RBI=0.0338075;REFB=-0.0141063;REVB=-0.0111334;RO=44;SAF=11;SAR=16;SRF=20;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0520023;STB=0.537787;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.0205021;OID=.;OPOS=37681014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:45:27:27:0.375:16:11:20:24:16:11:21:24 chr19 37690375 . C T 48.87 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0704069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.3;QD=13.9627;RBI=0.0723571;REFB=-0.00832614;REVB=-0.0166856;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.358511;STB=0.713673;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00564703;OID=.;OPOS=37690375;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:2:5:2:5:2:5:2:5 chr19 37690420 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172331;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=112.647;QD=51.9153;RBI=0.0583572;REFB=0;REVB=0.0557547;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000348559;OID=.;OPOS=37690420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:12:8:0:0:12:9:0:0 chr19 37825633 . A T 233.51 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0293205;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.224;QD=18.3141;RBI=0.0311973;REFB=-0.0177505;REVB=0.0106575;RO=26;SAF=16;SAR=9;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166023;STB=0.593472;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0108789;OID=.;OPOS=37825633;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:9:16:12:14:9:16:12:14 chr19 37854235 . G T 42.22 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0497584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.459;QD=18.7665;RBI=0.0501628;REFB=-0.0454495;REVB=-0.00635712;RO=3;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.354507;STB=0.713466;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0528751;OID=.;OPOS=37854235;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:1:5:1:2:1:5:1:2 chr19 38030265 . G A 461.2 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00991207;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.501;QD=57.6503;RBI=0.0146046;REFB=0;REVB=0.0107259;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000723006;OID=.;OPOS=38030265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:14:17:0:0:15:17:0:0 chr19 38033251 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0391066;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8072;QD=43.4862;RBI=0.039378;REFB=0;REVB=-0.00461584;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00176066;OID=.;OPOS=38033251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr19 38034016 . TTA T,TTT 133.8 PASS AF=0.666667,0;AO=13,5;DP=46;FAO=20,0;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=2,0;FSAR=18,0;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.149553,0.00385648;FXX=0.142816;HRUN=5,7;LEN=2,1;MLLD=15.7056,9.75763;QD=17.8404;RBI=0.190753,0.0890306;REFB=-0.039789,0.0893204;REVB=0.118408,-0.088947;RO=21;SAF=1,0;SAR=12,5;SRF=6;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.416349,-0.624478;STB=0.580555,0.5;STBP=0.452,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0143224,0;OID=.,.;OPOS=38034017,38034018;OREF=TA,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.666667,0:13,5:46:20,0:30:10:2,0:18,0:2:8:58:21:1,0:12,5:6:15 chr19 38046967 . G A 308.8 PASS AF=0.96;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00639967;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.555;QD=49.4082;RBI=0.0390288;REFB=0.113233;REVB=0.0385006;RO=1;SAF=16;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280632;STB=0.514274;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=-0.000183056;OID=.;OPOS=38046967;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:25:1:1:23:24:0.96:7:16:1:0:7:17:1:0 chr19 38055612 . A T 1048.05 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0285086;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.904;QD=58.2249;RBI=0.0286779;REFB=0.106787;REVB=-0.00311141;RO=0;SAF=40;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.18246e-08;STB=0.506171;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=-0.000728604;OID=.;OPOS=38055612;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:31:40:0:0:31:40:1:0 chr19 38056574 . T A 915.94 PASS AF=0.984848;AO=63;DP=64;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0717098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.1715;QD=55.5115;RBI=0.106661;REFB=-0.132475;REVB=-0.0789578;RO=1;SAF=36;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129378;STB=0.506491;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00739978;OID=.;OPOS=38056574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:64:66:1:1:63:65:0.984848:27:36:1:0:27:38:1:0 chr19 38063125 . C CT 403.33 PASS AF=1;AO=34;DP=39;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000730275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.9493;QD=46.0944;RBI=0.224511;REFB=0;REVB=0.22451;RO=5;SAF=15;SAR=19;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0858027;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0085036;OID=.;OPOS=38063126;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:34:39:35:35:0:16:19:0:0:7:5:15:19:4:1 chr19 38091932 . A T 779.45 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0261111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.895;QD=63.6287;RBI=0.026475;REFB=0;REVB=0.00437417;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.62029e-05;OID=.;OPOS=38091932;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:49:0:0:47:49:1:24:23:0:0:24:25:0:0 chr19 38202516 . A C 591.92 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0104584;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.15;QD=60.7102;RBI=0.137161;REFB=0;REVB=0.136761;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000569845;OID=.;OPOS=38202516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:22:16:0:0:23:16:0:0 chr19 38314767 . A G 868.27 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120135;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=272.217;QD=57.8848;RBI=0.0147701;REFB=0;REVB=0.00859255;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.09598e-05;OID=.;OPOS=38314767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:60:0:0:58:60:1:26:32:0:0:26:34:0:0 chr19 38376485 . T A 789.26 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0358901;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.77;QD=64.4291;RBI=0.0368561;REFB=0;REVB=0.00838288;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.93695e-05;OID=.;OPOS=38376485;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr19 38377564 . T C 306.42 PASS AF=0.96;AO=22;DP=24;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0247049;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=60.3648;QD=49.0269;RBI=0.0585915;REFB=-0.0139398;REVB=0.0531285;RO=2;SAF=6;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0430223;STB=0.533305;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0124211;OID=.;OPOS=38377564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:24:25:2:1:22:24:0.96:16:6:1:1:17:7:1:0 chr19 38377749 . T C 99.91 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0822485;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=99.1052;QD=15.3703;RBI=0.0891162;REFB=-0.00209064;REVB=0.0343056;RO=13;SAF=11;SAR=1;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.516542;STB=0.829498;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0149963;OID=.;OPOS=38377749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:14:12:12:0.461538:1:11:7:6:1:11:7:7 chr19 38377773 . G A 393.74 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.040139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3214;QD=56.2487;RBI=0.044133;REFB=0;REVB=0.0183462;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000626167;OID=.;OPOS=38377773;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:9:18:0:0:9:19:0:0 chr19 38378107 . G A 613.36 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0091504;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7477;QD=61.3358;RBI=0.0155787;REFB=0;REVB=-0.0126082;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.27438e-05;OID=.;OPOS=38378107;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr19 38378539 . G C 854.1 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00207013;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.808;QD=57.9048;RBI=0.014025;REFB=0;REVB=-0.0138714;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.73898e-05;OID=.;OPOS=38378539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr19 38379446 . C T 375.67 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0403324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.895;QD=55.6554;RBI=0.0408463;REFB=0;REVB=0.00645898;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.27061e-05;OID=.;OPOS=38379446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr19 38382328 . C T 1237.58 PASS AF=0.97619;AO=82;DP=84;FAO=82;FDP=84;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.041257;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=75.9526;QD=58.9324;RBI=0.0420412;REFB=-0.00246134;REVB=-0.00808251;RO=2;SAF=31;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00583545;STB=0.503082;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.000304624;OID=.;OPOS=38382328;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:84:2:2:82:82:0.97619:51:31:1:1:51:31:1:1 chr19 38384421 . C G 88.02 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220675;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.1874;QD=39.1205;RBI=0.0579749;REFB=0;REVB=-0.0536107;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0022582;OID=.;OPOS=38384421;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr19 38698997 . G T 69.28 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00173503;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.926;QD=30.7902;RBI=0.0442881;REFB=0.0475576;REVB=0.0442541;RO=1;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978599;STB=0.555418;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00353217;OID=.;OPOS=38698997;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:4:4:0:1:4:4:0:1 chr19 38702777 . C T 136.27 PASS AF=0.457143;AO=14;DP=34;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0250554;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.541;QD=15.5731;RBI=0.0254879;REFB=-0.0209205;REVB=0.00467547;RO=15;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413564;STB=0.519831;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0235111;OID=.;OPOS=38702777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:15:19:14:16:0.457143:9:5:6:9:9:7:9:10 chr19 38706989 . G A 70.2 PASS AF=0.37037;AO=9;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0196887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.908;QD=10.4006;RBI=0.0248;REFB=-0.0101845;REVB=-0.0150797;RO=17;SAF=6;SAR=3;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0234373;STB=0.538383;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.0285171;OID=.;OPOS=38706989;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:27:27:17:17:9:10:0.37037:3:6:11:6:3:7:11:6 chr19 38709568 . C T 35.49 PASS AF=0.4;AO=5;DP=16;FAO=6;FDP=15;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0407382;FXX=0.062461;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.0698;QD=9.46472;RBI=0.0413957;REFB=-0.020607;REVB=0.00734898;RO=9;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.548753;STB=0.749249;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.0367003;OID=.;OPOS=38709568;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:16:15:9:9:5:6:0.4:1:4:2:7:2:4:2:7 chr19 38794895 . T C 1289.84 PASS AF=1;AO=83;DP=84;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139353;FXX=0.0235266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.717;QD=62.1608;RBI=0.0272331;REFB=0;REVB=-0.0233976;RO=0;SAF=36;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.46778e-05;OID=.;OPOS=38794895;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:83:0:0:83:83:1:47:36:0:0:47:36:0:0 chr19 38795250 . G A 147.88 PASS AF=0.484848;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0091524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.608;QD=17.9254;RBI=0.0208783;REFB=-0.0449358;REVB=0.0187653;RO=16;SAF=7;SAR=9;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172481;STB=0.576379;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0421612;OID=.;OPOS=38795250;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:17:16:16:0.484848:9:7:4:12:9:7:5:12 chr19 38795546 . TGAAG TG,TGAAGAAGAAGGAGAAGGGC 95.02 PASS AF=0.25,0.09375;AO=7,10;DP=33;FAO=8,3;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=5,1;FSAR=3,2;FSRF=16;FSRR=5;FWDB=-0.00899744,-0.119714;FXX=0.0588062;HRUN=2,2;LEN=3,15;MLLD=221.991,96.414;QD=11.8771;RBI=0.00987579,0.122953;REFB=-0.0211142,-0.022168;REVB=-0.00407153,-0.0280389;RO=11;SAF=5,8;SAR=2,2;SRF=8;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0160434,0.0940418;STB=0.611399,0.827678;STBP=0.54,0.454;TYPE=del,ins;VARB=0.0571966,0.0552399;OID=.,.;OPOS=38795547,38795551;OREF=GAA,-;OALT=-,AAGAAGGAGAAGGGC;OMAPALT=TG,TGAAGAAGAAGGAGAAGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.25,0.09375:7,10:33:8,3:32:21:5,1:3,2:16:5:60:11:5,8:2,2:8:3 chr19 38800165 . C T 61.53 PASS AF=0.257143;AO=9;DP=35;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.00478691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.801;QD=7.03232;RBI=0.0067744;REFB=-0.0152795;REVB=-0.00479353;RO=26;SAF=6;SAR=3;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.403988;STB=0.7495;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0396767;OID=.;OPOS=38800165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:35:35:26:26:9:9:0.257143:3:6:8:18:3:6:8:18 chr19 38817486 . T C 244.02 PASS AF=0.489796;AO=23;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0442642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=114.446;QD=19.9203;RBI=0.0489251;REFB=-0.0164354;REVB=-0.0208411;RO=26;SAF=15;SAR=8;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0755847;STB=0.558773;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0163882;OID=.;OPOS=38817486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:25:23:24:0.489796:8:15:15:11:8:16:14:11 chr19 38817876 . G A 278.09 PASS AF=0.595238;AO=24;DP=41;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0110279;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.89;QD=26.4842;RBI=0.0264813;REFB=-0.0236285;REVB=0.0240757;RO=17;SAF=13;SAR=11;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351449;STB=0.527703;STBP=0.67;TYPE=snp;VARB=0.0166541;OID=.;OPOS=38817876;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:17:17:24:25:0.595238:11:13:10:7:12:13:10:7 chr19 38827960 . T C 156.81 PASS AF=0.447368;AO=16;DP=37;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0150984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.238;QD=16.5063;RBI=0.0245901;REFB=-0.0177518;REVB=0.019409;RO=20;SAF=9;SAR=7;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190615;STB=0.603658;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0238043;OID=.;OPOS=38827960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:20:21:16:17:0.447368:7:9:15:5:8:9:15:6 chr19 38847431 . T C 279.31 PASS AF=0.625;AO=24;DP=39;FAO=25;FDP=40;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0291489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.865;QD=27.9308;RBI=0.0327261;REFB=-0.0258067;REVB=0.0148775;RO=15;SAF=7;SAR=17;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0871674;STB=0.533605;STBP=0.574;TYPE=snp;VARB=0.0184221;OID=.;OPOS=38847431;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:15:15:24:25:0.625:17:7:6:9:17:8:6:9 chr19 38861333 . G A 297.09 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=64;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0436407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.1;QD=18.2826;RBI=0.0516571;REFB=-0.0366674;REVB=0.0276397;RO=32;SAF=20;SAR=12;SRF=22;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608825;STB=0.539725;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0456881;OID=.;OPOS=38861333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:32:33:32:32:0.492308:12:20:22:10:12:20:23:10 chr19 38877255 . G T 78.97 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00160623;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.853;QD=13.1624;RBI=0.00981528;REFB=-0.0325184;REVB=-0.00968296;RO=14;SAF=9;SAR=1;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.604657;STB=0.864565;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0368332;OID=.;OPOS=38877255;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:24:24:14:14:10:10:0.416667:1:9:5:9:1:9:5:9 chr19 38901578 . C T 136.82 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=14;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=1;FWDB=-0.00616781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3214;QD=18.2423;RBI=0.106067;REFB=-0.00110803;REVB=-0.105887;RO=15;SAF=14;SAR=1;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00351293;OID=.;OPOS=38901578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:1:14:14:1:1:14:14:1 chr19 38905485 . C CG,G 76.56 PASS AF=0.272727,0;AO=12,5;DP=55;FAO=15,0;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=12,0;FSAR=3,0;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.0184567,-0.0384395;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=16.9934,29.8628;QD=5.56793;RBI=0.0478471,0.0385173;REFB=-0.0527602,0.0051044;REVB=-0.044144,-0.00244641;RO=38;SAF=12,0;SAR=0,5;SRF=12;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.802815,-0.55794;STB=0.837426,0.5;STBP=0.003,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.135239,0;OID=.,.;OPOS=38905486,38905485;OREF=-,C;OALT=G,G;OMAPALT=CG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:55:55:38:40:12,5:15,0:0.272727,0:0,5:12,0:12:26:3,0:12,0:12:28 chr19 38912764 . A G 509.88 PASS AF=1;AO=20;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00878764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.9347;QD=58.2714;RBI=0.0150412;REFB=0;REVB=-0.0122072;RO=0;SAF=5;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000386434;OID=.;OPOS=38912764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:20:35:1:15:5:0:0:23:12:0:0 chr19 38912765 . T G 131.43 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0279167;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=132.276;QD=14.2088;RBI=0.0470208;REFB=-0.100903;REVB=0.0378367;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25398;STB=0.645582;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0106183;OID=.;OPOS=38912765;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:8:7:5:17:8:7:5:17 chr19 38935280 . A G 319.91 PASS AF=0.4375;AO=35;DP=80;FAO=35;FDP=80;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=28;FWDB=0.0271225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.3042;QD=15.9953;RBI=0.0278633;REFB=-0.00898675;REVB=-0.00638204;RO=44;SAF=12;SAR=23;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0226144;STB=0.521489;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.00888691;OID=.;OPOS=38935280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:44:45:35:35:0.4375:23:12:16:28:23:12:17:28 chr19 38939408 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.553;QD=60.9785;RBI=0.0128077;REFB=0;REVB=0.00561784;RO=0;SAF=17;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149645;OID=.;OPOS=38939408;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:22:17:0:0:22:17:0:0 chr19 38946182 . G A 336.87 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0289172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.272;QD=22.8384;RBI=0.0313332;REFB=-0.0166261;REVB=0.012065;RO=24;SAF=15;SAR=19;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137668;STB=0.567125;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0101754;OID=.;OPOS=38946182;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:24:25:34:34:0.576271:19:15:15:9:19:15:15:10 chr19 38956839 . C T 1107.8 PASS AF=0.974026;AO=75;DP=77;FAO=75;FDP=77;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.03639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.308;QD=57.5482;RBI=0.0364037;REFB=-0.092749;REVB=-0.00100152;RO=1;SAF=32;SAR=43;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0108773;STB=0.501945;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.000894727;OID=.;OPOS=38956839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:77:77:1:2:75:75:0.974026:43:32:0:1:43:32:1:1 chr19 38959680 . C T 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.273;QD=63.5811;RBI=0.0272159;REFB=0;REVB=0.0203514;RO=0;SAF=13;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.43097e-05;OID=.;OPOS=38959680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:34:13:0:0:34:13:0:0 chr19 38968361 . C T 112.48 PASS AF=0.25;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=30;FSRR=21;FWDB=0.0247957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.019;QD=6.61615;RBI=0.0360967;REFB=-0.00699717;REVB=-0.0262325;RO=51;SAF=12;SAR=5;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15762;STB=0.597581;STBP=0.375;TYPE=snp;VARB=0.0137129;OID=.;OPOS=38968361;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:51:51:17:17:0.25:5:12:30:21:5:12:30:21 chr19 38990336 . C T 183.09 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.00144117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.317;QD=25.254;RBI=0.0488255;REFB=-0.0553613;REVB=0.0488042;RO=11;SAF=8;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00694283;STB=0.503872;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0138086;OID=.;OPOS=38990336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:10:8:5:6:10:8:5:6 chr19 38990345 . C T 168.89 PASS AF=0.607143;AO=17;DP=28;FAO=17;FDP=28;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0377462;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=167.858;QD=24.1271;RBI=0.037755;REFB=-0.0155969;REVB=0.000817842;RO=11;SAF=7;SAR=10;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0307576;STB=0.517221;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.00362623;OID=.;OPOS=38990345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:11:11:17:17:0.607143:10:7:5:6:10:7:5:6 chr19 38991516 . G A 91.44 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=-0.0187693;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.105;QD=15.24;RBI=0.0220893;REFB=-0.0124656;REVB=0.0116469;RO=12;SAF=4;SAR=7;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20624;STB=0.581059;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0240138;OID=.;OPOS=38991516;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:24:24:12:13:11:11:0.458333:7:4:2:10:7:4:3:10 chr19 38991543 . G A 76.12 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0124454;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.592;QD=12.1791;RBI=0.0359424;REFB=-0.0075314;REVB=0.033719;RO=13;SAF=5;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036821;STB=0.559882;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00963547;OID=.;OPOS=38991543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:13:15:10:10:0.4:5:5:6:7:5:5:6:9 chr19 38993547 . C T 1433.91 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0074089;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.071;QD=63.0289;RBI=0.040738;REFB=0;REVB=0.0400586;RO=0;SAF=56;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.68332e-05;OID=.;OPOS=38993547;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:91:0:0:91:91:1:35:56:0:0:35:56:0:0 chr19 38994910 . G A 825.59 PASS AF=0.967213;AO=59;DP=61;FAO=59;FDP=61;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00842047;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.675;QD=54.1371;RBI=0.0388663;REFB=-0.048016;REVB=0.0379432;RO=2;SAF=21;SAR=38;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428301;STB=0.52272;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.000157931;OID=.;OPOS=38994910;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:61:2:2:59:59:0.967213:38:21:2:0:38:21:2:0 chr19 38995438 . T C 955.11 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0235961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.729;QD=58.7758;RBI=0.0338162;REFB=0;REVB=0.0242231;RO=0;SAF=23;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.35381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.53628e-05;OID=.;OPOS=38995438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:42:23:0:0:42:23:0:0 chr19 38995510 . T C 714.74 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0146067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.1272;QD=60.8288;RBI=0.0192951;REFB=-0.006407;REVB=0.0126072;RO=1;SAF=17;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164911;STB=0.508471;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000368633;OID=.;OPOS=38995510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:45:46:0.978723:28:17:0:1:29:17:0:1 chr19 38995975 . G A 629.61 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.854;QD=61.4256;RBI=0.0559851;REFB=0;REVB=0.0519592;RO=0;SAF=20;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00017111;OID=.;OPOS=38995975;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:41:0:0:37:41:1:17:20:0:0:21:20:0:0 chr19 38996990 . T C 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00849274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.42;QD=47.8223;RBI=0.0159145;REFB=0;REVB=0.013459;RO=0;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.84192e-05;OID=.;OPOS=38996990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:14:2:0:0:14:2:0:0 chr19 39002725 . A G 1008.47 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0144703;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.07;QD=59.3215;RBI=0.0149122;REFB=0;REVB=-0.00360322;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.63339e-06;OID=.;OPOS=39002725;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:32:36:0:0:32:36:0:0 chr19 39008003 . G A 377.02 PASS AF=0.443182;AO=39;DP=85;FAO=39;FDP=88;FR=.;FRO=49;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=23;FSRR=26;FWDB=0.0121124;FXX=0.0329634;HRUN=4;LEN=1;MLLD=140.162;QD=17.1373;RBI=0.0260499;REFB=-0.0189957;REVB=0.0230626;RO=45;SAF=18;SAR=21;SRF=20;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164964;STB=0.504391;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0163386;OID=.;OPOS=39008003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:88:45:49:39:39:0.443182:21:18:20:25:21:18:23:26 chr19 39010053 . C T 216.33 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.000587775;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.1;QD=22.1872;RBI=0.049414;REFB=-0.0215513;REVB=0.0494106;RO=18;SAF=13;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100864;STB=0.55662;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0203941;OID=.;OPOS=39010053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:8:13:9:9:8:13:9:9 chr19 39068654 . C T 103.45 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.0615326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.8794;QD=9.85233;RBI=0.0622562;REFB=-0.0198039;REVB=0.00946464;RO=29;SAF=11;SAR=2;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.548973;STB=0.832804;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.04963;OID=.;OPOS=39068654;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:2:11:11:18:2:11:11:18 chr19 39086604 . T C 30.51 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0645332;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3485;QD=11.0932;RBI=0.144935;REFB=-0.037602;REVB=-0.129775;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.308675;STB=0.694785;STBP=0.342;TYPE=snp;VARB=0.0175718;OID=.;OPOS=39086604;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:1:4:3:3:1:4:3:3 chr19 39100594 . G A 115.86 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00975732;FXX=0.0222173;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.016;QD=10.5329;RBI=0.0183705;REFB=-0.0132923;REVB=-0.015565;RO=30;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.037906;STB=0.522695;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0290529;OID=.;OPOS=39100594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:30:30:14:14:0.318182:7:7:14:16:7:7:14:16 chr19 39101870 . T C 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0587;QD=57.6801;RBI=0.0339652;REFB=0;REVB=-0.013678;RO=0;SAF=4;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000161345;OID=.;OPOS=39101870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:27:4:0:0:27:4:0:0 chr19 39101879 . G A 149.1 PASS AF=0.5;AO=16;DP=32;FAO=16;FDP=32;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=14;FWDB=0.0526484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.306;QD=18.6371;RBI=0.0527146;REFB=-0.0269051;REVB=0.00264254;RO=16;SAF=3;SAR=13;SRF=2;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0970451;STB=0.554731;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0226098;OID=.;OPOS=39101879;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:16:16:16:16:0.5:13:3:2:14:13:3:2:14 chr19 39196745 . C T 172.12 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.016364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.876;QD=18.1183;RBI=0.0195235;REFB=0.00257477;REVB=-0.0106483;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05159;STB=0.529379;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=-0.00522581;OID=.;OPOS=39196745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:10:8:10:10:10:8:10:10 chr19 39224413 . A G 219.76 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0053001;FXX=0.049975;HRUN=3;LEN=1;MLLD=223.171;QD=46.2645;RBI=0.0173376;REFB=-0.171939;REVB=-0.0165076;RO=1;SAF=11;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0399301;STB=0.521715;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00193786;OID=.;OPOS=39224413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:7:11:1:0:7:11:1:0 chr19 39227895 . C T 216.3 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.00569585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.389;QD=22.1848;RBI=0.00848087;REFB=-0.0178251;REVB=0.00628351;RO=18;SAF=3;SAR=18;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250452;STB=0.6427;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0162235;OID=.;OPOS=39227895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:18:18:21:21:0.538462:18:3:6:12:18:3:6:12 chr19 39233146 . A G 1052.42 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200928;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.0037;QD=59.2914;RBI=0.0319025;REFB=0;REVB=0.02478;RO=0;SAF=17;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0004928;OID=.;OPOS=39233146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:70:71:0:0:70:71:1:53:17:0:0:54:17:0:0 chr19 39294466 . C A 297.12 PASS AF=0.507692;AO=31;DP=62;FAO=33;FDP=65;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=22;FWDB=0.0137883;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.3291;QD=18.2845;RBI=0.0318068;REFB=-0.0284361;REVB=0.0286627;RO=31;SAF=14;SAR=17;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118487;STB=0.571387;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0181608;OID=.;OPOS=39294466;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:65:31:32:31:33:0.507692:17:14:10:21:18:15:10:22 chr19 39306529 . C T 699.01 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0146461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.879;QD=54.8241;RBI=0.0302469;REFB=0.0222203;REVB=0.0264645;RO=1;SAF=18;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254237;STB=0.513508;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-4.71654e-05;OID=.;OPOS=39306529;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:51:1:1:49:50:0.980392:31:18:1:0:32:18:1:0 chr19 39308190 . C T 690.96 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00152192;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.173;QD=58.805;RBI=0.0128291;REFB=-0.0349397;REVB=0.0127385;RO=1;SAF=16;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284632;STB=0.529399;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.000626421;OID=.;OPOS=39308190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:47:47:1:2:45:45:0.957447:29:16:1:0:29:16:2:0 chr19 39361361 . AC A,CA 50.95 PASS AF=0.47619,0.0952381;AO=3,4;DP=19;FAO=10,2;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=4,0;FSAR=6,2;FSRF=8;FSRR=1;FWDB=0.223443,-0.000457834;FXX=0.0454339;HRUN=5,1;LEN=1,2;MLLD=11.7441,139.73;QD=9.70491;RBI=0.241895,0.0393133;REFB=-0.0316193,-0.00582095;REVB=0.0926625,-0.0393106;RO=8;SAF=2,0;SAR=1,4;SRF=7;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0.305263,0;SSSB=-0.294841,-0.791648;STB=0.71961,0.997267;STBP=0.092,0.016;TYPE=del,mnp;VARB=0.110183,0.172902;OID=.,.;OPOS=39361362,39361361;OREF=C,AC;OALT=-,CA;OMAPALT=A,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:19:21:8:9:3,4:10,2:0.47619,0.0952381:1,4:2,0:7:1:6,2:4,0:8:1 chr19 39364584 . C T 363.85 PASS AF=0.475;AO=37;DP=79;FAO=38;FDP=80;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=28;FWDB=0.0385637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.0358;QD=18.1926;RBI=0.0387262;REFB=-0.00468498;REVB=-0.00354402;RO=39;SAF=17;SAR=20;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142963;STB=0.57443;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00668346;OID=.;OPOS=39364584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:39:42:37:38:0.475:20:17:12:27:20:18:14:28 chr19 39385532 . T C 271.74 PASS AF=0.709677;AO=18;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0409994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.259;QD=35.0637;RBI=0.0419468;REFB=-0.047007;REVB=0.00886429;RO=5;SAF=7;SAR=11;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802258;STB=0.547902;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0166035;OID=.;OPOS=39385532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:31:31:5:5:18:22:0.709677:11:7:1:4:12:10:1:4 chr19 39402455 . C G 100.7 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0820539;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.427;QD=16.1119;RBI=0.0833134;REFB=-0.0303954;REVB=-0.0144321;RO=13;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109955;STB=0.563652;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0346401;OID=.;OPOS=39402455;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:5:7:6:7:5:7:6:7 chr19 39416887 . C T 836.81 PASS AF=0.537931;AO=78;DP=147;FAO=78;FDP=145;FR=.;FRO=67;FSAF=34;FSAR=44;FSRF=31;FSRR=36;FWDB=0.0257109;FXX=0.0136045;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6038;QD=23.0843;RBI=0.030393;REFB=-0.0106466;REVB=0.0162075;RO=68;SAF=34;SAR=44;SRF=31;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172315;STB=0.512542;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0113815;OID=.;OPOS=39416887;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:145:68:67:78:78:0.537931:44:34:31:37:44:34:31:36 chr19 39432783 . T C 713.25 PASS AF=1;AO=48;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00662773;FXX=0.0384541;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.822;QD=57.0603;RBI=0.00690556;REFB=0;REVB=0.00193908;RO=0;SAF=29;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000177639;OID=.;OPOS=39432783;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:48:50:1:19:29:0:0:20:30:0:0 chr19 39433299 . A G 375.46 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274361;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.272;QD=55.6234;RBI=0.0304471;REFB=0;REVB=0.0132019;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.13854e-05;OID=.;OPOS=39433299;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr19 39589189 . C T 2263.15 PASS AF=0.986301;AO=143;DP=146;FAO=144;FDP=146;FR=.;FRO=2;FSAF=101;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00610753;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=278.023;QD=62.004;RBI=0.00748027;REFB=-0.15035;REVB=0.00431887;RO=1;SAF=100;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00473201;STB=0.503284;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.000150029;OID=.;OPOS=39589189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:146:146:1:2:143:144:0.986301:43:100:1:0:43:101:1:1 chr19 39590955 . G A 323.26 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.594;QD=53.8763;RBI=0.0259826;REFB=0;REVB=0.00999489;RO=0;SAF=13;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000176523;OID=.;OPOS=39590955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:11:13:0:0:11:13:0:0 chr19 39688901 . G T 96.29 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=0.0641555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0655;QD=14.8138;RBI=0.0740175;REFB=-0.0433581;REVB=0.0369142;RO=14;SAF=9;SAR=3;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319896;STB=0.687169;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0743052;OID=.;OPOS=39688901;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:26:26:14:14:12:12:0.461538:3:9:6:8:3:9:6:8 chr19 39879663 . A G 328.55 PASS AF=0.479452;AO=34;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=21;FWDB=-0.00385945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6077;QD=18.0026;RBI=0.0334384;REFB=0.00321067;REVB=-0.0332149;RO=39;SAF=20;SAR=14;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121537;STB=0.580064;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=-0.00405584;OID=.;OPOS=39879663;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:38:34:35:0.479452:14:20:18:21:14:21:17:21 chr19 39882118 . G C 472.84 PASS AF=0.472222;AO=51;DP=108;FAO=51;FDP=108;FR=.;FRO=57;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=25;FSRR=32;FWDB=-0.008675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=179.276;QD=17.5124;RBI=0.0150928;REFB=-0.0149353;REVB=-0.0123506;RO=57;SAF=19;SAR=32;SRF=25;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0656998;STB=0.536571;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.0156152;OID=.;OPOS=39882118;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:108:57:57:51:51:0.472222:32:19:25:32:32:19:25:32 chr19 39888390 . G C 86.21 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0103227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.86;QD=12.3156;RBI=0.0133885;REFB=0.00107734;REVB=-0.00852613;RO=17;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2224;STB=0.632838;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00575942;OID=.;OPOS=39888390;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:8:3:8:9:8:3:8:9 chr19 39891161 . T C 323.56 PASS AF=0.454545;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=77;FR=.;FRO=42;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=22;FSRR=20;FWDB=-0.00528269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.47;QD=16.8085;RBI=0.0205781;REFB=-0.00207428;REVB=0.0198885;RO=42;SAF=10;SAR=25;SRF=22;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248032;STB=0.639916;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.00357174;OID=.;OPOS=39891161;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:42:42:35:35:0.454545:25:10:22:20:25:10:22:20 chr19 39891219 . C T 321.88 PASS AF=0.472973;AO=34;DP=73;FAO=35;FDP=74;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=21;FWDB=-0.00867461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.301;QD=17.3989;RBI=0.00933785;REFB=-0.00834596;REVB=-0.00345636;RO=39;SAF=13;SAR=21;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0781175;STB=0.549528;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.00570453;OID=.;OPOS=39891219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:39:39:34:35:0.472973:21:13:18:21:22:13:18:21 chr19 39914748 . G A 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137906;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.87;QD=49.5992;RBI=0.0138572;REFB=0;REVB=0.00135691;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.31693e-05;OID=.;OPOS=39914748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr19 39915637 . G A 116.18 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.156;QD=42.2468;RBI=0.062288;REFB=0;REVB=0.0366042;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000563369;OID=.;OPOS=39915637;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:11:0:0:10:11:1:6:4:0:0:6:5:0:0 chr19 39915758 . C G 123.17 PASS AF=0.923077;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=13;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0241035;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=190.083;QD=37.8981;RBI=0.0527911;REFB=-0.0656669;REVB=0.0469672;RO=1;SAF=5;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0818676;STB=0.545378;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00105826;OID=.;OPOS=39915758;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:13:1:1:12:12:0.923077:7:5:1:0:7:5:1:0 chr19 39916110 . GGGA G 505.51 PASS AF=1;AO=41;DP=47;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160752;FXX=0.0850883;HRUN=3;LEN=3;MLLD=170.778;QD=47.0242;RBI=0.0175107;REFB=0;REVB=0.00694348;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.318824;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000594616;OID=.;OPOS=39916111;OREF=GGA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:41:47:43:43:0:18:25:0:0:9:0:16:25:0:0 chr19 39926509 . A C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.416;QD=54.5177;RBI=0.029119;REFB=0;REVB=0.0175339;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193432;OID=.;OPOS=39926509;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr19 39926521 . G A 323.08 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=4;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0975153;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=120.131;QD=47.8644;RBI=0.0992514;REFB=-0.0619021;REVB=0.0184823;RO=1;SAF=4;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102546;STB=0.544004;STBP=0.234;TYPE=snp;VARB=0.00425822;OID=.;OPOS=39926521;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:1:2:25:25:0.925926:21:4:1:0:21:4:1:1 chr19 39932066 . T C 1517.22 PASS AF=0.979798;AO=91;DP=93;FAO=97;FDP=99;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=68;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.023788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.988;QD=61.3019;RBI=0.0466924;REFB=-0.0218846;REVB=0.0401786;RO=2;SAF=27;SAR=64;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00988204;STB=0.504825;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.000613595;OID=.;OPOS=39932066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:99:2:2:91:97:0.979798:64:27:1:1:68:29:1:1 chr19 39944082 . C T 375.6 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-7.1066e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.093;QD=55.6444;RBI=0.0441886;REFB=0;REVB=0.0441886;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440538;OID=.;OPOS=39944082;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr19 39955533 . G A 357.33 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0799423;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=67.5499;QD=52.9378;RBI=0.170182;REFB=0;REVB=0.150237;RO=1;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0320266;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00457004;OID=.;OPOS=39955533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:1:0:26:27:1:14:12:0:1:15:12:0:0 chr19 39971432 . G C 175.11 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00508491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.784;QD=46.6968;RBI=0.0218117;REFB=0;REVB=0.0212107;RO=0;SAF=2;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150959;OID=.;OPOS=39971432;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:13:2:0:0:13:2:0:0 chr19 39991237 . C G 849.58 PASS AF=0.953125;AO=59;DP=63;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=32;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0404174;FXX=0.0153822;HRUN=5;LEN=1;MLLD=108.789;QD=53.0985;RBI=0.0443685;REFB=-0.166104;REVB=0.0183029;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.524582;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00205655;OID=.;OPOS=39991237;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:63:64:0:3:59:61:0.953125:29:30:0:0:29:32:0:3 chr19 39994711 . T C 932.21 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0119487;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7755;QD=57.3668;RBI=0.0305009;REFB=-0.0769587;REVB=0.028063;RO=0;SAF=37;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.1743e-08;STB=0.506665;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.000897817;OID=.;OPOS=39994711;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:65:0:1:64:64:0.984615:27:37:0:0:27:37:1:0 chr19 39996027 . C T 1519.97 PASS AF=0.963303;AO=104;DP=109;FAO=105;FDP=109;FR=.;FRO=4;FSAF=42;FSAR=63;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0207979;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.106;QD=55.7788;RBI=0.0211292;REFB=-0.0367786;REVB=0.00372732;RO=3;SAF=42;SAR=62;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00389658;STB=0.503816;STBP=0.736;TYPE=snp;VARB=0.00056407;OID=.;OPOS=39996027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:109:109:3:4:104:105:0.963303:62:42:1:2:63:42:2:2 chr19 40009396 . A G 55.41 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0113774;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=52.0138;QD=10.0743;RBI=0.0145432;REFB=0.00811266;REVB=0.00905868;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912387;STB=0.581189;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.0133057;OID=.;OPOS=40009396;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:13:14:8:8:0.363636:5:3:6:7:5:3:7:7 chr19 40023088 . T G 443.75 PASS AF=0.445455;AO=49;DP=110;FAO=49;FDP=110;FR=.;FRO=61;FSAF=32;FSAR=17;FSRF=31;FSRR=30;FWDB=0.0100892;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.88;QD=16.1364;RBI=0.0110431;REFB=-0.00670456;REVB=-0.00448977;RO=60;SAF=32;SAR=17;SRF=31;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140718;STB=0.584042;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0116234;OID=.;OPOS=40023088;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:60:61:49:49:0.445455:17:32:31:29:17:32:31:30 chr19 40023308 . A G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.509;QD=40.763;RBI=0.0522062;REFB=0;REVB=0.0283548;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000516453;OID=.;OPOS=40023308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr19 40030654 . G C 217.71 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=21;FSAR=5;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0103249;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.017;QD=13.6066;RBI=0.0136345;REFB=-0.0111341;REVB=-0.00890472;RO=37;SAF=21;SAR=5;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.449921;STB=0.753778;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0210401;OID=.;OPOS=40030654;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:38:26:26:0.40625:5:21:15:22:5:21:16:22 chr19 40030704 . C T 506.37 PASS AF=0.534653;AO=49;DP=96;FAO=54;FDP=101;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=30;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=0.0198512;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.313;QD=20.0543;RBI=0.0242777;REFB=-0.0603367;REVB=-0.0139763;RO=44;SAF=24;SAR=25;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10616;STB=0.560417;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0342398;OID=.;OPOS=40030704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:101:44:47:49:54:0.534653:25:24:27:17:30:24:27:20 chr19 40149297 . T A 1328.99 PASS AF=0.977528;AO=85;DP=87;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0234412;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2992;QD=59.7299;RBI=0.1073;REFB=0.00890568;REVB=0.104708;RO=0;SAF=24;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.56037e-08;STB=0.507811;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00057145;OID=.;OPOS=40149297;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:89:0:2:85:87:0.977528:61:24:0:0:63:24:0:2 chr19 40174236 . G A 357.18 PASS AF=0.578125;AO=35;DP=63;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=9;FSRR=18;FWDB=0.0655358;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.9104;QD=22.3237;RBI=0.0925838;REFB=-0.0147414;REVB=0.0653974;RO=27;SAF=22;SAR=13;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233033;STB=0.609513;STBP=0.048;TYPE=snp;VARB=0.0137883;OID=.;OPOS=40174236;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:27:27:35:37:0.578125:13:22:9:18:15:22:9:18 chr19 40196627 . G A 132.7 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.000291879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.523;QD=15.1658;RBI=0.00888804;REFB=-0.01137;REVB=-0.00888324;RO=20;SAF=9;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100239;STB=0.558061;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0163823;OID=.;OPOS=40196627;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:6:9:10:10:6:9:10:10 chr19 40197924 . T C 330.85 PASS AF=0.433735;AO=36;DP=83;FAO=36;FDP=83;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=18;FWDB=0.0714399;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1124;QD=15.9446;RBI=0.0741382;REFB=-0.0160262;REVB=0.0198193;RO=47;SAF=13;SAR=23;SRF=29;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.256349;STB=0.64435;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0250139;OID=.;OPOS=40197924;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:47:47:36:36:0.433735:23:13:29:18:23:13:29:18 chr19 40199914 . C G 221.58 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0476574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.9926;QD=14.5295;RBI=0.0476575;REFB=-0.0313505;REVB=-7.83552e-05;RO=35;SAF=10;SAR=16;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189095;STB=0.607512;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0502555;OID=.;OPOS=40199914;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:35:35:26:26:0.42623:16:10:20:15:16:10:20:15 chr19 40224986 . A G 208.07 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=23;FWDB=0.00115235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.3856;QD=11.401;RBI=0.00397869;REFB=-0.0103634;REVB=-0.00380816;RO=47;SAF=16;SAR=10;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118831;STB=0.568912;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0210686;OID=.;OPOS=40224986;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:47:47:26:26:0.356164:10:16:24:23:10:16:24:23 chr19 40225646 . G A 157.11 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=65;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.00707767;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=135.769;QD=9.66846;RBI=0.00980458;REFB=-0.0101488;REVB=0.00678501;RO=44;SAF=11;SAR=10;SRF=21;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.053408;STB=0.531449;STBP=0.74;TYPE=snp;VARB=0.0178224;OID=.;OPOS=40225646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:44:44:21:21:0.323077:10:11:21:23:10:11:21:23 chr19 40357683 . T G 300.57 PASS AF=0.52381;AO=29;DP=59;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0250302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5161;QD=19.0835;RBI=0.0253584;REFB=-0.0265183;REVB=-0.00406692;RO=30;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137374;STB=0.510198;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0224489;OID=.;OPOS=40357683;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:63:30:30:29:33:0.52381:13:16:17:13:15:18:17:13 chr19 40363020 . G A 142.81 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.00270473;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.18;QD=13.6008;RBI=0.0230382;REFB=-0.038168;REVB=0.0228789;RO=24;SAF=5;SAR=11;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118024;STB=0.575066;STBP=0.473;TYPE=snp;VARB=0.06175;OID=.;OPOS=40363020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:26:16:16:0.380952:11:5:10:14:11:5:11:15 chr19 40363926 . C G 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=-0.0113794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.0775;QD=9.49524;RBI=0.0270537;REFB=-0.0153049;REVB=-0.024544;RO=23;SAF=4;SAR=7;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130723;STB=0.588087;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.0287202;OID=.;OPOS=40363926;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:23:24:11:11:0.314286:7:4:6:17:7:4:6:18 chr19 40366362 . G C 162.23 PASS AF=0.459459;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=37;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0627525;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.689;QD=17.5378;RBI=0.0629176;REFB=-0.000322276;REVB=-0.00455603;RO=20;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218064;STB=0.623157;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=-0.000440195;OID=.;OPOS=40366362;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:20:20:17:17:0.459459:10:7:4:16:10:7:4:16 chr19 40368327 . CTTC CTC,CTTT 226.68 PASS AF=0.434783,0.195652;AO=19,9;DP=47;FAO=20,9;FDP=46;FR=.;FRO=17;FSAF=19,5;FSAR=1,4;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=-0.0170425,-0.000998466;FXX=0.0212721;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=16.3448,143.846;QD=19.7111;RBI=0.0895762,0.0139564;REFB=-0.176966,0.00725294;REVB=-0.08794,0.0139206;RO=16;SAF=18,5;SAR=1,4;SRF=6;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.674804,0.189101;STB=0.888849,0.593016;STBP=0,0.509;TYPE=del,snp;VARB=0.168637,0.0360056;OID=.,.;OPOS=40368328,40368330;OREF=T,C;OALT=-,T;OMAPALT=CTC,CTTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783,0.195652:19,9:47:20,9:46:17:19,5:1,4:7:10:99:16:18,5:1,4:6:10 chr19 40368395 . C T 395.13 PASS AF=0.692308;AO=36;DP=52;FAO=36;FDP=52;FR=.;FRO=16;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.00803141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.755;QD=30.3948;RBI=0.033081;REFB=-0.0081546;REVB=0.0320912;RO=15;SAF=22;SAR=14;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0319047;STB=0.524986;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.00384688;OID=.;OPOS=40368395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:15:16:36:36:0.692308:14:22:10:5:14:22:11:5 chr19 40368498 . AA CC 258.35 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0284775;FXX=0.0475964;HRUN=3;LEN=2;MLLD=187.523;QD=51.6694;RBI=0.0292433;REFB=0;REVB=-0.00664876;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=5.53707e-05;OID=.;OPOS=40368498;OREF=AA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:9:10:0:0:9:11:0:0 chr19 40368520 . G C 61.45 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.225951;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.7692;QD=18.9069;RBI=0.253898;REFB=0.0419395;REVB=0.115802;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376043;STB=0.71943;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.00321664;OID=.;OPOS=40368520;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:6:2:4:1:6:2:4:1 chr19 40374034 . A G 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.04138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.7288;QD=19.1341;RBI=0.0552524;REFB=8.39252e-05;REVB=0.0366131;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0491618;STB=0.529293;STBP=0.911;TYPE=snp;VARB=0.00810428;OID=.;OPOS=40374034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:1:1:3:2:1:1 chr19 40392482 . A G 76.15 PASS AF=0.4;AO=10;DP=25;FAO=10;FDP=25;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.0336664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6429;QD=12.1843;RBI=0.0340534;REFB=0.0385797;REVB=-0.00511933;RO=13;SAF=4;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20469;STB=0.580483;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=-0.0602083;OID=.;OPOS=40392482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:25:25:13:15:10:10:0.4:6:4:8:5:6:4:8:7 chr19 40392631 . G A 126.17 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0110508;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.685;QD=19.4106;RBI=0.069851;REFB=-0.0127486;REVB=0.0689713;RO=12;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203831;STB=0.615228;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0155247;OID=.;OPOS=40392631;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:7:7:9:3:7:7:9:3 chr19 40406019 . G A 228.2 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=66;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=27;FWDB=0.0202473;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.938;QD=13.8303;RBI=0.027378;REFB=-0.0201145;REVB=-0.0184283;RO=39;SAF=12;SAR=15;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146908;STB=0.583274;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0255125;OID=.;OPOS=40406019;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:39:39:27:27:0.409091:15:12:12:27:15:12:12:27 chr19 40408821 . C G 81.21 PASS AF=0.555556;AO=10;DP=18;FAO=10;FDP=18;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.026356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.812;QD=18.0469;RBI=0.026356;REFB=-0.00523413;REVB=4.65836e-05;RO=7;SAF=5;SAR=5;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.051088;STB=0.555446;STBP=0.648;TYPE=snp;VARB=0.00400266;OID=.;OPOS=40408821;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:7:8:10:10:0.555556:5:5:4:3:5:5:5:3 chr19 40900865 . C T 894.69 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0240337;FXX=0.0307645;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.929;QD=56.8055;RBI=0.0338;REFB=0.0377345;REVB=0.023766;RO=1;SAF=31;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149869;STB=0.507934;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-9.03236e-05;OID=.;OPOS=40900865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:63:1:1:62:62:0.984127:31:31:1:0:31:31:1:0 chr19 40901496 . T C 538.72 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0268566;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.382;QD=59.8579;RBI=0.037077;REFB=0;REVB=-0.0255622;RO=0;SAF=10;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.41586e-05;OID=.;OPOS=40901496;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:26:10:0:0:26:10:0:0 chr19 40929363 . T C 247.09 PASS AF=0.521739;AO=23;DP=45;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0784069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.887;QD=21.4858;RBI=0.0813727;REFB=-0.0463374;REVB=-0.0217688;RO=22;SAF=9;SAR=14;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0680693;STB=0.529388;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.0488604;OID=.;OPOS=40929363;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:22:22:23:24:0.521739:14:9:7:15:15:9:7:15 chr19 41008049 . A G 235.0 PASS AF=0.424242;AO=26;DP=65;FAO=28;FDP=66;FR=.;FRO=38;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.0395367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4401;QD=14.2424;RBI=0.0401755;REFB=0.00261503;REVB=-0.00713577;RO=38;SAF=11;SAR=15;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107744;STB=0.577795;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=-0.00494592;OID=.;OPOS=41008049;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:38:38:26:28:0.424242:15:11:20:18:17:11:20:18 chr19 41008178 . A G 208.76 PASS AF=0.606061;AO=20;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0320692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.277;QD=25.3037;RBI=0.046638;REFB=-0.0404911;REVB=0.0338626;RO=13;SAF=10;SAR=10;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0816629;STB=0.545409;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.016964;OID=.;OPOS=41008178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:20:20:0.606061:10:10:5:8:10:10:5:8 chr19 41012190 . C T 432.25 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=7;FSRR=33;FWDB=0.0228042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3724;QD=20.8315;RBI=0.0243297;REFB=-0.027866;REVB=0.0084794;RO=39;SAF=16;SAR=27;SRF=7;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188325;STB=0.607165;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0210942;OID=.;OPOS=41012190;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:40:43:43:0.518072:27:16:7:32:27:16:7:33 chr19 41096189 . A G 185.71 PASS AF=0.487179;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=39;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.00961851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.351;QD=19.0467;RBI=0.0380584;REFB=-0.0328428;REVB=-0.0368229;RO=20;SAF=7;SAR=12;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0179952;STB=0.510193;STBP=0.897;TYPE=snp;VARB=0.0408247;OID=.;OPOS=41096189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:20:20:19:19:0.487179:12:7:7:13:12:7:7:13 chr19 41097276 . C G 130.27 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.00778648;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.564;QD=13.3611;RBI=0.0079567;REFB=-0.0232344;REVB=-0.00163699;RO=23;SAF=6;SAR=9;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0371963;STB=0.510624;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.031941;OID=.;OPOS=41097276;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:23:24:15:15:0.384615:9:6:10:13:9:6:10:14 chr19 41111069 . G A 198.33 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=19;FWDB=0.0770627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4;QD=19.3487;RBI=0.0883342;REFB=0.0161028;REVB=-0.0431771;RO=20;SAF=6;SAR=14;SRF=2;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237113;STB=0.638594;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=-0.00208673;OID=.;OPOS=41111069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:21:20:20:0.487805:14:6:2:18:14:6:2:19 chr19 41117869 . A G 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0247174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.0198;QD=16.9316;RBI=0.0332434;REFB=0.00533354;REVB=-0.02223;RO=12;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00302084;OID=.;OPOS=41117869;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:9:3:3:9:9:3:3:9 chr19 41118056 . A G 118.79 PASS AF=0.619048;AO=13;DP=21;FAO=13;FDP=21;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0295879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.138;QD=22.6274;RBI=0.0312184;REFB=-0.0110467;REVB=-0.0099571;RO=8;SAF=1;SAR=12;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.407314;STB=0.737985;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00777667;OID=.;OPOS=41118056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:8:8:13:13:0.619048:12:1:3:5:12:1:3:5 chr19 41123093 . A AG,AGG 381.58 PASS AF=1,0;AO=36,7;DP=52;FAO=48,0;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=13,0;FSAR=35,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.112369,-0.0583811;FXX=0.020404;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=11.3588,7.3457;QD=31.7987;RBI=0.178701,0.092631;REFB=0,0;REVB=-0.13895,-0.0719177;RO=8;SAF=12,1;SAR=24,6;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0320285,-0.162992;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.013496,0.0297782;OID=.,.;OPOS=41123094,41123094;OREF=-,-;OALT=G,GG;OMAPALT=AG,AGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:36,7:52:48,0:48:0:13,0:35,0:0:0:8:8:12,1:24,6:2:6 chr19 41129842 . C T 74.67 PASS AF=0.357143;AO=9;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.0155915;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9708;QD=10.6667;RBI=0.0583845;REFB=-0.00856113;REVB=-0.0562642;RO=15;SAF=9;SAR=0;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.7736;STB=0.809242;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.022838;OID=.;OPOS=41129842;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:15:18:9:10:0.357143:0:9:8:7:1:9:10:8 chr19 41283357 . C G 193.55 PASS AF=0.75;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0227942;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.084;QD=32.2589;RBI=0.0280391;REFB=-0.0421342;REVB=0.0163285;RO=6;SAF=9;SAR=9;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0755808;STB=0.541621;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=0.0104979;OID=.;OPOS=41283357;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:6:6:18:18:0.75:9:9:4:2:9:9:4:2 chr19 41350664 . A T 733.07 PASS AF=0.947368;AO=54;DP=57;FAO=54;FDP=57;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0635021;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.535;QD=51.4433;RBI=0.0639947;REFB=-0.0946541;REVB=-0.00792483;RO=3;SAF=18;SAR=36;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722905;STB=0.538447;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00125711;OID=.;OPOS=41350664;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:57:57:3:3:54:54:0.947368:36:18:3:0:36:18:3:0 chr19 41354606 . G T 41.64 PASS AF=0.159091;AO=7;DP=45;FAO=7;FDP=44;FR=.;FRO=37;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00970065;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.028;QD=3.78509;RBI=0.0131529;REFB=-9.13071e-05;REVB=0.00888231;RO=36;SAF=3;SAR=4;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217488;STB=0.657802;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.000732555;OID=.;OPOS=41354606;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:45:44:36:37:7:7:0.159091:4:3:22:14:4:3:23:14 chr19 41355849 . A G 37.39 PASS AF=0.114286;AO=8;DP=70;FAO=8;FDP=70;FR=.;FRO=62;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=24;FSRR=38;FWDB=-0.00962532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.2765;QD=2.13678;RBI=0.0706713;REFB=-0.00767775;REVB=-0.0700128;RO=62;SAF=2;SAR=6;SRF=25;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19986;STB=0.511335;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.041782;OID=.;OPOS=41355849;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:70:70:62:62:8:8:0.114286:6:2:25:37:5:3:24:38 chr19 41356281 . T C 503.46 PASS AF=0.533333;AO=48;DP=90;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=20;FSAR=28;FSRF=28;FSRR=14;FWDB=-0.0720071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.4394;QD=22.3759;RBI=0.0720882;REFB=-0.0166665;REVB=-0.00342001;RO=42;SAF=20;SAR=28;SRF=28;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.209689;STB=0.615337;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0213475;OID=.;OPOS=41356281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:42:42:48:48:0.533333:28:20:28:14:28:20:28:14 chr19 41383153 . A G 103.5 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00864216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.535;QD=9.85749;RBI=0.046195;REFB=0.00267382;REVB=-0.0453794;RO=29;SAF=4;SAR=9;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172263;STB=0.604576;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=-0.0393622;OID=.;OPOS=41383153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:29:29:13:13:0.309524:9:4:13:16:9:4:13:16 chr19 41383217 . T C 191.8 PASS AF=0.465116;AO=18;DP=41;FAO=20;FDP=43;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0605515;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2077;QD=17.8422;RBI=0.0608639;REFB=-0.0339793;REVB=0.00615871;RO=23;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106479;STB=0.558082;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0205516;OID=.;OPOS=41383217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:23:23:18:20:0.465116:9:9:14:9:10:10:14:9 chr19 41383799 . G A 512.38 PASS AF=0.515789;AO=49;DP=95;FAO=49;FDP=95;FR=.;FRO=46;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=-0.00349338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.443;QD=21.574;RBI=0.0297698;REFB=-0.00835647;REVB=0.0295641;RO=46;SAF=30;SAR=19;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0817612;STB=0.545194;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00942366;OID=.;OPOS=41383799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:46:46:49:49:0.515789:19:30:24:22:19:30:24:22 chr19 41384675 . T C 1748.79 PASS AF=1;AO=114;DP=117;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114526;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4096;QD=60.8275;RBI=0.0237161;REFB=0;REVB=0.0207676;RO=0;SAF=50;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.2792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00942043;OID=.;OPOS=41384675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:117:115:0:0:114:115:1:64:50:0:0:65:50:0:0 chr19 41386033 . T C 329.84 PASS AF=0.486111;AO=35;DP=72;FAO=35;FDP=72;FR=.;FRO=37;FSAF=9;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.0234126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.32;QD=18.3241;RBI=0.0344156;REFB=-0.0101794;REVB=-0.0252247;RO=37;SAF=9;SAR=26;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33131;STB=0.685846;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0131187;OID=.;OPOS=41386033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:37:37:35:35:0.486111:26:9:22:15:26:9:22:15 chr19 41386079 . C T 225.21 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=-0.00208841;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=146.001;QD=15.2681;RBI=0.0253462;REFB=-0.00733359;REVB=-0.02526;RO=33;SAF=13;SAR=13;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1048;STB=0.559277;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.00814715;OID=.;OPOS=41386079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:13:13:13:20:13:13:13:20 chr19 41386136 . A C 143.17 PASS AF=0.410256;AO=15;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.025645;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.305;QD=14.6844;RBI=0.02607;REFB=-0.0252621;REVB=0.00468816;RO=22;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126392;STB=0.574986;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.0371881;OID=.;OPOS=41386136;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:23:15:16:0.410256:7:8:9:13:7:9:10:13 chr19 41386420 . A C 345.38 PASS AF=0.564516;AO=34;DP=59;FAO=35;FDP=62;FR=.;FRO=27;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0531335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.2729;QD=22.2827;RBI=0.0815415;REFB=-0.00121577;REVB=-0.0618535;RO=25;SAF=18;SAR=16;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546788;STB=0.521889;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=-0.000284024;OID=.;OPOS=41386420;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:25:27:34:35:0.564516:16:18:15:10:16:19:16:11 chr19 41386486 . CA AG 286.97 PASS AF=0.535714;AO=29;DP=57;FAO=30;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=26;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00675669;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=2;MLLD=173.692;QD=20.4978;RBI=0.0605121;REFB=-0.0306353;REVB=-0.0601337;RO=19;SAF=15;SAR=14;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198148;STB=0.538436;STBP=0.549;TYPE=mnp;VARB=0.0312477;OID=.;OPOS=41386486;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:19:26:29:30:0.535714:14:15:15:4:14:16:16:10 chr19 41386494 . A C 242.09 PASS AF=0.490909;AO=26;DP=55;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=-0.0306989;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.785;QD=17.6065;RBI=0.030699;REFB=-0.0233934;REVB=-8.29085e-05;RO=28;SAF=15;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0051818;STB=0.508191;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.028946;OID=.;OPOS=41386494;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:28:28:26:27:0.490909:11:15:16:12:12:15:16:12 chr19 41386527 . G A 180.46 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0226034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.596;QD=16.0409;RBI=0.0311175;REFB=-0.0159716;REVB=-0.0213865;RO=26;SAF=10;SAR=9;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0904698;STB=0.551833;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0343347;OID=.;OPOS=41386527;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:26:19:19:0.422222:9:10:16:10:9:10:16:10 chr19 41387620 . A G 92.1 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=0.0169099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2926;QD=6.24436;RBI=0.0949738;REFB=0.00193976;REVB=-0.0934563;RO=45;SAF=8;SAR=6;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18076;STB=0.612283;STBP=0.349;TYPE=snp;VARB=-0.00952262;OID=.;OPOS=41387620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:59:59:45:45:14:14:0.237288:6:8:19:26:6:8:19:26 chr19 41387647 . A G 112.38 PASS AF=0.25;AO=17;DP=68;FAO=17;FDP=68;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=32;FWDB=0.00823519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0661;QD=6.61054;RBI=0.00924381;REFB=0.00597667;REVB=-0.00419878;RO=51;SAF=8;SAR=9;SRF=19;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121804;STB=0.574346;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=-0.0188412;OID=.;OPOS=41387647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:51:51:17:17:0.25:9:8:19:32:9:8:19:32 chr19 41387656 . A T 113.19 PASS AF=0.253731;AO=17;DP=67;FAO=17;FDP=67;FR=.;FRO=50;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=32;FWDB=0.0073284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.451;QD=6.75729;RBI=0.0216806;REFB=-0.0107133;REVB=-0.0204045;RO=50;SAF=8;SAR=9;SRF=18;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137324;STB=0.583535;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.030324;OID=.;OPOS=41387656;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:50:50:17:17:0.253731:9:8:18:32:9:8:18:32 chr19 41404196 . A G 457.34 PASS AF=0.505618;AO=44;DP=88;FAO=45;FDP=89;FR=.;FRO=44;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.0279573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.984;QD=20.5545;RBI=0.0301974;REFB=-0.0217061;REVB=0.0114137;RO=43;SAF=28;SAR=16;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00812698;STB=0.504346;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0170739;OID=.;OPOS=41404196;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:89:43:44:44:45:0.505618:16:28:27:16:16:29:28:16 chr19 41405962 . T G 215.63 PASS AF=0.438596;AO=23;DP=55;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0372682;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.699;QD=15.1316;RBI=0.0372902;REFB=-0.0382248;REVB=-0.00128031;RO=32;SAF=10;SAR=13;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222592;STB=0.59825;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0661355;OID=.;OPOS=41405962;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:57:32:32:23:25:0.438596:13:10:21:11:13:12:21:11 chr19 41414481 . G A 473.35 PASS AF=0.47;AO=46;DP=99;FAO=47;FDP=100;FR=.;FRO=53;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00455969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=139.404;QD=18.9342;RBI=0.00870669;REFB=-0.0167216;REVB=0.00741726;RO=53;SAF=28;SAR=18;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0610033;STB=0.538445;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0222201;OID=.;OPOS=41414481;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:100:53:53:46:47:0.47:18:28:29:24:18:29:29:24 chr19 41700493 . G C 94.23 PASS AF=0.342857;AO=10;DP=33;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00276133;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.574;QD=10.7691;RBI=0.0264411;REFB=-0.0200893;REVB=0.0262965;RO=23;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186603;STB=0.596995;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0283751;OID=.;OPOS=41700493;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:33:35:23:23:10:12:0.342857:4:6:10:13:5:7:10:13 chr19 41743860 . A AG 310.73 PASS AF=1;AO=3;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0968134;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=116.701;QD=44.3898;RBI=0.176679;REFB=0;REVB=-0.147793;RO=25;SAF=2;SAR=1;SRF=20;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.187554;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0017577;OID=.;OPOS=41743861;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:28:28:28:0:21:7:0:0:4:25:2:1:20:5 chr19 41743861 . A G 333.85 PASS AF=0.928571;AO=25;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00171088;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=164.25;QD=47.6929;RBI=0.0391574;REFB=-0.0487591;REVB=0.03912;RO=2;SAF=20;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615555;STB=0.526295;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=0.00130362;OID=.;OPOS=41743861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:25:26:0.928571:5:20:1:1:6:20:1:1 chr19 41748153 . A G 95.99 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0121972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=344.53;QD=22.5856;RBI=0.014039;REFB=-0.0158686;REVB=-0.0069514;RO=6;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184829;STB=0.604217;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.00718222;OID=.;OPOS=41748153;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:5:6:5:1:5:6:5:1 chr19 41808432 . A T 122.59 PASS AF=0.538462;AO=13;DP=25;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0265339;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.049;QD=18.8595;RBI=0.0661823;REFB=-0.0101843;REVB=-0.0606304;RO=12;SAF=9;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101817;STB=0.569516;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.00978727;OID=.;OPOS=41808432;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:12:12:13:14:0.538462:4:9:7:5:4:10:7:5 chr19 41848139 . GC G 162.37 PASS AF=1;AO=13;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.152957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=10.3679;QD=29.5215;RBI=0.235716;REFB=0;REVB=0.179349;RO=5;SAF=2;SAR=11;SRF=2;SRR=3;SSEN=0.397173;SSEP=0;SSSB=-0.195689;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0235655;OID=.;OPOS=41848140;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:21:22:22:0:7:15:0:0:3:5:2:11:2:3 chr19 41937095 . G A 885.43 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0160174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.165;QD=58.061;RBI=0.0407035;REFB=0;REVB=0.0374195;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64397e-05;OID=.;OPOS=41937095;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:60:61:1:30:30:0:0:31:30:0:0 chr19 41939297 . C G 392.52 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.839;QD=56.0748;RBI=0.0387181;REFB=0;REVB=0.0296442;RO=0;SAF=6;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001923;OID=.;OPOS=41939297;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:21:6:0:0:21:7:0:0 chr19 41944237 . T C 625.63 PASS AF=0.923077;AO=47;DP=52;FAO=48;FDP=52;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0389135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.2169;QD=48.1256;RBI=0.0418897;REFB=0.0314474;REVB=-0.0155075;RO=4;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0781596;STB=0.541649;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00737817;OID=.;OPOS=41944237;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:52:52:4:4:47:48:0.923077:22:25:0:4:22:26:0:4 chr19 41945837 . T A 734.93 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00718942;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.136;QD=56.5334;RBI=0.00721799;REFB=0;REVB=-0.000641548;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.14608e-05;OID=.;OPOS=41945837;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:52:0:0:51:52:1:30:21:0:0:31:21:0:0 chr19 41949870 . T C 435.63 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.578;QD=56.2101;RBI=0.0253085;REFB=0;REVB=0.021409;RO=0;SAF=14;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000324537;OID=.;OPOS=41949870;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:29:31:1:15:14:0:0:15:16:0:0 chr19 42070360 . C T 695.59 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=12;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0542572;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9385;QD=60.4861;RBI=0.078903;REFB=-0.0400226;REVB=0.0572873;RO=0;SAF=33;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507459;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.00181351;OID=.;OPOS=42070360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:0:1:45:45:0.978261:12:33:0:0:12:33:1:0 chr19 42070528 . G C 746.93 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00163086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.636;QD=63.5683;RBI=0.00406956;REFB=0;REVB=-0.00372849;RO=0;SAF=14;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.11368e-06;OID=.;OPOS=42070528;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:33:14:0:0:33:14:0:0 chr19 42071289 . T C,G 1535.29 PASS AF=0.971698,0.0283019;AO=101,4;DP=106;FAO=103,3;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=69,2;FSAR=34,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00151645,-0.0188161;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=73.2241,18.1319;QD=57.9354;RBI=0.00972979,0.019095;REFB=-0.0509303,-0.0055961;REVB=0.00961089,-0.00325171;RO=1;SAF=68,3;SAR=33,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0141578,0.272709;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00269321,0.0724859;OID=.,.;OPOS=42071289,42071289;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:106:106:1:0:101,4:103,3:0.971698,0.0283019:33,1:68,3:0:1:34,1:69,2:0:0 chr19 42083849 . C A 985.66 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=69;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0929762;FXX=0.0142837;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.1537;QD=57.1396;RBI=0.0933499;REFB=-0.108446;REVB=-0.00834465;RO=1;SAF=33;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136967;STB=0.507244;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00227233;OID=.;OPOS=42083849;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:69:69:1:1:67:68:0.985507:34:33:0:1:34:34:0:1 chr19 42085873 . A G 670.27 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.635;QD=62.3508;RBI=0.0300517;REFB=0;REVB=0.0113387;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117337;OID=.;OPOS=42085873;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr19 42092257 . TGGGGC TCGGGC,TGGG,TGGGC 47.44 PASS AF=0.037037,0.259259,0.0740741;AO=2,8,5;DP=30;FAO=1,7,2;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=0,5,0;FSAR=1,2,2;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.118362,-0.116716,0.025305;FXX=0.0357015;HRUN=4,4,4;LEN=1,2,1;MLLD=37.6942,19.2676,11.0669;QD=7.02849;RBI=0.12854,0.118984,0.0703852;REFB=-0.0454548,-0.109496,-0.1534;REVB=-0.0501309,-0.0231214,-0.065679;RO=13;SAF=1,6,0;SAR=1,2,5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0,0.536585,0.536585;SSEP=0,0,0;SSSB=0.118967,0.380118,-0.688115;STB=0.986962,0.74645,0.993223;STBP=0.454,0.151,0.296;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0507991,0.15129,0.156421;OID=.,.,.;OPOS=42092258,42092261,42092258;OREF=G,GC,G;OALT=C,-,-;OMAPALT=TCGGGC,TGGG,TGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.037037,0.259259,0.0740741:2,8,5:30:1,7,2:27:17:0,5,0:1,2,2:6:11:25:13:1,6,0:1,2,5:5:8 chr19 42132273 . C T 89.53 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0388324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.81;QD=15.571;RBI=0.0411024;REFB=-0.00959603;REVB=-0.0134703;RO=12;SAF=3;SAR=8;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0260718;STB=0.515124;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.00885616;OID=.;OPOS=42132273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:8:3:3:9:8:3:3:9 chr19 42132314 . G C 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.439;QD=48.7333;RBI=0.0670389;REFB=0;REVB=0.059485;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000884906;OID=.;OPOS=42132314;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:13:4:0:0:13:4:0:0 chr19 42190859 . A T 177.29 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=26;FSRR=4;FWDB=-0.0334177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.527;QD=14.4727;RBI=0.0579747;REFB=-0.0069967;REVB=-0.0473743;RO=30;SAF=9;SAR=10;SRF=26;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.417534;STB=0.735096;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0139035;OID=.;OPOS=42190859;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:10:9:26:4:10:9:26:4 chr19 42221607 . A G 453.39 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0922769;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.037;QD=58.5021;RBI=0.0929492;REFB=0;REVB=0.0111592;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0012581;OID=.;OPOS=42221607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr19 42260569 . G A 327.01 PASS AF=0.466667;AO=34;DP=74;FAO=35;FDP=75;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=24;FSRR=16;FWDB=0.0112312;FXX=0.0384566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2213;QD=17.4403;RBI=0.0408579;REFB=-0.00209826;REVB=0.039284;RO=39;SAF=12;SAR=22;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250988;STB=0.622254;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0120432;OID=.;OPOS=42260569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:39:40:34:35:0.466667:22:12:24:15:22:13:24:16 chr19 42312933 . G A 393.36 PASS AF=0.506173;AO=40;DP=80;FAO=41;FDP=81;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=12;FSRR=28;FWDB=0.00474309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.902;QD=19.4254;RBI=0.0770617;REFB=-0.0308321;REVB=0.0769156;RO=40;SAF=23;SAR=17;SRF=12;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.243767;STB=0.626718;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0177715;OID=.;OPOS=42312933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:40:40:40:41:0.506173:17:23:12:28:18:23:12:28 chr19 42315281 . G T 221.87 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.00604105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.829;QD=18.4888;RBI=0.00784854;REFB=-0.0102441;REVB=0.00501052;RO=24;SAF=8;SAR=14;SRF=9;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0112812;STB=0.534105;STBP=0.68;TYPE=snp;VARB=0.0105582;OID=.;OPOS=42315281;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:24:26:22:22:0.458333:14:8:9:15:14:8:11:15 chr19 42342319 . A G 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0385854;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.283;QD=9.44488;RBI=0.0428533;REFB=-0.00609336;REVB=-0.0186433;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100718;STB=0.562295;STBP=0.758;TYPE=snp;VARB=0.00510196;OID=.;OPOS=42342319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:4:6:3:3:4:6 chr19 42354629 . T C 223.16 PASS AF=0.471698;AO=23;DP=51;FAO=25;FDP=53;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=22;FWDB=-0.0756525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.325;QD=16.8422;RBI=0.0756763;REFB=-0.0157382;REVB=0.00189744;RO=27;SAF=7;SAR=16;SRF=6;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0969451;STB=0.544713;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0212188;OID=.;OPOS=42354629;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:27:28:23:25:0.471698:16:7:6:21:18:7:6:22 chr19 42463447 . C T 749.66 PASS AF=1;AO=41;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.107782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.318;QD=63.8004;RBI=0.124561;REFB=0;REVB=0.0624373;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000510142;OID=.;OPOS=42463447;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:41:47:1:21:20:0:0:24:23:0:0 chr19 42489516 . A C 902.71 PASS AF=1;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267226;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.366;QD=58.2396;RBI=0.0388604;REFB=0;REVB=0.0282141;RO=0;SAF=24;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.9695e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.13323e-05;OID=.;OPOS=42489516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:60:62:1:36:24:0:0:37:25:0:0 chr19 42558591 . C T 100.71 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0436927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.865;QD=16.1133;RBI=0.0449474;REFB=-0.0250929;REVB=0.0105456;RO=13;SAF=6;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103751;STB=0.559901;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0398758;OID=.;OPOS=42558591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:6:6:5:8:6:6:5:8 chr19 42593716 . A G 1000.75 PASS AF=0.462222;AO=103;DP=225;FAO=104;FDP=225;FR=.;FRO=121;FSAF=43;FSAR=61;FSRF=50;FSRR=71;FWDB=-0.00961236;FXX=0.0131573;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.467;QD=17.7911;RBI=0.0114254;REFB=-0.0122309;REVB=-0.006176;RO=121;SAF=43;SAR=60;SRF=50;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00427084;STB=0.500132;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.0158983;OID=.;OPOS=42593716;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:225:225:121:121:103:104:0.462222:60:43:50:71:61:43:50:71 chr19 42595677 . GC G 50.87 PASS AF=0.5;AO=8;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.0135053;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=13.0469;QD=10.1742;RBI=0.065634;REFB=-0.102814;REVB=0.0642295;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.418021;STB=0.765397;STBP=0.025;TYPE=del;VARB=0.131956;OID=.;OPOS=42595678;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:8:20:10:20:10:2:8:7:3:49:10:2:6:7:3 chr19 42703764 . G A 72.7 PASS AF=0.30303;AO=10;DP=33;FAO=10;FDP=33;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0186967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.61;QD=8.81151;RBI=0.0605984;REFB=-0.00829034;REVB=0.057642;RO=23;SAF=2;SAR=8;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434414;STB=0.768666;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0278924;OID=.;OPOS=42703764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:33:33:23:23:10:10:0.30303:8:2:13:10:8:2:13:10 chr19 42703833 . A G 64.46 PASS AF=0.346154;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=-0.0146592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.751;QD=9.91657;RBI=0.0187786;REFB=-0.02265;REVB=0.0117365;RO=17;SAF=3;SAR=6;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.126056;STB=0.575601;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=0.0324813;OID=.;OPOS=42703833;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:17:17:9:9:0.346154:6:3:4:13:6:3:4:13 chr19 42728836 . T C 138.8 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0115209;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=241.319;QD=18.5068;RBI=0.0163661;REFB=-0.0161375;REVB=-0.0116241;RO=15;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0165527;OID=.;OPOS=42728836;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:15:15:15:15:0.5:8:7:7:8:8:7:7:8 chr19 42736267 . A G 867.61 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0490973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.736;QD=57.8404;RBI=0.0513983;REFB=0;REVB=0.0152067;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.95073e-05;OID=.;OPOS=42736267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chr19 42747229 . GG AC 423.5 PASS AF=0.477778;AO=42;DP=91;FAO=43;FDP=90;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=31;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=0.0384799;FXX=0.0109878;HRUN=2;LEN=2;MLLD=178.792;QD=18.8224;RBI=0.0387372;REFB=0.00479353;REVB=0.00445746;RO=46;SAF=12;SAR=30;SRF=16;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0688214;STB=0.551171;STBP=0.407;TYPE=mnp;VARB=-0.00419216;OID=.;OPOS=42747229;OREF=GG;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:46:47:42:43:0.477778:30:12:16:30:31:12:17:30 chr19 42747474 . C T 288.79 PASS AF=0.545455;AO=28;DP=53;FAO=30;FDP=55;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=22;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.00257139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.704;QD=21.0028;RBI=0.00476469;REFB=-0.0466612;REVB=0.00401126;RO=24;SAF=7;SAR=21;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237873;STB=0.629336;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0305452;OID=.;OPOS=42747474;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:24:25:28:30:0.545455:21:7:12:12:22:8:13:12 chr19 42748683 . A G 226.73 PASS AF=0.52381;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=8;FWDB=0.00922546;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.134;QD=21.5932;RBI=0.0321651;REFB=0.00402014;REVB=-0.0308137;RO=19;SAF=13;SAR=9;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350656;STB=0.50448;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=-0.00571299;OID=.;OPOS=42748683;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:20:22:22:0.52381:9:13:12:7:9:13:12:8 chr19 42753034 . A G 179.47 PASS AF=0.404255;AO=19;DP=47;FAO=19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.0371803;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.02;QD=15.2738;RBI=0.0375565;REFB=-0.0383475;REVB=-0.00530196;RO=28;SAF=10;SAR=9;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100654;STB=0.557975;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.0328;OID=.;OPOS=42753034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:28:28:19:19:0.404255:9:10:12:16:9:10:12:16 chr19 42753283 . G A 417.81 PASS AF=0.5;AO=42;DP=84;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=0.0199198;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=114.876;QD=19.8958;RBI=0.0218071;REFB=-0.0176113;REVB=0.00887417;RO=38;SAF=11;SAR=31;SRF=13;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848056;STB=0.571685;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=0.0163064;OID=.;OPOS=42753283;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:38:42:42:42:0.5:31:11:13:25:31:11:16:26 chr19 42912223 . C T 168.53 PASS AF=0.392857;AO=19;DP=54;FAO=22;FDP=56;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0677714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6405;QD=12.0376;RBI=0.0699978;REFB=-0.00619298;REVB=0.0175136;RO=32;SAF=6;SAR=13;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.10715;STB=0.512184;STBP=0.895;TYPE=snp;VARB=0.00859804;OID=.;OPOS=42912223;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:56:32:34:19:22:0.392857:13:6:13:19:14:8:13:21 chr19 42937953 . T G 191.58 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=21;FWDB=0.0036841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.412;QD=15.6394;RBI=0.0622138;REFB=-0.0436738;REVB=-0.0621046;RO=29;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278284;STB=0.658535;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0306837;OID=.;OPOS=42937953;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:9:11:8:21:9:11:8:21 chr19 43243217 . AA GG 628.01 PASS AF=0.450331;AO=68;DP=153;FAO=68;FDP=151;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=37;FSRF=40;FSRR=43;FWDB=-0.000848948;FXX=0.0194793;HRUN=2;LEN=2;MLLD=107.704;QD=16.6361;RBI=0.00299157;REFB=-0.0141455;REVB=-0.00286859;RO=81;SAF=31;SAR=37;SRF=38;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0130466;STB=0.514388;STBP=0.771;TYPE=mnp;VARB=0.0133879;OID=.;OPOS=43243217;OREF=AA;OALT=GG;OMAPALT=GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:153:151:81:83:68:68:0.450331:37:31:38:43:37:31:40:43 chr19 43243238 . A G 572.96 PASS AF=0.432624;AO=61;DP=140;FAO=61;FDP=141;FR=.;FRO=80;FSAF=26;FSAR=35;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.018765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.157;QD=16.2541;RBI=0.0273175;REFB=-0.00322563;REVB=-0.0198526;RO=79;SAF=26;SAR=35;SRF=35;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172957;STB=0.513727;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00197344;OID=.;OPOS=43243238;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:140:141:79:80:61:61:0.432624:35:26:35:44:35:26:36:44 chr19 43371292 . A T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0258529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.017;QD=50.4128;RBI=0.0273721;REFB=0;REVB=-0.00899247;RO=0;SAF=7;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.36578e-05;OID=.;OPOS=43371292;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:12:7:0:0:12:7:0:0 chr19 43372386 . T C 2255.99 PASS AF=0.973154;AO=144;DP=148;FAO=145;FDP=149;FR=.;FRO=4;FSAF=76;FSAR=69;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0186188;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.889;QD=60.5634;RBI=0.0225275;REFB=0.0221797;REVB=-0.0126819;RO=3;SAF=75;SAR=69;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00566913;STB=0.500649;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=-0.00023344;OID=.;OPOS=43372386;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:148:149:3:4:144:145:0.973154:69:75:2:1:69:76:2:2 chr19 43372941 . T C 817.67 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00136379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.72;QD=57.3803;RBI=0.0505649;REFB=0;REVB=-0.0505465;RO=0;SAF=41;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.92381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000214877;OID=.;OPOS=43372941;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:16:41:0:0:16:41:0:0 chr19 43382368 . T G 1852.12 PASS AF=0.969231;AO=123;DP=130;FAO=126;FDP=130;FR=.;FRO=4;FSAF=83;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0348833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.8756;QD=56.9883;RBI=0.0369358;REFB=-0.0101724;REVB=-0.0121412;RO=6;SAF=83;SAR=40;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500909;STB=0.51386;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.00589367;OID=.;OPOS=43382368;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:130:130:6:4:123:126:0.969231:40:83:1:5:43:83:1:3 chr19 43382374 . C G 2048.55 PASS AF=0.992481;AO=132;DP=133;FAO=132;FDP=133;FR=.;FRO=1;FSAF=85;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0140597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.374;QD=61.6106;RBI=0.0298652;REFB=-0.018239;REVB=0.0263487;RO=1;SAF=85;SAR=47;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100048;STB=0.505262;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000122485;OID=.;OPOS=43382374;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:133:133:1:1:132:132:0.992481:47:85:0:1:47:85:0:1 chr19 43383680 . G T 1187.48 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0551693;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.0397;QD=60.1254;RBI=0.0623271;REFB=0;REVB=-0.0290002;RO=1;SAF=50;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00937386;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00074171;OID=.;OPOS=43383680;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:79:1:0:78:79:1:28:50:1:0:28:51:0:0 chr19 43420451 . G C 868.26 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.169;QD=57.8843;RBI=0.0273199;REFB=0;REVB=0.0124434;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000115046;OID=.;OPOS=43420451;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:22:38:0:0:22:38:0:0 chr19 43433687 . C A 269.51 PASS AF=0.447761;AO=23;DP=69;FAO=30;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=36;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0307168;FXX=0.0289813;HRUN=2;LEN=1;MLLD=37.2912;QD=16.0901;RBI=0.0766184;REFB=-0.0144266;REVB=0.0701916;RO=35;SAF=16;SAR=7;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112064;STB=0.509272;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=0.0223767;OID=.;OPOS=43433687;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:35:36:23:30:0.447761:7:16:21:14:13:17:21:15 chr19 43433805 . A G 1153.77 PASS AF=0.962963;AO=78;DP=81;FAO=78;FDP=81;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0109753;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=254.02;QD=56.9765;RBI=0.0109754;REFB=-0.0339488;REVB=3.63987e-05;RO=1;SAF=23;SAR=55;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201318;STB=0.50171;STBP=0.947;TYPE=snp;VARB=0.000453165;OID=.;OPOS=43433805;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:81:81:1:3:78:78:0.962963:55:23:1:0:55:23:1:2 chr19 43439793 . G A 1587.79 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0214673;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.022;QD=64.1532;RBI=0.0225091;REFB=0;REVB=-0.00676854;RO=0;SAF=66;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.36452e-05;OID=.;OPOS=43439793;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:33:66:0:0:33:66:0:0 chr19 43519362 . C T 1525.75 PASS AF=1;AO=102;DP=102;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00270054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.906;QD=59.8332;RBI=0.0107183;REFB=0;REVB=0.0103726;RO=0;SAF=51;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00209e-06;OID=.;OPOS=43519362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:102:0:0:102:102:1:51:51:0:0:51:51:0:0 chr19 43519442 . T C 1514.83 PASS AF=0.989691;AO=96;DP=97;FAO=96;FDP=97;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.058624;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.679;QD=62.4673;RBI=0.0684091;REFB=-0.0162969;REVB=0.0352565;RO=1;SAF=38;SAR=58;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123156;STB=0.506492;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.000133846;OID=.;OPOS=43519442;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:97:97:1:1:96:96:0.989691:58:38:1:0:58:38:1:0 chr19 43529026 . CA TG 966.49 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108864;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=187.974;QD=58.5749;RBI=0.0111529;REFB=0;REVB=0.00242351;RO=0;SAF=39;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.10038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.00036294;OID=.;OPOS=43529026;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:66:0:0:65:66:1:26:39:0:0:26:40:0:0 chr19 43530473 . G C 208.91 PASS AF=0.371429;AO=23;DP=67;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.000900294;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.613;QD=11.9375;RBI=0.00881577;REFB=-0.00726898;REVB=0.00876968;RO=41;SAF=10;SAR=13;SRF=26;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217353;STB=0.622469;STBP=0.126;TYPE=snp;VARB=0.0154609;OID=.;OPOS=43530473;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:70:41:44:23:26:0.371429:13:10:26:15:14:12:29:15 chr19 43679410 . A G 1807.78 PASS AF=0.991736;AO=118;DP=119;FAO=120;FDP=121;FR=.;FRO=1;FSAF=65;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00955006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.865;QD=59.7614;RBI=0.0654109;REFB=0.14693;REVB=0.06471;RO=1;SAF=64;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00736387;STB=0.503816;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-0.00022729;OID=.;OPOS=43679410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:119:121:1:1:118:120:0.991736:54:64:1:0:55:65:1:0 chr19 43680051 . C T 1492.38 PASS AF=0.990196;AO=101;DP=102;FAO=101;FDP=102;FR=.;FRO=1;FSAF=66;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0167747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.353;QD=58.5248;RBI=0.0278783;REFB=-0.0555437;REVB=0.0222667;RO=1;SAF=66;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00713477;STB=0.503759;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000277898;OID=.;OPOS=43680051;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:102:102:1:1:101:101:0.990196:35:66:1:0:35:66:1:0 chr19 43680147 . C T 564.91 PASS AF=0.53271;AO=57;DP=108;FAO=57;FDP=107;FR=.;FRO=50;FSAF=32;FSAR=25;FSRF=30;FSRR=20;FWDB=-0.0485084;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.606;QD=21.118;RBI=0.0508818;REFB=-0.0369386;REVB=0.0153588;RO=49;SAF=32;SAR=25;SRF=30;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437216;STB=0.518388;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=0.0329981;OID=.;OPOS=43680147;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:49:50:57:57:0.53271:25:32:30:19:25:32:30:20 chr19 43687589 . G A 57.82 PASS AF=0.470588;AO=7;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0319842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7912;QD=13.6039;RBI=0.0505315;REFB=-0.0150682;REVB=0.0391209;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0150213;STB=0.529338;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0234962;OID=.;OPOS=43687589;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:7:8:0.470588:4:3:4:5:4:4:4:5 chr19 43687613 . T C 55.42 PASS AF=0.363636;AO=8;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0119181;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.346;QD=10.0757;RBI=0.0140319;REFB=-0.00239495;REVB=0.00740628;RO=13;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118061;STB=0.590689;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.00389263;OID=.;OPOS=43687613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:13:14:8:8:0.363636:4:4:8:5:4:4:9:5 chr19 43689004 . G A 466.11 PASS AF=0.641791;AO=43;DP=68;FAO=43;FDP=67;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.018492;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2462;QD=27.8272;RBI=0.037161;REFB=-0.0337908;REVB=0.0322332;RO=24;SAF=20;SAR=23;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503843;STB=0.527437;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0113614;OID=.;OPOS=43689004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:24:24:43:43:0.641791:23:20:13:11:23:20:13:11 chr19 43690505 . AG A,AC 773.17 PASS AF=0.0892857,0.910714;AO=8,45;DP=56;FAO=5,51;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=4,38;FSAR=1,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181318,0.0148747;FXX=0.0175408;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=203.129,214.711;QD=55.2265;RBI=0.0784236,0.0799788;REFB=0,0;REVB=0.0762987,0.0785834;RO=0;SAF=6,34;SAR=2,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=5.58669e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0213917,0.00213608;OID=.,.;OPOS=43690506,43690506;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=A,AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0892857,0.910714:8,45:56:5,51:56:0:4,38:1,13:0:0:9:0:6,34:2,11:0:0 chr19 43699336 . T C 1718.73 PASS AF=0.982906;AO=114;DP=119;FAO=115;FDP=117;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=71;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0102781;FXX=0.0168053;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.198;QD=58.7599;RBI=0.0374951;REFB=-0.063884;REVB=0.0360588;RO=2;SAF=44;SAR=70;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013373;STB=0.506943;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00110749;OID=.;OPOS=43699336;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:119:117:2:2:114:115:0.982906:70:44:0:2:71:44:0:2 chr19 43699417 . A G 1673.01 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.016809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3098;QD=59.7503;RBI=0.0480606;REFB=0;REVB=0.0450253;RO=0;SAF=44;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.03381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000130863;OID=.;OPOS=43699417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:112:0:0:103:112:1:59:44:0:0:67:45:0:0 chr19 43702342 . C T 1502.83 PASS AF=0.990291;AO=102;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00496187;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.91;QD=58.3625;RBI=0.015526;REFB=-0.00867037;REVB=0.0147117;RO=1;SAF=56;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0102026;STB=0.505375;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=2.93383e-05;OID=.;OPOS=43702342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:102:102:0.990291:46:56:0:1:46:56:0:1 chr19 43708968 . T C 61.77 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0420315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.782;QD=35.2987;RBI=0.0583561;REFB=0;REVB=0.0404819;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000377718;OID=.;OPOS=43708968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:3:3:0:0:3:4:0:0 chr19 43709619 . C T 175.66 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108274;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.868;QD=46.8441;RBI=0.0972054;REFB=0;REVB=0.0966005;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00464177;OID=.;OPOS=43709619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr19 43709637 . C G 166.58 PASS AF=1;AO=13;DP=17;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0168543;FXX=0.117578;HRUN=5;LEN=1;MLLD=171.429;QD=44.4216;RBI=0.0222337;REFB=0;REVB=0.0145007;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00344411;OID=.;OPOS=43709637;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:17:15:0:0:13:15:1:5:8:0:0:5:10:0:0 chr19 43709647 . G A 224.21 PASS AF=0.904762;AO=19;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.;FRO=2;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0425548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6807;QD=42.7062;RBI=0.0883819;REFB=-0.0855361;REVB=0.0774625;RO=2;SAF=12;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0707039;STB=0.538422;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0205733;OID=.;OPOS=43709647;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:21:2:2:19:19:0.904762:7:12:2:0:7:12:2:0 chr19 43709654 . C A 272.51 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00689884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.989;QD=51.9065;RBI=0.0772107;REFB=0;REVB=0.0769019;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573082;OID=.;OPOS=43709654;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr19 43709656 . C G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00531353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.699;QD=51.9167;RBI=0.0259969;REFB=0;REVB=0.0254481;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100246;OID=.;OPOS=43709656;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:7:14:0:0:7:14:0:0 chr19 43772270 . G T 514.53 PASS AF=0.623377;AO=45;DP=74;FAO=48;FDP=77;FR=.;FRO=29;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.00283506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2738;QD=26.7285;RBI=0.0771442;REFB=-0.0337161;REVB=0.0770921;RO=29;SAF=27;SAR=18;SRF=21;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.094922;STB=0.562789;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.0214965;OID=.;OPOS=43772270;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:77:29:29:45:48:0.623377:18:27:21:8:21:27:21:8 chr19 43772302 . C T 427.86 PASS AF=0.645161;AO=39;DP=62;FAO=40;FDP=62;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.000376946;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.221;QD=27.604;RBI=0.0074408;REFB=-0.0348957;REVB=0.00743125;RO=23;SAF=12;SAR=27;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.064679;STB=0.533197;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0146397;OID=.;OPOS=43772302;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:23:22:39:40:0.645161:27:12:9:14:27:13:9:13 chr19 43773532 . G C 208.67 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=50;FAO=16;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=25;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0115618;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.415;QD=17.3891;RBI=0.0177751;REFB=-0.0220339;REVB=-0.0135011;RO=22;SAF=1;SAR=10;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.642762;STB=0.920921;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0137428;OID=.;OPOS=43773532;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:48:22:25:11:16:0.333333:10:1:14:8:15:1:17:8 chr19 43773572 . G A 173.34 PASS AF=0.388889;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=54;FR=.;FRO=33;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=0.0590687;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.5875;QD=12.8398;RBI=0.0949176;REFB=-0.0391631;REVB=0.0742983;RO=29;SAF=7;SAR=14;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322033;STB=0.698611;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.067986;OID=.;OPOS=43773572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:29:33:21:21:0.388889:14:7:19:10:14:7:22:11 chr19 43773599 . T C 755.77 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0137162;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9676;QD=57.0395;RBI=0.0137243;REFB=0;REVB=0.000470601;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114519;OID=.;OPOS=43773599;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:53:0:0:53:53:1:25:28:0:0:25:28:0:0 chr19 43857873 . G C 444.31 PASS AF=0.431034;AO=42;DP=109;FAO=50;FDP=116;FR=.;FRO=66;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=0.0414849;FXX=0.00854628;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.448;QD=15.3209;RBI=0.0414976;REFB=-0.0266907;REVB=0.00102493;RO=65;SAF=21;SAR=21;SRF=34;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247016;STB=0.537398;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0411084;OID=.;OPOS=43857873;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:116:65:66:42:50:0.431034:21:21:34:31:21:29:34:32 chr19 43864548 . C A 1029.59 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323004;FXX=0.0142837;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.487;QD=59.6865;RBI=0.0467262;REFB=0;REVB=0.0337642;RO=0;SAF=43;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000316693;OID=.;OPOS=43864548;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:26:43:0:0:26:43:0:0 chr19 43910649 . G T 175.91 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00814744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.222;QD=46.9088;RBI=0.127221;REFB=0;REVB=0.12696;RO=0;SAF=8;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000594269;OID=.;OPOS=43910649;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:6:8:0:0:7:8:0:0 chr19 43910764 . A G 482.61 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0090882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0189;QD=58.4977;RBI=0.0243083;REFB=0;REVB=-0.0225454;RO=0;SAF=17;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000355556;OID=.;OPOS=43910764;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:16:17:0:0:16:17:0:0 chr19 43922061 . A G 1079.91 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181586;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.0797;QD=59.995;RBI=0.0261316;REFB=0;REVB=-0.0187916;RO=0;SAF=33;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.02285e-06;OID=.;OPOS=43922061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:39:33:0:0:39:33:0:0 chr19 43965029 . G A 178.63 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=-0.0144393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8523;QD=22.3292;RBI=0.0148265;REFB=-0.0336508;REVB=-0.0033662;RO=14;SAF=10;SAR=8;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.261774;STB=0.646105;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0267835;OID=.;OPOS=43965029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:8:10:3:11:8:10:3:11 chr19 43967413 . C T 912.35 PASS AF=0.514286;AO=89;DP=175;FAO=90;FDP=175;FR=.;FRO=85;FSAF=35;FSAR=55;FSRF=18;FSRR=67;FWDB=0.0126436;FXX=0.0056815;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.085;QD=20.8538;RBI=0.01398;REFB=-0.0156386;REVB=-0.00596486;RO=84;SAF=34;SAR=55;SRF=17;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177236;STB=0.594274;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.00986735;OID=.;OPOS=43967413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:175:84:85:89:90:0.514286:55:34:17:67:55:35:18:67 chr19 43979589 . G T 198.43 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00520538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.598;QD=44.0952;RBI=0.0506684;REFB=-0.0699399;REVB=0.0504003;RO=1;SAF=9;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482085;STB=0.526285;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00152445;OID=.;OPOS=43979589;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:8:9:1:0:8:9:1:0 chr19 44031324 . C T 54.17 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=12;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0743956;FXX=0.0832639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.0421;QD=19.6986;RBI=0.0773943;REFB=-0.0507274;REVB=0.0213348;RO=4;SAF=1;SAR=6;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120201;STB=0.571204;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0467656;OID=.;OPOS=44031324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:23:12:11:4:4:7:7:0.636364:6:1:1:3:6:1:1:3 chr19 44047550 . T C 44.28 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=0.00499802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4223;QD=6.81257;RBI=0.0289191;REFB=-0.0125312;REVB=-0.028484;RO=18;SAF=2;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633268;STB=0.526239;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=0.0305342;OID=.;OPOS=44047550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:26:18:19:7:7:0.269231:5:2:6:12:5:2:6:13 chr19 44047826 . T A 471.89 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0261356;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.053;QD=55.5162;RBI=0.027343;REFB=-0.0427495;REVB=-0.00803541;RO=1;SAF=10;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444293;STB=0.523795;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.00214811;OID=.;OPOS=44047826;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:23:10:1:0:23:10:1:0 chr19 44055726 . T C 188.91 PASS AF=0.431373;AO=19;DP=49;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=0.00248313;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.311;QD=14.8163;RBI=0.0193095;REFB=-0.0584819;REVB=-0.0191492;RO=29;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00778986;STB=0.50276;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.0602737;OID=.;OPOS=44055726;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:29:29:19:22:0.431373:8:11:17:12:9:13:17:12 chr19 44057227 . T C 65.77 PASS AF=0.473684;AO=8;DP=18;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=10;FWDB=0.0968759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8734;QD=13.8474;RBI=0.0973928;REFB=-0.0559377;REVB=0.0100205;RO=9;SAF=5;SAR=3;SRF=0;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.524931;STB=0.777322;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0596742;OID=.;OPOS=44057227;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:19:9:10:8:9:0.473684:3:5:0:9:4:5:0:10 chr19 44081288 . A G 195.44 PASS AF=0.526316;AO=18;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.00947017;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6469;QD=20.573;RBI=0.0155304;REFB=-0.0166221;REVB=-0.012309;RO=17;SAF=7;SAR=11;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220328;STB=0.601463;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0295391;OID=.;OPOS=44081288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:18:18:20:0.526316:11:7:11:6:11:9:12:6 chr19 44082791 . T C 65.31 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=-0.0146236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.856;QD=10.8848;RBI=0.0296526;REFB=-0.0228951;REVB=0.0257959;RO=15;SAF=5;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0920876;STB=0.555432;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0295812;OID=.;OPOS=44082791;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:4:5:7:8:4:5:7:8 chr19 44082945 . T C 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0112862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.826;QD=16.2003;RBI=0.0113685;REFB=-0.0111769;REVB=0.0013658;RO=3;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.335094;STB=0.704971;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0069147;OID=.;OPOS=44082945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:4:1:2:1:4:1:2:1 chr19 44098963 . C G 213.52 PASS AF=0.45283;AO=24;DP=53;FAO=24;FDP=53;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0231459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.336;QD=16.115;RBI=0.0323261;REFB=-0.0434862;REVB=0.0225665;RO=29;SAF=15;SAR=9;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0737458;STB=0.541837;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.0424521;OID=.;OPOS=44098963;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:29:29:24:24:0.45283:9:15:16:13:9:15:16:13 chr19 44102989 . TGGGGGC TGGGGC,TGGGGG 182.36 PASS AF=0.517241,0.224138;AO=26,10;DP=60;FAO=30,13;FDP=58;FR=.;FRO=15;FSAF=11,13;FSAR=19,0;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.179214,-0.105767;FXX=0.0491723;HRUN=5,4;LEN=1,1;MLLD=11.7625,12.2074;QD=12.5762;RBI=0.198625,0.113424;REFB=-0.0332885,-0.0602614;REVB=-0.0856396,0.0409686;RO=12;SAF=10,10;SAR=16,0;SRF=3;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0.347962;SSSB=0.0838261,0.827536;STB=0.511878,0.998955;STBP=0.838,0;TYPE=del,del;VARB=0.0662628,0.131846;OID=.,.;OPOS=44102990,44102995;OREF=G,C;OALT=-,-;OMAPALT=TGGGGC,TGGGGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.517241,0.224138:26,10:60:30,13:58:15:11,13:19,0:6:9:51:12:10,10:16,0:3:9 chr19 44116956 . A G 111.36 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.000706048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6173;QD=15.9082;RBI=0.0315487;REFB=-0.00474156;REVB=-0.0315408;RO=15;SAF=3;SAR=10;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.367163;STB=0.713936;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.00380151;OID=.;OPOS=44116956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:10:3:9:6:10:3:9:6 chr19 44117682 . C T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.0198421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4566;QD=14.652;RBI=0.0451704;REFB=-0.0609305;REVB=0.040579;RO=4;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.248791;STB=0.666254;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.0273289;OID=.;OPOS=44117682;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:4:5:6:6:0.545455:1:5:4:0:1:5:5:0 chr19 44126738 . G A 96.0 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.0229667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.3876;QD=14.2229;RBI=0.0420972;REFB=0.0208837;REVB=0.0352804;RO=14;SAF=9;SAR=3;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428589;STB=0.558038;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=-0.016843;OID=.;OPOS=44126738;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:27:27:14:15:12:12:0.444444:3:9:10:4:3:9:10:5 chr19 44126805 . GC G 90.72 PASS AF=0.567568;AO=16;DP=37;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.169866;FXX=0.0263089;HRUN=7;LEN=1;MLLD=10.0882;QD=9.80778;RBI=0.197135;REFB=-0.110501;REVB=0.100039;RO=17;SAF=6;SAR=10;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0349675;STB=0.525582;STBP=0.732;TYPE=del;VARB=0.121727;OID=.;OPOS=44126806;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.567568:16:37:21:37:16:8:13:7:9:58:17:6:10:7:10 chr19 44153109 . TG T 33.57 PASS AF=0.230769;AO=7;DP=35;FAO=9;FDP=39;FR=.;FRO=30;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=-0.00264341;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=18.4505;QD=3.44275;RBI=0.0358241;REFB=-0.0221775;REVB=0.0357264;RO=26;SAF=5;SAR=2;SRF=7;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.494285;STB=0.847835;STBP=0.032;TYPE=del;VARB=0.0636771;OID=.;OPOS=44153110;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.230769:7:35:9:39:30:7:2:8:22:33:26:5:2:7:19 chr19 44223113 . G A 750.66 PASS AF=0.481707;AO=77;DP=162;FAO=79;FDP=164;FR=.;FRO=85;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=60;FSRR=25;FWDB=-0.00306145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.248;QD=18.3088;RBI=0.0211864;REFB=-0.0117532;REVB=0.0209641;RO=84;SAF=33;SAR=44;SRF=60;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264942;STB=0.64609;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0148969;OID=.;OPOS=44223113;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:162:164:84:85:77:79:0.481707:44:33:60:24:46:33:60:25 chr19 44273516 . T C 107.25 PASS AF=0.631579;AO=12;DP=19;FAO=12;FDP=19;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.00598002;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.358;QD=22.5796;RBI=0.0500069;REFB=-0.063228;REVB=0.049648;RO=7;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191213;STB=0.607311;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.0256283;OID=.;OPOS=44273516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:7:7:12:12:0.631579:5:7:6:1:5:7:6:1 chr19 44351694 . C T 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0650866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.942;QD=44.6898;RBI=0.0656502;REFB=0;REVB=-0.00858404;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000734786;OID=.;OPOS=44351694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr19 44377357 . C T 424.55 PASS AF=0.939394;AO=30;DP=32;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0137037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.1178;QD=51.4607;RBI=0.0388715;REFB=-0.0239493;REVB=0.0363758;RO=1;SAF=14;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321345;STB=0.53123;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.000471018;OID=.;OPOS=44377357;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:33:1:2:30:31:0.939394:16:14:1:0:16:15:2:0 chr19 44417575 . A G 575.64 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134508;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.0977;QD=60.5935;RBI=0.0138219;REFB=0;REVB=-0.00318131;RO=0;SAF=28;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170384;OID=.;OPOS=44417575;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:10:28:0:0:10:28:0:0 chr19 44418077 . C T 933.25 PASS AF=0.985294;AO=65;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0676603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.8152;QD=54.897;RBI=0.074336;REFB=-0.137575;REVB=0.0307883;RO=2;SAF=32;SAR=33;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000433733;STB=0.507244;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00478288;OID=.;OPOS=44418077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:68:68:2:1:65:67:0.985294:33:32:1:1:34:33:0:1 chr19 44418343 . C T 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0044603;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.195;QD=57.712;RBI=0.0273169;REFB=0;REVB=0.0269503;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.98693e-05;OID=.;OPOS=44418343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:22:37:0:0:22:37:0:0 chr19 44418544 . A G 736.8 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0499573;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7223;QD=61.4004;RBI=0.0589139;REFB=0.0720906;REVB=-0.0312269;RO=1;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0208969;STB=0.511106;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=-0.00155938;OID=.;OPOS=44418544;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:48:1:1:47:47:0.979167:22:25:0:1:22:25:0:1 chr19 44418693 . T C 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0503142;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.315;QD=54.5176;RBI=0.0536274;REFB=0;REVB=0.0185575;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000323148;OID=.;OPOS=44418693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr19 44418776 . G A 729.01 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0127874;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.11;QD=57.1774;RBI=0.0324273;REFB=0;REVB=0.0297996;RO=0;SAF=22;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.83062e-05;OID=.;OPOS=44418776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:29:22:0:0:29:22:0:0 chr19 44419030 . A G 340.2 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.572;QD=54.4325;RBI=0.0169916;REFB=0;REVB=0.0116282;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00018966;OID=.;OPOS=44419030;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr19 44470189 . T A 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322653;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.717;QD=58.586;RBI=0.0322844;REFB=0;REVB=-0.00110857;RO=0;SAF=9;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000226184;OID=.;OPOS=44470189;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:24:9:0:0:24:9:0:0 chr19 44470420 . T C 362.01 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00762806;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.298;QD=55.6944;RBI=0.00809184;REFB=0;REVB=0.00270009;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06632e-05;OID=.;OPOS=44470420;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr19 44470548 . A G 323.36 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.047928;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5234;QD=53.8928;RBI=0.0987134;REFB=0;REVB=0.0862974;RO=0;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010593;OID=.;OPOS=44470548;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:18:6:0:0:18:6:0:0 chr19 44470663 . G C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00228223;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.23;QD=55.0987;RBI=0.00814216;REFB=0;REVB=0.00781577;RO=0;SAF=12;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.0604e-05;OID=.;OPOS=44470663;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:14:12:0:0:14:12:0:0 chr19 44471209 . T A 696.31 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00262517;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3375;QD=60.549;RBI=0.00399117;REFB=-0.151616;REVB=0.00300631;RO=1;SAF=25;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229174;STB=0.51219;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00199336;OID=.;OPOS=44471209;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:46:46:1:1:45:45:0.978261:20:25:0:1:20:25:0:1 chr19 44471323 . G A 542.09 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00464522;FXX=0.0270197;HRUN=5;LEN=1;MLLD=149.381;QD=60.2319;RBI=0.0365217;REFB=0;REVB=0.0362251;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150058;OID=.;OPOS=44471323;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:36:36:1:14:22:0:0:14:22:0:0 chr19 44500478 . A T 501.62 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112657;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.449;QD=59.0141;RBI=0.0387188;REFB=0;REVB=0.0370437;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000186769;OID=.;OPOS=44500478;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:16:18:0:0:16:18:0:0 chr19 44500761 . G A 520.05 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.01638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.413;QD=59.4348;RBI=0.0167397;REFB=0;REVB=0.00345178;RO=0;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.42202e-05;OID=.;OPOS=44500761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:20:14:0:0:20:15:0:0 chr19 44501116 . A G 337.77 PASS AF=0.928571;AO=25;DP=28;FAO=26;FDP=28;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0354045;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=268.608;QD=48.2529;RBI=0.0358552;REFB=-0.156608;REVB=0.00566729;RO=2;SAF=4;SAR=21;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0421849;STB=0.52271;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.00167245;OID=.;OPOS=44501116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:28:28:2:2:25:26:0.928571:21:4:0:2:21:5:0:2 chr19 44501227 . A G 651.64 PASS AF=0.955556;AO=43;DP=45;FAO=43;FDP=45;FR=.;FRO=2;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0508097;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2797;QD=57.9236;RBI=0.108061;REFB=-0.0588061;REVB=0.0953709;RO=2;SAF=17;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00910618;STB=0.504852;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.00279829;OID=.;OPOS=44501227;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:45:45:2:2:43:43:0.955556:26:17:1:1:26:17:1:1 chr19 44501627 . T C 979.6 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00364934;FXX=0.0144907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.691;QD=57.6236;RBI=0.00636362;REFB=-0.0961177;REVB=-0.00521326;RO=0;SAF=25;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.04816e-08;STB=0.509431;STBP=0.272;TYPE=snp;VARB=-1.59857e-05;OID=.;OPOS=44501627;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:68:68:0:1:66:67:0.985294:41:25:0:0:41:26:1:0 chr19 44511202 . A T 315.67 PASS AF=0.465753;AO=34;DP=74;FAO=34;FDP=73;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-3.03911e-05;FXX=0.0135117;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.225;QD=17.2969;RBI=0.0281171;REFB=-0.019294;REVB=-0.0281171;RO=39;SAF=13;SAR=21;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0279205;STB=0.515655;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.0299339;OID=.;OPOS=44511202;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:73:39:39:34:34:0.465753:21:13:16:23:21:13:16:23 chr19 44511223 . T G 861.75 PASS AF=0.926471;AO=63;DP=68;FAO=63;FDP=68;FR=.;FRO=5;FSAF=26;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00146986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.4361;QD=50.6912;RBI=0.0678736;REFB=-0.0728299;REVB=0.0678577;RO=5;SAF=26;SAR=37;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.059657;STB=0.531636;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00689217;OID=.;OPOS=44511223;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:68:68:5:5:63:63:0.926471:37:26:0:5:37:26:0:5 chr19 44535999 . G T 84.2 PASS AF=0.407407;AO=9;DP=26;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=-0.0108643;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.465;QD=12.4742;RBI=0.0306895;REFB=-0.0182949;REVB=0.0287022;RO=15;SAF=3;SAR=6;SRF=13;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.514904;STB=0.739908;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0378499;OID=.;OPOS=44535999;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:26:27:15:16:9:11:0.407407:6:3:13:2:6:5:14:2 chr19 44564981 . G A 276.9 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=68;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=-0.0189068;FXX=0.0422476;HRUN=3;LEN=1;MLLD=239.448;QD=16.2884;RBI=0.0418931;REFB=-0.0378091;REVB=-0.0373841;RO=25;SAF=12;SAR=18;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338478;STB=0.560471;STBP=0.437;TYPE=snp;VARB=0.0349927;OID=.;OPOS=44564981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:68:25:37:30:30:0.441176:18:12:11:14:18:12:11:26 chr19 44570393 . C A 393.94 PASS AF=0.5;AO=40;DP=79;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.0243462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.357;QD=19.6971;RBI=0.0304404;REFB=-0.0210615;REVB=-0.0182724;RO=39;SAF=14;SAR=26;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576793;STB=0.540194;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.0218456;OID=.;OPOS=44570393;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:39:40:40:40:0.5:26:14:16:23:26:14:17:23 chr19 44570551 . G A 152.35 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=11;FWDB=0.0187301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.684;QD=21.0144;RBI=0.0237973;REFB=-0.0101263;REVB=0.0146797;RO=13;SAF=6;SAR=10;SRF=2;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199753;STB=0.611525;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00755152;OID=.;OPOS=44570551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:13:13:16:16:0.551724:10:6:2:11:10:6:2:11 chr19 44589999 . TCTC T 168.77 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0223484;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=3;MLLD=270.919;QD=23.2782;RBI=0.0231913;REFB=-0.026247;REVB=0.00619544;RO=12;SAF=4;SAR=13;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165905;STB=0.59379;STBP=0.314;TYPE=del;VARB=0.0212116;OID=.;OPOS=44590000;OREF=CTC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.586207:17:30:17:29:12:4:13:5:7:99:12:4:13:5:7 chr19 44591360 . G A 114.81 PASS AF=0.541667;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.00294954;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.342;QD=19.1349;RBI=0.00352177;REFB=-0.0157833;REVB=-0.00192435;RO=11;SAF=4;SAR=9;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334588;STB=0.519055;STBP=0.892;TYPE=snp;VARB=0.0157647;OID=.;OPOS=44591360;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:11:11:13:13:0.541667:9:4:3:8:9:4:3:8 chr19 44610665 . A G 192.4 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=0.0185427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.782;QD=16.0337;RBI=0.0225608;REFB=-0.00778106;REVB=-0.0128514;RO=27;SAF=16;SAR=4;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.29872;STB=0.666481;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0140411;OID=.;OPOS=44610665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:27:28:20:20:0.416667:4:16:15:12:4:16:16:12 chr19 44610798 . A T 188.22 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=60;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=0.00269108;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.405;QD=12.7606;RBI=0.00770702;REFB=-0.0028402;REVB=-0.00722193;RO=35;SAF=12;SAR=11;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157389;STB=0.580576;STBP=0.329;TYPE=snp;VARB=0.00431261;OID=.;OPOS=44610798;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:59:35:36:23:23:0.389831:11:12:13:22:11:12:14:22 chr19 44610843 . C T 168.99 PASS AF=0.396226;AO=21;DP=53;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0081569;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.413;QD=12.7541;RBI=0.00982702;REFB=-0.0207959;REVB=-0.00548045;RO=31;SAF=9;SAR=12;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0442495;STB=0.533302;STBP=0.733;TYPE=snp;VARB=0.0308029;OID=.;OPOS=44610843;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:32:21:21:0.396226:12:9:12:19:12:9:12:20 chr19 44611066 . T C 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0169006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.4565;QD=8.25459;RBI=0.0307516;REFB=0.0167348;REVB=-0.025691;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343123;STB=0.713605;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=-0.0142665;OID=.;OPOS=44611066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:2:4:4:8:2:4:4:8 chr19 44611420 . A G 183.1 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=29;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0149984;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=328.692;QD=25.2545;RBI=0.0176447;REFB=-0.00224297;REVB=0.00929421;RO=11;SAF=2;SAR=16;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.442651;STB=0.752596;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00104244;OID=.;OPOS=44611420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:11:11:18:18:0.62069:16:2:6:5:16:2:6:5 chr19 44612005 . A G 176.56 PASS AF=0.463415;AO=17;DP=40;FAO=19;FDP=41;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00537151;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.555;QD=17.2249;RBI=0.019791;REFB=-0.0144291;REVB=0.0190481;RO=21;SAF=6;SAR=11;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020831;STB=0.523136;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.0122054;OID=.;OPOS=44612005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:21:22:17:19:0.463415:11:6:7:14:12:7:9:13 chr19 44612014 . A T 195.28 PASS AF=0.444444;AO=19;DP=45;FAO=20;FDP=45;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=0.0112111;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.217;QD=17.3582;RBI=0.0114727;REFB=-0.00825565;REVB=-0.00243574;RO=25;SAF=7;SAR=12;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0332383;STB=0.553137;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00746429;OID=.;OPOS=44612014;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:25:25:19:20:0.444444:12:7:10:15:13:7:11:14 chr19 44612169 . G T 95.09 PASS AF=0.352941;AO=11;DP=34;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.000879641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.881;QD=11.1873;RBI=0.0501845;REFB=-0.0188989;REVB=0.0501768;RO=22;SAF=3;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.355427;STB=0.726884;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=0.0347259;OID=.;OPOS=44612169;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:22:22:11:12:0.352941:8:3:13:9:9:3:13:9 chr19 44612231 . A G 120.06 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.000727525;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.9473;QD=13.7209;RBI=0.0203636;REFB=-0.0152855;REVB=-0.0203506;RO=21;SAF=5;SAR=9;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0268732;STB=0.515673;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0224917;OID=.;OPOS=44612231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:9:5:7:14:9:5:7:14 chr19 44635869 . G C 50.28 PASS AF=0.428571;AO=5;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0743935;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.62;QD=14.3661;RBI=0.0931911;REFB=-0.0632856;REVB=0.0561265;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.429493;STB=0.780223;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0637121;OID=.;OPOS=44635869;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:14:14:6:6:5:6:0.428571:4:1:4:2:5:1:4:2 chr19 44652954 . G A 454.41 PASS AF=0.471154;AO=49;DP=104;FAO=49;FDP=104;FR=.;FRO=55;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=25;FSRR=30;FWDB=0.0126747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.965;QD=17.4773;RBI=0.0386353;REFB=-0.0267639;REVB=0.0364971;RO=54;SAF=19;SAR=30;SRF=24;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0554481;STB=0.53657;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.0315513;OID=.;OPOS=44652954;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:54:55:49:49:0.471154:30:19:24:30:30:19:25:30 chr19 44660967 . A G 173.55 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113072;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6177;QD=46.2811;RBI=0.135777;REFB=0;REVB=-0.0751667;RO=1;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0531285;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00173424;OID=.;OPOS=44660967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:1:0:12:15:1:8:4:0:1:9:6:0:0 chr19 44764064 . A G 463.23 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=85;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0261672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1859;QD=21.7992;RBI=0.0323963;REFB=-0.0185309;REVB=-0.0190996;RO=39;SAF=21;SAR=24;SRF=18;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00433868;STB=0.507883;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=0.0143407;OID=.;OPOS=44764064;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:39:40:45:45:0.529412:24:21:18:21:24:21:18:22 chr19 44778405 . A C 97.53 PASS AF=0.578947;AO=10;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0230445;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.423;QD=20.5336;RBI=0.0345905;REFB=-0.0585821;REVB=0.0257965;RO=5;SAF=6;SAR=4;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11821;STB=0.574334;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0341366;OID=.;OPOS=44778405;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:19:19:5:6:10:11:0.578947:4:6:2:3:5:6:2:4 chr19 44778797 . T A 113.83 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00424861;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.601;QD=11.9817;RBI=0.00583415;REFB=0.00126007;REVB=-0.00399833;RO=24;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157235;STB=0.592888;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=-0.0020873;OID=.;OPOS=44778797;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:9:5:12:12:9:5:12:12 chr19 44778799 . G A 117.75 PASS AF=0.368421;AO=14;DP=38;FAO=14;FDP=38;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.050007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.9177;QD=12.3946;RBI=0.05005;REFB=-0.00335805;REVB=-0.00207479;RO=24;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157235;STB=0.592888;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.00593276;OID=.;OPOS=44778799;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:24:24:14:14:0.368421:9:5:12:12:9:5:12:12 chr19 44792969 . G A 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0737697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1251;QD=10.0341;RBI=0.0752048;REFB=-0.0320496;REVB=0.0146217;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115149;STB=0.571156;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0136151;OID=.;OPOS=44792969;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:5:2:2:3:5:2 chr19 44832684 . T G 172.94 PASS AF=0.392157;AO=19;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=13;FWDB=-0.0293224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.113;QD=13.5642;RBI=0.0307638;REFB=-0.0343809;REVB=-0.00930646;RO=31;SAF=8;SAR=11;SRF=18;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169482;STB=0.578869;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0421556;OID=.;OPOS=44832684;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:19:20:0.392157:11:8:18:13:11:9:18:13 chr19 44832875 . A G 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0211265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7517;QD=19.3434;RBI=0.0495409;REFB=0.00338153;REVB=0.0448104;RO=18;SAF=10;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499439;STB=0.528271;STBP=0.744;TYPE=snp;VARB=-0.00306307;OID=.;OPOS=44832875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:18:18:18:18:0.5:8:10:11:7:8:10:11:7 chr19 44832992 . C G 159.46 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0296207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0768;QD=17.7179;RBI=0.0518972;REFB=0.0168704;REVB=0.0426138;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0460992;STB=0.526285;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.0115866;OID=.;OPOS=44832992;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:9:8:8:11:9:8:8:11 chr19 44833506 . C T 230.71 PASS AF=0.421875;AO=27;DP=64;FAO=27;FDP=64;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0141746;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4607;QD=14.4194;RBI=0.0221729;REFB=-0.00675293;REVB=0.0170505;RO=37;SAF=13;SAR=14;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114748;STB=0.56512;STBP=0.383;TYPE=snp;VARB=0.00955833;OID=.;OPOS=44833506;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:37:37:27:27:0.421875:14:13:22:15:14:13:22:15 chr19 44833851 . G C 211.75 PASS AF=0.321429;AO=27;DP=84;FAO=27;FDP=84;FR=.;FRO=57;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=38;FSRR=19;FWDB=-0.0200126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.28;QD=10.0833;RBI=0.0200919;REFB=-0.0114067;REVB=-0.00178336;RO=52;SAF=18;SAR=9;SRF=37;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0586593;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0273267;OID=.;OPOS=44833851;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:52:57:27:27:0.321429:9:18:37:15:9:18:38:19 chr19 44840789 . T C 187.16 PASS AF=0.380952;AO=24;DP=63;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=-0.00330787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.995;QD=11.8832;RBI=0.003386;REFB=-0.00501466;REVB=0.000723194;RO=39;SAF=18;SAR=6;SRF=17;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.355037;STB=0.705703;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.00659272;OID=.;OPOS=44840789;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:39:39:24:24:0.380952:6:18:17:22:6:18:17:22 chr19 44890697 . A G 177.45 PASS AF=0.545455;AO=18;DP=33;FAO=18;FDP=33;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.00283177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1094;QD=21.5085;RBI=0.00841263;REFB=-0.00749813;REVB=0.0079217;RO=15;SAF=8;SAR=10;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0719337;STB=0.540495;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.00571676;OID=.;OPOS=44890697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:15:18:18:0.545455:10:8:8:7:10:8:8:7 chr19 44890801 . T C 327.3 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=64;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0156315;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9004;QD=20.4562;RBI=0.0327141;REFB=0.00146702;REVB=-0.0287379;RO=30;SAF=17;SAR=17;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281762;STB=0.515616;STBP=0.819;TYPE=snp;VARB=-0.0015962;OID=.;OPOS=44890801;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:30:30:34:34:0.53125:17:17:16:14:17:17:16:14 chr19 44891784 . T C 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0233097;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.245;QD=21.9446;RBI=0.0245511;REFB=-0.0091953;REVB=-0.00770798;RO=12;SAF=12;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281484;STB=0.659786;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.00805024;OID=.;OPOS=44891784;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:4:12:5:7:4:12:5:7 chr19 44898662 . C T 84.7 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0352538;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9874;QD=19.9301;RBI=0.0457874;REFB=-0.00873727;REVB=0.0292174;RO=6;SAF=9;SAR=1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.422407;STB=0.788755;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=0.00646062;OID=.;OPOS=44898662;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:17:17:6:7:10:10:0.588235:1:9:3:3:1:9:3:4 chr19 44930880 . G A 3081.42 PASS AF=1;AO=201;DP=205;FAO=201;FDP=201;FR=.;FRO=0;FSAF=104;FSAR=97;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0142708;FXX=0.0195112;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9992;QD=61.3217;RBI=0.0172021;REFB=0.0563292;REVB=-0.00960504;RO=0;SAF=104;SAR=97;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19613e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000297165;OID=.;OPOS=44930880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:205:201:0:0:201:201:1:97:104:0:0:97:104:0:0 chr19 44932972 . C T 157.9 PASS AF=0.365385;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00956961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.956;QD=12.1458;RBI=0.0151347;REFB=-0.00548008;REVB=-0.0117253;RO=33;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0702086;STB=0.54094;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.00859648;OID=.;OPOS=44932972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:33:33:19:19:0.365385:11:8:16:17:11:8:16:17 chr19 44933236 . A T 65.96 PASS AF=0.232558;AO=9;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=0.0120838;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.154;QD=6.13597;RBI=0.0223438;REFB=-0.0203952;REVB=0.0187943;RO=33;SAF=2;SAR=7;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.339767;STB=0.759449;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0623565;OID=.;OPOS=44933236;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:43:43:33:33:9:10:0.232558:7:2:16:17:8:2:17:16 chr19 44933504 . G A 642.78 PASS AF=0.612245;AO=59;DP=100;FAO=60;FDP=98;FR=.;FRO=38;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.0296667;FXX=0.0392118;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.888;QD=26.236;RBI=0.0482863;REFB=-0.0324241;REVB=0.0380979;RO=35;SAF=39;SAR=20;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458741;STB=0.529726;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0233946;OID=.;OPOS=44933504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:98:35:38:59:60:0.612245:20:39:21:14:21:39:22:16 chr19 44933706 . C T 413.11 PASS AF=0.554054;AO=40;DP=73;FAO=41;FDP=74;FR=.;FRO=33;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0159813;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0383;QD=22.33;RBI=0.0163171;REFB=-0.021698;REVB=0.00329316;RO=33;SAF=20;SAR=20;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124184;STB=0.512189;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0165133;OID=.;OPOS=44933706;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:33:33:40:41:0.554054:20:20:17:16:21:20:17:16 chr19 44933947 . G A 363.37 PASS AF=0.469136;AO=38;DP=80;FAO=38;FDP=81;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0138007;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7572;QD=17.944;RBI=0.0140815;REFB=0.00162391;REVB=0.00279821;RO=42;SAF=12;SAR=26;SRF=21;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.184403;STB=0.610437;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=-0.00180546;OID=.;OPOS=44933947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:81:42:43:38:38:0.469136:26:12:21:21:26:12:22:21 chr19 44934489 . G A 800.22 PASS AF=0.921875;AO=59;DP=63;FAO=59;FDP=64;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.00969714;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.897;QD=50.0139;RBI=0.0863131;REFB=-0.163959;REVB=0.0857667;RO=3;SAF=27;SAR=32;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114273;STB=0.504537;STBP=0.835;TYPE=snp;VARB=0.00923744;OID=.;OPOS=44934489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:63:64:3:5:59:59:0.921875:32:27:1:2:32:27:2:3 chr19 44934653 . T C 46.98 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.0404378;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.81;QD=10.4407;RBI=0.0434534;REFB=-0.004189;REVB=-0.0159054;RO=10;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.341391;STB=0.69701;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.00209728;OID=.;OPOS=44934653;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:17:18:10:11:7:7:0.388889:6:1:4:6:6:1:4:7 chr19 44981318 . G A 60.66 PASS AF=0.5;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.102267;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.644;QD=15.166;RBI=0.102605;REFB=0.00195125;REVB=0.00831196;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.23873;STB=0.642474;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=-0.00391994;OID=.;OPOS=44981318;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:16:8:8:8:8:0.5:6:2:4:4:6:2:4:4 chr19 44981525 . G A 60.29 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0575006;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9137;QD=17.2251;RBI=0.0660431;REFB=-0.0389168;REVB=0.0324865;RO=6;SAF=6;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.21129;STB=0.624664;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0556177;OID=.;OPOS=44981525;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:2:6:3:3:2:6:3:3 chr19 44981883 . C G 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0112525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.185;QD=16.9415;RBI=0.012818;REFB=-0.00804727;REVB=0.00613868;RO=24;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00439071;STB=0.50251;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.00967442;OID=.;OPOS=44981883;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:8:11:14:10:8:11:14:10 chr19 44983567 . C G 457.33 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=26;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.00564975;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.607;QD=17.7603;RBI=0.0074488;REFB=0.00112962;REVB=0.00485438;RO=54;SAF=23;SAR=26;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0984619;STB=0.554699;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=-0.00208545;OID=.;OPOS=44983567;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:54:54:49:49:0.475728:26:23:31:23:26:23:31:23 chr19 45001346 . G A 216.03 PASS AF=0.461538;AO=24;DP=52;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.0116745;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4384;QD=16.6178;RBI=0.0157202;REFB=-0.00516874;REVB=0.0105276;RO=28;SAF=17;SAR=7;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0492348;STB=0.527755;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.00937877;OID=.;OPOS=45001346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:28:28:24:24:0.461538:7:17:21:7:7:17:21:7 chr19 45016990 . CT C 1206.22 PASS AF=1;AO=101;DP=106;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000211235;FXX=0.0186898;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.0538;QD=45.9514;RBI=0.098779;REFB=0;REVB=0.0987787;RO=0;SAF=51;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00108712;OID=.;OPOS=45016991;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:101:106:105:105:0:52:53:0:0:23:0:51:50:0:0 chr19 45024581 . C G 227.73 PASS AF=0.45614;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=57;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.0375414;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.3186;QD=15.9809;RBI=0.0545922;REFB=-0.00158276;REVB=0.0396352;RO=29;SAF=9;SAR=17;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258195;STB=0.661621;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0013071;OID=.;OPOS=45024581;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:29:31:26:26:0.45614:17:9:18:11:17:9:20:11 chr19 45028169 . C T 420.64 PASS AF=0.5;AO=40;DP=82;FAO=42;FDP=84;FR=.;FRO=42;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00899544;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.251;QD=20.0307;RBI=0.0226072;REFB=0.00716814;REVB=-0.0207404;RO=42;SAF=21;SAR=19;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208909;STB=0.51194;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=-0.00615377;OID=.;OPOS=45028169;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:84:42:42:40:42:0.5:19:21:23:19:20:22:23:19 chr19 45050747 . C T 172.12 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.00548519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.6207;QD=18.1173;RBI=0.00817955;REFB=-0.0194612;REVB=-0.00606775;RO=20;SAF=7;SAR=11;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238777;STB=0.635689;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0189057;OID=.;OPOS=45050747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:11:7:13:7:11:7:13:7 chr19 45138669 . TCTCTC T,TCTCTT 96.69 PASS AF=0.6,0.4;AO=6,3;DP=10;FAO=6,4;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=6,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=5,1;MLLD=60.8306,27.6173;QD=38.6748;RBI=0.0721283,0.0187327;REFB=0,0;REVB=0.0721283,0.0187327;RO=0;SAF=0,0;SAR=6,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0180577,0.160432;OID=.,.;OPOS=45138670,45138674;OREF=CTCTC,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TCTCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.6,0.4:6,3:10:6,4:10:0:0,0:6,4:0:0:20:0:0,0:6,3:0:0 chr19 45162038 . A G 1212.54 PASS AF=0.987654;AO=80;DP=81;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=62;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.030035;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.1528;QD=59.8786;RBI=0.0424523;REFB=0.000843595;REVB=0.0300016;RO=1;SAF=62;SAR=18;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00757664;STB=0.503999;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-8.77441e-05;OID=.;OPOS=45162038;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:81:1:1:80:80:0.987654:18:62:1:0:18:62:1:0 chr19 45162189 . C A 1482.29 PASS AF=0.990291;AO=101;DP=105;FAO=102;FDP=103;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00328788;FXX=0.0190458;HRUN=2;LEN=1;MLLD=199.387;QD=57.5648;RBI=0.00963335;REFB=-0.139445;REVB=-0.0090549;RO=2;SAF=56;SAR=45;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00202927;STB=0.505493;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.000506885;OID=.;OPOS=45162189;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:105:103:2:1:101:102:0.990291:45:56:1:1:45:57:0:1 chr19 45187526 . T C 93.15 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=19;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0607728;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.3153;QD=19.6115;RBI=0.0647504;REFB=0.0166111;REVB=0.0223446;RO=8;SAF=4;SAR=7;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00898424;STB=0.505145;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0139867;OID=.;OPOS=45187526;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:8:8:11:11:0.578947:7:4:3:5:7:4:3:5 chr19 45209123 . G A 107.1 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0831142;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.92;QD=20.4009;RBI=0.0876064;REFB=0.016595;REVB=-0.0276933;RO=9;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.257835;STB=0.648383;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.0137415;OID=.;OPOS=45209123;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:21:9:9:12:12:0.571429:9:3:5:4:9:3:5:4 chr19 45211407 . C T 256.1 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.0115103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.715;QD=15.7602;RBI=0.0229904;REFB=-0.0278219;REVB=0.0199015;RO=35;SAF=11;SAR=18;SRF=23;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.265952;STB=0.656145;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0363256;OID=.;OPOS=45211407;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:35:36:29:29:0.446154:18:11:23:12:18:11:24:12 chr19 45389224 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0663949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.002;QD=58.1419;RBI=0.0712304;REFB=0;REVB=0.0257971;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207494;OID=.;OPOS=45389224;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr19 45448036 . T C 784.8 PASS AF=1;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00698484;FXX=0.0350816;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.953;QD=57.0766;RBI=0.0369304;REFB=0;REVB=-0.0362639;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.13246e-05;OID=.;OPOS=45448036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:54:55:1:25:29:0:0:25:30:0:0 chr19 45448465 . T G 71.66 PASS AF=0.6;AO=8;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0381092;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.746;QD=19.1086;RBI=0.0745579;REFB=-0.0209791;REVB=-0.0640826;RO=6;SAF=5;SAR=3;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213494;STB=0.636055;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.0130054;OID=.;OPOS=45448465;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:6:6:8:9:0.6:3:5:2:4:3:6:2:4 chr19 45452694 . G GT 320.86 PASS AF=0.55;AO=31;DP=59;FAO=33;FDP=60;FR=.;FRO=27;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.00430903;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=242.927;QD=21.3903;RBI=0.00630028;REFB=-0.0144784;REVB=-0.00459628;RO=28;SAF=19;SAR=12;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0271364;STB=0.528891;STBP=0.63;TYPE=ins;VARB=0.0126792;OID=.;OPOS=45452695;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.55:31:59:33:60:27:20:13:18:9:99:28:19:12:18:10 chr19 45476422 . T C 294.04 PASS AF=0.458333;AO=31;DP=71;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.00256886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.621;QD=16.3357;RBI=0.010179;REFB=-0.0355475;REVB=-0.00984952;RO=38;SAF=14;SAR=17;SRF=10;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19115;STB=0.610624;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.043472;OID=.;OPOS=45476422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:38:39:31:33:0.458333:17:14:10:28:17:16:11:28 chr19 45488567 . T C 187.91 PASS AF=0.782609;AO=16;DP=21;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0472735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.107;QD=32.6807;RBI=0.0830694;REFB=-0.0840654;REVB=0.0683062;RO=5;SAF=13;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32884;STB=0.625521;STBP=0.041;TYPE=snp;VARB=0.0106211;OID=.;OPOS=45488567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:21:23:5:5:16:18:0.782609:3:13:1:4:5:13:1:4 chr19 45490570 . A G 239.2 PASS AF=0.522727;AO=21;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.0393354;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.9379;QD=21.7456;RBI=0.0512397;REFB=-0.00844301;REVB=-0.0328364;RO=20;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231887;STB=0.630958;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0187058;OID=.;OPOS=45490570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:20:21:21:23:0.522727:12:9:14:6:13:10:15:6 chr19 45561063 . A G 557.87 PASS AF=0.906977;AO=39;DP=43;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0250788;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4699;QD=51.8945;RBI=0.0285277;REFB=-0.0219354;REVB=-0.0135971;RO=4;SAF=16;SAR=23;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160641;STB=0.508595;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0114392;OID=.;OPOS=45561063;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:43:43:4:4:39:39:0.906977:23:16:2:2:23:16:2:2 chr19 45728059 . T C 162.52 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=16;FSAR=1;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0456058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2209;QD=19.6996;RBI=0.0502299;REFB=-0.0314687;REVB=0.0210511;RO=16;SAF=16;SAR=1;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.474492;STB=0.780039;STBP=0.036;TYPE=snp;VARB=0.0293218;OID=.;OPOS=45728059;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:1:16:11:5:1:16:11:5 chr19 45728123 . C T 131.25 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=0.0700894;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.6767;QD=14.1893;RBI=0.070994;REFB=-0.00889185;REVB=-0.0112966;RO=22;SAF=10;SAR=5;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175409;STB=0.510191;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0251058;OID=.;OPOS=45728123;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:5:10:15:7:5:10:15:7 chr19 45801018 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0311688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.1026;QD=39.2066;RBI=0.0586994;REFB=0;REVB=-0.0497406;RO=0;SAF=8;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00498099;OID=.;OPOS=45801018;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:1:8:0:0:1:8:0:0 chr19 45806609 . A G 123.11 PASS AF=0.466667;AO=14;DP=30;FAO=14;FDP=30;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0109969;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.4658;QD=16.4151;RBI=0.0324406;REFB=0.0175362;REVB=0.0305199;RO=16;SAF=1;SAR=13;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.279997;STB=0.666369;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.0176243;OID=.;OPOS=45806609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:16:16:14:14:0.466667:13:1:3:13:13:1:3:13 chr19 45810035 . A G 36.15 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=22;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.0615402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.5004;QD=6.57345;RBI=0.0623607;REFB=0.00144156;REVB=-0.0100829;RO=16;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11206;STB=0.571206;STBP=0.752;TYPE=snp;VARB=-0.0137406;OID=.;OPOS=45810035;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:16:16:6:6:0.272727:4:2:4:12:4:2:4:12 chr19 45909934 . G A 350.94 PASS AF=0.965517;AO=26;DP=28;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00983807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.699;QD=48.4058;RBI=0.0289193;REFB=0.0314445;REVB=0.0271945;RO=2;SAF=18;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102757;STB=0.523792;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00146009;OID=.;OPOS=45909934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:28:29:2:1:26:28:0.965517:8:18:0:2:10:18:0:1 chr19 45910003 . G T 413.11 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117978;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.9675;QD=53.3043;RBI=0.148989;REFB=-0.0595472;REVB=0.0909888;RO=1;SAF=9;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.048951;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.019674;OID=.;OPOS=45910003;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:31:31:1:0:29:31:1:20:9:1:0:20:11:0:0 chr19 45912002 . A C 227.27 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000824582;FXX=0.0526039;HRUN=3;LEN=1;MLLD=348.056;QD=50.5034;RBI=0.0357767;REFB=0;REVB=0.0357672;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37228e-05;OID=.;OPOS=45912002;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chr19 45912139 . G C 35.28 PASS AF=0.307692;AO=2;DP=13;FAO=4;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=1;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0524073;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=29.2802;QD=10.8559;RBI=0.125128;REFB=-0.0594011;REVB=-0.113625;RO=3;SAF=1;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142842;STB=0.630873;STBP=0.699;TYPE=snp;VARB=0.0862219;OID=.;OPOS=45912139;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:13:13:3:7:2:4:0.307692:1:1:2:1:3:1:3:4 chr19 45912343 . A G 500.64 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0878654;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.9391;QD=58.8985;RBI=0.0988339;REFB=0;REVB=0.0452526;RO=1;SAF=12;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373388;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00240416;OID=.;OPOS=45912343;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:1:0:33:34:1:21:12:1:0:21:13:0:0 chr19 45912406 . G A 460.98 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.671;QD=57.6227;RBI=0.051835;REFB=0;REVB=0.039156;RO=0;SAF=16;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001428;OID=.;OPOS=45912406;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:29:32:1:13:16:0:0:16:16:0:0 chr19 45923653 . A G 1051.58 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0432606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.356;QD=59.244;RBI=0.0730183;REFB=0;REVB=0.0588234;RO=0;SAF=38;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341935;OID=.;OPOS=45923653;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:32:38:0:0:33:38:0:0 chr19 45978375 . A G 697.54 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0220135;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.0836;QD=54.7092;RBI=0.0333673;REFB=0.0214385;REVB=0.0250756;RO=1;SAF=26;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177622;STB=0.50943;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000474386;OID=.;OPOS=45978375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:51:51:1:1:50:50:0.980392:24:26:1:0:24:26:1:0 chr19 45998346 . C A 110.58 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0553646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.1918;QD=15.252;RBI=0.0793271;REFB=0.0174991;REVB=-0.0568116;RO=16;SAF=4;SAR=9;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194659;STB=0.613455;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=-0.0458284;OID=.;OPOS=45998346;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:16:16:13:13:0.448276:9:4:8:8:9:4:8:8 chr19 46026970 . T A 371.53 PASS AF=0.62069;AO=36;DP=58;FAO=36;FDP=58;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0199682;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5697;QD=25.6224;RBI=0.0577943;REFB=0.0601959;REVB=0.0542352;RO=22;SAF=12;SAR=24;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0233897;STB=0.512813;STBP=0.834;TYPE=snp;VARB=-0.0209981;OID=.;OPOS=46026970;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:22:22:36:36:0.62069:24:12:8:14:24:12:8:14 chr19 46029187 . T C 196.15 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.00193357;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=195.688;QD=13.5275;RBI=0.0692019;REFB=-0.00242852;REVB=-0.0691749;RO=33;SAF=15;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114744;STB=0.575158;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00279202;OID=.;OPOS=46029187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:33:34:24:24:0.413793:9:15:17:16:9:15:17:17 chr19 46029981 . T C 1834.31 PASS AF=0.991803;AO=120;DP=122;FAO=121;FDP=122;FR=.;FRO=1;FSAF=61;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0220723;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.7278;QD=60.1412;RBI=0.0226185;REFB=-0.044348;REVB=0.00494071;RO=0;SAF=61;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504132;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=4.66518e-05;OID=.;OPOS=46029981;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:122:122:0:1:120:121:0.991803:59:61:0:0:60:61:0:1 chr19 46057081 . A G 411.1 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242337;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.32;QD=56.703;RBI=0.0265187;REFB=0;REVB=0.0107688;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000291185;OID=.;OPOS=46057081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:16:13:0:0:16:13:0:0 chr19 46094597 . G A 174.09 PASS AF=0.5;AO=18;DP=36;FAO=18;FDP=36;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00982778;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.805;QD=19.3436;RBI=0.00995429;REFB=-0.00906976;REVB=-0.00158199;RO=17;SAF=10;SAR=8;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.123057;STB=0.582731;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.0105346;OID=.;OPOS=46094597;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:18:18:18:0.5:8:10:7:10:8:10:7:11 chr19 46095651 . A G 61.38 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0115401;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.901;QD=18.8857;RBI=0.131973;REFB=-0.0230716;REVB=-0.131468;RO=5;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128939;STB=0.574292;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=0.0200845;OID=.;OPOS=46095651;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:3:5:4:1:3:5:4:1 chr19 46154806 . T C 76.69 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.0079809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.7872;QD=12.7822;RBI=0.0566574;REFB=-0.0261702;REVB=0.0560925;RO=14;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121367;STB=0.571292;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.0242203;OID=.;OPOS=46154806;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:10:10:0.416667:4:6:10:4:4:6:10:4 chr19 46154820 . G A 122.34 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.024628;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.1207;QD=15.7855;RBI=0.0443323;REFB=-0.0371091;REVB=-0.036862;RO=17;SAF=8;SAR=6;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0163226;STB=0.509421;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0351926;OID=.;OPOS=46154820;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:6:8:10:7:6:8:10:7 chr19 46154902 . G C,GC 181.84 PASS AF=0,0.404255;AO=2,17;DP=48;FAO=0,19;FDP=47;FR=.;FRO=28;FSAF=0,12;FSAR=0,7;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=0.00140437,-0.000269505;FXX=0.020829;HRUN=2,0;LEN=1,1;MLLD=144.958,140.63;QD=15.4759;RBI=0.0239623,0.0317808;REFB=-0.0140926,-0.00621219;REVB=0.0239211,0.0317796;RO=28;SAF=0,12;SAR=2,5;SRF=17;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.518511,0.118818;STB=0.5,0.515497;STBP=1,0.896;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00495427;OID=.,.;OPOS=46154902,46154903;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:48:47:28:28:2,17:0,19:0,0.404255:2,5:0,12:17:11:0,7:0,12:17:11 chr19 46154906 . C CT 115.79 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.00940696;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=321.162;QD=10.0682;RBI=0.00978089;REFB=0.00647836;REVB=0.00267862;RO=29;SAF=12;SAR=7;SRF=17;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0500627;STB=0.524246;STBP=0.79;TYPE=ins;VARB=-0.0105522;OID=.;OPOS=46154907;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413043:19:48:19:46:27:12:7:16:11:99:29:12:7:17:12 chr19 46155049 . G A 30.49 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0323958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.84;QD=11.0891;RBI=0.0404518;REFB=0.0881012;REVB=-0.0242252;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.308675;STB=0.694785;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=-0.0996686;OID=.;OPOS=46155049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:3:3:4:1:3:3 chr19 46178255 . A C 177.32 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=48;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.0536655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.7493;QD=14.7762;RBI=0.0536789;REFB=-0.0276916;REVB=0.00119904;RO=29;SAF=11;SAR=8;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101077;STB=0.558437;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0378048;OID=.;OPOS=46178255;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:29:29:19:19:0.395833:8:11:14:15:8:11:14:15 chr19 46181392 . G C 89.52 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=-0.00670304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.17;QD=15.5693;RBI=0.0255446;REFB=-0.0242071;REVB=0.0246494;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.262014;STB=0.650906;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=0.0508788;OID=.;OPOS=46181392;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:6:5:9:3:6:5:9:3 chr19 46269076 . G A 151.15 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0835903;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.274;QD=20.1531;RBI=0.0871106;REFB=-0.0473748;REVB=-0.0245137;RO=14;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117832;STB=0.566585;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0429112;OID=.;OPOS=46269076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:8:8:5:9:8:8:5:9 chr19 46269313 . G C 130.43 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130645;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.519;QD=43.4776;RBI=0.132861;REFB=0;REVB=0.0241637;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00201616;OID=.;OPOS=46269313;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr19 46275976 . G C 63.33 PASS AF=0.310345;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=29;FR=.;FRO=20;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=15;FWDB=0.0245512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.451;QD=8.7346;RBI=0.02462;REFB=-0.0369019;REVB=0.0018399;RO=20;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.04338;STB=0.52682;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.0535011;OID=.;OPOS=46275976;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:29:29:20:20:9:9:0.310345:7:2:5:15:7:2:5:15 chr19 46287200 . C G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0451702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.353;QD=40.7623;RBI=0.0517344;REFB=0;REVB=-0.025221;RO=0;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00136152;OID=.;OPOS=46287200;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:2:8:0:0:2:8:0:0 chr19 46289338 . G A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0158578;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.463;QD=45.8049;RBI=0.0158578;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=14;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214443;OID=.;OPOS=46289338;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:0:14:0:0:0:14:0:0 chr19 46327053 . C T 304.91 PASS AF=0.586957;AO=27;DP=46;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00341033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.206;QD=26.514;RBI=0.00904322;REFB=-0.00847119;REVB=-0.00837553;RO=19;SAF=15;SAR=12;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0613809;STB=0.533955;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.00665874;OID=.;OPOS=46327053;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:19:19:27:27:0.586957:12:15:9:10:12:15:9:10 chr19 46330809 . G A 144.51 PASS AF=0.484848;AO=15;DP=32;FAO=16;FDP=33;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=0.0147692;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3029;QD=17.5161;RBI=0.040002;REFB=-0.0122589;REVB=0.0371757;RO=17;SAF=10;SAR=5;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.338505;STB=0.700127;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0181337;OID=.;OPOS=46330809;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:33:17:17:15:16:0.484848:5:10:5:12:5:11:5:12 chr19 46376217 . C A 127.52 PASS AF=0.483871;AO=12;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=16;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0718971;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=33.6792;QD=16.4541;RBI=0.0739546;REFB=0.0186883;REVB=0.017323;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0454408;STB=0.538408;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0256914;OID=.;OPOS=46376217;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:16:12:15:0.483871:9:3:3:11:12:3:4:12 chr19 46387792 . G C 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0120094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.819;QD=26.6016;RBI=0.076591;REFB=-0.0267332;REVB=-0.0756436;RO=2;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14689;STB=0.583138;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00193697;OID=.;OPOS=46387792;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:5:3:0:2:5:3:0:2 chr19 46388379 . C G 146.85 PASS AF=0.346154;AO=18;DP=52;FAO=18;FDP=52;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=22;FWDB=-0.00394746;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.708;QD=11.2962;RBI=0.0141518;REFB=-0.0162767;REVB=-0.0135902;RO=34;SAF=10;SAR=8;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222913;STB=0.630113;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.0287867;OID=.;OPOS=46388379;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:34:18:18:0.346154:8:10:12:22:8:10:12:22 chr19 46404579 . A G 724.15 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000617625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=259.156;QD=62.9698;RBI=0.00405794;REFB=0;REVB=0.00401067;RO=0;SAF=3;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53808e-05;OID=.;OPOS=46404579;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:46:0:0:42:46:1:39:3:0:0:43:3:0:0 chr19 46443389 . C G 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2956;QD=49.5969;RBI=0.231801;REFB=0;REVB=0.231801;RO=0;SAF=0;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00856255;OID=.;OPOS=46443389;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:18:0:0:0:18:0:0:0 chr19 46443886 . C A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.294;QD=35.5759;RBI=0.124418;REFB=0;REVB=0.121501;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00230744;OID=.;OPOS=46443886;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr19 46511548 . T C 61.65 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.153812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.5662;QD=35.2294;RBI=0.155484;REFB=0;REVB=0.0227424;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0082335;OID=.;OPOS=46511548;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:4:2:0:0:5:2:0:0 chr19 46520026 . A G 246.11 PASS AF=0.5;AO=25;DP=53;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.00993461;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.641;QD=16.9734;RBI=0.00993512;REFB=-0.0334552;REVB=-0.000101016;RO=26;SAF=10;SAR=15;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0145822;STB=0.517649;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0346875;OID=.;OPOS=46520026;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:58:26:29:25:29:0.5:15:10:10:16:17:12:13:16 chr19 46526272 . C T 76.72 PASS AF=0.434783;AO=9;DP=23;FAO=10;FDP=23;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.108479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.518;QD=13.3433;RBI=0.108528;REFB=-0.0132538;REVB=0.00326126;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13422;STB=0.535642;STBP=0.801;TYPE=snp;VARB=0.024941;OID=.;OPOS=46526272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:23:13:13:9:10:0.434783:6:3:6:7:6:4:6:7 chr19 46627592 . G A 162.07 PASS AF=0.36;AO=19;DP=50;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.00413958;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.055;QD=12.9657;RBI=0.0109523;REFB=-0.00787961;REVB=-0.0101399;RO=27;SAF=8;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0999497;STB=0.591825;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0271263;OID=.;OPOS=46627592;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:32:19:18:0.36:11:8:14:13:11:7:17:15 chr19 46811984 . A G 130.44 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.769;QD=43.4808;RBI=0.0261684;REFB=0;REVB=0.0240774;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000288399;OID=.;OPOS=46811984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr19 46815310 . G A 187.31 PASS AF=0.5;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=0.0223207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.4173;QD=19.7165;RBI=0.0228565;REFB=-0.0244836;REVB=-0.00492034;RO=17;SAF=14;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146892;STB=0.59273;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.015125;OID=.;OPOS=46815310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:17:19:19:19:0.5:5:14:10:7:5:14:11:8 chr19 46815499 . T C 164.45 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363324;FXX=0.0666222;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6826;QD=46.9855;RBI=0.0640161;REFB=0;REVB=-0.052707;RO=0;SAF=4;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000421929;OID=.;OPOS=46815499;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:15:14:1:11:4:0:0:10:4:0:0 chr19 46815705 . A C 58.55 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00565043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4522;QD=33.4598;RBI=0.17028;REFB=0;REVB=0.170186;RO=0;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0186546;OID=.;OPOS=46815705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:1:5:0:0:2:5:0:0 chr19 46823702 . A G 268.53 PASS AF=0.508772;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00672393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3146;QD=18.8444;RBI=0.00701701;REFB=-0.0223091;REVB=-0.00200678;RO=24;SAF=20;SAR=9;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.200857;STB=0.634422;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0298788;OID=.;OPOS=46823702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:24:28:29:29:0.508772:9:20:11:13:9:20:12:16 chr19 46823751 . C T 753.78 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0280653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0778;QD=56.8889;RBI=0.0646479;REFB=0;REVB=0.0582382;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402884;OID=.;OPOS=46823751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:53:0:0:51:53:1:25:26:0:0:27:26:0:0 chr19 46857015 . C T 375.28 PASS AF=0.425532;AO=40;DP=94;FAO=40;FDP=94;FR=.;FRO=54;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=0.0188009;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.653;QD=15.9693;RBI=0.0223999;REFB=-0.023491;REVB=0.0121771;RO=52;SAF=23;SAR=17;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114367;STB=0.554041;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0308939;OID=.;OPOS=46857015;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:52:54:40:40:0.425532:17:23:24:28:17:23:26:28 chr19 46893810 . G A 69.63 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=17;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0242668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6993;QD=16.3829;RBI=0.12359;REFB=3.99979e-05;REVB=0.121184;RO=8;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219741;STB=0.631235;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0096746;OID=.;OPOS=46893810;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:8:8:9:9:0.529412:8:1:2:6:8:1:2:6 chr19 46894387 . C CGCTCCCT 64.48 PASS AF=0.28125;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=32;FR=.;FRO=23;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=4;FWDB=-0.0486273;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=7;MLLD=199.094;QD=8.06056;RBI=0.0537914;REFB=-0.0210235;REVB=0.0229978;RO=23;SAF=3;SAR=6;SRF=19;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.529173;STB=0.81428;STBP=0.062;TYPE=ins;VARB=0.0479568;OID=.;OPOS=46894388;OREF=-;OALT=GCTCCCT;OMAPALT=CGCTCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.28125:9:34:9:32:23:3:6:19:4:64:23:3:6:19:4 chr19 46973909 . G A 117.59 PASS AF=0.274194;AO=18;DP=62;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=0.137588;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.712;QD=7.58616;RBI=0.13872;REFB=0.00414791;REVB=0.0176865;RO=42;SAF=7;SAR=11;SRF=15;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395809;STB=0.536542;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=-0.00161692;OID=.;OPOS=46973909;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:42:45:18:17:0.274194:11:7:15:27:11:6:18:27 chr19 46973981 . G A 70.78 PASS AF=0.25641;AO=10;DP=39;FAO=10;FDP=39;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00139768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.095;QD=7.25981;RBI=0.00436975;REFB=-0.00182558;REVB=0.0041402;RO=29;SAF=7;SAR=3;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.371004;STB=0.730897;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.00403973;OID=.;OPOS=46973981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:39:39:29:29:10:10:0.25641:3:7:11:18:3:7:11:18 chr19 46974233 . G A 96.07 PASS AF=0.375;AO=12;DP=32;FAO=12;FDP=32;FR=.;FRO=20;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0351525;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.761;QD=12.0089;RBI=0.0394089;REFB=-0.0125564;REVB=-0.0178148;RO=20;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0527134;STB=0.531198;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0376728;OID=.;OPOS=46974233;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:96:32:32:20:20:12:12:0.375:6:6:11:9:6:6:11:9 chr19 46999691 . C G 57.32 PASS AF=0.444444;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0106776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=232.451;QD=12.7371;RBI=0.0142395;REFB=-0.0109687;REVB=-0.00942078;RO=10;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.1654;STB=0.599733;STBP=0.565;TYPE=snp;VARB=0.026742;OID=.;OPOS=46999691;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:18:18:10:10:8:8:0.444444:6:2:4:6:6:2:4:6 chr19 47105475 . TG T 95.08 PASS AF=0.652174;AO=12;DP=23;FAO=15;FDP=23;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.28774;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=12.2216;QD=16.535;RBI=0.288371;REFB=-0.0954143;REVB=0.0190716;RO=8;SAF=0;SAR=12;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.808973;STB=0.74623;STBP=0.062;TYPE=del;VARB=0.106323;OID=.;OPOS=47105476;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.652174:12:23:15:23:8:1:14:3:5:26:8:0:12:3:5 chr19 47124714 . T G 206.1 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0246649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.1;QD=16.8247;RBI=0.0252599;REFB=-0.0115591;REVB=-0.00545064;RO=26;SAF=6;SAR=15;SRF=17;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360297;STB=0.705685;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00979642;OID=.;OPOS=47124714;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:28:21:21:0.428571:15:6:17:9:15:6:18:10 chr19 47177913 . A G 754.04 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.264;QD=56.9085;RBI=0.0469053;REFB=0;REVB=-0.0317932;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.53386e-05;OID=.;OPOS=47177913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr19 47291174 . G C 206.75 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00786958;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.4378;QD=48.6468;RBI=0.0309693;REFB=0;REVB=0.0299527;RO=0;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000805764;OID=.;OPOS=47291174;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:5:12:0:0:5:12:0:0 chr19 47543774 . G A 1277.65 PASS AF=0.977011;AO=82;DP=85;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0886909;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.6954;QD=58.7427;RBI=0.088721;REFB=-0.07216;REVB=0.00230752;RO=2;SAF=39;SAR=43;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00110196;STB=0.500135;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0138281;OID=.;OPOS=47543774;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:87:2:2:82:85:0.977011:43:39:1:1:43:42:1:1 chr19 47585517 . G C 139.42 PASS AF=0.311475;AO=19;DP=61;FAO=19;FDP=61;FR=.;FRO=42;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=22;FWDB=-0.00479742;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=151.779;QD=9.14233;RBI=0.0197613;REFB=-0.00567526;REVB=0.0191701;RO=41;SAF=6;SAR=13;SRF=19;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180267;STB=0.616661;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0177894;OID=.;OPOS=47585517;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:41:42:19:19:0.311475:13:6:19:22:13:6:20:22 chr19 47588325 . G A 111.42 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0378151;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0133;QD=15.917;RBI=0.0424693;REFB=-0.0070521;REVB=0.0193304;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.127637;STB=0.573658;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.0132005;OID=.;OPOS=47588325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:7:6:9:6:7:6:9:6 chr19 47761646 . G C 323.77 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.537;QD=53.9623;RBI=0.079118;REFB=0;REVB=0.0688137;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000374798;OID=.;OPOS=47761646;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:16:7:0:0:17:7:0:0 chr19 47768128 . G C 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0264826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5012;QD=11.9196;RBI=0.0265141;REFB=-0.0431131;REVB=-0.0012929;RO=9;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218747;STB=0.631215;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=0.0267886;OID=.;OPOS=47768128;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:4:3:6:3:4:3:6:3 chr19 47770015 . A C 161.53 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0266726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.2518;QD=19.0032;RBI=0.027823;REFB=-0.0742655;REVB=-0.00791753;RO=17;SAF=10;SAR=7;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109612;STB=0.561973;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0485841;OID=.;OPOS=47770015;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:17:17:17:17:0.5:7:10:12:5:7:10:12:5 chr19 47774447 . G A 198.69 PASS AF=0.944444;AO=16;DP=17;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0852036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.393;QD=44.1543;RBI=0.08617;REFB=-0.0217943;REVB=0.0128695;RO=1;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481057;STB=0.526285;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.00221391;OID=.;OPOS=47774447;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:17:18:1:1:16:17:0.944444:9:7:0:1:9:8:0:1 chr19 47774772 . T C 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0104047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.802;QD=14.6535;RBI=0.0167718;REFB=-0.0365493;REVB=-0.0131542;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108737;STB=0.564352;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0346445;OID=.;OPOS=47774772;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:3:5:4:4:3:5:4:4 chr19 47813165 . G A 101.79 PASS AF=0.288889;AO=12;DP=44;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0196247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.962;QD=9.04813;RBI=0.0267385;REFB=-0.0110114;REVB=0.0181609;RO=31;SAF=4;SAR=8;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.322197;STB=0.66642;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0291023;OID=.;OPOS=47813165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:31:32:12:13:0.288889:8:4:19:12:8:5:20:12 chr19 47823038 . G A 160.01 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0149842;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.0753;QD=45.716;RBI=0.061015;REFB=0;REVB=0.0591464;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194862;OID=.;OPOS=47823038;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:3:11:0:0:3:11:0:0 chr19 47823484 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0616379;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.247;QD=59.8387;RBI=0.0616977;REFB=0;REVB=0.0027159;RO=0;SAF=11;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000343526;OID=.;OPOS=47823484;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:25:11:0:0:25:11:0:0 chr19 47823871 . G T 790.67 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3152;QD=55.4852;RBI=0.026349;REFB=0;REVB=-0.0223808;RO=0;SAF=32;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.64875e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00585448;OID=.;OPOS=47823871;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:57:0:0:54:57:1:22:32:0:0:23:34:0:0 chr19 47844955 . G A 169.46 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.0344034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.948;QD=16.5331;RBI=0.0348645;REFB=-0.0144714;REVB=-0.00565165;RO=23;SAF=8;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00957813;STB=0.505488;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.0271539;OID=.;OPOS=47844955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:10:8:10:13:10:8:10:13 chr19 47906428 . AG A 33.31 PASS AF=0.4;AO=5;DP=14;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0310554;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=22.1186;QD=8.88259;RBI=0.107257;REFB=-0.0594398;REVB=-0.102663;RO=8;SAF=5;SAR=0;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.711762;STB=0.644611;STBP=0.5;TYPE=del;VARB=0.0616178;OID=.;OPOS=47906429;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:5:14:6:15:9:5:1:6:3:33:8:5:0:5:3 chr19 47935352 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188376;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.566;QD=37.4879;RBI=0.0314506;REFB=0;REVB=0.0251849;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000490499;OID=.;OPOS=47935352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chr19 47935572 . G A 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.000903894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.432;QD=14.7017;RBI=0.0218939;REFB=-0.047653;REVB=-0.0218753;RO=12;SAF=7;SAR=5;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0731013;STB=0.528254;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.0219217;OID=.;OPOS=47935572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:15:12:12:0.444444:5:7:6:6:5:7:8:7 chr19 47969499 . C T 66.5 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00108909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.354;QD=26.6016;RBI=0.0342145;REFB=-0.0186602;REVB=0.0341972;RO=2;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12621;STB=0.571264;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00518675;OID=.;OPOS=47969499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:6:2:0:2:6:2:0:2 chr19 47980153 . G A 619.76 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00322448;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.32;QD=59.0247;RBI=0.0573259;REFB=-0.0790419;REVB=0.0572351;RO=1;SAF=25;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284198;STB=0.515144;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.000476451;OID=.;OPOS=47980153;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:16:25:0:1:16:25:0:1 chr19 48182787 . C T 112.25 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=-0.0500823;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8741;QD=16.6301;RBI=0.0612399;REFB=0.0251707;REVB=-0.0352433;RO=14;SAF=7;SAR=6;SRF=11;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230746;STB=0.631394;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=-0.0296802;OID=.;OPOS=48182787;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:14:13:13:0.481481:6:7:11:3:6:7:11:3 chr19 48183771 . C T 85.67 PASS AF=0.37931;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=29;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0728643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.228;QD=11.8165;RBI=0.0731235;REFB=-0.0240818;REVB=0.00615118;RO=18;SAF=5;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219335;STB=0.629404;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0254545;OID=.;OPOS=48183771;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:29:29:18:18:11:11:0.37931:6:5:12:6:6:5:12:6 chr19 48198675 . A G 237.11 PASS AF=0.481481;AO=26;DP=53;FAO=26;FDP=54;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=11;FWDB=-0.0214405;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.2544;QD=17.5638;RBI=0.0615831;REFB=-0.0081683;REVB=-0.0577303;RO=27;SAF=16;SAR=10;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137005;STB=0.504501;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.0138741;OID=.;OPOS=48198675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:27:28:26:26:0.481481:10:16:17:10:10:16:17:11 chr19 48244194 . A G 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=-0.0239331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.217;QD=12.8686;RBI=0.0240094;REFB=-0.00956657;REVB=0.00191235;RO=16;SAF=4;SAR=7;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37343;STB=0.717584;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0203243;OID=.;OPOS=48244194;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:7:4:12:4:7:4:12:4 chr19 48244569 . G A 56.53 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.127098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.857;QD=11.9018;RBI=0.136327;REFB=-0.0289973;REVB=0.0493065;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117224;STB=0.507025;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0535777;OID=.;OPOS=48244569;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:5:3:4:7:5:3:4:7 chr19 48255804 . A G 96.96 PASS AF=0.521739;AO=11;DP=22;FAO=12;FDP=23;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0293137;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.5363;QD=16.8624;RBI=0.100871;REFB=-0.0333574;REVB=-0.0965181;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232793;STB=0.608523;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0307227;OID=.;OPOS=48255804;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:22:23:11:11:11:12:0.521739:5:6:3:8:6:6:3:8 chr19 48389425 . A G 1478.83 PASS AF=0.990099;AO=100;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0278634;FXX=0.00980296;HRUN=3;LEN=1;MLLD=175.833;QD=58.5674;RBI=0.0431659;REFB=0.0474478;REVB=0.0329685;RO=1;SAF=46;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0102011;STB=0.505375;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=-4.12376e-05;OID=.;OPOS=48389425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:100:100:0.990099:54:46:1:0:54:46:1:0 chr19 48484150 . G A 526.75 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0134939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4419;QD=56.9459;RBI=0.026332;REFB=-0.0828874;REVB=-0.0226117;RO=1;SAF=16;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283532;STB=0.515143;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.000977979;OID=.;OPOS=48484150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:20:16:1:0:20:16:1:0 chr19 48495304 . G A 926.68 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00557422;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2564;QD=57.9174;RBI=0.0605254;REFB=0;REVB=-0.0602682;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.43568e-05;OID=.;OPOS=48495304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:24:39:0:0:25:39:0:0 chr19 48495306 . C T 937.83 PASS AF=1;AO=63;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00558831;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=277.698;QD=58.6142;RBI=0.0104386;REFB=0;REVB=-0.00881679;RO=0;SAF=39;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56884e-05;OID=.;OPOS=48495306;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:63:64:1:24:39:0:0:24:40:0:0 chr19 48525507 . G A 768.13 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.5436;QD=56.8986;RBI=0.0253631;REFB=0;REVB=0.0195226;RO=0;SAF=18;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19096e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150406;OID=.;OPOS=48525507;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:54:0:0:52:54:1:34:18:0:0:36:18:0:0 chr19 48537585 . A G 207.85 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=47;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.022407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.878;QD=17.689;RBI=0.0243327;REFB=-0.00338311;REVB=-0.00948724;RO=25;SAF=7;SAR=14;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185871;STB=0.617532;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.00488297;OID=.;OPOS=48537585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:25:26:21:21:0.446809:14:7:13:12:14:7:14:12 chr19 48543862 . G A 212.82 PASS AF=0.5;AO=21;DP=42;FAO=21;FDP=42;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00795605;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=254.646;QD=20.2683;RBI=0.0165548;REFB=-0.0165867;REVB=-0.0145176;RO=21;SAF=15;SAR=6;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143476;STB=0.581314;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.014517;OID=.;OPOS=48543862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:21:21:21:21:0.5:6:15:12:9:6:15:12:9 chr19 48543906 . G C 223.06 PASS AF=0.462963;AO=25;DP=53;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=-0.0533259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.442;QD=16.5228;RBI=0.057213;REFB=-0.0218915;REVB=0.0207287;RO=26;SAF=16;SAR=9;SRF=19;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092269;STB=0.550374;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0179537;OID=.;OPOS=48543906;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:26:29:25:25:0.462963:9:16:19:7:9:16:21:8 chr19 48544837 . C T 281.57 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.00313927;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.507;QD=16.5628;RBI=0.00956175;REFB=-0.012951;REVB=0.00903173;RO=37;SAF=15;SAR=16;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106864;STB=0.560037;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0152967;OID=.;OPOS=48544837;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:16:15:22:15:16:15:22:15 chr19 48598823 . A G 74.68 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.0237231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.862;QD=10.6681;RBI=0.0371059;REFB=-0.0227283;REVB=0.0285318;RO=18;SAF=5;SAR=5;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118978;STB=0.571289;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0363455;OID=.;OPOS=48598823;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:18:18:10:10:0.357143:5:5:11:7:5:5:11:7 chr19 48601454 . T C 89.75 PASS AF=0.24;AO=12;DP=51;FAO=12;FDP=50;FR=.;FRO=38;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0662876;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.857;QD=7.18018;RBI=0.0670899;REFB=-0.0187621;REVB=-0.0103446;RO=36;SAF=3;SAR=9;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373566;STB=0.734296;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0302447;OID=.;OPOS=48601454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:51:50:36:38:12:12:0.24:9:3:20:16:9:3:21:17 chr19 48608598 . C G 197.0 PASS AF=0.526316;AO=19;DP=37;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.00524672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.7983;QD=20.7365;RBI=0.0657813;REFB=-0.0194429;REVB=0.0655717;RO=18;SAF=9;SAR=10;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0704129;STB=0.52629;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.0270029;OID=.;OPOS=48608598;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:18:18:19:20:0.526316:10:9:10:8:10:10:10:8 chr19 48613788 . T G 254.86 PASS AF=0.245283;AO=39;DP=161;FAO=39;FDP=159;FR=.;FRO=120;FSAF=3;FSAR=36;FSRF=78;FSRR=42;FWDB=-0.0377648;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.557;QD=6.41146;RBI=0.0438404;REFB=-0.012609;REVB=0.0222664;RO=122;SAF=3;SAR=36;SRF=79;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.706356;STB=0.9255;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.036871;OID=.;OPOS=48613788;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:159:122:120:39:39:0.245283:36:3:79:43:36:3:78:42 chr19 48621036 . C G 574.33 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0564755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.085;QD=60.456;RBI=0.0744747;REFB=0;REVB=0.048549;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000413408;OID=.;OPOS=48621036;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:24:13:0:0:24:14:0:0 chr19 48622427 . A G 2654.99 PASS AF=1;AO=164;DP=165;FAO=170;FDP=170;FR=.;FRO=0;FSAF=97;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0393025;FXX=0.01734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.6524;QD=62.4705;RBI=0.04152;REFB=0;REVB=-0.0133876;RO=0;SAF=92;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000842111;OID=.;OPOS=48622427;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:14:165:170:0:0:164:170:1:72:92:0:0:73:97:0:0 chr19 48697961 . C T 367.65 PASS AF=0.552239;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=67;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=0.0231822;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1735;QD=21.9494;RBI=0.0312714;REFB=-0.0268021;REVB=0.0209878;RO=30;SAF=27;SAR=10;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124376;STB=0.568926;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0248497;OID=.;OPOS=48697961;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:30:30:37:37:0.552239:10:27:18:12:10:27:18:12 chr19 48863386 . C T 683.01 PASS AF=0.961538;AO=50;DP=52;FAO=50;FDP=52;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.047256;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.702;QD=52.5396;RBI=0.0508386;REFB=-0.0894242;REVB=0.0187466;RO=1;SAF=23;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017117;STB=0.51785;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.00119959;OID=.;OPOS=48863386;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:52:52:1:2:50:50:0.961538:27:23:0:1:27:23:0:2 chr19 48949286 . G T 54.66 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=1;FWDB=0.00177837;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5405;QD=9.11002;RBI=0.0403326;REFB=-0.0378229;REVB=0.0402934;RO=15;SAF=5;SAR=3;SRF=14;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.415863;STB=0.749582;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0649013;OID=.;OPOS=48949286;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:15:16:8:8:0.333333:3:5:14:1:3:5:15:1 chr19 48954421 . G A 517.55 PASS AF=0.532609;AO=48;DP=91;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=26;FSAR=23;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=0.0173658;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=92.4347;QD=22.5021;RBI=0.0174619;REFB=-0.00143802;REVB=0.00182937;RO=43;SAF=25;SAR=23;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107258;STB=0.562944;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.000932873;OID=.;OPOS=48954421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:43:43:48:49:0.532609:23:25:17:26:23:26:17:26 chr19 48967588 . C T 287.84 PASS AF=0.477612;AO=31;DP=66;FAO=32;FDP=67;FR=.;FRO=35;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0115471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.356;QD=17.1847;RBI=0.0137065;REFB=-0.00335124;REVB=-0.0073845;RO=34;SAF=9;SAR=22;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238941;STB=0.64714;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.00398803;OID=.;OPOS=48967588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:34:35:31:32:0.477612:22:9:18:16:23:9:19:16 chr19 48985178 . TA T 175.79 PASS AF=0.30597;AO=39;DP=135;FAO=41;FDP=134;FR=.;FRO=93;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=71;FWDB=-0.00639481;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=26.4205;QD=5.24749;RBI=0.0736603;REFB=-0.00273811;REVB=-0.0733822;RO=92;SAF=12;SAR=27;SRF=21;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118688;STB=0.548925;STBP=0.526;TYPE=del;VARB=0.00270233;OID=.;OPOS=48985179;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.30597:39:135:41:134:93:12:29:22:71:99:92:12:27:21:71 chr19 49001686 . C T 505.75 PASS AF=0.5;AO=49;DP=98;FAO=49;FDP=98;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=24;FWDB=0.0524017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.3464;QD=20.6428;RBI=0.0527647;REFB=-0.021778;REVB=-0.00617852;RO=49;SAF=31;SAR=18;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11472;STB=0.56361;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0222423;OID=.;OPOS=49001686;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:49:49:49:49:0.5:18:31:25:24:18:31:25:24 chr19 49106995 . G A 34.82 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=6;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0459251;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.2405;QD=23.2163;RBI=0.0651579;REFB=0.0554929;REVB=0.0462216;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121807;STB=0.571154;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=-0.00261028;OID=.;OPOS=49106995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:6:6:1:1:5:5:0.833333:3:2:0:1:3:2:0:1 chr19 49116359 . T C 363.11 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0934031;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4615;QD=55.8634;RBI=0.0973246;REFB=0;REVB=-0.0273484;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.4865e-05;OID=.;OPOS=49116359;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chr19 49116438 . A G 302.27 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=69;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.052151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.6581;QD=17.2728;RBI=0.0522373;REFB=-0.0112686;REVB=-0.00300047;RO=36;SAF=23;SAR=10;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.317997;STB=0.67217;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0117867;OID=.;OPOS=49116438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:70:36:37:33:33:0.471429:10:23:13:23:10:23:14:23 chr19 49116555 . A G 481.03 PASS AF=0.971429;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.111644;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=62.0588;QD=54.9746;RBI=0.122542;REFB=0.0369208;REVB=0.0505177;RO=1;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252339;STB=0.512188;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000588529;OID=.;OPOS=49116555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:35:1:1:32:34:0.971429:18:14:0:1:20:14:0:1 chr19 49133761 . C T 335.04 PASS AF=0.514706;AO=33;DP=67;FAO=35;FDP=68;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=-0.0208415;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.757;QD=19.7082;RBI=0.0280017;REFB=-0.0297022;REVB=0.0187011;RO=23;SAF=11;SAR=22;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181112;STB=0.659701;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0372101;OID=.;OPOS=49133761;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:23:33:33:35:0.514706:22:11:13:10:24:11:21:12 chr19 49174124 . C T 250.01 PASS AF=0.48;AO=24;DP=50;FAO=24;FDP=50;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=0.0358393;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.538;QD=20.001;RBI=0.0366682;REFB=-0.0140016;REVB=0.00775238;RO=26;SAF=10;SAR=14;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0678662;STB=0.538163;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.0206172;OID=.;OPOS=49174124;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:26:26:24:24:0.48:14:10:9:17:14:10:9:17 chr19 49183705 . G A 200.46 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.00530186;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.496;QD=19.5572;RBI=0.038087;REFB=-0.00335681;REVB=0.0377162;RO=19;SAF=15;SAR=5;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223102;STB=0.608579;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0108804;OID=.;OPOS=49183705;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:21:20:20:0.487805:5:15:10:9:5:15:12:9 chr19 49206603 . C T 336.83 PASS AF=0.818182;AO=18;DP=33;FAO=27;FDP=33;FR=.;FRO=6;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0567918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6478;QD=40.8276;RBI=0.0671519;REFB=0.0529382;REVB=0.0358339;RO=6;SAF=11;SAR=7;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0266766;STB=0.54051;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=-0.00900163;OID=.;OPOS=49206603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:33:33:6:6:18:27:0.818182:7:11:4:2:15:12:4:2 chr19 49206631 . A T 402.92 PASS AF=0.815789;AO=31;DP=38;FAO=31;FDP=38;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0034101;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.098;QD=42.4124;RBI=0.0094208;REFB=-0.00717081;REVB=0.00878195;RO=6;SAF=13;SAR=18;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0247585;STB=0.528479;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.00183413;OID=.;OPOS=49206631;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:38:38:6:7:31:31:0.815789:18:13:3:3:18:13:4:3 chr19 49207438 . T G 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409767;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.855;QD=40.7629;RBI=0.0412375;REFB=0;REVB=0.00463051;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000333938;OID=.;OPOS=49207438;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr19 49217261 . A G 104.23 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0319741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.962;QD=10.4227;RBI=0.1007;REFB=-0.0134925;REVB=-0.0954892;RO=27;SAF=7;SAR=6;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148068;STB=0.588105;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0563355;OID=.;OPOS=49217261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:27:27:13:13:0.325:6:7:18:9:6:7:18:9 chr19 49217305 . A G 129.43 PASS AF=0.384615;AO=14;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0132694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.956;QD=13.275;RBI=0.0251473;REFB=-0.0232269;REVB=-0.0213614;RO=24;SAF=7;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893784;STB=0.530993;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.048504;OID=.;OPOS=49217305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:14:15:0.384615:7:7:14:10:7:8:14:10 chr19 49244219 . CG AA 220.44 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0159109;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=246.523;QD=24.493;RBI=0.0407216;REFB=-0.0091012;REVB=0.0374846;RO=15;SAF=17;SAR=4;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862829;STB=0.548338;STBP=0.59;TYPE=mnp;VARB=0.00630367;OID=.;OPOS=49244219;OREF=CG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:4:17:11:4:4:17:11:4 chr19 49247786 . G A 171.1 PASS AF=0.422222;AO=18;DP=44;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00175905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.92;QD=15.209;RBI=0.0331402;REFB=-0.0221831;REVB=0.0330935;RO=25;SAF=11;SAR=7;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212035;STB=0.610996;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.022689;OID=.;OPOS=49247786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:45:25:26:18:19:0.422222:7:11:10:15:8:11:10:16 chr19 49254504 . G A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0565099;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=247.224;QD=19.134;RBI=0.0588883;REFB=-0.00257786;REVB=-0.0165671;RO=2;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.212944;STB=0.62455;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00236171;OID=.;OPOS=49254504;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:3:2:0:2:3:2:0:2 chr19 49259529 . A G 1007.91 PASS AF=0.985714;AO=66;DP=67;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0280774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.427;QD=57.5947;RBI=0.0308076;REFB=-0.0494318;REVB=0.0126793;RO=1;SAF=42;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111183;STB=0.505493;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00029665;OID=.;OPOS=49259529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:70:1:1:66:69:0.985714:24:42:1:0:24:45:1:0 chr19 49261368 . T C 187.24 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=317.257;QD=46.8098;RBI=0.0558112;REFB=0;REVB=-0.000387088;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.82509e-05;OID=.;OPOS=49261368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:14:16:1:12:2:0:0:12:4:0:0 chr19 49299533 . A G 316.82 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0067809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.339;QD=20.4403;RBI=0.00782083;REFB=-0.0217802;REVB=-0.00389676;RO=29;SAF=13;SAR=20;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134727;STB=0.574781;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0211217;OID=.;OPOS=49299533;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:20:13:16:13:20:13:16:13 chr19 49344428 . C T 163.81 PASS AF=0.35;AO=21;DP=62;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.0252933;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.099;QD=10.9209;RBI=0.0397151;REFB=-0.0129398;REVB=-0.0306192;RO=38;SAF=13;SAR=8;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245374;STB=0.64986;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0370928;OID=.;OPOS=49344428;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:38:39:21:21:0.35:8:13:15:23:8:13:15:24 chr19 49416456 . G A 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.000799637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.032;QD=11.92;RBI=0.00230574;REFB=-0.036465;REVB=-0.00216264;RO=9;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371799;STB=0.730929;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0320075;OID=.;OPOS=49416456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:6:1:4:5:6:1:4:5 chr19 49421966 . T C 259.4 PASS AF=0.55814;AO=23;DP=42;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.00874167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.672;QD=24.13;RBI=0.0173364;REFB=-0.0323121;REVB=-0.0149711;RO=18;SAF=15;SAR=8;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12604;STB=0.590087;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0245015;OID=.;OPOS=49421966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:18:19:23:24:0.55814:8:15:9:9:8:16:9:10 chr19 49438362 . AG A,AA 964.74 PASS AF=0.0298507,0.970149;AO=8,59;DP=67;FAO=2,65;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=0,38;FSAR=2,27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125211,0.0153173;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=222.559,243.36;QD=57.5964;RBI=0.0215291,0.0342311;REFB=0,0;REVB=0.0175135,0.0306129;RO=0;SAF=0,38;SAR=8,21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.22967e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00146901,0.000716973;OID=.,.;OPOS=49438363,49438363;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0298507,0.970149:8,59:67:2,65:67:0:0,38:2,27:0:0:5:0:0,38:8,21:0:0 chr19 49442933 . T C 1282.62 PASS AF=0.965909;AO=84;DP=87;FAO=85;FDP=88;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=35;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-4.50981e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.196;QD=58.3007;RBI=0.0183448;REFB=-0.0492858;REVB=0.0183448;RO=3;SAF=49;SAR=35;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281175;STB=0.51456;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.00190634;OID=.;OPOS=49442933;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:87:88:3:3:84:85:0.965909:35:49:3:0:35:50:3:0 chr19 49445817 . T C,G 694.37 PASS AF=0.869565,0.130435;AO=40,5;DP=46;FAO=40,6;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=13,3;FSAR=27,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115431,-0.0302742;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=104.908,52.7603;QD=60.38;RBI=0.0225698,0.0305544;REFB=0,0;REVB=0.0193947,-0.00412896;RO=0;SAF=13,2;SAR=27,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00540945,0.0496501;OID=.,.;OPOS=49445817,49445817;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:29:46:46:0:0:40,5:40,6:0.869565,0.130435:27,3:13,2:0:0:27,3:13,3:0:0 chr19 49469087 . T C 186.84 PASS AF=0.5;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0364084;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1754;QD=19.6668;RBI=0.0561207;REFB=0.00245685;REVB=-0.0427078;RO=18;SAF=12;SAR=7;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164361;STB=0.58111;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=-0.00958638;OID=.;OPOS=49469087;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:18:19:19:19:0.5:7:12:8:10:7:12:9:10 chr19 49481243 . T C 76.63 PASS AF=0.416667;AO=9;DP=24;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00644561;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.232;QD=12.7716;RBI=0.0199539;REFB=-0.0253063;REVB=-0.0188841;RO=14;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377757;STB=0.663456;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.0683997;OID=.;OPOS=49481243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:14:14:9:10:0.416667:2:7:6:8:3:7:6:8 chr19 49513349 . C G 117.39 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00188311;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.907;QD=21.343;RBI=0.0229002;REFB=-0.00764654;REVB=-0.0228226;RO=8;SAF=7;SAR=6;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275661;STB=0.627399;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.00379526;OID=.;OPOS=49513349;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:8:9:13:13:0.590909:6:7:1:7:6:7:2:7 chr19 49557572 . T C 53.13 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0165951;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.531;QD=7.32771;RBI=0.0221785;REFB=-0.00600316;REVB=0.0147136;RO=21;SAF=1;SAR=7;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.609287;STB=0.881423;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.016135;OID=.;OPOS=49557572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:29:29:21:21:8:8:0.275862:7:1:14:7:7:1:14:7 chr19 49559518 . C G 95.79 PASS AF=0.647059;AO=11;DP=17;FAO=11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00786285;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=86.0504;QD=22.5397;RBI=0.00791687;REFB=0.0578674;REVB=-0.000923229;RO=6;SAF=4;SAR=7;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190712;STB=0.608495;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.00542113;OID=.;OPOS=49559518;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:6:6:11:11:0.647059:7:4:4:2:7:4:4:2 chr19 49559693 . T C 49.59 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00597197;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=187.641;QD=15.2576;RBI=0.0860714;REFB=-0.00601842;REVB=-0.0858639;RO=6;SAF=6;SAR=1;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.23478;STB=0.642384;STBP=0.41;TYPE=snp;VARB=0.00299238;OID=.;OPOS=49559693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:6:7:7:0.538462:1:6:4:2:1:6:4:2 chr19 49560461 . G A 107.34 PASS AF=0.393939;AO=12;DP=31;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.0737613;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=30.9698;QD=13.0103;RBI=0.114826;REFB=-0.0224646;REVB=0.0880018;RO=19;SAF=9;SAR=3;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.525508;STB=0.818522;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0445875;OID=.;OPOS=49560461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:33:19:20:12:13:0.393939:3:9:4:15:3:10:4:16 chr19 49573438 . A G 151.05 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=13;FWDB=0.0106049;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7618;QD=20.1397;RBI=0.0135163;REFB=-0.0695922;REVB=-0.00838021;RO=14;SAF=3;SAR=13;SRF=1;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179486;STB=0.599893;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0407276;OID=.;OPOS=49573438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:13:3:1:13:13:3:1:13 chr19 49574125 . G C 350.82 PASS AF=0.707317;AO=29;DP=41;FAO=29;FDP=41;FR=.;FRO=12;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0178688;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.2826;QD=34.2259;RBI=0.0327067;REFB=-0.0125144;REVB=-0.027394;RO=12;SAF=18;SAR=11;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0263804;STB=0.514379;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.00465864;OID=.;OPOS=49574125;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:41:41:12:12:29:29:0.707317:11:18:8:4:11:18:8:4 chr19 49675017 . G T 37.45 PASS AF=0.352941;AO=6;DP=17;FAO=6;FDP=17;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=-0.00818517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.796;QD=8.81111;RBI=0.0197215;REFB=-0.0175045;REVB=0.0179427;RO=11;SAF=3;SAR=3;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.340216;STB=0.705311;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0320852;OID=.;OPOS=49675017;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:17:11:11:6:6:0.352941:3:3:9:2:3:3:9:2 chr19 49699866 . C T 265.04 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0230206;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1776;QD=17.9685;RBI=0.0258035;REFB=-0.0328167;REVB=0.0116565;RO=30;SAF=11;SAR=18;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0822178;STB=0.546084;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.0328847;OID=.;OPOS=49699866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:18:11:14:16:18:11:14:16 chr19 49839015 . T C 97.67 PASS AF=0.6875;AO=11;DP=16;FAO=11;FDP=16;FR=.;FRO=5;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.036768;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.014;QD=24.4169;RBI=0.0425611;REFB=-0.00844594;REVB=-0.0214373;RO=5;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.188919;STB=0.606552;STBP=0.277;TYPE=snp;VARB=0.00293433;OID=.;OPOS=49839015;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:16:16:5:5:11:11:0.6875:5:6:1:4:5:6:1:4 chr19 49839033 . G C 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00158759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.976;QD=11.0924;RBI=0.0289546;REFB=0.0137586;REVB=0.028911;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0892949;STB=0.555331;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=-0.0302516;OID=.;OPOS=49839033;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:3:3:3:2:3:3 chr19 49869051 . T G 174.49 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.016266;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.678;QD=19.9412;RBI=0.0461892;REFB=-0.0264074;REVB=-0.0432303;RO=16;SAF=11;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196754;STB=0.624468;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0201955;OID=.;OPOS=49869051;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:16:17:18:18:0.514286:7:11:6:10:7:11:6:11 chr19 49878115 . G A 283.65 PASS AF=0.526316;AO=30;DP=57;FAO=30;FDP=57;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0105674;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.711;QD=19.9055;RBI=0.0173779;REFB=-0.0124533;REVB=0.0137957;RO=27;SAF=11;SAR=19;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00338996;STB=0.501886;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.010958;OID=.;OPOS=49878115;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:27:27:30:30:0.526316:19:11:10:17:19:11:10:17 chr19 49878196 . G A 154.78 PASS AF=0.33871;AO=14;DP=56;FAO=21;FDP=62;FR=.;FRO=41;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00738633;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.035;QD=9.98589;RBI=0.0247837;REFB=-0.0251447;REVB=0.0236574;RO=39;SAF=12;SAR=2;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.494414;STB=0.587073;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0408101;OID=.;OPOS=49878196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:62:39:41:14:21:0.33871:2:12:19:20:9:12:18:23 chr19 49894152 . C T 352.49 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=61;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0368378;FXX=0.0163908;HRUN=3;LEN=1;MLLD=128.148;QD=23.4994;RBI=0.0383294;REFB=-0.0494733;REVB=0.0105885;RO=23;SAF=12;SAR=23;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0312236;STB=0.529585;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0252311;OID=.;OPOS=49894152;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:23:25:35:35:0.583333:23:12:7:16:23:12:7:18 chr19 49899076 . G A 181.96 PASS AF=0.422222;AO=19;DP=46;FAO=19;FDP=45;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.00480192;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.861;QD=16.1743;RBI=0.00888002;REFB=-0.0329195;REVB=0.00746969;RO=26;SAF=5;SAR=14;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.364312;STB=0.709917;STBP=0.031;TYPE=snp;VARB=0.0286348;OID=.;OPOS=49899076;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:26:26:19:19:0.422222:14:5:16:10:14:5:16:10 chr19 49901318 . T C 106.28 PASS AF=0.666667;AO=11;DP=17;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.033136;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.908;QD=23.6187;RBI=0.0445729;REFB=-0.0434851;REVB=0.0298118;RO=6;SAF=6;SAR=5;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283365;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0143059;OID=.;OPOS=49901318;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:18:6:6:11:12:0.666667:5:6:3:3:6:6:3:3 chr19 49930721 . T C 285.09 PASS AF=0.555556;AO=28;DP=51;FAO=30;FDP=54;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.129759;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6392;QD=21.1177;RBI=0.13268;REFB=-0.0351257;REVB=0.0276878;RO=23;SAF=14;SAR=14;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0883058;STB=0.522373;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=0.0250116;OID=.;OPOS=49930721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:23:24:28:30:0.555556:14:14:9:14:16:14:10:14 chr19 49932761 . GG CT,GT 269.34 PASS AF=0,0.517857;AO=2,27;DP=56;FAO=0,29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=0,24;FSAR=0,5;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.0405783,-0.0248752;FXX=0.0175408;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=56.3495,51.5381;QD=19.2388;RBI=0.055047,0.0305046;REFB=-0.0209794,-0.043007;REVB=-0.0371964,-0.0176567;RO=25;SAF=1,23;SAR=1,4;SRF=14;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0558778,0.351471;STB=0.5,0.676478;STBP=1,0.013;TYPE=mnp,snp;VARB=0.137881,0.03546;OID=.,.;OPOS=49932761,49932762;OREF=GG,G;OALT=CT,T;OMAPALT=CT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:99:56:56:25:27:2,27:0,29:0,0.517857:1,4:1,23:14:11:0,5:0,24:15:12 chr19 49936785 . C G 259.17 PASS AF=0.55814;AO=24;DP=43;FAO=24;FDP=43;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0476514;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.421;QD=24.1083;RBI=0.0476655;REFB=-0.0292131;REVB=-0.0011575;RO=19;SAF=9;SAR=15;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00557402;STB=0.503103;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.0159148;OID=.;OPOS=49936785;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:19:19:24:24:0.55814:15:9:7:12:15:9:7:12 chr19 49950298 . C T 919.54 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00847738;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.896;QD=58.3838;RBI=0.0302525;REFB=0;REVB=0.0290404;RO=0;SAF=43;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.32015e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000202801;OID=.;OPOS=49950298;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:62:63:1:19:43:0:0:20:43:0:0 chr19 49950355 . GCC GCG,GC,GGC 782.49 PASS AF=0.04,0,0.96;AO=2,5,41;DP=50;FAO=2,0,48;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0,27;FSAR=0,0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0472527,-0.0304178,0.0473999;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=73.488,25.3679,45.954;QD=62.5995;RBI=0.0477557,0.0544673,0.0595402;REFB=0,0,0;REVB=-0.00691318,-0.0451824,0.0360317;RO=0;SAF=2,4,23;SAR=0,1,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0.276944,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,snp;VARB=0.181409,0.00644148,-0.00387302;OID=.,.,.;OPOS=49950357,49950356,49950356;OREF=C,C,C;OALT=G,-,G;OMAPALT=GCG,GC,GGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.04,0,0.96:2,5,41:50:2,0,48:50:0:2,0,27:0,0,21:0:0:7:0:2,4,23:0,1,18:0:0 chr19 49954803 . C T 941.98 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0356949;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=192.424;QD=57.0899;RBI=0.0557642;REFB=-0.134198;REVB=0.042843;RO=0;SAF=34;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.90682e-08;STB=0.507244;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.000546665;OID=.;OPOS=49954803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:31:34:0:0:31:34:1:0 chr19 49954807 . T G 840.38 PASS AF=0.938462;AO=61;DP=65;FAO=61;FDP=65;FR=.;FRO=4;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=-0.0124106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.0028;QD=51.7156;RBI=0.0363403;REFB=-0.0322;REVB=0.0341555;RO=4;SAF=33;SAR=28;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338596;STB=0.517969;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00137903;OID=.;OPOS=49954807;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:65:65:4:4:61:61:0.938462:28:33:1:3:28:33:1:3 chr19 49964977 . C G 136.82 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=-0.037507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.579;QD=18.243;RBI=0.0379548;REFB=-0.00624253;REVB=-0.00581313;RO=14;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282995;STB=0.533289;STBP=0.768;TYPE=snp;VARB=0.00650207;OID=.;OPOS=49964977;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:15:15:15:0.5:8:7:7:7:8:7:8:7 chr19 49965173 . A T 46.75 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=-0.0263164;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3905;QD=10.3886;RBI=0.0378219;REFB=-0.0138985;REVB=-0.0271651;RO=11;SAF=2;SAR=5;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.425288;STB=0.756881;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.016302;OID=.;OPOS=49965173;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:5:2:8:3:5:2:8:3 chr19 49967680 . G A 93.31 PASS AF=0.315789;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=38;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.053648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.944;QD=9.8218;RBI=0.0543009;REFB=0.000605147;REVB=-0.00839508;RO=24;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183569;STB=0.608517;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.00515359;OID=.;OPOS=49967680;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:36:38:24:26:12:12:0.315789:7:5:14:10:7:5:15:11 chr19 50016655 . A G 41.14 PASS AF=0.6;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=10;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0446234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.498;QD=16.4544;RBI=0.0449235;REFB=-0.0284438;REVB=-0.00518389;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.344363;STB=0.699437;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0267742;OID=.;OPOS=50016655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:10:10:4:4:6:6:0.6:3:3:0:4:3:3:0:4 chr19 50038017 . C T 32.66 PASS AF=0.157895;AO=3;DP=19;FAO=3;FDP=19;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=12;FSAF=2;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.000704451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.092;QD=6.87549;RBI=0.000719928;REFB=-0.0143658;REVB=-0.00014848;RO=11;SAF=2;SAR=1;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.502877;STB=0.84459;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.063992;OID=.;OPOS=50038017;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:19:19:11:12:3:3:0.157895:1:2:2:9:1:2:2:10 chr19 50129314 . C T 180.52 PASS AF=0.403846;AO=21;DP=52;FAO=21;FDP=52;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.0350716;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8904;QD=13.8862;RBI=0.0352908;REFB=-0.0168932;REVB=-0.00392665;RO=31;SAF=15;SAR=6;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.25412;STB=0.646912;STBP=0.1;TYPE=snp;VARB=0.0448553;OID=.;OPOS=50129314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:31:31:21:21:0.403846:6:15:15:16:6:15:15:16 chr19 50138680 . C T 233.42 PASS AF=0.636364;AO=13;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=0.00398377;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=155.369;QD=28.2932;RBI=0.0504058;REFB=-0.0641175;REVB=0.0502481;RO=9;SAF=12;SAR=1;SRF=9;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247475;STB=0.585911;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0136985;OID=.;OPOS=50138680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:33:33:9:12:13:21:0.636364:1:12:9:0:8:13:10:2 chr19 50140092 . G A 61.39 PASS AF=0.615385;AO=8;DP=13;FAO=8;FDP=13;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0106837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=268.176;QD=18.8897;RBI=0.0150745;REFB=0.00471294;REVB=0.0106349;RO=5;SAF=3;SAR=5;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0175135;STB=0.510178;STBP=0.994;TYPE=snp;VARB=-0.00366325;OID=.;OPOS=50140092;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:13:13:5:5:8:8:0.615385:5:3:2:3:5:3:2:3 chr19 50154615 . C T 112.44 PASS AF=0.451613;AO=12;DP=30;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=13;FWDB=0.0232263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9958;QD=14.5083;RBI=0.026228;REFB=-0.0331159;REVB=-0.012184;RO=16;SAF=4;SAR=8;SRF=3;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173361;STB=0.611503;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.11361;OID=.;OPOS=50154615;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:16:17:12:14:0.451613:8:4:3:13:8:6:4:13 chr19 50156896 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0123941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.488;QD=56.7065;RBI=0.0131866;REFB=0;REVB=0.00450252;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.61366e-05;OID=.;OPOS=50156896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chr19 50183440 . TCCCCT TCCCCTC,TCCCT 44.68 PASS AF=0,0.473684;AO=3,6;DP=18;FAO=0,9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=0,6;FSAR=0,3;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0993359,-0.00486437;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=11.3369,14.6382;QD=9.40707;RBI=0.2999,0.103459;REFB=-0.191261,-0.0825068;REVB=-0.282971,0.103345;RO=6;SAF=1,5;SAR=2,1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.46422,0;STB=0.5,0.519956;STBP=1,0.893;TYPE=ins,del;VARB=0.0301625,0.09992;OID=.,.;OPOS=50183446,50183441;OREF=-,C;OALT=C,-;OMAPALT=TCCCCTC,TCCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.473684:3,6:18:0,9:19:10:0,6:0,3:7:3:45:6:1,5:2,1:5:1 chr19 50248501 . T C 145.52 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=36;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.00480375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.718;QD=16.169;RBI=0.0701767;REFB=-0.00680815;REVB=-0.070012;RO=20;SAF=11;SAR=5;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238186;STB=0.637504;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00676642;OID=.;OPOS=50248501;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:20:20:16:16:0.444444:5:11:9:11:5:11:9:11 chr19 50249905 . T C 153.32 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=7;FWDB=-0.00660006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.246;QD=13.9384;RBI=0.0444751;REFB=0.00592621;REVB=0.0439826;RO=26;SAF=11;SAR=6;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.147727;STB=0.565277;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=-0.0093291;OID=.;OPOS=50249905;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:27:17:17:0.386364:6:11:20:6:6:11:20:7 chr19 50249950 . C T 61.96 PASS AF=0.166667;AO=12;DP=64;FAO=11;FDP=66;FR=.;FRO=55;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=23;FWDB=0.0367888;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.5041;QD=3.75516;RBI=0.0417465;REFB=-0.00843517;REVB=0.019732;RO=52;SAF=7;SAR=5;SRF=31;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164395;STB=0.547738;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0221838;OID=.;OPOS=50249950;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:64:66:52:55:12:11:0.166667:5:7:31:21:4:7:32:23 chr19 50250401 . C T 300.68 PASS AF=0.553571;AO=30;DP=56;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0308425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.679;QD=21.4769;RBI=0.0308601;REFB=-0.013808;REVB=-0.00104132;RO=26;SAF=18;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148776;STB=0.595757;STBP=0.136;TYPE=snp;VARB=0.0125553;OID=.;OPOS=50250401;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:26:25:30:31:0.553571:12:18:11:15:12:19:10:15 chr19 50333397 . G A 108.26 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=0;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=22;FWDB=0;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.129;QD=12.3722;RBI=0.00945304;REFB=-0.00583558;REVB=-0.00945304;RO=22;SAF=0;SAR=13;SRF=0;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0820465;OID=.;OPOS=50333397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:35:22:22:13:13:0.371429:13:0:0:22:13:0:0:22 chr19 50383591 . A G 805.19 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0189251;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.349;QD=64.415;RBI=0.0260319;REFB=0;REVB=0.0178746;RO=0;SAF=20;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000107017;OID=.;OPOS=50383591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:49:50:1:29:20:0:0:29:21:0:0 chr19 50411742 . A G 789.11 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0120733;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.636;QD=64.4168;RBI=0.016835;REFB=0;REVB=0.0117326;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000337057;OID=.;OPOS=50411742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr19 50412217 . C G 223.2 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.876;QD=49.5992;RBI=0.0579175;REFB=0;REVB=0.0439911;RO=0;SAF=16;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000672545;OID=.;OPOS=50412217;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:17:18:1:1:16:0:0:1:17:0:0 chr19 50412417 . G A 305.9 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438153;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.863;QD=53.1994;RBI=0.0476325;REFB=0;REVB=0.0186834;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000397595;OID=.;OPOS=50412417;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:23:0:0:22:23:1:14:8:0:0:15:8:0:0 chr19 50455180 . C T 145.23 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.10068;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7462;QD=44.6865;RBI=0.105112;REFB=0;REVB=-0.0301974;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00602538;OID=.;OPOS=50455180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr19 50464023 . C G 198.44 PASS AF=0.944444;AO=16;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.028686;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.407;QD=44.0977;RBI=0.0342186;REFB=-0.14853;REVB=0.0186554;RO=1;SAF=6;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.043542;STB=0.538415;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00597133;OID=.;OPOS=50464023;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:18:18:1:1:16:17:0.944444:10:6:0:1:11:6:1:0 chr19 50473436 . CTA ACT,CT 104.23 PASS AF=0.04,0.6;AO=4,10;DP=25;FAO=1,15;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=0,1;FSAR=1,14;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0310593,0.19169;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=3,1;MLLD=113.307,13.1554;QD=16.6768;RBI=0.0603893,0.213895;REFB=-0.00819629,-0.0875816;REVB=-0.0517898,-0.0948992;RO=9;SAF=0,1;SAR=4,9;SRF=6;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.738373,-0.571067;STB=0.992077,0.851565;STBP=0.266,0;TYPE=mnp,del;VARB=0.109039,0.073401;OID=.,.;OPOS=50473436,50473438;OREF=CTA,A;OALT=ACT,-;OMAPALT=ACT,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:41:25:25:9:9:4,10:1,15:0.04,0.6:4,9:0,1:6:3:1,14:0,1:6:3 chr19 50475114 . G C 247.05 PASS AF=0.575;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0182519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6385;QD=24.7048;RBI=0.0239094;REFB=-0.0260304;REVB=0.0154443;RO=17;SAF=12;SAR=11;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00587032;STB=0.503265;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.019673;OID=.;OPOS=50475114;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:17:23:23:0.575:11:12:9:8:11:12:9:8 chr19 50484234 . G A 764.43 PASS AF=0.423469;AO=82;DP=197;FAO=83;FDP=196;FR=.;FRO=113;FSAF=36;FSAR=47;FSRF=48;FSRR=65;FWDB=0.0385488;FXX=0.00507588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.5131;QD=15.6007;RBI=0.053042;REFB=-0.0423659;REVB=0.036434;RO=110;SAF=35;SAR=47;SRF=46;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00908454;STB=0.505262;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0469571;OID=.;OPOS=50484234;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:197:196:110:113:82:83:0.423469:47:35:46:64:47:36:48:65 chr19 50562372 . T C 222.32 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.00200611;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.5;QD=18.1489;RBI=0.00880749;REFB=-0.00583472;REVB=0.00857598;RO=25;SAF=12;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.13591;STB=0.575578;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00836686;OID=.;OPOS=50562372;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:25:27:22:22:0.44898:10:12:10:15:10:12:11:16 chr19 50562459 . T G 278.88 PASS AF=0.455882;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=68;FR=.;FRO=37;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00799754;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7229;QD=16.4044;RBI=0.0185964;REFB=-0.00736853;REVB=0.0167889;RO=37;SAF=10;SAR=21;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.243833;STB=0.637519;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0116314;OID=.;OPOS=50562459;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:37:37:31:31:0.455882:21:10:21:16:21:10:21:16 chr19 50726570 . G A 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0197981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.099;QD=19.3687;RBI=0.0475836;REFB=-0.0181993;REVB=0.0432693;RO=7;SAF=5;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.051088;STB=0.529353;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.00618888;OID=.;OPOS=50726570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:5:5:3:4:5:5:3:4 chr19 50727391 . G A 233.79 PASS AF=0.435484;AO=28;DP=62;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=18;FWDB=-0.00773679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.326;QD=15.0831;RBI=0.0562706;REFB=-0.00461234;REVB=0.0557362;RO=34;SAF=14;SAR=14;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285674;STB=0.502391;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00638064;OID=.;OPOS=50727391;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:34:35:28:27:0.435484:14:14:16:18:14:13:17:18 chr19 50755955 . C T 242.25 PASS AF=0.666667;AO=23;DP=33;FAO=22;FDP=33;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00621415;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.725;QD=29.3641;RBI=0.00676088;REFB=-0.0268334;REVB=0.00266342;RO=10;SAF=10;SAR=13;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076547;STB=0.515745;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0144696;OID=.;OPOS=50755955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:33:33:10:11:23:22:0.666667:13:10:3:7:13:9:4:7 chr19 50760716 . C G 601.1 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0572311;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.177;QD=58.6434;RBI=0.0639157;REFB=-0.0539246;REVB=-0.0284574;RO=1;SAF=24;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302234;STB=0.516121;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00109539;OID=.;OPOS=50760716;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:39:40:0.97561:15:24:0:1:15:25:0:1 chr19 50762418 . A G 360.31 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0169709;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.6945;QD=55.4324;RBI=0.0757151;REFB=0;REVB=-0.0737886;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00142044;OID=.;OPOS=50762418;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chr19 50796905 . G A 668.7 PASS AF=0.956522;AO=43;DP=45;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0514397;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.234;QD=58.1477;RBI=0.0643072;REFB=-0.0146121;REVB=0.0385924;RO=1;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253725;STB=0.503017;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.000791987;OID=.;OPOS=50796905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:45:46:1:2:43:44:0.956522:18:25:0:1:19:25:1:1 chr19 50863023 . A G 262.12 PASS AF=0.585366;AO=24;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.00140183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.065;QD=25.5723;RBI=0.0117447;REFB=-0.0271651;REVB=0.0116607;RO=17;SAF=11;SAR=13;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968221;STB=0.553708;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0254238;OID=.;OPOS=50863023;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:24:24:0.585366:13:11:10:7:13:11:10:7 chr19 50865535 . A G 199.11 PASS AF=0.588235;AO=19;DP=33;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0313371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.196;QD=23.425;RBI=0.0347738;REFB=-0.0239177;REVB=-0.0150731;RO=14;SAF=10;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199634;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0231147;OID=.;OPOS=50865535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:14:14:19:20:0.588235:9:10:7:7:10:10:7:7 chr19 50886181 . C G 84.41 PASS AF=0.34375;AO=11;DP=32;FAO=11;FDP=32;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=20;FWDB=0.0361104;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.8865;QD=10.5516;RBI=0.0387901;REFB=0.0482941;REVB=0.0141672;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450974;STB=0.754942;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=-0.0851849;OID=.;OPOS=50886181;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:32:32:21:21:11:11:0.34375:7:4:1:20:7:4:1:20 chr19 50902141 . C T 170.27 PASS AF=0.45;AO=18;DP=40;FAO=18;FDP=40;FR=.;FRO=22;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0039828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.396;QD=17.0273;RBI=0.0249584;REFB=-0.00318298;REVB=-0.0246386;RO=21;SAF=12;SAR=6;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.271402;STB=0.666481;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00157741;OID=.;OPOS=50902141;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:22:18:18:0.45:6:12:8:13:6:12:8:14 chr19 50905042 . G A 207.6 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.00796198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.164;QD=15.0984;RBI=0.0472201;REFB=-0.0408706;REVB=0.046544;RO=30;SAF=17;SAR=7;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28094;STB=0.652668;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0378326;OID=.;OPOS=50905042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:31:24:24:0.436364:7:17:13:17:7:17:14:17 chr19 50905074 . G A 166.98 PASS AF=0.368421;AO=21;DP=58;FAO=21;FDP=57;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.0193234;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=47.027;QD=11.7182;RBI=0.0629913;REFB=-0.0453263;REVB=0.0599543;RO=34;SAF=7;SAR=14;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0906617;STB=0.556906;STBP=0.539;TYPE=snp;VARB=0.0608265;OID=.;OPOS=50905074;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:34:36:21:21:0.368421:14:7:14:20:14:7:15:21 chr19 50905755 . TC T 92.27 PASS AF=0.592593;AO=13;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.143083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.7175;QD=13.67;RBI=0.279822;REFB=-0.118594;REVB=0.240473;RO=13;SAF=12;SAR=1;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.472555;STB=0.666419;STBP=0.118;TYPE=del;VARB=0.137629;OID=.;OPOS=50905756;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.592593:13:27:16:27:11:14:2:7:4:48:13:12:1:8:5 chr19 50926264 . TG CC 197.1 PASS AF=0.469388;AO=22;DP=51;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0197003;FXX=0.0576812;HRUN=1;LEN=2;MLLD=196.334;QD=16.0896;RBI=0.0394983;REFB=-0.0543307;REVB=0.0342348;RO=27;SAF=7;SAR=15;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132659;STB=0.58434;STBP=0.283;TYPE=mnp;VARB=0.0532207;OID=.;OPOS=50926264;OREF=TG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:49:27:26:22:23:0.469388:15:7:12:15:15:8:13:13 chr19 50954584 . C T 347.69 PASS AF=0.962963;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=27;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0283631;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.095;QD=51.5102;RBI=0.02921;REFB=-0.148854;REVB=0.00698289;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.51514;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0027838;OID=.;OPOS=50954584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:27:27:0:1:26:26:0.962963:10:16:0:0:10:16:1:0 chr19 50957397 . G A 1072.59 PASS AF=0.986301;AO=72;DP=75;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0145264;FXX=0.0266631;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.271;QD=58.7721;RBI=0.0172841;REFB=-0.06783;REVB=0.00936612;RO=1;SAF=32;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116777;STB=0.506171;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=7.41519e-05;OID=.;OPOS=50957397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:75:73:1:1:72:72:0.986301:40:32:0:1:40:32:0:1 chr19 50965272 . T C 393.29 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.052518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8485;QD=56.1841;RBI=0.0525311;REFB=0;REVB=0.00117364;RO=0;SAF=8;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.001168;OID=.;OPOS=50965272;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:20:8:0:0:20:8:0:0 chr19 50983930 . C T 314.25 PASS AF=0.888889;AO=23;DP=27;FAO=24;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0479603;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.916;QD=46.5561;RBI=0.0514928;REFB=-0.141393;REVB=0.0187433;RO=2;SAF=14;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167852;STB=0.506573;STBP=0.863;TYPE=snp;VARB=0.0079441;OID=.;OPOS=50983930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:27:27:2:2:23:24:0.888889:9:14:1:1:10:14:1:1 chr19 51015404 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00260507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.161;QD=42.1826;RBI=0.00608808;REFB=0;REVB=0.00550258;RO=0;SAF=9;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.65207e-05;OID=.;OPOS=51015404;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:2:9:0:0:2:9:0:0 chr19 51159571 . T G 66.84 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.00606058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.307;QD=12.7305;RBI=0.0238238;REFB=-0.030984;REVB=-0.02304;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204722;STB=0.548286;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0504698;OID=.;OPOS=51159571;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:11:12:9:9:0.428571:7:2:1:10:7:2:2:10 chr19 51214664 . C T 32.07 PASS AF=0.0983607;AO=6;DP=61;FAO=6;FDP=61;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=25;FSRR=27;FWDB=0.0551668;FXX=0.0161264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=33.6344;QD=2.10314;RBI=0.057643;REFB=-0.0339643;REVB=0.0167137;RO=47;SAF=2;SAR=4;SRF=23;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182767;STB=0.634836;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.168676;OID=.;OPOS=51214664;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:61:61:47:52:6:6:0.0983607:4:2:23:24:4:2:25:27 chr19 51297825 . GC AA,AC 1514.88 PASS AF=0.961165,0.038835;AO=99,4;DP=104;FAO=99,4;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=38,3;FSAR=61,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0184036,-0.00919678;FXX=0.00961446;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=137.732,84.6828;QD=58.8302;RBI=0.024068,0.0327895;REFB=0,0;REVB=0.0155105,0.0314734;RO=0;SAF=38,3;SAR=61,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.5137e-08,4.86674e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00195236,0.122188;OID=.,.;OPOS=51297825,51297825;OREF=GC,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:104:103:0:0:99,4:99,4:0.961165,0.038835:61,1:38,3:0:0:61,1:38,3:0:0 chr19 51301395 . C T 1480.66 PASS AF=0.990099;AO=99;DP=101;FAO=100;FDP=101;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=61;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0173377;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=273.139;QD=58.6399;RBI=0.0291883;REFB=-0.0549122;REVB=0.023481;RO=1;SAF=38;SAR=61;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0123185;STB=0.506328;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=2.52809e-05;OID=.;OPOS=51301395;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:101:101:1:1:99:100:0.990099:61:38:1:0:61:39:1:0 chr19 51301456 . G A 654.87 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0791451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.991;QD=60.9182;RBI=0.0905606;REFB=0;REVB=0.0440146;RO=1;SAF=19;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.024064;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000603619;OID=.;OPOS=51301456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:1:0:42:43:1:23:19:1:0:23:20:0:0 chr19 51302066 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00514099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.289;QD=47.8223;RBI=0.033046;REFB=0;REVB=-0.0326437;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000458382;OID=.;OPOS=51302066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:8:7:0:0:9:7:0:0 chr19 51302154 . G A 306.3 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00318221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1823;QD=53.2699;RBI=0.0399481;REFB=0;REVB=0.0398211;RO=0;SAF=5;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0004766;OID=.;OPOS=51302154;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:18:5:0:0:18:5:0:0 chr19 51302202 . T A 189.69 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0583939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4688;QD=47.4212;RBI=0.0725535;REFB=0;REVB=-0.04306;RO=0;SAF=1;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000608091;OID=.;OPOS=51302202;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:14:1:0:0:14:2:0:0 chr19 51321813 . A G 739.84 PASS AF=1;AO=44;DP=46;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00897422;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.632;QD=62.9651;RBI=0.00925547;REFB=0;REVB=0.00226432;RO=0;SAF=20;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352592;OID=.;OPOS=51321813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:47:0:0:44:47:1:24:20:0:0:24:23:0:0 chr19 51323232 . T C 526.26 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0499465;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=80.026;QD=56.8929;RBI=0.051475;REFB=-0.0216366;REVB=0.0124507;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.521727;STBP=0.178;TYPE=snp;VARB=0.000374955;OID=.;OPOS=51323232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:11:25:0:0:11:25:0:1 chr19 51323473 . C G 95.23 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0348274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7288;QD=34.6307;RBI=0.0374081;REFB=0.0095149;REVB=0.0136534;RO=0;SAF=7;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533268;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.000483612;OID=.;OPOS=51323473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:0:1:10:10:0.909091:3:7:0:0:3:7:1:0 chr19 51323501 . A G 383.84 PASS AF=0.965517;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=29;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00862045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.506;QD=52.944;RBI=0.0420557;REFB=-0.153575;REVB=0.0411627;RO=1;SAF=22;SAR=6;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0713682;STB=0.538433;STBP=0.127;TYPE=snp;VARB=0.00458121;OID=.;OPOS=51323501;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:29:29:1:1:28:28:0.965517:6:22:0:1:6:22:0:1 chr19 51330932 . G T 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0275676;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.171;QD=59.4354;RBI=0.0492301;REFB=0;REVB=0.0407876;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000164314;OID=.;OPOS=51330932;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chr19 51359497 . T C 556.8 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0153363;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.3824;QD=60.1943;RBI=0.0155864;REFB=0;REVB=0.00278096;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281776;OID=.;OPOS=51359497;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:12:25:0:0:12:25:0:0 chr19 51359503 . A C,G 554.51 PASS AF=0.027027,0.972973;AO=2,35;DP=37;FAO=1,36;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=1,24;FSAR=0,12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00921415,0.0209185;FXX=0.0263089;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=80.0476,128.63;QD=59.9465;RBI=0.0113041,0.0436873;REFB=0,0;REVB=-0.0065485,0.0383535;RO=0;SAF=2,23;SAR=0,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.102614,0.00141689;OID=.,.;OPOS=51359503,51359503;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:37:37:0:0:2,35:1,36:0.027027,0.972973:0,12:2,23:0:0:0,12:1,24:0:0 chr19 51361315 . C T 526.18 PASS AF=0.519231;AO=54;DP=104;FAO=54;FDP=104;FR=.;FRO=50;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=-8.24008e-05;FXX=0.0095229;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7092;QD=20.2377;RBI=0.0348042;REFB=-0.0113888;REVB=-0.0348041;RO=50;SAF=32;SAR=22;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113431;STB=0.506252;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0138415;OID=.;OPOS=51361315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:50:50:54:54:0.519231:22:32:29:21:22:32:29:21 chr19 51361472 . C A 293.38 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=51;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.0146502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1695;QD=23.0105;RBI=0.0243651;REFB=-0.0295009;REVB=-0.0194687;RO=22;SAF=16;SAR=13;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214985;STB=0.618587;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0183642;OID=.;OPOS=51361472;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:22:22:29:29:0.568627:13:16:6:16:13:16:6:16 chr19 51362803 . C T 44.2 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.00950989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.1379;QD=6.79926;RBI=0.0612082;REFB=-0.0203912;REVB=-0.0604649;RO=19;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.483664;STB=0.799262;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0154414;OID=.;OPOS=51362803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:19:19:7:7:0.269231:2:5:5:14:2:5:5:14 chr19 51379893 . C T 397.19 PASS AF=0.488095;AO=36;DP=78;FAO=41;FDP=84;FR=.;FRO=43;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0350359;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.6873;QD=18.9136;RBI=0.0625575;REFB=-0.0247417;REVB=0.051826;RO=42;SAF=19;SAR=17;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0495625;STB=0.536568;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.0296555;OID=.;OPOS=51379893;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:84:42:43:36:41:0.488095:17:19:20:22:19:22:20:23 chr19 51381777 . C T 286.68 PASS AF=0.383721;AO=33;DP=86;FAO=33;FDP=86;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.0101106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249;QD=13.3339;RBI=0.0101481;REFB=-0.00406832;REVB=0.000871574;RO=53;SAF=17;SAR=16;SRF=29;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346126;STB=0.519762;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.00701544;OID=.;OPOS=51381777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:53:53:33:33:0.383721:16:17:29:24:16:17:29:24 chr19 51411636 . G T 955.11 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0163446;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.799;QD=58.7757;RBI=0.0167568;REFB=0;REVB=-0.00369368;RO=0;SAF=19;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.91737e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.78514e-05;OID=.;OPOS=51411636;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:46:19:0:0:46:19:0:0 chr19 51452250 . T C 1049.96 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000998058;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.48;QD=59.9977;RBI=0.00523985;REFB=0;REVB=0.00514392;RO=0;SAF=37;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104516;OID=.;OPOS=51452250;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:33:37:0:0:33:37:0:0 chr19 51485622 . A G 3065.17 PASS AF=0.989796;AO=194;DP=197;FAO=194;FDP=196;FR=.;FRO=2;FSAF=91;FSAR=103;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00237482;FXX=0.00507588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3059;QD=62.5545;RBI=0.0389885;REFB=-0.00495024;REVB=-0.0389161;RO=2;SAF=91;SAR=103;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00915661;STB=0.504807;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=-8.73698e-05;OID=.;OPOS=51485622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:197:196:2:2:194:194:0.989796:103:91:0:2:103:91:0:2 chr19 51487175 . T G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.68;QD=44.6898;RBI=0.0513514;REFB=0;REVB=-0.0114551;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266518;OID=.;OPOS=51487175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr19 51530693 . G A 471.45 PASS AF=0.5;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=94;FR=.;FRO=47;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=28;FSRR=19;FWDB=-0.0122646;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.678;QD=20.0616;RBI=0.0210057;REFB=-0.0390739;REVB=0.0170533;RO=46;SAF=20;SAR=27;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162962;STB=0.584802;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0468728;OID=.;OPOS=51530693;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:46:47:47:47:0.5:27:20:28:18:27:20:28:19 chr19 51537682 . C A 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0163719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.647;QD=14.0437;RBI=0.07793;REFB=0.000983853;REVB=0.0761909;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.422723;STB=0.749163;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00162352;OID=.;OPOS=51537682;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:4:0:3:2:4:0 chr19 51628529 . A G 253.19 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0179702;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.69;QD=19.1086;RBI=0.0186839;REFB=-0.0102163;REVB=0.00511479;RO=25;SAF=14;SAR=13;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0675077;STB=0.546688;STBP=0.532;TYPE=snp;VARB=0.0121119;OID=.;OPOS=51628529;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:25:26:27:27:0.509434:13:14:11:14:13:14:11:15 chr19 51630482 . C A 242.95 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=0.0160297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.287;QD=22.6;RBI=0.0220665;REFB=-0.0236798;REVB=0.015165;RO=20;SAF=10;SAR=13;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177488;STB=0.599113;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.0210113;OID=.;OPOS=51630482;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:13:10:13:7:13:10:13:7 chr19 51670667 . G A 220.56 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0702704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1231;QD=49.0139;RBI=0.112948;REFB=0;REVB=0.0884273;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00395109;OID=.;OPOS=51670667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:11:6:0:0:12:6:0:0 chr19 51767309 . C G 283.1 PASS AF=0.476923;AO=31;DP=65;FAO=31;FDP=65;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=20;FWDB=0.0224387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.7565;QD=17.4217;RBI=0.0224465;REFB=-0.0142277;REVB=-0.000589615;RO=34;SAF=13;SAR=18;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00728164;STB=0.504079;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.015959;OID=.;OPOS=51767309;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:34:34:31:31:0.476923:18:13:14:20:18:13:14:20 chr19 51835892 . T TG 257.97 PASS AF=1;AO=19;DP=27;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0767081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.3132;QD=41.2751;RBI=0.077077;REFB=0;REVB=0.00753117;RO=8;SAF=12;SAR=7;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269245;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00342756;OID=.;OPOS=51835893;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:19:27:25:25:0:12:13:0:0:5:8:12:7:1:7 chr19 51837171 . A G 175.65 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=0.0276784;FXX=0.019996;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.8738;QD=14.3385;RBI=0.0690693;REFB=-0.0245254;REVB=-0.0632809;RO=30;SAF=8;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118945;STB=0.568893;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0205406;OID=.;OPOS=51837171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:11:8:16:14:11:8:16:14 chr19 51842271 . CTTC CT,CTC 67.31 PASS AF=0,0.647059;AO=2,7;DP=17;FAO=0,11;FDP=17;FR=.;FRO=6;FSAF=0,9;FSAR=0,2;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=-0.0306199,0.169918;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=2,1;MLLD=68.5552,14.454;QD=15.8386;RBI=0.03684,0.171622;REFB=-0.0298736,-0.150588;REVB=-0.0204843,0.0241252;RO=7;SAF=2,6;SAR=0,1;SRF=3;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0.394231,0.394231;SSSB=0.621371,0.439386;STB=0.5,0.710095;STBP=1,0.051;TYPE=del,del;VARB=0,0.167689;OID=.,.;OPOS=51842273,51842272;OREF=TC,T;OALT=-,-;OMAPALT=CT,CTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.647059:2,7:17:0,11:17:6:0,9:0,2:2:4:28:7:2,6:0,1:3:4 chr19 51850290 . G A 727.16 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00345319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.741;QD=63.2311;RBI=0.0320802;REFB=0;REVB=0.0318938;RO=0;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.39578e-05;OID=.;OPOS=51850290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:26:20:0:0:26:20:0:0 chr19 51919502 . T C 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.00539761;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.119;QD=24.39;RBI=0.0203798;REFB=0.000226315;REVB=-0.019652;RO=14;SAF=14;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0489782;STB=0.527369;STBP=0.739;TYPE=snp;VARB=-0.000182461;OID=.;OPOS=51919502;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:6:14:9:5:6:14:9:5 chr19 51919507 . T C 111.25 PASS AF=0.388889;AO=10;DP=32;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0198752;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.596;QD=12.361;RBI=0.0267649;REFB=-0.016615;REVB=0.0179258;RO=22;SAF=6;SAR=4;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0987431;STB=0.526279;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0302963;OID=.;OPOS=51919507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:36:22:22:10:14:0.388889:4:6:15:7:5:9:15:7 chr19 51920196 . G T 71.36 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=37;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.0560224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.8778;QD=7.71413;RBI=0.063277;REFB=0.00111246;REVB=0.0294188;RO=27;SAF=2;SAR=8;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.247248;STB=0.657184;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=-0.00299264;OID=.;OPOS=51920196;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:71:37:37:27:27:10:10:0.27027:8:2:10:17:8:2:10:17 chr19 51920613 . C T 358.86 PASS AF=1;AO=25;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.188693;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.1144;QD=53.164;RBI=0.204223;REFB=0;REVB=0.0781146;RO=2;SAF=7;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115377;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00655147;OID=.;OPOS=51920613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:2:0:25:27:1:18:7:2:0:18:9:0:0 chr19 51961439 . C A 219.36 PASS AF=0.284404;AO=30;DP=109;FAO=31;FDP=109;FR=.;FRO=78;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=45;FSRR=33;FWDB=-0.0229846;FXX=0.00909008;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.1346;QD=8.04996;RBI=0.0234138;REFB=-0.00512323;REVB=0.00446264;RO=78;SAF=17;SAR=13;SRF=45;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126971;STB=0.520683;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.0339402;OID=.;OPOS=51961439;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:109:109:78:78:30:31:0.284404:13:17:45:33:14:17:45:33 chr19 51981753 . G C 1627.65 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.523;QD=59.7301;RBI=0.0553196;REFB=0;REVB=0.0520028;RO=0;SAF=43;SAR=63;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.72349e-05;OID=.;OPOS=51981753;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:109:0:0:106:109:1:63:43:0:0:65:44:0:0 chr19 51984725 . T A 1597.13 PASS AF=0.981818;AO=108;DP=110;FAO=108;FDP=110;FR=.;FRO=2;FSAF=51;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.000820531;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.469;QD=58.0776;RBI=0.0429241;REFB=-0.0894626;REVB=0.0429162;RO=2;SAF=51;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0182479;STB=0.509614;STBP=0.164;TYPE=snp;VARB=0.000310789;OID=.;OPOS=51984725;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:110:110:2:2:108:108:0.981818:57:51:2:0:57:51:2:0 chr19 52032964 . C G 611.0 PASS AF=0.953488;AO=25;DP=40;FAO=41;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0357925;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=197.741;QD=56.8368;RBI=0.0655566;REFB=-0.189405;REVB=0.0549233;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.529397;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00134462;OID=.;OPOS=52032964;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:40:43:0:2:25:41:0.953488:13:12:0:0:16:25:0:2 chr19 52033742 . G A 657.41 PASS AF=0.942308;AO=49;DP=52;FAO=49;FDP=52;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00862054;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=244.58;QD=50.5699;RBI=0.0243496;REFB=-0.0605134;REVB=0.0227725;RO=3;SAF=31;SAR=18;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0345412;STB=0.518387;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.00124198;OID=.;OPOS=52033742;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:52:52:3:3:49:49:0.942308:18:31:1:2:18:31:1:2 chr19 52076960 . T C 101.76 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0494688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.15;QD=40.7025;RBI=0.0513982;REFB=0;REVB=0.0139505;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000472424;OID=.;OPOS=52076960;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr19 52076974 . C T 124.86 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0292537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.821;QD=41.6207;RBI=0.0362814;REFB=0;REVB=0.0214606;RO=0;SAF=6;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00417748;OID=.;OPOS=52076974;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:5:6:0:0:5:7:0:0 chr19 52077030 . TGGGGTTTG T 227.24 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00437617;FXX=0.0526039;HRUN=4;LEN=8;MLLD=281.212;QD=50.4977;RBI=0.00555205;REFB=0;REVB=-0.00341679;RO=0;SAF=13;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-1.28995e-05;OID=.;OPOS=52077031;OREF=GGGGTTTG;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:19:18:18:0:13:5:0:0:4:0:13:5:0:0 chr19 52077069 . G A 323.19 PASS AF=0.925926;AO=25;DP=27;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0180155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.629;QD=47.8794;RBI=0.0290045;REFB=-0.0172624;REVB=0.022731;RO=2;SAF=16;SAR=9;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0206975;STB=0.511173;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.000375903;OID=.;OPOS=52077069;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:27:27:2:2:25:25:0.925926:9:16:1:1:9:16:1:1 chr19 52096033 . GATAAA G 159.89 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.015284;FXX=0;HRUN=1;LEN=5;MLLD=284.425;QD=45.6841;RBI=0.0160335;REFB=0;REVB=0.004845;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=6.02277e-05;OID=.;OPOS=52096034;OREF=ATAAA;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:13:14:14:14:0:12:2:0:0:4:0:11:2:0:0 chr19 52096053 . T A 303.18 PASS AF=0.806452;AO=25;DP=31;FAO=25;FDP=31;FR=.;FRO=6;FSAF=23;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0164207;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=53.7644;QD=39.1197;RBI=0.107361;REFB=0.0279421;REVB=-0.106098;RO=3;SAF=23;SAR=2;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14618;STB=0.551955;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00361876;OID=.;OPOS=52096053;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:31:31:3:6:25:25:0.806452:2:23:2:1:2:23:5:1 chr19 52096270 . C G 50.12 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.4602;QD=33.4128;RBI=0.0637302;REFB=0;REVB=-0.0637302;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00572329;OID=.;OPOS=52096270;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr19 52097461 . A C 936.41 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00841858;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.036;QD=57.625;RBI=0.0101346;REFB=0;REVB=0.00564257;RO=1;SAF=36;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129402;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.01159e-05;OID=.;OPOS=52097461;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:1:0:64:65:1:28:36:1:0:28:37:0:0 chr19 52115645 . G C 248.75 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=62;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=-0.0216538;FXX=0.0161264;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.338;QD=16.3114;RBI=0.0233201;REFB=-0.0178358;REVB=-0.00865663;RO=33;SAF=6;SAR=22;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151581;STB=0.586141;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0189597;OID=.;OPOS=52115645;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:33:33:28:28:0.459016:22:6:11:22:22:6:11:22 chr19 52220351 . G A 920.11 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.534;QD=58.4197;RBI=0.0500018;REFB=0;REVB=0.0454961;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.56478e-05;OID=.;OPOS=52220351;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:39:24:0:0:39:24:0:0 chr19 52223121 . A G 340.7 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00170995;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.166;QD=54.5114;RBI=0.0726623;REFB=0;REVB=0.0726422;RO=0;SAF=17;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000327353;OID=.;OPOS=52223121;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:8:17:0:0:8:17:0:0 chr19 52223180 . A G 432.82 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00671563;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.408;QD=57.709;RBI=0.00727508;REFB=0;REVB=0.0027977;RO=0;SAF=18;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.48397e-05;OID=.;OPOS=52223180;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:12:18:0:0:12:18:0:0 chr19 52249211 . T G 751.19 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176393;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.985;QD=63.9309;RBI=0.0210197;REFB=0;REVB=0.0114317;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016194;OID=.;OPOS=52249211;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr19 52249947 . C G 195.01 PASS AF=0.575758;AO=18;DP=33;FAO=19;FDP=33;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.00403117;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1175;QD=23.6374;RBI=0.019763;REFB=0.0130551;REVB=0.0193475;RO=15;SAF=8;SAR=10;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148665;STB=0.559939;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.0035363;OID=.;OPOS=52249947;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:15:14:18:19:0.575758:10:8:4:11:11:8:4:10 chr19 52250216 . A G 868.55 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.000746122;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.5349;QD=56.0356;RBI=0.00670008;REFB=-0.00274601;REVB=0.00665841;RO=0;SAF=28;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=8.64833e-05;OID=.;OPOS=52250216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:33:28:0:0:33:28:1:0 chr19 52328281 . T C 130.62 PASS AF=0.608696;AO=14;DP=23;FAO=14;FDP=23;FR=.;FRO=9;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.0149862;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.333;QD=22.7161;RBI=0.026268;REFB=-0.049429;REVB=0.0215737;RO=9;SAF=9;SAR=5;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.216917;STB=0.622464;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0225665;OID=.;OPOS=52328281;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:9:9:14:14:0.608696:5:9:3:6:5:9:3:6 chr19 52329158 . GA G 41.94 PASS AF=0.441176;AO=13;DP=36;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.204323;FXX=0.0555401;HRUN=7;LEN=1;MLLD=7.92353;QD=4.93418;RBI=0.20737;REFB=-0.107368;REVB=-0.035416;RO=16;SAF=6;SAR=7;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0230345;STB=0.525658;STBP=0.817;TYPE=del;VARB=0.157853;OID=.;OPOS=52329159;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441176:13:36:15:34:19:7:8:8:11:41:16:6:7:7:9 chr19 52472300 . G A 496.46 PASS AF=0.505263;AO=48;DP=95;FAO=48;FDP=95;FR=.;FRO=47;FSAF=30;FSAR=18;FSRF=30;FSRR=17;FWDB=0.00233329;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.535;QD=20.9035;RBI=0.00770252;REFB=0.00524297;REVB=0.00734061;RO=47;SAF=30;SAR=18;SRF=30;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0127293;STB=0.507039;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=-0.0050961;OID=.;OPOS=52472300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:95:47:47:48:48:0.505263:18:30:30:17:18:30:30:17 chr19 52506985 . T C 45.35 PASS AF=0.318182;AO=7;DP=22;FAO=7;FDP=22;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0244618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.102;QD=8.24613;RBI=0.0254305;REFB=-0.0116831;REVB=-0.00695216;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0420002;STB=0.52624;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00757764;OID=.;OPOS=52506985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:22:22:15:15:7:7:0.318182:4:3:7:8:4:3:7:8 chr19 52521296 . G A 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00225065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.737;QD=14.6506;RBI=0.0126143;REFB=-0.0150609;REVB=0.0124119;RO=31;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498307;STB=0.52843;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0246564;OID=.;OPOS=52521296;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:13:10:15:16:13:10:15:16 chr19 52537576 . T G 94.25 PASS AF=0.333333;AO=12;DP=36;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.00914283;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.018;QD=10.4723;RBI=0.0101786;REFB=-0.00814261;REVB=-0.00447357;RO=23;SAF=2;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.441587;STB=0.780737;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.00826957;OID=.;OPOS=52537576;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:23:24:12:12:0.333333:10:2:12:11:10:2:13:11 chr19 52570397 . C G 159.53 PASS AF=0.472222;AO=17;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0380416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3963;QD=17.726;RBI=0.055965;REFB=-0.00606906;REVB=-0.0410478;RO=19;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0955401;STB=0.554393;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00350019;OID=.;OPOS=52570397;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:17:17:0.472222:9:8:7:12:9:8:7:12 chr19 52762384 . C A 116.13 PASS AF=0.341463;AO=13;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=-0.0635096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.3492;QD=11.3297;RBI=0.0897045;REFB=0.00485645;REVB=-0.0633516;RO=26;SAF=5;SAR=8;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172223;STB=0.608383;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=-0.0197102;OID=.;OPOS=52762384;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:26:27:13:14:0.341463:8:5:14:12:9:5:14:13 chr19 52793328 . G A 46.36 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0132553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7291;QD=9.76008;RBI=0.0134051;REFB=0.00587253;REVB=-0.00199801;RO=12;SAF=6;SAR=1;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.500083;STB=0.812575;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0113215;OID=.;OPOS=52793328;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:1:6:5:7:1:6:5:7 chr19 52793572 . A G 97.67 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.00128987;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1315;QD=13.4721;RBI=0.0202601;REFB=-0.0127628;REVB=0.020219;RO=17;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28299;STB=0.664545;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.0309972;OID=.;OPOS=52793572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:7:5:12:5:7:5:12:5 chr19 52793580 . A G 97.31 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0209726;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.265;QD=12.9748;RBI=0.0243105;REFB=-0.010917;REVB=0.0122944;RO=18;SAF=5;SAR=7;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304347;STB=0.677144;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0141035;OID=.;OPOS=52793580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:18:18:12:12:0.4:7:5:13:5:7:5:13:5 chr19 52803669 . CTG C 210.46 PASS AF=0.446809;AO=21;DP=50;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=7;FWDB=-0.0377415;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=2;MLLD=189.12;QD=17.9111;RBI=0.0378047;REFB=-0.016014;REVB=-0.00218527;RO=25;SAF=11;SAR=10;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151504;STB=0.615913;STBP=0.179;TYPE=del;VARB=0.0253704;OID=.;OPOS=52803670;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.446809:21:50:21:47:26:11:10:19:7:99:25:11:10:17:8 chr19 52825032 . C T 188.37 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=-0.014569;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=214.553;QD=20.9302;RBI=0.0301174;REFB=-0.00467774;REVB=-0.0263592;RO=17;SAF=11;SAR=8;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187911;STB=0.605687;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.00336392;OID=.;OPOS=52825032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:8:11:6:11:8:11:6:11 chr19 52825235 . A G 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0290433;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.381;QD=16.1989;RBI=0.0603547;REFB=0.0182656;REVB=0.0529072;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2842;STB=0.666107;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=-0.00924382;OID=.;OPOS=52825235;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:0:3:3:2:0:3 chr19 52856955 . C T 142.61 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=0.00518892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.292;QD=14.2612;RBI=0.0720868;REFB=-0.00024482;REVB=-0.0718998;RO=24;SAF=8;SAR=8;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261239;STB=0.649829;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=-0.000102561;OID=.;OPOS=52856955;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:24:24:16:16:0.4:8:8:18:6:8:8:18:6 chr19 52869022 . G T 159.38 PASS AF=0.414634;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=41;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.00898992;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.6607;QD=15.5495;RBI=0.0282862;REFB=-0.00840083;REVB=-0.0268196;RO=23;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169309;STB=0.606296;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0187312;OID=.;OPOS=52869022;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:41:23:24:17:17:0.414634:9:8:7:16:9:8:7:17 chr19 52869278 . G C 141.57 PASS AF=0.576923;AO=13;DP=24;FAO=15;FDP=26;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=0.0510851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.321;QD=21.78;RBI=0.0519062;REFB=-0.00467829;REVB=0.00919598;RO=10;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0294478;STB=0.505148;STBP=0.957;TYPE=snp;VARB=0.0037455;OID=.;OPOS=52869278;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:24:26:10:11:13:15:0.576923:7:6:5:5:8:7:5:6 chr19 52869312 . T C 129.5 PASS AF=0.405405;AO=14;DP=36;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00388138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.727;QD=14.0005;RBI=0.0232903;REFB=-0.00315484;REVB=-0.0229646;RO=21;SAF=7;SAR=7;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733535;STB=0.57338;STBP=0.461;TYPE=snp;VARB=0.00486103;OID=.;OPOS=52869312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:21:22:14:15:0.405405:7:7:9:12:7:8:9:13 chr19 52887145 . TA T 55.54 PASS AF=0.464286;AO=11;DP=30;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0985134;FXX=0.0666445;HRUN=5;LEN=1;MLLD=12.0291;QD=7.93412;RBI=0.132644;REFB=-0.0173545;REVB=-0.0888225;RO=15;SAF=6;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0.3125;SSSB=0.0119577;STB=0.538402;STBP=0.75;TYPE=del;VARB=0.0654726;OID=.;OPOS=52887146;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.464286:11:30:13:28:15:6:7:8:7:55:15:6:5:8:7 chr19 52887246 . T TCAA 66.78 PASS AF=0.375;AO=9;DP=26;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0340268;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=3;MLLD=265.669;QD=11.1301;RBI=0.0410922;REFB=-0.0124466;REVB=0.0230379;RO=16;SAF=3;SAR=6;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244812;STB=0.666296;STBP=0.227;TYPE=ins;VARB=0.0158046;OID=.;OPOS=52887247;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=TCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:9:26:9:24:15:3:6:9:6:66:16:3:6:9:7 chr19 52887427 . A C 83.15 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=-0.0241256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.11;QD=9.50335;RBI=0.0250992;REFB=-0.0145586;REVB=-0.00692267;RO=22;SAF=3;SAR=8;SRF=9;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.170215;STB=0.581662;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.0352198;OID=.;OPOS=52887427;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:22:24:11:11:0.314286:8:3:9:13:8:3:9:15 chr19 52887437 . A C 104.52 PASS AF=0.382353;AO=12;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0587952;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2089;QD=12.296;RBI=0.117539;REFB=0.00816112;REVB=0.101777;RO=22;SAF=5;SAR=7;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112953;STB=0.610951;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=-0.00914033;OID=.;OPOS=52887437;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:22:21:12:13:0.382353:7:5:7:15:7:6:6:15 chr19 52887904 . T C 149.75 PASS AF=0.714286;AO=15;DP=21;FAO=15;FDP=21;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0235183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4535;QD=28.5242;RBI=0.0238929;REFB=-0.0142253;REVB=-0.00421473;RO=6;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.178952;STB=0.599863;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00587428;OID=.;OPOS=52887904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:6:6:15:15:0.714286:10:5:4:2:10:5:4:2 chr19 52888210 . T C 45.05 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=10;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0435626;FXX=0.0999001;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.171;QD=20.0243;RBI=0.0687402;REFB=-0.0821284;REVB=0.0531745;RO=4;SAF=3;SAR=3;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.555372;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00993979;OID=.;OPOS=52888210;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:10:9:4:3:6:6:0.666667:3:3:2:2:3:3:1:2 chr19 52917588 . ACG ACA,CAA 668.11 PASS AF=0.909091,0.0909091;AO=31,4;DP=45;FAO=40,4;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=17,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537239,0.0226181;FXX=0.0222173;HRUN=1,2;LEN=1,3;MLLD=80.8796,50.7678;QD=60.7376;RBI=0.0595933,0.0341067;REFB=0,0;REVB=0.0257896,0.0255282;RO=0;SAF=23,0;SAR=8,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.39343e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0132472,0.0187138;OID=.,.;OPOS=52917590,52917588;OREF=G,ACG;OALT=A,CAA;OMAPALT=ACA,CAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:45:44:0:0:31,4:40,4:0.909091,0.0909091:8,4:23,0:0:0:17,4:23,0:0:0 chr19 52937339 . G A 195.37 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112225;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4393;QD=48.8425;RBI=0.126015;REFB=0;REVB=0.0573177;RO=1;SAF=4;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101073;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00678821;OID=.;OPOS=52937339;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:16:1:0:16:16:1:12:4:1:0:12:4:0:0 chr19 52938361 . C A 1008.01 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0708298;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4146;QD=59.2949;RBI=0.105218;REFB=0;REVB=-0.077808;RO=0;SAF=32;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00147139;OID=.;OPOS=52938361;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:36:32:0:0:36:32:0:0 chr19 52938417 . A G 632.64 PASS AF=0.962264;AO=46;DP=53;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.201467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.7066;QD=47.7467;RBI=0.202416;REFB=0.000176483;REVB=0.0195826;RO=5;SAF=16;SAR=30;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.05016;STB=0.516123;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.00301717;OID=.;OPOS=52938417;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:53:53:5:2:46:51:0.962264:30:16:3:2:30:21:0:2 chr19 52938459 . A G 631.7 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00281111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.8511;QD=61.629;RBI=0.0368416;REFB=0;REVB=0.0367341;RO=0;SAF=14;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000636594;OID=.;OPOS=52938459;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:27:14:0:0:27:14:0:0 chr19 52941171 . T C 496.85 PASS AF=0.878049;AO=37;DP=41;FAO=36;FDP=41;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.014701;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=43.4525;QD=48.4727;RBI=0.0565426;REFB=-0.104699;REVB=-0.054598;RO=1;SAF=22;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0208135;STB=0.502091;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0150999;OID=.;OPOS=52941171;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:41:41:1:5:37:36:0.878049:15:22:1:0:15:21:3:2 chr19 52941540 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220307;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=204.61;QD=33.4285;RBI=0.0855592;REFB=0;REVB=-0.0826742;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000991627;OID=.;OPOS=52941540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr19 52941847 . A T 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00524054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.718;QD=54.5173;RBI=0.0178997;REFB=0;REVB=-0.0171154;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.96896e-05;OID=.;OPOS=52941847;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr19 52942159 . A G 58.16 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0538191;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.652;QD=29.0804;RBI=0.0631056;REFB=-0.155937;REVB=0.0329518;RO=1;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124421;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.00674765;OID=.;OPOS=52942159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:8:8:1:1:7:7:0.875:3:4:0:1:3:4:0:1 chr19 52942445 . C T 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.648;QD=42.1793;RBI=0.0123658;REFB=0;REVB=-0.0123658;RO=0;SAF=0;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.52605e-05;OID=.;OPOS=52942445;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:11:0:0:0:11:0:0:0 chr19 52942495 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.04567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.2345;QD=43.486;RBI=0.0510409;REFB=0;REVB=0.0227911;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000791748;OID=.;OPOS=52942495;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:9:3:0:0:9:3:0:0 chr19 52954507 . T C 2315.03 PASS AF=1;AO=151;DP=155;FAO=152;FDP=152;FR=.;FRO=0;FSAF=72;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00978288;FXX=0.0193536;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.968;QD=60.9217;RBI=0.0101888;REFB=0;REVB=0.00284709;RO=0;SAF=71;SAR=80;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.58399e-05;OID=.;OPOS=52954507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:155:152:0:0:151:152:1:80:71:0:0:80:72:0:0 chr19 53116643 . T C 113.68 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0207235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.997;QD=12.2901;RBI=0.0215539;REFB=-0.0139541;REVB=0.00592479;RO=22;SAF=7;SAR=7;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0948902;STB=0.567473;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0192043;OID=.;OPOS=53116643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:23:14:14:0.378378:7:7:13:9:7:7:14:9 chr19 53117531 . C T 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0232393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.373;QD=53.2757;RBI=0.0239576;REFB=0;REVB=-0.00582227;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000418355;OID=.;OPOS=53117531;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr19 53117809 . C A 707.85 PASS AF=0.978723;AO=44;DP=45;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0272694;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.7601;QD=60.2424;RBI=0.0276563;REFB=-0.0857468;REVB=-0.0046099;RO=1;SAF=28;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028453;STB=0.515145;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.000772143;OID=.;OPOS=53117809;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:47:1:1:44:46:0.978723:16:28:0:1:16:30:0:1 chr19 53122309 . A G 230.75 PASS AF=0.480769;AO=25;DP=52;FAO=25;FDP=52;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.0681999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6933;QD=17.7502;RBI=0.0738095;REFB=-0.00628037;REVB=0.0282242;RO=26;SAF=8;SAR=17;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173593;STB=0.590008;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00724081;OID=.;OPOS=53122309;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:26:27:25:25:0.480769:17:8:13:13:17:8:13:14 chr19 53269614 . G A 300.95 PASS AF=0.553571;AO=30;DP=55;FAO=31;FDP=56;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0071335;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.198;QD=21.4965;RBI=0.0233875;REFB=-0.000694991;REVB=0.0222731;RO=25;SAF=12;SAR=18;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508891;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.000632272;OID=.;OPOS=53269614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:25:25:30:31:0.553571:18:12:10:15:18:13:10:15 chr19 53270384 . A G 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0140291;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.853;QD=10.1415;RBI=0.0198442;REFB=-0.015149;REVB=-0.0140348;RO=25;SAF=6;SAR=6;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022417;STB=0.513491;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.036106;OID=.;OPOS=53270384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:6:6:13:12:6:6:13:12 chr19 53302942 . C T 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.116922;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.432;QD=33.4284;RBI=0.131737;REFB=0;REVB=-0.0606935;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000660628;OID=.;OPOS=53302942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr19 53303527 . A G 207.4 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0496219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.115;QD=48.7993;RBI=0.0667597;REFB=0;REVB=0.0446601;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.73524e-05;OID=.;OPOS=53303527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:8:8:0:0:9:8:0:0 chr19 53303890 . C G 152.39 PASS AF=0.933333;AO=14;DP=15;FAO=14;FDP=15;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.000452243;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.109;QD=40.6385;RBI=0.030097;REFB=0.029903;REVB=0.0300936;RO=1;SAF=3;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0395718;STB=0.521709;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.000526261;OID=.;OPOS=53303890;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:15:1:1:14:14:0.933333:11:3:0:1:11:3:0:1 chr19 53304561 . T TC 452.89 PASS AF=1;AO=7;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0713317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=23.2632;QD=41.1716;RBI=0.0881151;REFB=-0.0308112;REVB=0.0517306;RO=37;SAF=3;SAR=4;SRF=20;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134052;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0115056;OID=.;OPOS=53304562;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:7:44:44:44:0:23:21:0:0:7:37:3:4:20:17 chr19 53304563 . T C 479.9 PASS AF=0.818182;AO=36;DP=44;FAO=36;FDP=44;FR=.;FRO=8;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=-0.0472056;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3943;QD=43.6273;RBI=0.0548712;REFB=-0.0272987;REVB=0.0279729;RO=8;SAF=21;SAR=15;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113296;STB=0.561035;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.00608553;OID=.;OPOS=53304563;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:44:44:8:8:36:36:0.818182:15:21:2:6:15:21:2:6 chr19 53384185 . C T 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.00395026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.047;QD=10.8236;RBI=0.0305705;REFB=-0.00174649;REVB=-0.0303142;RO=23;SAF=5;SAR=7;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.345175;STB=0.702893;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00430725;OID=.;OPOS=53384185;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:7:5:17:6:7:5:17:6 chr19 53391402 . A G 195.19 PASS AF=0.285714;AO=26;DP=91;FAO=26;FDP=91;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=30;FWDB=-0.0249098;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.0103;QD=8.57995;RBI=0.0253535;REFB=-0.00679026;REVB=-0.00472219;RO=63;SAF=22;SAR=4;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.450498;STB=0.766161;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0436052;OID=.;OPOS=53391402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:63:65:26:26:0.285714:4:22:33:30:4:22:35:30 chr19 53391453 . T C 184.82 PASS AF=0.475;AO=19;DP=39;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=-0.00933777;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.2361;QD=18.4818;RBI=0.00933883;REFB=0.00600658;REVB=-0.000140377;RO=20;SAF=15;SAR=4;SRF=14;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111802;STB=0.555494;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-0.00986232;OID=.;OPOS=53391453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:40:20:21:19:19:0.475:4:15:14:6:4:15:15:6 chr19 53453777 . C T 101.59 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00577809;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=304.216;QD=16.9316;RBI=0.00956864;REFB=-0.00811643;REVB=0.00762709;RO=12;SAF=2;SAR=10;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116823;STB=0.568059;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.00765459;OID=.;OPOS=53453777;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:10:2:3:9:10:2:3:9 chr19 53454475 . C CACT 104.92 PASS AF=0.419355;AO=11;DP=33;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0136793;FXX=0;HRUN=0;LEN=3;MLLD=213.904;QD=13.5376;RBI=0.0137265;REFB=-0.0121699;REVB=-0.00113743;RO=20;SAF=8;SAR=3;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310237;STB=0.678114;STBP=0.123;TYPE=ins;VARB=0.0212965;OID=.;OPOS=53454476;OREF=-;OALT=ACT;OMAPALT=CACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.419355:11:33:13:31:18:9:4:7:11:99:20:8:3:9:11 chr19 53454543 . G A 160.37 PASS AF=0.485714;AO=16;DP=34;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.00303402;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.7333;QD=18.3282;RBI=0.00591235;REFB=-0.0382103;REVB=0.0050745;RO=18;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102873;STB=0.571823;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0458845;OID=.;OPOS=53454543;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:18:18:16:17:0.485714:8:8:11:7:9:8:11:7 chr19 53454789 . A T 139.97 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.000857011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.9865;QD=12.7249;RBI=0.0440184;REFB=-0.0299731;REVB=-0.04401;RO=27;SAF=7;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00755148;STB=0.505773;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0487188;OID=.;OPOS=53454789;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:28:16:16:0.363636:9:7:12:15:9:7:12:16 chr19 53553125 . C T 126.9 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=26;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00820403;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=148.908;QD=19.5231;RBI=0.00948865;REFB=-0.00577901;REVB=0.00476742;RO=12;SAF=4;SAR=10;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191435;STB=0.609591;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00447667;OID=.;OPOS=53553125;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:12:12:14:14:0.538462:10:4:6:6:10:4:6:6 chr19 53553686 . G A 253.77 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00432548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.065;QD=21.5976;RBI=0.00753872;REFB=-0.0233439;REVB=0.00617435;RO=23;SAF=9;SAR=15;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0546921;STB=0.5307;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0251797;OID=.;OPOS=53553686;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:15:9:10:13:15:9:10:13 chr19 53576589 . C G 175.4 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0128274;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.252;QD=18.9619;RBI=0.0128365;REFB=-0.00724561;REVB=0.000482407;RO=18;SAF=11;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100257;STB=0.544841;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=0.0092361;OID=.;OPOS=53576589;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:37:18:19:18:18:0.486486:7:11:9:9:7:11:10:9 chr19 53577419 . G C 357.96 PASS AF=0.506849;AO=37;DP=72;FAO=37;FDP=73;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=13;FWDB=-0.00595455;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5673;QD=19.6142;RBI=0.0132364;REFB=0.0226611;REVB=-0.0118214;RO=35;SAF=16;SAR=21;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146254;STB=0.614193;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=-0.0286283;OID=.;OPOS=53577419;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:35:36:37:37:0.506849:21:16:21:14:22:15:23:13 chr19 53612311 . T C 172.21 PASS AF=0.473684;AO=17;DP=37;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=7;FWDB=-0.0235118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.869;QD=18.1276;RBI=0.0415998;REFB=-0.0120902;REVB=0.0343181;RO=20;SAF=8;SAR=9;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168577;STB=0.578862;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.0229138;OID=.;OPOS=53612311;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:20:20:17:18:0.473684:9:8:13:7:9:9:13:7 chr19 53612720 . T C 140.59 PASS AF=0.5;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.00400177;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2411;QD=18.7448;RBI=0.113233;REFB=-0.00402299;REVB=0.113162;RO=15;SAF=3;SAR=12;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342688;STB=0.69812;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00727207;OID=.;OPOS=53612720;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:30:15:15:15:15:0.5:12:3:8:7:12:3:8:7 chr19 53612745 . T C 187.66 PASS AF=0.513514;AO=19;DP=37;FAO=19;FDP=37;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00645366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.822;QD=20.2871;RBI=0.0106007;REFB=-0.00918574;REVB=0.00840983;RO=17;SAF=2;SAR=17;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.569567;STB=0.821158;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00768504;OID=.;OPOS=53612745;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:18:19:19:0.513514:17:2:11:6:17:2:11:7 chr19 53612757 . T G 217.61 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00625235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.697;QD=22.9066;RBI=0.0119338;REFB=-0.00396226;REVB=0.0101649;RO=17;SAF=4;SAR=17;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41509;STB=0.734624;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.017492;OID=.;OPOS=53612757;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:17:4:11:6:17:4:11:6 chr19 53612989 . A G 198.27 PASS AF=0.425926;AO=22;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=22;FWDB=0.0163456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9873;QD=14.6869;RBI=0.024399;REFB=0.00038642;REVB=-0.0181145;RO=32;SAF=9;SAR=13;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141488;STB=0.562448;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=-0.000516631;OID=.;OPOS=53612989;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:31:22:23:0.425926:13:9:9:23:14:9:9:22 chr19 53645291 . T C 271.91 PASS AF=0.47619;AO=29;DP=63;FAO=30;FDP=63;FR=.;FRO=33;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=20;FWDB=0.0114041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.813;QD=17.2642;RBI=0.0298431;REFB=-0.0221154;REVB=0.0275782;RO=33;SAF=10;SAR=19;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0504412;STB=0.53486;STBP=0.644;TYPE=snp;VARB=0.0157166;OID=.;OPOS=53645291;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:33:29:30:0.47619:19:10:13:20:20:10:13:20 chr19 53667804 . C T 171.25 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=55;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.0135119;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.9859;QD=12.4545;RBI=0.0912328;REFB=-0.0101279;REVB=-0.0902267;RO=34;SAF=12;SAR=9;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107991;STB=0.56244;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0124393;OID=.;OPOS=53667804;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:34:34:21:21:0.381818:9:12:16:18:9:12:16:18 chr19 53667913 . A G 159.74 PASS AF=0.372549;AO=15;DP=48;FAO=19;FDP=51;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=0.0108651;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.9006;QD=12.5283;RBI=0.0109302;REFB=-0.0267983;REVB=0.00119108;RO=24;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264757;STB=0.594166;STBP=0.345;TYPE=snp;VARB=0.0330232;OID=.;OPOS=53667913;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:51:24:32:15:19:0.372549:5:10:10:14:9:10:12:20 chr19 53667940 . A G 182.92 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0128376;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.663;QD=17.4213;RBI=0.0128376;REFB=0.00369998;REVB=4.62976e-06;RO=23;SAF=12;SAR=7;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109198;STB=0.562433;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=-0.00456825;OID=.;OPOS=53667940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:7:12:12:11:7:12:12:11 chr19 53669273 . T C 53.88 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=-0.011176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.32;QD=9.37087;RBI=0.0177651;REFB=-0.0197809;REVB=0.0138092;RO=14;SAF=4;SAR=4;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149874;STB=0.608437;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=0.0296738;OID=.;OPOS=53669273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:23:23:14:15:8:8:0.347826:4:4:9:5:4:4:10:5 chr19 53669492 . A G 132.71 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=35;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0215106;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.494;QD=15.1663;RBI=0.0218146;REFB=-0.0133946;REVB=-0.00362929;RO=20;SAF=10;SAR=5;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.26529;STB=0.653639;STBP=0.155;TYPE=snp;VARB=0.0188769;OID=.;OPOS=53669492;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:20:20:15:15:0.428571:5:10:8:12:5:10:8:12 chr19 53727097 . G A 30.55 PASS AF=0.333333;AO=5;DP=16;FAO=5;FDP=15;FR=.;FRO=10;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=1;FWDB=-0.014889;FXX=0.062461;HRUN=2;LEN=1;MLLD=321.495;QD=8.14535;RBI=0.0150604;REFB=-0.000922842;REVB=-0.00226519;RO=9;SAF=1;SAR=4;SRF=8;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.622566;STB=0.887735;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.00234702;OID=.;OPOS=53727097;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:16:15:9:10:5:5:0.333333:4:1:8:1:4:1:9:1 chr19 53741068 . C T 155.37 PASS AF=0.365385;AO=18;DP=51;FAO=19;FDP=52;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=25;FWDB=-0.00255138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4537;QD=11.9516;RBI=0.00326729;REFB=-0.0116266;REVB=0.00204099;RO=33;SAF=4;SAR=14;SRF=8;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0314802;STB=0.52938;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0314414;OID=.;OPOS=53741068;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:33:33:18:19:0.365385:14:4:8:25:15:4:8:25 chr19 53741188 . C T 321.96 PASS AF=0.391304;AO=36;DP=92;FAO=36;FDP=92;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=26;FWDB=-0.0191464;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.864;QD=13.9984;RBI=0.0271385;REFB=0.0115777;REVB=-0.0192332;RO=56;SAF=19;SAR=17;SRF=30;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00851668;STB=0.504846;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=-0.0183427;OID=.;OPOS=53741188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:56:56:36:36:0.391304:17:19:30:26:17:19:30:26 chr19 53761775 . C T 678.24 PASS AF=0.580357;AO=65;DP=112;FAO=65;FDP=112;FR=.;FRO=47;FSAF=37;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=-0.0104304;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.365;QD=24.2228;RBI=0.0251858;REFB=-0.00469177;REVB=0.0229245;RO=47;SAF=37;SAR=28;SRF=25;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0291348;STB=0.51589;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.00499568;OID=.;OPOS=53761775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:47:47:65:65:0.580357:28:37:25:22:28:37:25:22 chr19 53770764 . G A 164.81 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0109222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.026;QD=21.2661;RBI=0.0145461;REFB=-0.0163249;REVB=0.00960708;RO=14;SAF=10;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0455802;STB=0.525662;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0217987;OID=.;OPOS=53770764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:7:10:9:5:7:10:9:5 chr19 53793042 . G A 135.95 PASS AF=0.483871;AO=15;DP=31;FAO=15;FDP=31;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0156934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.253;QD=17.542;RBI=0.0222764;REFB=0.0120341;REVB=0.01581;RO=16;SAF=8;SAR=7;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.141648;STB=0.580682;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=-0.0103067;OID=.;OPOS=53793042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:16:16:15:15:0.483871:7:8:11:5:7:8:11:5 chr19 53793574 . A G 256.24 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=-0.00257179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.939;QD=22.7768;RBI=0.00569784;REFB=-0.0183924;REVB=-0.00508441;RO=21;SAF=13;SAR=11;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172667;STB=0.596252;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.020314;OID=.;OPOS=53793574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:11:13:7:14:11:13:7:14 chr19 53793911 . T A 67.27 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0402684;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7094;QD=13.4537;RBI=0.0412856;REFB=-0.0139024;REVB=-0.00910791;RO=11;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255081;STB=0.652961;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0136696;OID=.;OPOS=53793911;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:2:7:6:5:2:7:6:5 chr19 53794579 . T A 123.53 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0373921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.9034;QD=17.0385;RBI=0.061662;REFB=-0.0139163;REVB=0.0490309;RO=15;SAF=8;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.153613;STB=0.58811;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=0.0140749;OID=.;OPOS=53794579;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:6:8:6:9:6:8:6:9 chr19 53794858 . G A 237.24 PASS AF=0.349398;AO=29;DP=83;FAO=29;FDP=83;FR=.;FRO=54;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=31;FSRR=23;FWDB=-0.0258595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.224;QD=11.4334;RBI=0.0263906;REFB=-0.0203293;REVB=0.00526796;RO=54;SAF=10;SAR=19;SRF=31;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25844;STB=0.649604;STBP=0.045;TYPE=snp;VARB=0.0400882;OID=.;OPOS=53794858;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:54:54:29:29:0.349398:19:10:31:23:19:10:31:23 chr19 53854397 . G C 130.28 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.197;QD=43.4276;RBI=0.0345398;REFB=0;REVB=0.0306509;RO=0;SAF=4;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165006;OID=.;OPOS=53854397;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:8:4:0:0:8:4:0:0 chr19 53879561 . GACAACA GACA,GACAAGT 1006.58 PASS AF=0.914286,0.0857143;AO=60,6;DP=70;FAO=64,6;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=28,3;FSAR=36,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0067587,0.000643077;FXX=0.0140825;HRUN=2,1;LEN=3,2;MLLD=199.472,142.406;QD=57.519;RBI=0.0265752,0.0614208;REFB=0,0;REVB=-0.0257014,-0.0614174;RO=0;SAF=26,3;SAR=34,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=-0.000396284,0.0258355;OID=.,.;OPOS=53879562,53879566;OREF=ACA,CA;OALT=-,GT;OMAPALT=GACA,GACAAGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.914286,0.0857143:60,6:70:64,6:70:0:28,3:36,3:0:0:25:0:26,3:34,3:0:0 chr19 53884412 . G A 272.53 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0553488;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=57.371;QD=51.9098;RBI=0.0694899;REFB=0;REVB=-0.0420162;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00336195;OID=.;OPOS=53884412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr19 53912242 . G A 39.62 PASS AF=0.5;AO=6;DP=12;FAO=6;FDP=12;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0228667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5239;QD=13.207;RBI=0.0326277;REFB=0.00496254;REVB=-0.0232741;RO=6;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.275357;STB=0.66611;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=-0.00715825;OID=.;OPOS=53912242;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:12:12:6:6:6:6:0.5:4:2:4:2:4:2:4:2 chr19 53952885 . TC T 273.17 PASS AF=0.967742;AO=22;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0657534;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=14.778;QD=35.248;RBI=0.191979;REFB=0.000496663;REVB=-0.180368;RO=3;SAF=8;SAR=14;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0.423503;SSSB=-0.0707008;STB=0.512812;STBP=0.539;TYPE=del;VARB=-0.00230472;OID=.;OPOS=53952886;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.967742:22:31:30:31:1:11:19:0:1:3:3:8:14:2:1 chr19 53990002 . G A 730.62 PASS AF=0.714286;AO=59;DP=84;FAO=60;FDP=84;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=43;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0216612;FXX=0.0117633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.228;QD=34.7914;RBI=0.0233595;REFB=0.00196798;REVB=0.00874408;RO=24;SAF=16;SAR=43;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143744;STB=0.571469;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=-0.000386725;OID=.;OPOS=53990002;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:24:24:59:60:0.714286:43:16:12:12:43:17:12:12 chr19 53993764 . A T 429.02 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122607;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.072;QD=57.2023;RBI=0.0353816;REFB=0;REVB=0.0331893;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101582;OID=.;OPOS=53993764;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:10:20:0:0:10:20:0:0 chr19 53995004 . G A 56.22 PASS AF=0.875;AO=6;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0407678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.238;QD=28.1123;RBI=0.0628463;REFB=-0.0446835;REVB=0.0478294;RO=1;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281147;STB=0.599698;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.0184766;OID=.;OPOS=53995004;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:6:7:0.875:1:5:0:1:2:5:0:1 chr19 54132976 . A G 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=353.215;QD=47.8224;RBI=0.0303219;REFB=0;REVB=0.0145479;RO=0;SAF=15;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000200152;OID=.;OPOS=54132976;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:1:15:0:0:1:15:0:0 chr19 54182249 . T C 99.9 PASS AF=0.26;AO=13;DP=50;FAO=13;FDP=50;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.000215913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.1759;QD=7.99173;RBI=0.02105;REFB=-0.00426414;REVB=0.0210488;RO=37;SAF=7;SAR=6;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0299526;STB=0.51849;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.013504;OID=.;OPOS=54182249;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:37:37:13:13:0.26:6:7:19:18:6:7:19:18 chr19 54263422 . G A 4168.91 PASS AF=0.989011;AO=268;DP=272;FAO=270;FDP=273;FR=.;FRO=3;FSAF=125;FSAR=145;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0232099;FXX=0.0036495;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.301;QD=61.083;RBI=0.0233545;REFB=-0.036214;REVB=-0.00259504;RO=3;SAF=123;SAR=145;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00266997;STB=0.501433;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.000404177;OID=.;OPOS=54263422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:272:273:3:3:268:270:0.989011:145:123:1:2:145:125:1:2 chr19 54307322 . G A 115.52 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.00366611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.579;QD=11.0022;RBI=0.024614;REFB=-0.0130038;REVB=0.0243394;RO=27;SAF=10;SAR=4;SRF=9;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.411268;STB=0.751292;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.0275353;OID=.;OPOS=54307322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:28:14:14:0.333333:4:10:9:18:4:10:9:19 chr19 54308554 . C T 116.39 PASS AF=1;AO=8;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.113785;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.37;QD=42.3219;RBI=0.114818;REFB=0;REVB=-0.0153697;RO=0;SAF=1;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00705713;OID=.;OPOS=54308554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:8:11:1:7:1:0:0:7:4:0:0 chr19 54313731 . G C 51.11 PASS AF=0.636364;AO=7;DP=11;FAO=7;FDP=11;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0139322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8968;QD=18.5845;RBI=0.0281002;REFB=-0.0651857;REVB=0.0244031;RO=4;SAF=3;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115856;STB=0.567381;STBP=0.653;TYPE=snp;VARB=0.05479;OID=.;OPOS=54313731;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:11:11:4:4:7:7:0.636364:4:3:1:3:4:3:1:3 chr19 54327313 . C A 427.82 PASS AF=0.447619;AO=47;DP=104;FAO=47;FDP=105;FR=.;FRO=58;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=28;FSRR=30;FWDB=0.016309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.801;QD=16.2979;RBI=0.0178575;REFB=-0.0286296;REVB=0.00727371;RO=52;SAF=23;SAR=24;SRF=27;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0281864;STB=0.503648;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0302363;OID=.;OPOS=54327313;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:52:58:47:47:0.447619:24:23:27:25:24:23:28:30 chr19 54378627 . T A 1201.03 PASS AF=0.952941;AO=81;DP=85;FAO=81;FDP=85;FR=.;FRO=4;FSAF=57;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00188143;FXX=0.0116266;HRUN=3;LEN=1;MLLD=122.532;QD=56.519;RBI=0.0139949;REFB=-0.0714047;REVB=0.0138678;RO=2;SAF=57;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0110847;STB=0.52507;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.000672948;OID=.;OPOS=54378627;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:85:85:2:4:81:81:0.952941:24:57:1:1:24:57:1:3 chr19 54378789 . C G 1474.37 PASS AF=0.990099;AO=89;DP=107;FAO=100;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0313321;FXX=0.0648088;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.6158;QD=58.3907;RBI=0.0317605;REFB=0;REVB=-0.0051989;RO=0;SAF=31;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000671573;OID=.;OPOS=54378789;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:101:0:0:89:100:0.990099:58:31:0:0:68:32:0:0 chr19 54378797 . A G 32.07 PASS AF=0.0860215;AO=8;DP=82;FAO=8;FDP=93;FR=.;FRO=85;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=60;FWDB=-0.00307526;FXX=0.0106372;HRUN=15;LEN=1;MLLD=148.893;QD=1.37945;RBI=0.00313208;REFB=-0.00280235;REVB=-0.000593868;RO=74;SAF=1;SAR=7;SRF=23;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289476;STB=0.73023;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0164863;OID=.;OPOS=54378797;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:82:93:74:85:8:8:0.0860215:7:1:23:51:7:1:25:60 chr19 54378807 . A G 31.43 PASS AF=0.101449;AO=7;DP=69;FAO=7;FDP=69;FR=.;FRO=62;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=53;FWDB=0.0289771;FXX=0;HRUN=15;LEN=1;MLLD=187.634;QD=1.82176;RBI=0.0290302;REFB=-0.000496217;REVB=-0.00175469;RO=62;SAF=5;SAR=2;SRF=9;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.631758;STB=0.90699;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=0.00690508;OID=.;OPOS=54378807;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:69:69:62:62:7:7:0.101449:2:5:9:53:2:5:9:53 chr19 54379573 . C T 198.4 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0675864;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.2;QD=44.0877;RBI=0.0682721;REFB=0.0799972;REVB=0.00965191;RO=1;SAF=12;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0830155;STB=0.545399;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=-0.00777001;OID=.;OPOS=54379573;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:5:12:0:1:5:12:0:1 chr19 54385820 . C T 2647.98 PASS AF=0.956522;AO=176;DP=184;FAO=176;FDP=184;FR=.;FRO=8;FSAF=77;FSAR=99;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0174632;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=284.16;QD=57.5648;RBI=0.0292012;REFB=0.0146968;REVB=0.023404;RO=6;SAF=77;SAR=99;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145667;STB=0.502758;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=-0.000163205;OID=.;OPOS=54385820;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:184:184:6:8:176:176:0.956522:99:77:4:2:99:77:4:4 chr19 54394965 . T C 348.62 PASS AF=0.4625;AO=37;DP=80;FAO=37;FDP=80;FR=.;FRO=43;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.00309316;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.005;QD=17.431;RBI=0.00639445;REFB=0.00387599;REVB=-0.00559655;RO=43;SAF=18;SAR=19;SRF=24;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0687023;STB=0.538441;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=-0.003428;OID=.;OPOS=54394965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:43:37:37:0.4625:19:18:24:19:19:18:24:19 chr19 54403925 . T C 178.8 PASS AF=0.385965;AO=22;DP=58;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=10;FWDB=-0.00561466;FXX=0.0172384;HRUN=3;LEN=1;MLLD=74.5904;QD=12.5475;RBI=0.0208554;REFB=0.000897323;REVB=0.0200854;RO=33;SAF=11;SAR=11;SRF=24;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.239477;STB=0.631468;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=-0.000848814;OID=.;OPOS=54403925;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:33:35:22:22:0.385965:11:11:24:9:11:11:25:10 chr19 54600232 . A C 600.93 PASS AF=0.580645;AO=54;DP=94;FAO=54;FDP=93;FR=.;FRO=39;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0507603;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=75.514;QD=25.8466;RBI=0.0592033;REFB=-0.00325985;REVB=-0.0304701;RO=38;SAF=26;SAR=28;SRF=24;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113239;STB=0.566642;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.000966576;OID=.;OPOS=54600232;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:38:39:54:54:0.580645:28:26:24:14:28:26:25:14 chr19 54606209 . T G 48.86 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00582436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=209.405;QD=13.9591;RBI=0.0769212;REFB=-0.0171685;REVB=-0.0767004;RO=6;SAF=5;SAR=2;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304739;STB=0.65172;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.0165038;OID=.;OPOS=54606209;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:6:7:7:7:0.5:2:5:2:4:2:5:3:4 chr19 54649671 . T C 159.8 PASS AF=1;AO=11;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0949839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=252.386;QD=45.6582;RBI=0.0959186;REFB=0;REVB=0.013358;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00162144;OID=.;OPOS=54649671;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:11:14:1:8:3:0:0:8:6:0:0 chr19 54677759 . T C 412.47 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256424;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.067;QD=54.9958;RBI=0.0574971;REFB=0;REVB=0.0514624;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307176;OID=.;OPOS=54677759;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:28:30:1:12:16:0:0:14:16:0:0 chr19 54697079 . C T 356.46 PASS AF=0.5;AO=37;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=18;FSAR=19;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.0161662;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=204.223;QD=19.2681;RBI=0.0166391;REFB=-0.00676157;REVB=0.00393861;RO=36;SAF=18;SAR=19;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0612397;STB=0.526993;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00715459;OID=.;OPOS=54697079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:36:37:37:37:0.5:19:18:20:16:19:18:20:17 chr19 54722275 . G A 246.82 PASS AF=0.490909;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=55;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0420151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4196;QD=17.9502;RBI=0.0432243;REFB=-0.0260511;REVB=0.0101523;RO=27;SAF=12;SAR=15;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510197;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=0.0242847;OID=.;OPOS=54722275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:27:28:27:27:0.490909:15:12:12:15:15:12:13:15 chr19 54723738 . G C 112.51 PASS AF=0.541667;AO=11;DP=22;FAO=13;FDP=24;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.000778432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.705;QD=18.7508;RBI=0.0260457;REFB=-0.0244643;REVB=0.0260341;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105136;STB=0.571326;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.0216267;OID=.;OPOS=54723738;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:24:11:11:11:13:0.541667:8:3:2:9:9:4:2:9 chr19 54725798 . G T 346.77 PASS AF=0.823529;AO=28;DP=34;FAO=28;FDP=34;FR=.;FRO=6;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00309342;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=34.6512;QD=40.7964;RBI=0.137008;REFB=0.0374658;REVB=0.136973;RO=3;SAF=20;SAR=8;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0104174;STB=0.526297;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=-0.005954;OID=.;OPOS=54725798;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:34:34:3:6:28:28:0.823529:8:20:2:1:8:20:5:1 chr19 54725930 . C T 122.31 PASS AF=0.451613;AO=14;DP=31;FAO=14;FDP=31;FR=.;FRO=17;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=0.0244748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.726;QD=15.7819;RBI=0.0275498;REFB=-0.00138868;REVB=-0.0126482;RO=17;SAF=7;SAR=7;SRF=16;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.432107;STB=0.74167;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.00173703;OID=.;OPOS=54725930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:17:17:14:14:0.451613:7:7:16:1:7:7:16:1 chr19 54725995 . G A 166.07 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=-0.0527978;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0361;QD=20.7591;RBI=0.0560324;REFB=-0.0383396;REVB=0.0187623;RO=15;SAF=8;SAR=9;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.271362;STB=0.652008;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0292519;OID=.;OPOS=54725995;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:15:15:17:17:0.53125:9:8:12:3:9:8:12:3 chr19 54726816 . A T 171.25 PASS AF=0.381818;AO=21;DP=54;FAO=21;FDP=55;FR=.;FRO=34;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.00617169;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.725;QD=12.4547;RBI=0.0234805;REFB=-0.0128733;REVB=-0.0226549;RO=32;SAF=9;SAR=12;SRF=20;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203622;STB=0.597846;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=0.0255976;OID=.;OPOS=54726816;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:32:34:21:21:0.381818:12:9:20:12:12:9:20:14 chr19 54726833 . T C 159.02 PASS AF=0.363636;AO=20;DP=56;FAO=20;FDP=55;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=14;FWDB=-0.0895527;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.2406;QD=11.5653;RBI=0.0933189;REFB=-0.0395063;REVB=-0.0262439;RO=35;SAF=8;SAR=12;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216557;STB=0.625775;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0563995;OID=.;OPOS=54726833;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:35:35:20:20:0.363636:12:8:21:14:12:8:21:14 chr19 54726839 . C T 150.36 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=56;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0135977;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4644;QD=11.1375;RBI=0.0540544;REFB=-0.0349137;REVB=0.0523162;RO=35;SAF=8;SAR=11;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.134807;STB=0.578864;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=0.0245395;OID=.;OPOS=54726839;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:54:35:35:19:19:0.351852:11:8:19:16:11:8:19:16 chr19 54726843 . C G 140.12 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=53;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=17;FWDB=-0.00414442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.611;QD=10.3789;RBI=0.00903965;REFB=-0.00958652;REVB=-0.00803362;RO=36;SAF=8;SAR=9;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653002;STB=0.555494;STBP=0.594;TYPE=snp;VARB=0.0126064;OID=.;OPOS=54726843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:36:36:17:18:0.333333:9:8:19:17:10:8:19:17 chr19 54726861 . C T 141.63 PASS AF=0.339623;AO=18;DP=53;FAO=18;FDP=53;FR=.;FRO=35;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=-0.0153269;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.385;QD=10.6888;RBI=0.0178224;REFB=-0.00975516;REVB=-0.00909531;RO=34;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0265565;STB=0.527203;STBP=0.798;TYPE=snp;VARB=0.066826;OID=.;OPOS=54726861;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:35:18:18:0.339623:11:7:14:20:11:7:15:20 chr19 54726872 . C G 114.27 PASS AF=0.311111;AO=14;DP=45;FAO=14;FDP=45;FR=.;FRO=31;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=20;FWDB=-0.0369264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.17;QD=10.1573;RBI=0.0422579;REFB=-0.0263639;REVB=-0.0205467;RO=31;SAF=7;SAR=7;SRF=11;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167402;STB=0.599863;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0773182;OID=.;OPOS=54726872;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:31:31:14:14:0.311111:7:7:11:20:7:7:11:20 chr19 54735619 . G A 110.69 PASS AF=0.705882;AO=11;DP=15;FAO=12;FDP=17;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0406777;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.952;QD=26.0453;RBI=0.0419437;REFB=-0.0275625;REVB=-0.0102271;RO=4;SAF=7;SAR=4;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19919;STB=0.545381;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0132908;OID=.;OPOS=54735619;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:15:17:4:5:11:12:0.705882:4:7:4:0:4:8:4:1 chr19 54744104 . T G 56.27 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.000921819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2875;QD=11.2535;RBI=0.0401274;REFB=-0.0558009;REVB=-0.0401168;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252187;STB=0.649658;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.0467756;OID=.;OPOS=54744104;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:4:4:3:9:4:4:3:9 chr19 54744209 . TA CG 207.95 PASS AF=0.403226;AO=25;DP=62;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=23;FWDB=-0.014649;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=129.991;QD=13.4159;RBI=0.0279002;REFB=-0.0157187;REVB=-0.023745;RO=36;SAF=13;SAR=12;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163677;STB=0.584016;STBP=0.279;TYPE=mnp;VARB=0.0287485;OID=.;OPOS=54744209;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:36:37:25:25:0.403226:12:13:13:23:12:13:14:23 chr19 54744361 . A C 308.87 PASS AF=0.380435;AO=35;DP=94;FAO=35;FDP=92;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=24;FSRF=31;FSRR=26;FWDB=0.00533455;FXX=0.0212743;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.5647;QD=13.4292;RBI=0.0448943;REFB=0.00555747;REVB=-0.0445762;RO=54;SAF=11;SAR=24;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245788;STB=0.646897;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=-0.0207152;OID=.;OPOS=54744361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:92:54:57:35:35:0.380435:24:11:29:25:24:11:31:26 chr19 54744387 . C T 234.22 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=0.0179165;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.255;QD=13.0123;RBI=0.0179316;REFB=-0.0156421;REVB=-0.00073654;RO=44;SAF=10;SAR=18;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226733;STB=0.629906;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0278439;OID=.;OPOS=54744387;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:18:10:25:19:18:10:25:19 chr19 54746051 . A C 828.53 PASS AF=0.566176;AO=77;DP=134;FAO=77;FDP=136;FR=.;FRO=59;FSAF=39;FSAR=38;FSRF=18;FSRR=41;FWDB=-0.0194606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2508;QD=24.3686;RBI=0.0247264;REFB=-0.0101966;REVB=-0.0152539;RO=54;SAF=39;SAR=38;SRF=17;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14525;STB=0.587171;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0104929;OID=.;OPOS=54746051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:136:54:59:77:77:0.566176:38:39:17:37:38:39:18:41 chr19 54746081 . T C 87.43 PASS AF=0.133803;AO=19;DP=143;FAO=19;FDP=142;FR=.;FRO=123;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=46;FSRR=77;FWDB=-0.0268876;FXX=0.00699252;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.041;QD=2.46273;RBI=0.0270496;REFB=-0.00385744;REVB=-0.00295655;RO=122;SAF=12;SAR=7;SRF=45;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.320917;STB=0.712665;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0268419;OID=.;OPOS=54746081;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:143:142:122:123:19:19:0.133803:7:12:45:77:7:12:46:77 chr19 54754752 . T C 296.7 PASS AF=0.434211;AO=33;DP=76;FAO=33;FDP=76;FR=.;FRO=43;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=24;FWDB=-0.0231156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.219;QD=15.6157;RBI=0.0319399;REFB=-0.00119541;REVB=0.0220415;RO=43;SAF=16;SAR=17;SRF=19;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0432031;STB=0.524366;STBP=0.71;TYPE=snp;VARB=0.00360773;OID=.;OPOS=54754752;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:43:43:33:33:0.434211:17:16:19:24:17:16:19:24 chr19 54755918 . C G 121.05 PASS AF=0.424242;AO=15;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.00687876;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.2521;QD=14.6731;RBI=0.0515665;REFB=-0.00700025;REVB=0.0511056;RO=17;SAF=10;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0788801;STB=0.539114;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0107334;OID=.;OPOS=54755918;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:17:19:15:14:0.424242:5:10:10:7:5:9:11:8 chr19 54767879 . T C 1104.09 PASS AF=0.986842;AO=71;DP=73;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=50;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00626229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.284;QD=58.1101;RBI=0.0640307;REFB=-0.0521973;REVB=0.0637237;RO=1;SAF=48;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020113;STB=0.509801;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.000163175;OID=.;OPOS=54767879;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:73:76:1:1:71:75:0.986842:23:48:0:1:25:50:0:1 chr19 54782919 . C T 761.69 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0407053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.9193;QD=56.4214;RBI=0.0512147;REFB=0;REVB=0.031081;RO=1;SAF=29;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0159704;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000244844;OID=.;OPOS=54782919;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:1:0:53:54:1:24:29:1:0:24:30:0:0 chr19 54783375 . T A 958.9 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=66;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00854921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.337;QD=57.2479;RBI=0.0144337;REFB=-0.125149;REVB=0.0116293;RO=1;SAF=41;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192744;STB=0.510201;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.000528947;OID=.;OPOS=54783375;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:67:1:1:65:66:0.985075:24:41:0:1:24:42:0:1 chr19 54783923 . A G 306.32 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0797905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1292;QD=53.2737;RBI=0.0808179;REFB=0;REVB=0.012846;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00168664;OID=.;OPOS=54783923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr19 54784130 . T C 576.57 PASS AF=1;AO=32;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0397529;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.1856;QD=59.1351;RBI=0.0457836;REFB=0;REVB=0.0227123;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106986;OID=.;OPOS=54784130;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:32:39:1:11:21:0:0:18:21:0:0 chr19 54848741 . T C 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=2;FWDB=-0.0206144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.518;QD=12.7299;RBI=0.021088;REFB=-0.0120329;REVB=-0.00444458;RO=12;SAF=7;SAR=2;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0820699;STB=0.548286;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00790767;OID=.;OPOS=54848741;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:2:7:10:2:2:7:10:2 chr19 54867572 . C T 264.05 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=22;FWDB=0.0161548;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.777;QD=15.307;RBI=0.0167483;REFB=-0.0274204;REVB=-0.00441895;RO=38;SAF=13;SAR=17;SRF=17;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141015;STB=0.501474;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0314641;OID=.;OPOS=54867572;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:38:39:30:30:0.434783:17:13:17:21:17:13:17:22 chr19 54871664 . G C 230.37 PASS AF=0.464286;AO=25;DP=55;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.00904333;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1197;QD=16.4552;RBI=0.00939906;REFB=0.00396274;REVB=-0.00256135;RO=30;SAF=18;SAR=7;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199521;STB=0.619468;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=-0.00350166;OID=.;OPOS=54871664;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:30:30:25:26:0.464286:7:18:16:14:7:19:16:14 chr19 54962579 . C T 635.11 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106706;FXX=0.0238039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.2239;QD=61.9616;RBI=0.0247775;REFB=0;REVB=0.022362;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159075;OID=.;OPOS=54962579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:41:0:0:40:41:1:20:20:0:0:20:21:0:0 chr19 54965860 . G A 289.95 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.86;QD=52.7179;RBI=0.0305114;REFB=0;REVB=0.0157765;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139725;OID=.;OPOS=54965860;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:12:8:0:0:13:9:0:0 chr19 54966579 . C G 1042.97 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0777477;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4802;QD=57.9427;RBI=0.0893702;REFB=0.0018521;REVB=-0.0440718;RO=1;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119714;STB=0.506327;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.00126661;OID=.;OPOS=54966579;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:72:1:1:71:71:0.986111:39:32:0:1:39:32:0:1 chr19 54973280 . C G 386.33 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0433729;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.057;QD=55.1895;RBI=0.0434279;REFB=0;REVB=0.00218361;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160484;OID=.;OPOS=54973280;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:28:0:0:26:28:1:12:14:0:0:13:15:0:0 chr19 54973988 . GCCT G 290.86 PASS AF=0.931034;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=29;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0303586;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=260.104;QD=40.1182;RBI=0.0395963;REFB=-0.0995228;REVB=0.0254209;RO=0;SAF=10;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.319864;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.54542;STBP=0.132;TYPE=del;VARB=0.00850411;OID=.;OPOS=54973989;OREF=CCT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.931034:27:28:27:29:2:10:17:2:0:6:0:10:17:0:0 chr19 55019402 . A G 256.49 PASS AF=0.913043;AO=21;DP=23;FAO=21;FDP=23;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.056668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.729;QD=44.6063;RBI=0.0592157;REFB=-0.0536391;REVB=-0.0171826;RO=2;SAF=13;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10217;STB=0.555502;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.00115666;OID=.;OPOS=55019402;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:23:23:2:2:21:21:0.913043:8:13:0:2:8:13:0:2 chr19 55045042 . G A 1129.02 PASS AF=0.908046;AO=78;DP=86;FAO=79;FDP=87;FR=.;FRO=8;FSAF=26;FSAR=53;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=0.0434058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.162;QD=51.9089;RBI=0.0435416;REFB=-0.0814152;REVB=0.00343612;RO=8;SAF=25;SAR=53;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0109247;STB=0.504761;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.00339287;OID=.;OPOS=55045042;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:86:87:8:8:78:79:0.908046:53:25:3:5:53:26:3:5 chr19 55045043 . T A 31.7 PASS AF=0.091954;AO=8;DP=87;FAO=8;FDP=87;FR=.;FRO=79;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=53;FWDB=0.0505466;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=40.9199;QD=1.45746;RBI=0.0598166;REFB=-0.0243912;REVB=-0.0319853;RO=79;SAF=3;SAR=5;SRF=26;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0576298;STB=0.545345;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0702359;OID=.;OPOS=55045043;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:87:87:79:79:8:8:0.091954:5:3:26:53:5:3:26:53 chr19 55085399 . G A 542.02 PASS AF=0.446154;AO=58;DP=130;FAO=58;FDP=130;FR=.;FRO=72;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=31;FSRR=41;FWDB=-0.00544542;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=246.227;QD=16.6775;RBI=0.0128336;REFB=-0.0245813;REVB=-0.011621;RO=70;SAF=26;SAR=32;SRF=31;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00537975;STB=0.509937;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0272089;OID=.;OPOS=55085399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:130:70:72:58:58:0.446154:32:26:31:39:32:26:31:41 chr19 55086775 . C T 1146.05 PASS AF=0.88764;AO=73;DP=90;FAO=79;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=7;FSAF=37;FSAR=42;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=-0.0140745;FXX=0.0111099;HRUN=5;LEN=1;MLLD=133.802;QD=51.5077;RBI=0.015092;REFB=0.00695912;REVB=0.00544762;RO=7;SAF=33;SAR=40;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0669759;STB=0.520042;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=-0.000175482;OID=.;OPOS=55086775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:26:90:89:7:7:73:79:0.88764:40:33:6:1:42:37:5:2 chr19 55098667 . G A 538.94 PASS AF=0.463415;AO=56;DP=124;FAO=57;FDP=123;FR=.;FRO=66;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=33;FSRR=33;FWDB=0.00789188;FXX=0.0159987;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2112;QD=17.5264;RBI=0.00824768;REFB=0.00446629;REVB=-0.00239632;RO=63;SAF=33;SAR=23;SRF=32;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787572;STB=0.542842;STBP=0.394;TYPE=snp;VARB=-0.002577;OID=.;OPOS=55098667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:123:63:66:56:57:0.463415:23:33:32:31:24:33:33:33 chr19 55105722 . G C 328.93 PASS AF=0.356522;AO=41;DP=114;FAO=41;FDP=115;FR=.;FRO=74;FSAF=25;FSAR=16;FSRF=37;FSRR=37;FWDB=-0.00283041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.436;QD=11.4409;RBI=0.00992478;REFB=-0.00816033;REVB=-0.00951262;RO=73;SAF=25;SAR=16;SRF=37;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.117061;STB=0.571825;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.0264029;OID=.;OPOS=55105722;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:115:73:74:41:41:0.356522:16:25:37:36:16:25:37:37 chr19 55105727 . A G 341.11 PASS AF=0.362069;AO=42;DP=114;FAO=42;FDP=116;FR=.;FRO=74;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=0.0102842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.343;QD=11.7624;RBI=0.0183149;REFB=-0.0228717;REVB=-0.0151549;RO=72;SAF=28;SAR=14;SRF=34;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220795;STB=0.61899;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0319718;OID=.;OPOS=55105727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:116:72:74:42:42:0.362069:14:28:34:38:14:28:36:38 chr19 55105743 . A G 337.23 PASS AF=0.352941;AO=42;DP=119;FAO=42;FDP=119;FR=.;FRO=77;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=40;FSRR=37;FWDB=-0.0080294;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.59;QD=11.3353;RBI=0.00829928;REFB=-0.00704593;REVB=-0.00209925;RO=76;SAF=26;SAR=16;SRF=39;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121639;STB=0.566114;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.00873861;OID=.;OPOS=55105743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:76:77:42:42:0.352941:16:26:39:37:16:26:40:37 chr19 55106317 . A G 355.75 PASS AF=0.44186;AO=38;DP=86;FAO=38;FDP=86;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=29;FSRR=19;FWDB=-0.00253619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.857;QD=16.5467;RBI=0.00842816;REFB=-0.00623944;REVB=-0.00803751;RO=48;SAF=20;SAR=18;SRF=29;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0779816;STB=0.54375;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0213011;OID=.;OPOS=55106317;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:48:48:38:38:0.44186:18:20:29:19:18:20:29:19 chr19 55106338 . A C 259.98 PASS AF=0.382716;AO=29;DP=82;FAO=31;FDP=81;FR=.;FRO=50;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=22;FWDB=-0.00442583;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.143;QD=12.8383;RBI=0.00957302;REFB=-0.0145057;REVB=-0.00848851;RO=46;SAF=15;SAR=14;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0750712;STB=0.54687;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0279723;OID=.;OPOS=55106338;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:81:46:50:29:31:0.382716:14:15:27:19:16:15:28:22 chr19 55106590 . A G 411.51 PASS AF=0.57971;AO=38;DP=68;FAO=40;FDP=69;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.0219865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.218;QD=23.8558;RBI=0.0265012;REFB=-0.036501;REVB=-0.0147955;RO=28;SAF=16;SAR=22;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223982;STB=0.504823;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.0190872;OID=.;OPOS=55106590;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:69:28:29:38:40:0.57971:22:16:11:17:23:17:12:17 chr19 55106696 . C T 474.22 PASS AF=0.382979;AO=54;DP=141;FAO=54;FDP=141;FR=.;FRO=87;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=40;FSRR=47;FWDB=0.00452437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.926;QD=13.4531;RBI=0.0045406;REFB=-0.00984284;REVB=-0.000383539;RO=85;SAF=27;SAR=27;SRF=38;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0572205;STB=0.524814;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=0.0128404;OID=.;OPOS=55106696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:141:141:85:87:54:54:0.382979:27:27:38:47:27:27:40:47 chr19 55106865 . T C 282.29 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0131875;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.953;QD=22.5831;RBI=0.0143824;REFB=-0.0188025;REVB=-0.00573967;RO=24;SAF=10;SAR=16;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0864516;STB=0.548137;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0148374;OID=.;OPOS=55106865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:16:10:7:17:16:10:7:17 chr19 55107308 . G C 128.18 PASS AF=0.357143;AO=14;DP=41;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=0.00215486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.709;QD=12.208;RBI=0.0130742;REFB=-0.0137215;REVB=-0.0128954;RO=27;SAF=3;SAR=11;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.333547;STB=0.651354;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0167931;OID=.;OPOS=55107308;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:27:27:14:15:0.357143:11:3:13:14:11:4:13:14 chr19 55107313 . T C 117.17 PASS AF=0.357143;AO=12;DP=39;FAO=15;FDP=42;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0282052;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.469;QD=11.1594;RBI=0.0284651;REFB=-0.0138881;REVB=-0.00383755;RO=27;SAF=2;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.381369;STB=0.628389;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.015526;OID=.;OPOS=55107313;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:42:27:27:12:15:0.357143:10:2:12:15:11:4:12:15 chr19 55107336 . C T 61.81 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0435324;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9464;QD=7.27139;RBI=0.0451014;REFB=-0.0113805;REVB=0.0117927;RO=24;SAF=2;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.424743;STB=0.756169;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.0224408;OID=.;OPOS=55107336;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:34:34:24:25:9:9:0.264706:7:2:14:10:7:2:14:11 chr19 55107343 . T C 52.36 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0256573;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.951;QD=6.54514;RBI=0.0257344;REFB=-0.00901834;REVB=-0.00198965;RO=23;SAF=3;SAR=5;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220255;STB=0.624688;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.0266241;OID=.;OPOS=55107343;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:32:32:23:24:8:8:0.25:5:3:13:10:5:3:13:11 chr19 55142101 . G A 449.85 PASS AF=1;AO=31;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0310823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7392;QD=56.231;RBI=0.0406783;REFB=0;REVB=0.0262413;RO=0;SAF=17;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00226162;OID=.;OPOS=55142101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:31:32:1:14:17:0:0:14:18:0:0 chr19 55142738 . CA C,CC 338.43 PASS AF=0.04,0.96;AO=5,20;DP=25;FAO=1,24;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=1,14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00501001,-0.0019528;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=261.83,277.578;QD=54.1481;RBI=0.0293935,0.0263853;REFB=0,0;REVB=0.0289634,0.0263129;RO=0;SAF=1,9;SAR=4,11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.0487e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0553857,0.00196662;OID=.,.;OPOS=55142739,55142739;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.04,0.96:5,20:25:1,24:25:0:0,10:1,14:0:0:3:0:1,9:4,11:0:0 chr19 55143083 . T C 1603.56 PASS AF=1;AO=105;DP=105;FAO=107;FDP=107;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=301.895;QD=59.9461;RBI=0.0198406;REFB=0;REVB=0.00568684;RO=0;SAF=53;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.75406e-06;OID=.;OPOS=55143083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:105:107:0:0:105:107:1:52:53:0:0:53:54:0:0 chr19 55143156 . TG CA 480.42 PASS AF=0.485714;AO=51;DP=106;FAO=51;FDP=105;FR=.;FRO=54;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=20;FSRR=34;FWDB=0.0210724;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=2;MLLD=235.368;QD=18.3017;RBI=0.0211285;REFB=-0.0131427;REVB=0.00153888;RO=54;SAF=28;SAR=23;SRF=20;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16449;STB=0.591076;STBP=0.08;TYPE=mnp;VARB=0.0157294;OID=.;OPOS=55143156;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:105:54:54:51:51:0.485714:23:28:20:34:23:28:20:34 chr19 55143452 . T C 748.69 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.000348075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.699;QD=54.4499;RBI=0.00785539;REFB=0.0308783;REVB=0.00784768;RO=1;SAF=18;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132734;STB=0.506847;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=-0.000621554;OID=.;OPOS=55143452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:55:1:1:53:54:0.981818:35:18:0:1:36:18:0:1 chr19 55143491 . G T 1174.7 PASS AF=0.987342;AO=77;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0011445;FXX=0.0124984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.722;QD=59.4785;RBI=0.0222604;REFB=-0.158537;REVB=0.0222309;RO=1;SAF=29;SAR=48;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0160389;STB=0.508472;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000622263;OID=.;OPOS=55143491;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:77:78:0.987342:48:29:1:0:49:29:1:0 chr19 55148242 . C T 263.45 PASS AF=0.518519;AO=28;DP=54;FAO=28;FDP=54;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00279704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.635;QD=19.515;RBI=0.0085791;REFB=-0.0203271;REVB=-0.00811034;RO=26;SAF=17;SAR=11;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271321;STB=0.515141;STBP=0.855;TYPE=snp;VARB=0.0346357;OID=.;OPOS=55148242;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:26:26:28:28:0.518519:11:17:15:11:11:17:15:11 chr19 55148249 . G A 256.09 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.0237796;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.5047;QD=17.9714;RBI=0.0272735;REFB=-0.00836093;REVB=-0.0133556;RO=29;SAF=17;SAR=11;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0836955;STB=0.546942;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.00841358;OID=.;OPOS=55148249;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:11:17:15:14:11:17:15:14 chr19 55176535 . C T 106.37 PASS AF=0.464286;AO=12;DP=26;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.000342324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.279;QD=15.1958;RBI=0.107058;REFB=-0.0159142;REVB=-0.107058;RO=12;SAF=8;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.288616;STB=0.680587;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00619338;OID=.;OPOS=55176535;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:28:12:15:12:13:0.464286:4:8:4:8:5:8:4:11 chr19 55177878 . GAAAAC GAAA,GAAAC 30.44 PASS AF=0,0.333333;AO=3,6;DP=24;FAO=0,8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=0,5;FSAR=0,3;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0646241,0.058695;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=2,1;MLLD=131.454,15.2568;QD=5.07413;RBI=0.0663386,0.0616888;REFB=-0.00320114,-0.0747446;REVB=-0.0149843,-0.0189845;RO=15;SAF=3,2;SAR=0,4;SRF=3;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0.313592,0.313592;SSSB=0.741484,0.184421;STB=0.5,0.768678;STBP=1,0.104;TYPE=del,del;VARB=0,0.133481;OID=.,.;OPOS=55177882,55177879;OREF=AC,A;OALT=-,-;OMAPALT=GAAA,GAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.333333:3,6:24:0,8:24:16:0,5:0,3:3:13:31:15:3,2:0,4:3:12 chr19 55178162 . A G 51.88 PASS AF=0.235294;AO=8;DP=34;FAO=8;FDP=34;FR=.;FRO=26;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=17;FWDB=-0.0235155;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.5571;QD=6.10389;RBI=0.0803705;REFB=0.00230706;REVB=-0.0768534;RO=26;SAF=3;SAR=5;SRF=9;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0369951;STB=0.523751;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=-0.0183482;OID=.;OPOS=55178162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:34:34:26:26:8:8:0.235294:5:3:9:17:5:3:9:17 chr19 55237616 . C T 851.07 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00643667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.211;QD=57.6996;RBI=0.0068598;REFB=0;REVB=0.00237195;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.09874e-06;OID=.;OPOS=55237616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr19 55237677 . C T 638.29 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0215151;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.565;QD=59.3761;RBI=0.0346716;REFB=0.0266421;REVB=0.0271885;RO=1;SAF=15;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170712;STB=0.509087;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000707899;OID=.;OPOS=55237677;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:27:15:0:1:27:15:0:1 chr19 55239223 . G A 1044.37 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.51;QD=59.6783;RBI=0.0456022;REFB=0;REVB=0.0422799;RO=0;SAF=35;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.69114e-05;OID=.;OPOS=55239223;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:35:35:0:0:35:35:0:0 chr19 55246739 . C T 482.68 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=22;FWDB=0.0526241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8905;QD=20.7603;RBI=0.053632;REFB=-0.00111395;REVB=-0.0103486;RO=46;SAF=20;SAR=27;SRF=24;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0866095;STB=0.54795;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.00131664;OID=.;OPOS=55246739;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:46:47:47:0.505376:27:20:24:22:27:20:24:22 chr19 55286650 . T C 188.98 PASS AF=0.408163;AO=19;DP=50;FAO=20;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=28;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00563145;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.034;QD=15.4265;RBI=0.013926;REFB=-0.0215979;REVB=-0.0127365;RO=20;SAF=14;SAR=5;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0954929;STB=0.681625;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0238068;OID=.;OPOS=55286650;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:20:28:19:20:0.408163:5:14:13:7:5:15:13:15 chr19 55286665 . T A 341.91 PASS AF=0.486486;AO=35;DP=73;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=28;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0121873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.116;QD=18.4815;RBI=0.0224826;REFB=-0.0224768;REVB=-0.0188928;RO=37;SAF=27;SAR=8;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388845;STB=0.716043;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0138005;OID=.;OPOS=55286665;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:37:38:35:36:0.486486:8:27:14:23:8:28:15:23 chr19 55286767 . G T 199.17 PASS AF=0.266055;AO=27;DP=111;FAO=29;FDP=109;FR=.,HEALED;FRO=80;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=39;FSRR=41;FWDB=-0.0611649;FXX=0.0180164;HRUN=3;LEN=1;MLLD=251.409;QD=7.30885;RBI=0.0759486;REFB=-0.0099197;REVB=-0.0450227;RO=57;SAF=18;SAR=9;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247347;STB=0.625477;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0609484;OID=.;OPOS=55286767;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:109:57:80:27:29:0.266055:9:18:26:31:10:19:39:41 chr19 55286770 . C G 195.97 PASS AF=0.261261;AO=29;DP=111;FAO=29;FDP=111;FR=.;FRO=82;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=39;FSRR=43;FWDB=-0.0557495;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.936;QD=7.06188;RBI=0.0589007;REFB=-0.00419693;REVB=-0.0190074;RO=82;SAF=20;SAR=9;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268622;STB=0.661885;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0362545;OID=.;OPOS=55286770;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:111:82:82:29:29:0.261261:9:20:39:43:9:20:39:43 chr19 55286773 . AGG GCA 203.42 PASS AF=0.263158;AO=30;DP=114;FAO=30;FDP=114;FR=.;FRO=84;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=40;FSRR=44;FWDB=-0.0294759;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=219.117;QD=7.1375;RBI=0.0409025;REFB=-0.00667394;REVB=-0.0283581;RO=82;SAF=20;SAR=10;SRF=39;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.237412;STB=0.64276;STBP=0.088;TYPE=mnp;VARB=0.0486513;OID=.;OPOS=55286773;OREF=AGG;OALT=GCA;OMAPALT=GCA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:114:82:84:30:30:0.263158:10:20:39:43:10:20:40:44 chr19 55286795 . T C 153.77 PASS AF=0.228571;AO=24;DP=104;FAO=24;FDP=105;FR=.;FRO=81;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=34;FSRR=47;FWDB=0.0146974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3436;QD=5.85777;RBI=0.0167745;REFB=-0.00402977;REVB=0.00808502;RO=78;SAF=15;SAR=9;SRF=32;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263752;STB=0.655611;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.025421;OID=.;OPOS=55286795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:105:78:81:24:24:0.228571:9:15:32:46:9:15:34:47 chr19 55317456 . G A 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0207722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.025;QD=51.1777;RBI=0.0214387;REFB=0;REVB=0.00530384;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000203023;OID=.;OPOS=55317456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr19 55317669 . C G 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184711;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.915;QD=50.4135;RBI=0.0227211;REFB=0;REVB=-0.0132312;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.09081e-05;OID=.;OPOS=55317669;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr19 55320279 . G A 1190.72 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00782964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4704;QD=61.0626;RBI=0.0200313;REFB=0;REVB=0.0184377;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000230784;OID=.;OPOS=55320279;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:35:42:0:0:36:42:0:0 chr19 55324635 . T C 765.49 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000627817;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.6762;QD=63.7909;RBI=0.000817162;REFB=0;REVB=-0.000523066;RO=0;SAF=26;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.76017e-06;OID=.;OPOS=55324635;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:22:26:0:0:22:26:0:0 chr19 55325455 . G A 242.04 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356401;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.502;QD=50.9566;RBI=0.0375269;REFB=0;REVB=0.0117497;RO=0;SAF=13;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.63272e-05;OID=.;OPOS=55325455;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:6:13:0:0:6:13:0:0 chr19 55327930 . A G 69.15 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.23;QD=34.5754;RBI=0.0855278;REFB=0;REVB=-0.0822495;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00417875;OID=.;OPOS=55327930;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:3:4:0:0:3:5:0:0 chr19 55327960 . C T 115.96 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00665492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.688;QD=42.1669;RBI=0.007284;REFB=0;REVB=-0.00296119;RO=0;SAF=7;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.85618e-05;OID=.;OPOS=55327960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:4:7:0:0:4:7:0:0 chr19 55328959 . G T 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.786;QD=60.607;RBI=0.0229939;REFB=0;REVB=-0.0207;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.55848e-05;OID=.;OPOS=55328959;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:17:21:0:0:17:21:0:0 chr19 55328993 . G C 596.28 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000922108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.2347;QD=59.6284;RBI=0.0693457;REFB=0;REVB=0.0693396;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00262349;OID=.;OPOS=55328993;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:40:0:0:38:40:1:16:22:0:0:18:22:0:0 chr19 55329021 . A G 557.35 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.97;QD=60.2544;RBI=0.0302058;REFB=0;REVB=0.00648659;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159009;OID=.;OPOS=55329021;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:36:37:1:19:17:0:0:20:17:0:0 chr19 55329783 . A G 554.59 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0011798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=88.7815;QD=55.4586;RBI=0.0337502;REFB=-0.0441233;REVB=-0.0337296;RO=1;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0267628;STB=0.502658;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.000782116;OID=.;OPOS=55329783;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:1:2:38:38:0.95:17:21:0:1:17:21:1:1 chr19 55329901 . A G 598.46 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487372;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.706;QD=61.3804;RBI=0.0488997;REFB=0;REVB=0.00398403;RO=0;SAF=15;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000301729;OID=.;OPOS=55329901;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:24:15:0:0:24:15:0:0 chr19 55329922 . A T 434.45 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0234104;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5594;QD=54.3057;RBI=0.0563475;REFB=-0.0947953;REVB=0.0512543;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.513505;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.00369223;OID=.;OPOS=55329922;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:0:1:31:31:0.96875:18:13:0:0:18:13:0:1 chr19 55333096 . T C 637.81 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00571071;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.882;QD=60.7442;RBI=0.0107592;REFB=0;REVB=0.0091186;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000123885;OID=.;OPOS=55333096;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:0:0:40:42:1:18:22:0:0:19:23:0:0 chr19 55359272 . C G 1461.87 PASS AF=0.959596;AO=95;DP=99;FAO=95;FDP=99;FR=.;FRO=4;FSAF=36;FSAR=59;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0531494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.8165;QD=59.0655;RBI=0.0558727;REFB=-0.133069;REVB=-0.0172306;RO=3;SAF=36;SAR=59;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037883;STB=0.52631;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0142673;OID=.;OPOS=55359272;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:99:99:3:4:95:95:0.959596:59:36:3:0:59:36:4:0 chr19 55361942 . G T 747.99 PASS AF=1;AO=47;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390205;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.539;QD=59.8389;RBI=0.0828956;REFB=-0.170263;REVB=0.0731374;RO=2;SAF=27;SAR=20;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0058354;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00273025;OID=.;OPOS=55361942;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:50:2:0:47:50:1:20:27:1:1:21:29:0:0 chr19 55362719 . G T 1539.68 PASS AF=1;AO=102;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390204;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.499;QD=59.7932;RBI=0.0391427;REFB=0;REVB=-0.00309126;RO=0;SAF=50;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.12779e-05;OID=.;OPOS=55362719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:102:103:1:52:50:0:0:53:50:0:0 chr19 55365320 . G T 731.11 PASS AF=0.963636;AO=53;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00212832;FXX=0.0350816;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.175;QD=53.1714;RBI=0.00367017;REFB=-0.0426831;REVB=0.00299005;RO=2;SAF=34;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0470366;STB=0.52499;STBP=0.081;TYPE=snp;VARB=0.000437242;OID=.;OPOS=55365320;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:55:55:2:2:53:53:0.963636:19:34:0:2:19:34:0:2 chr19 55396900 . A G 557.13 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00614984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=327.97;QD=60.2307;RBI=0.0281693;REFB=0;REVB=0.0274898;RO=0;SAF=21;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.10572e-05;OID=.;OPOS=55396900;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:16:21:0:0:16:21:0:0 chr19 55420801 . C A 94.71 PASS AF=0.342857;AO=12;DP=35;FAO=12;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.00776149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.309;QD=10.8236;RBI=0.0154751;REFB=-0.0165281;REVB=0.013388;RO=23;SAF=7;SAR=5;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0203466;STB=0.512175;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0266762;OID=.;OPOS=55420801;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:35:35:23:23:12:12:0.342857:5:7:13:10:5:7:13:10 chr19 55423530 . C T 245.58 PASS AF=0.560976;AO=23;DP=41;FAO=23;FDP=41;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0177945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.494;QD=23.9594;RBI=0.0520517;REFB=0.0128705;REVB=0.0489156;RO=18;SAF=12;SAR=11;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147834;STB=0.582208;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=-0.00740206;OID=.;OPOS=55423530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:18:18:23:23:0.560976:11:12:6:12:11:12:6:12 chr19 55441902 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113228;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.553;QD=53.9108;RBI=0.0310334;REFB=0;REVB=0.028894;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167799;OID=.;OPOS=55441902;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:15:9:0:0:15:9:0:0 chr19 55441995 . A G 393.34 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0517253;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.54;QD=56.191;RBI=0.0587019;REFB=0;REVB=0.0277562;RO=0;SAF=12;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000631366;OID=.;OPOS=55441995;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:16:12:0:0:16:12:0:0 chr19 55458890 . TA T 99.83 PASS AF=0.52381;AO=18;DP=42;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=0.0360208;FXX=0.0232504;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.2576;QD=9.50744;RBI=0.188906;REFB=-0.134934;REVB=-0.18544;RO=18;SAF=8;SAR=10;SRF=15;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0.311828;SSSB=-0.336673;STB=0.638179;STBP=0.076;TYPE=del;VARB=0.117653;OID=.;OPOS=55458891;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52381:18:42:22:42:20:10:12:15:5:49:18:8:10:15:3 chr19 55485899 . G A 161.56 PASS AF=0.571429;AO=15;DP=30;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0336291;FXX=0.096743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.326;QD=23.0803;RBI=0.0426704;REFB=-0.014183;REVB=0.0262649;RO=12;SAF=11;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.27002;STB=0.659786;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0238511;OID=.;OPOS=55485899;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:28:12:12:15:16:0.571429:4:11:5:7:4:12:5:7 chr19 55494881 . C G 70.36 PASS AF=0.285714;AO=8;DP=34;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.00269484;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.0069;QD=8.04061;RBI=0.0420235;REFB=0.0144117;REVB=0.041937;RO=25;SAF=4;SAR=4;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215733;STB=0.560858;STBP=0.686;TYPE=snp;VARB=-0.0134653;OID=.;OPOS=55494881;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:34:35:25:25:8:10:0.285714:4:4:8:17:6:4:8:17 chr19 55501579 . A C 249.91 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.010793;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.256;QD=16.6604;RBI=0.0306872;REFB=-0.0294655;REVB=-0.0287265;RO=32;SAF=19;SAR=9;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14972;STB=0.584553;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0427012;OID=.;OPOS=55501579;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:32:32:28:28:0.466667:9:19:17:15:9:19:17:15 chr19 55512137 . C A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0523182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.986;QD=51.1845;RBI=0.0529652;REFB=0;REVB=-0.00825356;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000410565;OID=.;OPOS=55512137;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr19 55525894 . G A 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00776926;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=84.8274;QD=56.1869;RBI=0.0356129;REFB=0;REVB=0.0347551;RO=0;SAF=17;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000418843;OID=.;OPOS=55525894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:11:17:0:0:11:17:0:0 chr19 55526345 . T G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306191;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.485;QD=51.9167;RBI=0.0353996;REFB=0;REVB=0.0177651;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000117309;OID=.;OPOS=55526345;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:5:16:0:0:5:16:0:0 chr19 55526359 . A T 306.28 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.337;QD=53.2655;RBI=0.0715851;REFB=0;REVB=0.0312694;RO=0;SAF=16;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000671922;OID=.;OPOS=55526359;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:7:16:0:0:7:16:0:0 chr19 55526373 . G C 121.09 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0145403;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.8593;QD=25.4932;RBI=0.0145476;REFB=-0.039843;REVB=-0.000459979;RO=6;SAF=10;SAR=3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769806;STB=0.543408;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0273813;OID=.;OPOS=55526373;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:3:10:4:2:3:10:4:2 chr19 55527081 . C T 622.38 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0262984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.864;QD=60.7202;RBI=0.0340429;REFB=0;REVB=0.0216174;RO=0;SAF=16;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029154;OID=.;OPOS=55527081;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:24:16:0:0:24:17:0:0 chr19 55530035 . C T 679.53 PASS AF=0.978723;AO=42;DP=44;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0847374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.841;QD=57.8321;RBI=0.0855264;REFB=-0.0733047;REVB=0.0115904;RO=1;SAF=17;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184086;STB=0.50943;STBP=0.504;TYPE=snp;VARB=0.0126381;OID=.;OPOS=55530035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:47:1:1:42:46:0.978723:25:17:0:1:26:20:0:1 chr19 55536595 . G A 743.71 PASS AF=0.96;AO=48;DP=50;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00858593;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=258.105;QD=59.4971;RBI=0.00948598;REFB=-0.205508;REVB=-0.00403307;RO=2;SAF=24;SAR=24;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100828;OID=.;OPOS=55536595;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:50:2:2:48:48:0.96:24:24:1:1:24:24:1:1 chr19 55538980 . T C 1016.37 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00895664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.985;QD=58.9202;RBI=0.0355943;REFB=0;REVB=0.034449;RO=0;SAF=34;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.61397e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000242107;OID=.;OPOS=55538980;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:67:69:1:33:34:0:0:35:34:0:0 chr19 55539061 . A G 1279.42 PASS AF=0.977273;AO=80;DP=85;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=42;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0216003;FXX=0.0112347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.7584;QD=58.1553;RBI=0.0774426;REFB=0.00970044;REVB=0.0743692;RO=2;SAF=41;SAR=39;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0225334;STB=0.511109;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.000845308;OID=.;OPOS=55539061;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:85:88:2:2:80:86:0.977273:39:41:2:0:42:44:2:0 chr19 55539072 . T G 1306.3 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0105309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.624;QD=60.7583;RBI=0.0155641;REFB=-0.130969;REVB=-0.0114603;RO=0;SAF=42;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505881;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.000298446;OID=.;OPOS=55539072;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:0:1:85:85:0.988372:43:42:0:0:43:42:1:0 chr19 55570574 . A G 982.59 PASS AF=1;AO=66;DP=66;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02983;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.84;QD=58.6618;RBI=0.0344566;REFB=0;REVB=0.017246;RO=0;SAF=24;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1333e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300249;OID=.;OPOS=55570574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:67:0:0:66:67:1:42:24:0:0:42:25:0:0 chr19 55614923 . T C 62.23 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00879573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2323;QD=35.5622;RBI=0.100353;REFB=0;REVB=-0.0999665;RO=0;SAF=6;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0111541;OID=.;OPOS=55614923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:1:6:0:0:1:6:0:0 chr19 55644325 . A C 143.83 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.177593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.588;QD=44.2556;RBI=0.178283;REFB=0;REVB=0.0156764;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00767535;OID=.;OPOS=55644325;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:12:13:1:7:5:0:0:8:5:0:0 chr19 55653297 . A C 124.85 PASS AF=0.5;AO=14;DP=28;FAO=14;FDP=28;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0114335;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.3357;QD=17.8361;RBI=0.0130339;REFB=-0.012684;REVB=0.0062576;RO=14;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245508;STB=0.639808;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0120127;OID=.;OPOS=55653297;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:14:14:14:14:0.5:8:6:10:4:8:6:10:4 chr19 55660537 . T C 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0517213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.7755;QD=40.7608;RBI=0.065323;REFB=0;REVB=0.0398998;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000514939;OID=.;OPOS=55660537;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chr19 55668509 . A T 812.38 PASS AF=1;AO=52;DP=55;FAO=58;FDP=58;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0312476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.9097;QD=56.0261;RBI=0.0412478;REFB=0;REVB=0.0269252;RO=0;SAF=13;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.05892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00291356;OID=.;OPOS=55668509;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:55:58:0:0:52:58:1:39:13:0:0:40:18:0:0 chr19 55671337 . C T 109.18 PASS AF=0.916667;AO=10;DP=11;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0898336;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.385;QD=36.3935;RBI=0.0899349;REFB=-0.0486115;REVB=-0.00426794;RO=1;SAF=1;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290714;STB=0.599799;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.00197052;OID=.;OPOS=55671337;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:11:12:1:1:10:11:0.916667:9:1:1:0:9:2:1:0 chr19 55693244 . T C 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.599;QD=57.3847;RBI=0.0521506;REFB=0;REVB=-0.0510076;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0002013;OID=.;OPOS=55693244;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:37:20:0:0:37:20:0:0 chr19 55699454 . T C 804.97 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227646;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.2216;QD=64.3974;RBI=0.0265861;REFB=0;REVB=0.013733;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000232234;OID=.;OPOS=55699454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:20:30:0:0:20:30:0:0 chr19 55702871 . A G 236.84 PASS AF=0.394366;AO=27;DP=69;FAO=28;FDP=71;FR=.;FRO=43;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=0.0128975;FXX=0.0273935;HRUN=3;LEN=1;MLLD=126.973;QD=13.3432;RBI=0.0140275;REFB=-0.0147396;REVB=0.00551604;RO=41;SAF=10;SAR=17;SRF=22;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177606;STB=0.600332;STBP=0.175;TYPE=snp;VARB=0.0142017;OID=.;OPOS=55702871;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:41:43:27:28:0.394366:17:10:22:19:17:11:24:19 chr19 55708557 . A G 1044.15 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0146267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.092;QD=59.6654;RBI=0.0206866;REFB=0;REVB=-0.0146286;RO=0;SAF=43;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.79396e-05;OID=.;OPOS=55708557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:27:43:0:0:27:43:0:0 chr19 55713535 . G A 1513.07 PASS AF=1;AO=95;DP=96;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488659;FXX=0.0104156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.85;QD=63.7083;RBI=0.0539532;REFB=0;REVB=0.022871;RO=0;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00019881;OID=.;OPOS=55713535;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:95:0:0:95:95:1:45:50:0:0:45:50:0:0 chr19 55715319 . C G 1441.59 PASS AF=0.978947;AO=93;DP=95;FAO=93;FDP=95;FR=.;FRO=2;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-4.52772e-05;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.756;QD=60.6987;RBI=0.0153033;REFB=-0.0219618;REVB=0.0153033;RO=1;SAF=46;SAR=47;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101954;STB=0.500113;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000591595;OID=.;OPOS=55715319;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:95:1:2:93:93:0.978947:47:46:1:0:47:46:1:1 chr19 55738634 . T C 613.35 PASS AF=0.909091;AO=40;DP=44;FAO=40;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0156262;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7162;QD=55.7589;RBI=0.105329;REFB=-0.13513;REVB=0.104164;RO=1;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0302369;STB=0.531234;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.00559505;OID=.;OPOS=55738634;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:44:44:1:2:40:40:0.909091:15:25:0:1:15:25:0:2 chr19 55791091 . C T 375.54 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.073;QD=55.6353;RBI=0.0424301;REFB=0;REVB=0.0396182;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000191444;OID=.;OPOS=55791091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr19 55815159 . C A 617.56 PASS AF=0.597826;AO=55;DP=92;FAO=55;FDP=92;FR=.;FRO=37;FSAF=19;FSAR=36;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=-0.000528272;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=226.182;QD=26.8502;RBI=0.0092363;REFB=-0.0124718;REVB=0.00922118;RO=36;SAF=19;SAR=36;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0981903;STB=0.549134;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.00704393;OID=.;OPOS=55815159;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:36:37:55:55:0.597826:36:19:17:19:36:19:17:20 chr19 55824332 . T G 178.43 PASS AF=0.395833;AO=18;DP=45;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=-0.00853911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.805;QD=14.869;RBI=0.0238264;REFB=-0.0164106;REVB=-0.0222437;RO=27;SAF=7;SAR=11;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136183;STB=0.571352;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0283733;OID=.;OPOS=55824332;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:48:27:29:18:19:0.395833:11:7:14:13:12:7:14:15 chr19 55856083 . T C 147.08 PASS AF=0.516129;AO=15;DP=30;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0366626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.057;QD=18.9778;RBI=0.0375745;REFB=-0.0305969;REVB=0.00822812;RO=15;SAF=9;SAR=6;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.518496;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0405177;OID=.;OPOS=55856083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:15:15:15:16:0.516129:6:9:9:6:7:9:9:6 chr19 55856211 . C T 669.85 PASS AF=0.918367;AO=45;DP=49;FAO=45;FDP=49;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.010466;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=168.158;QD=54.6817;RBI=0.019146;REFB=-0.014918;REVB=0.0160322;RO=4;SAF=19;SAR=26;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271313;STB=0.514466;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.000200253;OID=.;OPOS=55856211;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:49:49:4:4:45:45:0.918367:26:19:1:3:26:19:1:3 chr19 55859439 . C A 400.75 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=68;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=12;FSAR=27;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0114694;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.115;QD=23.9255;RBI=0.0150187;REFB=-0.0174569;REVB=-0.00969618;RO=28;SAF=12;SAR=27;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0734999;STB=0.540449;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00829683;OID=.;OPOS=55859439;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:28:28:39:39:0.58209:27:12:11:17:27:12:11:17 chr19 55870104 . G C 959.02 PASS AF=0.985075;AO=65;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00219917;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=290.664;QD=57.2549;RBI=0.0179633;REFB=-0.123303;REVB=0.0178282;RO=1;SAF=25;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011665;STB=0.506022;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000180988;OID=.;OPOS=55870104;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:67:1:1:65:66:0.985075:40:25:0:1:41:25:0:1 chr19 55870289 . C T 307.07 PASS AF=0.923077;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=26;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0394293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.0537;QD=47.242;RBI=0.0696494;REFB=-0.201895;REVB=0.057414;RO=1;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319609;STB=0.533306;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0138104;OID=.;OPOS=55870289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:25:26:1:2:24:24:0.923077:14:10:0:1:14:10:0:2 chr19 55870351 . T C 277.18 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0174217;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.961;QD=52.7964;RBI=0.0195399;REFB=0;REVB=0.00884819;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.10478e-06;OID=.;OPOS=55870351;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr19 55870566 . C T 45.68 PASS AF=0.28;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.044931;FXX=0.0384468;HRUN=5;LEN=1;MLLD=89.7442;QD=7.30895;RBI=0.0451978;REFB=0.00215482;REVB=-0.00490361;RO=18;SAF=1;SAR=6;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.459736;STB=0.799041;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=-0.0104703;OID=.;OPOS=55870566;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:26:25:18:18:7:7:0.28:6:1:9:9:6:1:9:9 chr19 55870599 . TC T,TG 356.89 PASS AF=0.0384615,0.961538;AO=8,17;DP=26;FAO=1,25;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=1,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113162,-0.0810623;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=174.802,196.563;QD=54.9067;RBI=0.039573,0.0995694;REFB=0,0;REVB=0.0379205,0.0578184;RO=0;SAF=0,9;SAR=8,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,4.126e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0338801,0.00153689;OID=.,.;OPOS=55870600,55870600;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=T,TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0384615,0.961538:8,17:26:1,25:26:0:0,10:1,15:0:0:4:0:0,9:8,8:0:0 chr19 55871019 . A G 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4481;QD=48.7358;RBI=0.053201;REFB=0;REVB=0.050002;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00196865;OID=.;OPOS=55871019;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:9:8:0:0:9:8:0:0 chr19 55872397 . A G 302.9 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0409389;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4337;QD=52.6776;RBI=0.0532336;REFB=0;REVB=-0.0340269;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000293155;OID=.;OPOS=55872397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:23:0:0:21:23:1:7:14:0:0:8:15:0:0 chr19 55872531 . C G 66.63 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.0226645;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=50.3483;QD=12.6906;RBI=0.0451745;REFB=-0.0276135;REVB=-0.0390775;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196246;STB=0.615148;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0349893;OID=.;OPOS=55872531;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:5:4:3:9:5:4:3:9 chr19 55872566 . A G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.189822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.714;QD=49.599;RBI=0.189825;REFB=0;REVB=0.00110354;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182218;OID=.;OPOS=55872566;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:14:4:0:0:14:4:0:0 chr19 55872591 . C T 166.92 PASS AF=0.882353;AO=15;DP=18;FAO=15;FDP=17;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0155287;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.899;QD=39.2745;RBI=0.0254288;REFB=-0.00707804;REVB=0.0201366;RO=2;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0828326;STB=0.545396;STBP=0.439;TYPE=snp;VARB=0.00130176;OID=.;OPOS=55872591;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:18:17:2:2:15:15:0.882353:10:5:0:2:10:5:0:2 chr19 55873642 . C T 304.77 PASS AF=0.627907;AO=24;DP=43;FAO=27;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00291114;FXX=0.0444346;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.385;QD=28.3503;RBI=0.00319931;REFB=-0.0307568;REVB=0.00132697;RO=17;SAF=12;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0219621;STB=0.506891;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0341828;OID=.;OPOS=55873642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:16:24:27:0.627907:12:12:9:8:13:14:8:8 chr19 55873726 . G A 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=0.0521953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.022;QD=14.6495;RBI=0.0523232;REFB=-0.0113305;REVB=-0.00365585;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171518;STB=0.599854;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0137967;OID=.;OPOS=55873726;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:9:5:10:9:9:5:10:9 chr19 55879872 . C T 246.98 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.000536111;FXX=0.0444346;HRUN=5;LEN=1;MLLD=180.693;QD=22.9748;RBI=0.00252835;REFB=-0.0187906;REVB=0.00247086;RO=20;SAF=13;SAR=10;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.136927;STB=0.576546;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.0275393;OID=.;OPOS=55879872;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:10:13:8:12:10:13:8:12 chr19 55913038 . C T 340.7 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.482;QD=54.5123;RBI=0.0356148;REFB=0;REVB=0.0273176;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000536936;OID=.;OPOS=55913038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr19 55999993 . A G 674.68 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.059699;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.043;QD=62.7613;RBI=0.0622753;REFB=0;REVB=0.0177269;RO=0;SAF=33;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.61837e-06;OID=.;OPOS=55999993;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:10:33:0:0:10:33:0:0 chr19 56011460 . C T 177.59 PASS AF=0.888889;AO=16;DP=18;FAO=16;FDP=18;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.126125;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.9729;QD=39.4634;RBI=0.154435;REFB=-0.160442;REVB=0.0891214;RO=2;SAF=9;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0912511;STB=0.549939;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.0268618;OID=.;OPOS=56011460;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:18:18:2:2:16:16:0.888889:7:9:2:0:7:9:2:0 chr19 56024519 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00673327;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.311;QD=45.8059;RBI=0.00797789;REFB=0;REVB=-0.004279;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.20548e-05;OID=.;OPOS=56024519;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr19 56041255 . C G 201.25 PASS AF=1;AO=13;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.214;QD=47.352;RBI=0.0943091;REFB=0;REVB=0.0914487;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.002387;OID=.;OPOS=56041255;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:13:17:1:7:6:0:0:9:8:0:0 chr19 56047448 . A G 715.32 PASS AF=0.915254;AO=54;DP=59;FAO=54;FDP=59;FR=.;FRO=5;FSAF=21;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.0268571;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.107;QD=48.4962;RBI=0.0283055;REFB=-0.0696448;REVB=-0.00893848;RO=5;SAF=21;SAR=33;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662362;STB=0.535199;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=0.00168111;OID=.;OPOS=56047448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:59:59:5:5:54:54:0.915254:33:21:0:5:33:21:0:5 chr19 56052337 . A AC,C 123.41 PASS AF=1,0;AO=4,6;DP=16;FAO=16,0;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=8,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.218291,-0.0353315;FXX=0;HRUN=3,4;LEN=1,1;MLLD=12.5839,7.88109;QD=30.8523;RBI=0.259558,0.101833;REFB=-0.0196547,0.0259106;REVB=-0.140427,-0.0955072;RO=6;SAF=1,3;SAR=3,3;SRF=4;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.388047,-0.138347;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0131696,0.00907029;OID=.,.;OPOS=56052338,56052337;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:16:16:6:0:4,6:16,0:1,0:3,3:1,3:4:2:8,0:8,0:0:0 chr19 56154518 . GTTT G 64.12 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.000403902;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=133.07;QD=8.54986;RBI=0.019538;REFB=0.000490661;REVB=-0.0195338;RO=17;SAF=4;SAR=7;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229905;STB=0.604745;STBP=0.418;TYPE=del;VARB=-0.000801222;OID=.;OPOS=56154519;OREF=TTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.366667:11:30:11:30:19:4:7:10:9:64:17:4:7:10:7 chr19 56160399 . T C 483.33 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00943377;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.3777;QD=58.5852;RBI=0.00999619;REFB=0;REVB=0.00330573;RO=0;SAF=22;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.87696e-05;OID=.;OPOS=56160399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:11:22:0:0:11:22:0:0 chr19 56162776 . C T 210.09 PASS AF=0.466667;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=45;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=18;FWDB=0.133668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1436;QD=18.6742;RBI=0.135599;REFB=-0.0426677;REVB=-0.0228041;RO=24;SAF=6;SAR=15;SRF=6;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0420579;STB=0.523787;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0414238;OID=.;OPOS=56162776;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:24:24:21:21:0.466667:15:6:6:18:15:6:6:18 chr19 56180968 . C T 318.89 PASS AF=0.581818;AO=31;DP=54;FAO=32;FDP=55;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0314507;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.535;QD=23.192;RBI=0.0395133;REFB=-0.0422979;REVB=0.0239198;RO=23;SAF=11;SAR=20;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13417;STB=0.56334;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.0300575;OID=.;OPOS=56180968;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:23:23:31:32:0.581818:20:11:12:11:20:12:12:11 chr19 56241265 . A G 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00509661;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.614;QD=63.8717;RBI=0.0167077;REFB=0;REVB=0.0159114;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60143e-05;OID=.;OPOS=56241265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:23:25:0:0:23:25:0:0 chr19 56249672 . A G 80.28 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0120299;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.008;QD=16.9;RBI=0.0161454;REFB=-0.0297655;REVB=0.0107682;RO=9;SAF=7;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.22118;STB=0.628944;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0217085;OID=.;OPOS=56249672;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:3:7:4:5:3:7:4:5 chr19 56284090 . G A 113.44 PASS AF=0.291667;AO=14;DP=48;FAO=14;FDP=48;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.0166724;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.344;QD=9.45326;RBI=0.058795;REFB=-0.0113617;REVB=0.0563816;RO=33;SAF=5;SAR=9;SRF=18;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219768;STB=0.642653;STBP=0.238;TYPE=snp;VARB=0.0365273;OID=.;OPOS=56284090;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:33:34:14:14:0.291667:9:5:18:15:9:5:19:15 chr19 56307553 . G A 183.63 PASS AF=0.370968;AO=23;DP=62;FAO=23;FDP=62;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0342214;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=45.5897;QD=11.8473;RBI=0.0344275;REFB=-0.031145;REVB=-0.00376175;RO=39;SAF=10;SAR=13;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0560364;STB=0.532346;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.049695;OID=.;OPOS=56307553;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:39:39:23:23:0.370968:13:10:15:24:13:10:15:24 chr19 56307583 . A G 708.69 PASS AF=0.981132;AO=51;DP=54;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0795342;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.849;QD=53.4857;RBI=0.082218;REFB=-0.138259;REVB=0.0208355;RO=2;SAF=17;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0522191;STB=0.513508;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.00199529;OID=.;OPOS=56307583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:53:2:1:51:52:0.981132:34:17:2:0:34:18:1:0 chr19 56320663 . G A 125.85 PASS AF=0.518519;AO=14;DP=27;FAO=14;FDP=27;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.00460459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=130.354;QD=18.6446;RBI=0.00891897;REFB=-0.0160664;REVB=0.00763844;RO=13;SAF=8;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0380779;STB=0.521708;STBP=0.853;TYPE=snp;VARB=0.0119747;OID=.;OPOS=56320663;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:13:14:14:0.518519:6:8:8:5:6:8:8:5 chr19 56321413 . GC G,GA 600.27 PASS AF=0.025,0.975;AO=6,34;DP=40;FAO=1,39;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=0,21;FSAR=1,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00534341,0.00661753;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=105.594,124.525;QD=60.0268;RBI=0.00623796,0.0586422;REFB=0,0;REVB=-0.00321873,0.0582676;RO=0;SAF=0,21;SAR=6,13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00827707,0.00810802;OID=.,.;OPOS=56321414,56321414;OREF=C,C;OALT=-,A;OMAPALT=G,GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.025,0.975:6,34:40:1,39:40:0:0,21:1,18:0:0:4:0:0,21:6,13:0:0 chr19 56369189 . G A 86.32 PASS AF=0.407407;AO=10;DP=26;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.014853;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.951;QD=12.7877;RBI=0.0159918;REFB=-0.0116219;REVB=-0.00592669;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526978;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0201486;OID=.;OPOS=56369189;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:26:27:16:16:10:11:0.407407:5:5:8:8:6:5:8:8 chr19 56369215 . C T 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.00318792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.2327;QD=12.8678;RBI=0.04423;REFB=-0.0402699;REVB=0.044115;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0457182;STB=0.526978;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.0341649;OID=.;OPOS=56369215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:8:8:6:5:8:8 chr19 56369314 . G A 100.77 PASS AF=0.433333;AO=11;DP=29;FAO=13;FDP=30;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0125814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.13;QD=13.4361;RBI=0.0126328;REFB=-0.010563;REVB=0.0011385;RO=17;SAF=5;SAR=6;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165255;STB=0.550186;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.0328927;OID=.;OPOS=56369314;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:17:17:11:13:0.433333:6:5:8:9:8:5:8:9 chr19 56369593 . T C 320.15 PASS AF=0.592593;AO=32;DP=54;FAO=32;FDP=54;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=5;FSRR=17;FWDB=-0.0184822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.292;QD=23.7149;RBI=0.0198165;REFB=-0.0369178;REVB=-0.00714866;RO=22;SAF=14;SAR=18;SRF=5;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162254;STB=0.58889;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=0.0253197;OID=.;OPOS=56369593;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:22:32:32:0.592593:18:14:5:17:18:14:5:17 chr19 56373462 . G A 237.52 PASS AF=0.45;AO=27;DP=60;FAO=27;FDP=60;FR=.;FRO=33;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00566642;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.162;QD=15.8346;RBI=0.0178277;REFB=-0.0194593;REVB=0.0169033;RO=33;SAF=14;SAR=13;SRF=20;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0857142;STB=0.548352;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.0192199;OID=.;OPOS=56373462;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:33:33:27:27:0.45:13:14:20:13:13:14:20:13 chr19 56392920 . C T 235.68 PASS AF=0.341176;AO=29;DP=85;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=32;FSRR=24;FWDB=-0.00653265;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.078;QD=11.0906;RBI=0.0286421;REFB=-0.00652299;REVB=-0.0278871;RO=55;SAF=14;SAR=15;SRF=32;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111694;STB=0.558213;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0118888;OID=.;OPOS=56392920;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:55:56:29:29:0.341176:15:14:32:23:15:14:32:24 chr19 56423074 . C G,T 352.88 PASS AF=0.923077,0.0769231;AO=23,2;DP=27;FAO=24,2;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0;FSAR=6,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00431047,-0.00404348;FXX=0.0370233;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=80.8648,169.917;QD=54.2899;RBI=0.0398318,0.0212467;REFB=0,0;REVB=0.0395979,-0.0208584;RO=0;SAF=18,0;SAR=5,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000277793,0.0957911;OID=.,.;OPOS=56423074,56423074;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:27:26:0:0:23,2:24,2:0.923077,0.0769231:5,2:18,0:0:0:6,2:18,0:0:0 chr19 56423254 . G A 727.78 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00168038;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9788;QD=63.285;RBI=0.0175649;REFB=0;REVB=-0.0174844;RO=0;SAF=29;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000178233;OID=.;OPOS=56423254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:17:29:0:0:17:29:0:0 chr19 56423668 . G A 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.967;QD=42.1826;RBI=0.0553013;REFB=0;REVB=-0.0508646;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000504806;OID=.;OPOS=56423668;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr19 56423692 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.113;QD=47.8224;RBI=0.0336995;REFB=0;REVB=0.0072282;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012788;OID=.;OPOS=56423692;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr19 56423728 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0189802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.396;QD=53.2765;RBI=0.0212319;REFB=0;REVB=0.0095155;RO=0;SAF=13;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.2119e-05;OID=.;OPOS=56423728;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:10:13:0:0:10:13:0:0 chr19 56423893 . G A 739.93 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.815;QD=61.6608;RBI=0.031459;REFB=-0.0727358;REVB=-0.00691494;RO=0;SAF=16;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000325963;OID=.;OPOS=56423893;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:47:48:0:0:47:48:1:31:16:0:0:32:16:0:0 chr19 56424443 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00813977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.054;QD=50.4134;RBI=0.0088752;REFB=0;REVB=-0.00353742;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.5198e-05;OID=.;OPOS=56424443;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr19 56459342 . C T 508.49 PASS AF=0.972222;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=36;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.039947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.799;QD=56.4983;RBI=0.0622372;REFB=-0.144881;REVB=0.0477253;RO=1;SAF=16;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283378;STB=0.515143;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00153855;OID=.;OPOS=56459342;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:36:36:1:1:35:35:0.972222:19:16:1:0:19:16:1:0 chr19 56459614 . G C 493.78 PASS AF=1;AO=32;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0817037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1147;QD=58.0921;RBI=0.10009;REFB=0;REVB=0.0578145;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168768;OID=.;OPOS=56459614;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:32:34:1:23:9:0:0:25:9:0:0 chr19 56477687 . A G 955.35 PASS AF=0.957143;AO=67;DP=70;FAO=67;FDP=70;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0157003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.8018;QD=54.5911;RBI=0.0169155;REFB=-0.0698597;REVB=-0.00629543;RO=2;SAF=33;SAR=34;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.000408629;STB=0.50746;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00327915;OID=.;OPOS=56477687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:70:70:2:3:67:67:0.957143:34:33:1:1:34:33:2:1 chr19 56477709 . GT GC,TC 770.49 PASS AF=0.959184,0.0408163;AO=40,2;DP=49;FAO=47,2;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27,2;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0647514,0.0115944;FXX=0;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=108.603,83.5061;QD=62.8973;RBI=0.0776597,0.0387754;REFB=0,0;REVB=0.0428752,0.0370014;RO=0;SAF=26,2;SAR=14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0011201,-0.0148321;OID=.,.;OPOS=56477710,56477709;OREF=T,GT;OALT=C,TC;OMAPALT=GC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:49:49:0:0:40,2:47,2:0.959184,0.0408163:14,0:26,2:0:0:20,0:27,2:0:0 chr19 56485114 . C T 166.94 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0130422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7989;QD=15.1767;RBI=0.0548773;REFB=-0.0295455;REVB=-0.053305;RO=26;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115825;STB=0.566935;STBP=0.491;TYPE=snp;VARB=0.0121358;OID=.;OPOS=56485114;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:7:11:13:13:7:11:13:13 chr19 56487603 . A G 1644.42 PASS AF=0.862319;AO=121;DP=138;FAO=119;FDP=138;FR=.;FRO=19;FSAF=54;FSAR=65;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.0140681;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.9227;QD=47.6643;RBI=0.0162727;REFB=-0.04116;REVB=-0.00817852;RO=16;SAF=56;SAR=65;SRF=0;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103675;STB=0.541397;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=0.0483392;OID=.;OPOS=56487603;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:138:138:16:19:121:119:0.862319:65:56:0:16:65:54:3:16 chr19 56511082 . C G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0278708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=280.737;QD=53.2772;RBI=0.0280482;REFB=0;REVB=-0.00315001;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.02439e-05;OID=.;OPOS=56511082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:9:14:0:0:9:14:0:0 chr19 56515334 . C T 64.07 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0100055;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.017;QD=9.49156;RBI=0.0131624;REFB=-0.0114775;REVB=-0.00855218;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125693;STB=0.576108;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0129452;OID=.;OPOS=56515334;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:5:4:6:12:5:4:6:12 chr19 56549510 . T C 287.59 PASS AF=0.444444;AO=32;DP=72;FAO=32;FDP=72;FR=.;FRO=40;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.0188707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.068;QD=15.9773;RBI=0.0188771;REFB=-0.00316807;REVB=-0.000490314;RO=40;SAF=18;SAR=14;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110868;STB=0.562461;STBP=0.378;TYPE=snp;VARB=0.00354052;OID=.;OPOS=56549510;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:40:40:32:32:0.444444:14:18:18:22:14:18:18:22 chr19 56549532 . A G 244.98 PASS AF=0.451613;AO=27;DP=61;FAO=28;FDP=62;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=-0.000548533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.047;QD=15.8053;RBI=0.0124748;REFB=-0.0131303;REVB=0.0124628;RO=34;SAF=16;SAR=11;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12111;STB=0.57588;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0147815;OID=.;OPOS=56549532;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:34:34:27:28:0.451613:11:16:16:18:11:17:16:18 chr19 56552456 . G T 224.89 PASS AF=0.636364;AO=20;DP=32;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0897563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9993;QD=27.2589;RBI=0.0963719;REFB=-0.0259955;REVB=0.0350904;RO=12;SAF=10;SAR=10;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169239;STB=0.583014;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0220625;OID=.;OPOS=56552456;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:32:33:12:12:20:21:0.636364:10:10:3:9:11:10:3:9 chr19 56565164 . G A 255.89 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.130001;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.2134;QD=51.1782;RBI=0.130747;REFB=0;REVB=0.0139459;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00219449;OID=.;OPOS=56565164;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:11:9:0:0:11:9:0:0 chr19 56569629 . C G 730.77 PASS AF=0.584746;AO=69;DP=118;FAO=69;FDP=118;FR=.;FRO=49;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=0.0119296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.557;QD=24.772;RBI=0.0557331;REFB=-0.0156134;REVB=-0.0544413;RO=48;SAF=31;SAR=38;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.024903;STB=0.517305;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=0.0113743;OID=.;OPOS=56569629;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:48:49:69:69:0.584746:38:31:20:28:38:31:20:29 chr19 56572832 . G A 268.07 PASS AF=0.397436;AO=30;DP=77;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.0243047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.623;QD=13.7472;RBI=0.0243929;REFB=-0.00656811;REVB=0.00207221;RO=47;SAF=13;SAR=17;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375345;STB=0.529838;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=0.0189993;OID=.;OPOS=56572832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:47:47:30:31:0.397436:17:13:22:25:18:13:22:25 chr19 56572875 . G A 222.7 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=71;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0273766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.093;QD=12.5467;RBI=0.030785;REFB=-0.0180303;REVB=0.0140797;RO=44;SAF=12;SAR=15;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0845341;STB=0.548553;STBP=0.547;TYPE=snp;VARB=0.0205051;OID=.;OPOS=56572875;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:44:44:27:27:0.380282:15:12:23:21:15:12:23:21 chr19 56694505 . C T 341.1 PASS AF=0.41573;AO=32;DP=84;FAO=37;FDP=89;FR=.,HEALED;FRO=52;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0116709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.598;QD=15.3305;RBI=0.024691;REFB=-0.0227047;REVB=-0.0217586;RO=36;SAF=24;SAR=8;SRF=26;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03422;STB=0.608134;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0291758;OID=.;OPOS=56694505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:89:36:52:32:37:0.41573:8:24:26:10:12:25:26:26 chr19 56703248 . G A 958.73 PASS AF=1;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0318742;FXX=0.0151492;HRUN=3;LEN=1;MLLD=137.199;QD=58.9989;RBI=0.0563278;REFB=0;REVB=0.046442;RO=0;SAF=41;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.25588e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.56694e-05;OID=.;OPOS=56703248;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:65:0:0:65:65:1:24:41:0:0:24:41:0:0 chr19 56704101 . G A 544.28 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197384;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.116;QD=58.8415;RBI=0.0278428;REFB=0;REVB=0.0196371;RO=0;SAF=8;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000721131;OID=.;OPOS=56704101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:37:0:0:35:37:1:27:8:0:0:28:9:0:0 chr19 56733425 . C A 446.46 PASS AF=0.398438;AO=51;DP=127;FAO=51;FDP=128;FR=.;FRO=77;FSAF=31;FSAR=20;FSRF=45;FSRR=32;FWDB=0.0108892;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=170.677;QD=13.9519;RBI=0.0348874;REFB=-0.0136688;REVB=-0.0331445;RO=76;SAF=31;SAR=20;SRF=44;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318491;STB=0.514681;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.0232428;OID=.;OPOS=56733425;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:128:76:77:51:51:0.398438:20:31:44:32:20:31:45:32 chr19 56827938 . C A 104.89 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=36;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0787279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.9347;QD=11.0413;RBI=0.0790463;REFB=-0.000279799;REVB=-0.00708774;RO=23;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149372;STB=0.564215;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=-0.00400437;OID=.;OPOS=56827938;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:38:23:25:13:13:0.342105:5:8:11:12:5:8:13:12 chr19 56935527 . A G 134.8 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108565;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.097;QD=44.9332;RBI=0.0555734;REFB=0;REVB=0.0545027;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118432;OID=.;OPOS=56935527;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr19 56953585 . T C 323.47 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00170111;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=259.785;QD=53.9108;RBI=0.00384573;REFB=0;REVB=-0.00344904;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.33135e-05;OID=.;OPOS=56953585;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:15:8:0:0:15:9:0:0 chr19 56953863 . T C 1555.34 PASS AF=1;AO=104;DP=104;FAO=104;FDP=104;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00431899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6458;QD=59.8207;RBI=0.0111381;REFB=0;REVB=0.0102666;RO=0;SAF=62;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.08378e-05;OID=.;OPOS=56953863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:104:0:0:104:104:1:42:62:0:0:42:62:0:0 chr19 56981382 . T C 513.63 PASS AF=0.578313;AO=48;DP=83;FAO=48;FDP=83;FR=.;FRO=35;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=0.00357089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.527;QD=24.753;RBI=0.00643276;REFB=-0.022698;REVB=-0.00535062;RO=35;SAF=24;SAR=24;SRF=10;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165447;STB=0.590325;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0187538;OID=.;OPOS=56981382;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:35:35:48:48:0.578313:24:24:10:25:24:24:10:25 chr19 57050515 . C G 79.33 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=0.0724561;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.9975;QD=15.8669;RBI=0.0724567;REFB=-0.0419068;REVB=-0.000301736;RO=10;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.414935;STB=0.739926;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0462397;OID=.;OPOS=57050515;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:10:10:10:10:0.5:7:3:8:2:7:3:8:2 chr19 57058998 . C G 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.0425877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.864;QD=16.0647;RBI=0.0426929;REFB=-0.0242393;REVB=0.00299421;RO=24;SAF=4;SAR=14;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0932071;STB=0.553894;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.019313;OID=.;OPOS=57058998;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:14:4:7:17:14:4:7:17 chr19 57062073 . T C 919.87 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00873774;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.306;QD=58.4042;RBI=0.025954;REFB=0;REVB=-0.024439;RO=0;SAF=35;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.56341e-05;OID=.;OPOS=57062073;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:28:35:0:0:28:35:0:0 chr19 57065189 . T C 851.64 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0294709;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.5585;QD=55.8452;RBI=0.0499919;REFB=-0.0828286;REVB=-0.0403813;RO=0;SAF=30;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.00128821;OID=.;OPOS=57065189;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:0:1:60:60:0.983607:30:30:0:0:30:30:1:0 chr19 57088850 . T C 192.84 PASS AF=0.423077;AO=22;DP=52;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0183453;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.626;QD=14.8339;RBI=0.0188699;REFB=0.00170026;REVB=-0.00441865;RO=30;SAF=13;SAR=9;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158969;STB=0.590826;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=-0.00314673;OID=.;OPOS=57088850;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:30:30:22:22:0.423077:9:13:13:17:9:13:13:17 chr19 57089050 . C T 177.12 PASS AF=0.396226;AO=20;DP=52;FAO=21;FDP=53;FR=.;FRO=32;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=26;FWDB=0.0362751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.6942;QD=13.3673;RBI=0.0363825;REFB=-0.00425667;REVB=-0.00279244;RO=32;SAF=9;SAR=11;SRF=6;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297082;STB=0.67751;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0187814;OID=.;OPOS=57089050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:32:32:20:21:0.396226:11:9:6:26:11:10:6:26 chr19 57132968 . G A 468.85 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031824;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.893;QD=58.6057;RBI=0.0321493;REFB=0;REVB=0.00456175;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.84521e-05;OID=.;OPOS=57132968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr19 57135023 . T C 138.95 PASS AF=0.535714;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=28;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0294437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.523;QD=19.8494;RBI=0.0294441;REFB=-0.00384025;REVB=-0.000152917;RO=13;SAF=9;SAR=6;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.175965;STB=0.599867;STBP=0.292;TYPE=snp;VARB=0.0033878;OID=.;OPOS=57135023;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:13:13:15:15:0.535714:6:9:5:8:6:9:5:8 chr19 57293394 . A G 854.1 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0459488;FXX=0.0166639;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.5109;QD=57.9051;RBI=0.0459502;REFB=0;REVB=0.000354166;RO=0;SAF=25;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00049175;OID=.;OPOS=57293394;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:34:25:0:0:34:25:0:0 chr19 57293831 . G A 785.27 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125855;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.9994;QD=64.1037;RBI=0.0605421;REFB=0;REVB=-0.0592195;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000625549;OID=.;OPOS=57293831;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:25:24:0:0:25:24:0:0 chr19 57325083 . C T 375.63 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.206;QD=55.6491;RBI=0.017;REFB=0;REVB=-0.0134297;RO=0;SAF=17;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.08504e-05;OID=.;OPOS=57325083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:10:17:0:0:10:17:0:0 chr19 57433619 . C T 575.21 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00578027;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.873;QD=60.5481;RBI=0.00993726;REFB=0;REVB=0.00808317;RO=0;SAF=17;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71161e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.2109e-05;OID=.;OPOS=57433619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:20:17:0:0:21:17:0:0 chr19 57433712 . T C 129.39 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0194875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.357;QD=12.9388;RBI=0.0286951;REFB=-0.0245727;REVB=0.0210628;RO=25;SAF=4;SAR=11;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287878;STB=0.670012;STBP=0.122;TYPE=snp;VARB=0.0280015;OID=.;OPOS=57433712;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:11:4:13:12:11:4:13:12 chr19 57640938 . G T 45.03 PASS AF=0.304348;AO=7;DP=23;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0161884;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.804;QD=7.83167;RBI=0.0363328;REFB=-0.0112817;REVB=-0.032527;RO=15;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0319978;STB=0.506311;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0293941;OID=.;OPOS=57640938;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:23:23:15:16:7:7:0.304348:4:3:6:9:4:3:7:9 chr19 57641146 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.013;QD=55.0984;RBI=0.033838;REFB=0;REVB=-0.0203444;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.02681e-05;OID=.;OPOS=57641146;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chr19 57642098 . G A 255.85 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0238457;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.196;QD=51.1706;RBI=0.0269096;REFB=0;REVB=0.0124704;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000352027;OID=.;OPOS=57642098;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr19 57642782 . C A 469.94 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00374264;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.274;QD=58.7422;RBI=0.0117915;REFB=0;REVB=0.0111818;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213651;OID=.;OPOS=57642782;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr19 57643051 . G A 727.49 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0340762;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.737;QD=54.905;RBI=0.0370223;REFB=-0.021241;REVB=-0.0144727;RO=1;SAF=22;SAR=30;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209274;STB=0.511107;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000362727;OID=.;OPOS=57643051;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:30:22:1:0:30:22:1:0 chr19 57643099 . G A 613.19 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000788818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.0412;QD=61.3186;RBI=0.00392234;REFB=0;REVB=-0.00384221;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.6138e-05;OID=.;OPOS=57643099;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr19 57646570 . T C 632.09 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.587;QD=61.6673;RBI=0.0251824;REFB=0;REVB=0.00700343;RO=0;SAF=22;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.87524e-05;OID=.;OPOS=57646570;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:19:22:0:0:19:22:0:0 chr19 57647015 . A G,T 650.02 PASS AF=0.883721,0.116279;AO=37,6;DP=43;FAO=38,5;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17,2;FSAR=21,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0247575,0.000752542;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=66.289,156.635;QD=60.4671;RBI=0.0285029,0.00944879;REFB=0,0;REVB=0.0141238,0.00941877;RO=0;SAF=16,3;SAR=21,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.7558e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00634387,0.0632774;OID=.,.;OPOS=57647015,57647015;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:43:43:0:0:37,6:38,5:0.883721,0.116279:21,3:16,3:0:0:21,3:17,2:0:0 chr19 57647236 . T C 400.41 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0358996;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.246;QD=53.3885;RBI=0.0383619;REFB=-0.150728;REVB=0.0135221;RO=0;SAF=13;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515141;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00121383;OID=.;OPOS=57647236;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:16:13:0:0:16:13:0:1 chr19 57648277 . A T 753.51 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0221476;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.807;QD=61.5111;RBI=0.0329576;REFB=-0.0932991;REVB=0.0244067;RO=1;SAF=24;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019199;STB=0.5102;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00167302;OID=.;OPOS=57648277;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:24:24:1:0:24:24:1:0 chr19 57649900 . C T 899.65 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0865604;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.5193;QD=57.1207;RBI=0.10793;REFB=0;REVB=0.064469;RO=0;SAF=34;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.03209e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00276161;OID=.;OPOS=57649900;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:63:0:0:59:63:1:25:34:0:0:25:38:0:0 chr19 57723007 . G C 239.93 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=-0.0372943;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.19;QD=14.3242;RBI=0.0388724;REFB=-0.0114563;REVB=0.0109634;RO=39;SAF=8;SAR=20;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116341;STB=0.566453;STBP=0.421;TYPE=snp;VARB=0.014337;OID=.;OPOS=57723007;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:39:28:28:0.41791:20:8:15:24:20:8:15:24 chr19 57723013 . G A 260.16 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.00744159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.831;QD=16.7848;RBI=0.00746127;REFB=-0.0212595;REVB=0.00054153;RO=33;SAF=8;SAR=21;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0983468;STB=0.555516;STBP=0.459;TYPE=snp;VARB=0.0242547;OID=.;OPOS=57723013;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:21:8:12:21:21:8:12:21 chr19 57742472 . G C 465.1 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0734881;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.1709;QD=58.1376;RBI=0.0992064;REFB=0;REVB=0.0666438;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171619;OID=.;OPOS=57742472;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr19 57742489 . C T 339.75 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0468687;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.126;QD=54.3599;RBI=0.0604795;REFB=0;REVB=0.0382242;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000704774;OID=.;OPOS=57742489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:15:9:0:0:15:10:0:0 chr19 57760018 . G A 218.06 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0156823;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.5;QD=15.5754;RBI=0.0557495;REFB=-0.0108815;REVB=-0.0534984;RO=31;SAF=9;SAR=16;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.18737;STB=0.606328;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0156147;OID=.;OPOS=57760018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:16:9:17:14:16:9:17:14 chr19 57760057 . G A 199.43 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0494035;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.4716;QD=15.6414;RBI=0.0512627;REFB=-0.0322471;REVB=0.0136807;RO=29;SAF=6;SAR=16;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196388;STB=0.612795;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.075292;OID=.;OPOS=57760057;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:16:6:13:16:16:6:13:16 chr19 57764770 . G A 121.57 PASS AF=0.4375;AO=13;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=-0.0187555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.002;QD=15.1967;RBI=0.019004;REFB=-0.0151511;REVB=-0.00306297;RO=18;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628588;STB=0.549925;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0134043;OID=.;OPOS=57764770;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:13:14:0.4375:10:3:5:13:11:3:5:13 chr19 57765432 . A G 287.94 PASS AF=0.5;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=62;FR=.;FRO=31;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.00404425;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.775;QD=18.5766;RBI=0.00480761;REFB=-0.00459626;REVB=0.00259945;RO=30;SAF=18;SAR=13;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042487;STB=0.516461;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.00510034;OID=.;OPOS=57765432;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:30:31:31:31:0.5:13:18:16:14:13:18:17:14 chr19 57767004 . A T 104.46 PASS AF=0.342105;AO=12;DP=37;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.00387883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.561;QD=10.9962;RBI=0.0126382;REFB=-0.0176649;REVB=0.0120282;RO=25;SAF=6;SAR=6;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.203785;STB=0.64123;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0298244;OID=.;OPOS=57767004;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:25:25:12:13:0.342105:6:6:17:8:7:6:17:8 chr19 57768066 . A G 35.88 PASS AF=0.272727;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=22;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=0.0365674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.7311;QD=6.52317;RBI=0.0524642;REFB=-0.0296915;REVB=-0.0376207;RO=15;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184421;STB=0.629258;STBP=0.568;TYPE=snp;VARB=0.105542;OID=.;OPOS=57768066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:21:22:15:16:6:6:0.272727:4:2:3:12:4:2:3:13 chr19 57768897 . CTT C 222.63 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=79;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.00897597;FXX=0.0253133;HRUN=2;LEN=2;MLLD=187.6;QD=11.5651;RBI=0.0146548;REFB=-0.00726403;REVB=-0.0115843;RO=43;SAF=17;SAR=17;SRF=18;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080762;STB=0.545428;STBP=0.451;TYPE=del;VARB=0.00728329;OID=.;OPOS=57768898;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.441558:34:79:34:77:43:17:17:18:25:99:43:17:17:18:25 chr19 57769896 . A AT 38.75 PASS AF=0.588235;AO=7;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0763035;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.68098;QD=9.11717;RBI=0.155581;REFB=-0.061334;REVB=-0.135585;RO=8;SAF=5;SAR=2;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.09181;STB=0.559875;STBP=0.617;TYPE=ins;VARB=0.052828;OID=.;OPOS=57769897;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.588235:7:17:10:17:7:7:3:4:3:27:8:5:2:5:3 chr19 57769994 . C CTTCCA 132.15 PASS AF=0.636364;AO=14;DP=22;FAO=14;FDP=22;FR=.;FRO=8;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.00839645;FXX=0;HRUN=2;LEN=5;MLLD=253.957;QD=24.0275;RBI=0.00987856;REFB=-0.0160542;REVB=-0.00520439;RO=8;SAF=9;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177266;STB=0.599854;STBP=0.241;TYPE=ins;VARB=0.00708667;OID=.;OPOS=57769995;OREF=-;OALT=TTCCA;OMAPALT=CTTCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.636364:14:22:14:22:8:9:5:3:5:55:8:9:5:3:5 chr19 57771883 . A G 110.55 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=13;FWDB=0.0334551;FXX=0.0312402;HRUN=3;LEN=1;MLLD=142.366;QD=14.2647;RBI=0.0391395;REFB=-0.0191921;REVB=-0.020314;RO=18;SAF=3;SAR=10;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0628588;STB=0.536854;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.0217477;OID=.;OPOS=57771883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:10:3:5:13:10:3:5:13 chr19 57802806 . C T 195.66 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=-0.00413858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7332;QD=17.7873;RBI=0.016241;REFB=-0.00179326;REVB=0.0157049;RO=23;SAF=10;SAR=10;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185001;STB=0.613529;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00311717;OID=.;OPOS=57802806;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:24:20:20:0.454545:10:10:7:16:10:10:7:17 chr19 57802824 . G A 191.63 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.00372456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.329;QD=15.6431;RBI=0.00423504;REFB=-0.000469974;REVB=0.00201575;RO=29;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.111039;STB=0.563612;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=0.000659408;OID=.;OPOS=57802824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:29:29:20:20:0.408163:11:9:10:19:11:9:10:19 chr19 57832257 . T C 104.62 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.00444103;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.203;QD=19.9275;RBI=0.0254174;REFB=-0.0200837;REVB=0.0250264;RO=9;SAF=3;SAR=9;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.334219;STB=0.691969;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00984699;OID=.;OPOS=57832257;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:9:3:6:3:9:3:6:3 chr19 57838018 . C G 152.36 PASS AF=0.551724;AO=13;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0193624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=197.881;QD=21.0154;RBI=0.0218471;REFB=-0.0242739;REVB=0.0101189;RO=9;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0449419;STB=0.545398;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0149096;OID=.;OPOS=57838018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:9:13:13:16:0.551724:8:5:4:5:9:7:7:6 chr19 57839150 . A G 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0480528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=202.646;QD=20.2096;RBI=0.0564659;REFB=-0.014857;REVB=-0.0296534;RO=10;SAF=8;SAR=5;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.090647;STB=0.551643;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.011251;OID=.;OPOS=57839150;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:5:8:5:5:5:8:5:5 chr19 57839567 . T A 193.03 PASS AF=0.375;AO=24;DP=64;FAO=24;FDP=64;FR=.;FRO=40;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.00386903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.3694;QD=12.0642;RBI=0.0127683;REFB=-0.0351255;REVB=-0.012168;RO=39;SAF=9;SAR=15;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177443;STB=0.610144;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0417214;OID=.;OPOS=57839567;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:39:40:24:24:0.375:15:9:21:18:15:9:22:18 chr19 57868336 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00558325;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.149;QD=51.1837;RBI=0.0131785;REFB=0;REVB=0.0119373;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.03001e-05;OID=.;OPOS=57868336;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr19 57909872 . G A 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0191372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.782;QD=57.7117;RBI=0.0261737;REFB=0;REVB=-0.0178558;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000120549;OID=.;OPOS=57909872;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:27:32:0:0:27:32:0:0 chr19 57931303 . C A 216.34 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=39;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=0.0148292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.419;QD=22.1883;RBI=0.0203949;REFB=-0.0135433;REVB=-0.0140016;RO=17;SAF=10;SAR=11;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0994097;STB=0.540502;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0129581;OID=.;OPOS=57931303;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:17:18:21:21:0.538462:11:10:6:11:11:10:7:11 chr19 57932027 . C T 192.39 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=18;FWDB=-0.00713664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.798;QD=16.0323;RBI=0.0664168;REFB=-0.0125998;REVB=-0.0660322;RO=28;SAF=9;SAR=11;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0965873;STB=0.555265;STBP=0.533;TYPE=snp;VARB=0.0132577;OID=.;OPOS=57932027;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:11:9:10:18:11:9:10:18 chr19 57956828 . T G 328.82 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00404672;FXX=0.039984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1201;QD=54.8025;RBI=0.0103006;REFB=0;REVB=0.00947243;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00246549;OID=.;OPOS=57956828;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:24:0:0:24:24:1:9:15:0:0:9:15:0:0 chr19 57967049 . G T 214.35 PASS AF=0.46;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0238876;FXX=0.019604;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.9873;QD=17.1483;RBI=0.0358191;REFB=-0.0153942;REVB=0.0266907;RO=27;SAF=4;SAR=19;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.395756;STB=0.727436;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0121903;OID=.;OPOS=57967049;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:27:27:23:23:0.46:19:4:14:13:19:4:14:13 chr19 57967133 . G A 217.62 PASS AF=0.552632;AO=20;DP=37;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=10;FWDB=0.0538937;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.7315;QD=22.9074;RBI=0.0548039;REFB=-0.0384673;REVB=0.0099469;RO=17;SAF=4;SAR=16;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226288;STB=0.633756;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0250688;OID=.;OPOS=57967133;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:17:17:20:21:0.552632:16:4:7:10:17:4:7:10 chr19 57984426 . C A 114.7 PASS AF=0.318182;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=44;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=0.0208268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.687;QD=10.4276;RBI=0.024214;REFB=-0.00650473;REVB=-0.0123516;RO=30;SAF=5;SAR=9;SRF=11;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011734;STB=0.507032;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00743916;OID=.;OPOS=57984426;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:30:30:14:14:0.318182:9:5:11:19:9:5:11:19 chr19 57984443 . T G 353.67 PASS AF=0.707317;AO=29;DP=42;FAO=29;FDP=41;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0177086;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.142;QD=34.5046;RBI=0.0222515;REFB=-0.00998952;REVB=-0.0134734;RO=12;SAF=10;SAR=19;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.057477;STB=0.531288;STBP=0.588;TYPE=snp;VARB=0.00485076;OID=.;OPOS=57984443;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:42:41:12:12:29:29:0.707317:19:10:3:9:19:10:3:9 chr19 57984918 . A G 226.01 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=0.0081972;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.197;QD=20.5459;RBI=0.0594869;REFB=-0.018621;REVB=0.0589194;RO=22;SAF=17;SAR=5;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.154503;STB=0.58768;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0190377;OID=.;OPOS=57984918;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:5:17:14:8:5:17:14:8 chr19 57985460 . T A 262.65 PASS AF=0.461538;AO=29;DP=64;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0532581;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.5473;QD=16.1633;RBI=0.0540024;REFB=-0.00208826;REVB=-0.00893516;RO=35;SAF=16;SAR=13;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0086808;STB=0.505151;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0024093;OID=.;OPOS=57985460;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:35:35:29:30:0.461538:13:16:19:16:14:16:19:16 chr19 57985566 . G C 246.3 PASS AF=0.39726;AO=29;DP=73;FAO=29;FDP=73;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=0.000662627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=261.765;QD=13.4957;RBI=0.00372789;REFB=-0.00922092;REVB=0.00366852;RO=41;SAF=17;SAR=12;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105199;STB=0.545963;STBP=0.571;TYPE=snp;VARB=0.0146977;OID=.;OPOS=57985566;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:44:29:29:0.39726:12:17:28:13:12:17:29:15 chr19 57987905 . G A 232.67 PASS AF=0.428571;AO=27;DP=62;FAO=27;FDP=63;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=16;FWDB=-0.00786904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.147;QD=14.7725;RBI=0.0394123;REFB=-0.0222281;REVB=-0.0386188;RO=35;SAF=16;SAR=11;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506801;STB=0.521723;STBP=0.773;TYPE=snp;VARB=0.0373667;OID=.;OPOS=57987905;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:35:36:27:27:0.428571:11:16:19:16:11:16:20:16 chr19 58001512 . T A 221.52 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.00490767;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.546;QD=17.3741;RBI=0.00508093;REFB=-0.0114836;REVB=0.00131556;RO=27;SAF=12;SAR=12;SRF=14;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0173553;STB=0.509796;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.0112071;OID=.;OPOS=58001512;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:12:12:14:13:12:12:14:13 chr19 58003008 . G A 557.71 PASS AF=0.536082;AO=52;DP=97;FAO=52;FDP=97;FR=.;FRO=45;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=12;FSRR=33;FWDB=-0.00458486;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.532;QD=22.9985;RBI=0.00758285;REFB=-0.0267748;REVB=0.00603976;RO=44;SAF=23;SAR=29;SRF=11;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166714;STB=0.584156;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0289895;OID=.;OPOS=58003008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:44:45:52:52:0.536082:29:23:11:33:29:23:12:33 chr19 58003488 . A G 268.66 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.021196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.4826;QD=22.3882;RBI=0.0616357;REFB=0.00160265;REVB=0.0578765;RO=23;SAF=15;SAR=10;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142568;STB=0.579768;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-4.22248e-05;OID=.;OPOS=58003488;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:10:15:10:13:10:15:10:13 chr19 58003580 . A G 724.23 PASS AF=0.555556;AO=69;DP=125;FAO=70;FDP=126;FR=.;FRO=56;FSAF=24;FSAR=46;FSRF=28;FSRR=28;FWDB=0.0249348;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.92;QD=22.9913;RBI=0.0262686;REFB=-0.0310181;REVB=0.00826424;RO=56;SAF=24;SAR=45;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131058;STB=0.573875;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0151348;OID=.;OPOS=58003580;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:56:56:69:70:0.555556:45:24:28:28:46:24:28:28 chr19 58003613 . C T 621.93 PASS AF=0.538462;AO=60;DP=115;FAO=63;FDP=117;FR=.;FRO=54;FSAF=20;FSAR=43;FSRF=21;FSRR=33;FWDB=0.00172161;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6636;QD=21.2624;RBI=0.0241965;REFB=-0.0118472;REVB=-0.0241352;RO=53;SAF=17;SAR=43;SRF=21;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111869;STB=0.536997;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0151634;OID=.;OPOS=58003613;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:117:53:54:60:63:0.538462:43:17:21:32:43:20:21:33 chr19 58004346 . G C 242.94 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00645955;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8233;QD=22.5991;RBI=0.00662077;REFB=-0.0258644;REVB=0.00145219;RO=20;SAF=12;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180819;STB=0.510113;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=0.00972306;OID=.;OPOS=58004346;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:20:20:23:23:0.534884:11:12:10:10:11:12:10:10 chr19 58017753 . CA AG 202.14 PASS AF=0.678571;AO=18;DP=28;FAO=19;FDP=28;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.021567;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=2;MLLD=145.027;QD=28.8777;RBI=0.0220493;REFB=-0.0465184;REVB=0.00458635;RO=9;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.198028;STB=0.613265;STBP=0.11;TYPE=mnp;VARB=0.014725;OID=.;OPOS=58017753;OREF=CA;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:28:28:9:9:18:19:0.678571:10:8:7:2:11:8:7:2 chr19 58017758 . G C 229.25 PASS AF=0.677419;AO=21;DP=31;FAO=21;FDP=31;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=-0.0075893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.317;QD=29.5801;RBI=0.038562;REFB=-0.0325132;REVB=0.0378078;RO=10;SAF=9;SAR=12;SRF=7;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.157936;STB=0.587073;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.020615;OID=.;OPOS=58017758;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:10:10:21:21:0.677419:12:9:7:3:12:9:7:3 chr19 58018618 . A G 333.69 PASS AF=0.6;AO=33;DP=55;FAO=33;FDP=55;FR=.;FRO=22;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=0.00294427;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=264.755;QD=24.2685;RBI=0.00619609;REFB=-0.00257389;REVB=-0.00545186;RO=21;SAF=20;SAR=13;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127543;STB=0.579661;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00166871;OID=.;OPOS=58018618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:21:22:33:33:0.6:13:20:9:12:13:20:9:13 chr19 58019892 . G A 254.28 PASS AF=0.5;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=48;FR=.;FRO=24;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0296801;FXX=0.020404;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.412;QD=21.1901;RBI=0.0309002;REFB=-0.0107196;REVB=-0.00859716;RO=21;SAF=14;SAR=10;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.050581;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00737439;OID=.;OPOS=58019892;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:21:24:24:24:0.5:10:14:11:10:10:14:14:10 chr19 58024442 . G A 1261.6 PASS AF=0.523605;AO=121;DP=234;FAO=122;FDP=233;FR=.;FRO=111;FSAF=23;FSAR=99;FSRF=42;FSRR=69;FWDB=0.0030671;FXX=0.00427332;HRUN=2;LEN=1;MLLD=189.21;QD=21.6583;RBI=0.014077;REFB=-0.0243539;REVB=-0.0137388;RO=110;SAF=23;SAR=98;SRF=41;SRR=69;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217821;STB=0.624795;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0211989;OID=.;OPOS=58024442;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:234:233:110:111:121:122:0.523605:98:23:41:69:99:23:42:69 chr19 58038964 . T A 934.24 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415098;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=39.1583;QD=57.492;RBI=0.138026;REFB=0;REVB=0.131636;RO=0;SAF=40;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00376868;OID=.;OPOS=58038964;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:65:0:0:58:65:1:18:40:0:0:24:41:0:0 chr19 58058536 . A G 868.24 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0327498;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2486;QD=57.8829;RBI=0.0360334;REFB=0;REVB=-0.0150285;RO=0;SAF=38;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000476097;OID=.;OPOS=58058536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:22:38:0:0:22:38:0:0 chr19 58058561 . C G 309.99 PASS AF=0.584906;AO=31;DP=52;FAO=31;FDP=53;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=0.0665157;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1342;QD=23.3958;RBI=0.0777733;REFB=-0.0338358;REVB=-0.0403032;RO=21;SAF=18;SAR=13;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00692624;STB=0.504378;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0298016;OID=.;OPOS=58058561;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:21:22:31:31:0.584906:13:18:12:9:13:18:13:9 chr19 58058739 . T C 143.2 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00904223;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.069;QD=14.6875;RBI=0.0799016;REFB=-0.0137464;REVB=-0.0793883;RO=23;SAF=13;SAR=3;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.220583;STB=0.629775;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.0304286;OID=.;OPOS=58058739;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:23:23:16:16:0.410256:3:13:15:8:3:13:15:8 chr19 58117083 . A G 248.21 PASS AF=0.466667;AO=24;DP=56;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=10;FWDB=0.00960796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.784;QD=16.547;RBI=0.0153554;REFB=-0.00630496;REVB=0.0119781;RO=30;SAF=12;SAR=12;SRF=21;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19685;STB=0.617566;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00854065;OID=.;OPOS=58117083;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:60:30:32:24:28:0.466667:12:12:21:9:15:13:22:10 chr19 58117223 . T A 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.028783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.854;QD=25.711;RBI=0.0508181;REFB=-0.00828543;REVB=0.041881;RO=6;SAF=6;SAR=7;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0729992;STB=0.540921;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.00603872;OID=.;OPOS=58117223;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:7:6:2:4:7:6:2:4 chr19 58118371 . G A 146.37 PASS AF=0.457143;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=35;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0286395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.612;QD=16.7282;RBI=0.0486357;REFB=-0.0361072;REVB=0.0393092;RO=19;SAF=4;SAR=12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.287743;STB=0.666444;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0386656;OID=.;OPOS=58118371;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:19:19:16:16:0.457143:12:4:10:9:12:4:10:9 chr19 58119219 . A G 491.18 PASS AF=0.398551;AO=55;DP=139;FAO=55;FDP=138;FR=.;FRO=83;FSAF=31;FSAR=24;FSRF=47;FSRR=36;FWDB=0.0101731;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.212;QD=14.2372;RBI=0.0135205;REFB=-0.0119503;REVB=0.00890567;RO=81;SAF=31;SAR=24;SRF=46;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00458439;STB=0.501607;STBP=0.973;TYPE=snp;VARB=0.0152515;OID=.;OPOS=58119219;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:138:81:83:55:55:0.398551:24:31:46:35:24:31:47:36 chr19 58125712 . C T 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00668882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.06;QD=21.0134;RBI=0.0066901;REFB=-0.0354903;REVB=-0.000130762;RO=7;SAF=3;SAR=8;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224559;STB=0.628965;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.0191723;OID=.;OPOS=58125712;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:8:3:4:3:8:3:4:3 chr19 58131576 . T C 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0291031;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=80.5605;QD=15.5714;RBI=0.0294936;REFB=-0.0504781;REVB=-0.00478356;RO=12;SAF=3;SAR=8;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148551;STB=0.586989;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.048527;OID=.;OPOS=58131576;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:8:3:5:7:8:3:5:7 chr19 58144715 . A G 107.48 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0270947;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.044;QD=12.6449;RBI=0.029592;REFB=-0.00219458;REVB=-0.011898;RO=20;SAF=3;SAR=10;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.39774;STB=0.724274;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.00356785;OID=.;OPOS=58144715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:20:21:13:13:0.382353:10:3:12:8:10:3:12:9 chr19 58151286 . T C 207.63 PASS AF=0.436364;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=55;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0266231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.587;QD=15.1004;RBI=0.0378131;REFB=-0.0161234;REVB=-0.0268522;RO=30;SAF=14;SAR=10;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0498079;STB=0.520107;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0196458;OID=.;OPOS=58151286;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:30:31:24:24:0.436364:10:14:16:14:10:14:17:14 chr19 58151294 . T A 188.17 PASS AF=0.389831;AO=23;DP=59;FAO=23;FDP=59;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.0178735;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0615;QD=12.7575;RBI=0.0379494;REFB=0.00388355;REVB=0.0334768;RO=36;SAF=13;SAR=10;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195982;STB=0.511268;STBP=0.914;TYPE=snp;VARB=-0.00652621;OID=.;OPOS=58151294;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:36:36:23:23:0.389831:10:13:21:15:10:13:21:15 chr19 58152361 . T A 252.45 PASS AF=0.605263;AO=23;DP=39;FAO=23;FDP=38;FR=.;FRO=15;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0223197;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.899;QD=26.574;RBI=0.0254704;REFB=-0.0304369;REVB=0.0122709;RO=15;SAF=6;SAR=17;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171482;STB=0.595599;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.00975927;OID=.;OPOS=58152361;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:38:15:15:23:23:0.605263:17:6:7:8:17:6:7:8 chr19 58152795 . C T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0528975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.417;QD=10.6346;RBI=0.060839;REFB=-0.0214087;REVB=-0.0300538;RO=13;SAF=1;SAR=7;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.296557;STB=0.685717;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0464297;OID=.;OPOS=58152795;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:13:13:8:8:0.380952:7:1:4:9:7:1:4:9 chr19 58152817 . G C 46.37 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=-0.00197062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3131;QD=9.76239;RBI=0.0339613;REFB=0.0102178;REVB=-0.0339041;RO=12;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182856;STB=0.61501;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=-0.0188455;OID=.;OPOS=58152817;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:19:19:12:12:7:7:0.368421:6:1:3:9:6:1:3:9 chr19 58153000 . T C 114.06 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0417937;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=152.919;QD=18.249;RBI=0.0428216;REFB=0.0165194;REVB=-0.00932603;RO=12;SAF=4;SAR=9;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149263;STB=0.584496;STBP=0.492;TYPE=snp;VARB=-0.00677119;OID=.;OPOS=58153000;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:12:12:13:13:0.52:9:4:2:10:9:4:2:10 chr19 58153009 . C T 67.43 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0428836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.153;QD=13.486;RBI=0.045595;REFB=-0.0126954;REVB=-0.0154886;RO=11;SAF=3;SAR=6;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171427;STB=0.599799;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.0298038;OID=.;OPOS=58153009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:6:3:2:9:6:3:2:9 chr19 58200099 . T C 232.87 PASS AF=0.547619;AO=22;DP=40;FAO=23;FDP=42;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.00468849;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=56.177;QD=22.1785;RBI=0.00735873;REFB=-0.00194201;REVB=0.00567176;RO=18;SAF=11;SAR=11;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224989;STB=0.622542;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.00371344;OID=.;OPOS=58200099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:18:19:22:23:0.547619:11:11:14:4:11:12:15:4 chr19 58200628 . G T 236.36 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0163648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.8413;QD=19.6969;RBI=0.0529978;REFB=-0.0100701;REVB=-0.0504079;RO=25;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109815;STB=0.561746;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.024051;OID=.;OPOS=58200628;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:25:23:23:0.479167:10:13:17:8:10:13:17:8 chr19 58201360 . C T 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.0213506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.109;QD=23.0934;RBI=0.023435;REFB=0.0135716;REVB=0.00966185;RO=12;SAF=7;SAR=10;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.186812;STB=0.604716;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.0186482;OID=.;OPOS=58201360;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:10:7:8:4:10:7:8:4 chr19 58202016 . ATTCAT A 87.9 PASS AF=0.481481;AO=11;DP=26;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0026088;FXX=0;HRUN=2;LEN=5;MLLD=267.533;QD=13.022;RBI=0.0120985;REFB=0.00497831;REVB=0.0118139;RO=13;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328516;STB=0.676026;STBP=0.092;TYPE=del;VARB=-0.00728586;OID=.;OPOS=58202017;OREF=TTCAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.481481:11:26:13:27:14:4:9:9:5:87:13:3:8:8:5 chr19 58213952 . C A 175.28 PASS AF=0.275862;AO=25;DP=86;FAO=24;FDP=87;FR=.;FRO=63;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=30;FSRR=33;FWDB=0.034542;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.5671;QD=8.05874;RBI=0.0370792;REFB=0.00199244;REVB=0.0134803;RO=61;SAF=13;SAR=12;SRF=30;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0336491;STB=0.547329;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=-0.00835966;OID=.;OPOS=58213952;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:61:63:25:24:0.275862:12:13:30:31:11:13:30:33 chr19 58258466 . G T 264.82 PASS AF=0.529412;AO=27;DP=51;FAO=27;FDP=51;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00419524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.385;QD=20.7701;RBI=0.00500496;REFB=-0.00784917;REVB=-0.00272939;RO=24;SAF=13;SAR=14;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156365;STB=0.508714;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.00588852;OID=.;OPOS=58258466;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:24:27:27:0.529412:14:13:12:12:14:13:12:12 chr19 58301766 . TG T 218.67 PASS AF=0.375;AO=44;DP=123;FAO=48;FDP=128;FR=.;FRO=80;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=43;FWDB=-0.162427;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.6352;QD=6.83357;RBI=0.172038;REFB=-0.0224128;REVB=-0.0566967;RO=76;SAF=23;SAR=21;SRF=34;SRR=42;SSEN=0.754237;SSEP=0;SSSB=0.0834111;STB=0.549394;STBP=0.406;TYPE=del;VARB=0.0303969;OID=.;OPOS=58301767;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:44:123:48:128:80:26:22:37:43:99:76:23:21:34:42 chr19 58352522 . G A 376.15 PASS AF=0.535211;AO=38;DP=71;FAO=38;FDP=71;FR=.;FRO=33;FSAF=4;FSAR=34;FSRF=6;FSRR=27;FWDB=0.0049777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.588;QD=21.1916;RBI=0.0140443;REFB=-0.0184602;REVB=0.0131326;RO=33;SAF=4;SAR=34;SRF=6;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146946;STB=0.582143;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0228146;OID=.;OPOS=58352522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:33:33:38:38:0.535211:34:4:6:27:34:4:6:27 chr19 58374130 . C T 104.39 PASS AF=0.325;AO=13;DP=40;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.0191634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.601;QD=10.4387;RBI=0.0211096;REFB=-0.00999225;REVB=-0.00885327;RO=26;SAF=8;SAR=5;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.213161;STB=0.615207;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0248476;OID=.;OPOS=58374130;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:26:27:13:13:0.325:5:8:11:15:5:8:12:15 chr19 58378690 . G A 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167921;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.891;QD=43.4862;RBI=0.0344819;REFB=0;REVB=0.0301168;RO=0;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000328062;OID=.;OPOS=58378690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:10:2:0:0:10:2:0:0 chr19 58385748 . G A 38.67 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.00855067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.87;QD=8.5925;RBI=0.045623;REFB=-0.0903454;REVB=-0.0448145;RO=7;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252798;STB=0.713673;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0542279;OID=.;OPOS=58385748;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:17:18:7:11:7:7:0.388889:2:5:3:4:2:5:4:7 chr19 58385954 . T C 162.27 PASS AF=1;AO=10;DP=15;FAO=14;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0141011;FXX=0.0666222;HRUN=8;LEN=1;MLLD=155.521;QD=46.3643;RBI=0.0418222;REFB=0;REVB=0.0393733;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000389801;OID=.;OPOS=58385954;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:14:0:0:10:14:1:4:6:0:0:5:9:0:0 chr19 58439306 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00821624;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.172;QD=51.1845;RBI=0.0128244;REFB=0;REVB=0.00984672;RO=0;SAF=11;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000131376;OID=.;OPOS=58439306;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:9:11:0:0:9:11:0:0 chr19 58455381 . C T 1037.33 PASS AF=1;AO=60;DP=63;FAO=70;FDP=70;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=26;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0988842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.329;QD=59.2758;RBI=0.0991039;REFB=0;REVB=0.00659585;RO=0;SAF=19;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.31043e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00016025;OID=.;OPOS=58455381;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:63:70:0:0:60:70:1:41:19:0:0:44:26:0:0 chr19 58549593 . C G 137.63 PASS AF=0.928571;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0370735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.7891;QD=39.3213;RBI=0.0633923;REFB=-0.147805;REVB=0.0514212;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521706;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00630746;OID=.;OPOS=58549593;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:0:1:13:13:0.928571:11:2:0:0:11:2:0:1 chr19 58565052 . G A 297.65 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0488737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3936;QD=29.7645;RBI=0.0606753;REFB=-0.0348101;REVB=0.0359563;RO=14;SAF=13;SAR=13;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0909643;STB=0.549962;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0369362;OID=.;OPOS=58565052;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:14:14:26:26:0.65:13:13:9:5:13:13:9:5 chr19 58572959 . G A 335.44 PASS AF=0.455696;AO=36;DP=79;FAO=36;FDP=79;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=0.0076141;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.411;QD=16.9845;RBI=0.00845643;REFB=-0.00526901;REVB=0.00367922;RO=41;SAF=17;SAR=19;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0787017;STB=0.529354;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00528091;OID=.;OPOS=58572959;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:41:43:36:36:0.455696:19:17:16:25:19:17:18:25 chr19 58572979 . G A 1189.8 PASS AF=0.963855;AO=79;DP=82;FAO=80;FDP=83;FR=.;FRO=3;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0305469;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=70.5688;QD=57.3399;RBI=0.0327721;REFB=-0.00441753;REVB=0.0118701;RO=3;SAF=37;SAR=42;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326164;STB=0.51685;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=-0.000422372;OID=.;OPOS=58572979;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:82:83:3:3:79:80:0.963855:42:37:0:3:43:37:0:3 chr19 58578578 . C T 47.68 PASS AF=0.4375;AO=7;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0091627;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.29;QD=11.9188;RBI=0.0227192;REFB=-0.0139732;REVB=-0.0207896;RO=9;SAF=4;SAR=3;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922775;STB=0.555401;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.0195011;OID=.;OPOS=58578578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:16:16:9:9:7:7:0.4375:3:4:6:3:3:4:6:3 chr19 58581572 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0627893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.462;QD=46.848;RBI=0.0655416;REFB=0;REVB=0.018794;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477985;OID=.;OPOS=58581572;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:10:5:0:0:10:5:0:0 chr19 58581904 . A G 91.78 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0243593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.336;QD=30.5927;RBI=0.0823472;REFB=-0.0684098;REVB=0.0786618;RO=2;SAF=5;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148436;STB=0.583171;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=0.00845785;OID=.;OPOS=58581904;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:5:5:2:0:5:5:2:0 chr19 58718332 . C T 110.05 PASS AF=0.419355;AO=13;DP=31;FAO=13;FDP=31;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0101833;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=232.425;QD=14.2004;RBI=0.0272077;REFB=-0.0142833;REVB=0.0252301;RO=18;SAF=7;SAR=6;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932572;STB=0.554372;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.0216883;OID=.;OPOS=58718332;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:18:18:13:13:0.419355:6:7:8:10:6:7:8:10 chr19 58718360 . A AG 253.06 PASS AF=1;AO=20;DP=25;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0955185;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.9894;QD=42.1764;RBI=0.151512;REFB=0;REVB=-0.117609;RO=3;SAF=8;SAR=12;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144699;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000120058;OID=.;OPOS=58718361;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:20:25:24:24:0:10:14:0:0:5:3:8:12:3:0 chr19 58774071 . A G 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=2;FWDB=-0.00551436;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.199;QD=10.1733;RBI=0.0641257;REFB=0.00380132;REVB=-0.0638881;RO=9;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.41225;STB=0.749249;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=-0.0181686;OID=.;OPOS=58774071;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:4:2:7:2:4:2:7:2 chr19 58790675 . T C 85.96 PASS AF=0.324324;AO=10;DP=38;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.0127338;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.197;QD=9.29286;RBI=0.0158233;REFB=-0.0381375;REVB=-0.00939302;RO=25;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787474;STB=0.510187;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0602558;OID=.;OPOS=58790675;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:38:37:25:25:10:12:0.324324:7:3:9:16:8:4:8:17 chr19 58790713 . G C 44.54 PASS AF=0.25;AO=7;DP=28;FAO=7;FDP=28;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.155276;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.2425;QD=6.36353;RBI=0.156417;REFB=0.0102204;REVB=0.0188628;RO=17;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172632;STB=0.666111;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=-0.00465271;OID=.;OPOS=58790713;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:28:28:17:21:7:7:0.25:6:1:4:13:6:1:6:15 chr19 58806083 . T C 236.93 PASS AF=0.611111;AO=22;DP=36;FAO=22;FDP=36;FR=.;FRO=14;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00120244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.393;QD=26.3257;RBI=0.0164462;REFB=-0.0186016;REVB=-0.0164022;RO=14;SAF=14;SAR=8;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0999037;STB=0.555504;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.00730639;OID=.;OPOS=58806083;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:14:14:22:22:0.611111:8:14:7:7:8:14:7:7 chr19 58864479 . T C 519.98 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0472576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.417;QD=59.4265;RBI=0.0489433;REFB=0;REVB=-0.0127345;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000263718;OID=.;OPOS=58864479;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr19 58868480 . G T 99.64 PASS AF=0.733333;AO=11;DP=15;FAO=11;FDP=15;FR=.;FRO=4;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0248871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.4565;QD=26.5696;RBI=0.0730133;REFB=0.00725255;REVB=0.0686409;RO=4;SAF=3;SAR=8;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125849;STB=0.571292;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=-0.000475682;OID=.;OPOS=58868480;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:15:15:4:4:11:11:0.733333:8:3:2:2:8:3:2:2 chr19 58870087 . TG T 239.75 PASS AF=0.5;AO=33;DP=74;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=21;FWDB=0.0280717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=21.4054;QD=12.9593;RBI=0.0327932;REFB=0.0253836;REVB=0.0169522;RO=36;SAF=19;SAR=14;SRF=16;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0.445813;SSSB=0.122646;STB=0.581454;STBP=0.166;TYPE=del;VARB=-0.0246881;OID=.;OPOS=58870088;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:33:74:37:74:37:22:15:16:21:99:36:19:14:16:20 chr19 58879965 . A G 49.69 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0136957;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.2981;QD=33.1257;RBI=0.0145511;REFB=0;REVB=0.00491556;RO=0;SAF=3;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000270314;OID=.;OPOS=58879965;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:5:6:1:2:3:0:0:3:3:0:0 chr19 58880016 . G C 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0303319;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.716;QD=16.199;RBI=0.0661595;REFB=-0.104562;REVB=-0.0587968;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436878;STB=0.526212;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0630726;OID=.;OPOS=58880016;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:3:2:1:2:3:2:1:2 chr19 58880184 . T C 160.7 PASS AF=0.297297;AO=22;DP=74;FAO=22;FDP=74;FR=.;FRO=52;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=-0.0179558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.533;QD=8.68624;RBI=0.0182098;REFB=-0.0129946;REVB=0.00303123;RO=52;SAF=16;SAR=6;SRF=30;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19789;STB=0.61867;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.0225026;OID=.;OPOS=58880184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:52:52:22:22:0.297297:6:16:30:22:6:16:30:22 chr19 58880242 . T C 144.26 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=67;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=25;FSRR=22;FWDB=0.00180227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.292;QD=8.61272;RBI=0.0156368;REFB=-0.0028214;REVB=-0.0155326;RO=43;SAF=14;SAR=6;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254161;STB=0.626067;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00576878;OID=.;OPOS=58880242;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:43:47:20:20:0.298507:6:14:21:22:6:14:25:22 chr19 58904396 . G A 260.15 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=11;FWDB=-0.00911642;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=83.6117;QD=16.784;RBI=0.0302303;REFB=-0.00301264;REVB=0.0288229;RO=33;SAF=15;SAR=14;SRF=22;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14285;STB=0.580014;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.00442196;OID=.;OPOS=58904396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:33:33:29:29:0.467742:14:15:22:11:14:15:22:11 chr19 58945961 . AC A,AT 458.96 PASS AF=0.0625,0.9375;AO=15,16;DP=31;FAO=2,30;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=1,11;FSAR=1,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00598681,-0.00643575;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=139.283,147.885;QD=57.3703;RBI=0.107599,0.14672;REFB=0,0;REVB=0.107432,0.146579;RO=0;SAF=2,10;SAR=13,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0275638,0.00698694;OID=.,.;OPOS=58945962,58945962;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=A,AT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0625,0.9375:15,16:31:2,30:32:0:1,11:1,19:0:0:9:0:2,10:13,6:0:0 chr19 58951123 . T C 271.7 PASS AF=0.418919;AO=31;DP=74;FAO=31;FDP=74;FR=.;FRO=43;FSAF=20;FSAR=11;FSRF=24;FSRR=19;FWDB=-0.00592064;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.726;QD=14.6862;RBI=0.0278932;REFB=-0.0180939;REVB=-0.0272576;RO=42;SAF=20;SAR=11;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0794577;STB=0.55347;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0220302;OID=.;OPOS=58951123;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:42:43:31:31:0.418919:11:20:24:18:11:20:24:19 chr19 58967760 . C T 76.4 PASS AF=0.75;AO=9;DP=12;FAO=9;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0294538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.733;QD=25.4671;RBI=0.0418947;REFB=-0.0189898;REVB=0.0297932;RO=3;SAF=3;SAR=6;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00461652;OID=.;OPOS=58967760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:12:12:3:3:9:9:0.75:6:3:1:2:6:3:1:2 chr19 58982044 . C T 350.2 PASS AF=0.583333;AO=35;DP=60;FAO=35;FDP=60;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0278518;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.0437;QD=23.3468;RBI=0.0715335;REFB=-0.00902303;REVB=-0.0658887;RO=25;SAF=8;SAR=27;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.398887;STB=0.720606;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00780861;OID=.;OPOS=58982044;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:25:25:35:35:0.583333:27:8:18:7:27:8:18:7 chr19 58982384 . A G 523.17 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0559079;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=303.857;QD=58.1295;RBI=0.0578798;REFB=0;REVB=0.0149791;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000451435;OID=.;OPOS=58982384;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:36:0:0:32:36:1:22:10:0:0:23:13:0:0 chr19 59059729 . G A 455.76 PASS AF=0.522222;AO=43;DP=87;FAO=47;FDP=90;FR=.;FRO=43;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=0.0318863;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.1405;QD=20.2558;RBI=0.0328438;REFB=-0.00133492;REVB=0.00787272;RO=42;SAF=28;SAR=15;SRF=24;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.076083;STB=0.552567;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=0.0144611;OID=.;OPOS=59059729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:42:43:43:47:0.522222:15:28:24:18:15:32:25:18 chr20 76962 . T C 489.93 PASS AF=0.569767;AO=43;DP=80;FAO=49;FDP=86;FR=.;FRO=37;FSAF=41;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=10;FWDB=0.0958318;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.519;QD=22.7872;RBI=0.0975958;REFB=-0.0762975;REVB=0.0184715;RO=37;SAF=36;SAR=7;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145904;STB=0.575629;STBP=0.195;TYPE=snp;VARB=0.055783;OID=.;OPOS=76962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:86:37:37:43:49:0.569767:7:36:27:10:8:41:27:10 chr20 126310 . ACC A 343.29 PASS AF=0.515464;AO=41;DP=95;FAO=50;FDP=97;FR=.;FRO=47;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=-0.0673915;FXX=0.010203;HRUN=5;LEN=2;MLLD=31.5208;QD=14.1564;RBI=0.100349;REFB=0.00112648;REVB=0.0743525;RO=38;SAF=16;SAR=25;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200271;STB=0.528211;STBP=0.606;TYPE=del;VARB=0.000339929;OID=.;OPOS=126311;OREF=CC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.515464:41:95:50:97:47:22:28:18:29:99:38:16:25:14:24 chr20 139456 . G A 618.61 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0385944;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5194;QD=58.9149;RBI=0.06211;REFB=-0.00576656;REVB=0.0486634;RO=1;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191513;STB=0.510199;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00201301;OID=.;OPOS=139456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:24:17:0:1:24:17:0:1 chr20 139576 . C A 906.71 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0136134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.617;QD=57.5691;RBI=0.0213788;REFB=0;REVB=0.0164842;RO=0;SAF=25;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.89445e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00121398;OID=.;OPOS=139576;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:60:63:1:35:25:0:0:35:28:0:0 chr20 170198 . T C 166.38 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=17;FWDB=-0.00768401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.327;QD=14.7893;RBI=0.0259744;REFB=0.00141577;REVB=0.0248118;RO=27;SAF=10;SAR=8;SRF=10;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190232;STB=0.609637;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=-0.00200155;OID=.;OPOS=170198;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:27:27:18:18:0.4:8:10:10:17:8:10:10:17 chr20 210061 . G A 266.33 PASS AF=0.447761;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=67;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=25;FWDB=-0.0281344;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.103;QD=15.9004;RBI=0.0287796;REFB=-0.0033978;REVB=-0.00605962;RO=35;SAF=13;SAR=17;SRF=11;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118506;STB=0.562267;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00398977;OID=.;OPOS=210061;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:35:37:30:30:0.447761:17:13:11:24:17:13:12:25 chr20 210306 . C G 44.04 PASS AF=0.259259;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.028053;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.061;QD=6.52467;RBI=0.0309162;REFB=0.00185407;REVB=0.0129938;RO=20;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0338709;STB=0.521678;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=-0.00531538;OID=.;OPOS=210306;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:27:27:20:20:7:7:0.259259:4:3:8:12:4:3:8:12 chr20 238435 . CTGGTCT C,CTGCTCC 132.43 PASS AF=0.333333,0.047619;AO=11,2;DP=41;FAO=14,2;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=3,0;FSAR=11,2;FSRF=7;FSRR=19;FWDB=0.0285368,0.0337777;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=6,4;MLLD=238.469,213.718;QD=12.6123;RBI=0.0328836,0.0389888;REFB=-0.0106109,-0.0130146;REVB=0.0163397,0.0194729;RO=23;SAF=1,0;SAR=10,2;SRF=7;SRR=16;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.401462,-0.421418;STB=0.549925,0.992586;STBP=0.701,0.346;TYPE=del,mnp;VARB=0.0217005,0.026596;OID=.,.;OPOS=238436,238438;OREF=TGGTCT,GTCT;OALT=-,CTCC;OMAPALT=C,CTGCTCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.047619:11,2:41:14,2:42:26:3,0:11,2:7:19:50:23:1,0:10,2:7:16 chr20 256727 . T A 157.02 PASS AF=0.377358;AO=16;DP=51;FAO=20;FDP=53;FR=.;FRO=33;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=0.034459;FXX=0.036357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0948;QD=11.8509;RBI=0.0817096;REFB=-0.0120309;REVB=0.074088;RO=30;SAF=12;SAR=4;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.265821;STB=0.572446;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0151742;OID=.;OPOS=256727;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:30:33:16:20:0.377358:4:12:16:14:8:12:16:17 chr20 257733 . A G 304.55 PASS AF=0.586957;AO=26;DP=45;FAO=27;FDP=46;FR=.;FRO=19;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=8;FWDB=-0.011863;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.949;QD=26.4828;RBI=0.0119085;REFB=-0.0167921;REVB=0.00104029;RO=19;SAF=18;SAR=8;SRF=11;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967914;STB=0.539653;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0123937;OID=.;OPOS=257733;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:19:19:26:27:0.586957:8:18:11:8:9:18:11:8 chr20 259956 . C A 931.36 PASS AF=0.571429;AO=84;DP=148;FAO=84;FDP=147;FR=.;FRO=63;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=20;FSRR=43;FWDB=0.00499335;FXX=0.0067563;HRUN=3;LEN=1;MLLD=129.773;QD=25.343;RBI=0.0192228;REFB=-0.0261859;REVB=0.018563;RO=61;SAF=39;SAR=45;SRF=18;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133191;STB=0.56381;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.028661;OID=.;OPOS=259956;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:147:61:63:84:84:0.571429:45:39:18:43:45:39:20:43 chr20 259969 . G C 374.82 PASS AF=0.378151;AO=45;DP=119;FAO=45;FDP=119;FR=.;FRO=74;FSAF=9;FSAR=36;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.0241965;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.4713;QD=12.5991;RBI=0.0243063;REFB=-0.0163018;REVB=-0.0023069;RO=74;SAF=9;SAR=36;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.362148;STB=0.708559;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0343298;OID=.;OPOS=259969;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:119:119:74:74:45:45:0.378151:36:9:36:38:36:9:36:38 chr20 279483 . T C 306.28 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.604;QD=53.2654;RBI=0.043061;REFB=0;REVB=-0.0410844;RO=0;SAF=8;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000269876;OID=.;OPOS=279483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:15:8:0:0:15:8:0:0 chr20 279774 . A C 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.00363343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=258.03;QD=16.199;RBI=0.0119847;REFB=-0.0107807;REVB=0.0114206;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116878;STB=0.57112;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.00601862;OID=.;OPOS=279774;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:1:4:2:1:1:4:2:1 chr20 371972 . T C 1575.02 PASS AF=1;AO=103;DP=104;FAO=105;FDP=105;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0283684;FXX=0.00943307;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5266;QD=60.0006;RBI=0.030158;REFB=0;REVB=-0.0102345;RO=0;SAF=55;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.54665e-05;OID=.;OPOS=371972;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:105:0:0:103:105:1:48:55:0:0:50:55:0:0 chr20 376857 . G A 995.8 PASS AF=0.985507;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0222773;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.578;QD=57.7274;RBI=0.119367;REFB=-0.140768;REVB=0.117269;RO=0;SAF=41;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506022;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000576265;OID=.;OPOS=376857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:68:69:0:1:67:68:0.985507:26:41:0:0:27:41:1:0 chr20 377226 . C T 296.39 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0106593;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.581;QD=49.3981;RBI=0.0525242;REFB=-0.0692534;REVB=0.0514312;RO=1;SAF=16;SAR=7;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0280632;STB=0.515138;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00685577;OID=.;OPOS=377226;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:7:16:1:0:7:16:1:0 chr20 464616 . C T 143.42 PASS AF=0.294118;AO=20;DP=68;FAO=20;FDP=68;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=17;FWDB=0.0508372;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.562;QD=8.43621;RBI=0.0538956;REFB=-0.0291504;REVB=0.0178975;RO=48;SAF=12;SAR=8;SRF=31;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.057353;STB=0.534128;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0651433;OID=.;OPOS=464616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:48:48:20:20:0.294118:8:12:31:17:8:12:31:17 chr20 642650 . G C 122.13 PASS AF=0.684211;AO=13;DP=19;FAO=13;FDP=19;FR=.;FRO=6;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0238508;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.5833;QD=25.7109;RBI=0.0759136;REFB=0.0268707;REVB=0.0720695;RO=6;SAF=7;SAR=6;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0216875;STB=0.512176;STBP=0.916;TYPE=snp;VARB=-0.00995263;OID=.;OPOS=642650;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:6:6:13:13:0.684211:6:7:3:3:6:7:3:3 chr20 741847 . A G 140.09 PASS AF=0.555556;AO=15;DP=27;FAO=15;FDP=27;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0207973;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.518;QD=20.7547;RBI=0.0313913;REFB=-0.0126317;REVB=-0.0235135;RO=12;SAF=6;SAR=9;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26959;STB=0.651978;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0130571;OID=.;OPOS=741847;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:12:12:15:15:0.555556:9:6:9:3:9:6:9:3 chr20 744570 . G A 2353.22 PASS AF=0.952941;AO=160;DP=170;FAO=162;FDP=170;FR=.;FRO=8;FSAF=78;FSAR=84;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0136667;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=221.472;QD=55.3699;RBI=0.0458067;REFB=-0.206995;REVB=0.0437204;RO=1;SAF=77;SAR=83;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00613936;STB=0.506759;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00102683;OID=.;OPOS=744570;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:170:170:1:8:160:162:0.952941:83:77:1:0:84:78:5:3 chr20 825678 . T C 208.4 PASS AF=0.9;AO=17;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0107723;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.9143;QD=41.6797;RBI=0.0128999;REFB=0.0583738;REVB=0.00709687;RO=1;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482085;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00349121;OID=.;OPOS=825678;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:1:2:17:18:0.9:9:8:0:1:9:9:1:1 chr20 826513 . C G 316.77 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=12;FWDB=-0.0173199;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.4088;QD=20.4368;RBI=0.0527883;REFB=-0.0209975;REVB=-0.049866;RO=28;SAF=16;SAR=17;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716344;STB=0.547289;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0125976;OID=.;OPOS=826513;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:29:33:33:0.532258:17:16:16:12:17:16:17:12 chr20 826666 . G T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0480252;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=213.453;QD=10.6346;RBI=0.0511443;REFB=-0.0160139;REVB=0.0175874;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413789;STB=0.76679;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0158222;OID=.;OPOS=826666;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:12:13:8:8:0.380952:6:2:8:4:6:2:9:4 chr20 854940 . T C 53.69 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0707307;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4914;QD=7.95402;RBI=0.0785091;REFB=0.0170156;REVB=0.0340712;RO=19;SAF=6;SAR=2;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326369;STB=0.705344;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.0450082;OID=.;OPOS=854940;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:19:19:8:8:0.296296:2:6:9:10:2:6:9:10 chr20 896790 . T A 302.24 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=62;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0162712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.436;QD=19.4996;RBI=0.0164706;REFB=-0.0386885;REVB=-0.00255501;RO=28;SAF=15;SAR=17;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.094972;STB=0.533516;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0321084;OID=.;OPOS=896790;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:28:30:32:32:0.516129:17:15:10:18:17:15:12:18 chr20 1099523 . T G 726.41 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0257522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.604;QD=59.2987;RBI=0.0360496;REFB=0.0299156;REVB=0.025227;RO=2;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0335685;STB=0.51785;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-0.000684732;OID=.;OPOS=1099523;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:49:49:2:2:47:47:0.959184:27:20:0:2:27:20:0:2 chr20 1210647 . T C 78.6 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0109907;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=111.608;QD=14.9719;RBI=0.0276083;REFB=-0.0137455;REVB=-0.0253263;RO=11;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.20973;STB=0.622399;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00944752;OID=.;OPOS=1210647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:4:6:4:7:4:6:4:7 chr20 1214814 . A C 97.3 PASS AF=0.4;AO=12;DP=30;FAO=12;FDP=30;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.0568668;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.88;QD=12.9737;RBI=0.0581746;REFB=-0.0381486;REVB=0.0122663;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143325;STB=0.550477;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0458124;OID=.;OPOS=1214814;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:14:18:12:12:0.4:7:5:8:6:7:5:9:9 chr20 1221038 . T C 99.01 PASS AF=0.387097;AO=12;DP=31;FAO=12;FDP=31;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=-0.00876593;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.731;QD=12.7751;RBI=0.00877006;REFB=-0.0154231;REVB=0.000269184;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0979377;STB=0.55804;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0246542;OID=.;OPOS=1221038;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:19:19:12:12:0.387097:8:4:8:11:8:4:8:11 chr20 1285933 . G A 260.17 PASS AF=0.467742;AO=29;DP=62;FAO=29;FDP=62;FR=.;FRO=33;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0122113;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.682;QD=16.7854;RBI=0.012712;REFB=-0.0165875;REVB=-0.00353245;RO=31;SAF=23;SAR=6;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214586;STB=0.610536;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0204497;OID=.;OPOS=1285933;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:31:33:29:29:0.467742:6:23:19:12:6:23:21:12 chr20 1291076 . G C 519.41 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0707834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.738;QD=59.3615;RBI=0.0733413;REFB=0;REVB=0.0192005;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001337;OID=.;OPOS=1291076;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:35:0:0:34:35:1:16:18:0:0:16:19:0:0 chr20 1293008 . C T 685.54 PASS AF=0.944444;AO=51;DP=54;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=32;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0266156;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.456;QD=50.7809;RBI=0.0337569;REFB=-0.00795843;REVB=0.0207638;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.517314;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.00019617;OID=.;OPOS=1293008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:54:54:0:3:51:51:0.944444:32:19:0:0:32:19:2:1 chr20 1298794 . G A 632.08 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.324;QD=61.6662;RBI=0.0289314;REFB=0;REVB=-0.0203683;RO=0;SAF=18;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000386491;OID=.;OPOS=1298794;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:23:18:0:0:23:18:0:0 chr20 1424303 . G A 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0065303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.566;QD=52.6132;RBI=0.00653031;REFB=0;REVB=1.05522e-05;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.89144e-05;OID=.;OPOS=1424303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr20 1426393 . C T 2193.12 PASS AF=1;AO=137;DP=137;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253564;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.036;QD=62.6605;RBI=0.0255417;REFB=0;REVB=0.00307105;RO=0;SAF=54;SAR=83;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000319356;OID=.;OPOS=1426393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:137:140:0:0:137:140:1:83:54:0:0:84:56:0:0 chr20 1457910 . C A 1256.21 PASS AF=0.988095;AO=80;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0668923;FXX=0.0117633;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.311;QD=59.8196;RBI=0.0668952;REFB=-0.134823;REVB=-0.000623388;RO=1;SAF=26;SAR=54;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178592;STB=0.508473;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.000973263;OID=.;OPOS=1457910;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:83:84:1:1:80:83:0.988095:54:26:1:0:54:29:1:0 chr20 1459060 . T G 817.7 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0029923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.236;QD=57.3821;RBI=0.0123989;REFB=0;REVB=0.0120324;RO=0;SAF=33;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.6166e-05;OID=.;OPOS=1459060;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:24:33:0:0:24:33:0:0 chr20 1532595 . T C 1466.63 PASS AF=0.979167;AO=91;DP=97;FAO=94;FDP=96;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00650891;FXX=0.0103082;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.07;QD=61.1096;RBI=0.0153579;REFB=-0.0532507;REVB=0.0139104;RO=2;SAF=42;SAR=49;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00157658;STB=0.50112;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.00157261;OID=.;OPOS=1532595;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:97:96:2:2:91:94:0.979167:49:42:1:1:52:42:1:1 chr20 1546911 . C G 280.75 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00719261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.716;QD=51.0461;RBI=0.0537951;REFB=0;REVB=0.0533121;RO=0;SAF=4;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00250388;OID=.;OPOS=1546911;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:16:4:0:0:18:4:0:0 chr20 1551485 . C T 446.96 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0540297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9725;QD=57.6722;RBI=0.0649559;REFB=0;REVB=-0.0360564;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000366886;OID=.;OPOS=1551485;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chr20 1552430 . T C 2734.87 PASS AF=1;AO=170;DP=173;FAO=176;FDP=176;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=118;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143846;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.366;QD=62.1562;RBI=0.0261229;REFB=0;REVB=0.0218057;RO=0;SAF=56;SAR=114;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.30862e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.22343e-05;OID=.;OPOS=1552430;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:173:176:0:0:170:176:1:114:56:0:0:118:58:0:0 chr20 1559101 . T G 3935.39 PASS AF=0.984674;AO=254;DP=258;FAO=257;FDP=261;FR=.;FRO=4;FSAF=102;FSAR=155;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0120046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.52;QD=60.3125;RBI=0.0189654;REFB=0.00606248;REVB=0.0146825;RO=4;SAF=100;SAR=154;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010998;STB=0.505638;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=2.05022e-05;OID=.;OPOS=1559101;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:258:261:4:4:254:257:0.984674:154:100:3:1:155:102:3:1 chr20 1592139 . G T 61.74 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.165694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.702;QD=35.2806;RBI=0.215297;REFB=0;REVB=0.137472;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00798388;OID=.;OPOS=1592139;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:4:3:0:0:4:3:0:0 chr20 1592141 . T C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00225606;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=323.523;QD=39.2068;RBI=0.0107857;REFB=0;REVB=-0.0105472;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.4508e-05;OID=.;OPOS=1592141;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr20 1592152 . AGG GAC 145.49 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000314841;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=119.178;QD=44.7668;RBI=0.017414;REFB=0;REVB=0.0174112;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000247383;OID=.;OPOS=1592152;OREF=AGG;OALT=GAC;OMAPALT=GAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:6:6:0:0:7:6:0:0 chr20 1592175 . T G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0106201;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=328.685;QD=52.6132;RBI=0.0158032;REFB=0;REVB=0.0117028;RO=0;SAF=8;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.84328e-06;OID=.;OPOS=1592175;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:14:8:0:0:14:8:0:0 chr20 1592193 . C T 359.17 PASS AF=1;AO=22;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0242618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.002;QD=55.2571;RBI=0.0355971;REFB=0;REVB=0.0260484;RO=0;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000304501;OID=.;OPOS=1592193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:22:26:1:11:11:0:0:15:11:0:0 chr20 1592215 . C G 404.41 PASS AF=1;AO=24;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0302262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.0101;QD=55.7811;RBI=0.17438;REFB=0;REVB=0.17174;RO=0;SAF=10;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00408561;OID=.;OPOS=1592215;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:24:29:1:14:10:0:0:18:11:0:0 chr20 1592265 . A G 483.3 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0334107;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.8237;QD=58.5819;RBI=0.0408644;REFB=0;REVB=-0.0235293;RO=0;SAF=11;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178651;OID=.;OPOS=1592265;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:22:11:0:0:22:11:0:0 chr20 1592284 . G A 465.04 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.145684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.992;QD=58.1301;RBI=0.145872;REFB=0;REVB=0.00741508;RO=0;SAF=10;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00114291;OID=.;OPOS=1592284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:22:10:0:0:22:10:0:0 chr20 1592312 . T C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257608;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.51;QD=52.6119;RBI=0.0278678;REFB=0;REVB=-0.0106299;RO=0;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011243;OID=.;OPOS=1592312;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:15:7:0:0:15:7:0:0 chr20 1610894 . G A 192.84 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00593328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.372;QD=40.5983;RBI=0.00598844;REFB=-0.0627022;REVB=-0.000810923;RO=1;SAF=8;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538535;STB=0.55549;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=0.000722705;OID=.;OPOS=1610894;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:19:19:1:2:17:17:0.894737:9:8:1:0:9:8:2:0 chr20 1610939 . G A 198.5 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.016128;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.877;QD=44.111;RBI=0.0188731;REFB=-0.110319;REVB=-0.00980205;RO=0;SAF=10;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.533294;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00147611;OID=.;OPOS=1610939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:0:1:17:17:0.944444:7:10:0:0:7:10:0:1 chr20 1615959 . T C 1013.51 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318154;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.688;QD=59.6181;RBI=0.0375209;REFB=0;REVB=0.0198898;RO=0;SAF=35;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015081;OID=.;OPOS=1615959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:33:35:0:0:33:35:0:0 chr20 1616137 . G A 2063.4 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=135;FDP=135;FR=.;FRO=0;FSAF=69;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0498838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2726;QD=61.1379;RBI=0.0737219;REFB=0;REVB=-0.0542819;RO=0;SAF=69;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-9.83631e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120152;OID=.;OPOS=1616137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:135:0:0:131:135:1:62:69:0:0:66:69:0:0 chr20 1616206 . A G 1500.07 PASS AF=1;AO=99;DP=102;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.013797;FXX=0.0190458;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.75;QD=58.2551;RBI=0.0140357;REFB=0;REVB=-0.00257777;RO=0;SAF=40;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.43337e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000473565;OID=.;OPOS=1616206;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:103:0:0:99:103:1:59:40:0:0:63:40:0:0 chr20 1616892 . A G 1800.03 PASS AF=0.98374;AO=115;DP=123;FAO=121;FDP=123;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=48;FSAR=73;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0207488;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.479;QD=58.5376;RBI=0.0286999;REFB=-0.128935;REVB=0.0198287;RO=1;SAF=48;SAR=67;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00979034;STB=0.505154;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.00316923;OID=.;OPOS=1616892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:123:123:1:1:115:121:0.98374:67:48:1:0:73:48:1:0 chr20 1895889 . G C 69.18 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0522402;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1025;QD=30.746;RBI=0.0817936;REFB=-0.158467;REVB=-0.0629377;RO=1;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978599;STB=0.555418;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0258896;OID=.;OPOS=1895889;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:9:9:1:1:8:8:0.888889:4:4:0:1:4:4:0:1 chr20 1895950 . CCT GTC 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0082641;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=188.149;QD=47.8224;RBI=0.00888027;REFB=0;REVB=0.00325021;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=8.90587e-05;OID=.;OPOS=1895950;OREF=CCT;OALT=GTC;OMAPALT=GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:9:7:0:0:9:7:0:0 chr20 1895963 . A G 240.19 PASS AF=0.909091;AO=20;DP=22;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00927121;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.966;QD=43.6701;RBI=0.00988039;REFB=-0.0297266;REVB=-0.00341567;RO=2;SAF=10;SAR=10;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0032578;OID=.;OPOS=1895963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:22:22:2:2:20:20:0.909091:10:10:1:1:10:10:1:1 chr20 1895965 . C A 278.16 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.139476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=232.02;QD=50.5751;RBI=0.181187;REFB=0;REVB=0.115651;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00655996;OID=.;OPOS=1895965;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:22:0:0:21:22:1:11:10:0:0:11:11:0:0 chr20 1895984 . C A 483.35 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00888181;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.994;QD=58.5872;RBI=0.0181457;REFB=0;REVB=-0.0158234;RO=0;SAF=18;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.10223e-05;OID=.;OPOS=1895984;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:32:33:1:14:18:0:0:14:19:0:0 chr20 1895990 . G A 523.79 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019412;FXX=0.0277701;HRUN=2;LEN=1;MLLD=238.376;QD=59.8614;RBI=0.0195027;REFB=0;REVB=-0.0018792;RO=0;SAF=20;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.79962e-05;OID=.;OPOS=1895990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:15:20:0:0:15:20:0:0 chr20 1896051 . CCGA C 467.11 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00210257;FXX=0.0512689;HRUN=4;LEN=3;MLLD=278.666;QD=50.4988;RBI=0.022032;REFB=0;REVB=0.0219315;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.576471;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=4.22428e-05;OID=.;OPOS=1896052;OREF=CGA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:38:37:37:0:22:15:0:0:8:0:22:14:0:0 chr20 1896059 . GT AC 564.42 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00440278;FXX=0.0512689;HRUN=1;LEN=2;MLLD=228.717;QD=61.0185;RBI=0.0453805;REFB=0;REVB=0.0451665;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000130027;OID=.;OPOS=1896059;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chr20 1896100 . C T 751.18 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0114386;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.563;QD=63.9303;RBI=0.0664631;REFB=0;REVB=0.0654714;RO=0;SAF=23;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000385851;OID=.;OPOS=1896100;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:24:23:0:0:24:23:0:0 chr20 1959939 . G A 1190.44 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00887042;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.938;QD=61.0484;RBI=0.0186929;REFB=0;REVB=0.0164541;RO=0;SAF=39;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.09222e-05;OID=.;OPOS=1959939;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:39:39:0:0:39:39:0:0 chr20 2082732 . C G 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=0;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.2455;QD=10.0321;RBI=0.0575689;REFB=-0.00508457;REVB=0.0575689;RO=7;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.012555;OID=.;OPOS=2082732;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:5:0:0:7:5:0:0:7 chr20 2097688 . T C 212.43 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=45;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0067736;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.704;QD=19.3121;RBI=0.00922194;REFB=-0.0203885;REVB=0.006258;RO=24;SAF=15;SAR=6;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139664;STB=0.563846;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0247694;OID=.;OPOS=2097688;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:24:23:21:21:0.477273:6:15:14:10:6:15:14:9 chr20 2127684 . C T 2085.98 PASS AF=1;AO=131;DP=132;FAO=137;FDP=137;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00339317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8869;QD=60.9044;RBI=0.0172776;REFB=-0.122604;REVB=0.0169412;RO=1;SAF=63;SAR=68;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00693842;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00321333;OID=.;OPOS=2127684;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:132:137:1:0:131:137:1:68:63:0:1:74:63:0:0 chr20 2127930 . C T 399.48 PASS AF=0.9375;AO=29;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0762699;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3031;QD=49.9354;RBI=0.10998;REFB=-0.065952;REVB=0.0792369;RO=3;SAF=11;SAR=18;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0715383;STB=0.524984;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0106267;OID=.;OPOS=2127930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:32:32:3:2:29:30:0.9375:18:11:0:3:19:11:0:2 chr20 2290333 . C A 519.98 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00724115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.916;QD=59.4261;RBI=0.0239058;REFB=0;REVB=0.0227827;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.91221e-05;OID=.;OPOS=2290333;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:16:19:0:0:16:19:0:0 chr20 2321105 . G C 360.14 PASS AF=0.40625;AO=39;DP=96;FAO=39;FDP=96;FR=.;FRO=57;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=26;FSRR=31;FWDB=-0.00549487;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=291.785;QD=15.0059;RBI=0.0346223;REFB=0.00522312;REVB=-0.0341835;RO=57;SAF=20;SAR=19;SRF=26;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0593792;STB=0.533601;STBP=0.592;TYPE=snp;VARB=-0.00727687;OID=.;OPOS=2321105;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:57:57:39:39:0.40625:19:20:26:31:19:20:26:31 chr20 2398017 . G A 618.31 PASS AF=0.461039;AO=60;DP=144;FAO=71;FDP=154;FR=.;FRO=83;FSAF=44;FSAR=27;FSRF=32;FSRR=51;FWDB=0.00653736;FXX=0.0128197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.105;QD=16.06;RBI=0.0138375;REFB=-0.0261538;REVB=0.0121958;RO=75;SAF=39;SAR=21;SRF=27;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.287064;STB=0.625785;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.039478;OID=.;OPOS=2398017;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:144:154:75:83:60:71:0.461039:21:39:27:48:27:44:32:51 chr20 2539387 . G A 639.18 PASS AF=1;AO=26;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=9;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0408397;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.6639;QD=62.3591;RBI=0.23572;REFB=0;REVB=0.232155;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0047868;OID=.;OPOS=2539387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:26:41:1:17:9:0:0:32:9:0:0 chr20 2559795 . T C 206.44 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0185599;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7109;QD=22.9378;RBI=0.0778032;REFB=-0.00320552;REVB=0.0755571;RO=15;SAF=7;SAR=13;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244495;STB=0.624168;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.00379324;OID=.;OPOS=2559795;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:15:16:20:20:0.555556:13:7:10:5:13:7:10:6 chr20 2591232 . C T 297.85 PASS AF=0.44;AO=33;DP=75;FAO=33;FDP=75;FR=.;FRO=42;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=19;FWDB=-0.00748463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.639;QD=15.8852;RBI=0.00804996;REFB=-0.0193803;REVB=0.00296349;RO=42;SAF=23;SAR=10;SRF=23;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162102;STB=0.591779;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=0.0348461;OID=.;OPOS=2591232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:42:42:33:33:0.44:10:23:23:19:10:23:23:19 chr20 2593863 . T C 623.74 PASS AF=0.571429;AO=56;DP=98;FAO=56;FDP=98;FR=.;FRO=42;FSAF=37;FSAR=19;FSRF=30;FSRR=12;FWDB=-0.000694334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.05;QD=25.4589;RBI=0.000700284;REFB=-0.0127983;REVB=9.1096e-05;RO=40;SAF=37;SAR=19;SRF=28;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338562;STB=0.526024;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=0.00970835;OID=.;OPOS=2593863;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:40:42:56:56:0.571429:19:37:28:12:19:37:30:12 chr20 2618140 . T C 563.6 PASS AF=0.974359;AO=39;DP=39;FAO=38;FDP=39;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0186232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.501;QD=57.8054;RBI=0.0283871;REFB=-0.136779;REVB=0.0214243;RO=0;SAF=12;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509429;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.000947179;OID=.;OPOS=2618140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:39:0:1:39:38:0.974359:27:12:0:0:26:12:0:1 chr20 2633936 . T C 754.1 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0331664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109;QD=54.8438;RBI=0.0587712;REFB=-0.0812797;REVB=-0.0485185;RO=0;SAF=19;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.86274e-08;STB=0.512816;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00287843;OID=.;OPOS=2633936;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:0:1:54:54:0.981818:35:19:0:0:35:19:1:0 chr20 2637071 . T C 188.99 PASS AF=0.527778;AO=18;DP=35;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00878349;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.032;QD=20.9985;RBI=0.0195939;REFB=-0.00749835;REVB=-0.0175149;RO=17;SAF=9;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0757821;STB=0.529381;STBP=0.702;TYPE=snp;VARB=0.0063771;OID=.;OPOS=2637071;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:17:17:18:19:0.527778:9:9:10:7:9:10:10:7 chr20 2644407 . C G 797.99 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00857368;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.1813;QD=56.9994;RBI=0.0357424;REFB=0;REVB=-0.0346989;RO=0;SAF=27;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000114723;OID=.;OPOS=2644407;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:28:27:0:0:29:27:0:0 chr20 2739583 . T C 170.9 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0550482;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.1068;QD=17.99;RBI=0.0581751;REFB=0.00551077;REVB=-0.018816;RO=20;SAF=7;SAR=11;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0381998;STB=0.521715;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=-0.00454646;OID=.;OPOS=2739583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:11:7:7:13:11:7:7:13 chr20 2797015 . G A 88.19 PASS AF=0.44;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=0.024659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.922;QD=14.1104;RBI=0.0465972;REFB=-0.0688194;REVB=0.0395377;RO=12;SAF=6;SAR=5;SRF=10;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272125;STB=0.68154;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0293459;OID=.;OPOS=2797015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:25:12:14:11:11:0.44:5:6:10:2:5:6:12:2 chr20 2945759 . C T 112.14 PASS AF=0.283019;AO=15;DP=53;FAO=15;FDP=53;FR=.;FRO=38;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=-0.00810641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.596;QD=8.46354;RBI=0.00954111;REFB=-0.00208372;REVB=-0.00503179;RO=38;SAF=10;SAR=5;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172587;STB=0.605119;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0128591;OID=.;OPOS=2945759;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:38:38:15:15:0.283019:5:10:20:18:5:10:20:18 chr20 2996497 . C T 286.92 PASS AF=0.657895;AO=24;DP=37;FAO=25;FDP=38;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.013681;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.164;QD=30.2016;RBI=0.0136815;REFB=-0.0201328;REVB=0.000105205;RO=13;SAF=18;SAR=6;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162542;STB=0.59367;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00837929;OID=.;OPOS=2996497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:13:13:24:25:0.657895:6:18:7:6:6:19:7:6 chr20 3193842 . C A 290.16 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=70;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.00822096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.484;QD=16.5805;RBI=0.0120032;REFB=-0.0067734;REVB=-0.00874595;RO=38;SAF=15;SAR=17;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0555751;STB=0.53123;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00557117;OID=.;OPOS=3193842;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:38:38:32:32:0.457143:17:15:20:18:17:15:20:18 chr20 3193978 . G A 430.96 PASS AF=0.56;AO=42;DP=74;FAO=42;FDP=75;FR=.;FRO=33;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=9;FSRR=24;FWDB=0.00218669;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=43.9304;QD=22.9847;RBI=0.0350697;REFB=0.016157;REVB=0.0350014;RO=32;SAF=18;SAR=24;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120951;STB=0.571396;STBP=0.18;TYPE=snp;VARB=-0.0123617;OID=.;OPOS=3193978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:75:32:33:42:42:0.56:24:18:9:23:24:18:9:24 chr20 3204084 . G A 429.11 PASS AF=0.494253;AO=43;DP=87;FAO=43;FDP=87;FR=.;FRO=44;FSAF=24;FSAR=19;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.0155726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.531;QD=19.729;RBI=0.0212011;REFB=-0.0342463;REVB=0.0143869;RO=43;SAF=24;SAR=19;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0643433;STB=0.540463;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.0203979;OID=.;OPOS=3204084;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:43:44:43:43:0.494253:19:24:27:16:19:24:28:16 chr20 3214819 . T G 793.35 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.032567;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.132;QD=56.6677;RBI=0.0352232;REFB=0;REVB=0.0134187;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.89846e-05;OID=.;OPOS=3214819;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:26:28:0:0:27:29:0:0 chr20 3214895 . C T 253.91 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=0.0205448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.5882;QD=21.609;RBI=0.0361871;REFB=-0.00901884;REVB=-0.0297896;RO=23;SAF=9;SAR=15;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131254;STB=0.573708;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.0149439;OID=.;OPOS=3214895;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:15:9:12:11:15:9:12:11 chr20 3218634 . G C 684.59 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.0558;QD=60.8528;RBI=0.0544539;REFB=0;REVB=-0.0481841;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119076;OID=.;OPOS=3218634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:45:0:0:44:45:1:21:23:0:0:21:24:0:0 chr20 3231134 . C T 940.25 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00482441;FXX=0.0153822;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.662;QD=58.7655;RBI=0.00885144;REFB=0;REVB=-0.00742112;RO=0;SAF=30;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.34112e-06;OID=.;OPOS=3231134;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:64:0:0:64:64:1:34:30:0:0:34:30:0:0 chr20 3259614 . G A 77.8 PASS AF=0.177778;AO=7;DP=45;FAO=8;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=18;FSRR=15;FWDB=0.110136;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=31.8214;QD=6.91541;RBI=0.115721;REFB=-0.0114933;REVB=0.0355168;RO=29;SAF=5;SAR=2;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125619;STB=0.679523;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0260642;OID=.;OPOS=3259614;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:45:45:29:33:7:8:0.177778:2:5:18:11:2:6:18:15 chr20 3285126 . A T 162.55 PASS AF=0.515152;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=33;FR=.;FRO=16;FSAF=4;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0221003;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=270.866;QD=19.7024;RBI=0.0343042;REFB=-0.035432;REVB=-0.0262365;RO=16;SAF=4;SAR=13;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0864585;STB=0.549235;STBP=0.603;TYPE=snp;VARB=0.0363584;OID=.;OPOS=3285126;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:16:16:17:17:0.515152:13:4:5:11:13:4:5:11 chr20 3285140 . T C 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00801143;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.165;QD=58.5874;RBI=0.0304495;REFB=0;REVB=0.0293767;RO=0;SAF=8;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205323;OID=.;OPOS=3285140;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:25:8:0:0:25:8:0:0 chr20 3362033 . T C 55.17 PASS AF=0.363636;AO=7;DP=22;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=2;FWDB=-0.0115328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.552;QD=10.0305;RBI=0.161809;REFB=-0.0119741;REVB=0.161397;RO=13;SAF=4;SAR=3;SRF=12;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.428566;STB=0.726821;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0304862;OID=.;OPOS=3362033;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:22:22:13:14:7:8:0.363636:3:4:12:1:4:4:12:2 chr20 3564672 . C T 718.67 PASS AF=0.946429;AO=52;DP=55;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=30;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0383248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.642;QD=51.3335;RBI=0.0428923;REFB=-0.199723;REVB=0.0192603;RO=2;SAF=23;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392057;STB=0.51264;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00220164;OID=.;OPOS=3564672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:55:56:2:3:52:53:0.946429:29:23:2:0:30:23:2:1 chr20 3628918 . T C 538.55 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0267026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.348;QD=59.8386;RBI=0.0286859;REFB=0;REVB=0.0104811;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.34957e-05;OID=.;OPOS=3628918;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr20 3631518 . ACT A 194.34 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=-0.00602686;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=2;MLLD=213.445;QD=16.8991;RBI=0.0175687;REFB=-0.0303021;REVB=-0.0165026;RO=27;SAF=12;SAR=8;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.297438;STB=0.660863;STBP=0.066;TYPE=del;VARB=0.0326357;OID=.;OPOS=3631519;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.434783:20:47:20:46:26:12:8:8:18:99:27:12:8:8:19 chr20 3672836 . G A 144.56 PASS AF=0.421053;AO=15;DP=38;FAO=16;FDP=38;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=13;FWDB=-0.0149154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2739;QD=15.2168;RBI=0.0303784;REFB=-0.0439508;REVB=0.0264647;RO=20;SAF=6;SAR=9;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0521122;STB=0.516758;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.0475504;OID=.;OPOS=3672836;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:22:15:16:0.421053:9:6:7:13:9:7:9:13 chr20 3675333 . G A 453.64 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00143688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8376;QD=54.986;RBI=0.0728148;REFB=-0.0686029;REVB=0.0728006;RO=1;SAF=20;SAR=12;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0373149;STB=0.519987;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=0.00197896;OID=.;OPOS=3675333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:12:20:0:1:12:20:0:1 chr20 3675498 . T G 235.87 PASS AF=1;AO=17;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.774;QD=49.6559;RBI=0.0695978;REFB=0;REVB=0.065352;RO=1;SAF=13;SAR=4;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1013;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000560763;OID=.;OPOS=3675498;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:1:0:17:19:1:4:13:0:1:6:13:0:0 chr20 3677357 . T C 779.13 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0669227;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.2985;QD=54.6755;RBI=0.0743728;REFB=-0.0652679;REVB=-0.0324448;RO=1;SAF=20;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132799;STB=0.50704;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00208624;OID=.;OPOS=3677357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:1:1:55:56:0.982456:35:20:0:1:35:21:0:1 chr20 3677736 . T G 444.69 PASS AF=1;AO=29;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0028985;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.796;QD=57.3798;RBI=0.0687573;REFB=0;REVB=0.0686962;RO=0;SAF=22;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000957099;OID=.;OPOS=3677736;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:29:31:1:7:22:0:0:8:23:0:0 chr20 3680106 . G A 46.7 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0275071;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.067;QD=10.3768;RBI=0.0381286;REFB=-0.036943;REVB=-0.0264036;RO=11;SAF=5;SAR=2;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184599;STB=0.613693;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.106103;OID=.;OPOS=3680106;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:2:5:6:5:2:5:6:5 chr20 3682011 . G A 1288.08 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0105073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.551;QD=61.3371;RBI=0.042194;REFB=0;REVB=0.0408648;RO=1;SAF=37;SAR=44;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126256;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000100785;OID=.;OPOS=3682011;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:84:1:0:81:84:1:44:37:1:0:46:38:0:0 chr20 3682275 . A G 339.46 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00525152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.193;QD=54.3135;RBI=0.0257755;REFB=0;REVB=0.0252349;RO=0;SAF=9;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.18545e-05;OID=.;OPOS=3682275;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:15:9:0:0:16:9:0:0 chr20 3684022 . A G 120.86 PASS AF=0.424242;AO=14;DP=33;FAO=14;FDP=33;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=17;FWDB=-0.0146717;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.468;QD=14.6496;RBI=0.0197938;REFB=0.000971613;REVB=-0.0132866;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=2;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.307077;STB=0.673376;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=-0.00177796;OID=.;OPOS=3684022;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:19:19:14:14:0.424242:9:5:2:17:9:5:2:17 chr20 3684729 . T C 225.54 PASS AF=0.636364;AO=19;DP=32;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.072897;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.6783;QD=27.3383;RBI=0.0743742;REFB=-0.025912;REVB=0.0147496;RO=12;SAF=4;SAR=15;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250314;STB=0.615266;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0146308;OID=.;OPOS=3684729;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:32:33:12:12:19:21:0.636364:15:4:6:6:16:5:6:6 chr20 3686436 . C T 1668.85 PASS AF=0.991071;AO=109;DP=111;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=59;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0287314;FXX=0.0175423;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.552;QD=59.6019;RBI=0.0386259;REFB=-0.0459375;REVB=0.025816;RO=1;SAF=50;SAR=59;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00797819;STB=0.504201;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.000199214;OID=.;OPOS=3686436;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:111:112:1:1:109:111:0.991071:59:50:0:1:59:52:0:1 chr20 3784110 . C T 213.58 PASS AF=0.6;AO=20;DP=34;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0352994;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.195;QD=24.4095;RBI=0.0354076;REFB=-0.0185373;REVB=0.00276594;RO=14;SAF=6;SAR=14;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264418;STB=0.627327;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.00902518;OID=.;OPOS=3784110;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:14:14:20:21:0.6:14:6:9:5:14:7:9:5 chr20 3838441 . C G 374.33 PASS AF=0.610169;AO=26;DP=59;FAO=36;FDP=59;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.12752;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2305;QD=25.3783;RBI=0.135053;REFB=-0.100858;REVB=0.0444751;RO=22;SAF=15;SAR=11;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174447;STB=0.641577;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=0.0610003;OID=.;OPOS=3838441;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:22:23:26:36:0.610169:11:15:8:14:11:25:8:15 chr20 3842984 . C T 197.15 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=2;FWDB=0.0174124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.425;QD=26.2866;RBI=0.0334704;REFB=-0.0254639;REVB=0.0285845;RO=11;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167464;STB=0.592501;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.020016;OID=.;OPOS=3842984;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:30:30:11:11:19:19:0.633333:8:11:9:2:8:11:9:2 chr20 4053254 . A G 1671.78 PASS AF=0.974138;AO=112;DP=116;FAO=113;FDP=116;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0109061;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=261.513;QD=57.6476;RBI=0.0183088;REFB=-0.0643878;REVB=0.014706;RO=2;SAF=50;SAR=62;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.015068;STB=0.511626;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.00134885;OID=.;OPOS=4053254;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:116:116:2:3:112:113:0.974138:62:50:0:2:63:50:0:3 chr20 4124037 . TACACACACACACACAC T 110.39 PASS AF=1;AO=9;DP=14;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326651;FXX=0.28551;HRUN=1;LEN=16;MLLD=529.643;QD=44.157;RBI=0.0392196;REFB=0;REVB=0.0217065;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000759207;OID=.;OPOS=4124038;OREF=ACACACACACACACAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:9:14:10:10:0:4:6:0:0:3:0:3:6:0:0 chr20 4163302 . A G 149.87 PASS AF=0.516129;AO=16;DP=31;FAO=16;FDP=31;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.00358101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.151;QD=19.3379;RBI=0.0268464;REFB=-0.0721638;REVB=0.0266065;RO=15;SAF=13;SAR=3;SRF=9;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241737;STB=0.639149;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0631135;OID=.;OPOS=4163302;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:15:15:16:16:0.516129:3:13:9:6:3:13:9:6 chr20 4164283 . A G 200.95 PASS AF=0.433962;AO=23;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=14;FWDB=-0.014234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.87;QD=15.1662;RBI=0.0144499;REFB=-0.0320415;REVB=0.00248849;RO=30;SAF=9;SAR=14;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.142702;STB=0.581324;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0266726;OID=.;OPOS=4164283;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:30:30:23:23:0.433962:14:9:16:14:14:9:16:14 chr20 4705865 . T C 332.81 PASS AF=0.420455;AO=35;DP=86;FAO=37;FDP=88;FR=.;FRO=51;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=15;FWDB=-0.00420697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.788;QD=15.1276;RBI=0.0078481;REFB=-0.020437;REVB=-0.00662526;RO=51;SAF=21;SAR=14;SRF=36;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118989;STB=0.553221;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0303814;OID=.;OPOS=4705865;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:51:51:35:37:0.420455:14:21:36:15:14:23:36:15 chr20 4706310 . T C 314.85 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00216477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.231;QD=19.9905;RBI=0.0217431;REFB=-0.0139212;REVB=0.0216351;RO=29;SAF=12;SAR=21;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104844;STB=0.551483;STBP=0.44;TYPE=snp;VARB=0.0171692;OID=.;OPOS=4706310;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:29:30:33:33:0.52381:21:12:14:15:21:12:14:16 chr20 4707388 . G T 123.98 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.00088742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.79;QD=17.1002;RBI=0.0251114;REFB=-0.0323587;REVB=-0.0250957;RO=15;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139734;STB=0.593772;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0387424;OID=.;OPOS=4707388;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:13:14:0.482759:5:8:7:8:5:9:7:8 chr20 4708778 . T C 129.82 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0241638;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.645;QD=43.2743;RBI=0.0322591;REFB=0;REVB=0.0213719;RO=0;SAF=1;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.09811e-06;OID=.;OPOS=4708778;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:10:1:0:0:11:1:0:0 chr20 4708979 . T C 230.72 PASS AF=0.904762;AO=16;DP=21;FAO=19;FDP=21;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0182934;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=69.4549;QD=43.947;RBI=0.0419243;REFB=-0.0641001;REVB=0.0377227;RO=2;SAF=8;SAR=8;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529381;STBP=0.33;TYPE=snp;VARB=0.0101682;OID=.;OPOS=4708979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:21:21:2:1:16:19:0.904762:8:8:1:1:11:8:1:0 chr20 4713176 . A G 255.68 PASS AF=0.491228;AO=28;DP=57;FAO=28;FDP=57;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=7;FSRR=22;FWDB=-0.0195695;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.685;QD=17.9422;RBI=0.0332977;REFB=-0.0380311;REVB=-0.0269401;RO=29;SAF=12;SAR=16;SRF=7;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179685;STB=0.599933;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0536397;OID=.;OPOS=4713176;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:29:29:28:28:0.491228:16:12:7:22:16:12:7:22 chr20 4762869 . G A 1130.89 PASS AF=1;AO=74;DP=76;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0151997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.769;QD=58.7473;RBI=0.0200081;REFB=-0.0888088;REVB=0.0130113;RO=1;SAF=40;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.011681;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000561555;OID=.;OPOS=4762869;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:76:77:1:0:74:77:1:34:40:1:0:34:43:0:0 chr20 4764629 . G A 210.56 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00171195;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.049;QD=19.1421;RBI=0.00233224;REFB=-0.00182593;REVB=-0.00158385;RO=23;SAF=11;SAR=10;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119823;STB=0.567623;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.00337552;OID=.;OPOS=4764629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:10:11:15:8:10:11:15:8 chr20 4764682 . T C 37.95 PASS AF=0.21875;AO=3;DP=30;FAO=7;FDP=32;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=0.0726647;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.203;QD=4.74406;RBI=0.0731572;REFB=-0.00423055;REVB=0.00847473;RO=25;SAF=1;SAR=2;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.158188;STB=0.571225;STBP=0.725;TYPE=snp;VARB=0.0113633;OID=.;OPOS=4764682;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:30:32:25:25:3:7:0.21875:2:1:12:13:3:4:12:13 chr20 4834338 . C T 172.19 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0666887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.206;QD=26.4906;RBI=0.0668542;REFB=0.0268443;REVB=0.00470082;RO=9;SAF=11;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131465;STB=0.573371;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.0136181;OID=.;OPOS=4834338;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:6:11:4:5:6:11:4:5 chr20 4836440 . C T 227.13 PASS AF=0.46;AO=22;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00750472;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.649;QD=18.1702;RBI=0.00818849;REFB=-0.0119222;REVB=0.00327575;RO=27;SAF=10;SAR=12;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00987944;STB=0.505296;STBP=0.964;TYPE=snp;VARB=0.01197;OID=.;OPOS=4836440;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:22:23:0.46:12:10:12:15:13:10:12:15 chr20 4854682 . A G 225.18 PASS AF=0.440678;AO=26;DP=59;FAO=26;FDP=59;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0321684;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.973;QD=15.2662;RBI=0.0328604;REFB=-0.0255571;REVB=0.00670799;RO=33;SAF=6;SAR=20;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.228616;STB=0.630806;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.026109;OID=.;OPOS=4854682;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:33:33:26:26:0.440678:20:6:14:19:20:6:14:19 chr20 5282719 . G T 217.59 PASS AF=0.40625;AO=26;DP=64;FAO=26;FDP=64;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=17;FWDB=0.0653505;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.5314;QD=13.5993;RBI=0.106602;REFB=-0.00227214;REVB=0.0842218;RO=38;SAF=14;SAR=12;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148342;STB=0.508468;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0070792;OID=.;OPOS=5282719;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:38:38:26:26:0.40625:12:14:21:17:12:14:21:17 chr20 5282731 . G A 204.19 PASS AF=0.384615;AO=25;DP=65;FAO=25;FDP=65;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0327208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4473;QD=12.5652;RBI=0.0836653;REFB=-0.00820932;REVB=0.0770015;RO=40;SAF=13;SAR=12;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00535969;STB=0.50308;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0155908;OID=.;OPOS=5282731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:40:40:25:25:0.384615:12:13:21:19:12:13:21:19 chr20 5282850 . C T 145.2 PASS AF=0.298507;AO=20;DP=66;FAO=20;FDP=67;FR=.;FRO=47;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0205875;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.0285;QD=8.66854;RBI=0.0234592;REFB=-0.00177305;REVB=0.0112468;RO=45;SAF=7;SAR=13;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624439;STB=0.525015;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.00635179;OID=.;OPOS=5282850;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:67:45:47:20:20:0.298507:13:7:18:27:13:7:18:29 chr20 5283256 . C G 650.8 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00326391;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.8525;QD=61.9811;RBI=0.084583;REFB=0;REVB=-0.08452;RO=0;SAF=11;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00122143;OID=.;OPOS=5283256;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:31:11:0:0:31:11:0:0 chr20 5283376 . G A 112.21 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=27;FAO=13;FDP=27;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0200904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.852;QD=16.623;RBI=0.025049;REFB=-0.00543128;REVB=0.0149609;RO=13;SAF=1;SAR=12;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.649784;STB=0.875221;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.00671015;OID=.;OPOS=5283376;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:13:14:13:13:0.481481:12:1:9:4:12:1:9:5 chr20 5296488 . G C 327.7 PASS AF=0.333333;AO=41;DP=125;FAO=42;FDP=126;FR=.;FRO=84;FSAF=12;FSAR=30;FSRF=34;FSRR=50;FWDB=-0.0126728;FXX=0.0078734;HRUN=4;LEN=1;MLLD=44.9587;QD=10.4033;RBI=0.0160512;REFB=0.00111392;REVB=-0.00985084;RO=84;SAF=11;SAR=30;SRF=34;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180478;STB=0.589699;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.00278455;OID=.;OPOS=5296488;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:126:84:84:41:42:0.333333:30:11:34:50:30:12:34:50 chr20 5296549 . C T 166.28 PASS AF=0.333333;AO=22;DP=68;FAO=22;FDP=66;FR=.;FRO=44;FSAF=2;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=43;FWDB=0.0736542;FXX=0.0294074;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.0963;QD=10.0776;RBI=0.0843262;REFB=-0.00969502;REVB=-0.0410606;RO=44;SAF=2;SAR=20;SRF=1;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31763;STB=0.677309;STBP=0.446;TYPE=snp;VARB=0.0160711;OID=.;OPOS=5296549;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:44:44:22:22:0.333333:20:2:1:43:20:2:1:43 chr20 5454286 . G A 133.72 PASS AF=0.777778;AO=13;DP=17;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0562252;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.716;QD=29.7146;RBI=0.0574595;REFB=-0.0574421;REVB=-0.0118458;RO=3;SAF=12;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231783;STB=0.618844;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=0.0121753;OID=.;OPOS=5454286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:17:18:3:4:13:14:0.777778:1:12:2:1:1:13:3:1 chr20 5454416 . G A 42.22 PASS AF=0.666667;AO=6;DP=9;FAO=6;FDP=9;FR=.;FRO=3;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0333695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.056;QD=18.7636;RBI=0.0513495;REFB=0.00337119;REVB=-0.0390289;RO=3;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.365022;STB=0.713603;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=-0.00524301;OID=.;OPOS=5454416;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:9:9:3:3:6:6:0.666667:4:2:3:0:4:2:3:0 chr20 5527291 . A G 38.66 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0144681;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.242;QD=11.0452;RBI=0.0236403;REFB=-0.0146887;REVB=-0.0186958;RO=8;SAF=2;SAR=4;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0427406;STB=0.526227;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.0123337;OID=.;OPOS=5527291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:4:2:3:5:4:2:3:5 chr20 5550862 . G A 421.82 PASS AF=0.388889;AO=49;DP=127;FAO=49;FDP=126;FR=.;FRO=77;FSAF=21;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=43;FWDB=-0.00706685;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.832;QD=13.3912;RBI=0.0127179;REFB=-0.00585829;REVB=-0.0105738;RO=75;SAF=21;SAR=28;SRF=32;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00207928;STB=0.50808;STBP=0.887;TYPE=snp;VARB=0.0101489;OID=.;OPOS=5550862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:126:75:77:49:49:0.388889:28:21:32:43:28:21:34:43 chr20 5556512 . G A 504.9 PASS AF=0.510417;AO=48;DP=94;FAO=49;FDP=96;FR=.;FRO=47;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.0253845;FXX=0.0103082;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.924;QD=21.0376;RBI=0.0256347;REFB=-0.0126063;REVB=0.00357323;RO=45;SAF=26;SAR=22;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122646;STB=0.511623;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0110969;OID=.;OPOS=5556512;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:96:45:47:48:49:0.510417:22:26:25:20:22:27:27:20 chr20 5843812 . T C 195.13 PASS AF=0.431373;AO=20;DP=49;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.041823;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.8941;QD=15.3044;RBI=0.0421921;REFB=-0.0124648;REVB=0.00556842;RO=28;SAF=8;SAR=12;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0458884;STB=0.50957;STBP=0.912;TYPE=snp;VARB=0.0223016;OID=.;OPOS=5843812;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:28:29:20:22:0.431373:12:8:10:18:14:8:11:18 chr20 5903485 . G A 164.04 PASS AF=0.328358;AO=22;DP=67;FAO=22;FDP=67;FR=.;FRO=45;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=-0.027215;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.0758;QD=9.79365;RBI=0.0422509;REFB=-0.0194672;REVB=0.0323185;RO=45;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15633;STB=0.590693;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.0542501;OID=.;OPOS=5903485;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:45:45:22:22:0.328358:14:8:11:34:14:8:11:34 chr20 5903517 . A G 753.75 PASS AF=0.981818;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0107576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.42;QD=54.8183;RBI=0.0496548;REFB=-0.0460314;REVB=0.0484755;RO=2;SAF=16;SAR=37;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0247893;STB=0.506491;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.000364202;OID=.;OPOS=5903517;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:2:1:53:54:0.981818:37:16:0:2:38:16:0:1 chr20 5904289 . G A 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.0658747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9076;QD=11.0925;RBI=0.0970459;REFB=-0.0248506;REVB=-0.0712632;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231195;STB=0.639509;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0110253;OID=.;OPOS=5904289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:1:5:3:2:1:5 chr20 5988095 . A G,T 1071.28 PASS AF=0.934211,0.0394737;AO=69,5;DP=76;FAO=71,3;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=33,1;FSAR=38,2;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.044927,-0.0383515;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=195.477,65.445;QD=56.3831;RBI=0.0450797,0.0388324;REFB=-0.166807,-0.129258;REVB=-0.00370747,0.00609261;RO=2;SAF=31,3;SAR=38,2;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0295207,-0.212944;STB=0.514702,0.74849;STBP=0.153,0.297;TYPE=snp,snp;VARB=0.000799342,0.0280791;OID=.,.;OPOS=5988095,5988095;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:76:76:2:2:69,5:71,3:0.934211,0.0394737:38,2:31,3:2:0:38,2:33,1:2:0 chr20 6064710 . A G 1251.77 PASS AF=0.988372;AO=76;DP=77;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=55;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0187996;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=101.406;QD=58.222;RBI=0.0557815;REFB=-0.0592906;REVB=0.0525181;RO=1;SAF=54;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00868409;STB=0.504503;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.000630332;OID=.;OPOS=6064710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:86:1:1:76:85:0.988372:22:54:1:0:30:55:1:0 chr20 6064731 . C T 612.42 PASS AF=0.508197;AO=61;DP=121;FAO=62;FDP=122;FR=.;FRO=60;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=36;FSRR=24;FWDB=0.00661919;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9157;QD=20.0792;RBI=0.0164851;REFB=-0.0140036;REVB=-0.0150978;RO=60;SAF=30;SAR=31;SRF=36;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0971814;STB=0.549165;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.012609;OID=.;OPOS=6064731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:122:60:60:61:62:0.508197:31:30:36:24:31:31:36:24 chr20 6065729 . C T 444.82 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.112167;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.023;QD=50.8365;RBI=0.132271;REFB=-0.208129;REVB=0.0701015;RO=1;SAF=14;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.022804;STB=0.512188;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.00330764;OID=.;OPOS=6065729;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:20:14:0:1:20:14:0:1 chr20 6065731 . T C 323.89 PASS AF=0.72973;AO=27;DP=37;FAO=27;FDP=37;FR=.;FRO=10;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0028893;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=223.451;QD=35.0151;RBI=0.00841087;REFB=-0.198695;REVB=0.00789903;RO=8;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.217085;STB=0.612246;STBP=0.043;TYPE=snp;VARB=0.00465473;OID=.;OPOS=6065731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:37:37:8:10:27:27:0.72973:13:14:0:8:13:14:1:9 chr20 6088265 . G A 181.52 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=0;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=12;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9067;QD=24.2032;RBI=0.00704731;REFB=-0.0116359;REVB=-0.00704731;RO=12;SAF=0;SAR=18;SRF=0;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0174118;OID=.;OPOS=6088265;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:18:0:0:12:18:0:0:12 chr20 6093177 . A G 236.76 PASS AF=0.4;AO=28;DP=70;FAO=28;FDP=70;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=10;FSRF=25;FSRR=17;FWDB=-0.0098258;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.383;QD=13.5292;RBI=0.00983186;REFB=-0.0092209;REVB=0.000345024;RO=40;SAF=18;SAR=10;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0743026;STB=0.530546;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0174885;OID=.;OPOS=6093177;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:42:28:28:0.4:10:18:23:17:10:18:25:17 chr20 6096632 . G A 229.58 PASS AF=0.536585;AO=22;DP=41;FAO=22;FDP=41;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.00462115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.432;QD=22.398;RBI=0.00590175;REFB=-0.0158566;REVB=0.00367092;RO=19;SAF=11;SAR=11;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152826;STB=0.58529;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0130763;OID=.;OPOS=6096632;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:19:19:22:22:0.536585:11:11:13:6:11:11:13:6 chr20 6100088 . A G 324.21 PASS AF=0.523077;AO=33;DP=64;FAO=34;FDP=65;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=15;FWDB=0.0133003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.973;QD=19.9511;RBI=0.0364878;REFB=-0.0062557;REVB=0.0339774;RO=31;SAF=19;SAR=14;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526423;STB=0.535035;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.00622966;OID=.;OPOS=6100088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:65:31:31:33:34:0.523077:14:19:16:15:14:20:16:15 chr20 6751034 . A G 842.31 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0257619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.482;QD=57.1058;RBI=0.0450154;REFB=0;REVB=0.036915;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126513;OID=.;OPOS=6751034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:59:0:0:53:59:1:33:20:0:0:38:21:0:0 chr20 6759115 . A T 955.54 PASS AF=0.985075;AO=64;DP=65;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0168988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5925;QD=57.0469;RBI=0.0376122;REFB=-0.0924425;REVB=0.0336022;RO=0;SAF=27;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.1743e-08;STB=0.506327;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00246489;OID=.;OPOS=6759115;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:65:67:0:1:64:66:0.985075:37:27:0:0:39:27:0:1 chr20 6760072 . GA G 33.77 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.120202;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=8.79397;QD=7.50378;RBI=0.122805;REFB=-0.0945576;REVB=-0.0251526;RO=7;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0779006;STB=0.559863;STBP=0.623;TYPE=del;VARB=0.118115;OID=.;OPOS=6760073;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:9:18:9:18:9:6:3:5:4:32:7:6:3:4:3 chr20 7863999 . C A 262.55 PASS AF=0.5;AO=26;DP=58;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0297559;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0369;QD=17.5035;RBI=0.0326842;REFB=-0.0533176;REVB=0.0135219;RO=28;SAF=9;SAR=17;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180445;STB=0.550986;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.0356652;OID=.;OPOS=7863999;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:60:28:30:26:30:0.5:17:9:15:13:18:12:15:15 chr20 7962707 . C A 754.42 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=266.685;QD=56.9376;RBI=0.0319235;REFB=0;REVB=0.0301597;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.02534e-05;OID=.;OPOS=7962707;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:28:25:0:0:28:25:0:0 chr20 7963039 . TCC TC,TCT,TGC 674.47 PASS AF=0.222222,0.777778,0;AO=10,39,2;DP=54;FAO=12,42,0;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=4,31,0;FSAR=8,11,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.121334,0.118479,-0.003285;FXX=0;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=18.5216,31.4858,132.479;QD=49.9604;RBI=0.145177,0.122023,0.0984994;REFB=0,0,0;REVB=-0.079714,0.0291964,-0.0984446;RO=1;SAF=3,31,0;SAR=7,8,2;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.126911,-0.0148867,-0.697199;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0379654,0.015386,0;OID=.,.,.;OPOS=7963040,7963041,7963040;OREF=C,C,C;OALT=-,T,G;OMAPALT=TC,TCT,TGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.222222,0.777778,0:10,39,2:54:12,42,0:54:0:4,31,0:8,11,0:0:0:42:1:3,31,0:7,8,2:1:0 chr20 7963043 . G T 44.31 PASS AF=0.2;AO=11;DP=47;FAO=11;FDP=55;FR=.;FRO=44;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=12;FWDB=0.070885;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=26.0428;QD=3.22287;RBI=0.232211;REFB=-0.0638915;REVB=-0.221127;RO=31;SAF=4;SAR=7;SRF=28;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.602957;STB=0.767886;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.158155;OID=.;OPOS=7963043;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:47:55:31:44:11:11:0.2:7:4:28:3:7:4:32:12 chr20 7999642 . G A 1208.77 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180385;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8583;QD=61.2036;RBI=0.0332584;REFB=0;REVB=-0.0279416;RO=0;SAF=43;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.79815e-05;OID=.;OPOS=7999642;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:36:43:0:0:36:43:0:0 chr20 8130943 . C T 288.5 PASS AF=0.392857;AO=32;DP=83;FAO=33;FDP=84;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=32;FSRR=19;FWDB=-0.0134637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.019;QD=13.738;RBI=0.0172384;REFB=-0.0158032;REVB=0.0107653;RO=50;SAF=15;SAR=17;SRF=32;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.181941;STB=0.603793;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.02686;OID=.;OPOS=8130943;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:50:51:32:33:0.392857:17:15:32:18:18:15:32:19 chr20 8696907 . T G 780.61 PASS AF=0.506757;AO=73;DP=146;FAO=75;FDP=148;FR=.;FRO=73;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=39;FSRR=34;FWDB=-0.0152219;FXX=0.00671096;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.691;QD=21.0975;RBI=0.0369731;REFB=-0.0265166;REVB=-0.0336943;RO=72;SAF=38;SAR=35;SRF=39;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019092;STB=0.500452;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.033735;OID=.;OPOS=8696907;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:148:72:73:73:75:0.506757:35:38:39:33:35:40:39:34 chr20 8769180 . C T 368.11 PASS AF=0.903226;AO=28;DP=31;FAO=28;FDP=31;FR=.;FRO=3;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0756284;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.189;QD=47.4974;RBI=0.0936414;REFB=-0.18719;REVB=-0.0552182;RO=3;SAF=8;SAR=20;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.145957;STB=0.578888;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.0212011;OID=.;OPOS=8769180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:31:31:3:3:28:28:0.903226:20:8:3:0:20:8:3:0 chr20 8865006 . C T 1065.06 PASS AF=0.6;AO=99;DP=165;FAO=99;FDP=165;FR=.;FRO=66;FSAF=55;FSAR=44;FSRF=22;FSRR=44;FWDB=-0.00756671;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.186;QD=25.8195;RBI=0.0324055;REFB=-0.00668375;REVB=-0.0315097;RO=63;SAF=55;SAR=44;SRF=21;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.158688;STB=0.588218;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00288161;OID=.;OPOS=8865006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:165:165:63:66:99:99:0.6:44:55:21:42:44:55:22:44 chr20 9288522 . G A 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=24;FWDB=0.00253709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.526;QD=14.2416;RBI=0.00825921;REFB=-0.0101511;REVB=0.00785988;RO=31;SAF=15;SAR=7;SRF=7;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443295;STB=0.751003;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0108278;OID=.;OPOS=9288522;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:7:15:7:24:7:15:7:24 chr20 9424810 . A C 200.92 PASS AF=0.617647;AO=18;DP=31;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0417105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4453;QD=23.6377;RBI=0.0693769;REFB=-0.022189;REVB=0.0554382;RO=11;SAF=7;SAR=11;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0181409;STB=0.547782;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0103921;OID=.;OPOS=9424810;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:34:11:13:18:21:0.617647:11:7:4:7:12:9:4:9 chr20 9424904 . C A 199.76 PASS AF=0.5;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=40;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=-0.015481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.998;QD=19.976;RBI=0.0157174;REFB=0.000639377;REVB=-0.00271548;RO=20;SAF=7;SAR=13;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938773;STB=0.553137;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=-0.000671981;OID=.;OPOS=9424904;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:20:20:20:20:0.5:13:7:9:11:13:7:9:11 chr20 9518685 . C T 205.47 PASS AF=0.341772;AO=24;DP=76;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=-0.00297115;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.602;QD=10.4036;RBI=0.0337513;REFB=-0.00790382;REVB=0.0336202;RO=46;SAF=12;SAR=12;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490245;STB=0.536696;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0134947;OID=.;OPOS=9518685;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:79:46:52:24:27:0.341772:12:12:25:21:15:12:26:26 chr20 9519740 . T C 61.62 PASS AF=0.257143;AO=5;DP=24;FAO=9;FDP=35;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=0.0160981;FXX=0;HRUN=16;LEN=1;MLLD=174.744;QD=7.04282;RBI=0.0190266;REFB=-0.00236654;REVB=-0.0101422;RO=0;SAF=0;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.80591;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.0116833;OID=.;OPOS=9519740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:24:35:0:26:5:9:0.257143:5:0:0:0:8:1:11:15 chr20 9543622 . C T 435.51 PASS AF=0.96875;AO=30;DP=31;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00167541;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8175;QD=54.4382;RBI=0.00920153;REFB=0.012615;REVB=0.00904772;RO=1;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0239088;STB=0.512812;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000276565;OID=.;OPOS=9543622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:32:1:1:30:31:0.96875:19:11:0:1:19:12:0:1 chr20 9547018 . C G 817.59 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0376195;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.3259;QD=57.3746;RBI=0.0434431;REFB=0;REVB=0.0217274;RO=0;SAF=13;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.74481e-05;OID=.;OPOS=9547018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:44:13:0:0:44:13:0:0 chr20 10006682 . T A 619.91 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00866456;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6153;QD=59.0391;RBI=0.0547396;REFB=-0.175612;REVB=-0.0540495;RO=1;SAF=20;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0228826;STB=0.512189;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00503801;OID=.;OPOS=10006682;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:1:1:41:41:0.97619:21:20:1:0:21:20:1:0 chr20 10019092 . GA G,GC,GG 595.42 PASS AF=0.0731707,0,0.926829;AO=10,2,28;DP=41;FAO=3,0,38;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=1,0,17;FSAR=2,0,21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591581,0.0535521,0.0752888;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=56.0953,40.4499,67.5744;QD=58.0898;RBI=0.067223,0.0639956,0.107622;REFB=0,0,0;REVB=0.0319257,0.0350374,0.076903;RO=0;SAF=1,0,16;SAR=9,2,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-3.8593e-08,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.0477538,0,0.0306951;OID=.,.,.;OPOS=10019093,10019093,10019093;OREF=A,A,A;OALT=-,C,G;OMAPALT=G,GC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0731707,0,0.926829:10,2,28:41:3,0,38:41:0:1,0,17:2,0,21:0:0:10:0:1,0,16:9,2,12:0:0 chr20 10386013 . C A 328.06 PASS AF=0.53125;AO=34;DP=63;FAO=34;FDP=64;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.00236994;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.128;QD=20.5039;RBI=0.00520317;REFB=-0.040347;REVB=0.0046321;RO=29;SAF=19;SAR=15;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0635461;STB=0.527761;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0424153;OID=.;OPOS=10386013;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:64:29:30:34:34:0.53125:15:19:14:15:15:19:15:15 chr20 10386059 . G A 264.88 PASS AF=0.434783;AO=30;DP=69;FAO=30;FDP=69;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.00532557;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.2544;QD=15.3551;RBI=0.0192784;REFB=-0.006839;REVB=-0.0185282;RO=37;SAF=13;SAR=17;SRF=21;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131168;STB=0.559496;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0103729;OID=.;OPOS=10386059;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:37:39:30:30:0.434783:17:13:21:16:17:13:21:18 chr20 10393629 . G A 197.52 PASS AF=0.633333;AO=19;DP=30;FAO=19;FDP=30;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0153556;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6195;QD=26.3361;RBI=0.119837;REFB=0.0700627;REVB=-0.118849;RO=10;SAF=9;SAR=10;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.263312;STB=0.657287;STBP=0.035;TYPE=snp;VARB=-0.049049;OID=.;OPOS=10393629;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:10:11:19:19:0.633333:10:9:9:1:10:9:10:1 chr20 10619014 . A C 173.17 PASS AF=0.842105;AO=16;DP=19;FAO=16;FDP=19;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.00449141;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.702;QD=36.4576;RBI=0.02337;REFB=-0.0996556;REVB=-0.0229344;RO=1;SAF=5;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0828326;STB=0.615235;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.00316003;OID=.;OPOS=10619014;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:19:19:1:3:16:16:0.842105:11:5:1:0:11:5:3:0 chr20 10619659 . TAA TA,T 265.8 PASS AF=1,0;AO=32,6;DP=49;FAO=49,0;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=37,0;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0218238,-0.0118696;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,2;MLLD=7.85429,8.73528;QD=21.6977;RBI=0.045475,0.0232511;REFB=0.00144996,0.00237179;REVB=-0.039896,-0.0199931;RO=9;SAF=23,5;SAR=9,1;SRF=8;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0892289,-0.107451;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.00062002,-0.00634587;OID=.,.;OPOS=10619660,10619660;OREF=A,AA;OALT=-,-;OMAPALT=TA,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:32,6:49:49,0:49:0:37,0:12,0:0:0:5:9:23,5:9,1:8:1 chr20 10620275 . G A 2045.08 PASS AF=1;AO=131;DP=131;FAO=131;FDP=131;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0507469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.4635;QD=62.4451;RBI=0.130239;REFB=0;REVB=0.119946;RO=0;SAF=63;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000698854;OID=.;OPOS=10620275;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:131:131:0:0:131:131:1:68:63:0:0:68:63:0:0 chr20 10620386 . A G 817.71 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0122305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.584;QD=57.383;RBI=0.0123023;REFB=0;REVB=0.00132707;RO=0;SAF=24;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25003e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.2296e-05;OID=.;OPOS=10620386;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:33:24:0:0:33:24:0:0 chr20 10633237 . G A 251.65 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0074105;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=250.083;QD=20.5427;RBI=0.0182665;REFB=-0.00838029;REVB=0.0166957;RO=25;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0167601;STB=0.509426;STBP=0.92;TYPE=snp;VARB=0.00649727;OID=.;OPOS=10633237;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:13:11:11:14:13:11:11:14 chr20 11790885 . C CTT 57.58 PASS AF=0.357143;AO=9;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=0.0777395;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=35.889;QD=8.22555;RBI=0.135588;REFB=0.0243276;REVB=0.111089;RO=17;SAF=5;SAR=4;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169117;STB=0.642595;STBP=0.28;TYPE=ins;VARB=-0.0361741;OID=.;OPOS=11790886;OREF=-;OALT=TT;OMAPALT=CTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.357143:9:28:10:28:18:5:5:13:5:57:17:5:4:12:5 chr20 11791008 . C T 785.72 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.6754;QD=64.14;RBI=0.0292982;REFB=0;REVB=-0.0178813;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.27024e-05;OID=.;OPOS=11791008;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:27:22:0:0:27:22:0:0 chr20 11907058 . C T 171.01 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=52;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.000844551;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.187;QD=13.4122;RBI=0.0408037;REFB=0.0103173;REVB=-0.0407949;RO=31;SAF=9;SAR=11;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00171319;STB=0.500989;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0114813;OID=.;OPOS=11907058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:31:31:20:20:0.392157:11:9:14:17:11:9:14:17 chr20 13029764 . A C 1075.97 PASS AF=0.986842;AO=72;DP=75;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00186672;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.262;QD=56.6301;RBI=0.0270157;REFB=-0.0891122;REVB=0.0269511;RO=2;SAF=11;SAR=61;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.033381;STB=0.503999;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.000821571;OID=.;OPOS=13029764;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:75:76:2:1:72:75:0.986842:61:11:1:1:62:13:0:1 chr20 13029790 . C T 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109395;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.061;QD=63.8715;RBI=0.0126881;REFB=0;REVB=-0.00642757;RO=0;SAF=11;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.14038e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.40244e-05;OID=.;OPOS=13029790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:37:11:0:0:37:11:0:0 chr20 13029862 . C T 600.04 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0111546;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4255;QD=58.54;RBI=0.0155148;REFB=-0.0347424;REVB=0.0107835;RO=1;SAF=17;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0267753;STB=0.513507;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.010181;OID=.;OPOS=13029862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:41:1:1:39:40:0.97561:22:17:1:0:22:18:1:0 chr20 13029920 . C G,T 842.94 PASS AF=0.983607,0.0163934;AO=57,3;DP=61;FAO=60,1;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=27,0;FSAR=33,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00135553,0.0231489;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=208.085,11.1938;QD=55.275;RBI=0.0526203,0.0667817;REFB=0,0;REVB=0.0526028,-0.0626412;RO=1;SAF=27,0;SAR=30,3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0154619,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00113316,0.10883;OID=.,.;OPOS=13029920,13029920;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:61:61:1:0:57,3:60,1:0.983607,0.0163934:30,3:27,0:0:1:33,1:27,0:0:0 chr20 13134768 . T C 464.94 PASS AF=0.489362;AO=46;DP=94;FAO=46;FDP=94;FR=.;FRO=48;FSAF=13;FSAR=33;FSRF=23;FSRR=25;FWDB=0.0248026;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.2008;QD=19.7849;RBI=0.0695941;REFB=-0.0257324;REVB=0.0650243;RO=48;SAF=13;SAR=33;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200199;STB=0.611689;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.0275688;OID=.;OPOS=13134768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:94:48:48:46:46:0.489362:33:13:23:25:33:13:23:25 chr20 13695680 . C T 346.51 PASS AF=0.493151;AO=35;DP=70;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=0.023379;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.2057;QD=18.9866;RBI=0.0260507;REFB=-0.00339846;REVB=0.0114918;RO=35;SAF=14;SAR=21;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104281;STB=0.578009;STBP=0.218;TYPE=snp;VARB=0.00363001;OID=.;OPOS=13695680;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:73:35:37:35:36:0.493151:21:14:18:17:22:14:20:17 chr20 13740447 . CCTT C 102.52 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0040775;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=272.493;QD=18.6394;RBI=0.0209663;REFB=-0.00677185;REVB=0.020566;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0124041;STB=0.507031;STBP=0.961;TYPE=del;VARB=0.00438341;OID=.;OPOS=13740448;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.590909:13:22:13:22:9:7:6:5:4:61:9:7:6:5:4 chr20 13747441 . A G 868.22 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0521301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.732;QD=57.8813;RBI=0.0626722;REFB=0;REVB=0.0347887;RO=0;SAF=33;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000389869;OID=.;OPOS=13747441;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:27:33:0:0:27:33:0:0 chr20 13763601 . A G 281.96 PASS AF=0.415584;AO=32;DP=77;FAO=32;FDP=77;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=25;FSRR=20;FWDB=-0.0208904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.087;QD=14.6472;RBI=0.0401654;REFB=-0.0107279;REVB=0.0343052;RO=45;SAF=19;SAR=13;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0403981;STB=0.522921;STBP=0.746;TYPE=snp;VARB=0.0316549;OID=.;OPOS=13763601;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:45:45:32:32:0.415584:13:19:25:20:13:19:25:20 chr20 13847420 . A G 638.77 PASS AF=0.976744;AO=42;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0133416;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.786;QD=59.4201;RBI=0.0389095;REFB=-0.0852454;REVB=0.0365506;RO=1;SAF=21;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218287;STB=0.511622;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000743189;OID=.;OPOS=13847420;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:42:42:0.976744:21:21:1:0:21:21:1:0 chr20 13954028 . A G 251.85 PASS AF=0.426471;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=68;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=-0.0178799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6843;QD=14.8147;RBI=0.0337806;REFB=0.00301977;REVB=0.0286607;RO=38;SAF=12;SAR=17;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165012;STB=0.586147;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=-0.00546475;OID=.;OPOS=13954028;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:39:29:29:0.426471:17:12:22:16:17:12:22:17 chr20 14203735 . T C 1216.04 PASS AF=1;AO=79;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=59;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000125635;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.616;QD=60.8022;RBI=0.148553;REFB=0;REVB=0.148553;RO=0;SAF=59;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130049;OID=.;OPOS=14203735;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:79:80:1:20:59:0:0:21:59:0:0 chr20 14305774 . CA CATT,TT 67.43 PASS AF=0.346154,0.115385;AO=5,3;DP=26;FAO=9,3;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3,0;FSAR=6,3;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.114526,-0.0116137;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=2,2;MLLD=14.9813,161.83;QD=10.3737;RBI=0.145636,0.0276886;REFB=-0.0404677,-0.0048925;REVB=0.0899653,0.0251352;RO=10;SAF=1,0;SAR=4,3;SRF=9;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.64267,-0.78742;STB=0.756249,0.997649;STBP=0.082,0.009;TYPE=ins,mnp;VARB=0.0229509,0.119044;OID=.,.;OPOS=14305776,14305774;OREF=-,CA;OALT=TT,TT;OMAPALT=CATT,TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:26:26:10:14:5,3:9,3:0.346154,0.115385:4,3:1,0:9:1:6,3:3,0:11:3 chr20 15874325 . A G 723.6 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00732433;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.99;QD=56.7528;RBI=0.0260021;REFB=0;REVB=0.0249492;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000185314;OID=.;OPOS=15874325;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr20 15874488 . G A 644.17 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0868355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.455;QD=61.3495;RBI=0.0968427;REFB=0;REVB=0.0428731;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000857973;OID=.;OPOS=15874488;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:26:15:0:0:26:16:0:0 chr20 15967719 . T C 180.21 PASS AF=0.5;AO=18;DP=37;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.000855905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.25;QD=18.969;RBI=0.0248641;REFB=-0.0134774;REVB=0.0248494;RO=19;SAF=11;SAR=7;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195539;STB=0.527192;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.00900981;OID=.;OPOS=15967719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:38:19:19:18:19:0.5:7:11:12:7:8:11:12:7 chr20 16359567 . A G 358.12 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169615;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.332;QD=55.0958;RBI=0.0503221;REFB=0;REVB=0.0473774;RO=0;SAF=15;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000384926;OID=.;OPOS=16359567;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:11:15:0:0:11:15:0:0 chr20 16486698 . G A 312.14 PASS AF=0.441558;AO=34;DP=78;FAO=34;FDP=77;FR=.;FRO=43;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=25;FWDB=-0.00613136;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.699;QD=16.2152;RBI=0.0189639;REFB=-0.00858389;REVB=-0.0179454;RO=42;SAF=15;SAR=19;SRF=17;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.036468;STB=0.512813;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.00746939;OID=.;OPOS=16486698;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:42:43:34:34:0.441558:19:15:17:25:19:15:18:25 chr20 16493533 . T C 73.08 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.00503227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.618;QD=9.13543;RBI=0.0215425;REFB=-0.000119199;REVB=0.0209465;RO=21;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795232;STB=0.562377;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.000269752;OID=.;OPOS=16493533;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:21:22:10:10:0.3125:5:5:12:9:5:5:13:9 chr20 16963522 . G C 515.19 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.7607;QD=58.8787;RBI=0.0210395;REFB=0;REVB=-0.0183581;RO=0;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48532e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000549633;OID=.;OPOS=16963522;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:34:35:1:14:20:0:0:15:20:0:0 chr20 17189761 . C G 172.68 PASS AF=0.315068;AO=23;DP=73;FAO=23;FDP=73;FR=.;FRO=50;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0153544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3405;QD=9.46165;RBI=0.0155227;REFB=-0.00728308;REVB=-0.00228024;RO=50;SAF=9;SAR=14;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346358;STB=0.520428;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=0.0169642;OID=.;OPOS=17189761;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:50:50:23:23:0.315068:14:9:21:29:14:9:21:29 chr20 17464516 . T C 255.03 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=48;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.00146205;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.024;QD=21.7045;RBI=0.00179939;REFB=-0.0137739;REVB=-0.0010489;RO=23;SAF=10;SAR=14;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0161976;STB=0.509083;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=0.0101687;OID=.;OPOS=17464516;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:47:23:23:24:24:0.510638:14:10:10:13:14:10:10:13 chr20 17469659 . G A 170.92 PASS AF=0.461538;AO=18;DP=39;FAO=18;FDP=39;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.00502735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.338;QD=17.5303;RBI=0.0776436;REFB=-0.0186533;REVB=-0.0774807;RO=21;SAF=9;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112459;STB=0.564032;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0164691;OID=.;OPOS=17469659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:21:21:18:18:0.461538:9:9:8:13:9:9:8:13 chr20 17470035 . C G 409.24 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014019;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.676;QD=56.4464;RBI=0.0286572;REFB=0;REVB=0.0249941;RO=0;SAF=7;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102318;OID=.;OPOS=17470035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:21:7:0:0:22:7:0:0 chr20 17474968 . T C 332.05 PASS AF=0.428571;AO=35;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=15;FSAR=21;FSRF=30;FSRR=18;FWDB=-0.0262288;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.078;QD=15.812;RBI=0.0283243;REFB=-0.00692499;REVB=-0.010692;RO=46;SAF=14;SAR=21;SRF=28;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208747;STB=0.617583;STBP=0.069;TYPE=snp;VARB=0.0109887;OID=.;OPOS=17474968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:46:48:35:36:0.428571:21:14:28:18:21:15:30:18 chr20 17475217 . C T 215.47 PASS AF=0.44;AO=22;DP=50;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=20;FSRR=8;FWDB=0.000899759;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.407;QD=17.2379;RBI=0.00930537;REFB=-0.0190491;REVB=-0.00926176;RO=27;SAF=16;SAR=6;SRF=20;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0166055;STB=0.509083;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.0336634;OID=.;OPOS=17475217;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:28:22:22:0.44:6:16:20:7:6:16:20:8 chr20 17477592 . C T 150.96 PASS AF=0.354167;AO=17;DP=48;FAO=17;FDP=48;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0135348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.133;QD=12.5799;RBI=0.0465487;REFB=0.00114877;REVB=-0.0445375;RO=31;SAF=14;SAR=3;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.365797;STB=0.718743;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=-0.00311346;OID=.;OPOS=17477592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:31:31:17:17:0.354167:3:14:17:14:3:14:17:14 chr20 17594714 . GC G 421.97 PASS AF=0.421053;AO=48;DP=116;FAO=48;FDP=114;FR=.;FRO=66;FSAF=26;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=43;FWDB=-0.0147369;FXX=0.0172399;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.713;QD=14.8061;RBI=0.0289662;REFB=-0.0138904;REVB=-0.0249372;RO=66;SAF=26;SAR=22;SRF=23;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.197228;STB=0.610505;STBP=0.079;TYPE=del;VARB=0.0332437;OID=.;OPOS=17594715;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.421053:48:116:48:114:66:26:22:23:43:99:66:26:22:23:43 chr20 17594729 . G A 590.07 PASS AF=0.512821;AO=60;DP=117;FAO=60;FDP=117;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=44;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0169625;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.019;QD=20.1734;RBI=0.0175374;REFB=-0.00580522;REVB=-0.00445327;RO=57;SAF=16;SAR=44;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238505;STB=0.632137;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00513928;OID=.;OPOS=17594729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:117:57:57:60:60:0.512821:44:16:29:28:44:16:29:28 chr20 17596155 . C A 238.3 PASS AF=0.457627;AO=26;DP=58;FAO=27;FDP=59;FR=.;FRO=32;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=0.00244777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=138.769;QD=16.1559;RBI=0.0124869;REFB=-0.0217579;REVB=0.0122446;RO=32;SAF=8;SAR=18;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229121;STB=0.635772;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0155181;OID=.;OPOS=17596155;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:59:32:32:26:27:0.457627:18:8:17:15:19:8:17:15 chr20 17600357 . G A 342.3 PASS AF=0.435294;AO=36;DP=84;FAO=37;FDP=85;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=29;FWDB=0.0293138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.141;QD=16.1082;RBI=0.0306748;REFB=0.000454621;REVB=0.00903568;RO=46;SAF=20;SAR=16;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.162585;STB=0.581132;STBP=0.22;TYPE=snp;VARB=-0.00069043;OID=.;OPOS=17600357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:46:48:36:37:0.435294:16:20:18:28:17:20:19:29 chr20 17605240 . A T 529.96 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.77;QD=58.8849;RBI=0.0600192;REFB=0;REVB=0.0248447;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000341395;OID=.;OPOS=17605240;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:35:36:1:17:18:0:0:17:19:0:0 chr20 17640652 . A G 252.3 PASS AF=0.489796;AO=24;DP=49;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=14;FWDB=-0.0275328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.547;QD=20.5957;RBI=0.0276941;REFB=-0.00030087;REVB=-0.00298487;RO=25;SAF=10;SAR=14;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0216524;STB=0.512185;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.00016963;OID=.;OPOS=17640652;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:25:25:24:24:0.489796:14:10:11:14:14:10:11:14 chr20 17705677 . A G 927.3 PASS AF=0.984848;AO=63;DP=64;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00714263;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.652;QD=56.1998;RBI=0.0222254;REFB=-0.00504868;REVB=-0.0210464;RO=1;SAF=41;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209782;STB=0.511108;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=9.96086e-05;OID=.;OPOS=17705677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:66:1:1:63:65:0.984848:22:41:0:1:22:43:0:1 chr20 17716416 . C G 1314.55 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0478825;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.8768;QD=61.8613;RBI=0.057062;REFB=0;REVB=0.0310377;RO=0;SAF=45;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00056494;OID=.;OPOS=17716416;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:82:85:1:37:45:0:0:37:48:0:0 chr20 17932210 . C T 342.88 PASS AF=0.546875;AO=35;DP=64;FAO=35;FDP=64;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00311909;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.618;QD=21.43;RBI=0.00461201;REFB=-0.012728;REVB=-0.00339733;RO=29;SAF=22;SAR=13;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948856;STB=0.552528;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.00988871;OID=.;OPOS=17932210;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:29:29:35:35:0.546875:13:22:15:14:13:22:15:14 chr20 17968923 . T C 118.91 PASS AF=0.388889;AO=14;DP=36;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.018539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.7999;QD=13.2125;RBI=0.0185578;REFB=0.0277225;REVB=-0.000835945;RO=22;SAF=2;SAR=12;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219594;STB=0.631363;STBP=0.343;TYPE=snp;VARB=-0.0437967;OID=.;OPOS=17968923;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:22:22:14:14:0.388889:12:2:6:16:12:2:6:16 chr20 18143117 . T G 361.56 PASS AF=0.964286;AO=25;DP=26;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0352121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.1178;QD=51.6509;RBI=0.058012;REFB=-0.0493843;REVB=-0.0461031;RO=1;SAF=16;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0487725;STB=0.523792;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000660424;OID=.;OPOS=18143117;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:26:28:1:1:25:27:0.964286:9:16:0:1:10:17:0:1 chr20 18143355 . C T 1759.13 PASS AF=0.983193;AO=117;DP=120;FAO=117;FDP=119;FR=.;FRO=2;FSAF=67;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0113471;FXX=0.00833264;HRUN=3;LEN=1;MLLD=240.811;QD=59.1303;RBI=0.0220515;REFB=-0.0477131;REVB=0.018908;RO=1;SAF=67;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00940386;STB=0.509802;STBP=0.146;TYPE=snp;VARB=0.00109842;OID=.;OPOS=18143355;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:120:119:1:2:117:117:0.983193:50:67:0:1:50:67:0:2 chr20 18167977 . T C 1230.2 PASS AF=1;AO=78;DP=82;FAO=85;FDP=85;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=52;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0754434;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.044;QD=57.8916;RBI=0.0755407;REFB=-0.0796866;REVB=-0.00383413;RO=1;SAF=45;SAR=33;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0104034;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000496278;OID=.;OPOS=18167977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:82:85:1:0:78:85:1:33:45:1:0:33:52:0:0 chr20 18296072 . T A 306.31 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.986;QD=53.271;RBI=0.0206154;REFB=0;REVB=-0.00749174;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.98594e-05;OID=.;OPOS=18296072;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr20 18309650 . GT G 362.05 PASS AF=1;AO=27;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0287776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=28.3196;QD=45.2562;RBI=0.0439212;REFB=0;REVB=0.0331801;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00271743;OID=.;OPOS=18309651;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:27:31:32:32:0:17:15:0:0:7:0:16:11:0:0 chr20 18393312 . C G 333.43 PASS AF=0.384615;AO=40;DP=104;FAO=40;FDP=104;FR=.;FRO=64;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=33;FSRR=31;FWDB=-0.00260368;FXX=0.0095229;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4786;QD=12.8244;RBI=0.0593787;REFB=-0.01014;REVB=-0.0593216;RO=63;SAF=22;SAR=18;SRF=33;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028355;STB=0.521266;STBP=0.7;TYPE=snp;VARB=0.0132831;OID=.;OPOS=18393312;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:63:64:40:40:0.384615:18:22:33:30:18:22:33:31 chr20 18393499 . C T 130.02 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.0182474;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.924;QD=13.3358;RBI=0.0205519;REFB=-0.00509436;REVB=-0.00945579;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.252682;STB=0.646282;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0125507;OID=.;OPOS=18393499;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:7:8:7:17:7:8:7:17 chr20 18414356 . A G 415.17 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.128529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.7499;QD=55.3562;RBI=0.136723;REFB=0;REVB=0.0466195;RO=1;SAF=12;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.037234;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00285865;OID=.;OPOS=18414356;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:1:0:29:30:1:17:12:1:0:17:13:0:0 chr20 18433335 . T C 261.86 PASS AF=0.413333;AO=31;DP=75;FAO=31;FDP=75;FR=.;FRO=44;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=21;FSRR=23;FWDB=-0.017274;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.2202;QD=13.9656;RBI=0.0707664;REFB=-0.042332;REVB=0.0686258;RO=43;SAF=12;SAR=19;SRF=21;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106174;STB=0.554341;STBP=0.484;TYPE=snp;VARB=0.0531356;OID=.;OPOS=18433335;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:43:44:31:31:0.413333:19:12:21:22:19:12:21:23 chr20 18445963 . A G 101.68 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.0723975;FXX=0.0370233;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.3624;QD=15.6429;RBI=0.0725632;REFB=-0.0130335;REVB=0.00490155;RO=14;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0574537;STB=0.533279;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0143045;OID=.;OPOS=18445963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:26:14:14:12:12:0.461538:7:5:5:9:7:5:5:9 chr20 18462420 . CA C,CG 558.63 PASS AF=0.131579,0.868421;AO=5,32;DP=37;FAO=5,33;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=5,15;FSAR=0,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306377,0.0270141;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=223.529,242.146;QD=58.8027;RBI=0.0440051,0.042818;REFB=0,0;REVB=0.0315877,0.0332208;RO=0;SAF=5,15;SAR=0,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0273696,0.00275405;OID=.,.;OPOS=18462421,18462421;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.131579,0.868421:5,32:37:5,33:38:0:5,15:0,18:0:0:24:0:5,15:0,17:0:0 chr20 18541699 . T TA 101.76 PASS AF=0.385965;AO=18;DP=62;FAO=22;FDP=57;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.00160876;FXX=0.0338926;HRUN=3;LEN=1;MLLD=15.2943;QD=7.14137;RBI=0.0425638;REFB=-0.0206484;REVB=0.0425334;RO=40;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116167;STB=0.571364;STBP=0.421;TYPE=ins;VARB=0.0118379;OID=.;OPOS=18541700;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.385965:18:62:22:57:35:12:10:15:20:99:40:9:9:16:24 chr20 18810705 . C T 126.79 PASS AF=0.285714;AO=18;DP=62;FAO=18;FDP=63;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0239378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.175;QD=8.04991;RBI=0.027028;REFB=-0.0119886;REVB=-0.0125495;RO=44;SAF=9;SAR=9;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.16215;STB=0.603065;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=0.0283269;OID=.;OPOS=18810705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:44:45:18:18:0.285714:9:9:16:28:9:9:16:29 chr20 19261623 . G A 343.33 PASS AF=0.383838;AO=38;DP=99;FAO=38;FDP=99;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=35;FWDB=0.0287688;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.106;QD=13.872;RBI=0.0322669;REFB=-0.00226764;REVB=0.014612;RO=61;SAF=16;SAR=22;SRF=26;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00573369;STB=0.503266;STBP=0.978;TYPE=snp;VARB=0.00522453;OID=.;OPOS=19261623;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:99:99:61:61:38:38:0.383838:22:16:26:35:22:16:26:35 chr20 19560664 . G A 1157.03 PASS AF=0.987179;AO=77;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00853913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.218;QD=59.3347;RBI=0.0353862;REFB=-0.118313;REVB=0.0343404;RO=0;SAF=42;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50704;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.00014036;OID=.;OPOS=19560664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:0:1:77:77:0.987179:35:42:0:0:35:42:0:1 chr20 19702049 . G A 368.07 PASS AF=0.433333;AO=38;DP=87;FAO=39;FDP=90;FR=.;FRO=51;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=31;FWDB=0.00483082;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.809;QD=16.3586;RBI=0.0050518;REFB=0.00335984;REVB=0.00147779;RO=48;SAF=27;SAR=11;SRF=18;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.339161;STB=0.672953;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00590956;OID=.;OPOS=19702049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:90:48:51:38:39:0.433333:11:27:18:30:12:27:20:31 chr20 19970705 . C T 1153.56 PASS AF=1;AO=76;DP=76;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.31;QD=60.7137;RBI=0.046371;REFB=0;REVB=-0.00117058;RO=0;SAF=26;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99741e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.7498e-05;OID=.;OPOS=19970705;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:76:76:0:0:76:76:1:50:26:0:0:50:26:0:0 chr20 20006368 . T C 323.86 PASS AF=0.4;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=90;FR=.;FRO=54;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=30;FWDB=0.0370239;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=150.658;QD=14.3939;RBI=0.0431137;REFB=0.00707698;REVB=-0.0220913;RO=53;SAF=22;SAR=14;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186325;STB=0.60044;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=-0.0107447;OID=.;OPOS=20006368;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:90:53:54:36:36:0.4:14:22:23:30:14:22:24:30 chr20 20032998 . T C 156.45 PASS AF=0.615385;AO=16;DP=26;FAO=16;FDP=26;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=-0.0618286;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.946;QD=24.0689;RBI=0.0620014;REFB=0.0319807;REVB=-0.0046255;RO=9;SAF=7;SAR=9;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.144208;STB=0.594888;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.0117848;OID=.;OPOS=20032998;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:9:10:16:16:0.615385:9:7:2:7:9:7:2:8 chr20 20033137 . T A 1277.86 PASS AF=0.976744;AO=84;DP=87;FAO=84;FDP=86;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.011688;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.409;QD=59.4353;RBI=0.0132869;REFB=-0.0680409;REVB=0.00631926;RO=2;SAF=38;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00211573;STB=0.501117;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.0026389;OID=.;OPOS=20033137;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:87:86:2:2:84:84:0.976744:46:38:1:1:46:38:1:1 chr20 20033242 . A T 290.76 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=62;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0843988;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1179;QD=19.0659;RBI=0.0862884;REFB=0.0120705;REVB=0.0179592;RO=30;SAF=11;SAR=20;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0538473;STB=0.529946;STBP=0.675;TYPE=snp;VARB=-0.0134453;OID=.;OPOS=20033242;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:30:30:31:31:0.508197:20:11:9:21:20:11:9:21 chr20 20033319 . A G 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.0379998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=187.214;QD=17.4012;RBI=0.0400175;REFB=-0.00261362;REVB=-0.0125465;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677773;STB=0.538863;STBP=0.717;TYPE=snp;VARB=0.00176471;OID=.;OPOS=20033319;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:7:6:5:8:7:6:5:8 chr20 20033380 . A G 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.0495554;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.058;QD=16.4258;RBI=0.0708626;REFB=-0.00458483;REVB=0.0506535;RO=11;SAF=6;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155766;STB=0.590003;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00461883;OID=.;OPOS=20033380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:5:6:4:7:5:6:4:7 chr20 20050397 . G A 850.83 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242351;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.378;QD=57.6833;RBI=0.0242587;REFB=0;REVB=0.00106976;RO=0;SAF=31;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000112578;OID=.;OPOS=20050397;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:59:0:0:59:59:1:28:31:0:0:28:31:0:0 chr20 20152462 . A C 180.94 PASS AF=0.348485;AO=23;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=0.0260275;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5166;QD=10.9658;RBI=0.0260336;REFB=0.0149094;REVB=0.000562909;RO=40;SAF=12;SAR=11;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0511613;STB=0.53681;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=-0.0214715;OID=.;OPOS=20152462;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:40:43:23:23:0.348485:11:12:19:21:11:12:20:23 chr20 20341333 . G C 1196.97 PASS AF=1;AO=76;DP=80;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0197587;FXX=0.0249969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.233;QD=61.383;RBI=0.0341762;REFB=0;REVB=0.0278856;RO=0;SAF=44;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.82415e-05;OID=.;OPOS=20341333;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:80:78:0:0:76:78:1:32:44:0:0:34:44:0:0 chr20 20350516 . T G 345.03 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114438;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.526;QD=55.2042;RBI=0.0541352;REFB=0;REVB=0.0529118;RO=0;SAF=7;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000162902;OID=.;OPOS=20350516;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:18:7:0:0:18:7:0:0 chr20 20377421 . A AC 121.5 PASS AF=1;AO=13;DP=22;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0563867;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=9.99776;QD=26.9994;RBI=0.0769412;REFB=-0.0432977;REVB=0.0523497;RO=7;SAF=7;SAR=6;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.155931;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0127659;OID=.;OPOS=20377422;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:13:22:18:18:0:10:8:0:0:3:7:7:6:2:5 chr20 20493222 . G A 132.56 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=12;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.00946053;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=249.4;QD=15.5955;RBI=0.0311495;REFB=-0.0151003;REVB=-0.0296781;RO=18;SAF=12;SAR=3;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.334887;STB=0.712017;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0164072;OID=.;OPOS=20493222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:15:15:0.441176:3:12:9:9:3:12:9:10 chr20 21142523 . C G 259.93 PASS AF=0.585366;AO=23;DP=40;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.0261312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.389;QD=25.3585;RBI=0.0305283;REFB=0.00131769;REVB=0.0157841;RO=17;SAF=16;SAR=7;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641925;STB=0.547132;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=-0.00100994;OID=.;OPOS=21142523;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:41:17:17:23:24:0.585366:7:16:13:4:8:16:13:4 chr20 21142813 . T C 138.18 PASS AF=0.347826;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=46;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=0.0151486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4384;QD=12.0158;RBI=0.0329312;REFB=0.0132202;REVB=0.0292401;RO=29;SAF=6;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.121034;STB=0.583228;STBP=0.402;TYPE=snp;VARB=-0.0120236;OID=.;OPOS=21142813;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:29:30:16:16:0.347826:10:6:14:15:10:6:15:15 chr20 21186161 . A AG 631.27 PASS AF=1;AO=53;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.274093;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.5481;QD=41.3944;RBI=0.279827;REFB=0;REVB=0.0563555;RO=6;SAF=21;SAR=32;SRF=6;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117214;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00731266;OID=.;OPOS=21186162;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:61:61:61:0:28:33:0:0:12:6:21:32:6:0 chr20 21362703 . TA T 1077.45 PASS AF=1;AO=79;DP=93;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0055415;FXX=0.0107515;HRUN=4;LEN=1;MLLD=22.9754;QD=46.8456;RBI=0.146921;REFB=0;REVB=-0.146817;RO=0;SAF=33;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0.333333;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00199627;OID=.;OPOS=21362704;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:79:93:92:92:0:39:53:0:0:20:0:33:46:0:0 chr20 22562674 . T C 604.72 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.002349;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.154;QD=58.9969;RBI=0.0109145;REFB=-0.0700338;REVB=0.0106587;RO=1;SAF=20;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.022873;STB=0.512189;STBP=0.496;TYPE=snp;VARB=0.00176787;OID=.;OPOS=22562674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:20:20:1:0:20:20:1:0 chr20 23028724 . G A 101.57 PASS AF=0.5;AO=12;DP=24;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00865406;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=148.697;QD=16.9289;RBI=0.0181219;REFB=-0.0066295;REVB=0.015922;RO=12;SAF=2;SAR=10;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.480991;STB=0.780737;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.018578;OID=.;OPOS=23028724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:24:24:12:12:12:12:0.5:10:2:8:4:10:2:8:4 chr20 23065209 . G A 1809.39 PASS AF=0.938931;AO=123;DP=133;FAO=123;FDP=131;FR=.;FRO=8;FSAF=53;FSAR=70;FSRF=0;FSRR=8;FWDB=0.0257996;FXX=0.0150365;HRUN=4;LEN=1;MLLD=217.224;QD=55.2485;RBI=0.038419;REFB=-0.121082;REVB=0.0284675;RO=6;SAF=53;SAR=70;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389941;STB=0.527023;STBP=0.023;TYPE=snp;VARB=0.000851481;OID=.;OPOS=23065209;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:133:131:6:8:123:123:0.938931:70:53:0:6:70:53:0:8 chr20 23065342 . A G 684.14 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484305;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.5072;QD=62.1948;RBI=0.0779364;REFB=0;REVB=-0.061062;RO=0;SAF=10;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.81503e-05;OID=.;OPOS=23065342;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:33:10:0:0:34:10:0:0 chr20 23065706 . G A 40.36 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=-0.037527;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.1023;QD=14.6765;RBI=0.0397941;REFB=-0.0296646;REVB=-0.0132397;RO=5;SAF=3;SAR=3;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229845;STB=0.635942;STBP=0.376;TYPE=snp;VARB=0.00524382;OID=.;OPOS=23065706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:11:11:5:5:6:6:0.545455:3:3:4:1:3:3:4:1 chr20 23335120 . CTT C 50.86 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0196543;FXX=0;HRUN=3;LEN=2;MLLD=49.0366;QD=7.53418;RBI=0.0331193;REFB=-0.00169715;REVB=-0.0266571;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.353661;STB=0.713832;STBP=0.132;TYPE=del;VARB=0.00321925;OID=.;OPOS=23335121;OREF=TT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333:9:27:9:27:18:3:6:12:6:50:18:3:6:12:6 chr20 23345069 . C T 282.33 PASS AF=0.421053;AO=32;DP=76;FAO=32;FDP=76;FR=.;FRO=44;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.0496375;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6324;QD=14.8594;RBI=0.0529402;REFB=-0.00153364;REVB=-0.018406;RO=44;SAF=17;SAR=15;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0851747;STB=0.548143;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.00314682;OID=.;OPOS=23345069;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:44:44:32:32:0.421053:15:17:27:17:15:17:27:17 chr20 23345844 . A C 431.37 PASS AF=1;AO=29;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230328;FXX=0.0322477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.02;QD=57.5157;RBI=0.0303305;REFB=0;REVB=0.019734;RO=0;SAF=9;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000509827;OID=.;OPOS=23345844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:29:30:1:20:9:0:0:21:9:0:0 chr20 23345950 . G A 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0056977;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.93;QD=18.8207;RBI=0.00656356;REFB=-0.0274864;REVB=-0.00325831;RO=10;SAF=7;SAR=5;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.145313;STB=0.583194;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0294389;OID=.;OPOS=23345950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:5:7:4:6:5:7:4:6 chr20 23352480 . A G 446.93 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00915953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7045;QD=57.6683;RBI=0.0290817;REFB=0;REVB=-0.0276016;RO=0;SAF=14;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000755221;OID=.;OPOS=23352480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:17:14:0:0:17:14:0:0 chr20 23421079 . A G 320.7 PASS AF=0.565789;AO=23;DP=76;FAO=43;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=33;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=0.0137012;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9911;QD=16.8787;RBI=0.0446384;REFB=-0.0151247;REVB=0.0424837;RO=33;SAF=21;SAR=2;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.651869;STB=0.554303;STBP=0.301;TYPE=snp;VARB=0.0250723;OID=.;OPOS=23421079;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:33:33:23:43:0.565789:2:21:12:21:22:21:12:21 chr20 23421101 . G A 338.44 PASS AF=0.425287;AO=36;DP=85;FAO=37;FDP=87;FR=.;FRO=50;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0384351;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.771;QD=15.5604;RBI=0.0405393;REFB=-0.0229125;REVB=0.0128909;RO=49;SAF=14;SAR=22;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.020573;STB=0.5251;STBP=0.72;TYPE=snp;VARB=0.0416066;OID=.;OPOS=23421101;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:87:49:50:36:37:0.425287:22:14:20:29:23:14:21:29 chr20 23424613 . T C 711.16 PASS AF=0.980769;AO=50;DP=51;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=40;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0519264;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.095;QD=54.7044;RBI=0.0634533;REFB=-0.0471987;REVB=0.0364687;RO=1;SAF=11;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0408723;STB=0.52173;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.000243135;OID=.;OPOS=23424613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:52:1:1:50:51:0.980769:39:11:1:0:40:11:1:0 chr20 23424638 . C T 286.42 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=22;FSRF=3;FSRR=19;FWDB=-0.0319086;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.88;QD=23.8679;RBI=0.0370079;REFB=-0.0204363;REVB=0.0187465;RO=22;SAF=4;SAR=22;SRF=3;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0282794;STB=0.515711;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0179215;OID=.;OPOS=23424638;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:22:4:3:19:22:4:3:19 chr20 23432528 . A G 789.61 PASS AF=1;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0252328;FXX=0.019996;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.085;QD=64.4581;RBI=0.02601;REFB=0;REVB=0.00631072;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000299802;OID=.;OPOS=23432528;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chr20 23472391 . A G 2515.36 PASS AF=0.994083;AO=159;DP=162;FAO=168;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=72;FSAR=96;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0118391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.592;QD=59.5351;RBI=0.0133343;REFB=-0.00109001;REVB=0.00613498;RO=1;SAF=67;SAR=92;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00514396;STB=0.50259;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=2.57366e-05;OID=.;OPOS=23472391;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:162:169:1:1:159:168:0.994083:92:67:0:1:96:72:0:1 chr20 23531276 . G A 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0729348;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=259.484;QD=40.7629;RBI=0.0737061;REFB=0;REVB=0.0106352;RO=0;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000506429;OID=.;OPOS=23531276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:8:2:0:0:8:2:0:0 chr20 23546639 . T G 1158.42 PASS AF=1;AO=71;DP=72;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0297652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.816;QD=60.1774;RBI=0.0325271;REFB=0;REVB=0.0131164;RO=0;SAF=32;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.72895e-05;OID=.;OPOS=23546639;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:77:0:0:71:77:1:39:32:0:0:43:34:0:0 chr20 23618395 . T C 931.01 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.552;QD=58.1884;RBI=0.0123501;REFB=0;REVB=0.00566208;RO=0;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.05437e-05;OID=.;OPOS=23618395;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:64:0:0:63:64:1:35:28:0:0:36:28:0:0 chr20 23618427 . C T 260.26 PASS AF=0.509091;AO=28;DP=55;FAO=28;FDP=55;FR=.;FRO=27;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.0827103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.4988;QD=18.9282;RBI=0.0896726;REFB=-0.0309625;REVB=-0.0346435;RO=27;SAF=14;SAR=14;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0813953;STB=0.545422;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0635469;OID=.;OPOS=23618427;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:27:27:28:28:0.509091:14:14:11:16:14:14:11:16 chr20 23667794 . G T 984.72 PASS AF=0.497537;AO=100;DP=200;FAO=101;FDP=203;FR=.;FRO=102;FSAF=64;FSAR=37;FSRF=56;FSRR=46;FWDB=0.0207282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.97;QD=19.4033;RBI=0.022711;REFB=-0.00521276;REVB=0.00928084;RO=100;SAF=64;SAR=36;SRF=56;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0769871;STB=0.5447;STBP=0.206;TYPE=snp;VARB=0.007596;OID=.;OPOS=23667794;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:200:203:100:102:100:101:0.497537:36:64:56:44:37:64:56:46 chr20 23729722 . G T 2597.72 PASS AF=0.994083;AO=168;DP=171;FAO=168;FDP=169;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=92;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0220397;FXX=0.0174408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.2549;QD=61.4844;RBI=0.0220909;REFB=-0.0912727;REVB=-0.00150262;RO=1;SAF=76;SAR=92;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.006221;STB=0.503268;STBP=0.317;TYPE=snp;VARB=0.000542978;OID=.;OPOS=23729722;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:171:169:1:1:168:168:0.994083:92:76:1:0:92:76:1:0 chr20 23731412 . G A 266.39 PASS AF=0.336842;AO=32;DP=93;FAO=32;FDP=95;FR=.;FRO=63;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=27;FSRR=36;FWDB=0.0448332;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=115.736;QD=11.2165;RBI=0.0448665;REFB=-0.00205131;REVB=0.0017286;RO=61;SAF=12;SAR=20;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0797021;STB=0.537167;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=0.00419534;OID=.;OPOS=23731412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:95:61:63:32:32:0.336842:20:12:27:34:20:12:27:36 chr20 23731426 . C T 1193.02 PASS AF=0.94186;AO=82;DP=86;FAO=81;FDP=86;FR=.;FRO=5;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=0.103947;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.252;QD=55.4895;RBI=0.117062;REFB=-0.158108;REVB=0.0538373;RO=2;SAF=32;SAR=50;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286756;STB=0.537304;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0161503;OID=.;OPOS=23731426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:86:86:2:5:82:81:0.94186:50:32:2:0:50:31:5:0 chr20 23731494 . A G 766.35 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0860649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.8516;QD=63.8623;RBI=0.0864164;REFB=0;REVB=0.00778572;RO=0;SAF=13;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000607665;OID=.;OPOS=23731494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:47:48:1:34:13:0:0:35:13:0:0 chr20 23860178 . A G 181.49 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0283982;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.369;QD=24.1982;RBI=0.0306642;REFB=-0.0229813;REVB=-0.0115686;RO=11;SAF=9;SAR=9;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0308902;STB=0.533296;STBP=0.687;TYPE=snp;VARB=0.0209961;OID=.;OPOS=23860178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:11:12:18:18:0.6:9:9:6:5:9:9:7:5 chr20 24939590 . G C 801.31 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101166;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.889;QD=57.2362;RBI=0.0136745;REFB=0;REVB=-0.00920036;RO=0;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.70339e-06;OID=.;OPOS=24939590;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:25:31:0:0:25:31:0:0 chr20 24954887 . A T 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00785073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.265;QD=49.5981;RBI=0.0826475;REFB=0;REVB=0.0822738;RO=0;SAF=8;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000484561;OID=.;OPOS=24954887;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:10:8:0:0:10:8:0:0 chr20 25027526 . G A 187.38 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.00299288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.099;QD=14.6966;RBI=0.00849968;REFB=-0.0119189;REVB=0.00795533;RO=30;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0395583;STB=0.522705;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0193021;OID=.;OPOS=25027526;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:30:21:21:0.411765:12:9:14:16:12:9:14:16 chr20 25059442 . C T 615.4 PASS AF=0.447552;AO=64;DP=143;FAO=64;FDP=143;FR=.;FRO=79;FSAF=42;FSAR=22;FSRF=37;FSRR=42;FWDB=-0.0172815;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.058;QD=17.2139;RBI=0.0172994;REFB=-0.00313102;REVB=0.000786058;RO=77;SAF=42;SAR=22;SRF=37;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178779;STB=0.607286;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.00428855;OID=.;OPOS=25059442;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:77:79:64:64:0.447552:22:42:37:40:22:42:37:42 chr20 25187213 . G A 150.51 PASS AF=0.351852;AO=19;DP=55;FAO=19;FDP=54;FR=.;FRO=35;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0219083;FXX=0.0357079;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.924;QD=11.1486;RBI=0.0251922;REFB=-0.0033743;REVB=-0.0124369;RO=35;SAF=11;SAR=8;SRF=13;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226684;STB=0.632049;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.00917287;OID=.;OPOS=25187213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:35:35:19:19:0.351852:8:11:13:22:8:11:13:22 chr20 25193949 . G A 287.05 PASS AF=0.484375;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=64;FR=.;FRO=33;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0110596;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0214;QD=17.9404;RBI=0.0269011;REFB=0.00350112;REVB=0.0245226;RO=33;SAF=19;SAR=12;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228149;STB=0.627546;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.0032281;OID=.;OPOS=25193949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:33:33:31:31:0.484375:12:19:12:21:12:19:12:21 chr20 25195394 . C T 743.91 PASS AF=1;AO=42;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.5565;QD=61.9923;RBI=0.0377207;REFB=0;REVB=0.0160737;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145479;OID=.;OPOS=25195394;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:42:48:1:28:14:0:0:30:18:0:0 chr20 25195509 . A G 739.08 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.000511519;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=244.439;QD=54.7463;RBI=0.00342911;REFB=0.158394;REVB=-0.00339074;RO=1;SAF=28;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165303;STB=0.508769;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=-3.54601e-06;OID=.;OPOS=25195509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:25:28:1:0:25:28:1:0 chr20 25207074 . T C 1552.99 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00341326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.188;QD=62.747;RBI=0.033503;REFB=-0.0708294;REVB=0.0333286;RO=0;SAF=34;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.80716e-08;STB=0.503875;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.000699568;OID=.;OPOS=25207074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:0:1:98:98:0.989899:64:34:0:0:64:34:0:1 chr20 25259006 . G T 350.97 PASS AF=0.457831;AO=37;DP=82;FAO=38;FDP=83;FR=.;FRO=45;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=19;FSRR=26;FWDB=-0.00584879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.323;QD=16.9142;RBI=0.0166109;REFB=-0.0113662;REVB=-0.0155472;RO=44;SAF=19;SAR=18;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101041;STB=0.542147;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0130011;OID=.;OPOS=25259006;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:44:45:37:38:0.457831:18:19:18:26:19:19:19:26 chr20 25260931 . A G 683.49 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359504;FXX=0.0652032;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.509;QD=63.5807;RBI=0.0362548;REFB=0;REVB=0.00468838;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106834;OID=.;OPOS=25260931;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:16:27:0:0:16:27:0:0 chr20 25262769 . G A 175.43 PASS AF=0.529412;AO=17;DP=33;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=2;FWDB=0.00557172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.985;QD=20.6389;RBI=0.036305;REFB=0.00102101;REVB=-0.0358749;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.3443;STB=0.696009;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=-0.000985327;OID=.;OPOS=25262769;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:16:16:17:18:0.529412:9:8:14:2:10:8:14:2 chr20 25263834 . C G 140.06 PASS AF=0.363636;AO=16;DP=44;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=21;FSRR=7;FWDB=-0.036041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.2864;QD=12.7324;RBI=0.0775452;REFB=-0.00746982;REVB=-0.0686608;RO=28;SAF=6;SAR=10;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.390437;STB=0.725553;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00896383;OID=.;OPOS=25263834;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:28:28:16:16:0.363636:10:6:21:7:10:6:21:7 chr20 25264814 . T C 557.05 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.2298;QD=60.222;RBI=0.0665322;REFB=0;REVB=0.0560341;RO=0;SAF=14;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.91909e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00148487;OID=.;OPOS=25264814;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:23:14:0:0:23:14:0:0 chr20 25268920 . T C 488.15 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0144698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.5797;QD=55.7885;RBI=0.0415233;REFB=-0.0993202;REVB=-0.0389206;RO=0;SAF=30;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508192;STBP=0.647;TYPE=snp;VARB=0.00411666;OID=.;OPOS=25268920;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:0:1:34:34:0.971429:4:30:0:0:4:30:1:0 chr20 25276297 . G A 538.42 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.019011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.863;QD=59.8249;RBI=0.0351859;REFB=0;REVB=-0.0296079;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000222398;OID=.;OPOS=25276297;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:19:17:0:0:19:17:0:0 chr20 25282944 . A G 672.78 PASS AF=0.960784;AO=49;DP=51;FAO=49;FDP=51;FR=.;FRO=2;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00916181;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.65;QD=52.7673;RBI=0.0138368;REFB=-0.188222;REVB=0.0103691;RO=0;SAF=19;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.48867e-08;STB=0.516123;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.000981781;OID=.;OPOS=25282944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:51:51:0:2:49:49:0.960784:30:19:0:0:30:19:0:2 chr20 25456888 . A G 1418.49 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=90;FDP=90;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=66;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230547;FXX=0.0109878;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.4497;QD=63.044;RBI=0.0434212;REFB=0;REVB=-0.0367951;RO=0;SAF=24;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.29534e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000148127;OID=.;OPOS=25456888;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:90:0:0:90:90:1:66:24:0:0:66:24:0:0 chr20 25457049 . GCTCCCACA GC,GCA 207.06 PASS AF=0,1;AO=2,11;DP=17;FAO=0,17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=0,8;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256687,0.031295;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=7,6;MLLD=93.5018,187.591;QD=48.7196;RBI=0.0256943,0.0379857;REFB=0,0;REVB=0.00114737,0.0215299;RO=0;SAF=2,5;SAR=0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=0,0.000268697;OID=.,.;OPOS=25457051,25457050;OREF=TCCCACA,CTCCCA;OALT=-,-;OMAPALT=GC,GCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1:2,11:17:0,17:17:0:0,8:0,9:0:0:4:0:2,5:0,6:0:0 chr20 25591861 . TATATA T,TATTTT,TTTTTA 115.4 PASS AF=0.181818,0.272727,0.545455;AO=2,3,5;DP=12;FAO=2,3,6;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,1;FSAR=2,3,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0447665,-0.0054693,0.0848196;FXX=0.0832639;HRUN=1,1,1;LEN=5,3,3;MLLD=51.789,66.8868,90.4592;QD=41.9629;RBI=0.0462726,0.0129185,0.0852301;REFB=0,0,0;REVB=0.0117094,0.0117036,-0.0083551;RO=0;SAF=0,0,1;SAR=2,3,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.0845742,0.0221291,-0.0213966;OID=.,.,.;OPOS=25591862,25591864,25591862;OREF=ATATA,ATA,ATA;OALT=-,TTT,TTT;OMAPALT=T,TATTTT,TTTTTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.181818,0.272727,0.545455:2,3,5:12:2,3,6:11:0:0,0,1:2,3,5:0:0:19:0:0,0,1:2,3,4:0:0 chr20 25595829 . C T 220.58 PASS AF=0.419355;AO=25;DP=61;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=24;FSRR=12;FWDB=0.00465579;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=196.883;QD=14.2309;RBI=0.0115002;REFB=0.00355365;REVB=-0.0105156;RO=36;SAF=18;SAR=7;SRF=24;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0657946;STB=0.517228;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=-0.00884461;OID=.;OPOS=25595829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:36:36:25:26:0.419355:7:18:24:12:8:18:24:12 chr20 25595868 . G A 220.35 PASS AF=0.409091;AO=26;DP=65;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.0139219;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1295;QD=13.3545;RBI=0.014134;REFB=0.00461294;REVB=-0.00243917;RO=39;SAF=17;SAR=9;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0147607;STB=0.516841;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=-0.00668792;OID=.;OPOS=25595868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:39:39:26:27:0.409091:9:17:25:14:9:18:25:14 chr20 25755672 . G T 220.42 PASS AF=0.314607;AO=28;DP=89;FAO=28;FDP=89;FR=.;FRO=61;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.00695001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=189.607;QD=9.90633;RBI=0.0145806;REFB=-0.0103159;REVB=-0.0128176;RO=61;SAF=19;SAR=9;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112265;STB=0.566121;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0253155;OID=.;OPOS=25755672;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:61:61:28:28:0.314607:9:19:36:25:9:19:36:25 chr20 26063560 . G A 523.97 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0438642;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.079;QD=58.2193;RBI=0.0454237;REFB=0;REVB=-0.0118001;RO=0;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00366427;OID=.;OPOS=26063560;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:0:0:34:36:1:16:18:0:0:16:20:0:0 chr20 26094525 . T C 46.27 PASS AF=0.0731707;AO=18;DP=246;FAO=18;FDP=246;FR=.;FRO=228;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=115;FSRR=113;FWDB=-0.00142653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.7692;QD=0.752329;RBI=0.00188075;REFB=-0.00380505;REVB=-0.00122566;RO=198;SAF=12;SAR=6;SRF=109;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.138081;STB=0.651884;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=0.0571955;OID=.;OPOS=26094525;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:246:246:198:228:18:18:0.0731707:6:12:109:89:6:12:115:113 chr20 26094564 . T G 544.04 PASS AF=0.285714;AO=76;DP=267;FAO=76;FDP=266;FR=.;FRO=190;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=90;FSRR=100;FWDB=-0.0316773;FXX=0.00374518;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1006;QD=8.18101;RBI=0.0372263;REFB=-0.00290708;REVB=-0.0195538;RO=186;SAF=38;SAR=38;SRF=89;SRR=97;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261572;STB=0.518792;STBP=0.708;TYPE=snp;VARB=0.0161894;OID=.;OPOS=26094564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:267:266:186:190:76:76:0.285714:38:38:89:97:38:38:90:100 chr20 26094567 . T C 909.58 PASS AF=0.394737;AO=103;DP=265;FAO=105;FDP=266;FR=.;FRO=161;FSAF=54;FSAR=51;FSRF=72;FSRR=89;FWDB=-0.00285966;FXX=0.00746241;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.145;QD=13.6779;RBI=0.0192052;REFB=-0.00956629;REVB=0.0189911;RO=158;SAF=54;SAR=49;SRF=70;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0874037;STB=0.540533;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0174152;OID=.;OPOS=26094567;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:265:266:158:161:103:105:0.394737:49:54:70:88:51:54:72:89 chr20 26094605 . G A 302.46 PASS AF=0.221719;AO=49;DP=223;FAO=49;FDP=221;FR=.;FRO=172;FSAF=24;FSAR=25;FSRF=71;FSRR=101;FWDB=-0.0233712;FXX=0.0133923;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.089;QD=5.47447;RBI=0.0499372;REFB=-0.0121632;REVB=-0.0441306;RO=169;SAF=24;SAR=25;SRF=70;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967052;STB=0.56008;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0399676;OID=.;OPOS=26094605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:223:221:169:172:49:49:0.221719:25:24:70:99:25:24:71:101 chr20 26094609 . C A 264.19 PASS AF=0.207373;AO=45;DP=217;FAO=45;FDP=217;FR=.;FRO=172;FSAF=18;FSAR=27;FSRF=73;FSRR=99;FWDB=-0.00736255;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1426;QD=4.86978;RBI=0.0127551;REFB=-0.000548813;REVB=-0.0104156;RO=172;SAF=18;SAR=27;SRF=73;SRR=99;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0322858;STB=0.519991;STBP=0.785;TYPE=snp;VARB=0.00159042;OID=.;OPOS=26094609;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:217:172:172:45:45:0.207373:27:18:73:99:27:18:73:99 chr20 29623223 . T C 532.08 PASS AF=0.417266;AO=58;DP=139;FAO=58;FDP=139;FR=.;FRO=81;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=42;FSRR=39;FWDB=0.0074015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.106;QD=15.3115;RBI=0.00909125;REFB=-0.00697107;REVB=-0.00527907;RO=80;SAF=32;SAR=26;SRF=42;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0278118;STB=0.519474;STBP=0.709;TYPE=snp;VARB=0.0100744;OID=.;OPOS=29623223;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:139:139:80:81:58:58:0.417266:26:32:42:38:26:32:42:39 chr20 29623248 . AAAGAAG AAAGAAA,AAAG 628.76 PASS AF=0.096,0.424;AO=11,48;DP=133;FAO=12,53;FDP=125;FR=.;FRO=60;FSAF=6,27;FSAR=6,26;FSRF=32;FSRR=28;FWDB=-0.0411751,0.00587743;FXX=0.0875849;HRUN=2,2;LEN=1,3;MLLD=28.8247,215.858;QD=20.1202;RBI=0.0802952,0.0294205;REFB=0.0425061,-0.00516096;REVB=0.0689343,0.0288274;RO=53;SAF=5,24;SAR=6,24;SRF=30;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.13749,-0.0623255;STB=0.527732,0.512696;STBP=0.866,0.821;TYPE=snp,del;VARB=0.00949605,0.00516707;OID=.,.;OPOS=29623254,29623249;OREF=G,AAG;OALT=A,-;OMAPALT=AAAGAAA,AAAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.096,0.424:11,48:133:12,53:125:60:6,27:6,26:32:28:99:53:5,24:6,24:30:23 chr20 29623263 . C T 40.45 PASS AF=0.0863309;AO=12;DP=139;FAO=12;FDP=139;FR=.;FRO=127;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=65;FSRR=62;FWDB=-0.011008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.095;QD=1.16414;RBI=0.0150139;REFB=-0.00187866;REVB=-0.0102099;RO=124;SAF=6;SAR=6;SRF=63;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00929002;STB=0.510773;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0253041;OID=.;OPOS=29623263;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:139:139:124:127:12:12:0.0863309:6:6:63:61:6:6:65:62 chr20 29624068 . T C 41.52 PASS AF=0.118421;AO=7;DP=75;FAO=9;FDP=76;FR=.;FRO=67;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=37;FWDB=-0.00499788;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.985;QD=2.185;RBI=0.00507655;REFB=-7.01622e-05;REVB=0.000890247;RO=67;SAF=2;SAR=5;SRF=30;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19217;STB=0.605264;STBP=0.57;TYPE=snp;VARB=0.000234329;OID=.;OPOS=29624068;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:75:76:67:67:7:9:0.118421:5:2:30:37:6:3:30:37 chr20 29624070 . G A 78.49 PASS AF=0.177215;AO=14;DP=79;FAO=14;FDP=79;FR=.;FRO=65;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=31;FSRR=34;FWDB=-0.00180783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.903;QD=3.97411;RBI=0.00593599;REFB=-0.00183357;REVB=-0.005654;RO=64;SAF=4;SAR=10;SRF=30;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240124;STB=0.665154;STBP=0.188;TYPE=snp;VARB=0.00621363;OID=.;OPOS=29624070;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:79:79:64:65:14:14:0.177215:10:4:30:34:10:4:31:34 chr20 29625876 . C T 94.84 PASS AF=0.195122;AO=17;DP=82;FAO=16;FDP=82;FR=.;FRO=66;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.025429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.988;QD=4.62653;RBI=0.0403101;REFB=-0.00439855;REVB=-0.0312773;RO=63;SAF=11;SAR=6;SRF=27;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.269792;STB=0.636194;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0232924;OID=.;OPOS=29625876;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:82:82:63:66:17:16:0.195122:6:11:27:36:6:10:30:36 chr20 29625877 . G A 88.0 PASS AF=0.185185;AO=15;DP=81;FAO=15;FDP=81;FR=.;FRO=66;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=32;FSRR=34;FWDB=0.00660472;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.243;QD=4.34581;RBI=0.033961;REFB=-0.00708761;REVB=-0.0333126;RO=64;SAF=6;SAR=9;SRF=31;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106852;STB=0.569906;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0355063;OID=.;OPOS=29625877;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:81:81:64:66:15:15:0.185185:9:6:31:33:9:6:32:34 chr20 29625935 . A G 70.64 PASS AF=0.164557;AO=13;DP=82;FAO=13;FDP=79;FR=.;FRO=66;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=36;FWDB=-0.00282017;FXX=0.048187;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.141;QD=3.57662;RBI=0.0283827;REFB=-0.00622964;REVB=-0.0282423;RO=59;SAF=5;SAR=8;SRF=26;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0720261;STB=0.559906;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.0301722;OID=.;OPOS=29625935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:82:79:59:66:13:13:0.164557:8:5:26:33:8:5:30:36 chr20 29625984 . TG CC,TA 61.79 PASS AF=0.0619469,0.0707965;AO=7,8;DP=113;FAO=7,8;FDP=113;FR=.;FRO=98;FSAF=3,2;FSAR=4,6;FSRF=37;FSRR=61;FWDB=-0.00268708,-0.0381298;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=236.701,54.162;QD=2.1874;RBI=0.00272428,0.0438065;REFB=0.000612649,-0.00327575;REVB=-0.000448676,-0.0215667;RO=95;SAF=3,2;SAR=4,6;SRF=36;SRR=59;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0543226,-0.157684;STB=0.549159,0.635506;STBP=0.861,0.411;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00788749,0.0201837;OID=.,.;OPOS=29625984,29625985;OREF=TG,G;OALT=CC,A;OMAPALT=CC,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:26:113:113:95:98:7,8:7,8:0.0619469,0.0707965:4,6:3,2:36:59:4,6:3,2:37:61 chr20 29628237 . C A 38.56 PASS AF=0.0736842;AO=14;DP=192;FAO=14;FDP=190;FR=.;FRO=176;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=98;FSRR=78;FWDB=-0.0361292;FXX=0.0104161;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.71;QD=0.811838;RBI=0.0361977;REFB=-0.00252436;REVB=-0.00222709;RO=162;SAF=9;SAR=5;SRF=91;SRR=71;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0945746;STB=0.582563;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0275334;OID=.;OPOS=29628237;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:192:190:162:176:14:14:0.0736842:5:9:91:71:5:9:98:78 chr20 29628263 . A G 34.76 PASS AF=0.0698925;AO=13;DP=187;FAO=13;FDP=186;FR=.;FRO=173;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=95;FSRR=78;FWDB=0.000668858;FXX=0.0106377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.782;QD=0.747572;RBI=0.00346612;REFB=0.00101604;REVB=-0.00340097;RO=168;SAF=8;SAR=5;SRF=91;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0820424;STB=0.563091;STBP=0.645;TYPE=snp;VARB=-0.0179575;OID=.;OPOS=29628263;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:187:186:168:173:13:13:0.0698925:5:8:91:77:5:8:95:78 chr20 29628271 . C T 1089.26 PASS AF=0.551351;AO=101;DP=186;FAO=102;FDP=185;FR=.;FRO=83;FSAF=69;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=50;FWDB=-0.00891046;FXX=0.0106946;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.959;QD=23.5516;RBI=0.0216335;REFB=-0.0256396;REVB=-0.0197132;RO=81;SAF=68;SAR=33;SRF=31;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.244249;STB=0.629799;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0161681;OID=.;OPOS=29628271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:186:185:81:83:101:102:0.551351:33:68:31:50:33:69:33:50 chr20 29628328 . C G 49.76 PASS AF=0.120879;AO=11;DP=91;FAO=11;FDP=91;FR=.;FRO=80;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=27;FSRR=53;FWDB=-0.0532059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1579;QD=2.18727;RBI=0.0666258;REFB=-0.0102536;REVB=-0.0401015;RO=79;SAF=5;SAR=6;SRF=26;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160247;STB=0.605569;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0600511;OID=.;OPOS=29628328;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:91:91:79:80:11:11:0.120879:6:5:26:53:6:5:27:53 chr20 29628361 . A C 81.17 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=40;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=19;FWDB=-0.0181799;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.298;QD=7.91884;RBI=0.0186778;REFB=-0.0126964;REVB=-0.00428376;RO=29;SAF=3;SAR=8;SRF=11;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14317;STB=0.580157;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0354409;OID=.;OPOS=29628361;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:40:41:29:30:11:11:0.268293:8:3:11:18:8:3:11:19 chr20 29628431 . C T 196.38 PASS AF=0.782609;AO=18;DP=23;FAO=18;FDP=23;FR=.;FRO=5;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0396322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.046;QD=34.1527;RBI=0.0431578;REFB=0.00461319;REVB=-0.0170847;RO=5;SAF=10;SAR=8;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0178192;STB=0.509793;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=-0.00073702;OID=.;OPOS=29628431;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:23:23:5:5:18:18:0.782609:8:10:3:2:8:10:3:2 chr20 29630666 . T C 44.01 PASS AF=0.1;AO=11;DP=107;FAO=11;FDP=110;FR=.;FRO=99;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=56;FSRR=43;FWDB=-0.0255891;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=58.8043;QD=1.60041;RBI=0.0302311;REFB=-0.0106076;REVB=0.0160972;RO=96;SAF=5;SAR=6;SRF=55;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13979;STB=0.598842;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.0409945;OID=.;OPOS=29630666;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:107:110:96:99:11:11:0.1:6:5:55:41:6:5:56:43 chr20 29630674 . A T 49.66 PASS AF=0.107143;AO=12;DP=112;FAO=12;FDP=112;FR=.;FRO=100;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=57;FSRR=43;FWDB=-0.0024414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.404;QD=1.77373;RBI=0.0198041;REFB=-0.00620967;REVB=0.019653;RO=98;SAF=5;SAR=7;SRF=55;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172226;STB=0.634285;STBP=0.368;TYPE=snp;VARB=0.0533844;OID=.;OPOS=29630674;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:112:112:98:100:12:12:0.107143:7:5:55:43:7:5:57:43 chr20 29630681 . G A 74.61 PASS AF=0.135593;AO=17;DP=117;FAO=16;FDP=118;FR=.;FRO=102;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=57;FSRR=45;FWDB=-0.00447726;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.075;QD=2.52902;RBI=0.00974009;REFB=-0.0033251;REVB=0.00865005;RO=93;SAF=9;SAR=8;SRF=54;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0653251;STB=0.550785;STBP=0.685;TYPE=snp;VARB=0.0245204;OID=.;OPOS=29630681;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:117:118:93:102:17:16:0.135593:8:9:54:39:8:8:57:45 chr20 29630695 . C A 159.32 PASS AF=0.2;AO=26;DP=134;FAO=27;FDP=135;FR=.;FRO=108;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=59;FSRR=49;FWDB=-0.00888562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.7248;QD=4.72056;RBI=0.0284717;REFB=-0.0119873;REVB=-0.0270496;RO=107;SAF=15;SAR=11;SRF=59;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0330319;STB=0.507482;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0523133;OID=.;OPOS=29630695;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:135:107:108:26:27:0.2:11:15:59:48:12:15:59:49 chr20 29630697 . A G 80.47 PASS AF=0.130435;AO=18;DP=138;FAO=18;FDP=138;FR=.;FRO=120;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=64;FSRR=56;FWDB=0.00460904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.8582;QD=2.33251;RBI=0.0566897;REFB=-0.011477;REVB=0.056502;RO=119;SAF=10;SAR=8;SRF=64;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0223355;STB=0.519459;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0717251;OID=.;OPOS=29630697;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:138:138:119:120:18:18:0.130435:8:10:64:55:8:10:64:56 chr20 29630725 . T C 118.56 PASS AF=0.156463;AO=23;DP=147;FAO=23;FDP=147;FR=.;FRO=124;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=66;FSRR=58;FWDB=-0.0238047;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.642;QD=3.22624;RBI=0.0420993;REFB=-0.000451768;REVB=-0.034723;RO=123;SAF=14;SAR=9;SRF=66;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0934476;STB=0.565684;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.0020781;OID=.;OPOS=29630725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:123:124:23:23:0.156463:9:14:66:57:9:14:66:58 chr20 29632638 . C A 79.19 PASS AF=0.177215;AO=12;DP=78;FAO=14;FDP=79;FR=.;FRO=65;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=31;FWDB=0.00422978;FXX=0.0246883;HRUN=1;LEN=1;MLLD=279.194;QD=4.00941;RBI=0.00427042;REFB=-0.00657185;REVB=-0.000587717;RO=61;SAF=7;SAR=5;SRF=34;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0329143;STB=0.540088;STBP=0.735;TYPE=snp;VARB=0.0274896;OID=.;OPOS=29632638;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:78:79:61:65:12:14:0.177215:5:7:34:27:6:8:34:31 chr20 29632643 . T C 68.14 PASS AF=0.154762;AO=14;DP=84;FAO=13;FDP=84;FR=.;FRO=71;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=38;FSRR=33;FWDB=0.018891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.8052;QD=3.24469;RBI=0.0236711;REFB=0.0053709;REVB=-0.0142637;RO=69;SAF=8;SAR=6;SRF=37;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0445738;STB=0.502758;STBP=0.974;TYPE=snp;VARB=-0.0497969;OID=.;OPOS=29632643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:84:84:69:71:14:13:0.154762:6:8:37:32:6:7:38:33 chr20 29632662 . G C 277.84 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=98;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=28;FWDB=0.0232945;FXX=0.153046;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3066;QD=13.3899;RBI=0.023304;REFB=-0.0236586;REVB=-0.000664144;RO=51;SAF=17;SAR=14;SRF=23;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10549;STB=0.554313;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.0404787;OID=.;OPOS=29632662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:83:51:52:31:31:0.373494:14:17:23:28:14:17:24:28 chr20 29632674 . T TA 42.64 PASS AF=0.215686;AO=26;DP=106;FAO=22;FDP=102;FR=.;FRO=80;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=36;FSRR=44;FWDB=-0.286345;FXX=0.0285687;HRUN=5;LEN=1;MLLD=11.4815;QD=1.67198;RBI=0.2893;REFB=-0.0401687;REVB=0.0412482;RO=75;SAF=17;SAR=9;SRF=31;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.292181;STB=0.53918;STBP=0.701;TYPE=ins;VARB=-0.0126447;OID=.;OPOS=29632675;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.215686:26:106:22:102:80:11:11:36:44:42:75:17:9:31:44 chr20 29632707 . G A 110.08 PASS AF=0.178571;AO=20;DP=112;FAO=20;FDP=112;FR=.;FRO=92;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=42;FSRR=50;FWDB=-0.00137362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.45;QD=3.93133;RBI=0.0187562;REFB=7.21256e-05;REVB=-0.0187058;RO=91;SAF=8;SAR=12;SRF=42;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0794349;STB=0.547397;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.000673407;OID=.;OPOS=29632707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:91:92:20:20:0.178571:12:8:42:49:12:8:42:50 chr20 29632709 . C T 63.43 PASS AF=0.125;AO=14;DP=112;FAO=14;FDP=112;FR=.;FRO=98;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=47;FSRR=51;FWDB=-0.0183871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.056;QD=2.2653;RBI=0.0184115;REFB=-0.00520908;REVB=0.000948213;RO=98;SAF=3;SAR=11;SRF=47;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.342479;STB=0.746911;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0180603;OID=.;OPOS=29632709;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:112:112:98:98:14:14:0.125:11:3:47:51:11:3:47:51 chr20 29632714 . CT AG 58.08 PASS AF=0.121495;AO=12;DP=108;FAO=13;FDP=107;FR=.;FRO=94;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=45;FSRR=49;FWDB=-0.010047;FXX=0.0092584;HRUN=1;LEN=2;MLLD=262.257;QD=2.17111;RBI=0.0105091;REFB=-0.00328086;REVB=-0.00308192;RO=93;SAF=3;SAR=9;SRF=44;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280721;STB=0.730222;STBP=0.106;TYPE=mnp;VARB=0.0382281;OID=.;OPOS=29632714;OREF=CT;OALT=AG;OMAPALT=AG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:108:107:93:94:12:13:0.121495:9:3:44:49:10:3:45:49 chr20 29633916 . G T 346.1 PASS AF=0.515152;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=19;FSRR=13;FWDB=-0.00449368;FXX=0.195098;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.076;QD=20.976;RBI=0.0105907;REFB=-0.0158558;REVB=-0.00959004;RO=30;SAF=12;SAR=22;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.185411;STB=0.618804;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0116749;OID=.;OPOS=29633916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:66:30:32:34:34:0.515152:22:12:17:13:22:12:19:13 chr20 29633929 . A G 267.55 PASS AF=0.397436;AO=31;DP=78;FAO=31;FDP=78;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.0151195;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=188.235;QD=13.7203;RBI=0.0154557;REFB=-0.0102471;REVB=0.00320615;RO=47;SAF=12;SAR=19;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879954;STB=0.550223;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.00946743;OID=.;OPOS=29633929;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:47:47:31:31:0.397436:19:12:22:25:19:12:22:25 chr20 29633952 . C T 203.1 PASS AF=0.378788;AO=25;DP=64;FAO=25;FDP=66;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00642353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.924;QD=12.3093;RBI=0.0271487;REFB=-0.0212361;REVB=-0.0263778;RO=39;SAF=11;SAR=14;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0321898;STB=0.500615;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0176223;OID=.;OPOS=29633952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:39:41:25:25:0.378788:14:11:16:23:14:11:18:23 chr20 29652138 . C G 46.76 PASS AF=0.0915493;AO=12;DP=152;FAO=13;FDP=142;FR=.;FRO=129;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=45;FSRR=84;FWDB=0.0270957;FXX=0.0718907;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.7744;QD=1.31727;RBI=0.0292879;REFB=-0.0011019;REVB=0.0111179;RO=129;SAF=5;SAR=7;SRF=45;SRR=84;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0825929;STB=0.534831;STBP=0.821;TYPE=snp;VARB=0.0158478;OID=.;OPOS=29652138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:152:142:129:129:12:13:0.0915493:7:5:45:84:8:5:45:84 chr20 29652147 . A G 61.34 PASS AF=0.103896;AO=16;DP=155;FAO=16;FDP=154;FR=.;FRO=138;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=46;FSRR=92;FWDB=0.0139047;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.9836;QD=1.59324;RBI=0.0330276;REFB=-0.00151149;REVB=-0.029958;RO=137;SAF=6;SAR=10;SRF=45;SRR=92;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0618014;STB=0.540587;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.026548;OID=.;OPOS=29652147;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:155:154:137:138:16:16:0.103896:10:6:45:92:10:6:46:92 chr20 29652165 . C T 67.5 PASS AF=0.120301;AO=15;DP=131;FAO=16;FDP=133;FR=.;FRO=117;FSAF=1;FSAR=15;FSRF=40;FSRR=77;FWDB=-0.0160322;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9432;QD=2.02998;RBI=0.0752265;REFB=-0.0062592;REVB=-0.0734982;RO=114;SAF=1;SAR=14;SRF=39;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.462846;STB=0.86928;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0966868;OID=.;OPOS=29652165;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:131:133:114:117:15:16:0.120301:14:1:39:75:15:1:40:77 chr20 29652166 . G A 99.83 PASS AF=0.153846;AO=19;DP=128;FAO=20;FDP=130;FR=.;FRO=110;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=35;FSRR=75;FWDB=-0.0267747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.386;QD=3.07163;RBI=0.0267758;REFB=-0.00107883;REVB=0.000244283;RO=108;SAF=5;SAR=14;SRF=33;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0655194;STB=0.571353;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0206391;OID=.;OPOS=29652166;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:130:108:110:19:20:0.153846:14:5:33:75:15:5:35:75 chr20 29652172 . TG CA,CG 1374.69 PASS AF=0.310924,0.571429;AO=37,68;DP=121;FAO=37,68;FDP=119;FR=.;FRO=14;FSAF=6,23;FSAR=31,45;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0280791,-0.0152129;FXX=0.0165276;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=151.846,84.7353;QD=46.2079;RBI=0.0325351,0.016512;REFB=0.02383,0.000376969;REVB=0.0164346,-0.00641977;RO=14;SAF=6,23;SAR=31,45;SRF=4;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.105592,0.0189087;STB=0.557521,0.510078;STBP=0.322,0.725;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.00981148,0.00810269;OID=.,.;OPOS=29652172,29652172;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:121:119:14:14:37,68:37,68:0.310924,0.571429:31,45:6,23:4:10:31,45:6,23:4:10 chr20 29652182 . C T 61.36 PASS AF=0.12069;AO=14;DP=115;FAO=14;FDP=116;FR=.;FRO=102;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=27;FSRR=75;FWDB=-0.0144997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.1883;QD=2.11595;RBI=0.0172558;REFB=-0.00248597;REVB=0.00935534;RO=99;SAF=3;SAR=11;SRF=25;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651404;STB=0.561132;STBP=0.696;TYPE=snp;VARB=0.0156223;OID=.;OPOS=29652182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:115:116:99:102:14:14:0.12069:11:3:25:74:11:3:27:75 chr20 29652183 . G A 76.83 PASS AF=0.140351;AO=16;DP=112;FAO=16;FDP=114;FR=.;FRO=98;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=73;FWDB=-0.0348367;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.218;QD=2.69569;RBI=0.0376313;REFB=-0.00648586;REVB=0.0142309;RO=96;SAF=5;SAR=11;SRF=23;SRR=73;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114757;STB=0.559929;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.032957;OID=.;OPOS=29652183;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:112:114:96:98:16:16:0.140351:11:5:23:73:11:5:25:73 chr20 29652190 . T G 42.48 PASS AF=0.0973451;AO=11;DP=113;FAO=11;FDP=113;FR=.;FRO=102;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=26;FSRR=76;FWDB=-0.0200782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.202;QD=1.50365;RBI=0.022882;REFB=-0.00169714;REVB=0.010975;RO=102;SAF=4;SAR=7;SRF=26;SRR=76;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.151702;STB=0.612363;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0220232;OID=.;OPOS=29652190;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:113:113:102:102:11:11:0.0973451:7:4:26:76:7:4:26:76 chr20 29652191 . C T 1093.42 PASS AF=0.778761;AO=88;DP=113;FAO=88;FDP=113;FR=.;FRO=25;FSAF=23;FSAR=65;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0268422;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5625;QD=38.7051;RBI=0.0268435;REFB=-0.0170264;REVB=0.000268411;RO=25;SAF=23;SAR=65;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00994851;STB=0.505311;STBP=0.867;TYPE=snp;VARB=0.00297665;OID=.;OPOS=29652191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:25:25:88:88:0.778761:65:23:7:18:65:23:7:18 chr20 29652194 . C T 171.88 PASS AF=0.234783;AO=27;DP=115;FAO=27;FDP=115;FR=.;FRO=88;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=64;FWDB=-0.00620295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.684;QD=5.97825;RBI=0.00874666;REFB=-0.00132778;REVB=0.00616664;RO=86;SAF=7;SAR=20;SRF=23;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0131651;STB=0.513235;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=0.00434174;OID=.;OPOS=29652194;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:115:86:88:27:27:0.234783:20:7:23:63:20:7:24:64 chr20 29652196 . T C 82.94 PASS AF=0.146552;AO=17;DP=115;FAO=17;FDP=116;FR=.;FRO=99;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=24;FSRR=75;FWDB=-0.0326238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.3996;QD=2.85999;RBI=0.0340409;REFB=-0.00604416;REVB=0.00971956;RO=98;SAF=7;SAR=10;SRF=23;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253676;STB=0.6573;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0453668;OID=.;OPOS=29652196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:115:116:98:99:17:17:0.146552:10:7:23:75:10:7:24:75 chr20 29652235 . CG CC,GC 800.74 PASS AF=0.7125,0.0875;AO=55,6;DP=94;FAO=57,7;FDP=80;FR=.;FRO=16;FSAF=15,1;FSAR=42,6;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=0.0255566,0.00118202;FXX=0.166649;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=79.0362,155.958;QD=40.0369;RBI=0.02703,0.00255859;REFB=0.0129318,0.00241903;REVB=0.00880231,0.00226919;RO=15;SAF=14,1;SAR=41,5;SRF=4;SRR=11;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00635875,-0.166455;STB=0.50373,0.624592;STBP=0.905,0.592;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00281425,0.00096319;OID=.,.;OPOS=29652236,29652235;OREF=G,CG;OALT=C,GC;OMAPALT=CC,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:80:15:16:55,6:57,7:0.7125,0.0875:41,5:14,1:4:11:42,6:15,1:4:12 chr20 29652254 . G A 90.34 PASS AF=0.205479;AO=15;DP=73;FAO=15;FDP=73;FR=.;FRO=58;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=18;FSRR=40;FWDB=-0.0702149;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=184.963;QD=4.94999;RBI=0.0742203;REFB=-0.0060689;REVB=0.0240523;RO=58;SAF=3;SAR=12;SRF=18;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180655;STB=0.617475;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.0193659;OID=.;OPOS=29652254;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:73:73:58:58:15:15:0.205479:12:3:18:40:12:3:18:40 chr20 29652267 . C G 35.37 PASS AF=0.116667;AO=7;DP=59;FAO=7;FDP=60;FR=.;FRO=53;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=39;FWDB=-0.019614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0597;QD=2.35825;RBI=0.0452652;REFB=0.000816403;REVB=0.0407949;RO=52;SAF=4;SAR=3;SRF=13;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385738;STB=0.756174;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.00578623;OID=.;OPOS=29652267;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:59:60:52:53:7:7:0.116667:3:4:13:39:3:4:14:39 chr20 29964935 . A G 338.42 PASS AF=0.576271;AO=34;DP=59;FAO=34;FDP=59;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0370356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9457;QD=22.9434;RBI=0.0376215;REFB=-0.0356054;REVB=0.0066138;RO=25;SAF=14;SAR=20;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.114911;STB=0.563343;STBP=0.275;TYPE=snp;VARB=0.0234506;OID=.;OPOS=29964935;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:25:25:34:34:0.576271:20:14:14:11:20:14:14:11 chr20 29965014 . T C 274.58 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=17;FSRR=34;FWDB=-0.0925083;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.6417;QD=13.2326;RBI=0.0961952;REFB=-0.0186846;REVB=0.0263767;RO=51;SAF=12;SAR=20;SRF=17;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485408;STB=0.52767;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0241446;OID=.;OPOS=29965014;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:51:32:32:0.385542:20:12:17:34:20:12:17:34 chr20 29978216 . T C 269.29 PASS AF=0.461538;AO=30;DP=63;FAO=30;FDP=65;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=-0.0245712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.757;QD=16.5714;RBI=0.0298251;REFB=-0.00976733;REVB=0.0169054;RO=33;SAF=15;SAR=15;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0141446;STB=0.523062;STBP=0.738;TYPE=snp;VARB=0.00703488;OID=.;OPOS=29978216;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:65:33:35:30:30:0.461538:15:15:17:16:15:15:19:16 chr20 30070239 . C A 140.14 PASS AF=0.333333;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=54;FR=.;FRO=36;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0641197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.447;QD=10.3806;RBI=0.0694532;REFB=-0.0173636;REVB=0.026691;RO=33;SAF=13;SAR=5;SRF=13;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.364873;STB=0.706879;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0280043;OID=.;OPOS=30070239;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:54:33:36:18:18:0.333333:5:13:13:20:5:13:15:21 chr20 30452782 . C T 323.11 PASS AF=0.603774;AO=31;DP=54;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=0.0108161;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.474;QD=24.3858;RBI=0.0321276;REFB=-0.0234775;REVB=0.0302521;RO=20;SAF=13;SAR=18;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0889102;STB=0.550405;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.0142204;OID=.;OPOS=30452782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:20:21:31:32:0.603774:18:13:6:14:19:13:6:15 chr20 30497577 . G A 625.98 PASS AF=0.477612;AO=64;DP=134;FAO=64;FDP=134;FR=.;FRO=70;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=33;FSRR=37;FWDB=0.00725383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.656;QD=18.686;RBI=0.0113411;REFB=-0.0163481;REVB=0.00871795;RO=70;SAF=31;SAR=33;SRF=33;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0122265;STB=0.50677;STBP=0.901;TYPE=snp;VARB=0.0167934;OID=.;OPOS=30497577;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:70:70:64:64:0.477612:33:31:33:37:33:31:33:37 chr20 30513735 . C T 275.48 PASS AF=0.491803;AO=30;DP=61;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.000735245;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.242;QD=18.0643;RBI=0.0792327;REFB=-0.0109744;REVB=0.0792293;RO=31;SAF=12;SAR=18;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0482571;STB=0.527009;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0113736;OID=.;OPOS=30513735;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:31:31:30:30:0.491803:18:12:14:17:18:12:14:17 chr20 30676400 . GAG AGA,GA,GGA 439.8 PASS AF=0,0.976744,0;AO=2,29,2;DP=43;FAO=0,42,0;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=0,18,0;FSAR=0,24,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0472048,0.0355059,-0.0675972;FXX=0;HRUN=1,3,1;LEN=3,1,2;MLLD=34.4498,16.5794,6.83673;QD=40.912;RBI=0.0744971,0.287621,0.149231;REFB=0.00973744,-0.0193285,0.0213403;REVB=0.0576327,0.285421,0.133043;RO=7;SAF=2,14,2;SAR=0,15,0;SRF=1;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.618056,0;SSSB=0.732272,0.122906,0.732272;STB=0.5,0.513507,0.5;STBP=1,0.303,1;TYPE=mnp,del,mnp;VARB=0,0.039361,0;OID=.,.,.;OPOS=30676400,30676402,30676401;OREF=GAG,G,AG;OALT=AGA,-,GA;OMAPALT=AGA,GA,GGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:5:43:43:7:1:2,29,2:0,42,0:0,0.976744,0:0,15,0:2,14,2:1:6:0,24,0:0,18,0:1:0 chr20 30746248 . T C 1127.09 PASS AF=0.974359;AO=76;DP=78;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0157961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.0627;QD=57.7994;RBI=0.0343417;REFB=-0.184965;REVB=0.0304932;RO=1;SAF=42;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137144;STB=0.501364;STBP=0.876;TYPE=snp;VARB=0.00435103;OID=.;OPOS=30746248;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:78:78:1:2:76:76:0.974359:34:42:0:1:34:42:1:1 chr20 30777800 . T C 393.31 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242236;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.563;QD=56.1872;RBI=0.0342984;REFB=0;REVB=0.0242817;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000206109;OID=.;OPOS=30777800;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:14:14:0:0:14:14:0:0 chr20 30777860 . A G 218.94 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0481709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9503;QD=48.6533;RBI=0.0504574;REFB=0;REVB=-0.0150173;RO=0;SAF=8;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000281292;OID=.;OPOS=30777860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:9:8:0:0:10:8:0:0 chr20 30795818 . CT C,CC 860.13 PASS AF=0.0491803,0.95082;AO=16,43;DP=61;FAO=3,58;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=3,53;FSAR=0,5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0460421,0.0645734;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=121.489,133.893;QD=56.4018;RBI=0.0481277,0.106449;REFB=0,0;REVB=0.0140142,0.0846266;RO=0;SAF=16,39;SAR=0,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-8.15207e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0242734,0.00462504;OID=.,.;OPOS=30795819,30795819;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0491803,0.95082:16,43:61:3,58:61:0:3,53:0,5:0:0:8:0:16,39:0,4:0:0 chr20 30922398 . C T 747.09 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.983;QD=63.5825;RBI=0.032076;REFB=0;REVB=0.0017498;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.54903e-05;OID=.;OPOS=30922398;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr20 31022959 . T C 727.61 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.655;QD=63.2701;RBI=0.0698653;REFB=0;REVB=0.0679584;RO=0;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000221929;OID=.;OPOS=31022959;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:19:27:0:0:19:27:0:0 chr20 31024274 . T A,C 418.3 PASS AF=0.1,0.9;AO=2,27;DP=29;FAO=3,27;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=3,12;FSAR=0,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00799143,-0.0423892;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=66.4497,132.866;QD=55.7734;RBI=0.0338869,0.0443372;REFB=0,0;REVB=-0.0329311,0.0129978;RO=0;SAF=2,12;SAR=0,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0197,-0.00896328;OID=.,.;OPOS=31024274,31024274;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:29:30:0:0:2,27:3,27:0.1,0.9:0,15:2,12:0:0:0,15:3,12:0:0 chr20 31025163 . A G,T 498.39 PASS AF=0.916667,0.0833333;AO=32,2;DP=35;FAO=33,3;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=20,1;FSAR=13,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00254403,-0.00727502;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=112.63,104.401;QD=55.3767;RBI=0.02797,0.0205103;REFB=-0.0564555,-0.138231;REVB=-0.0278541,-0.0191768;RO=0;SAF=19,1;SAR=13,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00130413,0.0244339;OID=.,.;OPOS=31025163,31025163;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:35:36:0:0:32,2:33,3:0.916667,0.0833333:13,1:19,1:0:0:13,2:20,1:0:0 chr20 31025535 . A G 1042.53 PASS AF=1;AO=58;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=43;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00487273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.437;QD=58.7342;RBI=0.0208327;REFB=0;REVB=0.0202548;RO=0;SAF=37;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.3149e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.5086e-05;OID=.;OPOS=31025535;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:58:71:1:21:37:0:0:28:43:0:0 chr20 31097695 . C T 245.15 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=43;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0154603;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.521;QD=22.8043;RBI=0.0154944;REFB=-0.0421383;REVB=-0.00102742;RO=18;SAF=9;SAR=14;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0485328;STB=0.504234;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.031666;OID=.;OPOS=31097695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:18:20:23:23:0.534884:14:9:6:12:14:9:8:12 chr20 31196471 . A G 191.56 PASS AF=0.408163;AO=20;DP=49;FAO=20;FDP=49;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0157827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.8366;QD=15.6372;RBI=0.0159947;REFB=0.000261076;REVB=0.00259554;RO=28;SAF=8;SAR=12;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0299912;STB=0.529382;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.000737033;OID=.;OPOS=31196471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:29:20:20:0.408163:12:8:12:16:12:8:13:16 chr20 31386347 . T C 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0697463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.37;QD=56.7066;RBI=0.0730651;REFB=0;REVB=0.0217708;RO=0;SAF=7;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00024589;OID=.;OPOS=31386347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:22:7:0:0:22:7:0:0 chr20 31386449 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0404848;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.593;QD=33.4285;RBI=0.0421053;REFB=0;REVB=-0.0115687;RO=0;SAF=2;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000587173;OID=.;OPOS=31386449;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:4:2:0:0:4:2:0:0 chr20 31388636 . T C 731.12 PASS AF=0.96;AO=46;DP=48;FAO=48;FDP=50;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0487372;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=159.059;QD=58.4898;RBI=0.0608942;REFB=0.000110864;REVB=0.0365075;RO=2;SAF=27;SAR=19;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469419;STB=0.522718;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.000376662;OID=.;OPOS=31388636;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:48:50:2:2:46:48:0.96:19:27:0:2:21:27:0:2 chr20 31427602 . G A 239.94 PASS AF=0.41791;AO=28;DP=67;FAO=28;FDP=67;FR=.;FRO=39;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.0054709;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=258.561;QD=14.3246;RBI=0.00572016;REFB=-0.0213255;REVB=0.00167017;RO=37;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130255;STB=0.572589;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.0350036;OID=.;OPOS=31427602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:37:39:28:28:0.41791:13:15:15:22:13:15:16:23 chr20 31427635 . C T 325.32 PASS AF=0.568966;AO=32;DP=57;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0619176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.0618;QD=22.4358;RBI=0.0640984;REFB=-0.0125748;REVB=0.0165778;RO=25;SAF=14;SAR=18;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0303565;STB=0.510723;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0121368;OID=.;OPOS=31427635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:25:25:32:33:0.568966:18:14:10:15:19:14:10:15 chr20 31436747 . C T 263.01 PASS AF=0.954545;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=22;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0067249;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.901;QD=47.8199;RBI=0.0201108;REFB=-0.1383;REVB=0.0189531;RO=1;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0439301;STB=0.523787;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00218557;OID=.;OPOS=31436747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:22:1:1:21:21:0.954545:10:11:0:1:10:11:0:1 chr20 31584178 . G A 740.23 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.013518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.071;QD=56.9409;RBI=0.0194969;REFB=0;REVB=0.0140497;RO=0;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.2152e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.54209e-05;OID=.;OPOS=31584178;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:19:32:0:0:20:32:0:0 chr20 31587752 . G C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00740849;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.456;QD=58.1421;RBI=0.0247131;REFB=0;REVB=0.0235765;RO=0;SAF=28;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101969;OID=.;OPOS=31587752;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:4:28:0:0:4:28:0:0 chr20 31587792 . CA C,CG 539.54 PASS AF=0.135135,0.864865;AO=7,30;DP=38;FAO=5,32;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=5,24;FSAR=0,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256956,0.0198485;FXX=0.0263089;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=52.2849,68.9268;QD=58.3286;RBI=0.0375086,0.0328375;REFB=0,0;REVB=0.0273245,0.0261599;RO=0;SAF=6,23;SAR=1,7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0155182,0.0113816;OID=.,.;OPOS=31587793,31587793;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.135135,0.864865:7,30:38:5,32:37:0:5,24:0,8:0:0:22:0:6,23:1,7:0:0 chr20 31622083 . G A 805.67 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319343;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.48;QD=64.4538;RBI=0.0330998;REFB=0;REVB=0.00870601;RO=0;SAF=18;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58521e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.31196e-05;OID=.;OPOS=31622083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:31:18:0:0:32:18:0:0 chr20 31627291 . A G 879.52 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0463301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.592;QD=57.6732;RBI=0.0463322;REFB=0;REVB=0.000436296;RO=0;SAF=17;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.57065e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.26059e-05;OID=.;OPOS=31627291;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:61:0:0:57:61:1:40:17:0:0:41:20:0:0 chr20 31652292 . G A 888.65 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0559128;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0474;QD=56.4225;RBI=0.0872121;REFB=-0.0895984;REVB=0.0669307;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506847;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0034224;OID=.;OPOS=31652292;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:63:0:1:61:62:0.984127:35:26:0:0:36:26:0:1 chr20 31656632 . C G 1364.51 PASS AF=0.941748;AO=97;DP=104;FAO=97;FDP=103;FR=.;FRO=6;FSAF=58;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=0.0109944;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.063;QD=52.9907;RBI=0.0228846;REFB=-0.0585174;REVB=0.0200706;RO=6;SAF=58;SAR=39;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0112022;STB=0.505918;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00151504;OID=.;OPOS=31656632;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:104:103:6:6:97:97:0.941748:39:58:3:3:39:58:3:3 chr20 31673846 . A G 1019.01 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0562063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.0618;QD=59.073;RBI=0.0564991;REFB=0;REVB=-0.00574521;RO=0;SAF=29;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000556596;OID=.;OPOS=31673846;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:68:69:0:0:68:69:1:39:29:0:0:39:30:0:0 chr20 31676804 . A C 770.52 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=55;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0172284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.839;QD=55.037;RBI=0.0403547;REFB=0.0249155;REVB=-0.0364923;RO=1;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017135;STB=0.508769;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=-0.00108912;OID=.;OPOS=31676804;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:56:1:1:54:55:0.982143:27:27:0:1:28:27:0:1 chr20 31766037 . G A 359.93 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=71;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0194766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.347;QD=20.2777;RBI=0.0198748;REFB=-0.0176548;REVB=-0.00395887;RO=34;SAF=17;SAR=20;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110889;STB=0.561424;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0183215;OID=.;OPOS=31766037;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:34:34:37:37:0.521127:20:17:20:14:20:17:20:14 chr20 31812923 . G A 1170.58 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020524;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.227;QD=60.8094;RBI=0.0232391;REFB=0;REVB=0.0109005;RO=0;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.62605e-05;OID=.;OPOS=31812923;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:77:77:1:32:45:0:0:32:45:0:0 chr20 31897554 . G C 323.45 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00885599;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.839;QD=53.909;RBI=0.0197025;REFB=0;REVB=-0.0176;RO=0;SAF=17;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.17892e-05;OID=.;OPOS=31897554;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:7:17:0:0:7:17:0:0 chr20 31981849 . T C 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0560225;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.73;QD=11.9532;RBI=0.0599693;REFB=-0.0105822;REVB=0.0213962;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795566;STB=0.547823;STBP=0.764;TYPE=snp;VARB=0.0215705;OID=.;OPOS=31981849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:5:3:5:6:5:3:5:6 chr20 32211693 . C T 217.01 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=57;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.00674124;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9888;QD=15.2284;RBI=0.0253724;REFB=0.00375108;REVB=-0.0244605;RO=32;SAF=15;SAR=10;SRF=13;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190972;STB=0.608305;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=-0.00815069;OID=.;OPOS=32211693;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:32:32:25:25:0.438596:10:15:13:19:10:15:13:19 chr20 32212690 . C T 207.72 PASS AF=0.346667;AO=26;DP=77;FAO=26;FDP=75;FR=.;FRO=49;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=28;FWDB=0.00397829;FXX=0.0259707;HRUN=3;LEN=1;MLLD=260.749;QD=11.0784;RBI=0.00968509;REFB=-0.00638201;REVB=-0.00883029;RO=38;SAF=19;SAR=7;SRF=20;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.234578;STB=0.703543;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.00910793;OID=.;OPOS=32212690;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:75:38:49:26:26:0.346667:7:19:20:18:7:19:21:28 chr20 32224505 . A G 54.7 PASS AF=0.173913;AO=8;DP=49;FAO=8;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=37;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.158629;FXX=0.079984;HRUN=7;LEN=1;MLLD=33.0113;QD=4.75675;RBI=0.159166;REFB=-0.0330018;REVB=0.013064;RO=24;SAF=6;SAR=2;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309225;STB=0.64518;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.101156;OID=.;OPOS=32224505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:49:46:24:37:8:8:0.173913:2:6:12:12:2:6:22:15 chr20 32248163 . C T 212.71 PASS AF=0.371429;AO=27;DP=70;FAO=26;FDP=70;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=22;FWDB=0.0102295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.847;QD=12.155;RBI=0.0355254;REFB=-0.0282943;REVB=-0.0340207;RO=42;SAF=11;SAR=16;SRF=20;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0743859;STB=0.573933;STBP=0.357;TYPE=snp;VARB=0.0486188;OID=.;OPOS=32248163;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:42:44:27:26:0.371429:16:11:20:22:16:10:22:22 chr20 32256195 . ACCC ACC,ACCG,GACC 138.71 PASS AF=0.772727,0,0;AO=8,2,4;DP=21;FAO=17,0,0;FDP=22;FR=.;FRO=5;FSAF=9,0,0;FSAR=8,0,0;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0239326,-0.0125612,-0.0160713;FXX=0;HRUN=3,3,1;LEN=1,1,2;MLLD=16.2272,22.4437,13.123;QD=25.2201;RBI=0.246031,0.0153726,0.0852328;REFB=-0.150609,-0.021957,-0.0710352;REVB=0.244865,0.00886196,0.0837039;RO=6;SAF=6,0,3;SAR=2,2,1;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0,0;SSEP=0.392857,0,0;SSSB=0.21129,-0.606693,0.254893;STB=0.51611,0.5,0.5;STBP=0.801,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0762138,0.0387451,0;OID=.,.,.;OPOS=32256196,32256198,32256195;OREF=C,C,AC;OALT=-,G,GA;OMAPALT=ACC,ACCG,GACC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:21:22:6:5:8,2,4:17,0,0:0.772727,0,0:2,2,1:6,0,3:3:3:8,0,0:9,0,0:3:2 chr20 32295541 . C T 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00989838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.298;QD=43.486;RBI=0.00990975;REFB=0;REVB=0.000474599;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000128067;OID=.;OPOS=32295541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:7:5:0:0:7:5:0:0 chr20 32379263 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00764075;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.422;QD=51.1842;RBI=0.0717565;REFB=0;REVB=0.0713486;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000193893;OID=.;OPOS=32379263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:10:10:0:0:10:10:0:0 chr20 32664866 . G A 124.16 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0299934;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.847;QD=27.5918;RBI=0.0326018;REFB=-0.0116301;REVB=0.0127778;RO=4;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139462;STB=0.523772;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00240004;OID=.;OPOS=32664866;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:4:5:13:13:0.722222:11:2:0:4:11:2:1:4 chr20 32664880 . T C 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0374511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.65;QD=24.8032;RBI=0.038416;REFB=-0.024777;REVB=-0.0085558;RO=4;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.179009;STB=0.599827;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0115924;OID=.;OPOS=32664880;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:8:2:0:4:8:2:0:4 chr20 32972053 . TGCA T 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0125198;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=291.961;QD=28.6827;RBI=0.0481529;REFB=-0.0381765;REVB=0.0464968;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571279;STBP=0.399;TYPE=del;VARB=0.00528085;OID=.;OPOS=32972054;OREF=GCA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.818182:9:9:9:11:2:6:3:2:0:10:0:6:3:0:0 chr20 33098083 . G A 167.91 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.0114792;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.824;QD=15.6194;RBI=0.0120036;REFB=-0.0167152;REVB=0.00350902;RO=25;SAF=4;SAR=14;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219851;STB=0.62805;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=0.0211882;OID=.;OPOS=33098083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:14:4:10:15:14:4:10:15 chr20 33104592 . G C 208.7 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.0201764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.5789;QD=18.1481;RBI=0.0893879;REFB=0.0188759;REVB=0.0870811;RO=25;SAF=9;SAR=12;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125597;STB=0.571361;STBP=0.422;TYPE=snp;VARB=-0.019268;OID=.;OPOS=33104592;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:12:9:14:11:12:9:14:11 chr20 33337751 . T C 249.66 PASS AF=0.466667;AO=28;DP=60;FAO=28;FDP=60;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=0.0218564;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=94.4692;QD=16.6439;RBI=0.0231499;REFB=-0.00767014;REVB=0.00762969;RO=31;SAF=16;SAR=12;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0823848;STB=0.538434;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00627542;OID=.;OPOS=33337751;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:31:32:28:28:0.466667:12:16:15:16:12:16:16:16 chr20 33451148 . G A 322.0 PASS AF=0.395604;AO=36;DP=91;FAO=36;FDP=91;FR=.;FRO=55;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=39;FSRR=16;FWDB=-0.0238032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.2388;QD=14.1537;RBI=0.0815507;REFB=0.0123426;REVB=0.0779996;RO=54;SAF=24;SAR=12;SRF=38;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0448579;STB=0.529396;STBP=0.694;TYPE=snp;VARB=-0.019921;OID=.;OPOS=33451148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:54:55:36:36:0.395604:12:24:38:16:12:24:39:16 chr20 33462951 . G T 299.61 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=49;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=20;FWDB=0.117707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.3253;QD=24.4578;RBI=0.118219;REFB=0.0129404;REVB=0.010982;RO=22;SAF=7;SAR=20;SRF=2;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198241;STB=0.608626;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=-0.00689941;OID=.;OPOS=33462951;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:22:22:27:27:0.55102:20:7:2:20:20:7:2:20 chr20 33470694 . C T 500.17 PASS AF=0.504854;AO=51;DP=103;FAO=52;FDP=103;FR=.;FRO=51;FSAF=24;FSAR=28;FSRF=25;FSRR=26;FWDB=-0.00286084;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.663;QD=19.424;RBI=0.00414952;REFB=-0.00399967;REVB=0.00300569;RO=49;SAF=24;SAR=27;SRF=25;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0351718;STB=0.514237;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.00333207;OID=.;OPOS=33470694;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:49:51:51:52:0.504854:27:24:25:24:28:24:25:26 chr20 33565480 . C T 30.11 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0160711;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.732;QD=10.0379;RBI=0.0279185;REFB=-0.0352706;REVB=-0.0228291;RO=7;SAF=3;SAR=2;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286688;STB=0.676751;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0350306;OID=.;OPOS=33565480;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:7:7:5:5:0.416667:2:3:2:5:2:3:2:5 chr20 33572941 . A G 64.94 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=29;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.00591264;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.873;QD=9.27753;RBI=0.0743181;REFB=-0.0126582;REVB=-0.0740826;RO=10;SAF=1;SAR=8;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.394404;STB=0.726653;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0393375;OID=.;OPOS=33572941;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:29:28:10:19:9:9:0.321429:8:1:4:6:8:1:6:13 chr20 33578899 . T C 237.62 PASS AF=0.490196;AO=25;DP=51;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0607895;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.519;QD=18.637;RBI=0.0621274;REFB=-0.00672101;REVB=-0.0128234;RO=26;SAF=5;SAR=20;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292783;STB=0.666518;STBP=0.04;TYPE=snp;VARB=0.00779985;OID=.;OPOS=33578899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:26:26:25:25:0.490196:20:5:12:14:20:5:12:14 chr20 33581955 . G A 253.46 PASS AF=0.379747;AO=30;DP=79;FAO=30;FDP=79;FR=.;FRO=49;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0236484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.121;QD=12.8337;RBI=0.0436417;REFB=0.00232085;REVB=0.036679;RO=49;SAF=10;SAR=20;SRF=26;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2193;STB=0.626001;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=-0.00639493;OID=.;OPOS=33581955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:49:49:30:30:0.379747:20:10:26:23:20:10:26:23 chr20 33583331 . A G 74.86 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0211914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6197;QD=37.4299;RBI=0.0654519;REFB=0;REVB=-0.0619264;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00632965;OID=.;OPOS=33583331;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chr20 33657126 . G A 265.57 PASS AF=0.3875;AO=31;DP=80;FAO=31;FDP=80;FR=.;FRO=49;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=26;FSRR=23;FWDB=-0.0310102;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9484;QD=13.2784;RBI=0.0314145;REFB=-0.000120969;REVB=-0.0050236;RO=48;SAF=17;SAR=14;SRF=25;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294952;STB=0.51096;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.000193688;OID=.;OPOS=33657126;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:48:49:31:31:0.3875:14:17:25:23:14:17:26:23 chr20 33703701 . G A 225.34 PASS AF=0.636364;AO=21;DP=33;FAO=21;FDP=33;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0574856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.662;QD=27.3144;RBI=0.058249;REFB=0.0325468;REVB=0.00939961;RO=12;SAF=7;SAR=14;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17222;STB=0.595651;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=-0.0125896;OID=.;OPOS=33703701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:12:12:21:21:0.636364:14:7:7:5:14:7:7:5 chr20 33764554 . A G 454.7 PASS AF=0.425;AO=51;DP=120;FAO=51;FDP=120;FR=.;FRO=69;FSAF=23;FSAR=28;FSRF=27;FSRR=42;FWDB=-0.0118518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.407;QD=15.1567;RBI=0.0161408;REFB=-0.0190691;REVB=-0.0109572;RO=68;SAF=23;SAR=28;SRF=26;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712416;STB=0.53487;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.0223379;OID=.;OPOS=33764554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:68:69:51:51:0.425:28:23:26:42:28:23:27:42 chr20 33867924 . G A 130.95 PASS AF=0.313725;AO=15;DP=51;FAO=16;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.0101451;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.723;QD=10.2708;RBI=0.011597;REFB=-0.00973819;REVB=0.00561861;RO=35;SAF=11;SAR=4;SRF=19;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24173;STB=0.659128;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0195411;OID=.;OPOS=33867924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:35:35:15:16:0.313725:4:11:19:16:4:12:19:16 chr20 33874720 . C T 208.73 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0884016;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=147.791;QD=18.1502;RBI=0.0888212;REFB=-0.0145619;REVB=0.00862289;RO=25;SAF=6;SAR=15;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.27626;STB=0.657738;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0097381;OID=.;OPOS=33874720;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:15:6:14:11:15:6:14:11 chr20 33969530 . C T 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.521;QD=58.1392;RBI=0.0500368;REFB=0;REVB=0.00727848;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278095;OID=.;OPOS=33969530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chr20 33971914 . C T 795.65 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00240787;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6275;QD=56.8319;RBI=0.0168806;REFB=0;REVB=0.016708;RO=0;SAF=30;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.29784e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0125585;OID=.;OPOS=33971914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:26:30:0:0:26:30:0:0 chr20 33974163 . T A 144.81 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0111189;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.889;QD=44.5558;RBI=0.0935656;REFB=0;REVB=0.0929026;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000656491;OID=.;OPOS=33974163;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr20 34144107 . T C 716.01 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0649858;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=190.68;QD=60.9368;RBI=0.0672813;REFB=-0.101475;REVB=0.0174249;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.511623;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000289282;OID=.;OPOS=34144107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:47:0:1:46:46:0.978723:25:21:0:0:25:21:1:0 chr20 34147286 . C T 88.11 PASS AF=0.44;AO=11;DP=25;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.0464528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2469;QD=14.0969;RBI=0.0477844;REFB=-0.0119136;REVB=0.0112021;RO=14;SAF=5;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17847;STB=0.604131;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.0160996;OID=.;OPOS=34147286;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:14:14:11:11:0.44:6:5:9:5:6:5:9:5 chr20 34164422 . T C 832.24 PASS AF=0.952381;AO=60;DP=63;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.041106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3511;QD=52.8403;RBI=0.0422355;REFB=-0.113761;REVB=0.0097024;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.523069;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.00487908;OID=.;OPOS=34164422;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:63:63:0:3:60:60:0.952381:29:31:0:0:29:31:3:0 chr20 34170034 . C CG 129.87 PASS AF=1;AO=2;DP=19;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.133558;FXX=0.368227;HRUN=0;LEN=1;MLLD=94.1338;QD=43.2906;RBI=0.158144;REFB=0;REVB=-0.0846863;RO=17;SAF=0;SAR=2;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.494586;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00144475;OID=.;OPOS=34170035;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:2:19:12:12:0:1:11:0:0:3:17:0:2:7:10 chr20 34170035 . C G 192.85 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0305532;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.979;QD=40.6006;RBI=0.0355473;REFB=-0.11165;REVB=0.0181691;RO=2;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0831816;STB=0.545402;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00393547;OID=.;OPOS=34170035;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:19:19:2:2:17:17:0.894737:10:7:0:2:10:7:0:2 chr20 34170316 . C A 344.4 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0117058;FXX=0.0384468;HRUN=2;LEN=1;MLLD=229.804;QD=55.1035;RBI=0.0402793;REFB=0;REVB=0.0385408;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.92523e-05;OID=.;OPOS=34170316;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr20 34173046 . C T 670.09 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0392218;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.797;QD=62.3337;RBI=0.0540158;REFB=0;REVB=0.0371397;RO=0;SAF=26;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000128896;OID=.;OPOS=34173046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:17:26:0:0:17:26:0:0 chr20 34173178 . A G 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00883817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.457;QD=51.9163;RBI=0.00891139;REFB=0;REVB=-0.00114;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27254e-05;OID=.;OPOS=34173178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:11:10:0:0:11:10:0:0 chr20 34179907 . C T 871.42 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0331643;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.2551;QD=56.2208;RBI=0.0474538;REFB=-0.0526764;REVB=-0.033941;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509801;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=-0.000342267;OID=.;OPOS=34179907;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:61:61:0.983871:25:36:0:0:25:36:0:1 chr20 35060991 . C T 35.56 PASS AF=0.24;AO=6;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=0.00670535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.871;QD=5.68941;RBI=0.0407977;REFB=-0.00318026;REVB=-0.0402429;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.346032;STB=0.717261;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.0155132;OID=.;OPOS=35060991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:25:25:17:19:6:6:0.24:4:2:11:6:4:2:12:7 chr20 35710453 . T C 494.11 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0053452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.25;QD=58.131;RBI=0.00937092;REFB=0;REVB=0.00769695;RO=0;SAF=16;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.60901e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000417171;OID=.;OPOS=35710453;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:17:16:0:0:17:17:0:0 chr20 35945238 . C G 188.46 PASS AF=0.352941;AO=23;DP=67;FAO=24;FDP=68;FR=.;FRO=44;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.0125347;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.5509;QD=11.0861;RBI=0.0459291;REFB=0.00588036;REVB=0.0441856;RO=44;SAF=13;SAR=10;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0482463;STB=0.539768;STBP=0.674;TYPE=snp;VARB=-0.00796758;OID=.;OPOS=35945238;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:68:44:44:23:24:0.352941:10:13:23:21:10:14:23:21 chr20 36030939 . G C 667.22 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0338634;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4484;QD=62.0671;RBI=0.0781291;REFB=0;REVB=0.070409;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000609065;OID=.;OPOS=36030939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:21:22:0:0:21:22:0:0 chr20 36146148 . T C 1474.66 PASS AF=1;AO=93;DP=94;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0186049;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.903;QD=63.426;RBI=0.0199638;REFB=0;REVB=0.00723957;RO=0;SAF=50;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.26174e-05;OID=.;OPOS=36146148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:93:0:0:93:93:1:43:50:0:0:43:50:0:0 chr20 36560117 . G A 235.94 PASS AF=0.442623;AO=27;DP=59;FAO=27;FDP=61;FR=.;FRO=34;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=-0.00304776;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.231;QD=15.4716;RBI=0.00943338;REFB=-0.0152617;REVB=0.00892747;RO=32;SAF=11;SAR=16;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.29259;STB=0.646744;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.0383501;OID=.;OPOS=36560117;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:61:32:34:27:27:0.442623:16:11:23:9:16:11:23:11 chr20 36603611 . A C 803.64 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00679077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.067;QD=55.4231;RBI=0.0176761;REFB=-0.122252;REVB=0.0163196;RO=0;SAF=27;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508194;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000743844;OID=.;OPOS=36603611;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:57:57:0.982759:30:27:0:0:30:27:0:1 chr20 36603780 . T C 520.01 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.793;QD=59.43;RBI=0.0463587;REFB=0;REVB=0.0441861;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00015556;OID=.;OPOS=36603780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chr20 36603807 . C T 499.62 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0516222;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=160.649;QD=54.013;RBI=0.0539753;REFB=0.00208958;REVB=0.0157632;RO=2;SAF=10;SAR=25;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0847389;STB=0.545428;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.0001583;OID=.;OPOS=36603807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:2:2:35:35:0.945946:25:10:2:0:25:10:2:0 chr20 36761014 . G A 425.34 PASS AF=0.531646;AO=42;DP=78;FAO=42;FDP=79;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=23;FSRR=14;FWDB=-0.00850361;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=153.95;QD=21.5363;RBI=0.0295714;REFB=-0.0055858;REVB=0.0283224;RO=36;SAF=24;SAR=18;SRF=22;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0340851;STB=0.524152;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.00520742;OID=.;OPOS=36761014;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:79:36:37:42:42:0.531646:18:24:22:14:18:24:23:14 chr20 36761202 . G A 138.39 PASS AF=0.340426;AO=16;DP=47;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.00290289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.34;QD=11.778;RBI=0.0405315;REFB=0.00404101;REVB=0.0404274;RO=30;SAF=9;SAR=7;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14212;STB=0.593552;STBP=0.369;TYPE=snp;VARB=-0.00910566;OID=.;OPOS=36761202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:30:31:16:16:0.340426:7:9:13:17:7:9:13:18 chr20 36770588 . C T 258.21 PASS AF=0.446154;AO=29;DP=65;FAO=29;FDP=65;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.0157076;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.716;QD=15.8897;RBI=0.0199898;REFB=-0.0275625;REVB=0.0123638;RO=36;SAF=15;SAR=14;SRF=17;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0441263;STB=0.524903;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0369789;OID=.;OPOS=36770588;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:36:29:29:0.446154:14:15:17:19:14:15:17:19 chr20 36775135 . G A 130.65 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0384323;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=195.092;QD=13.753;RBI=0.0414293;REFB=-0.00983308;REVB=0.0154707;RO=23;SAF=7;SAR=8;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0120601;STB=0.507033;STBP=0.948;TYPE=snp;VARB=0.0153904;OID=.;OPOS=36775135;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:8:7:11:12:8:7:11:12 chr20 36784455 . C T 250.68 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=5;FSRR=20;FWDB=0.0294493;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2774;QD=19.6614;RBI=0.0392242;REFB=-0.0373769;REVB=-0.025909;RO=25;SAF=6;SAR=20;SRF=5;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0389279;STB=0.521723;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0217236;OID=.;OPOS=36784455;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:20:6:5:20:20:6:5:20 chr20 36841914 . G A 153.61 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=3;FWDB=0.0363867;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.617;QD=21.9446;RBI=0.0365621;REFB=-0.012819;REVB=0.00357716;RO=12;SAF=10;SAR=6;SRF=9;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104792;STB=0.558753;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.00650021;OID=.;OPOS=36841914;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:12:12:16:16:0.571429:6:10:9:3:6:10:9:3 chr20 36845738 . C T 314.95 PASS AF=0.52381;AO=33;DP=63;FAO=33;FDP=63;FR=.;FRO=30;FSAF=23;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.0130006;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.312;QD=19.9965;RBI=0.0190422;REFB=-0.0212949;REVB=0.0139137;RO=30;SAF=23;SAR=10;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.211114;STB=0.617694;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0166308;OID=.;OPOS=36845738;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:30:30:33:33:0.52381:10:23:14:16:10:23:14:16 chr20 36850940 . G C 305.68 PASS AF=0.515625;AO=32;DP=62;FAO=33;FDP=64;FR=.;FRO=31;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.027639;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.1694;QD=19.1047;RBI=0.0460211;REFB=-0.0327641;REVB=-0.0367971;RO=30;SAF=21;SAR=11;SRF=16;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113456;STB=0.544882;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.037533;OID=.;OPOS=36850940;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:30:31:32:33:0.515625:11:21:16:14:12:21:17:14 chr20 36851071 . C T 169.46 PASS AF=0.439024;AO=18;DP=41;FAO=18;FDP=41;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.00343218;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=249.847;QD=16.5322;RBI=0.0182018;REFB=-0.00804237;REVB=0.0178753;RO=23;SAF=8;SAR=10;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.141979;STB=0.580919;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.0112686;OID=.;OPOS=36851071;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:23:23:18:18:0.439024:10:8:7:16:10:8:7:16 chr20 36854106 . G T 108.92 PASS AF=0.666667;AO=12;DP=17;FAO=12;FDP=18;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.00134104;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=157.692;QD=24.2047;RBI=0.00201066;REFB=-0.0194758;REVB=-0.00149813;RO=5;SAF=2;SAR=10;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.405126;STB=0.713877;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0133483;OID=.;OPOS=36854106;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:17:18:5:6:12:12:0.666667:10:2:4:1:10:2:4:2 chr20 36856616 . G A 215.1 PASS AF=0.525;AO=21;DP=40;FAO=21;FDP=40;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=-0.0372907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7548;QD=21.5099;RBI=0.0436537;REFB=-0.0169514;REVB=0.0226947;RO=17;SAF=5;SAR=16;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393613;STB=0.743039;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.0102251;OID=.;OPOS=36856616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:17:19:21:21:0.525:16:5:12:5:16:5:14:5 chr20 36856640 . G A 125.7 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0557952;FXX=0.0302939;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.498;QD=15.7125;RBI=0.0599814;REFB=-0.0212203;REVB=0.022015;RO=17;SAF=9;SAR=5;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.32343;STB=0.670813;STBP=0.106;TYPE=snp;VARB=0.0371864;OID=.;OPOS=36856640;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:17:18:14:14:0.4375:5:9:5:12:5:9:6:12 chr20 36859627 . C G 271.84 PASS AF=0.517857;AO=29;DP=56;FAO=29;FDP=56;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0262807;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9973;QD=19.4174;RBI=0.0519176;REFB=-0.0105575;REVB=-0.0447746;RO=27;SAF=7;SAR=22;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0622745;STB=0.534821;STBP=0.654;TYPE=snp;VARB=0.0102948;OID=.;OPOS=36859627;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:27:27:29:29:0.517857:22:7:8:19:22:7:8:19 chr20 36859710 . C CA 128.45 PASS AF=0.6;AO=3;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0608741;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=132.313;QD=17.1264;RBI=0.0613142;REFB=-0.00983816;REVB=0.00733255;RO=27;SAF=2;SAR=1;SRF=5;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.513152;STB=0.515772;STBP=0.899;TYPE=ins;VARB=0.010321;OID=.;OPOS=36859711;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.6:3:30:18:30:12:4:14:3:9:96:27:2:1:5:22 chr20 36859711 . G A 136.95 PASS AF=0.5;AO=15;DP=30;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=2;FSAR=13;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0172685;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.084;QD=18.2602;RBI=0.0195799;REFB=-0.0140725;REVB=0.0092287;RO=15;SAF=2;SAR=13;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.281248;STB=0.663976;STBP=0.171;TYPE=snp;VARB=0.0149191;OID=.;OPOS=36859711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:15:15:15:15:0.5:13:2:5:10:13:2:5:10 chr20 36932660 . C T 769.11 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0516934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0724;QD=56.9708;RBI=0.0523098;REFB=0;REVB=0.00800671;RO=0;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000682144;OID=.;OPOS=36932660;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:25:29:0:0:25:29:0:0 chr20 36932676 . G C 786.92 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0185762;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=292.368;QD=55.2224;RBI=0.0258214;REFB=-0.0345199;REVB=0.0179353;RO=1;SAF=30;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154585;STB=0.508194;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000712233;OID=.;OPOS=36932676;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:26:30:1:0:26:30:1:0 chr20 36940314 . C T 92.21 PASS AF=0.55;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=20;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0607103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.867;QD=18.442;RBI=0.0614193;REFB=-0.00794841;REVB=0.00930572;RO=9;SAF=5;SAR=6;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00796806;STB=0.504579;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00759412;OID=.;OPOS=36940314;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:9:9:11:11:0.55:6:5:4:5:6:5:4:5 chr20 36946848 . G A 207.23 PASS AF=0.45098;AO=22;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=0.0239214;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.4493;QD=16.2529;RBI=0.0272205;REFB=-0.0107688;REVB=0.0129893;RO=29;SAF=10;SAR=12;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282491;STB=0.511935;STBP=0.833;TYPE=snp;VARB=0.0147164;OID=.;OPOS=36946848;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:28:22:23:0.45098:12:10:14:15:12:11:14:14 chr20 36989381 . G A 261.66 PASS AF=0.47541;AO=29;DP=61;FAO=29;FDP=61;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=17;FSRR=15;FWDB=-0.0148048;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.231;QD=17.1577;RBI=0.0691479;REFB=-0.0186044;REVB=-0.0675445;RO=32;SAF=12;SAR=17;SRF=17;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110572;STB=0.562101;STBP=0.366;TYPE=snp;VARB=0.021349;OID=.;OPOS=36989381;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:32:29:29:0.47541:17:12:17:15:17:12:17:15 chr20 37005536 . T C 964.35 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.547;QD=58.4451;RBI=0.0232981;REFB=0;REVB=-0.000691445;RO=0;SAF=18;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18913e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.73983e-05;OID=.;OPOS=37005536;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:63:66:1:45:18:0:0:45:21:0:0 chr20 37062583 . T C 891.65 PASS AF=0.984127;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0142113;FXX=0.0156226;HRUN=3;LEN=1;MLLD=291.279;QD=56.6129;RBI=0.0171218;REFB=0.0800257;REVB=0.00954958;RO=1;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0136847;STB=0.507244;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=-0.00129592;OID=.;OPOS=37062583;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:63:1:1:62:62:0.984127:34:28:0:1:34:28:0:1 chr20 37203813 . C T 784.15 PASS AF=1;AO=52;DP=54;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0269849;FXX=0.017854;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5942;QD=57.029;RBI=0.0621919;REFB=0;REVB=0.0560325;RO=1;SAF=26;SAR=26;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177719;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000994579;OID=.;OPOS=37203813;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:55:1:0:52:55:1:26:26:1:0:28:27:0:0 chr20 37257590 . C G 186.04 PASS AF=0.333333;AO=24;DP=73;FAO=24;FDP=72;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.00698724;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.711;QD=10.3353;RBI=0.00879278;REFB=0.00983723;REVB=0.00533774;RO=49;SAF=12;SAR=12;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819382;STB=0.541632;STBP=0.625;TYPE=snp;VARB=-0.0232731;OID=.;OPOS=37257590;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:72:49:48:24:24:0.333333:12:12:21:28:12:12:21:27 chr20 37277271 . C T 114.02 PASS AF=0.52;AO=12;DP=24;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0102625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.839;QD=18.2427;RBI=0.0173251;REFB=-0.00477763;REVB=-0.0139585;RO=12;SAF=6;SAR=6;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144848;STB=0.562406;STBP=0.552;TYPE=snp;VARB=0.00386069;OID=.;OPOS=37277271;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:24:25:12:12:12:13:0.52:6:6:8:4:6:7:8:4 chr20 37390174 . T C 120.18 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=-0.0140032;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.154;QD=14.1389;RBI=0.0297347;REFB=0.00114955;REVB=0.0262309;RO=20;SAF=11;SAR=3;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413695;STB=0.742876;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=-0.000818646;OID=.;OPOS=37390174;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:20:20:14:14:0.411765:3:11:8:12:3:11:8:12 chr20 37390255 . G GTC 874.0 PASS AF=0.953846;AO=62;DP=67;FAO=62;FDP=65;FR=.;FRO=3;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0374367;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=2;MLLD=304.366;QD=53.7845;RBI=0.0391983;REFB=0.0168417;REVB=0.0116191;RO=3;SAF=31;SAR=31;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0145055;STB=0.50769;STBP=0.74;TYPE=ins;VARB=-0.000367497;OID=.;OPOS=37390256;OREF=-;OALT=TC;OMAPALT=GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.953846:62:67:62:65:3:31:31:2:1:10:3:31:31:2:1 chr20 37396120 . A G 601.55 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0510091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.171;QD=60.1553;RBI=0.0517775;REFB=0;REVB=0.00888705;RO=0;SAF=11;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302767;OID=.;OPOS=37396120;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:40:0:0:38:40:1:27:11:0:0:27:13:0:0 chr20 37501507 . T C 303.97 PASS AF=0.516129;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=62;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0228425;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.242;QD=19.6112;RBI=0.0275547;REFB=-0.0535028;REVB=-0.0154104;RO=30;SAF=15;SAR=17;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0603078;STB=0.533516;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=0.0356239;OID=.;OPOS=37501507;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:62:30:30:32:32:0.516129:17:15:12:18:17:15:12:18 chr20 37548549 . C G 43.8 PASS AF=0.131579;AO=10;DP=76;FAO=10;FDP=76;FR=.;FRO=66;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=34;FSRR=32;FWDB=-0.032236;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=67.4367;QD=2.30522;RBI=0.0468856;REFB=-0.00432739;REVB=-0.0340456;RO=62;SAF=9;SAR=1;SRF=32;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.512925;STB=0.87271;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0958631;OID=.;OPOS=37548549;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:76:76:62:66:10:10:0.131579:1:9:32:30:1:9:34:32 chr20 37977945 . T C 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.817;QD=57.6807;RBI=0.0368301;REFB=0;REVB=0.0270628;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14324e-05;OID=.;OPOS=37977945;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chr20 39609426 . C T 549.7 PASS AF=0.430657;AO=59;DP=138;FAO=59;FDP=137;FR=.;FRO=78;FSAF=34;FSAR=25;FSRF=51;FSRR=27;FWDB=0.0370639;FXX=0.00724585;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.3625;QD=16.0497;RBI=0.0371011;REFB=-0.00661064;REVB=-0.00166059;RO=78;SAF=34;SAR=25;SRF=51;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0821172;STB=0.545836;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.00773471;OID=.;OPOS=39609426;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:138:137:78:78:59:59:0.430657:25:34:51:27:25:34:51:27 chr20 39634616 . C T 1273.81 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0293856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.582;QD=61.3885;RBI=0.0323352;REFB=0;REVB=0.0134928;RO=0;SAF=41;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000111259;OID=.;OPOS=39634616;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:82:83:1:41:41:0:0:42:41:0:0 chr20 39797465 . T C 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0160837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.185;QD=14.7975;RBI=0.0402011;REFB=-0.00721443;REVB=-0.0368434;RO=13;SAF=2;SAR=9;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.443837;STB=0.762192;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0108082;OID=.;OPOS=39797465;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:9:2:8:5:9:2:8:5 chr20 39983322 . G A 435.56 PASS AF=0.468085;AO=44;DP=93;FAO=44;FDP=94;FR=.;FRO=50;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=26;FWDB=0.0271626;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=233.209;QD=18.5345;RBI=0.0277034;REFB=-0.0143126;REVB=-0.00544713;RO=47;SAF=24;SAR=20;SRF=24;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0324852;STB=0.534868;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=0.0162393;OID=.;OPOS=39983322;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:94:47:50:44:44:0.468085:20:24:24:23:20:24:24:26 chr20 39986085 . A C 161.68 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.03208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.4309;QD=20.8612;RBI=0.0341564;REFB=-0.0323222;REVB=-0.0117274;RO=14;SAF=7;SAR=10;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106731;STB=0.559932;STBP=0.483;TYPE=snp;VARB=0.032921;OID=.;OPOS=39986085;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:10:7:4:10:10:7:4:10 chr20 39986540 . G A 427.12 PASS AF=0.455446;AO=46;DP=101;FAO=46;FDP=101;FR=.;FRO=55;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=21;FSRR=34;FWDB=-0.00651478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3021;QD=16.9156;RBI=0.0350078;REFB=-0.0316916;REVB=0.0343963;RO=55;SAF=22;SAR=24;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0947639;STB=0.552837;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.040668;OID=.;OPOS=39986540;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:55:55:46:46:0.455446:24:22:21:34:24:22:21:34 chr20 39990614 . C T 313.14 PASS AF=0.561404;AO=31;DP=56;FAO=32;FDP=57;FR=.;FRO=25;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.000769184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=310.965;QD=21.9746;RBI=0.0318497;REFB=0.00122015;REVB=-0.0318404;RO=25;SAF=21;SAR=10;SRF=19;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0787713;STB=0.552039;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=-0.000953236;OID=.;OPOS=39990614;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:25:25:31:32:0.561404:10:21:19:6:11:21:19:6 chr20 40701456 . G A 483.35 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0561481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.439;QD=58.5875;RBI=0.0563727;REFB=0;REVB=0.00502673;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000218607;OID=.;OPOS=40701456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr20 40702071 . G A 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.244;QD=57.1999;RBI=0.0165303;REFB=0;REVB=0.00298082;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000125419;OID=.;OPOS=40702071;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chr20 40714479 . G A 157.06 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=-0.0250538;FXX=0.0232504;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.289;QD=14.9581;RBI=0.031534;REFB=-0.0195713;REVB=-0.0191493;RO=23;SAF=7;SAR=10;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0211591;STB=0.507238;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=0.0327258;OID=.;OPOS=40714479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:42:23:25:17:17:0.404762:10:7:9:14:10:7:10:15 chr20 41306600 . A G 262.89 PASS AF=0.373494;AO=31;DP=83;FAO=31;FDP=83;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=15;FSRR=37;FWDB=0.00302522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.46;QD=12.6692;RBI=0.0249825;REFB=-0.00565585;REVB=-0.0247987;RO=51;SAF=9;SAR=22;SRF=14;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0210593;STB=0.501416;STBP=0.995;TYPE=snp;VARB=0.0130193;OID=.;OPOS=41306600;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:51:52:31:31:0.373494:22:9:14:37:22:9:15:37 chr20 41692175 . C T 165.93 PASS AF=0.375;AO=21;DP=56;FAO=21;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=20;FSAR=1;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00451386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.025;QD=11.8524;RBI=0.00863435;REFB=-0.00304915;REVB=-0.00736051;RO=35;SAF=20;SAR=1;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.671201;STB=0.904026;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0117051;OID=.;OPOS=41692175;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:35:35:21:21:0.375:1:20:18:17:1:20:18:17 chr20 42034206 . A T 145.06 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.042444;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.022;QD=44.6348;RBI=0.0511819;REFB=0;REVB=0.0286022;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000259933;OID=.;OPOS=42034206;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chr20 42089710 . A G 266.55 PASS AF=0.392405;AO=31;DP=79;FAO=31;FDP=79;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.0181509;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.723;QD=13.4961;RBI=0.0181621;REFB=-0.000614532;REVB=0.000637435;RO=48;SAF=18;SAR=13;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0866391;STB=0.549473;STBP=0.505;TYPE=snp;VARB=0.00313148;OID=.;OPOS=42089710;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:48:48:31:31:0.392405:13:18:24:24:13:18:24:24 chr20 42164722 . T C 586.39 PASS AF=0.54;AO=54;DP=100;FAO=54;FDP=100;FR=.;FRO=46;FSAF=43;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=29;FWDB=-0.0270486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.045;QD=23.4554;RBI=0.0329185;REFB=0.00667608;REVB=0.0187616;RO=46;SAF=43;SAR=11;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.40195;STB=0.722599;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.0030767;OID=.;OPOS=42164722;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:46:46:54:54:0.54:11:43:17:29:11:43:17:29 chr20 42196550 . T G 238.19 PASS AF=0.489362;AO=23;DP=47;FAO=23;FDP=47;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=18;FSRR=6;FWDB=-0.0182398;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.742;QD=20.2717;RBI=0.0314176;REFB=-0.0109176;REVB=-0.0255807;RO=24;SAF=13;SAR=10;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.175897;STB=0.598375;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0176572;OID=.;OPOS=42196550;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:24:23:23:0.489362:10:13:18:6:10:13:18:6 chr20 42225114 . G A 720.76 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0139362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.968;QD=62.6749;RBI=0.030822;REFB=0;REVB=0.0274914;RO=0;SAF=24;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.30465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74199e-05;OID=.;OPOS=42225114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:20:24:0:0:21:25:0:0 chr20 42310509 . T C 440.19 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00879328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.099;QD=56.7991;RBI=0.0594216;REFB=0;REVB=0.0587674;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000285278;OID=.;OPOS=42310509;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:31:0:0:28:31:1:13:15:0:0:14:17:0:0 chr20 42328639 . T C 1342.67 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00564377;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.812;QD=62.4496;RBI=0.00759431;REFB=0;REVB=0.00508149;RO=0;SAF=54;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.11373e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.57127e-07;OID=.;OPOS=42328639;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:86:0:0:85:86:1:31:54:0:0:31:55:0:0 chr20 42425127 . G A 111.06 PASS AF=0.239437;AO=17;DP=72;FAO=17;FDP=71;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=23;FSRR=31;FWDB=-0.00508271;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.9334;QD=6.25664;RBI=0.0252288;REFB=-0.00811943;REVB=0.0247115;RO=53;SAF=11;SAR=6;SRF=23;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.259655;STB=0.665928;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=0.0259579;OID=.;OPOS=42425127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:53:54:17:17:0.239437:6:11:23:30:6:11:23:31 chr20 42425178 . A G 85.85 PASS AF=0.212121;AO=13;DP=65;FAO=14;FDP=66;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=32;FWDB=-0.00284745;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.339;QD=5.203;RBI=0.0386395;REFB=-0.00927335;REVB=0.0385344;RO=52;SAF=6;SAR=7;SRF=20;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975123;STB=0.590784;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0305477;OID=.;OPOS=42425178;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:65:66:52:52:13:14:0.212121:7:6:20:32:7:7:20:32 chr20 42740361 . T C 30.51 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.0344919;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.337;QD=11.0932;RBI=0.0388035;REFB=-0.0305654;REVB=-0.0177768;RO=6;SAF=1;SAR=4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.533759;STB=0.826352;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0095713;OID=.;OPOS=42740361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:4:1:5:1:4:1:5:1 chr20 42747247 . C T 385.37 PASS AF=0.52;AO=39;DP=73;FAO=39;FDP=75;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=0.0330918;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.646;QD=20.5533;RBI=0.0333568;REFB=-0.0168448;REVB=0.0041963;RO=34;SAF=21;SAR=18;SRF=9;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228478;STB=0.623421;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0154421;OID=.;OPOS=42747247;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:34:36:39:39:0.52:18:21:9:25:18:21:10:26 chr20 42815190 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0207326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.227;QD=56.7062;RBI=0.0439874;REFB=0;REVB=0.038795;RO=0;SAF=5;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06096e-05;OID=.;OPOS=42815190;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:24:5:0:0:24:5:0:0 chr20 42939750 . T C 101.89 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0489887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.4993;QD=40.7557;RBI=0.058819;REFB=0;REVB=-0.0325543;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00502818;OID=.;OPOS=42939750;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chr20 43059211 . A C 204.32 PASS AF=0.555556;AO=20;DP=36;FAO=20;FDP=36;FR=.;FRO=16;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00560526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4188;QD=22.7016;RBI=0.0211625;REFB=-0.0418407;REVB=0.0204067;RO=16;SAF=9;SAR=11;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100231;STB=0.505612;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.0387478;OID=.;OPOS=43059211;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:16:16:20:20:0.555556:11:9:7:9:11:9:7:9 chr20 43089819 . G A 239.45 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0910583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.9921;QD=50.4097;RBI=0.0920857;REFB=0;REVB=0.0137172;RO=0;SAF=4;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.00629e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00254562;OID=.;OPOS=43089819;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:15:4:0:0:15:4:0:0 chr20 43264927 . C T 435.85 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0254128;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188.926;QD=54.4808;RBI=0.0278932;REFB=0.0604731;REVB=0.0114987;RO=1;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252169;STB=0.513505;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=-0.00192986;OID=.;OPOS=43264927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:18:13:0:1:18:13:0:1 chr20 43378770 . A G 840.4 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00032829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.551;QD=56.9765;RBI=0.0331076;REFB=0;REVB=0.033106;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137649;OID=.;OPOS=43378770;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:59:0:0:57:59:1:28:29:0:0:30:29:0:0 chr20 43379454 . T C 229.89 PASS AF=1;AO=12;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0643363;FXX=0.0526039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=40.6412;QD=51.0866;RBI=0.120717;REFB=0;REVB=0.102144;RO=0;SAF=9;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00501482;OID=.;OPOS=43379454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:12:18:1:3:9:0:0:8:10:0:0 chr20 43530234 . A C 158.59 PASS AF=0.472222;AO=16;DP=36;FAO=17;FDP=36;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=0.00839392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.0014;QD=17.6211;RBI=0.115196;REFB=-0.0532269;REVB=0.11489;RO=19;SAF=7;SAR=9;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.326378;STB=0.691617;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.0535001;OID=.;OPOS=43530234;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:19:19:16:17:0.472222:9:7:15:4:10:7:15:4 chr20 43547677 . T G 281.45 PASS AF=0.462687;AO=31;DP=68;FAO=31;FDP=67;FR=.;FRO=36;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.0235722;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1115;QD=16.8028;RBI=0.0575121;REFB=-0.0285888;REVB=-0.0524594;RO=35;SAF=15;SAR=16;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253037;STB=0.521222;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.0290926;OID=.;OPOS=43547677;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:35:36:31:31:0.462687:16:15:16:19:16:15:16:20 chr20 43561803 . C T 45.34 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.0223287;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.1749;QD=6.97558;RBI=0.0498772;REFB=-0.00675385;REVB=-0.0446;RO=18;SAF=1;SAR=6;SRF=3;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0518902;STB=0.521675;STBP=0.998;TYPE=snp;VARB=0.0192834;OID=.;OPOS=43561803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:27:26:18:19:7:7:0.269231:6:1:3:15:6:1:3:16 chr20 43565622 . G A 317.52 PASS AF=0.478873;AO=33;DP=71;FAO=34;FDP=71;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=11;FSRR=26;FWDB=0.00449011;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=285.194;QD=17.8884;RBI=0.00578732;REFB=-0.0178868;REVB=-0.00365129;RO=37;SAF=12;SAR=21;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0692217;STB=0.532329;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.0206506;OID=.;OPOS=43565622;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:37:37:33:34:0.478873:21:12:11:26:22:12:11:26 chr20 43566787 . A G 144.77 PASS AF=0.432432;AO=16;DP=37;FAO=16;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=-0.0599366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.814;QD=15.6509;RBI=0.0700479;REFB=-0.0117368;REVB=-0.0362535;RO=21;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0552059;STB=0.531874;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00901301;OID=.;OPOS=43566787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:21:21:16:16:0.432432:10:6:9:12:10:6:9:12 chr20 43708297 . T G 259.55 PASS AF=0.356322;AO=31;DP=87;FAO=31;FDP=87;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=24;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0151984;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=240.924;QD=11.9335;RBI=0.0152124;REFB=0.00656464;REVB=0.000652081;RO=56;SAF=7;SAR=24;SRF=34;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.43767;STB=0.753277;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=-0.010084;OID=.;OPOS=43708297;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:87:56:56:31:31:0.356322:24:7:34:22:24:7:34:22 chr20 43933163 . T C 213.31 PASS AF=0.444444;AO=24;DP=55;FAO=24;FDP=54;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.00294911;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.5924;QD=15.8005;RBI=0.0171071;REFB=-0.0133608;REVB=0.016851;RO=30;SAF=14;SAR=10;SRF=22;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.156499;STB=0.588166;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0231071;OID=.;OPOS=43933163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:30:30:24:24:0.444444:10:14:22:8:10:14:22:8 chr20 43951032 . C T 451.56 PASS AF=0.446429;AO=50;DP=112;FAO=50;FDP=112;FR=.;FRO=62;FSAF=31;FSAR=19;FSRF=27;FSRR=35;FWDB=0.0194836;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.7867;QD=16.1272;RBI=0.0645223;REFB=0.001099;REVB=0.0615103;RO=62;SAF=31;SAR=19;SRF=27;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184147;STB=0.602984;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=-0.000550763;OID=.;OPOS=43951032;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:62:62:50:50:0.446429:19:31:27:35:19:31:27:35 chr20 43976991 . A G 123.97 PASS AF=0.482759;AO=13;DP=28;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=-0.0254238;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.545;QD=17.0989;RBI=0.0316019;REFB=-0.00119114;REVB=0.0187699;RO=15;SAF=1;SAR=12;SRF=4;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.37063;STB=0.729908;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.00359013;OID=.;OPOS=43976991;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:15:15:13:14:0.482759:12:1:4:11:13:1:4:11 chr20 43995880 . T G 216.75 PASS AF=0.393939;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=66;FR=.;FRO=40;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=-0.00914057;FXX=0.0149231;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.65;QD=13.1362;RBI=0.0462919;REFB=-0.017193;REVB=-0.0453805;RO=40;SAF=8;SAR=18;SRF=13;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0212529;STB=0.512186;STBP=0.913;TYPE=snp;VARB=0.027646;OID=.;OPOS=43995880;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:40:40:26:26:0.393939:18:8:13:27:18:8:13:27 chr20 43996454 . G T 300.33 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=23;FWDB=0.0302362;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8976;QD=19.0688;RBI=0.0631672;REFB=0.0165609;REVB=0.0554605;RO=31;SAF=5;SAR=27;SRF=8;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149261;STB=0.583969;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=-0.0139315;OID=.;OPOS=43996454;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:27:5:8:23:27:5:8:23 chr20 44005936 . C T 337.8 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=77;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=25;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0263417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.234;QD=17.5479;RBI=0.0265768;REFB=-0.0108325;REVB=-0.00352776;RO=39;SAF=25;SAR=11;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0833189;STB=0.550991;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.0148349;OID=.;OPOS=44005936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:39:41:36:36:0.467532:11:25:24:15:11:25:25:16 chr20 44038574 . A G 175.59 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00153317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.75;QD=46.8233;RBI=0.0382957;REFB=0;REVB=0.038265;RO=0;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248839;OID=.;OPOS=44038574;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:15:0:0:14:15:1:3:11:0:0:4:11:0:0 chr20 44052992 . G A 728.28 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.019898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.229;QD=57.1199;RBI=0.0205492;REFB=0;REVB=0.00513212;RO=0;SAF=20;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13361e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.74107e-05;OID=.;OPOS=44052992;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:31:20:0:0:31:20:0:0 chr20 44054349 . T C 1929.11 PASS AF=1;AO=122;DP=122;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=71;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0276705;FXX=0.0310053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.862;QD=61.7317;RBI=0.0443434;REFB=0;REVB=0.0346508;RO=0;SAF=68;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.72266e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.4637e-05;OID=.;OPOS=44054349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:122:125:0:0:122:125:1:54:68:0:0:54:71:0:0 chr20 44184498 . A G 771.53 PASS AF=1;AO=53;DP=55;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00238947;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0671;QD=57.1504;RBI=0.0177736;REFB=0;REVB=0.0176122;RO=0;SAF=25;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00029149;OID=.;OPOS=44184498;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:54:0:0:53:54:1:28:25:0:0:29:25:0:0 chr20 44238741 . T G 1082.35 PASS AF=0.973684;AO=72;DP=74;FAO=74;FDP=76;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0143413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4452;QD=56.9658;RBI=0.0268238;REFB=-0.0278594;REVB=-0.0226681;RO=1;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111286;STB=0.50181;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.00385646;OID=.;OPOS=44238741;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:76:1:2:72:74:0.973684:42:30:0:1:42:32:1:1 chr20 44314609 . A G 929.18 PASS AF=0.970149;AO=65;DP=67;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0181018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9118;QD=55.4735;RBI=0.0531789;REFB=-0.122261;REVB=-0.0500032;RO=1;SAF=16;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286043;STB=0.510101;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.00361631;OID=.;OPOS=44314609;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:67:67:1:2:65:65:0.970149:49:16:1:0:49:16:1:1 chr20 44352620 . G A 1224.6 PASS AF=0.987805;AO=80;DP=82;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00750373;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.9038;QD=59.7364;RBI=0.0145642;REFB=-0.0075065;REVB=0.0124824;RO=1;SAF=30;SAR=50;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0155191;STB=0.508195;STBP=0.247;TYPE=snp;VARB=0.000381651;OID=.;OPOS=44352620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:82:1:1:80:81:0.987805:50:30:1:0:51:30:1:0 chr20 44470676 . T C 164.04 PASS AF=0.53125;AO=16;DP=31;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.0267579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.678;QD=20.5048;RBI=0.0275446;REFB=-0.0255659;REVB=-0.00653611;RO=15;SAF=4;SAR=12;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0589001;STB=0.555494;STBP=0.575;TYPE=snp;VARB=0.0271492;OID=.;OPOS=44470676;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:32:15:15:16:17:0.53125:12:4:3:12:12:5:3:12 chr20 44501458 . A G 122.03 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=24;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.000861442;FXX=0.0832986;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.829;QD=22.1875;RBI=0.0619492;REFB=-0.0401468;REVB=-0.0619432;RO=9;SAF=8;SAR=5;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0394853;STB=0.522354;STBP=0.858;TYPE=snp;VARB=0.0283012;OID=.;OPOS=44501458;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:24:22:9:9:13:13:0.590909:5:8:6:3:5:8:6:3 chr20 44505973 . T C 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=6;FWDB=0.00231879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.88;QD=11.092;RBI=0.0421211;REFB=0.0116149;REVB=-0.0420572;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.429211;STB=0.749312;STBP=0.397;TYPE=snp;VARB=-0.049113;OID=.;OPOS=44505973;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:0:6:3:2:0:6 chr20 44506418 . G A 199.48 PASS AF=0.431373;AO=22;DP=51;FAO=22;FDP=51;FR=.;FRO=29;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00361737;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.98;QD=15.6454;RBI=0.0212635;REFB=-0.0160997;REVB=-0.0209535;RO=29;SAF=14;SAR=8;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122984;STB=0.570305;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0235914;OID=.;OPOS=44506418;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:29:22:22:0.431373:8:14:15:14:8:14:15:14 chr20 44512792 . CTG C 38.64 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=-0.00699521;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=233.456;QD=11.0403;RBI=0.0420825;REFB=-0.0234076;REVB=-0.0414971;RO=7;SAF=4;SAR=2;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484388;STB=0.526227;STBP=0.934;TYPE=del;VARB=0.0184481;OID=.;OPOS=44512793;OREF=TG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.428571:6:14:6:14:8:4:2:5:3:38:7:4:2:5:2 chr20 44513289 . T C 153.99 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=-0.0172991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6183;QD=14.3248;RBI=0.0805511;REFB=-0.00366958;REVB=0.0786716;RO=26;SAF=8;SAR=9;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0705817;STB=0.540935;STBP=0.677;TYPE=snp;VARB=0.0109846;OID=.;OPOS=44513289;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:9:8:14:12:9:8:14:12 chr20 44513357 . G A 327.23 PASS AF=0.48;AO=26;DP=67;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=26;FSRF=19;FSRR=20;FWDB=0.00219838;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.68;QD=17.4521;RBI=0.00463217;REFB=-0.00913139;REVB=0.00407727;RO=38;SAF=6;SAR=20;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.314004;STB=0.621016;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00777193;OID=.;OPOS=44513357;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:75:38:39:26:36:0.48:20:6:19:19:26:10:19:20 chr20 44523547 . G A 159.57 PASS AF=0.548387;AO=16;DP=30;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=0.0284709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.141;QD=20.5891;RBI=0.0381468;REFB=-0.0295138;REVB=0.0253888;RO=14;SAF=4;SAR=12;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.291666;STB=0.633982;STBP=0.111;TYPE=snp;VARB=0.0503998;OID=.;OPOS=44523547;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:31:14:14:16:17:0.548387:12:4:8:6:12:5:8:6 chr20 44578674 . T A 314.6 PASS AF=0.615385;AO=30;DP=51;FAO=32;FDP=52;FR=.;FRO=20;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0490623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.29;QD=24.2001;RBI=0.0524655;REFB=-0.0200837;REVB=-0.0185883;RO=20;SAF=15;SAR=15;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072616;STB=0.550328;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0171389;OID=.;OPOS=44578674;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:20:20:30:32:0.615385:15:15:8:12:15:17:8:12 chr20 44578961 . A G 195.52 PASS AF=0.387097;AO=24;DP=62;FAO=24;FDP=62;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=-0.000477293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.145;QD=12.6139;RBI=0.00615611;REFB=-0.00546989;REVB=-0.00613758;RO=38;SAF=12;SAR=12;SRF=8;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313494;STB=0.67729;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0102782;OID=.;OPOS=44578961;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:38:38:24:24:0.387097:12:12:8:30:12:12:8:30 chr20 44581348 . G A 220.41 PASS AF=0.583333;AO=21;DP=36;FAO=21;FDP=36;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=0.0160666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.98;QD=24.49;RBI=0.048188;REFB=-0.0117869;REVB=0.0454306;RO=15;SAF=10;SAR=11;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191306;STB=0.606201;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.0114035;OID=.;OPOS=44581348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:15:15:21:21:0.583333:11:10:11:4:11:10:11:4 chr20 44596207 . C G 321.87 PASS AF=0.603774;AO=31;DP=52;FAO=32;FDP=53;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.0118096;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.3;QD=24.2917;RBI=0.0179041;REFB=-0.0464398;REVB=-0.0134569;RO=21;SAF=16;SAR=15;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0406445;STB=0.516004;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0243606;OID=.;OPOS=44596207;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:21:21:31:32:0.603774:15:16:12:9:15:17:12:9 chr20 44639692 . G T 249.8 PASS AF=0.5;AO=27;DP=54;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=0.0151622;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.217;QD=18.5033;RBI=0.0241382;REFB=-0.00571432;REVB=0.0187819;RO=27;SAF=11;SAR=16;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.165267;STB=0.592524;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00639461;OID=.;OPOS=44639692;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:27:27:27:27:0.5:16:11:16:11:16:11:16:11 chr20 44640225 . A G 816.74 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102063;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.35;QD=57.3153;RBI=0.0124821;REFB=0;REVB=0.00718583;RO=0;SAF=34;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.77753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.87562e-05;OID=.;OPOS=44640225;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:54:57:0:0:54:57:1:20:34:0:0:21:36:0:0 chr20 44642045 . A AC 31.02 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=27;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=4;FWDB=-0.0104896;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=52.1434;QD=4.773;RBI=0.174492;REFB=-0.00335437;REVB=-0.174177;RO=20;SAF=6;SAR=1;SRF=15;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.198197;STB=0.57124;STBP=0.768;TYPE=ins;VARB=0.0646795;OID=.;OPOS=44642046;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.269231:7:27:7:26:19:5:2:15:4:31:20:6:1:15:5 chr20 44642406 . G C 600.41 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0250343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4266;QD=58.5762;RBI=0.0254488;REFB=0.00706039;REVB=0.0045749;RO=1;SAF=15;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0302369;STB=0.516121;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-0.00225057;OID=.;OPOS=44642406;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:25:15:1:0:25:15:1:0 chr20 44642833 . A C 108.0 PASS AF=0.393939;AO=13;DP=33;FAO=13;FDP=33;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.000512574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.742;QD=13.0911;RBI=0.0192204;REFB=-0.0251127;REVB=-0.0192136;RO=20;SAF=7;SAR=6;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0397392;STB=0.523328;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.0401848;OID=.;OPOS=44642833;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:20:20:13:13:0.393939:6:7:10:10:6:7:10:10 chr20 44643111 . G A 1634.63 PASS AF=0.522727;AO=159;DP=307;FAO=161;FDP=308;FR=.;FRO=147;FSAF=76;FSAR=85;FSRF=42;FSRR=105;FWDB=-0.0130133;FXX=0.0064514;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.0734;QD=21.229;RBI=0.0133;REFB=-0.0118561;REVB=-0.00274689;RO=147;SAF=75;SAR=84;SRF=41;SRR=106;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172538;STB=0.5901;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0168461;OID=.;OPOS=44643111;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:307:308:147:147:159:161:0.522727:84:75:41:106:85:76:42:105 chr20 44644965 . G A 233.86 PASS AF=0.373333;AO=27;DP=73;FAO=28;FDP=75;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=28;FWDB=-0.011488;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=135.979;QD=12.4726;RBI=0.0148775;REFB=-0.0196704;REVB=-0.00945331;RO=46;SAF=16;SAR=11;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2178;STB=0.6037;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.0311208;OID=.;OPOS=44644965;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:75:46:47:27:28:0.373333:11:16:18:28:12:16:19:28 chr20 44678348 . G A 696.74 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.0323579;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=213.201;QD=56.8763;RBI=0.0343786;REFB=-0.25471;REVB=0.0116126;RO=3;SAF=20;SAR=26;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0654464;STB=0.534868;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.00234144;OID=.;OPOS=44678348;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:49:49:3:3:46:46:0.938776:26:20:3:0:26:20:3:0 chr20 44680412 . C T 162.27 PASS AF=0.258427;AO=23;DP=89;FAO=23;FDP=89;FR=.;FRO=66;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=37;FWDB=-0.0173383;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.449;QD=7.29279;RBI=0.01834;REFB=-0.00785106;REVB=0.00597828;RO=54;SAF=13;SAR=10;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0773947;STB=0.592549;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.020725;OID=.;OPOS=44680412;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:54:66:23:23:0.258427:10:13:27:27:10:13:29:37 chr20 44688665 . G A 463.56 PASS AF=0.421875;AO=44;DP=118;FAO=54;FDP=128;FR=.;FRO=74;FSAF=32;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=48;FWDB=0.03707;FXX=0.00775134;HRUN=2;LEN=1;MLLD=38.4448;QD=14.4862;RBI=0.0713538;REFB=-0.041193;REVB=0.0609687;RO=74;SAF=27;SAR=17;SRF=26;SRR=48;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.28309;STB=0.637038;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0441054;OID=.;OPOS=44688665;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:128:74:74:44:54:0.421875:17:27:26:48:22:32:26:48 chr20 44688730 . G A 1109.58 PASS AF=1;AO=73;DP=75;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0339912;FXX=0.0133316;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3202;QD=59.9773;RBI=0.0368238;REFB=0;REVB=0.0141631;RO=0;SAF=27;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000432823;OID=.;OPOS=44688730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:74:0:0:73:74:1:46:27:0:0:47:27:0:0 chr20 44746982 . T C 171.49 PASS AF=0.653846;AO=16;DP=24;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0138537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.319;QD=26.3829;RBI=0.0788228;REFB=-0.0712119;REVB=0.0775959;RO=8;SAF=12;SAR=4;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177944;STB=0.599877;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0262894;OID=.;OPOS=44746982;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:24:26:8:9:16:17:0.653846:4:12:4:4:5:12:4:5 chr20 44983517 . G A 120.16 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=-0.0363392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1536;QD=14.136;RBI=0.038196;REFB=-0.00142218;REVB=0.0117644;RO=19;SAF=7;SAR=7;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0260571;STB=0.52937;STBP=0.783;TYPE=snp;VARB=0.00145346;OID=.;OPOS=44983517;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:20:14:14:0.411765:7:7:10:9:7:7:11:9 chr20 44987318 . C G 301.24 PASS AF=0.5625;AO=26;DP=47;FAO=27;FDP=48;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=7;FSRR=14;FWDB=0.0535725;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.036;QD=25.1034;RBI=0.0548291;REFB=-0.0330963;REVB=0.0116711;RO=21;SAF=9;SAR=17;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114214;STB=0.517516;STBP=0.826;TYPE=snp;VARB=0.0224073;OID=.;OPOS=44987318;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:21:21:26:27:0.5625:17:9:7:14:17:10:7:14 chr20 44996182 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0697765;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.681;QD=53.9111;RBI=0.0701525;REFB=0;REVB=-0.00725406;RO=0;SAF=8;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000274493;OID=.;OPOS=44996182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:16:8:0:0:16:8:0:0 chr20 45194904 . C G 1079.23 PASS AF=0.551351;AO=102;DP=185;FAO=102;FDP=185;FR=.;FRO=83;FSAF=36;FSAR=66;FSRF=33;FSRR=50;FWDB=-0.0141334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.223;QD=23.3348;RBI=0.0143631;REFB=-0.0108239;REVB=-0.00255835;RO=83;SAF=36;SAR=66;SRF=33;SRR=50;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0396706;STB=0.521645;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.0122492;OID=.;OPOS=45194904;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:185:185:83:83:102:102:0.551351:66:36:33:50:66:36:33:50 chr20 45204266 . G A 663.88 PASS AF=0.944444;AO=50;DP=53;FAO=51;FDP=54;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0471537;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.1245;QD=49.1763;RBI=0.0600516;REFB=-0.000127132;REVB=0.0371849;RO=3;SAF=20;SAR=30;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0447795;STB=0.523068;STBP=0.208;TYPE=snp;VARB=0.00612752;OID=.;OPOS=45204266;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:53:54:3:3:50:51:0.944444:30:20:0:3:31:20:0:3 chr20 45242269 . G C 150.58 PASS AF=0.304348;AO=21;DP=69;FAO=21;FDP=69;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=-0.00184529;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.995;QD=8.72936;RBI=0.00400147;REFB=-0.0121733;REVB=-0.00355059;RO=46;SAF=7;SAR=14;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995458;STB=0.577244;STBP=0.399;TYPE=snp;VARB=0.0274734;OID=.;OPOS=45242269;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:46:48:21:21:0.304348:14:7:19:27:14:7:21:27 chr20 45354291 . G A 347.68 PASS AF=0.545455;AO=35;DP=68;FAO=36;FDP=66;FR=.;FRO=30;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.00853467;FXX=0.0294074;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.1553;QD=21.0715;RBI=0.012507;REFB=-0.0119436;REVB=0.00914245;RO=26;SAF=24;SAR=11;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15546;STB=0.610463;STBP=0.057;TYPE=snp;VARB=0.013404;OID=.;OPOS=45354291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:66:26:30:35:36:0.545455:11:24:13:13:12:24:13:17 chr20 45717954 . C T 822.84 PASS AF=0.952381;AO=59;DP=64;FAO=60;FDP=63;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0270858;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.687;QD=52.2435;RBI=0.0474729;REFB=-0.157968;REVB=0.0389877;RO=1;SAF=34;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0136765;STB=0.520541;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.00147235;OID=.;OPOS=45717954;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:63:1:3:59:60:0.952381:25:34:1:0:25:35:3:0 chr20 45816757 . C T 190.17 PASS AF=0.542857;AO=19;DP=35;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=0.0174685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7067;QD=21.7337;RBI=0.0281551;REFB=-0.000612159;REVB=0.0220808;RO=15;SAF=8;SAR=11;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0717531;STB=0.521716;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00219584;OID=.;OPOS=45816757;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:15:16:19:19:0.542857:11:8:5:10:11:8:6:10 chr20 45817255 . A C 1248.67 PASS AF=1;AO=79;DP=81;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0358601;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.6338;QD=61.6628;RBI=0.0358942;REFB=0;REVB=-0.00156349;RO=0;SAF=29;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.88581e-06;OID=.;OPOS=45817255;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:81:0:0:79:81:1:50:29:0:0:50:31:0:0 chr20 45853037 . A G 393.33 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0692155;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.233;QD=56.1898;RBI=0.0694314;REFB=0;REVB=-0.00547153;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000754113;OID=.;OPOS=45853037;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr20 45867852 . A G 90.34 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0112817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.499;QD=16.4257;RBI=0.0157906;REFB=-0.0274821;REVB=-0.0110483;RO=11;SAF=3;SAR=8;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.254322;STB=0.648363;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0265527;OID=.;OPOS=45867852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:8:3:6:5:8:3:6:5 chr20 46365571 . A G 950.55 PASS AF=0.617647;AO=84;DP=136;FAO=84;FDP=136;FR=.;FRO=52;FSAF=20;FSAR=64;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=-0.0234221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.669;QD=27.9574;RBI=0.0235337;REFB=-0.0347137;REVB=-0.00228934;RO=49;SAF=20;SAR=64;SRF=18;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113085;STB=0.562653;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0195641;OID=.;OPOS=46365571;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:136:136:49:52:84:84:0.617647:64:20:18:31:64:20:19:33 chr20 47241618 . A G 209.78 PASS AF=0.666667;AO=19;DP=29;FAO=20;FDP=30;FR=.;FRO=10;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0176614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.928;QD=27.9707;RBI=0.0181722;REFB=-0.0238443;REVB=0.00427858;RO=10;SAF=10;SAR=9;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140035;STB=0.5827;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=0.0099421;OID=.;OPOS=47241618;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:29:30:10:10:19:20:0.666667:9:10:3:7:9:11:3:7 chr20 47253043 . G A 449.88 PASS AF=0.672131;AO=41;DP=63;FAO=41;FDP=61;FR=.;FRO=20;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.0283854;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4903;QD=29.5003;RBI=0.0582909;REFB=-0.0277747;REVB=0.0509127;RO=20;SAF=24;SAR=17;SRF=8;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112694;STB=0.56126;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.00939144;OID=.;OPOS=47253043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:20:20:41:41:0.672131:17:24:8:12:17:24:8:12 chr20 47253150 . T C 809.43 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0568272;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.6611;QD=54.8767;RBI=0.0585706;REFB=-0.00782251;REVB=0.0141837;RO=1;SAF=21;SAR=36;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021926;STB=0.511624;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.000753553;OID=.;OPOS=47253150;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:57:58:0.983051:36:21:1:0:37:21:1:0 chr20 47256335 . G A 628.26 PASS AF=0.548673;AO=62;DP=113;FAO=62;FDP=113;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=27;FSRR=24;FWDB=-0.002778;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=224.792;QD=22.2393;RBI=0.00628782;REFB=-0.0042216;REVB=-0.00564087;RO=51;SAF=31;SAR=31;SRF=27;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242255;STB=0.51327;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=0.0035659;OID=.;OPOS=47256335;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:113:51:51:62:62:0.548673:31:31:27:24:31:31:27:24 chr20 47258761 . G A 819.28 PASS AF=0.562044;AO=76;DP=135;FAO=77;FDP=137;FR=.;FRO=60;FSAF=38;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=33;FWDB=0.026306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.7639;QD=23.9206;RBI=0.0267409;REFB=0.00871048;REVB=0.00480312;RO=56;SAF=37;SAR=39;SRF=25;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0315241;STB=0.519062;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=-0.00581644;OID=.;OPOS=47258761;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:137:56:60:76:77:0.562044:39:37:25:31:39:38:27:33 chr20 47261017 . T C 364.32 PASS AF=0.536232;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=69;FR=.;FRO=32;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.00830483;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.316;QD=21.1201;RBI=0.00887065;REFB=-0.00624415;REVB=-0.00311742;RO=32;SAF=23;SAR=14;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031139;STB=0.517203;STBP=0.778;TYPE=snp;VARB=0.00627681;OID=.;OPOS=47261017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:32:32:37:37:0.536232:14:23:21:11:14:23:21:11 chr20 47265918 . G A 810.85 PASS AF=0.515723;AO=82;DP=159;FAO=82;FDP=159;FR=.;FRO=77;FSAF=33;FSAR=49;FSRF=48;FSRR=29;FWDB=0.0397719;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8354;QD=20.3986;RBI=0.0431796;REFB=-0.00749117;REVB=0.0168127;RO=77;SAF=33;SAR=49;SRF=48;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.194227;STB=0.606577;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0105684;OID=.;OPOS=47265918;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:77:77:82:82:0.515723:49:33:48:29:49:33:48:29 chr20 47268093 . C G 401.21 PASS AF=0.698113;AO=36;DP=52;FAO=37;FDP=53;FR=.;FRO=16;FSAF=19;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0743522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.2576;QD=30.2798;RBI=0.0749853;REFB=0.0236434;REVB=-0.0097235;RO=16;SAF=19;SAR=17;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862664;STB=0.541729;STBP=0.377;TYPE=snp;VARB=-0.0176404;OID=.;OPOS=47268093;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:16:16:36:37:0.698113:17:19:6:10:18:19:6:10 chr20 47628605 . T C 155.37 PASS AF=0.592593;AO=15;DP=26;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=8;FSRR=3;FWDB=0.00387563;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.892;QD=23.0179;RBI=0.114895;REFB=-0.0218711;REVB=0.11483;RO=11;SAF=4;SAR=11;SRF=8;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35638;STB=0.671144;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.0376862;OID=.;OPOS=47628605;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:26:27:11:11:15:16:0.592593:11:4:8:3:11:5:8:3 chr20 47775474 . AC ACC,A,CC 95.26 PASS AF=0.245763,0,0.0169492;AO=32,12,7;DP=117;FAO=29,0,2;FDP=118;FR=.;FRO=87;FSAF=16,0,2;FSAR=13,0,0;FSRF=52;FSRR=35;FWDB=-0.012908,0.033985,-0.0114001;FXX=0.00840265;HRUN=6,6,1;LEN=1,1,1;MLLD=10.4707,9.05929,126.256;QD=3.22922;RBI=0.0172734,0.0369004,0.0198676;REFB=-0.030088,0.0451421,-0.00222598;REVB=-0.0114785,0.0143758,-0.0162713;RO=57;SAF=19,12,7;SAR=13,0,0;SRF=24;SRR=33;SSEN=0,0.3125,0;SSEP=0,0.6875,0;SSSB=0.191046,0.744741,0.660582;STB=0.535085,0.5,0.994;STBP=0.693,1,0.211;TYPE=ins,del,snp;VARB=0.0134822,0,0.00176199;OID=.,.,.;OPOS=47775475,47775475,47775474;OREF=-,C,A;OALT=C,-,C;OMAPALT=ACC,A,CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:117:118:57:87:32,12,7:29,0,2:0.245763,0,0.0169492:13,0,0:19,12,7:24:33:13,0,0:16,0,2:52:35 chr20 47827009 . CTTTTTTT CTTTTTT,CTTTTTTC 279.88 PASS AF=0.76,0.24;AO=19,12;DP=52;FAO=38,12;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=24,11;FSAR=14,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.125375,0.06966;FXX=0.0384541;HRUN=7,7;LEN=1,1;MLLD=7.19379,18.1196;QD=22.39;RBI=0.159247,0.126105;REFB=-0.0481089,-0.0675594;REVB=0.0981879,0.105119;RO=12;SAF=9,11;SAR=10,1;SRF=10;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.248326,0.188202;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0146542,0.0430225;OID=.,.;OPOS=47827010,47827016;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=CTTTTTT,CTTTTTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.76,0.24:19,12:52:38,12:50:0:24,11:14,1:0:0:61:12:9,11:10,1:10:2 chr20 47850162 . A G 37.07 PASS AF=0.102273;AO=8;DP=86;FAO=9;FDP=88;FR=.;FRO=79;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=31;FSRR=48;FWDB=-0.0272592;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.1399;QD=1.68491;RBI=0.0867803;REFB=-0.0057805;REVB=-0.0823878;RO=77;SAF=0;SAR=8;SRF=30;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.56951;STB=0.819677;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0655363;OID=.;OPOS=47850162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:86:88:77:79:8:9:0.102273:8:0:30:47:8:1:31:48 chr20 47850182 . C T 1247.95 PASS AF=0.987952;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=83;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00696207;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.6641;QD=60.1423;RBI=0.00991531;REFB=-0.0569295;REVB=0.00705995;RO=1;SAF=29;SAR=53;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00885259;STB=0.504672;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.000996623;OID=.;OPOS=47850182;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:83:1:1:82:82:0.987952:53:29:0:1:53:29:0:1 chr20 47859217 . G A 387.27 PASS AF=0.584615;AO=38;DP=65;FAO=38;FDP=65;FR=.;FRO=27;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.00113872;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.88;QD=23.832;RBI=0.013944;REFB=-0.0141491;REVB=0.0138974;RO=27;SAF=22;SAR=16;SRF=15;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0180749;STB=0.509929;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0105714;OID=.;OPOS=47859217;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:27:27:38:38:0.584615:16:22:15:12:16:22:15:12 chr20 47862450 . T C 454.35 PASS AF=0.875;AO=34;DP=40;FAO=35;FDP=40;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=16;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0149382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4817;QD=45.4345;RBI=0.0505638;REFB=-0.0790279;REVB=-0.0483068;RO=4;SAF=19;SAR=15;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0382009;STB=0.532543;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.0271416;OID=.;OPOS=47862450;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:40:40:4:5:34:35:0.875:15:19:3:1:16:19:4:1 chr20 47865372 . G A 1517.53 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=52;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.58;QD=63.2306;RBI=0.0277355;REFB=0;REVB=0.0105429;RO=0;SAF=51;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000860075;OID=.;OPOS=47865372;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:96:0:0:94:96:1:43:51:0:0:44:52:0:0 chr20 47865509 . G A,T 306.31 PASS AF=0.88,0.08;AO=22,2;DP=25;FAO=22,2;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=15,1;FSAR=7,1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.016683,-0.00127919;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=127.857,24.4825;QD=49.0089;RBI=0.0385363,0.0909556;REFB=0.0803613,0.108156;REVB=0.0347379,0.0909466;RO=1;SAF=15,1;SAR=7,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0298327,-0.25849;STB=0.516115,0.665164;STBP=0.615,0.662;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00271701,0.0997613;OID=.,.;OPOS=47865509,47865509;OREF=G,G;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:25:25:1:1:22,2:22,2:0.88,0.08:7,1:15,1:1:0:7,1:15,1:1:0 chr20 47872377 . C G 783.24 PASS AF=0.982456;AO=55;DP=56;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0260476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.63;QD=54.9642;RBI=0.0325474;REFB=-0.00059765;REVB=0.0195155;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50769;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000253613;OID=.;OPOS=47872377;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:57:0:1:55:56:0.982456:22:33:0:0:24:32:1:0 chr20 47886684 . G A 903.69 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00920321;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.831;QD=58.3024;RBI=0.0122046;REFB=0;REVB=0.00801584;RO=0;SAF=26;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00011583;OID=.;OPOS=47886684;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:61:62:1:35:26:0:0:35:27:0:0 chr20 48120777 . G A 292.08 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=63;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=20;FWDB=0.0159889;FXX=0.031741;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5537;QD=19.1527;RBI=0.0160874;REFB=-0.00783206;REVB=0.00177717;RO=28;SAF=14;SAR=17;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0822308;STB=0.559358;STBP=0.38;TYPE=snp;VARB=0.00438601;OID=.;OPOS=48120777;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:61:28:30:31:31:0.508197:17:14:10:18:17:14:10:20 chr20 48129706 . G T 194.36 PASS AF=0.5;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=38;FR=.;FRO=19;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0040997;FXX=0.0731529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.954;QD=20.4591;RBI=0.0527587;REFB=-0.0220528;REVB=0.0525991;RO=18;SAF=10;SAR=9;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0704129;STB=0.526288;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0220921;OID=.;OPOS=48129706;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:38:18:19:19:19:0.5:9:10:8:10:9:10:9:10 chr20 48257149 . C T 619.87 PASS AF=0.97619;AO=41;DP=42;FAO=41;FDP=42;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0199003;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=64.7813;QD=59.0352;RBI=0.0210685;REFB=0.0546505;REVB=0.00691816;RO=0;SAF=15;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516121;STBP=0.276;TYPE=snp;VARB=-0.0141705;OID=.;OPOS=48257149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:42:42:0:1:41:41:0.97619:26:15:0:0:26:15:1:0 chr20 48429508 . GG CC 125.5 PASS AF=0.538462;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=26;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0376484;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=269.312;QD=19.3071;RBI=0.0400221;REFB=-0.0227973;REVB=0.0135783;RO=11;SAF=3;SAR=11;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0641068;STB=0.520519;STBP=0.89;TYPE=mnp;VARB=0.0172484;OID=.;OPOS=48429508;OREF=GG;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:26:11:12:14:14:0.538462:11:3:3:8:10:4:3:9 chr20 48491258 . T G 527.3 PASS AF=0.623377;AO=48;DP=77;FAO=48;FDP=77;FR=.;FRO=29;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=0.00869448;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.161;QD=27.3922;RBI=0.00912744;REFB=-0.0227686;REVB=-0.00277782;RO=28;SAF=24;SAR=24;SRF=10;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0967669;STB=0.545436;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.0126562;OID=.;OPOS=48491258;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:28:29:48:48:0.623377:24:24:10:18:24:24:11:18 chr20 48522392 . G A 78.31 PASS AF=0.423077;AO=10;DP=25;FAO=11;FDP=26;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0311188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0906;QD=12.0477;RBI=0.0360426;REFB=-0.0472003;REVB=0.0181848;RO=15;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.225189;STB=0.607823;STBP=0.415;TYPE=snp;VARB=0.063233;OID=.;OPOS=48522392;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:25:26:15:15:10:11:0.423077:6:4:3:12:7:4:3:12 chr20 48522585 . G A 354.51 PASS AF=0.647059;AO=33;DP=51;FAO=33;FDP=51;FR=.;FRO=18;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0305361;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=146.51;QD=27.8045;RBI=0.0353452;REFB=-0.0559865;REVB=0.0177998;RO=18;SAF=16;SAR=17;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.02611;STB=0.514277;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.032826;OID=.;OPOS=48522585;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:18:18:33:33:0.647059:17:16:8:10:17:16:8:10 chr20 48524827 . A G 203.2 PASS AF=0.540541;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=37;FR=.;FRO=17;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0465394;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.175;QD=21.9678;RBI=0.0470339;REFB=-0.0113262;REVB=0.00680195;RO=17;SAF=8;SAR=12;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0592807;STB=0.5333;STBP=0.662;TYPE=snp;VARB=0.00695134;OID=.;OPOS=48524827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:17:17:20:20:0.540541:12:8:8:9:12:8:8:9 chr20 48569240 . TGG TG,TGA 863.13 PASS AF=0.552448,0.041958;AO=76,6;DP=144;FAO=79,6;FDP=143;FR=.;FRO=58;FSAF=40,3;FSAR=39,3;FSRF=23;FSRR=35;FWDB=0.00934578,0.0471855;FXX=0.00694396;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=24.357,24.2479;QD=24.1436;RBI=0.00953935,0.0742801;REFB=-0.0012709,0.01532;REVB=-0.00191194,0.0573678;RO=58;SAF=39,3;SAR=37,3;SRF=23;SRR=35;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0924104,0.117405;STB=0.546416,0.593449;STBP=0.221,0.669;TYPE=del,snp;VARB=0.00108292,-0.0640995;OID=.,.;OPOS=48569241,48569242;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=TG,TGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.552448,0.041958:76,6:144:79,6:143:58:40,3:39,3:23:35:99:58:39,3:37,3:23:35 chr20 48569278 . T C 717.84 PASS AF=0.552;AO=69;DP=124;FAO=69;FDP=125;FR=.;FRO=56;FSAF=31;FSAR=38;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=-0.00852656;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=123.806;QD=22.9709;RBI=0.023207;REFB=-0.0221755;REVB=0.0215839;RO=55;SAF=31;SAR=38;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0556818;STB=0.525664;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0120721;OID=.;OPOS=48569278;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:55:56:69:69:0.552:38:31:21:34:38:31:22:34 chr20 48713049 . G A 409.91 PASS AF=0.9375;AO=30;DP=32;FAO=30;FDP=32;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0131494;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=245.046;QD=51.2389;RBI=0.0136299;REFB=0.101092;REVB=-0.00358697;RO=2;SAF=14;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00389373;STB=0.502091;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=-0.000638917;OID=.;OPOS=48713049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:32:2:2:30:30:0.9375:16:14:1:1:16:14:1:1 chr20 48746189 . C T 380.32 PASS AF=0.391304;AO=43;DP=113;FAO=45;FDP=115;FR=.;FRO=70;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=52;FWDB=0.0628228;FXX=0.0254216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.242;QD=13.2284;RBI=0.0639001;REFB=-0.0193807;REVB=-0.0116842;RO=67;SAF=18;SAR=25;SRF=18;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171868;STB=0.618425;STBP=0.07;TYPE=snp;VARB=0.0343663;OID=.;OPOS=48746189;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:113:115:67:70:43:45:0.391304:25:18:18:49:25:20:18:52 chr20 49174413 . C T 73.47 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0032902;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=206.143;QD=9.47955;RBI=0.0149841;REFB=0.0041996;REVB=0.0146184;RO=20;SAF=3;SAR=7;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32941;STB=0.685898;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.0137413;OID=.;OPOS=49174413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:20:21:10:10:0.322581:7:3:12:8:7:3:12:9 chr20 49196284 . C T 52.61 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=20;FWDB=-0.0270757;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.685;QD=6.7878;RBI=0.0272105;REFB=-0.00364944;REVB=-0.00270564;RO=20;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.172358;STB=0.633871;STBP=0.495;TYPE=snp;VARB=0.0118527;OID=.;OPOS=49196284;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:52:31:31:20:23:8:8:0.258065:6:2:3:17:6:2:3:20 chr20 49214156 . A G 324.61 PASS AF=0.568966;AO=31;DP=56;FAO=33;FDP=58;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=-0.00236479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.445;QD=22.3868;RBI=0.00698831;REFB=-0.0261844;REVB=-0.00657604;RO=22;SAF=16;SAR=15;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0564622;STB=0.536666;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.0174793;OID=.;OPOS=49214156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:58:22:25:31:33:0.568966:15:16:13:9:16:17:15:10 chr20 49367076 . T G 1919.77 PASS AF=0.962963;AO=125;DP=132;FAO=130;FDP=135;FR=.;FRO=5;FSAF=50;FSAR=80;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0476651;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=82.1819;QD=56.882;RBI=0.0947498;REFB=-0.148951;REVB=0.0818875;RO=6;SAF=49;SAR=76;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00535434;STB=0.500602;STBP=0.992;TYPE=snp;VARB=0.0022261;OID=.;OPOS=49367076;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:132:135:6:5:125:130:0.962963:76:49:2:4:80:50:2:3 chr20 49369006 . A G 1695.18 PASS AF=1;AO=112;DP=112;FAO=112;FDP=112;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295777;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.2078;QD=60.542;RBI=0.0307543;REFB=0;REVB=0.00842522;RO=0;SAF=55;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34603e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000160617;OID=.;OPOS=49369006;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:112:112:0:0:112:112:1:57:55:0:0:57:55:0:0 chr20 49369591 . ATTTTTA ATTTTA,ATTTTAT,TATTTTA 70.29 PASS AF=0.297297,0.108108,0.027027;AO=11,3,3;DP=38;FAO=11,4,1;FDP=37;FR=.;FRO=21;FSAF=6,4,0;FSAR=5,0,1;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=0.028612,-0.0968427,0.0607083;FXX=0.0263089;HRUN=5,5,1;LEN=1,2,2;MLLD=12.2519,136.627,23.7413;QD=7.59838;RBI=0.174441,0.0998742,0.167602;REFB=-0.0906237,-0.00494837,-0.0429857;REVB=-0.172078,-0.0244204,-0.156221;RO=16;SAF=6,3,0;SAR=5,0,3;SRF=10;SRR=6;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0813502,0.575361,-0.661837;STB=0.51721,0.996812,0.991047;STBP=0.916,0.054,0.26;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.145635,-0.035745,0.0372511;OID=.,.,.;OPOS=49369592,49369596,49369591;OREF=T,TA,AT;OALT=-,AT,TA;OMAPALT=ATTTTA,ATTTTAT,TATTTTA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:38:37:16:21:11,3,3:11,4,1:0.297297,0.108108,0.027027:5,0,3:6,3,0:10:6:5,0,1:6,4,0:12:9 chr20 49369605 . C CCT 98.49 PASS AF=0.270833;AO=7;DP=52;FAO=13;FDP=48;FR=.;FRO=35;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=17;FWDB=0.00849954;FXX=0.039992;HRUN=2;LEN=2;MLLD=199.643;QD=8.20712;RBI=0.0166922;REFB=-0.00917747;REVB=-0.0143662;RO=44;SAF=2;SAR=5;SRF=23;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284675;STB=0.655384;STBP=0.205;TYPE=ins;VARB=0.0388206;OID=.;OPOS=49369606;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=CCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.270833:7:52:13:48:35:4:9:18:17:98:44:2:5:23:21 chr20 49369613 . T TC 251.51 PASS AF=0.589744;AO=17;DP=55;FAO=23;FDP=39;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.00912026;FXX=0.133304;HRUN=0;LEN=1;MLLD=185.493;QD=25.7961;RBI=0.0154325;REFB=-0.0187132;REVB=-0.0124492;RO=36;SAF=7;SAR=10;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132962;STB=0.594516;STBP=0.165;TYPE=ins;VARB=0.00874242;OID=.;OPOS=49369614;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.589744:17:55:23:39:16:11:12:4:12:99:36:7:10:19:17 chr20 49369614 . T C 128.88 PASS AF=0.314815;AO=18;DP=55;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=24;FWDB=-0.0074573;FXX=0.0181785;HRUN=11;LEN=1;MLLD=147.853;QD=9.54654;RBI=0.0278573;REFB=-0.00565926;REVB=-0.0268406;RO=37;SAF=13;SAR=5;SRF=13;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.413402;STB=0.735462;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.00359298;OID=.;OPOS=49369614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:37:37:18:17:0.314815:5:13:13:24:5:12:13:24 chr20 49507230 . G C 222.51 PASS AF=0.42623;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=61;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.0259301;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9652;QD=14.5906;RBI=0.0319196;REFB=0.000906748;REVB=0.0186142;RO=35;SAF=14;SAR=12;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0335717;STB=0.519069;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=-0.00248901;OID=.;OPOS=49507230;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:61:35:35:26:26:0.42623:12:14:20:15:12:14:20:15 chr20 49510749 . TACAGTAATAA T 348.85 PASS AF=0.45679;AO=36;DP=86;FAO=37;FDP=81;FR=.;FRO=44;FSAF=10;FSAR=27;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.02441;FXX=0.0581328;HRUN=1;LEN=10;MLLD=290.97;QD=17.2274;RBI=0.0263047;REFB=0.0100894;REVB=0.0098024;RO=35;SAF=10;SAR=26;SRF=12;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0692293;STB=0.560669;STBP=0.38;TYPE=del;VARB=-0.0118732;OID=.;OPOS=49510750;OREF=ACAGTAATAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.45679:36:86:37:81:44:10:27:16:28:99:35:10:26:12:23 chr20 49620783 . G T 482.97 PASS AF=0.74;AO=35;DP=49;FAO=37;FDP=50;FR=.;FRO=13;FSAF=13;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0360088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.147;QD=38.6374;RBI=0.0361953;REFB=-0.0274099;REVB=0.00366994;RO=13;SAF=13;SAR=22;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0870073;STB=0.551696;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0093306;OID=.;OPOS=49620783;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:13:13:35:37:0.74:22:13:7:6:24:13:7:6 chr20 50217620 . A G 120.09 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=0.00820053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1691;QD=9.41872;RBI=0.00960762;REFB=0.00724815;REVB=-0.00500577;RO=34;SAF=7;SAR=8;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0989432;STB=0.535573;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=-0.0162442;OID=.;OPOS=50217620;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:34:36:15:15:0.294118:8:7:13:21:8:7:15:21 chr20 50287736 . C T 1521.67 PASS AF=0.982143;AO=96;DP=103;FAO=110;FDP=112;FR=.;FRO=2;FSAF=62;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0261927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.886;QD=54.3453;RBI=0.0663627;REFB=-0.0887388;REVB=0.060975;RO=7;SAF=61;SAR=35;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0859102;STB=0.510202;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.000878052;OID=.;OPOS=50287736;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:103:112:7:2:96:110:0.982143:35:61:0:7:48:62:0:2 chr20 50287790 . A G 1156.85 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=76;FDP=76;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00373055;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.6452;QD=60.887;RBI=0.00565852;REFB=0;REVB=0.00425463;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.45151e-05;OID=.;OPOS=50287790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:76:0:0:75:76:1:38:37:0:0:38:38:0:0 chr20 50400679 . A T 162.84 PASS AF=0.35;AO=21;DP=60;FAO=21;FDP=60;FR=.;FRO=39;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=24;FWDB=0.000820904;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=230.491;QD=10.8562;RBI=0.00638775;REFB=-0.00866115;REVB=-0.00633479;RO=39;SAF=7;SAR=14;SRF=15;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0624671;STB=0.53655;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.0138577;OID=.;OPOS=50400679;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:39:39:21:21:0.35:14:7:15:24:14:7:15:24 chr20 50407162 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0568321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.56;QD=53.2767;RBI=0.0624068;REFB=0;REVB=-0.0257821;RO=0;SAF=9;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000284291;OID=.;OPOS=50407162;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:14:9:0:0:14:9:0:0 chr20 50407502 . A C 752.16 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=260.707;QD=56.767;RBI=0.0258451;REFB=0;REVB=0.0189014;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.06543e-05;OID=.;OPOS=50407502;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:53:0:0:52:53:1:25:27:0:0:26:27:0:0 chr20 50408482 . A G 617.06 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00420273;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.828;QD=61.7059;RBI=0.0306933;REFB=0;REVB=0.0304042;RO=0;SAF=25;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101432;OID=.;OPOS=50408482;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:15:25:0:0:15:25:0:0 chr20 50408673 . C T 1126.48 PASS AF=0.641892;AO=95;DP=150;FAO=95;FDP=148;FR=.;FRO=53;FSAF=49;FSAR=46;FSRF=23;FSRR=30;FWDB=0.00333588;FXX=0.0133324;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.555;QD=30.4455;RBI=0.0356214;REFB=-0.0308002;REVB=-0.0354648;RO=52;SAF=49;SAR=46;SRF=23;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0481567;STB=0.529272;STBP=0.346;TYPE=snp;VARB=0.0187483;OID=.;OPOS=50408673;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:148:52:53:95:95:0.641892:46:49:23:29:46:49:23:30 chr20 51870849 . T C 446.95 PASS AF=0.432203;AO=49;DP=118;FAO=51;FDP=118;FR=.;FRO=67;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=38;FSRR=29;FWDB=0.016384;FXX=0.00840265;HRUN=3;LEN=1;MLLD=98.6242;QD=15.151;RBI=0.0174064;REFB=-0.0202229;REVB=0.00587746;RO=68;SAF=30;SAR=19;SRF=39;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416376;STB=0.535924;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.0250589;OID=.;OPOS=51870849;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:118:68:67:49:51:0.432203:19:30:39:29:19:32:38:29 chr20 52105972 . C T 728.26 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7497;QD=57.1187;RBI=0.0301518;REFB=0;REVB=0.0163128;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.39041e-05;OID=.;OPOS=52105972;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:26:25:0:0:26:25:0:0 chr20 52184382 . AAT AAA,AA,A 68.04 PASS AF=0.0344828,0.310345,0.275862;AO=10,5,6;DP=46;FAO=1,9,8;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=0,2,3;FSAR=1,7,5;FSRF=1;FSRR=10;FWDB=0.298062,0.0700981,-0.200484;FXX=0.17138;HRUN=6,6,12;LEN=1,1,2;MLLD=7.18027,7.28285,9.16317;QD=9.38525;RBI=0.298958,0.0786918,0.201933;REFB=0.0404028,0.126729,0.089887;REVB=-0.0231347,-0.0357581,-0.0241421;RO=11;SAF=4,1,1;SAR=6,4,5;SRF=2;SRR=9;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.216798,0.0310906,-0.0273912;STB=0.981909,0.617961,0.691933;STBP=0.636,0.501,0.255;TYPE=snp,del,del;VARB=-0.0564317,-0.0664479,0.122831;OID=.,.,.;OPOS=52184384,52184384,52184383;OREF=T,T,AT;OALT=A,-,-;OMAPALT=AAA,AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0344828,0.310345,0.275862:10,5,6:46:1,9,8:29:11:0,2,3:1,7,5:1:10:24:11:4,1,1:6,4,5:2:9 chr20 52198340 . T A 409.13 PASS AF=0.666667;AO=38;DP=57;FAO=38;FDP=57;FR=.;FRO=19;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=12;FSRR=7;FWDB=-0.000648461;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.27;QD=28.7111;RBI=0.00856007;REFB=-0.0381946;REVB=0.00853548;RO=19;SAF=14;SAR=24;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164656;STB=0.589744;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0100202;OID=.;OPOS=52198340;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:19:19:38:38:0.666667:24:14:12:7:24:14:12:7 chr20 52198967 . A G 386.27 PASS AF=0.64;AO=32;DP=50;FAO=32;FDP=50;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=-0.0136847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.607;QD=30.9014;RBI=0.0205766;REFB=-0.00730481;REVB=0.0153663;RO=18;SAF=12;SAR=20;SRF=12;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193408;STB=0.605994;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0032393;OID=.;OPOS=52198967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:18:18:32:32:0.64:20:12:12:6:20:12:12:6 chr20 52561469 . A G 541.86 PASS AF=0.336735;AO=65;DP=195;FAO=66;FDP=196;FR=.;FRO=130;FSAF=34;FSAR=32;FSRF=63;FSRR=67;FWDB=0.00662465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.764;QD=11.0583;RBI=0.00951896;REFB=-0.011729;REVB=-0.00683555;RO=124;SAF=34;SAR=31;SRF=60;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.04493;STB=0.520241;STBP=0.691;TYPE=snp;VARB=0.0199515;OID=.;OPOS=52561469;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:195:196:124:130:65:66:0.336735:31:34:60:64:32:34:63:67 chr20 52611540 . C A 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.00867715;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.3229;QD=24.0297;RBI=0.022587;REFB=-0.0209646;REVB=0.0208538;RO=9;SAF=8;SAR=7;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0901393;STB=0.550495;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0128516;OID=.;OPOS=52611540;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:7:8:6:3:7:8:6:3 chr20 52645166 . A G 882.04 PASS AF=0.505556;AO=84;DP=175;FAO=91;FDP=180;FR=.;FRO=89;FSAF=43;FSAR=48;FSRF=47;FSRR=42;FWDB=0.0237571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3483;QD=19.6009;RBI=0.0320343;REFB=-0.0250098;REVB=-0.0214894;RO=87;SAF=37;SAR=47;SRF=47;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0922638;STB=0.527466;STBP=0.479;TYPE=snp;VARB=0.0230373;OID=.;OPOS=52645166;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:175:180:87:89:84:91:0.505556:47:37:47:40:48:43:47:42 chr20 52674615 . A G 802.44 PASS AF=1;AO=48;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.049154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.943;QD=57.3174;RBI=0.0619737;REFB=0;REVB=0.0377442;RO=0;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000482434;OID=.;OPOS=52674615;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:48:56:1:24:24:0:0:31:25:0:0 chr20 52771261 . G A 117.24 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=-0.0824224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7824;QD=8.52657;RBI=0.0850109;REFB=-0.00382751;REVB=-0.0208184;RO=39;SAF=11;SAR=5;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0615605;STB=0.537227;STBP=0.751;TYPE=snp;VARB=0.00497917;OID=.;OPOS=52771261;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:39:39:16:16:0.290909:5:11:25:14:5:11:25:14 chr20 52775528 . C T 581.73 PASS AF=0.54717;AO=58;DP=106;FAO=58;FDP=106;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=27;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=0.000659739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.791;QD=21.9521;RBI=0.0302389;REFB=-0.00360593;REVB=-0.0302317;RO=48;SAF=31;SAR=27;SRF=24;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285374;STB=0.51565;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=0.00312764;OID=.;OPOS=52775528;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:48:48:58:58:0.54717:27:31:24:24:27:31:24:24 chr20 52781091 . C T 424.7 PASS AF=0.424779;AO=49;DP=114;FAO=48;FDP=113;FR=.;FRO=65;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=39;FWDB=-0.00669481;FXX=0.00877116;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.8766;QD=15.0338;RBI=0.0142629;REFB=-0.00432536;REVB=0.0125941;RO=64;SAF=19;SAR=30;SRF=26;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195666;STB=0.502502;STBP=0.956;TYPE=snp;VARB=0.00845757;OID=.;OPOS=52781091;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:114:113:64:65:49:48:0.424779:30:19:26:38:29:19:26:39 chr20 52786219 . G A 388.28 PASS AF=0.637931;AO=37;DP=57;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.00225809;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.009;QD=26.7778;RBI=0.0156678;REFB=-0.0273992;REVB=-0.0155043;RO=20;SAF=20;SAR=17;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0386233;STB=0.528731;STBP=0.604;TYPE=snp;VARB=0.0121198;OID=.;OPOS=52786219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:20:21:37:37:0.637931:17:20:12:8:17:20:13:8 chr20 54824029 . G A 264.81 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=72;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.0301469;FXX=0.0277739;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.257;QD=15.1322;RBI=0.0301559;REFB=-0.011901;REVB=0.000736016;RO=35;SAF=17;SAR=13;SRF=18;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0506246;STB=0.509665;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0253934;OID=.;OPOS=54824029;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:70:35:40:30:30:0.428571:13:17:18:17:13:17:22:18 chr20 54944791 . C G 252.41 PASS AF=0.416667;AO=29;DP=71;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=13;FWDB=0.00493917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=202.058;QD=14.0226;RBI=0.0111082;REFB=-0.0116505;REVB=-0.00994974;RO=41;SAF=14;SAR=15;SRF=28;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205887;STB=0.628803;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=0.0177475;OID=.;OPOS=54944791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:41:42:29:30:0.416667:15:14:28:13:16:14:29:13 chr20 54961463 . T C 1491.41 PASS AF=1;AO=94;DP=94;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.563;QD=63.4644;RBI=0.0332194;REFB=0;REVB=0.0063831;RO=0;SAF=56;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.11928e-05;OID=.;OPOS=54961463;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:94:94:0:0:94:94:1:38:56:0:0:38:56:0:0 chr20 54961541 . A T 236.8 PASS AF=0.405797;AO=28;DP=69;FAO=28;FDP=69;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=25;FWDB=0.0107392;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.2694;QD=13.7274;RBI=0.0160629;REFB=-0.0279755;REVB=-0.0119451;RO=41;SAF=16;SAR=12;SRF=16;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.187173;STB=0.606482;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.0411536;OID=.;OPOS=54961541;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:41:41:28:28:0.405797:12:16:16:25:12:16:16:25 chr20 55033420 . C T 198.9 PASS AF=0.305882;AO=25;DP=84;FAO=26;FDP=85;FR=.;FRO=59;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=38;FSRR=21;FWDB=-0.00652506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.3962;QD=9.35982;RBI=0.0136759;REFB=-0.0211752;REVB=0.0120189;RO=59;SAF=14;SAR=11;SRF=38;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103048;STB=0.57453;STBP=0.39;TYPE=snp;VARB=0.0364315;OID=.;OPOS=55033420;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:59:59:25:26:0.305882:11:14:38:21:12:14:38:21 chr20 55033476 . C G 776.3 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0502213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.3124;QD=63.3717;RBI=0.0502496;REFB=0;REVB=-0.00168537;RO=0;SAF=27;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00108508;OID=.;OPOS=55033476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:21:27:0:0:21:28:0:0 chr20 55033635 . C T 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.0618796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.144;QD=11.0923;RBI=0.0629025;REFB=-0.00518319;REVB=0.0112981;RO=6;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.231195;STB=0.639509;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0098975;OID=.;OPOS=55033635;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:3:2:1:5:3:2:1:5 chr20 55033647 . T C 115.99 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.056351;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.048;QD=42.1769;RBI=0.0651586;REFB=0;REVB=0.0327141;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00191249;OID=.;OPOS=55033647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:8:3:0:0:8:3:0:0 chr20 55033713 . G A 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221606;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.614;QD=35.5759;RBI=0.0684301;REFB=0;REVB=0.0647425;RO=0;SAF=2;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.27427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104077;OID=.;OPOS=55033713;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:5:2:0:0:5:2:0:0 chr20 55072459 . AAT AA,A 37.19 PASS AF=0,0.346154;AO=4,5;DP=28;FAO=0,9;FDP=26;FR=.;FRO=17;FSAF=0,5;FSAR=0,4;FSRF=3;FSRR=14;FWDB=-0.129291,-0.20807;FXX=0.0714031;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=10.7707,20.8817;QD=5.72189;RBI=0.377639,0.250852;REFB=-0.0724928,-0.0624555;REVB=-0.354817,-0.140121;RO=13;SAF=0,4;SAR=4,1;SRF=4;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.632523,0.516581;STB=0.5,0.737273;STBP=1,0.135;TYPE=del,del;VARB=0.00474416,0.111393;OID=.,.;OPOS=55072461,55072460;OREF=T,AT;OALT=-,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.346154:4,5:28:0,9:26:17:0,5:0,4:3:14:35:13:0,4:4,1:4:9 chr20 55072471 . TA T,TG,TT 381.79 PASS AF=0.0344828,0.931034,0.0344828;AO=5,20,3;DP=29;FAO=1,27,1;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=0,9,0;FSAR=1,18,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0720066,0.0709134,0.0679413;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=127.133,137.843,116.156;QD=52.661;RBI=0.0953253,0.0925078,0.086591;REFB=0,0,0;REVB=0.0624657,0.0594052,0.0536841;RO=0;SAF=4,2,2;SAR=1,18,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-4.19193e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=0.0392166,-0.000435279,0.0188611;OID=.,.,.;OPOS=55072472,55072472,55072472;OREF=A,A,A;OALT=-,G,T;OMAPALT=T,TG,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/3:0.0344828,0.931034,0.0344828:5,20,3:29:1,27,1:29:0:0,9,0:1,18,1:0:0:6:0:4,2,2:1,18,1:0:0 chr20 55088404 . A G 740.43 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0204575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.268;QD=56.9562;RBI=0.0232548;REFB=0;REVB=0.0110577;RO=0;SAF=25;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.80377e-05;OID=.;OPOS=55088404;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:26:25:0:0:27:25:0:0 chr20 55108617 . C A 1930.24 PASS AF=1;AO=111;DP=127;FAO=126;FDP=126;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=48;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0339824;FXX=0.0078734;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.725;QD=61.2776;RBI=0.0553854;REFB=0;REVB=0.0437349;RO=0;SAF=46;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000118306;OID=.;OPOS=55108617;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:127:126:0:0:111:126:1:65:46:0:0:78:48:0:0 chr20 55111273 . C T 538.03 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.794;QD=59.7811;RBI=0.0295029;REFB=0;REVB=0.0267;RO=0;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.42077e-05;OID=.;OPOS=55111273;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:18:18:0:0:18:18:0:0 chr20 55111364 . A C 1002.52 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426043;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=224.026;QD=58.972;RBI=0.0434447;REFB=0;REVB=0.00850389;RO=0;SAF=31;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.42563e-05;OID=.;OPOS=55111364;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:67:68:1:36:31:0:0:36:32:0:0 chr20 55263544 . AGT A 46.0 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.00861868;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=265.976;QD=9.19977;RBI=0.010805;REFB=-0.0170501;REVB=-0.0065166;RO=13;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0350874;STB=0.521677;STBP=0.943;TYPE=del;VARB=0.0300231;OID=.;OPOS=55263545;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35:7:20:7:20:13:3:4:6:7:45:13:3:4:6:7 chr20 55263662 . T G 323.24 PASS AF=1;AO=22;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0469765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0938;QD=53.8732;RBI=0.0506095;REFB=0;REVB=-0.0188291;RO=2;SAF=7;SAR=15;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577469;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000811035;OID=.;OPOS=55263662;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:2:0:22:24:1:15:7:0:2:17:7:0:0 chr20 55748206 . G A 771.93 PASS AF=1;AO=42;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0127024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.9016;QD=63.015;RBI=0.0787379;REFB=0;REVB=0.0777065;RO=1;SAF=28;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0164729;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000799168;OID=.;OPOS=55748206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:1:0:42:49:1:14:28:1:0:15:34:0:0 chr20 55887006 . C T 153.04 PASS AF=0.386364;AO=16;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=14;FWDB=-0.0162419;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=208.468;QD=13.9127;RBI=0.0186622;REFB=-0.015599;REVB=-0.00919123;RO=27;SAF=7;SAR=9;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475257;STB=0.543427;STBP=0.712;TYPE=snp;VARB=0.020739;OID=.;OPOS=55887006;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:27:27:16:17:0.386364:9:7:13:14:10:7:13:14 chr20 55912844 . CT CC,C 37.15 PASS AF=0.0757576,0.212121;AO=5,13;DP=65;FAO=5,14;FDP=66;FR=.;FRO=47;FSAF=1,5;FSAR=4,9;FSRF=16;FSRR=31;FWDB=0.0793191,0.140431;FXX=0;HRUN=8,8;LEN=1,1;MLLD=24.3875,7.48592;QD=2.25154;RBI=0.111906,0.14531;REFB=-0.0504514,-0.102079;REVB=0.0789391,0.0373391;RO=38;SAF=1,4;SAR=4,9;SRF=13;SRR=25;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.197248,-0.0472702;STB=0.659485,0.514119;STBP=0.612,0.915;TYPE=snp,del;VARB=-0.00875148,0.0593401;OID=.,.;OPOS=55912845,55912845;OREF=T,T;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0757576,0.212121:5,13:65:5,14:66:47:1,5:4,9:16:31:29:38:1,4:4,9:13:25 chr20 55949979 . C T 174.82 PASS AF=0.366667;AO=22;DP=61;FAO=22;FDP=60;FR=.;FRO=38;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=25;FWDB=-0.00533753;FXX=0.0163908;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.134;QD=11.6548;RBI=0.0167431;REFB=-0.0111217;REVB=-0.0158695;RO=36;SAF=6;SAR=16;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11185;STB=0.552677;STBP=0.578;TYPE=snp;VARB=0.0175607;OID=.;OPOS=55949979;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:36:38:22:22:0.366667:16:6:13:23:16:6:13:25 chr20 55974984 . A G 474.56 PASS AF=0.425197;AO=49;DP=122;FAO=54;FDP=127;FR=.;FRO=73;FSAF=27;FSAR=27;FSRF=38;FSRR=35;FWDB=0.00746309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=253.766;QD=14.9468;RBI=0.0100924;REFB=-0.0152778;REVB=0.00679402;RO=71;SAF=24;SAR=25;SRF=37;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0328608;STB=0.511807;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.0238103;OID=.;OPOS=55974984;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:127:71:73:49:54:0.425197:25:24:37:34:27:27:38:35 chr20 56090807 . A G 753.7 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00910346;FXX=0.040808;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.053;QD=64.1448;RBI=0.00910394;REFB=0;REVB=-9.3667e-05;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.60764e-05;OID=.;OPOS=56090807;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr20 56098733 . T C 564.49 PASS AF=0.975;AO=38;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0282321;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.139;QD=56.4488;RBI=0.0432031;REFB=-0.14342;REVB=0.0327026;RO=1;SAF=27;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0406887;STB=0.51999;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=0.00236596;OID=.;OPOS=56098733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:38:39:0.975:11:27:0:1:12:27:0:1 chr20 56131216 . A G 501.22 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0160971;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.0573;QD=58.9671;RBI=0.0749563;REFB=0;REVB=-0.0732074;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00166984;OID=.;OPOS=56131216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr20 56137895 . G C 518.61 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0477429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.3067;QD=59.2702;RBI=0.0509131;REFB=0;REVB=0.017685;RO=0;SAF=22;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.39865e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00125539;OID=.;OPOS=56137895;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:13:22:0:0:13:22:0:0 chr20 56139403 . T C 1605.97 PASS AF=1;AO=107;DP=109;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0032;QD=58.9347;RBI=0.0335906;REFB=0;REVB=0.0168177;RO=0;SAF=53;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.66183e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000466824;OID=.;OPOS=56139403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:109:109:0:0:107:109:1:54:53:0:0:56:53:0:0 chr20 56179422 . C A 322.52 PASS AF=0.925926;AO=24;DP=26;FAO=25;FDP=27;FR=.;FRO=2;FSAF=8;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0750866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.543;QD=47.7807;RBI=0.0781554;REFB=-0.0176036;REVB=0.0216858;RO=1;SAF=7;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0616508;STB=0.515139;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.00171454;OID=.;OPOS=56179422;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:26:27:1:2:24:25:0.925926:17:7:1:0:17:8:1:1 chr20 56182296 . A C 1226.61 PASS AF=1;AO=78;DP=80;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068739;FXX=0.0243873;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.993;QD=61.3307;RBI=0.0713203;REFB=0;REVB=0.0190141;RO=0;SAF=30;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000347786;OID=.;OPOS=56182296;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:80:0:0:78:80:1:48:30:0:0:49:31:0:0 chr20 56185303 . G A 483.13 PASS AF=0.505376;AO=47;DP=93;FAO=47;FDP=93;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=23;FSRR=23;FWDB=-0.015106;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.201;QD=20.7798;RBI=0.0166346;REFB=-0.0324482;REVB=0.00696554;RO=46;SAF=17;SAR=30;SRF=23;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128288;STB=0.571126;STBP=0.176;TYPE=snp;VARB=0.0448743;OID=.;OPOS=56185303;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:46:46:47:47:0.505376:30:17:23:23:30:17:23:23 chr20 56186884 . T C 1120.12 PASS AF=0.974359;AO=70;DP=73;FAO=76;FDP=78;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0761989;FXX=0.0126566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0413;QD=57.4422;RBI=0.0993616;REFB=-0.0809403;REVB=0.0637688;RO=2;SAF=22;SAR=48;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192929;STB=0.509801;STBP=0.432;TYPE=snp;VARB=0.0116983;OID=.;OPOS=56186884;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:78:2:2:70:76:0.974359:48:22:0:2:50:26:0:2 chr20 56190634 . C T 55.83 PASS AF=0.380952;AO=8;DP=21;FAO=8;FDP=21;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00334908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.54;QD=10.6346;RBI=0.0146108;REFB=-0.0121257;REVB=-0.0142218;RO=12;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.166665;STB=0.618767;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0175776;OID=.;OPOS=56190634;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:21:21:12:13:8:8:0.380952:4:4:4:8:4:4:4:9 chr20 56224602 . G A 434.71 PASS AF=0.6;AO=40;DP=68;FAO=42;FDP=70;FR=.;FRO=28;FSAF=39;FSAR=3;FSRF=26;FSRR=2;FWDB=0.00550481;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.4185;QD=24.8404;RBI=0.00676826;REFB=-0.0324776;REVB=0.00393782;RO=28;SAF=37;SAR=3;SRF=26;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00975383;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0150055;OID=.;OPOS=56224602;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:28:28:40:42:0.6:3:37:26:2:3:39:26:2 chr20 56227514 . T C 59.81 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=18;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00107453;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.373;QD=14.0728;RBI=0.0103125;REFB=-0.00968599;REVB=0.0102564;RO=8;SAF=3;SAR=5;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523751;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0103409;OID=.;OPOS=56227514;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:59:18:17:8:9:8:8:0.470588:5:3:3:5:5:3:3:6 chr20 56227532 . T C 78.64 PASS AF=0.47619;AO=10;DP=21;FAO=10;FDP=21;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=-0.0266068;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4393;QD=14.9785;RBI=0.0312554;REFB=-0.021926;REVB=-0.0164005;RO=11;SAF=4;SAR=6;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122798;STB=0.571292;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0117101;OID=.;OPOS=56227532;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:21:21:11:11:10:10:0.47619:6:4:3:8:6:4:3:8 chr20 56285540 . T C 469.75 PASS AF=0.54878;AO=44;DP=81;FAO=45;FDP=82;FR=.;FRO=37;FSAF=29;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=22;FWDB=-0.00648546;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.543;QD=22.9146;RBI=0.00718157;REFB=-0.0225862;REVB=0.00308445;RO=37;SAF=29;SAR=15;SRF=15;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215836;STB=0.610138;STBP=0.029;TYPE=snp;VARB=0.0144155;OID=.;OPOS=56285540;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:37:37:44:45:0.54878:15:29:15:22:16:29:15:22 chr20 56807969 . A G 233.18 PASS AF=0.394737;AO=26;DP=74;FAO=30;FDP=76;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=26;FSRR=20;FWDB=0.0105479;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.721;QD=12.2728;RBI=0.0107561;REFB=-0.00517973;REVB=-0.00210609;RO=45;SAF=16;SAR=10;SRF=25;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0679784;STB=0.543329;STBP=0.572;TYPE=snp;VARB=0.0170332;OID=.;OPOS=56807969;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:45:46:26:30:0.394737:10:16:25:20:11:19:26:20 chr20 56814892 . G T 556.5 PASS AF=0.530612;AO=52;DP=98;FAO=52;FDP=98;FR=.;FRO=46;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=18;FSRR=28;FWDB=-0.0256738;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1157;QD=22.7142;RBI=0.0344519;REFB=0.0358645;REVB=0.0229737;RO=46;SAF=17;SAR=35;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0607982;STB=0.533523;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.0308224;OID=.;OPOS=56814892;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:46:46:52:52:0.530612:35:17:18:28:35:17:18:28 chr20 56821127 . A G 372.36 PASS AF=0.416667;AO=38;DP=93;FAO=40;FDP=96;FR=.;FRO=56;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=34;FSRR=22;FWDB=-0.0019387;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.6582;QD=15.515;RBI=0.0277583;REFB=-0.00857706;REVB=-0.0276905;RO=55;SAF=21;SAR=17;SRF=33;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0503774;STB=0.519283;STBP=0.771;TYPE=snp;VARB=0.0116445;OID=.;OPOS=56821127;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:96:55:56:38:40:0.416667:17:21:33:22:17:23:34:22 chr20 56822536 . G A 120.29 PASS AF=0.388889;AO=13;DP=37;FAO=14;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=0.00422775;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.781;QD=13.3656;RBI=0.0133064;REFB=-0.0103252;REVB=0.0126169;RO=21;SAF=5;SAR=8;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.171752;STB=0.557956;STBP=0.605;TYPE=snp;VARB=0.0175346;OID=.;OPOS=56822536;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:36:21:22:13:14:0.388889:8:5:5:16:9:5:6:16 chr20 57020573 . A G 340.65 PASS AF=0.362069;AO=41;DP=116;FAO=42;FDP=116;FR=.;FRO=74;FSAF=14;FSAR=28;FSRF=17;FSRR=57;FWDB=0.0179372;FXX=0.00854628;HRUN=4;LEN=1;MLLD=48.7124;QD=11.7467;RBI=0.0310027;REFB=0.00766473;REVB=0.0252869;RO=74;SAF=14;SAR=27;SRF=17;SRR=57;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148257;STB=0.578197;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.0125294;OID=.;OPOS=57020573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:74:74:41:42:0.362069:27:14:17:57:28:14:17:57 chr20 57042665 . A G 934.34 PASS AF=0.550898;AO=87;DP=161;FAO=92;FDP=167;FR=.;FRO=75;FSAF=51;FSAR=41;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.010424;FXX=0.00595203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.7102;QD=22.3793;RBI=0.0271414;REFB=-0.0158571;REVB=-0.0250599;RO=73;SAF=49;SAR=38;SRF=35;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0703558;STB=0.539498;STBP=0.269;TYPE=snp;VARB=0.0102765;OID=.;OPOS=57042665;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:161:167:73:75:87:92:0.550898:38:49:35:38:41:51:35:40 chr20 57045667 . T C 401.08 PASS AF=0.318182;AO=51;DP=171;FAO=56;FDP=176;FR=.;FRO=120;FSAF=30;FSAR=26;FSRF=59;FSRR=61;FWDB=-0.0202928;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.732;QD=9.11554;RBI=0.0215102;REFB=-0.00538294;REVB=-0.00713396;RO=118;SAF=30;SAR=21;SRF=58;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116517;STB=0.530046;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0099951;OID=.;OPOS=57045667;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:171:176:118:120:51:56:0.318182:21:30:58:60:26:30:59:61 chr20 57045765 . A G 336.45 PASS AF=0.461538;AO=35;DP=77;FAO=36;FDP=78;FR=.;FRO=42;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0119756;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.931;QD=17.254;RBI=0.0246437;REFB=-0.0295134;REVB=-0.0215383;RO=42;SAF=18;SAR=17;SRF=16;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129324;STB=0.578569;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0379625;OID=.;OPOS=57045765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:42:42:35:36:0.461538:17:18:16:26:17:19:16:26 chr20 57244493 . G A 421.72 PASS AF=0.625;AO=40;DP=64;FAO=40;FDP=64;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=17;FWDB=0.049193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.768;QD=26.3573;RBI=0.0526436;REFB=-0.0289803;REVB=-0.0187454;RO=23;SAF=16;SAR=24;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0677393;STB=0.543025;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.0137845;OID=.;OPOS=57244493;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:23:24:40:40:0.625:24:16:7:16:24:16:7:17 chr20 57268867 . C A 457.61 PASS AF=0.605634;AO=43;DP=72;FAO=43;FDP=71;FR=.;FRO=28;FSAF=7;FSAR=36;FSRF=5;FSRR=23;FWDB=-0.00570007;FXX=0.013887;HRUN=2;LEN=1;MLLD=188;QD=25.7807;RBI=0.0081353;REFB=-0.0333705;REVB=-0.00580451;RO=28;SAF=7;SAR=36;SRF=5;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0205309;STB=0.511237;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0230164;OID=.;OPOS=57268867;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:28:28:43:43:0.605634:36:7:5:23:36:7:5:23 chr20 57280575 . T C 730.24 PASS AF=0.653465;AO=66;DP=103;FAO=66;FDP=101;FR=.;FRO=35;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=16;FSRR=19;FWDB=-0.0201832;FXX=0.0194156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.9089;QD=28.9202;RBI=0.0216331;REFB=-0.0202321;REVB=-0.00778656;RO=34;SAF=28;SAR=38;SRF=16;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0296804;STB=0.511624;STBP=0.748;TYPE=snp;VARB=0.00882293;OID=.;OPOS=57280575;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:101:34:35:66:66:0.653465:38:28:16:18:38:28:16:19 chr20 57290347 . C G 695.62 PASS AF=0.544;AO=66;DP=123;FAO=68;FDP=125;FR=.;FRO=57;FSAF=29;FSAR=39;FSRF=27;FSRR=30;FWDB=-0.0375872;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4984;QD=22.2599;RBI=0.0378498;REFB=-0.0232357;REVB=-0.00445054;RO=48;SAF=28;SAR=38;SRF=26;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.091338;STB=0.521857;STBP=0.622;TYPE=snp;VARB=0.00816567;OID=.;OPOS=57290347;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:123:125:48:57:66:68:0.544:38:28:26:22:39:29:27:30 chr20 57415884 . C T 303.82 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=42;FWDB=0.0125363;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=119.958;QD=14.8205;RBI=0.0125981;REFB=-0.00673136;REVB=0.001246;RO=46;SAF=9;SAR=25;SRF=6;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196568;STB=0.616506;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0160503;OID=.;OPOS=57415884;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:46:48:34:34:0.414634:25:9:6:40:25:9:6:42 chr20 57478807 . C T 2086.72 PASS AF=0.985401;AO=133;DP=136;FAO=135;FDP=137;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0475794;FXX=0.00724585;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6763;QD=60.9262;RBI=0.0489758;REFB=0.0562791;REVB=-0.0116118;RO=2;SAF=67;SAR=66;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0139757;STB=0.507142;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=-0.00282043;OID=.;OPOS=57478807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:136:137:2:2:133:135:0.985401:66:67:2:0:66:69:2:0 chr20 57571763 . A G 462.18 PASS AF=0.485981;AO=48;DP=104;FAO=52;FDP=107;FR=.;FRO=55;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=26;FSRR=29;FWDB=0.038126;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.249;QD=17.2777;RBI=0.0428524;REFB=-0.0113171;REVB=-0.0195636;RO=54;SAF=27;SAR=21;SRF=25;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0948614;STB=0.553926;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0139864;OID=.;OPOS=57571763;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:107:54:55:48:52:0.485981:21:27:25:29:22:30:26:29 chr20 57572675 . A G 1377.1 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200986;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.526;QD=62.5955;RBI=0.0266925;REFB=0;REVB=0.0175651;RO=0;SAF=53;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.64872e-05;OID=.;OPOS=57572675;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:88:0:0:87:88:1:34:53:0:0:34:54:0:0 chr20 57599016 . T G 255.88 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.137;QD=51.1753;RBI=0.0352467;REFB=0;REVB=-0.0128014;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000248386;OID=.;OPOS=57599016;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chr20 57599402 . G A 73.03 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.0194774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.768;QD=9.12933;RBI=0.0250866;REFB=-0.003384;REVB=0.0158104;RO=22;SAF=6;SAR=4;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163444;STB=0.5998;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.00716245;OID=.;OPOS=57599402;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:4:6:10:12:4:6:10:12 chr20 57610059 . C A 102.66 PASS AF=0.295455;AO=13;DP=44;FAO=13;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00137392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.322;QD=9.33272;RBI=0.0243874;REFB=-0.00768217;REVB=0.0243486;RO=31;SAF=6;SAR=7;SRF=20;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.211774;STB=0.627399;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0346497;OID=.;OPOS=57610059;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:31:31:13:13:0.295455:7:6:20:11:7:6:20:11 chr20 57612390 . C G 715.51 PASS AF=1;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0176927;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0145;QD=57.2406;RBI=0.0243036;REFB=0;REVB=0.0166623;RO=0;SAF=22;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000227731;OID=.;OPOS=57612390;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:50:0:0:50:50:1:28:22:0:0:28:22:0:0 chr20 57767043 . G C 224.45 PASS AF=0.52381;AO=21;DP=40;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=-0.0164648;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.1832;QD=21.3764;RBI=0.0309701;REFB=-0.0203177;REVB=0.0262309;RO=19;SAF=18;SAR=3;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.584169;STB=0.803287;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0304616;OID=.;OPOS=57767043;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:42:19:20:21:22:0.52381:3:18:4:15:4:18:4:16 chr20 57768399 . T C 383.6 PASS AF=0.603175;AO=34;DP=59;FAO=38;FDP=63;FR=.;FRO=25;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.0228923;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.323;QD=24.3556;RBI=0.0240227;REFB=-0.0249165;REVB=-0.00728262;RO=24;SAF=18;SAR=16;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177689;STB=0.596965;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.0122292;OID=.;OPOS=57768399;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:63:24:25:34:38:0.603175:16:18:7:17:18:20:7:18 chr20 57768657 . T C 116.18 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=2;FWDB=-0.00912781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.862;QD=20.2055;RBI=0.014978;REFB=-0.0107155;REVB=0.0118754;RO=9;SAF=8;SAR=5;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128523;STB=0.588109;STBP=0.4;TYPE=snp;VARB=0.0163457;OID=.;OPOS=57768657;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:22:23:9:10:13:13:0.565217:5:8:7:2:5:8:8:2 chr20 57768743 . C T 172.08 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.00863295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.838;QD=18.1134;RBI=0.0143834;REFB=-0.00209278;REVB=-0.0115046;RO=20;SAF=7;SAR=11;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104911;STB=0.559813;STBP=0.451;TYPE=snp;VARB=0.00673193;OID=.;OPOS=57768743;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:11:7:10:10:11:7:10:10 chr20 57769140 . G C 154.93 PASS AF=0.708333;AO=13;DP=21;FAO=17;FDP=24;FR=.;FRO=7;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0479622;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=29.8355;QD=25.8223;RBI=0.180553;REFB=-0.178453;REVB=0.174066;RO=8;SAF=9;SAR=4;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0466193;STB=0.583241;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.0598631;OID=.;OPOS=57769140;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:21:24:8:7:13:17:0.708333:4:9:6:2:7:10:6:1 chr20 57829301 . T C 218.04 PASS AF=0.461538;AO=23;DP=51;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.039536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.542;QD=16.7723;RBI=0.0417235;REFB=-0.0167238;REVB=-0.0133323;RO=28;SAF=10;SAR=13;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.063522;STB=0.522489;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0150676;OID=.;OPOS=57829301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:28:28:23:24:0.461538:13:10:14:14:13:11:14:14 chr20 57833518 . G A 594.58 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=283.89;QD=60.9827;RBI=0.0179564;REFB=0;REVB=0.00356096;RO=0;SAF=18;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.27816e-05;OID=.;OPOS=57833518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:20:18:0:0:20:19:0:0 chr20 57833740 . T C 904.22 PASS AF=1;AO=54;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0484983;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=61.3533;QD=56.5136;RBI=0.0516;REFB=0;REVB=0.0176203;RO=0;SAF=28;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52846e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00445272;OID=.;OPOS=57833740;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:54:64:1:26:28:0:0:27:37:0:0 chr20 57834150 . A T 860.79 PASS AF=0.926471;AO=63;DP=68;FAO=63;FDP=68;FR=.;FRO=5;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0172205;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=42.6386;QD=50.6345;RBI=0.0338183;REFB=-0.0216254;REVB=0.0291055;RO=3;SAF=24;SAR=39;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0257893;STB=0.516931;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00214599;OID=.;OPOS=57834150;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:68:68:3:5:63:63:0.926471:39:24:2:1:39:24:3:2 chr20 58342349 . C T 269.09 PASS AF=0.351648;AO=32;DP=91;FAO=32;FDP=91;FR=.;FRO=59;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=41;FSRR=18;FWDB=0.0654061;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5137;QD=11.8282;RBI=0.0722795;REFB=-0.006163;REVB=0.030763;RO=59;SAF=18;SAR=14;SRF=41;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155544;STB=0.589106;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0172385;OID=.;OPOS=58342349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:59:59:32:32:0.351648:14:18:41:18:14:18:41:18 chr20 58467393 . A G 416.09 PASS AF=0.488372;AO=40;DP=87;FAO=42;FDP=86;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=35;FSRF=11;FSRR=33;FWDB=-0.0466179;FXX=0.0114929;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2536;QD=19.353;RBI=0.0480841;REFB=-0.0249922;REVB=0.0117836;RO=43;SAF=7;SAR=33;SRF=11;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11798;STB=0.569584;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0333475;OID=.;OPOS=58467393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:86:43:44:40:42:0.488372:33:7:11:32:35:7:11:33 chr20 58519991 . G T 117.22 PASS AF=0.290909;AO=16;DP=55;FAO=16;FDP=55;FR=.;FRO=39;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=20;FSRR=19;FWDB=0.0138788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.571;QD=8.5251;RBI=0.0159114;REFB=-0.00424606;REVB=0.00778155;RO=39;SAF=3;SAR=13;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.420011;STB=0.756614;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.00795756;OID=.;OPOS=58519991;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:39:39:16:16:0.290909:13:3:20:19:13:3:20:19 chr20 60293919 . C A 1477.02 PASS AF=0.980583;AO=101;DP=104;FAO=101;FDP=103;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=62;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0409373;FXX=0.00961446;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2784;QD=57.36;RBI=0.0412872;REFB=-0.0475554;REVB=0.00536338;RO=2;SAF=39;SAR=62;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023704;STB=0.512497;STBP=0.093;TYPE=snp;VARB=0.00100301;OID=.;OPOS=60293919;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:104:103:2:2:101:101:0.980583:62:39:2:0:62:39:2:0 chr20 60293986 . G T 245.98 PASS AF=0.293103;AO=34;DP=116;FAO=34;FDP=116;FR=.;FRO=82;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=37;FSRR=45;FWDB=-0.0021499;FXX=0.00854628;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.2244;QD=8.4821;RBI=0.0403376;REFB=-3.46506e-05;REVB=0.0402803;RO=82;SAF=16;SAR=18;SRF=37;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0233525;STB=0.513753;STBP=0.846;TYPE=snp;VARB=0.000655865;OID=.;OPOS=60293986;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:116:116:82:82:34:34:0.293103:18:16:37:45:18:16:37:45 chr20 60294279 . A G,T 386.08 PASS AF=0.964286,0.0357143;AO=26,2;DP=28;FAO=27,1;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0;FSAR=17,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00373015,-0.0249431;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=90.7227,92.7061;QD=55.1537;RBI=0.00502203,0.0251344;REFB=0,0;REVB=0.00336255,-0.00309529;RO=0;SAF=9,1;SAR=17,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00585296,0.00685746;OID=.,.;OPOS=60294279,60294279;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:28:28:0:0:26,2:27,1:0.964286,0.0357143:17,1:9,1:0:0:17,1:10,0:0:0 chr20 60485627 . C T 1065.83 PASS AF=0.936709;AO=74;DP=79;FAO=74;FDP=79;FR=.;FRO=5;FSAF=19;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.025772;FXX=0.0124984;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.463;QD=53.9661;RBI=0.0608143;REFB=-0.175874;REVB=0.0550834;RO=5;SAF=19;SAR=55;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410908;STB=0.521733;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0023774;OID=.;OPOS=60485627;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:79:79:5:5:74:74:0.936709:55:19:0:5:55:19:0:5 chr20 60503350 . A G 2744.51 PASS AF=0.978142;AO=179;DP=183;FAO=179;FDP=183;FR=.;FRO=4;FSAF=91;FSAR=88;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0259603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1077;QD=59.9892;RBI=0.0284841;REFB=-0.0287827;REVB=-0.011722;RO=3;SAF=91;SAR=88;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154329;STB=0.510751;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.00418217;OID=.;OPOS=60503350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:183:183:3:4:179:179:0.978142:88:91:3:0:88:91:4:0 chr20 60509209 . C T 787.91 PASS AF=0.683168;AO=69;DP=101;FAO=69;FDP=101;FR=.;FRO=32;FSAF=41;FSAR=28;FSRF=8;FSRR=24;FWDB=0.0268827;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.0158;QD=31.2045;RBI=0.0269192;REFB=-0.0321754;REVB=0.0014019;RO=30;SAF=41;SAR=28;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183994;STB=0.608416;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.0200907;OID=.;OPOS=60509209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:30:32:69:69:0.683168:28:41:8:22:28:41:8:24 chr20 60572663 . C A 854.68 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0412334;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.207;QD=56.0448;RBI=0.105396;REFB=-0.0651234;REVB=0.0969958;RO=1;SAF=35;SAR=25;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0132943;STB=0.50704;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.00183502;OID=.;OPOS=60572663;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:25:35:1:0:25:35:1:0 chr20 60712511 . A G 390.89 PASS AF=0.637931;AO=37;DP=59;FAO=37;FDP=58;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=18;FWDB=0.0402223;FXX=0.0169463;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.819;QD=26.9581;RBI=0.0429503;REFB=-0.0228905;REVB=0.0150631;RO=21;SAF=14;SAR=23;SRF=3;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174681;STB=0.594771;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0102772;OID=.;OPOS=60712511;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:58:21:21:37:37:0.637931:23:14:3:18:23:14:3:18 chr20 60713311 . G A 370.44 PASS AF=0.666667;AO=34;DP=51;FAO=34;FDP=51;FR=.;FRO=17;FSAF=26;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=4;FWDB=-0.00927401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0453;QD=29.0539;RBI=0.0332083;REFB=-0.0321374;REVB=-0.0318871;RO=17;SAF=26;SAR=8;SRF=13;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99217e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0128002;OID=.;OPOS=60713311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:17:17:34:34:0.666667:8:26:13:4:8:26:13:4 chr20 60713332 . A G 301.72 PASS AF=0.65;AO=26;DP=40;FAO=26;FDP=40;FR=.;FRO=14;FSAF=22;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=3;FWDB=0.00729562;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.5883;QD=30.1718;RBI=0.0527516;REFB=-0.0147053;REVB=0.0522446;RO=13;SAF=22;SAR=4;SRF=10;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834844;STB=0.53843;STBP=0.63;TYPE=snp;VARB=0.0159448;OID=.;OPOS=60713332;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:13:14:26:26:0.65:4:22:10:3:4:22:11:3 chr20 60736519 . C T 122.13 PASS AF=0.301887;AO=16;DP=53;FAO=16;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=1;FSRF=30;FSRR=7;FWDB=0.0119925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=200.601;QD=9.21741;RBI=0.0191634;REFB=-0.0152533;REVB=-0.0149471;RO=37;SAF=15;SAR=1;SRF=30;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.359569;STB=0.726898;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.0331086;OID=.;OPOS=60736519;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:37:37:16:16:0.301887:1:15:30:7:1:15:30:7 chr20 60768497 . C T 902.82 PASS AF=1;AO=50;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0567028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=281.801;QD=58.2465;RBI=0.0700656;REFB=0;REVB=0.041158;RO=0;SAF=30;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000371263;OID=.;OPOS=60768497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:50:62:1:20:30:0:0:26:36:0:0 chr20 60831300 . G A 698.39 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0424367;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=187.015;QD=54.7756;RBI=0.0464139;REFB=-0.121949;REVB=0.0187983;RO=1;SAF=12;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125523;STB=0.506664;STBP=0.616;TYPE=snp;VARB=0.000450389;OID=.;OPOS=60831300;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:51:1:1:49:50:0.980392:37:12:0:1:37:13:0:1 chr20 60881330 . G A 1439.48 PASS AF=0.93578;AO=102;DP=109;FAO=102;FDP=109;FR=.;FRO=7;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.00340667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.584;QD=52.8248;RBI=0.0810122;REFB=-0.200601;REVB=0.0809406;RO=0;SAF=57;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.08171e-08;STB=0.536075;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.00133454;OID=.;OPOS=60881330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:109:109:0:7:102:102:0.93578:45:57:0:0:45:57:0:7 chr20 60881780 . T C 857.54 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=62;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0102824;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.8896;QD=56.2319;RBI=0.0304923;REFB=-0.00339225;REVB=-0.0287064;RO=1;SAF=39;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219399;STB=0.511624;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=-0.00017546;OID=.;OPOS=60881780;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:61:1:1:60:60:0.983607:21:39:0:1:21:39:0:1 chr20 60887468 . G A 706.34 PASS AF=0.958333;AO=46;DP=48;FAO=46;FDP=48;FR=.;FRO=2;FSAF=22;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0154518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=182.61;QD=58.8617;RBI=0.0521278;REFB=-0.0409323;REVB=0.049785;RO=1;SAF=22;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02089;STB=0.500907;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000606098;OID=.;OPOS=60887468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:48:48:1:2:46:46:0.958333:24:22:1:0:24:22:1:1 chr20 60887581 . G A 582.48 PASS AF=1;AO=38;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.154802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.4177;QD=56.8272;RBI=0.160025;REFB=-0.0932124;REVB=0.0405472;RO=2;SAF=21;SAR=17;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0425532;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00707488;OID=.;OPOS=60887581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:41:41:2:0:38:41:1:17:21:2:0:17:24:0:0 chr20 60891827 . C G 328.0 PASS AF=0.292517;AO=43;DP=147;FAO=43;FDP=147;FR=.;FRO=104;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=49;FSRR=55;FWDB=0.0485189;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3604;QD=8.92522;RBI=0.0609588;REFB=0.009481;REVB=-0.0369039;RO=104;SAF=14;SAR=29;SRF=49;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183749;STB=0.60834;STBP=0.102;TYPE=snp;VARB=-0.0208495;OID=.;OPOS=60891827;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:147:147:104:104:43:43:0.292517:29:14:49:55:29:14:49:55 chr20 60892526 . A G 906.55 PASS AF=0.984615;AO=62;DP=64;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00777145;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.085;QD=55.7874;RBI=0.00954458;REFB=-0.0285664;REVB=-0.00554108;RO=1;SAF=29;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140928;STB=0.50746;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000239374;OID=.;OPOS=60892526;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:65:1:1:62:64:0.984615:33:29:0:1:33:31:0:1 chr20 60897487 . C T 485.64 PASS AF=0.971429;AO=32;DP=33;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0730913;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.6652;QD=55.5017;RBI=0.101543;REFB=-0.0184671;REVB=0.0704881;RO=1;SAF=12;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373149;STB=0.517231;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.0028502;OID=.;OPOS=60897487;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:35:1:1:32:34:0.971429:20:12:1:0:20:14:1:0 chr20 60898581 . T C 238.29 PASS AF=0.777778;AO=20;DP=27;FAO=21;FDP=27;FR=.;FRO=6;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.010018;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.673;QD=35.302;RBI=0.0286925;REFB=-0.0491597;REVB=0.0268869;RO=6;SAF=8;SAR=12;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0433519;STB=0.516114;STBP=0.754;TYPE=snp;VARB=0.0127403;OID=.;OPOS=60898581;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:27:27:6:6:20:21:0.777778:12:8:3:3:12:9:3:3 chr20 60899206 . C T 487.26 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0473604;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.5192;QD=59.062;RBI=0.0580129;REFB=0;REVB=0.0335036;RO=0;SAF=15;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000403719;OID=.;OPOS=60899206;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:33:0:0:33:33:1:18:15:0:0:18:15:0:0 chr20 60900481 . A G 1747.77 PASS AF=0.97541;AO=109;DP=114;FAO=119;FDP=122;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=80;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0224215;FXX=0.00812942;HRUN=2;LEN=1;MLLD=34.1254;QD=57.304;RBI=0.0430939;REFB=-0.0604637;REVB=0.0368017;RO=4;SAF=35;SAR=74;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0325947;STB=0.509394;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.0029156;OID=.;OPOS=60900481;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:114:122:4:3:109:119:0.97541:74:35:3:1:80:39:2:1 chr20 60900579 . C A 851.21 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.061976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.7893;QD=57.709;RBI=0.0702088;REFB=0;REVB=0.0329888;RO=0;SAF=15;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000598925;OID=.;OPOS=60900579;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:43:15:0:0:44:15:0:0 chr20 60904853 . T C 256.48 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=22;FSRR=3;FWDB=-0.00218079;FXX=0.0370302;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.972;QD=19.7296;RBI=0.00993782;REFB=-0.0032438;REVB=0.00969559;RO=24;SAF=12;SAR=14;SRF=21;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.35107;STB=0.702348;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00380074;OID=.;OPOS=60904853;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:25:26:27:0.519231:14:12:21:3:15:12:22:3 chr20 60904854 . G C 221.18 PASS AF=0.462963;AO=24;DP=53;FAO=25;FDP=54;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=0.00818124;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.4363;QD=16.3839;RBI=0.0262556;REFB=-0.0663494;REVB=-0.0249484;RO=29;SAF=21;SAR=3;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.51277;STB=0.798953;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.0599272;OID=.;OPOS=60904854;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:29:29:24:25:0.462963:3:21:13:16:3:22:13:16 chr20 60907446 . T C 787.27 PASS AF=0.982456;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=57;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0351908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=235.674;QD=55.2467;RBI=0.0582953;REFB=-0.173682;REVB=0.0464753;RO=1;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020948;STB=0.511107;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000787172;OID=.;OPOS=60907446;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:57:57:1:1:56:56:0.982456:22:34:0:1:22:34:0:1 chr20 60907675 . G A 313.35 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0181007;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.189;QD=50.1365;RBI=0.0342176;REFB=0.0054697;REVB=0.029038;RO=1;SAF=6;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0250636;STB=0.513502;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.000132971;OID=.;OPOS=60907675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:18:6:0:1:18:6:0:1 chr20 60908964 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0333401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.7874;QD=39.2035;RBI=0.0333401;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023352;OID=.;OPOS=60908964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:0:9:0:0:0:9:0:0 chr20 60908969 . T C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0783968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0549;QD=39.2065;RBI=0.0783968;REFB=0;REVB=0;RO=0;SAF=9;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00520679;OID=.;OPOS=60908969;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:0:9:0:0:0:9:0:0 chr20 60909059 . CA C,CG 313.32 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=3,19;DP=24;FAO=2,22;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=0,14;FSAR=2,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0310683,-0.0301855;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=161.1,171.403;QD=52.2202;RBI=0.0399418,0.040636;REFB=0,0;REVB=0.025102,0.0272052;RO=0;SAF=1,11;SAR=2,8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.41338e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0723377,0.00455137;OID=.,.;OPOS=60909060,60909060;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0833333,0.916667:3,19:24:2,22:24:0:0,14:2,8:0:0:7:0:1,11:2,8:0:0 chr20 60911958 . G A 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00472244;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.415;QD=52.6091;RBI=0.00606537;REFB=0;REVB=0.00380621;RO=0;SAF=12;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.64311e-05;OID=.;OPOS=60911958;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:10:12:0:0:10:12:0:0 chr20 60912683 . T C 698.96 PASS AF=0.980392;AO=49;DP=50;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0333656;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.33;QD=54.8202;RBI=0.0356596;REFB=0.0276598;REVB=0.0125836;RO=0;SAF=22;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.30731e-08;STB=0.511107;STBP=0.315;TYPE=snp;VARB=-0.000573133;OID=.;OPOS=60912683;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:51:0:1:49:50:0.980392:27:22:0:0:28:22:1:0 chr20 60917294 . G A 62.22 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035067;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.7549;QD=35.5569;RBI=0.12739;REFB=0;REVB=0.122468;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0154312;OID=.;OPOS=60917294;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr20 60920624 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3597;QD=44.6897;RBI=0.0494585;REFB=0;REVB=0.0458506;RO=0;SAF=9;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110006;OID=.;OPOS=60920624;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:4:9:0:0:4:9:0:0 chr20 60920887 . G A 594.69 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0106065;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.1058;QD=60.9939;RBI=0.0508463;REFB=0;REVB=-0.0497277;RO=0;SAF=21;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.53998e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000316219;OID=.;OPOS=60920887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:17:21:0:0:18:21:0:0 chr20 60921643 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0150276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.0663;QD=45.8052;RBI=0.0883549;REFB=0;REVB=0.0870675;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00280866;OID=.;OPOS=60921643;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr20 60927349 . C T 726.86 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0349743;FXX=0.0192271;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.078;QD=57.0082;RBI=0.0437856;REFB=0;REVB=0.0263434;RO=0;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173663;OID=.;OPOS=60927349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:51:0:0:51:51:1:24:27:0:0:24:27:0:0 chr20 60927412 . G A 486.39 PASS AF=0.837209;AO=36;DP=43;FAO=36;FDP=43;FR=.;FRO=7;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0770346;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.4233;QD=45.2458;RBI=0.0780806;REFB=-0.077119;REVB=-0.0127378;RO=7;SAF=14;SAR=22;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0572491;STB=0.530814;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.0216251;OID=.;OPOS=60927412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:43:43:7:7:36:36:0.837209:22:14:4:3:22:14:4:3 chr20 60937597 . A G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00354475;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8278;QD=51.1829;RBI=0.00383684;REFB=0;REVB=0.00146836;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.03612e-05;OID=.;OPOS=60937597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chr20 60963346 . CTT C,CT,CTTT,TCT 57.16 PASS AF=0.15,0.4,0,0.2;AO=4,4,4,2;DP=19;FAO=3,8,0,4;FDP=20;FR=.;FRO=5;FSAF=1,4,0,1;FSAR=2,4,0,3;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.203917,0.39013,-0.357923,0.190883;FXX=0.0475964;HRUN=12,12,12,1;LEN=2,1,1,2;MLLD=8.63426,5.63708,4.15407,24.6107;QD=11.4314;RBI=0.262232,0.444983,0.529092,0.248559;REFB=-0.0144694,-0.0198279,0.0252697,-0.0496761;REVB=-0.164874,-0.214029,0.389652,-0.159201;RO=3;SAF=1,2,4,1;SAR=3,2,0,1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.305979,-0.115334,0.705357,-0.142842;STB=0.767674,0.615111,0.5,0.788117;STBP=0.384,0.345,1,0.185;TYPE=del,del,ins,mnp;VARB=0.14248,0.114364,0.22711,-0.0634846;OID=.,.,.,.;OPOS=60963347,60963347,60963347,60963346;OREF=TT,T,-,CT;OALT=-,-,T,TC;OMAPALT=C,CT,CTTT,TCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/4:19:19:20:3:5:4,4,4,2:3,8,0,4:0.15,0.4,0,0.2:3,2,0,1:1,2,4,1:2:1:2,4,0,3:1,4,0,1:4:1 chr20 60994690 . A G 136.08 PASS AF=0.326923;AO=17;DP=52;FAO=17;FDP=52;FR=.;FRO=35;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=22;FWDB=-0.0140988;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.334;QD=10.4677;RBI=0.0516641;REFB=-0.0121694;REVB=-0.0497031;RO=34;SAF=12;SAR=5;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.389917;STB=0.721347;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0197984;OID=.;OPOS=60994690;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:34:35:17:17:0.326923:5:12:12:22:5:12:13:22 chr20 61039958 . T C 874.46 PASS AF=0.940299;AO=63;DP=67;FAO=63;FDP=67;FR=.;FRO=4;FSAF=28;FSAR=35;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00672877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.312;QD=52.2065;RBI=0.0123027;REFB=-0.0238721;REVB=-0.0102995;RO=4;SAF=28;SAR=35;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0222157;STB=0.511781;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00612995;OID=.;OPOS=61039958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:67:67:4:4:63:63:0.940299:35:28:1:3:35:28:1:3 chr20 61040453 . C G,T 746.61 PASS AF=0.928571,0.0714286;AO=50,2;DP=53;FAO=52,4;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=35,4;FSAR=17,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0518999,0.0330298;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=65.2197,27.5576;QD=53.3289;RBI=0.109284,0.0695496;REFB=-0.0420676,-0.0184765;REVB=0.0961734,0.061206;RO=1;SAF=38,1;SAR=12,1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.03761,0.25849;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0233858,-0.0256544;OID=.,.;OPOS=61040453,61040453;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:19:53:56:1:0:50,2:52,4:0.928571,0.0714286:12,1:38,1:0:1:17,0:35,4:0:0 chr20 61040951 . C T 618.93 PASS AF=0.576923;AO=59;DP=103;FAO=60;FDP=104;FR=.;FRO=44;FSAF=28;FSAR=32;FSRF=23;FSRR=21;FWDB=0.058989;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.419;QD=23.8048;RBI=0.0668622;REFB=-0.00509734;REVB=0.0314778;RO=43;SAF=28;SAR=31;SRF=23;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0465489;STB=0.52374;STBP=0.591;TYPE=snp;VARB=0.00459341;OID=.;OPOS=61040951;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:43:44:59:60:0.576923:31:28:23:20:32:28:23:21 chr20 61048549 . G A 1483.74 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0304421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.772;QD=61.8226;RBI=0.0425092;REFB=-0.0615558;REVB=0.02967;RO=0;SAF=54;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00067774;OID=.;OPOS=61048549;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:95:96:0:0:94:96:1:40:54:0:0:40:56:0:0 chr20 61143487 . T C 517.05 PASS AF=0.563218;AO=45;DP=83;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=22;FSAR=27;FSRF=8;FSRR=30;FWDB=0.00776936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.319;QD=23.7726;RBI=0.00941958;REFB=-0.0151749;REVB=0.00532593;RO=37;SAF=20;SAR=25;SRF=8;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195145;STB=0.607517;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.018576;OID=.;OPOS=61143487;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:87:37:38:45:49:0.563218:25:20:8:29:27:22:8:30 chr20 61326380 . C T 772.69 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0196149;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=196.038;QD=61.8153;RBI=0.0643891;REFB=-0.0947209;REVB=0.0613287;RO=1;SAF=38;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122265;STB=0.506491;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.000680543;OID=.;OPOS=61326380;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:11:38:1:0:11:38:1:0 chr20 61331770 . C T 595.88 PASS AF=0.551402;AO=58;DP=108;FAO=59;FDP=107;FR=.;FRO=48;FSAF=21;FSAR=38;FSRF=17;FSRR=31;FWDB=0.00526263;FXX=0.0183469;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.723;QD=22.2758;RBI=0.0130298;REFB=-0.0101382;REVB=-0.0119198;RO=47;SAF=20;SAR=38;SRF=16;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00398373;STB=0.500864;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00491431;OID=.;OPOS=61331770;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:107:47:48:58:59:0.551402:38:20:16:31:38:21:17:31 chr20 61444939 . G C 175.76 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.00157968;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.616;QD=13.7847;RBI=0.00624002;REFB=-0.0181124;REVB=-0.00603676;RO=31;SAF=5;SAR=15;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171497;STB=0.599893;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.0314391;OID=.;OPOS=61444939;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:31:31:20:20:0.392157:15:5:12:19:15:5:12:19 chr20 61448933 . C A 216.33 PASS AF=0.538462;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=15;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.00306806;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=222.617;QD=22.1874;RBI=0.0267996;REFB=-0.0296645;REVB=0.0266234;RO=16;SAF=15;SAR=6;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.18415;STB=0.609646;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0219757;OID=.;OPOS=61448933;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:39:16:18:21:21:0.538462:6:15:8:8:6:15:9:9 chr20 61448969 . C T 130.1 PASS AF=0.481481;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=12;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.00948746;FXX=0.0357015;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.635;QD=19.2737;RBI=0.0132979;REFB=-0.0229308;REVB=0.00931785;RO=11;SAF=5;SAR=8;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017866;STB=0.516104;STBP=0.909;TYPE=snp;VARB=0.0270311;OID=.;OPOS=61448969;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:27:11:12:13:13:0.481481:8:5:4:7:8:5:5:7 chr20 61468571 . T C 381.42 PASS AF=0.239544;AO=56;DP=259;FAO=63;FDP=263;FR=.;FRO=200;FSAF=44;FSAR=19;FSRF=124;FSRR=76;FWDB=-0.00638132;FXX=0.00754688;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.781;QD=5.8011;RBI=0.0113779;REFB=-0.00491931;REVB=-0.00941991;RO=196;SAF=40;SAR=16;SRF=121;SRR=75;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.139207;STB=0.566988;STBP=0.217;TYPE=snp;VARB=0.020672;OID=.;OPOS=61468571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:259:263:196:200:56:63:0.239544:16:40:121:75:19:44:124:76 chr20 61512606 . T C 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00164116;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.277;QD=59.0181;RBI=0.0192759;REFB=0;REVB=0.0192059;RO=0;SAF=6;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126545;OID=.;OPOS=61512606;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:28:6:0:0:28:6:0:0 chr20 61528074 . T C 281.83 PASS AF=0.299213;AO=38;DP=127;FAO=38;FDP=127;FR=.;FRO=89;FSAF=9;FSAR=29;FSRF=31;FSRR=58;FWDB=-0.0415369;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=158.434;QD=8.87639;RBI=0.0415501;REFB=-0.0203043;REVB=-0.00104814;RO=89;SAF=9;SAR=29;SRF=31;SRR=58;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163627;STB=0.59696;STBP=0.194;TYPE=snp;VARB=0.0320706;OID=.;OPOS=61528074;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:127:127:89:89:38:38:0.299213:29:9:31:58:29:9:31:58 chr20 61576777 . A G 34.73 PASS AF=0.2;AO=6;DP=30;FAO=6;FDP=30;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0091649;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.024;QD=4.63001;RBI=0.0348391;REFB=-0.014072;REVB=-0.033612;RO=23;SAF=4;SAR=2;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189638;STB=0.536461;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0470791;OID=.;OPOS=61576777;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:30:30:23:24:6:6:0.2:2:4:15:8:2:4:15:9 chr20 61577275 . T C 716.46 PASS AF=1;AO=42;DP=49;FAO=46;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=19;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0574618;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.17;QD=62.3005;RBI=0.06002;REFB=0;REVB=0.0173359;RO=0;SAF=14;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000271295;OID=.;OPOS=61577275;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:46:0:0:42:46:1:28:14:0:0:27:19:0:0 chr20 61588159 . A G 372.43 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0496604;FXX=0.0294074;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.3816;QD=22.5717;RBI=0.0501072;REFB=-0.0185843;REVB=-0.00667633;RO=29;SAF=20;SAR=17;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0735216;STB=0.540519;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.0126608;OID=.;OPOS=61588159;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:29:29:37:37:0.560606:17:20:13:16:17:20:13:16 chr20 61594679 . A G 888.66 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00126915;FXX=0.0161264;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.939;QD=58.2726;RBI=0.0325125;REFB=0;REVB=0.0324877;RO=0;SAF=13;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.13514e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.12972e-05;OID=.;OPOS=61594679;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:61:0:0:61:61:1:48:13:0:0:48:13:0:0 chr20 61597946 . CTTA CTA,CTAC 986.94 PASS AF=1,0;AO=63,6;DP=75;FAO=75,0;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=28,0;FSAR=47,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177504,-0.0647431;FXX=0.0131562;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=20.2472,8.0835;QD=52.637;RBI=0.0361796,0.0692291;REFB=0,0;REVB=0.031526,-0.0245153;RO=1;SAF=18,5;SAR=45,1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0255073,-0.0789211;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.000974171,0.0145232;OID=.,.;OPOS=61597947,61597948;OREF=T,TA;OALT=-,AC;OMAPALT=CTA,CTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:63,6:75:75,0:75:0:28,0:47,0:0:0:6:1:18,5:45,1:1:0 chr20 61834695 . G A 162.22 PASS AF=0.37037;AO=20;DP=53;FAO=20;FDP=54;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0160877;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=97.1976;QD=12.016;RBI=0.016948;REFB=-0.0134689;REVB=-0.0053311;RO=33;SAF=8;SAR=12;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0269105;STB=0.526691;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.0312264;OID=.;OPOS=61834695;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:33:34:20:20:0.37037:12:8:14:19:12:8:15:19 chr20 61869826 . C T 554.73 PASS AF=0.573034;AO=51;DP=89;FAO=51;FDP=89;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0113027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1734;QD=24.9315;RBI=0.0182443;REFB=-0.00049939;REVB=-0.0143214;RO=37;SAF=26;SAR=25;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017918;STB=0.515412;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.000340716;OID=.;OPOS=61869826;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:89:37:38:51:51:0.573034:25:26:18:19:25:26:18:20 chr20 61870727 . G C 76.84 PASS AF=0.416667;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0126927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.864;QD=12.8063;RBI=0.0194974;REFB=-0.0330132;REVB=-0.0148001;RO=13;SAF=8;SAR=2;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.14276;STB=0.621953;STBP=0.37;TYPE=snp;VARB=0.0377698;OID=.;OPOS=61870727;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:24:13:14:10:10:0.416667:2:8:9:4:2:8:9:5 chr20 61873080 . T A 117.17 PASS AF=0.590909;AO=12;DP=21;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0129203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.092;QD=21.3039;RBI=0.055306;REFB=-0.0604947;REVB=0.0537757;RO=9;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0902331;STB=0.525508;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0272994;OID=.;OPOS=61873080;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:22:9:9:12:13:0.590909:8:4:4:5:8:5:4:5 chr20 61878950 . A C 54.76 PASS AF=0.363636;AO=7;DP=21;FAO=8;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=14;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.7012;QD=9.95604;RBI=0.14718;REFB=0.0293263;REVB=0.14718;RO=14;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0358886;OID=.;OPOS=61878950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:21:22:14:14:7:8:0.363636:7:0:0:14:8:0:0:14 chr20 61880169 . T G 89.54 PASS AF=0.478261;AO=11;DP=23;FAO=11;FDP=23;FR=.;FRO=12;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0360925;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=212.629;QD=15.5715;RBI=0.0379783;REFB=-0.00730125;REVB=-0.0118188;RO=12;SAF=8;SAR=3;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.293955;STB=0.671941;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0119118;OID=.;OPOS=61880169;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:23:23:12:12:11:11:0.478261:3:8:5:7:3:8:5:7 chr20 61881296 . A G 1290.08 PASS AF=1;AO=82;DP=84;FAO=86;FDP=86;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218168;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.972;QD=60.0037;RBI=0.0223783;REFB=0;REVB=0.00498177;RO=1;SAF=51;SAR=31;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00919621;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0023032;OID=.;OPOS=61881296;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:84:86:1:0:82:86:1:31:51:1:0:32:54:0:0 chr20 61907886 . GAAAG GAAG,GAAGA 435.97 PASS AF=0.72973,0;AO=39,4;DP=76;FAO=54,0;FDP=74;FR=.;FRO=20;FSAF=46,0;FSAR=8,0;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.136299,-0.0495664;FXX=0.038956;HRUN=3,3;LEN=1,2;MLLD=14.5597,47.3697;QD=23.5657;RBI=0.14097,0.0530973;REFB=-0.121703,-0.0228609;REVB=0.0359904,0.0190392;RO=27;SAF=36,4;SAR=3,0;SRF=5;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.680884,0.758796;STB=0.745679,0.5;STBP=0,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.123194,0;OID=.,.;OPOS=61907887,61907889;OREF=A,AG;OALT=-,GA;OMAPALT=GAAG,GAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.72973,0:39,4:76:54,0:74:20:46,0:8,0:3:17:76:27:36,4:3,0:5:22 chr20 61912715 . T C 85.55 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=34;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00891091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.817;QD=9.50565;RBI=0.0112433;REFB=-0.0223874;REVB=0.00685627;RO=24;SAF=2;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.338027;STB=0.738186;STBP=0.065;TYPE=snp;VARB=0.0329591;OID=.;OPOS=61912715;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:34:36:24:24:10:12:0.333333:8:2:11:13:10:2:11:13 chr20 61917387 . G A 219.72 PASS AF=0.44;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=50;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=0.00849085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.368;QD=17.5776;RBI=0.0153914;REFB=-0.0163681;REVB=-0.0128375;RO=25;SAF=11;SAR=11;SRF=8;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169702;STB=0.559946;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0386928;OID=.;OPOS=61917387;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:25:28:22:22:0.44:11:11:8:17:11:11:11:17 chr20 61918164 . C G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0301208;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.571;QD=39.2068;RBI=0.078896;REFB=0;REVB=0.07292;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00279713;OID=.;OPOS=61918164;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr20 61938843 . C A 66.77 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=-0.00688878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.119;QD=12.7172;RBI=0.0329539;REFB=-0.025838;REVB=-0.0322258;RO=9;SAF=6;SAR=3;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.195767;STB=0.687091;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0525848;OID=.;OPOS=61938843;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:12:9:9:0.428571:3:6:4:5:3:6:4:8 chr20 61941747 . A G 320.75 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.714;QD=53.4584;RBI=0.110169;REFB=0;REVB=0.106258;RO=0;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.84921e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000599848;OID=.;OPOS=61941747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:9:14:0:0:10:14:0:0 chr20 61956782 . TC CC,CT 66.89 PASS AF=0.204082,0;AO=10,2;DP=49;FAO=10,0;FDP=49;FR=.;FRO=39;FSAF=3,0;FSAR=7,0;FSRF=8;FSRR=31;FWDB=-0.127374,-0.0136492;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=37.5234,253.549;QD=5.46012;RBI=0.134063,0.0405136;REFB=-0.0156272,0.00357747;REVB=0.0418175,-0.0381451;RO=30;SAF=3,0;SAR=7,2;SRF=4;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.280692,-0.338169;STB=0.596686,0.5;STBP=0.597,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.058962,0;OID=.,.;OPOS=61956782,61956782;OREF=T,TC;OALT=C,CT;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:49:49:30:39:10,2:10,0:0.204082,0:7,2:3,0:4:26:7,0:3,0:8:31 chr20 61981104 . C T 178.73 PASS AF=0.5625;AO=18;DP=32;FAO=18;FDP=32;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00871072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.049;QD=22.3409;RBI=0.0130979;REFB=-0.00500491;REVB=-0.00978148;RO=14;SAF=3;SAR=15;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219339;STB=0.624843;STBP=0.187;TYPE=snp;VARB=0.00463834;OID=.;OPOS=61981104;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:14:14:18:18:0.5625:15:3:5:9:15:3:5:9 chr20 61981134 . G A 165.84 PASS AF=0.566667;AO=17;DP=30;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0400069;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.7533;QD=22.1124;RBI=0.0430336;REFB=-0.0338601;REVB=0.0158537;RO=13;SAF=3;SAR=14;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226441;STB=0.629043;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.038857;OID=.;OPOS=61981134;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:13:13:17:17:0.566667:14:3:5:8:14:3:5:8 chr20 61981536 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0138933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.637;QD=46.8475;RBI=0.0551236;REFB=0;REVB=-0.0533441;RO=0;SAF=11;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33019e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00110395;OID=.;OPOS=61981536;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:4:11:0:0:4:11:0:0 chr20 61981554 . C A 301.88 PASS AF=1;AO=22;DP=25;FAO=22;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00916194;FXX=0.119952;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.912;QD=54.8866;RBI=0.0786282;REFB=0;REVB=0.0780926;RO=0;SAF=16;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17051e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0002148;OID=.;OPOS=61981554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:25:22:0:0:22:22:1:6:16:0:0:6:16:0:0 chr20 61982085 . A G 1012.64 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0303396;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2546;QD=59.5673;RBI=0.0304601;REFB=0;REVB=0.00270625;RO=0;SAF=22;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000506395;OID=.;OPOS=61982085;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:46:22:0:0:46:22:0:0 chr20 61982124 . A G 1012.96 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251336;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.879;QD=59.5859;RBI=0.0283536;REFB=0;REVB=0.0131237;RO=0;SAF=27;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.6787e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000112633;OID=.;OPOS=61982124;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:68:0:0:68:68:1:41:27:0:0:41:27:0:0 chr20 62070966 . G A 449.71 PASS AF=0.597222;AO=38;DP=67;FAO=43;FDP=72;FR=.;FRO=29;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=12;FSRR=17;FWDB=0.00028477;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=244.534;QD=24.9836;RBI=0.038012;REFB=-0.0293442;REVB=0.0380109;RO=26;SAF=20;SAR=18;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0763078;STB=0.539337;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.0204564;OID=.;OPOS=62070966;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:72:26:29:38:43:0.597222:18:20:11:15:21:22:12:17 chr20 62126185 . A G 161.46 PASS AF=0.5;AO=17;DP=34;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=-0.00823777;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.0154;QD=18.9955;RBI=0.0776625;REFB=-0.0409333;REVB=-0.0772244;RO=15;SAF=10;SAR=7;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0464767;STB=0.55937;STBP=0.494;TYPE=snp;VARB=0.0347523;OID=.;OPOS=62126185;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:17:17:17:0.5:7:10:8:7:7:10:8:9 chr20 62127326 . G A 686.18 PASS AF=0.634409;AO=59;DP=93;FAO=59;FDP=93;FR=.;FRO=34;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0462689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1842;QD=29.5129;RBI=0.103179;REFB=-0.00413999;REVB=0.0922235;RO=33;SAF=29;SAR=30;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0156269;STB=0.503098;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.00319683;OID=.;OPOS=62127326;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:33:34:59:59:0.634409:30:29:17:16:30:29:17:17 chr20 62172219 . G A 865.4 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0186929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.52;QD=57.6931;RBI=0.138275;REFB=0;REVB=0.137006;RO=0;SAF=34;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43892e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260267;OID=.;OPOS=62172219;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:56:60:0:0:56:60:1:22:34:0:0:25:35:0:0 chr20 62173562 . G T 1048.69 PASS AF=1;AO=69;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241409;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.788;QD=59.9251;RBI=0.0305814;REFB=0;REVB=0.0187732;RO=0;SAF=35;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214371;OID=.;OPOS=62173562;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:69:70:1:34:35:0:0:35:35:0:0 chr20 62174724 . G A 594.39 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0359993;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9314;QD=60.9626;RBI=0.162847;REFB=0;REVB=0.158819;RO=0;SAF=30;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.26572e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00209136;OID=.;OPOS=62174724;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:8:30:0:0:9:30:0:0 chr20 62175692 . A G 394.61 PASS AF=0.5;AO=39;DP=78;FAO=40;FDP=80;FR=.;FRO=40;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=9;FSRR=31;FWDB=0.00104365;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=169.897;QD=19.7302;RBI=0.00127019;REFB=-0.020318;REVB=0.000724001;RO=38;SAF=17;SAR=22;SRF=9;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185844;STB=0.605492;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0129825;OID=.;OPOS=62175692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:38:40:39:40:0.5:22:17:9:29:23:17:9:31 chr20 62187187 . T C 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323366;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.776;QD=53.2764;RBI=0.0383952;REFB=0;REVB=0.0207011;RO=0;SAF=10;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000294799;OID=.;OPOS=62187187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:13:10:0:0:13:10:0:0 chr20 62187439 . T C 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0329127;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.392;QD=42.1826;RBI=0.0383443;REFB=0;REVB=0.0196733;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000161567;OID=.;OPOS=62187439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr20 62191321 . A G 413.02 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016655;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1593;QD=55.0687;RBI=0.0191244;REFB=0;REVB=-0.00939978;RO=0;SAF=10;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000647688;OID=.;OPOS=62191321;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:30:0:0:28:30:1:18:10:0:0:20:10:0:0 chr20 62191558 . G A 137.58 PASS AF=0.517241;AO=15;DP=28;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0163301;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.9558;QD=18.9772;RBI=0.0474473;REFB=-0.060152;REVB=-0.0445486;RO=13;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132271;STB=0.588672;STBP=0.351;TYPE=snp;VARB=0.0472357;OID=.;OPOS=62191558;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:29:13:14:15:15:0.517241:7:8:9:4:7:8:10:4 chr20 62193019 . C T 347.99 PASS AF=1;AO=20;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00327103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.993;QD=53.5367;RBI=0.0212397;REFB=0;REVB=0.0209863;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000103359;OID=.;OPOS=62193019;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:20:26:1:12:8:0:0:18:8:0:0 chr20 62193445 . G A 428.88 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00532112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.199;QD=57.1834;RBI=0.0247039;REFB=0;REVB=0.024124;RO=0;SAF=11;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000102201;OID=.;OPOS=62193445;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:19:11:0:0:19:11:0:0 chr20 62194030 . G C 1524.14 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00991178;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.312;QD=63.5059;RBI=0.0223863;REFB=0;REVB=0.0200725;RO=0;SAF=38;SAR=57;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.44615e-05;OID=.;OPOS=62194030;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:57:38:0:0:58:38:0:0 chr20 62194103 . A G 494.69 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.352;QD=58.1988;RBI=0.0431036;REFB=0;REVB=0.0231167;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101984;OID=.;OPOS=62194103;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:34:0:0:32:34:1:17:15:0:0:19:15:0:0 chr20 62194713 . A C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0390706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.851;QD=33.4284;RBI=0.0390832;REFB=0;REVB=0.000991577;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000425865;OID=.;OPOS=62194713;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chr20 62195220 . C T 137.61 PASS AF=0.928571;AO=12;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0497893;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=120.325;QD=39.3184;RBI=0.0616538;REFB=-0.06193;REVB=0.0363622;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538402;STBP=0.559;TYPE=snp;VARB=0.00238867;OID=.;OPOS=62195220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:0:1:12:13:0.928571:6:6:0:0:6:7:0:1 chr20 62195672 . C T 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.633;QD=58.1385;RBI=0.0323086;REFB=0;REVB=0.0275308;RO=0;SAF=16;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000375695;OID=.;OPOS=62195672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:16:16:0:0:16:16:0:0 chr20 62196033 . C T 676.69 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0536371;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.7272;QD=60.15;RBI=0.0599899;REFB=-0.0565822;REVB=0.0268673;RO=1;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154053;STB=0.508193;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.00262464;OID=.;OPOS=62196033;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:30:14:0:1:30:14:0:1 chr20 62196182 . G C 536.91 PASS AF=1;AO=33;DP=35;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0775131;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2459;QD=58.0445;RBI=0.117261;REFB=0;REVB=0.0879873;RO=2;SAF=13;SAR=20;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0665844;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00397543;OID=.;OPOS=62196182;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:37:2:0:33:37:1:20:13:2:0:21:16:0:0 chr20 62196807 . T C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0287559;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.148;QD=64.4149;RBI=0.0354998;REFB=0;REVB=0.0208167;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.78132e-05;OID=.;OPOS=62196807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chr20 62196884 . A G 1396.93 PASS AF=1;AO=88;DP=88;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00604428;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.038;QD=62.7832;RBI=0.0627642;REFB=0;REVB=-0.0624725;RO=0;SAF=57;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.90485e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000143123;OID=.;OPOS=62196884;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:89:0:0:88:89:1:31:57:0:0:31:58:0:0 chr20 62198348 . C T 766.09 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0335558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.737;QD=63.8406;RBI=0.0477372;REFB=0;REVB=0.0339536;RO=0;SAF=20;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.09779e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104621;OID=.;OPOS=62198348;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:48:0:0:45:48:1:25:20:0:0:27:21:0:0 chr20 62198662 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0255124;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.884;QD=52.6118;RBI=0.0303188;REFB=0;REVB=0.0163812;RO=0;SAF=16;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.78933e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.71666e-05;OID=.;OPOS=62198662;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:5:16:0:0:5:17:0:0 chr20 62200575 . TG CA 494.24 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0155349;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=97.1059;QD=58.1453;RBI=0.0601993;REFB=0;REVB=0.0581603;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000523575;OID=.;OPOS=62200575;OREF=TG;OALT=CA;OMAPALT=CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:15:18:0:0:16:18:0:0 chr20 62200860 . A G 785.15 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270192;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.383;QD=57.102;RBI=0.043159;REFB=0;REVB=0.0336551;RO=0;SAF=28;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4002e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000214206;OID=.;OPOS=62200860;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:27:28:0:0:27:28:0:0 chr20 62221364 . G A 306.33 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0382259;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.438;QD=53.2755;RBI=0.0620949;REFB=0;REVB=0.0489342;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000493553;OID=.;OPOS=62221364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:17:6:0:0:17:6:0:0 chr20 62221610 . T C 1012.86 PASS AF=1;AO=68;DP=68;FAO=68;FDP=68;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0220004;FXX=0.0144907;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.273;QD=59.5802;RBI=0.0227504;REFB=0;REVB=0.00579335;RO=0;SAF=36;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.49594e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.85109e-05;OID=.;OPOS=62221610;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:68:0:0:68:68:1:32:36:0:0:32:36:0:0 chr20 62221766 . C G,T 569.58 PASS AF=0.05,0.925;AO=2,36;DP=38;FAO=2,37;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=0,18;FSAR=2,19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0157091,0.00562532;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=19.8923,108.231;QD=56.9575;RBI=0.0401661,0.0328919;REFB=0.0383331,0.0604545;REVB=0.0369667,0.0324073;RO=0;SAF=0,18;SAR=2,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.993266,0.513506;STBP=0.232,0.534;TYPE=snp,snp;VARB=0.155891,-0.00127425;OID=.,.;OPOS=62221766,62221766;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:38:40:0:1:2,36:2,37:0.05,0.925:2,18:0,18:0:0:2,19:0,18:1:0 chr20 62227081 . A G 1062.36 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0369416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.439;QD=59.8513;RBI=0.0387203;REFB=0;REVB=0.0116007;RO=0;SAF=30;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21646e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.93597e-05;OID=.;OPOS=62227081;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:41:30:0:0:41:30:0:0 chr20 62236148 . T C 942.79 PASS AF=1;AO=59;DP=67;FAO=64;FDP=64;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=37;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0232223;FXX=0.0302984;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.267;QD=58.9242;RBI=0.131284;REFB=0;REVB=0.129213;RO=0;SAF=38;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.22967e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000464381;OID=.;OPOS=62236148;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:64:0:0:59:64:1:21:38:0:0:27:37:0:0 chr20 62309554 . C T 797.08 PASS AF=0.982759;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00470986;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=237.984;QD=54.971;RBI=0.0330009;REFB=-0.123382;REVB=0.0326631;RO=0;SAF=41;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506022;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=0.000636455;OID=.;OPOS=62309554;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:0:1:56:57:0.982759:15:41:0:0:16:41:1:0 chr20 62319464 . T C 575.32 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00770962;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9079;QD=60.5597;RBI=0.0442277;REFB=0;REVB=0.0435506;RO=0;SAF=33;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.7801e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000313358;OID=.;OPOS=62319464;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:4:33:0:0:4:34:0:0 chr20 62320929 . C T 61.85 PASS AF=0.178571;AO=10;DP=57;FAO=10;FDP=56;FR=.;FRO=46;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=0.0510904;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.5675;QD=4.41786;RBI=0.0511022;REFB=-0.00700043;REVB=-0.0010959;RO=46;SAF=2;SAR=8;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32395;STB=0.720827;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0115728;OID=.;OPOS=62320929;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:57:56:46:46:10:10:0.178571:8:2:20:26:8:2:20:26 chr20 62320968 . T C 632.21 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.063471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.347;QD=61.6787;RBI=0.0692559;REFB=0;REVB=0.0277093;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000127983;OID=.;OPOS=62320968;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chr20 62321655 . G A 747.08 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.722;QD=63.5811;RBI=0.0711116;REFB=0;REVB=0.0700819;RO=0;SAF=27;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000282778;OID=.;OPOS=62321655;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:20:27:0:0:20:27:0:0 chr20 62322287 . CT C,CC,CG 752.7 PASS AF=0.0212766,0.978723,0;AO=11,34,2;DP=47;FAO=1,46,0;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=0,19,0;FSAR=1,27,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031434,0.0622528,0.0194323;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=1,1,1;MLLD=135.633,155.264,116.311;QD=64.0597;RBI=0.0400125,0.0662858,0.0262467;REFB=0,0,0;REVB=0.0247569,0.0227682,0.0176429;RO=0;SAF=10,8,1;SAR=1,26,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,snp;VARB=-0.035135,0.00225403,0;OID=.,.,.;OPOS=62322288,62322288,62322288;OREF=T,T,T;OALT=-,C,G;OMAPALT=C,CC,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0212766,0.978723,0:11,34,2:47:1,46,0:47:0:0,19,0:1,27,0:0:0:3:0:10,8,1:1,26,1:0:0 chr20 62324289 . C T 1518.49 PASS AF=1;AO=94;DP=95;FAO=98;FDP=98;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0085969;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.7511;QD=61.9793;RBI=0.0495241;REFB=0;REVB=0.0487722;RO=1;SAF=52;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111554;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000356895;OID=.;OPOS=62324289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:95:98:1:0:94:98:1:42:52:0:1:44:54:0:0 chr20 62326110 . A C 1316.49 PASS AF=0.919192;AO=91;DP=99;FAO=91;FDP=99;FR=.;FRO=8;FSAF=37;FSAR=54;FSRF=8;FSRR=0;FWDB=0.00712229;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.0387;QD=53.1917;RBI=0.0329148;REFB=-0.0210938;REVB=-0.032135;RO=7;SAF=37;SAR=54;SRF=7;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081653;STB=0.54877;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0337595;OID=.;OPOS=62326110;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:99:99:7:8:91:91:0.919192:54:37:7:0:54:37:8:0 chr20 62326159 . G A 459.36 PASS AF=0.542169;AO=44;DP=83;FAO=45;FDP=83;FR=.;FRO=38;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=18;FSRR=20;FWDB=0.0836364;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.5526;QD=22.1376;RBI=0.0858425;REFB=-0.0110107;REVB=0.0193362;RO=38;SAF=22;SAR=22;SRF=18;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0221121;STB=0.517123;STBP=0.75;TYPE=snp;VARB=0.00981834;OID=.;OPOS=62326159;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:38:38:44:45:0.542169:22:22:18:20:22:23:18:20 chr20 62328375 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00770697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.945;QD=55.0986;RBI=0.0089565;REFB=0;REVB=0.00456307;RO=0;SAF=8;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.28381e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.26423e-05;OID=.;OPOS=62328375;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:18:8:0:0:18:8:0:0 chr20 62332636 . TCA CAC,TCAC 749.33 PASS AF=0,1;AO=3,48;DP=61;FAO=0,61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=0,22;FSAR=0,39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0987736,-0.0401882;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=3,1;MLLD=3.5974,18.316;QD=49.1364;RBI=0.220439,0.153424;REFB=0,0;REVB=-0.197072,-0.148067;RO=0;SAF=1,16;SAR=2,32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0,-0.00725668;OID=.,.;OPOS=62332636,62332639;OREF=TCA,-;OALT=CAC,C;OMAPALT=CAC,TCAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:5:61:61:0:0:3,48:0,61:0,1:2,32:1,16:0:0:0,39:0,22:0:0 chr20 62340115 . C G 720.65 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0167698;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.982;QD=61.3321;RBI=0.0377383;REFB=0;REVB=0.0338076;RO=0;SAF=16;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000307492;OID=.;OPOS=62340115;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:44:47:1:28:16:0:0:31:16:0:0 chr20 62372813 . G A 747.0 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.064172;FXX=0.0526223;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.557;QD=55.3331;RBI=0.0672674;REFB=0.0116595;REVB=0.0201706;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.507689;STBP=0.541;TYPE=snp;VARB=0.000166175;OID=.;OPOS=62372813;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:0:1:52:53:0.981481:31:21:0:0:32:21:0:1 chr20 62373707 . G T 908.21 PASS AF=0.985075;AO=64;DP=67;FAO=66;FDP=67;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0505292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.032;QD=54.2216;RBI=0.0625521;REFB=-0.140053;REVB=0.0368723;RO=1;SAF=42;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020982;STB=0.505881;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00217675;OID=.;OPOS=62373707;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:67:67:1:1:64:66:0.985075:22:42:0:1:24:42:1:0 chr20 62378349 . C T 375.63 PASS AF=0.933333;AO=28;DP=30;FAO=28;FDP=30;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.070494;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.3127;QD=50.0846;RBI=0.116508;REFB=-0.149923;REVB=0.092762;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.53331;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.0136787;OID=.;OPOS=62378349;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:30:30:0:2:28:28:0.933333:14:14:0:0:14:14:0:2 chr20 62378364 . C T 435.86 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0412851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.484;QD=54.4827;RBI=0.0416605;REFB=-0.0461292;REVB=-0.00557998;RO=1;SAF=15;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300873;STB=0.516119;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.000564059;OID=.;OPOS=62378364;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:16:15:1:0:16:15:1:0 chr20 62421622 . A G 970.74 PASS AF=0.543353;AO=91;DP=172;FAO=94;FDP=173;FR=.;FRO=79;FSAF=46;FSAR=48;FSRF=32;FSRR=47;FWDB=-0.008602;FXX=0.0057468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.204;QD=22.4448;RBI=0.0110612;REFB=-0.0151795;REVB=0.00695388;RO=79;SAF=44;SAR=47;SRF=32;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0669342;STB=0.538567;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.0139478;OID=.;OPOS=62421622;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:172:173:79:79:91:94:0.543353:47:44:32:47:48:46:32:47 chr20 62422080 . T C 300.33 PASS AF=0.666667;AO=26;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=18;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.000428383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.366;QD=30.8031;RBI=0.0760353;REFB=0.011798;REVB=0.0760341;RO=13;SAF=18;SAR=8;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00205251;OID=.;OPOS=62422080;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:26:26:0.666667:8:18:9:4:8:18:9:4 chr20 62492922 . T A 100.72 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=0.0563121;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.9458;QD=16.1157;RBI=0.0699011;REFB=0.00911069;REVB=0.041414;RO=13;SAF=4;SAR=8;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0261872;STB=0.515126;STBP=0.9;TYPE=snp;VARB=-0.0052233;OID=.;OPOS=62492922;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:8:4:4:9:8:4:4:9 chr20 62493978 . G A 83.46 PASS AF=0.323529;AO=12;DP=34;FAO=11;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.015465;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.676;QD=9.81935;RBI=0.0688376;REFB=-0.0156619;REVB=0.0670779;RO=22;SAF=5;SAR=7;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.139567;STB=0.545372;STBP=0.741;TYPE=snp;VARB=0.0579645;OID=.;OPOS=62493978;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:34:34:22:23:12:11:0.323529:7:5:12:10:6:5:12:11 chr20 62494027 . G C 75.14 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=-0.0167553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.837;QD=11.1312;RBI=0.0171043;REFB=-0.0157605;REVB=0.00343767;RO=17;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.092771;STB=0.555446;STBP=0.672;TYPE=snp;VARB=0.0278765;OID=.;OPOS=62494027;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:5:5:10:7:5:5:10:7 chr20 62522466 . A G 594.47 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0482847;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.8572;QD=60.9715;RBI=0.0551215;REFB=0;REVB=0.0265889;RO=0;SAF=22;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000557232;OID=.;OPOS=62522466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:17:22:0:0:17:22:0:0 chr20 62540460 . A G 381.1 PASS AF=1;AO=27;DP=28;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000857786;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3194;QD=56.4585;RBI=0.0423893;REFB=0;REVB=0.0423807;RO=0;SAF=12;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00297492;OID=.;OPOS=62540460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:27:0:0:27:27:1:15:12:0:0:15:12:0:0 chr20 62587711 . CG CC,C 43.78 PASS AF=0.137931,0.206897;AO=4,7;DP=29;FAO=4,6;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=0,1;FSAR=4,5;FSRF=3;FSRR=16;FWDB=0.0625844,0.0496678;FXX=0.0333222;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=20.4822,10.2633;QD=6.03797;RBI=0.0821011,0.0508126;REFB=-0.084721,-0.109535;REVB=0.0531393,0.0107248;RO=16;SAF=0,1;SAR=4,6;SRF=3;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.585341,-0.0909561;STB=0.995656,0.512155;STBP=0.288,0.996;TYPE=snp,del;VARB=0.13921,0.0900788;OID=.,.;OPOS=62587712,62587712;OREF=G,G;OALT=C,-;OMAPALT=CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.137931,0.206897:4,7:29:4,6:29:19:0,1:4,5:3:16:23:16:0,1:4,6:3:13 chr20 62648124 . G A 323.92 PASS AF=0.515152;AO=33;DP=64;FAO=34;FDP=66;FR=.;FRO=32;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=20;FSRR=12;FWDB=0.0320746;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.255;QD=19.6314;RBI=0.0326589;REFB=-0.00884916;REVB=0.00615041;RO=30;SAF=19;SAR=14;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.081011;STB=0.532768;STBP=0.62;TYPE=snp;VARB=0.0116924;OID=.;OPOS=62648124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:66:30:32:33:34:0.515152:14:19:20:10:15:19:20:12 chr20 62705874 . G A 274.62 PASS AF=0.821429;AO=23;DP=28;FAO=23;FDP=28;FR=.;FRO=5;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0575937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.663;QD=39.2318;RBI=0.0592859;REFB=-0.0887251;REVB=0.0140638;RO=5;SAF=11;SAR=12;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039922;STB=0.52172;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.0238947;OID=.;OPOS=62705874;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:28:28:5:5:23:23:0.821429:12:11:3:2:12:11:3:2 chr20 62714783 . C G 727.38 PASS AF=0.507143;AO=69;DP=137;FAO=71;FDP=140;FR=.;FRO=69;FSAF=36;FSAR=35;FSRF=25;FSRR=44;FWDB=0.0232999;FXX=0.0140835;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.275;QD=20.7824;RBI=0.0233037;REFB=-0.0351937;REVB=0.000423994;RO=67;SAF=34;SAR=35;SRF=25;SRR=42;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107368;STB=0.571179;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0402474;OID=.;OPOS=62714783;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:140:67:69:69:71:0.507143:35:34:25:42:35:36:25:44 chr20 62737537 . C A 556.67 PASS AF=0.586207;AO=49;DP=86;FAO=51;FDP=87;FR=.;FRO=36;FSAF=29;FSAR=22;FSRF=10;FSRR=26;FWDB=-0.00135178;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.615;QD=25.5938;RBI=0.0206917;REFB=-0.00844428;REVB=-0.0206475;RO=37;SAF=29;SAR=20;SRF=11;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.228605;STB=0.618621;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.0255546;OID=.;OPOS=62737537;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:37:36:49:51:0.586207:20:29:11:26:22:29:10:26 chr20 62737568 . T C 544.77 PASS AF=0.60241;AO=49;DP=82;FAO=50;FDP=83;FR=.;FRO=33;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=10;FSRR=23;FWDB=-0.0044423;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.343;QD=26.2538;RBI=0.00673295;REFB=-0.0398921;REVB=0.0050595;RO=29;SAF=25;SAR=24;SRF=8;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159885;STB=0.585777;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0240913;OID=.;OPOS=62737568;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:83:29:33:49:50:0.60241:24:25:8:21:24:26:10:23 chr20 62738311 . G A 313.85 PASS AF=0.406977;AO=35;DP=86;FAO=35;FDP=86;FR=.;FRO=51;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=36;FWDB=0.019411;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=261.17;QD=14.5977;RBI=0.0196424;REFB=-0.0124793;REVB=0.00300562;RO=51;SAF=21;SAR=14;SRF=15;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.31173;STB=0.675581;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0183509;OID=.;OPOS=62738311;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:51:51:35:35:0.406977:14:21:15:36:14:21:15:36 chr21 9907271 . A G 1099.44 PASS AF=0.833333;AO=79;DP=94;FAO=80;FDP=96;FR=.;FRO=16;FSAF=32;FSAR=48;FSRF=5;FSRR=11;FWDB=-0.0844506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.6558;QD=45.81;RBI=0.119603;REFB=-0.0968455;REVB=-0.0846928;RO=14;SAF=32;SAR=47;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141127;STB=0.51528;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.0172797;OID=.;OPOS=9907271;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:94:96:14:16:79:80:0.833333:47:32:5:9:48:32:5:11 chr21 9907324 . G C 83.09 PASS AF=0.146552;AO=17;DP=116;FAO=17;FDP=116;FR=.;FRO=99;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=39;FSRR=60;FWDB=-0.0247571;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.98;QD=2.86502;RBI=0.0259761;REFB=-0.00964509;REVB=-0.00786417;RO=99;SAF=6;SAR=11;SRF=39;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0549242;STB=0.537414;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0403739;OID=.;OPOS=9907324;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:116:116:99:99:17:17:0.146552:11:6:39:60:11:6:39:60 chr21 9907340 . A G 744.46 PASS AF=0.641509;AO=68;DP=105;FAO=68;FDP=106;FR=.;FRO=38;FSAF=26;FSAR=42;FSRF=11;FSRR=27;FWDB=-0.000562806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.255;QD=28.0928;RBI=0.00746347;REFB=-0.0199794;REVB=0.00744222;RO=36;SAF=26;SAR=42;SRF=10;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0723004;STB=0.535832;STBP=0.321;TYPE=snp;VARB=0.00894784;OID=.;OPOS=9907340;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:106:36:38:68:68:0.641509:42:26:10:26:42:26:11:27 chr21 9907345 . C T 457.74 PASS AF=0.475728;AO=49;DP=103;FAO=49;FDP=103;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=36;FSRF=22;FSRR=32;FWDB=0.00943467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.822;QD=17.7763;RBI=0.00958402;REFB=-0.00910604;REVB=-0.00168534;RO=53;SAF=13;SAR=36;SRF=22;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163341;STB=0.587649;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.014217;OID=.;OPOS=9907345;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:103:53:54:49:49:0.475728:36:13:22:31:36:13:22:32 chr21 9907375 . T C 652.97 PASS AF=0.825397;AO=52;DP=65;FAO=52;FDP=63;FR=.;FRO=11;FSAF=19;FSAR=33;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.0246166;FXX=0.0307645;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2342;QD=41.4583;RBI=0.0250215;REFB=-0.017925;REVB=0.00448271;RO=11;SAF=19;SAR=33;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310604;STB=0.516628;STBP=0.585;TYPE=snp;VARB=0.00495317;OID=.;OPOS=9907375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:65:63:11:11:52:52:0.825397:33:19:5:6:33:19:5:6 chr21 9907384 . GC AA,AC 719.81 PASS AF=0.046875,0.828125;AO=3,51;DP=66;FAO=3,53;FDP=64;FR=.;FRO=8;FSAF=2,18;FSAR=1,35;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0127432,0.0238235;FXX=0.0302984;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=134.299,134.649;QD=44.988;RBI=0.0153432,0.0368044;REFB=-0.0162686,0.00991397;REVB=0.00854545,0.0280536;RO=8;SAF=2,16;SAR=1,35;SRF=4;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.177018,-0.0536682;STB=0.624149,0.523089;STBP=0.69,0.416;TYPE=mnp,snp;VARB=-0.0309656,5.94708e-05;OID=.,.;OPOS=9907384,9907384;OREF=GC,G;OALT=AA,A;OMAPALT=AA,AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:41:66:64:8:8:3,51:3,53:0.046875,0.828125:1,35:2,16:4:4:1,35:2,18:4:4 chr21 9907397 . C T 656.75 PASS AF=0.852459;AO=52;DP=61;FAO=52;FDP=61;FR=.;FRO=9;FSAF=17;FSAR=35;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0221783;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.324;QD=43.0659;RBI=0.0223138;REFB=0.0233623;REVB=-0.00245512;RO=9;SAF=17;SAR=35;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0697715;STB=0.53732;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.0042396;OID=.;OPOS=9907397;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:61:61:9:9:52:52:0.852459:35:17:5:4:35:17:5:4 chr21 9907416 . C T 69.82 PASS AF=0.196429;AO=11;DP=56;FAO=11;FDP=56;FR=.;FRO=45;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=31;FWDB=-0.0575955;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=138.07;QD=4.98692;RBI=0.0592989;REFB=-0.0102334;REVB=-0.0141109;RO=45;SAF=3;SAR=8;SRF=14;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0571897;STB=0.537479;STBP=0.784;TYPE=snp;VARB=0.0475929;OID=.;OPOS=9907416;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:56:56:45:45:11:11:0.196429:8:3:14:31:8:3:14:31 chr21 9907419 . A G 365.45 PASS AF=0.636364;AO=34;DP=54;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00691537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.204;QD=26.5778;RBI=0.00692649;REFB=-0.0514178;REVB=-0.000392216;RO=19;SAF=9;SAR=25;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0419844;STB=0.506325;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.0207708;OID=.;OPOS=9907419;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:55:19:20:34:35:0.636364:25:9:6:13:25:10:6:14 chr21 9907422 . G A 364.87 PASS AF=0.636364;AO=35;DP=55;FAO=35;FDP=55;FR=.;FRO=20;FSAF=10;FSAR=25;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0183987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.8403;QD=26.536;RBI=0.0386049;REFB=-0.0101259;REVB=0.0339385;RO=20;SAF=10;SAR=25;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0115623;STB=0.506325;STBP=0.925;TYPE=snp;VARB=0.00525591;OID=.;OPOS=9907422;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:20:20:35:35:0.636364:25:10:6:14:25:10:6:14 chr21 9907434 . T A 32.48 PASS AF=0.125;AO=6;DP=45;FAO=6;FDP=48;FR=.;FRO=42;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=11;FSRR=31;FWDB=-0.0957632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.184;QD=2.70678;RBI=0.0957935;REFB=0.0011733;REVB=-0.00241168;RO=39;SAF=2;SAR=4;SRF=8;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194583;STB=0.573542;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=-0.0155857;OID=.;OPOS=9907434;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:45:48:39:42:6:6:0.125:4:2:8:31:4:2:11:31 chr21 9907438 . A T 32.61 PASS AF=0.12766;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=47;FR=.;FRO=41;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=31;FWDB=-0.0307442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.641;QD=2.77512;RBI=0.0349513;REFB=-0.00106733;REVB=-0.0166249;RO=40;SAF=2;SAR=4;SRF=10;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119621;STB=0.592938;STBP=0.673;TYPE=snp;VARB=0.00758739;OID=.;OPOS=9907438;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:47:40:41:6:6:0.12766:4:2:10:30:4:2:10:31 chr21 9907470 . G A 58.48 PASS AF=0.24;AO=4;DP=25;FAO=6;FDP=25;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=12;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.0317684;FXX=0.0384468;HRUN=5;LEN=1;MLLD=149.562;QD=9.35654;RBI=0.0438482;REFB=0.0294973;REVB=-0.0302231;RO=9;SAF=1;SAR=3;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0398812;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0221287;OID=.;OPOS=9907470;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:25:25:9:12:4:6:0.24:3:1:2:7:5:1:2:10 chr21 9908330 . AC GC,GG 1386.26 PASS AF=0.163043,0.836957;AO=14,75;DP=92;FAO=15,77;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=6,40;FSAR=9,37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263388,0.0161316;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=141,110.363;QD=60.2722;RBI=0.0329248,0.0222514;REFB=0,0;REVB=-0.0197562,-0.0153263;RO=0;SAF=6,39;SAR=8,36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.6999e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0288723,0.00132953;OID=.,.;OPOS=9908330,9908330;OREF=A,AC;OALT=G,GG;OMAPALT=GC,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:81:92:92:0:0:14,75:15,77:0.163043,0.836957:8,36:6,39:0:0:9,37:6,40:0:0 chr21 9909078 . G A 793.67 PASS AF=0.608333;AO=73;DP=120;FAO=73;FDP=120;FR=.;FRO=47;FSAF=46;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=0.00628958;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.88;QD=26.4556;RBI=0.0491053;REFB=-0.0476789;REVB=0.0487008;RO=47;SAF=46;SAR=27;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.120937;STB=0.565734;STBP=0.113;TYPE=snp;VARB=0.0267872;OID=.;OPOS=9909078;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:120:47:47:73:73:0.608333:27:46:22:25:27:46:22:25 chr21 9909103 . G A 256.8 PASS AF=0.246667;AO=37;DP=150;FAO=37;FDP=150;FR=.;FRO=113;FSAF=27;FSAR=10;FSRF=56;FSRR=57;FWDB=-0.00108231;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.299;QD=6.84796;RBI=0.0215774;REFB=-0.0303582;REVB=0.0215503;RO=111;SAF=27;SAR=10;SRF=56;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295058;STB=0.685383;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=0.0318944;OID=.;OPOS=9909103;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:150:150:111:113:37:37:0.246667:10:27:56:55:10:27:56:57 chr21 9909149 . G A 42.13 PASS AF=0.08;AO=14;DP=175;FAO=14;FDP=175;FR=.;FRO=161;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=83;FSRR=78;FWDB=0.00361236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=213.674;QD=0.963052;RBI=0.00509687;REFB=-0.00165179;REVB=0.00359569;RO=161;SAF=2;SAR=12;SRF=83;SRR=78;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.427053;STB=0.849491;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0265607;OID=.;OPOS=9909149;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:175:175:161:161:14:14:0.08:12:2:83:78:12:2:83:78 chr21 9909176 . C A 1808.5 PASS AF=0.85;AO=137;DP=160;FAO=136;FDP=160;FR=.;FRO=24;FSAF=60;FSAR=76;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0453632;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.779;QD=45.2124;RBI=0.0468979;REFB=-0.0471916;REVB=0.0118994;RO=22;SAF=60;SAR=77;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0284264;STB=0.508927;STBP=0.582;TYPE=snp;VARB=0.0148871;OID=.;OPOS=9909176;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:160:160:22:24:137:136:0.85:77:60:12:10:76:60:12:12 chr21 9909179 . C A 123.31 PASS AF=0.157233;AO=23;DP=157;FAO=25;FDP=159;FR=.;FRO=134;FSAF=10;FSAR=15;FSRF=60;FSRR=74;FWDB=0.0138334;FXX=0.0124216;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.624;QD=3.10205;RBI=0.0202078;REFB=-0.00601822;REVB=-0.0147307;RO=133;SAF=8;SAR=15;SRF=59;SRR=74;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126209;STB=0.541204;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=0.025051;OID=.;OPOS=9909179;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:159:133:134:23:25:0.157233:15:8:59:74:15:10:60:74 chr21 9909208 . C T 106.28 PASS AF=0.156716;AO=21;DP=135;FAO=21;FDP=134;FR=.;FRO=113;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=47;FSRR=66;FWDB=0.0387832;FXX=0.00740686;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.845;QD=3.1725;RBI=0.0468981;REFB=-0.00692157;REVB=-0.0263685;RO=111;SAF=7;SAR=14;SRF=48;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132279;STB=0.574395;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0490737;OID=.;OPOS=9909208;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:134:111:113:21:21:0.156716:14:7:48:63:14:7:47:66 chr21 9909218 . GT AC 79.72 PASS AF=0.145455;AO=16;DP=111;FAO=16;FDP=110;FR=.;FRO=94;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=38;FSRR=56;FWDB=-0.0383622;FXX=0.0090082;HRUN=1;LEN=2;MLLD=177.452;QD=2.89885;RBI=0.0387153;REFB=-0.0068729;REVB=0.00521727;RO=92;SAF=5;SAR=11;SRF=36;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.107699;STB=0.585285;STBP=0.49;TYPE=mnp;VARB=0.0346239;OID=.;OPOS=9909218;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:111:110:92:94:16:16:0.145455:11:5:36:56:11:5:38:56 chr21 9909274 . G A 43.42 PASS AF=0.135593;AO=7;DP=56;FAO=8;FDP=59;FR=.;FRO=51;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=40;FWDB=-0.00129787;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.559;QD=2.94358;RBI=0.00981865;REFB=-0.000925229;REVB=-0.0097325;RO=49;SAF=2;SAR=5;SRF=11;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0964189;STB=0.658206;STBP=0.449;TYPE=snp;VARB=0.0231603;OID=.;OPOS=9909274;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:56:59:49:51:7:8:0.135593:5:2:11:38:5:3:11:40 chr21 10181174 . G A 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0104147;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=236.382;QD=11.1042;RBI=0.0125653;REFB=-0.0066563;REVB=0.00702988;RO=10;SAF=3;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283636;STB=0.517192;STBP=0.919;TYPE=snp;VARB=0.00947333;OID=.;OPOS=10181174;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:4:3:4:6:4:3:4:6 chr21 10181184 . T C 79.41 PASS AF=0.5;AO=10;DP=20;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.0116999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.069;QD=15.8827;RBI=0.0151506;REFB=0.00884153;REVB=0.00962564;RO=9;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.215579;STB=0.646773;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=-0.00542363;OID=.;OPOS=10181184;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:20:20:9:10:10:10:0.5:4:6:3:6:4:6:3:7 chr21 10862599 . C T 1139.15 PASS AF=0.644295;AO=96;DP=148;FAO=96;FDP=149;FR=.;FRO=53;FSAF=57;FSAR=39;FSRF=28;FSRR=25;FWDB=0.00605359;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=199.127;QD=30.5813;RBI=0.00994685;REFB=-0.0191947;REVB=0.00789266;RO=51;SAF=57;SAR=39;SRF=28;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0296482;STB=0.523907;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.0101246;OID=.;OPOS=10862599;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:148:149:51:53:96:96:0.644295:39:57:28:23:39:57:28:25 chr21 10862618 . T C 1392.01 PASS AF=0.700599;AO=117;DP=167;FAO=117;FDP=167;FR=.;FRO=50;FSAF=68;FSAR=49;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0122441;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.986;QD=33.3417;RBI=0.0123545;REFB=-0.00670201;REVB=0.00164796;RO=50;SAF=68;SAR=49;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0909875;STB=0.548776;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.00391052;OID=.;OPOS=10862618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:167:167:50:50:117:117:0.700599:49:68:21:29:49:68:21:29 chr21 10862846 . A T 1255.6 PASS AF=0.816667;AO=85;DP=108;FAO=98;FDP=120;FR=.;FRO=22;FSAF=52;FSAR=46;FSRF=16;FSRR=6;FWDB=0.0679517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.298;QD=41.8534;RBI=0.0679573;REFB=-0.0227048;REVB=-0.000874041;RO=21;SAF=39;SAR=46;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947962;STB=0.536344;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.00445635;OID=.;OPOS=10862846;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:108:120:21:22:85:98:0.816667:46:39:15:6:46:52:16:6 chr21 10862853 . G A 212.25 PASS AF=0.264957;AO=31;DP=118;FAO=31;FDP=117;FR=.;FRO=86;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=53;FSRR=33;FWDB=-0.00330064;FXX=0.0168053;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2197;QD=7.25654;RBI=0.00728052;REFB=0.00692928;REVB=-0.00648936;RO=86;SAF=14;SAR=17;SRF=53;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.200443;STB=0.619284;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=-0.0244311;OID=.;OPOS=10862853;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:117:86:86:31:31:0.264957:17:14:53:33:17:14:53:33 chr21 10862874 . A G 740.5 PASS AF=0.578512;AO=69;DP=121;FAO=70;FDP=121;FR=.;FRO=51;FSAF=31;FSAR=39;FSRF=40;FSRR=11;FWDB=-0.000895138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.4613;QD=24.4793;RBI=0.0157965;REFB=-0.0154933;REVB=-0.0157711;RO=50;SAF=31;SAR=38;SRF=39;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251447;STB=0.641082;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.013081;OID=.;OPOS=10862874;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:50:51:69:70:0.578512:38:31:39:11:39:31:40:11 chr21 10862947 . G A 822.52 PASS AF=0.609756;AO=72;DP=121;FAO=75;FDP=123;FR=.;FRO=48;FSAF=31;FSAR=44;FSRF=36;FSRR=12;FWDB=0.00511347;FXX=0.00806387;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.291;QD=26.7486;RBI=0.0063051;REFB=-0.0129194;REVB=-0.00368871;RO=49;SAF=29;SAR=43;SRF=37;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.25832;STB=0.629343;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.01076;OID=.;OPOS=10862947;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:123:49:48:72:75:0.609756:43:29:37:12:44:31:36:12 chr21 10910311 . T G 438.52 PASS AF=0.73913;AO=34;DP=47;FAO=34;FDP=46;FR=.;FRO=12;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=-0.00618403;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.691;QD=38.1318;RBI=0.0340867;REFB=0.0124873;REVB=0.0335211;RO=12;SAF=19;SAR=15;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0529884;STB=0.528704;STBP=0.554;TYPE=snp;VARB=-0.00629997;OID=.;OPOS=10910311;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:47:46:12:12:34:34:0.73913:15:19:8:4:15:19:8:4 chr21 10910347 . A G 766.29 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0294118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.2242;QD=63.8576;RBI=0.0439221;REFB=0;REVB=0.0326205;RO=0;SAF=23;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000483883;OID=.;OPOS=10910347;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:25:23:0:0:25:23:0:0 chr21 10920098 . T C 754.66 PASS AF=0.981818;AO=54;DP=55;FAO=54;FDP=55;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0291888;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=224.302;QD=54.8843;RBI=0.0475249;REFB=-0.0325934;REVB=0.0375051;RO=1;SAF=29;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184775;STB=0.5098;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000151116;OID=.;OPOS=10920098;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:55:55:1:1:54:54:0.981818:25:29:0:1:25:29:0:1 chr21 10935004 . A T 30.25 PASS AF=0.0659341;AO=12;DP=182;FAO=12;FDP=182;FR=.;FRO=170;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=63;FSRR=107;FWDB=-0.0043754;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=261.925;QD=0.664766;RBI=0.00925779;REFB=-0.00102649;REVB=0.00815858;RO=170;SAF=7;SAR=5;SRF=63;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226369;STB=0.691068;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=0.0189575;OID=.;OPOS=10935004;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:182:182:170:170:12:12:0.0659341:5:7:63:107:5:7:63:107 chr21 10942756 . G A 180.81 PASS AF=0.155462;AO=37;DP=237;FAO=37;FDP=238;FR=.;FRO=201;FSAF=21;FSAR=16;FSRF=92;FSRR=109;FWDB=-0.0145403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.9307;QD=3.0389;RBI=0.0216326;REFB=-0.00111653;REVB=-0.0160172;RO=199;SAF=21;SAR=16;SRF=92;SRR=107;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.134756;STB=0.592101;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00851547;OID=.;OPOS=10942756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:237:238:199:201:37:37:0.155462:16:21:92:107:16:21:92:109 chr21 10942924 . CCTT C 119.0 PASS AF=0.245902;AO=29;DP=124;FAO=30;FDP=122;FR=.;FRO=92;FSAF=7;FSAR=23;FSRF=41;FSRR=51;FWDB=0.00985228;FXX=0.0161277;HRUN=2;LEN=3;MLLD=218.5;QD=3.90156;RBI=0.0148133;REFB=-0.00547435;REVB=-0.0110619;RO=87;SAF=6;SAR=23;SRF=40;SRR=47;SSEN=0.256819;SSEP=0;SSSB=-0.351341;STB=0.680511;STBP=0.034;TYPE=del;VARB=0.0149614;OID=.;OPOS=10942925;OREF=CTT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.245902:29:124:30:122:92:7:23:41:51:99:87:6:23:40:47 chr21 10942981 . C A 102.55 PASS AF=0.174757;AO=19;DP=104;FAO=18;FDP=103;FR=.;FRO=85;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=34;FSRR=51;FWDB=-0.0178119;FXX=0.00961446;HRUN=1;LEN=1;MLLD=293.965;QD=3.98254;RBI=0.0179332;REFB=-0.000696059;REVB=-0.00208253;RO=85;SAF=6;SAR=13;SRF=34;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115576;STB=0.559373;STBP=0.612;TYPE=snp;VARB=0.00367895;OID=.;OPOS=10942981;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:103:85:85:19:18:0.174757:13:6:34:51:12:6:34:51 chr21 10943003 . C T 78.94 PASS AF=0.179487;AO=14;DP=78;FAO=14;FDP=78;FR=.;FRO=64;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=30;FSRR=34;FWDB=-0.00196918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5389;QD=4.04826;RBI=0.00690857;REFB=-0.00570047;REVB=-0.00662198;RO=63;SAF=6;SAR=8;SRF=30;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600741;STB=0.533285;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.0216163;OID=.;OPOS=10943003;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:78:78:78:63:64:14:14:0.179487:8:6:30:33:8:6:30:34 chr21 10951387 . T G 265.23 PASS AF=0.198276;AO=46;DP=232;FAO=46;FDP=232;FR=.;FRO=186;FSAF=11;FSAR=35;FSRF=82;FSRR=104;FWDB=0.00469747;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.539;QD=4.57289;RBI=0.00717901;REFB=-0.00790443;REVB=-0.0054288;RO=184;SAF=11;SAR=35;SRF=81;SRR=103;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.284487;STB=0.680309;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0244224;OID=.;OPOS=10951387;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:232:232:184:186:46:46:0.198276:35:11:81:103:35:11:82:104 chr21 10951426 . G T 271.12 PASS AF=0.216749;AO=45;DP=204;FAO=44;FDP=203;FR=.;FRO=159;FSAF=11;FSAR=33;FSRF=65;FSRR=94;FWDB=-0.00778773;FXX=0.00490172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3183;QD=5.34226;RBI=0.0190336;REFB=-0.00785382;REVB=-0.0173675;RO=153;SAF=11;SAR=34;SRF=63;SRR=90;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240497;STB=0.642184;STBP=0.033;TYPE=snp;VARB=0.0522099;OID=.;OPOS=10951426;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:204:203:153:159:45:44:0.216749:34:11:63:90:33:11:65:94 chr21 10959806 . G T 41.82 PASS AF=0.179487;AO=7;DP=39;FAO=7;FDP=39;FR=.;FRO=32;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=-0.000358144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.258;QD=4.28886;RBI=0.0278102;REFB=-0.00051483;REVB=-0.0278079;RO=32;SAF=2;SAR=5;SRF=18;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329903;STB=0.724004;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00280335;OID=.;OPOS=10959806;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:39:39:32:32:7:7:0.179487:5:2:18:14:5:2:18:14 chr21 11029616 . G T 465.59 PASS AF=0.455357;AO=51;DP=111;FAO=51;FDP=112;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=26;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=-0.0965018;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.4233;QD=16.6282;RBI=0.0965473;REFB=0.0156763;REVB=-0.00296319;RO=60;SAF=25;SAR=26;SRF=26;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552554;STB=0.525937;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=-0.0266547;OID=.;OPOS=11029616;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:111:112:60:61:51:51:0.455357:26:25:26:34:26:25:27:34 chr21 11029624 . C T 274.58 PASS AF=0.327273;AO=36;DP=110;FAO=36;FDP=110;FR=.;FRO=74;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=36;FSRR=38;FWDB=-0.000786512;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.293;QD=9.9847;RBI=0.0535289;REFB=-0.0103812;REVB=-0.0535231;RO=74;SAF=17;SAR=19;SRF=36;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165556;STB=0.50961;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=0.0180632;OID=.;OPOS=11029624;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:110:110:74:74:36:36:0.327273:19:17:36:38:19:17:36:38 chr21 11029630 . GC G 253.07 PASS AF=0.323529;AO=32;DP=106;FAO=33;FDP=102;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=17;FSRF=32;FSRR=37;FWDB=-0.0167265;FXX=0.0467246;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.069;QD=9.92416;RBI=0.021537;REFB=-0.00107124;REVB=0.0135672;RO=69;SAF=16;SAR=16;SRF=32;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.042369;STB=0.514277;STBP=0.831;TYPE=del;VARB=0.00413955;OID=.;OPOS=11029631;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.323529:32:106:33:102:69:16:17:32:37:99:69:16:16:32:37 chr21 11029653 . C T 41.97 PASS AF=0.0956522;AO=11;DP=115;FAO=11;FDP=115;FR=.;FRO=104;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=49;FSRR=55;FWDB=0.00182603;FXX=0.00861995;HRUN=3;LEN=1;MLLD=228.499;QD=1.45994;RBI=0.00625012;REFB=-0.0013926;REVB=-0.00597742;RO=104;SAF=5;SAR=6;SRF=49;SRR=55;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.019486;STB=0.515076;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.0111243;OID=.;OPOS=11029653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:115:115:104:104:11:11:0.0956522:6:5:49:55:6:5:49:55 chr21 11029679 . C G 395.26 PASS AF=0.376;AO=47;DP=124;FAO=47;FDP=125;FR=.;FRO=78;FSAF=22;FSAR=25;FSRF=33;FSRR=45;FWDB=-0.00518689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.164;QD=12.6482;RBI=0.0334911;REFB=-0.00713971;REVB=-0.033087;RO=76;SAF=22;SAR=25;SRF=33;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0371105;STB=0.52829;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0100227;OID=.;OPOS=11029679;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:76:78:47:47:0.376:25:22:33:43:25:22:33:45 chr21 11038796 . T C 106.82 PASS AF=0.101974;AO=31;DP=304;FAO=31;FDP=304;FR=.;FRO=273;FSAF=12;FSAR=19;FSRF=125;FSRR=148;FWDB=-0.0197926;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=287.048;QD=1.40547;RBI=0.0298849;REFB=-0.000750398;REVB=-0.0223911;RO=273;SAF=12;SAR=19;SRF=125;SRR=148;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0879516;STB=0.564967;STBP=0.465;TYPE=snp;VARB=0.00677728;OID=.;OPOS=11038796;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:304:304:273:273:31:31:0.101974:19:12:125:148:19:12:125:148 chr21 11038802 . G A 848.5 PASS AF=0.35274;AO=100;DP=291;FAO=103;FDP=292;FR=.;FRO=189;FSAF=45;FSAR=58;FSRF=84;FSRR=105;FWDB=0.0201079;FXX=0.0101691;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5762;QD=11.6232;RBI=0.0208794;REFB=-0.00554483;REVB=-0.00562315;RO=186;SAF=42;SAR=58;SRF=84;SRR=102;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0368041;STB=0.50496;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0163787;OID=.;OPOS=11038802;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:291:292:186:189:100:103:0.35274:58:42:84:102:58:45:84:105 chr21 11038843 . G C 2123.71 PASS AF=0.729614;AO=169;DP=231;FAO=170;FDP=233;FR=.;FRO=63;FSAF=73;FSAR=97;FSRF=28;FSRR=35;FWDB=0.0611613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.0234;QD=36.4585;RBI=0.0659606;REFB=-0.0476664;REVB=0.0247001;RO=61;SAF=73;SAR=96;SRF=27;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00540155;STB=0.504142;STBP=0.827;TYPE=snp;VARB=0.021754;OID=.;OPOS=11038843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:231:233:61:63:169:170:0.729614:96:73:27:34:97:73:28:35 chr21 11049584 . C T 60.05 PASS AF=0.101266;AO=16;DP=158;FAO=16;FDP=158;FR=.;FRO=142;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=75;FSRR=67;FWDB=-0.00826358;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=237.473;QD=1.52036;RBI=0.00865413;REFB=-0.00395009;REVB=-0.00257045;RO=137;SAF=8;SAR=8;SRF=74;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0484733;STB=0.525285;STBP=0.84;TYPE=snp;VARB=0.0297645;OID=.;OPOS=11049584;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:158:158:137:142:16:16:0.101266:8:8:74:63:8:8:75:67 chr21 11049592 . C T 66.29 PASS AF=0.103448;AO=18;DP=174;FAO=18;FDP=174;FR=.;FRO=156;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=79;FSRR=77;FWDB=0.0681624;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.591;QD=1.52385;RBI=0.0689007;REFB=-0.00327984;REVB=-0.0100595;RO=155;SAF=8;SAR=10;SRF=78;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0710903;STB=0.555494;STBP=0.636;TYPE=snp;VARB=0.032465;OID=.;OPOS=11049592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:174:174:155:156:18:18:0.103448:10:8:78:77:10:8:79:77 chr21 11057855 . A T 257.49 PASS AF=0.545455;AO=24;DP=44;FAO=24;FDP=44;FR=.;FRO=20;FSAF=18;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=5;FWDB=-0.0103184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.554;QD=23.4082;RBI=0.0116429;REFB=-0.0188858;REVB=0.00539319;RO=19;SAF=18;SAR=6;SRF=14;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137937;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.014611;OID=.;OPOS=11057855;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:19:20:24:24:0.545455:6:18:14:5:6:18:15:5 chr21 11057866 . C T 32.92 PASS AF=0.136364;AO=6;DP=44;FAO=6;FDP=44;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.0383287;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.5953;QD=2.99297;RBI=0.0731021;REFB=0.00035565;REVB=0.0622481;RO=37;SAF=5;SAR=1;SRF=27;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174265;STB=0.651598;STBP=0.55;TYPE=snp;VARB=-0.000305776;OID=.;OPOS=11057866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:44:44:37:38:6:6:0.136364:1:5:27:10:1:5:27:11 chr21 11057888 . T A 193.21 PASS AF=0.425532;AO=20;DP=47;FAO=20;FDP=47;FR=.;FRO=27;FSAF=15;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=0.0119053;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=117.339;QD=16.4435;RBI=0.0192918;REFB=-0.0170477;REVB=-0.0151801;RO=27;SAF=15;SAR=5;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0595028;STB=0.534211;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0177218;OID=.;OPOS=11057888;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:27:27:20:20:0.425532:5:15:19:8:5:15:19:8 chr21 11058226 . G C 276.02 PASS AF=0.247059;AO=42;DP=168;FAO=42;FDP=170;FR=.;FRO=128;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=62;FSRR=66;FWDB=-0.0117641;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=242.193;QD=6.49463;RBI=0.011989;REFB=-0.00272002;REVB=-0.00231127;RO=125;SAF=19;SAR=23;SRF=61;SRR=64;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0445889;STB=0.524187;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.00902231;OID=.;OPOS=11058226;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:168:170:125:128:42:42:0.247059:23:19:61:64:23:19:62:66 chr21 11097557 . A G 102.52 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=-0.0117445;FXX=0.0689417;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.1464;QD=15.1877;RBI=0.0173045;REFB=-0.0108452;REVB=0.0127088;RO=15;SAF=8;SAR=4;SRF=5;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.314161;STB=0.682626;STBP=0.11;TYPE=snp;VARB=0.019132;OID=.;OPOS=11097557;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:27:15:15:12:12:0.444444:4:8:5:10:4:8:5:10 chr21 11097574 . T A 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.000662159;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.084;QD=12.7914;RBI=0.0248583;REFB=-0.00407444;REVB=-0.0248495;RO=23;SAF=12;SAR=2;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.507363;STB=0.803088;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0173178;OID=.;OPOS=11097574;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:2:12:10:13:2:12:10:13 chr21 11098674 . T C 468.91 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0520486;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.367;QD=58.6131;RBI=0.0607127;REFB=0;REVB=0.0312567;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000283914;OID=.;OPOS=11098674;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:11:21:0:0:11:21:0:0 chr21 11098723 . TG CA,CG 88.47 PASS AF=0.114286,0.228571;AO=4,8;DP=35;FAO=4,8;FDP=35;FR=.;FRO=23;FSAF=3,1;FSAR=1,7;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=-0.0156333,-0.00679021;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=151.292,104.777;QD=10.111;RBI=0.0544013,0.0569951;REFB=-0.00642669,-0.0095779;REVB=-0.0521066,-0.0565891;RO=23;SAF=3,1;SAR=1,7;SRF=11;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.312558,-0.480729;STB=0.734653,0.814633;STBP=0.376,0.068;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0901732,-0.00644414;OID=.,.;OPOS=11098723,11098723;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:55:35:35:23:23:4,8:4,8:0.114286,0.228571:1,7:3,1:11:12:1,7:3,1:11:12 chr21 11098732 . C T 51.45 PASS AF=0.222222;AO=8;DP=36;FAO=8;FDP=36;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=15;FSRR=13;FWDB=0.00346481;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.529;QD=5.71626;RBI=0.00660186;REFB=-0.0161227;REVB=-0.00561957;RO=28;SAF=1;SAR=7;SRF=15;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.525481;STB=0.847547;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0801741;OID=.;OPOS=11098732;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:36:36:28:28:8:8:0.222222:7:1:15:13:7:1:15:13 chr21 11098756 . C A 57.23 PASS AF=0.243243;AO=9;DP=37;FAO=9;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.0219062;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.6556;QD=6.18711;RBI=0.0351214;REFB=-0.013158;REVB=0.0274524;RO=27;SAF=1;SAR=8;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.51293;STB=0.82878;STBP=0.038;TYPE=snp;VARB=0.0335815;OID=.;OPOS=11098756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:37:37:27:28:9:9:0.243243:8:1:13:14:8:1:13:15 chr21 11098763 . C T 72.0 PASS AF=0.285714;AO=10;DP=35;FAO=10;FDP=35;FR=.;FRO=25;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0269076;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.832;QD=8.22886;RBI=0.0365522;REFB=-0.0118775;REVB=0.0247395;RO=25;SAF=1;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.534187;STB=0.840923;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0581563;OID=.;OPOS=11098763;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:35:35:25:25:10:10:0.285714:9:1:12:13:9:1:12:13 chr21 14419915 . A G 794.0 PASS AF=0.449198;AO=82;DP=187;FAO=84;FDP=187;FR=.;FRO=103;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=44;FSRR=59;FWDB=-0.0104968;FXX=0.00531887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.513;QD=16.9839;RBI=0.0171182;REFB=-0.0157197;REVB=0.0135222;RO=104;SAF=38;SAR=44;SRF=44;SRR=60;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0409021;STB=0.520596;STBP=0.631;TYPE=snp;VARB=0.0209589;OID=.;OPOS=14419915;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:104:103:82:84:0.449198:44:38:44:60:45:39:44:59 chr21 14420005 . A G 945.12 PASS AF=0.477157;AO=94;DP=199;FAO=94;FDP=197;FR=.;FRO=103;FSAF=38;FSAR=56;FSRF=39;FSRR=64;FWDB=0.00395777;FXX=0.0149993;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.536;QD=19.1902;RBI=0.018935;REFB=-0.0160944;REVB=-0.0185167;RO=100;SAF=38;SAR=56;SRF=39;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0138816;STB=0.513974;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0165939;OID=.;OPOS=14420005;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:199:197:100:103:94:94:0.477157:56:38:39:61:56:38:39:64 chr21 14743754 . C T 37.66 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.0137861;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1141;QD=9.41619;RBI=0.156253;REFB=-0.019522;REVB=0.155644;RO=10;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.391993;STB=0.749062;STBP=0.169;TYPE=snp;VARB=0.0468131;OID=.;OPOS=14743754;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:1:5:5:5:1:5:5:5 chr21 14778721 . A T 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0921998;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.8848;QD=37.4857;RBI=0.112094;REFB=0;REVB=-0.0637516;RO=0;SAF=6;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0022022;OID=.;OPOS=14778721;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:2:6:0:0:2:6:0:0 chr21 15013735 . A G 735.24 PASS AF=1;AO=45;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=32;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.783;QD=62.5735;RBI=0.0361245;REFB=0;REVB=0.0344769;RO=0;SAF=31;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00468336;OID=.;OPOS=15013735;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:45:47:1:14:31:0:0:15:32:0:0 chr21 15457003 . C A 124.16 PASS AF=0.722222;AO=13;DP=18;FAO=13;FDP=18;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00129712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.4215;QD=27.5918;RBI=0.0394043;REFB=-0.0664075;REVB=-0.0393829;RO=5;SAF=8;SAR=5;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205918;STB=0.615207;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.0207265;OID=.;OPOS=15457003;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:18:18:5:5:13:13:0.722222:5:8:1:4:5:8:1:4 chr21 15457034 . A T 246.84 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0298589;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=293.113;QD=31.8502;RBI=0.0298869;REFB=0.0116478;REVB=-0.00129379;RO=9;SAF=13;SAR=9;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.193682;STB=0.606318;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=-0.00421525;OID=.;OPOS=15457034;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:9:9:22:22:0.709677:9:13:2:7:9:13:2:7 chr21 15457086 . A G 240.37 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=0.0377476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.822;QD=28.2788;RBI=0.0380723;REFB=-0.00982785;REVB=-0.0049613;RO=12;SAF=14;SAR=8;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295609;STB=0.663012;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.00660462;OID=.;OPOS=15457086;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:8:14:2:10:8:14:2:10 chr21 15457339 . T G 102.96 PASS AF=0.464286;AO=13;DP=28;FAO=13;FDP=28;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0433936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.9245;QD=14.7084;RBI=0.0475062;REFB=-0.0127569;REVB=-0.0193349;RO=15;SAF=10;SAR=3;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.313219;STB=0.682926;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=0.0452751;OID=.;OPOS=15457339;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:28:15:15:13:13:0.464286:3:10:7:8:3:10:7:8 chr21 15457350 . TA CG 102.63 PASS AF=0.48;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0101711;FXX=0.0384468;HRUN=3;LEN=2;MLLD=303.053;QD=16.4202;RBI=0.0559096;REFB=0.00683132;REVB=-0.0549766;RO=13;SAF=9;SAR=3;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218591;STB=0.627678;STBP=0.266;TYPE=mnp;VARB=-0.00539997;OID=.;OPOS=15457350;OREF=TA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:25:13:13:12:12:0.48:3:9:7:6:3:9:7:6 chr21 15457374 . G C 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=-0.013316;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.474;QD=17.4011;RBI=0.0231587;REFB=-0.00116388;REVB=-0.0189476;RO=13;SAF=10;SAR=3;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.302232;STB=0.675383;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=0.0022223;OID=.;OPOS=15457374;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:3:10:6:7:3:10:6:7 chr21 15457399 . G C 107.42 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=34;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=9;FSRR=12;FWDB=0.000194426;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=252.581;QD=12.6376;RBI=0.0310656;REFB=-0.00536327;REVB=-0.031065;RO=21;SAF=10;SAR=3;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.377954;STB=0.724274;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00692956;OID=.;OPOS=15457399;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:21:21:13:13:0.382353:3:10:9:12:3:10:9:12 chr21 15457410 . C G 97.08 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=34;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=3;FSRF=8;FSRR=13;FWDB=0.0557038;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=76.7562;QD=11.7675;RBI=0.0602739;REFB=-0.00967317;REVB=-0.0230223;RO=21;SAF=9;SAR=3;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.399758;STB=0.738058;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0506823;OID=.;OPOS=15457410;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:34:33:21:21:12:12:0.363636:3:9:8:13:3:9:8:13 chr21 15457463 . CACACACAGT C 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00252844;FXX=0;HRUN=1;LEN=9;MLLD=301.829;QD=46.8481;RBI=0.00584449;REFB=0;REVB=0.00526925;RO=0;SAF=5;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.73433e-05;OID=.;OPOS=15457464;OREF=ACACACAGT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:15:15:15:15:0:5:10:0:0:4:0:5:10:0:0 chr21 15481365 . G T 68.44 PASS AF=0.208333;AO=10;DP=48;FAO=10;FDP=48;FR=.;FRO=38;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=24;FWDB=-0.00209375;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.708;QD=5.70345;RBI=0.0104477;REFB=-0.00697111;REVB=-0.0102358;RO=38;SAF=1;SAR=9;SRF=14;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.444591;STB=0.802827;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0237537;OID=.;OPOS=15481365;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:48:48:38:38:10:10:0.208333:9:1:14:24:9:1:14:24 chr21 15516976 . T A 340.47 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000298171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.8438;QD=54.4747;RBI=0.0563428;REFB=0;REVB=0.056342;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00092772;OID=.;OPOS=15516976;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chr21 15596772 . T G 289.07 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00655855;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.8193;QD=52.5585;RBI=0.08593;REFB=0;REVB=-0.0856794;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00218077;OID=.;OPOS=15596772;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:9:13:0:0:9:13:0:0 chr21 15646397 . A G 1062.91 PASS AF=1;AO=67;DP=67;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00928043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.569;QD=59.8821;RBI=0.0570077;REFB=0;REVB=0.0562473;RO=0;SAF=32;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.62221e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.35041e-05;OID=.;OPOS=15646397;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:67:71:0:0:67:71:1:35:32:0:0:39:32:0:0 chr21 15646405 . C A 158.02 PASS AF=0.263889;AO=17;DP=72;FAO=19;FDP=72;FR=.,HEALED;FRO=48;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=24;FSRR=24;FWDB=-0.118052;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=81.2024;QD=8.77904;RBI=0.118769;REFB=-0.0452509;REVB=-0.0130291;RO=28;SAF=3;SAR=14;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.217678;STB=0.728907;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0502743;OID=.;OPOS=15646405;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:28:48:17:19:0.263889:14:3:9:19:15:4:24:24 chr21 15926544 . G A 613.35 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00256266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=191.043;QD=61.3353;RBI=0.0134247;REFB=0;REVB=0.0131778;RO=0;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92917e-05;OID=.;OPOS=15926544;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:23:17:0:0:23:17:0:0 chr21 15954593 . G A 380.59 PASS AF=0.810811;AO=27;DP=35;FAO=30;FDP=37;FR=.;FRO=7;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0155471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2395;QD=41.1451;RBI=0.0368541;REFB=-0.0713142;REVB=-0.0334142;RO=7;SAF=12;SAR=15;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00609679;STB=0.500917;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0156359;OID=.;OPOS=15954593;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:41:35:37:7:7:27:30:0.810811:15:12:3:4:17:13:3:4 chr21 15954660 . T C 1163.34 PASS AF=0.975;AO=78;DP=80;FAO=78;FDP=80;FR=.;FRO=2;FSAF=44;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.00957412;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.735;QD=58.167;RBI=0.0399782;REFB=-0.0970538;REVB=-0.0388148;RO=1;SAF=44;SAR=34;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.010637;STB=0.511108;STBP=0.261;TYPE=snp;VARB=0.00398715;OID=.;OPOS=15954660;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:80:80:1:2:78:78:0.975:34:44:1:0:34:44:2:0 chr21 15964920 . C G 346.15 PASS AF=1;AO=25;DP=26;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0227746;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.326;QD=55.3846;RBI=0.0265906;REFB=0;REVB=-0.0137251;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000668684;OID=.;OPOS=15964920;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr21 15974409 . T C 283.43 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0382517;FXX=0.0416493;HRUN=4;LEN=1;MLLD=231.471;QD=49.2916;RBI=0.045086;REFB=-0.125617;REVB=0.0238653;RO=1;SAF=11;SAR=11;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0401764;STB=0.521719;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.00105158;OID=.;OPOS=15974409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:23:1:1:22:22:0.956522:11:11:0:1:11:11:0:1 chr21 16335469 . T C 151.53 PASS AF=0.327869;AO=20;DP=61;FAO=20;FDP=61;FR=.;FRO=41;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=0.0249835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.109;QD=9.93616;RBI=0.0580219;REFB=-0.00663721;REVB=0.0523676;RO=40;SAF=9;SAR=11;SRF=25;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.196629;STB=0.606055;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.0171271;OID=.;OPOS=16335469;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:40:41:20:20:0.327869:11:9:25:15:11:9:25:16 chr21 16335515 . C T 550.59 PASS AF=0.60241;AO=50;DP=79;FAO=50;FDP=83;FR=.;FRO=33;FSAF=24;FSAR=26;FSRF=17;FSRR=16;FWDB=-0.0365629;FXX=0.0119033;HRUN=3;LEN=1;MLLD=42.4209;QD=26.5344;RBI=0.0944893;REFB=-0.0620578;REVB=-0.0871285;RO=29;SAF=24;SAR=26;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483783;STB=0.513977;STBP=0.807;TYPE=snp;VARB=0.0376662;OID=.;OPOS=16335515;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:83:29:33:50:50:0.60241:26:24:16:13:26:24:17:16 chr21 16340289 . C T 450.69 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00488242;FXX=0.0312402;HRUN=4;LEN=1;MLLD=86.3405;QD=58.1529;RBI=0.00851082;REFB=0;REVB=0.00697108;RO=0;SAF=13;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000739164;OID=.;OPOS=16340289;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:18:13:0:0:18:13:0:0 chr21 16424421 . A G 458.26 PASS AF=0.871795;AO=34;DP=39;FAO=34;FDP=39;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=0.0231535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.3942;QD=47.0007;RBI=0.0418855;REFB=-0.0909333;REVB=0.0349043;RO=5;SAF=18;SAR=16;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0169093;STB=0.509086;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0123704;OID=.;OPOS=16424421;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:39:39:5:5:34:34:0.871795:16:18:3:2:16:18:3:2 chr21 17251556 . C A 65.27 PASS AF=0.3;AO=9;DP=32;FAO=9;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=17;FWDB=0.019712;FXX=0.0624805;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.664;QD=8.702;RBI=0.029588;REFB=-0.0124408;REVB=0.0220655;RO=22;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.329124;STB=0.687156;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0199728;OID=.;OPOS=17251556;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:32:30:22:21:9:9:0.3:5:4:4:18:5:4:4:17 chr21 18827106 . C T 116.21 PASS AF=0.565217;AO=13;DP=23;FAO=13;FDP=23;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.00991234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.4686;QD=20.2096;RBI=0.0126196;REFB=-0.00304255;REVB=0.0078103;RO=10;SAF=6;SAR=7;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0474842;STB=0.526986;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.00189991;OID=.;OPOS=18827106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:23:23:10:10:13:13:0.565217:7:6:4:6:7:6:4:6 chr21 19161403 . A G 287.92 PASS AF=0.675676;AO=25;DP=37;FAO=25;FDP=37;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.00918272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7601;QD=31.1269;RBI=0.0422669;REFB=-0.0428085;REVB=0.0412574;RO=10;SAF=9;SAR=16;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02248;STB=0.547906;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0060845;OID=.;OPOS=19161403;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:37:37:10:12:25:25:0.675676:16:9:4:6:16:9:6:6 chr21 19163556 . A C 376.61 PASS AF=0.673913;AO=31;DP=46;FAO=31;FDP=46;FR=.;FRO=15;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.000736277;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=266.895;QD=32.7487;RBI=0.00827935;REFB=-0.0127864;REVB=-0.00824655;RO=15;SAF=17;SAR=14;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00905709;STB=0.504947;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.00652709;OID=.;OPOS=19163556;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:15:15:31:31:0.673913:14:17:8:7:14:17:8:7 chr21 19163707 . C T 598.69 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00979512;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.148;QD=61.4042;RBI=0.042602;REFB=0;REVB=0.0414607;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278642;OID=.;OPOS=19163707;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:20:19:0:0:20:19:0:0 chr21 19165259 . ACT A 73.35 PASS AF=0.27027;AO=10;DP=38;FAO=10;FDP=37;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0130209;FXX=0.0263089;HRUN=1;LEN=2;MLLD=156.776;QD=7.92924;RBI=0.0167882;REFB=-0.00724769;REVB=-0.0105972;RO=26;SAF=7;SAR=3;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199615;STB=0.63971;STBP=0.321;TYPE=del;VARB=0.0143404;OID=.;OPOS=19165260;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.27027:10:38:10:37:27:7:3:14:13:73:26:7:3:14:12 chr21 19165879 . A T 306.99 PASS AF=0.574074;AO=30;DP=53;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=5;FSRR=18;FWDB=-0.0907743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.691;QD=22.7398;RBI=0.0908077;REFB=0.00933592;REVB=0.00246465;RO=23;SAF=15;SAR=15;SRF=5;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222882;STB=0.614388;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.00700999;OID=.;OPOS=19165879;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:23:23:30:31:0.574074:15:15:5:18:16:15:5:18 chr21 19167506 . T C 97.75 PASS AF=0.578947;AO=11;DP=20;FAO=11;FDP=19;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=-0.00196148;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.458;QD=20.5783;RBI=0.0516774;REFB=-0.0303836;REVB=0.0516402;RO=8;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305012;STB=0.672611;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.0227933;OID=.;OPOS=19167506;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:20:19:8:8:11:11:0.578947:6:5:7:1:6:5:7:1 chr21 19169218 . G C 70.53 PASS AF=0.232558;AO=10;DP=43;FAO=10;FDP=43;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.00180446;FXX=0.0227221;HRUN=5;LEN=1;MLLD=266.897;QD=6.56135;RBI=0.00543464;REFB=-0.00246761;REVB=-0.00512633;RO=30;SAF=8;SAR=2;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.41727;STB=0.776125;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00796498;OID=.;OPOS=19169218;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:70:43:43:30:33:10:10:0.232558:2:8:14:16:2:8:15:18 chr21 19666910 . A G 62.68 PASS AF=0.409091;AO=5;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00673526;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.6924;QD=11.3969;RBI=0.0611183;REFB=-0.021509;REVB=0.0607461;RO=12;SAF=3;SAR=2;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196884;STB=0.580461;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.0343408;OID=.;OPOS=19666910;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:22:22:12:13:5:9:0.409091:2:3:5:7:6:3:6:7 chr21 19670118 . G A 73.44 PASS AF=0.322581;AO=10;DP=31;FAO=10;FDP=31;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.018296;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=252.557;QD=9.47556;RBI=0.0197551;REFB=-0.0170661;REVB=-0.00745121;RO=21;SAF=5;SAR=5;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0795232;STB=0.548291;STBP=0.747;TYPE=snp;VARB=0.0375826;OID=.;OPOS=19670118;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:31:31:21:21:10:10:0.322581:5:5:12:9:5:5:12:9 chr21 19715835 . T A 115.38 PASS AF=0.341463;AO=14;DP=41;FAO=14;FDP=41;FR=.;FRO=27;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=-0.00573794;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.366;QD=11.2563;RBI=0.00797521;REFB=-0.0176762;REVB=0.00553896;RO=27;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.101276;STB=0.560351;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0336758;OID=.;OPOS=19715835;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:27:27:14:14:0.341463:9:5:12:15:9:5:12:15 chr21 19726136 . T C 505.57 PASS AF=0.69697;AO=46;DP=65;FAO=46;FDP=66;FR=.;FRO=20;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0520429;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.489;QD=30.6408;RBI=0.0535235;REFB=-0.0302592;REVB=0.0125022;RO=18;SAF=23;SAR=23;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0578492;STB=0.515145;STBP=0.722;TYPE=snp;VARB=0.0140463;OID=.;OPOS=19726136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:18:20:46:46:0.69697:23:23:11:7:23:23:11:9 chr21 21728991 . C A 670.24 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0122164;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.274;QD=62.3483;RBI=0.0282468;REFB=0;REVB=0.0254684;RO=0;SAF=18;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.68675e-05;OID=.;OPOS=21728991;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:25:18:0:0:25:18:0:0 chr21 22746187 . T C 249.72 PASS AF=0.5;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=54;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=-0.023462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.851;QD=18.4981;RBI=0.0317501;REFB=-0.00945104;REVB=-0.0213917;RO=26;SAF=10;SAR=17;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.183604;STB=0.594335;STBP=0.196;TYPE=snp;VARB=0.0129892;OID=.;OPOS=22746187;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:26:27:27:27:0.5:17:10:15:11:17:10:15:12 chr21 24804558 . T C 102.28 PASS AF=0.288889;AO=13;DP=45;FAO=13;FDP=45;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=21;FWDB=0.0325278;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.239;QD=9.0919;RBI=0.0326368;REFB=-0.00904468;REVB=0.00266411;RO=32;SAF=4;SAR=9;SRF=11;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0481082;STB=0.529366;STBP=0.812;TYPE=snp;VARB=0.0146682;OID=.;OPOS=24804558;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:32:32:13:13:0.288889:9:4:11:21:9:4:11:21 chr21 26965148 . G A 598.63 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0212525;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.699;QD=61.3974;RBI=0.0544127;REFB=0;REVB=-0.0500906;RO=0;SAF=21;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.01241e-05;OID=.;OPOS=26965148;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:18:21:0:0:18:21:0:0 chr21 26965205 . T C 708.52 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00392437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.638;QD=62.9796;RBI=0.0124952;REFB=0;REVB=0.0118629;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.66876e-05;OID=.;OPOS=26965205;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:22:23:0:0:22:23:0:0 chr21 26969703 . T C 453.37 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0544142;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.3392;QD=54.9533;RBI=0.055237;REFB=0.0396514;REVB=0.00949841;RO=1;SAF=16;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282865;STB=0.515142;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=-0.00243365;OID=.;OPOS=26969703;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:16:16:1:0:16:16:1:0 chr21 26978950 . A G 214.2 PASS AF=0.947368;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=19;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0605558;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1001;QD=45.0937;RBI=0.0607121;REFB=-0.158969;REVB=0.0043543;RO=1;SAF=9;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0483018;STB=0.526287;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.00508756;OID=.;OPOS=26978950;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:19:1:1:18:18:0.947368:9:9:1:0:9:9:1:0 chr21 27056250 . A G 75.09 PASS AF=0.37037;AO=10;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0187033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8203;QD=11.1242;RBI=0.0401483;REFB=-0.0203515;REVB=0.0355256;RO=17;SAF=6;SAR=4;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0756198;STB=0.545363;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0492866;OID=.;OPOS=27056250;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:27:27:17:17:10:10:0.37037:4:6:9:8:4:6:9:8 chr21 27563105 . G A 222.83 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.033694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.1535;QD=18.9642;RBI=0.0522677;REFB=-0.00919194;REVB=-0.0399578;RO=24;SAF=12;SAR=10;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194024;STB=0.618217;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.0136967;OID=.;OPOS=27563105;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:24:25:22:22:0.468085:10:12:8:16:10:12:8:17 chr21 27852724 . AA GA,GG 611.66 PASS AF=0.926829,0.0731707;AO=36,3;DP=41;FAO=38,3;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=21,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0542757,0.04863;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=216.874,161.311;QD=59.6742;RBI=0.0542963,0.0486561;REFB=0,0;REVB=0.00149528,-0.00159511;RO=0;SAF=15,0;SAR=21,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.0031771,0.0324562;OID=.,.;OPOS=27852724,27852724;OREF=A,AA;OALT=G,GG;OMAPALT=GA,GG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:13:41:41:0:0:36,3:38,3:0.926829,0.0731707:21,3:15,0:0:0:21,3:17,0:0:0 chr21 28216657 . CG C 36.49 PASS AF=0.294118;AO=11;DP=33;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=15;FWDB=0.0109608;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.0785;QD=4.2927;RBI=0.0875862;REFB=-0.0794663;REVB=-0.0868977;RO=21;SAF=4;SAR=7;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0362148;STB=0.559876;STBP=0.696;TYPE=del;VARB=0.115564;OID=.;OPOS=28216658;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.294118:11:33:10:34:24:3:7:9:15:36:21:4:7:7:14 chr21 28295339 . T C 501.19 PASS AF=0.391608;AO=56;DP=143;FAO=56;FDP=143;FR=.;FRO=87;FSAF=26;FSAR=30;FSRF=48;FSRR=39;FWDB=-0.0310011;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2704;QD=14.0194;RBI=0.0318007;REFB=-0.0178237;REVB=-0.00708634;RO=86;SAF=26;SAR=30;SRF=47;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0880039;STB=0.553045;STBP=0.333;TYPE=snp;VARB=0.026176;OID=.;OPOS=28295339;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:143:143:86:87:56:56:0.391608:30:26:47:39:30:26:48:39 chr21 28296324 . A G 219.04 PASS AF=0.412698;AO=26;DP=63;FAO=26;FDP=63;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0168877;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.61;QD=13.9073;RBI=0.0569832;REFB=-0.00742355;REVB=0.0544233;RO=37;SAF=15;SAR=11;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.066033;STB=0.537672;STBP=0.682;TYPE=snp;VARB=0.0119564;OID=.;OPOS=28296324;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:37:37:26:26:0.412698:11:15:19:18:11:15:19:18 chr21 28302355 . A G 472.66 PASS AF=0.522727;AO=44;DP=86;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=30;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=0.0222383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.484;QD=21.4845;RBI=0.0222388;REFB=-0.0207019;REVB=0.000156793;RO=42;SAF=28;SAR=16;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.186597;STB=0.609707;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.019763;OID=.;OPOS=28302355;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:88:42:42:44:46:0.522727:16:28:18:24:16:30:18:24 chr21 28326276 . G A 998.29 PASS AF=0.945946;AO=70;DP=74;FAO=70;FDP=74;FR=.;FRO=4;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0382347;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=276.214;QD=53.9619;RBI=0.0384755;REFB=-0.0676716;REVB=-0.00429772;RO=4;SAF=29;SAR=41;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608648;STB=0.532249;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.000240176;OID=.;OPOS=28326276;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:74:74:4:4:70:70:0.945946:41:29:4:0:41:29:4:0 chr21 30250555 . T C 786.64 PASS AF=1;AO=48;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00127559;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=279.081;QD=64.2153;RBI=0.00773066;REFB=0;REVB=0.00762469;RO=0;SAF=28;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.56477e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.01946e-05;OID=.;OPOS=30250555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:48:49:1:20:28:0:0:20:29:0:0 chr21 30250615 . T C 698.87 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00273835;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=193.457;QD=59.4783;RBI=0.00288797;REFB=0.0289793;REVB=-0.000917494;RO=1;SAF=21;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191802;STB=0.5098;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=-0.000849391;OID=.;OPOS=30250615;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:45:46:0.978723:24:21:0:1:25:21:0:1 chr21 30257566 . GTT GT,GTC 2200.33 PASS AF=0.178808,0.821192;AO=24,116;DP=151;FAO=27,124;FDP=151;FR=.;FRO=0;FSAF=3,48;FSAR=24,76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.149857,-0.0977126;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=25.067,42.1297;QD=58.287;RBI=0.180515,0.122218;REFB=0,0;REVB=-0.100641,-0.0734124;RO=0;SAF=1,44;SAR=23,72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=6.66402e-08,3.31343e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0564643,-0.00230772;OID=.,.;OPOS=30257567,30257568;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=GT,GTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.178808,0.821192:24,116:151:27,124:151:0:3,48:24,76:0:0:99:0:1,44:23,72:0:0 chr21 30257570 . A C 126.8 PASS AF=0.174194;AO=27;DP=155;FAO=27;FDP=155;FR=.;FRO=128;FSAF=4;FSAR=23;FSRF=50;FSRR=78;FWDB=-0.0096706;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=36.1504;QD=3.27212;RBI=0.0684108;REFB=-0.0354036;REVB=-0.0677238;RO=128;SAF=3;SAR=24;SRF=51;SRR=77;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.461366;STB=0.754339;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=0.186905;OID=.;OPOS=30257570;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:155:128:128:27:27:0.174194:24:3:51:77:23:4:50:78 chr21 30331935 . G A 60.1 PASS AF=0.204545;AO=9;DP=45;FAO=9;FDP=44;FR=.;FRO=35;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=-0.00243821;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.35;QD=5.46402;RBI=0.0188412;REFB=0.000120671;REVB=-0.0186827;RO=35;SAF=5;SAR=4;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195834;STB=0.512792;STBP=0.954;TYPE=snp;VARB=-0.000919228;OID=.;OPOS=30331935;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:45:44:35:35:9:9:0.204545:4:5:20:15:4:5:20:15 chr21 30339234 . T C 183.89 PASS AF=0.692308;AO=15;DP=24;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=7;FSRR=1;FWDB=0.0261969;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=284.745;QD=28.2902;RBI=0.0307958;REFB=-0.0235738;REVB=-0.0161896;RO=9;SAF=7;SAR=8;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.206195;STB=0.601664;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.0113138;OID=.;OPOS=30339234;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:24:26:9:8:15:18:0.692308:8:7:7:2:8:10:7:1 chr21 30341891 . A G 582.48 PASS AF=0.975;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0117798;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.318;QD=58.2482;RBI=0.0221416;REFB=-0.13835;REVB=-0.018748;RO=1;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218009;STB=0.511622;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.000704251;OID=.;OPOS=30341891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:40:40:1:1:39:39:0.975:21:18:0:1:21:18:0:1 chr21 30342933 . C A 267.26 PASS AF=0.385542;AO=32;DP=83;FAO=32;FDP=83;FR=.;FRO=51;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=-0.00860937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.412;QD=12.8799;RBI=0.0100319;REFB=-0.0240697;REVB=0.00514962;RO=50;SAF=14;SAR=18;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0190478;STB=0.503826;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0337833;OID=.;OPOS=30342933;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:50:51:32:32:0.385542:18:14:21:29:18:14:22:29 chr21 30343017 . T C 277.87 PASS AF=0.395062;AO=32;DP=81;FAO=32;FDP=81;FR=.;FRO=49;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0108331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.3615;QD=13.7221;RBI=0.0368079;REFB=0.00503555;REVB=0.0351776;RO=49;SAF=16;SAR=16;SRF=20;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0975871;STB=0.555521;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=-0.00821902;OID=.;OPOS=30343017;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:49:49:32:32:0.395062:16:16:20:29:16:16:20:29 chr21 30434670 . G T 241.56 PASS AF=0.522727;AO=23;DP=44;FAO=23;FDP=44;FR=.;FRO=21;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0127798;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.279;QD=21.9598;RBI=0.0127808;REFB=-0.0178482;REVB=-0.000160719;RO=21;SAF=13;SAR=10;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132137;STB=0.573709;STBP=0.327;TYPE=snp;VARB=0.00854596;OID=.;OPOS=30434670;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:21:23:23:0.522727:10:13:15:6:10:13:15:6 chr21 30511691 . G A 278.2 PASS AF=0.727273;AO=24;DP=33;FAO=24;FDP=33;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.0109113;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.3421;QD=33.7205;RBI=0.0109115;REFB=-0.0429201;REVB=-4.92437e-05;RO=9;SAF=7;SAR=17;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248051;STB=0.513584;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.0147007;OID=.;OPOS=30511691;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:9:9:24:24:0.727273:17:7:3:6:17:7:3:6 chr21 30552839 . A G 343.19 PASS AF=0.493151;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=73;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=18;FWDB=-0.0200736;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.87;QD=18.805;RBI=0.0203343;REFB=-0.00567864;REVB=0.00324528;RO=37;SAF=21;SAR=15;SRF=19;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0644865;STB=0.535943;STBP=0.558;TYPE=snp;VARB=0.00558063;OID=.;OPOS=30552839;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:37:37:36:36:0.493151:15:21:19:18:15:21:19:18 chr21 30552877 . T C 434.92 PASS AF=0.518072;AO=43;DP=83;FAO=43;FDP=83;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=0.000755536;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.052;QD=20.9598;RBI=0.0185373;REFB=-0.00339697;REVB=-0.0185219;RO=39;SAF=21;SAR=22;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0651107;STB=0.529661;STBP=0.609;TYPE=snp;VARB=0.00324379;OID=.;OPOS=30552877;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:39:40:43:43:0.518072:22:21:22:17:22:21:22:18 chr21 30714776 . T C 258.6 PASS AF=0.460317;AO=29;DP=63;FAO=29;FDP=63;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.0224241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1592;QD=16.419;RBI=0.0543178;REFB=-0.00318312;REVB=0.0494731;RO=33;SAF=14;SAR=15;SRF=16;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0019799;STB=0.509304;STBP=0.871;TYPE=snp;VARB=0.00494608;OID=.;OPOS=30714776;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:33:34:29:29:0.460317:15:14:16:17:15:14:17:17 chr21 30717151 . C T 632.28 PASS AF=0.914894;AO=43;DP=47;FAO=43;FDP=47;FR=.;FRO=4;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.00227105;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.338;QD=53.8106;RBI=0.0684043;REFB=-0.0168054;REVB=-0.0683666;RO=3;SAF=26;SAR=17;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0344024;STB=0.53114;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.000595069;OID=.;OPOS=30717151;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:47:47:3:4:43:43:0.914894:17:26:1:2:17:26:1:3 chr21 30718201 . G A 575.42 PASS AF=1;AO=34;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0363753;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.982;QD=60.5709;RBI=0.0513406;REFB=0;REVB=0.0362311;RO=0;SAF=10;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00113413;OID=.;OPOS=30718201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:34:38:1:24:10:0:0:26:12:0:0 chr21 30718261 . A G 105.82 PASS AF=0.351351;AO=13;DP=37;FAO=13;FDP=37;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0131876;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.8761;QD=11.4396;RBI=0.0293288;REFB=-0.0140695;REVB=0.0261966;RO=24;SAF=9;SAR=4;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.381748;STB=0.725472;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0269112;OID=.;OPOS=30718261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:24:24:13:13:0.351351:4:9:8:16:4:9:8:16 chr21 30969900 . A AC 151.79 PASS AF=1;AO=3;DP=29;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0583245;FXX=0.37918;HRUN=0;LEN=1;MLLD=13.3007;QD=33.732;RBI=0.146134;REFB=0;REVB=0.13399;RO=26;SAF=3;SAR=0;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.564679;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0133131;OID=.;OPOS=30969901;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=AC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:29:18:18:0:5:13:0:0:3:26:3:0:13:13 chr21 30969901 . T C 407.71 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00577319;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.5845;QD=56.236;RBI=0.0334249;REFB=0;REVB=0.0329226;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0004739;OID=.;OPOS=30969901;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:28:29:1:13:15:0:0:13:16:0:0 chr21 30970005 . C G 393.86 PASS AF=0.612903;AO=38;DP=62;FAO=38;FDP=62;FR=.;FRO=24;FSAF=13;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.0534589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.1284;QD=25.4104;RBI=0.0534713;REFB=-0.0199153;REVB=0.00114845;RO=24;SAF=13;SAR=25;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.205872;STB=0.612899;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.0165413;OID=.;OPOS=30970005;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:24:24:38:38:0.612903:25:13:15:9:25:13:15:9 chr21 31587793 . A G 709.39 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000413878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.443;QD=63.057;RBI=0.0304007;REFB=0;REVB=0.0303979;RO=0;SAF=27;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.21678e-05;OID=.;OPOS=31587793;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:16:27:0:0:18:27:0:0 chr21 31587859 . T C 128.31 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=10;FWDB=-0.103964;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=49.8918;QD=11.4054;RBI=0.135936;REFB=-0.0137338;REVB=0.0875786;RO=30;SAF=4;SAR=10;SRF=20;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.419999;STB=0.758288;STBP=0.026;TYPE=snp;VARB=0.0203876;OID=.;OPOS=31587859;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:14:15:0.333333:10:4:20:10:11:4:20:10 chr21 31654809 . C T 202.73 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=40;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=6;FWDB=-0.0240123;FXX=0.0249938;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.379;QD=20.7925;RBI=0.049667;REFB=-0.00038137;REVB=-0.0434766;RO=19;SAF=7;SAR=13;SRF=13;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.286724;STB=0.661417;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=-0.000308856;OID=.;OPOS=31654809;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:39:19:19:20:20:0.512821:13:7:13:6:13:7:13:6 chr21 31655212 . A C 1142.35 PASS AF=0.974684;AO=74;DP=74;FAO=77;FDP=79;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00664134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.234;QD=57.8407;RBI=0.0428191;REFB=-0.0492367;REVB=0.0423009;RO=0;SAF=35;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80413e-08;STB=0.500825;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.000386114;OID=.;OPOS=31655212;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:74:79:0:2:74:77:0.974684:39:35:0:0:41:36:1:1 chr21 31661691 . A G 261.29 PASS AF=0.491803;AO=27;DP=57;FAO=30;FDP=61;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=-0.0338073;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.3503;QD=17.1338;RBI=0.0893478;REFB=-0.0162003;REVB=0.0827048;RO=30;SAF=10;SAR=17;SRF=13;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0618881;STB=0.547587;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0147838;OID=.;OPOS=31661691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:61:30:31:27:30:0.491803:17:10:13:17:20:10:13:18 chr21 31661714 . C T 60.33 PASS AF=0.164179;AO=11;DP=67;FAO=11;FDP=67;FR=.;FRO=56;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=41;FWDB=0.0219873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.2287;QD=3.60176;RBI=0.0455698;REFB=-0.000940813;REVB=-0.0399145;RO=56;SAF=7;SAR=4;SRF=15;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.439259;STB=0.781225;STBP=0.08;TYPE=snp;VARB=0.00325297;OID=.;OPOS=31661714;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:67:67:56:56:11:11:0.164179:4:7:15:41:4:7:15:41 chr21 31692277 . G T 297.06 PASS AF=0.492308;AO=32;DP=65;FAO=32;FDP=65;FR=.;FRO=33;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=0.00423488;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.345;QD=18.2807;RBI=0.00894394;REFB=-0.0100253;REVB=-0.00787781;RO=33;SAF=9;SAR=23;SRF=14;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.148226;STB=0.583187;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.00880056;OID=.;OPOS=31692277;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:33:33:32:32:0.492308:23:9:14:19:23:9:14:19 chr21 31692377 . A C 307.57 PASS AF=0.32;AO=40;DP=124;FAO=40;FDP=125;FR=.;FRO=85;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=37;FSRR=48;FWDB=-0.00197111;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=264.392;QD=9.84237;RBI=0.00197852;REFB=-0.0103752;REVB=0.000171002;RO=84;SAF=21;SAR=19;SRF=37;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0983962;STB=0.560751;STBP=0.352;TYPE=snp;VARB=0.0220259;OID=.;OPOS=31692377;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:124:125:84:85:40:40:0.32:19:21:37:47:19:21:37:48 chr21 31692541 . C T 328.1 PASS AF=0.377358;AO=40;DP=106;FAO=40;FDP=106;FR=.;FRO=66;FSAF=22;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=38;FWDB=0.0415985;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.257;QD=12.3812;RBI=0.0473376;REFB=-0.0410143;REVB=0.0225923;RO=64;SAF=22;SAR=18;SRF=27;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137867;STB=0.577823;STBP=0.215;TYPE=snp;VARB=0.0509865;OID=.;OPOS=31692541;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:106:64:66:40:40:0.377358:18:22:27:37:18:22:28:38 chr21 31744163 . C G 153.57 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=12;FWDB=0.00685744;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=145.956;QD=13.9605;RBI=0.0124004;REFB=-0.00902682;REVB=0.0103318;RO=25;SAF=12;SAR=5;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.205907;STB=0.601645;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0196285;OID=.;OPOS=31744163;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:25:27:17:17:0.386364:5:12:13:12:5:12:15:12 chr21 31768539 . G C 336.86 PASS AF=0.48;AO=36;DP=75;FAO=36;FDP=75;FR=.;FRO=39;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=25;FSRR=14;FWDB=0.00422123;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.12;QD=17.9659;RBI=0.027947;REFB=-0.0207441;REVB=-0.0276264;RO=39;SAF=22;SAR=14;SRF=25;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0295368;STB=0.516474;STBP=0.81;TYPE=snp;VARB=0.0176106;OID=.;OPOS=31768539;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:39:39:36:36:0.48:14:22:25:14:14:22:25:14 chr21 31913981 . AG A,AA 298.86 PASS AF=0.418919,0.0405405;AO=28,3;DP=73;FAO=31,3;FDP=74;FR=.;FRO=40;FSAF=20,1;FSAR=11,2;FSRF=25;FSRR=15;FWDB=0.0125248,0.0143664;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=288.573,284.195;QD=16.1546;RBI=0.0146549,0.015599;REFB=-0.00414296,-0.00419699;REVB=-0.007609,-0.00607754;RO=40;SAF=20,1;SAR=8,2;SRF=25;SRR=15;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.106542,-0.278921;STB=0.512307,0.752119;STBP=0.885,0.478;TYPE=del,snp;VARB=0.00907694,0.0100477;OID=.,.;OPOS=31913982,31913982;OREF=G,G;OALT=-,A;OMAPALT=A,AA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.418919,0.0405405:28,3:73:31,3:74:40:20,1:11,2:25:15:99:40:20,1:8,2:25:15 chr21 31914000 . T A 370.1 PASS AF=0.506667;AO=38;DP=75;FAO=38;FDP=75;FR=.;FRO=37;FSAF=24;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=13;FWDB=-0.0139084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=255.238;QD=19.7389;RBI=0.0225315;REFB=-0.00608701;REVB=-0.0177264;RO=36;SAF=24;SAR=14;SRF=23;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00690115;STB=0.509086;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.00659492;OID=.;OPOS=31914000;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:36:37:38:38:0.506667:14:24:23:13:14:24:24:13 chr21 31964916 . A C 124.94 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=-0.00413924;FXX=0.0588062;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.3742;QD=15.618;RBI=0.00954377;REFB=-0.0130632;REVB=-0.00859943;RO=18;SAF=6;SAR=8;SRF=10;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.123178;STB=0.571326;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.0259145;OID=.;OPOS=31964916;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:32:18:18:14:14:0.4375:8:6:10:8:8:6:10:8 chr21 31973516 . T A 321.73 PASS AF=0.375;AO=39;DP=104;FAO=39;FDP=104;FR=.;FRO=65;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.00713562;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.419;QD=12.3744;RBI=0.0161629;REFB=-0.0166822;REVB=-0.0145024;RO=65;SAF=22;SAR=17;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11226;STB=0.56407;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.033282;OID=.;OPOS=31973516;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:104:104:65:65:39:39:0.375:17:22:30:35:17:22:30:35 chr21 32090908 . C T 75.6 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=10;FWDB=-0.0127629;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.869;QD=11.6307;RBI=0.0281759;REFB=0.00235154;REVB=-0.0251195;RO=16;SAF=3;SAR=7;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0875907;STB=0.552523;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=-0.00877983;OID=.;OPOS=32090908;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:7:3:6:10:7:3:6:10 chr21 32119495 . C G 434.71 PASS AF=0.677966;AO=40;DP=59;FAO=40;FDP=59;FR=.;FRO=19;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=6;FSRR=13;FWDB=-0.0303964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.935;QD=29.4715;RBI=0.0309904;REFB=-0.00603446;REVB=0.00603836;RO=18;SAF=21;SAR=19;SRF=5;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140753;STB=0.567055;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00287155;OID=.;OPOS=32119495;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:18:19:40:40:0.677966:19:21:5:13:19:21:6:13 chr21 32201822 . G T 223.7 PASS AF=0.380282;AO=27;DP=72;FAO=27;FDP=71;FR=.;FRO=44;FSAF=7;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=29;FWDB=0.00158652;FXX=0.013887;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.027;QD=12.6026;RBI=0.0159482;REFB=-0.00612206;REVB=0.0158691;RO=43;SAF=7;SAR=20;SRF=15;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116032;STB=0.561893;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=0.0081781;OID=.;OPOS=32201822;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:43:44:27:27:0.380282:20:7:15:28:20:7:15:29 chr21 32201835 . A C 293.87 PASS AF=0.407407;AO=33;DP=81;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=12;FSAR=21;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0148104;FXX=0.0240935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.523;QD=14.5121;RBI=0.0216551;REFB=-0.0171053;REVB=-0.0157986;RO=46;SAF=12;SAR=21;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0769511;STB=0.533313;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.026857;OID=.;OPOS=32201835;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:46:48:33:33:0.407407:21:12:20:26:21:12:20:28 chr21 32201866 . A G 300.05 PASS AF=0.386364;AO=33;DP=88;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=-0.0113178;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=295.634;QD=13.6388;RBI=0.0114508;REFB=-0.0188284;REVB=-0.0017403;RO=54;SAF=13;SAR=20;SRF=26;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0969534;STB=0.573726;STBP=0.297;TYPE=snp;VARB=0.0264103;OID=.;OPOS=32201866;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:88:54:54:33:34:0.386364:20:13:26:28:21:13:27:27 chr21 32201951 . A G 282.33 PASS AF=0.342857;AO=36;DP=105;FAO=36;FDP=105;FR=.;FRO=69;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=45;FWDB=0.00361281;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.556;QD=10.7553;RBI=0.00415516;REFB=-0.0127804;REVB=0.00205256;RO=68;SAF=16;SAR=20;SRF=23;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.124399;STB=0.565182;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0303135;OID=.;OPOS=32201951;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:105:105:68:69:36:36:0.342857:20:16:23:45:20:16:24:45 chr21 32201969 . GA G 1066.22 PASS AF=1;AO=89;DP=98;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0675587;FXX=0.0204061;HRUN=2;LEN=1;MLLD=22.1771;QD=44.4256;RBI=0.0874931;REFB=-0.00375058;REVB=-0.0555955;RO=1;SAF=27;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0172266;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00421404;OID=.;OPOS=32201970;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:89:98:96:96:0:32:64:0:0:17:1:27:62:1:0 chr21 32253778 . T G 154.1 PASS AF=0.395349;AO=17;DP=43;FAO=17;FDP=43;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=15;FWDB=-0.0214605;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.008;QD=14.3349;RBI=0.0242814;REFB=-0.0135164;REVB=-0.0113593;RO=26;SAF=5;SAR=12;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149134;STB=0.587049;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.0180568;OID=.;OPOS=32253778;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:26:26:17:17:0.395349:12:5:11:15:12:5:11:15 chr21 32493031 . A G 432.32 PASS AF=0.387597;AO=50;DP=129;FAO=50;FDP=129;FR=.;FRO=79;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=36;FWDB=-0.037138;FXX=0.00769172;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0469;QD=13.4054;RBI=0.0501224;REFB=-0.0128342;REVB=-0.0336603;RO=78;SAF=25;SAR=25;SRF=42;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413955;STB=0.527121;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.0237272;OID=.;OPOS=32493031;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:78:79:50:50:0.387597:25:25:42:36:25:25:43:36 chr21 33368188 . T C 211.88 PASS AF=0.45098;AO=23;DP=51;FAO=23;FDP=51;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0206044;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.021;QD=16.6184;RBI=0.0207658;REFB=-0.0102344;REVB=0.00258419;RO=28;SAF=9;SAR=14;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272982;STB=0.654294;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0132271;OID=.;OPOS=33368188;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:28:28:23:23:0.45098:14:9:19:9:14:9:19:9 chr21 33370900 . T C 299.95 PASS AF=0.576923;AO=29;DP=51;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=0.0326732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.0541;QD=23.0729;RBI=0.0478278;REFB=-0.00424181;REVB=-0.0349279;RO=22;SAF=17;SAR=12;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0325014;STB=0.509109;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00543733;OID=.;OPOS=33370900;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:22:22:29:30:0.576923:12:17:12:10:13:17:12:10 chr21 33372749 . T C 812.72 PASS AF=0.470899;AO=79;DP=180;FAO=89;FDP=189;FR=.;FRO=100;FSAF=52;FSAR=37;FSRF=51;FSRR=49;FWDB=0.0247963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.979;QD=17.2005;RBI=0.0253387;REFB=-0.0109595;REVB=-0.00521457;RO=99;SAF=44;SAR=35;SRF=50;SRR=49;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522092;STB=0.539892;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0166443;OID=.;OPOS=33372749;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:180:189:99:100:79:89:0.470899:35:44:50:49:37:52:51:49 chr21 33374318 . C T 365.97 PASS AF=0.544118;AO=37;DP=68;FAO=37;FDP=68;FR=.;FRO=31;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=-0.0563531;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.903;QD=21.5275;RBI=0.0563805;REFB=-0.01067;REVB=-0.00175678;RO=31;SAF=20;SAR=17;SRF=10;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.178492;STB=0.598373;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0107158;OID=.;OPOS=33374318;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:31:31:37:37:0.544118:17:20:10:21:17:20:10:21 chr21 33694224 . C G 495.62 PASS AF=0.837209;AO=36;DP=42;FAO=36;FDP=43;FR=.;FRO=7;FSAF=24;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.13728;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.9912;QD=46.1046;RBI=0.141071;REFB=-0.174897;REVB=0.0324823;RO=3;SAF=24;SAR=12;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103552;STB=0.566629;STBP=0.051;TYPE=snp;VARB=0.0123523;OID=.;OPOS=33694224;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:43:3:7:36:36:0.837209:12:24:0:3:12:24:2:5 chr21 33714962 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=325.603;QD=37.4885;RBI=0.0222246;REFB=0;REVB=0.0222246;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00020583;OID=.;OPOS=33714962;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr21 33714966 . AG GA 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=245.153;QD=33.4285;RBI=0.00211536;REFB=0;REVB=0.00211536;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=6.00116e-05;OID=.;OPOS=33714966;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr21 33714976 . T TA 50.09 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=0;LEN=1;MLLD=41.6553;QD=33.3906;RBI=0.0341011;REFB=0;REVB=-0.0341011;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.0056797;OID=.;OPOS=33714977;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=TA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:6:6:6:6:0:0:6:0:0:4:0:0:6:0:0 chr21 33719695 . C T 296.11 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0384599;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.5144;QD=49.3518;RBI=0.0386424;REFB=-0.0348543;REVB=-0.00375097;RO=1;SAF=14;SAR=9;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0486633;STB=0.526293;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.00423933;OID=.;OPOS=33719695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:24:24:1:1:23:23:0.958333:9:14:0:1:9:14:0:1 chr21 33749533 . A C 834.36 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0426056;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=267.786;QD=57.5419;RBI=0.0472262;REFB=0;REVB=0.0203733;RO=0;SAF=25;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.4634e-05;OID=.;OPOS=33749533;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:58:58:1:33:25:0:0:33:25:0:0 chr21 33840208 . A G 233.37 PASS AF=0.383562;AO=27;DP=72;FAO=28;FDP=73;FR=.;FRO=45;FSAF=4;FSAR=24;FSRF=11;FSRR=34;FWDB=-0.0350763;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=194.006;QD=12.7875;RBI=0.0352735;REFB=0.00161854;REVB=0.00372495;RO=45;SAF=4;SAR=23;SRF=11;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17466;STB=0.608021;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=-0.00202622;OID=.;OPOS=33840208;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:45:45:27:28:0.383562:23:4:11:34:24:4:11:34 chr21 33876255 . C T 99.95 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.0212801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5406;QD=15.3762;RBI=0.0560668;REFB=-0.0118545;REVB=-0.0518714;RO=13;SAF=11;SAR=1;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.564627;STB=0.829498;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0140749;OID=.;OPOS=33876255;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:14:12:12:0.461538:1:11:6:7:1:11:7:7 chr21 34163742 . A G 1120.77 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=76;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0868991;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.65;QD=58.9882;RBI=0.088733;REFB=-0.125249;REVB=0.0179468;RO=1;SAF=19;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0242465;STB=0.512817;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00101913;OID=.;OPOS=34163742;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:76:1:1:75:75:0.986842:56:19:1:0:56:19:1:0 chr21 34166190 . A T 1283.39 PASS AF=0.945652;AO=84;DP=90;FAO=87;FDP=92;FR=.;FRO=5;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=4;FSRR=1;FWDB=0.0383511;FXX=0.0107515;HRUN=3;LEN=1;MLLD=39.3302;QD=55.7997;RBI=0.0758638;REFB=-0.134488;REVB=0.0654562;RO=6;SAF=47;SAR=37;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137174;STB=0.513675;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00891086;OID=.;OPOS=34166190;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:90:92:6:5:84:87:0.945652:37:47:4:2:39:48:4:1 chr21 34166343 . C T 1317.81 PASS AF=0.918367;AO=90;DP=98;FAO=90;FDP=98;FR=.;FRO=8;FSAF=39;FSAR=51;FSRF=2;FSRR=6;FWDB=0.0409735;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.6588;QD=53.7883;RBI=0.0421616;REFB=-0.0497486;REVB=0.00993837;RO=8;SAF=39;SAR=51;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0289147;STB=0.515296;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=0.0236208;OID=.;OPOS=34166343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:98:98:8:8:90:90:0.918367:51:39:2:6:51:39:2:6 chr21 34169317 . C CT 446.95 PASS AF=1;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243725;FXX=0.0270197;HRUN=0;LEN=1;MLLD=138.577;QD=49.6611;RBI=0.0331569;REFB=0;REVB=-0.0224803;RO=0;SAF=17;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=3.00485e-05;OID=.;OPOS=34169318;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:36:37:36:36:0:17:19:0:0:8:0:17:19:0:0 chr21 34399401 . A G 142.61 PASS AF=0.4;AO=16;DP=40;FAO=16;FDP=40;FR=.;FRO=24;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=-0.0315993;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.001;QD=14.2607;RBI=0.0334313;REFB=-0.018345;REVB=0.0109148;RO=23;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.151826;STB=0.601138;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.0248586;OID=.;OPOS=34399401;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:23:24:16:16:0.4:10:6:12:11:10:6:13:11 chr21 34400463 . C A 173.09 PASS AF=0.486486;AO=18;DP=37;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0164452;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=305.146;QD=18.7124;RBI=0.0176498;REFB=-0.00168277;REVB=-0.00640854;RO=18;SAF=6;SAR=12;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0538518;STB=0.519978;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00201513;OID=.;OPOS=34400463;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:18:19:18:18:0.486486:12:6:7:11:12:6:7:12 chr21 34444106 . C T 265.36 PASS AF=0.491525;AO=29;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=21;FWDB=-0.0282926;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.4076;QD=17.9902;RBI=0.0298184;REFB=0.0104004;REVB=-0.00941611;RO=30;SAF=12;SAR=17;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.109123;STB=0.560845;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=-0.00741783;OID=.;OPOS=34444106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:30:30:29:29:0.491525:17:12:9:21:17:12:9:21 chr21 34614255 . T G 86.63 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=0.0144248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=132.488;QD=12.8337;RBI=0.0224455;REFB=-0.0227606;REVB=0.0171967;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.231514;STB=0.635527;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.0296817;OID=.;OPOS=34614255;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:11:5:6:5:11:5 chr21 34666376 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0618085;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.795;QD=55.0986;RBI=0.0646359;REFB=0;REVB=-0.0189079;RO=0;SAF=7;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.63811e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000938401;OID=.;OPOS=34666376;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:19:7:0:0:19:7:0:0 chr21 34668747 . A G 411.08 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0161333;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.8581;QD=56.7004;RBI=0.0161733;REFB=0;REVB=0.00113745;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000208895;OID=.;OPOS=34668747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr21 34715699 . G C 315.13 PASS AF=0.36;AO=36;DP=100;FAO=36;FDP=100;FR=.;FRO=64;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=22;FSRR=42;FWDB=-0.0130157;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.1629;QD=12.605;RBI=0.0195513;REFB=-0.0019844;REVB=0.0145892;RO=63;SAF=14;SAR=22;SRF=22;SRR=41;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0469394;STB=0.530789;STBP=0.642;TYPE=snp;VARB=0.00385524;OID=.;OPOS=34715699;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:63:64:36:36:0.36:22:14:22:41:22:14:22:42 chr21 34821807 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0446364;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=118.055;QD=42.1817;RBI=0.0493913;REFB=0;REVB=0.0211447;RO=0;SAF=5;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000965442;OID=.;OPOS=34821807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:6:5:0:0:6:5:0:0 chr21 34822452 . T C 272.54 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.422;QD=51.9114;RBI=0.0657845;REFB=0;REVB=0.0289131;RO=0;SAF=7;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000919659;OID=.;OPOS=34822452;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:14:7:0:0:14:7:0:0 chr21 34860749 . CAATTA C 496.83 PASS AF=1;AO=39;DP=48;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00331168;FXX=0.122424;HRUN=2;LEN=5;MLLD=191.39;QD=46.2167;RBI=0.0230621;REFB=0;REVB=0.0228231;RO=0;SAF=16;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.43889e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.000588499;OID=.;OPOS=34860750;OREF=AATTA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:39:48:43:43:0:16:27:0:0:9:0:16:23:0:0 chr21 34870990 . G A 689.38 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0319841;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.321;QD=62.671;RBI=0.0350456;REFB=0;REVB=0.0143253;RO=0;SAF=14;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.03366e-05;OID=.;OPOS=34870990;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:44:44:1:30:14:0:0:30:14:0:0 chr21 34883618 . T C 255.26 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0749963;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.663;QD=51.0517;RBI=0.0750031;REFB=0;REVB=-0.00101314;RO=0;SAF=3;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000540024;OID=.;OPOS=34883618;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:20:0:0:19:20:1:16:3:0:0:16:4:0:0 chr21 34897113 . C T 955.18 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0121374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.751;QD=58.7804;RBI=0.0156664;REFB=0;REVB=0.0099056;RO=0;SAF=32;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.11079e-05;OID=.;OPOS=34897113;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:65:65:1:33:32:0:0:33:32:0:0 chr21 34924243 . T C 285.19 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=26;FWDB=-0.0211913;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.348;QD=15.4156;RBI=0.0314089;REFB=-0.00566315;REVB=0.0231829;RO=41;SAF=17;SAR=15;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163742;STB=0.58468;STBP=0.222;TYPE=snp;VARB=0.0113019;OID=.;OPOS=34924243;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:41:42:32:32:0.432432:15:17:15:26:15:17:16:26 chr21 34925142 . C T 465.09 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0190633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.817;QD=58.1359;RBI=0.0201823;REFB=0;REVB=-0.00662701;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.60662e-05;OID=.;OPOS=34925142;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr21 34925689 . G A 399.32 PASS AF=0.42;AO=42;DP=100;FAO=42;FDP=100;FR=.;FRO=58;FSAF=28;FSAR=14;FSRF=39;FSRR=19;FWDB=0.0143183;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.369;QD=15.973;RBI=0.0265074;REFB=-0.00667194;REVB=-0.0223076;RO=58;SAF=28;SAR=14;SRF=39;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00667018;STB=0.503758;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.0085735;OID=.;OPOS=34925689;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:58:58:42:42:0.42:14:28:39:19:14:28:39:19 chr21 34926043 . G A 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=4;FWDB=-0.0363369;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.846;QD=14.3343;RBI=0.0414276;REFB=-0.00225164;REVB=-0.0198965;RO=10;SAF=7;SAR=2;SRF=6;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196839;STB=0.617362;STBP=0.435;TYPE=snp;VARB=0.00211066;OID=.;OPOS=34926043;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:2:7:6:4:2:7:6:4 chr21 34926260 . C T 512.51 PASS AF=0.514851;AO=52;DP=101;FAO=52;FDP=101;FR=.;FRO=49;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=20;FSRR=29;FWDB=-0.0146911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.006;QD=20.2975;RBI=0.0215565;REFB=-0.0133448;REVB=-0.0157751;RO=48;SAF=20;SAR=32;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0292275;STB=0.511995;STBP=0.816;TYPE=snp;VARB=0.0104371;OID=.;OPOS=34926260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:48:49:52:52:0.514851:32:20:20:28:32:20:20:29 chr21 34939590 . TAAAAAAAA TAAAAAAA,TAAAAAAAT,TTAAAAAAAAA 56.0 PASS AF=0.222222,0,0.166667;AO=5,3,5;DP=35;FAO=8,0,6;FDP=36;FR=.;FRO=22;FSAF=2,0,3;FSAR=6,0,3;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.183766,-0.198967,0.349291;FXX=0.099975;HRUN=8,8,6;LEN=1,1,2;MLLD=8.66149,21.0632,15.6509;QD=6.22237;RBI=0.220689,0.20269,0.357264;REFB=-0.105677,-0.0638059,0.0126806;REVB=-0.122205,-0.0386706,0.0750544;RO=14;SAF=0,3,2;SAR=5,0,3;SRF=4;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.661831,0.705668,0.139653;STB=0.562336,0.5,0.64242;STBP=0.728,1,0.495;TYPE=del,snp,ins;VARB=0.130029,0,-0.014235;OID=.,.,.;OPOS=34939591,34939598,34939591;OREF=A,A,-;OALT=-,T,TA;OMAPALT=TAAAAAAA,TAAAAAAAT,TTAAAAAAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.222222,0,0.166667:5,3,5:35:8,0,6:36:22:2,0,3:6,0,3:7:15:29:14:0,3,2:5,0,3:4:10 chr21 34945721 . T C 224.91 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.00414739;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.52;QD=19.9923;RBI=0.0454504;REFB=-0.0156777;REVB=0.0452608;RO=23;SAF=8;SAR=14;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108138;STB=0.561125;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.021154;OID=.;OPOS=34945721;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:14:8:11:12:14:8:11:12 chr21 34948684 . G GA 668.42 PASS AF=1;AO=53;DP=64;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0747678;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=20.9626;QD=45.3167;RBI=0.0852427;REFB=0;REVB=0.0409401;RO=7;SAF=28;SAR=25;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0725327;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00535703;OID=.;OPOS=34948685;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:53:64:59:59:0:30:29:0:0:12:7:28:25:6:1 chr21 34948696 . GA G 848.41 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0461235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.58;QD=57.5194;RBI=0.0474719;REFB=0;REVB=-0.0112338;RO=0;SAF=29;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=5.82468e-05;OID=.;OPOS=34948697;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:58:59:59:59:0:29:30:0:0:5:0:29:29:0:0 chr21 34951831 . C A 248.68 PASS AF=0.585366;AO=23;DP=41;FAO=24;FDP=41;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.016457;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.864;QD=24.2617;RBI=0.0294669;REFB=-0.0147216;REVB=0.0244431;RO=17;SAF=4;SAR=19;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.388043;STB=0.686576;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0187347;OID=.;OPOS=34951831;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:17:17:23:24:0.585366:19:4:10:7:19:5:10:7 chr21 35201281 . G A 152.68 PASS AF=0.338983;AO=20;DP=59;FAO=20;FDP=59;FR=.;FRO=39;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=21;FSRR=18;FWDB=-0.0432932;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.302;QD=10.3514;RBI=0.0436634;REFB=-0.00855359;REVB=-0.00567349;RO=39;SAF=6;SAR=14;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276774;STB=0.66299;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0139276;OID=.;OPOS=35201281;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:39:39:20:20:0.338983:14:6:21:18:14:6:21:18 chr21 35237608 . T C 63.4 PASS AF=0.290323;AO=9;DP=31;FAO=9;FDP=31;FR=.;FRO=22;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=15;FWDB=-0.0766477;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.612;QD=8.18032;RBI=0.0767926;REFB=-0.00987917;REVB=0.00471547;RO=22;SAF=3;SAR=6;SRF=7;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0196504;STB=0.512168;STBP=0.968;TYPE=snp;VARB=0.0157123;OID=.;OPOS=35237608;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:31:31:22:22:9:9:0.290323:6:3:7:15:6:3:7:15 chr21 35275955 . G A 501.51 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0581721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.7352;QD=59.0006;RBI=0.0623923;REFB=0;REVB=0.0225569;RO=0;SAF=17;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000323774;OID=.;OPOS=35275955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:17:17:0:0:17:17:0:0 chr21 35281393 . A G 799.31 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00999057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.922;QD=63.945;RBI=0.0540852;REFB=0;REVB=0.0531545;RO=0;SAF=32;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220032;OID=.;OPOS=35281393;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:48:50:1:16:32:0:0:17:33:0:0 chr21 35281421 . T C 209.34 PASS AF=0.409836;AO=25;DP=61;FAO=25;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00327286;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=220.16;QD=13.7269;RBI=0.00473743;REFB=-0.0144597;REVB=-0.00342514;RO=36;SAF=16;SAR=9;SRF=21;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0621123;STB=0.535536;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0204975;OID=.;OPOS=35281421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:25:25:0.409836:9:16:21:15:9:16:21:15 chr21 35467645 . A G 2149.04 PASS AF=0.965517;AO=139;DP=144;FAO=140;FDP=145;FR=.;FRO=5;FSAF=79;FSAR=61;FSRF=5;FSRR=0;FWDB=-0.00246538;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.033;QD=59.2839;RBI=0.00479248;REFB=-0.064716;REVB=-0.00410971;RO=3;SAF=79;SAR=60;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177099;STB=0.515335;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.00147049;OID=.;OPOS=35467645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:144:145:3:5:139:140:0.965517:60:79:3:0:61:79:5:0 chr21 35469193 . C A 316.25 PASS AF=1;AO=21;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0792427;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5333;QD=52.7084;RBI=0.0862655;REFB=0;REVB=0.0340928;RO=0;SAF=10;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000795534;OID=.;OPOS=35469193;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:21:24:1:11:10:0:0:14:10:0:0 chr21 35469726 . G GT 622.44 PASS AF=1;AO=54;DP=59;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0344225;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=18.5815;QD=43.6799;RBI=0.0842801;REFB=0;REVB=-0.07693;RO=4;SAF=16;SAR=38;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00722219;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00209157;OID=.;OPOS=35469727;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:59:57:57:0:17:40:0:0:11:4:16:38:1:3 chr21 35469852 . C A 692.37 PASS AF=0.938776;AO=46;DP=49;FAO=46;FDP=49;FR=.;FRO=3;FSAF=20;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0075337;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.2464;QD=56.5196;RBI=0.00950049;REFB=-0.0211854;REVB=0.00578815;RO=2;SAF=20;SAR=26;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0347981;STB=0.527261;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.00892784;OID=.;OPOS=35469852;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:49:49:2:3:46:46:0.938776:26:20:0:2:26:20:0:3 chr21 35470042 . G T 569.27 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000398552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.241;QD=59.923;RBI=0.0181163;REFB=0;REVB=0.0181119;RO=0;SAF=19;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1382e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.80194e-05;OID=.;OPOS=35470042;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:38:0:0:35:38:1:16:19:0:0:17:21:0:0 chr21 35470210 . T G 346.93 PASS AF=0.964286;AO=25;DP=28;FAO=27;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0141404;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.09;QD=49.5607;RBI=0.0204021;REFB=-0.0125956;REVB=0.014707;RO=1;SAF=13;SAR=12;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0343588;STB=0.519985;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=0.0001714;OID=.;OPOS=35470210;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:28:28:1:1:25:27:0.964286:12:13:1:0:12:15:0:1 chr21 35470213 . C A 375.31 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116681;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.1726;QD=55.6016;RBI=0.0543968;REFB=0;REVB=-0.0531307;RO=0;SAF=14;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.39874e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000947254;OID=.;OPOS=35470213;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:13:14:0:0:13:14:0:0 chr21 35471815 . T C 501.56 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0211057;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.246;QD=59.0065;RBI=0.0313438;REFB=0;REVB=0.0231729;RO=0;SAF=13;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167747;OID=.;OPOS=35471815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:21:13:0:0:21:13:0:0 chr21 35474410 . G A 575.73 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0377243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=168.936;QD=60.6033;RBI=0.0400042;REFB=0;REVB=0.0133123;RO=0;SAF=20;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.51048e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.2672e-05;OID=.;OPOS=35474410;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:18:20:0:0:18:20:0:0 chr21 35476578 . C T 268.75 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=-0.0122143;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.513;QD=22.3955;RBI=0.0165647;REFB=-0.0100729;REVB=-0.0111893;RO=23;SAF=13;SAR=12;SRF=8;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.147024;STB=0.582025;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0108057;OID=.;OPOS=35476578;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:12:13:8:15:12:13:8:15 chr21 35478306 . GA AG,G 100.3 PASS AF=0.028169,0.394366;AO=3,30;DP=71;FAO=2,28;FDP=71;FR=.;FRO=41;FSAF=0,10;FSAR=2,18;FSRF=23;FSRR=18;FWDB=0.00534698,0.0986161;FXX=0.013887;HRUN=1,6;LEN=2,1;MLLD=108.322,10.279;QD=5.65046;RBI=0.0152333,0.111008;REFB=-0.00754676,-0.0988681;REVB=-0.0142641,-0.0509673;RO=31;SAF=1,10;SAR=2,20;SRF=19;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0.390244;SSSB=-0.281457,-0.257737;STB=0.995385,0.622553;STBP=0.11,0.1;TYPE=mnp,del;VARB=0.0834041,0.136233;OID=.,.;OPOS=35478306,35478307;OREF=GA,A;OALT=AG,-;OMAPALT=AG,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:94:71:71:31:41:3,30:2,28:0.028169,0.394366:2,20:1,10:19:12:2,18:0,10:23:18 chr21 35772977 . G C 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00519642;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.834;QD=24.3281;RBI=0.022889;REFB=-0.00484244;REVB=-0.0222914;RO=2;SAF=6;SAR=1;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223089;STB=0.631145;STBP=0.367;TYPE=snp;VARB=0.00411241;OID=.;OPOS=35772977;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:1:6:1:1:1:6:1:1 chr21 35773137 . C T 285.25 PASS AF=0.432432;AO=32;DP=74;FAO=32;FDP=74;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=21;FWDB=0.00136818;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=95.1871;QD=15.4189;RBI=0.00468938;REFB=-0.0165268;REVB=-0.00448535;RO=41;SAF=16;SAR=16;SRF=20;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0121348;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.019869;OID=.;OPOS=35773137;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:41:42:32:32:0.432432:16:16:20:21:16:16:21:21 chr21 35821821 . T C,G 450.94 PASS AF=0.84375,0.15625;AO=27,5;DP=32;FAO=27,5;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=10,3;FSAR=17,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014049,0.0160804;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=189.325,151.701;QD=56.3676;RBI=0.0167473,0.0184224;REFB=0,0;REVB=-0.00911581,-0.00898924;RO=0;SAF=10,3;SAR=17,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00409082,0.0227754;OID=.,.;OPOS=35821821,35821821;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:26:32:32:0:0:27,5:27,5:0.84375,0.15625:17,2:10,3:0:0:17,2:10,3:0:0 chr21 35890409 . C T 244.38 PASS AF=0.381579;AO=29;DP=77;FAO=29;FDP=76;FR=.;FRO=47;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=27;FSRR=20;FWDB=-0.000912864;FXX=0.0129853;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.602;QD=12.8619;RBI=0.00940086;REFB=-0.0181682;REVB=0.00935644;RO=46;SAF=14;SAR=15;SRF=27;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111403;STB=0.556522;STBP=0.454;TYPE=snp;VARB=0.0294986;OID=.;OPOS=35890409;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:76:46:47:29:29:0.381579:15:14:27:19:15:14:27:20 chr21 35893737 . T C 524.37 PASS AF=0.8;AO=38;DP=48;FAO=40;FDP=50;FR=.;FRO=10;FSAF=9;FSAR=31;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0273277;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.4632;QD=41.9494;RBI=0.0309803;REFB=-0.0362632;REVB=0.0145937;RO=10;SAF=7;SAR=31;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706086;STB=0.520998;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0138491;OID=.;OPOS=35893737;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:69:48:50:10:10:38:40:0.8:31:7:3:7:31:9:3:7 chr21 36411119 . G T 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=3;FSRR=8;FWDB=0.0114426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.625;QD=20.4858;RBI=0.0188302;REFB=-0.000360254;REVB=-0.0149547;RO=11;SAF=4;SAR=10;SRF=3;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0124053;STB=0.507032;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.000284035;OID=.;OPOS=36411119;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:10:4:3:8:10:4:3:8 chr21 37429679 . G C 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0990894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.9461;QD=39.2067;RBI=0.117385;REFB=0;REVB=-0.0629336;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00168552;OID=.;OPOS=37429679;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chr21 37507745 . C T 613.17 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0034088;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.515;QD=61.3171;RBI=0.0202396;REFB=0;REVB=-0.0199505;RO=0;SAF=23;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-6.4817e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000101531;OID=.;OPOS=37507745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:17:23:0:0:17:23:0:0 chr21 37507769 . C T 267.86 PASS AF=0.595238;AO=24;DP=41;FAO=25;FDP=42;FR=.;FRO=17;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.0381292;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.251;QD=25.5104;RBI=0.0558495;REFB=-0.0145996;REVB=-0.0408084;RO=17;SAF=15;SAR=9;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204271;STB=0.59992;STBP=0.129;TYPE=snp;VARB=0.0163377;OID=.;OPOS=37507769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:17:17:24:25:0.595238:9:15:6:11:10:15:6:11 chr21 37518706 . G A 264.91 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0120297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.483;QD=20.3777;RBI=0.0304662;REFB=-0.0169543;REVB=0.0279906;RO=24;SAF=12;SAR=16;SRF=10;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100975;STB=0.505614;STBP=0.943;TYPE=snp;VARB=0.0142575;OID=.;OPOS=37518706;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:16:12:10:14:16:12:10:14 chr21 37609571 . T C 832.7 PASS AF=0.967742;AO=59;DP=61;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0511857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.202;QD=53.7229;RBI=0.0555475;REFB=0.0339283;REVB=0.0215766;RO=1;SAF=30;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154685;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.74731e-06;OID=.;OPOS=37609571;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:61:62:1:2:59:60:0.967742:29:30:1:0:30:30:1:1 chr21 37617630 . T G 399.07 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00239839;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.938;QD=57.01;RBI=0.0113973;REFB=0;REVB=0.0111421;RO=0;SAF=11;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.31638e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000696457;OID=.;OPOS=37617630;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:17:11:0:0:17:11:0:0 chr21 37618346 . G A 127.43 PASS AF=0.267606;AO=19;DP=71;FAO=19;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=17;FSRR=35;FWDB=0.0359637;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.249;QD=7.17936;RBI=0.0359748;REFB=-0.00395562;REVB=-0.000891301;RO=52;SAF=11;SAR=8;SRF=17;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.298638;STB=0.678449;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0166346;OID=.;OPOS=37618346;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:52:52:19:19:0.267606:8:11:17:35:8:11:17:35 chr21 37664501 . G A 131.24 PASS AF=0.405405;AO=15;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.039289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1686;QD=14.1885;RBI=0.0408023;REFB=0.00451703;REVB=0.011009;RO=22;SAF=7;SAR=8;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012446;STB=0.507237;STBP=0.942;TYPE=snp;VARB=-0.00804279;OID=.;OPOS=37664501;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:22:15:15:0.405405:8:7:10:12:8:7:10:12 chr21 37692589 . A T 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0177579;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.838;QD=15.3785;RBI=0.0257777;REFB=0.0161572;REVB=-0.0186855;RO=14;SAF=3;SAR=9;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259174;STB=0.651902;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=-0.0138386;OID=.;OPOS=37692589;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:9:3:7:7:9:3:7:7 chr21 37781046 . C T 228.89 PASS AF=0.3625;AO=28;DP=78;FAO=29;FDP=80;FR=.;FRO=51;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=22;FSRR=29;FWDB=0.0561286;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=41.3636;QD=11.4445;RBI=0.0568032;REFB=-0.0340067;REVB=0.00872848;RO=50;SAF=14;SAR=14;SRF=21;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.08889;STB=0.554563;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0578858;OID=.;OPOS=37781046;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:80:50:51:28:29:0.3625:14:14:21:29:14:15:22:29 chr21 38117040 . G A 2275.16 PASS AF=0.993103;AO=143;DP=146;FAO=144;FDP=145;FR=.;FRO=1;FSAF=92;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0232268;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.151;QD=62.763;RBI=0.0338878;REFB=-0.0822858;REVB=0.0246759;RO=2;SAF=92;SAR=51;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00409139;STB=0.502702;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=0.000214749;OID=.;OPOS=38117040;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:146:145:2:1:143:144:0.993103:51:92:1:1:52:92:1:0 chr21 38117505 . C T 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0357953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1818;QD=42.1817;RBI=0.053881;REFB=0;REVB=0.0402723;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00473208;OID=.;OPOS=38117505;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chr21 38444863 . C T 708.9 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=53;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0372766;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.746;QD=54.5306;RBI=0.0504382;REFB=-0.00746024;REVB=0.0339775;RO=1;SAF=32;SAR=19;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241356;STB=0.512815;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000239269;OID=.;OPOS=38444863;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:52:1:1:51:51:0.980769:19:32:0:1:19:32:0:1 chr21 38444881 . G A 237.16 PASS AF=0.479167;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=48;FR=.;FRO=25;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0151028;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=256.719;QD=19.7633;RBI=0.0200866;REFB=-0.0178073;REVB=-0.013243;RO=23;SAF=14;SAR=9;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410084;STB=0.517227;STBP=0.818;TYPE=snp;VARB=0.0184458;OID=.;OPOS=38444881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:25:23:23:0.479167:9:14:15:8:9:14:16:9 chr21 38444890 . A G 224.99 PASS AF=0.511628;AO=21;DP=42;FAO=22;FDP=43;FR=.;FRO=21;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=0.0200824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.077;QD=20.9294;RBI=0.0216483;REFB=0.00900407;REVB=0.00808362;RO=20;SAF=13;SAR=8;SRF=13;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0286653;STB=0.516115;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=-0.0046621;OID=.;OPOS=38444890;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:43:20:21:21:22:0.511628:8:13:13:7:8:14:14:7 chr21 38468958 . A G 372.08 PASS AF=0.645833;AO=31;DP=48;FAO=31;FDP=48;FR=.;FRO=17;FSAF=11;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.0480869;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=113.539;QD=31.0065;RBI=0.0522486;REFB=0.00717686;REVB=0.0204345;RO=16;SAF=11;SAR=20;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.095443;STB=0.564929;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.00544915;OID=.;OPOS=38468958;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:16:17:31:31:0.645833:20:11:8:8:20:11:9:8 chr21 38495269 . GA AT,GAT 672.26 PASS AF=0,1;AO=2,43;DP=53;FAO=0,51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=0,26;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0899647,-0.128909;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=118.721,25.1527;QD=52.7262;RBI=0.0916238,0.163028;REFB=0,0;REVB=0.0173572,0.0998028;RO=7;SAF=1,20;SAR=1,23;SRF=6;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.402818,-0.102197;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,ins;VARB=0.0228179,0.000211455;OID=.,.;OPOS=38495269,38495271;OREF=GA,-;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GAT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:53:51:7:0:2,43:0,51:0,1:1,23:1,20:6:1:0,25:0,26:0:0 chr21 38512956 . A G 191.03 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00926442;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.164;QD=13.4057;RBI=0.0140718;REFB=0.00320981;REVB=-0.0105917;RO=34;SAF=8;SAR=15;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.222552;STB=0.627794;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=-0.00522589;OID=.;OPOS=38512956;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:34:34:23:23:0.403509:15:8:19:15:15:8:19:15 chr21 38525356 . T C 564.62 PASS AF=0.504348;AO=58;DP=117;FAO=58;FDP=115;FR=.;FRO=57;FSAF=16;FSAR=42;FSRF=17;FSRR=40;FWDB=0.00663507;FXX=0.0170926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.078;QD=19.639;RBI=0.0109188;REFB=-0.00661265;REVB=0.00867156;RO=57;SAF=16;SAR=42;SRF=17;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0248131;STB=0.513709;STBP=0.794;TYPE=snp;VARB=0.00443472;OID=.;OPOS=38525356;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:117:115:57:57:58:58:0.504348:42:16:17:40:42:16:17:40 chr21 38532058 . TG T 953.61 PASS AF=0.988235;AO=80;DP=87;FAO=84;FDP=85;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0283662;FXX=0.0229859;HRUN=2;LEN=1;MLLD=23.0315;QD=44.8756;RBI=0.0325354;REFB=-0.00435184;REVB=0.0159347;RO=1;SAF=41;SAR=39;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0119854;STB=0.506023;STBP=0.313;TYPE=del;VARB=0.00134339;OID=.;OPOS=38532059;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.988235:80:87:84:85:1:43:41:0:1:12:1:41:39:0:1 chr21 38532068 . G GA 793.8 PASS AF=1;AO=68;DP=80;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.1471;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.9534;QD=43.4958;RBI=0.238329;REFB=0;REVB=0.187516;RO=11;SAF=34;SAR=34;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0356706;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00662239;OID=.;OPOS=38532069;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=GA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:68:80:73:73:0:36:37:0:0:15:11:34:34:7:4 chr21 38568009 . G C 959.91 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0309707;FXX=0.0151492;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.9498;QD=59.0711;RBI=0.0321077;REFB=0;REVB=0.00846886;RO=0;SAF=33;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000611307;OID=.;OPOS=38568009;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:65:0:0:64:65:1:31:33:0:0:31:34:0:0 chr21 38568308 . C T 134.24 PASS AF=0.454545;AO=15;DP=33;FAO=15;FDP=33;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=14;FWDB=-0.0463483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.0311;QD=16.2711;RBI=0.0656755;REFB=0.0198911;REVB=-0.0465306;RO=18;SAF=5;SAR=10;SRF=4;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125057;STB=0.571339;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.0439999;OID=.;OPOS=38568308;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:18:18:15:15:0.454545:10:5:4:14:10:5:4:14 chr21 38885442 . A G 950.78 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0102297;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.717;QD=58.5092;RBI=0.0162314;REFB=0;REVB=-0.0126021;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.38624e-05;OID=.;OPOS=38885442;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:65:0:0:63:65:1:30:33:0:0:32:33:0:0 chr21 38997701 . G A 1332.93 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=38;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00318532;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=181.02;QD=59.9068;RBI=0.0080753;REFB=-0.0582825;REVB=0.00742053;RO=2;SAF=38;SAR=49;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0189457;STB=0.509998;STBP=0.237;TYPE=snp;VARB=0.000276714;OID=.;OPOS=38997701;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:49:38:0:2:49:38:0:2 chr21 39086965 . T C 94.69 PASS AF=0.352941;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=34;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0271269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.379;QD=11.1403;RBI=0.0293901;REFB=-0.0133796;REVB=-0.0113096;RO=19;SAF=4;SAR=8;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306435;STB=0.666389;STBP=0.177;TYPE=snp;VARB=0.020431;OID=.;OPOS=39086965;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:33:34:19:22:12:12:0.352941:8:4:12:7:8:4:13:9 chr21 39213020 . G A 120.26 PASS AF=0.411765;AO=14;DP=34;FAO=14;FDP=34;FR=.;FRO=20;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=0.0252243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.062;QD=14.148;RBI=0.026049;REFB=-0.00415667;REVB=0.00650287;RO=19;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0453628;STB=0.504581;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.00472248;OID=.;OPOS=39213020;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:20:14:14:0.411765:9:5:6:13:9:5:7:13 chr21 39671476 . G A 820.19 PASS AF=0.983051;AO=58;DP=59;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0372915;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.642;QD=55.6062;RBI=0.0388505;REFB=-0.0289106;REVB=0.0108952;RO=1;SAF=28;SAR=30;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154654;STB=0.508194;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000111508;OID=.;OPOS=39671476;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:59:1:1:58:58:0.983051:30:28:0:1:30:28:0:1 chr21 39672624 . C G 747.04 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0259275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.268;QD=63.5781;RBI=0.0300939;REFB=0;REVB=-0.0152776;RO=0;SAF=24;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92892e-05;OID=.;OPOS=39672624;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:23:24:0:0:23:24:0:0 chr21 39673299 . C T 714.33 PASS AF=1;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00437787;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.842;QD=63.4957;RBI=0.00441506;REFB=0;REVB=0.000571852;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000315757;OID=.;OPOS=39673299;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chr21 39870310 . G A 239.62 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.088;QD=50.4465;RBI=0.0705305;REFB=0;REVB=-0.0661467;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000203532;OID=.;OPOS=39870310;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:7:11:0:0:7:12:0:0 chr21 40191431 . T G 349.43 PASS AF=0.480519;AO=36;DP=77;FAO=37;FDP=77;FR=.;FRO=40;FSAF=25;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.00485129;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.7944;QD=18.1522;RBI=0.00487197;REFB=-0.0160053;REVB=-0.000448375;RO=38;SAF=24;SAR=12;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.161674;STB=0.583977;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.021141;OID=.;OPOS=40191431;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:77:38:40:36:37:0.480519:12:24:19:19:12:25:21:19 chr21 40191638 . A G 229.47 PASS AF=0.415385;AO=27;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=16;FWDB=0.000480103;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.436;QD=14.1214;RBI=0.0215176;REFB=-0.0137829;REVB=-0.0215122;RO=38;SAF=16;SAR=11;SRF=22;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0144531;STB=0.508229;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0136719;OID=.;OPOS=40191638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:38:38:27:27:0.415385:11:16:22:16:11:16:22:16 chr21 40195277 . T A 1663.88 PASS AF=0.982456;AO=112;DP=114;FAO=112;FDP=114;FR=.;FRO=2;FSAF=56;FSAR=56;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0436421;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.5621;QD=58.3817;RBI=0.0440361;REFB=-0.0917684;REVB=-0.00587781;RO=1;SAF=56;SAR=56;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00840321;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00586113;OID=.;OPOS=40195277;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:114:114:1:2:112:112:0.982456:56:56:1:0:56:56:1:1 chr21 40552307 . A G 288.84 PASS AF=0.450704;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=71;FR=.;FRO=39;FSAF=25;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=15;FWDB=0.0150535;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7692;QD=16.2729;RBI=0.0162262;REFB=-0.0034158;REVB=-0.00605645;RO=39;SAF=25;SAR=7;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203846;STB=0.615823;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.00633405;OID=.;OPOS=40552307;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:71:39:39:32:32:0.450704:7:25:24:15:7:25:24:15 chr21 40567352 . G A 213.84 PASS AF=0.488372;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=43;FR=.;FRO=22;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=-0.0197934;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.492;QD=19.8923;RBI=0.029696;REFB=-0.00715979;REVB=-0.0221376;RO=20;SAF=14;SAR=7;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.19502;STB=0.612793;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00590283;OID=.;OPOS=40567352;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:20:22:21:21:0.488372:7:14:9:11:7:14:10:12 chr21 40570963 . A G 37.15 PASS AF=0.333333;AO=6;DP=18;FAO=6;FDP=18;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0279839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.705;QD=8.25573;RBI=0.0293298;REFB=-0.0105117;REVB=-0.00878282;RO=12;SAF=4;SAR=2;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343123;STB=0.713605;STBP=0.214;TYPE=snp;VARB=0.0201024;OID=.;OPOS=40570963;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:18:18:12:12:6:6:0.333333:2:4:4:8:2:4:4:8 chr21 40571246 . A G 1498.26 PASS AF=0.979592;AO=94;DP=95;FAO=96;FDP=98;FR=.;FRO=2;FSAF=59;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00232259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.101;QD=61.1535;RBI=0.0193154;REFB=-0.0692224;REVB=0.0191753;RO=1;SAF=59;SAR=35;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00796946;STB=0.502465;STBP=0.791;TYPE=snp;VARB=0.000100551;OID=.;OPOS=40571246;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:95:98:1:2:94:96:0.979592:35:59:1:0:37:59:1:1 chr21 40574305 . A G 1429.58 PASS AF=0.978723;AO=91;DP=93;FAO=92;FDP=94;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0196183;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.696;QD=60.8331;RBI=0.0631428;REFB=0.00409012;REVB=0.0600178;RO=1;SAF=41;SAR=50;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00938661;STB=0.500932;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=1.97425e-05;OID=.;OPOS=40574305;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:93:94:1:2:91:92:0.978723:50:41:0:1:50:42:1:1 chr21 40584598 . C T 882.45 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124139;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.43;QD=57.8658;RBI=0.0151394;REFB=0;REVB=0.00866579;RO=0;SAF=31;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.73709e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000234965;OID=.;OPOS=40584598;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:29:31:0:0:30:31:0:0 chr21 40597041 . A G 390.15 PASS AF=0.487805;AO=39;DP=81;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=24;FSRR=18;FWDB=-0.0121968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.871;QD=19.0315;RBI=0.0211909;REFB=-0.0133374;REVB=0.0173289;RO=40;SAF=20;SAR=19;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0338972;STB=0.523885;STBP=0.715;TYPE=snp;VARB=0.0128002;OID=.;OPOS=40597041;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:82:40:42:39:40:0.487805:19:20:22:18:19:21:24:18 chr21 40670460 . G C 568.32 PASS AF=0.517857;AO=58;DP=112;FAO=58;FDP=112;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=40;FSRF=19;FSRR=35;FWDB=-0.000676483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.348;QD=20.2972;RBI=0.00123587;REFB=-0.00495829;REVB=-0.00103428;RO=54;SAF=18;SAR=40;SRF=19;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0416323;STB=0.52296;STBP=0.614;TYPE=snp;VARB=0.00548145;OID=.;OPOS=40670460;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:112:54:54:58:58:0.517857:40:18:19:35:40:18:19:35 chr21 40686020 . C T 214.11 PASS AF=0.431034;AO=25;DP=58;FAO=25;FDP=58;FR=.;FRO=33;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=18;FWDB=-0.0203812;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.722;QD=14.7664;RBI=0.0242926;REFB=-0.00785894;REVB=0.0132187;RO=32;SAF=11;SAR=14;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0287168;STB=0.508373;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.00999081;OID=.;OPOS=40686020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:32:33:25:25:0.431034:14:11:15:17:14:11:15:18 chr21 40686078 . G C 718.73 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0207033;FXX=0.020829;HRUN=2;LEN=1;MLLD=150.457;QD=61.1685;RBI=0.025069;REFB=-0.126514;REVB=0.014136;RO=1;SAF=18;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253996;STB=0.513508;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.000813273;OID=.;OPOS=40686078;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:47:47:1:1:46:46:0.978723:28:18:1:0:28:18:1:0 chr21 40686327 . T C 732.1 PASS AF=1;AO=51;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0481765;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.941;QD=56.3154;RBI=0.0562113;REFB=0;REVB=0.0289608;RO=0;SAF=14;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215126;OID=.;OPOS=40686327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:51:52:1:37:14:0:0:38:14:0:0 chr21 40769290 . A G 64.1 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=0.034745;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.2923;QD=9.49589;RBI=0.039423;REFB=-0.0135669;REVB=-0.0186267;RO=18;SAF=4;SAR=5;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0608169;STB=0.537107;STBP=0.795;TYPE=snp;VARB=0.0228259;OID=.;OPOS=40769290;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:5:4:9:9:5:4:9:9 chr21 40823981 . G A 1264.47 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0056568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.154;QD=61.6817;RBI=0.0422551;REFB=0;REVB=0.0418748;RO=0;SAF=40;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.75522e-05;OID=.;OPOS=40823981;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:82:0:0:82:82:1:42:40:0:0:42:40:0:0 chr21 40871810 . T C 235.77 PASS AF=0.341176;AO=28;DP=85;FAO=29;FDP=85;FR=.;FRO=56;FSAF=21;FSAR=8;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.0267353;FXX=0.0229859;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.3276;QD=11.0951;RBI=0.0270363;REFB=-0.0182359;REVB=0.00402358;RO=55;SAF=21;SAR=7;SRF=21;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.421529;STB=0.719261;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.0393822;OID=.;OPOS=40871810;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:55:56:28:29:0.341176:7:21:21:34:8:21:22:34 chr21 40883671 . G GAGA 166.05 PASS AF=0.38;AO=19;DP=52;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0179242;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=3;MLLD=217.962;QD=13.2841;RBI=0.019589;REFB=-0.0288794;REVB=-0.00790254;RO=32;SAF=6;SAR=13;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.360509;STB=0.71757;STBP=0.024;TYPE=ins;VARB=0.0486308;OID=.;OPOS=40883672;OREF=-;OALT=AGA;OMAPALT=GAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.38:19:52:19:50:31:6:13:21:10:99:32:6:13:21:11 chr21 40969826 . G C 969.7 PASS AF=1;AO=65;DP=65;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178255;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.214;QD=58.7699;RBI=0.0287233;REFB=0;REVB=0.0225228;RO=0;SAF=30;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.17987e-05;OID=.;OPOS=40969826;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:65:66:0:0:65:66:1:35:30:0:0:36:30:0:0 chr21 41137499 . A G 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=16;FWDB=0.00168273;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=248.653;QD=14.3999;RBI=0.00756708;REFB=-0.00755739;REVB=0.00737761;RO=34;SAF=12;SAR=13;SRF=18;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499562;STB=0.528433;STBP=0.761;TYPE=snp;VARB=0.00866574;OID=.;OPOS=41137499;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:13:12:18:16:13:12:18:16 chr21 41137507 . G C 223.42 PASS AF=0.433333;AO=26;DP=61;FAO=26;FDP=60;FR=.;FRO=34;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=0.00268067;FXX=0.0163908;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.0607;QD=14.8943;RBI=0.0183215;REFB=-0.0139278;REVB=-0.0181243;RO=34;SAF=14;SAR=12;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0384718;STB=0.521834;STBP=0.774;TYPE=snp;VARB=0.0269316;OID=.;OPOS=41137507;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:60:34:34:26:26:0.433333:12:14:17:17:12:14:17:17 chr21 41165462 . C A 205.17 PASS AF=0.446809;AO=20;DP=46;FAO=21;FDP=47;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=0.00777955;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.14;QD=17.4615;RBI=0.0108452;REFB=-0.0178922;REVB=0.00755621;RO=26;SAF=14;SAR=6;SRF=10;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.316448;STB=0.656992;STBP=0.066;TYPE=snp;VARB=0.0104575;OID=.;OPOS=41165462;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:47:26:26:20:21:0.446809:6:14:10:16:7:14:10:16 chr21 41416066 . C T 389.96 PASS AF=0.541667;AO=39;DP=72;FAO=39;FDP=72;FR=.;FRO=33;FSAF=31;FSAR=8;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.012675;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=235.264;QD=21.6643;RBI=0.0223101;REFB=-0.0206997;REVB=-0.0183599;RO=33;SAF=31;SAR=8;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233709;STB=0.630241;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0124882;OID=.;OPOS=41416066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:33:33:39:39:0.541667:8:31:19:14:8:31:19:14 chr21 41434841 . T C 1054.3 PASS AF=0.948718;AO=73;DP=77;FAO=74;FDP=78;FR=.;FRO=4;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.00199459;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.4535;QD=54.0669;RBI=0.0292225;REFB=-0.0650574;REVB=0.0291544;RO=4;SAF=39;SAR=34;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021302;STB=0.510829;STBP=0.425;TYPE=snp;VARB=0.0133469;OID=.;OPOS=41434841;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:77:78:4:4:73:74:0.948718:34:39:3:1:34:40:3:1 chr21 41447058 . G C 512.66 PASS AF=0.526882;AO=48;DP=91;FAO=49;FDP=93;FR=.;FRO=44;FSAF=30;FSAR=19;FSRF=16;FSRR=28;FWDB=-0.0741192;FXX=0.0210504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.6217;QD=22.0498;RBI=0.0742973;REFB=0.00466976;REVB=-0.00514158;RO=42;SAF=30;SAR=18;SRF=14;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.245775;STB=0.61729;STBP=0.017;TYPE=snp;VARB=-0.00714897;OID=.;OPOS=41447058;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:93:42:44:48:49:0.526882:18:30:14:28:19:30:16:28 chr21 41455854 . G A 215.99 PASS AF=0.376812;AO=26;DP=70;FAO=26;FDP=69;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=28;FSRR=15;FWDB=-0.0093395;FXX=0.0416609;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.374;QD=12.521;RBI=0.0488943;REFB=-0.00213424;REVB=-0.047994;RO=41;SAF=13;SAR=13;SRF=27;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169828;STB=0.594133;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00453597;OID=.;OPOS=41455854;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:69:41:43:26:26:0.376812:13:13:27:14:13:13:28:15 chr21 41684090 . C T 262.64 PASS AF=0.5;AO=27;DP=57;FAO=29;FDP=58;FR=.;FRO=29;FSAF=23;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=5;FWDB=0.0208429;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.199;QD=18.1128;RBI=0.020844;REFB=-0.0270576;REVB=0.000219906;RO=29;SAF=21;SAR=6;SRF=24;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.069624;STB=0.527085;STBP=0.796;TYPE=snp;VARB=0.0184272;OID=.;OPOS=41684090;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:58:29:29:27:29:0.5:6:21:24:5:6:23:24:5 chr21 41725630 . G C 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=10;FWDB=-0.00306133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=289.909;QD=11.2567;RBI=0.0126016;REFB=-0.0229946;REVB=0.0122241;RO=12;SAF=2;SAR=6;SRF=2;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.119998;STB=0.571265;STBP=0.745;TYPE=snp;VARB=0.0323685;OID=.;OPOS=41725630;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:12:12:8:8:0.4:6:2:2:10:6:2:2:10 chr21 42539569 . ACCCCC ACCCC,ACCCCG 91.78 PASS AF=0.333333,0.0289855;AO=22,3;DP=71;FAO=23,2;FDP=69;FR=.;FRO=44;FSAF=7,2;FSAR=16,0;FSRF=14;FSRR=30;FWDB=0.0448569,-0.0122291;FXX=0.0416609;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=13.0821,26.1467;QD=5.3206;RBI=0.0948806,0.0307555;REFB=-0.0336831,-0.0213254;REVB=0.0836073,0.0282196;RO=40;SAF=8,2;SAR=14,1;SRF=12;SRR=28;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0784181,0.355173;STB=0.510629,0.996541;STBP=0.911,0.05;TYPE=del,snp;VARB=0.0605649,0.11607;OID=.,.;OPOS=42539570,42539574;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=ACCCC,ACCCCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.333333,0.0289855:22,3:71:23,2:69:44:7,2:16,0:14:30:83:40:8,2:14,1:12:28 chr21 42622786 . C T 727.16 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0129918;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.283;QD=57.032;RBI=0.014536;REFB=0;REVB=-0.00651992;RO=0;SAF=24;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.56995e-05;OID=.;OPOS=42622786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:27:24:0:0:27:24:0:0 chr21 42717662 . TG CA,CG 734.42 PASS AF=0.4375,0.5625;AO=21,27;DP=49;FAO=21,27;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=13,9;FSAR=8,18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148576,0.06053;FXX=0.020404;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=121.881,105.044;QD=61.2016;RBI=0.0254607,0.075613;REFB=0,0;REVB=0.020676,0.0453149;RO=0;SAF=13,9;SAR=8,18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.00622128,0.0112619;OID=.,.;OPOS=42717662,42717662;OREF=TG,T;OALT=CA,C;OMAPALT=CA,CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:49:48:0:0:21,27:21,27:0.4375,0.5625:8,18:13,9:0:0:8,18:13,9:0:0 chr21 42775555 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0568566;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.2195;QD=45.8059;RBI=0.0991999;REFB=0;REVB=-0.0812893;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00612886;OID=.;OPOS=42775555;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:9:5:0:0:9:5:0:0 chr21 42824661 . A G 283.02 PASS AF=0.530612;AO=25;DP=48;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0121822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.6791;QD=23.1033;RBI=0.0156373;REFB=-0.00844878;REVB=0.00980415;RO=23;SAF=9;SAR=16;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17961;STB=0.606075;STBP=0.128;TYPE=snp;VARB=0.0117073;OID=.;OPOS=42824661;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:23:23:25:26:0.530612:16:9:13:10:17:9:13:10 chr21 42845374 . G A 687.73 PASS AF=0.563025;AO=66;DP=120;FAO=67;FDP=119;FR=.;FRO=52;FSAF=40;FSAR=27;FSRF=19;FSRR=33;FWDB=0.0488771;FXX=0.0165276;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.664;QD=23.1169;RBI=0.0543834;REFB=-0.0257926;REVB=-0.0238449;RO=51;SAF=39;SAR=27;SRF=18;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189027;STB=0.601022;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.0286813;OID=.;OPOS=42845374;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:120:119:51:52:66:67:0.563025:27:39:18:33:27:40:19:33 chr21 42848560 . CAG C 46.4 PASS AF=0.4375;AO=6;DP=16;FAO=7;FDP=16;FR=.;FRO=9;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.0352869;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=203.163;QD=11.6007;RBI=0.0352878;REFB=-0.00444502;REVB=-0.000257878;RO=9;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.33738;STB=0.5997;STBP=0.56;TYPE=del;VARB=0.00270406;OID=.;OPOS=42848561;OREF=AG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4375:6:16:7:16:9:2:5:4:5:46:9:1:5:4:5 chr21 42852497 . C T 73.06 PASS AF=0.3125;AO=10;DP=32;FAO=10;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=-0.00653133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.86;QD=9.13234;RBI=0.0130339;REFB=-0.00956049;REVB=-0.0112793;RO=22;SAF=4;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.113609;STB=0.56948;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0187347;OID=.;OPOS=42852497;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:22:22:10:10:0.3125:6:4:11:11:6:4:11:11 chr21 42911231 . C T 116.32 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=44;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=18;FWDB=-0.0531472;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.9744;QD=10.8202;RBI=0.0563677;REFB=-0.0223895;REVB=-0.0187803;RO=28;SAF=6;SAR=8;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0410956;STB=0.534198;STBP=0.765;TYPE=snp;VARB=0.0523341;OID=.;OPOS=42911231;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:28:29:14:14:0.325581:8:6:11:17:8:6:11:18 chr21 43133145 . A G 770.63 PASS AF=0.982143;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00458727;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=261.893;QD=55.0448;RBI=0.00670186;REFB=-0.0741477;REVB=0.00488588;RO=1;SAF=22;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0140721;STB=0.50746;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.00139609;OID=.;OPOS=43133145;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:55:55:0.982143:33:22:0:1:33:22:0:1 chr21 43133714 . G T 786.85 PASS AF=1;AO=55;DP=56;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0148145;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=297.196;QD=57.2253;RBI=0.0148258;REFB=0;REVB=0.000578691;RO=0;SAF=21;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.38798e-05;OID=.;OPOS=43133714;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:55:0:0:55:55:1:34:21:0:0:34:21:0:0 chr21 43133829 . A G 689.23 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.754;QD=62.6568;RBI=0.030621;REFB=0;REVB=-0.0230674;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000261042;OID=.;OPOS=43133829;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:44:0:0:43:44:1:29:14:0:0:29:15:0:0 chr21 43161022 . C T 340.68 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0418374;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.249;QD=54.5093;RBI=0.0567085;REFB=0;REVB=0.0382817;RO=0;SAF=14;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000887988;OID=.;OPOS=43161022;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:11:14:0:0:11:14:0:0 chr21 43161357 . T C 289.35 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0675517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2603;QD=52.6089;RBI=0.0690622;REFB=0;REVB=0.0143651;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000695461;OID=.;OPOS=43161357;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr21 43161805 . G A 851.21 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0101667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.444;QD=57.7093;RBI=0.0506551;REFB=0;REVB=0.0496243;RO=0;SAF=35;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000106642;OID=.;OPOS=43161805;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:24:35:0:0:24:35:0:0 chr21 43161877 . C T 853.93 PASS AF=0.983607;AO=60;DP=61;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=43;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0603174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.33;QD=55.9956;RBI=0.0644625;REFB=-0.0457189;REVB=0.0227426;RO=1;SAF=43;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0108509;STB=0.505745;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.000842682;OID=.;OPOS=43161877;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:61:1:1:60:60:0.983607:17:43:1:0:17:43:1:0 chr21 43162150 . G A 1117.82 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172968;FXX=0.038956;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.07;QD=60.4226;RBI=0.0388508;REFB=0;REVB=0.034788;RO=0;SAF=32;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000138039;OID=.;OPOS=43162150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:41:32:0:0:42:32:0:0 chr21 43164232 . C A 38.57 PASS AF=0.428571;AO=6;DP=14;FAO=6;FDP=14;FR=.;FRO=8;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0145634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.484;QD=11.0195;RBI=0.03637;REFB=-0.0102415;REVB=0.033327;RO=8;SAF=1;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373885;STB=0.734403;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.01268;OID=.;OPOS=43164232;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:8:8:6:6:0.428571:5:1:4:4:5:1:4:4 chr21 43218520 . G A 715.02 PASS AF=0.978723;AO=46;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00125479;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=282.518;QD=60.8526;RBI=0.00704826;REFB=-0.00495295;REVB=0.00693566;RO=1;SAF=25;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0184352;STB=0.5098;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=9.6162e-06;OID=.;OPOS=43218520;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:46:46:0.978723:21:25:1:0:21:25:1:0 chr21 43218620 . G A 153.93 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=17;FSAR=2;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=-0.00133491;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.002;QD=11.6171;RBI=0.0231922;REFB=-0.00776518;REVB=-0.0231538;RO=34;SAF=17;SAR=2;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.498747;STB=0.800169;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0160227;OID=.;OPOS=43218620;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:2:17:19:15:2:17:19:15 chr21 43218807 . C T 715.88 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0589077;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.3387;QD=56.1473;RBI=0.0624227;REFB=0;REVB=-0.0206513;RO=0;SAF=41;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.90022e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00303307;OID=.;OPOS=43218807;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:51:0:0:49:51:1:8:41:0:0:10:41:0:0 chr21 43219728 . A T 1108.16 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0740296;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.088;QD=59.9004;RBI=0.074045;REFB=0;REVB=-0.0015095;RO=0;SAF=37;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.89682e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000222933;OID=.;OPOS=43219728;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:74:0:0:73:74:1:36:37:0:0:37:37:0:0 chr21 43220380 . C A 632.33 PASS AF=0.977273;AO=40;DP=42;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00329641;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.232;QD=57.4842;RBI=0.0699793;REFB=-0.0748498;REVB=0.0699016;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.511622;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000435955;OID=.;OPOS=43220380;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:42:44:0:1:40:43:0.977273:18:22:0:0:21:22:0:1 chr21 43221483 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0441249;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.39;QD=33.4285;RBI=0.0449126;REFB=0;REVB=-0.00837445;RO=0;SAF=3;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000458256;OID=.;OPOS=43221483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:3:3:0:0:3:3:0:0 chr21 43221826 . T C 435.57 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0487313;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=116.557;QD=54.4456;RBI=0.0490489;REFB=0.024199;REVB=-0.00557252;RO=1;SAF=9;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207404;STB=0.511104;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=-3.81489e-05;OID=.;OPOS=43221826;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:22:9:0:1:22:9:0:1 chr21 43236176 . G A 246.77 PASS AF=0.709677;AO=21;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0216883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.877;QD=31.8406;RBI=0.0253904;REFB=-0.0424778;REVB=0.0132019;RO=9;SAF=11;SAR=10;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.017341;STB=0.502956;STBP=0.972;TYPE=snp;VARB=0.0188319;OID=.;OPOS=43236176;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:9:9:21:22:0.709677:10:11:5:4:10:12:5:4 chr21 43239972 . A G 410.27 PASS AF=1;AO=25;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.445;QD=56.5887;RBI=0.056956;REFB=0;REVB=0.0147824;RO=0;SAF=18;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000361939;OID=.;OPOS=43239972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:25:29:1:7:18:0:0:7:22:0:0 chr21 43240446 . C T 318.37 PASS AF=0.375;AO=36;DP=96;FAO=36;FDP=96;FR=.;FRO=60;FSAF=14;FSAR=22;FSRF=25;FSRR=35;FWDB=0.000531391;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.467;QD=13.2655;RBI=0.0239424;REFB=0.00132633;REVB=0.0239365;RO=60;SAF=14;SAR=22;SRF=25;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0316513;STB=0.518106;STBP=0.809;TYPE=snp;VARB=-0.0016738;OID=.;OPOS=43240446;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:96:96:60:60:36:36:0.375:22:14:25:35:22:14:25:35 chr21 43243585 . A G 391.13 PASS AF=0.373984;AO=46;DP=126;FAO=46;FDP=123;FR=.;FRO=77;FSAF=18;FSAR=28;FSRF=29;FSRR=48;FWDB=-0.011602;FXX=0.0390594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.5433;QD=12.7196;RBI=0.0477609;REFB=-0.0217711;REVB=-0.0463303;RO=72;SAF=18;SAR=28;SRF=25;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0504898;STB=0.509683;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.0389392;OID=.;OPOS=43243585;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:123:72:77:46:46:0.373984:28:18:25:47:28:18:29:48 chr21 43256252 . C T 316.36 PASS AF=0.416667;AO=34;DP=83;FAO=35;FDP=84;FR=.;FRO=49;FSAF=15;FSAR=20;FSRF=24;FSRR=25;FWDB=0.00308081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.76;QD=15.0646;RBI=0.0112924;REFB=-0.0158374;REVB=0.010864;RO=48;SAF=14;SAR=20;SRF=23;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.070776;STB=0.536062;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0294327;OID=.;OPOS=43256252;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:48:49:34:35:0.416667:20:14:23:25:20:15:24:25 chr21 43267260 . C T 212.4 PASS AF=0.423729;AO=25;DP=59;FAO=25;FDP=59;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=0.0260787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=219.694;QD=14.3999;RBI=0.0268215;REFB=-0.0176369;REVB=0.00626883;RO=34;SAF=13;SAR=12;SRF=20;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0694345;STB=0.539478;STBP=0.621;TYPE=snp;VARB=0.0201114;OID=.;OPOS=43267260;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:34:34:25:25:0.423729:12:13:20:14:12:13:20:14 chr21 43305619 . C T 170.81 PASS AF=0.34375;AO=22;DP=66;FAO=22;FDP=64;FR=.;FRO=42;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=23;FWDB=0.00543513;FXX=0.0302984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.707;QD=10.6757;RBI=0.0124541;REFB=-0.00404466;REVB=-0.0112055;RO=39;SAF=11;SAR=11;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141023;STB=0.531222;STBP=0.73;TYPE=snp;VARB=0.00698254;OID=.;OPOS=43305619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:64:39:42:22:22:0.34375:11:11:19:20:11:11:19:23 chr21 43315057 . C T 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.801;QD=37.4885;RBI=0.0467966;REFB=0;REVB=0.0467966;RO=0;SAF=0;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000747462;OID=.;OPOS=43315057;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:8:0:0:0:8:0:0:0 chr21 43327793 . C T 399.06 PASS AF=0.58209;AO=39;DP=67;FAO=39;FDP=67;FR=.;FRO=28;FSAF=14;FSAR=25;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.0050054;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.888;QD=23.8245;RBI=0.014307;REFB=-0.0320523;REVB=0.0134028;RO=27;SAF=14;SAR=25;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0387196;STB=0.53103;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=0.021953;OID=.;OPOS=43327793;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:27:28:39:39:0.58209:25:14:11:16:25:14:12:16 chr21 43327856 . A G 195.06 PASS AF=0.418182;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=55;FR=.;FRO=32;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.0134507;FXX=0.017854;HRUN=3;LEN=1;MLLD=85.0057;QD=14.1862;RBI=0.0233345;REFB=-0.00910591;REVB=-0.0190677;RO=32;SAF=4;SAR=19;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.276697;STB=0.660711;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.019221;OID=.;OPOS=43327856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:55:32:32:23:23:0.418182:19:4:12:20:19:4:12:20 chr21 43408317 . T TAAAGA 359.98 PASS AF=1;AO=25;DP=31;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0040597;FXX=0.0370233;HRUN=3;LEN=5;MLLD=190.009;QD=55.3812;RBI=0.00420736;REFB=0;REVB=0.00110485;RO=5;SAF=12;SAR=13;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.098039;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=1.4824e-05;OID=.;OPOS=43408318;OREF=-;OALT=AAAGA;OMAPALT=TAAAGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:25:31:26:26:0:13:13:0:0:4:5:12:13:4:1 chr21 43413338 . G C 266.98 PASS AF=0.5;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0267664;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=64.5254;QD=21.3583;RBI=0.0291118;REFB=-0.0280507;REVB=-0.011448;RO=24;SAF=12;SAR=13;SRF=18;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.235342;STB=0.618957;STBP=0.119;TYPE=snp;VARB=0.0277119;OID=.;OPOS=43413338;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:50:24:25:25:25:0.5:13:12:18:6:13:12:18:7 chr21 43413731 . C T 1080.54 PASS AF=1;AO=72;DP=72;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00213538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=211.808;QD=60.0299;RBI=0.0163412;REFB=0;REVB=0.0162011;RO=0;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.1178e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03186e-05;OID=.;OPOS=43413731;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:72:72:0:0:72:72:1:42:30:0:0:42:30:0:0 chr21 43522349 . T C 519.96 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00333241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.114;QD=59.4244;RBI=0.00616689;REFB=0;REVB=0.00518899;RO=0;SAF=18;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.3722e-05;OID=.;OPOS=43522349;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:17:18:0:0:17:18:0:0 chr21 43523941 . C A 1909.48 PASS AF=0.992063;AO=120;DP=121;FAO=125;FDP=126;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=74;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0270519;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.609;QD=60.6184;RBI=0.0400205;REFB=-0.0439159;REVB=0.029493;RO=1;SAF=51;SAR=69;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0092228;STB=0.504854;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.000440134;OID=.;OPOS=43523941;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:121:126:1:1:120:125:0.992063:69:51:1:0:74:51:1:0 chr21 43531008 . T C,G 1083.01 PASS AF=0.945946,0.0540541;AO=68,5;DP=73;FAO=70,4;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=39,3;FSAR=31,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0274884,-0.00662845;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=88.0165,143.925;QD=58.5408;RBI=0.055332,0.0248224;REFB=0,0;REVB=0.0480211,0.023921;RO=0;SAF=38,3;SAR=30,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000597768,0.188436;OID=.,.;OPOS=43531008,43531008;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:12:73:74:0:0:68,5:70,4:0.945946,0.0540541:30,2:38,3:0:0:31,1:39,3:0:0 chr21 43531553 . A C 632.24 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.529;QD=61.6821;RBI=0.0264143;REFB=0;REVB=-0.023729;RO=0;SAF=23;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.71564e-05;OID=.;OPOS=43531553;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:18:23:0:0:18:23:0:0 chr21 43531632 . T C 728.99 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0365694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.72;QD=57.176;RBI=0.0367425;REFB=0;REVB=-0.00356255;RO=0;SAF=26;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94283e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00014331;OID=.;OPOS=43531632;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:25:26:0:0:25:26:0:0 chr21 43547165 . G A 191.32 PASS AF=0.380952;AO=23;DP=62;FAO=24;FDP=63;FR=.;FRO=39;FSAF=12;FSAR=12;FSRF=32;FSRR=7;FWDB=-0.017522;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.337;QD=12.1472;RBI=0.0189948;REFB=-0.00207752;REVB=-0.00733365;RO=37;SAF=12;SAR=11;SRF=31;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352555;STB=0.698273;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.00539847;OID=.;OPOS=43547165;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:63:37:39:23:24:0.380952:11:12:31:6:12:12:32:7 chr21 43547788 . T C 758.08 PASS AF=0.964912;AO=53;DP=54;FAO=55;FDP=57;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0108118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.879;QD=53.1985;RBI=0.0757887;REFB=-0.0584896;REVB=0.0750136;RO=1;SAF=33;SAR=20;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0229721;STB=0.505153;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.000486781;OID=.;OPOS=43547788;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:54:57:1:2:53:55:0.964912:20:33:0:1:20:35:1:1 chr21 43547873 . G A 574.7 PASS AF=0.546392;AO=53;DP=97;FAO=53;FDP=97;FR=.;FRO=44;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=18;FSRR=26;FWDB=0.0296935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.813;QD=23.6991;RBI=0.0341797;REFB=0.0112242;REVB=-0.0169278;RO=44;SAF=26;SAR=27;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0674475;STB=0.537009;STBP=0.455;TYPE=snp;VARB=-0.011783;OID=.;OPOS=43547873;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:44:44:53:53:0.546392:27:26:18:26:27:26:18:26 chr21 43557559 . T A 234.96 PASS AF=0.388889;AO=28;DP=72;FAO=28;FDP=72;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=19;FWDB=-0.000282154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.8686;QD=13.0531;RBI=0.00954969;REFB=-0.00159694;REVB=0.00954552;RO=44;SAF=13;SAR=15;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110499;STB=0.563196;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.00114118;OID=.;OPOS=43557559;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:44:44:28:28:0.388889:15:13:25:19:15:13:25:19 chr21 43708280 . G A 271.69 PASS AF=0.538462;AO=28;DP=52;FAO=28;FDP=52;FR=.;FRO=24;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.00525484;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.214;QD=20.8996;RBI=0.0111919;REFB=-0.0325945;REVB=0.0098816;RO=24;SAF=15;SAR=13;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00496446;STB=0.50276;STBP=0.977;TYPE=snp;VARB=0.0189267;OID=.;OPOS=43708280;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:24:28:28:0.538462:13:15:13:11:13:15:13:11 chr21 43732346 . CGGGGGCA CGGGGCA,CGGGGCAG,CGGGGCGA 337.02 PASS AF=0.822581,0.0483871,0;AO=25,4,4;DP=59;FAO=51,3,0;FDP=62;FR=.;FRO=8;FSAF=14,3,0;FSAR=37,0,0;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.143253,0.0112619,-0.0734914;FXX=0.0312451;HRUN=5,5,5;LEN=1,3,2;MLLD=10.0526,14.8767,134.267;QD=21.7431;RBI=0.225673,0.0651883,0.073492;REFB=-0.170457,-0.105005,-0.0324626;REVB=0.174376,0.0642082,0.000296851;RO=19;SAF=1,4,4;SAR=24,0,0;SRF=3;SRR=16;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.358243,0.783911,0.783911;STB=0.526036,0.997573,0.5;STBP=0.405,0.008,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.134149,0.0509257,0;OID=.,.,.;OPOS=43732347,43732351,43732351;OREF=G,GCA,GC;OALT=-,CAG,CG;OMAPALT=CGGGGCA,CGGGGCAG,CGGGGCGA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.822581,0.0483871,0:25,4,4:59:51,3,0:62:8:14,3,0:37,0,0:1:7:21:19:1,4,4:24,0,0:3:16 chr21 43786606 . G A 714.39 PASS AF=1;AO=42;DP=44;FAO=45;FDP=45;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0387154;FXX=0.0217344;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.717;QD=63.5017;RBI=0.0404046;REFB=0;REVB=-0.0115607;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000617326;OID=.;OPOS=43786606;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:45:0:0:42:45:1:22:20:0:0:22:23:0:0 chr21 43792869 . C T 354.77 PASS AF=0.5;AO=35;DP=72;FAO=37;FDP=74;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=17;FSRR=20;FWDB=0.00298699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.746;QD=19.1766;RBI=0.011237;REFB=-0.0174102;REVB=0.0108327;RO=37;SAF=14;SAR=21;SRF=17;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0562452;STB=0.527721;STBP=0.641;TYPE=snp;VARB=0.0168459;OID=.;OPOS=43792869;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:74:37:37:35:37:0.5:21:14:17:20:22:15:17:20 chr21 43810084 . C T 226.0 PASS AF=0.5;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=44;FR=.;FRO=22;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=7;FWDB=-0.0164704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1118;QD=20.5453;RBI=0.0185314;REFB=-0.0131815;REVB=-0.0084936;RO=22;SAF=16;SAR=6;SRF=15;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0494187;STB=0.527893;STBP=0.762;TYPE=snp;VARB=0.00703884;OID=.;OPOS=43810084;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:22:22:22:22:0.5:6:16:15:7:6:16:15:7 chr21 43815562 . C G 448.89 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=84;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=26;FSAR=18;FSRF=8;FSRR=33;FWDB=0.0596908;FXX=0.0116266;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.009;QD=21.124;RBI=0.0601579;REFB=-0.0032138;REVB=0.00748246;RO=39;SAF=26;SAR=18;SRF=8;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.319819;STB=0.684133;STBP=0.001;TYPE=snp;VARB=0.00405748;OID=.;OPOS=43815562;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:39:41:44:44:0.517647:18:26:8:31:18:26:8:33 chr21 43824106 . A G 1763.85 PASS AF=1;AO=110;DP=110;FAO=116;FDP=116;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=69;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0857234;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.78;QD=60.8225;RBI=0.0899177;REFB=0;REVB=0.0271421;RO=0;SAF=44;SAR=66;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.6109e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.42044e-05;OID=.;OPOS=43824106;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:110:116:0:0:110:116:1:66:44:0:0:69:47:0:0 chr21 43824123 . G C 1640.42 PASS AF=1;AO=108;DP=108;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0332826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=235.327;QD=60.199;RBI=0.0407073;REFB=0;REVB=0.0234382;RO=0;SAF=44;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72235e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.8334e-05;OID=.;OPOS=43824123;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:108:109:0:0:108:109:1:64:44:0:0:65:44:0:0 chr21 43985955 . G A 523.79 PASS AF=1;AO=35;DP=36;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00246229;FXX=0.0277701;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.862;QD=59.8615;RBI=0.00275082;REFB=0;REVB=-0.00122643;RO=0;SAF=21;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.27896e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.28397e-05;OID=.;OPOS=43985955;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:35:0:0:35:35:1:14:21:0:0:14:21:0:0 chr21 44189166 . T C 916.0 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00422942;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.406;QD=58.1585;RBI=0.0203262;REFB=0;REVB=-0.0198813;RO=0;SAF=28;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00118613;OID=.;OPOS=44189166;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:63:0:0:62:63:1:34:28:0:0:34:29:0:0 chr21 44189172 . A C 967.25 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=66;FDP=66;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0021205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.213;QD=58.6211;RBI=0.0356804;REFB=0;REVB=0.0356173;RO=0;SAF=30;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.64035e-05;OID=.;OPOS=44189172;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:66:0:0:63:66:1:33:30:0:0:36:30:0:0 chr21 44293744 . C G 108.38 PASS AF=0.40625;AO=13;DP=32;FAO=13;FDP=32;FR=.;FRO=19;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0264814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5582;QD=13.5474;RBI=0.0563293;REFB=-0.0114721;REVB=-0.0497165;RO=19;SAF=8;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.196894;STB=0.615207;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.0155027;OID=.;OPOS=44293744;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:19:19:13:13:0.40625:5:8:8:11:5:8:8:11 chr21 44323461 . G A 331.3 PASS AF=0.622642;AO=31;DP=51;FAO=33;FDP=53;FR=.;FRO=20;FSAF=19;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.00107819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.847;QD=25.0037;RBI=0.0191898;REFB=0.0045446;REVB=-0.0191595;RO=20;SAF=17;SAR=14;SRF=7;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.140702;STB=0.584897;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=-0.00201209;OID=.;OPOS=44323461;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:20:20:31:33:0.622642:14:17:7:13:14:19:7:13 chr21 44323590 . T G 173.75 PASS AF=0.486486;AO=17;DP=36;FAO=18;FDP=37;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.069993;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.8396;QD=18.7834;RBI=0.0967256;REFB=-0.032324;REVB=0.0667594;RO=19;SAF=5;SAR=12;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131727;STB=0.584676;STBP=0.364;TYPE=snp;VARB=0.053445;OID=.;OPOS=44323590;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:19:19:17:18:0.486486:12:5:8:11:13:5:8:11 chr21 44324365 . G A 388.18 PASS AF=0.487805;AO=40;DP=82;FAO=40;FDP=82;FR=.;FRO=42;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=12;FSRR=30;FWDB=0.0473774;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.3943;QD=18.9358;RBI=0.0559812;REFB=0.0295243;REVB=0.0298207;RO=42;SAF=18;SAR=22;SRF=12;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156057;STB=0.586425;STBP=0.132;TYPE=snp;VARB=-0.0329627;OID=.;OPOS=44324365;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:42:42:40:40:0.487805:22:18:12:30:22:18:12:30 chr21 44327015 . G A 74.22 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.0725196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.883;QD=10.2379;RBI=0.0740407;REFB=-0.00190722;REVB=0.014931;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260924;STB=0.654892;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=0.00508085;OID=.;OPOS=44327015;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:5:5:5:14:5:5:5:14 chr21 44371114 . T C 230.28 PASS AF=0.95;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.018197;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.8066;QD=46.0554;RBI=0.0250919;REFB=0.00346845;REVB=-0.0172763;RO=1;SAF=10;SAR=9;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0437955;STB=0.523785;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=-0.000170352;OID=.;OPOS=44371114;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:1:1:19:19:0.95:9:10:1:0:9:10:1:0 chr21 44430325 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171654;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.049;QD=51.1846;RBI=0.0197981;REFB=0;REVB=0.00986473;RO=0;SAF=7;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010099;OID=.;OPOS=44430325;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:13:7:0:0:13:7:0:0 chr21 44437142 . A G 212.91 PASS AF=0.617647;AO=20;DP=34;FAO=21;FDP=34;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0149968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.995;QD=25.0487;RBI=0.0736765;REFB=-0.0303925;REVB=0.0721341;RO=11;SAF=6;SAR=14;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0473503;STB=0.544511;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0211452;OID=.;OPOS=44437142;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:11:13:20:21:0.617647:14:6:4:7:15:6:5:8 chr21 44450404 . C T 35.94 PASS AF=0.26087;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=23;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0120182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.5853;QD=6.25044;RBI=0.0904242;REFB=-0.00698591;REVB=-0.0896219;RO=17;SAF=5;SAR=1;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.576055;STB=0.865562;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00679656;OID=.;OPOS=44450404;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:23:17:17:6:6:0.26087:1:5:5:12:1:5:5:12 chr21 44480616 . G A 151.17 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0437497;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.212;QD=20.1564;RBI=0.0459146;REFB=-0.035991;REVB=0.0139326;RO=12;SAF=3;SAR=13;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.4156;STB=0.767822;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.0359248;OID=.;OPOS=44480616;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:12:14:16:16:0.533333:13:3:8:4:13:3:10:4 chr21 44485551 . C A 668.22 PASS AF=0.545455;AO=66;DP=121;FAO=66;FDP=121;FR=.;FRO=55;FSAF=35;FSAR=31;FSRF=30;FSRR=25;FWDB=0.0220862;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=41.7175;QD=22.0899;RBI=0.0293478;REFB=-0.00389777;REVB=0.0193259;RO=54;SAF=35;SAR=31;SRF=29;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00555752;STB=0.506916;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.0040036;OID=.;OPOS=44485551;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:121:121:54:55:66:66:0.545455:31:35:29:25:31:35:30:25 chr21 44589215 . C T 266.18 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.0169365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.753;QD=21.2946;RBI=0.0239516;REFB=-0.0223852;REVB=0.0169362;RO=25;SAF=17;SAR=8;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0790217;STB=0.544447;STBP=0.562;TYPE=snp;VARB=0.0140019;OID=.;OPOS=44589215;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:8:17:15:10:8:17:15:10 chr21 44748660 . G A 200.58 PASS AF=0.309524;AO=26;DP=85;FAO=26;FDP=84;FR=.;FRO=58;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=37;FSRR=21;FWDB=-0.0139577;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.2496;QD=9.55132;RBI=0.0450123;REFB=-0.00415417;REVB=-0.0427936;RO=57;SAF=17;SAR=9;SRF=37;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00607705;STB=0.512039;STBP=0.885;TYPE=snp;VARB=0.00647767;OID=.;OPOS=44748660;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:84:57:58:26:26:0.309524:9:17:37:20:9:17:37:21 chr21 44835508 . A G 62.25 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0154659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.0976;QD=35.5732;RBI=0.0506589;REFB=0;REVB=0.0482403;RO=0;SAF=4;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00261438;OID=.;OPOS=44835508;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:3:4:0:0:3:4:0:0 chr21 44837551 . G A 253.15 PASS AF=0.84;AO=20;DP=24;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=14;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0766222;FXX=0.0384468;HRUN=5;LEN=1;MLLD=120.424;QD=40.504;RBI=0.0857397;REFB=-0.0567324;REVB=0.0384752;RO=2;SAF=14;SAR=6;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0390562;STB=0.571359;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.00271706;OID=.;OPOS=44837551;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:17:24:25:2:4:20:21:0.84:6:14:1:1:7:14:1:3 chr21 44837555 . G A 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0635691;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=231.657;QD=55.0987;RBI=0.0899974;REFB=0;REVB=0.0637064;RO=0;SAF=14;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002648;OID=.;OPOS=44837555;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:12:14:0:0:12:14:0:0 chr21 44838326 . GCCCC GCCCA,GCCC 63.01 PASS AF=0.25,0.5;AO=3,6;DP=12;FAO=3,6;FDP=12;FR=.;FRO=3;FSAF=1,6;FSAR=2,0;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0137466,0.00231123;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=147.114,17.2873;QD=21.0037;RBI=0.023953,0.0923913;REFB=-0.0341811,-0.124016;REVB=-0.0196158,-0.0923624;RO=3;SAF=1,6;SAR=2,0;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0.278912;SSSB=0,0.778585;STB=0.5,0.997391;STBP=1,0.024;TYPE=snp,del;VARB=0.0552551,0.0474023;OID=.,.;OPOS=44838330,44838327;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=GCCCA,GCCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.25,0.5:3,6:12:3,6:12:3:1,6:2,0:1:2:19:3:1,6:2,0:1:2 chr21 44846016 . C T 134.16 PASS AF=0.666667;AO=14;DP=21;FAO=14;FDP=21;FR=.;FRO=7;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0485758;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.411;QD=25.5545;RBI=0.0487663;REFB=-0.0564544;REVB=0.00430558;RO=7;SAF=4;SAR=10;SRF=2;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0324531;OID=.;OPOS=44846016;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:21:21:7:7:14:14:0.666667:10:4:2:5:10:4:2:5 chr21 45092257 . T A 1053.05 PASS AF=0.948052;AO=73;DP=77;FAO=73;FDP=77;FR=.;FRO=4;FSAF=47;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0351318;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.566;QD=54.7038;RBI=0.0398246;REFB=-0.0295098;REVB=0.0187551;RO=4;SAF=47;SAR=26;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0673895;STB=0.535704;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00178268;OID=.;OPOS=45092257;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:77:77:4:4:73:73:0.948052:26:47:0:4:26:47:0:4 chr21 45096206 . G A 651.69 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00456485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.293;QD=62.0653;RBI=0.119153;REFB=0;REVB=0.119066;RO=0;SAF=24;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000312802;OID=.;OPOS=45096206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:42:0:0:40:42:1:16:24:0:0:18:24:0:0 chr21 45107518 . A G 579.48 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208794;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.683;QD=60.9976;RBI=0.0397632;REFB=0;REVB=0.0338402;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.59688e-05;OID=.;OPOS=45107518;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:37:38:1:18:19:0:0:19:19:0:0 chr21 45107562 . T C 613.32 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0266383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.947;QD=61.3317;RBI=0.0475825;REFB=0;REVB=0.0394271;RO=0;SAF=15;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127954;OID=.;OPOS=45107562;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:40:40:1:25:15:0:0:25:15:0:0 chr21 45152500 . G A 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=-0.0106259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.995;QD=22.5338;RBI=0.0106507;REFB=-0.00341919;REVB=-0.00072676;RO=15;SAF=4;SAR=15;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0125573;STB=0.507035;STBP=0.987;TYPE=snp;VARB=0.00239037;OID=.;OPOS=45152500;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:15:4:3:12:15:4:3:12 chr21 45181446 . G A 609.86 PASS AF=0.560748;AO=59;DP=106;FAO=60;FDP=107;FR=.;FRO=47;FSAF=42;FSAR=18;FSRF=26;FSRR=21;FWDB=0.00372562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.438;QD=22.7985;RBI=0.0729548;REFB=-0.0343802;REVB=0.0728596;RO=46;SAF=42;SAR=17;SRF=26;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133662;STB=0.572302;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.0200021;OID=.;OPOS=45181446;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:106:107:46:47:59:60:0.560748:17:42:26:20:18:42:26:21 chr21 45181571 . A AG 278.19 PASS AF=0.538462;AO=40;DP=81;FAO=42;FDP=78;FR=.;FRO=36;FSAF=33;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=0.00444538;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=19.9042;QD=14.2662;RBI=0.171608;REFB=0.0199107;REVB=0.171551;RO=37;SAF=33;SAR=7;SRF=24;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219967;STB=0.619656;STBP=0.044;TYPE=ins;VARB=-0.0112002;OID=.;OPOS=45181572;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.538462:40:81:42:78:36:33:9:21:15:99:37:33:7:24:13 chr21 45209559 . C T 429.28 PASS AF=0.551282;AO=42;DP=78;FAO=43;FDP=78;FR=.;FRO=35;FSAF=18;FSAR=25;FSRF=15;FSRR=20;FWDB=0.0294041;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=43.3107;QD=22.0142;RBI=0.0294068;REFB=-0.0115025;REVB=0.000393528;RO=35;SAF=17;SAR=25;SRF=15;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0202768;STB=0.504585;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0143119;OID=.;OPOS=45209559;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:78:35:35:42:43:0.551282:25:17:15:20:25:18:15:20 chr21 45210932 . G A 238.85 PASS AF=0.490196;AO=24;DP=49;FAO=25;FDP=51;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=16;FWDB=-0.0193269;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.596;QD=18.733;RBI=0.0201868;REFB=-0.0436644;REVB=-0.00582922;RO=24;SAF=13;SAR=11;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.183948;STB=0.588715;STBP=0.23;TYPE=snp;VARB=0.0245387;OID=.;OPOS=45210932;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:51:24:26:24:25:0.490196:11:13:8:16:11:14:10:16 chr21 45212626 . T C 353.55 PASS AF=0.431818;AO=37;DP=87;FAO=38;FDP=88;FR=.;FRO=50;FSAF=28;FSAR=10;FSRF=29;FSRR=21;FWDB=0.0111574;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.8953;QD=16.0705;RBI=0.0230196;REFB=-0.0047395;REVB=0.0201349;RO=50;SAF=27;SAR=10;SRF=29;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.174529;STB=0.603558;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.0079693;OID=.;OPOS=45212626;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:50:50:37:38:0.431818:10:27:29:21:10:28:29:21 chr21 45215051 . A G 196.58 PASS AF=0.347222;AO=25;DP=72;FAO=25;FDP=72;FR=.;FRO=47;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=23;FSRR=24;FWDB=-0.0134487;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.684;QD=10.9214;RBI=0.0206444;REFB=-0.00428877;REVB=-0.0156629;RO=46;SAF=13;SAR=12;SRF=22;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465501;STB=0.519984;STBP=0.824;TYPE=snp;VARB=0.00780444;OID=.;OPOS=45215051;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:46:47:25:25:0.347222:12:13:22:24:12:13:23:24 chr21 45217559 . T C 837.02 PASS AF=0.983333;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0348941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.034;QD=55.8014;RBI=0.0349471;REFB=-0.0307366;REVB=0.00192405;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.50769;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000118521;OID=.;OPOS=45217559;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:59:60:0:1:58:59:0.983333:26:32:0:0:27:32:1:0 chr21 45217929 . T C 103.5 PASS AF=0.309524;AO=13;DP=42;FAO=13;FDP=42;FR=.;FRO=29;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.000132486;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.599;QD=9.85731;RBI=0.00436863;REFB=-0.0220755;REVB=0.00436662;RO=28;SAF=4;SAR=9;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188841;STB=0.604576;STBP=0.362;TYPE=snp;VARB=0.0323222;OID=.;OPOS=45217929;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:28:29:13:13:0.309524:9:4:13:15:9:4:13:16 chr21 45219524 . T C 113.68 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=1;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0922353;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.1214;QD=18.1891;RBI=0.105975;REFB=-0.0393173;REVB=0.0521854;RO=11;SAF=1;SAR=12;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.437477;STB=0.749499;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0399192;OID=.;OPOS=45219524;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:11:12:13:13:0.52:12:1:4:7:12:1:4:8 chr21 45220787 . A G 741.05 PASS AF=1;AO=51;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00907794;FXX=0.0188644;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.164;QD=57.0041;RBI=0.0234889;REFB=0;REVB=-0.0216638;RO=0;SAF=28;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00031043;OID=.;OPOS=45220787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:51:52:1:23:28:0:0:24:28:0:0 chr21 45528919 . G A 1788.48 PASS AF=0.984;AO=118;DP=124;FAO=123;FDP=125;FR=.;FRO=2;FSAF=55;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0181087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.219;QD=57.2315;RBI=0.0764252;REFB=-0.170466;REVB=0.0742488;RO=0;SAF=54;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.507245;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.00107275;OID=.;OPOS=45528919;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:124:125:0:2:118:123:0.984:64:54:0:0:68:55:0:2 chr21 45538646 . TT CC,TC 758.67 PASS AF=0.0357143,0.946429;AO=2,53;DP=56;FAO=2,53;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=0,29;FSAR=2,24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00530598,-0.000989504;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=2,1;MLLD=87.9188,147.532;QD=54.1906;RBI=0.0129121,0.0133138;REFB=-0.0265875,-0.03602;REVB=-0.0117715,-0.013277;RO=0;SAF=0,29;SAR=2,24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5102;STBP=1,0.322;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0878075,-0.00130212;OID=.,.;OPOS=45538646,45538647;OREF=TT,T;OALT=CC,C;OMAPALT=CC,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:56:56:0:1:2,53:2,53:0.0357143,0.946429:2,24:0,29:0:0:2,24:0,29:0:1 chr21 45538725 . C A 739.78 PASS AF=1;AO=53;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00236546;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=148.15;QD=54.7984;RBI=0.00728567;REFB=-0.122596;REVB=0.00689098;RO=0;SAF=23;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.72004e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000469227;OID=.;OPOS=45538725;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:54:54:0:0:53:54:1:30:23:0:0:31:23:0:0 chr21 45540919 . A G 854.57 PASS AF=0.983607;AO=58;DP=59;FAO=60;FDP=61;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0266843;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.494;QD=56.0374;RBI=0.0361147;REFB=0.025823;REVB=0.0243356;RO=1;SAF=31;SAR=27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0149748;STB=0.50769;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-3.32315e-05;OID=.;OPOS=45540919;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:59:61:1:1:58:60:0.983607:27:31:1:0:28:32:1:0 chr21 45542076 . GC G 54.71 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=0.0665292;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.3121;QD=7.54665;RBI=0.161399;REFB=-0.0524099;REVB=-0.147049;RO=17;SAF=4;SAR=8;SRF=16;SRR=1;SSEN=0.515625;SSEP=0;SSSB=-0.558512;STB=0.815925;STBP=0.023;TYPE=del;VARB=0.0825165;OID=.;OPOS=45542077;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.413793:12:29:12:29:17:4:8:16:1:54:17:4:8:16:1 chr21 45544594 . T C 993.89 PASS AF=1;AO=67;DP=68;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00503619;FXX=0.0147037;HRUN=3;LEN=1;MLLD=215.898;QD=59.3368;RBI=0.0165867;REFB=0;REVB=0.0158036;RO=0;SAF=37;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.74197e-05;OID=.;OPOS=45544594;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:68:67:0:0:67:67:1:30:37:0:0:30:37:0:0 chr21 45553596 . T C 101.97 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373824;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1837;QD=40.7893;RBI=0.108622;REFB=0;REVB=0.101987;RO=0;SAF=3;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00398482;OID=.;OPOS=45553596;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:10:0:0:9:10:1:6:3:0:0:7:3:0:0 chr21 45565473 . C T 138.03 PASS AF=0.928571;AO=12;DP=14;FAO=13;FDP=14;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00211862;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.186;QD=39.4363;RBI=0.00986176;REFB=-0.136694;REVB=0.0096315;RO=1;SAF=2;SAR=10;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0430526;STB=0.521706;STBP=0.663;TYPE=snp;VARB=0.00111062;OID=.;OPOS=45565473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:14:14:1:1:12:13:0.928571:10:2:0:1:11:2:0:1 chr21 45648880 . C T 165.28 PASS AF=0.53125;AO=17;DP=33;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=0.0330929;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.5943;QD=20.6599;RBI=0.0598251;REFB=0.0298208;REVB=0.0498388;RO=15;SAF=11;SAR=6;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.208164;STB=0.617837;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=-0.0251909;OID=.;OPOS=45648880;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:32:15:15:17:17:0.53125:6:11:6:9:6:11:6:9 chr21 45649494 . A G 453.16 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00539921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1628;QD=54.9289;RBI=0.0157553;REFB=-0.0360746;REVB=0.0148013;RO=1;SAF=9;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490584;STB=0.526299;STBP=0.186;TYPE=snp;VARB=0.000895819;OID=.;OPOS=45649494;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:23:9:1:0:23:9:1:0 chr21 45649499 . G A 133.47 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=0.0121732;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.224;QD=15.702;RBI=0.0147163;REFB=-0.0157913;REVB=0.0082693;RO=18;SAF=3;SAR=12;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.171517;STB=0.624816;STBP=0.252;TYPE=snp;VARB=0.0201767;OID=.;OPOS=45649499;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:18:19:15:15:0.441176:12:3:6:12:12:3:7:12 chr21 45649640 . C T 83.46 PASS AF=0.625;AO=10;DP=16;FAO=10;FDP=16;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=0.0157017;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3689;QD=20.8658;RBI=0.112845;REFB=0.0136004;REVB=0.111747;RO=5;SAF=8;SAR=2;SRF=4;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.519961;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=-0.00514254;OID=.;OPOS=45649640;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:5:6:10:10:0.625:2:8:4:1:2:8:5:1 chr21 45649778 . A G 334.4 PASS AF=0.507246;AO=35;DP=69;FAO=35;FDP=69;FR=.;FRO=34;FSAF=24;FSAR=11;FSRF=23;FSRR=11;FWDB=0.029894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.694;QD=19.3857;RBI=0.0300507;REFB=-0.00851924;REVB=-0.0030645;RO=34;SAF=24;SAR=11;SRF=23;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00945718;STB=0.50526;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00626768;OID=.;OPOS=45649778;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:69:34:34:35:35:0.507246:11:24:23:11:11:24:23:11 chr21 45649848 . T C 306.77 PASS AF=0.574074;AO=31;DP=54;FAO=31;FDP=54;FR=.;FRO=23;FSAF=22;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.00804488;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=228.816;QD=22.7235;RBI=0.0243515;REFB=-0.0117269;REVB=-0.0229842;RO=22;SAF=22;SAR=9;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0593022;STB=0.515409;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=0.00911325;OID=.;OPOS=45649848;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:22:23:31:31:0.574074:9:22:17:5:9:22:17:6 chr21 45656774 . C T 285.1 PASS AF=0.541667;AO=26;DP=48;FAO=26;FDP=48;FR=.;FRO=22;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=12;FWDB=0.00375787;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=223.088;QD=23.7582;RBI=0.00681496;REFB=-0.00865036;REVB=-0.00568526;RO=22;SAF=15;SAR=11;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101251;STB=0.556408;STBP=0.419;TYPE=snp;VARB=0.00597028;OID=.;OPOS=45656774;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:22:26:26:0.541667:11:15:10:12:11:15:10:12 chr21 45706458 . GA G,GG 81.79 PASS AF=0.210526,0.0736842;AO=26,7;DP=100;FAO=20,7;FDP=95;FR=.;FRO=68;FSAF=15,2;FSAR=5,5;FSRF=36;FSRR=32;FWDB=-0.0520536,-0.0504015;FXX=0.049995;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=11.2808,20.8219;QD=3.44368;RBI=0.0734686,0.0821889;REFB=-0.162324,-0.0848405;REVB=-0.0518465,-0.0649208;RO=54;SAF=16,2;SAR=10,5;SRF=30;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0.351613,0;SSSB=0.0713207,-0.312135;STB=0.684989,0.719074;STBP=0.069,0.271;TYPE=del,snp;VARB=0.167487,0.134647;OID=.,.;OPOS=45706459,45706459;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.210526,0.0736842:26,7:100:20,7:95:68:15,2:5,5:36:32:53:54:16,2:10,5:30:24 chr21 45707457 . G A 192.37 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=0.00412216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.163;QD=16.0305;RBI=0.00566915;REFB=-0.0282896;REVB=0.00389192;RO=28;SAF=9;SAR=11;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0146258;STB=0.508395;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0314997;OID=.;OPOS=45707457;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:11:9:13:15:11:9:13:15 chr21 45708277 . C T 171.19 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=10;FWDB=-0.0160665;FXX=0.0222173;HRUN=2;LEN=1;MLLD=236.975;QD=15.5623;RBI=0.0186066;REFB=-0.0251802;REVB=-0.00938465;RO=23;SAF=11;SAR=7;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0465867;STB=0.502657;STBP=0.984;TYPE=snp;VARB=0.0356506;OID=.;OPOS=45708277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:44:23:26:18:18:0.409091:7:11:13:10:7:11:16:10 chr21 45712977 . T C 1320.62 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=63;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0112616;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.543;QD=62.1468;RBI=0.0327348;REFB=0;REVB=0.0307367;RO=0;SAF=22;SAR=62;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82022e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.35221e-05;OID=.;OPOS=45712977;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:62:22:0:0:63:22:0:0 chr21 45717550 . T C 2177.05 PASS AF=0.986667;AO=145;DP=150;FAO=148;FDP=150;FR=.;FRO=2;FSAF=72;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0138745;FXX=0.00662208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.898;QD=58.0545;RBI=0.0543899;REFB=-0.149674;REVB=0.0525905;RO=0;SAF=71;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.01112e-08;STB=0.506493;STBP=0.216;TYPE=snp;VARB=0.000846328;OID=.;OPOS=45717550;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:150:150:0:2:145:148:0.986667:74:71:0:0:76:72:0:2 chr21 45725715 . A G 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.036011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=243.992;QD=58.1421;RBI=0.0394787;REFB=0;REVB=-0.0161795;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.65487e-05;OID=.;OPOS=45725715;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr21 45750346 . C A 650.83 PASS AF=0.916667;AO=44;DP=48;FAO=44;FDP=48;FR=.;FRO=4;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0384575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.3869;QD=54.2354;RBI=0.0401855;REFB=-0.0116814;REVB=-0.0116575;RO=4;SAF=24;SAR=20;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714936;STB=0.503815;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.00295904;OID=.;OPOS=45750346;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:48:48:4:4:44:44:0.916667:20:24:2:2:20:24:2:2 chr21 45826530 . C T 63.72 PASS AF=0.272727;AO=8;DP=33;FAO=9;FDP=33;FR=.,HEALED;FRO=24;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.1978;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.7409;QD=7.72326;RBI=0.198271;REFB=-0.0056293;REVB=0.013662;RO=14;SAF=3;SAR=5;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.020009;STB=0.599782;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.0289395;OID=.;OPOS=45826530;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:33:33:14:24:8:9:0.272727:5:3:5:9:5:4:14:10 chr21 45844751 . A G 2098.21 PASS AF=0.960265;AO=141;DP=151;FAO=145;FDP=151;FR=.;FRO=6;FSAF=52;FSAR=93;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0536958;FXX=0.00657851;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.485;QD=55.5816;RBI=0.054549;REFB=-0.0763749;REVB=-0.00961024;RO=5;SAF=49;SAR=92;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0106187;STB=0.501093;STBP=0.929;TYPE=snp;VARB=0.00270558;OID=.;OPOS=45844751;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:151:151:5:6:141:145:0.960265:92:49:1:4:93:52:2:4 chr21 45878637 . A G 228.57 PASS AF=1;AO=16;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0693184;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.32;QD=50.794;RBI=0.0764781;REFB=0;REVB=0.0323088;RO=0;SAF=4;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07465e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000170355;OID=.;OPOS=45878637;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:16:18:1:12:4:0:0:14:4:0:0 chr21 45959557 . ATC TGA 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00358;FXX=0;HRUN=2;LEN=3;MLLD=232.443;QD=14.0438;RBI=0.0387139;REFB=-0.0312675;REVB=-0.038548;RO=4;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.268008;STB=0.665923;STBP=0.414;TYPE=mnp;VARB=0.0198649;OID=.;OPOS=45959557;OREF=ATC;OALT=TGA;OMAPALT=TGA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:1:4:2:2:1:4:2:2 chr21 45993746 . C T 50.54 PASS AF=0.583333;AO=3;DP=12;FAO=7;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=4;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.234694;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.5084;QD=16.8472;RBI=0.234725;REFB=-0.00493883;REVB=-0.00382078;RO=5;SAF=0;SAR=3;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.622974;STB=0.650752;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.0246557;OID=.;OPOS=45993746;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:12:12:5:5:3:7:0.583333:3:0:1:4:3:4:1:4 chr21 45994843 . G C 133.56 PASS AF=0.517241;AO=13;DP=27;FAO=15;FDP=29;FR=.;FRO=14;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=14;FSRR=0;FWDB=0.0038706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.944;QD=18.4222;RBI=0.0728639;REFB=-0.0253584;REVB=0.072761;RO=12;SAF=12;SAR=1;SRF=12;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.302557;STB=0.674835;STBP=0.347;TYPE=snp;VARB=0.0298977;OID=.;OPOS=45994843;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:29:12:14:13:15:0.517241:1:12:12:0:2:13:14:0 chr21 46011468 . G A 130.32 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0890097;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.693;QD=43.44;RBI=0.122361;REFB=0;REVB=0.0839614;RO=0;SAF=8;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00284994;OID=.;OPOS=46011468;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:4:8:0:0:4:8:0:0 chr21 46011745 . C T 74.43 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0368485;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.769;QD=37.2163;RBI=0.0625822;REFB=0;REVB=0.0505838;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00224536;OID=.;OPOS=46011745;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:7:8:1:4:3:0:0:4:4:0:0 chr21 46011751 . C T 74.97 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0217659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.01;QD=37.4874;RBI=0.0490864;REFB=0;REVB=0.0439968;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000868435;OID=.;OPOS=46011751;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr21 46012240 . A G 57.85 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0524203;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.4006;QD=13.6111;RBI=0.0857589;REFB=-0.0973918;REVB=-0.0678726;RO=7;SAF=6;SAR=2;SRF=6;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122922;STB=0.55541;STBP=0.693;TYPE=snp;VARB=0.0798035;OID=.;OPOS=46012240;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:7:9:8:8:0.470588:2:6:6:1:2:6:6:3 chr21 46020527 . C T 475.67 PASS AF=0.970588;AO=33;DP=34;FAO=33;FDP=34;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0729187;FXX=0.0285633;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.204;QD=55.9616;RBI=0.0733995;REFB=-0.0888686;REVB=-0.00838776;RO=1;SAF=30;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153259;STB=0.508192;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.00198536;OID=.;OPOS=46020527;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:34:34:1:1:33:33:0.970588:3:30:1:0:3:30:1:0 chr21 46021370 . T C 130.46 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588144;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.93;QD=43.4862;RBI=0.0830302;REFB=0;REVB=0.0586079;RO=0;SAF=6;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00104705;OID=.;OPOS=46021370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:6:6:0:0:6:6:0:0 chr21 46021390 . G C 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00545836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.0915;QD=39.2045;RBI=0.00768695;REFB=0;REVB=-0.00541253;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000819371;OID=.;OPOS=46021390;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr21 46021607 . A G 340.39 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0550033;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.4417;QD=54.4623;RBI=0.0850108;REFB=0;REVB=-0.0648188;RO=0;SAF=15;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000138539;OID=.;OPOS=46021607;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:9:15:0:0:9:16:0:0 chr21 46021759 . A G 855.92 PASS AF=1;AO=58;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139845;FXX=0.0166639;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.828;QD=58.0283;RBI=0.0184003;REFB=0;REVB=0.0119583;RO=0;SAF=31;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.07727e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00171067;OID=.;OPOS=46021759;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:58:59:1:27:31:0:0:28:31:0:0 chr21 46021934 . C T 276.14 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0200005;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.347;QD=52.5973;RBI=0.0309685;REFB=0;REVB=0.0236438;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204337;OID=.;OPOS=46021934;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chr21 46021946 . C G 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0159784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.8036;QD=49.599;RBI=0.0915089;REFB=0;REVB=-0.0901031;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00270203;OID=.;OPOS=46021946;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr21 46021954 . CTGT CT,CTG 181.95 PASS AF=0.875,0.125;AO=12,2;DP=15;FAO=14,2;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8,2;FSAR=6,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167948,0.0132404;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=207.215,190.403;QD=45.4886;RBI=0.0264762,0.0317234;REFB=0,0;REVB=-0.0204677,-0.0288283;RO=0;SAF=7,2;SAR=5,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,del;VARB=-0.0035312,0.0113797;OID=.,.;OPOS=46021955,46021957;OREF=TG,T;OALT=-,-;OMAPALT=CT,CTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.875,0.125:12,2:15:14,2:16:0:8,2:6,0:0:0:9:0:7,2:5,0:0:0 chr21 46032094 . A G 239.3 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0302626;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=180.866;QD=50.3783;RBI=0.0331089;REFB=0;REVB=0.0134304;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000269683;OID=.;OPOS=46032094;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr21 46047633 . A G 229.63 PASS AF=1;AO=18;DP=19;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175748;FXX=0.09995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.659;QD=51.0294;RBI=0.0460702;REFB=0;REVB=-0.0425863;RO=0;SAF=12;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000175217;OID=.;OPOS=46047633;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:19:18:0:0:18:18:1:6:12:0:0:6:12:0:0 chr21 46047710 . T C 223.19 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0108221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.04;QD=49.5966;RBI=0.0265889;REFB=0;REVB=0.0242869;RO=0;SAF=6;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.39436e-05;OID=.;OPOS=46047710;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:12:6:0:0:12:6:0:0 chr21 46048053 . G C 60.32 PASS AF=0.571429;AO=8;DP=14;FAO=8;FDP=14;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=1;FWDB=-0.00244462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.807;QD=17.2336;RBI=0.0109244;REFB=-0.0346857;REVB=-0.0106474;RO=6;SAF=4;SAR=4;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246937;STB=0.642528;STBP=0.279;TYPE=snp;VARB=0.0275555;OID=.;OPOS=46048053;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:14:14:6:6:8:8:0.571429:4:4:5:1:4:4:5:1 chr21 46048060 . A G 118.92 PASS AF=0.857143;AO=12;DP=14;FAO=12;FDP=14;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.015927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.214;QD=33.9784;RBI=0.0182724;REFB=-0.0853949;REVB=-0.00895608;RO=2;SAF=7;SAR=5;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.11262;STB=0.562399;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.0228846;OID=.;OPOS=46048060;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:14:14:2:2:12:12:0.857143:5:7:2:0:5:7:2:0 chr21 46048265 . C T 62.26 PASS AF=1;AO=7;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=295.39;QD=35.5759;RBI=0.0678139;REFB=0;REVB=0.0678139;RO=0;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000595049;OID=.;OPOS=46048265;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:7:0:0:7:7:1:7:0:0:0:7:0:0:0 chr21 46057548 . A C 261.82 PASS AF=0.846154;AO=23;DP=26;FAO=22;FDP=26;FR=.;FRO=4;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00297594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.5168;QD=40.2796;RBI=0.0274227;REFB=0.0114692;REVB=-0.0272607;RO=3;SAF=16;SAR=7;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079247;STB=0.558773;STBP=0.204;TYPE=snp;VARB=-0.0089447;OID=.;OPOS=46057548;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:26:26:3:4:23:22:0.846154:7:16:3:0:7:15:4:0 chr21 46057590 . A T 286.01 PASS AF=1;AO=20;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306187;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.37;QD=52.0016;RBI=0.0416659;REFB=0;REVB=-0.0282585;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000855147;OID=.;OPOS=46057590;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:20:22:1:11:9:0:0:12:10:0:0 chr21 46057806 . G A 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.223;QD=33.4236;RBI=0.0170356;REFB=0;REVB=-0.0170356;RO=0;SAF=0;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0012147;OID=.;OPOS=46057806;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:6:0:0:0:6:0:0:0 chr21 46057958 . C T 58.39 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.110839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=42.2246;QD=29.1936;RBI=0.155292;REFB=-0.0766955;REVB=0.108768;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.571224;STBP=0.543;TYPE=snp;VARB=0.0337187;OID=.;OPOS=46057958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:8:8:0:1:7:7:0.875:4:3:0:0:4:3:1:0 chr21 46067180 . C T 74.47 PASS AF=0.692308;AO=9;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0801425;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.4716;QD=22.9138;RBI=0.080181;REFB=-0.0347409;REVB=0.00248629;RO=4;SAF=6;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0514675;STB=0.529348;STBP=0.82;TYPE=snp;VARB=0.0258783;OID=.;OPOS=46067180;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:13:13:4:4:9:9:0.692308:3:6:3:1:3:6:3:1 chr21 46074202 . A G 57.08 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0188293;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=297.81;QD=28.5377;RBI=0.0188293;REFB=-0.0151994;REVB=0;RO=1;SAF=7;SAR=0;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00251096;OID=.;OPOS=46074202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:0:7:1:0:0:7:1:0 chr21 46077946 . A G 428.91 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0216812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.2151;QD=57.1885;RBI=0.0223418;REFB=0;REVB=0.00539293;RO=0;SAF=22;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000333525;OID=.;OPOS=46077946;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:8:22:0:0:8:22:0:0 chr21 46086377 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0379213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=198.697;QD=45.8068;RBI=0.0415901;REFB=0;REVB=0.0170797;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00054961;OID=.;OPOS=46086377;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr21 46086718 . GA CG 464.66 PASS AF=1;AO=31;DP=34;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0253945;FXX=0.0882094;HRUN=2;LEN=2;MLLD=207.225;QD=59.9564;RBI=0.0256645;REFB=0;REVB=-0.00371263;RO=0;SAF=3;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7166e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000837756;OID=.;OPOS=46086718;OREF=GA;OALT=CG;OMAPALT=CG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:31:0:0:31:31:1:28:3:0:0:28:3:0:0 chr21 46086757 . GC AT,GT 308.29 PASS AF=0.956522,0.0434783;AO=18,5;DP=24;FAO=22,1;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0;FSAR=19,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.102734,0.0525361;FXX=0.0416493;HRUN=1,1;LEN=2,1;MLLD=197.718,128.374;QD=53.6161;RBI=0.120739,0.0898353;REFB=0,0;REVB=0.0634313,0.0728721;RO=0;SAF=3,0;SAR=15,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.32e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=mnp,snp;VARB=0.0117763,-0.0903402;OID=.,.;OPOS=46086757,46086758;OREF=GC,C;OALT=AT,T;OMAPALT=AT,GT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:24:23:0:0:18,5:22,1:0.956522,0.0434783:15,5:3,0:0:0:19,1:3,0:0:0 chr21 46233836 . C A 483.55 PASS AF=1;AO=27;DP=33;FAO=34;FDP=34;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=15;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112724;FXX=0.0555401;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.1839;QD=56.888;RBI=0.135558;REFB=0;REVB=0.0752954;RO=0;SAF=11;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0121009;OID=.;OPOS=46233836;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:33:34:0:0:27:34:1:16:11:0:0:19:15:0:0 chr21 46271452 . C T 803.38 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0820812;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.607;QD=57.3845;RBI=0.0857422;REFB=0;REVB=0.0247871;RO=0;SAF=14;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.58415e-05;OID=.;OPOS=46271452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:56:0:0:56:56:1:42:14:0:0:42:14:0:0 chr21 46311813 . A G 205.23 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=18;FSRR=10;FWDB=-0.0390179;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.2921;QD=16.753;RBI=0.0680268;REFB=-0.0140675;REVB=-0.0557248;RO=28;SAF=5;SAR=16;SRF=18;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.416219;STB=0.738722;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0155088;OID=.;OPOS=46311813;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:16:5:18:10:16:5:18:10 chr21 46314907 . T A 875.06 PASS AF=0.984127;AO=60;DP=61;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.02499;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.185;QD=55.5594;RBI=0.0270608;REFB=-0.118283;REVB=0.010382;RO=1;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185022;STB=0.509801;STBP=0.318;TYPE=snp;VARB=0.000957082;OID=.;OPOS=46314907;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:61:63:1:1:60:62:0.984127:25:35:0:1:25:37:0:1 chr21 46320313 . C T 367.21 PASS AF=0.672727;AO=32;DP=53;FAO=37;FDP=55;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=25;FSRF=10;FSRR=8;FWDB=0.110948;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=37.9485;QD=26.7062;RBI=0.122644;REFB=-0.0456756;REVB=0.0522693;RO=21;SAF=9;SAR=23;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.261652;STB=0.58135;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=0.0297874;OID=.;OPOS=46320313;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:55:21:18:32:37:0.672727:23:9:13:8:25:12:10:8 chr21 46328099 . T C 1431.85 PASS AF=0.989247;AO=88;DP=90;FAO=92;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0120812;FXX=0.0106372;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.177;QD=61.5847;RBI=0.0134978;REFB=-0.0506149;REVB=0.00601958;RO=1;SAF=30;SAR=58;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00810128;STB=0.504273;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000115942;OID=.;OPOS=46328099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:90:93:1:1:88:92:0.989247:58:30:0:1:58:34:0:1 chr21 46330628 . C T 700.03 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0218704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.306;QD=62.2247;RBI=0.0283867;REFB=0;REVB=0.0180968;RO=0;SAF=21;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000895954;OID=.;OPOS=46330628;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:44:45:1:23:21:0:0:24:21:0:0 chr21 46354055 . A G,T 1078.15 PASS AF=0.973333,0.0266667;AO=67,3;DP=72;FAO=73,2;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=48,0;FSAR=25,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0240981,-0.00784806;FXX=0.0259707;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=62.4682,78.0386;QD=57.5016;RBI=0.0269293,0.0397989;REFB=0,0;REVB=-0.0120196,-0.0390174;RO=0;SAF=45,0;SAR=22,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.00562783,0.0376525;OID=.,.;OPOS=46354055,46354055;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:72:75:0:0:67,3:73,2:0.973333,0.0266667:22,3:45,0:0:0:25,2:48,0:0:0 chr21 46572572 . A G 873.96 PASS AF=1;AO=61;DP=62;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0442752;FXX=0.0322529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=99.9439;QD=58.2638;RBI=0.0448945;REFB=0;REVB=-0.0074316;RO=0;SAF=35;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.13711e-05;OID=.;OPOS=46572572;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:60:0:0:61:60:1:26:35:0:0:26:34:0:0 chr21 46641968 . G A 1180.39 PASS AF=0.963415;AO=68;DP=85;FAO=79;FDP=82;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=3;FSAF=33;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.203868;FXX=0.03529;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.112;QD=57.58;RBI=0.20513;REFB=-0.03631;REVB=0.0227215;RO=3;SAF=22;SAR=46;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298309;STB=0.515786;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=0.00240901;OID=.;OPOS=46641968;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:85:82:3:3:68:79:0.963415:46:22:0:3:46:33:0:3 chr21 46875564 . T C 728.8 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.137301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.581;QD=57.1604;RBI=0.138743;REFB=0;REVB=0.0199496;RO=0;SAF=11;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000232607;OID=.;OPOS=46875564;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:40:11:0:0:40:11:0:0 chr21 46898242 . GC G,GG 1572.59 PASS AF=0.0188679,0.981132;AO=18,88;DP=106;FAO=2,104;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=1,48;FSAR=1,56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0205548,0.0269451;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=264.356,280.79;QD=59.3429;RBI=0.0480936,0.0454183;REFB=0,0;REVB=0.0434799,0.036562;RO=0;SAF=10,39;SAR=8,49;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0243059,0.000537499;OID=.,.;OPOS=46898243,46898243;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0188679,0.981132:18,88:106:2,104:106:0:1,48:1,56:0:0:3:0:10,39:8,49:0:0 chr21 46911188 . C G 1342.66 PASS AF=0.941748;AO=96;DP=103;FAO=97;FDP=103;FR=.;FRO=6;FSAF=40;FSAR=57;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=0.0186239;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=267.786;QD=52.1421;RBI=0.0228672;REFB=-0.0363244;REVB=0.0132687;RO=6;SAF=39;SAR=57;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0487841;STB=0.515198;STBP=0.224;TYPE=snp;VARB=0.000340205;OID=.;OPOS=46911188;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:103:103:6:6:96:97:0.941748:57:39:5:1:57:40:4:2 chr21 46923906 . G A 296.53 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=39;FAO=26;FDP=39;FR=.;FRO=13;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=0.0152012;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0943;QD=30.4128;RBI=0.0258292;REFB=-0.0368819;REVB=0.0208824;RO=13;SAF=18;SAR=6;SRF=8;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.107094;STB=0.546725;STBP=0.45;TYPE=snp;VARB=0.0130463;OID=.;OPOS=46923906;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:13:13:24:26:0.666667:6:18:8:5:7:19:8:5 chr21 47329352 . T C 1143.78 PASS AF=1;AO=72;DP=74;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.89;QD=59.417;RBI=0.0455074;REFB=0;REVB=0.0413008;RO=0;SAF=44;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.21139e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000444173;OID=.;OPOS=47329352;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:74:77:0:0:72:77:1:28:44:0:0:31:46:0:0 chr21 47409503 . A G 167.31 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00570364;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.786;QD=23.0777;RBI=0.0353603;REFB=-0.0233415;REVB=-0.0348973;RO=12;SAF=13;SAR=4;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.165905;STB=0.59379;STBP=0.32;TYPE=snp;VARB=0.0096854;OID=.;OPOS=47409503;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:4:13:7:5:4:13:7:5 chr21 47417415 . C A 147.53 PASS AF=0.875;AO=14;DP=16;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0654375;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.7932;QD=36.8835;RBI=0.0716875;REFB=-0.0174848;REVB=0.0292751;RO=2;SAF=1;SAR=13;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439456;STB=0.749529;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00461962;OID=.;OPOS=47417415;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:16:16:2:2:14:14:0.875:13:1:2:0:13:1:2:0 chr21 47420725 . TC GG,T,TG 687.22 PASS AF=0,1,0;AO=2,8,36;DP=50;FAO=0,53,0;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=0,37,0;FSAR=0,16,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0501843,-0.10036,-0.560487;FXX=0;HRUN=1,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=145.836,40.1982,33.7489;QD=51.8655;RBI=0.0521631,0.105188,0.560827;REFB=0,0,0;REVB=-0.0142309,0.0314997,0.0195135;RO=2;SAF=2,0,32;SAR=0,8,4;SRF=0;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.727176,0,0.185279;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0,0.00182091,0.00322397;OID=.,.,.;OPOS=47420725,47420726,47420726;OREF=TC,C,C;OALT=GG,-,G;OMAPALT=GG,T,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:4:50:53:2:0:2,8,36:0,53,0:0,1,0:0,8,4:2,0,32:0:2:0,16,0:0,37,0:0:0 chr21 47423509 . C T 167.43 PASS AF=0.586207;AO=17;DP=29;FAO=17;FDP=29;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0678347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.185;QD=23.0938;RBI=0.0681447;REFB=-0.00683123;REVB=-0.00649251;RO=12;SAF=6;SAR=11;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159068;STB=0.508918;STBP=0.965;TYPE=snp;VARB=0.00884825;OID=.;OPOS=47423509;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:12:12:17:17:0.586207:11:6:4:8:11:6:4:8 chr21 47538960 . G A 39.18 PASS AF=0.461538;AO=5;DP=12;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=2;FWDB=0.0302799;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.483;QD=12.0561;RBI=0.0644982;REFB=-0.0321613;REVB=0.0569487;RO=7;SAF=1;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.478981;STB=0.699353;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.0323568;OID=.;OPOS=47538960;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:12:13:7:7:5:6:0.461538:4:1:5:2:4:2:5:2 chr21 47540421 . T C 30.5 PASS AF=0.454545;AO=5;DP=11;FAO=5;FDP=11;FR=.;FRO=6;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=-0.089902;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2992;QD=11.0904;RBI=0.0933841;REFB=0.0149293;REVB=-0.0252628;RO=6;SAF=4;SAR=1;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.533759;STB=0.826352;STBP=0.096;TYPE=snp;VARB=-0.0541324;OID=.;OPOS=47540421;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:6:6:5:5:0.454545:1:4:1:5:1:4:1:5 chr21 47542861 . A G 74.67 PASS AF=0.357143;AO=10;DP=28;FAO=10;FDP=28;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0272371;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.9617;QD=10.6667;RBI=0.065863;REFB=-0.0109252;REVB=-0.0599673;RO=17;SAF=3;SAR=7;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.191932;STB=0.63608;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=0.0126342;OID=.;OPOS=47542861;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:28:28:17:18:10:10:0.357143:7:3:8:9:7:3:9:9 chr21 47544838 . G A 157.8 PASS AF=0.447368;AO=17;DP=38;FAO=17;FDP=38;FR=.;FRO=21;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=5;FSRR=16;FWDB=0.0112267;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.1708;QD=16.6106;RBI=0.0180353;REFB=0.0319843;REVB=0.014115;RO=21;SAF=3;SAR=14;SRF=5;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0941049;STB=0.554387;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=-0.0371926;OID=.;OPOS=47544838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:21:17:17:0.447368:14:3:5:16:14:3:5:16 chr21 47545155 . A G 186.91 PASS AF=0.423077;AO=21;DP=51;FAO=22;FDP=52;FR=.;FRO=30;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.000172138;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.0345;QD=14.378;RBI=0.066422;REFB=-0.047474;REVB=-0.0664218;RO=28;SAF=14;SAR=7;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.242292;STB=0.629441;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=0.0357769;OID=.;OPOS=47545155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:28:30:21:22:0.423077:7:14:12:16:7:15:14:16 chr21 47557222 . G A 100.73 PASS AF=0.5;AO=11;DP=23;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=9;FWDB=0.0314425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.328;QD=16.7891;RBI=0.0324737;REFB=-0.0183987;REVB=-0.00811857;RO=12;SAF=5;SAR=6;SRF=3;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.190272;STB=0.624804;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.00889159;OID=.;OPOS=47557222;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:23:24:12:12:11:12:0.5:6:5:3:9:6:6:3:9 chr21 47575372 . C T 65.21 PASS AF=0.375;AO=9;DP=24;FAO=9;FDP=24;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=7;FWDB=0.0174945;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4951;QD=10.8685;RBI=0.0514803;REFB=-0.0246302;REVB=0.0484166;RO=15;SAF=4;SAR=5;SRF=8;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0920876;STB=0.555432;STBP=0.742;TYPE=snp;VARB=0.0859071;OID=.;OPOS=47575372;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:15:15:9:9:0.375:5:4:8:7:5:4:8:7 chr21 47602545 . C T 221.09 PASS AF=0.740741;AO=20;DP=26;FAO=20;FDP=27;FR=.;FRO=7;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0644401;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.2988;QD=32.7542;RBI=0.0900937;REFB=-0.00467613;REVB=0.0629631;RO=6;SAF=18;SAR=2;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.324796;STB=0.719725;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00516142;OID=.;OPOS=47602545;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:26:27:6:7:20:20:0.740741:2:18:3:3:2:18:3:4 chr21 47608580 . G A 274.54 PASS AF=0.527273;AO=29;DP=55;FAO=29;FDP=55;FR=.;FRO=26;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=9;FWDB=0.0154667;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.641;QD=19.9664;RBI=0.0744918;REFB=-0.0147904;REVB=-0.0728685;RO=25;SAF=16;SAR=13;SRF=17;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.109602;STB=0.549262;STBP=0.466;TYPE=snp;VARB=0.0133682;OID=.;OPOS=47608580;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:25:26:29:29:0.527273:13:16:17:8:13:16:17:9 chr21 47609677 . A G 176.23 PASS AF=0.529412;AO=18;DP=34;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=14;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=-0.00841504;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.711;QD=20.7327;RBI=0.07042;REFB=-0.0172286;REVB=-0.0699154;RO=16;SAF=14;SAR=4;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163633;STB=0.593109;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.0171318;OID=.;OPOS=47609677;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:16:16:18:18:0.529412:4:14:10:6:4:14:10:6 chr21 47610066 . T C 220.93 PASS AF=0.44898;AO=22;DP=49;FAO=22;FDP=49;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=8;FWDB=-0.05267;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.804;QD=18.0351;RBI=0.0539976;REFB=-0.0343726;REVB=0.0119;RO=26;SAF=12;SAR=10;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14408;STB=0.589276;STBP=0.302;TYPE=snp;VARB=0.0246971;OID=.;OPOS=47610066;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:26:27:22:22:0.44898:10:12:18:8:10:12:19:8 chr21 47612466 . A G 57.95 PASS AF=0.25;AO=9;DP=36;FAO=9;FDP=36;FR=.;FRO=27;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=18;FSRR=9;FWDB=-0.0183463;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.899;QD=6.43869;RBI=0.0207047;REFB=-0.0288458;REVB=-0.00959687;RO=27;SAF=6;SAR=3;SRF=18;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.143953;OID=.;OPOS=47612466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:36:36:27:27:9:9:0.25:3:6:18:9:3:6:18:9 chr21 47612471 . T C 58.24 PASS AF=0.264706;AO=9;DP=34;FAO=9;FDP=34;FR=.;FRO=25;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=0.0270939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.3273;QD=6.8522;RBI=0.0271638;REFB=-0.0181139;REVB=0.00194627;RO=24;SAF=6;SAR=3;SRF=16;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511087;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.0391504;OID=.;OPOS=47612471;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:34:34:24:25:9:9:0.264706:3:6:16:8:3:6:17:8 chr21 47613161 . C T 63.03 PASS AF=0.321429;AO=9;DP=28;FAO=9;FDP=28;FR=.;FRO=19;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=14;FWDB=0.087441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.3338;QD=9.00361;RBI=0.0969641;REFB=-0.0585059;REVB=-0.0419061;RO=19;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.062215;STB=0.538373;STBP=0.852;TYPE=snp;VARB=0.079024;OID=.;OPOS=47613161;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:28:28:19:19:9:9:0.321429:7:2:5:14:7:2:5:14 chr21 47613570 . T C 44.43 PASS AF=0.28;AO=7;DP=25;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=10;FWDB=0.0533276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7309;QD=7.10944;RBI=0.0612079;REFB=-0.0903539;REVB=0.0300428;RO=18;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309661;STB=0.697101;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.188468;OID=.;OPOS=47613570;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:25:25:18:18:7:7:0.28:2:5:8:10:2:5:8:10 chr21 47613623 . C T 31.33 PASS AF=0.115385;AO=6;DP=52;FAO=6;FDP=52;FR=.;FRO=46;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0342205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.1372;QD=2.41037;RBI=0.0734324;REFB=-0.022067;REVB=-0.0649714;RO=46;SAF=4;SAR=2;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.264757;STB=0.699355;STBP=0.373;TYPE=snp;VARB=0.124782;OID=.;OPOS=47613623;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:31:52:52:46:46:6:6:0.115385:2:4:20:26:2:4:20:26 chr21 47614443 . A G 265.27 PASS AF=0.491525;AO=28;DP=59;FAO=29;FDP=59;FR=.;FRO=30;FSAF=19;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0189511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1399;QD=17.9842;RBI=0.0253877;REFB=-0.0117586;REVB=0.0168934;RO=29;SAF=18;SAR=10;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150253;STB=0.599444;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0127751;OID=.;OPOS=47614443;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:29:30:28:29:0.491525:10:18:14:15:10:19:14:16 chr21 47614469 . A C 197.04 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=55;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.00137266;FXX=0.0181785;HRUN=3;LEN=1;MLLD=242.987;QD=14.5956;RBI=0.0226143;REFB=-0.0175772;REVB=0.0225726;RO=31;SAF=13;SAR=10;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146121;STB=0.583261;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0236968;OID=.;OPOS=47614469;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:54:31:31:23:23:0.425926:10:13:13:18:10:13:13:18 chr21 47676711 . G A 97.91 PASS AF=0.413793;AO=12;DP=29;FAO=12;FDP=29;FR=.;FRO=17;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=11;FWDB=0.053034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.643;QD=13.505;RBI=0.0944358;REFB=0.00731411;REVB=0.0781378;RO=17;SAF=10;SAR=2;SRF=6;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.510242;STB=0.801933;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.00380409;OID=.;OPOS=47676711;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:29:29:17:17:12:12:0.413793:2:10:6:11:2:10:6:11 chr21 47685939 . A G 543.2 PASS AF=0.53125;AO=50;DP=95;FAO=51;FDP=96;FR=.;FRO=45;FSAF=28;FSAR=23;FSRF=26;FSRR=19;FWDB=-0.0130177;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.522;QD=22.6333;RBI=0.0202754;REFB=-0.0207237;REVB=0.0155446;RO=44;SAF=27;SAR=23;SRF=25;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.02416;STB=0.513642;STBP=0.793;TYPE=snp;VARB=0.0130806;OID=.;OPOS=47685939;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:95:96:44:45:50:51:0.53125:23:27:25:19:23:28:26:19 chr21 47734659 . G A 221.94 PASS AF=0.6;AO=21;DP=35;FAO=21;FDP=35;FR=.;FRO=14;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=0.00205405;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=198.376;QD=25.3647;RBI=0.0234031;REFB=-0.0129503;REVB=0.0233128;RO=12;SAF=10;SAR=11;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.124558;STB=0.594507;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.00928115;OID=.;OPOS=47734659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:12:14:21:21:0.6:11:10:8:4:11:10:10:4 chr21 47738035 . C T 130.84 PASS AF=0.305085;AO=18;DP=59;FAO=18;FDP=59;FR=.;FRO=41;FSAF=3;FSAR=15;FSRF=18;FSRR=23;FWDB=-0.00334544;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.532;QD=8.87079;RBI=0.00867267;REFB=-0.0171106;REVB=0.00800145;RO=40;SAF=3;SAR=15;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.393741;STB=0.73397;STBP=0.03;TYPE=snp;VARB=0.0299092;OID=.;OPOS=47738035;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:59:40:41:18:18:0.305085:15:3:18:22:15:3:18:23 chr21 47777063 . G A 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00791457;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=296.437;QD=56.0119;RBI=0.0362455;REFB=-0.0563451;REVB=0.0353708;RO=1;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0252651;STB=0.513506;STBP=0.529;TYPE=snp;VARB=0.00149605;OID=.;OPOS=47777063;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:18:16:0:1:18:16:0:1 chr21 47783796 . T C,G 582.49 PASS AF=0.948718,0.0512821;AO=37,2;DP=39;FAO=37,2;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=16,0;FSAR=21,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00486317,0.00198216;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=89.7332,37.8841;QD=59.7422;RBI=0.0151895,0.0124351;REFB=0,0;REVB=0.0143899,0.0122761;RO=0;SAF=16,0;SAR=21,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.7558e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.0151726,0.0872928;OID=.,.;OPOS=47783796,47783796;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:39:39:0:0:37,2:37,2:0.948718,0.0512821:21,2:16,0:0:0:21,2:16,0:0:0 chr21 47786817 . C G 1170.31 PASS AF=1;AO=75;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0242999;FXX=0.0128189;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.6755;QD=60.7955;RBI=0.0826439;REFB=0;REVB=0.0789907;RO=0;SAF=20;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00175434;OID=.;OPOS=47786817;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:77:0:0:75:77:1:55:20:0:0:56:21:0:0 chr21 47787002 . T C 651.21 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.794;QD=62.0198;RBI=0.0529106;REFB=0;REVB=-0.0466437;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00012336;OID=.;OPOS=47787002;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:17:25:0:0:17:25:0:0 chr21 47970581 . G A 393.29 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.017768;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.374;QD=56.1847;RBI=0.0193595;REFB=0;REVB=0.00768691;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000236271;OID=.;OPOS=47970581;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr21 47974582 . A G 327.48 PASS AF=0.578947;AO=33;DP=57;FAO=33;FDP=57;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=25;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=-0.0838939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.8923;QD=22.981;RBI=0.085279;REFB=-0.0260639;REVB=-0.015308;RO=24;SAF=8;SAR=25;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.292956;STB=0.662545;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.0131147;OID=.;OPOS=47974582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:24:24:33:33:0.578947:25:8:14:10:25:8:14:10 chr21 47978321 . G C,GC 1169.72 PASS AF=0.0481928,0.951807;AO=10,64;DP=88;FAO=4,79;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=1,21;FSAR=3,58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0289549,0.00322695;FXX=0;HRUN=4,1;LEN=1,1;MLLD=9.34967,25.3853;QD=56.3722;RBI=0.111686,0.0998343;REFB=0,0;REVB=0.107868,0.0997821;RO=10;SAF=3,13;SAR=7,51;SRF=9;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.483868,-0.231455;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=-0.107553,0.00583546;OID=.,.;OPOS=47978321,47978322;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:88:83:10:0:10,64:4,79:0.0481928,0.951807:7,51:3,13:9:1:3,58:1,21:0:0 chr21 48022230 . C G 670.18 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0108099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8448;QD=62.3425;RBI=0.0143741;REFB=0;REVB=-0.00947431;RO=0;SAF=25;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.65211e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.23579e-06;OID=.;OPOS=48022230;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:18:25:0:0:18:25:0:0 chr21 48063476 . C G 801.16 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00808584;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.287;QD=57.226;RBI=0.0213265;REFB=0;REVB=0.0197342;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012961;OID=.;OPOS=48063476;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chr21 48084820 . C G 920.09 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0320631;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=127.592;QD=58.4183;RBI=0.0327102;REFB=0;REVB=-0.00647427;RO=0;SAF=24;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51964e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000149712;OID=.;OPOS=48084820;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:39:24:0:0:39:24:0:0 chr22 17072483 . A G 677.67 PASS AF=0.977778;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0205152;FXX=0.0217344;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.342;QD=60.2369;RBI=0.0206022;REFB=-0.0239336;REVB=-0.00189128;RO=1;SAF=30;SAR=13;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.034749;STB=0.517233;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=6.04454e-05;OID=.;OPOS=17072483;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:45:1:1:43:44:0.977778:13:30:0:1:14:30:0:1 chr22 17073066 . A G 68.01 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0286659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.057;QD=34.0075;RBI=0.0799779;REFB=0;REVB=0.0746641;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00673473;OID=.;OPOS=17073066;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:7:8:0:0:6:8:1:2:4:0:0:4:4:0:0 chr22 17073475 . C T 253.96 PASS AF=0.510638;AO=24;DP=47;FAO=24;FDP=47;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=-0.0118097;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.537;QD=21.6134;RBI=0.0496046;REFB=-0.012348;REVB=0.0481783;RO=23;SAF=16;SAR=8;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.209108;STB=0.617547;STBP=0.115;TYPE=snp;VARB=0.0110693;OID=.;OPOS=17073475;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:23:23:24:24:0.510638:8:16:10:13:8:16:10:13 chr22 17264565 . G T 329.76 PASS AF=0.428571;AO=36;DP=84;FAO=36;FDP=84;FR=.;FRO=48;FSAF=20;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=27;FWDB=0.000944016;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.91;QD=15.7027;RBI=0.0210784;REFB=0.0020377;REVB=0.0210572;RO=47;SAF=20;SAR=16;SRF=20;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.130186;STB=0.567245;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=-0.00537294;OID=.;OPOS=17264565;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:47:48:36:36:0.428571:16:20:20:27:16:20:21:27 chr22 17265124 . A C 163.99 PASS AF=0.727273;AO=16;DP=22;FAO=16;FDP=22;FR=.;FRO=6;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00767341;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=232.491;QD=29.8161;RBI=0.00835825;REFB=0.00229618;REVB=0.00331347;RO=6;SAF=8;SAR=8;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000872108;OID=.;OPOS=17265124;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:22:22:6:6:16:16:0.727273:8:8:3:3:8:8:3:3 chr22 17446991 . C T 318.28 PASS AF=0.571429;AO=28;DP=50;FAO=28;FDP=49;FR=.;FRO=21;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0681424;FXX=0.019996;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.8626;QD=25.9822;RBI=0.0703628;REFB=0.0117723;REVB=-0.0175368;RO=21;SAF=15;SAR=13;SRF=15;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140872;STB=0.577724;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=-0.00807277;OID=.;OPOS=17446991;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:49:21:21:28:28:0.571429:13:15:15:6:13:15:15:6 chr22 17469026 . G A 137.39 PASS AF=0.5;AO=14;DP=29;FAO=15;FDP=30;FR=.;FRO=15;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=9;FWDB=-0.0166597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.945;QD=18.3182;RBI=0.0187803;REFB=0.000123854;REVB=0.0086692;RO=15;SAF=5;SAR=9;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0413564;STB=0.536536;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.000196695;OID=.;OPOS=17469026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:30:15:15:14:15:0.5:9:5:6:9:10:5:6:9 chr22 17469049 . C A 66.83 PASS AF=0.428571;AO=9;DP=21;FAO=9;FDP=21;FR=.;FRO=12;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0133045;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=178.401;QD=12.7299;RBI=0.0135836;REFB=-0.00764442;REVB=0.00273975;RO=12;SAF=4;SAR=5;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0271144;STB=0.516093;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.011632;OID=.;OPOS=17469049;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:12:12:9:9:0.428571:5:4:5:7:5:4:5:7 chr22 17586470 . TC T,TT 1284.23 PASS AF=0.0238095,0.97619;AO=9,75;DP=84;FAO=2,82;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=2,53;FSAR=0,29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.05768,0.0531799;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=202.156,219.807;QD=61.1537;RBI=0.061845,0.0567097;REFB=0,0;REVB=0.022312,0.0196947;RO=0;SAF=8,47;SAR=1,28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.94731e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0351731,0.00171192;OID=.,.;OPOS=17586471,17586471;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0238095,0.97619:9,75:84:2,82:84:0:2,53:0,29:0:0:3:0:8,47:1,28:0:0 chr22 17600293 . G A 70.23 PASS AF=0.5625;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=16;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=-0.0729184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=36.4043;QD=17.5563;RBI=0.0965693;REFB=-0.0428963;REVB=0.063313;RO=6;SAF=8;SAR=1;SRF=5;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.088444;STB=0.533255;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.0330155;OID=.;OPOS=17600293;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:15:16:6:7:9:9:0.5625:1:8:5:1:1:8:6:1 chr22 17600977 . G A 203.31 PASS AF=0.538462;AO=16;DP=35;FAO=21;FDP=39;FR=.;FRO=18;FSAF=4;FSAR=17;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.0428894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5484;QD=20.8526;RBI=0.189529;REFB=-0.0344243;REVB=0.184612;RO=18;SAF=4;SAR=12;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352469;STB=0.726257;STBP=0.008;TYPE=snp;VARB=0.030626;OID=.;OPOS=17600977;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:39:18:18:16:21:0.538462:12:4:11:7:17:4:11:7 chr22 17602839 . G A 685.59 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00985502;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.396;QD=54.8475;RBI=0.0135354;REFB=-0.0452494;REVB=-0.00927828;RO=1;SAF=28;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0165122;STB=0.508768;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.000475978;OID=.;OPOS=17602839;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:21:28:1:0:21:28:1:0 chr22 17603477 . A G 267.52 PASS AF=0.510204;AO=25;DP=49;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=17;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=0.0221359;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.589;QD=21.8386;RBI=0.0454656;REFB=-0.0327206;REVB=-0.039713;RO=24;SAF=17;SAR=8;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167808;STB=0.594327;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0384898;OID=.;OPOS=17603477;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:24:24:25:25:0.510204:8:17:12:12:8:17:12:12 chr22 17603503 . G A 251.08 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0102601;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.9711;QD=19.6921;RBI=0.0105988;REFB=0.0128161;REVB=-0.00265783;RO=25;SAF=13;SAR=13;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.122813;STB=0.568576;STBP=0.335;TYPE=snp;VARB=-0.0131046;OID=.;OPOS=17603503;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:25:25:26:26:0.509804:13:13:16:9:13:13:16:9 chr22 17622267 . C T 103.51 PASS AF=0.545455;AO=12;DP=22;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=9;FWDB=0.0706309;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.855;QD=18.8207;RBI=0.0710925;REFB=-0.0180707;REVB=0.00808832;RO=10;SAF=3;SAR=9;SRF=1;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.177265;STB=0.599854;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0162946;OID=.;OPOS=17622267;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:10:10:12:12:0.545455:9:3:1:9:9:3:1:9 chr22 17630486 . C A 667.79 PASS AF=0.956522;AO=44;DP=46;FAO=44;FDP=46;FR=.;FRO=2;FSAF=28;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00268046;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=230.264;QD=58.0688;RBI=0.00883547;REFB=-0.180492;REVB=0.00841906;RO=2;SAF=28;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323812;STB=0.517234;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.000987166;OID=.;OPOS=17630486;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:46:46:2:2:44:44:0.956522:16:28:2:0:16:28:2:0 chr22 17669306 . T C 264.99 PASS AF=0.520833;AO=24;DP=47;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=-0.0261887;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1894;QD=22.0824;RBI=0.0280169;REFB=-0.00561074;REVB=-0.00995491;RO=23;SAF=11;SAR=13;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0930787;STB=0.540733;STBP=0.599;TYPE=snp;VARB=0.0045733;OID=.;OPOS=17669306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:23:23:24:25:0.520833:13:11:13:10:13:12:13:10 chr22 17690430 . C G 641.92 PASS AF=1;AO=34;DP=41;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=16;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.108691;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=111.043;QD=61.1353;RBI=0.108787;REFB=0;REVB=0.00458389;RO=1;SAF=12;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373615;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00120909;OID=.;OPOS=17690430;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:42:1:0:34:42:1:22:12:1:0:26:16:0:0 chr22 18022241 . C T 257.85 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00422871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.439;QD=19.8348;RBI=0.0196068;REFB=-0.0348543;REVB=-0.0191453;RO=25;SAF=13;SAR=14;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136111;STB=0.575831;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.0292662;OID=.;OPOS=18022241;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:14:13:16:9:14:13:16:9 chr22 18209612 . CA C,CG 128.5 PASS AF=0.0833333,0.916667;AO=3,7;DP=10;FAO=1,11;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=1,5;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.142459,0.199702;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=43.7677,66.5775;QD=42.8326;RBI=0.142475,0.221387;REFB=0,0;REVB=-0.00214505,-0.095557;RO=0;SAF=3,1;SAR=0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00133767,0.0267602;OID=.,.;OPOS=18209613,18209613;OREF=A,A;OALT=-,G;OMAPALT=C,CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0833333,0.916667:3,7:10:1,11:12:0:1,5:0,6:0:0:5:0:3,1:0,6:0:0 chr22 18300240 . T C 306.68 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=71;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=17;FWDB=-0.00870051;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.103;QD=17.5243;RBI=0.0112333;REFB=-0.0161175;REVB=-0.00710545;RO=36;SAF=21;SAR=12;SRF=19;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.105605;STB=0.553101;STBP=0.441;TYPE=snp;VARB=0.0196947;OID=.;OPOS=18300240;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:36:37:33:33:0.471429:12:21:19:17:12:21:20:17 chr22 18300775 . G A 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=13;FWDB=-0.0406573;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.532;QD=12.0205;RBI=0.0410887;REFB=-0.0156952;REVB=-0.00593888;RO=25;SAF=5;SAR=9;SRF=12;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137756;STB=0.58163;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.0484736;OID=.;OPOS=18300775;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:9:5:12:13:9:5:12:13 chr22 18304821 . G A 83.24 PASS AF=0.289474;AO=11;DP=39;FAO=11;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=27;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0671249;FXX=0.0256345;HRUN=3;LEN=1;MLLD=133.554;QD=8.76192;RBI=0.0674453;REFB=-0.0391915;REVB=-0.00656587;RO=21;SAF=5;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0237364;STB=0.596983;STBP=0.46;TYPE=snp;VARB=0.0452241;OID=.;OPOS=18304821;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:39:38:21:27:11:11:0.289474:6:5:10:11:6:5:16:11 chr22 18304891 . C T 53.55 PASS AF=0.296296;AO=5;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0495081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.899;QD=7.93294;RBI=0.049782;REFB=0.00225797;REVB=0.00521473;RO=17;SAF=4;SAR=1;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.443561;STB=0.705344;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=-0.010695;OID=.;OPOS=18304891;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:27:27:17:19:5:8:0.296296:1:4:7:10:2:6:9:10 chr22 18354766 . C T 229.26 PASS AF=0.409091;AO=27;DP=67;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=11;FSRR=28;FWDB=-0.0086413;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.678;QD=13.8947;RBI=0.00984818;REFB=9.04295e-05;REVB=0.00472383;RO=38;SAF=8;SAR=19;SRF=11;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00843295;STB=0.510169;STBP=0.91;TYPE=snp;VARB=-0.000402639;OID=.;OPOS=18354766;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:38:39:27:27:0.409091:19:8:11:27:19:8:11:28 chr22 18364030 . CTTTTTT CTTTTT,CTTTTTG,GCTTTTT 222.47 PASS AF=0.494253,0.0689655,0;AO=27,8,3;DP=83;FAO=43,6,0;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=17,3,0;FSAR=26,3,0;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=0.0658263,0.0811267,-0.0155544;FXX=0.0113623;HRUN=6,6,1;LEN=1,1,2;MLLD=9.13872,12.3976,37.4973;QD=10.2286;RBI=0.0663012,0.0847817,0.0790223;REFB=-0.108524,-0.11907,-0.0309746;REVB=-0.00792142,0.0246248,-0.0774764;RO=36;SAF=12,5,0;SAR=15,3,3;SRF=15;SRR=21;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.0284165,0.249011,-0.487509;STB=0.512539,0.567959,0.5;STBP=0.797,0.761,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.106052,0.0864595,0.00750559;OID=.,.,.;OPOS=18364031,18364036,18364030;OREF=T,T,CT;OALT=-,G,GC;OMAPALT=CTTTTT,CTTTTTG,GCTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:87:36:38:27,8,3:43,6,0:0.494253,0.0689655,0:15,3,3:12,5,0:15:21:26,3,0:17,3,0:16:22 chr22 18571008 . G A 248.23 PASS AF=0.459016;AO=28;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=22;FWDB=0.0257175;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=143.992;QD=16.2777;RBI=0.0355226;REFB=-0.0223887;REVB=0.0245045;RO=33;SAF=16;SAR=12;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2255;STB=0.62664;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0285904;OID=.;OPOS=18571008;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:33:33:28:28:0.459016:12:16:11:22:12:16:11:22 chr22 18571828 . T C 455.47 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0178879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.3189;QD=56.9343;RBI=0.0187596;REFB=0;REVB=0.00565195;RO=0;SAF=5;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000329934;OID=.;OPOS=18571828;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:32:0:0:31:32:1:26:5:0:0:27:5:0:0 chr22 18572106 . T A 188.41 PASS AF=0.62069;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=29;FR=.;FRO=11;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0238326;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.162;QD=25.9871;RBI=0.0266049;REFB=-0.0500268;REVB=0.0118248;RO=11;SAF=15;SAR=3;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2018;STB=0.613893;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0191224;OID=.;OPOS=18572106;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:30:29:11:11:18:18:0.62069:3:15:7:4:3:15:7:4 chr22 18609642 . C T 185.54 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=19;FWDB=0.0328345;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.326;QD=13.7435;RBI=0.0368339;REFB=-0.00775148;REVB=0.0166921;RO=31;SAF=11;SAR=11;SRF=12;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115523;STB=0.555506;STBP=0.497;TYPE=snp;VARB=0.0112398;OID=.;OPOS=18609642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:32:22:22:0.407407:11:11:12:19:11:11:13:19 chr22 18628436 . T C 115.19 PASS AF=0.325581;AO=14;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=0.00349555;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=115.078;QD=10.715;RBI=0.0141635;REFB=-0.00243951;REVB=0.0137254;RO=29;SAF=9;SAR=5;SRF=15;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.146018;STB=0.587501;STBP=0.438;TYPE=snp;VARB=0.00471988;OID=.;OPOS=18628436;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:14:14:0.325581:5:9:15:14:5:9:15:14 chr22 18628499 . G T 301.51 PASS AF=0.458333;AO=33;DP=72;FAO=33;FDP=72;FR=.;FRO=39;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=23;FWDB=-0.00905927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.318;QD=16.7504;RBI=0.0162035;REFB=-0.00760323;REVB=-0.0134344;RO=39;SAF=21;SAR=12;SRF=16;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.219503;STB=0.623334;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0109394;OID=.;OPOS=18628499;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:39:39:33:33:0.458333:12:21:16:23:12:21:16:23 chr22 18628632 . C T 336.52 PASS AF=0.467532;AO=36;DP=78;FAO=36;FDP=77;FR=.;FRO=41;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.00399155;FXX=0.0253133;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0413;QD=17.4815;RBI=0.0146096;REFB=0.00492018;REVB=0.0140537;RO=41;SAF=21;SAR=15;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.204963;STB=0.614498;STBP=0.076;TYPE=snp;VARB=-0.00456294;OID=.;OPOS=18628632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:77:41:41:36:36:0.467532:15:21:15:26:15:21:15:26 chr22 18628715 . C T 90.35 PASS AF=0.5;AO=11;DP=22;FAO=11;FDP=22;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=-0.0175352;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=216.836;QD=16.4266;RBI=0.0235045;REFB=-0.0197053;REVB=0.0156518;RO=11;SAF=2;SAR=9;SRF=2;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0207256;OID=.;OPOS=18628715;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:22:22:11:11:11:11:0.5:9:2:2:9:9:2:2:9 chr22 18897756 . C A 228.18 PASS AF=0.52381;AO=21;DP=41;FAO=22;FDP=42;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=12;FWDB=0.013597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=206.706;QD=21.7317;RBI=0.0137055;REFB=-0.026772;REVB=-0.00172102;RO=19;SAF=13;SAR=8;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.169149;STB=0.590826;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.0272896;OID=.;OPOS=18897756;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:19:20:21:22:0.52381:8:13:8:11:9:13:8:12 chr22 18900750 . G A 278.03 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0793412;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.928;QD=52.9587;RBI=0.0924798;REFB=0;REVB=0.047513;RO=0;SAF=6;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00167115;OID=.;OPOS=18900750;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:15:6:0:0:15:6:0:0 chr22 18901004 . C T 149.4 PASS AF=1;AO=13;DP=14;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0169949;FXX=0.0713776;HRUN=3;LEN=1;MLLD=208.665;QD=45.9677;RBI=0.0181403;REFB=0;REVB=-0.00634396;RO=0;SAF=6;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.64829e-05;OID=.;OPOS=18901004;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:13:0:0:13:13:1:7:6:0:0:7:6:0:0 chr22 18904414 . A G 139.24 PASS AF=0.355556;AO=16;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=20;FWDB=-0.0154887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=69.1326;QD=12.3769;RBI=0.0663794;REFB=-0.00437088;REVB=-0.0645471;RO=29;SAF=6;SAR=10;SRF=9;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0775601;STB=0.545399;STBP=0.727;TYPE=snp;VARB=0.00892489;OID=.;OPOS=18904414;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:16:16:0.355556:10:6:9:20:10:6:9:20 chr22 18904489 . G A 332.7 PASS AF=0.58;AO=29;DP=50;FAO=29;FDP=50;FR=.;FRO=21;FSAF=11;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=15;FWDB=-0.0070938;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.161;QD=26.6159;RBI=0.00831406;REFB=-0.0256443;REVB=0.00433607;RO=21;SAF=11;SAR=18;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0772467;STB=0.542572;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.015641;OID=.;OPOS=18904489;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:21:21:29:29:0.58:18:11:6:15:18:11:6:15 chr22 18907124 . G A 184.83 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=12;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=0.000810662;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=213.431;QD=18.4834;RBI=0.0297571;REFB=-0.0178643;REVB=-0.029746;RO=21;SAF=12;SAR=7;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.103365;STB=0.558841;STBP=0.486;TYPE=snp;VARB=0.0182778;OID=.;OPOS=18907124;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:7:12:11:10:7:12:11:10 chr22 18908875 . A G 594.39 PASS AF=0.911111;AO=41;DP=45;FAO=41;FDP=45;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=22;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.0246567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.0856;QD=52.8348;RBI=0.0741971;REFB=-0.0576697;REVB=-0.0699804;RO=4;SAF=19;SAR=22;SRF=4;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.089081;STB=0.547596;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.0170094;OID=.;OPOS=18908875;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:45:45:4:4:41:41:0.911111:22:19:4:0:22:19:4:0 chr22 18912677 . CA CG,TG 956.27 PASS AF=0.641791,0.358209;AO=43,25;DP=68;FAO=43,24;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=19,11;FSAR=24,13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000655527,-0.00669476;FXX=0.0147037;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=59.2211,107.445;QD=57.0905;RBI=0.0309267,0.0524833;REFB=0,0;REVB=-0.0309198,-0.0520546;RO=0;SAF=19,11;SAR=24,14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-3.99383e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00246372,0.0196412;OID=.,.;OPOS=18912678,18912677;OREF=A,CA;OALT=G,TG;OMAPALT=CG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:99:68:67:0:0:43,25:43,24:0.641791,0.358209:24,14:19,11:0:0:24,13:19,11:0:0 chr22 19050750 . C T 130.51 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.069139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.6605;QD=13.7376;RBI=0.0717525;REFB=0.00547306;REVB=0.0191889;RO=23;SAF=9;SAR=6;SRF=11;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.127399;STB=0.574368;STBP=0.464;TYPE=snp;VARB=-0.00494817;OID=.;OPOS=19050750;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:23:23:15:15:0.394737:6:9:11:12:6:9:11:12 chr22 19163577 . C CAT,T 729.44 PASS AF=0.978261,0.0217391;AO=42,2;DP=49;FAO=45,1;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=25,1;FSAR=20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0526943,0.0293758;FXX=0.061212;HRUN=0,1;LEN=2,1;MLLD=216.797,64.5863;QD=63.4298;RBI=0.05417,0.0298541;REFB=0,0;REVB=0.0125578,0.00532228;RO=3;SAF=24,2;SAR=18,0;SRF=0;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0720279,0.74993;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=-0.00031899,0.0242479;OID=.,.;OPOS=19163578,19163577;OREF=-,C;OALT=AT,T;OMAPALT=CAT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:49:46:3:0:42,2:45,1:0.978261,0.0217391:18,0:24,2:0:3:20,0:25,1:0:0 chr22 19167409 . T C 817.7 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0295483;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.0129;QD=57.3822;RBI=0.0297416;REFB=0;REVB=-0.00338536;RO=0;SAF=20;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0002475;OID=.;OPOS=19167409;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:37:20:0:0:37:20:0:0 chr22 19172006 . T C,G 1449.66 PASS AF=0.957895,0.0315789;AO=88,5;DP=94;FAO=91,3;FDP=95;FR=.;FRO=1;FSAF=63,3;FSAR=28,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00807169,0.00730712;FXX=0.0104156;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=172.074,128.844;QD=61.0384;RBI=0.0194043,0.012434;REFB=-0.0805275,-0.0209702;REVB=-0.0176458,0.0100603;RO=0;SAF=61,4;SAR=27,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-3.16754e-08,0;STB=0.50877,0.994936;STBP=0.172,0.122;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000909284,0.0580362;OID=.,.;OPOS=19172006,19172006;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:94:95:0:1:88,5:91,3:0.957895,0.0315789:27,1:61,4:0:0:28,0:63,3:0:1 chr22 19189003 . A AC,C 451.85 PASS AF=1,0;AO=24,10;DP=37;FAO=35,0;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17,0;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0487621,-0.125781;FXX=0;HRUN=1,2;LEN=1,1;MLLD=20.6024,11.4072;QD=51.6395;RBI=0.0947224,0.128166;REFB=0,0;REVB=0.0812071,0.0246113;RO=3;SAF=7,9;SAR=17,1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0891031,0.209237;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.00518118,0;OID=.,.;OPOS=19189004,19189003;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:35:3:0:24,10:35,0:1,0:17,1:7,9:2:1:18,0:17,0:0:0 chr22 19196502 . G A 701.41 PASS AF=0.945455;AO=52;DP=55;FAO=52;FDP=55;FR=.;FRO=3;FSAF=23;FSAR=29;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0104236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.563;QD=51.0114;RBI=0.0107527;REFB=-0.11885;REVB=-0.00263981;RO=2;SAF=23;SAR=29;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0392057;STB=0.5306;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00167182;OID=.;OPOS=19196502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:55:55:2:3:52:52:0.945455:29:23:2:0:29:23:3:0 chr22 19197896 . T C 747.07 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0269997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.211;QD=63.5802;RBI=0.0307426;REFB=0;REVB=0.0147011;RO=0;SAF=17;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.11677e-05;OID=.;OPOS=19197896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:30:17:0:0:30:17:0:0 chr22 19486600 . C T 224.61 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=0.00904741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.374;QD=17.6161;RBI=0.018695;REFB=-0.0176987;REVB=-0.01636;RO=27;SAF=11;SAR=13;SRF=11;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0483186;STB=0.52725;STBP=0.743;TYPE=snp;VARB=0.0196302;OID=.;OPOS=19486600;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:13:11:11:16:13:11:11:16 chr22 19750773 . T C 290.82 PASS AF=0.528302;AO=27;DP=54;FAO=28;FDP=53;FR=.,HEALED;FRO=21;FSAF=10;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=6;FWDB=0.0307283;FXX=0.0185151;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.7684;QD=21.9489;RBI=0.0340023;REFB=-0.0331112;REVB=-0.0145576;RO=19;SAF=10;SAR=17;SRF=15;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.306759;STB=0.652066;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=0.0107186;OID=.;OPOS=19750773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:53:19:21:27:28:0.528302:17:10:15:4:18:10:15:6 chr22 19766782 . C T 373.46 PASS AF=0.578125;AO=36;DP=62;FAO=37;FDP=64;FR=.;FRO=27;FSAF=23;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=10;FWDB=0.0134659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9992;QD=23.3409;RBI=0.0227819;REFB=-0.0340438;REVB=0.0183762;RO=24;SAF=23;SAR=13;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0558598;STB=0.503595;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.0218004;OID=.;OPOS=19766782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:64:24:27:36:37:0.578125:13:23:17:7:14:23:17:10 chr22 19808769 . C T 134.02 PASS AF=0.333333;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=48;FR=.;FRO=32;FSAF=12;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=11;FWDB=0.0143841;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=41.9736;QD=11.1683;RBI=0.0695313;REFB=-0.0611153;REVB=0.0680272;RO=32;SAF=12;SAR=4;SRF=21;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.12854;STB=0.576821;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.125651;OID=.;OPOS=19808769;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:32:32:16:16:0.333333:4:12:21:11:4:12:21:11 chr22 19868218 . A G 85.26 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=30;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.0012757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3709;QD=11.3675;RBI=0.00513484;REFB=0.00283941;REVB=-0.00497384;RO=18;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199273;STB=0.639731;STBP=0.29;TYPE=snp;VARB=-0.00484566;OID=.;OPOS=19868218;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:30:30:18:19:11:11:0.366667:8:3:8:10:8:3:9:10 chr22 19898886 . C T 464.79 PASS AF=0.529412;AO=45;DP=84;FAO=45;FDP=85;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=27;FWDB=0.0302095;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.8771;QD=21.8726;RBI=0.0328474;REFB=-0.0145543;REVB=0.0128974;RO=39;SAF=13;SAR=32;SRF=12;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0190807;STB=0.520316;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0151228;OID=.;OPOS=19898886;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:85:39:40:45:45:0.529412:32:13:12:27:32:13:13:27 chr22 19907099 . C A 905.63 PASS AF=1;AO=62;DP=63;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462715;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.2245;QD=58.4279;RBI=0.0777411;REFB=0;REVB=0.0624711;RO=0;SAF=18;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.25982e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000842154;OID=.;OPOS=19907099;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:62:0:0:62:62:1:44:18:0:0:44:18:0:0 chr22 19907118 . G A,C 803.61 PASS AF=0.964912,0.0350877;AO=55,2;DP=57;FAO=55,2;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=13,2;FSAR=42,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0614283,0.055343;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=230.539,101.112;QD=56.3936;RBI=0.0650006,0.0553613;REFB=0,0;REVB=0.0212516,-0.00142315;RO=0;SAF=13,2;SAR=42,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.70796e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000138916,0.127169;OID=.,.;OPOS=19907118,19907118;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:7:57:57:0:0:55,2:55,2:0.964912,0.0350877:42,0:13,2:0:0:42,0:13,2:0:0 chr22 19920949 . G A 218.02 PASS AF=0.461538;AO=22;DP=50;FAO=24;FDP=52;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=11;FSRR=17;FWDB=-0.0122591;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.4628;QD=16.7711;RBI=0.0142448;REFB=-0.0139575;REVB=-0.0072547;RO=28;SAF=6;SAR=16;SRF=11;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.137318;STB=0.592941;STBP=0.263;TYPE=snp;VARB=0.0210462;OID=.;OPOS=19920949;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:52:28:28:22:24:0.461538:16:6:11:17:18:6:11:17 chr22 19921003 . T C 312.38 PASS AF=0.563636;AO=29;DP=55;FAO=31;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=9;FSAR=22;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.010642;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.084;QD=22.7184;RBI=0.0167736;REFB=0.0127955;REVB=0.0129654;RO=23;SAF=9;SAR=20;SRF=6;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0471091;STB=0.515409;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=-0.000412625;OID=.;OPOS=19921003;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:55:23:23:29:31:0.563636:20:9:6:17:22:9:6:17 chr22 20103915 . C T 231.26 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=57;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=12;FWDB=-0.000114929;FXX=0.0175408;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7912;QD=16.5183;RBI=0.0100249;REFB=-0.041639;REVB=-0.0100242;RO=30;SAF=6;SAR=20;SRF=18;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.377075;STB=0.714111;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0611373;OID=.;OPOS=20103915;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:56:30:30:26:26:0.464286:20:6:18:12:20:6:18:12 chr22 20136379 . C A 292.28 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341043;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.4181;QD=50.8308;RBI=0.0846147;REFB=0;REVB=0.0774374;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00256216;OID=.;OPOS=20136379;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:22:23:1:7:15:0:0:7:16:0:0 chr22 20137723 . C CTG,T 91.35 PASS AF=0.111111,0.888889;AO=2,8;DP=10;FAO=1,8;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0,4;FSAR=1,4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118811,0.00609676;FXX=0.0999001;HRUN=0,4;LEN=2,1;MLLD=122.464,149.69;QD=40.5986;RBI=0.0169346,0.0176144;REFB=0,0;REVB=-0.0120673,-0.0165256;RO=0;SAF=1,4;SAR=1,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.067732,0.00397247;OID=.,.;OPOS=20137724,20137723;OREF=-,C;OALT=TG,T;OMAPALT=CTG,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:10:9:0:0:2,8:1,8:0.111111,0.888889:1,4:1,4:0:0:1,4:0,4:0:0 chr22 20138105 . T C 881.83 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00570542;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.755;QD=57.8246;RBI=0.0293734;REFB=0;REVB=0.028814;RO=0;SAF=39;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59766e-05;OID=.;OPOS=20138105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:61:0:0:60:61:1:21:39:0:0:21:40:0:0 chr22 20302797 . AC AA,A 34.96 PASS AF=0.03125,0.28125;AO=2,5;DP=31;FAO=1,9;FDP=32;FR=.;FRO=22;FSAF=0,6;FSAR=1,3;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.0143375,-0.0990874;FXX=0.0302939;HRUN=4,4;LEN=1,1;MLLD=22.1121,13.6222;QD=4.36993;RBI=0.0244987,0.119216;REFB=-0.0116024,-0.0169182;REVB=-0.0198651,-0.0662882;RO=20;SAF=1,4;SAR=1,1;SRF=15;SRR=5;SSEN=0,0.353952;SSEP=0,0;SSSB=-0.26745,0.0827942;STB=0.994817,0.589561;STBP=0.138,0.584;TYPE=snp,del;VARB=0.0326285,-0.0102441;OID=.,.;OPOS=20302798,20302798;OREF=C,C;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.03125,0.28125:2,5:31:1,9:32:22:0,6:1,3:17:5:27:20:1,4:1,1:15:5 chr22 20458029 . A C 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=2;FWDB=-0.00733956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.559;QD=12.0517;RBI=0.0108685;REFB=-0.00716011;REVB=-0.0080159;RO=13;SAF=3;SAR=6;SRF=11;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.47636;STB=0.777253;STBP=0.047;TYPE=snp;VARB=0.0144767;OID=.;OPOS=20458029;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:6:3:11:2:6:3:11:2 chr22 20771144 . A T 753.56 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0189282;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=140.018;QD=61.5153;RBI=0.0344516;REFB=-0.0556922;REVB=0.028786;RO=0;SAF=25;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510634;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0005286;OID=.;OPOS=20771144;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:23:25:0:0:23:25:0:1 chr22 20784050 . T A 110.65 PASS AF=0.448276;AO=13;DP=29;FAO=13;FDP=29;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=5;FWDB=-0.0349551;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.138;QD=15.2616;RBI=0.0422486;REFB=-0.0189144;REVB=0.0237293;RO=15;SAF=6;SAR=7;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.249568;STB=0.622855;STBP=0.264;TYPE=snp;VARB=0.0109404;OID=.;OPOS=20784050;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:16:13:13:0.448276:7:6:11:4:7:6:11:5 chr22 20800835 . A G 627.3 PASS AF=0.976744;AO=41;DP=43;FAO=42;FDP=43;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0304085;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.557;QD=58.3531;RBI=0.0382148;REFB=-0.0374449;REVB=0.0231451;RO=1;SAF=18;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253524;STB=0.512814;STBP=0.316;TYPE=snp;VARB=0.000470683;OID=.;OPOS=20800835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:43:1:1:41:42:0.976744:23:18:1:0:23:19:1:0 chr22 20847472 . A T 118.32 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.000373027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.452;QD=12.7913;RBI=0.00267922;REFB=-0.00741854;REVB=-0.00265312;RO=22;SAF=9;SAR=5;SRF=12;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.10623;STB=0.550946;STBP=0.639;TYPE=snp;VARB=0.0107287;OID=.;OPOS=20847472;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:22:23:14:14:0.378378:5:9:12:10:5:9:13:10 chr22 20891497 . GC GCCCTA,G 341.42 PASS AF=0.263158,0.631579;AO=9,20;DP=38;FAO=10,24;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=4,1;FSAR=6,23;FSRF=4;FSRR=0;FWDB=0.00504102,-0.0222569;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=4,1;MLLD=190.19,18.0783;QD=35.9386;RBI=0.011171,0.206246;REFB=0.00170774,-0.111448;REVB=0.00996897,0.205041;RO=6;SAF=3,1;SAR=6,19;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.122922,-0.485482;STB=0.666348,0.832935;STBP=0.083,0;TYPE=ins,del;VARB=0.0153054,0.106598;OID=.,.;OPOS=20891499,20891498;OREF=-,C;OALT=CCTA,-;OMAPALT=GCCCTA,G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.263158,0.631579:9,20:38:10,24:38:4:4,1:6,23:4:0:70:6:3,1:6,19:3:3 chr22 20937601 . C T 132.72 PASS AF=0.428571;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=35;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=0.0115875;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=262.396;QD=15.1678;RBI=0.0233359;REFB=-0.0203002;REVB=-0.0202557;RO=19;SAF=7;SAR=8;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202667;STB=0.596776;STBP=0.337;TYPE=snp;VARB=0.0221209;OID=.;OPOS=20937601;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:19:20:15:15:0.428571:8:7:5:14:8:7:6:14 chr22 20940085 . G A 45.64 PASS AF=0.333333;AO=7;DP=21;FAO=7;FDP=21;FR=.;FRO=14;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0240581;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.021;QD=8.69376;RBI=0.0580187;REFB=-0.00946094;REVB=0.0527956;RO=11;SAF=1;SAR=6;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.528175;STB=0.867405;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0504227;OID=.;OPOS=20940085;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:21:21:11:14:7:7:0.333333:6:1:7:4:6:1:10:4 chr22 21044816 . G A 54.06 PASS AF=0.275862;AO=8;DP=29;FAO=8;FDP=29;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0309442;FXX=0.0333222;HRUN=3;LEN=1;MLLD=97.9932;QD=7.45621;RBI=0.030975;REFB=-0.0112178;REVB=-0.00138057;RO=21;SAF=2;SAR=6;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280468;STB=0.67877;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.023462;OID=.;OPOS=21044816;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:29:29:21:21:8:8:0.275862:6:2:10:11:6:2:10:11 chr22 21044848 . A T 207.32 PASS AF=0.588235;AO=20;DP=34;FAO=20;FDP=34;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=-0.00713786;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=143.669;QD=24.3902;RBI=0.0177415;REFB=-0.0119961;REVB=0.0162423;RO=14;SAF=6;SAR=14;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.162123;STB=0.590814;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=0.00679566;OID=.;OPOS=21044848;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:14:14:20:20:0.588235:14:6:7:7:14:6:7:7 chr22 21066789 . A G 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=-0.032169;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.772;QD=14.7986;RBI=0.0385918;REFB=-0.0294718;REVB=-0.0213185;RO=13;SAF=4;SAR=7;SRF=1;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.326124;STB=0.68442;STBP=0.219;TYPE=snp;VARB=0.0412017;OID=.;OPOS=21066789;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:7:4:1:12:7:4:1:12 chr22 21079909 . A G 200.28 PASS AF=0.512821;AO=20;DP=39;FAO=20;FDP=39;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0204854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.146;QD=20.542;RBI=0.0208894;REFB=-0.00365232;REVB=0.0040885;RO=19;SAF=4;SAR=16;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.245201;STB=0.639845;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00340298;OID=.;OPOS=21079909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:19:19:20:20:0.512821:16:4:8:11:16:4:8:11 chr22 21141300 . T C 315.64 PASS AF=0.472222;AO=34;DP=72;FAO=34;FDP=72;FR=.;FRO=38;FSAF=17;FSAR=17;FSRF=19;FSRR=19;FWDB=-0.0116456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.656;QD=17.5358;RBI=0.0178699;REFB=-0.00172839;REVB=-0.0135541;RO=38;SAF=17;SAR=17;SRF=19;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0016996;OID=.;OPOS=21141300;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:72:38:38:34:34:0.472222:17:17:19:19:17:17:19:19 chr22 21167787 . G A 155.86 PASS AF=0.386364;AO=17;DP=44;FAO=17;FDP=44;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=16;FWDB=-0.0183152;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.144;QD=14.1695;RBI=0.0184475;REFB=-0.0108876;REVB=0.00220532;RO=26;SAF=9;SAR=8;SRF=11;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110385;STB=0.574382;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.0139178;OID=.;OPOS=21167787;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:27:17:17:0.386364:8:9:11:15:8:9:11:16 chr22 21213416 . A G 171.78 PASS AF=0.354839;AO=22;DP=62;FAO=22;FDP=62;FR=.;FRO=40;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=23;FWDB=-0.00782139;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=326.386;QD=11.0826;RBI=0.0164107;REFB=-0.0108248;REVB=-0.0144269;RO=40;SAF=12;SAR=10;SRF=17;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.132867;STB=0.57719;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=0.0186378;OID=.;OPOS=21213416;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:40:40:22:22:0.354839:10:12:17:23:10:12:17:23 chr22 21304408 . A G 117.2 PASS AF=0.358974;AO=14;DP=39;FAO=14;FDP=39;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=-0.00598248;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.074;QD=12.02;RBI=0.0248397;REFB=-0.00696306;REVB=-0.0241085;RO=25;SAF=8;SAR=6;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309742;STB=0.680614;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00651643;OID=.;OPOS=21304408;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:25:25:14:14:0.358974:6:8:7:18:6:8:7:18 chr22 21306743 . A G 373.74 PASS AF=0.688889;AO=30;DP=45;FAO=31;FDP=45;FR=.;FRO=14;FSAF=17;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=7;FWDB=0.0349751;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7548;QD=33.2216;RBI=0.0451158;REFB=-0.0122192;REVB=-0.0284987;RO=14;SAF=16;SAR=14;SRF=7;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0194624;STB=0.515142;STBP=0.8;TYPE=snp;VARB=0.0127995;OID=.;OPOS=21306743;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:14:14:30:31:0.688889:14:16:7:7:14:17:7:7 chr22 21307706 . GTTTTAAAAC GATTTAAAAC,GTTTAAAAC,GTTTTA,GTTTTAA,GTTTTAAAC 45.2 PASS AF=0,0.0333333,0.0333333,0.166667,0;AO=2,4,3,3,3;DP=30;FAO=0,1,1,5,0;FDP=30;FR=.;FRO=23;FSAF=0,0,0,2,0;FSAR=0,1,1,3,0;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0467451,-0.19312,-0.0201024,-0.00854227,-0.0661713;FXX=0;HRUN=4,4,4,4,4;LEN=1,1,4,3,1;MLLD=87.9597,11.7528,113.497,111.246,12.0582;QD=6.02624;RBI=0.0571201,0.194034,0.0222281,0.0136051,0.135176;REFB=-0.0116722,-0.150024,-0.0334884,-0.0358484,-0.0586648;REVB=-0.0328269,0.018805,0.00948588,0.0105891,-0.117873;RO=11;SAF=2,4,0,2,0;SAR=0,0,3,1,3;SRF=6;SRR=5;SSEN=0,0,0.325513,0.325513,0.325513;SSEP=0,0.325513,0,0,0;SSSB=0.552517,0.67888,-0.657411,0.136146,-0.657411;STB=0.5,0.99259,0.99259,0.697904,0.5;STBP=1,0.231,0.231,0.395,1;TYPE=snp,del,del,del,del;VARB=0,0.182294,0.0763074,0.0911382,0;OID=.,.,.,.,.;OPOS=21307707,21307707,21307712,21307713,21307711;OREF=T,T,AAAC,AAC,A;OALT=A,-,-,-,-;OMAPALT=GATTTAAAAC,GTTTAAAAC,GTTTTA,GTTTTAA,GTTTTAAAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/4:0,0.0333333,0.0333333,0.166667,0:2,4,3,3,3:30:0,1,1,5,0:30:23:0,0,0,2,0:0,1,1,3,0:15:8:27:11:2,4,0,2,0:0,0,3,1,3:6:5 chr22 21331043 . A T 112.96 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=13;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0324694;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.593;QD=37.6529;RBI=0.0338915;REFB=-0.0698453;REVB=0.00971435;RO=1;SAF=6;SAR=5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0690901;STB=0.538392;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.0028024;OID=.;OPOS=21331043;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:13:12:1:1:11:11:0.916667:5:6:1:0:5:6:1:0 chr22 21335259 . C A 180.09 PASS AF=0.353846;AO=23;DP=65;FAO=23;FDP=65;FR=.;FRO=42;FSAF=9;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=0.00350387;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=216.482;QD=11.0822;RBI=0.0110823;REFB=-0.0120967;REVB=-0.0105139;RO=42;SAF=9;SAR=14;SRF=31;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.371955;STB=0.713208;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.027056;OID=.;OPOS=21335259;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:42:42:23:23:0.353846:14:9:31:11:14:9:31:11 chr22 21335606 . C T 397.13 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165301;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.492;QD=56.7328;RBI=0.0281128;REFB=0;REVB=0.0227396;RO=0;SAF=20;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.75204e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000322814;OID=.;OPOS=21335606;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:8:20:0:0:8:20:0:0 chr22 21335611 . A G 334.09 PASS AF=0.896552;AO=26;DP=29;FAO=26;FDP=29;FR=.;FRO=3;FSAF=19;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0114653;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=157.184;QD=46.0815;RBI=0.0466236;REFB=-0.0666352;REVB=0.0451919;RO=3;SAF=19;SAR=7;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0919831;STB=0.549799;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=0.0049976;OID=.;OPOS=21335611;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:29:29:3:3:26:26:0.896552:7:19:1:2:7:19:1:2 chr22 21337325 . G A 266.14 PASS AF=0.5;AO=25;DP=50;FAO=25;FDP=50;FR=.;FRO=25;FSAF=18;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=7;FWDB=0.0696306;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.09;QD=21.2915;RBI=0.0698434;REFB=-0.0290513;REVB=0.00544823;RO=25;SAF=18;SAR=7;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0267791;OID=.;OPOS=21337325;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:25:25:25:25:0.5:7:18:18:7:7:18:18:7 chr22 21348914 . C T 435.84 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00993506;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=225.585;QD=54.4805;RBI=0.0236671;REFB=-0.01862;REVB=0.0214809;RO=1;SAF=15;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0300873;STB=0.516119;STBP=0.553;TYPE=snp;VARB=0.000593223;OID=.;OPOS=21348914;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:16:15:1:0:16:15:1:0 chr22 21354970 . C G 698.64 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00853211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.987;QD=62.1011;RBI=0.02008;REFB=0;REVB=0.0181772;RO=0;SAF=20;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63643e-05;OID=.;OPOS=21354970;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:45:0:0:41:45:1:21:20:0:0:22:23:0:0 chr22 21356824 . G A 1127.34 PASS AF=0.986842;AO=75;DP=78;FAO=75;FDP=76;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0024454;FXX=0.0256377;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.541;QD=59.3335;RBI=0.0383013;REFB=0.0163379;REVB=0.0382231;RO=1;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0133266;STB=0.50704;STBP=0.325;TYPE=snp;VARB=-6.11435e-05;OID=.;OPOS=21356824;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:76:1:1:75:75:0.986842:35:40:0:1:35:40:0:1 chr22 21356892 . AAGAC A 634.19 PASS AF=1;AO=46;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0488568;FXX=0.0545355;HRUN=3;LEN=4;MLLD=258.698;QD=48.7837;RBI=0.0490858;REFB=0;REVB=0.00473651;RO=0;SAF=18;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.06241e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=2.54108e-05;OID=.;OPOS=21356893;OREF=AGAC;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:52:52:52:0:21:31:0:0:11:0:18:28:0:0 chr22 21356925 . T A 495.56 PASS AF=0.878049;AO=36;DP=41;FAO=36;FDP=41;FR=.;FRO=5;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-0.00373979;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=43.0966;QD=48.3476;RBI=0.0189434;REFB=-0.0246794;REVB=-0.0185706;RO=5;SAF=18;SAR=18;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113691;STB=0.560942;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=0.00288388;OID=.;OPOS=21356925;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:41:41:5:5:36:36:0.878049:18:18:0:5:18:18:0:5 chr22 21377301 . C A 326.94 PASS AF=0.409091;AO=36;DP=89;FAO=36;FDP=88;FR=.;FRO=52;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=28;FSRR=24;FWDB=-0.0221454;FXX=0.0112347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=130.584;QD=14.8607;RBI=0.0223484;REFB=0.00491171;REVB=-0.00300569;RO=52;SAF=19;SAR=17;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0111816;STB=0.506334;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=-0.00568433;OID=.;OPOS=21377301;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:52:52:36:36:0.409091:17:19:28:24:17:19:28:24 chr22 21385277 . C T 194.02 PASS AF=0.434783;AO=20;DP=46;FAO=20;FDP=46;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0668221;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.2193;QD=16.871;RBI=0.0674655;REFB=0.00620804;REVB=-0.00929481;RO=26;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137865;STB=0.578868;STBP=0.365;TYPE=snp;VARB=-0.00775202;OID=.;OPOS=21385277;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:26:26:20:20:0.434783:8:12:12:14:8:12:12:14 chr22 21570340 . G A 71.63 PASS AF=0.6;AO=9;DP=15;FAO=9;FDP=15;FR=.;FRO=6;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0548802;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7033;QD=19.1021;RBI=0.0598104;REFB=-0.0203679;REVB=-0.0237791;RO=5;SAF=2;SAR=7;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143326;STB=0.559859;STBP=0.668;TYPE=snp;VARB=0.0155291;OID=.;OPOS=21570340;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:5:6:9:9:0.6:7:2:2:3:7:2:2:4 chr22 21797092 . A AG 198.99 PASS AF=1;AO=3;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.202168;FXX=0.0555247;HRUN=1;LEN=1;MLLD=26.0385;QD=46.8205;RBI=0.204527;REFB=0;REVB=0.0309731;RO=14;SAF=3;SAR=0;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.583079;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0164137;OID=.;OPOS=21797093;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:18:17:17:0:12:5:0:0:3:14:3:0:9:5 chr22 21797094 . C G 137.7 PASS AF=0.777778;AO=14;DP=18;FAO=14;FDP=18;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0987792;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=30.6414;QD=30.6;RBI=0.101047;REFB=0.0152917;REVB=0.021287;RO=4;SAF=9;SAR=5;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0474116;STB=0.526279;STBP=0.721;TYPE=snp;VARB=0.000476189;OID=.;OPOS=21797094;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:18:18:4:4:14:14:0.777778:5:9:3:1:5:9:3:1 chr22 21797100 . CCG C,CC,CCC 118.08 PASS AF=0.823529,0,0;AO=4,6,4;DP=18;FAO=14,0,0;FDP=17;FR=.;FRO=3;FSAF=9,0,0;FSAR=5,0,0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0945003,0.113122,0.112895;FXX=0.0555247;HRUN=8,1,1;LEN=2,1,1;MLLD=134.436,133.187,130.3;QD=27.7823;RBI=0.0955263,0.114308,0.114342;REFB=-0.203079,-0.19817,-0.172838;REVB=-0.0139628,-0.0164258,-0.0181276;RO=4;SAF=4,4,1;SAR=0,2,3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.687804,-0.0648362,-0.397043;STB=0.571332,0.5,0.5;STBP=0.312,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.00107001,0.0111727,0.00934682;OID=.,.,.;OPOS=21797101,21797102,21797102;OREF=CG,G,G;OALT=-,-,C;OMAPALT=C,CC,CCC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.823529,0,0:4,6,4:18:14,0,0:17:3:9,0,0:5,0,0:3:0:11:4:4,4,1:0,2,3:3:1 chr22 21797103 . CCG C 146.99 PASS AF=1;AO=3;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0748449;FXX=0.0555247;HRUN=2;LEN=2;MLLD=149.823;QD=34.5859;RBI=0.122989;REFB=0;REVB=-0.0975932;RO=13;SAF=3;SAR=0;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.576447;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.00214326;OID=.;OPOS=21797104;OREF=CG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:3:18:17:17:0:12:5:0:0:3:13:3:0:9:4 chr22 21800444 . T C 575.79 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.517;QD=60.6099;RBI=0.0490346;REFB=0;REVB=0.033929;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000309797;OID=.;OPOS=21800444;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr22 21801588 . T A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289007;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=241.306;QD=62.0218;RBI=0.0407377;REFB=0;REVB=0.0287109;RO=0;SAF=26;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000110115;OID=.;OPOS=21801588;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:16:26:0:0:16:26:0:0 chr22 21822725 . T C 411.06 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0415266;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.8032;QD=56.6978;RBI=0.0415375;REFB=0;REVB=-0.000950405;RO=0;SAF=5;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00067251;OID=.;OPOS=21822725;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:24:5:0:0:24:5:0:0 chr22 21834251 . G A 181.53 PASS AF=0.6;AO=18;DP=30;FAO=18;FDP=30;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.00705207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.504;QD=24.204;RBI=0.0150794;REFB=-0.0239098;REVB=0.0133288;RO=12;SAF=5;SAR=13;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.238389;STB=0.633989;STBP=0.097;TYPE=snp;VARB=0.0174523;OID=.;OPOS=21834251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:30:30:12:12:18:18:0.6:13:5:7:5:13:5:7:5 chr22 21977936 . GC G 111.69 PASS AF=0.68;AO=14;DP=26;FAO=17;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.211903;FXX=0.0384468;HRUN=4;LEN=1;MLLD=13.6668;QD=17.8696;RBI=0.219998;REFB=0.0146732;REVB=0.0591271;RO=8;SAF=1;SAR=13;SRF=2;SRR=6;SSEN=0.555556;SSEP=0;SSSB=-0.297893;STB=0.529378;STBP=0.802;TYPE=del;VARB=0.0188514;OID=.;OPOS=21977937;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.68:14:26:17:25:8:3:14:1:7:33:8:1:13:2:6 chr22 22049783 . C T 103.51 PASS AF=0.238806;AO=16;DP=67;FAO=16;FDP=67;FR=.;FRO=51;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=29;FSRR=22;FWDB=0.0250904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.456;QD=6.17973;RBI=0.0270346;REFB=-0.0077113;REVB=-0.0100668;RO=49;SAF=8;SAR=8;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0873996;STB=0.552174;STBP=0.64;TYPE=snp;VARB=0.0272916;OID=.;OPOS=22049783;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:49:51:16:16:0.238806:8:8:28:21:8:8:29:22 chr22 22118333 . G A 113.12 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00174154;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=231.886;QD=17.403;RBI=0.00427214;REFB=-0.0189751;REVB=0.00390105;RO=13;SAF=7;SAR=6;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.199178;STB=0.613866;STBP=0.273;TYPE=snp;VARB=0.0160606;OID=.;OPOS=22118333;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:6:7:4:9:6:7:4:9 chr22 22277571 . A C 531.51 PASS AF=0.563218;AO=49;DP=88;FAO=49;FDP=87;FR=.;FRO=38;FSAF=5;FSAR=44;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.0189091;FXX=0.0224694;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.092;QD=24.437;RBI=0.0224686;REFB=-0.0270392;REVB=-0.0121361;RO=34;SAF=4;SAR=45;SRF=13;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.434569;STB=0.736722;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.0141835;OID=.;OPOS=22277571;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:88:87:34:38:49:49:0.563218:45:4:13:21:44:5:16:22 chr22 22312315 . C T 30.1 PASS AF=0.416667;AO=5;DP=12;FAO=5;FDP=12;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0841398;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.753;QD=10.0339;RBI=0.0843048;REFB=-0.00135215;REVB=0.00527284;RO=6;SAF=3;SAR=2;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0621951;STB=0.517172;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0170159;OID=.;OPOS=22312315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:12:12:6:7:5:5:0.416667:2:3:4:2:2:3:4:3 chr22 22330082 . T C 305.23 PASS AF=0.631579;AO=23;DP=41;FAO=24;FDP=38;FR=.,HEALED;FRO=9;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0072286;FXX=0.0731529;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.479;QD=32.1296;RBI=0.0648729;REFB=-0.0319844;REVB=-0.0644689;RO=6;SAF=10;SAR=13;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0250651;STB=0.507766;STBP=0.908;TYPE=snp;VARB=-0.00438484;OID=.;OPOS=22330082;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:41:38:6:9:23:24:0.631579:13:10:3:3:14:10:4:5 chr22 22453513 . C T 181.28 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=44;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0443242;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.815;QD=16.4804;RBI=0.0472495;REFB=-0.0124502;REVB=-0.0163672;RO=25;SAF=11;SAR=8;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.214454;STB=0.622515;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0295407;OID=.;OPOS=22453513;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:25:25:19:19:0.431818:8:11:9:16:8:11:9:16 chr22 22516998 . C T 747.1 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0180602;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.745;QD=63.5826;RBI=0.0180701;REFB=0;REVB=0.000597816;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.80709e-05;OID=.;OPOS=22516998;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:26:21:0:0:26:21:0:0 chr22 22517026 . T C 526.92 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0246539;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=255.551;QD=56.9643;RBI=0.0271612;REFB=-0.14183;REVB=0.0113979;RO=1;SAF=12;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191068;STB=0.510198;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=7.35157e-05;OID=.;OPOS=22517026;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:1:1:36:36:0.972973:24:12:0:1:24:12:0:1 chr22 22550450 . C G 386.36 PASS AF=0.47619;AO=40;DP=84;FAO=40;FDP=84;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.0496171;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=51.956;QD=18.3979;RBI=0.0535761;REFB=0.0122426;REVB=-0.0202125;RO=44;SAF=21;SAR=19;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129747;STB=0.572239;STBP=0.202;TYPE=snp;VARB=-0.0147402;OID=.;OPOS=22550450;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:84:84:44:44:40:40:0.47619:19:21:17:27:19:21:17:27 chr22 22550510 . T G 863.94 PASS AF=0.878378;AO=59;DP=75;FAO=65;FDP=74;FR=.;FRO=9;FSAF=36;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0309084;FXX=0.0133316;HRUN=2;LEN=1;MLLD=207.937;QD=46.6994;RBI=0.0349461;REFB=-0.00226747;REVB=-0.0163064;RO=0;SAF=30;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.51392;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.000440565;OID=.;OPOS=22550510;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:75:74:0:9:59:65:0.878378:29:30:0:0:29:36:6:3 chr22 22569448 . T A 182.61 PASS AF=0.431818;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=44;FR=.;FRO=25;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.000806891;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.4862;QD=16.6012;RBI=0.03769;REFB=-0.0305071;REVB=-0.0376814;RO=24;SAF=8;SAR=11;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118016;STB=0.556567;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=0.0370131;OID=.;OPOS=22569448;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:24:25:19:19:0.431818:11:8:13:11:11:8:13:12 chr22 22569554 . C A 184.82 PASS AF=0.475;AO=16;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0282614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.536;QD=18.4821;RBI=0.0417924;REFB=-0.00799559;REVB=-0.030788;RO=19;SAF=6;SAR=10;SRF=12;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.241071;STB=0.654385;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0145393;OID=.;OPOS=22569554;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:19:21:16:19:0.475:10:6:12:7:12:7:14:7 chr22 22569640 . T G 56.76 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=0.0209281;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.6092;QD=11.9499;RBI=0.0389861;REFB=-0.00982449;REVB=0.0328927;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=10;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.409453;STB=0.736382;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.027328;OID=.;OPOS=22569640;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:4:4:10:1:4:4:10:1 chr22 22681962 . T C 447.61 PASS AF=0.517647;AO=44;DP=85;FAO=44;FDP=85;FR=.;FRO=41;FSAF=30;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.00420764;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.935;QD=21.0641;RBI=0.0183833;REFB=0.00344561;REVB=0.0178952;RO=35;SAF=30;SAR=14;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0981822;STB=0.551577;STBP=0.372;TYPE=snp;VARB=-0.00251008;OID=.;OPOS=22681962;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:35:41:44:44:0.517647:14:30:20:15:14:30:24:17 chr22 22698027 . A G 728.98 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=51;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00451878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=71.1335;QD=57.1747;RBI=0.0104633;REFB=0;REVB=-0.00943726;RO=0;SAF=21;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.55765e-05;OID=.;OPOS=22698027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:51:0:0:51:51:1:30:21:0:0:30:21:0:0 chr22 22707275 . C A 790.74 PASS AF=0.670103;AO=65;DP=97;FAO=65;FDP=97;FR=.;FRO=32;FSAF=34;FSAR=31;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=0.00461692;FXX=0.010203;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.041;QD=32.6078;RBI=0.00754795;REFB=-0.0222689;REVB=0.00597123;RO=32;SAF=34;SAR=31;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0522429;STB=0.528209;STBP=0.428;TYPE=snp;VARB=0.00860145;OID=.;OPOS=22707275;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:97:97:32:32:65:65:0.670103:31:34:14:18:31:34:14:18 chr22 22707299 . A C 673.37 PASS AF=0.637363;AO=58;DP=91;FAO=58;FDP=91;FR=.;FRO=33;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=14;FSRR=19;FWDB=-0.0423327;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.1263;QD=29.5985;RBI=0.0434415;REFB=-0.0177357;REVB=0.00975229;RO=30;SAF=30;SAR=28;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0318423;STB=0.533675;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0132731;OID=.;OPOS=22707299;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:91:30:33:58:58:0.637363:28:30:14:16:28:30:14:19 chr22 22707309 . C T 267.0 PASS AF=0.347826;AO=31;DP=91;FAO=32;FDP=92;FR=.;FRO=60;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=29;FSRR=31;FWDB=0.0453217;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9561;QD=11.6085;RBI=0.0585026;REFB=-0.0142248;REVB=0.0369932;RO=60;SAF=14;SAR=17;SRF=29;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0362543;STB=0.509531;STBP=0.899;TYPE=snp;VARB=0.0291564;OID=.;OPOS=22707309;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:92:60:60:31:32:0.347826:17:14:29:31:17:15:29:31 chr22 22707316 . T C 68.17 PASS AF=0.147727;AO=13;DP=88;FAO=13;FDP=88;FR=.;FRO=75;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=36;FSRR=39;FWDB=-0.0269417;FXX=0.0112347;HRUN=2;LEN=1;MLLD=181.638;QD=3.09885;RBI=0.0307225;REFB=-0.00730397;REVB=-0.0147655;RO=75;SAF=7;SAR=6;SRF=36;SRR=39;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.072656;STB=0.549662;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.0426628;OID=.;OPOS=22707316;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:88:88:75:75:13:13:0.147727:6:7:36:39:6:7:36:39 chr22 22707349 . C A 67.31 PASS AF=0.193548;AO=11;DP=61;FAO=12;FDP=62;FR=.;FRO=50;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=22;FSRR=28;FWDB=0.0030659;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.104;QD=4.34284;RBI=0.0217248;REFB=-0.00480693;REVB=-0.0215074;RO=50;SAF=6;SAR=5;SRF=22;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.129954;STB=0.614174;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0167013;OID=.;OPOS=22707349;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:61:62:50:50:11:12:0.193548:5:6:22:28:5:7:22:28 chr22 22707351 . G C 64.56 PASS AF=0.180328;AO=11;DP=62;FAO=11;FDP=61;FR=.;FRO=50;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=21;FSRR=29;FWDB=-0.0388066;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.8122;QD=4.2332;RBI=0.043455;REFB=-0.00613837;REVB=-0.0195547;RO=49;SAF=6;SAR=5;SRF=21;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143893;STB=0.601589;STBP=0.501;TYPE=snp;VARB=0.0327892;OID=.;OPOS=22707351;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:62:61:49:50:11:11:0.180328:5:6:21:28:5:6:21:29 chr22 22707361 . T C 54.11 PASS AF=0.163636;AO=9;DP=55;FAO=9;FDP=55;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0609342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.132;QD=3.93504;RBI=0.0679766;REFB=-0.000899779;REVB=-0.0301304;RO=46;SAF=6;SAR=3;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.304347;STB=0.705442;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00353279;OID=.;OPOS=22707361;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:55:55:46:46:9:9:0.163636:3:6:19:27:3:6:19:27 chr22 22707473 . C G 72.34 PASS AF=0.294118;AO=10;DP=34;FAO=10;FDP=34;FR=.;FRO=24;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=7;FWDB=0.0677879;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3807;QD=8.51104;RBI=0.0711104;REFB=0.00476811;REVB=0.0214822;RO=24;SAF=5;SAR=5;SRF=17;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.242502;STB=0.64679;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=-0.00534698;OID=.;OPOS=22707473;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:72:34:34:24:24:10:10:0.294118:5:5:17:7:5:5:17:7 chr22 22707557 . C G 48.89 PASS AF=0.307692;AO=6;DP=24;FAO=8;FDP=26;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0070545;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.8635;QD=7.52157;RBI=0.0365278;REFB=-0.0476841;REVB=0.0358401;RO=16;SAF=1;SAR=5;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.560302;STB=0.693987;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.0845284;OID=.;OPOS=22707557;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:24:26:16:18:6:8:0.307692:5:1:11:5:5:3:12:6 chr22 22707576 . T A 43.94 PASS AF=0.28;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=25;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=9;FSRR=9;FWDB=-0.0453727;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.936;QD=7.03075;RBI=0.0483124;REFB=-0.0199368;REVB=-0.0165952;RO=17;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0475485;STB=0.551576;STBP=0.76;TYPE=snp;VARB=0.0794321;OID=.;OPOS=22707576;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:24:25:17:18:7:7:0.28:4:3:8:9:4:3:9:9 chr22 22707608 . C A 44.79 PASS AF=0.291667;AO=7;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0117261;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=241.809;QD=7.46507;RBI=0.0118893;REFB=-0.00361606;REVB=0.00196337;RO=17;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160269;STB=0.599733;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00912029;OID=.;OPOS=22707608;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:24:24:17:17:7:7:0.291667:4:3:5:12:4:3:5:12 chr22 22707621 . G A 54.54 PASS AF=0.32;AO=7;DP=23;FAO=8;FDP=25;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=12;FWDB=-0.0151024;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.6182;QD=8.7267;RBI=0.0312776;REFB=-0.0273895;REVB=-0.0273899;RO=16;SAF=2;SAR=5;SRF=5;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0354434;STB=0.560295;STBP=0.723;TYPE=snp;VARB=0.0264821;OID=.;OPOS=22707621;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:23:25:16:17:7:8:0.32:5:2:5:11:5:3:5:12 chr22 22707696 . G C 35.83 PASS AF=0.25;AO=6;DP=23;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=15;FWDB=-0.0486782;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.957;QD=5.97237;RBI=0.050788;REFB=-0.00703288;REVB=-0.0144863;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.333477;STB=0.654748;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=0.0235108;OID=.;OPOS=22707696;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:23:24:17:18:6:6:0.25:4:2:2:15:4:2:3:15 chr22 22707713 . G T 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=16;FWDB=-0.0171533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.869;QD=5.95792;RBI=0.0173244;REFB=-0.00380833;REVB=-0.00242858;RO=18;SAF=2;SAR=4;SRF=2;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.350902;STB=0.713774;STBP=0.436;TYPE=snp;VARB=0.0109811;OID=.;OPOS=22707713;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:18:18:6:6:0.25:4:2:2:16:4:2:2:16 chr22 22712467 . T G 404.12 PASS AF=0.590909;AO=39;DP=65;FAO=39;FDP=66;FR=.;FRO=27;FSAF=29;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=13;FWDB=0.0493313;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.5781;QD=24.4921;RBI=0.0493454;REFB=-0.00967956;REVB=0.00118113;RO=26;SAF=29;SAR=10;SRF=14;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.17666;STB=0.607963;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00857503;OID=.;OPOS=22712467;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:26:27:39:39:0.590909:10:29:14:12:10:29:14:13 chr22 22724394 . T C 2311.6 PASS AF=0.986667;AO=146;DP=150;FAO=148;FDP=150;FR=.;FRO=2;FSAF=74;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0135643;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.551;QD=61.6427;RBI=0.0152412;REFB=0.0497983;REVB=0.00695008;RO=1;SAF=73;SAR=73;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0064704;STB=0.506666;STBP=0.241;TYPE=snp;VARB=-7.99037e-05;OID=.;OPOS=22724394;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:150:150:1:2:146:148:0.986667:73:73:0:1:74:74:0:2 chr22 22730359 . C T 255.7 PASS AF=0.414286;AO=29;DP=71;FAO=29;FDP=70;FR=.;FRO=41;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=26;FWDB=0.0538922;FXX=0.0540468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.3;QD=14.6114;RBI=0.0548296;REFB=-0.0268231;REVB=-0.0100952;RO=36;SAF=16;SAR=13;SRF=13;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.185334;STB=0.607523;STBP=0.148;TYPE=snp;VARB=0.0410398;OID=.;OPOS=22730359;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:36:41:29:29:0.414286:13:16:13:23:13:16:15:26 chr22 22730586 . T C 33.69 PASS AF=0.142857;AO=7;DP=43;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=14;FSRR=22;FWDB=-0.0527425;FXX=0.0232504;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.1459;QD=3.20902;RBI=0.0689487;REFB=-0.00252264;REVB=-0.0444088;RO=36;SAF=1;SAR=6;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.361153;STB=0.734406;STBP=0.271;TYPE=snp;VARB=0.00929712;OID=.;OPOS=22730586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:43:42:36:36:7:6:0.142857:6:1:14:22:5:1:14:22 chr22 22730595 . T A 67.8 PASS AF=0.2;AO=10;DP=50;FAO=10;FDP=50;FR=.;FRO=40;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=18;FSRR=22;FWDB=-0.01182;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3574;QD=5.42362;RBI=0.0263762;REFB=-0.00434558;REVB=0.0235795;RO=38;SAF=2;SAR=8;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.309954;STB=0.726777;STBP=0.149;TYPE=snp;VARB=0.0216976;OID=.;OPOS=22730595;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:50:50:38:40:10:10:0.2:8:2:16:22:8:2:18:22 chr22 22730619 . TC AT 98.45 PASS AF=0.241935;AO=14;DP=62;FAO=15;FDP=62;FR=.;FRO=47;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=26;FWDB=-0.0258411;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=2;MLLD=140.705;QD=6.35168;RBI=0.0259068;REFB=-0.00563637;REVB=0.00184455;RO=46;SAF=6;SAR=8;SRF=20;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00775191;STB=0.536375;STBP=0.736;TYPE=mnp;VARB=0.0245411;OID=.;OPOS=22730619;OREF=TC;OALT=AT;OMAPALT=AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:62:62:46:47:14:15:0.241935:8:6:20:26:9:6:21:26 chr22 22730634 . G A 175.14 PASS AF=0.328571;AO=23;DP=70;FAO=23;FDP=70;FR=.;FRO=47;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=29;FWDB=0.0302089;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.2309;QD=10.0079;RBI=0.0345229;REFB=0.00954274;REVB=0.0167109;RO=46;SAF=12;SAR=11;SRF=18;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148121;STB=0.592514;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=-0.0198485;OID=.;OPOS=22730634;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:46:47:23:23:0.328571:11:12:18:28:11:12:18:29 chr22 22730696 . C T 247.16 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=27;FWDB=0.0372832;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.1239;QD=11.4958;RBI=0.038718;REFB=-0.0177372;REVB=0.0104427;RO=56;SAF=14;SAR=16;SRF=29;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0576063;STB=0.533311;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=0.0531879;OID=.;OPOS=22730696;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:56:56:30:30:0.348837:16:14:29:27:16:14:29:27 chr22 22730702 . A G 248.02 PASS AF=0.344828;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=87;FR=.;FRO=57;FSAF=15;FSAR=15;FSRF=28;FSRR=29;FWDB=0.0309599;FXX=0.0113623;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.912;QD=11.403;RBI=0.0312271;REFB=0.00122875;REVB=-0.00407684;RO=54;SAF=15;SAR=15;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505743;STBP=0.969;TYPE=snp;VARB=-0.00186899;OID=.;OPOS=22730702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:87:54:57:30:30:0.344828:15:15:27:27:15:15:28:29 chr22 22730787 . GG AA 108.77 PASS AF=0.262295;AO=16;DP=61;FAO=16;FDP=61;FR=.;FRO=45;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=24;FSRR=21;FWDB=-0.00616803;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=99.764;QD=7.13214;RBI=0.00629936;REFB=0.00101132;REVB=-0.00127958;RO=45;SAF=9;SAR=7;SRF=24;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0355142;STB=0.521712;STBP=0.842;TYPE=mnp;VARB=-0.0029935;OID=.;OPOS=22730787;OREF=GG;OALT=AA;OMAPALT=AA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:45:45:16:16:0.262295:7:9:24:21:7:9:24:21 chr22 22730799 . GA CC 97.13 PASS AF=0.254545;AO=14;DP=56;FAO=14;FDP=55;FR=.;FRO=41;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0176523;FXX=0.0517152;HRUN=3;LEN=2;MLLD=150.873;QD=7.06396;RBI=0.0179802;REFB=0.000876248;REVB=-0.0034182;RO=38;SAF=8;SAR=6;SRF=21;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0227727;STB=0.510623;STBP=0.937;TYPE=mnp;VARB=-0.00322355;OID=.;OPOS=22730799;OREF=GA;OALT=CC;OMAPALT=CC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:56:55:38:41:14:14:0.254545:6:8:21:17:6:8:24:17 chr22 22730829 . G A 80.01 PASS AF=0.25;AO=11;DP=44;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=14;FWDB=0.018264;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.7769;QD=7.27364;RBI=0.0222436;REFB=0.00878536;REVB=-0.0126966;RO=33;SAF=6;SAR=5;SRF=19;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0367502;STB=0.522971;STBP=0.894;TYPE=snp;VARB=-0.0254969;OID=.;OPOS=22730829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:44:44:33:33:11:11:0.25:5:6:19:14:5:6:19:14 chr22 22730851 . ATG GCC 37.29 PASS AF=0.206897;AO=4;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.00278661;FXX=0.0644953;HRUN=1;LEN=3;MLLD=244.677;QD=5.14376;RBI=0.00376579;REFB=-0.00749402;REVB=0.00253298;RO=22;SAF=2;SAR=2;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.650654;STBP=0.442;TYPE=mnp;VARB=0.0348634;OID=.;OPOS=22730851;OREF=ATG;OALT=GCC;OMAPALT=GCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:29:29:22:23:4:6:0.206897:2:2:11:11:4:2:12:11 chr22 22782150 . G A 252.9 PASS AF=0.509434;AO=26;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=10;FSAR=17;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0114319;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.84;QD=19.0864;RBI=0.0216583;REFB=-0.0114751;REVB=-0.0183955;RO=26;SAF=10;SAR=16;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.17285;STB=0.60276;STBP=0.152;TYPE=snp;VARB=0.0138744;OID=.;OPOS=22782150;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:26:27:0.509434:16:10:15:11:17:10:15:11 chr22 22786392 . G T 201.41 PASS AF=0.413793;AO=24;DP=58;FAO=24;FDP=58;FR=.;FRO=34;FSAF=13;FSAR=11;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.0205196;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=49.1082;QD=13.8903;RBI=0.0523088;REFB=0.0143157;REVB=0.0481161;RO=34;SAF=13;SAR=11;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177524;STB=0.510136;STBP=0.927;TYPE=snp;VARB=-0.0188819;OID=.;OPOS=22786392;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:34:34:24:24:0.413793:11:13:19:15:11:13:19:15 chr22 22842206 . T C 257.73 PASS AF=0.519231;AO=27;DP=52;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=16;FWDB=0.0106537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.6688;QD=19.8256;RBI=0.0414697;REFB=-0.00737945;REVB=0.0400779;RO=25;SAF=9;SAR=18;SRF=9;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0255524;STB=0.514275;STBP=0.849;TYPE=snp;VARB=0.00639718;OID=.;OPOS=22842206;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:25:25:27:27:0.519231:18:9:9:16:18:9:9:16 chr22 22842957 . T G 676.2 PASS AF=0.575221;AO=65;DP=112;FAO=65;FDP=113;FR=.;FRO=48;FSAF=19;FSAR=46;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=0.00376905;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=188.704;QD=23.9363;RBI=0.0106488;REFB=-0.00603434;REVB=-0.00995946;RO=44;SAF=19;SAR=46;SRF=18;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0996445;STB=0.560606;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.00548865;OID=.;OPOS=22842957;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:44:48:65:65:0.575221:46:19:18:26:46:19:20:28 chr22 22843118 . C T 265.26 PASS AF=0.441176;AO=30;DP=68;FAO=30;FDP=68;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=21;FSRF=16;FSRR=22;FWDB=-0.00663478;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.184;QD=15.6036;RBI=0.00867661;REFB=-0.0177635;REVB=-0.00559136;RO=38;SAF=9;SAR=21;SRF=16;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13331;STB=0.575605;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0176638;OID=.;OPOS=22843118;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:38:38:30:30:0.441176:21:9:16:22:21:9:16:22 chr22 22899234 . A G 168.68 PASS AF=0.428571;AO=18;DP=42;FAO=18;FDP=42;FR=.;FRO=24;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.00191139;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.633;QD=16.0648;RBI=0.00857277;REFB=-0.00711814;REVB=-0.00835697;RO=24;SAF=9;SAR=9;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0829087;STB=0.547567;STBP=0.597;TYPE=snp;VARB=0.0124537;OID=.;OPOS=22899234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:24:24:18:18:0.428571:9:9:14:10:9:9:14:10 chr22 22989256 . A G 130.66 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0721721;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.733;QD=43.5524;RBI=0.0725018;REFB=0;REVB=0.00690669;RO=0;SAF=3;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000556835;OID=.;OPOS=22989256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:8:3:0:0:8:4:0:0 chr22 22989520 . G T 192.91 PASS AF=0.410714;AO=23;DP=56;FAO=23;FDP=56;FR=.;FRO=33;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=21;FSRR=12;FWDB=0.0271949;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.26;QD=13.7796;RBI=0.0702529;REFB=0.0183274;REVB=0.0647758;RO=33;SAF=16;SAR=7;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.069551;STB=0.539929;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=-0.0167377;OID=.;OPOS=22989520;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:33:33:23:23:0.410714:7:16:21:12:7:16:21:12 chr22 22989622 . T C 45.06 PASS AF=0.163265;AO=9;DP=49;FAO=8;FDP=49;FR=.;FRO=41;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.13548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.9083;QD=3.67859;RBI=0.13607;REFB=-0.00607889;REVB=0.0126601;RO=39;SAF=5;SAR=4;SRF=19;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0834854;STB=0.510179;STBP=0.932;TYPE=snp;VARB=0.00930793;OID=.;OPOS=22989622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:49:49:39:41:9:8:0.163265:4:5:19:20:4:4:21:20 chr22 23029263 . T C 979.44 PASS AF=0.971429;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=32;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0509284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5977;QD=55.968;RBI=0.0557651;REFB=0.0409476;REVB=-0.0227167;RO=2;SAF=32;SAR=36;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00159292;STB=0.500843;STBP=0.877;TYPE=snp;VARB=-0.0177429;OID=.;OPOS=23029263;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:68:68:0.971429:36:32:1:1:36:32:1:1 chr22 23029698 . T C 617.53 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00722634;FXX=0.0243843;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.752;QD=61.7528;RBI=0.033532;REFB=0;REVB=0.0327441;RO=0;SAF=14;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166805;OID=.;OPOS=23029698;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:40:0:0:40:40:1:26:14:0:0:26:14:0:0 chr22 23047069 . C A 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=-0.0238036;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.996;QD=14.7015;RBI=0.0265828;REFB=0.00616246;REVB=0.0118336;RO=14;SAF=4;SAR=8;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.28665;STB=0.649747;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=-0.00891547;OID=.;OPOS=23047069;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:15:12:12:0.444444:8:4:9:5:8:4:9:6 chr22 23047104 . G A 95.71 PASS AF=0.342105;AO=12;DP=37;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=0.0310519;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=31.6339;QD=10.0742;RBI=0.0350614;REFB=-0.0159459;REVB=0.0162813;RO=22;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.234759;STB=0.663788;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.0320901;OID=.;OPOS=23047104;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:37:38:22:25:12:13:0.342105:7:5:14:8:8:5:16:9 chr22 23047144 . C T 222.88 PASS AF=0.468085;AO=22;DP=44;FAO=22;FDP=47;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=8;FWDB=-0.0201935;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=103.931;QD=18.9685;RBI=0.0347236;REFB=-0.0539091;REVB=0.028248;RO=21;SAF=11;SAR=11;SRF=16;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.229077;STB=0.595661;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0288;OID=.;OPOS=23047144;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:21:25:22:22:0.468085:11:11:16:5:11:11:17:8 chr22 23047146 . CCT TAC 225.57 PASS AF=0.478261;AO=22;DP=47;FAO=22;FDP=46;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=15;FSRR=9;FWDB=-0.00715707;FXX=0.0212721;HRUN=4;LEN=3;MLLD=239.991;QD=19.6151;RBI=0.0131173;REFB=-0.0105678;REVB=-0.0109927;RO=24;SAF=11;SAR=11;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115537;STB=0.565159;STBP=0.424;TYPE=mnp;VARB=0.0187359;OID=.;OPOS=23047146;OREF=CCT;OALT=TAC;OMAPALT=TAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:24:24:22:22:0.478261:11:11:15:9:11:11:15:9 chr22 23047290 . G A 676.22 PASS AF=0.977778;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=45;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00786337;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=47.1213;QD=60.1083;RBI=0.0623414;REFB=-0.110234;REVB=0.0618435;RO=1;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184224;STB=0.509799;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00375802;OID=.;OPOS=23047290;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:45:45:1:1:44:44:0.977778:25:19:0:1:25:19:0:1 chr22 23054916 . G T 123.98 PASS AF=0.482759;AO=14;DP=29;FAO=14;FDP=29;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00761691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.215;QD=17.1001;RBI=0.0234214;REFB=-0.0149773;REVB=0.0221483;RO=15;SAF=9;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0235334;STB=0.513494;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0140506;OID=.;OPOS=23054916;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:15:15:14:14:0.482759:5:9:10:5:5:9:10:5 chr22 23055421 . G A 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00896676;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.227;QD=61.684;RBI=0.0198426;REFB=0;REVB=0.017701;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.61905e-05;OID=.;OPOS=23055421;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:20:21:0:0:20:21:0:0 chr22 23055440 . C A 727.83 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.062666;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.09;QD=63.2897;RBI=0.0655889;REFB=0;REVB=0.0193617;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000254941;OID=.;OPOS=23055440;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:21:22:0:0:23:23:0:0 chr22 23055533 . G A 1587.71 PASS AF=1;AO=98;DP=98;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00460212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.437;QD=64.1501;RBI=0.0248207;REFB=0;REVB=0.0243903;RO=0;SAF=53;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.74818e-05;OID=.;OPOS=23055533;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:98:99:0:0:98:99:1:45:53:0:0:46:53:0:0 chr22 23055539 . G T 1620.96 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=108;FDP=108;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=53;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0553801;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.1204;QD=60.0354;RBI=0.0554463;REFB=0;REVB=-0.00270757;RO=0;SAF=53;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00032185;OID=.;OPOS=23055539;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:108:0:0:106:108:1:53:53:0:0:53:55:0:0 chr22 23063178 . C T 284.81 PASS AF=0.557692;AO=28;DP=52;FAO=29;FDP=52;FR=.;FRO=23;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0677526;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.8537;QD=21.9082;RBI=0.0989617;REFB=-0.0492766;REVB=0.0721319;RO=24;SAF=15;SAR=13;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398445;STB=0.506036;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.043446;OID=.;OPOS=23063178;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:52:24:23:28:29:0.557692:13:15:14:10:13:16:13:10 chr22 23077555 . T C 632.21 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0197305;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.701;QD=61.6793;RBI=0.0584431;REFB=0;REVB=0.0550118;RO=0;SAF=16;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.1719e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000124645;OID=.;OPOS=23077555;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:25:16:0:0:25:16:0:0 chr22 23089941 . ACT A 85.67 PASS AF=0.26087;AO=11;DP=44;FAO=12;FDP=46;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0608119;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=2;MLLD=218.583;QD=7.44998;RBI=0.0618432;REFB=-0.00338745;REVB=-0.0112468;RO=30;SAF=1;SAR=10;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.497214;STB=0.745152;STBP=0.071;TYPE=del;VARB=0.00607993;OID=.;OPOS=23089942;OREF=CT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.26087:11:44:12:46:34:2:10:15:19:85:30:1:10:12:18 chr22 23101216 . A G 160.43 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0156421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.373;QD=45.8382;RBI=0.0477474;REFB=0;REVB=0.0451125;RO=0;SAF=4;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000260371;OID=.;OPOS=23101216;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:9:4:0:0:10:4:0:0 chr22 23101221 . A G 145.35 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.03353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.452;QD=44.7235;RBI=0.055188;REFB=0;REVB=0.0438343;RO=0;SAF=3;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000741324;OID=.;OPOS=23101221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:9:3:0:0:9:4:0:0 chr22 23101280 . C T 295.28 PASS AF=1;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152809;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.206;QD=53.6874;RBI=0.0468855;REFB=0;REVB=0.0443254;RO=0;SAF=9;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.2029e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00430741;OID=.;OPOS=23101280;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:22:0:0:22:22:1:13:9:0:0:13:9:0:0 chr22 23101301 . A G 336.8 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191172;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.321;QD=53.8873;RBI=0.0317278;REFB=0;REVB=0.0253217;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.94475e-05;OID=.;OPOS=23101301;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:25:0:0:24:25:1:13:11:0:0:14:11:0:0 chr22 23101523 . G A 480.54 PASS AF=0.560976;AO=45;DP=82;FAO=46;FDP=82;FR=.;FRO=36;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.00694697;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.512;QD=23.4412;RBI=0.0180154;REFB=-0.0286769;REVB=0.0166221;RO=36;SAF=15;SAR=30;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143189;STB=0.570438;STBP=0.156;TYPE=snp;VARB=0.0211501;OID=.;OPOS=23101523;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:36:36:45:46:0.560976:30:15:18:18:30:16:18:18 chr22 23101559 . G T 1330.99 PASS AF=0.977528;AO=87;DP=89;FAO=87;FDP=89;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.023362;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.186;QD=59.8198;RBI=0.0239053;REFB=-0.150473;REVB=-0.0050676;RO=2;SAF=30;SAR=57;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0305383;STB=0.516125;STBP=0.068;TYPE=snp;VARB=0.00154365;OID=.;OPOS=23101559;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:89:2:2:87:87:0.977528:57:30:2:0:57:30:2:0 chr22 23101568 . T G 372.63 PASS AF=0.464286;AO=38;DP=83;FAO=39;FDP=84;FR=.;FRO=45;FSAF=15;FSAR=24;FSRF=16;FSRR=29;FWDB=-0.0121276;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.988;QD=17.7441;RBI=0.0208121;REFB=-0.0010469;REVB=-0.0169134;RO=44;SAF=14;SAR=24;SRF=16;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00493655;STB=0.516561;STBP=0.799;TYPE=snp;VARB=0.00134521;OID=.;OPOS=23101568;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:84:44:45:38:39:0.464286:24:14:16:28:24:15:16:29 chr22 23101698 . C T 286.5 PASS AF=0.553191;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=47;FR=.;FRO=21;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.0203834;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=240.548;QD=24.3828;RBI=0.0228487;REFB=-0.0190488;REVB=0.0103239;RO=21;SAF=10;SAR=16;SRF=10;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0760601;STB=0.54234;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.0147748;OID=.;OPOS=23101698;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:21:21:26:26:0.553191:16:10:10:11:16:10:10:11 chr22 23114327 . T C 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0471964;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.5606;QD=50.4131;RBI=0.0479426;REFB=0;REVB=0.0084258;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000890653;OID=.;OPOS=23114327;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chr22 23114350 . A G 160.39 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.120935;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1189;QD=45.827;RBI=0.124857;REFB=0;REVB=-0.0310466;RO=0;SAF=2;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00243296;OID=.;OPOS=23114350;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:11:2:0:0:11:3:0:0 chr22 23114993 . G A 334.12 PASS AF=0.45;AO=36;DP=80;FAO=36;FDP=80;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=29;FSRR=15;FWDB=-0.0346548;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.824;QD=16.7061;RBI=0.0376485;REFB=-0.0105317;REVB=-0.0147123;RO=43;SAF=13;SAR=23;SRF=28;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.278795;STB=0.661555;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=0.023741;OID=.;OPOS=23114993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:43:44:36:36:0.45:23:13:28:15:23:13:29:15 chr22 23161646 . A G 215.77 PASS AF=0.606061;AO=19;DP=33;FAO=20;FDP=33;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.00410425;FXX=0.0571265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=214.988;QD=26.1536;RBI=0.00416505;REFB=-0.0221533;REVB=0.000709066;RO=13;SAF=9;SAR=10;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.122196;STB=0.575683;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0149223;OID=.;OPOS=23161646;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:33:13:13:19:20:0.606061:10:9:4:9:10:10:4:9 chr22 23241705 . GC AC,GA 201.64 PASS AF=0.588235,0.411765;AO=10,2;DP=17;FAO=10,7;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=5,7;FSAR=5,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0389148,0.0571616;FXX=0;HRUN=3,2;LEN=1,1;MLLD=34.2341,19.8561;QD=47.445;RBI=0.0455313,0.0641095;REFB=0,0;REVB=0.0236376,0.0290272;RO=0;SAF=5,2;SAR=5,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0247014,0.0351164;OID=.,.;OPOS=23241705,23241706;OREF=G,C;OALT=A,A;OMAPALT=AC,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:45:17:17:0:0:10,2:10,7:0.588235,0.411765:5,0:5,2:0:0:5,0:5,7:0:0 chr22 23241752 . CT CTA,TA 331.33 PASS AF=0.961538,0.0384615;AO=16,3;DP=27;FAO=25,1;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15,0;FSAR=10,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.011801,0.00664493;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,2;MLLD=125.916,117.249;QD=50.9732;RBI=0.0486112,0.0212773;REFB=0,0;REVB=0.0471571,-0.0202131;RO=6;SAF=13,0;SAR=3,3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.212179,-0.672276;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,mnp;VARB=0.000342386,-0.106096;OID=.,.;OPOS=23241754,23241752;OREF=-,CT;OALT=A,TA;OMAPALT=CTA,TA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:27:26:6:0:16,3:25,1:0.961538,0.0384615:3,3:13,0:3:3:10,1:15,0:0:0 chr22 23241754 . G A 32.56 PASS AF=0.206897;AO=5;DP=29;FAO=6;FDP=29;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.00125499;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.4137;QD=4.4917;RBI=0.015627;REFB=0.0170429;REVB=0.0155766;RO=24;SAF=2;SAR=3;SRF=15;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.258404;STB=0.7384;STBP=0.223;TYPE=snp;VARB=-0.0138361;OID=.;OPOS=23241754;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:29:29:24:23:5:6:0.206897:3:2:15:9:4:2:15:8 chr22 23247082 . C G 1139.55 PASS AF=0.633136;AO=102;DP=164;FAO=107;FDP=169;FR=.;FRO=62;FSAF=69;FSAR=38;FSRF=40;FSRR=22;FWDB=-0.00903864;FXX=0.0116952;HRUN=4;LEN=1;MLLD=39.0401;QD=26.9716;RBI=0.0196983;REFB=-0.0154795;REVB=0.0175022;RO=62;SAF=65;SAR=37;SRF=40;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00599167;STB=0.500121;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0119946;OID=.;OPOS=23247082;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:164:169:62:62:102:107:0.633136:37:65:40:22:38:69:40:22 chr22 23248758 . G A 69.81 PASS AF=0.529412;AO=8;DP=16;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.00220674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=227.596;QD=16.4265;RBI=0.00495804;REFB=-0.0229554;REVB=0.00443988;RO=8;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.15636;STB=0.571284;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0208829;OID=.;OPOS=23248758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:16:17:8:8:8:9:0.529412:6:2:1:7:7:2:1:7 chr22 23256464 . G C 927.19 PASS AF=1;AO=64;DP=65;FAO=65;FDP=65;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0172196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.39;QD=57.0577;RBI=0.0177005;REFB=-0.105072;REVB=0.00409766;RO=1;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113822;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00433269;OID=.;OPOS=23256464;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:65:65:1:0:64:65:1:41:23:0:1:42:23:0:0 chr22 23263602 . C T 760.16 PASS AF=1;AO=34;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226015;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=109.3;QD=50.677;RBI=0.121936;REFB=0;REVB=0.119823;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00375447;OID=.;OPOS=23263602;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:34:60:1:12:22:0:0:38:22:0:0 chr22 23438191 . C T 83.08 PASS AF=0.314286;AO=11;DP=35;FAO=11;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=13;FSRR=11;FWDB=0.0124317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.352;QD=9.49476;RBI=0.0232174;REFB=-0.00872086;REVB=-0.0196087;RO=24;SAF=7;SAR=4;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110746;STB=0.567442;STBP=0.665;TYPE=snp;VARB=0.0214154;OID=.;OPOS=23438191;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:35:35:24:24:11:11:0.314286:4:7:13:11:4:7:13:11 chr22 23474972 . A G 322.03 PASS AF=0.5;AO=34;DP=68;FAO=34;FDP=68;FR=.;FRO=34;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=13;FWDB=-0.0294039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.6698;QD=18.9428;RBI=0.0355681;REFB=0.0134144;REVB=0.0200125;RO=33;SAF=22;SAR=12;SRF=21;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0103217;STB=0.515938;STBP=0.804;TYPE=snp;VARB=-0.0155327;OID=.;OPOS=23474972;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:68:33:34:34:34:0.5:12:22:21:12:12:22:21:13 chr22 23482460 . A G 372.31 PASS AF=0.46988;AO=39;DP=83;FAO=39;FDP=83;FR=.;FRO=44;FSAF=21;FSAR=18;FSRF=28;FSRR=16;FWDB=0.0213382;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.9486;QD=17.9428;RBI=0.0217069;REFB=-0.011377;REVB=0.00398379;RO=43;SAF=21;SAR=18;SRF=27;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0852977;STB=0.552605;STBP=0.404;TYPE=snp;VARB=0.0155414;OID=.;OPOS=23482460;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:43:44:39:39:0.46988:18:21:27:16:18:21:28:16 chr22 23498329 . CA TG 43.02 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=37;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0087411;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=2;MLLD=195.865;QD=4.78051;RBI=0.0264902;REFB=-0.0016554;REVB=-0.0250065;RO=29;SAF=6;SAR=1;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.580753;STB=0.881354;STBP=0.05;TYPE=mnp;VARB=0.0213921;OID=.;OPOS=23498329;OREF=CA;OALT=TG;OMAPALT=TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:37:36:29:29:7:7:0.194444:1:6:10:19:1:6:10:19 chr22 23498334 . C A 36.54 PASS AF=0.194444;AO=7;DP=36;FAO=7;FDP=36;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=1;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=-0.0031558;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.4646;QD=4.06005;RBI=0.0157525;REFB=-0.0101762;REVB=-0.0154331;RO=28;SAF=6;SAR=1;SRF=9;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.597468;STB=0.881354;STBP=0.05;TYPE=snp;VARB=0.0638328;OID=.;OPOS=23498334;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:36:36:28:29:7:7:0.194444:1:6:9:19:1:6:10:19 chr22 23503121 . G A 77.93 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=22;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-5.65203e-05;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.407;QD=14.1699;RBI=0.0278907;REFB=-0.0162336;REVB=0.0278907;RO=12;SAF=6;SAR=4;SRF=5;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170018;STB=0.5998;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0152059;OID=.;OPOS=23503121;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:22:22:12:12:10:10:0.454545:4:6:5:7:4:6:5:7 chr22 23503170 . A G 67.42 PASS AF=0.45;AO=9;DP=20;FAO=9;FDP=20;FR=.;FRO=11;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=6;FWDB=-0.011972;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.28;QD=13.4839;RBI=0.03426;REFB=-0.0121;REVB=-0.0321002;RO=11;SAF=2;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.255081;STB=0.652961;STBP=0.25;TYPE=snp;VARB=0.0230406;OID=.;OPOS=23503170;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:20:20:11:11:9:9:0.45:7:2:5:6:7:2:5:6 chr22 23503205 . G C 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=0.051116;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=263.821;QD=11.9536;RBI=0.0514959;REFB=-0.0030621;REVB=0.00624397;RO=11;SAF=4;SAR=4;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.131886;STB=0.578755;STBP=0.632;TYPE=snp;VARB=0.00347329;OID=.;OPOS=23503205;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:4:4:4:7:4:4:4:7 chr22 23504862 . C T 95.54 PASS AF=0.588235;AO=8;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=5;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.04867;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=247.932;QD=22.4804;RBI=0.0528862;REFB=-0.0468666;REVB=0.0206926;RO=5;SAF=7;SAR=1;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.528386;STB=0.726776;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0293705;OID=.;OPOS=23504862;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:17:17:5:5:8:10:0.588235:1:7:1:4:2:8:1:4 chr22 23504916 . G A 197.44 PASS AF=0.454545;AO=20;DP=44;FAO=20;FDP=44;FR=.;FRO=24;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=12;FWDB=-0.00162244;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.258;QD=17.9487;RBI=0.0235261;REFB=-0.00282456;REVB=-0.02347;RO=24;SAF=11;SAR=9;SRF=12;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.048064;STB=0.52737;STBP=0.718;TYPE=snp;VARB=0.00405474;OID=.;OPOS=23504916;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:24:24:20:20:0.454545:9:11:12:12:9:11:12:12 chr22 23504959 . C T 257.29 PASS AF=0.519231;AO=26;DP=51;FAO=27;FDP=52;FR=.;FRO=25;FSAF=17;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=15;FWDB=0.00569856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.661;QD=19.7916;RBI=0.0336697;REFB=-0.0247052;REVB=0.0331839;RO=25;SAF=16;SAR=10;SRF=10;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.189334;STB=0.611427;STBP=0.107;TYPE=snp;VARB=0.0137349;OID=.;OPOS=23504959;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:25:25:26:27:0.519231:10:16:10:15:10:17:10:15 chr22 23513128 . C G 531.48 PASS AF=0.514019;AO=55;DP=107;FAO=55;FDP=107;FR=.;FRO=52;FSAF=26;FSAR=29;FSRF=26;FSRR=26;FWDB=0.0140315;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.626;QD=19.8685;RBI=0.0152376;REFB=-0.0133584;REVB=-0.00594129;RO=52;SAF=26;SAR=29;SRF=26;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240633;STB=0.513269;STBP=0.822;TYPE=snp;VARB=0.00779341;OID=.;OPOS=23513128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:107:107:52:52:55:55:0.514019:29:26:26:26:29:26:26:26 chr22 23513523 . A C 306.31 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020701;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.3616;QD=53.2715;RBI=0.0311053;REFB=0;REVB=0.0232166;RO=0;SAF=15;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.63757e-05;OID=.;OPOS=23513523;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:8:15:0:0:8:15:0:0 chr22 23523630 . C A 128.05 PASS AF=0.56;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=1;FWDB=-0.0216563;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.222;QD=20.4877;RBI=0.0217501;REFB=-0.0206473;REVB=0.00201742;RO=10;SAF=9;SAR=5;SRF=9;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223974;STB=0.637415;STBP=0.207;TYPE=snp;VARB=0.0550279;OID=.;OPOS=23523630;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:87:24:25:10:11:14:14:0.56:5:9:9:1:5:9:10:1 chr22 23541488 . C T 240.5 PASS AF=0.511111;AO=23;DP=45;FAO=23;FDP=45;FR=.;FRO=22;FSAF=13;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=0.00744392;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.622;QD=21.3774;RBI=0.034475;REFB=-0.000269439;REVB=0.0336617;RO=22;SAF=13;SAR=10;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.190287;STB=0.605975;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.000341612;OID=.;OPOS=23541488;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:22:22:23:23:0.511111:10:13:17:5:10:13:17:5 chr22 23585132 . A G 182.95 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=42;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=11;FWDB=-0.0127299;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.066;QD=17.4241;RBI=0.0134651;REFB=-0.0136469;REVB=0.00438851;RO=23;SAF=8;SAR=11;SRF=12;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0972164;STB=0.555497;STBP=0.498;TYPE=snp;VARB=0.0149516;OID=.;OPOS=23585132;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:23:23:19:19:0.452381:11:8:12:11:11:8:12:11 chr22 23627369 . A G 753.39 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0403897;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=163.765;QD=61.5014;RBI=0.0503155;REFB=-0.0316922;REVB=0.0300053;RO=0;SAF=19;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508471;STBP=0.536;TYPE=snp;VARB=0.000466696;OID=.;OPOS=23627369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:0:1:48:48:0.979592:29:19:0:0:29:19:0:1 chr22 23962744 . T TTTC 112.18 PASS AF=0.382353;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=34;FR=.;FRO=21;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=11;FWDB=0.00765025;FXX=0.105235;HRUN=3;LEN=3;MLLD=263.825;QD=13.1977;RBI=0.0174618;REFB=-0.000839012;REVB=0.0156968;RO=23;SAF=8;SAR=5;SRF=10;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.194513;STB=0.58702;STBP=0.454;TYPE=ins;VARB=0.00165296;OID=.;OPOS=23962745;OREF=-;OALT=TTC;OMAPALT=TTTC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.382353:13:38:13:34:21:8:5:10:11:99:23:8:5:10:13 chr22 24034288 . A G 125.42 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=43;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00575301;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.8213;QD=11.1488;RBI=0.0229655;REFB=-0.00899555;REVB=0.0222332;RO=27;SAF=9;SAR=6;SRF=17;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0339452;STB=0.522905;STBP=0.825;TYPE=snp;VARB=0.0118914;OID=.;OPOS=24034288;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:45:27:30:15:15:0.333333:6:9:17:10:6:9:17:13 chr22 24035970 . C T 289.89 PASS AF=0.565217;AO=26;DP=47;FAO=26;FDP=46;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=9;FWDB=0.0248558;FXX=0.0212721;HRUN=2;LEN=1;MLLD=155.775;QD=25.2081;RBI=0.0362097;REFB=-0.0358023;REVB=-0.0263311;RO=19;SAF=14;SAR=12;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00929348;STB=0.505047;STBP=0.95;TYPE=snp;VARB=0.0274718;OID=.;OPOS=24035970;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:46:19:20:26:26:0.565217:12:14:10:9:12:14:11:9 chr22 24038847 . T C 74.79 PASS AF=0.384615;AO=8;DP=25;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0131224;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.8544;QD=11.5062;RBI=0.0980736;REFB=-0.0102127;REVB=0.0971918;RO=17;SAF=5;SAR=3;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232376;STB=0.538385;STBP=0.779;TYPE=snp;VARB=0.0611565;OID=.;OPOS=24038847;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:25:26:17:16:8:10:0.384615:3:5:7:10:5:5:7:9 chr22 24086107 . A G 141.86 PASS AF=0.333333;AO=17;DP=50;FAO=17;FDP=51;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=17;FSRR=17;FWDB=-0.0116964;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=133.504;QD=11.126;RBI=0.0242302;REFB=-0.01519;REVB=-0.0212202;RO=33;SAF=8;SAR=9;SRF=17;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0498251;STB=0.519607;STBP=0.823;TYPE=snp;VARB=0.0345281;OID=.;OPOS=24086107;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:51:33:34:17:17:0.333333:9:8:17:16:9:8:17:17 chr22 24108412 . G A 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.00856733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.54;QD=12.0156;RBI=0.013447;REFB=-0.0303158;REVB=0.0103645;RO=7;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.303121;STB=0.688929;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0238201;OID=.;OPOS=24108412;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:7:7:6:6:0.461538:5:1:3:4:5:1:3:4 chr22 24143502 . C G 317.46 PASS AF=0.892857;AO=25;DP=28;FAO=25;FDP=28;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0899606;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=191.434;QD=45.3513;RBI=0.091225;REFB=-0.0350549;REVB=0.0151353;RO=2;SAF=11;SAR=14;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00834051;STB=0.524476;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.000723138;OID=.;OPOS=24143502;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:28:28:2:3:25:25:0.892857:14:11:1:1:14:11:2:1 chr22 24158899 . C A 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0167882;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=111.3;QD=58.142;RBI=0.0171692;REFB=0;REVB=0.003597;RO=0;SAF=12;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000150418;OID=.;OPOS=24158899;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:20:12:0:0:20:12:0:0 chr22 24180581 . G C 68.88 PASS AF=0.5;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=18;FR=.;FRO=9;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=0.0334365;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.2454;QD=15.3069;RBI=0.0717298;REFB=-0.0473839;REVB=0.0634599;RO=9;SAF=1;SAR=8;SRF=2;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.192123;STB=0.615087;STBP=0.538;TYPE=snp;VARB=0.0509015;OID=.;OPOS=24180581;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:18:18:9:9:9:9:0.5:8:1:2:7:8:1:2:7 chr22 24459438 . T C 1578.15 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0701342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.423;QD=63.7638;RBI=0.072339;REFB=0;REVB=0.0177236;RO=0;SAF=44;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000953789;OID=.;OPOS=24459438;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:99:0:0:92:99:1:48:44:0:0:54:45:0:0 chr22 24579049 . G A 92.15 PASS AF=0.237288;AO=14;DP=59;FAO=14;FDP=59;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=32;FSRR=13;FWDB=-0.0481072;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.414;QD=6.24716;RBI=0.049684;REFB=-0.0152524;REVB=0.0124179;RO=45;SAF=7;SAR=7;SRF=32;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.26331;STB=0.660811;STBP=0.212;TYPE=snp;VARB=0.0243545;OID=.;OPOS=24579049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:59:59:45:45:14:14:0.237288:7:7:32:13:7:7:32:13 chr22 24579157 . GA TC 97.85 PASS AF=0.210526;AO=16;DP=76;FAO=16;FDP=76;FR=.;FRO=60;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=40;FSRR=20;FWDB=-0.0104646;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=256.468;QD=5.15004;RBI=0.0182475;REFB=-0.00746588;REVB=-0.0149487;RO=60;SAF=5;SAR=11;SRF=40;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.421601;STB=0.761243;STBP=0.031;TYPE=mnp;VARB=0.0445597;OID=.;OPOS=24579157;OREF=GA;OALT=TC;OMAPALT=TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:97:76:76:60:60:16:16:0.210526:11:5:40:20:11:5:40:20 chr22 24717518 . G A 94.56 PASS AF=0.611111;AO=11;DP=18;FAO=11;FDP=18;FR=.;FRO=7;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=-0.0141401;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.497;QD=21.0135;RBI=0.0933421;REFB=0.0150635;REVB=-0.0922649;RO=7;SAF=8;SAR=3;SRF=3;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.224559;STB=0.628965;STBP=0.201;TYPE=snp;VARB=-0.00426736;OID=.;OPOS=24717518;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:7:7:11:11:0.611111:3:8:3:4:3:8:3:4 chr22 24717850 . A G 403.42 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00538232;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.521;QD=55.6445;RBI=0.0293539;REFB=0;REVB=0.0288562;RO=0;SAF=14;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00158008;OID=.;OPOS=24717850;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:14:14:0:0:15:14:0:0 chr22 24761467 . G A 423.41 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0299109;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.473;QD=56.454;RBI=0.0445922;REFB=0;REVB=0.0330727;RO=0;SAF=20;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243069;OID=.;OPOS=24761467;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:9:20:0:0:10:20:0:0 chr22 24811667 . G A 45.93 PASS AF=0.368421;AO=7;DP=19;FAO=7;FDP=19;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=4;FWDB=0.0116643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.777;QD=9.6697;RBI=0.0166901;REFB=-0.011271;REVB=0.0119374;RO=12;SAF=3;SAR=4;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.240999;STB=0.646658;STBP=0.356;TYPE=snp;VARB=0.0365456;OID=.;OPOS=24811667;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:19:19:12:12:7:7:0.368421:4:3:8:4:4:3:8:4 chr22 24837301 . T C 555.74 PASS AF=0.413793;AO=59;DP=145;FAO=60;FDP=145;FR=.;FRO=85;FSAF=29;FSAR=31;FSRF=38;FSRR=47;FWDB=-0.0152677;FXX=0.00684885;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.69;QD=15.3308;RBI=0.0169504;REFB=-0.00811878;REVB=-0.00736297;RO=82;SAF=28;SAR=31;SRF=35;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0497781;STB=0.521311;STBP=0.678;TYPE=snp;VARB=0.0110608;OID=.;OPOS=24837301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:145:145:82:85:59:60:0.413793:31:28:35:47:31:29:38:47 chr22 24898310 . C T 197.78 PASS AF=0.425926;AO=23;DP=54;FAO=23;FDP=54;FR=.;FRO=31;FSAF=8;FSAR=15;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=0.0242046;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.7116;QD=14.6502;RBI=0.0245439;REFB=-0.00590586;REVB=0.00406712;RO=31;SAF=8;SAR=15;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.110308;STB=0.563084;STBP=0.443;TYPE=snp;VARB=0.0130485;OID=.;OPOS=24898310;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:31:31:23:23:0.425926:15:8:14:17:15:8:14:17 chr22 24964128 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0307443;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.098;QD=55.0982;RBI=0.0348806;REFB=0;REVB=-0.0164757;RO=0;SAF=13;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000276941;OID=.;OPOS=24964128;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:13:13:0:0:13:13:0:0 chr22 25003922 . G A 90.98 PASS AF=0.229508;AO=14;DP=60;FAO=14;FDP=61;FR=.;FRO=47;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.094573;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=78.1734;QD=5.96564;RBI=0.103566;REFB=-0.0239019;REVB=0.0422125;RO=45;SAF=2;SAR=12;SRF=21;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.457628;STB=0.795105;STBP=0.028;TYPE=snp;VARB=0.0289926;OID=.;OPOS=25003922;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:90:60:61:45:47:14:14:0.229508:12:2:21:24:12:2:22:25 chr22 25003934 . G A 191.09 PASS AF=0.390625;AO=20;DP=59;FAO=25;FDP=64;FR=.;FRO=39;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=-0.00432282;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.6;QD=11.9431;RBI=0.00435177;REFB=-0.0165929;REVB=0.000501074;RO=37;SAF=12;SAR=8;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.299007;STB=0.612817;STBP=0.181;TYPE=snp;VARB=0.0321856;OID=.;OPOS=25003934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:64:37:39:20:25:0.390625:8:12:12:25:12:13:13:26 chr22 25145453 . C T 153.96 PASS AF=0.36;AO=18;DP=51;FAO=18;FDP=50;FR=.;FRO=32;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=20;FWDB=-0.00521649;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=115.083;QD=12.317;RBI=0.0391857;REFB=-0.0182947;REVB=-0.0388369;RO=30;SAF=5;SAR=13;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149526;STB=0.572454;STBP=0.485;TYPE=snp;VARB=0.0467391;OID=.;OPOS=25145453;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:50:30:32:18:18:0.36:13:5:12:18:13:5:12:20 chr22 25264776 . G A 191.02 PASS AF=0.403509;AO=23;DP=57;FAO=23;FDP=57;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=7;FSRF=11;FSRR=23;FWDB=0.00811545;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=125.445;QD=13.4049;RBI=0.01031;REFB=-0.00810014;REVB=-0.00635886;RO=33;SAF=16;SAR=7;SRF=11;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.368353;STB=0.717304;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0106787;OID=.;OPOS=25264776;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:57:57:33:34:23:23:0.403509:7:16:11:22:7:16:11:23 chr22 25291182 . TTTC T,TCTT 274.92 PASS AF=0.71875,0;AO=21,2;DP=33;FAO=23,0;FDP=32;FR=.;FRO=9;FSAF=15,0;FSAR=8,0;FSRF=2;FSRR=7;FWDB=-0.00700603,-0.0616141;FXX=0.0856898;HRUN=4,4;LEN=3,3;MLLD=183.671,33.104;QD=34.3653;RBI=0.021825,0.0623846;REFB=-0.0696823,-0.0408576;REVB=0.0206699,0.00977403;RO=9;SAF=14,0;SAR=7,2;SRF=3;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.189433,-0.532037;STB=0.62316,0.5;STBP=0.034,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0259601,0;OID=.,.;OPOS=25291183,25291183;OREF=TTC,TTC;OALT=-,CTT;OMAPALT=T,TCTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.71875,0:21,2:33:23,0:32:9:15,0:8,0:2:7:55:9:14,0:7,2:3:6 chr22 25294369 . G A 215.89 PASS AF=0.438596;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=57;FR=.;FRO=32;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=18;FSRR=14;FWDB=0.0401568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.1808;QD=15.1505;RBI=0.0588991;REFB=0.00211809;REVB=0.0430876;RO=31;SAF=14;SAR=11;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0114853;STB=0.501423;STBP=0.996;TYPE=snp;VARB=-0.000475728;OID=.;OPOS=25294369;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:31:32:25:25:0.438596:11:14:17:14:11:14:18:14 chr22 25294376 . C T 210.49 PASS AF=0.416667;AO=25;DP=60;FAO=25;FDP=60;FR=.;FRO=35;FSAF=14;FSAR=11;FSRF=20;FSRR=15;FWDB=0.0576679;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.5704;QD=14.0329;RBI=0.0576679;REFB=0.00860849;REVB=5.80424e-05;RO=35;SAF=14;SAR=11;SRF=20;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0118765;STB=0.50677;STBP=0.94;TYPE=snp;VARB=-0.00992875;OID=.;OPOS=25294376;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:35:35:25:25:0.416667:11:14:20:15:11:14:20:15 chr22 25322719 . CTT CTC,CT,TCT 93.2 PASS AF=0.137255,0.313725,0.0588235;AO=2,16,4;DP=52;FAO=7,16,3;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=0,6,3;FSAR=7,10,0;FSRF=19;FSRR=6;FWDB=0.00852161,0.0691429,0.0132338;FXX=0.0192271;HRUN=7,7,1;LEN=1,1,2;MLLD=150.227,6.62507,14.5169;QD=7.30942;RBI=0.0732875,0.101158,0.0822347;REFB=-0.0152507,-0.196975,-0.0746773;REVB=-0.0727904,0.0738393,-0.0811629;RO=21;SAF=0,6,3;SAR=2,10,1;SRF=17;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.679093,-0.408981,-0.0994924;STB=0.99884,0.722292,0.994796;STBP=0,0.046,0.26;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0.291841,0.0227327,0.0802696;OID=.,.,.;OPOS=25322721,25322720,25322719;OREF=T,T,CT;OALT=C,-,TC;OMAPALT=CTC,CT,TCT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:36:52:51:21:25:2,16,4:7,16,3:0.137255,0.313725,0.0588235:2,10,1:0,6,3:17:4:7,10,0:0,6,3:19:6 chr22 25425403 . T C 86.65 PASS AF=0.366667;AO=11;DP=29;FAO=11;FDP=30;FR=.;FRO=19;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=5;FWDB=0.0132241;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.3476;QD=11.5539;RBI=0.0133379;REFB=0.0120684;REVB=0.00173919;RO=18;SAF=4;SAR=7;SRF=14;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.412848;STB=0.723767;STBP=0.088;TYPE=snp;VARB=-0.0260906;OID=.;OPOS=25425403;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:29:30:18:19:11:11:0.366667:7:4:14:4:7:4:14:5 chr22 25436904 . T C 600.86 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0184117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.299;QD=58.6205;RBI=0.019992;REFB=-0.015236;REVB=0.00779031;RO=1;SAF=17;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199568;STB=0.510633;STBP=0.51;TYPE=snp;VARB=0.000900412;OID=.;OPOS=25436904;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:23:17:0:1:23:17:0:1 chr22 25570273 . G A,C 474.54 PASS AF=0.939394,0.0606061;AO=31,2;DP=33;FAO=31,2;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=16,1;FSAR=15,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00650401,0.00933466;FXX=0.0294031;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=70.3709,57.454;QD=57.5203;RBI=0.0190981,0.0416847;REFB=0,0;REVB=-0.0179565,-0.0406261;RO=0;SAF=16,1;SAR=15,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000443653,0.131945;OID=.,.;OPOS=25570273,25570273;OREF=G,G;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:33:33:0:0:31,2:31,2:0.939394,0.0606061:15,1:16,1:0:0:15,1:16,1:0:0 chr22 25577688 . G A 218.71 PASS AF=0.552632;AO=21;DP=38;FAO=21;FDP=38;FR=.;FRO=17;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=10;FSRR=7;FWDB=0.00122922;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.7536;QD=23.0222;RBI=0.0404847;REFB=0.000360197;REVB=0.040466;RO=17;SAF=12;SAR=9;SRF=10;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0137421;STB=0.507685;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.00115137;OID=.;OPOS=25577688;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:17:17:21:21:0.552632:9:12:10:7:9:12:10:7 chr22 25577733 . T C 179.67 PASS AF=0.542857;AO=17;DP=34;FAO=19;FDP=35;FR=.;FRO=16;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.00687218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.819;QD=20.5333;RBI=0.0227142;REFB=-0.0247255;REVB=-0.0216497;RO=16;SAF=8;SAR=9;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0284482;STB=0.507684;STBP=0.945;TYPE=snp;VARB=0.037729;OID=.;OPOS=25577733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:35:16:16:17:19:0.542857:9:8:7:9:11:8:7:9 chr22 25601196 . C G 746.99 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0137805;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=69.3625;QD=63.5737;RBI=0.0232236;REFB=0;REVB=0.0186932;RO=0;SAF=26;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000358321;OID=.;OPOS=25601196;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:21:26:0:0:21:26:0:0 chr22 25714218 . A T 163.38 PASS AF=0.5;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=34;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=0.00290232;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.456;QD=19.2211;RBI=0.00586519;REFB=-0.0367821;REVB=0.00509676;RO=17;SAF=5;SAR=12;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.221949;STB=0.62671;STBP=0.153;TYPE=snp;VARB=0.0345321;OID=.;OPOS=25714218;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:17:17:17:17:0.5:12:5:9:8:12:5:9:8 chr22 25753231 . G A 300.25 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=-0.00371308;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.6965;QD=16.4518;RBI=0.0139411;REFB=-0.00755068;REVB=-0.0134375;RO=39;SAF=13;SAR=20;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.140868;STB=0.572828;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.0086537;OID=.;OPOS=25753231;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:39:40:33:33:0.452055:20:13:21:18:20:13:21:19 chr22 26159289 . G A 417.98 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00017165;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=309.076;QD=53.9333;RBI=0.0078034;REFB=-0.0701304;REVB=-0.00780151;RO=0;SAF=13;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.63861e-08;STB=0.514276;STBP=0.534;TYPE=snp;VARB=-2.81659e-05;OID=.;OPOS=26159289;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:17:13:0:0:17:13:0:1 chr22 26164079 . C T 223.17 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=66.1957;QD=49.5929;RBI=0.0260261;REFB=0;REVB=-0.0137458;RO=0;SAF=4;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000215447;OID=.;OPOS=26164079;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:17:18:1:13:4:0:0:14:4:0:0 chr22 26164413 . C T 229.68 PASS AF=0.628571;AO=17;DP=35;FAO=22;FDP=35;FR=.,HEALED;FRO=13;FSAF=4;FSAR=18;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.110367;FXX=0;HRUN=7;LEN=1;MLLD=34.3108;QD=26.2489;RBI=0.137098;REFB=-0.0621115;REVB=0.0813321;RO=13;SAF=4;SAR=13;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20958;STB=0.642711;STBP=0.06;TYPE=snp;VARB=0.047241;OID=.;OPOS=26164413;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:13:13:17:22:0.628571:13:4:6:7:18:4:6:7 chr22 26166900 . G C 657.75 PASS AF=0.977273;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.040725;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.345;QD=59.7956;RBI=0.0437234;REFB=-0.0427793;REVB=0.0159126;RO=1;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0218371;STB=0.511622;STBP=0.522;TYPE=snp;VARB=0.000262303;OID=.;OPOS=26166900;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:44:44:1:1:43:43:0.977273:21:22:0:1:21:22:0:1 chr22 26173661 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00733858;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.398;QD=48.7373;RBI=0.0294184;REFB=0;REVB=0.0284884;RO=0;SAF=7;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.08584e-05;OID=.;OPOS=26173661;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:10:7:0:0:10:7:0:0 chr22 26193982 . C G 205.29 PASS AF=0.403226;AO=22;DP=59;FAO=25;FDP=62;FR=.;FRO=37;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=10;FSRR=27;FWDB=-0.00207613;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.745;QD=13.2447;RBI=0.0457107;REFB=-0.00972333;REVB=0.0456635;RO=37;SAF=15;SAR=7;SRF=10;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426548;STB=0.689301;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0162202;OID=.;OPOS=26193982;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:59:62:37:37:22:25:0.403226:7:15:10:27:10:15:10:27 chr22 26194045 . T C 54.51 PASS AF=0.258065;AO=8;DP=31;FAO=8;FDP=31;FR=.;FRO=23;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=-0.0184632;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.658;QD=7.03386;RBI=0.0264864;REFB=-0.0129566;REVB=-0.0189905;RO=23;SAF=2;SAR=6;SRF=7;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.079382;STB=0.550887;STBP=0.757;TYPE=snp;VARB=0.0325989;OID=.;OPOS=26194045;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:31:31:23:23:8:8:0.258065:6:2:7:16:6:2:7:16 chr22 26239850 . C A 415.42 PASS AF=0.967742;AO=29;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0379113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.1682;QD=53.6029;RBI=0.0479827;REFB=-0.0469291;REVB=-0.0294121;RO=2;SAF=11;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0153102;STB=0.521724;STBP=0.28;TYPE=snp;VARB=0.00239003;OID=.;OPOS=26239850;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:2:1:29:30:0.967742:18:11:1:1:19:11:1:0 chr22 26247456 . G A 188.88 PASS AF=0.431818;AO=17;DP=46;FAO=19;FDP=44;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=16;FWDB=0.0190557;FXX=0.0434688;HRUN=4;LEN=1;MLLD=96.9597;QD=17.1706;RBI=0.0328185;REFB=-0.00577146;REVB=-0.0267196;RO=21;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.233441;STB=0.620226;STBP=0.198;TYPE=snp;VARB=0.00778599;OID=.;OPOS=26247456;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:44:21:23:17:19:0.431818:8:9:6:15:9:10:7:16 chr22 26422454 . T C 236.11 PASS AF=0.469388;AO=23;DP=48;FAO=23;FDP=49;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0214134;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.349;QD=19.2742;RBI=0.0358017;REFB=-0.0156273;REVB=-0.0286919;RO=25;SAF=14;SAR=9;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111201;STB=0.547488;STBP=0.59;TYPE=snp;VARB=0.0151122;OID=.;OPOS=26422454;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:25:26:23:23:0.469388:9:14:18:7:9:14:18:8 chr22 26422980 . A G 290.24 PASS AF=0.438356;AO=32;DP=73;FAO=32;FDP=73;FR=.;FRO=41;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=24;FSRR=17;FWDB=-0.0166048;FXX=0.0135117;HRUN=2;LEN=1;MLLD=165.892;QD=15.9035;RBI=0.0171155;REFB=-0.0119126;REVB=-0.00414981;RO=41;SAF=18;SAR=14;SRF=24;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0231996;STB=0.513081;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.0268869;OID=.;OPOS=26422980;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:41:41:32:32:0.438356:14:18:24:17:14:18:24:17 chr22 26692935 . C G 647.71 PASS AF=0.503876;AO=65;DP=129;FAO=65;FDP=129;FR=.;FRO=64;FSAF=40;FSAR=25;FSRF=29;FSRR=35;FWDB=-0.0106994;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=162.988;QD=20.0839;RBI=0.0116614;REFB=-0.0182715;REVB=0.00463787;RO=64;SAF=40;SAR=25;SRF=29;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148232;STB=0.581793;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.0147427;OID=.;OPOS=26692935;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:129:129:64:64:65:65:0.503876:25:40:29:35:25:40:29:35 chr22 26747206 . G A 39.73 PASS AF=0.111111;AO=9;DP=81;FAO=9;FDP=81;FR=.;FRO=72;FSAF=1;FSAR=8;FSRF=25;FSRR=47;FWDB=-0.0317961;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.936;QD=1.96204;RBI=0.0318322;REFB=-0.00437731;REVB=0.00151526;RO=70;SAF=1;SAR=8;SRF=25;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.373984;STB=0.790095;STBP=0.112;TYPE=snp;VARB=0.0482099;OID=.;OPOS=26747206;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:81:81:70:72:9:9:0.111111:8:1:25:45:8:1:25:47 chr22 26853905 . C A 513.63 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0263911;FXX=0.0270197;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.986;QD=57.0695;RBI=0.0288314;REFB=-0.0706821;REVB=0.0116086;RO=1;SAF=16;SAR=19;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0283378;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000477222;OID=.;OPOS=26853905;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:37:36:1:0:35:36:1:19:16:1:0:19:17:0:0 chr22 26854441 . G A 599.51 PASS AF=0.97561;AO=40;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=22;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00831722;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.6282;QD=58.4892;RBI=0.0396222;REFB=0.0101018;REVB=0.0387395;RO=1;SAF=18;SAR=22;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253417;STB=0.513507;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=6.39807e-05;OID=.;OPOS=26854441;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:40:40:0.97561:22:18:1:0:22:18:1:0 chr22 26859942 . C T 193.16 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0260227;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=243.682;QD=40.6644;RBI=0.0265376;REFB=-0.0922947;REVB=-0.00520218;RO=1;SAF=11;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0398535;STB=0.541619;STBP=0.423;TYPE=snp;VARB=0.00442002;OID=.;OPOS=26859942;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:19:19:1:2:17:17:0.894737:6:11:1:0:6:11:2:0 chr22 26860269 . G C 158.19 PASS AF=0.566667;AO=15;DP=28;FAO=17;FDP=30;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=-0.0134216;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.197;QD=21.0923;RBI=0.052002;REFB=-0.0139836;REVB=0.0502401;RO=13;SAF=8;SAR=7;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132271;STB=0.571347;STBP=0.386;TYPE=snp;VARB=0.0137451;OID=.;OPOS=26860269;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:28:30:13:13:15:17:0.566667:7:8:9:4:8:9:9:4 chr22 26862041 . G A 549.58 PASS AF=0.554348;AO=51;DP=92;FAO=51;FDP=92;FR=.;FRO=41;FSAF=22;FSAR=29;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=-0.0173795;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.287;QD=23.8948;RBI=0.0347295;REFB=-0.00665601;REVB=-0.0300681;RO=40;SAF=22;SAR=29;SRF=18;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.015177;STB=0.51449;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00486064;OID=.;OPOS=26862041;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:92:92:40:41:51:51:0.554348:29:22:18:22:29:22:19:22 chr22 26862212 . T C 691.39 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.268;QD=61.4573;RBI=0.0481193;REFB=0;REVB=0.0298278;RO=0;SAF=19;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000154054;OID=.;OPOS=26862212;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:45:0:0:42:45:1:23:19:0:0:25:20:0:0 chr22 26879967 . A G 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0020789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=382.175;QD=26.0262;RBI=0.0565288;REFB=0.0716517;REVB=-0.0564905;RO=1;SAF=5;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0789211;STB=0.54531;STBP=0.659;TYPE=snp;VARB=-0.00779315;OID=.;OPOS=26879967;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:1:5:1:0:1:5:1:0 chr22 26884039 . G A 488.47 PASS AF=0.878049;AO=35;DP=41;FAO=36;FDP=41;FR=.;FRO=5;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0157171;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.88;QD=47.656;RBI=0.0189491;REFB=0.0488367;REVB=-0.010585;RO=2;SAF=13;SAR=22;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0138465;STB=0.531007;STBP=0.355;TYPE=snp;VARB=-0.00900204;OID=.;OPOS=26884039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:41:41:2:5:35:36:0.878049:22:13:1:1:23:13:3:2 chr22 26895337 . G A 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0289905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.949;QD=59.0181;RBI=0.041254;REFB=0;REVB=0.0293504;RO=0;SAF=22;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.75716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308176;OID=.;OPOS=26895337;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:12:22:0:0:12:22:0:0 chr22 26936766 . G A 154.96 PASS AF=0.592593;AO=16;DP=27;FAO=16;FDP=27;FR=.;FRO=11;FSAF=5;FSAR=11;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0160373;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.932;QD=22.9576;RBI=0.0186129;REFB=-0.0124657;REVB=-0.00944711;RO=11;SAF=5;SAR=11;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.180541;STB=0.601858;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=0.0103211;OID=.;OPOS=26936766;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:11:11:16:16:0.592593:11:5:6:5:11:5:6:5 chr22 26937327 . C G 239.53 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.060516;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=300.498;QD=50.428;RBI=0.0730493;REFB=0;REVB=0.0409147;RO=0;SAF=7;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00024033;OID=.;OPOS=26937327;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:11:7:0:0:12:7:0:0 chr22 27012206 . GGC G,GCC,GG 199.59 PASS AF=1,0,0;AO=8,5,3;DP=27;FAO=21,0,0;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=10,0,0;FSAR=11,0,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0187087,0.467705,-0.577576;FXX=0.159936;HRUN=4,4,5;LEN=2,1,1;MLLD=15.1042,4.98941,7.83562;QD=38.0165;RBI=0.104797,0.614679,0.749765;REFB=-0.0527302,-0.0225381,-0.0177105;REVB=0.103113,-0.398851,0.478073;RO=11;SAF=3,5,3;SAR=5,0,0;SRF=8;SRR=3;SSEN=0.594203,0,0;SSEP=0,0,0.416667;SSSB=-0.32983,0.67677,0.582558;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,del;VARB=0.00557256,0,0;OID=.,.,.;OPOS=27012207,27012207,27012208;OREF=GC,G,C;OALT=-,C,-;OMAPALT=G,GCC,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1,0,0:8,5,3:27:21,0,0:21:0:10,0,0:11,0,0:0:0:3:11:3,5,3:5,0,0:8:3 chr22 27021457 . T C 326.14 PASS AF=1;AO=24;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01344;FXX=0.0384468;HRUN=3;LEN=1;MLLD=182.455;QD=52.1821;RBI=0.0275986;REFB=0;REVB=0.024105;RO=1;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544279;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00110083;OID=.;OPOS=27021457;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:25:25:1:0:24:25:1:8:16:0:1:9:16:0:0 chr22 27021589 . A G 215.5 PASS AF=0.567568;AO=20;DP=36;FAO=21;FDP=37;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=9;FSRR=7;FWDB=-0.0305165;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.697;QD=23.2975;RBI=0.0344623;REFB=-0.0272308;REVB=0.0160123;RO=16;SAF=10;SAR=10;SRF=9;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495686;STB=0.53724;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.0211905;OID=.;OPOS=27021589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:37:16:16:20:21:0.567568:10:10:9:7:11:10:9:7 chr22 28146768 . A AG 41.74 PASS AF=0.375;AO=2;DP=19;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0390703;FXX=0.111049;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.5323;QD=10.4344;RBI=0.0677309;REFB=0.0426998;REVB=-0.0553263;RO=16;SAF=1;SAR=1;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.666111;STBP=0.358;TYPE=ins;VARB=-0.0786545;OID=.;OPOS=28146769;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.375:2:19:6:16:10:4:2:4:6:41:16:1:1:8:8 chr22 28316591 . T TG,TGG 436.52 PASS AF=0.978261,0.0217391;AO=34,8;DP=51;FAO=45,1;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=7,1;FSAR=38,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119142,0.0642364;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,2;MLLD=15.3621,8.04556;QD=37.9582;RBI=0.224112,0.119872;REFB=0,0;REVB=-0.189819,-0.101207;RO=8;SAF=5,1;SAR=29,7;SRF=2;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0683735,-0.194344;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=-0.00512224,-0.0635934;OID=.,.;OPOS=28316592,28316592;OREF=-,-;OALT=G,GG;OMAPALT=TG,TGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:0.978261,0.0217391:34,8:51:45,1:46:0:7,1:38,0:0:0:6:8:5,1:29,7:2:6 chr22 28378472 . A G 197.69 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=14;FSRR=8;FWDB=-0.00272039;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6486;QD=18.8274;RBI=0.0170362;REFB=0.010865;REVB=0.0168176;RO=22;SAF=7;SAR=13;SRF=14;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264302;STB=0.64985;STBP=0.087;TYPE=snp;VARB=-0.0217573;OID=.;OPOS=28378472;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:13:7:14:8:13:7:14:8 chr22 28379058 . C T 233.69 PASS AF=0.578947;AO=22;DP=38;FAO=22;FDP=38;FR=.;FRO=16;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=4;FWDB=0.038712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.32;QD=24.5993;RBI=0.0421081;REFB=-0.0114601;REVB=0.0165672;RO=16;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159118;STB=0.588159;STBP=0.225;TYPE=snp;VARB=0.00344277;OID=.;OPOS=28379058;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:16:16:22:22:0.578947:10:12:12:4:10:12:12:4 chr22 28379262 . T A 74.3 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.0281312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.163;QD=10.2482;RBI=0.0402731;REFB=-0.0130383;REVB=0.0288194;RO=18;SAF=3;SAR=7;SRF=9;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.224862;STB=0.654357;STBP=0.268;TYPE=snp;VARB=0.0230121;OID=.;OPOS=28379262;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:18:19:10:10:0.344828:7:3:9:9:7:3:10:9 chr22 29182500 . C A 225.59 PASS AF=0.409091;AO=26;DP=65;FAO=27;FDP=66;FR=.;FRO=39;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=22;FSRR=17;FWDB=0.018968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.555;QD=13.6718;RBI=0.0246461;REFB=-0.0149816;REVB=-0.0157368;RO=39;SAF=10;SAR=16;SRF=22;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188773;STB=0.592524;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.0174854;OID=.;OPOS=29182500;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:66:39:39:26:27:0.409091:16:10:22:17:16:11:22:17 chr22 29446611 . A C 338.97 PASS AF=0.578947;AO=28;DP=58;FAO=33;FDP=57;FR=.,HEALED;FRO=23;FSAF=30;FSAR=3;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=0.038082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.231;QD=23.7875;RBI=0.0561839;REFB=-0.0385974;REVB=0.0413086;RO=23;SAF=26;SAR=2;SRF=17;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363053;STB=0.656819;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.0282162;OID=.;OPOS=29446611;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:57:23:23:28:33:0.578947:2:26:17:6:3:30:17:6 chr22 29450923 . A G 199.83 PASS AF=0.477273;AO=20;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0211321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.641;QD=18.1668;RBI=0.0297771;REFB=-0.0160775;REVB=-0.0209788;RO=23;SAF=11;SAR=9;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0561908;STB=0.519981;STBP=0.847;TYPE=snp;VARB=0.0201944;OID=.;OPOS=29450923;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:20:21:0.477273:9:11:14:9:9:12:14:9 chr22 29453027 . A G 188.89 PASS AF=0.527778;AO=19;DP=36;FAO=19;FDP=36;FR=.;FRO=17;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=0.00416914;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.784;QD=20.9875;RBI=0.0452674;REFB=-0.00289932;REVB=-0.045075;RO=17;SAF=9;SAR=10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.144674;STB=0.581311;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.00355809;OID=.;OPOS=29453027;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:36:36:17:17:19:19:0.527778:10:9:11:6:10:9:11:6 chr22 29453193 . G C 182.12 PASS AF=0.44186;AO=19;DP=43;FAO=19;FDP=43;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.00197126;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.159;QD=16.9413;RBI=0.00490472;REFB=-0.0142539;REVB=0.00449115;RO=24;SAF=4;SAR=15;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.289245;STB=0.667461;STBP=0.077;TYPE=snp;VARB=0.0241926;OID=.;OPOS=29453193;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:24:24:19:19:0.44186:15:4:11:13:15:4:11:13 chr22 29456733 . T C 538.74 PASS AF=0.396226;AO=63;DP=159;FAO=63;FDP=159;FR=.;FRO=96;FSAF=24;FSAR=39;FSRF=49;FSRR=47;FWDB=0.00583259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.4061;QD=13.5531;RBI=0.0138632;REFB=-0.0127044;REVB=-0.0125765;RO=95;SAF=24;SAR=39;SRF=48;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.135299;STB=0.579693;STBP=0.12;TYPE=snp;VARB=0.0194667;OID=.;OPOS=29456733;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:159:159:95:96:63:63:0.396226:39:24:48:47:39:24:49:47 chr22 29517463 . G T 119.22 PASS AF=0.4;AO=14;DP=35;FAO=14;FDP=35;FR=.;FRO=21;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0243265;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=65.3102;QD=13.6256;RBI=0.0245831;REFB=-0.00660653;REVB=-0.00354251;RO=21;SAF=2;SAR=12;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.53693;STB=0.817686;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0155549;OID=.;OPOS=29517463;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:21:21:14:14:0.4:12:2:13:8:12:2:13:8 chr22 29540198 . T G 292.69 PASS AF=0.604651;AO=26;DP=43;FAO=26;FDP=43;FR=.;FRO=17;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=11;FSRR=6;FWDB=-0.0302568;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.858;QD=27.2271;RBI=0.033462;REFB=-0.00415784;REVB=0.0142909;RO=17;SAF=16;SAR=10;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0240878;STB=0.513298;STBP=0.837;TYPE=snp;VARB=0.00292376;OID=.;OPOS=29540198;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:17:17:26:26:0.604651:10:16:11:6:10:16:11:6 chr22 29542182 . AT A,GA 1383.77 PASS AF=0.989247,0;AO=74,4;DP=90;FAO=92,0;FDP=93;FR=.;FRO=1;FSAF=38,0;FSAR=54,0;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.159861,0.128047;FXX=0;HRUN=2,1;LEN=1,2;MLLD=26.8225,5.5169;QD=59.5171;RBI=0.160829,0.130383;REFB=-0.0107115,-0.069538;REVB=0.0176182,0.0245733;RO=2;SAF=33,0;SAR=41,4;SRF=1;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.00272103,-0.725637;STB=0.504586,0.5;STBP=0.517,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.00213921,0;OID=.,.;OPOS=29542183,29542182;OREF=T,AT;OALT=-,GA;OMAPALT=A,GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:90:93:2:1:74,4:92,0:0.989247,0:41,4:33,0:1:1:54,0:38,0:0:1 chr22 29542748 . C A 1350.96 PASS AF=1;AO=84;DP=85;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00707883;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.7234;QD=61.407;RBI=0.00849309;REFB=0;REVB=-0.00469283;RO=0;SAF=19;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-8.43852e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.09342e-05;OID=.;OPOS=29542748;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:88:0:0:84:88:1:65:19:0:0:68:20:0:0 chr22 29621128 . C G 464.78 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0401211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.641;QD=58.0975;RBI=0.0636177;REFB=0;REVB=0.0493711;RO=0;SAF=15;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000606651;OID=.;OPOS=29621128;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:17:15:0:0:17:15:0:0 chr22 29656389 . G T 419.37 PASS AF=0.561644;AO=40;DP=72;FAO=41;FDP=73;FR=.;FRO=32;FSAF=18;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=18;FWDB=-0.0102011;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=137.197;QD=22.9791;RBI=0.0330629;REFB=-0.024029;REVB=0.0314498;RO=32;SAF=18;SAR=22;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101974;STB=0.500678;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0156669;OID=.;OPOS=29656389;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:73:32:32:40:41:0.561644:22:18:14:18:23:18:14:18 chr22 29727866 . C T 175.64 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0879968;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0236;QD=46.8383;RBI=0.0888828;REFB=0;REVB=-0.0125181;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00318899;OID=.;OPOS=29727866;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:8:7:0:0:8:7:0:0 chr22 29727886 . T C 54.4 PASS AF=1;AO=3;DP=7;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0547033;FXX=0.142653;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.3969;QD=36.2635;RBI=0.0572724;REFB=0;REVB=-0.0169612;RO=0;SAF=2;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00683921;OID=.;OPOS=29727886;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:6:0:0:3:6:1:1:2:0:0:3:3:0:0 chr22 29755888 . T C 727.74 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0155492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.796;QD=63.2817;RBI=0.0163746;REFB=0;REVB=0.00513328;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.34978e-05;OID=.;OPOS=29755888;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chr22 29885473 . C T 39.05 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=4;FWDB=0.0340235;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.921;QD=12.0159;RBI=0.0368796;REFB=-0.0506149;REVB=0.0142303;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.538334;STBP=0.829;TYPE=snp;VARB=0.0670668;OID=.;OPOS=29885473;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:7:6:6:0.461538:3:3:3:3:3:3:3:4 chr22 29885861 . T C 65.86 PASS AF=0.692308;AO=8;DP=13;FAO=9;FDP=13;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=-0.0701996;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.597;QD=20.2637;RBI=0.0856579;REFB=-0.0934245;REVB=0.0490846;RO=5;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.260045;STB=0.6109;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0472311;OID=.;OPOS=29885861;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:13:13:5:4:8:9:0.692308:6:2:0:5:7:2:0:4 chr22 29886413 . A G 99.96 PASS AF=0.461538;AO=12;DP=26;FAO=12;FDP=26;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=-0.0141455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.864;QD=15.3781;RBI=0.0265235;REFB=-0.0169289;REVB=0.0224366;RO=14;SAF=6;SAR=6;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.13274;STB=0.576798;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=0.00906804;OID=.;OPOS=29886413;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:14:14:12:12:0.461538:6:6:9:5:6:6:9:5 chr22 29886488 . GA G 37.92 PASS AF=0.5;AO=11;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0303542;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=8.88523;QD=5.83324;RBI=0.0417342;REFB=-0.113805;REVB=0.0286421;RO=13;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0.454545;SSSB=0.165392;STB=0.578191;STBP=0.436;TYPE=del;VARB=0.141403;OID=.;OPOS=29886489;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:11:26:13:26:13:8:5:6:7:37:13:7:4:6:7 chr22 29886893 . G T 103.51 PASS AF=0.545455;AO=11;DP=21;FAO=12;FDP=22;FR=.;FRO=10;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=8;FWDB=0.00558691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=219.822;QD=18.8205;RBI=0.00807616;REFB=-0.0169168;REVB=0.00583188;RO=10;SAF=5;SAR=6;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.218735;STB=0.636153;STBP=0.179;TYPE=snp;VARB=0.0145605;OID=.;OPOS=29886893;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:21:22:10:10:11:12:0.545455:6:5:2:8:6:6:2:8 chr22 29908072 . C T 766.4 PASS AF=1;AO=40;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00624796;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.532;QD=63.8665;RBI=0.00644716;REFB=0;REVB=-0.00159022;RO=0;SAF=26;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.50215e-05;OID=.;OPOS=29908072;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:40:48:1:14:26:0:0:19:29:0:0 chr22 29913272 . C T 784.81 PASS AF=0.966102;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=59;FR=.;FRO=2;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0144814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.524;QD=53.2073;RBI=0.014902;REFB=-0.0664833;REVB=-0.00351534;RO=1;SAF=31;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184862;STB=0.501497;STBP=0.878;TYPE=snp;VARB=0.000472634;OID=.;OPOS=29913272;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:59:1:2:56:57:0.966102:25:31:0:1:26:31:1:1 chr22 29925221 . C T 218.06 PASS AF=0.446429;AO=25;DP=56;FAO=25;FDP=56;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=16;FWDB=-0.00560937;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.025;QD=15.5754;RBI=0.0239955;REFB=-0.0121496;REVB=-0.0233306;RO=31;SAF=12;SAR=13;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00378517;STB=0.502144;STBP=0.959;TYPE=snp;VARB=0.01728;OID=.;OPOS=29925221;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:31:31:25:25:0.446429:13:12:15:16:13:12:15:16 chr22 30221201 . G A 134.98 PASS AF=0.296875;AO=19;DP=64;FAO=19;FDP=64;FR=.;FRO=45;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=30;FWDB=0.0068921;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8372;QD=8.43626;RBI=0.00736318;REFB=-0.0372927;REVB=0.0025914;RO=45;SAF=7;SAR=12;SRF=15;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0450988;STB=0.526854;STBP=0.803;TYPE=snp;VARB=0.0960432;OID=.;OPOS=30221201;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:64:64:45:45:19:19:0.296875:12:7:15:30:12:7:15:30 chr22 30234192 . TGCC T 42.58 PASS AF=0.833333;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=6;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0495953;FXX=0.332963;HRUN=1;LEN=3;MLLD=165.59;QD=28.3858;RBI=0.0495962;REFB=-0.0647044;REVB=-0.000300028;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.121807;STB=0.571154;STBP=0.616;TYPE=del;VARB=0.0206583;OID=.;OPOS=30234193;OREF=GCC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.833333:5:9:5:6:1:2:3:0:1:9:1:2:3:0:1 chr22 30367014 . A T 240.33 PASS AF=0.647059;AO=22;DP=34;FAO=22;FDP=34;FR=.;FRO=12;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=8;FWDB=0.0279652;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.8332;QD=28.2741;RBI=0.0304548;REFB=-0.0041676;REVB=-0.0120599;RO=12;SAF=13;SAR=9;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.164406;STB=0.590826;STBP=0.137;TYPE=snp;VARB=0.00191188;OID=.;OPOS=30367014;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:34:34:12:12:22:22:0.647059:9:13:4:8:9:13:4:8 chr22 30403996 . C T 269.93 PASS AF=0.454545;AO=30;DP=67;FAO=30;FDP=66;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=23;FWDB=0.0121817;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.943;QD=16.3591;RBI=0.0305385;REFB=-0.0175515;REVB=-0.0280037;RO=34;SAF=21;SAR=9;SRF=12;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.331867;STB=0.68699;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0187745;OID=.;OPOS=30403996;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:34:36:30:30:0.454545:9:21:12:22:9:21:13:23 chr22 30423744 . G A 151.12 PASS AF=0.533333;AO=16;DP=30;FAO=16;FDP=30;FR=.;FRO=14;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=8;FWDB=-0.00113936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2154;QD=20.1491;RBI=0.0125416;REFB=-0.000551577;REVB=-0.0124898;RO=14;SAF=11;SAR=5;SRF=6;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.223444;STB=0.627028;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.000517398;OID=.;OPOS=30423744;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:30:30:14:14:16:16:0.533333:5:11:6:8:5:11:6:8 chr22 30638721 . G A 172.2 PASS AF=0.653846;AO=17;DP=26;FAO=17;FDP=26;FR=.;FRO=9;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.0622154;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4645;QD=26.493;RBI=0.0681925;REFB=-0.0107941;REVB=0.0279188;RO=9;SAF=6;SAR=11;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.131465;STB=0.573371;STBP=0.358;TYPE=snp;VARB=0.0086824;OID=.;OPOS=30638721;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:26:26:9:9:17:17:0.653846:11:6:5:4:11:6:5:4 chr22 30681256 . GC G,GG 188.92 PASS AF=0.125,0.875;AO=6,10;DP=16;FAO=2,14;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=2,8;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.012113,0.00872714;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=228.969,235.764;QD=47.2288;RBI=0.0363146,0.0336214;REFB=0,0;REVB=0.0342349,0.032469;RO=0;SAF=4,6;SAR=2,4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.00361672,0.0071023;OID=.,.;OPOS=30681257,30681257;OREF=C,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.125,0.875:6,10:16:2,14:16:0:2,8:0,6:0:0:8:0:4,6:2,4:0:0 chr22 30685364 . G A 356.57 PASS AF=0.537313;AO=36;DP=69;FAO=36;FDP=67;FR=.;FRO=31;FSAF=17;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=21;FWDB=0.0199422;FXX=0.042851;HRUN=3;LEN=1;MLLD=168.216;QD=21.2879;RBI=0.020057;REFB=-0.0594497;REVB=0.00214324;RO=30;SAF=17;SAR=19;SRF=9;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143752;STB=0.569954;STBP=0.226;TYPE=snp;VARB=0.0340569;OID=.;OPOS=30685364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:67:30:31:36:36:0.537313:19:17:9:21:19:17:10:21 chr22 30689998 . G A 306.16 PASS AF=0.425;AO=34;DP=80;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=19;FSAR=15;FSRF=10;FSRR=36;FWDB=0.00685194;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=246.982;QD=15.3079;RBI=0.00685415;REFB=-0.0206542;REVB=0.000173883;RO=46;SAF=19;SAR=15;SRF=10;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.340489;STB=0.690071;STBP=0.012;TYPE=snp;VARB=0.0251759;OID=.;OPOS=30689998;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:46:46:34:34:0.425:15:19:10:36:15:19:10:36 chr22 30700607 . T G 86.18 PASS AF=0.392857;AO=11;DP=28;FAO=11;FDP=28;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=8;FSRR=9;FWDB=0.0156714;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.847;QD=12.3108;RBI=0.0227523;REFB=-0.0168915;REVB=0.0164946;RO=17;SAF=3;SAR=8;SRF=8;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.2224;STB=0.632838;STBP=0.305;TYPE=snp;VARB=0.00671612;OID=.;OPOS=30700607;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:28:28:17:17:11:11:0.392857:8:3:8:9:8:3:8:9 chr22 30714683 . CA C,CC 369.0 PASS AF=1,0;AO=8,18;DP=27;FAO=26,0;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14,0;FSAR=12,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0747096,-0.13478;FXX=0.0370233;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=198.474,190.876;QD=56.7692;RBI=0.0823113,0.151191;REFB=0,0;REVB=-0.0345491,-0.0685077;RO=0;SAF=1,13;SAR=7,5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.78849e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.000744683,0;OID=.,.;OPOS=30714684,30714684;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:8,18:27:26,0:26:0:14,0:12,0:0:0:4:0:1,13:7,5:0:0 chr22 30762140 . G A 208.06 PASS AF=0.356164;AO=26;DP=73;FAO=26;FDP=73;FR=.;FRO=47;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=30;FWDB=-0.00762706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.025;QD=11.4006;RBI=0.0111446;REFB=-0.0113585;REVB=0.00812583;RO=46;SAF=16;SAR=10;SRF=17;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.267317;STB=0.659675;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0248858;OID=.;OPOS=30762140;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:46:47:26:26:0.356164:10:16:17:29:10:16:17:30 chr22 30765502 . G A 228.69 PASS AF=0.489796;AO=22;DP=48;FAO=24;FDP=49;FR=.;FRO=25;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=0.0267263;FXX=0.019996;HRUN=4;LEN=1;MLLD=71.0798;QD=18.6682;RBI=0.0415859;REFB=-0.0280289;REVB=-0.0318605;RO=24;SAF=14;SAR=8;SRF=13;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0915131;STB=0.555508;STBP=0.43;TYPE=snp;VARB=0.0687697;OID=.;OPOS=30765502;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:24:25:22:24:0.489796:8:14:13:11:9:15:13:12 chr22 30770603 . T A 1051.95 PASS AF=0.986301;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0100038;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=218.731;QD=57.6409;RBI=0.0161782;REFB=-0.0432887;REVB=0.0127146;RO=1;SAF=25;SAR=46;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0101703;STB=0.505262;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000121435;OID=.;OPOS=30770603;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:73:73:1:1:71:72:0.986301:46:25:0:1:47:25:0:1 chr22 30770626 . G C 501.84 PASS AF=0.533333;AO=48;DP=90;FAO=48;FDP=90;FR=.;FRO=42;FSAF=15;FSAR=33;FSRF=15;FSRR=27;FWDB=-0.0104907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.22;QD=22.3041;RBI=0.0109278;REFB=-0.00899134;REVB=-0.00305996;RO=41;SAF=15;SAR=33;SRF=14;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0278477;STB=0.523799;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00706452;OID=.;OPOS=30770626;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:41:42:48:48:0.533333:33:15:14:27:33:15:15:27 chr22 30771554 . T G 924.19 PASS AF=1;AO=59;DP=60;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373043;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.775;QD=58.6789;RBI=0.0873849;REFB=0;REVB=-0.0790222;RO=0;SAF=32;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.96591e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000233156;OID=.;OPOS=30771554;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:63:0:0:59:63:1:27:32:0:0:27:36:0:0 chr22 30775675 . G A 147.03 PASS AF=0.551724;AO=14;DP=27;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=10;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00390291;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.882;QD=20.2797;RBI=0.00551718;REFB=-0.0245546;REVB=-0.00389956;RO=13;SAF=9;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157376;STB=0.575126;STBP=0.42;TYPE=snp;VARB=0.0188232;OID=.;OPOS=30775675;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:29:13:13:14:16:0.551724:5:9:6:7:6:10:6:7 chr22 30776095 . C T 220.6 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=8;FSAR=18;FSRF=16;FSRR=20;FWDB=-0.00352025;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.653;QD=14.2326;RBI=0.0182014;REFB=-0.0119183;REVB=-0.0178577;RO=35;SAF=8;SAR=18;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163443;STB=0.586887;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=0.018712;OID=.;OPOS=30776095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:36:26:26:0.419355:18:8:16:19:18:8:16:20 chr22 30782731 . G A 199.76 PASS AF=0.487805;AO=20;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=5;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=-0.0193836;FXX=0.0238039;HRUN=2;LEN=1;MLLD=140.78;QD=19.489;RBI=0.0242818;REFB=-0.0274723;REVB=0.0146247;RO=20;SAF=5;SAR=15;SRF=12;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.332541;STB=0.701087;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0242267;OID=.;OPOS=30782731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:20:21:20:20:0.487805:15:5:12:8:15:5:13:8 chr22 30794719 . C T 295.26 PASS AF=0.4125;AO=33;DP=80;FAO=33;FDP=80;FR=.;FRO=47;FSAF=10;FSAR=23;FSRF=14;FSRR=33;FWDB=0.0438965;FXX=0.0243873;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.5865;QD=14.7628;RBI=0.0487295;REFB=-0.0201609;REVB=0.021158;RO=47;SAF=10;SAR=23;SRF=14;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00634247;STB=0.503595;STBP=0.966;TYPE=snp;VARB=0.0275415;OID=.;OPOS=30794719;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:80:80:47:47:33:33:0.4125:23:10:14:33:23:10:14:33 chr22 30819758 . G A 262.73 PASS AF=0.32;AO=32;DP=100;FAO=32;FDP=100;FR=.;FRO=68;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=32;FSRR=36;FWDB=0.0179723;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8192;QD=10.5094;RBI=0.0193197;REFB=0.0264395;REVB=-0.00708862;RO=68;SAF=13;SAR=19;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0762868;STB=0.544558;STBP=0.564;TYPE=snp;VARB=-0.0583533;OID=.;OPOS=30819758;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:68:68:32:32:0.32:19:13:32:36:19:13:32:36 chr22 30820707 . A G 130.01 PASS AF=0.384615;AO=15;DP=39;FAO=15;FDP=39;FR=.;FRO=24;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=10;FWDB=0.0092011;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.233;QD=13.3346;RBI=0.0101086;REFB=-0.00997845;REVB=0.00418607;RO=24;SAF=8;SAR=7;SRF=14;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0530746;STB=0.530993;STBP=0.775;TYPE=snp;VARB=0.0133703;OID=.;OPOS=30820707;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:24:24:15:15:0.384615:7:8:14:10:7:8:14:10 chr22 30823113 . T G 152.37 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.0199436;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=211.067;QD=21.017;RBI=0.0234876;REFB=-0.0280893;REVB=0.0124065;RO=12;SAF=7;SAR=9;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.047897;STB=0.545398;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0161997;OID=.;OPOS=30823113;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:12:13:16:16:0.551724:9:7:6:6:9:7:7:6 chr22 30823196 . T C 224.91 PASS AF=0.488889;AO=22;DP=45;FAO=22;FDP=45;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=15;FSRR=8;FWDB=-0.0142925;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.788;QD=19.9922;RBI=0.0185598;REFB=-0.0156586;REVB=0.0118401;RO=23;SAF=8;SAR=14;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.259849;STB=0.646454;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0231526;OID=.;OPOS=30823196;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:23:23:22:22:0.488889:14:8:15:8:14:8:15:8 chr22 30857373 . A C 279.12 PASS AF=0.54717;AO=28;DP=53;FAO=29;FDP=53;FR=.;FRO=24;FSAF=20;FSAR=9;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=-0.029456;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.088;QD=21.0654;RBI=0.0298761;REFB=0.00156182;REVB=0.00499264;RO=24;SAF=20;SAR=8;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.2302;STB=0.611881;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=-0.00286002;OID=.;OPOS=30857373;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:24:24:28:29:0.54717:8:20:11:13:9:20:11:13 chr22 30857448 . A G 188.58 PASS AF=0.692308;AO=18;DP=26;FAO=18;FDP=26;FR=.;FRO=8;FSAF=13;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0744837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.765;QD=29.0127;RBI=0.0744917;REFB=-0.0343555;REVB=0.00108911;RO=8;SAF=13;SAR=5;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.142222;STB=0.579116;STBP=0.245;TYPE=snp;VARB=0.0225454;OID=.;OPOS=30857448;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:53:26:26:8:8:18:18:0.692308:5:13:4:4:5:13:4:4 chr22 30862400 . T A 253.93 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=68;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=9;FSAR=20;FSRF=12;FSRR=26;FWDB=-0.0232603;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.19;QD=15.1597;RBI=0.024163;REFB=-0.0121364;REVB=-0.00654299;RO=37;SAF=9;SAR=20;SRF=12;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016061;STB=0.503595;STBP=0.986;TYPE=snp;VARB=0.0126543;OID=.;OPOS=30862400;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:67:37:38:29:29:0.432836:20:9:12:25:20:9:12:26 chr22 30864610 . A G 304.1 PASS AF=0.471429;AO=33;DP=70;FAO=33;FDP=70;FR=.;FRO=37;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=18;FSRR=19;FWDB=0.0177418;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=106.426;QD=17.3769;RBI=0.0187209;REFB=-0.00213392;REVB=0.00597502;RO=37;SAF=13;SAR=20;SRF=18;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0893468;STB=0.550102;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0016199;OID=.;OPOS=30864610;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:37:37:33:33:0.471429:20:13:18:19:20:13:18:19 chr22 30927975 . C T 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0971777;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.7509;QD=47.822;RBI=0.10207;REFB=0;REVB=0.0312223;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00473558;OID=.;OPOS=30927975;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:8:8:0:0:8:8:0:0 chr22 30934816 . T C 224.51 PASS AF=0.470588;AO=24;DP=51;FAO=24;FDP=51;FR=.;FRO=27;FSAF=9;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=19;FWDB=-0.0175314;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2546;QD=17.6089;RBI=0.0258384;REFB=0.0026903;REVB=-0.018981;RO=27;SAF=9;SAR=15;SRF=8;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0807429;STB=0.545418;STBP=0.579;TYPE=snp;VARB=-0.00353974;OID=.;OPOS=30934816;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:27:27:24:24:0.470588:15:9:8:19:15:9:8:19 chr22 30934887 . G A 130.33 PASS AF=0.394737;AO=15;DP=38;FAO=15;FDP=38;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=15;FWDB=0.0980341;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.5918;QD=13.7185;RBI=0.114133;REFB=-0.00473959;REVB=0.0584435;RO=21;SAF=6;SAR=9;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0200359;STB=0.53329;STBP=0.79;TYPE=snp;VARB=0.011983;OID=.;OPOS=30934887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:21:23:15:15:0.394737:9:6:8:13:9:6:8:15 chr22 30953295 . C T 88.36 PASS AF=0.44;AO=10;DP=24;FAO=11;FDP=25;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=0.0717575;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=69.3463;QD=14.1374;RBI=0.11752;REFB=-0.0499548;REVB=0.0930684;RO=14;SAF=3;SAR=7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0168865;STB=0.509074;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0472909;OID=.;OPOS=30953295;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:25:14:14:10:11:0.44:7:3:4:10:8:3:4:10 chr22 31090067 . T TCCACAACTA 72.07 PASS AF=0.37037;AO=9;DP=27;FAO=10;FDP=27;FR=.;FRO=17;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0122873;FXX=0.0357015;HRUN=1;LEN=9;MLLD=301.773;QD=10.6769;RBI=0.0255412;REFB=-0.00276465;REVB=-0.0223914;RO=17;SAF=4;SAR=5;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277675;STB=0.629388;STBP=0.349;TYPE=ins;VARB=0.005503;OID=.;OPOS=31090068;OREF=-;OALT=CCACAACTA;OMAPALT=TCCACAACTA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.37037:9:27:10:27:17:5:5:12:5:72:17:4:5:12:5 chr22 31090229 . GC G 224.77 PASS AF=1;AO=18;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.180765;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=16.6589;QD=39.0907;RBI=0.260912;REFB=0;REVB=0.188146;RO=3;SAF=7;SAR=11;SRF=2;SRR=1;SSEN=0.228763;SSEP=0;SSSB=-0.0747599;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.0214904;OID=.;OPOS=31090230;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:18:23:23:23:0:11:12:0:0:4:3:7:11:2:1 chr22 31302125 . C G 425.48 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0590892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.518;QD=56.7311;RBI=0.0659027;REFB=0;REVB=0.0291826;RO=0;SAF=28;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.55046e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000818683;OID=.;OPOS=31302125;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:30:0:0:29:30:1:1:28:0:0:1:29:0:0 chr22 31302233 . T C 576.18 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0331166;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.124;QD=60.6506;RBI=0.0593054;REFB=0;REVB=0.0491978;RO=0;SAF=15;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000216156;OID=.;OPOS=31302233;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:38:0:0:35:38:1:20:15:0:0:21:17:0:0 chr22 31333631 . T C 891.99 PASS AF=1;AO=58;DP=61;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00587678;FXX=0.0605969;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.119;QD=57.5479;RBI=0.0240745;REFB=0;REVB=-0.0233462;RO=0;SAF=32;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.09576e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00229943;OID=.;OPOS=31333631;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:62:0:0:58:62:1:26:32:0:0:29:33:0:0 chr22 31342376 . G C 1248.56 PASS AF=0.988095;AO=81;DP=83;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=48;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0200073;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=226.75;QD=59.4553;RBI=0.0540934;REFB=0.0537871;REVB=0.0502573;RO=1;SAF=35;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133364;STB=0.507041;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=-0.000492538;OID=.;OPOS=31342376;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:83:84:1:1:81:83:0.988095:46:35:1:0:48:35:1:0 chr22 31352752 . C T 116.76 PASS AF=0.378378;AO=14;DP=37;FAO=14;FDP=37;FR=.;FRO=23;FSAF=5;FSAR=9;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0107712;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.7157;QD=12.6222;RBI=0.0123304;REFB=-0.00449417;REVB=0.00600172;RO=23;SAF=5;SAR=9;SRF=14;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.264141;STB=0.654953;STBP=0.143;TYPE=snp;VARB=0.00936422;OID=.;OPOS=31352752;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:23:23:14:14:0.378378:9:5:14:9:9:5:14:9 chr22 31354653 . G A 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00942303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=313.423;QD=56.7065;RBI=0.0112725;REFB=0;REVB=0.0061868;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.7312e-05;OID=.;OPOS=31354653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chr22 31494813 . G C 246.61 PASS AF=0.459016;AO=27;DP=61;FAO=28;FDP=61;FR=.;FRO=33;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=16;FSRR=17;FWDB=-0.00401478;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.765;QD=16.1713;RBI=0.00427526;REFB=-0.0353269;REVB=0.00146949;RO=32;SAF=8;SAR=19;SRF=16;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.21073;STB=0.618468;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=0.044293;OID=.;OPOS=31494813;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:32:33:27:28:0.459016:19:8:16:16:20:8:16:17 chr22 31521404 . G A 260.46 PASS AF=0.571429;AO=24;DP=42;FAO=24;FDP=42;FR=.;FRO=18;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=17;FWDB=0.0201346;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.6803;QD=24.8055;RBI=0.071278;REFB=-0.0421025;REVB=0.068375;RO=18;SAF=7;SAR=17;SRF=1;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.249396;STB=0.636269;STBP=0.134;TYPE=snp;VARB=0.0338265;OID=.;OPOS=31521404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:18:18:24:24:0.571429:17:7:1:17:17:7:1:17 chr22 31535872 . G C 166.5 PASS AF=0.761905;AO=16;DP=21;FAO=16;FDP=21;FR=.;FRO=5;FSAF=2;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.0667171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.4653;QD=31.7136;RBI=0.0740937;REFB=-0.023869;REVB=-0.0322291;RO=5;SAF=2;SAR=14;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0691072;STB=0.53841;STBP=0.763;TYPE=snp;VARB=0.00301741;OID=.;OPOS=31535872;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:21:21:5:5:16:16:0.761905:14:2:1:4:14:2:1:4 chr22 31536133 . A C 1097.01 PASS AF=1;AO=73;DP=73;FAO=73;FDP=73;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0219685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.812;QD=60.1101;RBI=0.0325306;REFB=0;REVB=0.0239923;RO=0;SAF=43;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0003012;OID=.;OPOS=31536133;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:73:73:0:0:73:73:1:30:43:0:0:30:43:0:0 chr22 31602671 . C T 48.68 PASS AF=0.133333;AO=10;DP=75;FAO=10;FDP=75;FR=.;FRO=65;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=30;FSRR=35;FWDB=0.000632879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.2681;QD=2.59634;RBI=0.0104575;REFB=0.000197304;REVB=0.0104384;RO=65;SAF=6;SAR=4;SRF=30;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.167958;STB=0.618812;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=-0.000706628;OID=.;OPOS=31602671;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:75:75:65:65:10:10:0.133333:4:6:30:35:4:6:30:35 chr22 31663842 . C G 175.15 PASS AF=0.514286;AO=18;DP=35;FAO=18;FDP=35;FR=.;FRO=17;FSAF=4;FSAR=14;FSRF=9;FSRR=8;FWDB=-0.00100908;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.333;QD=20.0167;RBI=0.031644;REFB=0.0116191;REVB=0.0316279;RO=17;SAF=4;SAR=14;SRF=9;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.304364;STB=0.673863;STBP=0.067;TYPE=snp;VARB=-0.0225809;OID=.;OPOS=31663842;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:17:17:18:18:0.514286:14:4:9:8:14:4:9:8 chr22 31672776 . GC CC,G 30.43 PASS AF=0.0188679,0.283019;AO=3,13;DP=55;FAO=1,15;FDP=53;FR=.;FRO=37;FSAF=1,11;FSAR=0,4;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=-0.00828433,-0.0822744;FXX=0.036357;HRUN=1,8;LEN=1,1;MLLD=138.142,6.52191;QD=2.29641;RBI=0.0150287,0.150457;REFB=-0.000804393,-0.174591;REVB=-0.0125392,0.125969;RO=26;SAF=3,9;SAR=0,4;SRF=14;SRR=12;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.549722,0.182869;STB=0.988161,0.612743;STBP=0.472,0.338;TYPE=snp,del;VARB=0.0228185,0.166563;OID=.,.;OPOS=31672776,31672777;OREF=G,C;OALT=C,-;OMAPALT=CC,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:28:55:53:26:37:3,13:1,15:0.0188679,0.283019:0,4:3,9:14:12:0,4:1,11:22:15 chr22 31679110 . G C 45.95 PASS AF=0.25;AO=8;DP=32;FAO=8;FDP=32;FR=.;FRO=24;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=-0.0319144;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=94.6483;QD=5.74402;RBI=0.0410001;REFB=-0.0162519;REVB=-0.0257386;RO=20;SAF=3;SAR=5;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0944694;STB=0.533815;STBP=0.873;TYPE=snp;VARB=0.0722957;OID=.;OPOS=31679110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:32:32:20:24:8:8:0.25:5:3:6:14:5:3:8:16 chr22 31741067 . G A 293.0 PASS AF=0.574468;AO=23;DP=44;FAO=27;FDP=47;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=19;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=0.00129822;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.946;QD=24.9362;RBI=0.0101602;REFB=-0.0205122;REVB=0.0100769;RO=20;SAF=7;SAR=16;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.176303;STB=0.595745;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.011707;OID=.;OPOS=31741067;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:47:20:20:23:27:0.574468:16:7:10:10:19:8:10:10 chr22 31859859 . A G 187.7 PASS AF=0.487805;AO=19;DP=41;FAO=20;FDP=41;FR=.;FRO=21;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=12;FSRR=9;FWDB=-0.0207077;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.633;QD=18.3118;RBI=0.0315659;REFB=0.00195681;REVB=-0.0238243;RO=21;SAF=7;SAR=12;SRF=12;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189676;STB=0.615842;STBP=0.19;TYPE=snp;VARB=-0.00299204;OID=.;OPOS=31859859;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:41:21:21:19:20:0.487805:12:7:12:9:13:7:12:9 chr22 31971258 . T C 661.29 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000424046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9386;QD=60.1176;RBI=0.0454909;REFB=-0.0997432;REVB=0.0454889;RO=1;SAF=20;SAR=23;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0199809;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00498863;OID=.;OPOS=31971258;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:44:44:1:0:43:44:1:23:20:0:1:24:20:0:0 chr22 32015450 . T G 115.65 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=42;FAO=14;FDP=42;FR=.;FRO=28;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=0.00554117;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.162;QD=11.0145;RBI=0.0502702;REFB=-0.0313429;REVB=-0.0499639;RO=27;SAF=9;SAR=5;SRF=19;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0756223;STB=0.526279;STBP=0.85;TYPE=snp;VARB=0.028719;OID=.;OPOS=32015450;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:27:28:14:14:0.333333:5:9:19:8:5:9:19:9 chr22 32109204 . T G 180.95 PASS AF=0.383333;AO=19;DP=62;FAO=23;FDP=60;FR=.;FRO=37;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=9;FSRR=28;FWDB=-0.00648333;FXX=0.0476115;HRUN=5;LEN=1;MLLD=148.614;QD=12.0634;RBI=0.0180262;REFB=-0.00873351;REVB=-0.0168199;RO=26;SAF=7;SAR=12;SRF=4;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.254072;STB=0.546061;STBP=0.619;TYPE=snp;VARB=0.0260822;OID=.;OPOS=32109204;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:60:26:37:19:23:0.383333:12:7:4:22:16:7:9:28 chr22 32334229 . A C 82.31 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=84.7267;QD=19.3675;RBI=0.00218262;REFB=0.121684;REVB=-0.00218262;RO=7;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0238904;OID=.;OPOS=32334229;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:7:7:10:10:0.588235:10:0:0:7:10:0:0:7 chr22 32377135 . T C 393.28 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.016497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=114.583;QD=56.1832;RBI=0.105373;REFB=0;REVB=0.104073;RO=0;SAF=16;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00122094;OID=.;OPOS=32377135;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:28:0:0:28:28:1:12:16:0:0:12:16:0:0 chr22 32545579 . G C 1017.14 PASS AF=0.440329;AO=107;DP=244;FAO=107;FDP=243;FR=.;FRO=136;FSAF=51;FSAR=56;FSRF=80;FSRR=56;FWDB=-0.0164432;FXX=0.00409819;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8455;QD=16.7431;RBI=0.016492;REFB=-0.0158469;REVB=-0.00126864;RO=136;SAF=51;SAR=56;SRF=80;SRR=56;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.112148;STB=0.56222;STBP=0.083;TYPE=snp;VARB=0.0164484;OID=.;OPOS=32545579;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:244:243:136:136:107:107:0.440329:56:51:80:56:56:51:80:56 chr22 32754103 . A C 560.62 PASS AF=1;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00258872;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=190.151;QD=60.6077;RBI=0.00667939;REFB=0;REVB=-0.00615734;RO=0;SAF=16;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7558e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.18534e-06;OID=.;OPOS=32754103;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:37:37:1:21:16:0:0:21:16:0:0 chr22 32754230 . A G 937.55 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0130414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.838;QD=58.5967;RBI=0.0205711;REFB=0;REVB=0.0159088;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.28849e-05;OID=.;OPOS=32754230;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr22 32754232 . C T 937.61 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0157208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.33;QD=58.6004;RBI=0.0554972;REFB=0;REVB=0.0532241;RO=0;SAF=34;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000149074;OID=.;OPOS=32754232;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:30:34:0:0:30:34:0:0 chr22 32754306 . T C 1469.35 PASS AF=1;AO=91;DP=91;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=57;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0191882;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.037;QD=63.1977;RBI=0.0392047;REFB=0;REVB=0.034188;RO=0;SAF=36;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00011534;OID=.;OPOS=32754306;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:93:0:0:91:93:1:55:36:0:0:57:36:0:0 chr22 32756407 . A G 1062.3 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00110039;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.794;QD=59.8481;RBI=0.0310654;REFB=0;REVB=-0.0310459;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000103198;OID=.;OPOS=32756407;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:37:34:0:0:37:34:0:0 chr22 32756555 . G C 2294.21 PASS AF=1;AO=143;DP=143;FAO=144;FDP=144;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=90;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113408;FXX=0.0136977;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.3203;QD=63.7281;RBI=0.0127782;REFB=0;REVB=0.00588814;RO=0;SAF=53;SAR=90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.41716e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.46671e-05;OID=.;OPOS=32756555;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:144:0:0:143:144:1:90:53:0:0:90:54:0:0 chr22 32756744 . A G 775.16 PASS AF=0.965517;AO=56;DP=58;FAO=56;FDP=58;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0492433;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.1357;QD=53.459;RBI=0.0594659;REFB=0.0309158;REVB=0.033336;RO=1;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0149682;STB=0.501867;STBP=0.886;TYPE=snp;VARB=-0.0126446;OID=.;OPOS=32756744;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:58:1:2:56:56:0.965517:31:25:0:1:31:25:1:1 chr22 32759025 . G C 868.27 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184941;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=154.536;QD=57.8847;RBI=0.0418633;REFB=0;REVB=0.0375567;RO=0;SAF=23;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.03034e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182692;OID=.;OPOS=32759025;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:37:23:0:0:37:23:0:0 chr22 32784051 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0305032;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=193.509;QD=54.5174;RBI=0.0408911;REFB=0;REVB=0.0272331;RO=0;SAF=9;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000302132;OID=.;OPOS=32784051;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:16:9:0:0:16:9:0:0 chr22 32795641 . C T 947.31 PASS AF=0.985294;AO=65;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0212082;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.3192;QD=55.7241;RBI=0.0294398;REFB=-0.132807;REVB=0.0204185;RO=1;SAF=41;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192744;STB=0.506022;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.00327345;OID=.;OPOS=32795641;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:68:68:1:1:65:67:0.985294:24:41:0:1:26:41:1:0 chr22 32811952 . A G 593.74 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0994204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.3487;QD=60.8967;RBI=0.102857;REFB=0;REVB=0.0263655;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000784322;OID=.;OPOS=32811952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:39:0:0:37:39:1:18:19:0:0:19:20:0:0 chr22 32875190 . GC AC,AT 200.34 PASS AF=0.360656,0.0491803;AO=22,3;DP=61;FAO=22,3;FDP=61;FR=.;FRO=36;FSAF=13,2;FSAR=9,1;FSRF=15;FSRR=21;FWDB=-0.0359022,-0.0391839;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=111.939,129.807;QD=13.1372;RBI=0.0389589,0.044107;REFB=-0.0171761,-0.009525;REVB=-0.0151271,-0.0202497;RO=36;SAF=13,2;SAR=9,1;SRF=15;SRR=21;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.18609,0.24513;STB=0.60738,0.719926;STBP=0.222,0.491;TYPE=snp,mnp;VARB=0.0420502,0.0128085;OID=.,.;OPOS=32875190,32875190;OREF=G,GC;OALT=A,AT;OMAPALT=AC,AT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:36:36:22,3:22,3:0.360656,0.0491803:9,1:13,2:15:21:9,1:13,2:15:21 chr22 32887150 . C T 289.86 PASS AF=0.694444;AO=24;DP=36;FAO=25;FDP=36;FR=.;FRO=11;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=0.0229188;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=190.512;QD=32.2061;RBI=0.0239863;REFB=-0.0169382;REVB=-0.00707605;RO=11;SAF=10;SAR=14;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126209;STB=0.559952;STBP=0.294;TYPE=snp;VARB=0.00453036;OID=.;OPOS=32887150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:83:36:36:11:11:24:25:0.694444:14:10:7:4:14:11:7:4 chr22 32909251 . G A 66.28 PASS AF=0.409091;AO=9;DP=22;FAO=9;FDP=22;FR=.;FRO=13;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.00691878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.729;QD=12.0517;RBI=0.0103628;REFB=-0.000601665;REVB=0.00771476;RO=13;SAF=4;SAR=5;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0170594;STB=0.510181;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00123139;OID=.;OPOS=32909251;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:13:13:9:9:0.409091:5:4:6:7:5:4:6:7 chr22 33253280 . T C 184.92 PASS AF=0.407407;AO=22;DP=54;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=0.0325093;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4886;QD=13.698;RBI=0.0397248;REFB=0.00167245;REVB=0.0228298;RO=32;SAF=6;SAR=16;SRF=15;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.223474;STB=0.629089;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=-0.00143239;OID=.;OPOS=33253280;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:32:32:22:22:0.407407:16:6:15:17:16:6:15:17 chr22 34022284 . G A 80.95 PASS AF=0.268293;AO=11;DP=41;FAO=11;FDP=41;FR=.;FRO=30;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00275784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=126.585;QD=7.89729;RBI=0.0142984;REFB=-0.00393788;REVB=0.0140299;RO=30;SAF=1;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.611803;STB=0.88593;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.00560686;OID=.;OPOS=34022284;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:41:41:30:30:11:11:0.268293:10:1:17:13:10:1:17:13 chr22 35463162 . A G 518.49 PASS AF=0.532609;AO=48;DP=93;FAO=49;FDP=92;FR=.;FRO=43;FSAF=19;FSAR=30;FSRF=20;FSRR=23;FWDB=-0.018166;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.957;QD=22.5429;RBI=0.0183291;REFB=-0.0298255;REVB=-0.00243966;RO=44;SAF=19;SAR=29;SRF=19;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0323308;STB=0.537421;STBP=0.456;TYPE=snp;VARB=0.0254866;OID=.;OPOS=35463162;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:92:44:43:48:49:0.532609:29:19:19:25:30:19:20:23 chr22 35463179 . T C 564.05 PASS AF=0.54902;AO=56;DP=103;FAO=56;FDP=102;FR=.;FRO=46;FSAF=23;FSAR=33;FSRF=19;FSRR=27;FWDB=-0.0257713;FXX=0.0097078;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.2064;QD=22.1196;RBI=0.0259256;REFB=-0.00346482;REVB=0.00282398;RO=46;SAF=23;SAR=33;SRF=19;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0019768;STB=0.501084;STBP=0.983;TYPE=snp;VARB=0.000860978;OID=.;OPOS=35463179;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:46:46:56:56:0.54902:33:23:19:27:33:23:19:27 chr22 35463249 . C T 601.23 PASS AF=0.638554;AO=53;DP=83;FAO=53;FDP=83;FR=.;FRO=30;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=8;FSRR=22;FWDB=0.0105873;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=200.183;QD=28.9747;RBI=0.0106041;REFB=-0.0134954;REVB=-0.000597559;RO=30;SAF=20;SAR=33;SRF=8;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0802184;STB=0.543462;STBP=0.34;TYPE=snp;VARB=0.00754514;OID=.;OPOS=35463249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:83:83:30:30:53:53:0.638554:33:20:8:22:33:20:8:22 chr22 35660875 . G T 79.71 PASS AF=0.244444;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=45;FR=.;FRO=34;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=19;FWDB=-0.0269875;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.906;QD=7.08553;RBI=0.0288555;REFB=-0.0019217;REVB=-0.0102135;RO=34;SAF=5;SAR=6;SRF=15;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0162281;STB=0.510186;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=0.004436;OID=.;OPOS=35660875;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:45:45:34:34:11:11:0.244444:6:5:15:19:6:5:15:19 chr22 35679951 . T C 400.5 PASS AF=0.533333;AO=40;DP=75;FAO=40;FDP=75;FR=.;FRO=35;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=24;FSRR=11;FWDB=0.00551226;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=107.345;QD=21.3599;RBI=0.0107965;REFB=-0.0188161;REVB=-0.00928334;RO=35;SAF=19;SAR=21;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177103;STB=0.59757;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.0227732;OID=.;OPOS=35679951;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:75:75:35:35:40:40:0.533333:21:19:24:11:21:19:24:11 chr22 35806815 . T C 322.48 PASS AF=0.448718;AO=35;DP=77;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0318417;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.149;QD=16.5375;RBI=0.0325437;REFB=-0.00254113;REVB=-0.00672272;RO=40;SAF=17;SAR=18;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0848956;STB=0.552602;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.00452414;OID=.;OPOS=35806815;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:40:43:35:35:0.448718:18:17:23:17:18:17:25:18 chr22 35815880 . G A 847.64 PASS AF=0.433628;AO=87;DP=217;FAO=98;FDP=226;FR=.;FRO=128;FSAF=42;FSAR=56;FSRF=68;FSRR=60;FWDB=0.00899911;FXX=0.00440509;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7396;QD=15.0025;RBI=0.0793922;REFB=0.00475285;REVB=0.0788806;RO=129;SAF=40;SAR=47;SRF=68;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0716936;STB=0.558364;STBP=0.123;TYPE=snp;VARB=-0.00168582;OID=.;OPOS=35815880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:217:226:129:128:87:98:0.433628:47:40:68:61:56:42:68:60 chr22 36007045 . G A 1190.44 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=46;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0170975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.186;QD=61.0484;RBI=0.0837971;REFB=0;REVB=0.0820344;RO=0;SAF=45;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000194217;OID=.;OPOS=36007045;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:78:0:0:77:78:1:32:45:0:0:32:46:0:0 chr22 36007075 . C T 919.99 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0019709;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.4646;QD=58.4121;RBI=0.015763;REFB=0;REVB=-0.0156394;RO=0;SAF=37;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000118258;OID=.;OPOS=36007075;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:26:37:0:0:26:37:0:0 chr22 36122517 . T C 100.84 PASS AF=0.48;AO=12;DP=25;FAO=12;FDP=25;FR=.;FRO=13;FSAF=3;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.00486811;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.792;QD=16.135;RBI=0.0113912;REFB=0.00165832;REVB=-0.0102985;RO=13;SAF=3;SAR=9;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.14609;STB=0.585215;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.00330039;OID=.;OPOS=36122517;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:13:13:12:12:0.48:9:3:5:8:9:3:5:8 chr22 36122930 . C T 342.26 PASS AF=0.411111;AO=37;DP=91;FAO=37;FDP=90;FR=.;FRO=53;FSAF=17;FSAR=20;FSRF=29;FSRR=24;FWDB=-0.00202732;FXX=0.0217368;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.925;QD=15.2117;RBI=0.0267121;REFB=-0.0175688;REVB=-0.0266351;RO=52;SAF=17;SAR=20;SRF=28;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0815435;STB=0.551531;STBP=0.411;TYPE=snp;VARB=0.0301888;OID=.;OPOS=36122930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:91:90:52:53:37:37:0.411111:20:17:28:24:20:17:29:24 chr22 36123083 . C T 104.63 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.00691976;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.296;QD=19.9285;RBI=0.0313231;REFB=-0.0570696;REVB=-0.0305492;RO=9;SAF=10;SAR=2;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286527;STB=0.666349;STBP=0.162;TYPE=snp;VARB=0.0218896;OID=.;OPOS=36123083;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:21:21:9:9:12:12:0.571429:2:10:5:4:2:10:5:4 chr22 36124860 . C G 80.89 PASS AF=0.25;AO=11;DP=45;FAO=11;FDP=44;FR=.;FRO=33;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=21;FWDB=-0.0267243;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=79.7118;QD=7.35402;RBI=0.0267719;REFB=0.00238531;REVB=0.00159527;RO=33;SAF=3;SAR=8;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.125839;STB=0.579558;STBP=0.61;TYPE=snp;VARB=-0.00768643;OID=.;OPOS=36124860;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:45:44:33:33:11:11:0.25:8:3:12:21:8:3:12:21 chr22 36537500 . A T 95.67 PASS AF=0.363636;AO=12;DP=33;FAO=12;FDP=33;FR=.;FRO=21;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=10;FWDB=-0.00483899;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.786;QD=11.5967;RBI=0.00508678;REFB=-0.0213813;REVB=0.00156828;RO=21;SAF=6;SAR=6;SRF=11;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0254625;STB=0.515126;STBP=0.936;TYPE=snp;VARB=0.0352701;OID=.;OPOS=36537500;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:33:33:21:21:12:12:0.363636:6:6:11:10:6:6:11:10 chr22 36545137 . A T 801.49 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.02589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.797;QD=57.2494;RBI=0.0273525;REFB=0;REVB=0.00882438;RO=0;SAF=24;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.12554e-05;OID=.;OPOS=36545137;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:56:0:0:54:56:1:30:24:0:0:31:25:0:0 chr22 36556823 . G T 1012.06 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.063769;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.8268;QD=57.8322;RBI=0.0645915;REFB=-0.0678757;REVB=0.0102748;RO=1;SAF=37;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0126057;STB=0.506665;STBP=0.516;TYPE=snp;VARB=0.000305432;OID=.;OPOS=36556823;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:32:37:1:0:32:37:1:0 chr22 36573945 . A G 114.78 PASS AF=0.325581;AO=13;DP=43;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=6;FSAR=8;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=-0.0244146;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=72.496;QD=10.6773;RBI=0.0253816;REFB=-0.00607717;REVB=-0.00693919;RO=29;SAF=6;SAR=7;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.102844;STB=0.582664;STBP=0.462;TYPE=snp;VARB=0.00815715;OID=.;OPOS=36573945;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:29:29:13:14:0.325581:7:6:16:13:8:6:16:13 chr22 36575664 . G A 321.07 PASS AF=0.387097;AO=36;DP=93;FAO=36;FDP=93;FR=.;FRO=57;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=29;FSRR=28;FWDB=-0.0129849;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=177.425;QD=13.8097;RBI=0.0130624;REFB=-0.00994362;REVB=-0.00142066;RO=57;SAF=21;SAR=15;SRF=29;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811269;STB=0.546254;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0202425;OID=.;OPOS=36575664;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:93:93:57:57:36:36:0.387097:15:21:29:28:15:21:29:28 chr22 36587202 . G A 58.61 PASS AF=0.5;AO=8;DP=16;FAO=8;FDP=16;FR=.;FRO=8;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=6;FSRR=2;FWDB=-0.0249511;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.271;QD=14.6536;RBI=0.0319563;REFB=-0.0149812;REVB=-0.0199661;RO=8;SAF=5;SAR=3;SRF=6;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117469;STB=0.568802;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.0202056;OID=.;OPOS=36587202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:16:16:8:8:8:8:0.5:3:5:6:2:3:5:6:2 chr22 36587223 . G T 97.28 PASS AF=0.529412;AO=9;DP=18;FAO=9;FDP=17;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.00624022;FXX=0.105208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.554;QD=22.8895;RBI=0.0182143;REFB=-0.00988492;REVB=0.017112;RO=6;SAF=5;SAR=4;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.038662;STB=0.522338;STBP=0.934;TYPE=snp;VARB=0.015319;OID=.;OPOS=36587223;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:18:17:6:6:9:9:0.529412:4:5:3:3:4:5:3:3 chr22 36587279 . A G 243.07 PASS AF=0.534884;AO=23;DP=40;FAO=23;FDP=43;FR=.;FRO=20;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=6;FWDB=-0.117079;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=90.9023;QD=22.6107;RBI=0.118668;REFB=-0.0103458;REVB=-0.0193577;RO=17;SAF=11;SAR=12;SRF=11;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128491;STB=0.602324;STBP=0.182;TYPE=snp;VARB=0.0168912;OID=.;OPOS=36587279;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:43:17:20:23:23:0.534884:12:11:11:6:12:11:14:6 chr22 36587404 . G A 416.66 PASS AF=0.494118;AO=42;DP=85;FAO=42;FDP=85;FR=.;FRO=43;FSAF=27;FSAR=15;FSRF=17;FSRR=26;FWDB=-0.0323204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.458;QD=19.6078;RBI=0.0439952;REFB=0.00941126;REVB=0.0298492;RO=43;SAF=27;SAR=15;SRF=17;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.227441;STB=0.626425;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=-0.00869777;OID=.;OPOS=36587404;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:85:85:43:43:42:42:0.494118:15:27:17:26:15:27:17:26 chr22 36587486 . A G 140.9 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.00709941;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=45.3173;QD=13.4194;RBI=0.0268871;REFB=-0.0280769;REVB=-0.0259329;RO=25;SAF=9;SAR=7;SRF=18;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.173098;STB=0.583234;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0440373;OID=.;OPOS=36587486;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:26:16:16:0.380952:7:9:18:7:7:9:18:8 chr22 36587511 . C T 447.02 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0559134;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.4774;QD=57.6805;RBI=0.0584842;REFB=0;REVB=0.0171492;RO=0;SAF=21;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0007649;OID=.;OPOS=36587511;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:10:21:0:0:10:21:0:0 chr22 36587845 . A ACT 69.08 PASS AF=0.344828;AO=8;DP=30;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=7;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=9;FWDB=-0.00748554;FXX=0.0333222;HRUN=1;LEN=2;MLLD=290.505;QD=9.52834;RBI=0.0109785;REFB=-0.0017127;REVB=-0.00803082;RO=19;SAF=6;SAR=2;SRF=10;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.273982;STB=0.621967;STBP=0.398;TYPE=ins;VARB=0.00340324;OID=.;OPOS=36587846;OREF=-;OALT=CT;OMAPALT=ACT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.344828:8:30:10:29:19:7:3:10:9:69:19:6:2:10:9 chr22 36587952 . C T 40.31 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0233878;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=50.525;QD=14.6592;RBI=0.0293602;REFB=0.0121988;REVB=0.0177492;RO=5;SAF=1;SAR=5;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.392076;STB=0.739831;STBP=0.172;TYPE=snp;VARB=-0.00948777;OID=.;OPOS=36587952;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:11:11:5:5:6:6:0.545455:5:1:3:2:5:1:3:2 chr22 36591380 . A G 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=-0.000938824;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=177.861;QD=11.6338;RBI=0.0598204;REFB=-0.0147189;REVB=0.059813;RO=16;SAF=6;SAR=4;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.104401;STB=0.562374;STBP=0.627;TYPE=snp;VARB=0.0227679;OID=.;OPOS=36591380;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:4:6:8:8:4:6:8:8 chr22 36598049 . C G 358.36 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0651871;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.9742;QD=55.1316;RBI=0.123752;REFB=0;REVB=0.105191;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00425196;OID=.;OPOS=36598049;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:10:15:0:0:11:15:0:0 chr22 36598058 . T C 357.52 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0729094;FXX=0.0370233;HRUN=4;LEN=1;MLLD=82.3856;QD=55.0027;RBI=0.0879752;REFB=0;REVB=-0.0492327;RO=0;SAF=13;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130672;OID=.;OPOS=36598058;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:26:0:0:25:26:1:12:13:0:0:12:14:0:0 chr22 36623731 . T C 594.54 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00578742;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=200.257;QD=60.978;RBI=0.00615671;REFB=0;REVB=-0.0021002;RO=0;SAF=24;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.76123e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.54313e-05;OID=.;OPOS=36623731;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:39:0:0:38:39:1:14:24:0:0:15:24:0:0 chr22 36650956 . G A 93.81 PASS AF=0.324324;AO=12;DP=37;FAO=12;FDP=37;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=-0.0371952;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.796;QD=10.1415;RBI=0.0509492;REFB=-0.00102157;REVB=-0.0348187;RO=25;SAF=5;SAR=7;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160057;STB=0.596253;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.00399553;OID=.;OPOS=36650956;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:93:37:37:25:25:12:12:0.324324:7:5:14:11:7:5:14:11 chr22 36661330 . G A 192.41 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=-0.00405198;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.729;QD=16.034;RBI=0.00420627;REFB=-0.00247974;REVB=-0.00112878;RO=28;SAF=10;SAR=10;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0725981;STB=0.541625;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00254161;OID=.;OPOS=36661330;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:10:10:12:16:10:10:12:16 chr22 36661536 . C A 152.27 PASS AF=0.551724;AO=16;DP=29;FAO=16;FDP=29;FR=.;FRO=13;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0232652;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.9131;QD=21.0022;RBI=0.0290458;REFB=-0.0182676;REVB=-0.0173893;RO=12;SAF=7;SAR=9;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.172863;STB=0.5793;STBP=0.382;TYPE=snp;VARB=0.0164659;OID=.;OPOS=36661536;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:29:29:12:13:16:16:0.551724:9:7:8:4:9:7:8:5 chr22 36661566 . G A 121.58 PASS AF=0.4375;AO=14;DP=32;FAO=14;FDP=32;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=5;FWDB=-0.0107507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=228.895;QD=15.1969;RBI=0.0169496;REFB=-0.00567578;REVB=-0.0131038;RO=18;SAF=3;SAR=11;SRF=13;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.492714;STB=0.785306;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=0.00824149;OID=.;OPOS=36661566;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:32:32:18:18:14:14:0.4375:11:3:13:5:11:3:13:5 chr22 36661646 . G A 131.25 PASS AF=0.380952;AO=15;DP=41;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=18;FSRR=8;FWDB=0.0349183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.8256;QD=12.4995;RBI=0.0349957;REFB=-0.0375721;REVB=0.00232632;RO=26;SAF=6;SAR=9;SRF=18;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.307409;STB=0.653888;STBP=0.13;TYPE=snp;VARB=0.069557;OID=.;OPOS=36661646;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:26:26:15:16:0.380952:9:6:18:8:9:7:18:8 chr22 36661842 . G A 31.6 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=9;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0441344;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=302.351;QD=14.0438;RBI=0.0519338;REFB=-0.0052196;REVB=0.0273729;RO=4;SAF=2;SAR=3;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.251123;STB=0.651584;STBP=0.387;TYPE=snp;VARB=0.00438301;OID=.;OPOS=36661842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:9:9:4:4:5:5:0.555556:3:2:3:1:3:2:3:1 chr22 36677400 . G A 175.62 PASS AF=0.392157;AO=20;DP=51;FAO=20;FDP=51;FR=.;FRO=31;FSAF=14;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.000836356;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.916;QD=13.7739;RBI=0.0217115;REFB=-0.00876926;REVB=-0.0216954;RO=30;SAF=14;SAR=6;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.152574;STB=0.600753;STBP=0.296;TYPE=snp;VARB=0.0140786;OID=.;OPOS=36677400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:30:31:20:20:0.392157:6:14:17:13:6:14:17:14 chr22 36678314 . CG C 69.74 PASS AF=0.53125;AO=16;DP=34;FAO=17;FDP=32;FR=.;FRO=15;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=9;FSRR=6;FWDB=0.0830502;FXX=0.0588062;HRUN=5;LEN=1;MLLD=10.0725;QD=8.71688;RBI=0.0914688;REFB=-0.0781439;REVB=-0.0383303;RO=14;SAF=9;SAR=7;SRF=9;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0.322581;SSSB=-0.0679609;STB=0.505697;STBP=0.992;TYPE=del;VARB=0.134936;OID=.;OPOS=36678315;OREF=G;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.53125:16:34:17:32:15:10:7:9:6:56:14:9:7:9:5 chr22 36678453 . C G 163.73 PASS AF=0.367347;AO=18;DP=49;FAO=18;FDP=49;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=0.0494744;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.478;QD=13.3653;RBI=0.052926;REFB=-0.0142159;REVB=-0.0188;RO=31;SAF=6;SAR=12;SRF=17;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.237241;STB=0.638732;STBP=0.161;TYPE=snp;VARB=0.0163377;OID=.;OPOS=36678453;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:31:31:18:18:0.367347:12:6:17:14:12:6:17:14 chr22 36678476 . C A 154.75 PASS AF=0.377778;AO=17;DP=46;FAO=17;FDP=45;FR=.;FRO=28;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00313401;FXX=0.0217344;HRUN=3;LEN=1;MLLD=174.166;QD=13.7559;RBI=0.012437;REFB=-0.0327542;REVB=-0.0120357;RO=28;SAF=6;SAR=11;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0854415;STB=0.54994;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.0411748;OID=.;OPOS=36678476;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:45:28:28:17:17:0.377778:11:6:12:16:11:6:12:16 chr22 36684354 . T C 192.34 PASS AF=0.416667;AO=20;DP=48;FAO=20;FDP=48;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=9;FWDB=-0.0181933;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.81;QD=16.0285;RBI=0.0237818;REFB=0.00106192;REVB=-0.0153158;RO=28;SAF=10;SAR=10;SRF=19;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.182358;STB=0.604067;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-0.00379555;OID=.;OPOS=36684354;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:28:28:20:20:0.416667:10:10:19:9:10:10:19:9 chr22 36684358 . C A 179.15 PASS AF=0.395833;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=48;FR=.;FRO=29;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=19;FSRR=10;FWDB=-0.000411696;FXX=0.020404;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.891;QD=14.9291;RBI=0.00884788;REFB=-0.010052;REVB=-0.0088383;RO=29;SAF=9;SAR=10;SRF=19;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.188861;STB=0.608585;STBP=0.232;TYPE=snp;VARB=0.0413648;OID=.;OPOS=36684358;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:48:29:29:19:19:0.395833:10:9:19:10:10:9:19:10 chr22 36691607 . A C 575.76 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.01975;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.129;QD=60.6063;RBI=0.024069;REFB=0;REVB=0.0137569;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.47008e-05;OID=.;OPOS=36691607;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr22 36700175 . A G 423.1 PASS AF=0.546667;AO=41;DP=78;FAO=41;FDP=75;FR=.;FRO=34;FSAF=16;FSAR=25;FSRF=20;FSRR=14;FWDB=-0.00439684;FXX=0.0384566;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.742;QD=22.5653;RBI=0.00698334;REFB=-0.00160848;REVB=0.00542539;RO=32;SAF=16;SAR=25;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.163473;STB=0.590507;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00125289;OID=.;OPOS=36700175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:78:75:32:34:41:41:0.546667:25:16:19:13:25:16:20:14 chr22 36900271 . T C 304.07 PASS AF=0.414634;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=82;FR=.;FRO=48;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=20;FSRR=28;FWDB=-0.0122835;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.081;QD=14.8325;RBI=0.0420139;REFB=-0.0168922;REVB=-0.0401781;RO=48;SAF=16;SAR=18;SRF=20;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.056151;STB=0.531773;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0259066;OID=.;OPOS=36900271;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:82:48:48:34:34:0.414634:18:16:20:28:18:16:20:28 chr22 36900806 . A G 54.7 PASS AF=0.333333;AO=8;DP=24;FAO=8;FDP=24;FR=.;FRO=16;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=12;FWDB=-0.136303;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.2777;QD=9.11601;RBI=0.136921;REFB=0.0378464;REVB=-0.0129936;RO=15;SAF=2;SAR=6;SRF=3;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0748347;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0985565;OID=.;OPOS=36900806;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:54:24:24:15:16:8:8:0.333333:6:2:3:12:6:2:4:12 chr22 37163329 . C T 622.7 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0410759;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=46.6536;QD=59.3049;RBI=0.0603298;REFB=0;REVB=0.0441867;RO=0;SAF=22;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19993e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00178168;OID=.;OPOS=37163329;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:40:42:1:18:22:0:0:18:24:0:0 chr22 37196971 . C A 147.28 PASS AF=0.26087;AO=8;DP=47;FAO=12;FDP=46;FR=.,HEALED;FRO=29;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=1;FSRR=28;FWDB=0.0115528;FXX=0.0212721;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.46;QD=12.8067;RBI=0.0117092;REFB=-0.0257411;REVB=0.00190689;RO=30;SAF=4;SAR=4;SRF=2;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.586161;STB=0.782338;STBP=0.159;TYPE=snp;VARB=0.053506;OID=.;OPOS=37196971;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:47:46:30:29:8:12:0.26087:4:4:2:28:8:4:1:28 chr22 37267767 . A G 84.29 PASS AF=0.333333;AO=11;DP=34;FAO=11;FDP=33;FR=.;FRO=22;FSAF=7;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=16;FWDB=-0.0815091;FXX=0.0294031;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.233;QD=10.2172;RBI=0.084838;REFB=-0.00924315;REVB=-0.0235319;RO=22;SAF=7;SAR=4;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.385999;STB=0.72879;STBP=0.078;TYPE=snp;VARB=0.0410911;OID=.;OPOS=37267767;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:84:34:33:22:22:11:11:0.333333:4:7:6:16:4:7:6:16 chr22 37268257 . C T 172.13 PASS AF=0.473684;AO=18;DP=38;FAO=18;FDP=38;FR=.;FRO=20;FSAF=8;FSAR=10;FSRF=9;FSRR=11;FWDB=0.0037498;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=262.643;QD=18.1185;RBI=0.0251582;REFB=-0.0105387;REVB=-0.0248771;RO=20;SAF=8;SAR=10;SRF=9;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00519108;STB=0.502955;STBP=0.962;TYPE=snp;VARB=0.0112403;OID=.;OPOS=37268257;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:20:20:18:18:0.473684:10:8:9:11:10:8:9:11 chr22 37271882 . T C 128.04 PASS AF=0.56;AO=14;DP=25;FAO=14;FDP=25;FR=.;FRO=11;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=4;FWDB=-0.00481904;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.987;QD=20.4857;RBI=0.019478;REFB=-0.0420823;REVB=0.0188725;RO=11;SAF=7;SAR=7;SRF=7;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.105797;STB=0.559915;STBP=0.537;TYPE=snp;VARB=0.0370923;OID=.;OPOS=37271882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:25:25:11:11:14:14:0.56:7:7:7:4:7:7:7:4 chr22 37332594 . G A 316.82 PASS AF=0.532258;AO=33;DP=62;FAO=33;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=17;FSAR=16;FSRF=14;FSRR=15;FWDB=0.00457727;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.619;QD=20.4401;RBI=0.0208473;REFB=-0.0234938;REVB=0.0203386;RO=29;SAF=17;SAR=16;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0273066;STB=0.515142;STBP=0.839;TYPE=snp;VARB=0.0164267;OID=.;OPOS=37332594;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:29:29:33:33:0.532258:16:17:14:15:16:17:14:15 chr22 37333794 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326353;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.445;QD=39.2043;RBI=0.0327963;REFB=0;REVB=-0.00324646;RO=0;SAF=6;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000481519;OID=.;OPOS=37333794;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:3:6:0:0:3:6:0:0 chr22 37398195 . C T 928.4 PASS AF=0.984615;AO=64;DP=67;FAO=64;FDP=65;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0148325;FXX=0.0298463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.9109;QD=57.132;RBI=0.0354963;REFB=-0.00500138;REVB=0.0322487;RO=1;SAF=44;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106152;STB=0.505616;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.000650058;OID=.;OPOS=37398195;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:67:65:1:1:64:64:0.984615:20:44:1:0:20:44:1:0 chr22 37398201 . C A 997.42 PASS AF=0.985507;AO=68;DP=70;FAO=68;FDP=69;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00901106;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.381;QD=57.8213;RBI=0.0430774;REFB=0.00999829;REVB=0.0421244;RO=1;SAF=47;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00995181;STB=0.505262;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=2.38865e-05;OID=.;OPOS=37398201;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:69:1:1:68:68:0.985507:21:47:1:0:21:47:1:0 chr22 37409319 . T C 1443.4 PASS AF=0.95;AO=95;DP=100;FAO=95;FDP=100;FR=.;FRO=5;FSAF=38;FSAR=57;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=-0.0224465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=52.2839;QD=57.7358;RBI=0.0274769;REFB=-0.11173;REVB=0.0158472;RO=4;SAF=38;SAR=57;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00795773;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0051117;OID=.;OPOS=37409319;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:100:100:4:5:95:95:0.95:57:38:2:2:57:38:2:3 chr22 37453452 . C T 395.74 PASS AF=0.935484;AO=29;DP=32;FAO=29;FDP=31;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0690836;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.939;QD=51.0628;RBI=0.0693572;REFB=-0.143743;REVB=-0.00615371;RO=1;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.03211;STB=0.53331;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.00395735;OID=.;OPOS=37453452;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:31:1:2:29:29:0.935484:14:15:0:1:14:15:0:2 chr22 37462926 . G A 251.24 PASS AF=0.37037;AO=30;DP=81;FAO=30;FDP=81;FR=.;FRO=51;FSAF=13;FSAR=17;FSRF=21;FSRR=30;FWDB=0.00836792;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=227.996;QD=12.407;RBI=0.016802;REFB=-0.0162914;REVB=0.01457;RO=51;SAF=13;SAR=17;SRF=21;SRR=30;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0241552;STB=0.513868;STBP=0.865;TYPE=snp;VARB=0.0274839;OID=.;OPOS=37462926;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:81:81:51:51:30:30:0.37037:17:13:21:30:17:13:21:30 chr22 37462936 . A G 152.86 PASS AF=0.3;AO=19;DP=67;FAO=21;FDP=70;FR=.;FRO=49;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=30;FWDB=0.0219809;FXX=0.0277739;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.6268;QD=8.73474;RBI=0.0243126;REFB=-0.022738;REVB=0.0103895;RO=45;SAF=8;SAR=11;SRF=18;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0255453;STB=0.529384;STBP=0.772;TYPE=snp;VARB=0.0596343;OID=.;OPOS=37462936;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:70:45:49:19:21:0.3:11:8:18:27:12:9:19:30 chr22 37469591 . G A 202.01 PASS AF=0.526316;AO=20;DP=38;FAO=20;FDP=38;FR=.;FRO=18;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=0.00639196;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.696;QD=21.2644;RBI=0.0486007;REFB=-0.0151098;REVB=0.0481785;RO=18;SAF=12;SAR=8;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00976358;STB=0.505489;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=0.0117595;OID=.;OPOS=37469591;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:18:18:20:20:0.526316:8:12:11:7:8:12:11:7 chr22 37480797 . C T 107.12 PASS AF=0.571429;AO=12;DP=21;FAO=12;FDP=21;FR=.;FRO=9;FSAF=5;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0222804;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.9732;QD=20.4045;RBI=0.0225453;REFB=-0.00990971;REVB=-0.00344586;RO=9;SAF=5;SAR=7;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.104918;STB=0.559899;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0134865;OID=.;OPOS=37480797;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:68:21:21:9:9:12:12:0.571429:7:5:5:4:7:5:5:4 chr22 37485724 . T C 622.21 PASS AF=0.467153;AO=64;DP=137;FAO=64;FDP=137;FR=.;FRO=73;FSAF=40;FSAR=24;FSRF=37;FSRR=36;FWDB=-0.00717695;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=234.043;QD=18.1668;RBI=0.0117819;REFB=-0.00859885;REVB=0.00934364;RO=71;SAF=40;SAR=24;SRF=36;SRR=35;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.115373;STB=0.564951;STBP=0.173;TYPE=snp;VARB=0.0109525;OID=.;OPOS=37485724;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:137:137:71:73:64:64:0.467153:24:40:36:35:24:40:37:36 chr22 37492731 . G A 75.14 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=30;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=7;FSRR=13;FWDB=-0.022685;FXX=0.0322477;HRUN=3;LEN=1;MLLD=170.648;QD=10.0183;RBI=0.0279066;REFB=-0.0142233;REVB=-0.0162533;RO=18;SAF=3;SAR=7;SRF=7;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.106424;STB=0.538383;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.0219601;OID=.;OPOS=37492731;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:29:30:18:20:10:10:0.333333:7:3:7:11:7:3:7:13 chr22 37524619 . G T 371.32 PASS AF=0.513514;AO=39;DP=74;FAO=38;FDP=74;FR=.;FRO=36;FSAF=21;FSAR=17;FSRF=18;FSRR=18;FWDB=0.0207112;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.6563;QD=20.0713;RBI=0.0616913;REFB=-0.0244953;REVB=-0.0581108;RO=34;SAF=22;SAR=17;SRF=17;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0544578;STB=0.525737;STBP=0.704;TYPE=snp;VARB=0.0213124;OID=.;OPOS=37524619;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:34:36:39:38:0.513514:17:22:17:17:17:21:18:18 chr22 37531436 . G A 116.35 PASS AF=0.35;AO=14;DP=40;FAO=14;FDP=40;FR=.;FRO=26;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=12;FWDB=0.0265793;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.875;QD=11.6353;RBI=0.026667;REFB=-0.0106679;REVB=-0.00216041;RO=25;SAF=2;SAR=12;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.479466;STB=0.79952;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.049577;OID=.;OPOS=37531436;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:26:14:14:0.35:12:2:13:12:12:2:14:12 chr22 37578579 . C T 167.89 PASS AF=0.418605;AO=18;DP=43;FAO=18;FDP=43;FR=.;FRO=25;FSAF=12;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=10;FWDB=0.00995338;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.8422;QD=15.6176;RBI=0.0111178;REFB=-0.0118961;REVB=0.00495325;RO=25;SAF=12;SAR=6;SRF=15;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0733128;STB=0.542325;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.0166427;OID=.;OPOS=37578579;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:43:25:25:18:18:0.418605:6:12:15:10:6:12:15:10 chr22 37578807 . G A 212.43 PASS AF=0.341772;AO=27;DP=79;FAO=27;FDP=79;FR=.;FRO=52;FSAF=9;FSAR=18;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.0106522;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.976;QD=10.7557;RBI=0.0348911;REFB=-0.00887284;REVB=0.0332253;RO=51;SAF=9;SAR=18;SRF=20;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0722177;STB=0.55042;STBP=0.563;TYPE=snp;VARB=0.0307193;OID=.;OPOS=37578807;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:51:52:27:27:0.341772:18:9:20:31:18:9:21:31 chr22 37580442 . A T 320.95 PASS AF=0.607843;AO=31;DP=51;FAO=31;FDP=51;FR=.;FRO=20;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=10;FSRR=10;FWDB=-0.0209179;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6312;QD=25.1725;RBI=0.0344433;REFB=-0.0203514;REVB=0.0273639;RO=20;SAF=14;SAR=17;SRF=10;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0346745;STB=0.519072;STBP=0.724;TYPE=snp;VARB=0.0191832;OID=.;OPOS=37580442;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:20:20:31:31:0.607843:17:14:10:10:17:14:10:10 chr22 37581485 . C A 146.27 PASS AF=0.444444;AO=16;DP=35;FAO=16;FDP=36;FR=.;FRO=20;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=3;FSRR=17;FWDB=0.0166901;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=151.695;QD=16.2517;RBI=0.0196186;REFB=0.00496997;REVB=0.0103116;RO=15;SAF=7;SAR=9;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.277595;STB=0.668938;STBP=0.131;TYPE=snp;VARB=-0.00408974;OID=.;OPOS=37581485;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:15:20:16:16:0.444444:9:7:2:13:9:7:3:17 chr22 37602583 . G C,GC 277.3 PASS AF=0,1;AO=2,20;DP=25;FAO=0,25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=0,15;FSAR=0,10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0453492,0.0119938;FXX=0;HRUN=2,3;LEN=1,1;MLLD=6.16729,20.9045;QD=44.3677;RBI=0.045351,0.0321526;REFB=0,0;REVB=0.00040065,-0.0298318;RO=2;SAF=2,10;SAR=0,10;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,-0.0835989;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,-0.00334028;OID=.,.;OPOS=37602583,37602584;OREF=G,-;OALT=C,C;OMAPALT=C,GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/2:3:25:25:2:0:2,20:0,25:0,1:0,10:2,10:2:0:0,10:0,15:0:0 chr22 37603744 . C T 57.93 PASS AF=0.470588;AO=8;DP=17;FAO=8;FDP=17;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=-0.00346534;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=124.444;QD=13.6302;RBI=0.0330949;REFB=-0.00722731;REVB=-0.032913;RO=9;SAF=4;SAR=4;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149044;STB=0.588021;STBP=0.511;TYPE=snp;VARB=0.00923842;OID=.;OPOS=37603744;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:57:17:17:9:9:8:8:0.470588:4:4:3:6:4:4:3:6 chr22 37637653 . G C 233.5 PASS AF=0.435484;AO=27;DP=61;FAO=27;FDP=62;FR=.;FRO=35;FSAF=15;FSAR=12;FSRF=9;FSRR=26;FWDB=0.00163162;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=141.876;QD=15.0642;RBI=0.00358814;REFB=-0.00755609;REVB=-0.00319571;RO=34;SAF=15;SAR=12;SRF=8;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.309979;STB=0.664223;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.00587753;OID=.;OPOS=37637653;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:34:35:27:27:0.435484:12:15:8:26:12:15:9:26 chr22 37678551 . A G 650.37 PASS AF=1;AO=40;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0250135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.452;QD=61.9404;RBI=0.0255829;REFB=0;REVB=0.00536768;RO=0;SAF=21;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.17587e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000233289;OID=.;OPOS=37678551;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:40:42:1:19:21:0:0:20:22:0:0 chr22 37678565 . G A 268.86 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=13;FSAR=12;FSRF=11;FSRR=12;FWDB=0.0225188;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=211.761;QD=22.4052;RBI=0.0281438;REFB=-0.0290929;REVB=0.0168812;RO=22;SAF=13;SAR=12;SRF=10;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0548052;STB=0.519984;STBP=0.831;TYPE=snp;VARB=0.034541;OID=.;OPOS=37678565;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:22:23:25:25:0.520833:12:13:10:12:12:13:11:12 chr22 37699377 . T C 246.83 PASS AF=0.709677;AO=22;DP=31;FAO=22;FDP=31;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00324109;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=115.061;QD=31.849;RBI=0.0033104;REFB=-0.00502624;REVB=0.000673884;RO=9;SAF=8;SAR=14;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0173872;STB=0.509546;STBP=0.861;TYPE=snp;VARB=0.00513234;OID=.;OPOS=37699377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:62:31:31:9:9:22:22:0.709677:14:8:3:6:14:8:3:6 chr22 37764092 . GTTTTA AGTTTT,GTTTA,GTTT,GTTTT 44.43 PASS AF=0,0.263158,0.157895,0;AO=2,4,2,3;DP=18;FAO=0,5,3,0;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=0,4,2,0;FSAR=0,1,1,0;FSRF=2;FSRR=9;FWDB=0.0460703,-0.186451,-0.0767101,0.0230641;FXX=0;HRUN=1,4,4,4;LEN=6,1,2,1;MLLD=32.3651,13.1065,19.1703,13.4651;QD=9.35449;RBI=0.211176,0.279856,0.120731,0.45947;REFB=-0.00611549,-0.0632323,-0.0537757,-0.0369942;REVB=-0.206089,0.208699,-0.0932279,-0.45889;RO=5;SAF=0,4,2,0;SAR=2,0,0,3;SRF=2;SRR=3;SSEN=0,0,0,0.444444;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.589598,0.732272,0.64233,-0.658479;STB=0.5,0.868359,0.831744,0.5;STBP=1,0.104,0.437,1;TYPE=mnp,del,del,del;VARB=0,0.0865669,0.162145,0.0213391;OID=.,.,.,.;OPOS=37764092,37764093,37764096,37764097;OREF=GTTTTA,T,TA,A;OALT=AGTTTT,-,-,-;OMAPALT=AGTTTT,GTTTA,GTTT,GTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:30:18:19:5:11:2,4,2,3:0,5,3,0:0,0.263158,0.157895,0:2,0,0,3:0,4,2,0:2:3:0,1,1,0:0,4,2,0:2:9 chr22 37770066 . G T 746.3 PASS AF=1;AO=47;DP=47;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00483533;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.43;QD=63.515;RBI=0.00549172;REFB=0;REVB=0.00260357;RO=0;SAF=25;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.36859e-05;OID=.;OPOS=37770066;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:47:47:0:0:47:47:1:22:25:0:0:22:25:0:0 chr22 37770357 . A G 599.53 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000244871;FXX=0.0249938;HRUN=3;LEN=1;MLLD=79.6291;QD=61.4905;RBI=0.00285265;REFB=0;REVB=0.00284212;RO=0;SAF=26;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0019655;OID=.;OPOS=37770357;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:13:26:0:0:13:26:0:0 chr22 37771158 . G A 650.47 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0215347;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=51.4605;QD=61.9494;RBI=0.0791671;REFB=0;REVB=0.0761819;RO=0;SAF=18;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00154144;OID=.;OPOS=37771158;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:24:18:0:0:24:18:0:0 chr22 37771985 . A G 563.48 PASS AF=1;AO=29;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0776542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.9384;QD=59.3132;RBI=0.0943626;REFB=0;REVB=0.0536109;RO=0;SAF=8;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.4007e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000860632;OID=.;OPOS=37771985;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:29:38:1:21:8:0:0:28:10:0:0 chr22 37891786 . TGC CTG,TG 38.74 PASS AF=0.0454545,0.318182;AO=2,5;DP=22;FAO=1,7;FDP=22;FR=.;FRO=14;FSAF=0,4;FSAR=1,3;FSRF=4;FSRR=10;FWDB=-0.0566488,-0.116244;FXX=0;HRUN=1,4;LEN=3,1;MLLD=171.629,17.1122;QD=7.04318;RBI=0.0850915,0.142652;REFB=-0.00428256,-0.0952068;REVB=-0.0634939,-0.0826853;RO=14;SAF=0,3;SAR=2,2;SRF=4;SRR=10;SSEN=0,0.328571;SSEP=0,0;SSSB=-0.475704,0.342111;STB=0.985671,0.68373;STBP=0.531,0.291;TYPE=mnp,del;VARB=0.13803,0.126321;OID=.,.;OPOS=37891786,37891788;OREF=TGC,C;OALT=CTG,-;OMAPALT=CTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:32:22:22:14:14:2,5:1,7:0.0454545,0.318182:2,2:0,3:4:10:1,3:0,4:4:10 chr22 37906308 . GCTCCTT G 1125.25 PASS AF=0.587571;AO=99;DP=145;FAO=104;FDP=177;FR=.;FRO=73;FSAF=47;FSAR=57;FSRF=56;FSRR=17;FWDB=-0.0417197;FXX=0.101518;HRUN=1;LEN=6;MLLD=162.672;QD=25.4293;RBI=0.0481598;REFB=-0.0129025;REVB=0.024059;RO=0;SAF=45;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.627958;STBP=0;TYPE=del;VARB=0.0145763;OID=.;OPOS=37906309;OREF=CTCCTT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.587571:99:145:104:177:73:47:57:56:17:99:0:45:54:0:0 chr22 38035851 . A G 76.29 PASS AF=0.416667;AO=9;DP=23;FAO=10;FDP=24;FR=.;FRO=14;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.0468421;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.5707;QD=12.7158;RBI=0.0844873;REFB=-0.0420222;REVB=-0.070313;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168206;STB=0.571292;STBP=0.629;TYPE=snp;VARB=0.050087;OID=.;OPOS=38035851;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:23:24:14:14:9:10:0.416667:4:5:10:4:4:6:10:4 chr22 38037105 . TCCCCCCCCCCCCCA TCCCCCCCCCCACCA,TCCCCCCCCCCCCA,TCCCCCCCCCCCCAC 331.83 PASS AF=0.45,0.533333,0.0166667;AO=10,7,3;DP=65;FAO=27,32,1;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0,0;FSAR=27,32,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0,0;FXX=0.0908953;HRUN=13,13,13;LEN=1,1,2;MLLD=221.742,4.34257,13.0978;QD=22.1219;RBI=0.0101047,0.265148,0.0017212;REFB=0.0184863,0.238824,0.071491;REVB=0.0101047,0.265148,-0.0017212;RO=10;SAF=0,0,0;SAR=10,7,3;SRF=0;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=-0.000179178,0.00536244,0.127135;OID=.,.,.;OPOS=38037116,38037106,38037118;OREF=C,C,CA;OALT=A,-,AC;OMAPALT=TCCCCCCCCCCACCA,TCCCCCCCCCCCCA,TCCCCCCCCCCCCAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.45,0.533333,0.0166667:10,7,3:65:27,32,1:60:0:0,0,0:27,32,1:0:0:99:10:0,0,0:10,7,3:0:10 chr22 38051999 . C T 540.17 PASS AF=0.620253;AO=49;DP=79;FAO=49;FDP=79;FR=.;FRO=30;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=23;FSRR=7;FWDB=-0.00690304;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.646;QD=27.3503;RBI=0.0175431;REFB=-0.0252473;REVB=-0.0161279;RO=30;SAF=27;SAR=22;SRF=23;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.155052;STB=0.584141;STBP=0.082;TYPE=snp;VARB=0.0147065;OID=.;OPOS=38051999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:30:30:49:49:0.620253:22:27:23:7:22:27:23:7 chr22 38065655 . A G 157.0 PASS AF=0.435897;AO=17;DP=39;FAO=17;FDP=39;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=6;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00878382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.789;QD=16.1023;RBI=0.0191037;REFB=-0.0140528;REVB=-0.0169645;RO=22;SAF=11;SAR=6;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149397;STB=0.586103;STBP=0.388;TYPE=snp;VARB=0.0168551;OID=.;OPOS=38065655;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:22:17:17:0.435897:6:11:11:11:6:11:11:11 chr22 38074434 . G A 129.61 PASS AF=0.314815;AO=17;DP=54;FAO=17;FDP=54;FR=.;FRO=37;FSAF=8;FSAR=9;FSRF=21;FSRR=16;FWDB=0.00604378;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=91.4418;QD=9.60058;RBI=0.0161999;REFB=-0.000992836;REVB=0.0150303;RO=36;SAF=8;SAR=9;SRF=20;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0968805;STB=0.566083;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=0.0021297;OID=.;OPOS=38074434;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:54:54:36:37:17:17:0.314815:9:8:20:16:9:8:21:16 chr22 38119213 . G A 105.84 PASS AF=0.361111;AO=12;DP=35;FAO=13;FDP=36;FR=.;FRO=23;FSAF=10;FSAR=3;FSRF=13;FSRR=10;FWDB=0.0290404;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.757;QD=11.7594;RBI=0.0293061;REFB=-0.0305478;REVB=-0.00393751;RO=23;SAF=10;SAR=2;SRF=13;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.363668;STB=0.65301;STBP=0.2;TYPE=snp;VARB=0.0642242;OID=.;OPOS=38119213;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:36:23:23:12:13:0.361111:2:10:13:10:3:10:13:10 chr22 38119754 . TCAA T 56.28 PASS AF=0.4;AO=8;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=5;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=11;FWDB=0.0476197;FXX=0;HRUN=1;LEN=3;MLLD=277.849;QD=11.257;RBI=0.0500717;REFB=-0.00581151;REVB=0.0154772;RO=12;SAF=5;SAR=3;SRF=1;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.5098;STB=0.794889;STBP=0.065;TYPE=del;VARB=0.00772808;OID=.;OPOS=38119755;OREF=CAA;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.4:8:20:8:20:12:5:3:1:11:56:12:5:3:1:11 chr22 38119789 . G A 48.88 PASS AF=0.5;AO=7;DP=14;FAO=7;FDP=14;FR=.;FRO=7;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.00535834;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=162.684;QD=13.965;RBI=0.00610993;REFB=-0.00647804;REVB=0.00293588;RO=7;SAF=1;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.439386;STB=0.768342;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.00764458;OID=.;OPOS=38119789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:14:14:7:7:7:7:0.5:6:1:4:3:6:1:4:3 chr22 38121152 . C A 123.11 PASS AF=0.340426;AO=15;DP=45;FAO=16;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=20;FSRR=11;FWDB=-0.00369351;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.9072;QD=10.4775;RBI=0.00668149;REFB=-0.0292011;REVB=-0.00556779;RO=30;SAF=10;SAR=5;SRF=19;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0412582;STB=0.531682;STBP=0.788;TYPE=snp;VARB=0.0938434;OID=.;OPOS=38121152;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:47:30:31:15:16:0.340426:5:10:19:11:5:11:20:11 chr22 38122122 . T C 321.97 PASS AF=0.448718;AO=34;DP=77;FAO=35;FDP=78;FR=.;FRO=43;FSAF=6;FSAR=29;FSRF=6;FSRR=37;FWDB=-0.0246703;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.6469;QD=16.5112;RBI=0.0284857;REFB=-0.00324702;REVB=-0.0142412;RO=43;SAF=5;SAR=29;SRF=6;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0150638;STB=0.53224;STBP=0.698;TYPE=snp;VARB=0.00463817;OID=.;OPOS=38122122;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:77:78:43:43:34:35:0.448718:29:5:6:37:29:6:6:37 chr22 38122448 . C T 85.34 PASS AF=0.714286;AO=6;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.,HEALED;FRO=4;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.215205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2197;QD=24.3827;RBI=0.229479;REFB=-0.0523902;REVB=0.07967;RO=4;SAF=2;SAR=4;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0648362;STB=0.571288;STBP=0.418;TYPE=snp;VARB=0.0330631;OID=.;OPOS=38122448;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:6:10:0.714286:4:2:1:3:5:5:1:3 chr22 38122462 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234162;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.914;QD=42.1823;RBI=0.0389605;REFB=0;REVB=-0.0311384;RO=0;SAF=4;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000183637;OID=.;OPOS=38122462;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:7:4:0:0:7:4:0:0 chr22 38129332 . G A 467.93 PASS AF=0.522727;AO=45;DP=87;FAO=46;FDP=88;FR=.;FRO=42;FSAF=27;FSAR=19;FSRF=18;FSRR=24;FWDB=-0.0327203;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=48.2524;QD=21.2695;RBI=0.0631697;REFB=-0.0281611;REVB=0.0540352;RO=42;SAF=27;SAR=18;SRF=18;SRR=24;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.150628;STB=0.57586;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=0.050667;OID=.;OPOS=38129332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:87:88:42:42:45:46:0.522727:18:27:18:24:19:27:18:24 chr22 38130459 . GC CG,G,TC 350.78 PASS AF=0.0222222,0.244444,0.577778;AO=2,11,23;DP=45;FAO=1,11,26;FDP=45;FR=.;FRO=7;FSAF=1,1,12;FSAR=0,10,14;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0393961,0.148142,0.0211809;FXX=0.0425441;HRUN=1,5,1;LEN=2,1,1;MLLD=73.2888,9.00473,161.887;QD=31.18;RBI=0.0393976,0.161624,0.028596;REFB=-0.0541536,-0.0910718,-0.0371099;REVB=0.000345654,-0.0646236,0.0192119;RO=5;SAF=2,0,11;SAR=0,11,12;SRF=3;SRR=2;SSEN=0,0.5,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.589598,-0.821629,-0.039922;STB=0.987707,0.792976,0.523346;STBP=0.502,0.016,0.617;TYPE=mnp,del,snp;VARB=0.174909,0.231748,0.00780219;OID=.,.,.;OPOS=38130459,38130460,38130459;OREF=GC,C,G;OALT=CG,-,T;OMAPALT=CG,G,TC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:40:45:45:5:7:2,11,23:1,11,26:0.0222222,0.244444,0.577778:0,11,12:2,0,11:3:2:0,10,14:1,1,12:4:3 chr22 38130472 . T C 867.75 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0244594;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.824;QD=57.8501;RBI=0.0247431;REFB=0;REVB=-0.00373596;RO=0;SAF=27;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.7886e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.54379e-05;OID=.;OPOS=38130472;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:33:27:0:0:33:27:0:0 chr22 38164106 . C T 157.2 PASS AF=0.323077;AO=21;DP=66;FAO=21;FDP=65;FR=.;FRO=44;FSAF=13;FSAR=8;FSRF=27;FSRR=17;FWDB=0.00914644;FXX=0.0151492;HRUN=2;LEN=1;MLLD=210.562;QD=9.67381;RBI=0.0209609;REFB=-0.00470393;REVB=0.0188601;RO=44;SAF=13;SAR=8;SRF=27;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00657337;STB=0.503872;STBP=0.988;TYPE=snp;VARB=0.00977013;OID=.;OPOS=38164106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:65:44:44:21:21:0.323077:8:13:27:17:8:13:27:17 chr22 38202552 . T C 740.22 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00141001;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.3439;QD=56.9397;RBI=0.00157741;REFB=0;REVB=0.000707179;RO=0;SAF=15;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.99915e-06;OID=.;OPOS=38202552;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:37:15:0:0:37:15:0:0 chr22 38202642 . G T 208.4 PASS AF=0.9;AO=18;DP=20;FAO=18;FDP=20;FR=.;FRO=2;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.00938602;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=197.356;QD=41.6803;RBI=0.0177664;REFB=-0.0133535;REVB=-0.0150847;RO=1;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0611153;STB=0.56243;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.000575847;OID=.;OPOS=38202642;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:20:20:1:2:18:18:0.9:7:11:0:1:7:11:0:2 chr22 38202734 . G C 200.69 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500084;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.096;QD=47.2213;RBI=0.0504874;REFB=0;REVB=0.00693826;RO=0;SAF=8;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000670286;OID=.;OPOS=38202734;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:17:0:0:16:17:1:8:8:0:0:8:9:0:0 chr22 38204089 . C T 188.7 PASS AF=0.415094;AO=22;DP=53;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=0.0156029;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.036;QD=14.2416;RBI=0.0161073;REFB=-0.0142741;REVB=-0.00399952;RO=31;SAF=10;SAR=12;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.160652;STB=0.591755;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0208138;OID=.;OPOS=38204089;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:31:31:22:22:0.415094:12:10:19:12:12:10:19:12 chr22 38205989 . T C 300.56 PASS AF=0.507937;AO=32;DP=63;FAO=32;FDP=63;FR=.;FRO=31;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=14;FSRR=17;FWDB=-0.023185;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=185.487;QD=19.0831;RBI=0.028062;REFB=-0.0453112;REVB=0.0158092;RO=31;SAF=12;SAR=20;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0706329;STB=0.539394;STBP=0.573;TYPE=snp;VARB=0.0376853;OID=.;OPOS=38205989;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:31:31:32:32:0.507937:20:12:14:17:20:12:14:17 chr22 38341134 . T C 658.21 PASS AF=0.977273;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0799263;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.445;QD=59.8376;RBI=0.0844521;REFB=-0.130075;REVB=-0.0272751;RO=0;SAF=12;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.52854e-08;STB=0.51851;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.00900615;OID=.;OPOS=38341134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:43:44:0:1:42:43:0.977273:30:12:0:0:30:13:1:0 chr22 38382304 . G A 329.38 PASS AF=0.377551;AO=37;DP=98;FAO=37;FDP=98;FR=.;FRO=61;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=27;FSRR=34;FWDB=0.000364426;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.8688;QD=13.4442;RBI=0.00491994;REFB=-0.0232556;REVB=0.00490642;RO=57;SAF=16;SAR=21;SRF=24;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0123863;STB=0.506446;STBP=0.917;TYPE=snp;VARB=0.0332964;OID=.;OPOS=38382304;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:57:61:37:37:0.377551:21:16:24:33:21:16:27:34 chr22 38474696 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=23;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0239028;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.215;QD=53.9112;RBI=0.0266995;REFB=0;REVB=0.011896;RO=0;SAF=6;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.9951e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000243973;OID=.;OPOS=38474696;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:23:24:1:17:6:0:0:18:6:0:0 chr22 38477930 . G A 239.44 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0891613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9331;QD=50.4085;RBI=0.104788;REFB=0;REVB=0.055052;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00385452;OID=.;OPOS=38477930;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chr22 38506509 . A G 82.06 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0066702;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.632;QD=32.822;RBI=0.0564696;REFB=0.0381166;REVB=0.0560743;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545355;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=-0.000342599;OID=.;OPOS=38506509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:0:1:9:9:0.9:4:5:0:0:4:5:1:0 chr22 38507864 . GCCC GCC,GCCT 51.67 PASS AF=0.333333,0.444444;AO=3,4;DP=9;FAO=3,4;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=3,2;FSAR=0,2;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0259727,0.0523073;FXX=0;HRUN=3,3;LEN=1,1;MLLD=23.8708,48.6211;QD=22.9659;RBI=0.15771,0.0776573;REFB=-0.0160808,-0.08358;REVB=-0.155556,-0.0573987;RO=2;SAF=3,2;SAR=0,2;SRF=0;SRR=2;SSEN=0.401631,0;SSEP=0,0;SSSB=0.74993,0.277405;STB=0.995982,0.66592;STBP=0.058,0.397;TYPE=del,snp;VARB=0.0729072,-0.0110712;OID=.,.;OPOS=38507865,38507867;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=GCC,GCCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.333333,0.444444:3,4:9:3,4:9:2:3,2:0,2:0:2:18:2:3,2:0,2:0:2 chr22 38565347 . C T 247.49 PASS AF=0.348837;AO=30;DP=86;FAO=30;FDP=86;FR=.;FRO=56;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=33;FWDB=-0.00349331;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=174.066;QD=11.5109;RBI=0.00999522;REFB=-0.010795;REVB=0.00936489;RO=56;SAF=16;SAR=14;SRF=23;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137412;STB=0.579301;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.0318986;OID=.;OPOS=38565347;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:86:86:56:56:30:30:0.348837:14:16:23:33:14:16:23:33 chr22 38611080 . C G 615.66 PASS AF=0.405714;AO=70;DP=174;FAO=71;FDP=175;FR=.;FRO=104;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=47;FSRR=57;FWDB=-0.0230485;FXX=0.0112988;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.5312;QD=14.0721;RBI=0.0651637;REFB=-0.0414759;REVB=-0.0609514;RO=93;SAF=29;SAR=41;SRF=40;SRR=53;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.016587;STB=0.526465;STBP=0.561;TYPE=snp;VARB=0.0376293;OID=.;OPOS=38611080;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:174:175:93:104:70:71:0.405714:41:29:40:53:42:29:47:57 chr22 38612372 . A C 38.15 PASS AF=0.4;AO=6;DP=15;FAO=6;FDP=15;FR=.;FRO=9;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=1;FSRR=8;FWDB=0.0407469;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.23;QD=10.1733;RBI=0.0425045;REFB=-0.00743601;REVB=-0.0120963;RO=9;SAF=4;SAR=2;SRF=1;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.504538;STB=0.799198;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.0238169;OID=.;OPOS=38612372;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:15:15:9:9:6:6:0.4:2:4:1:8:2:4:1:8 chr22 38757547 . G C 33.08 PASS AF=0.08;AO=10;DP=126;FAO=10;FDP=125;FR=.;FRO=115;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=65;FSRR=50;FWDB=0.00203215;FXX=0.0234357;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.7005;QD=1.05854;RBI=0.0104548;REFB=-0.00243604;REVB=-0.0102554;RO=114;SAF=1;SAR=9;SRF=67;SRR=47;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.522454;STB=0.908867;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0440648;OID=.;OPOS=38757547;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:126:125:114:115:10:10:0.08:9:1:67:47:9:1:65:50 chr22 38757572 . T C 50.95 PASS AF=0.138889;AO=10;DP=74;FAO=10;FDP=72;FR=.;FRO=62;FSAF=1;FSAR=9;FSRF=28;FSRR=34;FWDB=-0.0103486;FXX=0.0270234;HRUN=1;LEN=1;MLLD=104.28;QD=2.83035;RBI=0.0220983;REFB=-0.00158084;REVB=0.0195254;RO=62;SAF=1;SAR=9;SRF=28;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.489572;STB=0.857736;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=0.0107625;OID=.;OPOS=38757572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:74:72:62:62:10:10:0.138889:9:1:28:34:9:1:28:34 chr22 38823136 . T C 188.53 PASS AF=1;AO=15;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0143171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.5248;QD=47.1314;RBI=0.153351;REFB=0;REVB=0.152681;RO=0;SAF=12;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00743645;OID=.;OPOS=38823136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:15:16:1:3:12:0:0:3:13:0:0 chr22 39022289 . C A 289.66 PASS AF=0.508197;AO=31;DP=61;FAO=31;FDP=61;FR=.;FRO=30;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.0237609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.671;QD=18.9939;RBI=0.0238221;REFB=-0.0172527;REVB=-0.00170641;RO=30;SAF=16;SAR=15;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.102242;STB=0.556926;STBP=0.393;TYPE=snp;VARB=0.017904;OID=.;OPOS=39022289;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:30:30:31:31:0.508197:15:16:12:18:15:16:12:18 chr22 39034786 . C T 454.15 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0561779;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.5492;QD=56.7683;RBI=0.131004;REFB=0;REVB=0.118347;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00178138;OID=.;OPOS=39034786;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:32:0:0:29:32:1:11:18:0:0:14:18:0:0 chr22 39082018 . G A 153.93 PASS AF=0.358491;AO=19;DP=53;FAO=19;FDP=53;FR=.;FRO=34;FSAF=10;FSAR=9;FSRF=19;FSRR=15;FWDB=0.00427707;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.433;QD=11.6172;RBI=0.0469759;REFB=-0.00714559;REVB=0.0467808;RO=34;SAF=10;SAR=9;SRF=19;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0358815;STB=0.520936;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0099446;OID=.;OPOS=39082018;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:34:34:19:19:0.358491:9:10:19:15:9:10:19:15 chr22 39095987 . A G 819.62 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0296083;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.027;QD=56.5255;RBI=0.0410697;REFB=0;REVB=0.0284617;RO=0;SAF=25;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000165836;OID=.;OPOS=39095987;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:58:0:0:57:58:1:32:25:0:0:32:26:0:0 chr22 39122038 . C T 594.54 PASS AF=1;AO=38;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00730176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.586;QD=60.9782;RBI=0.0151164;REFB=0;REVB=-0.0132359;RO=0;SAF=23;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.93699e-05;OID=.;OPOS=39122038;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:38:39:1:15:23:0:0:15:24:0:0 chr22 39125529 . G A 1339.92 PASS AF=0.988636;AO=84;DP=85;FAO=87;FDP=88;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00633342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5786;QD=60.9056;RBI=0.0141936;REFB=-0.0607062;REVB=0.0127022;RO=0;SAF=47;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=2.99643e-08;STB=0.506328;STBP=0.304;TYPE=snp;VARB=0.000612533;OID=.;OPOS=39125529;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:85:88:0:1:84:87:0.988636:37:47:0:0:39:48:0:1 chr22 39127758 . GAA GA,GAC 250.8 PASS AF=1,0;AO=13,5;DP=24;FAO=24,0;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=2,0;FSAR=22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00689329,-0.152714;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=15.0897,6.98512;QD=41.7991;RBI=0.287264,0.154998;REFB=0,0;REVB=0.287182,-0.0265073;RO=5;SAF=1,1;SAR=12,4;SRF=0;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.156425,0.331615;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0175529,0;OID=.,.;OPOS=39127759,39127760;OREF=A,A;OALT=-,C;OMAPALT=GA,GAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:13,5:24:24,0:24:0:2,0:22,0:0:0:3:5:1,1:12,4:0:5 chr22 39130843 . C G 192.82 PASS AF=0.894737;AO=17;DP=19;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0164021;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=183.403;QD=40.5941;RBI=0.022638;REFB=-0.125847;REVB=0.0156029;RO=2;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.101507;STB=0.55549;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=-1.72666e-05;OID=.;OPOS=39130843;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:19:19:2:2:17:17:0.894737:8:9:0:2:8:9:0:2 chr22 39134713 . CCT CCC,CC,C 490.32 PASS AF=0,1,0;AO=9,9,12;DP=38;FAO=0,35,0;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=0,13,0;FSAR=0,22,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.511714,-0.128931,0.374798;FXX=0.0789266;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,2;MLLD=7.84998,19.5448,7.45231;QD=56.036;RBI=0.571176,0.131091,0.466743;REFB=0,0,0;REVB=0.253752,-0.0237013,-0.278165;RO=0;SAF=9,1,0;SAR=0,8,12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,del,del;VARB=0,-0.00433809,0;OID=.,.,.;OPOS=39134715,39134715,39134714;OREF=T,T,CT;OALT=C,-,-;OMAPALT=CCC,CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 2/2:0,1,0:9,9,12:38:0,35,0:35:0:0,13,0:0,22,0:0:0:3:0:9,1,0:0,8,12:0:0 chr22 39138332 . G A 670.26 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0181808;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=83.3846;QD=62.3495;RBI=0.0246825;REFB=0;REVB=-0.0166939;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000247391;OID=.;OPOS=39138332;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chr22 39138399 . G A 141.31 PASS AF=0.380952;AO=16;DP=42;FAO=16;FDP=42;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=9;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.0127289;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.355;QD=13.4581;RBI=0.0143724;REFB=-0.0188486;REVB=0.0066739;RO=26;SAF=7;SAR=9;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.146985;STB=0.585692;STBP=0.405;TYPE=snp;VARB=0.034944;OID=.;OPOS=39138399;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:26:26:16:16:0.380952:9:7:15:11:9:7:15:11 chr22 39178701 . A G 710.44 PASS AF=0.980769;AO=51;DP=52;FAO=51;FDP=52;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0318747;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=88.7949;QD=54.6489;RBI=0.0485044;REFB=-0.155926;REVB=0.0365607;RO=1;SAF=27;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0192158;STB=0.5102;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.00251475;OID=.;OPOS=39178701;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:52:52:1:1:51:51:0.980769:24:27:0:1:24:27:0:1 chr22 39222652 . G A 185.54 PASS AF=0.407407;AO=21;DP=53;FAO=22;FDP=54;FR=.;FRO=32;FSAF=16;FSAR=6;FSRF=16;FSRR=16;FWDB=-0.0221999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9207;QD=13.7434;RBI=0.0437843;REFB=-0.0172765;REVB=-0.0377389;RO=31;SAF=15;SAR=6;SRF=16;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.222346;STB=0.646918;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.0199114;OID=.;OPOS=39222652;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:54:31:32:21:22:0.407407:6:15:16:15:6:16:16:16 chr22 39440149 . C T 80.07 PASS AF=0.526316;AO=10;DP=19;FAO=10;FDP=19;FR=.;FRO=9;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00849701;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=59.3155;QD=16.8561;RBI=0.0128948;REFB=-0.0101822;REVB=0.00969936;RO=9;SAF=3;SAR=7;SRF=3;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318185;STB=0.518481;STBP=0.971;TYPE=snp;VARB=0.019259;OID=.;OPOS=39440149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:9:9:10:10:0.526316:7:3:3:6:7:3:3:6 chr22 39441096 . G T 261.04 PASS AF=0.260563;AO=37;DP=142;FAO=37;FDP=142;FR=.;FRO=105;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=66;FSRR=39;FWDB=-0.000576379;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.631;QD=7.35319;RBI=0.00256064;REFB=-0.0171906;REVB=0.00249492;RO=104;SAF=15;SAR=22;SRF=66;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.277353;STB=0.660651;STBP=0.027;TYPE=snp;VARB=0.0260165;OID=.;OPOS=39441096;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:142:142:104:105:37:37:0.260563:22:15:66:38:22:15:66:39 chr22 39441203 . C T 205.36 PASS AF=0.428571;AO=24;DP=56;FAO=24;FDP=56;FR=.;FRO=32;FSAF=6;FSAR=18;FSRF=9;FSRR=23;FWDB=0.0332643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.829;QD=14.6688;RBI=0.0358188;REFB=-0.00529605;REVB=-0.0132842;RO=32;SAF=6;SAR=18;SRF=9;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0407131;STB=0.523236;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.00723154;OID=.;OPOS=39441203;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:32:32:24:24:0.428571:18:6:9:23:18:6:9:23 chr22 39445554 . G A 210.7 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.044897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.3259;QD=19.1546;RBI=0.0453829;REFB=0.000537808;REVB=-0.00662309;RO=21;SAF=9;SAR=12;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0434181;STB=0.503308;STBP=0.97;TYPE=snp;VARB=-0.000115853;OID=.;OPOS=39445554;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:21:23:21:21:0.477273:12:9:8:13:12:9:10:13 chr22 39496322 . TAAC T 194.04 PASS AF=0.407407;AO=28;DP=76;FAO=33;FDP=81;FR=.;FRO=48;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00210938;FXX=0.0121936;HRUN=2;LEN=3;MLLD=283.85;QD=9.58215;RBI=0.0021393;REFB=0.00467214;REVB=-0.000356547;RO=39;SAF=16;SAR=12;SRF=21;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0342345;STB=0.514664;STBP=0.862;TYPE=del;VARB=-0.00669479;OID=.;OPOS=39496323;OREF=AAC;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.407407:28:76:33:81:48:18:15:25:23:99:39:16:12:21:18 chr22 39496336 . G T 328.67 PASS AF=0.479452;AO=35;DP=73;FAO=35;FDP=73;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=17;FSRF=20;FSRR=18;FWDB=0.0387501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.785;QD=18.0093;RBI=0.0432059;REFB=-0.0295192;REVB=-0.0191097;RO=36;SAF=18;SAR=17;SRF=18;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.012995;STB=0.506266;STBP=0.941;TYPE=snp;VARB=0.0120095;OID=.;OPOS=39496336;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:36:38:35:35:0.479452:17:18:18:18:17:18:20:18 chr22 39496412 . G C 310.48 PASS AF=0.551724;AO=32;DP=58;FAO=32;FDP=58;FR=.;FRO=26;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.0078589;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.189;QD=21.4121;RBI=0.00835134;REFB=-0.0113736;REVB=0.00282534;RO=26;SAF=17;SAR=15;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0253516;STB=0.51403;STBP=0.862;TYPE=snp;VARB=0.0113173;OID=.;OPOS=39496412;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:58:58:26:26:32:32:0.551724:15:17:13:13:15:17:13:13 chr22 39497404 . G C 440.6 PASS AF=0.488889;AO=44;DP=90;FAO=44;FDP=90;FR=.;FRO=46;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=25;FSRR=21;FWDB=-0.00796421;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=202.334;QD=19.5822;RBI=0.0091517;REFB=-0.0210629;REVB=0.00450833;RO=46;SAF=20;SAR=24;SRF=25;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0817979;STB=0.545434;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=0.0182909;OID=.;OPOS=39497404;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:46:46:44:44:0.488889:24:20:25:21:24:20:25:21 chr22 39497452 . A G 236.17 PASS AF=0.5;AO=24;DP=51;FAO=26;FDP=52;FR=.;FRO=26;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=-0.0491903;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.6187;QD=18.1668;RBI=0.0637751;REFB=-0.0387138;REVB=-0.0405904;RO=27;SAF=10;SAR=14;SRF=13;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0617012;STB=0.519563;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0346549;OID=.;OPOS=39497452;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:27:26:24:26:0.5:14:10:13:14:15:11:12:14 chr22 39497454 . G C 248.08 PASS AF=0.510204;AO=24;DP=47;FAO=25;FDP=49;FR=.;FRO=24;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=10;FSRR=14;FWDB=-0.0802288;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=80.8748;QD=20.2516;RBI=0.0833994;REFB=-0.0392404;REVB=0.022777;RO=23;SAF=11;SAR=13;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0592592;STB=0.531123;STBP=0.666;TYPE=snp;VARB=0.0386288;OID=.;OPOS=39497454;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:49:23:24:24:25:0.510204:13:11:9:14:13:12:10:14 chr22 39497509 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0171216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=102.556;QD=53.2771;RBI=0.0230318;REFB=0;REVB=-0.015405;RO=0;SAF=2;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.63689e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.59798e-05;OID=.;OPOS=39497509;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:21:2:0:0:21:2:0:0 chr22 39498038 . G C 36.84 PASS AF=0.3;AO=6;DP=20;FAO=6;FDP=20;FR=.;FRO=14;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=5;FSRR=9;FWDB=-0.00892945;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.755;QD=7.36768;RBI=0.015114;REFB=-0.0289189;REVB=-0.0121942;RO=14;SAF=3;SAR=3;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.157893;STB=0.59968;STBP=0.589;TYPE=snp;VARB=0.0394345;OID=.;OPOS=39498038;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:20:20:14:14:6:6:0.3:3:3:5:9:3:3:5:9 chr22 39499653 . C T 64.35 PASS AF=0.727273;AO=8;DP=11;FAO=8;FDP=11;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0388544;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.816;QD=23.3999;RBI=0.0577168;REFB=-0.00995004;REVB=0.0426797;RO=3;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0212058;STB=0.512165;STBP=0.975;TYPE=snp;VARB=0.00356835;OID=.;OPOS=39499653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:11:11:3:3:8:8:0.727273:5:3:1:2:5:3:1:2 chr22 39530025 . AGGGGGC AGGAGGC,AGGGG,AGGGGC 103.1 PASS AF=0.08,0,0.6;AO=2,4,10;DP=27;FAO=2,0,15;FDP=25;FR=.;FRO=8;FSAF=0,0,1;FSAR=2,0,14;FSRF=3;FSRR=5;FWDB=-0.0223644,-0.0638519,0.0716516;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,1;MLLD=240.928,18.7685,11.7643;QD=16.4956;RBI=0.0366823,0.195396,0.163943;REFB=-0.0109939,0.000320362,-0.120204;REVB=-0.0290762,-0.184669,-0.147456;RO=6;SAF=0,1,0;SAR=2,3,10;SRF=2;SRR=4;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.562437,-0.0959372,-0.795428;STB=0.993043,0.5,0.74623;STBP=0.317,1,0.062;TYPE=snp,del,del;VARB=0.0584429,-0.0147156,0.0304195;OID=.,.,.;OPOS=39530028,39530030,39530026;OREF=G,GC,G;OALT=A,-,-;OMAPALT=AGGAGGC,AGGGG,AGGGGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0.08,0,0.6:2,4,10:27:2,0,15:25:8:0,0,1:2,0,14:3:5:38:6:0,1,0:2,3,10:2:4 chr22 39570168 . A G 296.75 PASS AF=0.566038;AO=30;DP=52;FAO=30;FDP=53;FR=.;FRO=23;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=10;FSRR=13;FWDB=0.00138628;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.857;QD=22.3962;RBI=0.0114613;REFB=-0.00306375;REVB=-0.0113771;RO=21;SAF=19;SAR=11;SRF=9;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.156611;STB=0.588327;STBP=0.16;TYPE=snp;VARB=0.00190069;OID=.;OPOS=39570168;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:53:21:23:30:30:0.566038:11:19:9:12:11:19:10:13 chr22 39570230 . G A 300.06 PASS AF=0.452055;AO=33;DP=73;FAO=33;FDP=73;FR=.;FRO=40;FSAF=21;FSAR=12;FSRF=20;FSRR=20;FWDB=-0.00665427;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.732;QD=16.4417;RBI=0.0196621;REFB=-0.0274102;REVB=0.0185019;RO=40;SAF=21;SAR=12;SRF=20;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.137168;STB=0.577272;STBP=0.253;TYPE=snp;VARB=0.0480116;OID=.;OPOS=39570230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:73:40:40:33:33:0.452055:12:21:20:20:12:21:20:20 chr22 39709009 . G A 397.19 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.100127;FXX=0.0344709;HRUN=2;LEN=1;MLLD=214.537;QD=56.7412;RBI=0.104425;REFB=0;REVB=0.029653;RO=0;SAF=15;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000590897;OID=.;OPOS=39709009;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:13:15:0:0:13:15:0:0 chr22 39710737 . C T 51.12 PASS AF=0.296296;AO=8;DP=27;FAO=8;FDP=27;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=8;FSRR=11;FWDB=0.0370246;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.1092;QD=7.57342;RBI=0.0480376;REFB=-0.0146068;REVB=0.0306069;RO=19;SAF=3;SAR=5;SRF=8;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0542234;STB=0.533895;STBP=0.844;TYPE=snp;VARB=0.0576058;OID=.;OPOS=39710737;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:51:27:27:19:19:8:8:0.296296:5:3:8:11:5:3:8:11 chr22 39712981 . A G 576.03 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256699;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.282;QD=60.6348;RBI=0.0264267;REFB=0;REVB=-0.0062791;RO=0;SAF=25;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.95506e-05;OID=.;OPOS=39712981;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:12:25:0:0:12:26:0:0 chr22 39770597 . A G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0674812;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.033;QD=44.6894;RBI=0.0709898;REFB=0;REVB=-0.0220417;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00100327;OID=.;OPOS=39770597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:10:3:0:0:10:3:0:0 chr22 39777822 . C CCAA 763.67 PASS AF=1;AO=43;DP=50;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0476167;FXX=0;HRUN=3;LEN=3;MLLD=269.552;QD=63.6395;RBI=0.0483309;REFB=0;REVB=0.00827822;RO=3;SAF=14;SAR=29;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0905439;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=6.76306e-05;OID=.;OPOS=39777823;OREF=-;OALT=CAA;OMAPALT=CCAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:43:50:48:48:0:18:30:0:0:4:3:14:29:3:0 chr22 39781585 . C T 1044.34 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.372;QD=59.6763;RBI=0.0586296;REFB=0;REVB=0.0489166;RO=0;SAF=27;SAR=43;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000606061;OID=.;OPOS=39781585;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:70:0:0:70:70:1:43:27:0:0:43:27:0:0 chr22 39815564 . T G 116.52 PASS AF=0.333333;AO=14;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=4;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=-0.0433383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=217.903;QD=10.357;RBI=0.0434464;REFB=-0.0165126;REVB=-0.00306242;RO=30;SAF=3;SAR=11;SRF=14;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324868;STB=0.646851;STBP=0.184;TYPE=snp;VARB=0.0267657;OID=.;OPOS=39815564;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:14:15:0.333333:11:3:14:16:11:4:14:16 chr22 39917515 . A C 117.46 PASS AF=0.590909;AO=13;DP=22;FAO=13;FDP=22;FR=.;FRO=9;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=-0.0315082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=193.207;QD=21.3555;RBI=0.0315336;REFB=0.00254255;REVB=-0.00126663;RO=9;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0938929;STB=0.553111;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=-0.00181369;OID=.;OPOS=39917515;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:22:22:9:9:13:13:0.590909:6:7:6:3:6:7:6:3 chr22 39966856 . C T 340.62 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0230931;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4552;QD=54.4989;RBI=0.15659;REFB=0;REVB=0.154878;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00443562;OID=.;OPOS=39966856;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:14:11:0:0:14:11:0:0 chr22 40054948 . T C 160.26 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0725518;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.6171;QD=45.7893;RBI=0.0962467;REFB=0;REVB=0.063243;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000198439;OID=.;OPOS=40054948;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chr22 40057273 . T C 1292.74 PASS AF=1;AO=82;DP=85;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0341078;FXX=0.0117633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=113.493;QD=61.5588;RBI=0.061237;REFB=0;REVB=0.0508589;RO=0;SAF=38;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.11453e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438805;OID=.;OPOS=40057273;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:84:0:0:82:84:1:44:38:0:0:45:39:0:0 chr22 40574170 . T A 270.55 PASS AF=0.530612;AO=16;DP=48;FAO=26;FDP=49;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=20;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=0.0805483;FXX=0;HRUN=8;LEN=1;MLLD=33.64;QD=22.086;RBI=0.0822059;REFB=-0.0629176;REVB=0.0164251;RO=12;SAF=3;SAR=13;SRF=4;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159532;STB=0.595159;STBP=0.203;TYPE=snp;VARB=0.0593909;OID=.;OPOS=40574170;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:12:23:16:26:0.530612:13:3:4:8:20:6:9:14 chr22 40673999 . C T 735.07 PASS AF=0.964286;AO=51;DP=53;FAO=54;FDP=56;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0360458;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=41.7173;QD=52.5048;RBI=0.106351;REFB=-0.147362;REVB=0.100056;RO=2;SAF=34;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0132474;STB=0.506664;STBP=0.77;TYPE=snp;VARB=0.0135788;OID=.;OPOS=40673999;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:53:56:2:2:51:54:0.964286:17:34:1:1:18:36:1:1 chr22 40720704 . A G 376.18 PASS AF=0.315436;AO=47;DP=149;FAO=47;FDP=149;FR=.;FRO=102;FSAF=26;FSAR=21;FSRF=68;FSRR=34;FWDB=-0.0444092;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.6938;QD=10.0987;RBI=0.0459654;REFB=0.00365566;REVB=-0.011859;RO=102;SAF=26;SAR=21;SRF=68;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138399;STB=0.579873;STBP=0.209;TYPE=snp;VARB=-0.0121969;OID=.;OPOS=40720704;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:149:149:102:102:47:47:0.315436:21:26:68:34:21:26:68:34 chr22 40722745 . A G 105.32 PASS AF=0.342105;AO=13;DP=38;FAO=13;FDP=38;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=12;FWDB=-0.0233617;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.108;QD=11.0861;RBI=0.0346247;REFB=-0.0208641;REVB=-0.0255558;RO=25;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150854;STB=0.590024;STBP=0.429;TYPE=snp;VARB=0.0416847;OID=.;OPOS=40722745;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:38:38:25:25:13:13:0.342105:8:5:13:12:8:5:13:12 chr22 40726749 . C T 177.51 PASS AF=0.387755;AO=19;DP=49;FAO=19;FDP=49;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=-0.00556921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=280.667;QD=14.4906;RBI=0.00557148;REFB=-0.006879;REVB=-0.000159008;RO=30;SAF=5;SAR=14;SRF=12;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.167688;STB=0.597881;STBP=0.328;TYPE=snp;VARB=0.0103127;OID=.;OPOS=40726749;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:30:30:19:19:0.387755:14:5:12:18:14:5:12:18 chr22 40726762 . A G 167.12 PASS AF=0.409091;AO=18;DP=44;FAO=18;FDP=44;FR=.;FRO=26;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=8;FSRR=18;FWDB=0.0345851;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.2382;QD=15.1923;RBI=0.0369883;REFB=0.00847414;REVB=-0.0131153;RO=26;SAF=5;SAR=13;SRF=8;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0373159;STB=0.521581;STBP=0.845;TYPE=snp;VARB=-0.0107294;OID=.;OPOS=40726762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:26:26:18:18:0.409091:13:5:8:18:13:5:8:18 chr22 40731776 . AGA AAA,AAG 57.3 PASS AF=0.166667,0;AO=5,4;DP=54;FAO=9,0;FDP=54;FR=.,HEALED;FRO=44;FSAF=7,0;FSAR=2,0;FSRF=10;FSRR=34;FWDB=0.0162293,0.0481575;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=185.616,24.996;QD=4.24476;RBI=0.0162896,0.0496026;REFB=-0.00113617,0.0264673;REVB=-0.00140087,-0.0118858;RO=33;SAF=4,3;SAR=1,1;SRF=7;SRR=26;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.612646,0.558866;STB=0.880504,0.5;STBP=0.044,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00362801,-0.0434838;OID=.,.;OPOS=40731777,40731777;OREF=G,GA;OALT=A,AG;OMAPALT=AAA,AAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.166667,0:5,4:54:9,0:54:44:7,0:2,0:10:34:46:33:4,3:1,1:7:26 chr22 40803112 . C T 160.8 PASS AF=0.529412;AO=16;DP=35;FAO=18;FDP=34;FR=.;FRO=16;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=8;FSRR=8;FWDB=0.0466674;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=52.6114;QD=18.9182;RBI=0.0634888;REFB=-0.0605548;REVB=-0.0430462;RO=16;SAF=9;SAR=7;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0552398;STB=0.553631;STBP=0.567;TYPE=snp;VARB=0.0532575;OID=.;OPOS=40803112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:34:16:16:16:18:0.529412:7:9:8:8:7:11:8:8 chr22 40803186 . G T 220.42 PASS AF=0.458333;AO=22;DP=48;FAO=22;FDP=48;FR=.;FRO=26;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=-0.00280936;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.604;QD=18.3686;RBI=0.0336573;REFB=-0.00475907;REVB=0.0335399;RO=26;SAF=14;SAR=8;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1344;STB=0.5764;STBP=0.361;TYPE=snp;VARB=0.00693162;OID=.;OPOS=40803186;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:26:26:22:22:0.458333:8:14:13:13:8:14:13:13 chr22 40808676 . A T 298.87 PASS AF=0.55102;AO=27;DP=48;FAO=27;FDP=49;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00492117;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=61.9926;QD=24.3978;RBI=0.0175416;REFB=-0.0174813;REVB=-0.0168372;RO=21;SAF=11;SAR=16;SRF=8;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.021696;STB=0.52049;STBP=0.767;TYPE=snp;VARB=0.0169644;OID=.;OPOS=40808676;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:49:21:22:27:27:0.55102:16:11:8:13:16:11:8:14 chr22 41075543 . A G 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0845712;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.1723;QD=28.5371;RBI=0.0852987;REFB=0.116529;REVB=-0.0111169;RO=1;SAF=5;SAR=2;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.173072;STB=0.599698;STBP=0.283;TYPE=snp;VARB=-0.0135111;OID=.;OPOS=41075543;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:2:5:0:1:2:5:0:1 chr22 41075695 . C T 239.46 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.068065;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.96;QD=50.4134;RBI=0.0684484;REFB=0;REVB=-0.00723433;RO=0;SAF=14;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000379628;OID=.;OPOS=41075695;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:5:14:0:0:5:14:0:0 chr22 41077832 . G A 85.02 PASS AF=0.666667;AO=10;DP=15;FAO=10;FDP=15;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=0.000965702;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.032;QD=22.6721;RBI=0.127685;REFB=0.0475386;REVB=0.127681;RO=5;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.295997;STB=0.666369;STBP=0.105;TYPE=snp;VARB=-0.00498887;OID=.;OPOS=41077832;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:15:15:5:5:10:10:0.666667:5:5:0:5:5:5:0:5 chr22 41548008 . A G 198.74 PASS AF=0.433962;AO=22;DP=53;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=-0.0148609;FXX=0.0185151;HRUN=1;LEN=1;MLLD=199.045;QD=14.9993;RBI=0.0166249;REFB=-0.0176582;REVB=-0.00745266;RO=27;SAF=12;SAR=10;SRF=12;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0977101;STB=0.549875;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.0174109;OID=.;OPOS=41548008;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:27:30:22:23:0.433962:10:12:12:15:11:12:13:17 chr22 41551039 . T A 540.34 PASS AF=0.520408;AO=51;DP=98;FAO=51;FDP=98;FR=.;FRO=47;FSAF=24;FSAR=27;FSRF=22;FSRR=25;FWDB=-0.00381283;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=198.269;QD=22.0545;RBI=0.0226285;REFB=-0.0058562;REVB=-0.022305;RO=47;SAF=24;SAR=27;SRF=22;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00218418;STB=0.501204;STBP=0.991;TYPE=snp;VARB=0.00608223;OID=.;OPOS=41551039;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:98:98:47:47:51:51:0.520408:27:24:22:25:27:24:22:25 chr22 41610024 . G A 291.58 PASS AF=0.457143;AO=32;DP=71;FAO=32;FDP=70;FR=.;FRO=38;FSAF=12;FSAR=20;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.0329529;FXX=0.0140825;HRUN=2;LEN=1;MLLD=120.954;QD=16.6617;RBI=0.0334269;REFB=-0.000282168;REVB=0.00560963;RO=38;SAF=12;SAR=20;SRF=15;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0201975;STB=0.511357;STBP=0.884;TYPE=snp;VARB=0.000694983;OID=.;OPOS=41610024;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:38:38:32:32:0.457143:20:12:15:23:20:12:15:23 chr22 41613188 . C T 197.59 PASS AF=0.47619;AO=20;DP=42;FAO=20;FDP=42;FR=.;FRO=22;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=-0.00811363;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.741;QD=18.8183;RBI=0.00825349;REFB=-0.0209365;REVB=-0.00151298;RO=22;SAF=11;SAR=9;SRF=8;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.170758;STB=0.596603;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0306419;OID=.;OPOS=41613188;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:22:22:20:20:0.47619:9:11:8:14:9:11:8:14 chr22 41617318 . G C 902.7 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0227878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.946;QD=58.2387;RBI=0.0242205;REFB=0;REVB=0.00820662;RO=0;SAF=32;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.6292e-05;OID=.;OPOS=41617318;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:62:0:0:62:62:1:30:32:0:0:30:32:0:0 chr22 41623351 . A G 78.88 PASS AF=0.818182;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=11;FR=.;FRO=2;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00774383;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.503;QD=28.6827;RBI=0.0241108;REFB=0.0112455;REVB=0.0228334;RO=2;SAF=2;SAR=7;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.118266;STB=0.567407;STBP=0.551;TYPE=snp;VARB=-0.00248087;OID=.;OPOS=41623351;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:11:11:2:2:9:9:0.818182:7:2:1:1:7:2:1:1 chr22 41623890 . T A 49.53 PASS AF=0.538462;AO=7;DP=13;FAO=7;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=6;FSAF=2;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0218689;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.945;QD=15.2392;RBI=0.0221691;REFB=-0.00965848;REVB=-0.0036362;RO=4;SAF=2;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275654;STB=0.609426;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=0.00775912;OID=.;OPOS=41623890;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:4:6:7:7:0.538462:5:2:1:3:5:2:3:3 chr22 41645757 . C G 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0703082;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.183;QD=44.6895;RBI=0.0716953;REFB=0;REVB=-0.0140348;RO=0;SAF=8;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.60098e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0014655;OID=.;OPOS=41645757;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:5:8:0:0:5:8:0:0 chr22 41726053 . G A 271.12 PASS AF=0.666667;AO=24;DP=36;FAO=24;FDP=36;FR=.;FRO=12;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.061114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.2508;QD=30.1242;RBI=0.0635368;REFB=0.0539087;REVB=-0.0173783;RO=12;SAF=10;SAR=14;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0513833;STB=0.528278;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=-0.0256833;OID=.;OPOS=41726053;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:36:36:12:12:24:24:0.666667:14:10:6:6:14:10:6:6 chr22 41734292 . CGCCA C 47.96 PASS AF=0.35;AO=7;DP=20;FAO=7;FDP=20;FR=.;FRO=13;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=8;FSRR=5;FWDB=-0.0118056;FXX=0.0475964;HRUN=1;LEN=4;MLLD=258.36;QD=9.59201;RBI=0.0264525;REFB=-0.0265533;REVB=-0.023672;RO=12;SAF=5;SAR=2;SRF=8;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0577328;STB=0.57355;STBP=0.673;TYPE=del;VARB=0.0425461;OID=.;OPOS=41734293;OREF=GCCA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.35:7:20:7:20:13:5:2:8:5:47:12:5:2:8:4 chr22 41752747 . G A 251.0 PASS AF=0.509804;AO=26;DP=51;FAO=26;FDP=51;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=8;FSRR=17;FWDB=-0.016521;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.675;QD=19.6859;RBI=0.0328852;REFB=-0.0111371;REVB=0.028434;RO=24;SAF=11;SAR=15;SRF=7;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.118371;STB=0.552551;STBP=0.476;TYPE=snp;VARB=0.0117689;OID=.;OPOS=41752747;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:24:25:26:26:0.509804:15:11:7:17:15:11:8:17 chr22 41783659 . C T 163.24 PASS AF=0.485714;AO=17;DP=35;FAO=17;FDP=35;FR=.;FRO=18;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0409277;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9899;QD=18.6559;RBI=0.0413307;REFB=-0.0237547;REVB=0.00575806;RO=18;SAF=9;SAR=8;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.176087;STB=0.599886;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0131116;OID=.;OPOS=41783659;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:18:18:17:17:0.485714:8:9:6:12:8:9:6:12 chr22 41829794 . C G 125.07 PASS AF=0.405405;AO=10;DP=37;FAO=15;FDP=37;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=12;FSRR=10;FWDB=-0.0107911;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=207.003;QD=13.5209;RBI=0.0150354;REFB=-0.00124776;REVB=0.0104698;RO=16;SAF=2;SAR=8;SRF=8;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.352803;STB=0.629453;STBP=0.189;TYPE=snp;VARB=0.00459672;OID=.;OPOS=41829794;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:37:16:22:10:15:0.405405:8:2:8:8:10:5:12:10 chr22 41903813 . A C 407.04 PASS AF=0.571429;AO=38;DP=68;FAO=40;FDP=70;FR=.;FRO=30;FSAF=28;FSAR=12;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=-0.00120711;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.798;QD=23.2595;RBI=0.0158189;REFB=-0.0300829;REVB=0.0157728;RO=30;SAF=28;SAR=10;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.159987;STB=0.564483;STBP=0.266;TYPE=snp;VARB=0.0206874;OID=.;OPOS=41903813;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:68:70:30:30:38:40:0.571429:10:28:17:13:12:28:17:13 chr22 41973050 . C G 47.19 PASS AF=0.411765;AO=7;DP=17;FAO=7;FDP=17;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0232422;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.5336;QD=11.1037;RBI=0.0342736;REFB=0.00568845;REVB=0.0251888;RO=10;SAF=5;SAR=2;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.310426;STB=0.689101;STBP=0.26;TYPE=snp;VARB=-0.0110514;OID=.;OPOS=41973050;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:10:10:7:7:0.411765:2:5:4:6:2:5:4:6 chr22 42032218 . TA T,TT 95.6 PASS AF=0.303571,0.0714286;AO=15,4;DP=56;FAO=17,4;FDP=56;FR=.;FRO=35;FSAF=3,0;FSAR=14,4;FSRF=19;FSRR=16;FWDB=0.136819,0.110087;FXX=0.0344768;HRUN=5,5;LEN=1,1;MLLD=12.3179,17.0419;QD=6.8283;RBI=0.140257,0.110312;REFB=0.00727867,-0.0459264;REVB=0.0308641,0.00705018;RO=29;SAF=1,0;SAR=14,4;SRF=16;SRR=13;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.652672,-0.62967;STB=0.77352,0.997445;STBP=0.009,0.03;TYPE=del,snp;VARB=-0.00468444,-0.0195284;OID=.,.;OPOS=42032219,42032219;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.303571,0.0714286:15,4:56:17,4:56:35:3,0:14,4:19:16:72:29:1,0:14,4:16:13 chr22 42059768 . G T 262.66 PASS AF=0.428571;AO=30;DP=70;FAO=30;FDP=70;FR=.;FRO=40;FSAF=23;FSAR=7;FSRF=22;FSRR=18;FWDB=-0.00682465;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=104.994;QD=15.0092;RBI=0.0296699;REFB=-0.0276002;REVB=-0.0288743;RO=40;SAF=23;SAR=7;SRF=22;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.255361;STB=0.645962;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.0647647;OID=.;OPOS=42059768;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:70:40:40:30:30:0.428571:7:23:22:18:7:23:22:18 chr22 42089623 . T C 215.45 PASS AF=0.38806;AO=26;DP=67;FAO=26;FDP=67;FR=.;FRO=41;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=21;FSRR=20;FWDB=-0.0102168;FXX=0.0147037;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.764;QD=12.8624;RBI=0.0321448;REFB=-0.0189969;REVB=-0.0304779;RO=39;SAF=11;SAR=15;SRF=20;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0947037;STB=0.554871;STBP=0.489;TYPE=snp;VARB=0.0333734;OID=.;OPOS=42089623;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:39:41:26:26:0.38806:15:11:20:19:15:11:21:20 chr22 42159229 . G T 234.94 PASS AF=0.46;AO=23;DP=50;FAO=23;FDP=50;FR=.;FRO=27;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.0191833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.2193;QD=18.7949;RBI=0.0194882;REFB=-0.0303097;REVB=-0.00343362;RO=27;SAF=12;SAR=11;SRF=16;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0679379;STB=0.538428;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.032076;OID=.;OPOS=42159229;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:27:27:23:23:0.46:11:12:16:11:11:12:16:11 chr22 42276742 . G C 354.16 PASS AF=0.39;AO=39;DP=100;FAO=39;FDP=100;FR=.;FRO=61;FSAF=25;FSAR=14;FSRF=36;FSRR=25;FWDB=-0.0218784;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.6666;QD=14.1662;RBI=0.0219297;REFB=0.00526334;REVB=-0.00149864;RO=61;SAF=25;SAR=14;SRF=36;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0580644;STB=0.533061;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=-0.00654288;OID=.;OPOS=42276742;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:100:100:61:61:39:39:0.39:14:25:36:25:14:25:36:25 chr22 42341308 . A G 268.78 PASS AF=0.520833;AO=25;DP=48;FAO=25;FDP=48;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=19;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.0114432;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=117.693;QD=22.3982;RBI=0.0185341;REFB=-0.020673;REVB=-0.0145797;RO=23;SAF=6;SAR=19;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.159802;STB=0.589985;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0283235;OID=.;OPOS=42341308;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:23:23:25:25:0.520833:19:6:9:14:19:6:9:14 chr22 42343091 . G A 193.45 PASS AF=0.75;AO=18;DP=24;FAO=18;FDP=24;FR=.;FRO=6;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=3;FSRR=3;FWDB=-0.0498821;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6407;QD=32.2424;RBI=0.0607055;REFB=-0.0287324;REVB=0.0345968;RO=6;SAF=5;SAR=13;SRF=3;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.117744;STB=0.565142;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.0102127;OID=.;OPOS=42343091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:6:6:18:18:0.75:13:5:3:3:13:5:3:3 chr22 42354389 . A C 190.7 PASS AF=0.4;AO=20;DP=50;FAO=20;FDP=50;FR=.;FRO=30;FSAF=6;FSAR=14;FSRF=14;FSRR=16;FWDB=0.00456583;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.751;QD=15.2558;RBI=0.0346349;REFB=-0.0127397;REVB=0.0343327;RO=29;SAF=6;SAR=14;SRF=14;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.201677;STB=0.608582;STBP=0.228;TYPE=snp;VARB=0.0272507;OID=.;OPOS=42354389;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:29:30:20:20:0.4:14:6:14:15:14:6:14:16 chr22 42416056 . A G 414.59 PASS AF=0.606061;AO=39;DP=66;FAO=40;FDP=66;FR=.;FRO=26;FSAF=21;FSAR=19;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0182606;FXX=0.0149231;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.781;QD=25.1265;RBI=0.018762;REFB=-0.0260844;REVB=-0.00430852;RO=26;SAF=21;SAR=18;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.028161;STB=0.509858;STBP=0.848;TYPE=snp;VARB=0.0147298;OID=.;OPOS=42416056;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:26:26:39:40:0.606061:18:21:13:13:19:21:13:13 chr22 42423110 . G C 311.39 PASS AF=0.642857;AO=27;DP=42;FAO=27;FDP=42;FR=.;FRO=15;FSAF=13;FSAR=14;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.00598507;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.351;QD=29.6562;RBI=0.0495055;REFB=-0.00235865;REVB=-0.0491424;RO=15;SAF=13;SAR=14;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.119959;STB=0.565857;STBP=0.249;TYPE=snp;VARB=0.00102884;OID=.;OPOS=42423110;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:15:15:27:27:0.642857:14:13:10:5:14:13:10:5 chr22 42428727 . A T 522.31 PASS AF=0.486726;AO=54;DP=112;FAO=55;FDP=113;FR=.;FRO=58;FSAF=27;FSAR=28;FSRF=22;FSRR=36;FWDB=0.0387997;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.5053;QD=18.4887;RBI=0.0422078;REFB=0.00172067;REVB=0.0166157;RO=58;SAF=27;SAR=27;SRF=22;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.112854;STB=0.557399;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.00087096;OID=.;OPOS=42428727;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:112:113:58:58:54:55:0.486726:27:27:22:36:28:27:22:36 chr22 42463814 . C T 129.4 PASS AF=0.375;AO=15;DP=40;FAO=15;FDP=40;FR=.;FRO=25;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=11;FWDB=0.000947302;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.806;QD=12.9396;RBI=0.00621827;REFB=-0.0118878;REVB=0.00614568;RO=25;SAF=5;SAR=10;SRF=14;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.244925;STB=0.643873;STBP=0.185;TYPE=snp;VARB=0.0174277;OID=.;OPOS=42463814;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:25:25:15:15:0.375:10:5:14:11:10:5:14:11 chr22 42473603 . C T 154.79 PASS AF=0.404762;AO=17;DP=42;FAO=17;FDP=42;FR=.;FRO=25;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=16;FSRR=9;FWDB=-0.00231999;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.892;QD=14.7414;RBI=0.018287;REFB=-0.0400189;REVB=-0.0181392;RO=25;SAF=10;SAR=7;SRF=16;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0556242;STB=0.532126;STBP=0.732;TYPE=snp;VARB=0.0592066;OID=.;OPOS=42473603;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:42:42:25:25:17:17:0.404762:7:10:16:9:7:10:16:9 chr22 42474138 . C G 133.45 PASS AF=0.441176;AO=15;DP=34;FAO=15;FDP=34;FR=.;FRO=19;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=4;FSRR=15;FWDB=-0.0053108;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=294.299;QD=15.7005;RBI=0.0106983;REFB=-0.0053529;REVB=-0.00928702;RO=19;SAF=6;SAR=9;SRF=4;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.202327;STB=0.615245;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00783985;OID=.;OPOS=42474138;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:19:19:15:15:0.441176:9:6:4:15:9:6:4:15 chr22 42474676 . A ATTCTGC 61.13 PASS AF=0.236842;AO=8;DP=39;FAO=9;FDP=38;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=14;FWDB=-0.00640794;FXX=0.0256345;HRUN=2;LEN=6;MLLD=257.65;QD=6.43511;RBI=0.00984644;REFB=-0.0032348;REVB=-0.00747602;RO=28;SAF=3;SAR=5;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150958;STB=0.642535;STBP=0.358;TYPE=ins;VARB=0.00710128;OID=.;OPOS=42474677;OREF=-;OALT=TTCTGC;OMAPALT=ATTCTGC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.236842:8:39:9:38:29:3:6:15:14:61:28:3:5:14:14 chr22 42486723 . G A 341.61 PASS AF=0.486486;AO=36;DP=73;FAO=36;FDP=74;FR=.;FRO=38;FSAF=18;FSAR=18;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=0.0163041;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.901;QD=18.4655;RBI=0.0176853;REFB=-0.0144188;REVB=0.00685177;RO=37;SAF=18;SAR=18;SRF=14;SRR=23;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110788;STB=0.554024;STBP=0.363;TYPE=snp;VARB=0.0096814;OID=.;OPOS=42486723;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:73:74:37:38:36:36:0.486486:18:18:14:23:18:18:15:23 chr22 42522613 . G C 68.04 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0056878;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=125.211;QD=14.3247;RBI=0.0210625;REFB=-0.00689533;REVB=0.02028;RO=10;SAF=3;SAR=6;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.033981;STB=0.519956;STBP=0.902;TYPE=snp;VARB=0.0124088;OID=.;OPOS=42522613;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:6:3:3:7:6:3:3:7 chr22 42523943 . A G 191.54 PASS AF=0.558824;AO=19;DP=34;FAO=19;FDP=34;FR=.;FRO=15;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0092502;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.201;QD=22.5344;RBI=0.0261689;REFB=-0.0119773;REVB=-0.0244795;RO=15;SAF=9;SAR=10;SRF=2;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.275822;STB=0.652853;STBP=0.075;TYPE=snp;VARB=0.00528087;OID=.;OPOS=42523943;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:34:34:15:15:19:19:0.558824:10:9:2:13:10:9:2:13 chr22 42524795 . A G 32.38 PASS AF=0.153846;AO=6;DP=38;FAO=6;FDP=39;FR=.;FRO=33;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=-0.0398863;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.2224;QD=3.32116;RBI=0.0635666;REFB=0.00146944;REVB=-0.0494955;RO=32;SAF=5;SAR=1;SRF=23;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.191174;STB=0.662033;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=-0.0178547;OID=.;OPOS=42524795;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:38:39:32:33:6:6:0.153846:1:5:23:9:1:5:23:10 chr22 42537404 . G C 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.033614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.21;QD=64.1528;RBI=0.0344447;REFB=0;REVB=-0.00751904;RO=0;SAF=12;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000244642;OID=.;OPOS=42537404;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:37:12:0:0:37:12:0:0 chr22 42537597 . A G 165.03 PASS AF=0.382979;AO=17;DP=47;FAO=18;FDP=47;FR=.;FRO=29;FSAF=15;FSAR=3;FSRF=10;FSRR=19;FWDB=0.0231751;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=112.769;QD=14.0453;RBI=0.0240317;REFB=-0.00856538;REVB=0.0063591;RO=29;SAF=15;SAR=2;SRF=10;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.615027;STB=0.814451;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.00653034;OID=.;OPOS=42537597;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:47:29:29:17:18:0.382979:2:15:10:19:3:15:10:19 chr22 42538029 . A G 94.33 PASS AF=0.333333;AO=10;DP=34;FAO=12;FDP=36;FR=.;FRO=24;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=13;FWDB=0.0214317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.193;QD=10.4808;RBI=0.0214992;REFB=-0.0413991;REVB=0.00170154;RO=24;SAF=3;SAR=7;SRF=11;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.193506;STB=0.588084;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0372757;OID=.;OPOS=42538029;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:34:36:24:24:10:12:0.333333:7:3:11:13:8:4:11:13 chr22 42538508 . AG GA 158.28 PASS AF=0.833333;AO=15;DP=18;FAO=15;FDP=18;FR=.;FRO=3;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0261087;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=166.57;QD=35.1727;RBI=0.0304534;REFB=-0.0182004;REVB=-0.0156762;RO=3;SAF=10;SAR=5;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.108364;STB=0.559918;STBP=0.297;TYPE=mnp;VARB=0.00340106;OID=.;OPOS=42538508;OREF=AG;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:18:18:3:3:15:15:0.833333:5:10:1:2:5:10:1:2 chr22 42538514 . T TC 159.73 PASS AF=1;AO=15;DP=18;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0423583;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=17.7837;QD=37.5845;RBI=0.089539;REFB=-0.0139833;REVB=0.078886;RO=2;SAF=10;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0394328;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0208099;OID=.;OPOS=42538515;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:15:18:17:17:0:10:7:0:0:3:2:10:5:1:1 chr22 42538669 . C T 40.29 PASS AF=0.545455;AO=6;DP=11;FAO=6;FDP=11;FR=.;FRO=5;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=3;FSRR=2;FWDB=-0.0330495;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.5411;QD=14.6525;RBI=0.0366844;REFB=0.00309729;REVB=0.0159208;RO=5;SAF=5;SAR=1;SRF=3;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247547;STB=0.651594;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=-0.00380788;OID=.;OPOS=42538669;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:11:11:5:5:6:6:0.545455:1:5:3:2:1:5:3:2 chr22 42610099 . T C 231.02 PASS AF=0.464286;AO=26;DP=56;FAO=26;FDP=56;FR=.;FRO=30;FSAF=13;FSAR=13;FSRF=17;FSRR=13;FWDB=0.0017204;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.269;QD=16.5018;RBI=0.00599328;REFB=-0.0219866;REVB=-0.00574105;RO=30;SAF=13;SAR=13;SRF=17;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0633213;STB=0.535687;STBP=0.656;TYPE=snp;VARB=0.0259011;OID=.;OPOS=42610099;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:56:30:30:26:26:0.464286:13:13:17:13:13:13:17:13 chr22 42912106 . C T 465.12 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.026288;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.023;QD=58.1404;RBI=0.0337372;REFB=0;REVB=0.0211457;RO=0;SAF=14;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000173032;OID=.;OPOS=42912106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:18:14:0:0:18:14:0:0 chr22 42961277 . T C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0205325;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.866;QD=37.4881;RBI=0.0717232;REFB=0;REVB=-0.0687214;RO=0;SAF=7;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.78849e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00192666;OID=.;OPOS=42961277;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:1:7:0:0:1:7:0:0 chr22 42961298 . T A 32.4 PASS AF=0.625;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=8;FR=.;FRO=3;FSAF=4;FSAR=1;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0118893;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=257.702;QD=16.199;RBI=0.039033;REFB=-0.0251207;REVB=-0.0371782;RO=3;SAF=4;SAR=1;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116878;STB=0.57112;STBP=0.776;TYPE=snp;VARB=0.0105298;OID=.;OPOS=42961298;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:8:8:3:3:5:5:0.625:1:4:2:1:1:4:2:1 chr22 42965167 . C CA 215.64 PASS AF=1;AO=17;DP=26;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0784907;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=18.9809;QD=39.2074;RBI=0.100287;REFB=0;REVB=0.0624238;RO=7;SAF=13;SAR=4;SRF=5;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0359856;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-5.05556e-05;OID=.;OPOS=42965168;OREF=-;OALT=A;OMAPALT=CA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:17:26:22:22:0:15:7:0:0:4:7:13:4:5:2 chr22 42970032 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0870491;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.4;QD=45.8068;RBI=0.0910672;REFB=0;REVB=0.0267523;RO=0;SAF=2;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000430364;OID=.;OPOS=42970032;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:12:2:0:0:12:2:0:0 chr22 43036245 . G A 1314.66 PASS AF=0.977273;AO=85;DP=89;FAO=86;FDP=88;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=60;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0263802;FXX=0.0112347;HRUN=4;LEN=1;MLLD=280.507;QD=59.7572;RBI=0.0277103;REFB=-0.0195378;REVB=0.00848234;RO=2;SAF=25;SAR=60;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0107405;STB=0.505301;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.000107626;OID=.;OPOS=43036245;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:89:88:2:2:85:86:0.977273:60:25:1:1:60:26:1:1 chr22 43089055 . G C 159.01 PASS AF=1;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0320835;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=40.575;QD=42.4028;RBI=0.0322572;REFB=-0.0590726;REVB=0.00334296;RO=1;SAF=6;SAR=8;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0698108;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00428222;OID=.;OPOS=43089055;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:15:15:1:0:14:15:1:8:6:1:0:8:7:0:0 chr22 43193641 . G A 86.86 PASS AF=0.407407;AO=11;DP=27;FAO=11;FDP=27;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.00388517;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.51;QD=12.8682;RBI=0.00487968;REFB=-0.0139109;REVB=0.00295241;RO=16;SAF=5;SAR=6;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172723;STB=0.510186;STBP=0.949;TYPE=snp;VARB=0.0256488;OID=.;OPOS=43193641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:86:27:27:16:16:11:11:0.407407:6:5:7:9:6:5:7:9 chr22 43206950 . A C 164.78 PASS AF=0.4;AO=18;DP=45;FAO=18;FDP=45;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=8;FSRF=21;FSRR=6;FWDB=0.0185921;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9654;QD=14.6475;RBI=0.0374309;REFB=-0.0285321;REVB=0.032487;RO=26;SAF=10;SAR=8;SRF=20;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.230769;STB=0.639037;STBP=0.183;TYPE=snp;VARB=0.0507645;OID=.;OPOS=43206950;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:26:27:18:18:0.4:8:10:20:6:8:10:21:6 chr22 43435812 . C T 82.32 PASS AF=0.588235;AO=10;DP=17;FAO=10;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=0.0118726;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=124.983;QD=19.3687;RBI=0.0155343;REFB=-0.0349165;REVB=0.0100178;RO=6;SAF=6;SAR=4;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459658;STB=0.512171;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0208839;OID=.;OPOS=43435812;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:47:17:17:6:7:10:10:0.588235:4:6:4:2:4:6:4:3 chr22 43455432 . G A 360.47 PASS AF=0.521127;AO=37;DP=69;FAO=37;FDP=71;FR=.;FRO=34;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=16;FSRR=18;FWDB=0.00196766;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.317;QD=20.3082;RBI=0.0324942;REFB=-0.0202037;REVB=-0.0324346;RO=31;SAF=15;SAR=22;SRF=14;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.039184;STB=0.531964;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.0239176;OID=.;OPOS=43455432;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:69:71:31:34:37:37:0.521127:22:15:14:17:22:15:16:18 chr22 43459855 . G A 484.67 PASS AF=0.456897;AO=52;DP=115;FAO=53;FDP=116;FR=.;FRO=63;FSAF=28;FSAR=25;FSRF=43;FSRR=20;FWDB=-0.012896;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.084;QD=16.7127;RBI=0.0165497;REFB=0.00103459;REVB=0.0103723;RO=59;SAF=27;SAR=25;SRF=39;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136856;STB=0.584813;STBP=0.108;TYPE=snp;VARB=-0.0014596;OID=.;OPOS=43459855;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:115:116:59:63:52:53:0.456897:25:27:39:20:25:28:43:20 chr22 43466247 . G C 65.25 PASS AF=0.36;AO=10;DP=25;FAO=9;FDP=25;FR=.;FRO=16;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=0.0243425;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.93;QD=10.4394;RBI=0.0490931;REFB=-0.0274618;REVB=0.042633;RO=14;SAF=8;SAR=2;SRF=5;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.455361;STB=0.732786;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00800053;OID=.;OPOS=43466247;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:25:25:14:16:10:9:0.36:2:8:5:9:2:7:7:9 chr22 43529314 . G C 438.14 PASS AF=0.461538;AO=47;DP=103;FAO=48;FDP=104;FR=.;FRO=56;FSAF=19;FSAR=29;FSRF=22;FSRR=34;FWDB=0.0157342;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.731;QD=16.8517;RBI=0.0166813;REFB=-0.0275334;REVB=0.00554057;RO=56;SAF=19;SAR=28;SRF=22;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011551;STB=0.501676;STBP=0.982;TYPE=snp;VARB=0.0276719;OID=.;OPOS=43529314;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:104:56:56:47:48:0.461538:28:19:22:34:29:19:22:34 chr22 43558926 . A C,G 717.89 PASS AF=0.0196078,0.980392;AO=2,49;DP=51;FAO=1,50;FDP=51;FR=.;FRO=0;FSAF=1,25;FSAR=0,25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0128975,-0.0351388;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=175.752,49.6029;QD=56.305;RBI=0.0326065,0.0618485;REFB=0,0;REVB=-0.0299473,-0.0508969;RO=0;SAF=2,24;SAR=0,25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.041844,0.00595553;OID=.,.;OPOS=43558926,43558926;OREF=A,A;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:51:51:0:0:2,49:1,50:0.0196078,0.980392:0,25:2,24:0:0:0,25:1,25:0:0 chr22 43558972 . G A 253.95 PASS AF=0.52;AO=26;DP=50;FAO=26;FDP=50;FR=.;FRO=24;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=8;FSRR=16;FWDB=0.012354;FXX=0.019604;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.75;QD=20.3158;RBI=0.0389634;REFB=0.00174327;REVB=0.036953;RO=24;SAF=16;SAR=10;SRF=8;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.24023;STB=0.634044;STBP=0.049;TYPE=snp;VARB=-0.0006831;OID=.;OPOS=43558972;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:24:24:26:26:0.52:10:16:8:16:10:16:8:16 chr22 43565703 . C T 308.61 PASS AF=0.425;AO=34;DP=82;FAO=34;FDP=80;FR=.;FRO=46;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=20;FSRR=26;FWDB=-0.0188465;FXX=0.0243873;HRUN=4;LEN=1;MLLD=164.331;QD=15.4306;RBI=0.0196135;REFB=-0.0113477;REVB=0.0054312;RO=45;SAF=6;SAR=28;SRF=19;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.32018;STB=0.691887;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0188005;OID=.;OPOS=43565703;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:82:80:45:46:34:34:0.425:28:6:19:26:28:6:20:26 chr22 43568512 . C T 148.07 PASS AF=0.31746;AO=20;DP=63;FAO=20;FDP=63;FR=.;FRO=43;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=25;FSRR=18;FWDB=-0.0110967;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.493;QD=9.40111;RBI=0.0365558;REFB=0.00433237;REVB=0.0348309;RO=43;SAF=13;SAR=7;SRF=25;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840947;STB=0.549864;STBP=0.593;TYPE=snp;VARB=-0.00514573;OID=.;OPOS=43568512;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:63:63:43:43:20:20:0.31746:7:13:25:18:7:13:25:18 chr22 43569789 . G A 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=12;FSRR=3;FWDB=0.0188917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.812;QD=9.56962;RBI=0.0893787;REFB=0.00279141;REVB=0.0873593;RO=15;SAF=4;SAR=4;SRF=12;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.328342;STB=0.695237;STBP=0.231;TYPE=snp;VARB=-0.00232758;OID=.;OPOS=43569789;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:4:4:12:3:4:4:12:3 chr22 43606143 . C G,T 818.26 PASS AF=0.05,0.933333;AO=3,56;DP=60;FAO=3,56;FDP=60;FR=.;FRO=1;FSAF=3,22;FSAR=0,34;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0380623,0.024603;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=173.879,63.3895;QD=54.5506;RBI=0.0406113,0.0431666;REFB=0.0243944,-0.0371506;REVB=-0.0141613,0.0354689;RO=1;SAF=3,22;SAR=0,34;SRF=0;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.727144,0.0136677;STB=0.994936,0.507244;STBP=0.122,0.521;TYPE=snp,snp;VARB=0.183581,0.000933402;OID=.,.;OPOS=43606143,43606143;OREF=C,C;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:60:60:1:1:3,56:3,56:0.05,0.933333:0,34:3,22:0:1:0,34:3,22:0:1 chr22 43614316 . C G 728.69 PASS AF=1;AO=46;DP=53;FAO=52;FDP=52;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=30;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0558856;FXX=0.0188644;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.966;QD=56.0528;RBI=0.0572848;REFB=0;REVB=0.0125833;RO=0;SAF=24;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00053698;OID=.;OPOS=43614316;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:52:0:0:46:52:1:22:24:0:0:22:30:0:0 chr22 43623395 . C G 167.55 PASS AF=0.9375;AO=14;DP=15;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0744423;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=65.5863;QD=41.888;RBI=0.0747417;REFB=-0.138484;REVB=0.00668279;RO=0;SAF=5;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523778;STBP=0.617;TYPE=snp;VARB=0.0109799;OID=.;OPOS=43623395;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:15:16:0:1:14:15:0.9375:9:5:0:0:10:5:0:1 chr22 43976396 . G A 867.1 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00756099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=155.822;QD=57.8065;RBI=0.0544763;REFB=0;REVB=0.053949;RO=0;SAF=37;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000159548;OID=.;OPOS=43976396;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:60:0:0:59:60:1:22:37:0:0:22:38:0:0 chr22 44131786 . T C 835.18 PASS AF=0.967742;AO=56;DP=58;FAO=60;FDP=62;FR=.;FRO=2;FSAF=33;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0170988;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8831;QD=53.8826;RBI=0.0171257;REFB=-0.000662354;REVB=-0.000960807;RO=2;SAF=30;SAR=26;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0303982;STB=0.514701;STBP=0.257;TYPE=snp;VARB=0.000388076;OID=.;OPOS=44131786;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:58:62:2:2:56:60:0.967742:26:30:2:0:27:33:2:0 chr22 44221565 . C CAATA,CAATAA 746.29 PASS AF=0.892308,0;AO=47,7;DP=67;FAO=58,0;FDP=65;FR=.;FRO=7;FSAF=25,0;FSAR=33,0;FSRF=4;FSRR=3;FWDB=-0.0306984,-0.0321335;FXX=0.0298463;HRUN=2,2;LEN=4,5;MLLD=229.182,216.558;QD=45.9253;RBI=0.0331422,0.0338148;REFB=-0.00768322,-0.0099415;REVB=0.0124906,0.0105298;RO=8;SAF=21,2;SAR=26,5;SRF=6;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0825656,-0.402505;STB=0.515342,0.5;STBP=0.487,1;TYPE=ins,ins;VARB=0.00118318,-0.00639505;OID=.,.;OPOS=44221566,44221566;OREF=-,-;OALT=AATA,AATAA;OMAPALT=CAATA,CAATAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.892308,0:47,7:67:58,0:65:7:25,0:33,0:4:3:32:8:21,2:26,5:6:2 chr22 44282276 . A G 575.12 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00344784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=204.241;QD=60.5384;RBI=0.0180064;REFB=0;REVB=-0.0176733;RO=0;SAF=19;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.68991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.54228e-05;OID=.;OPOS=44282276;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:18:19:0:0:19:19:0:0 chr22 44282307 . G A 499.62 PASS AF=0.945946;AO=35;DP=37;FAO=35;FDP=37;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0389903;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5754;QD=54.0131;RBI=0.0406987;REFB=-0.00828066;REVB=0.0116682;RO=1;SAF=13;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0207916;STB=0.521727;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000541581;OID=.;OPOS=44282307;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:37:37:1:2:35:35:0.945946:22:13:0:1:22:13:0:2 chr22 44285765 . A G 538.53 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0366099;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.458;QD=59.8362;RBI=0.0482444;REFB=0;REVB=0.0314203;RO=0;SAF=21;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342005;OID=.;OPOS=44285765;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:15:21:0:0:15:21:0:0 chr22 44286950 . G A 144.34 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=0.0138467;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.356;QD=24.0573;RBI=0.018884;REFB=-0.0536908;REVB=-0.0128405;RO=8;SAF=11;SAR=4;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0819456;STB=0.578836;STBP=0.381;TYPE=snp;VARB=0.0330653;OID=.;OPOS=44286950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:63:24:24:8:9:15:15:0.625:4:11:5:3:4:11:5:4 chr22 44287062 . A G 188.65 PASS AF=0.415094;AO=21;DP=51;FAO=22;FDP=53;FR=.;FRO=31;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0445757;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0963;QD=14.2379;RBI=0.075823;REFB=-0.0189111;REVB=-0.0613362;RO=29;SAF=10;SAR=11;SRF=20;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.215344;STB=0.628267;STBP=0.138;TYPE=snp;VARB=0.033435;OID=.;OPOS=44287062;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:29:31:21:22:0.415094:11:10:20:9:12:10:21:10 chr22 44324727 . C G 261.09 PASS AF=0.416667;AO=29;DP=70;FAO=30;FDP=72;FR=.;FRO=42;FSAF=16;FSAR=14;FSRF=31;FSRR=11;FWDB=-0.00120919;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=208.736;QD=14.5051;RBI=0.0127503;REFB=-0.0106859;REVB=0.0126928;RO=41;SAF=16;SAR=13;SRF=30;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.19318;STB=0.621853;STBP=0.124;TYPE=snp;VARB=0.0198635;OID=.;OPOS=44324727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:72:41:42:29:30:0.416667:13:16:30:11:14:16:31:11 chr22 44324730 . C T 251.92 PASS AF=0.432836;AO=29;DP=67;FAO=29;FDP=67;FR=.;FRO=38;FSAF=16;FSAR=13;FSRF=27;FSRR=11;FWDB=-0.00387639;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=42.4832;QD=15.0401;RBI=0.00729494;REFB=-0.0245291;REVB=-0.00617979;RO=38;SAF=16;SAR=13;SRF=27;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164845;STB=0.592728;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.0296487;OID=.;OPOS=44324730;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:67:38:38:29:29:0.432836:13:16:27:11:13:16:27:11 chr22 44342116 . A G 439.43 PASS AF=0.941176;AO=30;DP=33;FAO=32;FDP=34;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.038069;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.993;QD=51.6978;RBI=0.0426677;REFB=-0.0406634;REVB=0.0192688;RO=1;SAF=14;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321345;STB=0.501844;STBP=0.875;TYPE=snp;VARB=0.001896;OID=.;OPOS=44342116;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:34:1:2:30:32:0.941176:16:14:1:0:17:15:1:1 chr22 44368122 . A G 253.15 PASS AF=0.509434;AO=27;DP=53;FAO=27;FDP=53;FR=.;FRO=26;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=13;FSRR=13;FWDB=0.0139992;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.369;QD=19.1057;RBI=0.0195664;REFB=-0.0142446;REVB=0.01367;RO=26;SAF=12;SAR=15;SRF=13;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0490108;STB=0.527406;STBP=0.759;TYPE=snp;VARB=0.00871195;OID=.;OPOS=44368122;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:26:26:27:27:0.509434:15:12:13:13:15:12:13:13 chr22 44368204 . A G 840.84 PASS AF=1;AO=58;DP=58;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0712276;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.8483;QD=57.0059;RBI=0.0825392;REFB=0;REVB=0.0417056;RO=0;SAF=24;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.31293e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000842053;OID=.;OPOS=44368204;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:59:0:0:58:59:1:34:24:0:0:35:24:0:0 chr22 44372632 . C T 176.63 PASS AF=0.38;AO=19;DP=50;FAO=19;FDP=50;FR=.;FRO=31;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=19;FSRR=12;FWDB=-0.040397;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=231.582;QD=14.1306;RBI=0.0411139;REFB=-0.0195311;REVB=-0.00764426;RO=31;SAF=6;SAR=13;SRF=19;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.31717;STB=0.684017;STBP=0.052;TYPE=snp;VARB=0.0246835;OID=.;OPOS=44372632;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:31:31:19:19:0.38:13:6:19:12:13:6:19:12 chr22 44379822 . T C 728.11 PASS AF=0.963636;AO=50;DP=55;FAO=53;FDP=55;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=38;FSAR=15;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00354757;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=215.142;QD=52.9533;RBI=0.0305314;REFB=0.0431301;REVB=0.0303245;RO=2;SAF=38;SAR=12;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0241356;STB=0.512816;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=-0.00142403;OID=.;OPOS=44379822;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:55:55:2:2:50:53:0.963636:12:38:2:0:15:38:2:0 chr22 44379838 . A G 797.86 PASS AF=1;AO=48;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=38;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0272523;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.841;QD=56.9901;RBI=0.0284677;REFB=0;REVB=-0.00822946;RO=0;SAF=30;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.47311e-05;OID=.;OPOS=44379838;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:48:56:1:18:30:0:0:18:38:0:0 chr22 44386281 . C T 363.44 PASS AF=0.481013;AO=38;DP=79;FAO=38;FDP=79;FR=.;FRO=41;FSAF=10;FSAR=28;FSRF=19;FSRR=22;FWDB=0.000951562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.424;QD=18.4022;RBI=0.0168274;REFB=-0.00883007;REVB=0.0168005;RO=40;SAF=10;SAR=28;SRF=19;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.220456;STB=0.618836;STBP=0.063;TYPE=snp;VARB=0.0103073;OID=.;OPOS=44386281;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:79:40:41:38:38:0.481013:28:10:19:21:28:10:19:22 chr22 44395451 . T C 147.2 PASS AF=0.470588;AO=16;DP=33;FAO=16;FDP=34;FR=.;FRO=18;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=12;FSRR=6;FWDB=0.0167147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=97.3185;QD=17.3182;RBI=0.0208048;REFB=-0.0144356;REVB=0.0123877;RO=15;SAF=8;SAR=8;SRF=11;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.199849;STB=0.588128;STBP=0.341;TYPE=snp;VARB=0.0120079;OID=.;OPOS=44395451;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:33:34:15:18:16:16:0.470588:8:8:11:4:8:8:12:6 chr22 44489868 . T C 482.3 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.012462;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1221;QD=58.4609;RBI=0.0487822;REFB=0;REVB=-0.0471636;RO=0;SAF=18;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.64315e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000840299;OID=.;OPOS=44489868;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:15:18:0:0:15:18:0:0 chr22 44489896 . T C 313.31 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0347262;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=167.736;QD=50.1296;RBI=0.038784;REFB=-0.004516;REVB=0.0172711;RO=1;SAF=10;SAR=14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0440956;STB=0.52379;STBP=0.298;TYPE=snp;VARB=0.00042236;OID=.;OPOS=44489896;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:1:1:24:24:0.96:14:10:1:0:14:10:1:0 chr22 44546582 . A G 318.84 PASS AF=0.583333;AO=27;DP=47;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=13;FSAR=15;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0347061;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.408;QD=26.5697;RBI=0.0348822;REFB=-0.0126527;REVB=-0.00350049;RO=20;SAF=12;SAR=15;SRF=6;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.11418;STB=0.569438;STBP=0.281;TYPE=snp;VARB=0.0109639;OID=.;OPOS=44546582;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:47:48:20:20:27:28:0.583333:15:12:6:14:15:13:6:14 chr22 44582499 . T C,G 505.71 PASS AF=0.885714,0.114286;AO=30,4;DP=34;FAO=31,4;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=13,4;FSAR=18,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0416132,0.0184766;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=146.521,107.285;QD=57.7955;RBI=0.0419661,0.0187355;REFB=0,0;REVB=0.00543119,0.00310411;RO=0;SAF=12,4;SAR=18,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00134169,0.0714422;OID=.,.;OPOS=44582499,44582499;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:17:34:35:0:0:30,4:31,4:0.885714,0.114286:18,0:12,4:0:0:18,0:13,4:0:0 chr22 44594584 . C G 210.71 PASS AF=0.477273;AO=21;DP=44;FAO=21;FDP=44;FR=.;FRO=23;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=9;FSRR=14;FWDB=-0.00918887;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=225.726;QD=19.1556;RBI=0.00976013;REFB=-0.0189606;REVB=0.00329008;RO=23;SAF=8;SAR=13;SRF=9;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0100952;STB=0.505715;STBP=0.953;TYPE=snp;VARB=0.0182834;OID=.;OPOS=44594584;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:23:23:21:21:0.477273:13:8:9:14:13:8:9:14 chr22 44602229 . A C 753.02 PASS AF=0.982143;AO=52;DP=54;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=42;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00317619;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.544;QD=53.7873;RBI=0.0144821;REFB=-0.094599;REVB=0.0141295;RO=0;SAF=41;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50588;STBP=0.658;TYPE=snp;VARB=0.000366532;OID=.;OPOS=44602229;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:56:0:1:52:55:0.982143:11:41:0:0:13:42:1:0 chr22 44891370 . T C 164.82 PASS AF=0.548387;AO=17;DP=31;FAO=17;FDP=31;FR=.;FRO=14;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=11;FWDB=0.0196706;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.559;QD=21.2676;RBI=0.0198024;REFB=0.00109144;REVB=0.00228086;RO=14;SAF=12;SAR=5;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.388825;STB=0.718847;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.000998186;OID=.;OPOS=44891370;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:31:31:14:14:17:17:0.548387:5:12:3:11:5:12:3:11 chr22 44893563 . A G 64.03 PASS AF=0.333333;AO=9;DP=27;FAO=9;FDP=27;FR=.;FRO=18;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=6;FSRR=12;FWDB=0.0141905;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6284;QD=9.48663;RBI=0.0337031;REFB=-0.00333362;REVB=-0.0305701;RO=18;SAF=3;SAR=6;SRF=6;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0161836;OID=.;OPOS=44893563;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:27:27:18:18:9:9:0.333333:6:3:6:12:6:3:6:12 chr22 44965320 . G A 187.29 PASS AF=0.411765;AO=21;DP=51;FAO=21;FDP=51;FR=.;FRO=30;FSAF=5;FSAR=16;FSRF=13;FSRR=17;FWDB=0.0197828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=45.5901;QD=14.6893;RBI=0.0267485;REFB=0.00521659;REVB=0.0180034;RO=29;SAF=5;SAR=16;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.246753;STB=0.635622;STBP=0.151;TYPE=snp;VARB=-0.00785474;OID=.;OPOS=44965320;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:51:29:30:21:21:0.411765:16:5:13:16:16:5:13:17 chr22 45075738 . T C 501.63 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00834611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=247.572;QD=59.0155;RBI=0.0118526;REFB=0;REVB=0.00841585;RO=0;SAF=6;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.73777e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56862e-07;OID=.;OPOS=45075738;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:28:6:0:0:28:6:0:0 chr22 45126775 . T C 1011.93 PASS AF=0.985714;AO=67;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0132076;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.941;QD=57.8247;RBI=0.013215;REFB=-0.0988005;REVB=0.000442586;RO=1;SAF=38;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016016;STB=0.508472;STBP=0.286;TYPE=snp;VARB=0.000515332;OID=.;OPOS=45126775;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:67:69:0.985714:29:38:0:1:29:40:0:1 chr22 45128232 . T C 277.01 PASS AF=0.442857;AO=31;DP=71;FAO=31;FDP=70;FR=.;FRO=39;FSAF=10;FSAR=21;FSRF=14;FSRR=25;FWDB=-0.00848644;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1626;QD=15.8291;RBI=0.0215676;REFB=-0.0188872;REVB=-0.0198278;RO=39;SAF=10;SAR=21;SRF=14;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0403754;STB=0.522807;STBP=0.753;TYPE=snp;VARB=0.0186426;OID=.;OPOS=45128232;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:70:39:39:31:31:0.442857:21:10:14:25:21:10:14:25 chr22 45198009 . A G 621.65 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.072295;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.1298;QD=60.6487;RBI=0.0764879;REFB=0;REVB=-0.0249767;RO=0;SAF=27;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00294976;OID=.;OPOS=45198009;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:13:27:0:0:14:27:0:0 chr22 45221398 . G A 143.92 PASS AF=0.410256;AO=16;DP=39;FAO=16;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=6;FSRR=17;FWDB=-0.0395664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.532;QD=14.7613;RBI=0.0396027;REFB=-0.00629682;REVB=0.0016946;RO=22;SAF=6;SAR=10;SRF=6;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113452;STB=0.57438;STBP=0.474;TYPE=snp;VARB=0.0114004;OID=.;OPOS=45221398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:39:39:22:23:16:16:0.410256:10:6:6:16:10:6:6:17 chr22 45244930 . C T 200.13 PASS AF=0.4375;AO=20;DP=48;FAO=21;FDP=48;FR=.;FRO=27;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.0945735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.365;QD=16.6778;RBI=0.0945856;REFB=-0.0136492;REVB=-0.00151785;RO=25;SAF=9;SAR=11;SRF=11;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00984044;STB=0.517911;STBP=0.838;TYPE=snp;VARB=0.0237849;OID=.;OPOS=45244930;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:25:27:20:21:0.4375:11:9:11:14:11:10:12:15 chr22 45255580 . G C 139.52 PASS AF=0.355556;AO=15;DP=45;FAO=16;FDP=45;FR=.;FRO=29;FSAF=3;FSAR=13;FSRF=13;FSRR=16;FWDB=-0.0380576;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=172.099;QD=12.4017;RBI=0.0384887;REFB=-0.0110287;REVB=0.00574456;RO=29;SAF=3;SAR=12;SRF=13;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.324432;STB=0.704798;STBP=0.071;TYPE=snp;VARB=0.0272552;OID=.;OPOS=45255580;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:29:29:15:16:0.355556:12:3:13:16:13:3:13:16 chr22 45255637 . G C 871.05 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0153998;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.6578;QD=56.1967;RBI=0.0539285;REFB=-0.10577;REVB=-0.0516829;RO=1;SAF=19;SAR=42;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0111083;STB=0.50588;STBP=0.613;TYPE=snp;VARB=0.00129015;OID=.;OPOS=45255637;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:61:61:0.983871:42:19:0:1:42:19:0:1 chr22 45258324 . C T 371.37 PASS AF=0.560606;AO=37;DP=67;FAO=37;FDP=66;FR=.;FRO=29;FSAF=16;FSAR=21;FSRF=18;FSRR=11;FWDB=0.00831848;FXX=0.0149231;HRUN=4;LEN=1;MLLD=142.937;QD=22.5071;RBI=0.0136093;REFB=-0.00438326;REVB=0.0107711;RO=29;SAF=16;SAR=21;SRF=18;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149472;STB=0.582337;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.00251636;OID=.;OPOS=45258324;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:67:66:29:29:37:37:0.560606:21:16:18:11:21:16:18:11 chr22 45277909 . A G 158.03 PASS AF=0.64;AO=16;DP=25;FAO=16;FDP=25;FR=.;FRO=9;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=5;FSRR=4;FWDB=-0.00152243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=136.398;QD=25.284;RBI=0.0214552;REFB=-0.0524212;REVB=0.0214011;RO=9;SAF=8;SAR=8;SRF=5;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0357466;STB=0.519975;STBP=0.814;TYPE=snp;VARB=0.0305521;OID=.;OPOS=45277909;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:25:25:9:9:16:16:0.64:8:8:5:4:8:8:5:4 chr22 45278187 . A T 725.04 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=36;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.015743;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.977;QD=54.7203;RBI=0.0175145;REFB=-0.077614;REVB=0.00767567;RO=0;SAF=16;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.515146;STBP=0.167;TYPE=snp;VARB=7.69018e-05;OID=.;OPOS=45278187;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:0:1:52:52:0.981132:36:16:0:0:36:16:1:0 chr22 45566843 . A G 229.45 PASS AF=0.415385;AO=28;DP=65;FAO=27;FDP=65;FR=.;FRO=38;FSAF=14;FSAR=13;FSRF=15;FSRR=23;FWDB=-0.00190732;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.906;QD=14.1198;RBI=0.00222293;REFB=0.003348;REVB=0.00114174;RO=36;SAF=14;SAR=14;SRF=14;SRR=22;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110568;STB=0.572025;STBP=0.384;TYPE=snp;VARB=-0.00361563;OID=.;OPOS=45566843;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:65:65:36:38:28:27:0.415385:14:14:14:22:13:14:15:23 chr22 45566912 . C A 212.91 PASS AF=0.456522;AO=21;DP=46;FAO=21;FDP=46;FR=.;FRO=25;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=7;FSRR=18;FWDB=0.00666138;FXX=0.041658;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.622;QD=18.5139;RBI=0.0126861;REFB=-0.00637889;REVB=-0.0107965;RO=25;SAF=11;SAR=10;SRF=7;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.232204;STB=0.63103;STBP=0.125;TYPE=snp;VARB=0.00936216;OID=.;OPOS=45566912;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:25:25:21:21:0.456522:10:11:7:18:10:11:7:18 chr22 45577231 . T C 129.27 PASS AF=0.583333;AO=14;DP=24;FAO=14;FDP=24;FR=.;FRO=10;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0250259;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.7894;QD=21.5453;RBI=0.0354067;REFB=0.0311089;REVB=0.0250467;RO=10;SAF=10;SAR=4;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.247621;STB=0.640814;STBP=0.142;TYPE=snp;VARB=-0.0116487;OID=.;OPOS=45577231;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:24:24:10:10:14:14:0.583333:4:10:4:6:4:10:4:6 chr22 45580789 . C A 256.31 PASS AF=0.533333;AO=24;DP=45;FAO=24;FDP=45;FR=.;FRO=21;FSAF=17;FSAR=7;FSRF=13;FSRR=8;FWDB=0.0046674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.885;QD=22.7832;RBI=0.0727643;REFB=-0.0439423;REVB=-0.0726145;RO=21;SAF=17;SAR=7;SRF=13;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0862405;STB=0.548345;STBP=0.549;TYPE=snp;VARB=0.0221434;OID=.;OPOS=45580789;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:21:21:24:24:0.533333:7:17:13:8:7:17:13:8 chr22 45583898 . A G 474.22 PASS AF=0.918919;AO=34;DP=37;FAO=34;FDP=37;FR=.;FRO=3;FSAF=12;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0155242;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=176.934;QD=51.2667;RBI=0.0160081;REFB=-0.0138677;REVB=0.00390612;RO=3;SAF=12;SAR=22;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0510379;STB=0.527381;STBP=0.299;TYPE=snp;VARB=0.000190426;OID=.;OPOS=45583898;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:37:3:3:34:34:0.918919:22:12:2:1:22:12:2:1 chr22 45592378 . T C 395.04 PASS AF=0.455556;AO=41;DP=90;FAO=41;FDP=90;FR=.;FRO=49;FSAF=34;FSAR=7;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.0117081;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.1578;QD=17.5573;RBI=0.0194874;REFB=-0.0235052;REVB=0.0155782;RO=49;SAF=34;SAR=7;SRF=28;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.328874;STB=0.686765;STBP=0.002;TYPE=snp;VARB=0.035;OID=.;OPOS=45592378;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:90:90:49:49:41:41:0.455556:7:34:28:21:7:34:28:21 chr22 45681878 . C G 277.39 PASS AF=0.5;AO=30;DP=60;FAO=30;FDP=60;FR=.;FRO=30;FSAF=21;FSAR=9;FSRF=12;FSRR=18;FWDB=0.0550171;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.341;QD=18.4925;RBI=0.0859342;REFB=-0.0234394;REVB=0.0660137;RO=29;SAF=21;SAR=9;SRF=12;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263682;STB=0.656143;STBP=0.016;TYPE=snp;VARB=0.0254274;OID=.;OPOS=45681878;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:60:60:29:30:30:30:0.5:9:21:12:17:9:21:12:18 chr22 45683245 . TC T,TT 428.65 PASS AF=0.0606061,0.909091;AO=9,23;DP=33;FAO=2,30;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=2,14;FSAR=0,16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0579791,0.0035114;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=58.5846,70.4043;QD=51.9572;RBI=0.0623305,0.0398844;REFB=-0.0839436,-0.072874;REVB=0.0228804,0.0397295;RO=1;SAF=6,10;SAR=3,13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0684198,-0.0440445;STB=0.5,0.51723;STBP=1,0.336;TYPE=del,snp;VARB=0.000984493,0.028935;OID=.,.;OPOS=45683246,45683246;OREF=C,C;OALT=-,T;OMAPALT=T,TT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0606061,0.909091:9,23:33:2,30:33:1:2,14:0,16:1:0:6:1:6,10:3,13:1:0 chr22 45683304 . G C 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0226235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.502;QD=49.5992;RBI=0.0321966;REFB=0;REVB=0.0229085;RO=0;SAF=5;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00012717;OID=.;OPOS=45683304;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:13:5:0:0:13:5:0:0 chr22 45685002 . A G 501.65 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0360791;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.101;QD=59.018;RBI=0.0383314;REFB=0;REVB=-0.0129458;RO=0;SAF=24;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.60982e-05;OID=.;OPOS=45685002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:10:24:0:0:10:24:0:0 chr22 45691594 . A G 670.23 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0288856;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.1691;QD=62.347;RBI=0.0319621;REFB=0;REVB=-0.0136821;RO=0;SAF=21;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000662247;OID=.;OPOS=45691594;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:22:21:0:0:22:21:0:0 chr22 45723807 . G C 281.32 PASS AF=0.469697;AO=31;DP=66;FAO=31;FDP=66;FR=.;FRO=35;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=30;FSRR=5;FWDB=-0.00238273;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=63.9925;QD=17.0494;RBI=0.0677348;REFB=0.00451645;REVB=-0.0676929;RO=35;SAF=16;SAR=15;SRF=30;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.331524;STB=0.683067;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.0089797;OID=.;OPOS=45723807;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:66:66:35:35:31:31:0.469697:15:16:30:5:15:16:30:5 chr22 45723842 . G A 300.61 PASS AF=0.576923;AO=29;DP=51;FAO=30;FDP=52;FR=.;FRO=22;FSAF=18;FSAR=12;FSRF=21;FSRR=1;FWDB=-0.00223765;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=243.734;QD=23.1237;RBI=0.00850452;REFB=-0.0171778;REVB=-0.00820486;RO=22;SAF=17;SAR=12;SRF=21;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.318701;STB=0.666574;STBP=0.021;TYPE=snp;VARB=0.0125351;OID=.;OPOS=45723842;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:52:22:22:29:30:0.576923:12:17:21:1:12:18:21:1 chr22 45723947 . A G 52.92 PASS AF=0.7;AO=7;DP=10;FAO=7;FDP=10;FR=.;FRO=3;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=-0.090633;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.334;QD=21.1671;RBI=0.0960631;REFB=0.0706189;REVB=-0.0318401;RO=3;SAF=5;SAR=2;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.202067;STB=0.615098;STBP=0.403;TYPE=snp;VARB=-0.0150922;OID=.;OPOS=45723947;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:10:10:3:3:7:7:0.7:2:5:3:0:2:5:3:0 chr22 45728370 . G A 299.44 PASS AF=0.386364;AO=34;DP=89;FAO=34;FDP=88;FR=.;FRO=54;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=35;FSRR=19;FWDB=0.0141355;FXX=0.0112347;HRUN=1;LEN=1;MLLD=101.887;QD=13.6109;RBI=0.019326;REFB=-0.00305715;REVB=0.0131788;RO=53;SAF=18;SAR=16;SRF=34;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.12159;STB=0.573706;STBP=0.295;TYPE=snp;VARB=0.00581706;OID=.;OPOS=45728370;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:89:88:53:54:34:34:0.386364:16:18:34:19:16:18:35:19 chr22 45767369 . A G 290.18 PASS AF=0.590909;AO=26;DP=44;FAO=26;FDP=44;FR=.;FRO=18;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=11;FSRR=7;FWDB=-0.012878;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=50.1046;QD=26.3796;RBI=0.0497674;REFB=-0.0191403;REVB=-0.0480723;RO=18;SAF=11;SAR=15;SRF=11;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.138919;STB=0.576864;STBP=0.24;TYPE=snp;VARB=0.0127283;OID=.;OPOS=45767369;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:44:18:18:26:26:0.590909:15:11:11:7:15:11:11:7 chr22 45767391 . C T 139.25 PASS AF=0.363636;AO=15;DP=43;FAO=16;FDP=44;FR=.;FRO=28;FSAF=11;FSAR=5;FSRF=12;FSRR=16;FWDB=0.00673537;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=126.067;QD=12.659;RBI=0.0195343;REFB=-0.0155707;REVB=-0.0183364;RO=28;SAF=10;SAR=5;SRF=12;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.263825;STB=0.667417;STBP=0.114;TYPE=snp;VARB=0.0290941;OID=.;OPOS=45767391;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:43:44:28:28:15:16:0.363636:5:10:12:16:5:11:12:16 chr22 45767455 . A G 432.86 PASS AF=1;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0451208;FXX=0.0322477;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.133;QD=57.7149;RBI=0.0470311;REFB=0;REVB=0.0132681;RO=0;SAF=19;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00049594;OID=.;OPOS=45767455;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:30:0:0:30:30:1:11:19:0:0:11:19:0:0 chr22 45782903 . T C 455.09 PASS AF=0.475248;AO=48;DP=101;FAO=48;FDP=101;FR=.;FRO=53;FSAF=28;FSAR=20;FSRF=25;FSRR=28;FWDB=0.0471982;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.58;QD=18.0232;RBI=0.0500953;REFB=-0.00821918;REVB=-0.016789;RO=52;SAF=28;SAR=20;SRF=24;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114655;STB=0.559043;STBP=0.278;TYPE=snp;VARB=0.00748664;OID=.;OPOS=45782903;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:52:53:48:48:0.475248:20:28:24:28:20:28:25:28 chr22 45789642 . A C 557.11 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0125384;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=81.3002;QD=60.2277;RBI=0.0240083;REFB=0;REVB=0.020474;RO=0;SAF=15;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000308899;OID=.;OPOS=45789642;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:22:15:0:0:22:15:0:0 chr22 45821887 . G A 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000396521;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.066;QD=57.2;RBI=0.00367951;REFB=0;REVB=-0.00365808;RO=0;SAF=17;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.63861e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.06806e-05;OID=.;OPOS=45821887;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:13:17:0:0:13:17:0:0 chr22 45821956 . C G 163.07 PASS AF=0.9375;AO=11;DP=12;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00829788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.305;QD=40.767;RBI=0.0950545;REFB=-0.125827;REVB=0.0946916;RO=1;SAF=10;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428878;STB=0.523778;STBP=0.623;TYPE=snp;VARB=0.00829605;OID=.;OPOS=45821956;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:12:16:1:1:11:15:0.9375:1:10:1:0:5:10:1:0 chr22 45826880 . G A 772.49 PASS AF=0.98;AO=49;DP=50;FAO=49;FDP=50;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0692603;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.071;QD=61.7989;RBI=0.0794871;REFB=-0.0451849;REVB=0.0390028;RO=1;SAF=20;SAR=29;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0229468;STB=0.51219;STBP=0.312;TYPE=snp;VARB=0.00091963;OID=.;OPOS=45826880;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:50:50:1:1:49:49:0.98:29:20:1:0:29:20:1:0 chr22 45898117 . T C 120.15 PASS AF=0.274194;AO=17;DP=61;FAO=17;FDP=62;FR=.;FRO=45;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=18;FSRR=27;FWDB=-0.0129111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0751;QD=7.75145;RBI=0.0323672;REFB=-0.00777163;REVB=-0.0296806;RO=44;SAF=12;SAR=5;SRF=17;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.374736;STB=0.718847;STBP=0.037;TYPE=snp;VARB=0.0118092;OID=.;OPOS=45898117;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:62:44:45:17:17:0.274194:5:12:17:27:5:12:18:27 chr22 45898130 . A T 91.91 PASS AF=0.241379;AO=14;DP=57;FAO=14;FDP=58;FR=.;FRO=44;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=17;FSRR=27;FWDB=-0.00454678;FXX=0.0169463;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.7442;QD=6.33848;RBI=0.0207055;REFB=-0.0193813;REVB=-0.0202001;RO=41;SAF=9;SAR=5;SRF=15;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.325632;STB=0.688736;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0751352;OID=.;OPOS=45898130;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:91:57:58:41:44:14:14:0.241379:5:9:15:26:5:9:17:27 chr22 45923827 . A G 1536.39 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00537328;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.393;QD=59.6655;RBI=0.0117718;REFB=0;REVB=0.010474;RO=0;SAF=43;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.95327e-06;OID=.;OPOS=45923827;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:101:103:0:0:101:103:1:58:43:0:0:60:43:0:0 chr22 45937149 . C T 174.17 PASS AF=0.2875;AO=23;DP=79;FAO=23;FDP=80;FR=.;FRO=57;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=15;FSRR=42;FWDB=0.0449931;FXX=0.0361402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=183.931;QD=8.70849;RBI=0.0455761;REFB=-0.00728128;REVB=-0.00726631;RO=49;SAF=11;SAR=12;SRF=12;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.278989;STB=0.655509;STBP=0.135;TYPE=snp;VARB=0.0233804;OID=.;OPOS=45937149;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:79:80:49:57:23:23:0.2875:12:11:12:37:12:11:15:42 chr22 45961022 . G A 255.17 PASS AF=0.521739;AO=24;DP=46;FAO=24;FDP=46;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=14;FSRF=11;FSRR=11;FWDB=0.00545048;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.545;QD=22.1884;RBI=0.0209965;REFB=-0.0123773;REVB=-0.0202767;RO=22;SAF=10;SAR=14;SRF=11;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0721459;STB=0.540407;STBP=0.626;TYPE=snp;VARB=0.00959512;OID=.;OPOS=45961022;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:46:46:22:22:24:24:0.521739:14:10:11:11:14:10:11:11 chr22 45996239 . G A 681.58 PASS AF=0.45679;AO=69;DP=157;FAO=74;FDP=162;FR=.;FRO=88;FSAF=40;FSAR=34;FSRF=42;FSRR=46;FWDB=-0.00158213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.0091;QD=16.829;RBI=0.0440579;REFB=-0.0143464;REVB=0.0440295;RO=87;SAF=38;SAR=31;SRF=41;SRR=46;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.07961;STB=0.534393;STBP=0.444;TYPE=snp;VARB=0.0178192;OID=.;OPOS=45996239;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:157:162:87:88:69:74:0.45679:31:38:41:46:34:40:42:46 chr22 46318285 . A G 55.03 PASS AF=0.347826;AO=8;DP=23;FAO=8;FDP=23;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=7;FSRR=8;FWDB=0.0131562;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.5203;QD=9.56991;RBI=0.0281512;REFB=-0.0200296;REVB=-0.0248879;RO=15;SAF=7;SAR=1;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.505953;STB=0.817276;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0611956;OID=.;OPOS=46318285;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:23:23:15:15:8:8:0.347826:1:7:7:8:1:7:7:8 chr22 46403039 . G A 244.48 PASS AF=0.305556;AO=33;DP=103;FAO=33;FDP=108;FR=.;FRO=75;FSAF=13;FSAR=20;FSRF=35;FSRR=40;FWDB=-0.02193;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=106.134;QD=9.05481;RBI=0.0234373;REFB=-0.0124465;REVB=0.00826943;RO=70;SAF=13;SAR=20;SRF=34;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.108786;STB=0.551692;STBP=0.507;TYPE=snp;VARB=0.0328522;OID=.;OPOS=46403039;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:108:70:75:33:33:0.305556:20:13:34:36:20:13:35:40 chr22 46447714 . T C 133.87 PASS AF=0.32;AO=17;DP=50;FAO=16;FDP=50;FR=.;FRO=34;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=21;FWDB=0.0152237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.434;QD=10.7096;RBI=0.0196702;REFB=-0.0148953;REVB=0.0124561;RO=33;SAF=9;SAR=8;SRF=12;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184601;STB=0.579903;STBP=0.445;TYPE=snp;VARB=0.0301911;OID=.;OPOS=46447714;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:50:50:33:34:17:16:0.32:8:9:12:21:8:8:13:21 chr22 46493852 . C T 289.27 PASS AF=0.568627;AO=29;DP=52;FAO=29;FDP=51;FR=.;FRO=22;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=8;FSRR=14;FWDB=0.0343281;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.68;QD=22.6882;RBI=0.0347898;REFB=-0.025993;REVB=0.00564892;RO=21;SAF=10;SAR=19;SRF=7;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00969669;STB=0.508922;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0307913;OID=.;OPOS=46493852;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:52:51:21:22:29:29:0.568627:19:10:7:14:19:10:8:14 chr22 46639649 . AT AA,A 34.76 PASS AF=0.0588235,0.264706;AO=2,11;DP=34;FAO=2,9;FDP=34;FR=.;FRO=23;FSAF=1,2;FSAR=1,7;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=0.0984148,0.196181;FXX=0.0285633;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=17.5126,8.95634;QD=4.08955;RBI=0.113055,0.241174;REFB=-0.0683499,-0.11196;REVB=-0.0556422,-0.140278;RO=17;SAF=1,1;SAR=1,10;SRF=13;SRR=4;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.291053,-0.689716;STB=0.599047,0.777161;STBP=0.761,0.073;TYPE=snp,del;VARB=0.0117782,0.109458;OID=.,.;OPOS=46639650,46639650;OREF=T,T;OALT=A,-;OMAPALT=AA,A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0588235,0.264706:2,11:34:2,9:34:23:1,2:1,7:14:9:24:17:1,1:1,10:13:4 chr22 46677607 . T C 574.08 PASS AF=0.975;AO=37;DP=39;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00824834;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3157;QD=57.4081;RBI=0.0403518;REFB=-0.0506237;REVB=0.0394998;RO=2;SAF=18;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00129717;STB=0.512814;STBP=0.542;TYPE=snp;VARB=0.020851;OID=.;OPOS=46677607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:39:40:2:1:37:39:0.975:19:18:1:1:20:19:1:0 chr22 46722400 . T C 539.56 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00268729;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.495;QD=59.9511;RBI=0.01255;REFB=0;REVB=-0.0122589;RO=0;SAF=16;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.9376e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.39286e-05;OID=.;OPOS=46722400;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:20:16:0:0:20:16:0:0 chr22 46929692 . A G 206.11 PASS AF=0.428571;AO=21;DP=49;FAO=21;FDP=49;FR=.;FRO=28;FSAF=10;FSAR=11;FSRF=14;FSRR=14;FWDB=-0.0152623;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.74;QD=16.8251;RBI=0.0392156;REFB=-0.00139029;REVB=-0.0361238;RO=28;SAF=10;SAR=11;SRF=14;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.023807;STB=0.513606;STBP=0.843;TYPE=snp;VARB=0.00217068;OID=.;OPOS=46929692;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:28:28:21:21:0.428571:11:10:14:14:11:10:14:14 chr22 46931077 . G C 244.07 PASS AF=0.6875;AO=22;DP=32;FAO=22;FDP=32;FR=.;FRO=10;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0380671;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.625;QD=30.5085;RBI=0.0382329;REFB=-0.0169498;REVB=0.00355661;RO=10;SAF=15;SAR=7;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.226277;STB=0.624883;STBP=0.053;TYPE=snp;VARB=0.0116325;OID=.;OPOS=46931077;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:73:32:32:10:10:22:22:0.6875:7:15:3:7:7:15:3:7 chr22 46931402 . G C 88.79 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=0.0185576;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.894;QD=14.7985;RBI=0.0261286;REFB=-0.0238449;REVB=-0.0183934;RO=13;SAF=6;SAR=5;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148238;STB=0.586311;STBP=0.468;TYPE=snp;VARB=0.0301892;OID=.;OPOS=46931402;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:5:6:5:8:5:6:5:8 chr22 46931793 . G C 99.24 PASS AF=0.444444;AO=12;DP=27;FAO=12;FDP=27;FR=.;FRO=15;FSAF=7;FSAR=5;FSRF=11;FSRR=4;FWDB=-0.0188967;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.575;QD=14.7015;RBI=0.0189087;REFB=0.00219917;REVB=0.000675201;RO=14;SAF=7;SAR=5;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.128654;STB=0.588097;STBP=0.467;TYPE=snp;VARB=-0.0103702;OID=.;OPOS=46931793;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:27:27:14:15:12:12:0.444444:5:7:10:4:5:7:11:4 chr22 46931838 . G A 65.78 PASS AF=0.391304;AO=9;DP=23;FAO=9;FDP=23;FR=.;FRO=14;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=10;FSRR=4;FWDB=-0.00904669;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=149.284;QD=11.4398;RBI=0.00967425;REFB=0.00254448;REVB=-0.00342761;RO=14;SAF=5;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168206;STB=0.599791;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=-0.00183156;OID=.;OPOS=46931838;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:23:23:14:14:9:9:0.391304:4:5:10:4:4:5:10:4 chr22 47058992 . T C 2353.86 PASS AF=0.987342;AO=149;DP=158;FAO=156;FDP=158;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=91;FSAR=65;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0221549;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.9863;QD=59.5914;RBI=0.0221951;REFB=-0.0216661;REVB=-0.00133486;RO=2;SAF=89;SAR=60;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105676;STB=0.505434;STBP=0.251;TYPE=snp;VARB=-3.81043e-05;OID=.;OPOS=47058992;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:158:158:2:2:149:156:0.987342:60:89:2:0:65:91:2:0 chr22 47075462 . C T 182.89 PASS AF=0.452381;AO=19;DP=41;FAO=19;FDP=42;FR=.;FRO=23;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=14;FSRR=9;FWDB=-0.0150399;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.201;QD=17.4181;RBI=0.0201515;REFB=-0.00745306;REVB=0.0134121;RO=22;SAF=7;SAR=12;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210695;STB=0.63144;STBP=0.15;TYPE=snp;VARB=0.0101717;OID=.;OPOS=47075462;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:22:23:19:19:0.452381:12:7:13:9:12:7:14:9 chr22 47085924 . G A 270.21 PASS AF=0.508772;AO=28;DP=56;FAO=29;FDP=57;FR=.;FRO=28;FSAF=17;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=12;FWDB=5.88437e-05;FXX=0.0172384;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.044;QD=18.962;RBI=0.0183846;REFB=-0.0240652;REVB=0.0183845;RO=28;SAF=17;SAR=11;SRF=16;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331479;STB=0.507457;STBP=0.944;TYPE=snp;VARB=0.0175962;OID=.;OPOS=47085924;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:56:57:28:28:28:29:0.508772:11:17:16:12:12:17:16:12 chr22 47185265 . G T 183.83 PASS AF=0.642857;AO=17;DP=29;FAO=18;FDP=28;FR=.;FRO=10;FSAF=5;FSAR=13;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0193721;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.7323;QD=26.261;RBI=0.0249623;REFB=-0.0631757;REVB=-0.015743;RO=10;SAF=5;SAR=12;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0810739;STB=0.551827;STBP=0.487;TYPE=snp;VARB=0.0130619;OID=.;OPOS=47185265;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:29:28:10:10:17:18:0.642857:12:5:4:6:13:5:4:6 chr22 47311404 . A T 851.25 PASS AF=1;AO=59;DP=59;FAO=59;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00224733;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.234;QD=57.7119;RBI=0.0614685;REFB=0;REVB=0.0614274;RO=0;SAF=28;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000220123;OID=.;OPOS=47311404;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:59:59:0:0:59:59:1:31:28:0:0:31:28:0:0 chr22 47569571 . G C 239.0 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.175382;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.44;QD=50.3154;RBI=0.184233;REFB=0;REVB=0.0564158;RO=0;SAF=4;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00194809;OID=.;OPOS=47569571;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:19:0:0:18:19:1:14:4:0:0:14:5:0:0 chr22 47569605 . G C 74.32 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.109833;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=43.6936;QD=37.1596;RBI=0.157103;REFB=0;REVB=0.11233;RO=0;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0153284;OID=.;OPOS=47569605;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:6:1:0:0:7:1:0:0 chr22 48023241 . G T 709.13 PASS AF=0.918367;AO=45;DP=49;FAO=45;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=2;FSAF=16;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00484426;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.181;QD=57.8882;RBI=0.0169845;REFB=-0.0675946;REVB=-0.016279;RO=1;SAF=16;SAR=29;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0159327;STB=0.506677;STBP=0.766;TYPE=snp;VARB=0.00135707;OID=.;OPOS=48023241;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:1:2:45:45:0.918367:29:16:0:1:29:16:1:1 chr22 48940553 . T C 920.06 PASS AF=1;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0251175;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=218.924;QD=58.4163;RBI=0.0285503;REFB=0;REVB=0.0135731;RO=0;SAF=33;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.79044e-05;OID=.;OPOS=48940553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:62:63:0:0:62:63:1:29:33:0:0:30:33:0:0 chr22 48940644 . C T 220.4 PASS AF=0.419355;AO=26;DP=62;FAO=26;FDP=62;FR=.;FRO=36;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=21;FSRR=15;FWDB=-0.00587857;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.9313;QD=14.2193;RBI=0.016396;REFB=-0.0037179;REVB=-0.0153059;RO=35;SAF=10;SAR=16;SRF=21;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.216571;STB=0.615296;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=0.0073749;OID=.;OPOS=48940644;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:62:62:35:36:26:26:0.419355:16:10:21:14:16:10:21:15 chr22 48942315 . T G 271.03 PASS AF=0.430769;AO=23;DP=70;FAO=28;FDP=65;FR=.,HEALED;FRO=31;FSAF=14;FSAR=14;FSRF=17;FSRR=14;FWDB=-0.0551681;FXX=0.0714184;HRUN=5;LEN=1;MLLD=32.293;QD=16.679;RBI=0.198492;REFB=-0.0395077;REVB=-0.190671;RO=23;SAF=14;SAR=9;SRF=15;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0410084;STB=0.525406;STBP=0.726;TYPE=snp;VARB=-0.00457552;OID=.;OPOS=48942315;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:70:65:23:31:23:28:0.430769:9:14:15:8:14:14:17:14 chr22 49246723 . A C 457.13 PASS AF=0.403101;AO=52;DP=128;FAO=52;FDP=129;FR=.;FRO=77;FSAF=15;FSAR=37;FSRF=24;FSRR=53;FWDB=-0.0371539;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.0556;QD=14.1745;RBI=0.0371676;REFB=-0.000260355;REVB=-0.0010082;RO=66;SAF=15;SAR=37;SRF=14;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0978254;STB=0.516642;STBP=0.789;TYPE=snp;VARB=0.0005265;OID=.;OPOS=49246723;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:128:129:66:77:52:52:0.403101:37:15:14:52:37:15:24:53 chr22 49834747 . C T 527.49 PASS AF=0.432836;AO=56;DP=134;FAO=58;FDP=134;FR=.;FRO=76;FSAF=17;FSAR=41;FSRF=33;FSRR=43;FWDB=-0.0143534;FXX=0.0147048;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.207;QD=15.7458;RBI=0.0185041;REFB=-0.0186806;REVB=0.0116782;RO=78;SAF=17;SAR=39;SRF=33;SRR=45;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.136974;STB=0.589387;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.0252245;OID=.;OPOS=49834747;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:134:134:78:76:56:58:0.432836:39:17:33:45:41:17:33:43 chr22 50017234 . A G 288.98 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0028632;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.831;QD=52.5415;RBI=0.0468933;REFB=0;REVB=0.0468058;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000565041;OID=.;OPOS=50017234;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:12:8:0:0:14:8:0:0 chr22 50018069 . A G 130.59 PASS AF=1;AO=10;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=4;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0701718;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=215.613;QD=43.5299;RBI=0.0760159;REFB=0;REVB=0.0292291;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103948;OID=.;OPOS=50018069;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:10:12:1:7:3:0:0:8:4:0:0 chr22 50018497 . G A 553.93 PASS AF=0.460938;AO=58;DP=126;FAO=59;FDP=128;FR=.;FRO=69;FSAF=24;FSAR=35;FSRF=33;FSRR=36;FWDB=0.048426;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.697;QD=17.3102;RBI=0.0488492;REFB=-0.00913693;REVB=0.00641564;RO=68;SAF=23;SAR=35;SRF=32;SRR=36;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0736723;STB=0.539322;STBP=0.434;TYPE=snp;VARB=0.0106335;OID=.;OPOS=50018497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:128:68:69:58:59:0.460938:35:23:32:36:35:24:33:36 chr22 50216605 . G A 154.93 PASS AF=0.789474;AO=15;DP=19;FAO=15;FDP=19;FR=.;FRO=4;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0107111;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=167.085;QD=32.6162;RBI=0.0435212;REFB=-0.0135121;REVB=-0.0421825;RO=4;SAF=13;SAR=2;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.238562;STB=0.633939;STBP=0.103;TYPE=snp;VARB=0.00480129;OID=.;OPOS=50216605;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:19:19:4:4:15:15:0.789474:2:13:2:2:2:13:2:2 chr22 50277835 . T C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0337455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=96.8166;QD=44.6894;RBI=0.0370351;REFB=0;REVB=0.0152592;RO=0;SAF=11;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00130928;OID=.;OPOS=50277835;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:2:11:0:0:2:11:0:0 chr22 50277883 . A G 205.59 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.127414;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.8098;QD=48.373;RBI=0.141735;REFB=0;REVB=-0.0620843;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00117917;OID=.;OPOS=50277883;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chr22 50278438 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.031482;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.103;QD=53.9109;RBI=0.0317479;REFB=0;REVB=0.00410077;RO=0;SAF=11;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014174;OID=.;OPOS=50278438;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:13:11:0:0:13:11:0:0 chr22 50278568 . A G 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0579367;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=150.969;QD=46.848;RBI=0.0734843;REFB=0;REVB=0.0452026;RO=0;SAF=6;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000184948;OID=.;OPOS=50278568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:9:6:0:0:9:6:0:0 chr22 50278642 . C T 255.92 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0327771;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.3211;QD=51.1844;RBI=0.0327775;REFB=0;REVB=0.000158617;RO=0;SAF=10;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.33753e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000872471;OID=.;OPOS=50278642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:19:20:1:9:10:0:0:9:11:0:0 chr22 50280136 . T C 575.77 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.138;QD=60.6071;RBI=0.0537106;REFB=0;REVB=0.0183173;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000204335;OID=.;OPOS=50280136;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:22:16:0:0:22:16:0:0 chr22 50281917 . A G 554.67 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=16;FSAR=22;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00564826;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.792;QD=55.4672;RBI=0.0081824;REFB=0.02221;REVB=0.0059202;RO=0;SAF=16;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529396;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=-0.000433098;OID=.;OPOS=50281917;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:0:2:38:38:0.95:22:16:0:0:22:16:2:0 chr22 50315361 . G A 196.86 PASS AF=0.393443;AO=24;DP=61;FAO=24;FDP=61;FR=.;FRO=37;FSAF=11;FSAR=13;FSRF=22;FSRR=15;FWDB=0.0482537;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.4297;QD=12.9091;RBI=0.0483326;REFB=0.00596468;REVB=-0.00276064;RO=37;SAF=11;SAR=13;SRF=22;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.143142;STB=0.582022;STBP=0.338;TYPE=snp;VARB=-0.00798414;OID=.;OPOS=50315361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:61:61:37:37:24:24:0.393443:13:11:22:15:13:11:22:15 chr22 50354819 . C A 191.29 PASS AF=1;AO=16;DP=16;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0546113;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=183.257;QD=47.8224;RBI=0.0976938;REFB=0;REVB=-0.0810042;RO=0;SAF=14;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000373696;OID=.;OPOS=50354819;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:16:16:0:0:16:16:1:2:14:0:0:2:14:0:0 chr22 50355389 . C T 37.57 PASS AF=0.102273;AO=9;DP=88;FAO=9;FDP=88;FR=.;FRO=79;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=35;FSRR=44;FWDB=-0.0062927;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.576;QD=1.70757;RBI=0.018538;REFB=-0.00195435;REVB=0.0174373;RO=77;SAF=3;SAR=6;SRF=34;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.132056;STB=0.602939;STBP=0.548;TYPE=snp;VARB=0.0167773;OID=.;OPOS=50355389;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:88:88:77:79:9:9:0.102273:6:3:34:43:6:3:35:44 chr22 50356693 . T C 189.85 PASS AF=0.433962;AO=21;DP=51;FAO=23;FDP=53;FR=.;FRO=30;FSAF=12;FSAR=11;FSRF=22;FSRR=8;FWDB=-0.00823365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=85.0335;QD=14.3286;RBI=0.0108286;REFB=-0.0364815;REVB=-0.00703324;RO=28;SAF=10;SAR=11;SRF=21;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272938;STB=0.621164;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0570179;OID=.;OPOS=50356693;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:51:53:28:30:21:23:0.433962:11:10:21:7:11:12:22:8 chr22 50435480 . A G 905.79 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0304381;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=52.717;QD=56.6117;RBI=0.0829763;REFB=-0.0823307;REVB=-0.077192;RO=0;SAF=45;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.18913e-08;STB=0.505493;STBP=0.608;TYPE=snp;VARB=0.000244494;OID=.;OPOS=50435480;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:0:1:63:63:0.984375:18:45:0:0:18:45:1:0 chr22 50480108 . C T 244.34 PASS AF=0.482143;AO=26;DP=55;FAO=27;FDP=56;FR=.;FRO=29;FSAF=12;FSAR=15;FSRF=16;FSRR=13;FWDB=0.0706196;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.3008;QD=17.4531;RBI=0.133607;REFB=-0.00295053;REVB=0.113418;RO=29;SAF=11;SAR=15;SRF=16;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.120689;STB=0.555514;STBP=0.458;TYPE=snp;VARB=0.00717513;OID=.;OPOS=50480108;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:55:56:29:29:26:27:0.482143:15:11:16:13:15:12:16:13 chr22 50529105 . T TG,TTG 243.71 PASS AF=0.433333,0.3;AO=9,10;DP=36;FAO=13,9;FDP=30;FR=.;FRO=8;FSAF=1,8;FSAR=12,1;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0103013,0.0138808;FXX=0.0322477;HRUN=1,3;LEN=1,2;MLLD=114.376,110.099;QD=32.4952;RBI=0.0574782,0.0320983;REFB=-0.10537,-0.112178;REVB=0.0565476,0.0289418;RO=16;SAF=1,7;SAR=8,3;SRF=7;SRR=9;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.461932,0.277675;STB=0.826939,0.710535;STBP=0.008,0.184;TYPE=ins,ins;VARB=0.0302484,0.0896105;OID=.,.;OPOS=50529106,50529106;OREF=-,-;OALT=G,TG;OMAPALT=TG,TTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.433333,0.3:9,10:36:13,9:30:8:1,8:12,1:5:3:63:16:1,7:8,3:7:9 chr22 50547247 . A G 785.08 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00461977;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.888;QD=57.0966;RBI=0.0224149;REFB=0;REVB=0.0219336;RO=0;SAF=30;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99791e-05;OID=.;OPOS=50547247;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:55:0:0:55:55:1:25:30:0:0:25:30:0:0 chr22 50555619 . C T 1694.92 PASS AF=0.991228;AO=111;DP=112;FAO=113;FDP=114;FR=.;FRO=1;FSAF=57;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0176229;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=312.987;QD=59.4707;RBI=0.0284712;REFB=-0.0437044;REVB=0.0223616;RO=0;SAF=55;SAR=56;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504424;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.000248989;OID=.;OPOS=50555619;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:112:114:0:1:111:113:0.991228:56:55:0:0:56:57:0:1 chr22 50585528 . G A 296.36 PASS AF=0.958333;AO=23;DP=24;FAO=23;FDP=24;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0035192;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=77.3346;QD=49.3938;RBI=0.0162113;REFB=-0.053781;REVB=0.0158247;RO=1;SAF=6;SAR=17;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0709998;STB=0.538427;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.000893893;OID=.;OPOS=50585528;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:24:1:1:23:23:0.958333:17:6:1:0:17:6:1:0 chr22 50646936 . G C 446.49 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0940122;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=47.8285;QD=57.6119;RBI=0.0975059;REFB=0;REVB=0.025867;RO=0;SAF=18;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.33668e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00249839;OID=.;OPOS=50646936;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:13:18:0:0:13:18:0:0 chr22 50657010 . C G 625.17 PASS AF=1;AO=40;DP=44;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.196883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.5017;QD=56.8331;RBI=0.202076;REFB=0;REVB=0.0455153;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00217046;OID=.;OPOS=50657010;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:44:44:0:0:40:44:1:20:20:0:0:20:24:0:0 chr22 50658424 . T C 817.24 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0608131;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=64.4772;QD=57.3502;RBI=0.0613079;REFB=0;REVB=-0.00777306;RO=0;SAF=26;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.19358e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000493962;OID=.;OPOS=50658424;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:31:26:0:0:31:26:0:0 chr22 50659592 . T TC 41.04 PASS AF=0.52381;AO=4;DP=22;FAO=11;FDP=21;FR=.;FRO=10;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.102801;FXX=0.0454339;HRUN=1;LEN=1;MLLD=10.1128;QD=7.81674;RBI=0.10372;REFB=-0.0618541;REVB=0.0137746;RO=17;SAF=2;SAR=2;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.241343;STB=0.691913;STBP=0.13;TYPE=ins;VARB=0.0975018;OID=.;OPOS=50659593;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.52381:4:22:11:21:10:2:9:5:5:40:17:2:2:5:12 chr22 50664612 . A G 820.15 PASS AF=0.983051;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=59;FR=.;FRO=1;FSAF=32;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0495567;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=79.5303;QD=55.6033;RBI=0.0548036;REFB=0.180484;REVB=0.0234002;RO=1;SAF=32;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0184904;STB=0.509431;STBP=0.331;TYPE=snp;VARB=-0.00276803;OID=.;OPOS=50664612;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:59:1:1:57:58:0.983051:25:32:0:1:26:32:0:1 chr22 50688348 . A G 674.93 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00875819;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1712;QD=62.7846;RBI=0.0360595;REFB=0;REVB=0.0349797;RO=0;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.75441e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00137501;OID=.;OPOS=50688348;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:26:17:0:0:26:17:0:0 chr22 50693521 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.117755;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.9067;QD=39.2033;RBI=0.12183;REFB=0;REVB=0.0312468;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00965111;OID=.;OPOS=50693521;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chr22 50693534 . A G 135.71 PASS AF=1;AO=12;DP=13;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152781;FXX=0.076864;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.117;QD=45.237;RBI=0.0838462;REFB=0;REVB=0.0824425;RO=0;SAF=10;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000434061;OID=.;OPOS=50693534;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:12:0:0:12:12:1:2:10:0:0:2:10:0:0 chr22 50693538 . G A 130.43 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134027;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=218.701;QD=43.4768;RBI=0.0487484;REFB=0;REVB=0.0468698;RO=0;SAF=11;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.23983e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205419;OID=.;OPOS=50693538;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:12:0:0:12:12:1:1:11:0:0:1:11:0:0 chr22 50693554 . A G 145.47 PASS AF=1;AO=11;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=12;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0372678;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=270.205;QD=44.7588;RBI=0.101589;REFB=0;REVB=0.094506;RO=0;SAF=11;SAR=0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000714022;OID=.;OPOS=50693554;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:11:13:1:0:11:0:0:1:12:0:0 chr22 50694297 . A G 230.29 PASS AF=0.95;AO=20;DP=20;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0382227;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=287.243;QD=46.0583;RBI=0.0397404;REFB=-0.0546809;REVB=0.0108777;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.521716;STBP=0.521;TYPE=snp;VARB=0.0006222;OID=.;OPOS=50694297;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:20:20:0:1:20:19:0.95:12:8:0:0:11:8:0:1 chr22 50696660 . G GT 106.74 PASS AF=1;AO=4;DP=21;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.131561;FXX=0.285578;HRUN=1;LEN=1;MLLD=10.4012;QD=28.4637;RBI=0.166249;REFB=0;REVB=0.101638;RO=16;SAF=4;SAR=0;SRF=6;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.705872;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0242144;OID=.;OPOS=50696661;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:4:21:15:15:0:11:4:0:0:3:16:4:0:6:10 chr22 50705466 . A G 180.22 PASS AF=0.894737;AO=14;DP=18;FAO=17;FDP=19;FR=.;FRO=2;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0109544;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=141.146;QD=37.9418;RBI=0.029131;REFB=-0.143832;REVB=0.0269929;RO=0;SAF=6;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.516759;STBP=0.787;TYPE=snp;VARB=0.00312215;OID=.;OPOS=50705466;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:18:19:0:2:14:17:0.894737:8:6:0:0:11:6:1:1 chr22 50713866 . G C 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0115686;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=109.76;QD=37.4884;RBI=0.0297649;REFB=0;REVB=0.0274247;RO=0;SAF=4;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00135532;OID=.;OPOS=50713866;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:4:4:0:0:4:4:0:0 chr22 50716167 . G A 687.35 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0356819;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=182.151;QD=62.4859;RBI=0.0540293;REFB=0;REVB=0.0405706;RO=0;SAF=16;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174002;OID=.;OPOS=50716167;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:27:16:0:0:28:16:0:0 chr22 50719251 . A G 715.11 PASS AF=1;AO=44;DP=44;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=24;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00160489;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.157;QD=62.1836;RBI=0.00619832;REFB=0;REVB=0.00598694;RO=0;SAF=23;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2717e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000247458;OID=.;OPOS=50719251;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:46:0:0:44:46:1:21:23:0:0:22:24:0:0 chr22 50720622 . C T 586.71 PASS AF=0.504202;AO=59;DP=118;FAO=60;FDP=119;FR=.;FRO=59;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=34;FSRR=25;FWDB=0.000921135;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.4013;QD=19.7213;RBI=0.0318461;REFB=-0.00282549;REVB=0.0318328;RO=59;SAF=32;SAR=27;SRF=34;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.031009;STB=0.521438;STBP=0.661;TYPE=snp;VARB=0.0033788;OID=.;OPOS=50720622;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:118:119:59:59:59:60:0.504202:27:32:34:25:28:32:34:25 chr22 50722048 . A C 106.85 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=2;FSAR=11;FSRF=17;FSRR=5;FWDB=-0.040467;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.6563;QD=12.2116;RBI=0.0507989;REFB=0.00318946;REVB=0.0307074;RO=22;SAF=2;SAR=11;SRF=17;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.627026;STB=0.86669;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=-0.00626776;OID=.;OPOS=50722048;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:11:2:17:5:11:2:17:5 chr22 50722134 . T C,G 744.17 PASS AF=0.981132,0.0188679;AO=48,3;DP=51;FAO=52,1;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=22,0;FSAR=30,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0462365,0.0224814;FXX=0.0185151;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=96.0498,83.7115;QD=56.1636;RBI=0.0510706,0.0232561;REFB=0,0;REVB=0.0216885,-0.00595257;RO=0;SAF=20,1;SAR=28,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.56477e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.000431917,0.115989;OID=.,.;OPOS=50722134,50722134;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:4:51:53:0:0:48,3:52,1:0.981132,0.0188679:28,2:20,1:0:0:30,1:22,0:0:0 chr22 50722147 . GCCCCCAC GCCCCAC,GCCCCCA,GCCCCGAC 55.73 PASS AF=0.295455,0,0;AO=5,5,4;DP=47;FAO=13,0,0;FDP=44;FR=.;FRO=31;FSAF=3,0,0;FSAR=10,0,0;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0844127,-0.0423094,-0.0180156;FXX=0.0638162;HRUN=5,3,5;LEN=1,1,1;MLLD=13.9137,15.091,100.619;QD=5.06641;RBI=0.090494,0.342852,0.176132;REFB=-0.0108854,0.0454344,0.00304507;REVB=-0.0326137,-0.340232,-0.175208;RO=23;SAF=3,0,0;SAR=2,5,4;SRF=11;SRR=12;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.141867,-0.667745,-0.627715;STB=0.655478,0.5,0.5;STBP=0.218,1,1;TYPE=del,del,snp;VARB=0.0547681,0,0;OID=.,.,.;OPOS=50722148,50722154,50722152;OREF=C,C,C;OALT=-,-,G;OMAPALT=GCCCCAC,GCCCCCA,GCCCCGAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.295455,0,0:5,5,4:47:13,0,0:44:31:3,0,0:10,0,0:13:18:57:23:3,0,0:2,5,4:11:12 chr22 50722161 . GGC G,GGG 44.78 PASS AF=0.225,0;AO=6,2;DP=42;FAO=9,0;FDP=40;FR=.;FRO=31;FSAF=1,0;FSAR=8,0;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=-0.0826124,-0.0496884;FXX=0;HRUN=5,3;LEN=2,1;MLLD=23.4387,19.6406;QD=4.47767;RBI=0.0857774,0.072035;REFB=-0.058559,-0.0533454;REVB=-0.0230857,0.0521546;RO=33;SAF=2,0;SAR=4,2;SRF=11;SRR=22;SSEN=0,0;SSEP=0.323529,0;SSSB=0,-0.380276;STB=0.793106,0.5;STBP=0.091,1;TYPE=del,snp;VARB=0.191308,0;OID=.,.;OPOS=50722162,50722163;OREF=GC,C;OALT=-,G;OMAPALT=G,GGG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.225,0:6,2:42:9,0:40:31:1,0:8,0:12:19:45:33:2,0:4,2:11:22 chr22 50725553 . T C 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00165186;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.56;QD=45.8068;RBI=0.0103432;REFB=0;REVB=0.0102104;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.09559e-05;OID=.;OPOS=50725553;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chr22 50728062 . T C 400.23 PASS AF=0.966667;AO=29;DP=30;FAO=29;FDP=30;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0100859;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=149.194;QD=53.3642;RBI=0.0301093;REFB=-0.0593919;REVB=0.0283698;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.516118;STBP=0.525;TYPE=snp;VARB=0.00106995;OID=.;OPOS=50728062;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:30:30:0:1:29:29:0.966667:14:15:0:0:14:15:1:0 chr22 50751529 . G C 244.89 PASS AF=0.511628;AO=10;DP=44;FAO=22;FDP=43;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=12;FSAR=10;FSRF=4;FSRR=11;FWDB=0.00699588;FXX=0.0227221;HRUN=7;LEN=1;MLLD=133.654;QD=22.7806;RBI=0.0757004;REFB=-0.0146987;REVB=-0.0753764;RO=10;SAF=6;SAR=4;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.253163;STB=0.611552;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00779041;OID=.;OPOS=50751529;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:44:43:10:15:10:22:0.511628:4:6:3:7:10:12:4:11 chr22 50752150 . C T 184.81 PASS AF=0.475;AO=19;DP=40;FAO=19;FDP=40;FR=.;FRO=21;FSAF=9;FSAR=10;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0141602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.546;QD=18.481;RBI=0.0456649;REFB=-0.0196963;REVB=0.0434139;RO=21;SAF=9;SAR=10;SRF=14;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.177419;STB=0.60042;STBP=0.239;TYPE=snp;VARB=0.0383934;OID=.;OPOS=50752150;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:40:40:21:21:19:19:0.475:10:9:14:7:10:9:14:7 chr22 50753334 . G A 33.48 PASS AF=0.714286;AO=5;DP=7;FAO=5;FDP=7;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=4;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.00871658;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=159.011;QD=19.1341;RBI=0.0555079;REFB=-0.0164379;REVB=0.0548192;RO=2;SAF=1;SAR=4;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.413629;STB=0.748924;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.00356846;OID=.;OPOS=50753334;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:7:7:2:2:5:5:0.714286:4:1:2:0:4:1:2:0 chr22 50754466 . C T 106.66 PASS AF=0.371429;AO=13;DP=35;FAO=13;FDP=35;FR=.;FRO=22;FSAF=5;FSAR=8;FSRF=13;FSRR=9;FWDB=-0.0357866;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=87.0472;QD=12.1899;RBI=0.038446;REFB=-0.00522565;REVB=-0.0140506;RO=22;SAF=5;SAR=8;SRF=13;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.218069;STB=0.628624;STBP=0.289;TYPE=snp;VARB=0.0277672;OID=.;OPOS=50754466;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:35:35:22:22:13:13:0.371429:8:5:13:9:8:5:13:9 chr22 50754648 . T C 79.74 PASS AF=0.454545;AO=10;DP=23;FAO=10;FDP=22;FR=.;FRO=12;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=11;FSRR=1;FWDB=-0.00188181;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.467;QD=14.4977;RBI=0.0407929;REFB=-0.0453771;REVB=0.0407495;RO=12;SAF=2;SAR=8;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.610984;STB=0.851844;STBP=0.011;TYPE=snp;VARB=0.0167096;OID=.;OPOS=50754648;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:23:22:12:12:10:10:0.454545:8:2:11:1:8:2:11:1 chr22 50757470 . T C 179.19 PASS AF=0.413043;AO=19;DP=45;FAO=19;FDP=46;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=12;FSRF=16;FSRR=11;FWDB=-0.019939;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=100.822;QD=15.5818;RBI=0.0307868;REFB=-0.0198587;REVB=0.0234577;RO=26;SAF=7;SAR=12;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210692;STB=0.63144;STBP=0.157;TYPE=snp;VARB=0.0276734;OID=.;OPOS=50757470;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:46:26:27:19:19:0.413043:12:7:15:11:12:7:16:11 chr22 50877165 . CG C,CC 259.87 PASS AF=0.1,0.9;AO=10,10;DP=22;FAO=2,18;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=0,10;FSAR=2,8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0656888,0.0600453;FXX=0.0908678;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=163.113,167.425;QD=51.9735;RBI=0.0801724,0.0790113;REFB=0,0;REVB=0.0459629,0.0513551;RO=1;SAF=5,5;SAR=5,5;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0811734,-0.0811734;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0140331,0.00803615;OID=.,.;OPOS=50877166,50877166;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.1,0.9:10,10:22:2,18:20:0:0,10:2,8:0:0:7:1:5,5:5,5:1:0 chr22 50895020 . C T 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.103634;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.093;QD=39.2067;RBI=0.103636;REFB=0;REVB=-0.000513417;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0006026;OID=.;OPOS=50895020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chr22 50898026 . G A 1552.31 PASS AF=0.989899;AO=98;DP=99;FAO=98;FDP=99;FR=.;FRO=1;FSAF=47;FSAR=51;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.043184;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.897;QD=62.7195;RBI=0.0454961;REFB=0.0168336;REVB=0.0143193;RO=1;SAF=47;SAR=51;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00998494;STB=0.505262;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=-4.69563e-05;OID=.;OPOS=50898026;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:99:99:1:1:98:98:0.989899:51:47:1:0:51:47:1:0 chr22 50901009 . C T 279.6 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0171961;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.244;QD=48.6259;RBI=0.0184276;REFB=-0.0540866;REVB=0.00662343;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.516115;STBP=0.615;TYPE=snp;VARB=0.000802937;OID=.;OPOS=50901009;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:23:23:0:1:22:22:0.956522:7:15:0:0:7:15:1:0 chr22 50923042 . C G 69.52 PASS AF=0.888889;AO=8;DP=9;FAO=8;FDP=9;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0410887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=46.5295;QD=30.8978;RBI=0.0787588;REFB=-0.0553993;REVB=0.0671913;RO=1;SAF=2;SAR=6;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.174483;STB=0.599732;STBP=0.267;TYPE=snp;VARB=0.0123949;OID=.;OPOS=50923042;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:9:9:1:1:8:8:0.888889:6:2:1:0:6:2:1:0 chr22 50923217 . T C 313.01 PASS AF=0.96;AO=24;DP=25;FAO=24;FDP=25;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0748285;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=73.9567;QD=50.0821;RBI=0.0757952;REFB=-0.129833;REVB=-0.0120666;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529387;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00523455;OID=.;OPOS=50923217;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:25:25:0:1:24:24:0.96:8:16:0:0:8:16:0:1 chr22 50923282 . C A,CCCACCCCCACCTTCCCCAGCAA 89.43 PASS AF=0.222222,0.777778;AO=3,4;DP=12;FAO=2,7;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=0,0;FSAR=2,7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0,0;FXX=0.0999001;HRUN=3,3;LEN=1,22;MLLD=41.0639,303.939;QD=39.7466;RBI=0.0381354,0.0122264;REFB=0,0;REVB=0.0381354,0.0122264;RO=3;SAF=0,0;SAR=3,4;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.712642,-0.74182;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0.0401686,0.000290852;OID=.,.;OPOS=50923282,50923283;OREF=C,-;OALT=A,CCACCCCCACCTTCCCCAGCAA;OMAPALT=A,CCCACCCCCACCTTCCCCAGCAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:11:12:9:3:0:3,4:2,7:0.222222,0.777778:3,4:0,0:2:1:2,7:0,0:0:0 chr22 50944163 . G A 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0528435;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=143.288;QD=53.2765;RBI=0.0606003;REFB=0;REVB=0.0296643;RO=0;SAF=11;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000618514;OID=.;OPOS=50944163;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:12:11:0:0:12:11:0:0 chr22 50959434 . AGGG A,AG 349.9 PASS AF=0,0.944444;AO=5,20;DP=36;FAO=0,34;FDP=36;FR=.;FRO=2;FSAF=0,12;FSAR=0,22;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.102139,0.150184;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=3,2;MLLD=12.0765,19.8164;QD=38.8777;RBI=0.139917,0.206938;REFB=-0.127465,-0.173245;REVB=-0.0956265,-0.142365;RO=1;SAF=0,6;SAR=5,14;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.767767,-0.0707039;STB=0.5,0.508892;STBP=1,0.776;TYPE=del,del;VARB=0.044125,-0.00382011;OID=.,.;OPOS=50959435,50959435;OREF=GGG,GG;OALT=-,-;OMAPALT=A,AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.944444:5,20:36:0,34:36:2:0,12:0,22:1:1:4:1:0,6:5,14:1:0 chr22 50961169 . A G 130.48 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=12;FDP=12;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270183;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.321;QD=43.4925;RBI=0.108849;REFB=0;REVB=0.105443;RO=0;SAF=10;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00060896;OID=.;OPOS=50961169;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:12:0:0:11:12:1:1:10:0:0:2:10:0:0 chr22 50962208 . T A,G 1367.75 PASS AF=0.0449438,0.955056;AO=4,85;DP=89;FAO=4,85;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=0,50;FSAR=4,35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0283414,0.0192326;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=194.351,181.927;QD=61.4721;RBI=0.0302891,0.027105;REFB=0,0;REVB=-0.0106862,0.0190995;RO=0;SAF=0,50;SAR=4,35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0274896,4.08702e-05;OID=.,.;OPOS=50962208,50962208;OREF=T,T;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:89:89:0:0:4,85:4,85:0.0449438,0.955056:4,35:0,50:0:0:4,35:0,50:0:0 chr22 50962782 . C G 538.26 PASS AF=1;AO=34;DP=35;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0591611;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=76.7966;QD=59.8069;RBI=0.0591721;REFB=0;REVB=-0.00114266;RO=1;SAF=18;SAR=16;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0283217;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000486971;OID=.;OPOS=50962782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:36:1:0:34:36:1:16:18:0:1:17:19:0:0 chr22 50967768 . CT CTG,TG 39.74 PASS AF=0.189189,0.0540541;AO=8,2;DP=37;FAO=7,2;FDP=37;FR=.;FRO=28;FSAF=4,2;FSAR=3,0;FSRF=9;FSRR=19;FWDB=-0.0467378,0.00753989;FXX=0;HRUN=2,4;LEN=1,2;MLLD=18.6274,31.8346;QD=4.29642;RBI=0.0722388,0.0172218;REFB=-0.0415328,-0.018174;REVB=0.055082,0.0154836;RO=27;SAF=5,2;SAR=3,0;SRF=8;SRR=19;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.37798,0.580472;STB=0.692417,0.996352;STBP=0.347,0.052;TYPE=ins,mnp;VARB=0.119548,-0.00702501;OID=.,.;OPOS=50967770,50967768;OREF=-,CT;OALT=G,TG;OMAPALT=CTG,TG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:37:37:27:28:8,2:7,2:0.189189,0.0540541:3,0:5,2:8:19:3,0:4,2:9:19 chr22 50988062 . G T 1050.97 PASS AF=0.972973;AO=71;DP=73;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=25;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0124893;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.9984;QD=56.809;RBI=0.0170744;REFB=-0.0106864;REVB=-0.0116427;RO=2;SAF=25;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00836958;STB=0.50454;STBP=0.777;TYPE=snp;VARB=0.00115799;OID=.;OPOS=50988062;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:73:74:2:2:71:72:0.972973:46:25:1:1:47:25:1:1 chr22 50988193 . A G 74.16 PASS AF=1;AO=7;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0228713;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=75.4662;QD=37.0794;RBI=0.0435443;REFB=0;REVB=0.0370541;RO=0;SAF=3;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00341541;OID=.;OPOS=50988193;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:7:8:1:4:3:0:0:5:3:0:0 chr22 50989326 . A G 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0788177;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.6469;QD=39.2059;RBI=0.0790104;REFB=0;REVB=0.0055154;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00231948;OID=.;OPOS=50989326;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:4:5:0:0:4:5:0:0 chr22 51011376 . G C 766.46 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0087202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=290.533;QD=63.8719;RBI=0.0203826;REFB=0;REVB=0.018423;RO=0;SAF=3;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.52539e-05;OID=.;OPOS=51011376;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:45:3:0:0:45:3:0:0 chr22 51012311 . G T 648.9 PASS AF=1;AO=41;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0233212;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.819;QD=61.8002;RBI=0.0550531;REFB=0;REVB=0.0498695;RO=0;SAF=21;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02085e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000174611;OID=.;OPOS=51012311;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:41:42:1:20:21:0:0:20:22:0:0 chr22 51012358 . G C 375.3 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322101;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.5412;QD=55.6004;RBI=0.0375656;REFB=0;REVB=0.019331;RO=0;SAF=16;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.5146e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102824;OID=.;OPOS=51012358;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:11:16:0:0:11:16:0:0 chr22 51012775 . C T 435.92 PASS AF=0.96875;AO=31;DP=32;FAO=31;FDP=32;FR=.;FRO=1;FSAF=16;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00884765;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=103.238;QD=54.4894;RBI=0.0377871;REFB=0.0261746;REVB=0.0367367;RO=1;SAF=16;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0282674;STB=0.515142;STBP=0.531;TYPE=snp;VARB=-0.000206103;OID=.;OPOS=51012775;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:32:1:1:31:31:0.96875:15:16:1:0:15:16:1:0 chr22 51015838 . T C 340.73 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0493855;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.1286;QD=54.5172;RBI=0.0493883;REFB=0;REVB=-0.000525837;RO=0;SAF=15;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00105001;OID=.;OPOS=51015838;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:10:15:0:0:10:15:0:0 chr22 51048400 . A G 279.39 PASS AF=0.956522;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0871317;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.6591;QD=48.5889;RBI=0.0878552;REFB=-0.0740246;REVB=0.0112517;RO=1;SAF=11;SAR=10;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0401224;STB=0.521719;STBP=0.515;TYPE=snp;VARB=0.00386103;OID=.;OPOS=51048400;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:22:23:1:1:21:22:0.956522:10:11:1:0:11:11:1:0 chr22 51063806 . G C 318.88 PASS AF=0.583333;AO=28;DP=48;FAO=28;FDP=48;FR=.;FRO=20;FSAF=16;FSAR=12;FSRF=4;FSRR=16;FWDB=0.00761977;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=217.37;QD=26.5736;RBI=0.00946789;REFB=0.00298907;REVB=0.00561962;RO=20;SAF=16;SAR=12;SRF=4;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.274591;STB=0.65106;STBP=0.02;TYPE=snp;VARB=-0.00155437;OID=.;OPOS=51063806;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:48:48:20:20:28:28:0.583333:12:16:4:16:12:16:4:16 chr22 51064416 . T C 431.26 PASS AF=0.939394;AO=29;DP=32;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0152531;FXX=0.0294031;HRUN=2;LEN=1;MLLD=62.4277;QD=52.2734;RBI=0.0164467;REFB=-0.0732614;REVB=-0.00615128;RO=2;SAF=14;SAR=15;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00207078;STB=0.502957;STBP=0.872;TYPE=snp;VARB=0.0237523;OID=.;OPOS=51064416;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:32:33:2:2:29:31:0.939394:15:14:1:1:17:14:1:1 chr22 51160707 . G A 431.92 PASS AF=0.460784;AO=47;DP=103;FAO=47;FDP=102;FR=.;FRO=55;FSAF=28;FSAR=19;FSRF=33;FSRR=22;FWDB=0.0681581;FXX=0.0097078;HRUN=5;LEN=1;MLLD=54.5973;QD=16.9378;RBI=0.0683452;REFB=0.020162;REVB=-0.00505336;RO=49;SAF=28;SAR=19;SRF=29;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00372722;STB=0.502383;STBP=0.96;TYPE=snp;VARB=-0.0195859;OID=.;OPOS=51160707;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:103:102:49:55:47:47:0.460784:19:28:29:20:19:28:33:22 chr22 51171497 . G A 1919.7 PASS AF=0.919255;AO=115;DP=160;FAO=148;FDP=161;FR=.;FRO=13;FSAF=59;FSAR=89;FSRF=3;FSRR=10;FWDB=0.0109147;FXX=0.0301187;HRUN=6;LEN=1;MLLD=139.989;QD=47.6943;RBI=0.037593;REFB=-0.0806532;REVB=0.0359737;RO=0;SAF=34;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514216;STBP=0.248;TYPE=snp;VARB=0.00155821;OID=.;OPOS=51171497;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:160:161:0:13:115:148:0.919255:81:34:0:0:89:59:3:10 chrX 200860 . T C 498.89 PASS AF=0.789474;AO=41;DP=55;FAO=45;FDP=57;FR=.;FRO=12;FSAF=20;FSAR=25;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0230693;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.1265;QD=35.01;RBI=0.0334193;REFB=-0.127678;REVB=0.0241797;RO=9;SAF=20;SAR=21;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0598567;STB=0.529399;STBP=0.401;TYPE=snp;VARB=0.0332092;OID=.;OPOS=200860;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:55:57:9:12:41:45:0.789474:21:20:6:3:25:20:7:5 chrX 207362 . C T 118.89 PASS AF=0.25;AO=17;DP=71;FAO=18;FDP=72;FR=.;FRO=54;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=27;FSRR=27;FWDB=0.0177493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.943;QD=6.60516;RBI=0.018464;REFB=-0.0142121;REVB=0.00508726;RO=54;SAF=11;SAR=6;SRF=27;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184058;STB=0.58428;STBP=0.427;TYPE=snp;VARB=0.0321241;OID=.;OPOS=207362;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:54:54:17:18:0.25:6:11:27:27:7:11:27:27 chrX 228903 . G A 85.99 PASS AF=0.9;AO=9;DP=11;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0759408;FXX=0.0908265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=123.206;QD=34.3965;RBI=0.0791597;REFB=-0.0982052;REVB=0.0223439;RO=1;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.080744;STB=0.545355;STBP=0.528;TYPE=snp;VARB=0.00479789;OID=.;OPOS=228903;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:10:1:1:9:9:0.9:5:4:0:1:5:4:0:1 chrX 228934 . A G 109.04 PASS AF=0.916667;AO=11;DP=12;FAO=11;FDP=12;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00766176;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=91.2616;QD=36.348;RBI=0.042492;REFB=0.00527945;REVB=-0.0417955;RO=1;SAF=10;SAR=1;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0428878;STB=0.523767;STBP=0.669;TYPE=snp;VARB=-0.000869477;OID=.;OPOS=228934;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:12:12:1:1:11:11:0.916667:1:10:1:0:1:10:1:0 chrX 228940 . A G 91.75 PASS AF=0.833333;AO=10;DP=12;FAO=10;FDP=12;FR=.;FRO=2;FSAF=10;FSAR=0;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0568957;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.5737;QD=30.5844;RBI=0.0568957;REFB=-0.00548521;REVB=0;RO=2;SAF=10;SAR=0;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00456614;OID=.;OPOS=228940;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:12:12:2:2:10:10:0.833333:0:10:2:0:0:10:2:0 chrX 229137 . A G 410.41 PASS AF=1;AO=28;DP=28;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0355503;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3524;QD=56.6087;RBI=0.167909;REFB=0;REVB=0.164102;RO=0;SAF=26;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00203023;OID=.;OPOS=229137;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:28:29:0:0:28:29:1:2:26:0:0:3:26:0:0 chrX 229542 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0417058;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=117.312;QD=37.4885;RBI=0.045444;REFB=0;REVB=0.0180494;RO=0;SAF=2;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.58669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00212973;OID=.;OPOS=229542;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:6:2:0:0:6:2:0:0 chrX 295231 . A G 160.04 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0294278;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.755;QD=45.7261;RBI=0.0304484;REFB=0;REVB=0.00781736;RO=0;SAF=3;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000236869;OID=.;OPOS=295231;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:14:0:0:13:14:1:10:3:0:0:10:4:0:0 chrX 299362 . A G 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0241788;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.037;QD=51.1815;RBI=0.0365039;REFB=0;REVB=0.0273482;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000303845;OID=.;OPOS=299362;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chrX 299591 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0375927;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.506;QD=56.7063;RBI=0.0381988;REFB=0;REVB=0.00677719;RO=0;SAF=18;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000171662;OID=.;OPOS=299591;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:11:18:0:0:11:18:0:0 chrX 306056 . G A 66.47 PASS AF=0.8;AO=8;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.00948074;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.019;QD=26.5877;RBI=0.130074;REFB=0.0186627;REVB=0.129728;RO=2;SAF=3;SAR=5;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0459355;STB=0.526249;STBP=0.893;TYPE=snp;VARB=0.000554287;OID=.;OPOS=306056;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:8:8:0.8:5:3:1:1:5:3:1:1 chrX 322161 . A G 893.49 PASS AF=0.984127;AO=61;DP=63;FAO=62;FDP=63;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=25;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0197307;FXX=0.0156226;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.861;QD=56.7296;RBI=0.0560098;REFB=0.0461146;REVB=-0.0524194;RO=0;SAF=36;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.506665;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=7.72371e-05;OID=.;OPOS=322161;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:63:0:1:61:62:0.984127:25:36:0:0:25:37:1:0 chrX 322193 . C T 1339.87 PASS AF=0.946809;AO=89;DP=94;FAO=89;FDP=94;FR=.;FRO=5;FSAF=55;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0394829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.6829;QD=57.0159;RBI=0.0465887;REFB=-0.0690981;REVB=0.0247306;RO=5;SAF=55;SAR=34;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0440324;STB=0.52328;STBP=0.086;TYPE=snp;VARB=0.00263543;OID=.;OPOS=322193;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:11:94:94:5:5:89:89:0.946809:34:55:1:4:34:55:1:4 chrX 610715 . C G 1072.8 PASS AF=0.687023;AO=89;DP=130;FAO=90;FDP=131;FR=.;FRO=41;FSAF=32;FSAR=58;FSRF=25;FSRR=16;FWDB=-0.0114098;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=221.596;QD=32.7572;RBI=0.0216381;REFB=-0.0261164;REVB=0.0183855;RO=39;SAF=32;SAR=57;SRF=24;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.150155;STB=0.582639;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.0111853;OID=.;OPOS=610715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:130:131:39:41:89:90:0.687023:57:32:24:15:58:32:25:16 chrX 970760 . G A 115.58 PASS AF=0.8;AO=12;DP=15;FAO=12;FDP=15;FR=.;FRO=3;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0954094;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.947;QD=30.8205;RBI=0.0980261;REFB=0.0793197;REVB=-0.0224978;RO=3;SAF=6;SAR=6;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0596449;STB=0.533278;STBP=0.716;TYPE=snp;VARB=-0.0107167;OID=.;OPOS=970760;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:15:15:3:3:12:12:0.8:6:6:2:1:6:6:2:1 chrX 1422868 . G A 1988.59 PASS AF=1;AO=126;DP=128;FAO=128;FDP=128;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=78;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00291911;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=130.487;QD=62.1433;RBI=0.00664692;REFB=0;REVB=0.00597163;RO=0;SAF=48;SAR=78;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.31467e-06;OID=.;OPOS=1422868;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:128:128:0:0:126:128:1:78:48:0:0:78:50:0:0 chrX 1460740 . A G 294.51 PASS AF=0.619048;AO=23;DP=41;FAO=26;FDP=42;FR=.;FRO=16;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=13;FWDB=-0.0153055;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=198.118;QD=28.048;RBI=0.0246869;REFB=-0.0124422;REVB=0.0193697;RO=10;SAF=8;SAR=15;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0293734;STB=0.58227;STBP=0.21;TYPE=snp;VARB=0.00790801;OID=.;OPOS=1460740;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:42:10:16:23:26:0.619048:15:8:3:7:16:10:3:13 chrX 1531648 . C T 1680.96 PASS AF=0.983051;AO=114;DP=118;FAO=116;FDP=118;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=66;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.019381;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0509;QD=56.9818;RBI=0.0354019;REFB=-0.219408;REVB=0.0296255;RO=1;SAF=49;SAR=65;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0072498;STB=0.509802;STBP=0.154;TYPE=snp;VARB=0.00786099;OID=.;OPOS=1531648;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:118:118:1:2:114:116:0.983051:65:49:0:1:66:50:2:0 chrX 1537002 . C G 870.99 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=27;FSAR=34;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0528192;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=56.6544;QD=56.1928;RBI=0.0566639;REFB=-0.0357075;REVB=0.0205166;RO=0;SAF=26;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.509088;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000104405;OID=.;OPOS=1537002;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:0:1:60:61:0.983871:34:26:0:0:34:27:1:0 chrX 1546876 . A G 358.13 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00154784;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.626;QD=55.0967;RBI=0.028406;REFB=0;REVB=-0.0283638;RO=0;SAF=16;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172292;OID=.;OPOS=1546876;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:10:16:0:0:10:16:0:0 chrX 1713021 . C T 81.48 PASS AF=0.191781;AO=14;DP=73;FAO=14;FDP=73;FR=.;FRO=59;FSAF=12;FSAR=2;FSRF=30;FSRR=29;FWDB=-0.0126487;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=61.0861;QD=4.46466;RBI=0.0440988;REFB=0.00401513;REVB=-0.0422459;RO=56;SAF=12;SAR=2;SRF=28;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.485513;STB=0.815296;STBP=0.015;TYPE=snp;VARB=-0.0205219;OID=.;OPOS=1713021;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:81:73:73:56:59:14:14:0.191781:2:12:28:28:2:12:30:29 chrX 2139186 . C T 94.64 PASS AF=0.2;AO=16;DP=80;FAO=16;FDP=80;FR=.;FRO=64;FSAF=4;FSAR=12;FSRF=26;FSRR=38;FWDB=-0.0505595;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=118.108;QD=4.73223;RBI=0.0512534;REFB=-0.00487299;REVB=0.00840537;RO=61;SAF=4;SAR=12;SRF=24;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.20423;STB=0.642666;STBP=0.258;TYPE=snp;VARB=0.0189713;OID=.;OPOS=2139186;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:94:80:80:61:64:16:16:0.2:12:4:24:37:12:4:26:38 chrX 2139200 . T C 1070.29 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0113578;FXX=0.0273935;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.396;QD=60.2982;RBI=0.018845;REFB=0;REVB=0.0150378;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000146108;OID=.;OPOS=2139200;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:70:71:1:41:29:0:0:42:29:0:0 chrX 2161129 . C G 645.88 PASS AF=0.763889;AO=52;DP=71;FAO=55;FDP=72;FR=.;FRO=17;FSAF=24;FSAR=31;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=0.0199386;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.801;QD=35.8821;RBI=0.0594621;REFB=-0.0129678;REVB=0.0560195;RO=17;SAF=22;SAR=30;SRF=12;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129806;STB=0.563613;STBP=0.058;TYPE=snp;VARB=0.0045474;OID=.;OPOS=2161129;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:71:72:17:17:52:55:0.763889:30:22:12:5:31:24:12:5 chrX 2408437 . G A 102.07 PASS AF=0.785714;AO=11;DP=14;FAO=11;FDP=14;FR=.;FRO=3;FSAF=11;FSAR=0;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0494755;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.105;QD=29.164;RBI=0.0494755;REFB=0.00621638;REVB=0;RO=3;SAF=11;SAR=0;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000895254;OID=.;OPOS=2408437;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:15:14:14:3:3:11:11:0.785714:0:11:3:0:0:11:3:0 chrX 2609717 . G T 82.32 PASS AF=0.297297;AO=11;DP=37;FAO=11;FDP=37;FR=.;FRO=26;FSAF=1;FSAR=10;FSRF=15;FSRR=11;FWDB=-0.00394156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=272.565;QD=8.89996;RBI=0.0157578;REFB=-0.0100344;REVB=0.0152568;RO=26;SAF=1;SAR=10;SRF=15;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.615443;STB=0.883208;STBP=0.003;TYPE=snp;VARB=0.032038;OID=.;OPOS=2609717;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:82:37:37:26:26:11:11:0.297297:10:1:15:11:10:1:15:11 chrX 2645366 . G C 230.77 PASS AF=0.164286;AO=46;DP=278;FAO=46;FDP=280;FR=.;FRO=234;FSAF=28;FSAR=18;FSRF=113;FSRR=121;FWDB=-0.00781719;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.656;QD=3.29672;RBI=0.0165092;REFB=-0.00853286;REVB=-0.0145412;RO=232;SAF=28;SAR=18;SRF=111;SRR=121;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.168188;STB=0.605242;STBP=0.109;TYPE=snp;VARB=0.0338811;OID=.;OPOS=2645366;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:278:280:232:234:46:46:0.164286:18:28:111:121:18:28:113:121 chrX 2656261 . A G 185.0 PASS AF=0.232;AO=29;DP=125;FAO=29;FDP=125;FR=.;FRO=96;FSAF=7;FSAR=22;FSRF=43;FSRR=53;FWDB=-0.0237871;FXX=0.00793588;HRUN=1;LEN=1;MLLD=144.664;QD=5.91994;RBI=0.028895;REFB=-0.00783405;REVB=-0.0164041;RO=95;SAF=7;SAR=22;SRF=43;SRR=52;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.290568;STB=0.676792;STBP=0.046;TYPE=snp;VARB=0.0193436;OID=.;OPOS=2656261;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:125:125:95:96:29:29:0.232:22:7:43:52:22:7:43:53 chrX 2656283 . A T 119.0 PASS AF=0.204301;AO=19;DP=94;FAO=19;FDP=93;FR=.;FRO=74;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=34;FSRR=40;FWDB=0.0302664;FXX=0.0106372;HRUN=2;LEN=1;MLLD=73.0216;QD=5.11847;RBI=0.0302735;REFB=-0.00649802;REVB=-0.000657977;RO=74;SAF=6;SAR=13;SRF=34;SRR=40;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.189194;STB=0.620394;STBP=0.285;TYPE=snp;VARB=0.0239483;OID=.;OPOS=2656283;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:94:93:74:74:19:19:0.204301:13:6:34:40:13:6:34:40 chrX 2715425 . A G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028538;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.621;QD=40.7617;RBI=0.0819855;REFB=0;REVB=0.0768584;RO=0;SAF=9;SAR=1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.8593e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.001247;OID=.;OPOS=2715425;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:1:9:0:0:1:9:0:0 chrX 2724760 . T C 453.38 PASS AF=1;AO=28;DP=34;FAO=31;FDP=31;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=13;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.015698;FXX=0.0312402;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.434;QD=58.5009;RBI=0.0681098;REFB=0;REVB=0.066276;RO=0;SAF=13;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000438707;OID=.;OPOS=2724760;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:31:0:0:28:31:1:15:13:0:0:18:13:0:0 chrX 2748253 . G C 713.01 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0586154;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.289;QD=62.0008;RBI=0.0645412;REFB=0;REVB=0.0270149;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000798238;OID=.;OPOS=2748253;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:46:0:0:43:46:1:29:14:0:0:30:16:0:0 chrX 2777985 . C T 1397.11 PASS AF=1;AO=89;DP=90;FAO=89;FDP=89;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0126026;FXX=0.0111099;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4824;QD=62.7914;RBI=0.0128393;REFB=0;REVB=0.00245376;RO=0;SAF=43;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.86738e-05;OID=.;OPOS=2777985;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:90:89:0:0:89:89:1:46:43:0:0:46:43:0:0 chrX 2779570 . A G 905.82 PASS AF=0.984375;AO=63;DP=64;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=41;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0221973;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2159;QD=56.6139;RBI=0.0232128;REFB=0.0113761;REVB=0.00679052;RO=1;SAF=22;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0209782;STB=0.511108;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=1.16099e-05;OID=.;OPOS=2779570;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:64:1:1:63:63:0.984375:41:22:1:0:41:22:1:0 chrX 2832787 . A G 45.2 PASS AF=0.142857;AO=8;DP=56;FAO=8;FDP=56;FR=.;FRO=48;FSAF=7;FSAR=1;FSRF=14;FSRR=34;FWDB=-0.0181528;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=108.415;QD=3.22838;RBI=0.03543;REFB=-0.00482205;REVB=-0.0304264;RO=48;SAF=7;SAR=1;SRF=14;SRR=34;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.63307;STB=0.920222;STBP=0.042;TYPE=snp;VARB=0.0131127;OID=.;OPOS=2832787;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:56:56:48:48:8:8:0.142857:1:7:14:34:1:7:14:34 chrX 2835863 . G T 286.37 PASS AF=0.311475;AO=38;DP=122;FAO=38;FDP=122;FR=.;FRO=84;FSAF=17;FSAR=21;FSRF=46;FSRR=38;FWDB=-0.00857484;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.048;QD=9.38921;RBI=0.0172006;REFB=-0.00533211;REVB=-0.0149108;RO=83;SAF=17;SAR=21;SRF=45;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.111286;STB=0.568752;STBP=0.311;TYPE=snp;VARB=0.0107923;OID=.;OPOS=2835863;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:122:122:83:84:38:38:0.311475:21:17:45:38:21:17:46:38 chrX 2835964 . G A 208.59 PASS AF=0.342105;AO=23;DP=74;FAO=26;FDP=76;FR=.,HEALED;FRO=50;FSAF=12;FSAR=14;FSRF=23;FSRR=27;FWDB=0.0140003;FXX=0.0129853;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.237;QD=10.9785;RBI=0.0140331;REFB=0.00694927;REVB=0.000958534;RO=40;SAF=10;SAR=13;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.152799;STB=0.501018;STBP=0.999;TYPE=snp;VARB=0.00632706;OID=.;OPOS=2835964;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:76:40:50:23:26:0.342105:13:10:23:17:14:12:23:27 chrX 2835985 . G A 80.66 PASS AF=0.294118;AO=15;DP=51;FAO=15;FDP=51;FR=.;FRO=36;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=0.118894;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=44.8806;QD=6.32612;RBI=0.14009;REFB=-0.0632994;REVB=0.0740911;RO=32;SAF=9;SAR=6;SRF=14;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.184453;STB=0.59043;STBP=0.398;TYPE=snp;VARB=0.411152;OID=.;OPOS=2835985;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:80:51:51:32:36:15:15:0.294118:6:9:14:18:6:9:17:19 chrX 2835989 . A C 126.69 PASS AF=0.333333;AO=15;DP=45;FAO=15;FDP=45;FR=.;FRO=30;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=15;FSRR=15;FWDB=-0.0155166;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=243.757;QD=11.2612;RBI=0.0219505;REFB=-0.00872641;REVB=-0.0155261;RO=30;SAF=9;SAR=6;SRF=15;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113461;STB=0.567477;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=0.0137976;OID=.;OPOS=2835989;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:45:45:30:30:15:15:0.333333:6:9:15:15:6:9:15:15 chrX 2835993 . G A 98.09 PASS AF=0.325;AO=13;DP=41;FAO=13;FDP=40;FR=.;FRO=27;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=15;FWDB=0.00604128;FXX=0.0243843;HRUN=2;LEN=1;MLLD=56.9562;QD=9.80872;RBI=0.0153509;REFB=-0.00128653;REVB=-0.0141122;RO=28;SAF=7;SAR=6;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0840086;STB=0.563122;STBP=0.584;TYPE=snp;VARB=0.010104;OID=.;OPOS=2835993;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:41:40:28:27:13:13:0.325:6:7:13:15:6:7:12:15 chrX 2835995 . C A 77.69 PASS AF=0.333333;AO=13;DP=39;FAO=13;FDP=39;FR=.;FRO=26;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=12;FSRR=14;FWDB=0.0332597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=187.472;QD=7.96782;RBI=0.0337722;REFB=-0.0117883;REVB=-0.00586074;RO=26;SAF=7;SAR=6;SRF=12;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0855449;STB=0.551103;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0379185;OID=.;OPOS=2835995;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:77:39:39:26:26:13:13:0.333333:6:7:12:14:6:7:12:14 chrX 2835998 . CCCACGCCGG C 33.68 PASS AF=0.259259;AO=6;DP=29;FAO=7;FDP=27;FR=.;FRO=20;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.00944809;FXX=0.0999667;HRUN=3;LEN=9;MLLD=266.324;QD=4.99031;RBI=0.0123193;REFB=-0.00154146;REVB=-0.00790559;RO=19;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0444608;STB=0.599733;STBP=0.612;TYPE=del;VARB=0.00700303;OID=.;OPOS=2835999;OREF=CCACGCCGG;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.259259:6:29:7:27:20:3:4:6:14:33:19:2:4:7:12 chrX 2836041 . A T 44.29 PASS AF=0.269231;AO=7;DP=26;FAO=7;FDP=26;FR=.;FRO=19;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=12;FWDB=-0.0288593;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.148;QD=6.81333;RBI=0.0337318;REFB=-0.018661;REVB=0.0174637;RO=17;SAF=3;SAR=4;SRF=5;SRR=12;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.160269;STB=0.545327;STBP=0.87;TYPE=snp;VARB=0.0645068;OID=.;OPOS=2836041;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:26:26:17:19:7:7:0.269231:4:3:5:12:4:3:7:12 chrX 2836047 . C T 35.75 PASS AF=0.25;AO=6;DP=24;FAO=6;FDP=24;FR=.;FRO=18;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=7;FSRR=11;FWDB=-0.00956839;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.11;QD=5.95783;RBI=0.0323421;REFB=-0.00888097;REVB=0.0308942;RO=17;SAF=2;SAR=4;SRF=7;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0954119;STB=0.5453;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0259192;OID=.;OPOS=2836047;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:24:24:17:18:6:6:0.25:4:2:7:10:4:2:7:11 chrX 2836060 . G A 36.87 PASS AF=0.315789;AO=6;DP=19;FAO=6;FDP=19;FR=.;FRO=13;FSAF=2;FSAR=4;FSRF=4;FSRR=9;FWDB=-0.0222794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=203.772;QD=7.76202;RBI=0.0271375;REFB=-0.0110541;REVB=-0.0154942;RO=13;SAF=2;SAR=4;SRF=4;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316032;STB=0.519934;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=0.018892;OID=.;OPOS=2836060;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:19:19:13:13:6:6:0.315789:4:2:4:9:4:2:4:9 chrX 2836084 . C G 46.76 PASS AF=0.388889;AO=7;DP=18;FAO=7;FDP=18;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0122455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.954;QD=10.3903;RBI=0.0258176;REFB=-0.0104866;REVB=0.0227287;RO=11;SAF=3;SAR=4;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.116701;STB=0.571224;STBP=0.703;TYPE=snp;VARB=0.0343392;OID=.;OPOS=2836084;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:46:18:18:11:11:7:7:0.388889:4:3:6:5:4:3:6:5 chrX 2852951 . G A 817.73 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0655202;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.534;QD=57.3846;RBI=0.0656978;REFB=0;REVB=0.00482816;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000197482;OID=.;OPOS=2852951;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:29:28:0:0:29:28:0:0 chrX 2856155 . C T 715.01 PASS AF=0.978723;AO=45;DP=47;FAO=46;FDP=47;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0296096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.426;QD=60.8518;RBI=0.0385458;REFB=-0.0590571;REVB=-0.024679;RO=1;SAF=30;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154108;STB=0.507933;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00727662;OID=.;OPOS=2856155;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:47:47:1:1:45:46:0.978723:15:30:1:0:15:31:1:0 chrX 2942109 . T C 556.75 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00934284;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.4425;QD=60.1897;RBI=0.0152156;REFB=0;REVB=0.0120095;RO=0;SAF=22;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.82408e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.71916e-05;OID=.;OPOS=2942109;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:37:37:1:15:22:0:0:15:22:0:0 chrX 3002687 . A G 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=0;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.6031;QD=40.7615;RBI=0.0466803;REFB=0;REVB=-0.0466803;RO=0;SAF=0;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.0017286;OID=.;OPOS=3002687;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:10:0:0:0:10:0:0:0 chrX 3228411 . G A 340.74 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=25;FDP=25;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00862343;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=200.897;QD=54.5177;RBI=0.0117914;REFB=0;REVB=-0.00804194;RO=0;SAF=12;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.94263e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.11326e-05;OID=.;OPOS=3228411;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:25:0:0:25:25:1:13:12:0:0:13:12:0:0 chrX 3228891 . A G 411.12 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0235674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.85;QD=56.7065;RBI=0.0247735;REFB=0;REVB=0.00763572;RO=0;SAF=15;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.85292e-05;OID=.;OPOS=3228891;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:14:15:0:0:14:15:0:0 chrX 3235724 . C T 1246.07 PASS AF=1;AO=80;DP=80;FAO=81;FDP=81;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00402065;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=303.186;QD=61.5344;RBI=0.0257436;REFB=0;REVB=0.0254277;RO=0;SAF=33;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.71057e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.55567e-05;OID=.;OPOS=3235724;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:80:81:0:0:80:81:1:47:33:0:0:47:34:0:0 chrX 3238167 . T G 1491.56 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=95;FDP=95;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100806;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=333.166;QD=62.8024;RBI=0.0308861;REFB=0;REVB=0.0291947;RO=0;SAF=31;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.52534e-05;OID=.;OPOS=3238167;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:91:95:0:0:90:95:1:59:31:0:0:64:31:0:0 chrX 3238733 . G A 723.79 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=24;FSAR=23;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0210294;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.0752;QD=59.0852;RBI=0.0807737;REFB=-0.0349639;REVB=0.0779882;RO=2;SAF=24;SAR=23;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0375874;STB=0.519992;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=0.00743612;OID=.;OPOS=3238733;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:23:24:2:0:23:24:2:0 chrX 3239545 . C A,T 543.35 PASS AF=0.0540541,0.945946;AO=2,35;DP=37;FAO=2,35;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=1,20;FSAR=1,15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0113964,0.0134932;FXX=0;HRUN=2,2;LEN=1,1;MLLD=77.9948,85.7366;QD=58.74;RBI=0.0183455,0.0251665;REFB=0,0;REVB=0.0143763,-0.0212435;RO=0;SAF=1,20;SAR=1,15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.122766,-0.000112044;OID=.,.;OPOS=3239545,3239545;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:37:37:0:0:2,35:2,35:0.0540541,0.945946:1,15:1,20:0:0:1,15:1,20:0:0 chrX 3240343 . G A 505.66 PASS AF=1;AO=33;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0966936;FXX=0.0285633;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.8464;QD=59.4898;RBI=0.0970917;REFB=0;REVB=-0.00878278;RO=0;SAF=13;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000544035;OID=.;OPOS=3240343;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:33:34:1:20:13:0:0:20:14:0:0 chrX 3241050 . G A 785.72 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00563838;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=96.9063;QD=64.14;RBI=0.0234402;REFB=0;REVB=-0.022752;RO=0;SAF=27;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.30731e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.10291e-05;OID=.;OPOS=3241050;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:22:27:0:0:22:27:0:0 chrX 3241256 . T C 261.45 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0670302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.7768;QD=49.7997;RBI=0.0681792;REFB=0;REVB=-0.0124641;RO=0;SAF=10;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000782614;OID=.;OPOS=3241256;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:10:10:0:0:10:11:0:0 chrX 3241284 . A G 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.82;QD=52.6128;RBI=0.0287354;REFB=0;REVB=-0.0234277;RO=0;SAF=15;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.79751e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.47666e-05;OID=.;OPOS=3241284;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:7:15:0:0:7:15:0:0 chrX 3241317 . T C 397.4 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00419648;FXX=0.0344709;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.8167;QD=56.7709;RBI=0.0309603;REFB=0;REVB=0.0306745;RO=0;SAF=19;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.62669e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.01505e-05;OID=.;OPOS=3241317;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:28:0:0:28:28:1:9:19:0:0:9:19:0:0 chrX 3241791 . G A 785.87 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0253905;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.239;QD=64.1529;RBI=0.0262581;REFB=0;REVB=0.00669408;RO=0;SAF=25;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000178297;OID=.;OPOS=3241791;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:49:0:0:49:49:1:24:25:0:0:24:25:0:0 chrX 5808303 . C CT,T 73.03 PASS AF=0.25974,0;AO=11,10;DP=77;FAO=20,0;FDP=77;FR=.;FRO=57;FSAF=4,0;FSAR=16,0;FSRF=34;FSRR=23;FWDB=0.048279,-0.00439201;FXX=0.0128189;HRUN=6,1;LEN=1,1;MLLD=12.5679,251.835;QD=3.79395;RBI=0.143642,0.00442624;REFB=-0.0296667,0.000256911;REVB=0.135285,0.000549451;RO=52;SAF=2,3;SAR=9,7;SRF=28;SRR=24;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.452081,-0.293662;STB=0.795514,0.5;STBP=0.005,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.0867534,0;OID=.,.;OPOS=5808304,5808303;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:77:77:52:57:11,10:20,0:0.25974,0:9,7:2,3:28:24:16,0:4,0:34:23 chrX 5810090 . A G 273.0 PASS AF=0.888889;AO=22;DP=25;FAO=24;FDP=27;FR=.;FRO=3;FSAF=15;FSAR=9;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0434987;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2971;QD=40.4437;RBI=0.0463737;REFB=-0.124495;REVB=0.0160744;RO=3;SAF=13;SAR=9;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0581212;STB=0.533952;STBP=0.303;TYPE=snp;VARB=0.0222237;OID=.;OPOS=5810090;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:25:27:3:3:22:24:0.888889:9:13:1:2:9:15:1:2 chrX 6451856 . A G 113.11 PASS AF=0.5;AO=13;DP=26;FAO=13;FDP=26;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0289438;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=156.929;QD=17.4013;RBI=0.0470857;REFB=-0.0430815;REVB=-0.0371392;RO=13;SAF=6;SAR=7;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.046278;OID=.;OPOS=6451856;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:26:26:13:13:13:13:0.5:7:6:6:7:7:6:6:7 chrX 6975752 . G T 150.99 PASS AF=0.875;AO=14;DP=17;FAO=14;FDP=16;FR=.;FRO=2;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.027333;FXX=0.0587889;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.5108;QD=37.7486;RBI=0.0277232;REFB=-0.0876404;REVB=0.00463468;RO=2;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.113294;STB=0.562412;STBP=0.235;TYPE=snp;VARB=0.0411442;OID=.;OPOS=6975752;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:17:16:2:2:14:14:0.875:7:7:0:2:7:7:0:2 chrX 6975782 . C G 279.73 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0374309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=160.289;QD=50.8596;RBI=0.0525673;REFB=0;REVB=0.0369087;RO=0;SAF=8;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00206805;OID=.;OPOS=6975782;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:21:22:1:13:8:0:0:14:8:0:0 chrX 6995315 . C T 740.99 PASS AF=0.981481;AO=53;DP=54;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00627319;FXX=0.0181785;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.509;QD=54.8884;RBI=0.0205541;REFB=-0.0428889;REVB=0.0195734;RO=1;SAF=31;SAR=22;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0209328;STB=0.511107;STBP=0.306;TYPE=snp;VARB=0.000104351;OID=.;OPOS=6995315;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:54:54:1:1:53:53:0.981481:22:31:0:1:22:31:0:1 chrX 7066051 . A C 50.04 PASS AF=1;AO=5;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0666268;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.153;QD=33.3568;RBI=0.0905418;REFB=0;REVB=0.0613082;RO=1;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169284;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00127633;OID=.;OPOS=7066051;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:1:0:5:6:1:3:2:1:0:3:3:0:0 chrX 8138080 . G C 277.89 PASS AF=1;AO=21;DP=22;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100625;FXX=0.0454339;HRUN=2;LEN=1;MLLD=92.549;QD=52.931;RBI=0.0367515;REFB=0;REVB=-0.0353471;RO=0;SAF=12;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00825089;OID=.;OPOS=8138080;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:21:0:0:21:21:1:9:12:0:0:9:12:0:0 chrX 8138160 . T C 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000678286;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.9617;QD=51.1832;RBI=0.0295047;REFB=0;REVB=0.029497;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000953312;OID=.;OPOS=8138160;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chrX 8138165 . C G 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0188322;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.591;QD=51.1845;RBI=0.0235688;REFB=0;REVB=0.0141717;RO=0;SAF=12;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000373192;OID=.;OPOS=8138165;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:8:12:0:0:8:12:0:0 chrX 8138170 . CT GC 160.47 PASS AF=0.9375;AO=15;DP=16;FAO=15;FDP=16;FR=.;FRO=1;FSAF=8;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.105627;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=194.616;QD=40.1168;RBI=0.213644;REFB=-0.0332156;REVB=0.185706;RO=1;SAF=8;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0607183;STB=0.533289;STBP=0.559;TYPE=mnp;VARB=0.00324853;OID=.;OPOS=8138170;OREF=CT;OALT=GC;OMAPALT=GC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:16:16:1:1:15:15:0.9375:7:8:0:1:7:8:0:1 chrX 8138182 . A G 191.08 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0274015;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.895;QD=47.7709;RBI=0.040451;REFB=0;REVB=0.0297564;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000139794;OID=.;OPOS=8138182;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:8:7:0:0:8:8:0:0 chrX 8503641 . G A 255.92 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00434887;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.3424;QD=51.1843;RBI=0.0384962;REFB=0;REVB=-0.0382497;RO=0;SAF=18;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.19193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00129813;OID=.;OPOS=8503641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:2:18:0:0:2:18:0:0 chrX 8504833 . C T 711.32 PASS AF=0.962963;AO=51;DP=54;FAO=52;FDP=54;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0170255;FXX=0.0181785;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.1251;QD=52.6906;RBI=0.0368536;REFB=-0.164088;REVB=-0.0326852;RO=0;SAF=19;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.2152e-08;STB=0.515146;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00443632;OID=.;OPOS=8504833;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:54:54:0:2:51:52:0.962963:32:19:0:0:32:20:0:2 chrX 9370301 . TATAG TAAAT,T 155.08 PASS AF=0.0322581,0.806452;AO=5,22;DP=49;FAO=2,50;FDP=62;FR=.;FRO=10;FSAF=1,38;FSAR=1,12;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.0289379,-0.0259028;FXX=0.0605969;HRUN=1,1;LEN=3,4;MLLD=140.96,42.1757;QD=10.0054;RBI=0.0337582,0.0577064;REFB=-0.0405843,-0.131924;REVB=0.0173844,0.0515662;RO=0;SAF=0,16;SAR=5,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,3.17051e-08;STB=0.582527,0.575725;STBP=0.877,0.023;TYPE=mnp,del;VARB=-0.000651187,0.0466185;OID=.,.;OPOS=9370303,9370302;OREF=TAG,ATAG;OALT=AAT,-;OMAPALT=TAAAT,T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.0322581,0.806452:5,22:49:2,50:62:10:1,38:1,12:4:6:99:0:0,16:5,6:0:0 chrX 9684778 . G A 803.35 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=58;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00636059;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.5513;QD=55.4031;RBI=0.0209722;REFB=0.0508186;REVB=-0.0199844;RO=1;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.016546;STB=0.508769;STBP=0.557;TYPE=snp;VARB=-0.000747025;OID=.;OPOS=9684778;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:58:58:1:1:57:57:0.982759:28:29:0:1:28:29:0:1 chrX 9859098 . A G 2201.87 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=140;FDP=140;FR=.;FRO=0;FSAF=78;FSAR=62;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0058597;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.855;QD=62.9107;RBI=0.00975217;REFB=0;REVB=-0.00779543;RO=0;SAF=78;SAR=60;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000406771;OID=.;OPOS=9859098;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:140:0:0:138:140:1:60:78:0:0:62:78:0:0 chrX 10202343 . C T 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00190984;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.513;QD=46.8477;RBI=0.00785036;REFB=0;REVB=-0.0076145;RO=0;SAF=3;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-8.04732e-05;OID=.;OPOS=10202343;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:12:3:0:0:12:3:0:0 chrX 12725701 . C G 1500.77 PASS AF=1;AO=99;DP=102;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0221701;FXX=0.0380916;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.385;QD=59.4364;RBI=0.0436693;REFB=0;REVB=0.037623;RO=0;SAF=38;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.5137e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.77817e-05;OID=.;OPOS=12725701;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:102:101:0:0:99:101:1:61:38:0:0:61:40:0:0 chrX 12939928 . T C 322.61 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0183237;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=308.391;QD=53.7686;RBI=0.0348931;REFB=0;REVB=0.0296945;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.64042e-05;OID=.;OPOS=12939928;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:24:0:0:23:24:1:16:7:0:0:16:8:0:0 chrX 15332558 . A G 1134.75 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022582;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.0794;QD=60.5201;RBI=0.0291242;REFB=0;REVB=0.0183921;RO=0;SAF=38;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000342694;OID=.;OPOS=15332558;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:37:38:0:0:37:38:0:0 chrX 15373323 . C T 295.4 PASS AF=0.466667;AO=16;DP=44;FAO=21;FDP=45;FR=.,HEALED,HEALED;FRO=15;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=2;FSRR=13;FWDB=0.0167771;FXX=0.081616;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.269;QD=26.2574;RBI=0.0328771;REFB=-0.0697958;REVB=0.0282743;RO=10;SAF=10;SAR=6;SRF=2;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.286611;STB=0.660435;STBP=0.032;TYPE=snp;VARB=0.0484842;OID=.;OPOS=15373323;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:44:45:10:15:16:21:0.466667:6:10:2:8:10:11:2:13 chrX 15838366 . C T 929.8 PASS AF=1;AO=63;DP=66;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0116957;FXX=0.0454477;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.76;QD=59.0351;RBI=0.0125186;REFB=0;REVB=-0.00446372;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.80301e-06;OID=.;OPOS=15838366;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:66:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chrX 16859628 . G A 1320.95 PASS AF=1;AO=85;DP=85;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=39;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0270898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=266.381;QD=62.1623;RBI=0.0551452;REFB=0;REVB=0.0480327;RO=0;SAF=39;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.84383e-05;OID=.;OPOS=16859628;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:85:85:0:0:85:85:1:46:39:0:0:46:39:0:0 chrX 16860134 . T C 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0613289;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.9793;QD=33.4283;RBI=0.0617903;REFB=0;REVB=-0.00753755;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00663825;OID=.;OPOS=16860134;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:5:1:0:0:5:1:0:0 chrX 17166219 . C T 1212.81 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0258445;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.751;QD=60.6406;RBI=0.0409859;REFB=0;REVB=0.0318105;RO=0;SAF=34;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.47622e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00101002;OID=.;OPOS=17166219;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:78:80:0:0:78:80:1:44:34:0:0:46:34:0:0 chrX 17705850 . C CT 799.88 PASS AF=1;AO=70;DP=92;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.010223;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=14.8304;QD=35.1593;RBI=0.111641;REFB=-0.0629612;REVB=0.111172;RO=15;SAF=43;SAR=27;SRF=7;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0508629;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.0151385;OID=.;OPOS=17705851;OREF=-;OALT=T;OMAPALT=CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:70:92:91:91:0:53:38:0:0:12:15:43:27:7:8 chrX 17819377 . T C 60.36 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0394003;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=125.417;QD=34.4903;RBI=0.131361;REFB=0;REVB=0.125313;RO=0;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.18042e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0045108;OID=.;OPOS=17819377;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:7:0:0:6:7:1:5:1:0:0:6:1:0:0 chrX 18195834 . G A 1048.72 PASS AF=0.986111;AO=71;DP=72;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=34;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00357485;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=249.653;QD=58.262;RBI=0.0194106;REFB=-0.127736;REVB=0.0190786;RO=0;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.12261e-08;STB=0.506665;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=7.01914e-06;OID=.;OPOS=18195834;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:72:72:0:1:71:71:0.986111:37:34:0:0:37:34:0:1 chrX 18230715 . A C 753.66 PASS AF=1;AO=52;DP=53;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00871143;FXX=0.0344768;HRUN=4;LEN=1;MLLD=155.809;QD=53.833;RBI=0.0113578;REFB=-0.0362262;REVB=0.00728767;RO=0;SAF=29;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.84538e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000858212;OID=.;OPOS=18230715;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:56:0:0:52:56:1:23:29:0:0:27:29:0:0 chrX 18342034 . G A 1643.47 PASS AF=0.990991;AO=109;DP=110;FAO=110;FDP=111;FR=.;FRO=1;FSAF=68;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0081176;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=95.2253;QD=59.2243;RBI=0.00922019;REFB=-0.094852;REVB=0.00437225;RO=0;SAF=67;SAR=42;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.7257e-08;STB=0.503649;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.000379729;OID=.;OPOS=18342034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:110:111:0:1:109:110:0.990991:42:67:0:0:42:68:1:0 chrX 19041592 . C T 2182.98 PASS AF=1;AO=138;DP=138;FAO=138;FDP=138;FR=.;FRO=0;FSAF=70;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0328323;FXX=0.00719373;HRUN=1;LEN=1;MLLD=189.861;QD=63.2747;RBI=0.0346209;REFB=0;REVB=0.010984;RO=0;SAF=70;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.83226e-05;OID=.;OPOS=19041592;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:138:0:0:138:138:1:68:70:0:0:68:70:0:0 chrX 19482476 . C T 453.76 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0971271;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.8159;QD=55.0009;RBI=0.0975551;REFB=-0.0718871;REVB=0.00912806;RO=1;SAF=11;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0405505;STB=0.521725;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00259274;OID=.;OPOS=19482476;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:33:33:1:1:32:32:0.969697:21:11:1:0:21:11:1:0 chrX 19553982 . GGT G 37.22 PASS AF=0.227273;AO=9;DP=46;FAO=10;FDP=44;FR=.;FRO=34;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=26;FSRR=8;FWDB=0.0305271;FXX=0.0222173;HRUN=4;LEN=2;MLLD=27.2717;QD=3.38391;RBI=0.126793;REFB=-0.0582436;REVB=-0.123063;RO=34;SAF=1;SAR=8;SRF=26;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.696365;STB=0.874403;STBP=0.022;TYPE=del;VARB=0.158893;OID=.;OPOS=19553983;OREF=GT;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.227273:9:46:10:44:34:2:8:26:8:37:34:1:8:26:8 chrX 21861434 . A G 1810.22 PASS AF=1;AO=117;DP=119;FAO=118;FDP=118;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000290274;FXX=0.0166653;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.184;QD=61.3633;RBI=0.0152428;REFB=0;REVB=0.01524;RO=0;SAF=45;SAR=72;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.91031e-06;OID=.;OPOS=21861434;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:119:118:0:0:117:118:1:72:45:0:0:73:45:0:0 chrX 21876112 . A G 197.41 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=3;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.093837;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.5474;QD=43.869;RBI=0.0983598;REFB=-0.0172261;REVB=-0.0294833;RO=1;SAF=3;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0316306;STB=0.517221;STBP=0.649;TYPE=snp;VARB=0.00380173;OID=.;OPOS=21876112;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:14:3:0:1:14:3:0:1 chrX 21876221 . A G 36.38 PASS AF=0.285714;AO=6;DP=21;FAO=6;FDP=21;FR=.;FRO=15;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=5;FWDB=0.0173892;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.5967;QD=6.92897;RBI=0.0244908;REFB=-0.00038915;REVB=0.0172458;RO=15;SAF=1;SAR=5;SRF=10;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.542371;STB=0.845038;STBP=0.055;TYPE=snp;VARB=0.00470932;OID=.;OPOS=21876221;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:21:21:15:15:6:6:0.285714:5:1:10:5:5:1:10:5 chrX 23019399 . A G 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0102202;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=148.379;QD=53.277;RBI=0.0102204;REFB=0;REVB=7.25647e-05;RO=0;SAF=7;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.04224e-05;OID=.;OPOS=23019399;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:16:7:0:0:16:7:0:0 chrX 23928489 . C T 726.32 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0114552;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.0056;QD=63.1581;RBI=0.0122346;REFB=0;REVB=0.00429695;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0001339;OID=.;OPOS=23928489;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:46:0:0:45:46:1:22:23:0:0:23:23:0:0 chrX 24232095 . C T 801.33 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00431948;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=281.229;QD=57.2377;RBI=0.00785634;REFB=0;REVB=0.00656233;RO=0;SAF=27;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.56536e-05;OID=.;OPOS=24232095;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:29:27:0:0:29:27:0:0 chrX 24381387 . G C 145.24 PASS AF=1;AO=13;DP=13;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.014147;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=170.012;QD=44.6898;RBI=0.0345763;REFB=0;REVB=-0.0315497;RO=0;SAF=7;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00027815;OID=.;OPOS=24381387;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:13:13:0:0:13:13:1:6:7:0:0:6:7:0:0 chrX 24382950 . G A 74.98 PASS AF=1;AO=8;DP=8;FAO=8;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0800183;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=55.025;QD=37.4878;RBI=0.104191;REFB=0;REVB=0.0667295;RO=0;SAF=3;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.46938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0122774;OID=.;OPOS=24382950;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:8:8:0:0:8:8:1:5:3:0:0:5:3:0:0 chrX 24383061 . C T 447.01 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000406672;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.773;QD=57.6786;RBI=0.0144393;REFB=0;REVB=-0.0144335;RO=0;SAF=15;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.37744e-05;OID=.;OPOS=24383061;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:16:15:0:0:16:15:0:0 chrX 24578803 . C T 613.48 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658773;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=68.5287;QD=58.4269;RBI=0.0692404;REFB=0;REVB=-0.021317;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00311869;OID=.;OPOS=24578803;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:42:0:0:39:42:1:21:18:0:0:21:21:0:0 chrX 24751958 . T C 1171.47 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.008826;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=264.839;QD=60.8554;RBI=0.0515341;REFB=0;REVB=0.0507727;RO=0;SAF=30;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.58213e-05;OID=.;OPOS=24751958;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:77:0:0:75:77:1:45:30:0:0:47:30:0:0 chrX 26157220 . C T 971.72 PASS AF=0.957746;AO=67;DP=71;FAO=68;FDP=71;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=27;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00874105;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=238.867;QD=54.7446;RBI=0.00990638;REFB=-0.0301881;REVB=0.00466159;RO=2;SAF=40;SAR=27;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00551277;STB=0.511835;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.000163653;OID=.;OPOS=26157220;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:71:71:2:3:67:68:0.957746:27:40:1:1:27:41:1:2 chrX 26157792 . C T 561.34 PASS AF=1;AO=36;DP=38;FAO=37;FDP=37;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0529784;FXX=0.0263089;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.956;QD=60.6849;RBI=0.055909;REFB=0;REVB=-0.0178636;RO=0;SAF=25;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.58193e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000542378;OID=.;OPOS=26157792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:37:0:0:36:37:1:11:25:0:0:11:26:0:0 chrX 26212251 . C T 101.89 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346761;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=55.0933;QD=40.7576;RBI=0.109658;REFB=0;REVB=-0.104031;RO=0;SAF=4;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00388677;OID=.;OPOS=26212251;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:6:4:0:0:6:4:0:0 chrX 26212256 . G A 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0944762;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.345;QD=39.205;RBI=0.103116;REFB=0;REVB=-0.0413174;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000706239;OID=.;OPOS=26212256;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chrX 26212262 . C T 88.21 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0495413;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5274;QD=39.2036;RBI=0.051811;REFB=0;REVB=-0.0151671;RO=0;SAF=4;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00188969;OID=.;OPOS=26212262;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:5:4:0:0:5:4:0:0 chrX 26213020 . C T 223.18 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192435;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.5904;QD=49.5957;RBI=0.0428234;REFB=0;REVB=-0.0382562;RO=0;SAF=11;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000675787;OID=.;OPOS=26213020;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:7:11:0:0:7:11:0:0 chrX 26213219 . T C 428.78 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0177174;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=93.1291;QD=57.1708;RBI=0.02987;REFB=0;REVB=0.0240481;RO=0;SAF=10;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.1068e-05;OID=.;OPOS=26213219;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:20:10:0:0:20:10:0:0 chrX 26213364 . T C,TTTGTC 157.74 PASS AF=0,1;AO=8,12;DP=22;FAO=0,13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=0,7;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0278184,-0.00444961;FXX=0.380771;HRUN=4,4;LEN=1,5;MLLD=158.083,186.25;QD=48.5353;RBI=0.062086,0.0429511;REFB=0,0;REVB=0.055505,0.04272;RO=2;SAF=7,6;SAR=1,6;SRF=2;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.110633,-0.128507;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,ins;VARB=0,0.00508955;OID=.,.;OPOS=26213364,26213365;OREF=T,-;OALT=C,TTGTC;OMAPALT=C,TTTGTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:3:22:13:2:0:8,12:0,13:0,1:1,6:7,6:2:0:0,6:0,7:0:0 chrX 26808285 . T G 2201.47 PASS AF=0.986014;AO=141;DP=141;FAO=141;FDP=143;FR=.;FRO=2;FSAF=87;FSAR=54;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0101412;FXX=0.00694396;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.315;QD=61.5796;RBI=0.0476282;REFB=-0.10403;REVB=0.046536;RO=0;SAF=87;SAR=54;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.48387e-08;STB=0.505681;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=0.00135599;OID=.;OPOS=26808285;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:141:143:0:2:141:141:0.986014:54:87:0:0:54:87:2:0 chrX 27479339 . A G 465.13 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00949452;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.228;QD=58.1417;RBI=0.0284452;REFB=0;REVB=0.0268138;RO=0;SAF=9;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.02243e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000205652;OID=.;OPOS=27479339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:23:9:0:0:23:9:0:0 chrX 27839572 . T C 1107.79 PASS AF=0.95;AO=76;DP=80;FAO=76;FDP=80;FR=.;FRO=4;FSAF=34;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0174854;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=41.1384;QD=55.3895;RBI=0.0451038;REFB=-0.181631;REVB=-0.0415766;RO=3;SAF=34;SAR=42;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00828689;STB=0.509997;STBP=0.452;TYPE=snp;VARB=0.00736918;OID=.;OPOS=27839572;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:80:80:3:4:76:76:0.95:42:34:1:2:42:34:1:3 chrX 27999146 . C T 101.9 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282275;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.2467;QD=40.7612;RBI=0.0290423;REFB=0;REVB=-0.00683085;RO=0;SAF=6;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00102908;OID=.;OPOS=27999146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:4:6:0:0:4:6:0:0 chrX 30236878 . G A 2162.27 PASS AF=0.992806;AO=137;DP=139;FAO=138;FDP=139;FR=.;FRO=1;FSAF=83;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0146446;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=61.3813;QD=62.2237;RBI=0.0200036;REFB=-0.0761082;REVB=0.0136264;RO=1;SAF=83;SAR=54;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00872215;STB=0.504504;STBP=0.314;TYPE=snp;VARB=0.00841267;OID=.;OPOS=30236878;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:139:139:1:1:137:138:0.992806:54:83:0:1:55:83:0:1 chrX 30254361 . G A 465.07 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.022008;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.1418;QD=58.1334;RBI=0.0220563;REFB=0;REVB=-0.00145953;RO=0;SAF=6;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000372775;OID=.;OPOS=30254361;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:26:6:0:0:26:6:0:0 chrX 30254376 . T C 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0622272;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.721;QD=55.0979;RBI=0.065403;REFB=0;REVB=0.0201328;RO=0;SAF=2;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.21284e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000278833;OID=.;OPOS=30254376;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:24:2:0:0:24:2:0:0 chrX 30254530 . A G 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000518854;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3524;QD=45.8067;RBI=0.0208089;REFB=0;REVB=0.0208024;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000837595;OID=.;OPOS=30254530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:5:9:0:0:5:9:0:0 chrX 30255520 . C T 1006.43 PASS AF=0.986111;AO=63;DP=64;FAO=71;FDP=72;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0136496;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=195.136;QD=55.9129;RBI=0.0620649;REFB=-0.0283007;REVB=0.0605454;RO=1;SAF=28;SAR=35;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.013302;STB=0.506171;STBP=0.517;TYPE=snp;VARB=0.000851665;OID=.;OPOS=30255520;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:64:72:1:1:63:71:0.986111:35:28:0:1:40:31:0:1 chrX 30261002 . A G 362.37 PASS AF=1;AO=26;DP=27;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00437209;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=254.264;QD=55.7499;RBI=0.0409611;REFB=0;REVB=0.0407271;RO=0;SAF=10;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=7.71087e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00027821;OID=.;OPOS=30261002;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:26:0:0:26:26:1:16:10:0:0:16:10:0:0 chrX 30261157 . TG T,TC 265.28 PASS AF=0.0952381,0.904762;AO=3,18;DP=21;FAO=2,19;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=2,13;FSAR=0,6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0107582,-0.00593321;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=151.208,169.823;QD=50.5303;RBI=0.0465999,0.0405863;REFB=0,0;REVB=0.045341,0.0401503;RO=0;SAF=3,12;SAR=0,6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=-0.0236675,0.00221337;OID=.,.;OPOS=30261158,30261158;OREF=G,G;OALT=-,C;OMAPALT=T,TC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.0952381,0.904762:3,18:21:2,19:21:0:2,13:0,6:0:0:9:0:3,12:0,6:0:0 chrX 30269887 . T A 801.29 PASS AF=1;AO=56;DP=56;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00174587;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=176.188;QD=57.2352;RBI=0.00995743;REFB=0;REVB=-0.00980318;RO=0;SAF=25;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.42636e-05;OID=.;OPOS=30269887;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:56:56:0:0:56:56:1:31:25:0:0:31:25:0:0 chrX 30323916 . T G 289.33 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0163034;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=68.1397;QD=52.6049;RBI=0.0497934;REFB=0;REVB=0.0470487;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000645;OID=.;OPOS=30323916;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chrX 30326983 . C T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.027114;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=77.4325;QD=40.7629;RBI=0.105965;REFB=0;REVB=0.102437;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00572675;OID=.;OPOS=30326983;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chrX 30577846 . A C 465.14 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00840279;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=95.7536;QD=58.142;RBI=0.0197231;REFB=0;REVB=0.0178436;RO=0;SAF=13;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000266631;OID=.;OPOS=30577846;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:19:13:0:0:19:13:0:0 chrX 30715827 . C T 1079.76 PASS AF=0.961039;AO=75;DP=75;FAO=74;FDP=77;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=39;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0141643;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=230.27;QD=56.0917;RBI=0.0362644;REFB=-0.0494808;REVB=0.0333838;RO=0;SAF=35;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.71047e-08;STB=0.50756;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.000923469;OID=.;OPOS=30715827;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:75:77:0:3:75:74:0.961039:40:35:0:0:39:35:2:1 chrX 30848628 . T A 734.23 PASS AF=0.979167;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=48;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00853201;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=300.627;QD=61.1862;RBI=0.0246755;REFB=-0.0694929;REVB=-0.0231536;RO=1;SAF=11;SAR=36;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0128881;STB=0.506846;STBP=0.638;TYPE=snp;VARB=0.00120797;OID=.;OPOS=30848628;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:48:48:1:1:47:47:0.979167:36:11:0:1:36:11:0:1 chrX 30872602 . A G 908.36 PASS AF=1;AO=62;DP=64;FAO=62;FDP=62;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0208173;FXX=0.0312451;HRUN=1;LEN=1;MLLD=116.752;QD=58.6038;RBI=0.029545;REFB=0;REVB=0.0209653;RO=0;SAF=31;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.61165e-07;OID=.;OPOS=30872602;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:62:0:0:62:62:1:31:31:0:0:31:31:0:0 chrX 31496350 . C T 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0344938;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=268.37;QD=59.0183;RBI=0.0362456;REFB=0;REVB=0.0111318;RO=0;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.26708e-05;OID=.;OPOS=31496350;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:18:16:0:0:18:16:0:0 chrX 31697636 . A G 1047.87 PASS AF=1;AO=70;DP=71;FAO=70;FDP=70;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0121061;FXX=0.0140825;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.8568;QD=59.8782;RBI=0.0149365;REFB=0;REVB=-0.00874877;RO=0;SAF=29;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000102617;OID=.;OPOS=31697636;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:70:0:0:70:70:1:41:29:0:0:41:29:0:0 chrX 32053662 . G C 744.05 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0301726;FXX=0.020829;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.1281;QD=63.3237;RBI=0.0792295;REFB=0;REVB=0.0732594;RO=0;SAF=20;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00094978;OID=.;OPOS=32053662;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:48:47:0:0:47:47:1:27:20:0:0:27:20:0:0 chrX 34962909 . A C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0911577;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.3713;QD=52.6119;RBI=0.0911589;REFB=0;REVB=0.000466787;RO=0;SAF=10;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00221185;OID=.;OPOS=34962909;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:12:10:0:0:12:10:0:0 chrX 38144822 . C T 429.0 PASS AF=1;AO=30;DP=30;FAO=30;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256716;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.6137;QD=57.2005;RBI=0.0317372;REFB=0;REVB=-0.0186607;RO=0;SAF=12;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00014521;OID=.;OPOS=38144822;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:30:30:0:0:30:30:1:18:12:0:0:18:12:0:0 chrX 38144856 . G A 374.18 PASS AF=1;AO=19;DP=26;FAO=27;FDP=27;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=11;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0139983;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=184.168;QD=55.4334;RBI=0.0238173;REFB=0;REVB=0.0192695;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.60213e-05;OID=.;OPOS=38144856;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:27:0:0:19:27:1:11:8:0:0:16:11:0:0 chrX 38467534 . CAAAAA CAAAA,CAAAAT 40.16 PASS AF=0.257143,0.0571429;AO=7,3;DP=39;FAO=9,2;FDP=35;FR=.;FRO=24;FSAF=2,2;FSAR=7,0;FSRF=1;FSRR=23;FWDB=-0.117458,-0.0489584;FXX=0.102538;HRUN=6,6;LEN=1,1;MLLD=11.1429,277.551;QD=4.58953;RBI=0.129061,0.0509714;REFB=-0.0907968,-0.000121609;REVB=-0.0534804,-0.014183;RO=23;SAF=1,3;SAR=6,0;SRF=0;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.587578,0.869309;STB=0.740414,0.99884;STBP=0.499,0.002;TYPE=del,snp;VARB=0.0489125,0.0202822;OID=.,.;OPOS=38467535,38467539;OREF=A,A;OALT=-,T;OMAPALT=CAAAA,CAAAAT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.257143,0.0571429:7,3:39:9,2:35:24:2,2:7,0:1:23:29:23:1,3:6,0:0:23 chrX 38505492 . T C 920.05 PASS AF=1;AO=63;DP=63;FAO=63;FDP=63;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000377171;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=204.611;QD=58.4157;RBI=0.00609727;REFB=0;REVB=0.0060856;RO=0;SAF=33;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.55474e-06;OID=.;OPOS=38505492;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:63:63:0:0:63:63:1:30:33:0:0:30:33:0:0 chrX 38547862 . G A 989.8 PASS AF=0.958333;AO=69;DP=72;FAO=69;FDP=72;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0148802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.928;QD=54.9888;RBI=0.0149909;REFB=-0.0561989;REVB=-0.00181897;RO=3;SAF=33;SAR=36;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0148417;STB=0.507857;STBP=0.488;TYPE=snp;VARB=0.00237228;OID=.;OPOS=38547862;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:72:72:3:3:69:69:0.958333:36:33:2:1:36:33:2:1 chrX 39932906 . CT C,CC 74.28 PASS AF=0.125,0.875;AO=4,4;DP=8;FAO=1,7;FDP=8;FR=.;FRO=0;FSAF=1,5;FSAR=0,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00569884,0.182053;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=51.7863,64.4392;QD=37.142;RBI=0.0487177,0.187954;REFB=0,0;REVB=0.0483832,0.0467247;RO=0;SAF=4,2;SAR=0,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,snp;VARB=0.0231274,0.00792309;OID=.,.;OPOS=39932907,39932907;OREF=T,T;OALT=-,C;OMAPALT=C,CC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.125,0.875:4,4:8:1,7:8:0:1,5:0,2:0:0:5:0:4,2:0,2:0:0 chrX 39933339 . A G 579.6 PASS AF=1;AO=31;DP=39;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179634;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.811;QD=61.0102;RBI=0.0517855;REFB=0;REVB=0.0485701;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000157097;OID=.;OPOS=39933339;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:38:0:0:31:38:1:12:19:0:0:18:20:0:0 chrX 41030903 . T A 483.27 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0603271;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=121.775;QD=58.5776;RBI=0.0938229;REFB=0;REVB=0.0718567;RO=0;SAF=14;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.71297e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00106469;OID=.;OPOS=41030903;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:19:14:0:0:19:14:0:0 chrX 41207382 . TA T 30.15 PASS AF=0.304348;AO=5;DP=24;FAO=7;FDP=23;FR=.;FRO=16;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.0327701;FXX=0.0416493;HRUN=4;LEN=1;MLLD=16.1635;QD=5.24324;RBI=0.117768;REFB=-0.0763878;REVB=-0.113117;RO=14;SAF=1;SAR=4;SRF=10;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.537412;STB=0.845135;STBP=0.04;TYPE=del;VARB=0.131088;OID=.;OPOS=41207383;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=T GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.304348:5:24:7:23:16:1:6:10:6:30:14:1:4:10:4 chrX 41556195 . A T 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0134216;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=180.232;QD=40.7628;RBI=0.0500557;REFB=0;REVB=-0.0482228;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000259145;OID=.;OPOS=41556195;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chrX 41587218 . T A,C 1362.01 PASS AF=0.043956,0.945055;AO=5,83;DP=89;FAO=4,86;FDP=91;FR=.;FRO=1;FSAF=0,59;FSAR=4,27;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00398046,0.0147475;FXX=0.0319115;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=96.5428,173.292;QD=59.8686;RBI=0.0046908,0.024905;REFB=-0.151775,-0.0648099;REVB=-0.00248186,0.0200691;RO=1;SAF=1,56;SAR=4,27;SRF=1;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.277405,-0.0083837;STB=0.995941,0.504201;STBP=0.078,0.61;TYPE=snp,snp;VARB=0.0731034,-0.000323446;OID=.,.;OPOS=41587218,41587218;OREF=T,T;OALT=A,C;OMAPALT=A,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:89:91:1:1:5,83:4,86:0.043956,0.945055:4,27:1,56:1:0:4,27:0,59:1:0 chrX 41587569 . C G 282.93 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171554;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=48.7701;QD=51.4417;RBI=0.0171562;REFB=0;REVB=0.000166866;RO=0;SAF=9;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.0487e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000530505;OID=.;OPOS=41587569;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:22:0:0:20:22:1:11:9:0:0:11:11:0:0 chrX 41588169 . T C 908.64 PASS AF=0.984375;AO=62;DP=62;FAO=63;FDP=64;FR=.;FRO=1;FSAF=39;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00646046;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=234.074;QD=56.7898;RBI=0.0396183;REFB=-0.145105;REVB=0.039088;RO=0;SAF=38;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.510201;STBP=0.288;TYPE=snp;VARB=0.00024894;OID=.;OPOS=41588169;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:62:64:0:1:62:63:0.984375:24:38:0:0:24:39:0:1 chrX 42033560 . A G 520.02 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0376934;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.2689;QD=59.4309;RBI=0.0716521;REFB=0;REVB=0.0609363;RO=0;SAF=23;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00139444;OID=.;OPOS=42033560;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:12:23:0:0:12:23:0:0 chrX 44202890 . G GC 361.03 PASS AF=1;AO=30;DP=36;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0975634;FXX=0.0605877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=22.7178;QD=46.585;RBI=0.098381;REFB=0;REVB=0.0126575;RO=5;SAF=7;SAR=23;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0912365;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.000701611;OID=.;OPOS=44202891;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:30:36:31:31:0:8:23:0:0:7:5:7:23:0:5 chrX 45051111 . C T 990.45 PASS AF=1;AO=58;DP=67;FAO=67;FDP=67;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=36;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00772243;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=239.973;QD=59.1314;RBI=0.069335;REFB=0;REVB=0.0689036;RO=0;SAF=35;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00027153;OID=.;OPOS=45051111;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:67:67:0:0:58:67:1:23:35:0:0:31:36:0:0 chrX 46618321 . C G 911.61 PASS AF=0.969697;AO=64;DP=66;FAO=64;FDP=66;FR=.;FRO=2;FSAF=23;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0579794;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.1331;QD=55.2492;RBI=0.07776;REFB=-0.0521618;REVB=-0.0518171;RO=1;SAF=23;SAR=41;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0113822;STB=0.511901;STBP=0.307;TYPE=snp;VARB=0.00237833;OID=.;OPOS=46618321;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:66:66:1:2:64:64:0.969697:41:23:0:1:41:23:0:2 chrX 46740032 . G A 1049.7 PASS AF=0.973333;AO=71;DP=74;FAO=73;FDP=75;FR=.;FRO=2;FSAF=35;FSAR=38;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0113997;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=124.999;QD=55.9839;RBI=0.0218933;REFB=0.0152329;REVB=-0.0186912;RO=1;SAF=34;SAR=37;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0126095;STB=0.500549;STBP=0.879;TYPE=snp;VARB=-0.00105007;OID=.;OPOS=46740032;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:75:1:2:71:73:0.973333:37:34:0:1:38:35:1:1 chrX 46920599 . C A 1050.0 PASS AF=0.892857;AO=75;DP=84;FAO=75;FDP=84;FR=.;FRO=9;FSAF=36;FSAR=39;FSRF=3;FSRR=6;FWDB=0.00331498;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=267.022;QD=50;RBI=0.0167496;REFB=0.0408106;REVB=0.0164183;RO=8;SAF=36;SAR=39;SRF=3;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0191231;STB=0.515755;STBP=0.416;TYPE=snp;VARB=-0.000199521;OID=.;OPOS=46920599;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:84:84:8:9:75:75:0.892857:39:36:3:5:39:36:3:6 chrX 46946966 . T C 1915.89 PASS AF=1;AO=117;DP=118;FAO=125;FDP=125;FR=.;FRO=0;FSAF=60;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0184407;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=216.195;QD=61.3084;RBI=0.0350122;REFB=0;REVB=0.0297624;RO=0;SAF=56;SAR=61;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.663e-05;OID=.;OPOS=46946966;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:118:125:0:0:117:125:1:61:56:0:0:65:60:0:0 chrX 47057647 . A G 1135.15 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00759585;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=148.676;QD=60.5415;RBI=0.0106245;REFB=0;REVB=0.00742856;RO=0;SAF=40;SAR=35;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.71047e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.84026e-05;OID=.;OPOS=47057647;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:35:40:0:0:35:40:0:0 chrX 47064944 . A G 50.3 PASS AF=0.133333;AO=12;DP=90;FAO=12;FDP=90;FR=.;FRO=78;FSAF=1;FSAR=11;FSRF=52;FSRR=26;FWDB=-0.0841869;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=59.9555;QD=2.23548;RBI=0.0905237;REFB=-0.0085605;REVB=-0.0332732;RO=74;SAF=1;SAR=11;SRF=48;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.64779;STB=0.939704;STBP=0.005;TYPE=snp;VARB=0.113139;OID=.;OPOS=47064944;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:50:90:90:74:78:12:12:0.133333:11:1:48:26:11:1:52:26 chrX 47082672 . C T 927.45 PASS AF=0.942857;AO=66;DP=70;FAO=66;FDP=70;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=44;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=0.0226083;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=181.907;QD=52.9972;RBI=0.0363002;REFB=-0.0150953;REVB=0.0284001;RO=4;SAF=22;SAR=44;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0495906;STB=0.526308;STBP=0.092;TYPE=snp;VARB=0.00129519;OID=.;OPOS=47082672;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:70:70:4:4:66:66:0.942857:44:22:3:1:44:22:3:1 chrX 47487912 . T TG 671.82 PASS AF=1;AO=54;DP=61;FAO=55;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0107829;FXX=0.0677851;HRUN=1;LEN=1;MLLD=27.3096;QD=48.8594;RBI=0.0263213;REFB=0;REVB=0.0240112;RO=7;SAF=24;SAR=30;SRF=1;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0662984;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=-0.00142713;OID=.;OPOS=47487913;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:54:61:55:55:0:25:30:0:0:12:7:24:30:1:6 chrX 47695547 . T C 3757.39 PASS AF=1;AO=234;DP=239;FAO=237;FDP=237;FR=.;FRO=0;FSAF=130;FSAR=107;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0395753;FXX=0.0124995;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.292;QD=63.4159;RBI=0.0547729;REFB=0;REVB=0.0378664;RO=0;SAF=127;SAR=107;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.9432e-06;OID=.;OPOS=47695547;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:20:239:237:0:0:234:237:1:107:127:0:0:107:130:0:0 chrX 47695742 . CTT CCT,CTC,CT 806.29 PASS AF=0.0508475,0.0169492,0.932203;AO=5,2,48;DP=56;FAO=3,1,55;FDP=59;FR=.;FRO=0;FSAF=3,1,36;FSAR=0,0,19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00188145,-0.0404055,-0.0313787;FXX=0.0166639;HRUN=2,2,2;LEN=1,1,1;MLLD=16.3211,115.425,26.9774;QD=54.6638;RBI=0.0201189,0.0410394,0.0419183;REFB=0,0,0;REVB=-0.0200307,0.00718485,-0.0277943;RO=0;SAF=4,2,31;SAR=1,0,17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=snp,snp,del;VARB=0.0183023,0.117347,-0.0060945;OID=.,.,.;OPOS=47695743,47695744,47695743;OREF=T,T,T;OALT=C,C,-;OMAPALT=CCT,CTC,CT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/3:0.0508475,0.0169492,0.932203:5,2,48:56:3,1,55:59:0:3,1,36:0,0,19:0:0:13:0:4,2,31:1,0,17:0:0 chrX 47918205 . G A 239.29 PASS AF=1;AO=19;DP=19;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0140006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=44.2881;QD=50.3779;RBI=0.0146523;REFB=0;REVB=-0.00432118;RO=0;SAF=6;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.851e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000664448;OID=.;OPOS=47918205;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:19:19:0:0:19:19:1:13:6:0:0:13:6:0:0 chrX 48049666 . C T 785.12 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.087441;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.3125;QD=64.0915;RBI=0.108752;REFB=0;REVB=0.0646608;RO=0;SAF=14;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00179482;OID=.;OPOS=48049666;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:49:0:0:46:49:1:32:14:0:0:33:16:0:0 chrX 48054740 . C G 770.67 PASS AF=0.982143;AO=54;DP=56;FAO=55;FDP=56;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0136845;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=205.425;QD=55.0479;RBI=0.021499;REFB=-0.0547407;REVB=-0.0165813;RO=1;SAF=27;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017135;STB=0.509088;STBP=0.545;TYPE=snp;VARB=0.000147427;OID=.;OPOS=48054740;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:56:56:1:1:54:55:0.982143:27:27:0:1:27:28:0:1 chrX 48125798 . T C 722.89 PASS AF=0.981132;AO=52;DP=53;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.00747235;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.1941;QD=54.5579;RBI=0.0155763;REFB=0.00693706;REVB=0.013667;RO=1;SAF=25;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0171263;STB=0.509087;STBP=0.499;TYPE=snp;VARB=-7.13501e-05;OID=.;OPOS=48125798;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:53:1:1:52:52:0.981132:27:25:0:1:27:25:0:1 chrX 48156264 . G A 676.3 PASS AF=1;AO=42;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=26;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135956;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.433;QD=62.9118;RBI=0.0873746;REFB=0;REVB=0.0863104;RO=0;SAF=25;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.98888e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00116121;OID=.;OPOS=48156264;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:42:43:1:17:25:0:0:17:26:0:0 chrX 48161189 . A G 600.14 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0246236;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.3914;QD=58.5503;RBI=0.0400624;REFB=-0.0243009;REVB=-0.0316019;RO=1;SAF=18;SAR=21;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0253303;STB=0.512814;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=3.50514e-05;OID=.;OPOS=48161189;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:39:40:0.97561:21:18:1:0:21:19:1:0 chrX 48163105 . A G 727.65 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0733592;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=111.401;QD=63.2738;RBI=0.0802028;REFB=0;REVB=0.0324179;RO=0;SAF=16;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.31553e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000237399;OID=.;OPOS=48163105;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:30:16:0:0:30:16:0:0 chrX 48163717 . C T 936.64 PASS AF=0.956522;AO=66;DP=69;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0218802;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=240.489;QD=54.2978;RBI=0.0332905;REFB=-0.0884923;REVB=0.0250901;RO=2;SAF=36;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304568;STB=0.523802;STBP=0.064;TYPE=snp;VARB=0.00286274;OID=.;OPOS=48163717;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:69:2:3:66:66:0.956522:30:36:0:2:30:36:0:3 chrX 48382174 . G T 695.87 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0102822;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=210.41;QD=60.51;RBI=0.0445361;REFB=0.0341375;REVB=-0.0433329;RO=1;SAF=30;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154108;STB=0.508193;STBP=0.596;TYPE=snp;VARB=-0.000144259;OID=.;OPOS=48382174;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:15:30:1:0:15:30:1:0 chrX 48418126 . A G 1780.11 PASS AF=0.983333;AO=117;DP=121;FAO=118;FDP=120;FR=.;FRO=2;FSAF=50;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0138338;FXX=0.0163921;HRUN=2;LEN=1;MLLD=161.995;QD=59.3372;RBI=0.0186426;REFB=-0.0110427;REVB=0.0124969;RO=2;SAF=49;SAR=68;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0137626;STB=0.507245;STBP=0.227;TYPE=snp;VARB=0.000331279;OID=.;OPOS=48418126;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:121:120:2:2:117:118:0.983333:68:49:0:2:68:50:0:2 chrX 48418659 . G A 1030.46 PASS AF=1;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338575;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.199;QD=59.737;RBI=0.0561015;REFB=0;REVB=0.0447331;RO=0;SAF=38;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000250516;OID=.;OPOS=48418659;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:69:0:0:69:69:1:31:38:0:0:31:38:0:0 chrX 48435928 . C T 632.22 PASS AF=1;AO=40;DP=40;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00253678;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.401;QD=61.68;RBI=0.00914654;REFB=0;REVB=0.00878772;RO=0;SAF=20;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.36815e-05;OID=.;OPOS=48435928;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:41:0:0:40:41:1:20:20:0:0:21:20:0:0 chrX 48459102 . C G 584.06 PASS AF=0.97561;AO=37;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=10;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0726869;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.0772;QD=56.9815;RBI=0.0853022;REFB=0.0185122;REVB=0.044644;RO=1;SAF=10;SAR=27;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0170335;STB=0.508193;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=-0.00404973;OID=.;OPOS=48459102;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:41:1:1:37:40:0.97561:27:10:0:1:30:10:0:1 chrX 48460314 . A G 1026.36 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00548835;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=91.2613;QD=59.4989;RBI=0.00925644;REFB=0;REVB=-0.00745384;RO=0;SAF=25;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.92923e-05;OID=.;OPOS=48460314;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:44:25:0:0:44:25:0:0 chrX 48620201 . C T 2230.43 PASS AF=0.974194;AO=151;DP=155;FAO=151;FDP=155;FR=.;FRO=4;FSAF=63;FSAR=88;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0986326;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.5221;QD=57.5596;RBI=0.0992393;REFB=-0.189536;REVB=0.0109568;RO=3;SAF=63;SAR=88;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00319679;STB=0.504443;STBP=0.518;TYPE=snp;VARB=0.0038697;OID=.;OPOS=48620201;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:155:155:3:4:151:151:0.974194:88:63:1:2:88:63:1:3 chrX 48751471 . A G 553.32 PASS AF=0.95;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=40;FR=.;FRO=2;FSAF=20;FSAR=18;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00624208;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.8612;QD=55.3322;RBI=0.0421386;REFB=-0.154407;REVB=0.0416737;RO=2;SAF=20;SAR=18;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00246896;STB=0.501319;STBP=0.866;TYPE=snp;VARB=0.0198207;OID=.;OPOS=48751471;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:40:40:2:2:38:38:0.95:18:20:1:1:18:20:1:1 chrX 48759204 . C T 576.63 PASS AF=0.952381;AO=39;DP=42;FAO=40;FDP=42;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0190837;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=105.759;QD=54.9171;RBI=0.0746057;REFB=-0.144726;REVB=0.0721237;RO=2;SAF=28;SAR=11;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0778705;STB=0.541645;STBP=0.056;TYPE=snp;VARB=0.00272244;OID=.;OPOS=48759204;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:42:42:2:2:39:40:0.952381:11:28:0:2:11:29:0:2 chrX 48847447 . CCCCCTGGGGGA CCCCCTGGGGA,CCCCTCGGGGGA,GCCCCTGGGGAC 162.52 PASS AF=0.633333,0.1,0.266667;AO=7,2,3;DP=37;FAO=19,3,8;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=19,3,7;FSAR=0,0,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0509052,-0.041185,-0.0522849;FXX=0.189138;HRUN=5,5,5;LEN=1,2,12;MLLD=8.68104,48.2595,72.0405;QD=21.6697;RBI=0.0537776,0.0758513,0.0578073;REFB=-0.123181,-0.186983,-0.0340574;REVB=0.0173405,0.0636963,0.0246572;RO=0;SAF=7,2,3;SAR=0,0,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,0,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,mnp,mnp;VARB=0.172045,0.30991,0.181794;OID=.,.,.;OPOS=48847453,48847451,48847447;OREF=G,CT,CCCCCTGGGGGA;OALT=-,TC,GCCCCTGGGGAC;OMAPALT=CCCCCTGGGGA,CCCCTCGGGGGA,GCCCCTGGGGAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/3:48:37:30:0:0:7,2,3:19,3,8:0.633333,0.1,0.266667:0,0,0:7,2,3:0:0:0,0,1:19,3,7:0:0 chrX 48847459 . TCCCCC CTCCCC,TCCCCG,TCCCC 65.12 PASS AF=0.0851064,0.0851064,0.170213;AO=3,4,6;DP=52;FAO=4,4,8;FDP=47;FR=.;FRO=31;FSAF=1,4,7;FSAR=3,0,1;FSRF=21;FSRR=10;FWDB=-0.0474981,-0.0129835,0.0189951;FXX=0.113186;HRUN=1,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=85.503,42.0222,11.1146;QD=5.54254;RBI=0.0480624,0.0642501,0.0215232;REFB=-0.0455614,-0.0114756,-0.104603;REVB=0.00734356,-0.0629246,-0.0101212;RO=23;SAF=1,4,6;SAR=2,0,0;SRF=13;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.245189,0.613441,0.685996;STB=0.834058,0.996446,0.732632;STBP=0.271,0.103,0.19;TYPE=mnp,snp,del;VARB=0.0984342,0.15517,0.115383;OID=.,.,.;OPOS=48847459,48847464,48847460;OREF=TC,C,C;OALT=CT,G,-;OMAPALT=CTCCCC,TCCCCG,TCCCC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:18:52:47:23:31:3,4,6:4,4,8:0.0851064,0.0851064,0.170213:2,0,0:1,4,6:13:10:3,0,1:1,4,7:21:10 chrX 48900727 . C G 82.07 PASS AF=0.9;AO=9;DP=10;FAO=9;FDP=10;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00819739;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=54.0557;QD=32.8298;RBI=0.0086865;REFB=-0.0920794;REVB=0.0028737;RO=0;SAF=5;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.545355;STBP=0.524;TYPE=snp;VARB=0.0109296;OID=.;OPOS=48900727;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:10:10:0:1:9:9:0.9:4:5:0:0:4:5:1:0 chrX 48921420 . G A 40.63 PASS AF=0.152174;AO=7;DP=46;FAO=7;FDP=46;FR=.;FRO=39;FSAF=5;FSAR=2;FSRF=13;FSRR=26;FWDB=0.0411388;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=72.1641;QD=3.53297;RBI=0.04251;REFB=-0.00126173;REVB=0.0107096;RO=39;SAF=5;SAR=2;SRF=13;SRR=26;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.434709;STB=0.79472;STBP=0.116;TYPE=snp;VARB=0.0226971;OID=.;OPOS=48921420;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:46:46:39:39:7:7:0.152174:2:5:13:26:2:5:13:26 chrX 48921472 . A AC,C 75.01 PASS AF=0.236364,0.0363636;AO=10,2;DP=53;FAO=13,2;FDP=55;FR=.;FRO=40;FSAF=5,1;FSAR=8,1;FSRF=11;FSRR=29;FWDB=-0.0404036,-0.0452387;FXX=0;HRUN=0,1;LEN=1,1;MLLD=63.9572,135.959;QD=5.45556;RBI=0.0414453,0.0453043;REFB=-0.00045567,-0.0035253;REVB=0.00923347,-0.00243792;RO=39;SAF=3,1;SAR=7,1;SRF=10;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0662076,0.226894;STB=0.590924,0.712547;STBP=0.497,0.691;TYPE=ins,snp;VARB=-0.000431763,0.00864613;OID=.,.;OPOS=48921473,48921472;OREF=-,A;OALT=C,C;OMAPALT=AC,C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:53:55:39:40:10,2:13,2:0.236364,0.0363636:7,1:3,1:10:29:8,1:5,1:11:29 chrX 49021256 . A G 1638.88 PASS AF=1;AO=105;DP=106;FAO=109;FDP=109;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308469;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.604;QD=60.1422;RBI=0.0332713;REFB=0;REVB=0.0124679;RO=0;SAF=50;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.80947e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.59227e-05;OID=.;OPOS=49021256;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:109:0:0:105:109:1:55:50:0:0:56:53:0:0 chrX 49021537 . G C 1538.9 PASS AF=1;AO=103;DP=103;FAO=103;FDP=103;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0150518;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.7177;QD=59.7631;RBI=0.0170726;REFB=0;REVB=-0.00805711;RO=0;SAF=38;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.92881e-05;OID=.;OPOS=49021537;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:103:103:0:0:103:103:1:65:38:0:0:65:38:0:0 chrX 49022700 . T C 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=4;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0069766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=144.339;QD=51.9167;RBI=0.0245732;REFB=0;REVB=0.023562;RO=0;SAF=17;SAR=4;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.45803e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000148156;OID=.;OPOS=49022700;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:4:17:0:0:4:17:0:0 chrX 49071964 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=16;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0133506;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=289.807;QD=53.9112;RBI=0.036156;REFB=0;REVB=0.0336009;RO=0;SAF=16;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000145498;OID=.;OPOS=49071964;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:8:16:0:0:8:16:0:0 chrX 49081291 . G A 1169.17 PASS AF=0.975904;AO=77;DP=82;FAO=81;FDP=83;FR=.;FRO=2;FSAF=36;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0399964;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.3098;QD=56.3456;RBI=0.0993283;REFB=-0.16141;REVB=0.0909197;RO=1;SAF=36;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129652;STB=0.501355;STBP=0.88;TYPE=snp;VARB=0.0117839;OID=.;OPOS=49081291;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:82:83:1:2:77:81:0.975904:41:36:1:0:45:36:1:1 chrX 49179698 . A G 138.94 PASS AF=0.326531;AO=16;DP=49;FAO=16;FDP=49;FR=.;FRO=33;FSAF=13;FSAR=3;FSRF=23;FSRR=10;FWDB=0.0125668;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=66.4721;QD=11.3418;RBI=0.0196193;REFB=-0.00868125;REVB=0.0150663;RO=33;SAF=13;SAR=3;SRF=23;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.182215;STB=0.609956;STBP=0.385;TYPE=snp;VARB=0.00905897;OID=.;OPOS=49179698;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:49:49:33:33:16:16:0.326531:3:13:23:10:3:13:23:10 chrX 49179711 . A T 88.8 PASS AF=0.458333;AO=11;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=9;FSAR=2;FSRF=6;FSRR=7;FWDB=0.0278497;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.9536;QD=14.7994;RBI=0.0312772;REFB=0.000394585;REVB=-0.0142358;RO=13;SAF=9;SAR=2;SRF=6;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.386609;STB=0.729264;STBP=0.072;TYPE=snp;VARB=0.000112263;OID=.;OPOS=49179711;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:24:24:13:13:11:11:0.458333:2:9:6:7:2:9:6:7 chrX 49179719 . C G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0354442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=248.713;QD=39.2068;RBI=0.0365815;REFB=0;REVB=-0.00905088;RO=0;SAF=7;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000340719;OID=.;OPOS=49179719;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:2:7:0:0:2:7:0:0 chrX 49767832 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0185839;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=267.281;QD=55.0987;RBI=0.0202291;REFB=0;REVB=0.00799097;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.29108e-05;OID=.;OPOS=49767832;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chrX 49767835 . A G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.017501;FXX=0;HRUN=6;LEN=1;MLLD=277.901;QD=55.0987;RBI=0.0179849;REFB=0;REVB=0.00414362;RO=0;SAF=11;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.37032e-05;OID=.;OPOS=49767835;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:15:11:0:0:15:11:0:0 chrX 50054170 . G C 289.37 PASS AF=1;AO=22;DP=22;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.02696;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=166.11;QD=52.6123;RBI=0.026973;REFB=0;REVB=-0.000837564;RO=0;SAF=14;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000137756;OID=.;OPOS=50054170;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:22:22:0:0:22:22:1:8:14:0:0:8:14:0:0 chrX 50121146 . A AG 902.54 PASS AF=1;AO=73;DP=76;FAO=74;FDP=74;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.138748;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=28.5949;QD=48.786;RBI=0.142963;REFB=0;REVB=0.0344607;RO=3;SAF=22;SAR=51;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0318984;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00328177;OID=.;OPOS=50121147;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:73:76:74:74:0:22:52:0:0:16:3:22:51:2:1 chrX 51076018 . C T 873.45 PASS AF=0.983871;AO=60;DP=62;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0218081;FXX=0.0158705;HRUN=1;LEN=1;MLLD=186.27;QD=56.3517;RBI=0.0473751;REFB=2.45811e-05;REVB=0.0420572;RO=1;SAF=35;SAR=25;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0185022;STB=0.509431;STBP=0.322;TYPE=snp;VARB=-1.56037e-05;OID=.;OPOS=51076018;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:62:1:1:60:61:0.983871:25:35:0:1:26:35:0:1 chrX 51150441 . G T 2681.85 PASS AF=0.988636;AO=170;DP=172;FAO=174;FDP=176;FR=.;FRO=2;FSAF=76;FSAR=98;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.081555;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=123.001;QD=60.9512;RBI=0.0836299;REFB=-0.0892803;REVB=0.0185129;RO=2;SAF=73;SAR=97;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00159361;STB=0.50073;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00150916;OID=.;OPOS=51150441;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:172:176:2:2:170:174:0.988636:97:73:1:1:98:76:1:1 chrX 51637471 . C T 526.59 PASS AF=0.926829;AO=37;DP=41;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=1;FSAR=37;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=-0.0139452;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=113.328;QD=51.3745;RBI=0.0214355;REFB=-0.137498;REVB=0.0162792;RO=4;SAF=1;SAR=36;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.272496;STB=0.654762;STBP=0.061;TYPE=snp;VARB=0.00221612;OID=.;OPOS=51637471;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:41:41:4:3:37:38:0.926829:36:1:1:3:37:1:1:2 chrX 52825546 . C G 873.83 PASS AF=0.983871;AO=61;DP=63;FAO=61;FDP=62;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=23;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00146009;FXX=0.0158705;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.4246;QD=56.3762;RBI=0.00301923;REFB=-0.0508718;REVB=-0.00264271;RO=1;SAF=38;SAR=23;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122616;STB=0.506491;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-5.12045e-05;OID=.;OPOS=52825546;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:63:62:1:1:61:61:0.983871:23:38:1:0:23:38:1:0 chrX 52891619 . GT G 104.34 PASS AF=0.348485;AO=24;DP=66;FAO=23;FDP=66;FR=.;FRO=43;FSAF=7;FSAR=16;FSRF=29;FSRR=14;FWDB=-0.0328421;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=17.3329;QD=6.32354;RBI=0.0604378;REFB=-0.00842366;REVB=0.0507358;RO=40;SAF=8;SAR=16;SRF=26;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.336901;STB=0.73263;STBP=0.01;TYPE=del;VARB=0.0170745;OID=.;OPOS=52891620;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=G GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.348485:24:66:23:66:43:7:16:29:14:99:40:8:16:26:14 chrX 52891645 . A G 165.76 PASS AF=0.309859;AO=22;DP=72;FAO=22;FDP=71;FR=.;FRO=49;FSAF=6;FSAR=16;FSRF=28;FSRR=21;FWDB=-0.00278142;FXX=0.0405351;HRUN=1;LEN=1;MLLD=84.8575;QD=9.33875;RBI=0.00662784;REFB=-0.00931996;REVB=-0.00601597;RO=45;SAF=6;SAR=16;SRF=27;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.376329;STB=0.709988;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00930929;OID=.;OPOS=52891645;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:72:71:45:49:22:22:0.309859:16:6:27:18:16:6:28:21 chrX 52891653 . C T 181.98 PASS AF=0.315789;AO=24;DP=76;FAO=24;FDP=76;FR=.;FRO=52;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=30;FSRR=22;FWDB=0.00292428;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=53.6288;QD=9.57806;RBI=0.0262865;REFB=0.00927378;REVB=-0.0261234;RO=51;SAF=7;SAR=17;SRF=30;SRR=21;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.344706;STB=0.697173;STBP=0.019;TYPE=snp;VARB=-0.0137147;OID=.;OPOS=52891653;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:76:76:51:52:24:24:0.315789:17:7:30:21:17:7:30:22 chrX 53457622 . T C 600.41 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00364416;FXX=0.0249938;HRUN=1;LEN=1;MLLD=203.557;QD=61.5804;RBI=0.0149408;REFB=0;REVB=0.0144895;RO=0;SAF=13;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000600987;OID=.;OPOS=53457622;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:39:0:0:39:39:1:26:13:0:0:26:13:0:0 chrX 53563589 . A G 323.47 PASS AF=1;AO=24;DP=24;FAO=24;FDP=24;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0628207;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=112.812;QD=53.9112;RBI=0.0691001;REFB=0;REVB=0.0287816;RO=0;SAF=7;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000986371;OID=.;OPOS=53563589;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:24:24:0:0:24:24:1:17:7:0:0:17:7:0:0 chrX 53641647 . T C 695.44 PASS AF=0.978261;AO=45;DP=46;FAO=45;FDP=46;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.028863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=159.003;QD=60.4728;RBI=0.0456878;REFB=-0.0678637;REVB=0.0354162;RO=1;SAF=21;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0218529;STB=0.511623;STBP=0.324;TYPE=snp;VARB=0.000764452;OID=.;OPOS=53641647;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:46:46:1:1:45:45:0.978261:24:21:1:0:24:21:1:0 chrX 53652838 . GG AG,CA 643.88 PASS AF=0.931818,0.0454545;AO=39,2;DP=44;FAO=41,2;FDP=44;FR=.;FRO=1;FSAF=18,2;FSAR=23,0;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00168904,0.00116539;FXX=0;HRUN=4,4;LEN=1,2;MLLD=128.176,99.2152;QD=58.5346;RBI=0.00199112,0.00196301;REFB=0.125053,0.0738681;REVB=-0.00105437,0.00157965;RO=3;SAF=17,2;SAR=22,0;SRF=2;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.0312062,0.599865;STB=0.513507,0.5;STBP=0.311,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00155418,-0.00844749;OID=.,.;OPOS=53652838,53652838;OREF=G,GG;OALT=A,CA;OMAPALT=AG,CA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:9:44:44:3:1:39,2:41,2:0.931818,0.0454545:22,0:17,2:2:1:23,0:18,2:1:0 chrX 53652846 . G T 765.59 PASS AF=0.919355;AO=57;DP=62;FAO=57;FDP=62;FR=.;FRO=5;FSAF=27;FSAR=30;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.00541851;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.79;QD=49.3928;RBI=0.0616473;REFB=0.0260504;REVB=0.0614087;RO=4;SAF=27;SAR=30;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277278;STB=0.522177;STBP=0.27;TYPE=snp;VARB=-0.000417858;OID=.;OPOS=53652846;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:62:62:4:5:57:57:0.919355:30:27:1:3:30:27:1:4 chrX 53652852 . T G 1254.25 PASS AF=0.988095;AO=78;DP=79;FAO=83;FDP=84;FR=.;FRO=1;FSAF=37;FSAR=46;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.026303;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=282.019;QD=59.7262;RBI=0.0399323;REFB=0.00618532;REVB=0.0300456;RO=1;SAF=35;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0133317;STB=0.506665;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=-2.25433e-05;OID=.;OPOS=53652852;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:84:1:1:78:83:0.988095:43:35:1:0:46:37:1:0 chrX 53659047 . C A,T 2490.79 PASS AF=0.0481928,0.951807;AO=8,156;DP=164;FAO=8,158;FDP=166;FR=.;FRO=0;FSAF=5,67;FSAR=3,91;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00302517,0.0144883;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=153.962,70.9504;QD=60.0191;RBI=0.00357402,0.017134;REFB=0,0;REVB=0.00190314,0.00914675;RO=0;SAF=5,66;SAR=3,90;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=4.46938e-08,-3.55173e-08;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0219723,0.00716484;OID=.,.;OPOS=53659047,53659047;OREF=C,C;OALT=A,T;OMAPALT=A,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:14:164:166:0:0:8,156:8,158:0.0481928,0.951807:3,90:5,66:0:0:3,91:5,67:0:0 chrX 54209387 . A G 50.14 PASS AF=1;AO=6;DP=6;FAO=6;FDP=6;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0805691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=105.567;QD=33.4285;RBI=0.0857694;REFB=0;REVB=0.0294108;RO=0;SAF=4;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00188886;OID=.;OPOS=54209387;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:6:6:0:0:6:6:1:2:4:0:0:2:4:0:0 chrX 54275428 . C CT,T 73.35 PASS AF=0.313725,0;AO=6,9;DP=52;FAO=16,0;FDP=51;FR=.;FRO=35;FSAF=10,0;FSAR=6,0;FSRF=10;FSRR=25;FWDB=-0.0819461,-0.0105314;FXX=0.0192271;HRUN=2,1;LEN=1,1;MLLD=12.5179,201.98;QD=5.75282;RBI=0.0877481,0.0107908;REFB=-0.110701,-0.0059901;REVB=0.0313776,-0.00235189;RO=37;SAF=4,8;SAR=2,1;SRF=8;SRR=29;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.511409,0.708347;STB=0.72068,0.5;STBP=0.048,1;TYPE=ins,snp;VARB=0.100432,0;OID=.,.;OPOS=54275429,54275428;OREF=-,C;OALT=T,T;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:52:51:37:35:6,9:16,0:0.313725,0:2,1:4,8:8:29:6,0:10,0:10:25 chrX 54521756 . G A 175.68 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=15;FDP=15;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00963133;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=206.065;QD=46.8473;RBI=0.0331619;REFB=0;REVB=0.0317324;RO=0;SAF=9;SAR=6;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000210906;OID=.;OPOS=54521756;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:15:0:0:15:15:1:6:9:0:0:6:9:0:0 chrX 54836361 . A G 1277.8 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0193985;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=130.917;QD=61.5806;RBI=0.0240476;REFB=0;REVB=0.0142121;RO=0;SAF=47;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.25769e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000127004;OID=.;OPOS=54836361;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:81:83:1:34:47:0:0:34:49:0:0 chrX 54836505 . A G 919.56 PASS AF=0.970149;AO=64;DP=66;FAO=65;FDP=67;FR=.;FRO=2;FSAF=41;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0261776;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=195.541;QD=54.8992;RBI=0.0292096;REFB=-0.0157538;REVB=0.0129589;RO=2;SAF=41;SAR=23;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0393066;STB=0.519994;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.000471883;OID=.;OPOS=54836505;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:66:67:2:2:64:65:0.970149:23:41:0:2:24:41:0:2 chrX 54837340 . C T 1454.78 PASS AF=0.989362;AO=92;DP=94;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=47;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.00412127;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=281.944;QD=61.9057;RBI=0.00756814;REFB=-0.0777703;REVB=-0.00634758;RO=1;SAF=46;SAR=46;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101945;STB=0.505375;STBP=0.513;TYPE=snp;VARB=-1.08056e-05;OID=.;OPOS=54837340;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:94:94:1:1:92:93:0.989362:46:46:1:0:47:46:1:0 chrX 54838077 . C T 417.34 PASS AF=0.967742;AO=30;DP=31;FAO=30;FDP=31;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00118666;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.3992;QD=53.8504;RBI=0.0271845;REFB=-0.0296371;REVB=0.0271586;RO=0;SAF=20;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.523793;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.00199978;OID=.;OPOS=54838077;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:31:31:0:1:30:30:0.967742:10:20:0:0:10:20:0:1 chrX 55116466 . C G 1062.14 PASS AF=1;AO=71;DP=71;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0490031;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=70.0797;QD=59.839;RBI=0.0783434;REFB=0;REVB=0.061126;RO=0;SAF=35;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11607e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000760238;OID=.;OPOS=55116466;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:71:71:0:0:71:71:1:36:35:0:0:36:35:0:0 chrX 55172516 . A C 89.23 PASS AF=0.2;AO=15;DP=75;FAO=15;FDP=75;FR=.;FRO=60;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=28;FSRR=32;FWDB=0.00739549;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.946;QD=4.75902;RBI=0.0199463;REFB=0.000737993;REVB=-0.0185246;RO=59;SAF=13;SAR=2;SRF=28;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.522986;STB=0.843024;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=-0.00443946;OID=.;OPOS=55172516;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:75:75:59:60:15:15:0.2:2:13:28:31:2:13:28:32 chrX 55172537 . G A 770.32 PASS AF=0.673267;AO=68;DP=101;FAO=68;FDP=101;FR=.;FRO=33;FSAF=33;FSAR=35;FSRF=20;FSRR=13;FWDB=0.00883054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.066;QD=30.5076;RBI=0.010917;REFB=-0.0485261;REVB=0.00641894;RO=32;SAF=33;SAR=35;SRF=19;SRR=13;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0642801;STB=0.539389;STBP=0.254;TYPE=snp;VARB=0.0272268;OID=.;OPOS=55172537;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:32:33:68:68:0.673267:35:33:19:13:35:33:20:13 chrX 55172630 . G A 34.0 PASS AF=0.0660377;AO=14;DP=210;FAO=14;FDP=212;FR=.;FRO=198;FSAF=9;FSAR=5;FSRF=107;FSRR=91;FWDB=-0.00428136;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=84.6032;QD=0.64146;RBI=0.0435116;REFB=0.000677555;REVB=0.0433004;RO=196;SAF=9;SAR=5;SRF=105;SRR=91;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.116931;STB=0.598195;STBP=0.475;TYPE=snp;VARB=-0.0321157;OID=.;OPOS=55172630;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:210:212:196:198:14:14:0.0660377:5:9:105:91:5:9:107:91 chrX 55172645 . C T 1331.54 PASS AF=0.606965;AO=119;DP=213;FAO=122;FDP=201;FR=.;FRO=79;FSAF=70;FSAR=52;FSRF=40;FSRR=39;FWDB=-0.011554;FXX=0.0694412;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.633;QD=26.4982;RBI=0.0152919;REFB=-0.00466272;REVB=-0.0100174;RO=70;SAF=68;SAR=51;SRF=37;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0298865;STB=0.526877;STBP=0.354;TYPE=snp;VARB=0.00494404;OID=.;OPOS=55172645;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:201:70:79:119:122:0.606965:51:68:37:33:52:70:40:39 chrX 55172659 . A G 35.79 PASS AF=0.0666667;AO=15;DP=225;FAO=15;FDP=225;FR=.;FRO=210;FSAF=9;FSAR=6;FSRF=120;FSRR=90;FWDB=-0.024707;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=80.3976;QD=0.636296;RBI=0.024948;REFB=-0.00176489;REVB=-0.00345954;RO=207;SAF=9;SAR=6;SRF=118;SRR=89;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331797;STB=0.527436;STBP=0.83;TYPE=snp;VARB=0.0192336;OID=.;OPOS=55172659;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:35:225:225:207:210:15:15:0.0666667:6:9:118:89:6:9:120:90 chrX 55172685 . ACT ACC,GTC 1316.19 PASS AF=0.605,0;AO=117,13;DP=213;FAO=121,0;FDP=200;FR=.;FRO=79;FSAF=74,0;FSAR=47,0;FSRF=41;FSRR=38;FWDB=-0.000883418,-0.0372365;FXX=0.0654175;HRUN=2,1;LEN=1,3;MLLD=55.0844,147.941;QD=26.3238;RBI=0.0115662,0.0416071;REFB=0.00637432,0.00491393;REVB=-0.0115324,-0.0185632;RO=76;SAF=71,7;SAR=46,6;SRF=39;SRR=37;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.0702334,0.0315331;STB=0.53783,0.5;STBP=0.186,1;TYPE=snp,mnp;VARB=-0.00401836,0;OID=.,.;OPOS=55172687,55172685;OREF=T,ACT;OALT=C,GTC;OMAPALT=ACC,GTC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:213:200:76:79:117,13:121,0:0.605,0:46,6:71,7:39:37:47,0:74,0:41:38 chrX 55172708 . T G 1322.19 PASS AF=0.620321;AO=116;DP=187;FAO=116;FDP=187;FR=.;FRO=71;FSAF=76;FSAR=40;FSRF=33;FSRR=38;FWDB=0.00843783;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=121.969;QD=28.2822;RBI=0.0141453;REFB=0.0139134;REVB=-0.011353;RO=69;SAF=76;SAR=40;SRF=31;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.149268;STB=0.576192;STBP=0.013;TYPE=snp;VARB=-0.00667006;OID=.;OPOS=55172708;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:187:187:69:71:116:116:0.620321:40:76:31:38:40:76:33:38 chrX 55172716 . C T 43.89 PASS AF=0.0828402;AO=14;DP=169;FAO=14;FDP=169;FR=.;FRO=155;FSAF=10;FSAR=4;FSRF=92;FSRR=63;FWDB=-0.0134324;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.098;QD=1.03874;RBI=0.0177442;REFB=-0.00155908;REVB=0.0115943;RO=152;SAF=10;SAR=4;SRF=91;SRR=61;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.1434;STB=0.621339;STBP=0.408;TYPE=snp;VARB=0.0171352;OID=.;OPOS=55172716;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:169:169:152:155:14:14:0.0828402:4:10:91:61:4:10:92:63 chrX 55185568 . A G 60.94 PASS AF=0.125;AO=13;DP=104;FAO=13;FDP=104;FR=.;FRO=91;FSAF=4;FSAR=9;FSRF=53;FSRR=38;FWDB=0.00995981;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=209.517;QD=2.34381;RBI=0.0123337;REFB=8.38564e-05;REVB=-0.00727486;RO=91;SAF=4;SAR=9;SRF=53;SRR=38;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.329483;STB=0.731471;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=-0.000392173;OID=.;OPOS=55185568;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:104:104:91:91:13:13:0.125:9:4:53:38:9:4:53:38 chrX 55205242 . CT C 49.83 PASS AF=0.5;AO=6;DP=22;FAO=10;FDP=20;FR=.;FRO=10;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=-0.171402;FXX=0.0908678;HRUN=5;LEN=1;MLLD=14.056;QD=9.96648;RBI=0.238241;REFB=0.062893;REVB=0.165469;RO=9;SAF=5;SAR=1;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.426681;STB=0.726776;STBP=0.058;TYPE=del;VARB=-0.0711384;OID=.;OPOS=55205243;OREF=T;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.5:6:22:10:20:10:8:2:4:6:49:9:5:1:4:5 chrX 55247030 . C G 1834.5 PASS AF=0.99187;AO=121;DP=123;FAO=122;FDP=123;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=74;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00843896;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=101.445;QD=59.6587;RBI=0.0107558;REFB=-0.136407;REVB=-0.00666871;RO=0;SAF=47;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.503355;STBP=0.49;TYPE=snp;VARB=0.000566315;OID=.;OPOS=55247030;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:123:123:0:1:121:122:0.99187:74:47:0:0:74:48:0:1 chrX 55289774 . T C 1208.93 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=47;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.024568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.492;QD=61.2118;RBI=0.0264973;REFB=0;REVB=0.00992574;RO=0;SAF=47;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.45895e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126786;OID=.;OPOS=55289774;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:32:47:0:0:32:47:0:0 chrX 55514818 . C T 634.95 PASS AF=0.93617;AO=43;DP=47;FAO=44;FDP=47;FR=.;FRO=3;FSAF=18;FSAR=26;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.102081;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=49.203;QD=54.0385;RBI=0.105575;REFB=-0.127184;REVB=-0.0269368;RO=3;SAF=17;SAR=26;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.075931;STB=0.538444;STBP=0.085;TYPE=snp;VARB=0.0217342;OID=.;OPOS=55514818;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:47:47:3:3:43:44:0.93617:26:17:3:0:26:18:3:0 chrX 55651001 . T C 453.8 PASS AF=0.969697;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=33;FR=.;FRO=1;FSAF=21;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0131403;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.359;QD=55.0058;RBI=0.0444268;REFB=0.140207;REVB=-0.0424391;RO=0;SAF=21;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.511621;STBP=0.611;TYPE=snp;VARB=-0.0047256;OID=.;OPOS=55651001;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:32:33:0:1:32:32:0.969697:11:21:0:0:11:21:1:0 chrX 57405163 . T C 1423.73 PASS AF=1;AO=90;DP=91;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0306224;FXX=0.0108684;HRUN=2;LEN=1;MLLD=129.344;QD=62.5816;RBI=0.0445436;REFB=0;REVB=0.0323481;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000344676;OID=.;OPOS=57405163;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:91:91:0:0:90:91:1:41:49:0:0:41:50:0:0 chrX 57475132 . T C 792.69 PASS AF=1;AO=47;DP=48;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00758354;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=49.0148;QD=63.4149;RBI=0.072095;REFB=0;REVB=0.071695;RO=0;SAF=21;SAR=26;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0024902;OID=.;OPOS=57475132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:50:0:0:47:50:1:26:21:0:0:27:23:0:0 chrX 57619648 . G T 1054.13 PASS AF=0.972973;AO=72;DP=74;FAO=72;FDP=74;FR=.;FRO=2;FSAF=30;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0212798;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=212.397;QD=56.9802;RBI=0.0218223;REFB=0.0586036;REVB=-0.00483594;RO=2;SAF=30;SAR=42;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0219878;STB=0.511625;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=-0.000261952;OID=.;OPOS=57619648;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:74:74:2:2:72:72:0.972973:42:30:0:2:42:30:0:2 chrX 65382685 . T C 811.76 PASS AF=1;AO=56;DP=58;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00416521;FXX=0.0338926;HRUN=1;LEN=1;MLLD=53.0119;QD=56.9659;RBI=0.0193137;REFB=0;REVB=0.0188593;RO=0;SAF=17;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.87981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00182986;OID=.;OPOS=65382685;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:58:57:0:0:56:57:1:39:17:0:0:39:18:0:0 chrX 65393487 . CCG CCC,CC,C 306.96 PASS AF=0,0.143396,0.169811;AO=18,40,50;DP=291;FAO=0,38,45;FDP=265;FR=.;FRO=182;FSAF=0,21,25;FSAR=0,17,20;FSRF=121;FSRR=61;FWDB=-0.0206241,-0.0553763,-0.0348014;FXX=0.0467609;HRUN=6,6,5;LEN=1,1,2;MLLD=13.5573,9.33101,17.1125;QD=4.6333;RBI=0.0694198,0.0651581,0.0471552;REFB=-0.0677319,-0.124639,-0.0545978;REVB=0.0662853,0.0343373,-0.0318194;RO=146;SAF=9,28,28;SAR=9,12,22;SRF=94;SRR=52;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0.54717,0;SSSB=-0.179163,0.0812981,-0.108277;STB=0.5,0.595708,0.590457;STBP=1,0.212,0.186;TYPE=snp,del,del;VARB=0,0.138319,0.115842;OID=.,.,.;OPOS=65393489,65393489,65393488;OREF=G,G,CG;OALT=C,-,-;OMAPALT=CCC,CC,C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/3:0,0.143396,0.169811:18,40,50:291:0,38,45:265:182:0,21,25:0,17,20:121:61:99:146:9,28,28:9,12,22:94:52 chrX 65822607 . T C 2439.88 PASS AF=0.993789;AO=160;DP=161;FAO=160;FDP=161;FR=.;FRO=1;FSAF=76;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00348193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.954;QD=60.6182;RBI=0.00372392;REFB=0.0302645;REVB=0.00132052;RO=1;SAF=76;SAR=84;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00563094;STB=0.502958;STBP=0.523;TYPE=snp;VARB=-0.000212021;OID=.;OPOS=65822607;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:161:161:1:1:160:160:0.993789:84:76:0:1:84:76:0:1 chrX 65824986 . C T 1526.27 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=102;FDP=102;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00875814;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=256.196;QD=59.8538;RBI=0.027982;REFB=0;REVB=0.026576;RO=0;SAF=54;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.03664e-05;OID=.;OPOS=65824986;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:102:0:0:101:102:1:47:54:0:0:48:54:0:0 chrX 69510335 . C T 1141.98 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0236728;FXX=0.0259707;HRUN=3;LEN=1;MLLD=165.944;QD=60.9058;RBI=0.036371;REFB=0;REVB=0.0276125;RO=0;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.58807e-05;OID=.;OPOS=69510335;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:74:75:1:40:34:0:0:40:35:0:0 chrX 69652762 . A G 1364.46 PASS AF=1;AO=87;DP=88;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=56;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0326624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.1557;QD=62.0208;RBI=0.0377168;REFB=0;REVB=-0.0188607;RO=0;SAF=32;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.92665e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000389941;OID=.;OPOS=69652762;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:88:88:0:0:87:88:1:55:32:0:0:56:32:0:0 chrX 69749852 . A G 115.99 PASS AF=1;AO=2;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0192108;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.039;QD=42.1797;RBI=0.0540885;REFB=0;REVB=-0.0505619;RO=0;SAF=0;SAR=2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000940763;OID=.;OPOS=69749852;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:2:11:1:2:0:0:0:8:3:0:0 chrX 69774517 . A T 854.97 PASS AF=0.96875;AO=61;DP=64;FAO=62;FDP=64;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=28;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.027446;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=99.1813;QD=53.4359;RBI=0.0308834;REFB=-0.16398;REVB=-0.0141599;RO=1;SAF=33;SAR=28;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0140901;STB=0.514281;STBP=0.242;TYPE=snp;VARB=0.00182305;OID=.;OPOS=69774517;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:64:64:1:2:61:62:0.96875:28:33:1:0:28:34:2:0 chrX 70073159 . T C 685.92 PASS AF=0.957447;AO=45;DP=47;FAO=45;FDP=47;FR=.;FRO=2;FSAF=26;FSAR=19;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0124039;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=253.514;QD=58.3763;RBI=0.012657;REFB=-0.0425695;REVB=-0.00251868;RO=2;SAF=26;SAR=19;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00636145;STB=0.503387;STBP=0.856;TYPE=snp;VARB=0.000955401;OID=.;OPOS=70073159;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:47:47:2:2:45:45:0.957447:19:26:1:1:19:26:1:1 chrX 70146398 . A G 2541.31 PASS AF=0.988235;AO=167;DP=170;FAO=168;FDP=170;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=84;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0192285;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.752;QD=59.7956;RBI=0.0358856;REFB=-0.0650433;REVB=0.0302992;RO=3;SAF=83;SAR=84;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00569651;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000440659;OID=.;OPOS=70146398;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:170:170:3:2:167:168:0.988235:84:83:2:1:84:84:1:1 chrX 70146475 . G C 1573.5 PASS AF=0.990654;AO=106;DP=107;FAO=106;FDP=107;FR=.;FRO=1;FSAF=44;FSAR=62;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00897191;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.526;QD=58.8223;RBI=0.0196641;REFB=-0.0637636;REVB=0.0174981;RO=1;SAF=44;SAR=62;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0106639;STB=0.505617;STBP=0.274;TYPE=snp;VARB=0.000201619;OID=.;OPOS=70146475;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:107:107:1:1:106:106:0.990654:62:44:1:0:62:44:1:0 chrX 70282764 . G A 447.03 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00579206;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=165.499;QD=57.6807;RBI=0.00584457;REFB=0;REVB=-0.000781687;RO=0;SAF=19;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.47712e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.61714e-05;OID=.;OPOS=70282764;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:12:19:0:0:12:19:0:0 chrX 70323034 . G A 386.4 PASS AF=1;AO=28;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.023784;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=87.2933;QD=53.2964;RBI=0.0784681;REFB=-0.176193;REVB=0.0747768;RO=0;SAF=6;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00648191;OID=.;OPOS=70323034;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:29:29:0:0:28:29:1:22:6:0:0:23:6:0:0 chrX 71351519 . C A 54.75 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.116655;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.2574;QD=24.3345;RBI=0.124341;REFB=-0.0465594;REVB=0.0430398;RO=2;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125389;STB=0.571243;STBP=0.657;TYPE=snp;VARB=0.00487169;OID=.;OPOS=71351519;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:6:1:0:2:6:1:0:2 chrX 71360934 . G A 1745.59 PASS AF=1;AO=113;DP=115;FAO=114;FDP=114;FR=.;FRO=0;FSAF=66;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243083;FXX=0.0256388;HRUN=1;LEN=1;MLLD=236.03;QD=61.2487;RBI=0.0251034;REFB=0;REVB=-0.00626766;RO=0;SAF=65;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.24213e-05;OID=.;OPOS=71360934;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:115:114:0:0:113:114:1:48:65:0:0:48:66:0:0 chrX 71363415 . C T 490.1 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=18;FSAR=16;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0324894;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=219.13;QD=56.0119;RBI=0.0325591;REFB=-0.048754;REVB=-0.00212866;RO=1;SAF=18;SAR=16;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0252651;STB=0.513506;STBP=0.526;TYPE=snp;VARB=0.00050377;OID=.;OPOS=71363415;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:16:18:1:0:16:18:1:0 chrX 71379881 . G A 1201.49 PASS AF=1;AO=74;DP=75;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=40;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0245045;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.032;QD=60.0747;RBI=0.045317;REFB=0;REVB=0.0381204;RO=0;SAF=37;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137731;OID=.;OPOS=71379881;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:75:80:0:0:74:80:1:37:37:0:0:40:40:0:0 chrX 71406301 . T C 1623.11 PASS AF=0.957627;AO=108;DP=117;FAO=113;FDP=118;FR=.;FRO=5;FSAF=61;FSAR=52;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0289574;FXX=0.00840265;HRUN=2;LEN=1;MLLD=47.9914;QD=55.0208;RBI=0.0417877;REFB=-0.0506114;REVB=0.0301278;RO=5;SAF=57;SAR=51;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0275319;STB=0.514455;STBP=0.139;TYPE=snp;VARB=0.014233;OID=.;OPOS=71406301;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:117:118:5:5:108:113:0.957627:51:57:1:4:52:61:1:4 chrX 71416721 . C T 1887.21 PASS AF=0.984127;AO=124;DP=126;FAO=124;FDP=126;FR=.;FRO=2;FSAF=69;FSAR=55;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.035222;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.568;QD=59.9116;RBI=0.0388522;REFB=-0.0855693;REVB=0.0163983;RO=1;SAF=69;SAR=55;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0085601;STB=0.500907;STBP=0.869;TYPE=snp;VARB=0.000829182;OID=.;OPOS=71416721;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:126:126:1:2:124:124:0.984127:55:69:0:1:55:69:1:1 chrX 71418669 . C A 160.32 PASS AF=1;AO=14;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0118257;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=267.379;QD=45.8068;RBI=0.0578923;REFB=0;REVB=0.0566716;RO=0;SAF=7;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000300595;OID=.;OPOS=71418669;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:14:14:0:0:14:14:1:7:7:0:0:7:7:0:0 chrX 71521867 . G C 501.66 PASS AF=1;AO=34;DP=34;FAO=34;FDP=34;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0221606;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=122.59;QD=59.0184;RBI=0.0260964;REFB=0;REVB=0.0137815;RO=0;SAF=9;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-5.80155e-05;OID=.;OPOS=71521867;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:34:34:0:0:34:34:1:25:9:0:0:25:9:0:0 chrX 71549512 . G C 2378.07 PASS AF=1;AO=156;DP=156;FAO=156;FDP=156;FR=.;FRO=0;FSAF=88;FSAR=68;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00424309;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.7272;QD=60.9761;RBI=0.00643584;REFB=0;REVB=-0.00483904;RO=0;SAF=88;SAR=68;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.45163e-07;OID=.;OPOS=71549512;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:13:156:156:0:0:156:156:1:68:88:0:0:68:88:0:0 chrX 71791912 . C T 1317.44 PASS AF=1;AO=82;DP=82;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=49;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00201118;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=175.21;QD=61.9974;RBI=0.0490735;REFB=0;REVB=0.0490323;RO=0;SAF=35;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.16565e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.90398e-05;OID=.;OPOS=71791912;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:85:0:0:82:85:1:47:35:0:0:49:36:0:0 chrX 71819691 . A G 1588.97 PASS AF=1;AO=106;DP=106;FAO=106;FDP=106;FR=.;FRO=0;FSAF=58;FSAR=48;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000781825;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=210.479;QD=59.961;RBI=0.0251196;REFB=0;REVB=0.0251074;RO=0;SAF=58;SAR=48;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.93987e-05;OID=.;OPOS=71819691;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:106:106:0:0:106:106:1:48:58:0:0:48:58:0:0 chrX 72906953 . GTT G,GT 75.35 PASS AF=0,0.857143;AO=6,9;DP=22;FAO=0,18;FDP=21;FR=.;FRO=3;FSAF=0,8;FSAR=0,10;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.034119,0.0614361;FXX=0.0454339;HRUN=8,8;LEN=2,1;MLLD=9.71076,6.7224;QD=14.3521;RBI=0.150584,0.292252;REFB=0.0224446,0.0227032;REVB=-0.146668,-0.285722;RO=4;SAF=2,5;SAR=4,4;SRF=2;SRR=2;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-0.119263,0.0300734;STB=0.5,0.531879;STBP=1,0.481;TYPE=del,del;VARB=0.0701073,-0.0152431;OID=.,.;OPOS=72906954,72906954;OREF=TT,T;OALT=-,-;OMAPALT=G,GT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.857143:6,9:22:0,18:21:3:0,8:0,10:2:1:9:4:2,5:4,4:2:2 chrX 73043509 . CAAAAAT CAAAA,CAAAAT,CAAAATT 190.54 PASS AF=0.010101,0.424242,0.020202;AO=10,31,7;DP=100;FAO=1,42,2;FDP=99;FR=.;FRO=54;FSAF=1,15,0;FSAR=0,27,2;FSRF=37;FSRR=17;FWDB=-0.0209183,-0.00612859,0.0158495;FXX=0;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,1;MLLD=18.8876,11.507,16.7533;QD=7.69879;RBI=0.183699,0.109076,0.0731945;REFB=-0.032453,-0.113757,-0.08256;REVB=-0.182504,-0.108903,0.0714579;RO=46;SAF=5,10,3;SAR=5,21,4;SRF=33;SRR=13;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.276444,-0.400265,-0.345609;STB=0.986534,0.680149,0.996625;STBP=0.509,0.004,0.05;TYPE=del,del,snp;VARB=-0.0181178,0.125353,0.0320265;OID=.,.,.;OPOS=73043514,73043510,73043514;OREF=AT,A,A;OALT=-,-,T;OMAPALT=CAAAA,CAAAAT,CAAAATT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0.010101,0.424242,0.020202:10,31,7:100:1,42,2:99:54:1,15,0:0,27,2:37:17:99:46:5,10,3:5,21,4:33:13 chrX 73043817 . T C 527.18 PASS AF=0.972973;AO=36;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=22;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-9.5628e-05;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=158.421;QD=56.992;RBI=0.00925765;REFB=-0.0645544;REVB=0.00925716;RO=0;SAF=22;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517232;STBP=0.293;TYPE=snp;VARB=0.000214854;OID=.;OPOS=73043817;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:36:36:0.972973:14:22:0:0:14:22:0:1 chrX 73062009 . AATTTT AAATTT,AATTT,ATT,ATTT,TTTTAA 459.55 PASS AF=0,0.268293,0.219512,0.243902,0.109756;AO=7,20,12,14,4;DP=92;FAO=0,22,18,20,9;FDP=82;FR=.;FRO=13;FSAF=0,0,3,0,9;FSAR=0,22,15,20,0;FSRF=1;FSRR=12;FWDB=-0.0615386,0.0482834,0.0655975,0.109423,0.0232315;FXX=0.0786428;HRUN=7,7,7,7,7;LEN=1,1,3,2,6;MLLD=5.36303,8.78573,20.7125,14.5365,214.719;QD=22.4172;RBI=0.0639995,0.0622638,0.0673076,0.111461,0.0266281;REFB=-0.129792,-0.0910978,-0.00267671,0.042806,0.00684984;REVB=0.0175768,0.0393127,0.015076,0.0212153,-0.0130134;RO=19;SAF=0,0,2,0,4;SAR=7,20,10,14,0;SRF=1;SRR=18;SSEN=0,0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0,0;SSSB=-0.650616,-0.800186,0.265664,-0.759669,0.835493;STB=0.5,0.999097,0.574394,0.999008,0.998989;STBP=1,0.189,0.514,0.188,0;TYPE=snp,del,del,del,mnp;VARB=0,0.14509,0.0379967,0.0300113,0.069523;OID=.,.,.,.,.;OPOS=73062011,73062011,73062010,73062010,73062009;OREF=T,T,ATT,AT,AATTTT;OALT=A,-,-,-,TTTTAA;OMAPALT=AAATTT,AATTT,ATT,ATTT,TTTTAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 2/3:75:92:82:19:13:7,20,12,14,4:0,22,18,20,9:0,0.268293,0.219512,0.243902,0.109756:7,20,10,14,0:0,0,2,0,4:1:18:0,22,15,20,0:0,0,3,0,9:1:12 chrX 73066439 . T C 545.18 PASS AF=0.973684;AO=37;DP=38;FAO=37;FDP=38;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=13;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0242748;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=119.341;QD=57.3871;RBI=0.0285196;REFB=-0.0456538;REVB=0.01497;RO=1;SAF=24;SAR=13;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0191166;STB=0.510199;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=0.00356179;OID=.;OPOS=73066439;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:38:38:1:1:37:37:0.973684:13:24:1:0:13:24:1:0 chrX 73072349 . TAAAAAAAT AAAAAAAAT,TAAAAAAAAT,TAAAAAAT,TAAAAAATA 39.88 PASS AF=0.025641,0.0769231,0.179487,0.128205;AO=2,5,11,6;DP=40;FAO=1,3,7,5;FDP=39;FR=.;FRO=23;FSAF=1,3,5,5;FSAR=0,0,2,0;FSRF=17;FSRR=6;FWDB=-0.0772316,-0.040587,0.0310063,0.0504266;FXX=0.0249938;HRUN=3,7,7,7;LEN=1,1,1,2;MLLD=22.6025,7.69138,7.20239,20.9996;QD=4.09037;RBI=0.0912641,0.0502689,0.0449938,0.0504295;REFB=0.0395941,0.0426914,-0.0428897,-0.0293354;REVB=0.0486252,0.0296591,-0.0326045,-0.00053442;RO=15;SAF=1,5,9,5;SAR=1,0,2,1;SRF=11;SRR=4;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.252475,0.652156,0.124955,0.166455;STB=0.985382,0.994904,0.523743,0.996865;STBP=0.509,0.225,0.898,0.111;TYPE=snp,ins,del,mnp;VARB=0.135035,-0.0452947,0.076445,0.152771;OID=.,.,.,.;OPOS=73072349,73072350,73072350,73072356;OREF=T,-,A,AT;OALT=A,A,-,TA;OMAPALT=AAAAAAAAT,TAAAAAAAAT,TAAAAAAT,TAAAAAATA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:24:40:39:15:23:2,5,11,6:1,3,7,5:0.025641,0.0769231,0.179487,0.128205:1,0,2,1:1,5,9,5:11:4:0,0,2,0:1,3,5,5:17:6 chrX 73072428 . GATTTTTTT GATTTTTT,GATTTTTTA,GTATTTTTT,TGATTTTTT 131.26 PASS AF=0.3625,0.03125,0,0;AO=33,6,7,7;DP=163;FAO=58,5,0,0;FDP=160;FR=.;FRO=97;FSAF=30,1,0,0;FSAR=28,4,0,0;FSRF=59;FSRR=38;FWDB=0.261565,0.0988182,0.0190231,0.128168;FXX=0.0243888;HRUN=7,7,1,1;LEN=1,1,2,3;MLLD=6.85583,16.7779,70.0114,22.0309;QD=3.28145;RBI=0.282005,0.0988947,0.0760858,0.155864;REFB=-0.112343,-0.0851064,-0.0080646,-0.047717;REVB=-0.105405,0.00388824,-0.0736693,-0.0886928;RO=74;SAF=14,1,4,1;SAR=19,5,3,6;SRF=51;SRR=23;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.30625,-0.515809,-0.142676,-0.55688;STB=0.557226,0.849837,0.5,0.5;STBP=0.292,0.188,1,1;TYPE=del,snp,mnp,mnp;VARB=0.168817,0.0618756,0,0;OID=.,.,.,.;OPOS=73072430,73072436,73072429,73072428;OREF=T,T,AT,GAT;OALT=-,A,TA,TGA;OMAPALT=GATTTTTT,GATTTTTTA,GTATTTTTT,TGATTTTTT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:163:160:74:97:33,6,7,7:58,5,0,0:0.3625,0.03125,0,0:19,5,3,6:14,1,4,1:51:23:28,4,0,0:30,1,0,0:59:38 chrX 73462520 . T C 1318.88 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=53;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00877625;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=177.706;QD=62.0649;RBI=0.0644786;REFB=0;REVB=0.0638786;RO=0;SAF=53;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17151e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.65823e-05;OID=.;OPOS=73462520;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:85:0:0:84:85:1:31:53:0:0:32:53:0:0 chrX 73641569 . T C 101.91 PASS AF=1;AO=10;DP=10;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00145158;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=265.113;QD=40.7629;RBI=0.0305382;REFB=0;REVB=-0.0305037;RO=0;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000328702;OID=.;OPOS=73641569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:10:10:0:0:10:10:1:5:5:0:0:5:5:0:0 chrX 73811695 . A G 49.73 PASS AF=0.136986;AO=10;DP=73;FAO=10;FDP=73;FR=.;FRO=63;FSAF=4;FSAR=6;FSRF=34;FSRR=29;FWDB=0.00572582;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=85.4722;QD=2.72491;RBI=0.0156526;REFB=-0.00290303;REVB=0.0145677;RO=63;SAF=4;SAR=6;SRF=34;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.169788;STB=0.619329;STBP=0.417;TYPE=snp;VARB=0.0145416;OID=.;OPOS=73811695;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:49:73:73:63:63:10:10:0.136986:6:4:34:29:6:4:34:29 chrX 73811737 . T A 66.93 PASS AF=0.149425;AO=13;DP=87;FAO=13;FDP=87;FR=.;FRO=74;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.00410717;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=245.504;QD=3.07728;RBI=0.0223632;REFB=-0.00992423;REVB=-0.0219828;RO=74;SAF=7;SAR=6;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0195817;STB=0.513348;STBP=0.933;TYPE=snp;VARB=0.0653071;OID=.;OPOS=73811737;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:66:87:87:74:74:13:13:0.149425:6:7:41:33:6:7:41:33 chrX 73811739 . A G 67.18 PASS AF=0.149425;AO=14;DP=88;FAO=13;FDP=87;FR=.;FRO=74;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=33;FWDB=-0.0166079;FXX=0.0113623;HRUN=2;LEN=1;MLLD=60.3933;QD=3.0887;RBI=0.0200896;REFB=-0.0138254;REVB=-0.0113035;RO=74;SAF=7;SAR=7;SRF=41;SRR=33;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0678065;STB=0.578089;STBP=0.581;TYPE=snp;VARB=0.0781683;OID=.;OPOS=73811739;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:88:87:74:74:14:13:0.149425:7:7:41:33:7:6:41:33 chrX 73811755 . C G 75.15 PASS AF=0.16092;AO=14;DP=86;FAO=14;FDP=87;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.00399956;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=141.718;QD=3.45514;RBI=0.0560424;REFB=-0.00722442;REVB=-0.0558995;RO=71;SAF=7;SAR=7;SRF=40;SRR=31;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0796091;STB=0.551651;STBP=0.681;TYPE=snp;VARB=0.0404697;OID=.;OPOS=73811755;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:86:87:71:73:14:14:0.16092:7:7:40:31:7:7:41:32 chrX 73811761 . G T 67.44 PASS AF=0.151163;AO=13;DP=87;FAO=13;FDP=86;FR=.;FRO=73;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=41;FSRR=32;FWDB=0.0134238;FXX=0.0114929;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.0069;QD=3.13682;RBI=0.0265094;REFB=-0.00838877;REVB=0.0228594;RO=73;SAF=7;SAR=6;SRF=41;SRR=32;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0291719;STB=0.519825;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0575975;OID=.;OPOS=73811761;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:87:86:73:73:13:13:0.151163:6:7:41:32:6:7:41:32 chrX 73811792 . C T 42.77 PASS AF=0.123288;AO=9;DP=73;FAO=9;FDP=73;FR=.;FRO=64;FSAF=5;FSAR=4;FSRF=35;FSRR=29;FWDB=0.0473224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=82.8205;QD=2.34349;RBI=0.0507344;REFB=-0.0073621;REVB=0.0182913;RO=64;SAF=5;SAR=4;SRF=35;SRR=29;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.010545;STB=0.507675;STBP=0.976;TYPE=snp;VARB=0.0810791;OID=.;OPOS=73811792;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:42:73:73:64:64:9:9:0.123288:4:5:35:29:4:5:35:29 chrX 73811809 . T C 38.12 PASS AF=0.115942;AO=7;DP=69;FAO=8;FDP=69;FR=.;FRO=61;FSAF=4;FSAR=4;FSRF=32;FSRR=29;FWDB=0.00196969;FXX=0.0142837;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.956;QD=2.2101;RBI=0.0159832;REFB=-0.00734201;REVB=-0.0158614;RO=61;SAF=3;SAR=4;SRF=33;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129032;STB=0.521685;STBP=0.935;TYPE=snp;VARB=0.0405;OID=.;OPOS=73811809;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:69:69:61:61:7:8:0.115942:4:3:33:28:4:4:32:29 chrX 74494470 . T G 769.76 PASS AF=1;AO=51;DP=51;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0243865;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=269.417;QD=57.0193;RBI=0.0273221;REFB=0;REVB=0.0123205;RO=0;SAF=23;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.97956e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.6419e-05;OID=.;OPOS=74494470;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:51:54:0:0:51:54:1:28:23:0:0:29:25:0:0 chrX 74511202 . G C 1485.52 PASS AF=1;AO=97;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0318737;FXX=0.0198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.1891;QD=60.021;RBI=0.0472255;REFB=0;REVB=0.0348471;RO=0;SAF=44;SAR=53;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000497648;OID=.;OPOS=74511202;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:97:99:1:53:44:0:0:54:45:0:0 chrX 75004529 . C A 1138.34 PASS AF=0.987179;AO=75;DP=78;FAO=77;FDP=78;FR=.;FRO=1;FSAF=46;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0699901;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=46.6391;QD=58.3766;RBI=0.0827545;REFB=-0.0607663;REVB=-0.0441553;RO=2;SAF=45;SAR=30;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0051115;STB=0.507934;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00188137;OID=.;OPOS=75004529;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:78:78:2:1:75:77:0.987179:30:45:1:1:31:46:0:1 chrX 75649298 . TGGGGGA TGGGGA,TGGGGAG 32.01 PASS AF=0.588235,0;AO=3,4;DP=17;FAO=10,0;FDP=17;FR=.;FRO=7;FSAF=9,0;FSAR=1,0;FSRF=6;FSRR=1;FWDB=0.0131152,-0.157004;FXX=0;HRUN=5,5;LEN=1,2;MLLD=8.99211,28.5657;QD=7.53287;RBI=0.202707,0.158727;REFB=-0.060746,0.00396815;REVB=0.202283,0.0233218;RO=7;SAF=2,4;SAR=1,0;SRF=6;SRR=1;SSEN=0,0;SSEP=0.53125,0;SSSB=-0.254889,0.645224;STB=0.545356,0.5;STBP=0.854,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0379631,0.0340335;OID=.,.;OPOS=75649299,75649303;OREF=G,GA;OALT=-,AG;OMAPALT=TGGGGA,TGGGGAG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.588235,0:3,4:17:10,0:17:7:9,0:1,0:6:1:29:7:2,4:1,0:6:1 chrX 76937963 . G C 1135.26 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0175781;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=213.584;QD=60.5471;RBI=0.0183365;REFB=0;REVB=-0.00521921;RO=0;SAF=34;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.26473e-05;OID=.;OPOS=76937963;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:41:34:0:0:41:34:0:0 chrX 77298857 . G A 745.41 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=47;FDP=47;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0109512;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=238.202;QD=63.4391;RBI=0.0529087;REFB=0;REVB=0.0517629;RO=0;SAF=23;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000152292;OID=.;OPOS=77298857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:47:0:0:45:47:1:22:23:0:0:24:23:0:0 chrX 77528317 . G A 740.44 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00764908;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=194.222;QD=56.9566;RBI=0.00973522;REFB=0;REVB=0.00602213;RO=0;SAF=21;SAR=31;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.93989e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.1402e-05;OID=.;OPOS=77528317;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:31:21:0:0:31:21:0:0 chrX 78011737 . T C,G 624.48 PASS AF=0.97561,0.0243902;AO=38,2;DP=41;FAO=40,1;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=23,0;FSAR=17,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0611467,-0.0181388;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=109.118,169.724;QD=60.9248;RBI=0.0894228,0.056402;REFB=0,0;REVB=0.0652496,0.0534057;RO=0;SAF=22,0;SAR=16,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.00157927,0.071033;OID=.,.;OPOS=78011737,78011737;OREF=T,T;OALT=C,G;OMAPALT=C,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:5:41:41:0:0:38,2:40,1:0.97561,0.0243902:16,2:22,0:0:0:17,1:23,0:0:0 chrX 78216024 . A C 723.55 PASS AF=0.959184;AO=47;DP=49;FAO=47;FDP=49;FR=.;FRO=2;FSAF=29;FSAR=18;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.0036037;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=86.652;QD=59.0653;RBI=0.0793392;REFB=-0.0273218;REVB=0.0792573;RO=2;SAF=29;SAR=18;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0313349;STB=0.51666;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00768256;OID=.;OPOS=78216024;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:49:49:2:2:47:47:0.959184:18:29:2:0:18:29:2:0 chrX 79931831 . CGTGTGTGTGTGTC CGTGTGTGTC,CGTGTGTGTCTGTG 397.9 PASS AF=0.9,0.1;AO=17,3;DP=25;FAO=27,3;FDP=30;FR=.;FRO=0;FSAF=8,0;FSAR=19,3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.112273,0.0703811;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=4,5;MLLD=137.228,68.6329;QD=53.0532;RBI=0.112421,0.0847299;REFB=0,0;REVB=-0.00575301,-0.0471769;RO=0;SAF=5,0;SAR=12,3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=del,mnp;VARB=0.0117343,0.107566;OID=.,.;OPOS=79931832,79931840;OREF=GTGT,GTGTC;OALT=-,CTGTG;OMAPALT=CGTGTGTGTC,CGTGTGTGTCTGTG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.9,0.1:17,3:25:27,3:30:0:8,0:19,3:0:0:14:0:5,0:12,3:0:0 chrX 79943569 . T C 2656.15 PASS AF=0.988701;AO=168;DP=171;FAO=175;FDP=177;FR=.;FRO=2;FSAF=95;FSAR=80;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=-0.0139838;FXX=0.00561766;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.0823;QD=60.0261;RBI=0.0659913;REFB=-0.0352744;REVB=0.0644927;RO=2;SAF=89;SAR=79;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00066876;STB=0.500488;STBP=0.86;TYPE=snp;VARB=0.00133286;OID=.;OPOS=79943569;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:171:177:2:2:168:175:0.988701:79:89:1:1:80:95:1:1 chrX 79989018 . C G 727.77 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0256879;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=120.913;QD=63.2847;RBI=0.0260853;REFB=0;REVB=0.00453589;RO=0;SAF=21;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.85991e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.55651e-05;OID=.;OPOS=79989018;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:25:21:0:0:25:21:0:0 chrX 80185102 . A G 116.0 PASS AF=1;AO=11;DP=11;FAO=11;FDP=11;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0397067;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=226.792;QD=42.1822;RBI=0.0434128;REFB=0;REVB=0.0175513;RO=0;SAF=8;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000573393;OID=.;OPOS=80185102;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:11:0:0:11:11:1:3:8:0:0:3:8:0:0 chrX 80185266 . G C,T 789.76 PASS AF=0.04,0.96;AO=2,48;DP=50;FAO=2,48;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=0,32;FSAR=2,16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00622432,-0.0114389;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=130.052,247.688;QD=63.1809;RBI=0.00708974,0.0277962;REFB=0,0;REVB=-0.00339446,0.0253335;RO=0;SAF=0,32;SAR=2,16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=0.0611171,6.8309e-05;OID=.,.;OPOS=80185266,80185266;OREF=G,G;OALT=C,T;OMAPALT=C,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:50:50:0:0:2,48:2,48:0.04,0.96:2,16:0,32:0:0:2,16:0,32:0:0 chrX 80191990 . G C 1233.26 PASS AF=0.987805;AO=79;DP=81;FAO=81;FDP=82;FR=.;FRO=1;FSAF=38;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0160653;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=157.05;QD=60.1591;RBI=0.0164123;REFB=-0.13156;REVB=0.00335722;RO=1;SAF=38;SAR=41;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0122951;STB=0.506492;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000427723;OID=.;OPOS=80191990;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:81:82:1:1:79:81:0.987805:41:38:1:0:43:38:1:0 chrX 84350010 . A G 385.36 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.114674;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=83.3748;QD=55.0519;RBI=0.115426;REFB=0;REVB=-0.0131513;RO=0;SAF=6;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00242389;OID=.;OPOS=84350010;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:28:0:0:27:28:1:21:6:0:0:21:7:0:0 chrX 84358864 . C T 1302.16 PASS AF=1;AO=84;DP=84;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=46;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.020935;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=164.998;QD=62.0078;RBI=0.0211107;REFB=0;REVB=0.00271739;RO=0;SAF=38;SAR=46;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-2.981e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.60336e-05;OID=.;OPOS=84358864;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:84:84:0:0:84:84:1:46:38:0:0:46:38:0:0 chrX 84363140 . A G 1841.8 PASS AF=1;AO=117;DP=120;FAO=121;FDP=121;FR=.;FRO=0;FSAF=45;FSAR=76;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00845714;FXX=0.00819605;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.119;QD=60.8858;RBI=0.0220754;REFB=0;REVB=0.0203912;RO=0;SAF=43;SAR=74;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000368563;OID=.;OPOS=84363140;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:120:121:0:0:117:121:1:74:43:0:0:76:45:0:0 chrX 84534383 . A C 1159.02 PASS AF=0.964286;AO=38;DP=88;FAO=81;FDP=84;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=39;FSAR=42;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0355332;FXX=0.0454494;HRUN=10;LEN=1;MLLD=122.941;QD=55.1914;RBI=0.0919635;REFB=-0.0868099;REVB=0.0848214;RO=2;SAF=11;SAR=27;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0334545;STB=0.505299;STBP=0.719;TYPE=snp;VARB=0.00206389;OID=.;OPOS=84534383;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:88:84:2:3:38:81:0.964286:27:11:0:2:42:39:1:2 chrX 84563135 . T A 2760.85 PASS AF=1;AO=174;DP=174;FAO=177;FDP=177;FR=.;FRO=0;FSAF=93;FSAR=84;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0135501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=276.47;QD=62.392;RBI=0.0287963;REFB=0;REVB=0.0254091;RO=0;SAF=93;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.73098e-05;OID=.;OPOS=84563135;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:15:174:177:0:0:174:177:1:81:93:0:0:84:93:0:0 chrX 88008423 . A C 1142.97 PASS AF=1;AO=76;DP=77;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0411213;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.0627;QD=59.3748;RBI=0.0926599;REFB=-0.0888221;REVB=0.0830355;RO=1;SAF=43;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0141235;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199642;OID=.;OPOS=88008423;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:77:77:1:0:76:77:1:33:43:0:1:34:43:0:0 chrX 88009322 . A G 1190.38 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=78;FDP=78;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=55;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0166356;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=161.722;QD=61.0452;RBI=0.0195696;REFB=0;REVB=0.0103065;RO=0;SAF=23;SAR=55;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.11101e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.4501e-05;OID=.;OPOS=88009322;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:78:0:0:78:78:1:55:23:0:0:55:23:0:0 chrX 89177673 . G A 362.03 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0522822;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.835;QD=55.6968;RBI=0.0524894;REFB=0;REVB=0.00465872;RO=0;SAF=17;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000294834;OID=.;OPOS=89177673;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:9:17:0:0:9:17:0:0 chrX 90693458 . A T 2150.38 PASS AF=1;AO=105;DP=143;FAO=143;FDP=143;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=70;FSAR=73;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0224385;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=33.0177;QD=60.1505;RBI=0.121343;REFB=0;REVB=0.11925;RO=0;SAF=58;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000903582;OID=.;OPOS=90693458;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:143:143:0:0:105:143:1:47:58:0:0:73:70:0:0 chrX 91585410 . A G 88.22 PASS AF=1;AO=9;DP=9;FAO=9;FDP=9;FR=.;FRO=0;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0601819;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=299.944;QD=39.2068;RBI=0.0637993;REFB=0;REVB=0.0211775;RO=0;SAF=2;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00046241;OID=.;OPOS=91585410;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:9:9:0:0:9:9:1:7:2:0:0:7:2:0:0 chrX 91675554 . A T 207.12 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0377664;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.94;QD=48.7335;RBI=0.0474171;REFB=0;REVB=-0.0286719;RO=0;SAF=6;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75565e-05;OID=.;OPOS=91675554;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:11:6:0:0:11:6:0:0 chrX 91873778 . G C 805.19 PASS AF=1;AO=50;DP=50;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=28;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00549829;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=244.877;QD=64.4153;RBI=0.025056;REFB=0;REVB=0.0244453;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.28509e-05;OID=.;OPOS=91873778;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:50:50:0:0:50:50:1:22:28:0:0:22:28:0:0 chrX 92927634 . G C 944.17 PASS AF=0.984848;AO=65;DP=66;FAO=65;FDP=66;FR=.;FRO=1;FSAF=51;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.016094;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=131.986;QD=57.2222;RBI=0.0172057;REFB=-0.0430898;REVB=0.00608447;RO=0;SAF=51;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.517236;STBP=0.099;TYPE=snp;VARB=0.000219452;OID=.;OPOS=92927634;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:66:66:0:1:65:65:0.984848:14:51:0:0:14:51:0:1 chrX 92966455 . TA AT,GT,T 161.64 PASS AF=0,0,0.515152;AO=15,4,33;DP=98;FAO=0,0,51;FDP=99;FR=.;FRO=48;FSAF=0,0,12;FSAR=0,0,39;FSRF=25;FSRR=23;FWDB=0.00449031,0.0514146,0.0454157;FXX=0;HRUN=1,1,5;LEN=2,2,1;MLLD=86.3858,21.8706,7.76752;QD=6.53089;RBI=0.196719,0.0569489,0.167789;REFB=-0.0201507,-0.116184,-0.235411;REVB=-0.196667,-0.024489,-0.161526;RO=36;SAF=0,2,9;SAR=15,2,24;SRF=25;SRR=11;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.825204,-0.222605,-0.395436;STB=0.5,0.5,0.65974;STBP=1,1,0.005;TYPE=mnp,mnp,del;VARB=0,0,0.188176;OID=.,.,.;OPOS=92966455,92966455,92966456;OREF=TA,TA,A;OALT=AT,GT,-;OMAPALT=AT,GT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/3:99:98:99:36:48:15,4,33:0,0,51:0,0,0.515152:15,2,24:0,2,9:25:11:0,0,39:0,0,12:25:23 chrX 92966705 . A C 1283.04 PASS AF=0.624309;AO=112;DP=182;FAO=113;FDP=181;FR=.;FRO=68;FSAF=45;FSAR=68;FSRF=39;FSRR=29;FWDB=-0.00279509;FXX=0.0054942;HRUN=3;LEN=1;MLLD=199.5;QD=28.3545;RBI=0.0139618;REFB=0.00248397;REVB=-0.0136791;RO=67;SAF=45;SAR=67;SRF=39;SRR=28;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.126432;STB=0.566823;STBP=0.025;TYPE=snp;VARB=-0.00143279;OID=.;OPOS=92966705;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:182:181:67:68:112:113:0.624309:67:45:39:28:68:45:39:29 chrX 99355146 . C T 795.34 PASS AF=1;AO=49;DP=49;FAO=50;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000124455;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=133.92;QD=63.6268;RBI=0.00420925;REFB=0;REVB=0.00420741;RO=0;SAF=24;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.82423e-05;OID=.;OPOS=99355146;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:49:50:0:0:49:50:1:25:24:0:0:25:25:0:0 chrX 99657666 . GCCCA GC,GCA,GCC,GCCA 130.96 PASS AF=0,0.0967742,0,0.435484;AO=10,9,12,17;DP=78;FAO=0,6,0,27;FDP=62;FR=.;FRO=29;FSAF=0,0,0,7;FSAR=0,6,0,20;FSRF=27;FSRR=2;FWDB=-0.0794781,-0.0977516,-0.0831597,-0.189003;FXX=0.224972;HRUN=3,3,3,3;LEN=3,2,2,1;MLLD=107.163,22.1654,99.4966,11.6269;QD=8.44898;RBI=0.087475,0.102343,0.0900222,0.197895;REFB=-0.0181159,-0.0574523,-0.0125642,-0.110555;REVB=-0.0365392,-0.0303097,-0.034474,-0.0586544;RO=23;SAF=0,0,4,8;SAR=10,9,8,9;SRF=22;SRR=1;SSEN=0.338776,0.338776,0.338776,0.338776;SSEP=0,0,0,0;SSSB=-0.867887,-0.86556,-0.623689,-0.488267;STB=0.5,0.999237,0.5,0.815146;STBP=1,0,1,0;TYPE=del,del,del,del;VARB=0.0602093,0.128209,0.0430173,-0.17236;OID=.,.,.,.;OPOS=99657668,99657667,99657669,99657667;OREF=CCA,CC,CA,C;OALT=-,-,-,-;OMAPALT=GC,GCA,GCC,GCCA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/4:0,0.0967742,0,0.435484:10,9,12,17:78:0,6,0,27:62:29:0,0,0,7:0,6,0,20:27:2:87:23:0,0,4,8:10,9,8,9:22:1 chrX 99662504 . CGGGGGGGC CCGGGGGGC,CGGGGGGC,CGGGGGGCG 107.18 PASS AF=0,0.577778,0;AO=2,13,3;DP=42;FAO=0,26,0;FDP=45;FR=.;FRO=19;FSAF=0,15,0;FSAR=0,11,0;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=0.163625,0.183344,-0.00462533;FXX=0;HRUN=7,7,7;LEN=1,1,2;MLLD=16.0461,8.44956,14.3018;QD=9.52711;RBI=0.229376,0.19479,0.13911;REFB=-0.105209,-0.121798,-0.090795;REVB=0.160749,0.0657878,-0.139033;RO=16;SAF=0,10,0;SAR=2,3,3;SRF=11;SRR=5;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.621068,0.101624,-0.687676;STB=0.5,0.544007,0.5;STBP=1,0.496,1;TYPE=snp,del,mnp;VARB=0,0.102818,0;OID=.,.,.;OPOS=99662505,99662505,99662511;OREF=G,G,GC;OALT=C,-,CG;OMAPALT=CCGGGGGGC,CGGGGGGC,CGGGGGGCG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.577778,0:2,13,3:42:0,26,0:45:19:0,15,0:0,11,0:9:10:62:16:0,10,0:2,3,3:11:5 chrX 99849017 . G A 754.03 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0717501;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.844;QD=56.9079;RBI=0.0720246;REFB=0;REVB=0.00628175;RO=0;SAF=20;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.88914e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000192864;OID=.;OPOS=99849017;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:53:0:0:53:53:1:33:20:0:0:33:20:0:0 chrX 99941705 . T C 411.09 PASS AF=1;AO=29;DP=29;FAO=29;FDP=29;FR=.;FRO=0;FSAF=10;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0658704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.0716;QD=56.7019;RBI=0.0977685;REFB=0;REVB=0.072248;RO=0;SAF=10;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00243386;OID=.;OPOS=99941705;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:29:29:0:0:29:29:1:19:10:0:0:19:10:0:0 chrX 100169583 . A G 723.69 PASS AF=0.981132;AO=49;DP=50;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.031766;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=72.9157;QD=54.6183;RBI=0.0489166;REFB=-0.04578;REVB=0.0371989;RO=1;SAF=23;SAR=26;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.017757;STB=0.50943;STBP=0.503;TYPE=snp;VARB=0.000979236;OID=.;OPOS=100169583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:50:53:1:1:49:52:0.981132:26:23:0:1:26:26:0:1 chrX 100243459 . G T 1523.07 PASS AF=1;AO=95;DP=95;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=51;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00237321;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.984;QD=63.4611;RBI=0.010243;REFB=0;REVB=0.00996429;RO=0;SAF=50;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.6477e-05;OID=.;OPOS=100243459;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:95:96:0:0:95:96:1:45:50:0:0:45:51:0:0 chrX 100245606 . A G 1204.3 PASS AF=1;AO=78;DP=78;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0499602;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.7375;QD=60.9772;RBI=0.0503253;REFB=0;REVB=0.00605112;RO=0;SAF=50;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000207485;OID=.;OPOS=100245606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:78:79:0:0:78:79:1:28:50:0:0:29:50:0:0 chrX 100543990 . T C 536.75 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=13;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00289617;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.1691;QD=59.639;RBI=0.0303947;REFB=0;REVB=0.0302564;RO=0;SAF=13;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.21415e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000226234;OID=.;OPOS=100543990;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:36:0:0:36:36:1:23:13:0:0:23:13:0:0 chrX 100547933 . A G 1760.7 PASS AF=0.975207;AO=117;DP=121;FAO=118;FDP=121;FR=.;FRO=3;FSAF=36;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.0191088;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=63.5794;QD=58.2048;RBI=0.0217614;REFB=-0.0188821;REVB=-0.0104121;RO=3;SAF=36;SAR=81;SRF=0;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0172636;STB=0.508981;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.00309267;OID=.;OPOS=100547933;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:121:121:3:3:117:118:0.975207:81:36:0:3:82:36:0:3 chrX 100748078 . A G 246.5 PASS AF=0.952381;AO=19;DP=19;FAO=20;FDP=21;FR=.;FRO=1;FSAF=17;FSAR=3;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0530691;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.7111;QD=46.9516;RBI=0.0801071;REFB=-0.0160292;REVB=-0.0600068;RO=0;SAF=16;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.514272;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.00103532;OID=.;OPOS=100748078;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:21:0:1:19:20:0.952381:3:16:0:0:3:17:1:0 chrX 100880857 . G A 738.63 PASS AF=1;AO=52;DP=52;FAO=52;FDP=52;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000839463;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=51.6176;QD=56.8174;RBI=0.0120179;REFB=0;REVB=0.0119885;RO=0;SAF=27;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000168325;OID=.;OPOS=100880857;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:52:52:0:0:52:52:1:25:27:0:0:25:27:0:0 chrX 100880965 . ACT AC,TAC 40.43 PASS AF=0.225352,0.0422535;AO=23,7;DP=73;FAO=16,3;FDP=71;FR=.;FRO=52;FSAF=7,0;FSAR=9,3;FSRF=21;FSRR=31;FWDB=-0.148942,-0.00443423;FXX=0.0273935;HRUN=7,1;LEN=1,3;MLLD=7.0156,51.0886;QD=2.27798;RBI=0.15615,0.00558915;REFB=-0.150721,-0.0135163;REVB=0.0468958,-0.00340238;RO=31;SAF=16,0;SAR=7,7;SRF=8;SRR=23;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.424619,-0.637946;STB=0.526283,0.995907;STBP=0.827,0.132;TYPE=del,mnp;VARB=0.180004,0.147721;OID=.,.;OPOS=100880967,100880965;OREF=T,ACT;OALT=-,TAC;OMAPALT=AC,TAC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:28:73:71:31:52:23,7:16,3:0.225352,0.0422535:7,7:16,0:8:23:9,3:7,0:21:31 chrX 100911066 . C T 670.05 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00543053;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.7285;QD=62.3304;RBI=0.0357034;REFB=0;REVB=-0.035288;RO=0;SAF=14;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.13233e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000396443;OID=.;OPOS=100911066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:43:0:0:43:43:1:29:14:0:0:29:14:0:0 chrX 100946613 . T C 3874.07 PASS AF=0.992218;AO=236;DP=238;FAO=255;FDP=257;FR=.;FRO=2;FSAF=114;FSAR=141;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.0420492;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.814;QD=60.2968;RBI=0.0442552;REFB=-0.0544971;REVB=0.0137983;RO=2;SAF=95;SAR=141;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00671176;STB=0.503521;STBP=0.244;TYPE=snp;VARB=0.000279797;OID=.;OPOS=100946613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:238:257:2:2:236:255:0.992218:141:95:0:2:141:114:0:2 chrX 101138792 . T C 632.26 PASS AF=1;AO=41;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0124471;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=147.291;QD=61.6837;RBI=0.0248986;REFB=0;REVB=0.0215641;RO=0;SAF=17;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=6.2194e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.42206e-05;OID=.;OPOS=101138792;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:41:41:1:24:17:0:0:24:17:0:0 chrX 101139758 . C T 936.3 PASS AF=0.956522;AO=65;DP=69;FAO=66;FDP=69;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=38;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.00415177;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.6405;QD=54.2784;RBI=0.0076351;REFB=-0.0193866;REVB=0.00640762;RO=2;SAF=28;SAR=37;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00397586;STB=0.510749;STBP=0.433;TYPE=snp;VARB=0.00248201;OID=.;OPOS=101139758;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:69:69:2:3:65:66:0.956522:37:28:1:1:38:28:2:1 chrX 101913624 . GAAAAAT GAAAA,GAAAAT,GGTAAAA 167.0 PASS AF=0.44186,0.162791,0.0232558;AO=13,6,2;DP=47;FAO=19,7,1;FDP=43;FR=.;FRO=16;FSAF=7,6,0;FSAR=12,1,1;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.117762,0.116149,-0.012715;FXX=0.0444346;HRUN=5,5,5;LEN=2,1,6;MLLD=19.882,11.0502,163.796;QD=15.535;RBI=0.119355,0.132498,0.0385736;REFB=-0.0439119,-0.0500523,-0.00229504;REVB=-0.0194351,0.0637591,-0.0364178;RO=19;SAF=5,6,0;SAR=8,0,2;SRF=9;SRR=10;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=-0.0927383,0.723919,-0.505018;STB=0.618056,0.723385,0.991868;STBP=0.133,0.219,0.245;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.113585,0.110256,0.0781984;OID=.,.,.;OPOS=101913629,101913625,101913625;OREF=AT,A,AAAAAT;OALT=-,-,GTAAAA;OMAPALT=GAAAA,GAAAAT,GGTAAAA GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.44186,0.162791,0.0232558:13,6,2:47:19,7,1:43:16:7,6,0:12,1,1:10:6:99:19:5,6,0:8,0,2:9:10 chrX 101933644 . G T 268.67 PASS AF=1;AO=20;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.035614;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=56.4236;QD=51.1746;RBI=0.0433232;REFB=0;REVB=0.0246685;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00129655;OID=.;OPOS=101933644;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:20:21:1:12:8:0:0:13:8:0:0 chrX 102006226 . G A 425.27 PASS AF=0.939394;AO=31;DP=33;FAO=31;FDP=33;FR=.;FRO=2;FSAF=15;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=-0.000692225;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=66.1972;QD=51.5477;RBI=0.0332467;REFB=0.00828517;REVB=-0.0332395;RO=2;SAF=15;SAR=16;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0582199;STB=0.53123;STBP=0.259;TYPE=snp;VARB=-0.0031027;OID=.;OPOS=102006226;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:33:33:2:2:31:31:0.939394:16:15:2:0:16:15:2:0 chrX 102564583 . A G 708.55 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.018961;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=197.316;QD=62.9824;RBI=0.0249667;REFB=0;REVB=0.0162424;RO=0;SAF=27;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-6.38727e-06;OID=.;OPOS=102564583;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:18:27:0:0:18:27:0:0 chrX 102979486 . T C 785.7 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=49;FDP=49;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0120873;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.617;QD=64.1387;RBI=0.0212585;REFB=0;REVB=-0.0174877;RO=0;SAF=33;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.42848e-05;OID=.;OPOS=102979486;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:49:0:0:48:49:1:15:33:0:0:16:33:0:0 chrX 103046525 . ATGGGGG ATGGGG,ATGGGGT,GATGGGG 522.02 PASS AF=0.98,0.02,0;AO=40,2,2;DP=51;FAO=49,1,0;FDP=50;FR=.;FRO=0;FSAF=18,0,0;FSAR=31,1,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0322959,-0.0568348,-0.0246744;FXX=0.019604;HRUN=5,5,1;LEN=1,1,3;MLLD=16.3136,8.5765,8.19411;QD=41.7619;RBI=0.0461476,0.0568424,0.0389286;REFB=-0.0456171,-0.0392609,-0.0393486;REVB=0.0329632,-0.000932732,0.0301099;RO=3;SAF=15,1,0;SAR=25,1,2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0.00581256,0.142842,-0.599865;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,snp,mnp;VARB=0.0121258,-0.0262212,0;OID=.,.,.;OPOS=103046527,103046531,103046525;OREF=G,G,ATG;OALT=-,T,GAT;OMAPALT=ATGGGG,ATGGGGT,GATGGGG GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:3:51:50:3:0:40,2,2:49,1,0:0.98,0.02,0:25,1,2:15,1,0:1:2:31,1,0:18,0,0:0:0 chrX 103267865 . C T 1141.27 PASS AF=1;AO=74;DP=77;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0537789;FXX=0.0259707;HRUN=1;LEN=1;MLLD=58.8731;QD=60.8678;RBI=0.0783118;REFB=0;REVB=0.0569259;RO=1;SAF=34;SAR=40;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.011681;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000804364;OID=.;OPOS=103267865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:77:75:1:0:74:75:1:40:34:0:1:41:34:0:0 chrX 103294760 . C T 949.94 PASS AF=0.985294;AO=66;DP=68;FAO=67;FDP=68;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0426974;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=178.02;QD=55.8788;RBI=0.0469535;REFB=-0.152801;REVB=0.0195335;RO=0;SAF=34;SAR=32;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.75585e-08;STB=0.50704;STBP=0.502;TYPE=snp;VARB=0.000757397;OID=.;OPOS=103294760;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:68:68:0:1:66:67:0.985294:32:34:0:0:32:35:1:0 chrX 105153001 . A G 576.34 PASS AF=0.97561;AO=39;DP=41;FAO=40;FDP=41;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0424722;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=46.7875;QD=56.228;RBI=0.0780628;REFB=-0.0310991;REVB=0.0654974;RO=1;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0164521;STB=0.50847;STBP=0.602;TYPE=snp;VARB=0.00279826;OID=.;OPOS=105153001;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:41:41:1:1:39:40:0.97561:28:11:0:1:29:11:0:1 chrX 106200202 . G A 2331.21 PASS AF=1;AO=145;DP=145;FAO=146;FDP=146;FR=.;FRO=0;FSAF=82;FSAR=64;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00143586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.5422;QD=63.8688;RBI=0.0115306;REFB=0;REVB=-0.0114408;RO=0;SAF=81;SAR=64;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.21182e-05;OID=.;OPOS=106200202;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:145:146:0:0:145:146:1:64:81:0:0:64:82:0:0 chrX 107037795 . C A 2307.58 PASS AF=1;AO=143;DP=146;FAO=145;FDP=145;FR=.;FRO=0;FSAF=63;FSAR=82;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00790478;FXX=0.0136045;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.2709;QD=63.6574;RBI=0.00997665;REFB=0;REVB=-0.00608671;RO=0;SAF=62;SAR=81;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.19551e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00010629;OID=.;OPOS=107037795;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:146:145:0:0:143:145:1:81:62:0:0:82:63:0:0 chrX 107084075 . A C 1149.37 PASS AF=0.987342;AO=73;DP=77;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=31;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0371591;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=45.0941;QD=58.1959;RBI=0.0562125;REFB=-0.036446;REVB=-0.0421787;RO=2;SAF=27;SAR=46;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00702415;STB=0.505262;STBP=0.527;TYPE=snp;VARB=0.000985618;OID=.;OPOS=107084075;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:77:79:2:1:73:78:0.987342:46:27:1:1:47:31:0:1 chrX 107417730 . G A 1651.46 PASS AF=0.991071;AO=106;DP=109;FAO=111;FDP=112;FR=.;FRO=1;FSAF=48;FSAR=63;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0144994;FXX=0.00884877;HRUN=1;LEN=1;MLLD=179.879;QD=58.9808;RBI=0.0324429;REFB=0.138429;REVB=0.0290226;RO=0;SAF=47;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505154;STBP=0.284;TYPE=snp;VARB=-0.000240572;OID=.;OPOS=107417730;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:109:112:0:1:106:111:0.991071:59:47:0:0:63:48:1:0 chrX 107418906 . A G 1555.26 PASS AF=0.990566;AO=105;DP=106;FAO=105;FDP=106;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=53;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0051087;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=134.198;QD=58.6891;RBI=0.00525865;REFB=-0.0380819;REVB=-0.00124682;RO=1;SAF=52;SAR=53;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00903911;STB=0.504761;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=7.75166e-06;OID=.;OPOS=107418906;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:106:106:1:1:105:105:0.990566:53:52:1:0:53:52:1:0 chrX 108297375 . T C 2358.59 PASS AF=0.987342;AO=155;DP=158;FAO=156;FDP=158;FR=.;FRO=2;FSAF=39;FSAR=117;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.00297812;FXX=0.0124992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.4499;QD=59.7112;RBI=0.0240075;REFB=-0.00629536;REVB=-0.023822;RO=2;SAF=39;SAR=116;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00795692;STB=0.504201;STBP=0.544;TYPE=snp;VARB=0.000289684;OID=.;OPOS=108297375;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:158:158:2:2:155:156:0.987342:116:39:1:1:117:39:1:1 chrX 108297445 . A G 3799.34 PASS AF=0.988048;AO=242;DP=245;FAO=248;FDP=251;FR=.;FRO=3;FSAF=93;FSAR=155;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00650611;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=332.341;QD=60.5472;RBI=0.00834153;REFB=-0.0207817;REVB=-0.00522031;RO=3;SAF=90;SAR=152;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000963512;STB=0.500531;STBP=0.951;TYPE=snp;VARB=0.00016667;OID=.;OPOS=108297445;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:245:251:3:3:242:248:0.988048:152:90:1:2:155:93:1:2 chrX 108297500 . G C 2914.38 PASS AF=0.984211;AO=187;DP=190;FAO=187;FDP=190;FR=.;FRO=3;FSAF=74;FSAR=113;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0247224;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=198.4;QD=61.3554;RBI=0.0248094;REFB=-0.0874199;REVB=-0.00207511;RO=3;SAF=74;SAR=113;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00196151;STB=0.50103;STBP=0.907;TYPE=snp;VARB=0.00102282;OID=.;OPOS=108297500;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:190:190:3:3:187:187:0.984211:113:74:1:2:113:74:1:2 chrX 108297573 . A G 667.45 PASS AF=0.9375;AO=42;DP=45;FAO=45;FDP=48;FR=.;FRO=3;FSAF=13;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0168929;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.728;QD=55.6206;RBI=0.0185657;REFB=-0.02553;REVB=-0.00770182;RO=3;SAF=11;SAR=31;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0114652;STB=0.503369;STBP=0.946;TYPE=snp;VARB=0.00272915;OID=.;OPOS=108297573;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:45:48:3:3:42:45:0.9375:31:11:1:2:32:13:1:2 chrX 108297602 . T C 575.82 PASS AF=1;AO=36;DP=36;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0307764;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=242.167;QD=60.6131;RBI=0.0315236;REFB=0;REVB=0.00682283;RO=0;SAF=3;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.48454e-05;OID=.;OPOS=108297602;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:36:38:0:0:36:38:1:33:3:0:0:34:4:0:0 chrX 108297641 . G A 479.7 PASS AF=0.921053;AO=34;DP=37;FAO=35;FDP=38;FR=.;FRO=3;FSAF=3;FSAR=32;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.0650953;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=50.7464;QD=50.4944;RBI=0.0870012;REFB=-0.10161;REVB=0.0577219;RO=3;SAF=3;SAR=31;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.103898;STB=0.556486;STBP=0.165;TYPE=snp;VARB=0.0111867;OID=.;OPOS=108297641;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:37:38:3:3:34:35:0.921053:31:3:1:2:32:3:1:2 chrX 108297699 . T C 215.19 PASS AF=0.95;AO=17;DP=19;FAO=19;FDP=20;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0135618;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=169.891;QD=43.0383;RBI=0.0146384;REFB=0.0287428;REVB=-0.00551017;RO=1;SAF=2;SAR=15;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.029595;STB=0.514271;STBP=0.643;TYPE=snp;VARB=-0.000927484;OID=.;OPOS=108297699;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:20:1:1:17:19:0.95:15:2:0:1:17:2:0:1 chrX 108297702 . A G 200.93 PASS AF=0.944444;AO=16;DP=19;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0621356;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=263.587;QD=44.6504;RBI=0.063082;REFB=-0.183423;REVB=-0.0108859;RO=1;SAF=2;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.031564;STB=0.51611;STBP=0.65;TYPE=snp;VARB=0.0022964;OID=.;OPOS=108297702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:19:18:1:1:16:17:0.944444:14:2:0:1:15:2:0:1 chrX 108297713 . T C 57.07 PASS AF=0.875;AO=7;DP=8;FAO=7;FDP=8;FR=.;FRO=1;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=171.476;QD=28.5357;RBI=0.00294476;REFB=-0.0481656;REVB=-0.00294476;RO=1;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00876035;OID=.;OPOS=108297713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:8:8:1:1:7:7:0.875:7:0:0:1:7:0:0:1 chrX 108708516 . C T 1471.82 PASS AF=1;AO=93;DP=93;FAO=93;FDP=93;FR=.;FRO=0;FSAF=56;FSAR=37;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0128141;FXX=0.0106372;HRUN=3;LEN=1;MLLD=186.593;QD=63.3041;RBI=0.0214693;REFB=0;REVB=-0.0172258;RO=0;SAF=56;SAR=37;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.91978e-06;OID=.;OPOS=108708516;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:93:93:0:0:93:93:1:37:56:0:0:37:56:0:0 chrX 109937543 . C T 1587.64 PASS AF=1;AO=99;DP=99;FAO=99;FDP=99;FR=.;FRO=0;FSAF=41;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00437737;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=167.852;QD=64.1471;RBI=0.0343458;REFB=0;REVB=0.0340657;RO=0;SAF=41;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.37393e-05;OID=.;OPOS=109937543;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:99:99:0:0:99:99:1:58:41:0:0:58:41:0:0 chrX 111698036 . T C 1061.32 PASS AF=1;AO=70;DP=70;FAO=71;FDP=71;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00360063;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=67.2704;QD=59.7928;RBI=0.00363922;REFB=0;REVB=0.000528575;RO=0;SAF=32;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.45535e-05;OID=.;OPOS=111698036;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:70:71:0:0:70:71:1:38:32:0:0:39:32:0:0 chrX 111698613 . T C 695.02 PASS AF=1;AO=44;DP=45;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=25;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00233409;FXX=0.0222173;HRUN=1;LEN=1;MLLD=154.275;QD=63.1833;RBI=0.0200472;REFB=0;REVB=0.0199109;RO=0;SAF=19;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000604832;OID=.;OPOS=111698613;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:44:0:0:44:44:1:25:19:0:0:25:19:0:0 chrX 111699028 . T C 546.66 PASS AF=0.926829;AO=38;DP=40;FAO=38;FDP=41;FR=.;FRO=3;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0100006;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=216.565;QD=53.3327;RBI=0.0113952;REFB=-0.0944724;REVB=-0.00546238;RO=2;SAF=22;SAR=16;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00756614;STB=0.506593;STBP=0.792;TYPE=snp;VARB=0.00179606;OID=.;OPOS=111699028;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:14:40:41:2:3:38:38:0.926829:16:22:1:1:16:22:2:1 chrX 111700104 . GC TT 354.96 PASS AF=1;AO=14;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0383216;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=251.615;QD=54.6085;RBI=0.101667;REFB=0;REVB=0.0941676;RO=0;SAF=9;SAR=5;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=0.000851891;OID=.;OPOS=111700104;OREF=GC;OALT=TT;OMAPALT=TT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:14:26:1:5:9:0:0:12:14:0:0 chrX 112099286 . G A 1306.08 PASS AF=0.988372;AO=85;DP=86;FAO=85;FDP=86;FR=.;FRO=1;FSAF=25;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0361326;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=175.546;QD=60.7478;RBI=0.0362101;REFB=0.0449834;REVB=0.00236853;RO=1;SAF=25;SAR=60;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00783125;STB=0.504131;STBP=0.6;TYPE=snp;VARB=-0.00027208;OID=.;OPOS=112099286;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:86:86:1:1:85:85:0.988372:60:25:0:1:60:25:0:1 chrX 114141174 . G T 1280.36 PASS AF=1;AO=81;DP=82;FAO=83;FDP=83;FR=.;FRO=0;FSAF=43;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0566561;FXX=0.0119033;HRUN=1;LEN=1;MLLD=106.899;QD=61.7043;RBI=0.0778478;REFB=0;REVB=0.0533887;RO=0;SAF=42;SAR=39;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000334584;OID=.;OPOS=114141174;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:82:83:0:0:81:83:1:39:42:0:0:40:43:0:0 chrX 114425196 . G A 126.45 PASS AF=0.764706;AO=12;DP=16;FAO=13;FDP=17;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=5;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.046856;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.112;QD=29.7527;RBI=0.0486701;REFB=-0.0168618;REVB=-0.0131642;RO=4;SAF=7;SAR=5;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148484;STB=0.58702;STBP=0.213;TYPE=snp;VARB=0.00182533;OID=.;OPOS=114425196;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:16:17:4:4:12:13:0.764706:5:7:1:3:5:8:1:3 chrX 114425210 . G A 72.93 PASS AF=0.642857;AO=9;DP=14;FAO=9;FDP=14;FR=.;FRO=5;FSAF=8;FSAR=1;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.050598;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=250.766;QD=20.838;RBI=0.0506007;REFB=0.0124843;REVB=-0.000524619;RO=5;SAF=8;SAR=1;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.536388;STB=0.815495;STBP=0.018;TYPE=snp;VARB=-0.00632455;OID=.;OPOS=114425210;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:14:14:5:5:9:9:0.642857:1:8:1:4:1:8:1:4 chrX 114425400 . G A 140.99 PASS AF=1;AO=12;DP=14;FAO=14;FDP=14;FR=.;FRO=0;FSAF=7;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.26198;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=110.644;QD=40.2841;RBI=0.263568;REFB=-0.116173;REVB=0.0288817;RO=2;SAF=5;SAR=7;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.149612;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0173479;OID=.;OPOS=114425400;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:14:14:2:0:12:14:1:7:5:2:0:7:7:0:0 chrX 114426171 . C T 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00336863;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=99.4555;QD=34.6648;RBI=0.0275647;REFB=-0.0857882;REVB=-0.0273581;RO=1;SAF=5;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0811734;STB=0.545364;STBP=0.509;TYPE=snp;VARB=0.0210278;OID=.;OPOS=114426171;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:5:5:0:1:5:5:0:1 chrX 114426917 . C T 468.75 PASS AF=1;AO=32;DP=33;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0748513;FXX=0.0302939;HRUN=1;LEN=1;MLLD=162.182;QD=58.594;RBI=0.0776361;REFB=0;REVB=0.0206069;RO=0;SAF=19;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000402183;OID=.;OPOS=114426917;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:32:0:0:32:32:1:13:19:0:0:13:19:0:0 chrX 115590299 . C G 1276.56 PASS AF=0.977011;AO=80;DP=84;FAO=85;FDP=87;FR=.;FRO=2;FSAF=42;FSAR=43;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0160109;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.5866;QD=58.6925;RBI=0.0271232;REFB=-0.0268589;REVB=0.0218934;RO=2;SAF=40;SAR=40;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.500135;STBP=0.857;TYPE=snp;VARB=0.00119174;OID=.;OPOS=115590299;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:84:87:2:2:80:85:0.977011:40:40:1:1:43:42:1:1 chrX 117053584 . A G 45.85 PASS AF=0.0991736;AO=12;DP=121;FAO=12;FDP=121;FR=.;FRO=109;FSAF=11;FSAR=1;FSRF=42;FSRR=67;FWDB=-0.0771138;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=43.676;QD=1.51585;RBI=0.0853075;REFB=-0.00196307;REVB=-0.0364806;RO=109;SAF=11;SAR=1;SRF=42;SRR=67;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.590414;STB=0.933188;STBP=0.004;TYPE=snp;VARB=0.0102903;OID=.;OPOS=117053584;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:45:121:121:109:109:12:12:0.0991736:1:11:42:67:1:11:42:67 chrX 117700141 . A G 783.37 PASS AF=1;AO=57;DP=62;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=25;FSAR=36;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.156923;FXX=0.0161264;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5305;QD=51.3684;RBI=0.188137;REFB=-0.192772;REVB=0.103784;RO=3;SAF=22;SAR=35;SRF=3;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0600707;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0179958;OID=.;OPOS=117700141;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:62:61:3:0:57:61:1:35:22:3:0:36:25:0:0 chrX 117907882 . C T 727.73 PASS AF=1;AO=46;DP=46;FAO=46;FDP=46;FR=.;FRO=0;FSAF=23;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00908241;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=158.758;QD=63.2812;RBI=0.0184854;REFB=0;REVB=0.0161004;RO=0;SAF=23;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.44516e-05;OID=.;OPOS=117907882;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:46:46:0:0:46:46:1:23:23:0:0:23:23:0:0 chrX 117938928 . G A 1034.01 PASS AF=0.96;AO=71;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=39;FSAR=33;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0307524;FXX=0.0131562;HRUN=3;LEN=1;MLLD=220.122;QD=55.1472;RBI=0.0322;REFB=-0.0720725;REVB=-0.00954625;RO=3;SAF=38;SAR=33;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0101255;STB=0.505038;STBP=0.713;TYPE=snp;VARB=0.000430454;OID=.;OPOS=117938928;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:75:75:3:3:71:72:0.96:33:38:2:1:33:39:2:1 chrX 118108785 . T C 1208.96 PASS AF=1;AO=79;DP=79;FAO=79;FDP=79;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=44;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0196974;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=267.021;QD=61.2131;RBI=0.0223623;REFB=0;REVB=0.010587;RO=0;SAF=35;SAR=44;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.37809e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=2.79936e-05;OID=.;OPOS=118108785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:79:79:0:0:79:79:1:44:35:0:0:44:35:0:0 chrX 118219347 . T C 854.56 PASS AF=0.968254;AO=56;DP=58;FAO=61;FDP=63;FR=.;FRO=2;FSAF=45;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.00191205;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.676;QD=54.2575;RBI=0.0487175;REFB=-0.0289574;REVB=0.04868;RO=0;SAF=42;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.529402;STBP=0.039;TYPE=snp;VARB=0.00171699;OID=.;OPOS=118219347;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:58:63:0:2:56:61:0.968254:14:42:0:0:16:45:0:2 chrX 118220720 . A G,T 761.5 PASS AF=0.945455,0.0545455;AO=52,3;DP=55;FAO=52,3;FDP=55;FR=.;FRO=0;FSAF=21,2;FSAR=31,1;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.050208,-0.0249244;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=92.5223,7.07272;QD=55.3818;RBI=0.0702156,0.0591365;REFB=0,0;REVB=-0.0490855,-0.0536274;RO=0;SAF=21,2;SAR=31,1;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=3.93989e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,snp;VARB=-0.000744038,0.238863;OID=.,.;OPOS=118220720,118220720;OREF=A,A;OALT=G,T;OMAPALT=G,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:10:55:55:0:0:52,3:52,3:0.945455,0.0545455:31,1:21,2:0:0:31,1:21,2:0:0 chrX 118222360 . T A 769.71 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0774103;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=58.6785;QD=57.0156;RBI=0.0786685;REFB=0;REVB=0.0140136;RO=0;SAF=13;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00111714;OID=.;OPOS=118222360;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:53:54:0:0:53:54:1:40:13:0:0:40:14:0:0 chrX 118281538 . C A 817.63 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=29;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00985529;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=93.4263;QD=57.3773;RBI=0.0300807;REFB=0;REVB=0.0284204;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000213705;OID=.;OPOS=118281538;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:57:0:0:57:57:1:28:29:0:0:28:29:0:0 chrX 118603713 . T C 40.66 PASS AF=0.148936;AO=7;DP=47;FAO=7;FDP=47;FR=.;FRO=40;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=21;FSRR=19;FWDB=0.0198012;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.7135;QD=3.46037;RBI=0.0264139;REFB=0.00709745;REVB=0.0174815;RO=40;SAF=3;SAR=4;SRF=21;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.115448;STB=0.581586;STBP=0.701;TYPE=snp;VARB=-0.0358815;OID=.;OPOS=118603713;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:47:47:40:40:7:7:0.148936:4:3:21:19:4:3:21:19 chrX 118603729 . G A 32.62 PASS AF=0.122449;AO=6;DP=48;FAO=6;FDP=49;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=22;FSRR=21;FWDB=-0.0478613;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=160.338;QD=2.66287;RBI=0.047862;REFB=-0.00293241;REVB=-0.000262857;RO=41;SAF=3;SAR=3;SRF=21;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0142944;STB=0.51017;STBP=0.93;TYPE=snp;VARB=0.0158576;OID=.;OPOS=118603729;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:48:49:41:43:6:6:0.122449:3:3:21:20:3:3:22:21 chrX 118603742 . A C 40.08 PASS AF=0.14;AO=7;DP=50;FAO=7;FDP=50;FR=.;FRO=43;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=26;FSRR=17;FWDB=-0.00912705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=153.853;QD=3.20601;RBI=0.0282392;REFB=-0.005811;REVB=-0.0267235;RO=43;SAF=3;SAR=4;SRF=26;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.208834;STB=0.647642;STBP=0.431;TYPE=snp;VARB=0.0536677;OID=.;OPOS=118603742;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:40:50:50:43:43:7:7:0.14:4:3:26:17:4:3:26:17 chrX 118603747 . A T 36.62 PASS AF=0.125;AO=7;DP=58;FAO=7;FDP=56;FR=.;FRO=49;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=31;FSRR=18;FWDB=-0.00678994;FXX=0.0344768;HRUN=1;LEN=1;MLLD=142.697;QD=2.61606;RBI=0.0183719;REFB=-0.00225701;REVB=-0.0170711;RO=51;SAF=3;SAR=4;SRF=31;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.210022;STB=0.67281;STBP=0.396;TYPE=snp;VARB=0.0195325;OID=.;OPOS=118603747;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:36:58:56:51:49:7:7:0.125:4:3:31:20:4:3:31:18 chrX 118603773 . T C 39.14 PASS AF=0.121212;AO=8;DP=67;FAO=8;FDP=66;FR=.;FRO=58;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=32;FSRR=26;FWDB=-0.0501787;FXX=0.0149231;HRUN=2;LEN=1;MLLD=273.534;QD=2.37198;RBI=0.0507053;REFB=-0.00483622;REVB=-0.00728815;RO=57;SAF=3;SAR=5;SRF=32;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.219963;STB=0.65261;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.0487497;OID=.;OPOS=118603773;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:39:67:66:57:58:8:8:0.121212:5:3:32:25:5:3:32:26 chrX 118699320 . A G 1638.6 PASS AF=1;AO=101;DP=104;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=68;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00329322;FXX=0.0263135;HRUN=1;LEN=1;MLLD=80.287;QD=59.0485;RBI=0.0320743;REFB=0;REVB=0.0319048;RO=0;SAF=65;SAR=36;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00347346;OID=.;OPOS=118699320;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:104:111:0:0:101:111:1:36:65:0:0:43:68:0:0 chrX 118708902 . C CG 34.11 PASS AF=0.170213;AO=16;DP=96;FAO=16;FDP=94;FR=.;FRO=78;FSAF=14;FSAR=2;FSRF=36;FSRR=42;FWDB=0.0393795;FXX=0.0105252;HRUN=1;LEN=1;MLLD=19.7798;QD=1.45164;RBI=0.0517653;REFB=-0.0338076;REVB=0.0335991;RO=80;SAF=15;SAR=1;SRF=37;SRR=43;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.634217;STB=0.859864;STBP=0.005;TYPE=ins;VARB=0.12158;OID=.;OPOS=118708903;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.170213:16:96:16:94:78:14:2:36:42:34:80:15:1:37:43 chrX 118829479 . G A 3860.4 PASS AF=1;AO=241;DP=246;FAO=251;FDP=251;FR=.;FRO=0;FSAF=125;FSAR=126;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0016479;FXX=0.00790483;HRUN=1;LEN=1;MLLD=152.708;QD=61.5203;RBI=0.0329397;REFB=-0.0952625;REVB=0.0328984;RO=1;SAF=123;SAR=118;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00402212;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000137008;OID=.;OPOS=118829479;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:17:246:251:1:0:241:251:1:118:123:0:1:126:125:0:0 chrX 119005705 . C G 358.14 PASS AF=1;AO=26;DP=26;FAO=26;FDP=26;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=17;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0326471;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=201.894;QD=55.0987;RBI=0.0341598;REFB=0;REVB=0.0100528;RO=0;SAF=9;SAR=17;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000198546;OID=.;OPOS=119005705;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:26:26:0:0:26:26:1:17:9:0:0:17:9:0:0 chrX 120008979 . T C 269.07 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0234056;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=275.027;QD=51.2512;RBI=0.0865099;REFB=0;REVB=0.0832835;RO=0;SAF=17;SAR=3;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000167956;OID=.;OPOS=120008979;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:21:0:0:20:21:1:3:17:0:0:3:18:0:0 chrX 122250996 . G T 1069.15 PASS AF=1;AO=68;DP=69;FAO=72;FDP=72;FR=.;FRO=0;FSAF=38;FSAR=34;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0588767;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.729;QD=59.3973;RBI=0.0698872;REFB=0;REVB=0.0376531;RO=0;SAF=34;SAR=34;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00051938;OID=.;OPOS=122250996;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:72:0:0:68:72:1:34:34:0:0:34:38:0:0 chrX 122318386 . A AG 1722.05 PASS AF=1;AO=110;DP=113;FAO=115;FDP=115;FR=.;FRO=0;FSAF=55;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0338957;FXX=0.00861995;HRUN=0;LEN=1;MLLD=232.147;QD=59.8973;RBI=0.0347564;REFB=0;REVB=0.00768662;RO=0;SAF=52;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.4768e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=5.91866e-05;OID=.;OPOS=122318387;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:110:113:115:115:0:55:60:0:0:9:0:52:58:0:0 chrX 122336600 . T TG 826.41 PASS AF=1;AO=72;DP=83;FAO=77;FDP=77;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=42;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0382485;FXX=0.0128189;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.7875;QD=42.9303;RBI=0.0876944;REFB=0;REVB=0.0789136;RO=8;SAF=33;SAR=39;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315237;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00183464;OID=.;OPOS=122336601;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=TG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:72:83:77:77:0:35:42:0:0:15:8:33:39:5:3 chrX 122624481 . TATTTTTTAA ATTTAATTTT,TATTTTTA,TATTTTTAA,TATTTTTAAA 73.75 PASS AF=0.0322581,0.354839,0.193548,0;AO=2,5,6,4;DP=43;FAO=1,11,6,0;FDP=31;FR=.;FRO=13;FSAF=0,6,1,0;FSAR=1,5,5,0;FSRF=10;FSRR=3;FWDB=0.0115395,0.167168,0.174889,0.0461897;FXX=0.224944;HRUN=2,6,6,6;LEN=10,2,1,1;MLLD=132.134,12.6834,8.44763,7.50225;QD=9.51635;RBI=0.0885201,0.170448,0.176166,0.0563782;REFB=0.00328407,0.026401,-0.136124,-0.166833;REVB=-0.0877647,-0.0332761,-0.0211674,0.0323267;RO=9;SAF=0,5,1,2;SAR=2,0,5,2;SRF=8;SRR=1;SSEN=0,0,0,0;SSEP=0,0.318584,0.318584,0;SSSB=-0.751971,0.663036,-0.637077,-0.436484;STB=0.994317,0.624791,0.871919,0.5;STBP=0.159,0.33,0.069,1;TYPE=mnp,del,del,snp;VARB=0.00991202,0.0320396,0.127222,0.0396781;OID=.,.,.,.;OPOS=122624481,122624488,122624483,122624488;OREF=TATTTTTTAA,TA,T,T;OALT=ATTTAATTTT,-,-,A;OMAPALT=ATTTAATTTT,TATTTTTA,TATTTTTAA,TATTTTTAAA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:38:43:31:9:13:2,5,6,4:1,11,6,0:0.0322581,0.354839,0.193548,0:2,0,5,2:0,5,1,2:8:1:1,5,5,0:0,6,1,0:10:3 chrX 125298690 . G A 1362.37 PASS AF=0.988764;AO=88;DP=89;FAO=88;FDP=89;FR=.;FRO=1;FSAF=41;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0344917;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=164.929;QD=61.23;RBI=0.116875;REFB=-6.58066e-05;REVB=0.11167;RO=0;SAF=41;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.505262;STBP=0.493;TYPE=snp;VARB=0.000240732;OID=.;OPOS=125298690;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:89:89:0:1:88:88:0.988764:47:41:0:0:47:41:0:1 chrX 125299188 . T G 574.73 PASS AF=1;AO=37;DP=37;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0265193;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.95;QD=60.4983;RBI=0.0290765;REFB=0;REVB=0.0119236;RO=0;SAF=13;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000101096;OID=.;OPOS=125299188;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:38:0:0:37:38:1:24:13:0:0:24:14:0:0 chrX 125299467 . G T 848.15 PASS AF=0.953125;AO=61;DP=64;FAO=61;FDP=64;FR=.;FRO=3;FSAF=35;FSAR=26;FSRF=1;FSRR=2;FWDB=0.00891953;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.9534;QD=53.0093;RBI=0.0158558;REFB=-0.0499693;REVB=-0.0131091;RO=2;SAF=35;SAR=26;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00451316;STB=0.511478;STBP=0.463;TYPE=snp;VARB=0.0175519;OID=.;OPOS=125299467;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:64:64:2:3:61:61:0.953125:26:35:1:1:26:35:1:2 chrX 125686305 . G A 515.69 PASS AF=0.77193;AO=40;DP=54;FAO=44;FDP=57;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=24;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=0.0293527;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=191.855;QD=36.1887;RBI=0.0312793;REFB=-0.0444569;REVB=0.010808;RO=13;SAF=20;SAR=20;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0174675;STB=0.519222;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0147033;OID=.;OPOS=125686305;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:85:54:57:13:13:40:44:0.77193:20:20:7:6:24:20:7:6 chrX 125955428 . G A 2840.62 PASS AF=1;AO=179;DP=180;FAO=182;FDP=182;FR=.;FRO=0;FSAF=132;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0104046;FXX=0.00546418;HRUN=1;LEN=1;MLLD=161.941;QD=62.4312;RBI=0.043074;REFB=0.0991049;REVB=0.0417985;RO=1;SAF=130;SAR=49;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0036483;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.75831e-05;OID=.;OPOS=125955428;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:11:180:182:1:0:179:182:1:49:130:1:0:50:132:0:0 chrX 128880614 . T C 1914.19 PASS AF=1;AO=123;DP=123;FAO=124;FDP=124;FR=.;FRO=0;FSAF=64;FSAR=60;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0154355;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=285.994;QD=61.7479;RBI=0.0165169;REFB=0;REVB=0.00587805;RO=0;SAF=64;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=1.14348e-05;OID=.;OPOS=128880614;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:10:123:124:0:0:123:124:1:59:64:0:0:60:64:0:0 chrX 129147079 . T C 677.71 PASS AF=0.962264;AO=47;DP=50;FAO=51;FDP=53;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=1;FWDB=0.0294135;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=44.2103;QD=51.1479;RBI=0.0579644;REFB=-0.0609302;REVB=0.0499471;RO=2;SAF=24;SAR=23;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.000816314;STB=0.501113;STBP=0.883;TYPE=snp;VARB=0.00983054;OID=.;OPOS=129147079;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:50:53:2:2:47:51:0.962264:23:24:1:1:24:27:1:1 chrX 130223137 . G A 687.86 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=44;FDP=44;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.028476;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=222.281;QD=62.5327;RBI=0.0284972;REFB=0;REVB=-0.00109842;RO=0;SAF=22;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.34746e-05;OID=.;OPOS=130223137;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:44:0:0:43:44:1:21:22:0:0:22:22:0:0 chrX 130416958 . C T 1474.49 PASS AF=0.936937;AO=102;DP=109;FAO=104;FDP=111;FR=.;FRO=7;FSAF=74;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=7;FWDB=0.0516564;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=60.774;QD=53.1346;RBI=0.0761994;REFB=0.0962736;REVB=0.0560176;RO=7;SAF=72;SAR=30;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.098709;STB=0.552228;STBP=0;TYPE=snp;VARB=-0.00278971;OID=.;OPOS=130416958;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:109:111:7:7:102:104:0.936937:30:72:0:7:30:74:0:7 chrX 130420006 . T C 997.99 PASS AF=1;AO=67;DP=69;FAO=67;FDP=67;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0315357;FXX=0.0289813;HRUN=1;LEN=1;MLLD=273.542;QD=59.5817;RBI=0.0335806;REFB=0;REVB=0.0115393;RO=0;SAF=27;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000120304;OID=.;OPOS=130420006;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:69:67:0:0:67:67:1:40:27:0:0:40:27:0:0 chrX 130420415 . T C 520.05 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0739493;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=89.057;QD=59.4338;RBI=0.0942222;REFB=0;REVB=0.0583894;RO=0;SAF=17;SAR=18;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.11116e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000172907;OID=.;OPOS=130420415;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:18:17:0:0:18:17:0:0 chrX 130678467 . A G 1512.94 PASS AF=1;AO=101;DP=101;FAO=101;FDP=101;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0442907;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=94.9523;QD=59.9186;RBI=0.0442929;REFB=0;REVB=-0.000438063;RO=0;SAF=50;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.10484e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000113227;OID=.;OPOS=130678467;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:101:101:0:0:101:101:1:51:50:0:0:51:50:0:0 chrX 130678844 . A C 382.71 PASS AF=1;AO=25;DP=25;FAO=28;FDP=28;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=20;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0524219;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=249.041;QD=54.6728;RBI=0.0534882;REFB=0;REVB=0.0106267;RO=0;SAF=6;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000326108;OID=.;OPOS=130678844;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:25:28:0:0:25:28:1:19:6:0:0:20:8:0:0 chrX 133379551 . C T 1375.51 PASS AF=1;AO=85;DP=86;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=34;FSAR=54;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00210086;FXX=0.0329634;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.216;QD=62.5232;RBI=0.010733;REFB=0;REVB=0.0105254;RO=0;SAF=33;SAR=52;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000514697;OID=.;OPOS=133379551;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:86:88:0:0:85:88:1:52:33:0:0:54:34:0:0 chrX 133380034 . AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAC 746.69 PASS AF=0.240741,0.759259,0;AO=12,25,2;DP=54;FAO=13,41,0;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=7,21,0;FSAR=6,20,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0389162,0.0178965,0.0182449;FXX=0.0526223;HRUN=1,1,1;LEN=4,2,2;MLLD=80.5948,98.1075,120.466;QD=55.3103;RBI=0.0397291,0.118711,0.0422382;REFB=0,0,0;REVB=0.00799554,0.117354,-0.0380945;RO=0;SAF=7,11,2;SAR=5,14,0;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0,0;SSEP=0,0,0;SSSB=0,-3.99383e-08,0;STB=0.5,0.5,0.5;STBP=1,1,1;TYPE=del,del,mnp;VARB=0.0638808,0.00385208,0;OID=.,.,.;OPOS=133380035,133380035,133380063;OREF=GTGT,GT,GT;OALT=-,-,AC;OMAPALT=AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT,AGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/2:0.240741,0.759259,0:12,25,2:54:13,41,0:54:0:7,21,0:6,20,0:0:0:82:0:7,11,2:5,14,0:0:0 chrX 134807790 . A G 255.91 PASS AF=1;AO=20;DP=20;FAO=20;FDP=20;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00923014;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.703;QD=51.1828;RBI=0.00994118;REFB=0;REVB=0.00369208;RO=0;SAF=8;SAR=12;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.26641e-05;OID=.;OPOS=134807790;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:20:0:0:20:20:1:12:8:0:0:12:8:0:0 chrX 134948034 . A G 576.54 PASS AF=1;AO=38;DP=38;FAO=38;FDP=38;FR=.;FRO=0;FSAF=22;FSAR=16;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00585995;FXX=0.0256345;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.086;QD=60.6886;RBI=0.0350972;REFB=0;REVB=-0.0346046;RO=0;SAF=22;SAR=16;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000252381;OID=.;OPOS=134948034;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:38:38:0:0:38:38:1:16:22:0:0:16:22:0:0 chrX 135307049 . G A 446.78 PASS AF=1;AO=31;DP=31;FAO=31;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0346167;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=52.953;QD=57.6497;RBI=0.0526828;REFB=0;REVB=-0.0397134;RO=0;SAF=4;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000100556;OID=.;OPOS=135307049;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:31:31:0:0:31:31:1:27:4:0:0:27:4:0:0 chrX 135310785 . T C 2106.36 PASS AF=0.985507;AO=136;DP=138;FAO=136;FDP=138;FR=.;FRO=2;FSAF=84;FSAR=52;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0341266;FXX=0.00719373;HRUN=3;LEN=1;MLLD=139.807;QD=61.0538;RBI=0.0381975;REFB=-0.117866;REVB=0.0171588;RO=1;SAF=84;SAR=52;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0090539;STB=0.509433;STBP=0.091;TYPE=snp;VARB=0.000293481;OID=.;OPOS=135310785;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:138:138:1:2:136:136:0.985507:52:84:0:1:52:84:0:2 chrX 135313034 . T G 871.24 PASS AF=1;AO=60;DP=60;FAO=60;FDP=60;FR=.;FRO=0;FSAF=32;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0249525;FXX=0.0163908;HRUN=4;LEN=1;MLLD=205.464;QD=58.0827;RBI=0.0266598;REFB=0;REVB=0.00938726;RO=0;SAF=32;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-2.03619e-05;OID=.;OPOS=135313034;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:60:60:0:0:60:60:1:28:32:0:0:28:32:0:0 chrX 135474420 . C A 1529.69 PASS AF=1;AO=96;DP=96;FAO=96;FDP=96;FR=.;FRO=0;FSAF=49;FSAR=47;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0257664;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=104.301;QD=63.7371;RBI=0.0259008;REFB=0;REVB=-0.00263605;RO=0;SAF=49;SAR=47;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.53995e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-7.12618e-05;OID=.;OPOS=135474420;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:96:96:0:0:96:96:1:47:49:0:0:47:49:0:0 chrX 135474444 . AGAT A 1411.16 PASS AF=1;AO=94;DP=101;FAO=94;FDP=94;FR=.;FRO=0;FSAF=54;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00473842;FXX=0.0961446;HRUN=1;LEN=3;MLLD=204.939;QD=60.0493;RBI=0.00706951;REFB=0;REVB=0.00524647;RO=0;SAF=54;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000323444;OID=.;OPOS=135474445;OREF=GAT;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:94:101:94:94:0:54:40:0:0:8:0:54:40:0:0 chrX 135480126 . T C 555.32 PASS AF=0.906977;AO=40;DP=43;FAO=39;FDP=43;FR=.;FRO=4;FSAF=22;FSAR=17;FSRF=3;FSRR=1;FWDB=-0.0530598;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=38.377;QD=51.6574;RBI=0.0665084;REFB=-0.161864;REVB=-0.0401003;RO=2;SAF=23;SAR=17;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00683707;STB=0.517652;STBP=0.52;TYPE=snp;VARB=0.0119796;OID=.;OPOS=135480126;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:16:43:43:2:4:40:39:0.906977:17:23:1:1:17:22:3:1 chrX 135496398 . G A 1362.5 PASS AF=0.967391;AO=89;DP=93;FAO=89;FDP=92;FR=.;FRO=3;FSAF=28;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=-0.015757;FXX=0.0212743;HRUN=1;LEN=1;MLLD=102.667;QD=59.2393;RBI=0.0612932;REFB=-0.123071;REVB=-0.0592332;RO=2;SAF=28;SAR=61;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0152847;STB=0.511997;STBP=0.256;TYPE=snp;VARB=0.00163757;OID=.;OPOS=135496398;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:93:92:2:3:89:89:0.967391:61:28:0:2:61:28:0:3 chrX 138067202 . A G 1175.63 PASS AF=0.987342;AO=78;DP=79;FAO=78;FDP=79;FR=.;FRO=1;FSAF=45;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0250022;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=57.6054;QD=59.5255;RBI=0.0272512;REFB=-0.0528615;REVB=0.0108405;RO=1;SAF=45;SAR=33;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.014127;STB=0.507461;STBP=0.3;TYPE=snp;VARB=0.000557029;OID=.;OPOS=138067202;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:79:79:1:1:78:78:0.987342:33:45:0:1:33:45:0:1 chrX 138774209 . C T 2235.78 PASS AF=1;AO=135;DP=138;FAO=142;FDP=142;FR=.;FRO=0;FSAF=62;FSAR=80;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0100448;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=245.199;QD=62.9797;RBI=0.0295215;REFB=0;REVB=0.0277601;RO=0;SAF=60;SAR=75;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.67788e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000104407;OID=.;OPOS=138774209;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:12:138:142:0:0:135:142:1:75:60:0:0:80:62:0:0 chrX 138811003 . G A 1195.17 PASS AF=0.987654;AO=79;DP=82;FAO=80;FDP=81;FR=.;FRO=1;FSAF=36;FSAR=44;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0276783;FXX=0.0121936;HRUN=1;LEN=1;MLLD=67.0097;QD=59.0207;RBI=0.0365131;REFB=-0.0709324;REVB=0.0238143;RO=1;SAF=36;SAR=43;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0129683;STB=0.506848;STBP=0.308;TYPE=snp;VARB=0.00137281;OID=.;OPOS=138811003;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:82:81:1:1:79:80:0.987654:43:36:1:0:44:36:1:0 chrX 138897130 . A C 1456.5 PASS AF=0.989362;AO=86;DP=87;FAO=93;FDP=94;FR=.;FRO=1;FSAF=35;FSAR=58;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0985532;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=81.1581;QD=61.9785;RBI=0.0987388;REFB=0.0182284;REVB=-0.0060513;RO=0;SAF=28;SAR=58;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.504273;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-8.95836e-05;OID=.;OPOS=138897130;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:87:94:0:1:86:93:0.989362:58:28:0:0:58:35:0:1 chrX 139038443 . G A 1223.37 PASS AF=1;AO=77;DP=77;FAO=80;FDP=80;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=43;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0308975;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=156.469;QD=61.1686;RBI=0.0371435;REFB=0;REVB=0.0206151;RO=0;SAF=37;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.84607e-05;OID=.;OPOS=139038443;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:77:80:0:0:77:80:1:40:37:0:0:43:37:0:0 chrX 139099828 . T A 892.49 PASS AF=0.837209;AO=66;DP=82;FAO=72;FDP=86;FR=.;FRO=14;FSAF=22;FSAR=50;FSRF=9;FSRR=5;FWDB=0.00643624;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=54.4564;QD=41.5114;RBI=0.0377175;REFB=-0.0053371;REVB=-0.0371643;RO=16;SAF=19;SAR=47;SRF=11;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.164165;STB=0.561576;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00672712;OID=.;OPOS=139099828;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:76:82:86:16:14:66:72:0.837209:47:19:11:5:50:22:9:5 chrX 140008385 . G T 2430.9 PASS AF=0.981707;AO=160;DP=165;FAO=161;FDP=164;FR=.;FRO=3;FSAF=68;FSAR=93;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0518025;FXX=0.00606024;HRUN=2;LEN=1;MLLD=151.705;QD=59.2901;RBI=0.0518395;REFB=-0.0180191;REVB=0.00195653;RO=2;SAF=68;SAR=92;SRF=1;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00180178;STB=0.504572;STBP=0.412;TYPE=snp;VARB=0.00037184;OID=.;OPOS=140008385;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:165:164:2:3:160:161:0.981707:92:68:1:1:93:68:2:1 chrX 140270418 . T C 106.36 PASS AF=1;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=10;FR=.;FRO=0;FSAF=3;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00315952;FXX=0.0908265;HRUN=1;LEN=1;MLLD=129.741;QD=42.5424;RBI=0.0732572;REFB=0;REVB=0.073189;RO=0;SAF=3;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=7.58121e-05;OID=.;OPOS=140270418;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:11:10:0:0:10:10:1:7:3:0:0:7:3:0:0 chrX 140785799 . C T 443.73 PASS AF=0.612245;AO=29;DP=50;FAO=30;FDP=49;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=14;FSAR=16;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0393613;FXX=0.039208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=109.547;QD=36.2228;RBI=0.0403284;REFB=0.015546;REVB=0.00877907;RO=10;SAF=13;SAR=16;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0712679;STB=0.54206;STBP=0.389;TYPE=snp;VARB=0.000620133;OID=.;OPOS=140785799;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:50:49:10:10:29:30:0.612245:16:13:3:7:16:14:3:7 chrX 140983064 . G A 3227.46 PASS AF=0.981651;AO=210;DP=216;FAO=214;FDP=218;FR=.;FRO=4;FSAF=103;FSAR=111;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.107218;FXX=0.0090905;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6264;QD=59.2194;RBI=0.123937;REFB=-0.0860836;REVB=0.0621668;RO=4;SAF=99;SAR=111;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00102026;STB=0.500343;STBP=0.923;TYPE=snp;VARB=0.00197388;OID=.;OPOS=140983064;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:216:218:4:4:210:214:0.981651:111:99:2:2:111:103:2:2 chrX 140983127 . G A 4485.38 PASS AF=0.986301;AO=285;DP=294;FAO=288;FDP=292;FR=.;FRO=4;FSAF=122;FSAR=166;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.00406721;FXX=0.00680249;HRUN=1;LEN=1;MLLD=220.632;QD=61.4436;RBI=0.00876295;REFB=-0.00280846;REVB=0.0077619;RO=4;SAF=119;SAR=166;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00223589;STB=0.501071;STBP=0.755;TYPE=snp;VARB=2.76236e-05;OID=.;OPOS=140983127;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:294:292:4:4:285:288:0.986301:166:119:2:2:166:122:2:2 chrX 140993642 . C T 1982.18 PASS AF=0.944444;AO=125;DP=134;FAO=136;FDP=144;FR=.;FRO=8;FSAF=82;FSAR=54;FSRF=1;FSRR=7;FWDB=0.0279575;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.531;QD=55.0606;RBI=0.0349107;REFB=-0.201157;REVB=-0.0209078;RO=7;SAF=74;SAR=51;SRF=0;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0608753;STB=0.527411;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.00230228;OID=.;OPOS=140993642;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:134:144:7:8:125:136:0.944444:51:74:0:7:54:82:1:7 chrX 140994170 . A AG 143.28 PASS AF=0.956522;AO=3;DP=29;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=19;FSAR=3;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0263927;FXX=0.206825;HRUN=0;LEN=1;MLLD=59.8193;QD=24.9175;RBI=0.0269076;REFB=0.018085;REVB=0.00523865;RO=26;SAF=3;SAR=0;SRF=16;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.522066;STB=0.571357;STBP=0.076;TYPE=ins;VARB=0.00114468;OID=.;OPOS=140994171;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=AG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.956522:3:29:22:23:1:19:3:0:1:8:26:3:0:16:10 chrX 140994171 . C A,G 359.19 PASS AF=0.0714286,0.892857;AO=2,25;DP=29;FAO=2,25;FDP=28;FR=.;FRO=1;FSAF=2,16;FSAR=0,9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0215221,0.0399237;FXX=0.0344709;HRUN=1,1;LEN=1,1;MLLD=99.2091,74.5527;QD=51.3126;RBI=0.0225118,0.040243;REFB=-0.0922375,-0.106535;REVB=-0.00660126,-0.0050596;RO=0;SAF=2,16;SAR=0,9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0,0;STB=0.993266,0.526294;STBP=0.227,0.285;TYPE=snp,snp;VARB=0.200036,0.00662504;OID=.,.;OPOS=140994171,140994171;OREF=C,C;OALT=A,G;OMAPALT=A,G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:8:29:28:0:1:2,25:2,25:0.0714286,0.892857:0,9:2,16:0:0:0,9:2,16:0:1 chrX 140996364 . G A 1031.72 PASS AF=0.986301;AO=69;DP=72;FAO=72;FDP=73;FR=.;FRO=1;FSAF=40;FSAR=32;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0022025;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=59.5021;QD=56.5325;RBI=0.0877263;REFB=-0.111787;REVB=0.0876986;RO=2;SAF=39;SAR=30;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0304713;STB=0.50769;STBP=0.309;TYPE=snp;VARB=0.0101611;OID=.;OPOS=140996364;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:72:73:2:1:69:72:0.986301:30:39:0:2:32:40:0:1 chrX 141290865 . C T 1287.41 PASS AF=1;AO=81;DP=81;FAO=84;FDP=84;FR=.;FRO=0;FSAF=44;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.038247;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2964;QD=61.3053;RBI=0.0388687;REFB=0;REVB=-0.00692412;RO=0;SAF=41;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.17427e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.66102e-05;OID=.;OPOS=141290865;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:81:84:0:0:81:84:1:40:41:0:0:40:44:0:0 chrX 141291149 . CA C 33.98 PASS AF=0.291667;AO=11;DP=24;FAO=7;FDP=24;FR=.;FRO=17;FSAF=3;FSAR=4;FSRF=16;FSRR=1;FWDB=-0.250839;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=13.1635;QD=5.66334;RBI=0.265322;REFB=-0.0594449;REVB=0.086462;RO=12;SAF=7;SAR=4;SRF=11;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.305339;STB=0.83458;STBP=0.199;TYPE=del;VARB=0.0841823;OID=.;OPOS=141291150;OREF=A;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.291667:11:24:7:24:17:3:4:16:1:33:12:7:4:11:1 chrX 142517782 . C T 272.56 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=21;FDP=21;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=10;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0171245;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=276.969;QD=51.9167;RBI=0.0179445;REFB=0;REVB=0.0053624;RO=0;SAF=11;SAR=10;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.51176e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.99372e-05;OID=.;OPOS=142517782;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:21:21:0:0:21:21:1:10:11:0:0:10:11:0:0 chrX 142716114 . G A 1012.1 PASS AF=0.985714;AO=69;DP=70;FAO=69;FDP=70;FR=.;FRO=1;FSAF=30;FSAR=39;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00942966;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=261.772;QD=57.8344;RBI=0.00943213;REFB=0.0595108;REVB=-0.000215804;RO=1;SAF=30;SAR=39;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0154963;STB=0.508194;STBP=0.319;TYPE=snp;VARB=-0.000287248;OID=.;OPOS=142716114;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:3:70:70:1:1:69:69:0.985714:39:30:1:0:39:30:1:0 chrX 142795225 . G A 210.03 PASS AF=0.571429;AO=20;DP=37;FAO=20;FDP=35;FR=.;FRO=15;FSAF=8;FSAR=12;FSRF=3;FSRR=12;FWDB=0.074913;FXX=0.0540395;HRUN=1;LEN=1;MLLD=163.034;QD=24.0035;RBI=0.0765357;REFB=-0.07554;REVB=-0.0156762;RO=14;SAF=8;SAR=12;SRF=3;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.148285;STB=0.592506;STBP=0.262;TYPE=snp;VARB=0.0352755;OID=.;OPOS=142795225;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:37:35:14:15:20:20:0.571429:12:8:3:11:12:8:3:12 chrX 144904882 . T C 207.13 PASS AF=1;AO=17;DP=17;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0179886;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=290.16;QD=48.7373;RBI=0.0183108;REFB=0;REVB=-0.00341974;RO=0;SAF=9;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.126e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.82721e-05;OID=.;OPOS=144904882;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:17:0:0:17:17:1:8:9:0:0:8:9:0:0 chrX 144910142 . G A 1323.99 PASS AF=1;AO=83;DP=83;FAO=85;FDP=85;FR=.;FRO=0;FSAF=35;FSAR=50;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0116418;FXX=0.0116266;HRUN=1;LEN=1;MLLD=271.084;QD=62.3056;RBI=0.018171;REFB=0;REVB=0.0139519;RO=0;SAF=33;SAR=50;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.15707e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.00043e-05;OID=.;OPOS=144910142;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:85:0:0:83:85:1:50:33:0:0:50:35:0:0 chrX 144910936 . C T 699.77 PASS AF=1;AO=43;DP=43;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=15;FSAR=30;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00712365;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=225.556;QD=62.2021;RBI=0.0168456;REFB=0;REVB=0.0152652;RO=0;SAF=15;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.02792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.18167e-05;OID=.;OPOS=144910936;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:43:45:0:0:43:45:1:28:15:0:0:30:15:0:0 chrX 147014960 . C T 1916.2 PASS AF=0.913907;AO=136;DP=149;FAO=138;FDP=151;FR=.;FRO=13;FSAF=66;FSAR=72;FSRF=5;FSRR=8;FWDB=-0.00415904;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=53.1197;QD=50.7604;RBI=0.0261649;REFB=0.0168845;REVB=-0.0258322;RO=13;SAF=65;SAR=71;SRF=5;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0154664;STB=0.508082;STBP=0.506;TYPE=snp;VARB=-0.00116929;OID=.;OPOS=147014960;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:43:149:151:13:13:136:138:0.913907:71:65:5:8:72:66:5:8 chrX 147088249 . C T 1372.11 PASS AF=1;AO=87;DP=89;FAO=88;FDP=88;FR=.;FRO=0;FSAF=48;FSAR=40;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0152576;FXX=0.0222198;HRUN=1;LEN=1;MLLD=288.772;QD=62.3688;RBI=0.0152845;REFB=0;REVB=0.00090554;RO=0;SAF=47;SAR=40;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=8.86641e-05;OID=.;OPOS=147088249;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:89:88:0:0:87:88:1:40:47:0:0:40:48:0:0 chrX 147903704 . C T 1174.33 PASS AF=0.963415;AO=77;DP=82;FAO=79;FDP=82;FR=.;FRO=3;FSAF=43;FSAR=36;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.0230064;FXX=0.0120467;HRUN=2;LEN=1;MLLD=81.4292;QD=57.2843;RBI=0.0341622;REFB=0.0294909;REVB=-0.0252539;RO=3;SAF=42;SAR=35;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00867413;STB=0.504515;STBP=0.731;TYPE=snp;VARB=-0.00180684;OID=.;OPOS=147903704;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:82:82:3:3:77:79:0.963415:35:42:2:1:36:43:2:1 chrX 147903927 . C T 631.46 PASS AF=1;AO=40;DP=41;FAO=41;FDP=41;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0208156;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.84;QD=61.6055;RBI=0.0225925;REFB=0;REVB=-0.00878245;RO=0;SAF=12;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=6.97651e-05;OID=.;OPOS=147903927;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:41:41:0:0:40:41:1:28:12:0:0:29:12:0:0 chrX 148628490 . A T 222.66 PASS AF=1;AO=16;DP=17;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0472211;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=146.969;QD=49.4798;RBI=0.0494911;REFB=0;REVB=-0.0148168;RO=0;SAF=7;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000144296;OID=.;OPOS=148628490;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:17:18:0:0:16:18:1:9:7:0:0:9:9:0:0 chrX 149013727 . A G 520.06 PASS AF=1;AO=35;DP=35;FAO=35;FDP=35;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0181639;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.7092;QD=59.4356;RBI=0.0182892;REFB=0;REVB=0.00213718;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000251124;OID=.;OPOS=149013727;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:35:35:0:0:35:35:1:23:12:0:0:23:12:0:0 chrX 149931106 . C T 982.95 PASS AF=0.971429;AO=67;DP=70;FAO=68;FDP=70;FR=.;FRO=2;FSAF=34;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=0;FWDB=0.0330248;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=147.396;QD=56.1686;RBI=0.0395263;REFB=-0.067654;REVB=0.0217184;RO=2;SAF=33;SAR=34;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0277783;STB=0.514282;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.00176175;OID=.;OPOS=149931106;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:70:70:2:2:67:68:0.971429:34:33:2:0:34:34:2:0 chrX 149933341 . T C 1026.41 PASS AF=1;AO=69;DP=69;FAO=69;FDP=69;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0260306;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=250.486;QD=59.5018;RBI=0.044385;REFB=0;REVB=0.0359504;RO=0;SAF=18;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=5.64454e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.10005e-05;OID=.;OPOS=149933341;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:69:69:0:0:69:69:1:51:18:0:0:51:18:0:0 chrX 150840185 . T C 1173.86 PASS AF=0.920455;AO=81;DP=88;FAO=81;FDP=88;FR=.;FRO=7;FSAF=47;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.00955173;FXX=0.0112347;HRUN=3;LEN=1;MLLD=192.756;QD=53.3573;RBI=0.0236702;REFB=-0.00902101;REVB=0.0216574;RO=5;SAF=47;SAR=34;SRF=2;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0202556;STB=0.523858;STBP=0.147;TYPE=snp;VARB=0.00010217;OID=.;OPOS=150840185;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:24:88:88:5:7:81:81:0.920455:34:47:2:3:34:47:2:5 chrX 150867321 . C T 1119.92 PASS AF=0.962025;AO=76;DP=80;FAO=76;FDP=79;FR=.;FRO=3;FSAF=41;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0268112;FXX=0.0124984;HRUN=2;LEN=1;MLLD=114.086;QD=56.7049;RBI=0.0279641;REFB=-0.134501;REVB=-0.00794689;RO=2;SAF=41;SAR=35;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0262709;STB=0.520543;STBP=0.095;TYPE=snp;VARB=0.00136882;OID=.;OPOS=150867321;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:8:80:79:2:3:76:76:0.962025:35:41:0:2:35:41:0:3 chrX 150869267 . A G 807.07 PASS AF=1;AO=56;DP=57;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=36;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0162416;FXX=0.0172384;HRUN=2;LEN=1;MLLD=118.456;QD=56.6364;RBI=0.0246244;REFB=0;REVB=0.0185087;RO=0;SAF=35;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000863147;OID=.;OPOS=150869267;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:57:57:0:0:56:57:1:21:35:0:0:21:36:0:0 chrX 151092220 . A G 753.31 PASS AF=0.979592;AO=48;DP=49;FAO=48;FDP=49;FR=.;FRO=1;FSAF=24;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.012057;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=65.5751;QD=61.4947;RBI=0.0753195;REFB=-0.0193956;REVB=-0.0743482;RO=1;SAF=24;SAR=24;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.019199;STB=0.5102;STBP=0.519;TYPE=snp;VARB=-0.000203014;OID=.;OPOS=151092220;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:49:49:1:1:48:48:0.979592:24:24:0:1:24:24:0:1 chrX 151092653 . G A 834.38 PASS AF=1;AO=57;DP=58;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00578653;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.676;QD=57.5436;RBI=0.0253484;REFB=0;REVB=-0.0246791;RO=0;SAF=29;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.96079e-05;OID=.;OPOS=151092653;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:58:58:0:0:57:58:1:28:29:0:0:28:30:0:0 chrX 151125971 . A G 1429.93 PASS AF=0.970588;AO=98;DP=101;FAO=99;FDP=102;FR=.;FRO=3;FSAF=50;FSAR=49;FSRF=3;FSRR=0;FWDB=0.0162091;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=108.491;QD=56.0757;RBI=0.0174407;REFB=-0.0398586;REVB=0.0064377;RO=2;SAF=49;SAR=49;SRF=2;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0189638;STB=0.51456;STBP=0.118;TYPE=snp;VARB=0.00171051;OID=.;OPOS=151125971;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:101:102:2:3:98:99:0.970588:49:49:2:0:49:50:3:0 chrX 151129822 . G A 1453.47 PASS AF=1;AO=92;DP=92;FAO=92;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=27;FSAR=65;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0190096;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=192.495;QD=63.1945;RBI=0.0202263;REFB=0;REVB=-0.00690939;RO=0;SAF=27;SAR=65;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.95165e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-3.54908e-05;OID=.;OPOS=151129822;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:92:92:0:0:92:92:1:65:27:0:0:65:27:0:0 chrX 151138179 . A C 1267.19 PASS AF=1;AO=82;DP=83;FAO=82;FDP=82;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=51;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.000190734;FXX=0.0120467;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.3991;QD=61.8143;RBI=0.0158486;REFB=0;REVB=0.0158474;RO=0;SAF=31;SAR=51;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.2938e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000126905;OID=.;OPOS=151138179;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:83:82:0:0:82:82:1:51:31:0:0:51:31:0:0 chrX 151303393 . C T 465.11 PASS AF=1;AO=32;DP=32;FAO=32;FDP=32;FR=.;FRO=0;FSAF=17;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0164708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=178.296;QD=58.1391;RBI=0.0183297;REFB=0;REVB=-0.00804297;RO=0;SAF=17;SAR=15;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000115487;OID=.;OPOS=151303393;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:32:32:0:0:32:32:1:15:17:0:0:15:17:0:0 chrX 151303596 . C T 145.33 PASS AF=1;AO=12;DP=12;FAO=13;FDP=13;FR=.;FRO=0;FSAF=6;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0373461;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=248.834;QD=44.7159;RBI=0.0397094;REFB=0;REVB=-0.0134948;RO=0;SAF=5;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=9.30553e-05;OID=.;OPOS=151303596;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:12:13:0:0:12:13:1:7:5:0:0:7:6:0:0 chrX 151821277 . T A 2566.5 PASS AF=0.768061;AO=181;DP=254;FAO=202;FDP=263;FR=.;FRO=61;FSAF=77;FSAR=125;FSRF=58;FSRR=3;FWDB=0.0225131;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=194.163;QD=39.0343;RBI=0.0229849;REFB=-0.0120319;REVB=-0.00463318;RO=0;SAF=68;SAR=113;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.631277;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.000441125;OID=.;OPOS=151821277;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:254:263:0:61:181:202:0.768061:113:68:0:0:125:77:58:3 chrX 151909156 . A G 246.76 PASS AF=0.84;AO=21;DP=25;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=19;FSAR=2;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.0118432;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=224.134;QD=39.4816;RBI=0.0261134;REFB=-0.0390428;REVB=0.0232734;RO=3;SAF=19;SAR=2;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280384;STB=0.643903;STBP=0.044;TYPE=snp;VARB=0.00154243;OID=.;OPOS=151909156;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:25:25:3:4:21:21:0.84:2:19:1:2:2:19:2:2 chrX 152018832 . T G 769.51 PASS AF=1;AO=54;DP=54;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.000741999;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=274.035;QD=57.0008;RBI=0.0488607;REFB=0;REVB=0.048855;RO=0;SAF=30;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.99314e-05;OID=.;OPOS=152018832;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:54:54:0:0:54:54:1:24:30:0:0:24:30:0:0 chrX 152226542 . T C 284.62 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=24;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=13;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0230543;FXX=0.0416493;HRUN=1;LEN=1;MLLD=88.1705;QD=49.4989;RBI=0.0313103;REFB=-0.0317222;REVB=-0.0211857;RO=0;SAF=13;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.2029e-08;STB=0.526292;STBP=0.313;TYPE=snp;VARB=0.000751028;OID=.;OPOS=152226542;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:24:23:0:1:22:22:0.956522:9:13:0:0:9:13:0:1 chrX 152227132 . C T 1675.25 PASS AF=1;AO=109;DP=110;FAO=111;FDP=111;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=61;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00736883;FXX=0.0176975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.131;QD=60.3694;RBI=0.0757293;REFB=0;REVB=0.07537;RO=0;SAF=50;SAR=59;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000129874;OID=.;OPOS=152227132;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:9:110:111:0:0:109:111:1:59:50:0:0:61:50:0:0 chrX 152482198 . G A 717.71 PASS AF=0.981132;AO=50;DP=51;FAO=52;FDP=53;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0427329;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.438;QD=54.1665;RBI=0.0437982;REFB=-0.0370995;REVB=0.00960117;RO=0;SAF=28;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.15703e-08;STB=0.508769;STBP=0.5;TYPE=snp;VARB=0.000184239;OID=.;OPOS=152482198;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:53:0:1:50:52:0.981132:22:28:0:0:24:28:1:0 chrX 152482917 . T C 538.19 PASS AF=1;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=36;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0290606;FXX=0.0270197;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.2637;QD=59.7988;RBI=0.0377241;REFB=0;REVB=0.0240539;RO=0;SAF=12;SAR=23;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000576353;OID=.;OPOS=152482917;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:36:0:0:35:36:1:23:12:0:0:24:12:0:0 chrX 152609668 . T C 1517.75 PASS AF=0.990385;AO=99;DP=100;FAO=103;FDP=104;FR=.;FRO=1;FSAF=58;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0273256;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=119.341;QD=58.3752;RBI=0.0534102;REFB=-0.0213672;REVB=0.0458908;RO=1;SAF=57;SAR=42;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00824985;STB=0.504273;STBP=0.47;TYPE=snp;VARB=0.000226477;OID=.;OPOS=152609668;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:100:104:1:1:99:103:0.990385:42:57:1:0:45:58:1:0 chrX 152610224 . CGTGACCTCT C 293.83 PASS AF=1;AO=21;DP=21;FAO=22;FDP=22;FR=.;FRO=0;FSAF=14;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00592257;FXX=0.0434594;HRUN=1;LEN=9;MLLD=327.106;QD=53.423;RBI=0.0214415;REFB=0;REVB=0.0206073;RO=0;SAF=14;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=-0.000164407;OID=.;OPOS=152610225;OREF=GTGACCTCT;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:21:21:22:22:0:14:8:0:0:4:0:14:7:0:0 chrX 152610985 . T C 1134.85 PASS AF=0.987013;AO=74;DP=76;FAO=76;FDP=77;FR=.;FRO=1;FSAF=52;FSAR=24;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0420233;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=286.63;QD=58.9534;RBI=0.0423165;REFB=-0.145554;REVB=0.00497306;RO=1;SAF=50;SAR=24;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00936911;STB=0.504761;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00137313;OID=.;OPOS=152610985;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:76:77:1:1:74:76:0.987013:24:50:1:0:24:52:1:0 chrX 152613112 . C T 758.06 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=48;FDP=48;FR=.;FRO=0;FSAF=21;FSAR=27;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.119609;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.1322;QD=63.1717;RBI=0.125956;REFB=0;REVB=0.0394784;RO=0;SAF=21;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0010248;OID=.;OPOS=152613112;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:48:0:0:48:48:1:27:21:0:0:27:21:0:0 chrX 152613702 . A G 2009.55 PASS AF=0.970588;AO=132;DP=136;FAO=132;FDP=136;FR=.;FRO=4;FSAF=75;FSAR=57;FSRF=1;FSRR=3;FWDB=0.0101339;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=267.804;QD=59.1044;RBI=0.0117736;REFB=-0.0222424;REVB=0.00599344;RO=3;SAF=75;SAR=57;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0100881;STB=0.509509;STBP=0.229;TYPE=snp;VARB=0.000273422;OID=.;OPOS=152613702;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:136:136:3:4:132:132:0.970588:57:75:1:2:57:75:1:3 chrX 152616261 . T C 831.86 PASS AF=1;AO=57;DP=57;FAO=58;FDP=58;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00841115;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=57.3667;QD=57.3694;RBI=0.00856389;REFB=0;REVB=-0.00161018;RO=0;SAF=30;SAR=27;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000119295;OID=.;OPOS=152616261;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:57:58:0:0:57:58:1:27:30:0:0:28:30:0:0 chrX 152616430 . T G 490.07 PASS AF=0.971429;AO=34;DP=35;FAO=34;FDP=35;FR=.;FRO=1;FSAF=20;FSAR=14;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.03054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=228.546;QD=56.0079;RBI=0.0444352;REFB=-0.0215003;REVB=0.0322768;RO=1;SAF=20;SAR=14;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0322195;STB=0.517231;STBP=0.291;TYPE=snp;VARB=0.000192507;OID=.;OPOS=152616430;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:35:35:1:1:34:34:0.971429:14:20:0:1:14:20:0:1 chrX 152616701 . C A 375.57 PASS AF=1;AO=27;DP=27;FAO=27;FDP=27;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0323542;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.201;QD=55.6399;RBI=0.13751;REFB=0;REVB=0.133649;RO=0;SAF=18;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00103062;OID=.;OPOS=152616701;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:27:27:0:0:27:27:1:9:18:0:0:9:18:0:0 chrX 152616741 . A T 594.5 PASS AF=1;AO=39;DP=39;FAO=39;FDP=39;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00157331;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=90.6114;QD=60.974;RBI=0.0235197;REFB=0;REVB=0.0234671;RO=0;SAF=18;SAR=21;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.34792e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000166571;OID=.;OPOS=152616741;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:39:39:0:0:39:39:1:21:18:0:0:21:18:0:0 chrX 152616952 . A G 1358.45 PASS AF=1;AO=87;DP=87;FAO=87;FDP=87;FR=.;FRO=0;FSAF=42;FSAR=45;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0165393;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=233.835;QD=62.4575;RBI=0.0190799;REFB=0;REVB=0.00951294;RO=0;SAF=42;SAR=45;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-5.519e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.2373e-05;OID=.;OPOS=152616952;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:7:87:87:0:0:87:87:1:45:42:0:0:45:42:0:0 chrX 152747937 . G A 1023.92 PASS AF=0.96;AO=71;DP=75;FAO=72;FDP=75;FR=.;FRO=3;FSAF=33;FSAR=39;FSRF=0;FSRR=3;FWDB=0.0382693;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=95.8643;QD=54.6091;RBI=0.0439366;REFB=-0.00547245;REVB=0.0215845;RO=4;SAF=32;SAR=39;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0204534;STB=0.518513;STBP=0.117;TYPE=snp;VARB=0.000168727;OID=.;OPOS=152747937;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:75:75:4:3:71:72:0.96:39:32:1:3:39:33:0:3 chrX 152770230 . G A 2767.2 PASS AF=0.972973;AO=179;DP=185;FAO=180;FDP=185;FR=.;FRO=5;FSAF=76;FSAR=104;FSRF=2;FSRR=3;FWDB=0.0232455;FXX=0.0159566;HRUN=3;LEN=1;MLLD=205.286;QD=59.8314;RBI=0.0398596;REFB=-0.108983;REVB=0.0323795;RO=4;SAF=76;SAR=103;SRF=1;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00743964;STB=0.500616;STBP=0.967;TYPE=snp;VARB=0.000550597;OID=.;OPOS=152770230;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:185:185:4:5:179:180:0.972973:103:76:1:3:104:76:2:3 chrX 152815089 . A G 559.8 PASS AF=1;AO=25;DP=37;FAO=37;FDP=37;FR=.,HEALED;FRO=0;FSAF=22;FSAR=15;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0915593;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=229.458;QD=60.5184;RBI=0.0916822;REFB=0;REVB=0.00474545;RO=0;SAF=11;SAR=14;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.99383e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000484049;OID=.;OPOS=152815089;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:37:37:0:0:25:37:1:14:11:0:0:15:22:0:0 chrX 152823728 . G C 731.78 PASS AF=0.981481;AO=52;DP=53;FAO=53;FDP=54;FR=.;FRO=1;FSAF=33;FSAR=20;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0512897;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.7716;QD=54.2058;RBI=0.0603723;REFB=-0.128425;REVB=0.0318461;RO=1;SAF=32;SAR=20;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0144938;STB=0.50746;STBP=0.535;TYPE=snp;VARB=0.004485;OID=.;OPOS=152823728;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:53:54:1:1:52:53:0.981481:20:32:1:0:20:33:1:0 chrX 152936626 . AGGGGGGGT AAGGGGGGG,AGGGGGGT 92.38 PASS AF=0,0.575;AO=2,14;DP=42;FAO=0,23;FDP=40;FR=.;FRO=17;FSAF=0,10;FSAR=0,13;FSRF=12;FSRR=5;FWDB=-0.0476272,0.239614;FXX=0.111086;HRUN=7,7;LEN=8,1;MLLD=52.8473,8.30576;QD=9.23794;RBI=0.0490361,0.263932;REFB=-0.0452385,-0.129583;REVB=0.0116704,-0.11066;RO=16;SAF=2,4;SAR=0,10;SRF=11;SRR=5;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.468799,-0.37168;STB=0.5,0.613637;STBP=1,0.111;TYPE=mnp,del;VARB=0.073039,0.13338;OID=.,.;OPOS=152936627,152936627;OREF=GGGGGGGT,G;OALT=AGGGGGGG,-;OMAPALT=AAGGGGGGG,AGGGGGGT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/2:0,0.575:2,14:42:0,23:40:17:0,10:0,13:12:5:49:16:2,4:0,10:11:5 chrX 153010066 . C T 246.91 PASS AF=0.84;AO=21;DP=25;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=9;FSAR=12;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.012687;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=78.9085;QD=39.5052;RBI=0.0552724;REFB=-0.0251399;REVB=0.0537966;RO=4;SAF=9;SAR=12;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.021315;STB=0.511617;STBP=0.841;TYPE=snp;VARB=0.0126747;OID=.;OPOS=153010066;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:18:25:25:4:4:21:21:0.84:12:9:2:2:12:9:2:2 chrX 153010083 . G A 246.77 PASS AF=0.84;AO=20;DP=24;FAO=21;FDP=25;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=13;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=0.000491153;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=74.3992;QD=39.4832;RBI=0.0205222;REFB=-0.0372908;REVB=0.0205164;RO=4;SAF=8;SAR=12;SRF=2;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0315344;STB=0.519981;STBP=0.707;TYPE=snp;VARB=0.0129;OID=.;OPOS=153010083;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:24:25:4:4:20:21:0.84:12:8:2:2:13:8:2:2 chrX 153039502 . G C 239.18 PASS AF=0.909091;AO=19;DP=21;FAO=20;FDP=22;FR=.;FRO=2;FSAF=13;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.000298077;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=118.635;QD=43.4874;RBI=0.0173115;REFB=-0.128613;REVB=-0.0173089;RO=2;SAF=12;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.114481;STB=0.562436;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00416489;OID=.;OPOS=153039502;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:9:21:22:2:2:19:20:0.909091:7:12:0:2:7:13:0:2 chrX 153041544 . T C 483.34 PASS AF=1;AO=33;DP=33;FAO=33;FDP=33;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=13;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0504789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=172.294;QD=58.5861;RBI=0.0615634;REFB=0;REVB=0.0352411;RO=0;SAF=20;SAR=13;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.82173e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000499065;OID=.;OPOS=153041544;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:33:33:0:0:33:33:1:13:20:0:0:13:20:0:0 chrX 153042419 . G A 2530.0 PASS AF=0.944751;AO=170;DP=181;FAO=171;FDP=181;FR=.;FRO=10;FSAF=88;FSAR=83;FSRF=7;FSRR=3;FWDB=0.029108;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=82.1655;QD=55.9116;RBI=0.0589799;REFB=-0.0550344;REVB=0.0512968;RO=8;SAF=87;SAR=83;SRF=7;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0310685;STB=0.510256;STBP=0.255;TYPE=snp;VARB=0.00181282;OID=.;OPOS=153042419;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:20:181:181:8:10:170:171:0.944751:83:87:7:1:83:88:7:3 chrX 153048657 . AC CC,CT 428.63 PASS AF=0.935484,0.0645161;AO=28,2;DP=31;FAO=29,2;FDP=31;FR=.;FRO=0;FSAF=3,0;FSAR=26,2;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00778456,0.0406079;FXX=0;HRUN=1,1;LEN=1,2;MLLD=219.106,69.9345;QD=55.3077;RBI=0.0634432,0.0543328;REFB=0,0;REVB=0.0629638,-0.0360978;RO=0;SAF=3,0;SAR=25,2;SRF=0;SRR=0;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=-4.13441e-08,0;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=snp,mnp;VARB=0.00258617,0.107156;OID=.,.;OPOS=153048657,153048657;OREF=A,AC;OALT=C,CT;OMAPALT=CC,CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/2:6:31:31:0:0:28,2:29,2:0.935484,0.0645161:25,2:3,0:0:0:26,2:3,0:0:0 chrX 153068407 . TC GA 808.98 PASS AF=0.982759;AO=57;DP=60;FAO=57;FDP=58;FR=.;FRO=1;FSAF=28;FSAR=29;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.00861494;FXX=0.0333278;HRUN=1;LEN=2;MLLD=127.731;QD=55.7916;RBI=0.0105107;REFB=0.0190675;REVB=0.00602146;RO=0;SAF=28;SAR=29;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508769;STBP=0.557;TYPE=mnp;VARB=-0.000649486;OID=.;OPOS=153068407;OREF=TC;OALT=GA;OMAPALT=GA GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:60:58:0:1:57:57:0.982759:29:28:0:0:29:28:1:0 chrX 153149708 . G GC,GCT 1422.35 PASS AF=1,0;AO=74,11;DP=101;FAO=92,0;FDP=92;FR=.;FRO=0;FSAF=50,0;FSAR=42,0;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.011886,-0.00898943;FXX=0.079992;HRUN=0,0;LEN=1,2;MLLD=194.601,175.781;QD=61.8413;RBI=0.0139066,0.0182704;REFB=0,0;REVB=0.00721918,0.0159059;RO=14;SAF=41,4;SAR=33,7;SRF=4;SRR=10;SSEN=0,0;SSEP=0,0;SSSB=0.080358,0.0829035;STB=0.5,0.5;STBP=1,1;TYPE=ins,ins;VARB=4.95097e-06,0;OID=.,.;OPOS=153149709,153149709;OREF=-,-;OALT=C,CT;OMAPALT=GC,GCT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1,0:74,11:101:92,0:92:0:50,0:42,0:0:0:7:14:41,4:33,7:4:10 chrX 153149715 . C G 1427.58 PASS AF=1;AO=90;DP=90;FAO=91;FDP=91;FR=.;FRO=0;FSAF=50;FSAR=41;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00825094;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=152.466;QD=62.7506;RBI=0.00827333;REFB=0;REVB=0.000608281;RO=0;SAF=49;SAR=41;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-1.19789e-05;OID=.;OPOS=153149715;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:8:90:91:0:0:90:91:1:41:49:0:0:41:50:0:0 chrX 153178459 . G GC 557.09 PASS AF=1;AO=46;DP=56;FAO=54;FDP=54;FR=.;FRO=0;FSAF=30;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0940835;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=17.6338;QD=41.2658;RBI=0.178102;REFB=0;REVB=0.151224;RO=9;SAF=24;SAR=22;SRF=7;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.078677;STB=0.5;STBP=1;TYPE=ins;VARB=0.00645737;OID=.;OPOS=153178460;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 1/1:1:46:56:54:54:0:30:24:0:0:11:9:24:22:7:2 chrX 153277186 . TC CT,T 31.41 PASS AF=0.0666667,0.233333;AO=3,6;DP=30;FAO=2,7;FDP=30;FR=.;FRO=21;FSAF=2,5;FSAR=0,2;FSRF=14;FSRR=7;FWDB=-0.0200228,0.0627663;FXX=0;HRUN=1,5;LEN=2,1;MLLD=23.409,12.5737;QD=4.1876;RBI=0.0775471,0.116456;REFB=-0.0535603,-0.059423;REVB=-0.0749175,-0.0980932;RO=19;SAF=3,4;SAR=0,2;SRF=13;SRR=6;SSEN=0,0;SSEP=0,0.392857;SSSB=0.539081,-0.0230557;STB=0.993116,0.542045;STBP=0.319,0.844;TYPE=mnp,del;VARB=0.0952695,0.0854996;OID=.,.;OPOS=153277186,153277187;OREF=TC,C;OALT=CT,-;OMAPALT=CT,T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/2:24:30:30:19:21:3,6:2,7:0.0666667,0.233333:0,2:3,4:13:6:0,2:2,5:14:7 chrX 153278829 . G A 1495.15 PASS AF=0.990291;AO=86;DP=103;FAO=102;FDP=103;FR=.,HEALED;FRO=1;FSAF=57;FSAR=45;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0393261;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.994;QD=58.064;RBI=0.150532;REFB=-0.0459785;REVB=0.145305;RO=1;SAF=54;SAR=32;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00869391;STB=0.504347;STBP=0.514;TYPE=snp;VARB=0.0012256;OID=.;OPOS=153278829;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:103:103:1:1:86:102:0.990291:32:54:1:0:45:57:1:0 chrX 153284192 . A G 1879.91 PASS AF=0.991935;AO=122;DP=124;FAO=123;FDP=124;FR=.;FRO=1;FSAF=56;FSAR=67;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.00598997;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=264.171;QD=60.6424;RBI=0.012147;REFB=0.002156;REVB=0.0105673;RO=1;SAF=56;SAR=66;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00714392;STB=0.503703;STBP=0.512;TYPE=snp;VARB=1.40267e-06;OID=.;OPOS=153284192;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:124:124:1:1:122:123:0.991935:66:56:0:1:67:56:0:1 chrX 153284483 . G A 279.73 PASS AF=0.956522;AO=22;DP=23;FAO=22;FDP=23;FR=.;FRO=1;FSAF=7;FSAR=15;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=0.0221492;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=48.6739;QD=48.6493;RBI=0.116019;REFB=-0.134397;REVB=0.113885;RO=1;SAF=7;SAR=15;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0615001;STB=0.533302;STBP=0.265;TYPE=snp;VARB=0.0108386;OID=.;OPOS=153284483;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:23:23:1:1:22:22:0.956522:15:7:1:0:15:7:1:0 chrX 153292180 . T C 735.13 PASS AF=1;AO=48;DP=48;FAO=53;FDP=53;FR=.;FRO=0;FSAF=18;FSAR=35;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0249184;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.8764;QD=55.4814;RBI=0.0491505;REFB=0;REVB=0.0423656;RO=0;SAF=18;SAR=30;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-4.73384e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000399864;OID=.;OPOS=153292180;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:48:53:0:0:48:53:1:30:18:0:0:35:18:0:0 chrX 153609616 . GC CT 306.34 PASS AF=1;AO=23;DP=23;FAO=23;FDP=23;FR=.;FRO=0;FSAF=4;FSAR=19;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00166021;FXX=0;HRUN=1;LEN=2;MLLD=198.728;QD=53.2772;RBI=0.00167658;REFB=0;REVB=0.000233773;RO=0;SAF=4;SAR=19;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=mnp;VARB=-1.04686e-05;OID=.;OPOS=153609616;OREF=GC;OALT=CT;OMAPALT=CT GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:23:23:0:0:23:23:1:19:4:0:0:19:4:0:0 chrX 153629155 . A G 613.31 PASS AF=1;AO=39;DP=40;FAO=40;FDP=40;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=21;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.00979705;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=128.452;QD=61.3308;RBI=0.00987343;REFB=0;REVB=0.00122577;RO=0;SAF=19;SAR=20;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.3303e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=4.6339e-05;OID=.;OPOS=153629155;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:40:40:0:0:39:40:1:20:19:0:0:21:19:0:0 chrX 153633359 . G C 644.63 PASS AF=0.892857;AO=50;DP=56;FAO=50;FDP=56;FR=.;FRO=6;FSAF=16;FSAR=34;FSRF=2;FSRR=4;FWDB=0.0255797;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=152.871;QD=46.045;RBI=0.0294752;REFB=-0.0674619;REVB=0.0146446;RO=6;SAF=16;SAR=34;SRF=2;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00307285;STB=0.501639;STBP=0.961;TYPE=snp;VARB=0.00301894;OID=.;OPOS=153633359;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:29:56:56:6:6:50:50:0.892857:34:16:2:4:34:16:2:4 chrX 153696498 . C T 937.15 PASS AF=1;AO=64;DP=64;FAO=64;FDP=64;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0434224;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=71.3759;QD=58.5716;RBI=0.0529945;REFB=0;REVB=0.0303794;RO=0;SAF=31;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000465607;OID=.;OPOS=153696498;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:64:64:0:0:64:64:1:33:31:0:0:33:31:0:0 chrX 153994596 . G T 1134.86 PASS AF=1;AO=75;DP=75;FAO=75;FDP=75;FR=.;FRO=0;FSAF=37;FSAR=38;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0216704;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=196.904;QD=60.5256;RBI=0.0220244;REFB=0;REVB=0.0039328;RO=0;SAF=37;SAR=38;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=3.8669e-05;OID=.;OPOS=153994596;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:6:75:75:0:0:75:75:1:38:37:0:0:38:37:0:0 chrX 154020114 . C A 708.51 PASS AF=1;AO=45;DP=45;FAO=45;FDP=45;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=33;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.034528;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=124.101;QD=62.9785;RBI=0.0345281;REFB=0;REVB=7.99988e-05;RO=0;SAF=12;SAR=33;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000206779;OID=.;OPOS=154020114;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:45:45:0:0:45:45:1:33:12:0:0:33:12:0:0 chrX 154456747 . A G 586.23 PASS AF=0.975;AO=39;DP=41;FAO=39;FDP=40;FR=.;FRO=1;FSAF=11;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0567534;FXX=0.0243843;HRUN=4;LEN=1;MLLD=178.165;QD=58.6227;RBI=0.0571641;REFB=-0.0895624;REVB=0.00683955;RO=0;SAF=11;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.508767;STBP=0.606;TYPE=snp;VARB=0.00057728;OID=.;OPOS=154456747;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:41:40:0:1:39:39:0.975:28:11:0:0:28:11:0:1 chrX 155004437 . G T 198.41 PASS AF=0.944444;AO=17;DP=18;FAO=17;FDP=18;FR=.;FRO=1;FSAF=6;FSAR=11;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0172298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=89.2719;QD=44.0919;RBI=0.0436351;REFB=-0.0827446;REVB=0.0400894;RO=1;SAF=6;SAR=11;SRF=1;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0703222;STB=0.538415;STBP=0.287;TYPE=snp;VARB=0.00400219;OID=.;OPOS=155004437;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:18:18:1:1:17:17:0.944444:11:6:1:0:11:6:1:0 chrX 155005254 . C T 800.24 PASS AF=1;AO=55;DP=55;FAO=56;FDP=56;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=23;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00601817;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.2087;QD=57.1597;RBI=0.0266368;REFB=0;REVB=0.025948;RO=0;SAF=33;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000182611;OID=.;OPOS=155005254;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:55:56:0:0:55:56:1:22:33:0:0:23:33:0:0 chrX 155006050 . C T 191.25 PASS AF=1;AO=15;DP=15;FAO=16;FDP=16;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0500691;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=70.8978;QD=47.8133;RBI=0.102992;REFB=0;REVB=-0.090002;RO=0;SAF=7;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.00095325;OID=.;OPOS=155006050;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:15:16:0:0:15:16:1:8:7:0:0:8:8:0:0 chrX 155006982 . A T 697.02 PASS AF=0.980392;AO=50;DP=51;FAO=50;FDP=51;FR=.;FRO=1;FSAF=26;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0242229;FXX=0.0192271;HRUN=1;LEN=1;MLLD=78.6135;QD=54.6682;RBI=0.0254313;REFB=-0.112884;REVB=-0.00774632;RO=0;SAF=26;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=4.10374e-08;STB=0.5102;STBP=0.339;TYPE=snp;VARB=0.00153162;OID=.;OPOS=155006982;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:4:51:51:0:1:50:50:0.980392:24:26:0:0:24:26:0:1 chrX 155008583 . G A 520.11 PASS AF=0.972973;AO=35;DP=37;FAO=36;FDP=37;FR=.;FRO=1;FSAF=29;FSAR=7;FSRF=1;FSRR=0;FWDB=-0.0181839;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=86.0183;QD=56.2282;RBI=0.0193086;REFB=-0.130231;REVB=0.00649364;RO=0;SAF=28;SAR=7;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.50847;STBP=0.633;TYPE=snp;VARB=0.00288079;OID=.;OPOS=155008583;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:37:37:0:1:35:36:0.972973:7:28:0:0:7:29:1:0 chrX 155008671 . G A 716.51 PASS AF=0.946429;AO=53;DP=56;FAO=53;FDP=56;FR=.;FRO=3;FSAF=26;FSAR=27;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=0.0084016;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=193.806;QD=51.1792;RBI=0.01949;REFB=-0.0357126;REVB=0.0175862;RO=3;SAF=26;SAR=27;SRF=2;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0177475;STB=0.50943;STBP=0.583;TYPE=snp;VARB=0.00146911;OID=.;OPOS=155008671;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:56:56:3:3:53:53:0.946429:27:26:2:1:27:26:2:1 chrX 155009102 . G A 812.26 PASS AF=1;AO=53;DP=53;FAO=57;FDP=57;FR=.;FRO=0;FSAF=31;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0919685;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=132.454;QD=57.0008;RBI=0.0935068;REFB=0;REVB=0.0168913;RO=0;SAF=28;SAR=25;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000289832;OID=.;OPOS=155009102;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:53:57:0:0:53:57:1:25:28:0:0:26:31:0:0 chrX 155009225 . C T 244.89 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=8;FSAR=11;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0282169;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.865;QD=51.5547;RBI=0.0305805;REFB=0;REVB=0.0117887;RO=0;SAF=8;SAR=11;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.000750693;OID=.;OPOS=155009225;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:11:8:0:0:11:8:0:0 chrX 155009661 . A C 114.7 PASS AF=0.325581;AO=12;DP=41;FAO=14;FDP=43;FR=.;FRO=29;FSAF=8;FSAR=6;FSRF=21;FSRR=8;FWDB=0.01112;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=201.52;QD=10.6698;RBI=0.0304297;REFB=0.00163913;REVB=-0.0283251;RO=28;SAF=6;SAR=6;SRF=20;SRR=8;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.250453;STB=0.608248;STBP=0.359;TYPE=snp;VARB=-0.00332443;OID=.;OPOS=155009661;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:41:43:28:29:12:14:0.325581:6:6:20:8:6:8:21:8 chrX 155009829 . C T 808.66 PASS AF=0.966667;AO=58;DP=60;FAO=58;FDP=60;FR=.;FRO=2;FSAF=27;FSAR=31;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=-0.0244886;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=222.605;QD=53.9105;RBI=0.0279027;REFB=-0.000856266;REVB=0.0133742;RO=2;SAF=27;SAR=31;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294628;STB=0.51562;STBP=0.233;TYPE=snp;VARB=-2.85041e-05;OID=.;OPOS=155009829;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:60:60:2:2:58:58:0.966667:31:27:0:2:31:27:0:2 chrX 155009856 . T C 48.46 PASS AF=0.142857;AO=9;DP=62;FAO=9;FDP=63;FR=.;FRO=54;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=26;FSRR=28;FWDB=-0.00773298;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.712;QD=3.07661;RBI=0.014616;REFB=0.00128546;REVB=0.0124028;RO=51;SAF=4;SAR=5;SRF=24;SRR=27;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0321361;STB=0.531844;STBP=0.817;TYPE=snp;VARB=-0.00733952;OID=.;OPOS=155009856;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:48:62:63:51:54:9:9:0.142857:5:4:24:27:5:4:26:28 chrX 155009935 . C A 32.7 PASS AF=0.130435;AO=6;DP=46;FAO=6;FDP=46;FR=.;FRO=40;FSAF=1;FSAR=5;FSRF=23;FSRR=17;FWDB=-0.0158035;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=247.819;QD=2.84376;RBI=0.0158567;REFB=-0.00856069;REVB=-0.00129764;RO=40;SAF=1;SAR=5;SRF=23;SRR=17;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.470584;STB=0.843957;STBP=0.104;TYPE=snp;VARB=0.0584579;OID=.;OPOS=155009935;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:46:46:40:40:6:6:0.130435:5:1:23:17:5:1:23:17 chrX 155010062 . G A 673.89 PASS AF=1;AO=43;DP=44;FAO=43;FDP=43;FR=.;FRO=0;FSAF=19;FSAR=24;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0597658;FXX=0.0227221;HRUN=1;LEN=1;MLLD=151.61;QD=62.6878;RBI=0.0599441;REFB=0;REVB=0.00462001;RO=0;SAF=19;SAR=24;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-0.000140607;OID=.;OPOS=155010062;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:44:43:0:0:43:43:1:24:19:0:0:24:19:0:0 chrX 155010077 . G A 651.23 PASS AF=1;AO=42;DP=42;FAO=42;FDP=42;FR=.;FRO=0;FSAF=20;FSAR=22;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0079034;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=237.831;QD=62.022;RBI=0.0185495;REFB=0;REVB=0.0167815;RO=0;SAF=20;SAR=22;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.24382e-05;OID=.;OPOS=155010077;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:42:42:0:0:42:42:1:22:20:0:0:22:20:0:0 chrX 155010230 . A C 33.14 PASS AF=0.142857;AO=6;DP=42;FAO=6;FDP=42;FR=.;FRO=36;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=25;FSRR=11;FWDB=0.0167258;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=54.605;QD=3.15595;RBI=0.026118;REFB=-0.0182324;REVB=-0.0200598;RO=35;SAF=3;SAR=3;SRF=24;SRR=11;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.226802;STB=0.666173;STBP=0.442;TYPE=snp;VARB=0.100692;OID=.;OPOS=155010230;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:33:42:42:35:36:6:6:0.142857:3:3:24:11:3:3:25:11 chrX 155010308 . G A 884.3 PASS AF=1;AO=61;DP=61;FAO=61;FDP=61;FR=.;FRO=0;FSAF=33;FSAR=28;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172898;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.2682;QD=57.9867;RBI=0.0311718;REFB=0;REVB=-0.0259373;RO=0;SAF=33;SAR=28;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-9.30238e-05;OID=.;OPOS=155010308;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:5:61:61:0:0:61:61:1:28:33:0:0:28:33:0:0 chrX 155011012 . T C 32.3 PASS AF=0.0952381;AO=8;DP=84;FAO=8;FDP=84;FR=.;FRO=76;FSAF=6;FSAR=2;FSRF=25;FSRR=51;FWDB=0.00466111;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.759;QD=1.53812;RBI=0.0100763;REFB=-0.00201014;REVB=0.00893341;RO=76;SAF=6;SAR=2;SRF=25;SRR=51;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.45632;STB=0.836149;STBP=0.074;TYPE=snp;VARB=0.0461349;OID=.;OPOS=155011012;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:84:84:76:76:8:8:0.0952381:2:6:25:51:2:6:25:51 chrX 155011216 . T A 243.62 PASS AF=1;AO=19;DP=20;FAO=19;FDP=19;FR=.;FRO=0;FSAF=11;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00665304;FXX=0.049975;HRUN=1;LEN=1;MLLD=188.423;QD=51.2874;RBI=0.0294652;REFB=0;REVB=0.0287042;RO=0;SAF=11;SAR=8;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-3.41338e-08;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=-4.41378e-05;OID=.;OPOS=155011216;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:20:19:0:0:19:19:1:8:11:0:0:8:11:0:0 chrX 155011276 . C T 223.2 PASS AF=1;AO=18;DP=18;FAO=18;FDP=18;FR=.;FRO=0;FSAF=9;FSAR=9;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=0.0172433;FXX=0;HRUN=5;LEN=1;MLLD=281.097;QD=49.5992;RBI=0.0173109;REFB=0;REVB=0.00152815;RO=0;SAF=9;SAR=9;SRF=0;SRR=0;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=5.60421e-05;OID=.;OPOS=155011276;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:4:18:18:0:0:18:18:1:9:9:0:0:9:9:0:0 chrX 155011472 . T A 515.77 PASS AF=0.923077;AO=30;DP=39;FAO=36;FDP=39;FR=.,HEALED;FRO=3;FSAF=5;FSAR=31;FSRF=2;FSRR=1;FWDB=-0.025768;FXX=0.0249938;HRUN=4;LEN=1;MLLD=173.777;QD=52.8996;RBI=0.0311829;REFB=-0.140267;REVB=0.0175609;RO=4;SAF=5;SAR=25;SRF=3;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.195253;STB=0.575551;STBP=0.034;TYPE=snp;VARB=0.00240948;OID=.;OPOS=155011472;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:13:39:39:4:3:30:36:0.923077:25:5:3:1:31:5:2:1 chrX 155011926 . T C 88.17 PASS AF=0.161616;AO=16;DP=99;FAO=16;FDP=99;FR=.;FRO=83;FSAF=6;FSAR=10;FSRF=28;FSRR=55;FWDB=0.0112842;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=128.187;QD=3.56241;RBI=0.0207142;REFB=-0.000987846;REVB=-0.0173708;RO=82;SAF=6;SAR=10;SRF=28;SRR=54;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0459362;STB=0.534205;STBP=0.806;TYPE=snp;VARB=0.0053055;OID=.;OPOS=155011926;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:88:99:99:82:83:16:16:0.161616:10:6:28:54:10:6:28:55 chrX 155227464 . C T 143.37 PASS AF=0.163743;AO=27;DP=170;FAO=28;FDP=171;FR=.;FRO=143;FSAF=12;FSAR=16;FSRF=53;FSRR=90;FWDB=-0.00925559;FXX=0.01156;HRUN=1;LEN=1;MLLD=138.742;QD=3.35356;RBI=0.0123962;REFB=-0.00797301;REVB=0.00824616;RO=136;SAF=11;SAR=16;SRF=48;SRR=88;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0738728;STB=0.550138;STBP=0.634;TYPE=snp;VARB=0.0397098;OID=.;OPOS=155227464;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:170:171:136:143:27:28:0.163743:16:11:48:88:16:12:53:90 chrX 155235014 . C T 79.54 PASS AF=0.125;AO=18;DP=157;FAO=20;FDP=160;FR=.;FRO=140;FSAF=7;FSAR=13;FSRF=57;FSRR=83;FWDB=-0.0056829;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=110.395;QD=1.9885;RBI=0.0175095;REFB=-0.00376895;REVB=0.0165616;RO=136;SAF=7;SAR=11;SRF=54;SRR=82;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0105379;STB=0.553137;STBP=0.624;TYPE=snp;VARB=0.0354835;OID=.;OPOS=155235014;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:157:160:136:140:18:20:0.125:11:7:54:82:13:7:57:83 chrY 10035664 . C G 95.33 PASS AF=0.909091;AO=10;DP=11;FAO=10;FDP=11;FR=.;FRO=1;FSAF=2;FSAR=8;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=-0.0249836;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=153.616;QD=34.6659;RBI=0.0420031;REFB=-0.0810159;REVB=-0.0337651;RO=1;SAF=2;SAR=8;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0526894;STB=0.529355;STBP=0.651;TYPE=snp;VARB=0.00149368;OID=.;OPOS=10035664;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:11:11:1:1:10:10:0.909091:8:2:0:1:8:2:0:1 chrY 10036057 . GT AC 86.81 PASS AF=0.714286;AO=10;DP=14;FAO=10;FDP=14;FR=.;FRO=4;FSAF=8;FSAR=2;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.00590893;FXX=0;HRUN=2;LEN=2;MLLD=229.282;QD=24.8032;RBI=0.0121378;REFB=-0.000592062;REVB=0.0106024;RO=4;SAF=8;SAR=2;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.436085;STB=0.749463;STBP=0.012;TYPE=mnp;VARB=0.00072965;OID=.;OPOS=10036057;OREF=GT;OALT=AC;OMAPALT=AC GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:14:14:4:4:10:10:0.714286:2:8:0:4:2:8:0:4 chrY 10036088 . A G 1489.38 PASS AF=0.954128;AO=104;DP=109;FAO=104;FDP=109;FR=.;FRO=5;FSAF=54;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=-0.00920708;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=212.491;QD=54.6561;RBI=0.0102181;REFB=-0.0255215;REVB=0.00443157;RO=5;SAF=54;SAR=50;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0277578;STB=0.514646;STBP=0.145;TYPE=snp;VARB=-5.53957e-06;OID=.;OPOS=10036088;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:109:109:5:5:104:104:0.954128:50:54:1:4:50:54:1:4 chrY 10036105 . T C 2463.24 PASS AF=0.964912;AO=165;DP=171;FAO=165;FDP=171;FR=.;FRO=6;FSAF=116;FSAR=49;FSRF=1;FSRR=5;FWDB=0.00167218;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.954;QD=57.6197;RBI=0.00683999;REFB=-0.0100665;REVB=0.00663244;RO=5;SAF=116;SAR=49;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0331884;STB=0.522128;STBP=0.007;TYPE=snp;VARB=0.00010306;OID=.;OPOS=10036105;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:7:171:171:5:6:165:165:0.964912:49:116:1:4:49:116:1:5 chrY 10036107 . T C 2568.81 PASS AF=0.971429;AO=170;DP=175;FAO=170;FDP=175;FR=.;FRO=5;FSAF=120;FSAR=50;FSRF=1;FSRR=4;FWDB=0.0163883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=157.623;QD=58.7157;RBI=0.0164271;REFB=-0.0566484;REVB=0.00112896;RO=5;SAF=120;SAR=50;SRF=1;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0326126;STB=0.517157;STBP=0.024;TYPE=snp;VARB=0.000985502;OID=.;OPOS=10036107;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:5:175:175:5:5:170:170:0.971429:50:120:1:4:50:120:1:4 chrY 10036132 . T C 2956.69 PASS AF=0.970732;AO=197;DP=204;FAO=199;FDP=205;FR=.;FRO=6;FSAF=148;FSAR=51;FSRF=4;FSRR=2;FWDB=-0.0176216;FXX=0.00966137;HRUN=1;LEN=1;MLLD=55.5697;QD=57.6915;RBI=0.0330326;REFB=-0.0275814;REVB=0.0279398;RO=6;SAF=146;SAR=51;SRF=4;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00544052;STB=0.502949;STBP=0.692;TYPE=snp;VARB=0.000965431;OID=.;OPOS=10036132;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:204:205:6:6:197:199:0.970732:51:146:4:2:51:148:4:2 chrY 10036156 . G C 2914.08 PASS AF=0.959596;AO=190;DP=198;FAO=190;FDP=198;FR=.;FRO=8;FSAF=141;FSAR=49;FSRF=5;FSRR=3;FWDB=0.0110569;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=179.783;QD=58.8704;RBI=0.0265468;REFB=-0.0212357;REVB=0.0241346;RO=8;SAF=141;SAR=49;SRF=5;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0116805;STB=0.506143;STBP=0.482;TYPE=snp;VARB=0.000845229;OID=.;OPOS=10036156;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:198:198:8:8:190:190:0.959596:49:141:5:3:49:141:5:3 chrY 10036164 . T C 2801.04 PASS AF=0.939394;AO=186;DP=199;FAO=186;FDP=198;FR=.;FRO=12;FSAF=140;FSAR=46;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=-0.000528229;FXX=0.00502487;HRUN=2;LEN=1;MLLD=136.259;QD=56.5867;RBI=0.0014409;REFB=-0.0149388;REVB=0.00134059;RO=10;SAF=140;SAR=46;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0323156;STB=0.520146;STBP=0.059;TYPE=snp;VARB=0.000417201;OID=.;OPOS=10036164;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:27:199:198:10:12:186:186:0.939394:46:140:5:5:46:140:6:6 chrY 10036171 . A G 2899.42 PASS AF=0.959391;AO=189;DP=199;FAO=189;FDP=197;FR=.;FRO=8;FSAF=140;FSAR=49;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0314266;FXX=0.0100497;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.809;QD=58.8715;RBI=0.0318372;REFB=-0.033813;REVB=0.00509675;RO=8;SAF=140;SAR=49;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0238951;STB=0.512571;STBP=0.141;TYPE=snp;VARB=1.95372e-05;OID=.;OPOS=10036171;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:12:199:197:8:8:189:189:0.959391:49:140:4:4:49:140:4:4 chrY 10036189 . C CCGTT 2795.86 PASS AF=0.958333;AO=179;DP=198;FAO=184;FDP=192;FR=.;FRO=8;FSAF=136;FSAR=48;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=0.0116163;FXX=0.0303015;HRUN=2;LEN=4;MLLD=222.519;QD=58.2471;RBI=0.0131148;REFB=-0.0011047;REVB=-0.00608769;RO=10;SAF=132;SAR=47;SRF=4;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0428195;STB=0.51276;STBP=0.137;TYPE=ins;VARB=-7.13868e-05;OID=.;OPOS=10036190;OREF=-;OALT=CGTT;OMAPALT=CCGTT GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.958333:179:198:184:192:8:136:48:4:4:12:10:132:47:4:6 chrY 10036204 . T C 2712.3 PASS AF=0.942708;AO=181;DP=192;FAO=181;FDP=192;FR=.;FRO=11;FSAF=140;FSAR=41;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=0.0409735;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.6416;QD=56.5062;RBI=0.0599848;REFB=-0.0945809;REVB=0.0438104;RO=10;SAF=140;SAR=41;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0379353;STB=0.518266;STBP=0.079;TYPE=snp;VARB=0.00570085;OID=.;OPOS=10036204;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:22:192:192:10:11:181:181:0.942708:41:140:5:5:41:140:6:5 chrY 10036229 . T C 1888.07 PASS AF=0.921429;AO=129;DP=140;FAO=129;FDP=140;FR=.;FRO=11;FSAF=112;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=5;FWDB=-0.0100741;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=131.818;QD=53.9449;RBI=0.0169274;REFB=0.0154869;REVB=-0.0136033;RO=10;SAF=112;SAR=17;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.100695;STB=0.551222;STBP=0.01;TYPE=snp;VARB=-0.000890366;OID=.;OPOS=10036229;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:34:140:140:10:11:129:129:0.921429:17:112:5:5:17:112:6:5 chrY 10036233 . G C 1593.07 PASS AF=0.904;AO=112;DP=125;FAO=113;FDP=125;FR=.;FRO=12;FSAF=102;FSAR=11;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.0268726;FXX=0.00793588;HRUN=2;LEN=1;MLLD=173.765;QD=50.9782;RBI=0.0328611;REFB=-0.0188062;REVB=0.0189134;RO=12;SAF=101;SAR=11;SRF=7;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.143442;STB=0.57646;STBP=0.006;TYPE=snp;VARB=0.00163053;OID=.;OPOS=10036233;OREF=G;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:44:125:125:12:12:112:113:0.904:11:101:7:5:11:102:7:5 chrY 10036269 . A G 497.19 PASS AF=0.804348;AO=37;DP=46;FAO=37;FDP=46;FR=.;FRO=9;FSAF=35;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.0338124;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=169.276;QD=43.2337;RBI=0.035761;REFB=-0.0266895;REVB=0.0116435;RO=9;SAF=35;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.467452;STB=0.758323;STBP=0;TYPE=snp;VARB=0.00663015;OID=.;OPOS=10036269;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:58:46:46:9:9:37:37:0.804348:2:35:4:5:2:35:4:5 chrY 10036277 . A G 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=0.00387037;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=251.742;QD=24.0303;RBI=0.00848685;REFB=-0.0179594;REVB=0.00755294;RO=8;SAF=13;SAR=2;SRF=4;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.343571;STB=0.727638;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.00271048;OID=.;OPOS=10036277;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:8:9:15:15:0.625:2:13:4:4:2:13:4:5 chrY 10036280 . A G 144.18 PASS AF=0.625;AO=15;DP=24;FAO=15;FDP=24;FR=.;FRO=9;FSAF=13;FSAR=2;FSRF=4;FSRR=5;FWDB=-0.00161416;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=197.018;QD=24.0303;RBI=0.011281;REFB=-0.0176286;REVB=-0.0111649;RO=9;SAF=13;SAR=2;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.397386;STB=0.727638;STBP=0.022;TYPE=snp;VARB=0.000650407;OID=.;OPOS=10036280;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:24:24:9:9:15:15:0.625:2:13:4:5:2:13:4:5 chrY 10036408 . C A 31.71 PASS AF=0.555556;AO=5;DP=8;FAO=5;FDP=9;FR=.;FRO=4;FSAF=2;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=2;FWDB=-0.0160957;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=113.981;QD=14.0935;RBI=0.0324405;REFB=-0.0193116;REVB=-0.0281659;RO=3;SAF=2;SAR=3;SRF=1;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0436878;STB=0.54527;STBP=0.922;TYPE=snp;VARB=0.0257732;OID=.;OPOS=10036408;OREF=C;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:21:8:9:3:4:5:5:0.555556:3:2:1:2:3:2:2:2 chrY 10036422 . C T 39.04 PASS AF=0.461538;AO=6;DP=13;FAO=6;FDP=13;FR=.;FRO=7;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=2;FSRR=5;FWDB=0.0331916;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=98.7778;QD=12.0129;RBI=0.0558784;REFB=-0.010239;REVB=-0.0449524;RO=6;SAF=3;SAR=3;SRF=1;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.280783;STB=0.61502;STBP=0.478;TYPE=snp;VARB=0.0280116;OID=.;OPOS=10036422;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:38:13:13:6:7:6:6:0.461538:3:3:1:5:3:3:2:5 chrY 10036438 . C T 37.78 PASS AF=0.375;AO=6;DP=16;FAO=6;FDP=16;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=3;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.00419883;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=192.295;QD=9.44391;RBI=0.0339257;REFB=-0.0117942;REVB=-0.0336649;RO=10;SAF=3;SAR=3;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.203317;STB=0.624609;STBP=0.508;TYPE=snp;VARB=0.0191367;OID=.;OPOS=10036438;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:37:16:16:10:10:6:6:0.375:3:3:3:7:3:3:3:7 chrY 10036483 . T C 102.02 PASS AF=0.5;AO=12;DP=23;FAO=12;FDP=24;FR=.;FRO=12;FSAF=6;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=-0.0274985;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=92.1567;QD=17.0029;RBI=0.0321322;REFB=-0.0344849;REVB=0.0166226;RO=11;SAF=6;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0377853;STB=0.541598;STBP=0.737;TYPE=snp;VARB=0.0158134;OID=.;OPOS=10036483;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:95:23:24:11:12:12:12:0.5:6:6:6:5:6:6:7:5 chrY 10036486 . C G 90.16 PASS AF=0.458333;AO=13;DP=24;FAO=11;FDP=24;FR=.;FRO=13;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=7;FSRR=6;FWDB=-0.00204341;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=173.123;QD=15.0268;RBI=0.0301851;REFB=0.00865028;REVB=-0.0301159;RO=10;SAF=7;SAR=6;SRF=5;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0294478;STB=0.50381;STBP=0.955;TYPE=snp;VARB=-0.0106401;OID=.;OPOS=10036486;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:89:24:24:10:13:13:11:0.458333:6:7:5:5:5:6:7:6 chrY 10036530 . A G 126.03 PASS AF=0.423077;AO=9;DP=27;FAO=11;FDP=26;FR=.,HEALED;FRO=10;FSAF=6;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=0.00313121;FXX=0.0370233;HRUN=1;LEN=1;MLLD=166.517;QD=19.3888;RBI=0.0032755;REFB=-0.0218109;REVB=-0.000961453;RO=8;SAF=4;SAR=5;SRF=2;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.163174;STB=0.615182;STBP=0.31;TYPE=snp;VARB=0.0497347;OID=.;OPOS=10036530;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:79:27:26:8:10:9:11:0.423077:5:4:2:6:5:6:3:7 chrY 10036545 . T C 116.09 PASS AF=0.52;AO=13;DP=25;FAO=13;FDP=25;FR=.;FRO=12;FSAF=7;FSAR=6;FSRF=7;FSRR=5;FWDB=0.00369773;FXX=0.0384468;HRUN=1;LEN=1;MLLD=224.413;QD=18.5748;RBI=0.00736666;REFB=-0.00255547;REVB=0.00637138;RO=11;SAF=7;SAR=6;SRF=6;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.00564475;STB=0.521706;STBP=0.859;TYPE=snp;VARB=0.00256435;OID=.;OPOS=10036545;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:25:25:11:12:13:13:0.52:6:7:6:5:6:7:7:5 chrY 10036549 . A C 75.62 PASS AF=0.384615;AO=10;DP=26;FAO=10;FDP=26;FR=.;FRO=16;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=10;FSRR=6;FWDB=0.000696728;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=127.665;QD=11.6333;RBI=0.0388905;REFB=-0.0176755;REVB=0.0388842;RO=16;SAF=5;SAR=5;SRF=10;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.129195;STB=0.576773;STBP=0.577;TYPE=snp;VARB=0.0187671;OID=.;OPOS=10036549;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:75:26:26:16:16:10:10:0.384615:5:5:10:6:5:5:10:6 chrY 10036561 . T C 74.26 PASS AF=0.344828;AO=10;DP=29;FAO=10;FDP=29;FR=.;FRO=19;FSAF=5;FSAR=5;FSRF=9;FSRR=10;FWDB=-0.0172054;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=185.217;QD=10.2423;RBI=0.0276937;REFB=-0.0066674;REVB=-0.0217006;RO=19;SAF=5;SAR=5;SRF=9;SRR=10;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0285136;STB=0.517207;STBP=0.937;TYPE=snp;VARB=0.0078895;OID=.;OPOS=10036561;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:74:29:29:19:19:10:10:0.344828:5:5:9:10:5:5:9:10 chrY 10036586 . T C 153.6 PASS AF=0.571429;AO=16;DP=28;FAO=16;FDP=28;FR=.;FRO=12;FSAF=9;FSAR=7;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=0.0113026;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=100.068;QD=21.9428;RBI=0.0139561;REFB=0.00521936;REVB=0.00818675;RO=11;SAF=9;SAR=7;SRF=5;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0785172;STB=0.562422;STBP=0.48;TYPE=snp;VARB=-0.00662404;OID=.;OPOS=10036586;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:98:28:28:11:12:16:16:0.571429:7:9:5:6:7:9:5:7 chrY 10036600 . C CG 55.08 PASS AF=0.473684;AO=8;DP=24;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=6;FSRF=5;FSRR=5;FWDB=0.102644;FXX=0.0951928;HRUN=3;LEN=1;MLLD=14.5036;QD=11.5949;RBI=0.128401;REFB=0.0148183;REVB=-0.0771435;RO=13;SAF=3;SAR=5;SRF=7;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.168369;STB=0.592381;STBP=0.477;TYPE=ins;VARB=-0.0174777;OID=.;OPOS=10036601;OREF=-;OALT=G;OMAPALT=CG GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.473684:8:24:9:19:10:3:6:5:5:53:13:3:5:7:6 chrY 10036606 . A G 56.22 PASS AF=0.4;AO=9;DP=20;FAO=8;FDP=20;FR=.;FRO=12;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=5;FSRR=7;FWDB=-0.0325586;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=145.201;QD=11.2437;RBI=0.0329412;REFB=-0.0335701;REVB=-0.00500631;RO=9;SAF=4;SAR=5;SRF=4;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.526249;STBP=0.896;TYPE=snp;VARB=0.0120966;OID=.;OPOS=10036606;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:20:20:9:12:9:8:0.4:5:4:4:5:5:3:5:7 chrY 10036613 . T G 55.03 PASS AF=0.444444;AO=7;DP=18;FAO=8;FDP=18;FR=.;FRO=10;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.016403;FXX=0.0526039;HRUN=1;LEN=1;MLLD=135.955;QD=12.2279;RBI=0.0285193;REFB=-0.0101892;REVB=-0.02333;RO=10;SAF=2;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0167433;STB=0.545344;STBP=0.797;TYPE=snp;VARB=0.0357595;OID=.;OPOS=10036613;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:55:18:18:10:10:7:8:0.444444:5:2:3:7:5:3:3:7 chrY 10036621 . T C 73.92 PASS AF=0.529412;AO=8;DP=18;FAO=9;FDP=17;FR=.;FRO=8;FSAF=2;FSAR=7;FSRF=4;FSRR=4;FWDB=-0.0469899;FXX=0.105208;HRUN=1;LEN=1;MLLD=62.5304;QD=17.3927;RBI=0.088196;REFB=0.0165963;REVB=0.0746356;RO=7;SAF=2;SAR=6;SRF=4;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.280299;STB=0.65587;STBP=0.205;TYPE=snp;VARB=-0.00600553;OID=.;OPOS=10036621;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:61:18:17:7:8:8:9:0.529412:6:2:4:3:7:2:4:4 chrY 10036627 . A G 68.09 PASS AF=0.473684;AO=9;DP=19;FAO=9;FDP=19;FR=.;FRO=10;FSAF=4;FSAR=5;FSRF=3;FSRR=7;FWDB=-0.0292851;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=103.002;QD=14.3343;RBI=0.033465;REFB=-0.0469357;REVB=0.0161954;RO=10;SAF=4;SAR=5;SRF=3;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.133598;STB=0.578146;STBP=0.598;TYPE=snp;VARB=0.0182999;OID=.;OPOS=10036627;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:67:19:19:10:10:9:9:0.473684:5:4:3:7:5:4:3:7 chrY 10036638 . A G 56.78 PASS AF=0.421053;AO=8;DP=19;FAO=8;FDP=19;FR=.;FRO=11;FSAF=3;FSAR=5;FSRF=4;FSRR=7;FWDB=-0.00194553;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=208.362;QD=11.9536;RBI=0.00273915;REFB=-0.0265662;REVB=-0.00192817;RO=11;SAF=3;SAR=5;SRF=4;SRR=7;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0117224;STB=0.507025;STBP=0.98;TYPE=snp;VARB=0.0294378;OID=.;OPOS=10036638;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:56:19:19:11:11:8:8:0.421053:5:3:4:7:5:3:4:7 chrY 10037768 . T C 861.32 PASS AF=0.722772;AO=72;DP=101;FAO=73;FDP=101;FR=.;FRO=28;FSAF=41;FSAR=32;FSRF=13;FSRR=15;FWDB=-0.00687084;FXX=0;HRUN=4;LEN=1;MLLD=239.702;QD=34.1118;RBI=0.0157762;REFB=-0.00999814;REVB=0.0142014;RO=28;SAF=40;SAR=32;SRF=13;SRR=15;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0478805;STB=0.527215;STBP=0.374;TYPE=snp;VARB=0.00314018;OID=.;OPOS=10037768;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:101:101:28:28:72:73:0.722772:32:40:13:15:32:41:13:15 chrY 10037786 . G A 116.51 PASS AF=0.169231;AO=22;DP=126;FAO=22;FDP=130;FR=.;FRO=108;FSAF=9;FSAR=13;FSRF=67;FSRR=41;FWDB=-0.00536541;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=168.771;QD=3.58489;RBI=0.0257987;REFB=-0.0099158;REVB=-0.0252346;RO=104;SAF=9;SAR=13;SRF=67;SRR=37;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.293573;STB=0.670139;STBP=0.098;TYPE=snp;VARB=0.0411536;OID=.;OPOS=10037786;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:126:130:104:108:22:22:0.169231:13:9:67:37:13:9:67:41 chrY 10037790 . C T 32.43 PASS AF=0.0814815;AO=10;DP=133;FAO=11;FDP=135;FR=.;FRO=124;FSAF=2;FSAR=9;FSRF=79;FSRR=45;FWDB=-0.00568;FXX=0;HRUN=2;LEN=1;MLLD=98.265;QD=0.960962;RBI=0.0355732;REFB=-0.00270536;REVB=-0.0351168;RO=122;SAF=2;SAR=8;SRF=78;SRR=44;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.456728;STB=0.870394;STBP=0.014;TYPE=snp;VARB=0.0892803;OID=.;OPOS=10037790;OREF=C;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:32:133:135:122:124:10:11:0.0814815:8:2:78:44:9:2:79:45 chrY 10037791 . C G 1282.58 PASS AF=0.759398;AO=101;DP=135;FAO=101;FDP=133;FR=.;FRO=32;FSAF=64;FSAR=37;FSRF=15;FSRR=17;FWDB=-0.00336676;FXX=0.0148137;HRUN=2;LEN=1;MLLD=186.235;QD=38.5738;RBI=0.00836961;REFB=-0.0358603;REVB=0.00766259;RO=31;SAF=64;SAR=37;SRF=15;SRR=16;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0695087;STB=0.541769;STBP=0.101;TYPE=snp;VARB=0.0087137;OID=.;OPOS=10037791;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:135:133:31:32:101:101:0.759398:37:64:15:16:37:64:15:17 chrY 10037797 . T C 1209.04 PASS AF=0.731343;AO=95;DP=133;FAO=98;FDP=134;FR=.;FRO=36;FSAF=61;FSAR=37;FSRF=17;FSRR=19;FWDB=-0.00129552;FXX=0.00740686;HRUN=2;LEN=1;MLLD=134.577;QD=36.0907;RBI=0.0346382;REFB=-0.0140732;REVB=0.034614;RO=35;SAF=60;SAR=35;SRF=16;SRR=19;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0917061;STB=0.542041;STBP=0.121;TYPE=snp;VARB=0.00562378;OID=.;OPOS=10037797;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:133:134:35:36:95:98:0.731343:35:60:16:19:37:61:17:19 chrY 10037807 . T C 1597.01 PASS AF=0.793333;AO=113;DP=146;FAO=119;FDP=150;FR=.;FRO=31;FSAF=72;FSAR=47;FSRF=13;FSRR=18;FWDB=0.0296312;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=139.02;QD=42.587;RBI=0.0327397;REFB=-0.0291495;REVB=0.0139241;RO=31;SAF=67;SAR=46;SRF=13;SRR=18;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0716011;STB=0.539475;STBP=0.073;TYPE=snp;VARB=0.0132994;OID=.;OPOS=10037807;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:146:150:31:31:113:119:0.793333:46:67:13:18:47:72:13:18 chrY 10037819 . T C 1525.48 PASS AF=0.798701;AO=120;DP=155;FAO=123;FDP=154;FR=.;FRO=31;FSAF=78;FSAR=45;FSRF=12;FSRR=19;FWDB=0.0160174;FXX=0.0064512;HRUN=1;LEN=1;MLLD=76.283;QD=39.6228;RBI=0.0455484;REFB=-0.0896356;REVB=0.0426392;RO=32;SAF=77;SAR=43;SRF=12;SRR=20;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.110727;STB=0.552082;STBP=0.009;TYPE=snp;VARB=0.0353912;OID=.;OPOS=10037819;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:155:154:32:31:120:123:0.798701:43:77:12:20:45:78:12:19 chrY 10037842 . A G 30.47 PASS AF=0.0679012;AO=11;DP=162;FAO=11;FDP=162;FR=.;FRO=151;FSAF=3;FSAR=8;FSRF=88;FSRR=63;FWDB=0.00936567;FXX=0.00613459;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.6839;QD=0.75237;RBI=0.0137561;REFB=-0.00430165;REVB=-0.0100754;RO=151;SAF=3;SAR=8;SRF=88;SRR=63;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.323177;STB=0.773182;STBP=0.089;TYPE=snp;VARB=0.0488582;OID=.;OPOS=10037842;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:30:162:162:151:151:11:11:0.0679012:8:3:88:63:8:3:88:63 chrY 10037877 . G GC 765.79 PASS AF=0.92;AO=85;DP=140;FAO=115;FDP=125;FR=.;FRO=10;FSAF=66;FSAR=49;FSRF=4;FSRR=6;FWDB=0.0296786;FXX=0.0530263;HRUN=3;LEN=1;MLLD=10.8982;QD=24.5054;RBI=0.161858;REFB=-0.0582616;REVB=0.159114;RO=50;SAF=51;SAR=34;SRF=25;SRR=25;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0701921;STB=0.514162;STBP=0.27;TYPE=ins;VARB=0.0556945;OID=.;OPOS=10037878;OREF=-;OALT=C;OMAPALT=GC GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.92:85:140:115:125:10:66:49:4:6:3:50:51:34:25:25 chrY 10037892 . A G 1129.23 PASS AF=0.851485;AO=50;DP=106;FAO=86;FDP=101;FR=.,HEALED;FRO=15;FSAF=51;FSAR=35;FSRF=5;FSRR=10;FWDB=0.0730972;FXX=0.00980296;HRUN=1;LEN=1;MLLD=174.68;QD=44.7219;RBI=0.0753662;REFB=-0.0715351;REVB=-0.018354;RO=15;SAF=15;SAR=35;SRF=6;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0499381;STB=0.539356;STBP=0.062;TYPE=snp;VARB=0.00949895;OID=.;OPOS=10037892;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:64:106:101:15:15:50:86:0.851485:35:15:6:9:35:51:5:10 chrY 10037899 . T C 889.22 PASS AF=0.809524;AO=67;DP=83;FAO=68;FDP=84;FR=.;FRO=16;FSAF=38;FSAR=30;FSRF=7;FSRR=9;FWDB=-0.0163878;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=57.1963;QD=42.344;RBI=0.023254;REFB=-0.0554801;REVB=0.0164981;RO=16;SAF=37;SAR=30;SRF=7;SRR=9;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0416605;STB=0.523298;STBP=0.353;TYPE=snp;VARB=0.0132787;OID=.;OPOS=10037899;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:92:83:84:16:16:67:68:0.809524:30:37:7:9:30:38:7:9 chrY 10037912 . T G 467.83 PASS AF=0.894737;AO=34;DP=38;FAO=34;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0307442;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=116.442;QD=49.2453;RBI=0.0535689;REFB=-0.0176834;REVB=-0.0438683;RO=4;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932112;STB=0.549971;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.00452535;OID=.;OPOS=10037912;OREF=T;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:38:38:4:4:34:34:0.894737:18:16:0:4:18:16:0:4 chrY 10037914 . T C 467.49 PASS AF=0.894737;AO=34;DP=38;FAO=34;FDP=38;FR=.;FRO=4;FSAF=16;FSAR=18;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.0242797;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=134.989;QD=49.2097;RBI=0.0271191;REFB=-0.0323046;REVB=-0.0120806;RO=4;SAF=16;SAR=18;SRF=0;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0932112;STB=0.549971;STBP=0.084;TYPE=snp;VARB=0.0165809;OID=.;OPOS=10037914;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:38:38:4:4:34:34:0.894737:18:16:0:4:18:16:0:4 chrY 13262837 . A G 52.47 PASS AF=1;AO=6;DP=7;FAO=7;FDP=7;FR=.;FRO=0;FSAF=1;FSAR=6;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.00308437;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=59.398;QD=29.9824;RBI=0.0886542;REFB=-0.075824;REVB=0.0886006;RO=1;SAF=1;SAR=5;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0789211;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.026699;OID=.;OPOS=13262837;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 1/1:3:7:7:1:0:6:7:1:5:1:0:1:6:1:0:0 chrY 13262908 . C G 45.55 PASS AF=0.857143;AO=6;DP=7;FAO=6;FDP=7;FR=.;FRO=1;FSAF=5;FSAR=1;FSRF=0;FSRR=1;FWDB=0.0481828;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=211.976;QD=26.0262;RBI=0.0524561;REFB=-0.0046162;REVB=-0.0207379;RO=1;SAF=5;SAR=1;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.281147;STB=0.666027;STBP=0.166;TYPE=snp;VARB=0.00354064;OID=.;OPOS=13262908;OREF=C;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:6:7:7:1:1:6:6:0.857143:1:5:0:1:1:5:0:1 chrY 13262943 . AC A 178.17 PASS AF=1;AO=14;DP=16;FAO=17;FDP=17;FR=.;FRO=0;FSAF=12;FSAR=5;FSRF=0;FSRR=0;FWDB=-0.0698067;FXX=0;HRUN=3;LEN=1;MLLD=20.5968;QD=41.9226;RBI=0.146198;REFB=-0.0213232;REVB=0.128456;RO=1;SAF=11;SAR=3;SRF=0;SRR=1;SSEN=0;SSEP=0.204545;SSSB=0.128919;STB=0.5;STBP=1;TYPE=del;VARB=0.00693518;OID=.;OPOS=13262944;OREF=C;OALT=-;OMAPALT=A GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:1:14:16:17:17:0:12:5:0:0:3:1:11:3:0:1 chrY 13263067 . A T 425.45 PASS AF=0.924528;AO=42;DP=48;FAO=49;FDP=53;FR=.;FRO=4;FSAF=20;FSAR=29;FSRF=0;FSRR=4;FWDB=0.081774;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=122.266;QD=32.1091;RBI=0.139447;REFB=-0.142318;REVB=0.112953;RO=5;SAF=16;SAR=26;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821452;STB=0.532245;STBP=0.133;TYPE=snp;VARB=0.0203723;OID=.;OPOS=13263067;OREF=A;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:19:48:53:5:4:42:49:0.924528:26:16:0:5:29:20:0:4 chrY 13263091 . G A 633.13 PASS AF=0.895833;AO=43;DP=50;FAO=43;FDP=48;FR=.;FRO=5;FSAF=17;FSAR=26;FSRF=0;FSRR=5;FWDB=-7.34423e-05;FXX=0.039992;HRUN=1;LEN=1;MLLD=140.855;QD=52.761;RBI=0.0310246;REFB=-0.0625661;REVB=0.0310245;RO=5;SAF=17;SAR=26;SRF=0;SRR=5;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.0821736;STB=0.54384;STBP=0.09;TYPE=snp;VARB=0.00357326;OID=.;OPOS=13263091;OREF=G;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:25:50:48:5:5:43:43:0.895833:26:17:0:5:26:17:0:5 chrY 13263170 . A C 65.62 PASS AF=0.8;AO=7;DP=10;FAO=8;FDP=10;FR=.;FRO=2;FSAF=1;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0.131789;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=137.255;QD=26.2497;RBI=0.131983;REFB=-0.0300175;REVB=0.0071603;RO=2;SAF=1;SAR=6;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.125389;STB=0.562356;STBP=0.667;TYPE=snp;VARB=0.0113016;OID=.;OPOS=13263170;OREF=A;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:10:10:2:2:7:8:0.8:6:1:0:2:7:1:0:2 chrY 13263175 . A G 54.74 PASS AF=0.777778;AO=7;DP=9;FAO=7;FDP=9;FR=.;FRO=2;FSAF=0;FSAR=7;FSRF=0;FSRR=2;FWDB=0;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=77.1879;QD=24.3281;RBI=0.0191406;REFB=-0.0363398;REVB=-0.0191406;RO=2;SAF=0;SAR=7;SRF=0;SRR=2;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.0107257;OID=.;OPOS=13263175;OREF=A;OALT=G;OMAPALT=G GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:10:9:9:2:2:7:7:0.777778:7:0:0:2:7:0:0:2 chrY 21152662 . CAA C 338.68 PASS AF=0.74;AO=34;DP=51;FAO=37;FDP=50;FR=.;FRO=13;FSAF=20;FSAR=17;FSRF=9;FSRR=4;FWDB=0.0180767;FXX=0.019604;HRUN=4;LEN=2;MLLD=37.1852;QD=27.094;RBI=0.0203234;REFB=-0.00578925;REVB=0.00928816;RO=13;SAF=19;SAR=15;SRF=9;SRR=4;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0696266;STB=0.539957;STBP=0.371;TYPE=del;VARB=0.00231856;OID=.;OPOS=21152663;OREF=AA;OALT=-;OMAPALT=C GT:AF:AO:DP:FAO:FDP:FRO:FSAF:FSAR:FSRF:FSRR:GQ:RO:SAF:SAR:SRF:SRR 0/1:0.74:34:51:37:50:13:20:17:9:4:58:13:19:15:9:4 chrY 21152701 . G T 442.14 PASS AF=0.735849;AO=39;DP=53;FAO=39;FDP=53;FR=.;FRO=14;FSAF=19;FSAR=20;FSRF=8;FSRR=6;FWDB=-0.0226972;FXX=0.0185151;HRUN=2;LEN=1;MLLD=142.193;QD=33.3694;RBI=0.0232698;REFB=-0.0144087;REVB=0.0051304;RO=14;SAF=19;SAR=20;SRF=8;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0411087;STB=0.522232;STBP=0.587;TYPE=snp;VARB=0.00813746;OID=.;OPOS=21152701;OREF=G;OALT=T;OMAPALT=T GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:53:53:14:14:39:39:0.735849:20:19:8:6:20:19:8:6 chrY 21152719 . T C 392.76 PASS AF=0.775;AO=30;DP=39;FAO=31;FDP=40;FR=.;FRO=9;FSAF=14;FSAR=17;FSRF=6;FSRR=3;FWDB=0.0363936;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=262.751;QD=39.2764;RBI=0.0383585;REFB=-0.0234961;REVB=0.0121195;RO=9;SAF=13;SAR=17;SRF=6;SRR=3;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=-0.0995365;STB=0.548356;STBP=0.282;TYPE=snp;VARB=0.00745993;OID=.;OPOS=21152719;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:60:39:40:9:9:30:31:0.775:17:13:6:3:17:14:6:3 chrY 21153609 . T C 765.41 PASS AF=0.833333;AO=59;DP=72;FAO=60;FDP=72;FR=.;FRO=12;FSAF=30;FSAR=30;FSRF=6;FSRR=6;FWDB=0.014422;FXX=0.0136968;HRUN=1;LEN=1;MLLD=74.2344;QD=42.5225;RBI=0.0464526;REFB=-0.00552675;REVB=0.0441571;RO=12;SAF=30;SAR=29;SRF=6;SRR=6;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.00268199;STB=0.5;STBP=1;TYPE=snp;VARB=0.00199217;OID=.;OPOS=21153609;OREF=T;OALT=C;OMAPALT=C GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:65:72:72:12:12:59:60:0.833333:29:30:6:6:30:30:6:6 chrY 21154466 . T A 646.08 PASS AF=0.72973;AO=54;DP=74;FAO=54;FDP=74;FR=.;FRO=20;FSAF=26;FSAR=28;FSRF=6;FSRR=14;FWDB=-0.0057302;FXX=0;HRUN=1;LEN=1;MLLD=107.937;QD=34.9233;RBI=0.015389;REFB=-0.0191873;REVB=0.0142824;RO=19;SAF=26;SAR=28;SRF=5;SRR=14;SSEN=0;SSEP=0;SSSB=0.106306;STB=0.549278;STBP=0.192;TYPE=snp;VARB=0.00637181;OID=.;OPOS=21154466;OREF=T;OALT=A;OMAPALT=A GT:GQ:DP:FDP:RO:FRO:AO:FAO:AF:SAR:SAF:SRF:SRR:FSAR:FSAF:FSRF:FSRR 0/1:99:74:74:19:20:54:54:0.72973:28:26:5:14:28:26:6:14